JPH01503356A - 非ウイルス微生物の検出及び／又は定量用核酸プローブ - Google Patents

非ウイルス微生物の検出及び／又は定量用核酸プローブ

Info

Publication number
JPH01503356A
JPH01503356A JP63500453A JP50045387A JPH01503356A JP H01503356 A JPH01503356 A JP H01503356A JP 63500453 A JP63500453 A JP 63500453A JP 50045387 A JP50045387 A JP 50045387A JP H01503356 A JPH01503356 A JP H01503356A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
sequence
nucleic acid
probe
rrna
nucleotide polymer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP63500453A
Other languages
English (en)
Other versions
JP3116353B2 (ja
Inventor
ホーガン，ジエームス・ジヨン
スミス，リチヤード・ダナ
コツプ，ジヨ・アン
マクドナウ，シエロル・ホウフア
Original Assignee
ジエン‐プローブ・インコーポレイテツド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=27156535&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=JPH01503356(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by ジエン‐プローブ・インコーポレイテツド filed Critical ジエン‐プローブ・インコーポレイテツド
Publication of JPH01503356A publication Critical patent/JPH01503356A/ja
Priority claimed from AU83882/91A external-priority patent/AU651371B2/en
Application granted granted Critical
Publication of JP3116353B2 publication Critical patent/JP3116353B2/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Lifetime legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 非ウィルス有機体の検出及び／または定量用核酸プローブ免肚些ＬＬ １、Ｌ哩些Ｌ４ 本発明は、ＲＮＡのごとき遺伝子材料の使用に基づくプローブ及びアッセイに係 る。より詳細には本発明は、被検標本、例えば痰、尿、血液、組織切片、食品、 土壌及び水中の標的非ウィルス微生物を検出及び／又は定量するアッセイで使用 するための核酸プローブの設計及び構築、並びに該プローブと標的非ウィルス有 機体（微生物）の遺伝子材料とのハイブリダイゼーションに係る。
２、」ｌ ヌクレオチドから成る核酸の２本の単鎖は、結合（「ハイブリダイズ」）シて二 重螺旋構造を形成し得る。該構造中では対向方向を指向する２つのポリヌクレオ チド鎖が、中央に位置する「塩基」として公知の整合した化合物対の間で水素結 合（弱い形態の化学結合）によって互いに結合されている。一般に核酸の二重螺 旋構造においては、例えばアデニン塩基（＾）はチミン塩基（Ｔ）又はウラシル 塩基（Ｕ）と水素結合し、またグアニン塩基（Ｇ）はシトシン塩基（Ｃ）と水素 結合する。従って鎖に沿ったいかなる点においても、塩基対＾Ｔ又は＾Ｕ、　Ｔ Ａ又はＵ＾、ＧＣ又はＣＧが検出される。また従来の（「基準形（ｃａｎｏｎｉ ｃａｌ）」）塩基対以外の塩基対ＡＣ及びＧｕも検出され得る。核酸の第１単鎖 が第２単鎖に十分に相補的であり、２本の鎖が両者のハイブリダイゼーションを 促進する条件下におかれたと想定すると、二重鎖核酸が得られるであろう、適当 な条件下でＤＮ＾／ＤＮ＾、ＲＮ＾／ＤＮ＾又はＲＮ＾／ＲＮ＾ハイブリッドが 形成され得る。
基本的な核酸ハイブリダイゼーション手順は概して２種類に大別される。その１ つは「溶液」ハイブリダイゼーション」として知られており、「プローブ」核酸 配列と被検標本由来の核酸分子との双方が溶液中に遊離している。いま１つの方 法では、標本核酸が通常は固体支持体に固定されプローブ配列が溶液中に遊離し ている。
プローブは、検出すべき核酸配列（「標的配列」）に対して特定されたある程度 まで相補的な単鎖核酸配列でもよい。
また、プローブが標識されていてもよい、特定核酸配列を検出するための手順と して核酸ハイブリダイゼーションが使用される従来技術に関しては、１９８３年 １月１０日付けの米国特許出願第４５６７２９号、ｒＭｅｔｈｏｄ　ｆｏｒ　Ｄ ｅｔｅｃｔｉｏｎ、　Ｉｄｅｎｔｉ−ｆｉｃａｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｑｕａｎｔｉ ｔａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｎｏｎ−Ｖｉｒａｌ　Ｏｒｇａｎｉｓａ＋ｓ」（Ｋｏｈｎ ｅ　Ｉ　）、及び、１９８４年９月４日付けの米国特許出願第６５５３６５号、 ｒＭｅｔｈｏｄ　ｆｏｒ　Ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ、　Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ　ａ ｎｄＱｕａｎｔｉｔａｔｉｎｇ　Ｏｒｇａｎｉｓｍｓ　ａｎｄ　Ｖｉｒｕｓｅｓ 」（Ｋｏｈｎｅｌｌ　）に記載されている。これらの特許出願の記載は本明細書 で言及する他の総ての出願と同様に本明細書に含まれるものとする。
前記出願はまた、ＲＮＡ含有微生物を含むと予想される標本中で該ＲＮＡ含有微 生物の存在を検出する方法を記載している。該方法は、サンプル由来の核酸と、 元のｒＲＮ＾ＲＮＡニット配列よりも短いが１種類以上の非ウィルス微生物又は 非ウィルス微生物群のｒＲＮ＾とハイブリダイズすべく十分に相補的な核酸分子 を含むプローブとを混合し、特定のハイブリダイゼーション条件下に混合物をイ ンキュベートし、得られた混合物中でプローブと被検標本ｒＲＮ八とのハイブリ ダイゼーションを検定するステップを含む、該特許出願においては、特定微生物 又は微生物群中に存在するｒＲＮ＾ＲＮＡニットサブ配列と同じか又は十分に類 似のｒＲＮ＾ＲＮＡニットサブ配列だけを検出するプローブが使用され、多くの 非近縁微生物の存在下でも標本中の１つ以上の特定微生物又は微生物群の有無を 検出できると記載している。
本発明は、任意の非ウィルス微生物群を検出及び／又は定量するアッセイにおい て非反復（特有）ｒＲＮ＾ＲＮＡ検出に使用するためのＤＮＡプローブを設計し 構築する新規な方法及び手段を提供する０本発明のプローブのいくつがは、非ウ ィルス微生物の単一種または菌株を検出及び／または定量するために使用され得 、残りのプローブは、属全体または所望の系統分類学的群の微生物を検出及び／ または定量するために使用され得る。
光訓ＬＩＬヌー プローブの調製及び使用方法において、特定の標的非ウィルス微生物由来のｒＲ Ｎ＾の存在又は量を測定し系統分類（発生）学的に最も近縁の既知の微生物から 識別するハイブリダイゼーションアッセイにおいては、所定長さをもつ特定配列 の単鎖デオキシオリゴヌクレオチドが使用される０本発明によれば、Ｍ　ｃｏｂ ａｅｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｓ、Ｍ　ｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｉｎｔｒａｅｅｌ ｌｕｌａｒｅ及びＭ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕ＋＊　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ− 複合細菌の夫々の１６Ｓ　ｒＲＮ＾ＲＮＡブ配列に夫々特異的で適当なストリン ジエンシー下に互いの核酸又は別の細菌種もしくは呼吸器怒染物質と交差反応し ないプローブ配列が提供される。また、Ｍ　ｅｏｂａｃｔｅｒｉｕａ＋　ｔｕｂ ｅｒｃｕｌｏｓｉｓ−複合細菌に由来の２３Ｓ　ｒＲＮＡ可変領域の３つのサブ 配列に特異的なプローブがｒＲＮ＾可変領域プローブとして提供される。これら のプローブは、Ｍ　ｃｏｂａｅｔｅｒｉｕ＋ｍ−属（１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮ ＾特異的）　、Ｍ阻−１１且リエＬ虹駄吐阻（５Ｓ及び１８Ｓ　ｒＲＮＡ特異的 ）、すｄμす旦ハエｔｒａｅｈｏｍａｔｉｓ（１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮ＾特異 的）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏ−ａｃａｅ（２３Ｓ　ｒＲＮ＾特異的 ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ（１６Ｓ　ｒＲＮ＾特異的）、し」土ｏ ｎｅｌ　Ｉａ（１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮ＾特異的）、５ａｌｓｏｎｅｌｌａ（ １６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮ＾特異的）、Ｅｎｔｅｒｏｅｏｃｃｉ（１６Ｓ　ｒＲ Ｎ＾特異的）、Ｎｅ１ｓｓｅｒｉａ　ｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（１６Ｓ　ｒＲＮ＾ 特異的）、Ｃａｎ　Ｉｏｂａｃｔｅｒ−（１６Ｓ　ｒＲＮＡ特異的）、Ｐｒｏｔ ｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ（２３Ｓ　ｒＲＮ＾特異的）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎ ａｓ（２３Ｓ　ｒＲＮ＾特異的）、菌類（１８Ｓ及び２８Ｓ　ｒＲＮ＾特異的） 及び細菌（１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮ＾特異的）のハイブリダイゼーションアッ セイにおいて有効なｒＲＮＡ可変領域プローブである。
アッセイ方法の１つの具体例においては、被検標本をまず、該標本中に存在する 非ウィルス微生物からｒＲＮＡが遊離する条件下に維持する。　ｒＲＮＡは単鎖 であり、従って遊離したｒＲＮＡは、十分に相補的な遺伝子材料とのハイブリダ イゼーションを生じ得る。標識可能なプローブと標的ｒＲＮ＾とを、溶液中で２ つの銀量のハイブリダイゼーションが促進される条件下に接触させる０次に、反 応混合物においてハイブリダイズした１０−ブの存在を検定する。従来技術に比 較した本発明の非ウィルス微生物検出方法の多くの利点、例えばその正確性、簡 便性、経済性及び迅速性等は以下の詳細な記載より更に十分に理解されるであろ う。
Ｉｃｒ）　１１ｔ＝ａ 第１図は、塩基の標準参照番号を示すＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉの細菌 １６Ｓ　ｒＲＮＡの一次構造のチャート図である。
第２図は、塩基の標準参照番号を示すＥｓｅｈｅｒｉｅｈｉａ　ｃｏｌｉの細菌 ２３Ｓ　ｒＲＮＡの一次構造のチャート図である。
第３図は、塩基の標準参照番号を示すＥｓｅｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉの細菌 ５Ｓ　ｒＲＮへの一次構造のチャート図である。
第４図は、塩基の標準参照番号を示すシリＡ九Ｂ幻迂−ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅの １８Ｓ　ｒＲＮＡの一次構造のチャート図である。
第５図は、塩基の標準参照番号を示すシじＡ１［四Ｕ幻じＩＣｅｒｅｖ　ｉｓ　 ｉａｅの２８Ｓ　ｒＲＮへの一次構造のチャート図である。
第６図は異なる１２の近縁微生物間の１６Ｓ　ｒＲＮへの異なる位置を（Ｅ、ｃ ｏｌｉの参照番号を使用して）示すダイヤグラムである０例えば実施例１で９９ ．７はＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｂｏｔｕｌｉｎｉｕｍとＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕ ｍ　ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅとの間の１６Ｓ　ｒＲＮへの差を示す。
第７図は異なる１２の近縁微生物間の２３Ｓ　ｒＲＮへの最初の１５００の塩基 の位置を（Ｅ、ｃｏｌｉの参照番号を使用して）示すダイヤグラムである。
第８図は異なる１２の近縁微生物間の２３Ｓ　ｒＲＮＡの末端塩基の位置を（Ｅ 、ｃｏｌｉ参照番号を使用して）示すダイヤグラムである。
第９図は１６Ｓ　ｒＲＮＡにハイブリダイズし得るプローブの位置を示す概略図 である。
第１０図は２３Ｓ　ｒＲＮへの最初の１５００の塩基とハイブリダイズし得るプ ローブの位置を示す概略図である。
第１１図は２３Ｓ　ｒＲＮへの末端塩基にハイブリダイズし得るプローブの位置 を示す概略図である。
詳ＪシむＩ朋− 本文中及び請求の範囲中で使用した用語を以下のごとく定義する。
Ｌムに艶ＬＬ ホスフェート基、５°炭素糖及び窒素含有塩基から成る核酸のサブユニット、　 ＲＮＡ中で５′炭素糖はリボースである。
ＤＮＡ中では２−デオキシリボースである。この用語はまたがかるサブユニット の類似体を含む。
ヌクレオ　ドポリマー ホスホジエステル結合によって結合した少なくとも２つのヌクレオチド。
土ユ迦シ仁しンオ」二り 一般には約１０〜約１００ヌクレオチドを含む長さのヌクレオチドポリマーであ るが、長さ１ｏｏヌクレオチド以上でも相補的な単鎖標的核酸配列と結合して二 重鎖分子（ハイブリッド）を形成し得る単鎖核酸配列、核酸プローブはオリゴヌ クレオチドでもよくまたはヌクレオチドポリマーで相補的塩基の間のワトソンー クリック塩基対合または非基準形塩基対合によって２つの単鎖核酸配列間に形成 される複合体。
ハイブリダイゼーション ２つの相補的な核酸鎖を結合させて二重鎖分子（ハイブリッド）を形成するプロ セス。
也ｉＬ 夫４．鎖ヮトソンークリック塩基対間の水素結合を介しテ２、イブリッドまたは 二重ＭＤＮ＾：ＤＮ＾、ＲＮＡ：ＲＮＡまたはＤＮＡ：１？ＮＡ　全形成するよ うに単ｇ　ＤＮＡまたはＲＮＡの塩基配列が与える特性、アデニン（＾）は通常 はチミジン（Ｔ）またはウラシル（Ｕ）と相補性（的）で、グアニン（Ｇ）は通 常はシトシン（Ｃ）と相補性（的）である。
スト１ンジエンシー（ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）ハイブリダイゼーション及びその 後の処理段階で使用される温度及び溶媒組成を規定する用語、高ストリンジエン シー条件下では高度に相同の核酸ハイブリッドだけが形成される。十分な相補度 をもたないハイブリッドは形成されない、従って、アッセイ条件のストリンジエ ンシーはハイブリッドを形成する２つの核酸鎖間の必要な相補的核酸量を決定す る。ストリンジエンシーは、標的核酸で形成されたハイブリッドと非標的核酸で 形成されたハイブリッドとの間の安定性の差を最大にするように選択される。
乙にＬ１１１ 標的配列と非標的配列とを識別するプローブの能力を規定する特性値、配列及び アッセイ条件に左右される。プローブ特異性は絶対的（即ち、標的微生物といか なる非標的微生物とをも識別し得るプローブ）でもよく、または機能的（即ち、 標的微生物と特定標本中に通常存在する別の微生物とを識別し得るプローブ）で もよい、使用条件次第で多くのプローブ配列を広い特異性または狭い特異性に使 用し得る。
死ヌＪｉｌ 標本中に含まれる標的微生物と非標的微生物との間で少なくとも１つの塩基が異 なるヌクレオチドポリマー。
」１」１ 可変でない領域。
ｍ（ｄ　ｉ　ｖ　ｅ　ｒ　ｇ　ｅ　ｎ　ｅ　ｅ　）進化中にヌクレオチドポリマ ーの類似性が減少するようなプロセス。
ｍ（ｃ　ｏ　ｎ　ｖ　ｅ　ｒ　ｇ　ｅ　ｎ　ｃ　ｅ　）進化中にヌクレオチドポ リマーの類似性が増加するよう３つの主要界の１つと考えられる系統分類学的真 正細菌群の構成単位。
５０％のプローブがハイブリダイズ形態から非ハイブリダイズ形態に変換される 温度。
４え支１ プローブ：標的ハイブリダイズの５０％が単鎖形態に変換される温度、熱安定性 に影響を与える要因はプローブ特異性に影響を与えるのでコントロールされる必 要がある。プローブ配列が特定タイプの微生物を１種類だけ検出するために有効 であるか否かは、プローブ：標的ハイブリッド（’Ｐ：ＴＪ）の熱安定性とプロ ーブ二非標的ハイブリッド（ｒＰ：ＮＴＪ）の熱安定性との差に依存する。プロ ーブを設計するときには、ＰＡＴのＴ−からＰＡＮＴのＴｍを減算した差ができ るだけ大きくな発明者等は、プローブ配列の新規な選択方法に加えて、単一タイ プの標的微生物から得られた特定ｒＲＮＡ配列に相補的なりＮ＾プローブを作製 し、該プローブを該単一微生物検出のための非交差反応アッセイにおいて有効に 使用し得ること、系統付票学的または系統発生学的に最も近縁の既知の微生物の 存在下においてもかかる検出が可能であることを知見した。ウィルスを除くすべ ての原核細胞微生物は、５Ｓ　ｒＲＮＡ及び１６Ｓ　ｒＲＮＡを含むｒＲＮ＾分 子及び２３Ｓ　ｒＲＮＡとして知られるより大きいｒＲＮＲＮＡを含有している 。真核細胞が５、Ｏ５，５，８Ｓ、１８Ｓ及び２８Ｓ　ｒＲＮ＾分子または類似 構造をもっことは知られている。　（１８Ｓ及び１７Ｓ　ｒＲＮＡを含む小さい リポソームサブユニット中で検出されるｒＲＮＡはときには「１６Ｓ様」なる用 語で摺移される。同様に大きいリポソームサブユニットで検出されるｒＲＮＡは ときには「２３８様」なる用語で摺移される。　５．８Ｓ　ｒＲＮＡは２３Ｓ様 ｒＲＮ＾の５°末端に等価である）、これまで検査されたすべての微生物におい てこれらのｒＲＮ＾分子は高度に保存されたヌクレオチド配列をもつ、これらの ｒＲＮ＾ＲＮＡ有意部分を決定し得る方法は公知である０例えば、長さ約２０〜 ３０塩基の相補的オリゴヌクレオチドプライマーを５Ｓ、１６Ｓ又は２３Ｓサブ ユニツトに特異的な精製ｒＲＨＡの共通保存領域にハイブリダイズさせ、逆転写 酵素で延長し得る。その後に化学分解反応又はジデオキシヌクレオチド末端化配 列決定反応を用いて延長産物のヌクレオチド配列を決定し得る。Ｌｉｎｅ、Ｄ、 　Ｊ、等、Ｐｒｏｃ、　Ｈａｔ’　ｌへｅａｄ、　Ｓｃｉ。
邦人８２．６９５５−６９５９（１９８５）　。
本発明によれば、標的微生物に由来の１つ以上の配列決定されたｒＲＮ＾ＲＮＡ 域を近縁の細菌種に由来の１つ以上のｒＲＮＡ可に領域配列と比較し、これを利 用して標的微生物のｒＲＮＡに特有の配列を選択する。細胞中での相対的存在量 及び安定性の見地及び系統分類学的保存パターンの見地がらプローブ標的として はｒＲＮＡがＤＮＡよりも好ましい。
ｒＲＮＡが高度に保存性であるにもかかわらず、ｒＲＮＲＮＡ中の多くの配列可 変領域は近縁種間でも異なっており、従って、これらの微生物種間の識別に利用 できることが判明した。　ｒＲＮ＾ＲＮＡの差異は分子全体にランダムには分布 せず特定領域に集中している。保存の程度にも差があり、リポソームＲＮＡサブ ユニットには特有の保存パターンが形成される。変異の程度及びその分布を分析 して診断用プローブの標的部位を検出することも可能である。このプローブ選択 方法を使用して標的微生物のｒＲＮＡに特有の２つ以上の配列を選択することも 可能である。
文献に発表されたｒＲＮ＾ＲＮＡび当業界で公知の手順で我々自身が決定したｒ ＲＮ＾ＲＮＡ比較分析によって可変領域を同定した。比較分析のためにＳｕ口Ｍ ｉｃｒｏｓｙｓｔｅ細ｓ（ＴＭ）コンピュータを使用した。コンパイラは多くの データ配列を同時に処理し得る。このタイプのコンピュータ及び本明細書に記載 の目的で使用または適用できるコンピュータプログラムは市販されている。
一般に１、系統分類学的に保存された属の近縁の種間を識別するために有効な領 域は少なく、例えば１６Ｓ　ｒＲＮＲＮＡの５”末端に由来の４００〜５００塩 基の領域がある。近縁の微生物の分析によって（第６，７及び８図）、近縁の微 生物間での差異が存在する特定位置（可変領域）が判明する。　ｒＲＮＲＮＡの これらの可変領域はプローブ設計の有望な候補である。
第５図、第６図及び第７図は、異なる２つの細菌間の１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮ Ａ中で両者間の類似量が減少する変異を示す。
これらの図のより詳細な分析によってこれらの近縁微生物間である種の潜在的パ ターンが判明する。検討したすべてのケースで、同一標本中で検出された標的微 生物と系統分類学的に最も近縁の微生物との間には有効なプローブを設計できる に十分な変異が存在することを知見した。更に、今日まで検討されたすべてのケ ースにおいて、同一標本中で検出された（１種類または複数種の）標的微生物と 系統分類学的に最も近縁の微生物との間の類似率は９０％〜９９％で゛あった。
注目すべきは、Ｎｅ１ｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅとＮｅｉｓｓｅｒ ｉａｍｅｎｉｇｉｔｉｄｉｓとが、ＤＮＡ：ＤＮＡ相同の研究ではこれらの２つ の種が実際には同一の種であると示唆されたにもかかわらず、両者のｒＲＮＡの 間にはプローブが設計できるに十分な変異が存在したことである（実施例２１参 照）。
これらの図はまた、差異が１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮＡの全体に分布しているこ とを示す、しかしながら差異の多くは少数の領域に集中している。　ｒＲＮＡ中 のこれらの場所は我々の常用のアッセイ条件でプローブ設計の有望な候補である 。我々はまた、変異の密度が大きい場所が通常は１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮＡの 同じ領域に同等の値の類似率で存在することに注目した。
このようにして、１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮＡのいくつかの領域は、同一標本中 で検出される標的微生物と系統分類学的に最も近縁の微生物との間の有意な変異 が最も存在し易い領域であることを観察した０本発明は、同一標本中で検出され る標的微生物と系統分類学的に最も近縁の微生物との間の有意な変異を示すこれ らの領域にハイブリダイズする種特異的プローブを提供する。
第９図、第１０図及び第１１図は本発明で提供されるプローブの場所を示す概略 説明図である。原則として１６Ｓ及び２３ＳのＲＮＡは約６ヌクレオチドの長さ をもつ配列より長い複製配列を含まないので、これらの方法によって設計された プローブは標的核酸の１つまたは少数の位置に特異的である。
（例えば最小１０ヌクレオチドの長さをもつ）各可変領域での配列進化の大部分 は分岐性であり収斂性ではない、従って、標的微生物と系統分類学的に最も近縁 の微生物との間で異なる少数のｒＲＮＡ配列に基づいて確実なプローブを設計し 得る。相同な一次構造、二次構造及び三次構造を進化中に維持するｒＲＮＲＮＡ に対する生物学的及び構造的制約とプローブ診断に対するかかる制約の影響とは これからの研究課題である。ｆＲ生物間の進化間隔が大きいほど微生物間の識別 に使用できる可変領域の数が増加する。
可変領域の同定後、配列を整列（ａｌｉｇｎ）させて最大相同の領域即ち「整合 」領域を検出する。ここで、潜在プローブ領域を同定できるように配列を解析す る。プローブ設計に関する２つの重要な条件は、（１つ以上の）標的配列に対す る相同を最大にしく９０％を上回る相同が好ましい）、（１つ以上の）非標的配 列に対する相同を最小にする（非標的に対する相同は９０％未満が好ましい）こ とである、所望の特性値をもつプローブを設計するために以下の方針が有効であ ることが確認された。
第一には、プローブはプローブ二非標的核酸ハイブリッドの安定性を最小にする ように位置決めされる必要がある。
二ツタめには、非標的微生物に対する完全相補性の長さを最小ニし、非標的配列 に相同のＧ及びＣに富む領域を回避し、できるだけ多くの不安定不適合を測定で きるようにプローブを配置する（例えば、ｄＧ：ｒＵ塩基対はいくつかの別の塩 基対よりも不安定である）。
第二には、プローブ：標的核酸ハイブリッドの安定性を最大にする必要がある。
このためには、＾及びＴに富む長い配列を回避し、ハイブリッドをＧ二〇塩基対 で終結させ、適当なＴ−をもつプローブを設計する。プローブの始点及び終点は 、最終アッセイでの使用温度よりも約２〜１０℃高いＴ＋＋＋を与える長さ及び Ｃの％及びＣの％が得られるように選択する６種々のアッセイ条件の重要性及び 効果は本文中で後述する。第三に、強力なハイブリダイゼーション阻害構造を形 成することがわかっているｒＲＮ＾の領域は好ましくない。
最後に、広汎な自己相補性をもつプローブは避ける必要がある。
いくつかのケースでは、所望のハイブリダイゼーション特性をもつプローブを生 じる特定領域から複数の配列が得られるかもしれない、また別のケースでは、１ つの配列は塩基１つの差異をもつ別の配列よりもはるかに優れているかもしれな い。
以下のチャートは本発明の１つの具体例として、近縁核酸配列の存在下に核酸配 列を検出するために有効な非反復ｒＲＮ＾配列の選択方法を示す、この具体例で は、微生物＾〜Ｅに関するｒＲＮ＾配列を決定し、番号を付けて整列させた。配 列１は微生物へ〜Ｅの全部に共通である。配列２〜６は微生物＾、Ｂ及びＣにだ け存在し、配列８，９または１０は微生物＾に特有である。従って、配列８．９ 及び１０に相補的なプローブは、微生物＾と特異的にハイブリダイズするであろ う。
１斤　、ａの　ｆ　六　パ　−ン ｆＬＩＬ　ｒ　ＲＮ譚１刀− Ａ　１２３４５６７８９１０ Ｂ１２　３　４　５　６　７１１１２１３Ｃ１２３４５６１４１５１６１７ Ｄ　１　１８　１９　２０　２１　２２　２３　２４　２５　２６Ｅ　１　１８ 　１９　２０　２１　２７　２８　２９　３０　３１高分子、例えばｒＲＮ＾の 変異パターンが既知の場合、プローブ設計の有望な候補を特定領域に絞ることが できる。しかしながら、プローブ配列を得るために必ずしも核酸配列全体を決定 する必要はない、任意の単一オリゴヌクレオチドプライマーからの延長によって ３００〜４００塩基の配列が得られる。標的微生物と標的に近縁の微生物とのｒ ＲＮ＾を部分的に配列決定するために単一プライマーを使用すると、上記のごと き整列（ａｌ　ｉｇｎｍｅｎｔ）を作成できる。要するに、有効なプライマー配 列が知見されれば、別のプライマーを使用してｒＲＮ＾の配列決定を継続する必 要はない、逆に、最初のプライマーによる配列決定から有効なプローブ配列が得 られないときまたはより高い感度のプローブを所望するときは、別のプライマー を使用して別の配列を探すとよい。
分子の変異パターンが十分にわかっていないときは、プローブ設計の前により多 （の配列データが必要である。
従って、後述の実施例１〜３においては、２つの１６Ｓ由来のプライマーを使用 した。第１プライマーは本発明で定義した判定基準に合格するプローブ配列を産 生じなかった。
第２プライマーは、前記のごとき特性決定及び特異性試験の結果有効であると判 定されたプライマーを産生じた。実施例４では、記載のプローブ配列を検出する までに６つの２３Ｓプライマーを使用した。
推定された非反復配列の同定後に、相補的ＤＮＡオリゴヌクレオチド、配列を合 成する。この単鎖オリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ／ｒＲＮ＾アッセイハイブリダ イゼーション反応のプローブとして機能するであろう、いくつかの公知方法いず れかを用いて特定オリゴヌクレオチドを合成し得る０例えばシアンエチルホスホ ラミジット前駆体を使用する自動固相体上でデオキシオリゴヌクレオチドを合成 する。水酸化アンモニウムで６０℃で１６時間処理することによって支持体から オリゴヌクレオチドを遊離させる。溶液を乾燥し、粗度生物を水に溶解し、ポリ アクリルアミドゲルで分離する。
ポリアクリルアミドゲルの濃度はフラグメントの長さ次第で一般に１０〜２０％ の範囲で調整する。紫外逆光で可視化される主バンドをカミソリ刃でゲルから切 り出し、室温の０．ＩＨ酢酸アンモニウムｐＨ７，０で８〜１２時間抽出する。
遠心後、０．４μフイルターで上清を濾過し、Ｐ−１０カラム（Ｐｈａｒｍａｃ 　ｉｔ）で脱塩する０合成オリゴヌクレオチドを構築するための別の公知方法の 使用も勿論可能である。
常用のＤＮＡシンセサイザーは多量の合成りＮＡを産生じ得る。
合成後、新しく作製されたＤＮＡのサイズをゲル濾過によって検査すると、一般 に種々のサイズの分子が検出される。
、レラの分子のあるものは、合成プロセス中に生じた不稔合成事象を示す９通常 は合成後の精製処理の一部として合成りＮＡをサイズ分画し、適当な長さの分子 だけを保存する。
このようにして、均一サイズの合成りＮＡ分子の集団を得ることが可能である。
しかしながら一般には、合成りＮＡは本来、すべてが同じサイズで同じ塩基配列 をもつ分子の均一集団から構成され、調製物中の各分子のハイブリダイゼーショ ン特性は等しいと想定されてきた。現実には、合成りＮＡ分子の調製物は不均一 （ｈｅｔｅｒｏＨｅｎｏｕｓ）であり、同じサイズであるが互いにある程度の差 異をもち従って異なるハイブリダイゼーション特性をもつ数種類の分子から構成 されている。同じ配列をもつ調製物であっても、調製物毎に異なるハイブリダイ ゼーション特性をもつことがときどきある。
従って、同じ合成プローブ配列をもつ複数の調製物は互いに異なるハイブリダイ ゼーション特性を有し得る。このため、異なる調製物に由来するプローブ分子の 特異性が同じでないこともある。所望のプローブ特異性を得るために使用すべき ハイブリダイゼーション条件を決定するために、各調製物のハイブリダイゼーシ ョン特性を検査する必要がある０例えば後述の実施例４に記載の合成プローブは 、表１４に示す特異性プロフィルをもつ、このデータは記載のハイブリダイゼー ション及びアッセイ条件を用いて得られた。
異なるハイブリダイゼーション特性をもつこのプローブの別の調製物は、実施例 ４の条件下にアッセイを行なっても正確に同じ特異性プロフィルを示すとは限ら ない、このような複数のプローブ調製物を作製した。所望の特異性を得るために 、塩濃度及び／または温度等の条件を種々に変更してこれらのプローブのハイブ リダイゼーション及びアッセイを行なうことができる。ＤＮＮＡ成の技術は多少 不完全でもあるので、プローブの各パッチ毎に実際のプローブ使用条件を決定、 即ち現存要件に適合させる必要がある。
特定オリゴヌクレオチド配列の合成及び精製後にいくつかの手順を利用して最終 産物の適否を決定する。まずポリアクリルアミドゲル電気泳動によってサイズを 決定する。
例えば３２ｐ−＾ＴＰ及びＴ、ポリヌクレオチドキナーゼによってオリゴヌクレ オチドを標識する。標識プローブをエタノール沈殿させ、遠心し、乾燥ベレット を充填バッファ（８０％ホルムアミド、２０ｍＭ　ＮａＯＨ１１ｍＭ　ＥＤＴＡ 、０．１％ブロモフェノールブルー及び０．１％キシレンシアツール）に再懸濁 させる。
標本を９０℃で５分間加熱し、変性ポリアクリルアミドゲルに充填する。　ＴＢ Ｅバッファ（０，１Ｍ　）リスＨＣｌｐＨ８，３，０，０８Ｍホウ酸、０．００ ２ＨＥＤＴＡ）中で１．０ＯＯＶで１〜２時間電気泳動にかける。オリゴヌクレ オチドの電気泳動後、ゲルをＸ線フィルムに露光する０次に同様に処理したオリ ゴヌクレオチド標準の泳動からオリゴヌクレオチドのサイズを計算する。
合成オリゴヌクレオチドの配列を確認するために、該ヌクレオチドの５′末端を ３２ｐ−＾ＴＰ及びＴ４ポリヌクレオチドキナーゼで標識し、Ｍａｘａｍ、＾９ Ｍ、及びに１ｌｂｅｒｔ、　Ｗ、、Ｐｒｏ。
Ｎａｔ’　Ｉ　Ａｃａｄ、　Ｓｃｉ、　ＵＳ＾７４．５６０−５６４（１９８０ ）の標準化学分解法で処理し、産生物をポリアクリルアミドゲルで分析してもよ い、プローブのヌクレオチド配列が、予め同定した非反復ｒＲＮΔ配列に完全に 相補的であることが好ましいがこれは必須条件ではない。
また、オリゴヌクレオチド／ｒＲＮΔハイブリッドの融解温度（Ｔｍ）を含めて 溶解プロフィルを決定する必要もある。Ｔｍを決定するための１つの方法では、 ５０℃の０．１Ｍリン酸バッファｐｕ、ｓ中で３２ｐ標識オリゴヌクレオチドを その相補的核酸にハイブリダイズする。ハイブリダイゼーション混合物を希釈し 、５０℃で２０Ｉ１１のヒドロキシアパタイトカラムに通す、カラムを０．１Ｍ リン酸バッファ、０．０２％　ＳＤＳで洗浄し、ハイブリダイズしなかった単鎖 プローブを完全に溶出させる０次にカラム温度を１５℃に下げ、全部のプローブ が単鎖になるまで５℃ずつ温度を上げる。各温度毎に非ハイブリダイズプローブ が溶出し、各両分の毎分のカウント数（ｃｐ−）を測定する。ヒドロキシアパタ イトに結合したｅｐＨの値をカラムに添加した総ｃｐ＋ｓで除算した商が、標的 核酸に対するプローブのハイブリダイゼーション％である。
また、ハイブリッドの熱安定性を決定するために以下の方法を使用してもよい、 ハイブリッド核酸のアリコートを１１！！の０．１２Ｍリン酸バ・ンフ７．０． ２％ＳＤＳ、ＩＪ　ＥＤＴＡ、１ｍＭ　ＥＣ丁＾に希釈するかまたは適当なハイ ブリダイゼーションバッファに希釈する。この１ｚｌ溶液を４５℃で５分間加熱 し、室温水浴にいれて５分間放冷する。この１１のハイブリッド含有溶液をヒド ロキシアパタイトカラムで検定し、ハイブリッドを捕集し、非結合プローブを洗 浄除去する。０．１２Ｍリン酸バッファ以外のハイブリダイゼーション溶液を使 用するときは、ハイブリダイゼーション溶液を０．１２Ｍリン酸バッファに希釈 シテ結合させる必要があろう、ノλイブリ１．ド。アリヨートラ採集し、１１１ のハイブリダイゼーション溶液または前記の標準０．１２Ｍリン酸バッファに希 釈し、５℃ずつ温度を上げて加熱を続ける。全部のハイブリッドが溶解するまで この処理を続ける。ハイブリッドの１７２が溶解形態に変換された温度をＴＩＩ とする。所与のハイブリッドのＴ−は、使用されるハイブリダイゼーション溶液 次第で大きく異なる。その理由は、熱安定性が種々の塩、界面活性剤、及び熱変 性中の相対ハイブリッド安定性に影響を与えるその他の溶質の濃度に左右される からである。
本明細書に記載のごときハイブリダイゼーション反応の程度及び特異性は多数の 要因に左右され、これらの要因の１つまたはそれ以上を操作すると特定プローブ の正確な感受性及び特異性を決定し、また標的に完全に相補的であるか否かを決 定し得る０例えば、プローブの塩基組成が重要であろう、ＧＣ塩基対は付加的水 素結合をもつのでへＴ塩基対に比較してより高い熱安定性を示す。
このためＣＣ含量の高い相補的核酸配列が関与するハイブリダイゼーションはよ り高温安定性である。
標的核酸配列の長さ、従ってプローブ配列の長さも重要であることが判明した。
完全に相補的ではない核酸もハイブリダイズ可能であるが、通常は完全に相同の 塩基配列の最長部分がハイブリッドの安定性を主として決定するであろう０種々 の長さ及び塩基組成のオリゴヌクレオチドプローブを使用し得るが、本発明の好 ましいオリゴヌクレオチドプローブは長さ約１５〜約５０塩基で標的核酸に少な くとも約７５％〜１００％相同である。はとんどの用途では、標的核酸に９５％ 〜１００％の相同が好ましい。
プローブ構築のときにはまた、イオン強度及びインキュベーション温度を考慮に 入れる必要がある。ハイブリダイゼーションの速度（ｒａｔｅ）が反応混合物の イオン強度の増加に伴って増加し、ハイブリッドの熱安定性がイオン強度の増加 に伴って増加することは公知である。一般に、長さ約１５〜５０塩基の合成オリ ゴヌクレオチドプローブの最適ハイブリダイゼーションは所与の二重鎖（ｄｕｐ ｌｅｘ）では融点を約５℃下回る温度で生じる。最適温度より低温でのインキュ ベーションは整合しない塩基対をハイブリダイズさせ、従って、特異性の低下を 生じる。
核酸濃度に関しては、ハイブリダイゼーション速度が、相互作用する２つの核酸 種の濃度に比例することが知られている。従って、デキストラン及び硫酸デキス トランのごとき化合物の存在は、核酸種の局部濃度を増加させこれによりハイブ リダイゼーション速度を増加させると考えられる。ハイブリダイゼーション速度 を増加させる別の物質は、１９８４年７月５日付けの米国特許出願第６２７７９ ５号「八ｃｃｅｌｅｒａｔｅｄＮｕｃｌｅｉｃ　Ａｃ１ｄ　Ｒｅａｓｓｏｃｉａ ｔｉｏｎ　Ｍｅｔｈｏｄ」、そのＣＩＰ出願たる１９８７年６月４日付けの米国 特許出願（未譲渡）、及び、１９８６年１月７日付けの米国特許出願第８１６７ １１号「＾ｅｅｅｌｅｒａｔｅｄ　Ｎｕｃ−ｌｅｉｃ　Ａｃ１ｄ　Ｒｅａｓｓｏ ｃｉａｔｉｏｎ　Ｍｅｔｈｏｄ」に記載されている。これらの出願は本明細書に 含まれるものとする。他方で、ホルムアミド、ウレア、ＤＭＳＯ及びアルコール のごとき水素結合を破壊する化学物質はハイブリダイゼーションのストリンジエ ンシーを増加させるであろう。
選択されたオリゴヌクレオチドプローブをいくつかの公知方法ノいずれかを用い て標識し得る。常用のラベルは放射性同位体及び非放射性指示基である。同位体 ラベルとしてはコＨ，り５５．３２ｐ、　１２５１、コバルト及びＩ４Ｃがある 。多くの同位体標識方法が酵素を使用し、公知方法としてニックトランスレーシ ョン、末端標識、第２鎖合成及び逆転写がある。放射性標識プローブを使用する 場合、ハイブリダイゼーションはオートラジオグラフィー、シンチレーションカ ウンティング又はガンマカウンティングによって検出できる０選択される検出方 法は、ハイブリダイゼーション条件及び標識に使用された特定放射性ラベルに依 存する。
また、非同位体材料を標識に使用することも可能であり、これらは、酵素を使用 した変性ヌクレオチドの組み込み、又は例えば非ヌクレオチドリンカー基を使用 したプローブの化学的変性によって導入され得る。非同位体ラベルは、蛍光分子 、化学発光分子、酵素、補因子、酵素基質、ハプテン又はその他のリガンドを含 む０通常はアクリジニウムエステルの使用が好ましい。
本発明のＤＮ＾／ｒＲＮ＾ハイブリダイゼーションアッセイの１つの具体例にお いては、標識１０−プと細菌性標的核酸とを溶液中で反応させる。　ｒＲＮ＾は 、１９８６年３月２０日付けのに、＾、　Ｍｕｒｐｈｙ等の米国特許出願第８４ １８６０号ｒＭｅｔｈｏｄ　ｆｏｒＲｅｌｅａｓｉｎｇ　ＲＮＡ　ａｎｄ　ＤＮ Ａ　Ｆｒｏｍ　Ｃｅ１ｌｓ」に記載の超音波破壊方法によって細菌細胞から遊離 され得る。該特許出願は本明細書に含まれるものとする。細胞破壊のための別の 公知方法としては、酵素の使用、浸透衝撃、化学処理、及びガ、ラスビーズと一 緒の渦流攪拌の使用がある。　ｒＲＮ＾の遊離後＊ｆ、：　、ｉａ離と同時に、 標識プローブを促進物質の存在下に添加シ、最適ハイブリダイゼーション温度で 有意な反応を達成するに必要な時間インキュベートする。このインキュベーショ ン期間後に、反応混合物にヒドロキシアパタイトを添加して非ハイブリダイズプ ローブ分子からプローブ／ｒＲＮ＾ハイブリッドを分離し得る。ヒドロキシアパ タイトベレットを洗浄し、再遠心し、使用ラベルに適した手狭でハイブリッドを 検出する。
本発明の２１の代表具体例を以下に示す、これら具体例では標的微生物又は標的 微生物群に由来の非反復ｒＲＮΔ配列に相補的な１つまたは複数の合成プローブ を決定し、構築し、ハイブリダイゼーションアッセイで使用する。
ｍ船漣 Ｍｙｃｏｂａｅｔｅｒｉｕｍは酸耐性、アルコール耐性、好気性、非易動性桿菌 である。これらは脂質含量が高く増殖が遅い。
７ユｕｓ　ａｖｉｕｍとＭ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌ ａｒｅとは識別し難いので総合してＭ、　ａｖｉｕｍ−ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌ ａｒｅと摺移されている。最近になって、Ｍ、　１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ を含む［ａｖｉｕｍ複合体が二番目に多く単離される１庫的に重要なＭ　ｃｏｂ ａｃｔｅｒｉｕｓ＋−であることが判明した。　［；ｏｏｄ、Ｒ，Ｃ，等、Ｊ、 　Ｉｎｆｅｃｔ、　Ｄｉｓ、　１４６．８２９−８３３（１９８２）　、より最 近には、これらの微生物がエイズ（ｆ＆天性免疫不全症候群）患者に対する日和 見感染の共通原因であることが証明された。　Ｇ１１ｌ、Ｖ、　Ｊ、等、Ｊ、　 Ｃｌ１ｎ、　Ｍｉｃｒｏｂｉｏ、　２２．５４３−５４６（１９８５）　、これ らの微生物は殆どの抗結核剤に耐性をもつのでエイズ患者におけるこのような感 染の治療は極めて難しい、５種類の薬剤を併用する療法がしばしば使用される。
これらの怒染症は重態になり易く従って速やかな診断が必要であるが、本発明以 前にはそのような診断方法は存在しなかった。
Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｌｏｓｉｓ複合体（Ｍｔｂ）には、 ７−ｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｌｏｓｉｓ＋Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｂ ｏｖｉｓ＋Ｍ　ｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｆｒｉｃａｎｕｍ及びＭ　ｃｏｂａｅ Ｌｅｒｉｕｍ　ｍ１ｃｒｏｔｉがある。最初の３つはヒト病原性であり最後の１ つは動物病原体である。これらの微生物は皮膚で緩徐に増殖する肉芽腫を生じる か又は内部器官を侵す、肺の結核菌は循環系、リンパ系又は消化管によって体内 の別の部分に伝播される。公衆衛生が進歩し有効な化学療法が発達したにも拘わ らずＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ疾患特に結核は依然として全世界的に重要な健 康問題である。
被検標本の細菌を検出する従来の方法においては、観察可能コロニー増殖物中に 存在する同定及び計数可能な細菌細胞の数を増加するために標本を培養する。所 望の場合、抗菌剤感受性を決定するために培養物を更に試験する。現状で、ｂ３ Ｒ旦ａｅｔｅｒｉｕｍ一種を検出、単離及び同定するための最も普及した手順は 、（Ｚｉｅｈｌ−Ｎｅｅｌｓｅｎ又はフロオロクロム（ｆ　ｌ　ｕｏｒｏｅｈｒ ｏａ＋ｅ）法を用いる）酸耐性桿菌（ＡＦＢ）スミア、Ｌｏ−ｗｅｎｓｔｅｉｎ −Ｊｅｎｓｅｎ培地及びＭｉｄｄｌｅｂｒｏｏｋ培地を用いる培養方法及び生化 学試験である。　ＡＦＢは、酸−アルコールに暴露した後に色素を保持するｂ四 Ａ旦［」至二ハ堕−の高含量の脂質を利用する。へＦＢスミア試験は比較的速や かで処理も簡単であるが、Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｉを必ず検出するとは限ら ない、また、Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍと非結核種との識別及び １竺−ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅと非結核種と１６別 又Ｃ１団竺−ｂａｃｔｅｒｉｕｎ　ｔｕｂｅｒｃｌｏｓｉｓ−桿菌複合体と非結 核種との識別ができない、５染性Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｉ種を正確に同定す るためには、臨床医は、常に３〜８週間の増殖期間を必要とし、その後に広汎な 生化学試験を行なって培養結果を得る。１４Ｃ標識基質を用いたｂ四虚旦［已１ ニハ」−の代謝産物の検出に基づく別の試験方法も開発された。特に、Ｂａｃｔ ｅｃ（ＴＭ）器具は、接種後６〜１０日以内に７且ｒｉｕｍ−の存在を検出し得 る。
Ｇ１１ｌ、Ｖ、、Ｔ、等、：え、しかしながら、この検査では旺鯰−ｂａｃｔｅ ｒｉｕｍの種を識別できない、微生物が感受性をもつ特定薬剤を処方するために はこのように種を識別することがしばしば極めて重要である。このために、従来 の培養方法ではさらに２〜３週間を必要とし、Ｂａｃｔｅｃ法ではさらに６〜１ ０日を要する。
ｏｎｏｒｒｈｏｅａｅに関する特定具体例も以下の実施例に記載する。
以下の実施例に示すように、本発明は、試験の正確さ、特異性及び簡便さ等にお いても前記のごとき従来技術の方法のいずれよりもはるかに有利であり、同時に 、診断所要時間を大幅に短縮する０本発明によれば検査の当日に最終診断を与え 有効な治療を開始することが可能である。
（ＪＪ下余白） 夾１ｍ 非反復配列をもつ所定の長さの単鎖デオキシオリゴヌクレオチドを以下のごとく 調製し、標識し、５エａ４１幻ユカ、−□力。に由来のｒＲＮＡの存在を検出す るための溶液ハイブリダイゼーションアッセイのプローブとして使用する。この 非反復配列は、ｂ５旦垣■１罎づ工１」工暉堕−のｒＲＮＡに特異的であり、こ の実施例のハイブリダイゼーション条件下では近縁菌種又は呼吸器感染物質に由 来の核酸とも有意に交差反応しない、このプローブは２つの種の間に約９８％の ｒＲＮ＾相同が存在するときにも両者を識別し得る。この実施例では実施例２及 び３と同様に、１６Ｓ　ｒＲＮへの高保存領域に対する特異的プライマーを使用 することによって、Ｍ、　ａｖｉｕｍ、Ｍ、−ｔｕｂｅｒｅｌｏｓｉｓ複合体、 Ｈ，１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ及び近縁微生物に対する配列を得た。大腸菌 Ｅ、　ｃｏｌｉ　ｒＲＮＡに由来のこのプライマー配列は、 ５°−ＧにＣＣＧＴ　ＴＡＣＣＣＣＡＣＣＴＡＣＴＡＧ　ＣＴ＾＾丁−３′であ った。　０．１Ｍ　ＫＩＪと２０ａＭ　）リス−１１ｃｆ　ｐＨ８，３との存在 下に５Ｂのプライマーと配列決定すべき１μｓの各ｒＲＮ＾とを混合し最終容量 １０／ｌｌｊ！にした０反応混合物を４５℃で１０分間加熱し、氷に載せ、２． ５／ｉｉの２５Ｓ　ｄＡＴＰと０．５屑の逆転写酵素とを添加した。標本を４つ のアリコートに分けて夫々試験管に入れた。各試験管は夫々、ジデオキシ＾、Ｇ 、　Ｔ又はＣを収容していた。これらのヌクレオチドの濃度は■Ｍも、ＩＬ、に 記載されている。標本を４０℃で３０分間インキュベートし、次に、エタノール 沈殿させ、遠心し、ペレットを凍結乾燥した。ペレットを１０／ｌｌｊ！のホル ムアミド色素（１００％ホルムアミド、０．１％ブロモフェノールブルー、０． １％キシレンシアツール）に再懸濁させ、８０ＣＩＩの８％ポリアクリルアミド ゲルに充填した。ゲルに２０００Ｖを２〜４時間通電した。
肚ユｂａｅｔユｉｕｍよ＋ｉｕ＋ｓの１６Ｓ　ｒＲＮＡのヌクレオチド配列と系 統分類学的に最も近縁の細菌、即ち５５且ｂａｅｔｅｒｉｕｍｉ０ニーｒａｅｅ ｌｌｕｌａｒｅ及びＭ　ｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｌｏｓｉｓ−の １６Ｓ　ｒＲＮＡのヌクレオチド配列とをＬｉｎｅ、　Ｄ、Ｊ、等、Ｐｒｏｃ、 　Ｈａｔ、＾ｃｕｄ　。
Ｓｅｉ、　ＵＳ＾８２：６９５５（１９８５）の方法で決定した。上記微生物の ｒＲＮ＾配列の決定に加えて、臨床的に有意な一連の随」旦−ｔｅｒｉｕｍの配 列決定を行なった。これらは、Ｍ、ｆｏｒｔｕｉｔｕａ、　Ｍ。
５ｃｒｏｆｕｌａｅｅｕ＋＊及びＭ、ｅｈｅｌｏｎａｅである。　Ｍ　ｃｏｂａ ｅｔｅｒｉｕｍに近縁の幾つかの属のいくつかの微生物を選択しこれらについて も配列決定を行なった。これらは、Ｒｈｏｄｏｅｏｅｅｕｓ　ｂｒｏｎ−ｃｈｉ ａｌｉｓ＋Ｃｏｒ　ｎｅｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ及びＮｏｒｃａｒ ｄｉａ　ａｓｔｅ−ｒｉｏｄｅｓである。
Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｅｔｉｃｓ　、Ｉｎｅ、、１９７５　ＥＩ　Ｃａｍ１ｎｏ 　Ｒｅａｌ　Ｗｅｓｔ、Ｍｏｕｎｔａｉｎ　Ｖｉｅｗ、Ｃａ１ｉｆｏｒｎｉａ　 ９４０４０−２２１６（ＩＦＩＮＯＰｒｏｇｒａｍ）から布紙されているソフト ウェアを使用し、前記微生物に由来の部分子ＲＮ＾配列を最大ヌクレオチド相同 になるように整列させた。この整列がらＮ　ｅｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕ ｍに特有の配列の領域を決定した。プローブが標的核酸配列に完全に相補的であ り且つプローブが系統分類学的に最も近縁の既知の微生物由来のｒＲＮＡと整列 したときに１０％以上の不整合をもつようにプローブを選択した。長さ３８塩基 の配列を選択した。　Ｍ　ｅｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ａヱ暉堕−配列に対する不 整合塩基の数は以下（１）通りであった。Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂ ｅｒｃｌｏｓｉｓ（８）；ｒｉｕｍ　ｆｏｒｔｕｉｔｕｍ（１０）。
７〜８頁で記載した長さ、Ｔｍ及び配列解析等の判定基準によってｃＤＮ＾配列 八ＣＣにＣ＾＾＾＾ＧＣＴＴＴＣＣＡＣＣＡＧ＾＾ＧＡＣＡＴにＣＧＴＣＴＴ［ ；ＡＧの特性を決定し、５３且１び１幻」！１」ヱわジーのｒＲＮＡに特異的で あることを知見した。
この配列はＭ　ｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍの１６Ｓ　ｒＲＮＡで検出 された非反復セグメントに相補的である。プローブのサイズは３８塩基である。
プローブはＴｓｉ７４℃であり、Ｍａｙａｍ及びＧ１１ｂｅｒｔ法（１９８０） 、ＩＬ、を用いた配列解析によってプローブが正しく合成されたことを確認した 。プローブは、Ｅ、ｅｏｌｉ　１６ＳｒＲＮ＾の塩基１８５〜２２５に対応する 領域でＭ、ａｖｉｕｓのｒＲＮＡにハイブリダイズし得る。
Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍに対するこの配列の反応性を証明する ために、この配列を以下の条件下のハイブリダイゼーション反応のプローブとし て試験した　３２ｐ末端標識オリゴヌクレオチドプローブを乳が縁上１見（υづ ｕ＋ｓ　ａ”すｊ！−由来の１見ｇ（７Ｘ１０−’コモル）の精製ｒＲＮ＾と混 合し、０．１２８　ＰＢハイブリダイゼーションバッファ（等モル量のＮａ２Ｈ ＰＯ＜及びＮａＨ２ＰＯ４）、１ｍＭ　ＥＤＴ＾及び０．０２％５ＯＳ（ドデシ ル硫酸ナトリウム）中で６５℃で６０分間反応させ最終容量５０１１１にした。
別々の試験管で、標的を含むハイブリダイゼーションバッファ及び標的を含まな いハイブリダイゼーションバッファの夫々とプローブとを混合した。２頁に引用 した特許出願に記載のごとくヒドロキシアパタイトで分離し、ハイブリッドをシ ンチレーゥヨアカウンティングで定量しな、これらの結果を表１に示す、この結 果は、相同性標的に対するプローブの反応度カ高いこと及びヒドロキシアパタイ トに対する非特異的結合がきわめて少ないことを示す。
Ｌ −ｒＲＮＡ４こ　るＭ、ａｖｉｕｍプローブのノ１イブ１　イブローブのＭ、　 ａｖｉｕｍ特異性を試験するために、Ｈｕｒｐｈｙ等の米国特許出願第８４１８ ６０号に記載の超音波破壊法で別の２９のＭｙｅｏｂａｃｔｅｒｉｕ一種の細胞 から遊離されたｒＲＮＡと３２ＰＩＩＡ識プローブとを混合した。ｌＸｌ０”細 胞を０．１ｘｌの５％ＳＤＳに懸濁させ、５０〜６０℃で１０分間超音波処理し た。　１．Ｏｚｌのハイブリダイゼーションバッファ（４５％ジイソブチルスル ホコハク酸ナトリウム、４０ｍＭリン酸バッファｐＨ６，８及びＩＪ　ＥＤＴ＾ ）を添加し、混合物を７２℃で６０分間インキュベートした。インキュベーショ ン後、４．０ｘｌのヒドロキシアパタイト溶液（溶液５０ｚＮ当たり０．１４Ｍ リン酸ナトリウムバッファｐＨ６，８，０，０２％ＳＤＳ及び１．ｏｇヒドロキ シアパタイト）を添加し、７２℃で５分間インキュベートした。サンプルを遠心 し、上清を除去した。４．Ｏｗｌの洗浄液（０，１４Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６ ，８）を添加し、サンプルを渦流で攪拌し、遠心し、上清を除去した。ヒドロキ シアパタイトに結合した放射能をシンチレーションカウンティングで測定した。
結果を表２に示す。
この結果は、プローブがｂ５且ｂａｃｔシづヱ１」ヱ暉ジーに特異的であること 及びｂゴ旦地野１罎づ１１」」↓■Ａ見月」↓Ｖ」−を含むその他のＭｙｅｏｂ ａｃｔｅｒｉｕｍ種とは反応しないことを示す。
」工 Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕ＋ｓ種に・　るＭ、ａｖｉｕｍプローブのハイブリダ イＭｙｃｏｂａｅｔｅｒｉｕ＋ａ　ａｆｒｉｃａｎｕｍ　２５４２０　１．ＯＭ 、ａｓｉａｔｉｃｕｅｉ　２５２７６　１．２Ｍ、ａｖｉｕｍ　２５２９１　８ ７．６Ｍ、ｂｏｖｉｓ　１９２１０　１．２ Ｍ、ｂｏｖｉｓ（ＢＣＣ）　１９０１５　１．ＯＮ、ｃｈｅｌｏｎａｅ　１４４ ７２　０．９Ｍ、ｆｌａｖｅｓｅｅｎｓ　１４４７４　０．９Ｍ、ｆｏｒｔｕｉ ｔｕｍ　６８４１　１．ＯＭ、ｇａｓｔｒｉ　１５７５４　１．２Ｍ４ｏｒｄｏ ｎａｅ　１４４７０　ｌ　、２Ｈ，ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｍ　２９５４８　１． ３Ｍ、１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ　１３９５０　１．５Ｍ、ｋａｎｓａｓｉ ｉ　１２４７８　１．２Ｍ、ｍａ！＋ｏｅｎｓｅ　２９５７１　１．２Ｎ、ｍａ ｒｉｎｕｍ　８２７　１．２ Ｍ、ｎｏｎｅｈｒｏｍｏｇｅｎｉｅｕｍ　１９３０　１．ＩＮ、ｐｈｌｅｉ　１ １７５８　１．３ Ｍ、ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ　１９９８１　１．２Ｍ、ｓｈｉ＋ｍｏｉｄｅｉ 　２７９６２　２．３Ｈ，５ｉｓｉｉａｅ　２５２７５　１．２Ｍ、ｓ＋ｍｅｇ ｎａｔｉｓ　ｅ１４４６８　１．ＯＮ、ｓｚｕｌｇａｉ　２３０６９　１．ＯＮ 、ｔｅｒｒａｅ　１５７５５　１．２Ｍ、ｔｈｅｒｍｏｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉｌ ｅ　１９５２７　１．３Ｍ、ｔｒａｖｉａｌｅ　２３２９２　１．２Ｍ、ｔｕｂ ｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ａｖｉｒｕｌｅｎｔ）２５１７７　１．４Ｍ、ｔｕｂｅｒ ｃｕｌｏｓｉｓ（ｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２７２９４　１．１Ｈ，ｕｌｃｅｒａｎ ｓ　１９４２３　１．４Ｍ、ｖａｅｃａｅ　１５４８３　’　１．２Ｍ、ｘｅｎ ｏｐｉ　１９９７１　１．５また表３は、同じく前記方法で試験するとプローブ がいかなる呼吸器病原体に由来のｒＲＮＡとも反応しなかったことを示す、また 同じ方法で試験すると、プローブはその他のいかなる近縁の細菌種及び系統分類 学的により多様な細菌種とも反応しないことが判明した（表４）。
′　、　に　るＭ、ａｖｉｕ−ブロー、ブのハイブリダイゼＣｏｒｙｎｅｂａｃ ｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　０．７Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　 ｎｕｅｌｅａｔｕｍ　２５５８６　１．３）１ａｅｍｏｐｈｉｌｕｍ　１ｎｆｌ ｕｅｎｚａｅ　１９４１８　１．３に１ｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａ ｅ　２３３５７　１，１３１Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ　 ３３１５２　Ｑ、ＱＨｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　１５５３１ 　３．０Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｓｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ　１３０９０　０．Ｏ Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　２５３３０　０．０Ｐｒｏｐ ｉｏｎｉｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｇｅｎｅｓ　６９１９　１．ｌ５ｔｒｅｐｔｏｃ ｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　６３０６　０．０Ｓｔａｐｈｙｌｏｅｏｃ ｅｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　２５９２３　１．５宍コＬ の二　“　ロスセ　ジョンに・　Ｍ、ａｖｉｕｍプローブのバイブ１ダイゼーシ ヨン 紋滋」１　汀懇工　級涜１コＬ＝グエ ＾ｅｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｅａｌｅｏａｃｅｔｉｃｕｓ　３３６０４　０． ＯＢｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ　２５２３８　０．６Ｂａ ｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂＬｉｌｉｓ　６０５１　０．９Ｂａｅｔｅｒｏｉｄｅｓ　 ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　１．０Ｃａ＋１ｐｙｌｏｂａｅｔｅｒ　ｊｅｊ ｕｎｉ　３３５６０　０．４Ｃｈｒｏ＋１ｏｂａｃｔｅｒｉｕ＋＊　ｖｉｏｌａ ｃｅｕｍ　２９０９４　１．７Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎ ｓ　１３１２４　２．ＩＤｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｒａｉｏｄｕｒａｎｓ　３５ ０７３　０．８Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕｍｍｏｓａ　１５９９４　０．３Ｅｎｔｅｒ ｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｅｓ　１３０４８　０．６Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈ ｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５　０．３Ｍｙｃｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｇｏｒｄｏ ｎａｅ　１４４７０　１．９Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｍｉｎｉｓ　１４０２ ７　３．３Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　０．０Ｒａｈｎ ｅｌｌｓ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　２．１Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌ ｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　０．６Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　＋５ｉ ｔｉｓ　９８１１　０．９Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　 １７８０２　１．２Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ　９６１ ０　０．４犬１」ＬＬ 実施例１に記載のごとく整列後に、前記判定基準、即ち長さ、Ｔｅａ及び配列解 析によって配列、＾ＣＣＧＣ＾＾＾＾ＣＣＴＴＴＣＣＡＣＣＴＡ＾＾［；ＡＣＡ ＴＧＣＧＣＣＴ＾＾＾Ｇの特性を決定し、肛阻巨殖弘匡り道り肚吐国匡阻に特異 的であることを知見した。
この配列はＭ　ｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｎ−主ｎｔｒａｃｅｌ　Ｉｕ上ａｒｅ工の １６Ｓ　ｒＲＮ八に検出される非反復セグメントに相補的である。プローブのサ イズは３８塩基であった。プローブはＴｍ７５℃であり、配列解析によってプロ ーブが正しく合成されたことを確認した。
プローブはＥ、ｅｏｌｉ　１６Ｓ　ｒＲＮへの塩基１８５〜２２５に対応する領 域でＮ、１ｎｔｒａｅｅｌｌｕｌａｒｅのＲＮＡにハイブリダイススル。
吐□巨殖□胆、旦匡阻吐匡匡阻に対するこの配列の反応性を証明するために、プ ローブを以下の条件下のハイブリダイゼーション反応で試験した　３２ｐ末端標 識オリゴヌクレオチドプローブを１μｙ（７Ｘ１０−”モル）のＭ　ｅｏｂａｅ ｔｅｒｉｕｍｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅに由来の精製ｒＲＮ八と混合し、０ ．１２Ｍ　ＰＢ（等モル量のＮａ２ＨＰＯ＊及びＮＩＬＨ２Ｐ０４）、１ｍＭ　 ＥＤＴ＾及び０，０２％５ＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）中で６５℃で６０分 間反応させ最終容量５０屑にした。別々の試験管で標的もツ旦畑駐１Ｊづｕｐａ 　ｉユ１びニーｃｅｌｌｕｌａｒｅ　ｒＲＮ＾を含むハイブリダイゼーションバ ッファ及びこの標的を含まないハイブリダイゼーションバッファの夫々とこのプ ローブとを混合した。前記のごとくヒドロキシアパタイトで分離し、ハイブリッ ドをシンチレーションカウンティングで定量した。これらの結果を表５に示す。
ＬＬ 西・ｒＲＮ＾に　るＭ、１ｎｔｒａｅｅｌｌｕｌａｒｅプローブのハイ１　ゼー シ　ン本 ｒＲＮＡ十　ｒＲＮ＾− Ｍ、１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅプローブ　８５〜９５％　０．５％これらの データは、相同性標的に対するプローブの反応度が高いこと及びヒドロキシアパ タイトに対する非特異的結合がきわめて少ないことを示す。
プローブのＭ　ｅｏｂｉｃｔｅｒｉｕｍ　１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ特異性 を試験するために、ＭｕｒｐｈＦ等の米国特許出願第８４１８６０号に記載の超 音波破壊法で別の２９のＭｙｃｏｂｉｃｔｅｒｉｕｍ種の細胞から遊離されたｒ ＲＮ＾と３２Ｐ標識プローブとを混合した。実施例１と全く同様にハイブリダイ ゼーションアッセイを行なった。
結果を表６に示す０表６は、プローブがＭ　ｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｉｎｔｒａ ｃｅｌｌｕｌａｒｅに特異的であること及びＮ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ■力１ を含むその他のＭ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ一種とは反応しないことを示す、こ れらの結果は、Ｈｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅノｒ ＲＮ＾がＭ、ａｖｉｕｍに９８％、Ｍ、ｋａｎｓａｓｉｉに９８％、Ｈ，ａｓｉ ａｔｉｅｕｍに９８％及びＭ、ｔｕｂｅｒｅｕｌｏｓｉｓに９７％の相同をもっ ことを考えると極めて衝撃的である。
人Ｊ− Ｈｃｏｂａｅｔｅｒｉｕａ　に　るＨ、１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅプローブ のハＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｓ　ａｆｒｉｃａｎｕｍ　２５４２０　０．９Ｍ 、ａｓｉａｔｉｃｕｍ　２５２７６　１．ＩＭ、ａｖｉｕ＋ｓ　２５２９１　１ ．３Ｍ、ｂｏｖｉｓ　１９２１０　１　、ＩＭ、ｂｏｖｉｓ（ＢＣＧ）　１９０ １５　１．２Ｍ、ｅｈｅｌｏｎａｅ　１４４７２　１．０Ｍ、ｆｔｔｖｅｓｅｅ ｎｓ　１４４７４　１．２Ｍ、ｆｏｒｔｕｉｔｕ＋＊　６８４１　１．３Ｍ、ｇ ａｓｔｒｉ　１５７５４　１．３Ｎ　、ｇｏｒｄｏｎａｅ　１４４７０　１．３ Ｍ、ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｍ　２９５４８　０．９Ｍ、１ｎｔｒａｅｅｌｌｕｌ ａｒｅ　１３９５０　７８．８Ｍ、ｋａｎｓａｓｉｉ　１２４７９　１．１Ｍ、 ＋＋ａｌ＋５ｏｅｎｓｅ　２９５７１　１．ＯＭ、＠ａｒｉｎｕｓ　８２７　０ ．９ Ｎ、ｎｏｎｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃｕｍ　ｆ９３０　１．ＯＮ、ｐｈｌｅｉ　１ １７５８　１．Ｉ Ｎ、５ｅｒｏｆｕｌａｃｅｕｎ　１９９８１　１．ＯＮ、ｓｈｉｍｏｉｄｅｉ　 ２７９６２　１．３Ｍ、５１ｍ１ａｅ　２５２７５　１．ＩＭ、ｓｉ＋ｅｇＩｌ ａｔｉｓ　ｅ１４４６８　１．３Ｍ、ｓｚｕｌｇａｉ　２３０６９　１．ＯＮ、 ｔｅｒｒａｅ　１５７５５　１．４Ｍ、ｔｈｅｒｍｏｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉｌｅ 　１９５２７　１．６Ｍ、ｔｒｉｖｉａｌｅ　２３２９２　１．３Ｍ、ｔｕｂｅ ｒｃｕｌｏｓｉｓ（ａｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２５１７７　１．２Ｌｔｕｂｅｒｃ ｕｌｏｓｉｓ（ｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２７２９４　１．２Ｍ、ｕｌｃｅｒａｎ、 ｓ　１９４２３　１．ＩＭ、ｖａｅｃａｅ　’　１５４８３　１．０Ｍ、ｘｅｎ ｏｐｉ　１９９７１　１．２また表７は、ハイブリダイゼーションアッセイで試 験するとプローブがいがなる呼吸器病原体に由来のｒＲＮ八とも反応しなかった ことを示す、また同じ方法で試験すると、プローブはその他のいがなる近縁の細 菌種及び系統分類学的により多様な細菌種とも反応しないことが判明しな（表８ ）。
宍ｊ二 呼　器　７、体に　るＭ、１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅブロ一ブノハイフＣｏ ｒｙｎｅｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　２．２Ｆｕｓｏｂａｃ ｔｅｒｉｕｍ　ｎｕｃｌｅａｔｕｍ　２５５８６　１．５ＦＩａｅ＋＊ｏｐｈｉ ｌｕｍ　１ｎｆｌｕｅｎｚａｅ　１９４１８　１．３Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐ ｎｅｕｍｏｎｉａｅ　２３３５７　１．２Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ　ｐｎｅｕ＝ｍ ｏｐｈｉｌａ　３３１５２　１．２Ｈｙｃｏｐｌａｓ＋ｓａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉ ａｅ　１５５３１　３．２Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ　１ ３０９０　１．ＩＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕＦｒｉｎｏｓａ　２５３３ ０　１．（ＩＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｎ　ａｃｎｅｓ　６９１９　２ ．９Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｗ＋ｏｎｉａｅ　６３０６　１．６ Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　２５９２３　１．３送」し 種の二　クロスセクションに　るＭ、１ｎｔｒａ−＾ｅｉｎｅｔｏｂａｅｔｅｒ 　ｅａｌｃｏａｃｅｔｉｅｕｓ　３３６０４　１．５Ｂｒａｎｈａ輪ｅｌｌａ　 ｃａｔａｒｒａｈａｌｉｓ　２５２３８　１．８Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉ ｌｉｓ　６０５１　１．７Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７ ４５　１．９Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊｅｊｕｎｉ　３３５６０　１．９ Ｃｈｒｏ＋＋ｏｂａｃｔｅｒｉｕ＋＊　ｖｉｏｌａｃｅｕ＋ｓ　２９０９４　１ ．４Ｃ１ｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　１３１２４　２．１Ｄ ｅｉｇｎｏｃｏｅｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　２．ＩＤｅｒ ｘｉａ　ｇｕｔａｍｏｓａ　１５９９４　１．６Ｅｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒ　ａ ｅｒｏｇｅｎｅｓ　１３０４８　１．３Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１ １７７５　１．２Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｇｏｒｄｏｎａｅ　１４４７０ 　２．３Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａ　ｈｏ輪１ｎｉｓ　１４０２７　２・６Ｐｒｏｔ ｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　１．２Ｐｓｅｕｄｏ＋ｍｏｎａｓ　 ｃｅｐａｃｉａ　１１７６２　１．７Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　 ３３０７１　ｌ、５Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０ 　１．４Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｍ１ｔｉｓ　９８１１　１．４Ｖｉｂｒ ｉｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｅｕｓ　１７８０２　２．５Ｙｅｒｓｉｎｉ ａ　ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ　９６１０　１．１（以下余白） 寒１」Ｌと 実施例１に記載のごとく整列後に、前記の３つの判定基準、即ちサイズ、配列及 びＴ−によって配列１、Ｔ＾＾＾ＧＣｔｌ：ＣＴＴＴＣＣＡＣＣＡＣ＾＾ＧＡＣ ＡＴＧＣＡＴＣＣＣＧＴにを特性決定し、Ｍｔｂ−微生物複合体、ｂΔ旦←駐１ シづヱ１」ヱ舶■−ｅｕｌｏｓｉｓ＋　Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｆｒｉ ｅａｎｕｍ−１Ｈｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｂｏｖｉｓ及び旺吐巨殖弘匡Ｌ１旺 蛙匡に特異的であることを決定した。
この配列はＭｔｂ−細菌複合体の１６Ｓ　ｒＲＮＡで検出される非反復セグメン トに相補的である。プローブのサイズは３５塩基である。プローブはＴｍ７２℃ であり、配列解析によってプローブが正しく合成されたことを確認した。このプ ローブはＥ、ｃｏｌｉ　１６Ｓ　ｒＲＮＡの塩基１８５〜２２５に対応する領域 にハイブリダイズし得る。
Ｍｔｂ複合体に対するこの配列の反応性を証明するために、プローブを以下の条 件下のハイブリダイゼーション反応で試験した。３２Ｐ末端標識オリゴヌクレオ チドプローブを１Ｍｇ（７Ｘ１０−’コモル）のＭ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　 ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓの精製ｒＲＮ＾と混合し、０．１２８　ＰＢハイブリ ダイゼーションバッファ（等モル量のＮａ２ＨＰＯ，及びＮａ２ＨＰＯ４）、１ ｍＭ　ＥＤＴ＾及び０．０２％５ＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）中で６５℃で ６０分間反応させ最終容ｘ　ｓｏｗにした。別々の試験管でプローブを標的＄− ｒｉｕ＊　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ　ｒＲＮＡを含むハイブリダイゼーション バ・ンファ及びこの標的を含まないハイブリダイゼーションバッファと夫々混合 した。前記のごとくヒドロキシアパタイトで分離し、ハイブリッドをシンチレー ションカウンティングで定量した。これらの結果を表９に示す。
Ｌ 日ｒＲＮ＾に・　るＭｔｂ−ム　１６Ｓ　ｒＲＮＡ　ＤＮ＾Ｎａ−ブのバイブＩ 　ゼーション車 ｒＲＮＡ＋　ｒＲＮＡ− Ｍｔｂ複合体プローブ　８５〜９５％　０．５％これらのデータは、相同性標的 に対するプローブの反応度が高いこと及びヒドロキシアパタイトに対する非特異 的結合がきわめて少ないことを示す。
プローブのＭｔｂ複合体特異性を試験するために、Ｍｕｒｐｈ）’等の米国特許 出願第８４１８６０号に記載の超音波破壊法で４種類のＭｔｂ−桿菌複合体及び 別の２５のＭｙｃｏｂａｅｔｅｒｉｕ一種の細胞から遊離されたｒＲＮＡと３２ ｐ標識プローブとを混合した。実施例１と全く同様にハイブリダイゼーションア ッセイを行なった０表１０は、プローブがＭｔｂ複合体中の微生物に特異的であ ること及び他のＭｙｅｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ種とは反応しないことを示す。
Ｌ役 Ｍｙｃｏｂａｅｔｅｒｉｕ＋＊　ａｆｒｉｅｉｎｕｍ　２５４２０　６８．ＩＭ 、ａｓｉａｔｉｅｕｍ　２５２７６　３．４Ｍ、ａｖｉｕｍ　２５２９１　０． ９ Ｍ、ｂｏｖｉｓ　１９２１０　６３．ＩＭ、ｃｈｅｌｏｎａｅ　１４４７２　１ ．ＩＭ、ｆｌａｖｅｓｃｅｎｓ　１４４７４　０．９Ｎ、ｆｏｒｔｕｉｔｕａ　 ６８４１　１．ＩＭ、ｇａｓｔｒｉ　１５７５４　０．８Ｍ、ｇｏｒｄｏｎａｅ 　１４４７０　１．１Ｍ、ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｍ　２９５４８　０．８１４． １ｎｔｒａｅｅｌｌｕｌａｒｅ　１３９５０　１．ＩＮ、ｋａｎｓａｓｉｉ　１ ２４７９　１．３Ｎ、ｍａｌｍｏｅｎｓｅ　２９５７１　０．９Ｍ、ｍａｒｉｎ ｕｍ　８２７　１．Ｉ Ｎ、ｎｏｎｅｂｒｏ＋ｍｏｇｅｎｉｃｕｍ　１９３０　１．ＩＮ、ｐｈｌｅｉ　 １１７５８　１．３ Ｍ、ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ　１９９８１　１．ＩＮ、ｓｈｉｍｏｉｄｅｉ　 ２７９６２　１．ＯＮ、５１ｍ１ａｅ　２５２７５　１．２Ｍ、ｓａｅｇｍａｔ ｉｓ　ｅ１４４６８　０．９Ｍ、ｓｚｕｌｇａｉ　２３０６９　１．ＩＮ、ｔｅ ｒｒａｅ　１５７５５　１．ＯＮ、ｔｈｅｒｍｏｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉｌｅ　１ ９５２７　１．ＯＭ、ｔｒｉｖｉａｌｅ　２３２９２　１．２Ｍ、ｔｕｂｅｒｃ ｕｌｏｓｉｓ（ａｖｉｒｕｌｅｎｔ）２５１７７　６６．２Ｍ、ｔｕｂｅｒｅｕ ｌｏｓｉｓ（ｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２７２９４　６２．４Ｍ、ｕｌｃｅｒａｎｓ 　１９４２３　０．９Ｍ、ｖａｃｅａｅ　１５４８３　０．８Ｍ、ｘｅｎｏｐｉ 　１９９７１　２．６また表１１は、ハイブリダイゼーションアッセイでプロー ブがいかなる呼吸器病原体由来のｒＲＮＡとも反応しなかったことを示す、また 同じ方法で試験すると、プローブはその他のいかなる近縁の細菌種または系統分 類学により多様な細菌種とも反応しないことが判明した（表１１）。
Ｌ■ ゛　器　２、体に・　る５ｔｂ−ム　１６Ｓ　ｒＲＮＡ　ＤＮ＾プローブのＣｏ ｒｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　１．３Ｆｕｓｏｂａｃｔ ｅｒｉｕａ＋　ｎｕｃｌｅａｔｕｍ　２５５８６　１．ＯＨａｅｍｏｐｈｉｌｕ ｍ　１ｎｆｌｕｅｎｚａｅ　１９４１８　１．６Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅ ｕｗ＋ｏｎｉａｅ　２３３５７　１．２Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ　ｐｎｅｕｎｏｐ ｈｉｌａ　３３１５２　１．４Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　 １５５３１　１．ｌＮｅ１ｓｓｅｒｉａ　ｓｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ　１３０９ ０　１．ＯＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　２５３３０　１． ７ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕＩＩＩａｃｎｅｓ　６９１９　１．２Ｓｔ ｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｓｏｎｉａｅ　２５９２３　０．９宍」又 の只Ｖ　クロスセクションに　るＨｌｂ−４１６Ｓ　ｒＲＮＡ　ＤＮ＾プローブ のハイブリダイゼーション徴滋」１　汀二１　周塗１コＬニブ１ ＾ｃｉｎｅｔｏｂａｅｔｅｒ　ｅａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ　３３６０４　１． ３Ｂｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒａｈａｌｉｓ　２５２３８　１．５Ｂ ａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　１．３Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ 　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　１．３Ｃａ＋ｍｐｙｌｏｂａｅｔｅｒ　ｊｅ ｊｕｎｉ　３３５６０　１．１Ｃｈｒｏ＋ｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｉ　ｖｉｏｌａ ｃｅｕｍ　２９０９４　１．ＯＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎＢｅｎ ｓ　１３１２４　１．２Ｄｅｉｎｏｅｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３ ５０７３　１．０Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕ＋＊ｍｏｓａ　１５９９４　１．０Ｅｎｔ ｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏＨｅｎｅｓ　１３０４８　１．ＱＥｓｃｈｅｒｉ ｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５　１．ＱＭｙｃｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｇｏｒ ｄｏｎａｅ　１４４７０　１．３Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｍｉｎｉｓ　１４ ０２７　０．５Ｐｒｏｔａｕｓ　＋ａｉｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　１．０Ｐ ｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｃｅｐａｃｉａ　１１７６２　２．６Ｒａｈｎｅｌｌａ 　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　１．９Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ　ｒ ｕｂｒｕｍ　１１１７０　１．０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　＋ｍ１ｔｉｓ　 ９８１１　１．ＩＶｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０ ２　０．９Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ　９６１０　１． １実施例３のプローブの２つの誘導体く以下のプローブ２及び３）を作製し試験 した。
２　、　ＣＣＧＣＴ＾＾＾にＣＧＣＴＴＴＣＣＡＣＣＡＣ＾＾ＣＡＣＡＴＣＣＡ ＴＣＣＣＧ３、＾ＣＡＣＣＧＣＴ＾＾＾ＧＣにＣＴＴＴＣＣＡＣＣＡＣ＾＾ＧＡ ＣＡＴＧＣＡＴＣ３つのプローブはすべて同様のＴｍ（夫々７２℃、７３．５℃ 及び７２．３℃）及び同様のハイブリダイゼーション特性を有していた。
旺阻巨蛙吐護り匡に吐旺匡微生物複合体に対するハイブリダイゼーションは６８ 〜７５％でありヒドロキシアパタイトに対する非特異的ハイブリダイゼーション は２％未満であった。
これらの誘導体のハイブリダイゼーションアッセイ試験の結果を以下に示す。
轟ユニ Ｈｃｏｂｎｃｔｅｒｉｕｗａ　に　る　３のプローブ　び　の２つの５　のバイ ブ１ダイゼーシヨン Ｎｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｆｒｉｃａｎｕｍ　２５４２０　６８．１６９ ．４７０．６Ｍ、ａｓｉａｔｉｅｕｍ　２５２７４　３．４　５．３　１．８Ｎ 、ａｖｉｕｍ　’　２５２９１　０．９　１．６　１．４Ｍ、ｂｏｖｉｓ　１９ ２１０　６３．１７５．３７４Ｍ、ｃｈｅｌｏｎａｅ　１４４７２　１．１　１ ．５　１．６Ｍ、ｆｌａｖｅｓｅｅｎｓ　１４４７４　０．９　２．７　１．４ Ｍ、ｆｏｒｔｕｉｔｕｍ　６８４１　１．１　３．６　１．５Ｍ、ｇａｓｔｒｉ 　１５７５４　０．８　３．６　１．７Ｍ、ｇｏｒｄｏ、ｎａｅ　１４４７０　 １．１　１．６　１．４Ｍ、ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｍ　２９５４８　０．８　３ ．２　１．７Ｍ、１ｎｔｒａｃｅｌ！ｕｌａｒｅ　１３９５０　１．１　１．６ 　１．４Ｍ、ｋａｎｓａｓｉｉ　１２４７８　１．３　２．１　２．ＯＮ、ｍａ ｌｍｏｅｎｓｅ　２９５７１　０．９　２．８　１．５Ｍ、＋ｓａｒｉｎｕｍ　 ８２７　１．１　２．１　１．５Ｌｎｏｎｅｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃｕｍ　１９３ ０　１．１　３．０　１．５Ｍ、ｐｈｌｅｉ　１１７５８　１．３　１．３　１ ．ＩＮ、ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ　１９９８１　１．１　３．４　１．６Ｍ、 ｓｈｉｍｏｉｄｅｉ　２フ９６２　１．０　２．７　１．６Ｍ、５１ｍ１ａｅ　 ２５２７５　１．２　２．９　１．８Ｍ、ｓｍｅｇｍａｔｉｓ　ｅ１４４６８　 ０．９　１．５　１．２Ｍ、ｓｚｕｌｇａｉ　２３０６９　１．１　３．６　１ ．１Ｍ、ｔｅｒｒａｅ　１５７５５　１．０　３．７　２．ＯＮ、ｔｈｅｒｍｏ ｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉｌｅ　１９５２７　１．０　１．６　１．３Ｎ、ｔｒｉｖ ｉａｌｅ　２３２９２　１．２　Ｌ、Ｓ　２．ＯＮ、ｔｕｂｅｒｅｕｌｏｓｉｓ （ａｖｉｒ）　２５１７７　６６．２　７５　６８Ｍ、ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉ ｓ（ｖｉｒｕ）　２７２９４　６２．４７４　７５Ｍ、ｕｌｃｅｒａｎｓ　１９ ４２３　０．９　１．７　３．ＯＮ、ｖａｃｅａｅ　１５４８３　０．８　１． ４　１．２Ｍ、ｘｅｎｏｐｉ　１９９７１　２．６　１．４　１．２犬１」１し ２３Ｓ　ｒＲＮＡの高保存領域に相補的なプライマーを使用しＭ、　ｔｕｂｅｒ ｃｕｌｏｓｉｓ複合体の２３Ｓ　ｒＲＮＡに特異的なプローブを作製した。　Ｅ 、ｅｏｌｉ　ｒＲＮＡに由来のこのプライマーの配列は５°−＾ＧＧ＾＾ＣＣＣ Ｔ　ＴＧに　にＣＴ　ＴＴＣＣＧ−３゜であった、　５ｎｙのこのプライマーを １μｓのＭ、　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ由来のｒＲＮＡ及び別の近縁りＡ舅す ニＵ工おり一由来のｒＲＮＡと混合し、実施例１．２及び３に記載の手順で処理 した。実施例１に記載のごとく整列後に、配列 ＴＧＣＣＣＴＡＣＣＣＡＣＡＣＣＣＡＣＣＡＣ＾＾ＧにＴにＡｒｔ；ＴがＭｔｂ 微生物複合体、旺蛤巨殖吐匡り国ｖ１吐旺江・肛阻−ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｆ ｒｉｃａｎｕ翔、Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｂｏｖユ１及び町ｔｃｏ上ａｃ −ｔｅｒｉｕ輸ｍ１ｃｒｏｔｉに特異的であることを決定した。
この配列はＭｔｂ−細菌複合体の２３Ｓ　ｒＲＮＡで検出される非反復セグメン トに相補的である。長さ、ＴＩＩ及び配列解析に関する判定基準によって前記の ごとくオリゴヌクレオチドプローブを特性決定した。プローブのサイズは３１塩 基である。
プローブはＴｍ７２．５℃であり、配列解析によって１０−ブが正しく合成され たことが確認された。このプローブはＥ、ｃｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮＡの塩基１ １５５〜１１９ｏニ対応スル領域ニハイブリダイズし得る。
Ｍｔｂ複合体に対するこの配列の反応性を証明するために、プローブを以下の条 件下のハイブリダイゼーション反応で試験した　３２ｐ末端標識オリゴヌクレオ チドプローブを１Ｍｇ（７Ｘ１０−１ｆｆモル）のｂ王旦旦軽」旦り画ｌ−リ→ 至υＩ」旦ｓｉｓユの精製ｒＲＮ＾と混合し、０．１２Ｍ　ＰＢ（等モル量のＮ ａＪＰＯ，及びＮ１１Ｈ２ＰＯ，）、１１１８ＥＤＴ＾及ヒＯ，，０２％　５Ｄ Ｓ（ドデシルＷｉＬｗｉナトリウム）中で６５℃で６０分間反応させ最終容量５ ０４にした。別の試験管でプローブを、標的ｂ５旦ｂａａ工（１見し」１ｈ工犯 ＋Ｉｏｓ伽−ｒＲＮ＾を含むハイブリダイゼーションバッファ及びこの標的を含 まないハイブリダイゼーションバッファと夫々混合した。前記のごとくヒドロキ シアパタイトで分離し、ハイブリッドをシンチレーションカウンティングで定量 した。これらの結果を表１４に示す。
１区 ＆＾に　Ｍｔｂ−ム　２３Ｓ　ｒＲＮＡ　ＤＮ＾プローブのハ　ブ１ダイゼーシ ョン これらのデータは、相同性標的に対するプローブの反応度が高いこと及びヒドロ キシアパタイトに対する非特異的結合がきわめて少ないことを示す。
プローブのＭｔｂ複合体特異性を試験するために、ＭｕｒｐｈＦ等の米国特許出 願第８４１８６０号に記載の超音波破壊法で４種ｉ（７）Ｍｔｂ−桿菌複合体及 び別の２５のＨｙｃｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ種の細胞から遊離されたｒＲＮＡと２ ２ｐ標識プローブとを混合しり、実施例１と全く同様にハイブリダイゼーション アッセイを行なった０表１５は、プローブがＭｔｂ複合体に特異的であること及 び他のＭｙｅｏｂａｅｔｅｒｉｕ一種とは反応しないことを示す。
Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　に　るＭｔｂ−ム　２３Ｓ　ｒＲＮＡ　ＤＮ＾プ ローブのバイブ１ダイゼーシヨン 微生物　＾ＴＣＣ＃　プローブ結合２ Ｈｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｆｒｉｃａｎｕｍ　２５４２０　３３．６Ｍ、 ａｓｉａｔｉｃｕｍ　２５２７６　１．２Ｍ、ａｖｉｕｍ　２５２９１　１．Ｏ Ｈ，ｂｏｖｉｓ　１９２１０　３２．ＯＭ、ｃｈｅｌｏｎａｅ　１４４７２　１ ．２Ｍ、ｆｌａｖｅｓｃｅｎｓ　１４４７４　１．２Ｍ、ｆｏｒｔｕｉｔｕｍ　 ６８４１　１．３Ｍ、ｇａｓｔｒｉ　１５７５４　１．ＩＨ，ｇｏｒｄｏｎａｅ 　１４４７０　１．２Ｍ、ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｍ　２９５４８　１．２Ｍ、１ ｎｔｒａｅｅｌｌｕｌａｒｅ　１３９５０　１．ＩＮ、ｋａｎｓａｓｉｉ　１２ ４７９　１．３Ｍ、ｍａｌｓｏａｎｓｅ　２９５７１　１．３Ｍ、ｍａｒｉｎｕ ｍ　８２７　１．２ Ｍ、ｎｏｎｅｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃｕｎ　１９３０　１．ＯＮ、ｐｈｌｅｉ　１ １７５８　１．Ｏ Ｍ、ｓｃｒｏｆｕｌａｅｅｕｍ　１９９８１　１．ＩＮ、ｓｈｉｍｏｉｄｅｉ　 ２７９６２　１．２Ｎ、５１ｍ１ａｅ　２５２７５　１．３Ｍ、ｓｍｅｇ＋１ａ ｔｉｓ　ｅ１４４６８　１．ＩＮ、５ｚｕｌｌ（ａｉ　２３０６９　１．ＩＮ、 ｔｅｒｒａｅ　１５７５５　１．ＯＮ、ｔｈｅｒｍｏｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉｌｅ 　１９５２７　１．２Ｍ、ｔｒｉｖｉａｌｅ　２３２９２　１．ＯＮ、ｔｕｂｅ ｒｃｕｌｏｓｉｓ（ａｖｉｒｕｌｅｎｔ）２５１７７　３３．７Ｍ、ｔｕｂｅｒ ｃｕｌｏｓｉｓ（ｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２７２９４　３８．ＩＮ、ｕｌｃｅｒａ ｎｓ　１９４２３　１．３Ｍ、ｖａｃｃａｅ　１５４８３　１．ＯＮ、ｘｅｎｏ ｐｉ　１９９７１　１．３寒１」［［ ２３Ｓ　ｒＲＮＡに相補的な２つの非反復プライマーを使用し更定した（実施例 ５〜７）。第１配列は ＣＣＡＴＣＡＣＣＡＣＣＣＴＣＣＴＣＣＧＧＡＧＡＧＧ＾＾＾＾ＧＧである。こ の実施例５の配列は、配列 ５”−ＧＧＣＣＡＴ　ＴＡＧ　ＡＴＣＡＣＴ　ＣＣ−３’をもつ２３Ｓプライマ ーを使用して得られた。この配列を特ｆｒｉｃａｎｕ−及びＭ　ｃｏｂａｅｔｅ ｒｉｕｍ　ｂｏｖｉｓ工等を含むＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕ＠ｔｕｂｅｒｃｕｌ ｏｓｉｓの微生物複合体に特異的であることを知見した。　２３Ｓ　ｒＲＮ＾Ｒ ＮＡこの配列は長さ３１塩基でＴ−７２℃である。
このプローブはＥ、ｃｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮへの塩基５４０〜５７５に対応す る領域で前記微生物のＲＮＡにハイブリダイズし得る。
１□巨、ユ国、。旺□吐。恒複合体に対するこのプローブの反応性及び特異性を 証明するために、このプローブを以下の条件下のハイブリダイゼーション反応で 試験した。
Ｍｕｒｐｈｙ等、米国特許出願第８４１８６０号に記載の超音波破壊法で３０の Ｍｙｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種の細胞から遊離されたｒＲＮＡと）２Ｐ末端標識 オリゴヌクレオチドプローブとを混合しな、３Ｘ１０’の細胞を０．１ｘｌの５ ％ＳＤＳに懸濁させ５０〜６０℃で１５分間超音波処理し、た、１１１１のハイ ブリダイゼーションバッファ（４５％スルホコハク酸ジイソブチル、４０ｍＭリ ン酸バッファｐＨ６，８，１閣Ｍ　ＥＤＴ＾、１ｍＭ　ＥＣＴ八）を添加し、混 合物を７２℃で２時間インキュベートした。インキュベーション後、４１１の２ ％（、／Ｖ）ヒドロキシアパタイト、０．１２Ｍリン酸ナトリウムバッファｐＨ ６，８，０，０２％ＳＤＳ、０．０２％ナトリウムアジドを添加し、７２℃で５ 分間インキュベートした。標本を遠心し、上清を除去した。４Ｒ１の洗浄液（０ ，１２Ｍリン酸ナトリウムバッファｐＨ６，８，０，０２％ＳＤＳ、０．０２％ ナトリウムアジド）を添加し、標本を攪拌し、遠心し、上清を除去した。ヒドロ キシアパタイトに結合した放射能をシンチレーションカウンティングによって測 定した。結果を表１６に示す、この結果は、プローブがＭ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉ ｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ微生物複合体に特異的であることを示す。
（以下余白） 宍」見 Ｈｃｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ　に　る　５のＭ、ｔｕｂｅｒｅｕｌｏｓｉｓ　”プ ローブのバイブＩ　イゼーション Ｍｙｅｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ａｆｒｉｃａｎｕｍ　２５４２０　１８．０Ｍ、 ａｓｉａｔｉｃｕｍ　２５２７４　２．６Ｍ、ａｖｉｕｍ　２５２９１　３．４ Ｍ、ｂｏｖｉｓ　１９２１０　２１．７Ｍ、ｂｏｖｉｓ（ＢＣＧ）　３５７３４ 　３５．３Ｍ、ｅｈｅｌｏｎａｅ　１４４７２　３．８Ｍ、ｆ　Ｉａｖｅｓｅｅ ｎｓ　１４４７４　２．３Ｍ、ｆｏｒｔｕｉｔｕ＋＊　６８４１　１．８Ｍ、ｇ ａｓｔｒｉ　１５７５４　２．２Ｍ、ｇｏｒｄｏｎａｅ　１４４７０　２．８Ｍ 、ｈａｅｍｏｐｈｉ　ｌｕｇ　２９５４８　２．８Ｍ、１ｎｔｒａｃｃｌｌｕｌ ａｒｅ　１３９５０　２．１Ｍ、ｋａｎｓａｓｉｉ　１２４７８　１．６Ｍ、ｍ ａｌｍｏｅｎｓｅ　２９５７１　２．３Ｍ、ｍａｒｉｎｕｍ　８２７　２．Ｉ Ｍ、ｎｏｎｅｈｒｏｍｏｇｅｎｉｅｕｍ　１９３０　２．３Ｈ，ｐｈｌｅｉ　１ １７５８　２．１ Ｈ，ｓｃｒｏｆｕｌａｅｅｕｍ　１９９８１　２．２Ｍ、ｓｈｉ＋＊ｏｉｄｅｉ 　２７９６２　１．９Ｍ、５１ｍ１ａｅ　２５２７５　２．２Ｈ，ｓｍｅｇｍａ ｔｉｓ　ｅ１４４６８　２．ＯＭ、ｓｚｕｌｇａｉ　２３０６９　２．２Ｍ、ｔ ｅｒｒａｅ　１５７５５　２．２Ｍ、ｔｈｅｒｎ＋ｏｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉＩｅ 　１９５２７　２．２Ｍ、ｔｒｉｖｉａｌｅ　２３２９２　２．ＯＨ，ｔｕｂｅ ｒｃｕｌｏｓｉｓ（ａｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２５１７７　２６．４Ｍ、ｔｕｂ噛 ｒｃｕｌｏｓｉｓ（ｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２７２９４　３６．６Ｍ、ｕｌｅｅｒ ａｎｓ　１９４２３　２．５Ｍ、ｖａｅｃａｅ　１５４８３　２．４Ｍ、ｘｅｎ ｏｐｉ　１９９７１　２．８表１７は、前記方法で試験するとプローブが近縁の 微生物のいずれに由来するＲＮＡとも交差反応しなかったことを示す。
宍」Ｉ 叉・に゛　の　に　る　５のＭ、ｔｕｂｅｒ−ｃｕｌｏｓｉｓ　合　プローブの バイブ１ダイゼーシヨン１１１　１史１　１査１！二１１ ＾ｅｔｉｎｏ＋＊ａｄｕｒａ　請ａｄｕｒａｅ　１９４２５　２．１＾ｅｔｉｎ ｏｐｌａｎｅｓ　１ｔａｌｉｃｕｓ　１００４９　３．１＾ｒｔｈｒｏｂａｃｔ ｅｒ　ｏｘｉｄａｎｓ　１４３５８　２．１Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１ ｉｎｅｎｓ　ｅ９１７２　１．９Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕ＋＊　ｘｅｒｏ ｓｉｓ　３７３　２．２Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ　ｅｏｎｇｏｌｅｎｓｉｓ 　１４３６７　２．２Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｌａｅｔｉｃｕｍ　８１ ８０　２．ＩＮｏｅａｒｄｉａ　ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ　１９２４７　２．０Ｎ ｏｅａｒｄｉａ　ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ　１９２９６　２．２Ｎｏｃａｒｄ ｉａ　ｏｔｉｔｉｄｉｓ−ｃａｖｉａｒｕｎ　１４６２９　２．０Ｎｏｃａｒｄ ｉｏｐｏｓｉｓ　ｃｌａｓｓｏｎｖｉｌｌｅｉ　２３２１８　４．００ｅｒｓｋ ｏｖｉａ　ｔｕｒｂａｔａ　３３２２５　２．２０ｅｒｓｋｏｖｉａ　ｘａｎｔ ｈｉｎｅｏｌｙｔｉｃａ　２７４０２　２．０Ｒｈｏｃｌｏｃｏｃｃｕ　ａｉｃ ｈｉｅｎｓｉｓ　３３６１１　１．９Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒａｎｔｉ ａｃｕｓ　２５９３８　２．０Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ　ｂｒｏｎｃｈｉａｌｉ ｓ　２５５９２　２．１Ｒｈｏｄｏｅｏｃｃｕｓ　ｃｈｕｂｕｅｎｓｉｓ　３３ ６０９　２．３Ｒｈｏｄｏｅｏｅｅｕｓ　ｅｑｕｉ　６９３９　２．４Ｒｈｏｄ ｏｃｏｃｃｕｓ　ｏｂｕｅｎｓｉｓ　３３６１０　２．２Ｒｈｏｄｏｃｏｅｃｕ ｓ　５ｐｕｔｉ　２９６２７　２．３夾１ｊ１Ｌ 配列 ５″−ＣＣＴ　にＡＴ　ＴＧＣＣＧＴ　ＣＣＡ　ＧＧＴ　Ｔ［；Ａ　ＧＣＧ＾＾ ＣＣＴＴ　ＴＧＧ　に−３”をもつ２３Ｓプライマーを使用して第２のｂ」工ｏ ｂａｃｔｅ工第１−ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体プローブを作製した。この プローブの配列は ＣＴＧＴＣＣＣＴ＾＾＾ＣＣＣＧＡＴＴＣＡＧＧＧＴＴＣＧＡＧＧＴＴＡｔｌ： ＡＴＧＣであった。
２３Ｓ　ｒＲＮＲＮＡのこの配列は長さ３８塩基でＴｍ７５℃である。
これはＥ、ｅｏｌｉ　Ｚ３Ｓ　ｒＲＮＡの塩基２１９５〜２２３５に対応する領 域にハイブリダイズする。
実施例５の複合体プローブと同様に、この配列を特性法Ｉｏｓｉｓ微生物複合体 に特異的であることを知見した。
Ｍ　ｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体に対するこの 実施例６のプローブの反応性及び特異性を証明するために、冥施例５のプローブ に関して記載した条件下のハイブリダイゼーション反応のプローブとして試験し た。結果を表１８に示す、この結果は、プローブは、生の単離物（ｒａｒｅ　１ ｓｏｌａｔｅ）がヒト病原体にはならないｂ岱旦粕匹１幻づｕｓ　ｔｈｅｒ＋＊ 旦二：５ｉｓｔｉ−」を除＜５３１粕、±ユづ。、」且ｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ− 微生物複合体に特異的であることを示す。
Ｌ往 Ｍ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｓ＋　に・　る　６のＭ、ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ 　Ａプローブのバイブ１ダイゼーシヨン １先１　汀息１　１會にニブＩ Ｍｙｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｆｒｉｃａｎｕｍ　２５４２０　５６．０Ｍ、 ａｓｉａｔｉｃｕｍ　２５２７４　３．ＩＭ、ａｖｉｕｍ　２５２９１　２．６ Ｍ、ｂｏｖｉｓ　１９２１０　４８．ＯＭ、ｂｏｖｉｓ（ＢＣＧ）　３５７３４ 　６３．０Ｍ、ｃｈｅｌｏｎａｅ　１４４７２　２．８Ｍ、ｆ　１ａｖｅｓｃｅ ｎｓ　１４４７４　２．８Ｍ、ｆｏｒｔｕｉｔｕｍ　６８４１　３．ＯＭ、ｇａ ｓｔｒｉ　１５７５４　３．２Ｍ　４ｏｒｄｏｎａｅ　１４４７０　３．０Ｍ、 ｈａｅｓｏｐｈｉｌｕｍ　２９５４８　３．ＯＮ、１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｅ　１３９５０　３．６Ｍ、ｋａｎｓ−ａｓｉｉ　１２４７８　３．９Ｍ、ｍａ ｌｍｏｅｎｓｅ　２９５７１　２．９Ｍ、ｍａｒｉｎｕｍ　８２７　２．９ Ｍ、ｏｏｎｅｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃｕｍ　１９３０　４．８Ｍ、ｐｈｌｅｉ　１ １７５８　２．９ Ｍ、５ｃｒｏｆｕｌａｃｅｕ輸　１９９８１　２．６Ｍ、ｓｈｉｍｏｉｄｅｉ　 ２７９６２　３．６Ｍ、ｓｉ＋＊ｉａｅ　２５２７５　３．３Ｍ　、ｓｍＢｍａ ｔ　ｉｓ　ｅ１４４６８　３　、ＯＮ、ｓｚｕｌｇａｉ　２３０６９　２．８Ｍ 、ｔｅｒｒａｅ　１５７５５　２．８Ｍ、ｔｈｅｒｍｏｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉｌ ｅ　１９５２７　１１．７Ｍ、ｔｒｉｖｉａｌｅ　２３２９２　３．２Ｍ、ｔｕ ｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ａｖｉｒｕｌｅｎｔ）２５１７７　６５．ＯＮ、ｔｕｂ ｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２７２９４　５３．ＯＮ、ｕｌｃｅ ｒａｎｓ　１９４２３　２．５Ｈ，ｖａｃｃａｅ　１５４８３　２．８Ｍ、ｘｅ ｎｏｐｉ　１９９７１　３．３また表１９は、前記方法で試験すると、プローブ が系統分１旦 二、　に縁の微生　に　る　６のＭ、ｔｕｂｅｒ−ｃｕ１ｏｓｉｓム　プローブ のハイブリダイゼーション＾ｃｔｉｎｏｎａｄｕｒａ　ｍａｄｕｒａｅ　１９４ ２５　１．３＾ｅｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ　１ｔａｌｉｅｕｓ　１００４９　０． ６＾ｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ　ｏｘｉｄａｎｓ　１４３５８　１．１Ｂｒｅｖｉ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１ｉｎｅｎｓ　ｅ９１７２　０．８Ｃｏｒｙｎｅｂａｅｔ ｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　１．ＯＤｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ　ｃ ｏｒ＋ｇｏｌｅｎｓｉｓ　１４’！６７　０．６Ｍｉｃｒｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ 　Ｉａｃｔｉｃｕ網８１８０　１．９Ｎｏｃａｒｄｉａ　ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ 　１９２４７　０．９Ｎｏｃａｒｄｉａ　ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ　１９２９ ６　０．８Ｎｏｃａｒｃｌｉａ　ｏｔｉｔｉｄｉｓｃａｖｉａｒｕｍ　１４６２ ９　１．５Ｎｏｅａｒｄｉｏｐｏｓｉｓ　ｄａｓｓｏｎｖｉｌｌｅｉ　２３２１ ８　０．５０ｅｒｓｋｏｖｉａ　ｔｕｒｂａｔａ　３３２２５　０．３Ｏｅｒｓ ｋｏｖｉａ　ｘａｎｔｈｉｎｅｏｌｙｔｉｃａ　２７４０２　０．８Ｒｈｏｃｌ ｏｅｏｅｃｕ　ａｉｃｈｉｅｎｓｉｓ　３３６１１　１．６Ｒｈｏｄｏｃｏｅｃ ｕｓ　ａｕｒａｎｔｉａｃｕｓ　２５９３８　０．７Ｒｈｏｃｌｏｅｏｃｃｕｓ 　ｂｒｏｎｃｈｉａｌｉｓ　２５５９２　１．５Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ　ｅｈ ｕｂｕｅｎｓｉｓ　３３６０９　０．８Ｒｈｏｄｏｅｏｅｃｕｓ　ｅｑｕｉ　６ ９３９　０．３Ｒｈｏｄｏｅｏｃｃｕｓ　ｏｂｕｅｎｓｉｓ　３３６１０　０． ８Ｒｈｏｄｏｃｏｃｅｕｓ　５ｐｕｔｉ　２９６２７　１．４夾１」［Ｌ 実施例６と同じ配列、即ち配列 ５’−ＣＣＴ　にＡＴ　ＴにＣＣにＴ　ＣＣＡ　ＧＧＴ　ＴＧＡ　ＧＧＧ　八＾ ＣＣＴＴ　ＴＧに　Ｇ−３゜をもつ２３Ｓプライマーを使用して、別の配列＾Ｇ ＧＣＡＣＴＧＴＣＣＣＴ＾＾＾ＣＣＣＧ八ＴＴＣＡＧＧにＴＴＣをもつ５エニゆ ａｅｔｅｒｉｕｍ　ｔｕ旦虹！頂」且ｉ工複合体プローブを同定した。
２３Ｓ　ｒＲＮ八由へのこの配列は長さ３１塩基でＴｍ７１℃であった。
これはＥ、ｃｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮ＾の塩基２１９５〜２２３５に対応する領 域にハイブリダイズする。実施例５及び６のＭ　ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔ工ｕ ｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体プローブと同様にこの配列を特性決定し、Ｍ　ｅｏ ｂａｃｔｅｒｉｕｍユｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｈｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａ ｆｒｉｅａ−１゜ｓｉｓ微生物複合体に特異的であることを知見した。
ｂ５工１Ｖ！口」１倶１１りじエシリュ１ｉユ複合体に対するこのプローブの反 応性及び特異性を証明するために、このプローブを実施例５のプローブに関して 記載した条件下のハイブリダイゼーション反応のプローブとして試験した・表２ ０は・このプローブが１３ユ勤、±えユニｍ　ｔｕｂｅ工ｅｕｌｏｓｉｓ−微生 物複合体に特異的であることを示す。
１竣 Ｍｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　に−る　７のＭ、ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ　Ａプ ローブのバイブ１ダイゼーシヨン 良支１　汀息Ｉ　１會１ユ：ブＩ Ｍｙｅｏｂａｅｔｅｒｉｕ＋ｓ　ａｆｒｉｅａｎｕｍ　２５４２０　４３．ＯＭ 、ａｓｉａｔｉｃｕｍ　２５２７４　０．６Ｈ，ａｖｉｕｍ　２５２９１　０． ７ Ｍ、ｂｏｖｉｓ　１９２１０　４３．ＯＮ、ｂｏｖｉｓ（ＢＣＧ）　３５７３４ 　４６．０Ｍ、ｃｈｅｌｏｎａｅ　１４４７２　０．６Ｍ、ｆＩａｖｅｓｃｅｎ ｓ　１４４７４　０．６Ｍ、ｆｏｒｔｕｉｔｕ論　６８４１　０．５Ｍ、ｇａｓ ｔｒｉ　１５７５４　０．９Ｍ、ｇｏｒｄｏｎａｅ　１４４７０　０．７Ｍ、ｈ ａｅｍｏｐｈｉｌｕｍ　２９５４８　０．６Ｍ、１ｎｔｒａｅｅｌｌｕｌａｒｅ 　１３９５０　０．６Ｍ、ｋａｎｓａｓｉｉ　１２４７８　０．９Ｍ、ｍａｌ＋ ＊ｏｅｎｓｅ　２９５７１　０．８Ｍ、＋ａａｒｉｎｕ＋ｎ　８２７　０．７Ｍ 、ｎｏｎｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｅｕａ　１９３０　０．８Ｍ、ｐｈｌｅｉ　１１ ７５８　０．６ Ｍ、５ｃｒｏｆｕｌａｃｅｕ＋＊　１９９８１　０．７Ｍ、ｓｈｉｍｏｉｄｅｉ 　２７９６２　０．８Ｍ、ｓｉ＋＊ｉａｅ　２５２７５　０．７Ｍ、ｓｍｅｇｍ ａｔｉｓ　ｅ１４４６８　０．６Ｍ、５ｚｕｌＨａｉ　２３０６９　０．６Ｍ、 ｔｅｒｒａｅ　１５７５５　０．７Ｍ、ｔｈｅｒｍｏｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉｌｅ 　１９５２７　０．９Ｍ、ｔｒｉｖｉａｌｅ　２３２９２　０．’７Ｍ、ｔｕｂ ｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ａｖｉｒｕｌｅｎｔ）２５１７７　４０．０Ｍ、ｔｕｂｅ ｒｃｕｌｏｓｉｓ（ｖｉｒｕｌｅｎｔ）　２７２９４　５０．０Ｍ、ｕｌｃｅｒ ａｑｓ　１９４２３　０．７Ｍ、ｖａｃｅａｅ　１５４８３　０．４Ｍ、ｘｅｎ ｏｐｉ　１９９７１　０．６また表２１は、前記方法で試験するとプローブが近 縁の微生物のいずれに由来するＲＮＡとも交差反応しなかったことを示す。
１肚 二　８　に゛　の　に・　る　７の％、ｔｕｂｅｒ−Ｃｕ１０ＳｉＳＡ　プロー ブのバイブＩ　イゼーション＾ｃｔｉｎｏｍａｄｕｒａ　ｍａｄｕｒａｅ　１９ ４’２５　１．０＾ｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ　１ｔａｌｉｅｕｓ　１００４ｇ　 （１，６＾ｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ　ｏｘｉｄａｎｓ　１４３５８０．４Ｂｒｅ ｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１ｉｎｅｎｓ　ｅ９１７２　０．ＢＣｏｒｙｎｅｂａ ｃｔｅｒｉｕ＋＊　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　Ｑ、１３Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌ ｕｓ　ｃｏｎｇｏｌｅｎｓｉｓ　１４３６７　Ｑ、３Ｍｉｅｒｏｂａｃｔｅｒｉ ｕｍ　ｌａｅｔｉｃｕｍ　８１８０　Ｑ、５Ｎｏｅａｒｃｌｉａ　ａｓｔｅｒｏ ｉｄｅｓ　１９２４７　０．７Ｎｏｃａｒｄｉａ　ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ　 １９２９６　０．５Ｎｏｃａｒｄｉａ　ｏｔｉｔｉｄｉｓｅａｖｉａｒｕｍ　１ ４６２９　０．６Ｎｏｃａｒｄｉｏｐｏｓｉｓ　ｄａｓｓｏｎｖｉｌｌｅｉ　２ ３２１８　０．６０ｅｒｓｋｏｖｉａ　ｔｕｒｂａｔａ　３３２２５　０．８０ ｅｒｓｋｏｖｉａ　ｘａｎｔｈｉｎｅｏｌｙｔｉｃａ　２７４０２　０．６Ｒｈ ｏｄｏｃｏｃｅｕ　ａｉｃｈｉｅｎｓｉｓ　３３６１１　０．７Ｒｈｏｄｏｃｏ ｃｃｕｓ　ａｕｒａｎｔｉａｃｕｓ　２５９３８　０．７Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕ ｓ　ｂｒｏｎｅｈｉａｌｉｓ　２５５９２　０．６Ｒｈｏｄｏｅｏｃｃｕｓ　ｃ ｈｕｂｕｅｎｓｉｓ　３３６０９　０．６Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ　ｅｑｕｉ　 ６９３９　０．６Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ　ｏｂｕｅｎｓｉｓ　３３６１０　０ ．６Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ　５ｐｕｔｉ　２９６２７　０．９特に、オーバー ラツプするプローブは同じ特異性をもつ。
例えば実施例６及び実施例７のプローブを比較するとよい。
Ｅｘ、６　ＣＴＣＴＣＣＣＴ＾＾＾ＣＣＣＧＡＴＴＣＡｆｌ：にＧＴＴＣＧＡＧ ＧＴＴＡ（：ＡＴＧＣＥｘ、７　＾ＧＧＣＡＣＴにＴＣＣＣＴ＾＾＾ＣＣＣＧＡ ＴＴＣＡにＧＧＴＴＣ所望のハイブリダイゼーション特性をもつ１０−プを生じ る特定領域から複数の配列が得られる。別の場合には、１つのプローブ配列が、 １つの塩基だけしか違わな０別のプローブよりもかなりすぐれて（する、一般Ｇ こ、標的微生物と非標的微生物との間の配列差異（不整合％）が大きｔ）はと、 特定用途に対するプローブの有効性を損なうことなくプローブを変性し易い、こ の現象は実施例３のプローブ誘導体によっても証明される。
実施例７のプローブは、実施例６のプローブの５°末端に５つの°塩基が付加さ れ３′末端から１２の塩基が除去されたもノテある。２つのプローブは本質的に 同じハイブリダイゼーション特性を示す。
１ｍ Ｎｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属はＮｏｃａｒｄｉａ、　Ｃｏｒ　ｎｅｂａｃｔｅ ｒｉｕ＋＊−及び肋且−ｄｏｃｏｃｃｕｓとの識別が特に難しい、これらの属は 共通の抗原、沈降素及びＧ＆Ｃカウント数をもつ、これら゛の微生物はまた前記 に網羅したＭ　ｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ微生物に対して９２〜９４％のｒＲＮ＾ ＲＮＡ示す、しかしながら出願人等は近縁風と交差反応することな（ＭＢユｂａ ｃｔｅｒｉｕｍ−属のすべての菌を検出するプローブを設計した。
１６Ｓ　ｒＲＮＡに相補的な１つのプライマーと２３Ｓ　ｒＲＮＡに相補的な１ つのプライマーとを使用し、既に開示したＭｙｅｏｂａｃ−ｔｅｒｉｕｍ種の１ ０−ブ以外にＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の菌に特異的な４つのプローブを同 定した。配列１は、配列５′−ＴＴＡ　ＣＴＡ　ＧＣＧ　ＡＴＴ　ＣＣに　ＡＣ Ｔ　ＴＧＡ−３′をもつ１６Ｓプライマーを用いて得られた。配列２．３および ４は、配列 ５’−ＧＴＧ　ＴＣに　にＴＴ　ＴＴに　ＧＧＴ　ＡＣに−３’をもつ２３Ｓプ ライマーを用いて得られた。配列１はＥ、ｅｏｌｉ１６Ｓ　ｒＲＮＡの塩基１０ ２５〜１０６０に対応する領域でＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉ−ｕｍ属のＲＮＡにハ イブリダイズし得る。配列２〜４は夫々、我々の数え方で（第２図参照）Ｅ、ｃ ｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮへの塩基１４４゜〜１４７５．１５１５〜１５５５及び １５７０〜１６１０に夫々対応する領域にハイブリダイズする。
配列 １　、ＣＣＡ　ＴＧＣＡＣＣＡＣＣＴＧＣＡＣＡ　ＣＡＣ：　にＣＣ八Ｃ＾　Ａ ＣＣ２、［１；にＣＴＴＧ　ＣＣＣＣＡＧ　ＴＡＴ　ＴＡＣＣＡＣＴＧＡ　ＣＴ ＣにＴＡ　ＣＧに３　、　ＣＡＣＣＧ＾＾ＴＴ　Ｃ（：ＣＣＴＣ＾＾ＣＣＧＧ　 ＣＴＡ　ＴＧＣＣＴＣＡＣＣＴＣ４、ＧＧＧ　ＧＴＡ　ＣＧＧ　ＣＣＣＧＴＣＴ ＧＴ　ＧＴ［；　ＣＴＣにＣＴ　ＡＧＡ　ＣＧＣを特性決定し、Ｍ　ｃｏｂａｃ ｔｅｒｉｕｍ属に特異性であることを証明した。
１６ｓ　ｒＲＮＡに由来の配列１は長さ３０塩基でＴｍ７３℃である。
２３Ｓ　ｒＲＮＡに由来の配列２は長さ３３塩基でＴｍ７５°Ｃである。
２３Ｓ　ｒＲＮＡに由来の配列３は長さ３５塩基でＴ−７６℃である。
２３Ｓ　ｒＲＮＡに由来の配列４は長さ３３塩基でＴｍ７３℃である。
ｂ５よりａｃｔｅｒｉｕｍ−属の菌に対するプローブ１の反応性及び特異性を試 験するために、以下の条件下のハイブリダイゼーション反応のプローブとして使 用した。　Ｍｕｒｐｈｙ等の米国特許出願第８４１８６０号に記載の超音波破壊 法で３０のＭｙｃｏｂａｅ−ｔｅｒｉｕ一種から遊離したｒＲＮＡと１２５Ｉ標 識プローブとを混合した。３ｘ１０’細胞を０．１ｘｌの５％ＳＤＳに懸濁させ 、５０〜６０℃で１５分間超音波処理した。１１．１のハイブリダイゼーション バッファ（４５％スルホコハク酸ジイソブチル、４０ＩＩＩＭリン酸ナトリウム ｐ）１６．８、ＩＪ　ＥＤＴＡ、１＋Ｍ　ＥＧＴ＾）を添加し、混合物を７２℃ で２時間インキュベートした。インキュベーション後、２１１の分離溶液（２， ５ｇ／ｌのカチオン性磁性マイクロスフイア、０．１７Ｍリン酸ナトリウムバッ ファ　ｐＨ６，８，７，５％トリトンＸ−Ｘ−１００（Ｔ、０．０２％ナトリウ ムアジド）を添加し、７２℃で５分間インキュベートした。磁性粒子に結合した ＲＮ＾＝プローブハイブリッドを収集し、上清を除去した。１１１の洗浄液（０ ，１２Ｍリン酸ナトリウムバッファｐＨ６，８，１４％スルホコハク酸ジイソブ チル、５％トリトンＸ−１００，０，０２％ナトリウムアジド）を添加し、粒子 を収集し上滑を除去した。この段階を２回繰り返した。磁性粒子に結合した放射 能をガンマカウンタで測定した。この結果を表２２に示す０表２２は、プローブ がＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の微生物にハイブリダイズすること及びプロー ブの組み合わせによって属の全部の微生物を検出できることを示す０表２３は１ ０−ブが別の近縁の細菌と反応しないことを示す。
老λ又 Ｍ　ｃｏｂａｅｔｅｒｉｕｌｌ　に１　るＭ　ｅｏｂａｅｔｅｒｉｕ＋＊プロー ブ１〜４のノ１Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｆｒｉｃａｎｕｍ　２５４２０ 　４１．５１４．７１７．９２８．７Ｍ、ａｓｉａｔｉｃｕｍ　２５２７４　３ １．８２０．２　７．９　０．ＩＮ、ａｖｉｕｍ　２５２９１　１１．７３４． ７１０．１　１．６Ｍ、ｂｏｖｉｓ　１９２１０　１９．４２８．４４４．６２ ０．９Ｍ、ｂｏｖｉｓ（ＢＣＣ）　３５７３４　３０．０３５．５１７．８　５ ．６Ｍ、ｃｈｅｌｏｎａｅ　１４４７２　８．６　０．７　６．３　０．２Ｍ、 ｆｌａｖｅｓｅｅｎｓ　１４４７４　２９．８１７．７　２．３　０．９Ｍ、ｆ ｏｒｔｕｉｔｕｍ　６８４１　３４．７　２．２　４．８　０．２Ｍ、ｇａｓｔ ｒｉ　１５７５４　２７．６６５．１　９．６２２．３Ｍ、ｇｏｒｄｏｎａｅ　 １４４７０　５０．７５５．２　３．１　０．４Ｍ、ｈａｅ＋＊ｏｐｈｉｌｕｍ 　２９５４８　４０．７　６０．７　０．４　１２．４Ｍ、１ｎｔｒａｃｅｌｌ ｕｌａｒｅ　３９５０　３８．８４８．３　０．９　５．４Ｍ、ｋａｎｓａｓｉ ｉ　１２４７８　５３．４２７．３２４．５２７．８Ｍ、ｍａｌｍｏｅｎｓｅ　 ２９５７１　３．１　３８．４　０．８　１．５Ｍ、ｍａｒｉｎｕｍ　８２７　 ４１．７　４．１　４．８　０．１Ｍ、ｎｏｎｃｈｒｏ＋ｓｏｇｅｎｉｃｕｍ　 １９３０　３５．０　４２．９　０．５　１６．４Ｍ、ｐｈｌｅｉ　１１７５８ 　２３．７　０．６　１．８　０．６Ｍ、ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ　１９９８ １　３５．１６６．９　０．９２６．４Ｍ、ｓｈｉｍｏｉｄｅｉ　２７９６２　 ３４．６　１．４　１．３　４．８Ｍ、５１ｍ１ａｅ　２５２７５　４５．９４ ４．０　５．３　０．ＩＮ、ｓｍｅｇｍａｔｉｓ　ｅ１４４６８３　３１．３　 ４．０　５．６　０．ＩＮ、５ｚｕｌＨａｉ　２３０６９　１９．４２２．３　 １．５　３．ＯＮ、ｔｅｒｒａｅ　１５７５５　２５．６２１．７　０．４１２ ．３Ｍ、ｔｈｅｒｍｏｒｅｓｉｓｉｔｉｂｉｌｅ　１９５２７　２０．３３４． ５　３．１　１７．６Ｍ、ｔｒｉｖｉａｌｅ　２３２９２　３７．３　４．６　 ４．３　０．ＩＮ、ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ｉｖｉｒ）　２５１７７　３８ ．５２８．３１１．３２３．ＯＮ、ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ｖｉｒｕ）　２ ７２９４　１３．８１２．４３８．４２２．３Ｍ、ｕｌｃｅｒａｎｓ　１９４２ ３　３３．９２８．７　０．４　８．９Ｍ、ｖａｃｃａｅ　１５４８３　８．８ ３６．２　４．８　３．２Ｍ、ｘｅｎｏｐｉ　１９９７１　３８．４　２．１　 ３．８　０．２退ユ１ １　・に近縁の　生　に対　る　１〜４のＭｃｏ−ｂａｃｔｅｒｉｕｍプローブ のハイブリダイゼーション＾ｃｔｉｎｏｍａｄｕｒａｍａｄｕｒａｅ　１９４２ ５　０．２　０．３　０．２　０．１八ｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ　１ｔａｌｉｃ ｕｓ　１００４９　０．４　０．５　０．３　０．２＾ｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｘｉｄａｎｓ　□　１４３５８　０．２　０．４　０．３　０．１Ｂｒｅｖｉ ｂａｅｔｅｒｉｕｍ　１ｉｎｅｎｓ　ｅ９１７２　０．３　０．３　０．３　０ ．ＩＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　０．４　０．３ 　０．３　０．ＩＤｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ　ｃｏｎｇｏｌｅｎｓｉｓ　１４ ３６７　Ｑ、４　０．６　０．３　Ｑ、２Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌａｃ ｔｉｃｕ＊　８１８０　０．２　０．３　０．２　０．ＩＮｏｃａｒｄｉａａｓ ｔｅｒｏｉｄｅｓ　１９２４７　０．３　０．３　０．４　０．ＩＮｏｅａｒｄ ｉａｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ　１９２９６　０．４　０．３　０．６　０．Ｉ Ｎｏｃａｒｄｉａ　ｏｔｉｔｉｄｉｓｃａｖｉａｒｕｍ　１４６２９　０．４　 ０．４　１．０　０．３Ｎｏｃａｒｃｌｉｏｐｏｓｉｓ　ｄａｓｓｏｎｖｉｌｌ ｅｉ２３２１８　０．３　０．２　０．３　０．１０ｅｒｓｋｏｖｉａｔｕｒｂ ａｔａ　３３２２５　０．２　０．２　０．３　０．１０ｅｒｓｋｏｖｉａ　ｘ ａｎｔｈｉｎｅｏｌｙｔｉｃａ　２７４０２　０．２　０．３　０．３　０．Ｉ Ｒｈｏｄｏｅｏｅｃｕａｉｃｈｉｅｎｓｉｓ　３３６１１　０．４　０．２　０ ．３　０．２Ｒｈｏｄｏｅｏｃｅｕｓａｕｒａｎｔｉａｃｕｓ　２５９３８　０ ．３　０．４　０．３　０．２Ｒｈｏｄｏｅｏｅｃｕｓｂｒｏｎｃｈｉａｌｉｓ 　２５５９２　０．４　０．３　０．３　０．ＩＲｈｏｄｏｃｏｅｃｕｓｃｈｕ ｂｕｅｎｓｉｓ　３３６０９　０．６　０．４　０．３　０．３Ｒｈｏｄｏｃｏ ｃｃｕｓｅｑｕｉ　６９３９　０．４　０．４　０．４　０．５Ｒｈｏｄｏｅｏ ｃｃｕｓｏｂｕｅｎｓｉｓ　３３６１０　０．５　０．５　０．３　０．ＩＲｈ ｏｄｏｃｏｃｃｕｓｓｐｕｔｉ　２９６２７　０．４　０．５　０．４　０．３ に蓬」［乳 Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａは細胞壁をもたない好気性小細菌である。
Ｍ　ｃｏ　Ｉａｓｍａ　ｎｅｕｍｏｎｉａｅは毎年８００万〜１５００万の感染 を生じると推定される。感染は無症状のときもありまた軽症から重症までの種々 の容態の気管支炎及び肺炎を引き起こすこともある。微生物は総人口の約１０％ の割合、また学生及び軍人のごとく長期間緊密に接触している集団では１０〜５ ０％の割合で肺炎を発病させると考えられている。
これまでの診断方法では、培養物中で微生物を単離するか又は抗体価の上昇を証 明することが必要であった。微生物を培養するためには、気管から採取した標本 を、細菌増殖インヒビターを含む寒天培地スは二相培地に接種する。
３〜４日間及び７〜１０日間の増殖を検査し、Ｍｙｃｏｐｌａｓｓａの有無を確 認する。ｂ凶７見と」ニジ堕虎工わド−は、血球吸着テスト（ヒツジ又はモルモ ットの赤血球に対するＭ、ｎｅｕｍｏｎｉａｅの付着能）、溶血テスト（血液寒 天中でヒツジ又はモル量・ントの赤血球のβ溶血を生起するＭ、　ｐｎｅｕ＋＊ ｏｎｉａｅの能力）、特異的抗体による増殖阻害又は特異的抗体との免疫蛍光に よって同定される必要がある０本発明はこれらの従来方法のいずれに比較しても 、試験が簡単で且つ診断所要時間が大幅に短縮されるという利点をもつ。
１２エユ４２ユニＩ２−の５Ｓ　ｒＲＮＡに特異的なプローブは、既知のｒＲＮ ＾配列の比較によって得られた。　Ｍ、ｎｅｕｍｏｎｉａｅ、　Ｍ。
むｄヱ７及びＵｒｅａ　Ｉａｓｍａ　ｕｒｅａｌ　ｔｉｃｕＩｌ（Ｒｏｇｅｒｓ ＋　Ｍ、Ｊ。
等、１９８５、Ｐｒｏｃ、　Ｎａｔｌ、＾ｅａｄ、　Ｓｅｉ、　ＵＳＡ、８２（ １１６０−１１６４＞、Ｈ，ｃａ　ｒｉｅｏｌｕｍ（Ｈｏｒｉ、Ｈ，等、１９８ １、Ｎｕｅｌ、＾ｃｉｄｓ　Ｒｅｓ、　９．５４０７−５４１０＞及びシｉＬす ↓Ｊセエ」リエ（Ｗａｌｋｅｒ、Ｒ，Ｔ、等、１９８２Ｎｕｃ１．＾ａｉｄｓ　 Ｒｅｓ、　１０．６３６３−６３６７）に由来の特定配列を整列させた。整列は ６頁に記載したように行なった。５Ｓ　ｒＲＮＡを単離し、ＲＯｇｅｒＳ等に記 載の方法で配列決定するか、又は５Ｓ　ｒＲＮＡ中の保存領域に相補的なプライ マーを作製し実施例１〜４に記載のごとく配列決定を行なった。　５Ｓ　ｒＲＮ Ａの保存領域はＦｏｘ、　Ｇ、Ｅ、及びＷｏｅｓｅ、Ｃ，Ｒ，，１９７５、Ｎａ ｔｕｒｅ　２５８：５０５−５０７に記載されている。配列［、ＣＴＴＧＧＴＧ ＣＴＴＴＣＣＴＡＴ丁ＣＴＣＡＣＴＧＡＡＡＣＡＧＣＴＡＣＡＴＴＣＧＧＣがＭ 　ｃｏ　ＩａｓＩＩｌａ　ｎｅｕｍｏｎｉａｅに特異的であることが決定された 。
この配列は、Ｅ、ｃｏｌｉ　５Ｓ　ｒＲＮＡの塩基６５〜１０８に対応する領域 でＭ　ｃｏ　Ｉａｓｍａ　ｎｅｕｍｏｎｉａｅの５Ｓ　ｒＲＮＡ中の非反復セグ メントに相補的であり、Ｍ　ｃｏ　Ｉａｓｍａ　ａｌｌｉｓｅ　ｔｉｃｕｍ、影 １１」−Ｉａｓｍａ　ｍｉｒｕｍ及びｔｌｒｅａ　Ｉａｓｍａ　ｕｒｅａｌ　ｔ ユｅＬ１ｍ−に由来の５Ｓ　ｒＲＮ＾配列との比較によって選択された。オリゴ ヌクレオチド１０−ブを前記のごとく特性決定した。プローブのサイズは４２塩 基でＴ鴎７１．５℃であった。
Ｍ　ｃｏ　ｌａｓｍａ　ｎｅｕｍｏｎｉａｅに対するこの配列の反応性を証明す るために、プローブを以下の条件下のハイブリダイゼーション反応で試験した。
３２Ｐ末端標識オリゴヌクレオチドプローブを１μｍ７（７ＸＩＱ−＋３モル） のＭ肥旦胚遥」シュ、畦□由来の精製ｒＲＮＡと混合し、０．１２Ｍ　ＰＢ（等 モル量のＮａＪＰＯ，及びＮａＨ２ＰＯ＜）、１１ＥＤＴＡ及ヒ０．０２％　５ ＤＳ（Ｆ　Ｔ”ｊルｉｆＢ＋　トリウム）中で６５℃で６０分間反応させ最終容 量５０．ｄにした。
別々の試験管でプローブと標的ｂコλ７見５す、ニジ□−を含むハイブリダイゼ ーションバッファ及び標的を含まないハイブリダイゼーションバッファとを夫々 混合した。前記のごとくヒドロキシアパタイトで分離し、ハイブリッドをシンチ レーションカウンティングで定量した。これらの結果を表２４に示す。
」旺 石ｒＲＮＡＧこ　るＭ、　ｎｅｕ＋ａｏｎｉａｅ　５Ｓ　ｒＲＮＡ　ＤＮ八へロ ーフ゛Ｍ、ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ５Ｓプローブ　８５〜９５％　０．５％このデ ータは、相同性標的に対するプローブの反応度が高いこと及びヒドロキシアパタ イトに対する非特異的結合がきわめて少ないことを示す。
Ｍ、ｎｅｕ＋ａｏｎｉａｅ　５Ｓプローブの特異性を試験するために、３２ｐ標 識プローブを別のり竺吐阻駐種の細胞から遊離されたｒＲＮＡと混合した。ハイ プリダイゼーションアッセイハ実施例１と全く同様に行なった０表２５は、１０ −ブがＭ９−Ｉａｓｍａ　ｎｅｕｍｏｎｉａｅに特異的であること及び他のいが なる５５且１」１１１種とも反応しないことを示す。
別のＭＣＯＩａＳｍａ種に・　るＭ、　ｎｅｕｍｏｎｉａｅプローブのバイブＡ ｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ　Ｉａｉｄｌａｗｉｉ　１４０８９　３．３Ｍ、ｂｕｃ ｃａ　ｌ　ｅ　２３６３６　１．７Ｍ、ｃａｐｒｉｏｃｏｌｕｍ　２３２０５　 ２．４Ｍ、ｃｏ！ｕｍｂｉｎｓａｌｅ　３３５４９　１．４Ｍ、ｆａｕｃｉｕｎ 　２５２９３　１．４Ｎ、ｆｅｒｖｅｎｔａｎｓ　１５４７４　１．ＯＭ、ｇａ ｌｌｉｓｅｐｔｉｃｕｍ　１９６１０　１．８Ｍ、ｇａｌｌｏｐｏｖｏｎｉｓ　 ３３５５１　１．６Ｍ、ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ　３３５３ｃ　１．７Ｍ、ｈｏｍ ｉｎｉｓ　１４０２７　１．３Ｎ、ｏｒａｌｅ　２３７１４　１．８ Ｍ、ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　１５５３１　７８．０Ｍ、ｐｒｉｍａｔｕｍ　１５ ４９７　１．６Ｍ、ｓａｌｉｖａｒｉｕｍ　２３０６４　０．６Ｓｐｉｒｏｐｌ ａｓｍａ　＋ｏｉｒｕｍ　２．３また表２６に示すように、プローブはいかなる 別ｆ）　近縁細菌種又は系統分類学的に多様な細菌種とも反応しなかった。
Ｌ阻 のス　８・クロスセクションに　るＨｌｎｅｕ−ｏ−ｎｉｎｅプローブのハイブ リダイゼーション畝立Ｊ１　虹二１　級澄７０ニブＩ Ｃｏｒｙｎｅｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　１．４Ｈａｅｍｏ ｐｈｉｌｕｓ　１ｎｆｌｕｅｎｚａｅ　１９４１８　１．４Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌ ａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　２３３５７　１．３Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ　ｐｎｅ ｕｍｏｐｈｉｌａ　３３１５２　１．８Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅ ｒｃｕｌｏｓｉｓ（ａｖｉｒ）２５１７７　１．６Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｐｎ ｅｕ＋ｍｏｎｉａｅ　１５５３１　５２Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｍｅｎｉｎｇｉｔ ｉｄｉｓ　１３３０７　０．６Ｐｒｏｐｒｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｅｎ ｅｓ　６９１９　２．ＯＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　２５ ３３０　１．６Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｅｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２５９８　２ ．０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　ｃ６３０６　１．９ １６Ｓ　ｒＲＮへの保存領域に相補的な４つの非反復プライマーを使用してＭ　 ｃｏ　Ｉａｓｍａ　ｎｅｕｍｏｎｉａｅに特異的な４つのプローブ配列（配列２ 〜５）が更に得られた。これらの配列は夫々、Ｅ、ｃｏｌｉ　１６Ｓ　ｒＲＮへ の塩基１９０〜２３ｏ、４５０〜４９０．８２０〜８６０及び１２５５〜１２９ ０に対応する。１０一プ配列１は配列５’　−ＧＧＣＣＧＴＴＡＣＣＣＣＡＣＣ ＴＡＣＴＡＧＣＴ＾＾Ｔ−３゜をもつプライマーを使用して得られた。プローブ 配列２は配列 ５°−ＣＴＡＴＴＡＣＣＧＣＩ；ＧＣＴＣＣＴＣ（：Ｃ−３’をもつプライマー を使用して得られた。プローブ配列３は配列 ５’　−ＣＣＣＣＴＴＩＩ：ＴＧＣｆ、ＧＧＣＣＣＣＣＣＣＴＣ＾＾ＴＴＣ−３ ”をもつプライマーを使用して得られた。プローブ配列４は配列 ５’　−ＣＧＡＴＴＡＣＴＡにＣＧＡＴＴＣＣ−３’をもつプライマーを使用し て得られた。前出の実施例と同様にして配列決定反応を行なった。邑」１見ｕｍ ｏ工１ａｅ＝配列を５−比較した。
親出願の実施例に記載した判定基準に基づいてプローブ配列 ２　、ＡＡＴＡＡＣＧＡＡＣＣＣＴＴＧＣＡＧＧＴＣＣＴＴＴＣＡＡＣＴＴＴｔ ｌ：Ａｒ１　、　ＣＡＧＴＣＡＡＡＣＴＣＴＡＣＣＣＡＴＴＡＣＣＴＧＣＴＡＡ ＡＣＴＣＡＴＴ４　、ＴＡＣＣ（：ＡＧＧＧＧＡＴＣＧＣＣＣＣにＡＣＡＧＣＴ ＡＧＴＡＴ５　、ＣＴＴＴＡＣＡＧＡＴＴＴＧＣＴＣＡＣＴＴＴＴＡＣＡＡＧＣ ＴＧＧＣＧＡＣヲ特性決定し、ｂ３且１１シリ−月ドエジ旦逍ヮ、に特異的であ ることを知見した。
プローブ２は長さ３５塩基でＴｏ＋６７℃である。プローブ３は長さ３５塩基で Ｔ−６６°Ｃである。プローブ４は長さ３ｏ塩基でＴｍ６９℃である。プローブ ５は長さ３５塩基でＴ＋６６℃である。
４つのプローブを混合し、先行実施例と同様に６０’Ｃでハイブリダイゼーショ ンアッセイを行なうと７いユＩ５−に特異的であることが判明した。プローブは 別の呼吸器病原体または細菌の系ＦＸ樹に示されるいがなる微生物とも交差反応 しない（表２８）。
表２７ ＭＣｏｌａＳｍａ　に〜　るＭ、　ｎｅｕｍｏｎｉａｅプローブ２〜５のバイブ ＾ｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ　ａｘａｎｔｈｕｍ　２７３７８　０．３４＾ｃｈｏ ｌｅｐｌａｓｍａ　Ｉａｉｄｌａｗｉｉ　１４０８９　０．３０Ｍｙｃｏｐｌａ ｓｍａ　ａｒｇｉｎｉｎｉ　２３８３８　０．２０Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ａｒ ｔｈｒｉｔｉｄｉｓ　１９６１１　０．４９Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａ　ｂｏｖｉｇ ｅｎｉｔａｌｉｕｍ　１９８５２　０．１８Ｍｙｃｏｐｌａｓｓａ　ｂｏｖｉｓ 　２５５２３　０．４３Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａ　ｂｕｃｃａｌｅ　２３６３６　 ０．３７Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａ　ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃｕｍ　３３４５１　０． ７９Ｍｙｃｏｐｌａｓａ＋ａ　ｃａｐｒｏｃｏｌｕａ＋　２３２０５　０．３８ Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｃｏｌｕｍｂｉｎａｓａｌｅ　３３５４９　０．５４Ｍ ｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｃｏｌｕ＋＊ｂｏｒａｌｅ　２９２５８　０．５０Ｍｙｃ ｏｐｌａｓ論ａ　ｆａｕｅｉｕｓ　２５２９３　０．４５Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ 　ｆｅｒ＋＊ｅｎｔａｎｓ　１５４７４　０．２７Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｇａ ｌ！１ｓｅｐｔｉｃｕ＋ｓ　１９８１０　０．２５Ｍｙｅｏｐｌａｓ＋＊ａ　ｇ ａｌｌｏｐａｖｏｎｉｓ　３３５５１　０．４７Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｇｅｎ ｉｔａｌｉｕｍ　３３５３０　２．５Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｓｉｎｉｓ　 １４０２７　０．５２Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｈｙｏｒｈｉｎｉｓ　１７９８１ 　０．４６Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｏｒａｌｅ　２３７１４　Ｑ、５５Ｍｙｃｏ ｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　１５５３１　３４．ＯＭｙｃｏｐｌａｓ ｍａ　ｐｒｉｍａｔｕｍ　１５４９７　０．７１Ｍｙｃｏｐｌａｓｎａ　ｐｕｌ ｍｏｎｉｓ　１９６１２　０．６８Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｓａｌｖａｒｉｕｍ 　２３０６４　０．４６Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｃｉｔｒｉ　２９４１６　０． ６０Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｍｉｒｕｍ　２９３３５　０．５２宍ＺＳ １の細　とＭ　ｃｏ　Ｉａｓｍａ　ｎｅｕｍｏｎｉａｅプローブ２〜５とのバイ ブ１ダイゼーシヨン １１１　汀ご工　良會二旦：！■ へｃＬｉｎｏｍｙｃｅｓ　１ｓｒａｅｌｉｉ　１００４９　１．０Ｂａｃｔｅｒ ｉｏｄｅｓ　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　１．４Ｂｉｆｉｄｏｂａｅｔｅｒ ｉｕｍ　ｂｒｅｖｅ　１５７００　１．０Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ　ｂｒｏｎｃｂ ｉｓｅｐｔｉｃａ　１０５８０　０．９Ｃ１ｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｉｎｎｏｃｕ ｕｍ　１４５０１　１．ＯＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｍ 　６０１３　０．９Ｃ１ｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅ＋（ｒｉｎｇｅｎｓ　１３１ ２４　１．ＩＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｒａｍｏｓｕｍ　２５５８２　１．ＯＣ ｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　０．８Ｅｒｙｓｉｐ ｅｌｏｔｈｒｉｘ　ｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅ　１９４１４　１．ＩＥｓｅｈ ｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏ日　１１７７５　１．０Ｈａｅ＋ａｏｐｈｉｌｕｓ　１ｎ ｆｌｕｅｎｚａｅ　１９４１８　０．９Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｎ ｉａｅ　１５５３１　１．０Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｅｉｄｏｐｈｉｌ ｕｓ　４３５６　１．４Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ　ｐｎｅｕｓｏｐｈｉｌａ　３３ １５４　０．８Ｌｉｓｔｅｒｉａ　ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ　１５３１３　 １．２Ｈｏｒａｘｅｌｌａ　ｏｓｌｅｎｓｉｓ　１９９７６　１．ＩＭｙｃｏｂ ａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ　２５１７７　１．０Ｎｅｉｓｓ ｅｒｉａ　ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ　１３０７７　１．０Ｐａｓｔｅｕｒｅｌ ｌａ　ｍｕｌｔｏｃｉｄａ　６５２９　１．６Ｐｅｐｔｏｅｏｃｃｕｓ　ｍａｇ ｎｕｓ　１４９５５　０．９Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｅｔｅｒｉｕ＋ｓ　ａｃｎｅ ｓ　６９１９　１．ＩＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　２５３ ３０　１．０Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２６００　１． ０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕ；　ｆａｅｃａｌｉｓ　１９４３３　１．５Ｓｔｒ ｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｍ１ｔｉｓ　９８１１　１．０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃ ｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　６３０６　１．０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　 ｐｙｏｇｅｎｅｓ　１９６１５　１．１Ｘ薯」Ｕ準 匡１吐ｅｌｌａ属は２２の種を含みこれらはすべてヒト病原性であり得る。これ らの微生物は、Ｌｅｇｉｏｎｎａｉｒｅ疾患、急性肺炎、またはＰｏｎｔｉａｃ 熱、致死性でない急性井原性熱病の原因である。い１１虻ｓ上Ｉ工種はまた衰弱 した病人に主として発症する病院肺炎の原因であることも判明した。
しｅ４ｉｏｎｎａｉｒｅ疾患及びＰｏｎｔｉａｃ熱を含むＬｅｇｉｏｎｅｌｌｏ ｓｉｓは、臨床症状に基づいて、直接または間接の蛍光抗体試験、及び、選択的 抗菌剤を含む緩衝チャコールイースト抽出物（ＢＣＹＥ）寒天を用いた培養によ って診断され得る。従来技術では１つの試験で種を確定できる方法はない（Ｂｅ ｒＢｅｙ’　ｓＭａｎｕａｌ　ｏｆ　Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　Ｂａｃｔｅｒｉｏ ｌｏｇｙ、２８３ページ（１９８４年刊）参照）、蛍光抗体試験は［Ｌ姐仕匡の 全部の種を同定することはできず抗体が存在する少数の種だけしか同定できない 、培養方法は７種の確定的な診断方法ではない。
後述するオリゴヌクレオチド配列は核酸）＼イブリダイゼーションアッセイのプ ローブとして使用されると、７−匣」土の全部の種を正確に同定する。このアッ セイは培養試験または抗体試験よりも怒度が高くまた同定時間をかなり短縮し従 って診断時間をかなり短縮する。従ってこのアッセイは従来の診断方法をかなり 改良すると考えることができる。
１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮへの保存領域に相補的な３つの非反復プライマーを使 用することによってし」土υｅｌｌａ種に特異的な３つのプローブ配列が得られ た。
配列１は配列 ５°−ＴＣＴ　ＡＣＧ　ＣＡＴ　ＴＴＣＡＣＣにＣＴ　ＡＣＡ　Ｃ−３゜をもつ １６Ｓプライマーの使用によって得られた。プローブ配列２は配列 ５’−ＣＡに　ＴＣＡ　ＧＧＡ　ＧＴＡ　ＴＴＴ　ＡＧＣＣＴＴ−３”をもつ２ ３Ｓプライマーの使用によって得られた。プローブ配列３は配列 ５°−ＧＣＴ　ＣＧＴ　ＴＧＣにＧＧ　ＡＣＴ　Ｔ＾＾ＣＣＣＡｃｅ　ＡＴ−３ ’をもつ１６Ｓプライマーの使用によって得られた。これらのプライマーの配列 決定はこれまでの実施例と同様にして行なった。
実施例１に記載の判定基準によって以下の３つの配列を特性決定し、匡り肌吐匡 属に特異的であることを証明した。
巨註吐ｄｈ種に由来の配列と比較するために系統分類学的に最も近縁のＥｃｂｅ ｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕ　１ｎｏｓａ、１ 　、　丁＾ＣＣＣＴＣＴＣＣＣＡＴＡＣＴＣＧＡＧＴＣ＾＾ＣＣＡＧＴＡＴＴＡ ＴＣＴ［；ＡＣＣ２、ｃｃ＾丁ＴＴＣＡＣＧＴＧＴＣＣＣＧＧＣＣＴＡＣＴＴＧ ＴＴＣＧＧにＴＧＣＧＴＡにＴＴＣ３、ＣＡＴＣＴＣＴにＣ＾＾＾＾ＴＴＣＡＣ ＴＧＴＡＴＧＴＣ＾＾ＧＧＧＴＡＣＧＴ＾＾ＧＧ１６Ｓ　ｒＲＮ＾由来の配列１ は長さ４０塩基で温度７２℃である。
２３Ｓ　ｒＲＮ八に由来の配列２は長さ４２塩基で温度７３℃である。
１６Ｓ　ｒＲＨ＾に由来の配列３は長さ４０塩基で温度６８℃である。
これらの配列は夫々Ｅ、ｃｏｌｉ　１６Ｓ　ｒＲＮ＾の６３０〜６７５、Ｅ、ｅ ｏｌｉ２３Ｓ　ｒＲＮ＾の３５０〜３９５及びＥ、ｅｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮ＾ の９７５〜１０２０に対応する領域で７上Ｉ２属のＲＮＡにハイブリダイズし得 る。
これらのプローブを一緒に混合すると平均Ｔｓ＋７３℃が得られしい長さをもつ ことが判明し、配列解析によって各々が正確な塩基配列をもつことが証明された 。
３つのプローブを混合しハイブリダイゼーションアッセイで使用すると、これら のプローブが７属に特異的であることが知見され（表２９及び３０）、別の呼吸 器病原体または系統樹から選択されたいかなる微生物とも交差反応しないことが 知見されたく表３１及び３２）、　２つ以上のプローブ即ち１０一ブ混合物を使 用するとアッセイ感度が向上し及び／または検出すべき非ウィルス微生物の数が 増加する。
Ｌ往 ＆＾に　るＬｅｉｏｎｅ１１ａプローブのバイブ１巨を亙ｎｅｌｌａプローブ　 ８０％　１．０％Ｌ杖 Ｌｅｉｏｎｅｌｌａ　に　るＬｅｉｏｎｅ！１ａプローブのハ　ブ１Ｌ、ａｎ　 ｉｓａ　３５２９２　４２．ＯＬ、ｂｏｚｅｍａｎｉｉ　３３２１７　５８．Ｏ Ｌ、ｃｈｅｒｒｉｉ　３５２５２　６９．ＯＬ　、ｄｕｓ＋ｏｆ　ｆ　ｉ　ｉ　 ３３２７９　５７　、ＯＬ、ｅｒｙｔｈｒａ　ＣＤＣ＃９ＰＩＷＯ４４Ｃ２６， ＯＬ、ｆｅｅｌｅｉｉ　３５３０３　５９．０（、、ｈａｃｋｅｌｉａｅ　３５ ２５０　４７．ＯＬ、ｊａｍｅｓｔｏｗｎｉｅｎｓｉｓ　３５２９８　２０．Ｏ Ｌ、ｊｏｒｄａｎｉｓ　３３６２３　５０．６Ｌ、Ｉｏｎｇｂｅａｅｈａｅ　３ ３４８４　４８．ＯＬ、ｍａｃｅｃｈｅｒｎｉｉ　３５３００　２５．０し、ｍ １ｃｄａｄｅｉ　３３７０４　３８．ＯＬ、ｏａｋｒｉｄｇｅｎｓｉｓ　３３７ ６１　４４．ＯＬ、ｐａｒｉｓｉｅｎｓｉｓ　９０６０　６９．ＯＬ、ｐｎｅｕ ｍｏｐｈｉｌａ　１　６７３６　７５．０８　６３．０ １１　７５、Ｏ Ｌ、ｒｕｂｒｉｌｕｅｅｎｓ　３５３０４　１２．ＯＬ、５ａｉｎｔｈｅｌｅｎ ｓｉ　３５２４８　６１　、ＯＬ、５ａｉｎｔｉｃｒｕｃｉｓ　３５３０１　２ ４．０Ｌ、５ｐｉｒｉｔｅｎｓｉｓ　ＣＤＣ＃ＭＳＨ９５５，ＯＬ、ｓｔｅｉｌ ｚｅｒｗａｌｔｉｉ　７４３０　５６．０Ｌ、ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉｉ　３３８ ７７　３７．０本番号１〜８及び工１はしλ７主ｂ工の血清型である。
１旺 ５２、　に・　るＬｅｉｏｎｅ１１ａプローブのバイブ１　イＣｏｒｙｎｅｂａ ｃｔｅｒｉｕｎ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　２．１Ｈｅｍｏｐｈｉｌｕｓ　１ｎ ｆｌｕｅｎｚａｅ　１９４１８　２．３Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｎ ｉａｅ　２３３５７　２．ＯＭｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　１ ５５３１　２．３Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ　１３０９０ 　２．２Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　２５３３０　１．２ Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｅｎｅｓ　６９１９　１．６Ｓｔｒｅ ｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　６３０６　０．８Ｓｔａｐｙｈｌ ｏｃｏｅｅｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　２５９２３　１．６宍λＩ ノ二　−クロスセクションに　るＬｅｉｏｎｅ−１１ａプローブのバイブ１ダイ ゼーシヨン１支１　汀ご１　１立ズＰニゲ１ ＾ｅｉｎｏｂａｃｔｅｒ　ｅａｌｅｏａｅｅｔｉｅｕｓ　３３６０４　１．４Ｂ ｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｅａｔａｒｒｈａｌｉｓ　２５２３８　２．０Ｂａｃｉ ｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　１．９　’Ｂａｅｔｅｒｏｉｄｅｓ　 ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　２．２Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊｅｊｕ ｎｉ　３３５６０　１．２ＣｈｒｏＩＩｏｂａｃｔｅｒｉｕｎ　ｖｉｏｌａｃｅ ｕ１１２９０９４　１．３Ｃ１ｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　 １３１２４　１．９Ｄｅｉｎｏｅｃｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５ ０７３　１．８Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕ＋＊ｍｏｓａ　１５９９４　２．０ＥｎＬｅ ｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｅｓ　１３０４８　１．４Ｅｓｅｈｅｒｉｅ ｈｉａ　ｅｏｌｉ　１１７７５　１．２Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｍｉｎｉｓ 　１４０２７　１．１Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　１． ４Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｅｅｐａｅｉａ　１１７６２　１．１Ｒａｈｎｅｌ ｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　１．７Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ 　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　２．０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｍ１ｔｉｓ 　９８１１　２．０Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅｎｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８ ０２　２．０Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｒｏｃｏｌｉｔｉｅａ　９６１０　１． ２２３Ｓ　ｒＲＮ＾の保存領域に相補的な２つのプライマーを利用することによ って更に３つの７属特異的配列（４〜６）が得られた。配列４は配列 ５°−ＣＣＴ　ＴＣＴ　ＣＣＣ（：＾＾　にＴＴ　ＡＣＧ　Ｇ−３゜をもつ２３ Ｓプライマーから得られた。プローブ配列５及び６は配列 ５゛−＾＾Ｇ　ＣＣＣＧＴＴ　ＡＴＣＣＣＣにＧＧ　ＧＴＡ　八ＣＴ　ＴＴＴ− ３’をもつ２３Ｓプライマーから得られた。これらのプライマーを用いた配列決 定を先行実施例と同様に行なった。
前記の判定基準に基づいて以下の３つの配列を特性決定し、し」上鮎ｊ１し、属 に特異的であることを証明した０匹創互−已月１種に由来の配列と比較するため に系統分類学的に最すユを使用した。
４　、　ＣＣＧ　ＧＴＡ　Ｃ［；［；　ＴＴＣＴＣＴ　ＡＴ＾＾ＧＴ　ＴＡＴ　 Ｇｌｌ；ＣＴＡＧ　Ｃ５、にＴＡ　ＣＣＧ　Ａにに　にＴＡ　ＣＣＴ　ＴＴに　 ＴＧＣＴ６　、ＣＡＣＴＣＴ　ＴＧＧ　ＴＡＣ［：ＡＴ　ＧＴＣＣＣＡ　ＣＥ、 ｃｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮへの塩基１５８５〜１６２０に対応する領域で２３Ｓ ｒＲＮ＾に相補的なプローブ４は長さ３１塩基で温度６７℃である。
Ｅ、ｃｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮへの塩基２２８０〜２３３０に対応する領域で２ ３ＳｒＲＮ八に相補的なプローブ５は長さ２２塩基で温度６６℃である。
プローブ５と同じ領域で２３Ｓ　ｒＲＮ八に相補的なプローブ６は長さ２２塩基 で温度６３℃である。
３つのプローブを前記のプローブ３と混合しプローブ１〜３で記載したようなハ イブリダイゼーションアッセイを行なうと、これらのプローブは７属に特異的で あり（表３３）、その他の呼吸器病原体または系統樹に由来のいかなる選択微生 物とも交差反応しなかった（表３４及び３５）。
２つ以上のプローブ、即ちプローブ混合物を使用するとアッセイ感度が向上し及 び／または非ウィルス微生物の検出数が増加する。
宍Ｊ主 ＬｅｉＯｎｅ１１ａ種に　るＬｅｉＯｎｅ１１ａプローブのバイブ１ダイＬ、ａ ｎｉｓａ　３５２９２　２９．６Ｌ、ｂｏｚｅｍａｎｉｉ　３３２１７　３５． ５Ｌ、ｃｈｅｒｒｉｉ　３５２５２　２９．２Ｌ、ｄｕｍｏｆｆｉｉ　３３２７ ９　２６．ＯＬ、ｅｒｙｔｈｒａ　３５３０３　３２．ＯＬ、ｆｅｅｌｅｉｉ　 ＣＤＣ＃９ＰＩＷＯ４４Ｃ３２，ＯＬ、ｈａｃｋｅｌｉａｅ　３５２５０　３９ ．ＯＬ、ｊａｍｅｓｔｏｗｎｉｅｎｓｉｓ　３５２９８　３１．２Ｌ、ｊｏｒｄ ａｎｉｓ　３３６２３　２５．７Ｌ、　Ｉｏｎｇｂｅａｃｈａｅ　３３４８４　 ２７．６Ｌ、ｍａｅｅａｈｅｒｎｉｉ　３５３００　３９．３Ｌ、ｍ１ｃｄａｄ ｅｉ　３３２０４　３１．０Ｌ、ｏａｋｒｉｄｇｅｎｓｉ　３３７６１　２４． ４Ｌ、ｐａｒｉｓｉｅｎｓｉｓ　３５２９９　３１．２Ｌ、ｐｎｅｕ＋５ｏｐｈ ｉｌａ　１　３３１５３　４０．０２　３３１５４　３８．５ ３　３３１５５　４４．６ ４　３３１５６　４８．６ ５　３３２１６　３２．０ ６　３３２１５　４３．０ フ　３３８２３　２９．５ Ｂ　３５０９６　３７．６ １１　４３１３０　４４．５ Ｌ、ｒｕｂｒｉｌｕｅｅｎｓ　３５３０４　３０．ＩＬ、５ａｉｎｔｈｅｌｅｎ ｓｉｓ　３５２４８　２７．ＯＬ、５ａｉｎｔｉｅｒｕｃｉｓ　’　３５３０１ 　２２．ＯＬ、５ｐｉｒｉｔｅｎｓｉｓ　ＣＤＣ＃ＭＳｔ１９　４０．５Ｌ、ｓ ｔｅｉｇｅｒｗａｌｔｉ　３５３０２　３１．７Ｌ、ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉｉ　 ３３８７７　３０．０本番号１〜８及び１１はしニジ狂！」１土ｂ１の血清型で ある。
宍Ｊ土 １　、　に　るＬｅｉｏｎｅ１１ａプローブのバイブｌ　イＣｏｒｙｎｅｂａｃ ｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　Ｇ、１３Ｈｅ＋ｅｏｐｈｉｌｕｓ　１ ｎｆｌｕｅｎｚａｅ　１９４１８　Ｇ、１２Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍ ｏｎｉａｅ　２３３５７　０．１３Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄ ｉｓ　１３０９０　０．１４Ｐｓｅｕｄｏｎｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　 ２５３３０　０．１３Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ａｃｎｅｓ　６９ １９　Ｇ、１１Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　６３０６ 　０．０８Ｓｔａｐｙｈｌｏｅｏｃｅｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　２５９２３　０．１ ５民坦 の１　′４　ロスセ　ジョンに　ＬｅｉＯｎｅ−１１ａプローブのハイブリダイ ゼーション＾ｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｅｕｓ　３３６ ０４　０．１２Ｂｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒａｈａｌｉｓ　２５２３ ８　０．１３Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　０．０９Ｂａｃ ｔｅｒｏｉｄｅｓ　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　０．１２Ｃａａｐｙｌｏｂ ａｃｔｅｒ　ｊｅｊｕｎｉ　３３５６０　０．０６Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉ ｕｎ　ｖｉｏｌａｃｅｕｎ　２９０９４　０．３３Ｃ１ｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐ ｅｒｆｒｉｎＨｅｎｓ　１３１２４　０．０７Ｄｅｉｎｏｅｅｏｃｃｕｓ　ｒａ ｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　０．１１Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕｍｍｏｓａ　１ ５９９４　０．１５Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｅｓ　１３０４ ８　０．２６Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５　０．０９Ｍｙｃ ｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｍｉｎｉｓ　１４０２７　０．０９Ｐｒｏｔｅｕｓ　＋ｅ ｉｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　０．０９Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｅｅｐａｃ ｉａ　１７７６２　０．２０Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７ １　０．１５Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１ｌ１７Ｑ　□、 １３Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｍ１ｔｉｓ　９８１１　Ｑ、Ｑ７Ｖｉｂｒｉ ｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０２　Ｑ、１１Ｙｅｒｓｉｎｉ ａ　ｅｎｔｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ　９６１０　０．１９天」「泗１１ クラミジアＣｈｌａｍｙｄｉａはグラム陰性の非易動性、偏性細胞内細菌である 。Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種は、地方病性トラコーマ（最も普通の形態の予 防可能な視覚障害）、封入体組織炎及び淋病性リンパ肉芽腫（ＬＧＶ）に関連す る。この細菌は、男性の非淋菌性尿道炎の主因でありまた女性の子宮頚炎及び急 性卵管炎の原因にもなる。感染産道を通った新生児では眼病またはクラミジア肺 炎が起きる。
尿生殖管のＣ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓを同定するためには、例えば臨床標本の 間接免疫蛍光染色またはエンザイムイムノアッセイのごときいくつかの方法が公 知である。しかしながら、選択されている方法は、シクロへキシミド処理したＭ ｃＣｏｙ細胞中での微生物の培養である０次に細胞培養物を形態的または蛍光抗 体染色によって確認し微生物を同定する。
以下に記載の本発明のオリゴヌクレオチド配列は、核酸ハイブリダイゼーション アッセイのプローブとして使用されるとり亘１見だｕ上」シＡ１豆＋ｍａｔｉｓ 、単離物を正確に同定する。
このアッセイ試験は培養試験または抗体試験と等しい感度をもち、培養試験に比 較して同定所要時間従って診断所要時間をかなり短縮する。
種に所属する各面を同定し識別するためのプローブを使用することに本発明の新 規性及び進歩性が存在する。実際、Ｋｉｎｇｓｂｕｒｙ、　Ｄ、Ｔ、及びＥ、Ｗ ｅｉｓｓ、１９６８　Ｊ、Ｂａｅｔｅｒｉｏｌ、　９６：１４２１〜２３（１９ ６８）；Ｍｏｕｌｄｅｒ、ＪＪ、、＾ＳＭ　Ｎｅｗｓ、ｖｏｌ、５０、Ｎｏ、８ 、（１９８４）はＣ，ｔｒａｃｈｏｌａｔｉｓと７−との間に１０％の［ｌＮ＾ 相同を報告している。更に、これらの報告は、異なるし上１−ｃｈｏ…ａｔｉｓ 菌株においてはＤＮＡ相同が異なっていることを示す、　Ｗｅｉｓｂｅｒｇ、阿 、Ｃ１等はＪ、Ｂａｃｔｒｉｏｌ、　１６７：５７０−５７４（１９８６）にお いて、虹坦江匡住の１６Ｓ　ｒＲＮ＾配列を発表し、Ｃ，ｔｒａｃｈｏ−ｍａｔ ｉｓと４−とが９５％以上のｒＲＮＡ相同を共有することを指摘した。これらの 報告より、（１）Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのすべての菌株にハイブリダイズ し得るプローブ、及び（２）虹ｔｒａｃｈｏｍａｔ　ｉｓと四」互ハ」土む−と を識別し得るプローブを作製することは難しいと予測された。以下のプローブは 両方の目的を果たし得る。
１６Ｓ及び２３Ｓ　ｒＲＮへの保存領域に相補的な７つの非反復プライマーを使 用して艶↓７エ顕」Ｏｍａｔｉｓに特異的なプローブ配列を作製した。プローブ 配列１は配列５°−ＴＣＴ　ＡＣＣＣＡＴ　ＴＴＣＡＣＣ［；ＣＴ　ＡＣＡ　Ｃ −３“をもつ１６Ｓプライマーから得られた。プローブ配列２は配列 ５”−ＣＣに　ＣＴＴ　にＴに　Ｃ［；Ｇ　ＧＣＣＣＣＣＣＴＣＡＡＴ　ＴＣ− ３゜をもつ１６Ｓプライマーから得られた。配列３及び４は配列５’−ＧＧＣＣ ＧＴ　ＴＡＣＣＣＣＡＣＣＴＡＣＴＡＧ　ＣＴＡ　へ丁−３′をもつ１６Ｓプラ イマーから得られた。プローブ配列５及び６は配列 ５’−ＣＴＴ　ＴＣＣＣＴＣＡＣＧ　ＣＴＡ−３゜をもつ２３Ｓプライマーから 得られた。プローブ配列７及び８は配列 ５’−ＣＣＴ　ＴＣＴ　ＣＣＣＣＡＡＣＴＴ　ＡＣに　に−３’をもつ２３Ｓプ ライマーから得られた。プローブ配列９は配列 ５°−ＴＣＧ　に＾＾　ＣＴＴ　ＡＣＣＣＧＡ　ＣＡＡ　ＣＣＡ　＾ＴＴ　ＴＣ −３”をもつ２３Ｓプライマーから得られた。プローブ配列１０は配列 ５’−ＣＴＡ　ＣＴＴ　ＴＣＣＴＧＣＣＴＣ＾−３′をもつ配列のプライマーに よって得られた。
以下の１０個の配列を実施例１の判定基準を使用して特性決定し４　ｔｒａｃｈ ｏｍａｔｉｓのｒＲＮ八に特異的であることを証明した。旺ム７　ｔｒａｃｈｏ ｉｎａｔｉｓと比較するために系統分類学的に近縁の劫」ジジ旦Ｉ工註江匡住を 使用した。
１　、ＣＣＧ　ＡＣＴ　ＣＧＧ　ＧＧＴ　ＴＧＡ　ＣＣＣＣＡＴ　ＣＴＴ　Ｔｌ ｌ；Ａ　ＣＡＡ２　、ＴＴＡ　ＣＣＴ　ＣＣに　ＡＣＡ　ＣＧＧ　ＡＴ［；　Ｇ ＧＧ　ＴＴＧ　ＡにＡ　ＣＣＡ　ＴＣ３、ＣＣＣ：　ＣＣＡ　ＣＴＡ　ＡＡＣＡ ＡＴ　ＣＧＴ　Ｃ［；Ａ　ＡＡＣＡＡＴ　ＴＧＣＴＣＣＧＴＴ　Ｃに＾ ４　、ＣＧＴ　ＴＡＣＴＣ［；　にＡＴ　ＧＣＣＣＡＡ　ＡＴＡ　ＴＣＧ　ＣＣ Ａ　ＣＡＴ　ＴＣＣ５、ＣＡＴ　ＣＣＡ　ＴＣＴ　ＴＴＣＣＡＣＡＴｆｌ：　Ｔ ＣＴ　ＴＣＡ　ＡＣＴ　ＡＧＧ　ＡＧＴＣＣＴ　ＣＡＴ　ＣＣ ６、Ｃ；ＡＣＣＴＣにＧＴ　ＣＴＴ　ＴＣＴ　ＣＴＣＣＴＴ　ＴＣＧ　ＴＣＴ　 ＡＣＣ７、ＣＣＣＴＴＣＴＣＡ　ＴＣＧ　ＣＴＣＴＡＣにＧＡ　ＣＴＣＴＴＣＣ ＡＡ　ＴＣＣ８、ＣＧＡ　ＡＧＡ　ＴＴＣＣＣＣＴＴＧ　ＡＴＣＧＣＧ　ＡＣＣ ＴＧＡ　ＴＣＴ９　、ＣＣＧ　ＧＧＧ　ＣＴＣＣＴＡ　ＴＣｆ；　ＴＴＣＣＡＴ 　ＡにＴ　ＣＡＣＣＣＴ　＾＾＾　＾Ｇ１０、ＴＡＣＣＧＣ［；ＴＧ　ＴＣＴ　 ＴＡＴ　ＣＧＡ　ＣＡＣＡＣＣＣＧＣＧ１６Ｓ　ｒＲＮ＾に由来の配列１は長さ ３０塩基及びＴｍ６６℃である。
１６Ｓ　ｒＲＮＡ由来の配列２は長さ３２塩基及びＴｍ６７℃である。
１６Ｓ　ｒＲＮ＾由来の配列３は長さ３９塩基及びＴｍ７０°Ｃである。
１６Ｓ　ｒＲＮ八由への配列４は長さ３３塩基及びＴｍ６９℃である。
２３Ｓ　ｒＲｔ（Ａ由来の配列５は長さ４１塩基及びＴｍ７１℃である。
２３Ｓｒ　ＲＮ＾由来の配列６は長さ３ｏ塩基及びＴｉ７２℃である。
２３Ｓ　ｒＲＮ＾由来の配列７は長さ３３塩基及びＴｍ７２℃である。
２３Ｓ　ｒＲＮ＾由来の配列８は長さ３ｏ塩基及びＴｍ７１℃である。
２３Ｓ　ｒＲＮ＾由来の配列９は長さ３５塩基及びＴｍ７４°Ｃである。配列１ ０は長さ２８塩基及び７Ｍ７２℃である。
プローブの反応性及び特異性をハイブリダイゼーションアッセイで試験した。３ ２Ｐ末端標識オリゴヌクレオチドプローブ１及び２を精製ＲＮ＾または少なくと も１０’の微生物がら遊離したＲＮ八と、０．５５ｚＮの４１％スルホコハク酸 ジイソブチル、３％のドデシル硫酸ナトリウム、０．０３Ｍのリン酸ナトリウム ｐＨ６，８，１ｍＭ　ＥＤＴ＾、１ｎ＋Ｍ　ＥＧＴ＾中で６０℃（プローブ１） または６４℃（プローブ２）で１時間混合した。先行実施例と同様にハイブリッ ドをヒドロキシアパタイトに結合させ、結合した放射能の量をシンチレーション カウンティングで測定した１表３６は、プローブ１及び２が被検Ｃ，ｔｒａｃｈ ｏｍａｔｉｓのすべての血清型に十分にハイブリダイズすることを示す。
プローブ１は被検７−のいかなる菌株とも全く反応せず、プローブ２は２つの菌 株と反応しない、プローブ２はヒト感染性がわかっている微生物である旺７のヒ ツジ多発性関節炎菌株と反応する０表３７は混合使用したときの１２５１標識し たプローブ３〜９の反応性及び特異性を示す、この場合、ハイブリッドを１９８ ７年３月２日出願の＾ｒｎｏｌｄ等の米国特許第０２０８６６号に記載のごとく カチオン性磁性粒子に結合させた。これらのプローブは被検ユｃｈｏｍａｔｉ　 ｓのすべての菌株に十分にハイブリダイズし４のいがなる菌株ともハイブリダイ ズしない、更にプローブ３〜９を尿生殖管で普通に検出される一連の微生物（表 ３８）及び微生物の系統分類学的クロスセクション（表３９）に対して試験した 。いずれの場合にも、プローブが特異的であることが判明した。プローブ１０は ４−に２５％非相同でまたＣｈＬａｍ　ｄｉａ　ＲＮＡに　るＣｈｌａｍ　ｄｉ ａ　ｔｒａｅｈｏｍａｔｉｓプローブ１２のハ　ブ１　ゼーション Ｃｈｌａ＋ａｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型ＣＶＲ５７８２２３９Ｃ ｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型Ｅ　ＶＲ３４８Ｂ　２７　４ ８ＣｈｌａＩｌｌｙｄｉａ　ｔｒａｅｈｏｍａｔｉｓ血清型ＣＶＲ８７８２０４ ４ＣｈｌａＩＩｙｄｉａ　ｔｒａｅｈｏｍａｔｉｓ血清型Ｉ　ＶＲ８８０２０４ ２Ｃｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型Ｋ　ＶＲ８８７２８４５ Ｃｈｌａｍｙｄｉａ　ｐｓｉｔｔａｃｉモルモッ）　ｍモル菌株ＶＲ８１３１， ２１，４Ｃ旧ｍｅｄｉａ　ｐｓｉｔｔａｃｉ ｈツシｉ産菌株ＶＲ６５６１，０３，０Ｃｈｌａ１１ｙｄｉａ　ｐｓｉｔｔａｃ ｉ１＝　”７　Ｅ；Ｇ’ｌ性関節炎Ｉ株ＶＲ６１９１，１３５，３民旺 Ｃｈｌａｍ　ｄｉａ　ｒＲＮ＾に　るＣｈｌａｍ　ｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔ ｉｓプローブ３〜９のバイブ１ダイゼーシヨン ＩＬＩＬ　ｓ　ｅ　ｒ　ｏ　ｖ　ａ　ｒ　＾ニｒｔ≧Ｃ並−ｔ４Ｌ二（〒二≦く 乙−２ン！−ン＜ニーに一」」ニ一本Ｃ，ｔｒａｃｈｏｓａｔｉｓ　＾　６８９ Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　Ｂ　５６０Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　Ｂａ　 １０６６Ｃ，ｔｒａｃｈｏ＋ｅａｔｉｓ　ＣＶＲ５４８９６２Ｃ，ｔｒａｃｈｏ ａ＋ａｔｉｓ　Ｄ　１１９２Ｃ，ｔｒａｅｈｏｍａｔｉｓ　Ｅ　ＶＲ３４８１０ ２２Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　Ｆ　３９１Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　に 　ＶＲ８７８８７４Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　）Ｉ　９５４Ｃ，ｔｒａｃｈ ｏｍａｔｉｓ　Ｉ　ＶＲ８８０９４３Ｃ，ｔｒａｃｈｏ＋＊ａｔｉｓ　Ｊ　４８ ２Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　Ｋ　ＶＲ８８７９９９Ｃ，ｔｒａｃｈｏ論ａｔ ｉｓ　Ｌｌ　６３８Ｃ，ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　Ｌ２　５０１Ｃ，ｔｒａｃｈ ｏｍａｔｉｓ　Ｌ３　ＶＲ９０３８２１Ｃ，ｐｓｉｔｔａｃｉ　ＶＲ１２５１， ６Ｃ，ｐｓｉｔｔａｃｉ　ＶＲ６２９０，９Ｃ，ｐｓｉｔｔａｃｉ　ＶＲ６５６ １，３Ｃ，ｐｓｉｔｔａｃｉ　ＶＲ８１３１，２で　された　に　るＣｈｌａ＋ ｎ　ｄｉａ　ｔｒａｃｈｏ−ｍａｔｉｓプローブ３〜９のハイブリダイゼーショ ン徴」Ｊｌ　汀μｍ　直立オフ受」ΣＬ ＾ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ　ｘｙｌｏｓｏｘｉｄａｎｓ　２７０６１　１．９ ＾ｅｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　１ｗｏ［ｉｉ　１５３０９　１．２Ｂｒａｈａｗ ｅｌｌａ　ｅａｔａｒｒｈａｌｉｓ　２５２３８　１．２Ｃａｎｄｉｄａ　ａｌ ｂｉｃａｎｓ　１８８０４　２．４Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕａｍ　ｍｅｎｉ ｎｇｏｓｅｐｔｉｃｕｍ　１３２５３　１．ＩＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖａｇ ｉｎａｌｉｓ　１４０１８　１．３Ｌａｅｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｃｉｄｏｐ ｈｉｌｕｓ　４３５６　０．８Ｌｉｓｔｅｒｉａ　ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ 　１５３１３　０．７Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓｍｅｇｍａｔｉｓ　１４ ４６８　１．１Ｍｏｒａｘｅｌｌａ　ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ　１９９７６　１．３ Ｎｅｒｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１９４２４　２．３Ｐａｓｔｅ ｕｒｅｌｌａ　ｍｕｌｔｏｃｉｄａ　６５２９　１．０Ｐｅｐｔｏｓｔｒｐｔｏ ｃｏｃｃｕｓ　ａｎａｅｒｂｉｕｓ　２７３３７　１．２Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ ｃｕｓ　ａｇａｌａｅｔｉａｅ　１３８１３　４．０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕ ｓ　ｆａｅｃａｌｉｓ　１９４３３　２．６二　轡・にタ　ｔ　に　るＣｈｌａ ｍ　ｄｉａ　ｔｒａｅｈｏ−ｍａｔｉｓプローブ３〜９のバイブ１ダイゼーシヨ ンＢａｅｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　２．２Ｂａｅｔｅｒｏｉｄ ｅｓ　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　１．６Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊ ｅｊｕｎｉ　３３５６０　１．４Ｃｈｒｏｍａｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｖｉｏｌａ ｃｅｕｍ　２９０９４　１．４Ｄｅｉｎｏｅｏｃｅｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎ ｓ　３５０７３　１．８Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕｌｌｌｌｌＯ８＆　１５９９４　１ ．３Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｅｓ　１３０４８　１．９Ｅｓ ｃｈｅｒｉｅｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５　１．９Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｈ ｏｍｉｎｉｓ　１４０２７　１．３Ｐｓｅｕｄｏ＋＊ｏｎａｓ　ｃｅｐａｃｉａ 　１７７６２　２．２Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　２． ２Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　１．９Ｒｈｏｄｏｓｐ ｉｒｉｌｌｕ＋ａ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　１．９Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０２　２．０Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒ ｃｏｌｉｔｉｃａ　９６１０　２．５寒１」ｕ又 Ｃａｍｐｙ　１ｏｂａｃｔｅｒは易動性、微好気性、グラム陰性の曲がった桿菌 である。この属は極めて多様であり別の属とは閉著に異なる。この属は十分に定 義されているが種のレベルではある程度修正された（Ｒｏｎａｎｉｕｋ、Ｐ、Ｊ 、等、Ｊ、Ｂａｃｔｒｉｏｌ　。
１６９：２１３７−２１４１（１９８７））、３つのＣａＩＩＩｐｙｌｏｂａｃ ｔｅｒ種、す」１戸」−ｂａｅｔｅｒ　’ｅ’ｕｎｉ−１Ｃ，ｃｏｌｉ及びＣ， １ａｒｉｄｉｓはヒトの腸炎の原因になる。この疾患は下痢、発熱、吐き気、腹 痛及びある場合にはおう吐等の症状を伴う、これらの３種類の微生物は米国で毎 年２００万の感染を生じると推定される（推定値は下痢疾患を誘発したＳａｌｍ ｏｎｅｌｌａ及びＳｈｉｇｅｌｌａの数に基づく）。
この属の別の菌はヒトの敗血症並びにヒツジ及びウシの流産及び不妊の原因とな る。
Ｃａｎ　Ｉｏｂａｅｔｅｒ−腸炎を診断するための現行の方法は、微生物を培養 によって増殖させて単離し多数の生化学試験を行なう手順を含む、Ｃａｍｐｙｌ ｏｂａｃｔｅｒの最適増殖には低酸素圧及び高温（４２℃）のごとき特殊条件を 要する。１つの条件の組み合わせがすべてのＣａｎ上ｍ■ａｅｔｅｒ一種の増殖 に好ましいわけではない。
以下のオリゴヌクレオチド配列は、ハイブリダイゼーションアッセイで使用され ると該当りす上Ｌｂ痩１！肋迂一種の１６Ｓ　ｒＲＮＡにハイブリダイズする０ 本発明は、従来のＣａｍ　Ｉｏｂａｃｔｅｒ検出方法に比較して顕著な利点をも つ、何故なら１つのプローブが該当りす」Ｌｂ→ａｅｔｅｒ−全部を検出でき残 りの２つのプローブが腸内Ｃａ＋＊　１ｏｂａｃｔｅｒを検出でき１つがｑす１ υ弓」−明ブローブは従来方法に比較してアッセイが容易であり同定時間従って 診断時間を大幅に短縮するという利点をもつ。
１６Ｓ　ｒＲＮＡに相補的な３つの非反復プライマーを使用し該当Ｃａｍ　１ｏ ｂａｃｔｅｒ種の１６Ｓ　ｒＲＮＡにハイブリダイズする４つのプローブを作製 した。配列１及び２は配列５’−［；ＴＡ　ＴＴＡ　ＣＣＧ　ＣＧＧ　ＣＴ（： 　ＣＴＧ　［；ＣＡ　Ｃ−３’をもつ１６Ｓ　ｒＲＮ＾プライマーを使用して作 製された。配列３は配列 ５°−ＣＣ（１；　ＣＴＴ　にＴ（：　ＣＣＧ　にＣＣＣＣＣ（：ＴＣΔΔＴ　 ＴＣ−３’をもつ１６Ｓプライマーを使用して作製された。配列４は配列 ５’−Ｃ：ＣＴ　ＣにＴ　ＴＧＣＧＧＧ　ＡＣＴ　Ｔ＾＾　ＣＣＣ＾＾ＣＡＴ− ３“をもつ１６Ｓ　ｒＲＮ＾プライマーを使用して作製された。
以下の配列を特性決定し艶１工Ｌｂ→ａｃｔｅｒ−江逗〔、Ｃ，ｅｏｌｉ及びＣ ，Ｉａｒｉｄｉｓにハイブリダイズすることを証明した。系統分類学的に最も近 縁のＶｉｂｒｉｏ　ａｒａｈａｅｍｏｌ　ｔｉｃｕｓ及びＷｏｌｌｉｎｅｌｌａ 　５ｕｃｃｉｎｏ　ｅｎｅｓ工をｅｍａｐｙｌｏｃａｃｔｅｒ配列との比較に使 用した。
１　・　ＣＧＣＴＣＣＣへ＾　＾へＣＴにＴ　ＣＡＴ　ＣＣＴ　ＣＣ２、ＣＣＴ 　ＴＡＧ　（、ＴＡ　ＣＣＧ　ＴＣＡ　ＧＡＡ　ＴＴＣＴＴＣＣＣ３、［；ＣＣ ＴＴＣＧＣ＾　ＡＴＣＧＣＴ　ＡＴＴ　ＣＴＴ　ＧＧＴ　Ｇ４　、ＣＣＴ　ＴＣ Ｔ　ＴＡＧ　ＣＡＴ　ＡＴＣ＾＾Ｇ　ＣＣＣＡＧＧ１６ｓ　ｒＲＮＡに由来の配 列１は長さ２３塩基及びＴｏ＋６５℃である。
１６Ｓ　ｒＲＮＡに由来の配列２は長さ２６塩基及びＴｍ６４℃である。
１６Ｓ　ｒＲＮ八由への配列３は長さ２５塩基及びＴｍ６６℃である。１６Ｓｒ ＲＮ＾に由来の配列４は長さ２４塩基及びＴｍ６１℃である。配列１はＥ、ｅｏ ｌｉ　１６Ｓ　ｒＲＮＡの塩基４０５〜４２８に対応する領域にハイブリダイズ し得る。配列２はＥ、ｃｏｌｉ　１６Ｓ　ｒＲＮへの塩基４４０〜４７５に対応 する領域にハイブリダイズし得る。配列３はＬｃｏｌｉ　１６Ｓ　ｒＲＮＡの塩 基７０５〜７３５に対応する領域にハイブリダイズし得る。配列４はＥ、ｃｏｌ ｉ　１６Ｓ　ｒＲＮへの塩基９８０〜１０１０に対応する領域にハイブリダイズ し得る。
ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒプローブの反応性及び特異性をハイブリダイゼーシ ョンアッセイで試験した。３２Ｐ末端標識オリゴヌクレオチドプローブと精製Ｒ ＮＡまたは細胞から遊離したＲＮ八とを０．１％ドデシル硫酸ナトリウム中で混 合した。０．５ｚ１のハイブリダイゼーション溶液（４１％のスルホコハク酸ジ イソブチル、３０−Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６，８，０，７％ドデシル硫酸ナト リウム、１ｍＭ　ＥＤＴ＾、１ｍＭ　ＥＧＴ＾）を添加し、混合物を６０℃で１ 〜１．５時間インキュベートした。インキュベージョン後、２〜２．５ｚｌの分 離溶液（２％ヒドロキシアパタイト、０．１２８リン酸ナトリウム　ｐＨ６，８ ，０，０２％ドデシル硫酸ナトリウム）を添加し、混合物を６０℃で５分間イン キュベートした。標本を遠心し、上滑を除去した。　２．！ｖＺの洗浄液（０， １２Ｈリン酸ナトリウムｐＨ６，８，０，０２％ドデシル硫酸ナトリウム）を添 加し、標本を攪拌し、遠心し、上清を除去した・ヒドロキシアパタイトに結合し た放射能をシンチレーションカウンティングで測定した。
表４０はプローブが該当らま刀ｄ旦崩Ａセ■一種、虹且坦吐、虹ｃｏｌｉｉびＣ ，Ｉａｒｉｄｉｓに十分にハイブリダイズすることを示す、プローブ１は被検− リλＬＬ１１見■」一種をすべて検出し、プローブ２及び４は腸内Ｃａ餉ｐｙｌ ｏｂａｅｔｅｒだけを検出し、プローブ３は、ウシから単離された微生物たる（ 」且すュμす、以外の１１１％一種をすべて検出する。従ってすべてのプローブ が便標本中のｅａｍｐｙｌｏｂａｅｔｅｒの同定に有効である。
その他の用途に使用するためにどのプローブを選択するかは所望の特異性レベル 次第である（即ち、腸内ｃａｍｐｙｌｏｂａｅ−ｔｅｒまたはすべてのむＪ」ｄ 旦Ｉヱ遵■一種）。
宍Ａ立 Ｃａｎ　１ｏｂａｅｔｅｒ　に　Ｃａｎ　１ｏｂａｅｔｅｒプローブ１〜４のバ イブ１　イゼーション Ｃａｍｐｙｌｏｂａｅｔｅｒｃｏｌｉ　３３５５９　６４　７０　５２　４９Ｃ ，ｆｅｔｕｓ　５ｕｂｓｐ、　ｆｅｔｕｓ　２７３７４　６８　０．１６Ｂ　０ ．５Ｃ，ｆｅｔｕｓ　５ｕｂｓｐ、ｖｅｎｅｒｅａｌｉｓ　１９４３８　６６　 ０．フ　５４　１．２Ｃ，ｊｅｊｕｎｉ　３３５６０　６３　７６　５１　５６ Ｃ，Ｉａｒｉｄｉｓ　３５２２１　７４　７３　６４　５２Ｃ，ｓｐｕｔｏｒｕ ｍ　５ｕｂｓｐ、ｂｕｂｕｌｕｓ　３３５６２　７１　３．０２．５０本結合プ ローブ２ ヒドロキシアパタイト結合ｅｐｍ−ＲＮ＾非存在下の結合ｃｐｓ表４１はプロー ブが近縁の微生物または消化管で検出された微生物とハイブリダイズしないこと を示す。
宍１１ １ｏｂａｃｔｅｒプローブ１〜４のバイブｌ　イゼーションＢａｃｔｒｉｏｄｅ ｓ　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２５２８５　０　０．２０．７０Ｅｓｃｈｅｒｉｅｈｉ ａ　ｃｏｌｉ　１１７７５　１．３０．５０．５０Ｓａ１ｍｏｎｅｌｌａ　ｔｙ ｐｈｉｍｕｒｉｕｍ　１４０２８　０　０　０．３　０Ｓｈｉｇｅｌｌａ　ｂｏ ｙｄｉｉ　２９９２９　０　０．２０．５０Ｓｈｉｇｅｌｌａ　ｄｙｓｅｎｔｅ ｒｉａｅ　１３３１３　０　０．７０．２０Ｓｈｉｇｅｌｌａｆｌｅｘｎｅｒｉ 　、２９９０３　０　０　０．５０Ｓｈｉｇｅｌｌａ　５ｏｎｎｅｉ　２９９３ ０　０　０　０．１　０Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　１ ７８０２　０　１．９　０．１　０Ｗｏｌｌｉｎｅｌｌａ　ｓｕｃｃｉｎｏｇｅ ｎｅｓ　２９５４３　０．４２．１２．２０Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｐｓｅｕｄｏｔ ｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ　２９８３３　０．６０．２１．７０．３本誌合プロー ブ２ 腸内ｑす旦Ｌｂ→ａｅｔｅｒ−に特異的なプローブ即ちプローブ２及び４を更に 試験すると、消化管で検出されるその他の微生物のｒＲＮ＾と反応しないことが 判明した。
１佼 ′　で　されｔ・　に　るＣａａ＋　１ｏｂａｅｔｅｒプローブ２　び４のバイ ブ１　イゼーション Ｃ１ｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｄｉｖｅｒｓｕｓ　２７１５６　０　０Ｃ１ｏｓｔｒ ｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉＢｅｎｓ　１３１２４　０　０Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔ ｅｒ　ｃｌｏａｃａｅ　１３０４７　０　０Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍ ｏｎｉａｅ　２３３５７　０　０．５Ｐｒｏｔｅｕｓ　５ｉｒａｂｉｌｉｓ　２ ５９３３　０　０Ｓｅｒｒａｔｉａ　ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ　１３８８０　０　 ０Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｅｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　ｅ１２６００Ｓｔａｐｈｙｌ ｏｃｏｃｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　０　０．３Ｓｔｒｅｐ ｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｂｏｖｉｓ　３３３１７　０　０本結合プローブ２ 夾Ｗユ ５Ｌｒｅｐｔｏｅｏｃｅｕｓ（連鎖球菌）はグラム陰性、オキシダーゼ陰性の球 菌である。この属は群特異性炭水化物に基づいて＾〜Ｒの１８の群に分類される 。Ｄ群の５ｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓは更にｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（腸ｆｉ ｇ）（ＳＪａｅｃｉｕｍ、Ｓ、ｆｇｅｃａｌｉｓ、　Ｓ、ａｖｉｕｍ及びＳ、　 ａｌｌｉｎａｒｕｍ）と非ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（Ｓ、ｂｏｖｉｓ及び７阻 ）に細分される。　Ｓ、ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓ、ｆａｅｃａｌｉｓ及びＳ、ａｖｉ ｕ−は医学的に重要なｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓであると考えられる。いくつか の５Ｌｒｅｐｔｏｅｏｃｅｕｓ種がヒト病原体である。他に、口腔及び腸にノー マルフローラを生じるが別の部位に導入されると病気の原因になるものもある。
２つの例は、Ｓ、ｆａｅｃｉｕｍ及びＦ、ｆａｅｃａｌｉｓであり、これらは腸 内で普通に検出されるが菌血症、傷感染を生じることもあり、米国では尿路感染 が１０％もある。
ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓの現行の検出方法では、標本を１８〜７２時間培養し 一連の生化学試験を行なう必要がある。以下のオリゴヌクレオチド配列はハイブ リダイゼーションアッセイで使用されると、５ｔｒｅ　ｔｏｃｏｅｃｕｓ　ｆａ ｅｃａｌｉｓ＋Ｓ、ａｖｉｕｍ及び扛ｆａｅｃｉｕｍを正確に検出する０本発明 のプローブは、ＤＮＡ相同において極めて近縁の別の釣」！見し任至且幻」、ま たは達」１垣が」−ｅＱｅｅｕｓと交差反応しない（Ｋｉｅｐｐｅｒ−Ｂａｅｚ 、１９８１．１９８２．５ｃｈ−ｌ　１ｅｆｅｒ１９８４）、本発明はまた、標 本に対して必要な試験の数を減らし、従って同定即ち診断に要する時間を大幅に 短縮する。これは従来方法に比較して顕著な打点である。
配列 ５’−ＣＣに　ＣＴＴ　ＣＴＣＣＣ：に　ＧＣＣＣＣＣにＴＣ＾＾Ｔ　ＴＣ−３ ’をもつ１６Ｓ　ｒＲＮに相補的なプライマーを使用してプローブ配列を同定し た。以下の配列を特性決定すると３つのｅｎ−ｔｅｒｏｅｏｅｅｕ８即ちＳ、ｆ ａｅｃｉｕｍ＋Ｓ、ｆａｅｃａｌｉｓ及びＳ、ａｖｉｕｍに特異的であることが 判明した。該当配列と比較するために、系統分類学的に最も近縁のＬ阻吐吐■阻 、Ｓ、ｂｏｖｉｓ、　ＬＬ阻−ｍｏｎｉａｅ及び鉦刀！■ｎｅｓを使用した。
１　、　ＴＧＣＡＧＣＡＣＴ　［；＾＾ｃｃｃ　ｃｃｃ＾Δ＾ＣＣＣＴＣＣ＾＾ ＣＡＣＴ　Ｔ＾配列は長さ３５塩基でＴ−７２℃である。この配列はＥ、ｅｏｌ ｉ１６Ｓ　ｒＲＮへの塩基８２５〜８６０に対応する領域にハイブリダイズし得 る。プローブの反応性及び特異性を証明するために、Ｎ製ＲＮＡまたはａ胞から 遊離したＲＮＡとのハイブリダイゼーションアッセイに使用した。少なくとも１ ０’の細胞を２％ドデシル硫酸ナトリウム中に含む懸濁液をガラスピーズの存在 下に攪拌した。０．１ｚ１の懸濁液を０．１ｍｌのハイブリダイズ−シＥｌ　ン ハッ７　ｙ　（０，９６Ｍす’ｙ醋酸。トリウムｐＨ６，８，０，００２ＭＥＤ Ｔ＾、０．００２Ｍ　ＥＧＴ＾）と混合し、６５℃で２時間インキュベートした 。インキュベーション後、５１１のヒドロキシアパタイト、０．１２Ｍリン酸ナ トリウムｐＨ６，８，０，０２％ドデシル硫酸ナトリウムを添加し、混合物を６ ５℃で１０分開インキユベートシた。標本を遠心し、上滑を除去した。　５ｍｌ の洗浄液（０，１２Ｍリン酸バッファ　ｐＨ６，８，０，０２％ドデシル硫酸ナ トリウム）を添加し、標本を攪拌し、遠心し、上滑を除去した。
ヒドロキシアパタイトに結合した放射能の量をシンチレーションカウンティング で測定した０表４３はプローブが辷ｆａｅｅｉｕ（Ｓ、ｆａｅｅａｌｉｓ及びＳ 、ａｖｉｕ−と十分に反応しその他の近縁微生物とは反応しないことを示す。
宍Ｊ且 ４　に　るｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓプローブのハイブリ　イ５ｔａｐｈｙｌｏ ｃｏｅｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２６００　１．４Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ 　ａｇａｌａｃｔｉａｅ　１３８１３　１．５Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ａ ｖｉｕｍ　１４０２５　２２．７Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｂｏｖｉｓ　３ ３３１７　１．４Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｃａｌｉｓ　１９４３３ 　４５．３Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｅｉｕｍ　１９４３４　４３． ０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｍ１ｔｉｓ　９８１１　１．５Ｓｔｒｅｐｔｏ ｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　６３０６　１．５Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ ｃｕｓ　ｐｙｏｇｅｎｅｓ　ｆ９６１５　１．３大１目１襲− Ｐｓｅｕｃｌｏｍｏｎａｓはグラム陰性、胞子非形成性、非発酵性桿菌である。
　Ｐｓｅｕｃｉｏｍｏｎａｓは土中及び水中に棲息し健康な人間にはまれにしか 感染しない、既に衰弱した病人に対してはこの微生物は種々の臨床的症状、例え ば傷口感染、手術後感染、敗血症、小児下痢及び呼吸器及び尿路感染を生じ得る 。この微生物は抗生物質に耐性であるためＰｓｅｕｃｌｏｍｏｎａｓ属。各面を 臨床標本中で同定することが特に重要である。
核酸相同の研究によって属はＲＮＡ群■〜■として知られる５つの相同群に分類 されている。　Ｐｓｅｕｄｏ＋ｅｏｎａｓの臨床単離物全部のうちの８３％がＲ ＮＡ群Ｉに由来し、これまでは匝−ｃｌｏｍｏｎａｓシ■且１１１ジェが最も多 く単離されている。
Ｐｓｅｕｄｏ＋＊ｏｎａｓの現行の検出方法では患者の標本を２４〜７２時間培 養しその後に一連の生化学試験を行なう必要がある。
下記のオリゴヌクレオチド配列はハイブリダイゼーションアッセイで使用される と臨床的に重要な１群のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓを検出する０本発明は標本に対 して行なう試験の数を減らし検出までの所要時間を短縮する。これは従来方法に 比較して票著な進歩である。
配列 ５°−ＣＴＴ　ＴＣＣＣＴＣＡＣＧ　ＧＴ＾−３゜をもつ２３Ｓ　ｒＲＮ＾の保 存領域に相補的なプライマーを使用して配列を作製した。以下の配列は■群Ｐｓ ｅｕｄｏｍｏｎａｓを検出することが判明した。
１　、　ＣＡＧ　ＡＣ＾＾＾Ｇ　ＴＴＴ　ＣＴＣにＴＯＣＴＣＣにＴ　ＣＣＴ　 ＡＣＴ　ＣＧＡ　ＴＴプローブは長さ３５塩基でＴａ７０℃である。プローブは Ｌｃｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮ＾の塩基３６５〜４ｏ５に対応する領域テＩ　ｍＰ ｓｅｕ−鉛、ユ、ニーのＲＮＡにハイブリダイズし得る。プローブの反応性及び 特異性を証明するために、ハイブリダイゼーションアッセイに使用した。３２Ｐ 末端標議オリゴヌクレオチドと少なくとも１０？の細胞から遊離したＲＮ八とを 、０．４８Ｍリン酸ナトリウムｐｕｅ、ｓ、１％ドデシル硫酸ナトリウム、１　 ｍＭ　ＥＤＴ＾、１ｍＭ　ＥＧＴ＾）中で標準方法で混合し、６５℃で２時間イ ンキュベートした。インキュベーション後、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッドを先行 実施例の記載と同様にヒドロキシアパタイトに結合させ、結合放射能をシンチレ ーションカウンティングで測定した０表４４は試験したＩ群Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎ ａｓの８つの種のすべてに対してプローブが十分に反応したことを示す、プロー ブは■群またはＶ群の微生物に由来のＲＮＡとは反応しなかった。臨床標本に由 来の非発酵性ｂａｃｉｌｌｕｓの単離物全体の１％未満に相当する■群の微生物 Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｃｉｄｏｖｏｒａｎｓとの反応は少なかった０表４ ５は試験したその他の近縁微生物に対してプローブが反応しないことを示す。
宍」土 Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ＲＮＡに−るＰｓｅｕｄｏｉｏｎａｓ　ｌ　のバイブ 号　イＰｓｅｕｃｌｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　ｌ　１０１４５　８ ３Ｐｓｅｕｄｏａ＋ｏｎａｓ　ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ　Ｉ　１３８６７　 ８３Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ　Ｉ　１３５２５　８２ Ｐｓｅｕｃｌｏｍｏｎａｓ　ｍｅｎｄｏｃｉｎａ　ｌ　２５４１１　７９Ｐｓｅ ｕｄｏａｏｎａｓ　ｐｓｅｕｄｏａｌｅａｌｉｇｅｎｅｓ　Ｉ　１７４４０　７ ８Ｐｓｅｕｃｌｏｍｏｎａｓ　ｐｕｔｉｄａ　ｌ　１２６３３　８０Ｐｓｅｕｄ ｏｍｏｎａｓ　５ｔｕｔｚｅｒｉ　Ｉ　１７５８８　８４ＰｓｅｕｄｏＩｌｏｎ ａｓ　ｃｅｐａｅｉａ　ｌｌ　２５４１６　０Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｐｉｃ ｋｅｔｔｉｉ　ｌ　２７５１１　１．ＯＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｃｉｄｏｖ ｏｒａｎｓ　ＩＩ　１５６６８　１１Ｐｓｅｕｄｏａｏｎａｓ　ｍａｌｔｏｐｈ ｉｌｉａ　Ｖ　１３６３７　０．２結合プローブ％＝ＲＮ＾存在下の結合カウン ト数−ＲＮ＾非存在下の結合カウント数／アッセイで使用した総カウント数宍Ｊ Σ 近縁　のＲＮＡに・　るＰｓｅｕｄｏｍ’ｏｎａｓ　Ｉ　のハイブリダイ＾ｃｉ ｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｅａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ　２３０５５　Ｌ、ＳＬｅ ｇｉｏｎｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ　３３１５５　０．６Ｍｏｒａｘｅ ｌｌａ　ｐｈｅｎｙｌｐｙｒｕｖｉｃａ　２３３３３　０．３Ｍｏｒｇａｎｅｌ ｌａ　ｍｏｒｇａｎｉｉ　２５８３０　０Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌ ｙｔｉｃｕｓ　１７８０２　０．６結合プローブ５＝ＲＮＡ存在下の結合カウン ト数−ＲＮ＾非存在下の結合カウント数／アッセイで使用した総カウント数え糺 匠臣 実施例１５〜１８はＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ用１０−ブについて 説明する。これらの微生物はすべてＤＮＡレベルで極めて近縁である。ｒＲＮＲ ＮＡルでの差異は更に少ない０例えば、ｂ−ｔｅｕｓ　ｖｕｌ　ａｒｉｓ　１６ Ｓ　ｒＲＮ＾はＥ、ｃｏｌｉに９５％相同である。これらの要因は、このグルー プの微生物に特異的なｒＲＮ＾ＲＮＡブの作製に困難が伴うことを示唆する。し かしながら、我々は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａｃａｅ、Ｐｒｏｔｅ ｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ＋Ｓａ１ｍｏ−ｎｅｌｌａ及びＥ、ｃｏｌｉのプロー ブを作製した。
ＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒＪＥ　ｆ）微生物は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒｉａ ｃｅａｅ族に所属ス、易動性、グラム陰性、胞子非形成性桿菌である。こノ属ハ 大きい不均一なグループである。８つの種が定義されているが臨床的に重要なも のは５種である。　Ｅｎｔｅｒｏｂａｅ−ｔｅｒ　ｅｌｏａｃａｅ及びＥ、ａｅ ｒｏ　ｅｎｅｓは最も多い単離物であり、ヒトの尿生殖器、肺、血液、中枢神経 系及び軟組織の怒染に関連する。
患者の標本からＥｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒ　ｃｌｏａｃａｅを同定する現行の方 法は、寒天プレート上で標本を１８〜２４時間培養し一連の生化学試験を行なう 手順を含む、以下のオリゴヌクレオチド配列は核酸ハイブリダイゼーションアッ セイのプローブとして使用されると、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａｃａ ｅを正確に同定する０本発明は標本に対して行なう試験の数を減らし同定に要す る時間従って診断所要時間を短縮する。これは従来方法に比較してよ著な改良で ある。
配列 ５°−Ｃ／Ｌｌ：　ＴＣＡ　［；にＡ　にＴＡ　ＴＴＴ　Ａｌ：、ＣＣＴＴ−３ ’をもつ２３Ｓ　ｒＲＮへの保存領域に相補的なプライマーを使用してＥｎｔｅ ｒｏｂａｅｔｅｒ　ｅｌｏａｃａｅ特異的プローブが得られた。
配列 １　、にＴＧ　ＴＧＴ　ＴＴＴ　ＣＧＴ　にＴＡ　Ｃにに　ＣＡＣＴＴＴ　ＣＡ ＣＣＣを特性決定しＥ、ｅｌｏａｅａｅに特異的であることを証明した。Ｌｃｌ ｏａｃａｅの配列と比較するために、系統分類学的に最も近プローブは長さ２９ 塩基でＴｎ６８℃である。プローブはＬｃｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮへの塩基３０ ５〜３４０に対応する領域でＥ、ｃｌｏａｃａｅのＲＮＡにハイブリダイズし得 る。　Ｅ、ｅｌｏａｃａｅに対するプローブの反応性及び特異性を証明するため にこれをハイブリダイゼーションアッセイで使用した　３２ｐ末端標識オリゴヌ クレオチドプローブと少なくとも１０’の微生物から遊離したＲＮＡとを１％ド デシル硫酸ナトリウム、０．４８Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６，８中で混合しく最 終容量０．２ｚ１）、６０℃で２時間インキュベートした。インキュベーション 後、５ｉ１の２％ヒドロキシアパタイト、０．１２Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６， ８，０，０２％ドデシル硫酸ナトリウムを添加し、混合物を６０℃で１０分間イ ンキュベートした。標本を遠心し、上清を除去した。
５１１の洗浄液（０，１２Ｍリン酸ナトリウムｐＨ８，８，０，０２％ドデシル 硫酸ナトリウム）を添加し、標本を攪拌し、遠心し、上滑を除去した。ヒドロキ シアパタイトに結合した放射能の量をシ、ンチレーションカウンティングで測定 した。結果を表４６に示す０表４６は、プローブがＥ、ｃｌｏａｃａｅと十分に 反応し近縁微生物のＲＮＡとは反応しないことを示す。
Ｌ伎 ４．　に　Ｅｎｔｅｒｂａｃｔｅｒ　ｃＬｏａｃａｅプローブのバイブ１　イゼ ーション 微生物　＾ＴＣＣ＃　結」ｔ２コユユ、ブ」−Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅ ｕｎｄｉｉ　８０９０　１．８Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｅｓ 　１３０４８　１．４Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａｅａｅ　１３０４７ 　２７Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５　１．０Ｋｌｅｂｓｉｅ ｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　１３８８３　１，７Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｌｌ１ｒ ａｂｉ！ｉｓ　２９９０６　Ｑ、９Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌＨａｒｉｓ　１３３ １５　０．６Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ　５ｔｕａｒｔｉｉ　２９９１４　１．１ 表４７はプローブが尿中で検出される微生物のＲＮＡと反応しないことを示す。
表５− で、　される　に−　るＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａｃａｅブＣａｎｄ ｉｄａ　ａｌｂｉｃａｎｓ　１８８０４　０．８Ｃａｎｃ！ｉｄａ　ｋｒｕｓｅ ｉ　３４１３５　０．８Ｃａｎｄｉｄａ　ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ　２２０１ ９　０．９Ｃａｎｄｉｄａ　ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ　７５０　１．１Ｐｓｅｕｃ ｌｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　１０１４５　１．０Ｓｅｒｒａｔｉａ 　ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ　１３８８０　１．６Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　 ａｕｒｅｕｓ　１２６００　１．７Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｅｕｓ　ｅｐｉｄｅ ｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　１．４Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｇａｌａ ｅｔｉａｅ　１３８１３　２．５Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｅｉｕ ｍ　１９４３４　１．５Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ　ｇｌａｂｒａｔａ　２００１　 ０．９夾差［ Ｐｒｏｔｅｕｓ属の微生物はＥｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒｉａｃｅａｅ族に所属す る易動性、グラム陰性、胞子非形成性の桿菌である。４つのＰｒｏｔｅｕｓ種が 知られており、そのうちの３種、即ちＰｒｏｔｅｕｓｍ１ｒａｂｉｌｉｓ、７ユ ユア□ユｉｓ＆びＬエユ、工づ−がヒト疾患の原因になる。
最モ多いタイプのｐｒｏｔｅｕｓ感染は尿道で生じるが、敗血症、肺炎、及び傷 感染も生じる。　Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓは最も多く単離される種 であり急性の単純尿道感染の１０％を占める０種間で抗生物質感受性が異なるの で病因微生物を属のレベルでなく種のレベルで同定するのが望ましい。
患者の標本からＰｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓを同定する現行の方法は、 寒天プレート上で標本を１８〜２４時間培養しその後に一連の生化学試験を行な う手順を含む、下記のオリゴヌクレオチド配列は核酸ハイブリダイゼーションア ッセイのプローブとして使用されると、Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓを 正確に同定する０本発明は標本に対して行なう試験の数を減らし同定に要する時 間従って診断所要時間を短縮する。これは従来方法に比較して顕著な改良である 。
配列 ５’　−ＣＡＣＴＣＡ　Ｃ（：Ａ　ＣＴＡ　ＴＴＴ　ＡＧＣＣＴＴ−３’をもつ ２３Ｓ　ｒＲＮ＾の保存領域に相補的なプライマーを使用してＰｒｏｔｅｕｓ　 ＋ｎ１ｒａｂｉｌｉｓ特異的プローブが得られた。
配列 １　、ＣＣに　ＴＴＣＴＣＣＴにＡ　ＣＡＣＴｌｌ；ＣＴＡＴ　ＴにＡ　ＴＴ＾ 　＾にＡ　ＣＴＣを特性決定しＰ、＋５ｉｒａｂｉｌｉｓに特異的であることを 証明した。
Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓの配列と比較するために、系統分類学的に 最も近縁の微生物Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ、　Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕａ＋ｏｎｉａｅ＋　Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕ１ｇａｒｉｓ＋　Ｓａｌｍｏ ｎｅｌｌａ　ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ及びＣ１ｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎ ｄｉｉを使用した。
このプローブはＥ、ｃｏｌｉ　２３Ｓ　ｒＲＮ＾の塩基２７０〜３０５に対応す る領域でＰ、ｍ１ｒａｂｉｌｉｓのＲＮＡにハイブリダイズし得る。プローブは 長さ３３塩基で１輪６６℃である。　Ｐ、ｍ１ｒａｂｉｌｉｓに対するプローブ の反応性及び特異性を証明するために、これをハイブリダイゼーションアッセイ で使用した。コ２Ｐ末端標識オリゴヌクレオチドプローブと少なくとも１０７の 微生物から遊離したＲＮＡとを１％ドデシル硫酸ナトリウム、０．４８Ｍリン酸 ナトリウムｐＨ６，８、ＩＪ　ＥＤＴ＾、１１１８　ＥにＴ＾中で混合しく最終 容量０．２ｔ１）、６４℃で２時間インキュベートした。インキュベーション後 、５１１１の２％ヒドロキシアパタイト、０．１２Ｈリン酸ナトリウムｐ）１６ ．８．０．０２％ドデシル硫酸ナトリウムを添加し、混合物を６４℃で１０分間 インキュベートした。
標本を遠心し、上清を除去した。５１１の洗浄液（０，１２Ｍリン酸ナトリウム ｐｎｓ、ｓ、０．０２％ドデシル硫酸ナトリウム）を添加し、標本を攪拌し、遠 心し、上清を除去した。ヒドロキシアパタイトに結合した放射能の量をシンチレ ーションカウンティングで測定した。結果を表４８に示す０表４６は、プローブ がＰ、ｍ１ｒａｂｉｌｉｓと十分に反応し他の２７の近縁の微生物とは反応しな いことを示す０表４９は表４８と同様に試験してプローブが他の２４の系統分類 学的に多様な微生物及び２つの酵母とは反応しないことを示す。
１旦 ゛　に　るＰｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓプローブのバイブＣ１ｔｒｏｂ ａｃｔｅｒ　ｄｉｖｅｒｓｕｓ　２７１５６　１．ＩＣ１ｔｒｏｂａｅｔｅｒ　 ｆｒｅｕｎｄｉｉ　８０９０　１．ＩＣ１ｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉ ｉ　６７５０　１．ＱＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｅｓ　１３０ ４８　１．ＱＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ　２７１５５ 　１．０Ｅｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒ　ｃｌｏａｅａｅ　ｅ１３０４７　１．ＩＥ ｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒ　ｇｅｒｇｏｖｉａｅ　３３０２Ｂ　１．０Ｅｎｔｅｒ ｏｂａｅｔｅｒ　５ａｋａｚａｋｉｉ　２９５４４　１．１Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈ ｉａ　ｃｏｌｉ　１０７９８　１．２Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１ ７７５　１．２Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　２９４１７　１．２Ｋｌｅ ｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ　１３１８２　１．０Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　 ｏｚａｅｎａｅ　１１２９６　１．ＩＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｌａｎｔｉｃｏ ！　３３５３１　０．９Ｋｆｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　１３８ ８３　１．３Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　２３３５７　１． ＩＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｏｍａｔｉｓ　１３８８４　１ ．２Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｔｅｒｒｉｇｅｎａ　３３２５７　１．ＩＫｌｅｂ ｓｉｅｌｌａ　ｔｒｅｖｉｓａｎｉｉ　３３５５８　１．０Ｋｌｕｙｖｅｒａ　 ａｓｃｏｒｂａｔａ　３３４３３　０．９Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ 　２５９３３　６９．０Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｐｅｎｎｅｒｉ　３３５１９　２．５ Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３１５　１．７Ｐｒ’ｏｖｉｄｅｎｃ ｉａ　ａｌｃａｌｉｆａｃｉｅｎｓ　９８８６　１．ＩＰｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ 　ｒｅｔｔｇｅｒｉ　２９９４４　１．３Ｐｒｏｖｉｄｅｎｅｉａ　５ｔｕａｒ ｔｉｉ　２９９１４　１．ＩＳａｌｍｏｎｅｌｌａ　ａｒｉｚｏｎａｅ　２９９ ３３　１．１Ｓａ１ｍｏｎｅｌｌａ　ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ　１３０７６　０ ．８宍」且 二　゛に　ｔ　に　るＰｒｏｔｅｕｓ　ｗｉｒｉｂｉｌｉｓプローブのハイブリ ダイゼーション １１割　小江　１釘乙と夕１ ＾ｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｃａｌｃｏａｅｅｔｉｅｕｓ　３３６０４　０− ８Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　１．２Ｂａｅｔｅｒｏｉｄ ｅｓ　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　０．９　。
Ｂｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｅａｔａｒｒｈａｌｉｓ　２５２３８　０．７Ｃａｍ ｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊｅｊｕｎｉ　３３５６０　１．０Ｃａｎｃｌｉｄａ　 ｋｒｕｓｅｉ　３４１３５　０．８Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｖｉｏｌ ａｃｅｕ鴎　２９０９４　１．ＩＣｌｏｓｔｒｉｃｌｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇ ｅｎｓ　１３１２４　０．９Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ 　３５０７３　０．８Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕｍｍｏｓａ　１５９９４　０．８Ｈａ ｆｎｉａ　ａｌｖｅｉ　１３３３７　０．９Ｍｏｇａｎｅｌｌａ　ｍｏｇａｎｉ ｉ　２５８３０　０．９Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　１０ １４５　１．０Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｃｅｐａｃｉａ　１７７６２　０．９ Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　０．９Ｒｈｏｄｏｓｐｉ ｒｉｌｌｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　０．８Ｓｅｒｒａｔｉａ　ｍａｒｃ ｅｓｃｅｎｓ　１３８８０　０．９Ｓｅｒｒａｔｉａ　ｏｄｏｒｉｆｅｒａ　３ ３０７７　０．９Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　ｅ１２６００ 　０．８Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０ 　０．８Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｍ１ｔｉｓ　９８１１　０．８Ｓｔｒｅ ｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　ｅ６３０６　０．９Ｔｏｒｕｌｏ ｐｓｉｓ　ｇｌａｂｒａｔａ　２００１　０．９Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅ ｍｏｌｙｔｉｅｕｓ　１７８０２　０．８Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ　＋ｎａｌｔ ｏｐｈｉｌｉａ　１３６３７　１．ＩＹｅｒｉｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｃｏｌ ｉｔｉｅａ　９６１０　０．８尖１０外１７ Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属の微生物は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ族 に所属する易動性、グラム陰性、胞子非形成性の桿菌である。すべての５ａｌａ ＋ｏｎｅｌ　Ｉａｅが極めて近縁であり、学者によってはこれらの微生物を１つ の種と考えることもある。核酸相同の研究によって５つのサブグループが同定さ れ異なる１４００の血清型が知られるようになった。すべての血清型が、軽症の 自己限定性胃腸炎がら菌属症を伴う重態胃腸炎、生命を脅かす恐れのあるチフス 熱にわたるヒトの腸疾患に関与する。　Ｓ、ｃｈｏｌｅｒａｓｕｉｓ、　４土Ａ ユ及び１」ｌ１負−は重病及び菌属症にもっとも関係の深い血清型である。Ｓａ １ｍｏｎｅ１＝ハエ誘発腸炎の診断は、便標本中の微生物の検出に依存する。
感染が主として汚染ミルク、食物及び水の摂取によって生じるのでこれらの製品 が消費者の手にわたる前にこれらの物質中のＳａｌｍｏｎｅｌｌａを同定する方 法が必須である。
Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属の微生物を検出する現行の方法は、選択培地で標本を１ 〜３日培養し一連の生化学試験を行なう手順をに濃縮段階がしばしば必要である 。下記のオリゴヌクレオチド配列は、核酸ハイブリダイゼーションアッセイのプ ローブとして使用されると、　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属の各面を正確に同定する ０本発明のプローブは属のすべての菌に特異的であり他の近縁のＥｎｔｅｒｏｂ ａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ属とは反応しない０本発明プローブは標本に対して行な う試験の数を減らし同定に要する時間従って診断所要時間を短縮する。これは従 来方法に比較してま著な改良である。
１６Ｓ及び２３ＳｒＲＮ＾に相補的な２つのプライマーを使用してＳａ１ｍｏｎ ｅｌｌａ属特異的プローブが得られた。配列１は配列５°ＴＴＡ　ＣＴＡ　Ｉｌ ：ＣＧ　ＡＴＴ　ＣＣＣＡＣＴ　ＴＣＡ３゜をもつ１６Ｓプライマーを用いて得 られた。配列２は配列５’　ＣＡＧ　ＴＣＡ　ＣＣＡ　ＧＴＡ　ＴＴＴ　ＡＧＣ ＣＴＴ　３’をもつ２３Ｓプライマーを用いて得られた。　配列１　、　ＣＴＣ ＣＴＴ　ＴにＡ　にＴＴ　ＣＣＣＧＡＣＣＴ＾＾ＴＣにＣＴ　ＣＣＣ２、ＣＴＣ ＡＴＣＧＡ［：　ＣＴＣＡＣＡ　ＧＣＡ　ＣＡＴ　ＧＣＧ　ＣＴＴ　ＴＴＧ　Ｔ ＯＴ＾を特性決定し５ａｌＩＩＩｏｎｅｌｌａに特異的であることを証明した。
１６Ｓ　ｒＲＮ八に由来の配列１は長さ３０塩基でＴｍ７３℃である。
２３Ｓ　ｒＲＮ八に由来の配列２は長さ３４塩基でＴ＋ｎ７１℃である。これら のプローブはＥ、ｃｏｌｉの１６Ｓ　ｒＲＮへの塩基１１２５〜１１５５及び２ ３Ｓ　ｒＲＮ＾の塩基３３５〜３７５に対応する領域にハイブリダイズし得る。
　Ｓａｌ鎮ｏｎｅｌｌａ属の各面に対するプローブ１の反応性及び特異性を証明 するために、３２ｐ末端標識オリゴヌクレオチドプローブをハイブリダイゼーシ ョン反応でプローブとして使用した。精製ＲＮＡまたは少なくとも１０７の微生 物から標準法で！！離したＲＮ八を１ｘｌのハイブリダイゼーションバッファ（ 最終濃度４３％スルホコハク酸ジイソブチル、６０ＩＩＭリン酸ナトリウムｐＨ ６，８、ＩＪ　ＥＤＴ＾、ＩｆｉＭＥ（：Ｔ＾）と混合し、７２℃で２〜１２時 間インキュベートした。インキュベーション後、５１１の分離溶液（２％ヒドロ キシアパタイト、０．１２Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６，８，０，０２％ドデシル 硫酸ナトリウム）を添加し、標本を混合し、混合物を７２℃で５分間インキュベ ートし、遠心し、上清を除去した。ｊｕｌの洗浄液＜０．１２８！Ｊン酸ナトリ ウムｐ）１６．８．０．０２％ドデシル硫酸ナトリウム）を添加し標本を攪拌し 、遠心し、上清を除去した。ヒドロキシアパタイトに結合した放射能の量をシン チレーションカウンティングで測定した０表５０の結果は、併用した２つのプロ ーブが５つのＳａ１ｍｏｎｅｌｌａサブグループ及び試験した３１の血清型全部 とハイブリダイズしたことを示す。
表５０ Ｓａｌ＋５ｏｎｅｌｌａ属の微生物に対する５ａｌＩＩｌｏｎｅｌｌａプローブ １及び２のハイブリダイゼーション Ｉ　ＳＪＬｌｍｏｎｅｌｌａ　ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ　１０７０８　２４　 ４０１　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｅｎｔｅｒｏｔｉｄｉｓ　１３０７６　１５　 ６７１　Ｓａｌ＋ａｏｎｅｌｌａ　ｐａｒａｔｙｐｈｉ＾　９１５０　１．４　 ７０Ｉ　Ｓａ１ｗ＋ｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　９２７０　４０　２６ｓｅｒｏｔｙ ｐｅ　ａｎａｔｕｍ Ｉ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　１２００７　５４　３５ｓｅｒｏｔｙｐｅ 　ｃｕｂａｎａ ｌ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　９２６８　１２　４０ｓｅｒｏｔｙｐｅ　 ｇｉｖｅ ｌ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　８３２６　５３　３３ｓｅｒｏｔｙｐｅ　 ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇＴ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　１１６４６　３６　 ４６ｓｅｒｏｔｙｐｅ　１ｌｌｉｎｏｉｓ Ｉ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　８３８７　３５　３２ｓｅｒｏｔｙｐｅ　 ａ＋ｏｎｔｅｖｉｄｅ。
Ｉ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　２９６２８　５２　３４ｓｅｒｏｔｙｐｅ 　ｎｅｗｉｎｇｔｏｎｌ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　６９６２　３．４　 ３６ｓｅｒｏｔｙｐｅ　ｎｅｗｐｏｒｔ Ｉ　５ａｌｎｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　１５７８７　３４　３９ｓｅｒｏｔｙｐｅ 　ｐｕｔｔｅｎ Ｉ　５ａｌｉｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　９７１２　２８　３０ｓｅｒｏｔｙｐｅ　 ５ａｉｎｔｐａｕｌ■　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　８４００　３８　４３ ｓｅｒｏｔｙｐｅ　ｓｅｎｆｔｅｎｂｅｒｇＩ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、 　１２００４　２９　２９ｓｅｒｏｔｙｐｅ　５１ｍ５ｂｕｒｙ Ｉ　５ａｌａ＋ｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　１５７９１　３４　３０ｓｅｒｏｔｙｐ ｅ　５ｌｏｔｅｒｄｉｊｋＩ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　８３９１　３２ 　４１ｓｅｒｏｔｙｐｅ　ｔｈｏｉｐｓｏｎ Ｉ　５ａｌｎｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　１５６１１　３５　２．６ｓｅｒｏｔｙｐ ｅ　ｖｅｌｌｏｒｅ ｌ　５ａｌｎｏｎｅｌｌａ　ｔｙｐｈｉ　１９４３０　７．０　２１１Ｓａｌ＋ ｎｏｎｅｌｌａ　ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ　１４０２８　６９　６９ｎ　５ａｌ ｎｏｎｅｌｌａ　ｓａｌａｍａｅ　６９５９　３．０　４６■Ｓａ１ｍｏｎｅｌ ｌａ　ｓｐ、　１５７９３　６．６　３０ｓｅｒｏｔｙｐｅ　…ａａｒｓｓｅｎ Ｉｆｆ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ａｒｉｚｏｎａｅ　３３９５２　２．９　３８ １［［Ｓａｌ＋ｎｏｎｅｌｌａ　ａｒｉｚｏｎａｅ　１２３２４　５．５　４２ １［５ａｌａ＋ｏｎｅｌｌａ　ａｒｉｚｏｎａｅ　２９９３３　２．３　６２■ Ｓａｌ＋ｏｎｅｌｌａ　ａｒｉｚｏｎａｅ　２９９３４　６３　１２ｍ　Ｓａｌ ｍｏｎｅｌｌａ　ａｒｉｚｏｎａｅ　１２３２３　４．０　３ｇｍ　Ｓａｌｍｏ ｎｅｌｌａ　ａｒｉｚｏｎａｅ　１２３２５　５１　１．９■Ｓａ１ｍｏｎｅｌ ｌａ　ｓｐ、　１５７８３　５．８　８．０ｓｅｒｏｔｙｐｅ　ｈａｒａ＋ｅｌ ｅｎＩＶ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　２９９３２　７．５　４０ｓｅｒｏ ｔｙｐｅ　ｏｃｈｓｅｎｚｏｌｌＶ　Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｓｐ、　ｃｄｃ１ ３１９　６０　１．８ｓｅｒｏｔｙｐｅ　ｂｏｎｇｏｒ Ｓａｌｍｏｎｅｌ　Ｉａ属の微生物に対するプローブの特異性を、Ｓａ１ｍｏｎ ｅｌｌａ近縁微生物に由来のＲＮＡを含むハイブリダイゼーション反応で証明し た。結果を表５１に示す。
Ｌ壮 ゝ６　のＲＮＡに・　るＳａ１ｍｏｎｅｌｌａプローブ１　び２のハＣ１ｔｒｏ ｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　６７５０　２．２　０Ｅｄｗａｒｄｉｓｉｅ ｌｌａ　ｔａｒｄａ　１５９４７　０　０Ｅｎｊｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｇｇｌ ｏｍｅｒａｎｓ　２７１５５　０．６　０Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａ ｅａｅ　１３０４７　０　０Ｅｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒ　５ａｋａｚａｋｉｉ　 ２９５４４　０　０Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１０７９８　０　０Ｅ ｓｃｈｅｒｉｅｈｉａ　ｃｏｌｉ　２９４１７　０　０Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　 ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　２３３５７　０．７　０Ｋｊｕｙｖｅｒａ　ａｓｃｏｒ ｂａｔａ　３３４３３　０　０．５Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２５ ９３３　０．２　０Ｓｈｉｇｅｌｌａ　ｆｌｅｘｎｅｒｉ　２９９０３　０　０ 車結合プローブ２＝ヒドロキシアパタイト結合カウント数−ＲＮ八へ存在下の結 合カウント数／アッセイで使用した総力、ラント数 表５２はＳａ１ｍｏｎｅｌｌａプローブ１及び２が系統分類学的に多様な微生物 とハイブリダイズしないことを示す。
Ｌ剰 系Ｐ　−的クロスセクションの微生物のＲＮ八に・するＳａ１ｍｏｎｅｌｌａプ ローブ１　び２のハイブリダイゼーションＡｃ１ｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｃａｌ ｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ　３３６０４　１．１　０．ＩＢａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂ ｔｉｌｉｓ　６０５１　０　０．５Ｂａｃｔｅｒｏｉｃｌｅｓ　ｆｒａｇｉｌｉ ｓ　２３７４５　０．１　０Ｂｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ 　２５２３８　０．９　０Ｃａｍｐｙｌｏｂａ、ｃｔｅｒ　ｊｅｊｕｎｉ　３３ ５６０　０　０．２Ｃａｎｄｉｄａ　ｋｒｕｓｅｉ　３４１３５　０．４　０． ３Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｖｉｏｌａｃｅｕｍ　２９０９４　１．７ 　０Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕ＋ｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　１３１２４　０．３ 　０Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　１．６　 ０．ＩＤｅｒｘｉａ　ｇｕ＋ｎｍｏｓａ　１５９９４　１．２　０Ｈａｆｎｉａ 　ａｌｖｅｉ　１３３３７　１．８　０Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ　ｍｏｒｇａｎｉ ｉ　２５８３０　０　１．ＩＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　 １０１４５　０．５　０．７Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｃｅｐａｃｉａ　１７７ ６２　０　０Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ　１３６３７　 １．９　０Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　１．２　０． ３Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　０．９　０Ｓｅ ｒｒａｔｉａ　ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ　１３８８０　０　０Ｓｅｒｒａｔｉａ　 ｏｄｏｒｉｆｅｒａ　３３０７７　２．６　０．２Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕ ｓ　ａｕｒｅｕｓ　ｅ１２６００　０．２　０Ｓｔａｐｈｙｌｏｅｏｃｃｕｓ　 ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　０　０Ｓｔｒｅｐｔｏｅｏｃｃｕｓ　ｍ １ｔｉｓ　９８１１　１．２　０．７Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍ ｏｎｉａｅ　ｅ６３０６　０　０Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ　ｇｌａｂｒａｔａ　２ ００１　０　０Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０２ 　０　０．２Ｙｅｒｉｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ　９６１０　 ０　０本誌合プローブ２＝ヒドロキシアパタイト結合カウント数−ＲＮ八へ存在 下の結合カウント数／アッセイで使用した総カウント数 夾」口１ 種、即ち、臨床単離物の９９％以上を占めるＥ、ｃｏｌｉ及びＬｈｅｒｎａｎｉ ｉ＋Ｅ、ｂｌａｔｔａｅ、Ｅ、ｖｕｌｎｅｒｉｓ＋４貢−が知られている。Ｅ、 ｃｏｌｉは尿道感染、菌血症及び新生児髄膜炎の主因であり、また旅行者下痢と して知られる１種の胃腸炎の原因である。
患者の標本からＥ、ｃｏｌｉを同定する現行の方法では、寒天プレート上で標本 を１８〜７２時間培養し単離したコロニーに一連の生化学試験を行なう、下記の オルゴヌクレオチド配列は核酸ハイブリダイゼーションアッセイのプローブとし て使用されると別の微生物の存在下でもＥ、ｅｏｌｉを正確に検出する０本発明 は標本に対して行なう試験の数を減らし同定に要する時間従って診断所要時間を 短縮する。これは従来技術の方法に比較して順著な改良である。
Ｅ、ｃｏｌｉ特異的プローブは、公知のｉ剥ｊ配列（Ｂｒｏｓｉｕｓ等、Ｐｒｏ ｅ、　Ｎａｔｌ、＾ｃａｄ、　Ｓｃｉ、　Ｕ、Ｓ＾、７５：４ＳＯ１〜４８０５ （１９７８））に由来し、比較としてｂ四±嬰Ｉｓ　Ｉ／すＪ見ｒｉｓ工（Ｃａ ｒｂｏｎ等、Ｎｕｅ　。
＾ａｉｄｓ　Ｒｅｓ、９：２３２５〜２３３３（１９８１））−Ｋｌｅｂｓｉｅ ｌｌａ　ｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｅｎｔｅｒｉｔｉｃｌｉ ｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒ　ｅｒ　ｏｖｉａｅ及びＣ１ｔｒｏｂａｃｔｅｒ 　ｆｒｅｕｎｃｌｉｊを使用した。プローブ配列を以下に示す。
１　、　にＣＡ　ＣＡＴ　ＴＣＴ　ＣＡＴ　ＣＴＣＴＧ＾＾＾＾ＣＴＴ　ＣＣＩ Ｉ：　ＴＧＧプローブは１６Ｓ　ｒＲＮへの９９５〜１０３０の領域でＥ、ｃｏ ｌｉのＲＮＡにハイブリダイズする。プローブは長さ３０塩基及びＴｍ６６℃で ある。Ｅ、ｃｏｌｉに対するプローブの反応性及び特異性を試験するために、こ のプローブをハイブリダイゼーションアッセイで使用した。３２末端標識オリゴ ヌクレオチド１０−ブと配列５’−ＴＧＣ：　ＡＴＧ　ＴＣ＾＾ＧＡ　ＣＣＡ　 ＣＧＴ＾＾Ｇ　ＧＴＴ　ＧＴＴ　ＣＧＣＧＴＴにＣＡ　ＴＣＧ−３’及び配列５ ’−ＣＴに　ＡＣＣ；　ＡＣＡ　ＧＣＣＡＴＣＣＡ（：　ＣＡＣＣＴＧＴＣＴ　 ＣＡＣＧＧＴ　ＴＣＣＣＧ＾＾ＣＧＣ＾−３′をもつ２つの非標識オリゴヌクレ オチドと精製ＲＮ＾または界面活性剤及び加熱によって細胞から遊離したＲＮＡ とを、１％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０．４８Ｍリン酸ナトリウムｐ ）１６．８、ＩＩＩＭＥＤＴ＾、１ｍＭＥＧＴ＾（最終容量０．２ｚｉ’）中で 混合し、６０℃で２時間インキユベートシた。インキュベーション後、５ｚ１の ２％ヒドロキシアパタイト、０．１２Ｍリン酸ナトリウムｐ）１６．８．０．０ ２％ドデシル硫酸ナトリウムを添加し、混合物を６０℃で１０分間インキュベー トした。標本を遠心し、上滑を除去した。　５ｚｊ！の洗浄液（０，１２Ｍリン 酸ナトリウムｐＨ６，８，０，０２％ドデシル硫酸ナトリウム）を添加し、標本 を攪拌し、遠心し、上滑を除去した。ヒドロキシアパタイトに結合した放射能の 量をシンチレーションカウンティングで測定した。
このプローブは例えば、尿標本中のＥ、ｃｏｌｉを検出するために使用される０ 表５３は試験したＥ、ｃｏｌｉの８つの菌株の７つをプローブが検出したことを 示す、プローブはまた尿中でまれにしか検出されない微生物ＬＪ工Ｌし杼Ａ１璽 −と反応する。
表５４は、プローブが尿中でまれにしか単離されない別の微生物たる汰Ｉ吐匡以 外の属とは反応しないことを示す。
これらの結果はプローブが尿標本中のＥ、ｃｏｌｉを検出するために有効である ことを示す。
宍５３ Ｅｓｃｈｅｒｉｅｈｉａ　に　るＥ、ｃｏｌｉのバイブ１　イゼーションｌ支１ 　虹婁１　１査１ユ：プＩ Ｅｓｅｈｅｒｉｅｈｉａ　ｃｏｌｉ　１０７９８　７０Ｅ、ｃｏｌｉ　１１７７ ５　６７ Ｅ、ｅｏｌｉ　２３７２２　５８ Ｅ、ｃｏｌｉ　２５４０４　６８ Ｅ、ｃｏｌｉ　２５９２２　５５ Ｅ、ｃｏｌｉ　２９４１７　７２ Ｅ、ｅｏｌｉ　３３７８０　０．８ Ｅ、ｅｏｌｉ　３５１５０　４５ Ｅ、ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ　３５４６９　５５Ｅ、ｈｅｒｍａｎｉｉ　３３６５ ０　０．７Ｅ、ｖｕｌｎｅｒｉｓ　３３８２１　０．８宍ｊ土 近　生　に　るＥ、ｃｏｌｉプローブのハイブリダイゼーショＣ１ｔｒｏｂａｃ ｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　６７５０　０．８Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅ ｕｎｄｉｉ　８０９０　０．９Ｃｉｔｒｏｂａｅｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　２ ９２２１　０．６Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　３３１２８　０ ．６Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｅｓ　１３０４８　１．２Ｅｎ ｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ　２７１５５　０．９Ｅｎｔｅ ｒｏｂａｅｔｅｒ　ｅｌｏａｃａｅ　１３０４７　０．９Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔ ｅｒ　ｇｅｒｇｏｖｉａｅ　’　３３０２３　０．７Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ 　５ａｋａｚａｋｉｉ　２９５４４　０．６Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏ ｃａ　１３１８２　０．７Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕ＋＊ｏｎｉａｅ　１ ３８８３　０．７Ｐｒｏｔｅｕｓ　ａｉｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　０．フＰ ｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３１５　０．８Ｓｈｉｂｅｌｌａ　ｂｏ ｙｄｉｉ　８７００　７６Ｓｈｉｇｅｌｌａ　ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ　１３３ １３　０．８Ｓｈｉｇｅｌｌａ　ｆｌｅｘｎｅｒｉ　２９９０３　７１Ｓｈｉｇ ｅｌｌａ　５ｏｎｎｅｉ　２９９３０　７５Ｘ１」ｕｌ バクテリアは、たいていの自然環境に存在する形態的及び系統分類学的に多様な 単細胞微生物のグループを包含する。多くのバクテリアは環境または宿主に無害 または有益であるが、あるものは有害で病因になる。ある場所（例えば培地、薬 品、または血液、尿、脳を髄液のごとき体液及び組繊生検）におけるバクテリア の存在は好ましくないかまたは病気の指標となる。飲料水、食品等のごとき別の 物質中では低レベルのバクテリアの存在が許容される。従って標本中のバクテリ アを検出し定量する手段が必要である。
標本中の全てのバクテリアを検出及び定量するための現行の方法では、種々の温 度及び雰囲気の条件下に多数タイプの培地で培養する必要がある。全部のバクテ リアを１つの試験で検出または定量できる試験方法は今日まで知られていない、 下記のオリゴヌクレオチド配列はハイブリダイゼーションアッセイで使用される と、広い系統分類学的クロスセクションのバクテリアを検出する０本発明は、行 なう試験の数を減らしアッセイ所要時開を短縮する。未知の標本から得られたハ イブリダイゼーションと１組の標準とを比較することによってバクテリアの存在 数をある程度定量でき；ｂ、、：れは従来技術に比較して盟著な改良である。
公知（Ｄ　ｒｆｔＮ＾配列及びＧｅｎ−プローブで決定された配列を検討するこ とによってバクテリアプローブを設計した。比較ニ使朋した配列は、＾ｒｏｂａ ｃｔｒｉｕｍ　ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ（Ｙａｎｇ等、Ｐｒｏｃ、Ｎａｔｌ、＾ ｅａｄ、ｓｃｉ、Ｕ、ｓ、＾１．８２：４４４３（１９８５）、昼胚ｎ土■ｎｉ ｄｕｌａｎｓ（Ｔｏｍｉｏｋａ　ａｎｄ　Ｓｕｇｉｕｒａ、　Ｍｏ１．Ｇｅｎ、 Ｇｅｎｅｔ、　１９１：４６（１９８３）、Ｄｏｕｇｌａｓ　ａｎｄ　Ｄｏｏｌ ｉｔｔｌｅ、Ｎｕｃ、＾ｅｉｄｓ、Ｒｅｓ、　１２：３３７３（１９８４）、Ｂ ａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ（Ｇｒｅｅｎ等、Ｇｅｎｅ　３７：２６Ｈ１ ９Ｓ５）、シリｊ土す杼−且（■王立り猛ニジ万１１ｂ」工（Ｋｏｐ等、巴３： ３４７（１９８４）、Ｂａｅｔシ」ユ止蛭＝より」ユＩ　ｉｓ（Ｗｅｉｓｂｕｒ ｇ等、Ｊ、Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ、　１６４：２３０（１９８５）、すｄニジ世土 ＭＣ１ｌｌｅ　ｉ　ｓ　ｂ　ｕ　ｒ　ｇ等、Ｊ、Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ。
１６７＋５７０（１９８６）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ　ｄｅｓｕｌｆｕｒ ｉｅａｎｓ（Ｏｙａｉｚｕ　ａｎｄｋＪｏｅｓｅ、Ｓ　ｓｔｅｍ、Ａ　１．　Ｈ ｉｃｒｏｂｉｏｌ、　６：２５７（１９８５）、Ｅｓｃｈｅｒｉ−ｃｈｉａ　ｃ ｏｌｉ（Ｂｒｏｓｉｕｓ等、Ｐｒｏｃ、Ｎａｔｌ　、＾ｃａｄ、ｓｃｉ、ＩＪ、 ｓ、＾＝　７７：２０１（１９８０）、ＦＩａｖｏｂａｃｔｒｉｕ晴ｈｅｐａｒ ｉｎｕｍ（Ｗｅｉｓｂｕｒｇ等、Ｊ、Ｂａｃｔｅ−ｒｉｏｌ、　１６４：２３０ （１９８５）、Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｃｈｌｏｒｕｍ（Ｗｏｅｓｅ等 、５ｃｉｅｎｃｅ　２２９ニア６２（１９８５）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ＰＧ ５０（Ｆｒｙｄｅｎｂｅｒｇａｎｄ　Ｃｈｒｉｓｔｉａｎｓｅｎ、ＤＮＡ　４： １２７（１９８５）、　Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌ　ａｒｉｓ（Ｃａｒｔｏｎ等、 Ｎｕｃ　、＾ｃｉｄｓ　Ｒｅｓ、　９：２３２５（１９８１）、Ｐｓｅｕｄｏｍ ｏｎａｓｔｅｓｔｏｓｔｅｒｏｎｉ（Ｙａｎｇ等、Ｐｒｏｃ、Ｎａｔｌ、＾ｃａ ｄ、ｓｃｉ、Ｕ、ｓ、＾、８２：４４４３（１９８５）、Ｒｏｅ上ａｌｉｍａｅ ａ　ｕｉｎユａｎａ側ｅｉｓｂｕｒｇ等、Ｓｃ　１ｅｎｃｅ２３０：５５６（， １９８５）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍ　ｅｅｓ　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ（Ｒｕｂｓｔ ｏｖ等、Ｈｕｅ　、＾ａｉｄｓ　Ｒｅｓ、　８：５７７９（１９８０）、Ｇｅｏ ｒｇｉｅｖ等、Ｎｕｅ　、＾ｃｉｄｓ　Ｒｅｓ。
９　：６９５３（１９８１））及びヒト（Ｔｏｒｃｚｙｎｓｋｉ等、叶入４：２ ８３（１９８５）、Ｇｏｎｚａｌｅｚ等、Ｐｒｏｃ　、Ｎａｔ　Ｉ　、＾ｃａｄ 、ｓｃｉ、ｔ１．ｓ、＾、８２ニア６６６（１９８５）。
以下の配列は広い系統分類学的クロスセクションのバクテリアにハイブリダイズ し、酵母またはヒトｒＲＮへにハイブリダイズしないことが判明した。
１　、　ＣＣＡ　ＣＴＧ　ＣＴＧ　ＣＣＴ　ＣＣＣＧＴＡ　Ｃ；ＧＡ　ＧＴＣＴ ＧＧ　ＣＣＣ２、ＣＣＡ　［；ＡＴ　ＣＴＣＴＡＣＣＣＡ　ＴＴＴ　ＣＡＣＣに ＣＴＡＣＡＣに　ＴＧに３　、　ＧＣＴ　ＣＧＴ　Ｔｌ：ＣＧＧＧ　ＡＣＴ　Ｔ ＾＾ＣＣＣ＾＾ＣＡＴ４　、　にＧ［；　ＧＴＴ　ＣＴＴ　ＴＴＣにＣＣＴＴＴ 　ＣＣＣＴＣＡ　ＣＣＣ５、［：（：ＣＴＧＣＴＴＣＴ＾八　ＧＣＣ＾＾ＣＡＴ ＣＣＴＣ６、ＧＧＡ　ＣＣＣＴＴＡ　ＴＡＧ　ＴＴＡ　Ｃにに　ＣＣＧ　ＣＣ７ 、ＧＧＴ　Ｃ［：Ｇ　＾＾ＣＴＴＡ　ＣＣＣにＡＣＡＡＧ　に＾＾　ＴＴＴ　Ｃ ＧＣＴＡＣＣプローブ１は長さ３０塩基及びＴ−７０℃である。プローブ２は長 さ３３塩基及びＴｉ６９℃である。プローブ３は長さ２６塩基及びＴ−６７℃で ある。プローブ４は長さ２７塩基及びＴｍ６９℃である。プローブ５は長さ２４ 塩基及びＴｍ６６℃である。プローブ６は長さ２３塩基及びＴ＋＊６２℃である 。プローブ７は長さ３４塩基及びＴ…６６℃である。プローブ１〜３は（Ｅ、ｃ ｏｌｉ塩基に対応する）領域３３０〜３６５．６７５〜７１５及び１０８０〜１ １１０の１６ＳｒＲＮ八にハイブリダイズする。プローブ４〜７は（Ｅ、ｃｏｌ ｉ塩基に対応する）領域４６０〜４９０．１０５０〜１０８０及び１９００〜１ ９６０（プローブ６及び７）の２３Ｓ　ｒＲＮ八にハイブリダイズする。オリゴ ヌクレオチドは、ユウバクテリア中で高度に保存されたｒＲＮΔ上の領域と相互 作用する。これは、これらがハイブリダイゼーションアッセイでバクテリアプロ ーブとして使用できることを意味する。第二にはｒＲＮ八を得るツールとして使 用することもできる０例えばオリゴヌクレオチドを該当ｒＲＮ＾にハイブリダイ ズさせ逆転写酵素で延長する。得られたＤＮＡの配列を決定し、本明細書中の詳 細な説明の項で記載したように相補的ｒＲＮ＾ＲＮＡ推定するために使用され得 る。
本発明の１つの用途は尿中のバクテリア（細菌尿）を検出することである。尿中 で検出されたバクテリアに対するプローブの反応性及び特異性を証明するために 、３２Ｐ末端標識またはＩ２ｓ■標識したオリゴヌクレオチドプローブと標準法 （例えばＭｕｒｐｈｙ等、米国特許第８４１８６０号に記載の超音波破壊法、ガ ラスピーズを含む界面活性剤または酵素溶菌）によって細胞から遊離したＲＮＡ とを混合した。プローブとＲＮＡとを、０．４８Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６，８ 、ＩＪ　ＥＤＴ＾、１％ドデシル硫酸ナトリウム（最終容量０．２ｚｌ）中で混 合し、６０℃で２時間ハイブリダイズした。５１１の２％ヒドロキシアパタイト 、０．１２Ｍリン酸ナトリウムｐｌ！６．８．０．０２％ドデシル硫酸ナトリウ ムを添加し、混合物を６０℃で１０分開インキュベートした。混合物を遠心し、 上清を除去した。５１１の洗浄液（０，１２Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６゜８．０ ．０２＄ドデシル硫酸ナトリウム）を添加し、標本を攪拌し、遠心し、上清を除 去した。ヒドロキシアパタイトに結合した放射能の量をシンチレーションカウン ティングで測定した０表５５〜６８はこれらのプローブの特異性を証明し、複数 プローブの併用によって被検バクテリア全部を検出できることを証明する。
表５５は、プローブ１が、尿から最も多く単離されるバクテリアのＲＮＡとハイ ブリダイズし、酵母ＲＮ＾とはハイブリダイズしないことを示す０表５６は、プ ローブ１が、系統分類学的に多様なバクテリアを検出し、ヒトＲＮ＾とはハイブ リダイズしないことを示す。
宍ｊΣ で　される　のＲＮＡに　るバク−１アブロープ１のバイブ１ダイゼーシヨン ｌ支１　１皇１　直立１ユニ！Ｉ Ｃａｎｄｉｄａ　ａｌｂｉｃａｎｓ　１８８０４　２．６Ｃａｎｄｉｄａ　ｋｒ ｕｓｅｉ　３４１３５　２．２Ｃａｎｄｉｄａ　ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ　２ ２０１９　２−９Ｃａｎｄｉｄａ　ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ　７５０　２．５Ｃｉ ｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　８０９０　６９Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔ ｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｓ　１３０４８　７０Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏ ａｃａｅ　１３０４７　７１Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５　 ６７に１ｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ　１３１８２　７０Ｋｌｅｂｓｉｅ ｌｌａ　ｐｎｅｕ＋＊ｏｎｉａｅ　１３８８３　７２Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ　ａ ｏｒｇａｎｉｉ　２５８３０　６６Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２９ ９０６　７１Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３３１５　６７Ｐｒｏｖ ｉｄｅｎｅｉｉ　５ｔｕａｒｔｉｉ　２９９１４　６９Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ 　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　１０１４５　７６Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｆｌｕｏ ｒｅｓｅｅｎｓ　１３５２５　７３Ｓｅｒｒｉｔｉａ　５ａｒｃｅｓｃｅｎｓ　 １３８８０　６６Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２６００　５ ７Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　６８Ｓ ｔｒｅｐｔｏｃｏｃｕｓ　ａｇａｌａｃｔｉａｅ　１３８１３　６８Ｓｔｒｅｐ ｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｅａｌｉｓ　１９４３３　５１Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ ｃｕｓ　ｆａｅｃｉｕ＋＊　１９４３４　５３Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ　ｇａｌｂ ｒａｔａ　２００１　２．３Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ　ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ　 ２７６１８　５４衣Ｊ炙 ７　８・に′　ｔ　ロスセクションのＲＮＡにるバ　−１アブローブ１のバイブ ｌ　イゼーシ　ン微生物　＾ＴＣＣ＃　結ゴ’　７０−ニブ」−＾ｅｉｎｅｔｏ ｂａｃｔｅｒ　ｅａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ　２３０５５　６５Ｂａｃｉｌｌｕ ｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　７３Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ　ｆｒａＨｉｌ ｉｓ　２３７４５　６１Ｂｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ　２ ５２３８　７２Ｃａｍｐｙｌｏｂａｅｔｅｒ　ｊｅｊｕｎｉ　３３５６０　６４ Ｃｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　ＶＲ８７８１４Ｃｈｒｏｍｏｂ ａｃｔｅｒｉｕｍ　ｖｉｏｌａｃｅｕｍ　２９０９４　７１ＣＩｏｓｔｒｉｄｉ ｕ＋＊　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　１３１２４　７４Ｃｏｒｙｎｅｂａｅｔｅｒ ｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　３８Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄ ｕｒａｎｓ　３５０７３　４７Ｄｅｒｘｉａ　Ｈｕｍｍｏｓａ　１５９９４　６ ５Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖａｇｉｎａｌｉｓ　１４０１８　６７Ｈａｆｎｉ ａ　ａｌｖｅｉ　１３３３７　６０Ｌａｅｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｃｉｄｏｐ ｈｉｌｕｓ　４３５６　５６Ｍｏｒａｘｅｌｌａ　ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ　１９９ ７６　６１Ｍｙｃｏｂａｅｔｅｒｉｕｓ　ｓｍｅｇｍａｔｉｓ　１４４６８　４ ７Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｍｉｎｉｓ　１４０２７　５８Ｎｅｉｓｓｅｒｉ ａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１９４２４　５８Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔ ｉｌｉｓ　３３０７１　７４Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１ ｌ１７Ｑ　７３Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０２ 　７５ヒト　２．５ 表５７は、フローブ２がＵｒｅａ　ｌａｓｍａ　ｕｒｅａｌ　ｉｃｕｍ以外の尿 中で通常検出されるバクテリアのＲＮＡとハイブリダイズし、酵母ｒＲＮ＾とハ イブリダイズしないことを示す。
宍ｊ１ で　出される　生　のＲＮ八に・　るバク−１アブローブ２のバイブ１ダイゼー シヨン ｌ先１　１息１　綾涜ｊ−ジ：り３− Ｃａｎｄｉｄａ　ａｌｂｉｃａｎｓ　１８８０４　２．５Ｃａｎｄｉｄａ　ｋｒ ｕｓｅｉ　３４１３５　１．８Ｃａｎｄｉｄａ　ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ　２ ２０１９　１．６Ｃａｎｃｌｉｄａ　ｔｒｏｐｉｅａｌｉｓ　７５０　１．４Ｃ ｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　８０９０　６１Ｅｎｔｅｒｏｂａｅ ｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｓ　１３０４８　５７Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌ ｏａｃａｅ　１３０４７　６１Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５ 　６７Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ　１３１８２　６７Ｋｌｅｂｓｉ ｅｌｌａ　ｐｎｅｕ＋＊ｏｎｉａｅ　１３８８３　５１Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ　 ｍｏｒｇａｎｉｉ　２５８３０　６９Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２ ９９０６　６９Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３３１５　６９Ｐｒｏ ｖｉｄｅｎｅｉａ　５ｔｕａｒｔｉｉ　２９９１４　６６Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａ ｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　１０１４５　５９Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｆｌｕ ｏｒｅｓｃｅｎｓ　１３５２５　５８５ｅｒｒａｔｉａ　ｍａｒｅｅｓｃｅｎｓ 　１３８８０　６４Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２６００　 ６０Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　６０ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｕｓ　ａｇａｌａｃｔｉａｅ　１３８１３　５４Ｓｔｒｅ ｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｅａｌｉｓ　１９４３３　３７Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏ ｃｃｕｓ　ｆａｅｃｉｕｍ　１９４３４　５８Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ　ｇａｌｂ ｒａｔａ　２００１　１．５Ｌｌｒｅａｐｌａｓｍａ　ｕｒｅａｌｙｔｉｅｕｍ 　２７６１８　３．２表５８はプローブ２が系統分類学的に多様なバクテリアを 検出しヒトｒＲＮ＾とはハイブリダイズしないことを示す。
」眩 ヌ４４″　・にタ　ｔ　ロスセ　ジョンのＲＮＡにるバク−リアプローブ２のハ イブリダイゼーションＬ！Ｌｌ！Ｌ　汀息工　直立に二！１ ＾ｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ　２３０５５　７６ Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　７５Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ 　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　２．ＯＢｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｃａｔａｒ ｒｈａｌｉｓ　２５２３８　７０Ｃａ＋ｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊｅｊｕｎｉ 　３３５６０　２．５ＣｈｌａＢｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｎａｔｉｓ　ＶＲ８７８ １６Ｃｈｒｏ鴎ｏｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｖｉｏｌａｃｅｕ輸　２９０９４　６１ Ｃｌｏｓｔｒｉｃｌｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　１３１２４　６６Ｃｏｒ ｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　３．８Ｄｅｉｎｏｃｏｃ ｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　６．０Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕａｕ ＋ｏｓａ　１５９９４　６１Ｃａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖａｇｉｎａｌｉｓ　１ ４０１８　２．０Ｈａｆｎｉａ　ａｌｖｅｉ　１３３３７　７２Ｌａｃｔｏｂａ ｃｉｌｌｕｓ　ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ　４３５６　５０Ｍｏｒａｘｅｌｌａ　 ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ　１９９７６　’　６４Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓｍ ｅｇｉａｔｉｓ　１４４６８　１９Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｍｉｎｉｓ　１ ４０２７　３４Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１９４２４　７ １Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　７７Ｒｈｏｄｏｓｐｉ ｒｉｌｌｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　１．５Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａ ｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０２　７３Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｃｏ ｌｉｔｉｅａ　９６１０　７６ヒト　２，０ 表５９はプローブ３が尿中で通常検出されるバクテリアのＲＮＡとハイブリダイ ズし酵母ｒＲＮ八を検出しないことを示す。
１曖 で、出される　２のＲＮＡに・　るプローブ３のバイブＣａｎｄｉｄａ　ａｌｂ ｉｃａｎｓ　１８８０４　１．４Ｃａｎｄｉｄａ　ｋｒｕｓｅｉ　３４１３５　 １．５Ｃａｎｃｌｉｄａ　ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ　２２０１９　２．２Ｃａ ｎｄｉｄａ　ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ　７５０　２．６Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　 ｆｒｅｕｎｄｉｉ　８０９０　７９Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎ ｓ　１３０４８　４０Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａｃａｅ　１３０４７ 　４４Ｅｓｅｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５　６７Ｋｌｅｂｓｉｅｌ ｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ　１３１８２　：３３Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍ ｏｎｉａｅ　１３８８３　４５Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ　ｍｏｒｇａｎｉｉ　２５ ８３０　５７Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　４０Ｐｒｏｔ ｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３１５　５１Ｐｒｏｖｉｄｅｎｅｉａ　５ｔｕ ａｒｔｉｉ　２９９１４　５４Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ 　１０１４５　６１Ｐｓｅｕｃｌｏｍｏｎａｓ　ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ　１３ ５２５　５６Ｓｅｒｒａｔｉａ　ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ　１３８８０　５４Ｓｔ ａｐｈｙｌｏｃｏｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２６００　３７Ｓｔａｐｈｙｌｏｃ ｏｃｕｓ　ｅｐｉｃｌｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　２０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃ ｕｓ　ａｇａｌａｃｔｉａｅ　１３８１３　３４Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　 ｆａｅｃａｌｉｓ　１９４３３　２０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｅｉ ｕ＋ａ　１９４３４　４７Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ　ｇａｌｂｒａｔａ　２００１ 　１．９Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ　ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ　２７６１８　２６表 ６０はプローブ４が系統分類学的に多様なバクテリアを検出しヒトＲＮ＾とハイ ブリダイズしないことを示す。
宍Ｊ立 で　に　−ロスセクションのＲＮＡに バ　−１１０−ブ３のハイブリ　イゼーションＩＬｉＪ１　酊息１　葭ｉ１ユニ １１ ＾ｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ　２３０５５　６９ Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　３５Ｂａｅｔｅｒｏｉｄｅｓ 　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　１・２Ｂｒａｎｈａ＋５ｅｌｌａ　ｅａｔａ ｒｒｈｉｌｉｓ　２５２３８　４３Ｃａ＋ｍｐｙｌｏｂａｅｔｅｒ　ｊｅｊｕｎ ｉ　３３５６０　５５Ｃｈｌａａｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　ＶＲ８７ ８４２Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｖｉｏｌａｃｅｕｍ　２９０９４　６ ９Ｃ１ｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　１３１２４　５２Ｃｏｒ ｙｎｅｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　２３Ｄｅｉｎｏｅｏｃｃ ｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　３０Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕ＋ｍｍｏ ｓａ　１５９９４　６７にａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖａｇｉｎａ目ｓ　１４０１ ８　４０Ｈａｆｎｉａ　ａｌｖｅｉ　１３３３７　５６Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌ ｕｓ　ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ　４３５６　３ＢＭｏｒａｘｅｌｌａ　ｏｓｌｏ ｅｎｓｉｓ　１９９７６　６４Ｍｙｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　５ｎｅＢａｔｉｓ 　１４４６８　７７Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａ　ｈｏａ＋１ｎｉｓ　１４０２７　１ ．５Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１９４２４　２ＢＲａｈｎ ｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　６６Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕ ＠　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　５１Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔ ｉｃｕｓ　１７８０２　６８Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｅｏｌｉｔｉｅａ 　９６１０　６８ヒト　０．９ 表６１はプローブ４が尿中で通常検出されるバクテリアのＲＮＡとハイブリダイ ズし、酵母ｒＲＮ＾を検出しないことを示す。
表彰。
で　される　生　のＲＮＡに・　るバク−１アブローブ４のハイブリダイゼーシ ョン Ｃａｎｄｉｄａ　ａｌｂｉｃａｎｓ　１８８０４　４．５Ｃａｎｃｌｉｄａ　ｋ ｒｕｓｅｉ　３４１３５　２．５Ｃａｎｄｉｄａ　ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ　 ２２０１９　２．７Ｃａｎｄｉｄａ　ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ　７５０　２．５Ｃ ｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　８０９０　５５Ｅｎｔｅｒｏｂａｃ ｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｓ　１３０４８　５２Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌ ｏａｃａｅ　１３０４７　５７Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ　１１７７５ 　７０Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ　１３１８２　７０Ｋｌｅｂｓｉ ｅｌｌａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　１３８８３　４３ＭｏｒＨａｎｅｌｌａ　ｍ ｏ’ｒｇａｎｉｉ　２５８３０　７４Ｐｒｏｔｅｕｓ　＋ｏｉｒａｂｉｌｉｓ　 ２９９０６　７４Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３１５　７３Ｐｒｏ ｖｉｄｅｎｃｉａ　５ｔｕａｒｔｉｉ　２９９１４　７３Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａ ｓ　ａｅｒｕＦｌｉｎｏｓａ　１０１４５　７６Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｆｌ ｕｏｒｅｓｅｅｎｓ　１３５２５　７９Ｓｅｒｒａｔｉａ　ｍａｒｃｅｓｃｅｎ ｓ　１３８８０　７４Ｓｔａｐｈｙｌｏｅｏｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２６００ 　７３Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｅｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　７ ３Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｕｓ　ａｌｌａｌａｃｔｉａｅ　１３８１３　７０Ｓｔ ｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｃａｌｉｓ　１９４３３　３７Ｓｔｒｅｐｔｏ ｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｃｉｕｍ　１９４３４　６３Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ　ｇａ ｌｂｒａｔａ　２００１　２．２Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ　ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕ ｍ　２７６１８　４３表６２はプローブ４が系統分類学的に多様なバクテリアを 検出しヒトｒＲＮへとはハイブリダイズしないことを示す。
」眩 只　８・に　ｔ　ロスセクションのＲＮＡにるバク−リアプローブ４のハイブリ ダイゼーション１ｌＬｉｉ　旺息Ｉ　１企１ユ：ブ１ ＾ｃｉｎｅｔｏｂａｅｔｅｒ　ｃａｌｅｏａｃｅｔｉｃｕｓ　２３０５５　６９ Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　５５Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ 　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　３．ＯＢｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｃａｔａｒ ｒｈａｌｉｓ　２５２３８　５９Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊｅｊｕｎｉ　 ３３５６０　６５ＣｈｌａＩＩｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ　ＶＲ８７８ ５０Ｃｂｒｏｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｖｉｏｌａｅｅｕｍ　２９０９４　６１ Ｃ１ｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉＢｅｎｓ　１３１２４　５７Ｃｏｒｙｎ ｅｂａｅｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　９．５Ｄｅｉｎｏｃｏｅｅｕ ｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　６３Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕｍｍｏｓａ 　１５９９４　６５Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖａｇｉｎａｌｉｓ　１４０１８ 　５７Ｈａｆｎｉａ　ａｌｖｅｉ　１３３３７　６７Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕ ｓ　ａｅｉｄｏｐｈｉｌｕｓ　４３５５　６３Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、　ｏｓｌｏ ｅｎｓｉｓ　１９９７６　６８Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓｍｅｇ＋＊ａｔ ｉｓ　１４４６８　２８Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｍｉｎｉｓ　１４０２７　 ７４Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１９４２４　７６Ｒａｈｎ ｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　６８Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕ ｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　５９Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉ ｔｉｃａ　９６１０　７４ヒト　２．８ 表６３はプローブ５が尿中で通常検出されるバクテリアのＲＮ八とハイブリダイ ズし酵１ｒＲＮ＾を検出しないことを示す。
で、′される　のＲＮＡに・　るバク−リアプローブ５のハイブリダイゼーショ ン ｌ１Ｌｉｉ　酊二１　区立ニュニ１１ Ｃａｎ＋Ｈｄａ　ａｌｂｉｃａｎｓ　１８８０４　１．８Ｃａｎｄｉｄａ　ｋｒ ｕｓｅｉ　３４１３５　１．７Ｃａｎｄｉｄａ　ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ　２ ２０１９　２．２Ｃａｎｄｉｄａ　ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ　７５０　１．８Ｃｉ ｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　８０９０　３９Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔ ｅｒ　ａｅｒｏｇｅｎｓ　１３０４８　３８Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｅｌｏ ａｃａｅ　１３０４７　４３Ｅｓｅｈｅｒｉｃｈｉａ　ｅｏｌｉ　１１７７５　 ３１Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ　１３１８２　３８Ｋｌｅｂｓｉｅ ｌｌａ　ｐｎｅｕｎｏｎｉａｅ　１３８８３　６６Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ　＠ｏ ｒｇａｎｉｉ　２５８３０　５０Ｐｒｏｔｅｕｓ　ａ＋１ｒａｂｉｌｉｓ　２９ ９０６　４４Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３１５　５２Ｐｒｏｖｉ ｄｅｎｃｉａ　５ｔｕａｒｔｉｉ　２９９１４　４４Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　 ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　１０１４５　４７Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ｆｌｕｏｒ ｅｓｃｅｎｓ　１３５２５　２５Ｓｅｒｒａｔｉａ　ｍａｒｃｅｓｅｅｎｓ　１ ３８８０　３５Ｓｔａｐｈｙｌｏｅｏｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２６００　２６ ＳＬａｐｈｙｌｏｅｏｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　３７Ｓｔ ｒｅｐｏｃｏｃｕｓ　ａｇａｌａｅｔｉａｅ　１３８１３　２９Ｓｔｒｅｐｔｏ ｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｃａｌｉｓ　１９４３３　１４Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｅｕ ｓ　ｆａｅｅｉｕａ＋　１９４３４　３３Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ　ｇａｌｂｒａ ｔａ　２００１　２．２Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ　ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ　２７ ６１８　７３宍ｊ土 二″″″・にり様ｔ　ノ　ノ　ロスセクションのＲＮＡにるバ　−リア７０−ブ ５のハイブリダイゼーション１ｒ斐　鎚　虻釘乙ヒゴ１ ＾ｃｉｎｅｔｏｂａｃＬｅｒ　ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ　２３０５５　２０ Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　８０５１　５３Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ 　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　４４Ｂｒａｎｈａｉｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒ ｈａｌｉｓ　２５２３８　２２Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊｅｊｕｎｉ　３ ３５６０　３５Ｃｈｒｏｍｏｂａｅｔｅｒｉｕｎ　ｖｉｏｌａｃｅｕｍ　２９０ ９４　５９Ｃ１ｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　１３１２４　６ ３Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｎ　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　１．７Ｄｅｉｏ ｏｃｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　５．７Ｄｅｒｘｉａ　 ｇｕｍｍｏｓａ　１５９９４　１４Ｃａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖｉｇｉｎａｌｉ ｓ　１４０１８　１．６Ｈａｆｎｉａ　ａｌ、ｖｅｉ　１３３３７　４４Ｌａｅ ｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ　４３５Ｂ　１．５Ｍｏｒａｘ ｅｌｌａ　ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ　１９９７６　７．２Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕ ｍ　ｓｍｅｇａ＋ａｔｉｓ　１４４６８　３９Ｍｙｃｏｐｌａｓｉａ　ｈｏｓ＋ １ｎｉｓ　１４０２７　２１Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１ ９４２４　４０Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　５５Ｒｈ ｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　１７Ｖｉｂｒｉｏ　ｐ ａｒａｈａｅｎｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０２　６６Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔ ｅｒｏｃｏｌｉｔｉｅａ　９６１０　６４ヒト　１，６ 表６５はプローブ６が尿中で通常検出されるバクテリアの１（Ｎ＾とハイブリダ イズし酵母ｒＲＮ＾を検出しないことを示す。
宍１１ ．　れる　のＲＮＡに　るプローブ６のバイブＣａｎｄｉｄａ　ａｌｂｉｅａｎ ｓ　１８８０４　３．０Ｃａｎｄｉｃｌａ　ｋｒｕｓｅｉ　３４１３５　２．０ Ｃａｎｄｉｄａ　ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ　２２０１９　２．２Ｃｉｔｒｏｂ ａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　８０９０　５４Ｅｎｔｅｒｏｂｉｃｔｅｒ　ａ ｅｒｏｇｅｎｅｓ　１３０４８　５０Ｅｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒ　ｃｌｏａｅａ ｅ　１３０４７　５８Ｅｓｃｈｅｒｉｅｈｉａｃｏｌｉ　１１７７５　６３Ｋｌ ｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ　１３１８２　５４Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　 ｐｎｅｕ＋＊ｏｎｉａｅ　１３８８３　５５Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ　ｍｏｒｇａ ｎｉｉ　２５８３０　６０Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　 ６４Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３１５　６７Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃ ｉａ　５ｔｕａｒｔｉｉ　２９９１４　６４Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕ ｇｉｎｏｓａ　１０１４５　６５Ｐｓｅｕｄｏ＋５ｏｎａｓ　ｆｌｕｏｒｅｓｅ ｅｎｓ　１３５２５　３１Ｓｅｒｒａｔｉａ　ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ　１３８８ ０　６７Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ　１２６００　５３Ｓｔａ ｐｈｙｌｏｅｏｅｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ　１４９９０　３４Ｓｔｒｅｐ ｔｏｃｏｃｕｓ　ｉｇａｌａｃｔｉａｅ　１３８１３　３１Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏ ｃｃｕｓ　ｆａｅｅｉｕｍ　１９４３４　１８Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ　ｇａｌｂ ｒａｔａ　２００１　２．５表６６はプローブ６が系統分類学的に多様なバクテ リアを検出しヒトＲＮ＾とはハイブリダイズしないことを示す。
」蚊 １、′Ｓ白にタ　ｔ　口　セクションのＲＮＡにるバ　−１アブローブ５のバイ ブ１　イゼーシ　７１１割　訂ｙ１　１金７ｏ−タコ− ＾ｅｉｎｅｔｏｂａｅｔｅｒ　ｃａｌｃｏａｅｅｔｉｃｕｓ　２３０５５　７３ Ｂａｃｔｅｒｏｉｃｌｅｓ　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　７．０Ｂｒａｎｈ ａｎｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ　２５２３８　４．０Ｄｅｉｎｏｃｏｃ ｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　５．５Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕｍｍ ｏｓａ　１５９９４　３．０Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖａｇｉｎａｌｉｓ　１ ４０１８　２．０）１ａｆｎｉａ　ａｌｖｅｉ　１３３３７　３．５Ｌａｃｔｏ ｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ　４３５６　１７Ｍｏｒａｘｅｌｌ ａ　ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ　１９９７６　６２Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａ　ｈｏ鋼１ｎ ｉｓ　１４０２７　４４Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　 ５６Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ　９６１０　５０ヒト　 ４．０ 表６７はプローブ７が尿中で通常検出されるバクテリアのＲＮＡとハイブリダイ ズし酵母ｒＲＮ＾を検出しないことを示す。
Ｌ旺 で　出される　のＲＮＡに　るバ　−リアフローＣａｎｄｉｄａ　ｋｒｕｓｅｉ 　３４１３５　２．０Ｃａｎｄｉｄａ　ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ　７５０　２．２ Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ　８０９０　５７Ｅｎｔｅｒｏｂａ ｃｔｅｒ　ａｅｒｏｇｅｏｓ　１３０４８　６９Ｅｓｃｈｅｒｉｅｈｉａ　ｅｏ ｌｉ　１１７７５　７５Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ　１３８８２　 ７９Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｐｎｅｕ＋ａｏｎｉａｅ　１３８８３　７７Ｍｏｒ ｇａｎｅｌｌａ　ｍｏｒＨａｎｉｉ　２５８３０　７６Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍ１ｒ ａｂｉｌｉｓ　２９９０６　７７Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３１ ５　７９Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ　５ｔｕａｒｔｉｉ　２９９１４　６４Ｐｓｅ ｕｄｏｍｏｎａｓ　ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ　１０１４５　７６Ｐｓｅｕｄｏｍｏ ｎａｓ　ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ　１３５２５　７８Ｓｅｒｒａｔｉａ　ｍａｒ ｃｅｓｃｅｎｓ　１３８８０　６６Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ 　１２６００　７１Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒ＋＊１ｄｉｓ　 １４９９０　７５Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｅｕｓ　ａｇａｌａｃｔｉａｅ　１３８１ ３　７０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｃａｌｉｓ　１９４３３　５８Ｓ ｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｃｉｕｍ　１９４３４　６８Ｔｏｒｕｌｏｐ ｓｉｓ　ｇａｌｂｒａｔａ　２００１　２．４Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ　ｕｒｅａ ｌｙｔｉｃｕｍ　２７６１８　２１表６８はプローブ７が系統分類学的に多様な バクテリアを検出しヒトＲＮ＾とはハイブリダイズしないことを示す。
表６８ 一壷　にタ　ｔ　クロスセクションのＲＮＡにるバク−１アブローブ７のバイブ １ダイゼーシヨン１１１　汀息１　１皇１旦：１１ ＾ｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｃａｌｅｏａｃｅｔｉｃｕｓ　２３０５５　８６ Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５１　８３Ｂａｅｔｅｒｏｉｄｅｓ 　ｆｒａｇｉｌｉｓ　２３７４５　６９　・Ｂｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｅａｔａ ｒｒｈａｌｉｓ　２５２３８　７４Ｃａ＋＊ｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊｅｊｕｎ ｉ　３３５６０　５．３Ｃｈｌａ＋ｍｙｄｉａ　ｔｒａｅｈｏｎａｔｉｓ　ＶＲ ８７８４１Ｃｈｒｏｉｏｂａｃｔｅｒｉｕ＋ｍ　ｖｉｏｌａｃｅｕｍ　２９０９ ４　６９Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　１３１２４　６８ Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｏ＋　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７３　２３Ｄｅｉｎｏ ｃｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　３５０７３　７０Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕ ｍｍｏｓａ　１５９９４　６９Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖａｇｉｎａｌｉｓ　 １４０１８　６８Ｈａｆｎｉａ　ａｌｖｅｉ　１３３３７　７７Ｍｏｒａｘｅｌ ｌａ　ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ　１９９７６　６８Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓ ｍｅｇｍａｔｉｓ　１４４６８　６４Ｍｙｅｏｐｌａｓｍａ　ｈｏｍｉｎｉｓ　 １４０２７　４．０Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１９４２４ 　５３Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０７１　７２Ｒｈｏｄｏｓ ｐｉｒｉｌｌｕｍ　ｒｕｂｒｕｍ　１１１７０　７３Ｖｉｂｒｉｏ　ｐａｒａｈ ａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０２　６７Ｙｅｒｓｉｎｉａ　ｅｎｔｅｒｏｃ ｏ！１ｔｉｃａ　９６１０　６６ヒト　２，２ 失１ｊ整皇 菌類は、単純な真核細胞微生物の形態的及び系統分類学的に多様なグループを包 含する。３つの菌類、即ちトμ！−江旺り肛旦旦、詠４ｙす旦■工及ヒシ駐ｃｈ と四Ｕ幻長−ノ公知（７）　配列を使用して、菌類のｒＲＮＡがＥ、ｃｏｌ　ｉ に５８〜６０％相同で互いに８４〜９０％相同であると推定した。ある種の菌類 は単細胞（酵ｆ＆）として増殖し、その他のものは多核糸状体（かび）として増 殖し、またいくつかは単細胞または多核糸状体として増殖し得る（二形態菌類） 、多くの菌類が環境の棲息体に無害であるが、有害で病気を誘発するものもある 。ある場所では菌類の存在が好ましくないかまたは病気の指標となる（例えば、 培地、薬品、血液、尿または脳を髄液のごとき体液及び組織生検）、飲料水及び 食品のごとき別の製品では低レベルの菌類は許容される。このため標本中の菌類 を検出し定量する手段が必要になる。
菌類の検出及び定量のための現行の方法は、標本の盟微鏡観察及び種々の培地で の培養を含む、多くの酵母は臨床標本から数日のオーダで増殖するが、ある種の 糸状体菌類は４週間の培養期間を要し、その後に特殊染色処理と生化学分析と抗 原試験等を行なう必要がある。以下のオリゴヌクレオチド配列は、ハイブリダイ ゼーションアッセイで使用されると、臨床標本群から最も多く単離される５種類 のｅｏｅｅｕｓ及びＳａｃｃｈａｒｏｍ　ｃｅｓ属を示す他の５つの菌類も検出 される０本発明によればこれらの菌類を１段階で検出することが可能であり、培 養に関してははこれらの菌類を同定し怒染原因として除去するまでの時間を短縮 し得る。これは従来技術の方法に比較してま著な改良である。
１８Ｓまたは２８Ｓ　ｒＲＮＡの保存領域に相補的な３つのプライマーを使用し て該当微生物とハイブリダイズする４つのプローブを同定した。配列１は配列 ５′−ＡＧＡ　ＡＴＴ　ＴＣＡ　ＣＣＴ　ＣＴＧ−３’をもつ１８Ｓプライマー を使用して得られた。配列２は配列５’−ＣＣＴ　ＴＣＴ　ＣＣＣＧＡＡ　ＧＴ Ｔ　ＡＣＧ　に−３’をもつ２８Ｓプライマーを使用し２て得られた。配列３及 び４は配列 ５°−ＴＴＣＣＧＡ　ＣＴＴ　ＣＣＡ　Ｔに［：　ＣＣＡ　ＣＣＧ　ＴＣＣ−３ ’をもつ２８Ｓプライマーから得られた。下記の配列を特性決定し菌類ｒＲＮＡ にハイブリダイズすることを証明した。該当配列との比較のために旺註巨匡肛姐 し□□蚊吐□、５ａｃｃｈａ−１、ＣＣＣＧＡＣＣＧＴ　ＣＣＣＴＡＴ　ＴＡＡ 　ＴＣＡ　ＴＴＡ　ＣＧＡ　ＴにＧ２　、ＣＧＡ　ＣＴＴ　に（：ＣＡＴＧ　Ａ ＡＡ　ＡＣＴ　ＡＴＴ　ＣＣＴ　ＴＣＣＴＧＴ　にに３　、にＣＴ　ＣＴＴ　Ｃ ＡＴ　ＴＣＡ　ＡＴＴ　ＧＴＣＣＡＣにＴＴ　ＣＡＡ　ＴＴＡ　ＡＧに＾＾Ｃ＾ ＾ＧＧ ４　、　ＧＣＴ　ＣＴＧ　ＣＡＴ　ＴＣＡ　ＡＡＣＧＴＣＣにＣ（：ＴＴ　ＣＡ Ａ　ＴＡＡ　ＡＧＡ＾＾ＣＡＧＧＣ １８Ｓ　ｒＲＮＲＮＡの配列１は長さ３ｏ塩基及びＴ諧６８℃である。
２３Ｓ　ｒＲＮ＾ＲＮＡ配列２は長さ３２塩基及びＴｍ６７℃である。２３ｓｒ ＲＮ＾由来の配列３は長さ４ｏ塩基及びＴ−６６℃である。２３ｓｒＲＮＡ由来 の配列４は長さ４０塩基及びＴ＋６８℃である。配夕１１？ｉＳａｅｃｈａｒｏ ｍ　ｃｅｓ　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ　１８Ｓ　ｒＲＮＡの位置８４５〜８８０に 対応する領域にハイブリダイズする。配列２はＳａｃｃｈａｒｏ−ｗ＋　ｃｅｓ 　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ　２８Ｓ　ｒＲＮＡの位置１９６０〜２０００に対応す る領域にハイブリダイズする。配列３及び４は２８Ｓ　ｒＲＮＡの１２２５〜１ ２７０の領域にハイブリダイズする。
菌類に対するこれらのプローブの反応性及び特異性を証明するために、これらを ハイブリダイゼーションアッセイで使用した。３２Ｐまたは＋　２５１標識プロ ーブと精製ＲＮ＾または標準溶菌法で細胞から遊離したＲＮＡとを、０．２ｚｌ の０．４８Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６，８，１％ドデシル硫酸ナトリウム、１＋ ａＭＥＤＴ＾、１＋Ｍ　ＥＧＴＡ中で混合し、６０℃で２時間インキュベートし た。インキュベーション後、５ｘｌの２％ヒドロキシアパタイト、０．１２Ｍリ ン酸ナトリウムｐ［１６，８，０，０２％ドデシル硫酸ナトリウムを添加し標本 を６０℃で１０分間インキュベートした。標本を遠心し上清を除去した。５１１ の０．１２Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６，８，０，０２％ドデシルｒＬ酸ナトリウ ムを添加し、標本を攪拌し、遠心し、上清を除去した。結果を表６９に示す、プ ローブ１は試験した１０種類の菌類全部を検出し、プローブ２は試験した６つの 酵母全部を検出し、プローブ３は６つのうちの５つの酵母を検出し、プローブ４ はＣ，ｋｒｕｓｅｉだけを検出する。従ってプローブ４は標本中のＣ，ｋｒｕｓ ｅｉの検出及び同定に使用でき、プローブ１と２または１０−ブ３と４との併用 によって複数の酵母を検出でき、プローブ１は表６９に示す１０種類の微生物の いずれかの検出に使用できる。
これらのプローブの有望な用途の１つは、尿標本またはその他の通常は無菌の体 液中で酵母を同定することである。
プローブは尿から最も普通に単離される一連の細菌にハイブリダイズした（表７ ０）０表７１はプローブが系統分類学的に多様な微生物またはヒトＲＮ＾にハイ ブリダイズしないことを示す。
民阻 、ＲＮＡに　る　、プローブのバイブ１　イゼーションＢｌａｓｔｏ＊ｙｃｅｓ 　ｄｅｒｍｉ＋ｔｉｔｉｄｉｓ　Ｃ，１，２５１，４１，５１，５Ｃａｎｄｉｄ ａａｌｂｉｃａｎｓ　１８８０４　４０　６３　５６　２．ＯＣ，ｋｒｕｓｅｉ 　３４１３５　７３　６２　２．２　７０Ｃ，ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ　２２ ０１９　７１　６３　６５　２．ＯＣ，ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ　７５０　６２　 ７１　７１　２．０Ｃｒｙｐｔｏｅｏｃｃｕｓｌａｕｒｅｎｔｉｉ　Ｃ，１，４ ３１，４１，５１，５Ｃｒｙｐｔｏｅｏｃｅｕｓｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ　Ｃ，１ ，６０１，３１，５１，６Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓｇｌａｂｒａｔａ　２００１　 ６１　４４　６２　２．ＯＴｒｉｅｈｏｓｐｏｒｏｎｂｅｉｇｅｌｉｉ　Ｃ，１ ，５７１，３２，１１，５Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｅｅｓ　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ 　Ｃ，１，４１６７５３１，９Ｃ，１，＝臨床単離物 表１ ・　れ　のＲＮＡに・　プローブ１〜４Ｃｉｔｒｏｂａｃルｅｒｆｒｅｕｎｄｉ ｉ　８０９０　１．５　１．７　１．５　２．ＩＥｎｔｅｒｏｂａｅｔｅｒａｅ ｒｏＨｅｎｅｓ　１３０４８　２．５　１．９　２．０　２．０Ｅｎｔｅｒｏｂ ａｅｔｅｒｅｌｏａｃａｅ　１３０４７　２．５　１．６　２．６　２．０Ｅｓ ｅｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ　１１７７５　３．０　２．０　１．６　１．５Ｋ ｌｅｂｓｉｅｌｌａｏｘｙｔｏｃａ　１３１８２　２．５　２．２　２．５　２ ．０Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ　１３８８３　２．５　２．２ 　２．１　２．０Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａｍｏｒｇａｎｉｉ　２５８３０　２．０ 　２．８　１．７　１．９Ｐｒｏｔｅｕｓｍｉｒａｂｉｌｉｓ　２９９０６　２ ．５　１．９　２．３　２．ＯＰｒｏｔｅｕｓｖｕｌｇａｒｉｓ　１３３１５　 ２．０　２．２　２．０　１．５Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａｓｔｕａｒｔｉｉ　２ ９９１４　３．０　１．７　２．８　２．ＯＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇ ｉｎｏｓａ　１０１４５　２．０　１．９　１．３　２．０Ｐｓｅｕｄｏｉｏｎ ａｓｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ　１３５２５　２．５　２．７　２．１　２．０Ｓ ｅｒｒａｔｉａ＋ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ　１３８８０　２．５　１．７　１．８ 　２．０Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａｕｒｅｕｓ　１２６００　２．０　１ ．７　１．８　２．０Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ １４９９０　３．０　１．５　１．３　２．０Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ａ ｇａｌａｅｔｉａｅ　１３８１３　２．５　１．９　１．３　２．５Ｓｔｒｅｐ ｔｏｃｏｃｅｕｓｆａｅｃａｌｉｓ　１９４３３　１．７　３．３　３．５　１ ．９Ｓｔｒｅｐｔｏｅｏｃｅｕｓｆａｅｃｉｕｍ　１９４３４　２．０　２．９ 　２．１　１．５Ｌｌｒｅａｐｌａｓｍａｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ　２７６１８ 　２．１　３．１　２．４　１．８表刃。
二　に夕様た　生　クロスセクションのＲＮＡにプローブ１〜４のバイブ１ダイ ゼーシヨン＾ｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ　ｃａｌｃｏａｅｅｔｉｃｕｓ　２３０ ５５　２．５２．５２．０１．９Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｉｓ　６０５ １　２．０２．８２．４２．４Ｂｒａｎｈａｍｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒｈａｌｉ ｓ　２５２３８　２．５３．２１．８１．７Ｃａａ＋ｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｊ ｅｊｕｎｉ　３３５６０　２．５２．１２．０１．９ＣｈｌａＢｄｉａ　ｔｒａ ｃｈｏｍａｔｉｓ　ＶＲ８７８３，１３，１１，８２，７Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔ ｅｒｉｕｍ　ｖｉｏｌａｃｅｕ＋ａ　２９０９４　２．５１．７２．０２．２Ｃ Ｉｏｓｔｒｉｄｉｕ＋ｓ　ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ　１３１２４　１．９　２． ３　１．８　１．８Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕ＋＊　ｘｅｒｏｓｉｓ　３７ ３　１．６４．８１．８１．１Ｄｅｉｎｏｅｏｃｃｕｓ　ｒａｃｌｉｏｄｕｒａ ｎｓ　３５０７３　２．０１．６２．１０．８Ｄｅｒｘｉａ　ｇｕｍｍｏｓａ　 １５９９４　３．０　１．５　１．７　１．８Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ　ｖａｇ ｉｎａｌｉｓ　１４０１８　２．０２．２１．３１．２）１ａｆｎｉａ　ａｌｖ ｅｉ　１３３３７　１．０２．５１．７　Ｌ、５Ｌｉｅｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　 ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ　４３５６　２．０２．７２．０１．９Ｍｏｒａｘｅｌ ｌａ　ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ　１９９７６　２．０２．１１．９１．８Ｍｙｃｏｂ ａｅｔｅｒｉｕｍｓｍｅｇａ＋ａｔｉｓ　１４４６８　１．６　１．８　１．８ 　１．７Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｈｏｍｉｎｉｓ　１４０２７　１．５　１．８　 １．６　１．５Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１９４２４　２ ．０　２．７　１．６　１．６Ｒａｈｎｅｌｌａ　ａｑｕａｔｉｌｉｓ　３３０ ７１　２．０　２．７　２．３　２．ＩＲｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍｒｕｂｒ ｕＩｌｌ　１１１７０　２．０　１．８　１．６　１．５、Ｖｉｂｒｉｏｐａｒ ａｈａｅＩＩ＋ｏｌｙｔｉｃｕｓ　１７８０２　２．５　３．１　１．７　１． ６Ｙｅｒｓｉｎｉａｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ　９６１０　２．０　１．８ 　２．３　２．２ヒト　２．０　１．８　２．１　３．０またプローブ１の２つ の誘導体を作製した。
ＣＣＣＧＡＣＣＧＴＣＣＣＴＡＴＴ＾八ＴＣＡＴＴＡＣＧ八ＴＧＧＴＣＣへＡＧ ＾＾＾ＣＣＣへＧＡＣＣＧＴＣＣＣＴＡＴＴ八＾ＴＣＡＴＴＡＣＧＡＴＧＧ第１ へ導体は６５℃で作用し第２誘導体は６０℃で作用する。
及Ｉ匠且 Ｇｏｎｏｒｒｈｅａは米国で細菌感染が最も多く報告される微生物であり、毎年 ２００万を超える感染が報告される。性的感染するこの微生物は男性の前立腺尿 道炎及び女性の子宮顕炎を発症させる。治療しない患者では重い合併症及び不妊 の可能性もあるが、−ｉには無症状感染がおおく、従って無意識に伝染を広げる 保菌者が増える。
原因物質役ｄユ１虹ｉ四ユ免■上且引駐工はグラム陰性、オキシダーゼ陽性の双 球菌で厳密な増殖条件を要する０診断方法は感染部位及び患者の症状に左右され る。男性の淋病性尿道炎はダラム染色法によって高い感受性及び特異性で診断で きる０女性全体及び無症状男性の淋病診断を確実に行なうためには一般には２４ 〜７２時間を要する培養が必要である。
培養増殖物から微生物を検出後、炭水化物分解、共同凝集、蛍光抗体スクリーン または発色酵素基質アッセイのごとき試験によってＮｅ１ｓｓｅｒｉａ　ｏｎｏ ｒｒｈｏｅａｅを同定する必要がある。
Ｎｅ１ｓｓｅｒｉａ　ｏｎｏｒｒｈｏｅａｅは４主ｄｉｓ工に極めて近縁なノテ 核酸プローブを使用した検出及び識別が特に難しい。
Ｋｉｎｇｓｂｕｒｙ＝　Ｄ、Ｔ、、Ｊ、Ｂａｃｔｒｉｏｌ、　９４：８７０〜８ ７４（１９６７）の発表したデータでは両者のＤＮＡ：ＤＮＡ相同が約８０〜９ ４％である。
＾ｄ　Ｈｏｅ　Ｃｏｍｍ１ｔｔｅｅ　ｏｎ　Ｒｅｃｏｎｃｉｌｉａｔｉｏｎ　ｏ ｆ　Ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ　ｔ。
Ｂａｅｔｅｒｉａｌ　Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ＋Ｉｎｔ’！　Ｊ、　Ｓ　ｓｔｅ ｍ、　Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ。
３７：４６３〜４６４（１９８７）によって制定された指針によれば、１つの種 の系統分類学適定義は一般に、７０％以上のＤＮＡ：ＤＮＡ相同ヲ意味する。制 定された原則ではこれらの微生物が同じ種に属すると考えられるにもかかわらず これらを識別することが可能である。
【」タユυ」１且４リエとＮ、情ｅｎｉｇｉｔｉｄｉｓとの間のｒＲＮ＾ＲＮＡ 既知の保存領域から予想されるように更に大きい、我々の配列決定データによれ ば、町」遼ユ幻ゴ上主υ目−と卜］至立負ｄ」主（」−との１６Ｓ　ｒＲＮ＾配 列間配列異は１．０％であり２３Ｓ　ｒＲＮ八間へ差異は１．１％である。
【］泥且ｍ土釦］工と【」遼ユ幻■上１４」−との間のいくつかの変異部位にお いて他のＮｅ１ｓｓｅｒｉａが１」巴ユυ■上見４駐−と等しいため【」Ａ立幻 ゴ上立４駐−プローブの作製がより難しい、これらの２つの種の間に存在する少 数の不整合は、最も可変の領域、即ち、種間だけでなく菌株間でも変異する領域 である。核酸プローブによって種を識別することは全くできないと考える者もあ り、またプローブ診断に使用するにはｒＲＮ＾が保存されすぎていると考える者 もあるが、本発明では、Ｌト１旦μ」旦４リーと卜］」且ｈ１」土（ｊユとを識 別できるプローブの作製に成功した。
本発明は従来技術の方法に比較して顕著な利点をもつ。
プローブは培養方法よりも特異的で培養方法よりも診断が速い、また、プローブ は従来方法よりも感度がよい（例えば、臨床標本中の少数の微生物を検出し得る ）。
これらのプローブ配列を同定するために配列１　、（：（：ＣＣＧＴＴＡＣＣＣ ＣＡＣＣＴＡＣＴＡｆ；ＣＴ＾八丁へ　、　にＴＡＴＴＡＣＣｔｌ：ＣＧｆｌ： ＣＴＧＣＴＧＣＣＡＣ３、ＧＣＴＣＧＴＴＧＣＩＩ；にＧＡＣＴＴ＾＾ＣＣＣＡ ＣＣＡＴをもつプライマーを使用した。
標的として選択されたｒＲＮ＾の各々はＥ、ｅｏｌｉ、　Ｎ、ｍｅ旦ｂ１−ｔｉ ｄｉｓ、Ｎ、ｃｉｎｅｒｅａ＋Ｎ、Ｉａｃｔａｍｉｃａ＋Ｎ、ｍｕｃｏｓａ及び ｕ」ｌＵ工■ｖ阻に対して少なくとも２つの不整合を有していた。
プローブ領域に隣接の配列に相補的なオリゴヌクレオチドを合成し、ハイブリダ イゼーション混合物としてＨｏｇａｎ等の米国特許出願（未譲渡）、１９８７年 １１月２４日出願、ｒＭｅｉｎｓａｎｄ　Ｍｅｔｈｏｄ　ｆｏｒ　Ｅｎｈａｎｃ ｉｎｇ　Ｎｕｃｌｅｉｅ　Ａｃ１ｄ　ｔｌｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」（Ｔｈｅ ｌｐｅｒ」特許出願）に従って使用した。
下記の配列を特性決定し役ｌｊｌ虹ｊ工」鵠ｎｏｒｒｈ旦シ駐−に特異的である ことを知見した。に幻■上ｏｅａｅ−との比較のために系統分類学的に最も近縁 の微生物シ１互と工±Ｌ上シ貢エムユ止りユ、Ｎ、ｃｉｎｅｒｅａ＋Ｎ、Ｉａｅ ｔａｍｉｃａ＋Ｎ、ａｕｅｏｓａ及びＫｉｎ　ｅｌｌａ　ｋｉｎ　ａｅ−を使用 した。
１　、　ＣＣに　ＣＣＧ　ＣＴＡ　ＣＣＣＣＯＴ　ＡＣ２、ＴＣＡ　ＴＣに　Ｇ ＣＣにＣＣＣＡＴ　ＡＴＴ　にＧＣ３、にＡに　ＣＡＴ　ＴＣＣＣＣＡ　ＣＡＴ 　にＴＣ＾＾＾　ＡＣＣＡＣに　Ｔ＾領領域１２御〜１５０ でＴａ＋５６℃である．領域４５５　〜４８５で１６Ｓ　ｒＲＮ八に相補的な配 列２は長さ２１塩基でＴ＋＋６３℃である．領域９８０　〜１０１５で１６Ｓ　 ｒＲＮ＾に相補的な配列３は長さ２９塩基でＴｍ５６℃である。
ハイブリダイゼーションアッセイを使用してＮｅ１ｓｓｅｒｉａ７に対するプロ ーブの反応性及び特異性を証明した．３つのオリゴヌクレオチドプローブをヨウ 素化し配列５′−ＣＣＣ　ＣＴＧ　ＣＴＴ　ＴＣＣ　ＣＴＣ　ＴＣＴ　ＡＧＡ　 ＣにＴ　ＡＴＧ　ＣＧＧ　ＴＡＴ　ＴＡＧＣＴＧ　ＡＴＣ　ＴＴＴ　ＣＣニー３ °、５°−ＧＣＣ　ＴＴＴ　ＴＣＴ　ＴＣＣ　ＣＴに　ＡＣＡ　ＡＡＡＧＴＣ　 ＣＴＴ　ＴＡＣ＾＾Ｃ　ＣＣ（ニー３’、５’−（ｔｌ：Ｃ　ＡＣＧ　ＴＡに　 ＴＴＡ　ＧＣＣ　ＣにＴにＣＴ　ＴｊＴ　ＴＣＴ　ＴＣＡ　ＣＧＴ　ＡＣ−３’ 及び５°−にＧＴ　ＴＣＴ　ＴＣＧ　ＣにＴ　ＴＧＣ＾ＴＣＣ＾＾ＴＴ＾＾ＴＣ 　ＣＡＣ　ＡＴＣ　ＡＴＣ　ＣＡＣ　ＣにＣ−３’をもつ非標識オリゴヌクレオ チド及び精製ｒＲＮ＾と共に、０．４８Ｍリン酸ナトリウムｐｌ＋６．８、０． ５％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＯＳ）中で混合し、６０℃で１時開インキュベ ートした．インキュベーション後、４ｘｌの２％ヒドロキシアパタイト、０．１ ２Ｍリン酸ナト！ＪウムｐＨ６．８、０．０２％ＳＤＳを添加し、混合物を６０ ”Ｃ　テ５分間インキュベートした．標本を遠心し、上滑を除去した．５１１の 洗浄液（０．１２Ｍリン酸ナトリウムｐＨ６．８、２％５ＤＳ）を添加し、標本 を攪拌し、遠心し、上清を除去した．ヒドロキシアパタイトに結合した放射能を ガンマカウンタで測定した。
表７２はプローブがＬｊｙ縁工ｍｌ四旦リエす十分にハイブリダイズし試験した その他の種にハイブリダイズしないことを示す。
１弦 Ｎｅ１ｓｓｅｒｉａ　びＫｉｎｅＩＩａＲＮ＾にｔ　るＮｅ１ｓｓｅｒｉａ　ｏ ｎｏｒｒｈｏ−ｅａｅプローブ１〜３のパイプ１　イゼーション乳支１　１息１ 　１企１ユ：ブＩ Ｋｉｎｇｅｌｌａ　ｋｉｎｇａｅ　２３３３２　Ｑ，Ｑ９Ｎｅ１ｓｓｅｒｉａ　 ｃｉｎｅｒｅａ　１４６８５　Ｑ．Ｑ４Ｎ４ｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ　１９４２４ 　４８．４Ｎ．Ｉａｃｔａｍｉｃａ　２３９７０　０．０７Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉ ｔｉｄｉｓ　５ｅｒｏｔｙｐｅΔ　１３０７７　０．０４Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔ ｉｄｉｓ　５ｅｒｏｔｙｐｅＢ　１３０９０　０．０４Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉ ｄｉｓ　５ｅｒｏｔｙｐｅＣ　１３１０２　０．０４Ｎ．ｍｕｅｏｓａ　１９６ ９６　０．０７Ｎ．５ｕｂｆ　１ａｖａ　１４７９９　０．０５更に、Ｎｅ１ｓ ｓｅｒｉａプローブの以下の誘導体を作製し使用した。
［：ＡＧ　ＣＡＴ　ＴＣＣ　にＣＡ　ＣＡＴ　ＣＴＣ　八Δ＾　ＡＣＣ　Ａ［； ［；ＧＡＧ　にＡＴ　ＴＣＣ　ＧＣＡ　ＣＡＴ　［；ＴＣ　＾Δ＾　ＡＣＣ　Ａ ［；Ｇ　ＴΔΔＣＣＣ　ＣＣＴ　ＡＣＣ　ＣＧに　ＴＡＣ　にＴＴ　ＣＣＣ［； 　ＣＴＡ　ＣＣＣ　ににＴ　ＡＣＧ　ＴＴＣ以上の実施例では標準アッセイフォ ーマットを使用して測定を行なったが、特異的プローブを種々の実験条件下で使 用することが可能である０例えば、ハイブリダイゼーションの促進に最適の反応 条件を与えるために反応溶液に種々の添加剤を添加してもよい．かかる添加剤は 、バッファ、キレート剤、有機化合物、核酸沈降剤、並びにドデシル硫酸ナトリ ウム、スルホコハク酸ジイソブチル、テトラデシルＷＬＰｉナトリウム、サルコ シル及び５Ｑ４−２、ｐｏ．−’、Ｃ１−１及びｌＩｃ０Ｏ−１のアルカリ金属 塩及びアンモニウム塩のごとき界面活性剤である．ハイブリダイゼーション反応 の最適条件を得るためにかかる添加剤を使用することは当業者に容易である．単 鎖核酸分子を二重鎖核酸にするハイブリダイゼ−ジョンの促進条件は、上記した １９８４年７月５日付けの米国特許出願第６２７７９５号及び１９８７年６月４ 日付けのそのＣＩＰ出願く未譲渡）、及び１９８６年１月７日付けの米国特許出 願第８１６７１１号の主題である。いずれも発明の名称は「＾ＣＣＥＬＥＲＡＴ ＥＤ　ＮＵＣ−ＬＥＩＣＡＣＩＤ　ＲＥＡＳＳＯＣＩＡＴＩＯＮ　ＮＥＴＩ（Ｏ ＤＪである。
本発明は、精製標本、または痰、便、組織、血液、を髄液もしくは滑液、血清、 尿またはその他の体液のごとき未精製の臨床標本、あるいは環境または食物標本 のごときその他の標本から非ウィルス微生物を検出するために使用され得る。細 胞破壊及びハイブリダイゼーションの前に細胞を溶液に懸濁または溶解し得る。
前記のごとき未精製標本の場合、細胞はアッセイ以前にそれ自体の生物環境に維 持され無傷で非処理である。
本発明のプローブはアッセイにおいて単独で使用してもよくまたは種々のプロー ブと併用してもよい、核酸合成中に複数の単独プローブを結合させてもよい。こ の結果、多数プローブ配列を含み従って多数特異性をもつ１つのプローブ分子が 得られる０例えば、実施例１及び２に記載のａｖｉｕｍまたは台、１ｎｔｒａｃ ｅｌｌｕｌａｒｅ　ｒＲＮＡのいずれかとのハイブリダイゼーションアッセイに おいてこのプローブは完全にハイブリダイズする。１つのアッセイで別々の２つ のプローブ配列が併用されると混合プローブの半分だけがＭ、ａｖｉｕｍまたは Ｍ、１ｎｔｒａｃｅｌｌｕｒａｌｅ　ｒＲＮＡとハイブリダイズする０本発明の 範囲内で別の方法を用いることも可能である０例えば、本文中に記載のごとき種 々のラベルによってプローブを標識してもよくこれを診断用キットに組み込んで もよい。
ｍ、／。
８嚢葺嚢葺０８’８８Ｈ員１■塁 ＦＩＧ、　２゜ 毛　活　活　活　５　名　名　活　活　活　５５　名　活量　ｕ　ｕ　ｕ　ｕ　 ＩＪ　ｕ　ＩＪ　ＣＪ　ｇ　ｕ　ｕ　ＩＪ　（ＪＬｕ　Ｌｊ　Ｌｌ、ｉＬｊ　Ｌ ｊ　ｕ　ｕｊ　Ｌｊ　Ｌｊ　ＩＪＪ　ＬＬＩ　ＬＬＪ　ｕｕ　ｕｊ師 〜 ８　些　８　８　８８８　８８８８　８８Ｓ　８８ＬＬｉＬＬＩＬ１．１ＬＬｉ ＬＬＩＬＬｉＬＬｊ−一一一一一一一−ＦＩＧ、　３゜ Ｅ、ｄｉ　ＵＧＣＣＵＧＧＣＧＧＣＣＧＵＡＧＣＧＣＧＧＵＧＧＵＣＣＣ入ＣＣ ０ＣＡＣＣＣＣ入ＵＧＣＣＧＡＡＣＵＣ巳ｃＯｌｉ　ＡＧＵＡＧＧＣλＡＣ１， ＩＧＣＣＡＧＧＣＡＵんσ３８ の ｈσ、４゜ Ｓ、ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、ｓｃ　０ＡＵＣＵＧＧＵＵＧＡＵＣＣＵＧＣＣＡＧ ＵＡＧＵＣＡＵＡＵＧＣＵＵＧＵＣＵＣＡＡＡＳ、　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、　 ｓｃ　ＵＵ入ＡＡＵＣＡＧＵＵＡＵＣＧＵＵＵＡｔＪＵＵＧＡＵＡＧＵＵＣＣＵ ＵＵＡＣＵＡＣＡＵＳ、ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、ｓｃ　ＣＡＵＧｔＪＡＵＵＵＡ ＵＵＡＧＡＵＡＡＡＡＡＡＵＣＡＡＵＧＵＣＵＵＣＧＣＡＣＵＣＵＵＳ、　ｃｅ ｒｅｖｉｓｉａｅ、ｓｃ　入υＵ（ＪＣＵＧＣＣＣＵＡＵＣＡＡＣＵＵＵＣＧＡ ＵＧＧＵＡＧＧＡＵＡＧＵＧＧＣＣＵＡＳ、ＣｅｒｅＶ：５ｉＱｅ、ＳＣＡＣＧ ＧＣＵＡＣＣＡＣＡＵＣＣＡＡＧＣＡＡＧＧＣＡＧＣＡＧＧＣＧＣＧＣＡＡＡＵ ＵＡＳ、ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、ｓｃ　Ｕ’ＵＧＩＪＡＡＵｔＪＧＧλＡＵＧＡ ＧＵＡＣＡＡＵＧＵＡＡＡＵＡＣＣＵＵＡＡＣＣＡＧＧ入Ｓ、　ｃｅｒｅｖｉｓ ｉａｅ、ｓｃ　入υＵ入ＡＡＧＵＵＧＵＵＧＣＡＧＵＵＡＡＡＡＡＧＣＵＣＧＵ ＡＧＵＵＧ入ＡＣＵＵＵＧＳ、ｃｅｒｅｖｉｓｉａａｓｃ　０ＧＧＣＵλＡＣＣ ＵＵＧＡＧＵＣＣＵＵＧＵＧＧＣＴＪＣＵ’ＵＧＧＣＧＡＡＣＣＡＧＣＡＣＳ、 ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、ｓｃ　ＧＧ入ＡＵＡＡＵＡＧＡＡ［ＪＡＧＧＡＣＧＵＵ Ｕ　ＧＧＵ　Ｕ　ＣＵ　ＡＵ　ＵＵＵＧ　ＵＵ　ＧＧ　t　Ｕ　Ｕ Ｓ、ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、ｓｃ　ＧＵＣＡＡＡＵＵＣＵＵＧＣＡＵＵＵＡＵＵ ＧＡＡＧＡＣＵＡＡＣＵＡＣＵＧＣＣＡＡＡＧＳ、ｃｅｒｅｖｉｓｉａａ、ｓｃ 　ＣＡＵＡＣＣＧＵＣＧＵＡＧＵＣＵＵＡＡＣＣＡＵＡＡＡＣＵＡＵＧＣＣＧＡ ＣＵＡＧＧＧＳ、ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、ｓｃ　ＤＡＧＡＵＵ入ＡＧＣＣＡＵＧ ＣＡＵＧＵＣＵＡＡＧＵＡＵＡＡＧＣＡＡＵＵＵＡＵＡＣＡＧＵＧＡλＡＣＵＧ ＣＣλＡＵ　ＣＡ　ＵＧＡＵ　ＵＣＡＵ　ＡＡＵＡＡＣＵＵＵＵ　ＣＧＡＡＵＣ ＧＣＡＵ　ＧＧ　ＣＣＵＵＧＵ　ＧＣＵＧ　ＧＣＣＡＵＧ　ＧＵＵＣＣＡ　ＵＧ 　ＧＵＵＵ　ＣＡＡＣＧＣ；　ＣＵＡＡＣＧＧＧ鏝ＵＡＡＧＧＧＵＵＣωＵＵＣ ＣＧＧＡＧＡＧＧＧＡＧＣＧＣＣＣＣＧＧＵＵＧＧＣＣＧＧ口ＣＣＧＡυｒ、ｍ ｔ几ＩＵＣＧＵＧＵＡＣＵにＣＡＵＵＵＣＣｊυｔｃＧＧＧＧｃｃＵＵＵＵＣＪ ＡＣＵＵ引コλλυλＵＵＡＣＡＧＵＧＵＵＣＡＡＡＧＣＡＧＧＣＧＵＡＵＵＧ ＣＵＣＣＡＡＵＡＵＡＣＵＡＧＧＡＣＣＡＵＣＧＴＪＡＡＵＧＡＵＵＡＡＵＡＧ ＧＧＡＣＧＧＵＣＧＧＧＧＧＣＡＵＣＧＧＵＡＵＵＣ□ＵＣＧＵＵ（ＪＧＣＣＡ ＡＧＧＡＣＧＵＵＵ’ＵＣＧＵＵＡＡＵＣＡＡＧＡＡＣＣＡＡＡＧＵＵＧＡＧＧ ＧＡＵＣＧＡＡＧＡＵＣＧＧＧＵＧＧ（ＪＧＵＵＵＵＵＵＵＡＡＵＧＡＣＣＣＡ ＣＵＣＧＧＵＡＣＣＵＵＡＣＧＡＧＡＡＡＵＣＡＡＡＧ入ＡＵＵＧＡＣＧＧＡＡ ＧＧＧＣＡＣＣＡＣＣＡＧＣＡＧＵＧＧＡにＣＣＵＧＣＧＧＣＵＵＡＡＵＵＵに ＡＣＵＣＡＡＧＡＧＣＵＣＵＵｔＪ　ＣＵＵＣＡＵＵＵＵ　ＧＵ　ＧＧ　ＧＵＧ ＧｔＪＧ　ＧＴＪ　ＧＣＡＵ　ＧＧ　ＣＣＧＵＵＵ　ＣＵＣＡＧＵ　Ｕf　Ｇ ｘ＜ｍａｃＧＡＧＧＡＡＣＵＡＡＡＡＧＵＣＧＵＡＡＣＡＡＧＧＵＵＵＣＣＧＵ ＡＧＧＵＧＡＡＣＣＵＧＣＧＧＡＡＵＧＧＣＵＣＡ　１００ ＵＧＧＡＡω　２００ ＣＡＵＵＣＡＡ　３００ ＣＵＧＡＣ；ＡＡ　４００ ＵＣＧＧＧＵＣ　５００ ＡＧＣＧＵＡＵ　６００ ＵＵＣＣＵＵＣ　７００ ＵＵＡＧＣＡＵ　８００ ＵＧＵＣＧＡＧ　９００ ＵＣｔＪＵυＧＧ　＋１００ ＡＣＡＣ（；ＧＧ　１２００ ＵＧＧＡＧＵＧ　１３００ ＣＧＧＵＵＵＣ　１４００ ＡＡＣＣＵＵＧ　＋５００ ＡＡＧＵＣＡＵ　＋６００ ＧＡＡＧＧＧＧ　１７００ ＧＣＡＵＣＡＵ　＋８００ 旧０２ Ｒθ５． Ｆ／Ｇ．５Ａ． Ｓ．ｃｓｒｅｖｉｓｉａｅ　ＡＡＡＣＵＵ（ＪＣＡＡＣＡＡＣＧＧＡＴＪＣＵＣ ＵＵＧＧ”ｊＵＣＵＣＧＣＡＵＣＧＡＵＣ入ＡＧ入Ｓ．ｃ＝ｒａｖｒｓ＋ｏｅ　 ＵＵＧＣ；ＵＡＵＵＣＣＡＧＧＧＣ；ＧＣＡＵＧＣＣＵＧＩＪ”ＵＵＧＡＧＣＧ ＵＣＡＵＵＵＧＵＵＵＧＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ　ＵＡＧＵＡＡＣＧＧＣＣＡ ＧＵＣＡＡＧＣＧＧＣλυ）Ｇ　Ｃ　Ｕ　Ｃ　）−”＝ｌ　Ｕ　ｕ”Ｕ　ＣＡＡ Ａ　t　Ｃ　Ｕ Ｓ．ｃａｒｅｖｉｓｉｏｅ　λＣＧＵＣＡＵＡＧＡＧＧＧＵＣＡＧＣ入ＵＣＣＣ ＧＵＧＵＧＧＣＧＡＧＧ入ＧＵＧＣＣ；ＧＵＵＳ．ｃａｒａｖｉｓｉｏａ　入Ａ ＵＡｕ”’ＵＧＧＣＧＡＧＡＧＡＣＣＧ入ＵＡＧＣＧ入入ＣＡＡＧＵ入ＣＡＧＵ Ｇ入ＵＧＣλＡＳｘｓｒｅｖｉｓｉａｅ　ＵＧＵＵＵＵＧＵＧＣＣＣＵＣＵＧＣ ＵＣＣＵＵＧＵＧＧＧＵＡＧＧＧＣＡＡＵＣＵＣＧＣＡＵＳ．Ｃ４ｒｅｖｉＳ　 ｉ（ＭＩ　ＧＵ　ＧＣ；ＣｓＡＡＵ　ＡＣ　ＵＧ　Ｃ　ＣＡＧ　ＣＵ　ＧＧ　Ｃ ＡＣＵ　ＣＡ　Ｇ　Ｇ　ＡＣ　ＵＧ　b　Ｇ　ＡＣ　ＧＴＪ　ＡＡＧＵ　Ｃ Ｓ．ＣＪｒｅＶ：ＳＫ）ｅ　ＧＧＧ″Ｕ　ＧＵ　ＡＡＡＡＣ　Ｃ　ＣＡ　ＵＡ　 ＣＧ　Ｃ　Ｇ　ＵＡＡＵ　ＣＡＡＡ　ＧＵ　ＣＡＡＣ　Ｇｔi　ＡＧ　ＧＵ　Ｕ 　Ｇ　Ｇ Ｓ．ｃｓｒｅｖｉｓｉａｅ　ＣＳλ入ＡＧＡＩＪＧＧＵＧ入ＡＣυＡＵＧＣＣ口 Ｇλ入ＵＡＧＧＧＵＧＡＡＧＣＣ入Ｑ入ＧＧ入Ｓ．ＣＭ’ｌｌＶ’ｍｉＯ’ａ　 ＣＡＡＣこＡＬＩＣＵＡＧｔ．ｌＡＧＣＵＧＧＵ”ＪＣＣＵＧＣＣＧ入ＡＧＵＵ ＵＣＣＣＵＣＡ（；ＯＵＳＬυ１ｖ’ｒｓｉａａ　ＩＪＣλ入ＡＣｔＪＵＵＡＡ ＡＵＡＵＧＵλＡＧＡＡＧじＣＣＵＵＧＵＵＡＣＵｔ．Ｉ入ＡＵＵＧ？．ＡＣＳ ．ｃｅｒｅｖｉｓｉｏｅ　Ｇ入ＧＵＵＡＡＧＧＵＧＣＣＧＣＡＡＵＡＣＡＣＧＣ ＵＣＡＵＣＡＣＡＣＡＣＣＡＣ入八人ＡＧＳ．Ｃａｒ１！Ｖｉｓｉｏｅ　Ｃ　Ｇ 　ＡＡ　Ｕ　Ｇ入ＡＣＵＡＧＣＣＣＵＧ入ＡＡＡＵＧＧＡＵＧＧＣＧＣＵＣＡＡ ＧＣＧＵＧ　ＵＵＡＳＪｅｖｉｓｉｏａ　ＧＵ入ＡＧＧ’ＪＣＧＧＧＵＣＧ　Ａ ＡＣ（；ＧＣＣＵＣυ入ＧＵＧＣＡ（．ＡｔＪＣυＵＧＣ；ＵＧＧＵ入Ｓ．ｃａ ｒｅｖｉｓｉｏｅ　ＡＧυＣＧＡＵＣＣＵ入ＡＧＡＧＡＵ（；ＧＧ（；ＡＡＧＣ ＵＣＣＧＵ肌疋λυ石ＧＣＣＵＧＡＳ．ｃａｒｅｖｉｓｉｏａ　ＵＧ入ＡＵＧＵ ＧＧＡ（−ＡＣＧＵＣＧＧＣＣ；ＣＧＡＧＣＣＣＵ（；ＧＧＡＧＧ入ＧＵυ入Ｉ ＪＣ’ＪυＳ．ＣＩｌｒｎｉ３ｉ０＠　ＵＧＣＵＧＧＣＵＣＣＧＧＵＧＣＧＣＵ ＩＪＧＵＧＡＣＧＣ；ＣＣＣＧＵＧＡＡＡＡＵＣこＡＣ入Ｇａｃｓｒｅｖｉｓｉ ａａ　Ｕ入ＡＵＧＵＡＧＡＵＡＡ（；Ｃ；ＧＡＡＧＵＣＧＧＣλυｕＵＡＧＡＵ ｃｃ（；υＡＡＣＵＵＣＧＳ．ｃａｒａｖ＋ｓｉｏｅ　ＧＧＧＧＣυｔＪＧｃｔ ＪｃυＧＣ　ＵＡＧＧ　Ｃ　Ｇ　ＣＡ　ＣＵ　ＡＣＵＴＪ　ＧＣ　Ｇ　Ｕ　Ｇ　 Ｃ　Ｃt　Ｌ）Ｇ　ｕ”ＩＪ　ＧＵ　Ａ Ｓ．ｃａｒｅｖｉｓｉｏｅ　ＣＡＡＵＣＴＪＧＡＣＵＧυＣＵＡＡＵＵんりＩＡ ＣＡＵＡＧＣＡＵＵＧＣＧＡＵ（；ＧＵＣＡＧＡ’３．ｃａｒ！ｌｖｉｓｉａｅ 　ＡＣＧＣ；ＣＧＣＧＡＧＵＡＡＣＵＡ（ＪＧＡＣＵＣＵＣＵＵＡＡＧＧＵＡＧ Ｃ乙り，ＡＵＧＣＣ’ＪＳ．ｃｓｒｅｍｉｏ＠　ＧＣＣＡＡＧＧＧＡＡＣＧＧＧ ＣｔＪＵＧＧＣＡＧＡＡ［ＪＣＡＧＣＧＧＧＣ；リλＧＡＡＧＡＣＣＦＩＧ．　 ５Ｂ． ＡＣＧＣＡＧＣロリＡＵＧＣＧＡＵＡＣＧＵＡＡＵＧＵＧＡＡコＪＧＣＡＧＡＡ ＵＵＣＣＧＵＧ入．”．Ｕ　ＣＡ　ＵＣＧ入ＣＣＵＣλ入ＡＵＣＡＧＧじＡＧＧ ＡＧＵＡＣＣＣＧＣＵＣ入ＡＣｕ”Ｕ入ＡＧＣＡＵ入ＵＣＡＡＵＡＡＧＣＧＧ入 ＧＧＪ入ＣＣＵＵＣＧＧＵＧＣＣＣＧＡＧＬＩＴＪＧＵＡＡＵＵＵＧＣＡＧＡＧ ＧＧＣ入ＡＣＵＵＵＧＧＧＧＣＣＧＵＵＣ　ＵＵＵＧ　Ｕ層彷Ｇ　Ｕ　Ｇ　Ｃ　 ＣＵＵＣ　ＣＡＡＧＡＧ　ＵＣ　ＣＡＧＵＵＧ　（ＪＴＪ　ＵＧ　ＧＧ　ＡＡＵ Ｇ　ＣＡＧＣ　ＵＣ@ＵＡＡＧ　Ｕ ＡＣＡＵＧＡＡＡＡＣＡＡＣｕ”ＯＵＧＡ）Ｊ−”．ＣＡＧＡＧＣＪＧＡＡＡＡ ＡＧＵＡＣＧ’ＪＧＡＡＡＵＵＧＵＵＧＡＡＡＵＵＣＡＣＵＧＧＧＣＣＡＧＣＡ ＵＣＡＧＵＵ（Ｊ’ＵＧＧＵＧＧＣＡＧＧＡＵＡＡＡＵＣ　ＣＡＵＡＧＧ？．Ａ ＵＧυＡＧＡＡＧＧＡＩＪＧＣＵＧＧＣＡＵＡＡＵＣ；Ｇｕ”ＵＡＵＡＵＧＣＣ ＧＣＣＣＧＵＣｕ”Ｕｃ入入ＡＣＡＣＧＧＡＣＣＡＡＧＧＧＣＣ’ＪＣＧＣＡＡ ＧＡＧＧＵＧＣＡＣＡＡＵＣＣＡＣＣＧＡＵＣＣＵＣＡＵＧＵＣＵＵＣＧＣＡＵ ＧＣＡσＵＵ入ＡＣＵＣＵＧＧＵＧＧＡＧＧＣＵＣＧＵＡＧＣＧＧ’ＪＵＣＵＧ ＡＣＧＵＧＣλ入ＡＵＣＧ入ｔＪＣＧＵＣＧＡＡＵＵ入ＧＣλＧＡＡＧＣＵＣＧ ＵＡＵＣＡＧＵＵＵＤＡＴＪＧＡＧＧＵＡＪ−ＡＧＣＧＡＡＵＣＡＵＵＡＣＡＧ ＧｔＪＵＣＣＧＧＵＧＣＡＣＡＵＵＵＧＡＡＵＧＡＡＣＡＧＣＵυＵＵＡＧＵ（ ；ＧＧＣＣＡＵＵ’ＬＩＵＵＧＧＵ入ＡＧＣＡＣλ入ＣＵＧＵＧＵＵＡＧＵＵＣ ＡＵＣＵＡＣＡＣＡＧＣＣＧＣＡＣＧＧＵＧＣ；ＣＣＡＵ　ＧＧＡ入ＧυＣＧ（ ．入ＡＵＣＣＧＣＵＣＣＵＡＵＡＣＵＣＵＡＣＣ（；Ｕ　ＣＡＣ；Ｇ　Ｃ：ＪＵ ＧＡＵＡＵＣＡＵＧＣＣＣ’ＪＣＡＣＣＡＧＵＡＧＧＣＡＧＧＣＧＵＧＵＡＧＣ ＡＡＡ（ＪＡＵＵＣＡＡＡＵＣＡＣＡＡＣＵＵＵＧＡＡＧＡＣＵＣλ入ＧＵＧＧ ＧＧＡ入ＡＧＧｔＪＵＣＣＡＵＵＵＵＡＵＧＣＡＧＣ；ＣＣＡＣＣＡＵＣＣＡＡ ＡＧＧＣＡＡＵＣＣＧＧＵ入ＡＧＡＵＵＣＣＧ（．入ＡＣＵＵＧＣ；ＡＵＵαル ＣＵＵＡＡＣＡＧＣＵＵＡＩＪＣＡＣＣＣＣＣ；ＧＡＡＵＵＧＧ口ＵυＡＵＣＣ ＧＧＡＧＡＩＪＧＧＣ，ＧＵＣυＧＡＡＧＣＡＡＵＡＧＵＵＵＵＣＡＵＧＣＵＡ ＧＧＵＣＧＵＡＣＵＧＡＵＡＡＣＣＧＣＡＧＣＡＧＧＣＪＣＴＪＣこ入ＡＧＣＡ ＵＡＡＧＣＡＵＵＧＧＣＵＣＵＡＡＧＧＧＵＣＧＧＧＵＡＧＵＣＡｃ；ＧＣＣυ ＵＧＧＵＣＡＣＡＣ（；ＣＡＧＧＡＣＧ：ＪＣＣＵＵＧＧＵＡＧＧＵＣＵＣｔＪ ＵＧＩＪＡＧＡＣＣＧりＣ（；Ｃｔ，ｌυＧＣＵＡＣ入ＡＵｔ，ＩＡ入ＣＡＧ入 ＵＣＡＡＧｔｌＧＡＵＧｔＪＵＧＡＣＧＣＡＡＵＧＵＧＡＵＵＵＣＵＣ；ＣＣＣ ＡＧＵ（；ＣＵＣＵＧＡＡＵＧυＣＡＡＡＧＵＧＣＣ″”Ｊ　ＯＡＩＪＣＵ　Ａ ＡＵＴＪ入ＧＵＣＡＣＧＣＧＣＡＴＪＧＡＡＵＧＣＡＵＪＡＡＣＧ入ＧＡＩＪＵ ＣＣＣ入ＣＵＧＵＣＣＣＴＪ　Ｇ　ＵＴＪ　ＣＡ　Ｇ　Ｃ　ＵＵ　ＧＡ　ＣＵ　 ＣＵ　ＡＧ　ＵＵ　Ｕ　Ｇ　ＡＣＡＵ　Ｕ　Ｇ　ＵＧ　ＡＡ　ＣＡ　ＣＡ　ＣＡ 　tＡ　ＣＡ　Ｇ　Ｇ　Ｇ　Ｕ　Ｃ；　Ｕ　Ａ　Ｇ　ＡＡＡＵＣＵＵＵＧＡＡＣ Ｇ（ＡＣＡＵＵＧＣＧＣＣＣＣ＋２０ＧＧＡＡＡＡＧＡＡＡＣＣＡＡＣＣＧＧＡ ＵＵＧＣＣＵ　２すＣＵＵＧＣＣＵＣＧＧＵＡＡＧＵＡＵＵＡＵＡＧＣＣＵ　７ ２０ＧＡＧＵＣＵＡＡＣＧＵＣＵＡＵＧＣＣＡＧＵＧＵＵＵ　８４０ＧＡＧＵＡ ＡＧＡＧＣＡＵＡＧＣＵＧＵＵ工ＣＡＣＣ％０ＵＧＧＧＵＡＵＡＧＧＧＧＣＱυ すに込ＣＵＡＡＵＣ１０８０ＧＧＧＵＣｃＡＡＡＵＧＡＣＣＵＵＧＡＣＣＵＡＵ Ｕ。Ｉ２゜。ＦＩＧ、５Ｃ０ＣＧＣＧＡＵＧＣＧＧＧＡＵＧＡＡＣＣにＡＡＣＧ ＵＡ　ｌ３２０ＣＧＵＣＡＡＣＡＧＣＡＧＵｔＪＧ（、ＡＣＧＵＧＧＧＵｔＪ　 １６８０ＵＡ（ＪにＧＡＵυｃｔｎに：ＡＣＧＧＵＡＡＣにＵＡＡＣ１８００ｔ ＪＡｔＪＧＧＣＵＧＧＡＡＣＡＧＧＣＣＡＧＣＡＣＣｔＪＵ　１９２０ＧＧＵＧ ＡＡＣＡにＣＣＬ）ＣＵＡＧＵＵＧＡＵＡＧＡＡ　２０４０ＣＧＧＧＣＧｔ、Ｉ ＧＣＵＵＧｔＪＧＧＡＣｌＪＧＣｔ、ＩＵＧＧＵ　２１６０ＡＡＣＬＩＵＡＧＡ ＡＣＵＧＧＵＡＣにＣＡＣＡＡＧＧＧ　２２８０ＡＡＧＡＡＡＵＵｃＭｃｃｕＧ ｃｃｃｃＡＧＵＭ　２４００ＣＵＡ（ＪＣＵＡＣＵＡＵＣＵＡＧＣＧＡＡＡＣＣ ＡＣＡ　２５２０ＡＵＡＡＧＵＧＧＧＡＧＣＵＵＣＧＧＣＧＣＣＡＧＵＧ　２６ ４０Ｓ、ｃａｒｅｖｉｓｉｏｓ　ＡＡＡＵＡＣＣＡＣＵ入ＣＣυＵＵＡＵＡＧＵ Ｕｔ、ＩＣＵＵＵＡＣＵＵ入ＵＵＣλＡυＧＡＡＧＣａｃｓｒｅｖｉｓｉａ＠　 ＵＧＧＧＧＡＧＵＵυＧＧＣＵＧＧＧＧＣＧＧＣＡＣ入ＵＣυＧＵυ入ＡＡＣＧ ＡＵＡＡＣＧＣａｃａｒ＋５ｖｉｓｉｏａ　ＧＵＧＵＧＡＡＵＡＣＡＡＡＣＣＡ ＵＵＣＡＡＡＧυＧＵＧＧＣＣＵＡＵＣＣＡＵＣＣＵＵＵＡｓ、ｃａｒｅｖｒｓ ｉｏｅ　ＡＧＣＧＡＣＡＵＵＧＣＵＵＵＵＵＣＡＵＵＣＵＵＣＣＡＵＧＵＣＧＧ ＣＵＣＵυＣＣＵＡＵＣ９，ｃａｒｅｖｉｓｉｏｅ　ｔＪＧＡＡＣＣＡＵＡＧＣ ＡＧＧＣｔＪＡＧＣＡＡＣＧＧｔ）ＧＣＡＣＵｔＪＧＧＣ工ＡＡＡＧＧＣＣａｃ ｅｒｅｖｉｓｉｏｅ　ＧＧＵＡＵＵＧＵＡＡＧＣＧＧＵＡＣＡＧＵＡＧＣＣＵＵ ＧＵＵＧＵＵＡαａｕｃｔｚｃｃυＧＳ−ｃａｒｅｖｉｓｉｏａ Ｓ、ｃｓｒｅｖｉｓｉｏｅ にＧＡＧＣＵＧ　ＧＡＡＵ　ＵＣＡＵ　ＵＵ　ＵＣＣＡ　ＣＧ　Ｌ’Ｕ　Ｃ’Ｊ ＡＧ　ＣＡ　ＵＵＣＡＡＧ　ＧＵＣＣＣＡＵＵＣＧＧＣ；　fＣＵ Ａ　ＧＡ　ＵＧ　ＵＣＣＵＡＡ　ＧＧ　ＧＧ　ＧＧ　ＣＵ　ＣＡ　ＵＧＣＡＣｓ ；ｊｓ　ＣＡＧＡＡＡＵ　ＣＵＣＣＡＧＵＡ　ＣＡＡＣλにA、ＡＪＧ ＧＵＣＣＣＵＣＧＧＡＡＵＵＵＧＡＧＧＣＵＡＣＡＧＧＵＧＣＣＡＧλυｕＧＵ ＵＡｃｃＡｃＡＧＧｃ；ＡＵＡＡＣＡＵＡ　ＣＣＧＡＡＧ　ＣＡ　ＧＡＡＵＵＣ ＣＧ　ＵＡＡＧ　ＣＧ　ＵＵ　ＧＧＡＵＵＧＵＵ　ＣＡＣＣＣＡＣＵＡＡＵＡＧ Ｇ　ＧＡＡＧＵＡＡＵＵＧＡＡＣＵＵＡＧＵＡＣＣＡＧＡＧＧＡＡＣＡＧＵＵＣ ＡＵＵＣＧＧＡＵＡＡＵＵＧＧＵＵＵＵＵＧＣＡ　ＵＣＣＡＵＧ　ＣＵＡＧＡＡ ＣＧＣＧ　ＧＵＧＡ　ＵＵ　ＵＣＵＵ　ＵＧ　ＣＵ　ＣＣＡＣＡＣＡＡＵＡＵＡ ＧＡＵＧ　ＣＡ　ＵＡ　ＣＵ　ＵＧ　ＧＧ　ＵＧ　ＣＵ　ＵＧ　ＣＵ　ＧＧ　Ｃ ＧＡＡＵ′ＵＧＣＡＡ　ＵＧ　ＵＣＡＵＵＵＵＧ　ＣＧ　ＵＧＧＧ　ＣＡＵＡＡ ＡＵＣ`Ｕ　Ｕ ＡＧＡＵＵＡＡＧＣＣＵＵＵＧＵＵＧＵＣＵＧＡＵＵＵＧＵＧＡＵＣＣＧＧＧ” ＪｔＪＧＡＡＣＡＣＡＵＵＧＵＣＡＧＧ　２７６０ＧＧＵＡＡＡＧＣＣＣＣＵＵ ＡＧＵＵＵにＡＵＵＵＣＡ　２８８０ＵＧＧＣＵＵにＵＧＧＣＡＧＵＣＡＡＧＣ ＧＵＵＣＡＵ　３０００ＣＡＵＧＡＧＣＵＧＧＧＵＵＵＡ（−ＡＣＣにＵＣＧＵ Ｇ　３１２０ＧＧＣＵＧＵＣＵＧＡＵＣＡＧＧＣＡＵＵＧＣＣＧＣＧ　３２４０ ＧＡＡＵＡＡＧＧＣＧＵＣＣＵＵＧＵＧＧＣＧＵＣＧＣ３３６０ＵＧＵＡＵＡＣ ＧＡＣＵＵＡＧＡＵＧＵＡＣＡＡＣＧＧ　シ社０国際調査報告 １ｍｍ＊ｍｅ°ａｌＡ″＊ｌｔｃｍ″１１１Ｎ。ＰＣＴ／ＵＳ８７／３００９ア 　ンズ・ 力合衆国、カリフォルニア・９２０６９、サン・マルコス、ノ＼ン・ロード・１ ３１４ 力合衆国、カリフォルニア・９２１２２、サン・デイエゴ、口と・ストリート・ ４６９７

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 １．定量的又は定性的ハイブリダイゼーションアッセイに用いるプローブの調製 法であって、検出すべき１種類の非ウィルス有機体又は一群の非ウィルス有機体 に特有であるように選択されたｒＲＮＡ領域とハイブリダイズするに十分相補的 であるオリゴヌクレオチドを構築することから成り、該ｒＲＮＡ領域は該１種類 の非ウィルス有機体又は一群の非ウィルス有機体の１つ以上のｒＲＮＡ可変領域 配列をそれらから識別すべき１つ以上の非ウィルス有機体由来の１つ以上のｒＲ ＮＡ可変領域配列と比較することによって選択されたものである、前記調製法。 ２．識別すべき非ウィルス有機体由来の前記ｒＲＮＡ可変領域配列が前記検出す べき１種類の非ウィルス有機体又は一群の非ウィルス有機体に最も近縁の公知有 機体である請求の範囲第１項記載の調製法。 ３．前記ｒＲＮＡ領域が、前記検出すべき１種類の非ウィルス有機体又は一群の 非ウィルス有機体に対して最近縁である公知の有機体の対応ｒＲＮＡ配列との間 に少なくとも約一つの塩基配列の差異を有するように選択される請求の範囲第１ 項記載の調製法。 ４．前記ｒＲＮＡ領域が、前記検出すべき１種類の非ウィルス有機体又は一群の 非ウィルス有機体に対して最近縁である公知の有機体の対応ｒＲＮＡ配列との間 に少なくとも約１０％又はそれ以上の塩基配列の差異を有するように選択される 請求の範囲第１項記載の調製法。 ５．前記ｒＲＮＡ領域が、５Ｓ，１６Ｓ及び２３ＳｒＲＮＡからなる群より選択 される請求の範囲第１項記載の調製法。 ６．前記ｒＲＮＡ領域が、５．０Ｓ，５．８Ｓ，１８Ｓ及び２８ＳｒＲＮＡから なる群より選択される請求の範囲第１項記載の調製法。 ７．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約１０ヌクレオチド長である請求の範 囲第１項記載の調製法。 ８．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約１５ヌクレオチド長である請求の範 囲第１項記載の調製法。 ９．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約２０ヌクレオチド長である請求の範 囲第１項記載の調製法。 １０．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約３０ヌクレオチド長である請求の 範囲第１項記載の調製法。 １１．前記オリゴヌクレオチドが約２０〜約５０ヌクレオチド長である請求の範 囲第１項記載の調製法。 １２．前記オリゴヌクレオチドが約３０〜約５０ヌクレオチド長である請求の範 囲第１項記載の調製法。 １３．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約１０ヌクレオチド長である請求の 範囲第３項記載の調製法。 １４．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約１５ヌクレオチド長である請求の 範囲第３項記載の調製法。 １５．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約２０ヌクレオチド長である請求の 範囲第３項記載の調製法。 １６．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約３０ヌクレオチド長である請求の 範囲第３項記載の調製法。 １７．前記オリゴヌクレオチドが約２０〜約５０ヌクレオチド長である請求の範 囲第３項記載の調製法。 １８．前記オリゴヌクレオチドが約３０〜約５０ヌクレオチド長である請求の範 囲第３項記載の調製法。 １９．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約１０ヌクレオチド長である請求の 範囲第４項記載の調製法。 ２０．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約１５ヌクレオチド長である請求の 範囲第４項記載の調製法。 ２１．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約２０ヌクレオチド長である請求の 範囲第４項記載の調製法。 ２２．前記オリゴヌクレオチドが少なくとも約３０ヌクレオチド長である請求の 範囲第４項記載の調製法。 ２３．前記オリゴヌクレオチドが約２０〜約５０ヌクレオチド長である請求の範 囲第４項記載の調製法。 ２４．前記オリゴヌクレオチドが約３０〜約５０ヌクレオチド長である請求の範 囲第４項記載の調製法。 ２５．前記プローブが前記ｒＲＮＡ領域に対して少なくとも約７５％の相補性を 有する請求の範囲第１項記載の調製法。 ２６．前記オリゴヌクレオチドが前記ｒＲＮＡ領域に対して少なくとも約７５％ の相補性を有する請求の範囲第３項記載の調製法。 ２７．前記オリゴヌクレオチドが前記ｒＲＮＡ領域に対して少なくとも約７５％ の相補性を有する請求の範囲第４項記載の調製法。 ２８．前記プローブが前記ｒＲＮＡ領域に完全に相補的である請求の範囲第１項 記載の調製法。 ２９．前記プローブが前記ｒＲＮＡ領域に完全に相補的である請求の範囲第３項 記載の調製法。 ３０．前記プローブが前記ｒＲＮＡ領域に完全に相補的である請求の範囲第４項 記載の調製法。 ３１．前記１種類以上の非ウィルス有機体に特有であるように選択された少なく とも１つの核酸可変領域に実質的に相補的である少なくとも約１０の連続ヌクレ オチドから成るオリゴヌクレオチドを含む１種類以上の非ウィルス有機体用のハ イブリダイゼーションアッセイプローブ。 ３２．前記１種類以上の非ウィルス有機体に特有であるように選択された少なく とも１つの核酸可変領域に少なくとも約７５％相補的な少なくとも約１０のヌク レオチドから成るオリゴヌクレオチドを含む１種類以上の非ウィルス有機体用の ハイブリダイゼーションアッセイプローブ。 ３３．前記核酸が５Ｓ，１６Ｓ又は２３ＳｒＲＮＡである請求の範囲第３１又は ３２項記載のプローブ。 ３４．前記核酸が５．０Ｓ，５．８Ｓ，１８Ｓ又は２８ＳｒＲＮＡである請求の 範囲第３１又は３２項記載のプローブ。 ３５．前記非ウイルス有機体がＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍである 請求の範囲第３１項記載のプローブ。 ３６．前記オリゴヌクレオチドが【配列があります】配列を含む請求の範囲第３ ５項記載のプローブ。 ３７．請求の範囲第３６項記載のプローブ又はその相補片とハイブリダイスする ことができるヌクレオチドポリマー。 ３８．【配列があります】配列を含むオリゴヌクレオチド及ひそれに実質的に相 補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３９．【配列があります】構造のヌクレオチドポリマー及びその相補片。 ４０．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１８５−２２５塩基に対応する、Ｈｙｃｏ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることので きるヌクレオチドポリマー。 ４１．請求の範囲第４０項のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補的な 核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ４２．前記非ウィルス有機体がＨｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｉｎｔｒａｃｅｌ ｌｕｌａｒｅである請求の範囲第３１項記載のプローブ。 ４３．前記オリゴヌクレオチドが配列【配列があります】を含む請求の範囲第４ ２項記載のプローブ。 ４４．請求の範囲第４３項記載のプローブ又はその相補片とハイブリダイスする ことのできるヌクレオチドポリマー。 ４５．【配列があります】配列を含むオリゴヌクレオチドとそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ４６．【配列があります】構造のヌクレオチドポリマー及びその相補片。 ４７．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１８５−２２５塩基に対応する、Ｈｙｃｏ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ種のＲＮＡ領域とハイブリ ダイズすることのできるヌクレオチドポリマー。 ４８．請求の範囲第４７項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ４９．前記非ウィルス有機体がＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌ ｏｓｉｓ複合細菌である請求の範囲第３１項記載のプローブ。 ５０．前記オリゴヌクレオチドが【配列があります】配列を含む請求の範囲第４ ９項記載のプローブ。 ５１．前記オリゴヌクレオチドが【配列があります】配列を含む請求の範囲第４ ９項記載のプローブ。 ５２．前記オリゴヌクレオチドが【配列があります】配列を含む請求の範囲第４ ９項記載のプローブ。 ５３．前記オリゴヌクレオチドが【配列があります】配列を含む請求の範囲第４ ９項記載のプローブ。 ５４．前記オリゴヌクレオチドが【配列があります】配列を含む請求の範囲第４ ９項記載のプローブ。 ５５．前記オリゴヌクレオチドが【配列があります】配列を含む請求の範囲第４ ９項記載のプローブ。 ５６．前記オリゴヌクレオチドが【配列があります】配列を含む請求の範囲第４ ９項記載のプローブ。 ５７．請求の範囲第５０，５１，５２，５３，５４，５５若しくは５６項記載の プローブ又はそれらの相補片とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポ リマー。 ５８．配列： 【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実 質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ５９．構造： 【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチ ドポリマー。 ６０．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１８５−２２５塩基に対応する、Ｈｙｃｏ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体に属する種のｒＲＮＡ領 域とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ６１．請求の範囲第６０項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸との間で形成された核酸ハイブリッド。 ６２．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの５４０−５７５塩基に対応する、Ｈｙｃｏ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体に属する種のＲＮＡ領域 とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ６３．請求の範囲第６２項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸との間で形成された核酸ハイブリッド。 ６４．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１１５５−１１９０塩基に対応する、Ｈｙ ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体に属する種のＲＮＡ 領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ６５．請求の範囲第６４項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸との間で形成された核酸ハイブリッド。 ６６．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの２１９５−２２３５塩基に対応する、Ｈｙ ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体に属する種のＲＮＡ 領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ６７．請求の範囲第６６項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸との間で形成された核酸ハイブリッド。 ６８．前記非ウィルス有機体がＨｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属である請求の範囲 第３１項記載のプローブ。 ６９．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲第 ６８項記載のプローブ。 ７０．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】含む請求の範囲第６ ８項記載のプロ ーブ。 ７１．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲第 ６８項記載のプ ローブ。 ７２．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲第 ６８項記載のプロ ーブ。 ７３．請求の範囲第６９，７０，７１若しくは７２項記載のプローブ又はそれら の相補片にハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ７４．配列： 【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実 質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ７５．構造： 【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチ ドポリマー。 ７６．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１０２５−１０６０塩基に対応する、Ｈｙ ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌク レオチドポリマー。 ７７．請求の範囲第７６項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ７８．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１４４０−１４７５塩基に対応する、Ｈｙ ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌク レオチドポリマー。 ７９．請求の範囲第７８項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ８０．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１５１５−１５５５塩基に対応する、Ｈｙ ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌク レオチドポリマー。 ８１．請求の範囲第８０項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ８２．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１５７０−１６１０塩基に対応する、Ｈｙ ｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌク レオチドポリマー。 ８３．請求の範囲第８２項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ８４．前記非ウィルス有機体がＨｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅで ある請求の範囲第３１項記載のプローブ。 ８５．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲第 ８４項記載のプローブ。 ８６．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲第 ８４項記載のプローブ。 ８７．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲第 ８４項記載のプローブ。 ８８．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲第 ８４項記載のプローブ。 ８９．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲第 ８４項記載のプローブ。 ９０．請求の範囲第８５，８６，８７，８８若しくは８９項記載のプローブ又は それらの相補片にハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ９１．配列： 【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及ひそれに実 質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ９２．構造： 【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチ ドポリマー。 ９３．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１９０−２３０塩基に対応する、Ｈｙｃｏ ｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすること ができるヌクレオチドポリマー。 ９４．請求の範囲第９３項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ９５．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの４５０−４９０塩基に対応する、Ｈｙｃｏ ｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすること ができるヌクレオチドポリマー。 ９６．請求の範囲第９５項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ９７．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの８２０−８６０塩基に対応する、Ｈｙｃｏ ｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすること ができるヌクレオチドポリマー。 ９８．請求の範囲第９７項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ９９．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１２５５−１２９０塩基に対応する、Ｍｙ ｃｏｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズする ことができるヌクレオチドポリマー。 １００．請求の範囲第９９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相 補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １０１．Ｅ．ｃｏｌｉ５ＳｒＲＮＡの６５−１２０塩基に対応する、Ｈｙｃｏｐ ｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることが できるヌクレオチドポリマー。 １０２．請求の範囲第１０１項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １０３．前記非ウィルス有機体がＬｅｎｇｉｏｎｅｌｌａ属である請求の範囲第 ３１項記載のプローブ。 １０４．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１０３項記載のプローブ。 １０５．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１０３項記載のプ ローブ。 １０６．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１０３項記載のプローブ。 １０７．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１０３項記載のプローブ。 １０８．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１０３項記載のプローブ。 １０９．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１０３項記載のプローブ。 １１０．請求の範囲第１０４，１０５，１０６，１０７，１０８若しくは１０９ 項記載のプローブ又はそれらの相補片にハイブリダイズすることができるヌクレ オチドポリマー。 １１１．配列： 【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実 質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １１２．構造： 【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチ ドポリマー。 １１３．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの６３０−６７５塩基に対応する、Ｌｅｇ ｉｏｎｅｌｌａ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチド ポリマー。 １１４．請求の範囲第１１３項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １１５．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの９７５−１０２０塩基に対応する、Ｌｅ ｇｉｏｎｅｌｌａ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチ ドポリマー。 １１６．請求の範囲第１１５項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １１７．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの３５０−３９５塩基に対応する、Ｌｅｇ ｉｏｎｅｌｌａ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチド ポリマー。 １１８．請求の範囲第１１７項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １１９．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１５８５−１６２０塩基に対応する、Ｌ ｅｇｉｏｎｅｌｌａ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオ チドポリマー。 １２０．請求の範囲第１１９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １２１．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの２２８０−２３３０塩基に対応する、Ｌ ｅｇｉｏｎｅｌｌａ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオ チドポリマー。 １２２．請求の範囲第１２１項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １２３．前記非ウィルス有機体がｃｈｌａｍｙｄｉａｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓで ある請求の範囲第３１項記載のプローブ。 １２４．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １２５．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １２６．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプロープ。 １２７．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １２８．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １２９．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １３０．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １３１．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １３２．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １３３．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１２３項記載のプローブ。 １３４．請求の範囲第１２４ないし１３３項のいずれか一項に記載のプローブ又 はその相補片にハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 １３５．配列： 【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオ チド及びそれに実質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハイブリ ッド。 １３６．構造： 【配列があります】 のヌク レオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチドポリ マー。 １３７．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの６０−１０５塩基に対応する、Ｃｈｌａ ｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすること ができるヌクレオチドポリマー。 １３８．請求の範囲第１３７項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １３９．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１７５−２１０塩基に対応する、Ｃｈｌ ａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすること ができるヌクレオチドポリマー。 １４０．請求の範囲第１３９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １４１．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの６００−６３５塩基に対応する、Ｃｈｌ ａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズするこ とができるヌクレオチドポリマー。 １４２．請求の範囲第１４１項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １４３．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの８３０−８７０塩基に対応する、Ｃｈｌ ａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズするこ とができるヌクレオチドポリマー。 １４４．請求の範囲第１４３項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １４５．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの２７５−３２０塩基に対応する、Ｃｈｌ ａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズするこ とができるヌクレオチドポリマー。 １４６．請求の範囲第１４５項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １４７．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの３３０−３６５塩基に対応する、Ｃｈｌ ａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズするこ とができるヌクレオチドポリマー。 １４８．請求の範囲第１４７項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １４９．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１１６０−１１９０塩基に対応する、Ｃ ｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズす ることができるヌクレオチドポリマー。 １５０．請求の範囲第１４９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １５１．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１４５０−１４９０塩基に対応する、Ｃ ｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズす ることができるヌクレオチドポリマー。 １５２．請求の範囲第１５１項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １５３．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１５１０−１５４５塩基に対応する、Ｃ ｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズす ることができるヌクレオチドポリマー。 １５４．請求の範囲第１５３項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １５５．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１７１０−１７５０塩基に対応する、Ｃ ｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズす ることができるヌクレオチドポリマー。 １５６．請求の範囲第１５５項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １５７．前記非ウィルス有様体がＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒである請求の範囲 第３１項記載のプローブ。 １５８．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１５７項記載のプローブ。 １５９．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１５７項記載のプローブ。 １６０．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１５７項記載のプローブ。 １６１．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１５７項記載のプローブ。 １６２．請求の範囲第１５８，１５９，１６０若しくは１６１項記載のプローブ 又はその相補片にハイブリタイズすることができるヌクレオチドポリマー。 １６３．配列： 【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実 質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １６４．構造： 【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチ ドポリマー。 １６５．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの４０５−４２８塩基に対応する、Ｃａｍ ｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレ オチドポリマー。 １６６．請求の範囲第１６５項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １６７．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの４４０−４７５塩基に対応する、Ｃａｍ ｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレ オチドポリマー。 １６８．請求の範囲第１６７項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １６９．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの７０５−７３５塩基に対応する、Ｃａｍ ｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレ オチドポリマー。 １７０．請求の範囲第１６９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １７１．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの９８０−１０１０塩基に対応する、Ｃａ ｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌク レオチドポリマー。 １７２．請求の範囲第１７１項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １７３．前記非ウィルス有機体がｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉとして知られるＳｔｒ ｅｐｔｏｃｏｃｃｉの亜属群である請求の範囲第３１項記載のプローブ。 １７４．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１７３項記載の プローブ。 １７５．請求の範囲第１７４項記載のプローブ又はその相補片とハイブリダイズ することができるヌクレオチドポリマー。 １７６．配列：【配列があります】 を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実質的に相補的な核酸配列との間で形成さ れた核酸ハイブリッド。 １７７．構造：【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びその相補片。 １７８．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの８２５−８６０塩基に対応する、ｅｎｔ ｅｒｏｃｏｃｃｉとして知られるＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉの亜属群のＲＮＡ領 域とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 １７９．請求の範囲第１７８項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １８０．前記非ウィルス有機体がグルーブＩ　Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓとして知 られる亜属群である請求の範囲第３１項記載のプローブ。 １８１．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１８０項記載の プローブ。 １８２．請求の範囲第１８１項記載のプローブ又はその相補片とハイブリダイズ することができるヌクレオチドポリマー。 １８３．配列：【配列があります】 を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実質的に相補的な核酸配列との間で形成さ れた核酸ハイブリッド。 １８４．構造：【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びその相補片。 １８５．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの３６５−４０５塩基に対応する、グルー ブＩ　Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓとして知られる亜属群のＲＮＡ領域とハイブリダ イスすることができるヌクレオチドポリマー。 １８６．請求の範囲第１８５項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １８７．前記非ウィルス有機体がＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａｃａｅで ある請求の範囲第３１項記載のプローブ。 １８８．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１８７項記載のプローブ。 １８９．請求の範囲第１８８項記載のプローブ又はその相補片とハイブリダイズ することができるヌクレオチドポリマー。 １９０．配列：【配列があります】を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実質的 に相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １９１．構造：【配列があります】ヌクレオチドポリマー及びその相補片。 １９２．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの３０５−３４０塩基に対応する、Ｅｎｔ ｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａｃａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすること ができるヌクレオチドポリマー。 １９３．請求の範囲第１９２項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 １９４．前記非ウィルス有機体がＰｒｏｔｅｕｓ　ｍｉｒａｂｉｌｉｓである請 求の範囲第３１項記載のプローブ。 １９５．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第１９４項記載のプ ローブ。 １９６．請求の範囲第１９５項記載のプローブ又はその相補片とハイブリダイズ することができるヌクレオチドポリマー。 １９７．配列：【配列があります】 を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実質的に相補的な核酸配列との間で形成さ れた核酸ハイブリッド。 １９８．構造：【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びその相補片。 １９９．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの２７０−３０５塩基に対応する、Ｐｒｏ ｔｅｕｓ　ｍｉｒａｂｉｌｉｓ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができ るヌクレオチドポリマー。 ２００．請求の範囲第１９９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２０１．前記非ウィルス有機体がＳａｌｍｏｎｅｌｌａ属である請求の範囲第３ １項記載のプローブ。 ２０２．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２０１項記載のプローブ。 ２０３．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２０１項記載の プローブ。 ２０４．請求の範囲第２０２又は２０３項記載のプローブ又はその相補片とハイ ブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ２０５．配列：【配列があります】及び【配列があります】のオリゴヌ クレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実質的に相補 的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２０６．構造：【配列があります】及び【配列があります】のヌクレオ チドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチドポリマー 。 ２０７．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１１２５−１１５５塩基に対応する、Ｓ ａｌｍｏｎｅｌｌａ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオ チドポリマー。 ２０８．請求の範囲第２０７項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２０９．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの３３５−３７５塩基に対応する、Ｓａｌ ｍｏｎｅｌｌａ属のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチド ポリマー。 ２１０．請求の範囲第２０９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２１１．前記非ウィルス有様体がＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉである請求の 範囲第３１項記載のプローブ。 ２１２．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２１１項記載のプローブ。 ２１３．請求の範囲第２１２項記載のプローブ又はその相補片とハイブリダイズ することができるヌクレオチドポリマー。 ２１４．配列：【配列があります】を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実質的 に相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２１５．構造：【配列があります】のヌクレオチドポリマー及びその相補片。 ２１６．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの９９５−１０３０塩基に対応する、Ｅｓ ｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができ るヌクレオチドポリマー。 ２１７．請求の範囲第２１６項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２１８．前記非ウィルス有機体が系統分類学的群細菌である請求の範囲第３１項 記載のプローブ。 ２１９．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２１８項記載のプローブ。 ２２０．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２１８項記載のプ ローブ。 ２２１．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２１８項記載のプローブ。 ２２２．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２１８項記載のプローブ。 ２２３．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２１８項記載のプローブ。 ２２４．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２１８項記載のプローブ。 ２２５．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２１８項記載の プローブ。 ２２６．請求の範囲第２１９〜２２５項のいずれか一項に記載のプローブ又はそ の相補片とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ２２７．配列： 【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実 質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２２８．構造： 【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチ ドポリマー。 ２２９．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの３３０−３６５塩基に対応する、系統分 類学的群細菌のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリ マー。 ２３０．請求の範囲第２２９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２３１．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの６７５−７１５塩基に対応する、系統分 類学的群細菌のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリ マー。 ２３２．請求の範囲第２３１項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２３３．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１０８０−１１１０塩基に対応する、系 統分類学的群細菌のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチド ポリマー。 ２３４．請求の範囲第２３３項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２３５．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの４６０−４９０塩基に対応する、系統分 類学的群細菌のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチドポリ マー。 ２３６．請求の範囲第２３５項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２３７．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１０５０−１０８０塩基に対応する、系 統分類学的群細菌のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチド ポリマー。 ２３８．請求の範囲第２３７項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２３９．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１９００−１９６０塩基に対応する、系 統分類学的群細菌のＲＮＡ領域とハイブリダイズすることができるヌクレオチド ポリマー。 ２４０．請求の範囲第２３９項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２４１．前記非ウィルス有機体が菌類である請求の範囲第３１項記載のプローブ 。 ２４２．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の包囲 第２４１項記載のプローブ。 ２４３．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２４１項記載のプローブ。 ２４４．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２４１項記載のプローブ。 ２４５．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２４１項記載のプローブ。 ２４６．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２４１ 項記載のプローブ。 ２４７．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２４１ 項記載のプローブ。 ２４８．請求の範囲第２４２〜２４７項のいずれか一項記載のプローブ又はその 相補片とハイブリタイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ２４９．配列：【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実 質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２５０．構造：【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチ ドポリマー。 ２５１．Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ１８ＳｒＲＮＡの ８４５−８８０位に対応する、系統分類学的群菌類のＲＮＡ領域とハイブリダイ ズすることができるヌクレオチドポリマー。 ２５２．請求の範囲第２５１項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２５３．Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ２８ＳｒＲＮＡの １９６０−２０００位に対応する、系統分類学的群菌類のＲＮＡ領域とハイブリ ダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ２５４．請求の範囲第２５３項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２５５．Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ２８ＳｒＲＮＡの １２２５−１２７０位に対応する、系統分類学的群菌類のＲＮＡ領域とハイブリ ダイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ２５６．請求の範囲第２５５項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２５７．前記非ウィルス有機体がＮｅｉｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ である請求の範囲第３１項記載のプローブ。 ２５８．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２５７項記載のプローブ。 ２５９．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２５７項記載のプローブ。 ２６０．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２５７項記載のプローブ。 ２６１．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２５７項記載のプローブ。 ２６２．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２５７項記載のプローブ。 ２６３．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２５７項記載のプローブ。 ２６４．前記オリゴヌクレオチドが配列：【配列があります】を含む請求の範囲 第２５７項記載のプローブ。 ２６５．請求の範囲第２５８〜２６４項のいずれか一項に記載のプローブ又はそ の相補片とハイブリタイズすることができるヌクレオチドポリマー。 ２６６．配列： 【配列があります】 のオリゴヌクレオチドから成る群の一種を含むオリゴヌクレオチド及びそれに実 質的に相補的である核酸配列との間で形成された核酸ハィブリッド。 ２６７．構造： 【配列があります】 のヌクレオチドポリマー及びそれらの相補片から成る群の一種を含むヌクレオチ ドポリマー。 ２６８．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１２５−１５０塩基に対応する、Ｎｅｉ ｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｒｒｈｏｅａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズすること ができるヌクレオチドポリマー。 ２６９．請求の範囲第２６８項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２７０．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの４５５−４８５塩基に対応する、Ｎｅｉ ｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズするこ とができるヌクレオチドポリマー。 ２７１．請求の範囲第２７０項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２７２．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの９８０−１０１５塩基に対応する、Ｎｅ ｉｓｓｅｒｉａ　ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ種のＲＮＡ領域とハイブリダイズする ことができるヌクレオチドポリマー。 ２７３．請求の範囲第２７２項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ２７４．前記オリゴヌクレオチドが前記ｒＲＮＡ領域と完全に相補的である請求 の範囲第３１項記載のプローブ。 ２７５．前記オリゴヌクレオチドが約２０〜約５０ヌクレオチド長である請求の 範囲第３１項記載のプローブ。 ２７６．前記オリゴヌクレオチドがｒＲＮＡ領域に少なくとも約９５％相補的で ある請求の範囲第３１項記載のプローブ。 ２７７．（１）一種又は一種以上の非ウィルス有機体のアッセイ用試料からの任 意のｒＲＮＡと少なくとも約１０ヌクレオチド長でかつ前記非ウィルス有機体に 特有であるように選択されたｒＲＮＡ可変領域に対して少なくとも約７５％相補 的であるオリゴヌクレオチドプローブとを、 （２）該オリゴヌクレオチドプローブと十分に相補的な任意の試料ｒＲＮＡとの 間でハイブリダイゼーションが生起し得るような条件下で一緒に反応させて、 （３）該ハイブリダイゼーションを観察及び／又は測定することから成る、ハイ ブリダイゼーションアッセイ。 ２７８．前記オリゴヌクレオチドプローブと任意の標的試料ｒＲＮＡとの間のハ イブリダイゼーションが少なくとも約１０％〜１００％である請求の範囲第２７ ７項記載のアッセイ。 ２７９．前記オリゴヌクレオチドプローブがｃＤＮＡである請求の範囲第２７７ 項記載のアッセイ。 ２８０．前記条件中、温度がＴｍの約２５℃下からＴｍの約１℃下までである請 求の範囲第２７７項記載のアッセイ。 ２８１．陽性ヘテロガスコントロール、陽性ヘテロガスコントロール、又はその 両者の比較アッセイを更に含む請求の範囲第２７７項記載のアッセイ。 ２８２．陰性コントロールの比較アッセイを更に含む請求の範囲第２７７項記載 のアッセイ。 ２８３．ハイブリダイゼーション速度を増加させるための試薬を含む条件下で行 なう請求の範囲第２７７項記載のアッセイ。 ２８４．前記条件が、オリゴヌクレオチドプローブ及び任意の相補的試料ｒＲＮ Ａ間の最大ハイブリダイゼーション及びオリゴヌクレオチドプローブ及び任意の 非相補的試料ｒＲＮＡ間の最小交差反応性を促進するようなものである請求の範 囲第２７７項記載のアッセイ。 ２８５．前記オリゴヌクレオチドプローブが標識されている請求の範囲第２７７ 項記載のアッセイ。 ２８６．前記オリゴヌクレオチドプローブが同位元素、非同位元素又は化学発光 性の標識で標識されている請求の範囲第２８５項記載のアッセイ。 ２８７．反応ステップに先立ち、前記非ウィルス有機体の細胞からｒＲＮＡを遊 離させることを更に含む請求の範囲第２７７項記載のアッセイ。 ２８８．前記非ウィルス有機体がＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍ，Ｍ ｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ，　Ｍｙｃｏｂａｃ ｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ−複合細菌，Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉ ｕｍ属，　Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ，　Ｌｅｇｉｏｎｅｌ ｌａ，Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ，Ｃｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ， Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ，Ｐｒｏｔｅｕｓ　ｍｉｒａｂｉｌｉｓ，Ｅｎｔｅ ｒｏｃｏｃｃｕｓ，　Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌｏａｃａｅ，Ｅ．ｃｏｌ ｉ　ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓグルーブＩ，細菌又は菌類である請求の範囲第２７ ７項記載のアッセイ。 ２８９．前記標識オリゴヌクレオチドプローブが約２０〜約５０ヌクレオチド長 である請求の範囲第２７７項記載のアッセイ。 ２９０．前記標識オリゴヌクレオチドプローブが少なくとも約９５％が前記ｒＲ ＮＡ可変領域に相補的である請求の範囲第２７７項記載のアッセイ。 ２９１．少なくとも約１０ヌクレオチド長でありかつ少なくとも約７５％が前記 非ウィルス有機体に特有であるように選択されたｒＲＮＡの一つ以上の追加可変 領域に相補的であるような一つ以上の追加オリゴヌクレオチドプローブを更に使 用することを含む請求の範囲第２７７項記載のアッセイ。 ２９２．一つ以上の追加非ウィルス有機体を同定し、それによってアッセイすべ き非ウィルス有機体群を拡張するための一つ以上の追加プローブを使用すること を更に含む請求の範囲第２７７項記載のアッセイ。 ２９３．定性的又は定量的ハイブリダイゼーションアツセイに用いるプローブ又 はプローブの組合せの調製法であって、標的である検出すべき１種類の非ウィル ス有機体又は一群の非ウィルス有機体を試料中に存在し得る少なくとも１種類又 は一群の非標的有機体から識別すべく選択されたＤＮＡ又はｒＲＮＡの領域とハ イブリダイズするに十分相補的であるヌクレオチドポリマーを構築することから 成り、上記ＤＮＡ又はｒＲＮＡの領域が、前記検出すべき１種類の非ウィルス有 機体又は一群の非ウィルス有機体の一つ以上のＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列と前記１ 種類又は一群の非標的有機体の一つ以上のＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列とを比較し、 前記１種類の非ウィルス有機体又は一群の非ウィルス有機体のＤＮＡ又はｒＲＮ Ａ配列を前記１種類又は一群の非標的有機体のＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列と一致さ すべく整列させて相同領域を同定し、 前記検出すべき１種類の非ウィルス有機体又は一群の非ウィルス有機体のＤＮＡ 又はｒＲＮＡ領域に対する前記オリゴヌクレオチドプローブの相同性を実質的に 最大にする一方、それから識別すべき前記１種類又は一群の非標的有機体のＤＮ Ａ又はｒＲＮＡ配列に対する前記ヌクレオチドポリマーの相同性を実質的に最小 にすることによって前記ヌクレオチドポリマーを選択することにより選択される 、前記調製法。 ２９４．前記１種類又は一群の非標的有機体が前記１種類又は一群の標的有機体 と系統発生学的に近縁関係にある請求の範囲第２９３項記載の調製法。 ２９５．前記ヌクレオチドポリマーが前記検出すべき１種類又は一群の非ウィル ス有機体のＤＮＡ又はｒＲＮＡ領域に対して少なくとも約９０％の相同性を有し ている請求の範囲第２９３項記載の調製法。 ２９６．前記オリゴヌクレオチドプローブがそれから識別すべき前記系統発生学 的に最近縁関係にあるもののＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列に対して約９０％未満の相 同性を有している請求の範囲第２９３項記載の調製法。 ２９７．前記オリゴヌクレオチドプローブをそのプローブによって識別すべき１ 種類又は一群の非ウィルス有機体とハイブリダイズさせることにより該プローブ の非交差反応性を確証するステップを更に含む請求の範囲第２９３，２９４，２ ９５又は２９６項記載の調製法。 ２９８．定性的又は定量的ハイブリダイゼーションアッセイに用いるプローブの 調製法であって、検出すべき１種類の非ウィルス有機体又は一群の非ウィルス有 機体に特有であるように選択されたＤＮＡ又はｒＲＮＡの領域とハイブリダイズ するに十分相補的であるオリゴヌクレオチドを構築することから成り、上記ＤＮ Ａ又はｒＲＮＡの領域が、前記検出すべき１種類の非ウィルス有機体又は一群の 非ウィルス有機体の一つ以上のＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列と系統発生学的にそれと 最近縁のものの一つ以上のＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列とを比較し、前記１種類の非 ウィルス有機体又は一群の非ウィルス有機体のＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列を前記系 統発生学的にそれと最近縁のもののＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列と一致さすべく整列 させてＤＮＡ又はｒＲＮＡの種間超可変領域を解明し、 前記検出すべき１種類の非ウィルス有機体又は一群の非ウィルス有機体のＤＮＡ 又はｒＲＮＡ領域に対する前記オリゴヌクレオチドプローブの相同性を実質的に 最大にする一方、それから識別すべき前記系統発生学的にそれと最近縁のものの ＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列に対する前記オリゴヌクレオチドプローブの相同性を実 質的に最小にすることによって前記オリゴヌクレオチドプローブを前記種間超可 変領域内で選択することにより選択される、前記調製法。 ２９９．前記オリゴヌクレオチドプローブが前記検出すべき１種類又は一群の非 ウイルス有機体のＤＮＡ又はｒＲＮＡ領域に対して少なくとも約９０％の相同性 を有している請求の範囲第２９８項記載の調製法。 ３００．前記オリゴヌクレオチドプローブがそれから識別すべき前記系統発生学 的に最近縁関係にあるもののＤＮＡ又はｒＲＮＡ配列に対して約９０％未満の相 同性を有している請求の範囲第２９８項記載の調製法。 ３０１．前記オリゴヌクレオチドプローブをそのプローブによって識別すべき１ 種類又は一群の非ウィルス有機体とハイブリダイスさせることにより該プローブ の非交差反応性を確証するステップを更に含む請求の範囲第２９８，２９９又は ３００項記載の調製法。 ３０２．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの６０−１００塩基に対応する、１種類又 は一群の非ウィルス有機体の１６Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズすることの できるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３０３．請求の範囲第３０２項載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に相 補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３０４．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１２０−１５０塩基に対応する、１種類 又は一群の非ウィルス有機体の１６Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズすること のできるヌクレオチドポリマーから構成さ灯るプローブ。 ３０５．請求の範囲第３０４項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３０６．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１７０−２３０塩基に対応する、１種類 又は一群の非ウィルス有機体の１６Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズすること のできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３０７．請求の範囲第３０６項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３０８．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの４０５−４８０塩基に対応する、１種類 又は一群の非ウィルス有機体の１６Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズすること のできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３０９．請求の範囲第３０８項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３１０．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの６００−６７０塩基に対応する、１種類 又は一群の非ウィルス有機体の１６Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズすること のできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３１１．請求の範囲第３１０項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３１２．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの８２０−８６０塩基に対応する、１種類 又は一群の非ウィルス有機体の１６Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズすること のできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３１３．請求の範囲第３１２項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３１４．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの９８０−１０５０塩基に対応する、１種 類又は一群の非ウィルス有機体の１６Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズするこ とのできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３１５．請求の範囲第３１４項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３１６．Ｅ．ｃｏｌｉ１６ＳｒＲＮＡの１２５０−１２９０塩基に対応する、１ 種類又は一群の非ウィルス有機体の１６Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズする ことのできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３１７．請求の範囲第３１６項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３１８．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの２７０−３９０塩基に対応する、１種類 又は一群の非ウィルス有機体の２３Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズすること のできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３１９．請求の範囲第３１８項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３２０．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの５３５−５６０塩基に対応する、１種類 又は一群の非ウィルス有機体の２３Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズすること のできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３２１．請求の範囲第３２０項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３２２．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１１５０−１２００塩基に対応する、１ 種類又は一群の非ウィルス有機体の２３Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズする ことのできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３２３．請求の範囲第３２２項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３２４．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１４４０−１６００塩基に対応する、１ 種類又は一群の非ウィルス有機体の２３Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズする ことのできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３２５．請求の範囲第３２４項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３２６．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの１７１０−１７５０塩基に対応する、１ 種類又は一群の非ウィルス有機体の２３Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズする ことのできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３２７．請求の範囲第３２６項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。 ３２８．Ｅ．ｃｏｌｉ２３ＳｒＲＮＡの２１９０−２３３０塩基に対応する、１ 種類又は一群の非ウィルス有機体の２３Ｓ様ｒＲＮＡ領域とハイブリダイズする ことのできるヌクレオチドポリマーから構成されるプローブ。 ３２９．請求の範囲第３２８項記載のヌクレオチドポリマー及びそれに実質的に 相補的な核酸配列との間で形成された核酸ハイブリッド。
JP63500453A 1986-11-24 1987-11-24 非ウイルス微生物の検出及び／又は定量用核酸プローブ Expired - Lifetime JP3116353B2 (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US93424486A 1986-11-24 1986-11-24
US934,244 1986-11-24
US8354287A 1987-08-07 1987-08-07
US083,542 1987-08-07
AU83882/91A AU651371B2 (en) 1986-11-24 1991-09-13 Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPH01503356A true JPH01503356A (ja) 1989-11-16
JP3116353B2 JP3116353B2 (ja) 2000-12-11

Family

ID=27156535

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP63500453A Expired - Lifetime JP3116353B2 (ja) 1986-11-24 1987-11-24 非ウイルス微生物の検出及び／又は定量用核酸プローブ
JP12458097A Expired - Lifetime JP3290920B2 (ja) 1986-11-24 1997-05-14 非ウイルス生物の検出及び／又は定量用核酸プローブ

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP12458097A Expired - Lifetime JP3290920B2 (ja) 1986-11-24 1997-05-14 非ウイルス生物の検出及び／又は定量用核酸プローブ

Country Status (12)

Country Link
EP (1) EP0272009B2 (ja)
JP (2) JP3116353B2 (ja)
AT (1) ATE163680T1 (ja)
AU (1) AU616646B2 (ja)
CA (1) CA1339871C (ja)
DE (1) DE3752172T3 (ja)
DK (1) DK413788A (ja)
ES (1) ES2112824T5 (ja)
FI (1) FI883482A0 (ja)
NO (1) NO883248L (ja)
PT (1) PT86204B (ja)
WO (1) WO1988003957A1 (ja)

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH05100A (ja) * 1990-11-09 1993-01-08 Nippon Flour Mills Co Ltd 細菌の薬剤感受性試験法
JPH0799998A (ja) * 1993-06-23 1995-04-18 F Hoffmann La Roche Ag ナイセリア・ゴノレエの検出方法、並びにそのための試薬およびキット
JP2000505305A (ja) * 1996-02-28 2000-05-09 アクゾ・ノベル・エヌ・ベー マイコプラズマ・ニューモニエ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の増幅、検出および型別のためのプライマーおよびプローブ
JP2008511313A (ja) * 2004-08-28 2008-04-17 ジェネイン シーオー エル ティ ディ 全細菌の鑑別のための細菌特異的、属特異的及び種特異的なオリゴヌクレオチド、これを含む診断キット、及びこれを用いた検出方法
JP2009538148A (ja) * 2006-05-24 2009-11-05 ジェン−プロウブ インコーポレイテッド 試験サンプルにおけるＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体生物の存在を決定するためのプローブおよびキット、ならびに捕捉プローブを使用するグラム陽性桿菌または真菌の増幅方法
JP2011521651A (ja) * 2008-05-30 2011-07-28 ジェン−プロウブ インコーポレイテッド サルモネラの検出および／またはモニタリングのための組成物、キットおよび関連方法
JP2012175928A (ja) * 2011-02-25 2012-09-13 House Foods Corp 非ヒト動物を検出するためのプライマー・プローブセット

Families Citing this family (208)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE4038804A1 (de) * 1990-10-09 1992-04-16 Boehringer Mannheim Gmbh Verfahren zur genus- oder/und spezies-spezifischen detektion von bakterien in einer probenfluessigkeit
US5447848A (en) * 1986-01-22 1995-09-05 Amoco Corporation Detection of campylobacter with nucleic acid probes
US6150517A (en) 1986-11-24 2000-11-21 Gen-Probe Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
US7087742B1 (en) 1986-11-24 2006-08-08 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
US5994059A (en) * 1986-11-24 1999-11-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes and methods for detecting Streptomyces enterococci
US5541308A (en) * 1986-11-24 1996-07-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms
US7090972B1 (en) 1986-11-24 2006-08-15 Gen-Probe Incorporated Methods for determining the presence of non-viral organisms in a sample
GB8709803D0 (en) * 1987-04-24 1987-05-28 Mcfadden J J Treatment of crohn's disease &c
EP0305145A3 (en) * 1987-08-24 1990-05-02 Ortho Diagnostic Systems Inc. Methods and probes for detecting nucleic acids
US5089386A (en) * 1987-09-11 1992-02-18 Gene-Trak Systems Test for listeria
US5030557A (en) * 1987-11-24 1991-07-09 Ml Technology Venture Means and method for enhancing nucleic acid hybridization
ATE133454T1 (de) * 1987-12-01 1996-02-15 Amoco Corp Nachweis von salmonella
US5147778A (en) * 1987-12-01 1992-09-15 Amoco Corporation Probes and methods for the detection of salmonella
WO1989006704A1 (en) * 1988-01-11 1989-07-27 Microprobe Corporation Oligonucleotide probes for detection of periodontal pathogens
ATE122103T1 (de) * 1988-03-28 1995-05-15 Amoco Corp Nachweis von eukaryotischen mikroorganismen.
CA1339261C (en) * 1988-04-15 1997-08-12 Rudi Rossau Hybridization probes for detecting neisseria strains
FR2633941A1 (fr) * 1988-07-05 1990-01-12 Ire Medgenix Sa Sondes d'acides nucleiques utiles pour detecter de maniere specifique differentes especes bacteriennes du genre campylobacter
JPH0638759B2 (ja) * 1988-07-29 1994-05-25 株式会社島津製作所 サルモネラ菌検査に用いるｄｎａプローブ及びそれを用いたサルモネラ菌の検出法
US5084565A (en) * 1988-08-18 1992-01-28 Gene-Trak Systems Probes for the specific detection of escherichia coli and shigella
US7172863B1 (en) 1988-12-09 2007-02-06 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes and methods for detecting Neisseria gonorrhoeae
JP3015462B2 (ja) * 1989-02-06 2000-03-06 ジーン‐トラック・システムス リステリア検出のためのプローブ類及び方法
IE81145B1 (en) * 1989-04-20 2000-05-03 Thomas Gerard Barry Generation of specific probes for target nucleotide sequences
CA2016553A1 (en) * 1989-05-16 1990-11-16 Dyann F. Wirth Dna hybridization probes for identification of mycobacteria
EP0426837B1 (en) * 1989-05-23 1995-09-06 Amoco Corporation Nucleic acid probes for the detection of staphylococcus aureus
US5217862A (en) * 1989-05-24 1993-06-08 Amoco Corporation Method for the detection of Neisseria gonorrhoeae
ATE127530T1 (de) * 1989-05-31 1995-09-15 Amoco Corp Universelle nukleinsäuresonden für eubakterien sowie methoden.
ATE140732T1 (de) * 1989-05-31 1996-08-15 Amoco Corp Nukleinsäuresonden zum nachweis von chlamydia trachomatis und chlamydia psittaci
US5766849A (en) * 1989-07-11 1998-06-16 Gen-Probe Incorporated Methods of amplifying nucleic acids using promoter-containing primer sequence
US7009041B1 (en) 1989-07-11 2006-03-07 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotides for nucleic acid amplification and for the detection of Mycobacterium tuberculosis
EP0484385A4 (en) * 1989-07-11 1993-05-26 Microprobe Corporation Quantification of bacteria using a nucleic acid hybridization assay
US5334501A (en) * 1989-07-11 1994-08-02 Microprobe Corporation Quantification of bacteria using a nucleic acid hybridization assay
DE3923341A1 (de) * 1989-07-14 1991-01-24 Boehringer Mannheim Gmbh Neisseria gonorrhoeae-nachweis
DK0490951T3 (da) * 1989-09-06 1996-08-26 Pasteur Institut Nucleinsyrefragmenter fra en genom fra en egnet mycobakterie, deres anvendelse til diagnose af mycobakterieinfektioner samt plasmider indeholdende disse fragmenter
FR2651505B1 (fr) * 1989-09-06 1994-07-22 Pasteur Institut Fragments d'acides nucleiques derives d'un genome de mycobacterie appropriee, leurs applications dans le diagnostic des infections a mycobacteries et plasmides contenant lesdits fragments.
US5232829A (en) * 1989-09-29 1993-08-03 Hoffmann-La Roche Inc. Detection of chlamydia trachomatis by polymerase chain reaction using biotin labelled lina primers and capture probes
CA2025178A1 (en) * 1989-10-02 1991-04-03 William G. Weisburg Nucleic acid probes for the detection of lyme disease spirochetes
CA2025179A1 (en) * 1989-10-12 1991-04-13 William G. Weisburg Nucleic acid probes and methods for detecting cryptococcus neoformans
CA2025180A1 (en) * 1989-10-12 1991-04-13 William G. Weisburg Nucleic acid probes and methods for detecting pathogenic candida yeasts
CA2025181A1 (en) * 1989-10-12 1991-04-13 William G. Weisburg Nucleic acid probes and methods for detecting fungi
CA2028012A1 (en) * 1989-10-23 1991-04-24 Randall Dimond Hybridization assay for campylobacter rrna
CA2033718A1 (en) * 1990-01-19 1991-07-20 F. Hoffmann-La Roche Ag Process for detection of water-borne microbial pathogens and indicators of human fecal contamination in water samples and kits therefor
EP0439968A1 (en) * 1990-02-02 1991-08-07 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes for the detection of haemophilus ducreyi strains
AU7429591A (en) * 1990-04-18 1991-10-24 Gene-Trak Systems Nucleic acid probes for the detection of giardia lamblia
EP0452596A1 (en) * 1990-04-18 1991-10-23 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of non-viral microorganisms
WO1992004458A1 (en) * 1990-09-11 1992-03-19 The Brookdale Hospital Medical Center Drug resistance screening method
US5484699A (en) * 1990-09-28 1996-01-16 Abbott Laboratories Nucleotide sequences useful as type specific probes, PCR primers and LCR probes for the amplification and detection of human papilloma virus, and related kits and methods
EP0479117B1 (en) * 1990-10-05 2001-11-28 F. Hoffmann-La Roche Ag Methods and reagents for identifying gram negative bacteria
US5635348A (en) * 1990-10-05 1997-06-03 Hoffmann-La Roche Inc. Method and probes for identifying bacteria found in blood
US5620847A (en) * 1990-10-05 1997-04-15 Hoffman-La Roche Inc. Methods and reagents for detection of bacteria in cerebrospinal fluid
DK0554355T3 (da) * 1990-10-19 1998-05-11 Microprobe Corp Fremgangsmåder og farmaceutiske kits til anvendelse ved detektering af mikroorganismer forbundet med vaginalinfektioner
US5700636A (en) * 1990-10-19 1997-12-23 Becton Dickinson And Company Methods for selectively detecting microorganisms associated with vaginal infections in complex biological samples
US5256536A (en) * 1990-11-09 1993-10-26 Syntex (U.S.A.) Inc. Nucleotide probe for Neisseria gonrrhoeae
US5491225A (en) * 1991-12-19 1996-02-13 Hoffmann-La Roche Inc. PCR primers for detection of legionella species and methods for controlling visual intensity in hybridization assays
JPH05507206A (ja) * 1990-12-20 1993-10-21 エフ．ホフマン　―　ラ　ロシュ　アーゲー レジオネラ種の検出用ｐｃｒプライマーおよびハイブリダイゼーションアッセイにおける光学的強度の調整方法
US5762876A (en) * 1991-03-05 1998-06-09 Molecular Tool, Inc. Automatic genotype determination
US5552279A (en) * 1991-03-22 1996-09-03 Amoco Corporation Nucleic acid probes for the detection of mycoplasma pneumoniae and mycoplasma genitalium
US5843667A (en) * 1991-03-22 1998-12-01 Amoco Corporation Nucleic acid probes for the detection for genital mycoplasmas
US5472843A (en) * 1991-04-25 1995-12-05 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Haemophilus influenzae
JPH05137600A (ja) * 1991-05-15 1993-06-01 Amoco Corp ビブリオ属細菌を検出するための組成物及び方法
CA2116543C (en) * 1991-07-31 2007-10-02 Kay S. Greisen Methods and reagents for detection of bacteria in cerebrospinal fluid
US6028187A (en) * 1991-08-01 2000-02-22 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Listeria monocytogenes
US5521300A (en) * 1991-08-13 1996-05-28 Norval B. Galloway Oligonucleotides complementary to mycobacterial nucleic acids
EP0529985A1 (en) * 1991-08-23 1993-03-03 Hernan Robert Chang Pinares Molecular detection and identification of a new mycobacterium causing infection in aids patients
US5292874A (en) * 1991-09-04 1994-03-08 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Staphylococcus aureus
US5738987A (en) * 1991-09-04 1998-04-14 Gen-Probe Incorporated 16S ribosomal nucleic acid probes to streptococcus pneumoniae
AU2844792A (en) * 1991-12-11 1993-06-17 Becton Dickinson & Company Probes to chlamydia trachomatis
US5763163A (en) * 1991-12-18 1998-06-09 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Cryptococcus neoformans
US5284747A (en) * 1991-12-18 1994-02-08 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Coccidioides immitis
US5558990A (en) * 1991-12-18 1996-09-24 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to blastomyces dermatitidis and paracoccidioides brasiliensis
CA2124795A1 (en) * 1991-12-23 1993-07-08 Ray Sanchez-Pescador Chlamydiae probes for use in solution phase sandwich hybridization assays
EP0639230A1 (en) * 1992-04-27 1995-02-22 Research Corporation Technologies, Inc. Oligonucleotides and nucleic acids for detection of ureaplasma urealyticum
WO1993022330A1 (en) * 1992-04-28 1993-11-11 Gen-Probe Incorporated NUCLEIC ACID PROCESS PROBES TO $i(MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS)
JP4137996B2 (ja) * 1992-05-06 2008-08-20 ジェン−プローブ・インコーポレイテッド 核酸配列増幅方法，組成物及びキット
US5426025A (en) * 1992-05-28 1995-06-20 Florida State University Species-specific DNA probes for vibrio vulnificus methods and kits
DE69226948T2 (de) * 1992-06-04 1999-02-04 Vysis, Inc., Downers Grove, Ill. Nucleinsäureproben zum Nachweis genitaler Mycoplasmen
DE69215863T2 (de) * 1992-06-04 1997-06-26 Amoco Corp Nukleinsäure Sonden für den Nachweis von Mycoplasma Pneumoniae
EP0572735B1 (en) * 1992-06-04 1998-11-25 VYSIS, Inc. Nucleic acid probes for the detection of Mycoplasma fermentans
DE69316801T2 (de) * 1992-07-20 1998-05-20 Yakult Honsha Kk Spezies-Spezifische Oligonukleotide gegen Bifidobakterien und Verfahren zum Nachweis unter Verwendung derselben
JPH07509361A (ja) * 1992-07-28 1995-10-19 日立化成工業株式会社 遺伝子検出システム
US5580971A (en) * 1992-07-28 1996-12-03 Hitachi Chemical Company, Ltd. Fungal detection system based on rRNA probes
US5776680A (en) * 1992-07-30 1998-07-07 University Of Medicine & Dentistry Of New Jersey Diagnostic probes for pneumocystis carini
FR2694768B1 (fr) 1992-07-30 1994-12-23 Pasteur Institut Séquences d'oligonucléotides pour la détection spécifique de mollicutes par amplication de gènes conservés.
CA2141430C (en) * 1992-08-04 2009-05-12 Sherrol H. Mcdonough Nucleic acid sequence amplification
US5374718A (en) * 1992-08-26 1994-12-20 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to chlamydia pneumoniae
US5389515A (en) * 1992-09-15 1995-02-14 Boehringer Mannheim Corporation Isolated nucleotide sequences for identifying Neisseria gonorrhoeae
US5582983A (en) * 1992-10-28 1996-12-10 Woods Hole Oceanographic Institution Genetic markers and methods of identifying alexandrium (dinophyceae) species
US5314801A (en) * 1992-11-06 1994-05-24 Becton, Dickinson And Company Probes to Mycobacterium avium, Mycobacterium intracellulare, and Mycobacterium paratuberculosis
US5591838A (en) * 1993-02-12 1997-01-07 Board Of Regents, The University Of Texas System Detection of conversion to mucoidy in pseudomonas aeruginosa infecting cystic fibrosis patients
JPH06261758A (ja) * 1993-03-12 1994-09-20 Wakunaga Pharmaceut Co Ltd マラリアの検出
EP0707651A1 (en) * 1993-04-26 1996-04-24 University Of Victoria Innovation And Development Corporation METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTION OF $i(SALMONELLA)
WO1994028174A1 (en) * 1993-05-24 1994-12-08 Amoco Corporation Nucleic acid probes for bacteria of the genus legionella
EP0787183A4 (en) * 1993-07-23 1998-05-27 Hyseq Inc Method for screening unknown organisms
US6136529A (en) * 1993-09-03 2000-10-24 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Mycobacterium avium complex
US5601978A (en) * 1993-09-03 1997-02-11 Abbott Laboratories Oligonucleotides and methods for the detection of chlamydia trachomatis
US5484909A (en) * 1993-09-10 1996-01-16 Amoco Corporation Nucleic acid probes for the detection of bacteria of the genera Pediococcus and Lactobacillus and methods for the detection of the bacterial agents causing spoilage of beer
EP0736107B1 (en) 1993-12-23 2003-03-19 Orchid BioSciences, Inc. Automatic genotype determination
US5582978A (en) * 1994-01-21 1996-12-10 Amoco Corporation Nucleic acid probes for the detection of Haemophilus influenzae
US5922575A (en) * 1994-04-18 1999-07-13 Mayo Foundation For Medical Education & Research Mutations in the katG gene useful for detection of M. tuberculosis
US5658733A (en) * 1994-04-18 1997-08-19 Mayo Foundation For Medical Education And Research Detection of isoniazid resistant strains of M. tuberculosis
US6169169B1 (en) 1994-05-19 2001-01-02 Dako A/S PNA probes for detection of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis
US5643723A (en) * 1994-05-26 1997-07-01 Roche Molecular Systems, Inc. Detection of a genetic locus encoding resistance to rifampin in mycobacterial cultures and in clinical specimens
PT771360E (pt) * 1994-06-09 2004-07-30 Innogenetics Nv Metodo para a deteccao do espectro de resistencia a antibioticos de especies mycobacterium
US5656427A (en) * 1994-08-29 1997-08-12 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid hybridization assay probes, helper probes and amplification oligonucleotides targeted to Mycoplasma pneumoniae nucleic acid
US6001564A (en) * 1994-09-12 1999-12-14 Infectio Diagnostic, Inc. Species specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories
US20020055101A1 (en) 1995-09-11 2002-05-09 Michel G. Bergeron Specific and universal probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories
US5514551A (en) * 1994-10-14 1996-05-07 Gen-Probe Incorporated Compositions for the detection of Chlamydia trachomatis
EP0709466B1 (en) * 1994-10-28 2006-09-27 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for the simultaneous detection and quantification of multiple specific nucleic acid sequences
US5654141A (en) * 1994-11-18 1997-08-05 Thomas Jefferson University Amplification based detection of bacterial infection
US6180339B1 (en) 1995-01-13 2001-01-30 Bayer Corporation Nucleic acid probes for the detection and identification of fungi
US5707802A (en) * 1995-01-13 1998-01-13 Ciba Corning Diagnostics Corp. Nucleic acid probes for the detection and identification of fungi
US5763169A (en) * 1995-01-13 1998-06-09 Chiron Diagnostics Corporation Nucleic acid probes for the detection and identification of fungi
WO1996022392A2 (en) * 1995-01-19 1996-07-25 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid amplification oligonucleotides and probes to lyme disease associated borrelia
US5622827A (en) * 1995-02-07 1997-04-22 Gen-Probe Incorporated Amplification primers and nucleic acid probes targeted to coccidioides immitis nucleic acid
FR2730234B1 (fr) * 1995-02-08 1997-03-28 Bio Merieux Detection de bacteries du genre listeria selon des techniques d'hybridation de sondes nucleiques
US6110665A (en) * 1995-02-14 2000-08-29 University Of Kentucky Research Foundation Sarcocystis neuronadiagnostic primer and its use in methods of equine protozoal myeloencephalitis diagnosis
FR2733755B1 (fr) * 1995-05-03 1997-07-11 Bio Merieux Fragment nucleotidique de l'arn ribosomique 16s de corynebacteries, sondes et amorces derivees, reactif et procede de detection
US5710002A (en) * 1995-06-07 1998-01-20 Oregon State University Detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus
US5747252A (en) * 1995-06-07 1998-05-05 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes and amplification oligonucleotides for Neisseria species
US5994066A (en) * 1995-09-11 1999-11-30 Infectio Diagnostic, Inc. Species-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories
CA2237891C (en) 1995-11-15 2013-07-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes complementary to human papillomavirus nucleic acid and related methods and kits
US5888733A (en) * 1995-11-16 1999-03-30 Dako A/S In situ hybridization to detect specific nucleic acid sequences in eucaryotic samples
US6048688A (en) * 1996-11-12 2000-04-11 Kimberly-Clark Corporation Method for detection of Pseudomonas aeruginosa using polymerase chain reaction
WO1997044488A2 (en) 1996-05-22 1997-11-27 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for the detection of mycobacterium kansasii
FR2751000B1 (fr) 1996-07-12 1998-10-30 Inst Nat Sante Rech Med Adn specifiques des bacteries de l'espece neisseria meningitidis, leurs procedes d'obtention et leurs applications biologiques
US5962227A (en) * 1996-07-26 1999-10-05 The Regents Of The University Of California DNA-based diagnostic test for detecting myxobolus, the cause of salmonid whirling disease
US20100267012A1 (en) 1997-11-04 2010-10-21 Bergeron Michel G Highly conserved genes and their use to generate probes and primers for detection of microorganisms
US20030049636A1 (en) 1999-05-03 2003-03-13 Bergeron Michel G. Species-specific, genus-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial and fungal pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for diagnosis in microbiology laboratories
US6025133A (en) * 1996-12-30 2000-02-15 Gen-Probe Incorporated Promoter-sequestered oligonucleoside and method of use
FR2764293B1 (fr) * 1997-06-05 2001-09-14 Bio Merieux Fragment nucleotidique de l'arn 23s de bacteries du genre chlamydia, utilisations comme sonde, amorce, et dans un reactif et un procede de detection
US6054269A (en) * 1997-06-25 2000-04-25 Institut Pasteur Polynucleotides and their use for detecting enterococci and streptococci bacterial strains
US6465638B2 (en) 1997-06-25 2002-10-15 Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. Multiplexed PCR assay for detecting disseminated Mycobacterium avium complex infection
FR2769323B1 (fr) * 1997-10-08 2001-07-13 Suez Lyonnaise Des Eaux Moyens pour l'analyse qualitative et quantitative des populations microbiennes eventuellement presentes dans un echantillon
WO1999035285A2 (en) * 1998-01-08 1999-07-15 Merck Sharp & Dohme De Espana, S.A.E. Hybridization probes which differentiate between the actinomadura madurae group of bacteria and maduromycetes
US6468743B1 (en) * 1998-05-18 2002-10-22 Conagra Grocery Products Company PCR techniques for detecting microbial contaminants in foodstuffs
AU767270B2 (en) * 1998-07-31 2003-11-06 Asahi Kasei Kabushiki Kaisha Antibody for detecting microorganism
US6280946B2 (en) 1998-08-07 2001-08-28 Boston Probes, Inc. PNA probes, probe sets, methods and kits pertaining to the universal detection of bacteria and eucarya
US7108980B1 (en) 1998-08-07 2006-09-19 Boston Probes, Inc. Methods for the analysis of microcolonies of bacteria and yeast
GB9827585D0 (en) * 1998-12-15 1999-02-10 Celsis Int Plc Assay method
US6495468B2 (en) 1998-12-22 2002-12-17 Micron Technology, Inc. Laser ablative removal of photoresist
GB9904804D0 (en) * 1999-03-02 1999-04-28 King S College London Identification of bacteria
US6197514B1 (en) * 1999-04-12 2001-03-06 Becton, Dickinson And Company Amplification and detection of Yersinia enterocolitica
EP1925678B1 (en) * 1999-05-03 2009-07-22 Gen-Probe Incorporated Polynucleotide matrix-based method of identifying microorganisms
AU778230B2 (en) * 1999-05-03 2004-11-25 Gen-Probe Incorporated Polynucleotide matrix-based method of identifying microorganisms
EP1246935B1 (en) 1999-09-28 2013-08-14 Geneohm Sciences Canada Inc. Highly conserved genes and their use to generate probes and primers for detection of microorganisms
RU2163638C1 (ru) * 1999-12-06 2001-02-27 Научно-исследовательский институт биохимии СО РАМН Способ обнаружения днк микобактерий туберкулезного комплекса с дифференциальным выявлением днк mycobacterium tuberculosis и набор реагентов для его осуществления
RU2175015C1 (ru) * 2000-03-01 2001-10-20 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН Способ определения точечных нуклеотидных замен в днк микобактерий, способ диагностики устойчивости микобактерий к рифампицину, биочип для осуществления этих способов
US7439016B1 (en) 2000-06-15 2008-10-21 Digene Corporation Detection of nucleic acids by type-specific hybrid capture method
US7601497B2 (en) 2000-06-15 2009-10-13 Qiagen Gaithersburg, Inc. Detection of nucleic acids by target-specific hybrid capture method
JP2002125677A (ja) * 2000-10-24 2002-05-08 Asahi Breweries Ltd メガスフェラ・セレビシエ検出のための核酸プローブ、およびビール混濁細菌の検出方法
DE10053821A1 (de) * 2000-10-30 2002-05-08 Univ Eberhard Karls Detektion von seltenen Candida-Spezies
US7226739B2 (en) 2001-03-02 2007-06-05 Isis Pharmaceuticals, Inc Methods for rapid detection and identification of bioagents in epidemiological and forensic investigations
US20030027135A1 (en) 2001-03-02 2003-02-06 Ecker David J. Method for rapid detection and identification of bioagents
US20040121309A1 (en) 2002-12-06 2004-06-24 Ecker David J. Methods for rapid detection and identification of bioagents in blood, bodily fluids, and bodily tissues
US7666588B2 (en) 2001-03-02 2010-02-23 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy
US7052837B2 (en) 2001-03-13 2006-05-30 The Board Of Trustees Of The University Of Arkansas Histoplasma capsulatum catalase sequences and their use in the detection of Histoplamsa capsulatum and histoplasmosis
DE10121505A1 (de) * 2001-05-03 2003-01-30 Hain Lifescience Gmbh Verfahren zum Nachweis von Gram-positiven Bakterien
US8073627B2 (en) 2001-06-26 2011-12-06 Ibis Biosciences, Inc. System for indentification of pathogens
US7217510B2 (en) 2001-06-26 2007-05-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for providing bacterial bioagent characterizing information
CA2461950C (en) * 2001-11-02 2011-04-05 Gen-Probe Incorporated Compositions, methods and kits for determining the presence of mycoplasma pneumoniae and/or mycoplasma genitalium in a test sample
ES2193873B1 (es) * 2002-03-22 2004-08-16 Carlos Muñoz Ruiz Metodo para la deteccion de presencia bacteriana en un sujeto.
US7217519B1 (en) 2002-11-21 2007-05-15 The Board Of Trustees Of The University Of Arkansas Histoplasma capsulatum chitin synthase sequences and their use for detection of Histoplasma capsulatum and histoplasmosis
JP2006516193A (ja) 2002-12-06 2006-06-29 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド ヒトおよび動物における病原体の迅速な同定方法
JP4304976B2 (ja) 2002-12-19 2009-07-29 東ソー株式会社 リボゾームｒｎａを標的とした抗酸菌の検出法
WO2004067702A2 (en) * 2003-01-30 2004-08-12 The University Of Warwick Methods, oligonucleotides and kits for the identification of mycobacterium in a sample
US8057993B2 (en) 2003-04-26 2011-11-15 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of coronaviruses
US7964343B2 (en) 2003-05-13 2011-06-21 Ibis Biosciences, Inc. Method for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture
US8158354B2 (en) 2003-05-13 2012-04-17 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture
DE10338123B3 (de) * 2003-08-15 2005-07-28 Scanbec Gmbh Verfahren zum Nachweis von Bakterien der Gattung Legionella
US7956175B2 (en) 2003-09-11 2011-06-07 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of bacteria
US8546082B2 (en) 2003-09-11 2013-10-01 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of sepsis-causing bacteria
US8097416B2 (en) 2003-09-11 2012-01-17 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of sepsis-causing bacteria
US7666592B2 (en) 2004-02-18 2010-02-23 Ibis Biosciences, Inc. Methods for concurrent identification and quantification of an unknown bioagent
EP2458619B1 (en) 2004-05-24 2017-08-02 Ibis Biosciences, Inc. Mass spectrometry with selective ion filtration by digital thresholding
US20050266411A1 (en) 2004-05-25 2005-12-01 Hofstadler Steven A Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA
DE102004025710A1 (de) * 2004-05-26 2005-12-22 Eppendorf Ag Verfahren zur taxonspezifischen Zellidentifizierung und Zellsortierung auf grampositive Bakterien und Vorrichtungen hierfür
US7811753B2 (en) 2004-07-14 2010-10-12 Ibis Biosciences, Inc. Methods for repairing degraded DNA
JP4769041B2 (ja) * 2004-07-28 2011-09-07 株式会社ビー・エム・エル 抗酸菌属細菌同定キット
WO2006135400A2 (en) 2004-08-24 2006-12-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for rapid identification of recombinant organisms
US8084207B2 (en) 2005-03-03 2011-12-27 Ibis Bioscience, Inc. Compositions for use in identification of papillomavirus
WO2006094238A2 (en) 2005-03-03 2006-09-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for use in identification of adventitious viruses
CA2616281C (en) 2005-07-21 2014-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for rapid identification and quantitation of mitochondrial dna variants
AU2007257340A1 (en) * 2006-06-09 2007-12-13 Celera Corporation Identification of a nucleic acid molecule
JP5420412B2 (ja) 2006-09-14 2014-02-19 アイビス バイオサイエンシズ インコーポレイティッド 病原体の同定のための標的全ゲノム増幅方法
JP2010515451A (ja) * 2007-01-08 2010-05-13 メディジーンズ カンパニー リミテッド 大腸菌検出用ｄｎａチップ
JP5680304B2 (ja) 2007-02-23 2015-03-04 アイビス バイオサイエンシズ インコーポレイティッド 迅速な法医学的ｄｎａ分析法
US9598724B2 (en) 2007-06-01 2017-03-21 Ibis Biosciences, Inc. Methods and compositions for multiple displacement amplification of nucleic acids
EP2344893B1 (en) 2008-09-16 2014-10-15 Ibis Biosciences, Inc. Microplate handling systems and methods
WO2010033599A2 (en) 2008-09-16 2010-03-25 Ibis Biosciences, Inc. Mixing cartridges, mixing stations, and related kits, systems, and methods
US8148163B2 (en) 2008-09-16 2012-04-03 Ibis Biosciences, Inc. Sample processing units, systems, and related methods
WO2010062546A1 (en) 2008-10-27 2010-06-03 Qiagen Gaithersburg Inc. Fast results hybrid capture assay on an automated platform
EP2396803A4 (en) 2009-02-12 2016-10-26 Ibis Biosciences Inc IONIZATION PROBE ASSEMBLIES
EP2425019B1 (en) 2009-05-01 2014-03-19 QIAGEN Gaithersburg, Inc. A non-target amplification method for detection of rna splice-forms in a sample
US9194877B2 (en) 2009-07-17 2015-11-24 Ibis Biosciences, Inc. Systems for bioagent indentification
US8950604B2 (en) 2009-07-17 2015-02-10 Ibis Biosciences, Inc. Lift and mount apparatus
JP5826752B2 (ja) 2009-09-14 2015-12-02 キアジェン ゲイサーズバーグ インコーポレイテッド 細胞学用培地に固定された組織サンプルから核酸またはタンパク質を回収するための組成物および方法
ES2628739T3 (es) 2009-10-15 2017-08-03 Ibis Biosciences, Inc. Amplificación por desplazamiento múltiple
CA2787781A1 (en) 2010-01-29 2011-08-04 Qiagen Gaithersburg, Inc. Method of determining and confirming the presence of an hpv in a sample
CA2787924A1 (en) 2010-01-29 2011-08-04 Qiagen Gaithersburg, Inc. Methods and compositions for sequence-specific purification and multiplex analysis of nucleic acids
US20110262989A1 (en) 2010-04-21 2011-10-27 Nanomr, Inc. Isolating a target analyte from a body fluid
US9476812B2 (en) 2010-04-21 2016-10-25 Dna Electronics, Inc. Methods for isolating a target analyte from a heterogeneous sample
JP2013528049A (ja) 2010-05-19 2013-07-08 キアゲン ガイサーズバーグ アイエヌシー． 核酸の配列特異的な精製及び多重分析のための方法及び組成物
JP6153866B2 (ja) 2010-05-25 2017-06-28 キアゲン ガイサーズバーグ アイエヌシー． 迅速なハイブリッド捕捉アッセイ、及び関連する戦略的に切断されたプローブ
CN103597095B (zh) 2011-02-24 2016-08-17 奇亚根盖瑟斯堡股份有限公司 用于检测hpv核酸的材料和方法
US9599610B2 (en) 2012-12-19 2017-03-21 Dnae Group Holdings Limited Target capture system
US9995742B2 (en) 2012-12-19 2018-06-12 Dnae Group Holdings Limited Sample entry
US9434940B2 (en) 2012-12-19 2016-09-06 Dna Electronics, Inc. Methods for universal target capture
US10000557B2 (en) 2012-12-19 2018-06-19 Dnae Group Holdings Limited Methods for raising antibodies
US9551704B2 (en) 2012-12-19 2017-01-24 Dna Electronics, Inc. Target detection

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4717653A (en) * 1981-09-25 1988-01-05 Webster John A Jr Method for identifying and characterizing organisms
EP0131052B1 (en) * 1983-01-10 1993-12-08 Gen-Probe Incorporated Method for detecting, identifying, and quantitating organisms and viruses
EP0232085B1 (en) * 1986-01-22 1993-04-28 Amoco Corporation Campylobacter probe
FR2596774B1 (fr) * 1986-04-04 1988-07-22 Pasteur Institut Sondes oligonucleotidiques et procedes pour la detection par hybridation des acides nucleiques de bacteries et autres etres vivants
DE3650043T2 (de) * 1986-06-25 1995-01-19 Univ California Nachweis von Mykoplasma durch Hybridisierung von DNS.
WO1988000618A1 (fr) * 1986-07-10 1988-01-28 Toray Industries, Inc. Procede et sonde de depistage de bacteries dans des echantillons

Cited By (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH05100A (ja) * 1990-11-09 1993-01-08 Nippon Flour Mills Co Ltd 細菌の薬剤感受性試験法
JPH0799998A (ja) * 1993-06-23 1995-04-18 F Hoffmann La Roche Ag ナイセリア・ゴノレエの検出方法、並びにそのための試薬およびキット
JP2000505305A (ja) * 1996-02-28 2000-05-09 アクゾ・ノベル・エヌ・ベー マイコプラズマ・ニューモニエ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の増幅、検出および型別のためのプライマーおよびプローブ
JP2008511313A (ja) * 2004-08-28 2008-04-17 ジェネイン シーオー エル ティ ディ 全細菌の鑑別のための細菌特異的、属特異的及び種特異的なオリゴヌクレオチド、これを含む診断キット、及びこれを用いた検出方法
JP2009538148A (ja) * 2006-05-24 2009-11-05 ジェン−プロウブ インコーポレイテッド 試験サンプルにおけるＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体生物の存在を決定するためのプローブおよびキット、ならびに捕捉プローブを使用するグラム陽性桿菌または真菌の増幅方法
JP2013106617A (ja) * 2006-05-24 2013-06-06 Gen-Probe Inc 試験サンプルにおけるＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体生物の存在を決定するためのプローブおよびキット、ならびに捕捉プローブを使用するグラム陽性桿菌または真菌の増幅方法
JP2011521651A (ja) * 2008-05-30 2011-07-28 ジェン−プロウブ インコーポレイテッド サルモネラの検出および／またはモニタリングのための組成物、キットおよび関連方法
JP2012175928A (ja) * 2011-02-25 2012-09-13 House Foods Corp 非ヒト動物を検出するためのプライマー・プローブセット

Also Published As

Publication number Publication date
NO883248D0 (no) 1988-07-21
DE3752172T2 (de) 1998-07-02
DK413788A (da) 1988-09-23
ES2112824T5 (es) 2008-03-01
EP0272009A2 (en) 1988-06-22
EP0272009B2 (en) 2007-10-03
FI883482A7 (fi) 1988-07-22
JP3116353B2 (ja) 2000-12-11
ATE163680T1 (de) 1998-03-15
FI883482L (fi) 1988-07-22
PT86204B (pt) 1990-11-07
CA1339871C (en) 1998-05-19
PT86204A (en) 1987-12-01
DE3752172T3 (de) 2008-04-10
NO883248L (no) 1988-09-23
ES2112824T3 (es) 1998-04-16
DE3752172D1 (de) 1998-04-09
AU1041988A (en) 1988-06-16
JPH1042880A (ja) 1998-02-17
WO1988003957A1 (en) 1988-06-02
DK413788D0 (da) 1988-07-22
EP0272009A3 (en) 1989-11-02
FI883482A0 (fi) 1988-07-22
AU616646B2 (en) 1991-11-07
JP3290920B2 (ja) 2002-06-10
EP0272009B1 (en) 1998-03-04

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JPH01503356A (ja) 非ウイルス微生物の検出及び／又は定量用核酸プローブ
US5840488A (en) Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms
US6512105B1 (en) Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
KR20050100407A (ko) 비바이러스 유기체의 검출용 핵산 탐침
US5994059A (en) Nucleic acid probes and methods for detecting Streptomyces enterococci
US7090972B1 (en) Methods for determining the presence of non-viral organisms in a sample
US7172863B1 (en) Nucleic acid probes and methods for detecting Neisseria gonorrhoeae
US7087742B1 (en) Oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
KR100617647B1 (ko) 아시네토박터 바우마니 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR950011719B1 (ko) 비바이러스성 생물체의 검출 및(또는) 정량화를 위한 핵산 탐침
KR20050086968A (ko) 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050084542A (ko) 박테로이데스 프라질리스 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050084543A (ko) 클로스트리디움 람모섬 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050084544A (ko) 코리네박테리움 디프테리애 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050084545A (ko) 오크로박트룸 안트로피 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050084546A (ko) 포피로모나스 진지발리스 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050084548A (ko) 킨젤라 킨갭 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050084549A (ko) 클로스트리디움 디프실 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050085995A (ko) 크레브시엘라 옥시토카 균의 검출용 ｄｎａ 칩
KR20050085996A (ko) 펩토스트렙토코커스 마그누스 균의 검출용 ｄｎａ 칩