BRPI0615092A2 - método para isolar genes envolvidos em divisão celular assimétrica, gene, fator de transcrição, e, uso de um gene - Google Patents

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Abstract

MéTODO PARA ISOLAR GENES ENVOLVIDOS EM DIVISãO CELULAR ASSIMéTRICA, GENE, FATOR DE TRANSCRIçãO, E, USO DE UM GENE. A invenção refere-se a um método para isolar genes envolvidos no processo de divisão celular assimétrica. A presente invenção também se refere a genes isolados usando este método, e a seu uso no controle da formação de raiz, preferivelmente da formação de raiz lateral.

Description

"MÉTODO PARA ISOLAR GENES ENVOLVIDOS EM DIVISÃOCELULAR ASSIMÉTRICA, GENE, FATOR DE TRANSCRIÇÃO, E, USODE UM GENE"
FUNDAMENTOS DA INVENÇÃO
A presente invenção refere-se a um método para isolar genesenvolvidos no processo de divisão celular assimétrica. A presente invenção serefere também a genes isolados usando este método, e seu uso no controle daformação de raiz, preferivelmente da formação de raiz lateral.
Para gerar a variedade de tipos de células diferentes presentesem organismos multicelulares, divisões celulares resultando em células-filhacom diferentes destinos são vitais e decisivas em vários processos dedesenvolvimento (Scheres & Benfey, 1999). Este tipo de divisões é chamadode assimétrico, se a assimetria for morfologicamente visível ou não na hora dadivisão (Horvitz & Herskowitz, 1992). Especialmente em plantas, onde omovimento das células é limitado, o controle do plano de divisão celular temtradicionalmente sido considerado importante para a formação de padrõesregulares, i.e., divisões corretas durante a embriogênese ou formação deestômato, a formação de arquivos de células ordenados no meristema(Scheres & Benfey, 1999).
Durante um ciclo de vida da planta, várias divisõesassimétricas ocorrem: (a) a primeira divisão do zigoto (Mansfield & Briarty,1991); (b) a divisão embriônica que faz surgir a célula progenitora em formade lente do centro quiescente (Dolan et al., 1993); (c) a divisão demicroesporo macho (Twell et al., 1998); (d) divisões durante a formação docomplexo estomatal (Larkin et al., 1997); (e) divisões periclínicas orientadasno embrião precoce que separam as células progenitoras para os três tecidosprincipais, epiderme, tecido esmagada, e tecido vascular (Jurgens & Mayer,1994); (f) divisões de células-tronco que separam as células-filharesponsáveis pela diferenciação e as novas células-tronco na raiz (Dolan et al.,1993; van den Berg et al., 1995); e (g) também durante a iniciação de raizlateral (Casimiro et al., 2003).
As divisões assimétricas fundamentalmente se diferem dasdivisões proliferativas padrão em sua forma espaço-temporal de ocorrência.Além disso, o número de células envolvidas é mínimo. Estas característicastornam difícil a análise (genoma amplo) da expressão de transcritos duranteeste processo.
Até agora, somente poucos experimentos de perfil detranscritos foram realizados, em vários organismos, em processos onde asdivisões celulares assimétricas estão envolvidas, i.e., durante a gliogênese emDrosophila (Egger et al., 2002), desenvolvimento de pólen de Arabidopsis(Honys & Twell, 2003, 2004; Becker et al., 2003) e iniciação de raiz lateral(Himanen et al., 2004). Contudo, nenhuma destas abordagens objetivava ouresultou na identificação da via genética que aciona a divisão assimétricasozinha.
No caso de iniciação de raiz lateral, poucas células de periciclose dividem anticlinalmente e assimetricamente (Casero et al., 1993). Este nãoé um processo contínuo e é exposto a várias questões ambientais e sinaisendógenos. Além disso, estas divisões somente ocorrem nestes arquivos decélulas de periciclos que estão bem próximas ao pólo de xilema (Casimiro etal., 2003).
As abordagens de micro-arranjos têm revelado uma amplavisão na sinalização de auxina para LRI (Himanen et al., 2004). Para estasanálises, um sistema indutível de raiz lateral foi usado. Neste sistema, otransporte, a sinalização de auxina, e a transição de ciclo de células Gl-para-Ssão bloqueadas em mudas crescendo no meio suplementado com NPA.Subseqüentemente, estas mudas são transferidas para o meio contendo auxina(NAA) por 1-12 horas. Isto permitiu um início indutível de sinalização eprogressão de auxina através da transição de Gl-para-S (Himanen et al.,2002) .
Uma adaptação deste sistema indutível de raiz lateral tambémpode ser usada para o estudo de divisões celulares assimétricas. Nósapresentamos uma única abordagem que nos permitiu superar os problemascomo especificidade de tecido e o número limitado de células envolvidasatravés do isolamento específico de células de periciclo assimetricamentedivididas no pólo do xilema durante LRI. Portanto, foram combinadas 4estratégias: 1) um sistema indutível de raiz lateral recentemente desenvolvido,que induz, de forma sincronizada, as divisões assimétricas durante LRI(Himanen et al., 2002), 2) uma linhagem de marcador de GFP específica parapericiclo de pólo de xilema (J0121), 3) uma abordagem de Classificação deCélula Auxiliada por Fluorescente (Bimbaum et al., 2003), e 4) análise demicro-arranjo de genoma grande nas células de periciclo de pólo de xilemaisoladas. Esta estratégia combinada nos permitiu não somente identificar osgenes envolvidos diretamente no processo de LRI, mas também extrapolar osresultados para o conceito geral de divisão assimétrica. Nós verificamos,como reguladores potenciais de divisões assimétricas, genes envolvidos naregulação do ciclo celular e uma alta percentagem de genes associados com aorganização e a dinâmica do cito-esqueleto.
É um primeiro aspecto da presente invenção fornecer ummétodo para isolar genes envolvidos na divisão celular assimétrica,compreendendo: (1) submeter as raízes de uma planta do tipo selvagem a umtratamento incluindo iniciação de raiz lateral em uma forma sincronizada; (2)submeter as raízes de um mutante não desenvolvendo raízes laterais por umdefeito na sinalização de auxina a um tratamento induzindo a iniciação de raizlateral no tipo selvagem em uma forma sincronizada; (3) identificar os genesque são induzidos em um tipo selvagem, mas não em mutante; (4) identificaros genes induzidos no periciclo do pólo do xilema em tipo selvagem durante ainiciação de raiz lateral. A iniciação de raiz lateral precoce, como usada aqui,significa os eventos em diferentes estágios antes da primeira divisão nopericiclo. Preferivelmente, ela está dentro de 10 horas após a indução deauxina da raiz lateral, mais preferivelmente dentro de 8 horas da dita indução,ainda mais preferivelmente 6 horas após a dita indução. Preferivelmente, omutante usado é um mutante slr-1.
Preferivelmente, o dito método também compreende o uso de uma linhagem de marcador de periciclo de pólo de xilema, seguido pelaclassificação das células. Ainda mais preferivelmente, o dito marcador é GFP.Mais preferivelmente, as células isoladas são analisadas em genoma amplopor uma análise de micro-arranjo.
Outro aspecto da presente invenção é um gene envolvido naforma de raiz lateral precoce, isolado com o método de acordo com a presenteinvenção. Preferivelmente, o dito gene codifica um fator de transcrição. Aindamais preferivelmente, o dito fator de transcrição é selecionado do grupo queconsiste de SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 19.
Como fatores de transcrição freqüentemente são expressadosno tecido de atividade, seus promotores devem ter provavelmente um usoeconômico. Tais promotores podem ser usados em várias estratégias paraaumentar a tolerância/resistência aos patógenos da planta.
Outro aspecto da presente invenção é um gene envolvido nadivisão celular assimétrica, isolado com o método de acordo com a presenteinvenção. Preferivelmente, o dito método é o método que tambémcompreende o uso de uma linhagem de marcador de periciclo de pólo dexilema, seguido pela classificação das células. Ainda mais preferivelmente, odito gene compreende uma seqüência que codifica uma proteína selecionadado grupo que consiste de SEQ ID NO: 20 a SEQ ID NO: 34, ou um homólogodesta.
Ainda outro aspecto da presente invenção é um fator detranscrição envolvido na formação da raiz lateral precoce, por meio do que odito fator de transcrição é selecionado do grupo que consiste de SEQ ID NO:1 a SEQ ID NO: 19. Preferivelmente, o gene que codifica o dito fator detranscrição é isolado com o método da presente invenção.
Um outro aspecto da presente invenção é o uso de um gene,isolado com o método da presente invenção, para modular a iniciação de raizlateral precoce. A modulação, como usada aqui, pode ser um aumento ou umadiminuição no número de raízes laterais, pode ser um aumento ou umadiminuição no tamanho das raízes laterais ou pode ser um desvio no tempo(mais cedo ou mais tarde no desenvolvimento da planta) da formação de raizlateral. Preferivelmente, a dita modulação é um aumento ou uma diminuiçãonas raízes laterais, ainda mais preferivelmente, é um aumento nas raízeslaterais. Preferivelmente, o dito gene está codificando um fator de transcrição.Ainda mais preferivelmente, o dito gene está codificando um fator detranscrição selecionado do grupo que consiste de SEQ ID NO: 20 a SEQ IDNO: 34, ou um homólogo desta. Os ditos genes podem ser usados emcombinação para aumentar o efeito na formação de raiz lateral.
O gene, como usado aqui, se refere à seqüência genômica(incluindo íntrons possíveis), bem como ao cDNA derivado do mensageirocortado. Ele pode se referir à seqüência de promotor também. Contudo, estáclaro para alguém versado na técnica que para algumas aplicações, aseqüência de codificação, tal como pode ser derivada do cDNA, pode seroperacionalmente ligada a um promotor adequado. Operacionalmente ligadose refere a uma justaposição, em que os componentes assim descritos estãoem uma relação que os permite funcionar em sua maneira pretendida. Umaseqüência de promotores "operacionalmente ligada" a uma seqüência decodificação é ligada em uma forma tal que a expressão da seqüência decodificação seja alcançada sob condições compatíveis com a seqüência depromotores.
Um homólogo, como usado aqui, significa que a proteínacodificada pelo gene tem uma seqüência de aminoácidos que é pelo menos75% idêntica, e, ainda mais preferivelmente, pelo menos 80% idêntica, e,ainda mais preferivelmente, pelo menos 85% idêntica, e, ainda maispreferivelmente, pelo menos 90% idêntica, e, ainda mais preferivelmente,pelo menos 95% idêntica, e, ainda mais preferivelmente, pelo menos 96%idêntica, e, ainda mais preferivelmente, pelo menos 97% idêntica, e, aindamais preferivelmente, pelo menos 98% idêntica, e, ainda maispreferivelmente, pelo menos 99% idêntica, como medido por uma busca deBLASTP (Altschul et ai, 1997).
BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
Figura 1: Sistema indutível por raiz lateral (A-G) série detempo de 12 h de tratamento de NAA (manchamento azul = atividade repórterP::GUS de Arath; CYCB1; 1 transição G2/M de marcação). A inibição detransporte de auxina bloqueia toda iniciação de raiz lateral, permitindo umaindução sincronizada de raízes laterais via auxina, resultando no início datransição de G2/M de 6 a 8 h após a transferência para o meio de auxina(D.E).
Figura 2: Esquema de eventos principais durante a iniciação deraiz lateral
Figura 3: Figura de cálculo de Mérito para uma faixa de 20grupos
Figura 4: Representação de tabela cruzada com as freqüênciasde todas as combinações de perfis de expressão.
Figura 5: Fenótipo de sobre-expressão de CYCD3;1,E2Fa/DPa e CDKB1; mudas com 1 em 10 dias de idade, quando comparadocom o tipo selvagem.
Figura 6: Expressão específica de periciclo de pólo de xilenode uma versão mutante estabilizada da proteína de BDL emJO121 xUAS :òd/(0,0 ± 0,0), resultando em um fenótipo sem raiz lateral,enquanto que as linhagens de controle Col-O (3,0 ± 0,1), JO121 (4,1 ± 0,1),UAS:bdl (3,1 ± 0,1), UAS:BDL (2,8 ± 0,1) e J0121 χ UAS:BDL (3,6 ± 0,1)não exibem nenhuma redução no número de raízes laterais / cm
Figura 7: Mutações combinadas em vários membros da famíliaCYCA2;4 resulta em reduções dramáticas de densidade de raiz lateral (painelesquerdo: controle Col-0; painel direito: mutante múltiplo)
Figura 8: Análise do fenótipo de raiz lateral de vários mutantesde inserção de SALK T-DNA homozigoto, derivados de genes em váriosgrupos. O código dos mutantes é listado na Tabela 5.
Figura 9: A análise detalhada durante a formação da raizlateral precoce (divisão celular assimétrica é indicada por setas) de váriosgenes regulados para cima e para baixo no conjunto de dados completo.
Os números se referem às fusões listados na Tabela 6.
EXEMPLOS
Materiais e Métodos nos exemplos
WT Col - abordagem baseada na comparação slr
Amostragem
As sementes de sistema indutíveis por raiz lateral (Col-0 & slr-1) foram germinadas no meio Murashige & Skoog contendo ácido N-naftilftalâmico 10 μΜ (NPA) em placas quadradas verticalmente orientadas(Greiner Labortechnik, Frickenhausen, Alemanha) em uma câmara decrescimento sob luz contínua (110 μΕ'πι-2's-l PAR fornecido por tubos detungstênio fluorescentes brancos frios [Osram, München, Alemanha]) a 22°C(Himanen et al., 2002). 72 h após a germinação (ponto do tempo de 0 h),somente aquelas mudas (tipo selvagem e mutante) que fizeram contatocompleto com o meio foram transferidas para o meio contendo ácidonaftilacético 10 μΜ (NAA) e colhidas após 2 h e 6 h. Estes 3 pontos no tempoforam aplicados para o tipo selvagem e para o mutante. Um tratamento deimitação foi incluído para tipo selvagem somente, pela transferência dasmudas para um meio Murashige & Skoog sem adição de NAA. Para todos ospontos de tempo, somente os segmentos indutíveis por raiz lateral foramusados para a análise. Para este propósito, o meristema apical de raiz e ohipocotil foram manualmente removidos para minimizar a contaminação comoutros tipos de células. Todos os tratamentos foram repetidos.Microarranjo e Aglomeração
RNA foi extraído usando o RNeasy Minikit (Qiagen). Aqualidade e a quantidade de RNA foram analisadas usando RNA 6000 NanoLab Chip Kit (Agilent Technologies, Alemanha). Para micro-arranjo, 5,8 μgde RNA total foram usados. O cDNA de filamento duplo foi sintetizado comLife Technologies cDNA Synthesis Kit. O cDNA de filamento duplo foiconvertido em cRNA rotulado com biotina (kit de transcrição Ambion MECAscript T7 in vitro e ribonucleotídeos contendo biotina de Enzo (LOXOGmbH)). 15 μg de cRNA fragmentado foram usados para hibridização paraos chips de gene ATHl Affymetrix®. O RNA rotulado com biotina foivisualizado com rótulos de ficoeritrina-estreptavidina. Os chips de genes deATHl (Affymetrix) representam 22747 gene de Arabidopsis (-85% dosgenes previstos no genoma de Arabidopsis).
O sinal total dos diferentes tipos foi normalizado usando osoftware Microarray Suite 5.0 (Affymetrix). Os dados brutos foramexponencialmente distribuídos e foram, portanto, transformados com log2antes de outra estatística. O significado estatístico foi analisado através deANalysis Of VAriance (ANOVA) para cada gene. Isto resultou em um valorρ para três fontes de variância: o efeito de curso de tempo, o efeito dogenótipo e o efeito de sua interação. Para o perfil de transcritos de genomaamplo, a estringência foi aumentada para p<0,001. Esta é o equivalente de 23testes positivos falsos se 22747 testes forem realizados. Neste nível designificância, 3110 genes foram marcados.
Como é necessário se detectar as diferenças entre os perfis deexpressão em ambos os genótipos, é necessária uma ferramenta paravisualizar otimamente estas diferenças. Foi obtida esta ferramenta pela uniãodos dados de curso de tempo para ambos os genótipos por ponto de tempo.Este conjunto de dados unidos foi subseqüentemente tratado como se fosseum curso de tempo único (pontos de tempo repetidos são indicados com *)(0/0*/2/2*/6/6*). Antes da aglomeração, uma estimativa do poder preditivo deum algoritmo de aglomeração (Figura de Mérito) foi computada sobre umafaixa de aglomerados. Quanto menor a Figura de Mérito, maior o poderpreditivo da aglomeração será (Yeung et al., 2001). O número deaglomerados, para os quais o menor incremento não resultou em umadiminuição da Figura de Mérito, foi escolhido como o número deaglomerados ótimo. Toda a computação de aglomeração foi realizada usandoTIGR Multiexperiment Viewer 2.2 (http:/lwww.tígr.org/, 10/11/2003).
Cada gene foi relacionado com dois aglomerados,representando seu perfil de expressão médio no tipo selvagem e no mutante.O potencial de combinação foi representado em um formato de tabela cruzadacom indicação da freqüência de ocorrência de cada combinação. Como umindicador de diferenças entre os aglomerados, um código de cor foi aplicado.Para todos os aglomerados, as taxas de indução/redução relativas dos perfis deexpressão entre 0 e 2 h e entre 0 e 6 h dos perfis médios foram comparadasentre si. Se estas taxas de indução/redução relativas diferissem 2 vezes oumais em um destes níveis de comparação, uma cor laranja ou azul foidesignada para esta combinação de aglomerados. Se estas taxas deindução/redução relativas diferissem em ambos os níveis 2 vezes ou mais,uma cor vermelha foi designada para esta combinação de aglomerados. Umaglomerado foi considerado como regulado para cima quando a taxa deindução do nível de expressão fosse mais forte que 2 vezes para ambos osintervalos (0-2 e 0-6). Somente os aglomerados 1, 2, 3 e 4 atenderam estescritérios.Abordagem de classificação de célulasAmostragem
As sementes de sistema indutíveis por raiz laterais (JO121,http://www.plantscixam.ac.ukyHasrecord O.html) foram germinadas (Himanen et al., 2002). Como descritoacima, as mudas foram colhidas após 2 e 6h. Para todos os pontos do tempo,as raízes foram cortadas em pequenos fragmentos de 0,5 mm, e aquelessegmentos foram protoplastados de acordo com Birnbaum et al. (2003, 2005).As células de expressão de GFP foram isoladas em um classificador decélulas ativadas por fluorescência (Becton Dickinson FACSVantage). Ascélulas foram classificadas diretamente em tampão de Iise (tampão QiagenRLT), misturadas e imediatamente congeladas a -80°C para uma extração deRNA posterior. Todos os tratamentos foram repetidos.Micro-arranjo e aglomeração
Os protocolos de Affymetrix padrão para pequenas amostrasforam então usados para amplificação, rotulagem e hibridização de amostrasde RNA (http://www.wi.mit.edu/CMT/protocols/AffVSmlSamplProto.pdf). OcRNA hibridizado foi fragmentado como descrito no GeneChip® ExpressionAnalysis Technical Manual. As etapas de hibridização, lavagem emanchamento foram realizadas de acordo com os protocolos Affymetric.(http://www.wi.mit.edu/CMT/protocols/AffVmetrix%20User%20Manual.pdf)Os dados foram processados usando um Modelo Misturado.Esta análise de modelo misturado de variância foi realizada para identificargenes diferencialmente expressados entre os vários tratamentos (Chu et al.,2002, 2004). Nesta abordagem, uma etapa de normalização global foiaplicada para minimizar os efeitos de nível de arranjo geral pela centralizaçãoda média dos valores transformados por Iog2 em zero para cada arranjo (Chuet al., 2002). As sondas com valores maiores que dois desvios padrão damédia de conjunto de sonda foram então removidas. Depois, uma ANOVA demodelo misturado foi aplicada aos valores de intensidade transformados ecentralizados obtidos da etapa de normalização global. Este modelo de gene,que é baseado naquele desenvolvido por Chu et al. (2002), pode serformalizado como:
log2(PMjid) = Tj + Pk + A1Q) + Bjklonde o PM variável se refere à saída do procedimento de
normalização global para cada gene, como descrito acima. Os símbolos Τ, P eA representam tratamento, sonda, e efeitos de arranjo, respectivamente. Oefeito de arranjo A1Q é assumido para ser um efeito aleatório normalmentedistribuído (Chu et al., 2002). Um termo de erro padrão Bjkl foi tambémaplicado a este modelo. Em adição, os índices j, k e 1 representam otratamento jth, na sonda kth, e na réplica Ith (Chu et al., 2002). A saída destemodelo é o valor de expressão médio para cada gene, baseado no modeloglobal, bem como um valor ρ do modelo de gene para a probabilidade defalsamente rejeitar a hipótese nula de nenhuma expressão diferencial (a =0,05). Os modelos global e de gene foram corridos em um servidor de Linuxcom o SAS de software estatístico (versão 8.2).
O agrupamento nos 1920 genes diferencialmente expressadosprovenientes da análise estatística em 10 grupos, foi feito usando TIGR MeV3.0.3 (Saeed et al., 2003).
Exemplo 1: Amostragem e análise de micro-arranjo
Recentemente, foi desenvolvido um sistema indutível por raizlateral baseado em auxina (Himanen et al., 2002). Com base neste sistemaindutível em planta único foi realizado um perfil de transcritos de genomaamplo para identificar os reguladores chave de iniciação de raiz lateral. Parafacilitar a identificação destes genes com um papel na sinalização de auxinaem relação à iniciação de raiz lateral, um mutante foi incluído como umcontrole negativo. O mutante (raiz solitária) foi principalmente selecionadoquanto à sua incapacidade para formar raízes laterais e porque o gene afetadoestá envolvido em uma parte conhecida de sinalização de auxina (Fukaki etal., 2002). A comparação dos genes tipos selvagem e mutante no sistemaindutível por raiz lateral é de fundamental importância para selecionar genesenvolvidos na iniciação de raiz lateral, à jusante da proteína afetada nomutante (IAA14/SLR).
Os pontos de tempo foram escolhidos em uma forma tal quepudessem monitoram a expressão de gene em diferentes estágios logo antesda primeira divisão no periciclo. Himanen et al. (2002) mostrou que esteevento ocorre de 8 a 10 h após a transferência para o meio contendo auxina. Oponto de tempo zero (72 h NPA) é consistente com um estado bloqueado porGl/S, enquanto que em 6 h após a transferência para periciclo de auxina, ascélulas de adjacentes aos pólos de xilema estão proximamente iniciando atransição de G2/M. Além disso, a resposta de auxina mais precoce na raiz foivisualizada com um DR5::GUS relatado 1,5 a 2 h após o tratamento comauxina (Fig. 2). Portanto, um ponto do tempo (2h NAA) foi incluído pararepresentar esta transcrição modulada por auxina mais precoce.
Os genes tipo selvagem e mutante (slr-1) foram submetidos aestes tratamentos. Adicionalmente, um tratamento de imitação foi incluídopara tipo selvagem para avaliar a expressão de gene diferencial devida àtransferência. Todos os tratamentos foram biologicamente repetidos,adicionando-se ao significado estatístico dos dados.
Exemplo 2: Análise estatísticas e aglomeração
Após a normalização e transformação, os dados foramsubmetidos à análise de ANO VA. Comparação do perfil de transcrito limitadoprévio (em 4600 genes) (Himanen et al., 2002, resultados não publicados)com o presente, claramente mostra que o nosso sistema indutível por raizlateral é altamente reprodutível, pois 64% dos genes diferentementeexpressados foram confirmados quando verificados no mesmo nível designificância (p < 0,005). Para se reduzir a quantidade de positivos falsosainda mais, foi aplicada uma estringência 5 vezes maior (p <, 0,001) do queno perfil de transcrito prévio. Neste alto nível de estringência, 3110 genesforam diferencialmente regulados. A aglomeração de todos os pontos dedados para tipo selvagem e raiz solitária separadamente não supriram nossasnecessidades para avaliar as diferenças nos perfis de expressão em ambos osgenótipos. Para se atender a este critério, os dados para ambos os genótiposforam combinados em um conjunto de dados. Cada gene foi representadoduas vezes no conjunto de dados combinado, resultando em 6220 perfis deexpressão. Para se estimar o número ótimo de grupos, a Figura de Mérito(FOM) foi computada para uma faixa de grupos. A menor FOM foi estimadaem 14 grupos, representando o número ótimo de grupos correspondendo aomaior potencial preditivo (Fig. 3).
Subseqüentemente, todos os 6220 perfis de expressão foramaglomerados em 14 grupos. Nesta forma, duas coordenadas foram designadaspor gene, representando os perfis de expressão em ambos os genótipos. Todasas 196 combinações potenciais (14 χ 14) são representadas na Fig. 4,juntamente com a freqüência absoluta de genes em cada combinação. Asdiferenças entre os grupos são indicadas através de um código de cor.
Os genes indicados em vermelho (305) representam os genespara os quais a expressão do gene tipo selvagem é sempre maior que na raizsolitária. Os genes deste tipo, induzidos no tipo selvagem e menos na raizsolitária, são mais provavelmente envolvidos na iniciação de raiz lateral.Portanto, nós focalizamos nos genes representados como grupos 1, 2, 3 e 4 notipo selvagem. Desta forma, pode ser estreitado o número total de genessignificativamente regulados (3110) para 266 (-9%) que pode ter um papelcrucial na iniciação da raiz lateral.
Exemplo 3: Efeito da filtração nas categorias funcionais gerais
Uma comparação das percentagens de genes que pertencem auma categoria funcional antes e após a aglomeração de acordo com MATDB(MIPS Arabidopsis Thaliana DataBase) ilustra a efetividade de nossoagrupamento baseado em tabela cruzada (Tabela 1). O procedimento defiltração claramente resultou em um enriquecimento para genes relacionadoscom o ciclo celular, processamento de RNA5 síntese e sinalização de DNA.Estas características confirmam que o monitoramento da progressão de ciclocelular no periciclo é possível usando nosso sistema indutível por raiz lateral.Além disso, foi verificada uma maior percentagem de genes envolvidos naregulação transcricional, indicando que há uma necessidade geral pelaatividade transcricional aumentada. A percentagem de genes não classificadose desconhecidos permanece quase no mesmo nível. Além disso, uma forteredução relativa de genes envolvidos em stress, transporte e metabolismo foialcançada através dos critérios de seleção aplicados. Além disso, a queda nonúmero de genes envolvidos no transporte pode também ser classificada comouma queda no número de genes relacionados com as respostas dedesintoxicação e stress.
Exemplo 4: Regulação do ciclo celular durante a iniciação da raiz lateral
O exame detalhado da seleção revela marcadores de fase Gl/Se S, tais como Arath;CYCD3;2 e Arath;CYCA2;4. Além disso, a ligação paraentrada/progressão da fase S não é nunca distante, pois há uma altarepresentação de genes envolvidos na replicação de DNA e síntese deproteína. Isto delineia a adequação de nossa abordagem para estudar aregulação de ciclo de célula mediada por auxina. Tão interessante quanto oseventos de ciclo de células do núcleo possam ser, eles requerem cascatas desinalização à montante, tais como sinalização de auxina.
Exemplo 5: Sinalização de auxina durante a iniciação de raiz lateral
Em nossa seleção estringente, vários genes foram detectadosque pertencem às famílias de genes com papéis conhecidos na sinalização deauxina, tais como Aux/LAAs, ARFs, ATGH3s e um ATSAUR (Hagen &Guilfoyle, 2000). Diferentes mutantes nos genes pertencentes à família degenes Aux/IAA têm fenótipos de raiz lateral (Fukaki et al., 2002; Park et al.,2002). Seus produtos de gene agem para reprimir a atividade de dímeros defator de transcrição de ARF (Leyser, 2002).
Recentemente, os pesquisadores entraram na função deprodutos de gene ATGH3, através da análise de linhagens rotuladas deativação (Takase et al., 2004). Várias destas proteínas têm sido descritas paraadenilar hormônios de planta e baseadas em sua especificidade de substrato eestrutura de proteína, elas são subdivididas em 3 classes principais (Staswicket al., 2002). Os membros do grupo II, tais como ATGH3-1, ATGH3-5 eATGH3-6/DFL1, podem adenilar IAA, regulando negativamente a atividadede auxina (Takase et al., 2004).
Como para os Small Auxin Up RNAs (ATSAUR), muitopouco é sabido acerca de sua função na resposta de auxina. Contudo, suaindutibilidade a auxina tem sido relatada há vários anos (McClure &Guilfoyle, 1989).
Exemplo 6: Novos genes na iniciação de raiz lateral: fatores de transcrição
Como fatores de transcrição exercem papéis centrais napadronização e no desenvolvimento (Sabatini et al., 2003), é óbvio que taisgenes em nossa seleção (19) serão de particular importância nas cascatas desinalização durante a iniciação de raiz lateral (Tabela 1). A maioria dos genesdesta seleção foram recentemente mostrados serem especificamenteexpressados no tecido de esteia (incluindo o periciclo) por um estudo deperfilação de transcritos da ponta da raiz de Arabidopsis (Birnbaum et al.,2003), justificando os critérios de seleção usados em nosso estudo.
De forma interessante, dois dos fatores de transcrição dedomínio de AP2 pertencem à mesma subclasse. Isto implica que é provávelque estes genes tenham funções redundantes. Além disso, há um fator detranscrição de domínio de AP2 que pertence à mesma subclasse de 3 genes,que não é representado no micro-arranjo (Alonso et al., 2003). Foi cogitadauma hipótese de que este gene (At4g27950) pode ser funcionalmenteredundante para os dois outros membros desta subclasse. Conseqüentemente,este gene foi também adicionado à nossa seleção, levando o número final denossa seleção para 20 genes.
Dentro de nosso conjunto de dados estão 15 fatores detranscrição para os quais nenhum papel na sinalização de auxina tenha sidosugerido. Como para um início de validação, será de interesse primário sefazer uma análise funcional nestes fatores de transcrição com relação àlimitação de raiz lateral.
Muitos destes fatores de transcrição têm um grande potencialpara envolvimento no desenvolvimento de raiz lateral, pois eles têmhomólogos para os quais um papel no desenvolvimento de órgão tenha sidorelatado. O gene AB13 foi previamente descrito como um gene específico parasemente, mas recentemente ele tem mostrado ter um papel na sinalização deauxina e no desenvolvimento de raiz lateral (Brady et ai., 2003). Também,AP2 e vários genes de homeobox têm estado envolvidos no desenvolvimentode órgãos florais, o que implica que os homólogos têm um grande potencialpara serem essenciais no desenvolvimento de outros órgãos, tais como raízeslaterais (Carpenter & Coen, 1990; Maes et al., 1999).
De forma interessante, há um fator de transcrição, MYB124,para o qual o mutante tem um desenvolvimento estomatal aberrante. Como oresultado de mutação, estômatos com quatro células de guarda são formadosao invés de duas (Yang & Sack, 1995).. Sua regulação para cima notratamento de auxina da raiz implica que o produto de gene MYB124 pode terum papel crucial nas divisões de formação no periciclo (iniciação de raizlateral) pois ele tem um desenvolvimento estomatal.Exemplo 7: Identificação de Genes de divisão celular assimétrica
Usando LRI como um modelo para dissecar geneticamente adivisão celular assimétrica, nós investigamos, dentro dos 10 grupos, qualgrupo continha os reguladores putativos deste tipo de divisão.
Primeiramente, foi analisado qual grupo é fortemente ligado àtransição G2-para-M pela verificação do perfil de expressão durante aprogressão de ciclo celular usando os dados de expressão de genoma grandepara s suspensões de célula de Arabidopsis sincronizada (Menges et ai.,2003). Foi verificado que 48% dos genes no grupo 3 tinham pico na transiçãoG2-para-M. Isto é oposto a menos que 10% dos genes que tinham pico nestatransição em todos os outros grupos. Isto é uma forte representação de genesrelacionados com G2-para-M dentro deste grupo, quando comparado com osoutros grupos. Além disso, isto é 59% dos genes específicos para G2-para-Mpresentes em todo o conjunto de dados.
Além disso, foi analisado qual grupo é potencialmentecorrelacionado com a divisão celular assimétrica. Para este foram usadasseqüências de proteínas de genes que estão relacionadas com as categoriasfuncionais (http://www.godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi) "divisão celularassimétrica" e/ou "estabelecimento e/ou manutenção da polaridade da célula"em uma grande variedade de organismos (i.e. Caenorhabditis elegans,Drosophila melanogaster, Schizosaccharomyces pombe, rato ... ). Foirealizada uma análise de blast de proteína com as seqüências de proteína devários organismos e aquelas seqüências de proteína de Arabidopsis dos genesdesignados para os diferentes grupos. Isto resultou em uma sobre-representação de 54 genes putativamente correlacionados com "divisãocelular assimétrica", "compromisso de destino da célula" e/ou"estabelecimento e/ou manutenção da polaridade da célula" no grupo 3.
Para também analisar o processo de divisão celularassimétrica, nós nos focalizamos nos 340 genes dentro do grupo 3. Dentrodeste grupo, 25% dos genes foram descritos; os 75% restantes sãodesconhecidos, expressados, hipotéticos ou putativos.
Para também se reduzir o número de candidatos de interesse,foram subtraídos aqueles genes dos quais o envolvimento na divisão celularnormal (sincronizado, dividindo células de suspensão de células deArabidopsis) é mostrado (Menges et ai., 2003). Após aquela análise, nosterminamos com 190 candidatos potencialmente envolvidos na divisão celularassimétrica.
Exemplo 8: Meta-análise para melhoramento dos resultados
Tem sido previamente demonstrado que a progressão do ciclocelular no periciclo não é suficiente para iniciação de raiz lateral mediada porSOLITARY ROOT/IAA14 em Arabidopsis thaliana (Vanneste et ai., 2005).
Para suportar este entendimento, foi analisado o fenótipo daraiz de linhagens transgênicas sobre-expressando (35S) genes do ciclo celular.Baseados mos perfis de expressão específicos para um estágio do ciclo celularna indução por raiz lateral mostrados em Himanen et al. (2002) e em nossoconjunto de dados, nós selecionados CYCD3;1 (Gl-to-S e G2-to-M, Dewitteand Murray, 2003), E2Fa/DPa (Gl-to-S, De Veylder et al., 2002) e CDKB1;1(G2-to-M, Boudolf et al., 2004).0 fenótipo de sobre-expressão nas mudascom 10 dias de idade de todas as linhagens foi analisado e comparado comWT (Figura 5). Nenhuma das linhagens transgênicas mostrou um aumentosignificativo na densidade de raiz lateral. A linhagem de sobre-expressãotransgênica dupla de E2Fa/DPa ainda mostrou uma forte diminuição nonúmero de raiz lateral quando comparada com a Col tipo selvagem. Também,a sobre-expressão de CDKB1;1 resultou em menos raízes laterais. Alémdisso, no caso de CDKB 1;1, a sobre-expressão de alelo negativo dominantede CDKBl;1 (CDKB1;1.N161) (Boudolf et al., 2004) resultou em umadiminuição mais forte do número de raízes laterais.
Depois, foi analisado se a aplicação de auxina (NAA) emcombinação com expressão de gene de ciclo de célula aumentada poderesultar em um maior número de raízes laterais quando comparado com aauxina ou ciclo celular sozinho. Portanto, foram transferidas mudas com 5dias de idade das linhagens de Arabidopsis transgênicas mencionadas acimade E2Fa0E, DPa0E0E, CYCD3;10E e CDKB1;10E para aumentar asconcentrações de auxina (IO"8, IO"7 e IO"6 M de NAA) e analisada, após outrosdias de crescimento, sua capacidade de iniciar raízes laterais. Foi verificadoum aumento significativo no CYCD3;10E oposto ao tipo selvagem.
Similarmente, o número de LRs/cm pode ser significativamente aumentado nalinhagem transgênica E2Fa/DPa0E, até que excedesse o número do tiposelvagem em alta concentração de auxina. Mesmo CDKB1;10E excedeu onúmero WT na aplicação de auxina, embora este não fosse o caso para alinhagem CDKB1; 1 DNoe.
Os resultados acima indicam que a estimulação da maquinariade ciclo celular básico não é suficiente para a iniciação de raiz lateral de novo,mas, quando auxina extra for fornecida, a competência do ciclo celularaumentada pode ser explorada para produzir novos órgãos. Isto corrobora asugestão por Vanneste et al. (2005) que, depois da ativação do ciclo celular,outro fator é requerido para especificamente acionar a iniciação da raiz lateral.
Independentemente de uma função putativa para CDKB1; 1 nainiciação de raiz lateral, os genes do ciclo celular são claramente não osreguladores essenciais para iniciação da raiz lateral. Então, foram buscadosem nosso conjunto de dados os reguladores específicos potenciais de iniciaçãode raiz lateral através de análise meta. Esta análise meta foi realizada parareduzir o número de genes de 1920 genes significativos para 15 candidatosaltamente interessantes (Tabela 3). A análise envolveu etapas subseqüentes desobreposição e na análise profunda de subconjuntos de genes como descritoabaixo.
1) Arranjo de Genoma de Affymetrix Arabidopsis ATH-I(22758 genes);
2) Genes significativamente diferencialmente expressadosúnicos (1920)3) Genes regulados para cima na divisão celular assimétricadurante a iniciação da raiz lateral após a seleção de 1 grupo baseado nosseguintes critérios (340) usando análises profundas com termos das categoriasfuncionais:
- maior % de genes G2-M
- maior % de genes envolvidos em assimetria
- maior % de genes envolvidos em polaridade
- maior % de genes envolvidos no destino das células;
4) Genes potencialmente envolvidos em destino das células ena polaridade das células (190) após subtrair o aparelho mitótico baseado emMenges et al. (2003);
5) Genes envolvidos no destino das células e/ou na polaridadedas células induzidas por auxina no periciclo do pólo de xilema durante ainiciação de raiz lateral (15) após a sobreposição dos 190 genes restantes comaqueles genes de iniciação de raiz lateral (913) dependendo da rápidadegradação de SLR/IAA14 para resposta de auxina normal, derivada da tabelacruzada (Fig. 4).
Exemplo 9: BDL está envolvido na iniciação de raiz lateral
Conforme foi determinado anteriormente (Vanneste et al.,2005), um mecanismo regulador importante para iniciação lateral ésinalização e transporte de auxina. A Tabela 4 lista os genes envolvidos nesteseventos e demonstra que a maioria deles é regulado para cima/baixo. Váriosgenes têm mostrado estar envolvidos na formação da raiz lateral(ALF1/RTY/SUR1, Celenza et al., 1995, King et al., 1995, Boerjan et al.,1995; DFL1, Nakazawa et al., 2001) e para vários Aux/AAs e ARFs um papelna iniciação e/ou formação de raiz lateral foi mostrado anteriormente(IAA19/MSG2, Tatematsu et al., 2004; ARF19, Wilmoth et al., 2004;IAA1/AXR5, Yang et al., 2004; IAA3/SHY2, Tian and Reed, 1999).
Para BDL/IAA12, parte de um par de reguladorestranscricionais com MP/ARF5, foi demonstrado um envolvimento nainiciação da raiz lateral. A expressão específica para periciclo de pólo dexilema de uma versão mutante estabilizada da proteína de BDL emJ0121xUAS:bdl (0.0 ± 0.0) resultou em um fenótipo sem raiz lateral,enquanto que as linhagens de controle Col-O (3.0 ± 0.1), J0121 (4.1 ±0.1),UAS:bdl (3.1 ± 0.1), UASrBDL (2.8 ± 0.1) e J0121xUAS:BDL (3.6 ± 0.1)não exibiram uma redução no número de raízes laterais / cm (Figura 6).
Exemplo 10: Papel de CYCA2;4 na formação de raiz lateral
CYCA2;4 foi identificado como um importante reguladorputativo da divisão celular durante a iniciação da raiz lateral (Vanneste et al.,2005). Contudo, a sobre-expressão de CYCA2;4 não induziu um aumento nasraízes laterais (similares à sobre-expressão de outros genes de ciclo celular),embora ela não tenha estimulado a progressão do ciclo celular comoexemplificado por uma forte redução do nível de endo-reduplicação emcotilédones. Também em knock-outs, foram observadas mudanças óbvias nadensidade da raiz lateral. Mas, CYCA2;4 pertence a uma pequena família degenes que consiste de 4 membros. As mutações em combinação em váriosmembros desta família resultou em reduções dramáticas de densidade de raizlateral (Figura 7). Tomados juntos, estes dados sugerem que as ciclinas dotipo A2 são requeridas, mas não suficientes para que a iniciação de raiz lateralocorra.
De forma interessante, CYCA2;4 - um gene de ciclo celularde núcleo - é retido na lista de genes após a meta-análise. Infelizmente,a falta de fenótipo de raiz lateral nas linhagens de sobre-expressão podesugerir que uma combinação de genes/fatores é requerida paraespecificamente acionar a divisão celular assimétricas e a iniciação da raizlateral. Os candidatos mais prováveis que, quando combinados, vão induzir ainiciação da raiz estão dentro do subconjunto de 15 genes identificados sob oexemplo 8.<table>table see original document page 23</column></row><table>Exemplo 11: Triagem de mutantes
Vários mutantes de inserção de SALK T-DNA dos genes emvários grupos foram tornados homozigóticos e analisados quanto ao seufenótipo de raiz lateral (Figura 8). No gráfico, as barras de mutantes com umaumento ou diminuição significante no número de raiz lateral são coloridascom verde e vermelho, respectivamente. A parte em torno da caixa verde ouvermelha do gráfico indica genes de grupos regulados para cima ou parabaixo, respectivamente.
Em adição ao fenótipo de raiz lateral, defeitos em outrosprocessos que requerem divisões celulares assimétricas foram tambémdetectados, i.e., formação de estômato e embriogênese.
Exemplo 12: Análise da expressão pela fusão GUS/GFP
Várias fusões de promotor-GUS/GFP dos genes em váriosgrupos foram tornadas homozigóticas e analisadas em detalhes quanto ao seupadrão de expressão (Figura 9). Principalmente, o padrão de expressãoGUS/GFP estava em acordo com a regulação para cima ou para baixo do geneno conjunto de dados de micro-arranjo.
Para 4 genes, o padrão de expressão foi analisado em detalhes,e revelou uma regulação para cima ou para baixo específica do GUS/GFP nolocal de iniciação de raiz lateral no tempo de divisão celular assimétrica emconcordância com o nível de transcritos detectados no micro-arranjo (Figura10).
Tabelas
<table>table see original document page 23</column></row><table><table>table see original document page 24</column></row><table>
A iniciação de raiz lateral criptografada nos genes "deiniciação de raiz lateral"
Tabela 2: Lista de fatores de transcrição regulados para cima que não sãoresponsivos no mutante (slr)
Tabela 3: Lista de genes que são regulados para cima no periciclo de pólo dexileno, que não são responsivos no mutante slr e que mostram envolvimentopotencial na divisão celular assimétrica
<table>table see original document page 24</column></row><table><table>table see original document page 25</column></row><table>
Tabela 4: expressão em um estágio precoce de genes envolvidos nasinalização e no transporte de auxina, como determinado pela abordagem declassificação de células
<table>table see original document page 25</column></row><table>
Tabela 5: Código dos mutantes usados
<table>table see original document page 25</column></row><table><table>table see original document page 26</column></row><table>
Tabela 6: Genes usados na fusão de GUS
<table>table see original document page 26</column></row><table><table>table see original document page 27</column></row><table>
Referências
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<110> VIB VZW
Universiteit Gent
<120> GENES ENVOLVIDOS EM DIVISÃO CELULAR ASSIMÉTRICA
<130> TBE/Lat/V214
<150> EP05107830.1<151> 2005-08-26
<160> 34
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 326
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At2g33720
<400> 1
Met Lys Met Pro Pro Pro Phe Ser Ala Ser Lys Thr Gln Tyr Leu Phe15 10 15
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Lys Ala Glu Asp Glu Trp Tyr Gly Val Ser Thr Glu Leu Thr Leu Phe85 90 95
Lys Asp Pro Trp Ile lie Lys Lys Val Phe His Phe Ala Ser Val Leu100 105 110
Asp Met Ala Pro Asn Ser Val Ser Asn Thr His Cys Leu Leu Asp Thr115 120 125
Glu Ser Pro Glu Asn Ala Glu Glu Ser Leu Val Ser Leu Asp Leu Cys130 135 140
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170
175
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Val Lys Glu Asp Ser Gly Leu Ala Val Glu Val Tyr Asp His Asp Thr245 250 255
Asp Ser Val His Asn Leu Ala Leu Lys Lys Trp Ala Lys Ser Ser Ser260 265 270
Phe Val Leu Val Ser Gly Trp Arg Lys Cys Phe Val Asp Arg Arg Gly275 280 285
Leu Gln Val Gly Asp Val Ile Gly Met Tyr Trp Asp Arg Ser Glu Ser290 295 300
Lys Leu His Phe Cys Val Leu Ser Arg Ser Glu Thr Met Asp ser Ala305 310 315 320
Pro Leu Pro Pro Ser Pro325
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220>
<221> MISC_FEATURE<223> At5g53290
<400> 2
Met Asp Glu Tyr Ile Asp Phe Arg Pro Leu Lys Tyr Thr Glu His Lys15 10 15
Thr Ser Met Thr Lys Tyr Thr Lys Lys Ser ser Glu Lys Leu Ser Gly20 25 30
Gly Lys ser Leu Lys Lys Val Ser Ile Cys Tyr Thr Asp Pro Asp Ala35 40 45
Thr Asp Ser Ser Ser Asp Glu Asp Glu Glu Asp Phe Leu Phe Pro Arg50 55 60Arq Arg Val Lys Arg Phe Val Asn Glu Ile Thr Val Glu Pro Ser Cys65 70 75 80
Asn Asn Val Val Thr Gly Val Ser Met Lys Asp Arg Lys Arg Leu Ser85 90 95
ser Ser Ser Asp Glu Thr Gln Ser Pro Ala Ser Ser Arg Gln Arg Pro100 105 HO
Asn Asn Lys Val Ser Val Ser Gly Gln Ile Lys Lys Phe Arg Gly Val115 120 125
Arg Gln Arg Pro Trp Gly Lys Trp Ala Ala Glu Ile Arg Asp Pro GluIBO 135 140
Gln Arg Arg Arg Ile Trp Leu Gly Thr Phe Glu Thr Ala Glu Glu Ala145 150 155 160
Ala Val Val Tyr Asp Asn Ala Ala Ile Arg Leu Arg Gly Pro Asp Ala165 170 175
Leu Thr Asn Phe Ser Ile Pro Pro Gln Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu180 185 190
Pro Glu Pro Val Ile Glu Glu Lys Pro Val Ile Met Thr Thr Pro Thr195 200 205
Pro Thr Thr Ser Ser Ser Glu Ser Thr Glu Glu Asp Leu Gln His Leu210 215 220
Ser Ser Pro Thr Ser Val Leu Asn His Arg Ser Glu Glu Ile Gln Gln225 230 235 240
vai Gln Gln Pro Phe Lys Ser Ala Lys Pro Glu Pro Gly vai Ser Asn245 250 255
Ala Pro Trp Trp His Thr Gly Phe Asn Thr Gly Leu Gly Glu Ser Asp260 265 270
Asp Ser Phe Pro Leu Asp Thr Pro Phe Leu Asp Asn Tyr Phe Asn Glu275 280 285
Ser Pro Pro Glu Met Ser Ile Phe Asp Gln Pro Met Asp Gln Ile Phe290 295 300
Cys Glu Asn Asp Asp Ile Phe Asn Asp Met Leu Phe Leu Gly Gly Glu305 310 315 320
Thr Met Asn lie Glu Asp Glu Leu Thr ser ser Ser Ile Lys Asp Met325 330 335Gly Ser Thr Phe Ser Asp Phe Asp Asp Ser Leu Ile Ser Asp Leu Leu
340 345 350
vai Ala
<210> 3
<211> 343
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At4g23750
<400> 3
Met Glu Ala Glu Lys Lys Met Val Leu Pro Arg lie Lys Phe Thr Glu15 10 15
His Lys Thr Asn Thr Thr Thr Ile Val Ser Glu Leu Thr Asn Thr His20 25 30
Gln Thr Arg Ile Leu Arg Ile Ser Val Thr Asp Pro Asp Ala Thr Asp35 40 45
Ser Ser Ser Asp Asp Glu Glu Glu Glu His Gln Arg Phe Val Ser Lys50 55 60
Arg Arg Arg Val Lys Lys Phe Val Asn Glu Val Tyr Leu Asp Ser Gly65 70 75 80
Ala Val Val Thr Gly Ser Cys Gly Gln Met Glu ser Lys Lys Arg Gln85 90 95
Lys Arg Ala Val Lys Ser Glu Ser Thr Val Ser Pro Val Val Ser Ala100 105 110
Thr Thr Thr Thr Thr Gly Glu Lys Lys Phe Arg Gly vai Arg Gln Arg115 120 125
Pro Trp Gly Lys Trp Ala Ala Glu lie Arg Asp Pro Leu Lys Arg Val130 135 140
Arg Leu Trp Leu Gly Thr Tyr Asn Thr Ala Glu Glu Ala Ala Met vai145 150 155 160
Tyr Asp Asn Ala Ala lie Gln Leu Arg Gly Pro Asp Ala Leu Thr Asn165 170 175
Phe Ser Val Thr Pro Thr Thr Ala Thr Glu Lys Lys Ala Pro Pro Pro180 185 190Ser Pro Val Lys Lys Lys Lys Lys Lys Asn Asn Lys ser Lys Lys ser195 200 205
Val Thr Ala Ser Ser Ser Ile Ser Arg Ser Ser Ser Asn Asp Cys Leu210 215 220
Cys Ser Pro Val ser Val Leu Arg Ser Pro Phe Ala Val Asp Glu Phe225 230 235 240
Ser Gly Ile Ser Ser Ser Pro Val Ala Ala Val Val Val Lys Glu Glu245 250 255
pro ser Met Thr Thr vai ser Glu Thr Phe ser Asp Phe ser Ala Pro260 265 270
Leu Phe Ser Asp Asp Asp Val Phe Asp Phe Arg Ser Ser Val Val Pro275 280 285
Asp Tyr Leu Gly Gly Asp Leu Phe Gly Glu Asp Leu Phe Thr Ala Asp290 295 300
Met Cys Thr Asp Met Asn Phe Gly Phe Asp Phe Gly Ser Gly Leu Ser305 310 315 320
ser Trp His Met Glu Asp His Phe Gln Asp Ile Gly Asp Leu Phe Gly325 330 335
Ser Asp Pro Leu Leu Ala Val340
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<211> 348
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At5gl8560
<400> 4
Met Ser Thr Ser Lys Thr Leu Asp His Asn Lys Pro Phe Glu Thr Ser15 10 15
Gln Thr Gln Met Gly Phe Ala Leu Ile His Gln Asn Thr Ser Ala Asn20 25 30
Thr Thr Thr Thr Thr Thr Thr Gly Glu Arg Arg Gly Arg Arg Ser Lys35 40 45
Gln Ala Glu Pro Gly Arg Phe Leu Gly Val Arg Arg Arg Pro Trp Gly50 55 60
Arg Tyr Ala Ala Glu Ile Arg Asp Pro Thr Thr Lys Glu Arg His Trp65 70 75 80
Leu Gly Thr Phe Asp Thr Ala His Glu Ala Ala Leu Ala Tyr Asp Arg85 90 95
Ala Ala Leu ser Met Arg Gly Thr Gln Ala Arg Thr Asn Phe vai Tyr100 105 110
Thr Pro Thr Asp Val His Thr Ile Leu Thr Asn Pro Asn Leu His Ser115 120 125
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Ser Pro Gln Phe Val Ile Asp His His Pro His Tyr Gln Asn Tyr His145 150 155 160
Gln Pro Gln Gln Pro Lys His Thr Leu Pro Gln Thr Val Leu Pro Ala165 170 175
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Ser Leu Asp Glu Glu Asn Asn Phe Phe Phe ser Leu Thr Ser Glu Glu210 215 220
His Asn Lys Ser Asn Asn Asn Ser Gly Tyr Leu Asp Cys Ile Val Pro225 230 235 240
Asn His Cys Leu Lys Pro Pro Pro Glu Ala Thr Thr Thr Gln Asn Gln245 250 255
Ala Gly Ala Ser Phe Thr Thr Pro Val Ala Ser Lys Ala Ser Glu Pro260 265 270
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Met Asn His His Glu Phe Gly Ser Cys Asp Leu Ser Ala Met Ile Thr290 295 300
Asn Tyr Gly Ala Ala Ala Ala Ser Met Ser Met Glu Asp Tyr Gly Met305 310 315 320
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<212> PRT
<21Β> Arabidopsis thaliana
<220>
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<400> 5
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Lys Arg Pro Trp Gly Arg Tyr Ala Ala Glu Ile Arg Asp Pro Trp Lys20 25 BO
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Leu Ala Tyr Asp Gly Ala Ala Arg Phe Leu Arg Gly Ile Lys Ala Lys50 55 60
Thr Asn Phe Pro Ser Pro Leu Ser Leu Asp Leu Asn His Leu Pro Ser65 70 75 80
Ala Pro Ser Ala Ala Thr Ala Ala Ala Asn Asn Gln Pro His Gln His85 90 95
Gln Gln Leu Trp Phe Ala Ala Pro Pro Pro Val Pro Pro Ser Ser Asp100 105 110
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Phe Pro Met Met Asn Ser Ser Pro Ser Pro Val Thr Val Arg Arg Gly165 170 175
Leu Ala Ile Asp Leu Asn Glu Pro Pro Pro Leu Trp Leu180 185
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<211> 566
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220><221> MISC_FEATURE<22 Β> At5gl0510
<400> 6
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Gly Trp Ser Asn Gln Lys Pro Gln Glu Phe Phe Lys Glu Glu Ala Gln35 40 45
Leu Ala Ala Ala Ala Ser Met Ala Asp Ser Thr Ile Leu Thr Thr Phe50 55 60
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Thr Met Ala Gly Phe Gln Ser Ala Phe Ser Thr Asn Ser Gly Ser Glu130 135 140
vai Asp Asp ser Ala ser Ile Gly Arg Thr His Leu Ala Gly Asp Tyr145 150 155 160
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Asn His Arg Asn Asp Asn Asp Asn His Tyr Arg Gly Asn Asn Asn Gly195 200 205
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260 265 270
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Tvr Asp Lys Glu Asp Lys Ala Ala Arg Ala Tyr Asp Leu Ala Ala Leu290 295 300
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Tyr Ara Gly vai Thr Arq His His Gln Gln Gly Arg Trp Gln Ala Arg355 360 365
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<213> Arabidopsis thaliana<220>
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<223> At4g28640
<400> 8
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Ser Leu Ser Arg Ala Ser Val Ile Ala Gly Ile Lys Arg Thr Ala Asp65 70 75 80
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Thr Tyr Arg Met Asn Ser Met Val Asn Gln Ala Lys Ala Ser Ala Thr100 105 110
Glu Asp Pro Asn Leu Glu Ile Ser Gln Ala Val Asn Lys Asn Arg Ser115 120 125Asp Ser Thr Lys Met Arg Asn Ser Met Phe Val Lys Val Thr Met AspIBO 135 140
Gly Ile Pro lie Gly Arg Lys Ile Asp Leu Asn Ala His Lys Cys Tyr145 150 155 160
Glu Ser Leu Ser Asn Thr Leu Glu Glu Met Phe Leu Lys Pro Lys Leu165 170 175
Gly Ser Arg Thr Leu Glu Thr Asp Gly His Met Glu Thr Pro Val Lys180 185 190
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Lys Ala Gln Met Ile Leu245
<210> 9
<211> 251
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At4g32280
<400> 9
Met Glu Leu Asp Leu Gly Leu Ser Leu Ser Pro His Lys Ser Ser Lys15 10 15
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Leu Gly Asn Val Glu Glu Asn Cys Tyr Met Pro Lys Gln Arg Leu Phe50 55 60
Ala Leu Asn Gly Gln Pro Asn Glu Glu Asp Glu Asp Pro Leu Glu ser65 70 75 80
Glu Ser Ser Ile Val Tyr Asp Asp Glu Glu Glu Asn Ser Glu Val Val85 90 95
Gly Trp Pro Pro Val Lys Thr Cys Met Ile Lys Tyr Gly Ser Tyr His100 105 110
His Arg His Ile Arg Asn His His His Cys Pro Tyr His His Arg Gly115 120 125
Arg Arg Ile Thr Ala Met Asn Asn Asn lie ser Asn Pro Thr Thr Ala130 135 140
Thr Val Gly Ser Ser Ser Ser Ser Ser lie Ser Ser Arg Ser Ser Met145 150 155 160
Tyr vai Lys Val Lys Met Asp Gly Val Ala Ile Ala Arg Lys Val Asp165 170 175
Ile Lys Leu Phe Asn Ser Tyr Glu Ser Leu Thr Asn Ser Leu lie Thr180 185 · 190
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Phe Thr Phe Gln Gly Lys Glu Gly Asp Trp Leu Leu Arg Gly Asp Val210 215 220
Thr Trp Lys Ile Phe Ala Glu Ser Val His Arg Ile Ser Ile Ile Arg225 230 235 240
Asp Arg Pro Cys Ala Tyr Thr Arg Cys Leu Phe245 250
<210> 10
<211> 172
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220>
<221> MISC_FEATURE<223> At3g62100
<400> 10
Met Gly Arg Gly Arg Ser Ser Ser Ser ser Ser Ile Glu Ser Ser Cys15 10 15
Lys ser Asn Pro Phe Gly Val Ser Ser Ser Asn Thr Arg Asn Leu Ser20 25 30
Thr Asp Leu Arg Leu Gly Leu Ser Phe Gly Ser Ser ser Gly Gln Tyr35 40 45
Tyr Asn Gly Gly Asp Asn His Glu Tyr Asp Gly Val Gly Ala Ala Glu50 55 60
Glu Met Met Ile Met Glu Glu Glu Glu Gln Asn Glu Cys Asn ser Val65 70 75 80Gly Ser Phe Tyr Val Lys Val Asn Met Glu Gly Val Pro Ile Gly Arg85 90 95
Lys Ile Asp Leu Leu Ser Leu Asn Gly Tyr His Asp Leu Ile Thr Thr100 105 110
Leu Asp Tyr Met Phe Asn Ala Ser Ile Leu Trp Ala Glu Glu Glu Asp115 120 125
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<210> 11
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<22 B> At5g43700
<400> 11
Met Glu Lys Val Asp Val Tyr Asp Glu Leu Val Asn Leu Lys Ala Thr1 5 10 15
Glu Leu Arg Leu Gly Leu Pro Gly Thr Glu Glu Thr Val Ser Cys Gly20 25 30
Lys ser Asn Lys Arg Val Leu Pro Glu Ala Thr Glu Lys Glu lie Glu35 40 45
Ser Thr Gly Lys Thr Glu Thr Ala Ser Pro Pro Lys Ala Gln Ile Val50 55 60
Gly Trp Pro Pro Val Arg Ser Tyr Arg Lys Asn Asn Val Gln Thr Lys65 70 75 80
Lys Ser Glu ser Glu Gly Gln Gly Asn Tyr Val Lys Val Ser Met Asp85 90 95
Gly Ala Pro Tyr Leu Arg Lys Ile Asp Leu Thr Met Tyr Lys Gln Tyr100 105 110
Pro Glu Leu Met Lys Ser Leu Glu Asn Met Phe Lys Phe Ser Val Gly115 120 125Glu Tyr Phe Glu Arg Glu Gly Tyr Lys Gly Ser Asp Phe Val Pro Thr130 135 140
Tyr Glu Asp Lys Asp Gly Asp Trp Met Leu Val Gly Asp vai Pro Trp145 150 155 160
Glu Met Phe Val Ser ser Cys Lys Arg Leu Arg Ile Met Lys Gly ser
165 170 175
Glu Val Lys Gly Leu Gly Cys Gly Gly Leu180 185
<210> 12
<211> 788
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At5g60450
<400> 12
Met Glu Phe Asp Leu Asn Thr Glu Ile Ala Glu Val Glu Glu Glu Glu15 10 15
Asn Asp Asp Val Gly Val Gly Val Gly Gly Gly Thr Arg Ile Asp Lys20 25 30
Gly Arg Leu Gly Ile Ser Pro Ser Ser Ser Ser Ser Cys Ser Ser Gly35 40 45
ser ser ser ser ser Ser ser Thr Gly ser Ala Ser ser Ile Tyr ser50 55 60
Glu Leu Trp His Ala Cys Ala Gly Pro Leu Thr Cys Leu Pro Lys Lys65 70 75 80
Gly Asn vai vai Val Tyr Phe Pro Gln Gly His Leu Glu Gln Asp Ala85 90 95
Met Val Ser Tyr Ser ser Pro Leu Glu Ile Pro Lys Phe Asp Leu Asn100 105 110
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210 215 220
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Leu Gly Ile Arg Arg Ala Ala Arg Pro Arg Asn Gly Leu Pro Asp ser275 280 285
lie Ile Glu Lys Asn ser cys ser Asn Ile Leu ser Leu vai Ala Asn290 295 300
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vai Arg Trp Asp Glu Ser Phe Val Ser Asp His Gln Glu Arg Val Ser
385 390 395 400
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405 410 415
Ser Ser Pro Arg Pro Lys Arg Pro Trp Ala Gly Leu Leu Asp Thr Thr420 425 430
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Asn Ile Gly
Arg Ile Leu480
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vai Leu Gln
Ala Gly Phe
Asn Lys Ser560
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Ala Gln Asn
Phe Lys lie
Asn Ala ser640
Thr Pro Ala655
vai His Lys670
Leu Asn Gly
Met Glu Gly
Thr Asp Ser720Glu Asn Asp Met Met Val Val Gly Asp Asp Pro Trp His Asp Phe Cys725 730 735
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Ile Thr Arg Val785
<210> 13
<211> 294
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At4g00940
<400> 13
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Cys Tyr Tyr Asn Asn Tyr Ser Leu Ala Gln Pro Arg Tyr Leu Cys Lys85 90 95
Ser Cys Arg Arg Tyr Trp Thr Glu Gly Gly Ser Leu Arg Asn Val Pro100 105 110
vai Gly Gly Gly Ser Arg Lys Asn Lys Lys Leu Pro Phe Pro Asn ser115 120 125
ser Thr ser ser ser Thr Lys Asn Leu Pro Asp Leu Asn Pro Pro Phe130 135 140Val Phe Thr Ser Ser Ala Ser Ser Ser Asn Pro Ser Lys Thr His Gln145 150 155 160
Asn Asn Asn Asp Leu Ser Leu Ser Phe Ser Ser Pro Met Gln Asp Lys165 170 175
Arg Ala Gln Gly His Tyr Gly His Phe Ser Glu Gln Val Val Thr Gly180 185 190
Gly Gln Asn Cys Leu Phe Gln Ala Pro Met Gly Met lie Gln Phe Arg195 200 205
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<210> 14
<211> 444
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> Atlg27050
<400> 14
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65 70 75 80
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85 90 95
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260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
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305 310 315 320
Gly Ile Gly Ser Val Ser Tyr Arg Thr Ala Glu Ser Ala Glu Ala Ala325 330 335
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Arg Leu Ala Ser Ala Ile Val Asn Pro Arg Ser Asp Asn Thr Lys Gly405 410 415
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Lys Gln Arg Asn lie Val Thr Tyr Asp Asp Ile Val435 440
<210> 15
<211> 275
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At2g01430
<400> 15
Met Ile Lys Leu Leu Phe Thr Tyr lie Cys Thr Tyr Thr Tyr Lys Leu15 10 15
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pro Leu Ser Asp Glu Gly Ser Gly Gly Gly Arg Asp Gln Leu Arg Leu100 105 110
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Leu Asn Pro Lys Gln Lys Glu Val Leu Ala Lys His Leu Met Leu Arg165 170 175
pro Arg Gln Ile Glu Val Trp Phe Gln Asn Arg Arg Ala Arg Ser Lys180 185 190
Leu Lys Gln Thr Glu Met Glu Cys Glu Tyr Leu Lys Arg Trp Phe Gly195 200 205
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Thr Met Cys Pro Arg Cys Glu Arg Val Thr Pro Ala Ala Ser Pro Ser245 250 255
Arg Ala Val Val Pro Val Pro Ala Lys Lys Thr Phe Pro Pro Gln Glu260 265 270
Arg Asp Arg275
<210> 16
<211> 436
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> Atlgl4350
<400> 16
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Ser Pro Glu Glu Asp Met Leu Leu Cys Glu Ala Gln Arg Val Phe Gly85 90 95
Asn Arg Trp Thr Glu Ile Ala Lys Val Val Ser Gly Arg Thr Asp Asn
100 105 110
Ala Val Lys Asn Arg Phe Thr Thr Leu Cys Lys Lys Arg Ala Lys His
115 120 125
Glu Ala Met Thr Lys Asp Ser Asn Ser Asn Thr Lys Arg Met Leu Phe
130 135 140
Leu Asp Gly lie Ser Thr Pro Arg Lys Ser Glu Asn Glu Thr Pro Ile
145 150 155 160
Ala Lys Lys Leu Lys Arg Ser His Ile Leu Asp Leu Thr Glu Ile Ser
165 170 175
Asn Tyr Gly Arg Ala Glu Ala Cys Val Asn Gln Gln Ile Arg Ser Pro
180 185 190
Phe Ser Val Leu Ala Arg Asn Ala Thr Gly Ile Asp Ser Leu Glu Glu
195 200 205
Gln Asn Gln Thr Ser Asn Val Asn Glu Ser Asp Gly Glu Gly Met Phe
210 215 220
Leu Lys Lys Asp Asp Pro Lys vai Thr Ala Leu Met Gln Gln Ala Glu
225 230 235 240
Leu Leu Ser Ser Leu Ala Gln Lys Val Asn Ala Asp Asn Thr Glu Gln
245 250 255
ser Met Glu Asn Ala Trp Lys vai Leu Gln Asp Phe Leu Asn Lys Gly260 265 270
Lys Glu Asn Asp Leu Phe Arg Tyr Gly Ile Pro Asp lie Asp Phe Lys275 280 285
lie Glu Glu Phe Lys Asp Leu Ile Glu Asp Leu Arg ser Gly Tyr Glu290 295 300
Asp Asn Gln Leu Ser Trp Arg Gln Pro Asp Leu His Asp Ser Pro Ala305 310 315 320
Ser Ser Glu Tyr Ser Ser Gly Ser Thr Ile Met Val Asp Gln Ser Gly325 330 335Asp Lys Thr Gln Pro Phe Ser Ala Asp Thr Gln Thr Glu His Lys Gln340 345 350
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Phe Arg Ser Leu Ala Asp Gly Ile Pro ser Pro Gln Phe Ser Glu Ser385 390 395 400
Glu Arg ser Phe Leu Leu Lys Thr Leu Gly Ile Glu ser ser ser Pro405 410 415
Cys Pro Ser Ala Asn Pro Ser Lys Pro Pro Pro Cys Lys Arg Val Leu420 425 430
Leu His ser Leu435
<210> 17
<211> 352
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<22 3> Atlgl8570
<400> 17
Met Val Arg Thr Pro Cys Cys Lys Ala Glu Leu Gly Leu Lys Lys Gly15 10 15
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Asn vai Asn Leu Thr Thr ser Asp His Asp Leu Asp Asn Asp Lys Ala145 150 155 160
Lys Lys Asn Asn Lys Asn Phe Gly Leu ser Ser Ala Ser Phe Leu Asn165 170 175
Lys Val Ala Asn Arg Phe Gly Lys Arg lie Asn Gln Ser Val Leu Ser180 185 190
Glu Ile Ile Gly Ser Gly Gly Pro Leu Ala Ser Thr Ser His Thr Thr195 200 205
Asn Thr Thr Thr Thr Ser Val Ser Val Asp Ser Glu Ser Val Lys Ser210 215 220
Thr Ser Ser Ser Phe Ala Pro Thr Ser Asn Leu Leu Cys His Gly Thr225 230 235 240
Val Ala Thr Thr Pro Val Ser Ser Asn Phe Asp Val Asp Gly Asn Val245 250 255
Asn Leu Thr Cys Ser Ser ser Thr Phe ser Asp Ser ser Val Asn Asn260 265 270
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Val Tyr Glu Arg Gln Asp Leu Phe Asp Glu Ile Asp Asn Tyr Phe Gly340 345 350
<210> 18
<211> 337
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At2g47260<400> 18
Met Glu Phe Thr Asp Phe Ser Lys Thr Ser Phe Tyr Tyr Pro Ser Ser1 5 10 15
Gln Ser Val Trp Asp Phe Gly Asp Leu Ala Ala Ala Glu Arg His Ser20 25 30
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Lys Gln Leu Lys Ala Lys Lys Asn Asn Gln Lys Arg Gln Arg Glu Ala145 150 155 160
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Pro Arg Ser Tyr Tyr Arg Cys Thr Thr Ala Ser Cys Asn Val Lys Lys195 200 205
Arg Val Glu Arg Ser Phe Arg Asp Pro ser Thr Val Val Thr Thr Tyr210 215 220
Glu Gly Gln His Thr His Ile ser Pro Leu Thr Ser Arg Pro Ile Ser225 230 235 240
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Gly Cys Phe Gly Phe Pro Ile Asp Gly ser Thr Leu Ile ser Pro Gln260 265 270Phe Gln Gln Leu Val Gln Tyr His His Gln Gln Gln Gln Gln Glu Leu275 280 285
Met Ser Cys Phe Gly Gly Val Asn Glu Tyr Leu Asn Ser His Ala Asn290 295 300
Glu Tyr Gly Asp Asp Asn Arg Val Lys Lys Ser Arg Val Leu Val Lys305 310 315 320
Asp Asn Gly Leu Leu Gln Asp Val Val Pro Ser His Met Leu Lys Glu325 330 335
Glu
<210> 19<211> 120<212> PRT<213> Arabidopsis thaliana
<220><221> MISC_FEATURE<223> At5g26930
<400> 19
Met Asp Pro Arg Lys Leu Leu Ser Cys Ser Ser Ser Tyr Val Ser Val1 5 10 15
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Leu Leu Gly Ile His Ile Ile Arg ser His Lys Ser Leu Ala ser Lys65 70 75 80
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Arg Arg ser Leu Lys Glu Glu Glu Gln Ala Ala Leu cys Leu Leu Leu100 105 110
Leu Ser Cys Ser Ser Val Leu Ala115 120
<210> 20<211> 1090<212> PRT<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE<223> At5G63950
<400> 20
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Ile Lys Leu Ala Gly Arg Arg Arg Leu Cys Lys Ala Leu Pro Lys Glu50 55 60
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Leu Lys Gln Lys Glu Glu Met Gln Gly Asp Gly Gly Arg Asn Glu Ile130 135 140
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Gln Lys Lys Lys Asp Ser Gln Ser Asn Asp Phe Asp Ala Cys Gly Val165 170 175
Lys Ser Gln Val Asp Lys Phe Asp Phe Glu Asp Ala Lys Ser Ser Phe180 185 190
Ser Leu Leu Ser Asp Leu Ser Lys Ser Ser Pro Asp Val Val Thr Thr
195 200 205
Tyr Asn Ala Gly Val Asn Ser Ile Lys Asp Lys Gln Gly Lys ser Gly
210 215 220
phe Ala Ile Arg Glu Glu Gln Thr Ser Lys Glu Phe Ser Arg Glu Trp
225 230 235 240
Glu Glu Arg lie Ser Asn Val Gly Lys Gln Asn Ser Tyr Ser Gly Arg245 250 255
His Phe Asp Asp Asn Ser Glu Asp Asn Arg Gln Gly Tyr Asn Leu Asp260 265 270
Arg Gly Lys ser Gln cys Lys Glu vai Asp Gln ser Met Lys Thr Thr275 280 285
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Leu Asn Trp Leu Trp Ser Leu His Thr Gln Gly Lys Gly Gly Ile Leu385 390 395 400
Gly Asp Asp Met Gly Leu Gly Lys Thr Met Gln Ile Cys Ser Phe Leu405 410 415
Ala Gly Leu Phe His ser Lys Leu Ile Lys Arg Ala Leu Val Val Ala420 425 430
Pro Lys Thr Leu Leu Pro His Trp Met Lys Glu Leu Ala Thr Val Gly435 440 445
Leu ser Gln Met Thr Arg Glu Tyr Tyr Gly Thr Ser Thr Lys Ala Arg450 455 460
Glu Tyr Asp Leu His His Ile Leu Gln Gly Lys Gly Ile Leu Leu Thr465 470 475 480
Thr Tyr Asp Ile Val Arg Asn Asn Thr Lys Ala Leu Gln Gly Asp Asp485 490 495
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lie Leu Asp Glu Gly His Leu Ile Lys Asn Pro Asn Thr Gln Arg Ala515 520 525Lys Ser Leu Leu Glu lie Pro Ser Ser His Arg Ile Ile Ile Ser Gly530 535 540
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lie Val Leu Ser Ala Phe Asp Gly Ser Pro Leu Ala Ala Leu Thr Ile660 665 670
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<22B> At5G47440
<400> 21
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Leu Val Ser Cys Leu Glu Ala Ala Lys cys Ser Leu Glu Ser Leu Ser385 390 395 400
Leu Ser Asn Arg Met Arg405
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> AtlG69530
<400> 22
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Gly Gln Thr Phe Thr Gly Ala Gln Leu Arg245 250
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
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<400> 23
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Asp Ser Asp His Phe Ser Val Pro Gln Gly Arg Arg Ala Val Glu Leu245 250 255Val Ala Gly Lys Glu Ser Ala Val Ala Gln Val Val Arg Thr Ile Pro260 265 270
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Cys Ala Gly Ser Met Ile Val Glu Ala Phe Ala Gly Lys Asp Thr Ile290 295 300
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<22 B> At5G67070
<400> 24
Met Ala Ala Ser Ser Leu Asn Leu Leu Leu lie Leu ser Leu Leu Thr15 10 15
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<212> PRT
<21Β> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<22Β> At4GlB210
<400> 25
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Met Ser Ile Arg Asn Ser Thr Tyr Arg Arg Lys Leu Gly Phe Phe Ser50 55 60
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Leu Cys
<210> 26
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220>
<221> MIS C_F EATU R E
<223> AtlG80370
<400> 26Met Gly Lys Glu Asn Ala Val ser Gly Asn ser Ile Pro Ile His Gly1 5 10 15
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220>
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<400> 27
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Ala Ala Val Gly Thr Arg Tyr165
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> AtlG61580
<400> 28
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Gly Arg Thr lie Lys Ala
385 390
<210> 29
<211> 175
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<22 3> At2G46990
<400> 29
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<210> 30
<211> 716
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE<223> At4G02060
<400> 30
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Leu Glu Asn Phe Ala Asp Ala Asn Gly Arg Ser Lys Tyr Met Glu Ile20 25 30
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195 200 205
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255
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Leu Trp Leu Ile Leu Asp Arg Ala Asp Met Asp Ser Asp Leu Glu Leu515 520 525Ala Lys His vai Leu His Val His Gln Thr Glu Glu Ser Pro Ala Leu530 535 540
Gly Phe Glu Pro Leu Glu Pro Asn Ile Leu Arg Ala Tyr Ile Ser Ala545 550 555 560
Ala Arg Arg Leu Ser Pro Tyr Val Pro Ala Glu Leu Glu Glu Tyr Ile565 570 575
Ala Thr Ala Tyr Ser Ser Ile Arg Gln Glu Glu Ala Lys Ser Asn Thr580 585 590
Pro His Ser Tyr Thr Thr Val Arg Thr Leu Leu Ser Ile Leu Arg lie595 600 605
Ser Ala Ala Leu Ala Arg Leu Arg Phe Ser Glu Ser Val Ala Gln Ser610 615 620
Asp Val Asp Glu Ala Leu Arg Leu Met Gln Met Ser Lys lie Ser Leu625 630 635 640
Tyr Ala Asp Asp Arg Gln Lys Ala Gly Leu Asp Ala Ile Ser Asp Thr645 650 655
Tyr Ser lie lie Arg Asp Glu Ala Ala Arg Ser Lys Lys Thr His Val660 665 670
Ser Tyr Ala Asn Ala Leu Asn Trp Ile Ser Arg Lys Gly Tyr Ser Glu675 680 685
Ala Gln Leu Lys Glu Cys Leu Glu Glu Tyr Ala Ala Leu Asn Val Trp690 695 700
Gln Ile Asp Pro His Thr Phe Asp lie Arg Phe Ile705 710 715
<210> 31
<211> 351
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At2G33620
<400> 31
Met Ser Gly Ser Glu Thr Gly Leu Met Ala Ala Thr Arg Glu Ser Met1 5 10 15
Gln Phe Thr Met Ala Leu His Gln Gln Gln Gln His ser Gln Ala Gln20 25 30pro Gln Gln Ser Gln Asn Arg Pro Leu Ser Phe Gly Gly Asp Asp Gly35 40 45
Thr Ala Leu Tyr Lys Gln Pro Met Arg Ser Val Ser Pro Pro Gln Gln50 55 60
Tyr Gln Pro Asn Ser Ala Gly Glu Asn ser Val Leu Asn Met Asn Leu65 70 75 80
Pro Gly Gly Glu Ser Gly Gly Met Thr Gly Thr Gly Ser Glu Pro Val85 90 95
Lys Lys Arg Arg Gly Arg Pro Arg Lys Tyr Gly Pro Asp Ser Gly Glu100 105 110
Met Ser Leu Gly Leu Asn Pro Gly Ala Pro Ser Phe Thr Val Ser Gln115 120 125
Pro Ser Ser Gly Gly Asp Gly Gly Glu Lys Lys Arg Gly Arg Pro Pro130 135 140
Gly Ser Ser Ser Lys Arg Leu Lys Leu Gln Ala Leu Gly Ser Thr Gly145 150 155 160
Ile Gly Phe Thr Pro His Val Leu Thr Val Leu Ala Gly Glu Asp Val165 170 175
Ser Ser Lys lie Met Ala Leu Thr His Asn Gly Pro Arg Ala Val Cys180 185 190
vai Leu ser Ala Asn Gly Ala Ile ser Asn vai Thr Leu Arg Gln ser195 200 205
Ala Thr Ser Gly Gly Thr Val Thr Tyr Glu Gly Arg Phe Glu Ile Leu210 215 220
ser Leu Ser Gly ser Phe His Leu Leu Glu Asn Asn Gly Gln Arg ser225 230 235 240
Arg Thr Gly Gly Leu Ser Val Ser Leu Ser Ser Pro Asp Gly Asn Val245 250 255
Leu Gly Gly Ser vai Ala Gly Leu Leu lie Ala Ala ser Pro vai Gln260 265 270
Ile Val Val Gly Ser Phe Leu Pro Asp Gly Glu Lys Glu Pro Lys Gln275 280 285
His Val Gly Gln Met Gly Leu Ser Ser Pro Val Leu Pro Arg Val Ala290 295 300Pro Thr Gln Val Leu Met Thr Pro Ser Ser Pro Gln Ser Arg Gly Thr305 310 315 320
Met Ser Glu Ser Ser Cys Gly Gly Gly His Gly Ser Pro Ile His Gln
325 330 335
Ser Thr Gly Gly Pro Tyr Asn Asn Thr Ile Asn Met Pro Trp Lys
340 345 350
<210> 32
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<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At5G67100
<400> 32
Met ser Gly Asp Asn ser Thr Glu Thr Gly Arg Arg Arg ser Arg Gly15 10 15
Ala Glu Ala Ser Ser Arg Lys Asp Thr Leu Glu Arg Leu Lys Ala lie20 25 30
Arg Gln Gly Gly Ile Arg ser Ala ser Gly Gly Gly Tyr Asp Ile Arg35 40 45
Leu Gln Lys Pro Ile Phe Asp Thr Val Asp Asp Glu Glu Tyr Asp Ala50 55 60
Leu Val Ser Arg Arg Arg Glu Glu Ala Arg Gly Phe Val vai Glu Asp65 70 75 80
Gly Glu Gly Gly Asp Leu Gly Tyr Leu Asp Glu Gly Glu Glu Glu Asp85 90 95
Trp Ser Lys Pro Ser Gly Pro Glu Ser Thr Asp Glu Ser Asp Asp Gly100 105 110
Gly Arg Phe Ser Gly Arg Leu Lys Lys Lys Lys Lys Gly Lys Glu Gln115 120 125
Thr Gln Gln Pro Gln Val Lys Lys Val Asn Pro Ala Leu Lys Ala Ala130 135 140
Ala Thr Ile Thr Gly Glu Gly Arg Leu Ser ser Met Phe Thr Ser ser145 150 155 160
Ser Phe Lys Lys Val Lys Glu Thr Asp Lys Ala Gln Tyr Glu Gly lie165 170 175
Leu Asp Glu Ile Ile Ala Gln Val Thr Pro Asp Glu Ser Asp Arg LysLys His Thr Arg Arg Lys Leu Pro Gly Thr Val Pro Val Thr lie Phe195 200 205
Lys Asn Lys Lys Leu Phe Ser vai Ala Ser ser Met Gly Met Lys Glu210 215 220
Ser Glu Pro Thr Pro Ser Thr Tyr Glu Gly Asp Ser Val Ser Met Asp225 230 235 240
Asn Glu Leu Met Lys Glu Glu Asp Met Lys Glu Ser Glu Val lie Pro245 250 255
Ser Glu Thr Met Glu Leu Leu Gly Ser Asp Ile Val Lys Glu Asp Gly260 265 270
Ser Asn Lys lie Arg Lys Thr Glu Val Lys Ser Glu Leu Gly Val Lys275 280 285
Glu Val Phe Thr Leu Asn Ala Thr Ile Asp Met Lys Glu Lys Asp Ser290 295 300
Ala Leu Ser Ala Thr Ala Gly Trp Lys Glu Ala Met Gly Lys Val Gly305 310 315 320
Thr Glu Asn Gly Ala Leu Leu Gly Ser Ser ser Glu Gly Lys Thr Glu325 330 335
Phe Asp Leu Asp Ala Asp Gly Ser Leu Arg Phe Phe Ile Leu Asp Ala340 345 350
Tyr Glu Glu Ala Phe Gly Ala Ser Met Gly Thr Ile Tyr Leu Phe Gly355 360 365
Lys Val Lys Met Gly Asp Thr Tyr Lys ser Cys Cys Val Val Val Lys370 375 380
Asn Ile Gln Arg Cys Val Tyr Ala Ile Pro Asn Asp Ser Ile Phe Pro385 390 395 400
Ser His Glu Leu Ile Met Leu Glu Gln Glu Val Lys Asp Ser Arg Leu405 410 415
Ser Pro Glu Ser Phe Arg Gly Lys Leu His Glu Met Ala Ser Lys Leu420 425 430
Lys Asn Glu lie Ala Gln Glu Leu Leu Gln Leu Asn Val Ser Asn Phe435 440 445
Ser Met Ala Pro Val Lys Arg Asn Tyr Ala Phe Glu Arg Pro Asp Val450 455 460pro Ala Gly Glu Gln Tyr Val Leu Lys Ile Asn Tyr Ser Phe Lys Asp465 470 475 480
Arg Pro Leu Pro Glu Asp Leu Lys Gly Glu Ser Phe Ser Ala Leu Leu485 490 495
Gly Ser His Thr Ser Ala Leu Glu His Phe Ile Leu Lys Arg Lys Ile500 505 510
Met Gly Pro Cys Trp Leu Lys Ile Ser Ser Phe Ser Thr Cys Ser Pro515 520 525
Ser Glu Gly Val ser Trp Cys Lys Phe Glu Val Thr Val Gln Ser Pro530 535 540
Lys Asp Ile Thr Ile Leu Val Ser Glu Glu Lys Val Val His Pro Pro545 550 555 560
Ala Val Val Thr Ala Ile Asn Leu Lys Thr Ile Val Asn Glu Lys Gln565 570 575
Asn Ile Ser Glu Ile Val Ser Ala Ser Val Leu Cys Phe His Asn Ala580 585 590
Lys Ile Asp Val Pro Met Pro Ala Pro Glu Arg Lys Arg Ser Gly Ile595 600 605
Leu Ser His Phe Thr Val Val Arg Asn Pro Glu Gly Thr Gly Tyr Pro610 615 620
Ile Gly Trp Lys Lys Glu Val Ser Asp Arg Asn Ser Lys Asn Gly Cys625 630 635 640
Asn Val Leu Ser Ile Glu Asn Ser Glu Arg Ala Leu Leu Asn Arg Leu645 650 655
Phe Leu Glu Leu Asn Lys Leu Asp Ser Asp Ile Leu Val Gly His Asn660 665 670
Ile Ser Gly Phe Asp Leu Asp Val Leu Leu Gln Arg Ala Gln Ala Cys675 680 685
Lys Val Gln Ser ser Met Trp Ser Lys Ile Gly Arg Leu Lys Arg Ser690 695 700
Phe Met Pro Lys Leu Lys Gly Asn Ser Asn Tyr Gly Ser Gly Ala Thr705 710 715 720
pro Gly Leu Met Ser cys Ile Ala Gly Arg Leu Leu Cys Asp Thr Asp725 730 735Leu Cys Ser Arg Asp Leu Leu Lys Glu Val Ser Tyr Ser Leu Thr Asp740 745 750
Leu Ser Lys Thr Gln Leu Asn Arg Asp Arg Lys Glu Ile Ala Pro Asn
755 760 765
Asp Ile Pro Lys Met Phe Gln Ser Ser Lys Thr Leu Val Glu Leu Ile770 775 780
Glu Cys Gly Glu Thr Asp Ala Trp Leu Ser Met Glu Leu Met Phe His
785 790 795 800
Leu Ser Val Leu Pro Leu Thr Leu Gln Leu Thr Asn Ile Ser Gly Asn805 810 815
Leu Trp Gly Lys Thr Leu Gln Gly Ala Arg Ala Gln Arg Ile Glu Tyr820 825 830
Tyr Leu Leu His Thr Phe His Ser Lys Lys Phe Ile Leu Pro Asp Lys
835 840 845
lie Ser Gln Arg Met Lys Glu Ile Lys Ser Ser Lys Arg Arg Met Asp850 855 860
Tyr Ala Pro Glu Asp Arg Asn Val Asp Glu Leu Asp Ala Asp Leu Thr
865 870 875 880
Leu Glu Asn Asp Pro Ser Lys Gly Ser Lys Thr Lys Lys Gly Pro Ala
885 890 895
Tyr Ala Gly Gly Leu vai Leu Glu Pro Lys Arg Gly Leu Tyr Asp Lys900 905 910
Tyr Val Leu Leu Leu Asp Phe Asn Ser Leu Tyr Pro Ser lie Ile Gln
915 920 925
Glu Tyr Asn Ile Cys Phe Thr Thr Ile Pro Arg Ser Glu Asp Gly vai
930 935 940
Pro Arg Leu Pro Ser Ser Gln Thr Pro Gly lie Leu Pro Lys Leu Met
945 950 955 960
Glu His Leu Val ser Ile Arg Lys ser vai Lys Leu Lys Met Lys Lys
965 970 975
Glu Thr Gly Leu Lys Tyr Trp Glu Leu Asp lie Arg Gln Gln Ala Leu980 985 990
Lys Leu Thr Ala Asn Ser Met Tyr Gly Cys Leu Gly Phe Ser Asn Ser995 1000 1005Arq Phe Tyr Ala Lys Pro Leu Ala Glu Leu Ile Thr Leu Gln Gly1010 1015 1020
Arg Asp Ile Leu Gln Arg Thr Val Asp Leu Val Gln Asn His Leu1025 1030 1035
Asn Leu Glu Val Ile Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Ile Met Ile His1040 1045 1050
ser Gly Leu Asp Asp Ile Glu Glu Val Lys Ala Ile Lys Ser Lys1055 1060 1065
vai Ile Gln Glu vai Asn Lys Lys Tyr Arg cys Leu Lys Ile Asp1070 1075 1080
Cys Asp Gly Ile Tyr Lys Arg Met Leu Leu Leu Arg Lys Lys Lys1085 1090 1095
Tyr Ala Ala vai Lys Leu Gln Phe Lys Asp Gly Lys Pro Cys Glu1100 1105 1110
Asp Ile Glu Arg Lys Gly Val Asp Met Val Arg Arg Asp Trp Ser1115 1120 1125
Leu Leu ser Lys Glu Ile Gly Asp Leu cys Leu ser Lys Ile Leu1130 1135 1140
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Leu Met Lys lie Lys Glu Glu Met Arg Asn Gly Gln Val Ala Leu1160 1165 1170
Glu Lys Tyr Val Ile Thr Lys Thr Leu Thr Lys Pro Pro Ala Ala1175 1180 1185
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Met Arg Gln Arg Gly Tyr Lys Glu Gly Phe Asn Ala Lys Asp Thr1205 1210 1215
vai Pro Tyr Ile Ile Cys Tyr Glu Gln Gly Asn Ala Ser Ser Ala1220 1225 1230
Ser Ser Ala Gly Ile Ala Glu Arg Ala Arg His Pro Asp Glu Val1235 1240 1245
Lys Ser Glu Gly Ser Arg Trp Leu Val Asp Ile Asp Tyr Tyr Leu1250 1255 1260
Ala Gln Gln Ile His Pro Val Val Ser Arg Leu Cys Ala Glu Ile1265 1270 1275
Gln Gly Thr Ser Pro Glu Arg Leu Ala Glu Cys Leu Gly Leu Asp1280 1285 1290
Pro Ser Lys Tyr Arg Ser Lys Ser Asn Asp Ala Thr Ser Ser Asp1295 1300 1305
Pro Ser Thr Ser Leu Leu Phe Ala Thr Ser Asp Glu Glu Ser Lys1310 1315 1320
Lys Pro Ala Thr Pro Glu Thr Glu Glu ser Asp Ser Thr Phe Trp1325 1330 1335
Leu Lys Leu His Cys Pro Lys Cys Gln Gln Glu Asp Ser Thr Gly1340 1345 1350
lie Ile Ser Pro Ala Met Ile Ala Asn Gln Val Lys Arg Gln Ile1355 1360 1365
Asp Gly Phe Val Ser Met Tyr Tyr Lys Gly Ile Met Val Cys Glu1370 1375 1380
Asp Glu Ser Cys Lys His Thr Thr Arg ser Pro Asn Phe Arg Leu1385 1390 1395
Leu Gly Glu Arg Glu Arg Gly Thr Val Cys Pro Asn Tyr Pro Asn1400 1405 1410
Cys Asn Gly Thr Leu Leu Arg Lys Tyr Thr Glu Ala Asp Leu Tyr1415 1420 1425
Lys Gln Leu Ser Tyr Phe Cys His Ile Leu Asp Thr Gln Cys ser1430 1435 1440
Leu Glu Lys Met Asp Val Gly Val Arg Ile Gln Val Glu Lys Ala1445 1450 1455
Met Thr Lys Ile Arg Pro Ala Val Lys ser Ala Ala Ala Ile Thr1460 1465 1470
Arg Ser Ser Arg Asp Arg Cys Ala Tyr Gly Trp Met Gln Leu Thr1475 1480 1485
Asp Ile Val Ile1490
<210> 33
<211> 895
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE<22 3> At3G59420
<400> 33
Met Arg Met Phe Glu Thr Arg Ala Arg Glu Trp Ile Leu Leu Val Lys1 5 10 15
Leu Val Leu Phe Thr Ser Ile Trp Gln Leu Ala ser Ala Leu Gly Ser20 25 BO
Met Ser Ser Ile Ala Ile Ser Tyr Gly Glu Gly Gly Ser Val Phe Cys35 40 45
Gly Leu Lys Ser Asp Gly Ser His Leu Val Val Cys Tyr Gly Ser Asn50 55 60
Ser Ala Ile Leu Tyr Gly Thr Pro Gly His Leu Gln Phe lie Gly Leu65 70 75 80
Thr Gly Gly Asp Gly Phe Met Cys Gly Leu Leu Met Leu Ser His Gln85 90 95
Pro Tyr Cys Trp Gly Asn Ser Ala Phe Ile Gln Met Gly Val Pro Gln100 105 110
Pro Met Thr Lys Gly Ala Glu Tyr Leu Glu Val Ser Ala Gly Asp Tyr115 120 125
His Leu Cys Gly Leu Arg Lys Pro Ile vai Gly Arg Arg Lys Asn Ser130 135 140
Asn Ile Ile Ser Ser Ser Leu Val Asp Cys Trp Gly Tyr Asn Met Thr145 150 155 160
Arg Asn Phe Val Phe Asp Lys Gln Leu His Ser Leu Ser Ala Gly Ser165 170 175
Glu Phe Asn Cys Ala Leu Ser ser Lys Asp Lys Ser Val Phe Cys Trp180 185 190
Gly Asp Glu Asn Ser Ser Gln Val Ile ser Leu Ile Pro Lys Glu Lys195 200 205
Lys Phe Gln Lys Ile Ala Ala Gly Gly Tyr His Val Cys Gly Ile Leu210 215 220
Asp Gly Leu Glu Ser Arg Val Leu Cys Trp Gly Lys Ser Leu Glu Phe225 230 235 240
Glu Glu Glu vai Thr Gly Thr ser Thr Glu Glu Lys Ile Leu Asp Leu245 250 255pro Pro Lys Glu Pro Leu Leu Ala Val Val Gly Gly Lys Phe Tyr Ala260 265 270
Cys Gly Ile Lys Arg Tyr Asp His Ser Ala Val Cys Trp Gly Phe Phe275 280 285
vai Asn Arg ser Thr Pro Ala Pro Thr Gly Ile Gly Phe Tyr Asp Leu290 295 300
Ala Ala Gly Asn Tyr Phe Thr Cys Gly Val Leu Thr Gly Thr Ser Met305 310 315 320
Ser Pro Val Cys Trp Gly Leu Gly Phe Pro Ala Ser Ile Pro Leu Ala325 330 335
Val Ser Pro Gly Leu Cys Ile Asp Thr Pro Cys Pro Pro Gly Thr His340 345 350
Glu Leu Ser Asn Gln Glu Asn Ser Pro Cys Lys Phe Thr Gly Ser His355 360 365
lie Cys Leu Pro Cys Ser Thr Ser Cys Pro Pro Gly Met Tyr Gln Lys370 375 380
Ser Val Cys Thr Glu Arg Ser Asp Gln Val Cys Val Tyr Asn Cys Ser385 390 395 400
Ser Cys Ser Ser His Asp Cys Ser Ser Asn Cys Ser Ser Ser Ala Thr405 410 415
ser Gly Gly Lys Glu Lys Gly Lys Phe Trp ser Leu Gln Leu Pro Ile420 425 430
Ala Thr Ala Glu Ile Gly Phe Ala Leu Phe Leu Val Ala Val Val Ser435 440 445
Ile Thr Ala Ala Leu Tyr Ile Arg Tyr Arg Leu Arg Asn Cys Arg Cys450 455 460
Ser Glu Asn Asp Thr Arg Ser Ser Lys Asp Ser Ala Phe Thr Lys Asp465 470 475 480
Asn Gly Lys ile Arg Pro Asp Leu Asp Glu Leu Gln Lys Arg Arg Arg485 490 495
Ala Arg Val Phe Thr Tyr Glu Glu Leu Glu Lys Ala Ala Asp Gly Phe500 505 510
Lys Glu Glu Ser lie Val Gly Lys Gly Ser Phe Ser Cys Val Tyr Lys515 520 525Gly Val Leu Arg Asp Gly Thr Thr Val Ala Val Lys Arg Ala Ile Met530 535 540
Ser Ser Asp Lys Gln Lys Asn Ser Asn Glu Phe Arg Thr Glu Leu Asp545 550 555 560
Leu Leu Ser Arg Leu Asn His Ala His Leu Leu Ser Leu Leu Gly Tyr565 570 575
Cys Glu Glu Cys Gly Glu Arg Leu Leu Val Tyr Glu Phe Met Ala His580 585 590
Gly ser Leu His Asn His Leu His Gly Lys Asn Lys Ala Leu Lys Glu595 600 605
Gln Leu Asp Trp Val Lys Arg Val Thr Ile Ala Val Gln Ala Ala Arg610 615 620
Gly Ile Glu Tyr Leu His Gly Tyr Ala Cys Pro Pro Val Ile His Arg625 630 635 640
Asp Ile Lys Ser Ser Asn Ile Leu Ile Asp Glu Glu His Asn Ala Arg645 650 655
vai Ala Asp Phe Gly Leu Ser Leu Leu Gly Pro vai Asp Ser Gly ser660 665 670
Pro Leu Ala Glu Leu Pro Ala Gly Thr Leu Gly Tyr Leu Asp Pro Glu675 680 685
Tyr Tyr Arg Leu His Tyr Leu Thr Thr Lys Ser Asp Val Tyr ser Phe690 695 700
Gly Val Leu Leu Leu Glu lie Leu Ser Gly Arg Lys Ala Ile Asp Met705 710 715 720
His Tyr Glu Glu Gly Asn Ile Val Glu Trp Ala Val Pro Leu lie Lys725 730 735
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Leu Glu Arg Ala Leu Ala Gln Leu Met Gly Asn Pro Ser Ser Glu Gln785 790 795 800
Pro Ile Leu Pro Thr Glu Val Val Leu Gly Ser Ser Arg Met His Lys805 810 815
Lys Ser Trp Arg Ile Gly Ser Lys Arg Ser Gly Ser Glu Asn Thr Glu820 825 830
Phe Arg Gly Gly Ser Trp Ile Thr Phe Pro ser Val Thr ser ser Gln835 840 845
Arg Arg Lys Ser Ser Ala Ser Glu Gly Asp Val Ala Glu Glu Glu Asp850 855 860
Glu Gly Arg Lys Gln Gln Glu Ala Leu Arg Ser Leu Glu Glu Glu lie865 870 875 880
Gly Pro Ala Ser Pro Gly Gln Ser Leu Phe Leu His His Asn Phe885 890 895
<210> 34
<211> 451
<212> PRT
<213> Arabidopsis thaliana<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> At3G59430<400> 34
Met Val Arg Lys Glu Asp Val Asp Phe Tyr Cys Gly Phe Ser Arg Lys15 10 15
Glu Leu Gln Ser Leu Cys Lys Lys Tyr Asn Leu Pro Ala Asn Arg Ser20 25 30
Ser Ser Asp Met Ala Glu Ser Leu Ala Ser Tyr Phe Glu Lys Asn Asn35 40 45
Leu Asn Pro Val Ser Phe Gly Val Pro Gly Asn Gln Asp Ser Ser Ala50 55 60
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145 150 155 160
Asp Asn Pro Ser Ser Ser Ser Phe Glu Phe His Val Ser Leu Glu Glu
165 170 175
Gly Ile Ser Leu Ser Val Asp Leu Asn Phe Asn Pro Ser Asp Trp lie
180 185 190
Asn Ser Met Arg Asp Glu Val Asn Val Cys Asp Ser Met Arg Arg Arg195 200 205
Lys Ser Pro His Ser Asp Leu Gly Ile Thr Glu Cys Lys Lys Gln Lys210 215 220
Ser Ser Gly Gln Asp Thr Asp Gly His Val Arg Arg Glu Ser Ser Leu225 230 235 240
Ser Pro Pro Met Lys Asp Asn Ala His Leu Pro Ser Asp His His Pro245 250 255
Asn Gly Glu Arg Ser Leu Ala Ser Ser Ala lie Glu Pro Cys Asn Arg260 265 270
lie Lys Glu Ser Ser Asp Thr Cys Lys Glu Lys Ser Gly Leu Asn Leu275 280 285
Ser Ile Pro Asp Ser Ser Gly Pro Cys Gln lie Ala Ser Ser Cys Val290 295 300
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Ile Ile Pro Pro Gly Lys Lys Leu Ala Ser Glu Ser Asp Met Val Ala325 330 335
Ala Glu Gln Asn His Ser Ala Gly Asp Leu Leu Val Glu Ile Pro Lys
340 345 350
Asn Pro Ser Met Glu Ser Phe Gln Ile Val Gly Asn Ser Ser Thr Val
355 360 365
Ile Cys Pro Arg Gly Ala Gly Ser Glu Leu Ser Ser ser Glu Ala Glu
370 375 380
Ala Tyr His Ser Asn Gln Pro Cys Ser Pro Arg Lys Thr Ser Arg Ser
385 390 395 400
Ser Thr lie Ser Ser Pro Glu Phe Ile Ile Asp Arg Glu Ser Thr ser405 410 415τνr ser Glu Ser Phe Lys Phe Arg Cys Asn Gly Gly Lys Ser Leu Pro420 425 430
pro Asn Thr Glu Glu Gln Glu Lys Ser Glu Val Leu Ser Glu Gln Ala435 440 445
Arg Ser Glu450

Claims (16)

1. Método para isolar genes envolvidos em divisão celularassimétrica, caracterizado pelo fato de que compreende:(1) submeter as raízes de uma planta do tipo selvagem a umtratamento incluindo iniciação de raiz lateral em uma forma sincronizada; (2)submeter as raízes de um mutante não desenvolvendo raízes laterais por umdefeito na sinalização de auxina a um tratamento induzindo a iniciação de raizlateral no tipo selvagem em uma forma sincronizada; (3) identificar os genesque são induzidos em um tipo selvagem, mas não em mutante.
2. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelofato de que o dito mutante é slr-1.
3. Método de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizadopelo fato de que também compreende o uso de uma linhagem marcadora depericiclo de pólo de xilema, seguido por uma classificação celular.
4. Gene, caracterizado pelo fato de ser envolvido na divisãocelular assimétrica, isolado com o método como definido em qualquer umadas reivindicações 1 a 3.
5. Gene de acordo com a reivindicação 4, caracterizado pelofato de que a dita divisão celular assimétrica é formação de raiz lateral.
6. Gene de acordo com a reivindicação 5, caracterizado pelofato de que a dita formação de raiz lateral é formação de raiz lateral precoce.
7. Gene envolvido na formação de raiz lateral precoce deacordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o dito genecodifica um fator de transcrição.
8. Gene envolvido na formação de raiz lateral precoce deacordo com a reivindicação 7, caracterizado pelo fato de que o dito fator detranscrição é selecionado do grupo que consiste de SEQ ID NO: 1 - SEQ IDNO: 19.
9. Fator de transcrição envolvido na formação de raiz lateralprecoce, caracterizado pelo fato de que o dito fator de transcrição éselecionado do grupo que consiste de SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 19.
10. Fator de transcrição de acordo com a reivindicação 9,caracterizado pelo fato de que o gene que codifica o fator de transcrição éisolado com o método como definido na reivindicação 1 ou 2.
11. Uso de um gene isolado com o método como definido nareivindicação 1 ou 2, caracterizado pelo fato de ser para modular a iniciaçãode raiz lateral precoce.
12. Uso de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelofato de que o dito gene está codificando um fator de transcrição.
13. Uso de um gene de acordo com a reivindicação 11 ou 12,caracterizado pelo fato de que o dito gene está codificando uma proteínaselecionada do grupo que consiste de SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 19, ou umseu homólogo.
14. Gene envolvido na divisão celular assimétrica,caracterizado pelo fato de ser isolado com o método como definido nareivindicação 3.
15. Gene envolvido na divisão celular assimétrica de acordocom a reivindicação 14, caracterizado pelo fato de compreender umaseqüência que codifica uma proteína selecionada do grupo que consiste deSEQ ID NO: 20 - SEQ ID NO: 34, ou um seu homólogo.
16. Uso de um gene de acordo com a reivindicação 14 ou 15,caracterizado pelo fato de ser para modular a formação de raiz lateral.
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