JP5400799B2 - 改善された質量分析法分析のための組成物およびプロセス - Google Patents
改善された質量分析法分析のための組成物およびプロセス Download PDFInfo
- Publication number
- JP5400799B2 JP5400799B2 JP2010542434A JP2010542434A JP5400799B2 JP 5400799 B2 JP5400799 B2 JP 5400799B2 JP 2010542434 A JP2010542434 A JP 2010542434A JP 2010542434 A JP2010542434 A JP 2010542434A JP 5400799 B2 JP5400799 B2 JP 5400799B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- matrix
- mass spectrometry
- acid
- ascorbic acid
- substrate
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6872—Methods for sequencing involving mass spectrometry
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
- G01N33/6851—Methods of protein analysis involving laser desorption ionisation mass spectrometry
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
- Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
- Y10T436/14—Heterocyclic carbon compound [i.e., O, S, N, Se, Te, as only ring hetero atom]
- Y10T436/142222—Hetero-O [e.g., ascorbic acid, etc.]
- Y10T436/143333—Saccharide [e.g., DNA, etc.]
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
- Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
- Y10T436/24—Nuclear magnetic resonance, electron spin resonance or other spin effects or mass spectrometry
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
- Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
- Y10T436/25—Chemistry: analytical and immunological testing including sample preparation
- Y10T436/25125—Digestion or removing interfering materials
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Optics & Photonics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
この特許出願は、2008年1月15日に出願された米国仮特許出願第12/014,671号(すなわち、出願人としてThomas Becker、表題COMPOSITIONS AND PROCESSES FOR IMPROVED MASS SPECTROMETRY ANALYSIS、そして代理人番号SEQ−6015−UTによって指定される)の利益を主張する。この特許出願の全体は、全ての文字および図面を含めて、このような実施を可能にする範囲内で参考として本明細書に援用される。
本発明は一般的に、質量分析法とともに用いるための組成物および方法に関する。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
質量分析法によって分析される分析物を含むサンプルにおける付加物形成を低減させるための方法であって、質量分析法による該分析物の分析の前に、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む付加物低減添加剤を該サンプルに加えるステップを含む、方法。
(項目2)
前記付加物低減添加剤はシュウ酸アンモニウムをさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記分析物は核酸である、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記核酸はデオキシリボ核酸である、項目3に記載の方法。
(項目5)
前記核酸はリボ核酸である、項目3に記載の方法。
(項目6)
質量分析法による前記分析は、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型(MALDI−TOF)質量分析法、レーザー脱離質量分析法(LDMS)、エレクトロスプレー(ES)質量分析法、イオンサイクロトロン共鳴(ICR)質量分析法、およびフーリエ変換質量分析法からなる群より選択される、項目1に記載の方法。
(項目7)
質量分析法によって分析される分析物を含むサンプルにおける付加物形成を低減させるための方法であって、質量分析法による該分析物の分析の前に、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む付加物低減添加剤をマトリックスに加えるステップを含む、方法。
(項目8)
質量分析法による前記分析物の分析の前に、前記付加物低減添加剤を該分析物にも加えるステップをさらに含む、項目7に記載の方法。
(項目9)
前記付加物低減添加剤はシュウ酸アンモニウムをさらに含む、項目7または8に記載の方法。
(項目10)
前記マトリックス組成物は3-ヒドロキシピコリン酸(3-HPA)を含む、項目7または8に記載の方法。
(項目11)
前記マトリックス組成物はクエン酸ジアンモニウム(DAC)を含む、項目7または8に記載の方法。
(項目12)
前記分析物は核酸である、項目7または8に記載の方法。
(項目13)
質量分析法において用いるために好適な基体を調製するための方法であって、付加物低減添加剤を含むマトリックス材料を該基体上に堆積させるステップを含み、該付加物低減添加剤はアスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む、方法。
(項目14)
前記基体を密封するステップをさらに含む、項目13に記載の方法。
(項目15)
酸化を最小限にするために薬剤またはガスによって前記基体を処理するステップをさらに含む、項目13に記載の方法。
(項目16)
前記基体はシリカを含む、項目13に記載の方法。
(項目17)
前記付加物低減添加剤はシュウ酸アンモニウムをさらに含む、項目13に記載の方法。
(項目18)
質量分析法によって分析される組成物であって、分析物と付加物低減添加剤とを含む、組成物。
(項目19)
前記付加物低減剤は、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む、項目18に記載の組成物。
(項目20)
シュウ酸アンモニウムをさらに含む、項目19に記載の組成物。
(項目21)
マトリックス組成物と、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体とを含む、組成物。
(項目22)
マトリックス組成物と、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体と、シュウ酸アンモニウムとを含む、組成物。
(項目23)
質量分析法による分析に好適な組成物であって、分析物と付加物低減添加剤とを含み、該添加剤はアスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体と、シュウ酸アンモニウムとを含む、組成物。
(項目24)
質量分析法のための標的部位であって、基体と、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体およびシュウ酸アンモニウムを含む付加物低減添加剤とを含む、標的部位。
(項目25)
マトリックス材料をさらに含む、項目24に記載の標的部位。
(項目26)
質量分析法分析のための分析物を調製するための方法であって、
分析物を含む溶液を、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む組成物と接触させることによって、質量分析法分析のためのサンプルを調製するステップと;
該サンプルを質量分析計に導入するステップと
を含む、方法。
(項目27)
前記組成物はシュウ酸アンモニウムを含む、項目26に記載の方法。
(項目28)
前記分析物は核酸である、項目26に記載の方法。
(項目29)
前記核酸はデオキシリボ核酸である、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記核酸はリボ核酸である、項目28に記載の方法。
(項目31)
前記質量分析法分析は、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型(MALDI−TOF)質量分析法、レーザー脱離質量分析法(LDMS)、エレクトロスプレー(ES)質量分析法、イオンサイクロトロン共鳴(ICR)質量分析法、およびフーリエ変換質量分析法からなる群より選択される、項目26に記載の方法。
(項目32)
質量分析法によって分析物を分析するための方法であって、
サンプルを質量分析計に導入するステップであって、該サンプルは分析物と、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体とを含む、ステップ、ならびに
質量分析法によって該サンプルを分析するステップ
を含む、方法。
(項目33)
前記サンプルはシュウ酸アンモニウムをさらに含む、項目32に記載の方法。
(項目34)
前記分析物は核酸である、項目32に記載の方法。
(項目35)
前記核酸はデオキシリボ核酸である、項目34に記載の方法。
(項目36)
前記核酸はリボ核酸である、項目34に記載の方法。
(項目37)
前記質量分析法分析は、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型(MALDI−TOF)質量分析法、レーザー脱離質量分析法(LDMS)、エレクトロスプレー(ES)質量分析法、イオンサイクロトロン共鳴(ICR)質量分析法、およびフーリエ変換質量分析法からなる群より選択される、項目32に記載の方法。
(項目38)
スポットのアレイを含む基体であって、各スポットは(i)マトリックス支援レーザー脱離/イオン化(MALDI)質量分析法のためのマトリックスと、(ii)アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体とを含む、基体。
(項目39)
各スポットはシュウ酸アンモニウムをさらに含む、項目38に記載の基体。
(項目40)
前記スポットの1つまたはそれ以上は分析物をさらに含む、項目38に記載の基体。
(項目41)
前記分析物は核酸である、項目40に記載の基体。
(項目42)
前記核酸はデオキシリボ核酸である、項目41に記載の基体。
(項目43)
前記核酸はリボ核酸である、項目41に記載の基体。
(項目44)
前記マトリックスは3-ヒドロキシピコリン酸を含む、項目38に記載の基体。
(項目45)
前記基体はチップである、項目38に記載の基体。
(項目46)
前記チップはシリコンチップである、項目45に記載の基体。
本発明は、たとえば核酸(例、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチド)、タンパク質、ペプチドおよび脂質など、ならびにそれらの特定の類似体および結合体、たとえば糖タンパク質またはリポタンパク質などを含む分析物の質量分析法に基づく分析の改善を可能にする。本教示内でMALDI分析に適用できるその他の物質は、小さな分子、代謝産物、天然生成物および医薬品である。本発明の方法および組成物は、多数のグアニンおよびチミンを含むポリヌクレオチドに対して特に有用である。なぜならこれらのポリヌクレオチドはアンモニア付加物形成をより起こしやすいためである。
本明細書において用いられる「サンプル」とは、分析される分析物を含有する組成物を示す。特定の実施形態において、サンプルは「生物学的サンプル」からのものである。一般的に生物学的材料は、生きた供給源(例、ヒト、動物、植物、バクテリア、真菌、原生生物、ウイルス))から得られるあらゆる材料と考えられる。生物学的サンプルは、固体材料(例、組織、細胞ペレットおよび生検)および生物学的流体(例、尿、血液、唾液、羊水および(頬側細胞を含有する)口腔洗浄薬)を含むあらゆる形であってもよい。好ましくは、固体材料は流体と混合される。
マトリックス材料は、たとえばMALDI分析法など、特定の形の質量分析法において使用される。マトリックス材料は、分析物分子を互いに分離し、レーザー光子によって与えられたエネルギーを吸収し、そのエネルギーを分析物分子に移すことによって分析物分子の脱離およびイオン化をもたらす働きをする。一旦分析物がイオン化されると、飛行時間(TOF)分析計などの質量分析計を用いてイオン質量を測定できる。
本明細書において用いられる「付加物低減添加剤」という用語は、質量分析法による分析に必要なあらゆる1つまたはそれ以上の構成要素または試薬に添加される物質である。これらの構成要素または試薬は、サンプル、分析物、マトリックス材料、基体、またはその組合せを含む。特定の実施形態において、付加物低減添加剤はアスコルビン酸か、または実質的に等しい付加物低減効果を有するアスコルビン酸のあらゆる誘導体である。
R1およびR2は独立にOH、ハロゲン、R3、OR3、アジド、シアノ、CH2R3、CHR3R4、SR3、NR3R4であり;
R3およびR4は独立にH、アルキル、アセチレンもしくはシアノ、または任意に置換されたアリール環状炭素、アリール複素環、非アリール環状炭素もしくは非アリール複素環である。本発明において用いられるアスコルビン酸類似体は一般的にフリーラジカル消去剤(scavenging agents)であり、アスコルビン酸類似体のフリーラジカル消去活性は、当業者によって決定され得る(例、2,6-ジクロロフェノール-インドフェノール(2,6−dichlorophenol−indophenol:DCPIP)、ヨウ素、ヨウ素酸塩およびヨウ化物の混合物またはN‐ブロモスクシンイミドなどの酸化剤による滴定)。
本明細書において用いられる「基体(substrate)」とは不溶性の支持を示し、その上に分析物を堆積させて分析する。基体は、シリカ、ガラス(例、ガラス、制御細孔ガラス(controlled−pore glass:CPG))、ナイロン、Wang樹脂、Merrifield樹脂、セファデックス、セファロース、セルロース、磁気ビーズ、Dynabeads、金属面(例、鋼、金、銀、アルミニウム、シリコンおよび銅)、プラスチック材料(例、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリアミド、ポリエステル、ポリビニリデンジフルオリド(polyvinylidenedifluoride:PVDF))または、プレートを有するかもしくは有さないウエハ(例、シリコンウエハ)などの平坦面のピット中のビーズまたはピン(例、組合せの合成または分析に好適なピンのアレイを含んでもよいが、これらに限定されない。固体支持は、以下を含むがこれらに限定されないあらゆる所望の形であってもよい:ビーズ、チップ、毛細管、プレート、膜、ウエハ、コーム、ピン、ピットを有するウエハ、実質的に平坦な表面、ピットもしくはナノリットルウェルのアレイ、ならびに当業者に公知のその他のジオメトリおよび形。好ましい支持は、サンプルを別々の位置に受取るかまたは結合するように設計された平坦面である。最も好ましいのは、サンプルを受取るか、含有するか、結合するための親水性の位置を囲む疎水性の領域を有する平坦面である。基体材料は、装置の動作に対して、またはMALDI質量分析法の典型的なマトリックス材料および溶媒を含む、この手順において用いられる試薬に対して不活性であってもよい。
本明細書において用いられる「標的部位」という用語は、たとえばマトリックス材料、マトリックス材料と添加剤、または分析物などの材料を堆積および保持できる、基体上の特定の位置を示す。基体は1つまたはそれ以上の標的部位を含有していてもよく、その標的部位はランダムに配置されてもよいし、規則的なアレイまたはその他のパターンであってもよい。MALDI分析などの質量分析法分析のために用いられるときには、標的部位または堆積された材料によってもたらされる部位は、脱離をもたらすために基体上に焦点合せされるレーザースポットのサイズに等しいか、またはそれより小さいことが好ましい。よって標的部位は、たとえば固体支持の表面に位置決めされるウェルもしくはピット、ピンもしくはビーズ、または物理的障壁、またはそれらの組合せ、たとえばチップ上のビーズ、ウェル中のチップなどであってもよい。標的部位は基体上に物理的に置かれてもよいし、基体の表面にエッチングされてもよいし、ある位置の周囲をエッチングした後に残る「タワー」であってもよいし、たとえば相対的な親水性、疎水性などの物理化学的パラメータ、または中もしくは上に液体を保持するあらゆるその他の界面化学によって定められてもよい。
本発明の方法および組成物は、以下を含むあらゆるイオン化源とともに用いられてもよい:大気圧化学イオン化(Atmospheric Pressure,Chemical Ionisation:APCI)、化学イオン化(CI)、電子衝撃(Electron Impact:EI)、エレクトロスプレーイオン化(Electrospray Ionisation:ESIまたはES)、高速原子衝撃(Fast Atom Bombardment:FAB)、電界脱離/電界イオン化(Field Desorption/Field Ionisation:FD/FI)、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法(MALDI)、および熱スプレーイオン化(Thermospray Ionisation:TSP)。特定の実施形態において、イオン化源はMALDIまたはESである。
分析物に対する添加剤
以下の実施例において、Sequenom iPLEX(商標)反応からの分析物を、ナノ純水またはアスコルビン酸添加剤のいずれかと混合して、付加物形成に対する添加剤の影響を定めた。どちらもこれにより引用により援用されるJurinke,C.,Oeth,P.,van den Boom,D.,MALDI−TOF mass spectrometry:a versatile tool for high−performance DNA analysis.Mol.Biotechnol.26,147−164(2004);およびOeth,P.et al.,iPLEXTM Assay:Increased Plexing Efficiency and Flexibility for MassARRAY(登録商標)System through single base primer extension with mass−modified Terminators.SEQUENOM Application Note(2005)に記載されるとおりのSequenom iPLEX(商標)プロトコルに続いて、プレートは並行して処理された。希釈/条件付けステップの際に、標準的なプロトコルの指示どおりに9□lの分析物溶液を25□lのナノ純水と混合する一方で、他方のプレートをアスコルビン酸と混合して20mMの最終アスコルビン酸濃度を得た。
マトリックスに対する添加剤
以下の実施例において、アスコルビン酸(ascorbic acid:AA)を含む新たなマトリックス組成物が、付加物形成を低減することによってスペクトル品質を改善することが示された。
以下のストック溶液およびナノ純水からマトリックスの組合せを調製した(異なるマトリックス構成要素のストック溶液は、その構成要素の官能基に従って陽イオン交換樹脂で処理した−酸はH+形の交換樹脂で、アンモニア塩はNH4+形の樹脂で処理した):
3-HPA:30%の水性アセトニトリル中に350mM。
表1のマトリックスに直接スポットされた合成オリゴヌクレオチドを用いて2つの実験を行なった。第1の実験において、17mer合成オリゴヌクレオチド(GTG GTG GTG GTG GTG GT)を、「古い」樹脂処理したマトリックスと、「新しい」アスコルビン酸で変更したマトリックスの両方でテストした。図1(古いマトリックス)においてはアンモニア付加物が明らかに存在する(ピークの高さは5335Daにおける親ピークの約12%)のに対し、図2(新しいマトリックス)においてはアンモニア付加物が存在しない。この新しいマトリックスは代替的に「マトリックス63C」と呼ばれることもある。
付加物形成スコア=
=(閾値を超えるパッドの相対度数)*(平均付加物ピーク高さ)
基体上の「パッド」および「スポット」という用語は、互いに交換可能である。平均付加物ピーク高さに対する標準偏差はすべてのマトリックスに対して低くて同等であり、表中には報告されていない。
RhDおよびAMG遺伝子における多型性に向けられた、検証されたSequenom遺伝子型同定アッセイを用いて、付加的な実験を行なった。これらのアッセイはiPLEX(商標)アッセイおよびMassARRAY(登録商標)技術を用いて行なわれた(Jurinke,C.,Oeth,P.,van den Boom,D.,MALDI−TOF mass spectrometry:a versatile tool for high−performance DNA analysis.Mol.Biotechnol.26,147−164(2004);およびOeth,P.et al.,iPLEXTM Assay:Increased Plexing Efficiency and Flexibility for MassARRAY(登録商標)System through single base primer extension with mass−modified Terminators.SEQUENOM Application Note(2005)、どちらもこれにより引用により援用される)。簡単には、SNPを囲む標的領域が最初にPCRによって増幅される。その後、PCR産物にオリゴヌクレオチドプライマーをアニーリングし、4つのターミネーターヌクレオチドの混合物とDNAポリメラーゼとを用いて、対立遺伝子特異的に単一ヌクレオチドだけ伸長させる。伸長産物を小型化したチップアレイに移し、MALDI−TOF質量分析法によって分析する。伸長産物の分子量を決定することによって、サンプル中に存在するSNP対立遺伝子の明確な同定が可能になる。質量シグナルのピーク面積比によって、所与のサンプル中の対立遺伝子の相対的存在量の推定が可能になる。
付加物形成を低減して疑陽性コールを排除することの重要性は、RHD−4−psi3−i遺伝子型同定アッセイの結果を示す図3および図4に明瞭に示されている。7626Daのピークは、標準マトリックスに対して報告されるような挿入(図3)ではなく、7571Daの伸長産物に対する55Da(NH3+K)付加物である。この付加物は新しいマトリックスにおいては明瞭に除去されている(図4)。
マトリックスおよび分析物に対する添加剤
新しい、アスコルビン酸で変更したマトリックスを、分析物溶液(8289DaのAMGプライマー伸長産物)に加えられたアスコルビン酸とも組合せてテストした。実施例1および実施例2の表2〜6にみられるとおり、アスコルビン酸を分析物に加えるか、または標準マトリックスと組合せることによって、アンモニアおよびナトリウム付加物が大きく低減した。下の表7を参照。標準マトリックスにおいてはアスコルビン酸処理分析物に対して43%の減少があり、新しいマトリックス上に堆積されたアスコルビン酸処理分析物に対しては57%の減少があった(未処理マトリックス上に分配された未処理分析物との比較)。
安定性テスト
6ヵ月の期間にわたり、4つの安定性テストを行なって、時間によるアスコルビン酸の付加物低減特性を定めた。テストされたマトリックスの性能が時間経過によって減少することは示されなかった。その代わりに、アンモニアおよびアルカリ付加物に対して得られたSNRおよび一定の付加物形成スコアから、アスコルビン酸と組合せた3−HPAおよびその添加剤DAC、NH4−オキサレートの安定性が確認された。
Claims (31)
- 質量分析基体であって、
スポットのアレイを含む支持体を含み、
該スポットの一部または全ては、質量分析条件下で形成される付加物の量を低減させる量のアスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化(MALDI)質量分析法のためのマトリックスを含む、基体。 - 各スポットは直径が200マイクロメーターから1ミリメーターである、請求項1に記載の基体。
- スポットの中心間距離が約2.25ミリメートルである、請求項1または2に記載の基体。
- スポットの中心間距離が約1.125ミリメートルである、請求項1または2に記載の基体。
- 各スポットの厚さが10マイクロメートルから100マイクロメートルである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の基体。
- 前記マトリックスがアスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体からなる、請求項1〜5のいずれか1項に記載の基体。
- 前記スポットの一部または全てが核酸分析物を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載の基体。
- 前記核酸がデオキシリボ核酸である、請求項7に記載の基体。
- 前記核酸がリボ核酸である、請求項7に記載の基体。
- 前記マトリックスが5mMから50mMのアスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む、請求項1〜9のいずれか1項に記載の基体。
- 前記マトリックスが5mMから50mMのアスコルビン酸を含む、請求項10に記載の基体。
- 前記マトリックスが3−ヒドロキシピコリン酸(3−HPA)を含む、請求項1〜11のいずれか1項に記載の基体。
- 前記マトリックスがクエン酸ジアンモニウム(DAC)を含む、請求項1〜12のいずれか1項に記載の基体。
- 前記支持体がビーズ、チップ、毛細管、プレート、膜、ウエハ、コーム、ピン、ピットを有するウエハ、ピットもしくはナノリットルウェルのアレイおよび実質的に平坦な表面からなる群より選択される、請求項1〜13のいずれか1項に記載の基体。
- 前記支持体がシリコンウエハである、請求項1〜14のいずれか1項に記載の基体。
- 前記支持体が、親水性位置を囲む疎水性領域を有する実質的に平坦な表面であり、該位置の一部または全てがスポットを含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の基体。
- 前記アスコルビン酸の類似体が以下の式:
に従うものであり、ここで:
R1およびR2は独立にOH、ハロゲン、R3、OR3、アジド、シアノ、CH2R3、CHR3R4、SR3、NR3R4であり;そして
R3およびR4は独立にH、アルキル、アセチレンもしくはシアノ、または任意に置換されたアリール炭素環式環、アリール複素環、非アリール炭素環式環もしくは非アリール複素環である、請求項1〜10および12〜16のいずれか1項に記載の基体。 - 質量分析計および請求項1〜17のいずれか1項に記載の質量分析基体を備える、質量分析システム。
- 方法であって、
(a)核酸と、アスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む添加剤とを含む組成物を提供するステップと
(b)質量分析法によって該核酸を分析するステップと
を包含し、ここで、質量分析条件下で形成される付加物が低減される、方法。 - 前記添加剤がアスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体からなる、請求項19に記載の方法。
- 前記添加剤がアスコルビン酸からなる、請求項20に記載の方法。
- 前記添加剤がシュウ酸アンモニウムをさらに含む、請求項19または20のいずれか1項に記載の方法。
- 前記核酸がデオキシリボ核酸である、請求項19〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 前記核酸がリボ核酸である、請求項19〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 前記質量分析法が、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型(MALDI−TOF)質量分析法、レーザー脱離質量分析法(LDMS)、エレクトロスプレー(ES)質量分析法、イオンサイクロトロン共鳴(ICR)質量分析法、およびフーリエ変換質量分析法からなる群より選択される、請求項19〜24のいずれか1項に記載の方法。
- 前記組成物がマトリックス支援レーザー脱離/イオン化(MALDI)質量分析法用のマトリックスを含む、請求項19〜25のいずれか1項に記載の方法。
- 前記マトリックスが3−ヒドロキシピコリン酸(3−HPA)を含む、請求項26に記載の方法。
- 前記マトリックスがクエン酸ジアンモニウム(DAC)を含む、請求項26に記載の方法。
- 前記組成物が5mMから50mMのアスコルビン酸またはその塩、互変異性体もしくは類似体を含む、請求項19〜28のいずれか1項に記載の方法。
- 前記組成物が5mMから50mMのアスコルビン酸を含む、請求項19〜28のいずれか1項に記載の方法。
- 前記アスコルビン酸の類似体が以下の式:
に従うものであり、ここで:
R1およびR2は独立にOH、ハロゲン、R3、OR3、アジド、シアノ、CH2R3、CHR3R4、SR3、NR3R4であり;そして
R3およびR4は独立にH、アルキル、アセチレンもしくはシアノ、または任意に置換されたアリール炭素環式環、アリール複素環、非アリール炭素環式環もしくは非アリール複素環である、請求項19、20および22〜29のいずれか1項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US12/014,671 | 2008-01-15 | ||
| US12/014,671 US7888127B2 (en) | 2008-01-15 | 2008-01-15 | Methods for reducing adduct formation for mass spectrometry analysis |
| PCT/US2009/031020 WO2009091841A2 (en) | 2008-01-15 | 2009-01-14 | Compositions and processes for improved mass spectrometry analysis |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2013095670A Division JP5651842B2 (ja) | 2008-01-15 | 2013-04-30 | 改善された質量分析法分析のための組成物およびプロセス |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2011510272A JP2011510272A (ja) | 2011-03-31 |
| JP2011510272A5 JP2011510272A5 (ja) | 2012-01-12 |
| JP5400799B2 true JP5400799B2 (ja) | 2014-01-29 |
Family
ID=40850960
Family Applications (3)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2010542434A Active JP5400799B2 (ja) | 2008-01-15 | 2009-01-14 | 改善された質量分析法分析のための組成物およびプロセス |
| JP2013095670A Expired - Fee Related JP5651842B2 (ja) | 2008-01-15 | 2013-04-30 | 改善された質量分析法分析のための組成物およびプロセス |
| JP2014056293A Pending JP2014122922A (ja) | 2008-01-15 | 2014-03-19 | 改善された質量分析法分析のための組成物およびプロセス |
Family Applications After (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2013095670A Expired - Fee Related JP5651842B2 (ja) | 2008-01-15 | 2013-04-30 | 改善された質量分析法分析のための組成物およびプロセス |
| JP2014056293A Pending JP2014122922A (ja) | 2008-01-15 | 2014-03-19 | 改善された質量分析法分析のための組成物およびプロセス |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (6) | US7888127B2 (ja) |
| EP (2) | EP2242561B1 (ja) |
| JP (3) | JP5400799B2 (ja) |
| KR (1) | KR101733248B1 (ja) |
| CN (2) | CN106404879B (ja) |
| AU (2) | AU2009205404B2 (ja) |
| CA (1) | CA2711943C (ja) |
| EA (1) | EA017342B1 (ja) |
| ES (2) | ES2601359T3 (ja) |
| WO (1) | WO2009091841A2 (ja) |
Families Citing this family (24)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7888127B2 (en) | 2008-01-15 | 2011-02-15 | Sequenom, Inc. | Methods for reducing adduct formation for mass spectrometry analysis |
| US8110797B2 (en) * | 2009-02-06 | 2012-02-07 | Florida State University Research Foundation, Inc. | Electrospray ionization mass spectrometry methodology |
| JP5895694B2 (ja) * | 2012-05-11 | 2016-03-30 | 株式会社島津製作所 | マトリックス支援レーザ脱離イオン化質量分析用マトリックス |
| EP3300015B1 (en) * | 2013-03-12 | 2019-08-14 | Panacea Biomatx Inc. | System for making customized formulations for individuals |
| US9305756B2 (en) | 2013-03-13 | 2016-04-05 | Agena Bioscience, Inc. | Preparation enhancements and methods of use for MALDI mass spectrometry |
| US10451544B2 (en) | 2016-10-11 | 2019-10-22 | Genotox Laboratories | Methods of characterizing a urine sample |
| CN106483191B (zh) * | 2016-10-27 | 2019-03-08 | 吉林大学 | 一种通过消除甜点效应提高质谱检测重复性的方法 |
| CN108051503A (zh) * | 2017-10-31 | 2018-05-18 | 北京毅新博创生物科技有限公司 | 改善质谱检测微生物结晶的方法及产品 |
| CN107884466A (zh) * | 2017-10-31 | 2018-04-06 | 北京毅新博创生物科技有限公司 | 校正质谱检测微生物样品的准确率的方法及产品 |
| CN108008003A (zh) * | 2017-10-31 | 2018-05-08 | 北京毅新博创生物科技有限公司 | 改善质谱检测核酸结晶的方法及产品 |
| CN108008002A (zh) * | 2017-10-31 | 2018-05-08 | 北京毅新博创生物科技有限公司 | 校正质谱检测核酸样品的准确率的方法及产品 |
| CN107907585A (zh) * | 2017-11-09 | 2018-04-13 | 广州禾信康源医疗科技有限公司 | 靶板及其制作方法 |
| CN108845023A (zh) * | 2018-03-30 | 2018-11-20 | 清华大学 | 一种激光解吸附离子化质谱检测方法 |
| CN109541012A (zh) * | 2018-11-23 | 2019-03-29 | 杭州汇健科技有限公司 | 一种用于质谱分析的通用型纳米芯片及其制备方法与应用 |
| CN110129893A (zh) * | 2019-03-25 | 2019-08-16 | 为康(苏州)基因科技有限公司 | 一种芯片的制备方法及其应用 |
| KR102410207B1 (ko) * | 2020-03-06 | 2022-06-20 | 주식회사 우성제약 | 고성능 액체 크래마토그래피-질량분석기를 이용한 타우린아미드의 정량 분석 방법 |
| CN112316847A (zh) * | 2020-11-11 | 2021-02-05 | 吉林大学 | 一种磷氮化合物的高温高压合成方法 |
| CN113447560B (zh) * | 2021-05-24 | 2022-12-09 | 上海交通大学 | 一种基于金属离子加成的小分子代谢物碎裂控制方法及应用 |
| CN116297805A (zh) * | 2023-02-28 | 2023-06-23 | 厦门金诺花生物技术有限公司 | 用于maldi-ms的核酸基质溶液及其制备 |
| CN116660359A (zh) * | 2023-05-19 | 2023-08-29 | 中元汇吉生物技术股份有限公司 | 一种质谱分析用组合物、芯片及其应用 |
| CN117074509B (zh) * | 2023-07-31 | 2024-04-23 | 广东省农业科学院农业生物基因研究中心 | 一种基于核壳纳米材料检测类胡萝卜素的质谱方法 |
| CN117368300B (zh) * | 2023-11-14 | 2024-08-09 | 浙江迪谱诊断技术有限公司 | 核酸质谱基质的试剂组合及其制备方法和应用 |
| WO2025144071A1 (ru) * | 2023-12-28 | 2025-07-03 | Общество с ограниченной ответственностью "Ионоскоп" | Времяпролетный масс-анализатор |
| CN120168526A (zh) * | 2024-07-05 | 2025-06-20 | 齐鲁工业大学(山东省科学院) | 一种降尿酸益生菌及产品 |
Family Cites Families (87)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0612994A3 (de) * | 1993-02-26 | 1996-03-06 | Ciba Geigy Ag | Matrix für die matrix-unterstützte Laserdesorptions-Massenspektroskopie. |
| CN1202260C (zh) | 1996-01-23 | 2005-05-18 | 佳根基因组学公司 | 利用大小分离技术分析核酸分子的方法和组合物 |
| CA2248084A1 (en) | 1996-03-04 | 1997-09-12 | Genetrace Systems, Inc. | Methods of screening nucleic acids using mass spectrometry |
| DE19618032C2 (de) | 1996-05-04 | 2000-04-13 | Bruker Daltonik Gmbh | Lagerfähig vorpräparierte Maldi-Probenträger |
| US5786146A (en) * | 1996-06-03 | 1998-07-28 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
| ATE464123T1 (de) * | 1997-06-20 | 2010-04-15 | Univ New York | Elektrosprühen von lösungen zur massenherstellung von chips und molekülbibliotheken |
| AU738237B2 (en) | 1997-07-22 | 2001-09-13 | Qiagen Genomics, Inc. | Methods and compositions for analyzing nucleic acid molecules utilizing sizing techniques |
| DE19754978C2 (de) | 1997-12-11 | 2000-07-13 | Bruker Daltonik Gmbh | Probenträger für die MALDI-Massenspektrometrie nebst Verfahren zur Herstellung der Platten und zum Aufbringen der Proben |
| US6723564B2 (en) * | 1998-05-07 | 2004-04-20 | Sequenom, Inc. | IR MALDI mass spectrometry of nucleic acids using liquid matrices |
| US6037118A (en) * | 1998-05-14 | 2000-03-14 | University Of Maryland Baltimore County | Viral characterization by direct detection of capsid proteins |
| EP1144127A1 (de) | 1998-12-24 | 2001-10-17 | Bayer Aktiengesellschaft | Verfahren zur herstellung einer ultraphoben oberfläche durch sandstrahlen |
| KR100689730B1 (ko) | 1998-12-24 | 2007-03-09 | 키아겐 게엠베하 | 초소성 표면 |
| AU5716300A (en) * | 1999-06-25 | 2001-01-31 | Academisch Ziekenhuis Bij De Universiteit Van Amsterdam | Method for scavenging radicals with urocanic acid, derivatives and analogues |
| US6454924B2 (en) | 2000-02-23 | 2002-09-24 | Zyomyx, Inc. | Microfluidic devices and methods |
| CA2301451A1 (en) * | 2000-03-20 | 2001-09-21 | Thang T. Pham | Method for analysis of analytes by mass spectrometry |
| DE10043042C2 (de) | 2000-09-01 | 2003-04-17 | Bruker Daltonik Gmbh | Verfahren zum Belegen eines Probenträgers mit Biomolekülen für die massenspektrometrische Analyse |
| AU2002227305A1 (en) * | 2000-10-27 | 2002-05-06 | Microbiosciences, Inc. | Micro storage, reaction and detection cells and methods and apparatus for use thereof |
| US20020142483A1 (en) * | 2000-10-30 | 2002-10-03 | Sequenom, Inc. | Method and apparatus for delivery of submicroliter volumes onto a substrate |
| US20060051741A1 (en) | 2002-10-04 | 2006-03-09 | Protosera Inc. | Plate for mass spectrometry, process for preparing the same and use thereof |
| DE10112515B4 (de) * | 2001-03-09 | 2004-02-12 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern mit hoher Sensitivität |
| WO2004072616A2 (en) | 2003-02-10 | 2004-08-26 | Waters Investments Limited | A sample preparation plate for mass spectrometry |
| GB0120131D0 (en) | 2001-08-17 | 2001-10-10 | Micromass Ltd | Maldi target plate |
| US20030100082A1 (en) * | 2001-10-31 | 2003-05-29 | Mary Ann Lila | Methods for isolation of proanthocyanidins from flavonoid-producing cell culture |
| US20030141253A1 (en) * | 2001-12-07 | 2003-07-31 | Bihan Thierry Le | Apparatus for efficient liquid chromatography/mass spectrometry processing |
| SE0202415D0 (sv) | 2001-12-11 | 2002-08-13 | Thomas Laurell | Dockable processing module |
| WO2003071274A1 (de) | 2002-02-22 | 2003-08-28 | Sunyx Surface Nanotechnologies Gmbh | Verwendung von ultraphoben oberflächen mit einer vielzahl hydrophiler bereiche zur analyse von proben |
| AU2003220291A1 (en) * | 2002-03-15 | 2003-09-29 | Epigenomics Ag | Discovery and diagnostic methods using 5-methylcytosine dna glycosylase |
| WO2003091692A2 (en) * | 2002-04-23 | 2003-11-06 | California Institute Of Technology | Methods for evaluation of in vitro aminoacyl trna production using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry |
| JP2005526972A (ja) * | 2002-05-02 | 2005-09-08 | シファーゲン バイオシステムズ, インコーポレイテッド | 多糖系ヒドロゲルをコーティングした表面を有するバイオチップ |
| US7105809B2 (en) * | 2002-11-18 | 2006-09-12 | 3M Innovative Properties Company | Microstructured polymeric substrate |
| CA2507189C (en) * | 2002-11-27 | 2018-06-12 | Sequenom, Inc. | Fragmentation-based methods and systems for sequence variation detection and discovery |
| US20040122598A1 (en) * | 2002-12-18 | 2004-06-24 | Ecker David J. | Secondary structure defining database and methods for determining identity and geographic origin of an unknown bioagent in food products and cosmetics thereby |
| US6822230B2 (en) | 2002-12-23 | 2004-11-23 | Agilent Technologies, Inc. | Matrix-assisted laser desorption/ionization sample holders and methods of using the same |
| JP4074921B2 (ja) | 2003-03-14 | 2008-04-16 | 日本電気株式会社 | 質量分析システムおよび分析方法 |
| US7442542B2 (en) | 2003-03-24 | 2008-10-28 | Agency For Science, Technology And Research | Shallow multi-well plastic chip for thermal multiplexing |
| US6891156B2 (en) | 2003-04-30 | 2005-05-10 | Perkin Elmer Instruments Llc | Sample plate for matrix-assisted laser desorption and ionization mass spectrometry |
| US20060183128A1 (en) * | 2003-08-12 | 2006-08-17 | Epigenomics Ag | Methods and compositions for differentiating tissues for cell types using epigenetic markers |
| US7019288B2 (en) | 2003-09-30 | 2006-03-28 | Sequenom, Inc. | Methods of making substrates for mass spectrometry analysis and related devices |
| JP4532874B2 (ja) * | 2003-10-07 | 2010-08-25 | キヤノン株式会社 | 質量分析可能な原子群を構成単位とする鎖状構造を有する分子に対して付加情報を付与して、情報記録コードとして利用する方法 |
| US20050133715A1 (en) * | 2003-12-23 | 2005-06-23 | Applied Biosystems | Matrix with noise reduction additive and disposable target containing the same |
| EP1700327A4 (en) | 2003-12-31 | 2010-05-05 | Ionwerks Inc | MALDI-IM-ORTHO-TOF MASS SPECTROMETRY WITH SIMULTANEOUS POSITIVE AND NEGATIVE MODE DETECTION |
| JP2005221250A (ja) | 2004-02-03 | 2005-08-18 | Jeol Ltd | 質量スペクトルの解析方法および装置 |
| US20050178959A1 (en) | 2004-02-18 | 2005-08-18 | Viorica Lopez-Avila | Methods and compositions for assessing a sample by maldi mass spectrometry |
| US7985424B2 (en) * | 2004-04-20 | 2011-07-26 | Dendritic Nanotechnologies Inc. | Dendritic polymers with enhanced amplification and interior functionality |
| US20060023808A1 (en) * | 2004-05-17 | 2006-02-02 | Hajivandi Mahbod R | Compositions, kits, and methods for calibration in mass spectrometry |
| US20060243899A1 (en) * | 2004-05-24 | 2006-11-02 | Shimadzu Corporation | Method for selective measurement of specific substances from a mixture by maldi mass spectrometry |
| US20060110833A1 (en) | 2004-09-09 | 2006-05-25 | Agnes George R | Method and apparatus for coupling an analyte supply to an electrodynamic droplet processor |
| WO2006047614A2 (en) * | 2004-10-26 | 2006-05-04 | Invitrogen Corporation | Compositions and methods for analyzing biomolecules using mass spectroscopy |
| EP1830184B1 (en) | 2004-10-29 | 2010-12-15 | Japan Science and Technology Agency | Substrate for maldi-tof ms and mass spectrometry method using the same |
| US20060094065A1 (en) * | 2004-10-30 | 2006-05-04 | Viorica Lopez-Avila | Methods of analyzing a sample by MALDI-mass spectrometry |
| EP1817430B1 (en) | 2004-11-29 | 2009-09-16 | Klinikum der Universität Regensburg | Means and methods for detecting methylated dna |
| KR100544860B1 (ko) | 2005-02-07 | 2006-01-24 | (주)프로테오니크 | 시료 플레이트 및 이의 제조방법 |
| EP1869222A4 (en) * | 2005-04-15 | 2010-01-20 | Oncomethylome Sciences S A | METHYLATION MARKERS FOR THE DIAGNOSIS AND TREATMENT OF CANCER |
| US7351959B2 (en) | 2005-05-13 | 2008-04-01 | Applera Corporation | Mass analyzer systems and methods for their operation |
| US20080023630A1 (en) | 2005-11-22 | 2008-01-31 | Ciphergen Biosystems Inc. | Polymer probe doped with conductive material for mass spectrometry |
| GB0524782D0 (en) * | 2005-12-05 | 2006-01-11 | Chiron Srl | Analysis of samples |
| EP1814137A3 (en) | 2006-01-27 | 2008-04-23 | Sony DADC Austria AG | Mass spectrometry target assembly |
| JP4732951B2 (ja) * | 2006-05-22 | 2011-07-27 | 株式会社島津製作所 | Maldi用サンプル調製方法及び質量分析方法 |
| EP3260556B1 (en) | 2006-05-31 | 2019-07-31 | Sequenom, Inc. | Methods for the extraction of nucleic acid from a sample |
| AU2007260750A1 (en) | 2006-06-16 | 2007-12-21 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for the amplification, detection and quantification of nucleic acid from a sample |
| US8262900B2 (en) * | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
| LT2557517T (lt) * | 2007-07-23 | 2023-01-10 | The Chinese University Of Hong Kong | Nukleino rūgščių sekos disbalanso nustatymas |
| WO2009032779A2 (en) | 2007-08-29 | 2009-03-12 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for the size-specific seperation of nucleic acid from a sample |
| WO2009032781A2 (en) | 2007-08-29 | 2009-03-12 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for universal size-specific polymerase chain reaction |
| AU2008308457A1 (en) | 2007-10-04 | 2009-04-09 | Halcyon Molecular | Sequencing nucleic acid polymers with electron microscopy |
| EP2217930B1 (en) | 2007-10-24 | 2013-03-06 | Tallinn University Of Technology | Maldi ms-based high-throughput screening method for substances inhibiting aggregation of alzheimer's amyloid beta peptides |
| US7888127B2 (en) | 2008-01-15 | 2011-02-15 | Sequenom, Inc. | Methods for reducing adduct formation for mass spectrometry analysis |
| WO2009120808A2 (en) * | 2008-03-26 | 2009-10-01 | Sequenom, Inc. | Restriction endonuclease enhanced polymorphic sequence detection |
| EP2106858B1 (en) | 2008-03-31 | 2011-11-02 | Sony DADC Austria AG | Substrate and target plate |
| WO2010004265A1 (en) | 2008-07-07 | 2010-01-14 | Oxford Nanopore Technologies Limited | Enzyme-pore constructs |
| US8476013B2 (en) * | 2008-09-16 | 2013-07-02 | Sequenom, Inc. | Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses |
| EP3770255A1 (en) | 2008-09-16 | 2021-01-27 | Sequenom, Inc. | Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses |
| JP2010078482A (ja) | 2008-09-26 | 2010-04-08 | Fujifilm Corp | 質量分析用基板および質量分析方法 |
| WO2010062914A1 (en) * | 2008-11-26 | 2010-06-03 | The Johns Hopkins University | Methods for identifying cancer risk |
| JP5317054B2 (ja) | 2008-12-26 | 2013-10-16 | 大日本塗料株式会社 | 質量分析用基板及びその製造方法並びに質量分析法 |
| EP3514244B1 (en) | 2009-04-03 | 2021-07-07 | Sequenom, Inc. | Nucleic acid preparation methods |
| US20110028333A1 (en) * | 2009-05-01 | 2011-02-03 | Brown University | Diagnosing, prognosing, and early detection of cancers by dna methylation profiling |
| US10388403B2 (en) * | 2010-01-19 | 2019-08-20 | Verinata Health, Inc. | Analyzing copy number variation in the detection of cancer |
| WO2011143659A2 (en) | 2010-05-14 | 2011-11-17 | Fluidigm Corporation | Nucleic acid isolation methods |
| EP2598560A2 (en) | 2010-07-30 | 2013-06-05 | Sony Corporation | A polymeric substrate having a glass-like surface and a chip made of said polymeric substrate |
| EP2416345A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-08 | Philips Intellectual Property & Standards GmbH | Particle-based matrix carriers for mass spectrometry |
| US8610058B2 (en) | 2010-11-03 | 2013-12-17 | University Of North Texas | Silver and silver nanoparticle MALDI matrix utilizing online soft landing ion mobility |
| WO2012149339A2 (en) | 2011-04-29 | 2012-11-01 | Sequenom, Inc. | Quantification of a minority nucleic acid species |
| GB2493179B (en) | 2011-07-26 | 2018-09-05 | Kratos Analytical Ltd | MALDI sample preparation methods and targets |
| US9136099B2 (en) | 2012-07-04 | 2015-09-15 | Sony Dadc Austria Ag | Method and substrates for forming crystals |
| US9305756B2 (en) * | 2013-03-13 | 2016-04-05 | Agena Bioscience, Inc. | Preparation enhancements and methods of use for MALDI mass spectrometry |
| WO2015022172A1 (en) | 2013-08-14 | 2015-02-19 | Sony Dadc Austria Ag | Microfluidic device |
-
2008
- 2008-01-15 US US12/014,671 patent/US7888127B2/en active Active
-
2009
- 2009-01-14 EP EP09702741.1A patent/EP2242561B1/en not_active Not-in-force
- 2009-01-14 ES ES09702741.1T patent/ES2601359T3/es active Active
- 2009-01-14 AU AU2009205404A patent/AU2009205404B2/en not_active Ceased
- 2009-01-14 JP JP2010542434A patent/JP5400799B2/ja active Active
- 2009-01-14 EA EA201070855A patent/EA017342B1/ru not_active IP Right Cessation
- 2009-01-14 EP EP16181300.1A patent/EP3138623B1/en active Active
- 2009-01-14 CN CN201610753002.7A patent/CN106404879B/zh active Active
- 2009-01-14 KR KR1020107017996A patent/KR101733248B1/ko not_active Expired - Fee Related
- 2009-01-14 CN CN2009801088642A patent/CN101965221A/zh active Pending
- 2009-01-14 WO PCT/US2009/031020 patent/WO2009091841A2/en not_active Ceased
- 2009-01-14 CA CA2711943A patent/CA2711943C/en not_active Expired - Fee Related
- 2009-01-14 ES ES16181300T patent/ES2697408T3/es active Active
-
2011
- 2011-01-07 US US12/986,975 patent/US9310378B2/en active Active
-
2013
- 2013-04-30 JP JP2013095670A patent/JP5651842B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2014
- 2014-03-19 JP JP2014056293A patent/JP2014122922A/ja active Pending
- 2014-06-19 AU AU2014203336A patent/AU2014203336B2/en not_active Ceased
-
2016
- 2016-03-09 US US15/065,739 patent/US9873912B2/en active Active
-
2017
- 2017-12-13 US US15/840,432 patent/US10329612B2/en active Active
-
2019
- 2019-05-06 US US16/404,582 patent/US12077819B2/en active Active
-
2024
- 2024-08-29 US US18/819,941 patent/US20250115955A1/en active Pending
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US20250115955A1 (en) | Compositions and processes for improved mass spectrometry analysis | |
| US6104028A (en) | Volatile matrices for matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry | |
| CA2302036C (en) | Volatile matrices for matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry | |
| Sarracino et al. | Quantitative MALDI-TOF MS of oligonucleotides and a nuclease assay | |
| JP2011510272A5 (ja) | ||
| CN112326852B (zh) | 一种1-芘甲醛的应用及生物小分子的检测方法 | |
| HK1233995A1 (en) | Compositions and processes for improved mass spectrometry analysis | |
| HK1146536B (en) | Compositions and processes for improved mass spectrometry analysis | |
| Gut | Depurination of DNA and matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry | |
| JP2003098151A (ja) | Maldi−tof質量分析法のためのマトリックス | |
| US20110101217A1 (en) | Mass Spectrometric Method for Matrix-Free Laser Desorption/Ionization of Self-Assembled Monolayers | |
| Smirnov | UV MALDI for DNA Analysis and the Developments in Sample Preparation Methods | |
| Bahr et al. | MALDI Mass Analysis of Oligonucleotides |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20111116 |
|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20111116 |
|
| A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20121129 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20121227 |
|
| A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130321 |
|
| A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130328 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130430 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20131022 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20131025 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5400799 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
| S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313113 |
|
| R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |