WO2011045544A2 - Procede de caracterisation d'au moins un microorganisme par spectrometrie de masse - Google Patents

Procede de caracterisation d'au moins un microorganisme par spectrometrie de masse Download PDF

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Definitions

  • the present invention relates to the field of microbiology. More specifically, the invention relates to the characterization of microorganisms from a sample using mass spectrometry.
  • microorganisms are fundamental in both clinical and industrial fields. For example, the identification of antimicrobial resistance, such as antibiotics, and the detection of virulence factors are essential for optimal patient management. Similarly, typing is crucial for epidemiological studies and for the control of nosocomial diseases.
  • the objective of the present invention is to propose a process for the characterization of microorganisms, namely identification and determination of the typing properties, resistance to at least one antimicrobial and virulence factor, which makes it possible to overcome the disadvantages of the processes of the prior art, namely to provide an inexpensive method, without specific reagents for each species, especially with respect to molecular biology methods, giving a result in a short time, less than one hour, and usable in routine clinical, without requiring highly qualified staff.
  • the entire process for characterizing microorganisms can advantageously be performed with the same mass spectrometer, which simplifies the instrumentation of the microbiological analysis laboratory.
  • the invention proposes a novel method for characterizing at least one microorganism derived from a sample, comprising the identification of said at least one microorganism and the determination of the typing properties, potential resistance to at least one antimicrobial and virulence factor, characterized in that the determination of the typing properties, resistance to at least one antimicrobial and Virulence factor for said at least one microorganism is implemented by mass spectrometry using proteins, peptides and / or metabolites as markers of said typing properties, resistance to at least one antimicrobial and virulence factor.
  • the method of the invention is such that at least three of the characterization properties of a microorganism are implemented by the mass spectrometry technique using, as markers, proteins, peptides or metabolites representative of microorganisms to be characterized.
  • microorganisms that can be characterized by the process of the invention are all microorganisms, pathogenic or not, encountered both in industry and in the clinic. It can be bacteria, viruses, protozoa or yeasts.
  • markers of the typing properties resistance to at least one antimicrobial and virulence factor is meant molecules, of protein or metabolic origin, which are characteristic of said properties.
  • a microorganism By typing a microorganism, we mean the differentiation of several strains within the same species. The typing has epidemiological value, the clinician knows if the isolated strain in the patient comes from the same source as other apparently identical strains isolated in other patients or in the environment. This allows to highlight an infectious focus in a hospital or during a food poisoning.
  • typing property markers in bacteria mention may be made of peptides having characteristic mutations, such as the transcription products of the adk, fumC, gyrB, icd, mdh, pure A and recA genes.
  • Escherichia coli and those of the arc, aroE, glpF, gmk, pta, tpi and yqiL genes of Staphylococcus aureus.
  • markers of typing properties in protozoa mention may be made of the products of the chitinase gene of Entamoeba histolytica and E. dispar.
  • markers of typing properties in viruses mention may be made of the products of the human immunodeficiency virus polymerase gene.
  • determining the resistance to at least one antimicrobial means the determination of the susceptibility of a microorganism to be destroyed by an antimicrobial.
  • ⁇ antimicrobial against which it can develop resistance is an antibiotic, if it is a protozoan, ⁇ antimicrobial is an anti-parasitic, if it is a virus, ⁇ antimicrobial is an antiviral, and, if it is a yeast, ⁇ antimicrobial is an anti-fungal
  • the proteins involved in the resistance mechanisms will differ depending on the family and the species.
  • markers of resistance to at least one antibiotic useful in bacteria mention may be made of the transcripts of the mecA gene of Staphylococcus aureus, conferring resistance to Meticillin, and making it possible to indicate whether the strains are methicillin-resistant (MRSA strains) or methicillin-sensitive (MSSA strains). It is also possible to mention the TEM-2 protein which makes it possible to indicate whether the strains of Escherichia coli are penicillin-resistant but sensitive to other classes of cephalosporin or carbapenem antibiotics. Another marker is the enzyme called KPC (for Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase) that confers carbapenem resistance.
  • KPC Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase
  • a resistance marker for Staphylococcus aureus is the representative metabolic profile of vancomycin resistance as described by Alexander E. et al in the poster "Metabolomics-based approach to antibiotic resistance in Staphylococcus aureus" presented at the Congress of ASMS, 2009.
  • markers of resistance to at least one anti-parasite useful in protozoa mention may be made of iron-containing superoxide dismutase (Fe-SOD) and peroxyredoxine whose increased expression confers resistance to metronidazole.
  • a marker for resistance to at least one antiviral useful in viruses mention may be made of the mutations of the human immunodeficiency virus reverse transcriptase enzyme, conferring a decreased sensitivity to nucleoside transcriptase inhibitors. reverse.
  • markers of resistance to at least one antifungal useful in yeasts mention may be made of the mutation of the enzyme Candida albicans 1-3-bD-glucan synthase, conferring diminished sensitivity to echinocandins .
  • the fluconazole target is an enzyme, lanosterol demethylase, involved in the synthesis of ergosterol, the main constituent of the fungal wall. Resistance to fluconazole may be associated with the occurrence of point mutations in the ergl 1 gene encoding lanosterol demethylase.
  • Determination of the virulence of a microorganism is the evaluation of the pathogenic, harmful and violent nature of the microorganism.
  • virulence marker in bacteria PVL (Panton-Valentine Leucocidin), a cyto lytic toxin with two synergistic components (LukFet LukS), present in Staphylococcus aureus, which is one of the the most virulent toxins causing skin damage, extensive cellulitis, osteomyelitis and necrotizing pneumonias, and is implicated in viral superinfections.
  • Both cytotoxins are considered important virulence factors of enterohaemorrhagic Escherichia coli. They are responsible for complications such as hemorrhagic colitis or hemolytic uremic syndrome.
  • virulence marker in protozoa mention may be made of antioxidants (Fe-hydrogenase 2, peroxiredoxine, superoxide dismutase) present in Entamoeba histolytica, a species responsible for dysentery, hepatic abscess.
  • antioxidants Fe-hydrogenase 2, peroxiredoxine, superoxide dismutase
  • virulence marker in viruses mention may be made of the variant of the Nef protein in human immunodeficiency virus type 1, the most pathogenic type in humans.
  • virulence marker in yeasts mention may be made of lipase 8 in Candida albicans, a species responsible for superficial candidiasis but also septicemic and disseminated candidiasis.
  • the method of the invention can be implemented to characterize bacteria, said antimicrobial then being an antibiotic, which constitutes an embodiment of the invention.
  • bacteria that can be characterized according to the process of the invention, mention may be made of:
  • Immunoglobulin G-binding protein A also called protein A
  • PBP2a protein for resistance or even typing
  • PVL protein for virulence or even typing
  • Candida albicans using the enzyme 1-3-b-D-glucan synthase or the enzyme lanosterol demethylase as a marker of resistance and typing, as well as lipase 8 as a marker of virulence and typing.
  • the sample on which the process of the invention can be implemented is any sample likely to contain a target microorganism.
  • the sample may be of biological origin, whether animal, plant or human. It can then correspond to a biological fluid sample (whole blood, serum, plasma, urine, cerebrospinal fluid, organic secretion, for example), a tissue sample or isolated cells.
  • This sample can be used as it is insofar as the markers of characterization of the microorganisms are available in the sample tested, or it can undergo prior to the analysis, an enrichment-type preparation, extraction, concentration, purification, culture, according to methods known to those skilled in the art.
  • the sample may be of industrial origin, or, according to a non-exhaustive list, an air sample, a water sample, a sample taken from a surface, a part or a manufactured product, a food product.
  • food-based samples include, but are not limited to, a sample of milk products (yogurts, cheeses,), meat, fish, eggs, fruit, vegetables, water, and beverages ( milk, fruit juice, soda, etc.). These food-based samples can also come from sauces or elaborate dishes.
  • a food sample may finally be derived from a feed intended for animals, such as in particular animal meal.
  • the sample to be analyzed is preferentially treated beforehand to generate peptides from all the proteins present in the sample. to fragment these proteins into peptides, for example by digestion with a proteolytic enzyme (protease), or by action of a chemical reagent.
  • proteolytic enzyme proteolytic enzyme
  • the cleavage of the proteins can be done by a physico-chemical treatment, a biological treatment or a combination of the two treatments.
  • Treatment with hydroxyl radicals causes cleavage of the peptide bonds which occurs randomly on any peptide bond of the protein.
  • concentration of hydroxyl radicals determines the number of cleavages operated and therefore the length of the peptide fragments obtained.
  • Other chemical treatments may also be used such as, for example, cyanogen bromide (CNBr) treatment which specifically cleaves the peptide bonds at the carboxylic group of the methionyl residues. It is also possible to carry out partial acid cleavage at the aspartyl residues by heating at 1000 ° C a solution of proteins in trifluoroacetic acid.
  • proteases Protein treatment by enzymatic digestion is nevertheless preferred over physicochemical treatment because it preserves the structure of proteins more, and is easier to control.
  • enzymatic digestion is meant the single or combined action of one or more enzymes under appropriate reaction conditions.
  • proteases cut proteins at specific places. Each protease generally recognizes a sequence of amino acids in which it always performs the same cut. Some proteases recognize a single amino acid or a sequence of two amino acids between which they cleave; other proteases only recognize longer sequences. These proteases may be endoproteases or exoproteases.
  • proteases as described in WO2005 / 098071:
  • enzymes such as trypsin which cleaves the peptide bond at the carboxyl group of the Arg and Lys residues, the endolysin which cleaves the peptide bond of the -CO group of lysines, the chymotrypsin which hydrolyzes the peptide bond at the carboxylic group aromatic residues (Phe, Tyr and Trp), pepsin which cuts at the level of the NH 2 group of aromatic residues (Phe, Tyr and Trp), the V8 protease of the V8 strain of Staphylococcus aureus which cleaves the peptide bond at the level of carboxylic group of the Glu residue;
  • thermolysin from the bacteria
  • Bacillus thermoproteolyticus which hydrolyzes the peptide bond of the NH 2 group of hydrophobic amino acids (Xaa-Leu, Xaa-Ile, Xaa-Phe), subtilisin and pronase which are bacterial proteases which hydrolyze substantially all the bonds and can transform the proteins oligopeptides under controlled reaction conditions (enzyme concentration and reaction time).
  • proteases can be used simultaneously, if their modes of action are compatible, or they can be used successively.
  • the digestion of the sample is preferably carried out by the action of a protease enzyme, for example trypsin.
  • peptides using a chemical reagent or a protease can be obtained by simple reaction in solution. It can also be implemented with a microwave oven [11], or under pressure [12], or even with an ultrasonic device [13]. In these last three cases, the protocol will be much faster.
  • the peptides specific for the protein are called proteotypic peptides. These are the ones that will be measured by mass spectrometry.
  • the characterization markers are proteins of the microorganism to be characterized. In particular, said proteins are digested into peptides, preferably by an enzyme, more preferably by trypsin.
  • sample containing proteinaceous characterization markers may also be pretreated for purification purposes.
  • this pretreatment purification may be carried out before or after the peptide generation step as described above.
  • sample treatment is widely known to those skilled in the art and may in particular implement centrifugation, filtration, electrophoresis or chromatography techniques. These separative techniques can be used alone or combined with one another to achieve multidimensional separation.
  • multidimensional chromatography can be used by combining ion exchange chromatography separation with reverse phase chromatography, as described by T. Fortin et al. [14], or H. Keshishian et al. [15].
  • the chromatographic medium may be in column or cartridge (solid phase extraction).
  • the electrophoretic or chromatographic fraction (or the retention time in mono or multidimensional chromatography) of the proteotypic peptides is characteristic of each peptide and the implementation of these techniques therefore makes it possible to select the proteotypic peptide (s) to be assayed.
  • Such fractionation of the generated peptides makes it possible to increase the specificity of the subsequent assay by mass spectrometry.
  • N-glycopeptides [16] and patent application WO 2008/066629). Nevertheless, such a purification only allows the quantification of the peptides having undergone a post-translational modification of the N-glycosylation type. However, not all proteins are glycosylated, which limits its use.
  • the mass spectrometry to be implemented in the process of the invention is widely known to those skilled in the art as a powerful tool for the analysis and the detection of different types of molecules.
  • any type of molecule that can be ionized can be detected as a function of its molecular mass using a mass spectrometer.
  • some mass spectrometry technologies may be more suitable.
  • the method of mass spectrometry used for the detection comprises a step of ionization of the target molecule into so-called molecular ions, in this case a step of ionization of the characterization markers, and a step of separation of the molecular ions obtained according to their mass.
  • a mass analyzer for separating ionized markers, or molecular ions, as a function of their mass-to-charge ratio (m / z);
  • a detector for measuring the signal produced either directly by the molecular ions, or by ions produced from the molecular ions, as detailed below.
  • the ionization step necessary for the implementation of mass spectrometry can be carried out by any method known to those skilled in the art.
  • the ionization source makes it possible to bring the molecules to be assayed under a gaseous and ionized state.
  • An ionization source can be used either in positive mode to study positive ions, or in negative mode to study negative ions.
  • EI electron ionization
  • CI chemical ionization
  • DCI chemical desorption ionization
  • FAB fast atom bombardment
  • MAB metastable atoms
  • SIMS ions
  • ICP inductive plasma coupling
  • MALDI -Magnetic-assisted laser desorption-ionization
  • SELDI surface
  • DIOS on silicon
  • the ionization can be implemented as follows: the sample containing the target molecules is introduced into an ionization source, where the molecules are ionized by ionization. gaseous state and thus transformed into molecular ions which correspond to the initial molecules.
  • An electrospray ionization source (ESI for ElectroSpray Ionization) makes it possible to ionize a molecule while passing it from a liquid state to a gaseous state.
  • the molecular ions obtained correspond to the molecules present in the liquid state, with positive mode one, two or even three or more additional protons and therefore carry one, two or even three or more charges.
  • the target molecule is a protein
  • ionization of the proteotypic peptides obtained after fractionation of the target protein by means of an electrospray-type source operating in a positive mode, leads to gaseous polypeptide ions, with one, two or even three or more additional protons and which therefore carry one, two, or even three or more charges, and allows a transition from a liquid state to a gaseous state [17].
  • This type of source is particularly well suited when the target molecules or proteotypic peptides obtained are previously separated by reverse phase liquid chromatography. Nevertheless, the ionization efficiency of the molecules present in the sample may vary according to the concentration and nature of the different species present. This phenomenon results in a matrix effect well known to those skilled in the art.
  • a MALDI ionization source will ionize molecules from a solid state sample.
  • the mass analyzer in which is implemented the step of separating the ionized markers according to their mass / charge ratio (m / z) is any mass analyzer known to those skilled in the art.
  • the separation of the molecular ions as a function of their m / z ratio can be carried out only once (simple mass spectrometry or MS), or several successive MS separations can be carried out.
  • MS / MS When two successive MS separations are made, the analysis is called MS / MS or MS 2 . When three successive MS separations are performed, the analysis is called MS / MS / MS or MS 3 and more generally, when n successive MS separations are made, the analysis is called MS n .
  • the modes SRM Select Reaction Monitoring
  • MRM Multiple Reaction Monitoring
  • MS 2 separation a particular use of MS 2 separation.
  • MRM mode 3 is a particular use of separation in MS / MS / MS. This is called targeted mass spectrometry.
  • first generation fragment ion means an ion derived from the precursor ion, following a fragmentation step and whose mass-to-charge ratio m / z is different from the precursor ion.
  • the pairs (m / z) i and (m / z) 2 are called transitions and are representative of the characteristic ions to be detected.
  • Proline peptides can be considered favorable because they usually produce intense fragments of MS / MS with only one very large peak. However, a single very large fragment does not validate the identity of the transition in a complex mixture. Indeed, only the simultaneous presence of several characteristic fragments makes it possible to verify that the desired precursor ion is well detected,
  • the selection of fragments with a mass greater than the precursor is preferred to promote specificity. For this, it is necessary to select a dicharged precursor ion and select the most intense first generation fragment ion having a mass greater than the precursor, ie a single-generation fragment ion unloaded.
  • the fragmentation of the selected precursor ions is implemented in a fragmentation cell such as the triple quadrupole type [21], or ion trap type [22], or type of flight time (TOF) type [23], which also allow the separation of ions.
  • the fragmentation or fragmentation will be conventionally carried out by collision with an inert gas such as argon or nitrogen, within an electric field, by photoexcitation or photodissociation using an intense light source, collision with electrons or radical species, by applying a potential difference, for example in a flight time tube, or by any other mode of activation.
  • the characteristics of the electric field condition the intensity and the nature of the fragmentation.
  • the electric field applied in the presence of an inert gas conditions the collision energy supplied to the ions.
  • This collision energy will be optimized, by the skilled person, to increase the sensitivity of the transition to be assayed. For example, it is possible to vary the collision energy between 5 and 180 e 'V q2 in a mass spectrometer AB SCIEX QTRAP® 5500 from Applied Biosystems (Foster City, United States of America ).
  • the duration of the step of collision and excitation energy within, for example, an ion trap will be optimized, by the skilled person, to lead to the most sensitive assay.
  • excitation time 0.010 and 50 ms and the excitation energy between 0 and 1 (arbitrary unit) in Q3 in an AB SCIEX mass spectrometer.
  • QTRAP® 5500 from Applied Biosystems.
  • the detection of the selected characteristic ions is done in a conventional manner, in particular thanks to a detector and a treatment system.
  • the detector collects ions and produces an electrical signal whose intensity depends on the amount of ions collected.
  • the signal obtained is then amplified so that it can be processed by computer.
  • a computer set of data processing makes it possible to transform the information received by the detector into a mass spectrum.
  • the principle of the SRM mode, or even the MRM mode, is to specifically select a precursor ion, to fragment it, and then to specifically select one of its fragment ions.
  • devices of the triple quadrupole type or triple quadrupole hybrids with ion trap are generally used.
  • the first quadrupole (Ql) makes it possible to filter the molecular ions corresponding to the characteristic proteotypic peptides of the protein to be assayed and obtained during a previous step of digestion, according to their mass-to-charge ratio (m / z). Only the peptides having the mass / charge ratio of the desired proteotypic peptide, called ratio (m / z) i, are transmitted in the second quadrupole (q2) and act as precursor ions for the subsequent fragmentation.
  • the q2 analyzer makes it possible to fragment the peptides of mass / charge ratio (m / z) i into first generation fragment ions. Fragmentation is generally achieved by collision of the precursor peptides with an inert gas, such as nitrogen or argon in q2.
  • the first generation fragment ions are transmitted in a third quadrupole (Q3) which filters the first generation fragment ions according to a mass-to-specific charge ratio called ratio (m / z) 2 .
  • Q3 third quadrupole
  • Only the first generation fragment ions having the mass / charge ratio of a characteristic fragment of the desired proteotypic peptide (m / z) 2 are transmitted in the detector to be detected or even quantified.
  • This mode of operation has a double selectivity, in relation to the selection of the precursor ion on the one hand and the selection of the first generation fragment ion on the other hand. Mass spectrometry in SRM or MRM mode is therefore advantageous for quantification
  • mass analyzers can be coupled together. For example, a first analyzer separates the ions, a collision cell makes it possible to fragment the ions, and a second analyzer separates the fragment ions.
  • Some analyzers such as ion traps or FT-ICR, are several analyzers in one and can fragment the ions and analyze the fragments directly.
  • the method of the invention comprises one or more of the following features:
  • MS / MS type spectrometry which has the advantage of generating a specific fragment of the molecule to detect or quantify, and thus to bring great specificity to the assay method;
  • MS / MS spectrometry is MRM, which has the advantage of using an analysis cycle time in the mass spectrometer of a few tens of milliseconds, which makes it possible to detect or quantify with great sensitivity, and in a multiplexed manner, a large number of different molecules;
  • the determination of the typing properties, antimicrobial resistance and virulence factor is carried out in the same mass spectrometry apparatus, preferably simultaneously, which has the advantage of reducing the analysis time and the cost of the instrument, it also facilitates the processing and rendering of results.
  • the microorganism (s) present in the test sample should be identified.
  • the identification can be carried out directly from the sample in which the identification is carried out, or the microorganisms contained in the sample can be cultivated by methods well known to those skilled in the art with culture and optimum culture conditions adapted according to the species of microorganisms to be sought, as described by Murray PR et al. in Manual of Clinical Microbiology, 2007, 9th Edition, Vol. I, Section III, Chapter 14, and in particular in Vol. I, Section IV, Chapter 21 for bacteria, Vol. II, Section VI, Chapter 81 for viruses, Vol. II, Section VIII, Chapter 117 for yeast, and Vol. II, Section X, Chapter 134 for protozoa.
  • PCR molecular biology
  • the identification may also be carried out by mass spectrometry, according to the techniques described above, preferably by MS, by MS / MS, or by MS followed by MS / MS type spectrometry, which constitutes a mode of measurement.
  • the sample may be subjected beforehand to a culture step such as an agar seeding.
  • MS identification method by MS is advantageous because it can be achieved in a few minutes and requires a mass spectrometer with a single analyzer, ie a less complex instrument than a spectrometer. tandem mass used in MS / MS.
  • MS identification method followed by MS / MS type spectrometry is also advantageous. It makes it possible to ascertain the identity of the ions observed in MS, which increases the specificity of the analysis.
  • MRM type MS / MS identification method has the advantage of being more sensitive and simpler than the traditional MS and MS / MS approaches. This method requires neither high-performance software to process the information between the acquisition of the MS spectrum and the MS / MS spectrum, nor change the setting of the machine parameters to link MS and then MS / MS spectra.
  • the MS identification method can be implemented with a raw sample electrospray source, as described by S. Vaidyanathan et al. [27] or by R. Everley et al. [8] after chromatographic separation. Different ranges of m / z then make it possible to identify the microorganisms.
  • S. Vaidyanathan et al. used a window between 200 and 2000 Th and R. Everley et al. a window between 620 and 2450 Th.
  • Mass spectra can also be deconvolved to access the mass of proteins regardless of their state of charge.
  • R. Everley et al. thus exploited the masses between about 5,000 and 50,000 Da.
  • the MS identification method can also be implemented using a MALDI-TOF, as described by Claydon et al [3] and T. Krishnamurthy and P. Ross [4].
  • the analysis combines the acquisition of a mass spectrum and the interpretation of an expert software. It is extremely simple and can be done in minutes. This identification process is currently spreading in medical analysis laboratories [28].
  • the classical approach consists in i) acquiring a spectrum MS, ii) successively selecting each precursor ion observed on the spectrum MS with an intense signal, iii) successively fragmenting each precursor ion and acquiring its spectrum MS / MS, iv) interrogating bases
  • Protein data such as SWISS-PROT or NCBI, through software such as Mascot (Matrix Science, London, United Kingdom) or SEQUEST (Thermo Scientific, Waltham, USA), to identify the peptide having a high probability of matching the observed MS / MS spectrum.
  • This method can lead to the identification of a microorganism if a protein or peptide characteristic of the species is identified.
  • the identification of said at least one microorganism is implemented by a conventional method of identification and the method of the invention comprises an additional step of confirming the identification of said at least one microorganism, which confirmation step is implemented by mass spectrometry, according to the techniques described above for the identification of microorganisms.
  • the mass spectrometry of the confirmation step is an MS / MS type mass spectrometry, preferably an MRM.
  • One of the advantages of the use of mass spectrometry is that it is particularly useful for quantifying molecules, in this case markers of the typing properties, resistance to at least one antimicrobial.
  • the current intensity detected is used, which is proportional to the amount of target molecule.
  • the current intensity thus measured may be used as a quantitative measure to determine the quantity of target molecule present, which is characterized by its expression in units of the International System (SI) of type mol / m 3 or kg / m 3 , or by the multiples or sub-multiples of these units, or by the usual derivatives of the SI units, including their multiples or submultiples.
  • SI International System
  • units such as ng / ml or fmol / 1 are units characterizing a quantitative measurement. Calibration is nevertheless necessary in order to be able to correlate the area of the peak measured, corresponding to the intensity of current induced by the ions detected, with the quantity of target molecule to be assayed.
  • the calibrations conventionally used in mass spectrometry can be implemented in the context of the invention.
  • MRM assays are typically calibrated using external standards or, preferably, using internal standards as described by T. Fortin et al. [14].
  • the target molecule is a proteotypic peptide, which makes it possible to assay a protein of interest
  • the correlation between the quantitative measurement and the quantity of target proteotypic peptide, and subsequently of the protein of interest is obtained by calibrating the signal measured with respect to a standard signal for which the quantity to be determined is known.
  • Calibration can be performed by means of a calibration curve, for example obtained by successive injections of standard prototypic peptide at different concentrations (external calibration), or preferentially by internal calibration using a heavy peptide, as standard internal, for example according to the AQUA, QconCAT or PSAQ methods detailed below.
  • “heavy peptide” is meant a peptide corresponding to the proteotypic peptide, but in which one or more carbon atoms 12 ( 12 C) is (are) replaced by carbon 13 ( 13 C), and / or a or more nitrogen atoms 14 ( 14 N) is (are) replaced by nitrogen ( 15 N).
  • AQUA heavy peptides
  • the principle is to artificially synthesize proteotypic peptides with amino acids with heavier isotopes than the usual natural isotopes.
  • amino acids are obtained, for example, by replacing some of the carbon atoms 12 ( 12 C) with carbon 13 ( 13 C), or by replacing some of the nitrogen atoms 14 ( 14 N) with nitrogen. 15 ( 15 N).
  • the artificial peptide (AQUA) thus synthesized has the same physicochemical properties as the natural peptide (with the exception of a higher mass).
  • the sample is generally added, at a given concentration, to the sample, upstream of the mass spectroscopy assay, for example between the treatment resulting in the cleavage of the proteins of the sample of interest and the fractionation of the peptides obtained after the analysis. treatment stage.
  • the AQUA peptide is co-purified with the natural peptide to be assayed, during the fractionation of the peptides. Both peptides are therefore injected simultaneously into the mass spectrometer, for the assay. They then undergo the same ionization yields in the source.
  • a variant of the AQUA technique has been proposed by J.-M. Pratt et al. [32] as QconCat. This variant is also described in the patent application WO 2006/128492. It consists of concatenating different AQUA peptides and producing the artificial polypeptide as a heavy recombinant protein. The recombinant protein is synthesized with amino acids having heavy isotopes. In this way, it is possible to obtain a standard for calibrating the simultaneous determination of several proteins at a lower cost.
  • the QconCAT standard is added from the beginning, upstream of the treatment leading to the cleavage of the proteins and before the steps of protein fractionation, denaturation, reduction and then blocking of the thiol functions of the proteins, if these are present.
  • the QconCAT standard therefore undergoes the same treatment cycle leading to cleavage of proteins as the natural protein, allowing for the performance of the protein-cleaving processing step. Indeed, the treatment, in particular by digestion, of the natural protein may not be complete. In this case the use of an AQUA standard would underestimate the amount of natural protein. For an absolute dosage, it may therefore be important to consider processing efficiencies that lead to protein cleavage.
  • V. Brun et al. [33] showed that sometimes the QconQAT standards did not exactly reproduce the processing efficiency, particularly by digestion of the natural protein, probably due to a different three-dimensional conformation of the QconCAT protein.
  • the internal standard is a recombinant protein, having the same sequence as the natural protein but synthesized with heavy amino acids. The synthesis is carried out ex-vivo with heavy amino acids.
  • This standard has the exact same physicochemical properties as the natural protein (except for a higher mass). It is added from the beginning, before the protein fractionation step, when the latter is present. It is therefore co-purified with the native protein, during the step of fractionation of proteins. It has the same processing yield, especially by digestion, as the native protein.
  • the heavy peptide obtained after cleavage is also co-purified with the natural peptide, if a peptide fractionation step is performed.
  • the two peptides are therefore injected simultaneously into the mass spectrometer, for quantitative determination. They then undergo the same ionization yields in the source.
  • the comparison of the peak areas of the natural peptides and the reference peptides in the PSAQ method makes it possible to calculate the concentration of the protein to be assayed taking into account all the steps of the assay procedure.
  • the method of the invention allows the characterization of Staphylococcus aureus.
  • the characterization of Staphylococcus aureus implements at least one peptide as follows:
  • peptides being chosen, preferably, from peptides of SEQ ID sequence N ° 2, 3, 4, 5, 6, 7 and 8 as defined below:
  • said peptides being chosen, preferably, from the peptides of sequence SEQ ID 0 to 17 as defined below:
  • peptides being chosen, preferably, from the peptides of sequence SEQ ID9, 20, 21, 23 and 24 as defined below: Peptide SEQ ID No. amino acid sequence Location in SEQ ID No. 18
  • RL30 50S ribosomal protein L30 protein
  • SSAA2 Staphylococcal secretory antigen ssaA2
  • UPF0337 protein SA0772 Y772
  • Bifunctional autolysin ATL
  • Elongation factor Tu Elongation factor Tu
  • ISAA Probable transglycolase isaA
  • UPF0457 protein SA1975.1 Y197A
  • SEQ ID NO: 33 MADESKFEQAKGNVKETVGNVTDNK LENEGKEDKASGKAKEFVENAKE KATDFIDKVKGNKGE
  • SKQQQIDKSIYLYGSVNGKSGWVSKAYLVDTAKPTPTPIPKPSTPTTNNKLT VSSLNGVAQINAKNNGLFTTVYDKTGKPTKEVQKTFAVTKEASLGGNKFY LVKDYNSPTLIGWVKQGDVIY NAKSPVNVMQTYTVKPGTKLYSVPWGT YKQEAGAVSGTGNQTFKATKQQQIDKSIYLFGTVNGKSGWVSKAYLAVPA APKKAVAQPKTAVKAYTVTKPQTTQTVSKIAQVKP NTGIRASVYEKTAK NGAKYADRTFYVTKERAHGNETYVLL NTSHNIPLGWFNVKDLNVQNLG KEVKTTQKYTVNKS NGLSMVPWGTKNQVILTG NIAQGTFNATKQVSV GKDVYLYGTINNRTGWVNAKDLTAPTAVKPTTSAAKDYNYTYVIK GNG YYYVTPNSDTA
  • MAMTVKKD NEVRIQWRVADIKIPTSEIK ITQDQDIHAVPKLDSKDVSRI GSTFGKTNRVIIDTEDHEYIIYTQNDQKVYNELTK
  • said peptides being chosen, preferably, from the peptides of sequence SEQ ID6, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 and 45 as defined below:
  • the method of the invention can also use at least one peptide of sequence SEQ ID NO: 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 , 19, 20, 21, 23, 24, 26, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 and 45, which are useful for determining the potential resistance to at least an antibiotic or virulence, as indicated previously.
  • At least one peptide is understood to mean at least one, at least two, at least three, at least four, at least five, at least 6 or more representative peptides of the label to be detected.
  • at least two or even at least three or even at least four peptides per characteristic will be used.
  • the method of the invention allows the characterization of Escherichia coli.
  • the Escherichia coli characterization employs at least one peptide as follows:
  • ASPA Aspartate ammonia-lyase
  • ASPA Aspartate ammonia-lyase
  • ASPA sous synthase alpha subunit
  • AATA the sous synthase alpha subunit
  • AATA the chaperonin 10 kDa
  • CH60 DNA-binding protein HU-beta
  • DCEB Glutamate decarboxylase
  • DHSA DNA protection dring starvation protein
  • DPS DNA-binding protein H -NS
  • MDH Phosphoglycerate kinase
  • PUR7 Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
  • ribosomal protein L4 (RL4), the 30S ribosomal protein SI (RS1), the UPF0076 protein yjgF (YJGF), of SEQ ID NOs: 138 to 152, respectively:
  • TEM-2 beta-lactamase protein (TEM-2) of the following sequence SEQ ID No. 126:
  • peptides being chosen, preferably, from the peptides of sequence SEQ ID2 to 66 as defined below: Peptide SEQ ID No. amino acid sequence Location in SEQ ID NO: 126
  • peptides being chosen, preferably, from the peptides of sequence SEQ ID No. 85, 86 and 87 as defined below: Peptide SEQ ID No. amino acid sequence Location in SEQ ID NO: 153
  • MGLFNFVKDAGEKLWDAVTGQHDKDDQAK VQEHLNKTGIPDADKVNI QIADGKATVTGDGLSQEAKEKILVAVGNISGIASVDDQVKTATPATASQFY TVKSGDTLSAISKQVYGNANLYNKIFEANKPMLKSPDKIYPGQVLRIPEE said peptides being chosen, preferably, from the peptides of sequence SEQ ID6 to 61 as defined below:
  • the method of the invention can also use at least one peptide of sequence SEQ ID NO: 46 to 66 and 85 to 87, which are useful for the determination of potential resistance to at least one antibiotic, identification or virulence, as previously indicated.
  • the method of the invention allows the characterization of Candida albicans.
  • Candida albicans implements at least one peptide as follows:
  • ADH1 Alcohol dehydrogenase 1
  • ALF Fructose-Biphosphate Aldolase
  • CP51 Lanosterol 14-alpha demethylase
  • F-COSII protein box CS11
  • Phosphoglycerate kinase Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • PPIA Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • 60S ribosomal protein L13 R13
  • 60S ribosomal protein L28 R28
  • 60S ribosomal protein L36 R36
  • 40S ribosomal protein S22 RS22
  • Triosephosphate isomerase TPIS
  • peptide belonging to the Lanosterol 14-alpha demethylase protein (CP51), of sequence SEQ ID No. 157 said peptides being preferably chosen from peptides of sequence SEQ ID No.117 to 122 and 177, such as as defined above. 3.
  • CP51 Lanosterol 14-alpha demethylase protein
  • peptide belonging to the protein Lipase 8 (LIP8) of sequence SEQ ID No. 163 said peptides being preferably chosen from peptides of sequence SEQ ID No. 123 to 125, as defined above.
  • Peptides useful for the purposes of the invention of sequence SEQ ID NO: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 19, 20, 21, 23, 24, 26, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 to 125, 177 are novel and constitute another object of the invention.
  • Optimal culture media and optimal culture conditions are different depending on the species of microorganism. By default the sample is sown on different media: o Columbia sheep blood agar (ref bioMérieux 43041) for 18 to 24 h at 35 ° C, with or without anaerobe;
  • the identification is implemented as follows:
  • the identification is implemented as follows:
  • the matrix used is a saturated solution of HCCA (alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid) in organic solvent (50% of acetonitrile and 2.5% of trifluoroacetic acid)
  • the identification is implemented as follows:
  • ASTI 3 ASTI 4
  • Example 4 Each sample is treated according to Example 4, then a volume of 5 ⁇ l of digested proteins is injected and analyzed according to the following conditions:
  • the eluate at the end of the chromatographic column is directly injected into the ionization source of the QTRAP® 5500 type mass spectrometer from Applied Biosystems (Foster City, United States of America).
  • the peptides, resulting from the digestion of the proteins of the microorganism, are analyzed by the mass spectrometer in MRM mode. Only the peptides indicated in TABLE 2 are detected. For this, the first generation fragment (s) indicated in TABLE 2 are detected.
  • the application, to which each transition corresponds, ie each peptide associated with its first generation fragment, is specified in the column of clinical interest of TABLE 2 with the letters I, T, R and V. I designate the confirmation of the identification of the microorganism, typing, resistance to at least one antibiotic and detection of virulence factors.
  • Inter-scan break 5.00 msec
  • Source temperature 500.00 ° C
  • Nebulizing gas 50.00 psi
  • Heating gas 40.00 psi
  • Orifice potential 100, 00 V
  • VIR6 s. aureus 29 1 1 VIR7 S. aureus 24 0 10
  • VIR26 C. difficile 0 1 0
  • samples ID7, AST2, VIR21 and VIR26 show less
  • the S. aureus strains ID2, ID4, ID2bis, ID4bis, ASTI3 and ASTI4 present more than 8 positive transitions for the R category, thus expressing the Penicillin Binding Protein (PLP2a), which is synonymous with a mechanism resistance to Penicillins Group M (eg Meticillin).
  • PBP2a Penicillin Binding Protein
  • S. aureus strains ID3, ID3bis, AST7, AST8, VIR5, VIR6 and VIR7 have less than 3 positive transitions for category V, so they do not express PLP2a. These strains are therefore sensitive to an antibiotic such as a group M penicillin.
  • strains ID7, AST2, VIR21 and VIR26 that do not belong to the S. aureus species also have less than 3 transitions for the R category, so they do not express PLP2a, which confirms the specificity of the method.
  • the S. aureus VIR5 and VIR7 samples show more than 9 positive transitions in category V, thus expressing the Panton-Valentine Leucocidin (PVL) protein.
  • PVL Panton-Valentine Leucocidin
  • strains ID2, ID3, ID4, ID2bis, ID3bis, ID4bis, AST7, AST8, ASTI3, ASTI4 and VIR6 of S. aureus present less than 3 positive transitions, they therefore do not express PVL. These strains therefore do not have the virulence properties associated with PVL.
  • Strains ID7, AST2, VIR21 and VIR26 that do not belong to the S. aureus species also have less than 3 transitions for category V, so they do not express PVL, which confirms the specificity of the method. For typing, category T transitions of each strain are compared to transitions of other strains considered as reference strains.
  • a value of 0 is assigned when the transitions between the two strains fall into the same category (positive or negative) and a value of 1 is assigned when the transitions between the two strains fall into different categories (a positive and a negative transition). a negative transition).
  • the values are summed for all category T transitions of each pair of stumps to establish a score. The scores are shown in TABLE 6:
  • strains that have a score less than or equal to 4 are of the same type, strains that have a score strictly greater than 4 are of different type.
  • the ID2 and ID2bis, ID3 and ID3bis, ID4 and ID4bis, AST7 and AST8 strains are of the same type. All other strains taken in pairs are of different types. It is necessary note the high sums obtained between strains ID7, AST2, VIR21 and VIR26, which are not S. aureus, and all the other strains that are S. aureus. These results confirm the specificity of the method.
  • the method thus implemented thus makes it possible not only to establish whether 2 strains are of the same type, which is important for identifying a common infectious focus, but also for estimating the proximity of 2 strains, which is extremely important for the patients. epidemiological studies.
  • the present invention makes it possible in less than an hour, which is very short, to confirm the identity of a species such as S. aureus and to determine, simultaneously within the same analysis, typing properties, potential resistance to at least one antibiotic and establishing the existence of virulence factor. These properties have been established with the same instrument, which greatly facilitates the analysis and the rendering of the results. Finally, the characteristics of bacteria are established using bacterial proteins, which reflects the existence of living and viable microorganisms, unlike characterizations from bacterial DNA that can be distorted by the existence of dead bacteria.
  • Steps 1 to 10 idem example 4.
  • the eluate is evaporated with a SpeedVac® SPD2010 evaporator (Thermo Electron Corporation, Waltham, Massachusetts, USA) for 2 hours to obtain a volume of approximately ⁇ .
  • Example 6 Each sample is treated according to Example 6, then a volume of 5 ⁇ l of digested proteins is injected and analyzed according to the following conditions:
  • the eluate at the end of the chromatographic column is directly injected into the ionization source of the QTRAP® 5500 type mass spectrometer from Applied Biosystems (Foster City, United States of America).
  • the peptides, resulting from the digestion of the proteins of the microorganism, are analyzed by the mass spectrometer in MRM mode. Only the peptides indicated in TABLE 8 are detected. For this, the first generation fragment (s) indicated in TABLE 8 are detected.
  • the application, to which each transition corresponds, ie each peptide associated with its first-generation fragment, is specified in the column of clinical interest of TABLE 8 with the letters I, T, R and V. I designates the confirmation of the identification of the microorganism, typing, resistance to at least one antibiotic and detection of virulence factors.

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Abstract

La présente invention concerne un procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme issu d'un échantillon, comprenant l'identification dudit au moins un microorganisme et la détermination des propriétés de typage, résistance potentielle à au moins un antimicrobien et facteur de virulence, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence pour ledit au moins un microorganisme est mise en œuvre par spectrométrie de masse en utilisant des protéines, peptides et/ou métabolites en tant que marqueurs desdites propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence.

Description

Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme par spectrométrie de masse
La présente invention concerne le domaine de la microbiologie. Plus précisément, l'invention concerne la caractérisation de microorganismes issus d'un échantillon en utilisant la spectrométrie de masse.
Depuis la découverte des microbes par Pasteur, les microorganismes sont étudiés par microscopie et analyses biochimiques. Ces méthodes traditionnelles sont souvent longues et fastidieuses et des alternatives analytiques ont très tôt été recherchées. C'est ainsi que l'analyse de bactéries par spéctrométrie de masse a été initiée dès 1975 par J. Anhalt et C. Fenselau [1].
Ces travaux préliminaires ont été suivis par l'étude en chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS) d'acides gras de la paroi des microorganismes [2]. Cette méthode a été popularisée sous l'appellation anglo- saxonne de FAME pour Fatty Acid Methyl Ester. Elle constitue actuellement une méthode de référence pour les études taxonomiques. Son utilisation reste cependant limitée à certains laboratoires spécialisés maîtrisant le traitement de l'échantillon par saponification, hydrolyse et dérivation.
En 1996, les travaux de M. Claydon et al [3] ainsi que de T. Krishnamurthy et P. Ross [4] ont montré la possibilité d'identifier différentes espèces bactériennes avec un spectromètre de masse de type MALDI-TOF (acronyme de l'anglais Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time Of Flight). L'analyse associe l'acquisition d'un spectre de masse et l'interprétation d'un logiciel expert. Elle est extrêmement simple et peut être effectuée en quelques minutes. Cependant elle ne se diffusé que depuis très peu de temps dans les laboratoires d'analyses médicales [5]. Son utilisation clinique est actuellement limitée à l'identification d'espèces bactériennes et de levures. Elle n'est utilisée ni pour le typage, ni pour l'identification des résistances aux antimicrobiens, ni pour l'analyse de la virulence.
Or la caractérisation des microorganismes est fondamentale tant dans le domaine clinique que le domaine industriel. Ainsi, par exemple, l'identification de résistances aux antimicrobiens tels que les antibiotiques, et la détection de facteurs de virulence sont des éléments essentiels pour assurer une prise en charge optimale des patients. De même, le typage est crucial pour les études épidémiologiques et pour assurer la lutte contre les maladies nosocomiales.
D'autres procédés de spectrométrie de masse, notamment en tandem, ont été proposés pour répondre à ces besoins. A titre d'exemple, il est possible de citer les travaux de C. Fenselau et al. pour l'identification de β-Lactamase avec un quadripôle- TOF (Q-TOF) [6], ceux de D. Ding et al. pour la détection d'entérotoxine staphylococcique C2 (facteur de virulence SEC2) avec un triple quadripôle [7], ou encore ceux de R. Everley et al. pour le typage de Clostridium avec un Q-TOF [8].
Cependant ces résultats de recherche ne sont pas applicables à une utilisation clinique de routine. Ils ont été obtenus avec des instruments de recherche nécessitant un personnel hautement qualifié. Les temps d'analyse, souvent supérieurs à une heure par échantillon, sont incompatibles avec la charge de travail d'un laboratoire d'analyse microbiologique. Enfin, les données obtenues par les différentes équipes répondent à une question spécifique, mais pas simultanément à l'ensemble des besoins cliniques.
Plus récemment S. Hofstadler et al. ont proposé un procédé répondant à l'ensemble des besoins cliniques [9]. Ils ont associé une amplification du génome microbien par PCR à une détection des produits de PCR par électrospray-TOF (ESI- TOF). Ce procédé est maintenant totalement automatisé [10]. Toutefois, il nécessite une amplification par PCR avec les défauts inhérents à la biologie moléculaire, à savoir coût des sondes, rendement d'extraction, etc.
Dans ce contexte, l'objectif de la présente invention est de proposer un procédé de caractérisation des microorganismes, à savoir identification et détermination des propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence, qui permette de palier les inconvénients des procédés de l'art antérieur, à savoir fournir un procédé peu coûteux, sans réactifs spécifiques à chaque espèce, notamment par rapport aux procédés de biologie moléculaire, donnant un résultat en un temps court, inférieur à une heure, et utilisable en clinique de routine, sans nécessiter un personnel hautement qualifié. De plus, l'ensemble du procédé de caractérisation des microorganismes peut être avantageusement réalisé avec un même spectromètre de masse, ce qui simplifie l'instrumentation du laboratoire d'analyse microbiologique.
A cette fin, l'invention propose un nouveau procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme issu d'un échantillon, comprenant l'identification dudit au moins un microorganisme et la détermination des propriétés de typage, résistance potentielle à au moins un antimicrobien et facteur de virulence, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence pour ledit au moins un microorganisme est mise en œuvre par spectrométrie de masse en utilisant des protéines, peptides et/ou métabolites en tant que marqueurs desdites propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence.
Ainsi, le procédé de l'invention est tel qu'au moins trois des propriétés de caractérisation d'un microorganisme sont mises en œuvre par la technique de spectrométrie de masse en utilisant, en tant que marqueurs, des protéines, peptides ou métabolites représentatifs des microorganismes à caractériser.
Les microorganismes qui peuvent être caractérisés par le procédé de l'invention sont tous des microorganismes, pathogènes ou non, rencontrés tant dans l'industrie que dans la clinique. Ce peut être des bactéries, des virus, des protozoaires ou des levures.
Par marqueurs des propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence, on entend des molécules, d'origine protéique ou métabolique, qui sont caractéristiques desdites propriétés.
Par typage d'un microorganisme, on entend la différentiation de plusieurs souches au sein d'une même espèce. Le typage a une valeur épidémiologique, le clinicien sait si la souche isolée chez le patient provient de la même source que d'autres souches apparemment identiques et isolées chez d'autres patients ou dans l'environnement. Cela permet ainsi de mettre en évidence un foyer infectieux au sein d'un hôpital ou lors d'une intoxication alimentaire. A titre d'exemples non limitatifs de marqueurs de propriétés de typage chez les bactéries, on peut citer des peptides présentant des mutations caractéristiques tels que les produits de transcription des gènes adk, fumC, gyrB, icd, mdh, pur A et recA d' Escherichia coli, et ceux des gènes arc, aroE, glpF, gmk, pta, tpi et yqiL de Staphylococcus aureus. A titre d'exemples non limitatifs de marqueurs de propriétés de typage chez les protozoaires, on peut citer les produits du gène chitinase d'Entamoeba histolytica et E. dispar. A titre d'exemples non limitatifs de marqueurs de propriétés de typage chez les virus, on peut citer les produits du gène polymérase du virus de l'immunodéficience humaine. Enfin, à titre d'exemples non limitatifs de marqueurs de propriétés de typage chez les levures, on peut citer les produits de transcription des fragments de gènes aatla, accl, adpl, mpib, syal, vps\3, et zwflb de Candida albicans. Par détermination de la résistance à au moins un antimicrobien, on entend la détermination de la susceptibilité d'un microorganisme à être détruit par un antimicrobien. Ainsi, si le microorganisme est une bactérie, Γ antimicrobien contre lequel il peut développer une résistance est un antibiotique, si c'est un protozoaire, Γ antimicrobien est un anti-parasitaire, si c'est un virus, Γ antimicrobien est un antiviral, et, si c'est une levure, Γ antimicrobien est un anti-fongique Les protéines impliquées dans les mécanismes de résistance vont différer selon la famille et l'espèce. A titre d'exemples non limitatifs de marqueurs de résistance à au moins un antibiotique utiles chez les bactéries, on peut citer les produits de transcription du gène mecA de Staphylococcus aureus, conférant une résistance à la Méticilline, et permettant d'indiquer si les souches sont méthicillino-résistantes (souches MRSA) ou bien méthillicino-sensibles (souches MSSA). On peut également citer la protéine TEM-2 qui permet d'indiquer si les souches d' Escherichia coli sont résistantes aux pénicillines mais sensibles à d'autres classes d'antibiotiques type céphalosporines ou carbapénèmes. Un autre marqueur est l'enzyme appelée KPC (pour Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase) qui confère une résistance aux carbapénèmes. Un autre exemple de marqueur de résistance pour Staphylococcus aureus est le profil métabolique représentatif de la résistance à la vancomycine tel que décrit par Alexander E. et al dans le poster « Metabolomics-based approach to antibiotic résistance in Staphylococcus aureus » présenté au congrès de l'ASMS, 2009. A titre d'exemple non limitatif de marqueurs de résistance à au moins un anti-parasitaire utile chez les protozoaires, on peut citer la superoxide dismutase contenant du fer (Fe-SOD) et la péroxyrédoxine dont l'expression accrue confère une résistance au métronidazole. A titre d'exemple non limitatif de marqueur de résistance à au moins un antiviral utile chez les virus, on peut citer les mutations de l'enzyme transcriptase inverse du virus de l'immunodéficience humaine, conférant une sensibilité diminuée aux inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse. Enfin, à titre d'exemple non limitatif de marqueurs de résistance à au moins un antifongique utile chez les levures, on peut citer la mutation de l'enzyme 1-3-b-D-glucane synthase de Candida albicans, conférant une sensibilité diminuée aux échinocandines. Pour autre exemple, on peut évoquer la résistance aux antifongiques azolés chez Candida albicans, en particulier la résistance au fluconazole. La cible du fluconazole est une enzyme, la lanostérol déméthylase, impliquée dans la synthèse de l'ergostérol, constituant principal de la paroi fongique. La résistance au fluconazole peut être associée à l'apparition de mutations ponctuelles dans le gène ergl 1 codant pour la lanostérol déméthylase.
Il convient de noter que les marqueurs spécifiques de la résistance sont également utilisables comme marqueurs de typage, comme mis en évidence par la Demanderesse.
Par détermination de la virulence d'un microorganisme, on entend l'évaluation du caractère pathogène, nocif et violent du microorganisme. A titre d'exemples non limitatifs de marqueur de virulence chez les bactéries, on peut citer la PVL (Panton-Valentine Leucocidine), toxine cyto lyrique à deux composantes synergiques (LukFet LukS), présente chez Staphylococcus aureus, qui est l'une des toxines les plus virulentes causant des atteintes cutanées, de la cellulite extensive, de l'ostéomyélite et des pneumonies nécrosantes, et est impliquée dans des surinfections virales. D'autres exemples comprennent l'Autolysine et la Pneumolysine présents chez Streptococcus pneumoniae, espèce responsable d'infections des voies respiratoires, de méningites et de bactériémies, ainsi que les toxines A et B de Clostridium difficile, bactérie commensale de l'intestin, lesquelles provoquent soit l'altération de la perméabilité de l'épithélium intestinal (toxine A), soit s'attaquent directement aux cellules de l'épithélium (toxine B), soit diminuent dans le temps le transit intestinal et l'absorption intestinale, provoquant une diarrhée (action combinée des toxines A et B). On peut aussi citer comme exemple les Shiga toxines Stxl et Stx2 présentes chez Escherichia coli. Ces deux cytotoxines sont considérés comme des facteurs de virulence importants des Escherichia coli entérohémorragiques. Elles sont responsables de complications comme la colite hémorragique ou le syndrome hémolytique- urémique. A titre d'exemple non limitatif de marqueur de virulence chez les protozoaires, on peut citer des antioxydants (Fe-hydrogénase 2, peroxiredoxine, superoxyde dismutase) présents chez Entamoeba histolytica, espèce responsable de dysenterie, abcès hépatique. A titre d'exemple non limitatif de marqueur de virulence chez les virus, on peut citer le variant de la protéine Nef chez le virus de l'immunodéficience humaine de type 1, type plus pathogène chez l'être humain. Enfin, à titre d'exemple non limitatif de marqueur de virulence chez les levures, on peut citer la lipase 8 chez Candida albicans, espèce responsable de candidoses superficielles mais aussi de candidoses septicémiques et disséminées.
Il convient de noter que les marqueurs spécifiques de la virulence sont également utilisables comme marqueur de typage, comme mis en évidence par la Demanderesse.
Le procédé de l'invention peut être mis en œuvre pour caractériser des bactéries, ledit antimicrobien étant alors un antibiotique, ce qui constitue un mode de réalisation de l'invention. Ainsi, par exemple, à titre de bactéries pouvant caractérisées selon le procédé de l'invention, on peut citer :
- Escherichia coli en utilisant TEM-2 comme marqueur de résistance et de typage, ainsi que Shiga toxins, OmpA comme marqueur de virulence et de typage.
- Enterococcus faecalis et faecium en utilisant VanA et VanB pour la résistance et le typage, ainsi que ESP (Enterococcal Surface Protein) pour la virulence et le typage, ou bien
- Staphylococcus aureus en utilisant la protéine appelée Immunoglobulin G- binding protéine A (également appelée protéine A) pour le typage, la protéine PBP2a pour la résistance, voire le typage, ainsi que la protéine PVL pour la virulence, voire également le typage.
A titre d'autres microorganismes pouvant être caractérisés selon le procédé de l'invention, on peut citer :
- Candida albicans en utilisant l'enzyme 1-3-b-D-glucane synthase ou bien l'enzyme lanostérol déméthylase comme marqueur de résistance et de typage, ainsi que la lipase 8 comme marqueur de virulence et de typage.
L'échantillon sur lequel le procédé de l'invention peut être mis en œuvre est tout échantillon susceptible de contenir un microorganisme cible. L'échantillon peut être d'origine biologique, soit animale, végétale ou humaine. Il peut alors correspondre à un prélèvement de fluide biologique (sang total, sérum, plasma, urine, liquide céphalo-rachidien, sécrétion organique, par exemple), un prélèvement tissulaire ou des cellules isolées. Ce prélèvement peut être utilisé tel quel dans la mesure où les marqueurs de caractérisation des microorganismes sont disponibles dans l'échantillon testé, ou bien il peut subir préalablement à l'analyse, une préparation de type enrichissement, extraction, concentration, purification, culture, selon des méthodes connues de l'homme du métier. L'échantillon peut être d'origine industrielle, soit, selon une liste non exhaustive un prélèvement d'air, un prélèvement d'eau, un prélèvement effectué sur une surface, une pièce ou un produit manufacturé, un produit d'origine alimentaire. Parmi les échantillons d'origine alimentaire, on peut citer de façon non exhaustive un échantillon de produit lacté (yaourts, fromages,), de viande, de poisson, d'œuf, de fruit, de légume, d'eau, de boisson (lait, jus de fruits, soda, etc). Ces échantillons d'origine alimentaire peuvent aussi provenir de sauces ou de plats élaborés. Un échantillon alimentaire peut enfin être issu d'une alimentation destinée aux animaux, telle que notamment des farines animales.
Lorsque les marqueurs de caractérisation des microorganismes sont d'origine protéique, en amont de la détection par spectrométrie de masse, l'échantillon à analyser est préférentiellement traité au préalable pour générer des peptides à partir de l'ensemble des protéines présentes dans l'échantillon pour fragmenter ces protéines en peptides, par exemple par digestion avec une enzyme protéolytique (protéase), ou par action d'un réactif chimique. En effet, le clivage des protéines peut être fait par un traitement physico-chimique, par un traitement biologique ou par une combinaison des deux traitements. Parmi les traitements utilisables, on peut citer le traitement par des radicaux hydroxyle, notamment avec de ΓΗ2Ο2. Le traitement par les radicaux hydroxyle provoque une coupure des liaisons peptidiques qui se fait de manière aléatoire sur n'importe quelle liaison peptidique de la protéine. La concentration en radicaux hydroxyle conditionne le nombre de clivages opérés et donc la longueur des fragments peptidiques obtenus. D'autres traitements chimiques peuvent également être utilisés comme, par exemple, le traitement au bromure de cyanogène (CNBr) qui scinde spécifiquement les liaisons peptidiques au niveau du groupe carboxylique des résidus méthionyle. Il est également possible de réaliser un clivage acide partiel au niveau des résidus aspartyle par chauffage à 1000°C d'une solution de protéines dans de l'acide trifluoroacétique .
Le traitement des protéines par digestion enzymatique est néanmoins préféré par rapport au traitement physico-chimique car il préserve davantage la structure des protéines, et est plus facile à contrôler. Par « digestion enzymatique », on entend l'action simple ou combinée d'une ou de plusieurs enzymes dans des conditions de réaction appropriées. Les enzymes effectuant la protéolyse, appelées protéases, coupent les protéines à des endroits spécifiques. Chaque protéase reconnaît généralement une séquence d'acides aminés au sein desquels elle effectue toujours la même coupure. Certaines protéases reconnaissent un seul acide aminé ou une séquence de deux acides aminés entre lesquels elles opèrent un clivage, d'autres protéases ne reconnaissent que des séquences plus longues. Ces protéases peuvent être des endoprotéases ou des exoprotéases. Parmi les protéases connues on peut citer, comme décrit dans WO2005/098071 :
- les enzymes spécifiques comme la trypsine qui scinde la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique des résidus Arg et Lys, l'endolysine qui clive la liaison peptidique du groupe -CO des lysines, la chymotrypsine qui hydrolyse la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique des résidus aromatiques (Phe, Tyr et Trp), la pepsine qui coupe au niveau du groupe NH2 des résidus aromatiques (Phe, Tyr et Trp), la protéase V8 de la souche V8 de Staphylococcus aureus qui clive la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique du résidu Glu ;
- les enzymes non-spécifiques comme la thermo lysine provenant de la bactérie
Bacillus thermoproteolyticus qui hydrolyse la liaison peptidique du groupe NH2 des acides aminés hydrophobes (Xaa-Leu, Xaa-Ile, Xaa-Phe), la subtilisine et la pronase qui sont des protéases bactériennes qui hydrolysent pratiquement toutes les liaisons et peuvent transformer les protéines en oligopeptides dans des conditions de réaction contrôlées (concentration en enzyme et durée de réaction).
Plusieurs protéases peuvent être utilisées de façon simultanée, si leurs modes d'action sont compatibles, ou elles peuvent être utilisées de façon successive. Dans le cadre de l'invention, la digestion de l'échantillon est, de préférence, réalisée par action d'une enzyme protéase, par exemple la trypsine.
La génération de peptides à l'aide d'un réactif chimique ou d'une protéase, peut être obtenu par simple réaction en solution. Elle peut également être mise en œuvre avec un four à micro-ondes [11], ou sous pression [12], ou bien encore avec un dispositif à ultrasons [13]. Dans ces trois derniers cas, le protocole sera beaucoup plus rapide.
Parmi les peptides ainsi obtenus, les peptides spécifiques de la protéine, sont nommés peptides protéotypiques. Ce sont eux qui seront dosés par spectrométrie de masse. Selon un mode de réalisation de l'invention, les marqueurs de caractérisation sont des protéines du microorganisme à caractériser. En particulier, lesdites protéines sont digérées en peptides, de préférence par une enzyme, de préférence encore par la trypsine.
De même, l'échantillon contenant des marqueurs de caractérisation d'origine protéique peut également être préalablement traité à des fins de purification. Lorsque les marqueurs sont d'origine protéique, ce traitement préalable de purification peut être mis en œuvre avant ou après l'étape de génération de peptides tels que décrits précédemment.
Le traitement préalable de purification d'échantillon est largement connu de l'homme du métier et pourra notamment mettre en œuvre des techniques de centrifugation, de filtration, d'électrophorèse ou de chromatographie. Ces techniques séparatives peuvent être utilisées seules ou combinées entre elles pour obtenir une séparation multidimensionnelle. Par exemple, une chromatographie multidimensionnelle peut être utilisée en associant une séparation par chromatographie d'échange d'ions à une chromatographie en phase inverse, comme décrit par T. Fortin et al. [14], ou H. Keshishian et al. [15]. Dans ces publications, le milieu chromatographique peut être en colonne ou en cartouche (extraction en phase solide).
La fraction électrophorétique ou chromatographique (ou le temps de rétention en chromatographie mono ou multidimensionnelle) des peptides protéotypiques est caractéristique de chaque peptide et la mise en œuvre de ces techniques permet donc de sélectionner le ou les peptides protéotypiques à doser. Un tel fractionnement des peptides générés permet d'accroître la spécificité du dosage ultérieur par spectrométrie de masse.
Une alternative aux techniques d'électrophorèse ou de chromatographie, pour le fractionnement des peptides, consiste à purifier spécifiquement les N-glycopeptides ([16] et demande de brevet WO 2008/066629). Néanmoins, une telle purification ne permet que la quantification des peptides ayant subi une modification post- traductionnelle de type N-glycosylation. Or toutes les protéines ne sont pas glycosylées, ce qui limite donc son utilisation.
La spectrométrie de masse à mettre en œuvre dans le procédé de l'invention est largement connue de l'homme du métier comme un outil puissant pour l'analyse et la détection de différents types de molécules. De façon générale, tout type de molécule pouvant être ionisée peut être détecté en fonction de sa masse moléculaire à l'aide d'un spectromètre de masse. Selon la nature de la molécule à détecter, d'origine protéique ou métabolique, certaines technologies de spectrométrie de masse peuvent être plus adaptées. Néanmoins, quelque soit la méthode de spectrométrie de masse utilisée pour la détection, cette dernière comprend une étape d'ionisation de la molécule cible en ions dits moléculaires, dans le cas présent une étape d'ionisation des marqueurs de caractérisation, et une étape de séparation des ions moléculaires obtenus en fonction de leur masse.
Tous les spectromètres de masse comportent donc :
i) une source d'ionisation destinée à ioniser les marqueurs présents dans l'échantillon à analyser, c'est-à-dire à conférer une charge positive ou négative à ces marqueurs;
ii) un analyseur de masse destiné à séparer les marqueurs ionisés, ou ions moléculaires, en fonction de leur ratio masse sur charge (m /z) ;
iii) un détecteur destiné à mesurer le signal produit soit directement par les ions moléculaires, soit par des ions produits à partir des ions moléculaires, comme détaillés ci-après.
L'étape d'ionisation nécessaire pour la mise en œuvre d'une spectrométrie de masse peut être mise en œuvre par tout procédé connu de l'homme du métier. La source d'ionisation permet d'amener les molécules à doser sous un état gazeux et ionisé. Une source d'ionisation peut être utilisée soit en mode positif pour étudier les ions positifs, soit en mode négatif pour étudier les ions négatifs. Plusieurs types de sources existent et seront utilisés en fonction du résultat recherché et des molécules analysées. On peut citer, notamment :
- l'ionisation électronique (El), l'ionisation chimique (CI) et la désorption- ionisation chimique (DCI)
- le bombardement par atomes rapides (FAB), atomes métastables (MAB) ou ions (SIMS, LSIMS)
- le couplage plasma inductif (ICP)
- l'ionisation chimique à pression atmosphérique (APCI) et la photoionisation à pression atmosphérique (APPI) - l'électronébulisation ou électrospray (ESI)
-la désorption-ionisation laser assistée par matrice (MALDI), activée par une surface (SELDI) ou sur silicium (DIOS)
- l'ionisation-désorption par interaction avec espèces métastables (DART) Notamment, l'ionisation peut être mise en œuvre comme suit : l'échantillon contenant les molécules cibles est introduit dans une source d'ionisation, où les molécules sont ionisées à l'état gazeux et ainsi transformées en ions moléculaires qui correspondent aux molécules initiales. Une source d'ionisation de type électrospray (ESI pour ElectroSpray Ionisation) permet d'ioniser une molécule tout en la faisant passer d'un état liquide à un état gazeux. Les ions moléculaires obtenus correspondent alors aux molécules présentes à l'état liquide, avec en mode positif un, deux, voire trois protons supplémentaires ou plus et sont donc porteurs de une, deux, voire trois charges ou plus. Par exemple, lorsque la molécule cible est une protéine, une ionisation des peptides protéotypiques obtenus après fractionnement de la protéine cible, grâce à une source de type électrospray fonctionnant en mode positif, conduit à des ions polypeptidiques à l'état gazeux, avec un, deux, voire trois protons supplémentaires ou plus et qui sont donc porteurs de une, deux, voire trois charges ou plus, et permet un passage d'un état liquide à un état gazeux [17]. Ce type de source est particulièrement bien adapté, lorsque les molécules cibles ou peptides protéotypiques obtenus sont préalablement séparées par chromatographie liquide en phase inverse. Néanmoins, le rendement d'ionisation des molécules présentes dans l'échantillon peut varier en fonction de la concentration et de la nature des différentes espèces en présence. Ce phénomène se traduit par un effet matrice bien connu de l'homme de l'art.
Une source d'ionisation MALDI permettra d'ioniser des molécules, à partir d'un échantillon à l'état solide.
L'analyseur de masse dans lequel est mis en œuvre l'étape de séparation des marqueurs ionisés en fonction de leur rapport masse/charge (m/z) est tout analyseur de masse connu de l'homme du métier. On peut citer les analyseurs basse résolution, du type quadripôle ou quadrupôle (Q), piège à ions 3D (IT) ou linéaire (LIT), également appelés trappe ionique, et les analyseurs haute résolution, permettant de mesurer la masse exacte des analytes et qui utilisent notamment le secteur magnétique couplé à un secteur électrique, le temps de vol (TOF). La séparation des ions moléculaires en fonction de leur ratio m/z peut être mise en œuvre une seule fois (spectrométrie de masse simple ou MS), ou bien plusieurs séparations MS successives peuvent être menées. Lorsque deux séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MS/MS ou MS2. Lorsque trois séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MS/MS/MS ou MS3 et plus généralement, lorsque n séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MSn.
Parmi les techniques mettant en œuvre plusieurs séparations successives, les modes SRM (Selected Reaction Monitoring) en cas de détection ou dosage d'une seule molécule cible, ou bien MRM (Multiple Reaction Monitoring) en cas de détection ou dosage de plusieurs molécules cibles, sont des utilisations particulières de séparation MS2. De même le mode MRM3 est une utilisation particulière de séparation en MS/MS/MS. On parle alors de spectrométrie de masse ciblée.
Dans le cas d'une détection en mode MS simple, c'est le rapport masse/charge des ions moléculaires obtenus qui est corrélé à la molécule cible à détecter.
Dans le cas d'une détection en mode MS/MS, essentiellement deux étapes sont ajoutées, par rapport à un dosage MS qui sont :
i) une fragmentation des ions moléculaires, alors appelés ions précurseurs, pour donner des ions dit ions fragments de lere génération, et
ii) une séparation des ions dit ions fragments de lere génération en fonction de leur masse (m/z)2, le rapport (m/z)i correspondant au rapport (m/z) des ions précurseurs.
C'est alors le rapport masse/charge des ions fragments de lere génération ainsi obtenus qui est corrélé à la molécule cible à détecter. Par ion fragment de première génération, on entend un ion issu de l'ion précurseur, suite à une étape de fragmentation et dont le rapport masse sur charge m/z est différent de l'ion précurseur.
Les couples (m/z)i et (m/z)2 sont baptisés transitions et sont représentatifs des ions caractéristiques à détecter.
Le choix des ions caractéristiques qui sont détectés pour être corrélés à la molécule cible est effectué par l'homme du métier selon les méthodes standards. Leur sélection conduira avantageusement aux dosages les plus sensibles, les plus spécifiques et les plus robustes possibles, en termes de reproductibilité et fiabilité. Dans les méthodes développées pour la sélection de peptides protéotypiques (m/z)i, et de fragment de première génération (m/z)2, le choix est essentiellement basé sur l'intensité de la réponse. Pour plus de détails, on pourra se référer à V. Fusaro et al. [18]. Des logiciels commerciaux, tels que les logiciels MIDAS et MRM Pilote d'Applied Biosytems ou encore MRMaid [19] pourront être utilisés par l'homme de l'art pour lui permettre de prédire tous les couples de transitions possibles. Il pourra également être fait appel à une base de données nommée PeptideAtlas, construite par F. Desiere et al.
[20] pour compiler l'ensemble des transitions MRM de peptides décrites par la communauté scientifique. Cette base PeptideAtlas est disponible en accès libre sur internet. Pour des molécules non protéiques, il est également possible d'utiliser des bases de données, telles que par exemple celle accessible au travers du logiciel Cliquid de la société Applied Biosytems (Etats Unis d'Amérique).
Une approche alternative pour sélectionner les peptides protéotypiques, (m/z)i et (m/z)2, consiste à utiliser les spectres de fragmentation MS/MS obtenus à l'occasion d'autres travaux. Ces travaux peuvent être, par exemple, les phases de découverte et d'identification des biomarqueurs par analyse protéomique. Cette approche a été proposée par Thermo Scientific lors de réunion utilisateurs [19]. Elle permet de générer une liste de transitions candidates à partir des peptides identifiés expérimentalement par le logiciel SIEVE (Thermo Scientific). Certains critères ont été détaillés par J. Mead et al. [19] pour le choix des ions (m/z)i et (m/z)2 et sont détaillés ci-après :
• Les peptides avec des sites de clivage interne, c'est-à-dire avec de la Lysine ou de l'Arginine interne, doivent être évités, sauf si la Lysine ou l'Arginine est suivie par de la Proline,
• Les peptides avec de l'Asparagine ou de la Glutamine doivent être évités car ils peuvent se désaminer,
• Les peptides avec de la Glutamine ou de l'Acide Glutamique en N-terminal doivent être évités car ils peuvent se cycliser spontanément,
• Les peptides avec de la Méthionine doivent être évités car ils peuvent être oxydés,
• Les peptides avec de la Cystéine doivent être évités car ils peuvent être modifiés de façon non reproductible lors d'une éventuelle étape de dénaturation, réduction et blocage des fonctions thiols, • Les peptides avec de la Proline peuvent être considérés comme favorables parce qu'ils produisent généralement des fragments intenses en MS/MS avec un seul pic très majoritaire. Cependant, un seul fragment très majoritaire ne permet pas de valider l'identité de la transition dans un mélange complexe. En effet, seule la présence simultanée de plusieurs fragments caractéristiques permet de vérifier que l'ion précurseur recherché est bien détecté,
• Les peptides ayant une Proline adjacente au C-terminal (position n-1) ou en seconde position par rapport au C-terminal (position n-2) sont à éviter car, dans ce cas, la taille du peptide fragment de première génération est généralement considérée comme trop petite pour être suffisamment spécifique,
• La sélection de fragments ayant une masse supérieure au précurseur est à privilégier pour favoriser la spécificité. Pour cela, il faut sélectionner un ion précurseur dichargé et sélectionner l'ion fragment de première génération le plus intense ayant une masse supérieure au précurseur, c'est à dire un ion fragment de première génération monochargé.
La fragmentation des ions précurseurs sélectionnés est mise en œuvre dans une cellule de fragmentation telle que les modèles de type triple quadripôle [21], ou de type trappe ionique [22], ou encore de type temps de vol (TOF) [23], lesquels permettent également la séparation des ions. La ou les fragmentations seront classiquement réalisées par collision avec un gaz inerte tel que l'argon ou l'azote, au sein d'un champ électrique, par photo-excitation ou photodissociation à l'aide d'une source lumineuse intense, collision avec des électrons ou espèces radicalaires, par application d'une différence de potentiel, par exemple dans un tube de temps de vol, ou par tout autre mode d'activation. Les caractéristiques du champ électrique conditionnent l'intensité et la nature de la fragmentation. Ainsi, le champ électrique appliqué en présence d'un gaz inerte, par exemple dans un quadripôle, conditionne l'énergie de collision apportée aux ions. Cette énergie de collision sera optimisée, par l'homme du métier, pour accroître la sensibilité de la transition à doser. A titre d'exemple, il est possible de faire varier l'énergie de collision entre 5 et 180 e'V en q2 dans un spectromètre de masse AB SCIEX QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems (Foster City, Etats Unis d'Amérique). De même, la durée de l'étape de collision et l'énergie d'excitation au sein, par exemple, d'une trappe ionique seront optimisées, par l'homme du métier, pour conduire au dosage le plus sensible. A titre d'exemple, il est possible de faire varier cette durée, baptisée temps d'excitation, entre 0,010 et 50 ms et l'énergie d'excitation entre 0 et 1 (unité arbitraire) en Q3 dans un spectromètre de masse AB SCIEX QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems.
Enfin, la détection des ions caractéristiques sélectionnés se fait de façon classique, notamment grâce à un détecteur et à un système de traitement. Le détecteur collecte les ions et produit un signal électrique dont l'intensité dépend de la quantité d'ions collectée. Le signal obtenu est ensuite amplifié pour qu'il puisse être traité informatiquement. Un ensemble informatique de traitement des données permet de transformer les informations reçues par le détecteur en spectre de masse.
Le principe du mode SRM, ou encore du mode MRM, est de sélectionner spécifiquement un ion précurseur, de le fragmenter, puis de sélectionner spécifiquement l'un de ses ions fragments. Pour de telles applications, des dispositifs du type triple quadripôle ou des hybrides triple quadripôle à trappe ionique sont généralement utilisés.
Dans le cas d'un dispositif triple quadripôle (Qlq2Q3) utilisé en mode MS2, en vue du dosage ou de la détection d'une protéine cible, le premier quadripôle (Ql) permet de filtrer les ions moléculaires, correspondant aux peptides protéotypiques caractéristiques de la protéine à doser et obtenus lors d'une étape antérieure de digestion, en fonction de leur ratio masse sur charge (m/z). Seuls les peptides ayant le ratio masse/charge du peptide protéotypique recherché, ratio appelé (m/z)i, sont transmis dans le deuxième quadripôle (q2) et jouent le rôle d'ions précurseurs pour la fragmentation ultérieure. L'analyseur q2 permet de fragmenter les peptides de ratio masse/charge (m/z)i en ions fragments de première génération. La fragmentation est généralement obtenue par collision des peptides précurseurs avec un gaz inerte, comme de l'azote ou de l'argon dans q2. Les ions fragments de première génération sont transmis dans un troisième quadripôle (Q3) qui filtre les ions fragments de première génération en fonction d'un ratio masse sur charge spécifique, ratio appelé (m/z)2. Seuls les ions fragments de première génération ayant le ratio masse/charge d'un fragment caractéristique du peptide protéotypique recherché (m/z)2 sont transmis dans le détecteur pour être détectés, voire quantifiés. Ce mode de fonctionnement présente une double sélectivité, en relation avec la sélection de l'ion précurseur d'une part et de la sélection de l'ion fragment de première génération d'autre part. La spectrométrie de masse en mode SRM ou MRM est donc avantageuse pour la quantification
Lorsque la spectrométrie de masse mise en œuvre dans le procédé de l'invention est une spectrométrie de masse en tandem (MS2, MS3, MS4 ou MS5), plusieurs analyseurs de masse peuvent être couplés entre eux. Par exemple, un premier analyseur sépare les ions, une cellule de collision permet de fragmenter les ions, et un second analyseur sépare les ions fragments. Certains analyseurs, comme les pièges à ions ou le FT-ICR, constituent plusieurs analyseurs en un et permettent de fragmenter les ions et d'analyser les fragments directement.
Selon des modes de réalisation préférés de l'invention, le procédé de l'invention comprend une ou plusieurs des caractéristiques suivantes :
- la spectrométrie de masse, mise en œuvre pour les propriétés de typage, de résistance potentielle à au moins un antimicrobien et facteur de virulence, est une spectrométrie de type MS/MS, ce qui a pour avantage de générer un fragment spécifique de la molécule à détecter ou à quantifier, et ainsi d'apporter une grande spécificité à la méthode de dosage ;
- la spectrométrie MS/MS est de la MRM, ce qui a pour avantage d'utiliser un temps de cycle d'analyse dans le spectromètre de masse de quelques dizaines de millisecondes, ce qui permet de détecter ou de quantifier avec une grande sensibilité, et de façon multiplexée, un grand nombre de molécules différentes ;
- la détermination des propriétés de typage, résistance à un antimicrobien et facteur de virulence est mise en œuvre dans le même appareil de spectrométrie de masse, de préférence simultanément, ce qui a pour avantage de réduire le temps d'analyse et le coût de l'instrument, cela facilite également le traitement et le rendu des résultats.
Outre la détermination des propriétés de typage, résistance à un antimicrobien et facteur de virulence, il convient d'identifier le ou les microorganismes présents dans Γ échantillon à tester.
Les procédés d'identification de microorganismes sont largement connus de l'homme du métier, comme décrit par exemple par Murray P. R. el al. dans Manuel of Clinical Microbiology, 2007, 9eme édition, et en particulier dans le Vol. I, Section III, chapitres 15 et 16 pour les bactéries et levures, Vol. II, Section VI, chapitre 82 pour les virus, et Vol. II, Section X, chapitre 135 pour les protozoaires. A titre d'exemple de procédés classiques d'identification, on peut citer la détermination du profil biologique, en utilisant par exemple les cartes d'identification du Vitek 2 (bioMérieux), ou bien encore en utilisant des techniques de biologie moléculaire avec des critères d'identification basés sur l'étude de la présence de certains gènes, sur l'étude de leur séquence.
L'identification peut être mise en œuvre directement à partir de l'échantillon dans lequel on effectue l'identification, ou bien les microorganismes contenus dans l'échantillon peuvent être cultivés par des méthodes bien connues de l'homme du métier avec des milieux de culture et des conditions de culture optimales adaptées en fonction des espèces de microorganismes à rechercher, comme décrit par Murray P.R. et al. dans Manuel of Clinical Microbiology, 2007, 9ème édition, Vol. I, Section III, chapitre 14, et en particulier dans le Vol. I, Section IV, chapitre 21 pour les bactéries, Vol. II, Section VI, chapitre 81 pour les virus, Vol. II, Section VIII, chapitre 117 pour les levures, et Vol. II, Section X, chapitre 134 pour les protozoaires.
Ainsi, de façon générale, dans le cas d'une identification par une méthode biochimique d'une bactérie dans un prélèvement, il faut d'abord l'obtenir en culture pure, par exemple après ensemencement sur gélose. La biologie moléculaire (PCR) peut dans certains cas s'appliquer directement à l'échantillon à analyser.
Au lieu de cultiver les microorganismes, ces derniers peuvent être concentrés par capture directement dans l'échantillon au moyen de surfaces actives. Un tel procédé a été décrit par W.-J. Chen et al. [11] qui ont capturé différentes espèces bactériennes à l'aide de billes magnétiques avec une surface activée au FesC TiC^. Une capture par d'autres moyens est également possible, telle qu'une capture par des lectines [24], ou par des anticorps [25], ou encore par de la Vancomycine [26]. La capture permet de concentrer les microorganismes et ainsi de réduire ou même de supprimer l'étape de culture. Il s'en suit un gain de temps considérable.
L'identification peut également être mise en œuvre par spectrométrie de masse, selon les techniques décrites précédemment, de préférence par MS, par MS/MS, ou bien par MS suivie d'une spectrométrie de type MS/MS, ce qui constitue un mode de réalisation de l'invention. Dans ce cas également, l'échantillon peut être soumis préalablement à une étape de culture telle qu'un ensemencement sur gélose.
L'utilisation d'un procédé d'identification par MS est avantageux car il peut être réalisé en quelques minutes et qu'il nécessite un spectromètre de masse avec un seul analyseur, c'est à dire un instrument moins complexe qu'un spectromètre de masse en tandem utilisé en MS/MS.
L'utilisation d'un procédé d'identification par MS suivi d'une spectrométrie de type MS/MS est également avantageuse. Elle permet de s'assurer de l'identité des ions observé en MS, ce qui augmente la spécificité de l'analyse.
L'utilisation d'un procédé d'identification par MS/MS de type MRM présente l'avantage d'être plus sensible et plus simple que les approches MS puis MS/MS traditionnelle. Ce procédé ne nécessite ni logiciel performant pour traiter l'information entre l'acquisition du spectre MS et du spectre MS/MS, ni changement du réglage des paramètres machines pour enchaîner des spectres MS puis MS/MS.
Le procédé d'identification par MS peut être mis en œuvre avec une source électrospray sur échantillon brut, comme décrit par S. Vaidyanathan et al. [27] ou encore par R. Everley et al. [8] après séparation chromatographique. Différentes gammes de m/z permettent alors d'identifier les microorganismes. S. Vaidyanathan et al. ont utilisé une fenêtre entre 200 et 2000 Th et R. Everley et al. une fenêtre entre 620 et 2450 Th. Les spectres de masse peuvent également être déconvolués pour accéder à la masse des protéines indépendamment de leur état de charge. R. Everley et al. ont ainsi exploité les masses entre environ 5 000 et 50 000 Da. De façon alternative, le procédé d'identification par MS peut être également mis en œuvre à l'aide d'un MALDI-TOF, comme décrit par Claydon et al [3] et T. Krishnamurthy et P. Ross [4]. L'analyse associe l'acquisition d'un spectre de masse et l'interprétation d'un logiciel expert. Elle est extrêmement simple et peut être effectuée en quelques minutes. Ce procédé d'identification se répand actuellement dans les laboratoires d'analyse médicale [28].
L'identification de bactéries par MS puis MS/MS via leurs protéines présentes dans l'échantillon, a été largement appliquée par de nombreuses équipes. A titre d'exemple, il est possible de citer les travaux récents de Mânes N. et al. [29] qui ont étudié le peptidome de Salmonelle enterica, ou les travaux de R. Nandakumar et al. [30] ou de L. Hernychova et al. [31] qui ont étudié le protéome de bactéries après digestion des protéines avec de la trypsine. L'approche classique consiste à i) acquérir un spectre MS, ii) sélectionner successivement chaque ion précurseur observé sur le spectre MS avec un signal intense, iii) fragmenter successivement chaque ion précurseur et acquérir son spectre MS/MS, iv) interroger des bases de données protéiques telles que SWISS-PROT ou NCBI, aux travers de logiciels tels que Mascot (Matrix Science, Londres, Royaume-Uni) ou SEQUEST (Thermo Scientific, Waltham, Etats-Unis d'Amérique), pour identifier le peptide ayant une forte probabilité de correspondre au spectre MS/MS observé. Cette méthode peut conduire à l'identification d'un microorganisme si une protéine ou un peptide caractéristique de l'espèce est identifié.
Selon encore un autre mode de réalisation, l'identification dudit au moins un microorganisme est mis en œuvre par un procédé classique d'identification et le procédé de l'invention comprend une étape supplémentaire de confirmation de l'identification dudit au moins un microorganisme, laquelle étape de confirmation est mise en œuvre par spectrométrie de masse, selon les techniques décrites précédemment pour l'identification de microorganismes.
Selon un mode de réalisation particulier, la spectrométrie de masse de l'étape de confirmation est un spectrométrie de masse de type MS/MS, de préférence une MRM.
Un des avantages de l'utilisation de la spectrométrie de masse réside en ce qu'elle est particulièrement utile pour quantifier des molécules, dans le cas présent les marqueurs des propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien. Pour ce faire, on utilise l'intensité de courant détectée, laquelle est proportionnelle à la quantité de molécule cible. L'intensité de courant ainsi mesurée pourra servir de mesure quantitative permettant de déterminer la quantité de molécule cible présente, laquelle est caractérisée par son expression en unités du Système International (SI) de type mol/m3 ou kg/m3, ou par les multiples ou sous-multiples de ces unités, ou par les dérivées usuelles des unités SI, y compris leurs multiples ou sous-multiples. A titre d'exemple non limitatif, les unités telles que ng/ml ou fmol/1 sont des unités caractérisant une mesure quantitative. Un calibrage est néanmoins nécessaire pour pouvoir corréler l'aire du pic mesurée, correspondant à l'intensité de courant induit par les ions détectés, à la quantité de molécule cible à doser. Pour cela, les calibrages classiquement utilisés en spectrométrie de masse pourront être mis en œuvre, dans le cadre de l'invention. Les dosages MRM sont classiquement calibrés à l'aide de standards externes ou, de préférence, à l'aide de standards internes tels que décrits par T. Fortin et al. [14]. Dans le cas où la molécule cible est un peptide protéotypique, permettant de doser une protéine d'intérêt, la corrélation entre la mesure quantitative et la quantité de peptide protéotypique cible, et par la suite de protéine d'intérêt, est obtenue en étalonnant le signal mesuré par rapport à un signal étalon pour lequel la quantité à doser est connue. L'étalonnage peut être réalisé au moyen d'une courbe d'étalonnage, par exemple obtenue par injections successives de peptide protéotypique étalon à différentes concentrations (étalonnage externe), ou de façon préférentielle, par étalonnage interne en utilisant un peptide lourd, comme standard interne, par exemple conformément aux méthodes AQUA, QconCAT ou PSAQ détaillées ci-après. Par « peptide lourd », on entend un peptide correspondant au peptide protéotypique, mais dans lequel un ou plusieurs atomes de carbone 12 (12C) est (sont) remplacé(s) par du carbone 13 (13C), et/ou un ou plusieurs atomes d'azote 14 (14N) est (sont) remplacé(s) par de l'azote 15 (15N).
L'utilisation de peptides lourds, comme standards internes (AQUA), a également été proposée dans la demande de brevet US 2004/0229283. Le principe est de synthétiser artificiellement des peptides protéotypiques avec des acides aminés comportant des isotopes plus lourds que les isotopes naturels usuels. De tels acides aminés sont obtenus, par exemple, en remplaçant certains des atomes de carbone 12 (12C) par du carbone 13 (13C), ou en replaçant certains des atomes d'azote 14 (14N) par de l'azote 15 (15N). Le peptide artificiel (AQUA) ainsi synthétisé a rigoureusement les mêmes propriétés physicochimiques que le peptide naturel (à l'exception d'une masse plus élevée). Il est généralement ajouté, à une concentration donnée, à l'échantillon, en amont du dosage par spectroscopie de masse, par exemple entre le traitement entraînant le clivage des protéines de l'échantillon d'intérêt et le fractionnement des peptides obtenus après l'étape de traitement. De ce fait, le peptide AQUA est co-purifïé avec le peptide naturel à doser, lors du fractionnement des peptides. Les deux peptides sont donc injectés simultanément dans le spectromètre de masse, pour le dosage. Ils subissent alors les mêmes rendements d'ionisation dans la source. La comparaison des aires de pic des peptides naturels et AQUA, dont la concentration est connue, permet de calculer la concentration du peptide naturel et de remonter ainsi à la concentration de la protéine à doser. Une variante de la technique AQUA a été proposée par J.-M. Pratt et al. [32] sous le nom de QconCat. Cette variante est également décrite dans la demande de brevet WO 2006/128492. Elle consiste à concaténer différents peptides AQUA et à produire le polypeptide artificiel sous forme de protéine recombinante lourde. La protéine recombinante est synthétisée avec des acides aminés comportant des isotopes lourds. De cette façon, il est possible d'obtenir un standard pour calibrer le dosage simultané de plusieurs protéines à moindre coût. Le standard QconCAT est ajouté dès le début, en amont du traitement entraînant le clivage des protéines et avant les étapes de fractionnement des protéines, de dénaturation, de réduction puis de blocage des fonctions thiols des protéines, si celles-ci sont présentes. Le standard QconCAT subit donc le même cycle de traitement entraînant le clivage des protéines que la protéine naturelle, ce qui permet de tenir compte du rendement de l'étape de traitement entraînant le clivage des protéines. En effet, le traitement, notamment par digestion, de la protéine naturelle peut ne pas être complet. Dans ce cas l'utilisation d'un standard AQUA conduirait à sous-estimer la quantité de protéine naturelle. Pour un dosage absolu, il peut donc être important de tenir compte des rendements de traitement entraînant le clivage des protéines. Cependant, V. Brun et al. [33] ont montré que, parfois, les standards QconQAT ne reproduisaient pas exactement le rendement de traitement notamment par digestion de la protéine naturelle, sans doute du fait d'une conformation tridimensionnelle différente de la protéine QconCAT.
V. Brun et al. [33] ont alors proposé d'utiliser une méthode baptisée PSAQ et décrite dans la demande de brevet WO 2008/145763. Dans ce cas, le standard interne est une protéine recombinante, ayant la même séquence que la protéine naturelle mais synthétisée avec des acides aminés lourds. La synthèse est réalisée ex-vivo avec des acides aminés lourds. Ce standard a rigoureusement les mêmes propriétés physicochimiques que la protéine naturelle (à l'exception d'une masse plus élevée). Il est ajouté dès le début, avant l'étape de fractionnement des protéines, lorsque cette dernière est présente. Il est donc co-purifîé avec la protéine native, lors de l'étape de fractionnement des protéines. Il présente le même rendement de traitement, notamment par digestion, que la protéine native. Le peptide lourd obtenu après clivage est également co-purifïé avec le peptide naturel, si une étape de fractionnement des peptides est réalisée. Les deux peptides sont donc injectés simultanément dans le spectromètre de masse, pour être dosé quantitativement. Ils subissent alors les mêmes rendements d'ionisation dans la source. La comparaison des aires de pic des peptides naturels et des peptides de référence dans la méthode PSAQ permet de calculer la concentration de la protéine à doser en tenant compte de la totalité des étapes du procédé de dosage.
L'ensemble de ces techniques, à savoir AQUA, QconCAT ou PSAQ ou toute autre technique de calibrage, utilisée dans des dosages par spectrométrie de masse et en particulier dans les dosages MRM ou MS, pourront être mises en œuvre pour effectuer le calibrage, dans le cadre de l'invention.
Selon un mode de réalisation préféré, le procédé de l'invention permet la caractérisation de Staphylococcus aureus.
En particulier, la caractérisation de Staphylococcus aureus met en œuvre au moins un peptide comme suit :
1. pour le tvpage :
au moins un peptide appartenant à la protéine A de séquence SEQ ID N° 1 suivante :
MKKK I Y SIRKLG VGI AS VTLGTLLI S GG VTP AAN AAQHDE AQ QN AF YQ VL NMPNLNADQR GFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNKF NKDQQSAFYEILNMPNLNEEQR GFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQA PKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLAEAK KLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQR GFIQSLKDDPSQSA NLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLK DDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEED NKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKED NKKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKED GNKPGKEDGNGVHVVKPGDTVNDIAKANGTTADKIAADNKLADK MIKP GQELVVDK QPANHADANKAQALPETGEENPFIGTTVFGGLSLALGAALL AGPvRPvEL
lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°2, 3, 4, 5, 6, 7 et 8 tels que définis ci-après :
Figure imgf000024_0001
Pour la résistance potentielle à au moins un antibiotique
au moins un peptide appartenant à la protéine PBP2a de séquence SEQ ID N° 9 suivante :
MKKIKI VPLILI V V V VGF GI YF Y ASKDKEI NTID AIEDK FKQ V YKD S S YI S
KSDNGEVEMTEPJ'IKIYNSLGVKDINIQDRKIK VSK KK VDAQYKIKTN
YGNIDR VQFNFVKEDGMWKLDWDHSVIIPGMQKDQSIHIENLKSERGKIL
DRNNVELANTGTAYEIGIVPK VSKKDYKAIAKELSISEDYIKQQMDQNWV
QDDTFVPLKTVKKMDEYLSDFAK FHLTTNETESR YPLEKATSHLLGYV
GPINSEELKQKEYKGYKDDAVIGK GLEKLYDKKLQHEDGYRVTIVDDNS
NTIAHTLIEKKKKDGKDIQLTIDAKVQKSIY NMK DYGSGTAIHPQTGELL
ALVSTPSYDVYPFMYGMSNEEYNKLTEDKKEPLLNKFQITTSPGSTQKILTA
MIGLNNKTLDDKTSYKIDGKGWQKDKSWGGYNVTRYEVVNGNIDLKQAI
ESSDNIFFARVALELGSK FEKGMKKLGVGEDIPSDYPFYNAQISNK LDNE
ILL AD S G YGQGEILINP VQIL SI YS ALE NGNIN APHLLKDTK KV WK NII S
KENINLLTDGMQQVVNKTHKEDIYRSYANLIGKSGTAELKMKQGETGRQI
GWFISYDKDNPNMMMAINVKDVQDKGMASYNAKISGKVYDELYENGNK
KYDIDE
lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID 0 à 17 tels que définis ci-après :
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°9
10 IYNSLGVK 69-76 11 DINIQDR 77-83
12 ELSISEDYIK 189-198
13 FQITTSPGSTQK 395-406
14 ILTAMIGL NK 407-417
15 YEVVNGNIDLK 446-456
16 VALELGSK 470-477
17 SYANLIGK 590-597 Pour la virulence :
au moins un peptide appartenant à la protéine PVL, sous-unités LukS et LukF, de séquences SEQ ID N° 18 et 22 suivantes, respectivement :
SEQ ID N° 18 :
MIFMVK RLLAATLSLGIITPIATSFHESKAD NIENIGDGAEVVKRTEDTSS
DKWGVTQNIQVDFVKDK YNKDALILKMQGFINSKTTYYNYK TDHIKA
MRWPFQ YNIGLKTNDPN VDLIN YLPK KID S VN VS QTLG YNIGGNFNS GP S
TGGNGSFNYSKTISYNQQNYISEVERQNSKSVQWGIKANSFITSLGKMSGH
DPNLFVGYKPYSQNPRDYFVPDNELPPLVHSGFNPSFIATVSHEKGSGDTSE
FEITYGRNMDVTHATRRTTHYGNSYLEGSRIHNAFVNRNYTVKYEVNWKT
HEIKVKGHN
SEQ ID N° 22 :
MK IVKSSVVTSIALLLLSNTVDAAQHITPVSEK VDDKITLYKTTATSDSD
KLKISQILTFNFIKDKSYDKDTLILKAAGNIYSGYTKPNPKDTISSQFYWGSK
YNISINSDSNDSVNVVDYAPK QNEEFQVQQTVGYSYGGDINISNGLSGGG
NGSKSFSETINYKQESYRTSLDKRTNFKKIGWDVEAHKIM NGWGPYGRD
SYHSTYGNEMFLGSRQSNLNAGQNFLEYHKMPVLSRGNFNPEFIGVLSRKQ
NAAK SKITVTYQREMDRYTNFWNQLHWIG NYKDENRATHTSIYEVDW
ENHTVKLIDTQSKEK PMS
lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID9, 20, 21, 23 et 24 tels que définis ci-après : Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°18
19 TNDPNVDLINYLPK 115-128
20 SVQWGIK 184-190
21 ANSFITSLGK 191-200
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°22
23 MPVLSR 237-242
24 GNFNPEFIGVLSR 243-255 Pour l'identification :
au moins un peptide appartenant à la protéine 50S ribosomal protein L30 (RL30), 50S ribosomal protein L331 (RL331), Staphylococcal secretory antigen ssaA2 (SSAA2), UPF0337 protein SA0772 (Y772), Bifunctional autolysin (ATL),
Elongation factor Tu (EFTU), Probable transglycolase isaA (ISAA) et UPF0457 protein SA1975.1 (Y197A), de séquences SEQ ID N° 25, 28, 31, 33, 36, 39, 41 et 43 suivantes, respectivement :
SEQ ID N° 25 :
MAKLQITLTRSVIGRPETQRKTVEALGLK TNSSVVVEDNPAIRGQINKVK HLVTVEEK
SEQ ID N° 28 :
MRVNVTLACTECGDRNYITTK KR NPERVEMKKFCSRENKQTLHRETK
SEQ ID N° 31 :
MKKIATATIATAGFATIAIASGNQAHASEQDNYGYNPNDPTSYSYTYTIDA QGNYHYTWKGNWHPSQLNQDNGYYSYYYYNGY NY NY NGYSY NY SRY NYS NNQSYNY NYNSYNTNSYRTGGLGASYSTSS NVQVTTTMA PSSNGRSISSGYTSGRNLYTSGQCTYYVFDRVGGKIGSTWGNASNWANAA ARAGYTV NTPKAGAIMQTTQGAYGHVAYVESVNSNGSVRVSEMNYGY GPGVVTSRTISASQAAGYNFIH
SEQ ID N° 33 : MADESKFEQAKGNVKETVGNVTDNK LENEGKEDKASGKAKEFVENAKE KATDFIDKVKGNKGE
SEQ ID N° 36 :
MAKKFNYKLPSMVALTLVGSAVTAHQVQAAETTQDQTTNK VLDSNKVK ATTEQAKAEVK PTQNISGTQVYQDPAIVQPKTA NKTGNAQVSQKVDTA QVNGDTRANQSATTNNTQPVAKSTSTTAPKTNTNVTNAGYSLVDDEDDNS EHQINPELIKSAAKPAALETQYKAAAPKAKTEATPKVTTFSASAQPRSVAA TPKTSLPKYKPQVNSSINDYIRKNNLKAPKIEEDYTSYFPKYAYRNGVGRPE GIVVHDTANDRSTINGEIS YMKNNYQNAFVHAFVDGDRIIETAPTDYLS WG
VGAVGNPRFINVEIVHTHDYASFARSMNNYADYAATQLQYYGLKPDSAEY DGNGTVWTHYAVSKYLGGTDHADPHGYLRSHNYSYDQLYDLINEKYLIK MGKVAPWGTQFTTTPTTPSKPTTPSKPSTGKLTVAA NGVAQIKPTNSGLY TTVYDKTGKATNEVQKTFAVSKTATLGNQKFYLVQDYNSGNKFGWVKEG DVVYNTAKSPVNVNQS YSIKSGTKLYTVPWGTSKQVAGSVSGSGNQTFKA
SKQQQIDKSIYLYGSVNGKSGWVSKAYLVDTAKPTPTPIPKPSTPTTNNKLT VSSLNGVAQINAKNNGLFTTVYDKTGKPTKEVQKTFAVTKEASLGGNKFY LVKDYNSPTLIGWVKQGDVIY NAKSPVNVMQTYTVKPGTKLYSVPWGT YKQEAGAVSGTGNQTFKATKQQQIDKSIYLFGTVNGKSGWVSKAYLAVPA APKKAVAQPKTAVKAYTVTKPQTTQTVSKIAQVKP NTGIRASVYEKTAK NGAKYADRTFYVTKERAHGNETYVLL NTSHNIPLGWFNVKDLNVQNLG KEVKTTQKYTVNKS NGLSMVPWGTKNQVILTG NIAQGTFNATKQVSV GKDVYLYGTINNRTGWVNAKDLTAPTAVKPTTSAAKDYNYTYVIK GNG YYYVTPNSDTAKYSLKAFNEQPFAVVKEQVINGQTWYYGKLSNGKLAWI KSTDLAKELIKYNQTGMTLNQVAQIQAGLQYKPQVQRVPGKWTDANFND VKHAMDTKRLAQDPALKYQFLRLDQPQNISIDKINQFLKGKGVLENQGAA FNKAAQMYGINEVYLISHALLETGNGTSQLAKGADVVNNKVVTNSNTKY HNVFGIAAYDNDPLREGIKYAKQAGWDTVSKAIVGGAKFIGNSYVKAGQN TLYKMRWNPAHPGTHQYATDVDWANINAKIIKGYYDKIGEVGKYFDIPQY K
SEQ ID N° 39 MAKEKFDRSKEHANIGTIGHVDHGKTTLTAAIATVLAK GDSVAQSYDMI DNAPEEKERGITINTSHIEYQTDKRHYAHVDCPGHADYVK MITGAAQMD GGILVVSAADGPMPQTREHILLSRNVGVPALVVFLNKVDMVDDEELLELV EMEVRDLLSEYDFPGDDVPVIAGSALKALEGDAQYEEKILELMEAVDTYIP TPERDSDKPFMMPVEDVFSITGRGTVATGRVERGQIKVGEEVEIIGLHDTSK TTVTGVEMFRKLLDYAEAGDNIGALLRGVAREDVQRGQVLAAPGSITPHT EFKAEVYVLSKDEGGRHTPFFSNYRPQFYFRTTDVTGVVHLPEGTEMVMP GDNVEMTVELIAPIAIEDGTRFSIREGGRTVGSGVVTEIIK SEQ ID N° 41 :
MKKTIMASSLAVALGVTGYAAGTGHQAHAAEVNVDQAHLVDLAHNHQD QLNAAPIKDGAYDIHFVKDGFQYNFTSNGTTWSWSYEAANGQTAGFSNVA GADYTTSYNQGSNVQSVSYNAQSSNSNVEAVSAPTYHNYSTSTTSSSVRLS NGNT AG ATGS S AAQIM AQRTG VS AST W AAII ARE SNGQ VN AYNP S G AS GL FQTMPGWGPTNTVDQQINAAVKAYKAQGLGAWGF
SEQ ID N° 43 :
MAMTVKKD NEVRIQWRVADIKIPTSEIK ITQDQDIHAVPKLDSKDVSRI GSTFGKTNRVIIDTEDHEYIIYTQNDQKVYNELTK lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID6, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 et 45 tels que définis ci-après :
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°25
26 LQITLTR 4-10
27 TNS S VWEDNPAIR 31-34
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°28
29 VNVTLACTECGDR 3-15
30 NYITTK 16-21
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°31
32 AGYTVN TPK 200-209
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°33 34 EFVENAKEK 42-50
35 ATDFIDKVK 51-59
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°36
37 LYSVPWGTYK 696-705
38 AYLAVPAAPK 747-756
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°39
40 TVGS G WTEIIK 383-394
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°41
42 LSNGNTAGATGSSAAQ- 148-168
IMAQR
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°43
44 NITQDQDIHAVPK 30-42
45 LDSKDVSR 43-50
Il convient de noter, comme indiqué précédemment, que, pour le typage, le procédé de l'invention peut également utiliser au moins un peptide de séquence SEQ ID N° : 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 19, 20, 21, 23, 24, 26, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 et 45, lesquels sont utiles pour la détermination de la résistance potentielle à au moins un antibiotique ou de la virulence, comme indiqué précédemment.
Bien entendu, par au moins un peptide, on entend au moins un, au moins deux, au moins trois, au moins quatre, au moins cinq, au moins 6 ou plus peptides représentatifs du marqueur qu'on veut détecter. De préférence, on utilisera au moins deux, voire au moins trois, voire au moins quatre peptides par caractéristique.
Selon un autre mode de réalisation préféré, le procédé de l'invention permet la caractérisation à' Escherichia coli.
En particulier, la caractérisation à' Escherichia coli met en œuvre au moins un peptide comme suit :
1. pour le typage :
au moins un peptide appartenant à la protéine Aspartate ammonia-lyase (ASPA), la sous-unité alpha de ΓΑΤΡ synthase (ATPA), la chaperonine 10 kDa (CH10), la chaperonine 60 kDa (CH60), la DNA-binding protein HU-beta (DBHB), la Glutamate decarboxylase (DCEB), Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit (DHSA), la DNA protection dring starvation protein (DPS), la DNA-binding protein H-NS (HNS), la Malate dehydrogenase (MDH), la Phosphoglycerate kinase (PGK), la Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase (PUR7), la
50S ribosomal protein L4 (RL4), la 30S ribosomal protein SI (RS1), la UPF0076 protein yjgF (YJGF), de séquences SEQ ID N° 138 à 152 suivantes, respectivement :
SEQ ID N° 138
MSNNIRIEEDLLGTREVPADAYYGVHTLRAIENFYISNNKISDIPEFVRGMV MVKKAAAMANKELQTIPKSVANAIIAACDEVLNNGKCMDQFPVDVYQGG AGTSVNMNTNEVLANIGLELMGHQKGEYQYLNPNDHVNKCQSTNDAYPT GFRIAVYSSLIKLVDAINQLREGFERKAVEFQDILKMGRTQLQDAVPMTLG QEFRAFSILLKEEVKNIQRTAELLLEVNLGATAIGTGLNTPKEYSPLAVKKL AEVTGFPCVPAEDLIEATSDCGAYVMVHGALKRLAVKMSKICNDLRLLSS GPRAGLNEINLPELQAGSSIMPAKVNPVVPEVVNQVCFKVIGNDTTVTMAA EAGQLQLNVMEPVIGQAMFESVHILTNACYNLLEKCINGITANKEVCEGYV YNSIGIVTYLNPFIGHHNGDIVGKICAETGKSVREVVLERGLLTEAELDDIFS VQNLMHPAYKAKRYTDESEQ
SEQ ID N° 139
MQLNSTEISELIKQRIAQFNVVSEAHNEGTIVSVSDGVIRIHGLADCMQGEM ISLPGNRYAIALNLERDSVGAVVMGPYADLAEGMKVKCTGRILEVPVGRG LLGRVVNTLGAPIDGKGPLDHDGFSAVEAIAPGVIERQSVDQPVQTGYKAV DSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTALAIDAIINQRDSGIKCIYVAIGQKASTISN VVRKLEEHGALANTIVVVATASESAALQYLAPYAGCAMGEYFRDRGEDAL IIYDDLSKQAVAYRQISLLLRRPPGREAFPGDVFYLHSRLLERAARVNAEYV EAFTKGEVKGKTGSLTALPIIETQAGDVSAFVPTNVISITDGQIFLETNLFNA GIRPAVNPGISVSRVGGAAQTKIMKKLSGGIRTALAQYRELAAFSQFASDLD DATRKQLDHGQKVTELLKQKQYAPMSVAQQSLVLFAAERGYLADVELSKI GSFEAALLAYVDRDHAPLMQEINQTGGYNDEIEGKLKGILDSFKATQSW SEQ ID N° 140
MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLTGSAAAKSTRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
SEQ ID N° 141
MAAKDVKFGNDARVKMLRGVNVLADAVKVTLGPKGRNVVLDKSFGAPTI TKDGVSVAREIELEDKFENMGAQMVKEVASKANDAAGDGTTTATVLAQA IITEGLKAVAAGMNPMDLKRGIDKAVTAAVEELKALSVPCSDSKAIAQVGT ISANSDETVGKLIAEAMDKVGKEGVITVEDGTGLQDELDVVEGMQFDRGY LSPYFINKPETGAVELESPFILLADKKISNIREMLPVLEAVAKAGKPLLIIAED VEGEALATLVVNTMRGIVKVAAVKAPGFGDRRKAMLQDIATLTGGTVISE EIGMELEKATLEDLGQAKRVVINKDTTTIIDGVGEEAAIQGRVAQIRQQIEE ATSDYDREKLQERVAKLAGGVAVIKVGAATEVEMKEKKARVEDALHATR AAVEEGVVAGGGVALIRVASKLADLRGQNEDQNVGIKVALRAMEAPLRQI VLNCGEEPSVVANTVKGGDGNYGYNAATEEYGNMIDMGILDPTKVTRSAL QYAASVAGLMITTECMVTDLPK DAADLGAAGGMGGMGGMGGMM
SEQ ID N° 142
MNKSQLIDKIAAGADISKAAAGRALDAIIASVTESLKEGDDVALVGFGTFA VKERAARTGRNPQTGKEITIAAAKVPSFRAGKALKDAVN
SEQ ID N° 143
MDKKQVTDLRSELLDSRFGAKSISTIAESKRFPLHEMRDDVAFQIINDELYL DGNARQNLATFCQTWDDENVHKLMDLSINK WIDKEEYPQSAAIDLRCVN MVADLWHAPAPK GQAVGTNTIGSSEACMLGGMAMKWRWRKRMEAAG KPTDKPNLVCGPVQICWHKFARYWDVELREIPMRPGQLFMDPKRMIEACD ENTIGVVPTFGVTYTGNYEFPQPLHDALDKFQADTGIDIDMHIDAASGGFL APFVAPDIVWDFRLPRVKSISASGHKFGLAPLGCGWVIWRDEEALPQELVF NVDYLGGQIGTFAINFSRPAGQVIAQYYEFLRLGREGYTKVQNASYQVAA YLADEIAKLGPYEFICTGRPDEGIPAVCFKLKDGEDPGYTLYDLSERLRLRG WQVPAFTLGGEATDIVVMRIMCRRGFEMDFAELLLEDYKASLKYLSDHPK LQGIAQQNSFKHT SEQ ID N° 144
MKLP VREFD AV VIG AGG AGMRAALQI S Q S GQTC ALL SKVFPTRSHT VS AQ GGITVALGNTHEDNWEWHMYDTVKGSDYIGDQDAIEYMCKTGPEAILELE HMGLPFSRLDDGRIYQRPFGGQSKNFGGEQAARTAAAADRTGHALLHTLY QQNLK HTTIFSEWYALDLVK QDGAVVGCTALCIETGEVVYFKARATVL ATGGAGRIYQSTTNAHINTGDGVGMAIRAGVPVQDMEMWQFHPTGIAGA GVLVTEGCRGEGGYLLNKHGERFMERYAPNAKDLAGRDVVARSIMIEIRE GRGCDGPWGPHAKLKLDHLGKEVLESRLPGILELSRTFAHVDPVKEPIPVIP TCHYMMGGIPTKVTGQALTVNEKGEDVVVPGLFAVGEIACVSVHGANRL GGNSLLDLVVFGRAAGLHLQESIAEQGALRDASESDVEASLDRLNRW NN RNGEDPVAIRKALQECMQHNFSVFREGDAMAKGLEQLKVIRERLK ARLD DTSSEFNTQRVECLELDNLMETAYATAVSANFRTESRGAHSRFDFPDRDDE NWLCHSLYLPESESMTRRS VNMEPKLRPAFPPKIRTY
SEQ ID N° 145
MSTAKLVKSKATNLLYTRNDVSDSEKKATVELLNRQVIQFIDLSLITKQAH WNMRGANFIAVHEMLDGFRTALIDHLDTMAERAVQLGGVALGTTQVINS KTPLKSYPLDIHNVQDHLKELADRYAIVANDVRKAIGEAKDDDTADILTAA SRDLDKFLWFIESNIE
SEQ ID N° 146
MSEALKIL NIRTLRAQARECTLETLEEMLEKLEVVVNERREEESAAAAEV EERTRKLQQYREMLIADGIDPNELLNSLAAVKSGTKAKRAQRPAKYSYVD ENGETKTWTGQGRTPAVIKKAMDEQGKSLDDFLIKQ
SEQ ID N° 147
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPT AVKIKGFSGEDATPALEGANVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVK L VQQVAKTCPKACIGIITNPVNTTVAIAAEVLKKAGVYDK KLFGVTTLDIIR SNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGVTILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKR IQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVRALQGEQGVVECAYV EGDGQYARFFSQPLLLGK GVEERKSIGTLSAFEK ALEGMLDTLKKDIAL GEEFVNK SEQ ID N° 148
MSVIKMTDLDLAGKRVFIRADLNVPVKDGKVTSDARIRASLPTIELALKQG AKVMVTSHLGRPTEGEYNEEFSLLPVVNYLKDKLSNPVRLVKDYLDGVDV AEGELVVLENVRFNKGEKKDDETLSK YAALCDVFVMDAFGTAHRAQAS THGIGKFADVACAGPLLAAELDALGKALKEPARPMVAIVGGSKVSTKLTV LDSLSKIADQLIVGGGIANTFIAAQGHDVGKSLYEADLVDEAKRLLSTCNIP VPSDVRVATEFSETAPATLKSVNDVKADEQILDIGDASAQELAEILK AKTI LWNGPVGVFEFPNFRKGTEIVANAIADSEAFSIAGGGDTLAAIDLFGIADKIS YISTGGGAFLEFVEGKVLPAVAMLEERAK SEQ ID N° 149
MQKQAELYRGKAKTVYSTENPDLLVLEFRNDTSAGDGARIEQFDRKGMV NKFNYFIMSKLAEAGIPTQMERLLSDTECLVKKLDMVPVECVVRNRAAG SLVKRLGIEEGIELNPPLFDLFLK DAMHDPMVNESYCETFGWVSKENLAR MKELTYKANDVLKKLFDDAGLILVDFKLEFGLYKGEVVLGDEFSPDGSRL WDKETLEKMDKDRFRQ SL GGLIE AYE AV ARRLG VQLD
SEQ ID N° 150
MELVLKDAQSALTVSETTFGRDFNEALVHQVVVAYAAGARQGTRAQKTR AEVTGSGKKPWRQKGTGRARSGSIKSPIWRSGGVTFAARPQDHSQKVNK MYRGALKSILSELVRQDRLIVVEKFSVEAPKTKLLAQKLKDMALEDVLIITG ELDENLFLAARNLHKVDVRDATGIDPVSLIAFDKVVMTADAVKQVEEMLA
SEQ ID N° 151
MTESFAQLFEESLKEIETRPGSIVRGVVVAIDKDVVLVDAGLKSESAIPAEQF K AQGELEIQVGDEVDVALDAVEDGFGETLLSREKAKRHEAWITLEKAYE DAETVTGVINGKVKGGFTVELNGIRAFLPGSLVDVRPVRDTLHLEGKELEF KVIKLDQKR NVVVSRRAVIESENSAERDQLLENLQEGMEVKGIVK LTD YGAFVDLGGVDGLLHITDMAWKRVKHPSEIVNVGDEITVKVLKFDRERTR
VSLGLKQLGEDPWVAIAKRYPEGTKLTGRVTNLTDYGCFVEIEEGVEGLVH
VSEMDWTNKNIHPSKVVNVGDVVEVMVLDIDEERRRISLGLKQCKANPW
QQFAETHNKGDRVEGKIKSITDFGIFIGLDGGIDGLVHLSDISWNVAGEEAV
REYK GDEIAAVVLQVDAERERISLGVKQLAEDPF NWVALNK GAIVTG
KVTAVDAKGATVELADGVEGYLRASEASRDRVEDATLVLSVGDEVEAKF
TGVDRK RAISLSVRAKDEADEKDAIATVNKQEDANFSNNAMAEAFKAA
KGE
SEQ ID N° 152
MSKTIATENAPAAIGPYVQGVDLGNMIITSGQIPVNPKTGEVPADVAAQAR QSLDNVKAIVEAAGLKVGDIVKTTVFVKDLNDFATVNATYEAFFTEHNAT FP ARS C VE V ARLPKD VKIEIE AI AVRR lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°67 à 84 tels que définis ci-après :
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°138
67 ISDIPEFVR 41-49
68 IEEDLLGTR 7-15
69 LVDAINQLR 163-171
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°139
70 TALAIDAIINQR 176-187
71 WNTLGAPIDGK 107-118
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°140
72 SAGGIVLTGSAAAK 21-34
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°141
73 AVTAAVEELK 123-132
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°142
74 ALDAIIASVTESLK 24-37
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°143
75 YWDVELR 172-178 Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°144
76 LPGILELSR 327-335
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°145
77 SKATNLLYTR 9-18
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°146
78 SEALKILN IR 2-12
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°147
79 LFGVTTLDIIR 145-155
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°148
80 ASLPTIELALK 39-49
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°149
81 LLSDTECLVK 73-82
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°150
82 SILSELVR 107-114
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°151
83 GGFTVELNGIR 118-128
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°152
84 TGEVPADVAAQAR 39-51
2. Pour la résistance potentielle à au moins un antibiotique
au moins un peptide appartenant à la protéine TEM-2 beta-lactamase (TEM-2) de séquence SEQ ID N° 126 suivante :
HPETLVKVKDAEDKLGARVGYIELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLL CGAVLSRVDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAA ITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDE RDTTMPAAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPA GWFIADKSGVGERGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAE IGASLIKHW
lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID2 à 66 tels que définis ci-après : Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°126
62 LLTGELLTLASR 168-179
63 SALPAGWFIADK 198-209
64 VAGPLLR 191-197
65 VGYIELDLNSGK 19-30
66 VLLCGAVLSR 49-58
3. Pour la virulence :
au moins un peptide appartenant à la protéine Shiga toxine 1 sous-unité A (STXl A), la protéine Shiga toxine 2 sous-unité A (STX2A) ou aux deux, de séquences SEQ ID N° 153 et 154, respectivement :
SEQ ID N° 153
MKIIIFRVLTFFFVIFSVNVVAKEFTLDFSTAKTYVDSLNVIRSAIGTPLQTISS GGTSLLMIDSGTGDNLFAVDVRGIDPEEGRF NLRLIVER NLYVTGFVNR TNNVFYRFADFSHVTFPGTTAVTLSGDSSYTTLQRVAGISRTGMQINRHSLT TSYLDLMSHSGTSLTQSVARAMLRFVTVTAEALRFRQIQRGFRTTLDDLSG RSYVMTAEDVDLTLNWGRLSSVLPDYHGQDSVRVGRISFGSINAILGSVALI LNCHHHASRVARMASDEFPSMCPADGRVRGITHNKILWDSSTLGAILMRR TISS
SEQ ID N° 154
MKCILFKWVLCLLLGFSSVSHSREFTIDFSTQQSYVSSLNSIRTEISTPLEHIS QGTTSVSVINHTPPGSYFAVDIRGLDVYQARFDHLRLIIEQ NLYVAGFVNT ATNTFYRFSDFTHISVPGVTTVSMTTDSSYTTLQRVAALERSGMQISRHSLV SSYLALVEFSGNTMTRDASRAVLRFVTVTAEALRFRQIQREFRQALSETAP VYTMTPGDVDLTLNWGRISNVLPEYRGEDGVRVGRISF NISAILGTVAVIL NCHHQGARSVRAVNEDSQPECQITGDRPVIKI NTLWESNTAAAFLNR SQ FLYTTGK
lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°85, 86 et 87 tels que définis ci-après : Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°153
85 TYVDSLNVIR 34-43
86 FVTVTAEALR 183-192
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N° 154
86 FVTVTAEALR 183-192
87 ISNVLPEYR 227-235
4. Pour Γ identification :
au moins un peptide appartenant à Aconitate hydratase 2 (ACON2) L- asparaginase 2 (ASPG2), 3-oxoacyl-[acyl carrier-protein] synthase 1 (FABB), Glutamine-binding periplasmic protein (GLNH), Molybdate-binding periplasmic protein (MODA), Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex (ODP2), Outer membrane protein C (OMPC), Formate acetyltransferase 1 (PFLB), Succinyl-CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha (SUCD), Transketolase 1 (TKT1), UPF0381 protein yfcZ (YFCZ), Uncharacterized protein ygaU (YGAU), de séquences SEQ ID N° 127 à 135, 176, 136, 137 suivantes, respectivement :
SEQ ID N° 127
MLEEYR HVAERAAEGIAPKPLDANQMAALVELLKNPPAGEEEFLLDLLT
NRVPPGVDEAAYVKAGFLAAIAKGEAKSPLLTPEKAIELLGTMQGGYNIHP
LIDALDDAKLAPIAAKALSHTLLMFDNFYDVEEKAKAGNEYAKQVMQSW
ADAEWFLNRPALAEKLTVTVFKVTGETNTDDLSPAPDAWSRPDIPLHALA
MLK AREGIEPDQPGVVGPIKQIEALQQKGFPLAYVGDVVGTGSSR SATN
SVLWFMGDDIPHVPNKRGGGLCLGGKIAPIFFNTMEDAGALPIEVDVSNLN
MGDVIDVYPYKGEVRNHETGELLATFELKTDVLIDEVRAGGRIPLIIGRGLT
TKAREALGLPHSDVFRQAKDVAESDRGFSLAQKMVGRACGVKGIRPGAYC
EPKMTSVGSQDTTGPMTRDELKDLACLGFSADLVMQSFCHTAAYPKPVDV
NTHHTLPDFIMNRGGVSLRPGDGVIHSWLNRMLLPDTVGTGGDSHTRFPIG
ISFPAGSGLVAFAAATGVMPLDMPESVLVRFKGKMQPGITLRDLVHAIPLY
AIKQGLLTVEK GKK IFSGRILEIEGLPDLKVEQAFELTDASAERSAAGCTI
KLNKEPIIEYLNSNIVLLKWMIAEGYGDRRTLERRIQGMEKWLANPELLEA DADAEYAAVIDIDLADIKEPILCAPNDPDDARPLSAVQGEKIDEVFIGSCMT NIGHFRAAGKLLDAHKGQLPTRLWVAPPTRMDAAQLTEEGYYSVFGKSGA RIEIPGCSLCMGNQARVADGATVVSTSTRNFPNRLGTGANVFLASAELAAV AALIGKLPTPEEYQTYVAQVDKTAVDTYRYLNFNQLSQYTEKADGVIFQT AV
SEQ ID N° 128
MEFFK T AL AAL VMGF S G AAL ALPNITIL ATGGTI AGGGD S ATKSN YT VGK VGVENLVNAVPQLKDIANVKGEQVVNIGSQDMNDNVWLTLAKKINTDCD KTDGFVITHGTDTMEETAYFLDLTVKCDKPVVMVGAMRPSTSMS ADGPFN
LYNAVVTAADKASANRGVLVVMNDTVLDGRDVTKTNTTDVATFKSVNY GPLGYIHNGKIDYQRTPARKHTSDTPFDVSKLNELPKVGIVYNYANASDLP AKALVDAGYDGIVSAGVGNGNLYKSVFDTLATAAKTGTAVVRSSRVPTG ATTQDAEVDDAKYGFVASGTLNPQKARVLLQLALTQTKDPQQIQQIFNQY
SEQ ID N° 129
MKRAVITGLGIVSSIG NQQEVLASLREGRSGITFSQELKDSGMRSHVWGN VKLDTTGLIDRKVVRFMSDASIYAFLSMEQAIADAGLSPEAYQ NPRVGLI AGSGGGSPRFQVFGADAMRGPRGLKAVGPYVVTKAMASGVSACLATPFKI HGVNYSISSACATSAHCIGNAVEQIQLGKQDIVFAGGGEELCWEMACEFDA MGALSTKYNDTPEKASRTYDAHRDGFVIAGGGGMVVVEELEHALARGAH IYAEIVGYGATSDGADMVAPSGEGAVRCMKMAMHGVDTPIDYLNSHGTS TPVGDVKELAAIREVFGDKSPAISATKAMTGHSLGAAGVQEAIYSLLMLEH GFIAPSINIEELDEQAAGLNIVTETTDRELTTVMSNSFGFGGTNATLVMRKL KD
SEQ ID N° 130
MKSVLKVSLAALTLAFAVSSHAADKKLVVATDTAFVPFEFKQGDKYVGFD VDLWAAIAKELKLDYELKPMDFSGIIPALQTK VDLALAGITITDERKKAID FSDGYYKSGLLVMVKA NNDVKSVKDLDGKVVAVKSGTGSVDYAKANI KTKDLRQFPNIDNAYMELGTNRADAVLHDTPNILYFIKTAGNGQFKAVGD SLEAQQYGIAFPKGSDELRDKVNGALKTLRENGTYNEIYK WFGTEPK SEQ ID N° 131
MAR WLNLFAGAALSFAVAGNALADEGKITVFAAASLTNAMQDIATQFK KEKGVDVVSSFASSSTLARQIEAGAPADLFISADQKWMDYAVDKKAIDTA TRQTLLGNSLVVVAPKASVQKDFTIDSKTNWTSLLNGGRLAVGDPEHVPA GIYAKEALQKLGAWDTLSPKLAPAEDVRGALAL VERNE APLGIVYGSDAV ASKGVKVVATFPEDSHK VEYPVAVVEGHNNATVKAFYDYLKGPQAAEIF KRYGFTIK SEQ ID N° 132
MAIEIKVPDIGADEVEITEILVKVGDKVEAEQSLITVEGDKASMEVPSPQAGI VKEIKVSVGDKTQTGALIMIFDSADGAADAAPAQAEEKKEAAPAAAPAAA AAKDVNVPDIGSDEVEVTEILVKVGDKVEAEQSLITVEGDKASMEVPAPFA GTVKEIKVNVGDKVSTGSLIMVFEVAGEAGAAAPAAKQEAAPAAAPAPAA GVKEVNVPDIGGDEVEVTEVMVKVGDKVAAEQSLITVEGDKASMEVPAPF AGVVKELKVNVGDKVKTGSLIMIFEVEGAAPAAAPAKQEAAAPAPAAKAE APAAAPAAKAEGKSEFAENDAYVHATPLIRRLAREFGVNLAKVKGTGRKG RILREDVQAYVKEAIKRAEAAPAATGGGIPGMLPWPKVDFSKFGEIEEVEL GRIQKISGANLSRNWVMIPHVTHFDKTDITELEAFRKQQNEEAAKRKLDVK ITPVVFIMKAVAAALEQMPRFNSSLSEDGQRLTLK YINIGVAVDTPNGLV VPVFKDVNK GIIELSRELMTISKKARDGKLTAGEMQGGCFTISSIGGLGTT HFAPIVNAPEVAILGVSKSAMEPVWNGKEFVPRLMLPISLSFDHRVIDGADG ARFITIINNTLSDIRRLVM SEQ ID N° 133
MKVKVLSLLVPALLVAGAANAAEVYNKDGNKLDLYGKVDGLHYFSDDK SVDGDQTYMRLGFKGETQVTDQLTGYGQWEYQIQGNSAENENNSWTRVA FAGLKFQDVGSFDYGRNYGVVYDVTSWTDVLPEFGGDTYGSDNFMQQRG NGFATYRNTDFFGLVDGLNFAVQYQGKNGSVSGEGMTNNGREALRQNGD GVGGSITYDYEGFGIGAAVSSSKRTDDQNSPLYIGNGDRAETYTGGLKYDA NNIYLAAQYTQTYNATRVGSLGWANKAQNFEAVAQYQFDFGLRPSLAYL QSKGKNLGVINGRNYDDEDILKYVDVGATYYFNKNMSTYVDYKINLLDD NQFTRDAGINTDNIVALGLVYQF SEQ ID N° 134
MSELNEKLATAWEGFTKGDWQNEVNVRDFIQK YTPYEGDESFLAGATE ATTTLWDKVMEGVKLENRTHAPVDFDTAVASTITSHDAGYINKQLEKIVG LQTEAPLKRALIPFGGIKMIEGSCKAYNRELDPMIKKIFTEYRKTHNQGVFD VYTPDILRCRKSGVLTGLPDAYGRGRIIGDYRRVALYGIDYLMKDKLAQFT SLQADLENGVNLEQTIRLREEIAEQHRALGQMKEMAAKYGYDISGPATNA QEAIQWTYFGYLAAVKSQNGAAMSFGRTSTFLDVYIERDLKAGKITEQEA QEMVDHLVMKLRMVRFLRTPEYDELFSGDPIWATESIGGMGLDGRTLVTK NSFRFLNTLYTMGPSPEPNMTILWSEKLPLNFKKFAAKVSIDTSSLQYENDD LMRPDF NDDYAIACCVSPMIVGKQMQFFGARANLAKTMLYAINGGVDE KLKMQVGPKSEPIKGDVLNYDEVMERMDHFMDWLAKQYITALNIIHYMH DKYSYEASLMALHDRDVIRTMACGIAGLSVAADSLSAIKYAKVKPIRDEDG LAIDFEIEGEYPQFG NDPRVDDLAVDLVERFMKKIQKLHTYRDAIPTQS VL
TITSNVVYGK TGNTPDGRRAGAPFGPGANPMHGRDQKGAVASLTSVAKL PFAYAKDGISYTFSIVPNALGKDDEVRKTNLAGLMDGYFHHEASIEGGQHL NVNVMNREMLLDAMENPEKYPQLTIRVSGYAVRFNSLTKEQQQDVITRTF TQSM
SEQ ID N° 135
MSILIDK TKVICQGFTGSQGTFHSEQAIAYGTKMVGGVTPGKGGTTHLGL PVFNTVREAVAATGATASVIYVPAPFCKDSILEAIDAGIKLIITITEGIPTLDM LTVKVKLDEAGVRMIGPNCPGVITPGECKIGIQPGHIHKPGKVGIVSRSGTL TYEAVKQTTDYGFGQSTCVGIGGDPIPGSNFIDILEMFEKDPQTEAIVMIGEI GGSAEEEAAAYIKEHVTKPVVGYIAGVTAPKGKRMGHAGAIIAGGKGTAD EKFAALEAAGVKTVRSLADIGEALKTVLK
SEQ ID N° 176
MSSRKELANAIRALSMDAVQKAKSGHPGAPMGMADIAEVLWRDFLKHNP QNPSWADRDRFVLSNGHGSMLIYSLLHLTGYDLPMEELK FRQLHSKTPG HPEVGYTAGVETTTGPLGQGIANAVGMAIAEKTLAAQFNRPGHDIVDHYT YAFMGDGCMMEGISHEVCSLAGTLKLGKLIAFYDDNGISIDGHVEGWFTD DTAMRFEAYGWHVIRDIDGHDAASIKRAVEEARAVTDKPSLLMCKTIIGFG SPNKAGTHDSHGAPLGDAEIALTREQLGWKYAPFEIPSEIYAQWDAKEAGQ AKESAWNEKFAAYAKAYPQEAAEFTRRMKGEMPSDFDAKAKEFIAKLQA NPAKIASRKASQNAIEAFGPLLPEFLGGSADLAPSNLTLWSGSKAINEDAAG NYIHYGVREFGMTAIANGISLHGGFLPYTSTFLMFVEYARNAVRMAALMK QRQVMVYTHDSIGLGEDGPTHQPVEQVASLRVTPNMSTWRPCDQVESAV AWKYGVERQDGPTALILSRQNLAQQERTEEQLANIARGGYVLKDCAGQPE LIFIATGSEVELAVAAYEKLTAEGVKARVVSMPSTDAFDKQDAAYRESVLP KAVTARVAVEAGIADYWYKYVGLNGAIVGMTTFGES APAELLFEEFGFTV
DNVVAKAKELL
SEQ ID N° 136
MSKCSADETPVCCCMDVGTIMDNSDCTASYSRVFANRAEAEQTLAALTEK ARS VESEPCKITPTFTEESDGVRLDIDFTFACEAEMLIFQLGLR
SEQ ID N° 137
MGLFNFVKDAGEKLWDAVTGQHDKDDQAK VQEHLNKTGIPDADKVNI QIADGKATVTGDGLSQEAKEKILVAVGNISGIASVDDQVKTATPATASQFY TVKSGDTLSAISKQVYGNANLYNKIFEANKPMLKSPDKIYPGQVLRIPEE lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID6 à 61 tels que définis ci-après :
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°127
46 ILEIEGLPDLK 578-588
47 VADGATWSTSTR 779-791
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°128
48 TNTTDVATFK 185-194
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°129
49 LDTTGLIDR 54-62
50 VGLIAGSGGGSPR 99-111 Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°130
51 AIDFSDGYYK 100-109
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°131
52 LGAWDTLSPK 160-169
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°132
53 FGEIEEVELGR 397-407
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°133
54 INLLDDNQFTR 339-349
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°134
55 LATAWEGFTK 8-17
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°135
56 DSILEAIDAGIK 80-91
57 FAALEAAGVK 263-272
58 SLADIGEALK 276-285
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°176
59 TEEQLANIAR 529-538
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°136
60 AEAEQTLAALTEK 38-50
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°137
61 SGDTLSAISK 103-112
Il convient de noter, comme indiqué précédemment, que, pour le typage, le procédé de l'invention peut également utiliser au moins un peptide de séquence SEQ ID N° : 46 à 66 et 85 à 87, lesquels sont utiles pour la détermination de la résistance potentielle à au moins un antibiotique, de l'identification ou de la virulence, comme indiqué précédemment.
Selon un autre mode de réalisation préféré, le procédé de l'invention permet la caractérisation de Candida albicans.
En particulier, la caractérisation de Candida albicans met en œuvre au moins un peptide comme suit :
1. pour le typage :
au moins un peptide appartenant à la protéine Alcohol dehydrogenase 1 (ADH1), Fructose-biphosphate aldolase (ALF), Lanosterol 14-alpha demethylase (CP51), F- box protein COSl l l (CSl l l), Elongation factor 1-beta (EFIB), Enolase 1 (ENOl), Glyceraldehyde-3 -phosphate dehydrogenase (G3P), Heat shock protein SSA1 (HSP71), Heat shock protein SSB1 (HSP75), Pyruvate kinase (KPYK), Lipase 8 (LIP8), Multiprotein-bridging factor 1 (MBFl), Nuclear transport factor 2 (NTF2),
Phosphoglycerate kinase (PGK), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIA), 60S ribosomal protein L13 (RL13), 60S ribosomal protein L28 (RL28), 60S ribosomal protein L36 (RL36), 40S ribosomal protein S22 (RS22), Triosephosphate isomerase (TPIS) de séquences SEQ ID N° 155 à 175 suivantes, respectivement :
SEQ ID N° 155
MSEQIPKTQKAVVFDTNGGQLVYKDYPVPTPKPNELLIHVKYSGVCHTDL HARKGDWPLATKLPLVGGHEGAGVVVGMGENVKGWKIGDFAGIKWLNG SCMSCEFCQQGAEPNCGEADLSGYTHDGSFEQYATADAVQAAKIPAGTDL ANVAPILC AGVTVYKALKTADLAAGQWVAISGAGGGLGSLAVQYARAMG
LRVVAIDGGDEKGEFVKSLGAEAYVDFTKDKDIVEAVKKATDGGPHGAIN VSVSEKAIDQSVEYVRPLGKVVLVGLPAHAKVTAPVFDAVVKSIEIKGSYV GNRKDTAEAIDFFSRGLIKCPIKIVGLSDLPEVFKLMEEGKILGRYVLDTSK SEQ ID N° 156
MAPPAVLSKSGVIYGKDVKDLFDYAQEKGFAIPAINVTSSSTVVAALEAAR DNKAPIILQTSQGGAAYFAGKGVDNKDQAASIAGSIAAAHYIRAIAPTYGIP VVLHTDHCAKKLLPWFDGMLKADEEFFAKTGTPLFSSHMLDLSEETDDENI ATCAKYFERMAKMGQWLEMEIGITGGEEDGVNNEHVEKDALYTSPETVF AVYESLHKISPNFSIAAAFGNVHGVYKPGNVQLRPEILGDHQVYAKKQIGT DAKHPLYLVFHGGSGSTQEEFNTAIKNGVVKVNLDTDCQYAYLTGIRDYV TNKIEYLKAPVGNPEGADKPNKKYFDPRVWVREGEKTMSKRIAEALDIFHT KGQL SEQ ID N° 157
MAIVETVIDGINYFLSLSVTQQISILLGVPFVYNLVWQYLYSLRKDRAPLVF YWIPWFGSAASYGQQPYEFFESCRQKYGDVFSFMLLGKIMTVYLGPKGHE FVFNAKLSDVSAEDAYKHLTTPVFGKGVIYDCPNSRLMEQKKFAKFALTT DSFKRYVPKIREEILNYFVTDESFKLKEKTHGVANVMKTQPEITIFTASRSLF GDEMRRIFDRSFAQLYSDLDKGFTPINFVFPNLPLPHYWRRDAAQKKISAT YMKEIKSRRERGDIDPNRDLIDSLLIHSTYKDGVKMTDQEIANLLIGILMGG QHTSASTSAWFLLHLGEKPHLQDVIYQEVVELLKEKGGDLNDLTYEDLQK LPSV NTIKETLRMHMPLHSIFRKVTNPLRIPETNYIVPKGHYVLVSPGYAH TSERYFDNPEDFDPTRWDTAAAKANSVSFNSSDEVDYGFGKVSKGVSSPYL PFGGGRHRCIGEQFAYVQLGTILTTFVYNLRWTIDGYKVPDPDYSSMVVLP TEPAEIIWEKRETCMF
SEQ ID N° 158
MLKTDSLDFHSYLPPYRSLINPNARYDYRTHSLIPLTQNDLNLLRIAFQKK EAPPSAFKMKYKSLLSDVSRTISMRLSNSNLLSSSSA NNNVLLSPPPSSSST L STPCGNILNRAGTT S SNI SKINNL S QNQTQNQLPLFP AELHIK LP VEILD YI FYLVDDNLDYKSCMYTCKLFYFLAKPYYYENLVFTSTYRFAQFVTYLRVN SEVGQYVQSIDLSGIKPGYDEDEQEEGQEENAENGEEENGGGARDPQYLLG EIADNPHHERVDQFPRGKILAGWRDWKFKNNPLYTIHPSPSLTKIASNSQFS NVS SKSSRSTS SKS S S STTKXFVKPFRYFKSRKRKMS YSGTTKLER SPRLE QLQLDQYSSNWNKRVNSHPLINKFLLHYSTSKDLPIGYILHMINLCPNIVSL NLGNLSLSTDYEISRSTIHKYQNFDLI NYPKDLIYKVDNIMRLNDVDDVYS IDGSILRFGNINSGSSGSNWERNGSSSNNRILFKSNQSIASTASSVYSVTTFSK PIRKYNSLLPPLPQTVADISYLNKGDGKVYLSDLNLKEINSAYLK INEDEIL SAIINVHGKRLIEYDTSLYQIPKPLNVDIAGTLKYINLSSMIWLNRKLIEKFLT RLLTK SPELDMYGICYTDEFFDSDEQESDDDYEDSDDEEQRQCPIIYKQNL VIDFTDSGMYKSLPWAKRIDLNSFEGCQLANKIINNDLMTPQEQALRRERR RRGAIAANYLA
SEQ ID N° 159
MSFSDFSKVESIKSLNEFLADKSYIDGTTATQADVTVYKAFQKEFPQFTRWF NHIASFTEEFEDLPAGKAPAASGSAAAAAEEEDDEDVDLFGSDDEVDEEAE KLKQQRLAEYAAKKAAKGPKPAAKSIVTLDVKPWDDETDLDELLTNVKAI EMEGLTWGAHQWIPVGFGIK LQINLVVEDALVSLDDLQAAVEEDEDHVQ STDIAAMQKL SEQ ID N° 160
MSYATKIHARYVYDSRGNPTVEVDFTTDKGLFRSIVPSGASTGVHEALELR DGDKSKWLGKGVLKAVANVNDIIAPALIKAKIDVVDQAKIDEFLLSLDGTP NKSKLGANAILGVSLAAANAAAAAQGIPLYKHIANISNAK GKFVLPVPFQ NVLNGGSHAGGALAFQEFMIAPTGVSTFSEALRIGSEVYHNLKSLTKK YG QSAGNVGDEGGVAPDIKTPKEALDLIMDAIDKAGYKGKVGIAMDVASSEF YKDGKYDLDFK PESDPSKWLSGPQLADLYEQLISEYPIVSIEDPFAEDDW DAWVHFFERVGDKIQIVGDDLTVTNPTRIKTAIEKKAANALLLKVNQIGTL TESIQAANDSYAAGWGVMVSHRSGETEDTFIADLSVGLRSGQIKTGAPARS ERLAKLNQILRIEEELGSEAIYAGKDFQKASQL
SEQ ID N° 161
MAIKIGINGFGRIGRLVLRVALGRKDIEVVAVNDPFIAPD YAAYMFKYDST
HGRYKGEVTASGDDLVIDGHKIKVFQERDPANIPWGKSGVDYVIESTGVFT KVEG AQKHID AG AK VIIT AP S AD APMF V VG VNEDKYTPDLKII SN AS CTT NCLAPLAKVVNDTFGIEEGLMTTVHSITATQKTVDGPSHKDWRGGRTASG NIIPSSTGAAKAVGKVIPELNGKLTGMSLRLPTTDVSVVDLTVRLKKAASYE EIAPAIKKASEGPLKGVLGYTEDAVVSTDFLGSSYSSIFDEKAGILLSPTFVK LISWYDNEYGYSTKVVDLLEHVA
SEQ ID N° 162
MSKAVGIDLGTTYSCVAHFANDRVEIIANDQGNRTTPSFVAFTDTERLIGDA AK QAAMNPANTVFDAKRLIGRKFDDPEVINDAKHFPFKVIDKAGKPVIQV EYKGETKTFSPEEISSMVLTKMKEIAEGYLGSTVKDAVVTVPAYFNDSQRQ ATKDAGTIAGLNVLRIINEPTAAAIAYGLDK GSRGEHNVLIFDLGGGTFDV SLLAIDEGIFEVKATAGDTHLGGEDFDNRLVNFFIQEFKRK KKDISTNQRA LRRLRTACERAKRTLSSSAQTSIEIDSLYEGIDFYTSITRARFEELCADLFRST LDPVGKVLADAKIDKSQVEEIVLVGGSTRIPKIQKLVSDFFNGKELNKSINP DEAVAYGAAVQAAILTGDTSSKTQDILLLDVAPLSLGIETAGGIMTKLIPRN STIPTK SETFSTYADNQPGVLIQVFEGERAKTKD NLLGKFELSGIPPAPRG VPQIEVTFDIDANGILNVSALEKGTGKTQKITITNDKGRLSKEEIDKMVSEAE KFKEEDEKEAARVQAK QLESYAYSLK TINDGEMKDKIGADDKEKLTKA IDETISWLDASQAASTEEYEDKRKELESVANPIISGAYGAAGGAPGGAGGFP GAGGFPGGAPGAGGPGGATGGESSGPTVEEVD
SEQ ID N° 163
MADGVFQGAIGIDLGTTYSCVATYDSAVEIIANEQGNRVTPSFVAFTSEERL
IGDAAK QAALNPK TVFDAKRLIGRAFDDESVQKDIKSWPFKVVESNGQ
PLIEVEYLDETKTFSPQEISSMVLTKMKEIAEAKIGK VEKAVVTVPAYFND AQRQ ATKDAGAIAGLNVLRIINEPTAAAIAYGLGAGKSEKERHVLIFDLGG
GTFDVSLLNITGGVFTVKATAGDTHLGGQDFDTNLLEHFKKEFQK TGNDI SSDARALRRLRTACERAKRSLSSGTQTTVEIDSLFDGEDFSANITRARFEDIN SALFKSTLEPVEQVLEDAKISKSQVDEVVLVGGSTRIPKVQKLLSDFFDGKQ LEKSINPDEAVAYGAAVQGAILTGQSTNDDTKDLLLLDVIPLSLGVAMQGN VLAPVVPRNTTVPTIKRRTFTTVADHQTTVQFPVYQGERVNCSENTLLGEF DLK IPPMQAGEPVLEAIFEVDANGILKVTAVEKSTGRSANITISNSIGRLST EEIEKMISDAEKFKSSDDAFAKRHEQKQKLEAYVASVESTVTDPVLSAKLK KSAKDKIEAALSDALQTLEIEESSADDYRKAELALKRAVTKGMATR SEQ ID N° 164
FTIPPNHEMIFTTDDAYKTKCDDKVMIIDYKNITKVIAPGKIIYVDDGVLSFE VISVDDQQTLKVRSLNAGMISSHKTANDVLELRVLSTSG
SEQ ID N° 165
MLFLLFLLITPIYAGLIFPTKPSSDPFYNPPKGFEKAAVGDILQSRETPKSITG RFAPLKIQNSWQLLVRSEDSFGNPNAIVTTVIEPVNADPSKIASYQVFEDAA KADCAPSYALQFGSDLTTFVTQAEMYLMAPLLDQGYYVVSPDYEGPKSTF TIGKQSGQAVLNSIRATLKSSKITNIKEDAKVVMWGYSGGSLASGWAAAL QPSYAPELSSSLLGAALGGFVTNITATAQAADGTVFAGIVANALGGVANEY PEFKSILQSDTDK SVFDEFDSHCLADGVIDYINTSFLTGDNKIFKTGWDILK SPTIAKIVEDNGLVYQKQLVPKIPIFVYHGSIDQIVPIVNVK TYQNWCEGGI SSLEFAEDGTNGHLTETVVGAPAALTWIIDRFNGKQTVSGCQHDKRLSNFQ YPNISSSILKYFKVALDTMMSNGLGSDIQKDKITPDDLRKFLLGGW SEQ ID N° 166
MSSDWDSVTIIGQKARVGGGGPRENVAKTSSQLNAARRAGLVVGTEK Y GTANTKSNPEGQRLTKLDATDDVVAVK VDVSVGKAIQQARQEKKLTQK ELATKVNEKPNVINDYEAGRAIPNQQLLAKLERALGVKLRGK IGEPLFAK K
SEQ ID N° 167
MSVDFNAVATEFCNFYYNQFDSDRSQLGNLYRNESMLTFETSQLQGARDI VEKLASLPFQKVAHRISTLDAQPASANGDILVMVTGELLIDEEQNAQRYSQ VFHLIPDNGSYYVFNDIFRLNYS
SEQ ID N° 168
MSLSNKLS VKDLDVAGKRVFIRVDFNVPLDGKTIT NQRIVAALPTIKYVE
EHKPKYIVLASHLGRPNGERNDKYSLAPVATELEKLLGQKVTFLNDCVGPE VTKAVENAKDGEIFLLENLRYHIEEEGSSKDKDGK VKADPEAVKKFRQEL TSLADVYINDAFGTAHRAHSSMVGLEVPQRAAGFLMSKELEYFAKALENP ERPFLAILGGAKVSDKIQLIDNLLDKVDMLIVGGGMAFTFKKILNKMPIGDS LFDEAGAK VEHLVEKAKKNNVELILPVDFVTADKFDKDAKTSSATDAEG IPDNWMGLDCGPKSVELFQQAVAKAKTIVWNGPPGVFEFEKFANGTKSLL DAAVKSAENGNIVIIGGGDTATVAK YGVVEKLSHVSTGGGASLELLEGK DLPGVVALSNK SEQ ID N° 169
MSTVYFDVSADGQKLGKITFKLYDDVVPKTAENFRALCTGEKGFGYKGSIF HRVIPQFMLQGGDFTNFNGTGGKSIYGTKFADENFVKRHDRPGLLSMANA GPNTNGSQFFITTVPCPWLDGKHVVFGEVTDGLDIVKKIESFGSGSGATSK IVIEESGQL
SEQ ID N° 170
MAISK LPLL NHFRKHWQERVRVHFDQAGKKASRRQSRLRKAAKIAPRP IDALRPVVRAPTVKYNRKVRAGRGFTLAELKAVGIAPKYARTIGISVDHRR QNKSQETFDANVARLQEYKSKLVIFDK TKASEVASFEQVDVSATFPVEQP APESGLRAVEVPEQTAYRTLRLARNEK YKGIREKRAKEKAEAEAEKAK SEQ ID N° 171
EKKDEYLSKSSASAAPVIDTLAHGYGKVLGKGRLPEVPVIVKARFVSKLAE EKSESLVVLSN
SEQ ID N° 172
MAKSGIAAGVNKGRKTTAKEVAPKIS YRKGASSQRTVFVRSIVKEVAGLAP
YERRLIELIRNAGEKRAKKLAKKRLGTHKRALRKVEEMTQVIAESRRH
SEQ ID N° 173
MKYLAAYLLLVQGGNTSPSASDITALLESVGVEAEESRLQALLKDLEGKDL QELIAEGNTKLAS VPSGGAAAGGAS ASTGAAAGGAAEAEEEKEEEAKEES
DDDMGFGLFD
SEQ ID N° 174
MTRTSVLADALNAI NAEKTGKRQVLIRPSSKVIIKFLTVMQKHGYIGEFEY IDDHRSGKIVVQLNGRLNKCGVIQPRFNVKINDIERWTDNLLPARQFGYVIL TTSAGIMDHEEARRKHVSGKILGFVY
SEQ ID N° 175
MARQFFVGGNFKANGTKQQITSIIDNLNKADLPKDVEVVICPPALYLGLAV EQNKQPTVAIGAQNVFDKSCGAFTGETCASQILDVGASWTLTGHSERRTIIK ESDEFIAEKTKFALDTGVKVILCIGETLEERKGGVTLDVCARQLDAVSKIVS DWSNIVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAEETHKGIRAHLAKSIGAEQAEKTRI LYGGSVNGK AKDFKDKANVDGFLVGGASLKPEFVDIIKSRL lesdits peptides étant choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°88 à 125 tels que définis ci-après : Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°156
88 ADEEFFAK 125-132
97 IAEALDIFHTK 346-356
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°163
89 AFDDESVQK 79-87
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°160
90 AKIDWDQAK 81 -90
98 IDWDQAK 83-90
99 IEEELGSEAIYAGKDFQK 419-436
112 VGDKIQIVGDDLTVTNPTR 315-333
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°170
91 AVEVPEQTAYR 160-170
107 SQETFDANVAR 105-1 15
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°174
92 CGVIQPR 72-78
114 WTDNLLPAR 89-97
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°173
93 DLQELIAEGNTK 50-61
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°169
94 FADENFVKR 81-89
100 IESFGSGSGATSK 140-152
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°175
95 FALDTGVK 1 15-122
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°171
96 GRLPEVPVIVK 32-42
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°167
101 LASLPFQK 54-61
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°166
102 LDATDDVVAVK 66-76
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°168
103 NVEHLVEK 264-271
110 SVELFQQAVAK 319-329
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°172 104 SGIAAGVNK 4-12
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°161
105 SGVDYVI ESTGVFTK 89-103
115 YKGEVTASGDDLVIDGHK 55-72
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°158
108 SSSSTTKK 326-333
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°159
106 SLNEFLADK 14-22
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°162
109 STLDPVGK 31 1 -318
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°164
111 TANDVLELR 78-86
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°155
113 VVAIDGGDEK 200-209
116 YVLDTSK 344-350
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°157
117 AVIYDCPNSR 399-414
177 GHYVLVFPGYAHTSER 399-414
118 GHYVLVSPGYAHTSER 399-414
119 GVIYDCPNSR 129-138
120 GVSSPYLPFGGGR 455-467
121 GVSSPYLPFSGGK 455-467
122 GVSSPYLPFSGGR 455-467
Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Localisation dans SEQ ID N°165
123 AAVGDILQSR 37-46
124 ITPDDLR 447-453
125 TGWDILK 304-310
2. Pour la résistance potentielle à au moins un antibiotique
au moins un peptide appartenant à la protéine Lanosterol 14-alpha demethylase (CP51), de séquence SEQ ID N° 157, lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°l 17 à 122 et 177, tel que défini ci-dessus. 3. Pour la virulence :
au moins un peptide appartenant à la protéine Lipase 8 (LIP8) de séquence SEQ ID N° 163, lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°123 à 125, tel que défini ci-dessus.
4. Pour l'identification :
au moins un peptide appartenant à la protéine Alcohol dehydrogenase 1 (ADH1), Fructose-biphosphate aldolase (ALF), F-box protein COS111 (CS111), Elongation factor 1-beta (EF1B), Enolase 1 (ENOl), Glyceraldehyde-3 -phosphate dehydrogenase (G3P), Heat shock protein SSA1 (HSP71), Heat shock protein SSB1 (HSP75), Pyruvate kinase (KPYK), Multiprotein-bridging factor 1 (MBF1), Nuclear transport factor 2 (NTF2), Phosphoglycerate kinase (PGK), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIA), 60S ribosomal protein L13 (RL13), 60S ribosomal protein L28 (RL28), 60S ribosomal protein L36 (RL36), 40S ribosomal protein S22 (RS22), Triosephosphate isomerase (TPIS) de séquences SEQ ID N° 155, 156, 158 à 164, 166 à 175, lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N°88 à 116, tel que défini ci-dessus
Les peptides utiles aux fins de l'invention, de séquence SEQ ID N°2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 19, 20, 21, 23, 24, 26, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 à 125, 177 sont nouveaux et constituent un autre objet de l'invention.
Le procédé de l'invention et ses avantages ressortiront de la suite de la présente description relatant divers exemples non limitatifs de mise en œuvre du procédé de l'invention.
Exemple 1 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par profil biochimique
1. Mise-en en culture de l'échantillon sur milieu de culture
Les milieux de culture optimaux et les conditions de culture optimales sont différents selon les espèces de microorganisme. Par défaut l'échantillon est ensemencé sur différents milieux : o gélose Columbia au sang de mouton (réf bioMérieux 43041) pendant 18 à 24 h à 35°C, avec ou sans anaérobie ;
o gélose TSA (référence bioMérieux 43011) pendant 18 à 24 h à 37°C.
2. Identification des microorganismes
L'identification est mise en œuvre comme suit :
Sélection de colonies isolées
En respectant les conditions d'asepsie, transfert de 3,0 mL de solution saline stérile aqueuse (à 0,45-0,50 % de NaCl, de pH 4,5 à 7,0) dans un tube à essai en plastique transparent (polystyrène)
A l'aide d'un bâtonnet ou d'un écouvillon stérile, transfert d'un nombre suffisant de colonies identiques dans le tube de solution saline préparé à l'étape 2 et ajustement de la suspension bactérienne entre 0,50 et 0,63 McFarland avec un DENSICHEK étalonné du VITEK2
Positionnement du tube de suspension bactérienne et d'une carte d'identification VITEK2 sur une cassette VITEK2
Chargement de la cassette dans l'instrument VITEK2
Les opérations de remplissage, scellage, incubation et lecture sont automatiques Acquisition d'un profil biochimique
Identification avec le système VITEK2 réalisée par comparaison à des profils biochimiques de souches connues
Exemple 2 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par MALDI-TOF
L'identification est mise en œuvre comme suit :
1. Transfert à l'aide d'une oese Ιμΐ Ιμΐ d'une portion de colonie de microorganisme obtenue selon l'exemple 1, et dépôt uniforme sur une plaque pour spectrométrie de masse par MALDI-TOF
2. Recouvrement du dépôt avec 1 μΐ de matrice. La matrice utilisée est une solution saturée d'HCCA (acide alpha-cyano-4-hydroxycinnamique) en solvant organique (50% d'acétonitrile et 2,5% d'acide trifluoroacétique)
3. Séchage à température ambiante 4. Introduction de la plaque dans le spectromètre de masse
5. Acquisition d'un spectre de masse
6. Comparaison du spectre obtenu avec les spectres contenus dans une base de connaissance
7. Identification du microorganisme par comparaison des pics obtenus à ceux de la base de connaissance
Exemple 3 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par ESI-
L'identification est mise en œuvre comme suit :
1. Prélèvement d'une colonie de microorganisme, obtenue selon l'exemple 1, et mise en suspension dans ΙΟΟμΙ d'eau déminéralisée.
2. Centrifugation à 3000g pendant 5 minutes.
3. Elimination du surnageant.
4. Remise en suspension dans ΙΟΟμΙ d'eau déminéralisée.
5. Centrifugation à 3000g pendant 5 minutes.
6. Elimination du surnageant.
7. Remise en suspension dans ΙΟΟμΙ d'un mélange Acétonitrile, eau déminéralisée, acide formique (50/50/0.1%).
8. Filtration avec un filtre de porosité 0.45 μιη.
9. Injection dans un spectromètre de masse en mode MS simple.
10. Acquisition d'un spectre de masse.
11. Comparaison du spectre obtenu avec les spectres contenus dans une basse de connaissance.
12. Identification du microorganisme par référence à des spectres de référence.
Exemple 4 : Obtention de protéines digérées à partir de microorganismes
Classiquement le protocole suivant est mis en œuvre en 11 étapes :
1. Prélèvement d'une colonie de microorganisme, obtenue selon l'exemple 1, et mise en suspension dans 10 à ΙΟΟμΙ d'une solution d'hydrochlorure de guanidine 6M, 50 mM Tris-HCl, pH=8,0. 2. Ajout de dithiothréitol (DTT) pour obtenir une concentration finale de 5mM.
3. Réduction pendant 20 minutes à 95°C dans un bain-marie.
4. Refroidissement des tubes à température ambiante.
5. Ajout d'iodoacétamide pour obtenir une concentration finale de 12.5 mM.
6. Alkylation pendant 40 minutes à température ambiante et à l'obscurité.
7. Dilution d'un facteur 6 avec une solution de NH4HCO3 50 mM, pH=8.0 pour obtenir une concentration finale en hydrochlorure de guanidine de 1M.
8. Ajout de 1 μg de trypsine.
9. Digestion à 37°C pendant 6 heures jusqu'à une nuit.
10. Ajout d'acide formique jusqu'à un pH inférieur à 4 pour stopper la réaction.
11. Ultracentrifugation à 100 000g pendant 30 minutes.
Exemple 5 : Caractérisation d'échantillons de S. aureus
Après avoir établi la ou les espèces des échantillons selon l'une quelconque des méthodes décrites dans les exemples 1 à 3, les espèces listées ci-dessous sont analysées. Treize souches de S. aureus sont analysées pour confirmer leur identification et établir leurs caractéristiques :
ID2 ID3
ID4 ID2bis
ID3bis ID4bis
AST7 AST8
ASTI 3 ASTI 4
VIR5 VIR6
VIR7
La même méthode d'analyse est appliquée à des espèces n'appartenant pas à l'espèce S. aureus pour servir de témoin négatif :
• E. coli
ID7 AST2
• S. pneumoniae
VIR21
• C. difficile VIR26
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 4, puis un volume de 5μ1 de protéines digérées est injecté et analysé selon les conditions suivantes :
• Chaîne chromatographique Agilent 1100 séries de la société Agilent Technologies (Massy, France).
• Colonne Waters Symmetry Cl 8, 2,1mm de diamètre interne, 100mm de long, taille de particule de 3,5μιη.
• Solvant A : H20 + 0,1% acide formique.
• Solvant B : ACN + 0,1% acide formique.
• Gradient HPLC défini au TABLEAU 1 ci-après :
TABLEAU 1
Figure imgf000055_0001
L'éluât en sortie de colonne chromatographique est directement injecté dans la source d'ionisation du spectromètre de masse de type QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems (Foster City, Etats Unis d'Amérique).
Les peptides, issues de la digestion des protéines du microorganisme, sont analysés par le spectromètre de masse en mode MRM. Seuls les peptides indiqués dans le TABLEAU 2 sont détectés. Pour cela, le ou les fragments de première génération indiqués dans le TABLEAU 2 sont détectés. L'application, à laquelle permet de répondre chaque transition, c'est à dire chaque peptide associé à son fragment de première génération, est précisée dans la colonne intérêt clinique du TABLEAU 2 avec les lettres I, T, R et V. I désigne la confirmation de l'identification du microorganisme, T le typage, R la résistance à au moins un antibiotique et V la détection de facteurs de virulence.
TABLEAU 2 :
Transition Ion fragment de Intérêt
Protéine Peptide
Numéro première génération clinique
1 protéine A DDPSQSANVLGEAQK y9 monochargé T
2 protéine A DDPSQSANVLGEAQK yl3 monochargé T
3 protéine A DQQ SAFYEILNMPNLNEEQR y8 monochargé T
4 protéine A DQQ SAFYEILNMPNLNEEQR y8 dichargé T
5 protéine A DDPSQSTNVLGEAK y9 monochargé T
6 protéine A DDPSQSTNVLGEAK yl2 monochargé T
7 protéine A EQQNAFYEILNMPNLNEEQR y8 monochargé T
8 protéine A EQQNAFYEILNMPNLNEEQR y8 dichargé T
9 protéine A DDPSQSANLLAEAK y9 monochargé T
10 protéine A DDPSQSANLLAEAK yl2 monochargé T
11 protéine A DDPSVSK y5 monochargé T
12 protéine A DDPSVSK y4 monochargé T
13 protéine A IAADNK y4 monochargé T
14 protéine A IAADNK y5 monochargé T
15 PBP2a IYNSLGVK y6 monochargé R + T
16 PBP2a IYNSLGVK y7 monochargé R + T
17 PBP2a DINIQDR y5 monochargé R + T
18 PBP2a DINIQDR y4 monochargé R + T
19 PBP2a ELSISEDYIK y6 monochargé R + T
20 PBP2a ELSISEDYIK y8 monochargé R + T
21 PBP2a FQITTSPGSTQK y9 monochargé R + T
22 PBP2a FQITTSPGSTQK y6 monochargé R + T
23 PBP2a ILTAMIGLNNK y8 monochargé R + T
24 PBP2a ILTAMIGLNNK y9 monochargé R + T
25 PBP2a YEWNGNIDLK y8 monochargé R + T
26 PBP2a YEWNGNIDLK y9 monochargé R + T
27 PBP2a VALELGSK y6 monochargé R + T
28 PBP2a VALELGSK y7 monochargé R + T
29 PBP2a SYANLIGK y6 monochargé R + T
30 LukS TNDPNVDLINYLPK y8 monochargé V + T
31 LukS TNDPNVDLINYLPK yl 1 monochargé V + T
32 LukS SVQWGIK y5 monochargé V + T
33 LukS SVQWGIK y4 monochargé V + T
34 LukS ANSFITSLGK y8 monochargé V + T
35 LukS ANSFITSLGK y6 monochargé V + T
36 LukF MPVLSR y5 monochargé V + T
37 LukF MPVLSR y3 monochargé V + T
38 LukF GNFNPEFIGVLSR y8 monochargé V + T
39 LukF GNFNPEFIGVLSR y9 monochargé V + T
40 RL30 LQITLTR y5 monochargé I + T 41 RL30 LQITLTR y6 monochargé I + T
42 RL30 TNS S VWEDNPAIR y8 monochargé I + T
43 RL30 TNS S VWEDNPAIR y8 monochargé I + T
44 RL331 VNVTLAC [CAM] TEC [CAM] GDR y8 monochargé I + T
45 RL331 NYITTK y5 monochargé I + T
46 RL331 NYITTK y4 monochargé I + T
47 SSAA2 AGYTVN TPK y6 monochargé I + T
48 SSAA2 AGYTVN TPK y7 monochargé I + T
49 SSAA2 AGYTVNNTPK y8 monochargé I + T
50 SSAA2 AGYTVNNTPK y9 monochargé I + T
51 Y772 ATDFIDKVK y6 monochargé I + T
52 Y772 ATDFIDKVK y8 monochargé I + T
53 ATL AYLAVPAAPK y7 monochargé I + T
54 ATL AYLAVPAAPK y8 monochargé I + T
55 EFTU TVGS G WTEIIK y7 monochargé I + T
56 EFTU TVGS G WTEIIK y8 monochargé I + T
57 EFTU TVGS G WTEIIK y9 monochargé I + T
58 Y772 EFVENAKEK y6 monochargé I + T
59 Y772 EFVENAKEK y7 monochargé I + T
60 Y772 EFVENAKEK y8 monochargé I + T
61 ISAA LSNGNTAGATGSSAAQIMAQR y7 monochargé I + T
62 ISAA LSNGNTAGATGSSAAQIMAQR y8 monochargé I + T
63 ATL LYSVPWGTYK y6 monochargé I + T
64 ATL LYSVPWGTYK y7 monochargé I + T
65 ATL LYSVPWGTYK y8 monochargé I + T
66 Y197A NITQDQDIHAVPK y8 monochargé I + T
67 Y197A NITQDQDIHAVPK y7 monochargé I + T
68 Y197A NITQDQDIHAVPK y6 monochargé I + T
69 Y197A LDSKDVSR y6 monochargé I + T
70 Y197A LDSKDVSR y7 monochargé I + T
L'état de charge du peptide précurseur, son temps de rétention et les transitions, c'est-à- dire les rapports (m/z)i en Ql et (m/z)2 en Q3, sont indiqués dans le TABLEAU 3. L'énergie de collision utilisée pour fragmenter l'ion précurseur est également indiquée dans le TABLEAU 3.
TABLEAU 3 :
Transition Etat de charge Temps de (m/z) filtré (m/z) filtré Energie de
Numéro du précurseur rétention en Ql en Q3 collision
1 2 8.2 779.87 929.51 39
2 2 8.2 779.87 664.84 39
3 3 17.9 813.71 999.49 45
4 3 17.9 813.71 500.24 45
5 2 7.9 730.85 918.49 37
6 2 7.9 730.85 615.82 37
7 3 16.5 827.39 999.49 45 8 3 16.5 827.39 500.25 34
9 2 10 729.86 916.51 37
10 2 10 729.86 614.83 37
11 2 11 374.18 517.3 21
12 2 11 374.18 420.25 21
13 2 8.9 316.17 447.22 19
14 2 8.9 316.17 518.26 19
15 2 6.7 447.26 617.36 25
16 2 6.7 447.26 780.43 25
17 2 6.2 437.22 645.33 24
18 2 6.2 437.22 531.3 24
19 2 11.1 598.81 754.36 31
20 2 11.1 598.81 954.48 31
21 2 7.4 647.84 906.45 34
22 2 7.4 647.84 617.3 26
23 2 11.8 594.34 860.47 31
24 2 11.8 594.34 961.51 31
25 2 10.1 632.33 872.48 33
26 2 10.1 632.33 971.55 33
27 2 7.4 408.74 646.38 23
28 2 7.4 408.74 717.41 23
29 2 8.2 433.24 615.38 24
30 2 14.9 808.42 975.55 41
31 2 14.9 808.42 643.4 41
32 2 8.2 409.23 631.36 23
33 2 8.2 409.23 503.3 23
34 2 10.3 519.28 852.48 28
35 2 10.3 519.28 618.4 28
36 2 6.4 351.7 571.36 20
37 2 6.4 351.7 375.24 20
38 2 14.3 725.38 920.52 37
39 2 14.3 725.38 509.29 37
40 2 9.2 422.77 603.38 24
41 2 9.2 422.77 731.44 24
42 2 8 750.89 913.47 38
43 3 8 500.93 913.47 29
44 2 7.9 747.84 968.36 38
45 2 2.8 370.2 625.36 21
46 2 2.8 370.2 462.29 21
47 2 3.9 532.77 672.37 28
48 2 3.9 532.77 773.42 28.442
49 2 3.9 532.77 936.48 28.442
50 2 3.9 532.77 993.5 28.442
51 2 7.2 518.79 749.46 28
52 2 7.2 518.79 965.53 27.827
53 2 9 500.79 653.4 27
54 2 9 500.79 766.48 27.035
55 2 11.2 601.85 801.51 31 56 2 11.2 601.85 858.53 31.482
57 2 11.2 601.85 945.56 31.482
58 2 2.3 547.28 718.37 29
59 2 2.3 547.28 817.44 29.08
60 2 2.3 547.28 964.51 29.08
61 3 8.7 669.33 817.43 37
62 3 8.7 669.33 888.47 37.466
63 2 12.2 607.32 751.38 32
64 2 12.2 607.32 850.45 31.722
65 2 12.2 607.32 937.48 31.722
66 2 6.3 739.88 907.5 38
67 2 6.3 739.88 779.44 37.555
68 2 6.3 739.88 664.41 37.555
69 2 2 460.25 691.37 25.251
70 2 2 460.25 806.4 25.251 Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
Polarité: Positive
Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems)
Réglage Ql : Filtrage avec résolution unitaire
Réglage Q3 : Filtrage avec résolution unitaire
Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 50,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 500,00 °C
Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 40,00 psi
Remplissage dynamique: activé
Potentiel d'orifice : 100, 00 V
(en anglais declustering potential (DP))
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V
Potentiel en sortie de cellule de collision : 11 V
(en anglais cell exit potential (CXP))
Temps de cycle total: 1.6 sec Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Toutes les transitions dont l'aire est supérieure ou égale à 1000 (unité arbitraire) sont considérées comme positives et ont été notées « 1 » dans les tableaux 4A et 4B. Toutes les transitions dont l'aire est inférieure à 1000, sont considérées comme négatives et ont été notées 0 dans les tableaux 4A et 4B. Lorsqu'on n'a observé aucun pic de signal, on a noté la transition comme négative.
Le nombre de transition positive est ensuite sommé pour les applications I, R et V et reporté dans le TABLEAU 5 :
TABLEAU 4A :
ID2 ID3 ID4 ID2bis ID3bis ID4bis AST7 AST8
Transition S. aureus S. aureus S. aureus S. aureus S. aureus S. aureus S. Aureus S. Aureus
1 0 1 1 0 1 1 0 0
2 0 1 1 0 1 1 0 0
3 0 1 1 0 1 1 0 0
4 0 1 1 0 1 1 0 0
5 1 1 1 1 1 1 0 0
6 1 1 1 1 1 1 0 1
7 1 1 1 1 1 1 0 0
8 1 1 1 1 1 1 0 0
9 1 1 1 1 1 1 0 0
10 1 1 1 1 1 1 0 0
11 0 0 0 1 0
12 0 0 0 0 0
13 1 1 1 0 1 1 0 0
14 1 1 1 1 1 1 1 0
15 1 0 1 1 0 1 0 0
16 0 1 0 1 0 0
17 1 0 1 1 0 1 0 0
18 1 0 1 1 0 1 0 0
19 1 0 1 1 0 1 0 0
20 1 0 1 1 0 1 0 0
21 1 0 1 1 0 1 0 0
22 1 0 1 1 0 1 0 0
23 1 0 1 1 0 1 0 0
24 1 0 1 1 0 1 0 0
25 1 0 1 1 0 1 0 0
26 1 0 1 1 0 1 0 0
27 1 1 1 1 1 1 0 0 28 1 0 1 1 0 1 0 0
29 1 0 1 1 0 1 0 0
30 0 0 0 0 0 0 0 0
31 0 0 0 0 0 0 0 0
32 0 0 0 0 0 0 0 0
33 0 0 1 0 0 0 0 0
34 0 0 0 0 0 0 0 0
35 0 0 0 0 0 0 0 1
36 0 0 0 0 0 0 1 1
37 0 0 0 0 0 1 0 0
38 0 0 0 0 0 1 0 0
39 0 0 0 0 0 0 0
40 1 1 1 1 1 1 1 1
41 1 1 1 1 1 1 1 1
42 1 1 1 1 1 1 1 1
43 1 1 1 1 1 1 1 1
44 1 1 1 1 1 1 1 1
45 1 1 1 1 1 1 1 1
46 1 1 1 1 1 1 1 1
47 1 1 1 1 1 1 1 1
48 1 1 1 1 1 1 1 1
49 1 1 1 1 1 1 1 1
50 1 1 1 1 1 1 1 1
51 1 1 1 1 1 1 1 1
52 1 1 1 1 1 1 1 1
53 1 1 1 1 1 1 1 1
54 1 1 1 1 1 1 1 1
55 1 1 1 1 1 1 1 1
56 1 1 1 1 1 1 1 1
57 1 1 1 1 1 1 1 1
58 1 1 1 1 1 1 1 1
59 1 1 1 1 1 1 1 1
60 1 1 1 1 1 1 1 1
61 1 1 1 1 1 1 1 1
62 1 1 1 1 1 1 1 1
63 1 1 1 1 1 1 1 1
64 1 1 1 1 1 1
65 1 1 1 1 1 1 1 1
66 1 1 1 1 1 1 1 1
67 1 1 1 1 1 1 1 1
68 1 1 1 1 1 1 1 1
69 1 1 1 1 1 1 1 1
70 1 1 1 1 1 1 1 1
TABLEAU 4B : ASTI 3 ASTI 4 VIR5 VIR6 VIR7 ID7 AST2 VIR21 VIR26
Transition S. aureus S. aureus S. aureus S. aureus S. aureus E. coli E. coli s. c.
pneumoniae difficile
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 1 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 1 0 0 0 0 0
6 1 0 0 1 0 0 0 0 0
7 0 0 0 1 0 0 0 0 0
8 0 0 0 1 0 0 0 0 0
9 0 0 0 1 0 0 0 0 0
10 0 0 0 1 0 0 0 0 0
11 0 1 1 1 0 0 0 0 0
12 0 1 1 0 0 0 0 0 0
13 0 0 0 0 0 0 0 0 0
14 1 0 0 1 0 0 0 0 0
15 1 0 0 0 0 0 0 0 0
16 1 0 0 0 0 0 0 0 0
17 1 1 0 0 0 0 0 0 0
18 1 0 0 0 0 0 1 0 0
19 1 1 0 0 0 0 0 0 0
20 1 1 0 0 0 0 0 0 0
21 1 1 0 0 0 0 0 0 0
22 1 0 0 0 0 0 0 0 0
23 1 0 0 0 0 0 1 0 0
24 1 1 0 1 0 0 0 0 0
25 1 1 0 0 0 0 0 0 0
26 1 0 0 0 0 0 0 0 0
27 1 1 0 0 0 0 0 0 1
28 1 1 0 0 0 0 0 0 0
29 1 1 0 0 0 0 0 0 0
30 0 0 1 0 1 0 0 0 0
31 0 0 1 0 1 0 0 0 0
32 0 0 1 0 1 0 0 0 0
33 0 0 1 0 1 0 0 0 0
34 0 0 1 0 1 0 0 0 0
35 0 0 1 0 1 0 0 0 0
36 1 1 1 1 1 0 0 0 0
37 0 0 1 0 1 0 0 0 0
38 0 0 1 0 1 0 0 0 0
39 0 0 1 0 1 0 0 0 0
40 1 1 1 1 1 0 0 0 0
41 1 1 1 1 1 0 0 1 0 42 1 1 1 1 1 0 0 0 0
43 0 1 0 1 0 0 0 0 0
44 1 1 1 1 1 0 0 0 0
45 1 1 0 1 1 0 0 0 0
46 1 1 1 1 1 0 0 0 0
47 1 1 1 1 1 0 0 0 0
48 1 1 0 1 1 0 0 0 0
49 1 1 0 1 0 0 0 0
50 1 0 1 0 0 0 0
51 1 1 0 1 1 0 0 0 0
52 1 1 0 1 1 1 0 0 0
53 1 1 1 1 1 0 0 0 0
54 1 1 1 1 1 0 0 0 0
55 1 1 1 1 1 0 0 0 0
56 1 1 1 1 1 0 0 0 0
57 1 1 1 1 1 0 0 0 0
58 1 1 0 1 1 0 0 0 0
59 1 1 0 1 1 0 0 0 0
60 1 1 0 1 1 0 0 0 0
61 1 1 0 1 1 0 0 0 0
62 1 1 0 1 1 0 0 0 0
63 1 1 1 1 1 0 0 0 0
64 1 0 0 0 0 0
65 1 1 1 1 1 0 0 0 0
66 1 1 0 1 1 0 0 0 0
67 1 0 1 0 0 0 0
68 1 1 0 1 0 0 0 0
69 1 1 1 1 1 0 0 0 0
70 1 1 0 1 1 0 0 0 0
TABLEAU 5 :
I R V
ID2 S. aureus 30 14 0
ID3 S. aureus 30 1 0
ID4 S. aureus 30 15 1
ID2bis S. aureus 30 14 0
ID3bis S. aureus 30 1 0
ID4bis S. aureus 30 15 2
AST7 s. aureus 29 0 1
AST8 s. aureus 29 0 2
ASTI 3 s. aureus 28 15 1
ASTI 4 s. aureus 28 9 1
VIR5 s. aureus 13 0 10
VIR6 s. aureus 29 1 1 VIR7 S. aureus 24 0 10
ID7 E. coli 1 0 0
AST2 E. coli 0 2 0
VIR21 S. pneumoniae 1 0 0
VIR26 C. difficile 0 1 0
Tous les échantillons de S. aureus présentent plus de 12 transitions positives dans la catégorie I. Tous ces échantillons sont donc confirmés comme appartenant bien à l'espèce S. aureus.
En revanche, les échantillons ID7, AST2, VIR21 et VIR26 présentent moins de
2 transitions positives dans la catégorie I, ces échantillons sont donc confirmés comme n'appartenant pas à l'espèce S. aureus.
Les souches ID2, ID4, ID2bis, ID4bis, ASTI 3 et ASTI 4 de S. aureus présentent plus de 8 transitions positives pour la catégorie R, elles expriment donc la Protéine Liant la Pénicilline (PLP2a), ce qui est synonyme d'un mécanisme de résistance aux Pénicillines du groupe M (e.g. Méticilline).
En revanche, les souches ID3, ID3bis, AST7, AST8, VIR5, VIR6 et VIR7 de S. aureus présentent moins de 3 transitions positives pour la catégorie V, elles n'expriment donc pas PLP2a. Ces souches sont donc sensibles à un antibiotique tel qu'une pénicilline du groupe M.
Les souches ID7, AST2, VIR21 et VIR26 qui n'appartiennent pas à l'espèce S. aureus présentent également moins de 3 transitions pour la catégorie R, elles n'expriment donc pas PLP2a, ce qui confirme la spécificité de la méthode.
Les échantillons VIR5 et VIR7 de S. aureus présentent plus de 9 transitions positives dans la catégorie V, elles expriment donc la protéine Panton-Valentine Leucocidine (PVL).
En revanche, les souches ID2, ID3, ID4, ID2bis, ID3bis, ID4bis, AST7, AST8, ASTI 3, ASTI 4 et VIR6 de S. aureus présentent moins de 3 transitions positives, elles n'expriment donc pas PVL. Ces souches n'ont donc pas les propriétés de virulence en lien avec PVL. Les souches ID7, AST2, VIR21 et VIR26 qui n'appartiennent pas à l'espèce S. aureus présentent également moins de 3 transitions pour la catégorie V, elles n'expriment donc pas PVL, ce qui confirme la spécificité de la méthode. Pour le typage, les transitions de la catégorie T de chaque souche sont comparées au transitions des autres souches considérées comme des souches de référence. En pratique une valeur 0 est attribuée lorsque les transitions entre les deux souches se classent dans la même catégorie (positive ou négative) et une valeur de 1 est attribuée lorsque les transitions entre les 2 souches se classent dans des catégories différentes (une transition positive et une transition négative). Les valeurs sont sommées pour toutes les transitions de la catégorie T de chaque couple de souche afin d'établir un score. Les scores figurent dans le TABLEAU 6 :
TABLEAU 6 :
Figure imgf000065_0001
Les souches qui ont un score inférieur ou égal à 4 sont de même type, les souches qui ont un score strictement supérieur à 4 sont de type différent.
Ainsi, les souches ID2 et ID2bis, ID3 et ID3bis, ID4 et ID4bis, AST7 et AST8 sont de même type. Toutes les autres souches prises deux à deux sont de type différent. Il faut noter les sommes élevées obtenues entre les souches ID7, AST2, VIR21 et VIR26, qui ne sont pas des S. aureus, et toutes les autres souches qui sont des S. aureus. Ces résultats confirment la spécificité de la méthode.
Les souches ID7, AST2, VIR21 et VIR26 ne sont bien entendu pas de même type, ce serait absurde, elles sont d'espèces différentes. Ces souches ne peuvent donc pas être comparées entre elles et aucune valeur n'est reportée dans le TABLEAU 6. De façon extrêmement intéressante, des scores supérieurs à 25, comme par exemple entre ID2 et VR7, traduisent une grande divergence entre souches. Des scores entre 15 et 25, comme entre ID2 et ASTI 4, traduisent une divergence modérée et des scores entre 5 et 15, comme entre ID2 et ID4bis, une divergence faible.
La méthode ainsi mise en œuvre permet donc non seulement d'établir si 2 souches sont de même type, ce qui est important pour identifier un foyer infectieux commun, mais également d'estimer la proximité de 2 souches, ce qui est extrêmement important pour les études épidémio logiques.
Cet exemple montre que, de façon très avantageuse, la présente invention permet en un temps inférieur à une heure, ce qui est très court, de confirmer l'identité d'une espèce telle que S. aureus et de déterminer, simultanément au sein de la même analyse, les propriétés de typage, de résistance potentielle à au moins un antibiotique et d'établir l'existence de facteur de virulence. Ces propriétés ont été établies avec le même instrument, ce qui facilite grandement l'analyse et le rendu des résultats. Enfin, les caractéristiques des bactéries sont établies à l'aide de protéines bactériennes, ce qui traduit l'existence de microorganismes vivants et viables, contrairement aux caractérisations à partir d'ADN bactérien qui peuvent être faussées par l'existence de bactéries mortes.
Exemple 6 : Protocole de digestion de microorganismes avec une étape de dessalage
Classiquement le protocole suivant est mis en œuvre en 17 étapes :
Etapes 1 à 10 : idem exemple 4.
11. Le volume d'échantillon est complété à lmL avec eau/acide formique 0,1% (v/v) 12. Equilibrage des colonnes HLB Oasis Waters avec 1ml de méthanol puis 1 ml H20/acide formique 0,1% (v/v)
13. Dépôt de l'échantillon qui s'écoule par gravité
14. Lavage avec 1 ml H20/acide formique 0,1% (v/v)
15. Elution avec 1ml d'un mélange 80% de méthanol et 20% d'eau/acide formique
0,1% (v/v)
16. L'éluât est évaporé avec un évaporateur de type SpeedVac® SPD2010 (Thermo Electron Corporation, Waltham, Massachusetts, Etats-Unis d'Amérique), durant 2 heures, afin d'obtenir un volume d'environ ΙΟΟμΙ.
17. L'éluât est ensuite repris dans une solution eau/acide formique 0,5%> (v/v) quantité suffisante pour (QSP) 250μ1
Exemple 7 : Caractérisation d'échantillons de E coli:
Après avoir établi la ou les espèces des échantillons selon l'une quelconque des méthodes décrites dans les exemples 1 à 3, les espèces listées ci-dessous sont analysées. Quinze souches de E coli sont analysées pour confirmer leur identification et établir leurs caractéristiques :
ASTI AST2
AST3 AST4
AST5 VIR41
VIR42 VIR43
VIR44 VIR45
ID6 ID7
ID8 ID9
ID10
La même méthode d'analyse est appliquée à des espèces n'appartenant pas l'espèce E. coli pour servir de témoin négatif :
• S. aureus
VIR10
• S. pneumoniae VIR19
• C. difficile
VIR28
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 6, puis un volume de 5μ1 de protéines digérées est injecté et analysé selon les conditions suivantes :
• Chaîne chromatographique Agilent 1100 séries de la société Agilent Technologies (Massy, France).
• Colonne Waters Symmetry Cl 8, 2,1mm de diamètre interne, 100mm de long, taille de particule de 3,5μιη.
• Solvant A : H20 + 0,1% acide formique.
• Solvant B : ACN + 0,1% acide formique.
• Gradient HPLC défini dans le TABLEAU 7 ci-après : TABLEAU 7
Figure imgf000068_0001
L'éluât en sortie de colonne chromatographique est directement injecté dans la source d'ionisation du spectromètre de masse de type QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems (Foster City, Etats Unis d'Amérique).
Les peptides, issues de la digestion des protéines du microorganisme, sont analysés par le spectromètre de masse en mode MRM. Seuls les peptides indiqués dans le TABLEAU 8 sont détectés. Pour cela, le ou les fragments de première génération indiqués dans le TABLEAU 8 sont détectés. L'application, à laquelle permet de répondre chaque transition, c'est à dire chaque peptide associé à son fragment de première génération, est précisée dans la colonne intérêt clinique du TABLEAU 8 avec les lettres I, T, R et V. I désigne la confirmation de l'identification du microorganisme, T le typage, R la résistance à au moins un antibiotique et V la détection de facteurs de virulence.
TABLEAU 8 :
Transition ion fragment de Intérêt
Protéine Peptide
numéro première génération clinique
1 ACON2 ILEIEGLPDLK y7 monochargé I + T
2 ACON2 ILEIEGLPDLK y8 monochargé I + T
3 ACON2 ILEIEGLPDLK y9 monochargé I + T
4 ACON2 VADGATWSTSTR y7 monochargé I + T
5 ACON2 VADGATWSTSTR y8 monochargé I + T
6 ACON2 VADGATWSTSTR y9 monochargé I + T
7 ASPG2 TNTTDVATFK y6 monochargé I + T
8 ASPG2 TNTTDVATFK y7 monochargé I + T
9 ASPG2 TNTTDVATFK y8 monochargé I + T
10 FABB LDTTGLIDR y6 monochargé I + T
11 FABB LDTTGLIDR y7 monochargé I + T
12 FABB LDTTGLIDR y8 monochargé I + T
13 FABB VGLIAGSGGGSPR y8 monochargé I + T
14 FABB VGLIAGSGGGSPR y9 monochargé I + T
15 FABB VGLIAGSGGGSPR ylO monochargé I + T
16 GLNH AIDFSDGYYK y6 monochargé I + T
17 GLNH AIDFSDGYYK y7 monochargé I + T
18 GLNH AIDFSDGYYK y8 monochargé I + T
19 MODA LGAWDTLSPK y7 monochargé I + T
20 MODA LGAWDTLSPK y8 monochargé I + T
21 MODA LGAWDTLSPK y9 monochargé I + T
22 ODP2 FGEIEEVELGR y7 monochargé I + T
23 ODP2 FGEIEEVELGR y8 monochargé I + T
24 ODP2 FGEIEEVELGR y9 monochargé I + T
25 OMPC INLLDDNQFTR y7 monochargé I + T
26 OMPC INLLDDNQFTR y8 monochargé I + T
27 OMPC INLLDDNQFTR y9 monochargé I + T
28 PFLB LATAWEGFTK y6 monochargé I + T
29 PFLB LATAWEGFTK y7 monochargé I + T
30 PFLB LATAWEGFTK y8 monochargé I + T
31 SUCD D SILEAID AGIK y8 monochargé I + T
32 SUCD D SILEAID AGIK y9 monochargé I + T
33 SUCD DSILEAIDAGIK ylO monochargé I + T
34 SUCD FAALEAAGVK y7 monochargé I + T
35 SUCD FAALEAAGVK y8 monochargé I + T 36 SUCD FAALEAAGVK y9 monochargé I + T
37 SUCD SLADIGEALK y6 monochargé I + T
38 SUCD SLADIGEALK y7 monochargé I + T
39 SUCD SLADIGEALK y8 monochargé I + T
40 TKT1 TEEQLANIAR y7 monochargé I + T
41 TKT1 TEEQLANIAR y8 monochargé I + T
42 TKT1 TEEQLANIAR y9 monochargé I + T
43 YFCZ AEAEQTLAALTEK y8 monochargé I + T
44 YFCZ AEAEQTLAALTEK y9 monochargé I + T
45 YFCZ AEAEQTLAALTEK ylO monochargé I + T
46 YGAU SGDTLSAISK y6 monochargé I + T
47 YGAU SGDTLSAISK y7 monochargé I + T
48 YGAU SGDTLSAISK y8 monochargé I + T
49 TEM-2 LLTGELLTLASR y7 monochargé R + T
50 TEM-2 LLTGELLTLASR y8 monochargé R + T
51 TEM-2 LLTGELLTLASR y9 monochargé R + T
52 TEM-2 SALPAGWFIADK y7 monochargé R + T
53 TEM-2 SALPAGWFIADK y8 monochargé R + T
54 TEM-2 SALPAGWFIADK y9 monochargé R + T
55 TEM-2 VAGPLLR y4 monochargé R + T
56 TEM-2 VAGPLLR y5 monochargé R + T
57 TEM-2 VAGPLLR y6 monochargé R + T
58 TEM-2 VGYIELDLNSGK y8 monochargé R + T
59 TEM-2 VGYIELDLNSGK y9 monochargé R + T
60 TEM-2 VGYIELDLNSGK ylO monochargé R + T
61 TEM-2 VLLCGAVLSR y7 monochargé R + T
62 TEM-2 VLLCGAVLSR y8 monochargé R + T
63 TEM-2 VLLCGAVLSR y9 monochargé R + T
64 ASPA ISDIPEFVR y5 monochargé T
65 ASPA ISDIPEFVR y6 monochargé T
66 ASPA ISDIPEFVR y7 monochargé T
67 ASPA IEEDLLGTR y6 monochargé T
68 ASPA IEEDLLGTR y7 monochargé T
69 ASPA IEEDLLGTR y8 monochargé T
70 ASPA LVDAINQLR y6 monochargé T
71 ASPA LVDAINQLR y7 monochargé T
72 ASPA LVDAINQLR y8 monochargé T
73 ATPA TALAIDAIINQR y7 monochargé T
74 ATPA TALAIDAIINQR y8 monochargé T
75 ATPA TALAIDAIINQR y9 monochargé T
76 ATPA WNTLGAPIDGK y7 monochargé T
77 ATPA WNTLGAPIDGK y8 monochargé T
78 ATPA WNTLGAPIDGK y9 monochargé T
79 CH10 SAGGIVLTGSAAAK y9 monochargé T
80 CH10 SAGGIVLTGSAAAK ylO monochargé T
81 CH10 SAGGIVLTGSAAAK yl 1 monochargé T
82 CH60 AVTAAVEELK y6 monochargé T
83 CH60 AVTAAVEELK y7 monochargé T 84 CH60 AVTAAVEELK y8 monochargé T
85 DBHB ALDAIIASVTESLK y8 monochargé T
86 DBHB ALDAIIASVTESLK y9 monochargé T
87 DBHB ALDAIIASVTESLK ylO monochargé T
88 DCEB YWDVELR y5 monochargé T
89 DCEB YWDVELR y6 monochargé T
90 DCEB YWDVELR y4 monochargé T
91 DHSA LPGILELSR y6 monochargé T
92 DHSA LPGILELSR y7 monochargé T
93 DHSA LPGILELSR y8 monochargé T
94 DPS SKATNLLYTR y6 monochargé T
95 DPS SKATNLLYTR y7 monochargé T
96 DPS SKATNLLYTR y8 monochargé T
97 HNS SEALKILNNIR y7 monochargé T
98 HNS SEALKILNNIR y8 monochargé T
99 HNS SEALKILNNIR y9 monochargé T
100 MDH LFGVTTLDIIR y6 monochargé T
101 MDH LFGVTTLDIIR y7 monochargé T
102 MDH LFGVTTLDIIR y8 monochargé T
103 PGK ASLPTIELALK y7 monochargé T
104 PGK ASLPTIELALK y8 monochargé T
105 PGK ASLPTIELALK y9 monochargé T
106 PUR7 LLSDTECLVK y6 monochargé T
107 PUR7 LLSDTECLVK y7 monochargé T
108 PUR7 LLSDTECLVK y8 monochargé T
109 RL4 SILSELVR y5 monochargé T
110 RL4 SILSELVR y6 monochargé T
111 RL4 SILSELVR y7 monochargé T
112 RS1 GGFTVELNGIR y7 monochargé T
113 RS1 GGFTVELNGIR y8 monochargé T
114 RS1 GGFTVELNGIR y9 monochargé T
115 YJGF TGEVPADVAAQAR y8 monochargé T
116 YJGF TGEVPADVAAQAR y9 monochargé T
117 YJGF TGEVPADVAAQAR ylO monochargé T
118 stxlA TYVDSLNVIR y6 monochargé V + T
119 stxlA TYVDSLNVIR y7 monochargé V + T
120 stxlA TYVDSLNVIR y8 monochargé V + T
121 stxlA-2A FVTVTAEALR y7 monochargé V + T
122 stxlA-2A FVTVTAEALR y8 monochargé V + T
123 stx2A ISNVLPEYR y6 monochargé V + T
124 stx2A ISNVLPEYR y7 monochargé V + T
125 stx2A ISNVLPEYR y8 monochargé V + T
L'état de charge du peptide précurseur, son temps de rétention et les transitions, c'est-à- dire les rapports (m/z)i en Ql et (m/z)2 en Q3, sont indiqués dans le TABLEAU 9. L'énergie de collision utilisée pour fragmenter l'ion précurseur est également indiquée dans le TABLEAU 9.
TABLEAU 9 :
(m/z) (m/z) Energie
Transition Etat de charge Temps de
filtré en filtré en de
Numéro du précurseur rétention
Qi Q3 collision
1 2 19.04 620.36 771.42 36
2 2 19.04 620.36 884.51 36
3 2 19.04 620.36 1013.55 36
4 2 8.93 632.33 749.42 37
5 2 8.93 632.33 850.46 37
6 2 8.93 632.33 921.5 37
7 2 9.99 549.28 680.36 32
8 2 9.99 549.28 781.41 32
9 2 9.99 549.28 882.46 32
10 2 12.89 502.27 674.38 30
11 2 12.89 502.27 775.43 30
12 2 12.89 502.27 890.46 30
13 2 10.63 564.31 674.32 33
14 2 10.63 564.31 745.36 33
15 2 10.63 564.31 858.44 33
16 2 14.12 589.77 732.32 34
17 2 14.12 589.77 879.39 34
18 2 14.12 589.77 994.42 34
19 2 15.09 544.29 846.44 32
20 2 15.09 544.29 917.47 32
21 2 15.09 544.29 974.49 32
22 2 15.61 639.32 831.42 37
23 2 15.61 639.32 944.5 37
24 2 15.61 639.32 1073.55 37
25 2 16.42 674.85 895.39 39
26 2 16.42 674.85 1008.47 39
27 2 16.42 674.85 1121.56 39
28 2 15.49 562.29 767.37 33
29 2 15.49 562.29 838.41 33
30 2 15.49 562.29 939.46 33
31 2 19.84 622.84 816.45 36
32 2 19.84 622.84 929.53 36
33 2 19.84 622.84 1042.61 36
34 2 13.35 488.78 687.4 29
35 2 13.35 488.78 758.44 29
36 2 13.35 488.78 829.48 29
37 2 15.56 508.78 630.38 30
38 2 15.56 508.78 745.41 30
39 2 15.56 508.78 816.45 30 40 2 11.4 572.8 785.46 34
41 2 11.4 572.8 914.51 34
42 2 11.4 572.8 1043.55 34
43 2 14.85 687.86 846.49 39
44 2 14.85 687.86 974.55 39
45 2 14.85 687.86 1103.59 39
46 2 9.8 489.76 618.38 29
47 2 9.8 489.76 719.43 29
48 2 9.8 489.76 834.46 29
49 2 19.38 643.89 773.49 33
50 2 19.38 643.89 902.53 33
51 2 19.38 643.89 959.55 33
52 2 18.43 638.34 836.43 33
53 2 18.43 638.34 907.47 33
54 2 18.43 638.34 1004.52 33
55 2 10.79 363.24 498.34 21
56 2 10.79 363.24 555.36 21
57 2 10.79 363.24 626.4 21
58 2 15.94 654.35 875.45 34
59 2 15.94 654.35 988.53 34
60 2 15.94 654.35 1151.59 34
61 2 14.8 544.32 762.39 29
62 2 14.8 544.32 875.48 29
63 2 14.8 544.32 988.56 29
64 2 12.8 538.29 647.35 29
65 2 12.8 538.29 760.44 29
66 2 12.8 538.29 875.46 29
67 2 12.9 523.28 674.38 28
68 2 12.9 523.28 803.43 28
69 2 12.9 523.28 932.47 28
70 2 15.31 521.31 714.43 28
71 2 15.31 521.31 829.45 28
72 2 15.31 521.31 928.52 28
73 2 17.37 649.87 829.45 34
74 2 17.37 649.87 942.54 34
75 2 17.37 649.87 1013.57 34
76 2 11.94 592.34 657.36 31
77 2 11.94 592.34 770.44 31
78 2 11.94 592.34 871.49 31
79 2 11.08 601.84 817.48 31
80 2 11.08 601.84 930.56 31
81 2 11.08 601.84 987.58 31
82 2 11.86 515.79 688.39 28
83 2 11.86 515.79 759.42 28
84 2 11.86 515.79 860.47 28
85 2 22.24 715.91 834.46 36
86 2 22.24 715.91 947.54 36
87 2 22.24 715.91 1060.62 36 88 2 15.35 490.75 631.34 27
89 2 15.35 490.75 817.42 27
90 2 15.35 490.75 516.31 27
91 2 17.1 499.31 730.45 27
92 2 17.1 499.31 787.47 27
93 2 17.1 499.31 884.52 27
94 2 10.02 583.83 779.44 31
95 2 10.02 583.83 880.49 31
96 2 10.02 583.83 951.53 31
97 2 14.94 635.88 870.55 33
98 2 14.94 635.88 983.64 33
99 2 14.94 635.88 1054.67 33
100 2 20.34 624.37 730.45 32
101 2 20.34 624.37 831.49 32
102 2 20.34 624.37 930.56 32
103 2 18.16 578.35 787.49 30
104 2 18.16 578.35 884.55 30
105 2 18.16 578.35 997.63 30
106 2 13.11 589.31 749.39 31
107 2 13.11 589.31 864.41 31
108 2 13.11 589.31 951.45 31
109 2 17.68 458.78 603.35 25
110 2 17.68 458.78 716.43 25
111 2 17.68 458.78 829.51 25
112 2 15.99 581.81 800.46 31
113 2 15.99 581.81 901.51 31
114 2 15.99 581.81 1048.58 31
115 2 10.34 642.83 801.42 33
116 2 10.34 642.83 898.47 33
117 2 10.34 642.83 997.54 33
118 2 14.85 590.32 701.43 31
119 2 14.85 590.32 816.46 31
120 2 14.85 590.32 915.53 31
121 2 14.15 553.81 759.44 29
122 2 14.15 553.81 860.48 29
123 2 12.9 545.8 776.43 29
124 2 12.9 545.8 890.47 29
125 2 12.9 545.8 977.51 29 Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants :
Type de balayage: MRM
MRM planifié : oui
Polarité: Positive
Source d'ionisation: Turbo V™ (Applied BioSystems)
Réglage Ql : Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3 : Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec
Vitesse de balayage: 10 Da/s
Gaz rideau: 50,00 psi
Tension de cône: 5500,00 V
Température de source: 550,00 °C
Gaz de nébulisation: 50,00 psi
Gaz chauffant: 40,00 psi
Remplissage dynamique: activé
Potentiel d'orifice : 100, 00 V
(en anglais declustering potential (DP))
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 9,00 V
Potentiel en sortie de cellule de collision : 35 V
(en anglais cell exit potential (CXP))
Temps de cycle total: 1.2 sec
Fenêtre de détection 80 sec
Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Toutes les transitions dont l'aire est supérieure ou égale à 2500 (unité arbitraire) sont considérées comme positives et ont été notées « 1 » dans les tableaux 10A et 10B. Toutes les transitions dont l'aire est inférieure à 2500, sont considérées comme négatives et ont été notées 0 dans les tableaux 10A et 10B. Lorsqu'on n'a observé aucun pic de signal, on a noté la transition comme négative.
Le nombre de transition positive est ensuite sommé pour les applications I, R et V et reporté dans le TABLEAU 11 :
TABLEAU 10A
Transition
ASTI AST2 AST3 AST4 AST5 VIR41 VIR42 VIR43 VIR44 numéro
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 1 1 1 1
0 1 1 1 1 0 0 1 1
0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 0 0 0 1
0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 0 1 1 1
0 1 1 1 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
0 0 0 0 0 1 1 1 1 98 0 0 0 0 0 1 1 1 0
99 0 0 0 0 0 1 0 0 0
100 1 1 1 1 1 1 1 1 1
101 1 1 1 1 1 1 1 1 1
102 1 1 1 1 1 1 1 1 1
103 1 1 1 1 1 1 1 1 1
104 1 1 1 1 1 1 1 1 1
105 1 1 1 1 1 1 1 1 1
106 1 1 1 1 1 1 1 1 1
107 1 1 1 1 1 1 1 1 1
108 1 1 1 1 1 1 1 1 1
109 1 1 1 1 1 1 1 1 1
110 1 1 1 1 1 1 1 1 1
111 1 1 1 1 1 1 1 1 1
112 1 1 1 1 1 1 1 1 1
113 1 1 1 1 1 1 1 1 1
114 1
115 1 1 1 1 1 1 1 1 1
116 1 1 1 1 1 1 1 1 1
117 1 1 1 1 1 1 1 1 1
118 0 0 0 0 1 0 1 0
119 1 0 0 0 0 1 0 1 0
120 1 1 0 1 1 0 1 0
121 0 0 0 0 1 1 1 1
122 1 0 0 0 0 1 1 1 1
123 0 0 0 0 0 1 1 0 1
124 0 1 0 0 1 1 1 1 1
125 0 0 0 0 0 1 1 0 1
TABLEAU 10B :
Transition
VIR45 ID6 ID7 ID8 ID9 ID10 VIR10 VIR19 VIR28 numéro
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
2 1 1 1 1 1 1 0 0 0
3 1 1 1 1 1 1 0 0 0
4 1 1 1 1 1 1 0 0 0
5 1 1 1 1 1 1 0 0 0
6 1 1 1 1 1 1 0 0 0
7 1 1 1 1 1 1 0 0 0
8 1 1 1 1 1 1 0 0 0
9 1 1 1 1 1 1 0 0 0
10 1 1 1 1 1 1 0 0 0
11 1 1 1 1 1 1 0 0 1
12 1 1 1 1 1 1 0 0 0
13 1 1 1 1 1 1 0 0 0
14 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 0 1 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 1 1 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 1 1 0 0 0 0
1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 0 1 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 1 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 0 0 0
0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0 111 1 1 1 1 1 1 0 0 0
112 1 1 1 1 1 1 0 0 0
113 1 1 1 1 1 1 0 0 0
114 1 0 0 0 0 0 0 0 0
115 1 1 1 1 1 1 0 0 0
116 1 1 1 1 1 1 0 0 0
117 1 1 1 1 1 1 0 0 0
118 0 0 0 0 0 0 0 0 0
119 0 0 0 0 0 0 0 0 0
120 0 0 0 0 0 0 0 0 0
121 0 0 0 0 0 0 0 0 0
122 0 1 0 1 1 1 0 0 0
123 1 0 0 0 0 0 0 0 0
124 1 0 0 0 0 0 0 0 0
125 0 0 0 0 0 0 0 0 0
TABLEAU 11 :
Figure imgf000081_0001
Tous les échantillons d'E. coli présentent plus de 44 transitions positives dans la catégorie I. Tous ces échantillons sont donc confirmés comme appartenant bien à l'espèce E. coli.
En revanche, les échantillons VIR10, VIR19 et VIR28 présentent moins de 3 transitions positives dans la catégorie I, ces échantillons sont donc confirmés comme n'appartenant pas à l'espèce E. coli. Les souches AST2, AST3, AST4 et AST5 de E. coli présentent plus de 14 transitions positives pour la catégorie R, elles expriment donc la pénicillinase plasmidique TEM-2, ce qui est synonyme d'un mécanisme de résistance aux Pénicillines.
En revanche, les souches ASTI, VIR41, VIR42, VIR43, VIR44, VIR45, ID6, ID7, ID8, ID9 et ID10 de E. coli présentent moins de 7 transitions positives pour la catégorie R, elles n'expriment donc pas la pénicillinase plasmidique TEM-2. Ces souches sont donc sensibles aux Pénicillines, notamment aminopénicillines ou pénicillines A (ampicilline), carboxypénicillines ou pénicillines C (ticarcilline) et uréidopénicilline ou pénicilline U (pipéracilline).
Les souches VIR10, VIR19 et VIR28 qui n'appartiennent pas à l'espèce E. coli présentent moins de 2 transitions pour la catégorie R, elles n'expriment donc pas TEM- 2, ce qui confirme la spécificité de la méthode.
Les échantillons VIR41, VIR42, VIR43 et VIR44 de E. coli présentent plus de 4 transitions positives dans la catégorie V, elles expriment donc les toxines Shigatoxine 1 ou 2 (STX1 ou STX2). Plus précisément, pour VIR41 les transitions 118 à 125 sont positives , VIR41 exprime donc simultanément Shigatoxine 1 et Shigatoxine 2. VIR42 et VIR44 sont positives pour les transitions 121 à 125, elles expriment donc Shigatoxine 2. Il en est de même pour VIR45 qui présente les transitions 123 et 124. VIR43 qui présente les transitions 118 à 122 exprime Shigatoxine 2. En revanche, les souches ASTI, AST2, AST3, AST4, AST5, VIR45, ID6, ID7, ID8, ID9 et ID10 de E. coli présentent moins de 3 transitions positives, elles n'expriment donc pas de Shigatoxine. Ces souches n'ont donc pas les propriétés de virulence en lien avec les Shigatoxines.
Les souches VIR10, VIR19 et VIR28 qui n'appartiennent pas à l'espèce E. coli présentent également moins de 3 transitions pour la catégorie V, elles n'expriment donc pas stxl ou stx2, ce qui confirme la spécificité de la méthode.
Pour le typage, les transitions de la catégorie T de chaque souche sont comparées aux transitions des autres souches considérées comme des souches de référence. En pratique une valeur 0 est attribuée lorsque les transitions entre les 2 souches se classent dans la même catégorie (positive ou négative) et une valeur de 1 est attribuée lorsque les transitions entre les 2 souches se classent dans des catégories différentes (une transition positive et une transition négative). Les valeurs sont sommées pour toutes les transitions de la catégorie T de chaque couple de souche afin d'établir un score. Les scores figurent dans le TABLEAU 12 :
TABLEAU 12 :
Figure imgf000083_0001
Les souches qui ont un score inférieur ou égal à 4 sont de même type, les souches qui ont un score strictement supérieur à 4 sont de type différent.
Ainsi, les souches AST2, AST3, AST4, AST5 sont de même type. Il en est de même respectivement pour les souches ASTI et ID6 et pour les souches ID7, ID8, ID9 et ID10. Toutes les autres souches prises deux à deux sont de types différents. Il faut noter les sommes élevées obtenues entre les souches VIR10, VIR19 et VIR28, qui ne sont pas des S. Aureus, et toutes les autres souches qui sont des S. Aureus. Ces résultats confirment la spécificité de la méthode. Les souches VIR10, VIR19 et VIR28 sont d'espèces différentes. Ces souches ne peuvent donc pas être comparées entre elles et aucune valeur n'est reportée dans le TABLEAU 12.
De façon extrêmement intéressante, des scores supérieurs à 20, comme par exemple entre AST4 etVIR41, traduisent une grande divergence entre souches. Des scores entre 12 et 20, comme entre ID7 et VIR42, traduisent une divergence modérée et des scores entre 4 et 12, comme entre ID10 et ASTI, une divergence faible.
La méthode ainsi mise en œuvre permet donc non seulement d'établir si deux souches sont de même type, ce qui est important pour identifier un foyer infectieux commun, mais également d'estimer la proximité de deux souches, ce qui est extrêmement important pour les études épidémio logiques.
Cet exemple montre que, de façon très avantageuse, la présente invention permet en un temps inférieur à une heure, ce qui est très court, de confirmer l'identité d'une espèce telle que E. coli et de déterminer, simultanément au sein de la même analyse, les propriétés de typage, de résistance potentielle à au moins un antibiotique et d'établir l'existence de facteur de virulence. Ces propriétés ont été établies avec le même instrument, ce qui facilite grandement l'analyse et le rendu des résultats. Enfin, les caractéristiques des bactéries sont établies à l'aide de protéines bactériennes, ce qui traduit l'existence de microorganismes vivants et viables, contrairement aux caractérisations à partir d'ADN bactérien qui peuvent être faussées par l'existence de bactéries mortes.
Exemple 8 : Protocole de digestion de microorganismes en présence de méthanol
Classiquement le protocole suivant est mis en œuvre en 17 étapes :
1. Prélèvement d'une colonie de microorganisme, obtenue selon l'exemple 1, et mise en suspension dans 400μ1 d'une solution de bicarbonate d'ammonium 50 mM, pH=8,0.
2. Ajout de 600μ1 de méthanol
Etapes 3 à 7 : idem étapes 2 à 6 de l'exemple 4.
Etapes 8 à 17 : idem étapes 8 à 17 de l'exemple 6. Exemple 9 : Caractérisation d'échantillons de C. albicans:
Après avoir établi la ou les espèces des échantillons selon l'une quelconque des méthodes décrites dans les exemples 1 à 3, les espèces listées ci-dessous sont analysées. Dix-sept souches de C. albicans sont analysées pour confirmer leur identification et établir leurs caractéristiques :
ATF1 ATF2
ATF3 ATF4
ATF5 ATF6
ATF7 VIR31
VIR32 VIR33
VIR34 VIR35
VIR36 VIR37
VIR38 VIR39
CA16
La même méthode d'analyse est appliquée à des espèces n'appartenant pas à l'espèce C. albicans pour servir de témoin négatif :
• E. coli
VIR43
• S. aureus
VIR5
• E. faecium
AST-VAN8
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 8, puis un volume de 5μ1 de protéines digérées est injecté et analysé selon les mêmes conditions que dans l'exemple 7.
• Les peptides, issues de la digestion des protéines du microorganisme, sont analysés par le spectromètre de masse en mode MRM. Seuls les peptides indiqués dans le TABLEAU 13 sont détectés. Pour cela, le ou les fragments de première génération indiqué dans le TABLEAU 13 sont détectés. L'application, à laquelle permet de répondre chaque transition, c'est à dire chaque peptide associé à son fragment de première génération, est précisée dans la colonne intérêt clinique du TABLEAU 14 avec les lettres I, T, R et V. I désigne la confirmation de l'identification du microorganisme, T le typage, R la résistance à au moins un antibiotique et V la détection de facteurs de virulence.
TABLEAU 13
Ion fragment de
Transition Intérêt
Protéine Peptide première numéro clinique
génération
1 ALF ADEEFFAK y5 monochargé I + T
2 ALF ADEEFFAK y6 monochargé I + T
3 ALF ADEEFFAK y7 monochargé I + T
4 HSP75 AFDDESVQK y6 monochargé I + T
5 HSP75 AFDDESVQK y7 monochargé I + T
6 HSP75 AFDDESVQK y8 monochargé I + T
7 ENOl AKIDWDQAK y6 monochargé I + T
8 ENOl AKIDWDQAK y7 monochargé I + T
9 ENOl AKIDWDQAK y8 monochargé I + T
10 RL13 AVEVPEQTAYR y6 monochargé I + T
11 RL13 AVEVPEQTAYR y7 monochargé I + T
12 RL13 AVEVPEQTAYR y8 monochargé I + T
13 RS22 CGVIQPR y5 monochargé I + T
14 RS22 CGVIQPR y6 monochargé I + T
15 RS22 CGVIQPR y4 monochargé I + T
16 RLA4 DLQELIAEGNTK y8 monochargé I + T
17 RLA4 DLQELIAEGNTK y9 monochargé I + T
18 RLA4 DLQELIAEGNTK y7 monochargé I + T
19 PPIA FADENFVKR y6 monochargé I + T
20 PPIA FADENFVKR y7 monochargé I + T
21 PPIA FADENFVKR y8 monochargé I + T
22 TPIS FALDTGVK y6 monochargé I + T
23 TPIS FALDTGVK y7 monochargé I + T
24 TPIS FALDTGVK y5 monochargé I + T
25 RL28 GRLPEVPVIVK y8 monochargé I + T
26 RL28 GRLPEVPVIVK y5 monochargé I + T
27 ALF IAEALDIFHTK y6 monochargé I + T
28 ALF IAEALDIFHTK y7 monochargé I + T
29 ALF IAEALDIFHTK y8 monochargé I + T
30 ENOl IDWDQAK y5 monochargé I + T
31 ENOl IDWDQAK y6 monochargé I + T
32 ENOl IDWDQAK y7 monochargé I + T
33 ENOl IEEELGSEAIYAGKDFQK y8 monochargé I + T
34 ENOl IEEELGSEAIYAGKDFQK y9 monochargé I + T
35 PPIA IESFGSGSGATSK y9 monochargé I + T
36 PPIA IESFGSGSGATSK ylO monochargé I + T 37 PPIA IESFGSGSGATSK yl 1 monochargé I + T
38 NTF2 LASLPFQK y5 monochargé I + T
39 NTF2 LASLPFQK y6 monochargé I + T
40 NTF2 LASLPFQK y7 monochargé I + T
41 MBF1 LDATDDWAVK y7 monochargé I + T
42 MBF1 LDATDDWAVK y8 monochargé I + T
43 MBF1 LDATDDWAVK y9 monochargé I + T
44 PGK NVEHLVEK y6 monochargé I + T
45 PGK NVEHLVEK y7 monochargé I + T
46 PGK NVEHLVEK y5 monochargé I + T
47 RL36 SGIAAGVNK y5 monochargé I + T
48 RL36 SGIAAGVNK y6 monochargé I + T
49 RL36 SGIAAGVNK y7 monochargé I + T
50 G3P SGVDYVIESTGVFTK y9 monochargé I + T
51 G3P SGVDYVIESTGVFTK ylO monochargé I + T
52 G3P SGVDYVIESTGVFTK y8 monochargé I + T
53 EF1B SLNEFLADK y6 monochargé I + T
54 EF1B SLNEFLADK y7 monochargé I + T
55 RL13 SQETFDANVAR y7 monochargé I + T
56 RL13 SQETFDANVAR b8 monochargé I + T
57 RL13 SQETFDANVAR y9 monochargé I + T
58 CS111 SSSSTTKK y6 monochargé I + T
59 CS111 SSSSTTKK y7 monochargé I + T
60 HSP71 STLDPVGK y6 monochargé I + T
61 HSP71 STLDPVGK y7 monochargé I + T
62 HSP71 STLDPVGK y5 monochargé I + T
63 PGK SVELFQQAVAK y7 monochargé I + T
64 PGK SVELFQQAVAK y8 monochargé I + T
65 PGK SVELFQQAVAK y6 monochargé I + T
66 KPYK TANDVLELR y5 monochargé I + T
67 KPYK TANDVLELR y6 monochargé I + T
68 KPYK TANDVLELR y7 monochargé I + T
69 ENOl VGDKIQIVGDDLTVTNPTR y7 monochargé I + T
70 ENOl VGDKIQIVGDDLTVTNPTR y8 monochargé I + T
71 ENOl VGDKIQIVGDDLTVTNPTR y9 monochargé I + T
72 ADH1 WAIDGGDEK y7 monochargé I + T
73 ADH1 WAIDGGDEK y8 monochargé I + T
74 ADH1 WAIDGGDEK y9 monochargé I + T
75 RS22 WTDNLLPAR y6 monochargé I + T
76 RS22 WTDNLLPAR y7 monochargé I + T
77 RS22 WTDNLLPAR y8 monochargé I + T
78 G3P YKGEVTASGDDLVIDGHK ylO monochargé I + T
79 G3P YKGEVTASGDDLVIDGHK yl 1 monochargé I + T
80 G3P YKGEVTASGDDLVIDGHK y9 monochargé I + T
81 ADH1 YVLDTSK y5 monochargé I + T
82 ADH1 YVLDTSK y6 monochargé I + T
83 ADH1 YVLDTSK y4 monochargé I + T
84 CP51 AVIYDCPNSR y6 monochargé R + T 85 CP51 AVIYDCPNSR y7 monochargé R H - T
86 CP51 GHYVLVFPGYAHTSER 10 monochargé R H - T
87 CP51 GHYVLVFPGYAHTSER y9 monochargé R H - T
88 CP51 GHYVLVSPGYAHTSER y9 monochargé R H - T
89 CP51 GHYVLVSPGYAHTSER 10 monochargé R H - T
90 CP51 GVIYDCPNSR y6 monochargé R H - T
91 CP51 GVIYDCPNSR y7 monochargé R H - T
92 CP51 GVIYDCPNSR y8 monochargé R H - T
93 CP51 GVS SP YLPFGGGR y9 monochargé R H - T
94 CP51 GVS SP YLPFGGGR y6 monochargé R H - T
95 CP51 GVSSPYLPFSGGK y9 dichargé R H - T
96 CP51 GVSSPYLPFSGGK y9 monochargé R H - T
97 CP51 GVSSPYLPFSGGK y6 monochargé R H - T
98 CP51 GVSSPYLPFSGGR y9 dichargé R H - T
99 CP51 GVSSPYLPFSGGR y9 monochargé R H - T
100 CP51 GVSSPYLPFSGGR y6 monochargé R H - T
101 LIPASE8 AAVGDILQSR y7 monochargé V H h T
102 LIPASE8 AAVGDILQSR y8 monochargé V H h T
103 LIPASE8 ITPDDLR y5 monochargé V H h T
104 LIPASE8 ITPDDLR y6 monochargé V H h T
105 LIPASE8 ITPDDLR y4 monochargé V H h T
106 LIPASE8 TGWDILK y5 monochargé V H h T
107 LIPASE8 TGWDILK y6 monochargé V H h T
108 LIPASE8 TGWDILK y4 monochargé V H h T
L'état de charge du peptide précurseur, son temps de rétention et les transitions, c'est-à- dire les rapports (m z)i en Ql et (m/z)2 en Q3, sont indiqués dans le TABLEAU 14. L'énergie de collision utilisée pour fragmenter l'ion précurseur est également indiquée dans le TABLEAU 14.
TABLEAU 14 :
Etat de Temps (m/z) (m/z) Energie
Transition
charge du de filtré en filtré en de
numéro
précurseur rétention Ql Q3 collision
1 2 11.9 478.72 641.33 26
2 2 11.9 478.72 770.37 26
3 2 11.9 478.72 885.4 26
4 2 7.8 519.74 705.34 28
5 2 7.8 519.74 820.37 28
6 2 7.8 519.74 967.44 28
7 2 8.5 543.81 659.37 29
8 2 8.5 543.81 774.4 29
9 2 8.5 543.81 887.48 29
10 2 11 631.82 767.37 33 11 2 11 631.82 864.42 33
12 2 11 631.82 963.49 33
13 2 6.4 415.22 612.38 23
14 2 6.4 415.22 669.4 23
15 2 6.4 415.22 513.31 23.3
16 2 15.5 665.85 845.47 34
17 2 15.5 665.85 974.52 34
18 2 15.5 665.85 732.39 34.3
19 2 10.5 563.29 792.44 30
20 2 10.5 563.29 907.46 30
21 2 10.5 563.29 978.5 30
22 2 12.5 425.74 632.36 24
23 2 12.5 425.74 703.4 24
24 2 12.5 425.74 519.28 23.7
25 2 14.8 603.88 880.55 32
26 2 14.8 603.88 555.39 31.6
27 2 17.8 629.35 760.4 33
28 2 17.8 629.35 873.48 33
29 2 17.8 629.35 944.52 33
30 2 9 444.25 560.3 25
31 2 9 444.25 659.37 25
32 2 9 444.25 774.4 25
33 3 18.6 676.34 956.48 38
34 3 18.6 676.34 1069.57 38
35 2 8.4 614.3 751.36 32
36 2 8.4 614.3 898.43 32
37 2 8.4 614.3 985.46 32
38 2 14.1 452.27 632.38 25
39 2 14.1 452.27 719.41 25
40 2 14.1 452.27 790.45 25
41 2 12.1 573.31 745.41 30
42 2 12.1 573.31 846.46 30
43 2 12.1 573.31 917.49 30
44 2 7 484.26 754.41 26
45 2 7 484.26 853.48 26
46 2 7 484.26 625.37 26.3
47 2 4.5 408.73 488.28 23
48 2 4.5 408.73 559.32 23
49 2 4.5 408.73 672.4 23
50 2 18 801.41 981.53 40
51 2 18 801.41 1080.59 40
52 2 18 801.41 868.44 40.3
53 2 14.3 518.77 722.37 28
54 2 14.3 518.77 836.41 28
55 2 10.1 619.29 792.4 32
56 2 10.1 619.29 893.36 32
57 2 10.1 619.29 1022.49 32
58 2 10.6 413.22 651.37 23 59 2 10.6 413.22 738.4 23
60 2 8.7 408.73 628.37 23
61 2 8.7 408.73 729.41 23
62 2 8.7 408.73 515.28 23
63 2 14.6 610.34 791.44 32
64 2 14.6 610.34 904.53 32
65 2 14.6 610.34 644.37 31.9
66 2 12.9 515.78 629.4 28
67 2 12.9 515.78 744.43 28
68 2 12.9 515.78 858.47 28
69 3 15.3 681.04 788.43 38
70 3 15.3 681.04 901.51 38
71 3 15.3 681.04 1016.54 38
72 2 7.7 501.76 733.34 27
73 2 7.7 501.76 804.37 27
74 2 7.7 501.76 903.44 27
75 2 14.9 543.29 683.42 29
76 2 14.9 543.29 798.45 29
77 2 14.9 543.29 899.49 29
78 2 11.4 952.47 1068.53 47
79 2 11.4 952.47 1155.56 47
80 2 11.4 952.47 1011.51 46.9
81 2 8.5 413.22 563.3 23
82 2 8.5 413.22 662.37 23
83 2 8.5 413.22 450.22 23.2
84 2 9.3 597.78 748.3 31
85 2 9.3 597.78 911.37 31
86 2 14.3 916.96 1164.54 45
87 2 14.3 916.96 1017.47 45.3
88 2 11 886.94 1017.47 44
89 2 11 886.94 1104.51 44
90 2 9.4 590.77 748.3 31
91 2 9.4 590.77 911.37 31
92 2 9.4 590.77 1024.45 31
93 2 16.1 647.33 963.5 33
94 2 16.1 647.33 590.3 33.5
95 2 15.8 648.34 483.26 34
96 2 15.8 648.34 965.51 34
97 2 15.8 648.34 592.31 33.5
98 2 16 662.34 497.26 34
99 2 16 662.34 993.52 34
100 2 16 662.34 620.32 34.1
101 2 12.75 515.29 788.43 28
102 2 12.75 515.29 887.49 28
103 2 9.83 415.22 615.31 23
104 2 9.83 415.22 716.36 23
105 2 9.83 415.22 518.26 23.3
106 2 15.81 416.73 674.39 23 107 2 15.81 416.73 731.41 23
108 2 15.81 416.73 488.31 23.3
Les autres paramètres machine utilisés sont les mêmes que dans l'exemple 7. Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Toutes les transitions dont l'aire est supérieure ou égale à 2000 (unité arbitraire) sont considérées comme positives et ont été notées « 1 » dans les tableaux 15A et 15B. Toutes les transitions dont l'aire est inférieure à 2000, sont considérées comme négatives et ont été notées 0 dans les tableaux 15A et 15B. Lorsqu'on n'a observé aucun pic de signal, on a noté la transition comme négative.
TABLEAU 15A
Transition
ATF1 ATF2 ATF3 ATF4 VIR31 ATF5 ATF6 ATF7 VIR32 VIR33 Numéro
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
6 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
7 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
8 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
9 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
10 1 1 1 1 0 1 1 1 0
11 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1
12 1 1 1 1 0 1 1 1 0
13 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
14 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
15 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
16 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
17 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
18 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
19 1 1 1 1 0 1 1 1 1
20 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
21 1 1 1 1 0 1 1 1 1
22 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
23 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
24 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
25 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
26 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
27 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1
28 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1
0 0 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 0 1 1 1 0
1 1 1 1 0 1 1 1 0 1
1 1 1 1 0 1 1 1 0
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 0 1 1 1 0 0
1 1 1 1 0 1 1 1 0 0
1 1 1 1 0 1 1 1 0 0
1 1 1
1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 78 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
79 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
80 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1
81 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
82 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
83 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
84 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
85 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
86 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
87 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
88 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
89 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
90 1 1 0 1 0 1 1 0 0 1
91 1 1 0 1 0 1 1 0 0 0
92 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
93 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0
94 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0
95 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1
96 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
97 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1
98 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1
99 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
100 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
101 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
102 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
103 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1
104 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1
105 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0
106 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0
107 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0
108 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0
TABLEAU 15B :
Transition AST-
VIR34 VIR35 VIR36 VIR37 VIR38 VIR39 CA16 VIR43 VIR5 Numéro VAN8
1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
2 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
3 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
4 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
5 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
6 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
7 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
8 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
9 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
10 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
11 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
12 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0
1 1 0 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
0 0 1 0 0 0
1 1 1 0 0 1 1 0 0 0
0 0 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
0 1 1 1 1 1 1 1 0 0
0 1 1 1 1 1 1 0 0 0
0 1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 1 0
1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 1 1 1 1 1 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 1 1 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 1 1 0 0 1 0 1 0 0
0 1 1 1 1 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Le nombre de transitions positives est ensuite sommé pour les applications I, R et V et reporté dans le TABLEAU 16 :
TABLEAU 16
Figure imgf000096_0001
Tous les échantillons de C. albicans présentent plus de 60 transitions positives dans la catégorie I. Tous ces échantillons sont donc confirmés comme appartenant bien à l'espèce C. albicans.
En revanche, les échantillons VIR43, VIR5 et AST-VAN8 présentent moins de 13 transitions positives dans la catégorie I, ces échantillons sont donc confirmés comme n'appartenant pas à l'espèce C. albicans.
L'observation des transitions 84 et 85 indiquent la présence du peptide muté et traduit la résistance des souches ATF6 et ATF7.
L'observation des transitions 86 et 87 indiquent la présence du peptide muté et traduit la résistance des souches ATF2 et ATF3. L'observation de la transition 96 indiquent la présence du peptide muté et traduisent la résistance de la souche ATF5.
L'observation des transitions 99 et 100 indiquent la présence du peptide muté et traduit la résistance de la souche ATF7.
L'observation des transitions 88 et 89 indiquent la présence du peptide natif et traduit la sensibilité de la souche ATF4.
L'observation des transitions 93 et 94 indiquent la présence du peptide natif et traduit la sensibilité des souches ATF1 et ATF4.
L'ensemble des aires des transitions I sont sommées pour conduire à la somme SI. L'ensemble des aires des transitions V sont sommées pour conduire à la somme SV. Le rapport SV/SI est ensuite calculé et multiplié par un facteur multiplicatif FM. Les résultats obtenus figurent dans le TABLEAU 17.
TABLEAU 17 :
Figure imgf000097_0001
Les souches VIR31 et VIR32 qui ont un rapport (SV/SI)xFM supérieur à 9.104 surexpriment la lipase 8, ces souches sont donc virulentes. Toutes les autres souches ont un rapport inférieur à 9.104, elles ne surexpriment pas la lipase 8 et ne sont donc pas virulentes. De façon intéressante le rapport (SV/SI)xFM étant plus élevé pour la souche VIR31 que pour la souche VIR32, la souche VIR31 est caractérisée comme plus virulente que la souche VIR32.
Pour le typage, les transitions de la catégorie T de chaque souche sont comparées aux transitions des autres souches considérées comme des souches de référence. En pratique une valeur 0 est attribuée lorsque les transitions entre les 2 souches se classent dans la même catégorie (positive ou négative) et une valeur de 1 est attribuée lorsque les transitions entre les 2 souches se classent dans des catégories différentes (une transition positive et une transition négative). Les valeurs sont sommées pour toutes les transitions de la catégorie T de chaque couple de souche afin d'établir un score. Les scores figurent dans le TABLEAU 18 :
TABLEAU 18 :
Figure imgf000098_0001
Les souches qui ont un score inférieur ou égal à 2 sont de même type, les souches qui ont un score strictement supérieur à 2 sont de type différent.
Ainsi, les souches ATFl et ATF2, VIR35 et VIR36, VIR37 et VIR38 sont respectivement de même type. Toutes les autres souches prises deux à deux sont de types différents. Il faut noter les sommes élevées obtenues entre les souches VIR43, VIR5 et AST-VAN8, qui ne sont pas des S. Aureus, et toutes les autres souches qui sont des S. Aureus. Ces résultats confirment la spécificité de la méthode.
Les souches VIR43, VIR5 et AST-VAN8 sont d'espèces différentes. Ces souches ne peuvent donc pas être comparées entre elles et aucune valeur n'est reportée dans le TABLEAU 18.
De façon extrêmement intéressante, des scores supérieurs à 20, comme par exemple entre ATFl et VIR39, traduisent une grande divergence entre souches. Des scores entre 14 et 20, comme entre CA16 et ATFl, traduisent une divergence modérée et des scores entre 4 et 14, comme entre ATFl et ATF7, une divergence faible.
La méthode ainsi mise en œuvre permet donc non seulement d'établir si 2 souches sont de même type, ce qui est important pour identifier un foyer infectieux commun, mais également d'estimer la proximité de 2 souches, ce qui est extrêmement important pour les études épidémio logiques. Cet exemple montre que, de façon très avantageuse, la présente invention permet en un temps inférieur à une heure, ce qui est très court, de confirmer l'identité d'une espèce telle que C. albicans et de déterminer, simultanément au sein de la même analyse, les propriétés de typage, de résistance potentielle à au moins un antibiotique et d'établir l'existence de facteur de virulence. La présente invention permet en outre un dosage quantitatif, ce qui est particulièrement avantageux lorsque les propriétés de résistance à au moins un antibiotique ou de virulence sont liées au taux d'expression d'une protéine ou d'un métabolite. C'est ce que nous illustrons ici avec le dosage quantitatif de la lipase 8. Ces propriétés ont été établies avec le même instrument, ce qui facilite grandement l'analyse et le rendu des résultats. Enfin, les caractéristiques des levures sont établies à l'aide de protéines fongiques, ce qui traduit l'existence de microorganismes vivants et viables, contrairement aux caractérisations à partir d'ADN fongique qui peuvent être faussées par l'existence de levures mortes. Exemple 10 : Protocole de digestion de microorganismes en présence de méthanol adapté au dosage d'au moins un métabolite
Classiquement le protocole suivant est mis en œuvre en 19 étapes :
1. Prélèvement de cinq colonies de microorganisme, obtenue selon l'exemple 1, et mise en suspension dans ΙΟΟμΙ d'une solution d'hydrochlorure de guanidine 6M, 50 mM Tris-HCl, pH=8,0.
2. Centrifuger à 15000g pendant 5 minutes
3. Le culot est repris dans 400μ1 d'une solution de bicarbonate d'ammonium 50 mM, pH=8,0.
4. Ajout de 600μ1 de méthanol
Etapes 5 à 9 : idem étapes 2 à 6 de l'exemple 4.
Etapes 10 à 19 : idem étapes 8 à 17 de l'exemple 6. Exemple 11 : Caractérisation d'échantillons de C. albicans par analyse simultanée de protéines et de métabolites:
Après avoir établi la ou les espèces des échantillons selon l'une quelconque des méthodes décrites dans les exemples 1 à 3, les espèces listées ci-dessous sont analysées. Cinq souches de C. albicans sont analysées pour confirmer leur identification et établir leurs caractéristiques :
ATF1 ATF2
ATF3 ATF4
ATF6
Chaque échantillon est traité selon l'exemple 10, puis un volume de 20μ1 de protéines digérées est injecté et analysé selon les mêmes conditions que dans l'exemple 7.
Les tableaux 13 et 14 sont identiques à une exception près. La transition numéro 109 est ajouté à la méthode. Elle correspond à la molécule, ergostérol, à l'intérêt clinique I et R.
L'état de charge du précurseur est de 1, le temps de rétention est de 36.3 minutes, le m/z filtré en Ql est de 379.4, le m/z filtré en Q3 est de 69.2, l'énergie de collision est de 47. Les paramètres de masse sont identiques à ceux de l'exemple 7 à l'exception de ceux- ci :
Gaz rideau: 25,00 psi
Température de source: 450,00 °C
Gaz chauffant: 50,00 psi
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 4,00 V
Pour la transition 109, des paramètres diffèrent :
Potentiel d'orifice : 200, 00 V
(en anglais declustering potential (DP))
Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 10,00 V
Potentiel en sortie de cellule de collision : 8 V
(en anglais cell exit potential (CXP)) L'ensemble des transitions 1 à 108 sont analysées de façon identique à l'exemple 9. L'ensemble des aires des transitions I sont sommées pour conduire à la somme SI. L'aire de la transition 109 est nommé A109. Le rapport A109/SI est ensuite calculé et multiplié par un facteur multiplicatif FM. Les résultats obtenus figurent dans le tableau 19.
TABLEAU 19 :
Figure imgf000101_0001
Les souches ATF2, ATF3 et ATF6 qui ont un rapport (A109/SI) x FM supérieur à 2.103 surexpriment l'ergostérol, ces souches sont donc résistantes. Toutes les autres souches ont un rapport inférieur à 2.103, elles ne surexpriment pas l'ergostérol et ne sont donc pas résistantes. Cet exemple montre que, de façon très avantageuse, la présente invention permet de doser simultanément au sein de la même analyse, en un temps inférieur à une heure, ce qui est très court, et de façon quantitative, différents composés tels que des protéines, des peptides ou des métabolites. De façon encore plus avantageuse que le dosage d'une protéine, le dosage quantitatif d'un métabolite issu de l'action de cette protéine caractérise la présence d'une protéine fonctionnelle et plus largement d'une voie de synthèse fonctionnelle. Ainsi la quantification de l'ergostérol permet ici d'établir l'existence d'un mécanisme de résistance au fluconazole lié à l'existence de lanostérol déméthylase fonctionnelle et fortement active.
Exemple 12 : Caractérisation de microorganismes présents dans des échantillons urinaires :
Après avoir établi la ou les espèces des échantillons selon l'une quelconque des méthodes décrites dans les exemples 1 à 3, cinq échantillons d'urine contaminée par E. coli (Urine 1 à 5) sont analysés. Une sixième urine non contaminée (Urine 6) est également analysée pour servir de témoin négatif.
Le protocole suivant est mis en œuvre en 29 étapes (les étapes 5 à 12 sont optionnelles et pourraient être omises sans altérer significativement les résultats) :
1. Centrifugation de 5 mL d'urine contaminée à 2000g pendant 30 secondes
2. Récupération du surnageant
3. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes
4. Elimination du surnageant
5. Lavage du culot avec 3 mL d'eau distillée par remise en suspension
6. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes
7. Elimination du surnageant
8. Mettre le culot en présence de solvant en dilution au 1/10
9. Laisser 1 heure à -20°C
10 Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes
11 Elimination du surnageant
12 Mettre le culot en présence de solvant en dilution au 1/10
13 Laisser 1 heure à -20°C 14. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes
15. Elimination du surnageant
12. Mise en suspension du culot dans 10 à ΙΟΟμΙ d'une solution d'hydrochlorure de guanidine 6M, 50 mM Tris-HCl, pH=8,0.
13. Etapes 14 à 18 : idem étapes 2 à 6 de l'exemple 4.
19. Etapes 19 à 28 : idem étapes 8 à 17 de l'exemple 6.
29. Injecter ΙΟΟμί d'éluât acidifié sur la chaîne chromatographique et le spectromètre de masse, selon le protocole décrit dans l'exemple 7. Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Les échantillons d'urine ayant une charge bactérienne très différente d'un échantillon à l'autre, le seuil utilisé dans l'exemple 7 pour déclarer une transition positive, ne peut pas être utilisé ici. Il doit être adapté à la quantité de bactéries présentes. Dans les exemples précédents, le prélèvement d'une colonie conduisait à une quantité comparable de microorganismes. Ce n'est plus le cas dans cet exemple. Aussi, la quantité de bactéries est estimée en sommant l'aire de l'ensemble des transitions I. La somme des aires des transitions I est reportée dans le TABLEAU 20. TABLEAU 20 :
Figure imgf000103_0001
Ainsi l'échantillon 4 comporte une charge bactérienne plus élevée que l'échantillon 3, lui-même plus chargé que les échantillons 1 et 5, eux-mêmes plus chargés que l'échantillon 2. Les échantillons 1 et 5 ont une charge bactérienne comparable. L'échantillon 6 ne comporte pas d'E. coli et présente une charge nulle, ce qui démontre la spécificité de la technique.
L'aire de chaque transition est ensuite normalisée en la divisant par l'aire de l'ensemble des transitions I. Toutes les transitions dont le ratio est supérieur ou égal à 0.00015 (ratio adimensionnel) sont considérées comme positives et ont été notées « 1 » dans le TABLEAU 21. Toutes les transitions dont le ratio est inférieur à 0.00015, sont considérées comme négatives et ont été notées 0 dans le TABLEAU 21. Lorsqu'on n'a observé aucun pic de signal, on a noté la transition comme négative. TABLEAU 21 :
Transition
Urine 1 Urine 2 Urine 3 Urine 4 Urine 5 Urine 6
numéro
1 1 1 1 1 1 0
2 1 1 1 1 1 0
3 1 1 1 1 1 0
4 0 0 1 1 1 0
5 0 0 1 1 1 0
6 0 0 0 1 1 0
7 0 0 0 0 0 0
8 0 0 0 0 0 0
9 0 0 0 0 0 0
10 1 1 1 1 1 0
11 1 1 1 1 1 0
12 1 1 1 1 1 0
13 1 1 1 1 1 0
14 1 1 1 1 1 0
15 1 1 1 1 1 0
16 1 1 1 1 1 0
17 1 1 1 1 1 0
18 1 1 1 1 0 0
19 1 1 1 1 0 0
20 1 1 0 0
21 1 1 1 1 1 0
22 1 1 1 1 1 0
23 1 1 1 1 1 0
24 1 1 1 1 1 0
25 1 1 0 1 1 0
26 1 1 0 1 1 0
27 1 1 0 1 1 0
28 1 1 1 1 1 0
29 1 1 1 1 1 0
30 1 1 1 1 1 0
31 0 1 1 1 1 0
32 0 1 1 1 0
33 0 1 0
34 1 1 1 1 1 0
35 1 1 1 1 1 0
36 1 1 1 1 1 0
37 1 1 1 1 1 0
38 1 1 1 1 1 0
39 1 1 1 1 1 0 40 1 1 1 1 1 0
41 1 1 1 1 1 0
42 1 1 1 1 1 0
43 1 1 1 1 1 0
44 1 1 1 1 1 0
45 1 1 1 1 1 0
46 0 0 1 1 1 0
47 0 0 1 1 1 0
48 0 0 1 1 1 0
49 0 0 0 0 0 0
50 0 0 0 0 0 0
51 0 0 0 0 0 0
52 0 0 0 0 0 0
53 0 0 0 0 0 0
54 0 0 0 0 0 0
55 1 1 1 0 1 0
56 1 1 1 0 1 0
57 1 1 1 0 1 0
58 1 1 1 0 1 0
59 1 1 1 0 1 0
60 1 1 1 0 0 0
61 0 0 0 0 0 0
62 0 0 0 0 0 0
63 0 0 0 0 0 0
64 0 0 0 0 0 0
65 0 0 0 0 0 0
66 1 0 0 0 0 0
67 1 1 1 1 1 0
68 1 1 1 1 1 0
69 1 1 1 1 1 0
70 1 0 0 1 1 0
71 1 0 0 1 1 0
72 0 0 0
73 1 0 1 1 1 0
74 1 0 1 1 1 0
75 1 0 1 1 1 0
76 1 1 1 1 1 0
77 1 1 1 1 1 0
78 1 1 1 1 1 0
79 1 1 1 1 1 0
80 1 1 1 1 1 0
81 1 1 1 1 1 0
82 1 1 1 1 1 0
83 1 1 1 1 1 0
84 1 1 1 1 1 0
85 1 1 1 1 1 0
86 1 1 1 1 1 0
87 1 1 1 1 1 0 88 1 1 1 1 1 0
89 1 1 1 1 1 0
90 1 1 1 1 1 0
91 1 0 1 1 1 0
92 1 1 1 1 1 0
93 1 0 1 1 1 0
94 0 0 0 0 0 0
95 0 0 0 0 0 0
96 0 0 0 0 0 0
97 0 0 0 0 0 0
98 0 0 0 0 0 0
99 0 0 0 0 0 0
100 0 0 0 0 0 0
101 0 0 0 0 0 0
102 0 1 0 0 0 0
103 1 1 1 1 1 0
104 1 1 1 1 1 0
105 1 1 1 1 1 0
106 1 1 1 1 1 0
107 1 1 1 1 1 0
108 1 1 1 1 1 0
109 1 1 1 1 1 0
110 1 1 1 1 1 0
111 1 1 1 1 1 0
112 1 1 1 1 1 0
113 1 1 1 1 1 0
114 1 1 0
115 1 1 1 1 1 0
116 1 1 1 1 1 0
117 1 1 1 1 1 0
118 0 0 0 0 0 0
119 0 0 0 0 0 0
120 0 0 0 0 0 0
121 1 1 1 0 0 0
122 0 0 0 0 0 0
123 0 0 0 0 0 0
124 0 0 0 0 0 0
125 0 0 0 0 0 0
Le nombre de transitions positives est ensuite sommé pour les applications I, R et V et reporté dans le TABLEAU 22 :
TABLEAU 22 :
Urine 1 Urine 2 Urine 3 Urine 4 Urine 5 Urine 6
I 36 36 40 44 41 0 R 6 6 6 0 5 0
V 1 1 1 0 0 0
De même que le seuil de positivité des transitions a du être modifié pour tenir compte de la concentration des échantillons, le nombre de peptides nécessaires pour caractériser une souche doit être adapté à la concentration totale en bactérieq. Certains peptides faiblement détectés dans l'exemple 7 peuvent être sous la limite de détection si la quantité de bactéries est inférieure à une colonie.
Les urines 1 à 5 présentent plus de 30 transitions positives dans la catégorie I. Tous ces échantillons sont donc confirmés comme contaminé par l'espèce E. coli.
En revanche, l'urine 6 ne présentent aucune transition positive dans la catégorie I. Elle est donc confirmée comme n'étant pas contaminée par l'espèce E. coli.
Les urines 1, 2, 3 et 5 présentent au moins 5 transitions positives pour la catégorie R, elles expriment donc la pénicillinase plasmidique TEM-2, ce qui est synonyme d'un mécanisme de résistance aux Pénicillines, notamment aminopénicillines ou pénicillines A (ampicilline), carboxypénicillines ou pénicillines C (ticarcilline) et uréidopénicilline ou pénicilline U (pipéracilline).
En revanche, les urines 4 et 6 ne présentent pas de transitions positives pour la catégorie R, elles n'expriment donc pas la pénicillinase plasmidique TEM-2. Ces souches sont donc sensibles aux Pénicillines.
Ces résultats de résistance à Γ ampicilline, la ticarcilline et la pipéracilline ont été confirmés avec l'automate VITEK®2 commercialisé par la demanderesse et les cartes AST-EXN et AST-N103. De façon moins rapide que pour la présente invention, la confirmation a pris un temps de 6 à 8 heures sur l'automate VITEK®2.
Les urines 1 à 6 ne présentent pas plus d'une transition positive pour la catégorie V. Ces urines ne sont donc pas contaminées par des toxines de type Shigatoxines. Pour le typage, les transitions de la catégorie T de chaque souche sont comparées aux transitions des autres souches considérées comme des souches de référence. En pratique une valeur 0 est attribuée lorsque les transitions entre les 2 souches se classent dans la même catégorie (positive ou négative) et une valeur de 1 est attribuée lorsque les transitions entre les 2 souches se classent dans des catégories différentes (une transition positive et une transition négative). Les valeurs sont sommées pour toutes les transitions de la catégorie T de chaque couple de souche afin d'établir un score. Les scores figurent dans le TABLEAU 23 : TABLEAU 23
Figure imgf000108_0001
Aucune urine n'a un score inférieur ou égal à 4. Les souches infectant les urines 1 à 5 sont donc de type différents. Ces échantillons urinaires ont été collectés dans un laboratoire d'analyse médicale de ville où les infections surviennent souvent dans des environnements différents. Dans ces conditions, il est peut fréquent d'observer des infections urinaires liées à la même souche.
Cet exemple montre que, de façon très avantageuse, la présente invention permet directement à partir de Γ échantillon primaire, ce qui est très avantageux de confirmer l'identité d'une espèce telle que E. coli et de déterminer, simultanément au sein de la même analyse, les propriétés de typage, et de résistance potentielle à au moins un antibiotique. Références bibliographiques
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Claims

REVENDICATIONS
1. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme issu d'un échantillon, comprenant l'identification dudit au moins un microorganisme et la détermination des propriétés de typage, résistance potentielle à au moins un antimicrobien et facteur de virulence, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence pour ledit au moins un microorganisme est mise en œuvre par spectrométrie de masse en utilisant des protéines, peptides et/ou métabolites en tant que marqueurs desdites propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence.
2. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 1, caractérisé en ce que la spectrométrie de masse, mise en œuvre pour les propriétés de typage, de résistance potentielle à au moins un antimicrobien et facteur de virulence, est une spectrométrie de type MS/MS.
3. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 2, caractérisé en ce que la spectrométrie MS/MS est de la MRM.
4. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence est mise en œuvre dans le même appareil de spectrométrie de masse.
5. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 4, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence est mise en œuvre simultanément.
6. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que l'identification dudit au moins un microorganisme est également mise en œuvre par spectrométrie de masse.
7. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 6, caractérisé en ce que la spectrométrie de masse pour l'identification dudit au moins un microorganisme est une spectrométrie de type MS, MS/MS ou MS suivie d'une spectrométrie de type MS/MS.
8. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce qu'il comprend une étape supplémentaire de confirmation de l'identification dudit au moins un microorganisme, laquelle étape de confirmation est mise en œuvre par spectrométrie de masse.
9. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 8, caractérisé en ce que la spectrométrie de masse de l'étape de confirmation est un spectrométrie de masse de type MS/MS.
10. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 9, caractérisé en ce que la spectrométrie de masse de l'étape de confirmation est une MRM.
11. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que les marqueurs desdites propriétés de typage, résistance à au moins un antimicrobien et facteur de virulence sont des protéines dudit au moins un microorganisme.
12. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 11, caractérisé en ce que les protéines dudit microorganisme sont digérées en peptides.
13. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 12, caractérisé en ce que la digestion est réalisée par une enzyme.
14. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 13, caractérisé en ce que l'enzyme est de la trypsine.
15. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon les revendications précédentes, caractérisé en ce que ledit au moins un microorganisme est une bactérie et Γ antimicrobien est un antibiotique.
16. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 15, caractérisé en ce que la bactérie est Staphylococcus aureus. 17. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 16, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de typage met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,
17, 19, 20, 21, 23, 24, 26, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 ou 45.
18. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 16 ou 17, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de résistance potentielle à au moins un antibiotique met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°10 à 17.
19. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications 16 à 18, caractérisé en ce que la détermination de la virulence met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°19, 20, 21, 23 ou 24.
20. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications 16 à 19, caractérisé en ce que l'identification met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°26, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 et 45.
21. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 15, caractérisé en ce que la bactérie est Escherichia coli.
22. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 21, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de typage met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°46 à 87.
23. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 21 ou 22, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de résistance potentielle à au moins un antibiotique met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°85, 86 et 87.
24. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications 21 à 23, caractérisé en ce que la détermination de la virulence met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N° 62 à 66.
25. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications 21 à 24, caractérisé en ce que l'identification met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°46 à 61.
26. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon les revendications 1 à 14, caractérisé en ce que ledit au moins un microorganisme est une levure et Γ antimicrobien est un antifongique.
27. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 26, caractérisé en ce que la levure est Candida albicans.
28. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 27, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de typage met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°88 à 125 et 177.
29. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon la revendication 27 ou 28, caractérisé en ce que la détermination des propriétés de résistance potentielle à au moins un antifongique met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N° 117 à 122 et 177.
30. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications 27 à 29, caractérisé en ce que la détermination de la virulence met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°123 à 125.
31. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications 27 à 30, caractérisé en ce que l'identification met en œuvre au moins un peptide de séquence SEQ ID N°88 à 116.
32. Procédé de caractérisation d'au moins un microorganisme selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que le métabolite est l'ergostérol.
33. Peptide de séquence SEQ ID N°2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 19, 20, 21, 23, 24, 26, 27, 29, 30, 32, 34, 35, 37, 38, 40, 42, 44 à 125, 177.
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