WO2010013842A1 - 先天性異常症の染色体欠失の検出方法 - Google Patents

先天性異常症の染色体欠失の検出方法 Download PDF

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    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Definitions

  • the present invention relates to a method for producing a disease-associated color body, and more specifically, an invention relating to a method for discriminating a concomitant syndrome associated with mental retardation by detecting the combination of specific color body regions.
  • the celestial group lacks a chromosomal region.
  • the region of chromosome DN is amplified in the congenital group.
  • the two-color body is and in Pa s e a Syn e, the two-color body is tetra.
  • Pe aeus e z che D sease dysfunction is caused by the width of 22 regions.
  • the invention is intended to provide an alternative method of illness by analyzing the absence or presence of chromophores in relation to mental retardation and associated syndromes.
  • the light emission method is performed by detecting a signal generated based on the combination of the transmission region by an eve detection that the portion of the region of 10q243 025 ⁇ 1 is included.
  • this appropriate mode is appropriately performed when the part of the gene region (described below) is established (ii). Prob, Okuo, B C (Bac e a c Omoscme)
  • APC Peak ca h o oso e
  • C eas ca Co oso e
  • a blood test particularly plasma
  • a tissue, tissue, tissue, or the like can also be used. It is also possible to test water vessels and hair.
  • fertilized eggs can be examined as a pre-implantation.
  • Ming provides a separate stage for congenital color bodies, and more specifically for mental disorders associated with mental retardation. A simple description of the surface
  • Fig. 4 is a photograph showing the results of using the degree ratio in the analysis using kgen 2 oai in this case.
  • FIG. 4B is a photograph showing the result of indexing the degree ratio in the analysis using kgen 24 oy in the case 2 (ase 2).
  • Fig. 5 is a photograph showing the pigs in the genomic region as a result of analysis with this en 24 oai.
  • Fig. 6 is a true result showing the result of analyzing the color body using the optical n Su hybridization method using the chromosomal chromosome of the sphere.
  • an eye loaded with pubic acid such as octo, cBCPC, or C when performing the light emission method.
  • pubic acid such as octo, cBCPC, or C
  • glass, plastic, me, 3 eye, etc. are used, but glass such as a slide glass is generally preferred. It is more preferable that the glass is attached by adhesion such as solid, glass, anoran, and aum.
  • the first CG (cc a a ve e ⁇ ) using o e e e ay 45 (sometimes referred to as WG 4500:) with a C that makes the color body look like this
  • Hyb d za on) method is an average of approximately 7th genome eye with 523 C-colors, 22 color bodies, X, and sex chromosome color bodies. This is 3 in the human color body cut area.
  • WGA 450 it is normal to recognize the case where the bottom of the ratio of the probe including the part of 0 431 25 ⁇ is lower than 0 ⁇ 3 of 2, as a clear combination. It is not limited to this level.
  • ai that has been reduced by combining the buvic acid it is also possible to use ai that has been reduced by combining the buvic acid to be ai with the above coalescence.
  • the eye must have at least a acid containing 0q243 0q25 ⁇ 1 area.
  • at least BACs selected from the above 22 types of C groups are immobilized.
  • C corresponding to the region other than 1243 025 ⁇ 1 has been defined above.
  • digest C with 4 etc. for example, sa, n Hae, etc.
  • the adapter has 0 to 3 units, preferably 5 to 25 units, and has 2 complements, and it is necessary to convert the three ends of the side to form the ag and smooth ends.
  • the 5 7 ano-cyclics characteristic of each C, etc. can also be used as a detection group.
  • the above exhausted spot is spotted on top, preferably O is ⁇ 5 is 9 u, and more preferably is g ⁇ 2.
  • the amount to be spotted is preferably u, and more preferably n 0 On.
  • the size of the spot to be fixed on the surface is not particularly limited.
  • the size can be 0 ⁇ 0 ⁇ , and the shape seen from the upper surface can be a circular shape.
  • the spot is ⁇ 00, with no particular restrictions. Further, although there is no particular limitation on the number of spots, it is 500 per use, more preferably 0 to 500. Each spot is within the range of Sn and up ca e, but it is preferred to spot on p ca e or T ca e.
  • the spot can be manufactured by, for example, forming a plurality of spots on the basis of B C and the like that are inexhaustibly stored using spots, and then forming the spots.
  • a spot you can use ikji-type, piai-type, and zip-type () -putters, but it is desirable to use ikji-type printers.
  • the desired product can be produced by fixing on the solid, preferably C, which is inexhaustible in this way.
  • each label compound to be labeled and bound is different.
  • Prepare an acid labeled with a conventional acid prepare an acid identified at the patient, mix this, and then add the acid on the CG eye.
  • radioisotopes can be selected.
  • Ch o osu o e phe y B, Akoji, T, etc. can be used.
  • the inorganic compound to be recognized is not particularly limited, and examples thereof include dots made of semiconductor machine materials. Examples thereof include particles of Li and C e z Se CdSe. This particle can change the wavelength of emitted light by changing its color, blue at a diameter n, yellow at 3 mm, yellow at n, and red at 5 mm. In this way, it is possible to detect fluorescence and to detect its presence.
  • a (microscope) can be used as a means for detecting the presence of particles.
  • biochi in addition, (D ox gen n D), biochi and the like can also be used.
  • An example of using biochi is, for example, binding a target to a target-bound punch, binding an achophosphatase bound to a punch, and a tetraphosphatase that is a phosphatase.
  • One example is the use of color by adding 4 4 quide acid.
  • ay beng ea ech B o echo o y B
  • ay beng ea ech B o echo o y B
  • the target acid when preparing it from the sample.
  • the labeling described later has a response, and it has a large effect on the tag cloud noise such as the lipid lipid. If purification is not performed, the oxidization test using the nucleic acid squid and the like is performed. The Noh is greatly reduced.
  • ком ⁇ онент when preparing acid from target cells, two rounds of purification can be performed.
  • the target cell that is, as the eye, the method using a cover such as a cassette conductor can be used, such as tano-sopno and funchome extraction.
  • purification by ckenes (Imm company) held in a nucleic acid-adhesive cartridge prepared by using a process is preferred.
  • cene acid can be dynamically prepared for low cost.
  • the most suitable method is a purification method by a cke Pk film company.
  • G If they are combined, they can be detected by G. It can be detected by observing the bright state (0q243, 0q25 ⁇ loss of color including the region).
  • the genome of the sample is restricted, fixed, and fixed on the toss, and this is performed by performing a labeled 0q2432 q25 • 1 region Eve Digestion.
  • This is a method to detect the presence of a child. In the case of union, it can be judged by detecting the amount of detection from the normal body (the amount of detection from the patient's body is small compared to the amount of detection from the patient's body and the appearance of a different body.
  • the body is subjected to electricity, fixed in the same manner as that of Sasagating, and this is signaled by performing a labeled 0q2432 q25 ⁇ 1 region idization.
  • This is a method to detect the presence of a child. If the detected amount of the patient's body is small compared to the detected amount of the patient's body, it may be determined as 10q2432 25-range coalescence.
  • the real-time RCR method is a method in which at least a ply for the 0q2432 q25 ⁇ 1 region is prepared and subjected to transcription, followed by gene processing and detection from the amount of product formation.
  • the patient may be able to judge it as a union because the quantity of the patient is small compared to the quantity of the substance.
  • it is (), but just in case, the manufacturing process is briefly explained here.
  • the case () was 28309 at the time of birth, and at the time of birth, the result in April was severe delay, large (2S), visual, and normal.
  • the skull had a large degree of frontal protrusion, the ball had a severe vision, and the nose had a forward-facing U.
  • Severe in long development / transmission Neck sitting () is 5, constant 24, German and speech are not neurological seizures. Severe and decreasing.
  • Case 2 () is 2458 at birth and a Sep a decc (
  • cmo D so de ay is a human genome congenital or intensified genome (C).
  • Case 2 was prepared, and the analysis of the genome by the eye CG method using No. ee eee ay 45 produced in the above-mentioned region was always performed in the following region.
  • 875 and 8 C were 0, and 4C was 0 and 30 was 30.
  • Nooe. TEL ay 4500 was put in a boil for 2 minutes, then dehydrated in 70, 85, 00 tano for 2 minutes, and kept at 42 C.
  • Set oe eno ay 4500 that did the above to Irista H 3 (Akisha, Tokyo), perform pu daize (40 yeas VII6 20 IX24), and perform puyo daize at 042C. It was.
  • the Eve Digestion (mm80, yeas N 2 20 IX24) that solved the above was made between 48 and 72 at 42C.
  • homemade 5 and Dextra 20X were mixed and added to 7 1 to dissolve well.
  • 2X kept at 0C was used for a further 0 hours under the same conditions, 50homd 2X (P70) kept at 5C was used for 0 hours, and X kept at 42oC was used.
  • the eneP x40 B (mesh meB oscences) is used to scan the scan with 53 5 2 mm the light using Cy3 light and 635 the light using y5 light.
  • 2 consists of 2 (related to case) 2 (related to case 2).
  • Gna's color inspection (G, chip, sub-bot, no-zat, atime RPC, S, or CG), or G It is possible to spread by using a method based on the detection principle of elephants outside of the die.
  • the CG method was performed according to the 24-hour type of OH aCcmIQ. Twenty-four types of eyes have two regions on the human genome, 23600, and the human genome can be analyzed. The average resolution of the tube is 6.4. The analysis is as follows and was conducted according to the en company's project. Digest A 2 9 derived from cases 2 and 2 and u (sa) from cases 2 and 2 and use y5 for healthy individuals by the rancho method for CK enOW a. The patient who came to the patient recognized Cy3. It was refined using ccccm30 en ().
  • y3 y5 is 8 is 1, 0 Huncc is 50 / XBockn en 52 2XHyb d zaob e 2 is 5C.
  • the horizontal axis indicates the value of No. (ao) on the horizontal axis, 0, 3 No. of the 0 color body (10,6827gbase for No. The color arrangement of 4 ⁇ 59 No (in detail 4593 76base) up to 6 455base) was shown. In case 2, the axis is 0 986 No (in detail, 986 2 base) and 10 No (in detail)
  • the color of 11 ⁇ 9 (1908234base) is shown up to 10576455base), and the end of 4 is the analysis of the whole 0 color body analyzed with 0 color body and long en24 ori. The figure is shown.
  • the Gui line and the position of the gene described on the 0 color body are shown.
  • 4 is composed of 4 (related) 4 (related to case 2).

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Abstract

本発明は、精神遅滞を伴う多発性奇形症候群の疾患について、ヒト染色体の増幅あるいは欠失の有無を解析しその原因を明らかにし、本疾患の判別法を提供することを課題とする。本発明は、ヒト染色体の10q24.31-10q25.1の領域のヘミ接合体欠失を検出することにより、精神遅滞を伴う多発性奇形症候群を判別することを内容とし、好適には、当該10q24.31-10q25.1の領域の一部を含む核酸と検体核酸とのハイブリダイゼーションにより、当該染色体領域のヘミ接合体欠失に基づいて発生するシグナルを検出することにより行われる。

Description

細 書
の染色体 の 出方
、 疾病を伴 色体 の 出方法に関する発明であり、 具体的には、 特 定 色体領域の 合体 を検出することにより、 精神 滞を伴 形 症候群を判別する方法に関する発明である。
天性 候群の 者に染色体 の 域が欠 して る場合が多 される。 在、 ゲノムの 域が明ら にされて る先天性 候群は多 知ら れて る。 合体 原因の 患、として報告されて る先天性 候群の して、 nS Sy ㎝e(7 2) h№gc s Sy ㎝e( 7 1 2)、 e
O Sy ㎝e 8q24)、 № sc㎞o n Sy ( 63 e D eke
Syn ㎝e( 7 33)、 ade and e a Sy es( 5q1 3)、 Ⅶ
synd㎝e( 3) duCha SyndOm (5p153) u ns enTayb Synd o e( 6p133) T chO hno pha angea Synd e(8q24 ) pO ok ha e Syd㎝e( 2)
Neu o bO a o s Syd om ( 7q1 ) SO os Syd o e 5q35) a osynos o s syd e(7p2 ) Ka ann yPe Syd o ( 223) Ka ann yPe 2
Synd e(8p1 2) a de Oude Synd e( 32q4 、 FH Bde e on
sydOm (2q22) B epha oph O s P os s a de can hus nve s s SydOm (3q23) p36 Synd㎝e(P36) a eye Syndom (22 ) ag e SyndOm (2０p 23) a ond B ack anSyd ome( gq132) d ena hyPOp as a CoWen a(p212) O n oW y Synd ome(P22 3) D eo e Synd o (221 ) sse ve Synd㎝e(7p 2) uchenne uscu Ⅳs ophy( 2 2)等が知られて る ( ゲノム N の 盤と当 盤を用 た 色体異常並びにそれに起因する 患の 出方法 ) 。 なお、 ( ) 内の記 、 これらの 候群で 合体 の 色体領域を示して る。
方、 先天性 候群で染色体DN の 域が増幅して る例がある。 えば、 o syn ㎝eでは2 色体が であり、 Pa s e a Syn eで は 2 色体 テトラ である。 Pe aeus e z che D sease 成 不全 ) では 22 域の 幅が原因である。
し しながら、 例えば、 明における判定の となる 滞を伴 発注 形症候群 のよ に、 原因不明の 天性 候群も数多 在する。 このよ 状況の 、 原因不明の に てヒ トゲノム を に解析し、 ゲノム の ・ 幅を見 だすことは極めて有用である。 すなわち、 疾患の 因が特定の ゲノム にあるこ を特定することにより、 的確 速に判定し、 的確な対処を ことが可能となる。 また、 患の 因となるゲノムの 細な構 造 常の が可能となり、 これが、 将来の 伝子 での 療 能性にも な がるものと考えられる。
2 5 3
1 ア イCG ガイドブック、 ・ ・ 田 明 、 4０ 5 78 8 、 株式会社 ナ 2 ０8 2
明が解決しよ する課題
、 精神 滞を伴 形症候群の に て、 ヒ 色体の あ る は の 無を解析しその 因を明ら にし、 患の 別法を提供することを 題とする発明である。
するための 、 精神 滞を伴 形症候群 (№ 。C。 。n " ㎞ "y en a e a da on) のゲノム 解析できる手段を見出す 検討を行 た。
まず、 2 設の 児科 が多発 形症候群 録を行 、 臨床症状 判断し、 既知の 天性 が強 われる 例を除 た。 次に、 n㎝e D o de ayを用 た解析で、 既知 細構造 常並びに の 常が原因 なる した。 ㎝e so de ayを用 た解析で原因が同 できな た 患 中 ら 、児科 域の が判断し、 さらに 例を絞り、
㏄n e ay 45 を用 て網羅 な解析を行 た。 その 果、 複数 同じ
(1０q243 ０q25 ) の 伝子異常を 合体 として 、 明を完成 させた。
、 ヒ ト 色体の1０q243 25・ の ( 下、 単に ０ 4・31 1 25・ の 記することもある) の 合体 を検出することにより、 精神 滞を 伴 形症候群を判別する、 色体 の 出方法 ( 下、 本 明の 出方法 とも ) を提供する発明である。
合体 とは、 2 一組の 色体の 一方が欠 して る な の こ を意味するものである。 おそら 1０q243 ０q25・1の 域の 合体 合は、 生存するこ 自体が困難であると考えられる。
明の 出方法は、 1０q243 ０25・1 域の 部を含む との イブ ダイゼ ョ により、 伝子 域 合体 基 て発生する シグナ を検出することにより行われることが好適である。 また、 この 適な態様は、 型的には、 伝子 域の 部を含む ( 下、 プ ブ 記載する) が 定着した ( ア イ) にお て適切に行われる。 られるプロ ブ 、 オ ク オ 、 B C (Bac e a c a Omos㎝e)
A P C(Phage c a hO oso e) 又は C( eas c a C o oso e) 等が挙げられる。 プ ブ の 適な態様 して、 これらの 酸をPC により無尽蔵 した遺伝子 物が挙げられる。 このよ プ 酸を用 る態様に ては後述する。
また、 チップ 、 サザ ット 、 ノ ザ ット 、 ア タイムR
(Po yme ase Cha n eac on) 、 又は CG 用 、 明の 出方法を行 ことも可能である。
明 出方法に供する 料 しては、 血液検 、 特に、 血漿が好適である が、 織 片、 ン 、 、 組織 物などを用 ることもできる。 また、 水 船 、 毛を検 として ることも可能である。 さらに、 着床前 断として、 受 精卵を検 として ることも可能である。 )
明により、 先天性 色体 、 さらに 体的には精神 滞を伴 形症候群の 別を行 段が提供される。 面の 単な説明
は、 精神 滞を伴 形症候群のゲノム するスキ を例示 した 面である。
2 は、 本実施 ケ ス ase 合の G o e e e ay 45㎝を用 たア イ ㎝ 析での 度比を指標とした結果を示した写真である。
2 は、 本実施 ケ ス2( ase 2)の 合の №o e ㎝ e ay 45㎝を用 たア イC㎝ 析での 度比を指標 した結果を示した写真である。
3は、 本実施 № №o e en e ay45００を用 た解析結果のゲノム
ピ グを示した写真である。
4 は、 本実施 ケ ス ase 合の㎏ en 2 オ ア イを用 解析での 度比を指標とした結果を示した写真である。
4Bは、 本実施 ケ ス2( ase 2) 合の㎏ en 24 オ ア イを用 た解析での 度比を指標 した結果を示した写真である。 5は、 本実施 en 24 オ ア イでの 析結果のゲノム 域の ピ グを示した写真である。
6は、 本実施 の ヒ リ 球の染色体 本を用 た 光 n S u イブリ ダイゼ ョ 法を用 て 色体の を解析した結果を示す 真である。 明を実施するための
D ア イを用 る形態
( ) ア イ
述したよ に、 明の 出方法を行 に際しては、 オ ク オ 、 c B C P C 、 又は、 C 等のプ ブ 酸を 搭 した ア イを用 ることが好適である。 ア イとして られる の 材 しては、 ガラス、 プラスチック、 メ 、 3 ア イ等が用 られる が、 スライドガラス等のガラス が一般的には好まし 。 ガラス等の固 、 ポ ジ 、 ア ノ ラン、 ・ア ウム等 凝着により トされ て ることがより好まし 。
(2) WG 45 ０ア イ
めて有力な本 明 出方法を行 様として、 色体を りに する C を した o e e e ay 45 (WG 45００ 称する こともある : ) を用 たア イCG (㏄ a a ve e㎝
Hyb d za on) 法を行 ことができる。 WG 45００は、 22 類の 色体 とX、 性染色体の 色体を する 523個の Cク を した、 平 均 が約 ・ 7№ ゲノムア イである。 これはヒ ト 色体 ク チ 域の 3に んで る。 WGA 45 ０を用 る場合、 ０ 431 25・ の 域の 部を含むプ ブ の 比の底が2の ０・ 3 下である 合を、 明に わる 合体 の 出として認めることが通常であるが、 こ の 準に限定されるものではな 。 この 準を適用する場合、 より具体的には、 11551 、 11416N2、 11 8 4 P 3０H 2 p 1623 P 8０B2 P g9N2０ P 54 N０ P 3０217 11 8915 P 1685 P N23 p ０5N 5 p 1 3０217 P 551E2 P 416N2 p 8 4 p 13０H 2 p 1０7 4 P 1０8L7 P 6 P 137L2 ( ず れも C ) が、 ・ 3 下である場合に、 合体 の 出 して 認められる。
(3) ア イの他の態
また、 ア イに する ブ 酸を、 上記の 合体 タ に合わ て り込むことで減少さ た、 ア イを用 ることもできる。 ただし、 ア イには少な とも ０q243 ０q25・1の 域 部を含むプ 酸を 有して ることが必要である。 えば、 プ として C を用 る 場合、 少な とも、 上記の22種の C 群 ら選択される 以上のBA C が固定化されて ることが好適である。 また、 同時に、 1 243 ０25・1 域以外に 当する C が 以上 定化されて るこ がより好適であ 。
(4) の 尽蔵
ア イの 成にお て、 通常に得られる C 等は、 ゲノム を多数 造して実用化するには少量であるので、 を 伝子 物として得ることが好適である の 伝子 程を 尽蔵 とも ) 。
にお ては、 まず C 等を、 4 、 例えば、 sa 、 n Hae 等で消化した後、 アダプタ を加えてライゲ ョ を行 。 アダプタ は ０～3 基、 好適には 5～25 基 らなるオリ ク オ で、 2 相補 を有し、 ア グ 、 平滑 端を形成する側の3 端のオ ク オ を 化する必要がある。 次に、 アダプタ の 方のオ ク オ 同一 列を有するプライ を用 て、 PCR法により増幅し、 無尽蔵 するこ ができる。 方、 各 C 等に特徴的な5０ 7 基のア ノ オリ ク オ を検出用プ として ることもできる。 記の 尽蔵 した を 上にスポットする 、 好まし は O がは ～5は9 u 、 より好まし は g ～2 である。 スポッ する量は好 まし は u 、 より好まし は n ０On である。 また、 に定着 させる スポットの きさ 、 特に限定されな が、 例えば、 大きさは 0・ ０ ～ であり得、 上面 ら見た形状は円形 形であり得る。
スポッ みは、 特に制限はな が、 ～ ００ である。 さらに、 スポ トの 、 特に制限はな が、 使用する あたり 5 ００ 、 より好まし は ０～5００ 個である。 それぞれの はS n ら up ca eの 囲でスポ トするが、 p ca eある はT ca eにスポットすることが好まし 。
スポットは、 例えば、 スポッ を用 て無尽蔵 したB C 等を基 上にたらして、 複数 スポットを形成した後、 スポットを することにより製造 することができる。 スポッ としてイ クジ ッ 式プ タ 、 ピ ア イ式プ タ 、 ジ ッ ( ) プ タ が使用できるが、 イ クジ ッ 式プリ タ を使用することが望まし 。 えば、 Ⅸ T ( ) (
会社、 名古屋) 等を使用できる。
このよ にして無尽蔵 した C 等を基 上、 好適には固体 上に定 着さ ることにより、 所望する を製造することができる。
(5) イ ダイゼ ショ の
(a)
ア イ 酸を用 る イ ダイゼ ョ CG
(㎝p a ve no c Hyb d za on) では、 例えば、 二色 を用 て行 こ ができる。
とは、 例えば 枚の ア イもし は イブ ダイゼ ョ 域に対して、 2 類の な た試料 来の 酸を用 る方法である。 こで、 標識 結合させて る標識 合物はそれぞれ な て る。 常検 来の 酸を標識した 酸を調製し、 患者 来の にて 識 した 酸を調製し、 この 方を混合後、 枚のCG ア イ上のプ イ ダイゼ ョ を行 こ で、 吸着 算出する。 えば、 蛍光 識 がなされて る場合には、 その の 度比 ら吸着 算出する。
(b)
明にお て は、 検出 能な 質を標的 対して結合さ る行為 であり、 検出 能であれば、 なるものも 明に わる標的 組み込むこ ができる。 えば、 蛍光 質、 無機化合物、 タ ク (EL (E yme
o ben ssay)などで使用される酵素 体など) 、 放射性同位元素、 ( ネ ギ ) などを選択ことができる。
識として られる 、 特に限定されな が、 オ セイ
ネ ト(F㎎)、 y3 Cy5 Cy7、 緑色 タ ク ( ee F o escen P o e n)、 青色 タ ク( P B eFuo esce p㏄ e n)、 黄色 タ ク( FP e OWFuo escen P o e n) タ ク(F RedF o esce P o e ) exa c d ne Dp Eh d㎝bO de SB ee Texas ed 土類
44 b s( 2 2 3 3 hep a uo o 4 6 hexaned on6 y )
Ch o osu o e phe y B 、 アク オ ジ、 T 、 などを用 るこ とができる。
識として られる無機化合物としては、 特に限定されな が、 例えば、 半導体 機材料でできた ドットを挙げることができる。 その としては、 リ 、 C e z S e CdSeの 粒子を挙げることができる。 この 粒子は、 その 変えるこ で、 発する 光波長を変化さ ることが可能であり、 直径 n で は青色、 直径3㎜では 、 n では黄色、 5㎜では赤色となる。 この様に、 蛍光 を検出すること 可能であり、 その 子 在を検出するこ もできる。 えば、 粒 子の 在を検出する手段として、 ( 微鏡) を用 ることができる。
識としては、 さらに、 (D ox gen n D ) 、 ビオチ 等も利用 することができる。 ビオチ を用 る例 しては、 例えば、 標的 結合さ た オチ に、 アビジ を結合さ 、 ここに オチ を結合さ たア カ ホス ァタ ゼを結合 、 ア カ ホス ァタ ゼの である ト テトラ 5 4 ク 3 イ ド 酸を加えるこ による 色 色 の 用が挙げられる。
さらに、 な 識も行 こ ができる。 えば、 ay be ng ( ea ech B o echo o y B ) 等も用 るこ ができる。
(c) 製
本 明に て、 標的 酸を検体 ら調製する際には、 精製を行 必要がある。 こ の 合には、 後述する標識の際に、 応が生じると共に、 タ ク 脂質な ど ックグラウ ドノイズに大きな影響を与え、 精製を行わなければ、 核酸 イク ア イ等を用 る イ ダイゼ ョ 験の 能を著し 低下さ 。
とは、抽出、 分離、 分取と同義語の 味で使用して る。 また、 そのため の 段として、 カ セ ス 導体など したカ トリッ 用 た方法、 タノ ソプ ノ 、 ノ ク ホ ム 出、 イオ オクタ 基など を結合した カ サイ 果を示す 脂を使用した カ ト ッジ、 ク トグラ ィ などによる方法を含むことができる。 さらに、 電気 による精製も含めることが できる。 また、 明では、 換も広 意味で 呼んで る。
明では、 標的 胞 ら 酸を調製する場合、 2回の精 程を行 ことも できる。 明では、 標的 胞 らの 程、 すなわち、 目の 程として、 シ カ セ ス 導体などの したカ ト ッジを用 た方法、 タノ ソプ ノ 、 フ ノ ク ホ ム 出などを用 ることができる。 この中で、 ト セ スをケ して調製した核酸 着性 カ ト ッジに保持させた ck ene ズ ( イ ム 式会社) に よる精製が好まし 。 c ene シ を使用することで、 低価格の 用 て、 動的に 酸を調製することができる らである。
さらに、 も 段の 程を行 こ もできる。 すなわち、 調製した の 度や 上 ための 製である。 えば、 ノ ク ホ ム の を用 た場合、 その 一般的に ラム 比較して悪 、 以降の 程に悪影響を及ぼしてしま 。 2 目の 製法として、 カなどの
したカ ト ッジを用 た方法、 タノ ソプ ノ 、 イ オ オクタ 基などの を結合したシリカ サイズ 果を示す 脂を使用した カ ト ッジ、 ク トグラ などによる 方法を用 ることができるが、 こ 中で最も好適なのが、 ck e Pk フ イ ム 式会社) による精製法である。
e e SPk 着性 、 カ系 着性 比較し て非常に薄 、 少量での 出に適しており、 他の方法と比較して非常に高濃度 酸を得ることができる。 また、 少量 での 可能な タノ
ソプ ノ と比較して、 より 度の 酸を得ることが可能であり、 少量 高濃度 酸を得る に適した方法である。
その他の検
( ) 色体検査
因不明の 滞を伴 多発 形症候群 関してヒ トゲノムの 域 の 常が明確になれば、 特に、 1０№ 度の を伴 1 243 ０25 域が
合体 して る場合には、 G の により検出することが可能 である。 明の 域 態の (０q243 ０q25・ 域を含む 色体 ンドの 失の )を観察することで検出することができる。
(2) S 法による検出
数 b 下の 細なゲノム 常であれば S S u イ ダイゼ ョン (F H: F o escence nS uhyb d za on) asu o o
Fkda P khaokha ang ・ Na u o T h ada Nakam a a d nazaWaJ den ca onO a ge enes W h nana p cona 412 3 nesophagea Squamous Ce Ca c nO a enes ChO oso es Cance 32 112 18 2００1 等により、 核酸の イ ダイゼ ョ によるシグナ を基に検出するこ が可能 なる。 この 合、 243 ０q25・1 域の S プ を作成し、 患者 来の 色体と イブリダイゼ ショ を行 、 グナ 数の減少を観察することで、 合体 を検出することが可能である。
(3) サザ ット
サザ ブ ト法を用 る場合、 検体 ら られるゲノム を制限 化し それをゲ 後、 ト セ ス 上に固定し、 これ 、 標識した ０q2432 q25・1 域 イブ ダイゼ ョ を行 出することにより、 の 伝子の 在を検出する方法である。 合体 の 合、 正常 来 の 体 ら られる検出量 ( ドの 対し、 患者 来の 体 ら られる検 出量が少な ことと共に、 異なる ドの 現が認められるこ により、 判定するこ とができる。
(4) ノ ザ ット
ノ ザ ット法は、 体 ら られる を電気 に供し、 サザ ッティ グ と同様の 作で 上に固定し、 これと、 標識した ０q2432 q25・1 域の イ ダイゼ ショ を行 出することにより、 伝子の 在を検出する方法である。 来の 体 ら られる検出量 ( ドの 対し、 患者 来の 体 ら られる検出量が少な 場合、 1０q2432 25 域 合体 として判定することができる場合がある。
(5) リア タイムR PCR
リア タイムR CR法は、 の ０q2432 q25・1 域 物に対 するプライ を少な とも 備し 転写 応を行 、 次に、 遺伝子の 程を行 、 物の 成の 生成量 ら検出する方法である。
の 物量に対し、 患者 ら 物量が少な こ で、 合体 として判定できる場合がある。
明に関する遺伝子異常の に至るまでのスキ を 示す。 また、 のさらに 体的な内容は、 実施 として開示する。 下、 本 明に て、 実施 により、 さらに 体的に説明する。
( ) o e no e ay 45㎝
述したよ に、 明の 出方法を行 際して、 ヒ 色体の1０q243 ０q25・1 域の 合体 、 精神 滞を伴 形症候群に関連して ることを見出すために用 た検出 、 Ⅶo e eno e ay 45００である。 この に ては ( ) であるが、 念 ために、 ここにその製造過 程を簡単に説明する。
The Na ona Cen e o BO echno o y n o on (N B ) Un ve s y O Ca o n a ㎝ a C ゲノムデ タ スウ サイト びに選択された のB T の 果 ら、 ヒ トゲノムの ク チ 域に存在する4523 類 の C P Cク を選択した。
択した C P C Aを調製した後、 その を 、 a Hae で消化し、 そ アダプタ オ ク オ のライゲ ョ を 行 た。 次に、 アダプタ の 列を有するプライ を用 てPC を2 行 た。
プ セスを無尽蔵 と 、 得られた を無尽蔵 定義する。 尽 蔵 をイ クジ ットタイプのスポッ ( ESH T ( ) 、 日本ガイ 会社、 名古屋) を使用して p ca eでア イ上にスポットして、 所望 密 度CG ア イを作製した ( G№o e n㎝e ay 45００)
( ) ヒ ト 色体における 域の
( ) 滞を伴 多発 形症候群 2名の臨
実施 にお て、 精神 滞を伴 発注 形症候群に対応するヒ ト 色体の 域 を特定するため 供者2 滞を伴 新 天性 2 (ケ ス と2) の に て、 可能な 囲で開示する。
ケ ス ( ) は、 出生時の 283０9で、 出産時の はな 、 4 月での 断結果は重度 滞、 大 ( 2S ) 、 視、 顔 常であ た。
・ 面では頭蓋で 度の 大 、 前頭 出があり、 球で重度の 視 があり、 鼻では前向き U があ た。 長発達・ 経症状では重度の 見られ、 首のすわり ( ) は5 、 定 24 、 独 と発語はな 神経症状としての 発作は認められて な 。 重度で、 低下し て る。
ケ ス2 ( ) は、 出生時 2458 で、 a Sep a de㏄ (
) 、 S ( en cu a Sep a de㏄ ) P ( en duc us a e os s 脈管 )の 域の 認めた。 3 8 月 で 断結果は、 口唇 、 難聴 ( d ) 、 球症、 短 指、 特異
( 、 幅広 、 内 、 幅広 ) 、 5 曲線、 勢が 特徴であ た。 細に ・ 面では で 、 、 の 球があり、 鼻では な 、 前向き 、 、 軽微の 認められた。
では口唇 があり、 では外陰部で停留 丸があり、 四肢では手指で小指 ・ 認められた。 長発達・ 経症状では重度の 見られ ( ( ) が2０～3０) 、 はできな た。 経症状としての 認め られな 。 低下して た。
(2) ア イを用 た解析
(a) ㏄ o e so de ayでの 析結果
㎝o e D so de ayは、 ヒ トゲノム が、 先天性 または増 幅する 域のゲノム ( Cク ) が定着して る である。
enome D so de ayを用 た解析では s Syn e、 h agen s
Sy e、 Do syn e、 nge ed onSyn e、 № H schhonSyn e、
e D eke Syn e、 ade d e nSy e、 Ⅶ 候群、 du ha SydO e Pa s e K anSynd o e b ns enTayb SydO e T cho h o pha angea SyndOme pO ok ha e Syndome Ne o b㎝a os s Sy d o e o os Syn e、 an osy os os s Syn o e、 №1 ann e Syn e、 an yPe Syndo e ande Oude SyndOme FH Bde e onSynd O e B epha o h o s and ep ca hus Synd o e 1p36 候群 a eye Synd o e ag e Sy d O e a ond B ack anSynd o e d ena hy O as a Con en a Synd o e e o d su a ase Synd Ome D eo ge Sy d O e usse ve Synd Ome chen e scu a ys Pe zaeus№ zbache D sease、 検出するこ が可能である。
ケ ス 2の 滞を伴 新規 形症 2名 ら を抽出 en e D so de yを用 たア イCG 法での 常法に従 行 たが、 その りでは、 ゲノム 検出されな た。
(b) o e㏄no ay 45００を用 た解析
、 ケ ス 2の 者 液 ら を調製し、 上記 領にて製造され る、 №o e e e ay 45 を用 たア イCG 法によるゲノム 常に関 する解析を、 下記の 領にて行な た。
ケ ス 2の 滞を伴 新規 形症候群 2名に由来する をB o DN abe Sys ( nv og )を用 て y3 識し、 健常者 来の を 識した。 を 5 t41、 それに o ( nv ogen )を25 3 a№ ( ㎏ )を35 ０
。
875 、 8 Cで ０ やし、 4Cで ０ の 離を3０ な た。
方、 №o e 。℡ ay 45００を沸騰した 中に2 間入れ、 そ 、 7 ０ 、 85 、 ００ タノ に2 間ず して脱水し、 さ 、 4 2 Cに保温した。 イ リ スタ H 3 (ア 式会社、 東京) に上記 理を行 な た o e eno ay 45００をセッ 、 プ イ ダイゼ ョ ( 4０ yeas Ⅶ6 2０ Ⅸ 24 ) を 、 ０ 42Cでプ イブ ダイゼ ョ を行な た。 その 、 上記 を 解した イブ ダイゼ ョ (㎜8０ 、 yeas N 2 2０ Ⅸ24 ) を 、 42Cで 48～72 間の イ ダイゼ ョンを行な た。 as e x 味で、 ホ ムア ド5 、 デキストラ 2０X 混合し、 を加 えて7 1に スアップして十分に溶解した である。 そ 、 ア イの 5 o
０Cに保温した2X を用 て 間、 さらに同条件 で ０ 間、 5 Cに保温した5０ ホ ムア ド 2X (P 7 ０)を用 て ０ 間、 42oCに保温した X を用 て な た。 その 、 十分に さ 、 eneP x4０ B( me sh㎝B osc ences )を用 て イク ア イを53 5 2㎜ ザ 光により Cy3 光を、 635 ザ 光により y5 光をスキヤ
した。 Cy3 光と ネ ギ が大き 異なるために スポッ ら られ る値を y3と y5で同じ値になるよ に 正し、 次に、 スポットでの y3 y5 ( a o) を求めた。 これをLo 換しLog ( a o)を求め、 その値を 、 横軸に は ０ 色体(C s e )の 置を№ 位の値で表示した 2
０ №9 o)の値を、 横軸は 色体の の 端 ら の 端に至るまでの 1 №の中の位置を表示した) 。 なお、 2は、 2 (ケ ス に関する) 2 (ケ ス2に関する) で構成されて る。
その 果、 ケ ス の 者では ０ 色体の ０q2432 25・1に2・ の 合体 検出され、 ケ ス2の 者では1０q2431 25・1 域に最小で3・ 2№ 5 の 合体 検出された。 これらの 域に認められた C は前 者では P 551E2 p 46N2 p 1814 P 3０H 2 P 1623 P 18０B2
11 ㎝2０、 541N 、 Ⅳ1 3０2K 、 1 8915、 1 68 であり、 後者では P 1０7 4 P ０8L7 p 16 p 137L2 P 1685 P 21N23 p 555 E2 P 1416N2 1 8 4 P 13０H 2 P 16H23 P 18０B2 P 54 N０ P 2０ 3０2K17 P 89G 5 p 1685 P ０5N15 p 32K17 P 551E2 RP 1416N2 1 814、 113０ 2であ た。 ケ ス ケ ス2を 較すると、 55 、 P 1416N2 P 1814 P 3０H 2 P 6H23 p 18０B2 P 541N０ p 3０2K17、 89 5、 1 2 N23 p 9 ０の C は両者で共通 域に 存在する。 3に、 ケ ス と2で見 だされた 合体 域 ップを示し 25 。
記の により、 精神 滞を伴 多発 形症候群は、 1０q2432 q25・1にお ける 合体 により判別 能であることが明らかにな た。 また、 少な も、 G n㎝e a 45㏄を用 て検出を行 ことにより、 精神 滞を伴
形症候群の 別が可能であるこ が明ら にな た。
これらの 果により、 ０ 4・32 5・1における 合体 を検出 能な手段を 講ずることによ て、 明の 出方法を行 ことが可能であることが確 なもの な た。 これは、 例えば、 チップ 、 サザ ット 、 ノ ザ ット 、 ア タイムR PC 、 S 、 又は、 CG 、 既知の 伝子の 法にお て、 伝子欠 検出タ ゲットとした常法に従 、 ０2432 25・ における 合体 を検出して、 精神 滞を伴 形症候 群の 別を行 ことが可能であることを意味するものである。
下に、 o e e y 45 外の 伝子検出 を用 たCG 法によ る解析 ( 2) と、 S 法による解析 ( 3) を例示するが、 これらの 法により 明の 囲が限定されるものではな 。 すなわち、 、 検出 度 が上記 伝子欠 特定することが可能な限り、 例えば、 の 伝子と ０q2432 251に相当する核酸 (オリ ク オ 、 c C
A 、 又は、 C A等) との イ ダイゼ ョ による グ ナ の ( チップ 、 サザ ブ ット 、 ノ ザ ット 、 ア タイムR PC 、 S 、 又は、 CG ) 、 ある は、 G の 色体検査 イ ダイゼ ョ 外の 象を検出原理とする手法により、 広 行 ことが可能である。
2 en 24 オ ア イ ( en ) で
ケ ス ケ ス2の 者 ら調製した ( ０・2は ) を用 て、 アジ ト社のオ aC㎝ イク ア イ 24 タイプによるCG 法での 行 た。 24 タイプのア イはヒ トゲノムの236００ 上の ド 域および ド 域をカ しており、 ヒ トゲノムの 解析が可能である。 プ ブの 均分解 能は6・ 4 である。 析 要は次の通りで en 社のプ ト に従 て行 た。 ケ ス 及びケ ス2の 者及び 常者に由来する A 2 9を 2 類 ( u と sa ) で消化し、 C K enOW a 用 た ラ ス ョン法により、 健常者 来の は y5を用 て、 患者に由 来する は Cy3を用 て 識した。 識した は c㏄㎝ 3０ e n ( ) を用 て精製した。
y3 y5で 識した を 8は1、 ・ 0 Hu n㏄ を5０ / XB ockn en 52 2XHyb d za o b e 2 を 5C 。
に加熱 、 37Cまで冷却した。 この 49 en 24 オ ク オ ア イを固定したガスケットスライド上にの て、 金具で固定して65oCで4 イ ダイゼ ョンを行 た。 ア イの№sh は、 室温の e 中 で5 間、 さらに37 Cに保 たBu 2 中で しながら 1 た。 ア イを十分に さ 、 eneP x B ( e sh B osc ences )を用 て、 イ ク ア イを532n ザ 光により y3 光を 635 ザ 光により Cy5 光を、 スキヤ した。 光と C ネ ギ が大き 異なるために ポット ら られる値を Cy5で同じ値になるよ に 正し 次に スポット でのCy3 Cめ ( a o) №9 ( a o)を求めた。 その 果を図4に示すが、 № ( a o) の値を横軸はケ ス では ０ 色体の ０2・3№ (№ スの 細には1０2 6827gbase) ら 1０6・9№ ( 細には1０6 6 455base) までの4・59№ ( 細には4593 76base) の 色体 置を示した。 ケ ス2では 軸が ０ 色体の986№ ( 細には986 2 base) ら 1０№ ( 細には
1０576455base) まで 11・9 ( 細には 1 9０8234base) の 色体の 置を示した また、 4の 端には ０ 色体 と長 の en24 オ ア イで解 析した ０ 色体全体の㎝ 析の図を示した。 グ イの線及び はそ に 記載した遺伝子の ０ 色体上の位置を示して る。 なお、 4は、 4 ( に関する) 4 (ケ ス2に関する) で構成されて る。
られた結果は実施 (b) の 果と同様であり、 サイ を詳細に評価し得 た。 ケ ス の 者では 色体の ０q2432 q25・1に 合体 検出され サイ は2・ 1№であ た。 ケ ス2の 者では 243 q25・1 域に 合体 検出され、 サイズは3・ 3 であ た。 5に、 ケ ス と2で 見 だされた 合体 域の ップを示した。
3 法による解析
滞を伴 多発 形症候群 色体 1０q243 1 25・1 域の 合 体 があることを、 S 怯を用 て確認した。 まず、 2名 血 より リ 球を調製し、 メタ ズ 色体を作製した。 、 ヒ ト 球を 5 のP o e gg n nと共に3 養し、 さらに、 ０・０25は
セ ドを 数時間 養した後、 上 除き、 ０・０75 № を加え、 3 した。 て、 除 た後、 力 ノア液で固定を行 、 スライドガラス上 に染色体を展開しメタ ズ 色体を作製した。
合体 (０q2433) に含まれる C ( 416 ) を、 、 トラ ス ョ キットを用 て 6Cでove 応し、 D gox genn dUT を取り込ま た。 様に、 ト として患者 色体 で欠 して な ０q21・2 域に含まれる C A ( P 1357 18) を同様に反応さ 、 n 6 dUTpを取り込ま た。 次に、 B C を75C ０ 間加 、 、 メタ 色体上で イ ダイゼ ョ を37 、 Ove n gh 。 イ ダイゼ ョンをしな た リ の C の 5 ０ ホ ムア ド 2xSS ( 7・０)を用 て37Cで 5 、 続 て2xS を用 て で 5 間、 さらに、 x を用 て 5 た。 次に、 蛍光 識を行 ために、 0・ ０2 v d n F几及び ・ 2は n D gox ge n h eを加えてメタフ ズ 色体上で、 37Cで さ た。 次に、 4x を用 て 間、 さらに0 ０5 T on ００を含む4xS を用 て ０ 間、 4xS を用 て 行 た。 メタフ ス は遠心 離により さ た後、 5 4 D n 2 pheny ndo ( )を たらし、 カ グラスを載せ、 顕微鏡観察を行 、 顕微鏡 真を撮影し た。 その 果、 ト の 1135718の C は2 色体 の 本の 色体を 光で染色したが、 域の1０q2433に含まれる 1 4㎝2の C は ０ 色体長 の 本の 色体だけを赤色 光で染色し た ( 6) 。 これはケ ス 2の 者で1０q2433の 域が 合体 して ることを示して る。 上の
滞を伴 形症候群の2例に て 色体の 1０q24 ０q25) の 合体 原因である事を見 だした。 その 果、 色体の 24 25 域 常の 無を検査する事により 滞を伴 形症候群の 患、 を確定診断するこ が可能となる。

Claims

2０ 求 ・ ヒ ト 色体 1 243 ０q25・1の 域の 合体 を検出するこ により、 精神 滞を伴 形症候群を判別する、 色体 の 出方法。 ・ ヒ ト 色体の1 243 ０q25・1の 域の 合体 の 出が、
０243 1 25・1 域の 部を含む との イブ ダイゼ ョ により、 ０q243 1 25・1 域の 合体 基 て発生する グナ を検出することにより行われる、 請求 に記載の 色体 の 出方 法。 ・ ヒ ト 色体 1 243 ０q25・1の 域 部を含む の イ ダイゼ ョ が、 1 243 1０ 5・1 域の 部を含む 定着した にお て行われる、 請求 2に記載の 色体 出方法。
ヒ ト 色体の1 243 1０q25・1の 域の 部を含む 、 オリ ク オ c C P C 又は C である、 2に記載の 色体 の 出方法。 ・ ヒ ト 色体 1 243 ０q25・1の 域 部を含む 、 オ ク オ c C P C 又は C である、 請求 3に記載 色体 の 出方法。 ・ ヒ ト 色体の 243 ０q25・1の 域の 全部を含む 酸を検出する手段 が、 チップ 、 サザ ット 、 ノ ザ ット 、 ア タイム R PCR 、 S 、 又は、 CG 法を用 て検出する、 請求 に 記載の 色体 の 出方法。
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