ES2287928T3 - Levaduras kluyveromyces modificadas, preparacion y utilizacion. - Google Patents
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Abstract
LA PRESENTE INVENCION SE REFIERE A LEVADURAS DEL TIPO KLUVEROMYCES QUE PRESENTAN UNA O VARIAS MODIFICACIONES GENETICAS DE AL MENOS UN GEN QUE CODIFICA UNA PROTEASA, QUE REDUCE O MODIFICA LA ACTIVIDAD PROTEOLITICA DE DICHAS LEVADURAS, ASI COMO SU UTILIZACION COMO CELULA HUESPED PARA LA SECRECION DE PROTEINAS RECOMBINANTES.
Description
Levaduras Kluyveromyces modificadas,
preparación y utilización.
La presente invención se refiere a nuevas
levaduras pertenecientes al género Kluyveromyces,
genéticamente modificadas y su utilización para producir
ventajosamente proteínas recombinantes.
El progreso realizado en el campo de la biología
molecular ha permitido modificar los microorganismos para hacerles
producir proteínas de interés y por ejemplo proteínas heterólogas
(proteínas de mamíferos, proteínas artificiales, proteínas
quiméricas, etc). En particular, numerosos estudios genéticos se han
referido a la bacteria Escherichia coli y la levadura
Saccharomyces cerevisiae. Más recientemente, se han
desarrollado herramientas genéticas con el fin de utilizar la
levadura Kluyveromyces como célula huésped para la producción
de proteínas recombinantes. Poner de manifiesto el plásmido pKD1
procedente de K. drosophilarum (patente europea EP 241 435)
ha permitido desarrollar un sistema huésped - vector particularmente
ventajoso para la secreción de proteínas recombinantes (patentes
europeas EP 361 991, EP 413 622).
Sin embargo, la aplicación de este sistema de
producción está aún limitada, en particular por los problemas de
eficacia de expresión de los genes en estos microorganismos
recombinados, por los problemas de estabilidad de los plásmidos e
igualmente por los problemas de degradación de los productos
recombinantes por las células en las que se sintetizan. Se puede
manifestar en efecto un fenómeno de proteolisis durante el tránsito
de la proteína de interés en el medio secretorio de la levadura
recombinada o por la existencia de proteasas secretadas o presentes
en el medio de cultivo a continuación de una lisis celular que no se
desea que intervenga durante la fermentación.
La solicitante ha demostrado ahora que es
posible mejorar los niveles de producción de dichas proteínas
recombinantes, es decir en su forma integral, en las levaduras
Kluyveromyces, modificando al menos un gen codificador de
una proteasa celular y especialmente una proteasa que transita por
el medio secretorio. De manera sorprendente, la solicitante ha
demostrado más que dichas modificaciones son particularmente
ventajosas puesto que permiten aumentar las tasas de producción de
proteínas recombinantes y ésto es tanto más ventajoso cuanto menos
efecto aparente tenga dicha modificación sobre la velocidad de
crecimiento y la viabilidad de las células modificadas en las
condiciones industriales de fermentación. Siempre de manera
sorprendente, la solicitante ha demostrado igualmente que dichas
modificaciones no afectan a la estabilidad de las levaduras
transformadas, lo que permite utilizar dichas levaduras de manera
particularmente ventajosa para producir proteínas recombinantes.
La presente invención tiene pues por objeto las
levaduras del género Kluyveromyces que presenten una o varias
modificaciones genéticas de al menos un gen codificador de una
proteasa, modificando la actividad proteolítica de dichas
levaduras. Preferentemente, la o las modificaciones genéticas
vuelven a dicho gen parcial o totalmente incapaz de codificar la
proteasa natural. En otro modo preferido de la invención, el o los
genes así modificados genéticamente codifican una proteasa no
funcional o un mutante con un espectro de actividad proteolítica
modificada. En otro modo preferido de la invención, el gen o los
genes que codifican dichas proteasas se pone(n) bajo el
control de un promotor regulado.
Las levaduras del género Kluyveromyces
según la invención comprenden las levaduras tal como se definen por
van der Walt [en : The Yeasts (1.987) NJ.W.
Kreger-van Rij (ed); Elsevier; pág. 224] y
preferentemente las levaduras K. marxianus var.
lactis (K. lactis), K. marxianus var.
marxianus (K. fragilis), K. marxianus var.
drosophilarum (K. drosophilarum). K. waltii,
etc...
Por modificación genética, se debe entender más
particularmente toda supresión, sustitución, deleción o adición de
una o varias bases en el gen o en los genes considerados. Se pueden
obtener dichas modificaciones in vitro (en el ADN aíslado) o
in situ, por ejemplo, mediante técnicas de ingeniería
genética y exponiendo dichas levaduras a un tratamiento mediante
agentes mutágenos. Por agentes mutágenos, se pueden citar, por
ejemplo, agentes físicos tales como radiaciones energéticas (rayos
X, g, ultravioleta, etc..) o agentes químicos capaces de hacer
reaccionar con diferentes grupos funcionales bases de ADN y por
ejemplo agentes alquilantes [etilmetanosulfonato (EMS),
N-metil-N'-nitro-N-nitrosoguanidina,
N-nitroquinolein-1-óxido (NQO)],
agentes bialquilantes, agentes intercalantes, etc... Por deleción
se entiende toda supresión del gen considerado. Se puede tratar
especialmente por una parte de la región codificadora de dichas
proteasas y/o toda o parte de la región promotora de la
transcripción.
Las modificaciones genéticas se pueden obtener
igualmente por disrupción génica, por ejemplo según el protocolo
inicialmente descrito por Rothstein [Meth. Enzymol. 101
(1.983) 202]. En este caso, la totalidad de la secuencia
codificadora se perturbará preferentemente para permitir la
sustitución, por recombinación homóloga, de la secuencia genómica
salvaje por una secuencia no funcional o mutante.
Dicha o dichas modificaciones genéticas pueden
estar localizadas en el gen codificador de dichas proteasas o fuera
de la región codificadora de dichas proteasas y por ejemplo en las
regiones responsables de la expresión y/o de la regulación
transcripcional de dichos genes. La incapacidad de dichos genes para
codificar las proteasas naturales se puede manifestar bien por la
producción de una proteína inactiva debido a modificaciones
estructurales o conformacionales, bien por la ausencia de
producción, bien por la producción de una proteasa que tenga
alterada una actividad enzimática y por la producción de la
proteasa natural a un nivel atenuado o según un modo de regulación
deseado.
Por otro lado, algunas alteraciones tales como
las mutaciones puntuales por naturaleza se pueden corregir o
atenuar por mecanismos celulares, por ejemplo durante la replicación
del ADN que precede a la división celular. Dichas alteraciones
genéticas tienen entonces un interés limitado al nivel industrial
puesto que las propiedades fenotípicas que resultan no son
perfectamente estables. La solicitante ha puesto ahora a punto un
procedimiento que permite preparar las levaduras
Kluyveromyces que presentan una o varias modificaciones
genéticas de al menos un gen codificador de una proteasa, siendo
dicha o dichas modificaciones estables segregacionalmente y/o no
reversibles. Las levaduras que presentan dichas modificaciones son
particularmente ventajosas como huésped celular para la producción
de proteínas recombinantes. La invención permite igualmente la
realización de las levaduras en las que la o las modificaciones
aportadas hacen que el gen o los genes considerados sean total o
solamente parcialmente incapaces de producir una proteasa
funcional.
Preferentemente, las levaduras según la
invención presentan una o varias modificaciones genéticas estables
segregacionalmente. Siempre según un modo preferido, la modificación
o las modificaciones genéticas son no reversibles. Según otro modo
preferido de la invención, la modificación o las modificaciones
genéticas no dejan ninguna actividad residual al gen
considerado.
Preferentemente, el gen o los genes
codificadores de una o más proteasas se elige(n) entre los
genes codificadores de proteasas que transitan por el medio
secretorio de Kluyveromyces. Dichas proteasas se pueden
localizar en el retículo endoplasmático, compartimento del aparato
de Golgi, compartimento posGolgi y por ejemplo vacuolas celulares,
vesículas del endosoma, vesículas de secreción o el medio
extracelular.
Como ejemplo de dichos genes, se pueden citar
los genes de Kluyveromyces que codifican una proteasa elegida
entre las familias de la proteasa A, de la proteasa B o de una
carboxipeptidasa (y por ejemplo la carboxipeptidasa Y o la
carboxipeptidasa S) y la endopeptidasa KEX1 de K. lactis o
una proteasa de actividad similar y por ejemplo la proteasa YAP3
[Egel-Mitani et al., Yeast 6 (1.990)
127] o más generalmente toda nueva proteasa que intervenga en la
maduración de algunas proteínas secretadas.
En un modo preferido de la invención, el gen o
los genes considerados codifican proteasas que no intervienen en la
división del péptido señal de las proteínas recombinantes expresadas
en forma de preproteínas. Se pueden citar como ejemplos de genes
particularmente interesantes los genes de las proteasas A, de la
proteasa B y de la carboxipeptidasa Y de Kluyveromyces, cuya
clonación se describe en los ejemplos.
En otro modo de la invención, dicha o dichas
proteasas poseen una actividad de señal de peptidasas y dicha o
dichas modificaciones genéticas permiten su sobreexpresión, lo que
es particularmente ventajoso en el caso en que esta etapa sea una
etapa limitante del medio secretorio.
La invención tiene igualmente por objeto toda
levadura Kluyveromyces, tal como se definió anteriormente, en
la que se ha introducido una secuencia de ADN exógeno que comprende
uno o varios genes que codifican una proteína de interés que se
desea expresar y/o secretar en dicha levadura.
En el sentido de la presente invención, se
entiende por secuencia de ADN exógeno toda secuencia de ADN
introducida artificialmente en la levadura y que codifica una o
varias proteínas de interés. En particular se puede tratar de
secuencias de ADN complementario (ADNc), secuencias artificiales o
híbridos y secuencias sintéticas o semisintéticas, incluso en una
casete de expresión que permita la síntesis en dichas levaduras de
dicha o dichas proteínas de interés. Por ejemplo, esta secuencia de
ADN exógeno puede incluir una región de arranque de la
transcripción, regulada o no en Kluyveromyces, con el fin de
dirigir, cuando sea deseable, la expresión de dichas proteínas de
interés.
Preferentemente, la secuencia de ADN exógeno
está incluso en un vector, que puede ser o una replicación autónoma
en la levadura considerada o de tipo integrador. Más
particularmente, los vectores de replicación autónoma se pueden
preparar a partir de secuencias de replicación autónoma en
Kluyveromyces y por ejemplo se puede tratar del plásmido
pKD1 [Falcone et al., Plasmids 15 (1.986) 248; Chen
et al., Nucl. Acids Res. 14 (1.986) 4.471]
caracterizado por una alta estabilidad segregacional, especialmente
en las diferentes variedades de K. marxianus o del plásmido
pKW1 aíslado en K. waltii [Chen et al., J. General
Microbiol. 138 (1.992) 337]. Los vectores de replicación
autónoma se pueden preparar igualmente a partir de secuencias
cromosómicas (ARS). Cuando se trata de vectores de tipo integrador,
éstos se pueden preparar a partir de secuencias cromosómicas
homólogas en dicha levadura huésped, de manera que se dirija la
secuencia genética codificadora de dichas proteínas de interés y un
marcador de selección genética, de manera que se oriente la
integración del conjunto por recombinación homóloga. En un modo de
realización particular dichas secuencias homólogas corresponden a
las secuencias genéticas que proceden de la región codificadora de
dicha proteasa, lo que permite reemplazar por recombinación
homóloga la secuencia original de dicha proteasa por el marcador de
selección y la secuencia de ADN exógeno, permitiendo la disrupción
génica de dicha proteasa. En otro modo de realización, la casete de
expresión está integrada en un locus codificador del ARN ribosomal
(rDNA), que permite la amplificación génica de dicha casete de
expresión [Bergkamp et al., Curr. Genet. 21 (1.992)
365]. En otro modo más de realización, la secuencia de ADN exógeno
está integrada en el cromosoma de dichas levaduras huésped por
recombinación no homóloga.
La secuencia de ADN exógeno se puede introducir
en la levadura por las técnicas del experto en la materia y por
ejemplo las técnicas del ADN recombinante, cruces genéticos, fusión
de protoplastos, etc. En un modo de realización particular, la
secuencia de ADN exógeno se introduce en las levaduras
Kluyveromyces por: transformación, electroporación,
conjugación u otra técnica más descrita en la bibliografía. Cuando
se trata de la transformación de las levaduras
Kluyveromyces, se puede utilizar la técnica descrita por Ito
et al. [J. Bacteriol. 153 (1.983) 163]. La técnica de
transformación descrita por Durrens et al. [Curr. Genet.
18 (1.990) 7] que utiliza etilenglicol y dimetilsulfóxido es
igualmente eficaz. También es posible transformar las levaduras por
electroporación, según el método descrito por Karube et al.
[FEBS Letters 182 (1.985) 90]. Se describe igualmente un
protocolo alternativo en la solicitud de patente europea EP
361991.
Dichas levaduras Kluyveromyces
modificadas por su contenido en proteasas por las técnicas descritas
anteriormente, se utilizan ventajosamente como células huésped para
producir proteínas recombinantes y por ejemplo proteínas
heterólogas de interés farmacéutico o agroalimentario. Dichas
levaduras huésped son particularmente ventajosas puesto que
permiten aumentar la calidad y la cantidad de las proteínas
recombinantes que se desea producir y/o secretar y que dichas
modificaciones genéticas de dichas células no afectan a la
estabilidad genética y mitótica de los vectores de expresión de
dichas proteínas recombinantes. Otro objeto de la invención reside
pues en un procedimiento de producción de proteínas recombinantes
según el que se cultiva una levadura tal como se definió
anteriormente en las condiciones de expresión de la o de las
proteínas codificadas por la secuencia de ADN exógeno y que se
recupera la o las proteínas de interés. En un modo preferido, dichas
proteínas de interés se secretan en el medio de cultivo. Como
ejemplo se pueden citar las proteínas existentes de manera natural
en la naturaleza o las proteínas artificiales y por ejemplo las
proteínas híbridas. En este caso, la utilización de células de
levaduras con un contenido modificado en proteasas es
particularmente ventajoso por el hecho de la exposición de la
región bisagra entre los diferentes campos proteicos de la quimera.
En un modo de realización particular, dicha proteína artificial
comporta un péptido fusionado a uno de los extremos de la quimera y
es particularmente sensible, por ejemplo durante el tránsito en el
medio secretorio, a una degradación proteolítica por una
exoproteasa, N- o C-terminal y por ejemplo una
carboxipeptidasa. Se entiende que la degradación proteolítica de la
proteína de interés puede resultar igualmente de toda proteasa
celular y por ejemplo citoplasmática, liberada en el medio exterior
del hecho de una lisis celular no deseada durante el procedimiento
de la fermentación de dichas levaduras recombinadas. La alteración
genética de la secuencia nucleotídica codificadora de dichas
proteasas puede resultar igualmente pues en un procedimiento
particularmente ventajoso para producir dichas proteínas de interés
y se reivindica igualmente.
Preferentemente, el procedimiento según la
invención permite la producción de proteínas de interés farmacéutico
o agroalimentario. Como ejemplo, se pueden citar las enzimas (tales
como especialmente: superóxido dismutasa, catalasa, amilasas,
lipasas, amidasas, quimosina, etc, o todo fragmento o derivado de
las mismas), derivados sanguíneos (tales como seroalbúmina, alfa o
betaglobina, factores de la coagulación y por ejemplo el factor
VIII, factor IX, factor de von Willebrand, fibronectina,
alfa-1 antitripsina, etc, o todo fragmento o
derivado de los mismos), insulina y sus variantes, linfocinas
[tales como: interleucinas, interferones, factores de estimulación
de colonias (G-CSF, GM-CSF,
M-CSF etc...), TNF, etc, o todo fragmento o derivado
de los mismos], factores de crecimiento (tales como la hormona de
crecimiento, eritropoyetina,FGF, EGF, PDGF, TGF, etc, o todo
fragmento o derivado de los mismos), apolipoproteínas y sus
variantes moleculares, polipéptidos antigénicos para la realización
de vacunas (hepatitis, citomegalovirus, virus de
Epstein-Barr, virus del herpes, etc) y fusiones de
polipéptidos tales como especialmente las fusiones que comportan una
parte biológicamente activa fusionada a una parte
estabilizadora.
Otro objeto de la presente invención consiste en
un fragmento de ADN de Kluyveromyces que codifica una
proteasa. La solicitante ha puesto en efecto de manifiesto, ha
aíslado y caracterizado algunas proteasas de Kluyveromyces y
especialmente las proteasas que transitan por el medio secretorio.
Más preferentemente, uno de los objetos de la invención se refiere
a una proteasa de Kluyveromyces elegida especialmente entre
las proteasas A, B, la carboxipeptidasa Y, así como la familia de
las serina proteasas de tipo subtilisina y cuyo representante es la
proteasa KEX1 de K. lactis [Wésolowski-Louvel
et al., Yeast 4 (1.988) 71]. Como ejemplo, se han
determinado las secuencias nucleotídicas de los genes de K.
lactis que codifican las proteasas A, B y la carboxipeptidasa
Y, por la solicitante y se presentan en las SEC ID nº 3, 1 y 2,
respectivamente. Un mapa de restricción de un fragmento cromosómico
codificador de la proteasa A de K. lactis se indica
igualmente en la Figura 10. Se entiende que toda variante genética
de estos genes de proteasas y su utilización ventajosa para producir
las proteínas de interés, forman parte igualmente de la invención.
Dichas variaciones pueden ser de origen natural pero también se
pueden obtener in situ o in vitro por las técnicas de
ingeniería genética o después de tratamiento de las células por un
agente mutágeno e incluyen especialmente mutaciones puntuales o
múltiples, deleciones, adiciones, inserciones, proteasas híbridas,
etc. En un modo de realización aún más particular, en las
variaciones genéticas pueden igualmente interesar las regiones de
control de la expresión de dichas proteasas, por ejemplo con vistas
a alterar sus niveles de expresión o su modo de regulación.
La invención tiene igualmente por objeto toda
proteína que resulte de la expresión de un fragmento de ADN exógeno
tal como se definió anteriormente.
La invención tiene por objeto igualmente un
procedimiento de preparación de una levadura Kluyveromyces
genéticamente modificada y su utilización ventajosa para producir
las proteínas de interés. Preferentemente, el procedimiento de la
invención consiste en reemplazar el gen o los genes cromosómicos
considerados por una versión modificada in vitro.
La presente invención se describirá más
completamente con ayuda de los ejemplos que siguen, que se deben
considerar como ilustrativos y no limitantes.
Las representaciones de los plásmidos indicadas
en las Figuras siguientes se trazan en una escala aproximada y sólo
se indican los sitios de restricción importantes para la comprensión
de las clonaciones realizadas.
Figura 1: Mapa de restricción del inserto
genómico del plásmido pFP8. Se indica la posición de los sitios de
corte de las endonucleasas siguientes: B=BamHI;
G=BglII; C=ClaI; E=EcoRI; H=HindIII;
K=KpnI; N=NcoI; P=PstI; Pv=PvuII;
T=SstI; X=XhoI. Se representa el fragmento obtenido
después de amplificación PCR así como el ARNm del gen PRB1 de
S. cerevisiae.
Figura 2: Hibridación de la sonda PRB1 de
S. cerevisiae con los fragmentos de restricción del ADN
genómico de K. lactis. Cuadro superior: foto de gel de
agarosa (1%) teñido con bromuro de etidio y antes de la
transferencia por el filtro de nailon; cuadro inferior:
representación esquemática de las señales obtenidas después de
hibridación del filtro con la sonda radiactiva. La numeración
corresponde a las siguientes digestiones: 1=EcoRI;
2=BglII; 3=BglII+EcoRI; 4=HindIII;
5=HindIII+EcoRI; 6=PstI;
7=PstI+EcoRI; 8=SalI;
9=SalI+EcoRI; 10=BamHI;
11=BamHI+EcoRI.
Figura 3: Hibridación de la sonda PRB1 de
S. cerevisiae con las 34 minipreparaciones de ADN (mezcla de
10 clones cada una) después de restricción doble por las enzimas
EcoRI y BglII. Cuadro A: foto de gel de agarosa (1%)
teñido con bromuro de etidio y antes de la transferencia por el
filtro de nailon; cuadro B: autoradiografía del filtro de nailon
después de hibridación con la sonda PRB1 de S.
cerevisiae; se indican las subfracciones "d", "e" y
"f" que corresponden a una alíquota de los fragmentos de ADN
genómico de K. lactis después de digestión total por
EcoRI+BglII y fraccionamiento en tamaño por
electroelución.
Figura 4: La hibridación controla los clones
positivos 18-3 y 31-I. Cuadro A:
Foto después de migración en gel de agarosa al 1% de las
digestiones EcoRI+BglII del ADN de los clones
31-I (pozo nº 1), 18-3 (pozo nº 2)
y 31-K (testigo negativo, pozo nº 3). Cuadro B:
Autoradiografía del filtro de nailon que corresponde al gel
precedente después de hibridación con la sonda PRB1 de S.
cerevisiae. P corresponde a la localización del plásmido
(pYG1224) no digerido; se indica la posición del fragmento de
restricción BglII-EcoRI de aproximadamente 0,7 kb que
se hibrida con la sonda radiactiva.
Figura 5: Comparación de la secuencia proteica
del fragmento BglII-EcoRI de ADN genómico de K.
lactis (restos Arg^{308} a Phe^{531} de la secuencia
peptídica SEC ID nº 1) con la parte correspondiente del gen
PRB1 de S. cerevisiae (restos Arg^{105} a
Leu^{328}). Los asteriscos indican los aminoácidos conservados
entre las dos secuencias.
Figura 6: Mapas de restricción de los insertos
genómicos de los plásmidos: pYG1224, pYG1226 y pYG1227 (cuadro A);
pYG1231 (cuadro B); pYG1237, pYG1238, pYG1239, pYG1240, pYG1241 y
pYG1242 (cuadro C). Se indica la posición de los sitios de corte de
las endonucleasas siguientes: G=BglII; C=ClaI;
S=SalI; E=EcoRI; H=HindIII; K=KpnI;
P=PstI; V=EcoRV. Cuadro D: localización de la fase
codificadora del gen PRB1 de K. lactis; la flecha
vertical indica la posición aproximada del extremo
N-terminal de la proteína madura. La posición del
supuesto codón de iniciación de la traducción y la posición del
codón especificando el final de la traducción se indican por un
asterisco.
SEC ID nº 1: Secuencia del gen PRB1 de
K. lactis. Las flechas negras indican la posición aproximada
del final de las regiones "pre" y "pro" de la proteasa B.
Se subrayan los sitios de restricción BglII, SalI,
EcoRI y HindIII, así como la secuencia que
corresponde al oligodesoxinucleótido Sq2101.
Figura 8: Mapa de restricción del inserto del
plásmido pC34. La caja corresponde al inserto genómico de K.
lactis y la línea corresponde a las secuencias del vector KEp6.
La flecha indica la posición del gen PRC1 de K.
lactis. La parte detallada comprendida entre los sitios
EcoRI y SalI corresponde a la región secuenciada
presentada en la Figura 9. Lista de abreviaturas: C=ClaI;
H=HindIII; B=BamHI; E=EcoRI; P=PstI;
S=SalI; Sp=SphI; Sau=Sau3A.
SEC ID nº 2 : Secuencia nucleotídica del
fragmento EcoRI-SalI que incluye el gen PRC1 de
K. lactis.
Figura 10: Mapa de restricción del inserto del
plásmido pA25/1. La caja corresponde al inserto genómico de K.
lactis y la línea corresponde a las secuencias del vector KEp6.
La flecha indica la posición aproximada del gen PRA1 tal
como se indica por una hibridación en el método de hibridación
Southern mediante las sondas 3' y 5' especificadas. Lista de
abreviaturas: C=ClaI; H=HindIII; B=BamHI;
Sau=Sau3A; S=SalI; P=PstI; G=BglII;
Xb=XbaI; Sn=SnaBI; E=EcoRI;
Figura 11: Cuadro A: Mapa de restricción del
fragmento de restricción HindIII-EcoRI del plásmido
pYG1232. Se indica la posición de los sitios de corte de las
endonucleasas siguientes: G=BglII; S=SalI;
E=EcoRI; H=HindIII; K=KpnI; X=XhoI. El
sitio de clonación HindIII procede del vector y se subraya.
Cuadro B: Disrupción del gen PRB1 de K. lactis por el
marcador de selección URA3 de S. cerevisiae. Este
método de hibridación Southern corresponde al del ADN genómico de
K. lactis CBS 294.91 (uraA) después de la
transformación por el fragmento BglII-EcoRI del
cuadro A y la selección en ausencia de uracilo. Pozos 1 a 3: ADN
genómico de tres transformados después de restricción doble
BglII + EcoRI; la cepa del pozo 3 es K. lactis
Y750; pozo 4: ADN genómico de la cepa CBS 294.91 después de
restricción doble BglII + EcoRI. La sonda radiactiva
utilizada corresponde al fragmento BglII-EcoRI del
plásmido pYG1224 (Fig. 6A).
Figura 12: Mapa de restricción de los insertos
de los plásmidos pC34 [vector KEp6; cuadro a)], pYG154 [vector
pIC-20R; cuadro b)] y pYG155 [vector
pIC-20R; cuadro c)]. Cuadro d): Fragmento utilizado
para la disrupción. Los sitios de restricción entre paréntesis han
sido destruidos por la enzima Klenow o por la ADN polimerasa de T4,
como se indica en el texto. La caja corresponde al inserto genómico
de K. lactis y la línea corresponde a las secuencias de los
vectores. Lista de abreviaturas: C=ClaI; H=HindIII;
B=BamHI; E=EcoRI; P=PstI; S=SalI,
Sp=SphI; Sau=Sau3A; Sm=SmaI; N=NcoI.
Figura 13: Mapa de restricción del plásmido
pYG105 y estrategia de construcción del plásmido pYG1212.
Abreviaturas utilizadas: P, promotor LAC4 de K.
lactis; T, terminador transcripcional; IR, secuencias repetidas
invertidas del plásmido pKD1; LP, región prepro de la SAH; Ap^{r}
y Km^{r} designan respectivamente los genes de resistencia a la
ampicilina (E. coli) y al G418 (Kluyveromyces).
Figura 14: Comparación de las capacidades de
secreción de una variante truncada de la albúmina humana en las
cepas K. lactis CBS 293.91 (pozos 2, 4, 6, 8 y 10) o su
mutante de disrupción para el gen de la proteasa B (cepa Y750;
pozos 1, 3, 5, 7 y 9), después de transformación por el plásmido
pYG1212. Las células transformadas se cultivan en erlenmeyers en
presencia de G418 (200 mg/l) durante 2 días (pozos 1, 2, 7 y 8), 4
días (pozos 3, 4, 9 y 10) o 7 días (pozos 5 y 6); los pozos 1 a 6
corresponden a un crecimiento en medio YPD y los pozos 7 a 10
corresponden a un crecimiento en medio YPL. Los sedimentos son
equivalentes a 50 ml de sobrenadante de cultivo.
SEC ID nº 3: Secuencia nucleotídica del
fragmento ClaI-EcoRI que incluye el gen PRA1 de
K. lactis.
Los métodos utilizados clásicamente en biología
molecular tales como: extracciones preparativas de ADN plasmídico,
centrifugación de ADN plasmídico en gradiente de cloruro de cesio,
electroforesis en geles de agarosa o acrilamida, purificación de
fragmentos de ADN por electroelución, extracciones de proteínas en
fenol o en fenol-cloroformo, precipitación de ADN
en medio salino por etanol o isopropanol, transformación en
Escherichia coli, etc..., son bien conocidos por el experto
en la materia y se describen extensamente en la bibliografía
[Maniatis T. et al., "Molecular Cloning, a Laboratory
Manual", Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.,
1.982; Ausubel F. M. et al. (eds), "Current
Protocols in Molecular Biology", John Wiley & Sons, Nueva
York, 1.987].
Las enzimas de restricción han sido
suministradas por New England Biolabs (Biolabs), Bethesda Research
Laboratories (BRL) o Amersham y se utilizan según las
recomendaciones de los proveedores.
Los plásmidos de tipo pBR322, pUC y los fagos de
la serie M13 son de origen comercial (Bethesda Research
Laboratories). Los plásmidos de tipo pIC se han descrito por Marsh
et al. [Gene 32 (1.984) 481].
Para las ligaduras, los fragmentos de ADN se
separan según su tamaño por electroforesis en geles de agarosa o
acrilamida, se extraen en fenol o en una mezcla fenol/cloroformo, se
precipitan en etanol después se incuban en presencia de la ADN
ligasa del fago T4 (Biolabs) según las recomendaciones del
proveedor.
El llenado de los extremos 5' prominentes se
realiza por el fragmento de Klenow de la ADN Polimerasa I de E.
coli (Biolabs), según las especificaciones del proveedor. La
destrucción de los extremos 3' prominentes se realiza en presencia
de la ADN Polimerasa del fago T4 (Biolabs) utilizada según las
recomendaciones del fabricante. La destrucción de los extremos 5'
prominentes se realiza por un tratamiento moderado por la nucleasa
S1. La exonucleasa Ba131 se utiliza según las recomendaciones del
proveedor (Biolabs).
Los oligodesoxinucleótidos se sintetizan
químicamente según el método de las fosforamiditas utilizando las
agrupaciones protectoras \beta-cianoetilos [Sinha
et al., Nucleic Acids Res. 12 (1.984) 4.539]. Después
de la síntesis, las agrupaciones protectoras se eliminan por
tratamiento con amoniaco y dos precipitaciones en butanol permiten
purificar y concentrar los oligodesoxinucleótidos [Sawadogo y Van
Dyke, Nucleic Acids Res. 19 (1.991) 674]. La concentración
en ADN se determina por medición de la densidad óptica a 260 nm.
La mutagénesis dirigida in vitro por
oligodesoxinucleótidos sintéticos se realiza según el método
desarrollado por Taylor et al. [Nucleic Acids Res. 13
(1.985) 8.749] utilizando el estuche distribuido por Amersham.
El fragmento de ADN utilizado para servir de
sonda molecular en el ADN genómico de K. lactis se amplifica
in vitro por la técnica PCR
[Polymerase-catalyzed Chain
Reaction, Saiki R. K. et al., Science 230
(1.985) 1.350; Mullis K. B. y Faloona F. A., Meth. Enzym.
155 (1.987) 335] en el ADN de S. cerevisiae. La
amplificación está automatizada (40 ciclos de amplificación) y se
realiza en un aparato Perkin Elmer Cetus (secuenciador térmico de
ADN) utilizando la Taq polimerasa (aíslada de la arqueobacteria
Thermophilus aquaticus) suministrada por la compañía Perkin
Elmer. Cada ciclo de amplificación consta de tres etapas:
- 1)
- Una etapa de desnaturalización del ADN a 91ºC;
- 2)
- Una etapa de hibridación de los cebos de oligodesoxinucleótidos en el ADN matriz. La temperatura de hibridación se elige cinco a diez grados por debajo de la temperatura de fusión de los oligodesoxinucleótidos (T_{1/2}). Para los oligodesoxinucleótidos de un tamaño de aproximadamente 20 mer, T_{1/2} = 2x(A+T)+4x(C+G) [Itakura et al., Ann. Rev. Biochem. 53 (1.984) 323].
- 3)
- Una etapa de síntesis del ADN complementario por la Taq polimerasa a 72ºC.
La preparación de sondas nucleotídicas
radiactivas se hace por incorporación de adCTP radiactivo (fósforo
32) a lo largo de la molécula neosintetizada a partir de 20 ng de
ADN utilizando el estuche "Marcado de ADN por Cebado al Azar"
comercializado por la firma Boehringer.
Las transferencias de ADN en la membrana de
nailon (Biodyne, Pall, St Germain en Laye) o de nitrocelulosa
(Schleicher & Schuell, Dassel) se realizan según el método
desarrollado inicialmente por Southern [J. Mol. Biol. 98
(1.979) 503]. Las condiciones de hibridación y de lavado utilizadas
dependen de la naturaleza de la sonda utilizada: en condiciones
heterólogas (ADN genómico de K. lactis hibridado con una
sonda procedente de S. cerevisiae por ejemplo), la
hibridación y los lavados se realizan en condiciones poco
estringentes (hibridación durante 15 horas, a 40ºC, sin formamida
en SSC 5X /Denhart 5X, el filtro se lava después 3 veces en SSC 5X
/SDS al 1% a 40ºC, durante 15 minutos, después 1 vez en SSC 0,25X
/SDS al 1%, durante 10 minutos); en condiciones homólogas (ADN
genómico de K. lactis hibridado con una sonda procedente de
K. lactis por ejemplo), la hibridación y los lavados se
realizan en condiciones más estringentes (hibridación durante 15
horas, a 40ºC, en SSC 5X /Denhart 5X /formamida al 50%, el filtro
se lava después 3 veces en SSC 5X /SDS al 1%, a 40ºC, durante 15
minutos, después 1 vez en SSC 0,2X /SDS al 1%, durante 10
minutos).
La verificación de las secuencias nucleotídicas
se realiza en ADN plasmídico con el estuche "Sequenase version
2.0" de la compañía United States Biochemical Corporation, según
el método de Tabor y Richardson [Proc. Natl. Acad. Sci. USA
84 (1.987) 4.767]. Esta técnica es una modificación del
método inicialmente descrito por Sanger et al. [Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 74 (1.977) 5.463].
Los transformados de K. lactis con el ADN
de los plásmidos de expresión de las proteínas de la presente
invención se realizan por toda técnica conocida por el experto en
la materia y de las que se da un ejemplo en el texto.
Salvo indicación de lo contrario, las cepas
bacterianas utilizadas son: E. coli MC1060 (lacIPOZYA,
X74, galU, galK, strA^{r}), E. coli
TG1 (lac, proA, B, supE, thi,
hsdD5 / FtraD36, proA^{+}B^{+},
lacI^{q}, lacZ, M15) o E. coli JM101
[Messing et al., Nucl. Acids Res. 9 (1.981) 309].
Las cepas de levaduras utilizadas pertenecen a
las levaduras de gemación y más concretamente a las levaduras del
género Kluyveromyces. Las cepas K. lactis MW98.8C
(a, uraA, arg, lys, K^{+}, pKD1º),
K. lactis CBS 293.91, K. lactis CBS 294.91
(uraA) y K. lactis CBS 2359/152 [a,
metA, (k1, k2); Wésolowski et al., Yeast 4
(1.988) 71] se han utilizado particularmente; se ha patentado una
muestra de la cepa MW98-8C el 16 de Septiembre de
1.988 en Centraalbureau voor Schimmelkulturen (CBS) en Baarn (Paises
Bajos) donde se ha registrado con el número CBS 579.88.
La preparación de ADN genómico de levadura
procede esencialmente de la técnica de Hoffman y Winston [Gene
57 (1.987) 267] y se describe con detalle en el texto.
Las cepas de levaduras transformadas por los
plásmidos de expresión que codifican las proteínas de la presente
invención se cultivan en erlenmeyers o en fermentadores piloto de 21
(SETRIC, Francia) a 28ºC, en medio rico (YPD: extracto de levadura
al 1%, Bactopeptona al 2%, glucosa al 2% o YPL: extracto de levadura
al 1%, Bactopeptona al 2%, lactosa al 2%) con agitación
constante.
\vskip1.000000\baselineskip
Se realiza una amplificación enzimática por PCR
a partir del plásmido pFP8 [Moehle et al., Genetics
115 (1.987) 255; Fig. 1], vector transportador E.
coli/S. cerevisiae derivado de YEp13 y que lleva el gen
PRB1 de S. cerevisiae y los oligodesoxinucleótidos
5'-TGACACTCAAAATAGCG-3' (se
subraya el codón que corresponde al resto Asp^{3}) y
5'-AATATCTCTCACTTGAT-3' (se subraya el codón
de la cadena complementaria que corresponde al resto Ile^{348}).
La temperatura de hibridación de los oligodesoxinucleótidos es de
45ºC y el volumen de reacción de 100 ml comprende: 10 ng del
plásmido pFP8, oligodesoxinucleótidos cebo, 10 ml de tampón PCR 10X
[Tris-HCl pH=8,5 (100 mM); MgCl2 (20 mM); KCl (100
mM); gelatina (0,01%)], 10 ml de dNTP (dATP + dCTP + dGTP + dTTP,
cada uno en una concentración de 10 mM)] y 2,5 unidades de Taq
polimerasa. La adición de una gota de aceite de parafina permite
evitar la evaporación durante las elevaciones de temperatura durante
los ciclos de amplificación. Se obtiene un fragmento de ADN de
1.039 pares de bases, del que se verifica la identidad por análisis
de las posiciones de algunos sitios de restricción y que
corresponde a la casi totalidad de la secuencia de aminoácidos de
la forma madura de la proteasa B (Asp^{3} a Ile^{348}). Este
fragmento se purifica después por electroelución después de
migración en gel de agarosa al 0,8% y se utiliza para preparar la
sonda radiactiva según el método de "Cebado al Azar".
Se centrifugan las levaduras (cepa K.
lactis MW98-8C) en fase estacionaria de
crecimiento. Después de lavado del residuo en agua estéril, éste se
recoge en una disolución que contiene: Tritón X100 al 2% (v/v); SDS
al 1% (p/v); NaCl 100 mM; Tris-HCl (pH=8) 10 mM;
EDTA 1 mM. Se muelen las levaduras entonces en presencia de
fenol-cloroformo por la acción mecánica de bolas de
vidrio añadidas a la mezcla que se agita con vórtice durante 2
minutos. La fase acuosa se recupera a continuación después de
centrifugación y se precipita por adición de 2,5 volúmenes de
etanol. El ADN se recoge en TE para experimentar una purificación en
un gradiente de cesio. A partir de 1 litro de cultivo se obtiene
aproximadamente 1 mg de ADN genómico de alto peso molecular
(>> 20 kb).
La preparación de ADN genómico se somete a una
digestión total por las enzimas de restricción de las que están
presentes los sitios en el sitio múltiple de clonación del vector
pIC-20H. Un resultado preliminar muestra que sólo
las condiciones poco estringentes (hibridación durante 15 horas a
40ºC, sin formamida en SSC 5X /Denhart 5X, después de 3 lavados en
SSC 5X /SDS al 1%, a 40ºC, durante 15 minutos, después de 1 lavado
en SSC 0,25X /SDS al 1%, durante 10 minutos) permiten visualizar un
fragmento EcoRI de 1,8 kb que se hibrida con la sonda
PRB1 de S. cerevisiae. Se realiza un segundo método de
hibridación Southern, en el que cada pozo consta de 12 mg de ADN
genómico dividido durante 15 horas por 20 unidades de EcoRI y
20 unidades de una segunda enzima de restricción (Fig. 2). En las
condiciones de hibridación y de lavado anteriormente definidas, un
fragmento genómico de aproximadamente 700 pb y procedente de la
doble digestión EcoRI+BglII se hibrida con la sonda
PRB1 de S. cerevisiae (Fig. 2, pozo nº 3). Del mismo
modo, un fragmento de restricción BglII de mayor tamaño
(aproximadamente 1,3 kb) se hibrida con esta sonda (Fig. 2, pozo nº
2). El fragmento de aproximadamente 700 pb detectado después de
digestión del ADN genómico por EcoRI + BglII es pues
un fragmento de restricción BglII-EcoRI. Las otras
restricciones parecen menos interesantes ya que generan o fragmentos
de menor tamaño que el del obtenido por la doble digestión
EcoRI + BglII o un fragmento de idéntico tamaño (1,8
kb) al del generado después de digestión por EcoRI
únicamente (Fig. 2, pozo nº 1).
La clonación de este fragmento asimétrico
BglII-EcoRI de 700 pb permite obtener una fracción del
gen PRB1 de K. lactis que podrá servir a continuación
de sonda homóloga para clonar la o las partes marcadoras del gen.
Para clonar este fragmento, se tratan 100 mg de ADN genómico durante
15 horas por 100 unidades de endonucleasas EcoRI y
BglII, después se hacen migrar en gel de agarosa preparativa
(1%). La fracción del gel que comprende los fragmentos en los que
el tamaño está comprendido entre 500 y 1.000 pb se corta a
continuación en tres subfracciones (subfracción "f": 500/700
pb; subfracción "e": 700/800 pb; subfracción "d":
800/1.000 pb; Fig. 3). Un método de hibridación Southern realizado
después de migración de una alíquota de estas subfracciones e
hibridación con la sonda PRB1 de S. cerevisiae muestra
una señal de hibridación del tamaño esperado (700 pb) y
particularmente intensa con la subfracción "e" (700/800 pb). Un
banco genómico limitado a los fragmentos BglII-EcoRI
de esta subfracción (minibanco genómico) está pues construido por
clonación de los fragmentos de restricción
BglII-EcoRI en los sitios que corresponden al vector
pIC-20H. La transformación de la ligación en E.
coli da 90% de clones blancos en cajas LB enriquecidos en
ampicilina y X-gal. 340 clones (de los que
aproximadamente 30 clones son azules) son trasplantados entonces en
el mismo medio para aíslarlos. Los 340 clones del banco limitado se
reparten a continuación en 34 mezclas que corresponden cada una a 10
clones diferentes y su ADN es digerido por
EcoRI+BglII, migran en gel de agarosa, se transfieren
en membrana para hibridarse a continuación con la sonda PRB1
de S. cerevisiae en condiciones poco estringentes de
hibridación y de lavado. La Figura 3 muestra este método de
hibridación Southern donde dos mezclas (nº 18 y nº 31) presentan una
señal de hibridación del tamaño esperado (aproximadamente 700 pb).
Se hace la misma operación para analizar separadamente los 10
clones de las mezclas nº 18 y nº 31: el clon nº 3 es el único clon
de la mezcla nº 18 que presenta una señal de hibridación del tamaño
esperado (clon 18-3); de manera análoga, sólo el
clon I de la mezcla 31 (clon 31-I) da una señal de
hibridación del tamaño esperado. Un último método de hibridación
Southern se realiza a partir del ADN de los clones
18-3 y 31-I (señal positiva) y de un
clon negativo (clon K de la mezcla nº 31). En las condiciones de
hibridación y de lavado definidas anteriormente, sólo los clones
18-3 y 31-I confirman la presencia
de una señal positiva después de digestión doble
EcoRI+BglII y en la que el tamaño parece taxativamente
equivalente (Fig. 4).
La secuencia nucleotídica del fragmento
BglII-EcoRI del clon 18-3 se realiza
para demostrar que este fragmento corresponde bien a una fracción
del gen PRB1 de K. lactis.
Se realiza en primer lugar un mapa de
restricción sumario del plásmido pYG1224 del clon
18-3 y revela la presencia de un sitio SalI
al parecer único en el centro del fragmento
BglII-EcoRI. Los fragmentos BglII-SalI
(aproximadamente 350 pb) y SalI-EcoRI
(aproximadamente 300 pb) del plásmido pYG1224 se clonan entonces en
el vector pUC19, lo que genera los plásmidos pYG1226 y pYG1227,
respectivamente (Fig. 6A). Los insertos de estos plásmidos se
secuencian entonces en su totalidad utilizando los "cebos
universales". Como se indica en la Figura 5, el fragmento
BglII-EcoRI del plásmido pYG1224 consta de una fase
abierta de lectura (225 restos) que presenta homologías de
secuencias con un fragmento del gen PRB1 de S.
cerevisiae (Arg^{105} a Leu^{328}). La presencia de dicha
homología, del mismo modo que la estricta conservación de los
aminoácidos encontrados invariablemente en las serina -proteasas de
la familia de las subtilisinas demuestran que el fragmento de ADN
genómico producido por el plásmido pYG1224 corresponde bien a un
fragmento del gen PRB1 de K. lactis.
El fragmento BglII-EcoRI del
plásmido pYG1224 consta de un sitio de restricción KpnI único
localizado más abajo del sitio BglII (Fig. 6A). El
subfragmento de restricción KpnI-EcoRI de
aproximadamente 665 nucleótidos se genera pues a partir de este
fragmento, se aísla por electroelución después de migración en gel
de agarosa al 1% y se marca radiactivamente por el método de
"cebado al azar". Esta sonda radiactiva se utiliza entonces
para determinar el tamaño de los fragmentos de restricción del ADN
genómico de K. lactis que lo incluyen. Un fragmento
KpnI-BglII de aproximadamente 1,2 kb se detecta así
después de hibridación y lavado en condiciones estringentes
(hibridación durante 15 horas, a 40ºC, en SSC 5X /Denhart 5X
/formamida al 50%, después de 3 lavados en SSC 5X /SDS al 1%, a
40ºC, durante 15 minutos, después de 1 lavado en SSC 0,2X /SDS al
1%, durante 10 minutos). Se construye entonces un banco limitado de
ADN genómico de K. lactis (fragmentos de restricción
KpnI-BglII de tamaño comprendido entre 1 y 1,5 kb)
según el ejemplo E.1.3. y el fragmento de restricción que se
hibrida con la sonda se clona entre los sitios KpnI y
BamHI del vector pIC-20H, lo que genera el
plásmido pYG1231 (Fig. 6B). El inserto genómico de este plásmido se
secuencia a continuación utilizando el oligodesoxinucleótido Sq2101
(5'-GACCTATGGGGTAAGG-ATTAC-3')
como cebo. Este oligodesoxinucleótido corresponde a una secuencia
nucleotídica presente en el fragmento BglII-EcoRI del
plásmido pYG1224 y localizado a aproximadamente 30 nucleótidos del
sitio EcoRI. Permite pues determinar la secuencia
nucleotídica situada en 3' de este sitio de restricción y
especialmente la secuencia localizada entre el sitio EcoRI y
el codón que especifica la terminación de la traducción del ARN
mensajero que corresponde al gen PRB1 de K.
lactis.
La secuencia nucleotídica realizada en E.1.5.
demuestra la existencia de un sitio de restricción HindIII
localizado entre el sitio EcoRI y el codón de final de
traducción. La utilización del fragmento de restricción
KpnI-EcoRI que corresponde a la parte
C-terminal del gen PRB1 de K. lactis
como sonda radiactiva en el ADN genómico de K. lactis
digerido por HindIII y una segunda enzima permite identificar
por el método de hibridación Southern un fragmento
HindIII-EcoRV de 1,7 kb aproximadamente que
se hibrida con esta sonda. Este fragmento de restricción se clona
en primer lugar entre los sitios EcoRV y HindIII del vector
pIC-20R lo que genera el plásmido pYG1237. Se
realiza un mapa de restricción del inserto de ADN genómico contenido
en el plásmido pYG1237 (Fig. 6C) y se generan los siguientes
plásmidos: pYG1238 (plásmido pYG1237 suprimido su fragmento
PstI), pYG1239 (fragmento PstI de pYG1237 en el
vector pUC19), pYG1240 (plásmido pYG1237 suprimido su fragmento
KpnI), pYG1241 (plásmido pYG1237 suprimido su fragmento
ClaI) y pYG1242 (plásmido pYG1237 suprimido su fragmento
SalI; Fig. 6C). Los insertos genómicos de estos diferentes
plásmidos se secuencian entonces con la ayuda de cebos universales
y del oligodesoxinucleótido Sq2148
(5'-GCTTCGGCAACATATTCG-3') que
permite secuenciar la región situada inmediatamente en 5' del sitio
BglII. Esta estrategia permite obtener las secuencias
superpuestas que demuestran la unicidad de los sitios de
restricción BglII, ClaI y PstI y que permiten
identificar el ATG probable de iniciación de la traducción del gen
PRB1 de K. lactis.
La compilación de las secuencias determinadas en
E.1.4., E.1.5. y E.1.6. cubre la totalidad de la fase codificadora
del gen PRB1 de K. lactis (Fig. 6D). Esta secuencia se
da en SEC ID nº 1 y codifica una proteína de 561 restos que
corresponde a la proteasa B de K. lactis.
\vskip1.000000\baselineskip
Se repite la estrategia general descrita en el
ejemplo 1 para la clonación del gen de la carboxipeptidasa Y de
K. lactis CBS 2359/152.
Se realiza en primer lugar una preparación de
ADN genómico de la cepa S. cerevisiae S288C [Mortimer y
Johnston, Genetics 113 (1.986) 35] según el ejemplo E.1.2.
Se realiza a continuación una amplificación por PCR de esta
preparación de ADN genómico con los oligonucleótidos
5'-CTTCTTGGAGTTGTTCTTCG-3' y
5'-TGGCAAGA
CATCCGTCCACGCCTTATT-ACC-3' especificados del gen PRC1. Se obtiene así un fragmento amplificado del tamaño esperado (699 pb) que corresponde a las posiciones 696-1.395 (estando numerado el codón de iniciación ATG +1) de la fase abierta de lectura del gen PRC1 de S. cerevisiae [Valls et al., Cell 48 (1.987) 887]. Este fragmento se purifica a continuación por electroelución y es radiomarcado según la técnica de "Cebado al Azar".
CATCCGTCCACGCCTTATT-ACC-3' especificados del gen PRC1. Se obtiene así un fragmento amplificado del tamaño esperado (699 pb) que corresponde a las posiciones 696-1.395 (estando numerado el codón de iniciación ATG +1) de la fase abierta de lectura del gen PRC1 de S. cerevisiae [Valls et al., Cell 48 (1.987) 887]. Este fragmento se purifica a continuación por electroelución y es radiomarcado según la técnica de "Cebado al Azar".
El gen PRC1 de K. lactis se
obtiene por cribado del banco genómico de K. lactis
construido por Wésolowski-Louvel [Yeast 4
(1.988) 71] a partir de la cepa 2.359/152 en el vector de clonación
KEp6 [Chen et al., J. Basic. Microbiol. 28 (1.988)
211]. La cepa E. coli JM101 se transforma por el ADN del
banco y los transformados son escalonados en medio LB enriquecido
con ampicilina (50 mg/l). Se transfieren a continuación 15.000
clones sobre filtros de nitrocelulosa y se hibridan los filtros con
la sonda descrita en el ejemplo E.2.1. Las condiciones de
hibridación y de lavado son las del ejemplo E.1.3. Se aíslan así 12
clones positivos y uno de ellos, denominado pC34, es retenido
después para la continuación del estudio. En un primer momento, se
confirma la hibridación del plásmido pC34 con la sonda que
corresponde al gen PRC1 de S. cerevisiae en el método
de hibridación Southern. Se da un mapa de restricción del inserto
genómico (aproximadamente 6,9 kb) del plásmido pC34 en la Figura 8.
La secuencia del fragmento EcoRI-SalI de 2,5 kb que
comprende el gen PRC1 de K. lactis se determina a
continuación en las 2 cadenas. Esta secuencia se presenta en la SEC
ID nº 2.
Se repite la estrategia general descrita en los
ejemplos precedentes para la clonación del gen de la proteasa A de
K. lactis CBS 2359/152.
Un fragmento interno de 449 pb del gen
PRA1 (o gen PEP4) de S. cerevisiae se amplifica
en primer lugar por la técnica PCR a partir del plásmido CBZ1B1
[Woolford et al., Mol. Cell. Biol. 6 (1.986) 2.500]
suministrado por el Dr E. Jones (Carnegie-Mellon
University, Pittsburgh, Pennsylvania, USA) y los
oligodesoxinucleótidos 5'-CTGTT
GATAAGGTGGTCC-3' y 5'-CAAGCGTGTAATCGTATGGC-3'. El fragmento amplificado obtenido corresponde a las posiciones 617-1.066 de la fase abierta de lectura del gen PRA1 de S. cerevisiae, estando numerado el codón de iniciación ATG +1. Este fragmento se purifica a continuación por electroelución y es radiomarcado según la técnica de "Cebado al Azar".
GATAAGGTGGTCC-3' y 5'-CAAGCGTGTAATCGTATGGC-3'. El fragmento amplificado obtenido corresponde a las posiciones 617-1.066 de la fase abierta de lectura del gen PRA1 de S. cerevisiae, estando numerado el codón de iniciación ATG +1. Este fragmento se purifica a continuación por electroelución y es radiomarcado según la técnica de "Cebado al Azar".
El gen PRA1 se obtiene por cribado del
banco genómico de K. lactis construido por
Wésolowski-Louvel [Yeast 4 (1.988) 71] a
partir de la cepa 2359/152 en el vector de clonación KEp6 [Chen
et al., J. Basic Microbiol. 28 (1.988) 211]. Después
de la transformación del banco en E. coli JM101 y selección
en presencia de ampicilina (50 mg/l), se transfieren a continuación
15.000 clones en filtros de nitrocelulosa y los filtros se hibridan
con la sonda descrita en el ejemplo E.3.1. Las condiciones de
hibridación y de lavado son las del ejemplo E.1.3. Se aísla así 1
solo clon positivo y se denomina pA25/1. En un primer momento, se
confirma la hibridación del plásmido pA25/1 con la sonda que
corresponde al gen PRA1 de S. cerevisiae en el método
de hibridación Southern. Se presenta un mapa de restricción del
inserto genómico (aproximadamente 7,5 kb) de este plásmido en la
Figura 10. La secuencia del fragmento ClaI-EcoRI de
1,6 kb que comprende el gen PRA1 de K. lactis se
determina a continuación en las 2 cadenas. Esta secuencia se
presenta en la SEC ID nº 3.
La transformación de las levaduras
pertenecientes al género Kluyveromyces y en particular las
cepas K. lactis MW98-8C, CBS 293.91 y CBS
294.91 (uraA) se realiza por ejemplo por la técnica de
tratamiento de las células enteras con acetato de litio [Ito H.
et al., J. Bacteriol. 153 (1.983)
163-168], adaptado como sigue. El crecimiento de
las células se hace a 28ºC en 50 ml de medio YPD, con agitación y
hasta una densidad óptica a 600 nm (DO_{600}) comprendida entre
0,6 y 0,8; se recogen las células entonces por centrifugación a
velocidad débil, se lavan en una disolución estéril de TE (Tris 10
mM HCl pH 7,4; EDTA 1 mM), se resuspenden en 3-4 ml
de acetato de litio (0,1 M en TE) para obtener una densidad celular
de aproximadamente 2 x 10^{8} células/ml, después se incuban a
30ºC, durante 1 hora, con agitación moderada. Se incuban alíquotas
de 0,1 ml de la suspensión resultante de células competentes, a
30ºC, durante 1 hora, en presencia de ADN y en una concentración
final de 35% de polietilenglicol (PEG_{4000}, Sigma). Después de
un choque térmico de 5 minutos a 42ºC, se lavan las células 2
veces, después se resuspenden en 0,2 ml de agua estéril. En el caso
en que el marcador de selección es el gen URA3 de S.
cerevisiae, las células se escalonan directamente en YNB (Base
Nitrogenada de Levadura, por sus siglas en inglés; Difco)/Glucosa
(20 g/l)/agar. En el caso en que el marcador de selección es el gen
aph del transposón Tn903, las células se incuban en
primer lugar durante 16 horas, a 28ºC, en 2 ml de medio YPD para
permitir la expresión fenotípica del gen de resistencia al G418
expresado bajo el control del promotor P_{k1} (cf. patente
europea EP 361 991); se adicionan escalonadamente a continuación 200
\mul de la suspensión celular en cajas YPD selectivas (G418, 200
\mug/ml). Las cajas se ponen para incubación a 28ºC y los
disruptores o los transformados aparecen después de 2 a 3 días de
crecimiento celular.
El plásmido pYG1229 se construye por clonación
del fragmento HindIII-EcoRI (incluyendo el fragmento
BglII-EcoRI de aproximadamente 700 bp y que
corresponde a la parte C-terminal del gen
PRB1 de K, lactis) del plásmido pYG1224 entre los
sitios que corresponden al plásmido pUC9. El plásmido pYG1228 se
construye por clonación del fragmento HindIII de 1,1 kb y
que corresponde al gen URA3 de S. cerevisiae
procedente del plásmido pCG3 [Gerbaud et al., Curr. Genetics
3 (1.981) 173] en el sitio HindIII del plásmido
pIC-20R. El plásmido pYG1228 permite pues disponer
de un fragmento de restricción SalI-XhoI de
aproximadamente 1,1 kb y que contiene la totalidad del fragmento
HindIII que contiene el gen URA3 de S.
cerevisiae. Este fragmento de restricción se clona a
continuación en el sitio SalI del plásmido pYG1229 lo que
genera el plásmido pYG1232 (2 orientaciones posibles). La digestión
de este plásmido por las enzimas BglII y EcoRI permite
generar un fragmento de restricción de aproximadamente 1,8 kb que
corresponde al gen URA3 de S. cerevisiae bordeado por
las secuencias genómicas de K. lactis procedentes del gen
PRB1 (Fig. 11A). La transformación de mutantes uraA de K.
lactis por el fragmento BglII-EcoRI del plásmido
pYG1232 genera los clones transformados (complementados por el gen
URA3 de S. cerevisiae) que corresponde a la
integración de este fragmento en el cromosoma. El cuadro B de la
Figura 11 muestra la integración de este fragmento en el ADN
genómico de la cepa K. lactis CBS 294.91 (uraA)
después de recombinación no homóloga (pozo 1) o después de
recombinación homóloga en el gen PRB1 (pozo 3, esta
disrupción se indica Y750). La disrupción del alelo salvaje del gen
PRB1 no modifica las características de crecimiento de la
cepa.
El fragmento SalI-SphI de 4,4 kb
procedente del plásmido pC34 se subclona en primer lugar en los
sitios que corresponden al vector pIC-20R, lo que
genera el plásmido pYG154 (Fig. 12, cuadro b). Este plásmido se
digiere a continuación por la enzima SphI, después se trata
con la ADN polimerasa I del fago T4 en presencia de fosfatasa
intestinal de ternero (CIP). El plásmido obtenido se liga a
continuación con el fragmento EcoRI de 1,6 kb que lleva el
gen URA3 de S. cerevisiae procedente del plásmido
pKan707 (patente europea EP 361 991), tratado previamente con el
fragmento Klenow de la ADN polimerasa I de E. coli. El
plásmido obtenido se denomina pYG155 (Fig. 12, cuadro c). El
fragmento SalI-BamHI de 4,5 kb del plásmido pYG155 se
purifica a continuación por electroelución y se utiliza para
transformar la cepa K. lactis CBS 294.91 (uraA). Los
transformados se seleccionan para el fenotipo Ura^{+} y se
analizan algunos clones a continuación en el método de hibridación
Southern para verificar el lugar de integración del marcador
URA3. Se identifica así el clon Y797 en el cual el gen
PRC1 cromosómico se ha reemplazado por recombinación
homóloga, por el alelo disrupto construido in vitro. La
disrupción del alelo salvaje del gen PRC1 no modifica las
características de crecimiento de la cepa.
Los genes de las proteínas de interés que se
desea secretar y/o expresar se insertan en primer lugar, "en la
orientación productiva" (definida como la orientación que pone la
región N-terminal de la proteína de manera proximal
con respecto al promotor de transcripción), bajo control de
promotores funcionales, regulables o constitutivos tales como, por
ejemplo, los presentes en los plásmidos pYG105 (promotor LAC4
de K, lactis), pYG106 (promotor PGK de S.
cerevisiae), pYG536 (promotor PHO5 de S.
cerevisiae) o los promotores híbridos tales como los descritos
en la solicitud de patente europea EP 361 991. Los plásmidos pYG105
y pYG106 son particularmente útiles ya que permiten la expresión de
genes incluso en los fragmentos de restricción HindIII a
partir de promotores funcionales en K. lactis, regulables
(pYG105) o constitutivos (pYG106).
El plásmido pYG105 corresponde al plásmido
pKan707 descrito en la solicitud de patente europea EP 361 991 en
la que el sitio de restricción HindIII único y localizado en
el gen de resistencia a la geneticina (G418) se ha destruido por
mutagénesis dirigida toda conservando una proteína igual
(oligodesoxinucleótido 5'-GAAATGCATAAGCTCTTGC
CATTCTCACCG-3'). El fragmento SalI-SacI que codifica el gen URA3 del plásmido así mutado se ha reemplazado a continuación por un fragmento de restricción SalI-SacI que consta de una casete de expresión constituida de promotor LAC4 de K. lactis [en forma de fragmento SalI-HindIII procedente del plásmido pYG107; Fleer et al., Bio/Technology 9 (1.991) 968]) y del terminador del gen PGK de S. cerevisiae [en forma de fragmento HindIII-SacI; Fleer et al., Bio/Technology 9 (1.991) 968]. El plásmido pYG105 es mitóticamente muy estable en las levaduras Kluyveromyces y se da un mapa de restricción en la Figura 13. Los plásmidos pYG105 y pYG106 no difieren entre sí más que por la naturaleza del promotor de transcripción codificado por el fragmento SalI-HindIII.
CATTCTCACCG-3'). El fragmento SalI-SacI que codifica el gen URA3 del plásmido así mutado se ha reemplazado a continuación por un fragmento de restricción SalI-SacI que consta de una casete de expresión constituida de promotor LAC4 de K. lactis [en forma de fragmento SalI-HindIII procedente del plásmido pYG107; Fleer et al., Bio/Technology 9 (1.991) 968]) y del terminador del gen PGK de S. cerevisiae [en forma de fragmento HindIII-SacI; Fleer et al., Bio/Technology 9 (1.991) 968]. El plásmido pYG105 es mitóticamente muy estable en las levaduras Kluyveromyces y se da un mapa de restricción en la Figura 13. Los plásmidos pYG105 y pYG106 no difieren entre sí más que por la naturaleza del promotor de transcripción codificado por el fragmento SalI-HindIII.
La proteína codificada por el plásmido pYG1212
corresponde aproximadamente a los dos primeros campos de la
seroalbúmina humana (SAH). Esta variante molecular, obtenida por
digestión del extremo C-terminal de la SAH
utilizando la exonucleasa Ba131 a partir del sitio MstII
único localizado en 3 aminoácidos del extremo
C-terminal de la SAH, es derivado del plásmido YP40
descrito en la solicitud de patente europea EP 413 622. Brevemente,
el fragmento de restricción HindIII-MstII del plásmido
YP40, que corresponde a los restos 1 a 403 de la SAH (se indica el
ATG de iniciación de la traducción +1), se liga con el fragmento
MstII-HindIII del plásmido pYG221 [Yeh et al.,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89 (1.992) 1.904], lo que genera
un fragmento HindIII que incluye los 403 restos
N-terminales de la SAH seguido de los tres últimos
restos de la SAH (resto Leu-Gly-Leu)
y de un codón de final de traducción [variante troncada indicada
SAH_{(1-403)}]. Este fragmento-HindIII se
clona a continuación en la orientación productora en el plásmido
pYG105, lo que genera el plásmido pYG1212 (Fig.13).
En un primer momento, las levaduras K.
lactis CBS 293.91 e Y750 se transforman por el plásmido pYG1212.
Después de selección en medio rico enriquecido en G418 se ensaya en
los clones recombinantes su capacidad para secretar la proteína
SAH_{(1-403)}. Se ponen a incubar algunos clones
en medio YPD o YPL, a 28ºC. Se recuperan los sobrenadantes de
cultivo por centrifugación cuando las células alcanzan la fase
estacionaria de crecimiento, se concentran 10 veces por
precipitación durante 30 minutos, a -20ºC, con una concentración
final de 60% de etanol, después se ensaya después de electroforesis
en gel SDS-PAGE al 8,5% y coloración del gel por
azul de coomassie. Los resultados presentados en la Figura 14
demuestran que el disruptor Y750 (prb1º) secreta cantidades
de la proteína que son bien superiores a las cantidades secretadas
por su homólogo no disruptado. Esto es válido después de 2, 4 ó 7
días de crecimiento, independientemente de la fuente de carbono
utilizada (glucosa o lactosa).
(1) INFORMACIÓN GENERAL:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- SOLICITANTE:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE: RHONE-POULENC RORER S.A.
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- CALLE: 20, avenue Raymond ARON
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- CIUDAD: ANTONY
\vskip0.500000\baselineskip
- (E)
- PAÍS: FRANCIA
\vskip0.500000\baselineskip
- (F)
- CÓDIGO POSTAL: 92165
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TÍTULO DE LA INVENCIÓN: Levaduras Kluyveromyces modificadas, preparación y utilizaciones.
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- NÚMERO DE SECUENCIAS: 3
\vskip0.800000\baselineskip
- (iv)
- FORMA DE LECTURA EN EL ORDENADOR:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- TIPO DE SOPORTE: Disquete
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- ORDENADOR: PC compatible con IBM
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- SISTEMA OPERATIVO: PC-DOS/MS-DOS
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- PROGRAMA DE ORDENADOR: PatentIn Release #1.0, Versión #1.25 (OEB)
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC ID NO: 1:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1.686 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADNc
\vskip0.800000\baselineskip
- (vi)
- ORIGEN:
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- CEPA: Kluyveromyces lactis
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICA ADICIONAL:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: CDS
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- POSICIÓN: 1..1686
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- OTROS DATOS: /producto= "Gen de la proteasa B" /gen= "K1.PRB1"
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID NO: 1:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC ID NO: 2:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2.503 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADNc
\vskip0.800000\baselineskip
- (vi)
- ORIGEN:
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- CEPA: Kluyveromyces lactis
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICA ADICIONAL:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: CDS
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- POSICIÓN: 387..1862
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- OTROS DATOS: /producto= "Gen de la proteasa C de K. lactis" /gen= "Kl.PRC1"
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID NO: 2:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC ID NO: 3:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1.615 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- CONFIGURACIÓN: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ADNc
\vskip0.800000\baselineskip
- (vi)
- ORIGEN:
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- CEPA: Kluyveromyces
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICA ADICIONAL:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: CDS
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- POSICIÓN: 188..1417
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- OTROS DATOS: /producto= "Gen de la proteasa A" /gen= "PRA1"
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC ID NO: 3:
\vskip1.000000\baselineskip
Claims (21)
1. Levadura del género Kluyveromyces que
presenta una o varias modificaciones genéticas de al menos un gen
codificador de una proteasa elegida entre: la proteasa A
representada por la secuencia polipeptídica SEC ID Nº3, la proteasa
B representada por la secuencia polipeptídica SEC ID Nº1 y la
carboxipeptidasa Y, representada por la secuencia SEC ID Nº2,
disminuyendo dichas modificaciones genéticas la actividad
proteolítica de dichas levaduras.
2. Levadura según la reivindicación 1,
caracterizada porque la o las modificaciones genéticas hacen
que dicho gen sea parcial o totalmente incapaz de codificar la
proteína natural.
3. Levadura según la reivindicación 1,
caracterizada porque el o los genes así modificados
genéticamente codifican una proteína no funcional o un mutante
teniendo un espectro de actividad proteolítica modificada.
4. Levadura según las reivindicaciones 1 a 3,
caracterizada porque la o las modificaciones genéticas son
segregacionalmente estables.
5. Levadura según las reivindicaciones 1 a 4,
caracterizada porque la o las modificaciones genéticas son no
reversibles.
6. Levadura según las reivindicaciones 1 a 5,
caracterizada porque la o las modificaciones no dejan ninguna
actividad residual al gen considerado.
7. Levadura según las reivindicaciones 1 a 6,
caracterizada porque la o las modificaciones se producen en
la parte codificadora de la proteína que tiene una actividad de
proteasa y/o en las regiones responsables de la expresión y/o de la
regulación transcripcional de dichos genes.
8. Levadura según una de las reivindicaciones 1
a 7, caracterizada porque la o las modificaciones genéticas
son de mutaciones puntuales o múltiples y/o adiciones y/o deleciones
y/o disrupciones.
9. Levadura según una de las reivindicaciones 1
a 8, caracterizada porque se trata de un gen de
Kluyveromyces elegido entre los genes: PRB1 (SEC ID
Nº1), PRC1 (SEC ID Nº2) y PRA1 (SEC ID Nº3).
10. Levadura según una cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 9, caracterizada porque se elige entre
las levaduras pertenecientes a las especies: K. lactis,
K. fragilis, K. drosophilarum y K. waltii.
11. Levadura del género Kluyveromyces
caracterizada porque presenta una o varias modificaciones
genéticas de al menos un gen codificador de una proteasa elegida
entre: la proteasa A representada por la secuencia polipeptídica
SEC ID Nº3, la proteasa B representada por la secuencia
polipeptídica SEC ID Nº1 y la carboxipeptidasa Y, representada por
la secuencia SEC ID Nº2, disminuyendo dichas modificaciones
genéticas la actividad proteolítica de dichas levaduras y en que
comprende más de una secuencia de ADN exógeno que codifica al menos
una proteína de interés.
12. Levadura según la reivindicación 11,
caracterizada porque la secuencia de ADN exógeno comprende
una región de arranque de la transcripción y de la traducción unida
al extremo 5' de la secuencia que codifica la proteína de
interés.
13. Levadura según una las reivindicaciones 11 ó
12, caracterizada porque la secuencia que codifica la
proteína de interés incluye una secuencia de exportación que dirige
la proteína en el medio secretorio.
14. Levadura según una de las reivindicaciones
11 a 13, caracterizada porque la secuencia de ADN exógeno
forma parte de un vector de replicación autónomo o está integrada en
el cromosoma.
15. Levadura según una de las reivindicaciones
11 a 14, caracterizada porque la o las proteínas de interés
son de uso farmacéutico o agroalimentario.
16. Levadura según la reivindicación 15,
caracterizada porque la o las proteínas son proteínas
artificiales y por ejemplo híbridas.
17. Utilización de una levadura según una de las
reivindicaciones 1 a 16 para la producción de proteínas
recombinantes.
18. Procedimiento de producción de proteínas
recombinantes caracterizado porque se cultiva una levadura
según una de las reivindicaciones 11 a 16 en las condiciones de
expresión de la o de las proteínas codificadas por la secuencia de
ADN exógeno y que se recupera la o las proteínas de interés.
19. Procedimiento según la reivindicación 18,
para la producción de proteínas de interés farmacéutico o
agroalimentario.
20. Procedimiento según la reivindicación 19
para la producción de proteínas artificiales y especialmente
híbridas.
21. Procedimiento de preparación de una levadura
Kluyveromyces según la reivindicación 1, caracterizado
porque se reemplazan todos o parte de los genes cromosómicos:
PRB1 (SEC ID Nº1), PRC1 (SEC ID Nº2) o PRA1
(SEC ID Nº3) por una versión modificada in vitro.
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