BRPI0808150A2 - Métodos e alvos para a identificação de compostos destinados a regular a infecção por rinovírus - Google Patents

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "MÉTODOS E ALVOS PARA A IDENTIFICAÇÃO DE COMPOSTOS DESTINADOS A REGULAR A INFECÇÃO POR RINOVÍRUS".

CAMPO DA INVENÇÃO A presente invenção refere-se a métodos para identificação de

alvos no âmbito de genes, proteínas, reguladores de expressão, receptores, receptores de produtos de proteína e compostos, com a finalidade de regular, diagnosticar e monitorar uma infecção por rinovírus.

ANTECEDENTES DA INVENÇÃO Os sintomas do resfriado comum são predominantemente cau

sados por 200 vírus diferentes, sendo que os rinovírus respondem por aproximadamente 30 a 50% dos resfriados. Eles também são os patógenos mais prevalentes associados a exacerbações agudas de asma e doença pulmonar obstrutiva crônica (COPD). Os mecanismos pelos quais o rinovírus gati15 Iho desencadeia ou exacerba as doenças das vias aéreas ainda precisam, entretanto, ser completamente elucidados.

As infecções por resfriado comum são tão amplamente distribuídas que se estima que adultos possam sofrer de 2 a 3 resfriados/anos, enquanto crianças podem sofrer de 5 a 7 resfriados/ano. Nos EUA, 50% das 20 visitas a consultórios médicos são a respeito de enfermidades respiratórias. Os resfriados são responsáveis por 50% das ausências de curto prazo no trabalho e na escola. A média de duração de um resfriado é de 7 a 10 dias. O tratamento eficaz para diminuir a gravidade dos sintomas, encurtar a duração de um resfriado e diminuir a incidência de resfriados tem se mostrado 25 um objetivo difícil de se alcançar. Os tratamentos para resfriado comercialmente disponíveis são eficazes contra alguns sintomas de resfriado, mas não contra outros.

Os rinovírus (RV) são vírus pequenos, não-envelopados, contendo RNA de filamento positivo, que pertencem à família Picornavírus. O RV pode ser transmitido por aerossol ou por contato direto. A infecção por rinovírus é uma das principais causas do resfriado comum e, ainda assim, tem-se uma compreensão limitada quanto à mecânica pela qual a infecção leva à enfermidade.

O sítio primário de inoculação é a mucosa nasal. O RV entra no corpo através do nariz, mediante a fixação ao epitélio respiratório, e se espalha localmente, deslocando-se até a faringe nasal. A maioria das cepas de 5 RV entra nas células epiteliais por meio da molécula de adesão intercelular 1 (ICAM-1), o receptor para RV humano. O RV também usa a ICAM-1 para a subsequente descapsidação viral durante a invasão da célula. Uma vez dentro da célula tem início o processo de replicação viral, e a liberação viral ocorre dentro de 8 a 10 horas. O RV é liberado em grandes quantidades, com 10 a presença de até 1 milhão de vírions infecciosos por mililitro de lavagem nasal. A liberação viral pode ocorrer alguns dias antes do reconhecimento dos sintomas de resfriado pelo paciente, atingindo um pico nos dias 2 a 7 da enfermidade, e podendo durar por um período de até 3 a 4 semanas.

A patogênese do resfriado comum é complexa. Determinou-se que células epiteliais de vias aéreas humanas cultivadas respondem à infecção com rinovírus humano mediante a geração de várias moléculas próinflamatórias e de defesa do hospedeiro, as quais poderiam desempenhar um papel na patogênese da doença. Portanto, o consenso dos especialistas é de que a resposta do hospedeiro, não o vírus, causa a maioria dos sintomas do resfriado comum. Essa relação entre mediadores inflamatórios e sintomas de resfriado tem sido estudada com um certo nível de detalhamento. Os sintomas de resfriado resultam da ação de múltiplas rotas inflamatórias. Uma resposta inflamatória local ao vírus no trato respiratório pode levar à descarga nasal, congestão nasal, espirros e irritação na garganta. Não ocorrem danos ao epitélio nasal, e a inflamação é mediada pela produção de citoquinas e outros mediadores. A geração dessa mistura complexa de citoquinas pró-inflamatórias e anti-inflamatórias pode ocorrer em um período tão curto como de 3 a 8 horas após a infecção. Ao longo do tempo, os níveis de citoquina aumentam e diminuem durante o desenvolvimento dos sintomas de resfriado. Os tratamentos para resfriado cuja abordagem tem por base uma única molécula não bloqueiam todas essas rotas, oferecendo um alívio apenas parcial. Essa é uma área na qual os produtos podem ser usados para influenciar a geração de mediadores inflamatórios e, consequentemente, os sintomas de resfriado.

Em redor dos dias de 3 a 5 da enfermidade, a descarga nasal pode se tornar mucopurulenta devido à presença de leucócitos polimorfonu5 cleares que migraram ao local de infecção em resposta a quimiotáticos como a interleucina-8. O transporte mucociliar nasal fica marcadamente reduzido durante a enfermidade, e pode permanecer prejudicado durante semanas. Tanto a imunoglobulina secretória do tipo A como os anticorpos séricos estão envolvidos na resolução da enfermidade e na proteção contra a reinfec10 ção.

Dessa forma, existe uma necessidade contínua pela identificação de reguladores dos processos de resfriados. Entretanto, um problema associado à identificação dos compostos para uso no tratamento de resfriados tem sido a falta de bons alvos para triagem, bem como de métodos de 15 triagem para a identificação desses compostos. Os campos da genômica e da bioinformática, que vêm avançando rapidamente, oferecem agora a possibilidade de uma avaliação muito mais abrangente, a qual produz uma compreensão mais profunda quanto aos processos fundamentais associados a essa enfermidade.

SUMÁRIO DA INVENÇÃO

A presente invenção refere-se a um método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com um alvo selecionado do grupo consistindo em genes identificados na Tabela 25 I, proteínas codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão codificados por genes da Tabela I, receptores de proteínas codificados por genes da Tabela I, produtos de proteínas codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos das proteínas de genes da Tabela I, e combinações dos mesmos, determinar se o dito composto se liga ao alvo, e identificar co30 mo compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que se ligam ao alvo.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com um alvo selecionado do grupo consistindo em genes identificados na Tabela I, proteínas identificadas na Tabela Il e codificadas por genes 5 da Tabela I, reguladores de expressão identificados na Tabela Il para genes da Tabela I, receptores de proteínas identificados na Tabela Il e codificados por genes da Tabela 1, produtos de proteínas identificados na Tabela Il e codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos de proteínas identificados na Tabela Il para genes da Tabela I, e combinações dos mesmos, 10 determinar se o dito composto se liga ao alvo, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que se ligam ao alvo.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com um sistema modelo para infecção por rinovírus contendo um alvo selecionado do grupo consistindo em genes identificados na Tabela I, proteínas codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão para genes da Tabela I, receptores de proteínas codificados por genes da Tabela I, produtos de proteínas codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos das proteínas de genes da Tabela I, e combinações dos mesmos, determinar, também, se o composto regula a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que regulam a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em 30 contato com um alvo selecionado do grupo consistindo em genes identificados na Tabela I, proteínas identificadas na Tabela Il codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão identificados na Tabela Il para genes da Tabela I, receptores de proteínas identificados na Tabela Il codificados por genes da Tabela I, produtos de proteínas identificados na Tabela Il codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos de proteínas identificados na Tabela Il de genes da Tabela I, e combinações dos mesmos, de5 terminar se o composto se liga ao alvo, determinar, também, se o composto regula a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que regulam a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a iden

tificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com um sistema modelo para infecção por rinovírus contendo um alvo selecionado do grupo consistindo em genes identificados na Tabela I, 15 proteínas codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão para genes da Tabela I, receptores de proteínas codificados por genes da Tabela

I, produtos de proteínas codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos das proteínas de genes da Tabela I, e combinações dos mesmos, determinar, também, se o composto regula a resposta à infecção por rinoví20 rus em um sistema modelo para infecção por rinovírus, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que regulam a resposta à infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a iden25 tificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com uma população de células expressando uma proteína codificada pelos genes da Tabela I e identificada na Tabela II, determinar e comparar o nível de atividade da proteína na população de células colocada em 30 contato com o composto ao nível de atividade da proteína na população de células não colocada em contato com o composto, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que modulam a atividade da proteína na população de células colocada em contato com o composto, em comparação à atividade na população de células que é colocada em contato com o composto.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com uma população de células expressando uma proteína identificada na Tabela I, determinar e comparar o nível de atividade da proteína na população de células colocada em contato com o composto ao nível de atividade da proteína na população de células não colocada em contato com o composto, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que modulam a atividade da proteína na população de células colocada em contato com o composto, em comparação à atividade na população de células não colocada em contato com o composto.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com uma população de células expressando uma proteína codifica20 da por genes da Tabela I identificada na Tabela II, determinar e comparar o nível de expressão da proteína na população de células colocada em contato com o composto ao nível de expressão da proteína na população de células não colocada em contato com o composto, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que 25 modulam a expressão da proteína na população de células colocada em contato com o composto, em comparação à expressão da proteína na população de células não colocada em contato com o composto.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com uma população de células expressando uma proteína identificada na Tabela I, determinar e comparar o nível de expressão da proteína na população de células colocada em contato com o composto ao nível de expressão da proteína na população de células não colocada em contato com o composto, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que modulam a expressão da pro5 teína na população de células colocada em contato com o composto, em comparação à expressão da proteína na população de células não colocada em contato com o composto.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, 10 sendo que o dito método compreende: colocar pelo menos um composto em contato com uma população de células expressando um gene identificado na Tabela I, determinar e comparar o nível de expressão do gene na população de células colocada em contato com o composto ao nível de expressão do gene na população de células não colocada em contato com o composto, e 15 identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que modulam a expressão do gene na população de células colocada em contato com o composto, em comparação à expressão do gene na população de células não colocada em contato com o composto.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para diagnóstico de uma infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: determinar, em uma amostra biológica, um perfil de expressão para um ou mais alvos selecionados do grupo envolvido em infecção por rinovírus, identificado nas Tabelas I e II, ou medir o nível de expressão ou de atividade de uma ou mais proteínas envolvidas na regulação da infecção por rinovírus, identificadas na Tabela Il em uma amostra biológica, comparar níveis de expressão de um ou mais alvos identificados em uma amostra biológica aos níveis de expressão de um ou mais alvos obtidos de uma amostra ou base de dados de controle, ou comparar níveis de expressão ou perfil de atividade das proteínas a partir da amostra a níveis de expressão ou perfil de atividade das proteínas obtidas a partir de uma amostra de controle ou de uma base de dados, sendo que um desvio significativo dos níveis de controle é indicativo do desenvolvimento de sintomas na infecção por rinovírus. A presente invenção refere-se, ainda, a um método para diagnóstico de uma infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: preparar um perfil de expressão genética para um ou mais genes envolvidos na infecção por rinovírus, identificados na Tabela I, ou medir o nível de 5 expressão ou a atividade de uma ou mais proteínas envolvidas na regulação da infecção por rinovírus, identificadas na Tabela I, em uma amostra biológica, comparar níveis de expressão dos genes obtidos da amostra aos níveis de expressão dos genes obtidos de uma amostra de controle ou base de dados, ou comparar níveis de expressão ou de atividade das proteínas obti10 das da amostra aos níveis de expressão ou atividade das proteínas obtidas de uma amostra de controle ou de um base de dados, sendo que um desvio significativo dos níveis de controle é indicativo do desenvolvimento de sintomas na infecção por rinovírus.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para monitoramento da progressão de uma infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: (a) determinar um perfil de expressão genética para um ou mais genes envolvidos na regulação da infecção por rinovírus, identificados na Tabela I em uma amostra biológica, ou preparar um perfil de expressão de proteína, ou um perfil de atividade de proteína de uma ou mais proteínas envolvidas na regulação da infecção por rinovírus, identificadas na Tabela I em uma amostra biológica obtida a partir de um sistema modelo adequado para infecção por rinovírus; (b) preparar um perfil de expressão ou de atividade similar, como na etapa (a), depois de transcorrido um tempo adequado após o regime terapêutico, repetir a etapa (b) durante o curso da terapia, e avaliar os dados para monitorar a progressão da infecção por rinovírus.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para monitoramento da progressão de uma infecção por rinovírus, sendo que o dito método compreende: (a) preparar um perfil de expressão genética para um ou 30 mais genes envolvidos na regulação da infecção por rinovírus, identificados na Tabela I em uma amostra biológica, ou preparar um perfil de expressão de proteína, ou um perfil de atividade de proteína de uma ou mais proteínas envolvidas na regulação da infecção por rinovírus, identificadas na Tabela I a partir de um sistema modelo adequado para infecção por rinovírus; (b) administrar ao indivíduo um regime terapêutico; (c) preparar um perfil de expressão ou de atividade similar de acordo com a etapa (a), depois de transcorri5 do um tempo adequado após o regime terapêutico; (d) comparar os perfis antes da intervenção com os perfis após a intervenção, repetir as etapas (b), (c) e (d) durante o curso da terapia, e avaliar os dados para monitorar a progressão da infecção por rinovírus.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para monito10 rar o tratamento ou a progressão de uma enfermidade em um paciente com desenvolvimento de sintomas na infecção por rinovírus, compreendendo as etapas de: (a) determinar um perfil de expressão genética para um ou mais genes envolvidos na regulação da infecção por rinovírus, identificados na Tabela I em uma amostra biológica, ou preparar um perfil de expressão de 15 proteína, ou um perfil de atividade de proteína, de uma ou mais proteínas envolvidas na regulação da infecção por rinovírus identificadas na Tabela I em uma amostra biológica obtida de um indivíduo; (b) administrar ao indivíduo um regime terapêutico; (c) preparar um perfil de expressão ou de atividade similar, como na etapa (a), a partir de uma amostra biológica obtida do 20 indivíduo depois de transcorrido um tempo adequado após o regime terapêutico; (d) comparar os perfis antes da terapia com os perfis após a terapia, repetir as etapas (b), (c) e (d) durante o curso do tratamento ou do transtorno, e avaliar os dados para monitor a eficácia do tratamento ou a progressão da enfermidade.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para monito

rar o tratamento ou a progressão de uma enfermidade em um paciente com desenvolvimento de sintomas na infecção por rinovírus, compreendendo as etapas de: (a) preparar um perfil de expressão genética para um ou mais genes envolvidos na regulação da infecção por rinovírus, identificados na 30 Tabela I, ou preparar um perfil de expressão de proteína, ou um perfil de atividade de proteína, de uma ou mais proteínas envolvidas na regulação da infecção por rinovírus, identificadas na Tabela Il a partir de um indivíduo; (b) administrar ao indivíduo um regime terapêutico; (c) preparar um perfil de expressão ou de atividade similar, como na etapa (a), a partir de uma amostra de células ou tecido obtida do indivíduo depois de transcorrido um tempo adequado após o regime terapêutico; (d) comparar os perfis antes da terapia 5 com os perfis após a terapia, repetir as etapas (b), (c) e (d) durante o curso do tratamento ou do transtorno, e avaliar os dados para monitor a eficácia do tratamento ou a progressão da enfermidade.

A presente invenção refere-se, ainda, a uma composição medicinal, a qual compreende: uma quantidade segura e eficaz de pelo menos 10 um composto identificado pelo método de colocar pelo menos um composto em contato com um alvo selecionado do grupo consistindo em genes identificados na Tabela I, proteínas codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão para genes da Tabela I, receptores de proteínas codificados por genes da Tabela I, produtos de proteínas codificados por genes da 15 Tabela I, receptores de produtos das proteínas de genes da Tabela I e combinações dos mesmos, determinar se o composto se liga ao alvo, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que se ligam ao alvo, e um veículo farmaceuticamente aceitável.

A presente invenção refere-se, ainda, a uma composição medi

cinal que compreende uma quantidade segura e eficaz de um agonista ou de um antagonista de uma proteína envolvida na regulação da infecção por rinovírus, identificada na Tabela I, e um veículo farmaceuticamente aceitável.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para regula25 ção da infecção por rinovírus em um indivíduo no qual é desejável essa regulação, compreendendo: identificar um indivíduo no qual seja desejável a regulação da infecção por rinovírus, e administrar ao dito indivíduo uma quantidade segura e eficaz do composto identificado pelo método de: colocar pelo menos um composto em contato com um alvo selecionado do grupo 30 consistindo em genes identificados na Tabela I, proteínas codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão para genes da Tabela I, receptores de proteínas codificados por genes da Tabela I, produtos de proteínas codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos das proteínas de genes da Tabela I e combinações dos mesmos, determinar se o composto se liga ao alvo, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que se ligam ao alvo; ou pelo método de: colocar pelo menos um composto em contato com um sistema modelo para infecção por rinovírus contendo um alvo selecionado do grupo consistindo em genes identificados na Tabela I1 proteínas codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão para genes da Tabela I, receptores de proteínas codificados por genes da Tabela I, produtos de proteínas codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos das proteínas de genes da Tabela I, e combinações dos mesmos, determinar ainda se o composto regula a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus, e identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que regulam a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus.

A presente invenção refere-se, ainda, a um método para regulação da infecção por rinovírus em um indivíduo no qual essa regulação é desejável, compreendendo: identificar um indivíduo no qual a regulação da infecção por rinovírus seja desejável, e administrar ao mesmo uma quantidade 20 segura e eficaz de um composto que é um agonista, um antagonista, um ativador ou um inibidor de uma proteína, dentre as proteínas codificadas pelos genes identificados na Tabela I.

Alguns exemplos não-limitadores de proteínas, reguladores de expressão, produtos de proteínas e receptores de proteínas que podem ser codificados pelos genes identificados na Tabela I são identificados na Tabela II.

DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO Moléculas da invenção

A invenção compreende várias moléculas: genes que são DNA, transcrições que são RNA, ácidos nucleicos que regulam sua expressão, como moléculas antissenso, siRNAs, micro RNAs, moléculas que podem ser usadas para detectá-las, como sondas de DNA ou RNA, iniciadores que podem ser usados para identificar e isolar genes relacionados, e proteínas e polipeptídeos, bem como compostos que os inibem ou ativam.

Dessa forma, o termo "molécula" é usado no presente documento para descrever todas ou algumas das entidades da invenção. O mesmo deve ser interpretado no contexto em que estiver sendo usado.

Muitas funções biológicas são realizadas mediante a alteração da expressão de vários genes, por meio de controles transcricionais (por exemplo pelo controle da iniciação, provisão de precursores de RNA, processamento de RNA) ou traducionais. Por exemplo, processos biológicos fun10 damentais como ciclo celular, diferenciação celular e morte celular são frequentemente caracterizados pelas variações nos níveis de expressão de grupos de genes e de seus produtos traducionais.

As alterações na expressão de genes podem, também, estar associadas à patogênese. Por exemplo, a falta de expressão suficiente por 15 parte de genes supressores tumorais funcionais, ou a expressão excessiva de oncogenes/proto-oncogenes, poderia levar a tumorigênese ou proliferação hiperplásica de células. Dessa forma, alterações nos níveis de expressão de genes ou famílias de genes específicos podem servir como alerta para a presença e a progressão de várias doenças.

O monitoramento das alterações na expressão de genes pode,

também, oferecer determinadas vantagens durante a triagem de medicamentos. Frequentemente, medicamentos são triados quanto à sua capacidade para interagir com um alvo principal, sem se considerar outros efeitos que os mesmos tenham sobre as células. Frequentemente, esses outros 25 efeitos causam toxicidade ao mamífero como um todo, o que impede o uso do medicamento em potencial.

Os presentes inventores examinaram vários modelos de infecção por rinovírus para identificar as alterações globais na expressão de genes durante uma infecção por rinovírus. Essas alterações globais na expres30 são de genes, também mencionadas como perfis de expressão, podem oferecer alvos inovadores para o tratamento de uma infecção por rinovírus. As mesmas também podem oferecer marcadores úteis para uso diagnóstico, bem como marcadores que podem ser usados para monitorar estados doentios, progressão de doenças, toxicidade, eficácia do medicamento e metabolismo do medicamento.

Os perfis de expressão podem ser usados para identificar genes que são expressos diferencialmente sob diferentes condições. Além disso, a presente invenção pode ser usada para identificar famílias de genes que são expressas diferencialmente. Para uso na presente invenção, o termo "famílias de genes" inclui, porém não se limita a, genes específicos identificados por números de acesso na presente invenção, bem como seqüências relacionadas. As seqüências relacionadas podem ser, por exemplo, seqüências que têm um alto grau de homologia de seqüência com uma seqüência identificada, seja no nível de nucleotídeo ou no nível de aminoácido. Um alto grau de homologia de seqüência é visto como estando em pelo menos cerca de 65% de igualdade de seqüência no nível de nucleotídeo, de preferência pelo menos cerca de 80%, com mais preferência pelo menos cerca de 85%, com mais preferência pelo menos cerca de 90%, com mais preferência pelo menos cerca de 95% ou, com mais preferência, pelo menos cerca de 98% ou mais de igualdade de seqüência com uma seqüência identificada. Em relação à identidade de aminoácidos, um alto grau de homologia é visto como estando em pelo menos cerca de 50% de igualdade de seqüência, com mais preferência ao menos cerca de 75%, com mais preferência ao menos cerca de 85%, com mais preferência ao menos cerca de 95% ou, com mais preferência, pelo menos cerca de 98% ou mais de igualdade de seqüência com uma seqüência identificada. São conhecidos métodos, na técnica, para determinação de homologias e identidades entre várias seqüências, algumas das quais são descritas mais adiante. Em particular, as seqüências relacionadas incluem homólogos e ortólogos de diferentes organismos. Por exemplo, se um gene identificado fosse de um mamífero não-humano, a família do gene abrangeria genes homólogos de outros vertebrados ou mamíferos, inclusive seres humanos. Se o gene identificado fosse um gene humano, a família do gene abrangeria o gene homólogo proveniente de diferentes organismos. Os versados na técnica compreenderão que um gene homólogo pode ter um comprimento diferente e pode compreender regiões com quantidades diferentes de igualdade de seqüência em relação a uma seqüência especificamente identificada.

O versado na técnica reconhecerá, também, que genes e prote5 ínas provenientes de espécies além daquelas mencionadas na listagem de seqüências, particularmente espécies de vertebrados, poderiam ser úteis à presente invenção. Essas espécies incluem, mas não se limitam a, ratos, porquinhos-da-índia, coelhos, cães, porcos, cabras, vacas, macacos, chimpanzés, ovelha, hamsters e peixe paulistinha. O versado na técnica reco10 nhecerá, ainda, que através do uso de sondas das seqüências de espécies conhecidas, as seqüências de cDNA ou genômicas homólogas à seqüência conhecida poderiam ser obtidas a partir de espécies iguais ou diferentes por métodos de clonagem conhecidos. Esses homólogos e ortólogos são contemplados como sendo úteis como genes e proteínas da invenção.

Por "variantes" entende-se seqüências similares. Por exemplo,

variantes conservadoras podem incluir as seqüências que, devido à degenerescência do código genético, codificam a seqüência de aminoácidos de um dos polipeptídeos da invenção. Variantes alélicas de ocorrência natural e variantes juncionais podem ser identificadas com o uso de técnicas conheci20 das, por exemplo, com reação em cadeia de polimerase (PCR), análise de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) e técnicas de hibridização. De modo a isolar os ortólogos e homólogos, geralmente são usadas condições estritas de hibridização, ditadas pela seqüência específica, pelo comprimento da seqüência, teor de guanina + citosina (GC) e outros parâmetros. Sequên25 cias de nucleotídeos variantes incluem, também, seqüências de nucleotídeos derivadas sinteticamente, por exemplo, derivadas pelo uso de mutagênese sítio-dirigida. As variantes podem conter seqüências adicionais de lócus genômicos por si sós ou em combinação com outras seqüências.

As moléculas da invenção incluem, também, proteínas truncadas e/ou mutantes nas quais as regiões da proteína do receptor não necessárias à união ou sinalização do Iigante foram removidas ou modificadas. Similarmente, estas podem sofrer mutações para modificar suas ligações de Iigante ou atividades de sinalização. Tais mutações podem envolver mutações não-conservativas, supressões ou adições de aminoácidos ou domínios de proteína. As proteínas variantes podem ou não reter a atividade biológica. Tais variantes podem resultar de, por exemplo, polimorfismo genético ou de manipulação humana.

Fragmentos e variantes de genes e proteínas da invenção também são abrangidos pela presente invenção. "Fragmento" é uma porção da seqüência de proteínas ou nucleotídeos. Os fragmentos podem reter a atividade biológica da proteína nativa. Os fragmentos de uma seqüência de nu10 cleotídeos são também úteis como sondas e iniciadores de hibridização ou para regular a expressão de um gene, por exemplo, RNA antissenso, siRNA ou micro RNA. Uma porção biologicamente ativa pode ser preparada isolando-se uma porção de uma seqüência de nucleotídeo, expressando-se a porção isolada (por exemplo, mediante expressão recombinante), e avaliando a 15 atividade da proteína codificada.

Também são contempladas as fusões de uma proteína ou de um fragmento de proteína a um polipeptídeo diferente. Usando métodos conhecidos, o versado na técnica seria capaz de produzir proteínas de fusão que, embora sejam diferentes da forma nativa, seriam úteis. Por exemplo, o 20 parceiro de fusão pode ser um sinal (ou líder) da seqüência de polipeptídeo que direciona cotraducional ou pós-traducionalmente a transferência da proteína de seu local de síntese para outro local (por exemplo, o líder do fator de levedura a). Alternativamente, pode ser adicionado para facilitar a purificação ou identificação da proteína da invenção (por exemplo, poli-His, peptí25 deo Flag ou proteínas fluorescentes).

As moléculas da invenção podem ser preparadas mediante o uso de diversos métodos incluindo, mas não se limitando a, clonagem, clonagem à base de PCR, mutagênese sítio-dirigida, mutagênese, embaralhamento de DNA e alterações de seqüências de nucleotídeo conhecidas na 30 técnica. Vide, por exemplo, "Molecular Cloning: A Laboratory Manual", 2a Edição, de Sambrook, Fristch e Maniatis (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press, "Current Protocols in Molecular Biology", de Ausubel et al., (1996) e suas atualizações, John Wiley and Sons, "Methods in Molecular Biology" (série), volumes 158 e 182, Humana Press, e "PCR Protocols: A guide to Methods and Applications", de Innis, Gelfand, Sninsky e White, 1990, Academic Press.

As bibliotecas de polinucleotídeos recombinantes podem, tam

bém, ser geradas a partir de uma população de seqüências relacionadas, compreendendo regiões que têm substancial igualdade de seqüência, e podem ser recombinadas in vitro ou in vivo. Por exemplo, usando essa abordagem, os motivos de seqüência que codificam um domínio de interesse po10 dem ser passados entre um gene da invenção e outros genes conhecidos, para se obter um novo gene codificando uma proteína com uma propriedade alterada de interesse, por exemplo uma mutação negativa dominante (Ohba et al. (1998) Mol. Cell. Biol. 18:51199-51207, Matsumoto et al. (2001) J. Biol. Chem. 276:14400-14406).

A "porcentagem de identidade" ou "igualdade de seqüência" po

de ser determinada mediante o alinhamento de duas seqüências ou subsequências sobre uma janela de comparação, sendo que a porção da seqüência na janela de comparação pode, opcionalmente, compreender adições ou deleções (isto é, lacunas) em comparação à seqüência de referência (que 20 pode compreender adições ou deleções) para alinhamento ótimo das duas seqüências. A porcentagem é calculada determinando-se o número de posições nas quais um resíduo idêntico (por exemplo, um base de ácido nucleico ou aminoácido) ocorre em ambas as seqüências, dividindo-se o número de posições em igualdade pelo número total de posições na janela de compara25 ção, e mutiplicando-se o resultado por 100, para produzir a porcentagem de igualdade de seqüência.

A porcentagem de igualdade de seqüência pode ser calculada pelo algoritmo de homologia local de Smith e Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482-485 (1981), ou pelo algoritmo de alinhamento de homologia de Nee30 dleman e Wunsch, J. Moi Biol. 48:443-445 (1970), seja manualmente ou por meio de implementações computadorizadas desses algoritmos (GAP & BESTFIT, GCG Wisconsin Software Package, Genetics Computer Group, em vários BLASTs do NCBI (National Center for Biotechnology Information, ou Centro Nacional para Informação em Biotecnologia), NIH).

Um método preferencial para determinação da homologia ou da igualdade de seqüências consiste na análise BLAST (Basic Local Alignment 5 Search Tool, ou Ferramenta de busca para alinhamento local básico), usando-se o algoritmo empregado pelos programas blastp, blastn, blastx, tblastn e tblastx (Karlin et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 87, 2264-2268, e Altschul, (1993) J. Mol. Evol. 36, 290-300), os quais são feitos sob medida para a busca de similaridade entre seqüências.

Conforme descrito na presente invenção, esses vários genes e

proteínas, suas variantes alélicas e outras (por exemplo, variantes de splice), seus homólogos e ortólogos provenientes de outras espécies, bem como vários fragmentos e mutantes, podem exibir variações de seqüência. O comprimento da seqüência a ser comparado pode ser menor que o comprimento total da seqüência.

Para uso na presente invenção, o termo "reguladores de expressão" refere-se, exceto onde indicado em contrário, a uma proteína, um DNA ou outra molécula que regule para mais ou para menos a expressão de genes.

Para uso na presente invenção, o termo "receptores" refere-se,

exceto onde indicado em contrário, a um receptor da proteína codificada por genes na Tabela I (por exemplo, CCR5 é o receptor de CCL5).

Para uso na presente invenção, o termo "produto de proteína" refere-se, exceto onde indicado em contrário, a um produto gerado ou mobiIizado por uma enzima de proteína codificada por genes na Tabela I (por exemplo, PGE2 é o "produto de proteína" da proteína COX codificada pelo gene PTGE2).

Para uso na presente invenção, o termo "receptor de produto de proteína" refere-se, exceto onde especificado em contrário, a receptores do produto de proteína definido acima (por exemplo, receptor EP2 para o produto de proteína PGE2)

Para uso na presente invenção, o termo "mamífero" significa um ser humano, cão, gato, cavalo, vaca, ovelha, porco, coelho, porquinho-daíndia, hamster, gerbil, furão, mamíferos de zoológico, camundongos e similares.

Para uso na presente invenção, o termo "ligar" refere-se, exceto 5 onde especificado em contrário, a uma interação seletiva com qualquer proteína ou com um complexo de duas ou mais proteínas, as quais podem incluir outras moléculas não-proteicas, a uma alteração no estado ou na atividade de uma célula ou de um organismo como resultado da percepção de um estímulo, a uma interação seletiva com qualquer ácido nucleico, ao de10 sempenho de um papel na regulação da transcrição, à combinação com um mensageiro extracelular ou intracelular para iniciar uma alteração na atividade da célula, e à interação seletiva, frequentemente estequiométrica, entre uma molécula e um ou mais sítios específicos em outra molécula.

Linhagens de células, vetores, clonagem e expressão de moléculas recombinantes

As moléculas da presente invenção podem ser preparadas para vários usos incluindo, mas não se limitando a: para purificar um produto de proteína ou de ácido nucleico, para gerar anticorpos, para usar como reagentes em ensaios de triagem, e para usar como composições farmacêuti20 cas. Algumas modalidades podem ser realizadas mediante o uso de um gene isolado ou de uma proteína, enquanto outras modalidades podem requerer o uso de células que os expressem.

Quando a fonte de moléculas é uma linhagem de células, as células podem expressar endogenamente a molécula, pode ter sido estimula25 das a aumentar a expressão endógena, ou podem ter sido geneticamente elaboradas para expressar a molécula. A expressão de uma proteína de interesse pode ser determinada, por exemplo, pela detecção do polipeptídeo com um anticorpo adequado (por exemplo, Western blot), pelo uso de uma sonda de DNA para detectar o mRNA que codifica a proteína (por exemplo, 30 Northern Blot ou várias técnicas baseadas em PCR), ou pala medição da ligação de um agente seletivo para o polipeptídeo de interesse (por exemplo, um Iigante seletivo adequadamente rotulado). A presente invenção apresenta, ainda, moléculas recombinantes que contêm uma seqüência de codificação, ou uma forma variante, de uma molécula da invenção. Em uma molécula de DNA recombinante, uma seqüência de codificação de DNA está ligada de maneira funcional a outras 5 seqüências de DNA de interesse incluindo, mas não se limitando a, várias seqüências de controle para integração, replicação, transcrição, expressão e modificação.

A escolha das seqüências de vetor e de controle às quais uma seqüência de genes da presente invenção estará ligada de maneira funcio10 nal depende das propriedades funcionais desejadas (por exemplo, expressão de proteína, célula hospedeira a ser transformada). Um vetor da presente invenção pode ser capaz de dirigir a replicação ou a inserção no cromossomo hospedeiro e, de preferência, a expressão do gene.

Os elementos de controle que são usados para regular a ex15 pressão de um gene são conhecidos na técnica e incluem, mas não se limitam a, promotores induzíveis ou constitutivos, sinais de secreção, intensificadores, sinais de terminação, sítios de ligação a ribossoma e outros elementos reguladores. Idealmente, o promotor induzível é prontamente controlado, como apresentando resposta a um nutriente, ou um antibiótico.

Em uma modalidade, o vetor que abriga uma molécula de ácido

nucleico pode incluir um réplicon procariótico, isto é, uma seqüência de DNA que tem a capacidade de comandar a replicação autônoma e a manutenção da molécula de DNA recombinante extracromossomicamente, em uma célula hospedeira procariótica, como uma célula hospedeira bacteriana. Além 25 disso, os vetores que incluem um réplicon procariótico podem também incluir um gene cuja expressão confere uma característica detectável (por exemplo, resistência à ampicilina).

Os vetores podem, ainda, incluir um promotor procariótico ou bacteriófago, capaz de comandar a expressão (transcrição e tradução) das seqüências de genes codificantes em uma célula hospedeira bacteriana, como E. coli. As seqüências promotoras compatíveis com hospedeiros bacterianos podem ser obtidas em vetores plasmídeos contendo convenientes sítios de restrição para inserção de uma seqüência de DNA da presente invenção, por exemplo pCDNAI, pCDNA3.

Os vetores de expressão compatíveis com células eucarióticas também podem ser usados para formar uma molécula recombinante que 5 contenha uma seqüência de interesse. Os vetores comercialmente disponíveis frequentemente contêm réplicons e seqüências de controle tanto procarióticos como eucarióticos, para uma fácil troca de procarióticos para células eucarióticas para células ES, para geração de células ou mamíferos transgênicos (por exemplo, a série pCDNA disponível junto à Invitrogen®).

Os vetores de expressão em célula eucariótica usados para

construir as moléculas recombinantes da presente invenção podem, ainda, incluir um marcador selecionável que é eficaz em uma célula eucariótica (por exemplo, resistência à neomicina). Alternativamente, o marcador selecionável pode estar presente em um plasmídeo separado, sendo os dois vetores 15 introduzidos por cotransfecção da célula hospedeira, e sendo os transfectantes selecionados mediante cultivo no medicamento adequado para o marcador selecionável. Os vetores podem conter, também, proteína de fusão ou seqüências de etiqueta que facilitam a purificação ou a detecção da proteína expressa.

A presente invenção apresenta, ainda, células hospedeiras

transformadas com uma molécula recombinante da invenção. A célula hospedeira pode ser um procariote, por exemplo uma bactéria, ou um eucariote, por exemplo células de leveduras, insetos ou vertebrados incluindo, mas não se limitando a, células de camundongo, macaco, rã, ser humano, rato, por25 quinho-da-índia, coelho, cão, porco, cabra, vaca, chimpanzé, ovelha, hamster ou peixe paulistinha. As linhagens de células hospedeiras eucarióticas comumente usadas incluem, mas não se limitam a, células CHO1 ATCC CCL61, NIH-3T3, e células BHK. Em muitas instâncias, podem ser preferenciais as culturas de célula primária provenientes de mamíferos.

A transformação de células hospedeiras adequadas com uma

molécula da presente invenção pode ser obtida mediante o uso de métodos conhecidos, que dependem do sistema hospedeiro empregado. Para a transformação de células hospedeiras procarióticas, podem ser usados os métodos de eletroporação e tratamento por sal, enquanto para a transformação de células eucarióticas, podem ser usados os métodos de eletroporação, lipídios catiônicos ou tratamento por sal (consulte Sambrook et al.

(1989), acima). Também foram desenvolvidos vetores virais incluindo, mas não se limitando a, vetores retrovirais e adenovirais, que facilitam a transfecção de células primárias ou terminalmente diferenciadas. Também podem ser usadas outras técnicas que introduzem DNA em células, por exemplo lipossomas, partículas de ouro ou injeção direta do vetor de expressão do 10 DNA (sob a forma de um projétil) contendo o gene de interesse, em tecidos humanos.

As células corretamente transformadas podem ser clonadas para produzir clones estáveis. As células desses clones podem ser colhidas e lisadas, e seu conteúdo pode ser examinado quanto à presença das molécuIas recombinantes mediante o uso de métodos conhecidos.

Amostras biológicas

Como ficará evidente ao versado na técnica, as amostras de ácido nucleico, que podem consistir em DNA e/ou RNA, usadas nos métodos e nos ensaios da presente invenção podem ser preparadas pelos métodos 20 disponíveis. Os métodos para isolar o mRNA total são conhecidos. Por exemplo, os métodos para isolamento e purificação de ácidos nucleicos são descritos com detalhes no Capítulo 3 de "Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology: Hybridization with Nucleic Acid Probes", de Tijssen (1993), Elsevier Press. Essas amostras incluem amostras de RNA, 25 mas podem também incluir cDNA sintetizado a partir de uma amostra de mRNA isolada a partir de uma célula ou tecido de interesse. Essas amostras incluem, também, DNA amplificado a partir do cDNA, e RNA transcrito a partir do DNA amplificado.

As amostras biológicas contendo ácidos nucleicos ou proteínas podem ser de qualquer tecido biológico, fluido, ou células de qualquer organismo, bem como células cultivadas in vitro, como linhagens de células e células de tecido cultivado. A amostra pode ser uma "amostra clínica", que é uma amostra derivada de um paciente. As amostras clínicas típicas incluem, mas não se limitam a, escarro, lavagem nasal, sangue, células sanguíneas (por exemplo leucócitos), vários tecidos ou órgãos, ou partes dos mesmos, ou amostras extraídas em biópsia por agulha fina, urina, fluido peritoneal e 5 fluido pleural, ou células provenientes dos mesmos. As amostras biológicas podem, também, incluir seções de tecidos, como seções congeladas ou fixadas com formaldeído, extraídas para propósitos histológicos.

Metodologia de lavagem nasal

As amostras por lavagem nasal podem ser coletadas mediante a instilação de 5 ml_ de solução salina em cada narina. Essa lavagem pode ser imediatamente expelida em um copo de papel encerado, mantida resfriada e processada em preparação para análises.

Para avaliação da presença/ausência de vírus e rinovírus, uma porção da amostra de lavagem nasal pode ser misturada com caldo para 15 coleta viral concentrado a 4X. Aproximadamente 2 mL da amostra processada podem ser colocados em um criofrasco com tampa de rosquear e armazenados congelados a -70°C, até a avaliação. Para avaliação da concentração de biomarcador, uma porção da amostra de lavagem nasal pode ser misturada com albumina bovina a 5%. Então, um (1) mL da amostra proces20 sada pode ser colocado em um criofrasco de 2 mL e armazenado congelado a -70°C, até a avaliação.

Metodologia de curetagem nasal

As amostras de curetagem nasal podem ser coletadas da porção anterior do corneto inferior, sob visualização direta. Pode-se fazer a co25 Ieta raspando delicadamente a superfície do corneto cinco vezes com uma cureta descartável para coleta citológica (Rhinoprobe®, Arlington Scientific, Inc., Springville, UT, EUA). Esse procedimento é, então, repetido com uma segunda cureta.

Ambas as curetas podem ser colocadas em um criofrasco com tampa de rosquear isento de RNase, contendo reagente TRIzol® (Invitrogen Corp., Carlsbad, CA, EUA) para preservar o RNA. Os criofrascos podem ser submetidos a vórtice para remover o material celular das curetas sendo, então, armazenados congelados a -70°C para teste dos níveis de expressão de genes.

Análise por chip genético

O isolamento de RNA Total pode incluir a suspensão de células em ~500 μ!_ de RNA-STAT60 (Tel-Test, Friendswood, TX1 EUA) e homogeneização em um moinho de esferas Retsch (Wunsiedel, Bavaria, Alemanha) MM300 usando esferas em aço inoxidável de 5 mm. Clorofórmio é adicionado ao Iisado e a mistura é agitada durante 1 a 2 minutos. A fase aquosa, contendo ácidos nucleicos brutos, é removida e precipitada em isopropanol. Os ácidos nucleicos são convertidos em péletes por centrifugação, e os péIetes são lavados com 70% de etanol e, então, ressuspensos em água DEPC. O RNA é, então, purificado usando-se minicolunas RNEasy Cleanup, da QIAgen (Hilden, Alemanha), e o protocolo recomendado pelo fabricante. A quantidade de RNA é determinada por espectroscopia UV1 e a qualidade é determinada usando-se um equipamento Agilent Bioanalyzer 2100 (Paio Alto, CA, EUA).

A síntese de alvo GeneChip e o processamento GeneChip podem envolver a conversão de RNA total purificado em alvos GeneChip de cRNA, usando-se o protocolo fornecido pela Affymetrix. Os alvo de cRNA 20 são fragmentados e hibridizados, lavados, e digitalizados de acordo com o protocolo para análise de expressão Affymetrix. Os protocolos completos para síntese de alvo e processamento GeneChip podem ser encontrados em: www.affvmetrix.com/support/download/manuals/expression

s2 manual.pdf

Finalmente, a análise GeneChip envolvendo as varreduras Ge

neChip pode ser convertida em dados tabulares mediante o uso do algoritmo Affymetrix MAS5.0, que é descrito em: www.affvmetrix.com/Auth/support/ downloads/manuals/mas manual.zip. Uma vez confirmada a qualidade dos dados, estes podem ser analisados e exibidos através do uso de várias fer30 ramentas comercialmente disponíveis, inclusive Affymetrix Data Mining Tool (DMT), Spotfire (Sommerville, MA, EUA) e Omniviz (Maynard, MA, EUA). Isolamento de outras moléculas de ácido nucleico relacionadas Conforme descrito acima, a identificação das moléculas de ácido nucleico de ser humano da Tabela I e/ou da Tabela Il permite ao versado na técnica isolar moléculas de ácido nucleico que codificam outros membros da família do gene, em adição às seqüências aqui descritas. Além disso, as 5 moléculas de ácido nucleico aqui apresentadas permitem ao versado na técnica isolar moléculas de ácido nucleico que codificam outros membros das famílias de genes.

O versado na técnica pode usar as proteínas da Tabela Il ou fragmentos das mesmas para gerar sondas de anticorpo destinadas à triagem de bibliotecas de expressão preparadas a partir de células adequadas. Em uma modalidade, os fragmentos podem conter inserções e substituições de aminoácido. O antissoro policlonal obtido de mamíferos, como coelhos, imunizados com a proteína purificada ou anticorpos monoclonais, pode ser usado para sondar um cDNA ou uma biblioteca de expressões genômicas de mamífero, como uma biblioteca Iambda gt11, de modo a obter a seqüência de codificação adequada para outros membros da família de proteínas. A seqüência de cDNA clonada pode ser expressa como uma proteína de fusão, expressa usando suas próprias seqüências de controle, ou expressa por construtos usando seqüências de controle adequadas ao hospedeiro específico usado para a expressão de uma proteína.

Alternativamente, uma porção das seqüências de codificação aqui descritas pode ser sintetizada e usada como sonda para coletar DNA codificando um membro da família de proteínas a partir de qualquer organismo. Oligômeros, por exemplo contendo de 18 a 20 nucleotídeos, podem 25 ser preparados e usados para triagem de bibliotecas de DNA genômico ou cDNA, de modo a se obter hibridização sob condições estritas, ou sob condições suficientemente estritas para eliminar um nível indevido de falsos positivos.

Adicionalmente, pares de iniciadores de oligonucleotídeo podem ser preparados para uso em uma reação em cadeia de polimerase (PCR) para clonar uma molécula de ácido nucleico. Vários formatos de PCR são conhecidos na técnica, e podem ser adaptados para uso no isolamento de outras moléculas de ácido nucleico.

Seleção de compostos de teste

Os compostos que podem ser triados de acordo com os ensaios da presente invenção incluem, mas não se limitam a, bibliotecas de compostos conhecidos, inclusive produtos naturais, como extratos de plantas ou de mamíferos. Estão incluídos, também, os produtos químicos sintéticos, materiais biologicamente ativos como proteínas, ácidos nucleicos e peptídeos incluindo, mas não se limitando a, membros de bibliotecas de peptídeos aleatórias e bibliotecas moleculares derivadas de química combinatória, compostas por aminoácidos de configuração D- ou L- e fosfopeptídeos, anticorpos (incluindo, mas não se limitando a, anticorpos policlonais, monoclonais, quiméricos, humanos, anti-idiotípicos ou de cadeia única, bem como fragmentos Fab, F(ab’)2 e Fab de biblioteca de expressões, e fragmentos de ligação a epítopo dos mesmos), e outras moléculas orgânicas e inorgânicas. Em adição às fontes mais tradicionais de compostos de teste, a

modelagem computadorizada e as tecnologias de busca permitem a seleção racional dos compostos de teste mediante o uso da informação estrutural dos sítios de ligação de Iigantes das proteínas da presente invenção. Essa seleção racional de compostos de teste pode diminuir o número de compos20 tos de teste que precisam ser submetidos à triagem para a identificação de um composto terapêutico. O conhecimento das seqüências de proteínas da presente invenção pode permitir a geração de modelos de seus sítios de ligação, os quais podem ser usados para a triagem de Iigantes em potencial. Esse processo pode ser realizado com o uso de métodos conhecidos na 25 técnica. Uma abordagem preferencial envolve gerar um alinhamento da seqüência de proteínas em relação a um modelo (derivado das estruturas cristalinas ou de um modelo baseado em RMN de uma ou mais proteínas similares), converter as estruturas do aminoácido e refinar o modelo por meio de mecânica molecular e exame visual. Se um forte alinhamento de seqüências 30 não puder ser obtido, então um modelo pode, também, ser gerado mediante a construção de modelos das hélices hidrofóbicas. Os dados de mutação que apontam para resíduos de contato também podem ser usados para posicionar as hélices em relação uma à outra, de modo que sejam obtidos esses contatos. Durante esse processo, o acoplamento dos Iigantes conhecidos à cavidade do sítio de ligação no interior das hélices também pode ser usado para ajudar a posicionar as hélices mediante o desenvolvimento de 5 interações que estabilizariam a ligação do ligante. O modelo pode completarse com o refino usando mecânica molecular e construção em Ioop com o uso de técnicas convencionais para modelagem de homologia. Informações gerais referentes a modelagem podem ser encontradas em "Molecular and Cellular Endocrinology' de Schoneberg, T. et. al., 151:181-193 (1999), "Bio10 chim Biophys Acta de Flower, D., 1422, 207-234 (1999), e "Curr. Opin. Drug Discovery and Development' de Sexton, P.M., 2, 440-448 (1999).

Uma vez completo, o modelo pode ser usado em conjunto com um dentre vários programas de computador para reduzir o número de compostos a serem triados, por exemplo o programa DOCK (UCSF Molecular 15 Design Institute, 533 Parnassus Ave, U-64, Box 0446, San Francisco, Califórnia, EUA, 94143-0446) ou FLEXX (Tripos Inc., 1699 South Hanley Rd., St. Louis, MO, EUA). Pode-se, também, fazer a triagem de bases de dados de compostos comerciais e/ou proprietários quanto a ajuste estérico e complementaridade eletrostática aproximada em relação ao sítio de ligação.

Ensaios de triagem para identificação de compostos

A descoberta de que os genes da presente invenção podem desempenhar um papel na regulação, no monitoramento e/ou no tratamento de uma infecção por rinovírus possibilita diversos métodos de triagem de um ou mais compostos para identificar compostos que possam ser usados para tratamento profilático ou terapêutico de uma infecção por rinovírus.

Durante a seleção de compostos úteis para a prevenção, o monitoramento ou o tratamento, pode ser preferencial que os compostos sejam seletivos para reguladores de expressão de proteína, produtos de proteínas e receptores de proteínas da presente invenção. Para a triagem inicial, pode 30 ser preferencial que a triagem in vitro seja realizada usando-se uma proteína da invenção com uma seqüência de aminoácidos que seja, por exemplo, pelo menos cerca de 80% idêntica, de preferência pelo menos cerca de 90% idêntica e, com mais preferência, idêntica à seqüência de uma proteína descrita na Tabela II. De preferência, os compostos de teste podem ser triados contra uma proteína de vertebrado, com mais preferência uma proteína humana. Para a triagem de compostos pode ser preferencial o uso de proteína da espécie para a qual é contemplado o tratamento.

Os métodos da presente invenção podem ser adaptados para aplicações de alto rendimento, porém mesmo o uso de um só composto no método é abrangido pelo termo "triagem". Essa triagem in vitro oferece um meio pelo qual selecionar uma faixa de compostos, isto é, aqueles que me10 recem uma investigação mais aprofundada. Por exemplo, os compostos que ativam uma proteína da invenção em concentrações menores que 200 nM podem ser submetidos a testes mais detalhados em um modelo de mamífero, enquanto aqueles acima desse limite podem não ser submetidos a outros testes.

Os sistemas de teste descritos a seguir podem ser formulados

em kits compreendendo uma proteína da invenção ou células expressando uma proteína da invenção, os quais podem ser embalados em diversos tipos de recipientes, por exemplo frascos, tubos, placas de microtitulação, garrafas e similares. Outros reagentes podem estar incluídos no kit, por exemplo amostras de controle positivas e negativas, bem como tampões.

Em uma modalidade, a invenção apresenta um método para identificar compostos que se ligam a uma proteína da invenção. Os métodos para determinar a ligação de um composto a uma proteína são conhecidos na técnica. Os testes incluem incubar uma proteína da invenção com um 25 composto identificado, conhecido por ligar-se à proteína, na presença ou na ausência de um composto de teste, e determinar a quantidade de composto identificado ligado. A fonte de uma proteína da invenção pode consistir em células expressando a proteína ou em alguma forma de proteína isolada. O composto identificado pode ser um Iigante conhecido ou um análogo de Ii30 gante identificado de modo que possa ser medido, de preferência quantitativamente (por exemplo, identificado com 125I, 35S-metionina, ou com uma etiqueta fluorescente, ou um peptídeo ou uma fusão de proteína fluorescente). Esses métodos de identificação são conhecidos na técnica. Os compostos de teste que se ligam a uma proteína da invenção podem reduzir o Iigante ligado à proteína, reduzindo assim o nível de sinal, em comparação a amostras de controle. Variações dessa técnica foram descritas em "Radioligand 5 Binding Methods for Membrane Preparations and Intact cells", de Keen, M., em "Receptor Signal Transduction Protocols", R.A.J. Challis (editor), Humana Press Inc., Totoway, NJ, EUA (1997).

Em outra modalidade, a invenção apresenta métodos para triagem de compostos de teste, destinados a identificar compostos que ativam uma proteína da invenção. Os testes são baseados em células, mas são conhecidos testes isentos de células que são capazes de diferenciar ligações agonistas e antagonistas. Os testes baseados em células incluem colocar as células que expressam uma proteína da invenção em contato com um composto de teste ou uma substância de controle, e medir a ativação da proteína mediante a medição da expressão ou da atividade dos componentes das rotas de transdução de sinal afetadas. Por exemplo, após a incubação adequada com um composto de teste, os Iisados das células podem ser preparados e testados quanto à transcrição, tradução ou modificação de uma proteína, por exemplo fosforilação ou glicosilação, ou indução de segundos mensageiros, como cAMP. Além disso, estão disponíveis muitos testes de alto rendimento que medem a resposta sem a necessidade de Iisar as células, por exemplo mediante imageamento de cálcio.

Em uma modalidade, a indução de cAMP pode ser medida com o uso de construtos recombinantes contendo o elemento responsivo a cAMP 25 ligado a qualquer dentre vários genes-repórter. Esses genes-repórter incluem, mas não se limitam a, cloranfenicol acetiltransferase (CAT), luciferase, gJicoronídeo sintetase, hormônio do crescimento, proteínas fluorescentes ou fosfatase alcalina. Em seguida à exposição das células a um composto de teste, o nível de expressão do gene-repórter pode ser quantificado para de30 terminar a capacidade do composto de teste para aumentar os níveis de cAMP e, dessa forma, determinar a capacidade do composto de teste para ativar uma proteína da invenção. Em outra modalidade, anticorpos específicos para fosfotirosina ou fosfosserina podem ser usados para medir o nível de fosforilação de uma proteína de sinalização após a exposição a um composto de teste, de modo que um desvio significativo nos níveis de fosforilação, em comparação a 5 amostras de controle, indicaria a ativação de uma proteína da invenção. Em alguns casos, as respostas de uma proteína (por exemplo, um receptor) diminuem, ou mostram dessensibilização, após exposição prolongada a um agonista. Em muitos casos, a proteína em questão pode ser uma enzima e, portanto, o efeito da ligação dos compostos de teste poderia ser medido em 10 termos de alterações na atividade enzimática. De modo similar, as alterações na concentração de cálcio intracelular [Ca2+J são geralmente indicativas de ativação de muitas cascatas de sinalização.

Testes de ligação a receptor baseados em célula

Os testes de ligação a receptor baseados em célula são comumente usados nas comunidades de farmacêutica e biotecnologia como ferramentas valiosas para a avaliação de possíveis atividades biológicas de compostos inovadores. De fato, essa metodologia de triagem com alto rendimento (HTS, ou high-throughput screening) se tornou a fonte principal de novos prospectos em compostos para desenvolvimento de medicamentos. Os programas de descoberta de medicamentos e de pesquisa básica requerem procedimentos mais rápidos e confiáveis para o processamento e a triagem de grandes números de compostos desconhecidos quanto à sua atividade. Várias tecnologias de detecção especializadas foram desenvolvidas para facilitar a triagem eficiente, em termos de custo e tempo, de milhões de compostos.

Uma das técnicas de teste mais frequentemente usadas pode ser o teste de proximidade de cintilação (SPA, ou scintillation proximity assay). Isso pode ser usado para determinar a afinidade de vários medicamentos por um receptor, bem como a densidade do sítio de ligação das famílias 30 de receptor e seus subtipos em diferentes tecidos ou amostras. Os inibidores podem diminuir a quimioluminescência específica ou a intensidade radioativa mediante a competição com os sítios de ligação dos receptores. Esses estudos podem ajudar a determinar se um medicamento terá efeitos terapêuticos ou adversos em diferentes subtipos.

O procedimento geral do teste envolve a adição, a placas de teste, de células ou membranas celulares com receptores-alvo desejados.

Um bloqueador destinado a minimizar a ligação não-específica pode ser adicionado e incubado durante 30 minutos à temperatura ambiente. Os compostos de teste, os reagentes e o Iigante identificado, juntamente com o tampão de leitura, podem ser adicionados e incubados durante um determinado período de tempo. As leituras de intensidade podem ser tomadas tão fre10 quentemente quanto necessário. As células que não expressarem o receptor não exibirão qualquer ligação específica. As curvas de ligação por competição podem produzir uma ordem de classificação da potência para os compostos testados.

Testes de ativação NF-kB A transcrição de muitos agentes pró-inflamatórios (por exemplo,

citoquinas, quimioquinas e ciclo-oxigenase) é regulada pelo fator transcricional NF-κΒ. As descobertas dos presentes inventores de que tanto o NF-kB como muitas quimioquinas e citoquinas são regulados para cima após a infecção por rinovírus (RV) indica que a inibição do NF-κΒ seria um ponto de intervenção importante para o alívio de sintomas.

O fator nuclear-κΒ (NF-κΒ) é um importante fator de transcrição nuclear que regula a expressão de um grande número de genes com importância crítica para a inflamação, inclusive a transcrição de citoquina e quimioquina. Após a ativação, o NF-κΒ transloca-se do citoplasma para o núcleo, 25 e ativa seu promotor para transcrição. Resultados provenientes tanto da literatura como do laboratório dos presentes inventores indicam a transcrição de um grande número de genes após a infecção por rinovírus, indicando que o NF-κΒ é um possível ponto de intervenção importante. Portanto, um ensaio para monitoramento da ativação e da translocação do NF-κΒ seria útil na 30 avaliação do potencial anti-inflamatório das tecnologias.

A Cellomics, Inc (Pittsburgh, PA, EUA) desenvolveu um teste baseado em anticorpos que revela a localização subcelular do NF-κΒ, permitindo assim a quantificação da translocação de NF-κΒ do citoplasma para o núcleo. Como o NF-κΒ precisa estar no núcleo para induzir a expressão de genes, sua translocação é uma medida definitiva de sua ativação, e marca um evento anterior à expressão de genes-repórter. Esse ensaio é um exem5 pio de uma tecnologia de médio rendimento em suporte com 96 poços, que pode detectar a translocação do NF-κΒ em vários tipos de célula. Esse teste à base de células tem o potencial de prever benefícios respiratórios.

Os testes podem ser realizados em microplacas de alta densidade convencionais, em que as medições da velocidade e da extensão da 10 translocação do NF-κΒ são feitas em células intactas que oferecem mais informações biológicas representativas. O kit de ativação para NF-κΒ da CelIomics (cat. n° K01 -001-1) pode combinar reagentes fluorescentes e protocolos para preparação otimizada de amostras e testes, e não requer as etapas de Iise celular, purificação ou filtração. Após a fixação, as placas ficam está15 veis por longos períodos, quando armazenadas em local protegido contra a Iuz a 4°C.

Pode-se criar uma triagem totalmente automatizada para identificar compostos que inibem ou ativam o NF-κΒ em uma base de célula por célula. As células preparadas podem ser analisadas usando-se microscopia 20 por fluorescência convencional, ou usando-se o equipamento HCS Reader da Cellomics, totalmente automatizado e que, com o programa Cytoplasm to Nucleus Translocation Bioapplication, oferece automatização do manuseio de placas, da focalização, da captura de imagem, da análise, da quantificação e do armazenamento de dados.

Ensaio de triagem para inibidor de COX

A enzima ciclo-oxigenase (COX, também denominada prostaglandina H sintase ou PGHS) contém atividades tanto de ciclo-oxigenase como de peroxidase. A COX catalisa a primeira etapa na biossíntese da prostaglandinas (PGs), tromboxanos e prostaciclinas, e a conversão de áci30 do araquidônico para PGH2. Está agora bem-estabelecida a existência de duas isoformas distintas de COX. A ciclo-oxigenase-1 (COX-1) é expressa constitutivamente em vários tipos de célula, e está envolvida na homeostase celular normal. Vários estímulos mitogênicos, como ésteres de forbol, Iipopolissacarídeos e citoquinas levam à expressão induzida de uma segunda isoforma de COX, a ciclo-oxigenase-2 (COX-2). A COX-2 é responsável pela biossíntese de PGs sob condições inflamatórias agudas. Acredita-se que 5 essa COX-2 induzível seja a enzima-alvo para a atividade anti-inflamatória de fármacos anti-inflamatórios não-esteroidais.

Um exemplo de um ensaio de triagem para inibidor de COX (cat. n° 560101, produzido pela Cayman Chemical Company, Ann Harbor1 Michigan, EUA) mede diretamente a PGF2 produzida pela redução por SnCI2 da 10 PGH2 derivada de COX. O produto prostanoide pode ser quantificado via imunoensaio de enzima (EIA) usando um anticorpo amplamente específico que se liga a todos os principais compostos de prostaglandina. Dessa forma, o ensaio para COX é mais preciso e confiável que um ensaio baseado na inibição da peroxidase. O ensaio de triagem para inibidor de COX da Cay15 man inclui tanto enzimas COX-1 ovina como COX-2 humana recombinante, de modo a fazer a triagem de inibidores específicos para isoenzimas. Esse teste pode ser uma excelente ferramenta, que pode ser usada para triagem geral de inibidores ou para eliminar prospectos com resultado falso positivo gerado por métodos menos específicos.

Ensaios para prostaglandina E2

As ciclo-oxigenases podem participar na produção de prostaglandinas, as quais podem ser mediadoras de inflamação e dor. A COX2 (ciclo-oxigenase-2) é uma proteína (codificada pelo gene PTGS2) induzida por infecção viral, enquanto a PGE2 (prostaglandina E2) é o produto que 25 pode resultar em sintomas como mal-estar, dor de cabeça e dor de garganta. Um composto que suprima a produção de PGE2 ou a atividade da COX pode aliviar os sintomas de infecções virais.

A produção de prostaglandinas tem início com a liberação de ácido araquidônico dos fosfolipídeos da membrana por meio da fosfolipase A2, em resposta a estímulos inflamatórios. As enzimas ciclo-oxigenases COX-1 e COX-2 convertem, então, o ácido araquidônico em PGH2 (prostaglandina H2). A COX-1 é expressa constitutivamente, e age para manter a função homeostática, como secreção de muco, enquanto a COX-2 é induzida em resposta a estímulos inflamatórios. Mais adiante no processo, as prostaglandina sintases específicas para células convertem a PGH2 em uma série de prostaglandinas, inclusive PGI2, PGF2, PGD2 e PGE2. A PGE2, um 5 produto primário do metabolismo do ácido araquidônico, é produzida por vários tipos de célula, inclusive macrófagos, fibroblastos e algumas células malignas. A mesma exerce suas ações através de 4 receptores: EP1, EP2, EP3 e EP4. Sua produção é um método comumente utilizado para a detecção de modulação de COX-1 e COX-2 e de prostaglandina sintases.

Há vários métodos-padrão disponíveis para quantificação da

PGE2. O ensaio HTRF® para PGE2 (desenvolvido pela Cisbio International, cat. n° 62P2APEB) é um exemplo de um método altamente sensível para quantificação da PGE2. Seu princípio tem por base a tecnologia HTRF (Homogeneous Time-Resolved Fluorescence, ou fluorescência homogênea re15 solvida no tempo). O mesmo pode ser realizado tanto em sobrenadantes de célula como diretamente na presença de células inteiras. Esse método é um imunoensaio competitivo em que a PGE2 nativa produzida pelas células e a PGE2 marcada com d2 competem pela ligação a MAb anti-PGE2 identificado com criptato. O sinal de HTRF é inversamente proporcional à concentra20 ção de PGE2 no calibrador ou na amostra. O tempo de incubação e a temperatura em seguida à adição dos reagentes de detecção de HTRF têm pouco efeito sobre os resultados do teste, oferecendo outro nível de flexibilidade ao mesmo.

Em suma, diluições consecutivas (dentro da faixa de 0 a 25 5.000 pg/mL) de amostras podem ser preparadas com o diluente. Os reagentes são dispensados (conforme delineado no protocol) em uma placa de baixo volume com 384 poços (20 μΙ_). São incluídos controles negativos e positivos. A placa é coberta com um dispositivo de vedação e incubada durante 5 horas à temperatura ambiente, ou de um dia para outro a 4°C. A 30 PGE2 livre proveniente da amostra compete com a PGE2 identificada por XL665 pela ligação ao anticorpo anti-PGE2 conjugado por criptato. Então a placa é lida em um leitor compatível com HTRF. Triagem de compostos usando cultura celular, tecidos e modelos de mamífero para rinovírus

Os compostos selecionados dentre um ou mais compostos de teste por um ensaio in vitro, conforme descrito acima, podem ser testados 5 com mais detalhes quanto à sua capacidade para regular o rinovírus. Esses modelos incluem tanto modelos de cultura celular in vitro como modelos de mamífero in vivo. Esses níveis adicionais de triagem são úteis para estreitar ainda mais a faixa de compostos candidatos que merecem investigação adicional, como testes clínicos. Esses sistemas modelo podem incluir, mas não 10 se limitam a testes para prostaglandina de célula epitelial brônquica e liberação de quimioquina, testes para proliferação/sobrevivência de PBMC, testes para quimiotaxia de PBMC, testes de ligação a receptor de quimioquina, titulação de rinovírus em células epiteliais brônquicas infectadas por RV, e modelo humano de resfriado induzido por RV.

Ensaio de guimiotaxia

Múltiplas quimioquinas na Tabela I são induzidas mediante infecção por RV (por exemplo IP10, MCP1). As quimioquinas são pequenas proteínas que são liberadas por células infectadas e agem sobre receptores em outras células imunes (por exemplo, linfócitos), induzindo quimiotaxia e, 20 assim, dando início ao processo inflamatório. Portanto, a infecção viral pode ser controlada por ativos que 1) regulam para baixo as quimioquinas, ou 2) bloqueiam os receptores de quimioquina. Os antagonistas do receptor de quimioquina podem ser identificados pelo ensaio de quimiotaxia.

O propósito de um ensaio de quimiotaxia é determinar se uma 25 proteína ou molécula pequena em questão tem atividade quimiotática sobre um tipo específico de célula. A quimiotaxia é a capacidade de uma proteína para dirigir a migração de uma célula específica. Este ensaio tem por base a premissa de criar um gradiente do agente quimiotático e permitir que as células migrem através de uma membrana em direção ao agente quimiotático. 30 Se o agente não for quimiotático para a célula, então a maior parte das células permanecerá na membrana. Se o agente for quimiotático, então as células migrarão através da membrana e se depositarão no fundo da cavidade da placa de quimiotaxia.

Este ensaio pode usar câmaras com múltiplos poços (por exemplo NeuroProbe), em que 24, 96 ou 384 amostras de leucócitos ou de outras células migratórias são avaliadas em paralelo. A vantagem é que vários pa5 ralelos são testados sob condições idênticas. As câmaras com múltiplos poços são separadas por um filtro contendo poros de tamanho uniforme. O tamanho dos leucócitos a serem investigados determina o tamanho de poro do filtro. É essencial escolher um diâmetro que permita uma transmigração ativa.

Uma solução contendo uma quimioquina ou um fator quimiotáti

co é colocada na câmara inferior, e uma suspensão de células de leucócitos é colocada na câmara superior. As células podem migrar através dos poros, cruzando a espessura do filtro, e em direção á fonte de quimiotático (a câmara inferior). As células que migraram através do filtro e se fixaram ao lado 15 inferior são contadas. Os dados são, frequentemente, expressos em termos de um índice de migração: O número de células que migraram em resposta ao agonista, em relação ao número de células que migraram de modo aleatório, ou seja, apenas para um tampão. Para detecção de células, são usadas técnicas gerais de coloração (por exemplo azul de tripano) ou sondas 20 especiais (por exemplo, detecção de mt-desidrogenase com ensaio de MTT). Células identificadas (por exemplo fluorocromos como Cell Tracker verde) também são usadas.

Análise de ensaio multiplex de mediadores inflamatórios

Os ensaios multiplex se tornaram ferramentas altamente úteis 25 para a medição dos níveis e/ou da atividade de múltiplas proteínas em uma única amostra. Os mesmos são conjuntos de anticorpos quantitativos, baseados em placa, com base na tradicional técnica de ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, ou ensaio de imunossorvente ligado à enzima) e tecnologia de impressão piezoelétrica. Os mesmos podem ser otimizados para 30 medição quantitativa de múltiplos analitos (proteínas) presentes em soro, em plasma com EDTA, heparina e citrato de sódio, em sobrenadantes de cultura e em outros tipos de amostra. Cada poço da microplaca fornecida é pré-manchado com anticorpos que capturam analitos específicos em padrões e amostras adicionados à placa. Após as remoção por lavagem de proteínas não-ligadas, os anticorpos de detecção biotinilados são adicionados e ligados a um segundo 5 sítio nas proteínas-alvo. Cada mancha de anticorpo pode capturar uma determinada citoquina, quimioquina ou outro biomarcador detectado com um coquetel de anticorpos biotinilados, seguido da adição de estreptavidinaperoxidase de raiz-forte (SA-HRP) e substrato quimioluminescente SuperSignal para ELISA. O excesso de anticorpo de detecção pode ser removido, 10 e SA-HRP ou SA-DyLight 800 Fluor pode ser adicionado. A reação enzimasubstrato (HRP-SuperSignaI) produz um sinal Iuminescente que pode ser detectado com o equipamento SearchLight Plus CCD Imaging System. Para conjuntos em infravermelho, o sinal do DyLight 800 Fluor pode ser medido com os equipamentos Odyssey® ou Aerius® Infrared Imaging System, dis15 ponível junto à LI-COR Biosciences. A quantidade de sinal produzido em cada mancha é proporcional à quantidade de cada proteína específica presente no padrão ou amostra original.

A Iuz produzida a partir da oxidação do substrato catalisada por HRP pode ser medida mediante o imageamento da placa com uma câmera 20 CCD resfriada. As curvas padrão são geradas usando-se uma mistura das proteínas de conjunto recombinantes. As concentrações de proteína em uma amostra podem ser quantificadas comparando-se a intensidade das manchas à curva padrão correspondente.

Mamíferos transgênicos e terapia qênica Mamíferos de muitas espécies, de preferência vertebrados inclu

indo, mas não se limitando a, camundongos, ratos, coelhos, porquinhos-daíndia, porcos, cabras, cães, rãs e primatas não-humanos, podem ser usados para gerar mamíferos transgênicos expressando as proteínas da invenção. Várias técnicas são conhecidas na técnica e podem ser usadas para intro30 duzir transgenes em mamíferos, para produzir as linhagens fundadoras de mamíferos transgênicos. Essas técnicas incluem, mas não se limitam a, microinjeção pronuclear, transferência de gene para linhagens germinativas mediada por retrovírus, marcação de genes-alvo em células-tronco embrionárias, eietroporação de embriões e transferência de gene mediada por esperma.

A atividade geral de uma proteína da invenção pode ser aumen5 tada mediante a superexpressão do gene para aquela proteína. A superexpressão aumentará a atividade de proteína celular total e, desse modo, a função. Os um ou mais genes em questão são inseridos em um vetor adequado para expressão no indivíduo. Esses vetores incluem, mas não se limitam a, adenovírus, vírus associados ao adenovírus, retrovírus e herpes ví10 rus. Também podem ser usadas outras técnicas que introauzem DNA em células, por exemplo lipossomas, partículas de ouro ou injeção direta do vetor de expressão do DNA (sob a forma de um projétil) contendo o gene de interesse, em tecidos humanos.

Tratamento da infecção por rinovírus Os genes, proteínas, reguladores de expressão, produtos de

proteínas e receptores da presente invenção (alvos), e um ou mais compostos incluindo, mas não se limitando a, pelo menos um composto, pelo menos dois compostos, pelo menos três compostos que ativam ou inibem os alvos, podem ser usados em um método para o tratamento de uma infecção por 20 rinovírus. O termo "regular" inclui, porém não se limita a, regular para cima ou regular para baixo, fixar, conferir ordem ou uniformidade, governar ou dirigir, por vários meios. Em um aspecto, um composto pode ser usado em um método para o tratamento de uma "infecção por rinovírus". Alguns exemplos não-limitadores de infecção por rinovírus e transtornos associados à 25 mesma que podem ser tratados pela presente invenção são descritos mais adiante neste documento.

Os alvos e compostos da presente invenção podem ser usados para tratar, monitorar ou diagnosticar infecções das vias respiratórias superiores (URIs), incluindo e sem limitar-se a resfriados e gripes. Isso inclui e não 30 se limita a rinovírus, vírus de parainfluenza, coronavírus, adenovírus, mixovírus, ecovírus, vírus sincicial respiratório, vírus Coxsackie, e vírus da gripe, que respondem pela maioria das URIs. Formulações farmacêuticas e métodos de uso

Os compostos identificados pelos métodos de triagem aqui descritos podem ser administrados a mamíferos para tratar ou evitar doenças ou transtornos que são regulados por genes, proteínas, reguladores de expressão, produtos de proteína e receptores (alvos) da presente invenção. O termo "tratamento", conforme usado na presente invenção, significa que a administração de um composto da presente invenção mitiga uma doença ou um distúrbio em um hospedeiro. Dessa forma, o termo "tratamento" inclui evitar que um distúrbio ocorra em um hospedeiro, especialmente quando o hospedeiro estiver predisposto a adquirir a doença, mas ainda não tiver sido diagnosticado com a doença; inibir o distúrbio; e/ou aliviar ou reverter o distúrbio. Embora os métodos da presente invenção se destinem a evitar distúrbios, compreende-se que o termo "evitar" não implica que o estado doentio seja completamente impedido. (Vide Webster’s Ninth Collegiate Dictionary.) Em vez disso, conforme usado na presente invenção, o termo evitar refere-se à capacidade do versado na técnica para identificar uma população que esteja suscetível a doenças infecciosas, de modo que a administração dos compostos da presente invenção possa ocorrer antes do estabelecimento da infecção. O termo não implica que o estado doentio seja completamente evitado. Os compostos identificados pelos métodos de triagem da presente invenção podem ser administrados em conjunto com outros compostos.

A segurança e eficácia terapêutica de compostos identificados podem ser determinadas por procedimentos padrão através do uso de tecnologias in vitro ou in vivo. Os compostos que apresentam altos índices te25 rapêuticos podem ser preferenciais, embora compostos com níveis terapêuticos mais baixos possam ser úteis se o nível dos efeitos colaterais for aceitável. Os dados obtidos a partir das técnicas toxicológicas e farmacológicas in vitro e in vivo podem ser usados para formular faixas de doses.

A eficácia de um composto pode, ainda, ser avaliada ou em modelos de mamífero ou em testes clínicos de pacientes com infecções por rinovírus.

Para uso na presente invenção, o "veículo farmaceuticamente aceitável" é destinado a incluir solventes, meios de dispersão, revestimentos, agentes bactericidas e fungicidas, agentes isotônicos e retardantes de absorção, e similares, compatíveis à administração farmacêutica. O uso desses meios e agentes para substâncias farmaceuticamente ativas é conhecido na 5 técnica. Exceto na medida em que quaisquer meios ou agentes convencionais sejam incompatíveis ao composto ativo, esses meios podem ser usados nas composições da invenção. Podem-se incorporar, também, compostos ativos suplementares nas composições. Formula-se uma composição farmacêutica da invenção para que seja compatível à sua via de administração 10 pretendida. Exemplos de vias de administração incluem administração parenteral, por exemplo, intravenosa, intradérmica, subcutânea, oral (por exemplo, inalação), transdérmica (tópica) ou administração retal. As soluções ou suspensões usadas para aplicação parenteral, intradérmica ou subcutânea podem incluir os seguintes componentes: um diluente estéril, como água 15 para injeção, solução salina, óleos fixos, polietileno glicois, glicerina, propileno glicol ou outros solventes sintéticos; agentes bactericidas, como álcool benzílico ou metil parabenos; antioxidantes, como ácido ascórbico ou bissulfito de sódio; agentes quelantes, como ácido etilenodiamino tetra-acético; tampões, como acetatos, citratos ou fosfatos e agentes para o ajuste de to20 nicidade, como cloreto de sódio ou dextrose. O pH pode ser ajustado com ácidos ou bases, como ácido clorídrico ou hidróxido de sódio. A preparação parenteral pode ser confinada em ampolas, seringas descartáveis ou múltiplos frascos de dose feitos de vidro ou plástico.

As composições farmacêuticas adequadas para uso injetável in25 cluem soluções aquosas estéreis (se forem solúveis em água) ou dispersões e pós estéreis para a preparação extemporânea de soluções ou dispersões injetáveis estéreis. Para a administração intravenosa, veículos adequados incluem solução salina fisiológica, água bacteriostática, Cremofor EL™ (BASF, Parsippany, N.J., EUA) ou solução salina tamponada com fosfato 30 (PBS). Em todos os casos, a composição precisa ser estéril e deve ser fluida até o ponto em que tenha fácil saída na seringa. A composição deve ser estável sob as condições de fabricação e armazenamento e deve ser preservada contra a ação de contaminando de micro-organismos, como bactérias e fungos. O veículo pode ser um solvente ou meio de dispersão contendo, por exemplo, água, etanol, poliol (por exemplo, glicerol, propileno glicol e polietiIeno glicol líquido e similares) e misturas adequadas dos mesmos. A fluidez 5 adequada pode ser mantida, por exemplo, através do uso de um revestimento, como lecitina, pela manutenção do tamanho de partícula exigido no caso de dispersão, e através do uso de tensoativos. A prevenção da ação de micro-organismos pode ser executada por vários agentes bactericidas e fungicidas, por exemplo, parabenos, clorobutanol, fenol, ácido ascórbico, timero10 sal e similares. Em muitos casos, seria preferível incluir agentes isotônicos, por exemplo, açúcares, poliálcoois como manitol, sorbitol e cloreto de sódio na composição. A absorção prolongada das composições injetáveis pode ser ocasionada mediante a inclusão de um agente na composição que retarde a absorção, por exemplo, monoestearato de alumínio e gelatina.

As soluções injetáveis estéreis podem ser preparadas incorpo

rando-se o composto ativo na quantidade exigida em um solvente adequado com um ingrediente ou uma combinação de ingredientes enumerados anteriormente, se exigido, seguido de esterilização filtrada. Geralmente, as dispersões podem ser preparadas incorporando-se o composto em um veículo 20 estéril que possa conter um meio de dispersão básica e outros ingredientes. No caso de pós estéreis para a preparação de soluções injetáveis estéreis, os métodos preferenciais de preparação são secagem a vácuo e secagem por congelamento que produzem um pó do ingrediente ativo e mais quaisquer ingredientes adicionais desejados provenientes de uma solução estéril 25 anteriormente filtrada dos mesmos.

As composições orais geralmente incluem um diluente inerte ou um veículo comestível. Elas podem ser confinadas em cápsulas gelatinosas ou comprimidas em comprimidos. Para administração oral, o agente pode estar contido em formas entéricas capazes de sobreviver após a passagem 30 pelo estômago, ou ser adicionalmente revestido ou misturado de modo a ser liberado em uma região específica do trato Gl, por métodos conhecidos. Para o propósito de administração terapêutica por via oral, o composto ativo pode ser incorporado a excipientes e usado sob a forma de comprimidos, pastilhas ou cápsulas. As composições orais podem, também, ser preparadas através do uso de um veículo fluido para uso como um enxaguatório bucal, sendo que o composto no veículo fluido é aplicado oralmente e bo5 chechado e cuspido ou engolido. Os agentes aglutinantes farmaceuticamente compatíveis e/ou os materiais adjuvantes podem estar incluídos como parte da composição. Os comprimidos, pílulas, cápsulas, pastilhas e similares podem conter quaisquer ingredientes ou compostos de natureza similar a seguir: um aglutinante, como celulose microcristalina, goma tragacanta ou 10 gelatina; um excipiente, como amido ou lactose, um agente de desintegração, como ácido algínico, Primogel® ou amido de milho; um lubrificante, como estearato de magnésio; um fluidificante, como dióxido de silício coloidal; um agente adoçante, como sacarose ou sacarina; ou um agente flavorizante, como hortelã, salicilato de metila ou flavor de laranja.

Para administração por inalação, os compostos são administra

dos sob a forma de um aerossol a partir de um recipiente ou aplicador pressurizado, que contém um propelente adequado, por exemplo, um gás como dióxido de carbono, ou um nebulizador.

A administração sistêmica pode, também, ocorrer por meios 20 transmucosais ou transdérmicos. Para administração transmucosal ou transdérmica, os penetrantes adequados à barreira a ser permeada são usados na formulação. Esses penetrantes são genericamente conhecidos na técnica, e incluem, por exemplo, para administração transmucosal, detergentes, sais biliares e derivados de ácido fusídico. A administração transmucosal 25 pode ser realizada através do uso de aspersões nasais ou supositórios. Para administração transdérmica, os compostos ativos são formulados em pomadas, unguentos, geis ou cremes conforme genericamente conhecido na técnica.

Os compostos podem, também, ser preparados sob a forma de supositórios (por exemplo, com bases convencionais de supositório, como

I manteiga de cacau e outros gliderídeos) ou enemas de retenção para aplicação retal. Em uma modalidade, os compostos ativos são preparados com veículos que protegerão o composto contra rápida eliminação do corpo, como uma formulação de liberação controlada, incluindo implantes e sistemas de liberação microencapsulados. Podem ser usados polímeros biodegradá5 veis e biocompatíveis, como acetato de etileno-vinila, polianidridos, ácido poliglicólico, colágeno, poliortoésteres e ácido polilático. Os métodos para preparação dessas formulações se tornarão evidentes aos versados na técnica. Os materiais podem, também, ser obtidos comercialmente junto à Alza Corporation and Nova Pharmaceuticals, Inc. As suspensões Iiposomais (in10 cluindo Iipossomas direcionadas às células infectadas com anticorpos monoclonais para antígenos virais) podem, também, ser usadas como veículos farmaceuticamente aceitáveis. Estes podem ser preparado de acordo com métodos conhecidos para aqueles versados na técnica, por exemplo, conforme descrito na patente US n° 4.522.811.

Pode ser especialmente vantajoso formular composições orais

ou parenterais sob a forma de uma unidade de dosagem para facilidade de administração e uniformidade de dosagem. O termo "forma unitária de dosagem" para uso na presente invenção, refere-se a unidades fisicamente discretas adequadas como dosagens unitárias para o indivíduo a ser tratado, 20 sendo que cada unidade contém uma quantidade predeterminada de composto ativo calculada de modo a produzir o efeito terapêutico exigido em associação com um veículo farmacêutico. A especificação para as formas unitárias de dosagem da invenção é ditada pelas características únicas do composto ativo, e é diretamente dependente destas características e do efei25 to terapêutico particular a ser obtido, e pelas limitações inerentes na técnica da preparação do composto desses compostos ativos para o tratamento de indivíduos.

Usos para diagnóstico

Conforme descrito acima, os genes e a informação sobre expressão de genes fornecidos na Tabela I podem ser usados como marcadores de diagnóstico para a previsão ou identificação do estado doentio de um tecido de amostra. Por exemplo, uma amostra de tecido pode ser testada por qualquer dos métodos da presente invenção acima descritos, e os níveis de expressão para um gene ou um membro de uma família de genes da Tabela I pode ser comparado aos níveis de expressão encontrados em indivíduos normais. O nível de expressão também pode ser comparado aos níveis 5 de expressão observados em tecidos de amostra exibindo um estado doentio similar, o que pode auxiliar em seu diagnóstico. A comparação entre dados de expressão, bem como entre as seqüências disponíveis ou outras informações podem ser feitas por um pesquisador ou especialista em diagnósticos, ou podem ser feitas com o auxílio de um computador e bases de da10 dos, conforme descrito acima. Esses métodos podem ser usados para diagnosticar ou identificar problemas de saúde caracterizados pela expressão anormal dos genes que são descritos na Tabela I.

Os métodos da presente invenção podem ser particularmente úteis no diagnóstico ou no monitoramento da efetividade de um regime de 15 tratamento. Os compostos que modulam a expressão de um ou mais genes ou famílias de genes, ou proteínas, ou reguladores de expressão, ou produtos de proteínas, ou receptores de proteínas identificados na Tabela I e/ou II, e/ou que modulam a atividade de um ou mais dentre as proteínas, ou reguladores de expressão, ou produtos de proteínas, ou receptores de proteínas 20 codificados por um ou mais dos genes ou membros de uma família de genes identificados na Tabela I, serão úteis para diagnóstico, monitoramento e avaliação das respostas do paciente ao regime de tratamento.

Exemplos Exemplo A

Uma linhagem in vitro de células BEAS-2B pode ser infectada

com rinovírus RV-16. As células são, então, expostas a vários compostos e extratos e, subsequentemente, podem ser testados os níveis de proteínas biomarcadoras respiratórias. Os extratos e compostos são identificados como regulando as proteínas biomarcadoras respiratórias mediante o monito30 ramento dos níveis de proteínas biomarcadoras respiratórias após a exposição das células infectadas aos extratos e compostos, seguida da comparação aos níveis de proteínas biomarcadoras respiratórias em células infectadas que não foram expostas aos extratos e compostos.

No exemplo, os ingredientes de teste são extratos da erva Andrographis paniculata, ou seu principal componente, andrografolida. Os ingredientes de teste são testados a um teor de andrografolida de 5 μΜ. A proteína biomarcadora respiratória é IP-10 (CXCL10), um agente quimiotático.

Ingrediente de teste IP-10 (CXCL10) (teor de andrografolida de 5 μΜ) PQ/mL Controle 61,99 Andrografolida 18,07 Andrografis A 0,46 Andrografis B 2,34 O andrografis A é obtido junto à Sabinsa, de Piscataway, NJ,

EUA.

O andrografis B é obtido junto à GNC, de Pittsburgh, PA, EUA. Uma redução substancial no teor de proteína quimiotática pode ser vista para os ingredientes de teste, em comparação à derivação de controle.

Exemplo B

O efeito dos compostos de teste sobre o curso das infecções rinovirais em resfriados naturalmente induzidos em seres humanos pode ser 15 avaliado mediante o monitoramento dos teores de biomarcador para proteína respiratória. O fluido de lavagem nasal é coletado de indivíduos que exibem os primeiros sinais de um resfriado. Os indivíduos então recebem tratamento, e amostras de lavagem nasal são coletadas no dia seguinte.

O tratamento consiste em extrato de Andrographis paniculata 20 padronizado para conter um total de 20 mg de andrografolidas, 28,8 mg de extrato de Eleutherococcus senticosus e 650 mg de curcumina (extrato de turmérico). Essa combinação é dosada três vezes por dia. A proteína biomarcadora respiratória é IP-10 (CXCL10), um agente quimiotático. Os níveis são testados no dia seguinte ao tratamento, com uma correção estatística 25 para os valores de linha de base anteriores ao tratamento. Ingrediente de teste IP-10 (CXCL10) pg/mL Controle 8.183 Combinação de andrografis, 3.584 eleuterococo, curcumina O andrografis (Andrographis paniculata) e o eleuterococo (Eleutherococcus senticosus) estão disponíveis junto à Swedish Herbal Institute, de Gõteborg, Suécia.

A curcumina está disponível junto à Sabinsa1 de Piscataway, NJ,

EUA.

Uma redução substancial no teor de proteína quimiotática é vista para os ingredientes de teste, em comparação à derivação de controle.

Exemplo C

O efeito dos compostos de teste sobre o curso das infecções rinovirais em resfriados naturalmente induzidos em seres humanos pode ser avaliado mediante o monitoramento dos teores de biomarcador para proteína respiratória. O fluido de lavagem nasal é coletado de indivíduos que exi15 bem os primeiros sinais de um resfriado. Os indivíduos então recebem tratamento, e amostras de lavagem nasal são coletadas no dia seguinte.

O tratamento consiste em 400 mg de ibuprofeno e 4 mg de maIeato de clorfeniramina. Essa combinação é dosada três vezes por dia. A proteína biomarcadora respiratória é MCP1 (CCL2), um agente quimiotático. Os níveis são testados no dia seguinte ao tratamento, com uma correção estatística para os valores de linha de base anteriores ao tratamento.

Ingrediente de teste MCP1 (CCL2) pg/mL Controle 271 Combinação de ibuprofeno e 163 maleato de clorfeniramina. O ibuprofeno está disponível junto à Wyeth Consumer Healthcare, de Wilmington1 DE, EUA.

O maleato de clorfeniramina está disponível junto à Schering Plough, de Kenilworth, NJ1 EUA.

Uma redução substancial no teor de proteína quimiotática é vista para os ingredientes de teste, em comparação à derivação de controle. Exemplos D. E e F

Os exemplos a seguir descrevem e demonstram, com mais deta

lhes, modalidades dentro do escopo da presente invenção. Os exemplos são fornecidos somente para fins ilustrativos e não devem ser considerados como uma limitação da presente invenção, uma vez que muitas variações da mesma são possíveis, sem que se desviem do caráter e âmbito da invenção.

Todas as concentrações exemplificadas são porcentagens peso-peso, exceto onde indicado em contrário.

O extrato de turmérico pode ser obtido junto à Sabinsa Corporation, de Piscataway, NJ, EUA. Os extratos de eleuterococo e andrografis podem ser obtidos junto à Dansk Droge, da Dinamarca.

Exemplo D

Componente Quantidade por cápsula Extrato de Andrographis paniculata 51,0 mg * Extrato de turmérico 166,7 mg Extrato de Eleutherococcus senticosus 7,2 mg Piperina 1,2 mg Celulose microcristalina, Avicel PH 200 171,9 mg Estearato de Magnésio 2,0 mg * 51,0 mg de Andrographis paniculata contendo 5 mg de andrografolidas.

** 166,7 mg de extrato de turmérico contendo 158,3 mg de curcuminoides. *** 7,2 mg de extrato de Eleutherococcus senticosus, equivalente a 120 mg de raiz de Eleutherococcus senticosus.

Os pós de andrografis, turmérico, eleuterococo, piperina e celu

lose são misturados uns aos outros. O estearato de magnésio é, então, adicionado e a totalidade da blenda é misturada. A blenda de pós resultante é dispensada em cápsulas contendo 400 mg cada. A dosagem consiste em quatro cápsulas, tomadas três vezes por dia. Exemplo E

Componente Quantidade por cápsula Extrato de Androqraphis paniculata 102,0 mg * Extrato de turmérico 333,3 mg Extrato de Eleutherococcus senticosus 14,4 mg *** Piperina 2,4 mg Celulose microcristalina, Avicel PH 200 144,9 mg Estearato de Magnésio 3,0 mg * 102 mg de Andrographis paniculata contendo 10 mg de andrografolidas. ** 333,3 mg de extrato de turmérico contendo 316,7 mg de curcuminoides. *** 14,4 mg de extrato de Eleutherococcus senticosus, equivalente a 240 mg de raiz de Eleutherococcus senticosus.

Os pós de andrografis, turmérico, eleuterococo, piperina e celulose são misturados uns aos outros. O estearato de magnésio é, então, adicionado e a totalidade da blenda é misturada. A blenda de pós resultante é dispensada em cápsulas contendo 600 mg cada. A dosagem consiste em duas cápsulas, tomadas três vezes por dia.

Exemplo F

Componente Quantidade por comprimido Extrato de Andrographis paniculata 102,0 mg Extrato de turmérico 333,3 mg Extrato de Eleutherococcus senticosus 14,4 mg *** Piperina 2,4 mg Povidone 18,0 mg Croscarmelose sódica 12,0 mg Celulose microcristalina, Avicel PH 200 114,9 mg Estearato de Magnésio 3,0 mg * 102 mg de Andrographis paniculata contendo 10 mg de andrografolidas. ** 333,3 mg de extrato de turmérico contendo 316,7 mg de curcuminoides. *** 14,4 mg de extrato de Eleutherococcus senticosus, equivalente a 240 mg de raiz de Eleutherococcus senticosus.

Andrografis, turmérico, eleuterococo, piperina, povidona, celulose e metade da croscarmelose sódica são misturados um ao outro com uma pequena quantidade de água, até que ocorra a granulação. A granulação é seca em forno para remover-se a água, e essa blenda é moída. São adicio20 nados, então, a metade restante da croscarmelose sódica e o estearato de magnésio, e a totalidade da blenda é misturada. A blenda de pós resultante é comprimida em comprimidos contendo 600 mg cada. Os comprimidos podem ser opcionalmente revestidos com açúcar ou com filme de revestimento. A dosagem consiste em duas cápsulas, tomadas três vezes por dia. Exemplo G

Como múltiplas quimioquinas podem ser reguladas para cima 5 após a infecção por rinovírus, um método para bloquear a quimiotaxia consiste em usar antagonistas de amplo espectro do receptor de quimioquina. As PBMCs (peripheral blood mononuclear cells, ou células mononucleares do sangue periférico) consistem, tipicamente, em uma mistura de monócitos e linfócitos, ou seja, leucócitos sanguíneos dos quais os granulócitos foram 10 separados e removidos. As PBMCs podem ser marcadas com um corante fluorescente, como Cell Tracker verde, disponível junto à Lonza Group Ltd1 de Basel, Suíça, e a inibição de migração em resposta a uma quimioquina pode ser monitorada. A migração quimiotática pode ser induzida por SDFIa (Stromal-Derived Factor-1 alpha, ou fator derivado de estroma 1 alfa), dispo15 nível junto à US Biological, de Swampscott, Massachusetts, EUA. O SDFIa pode induzir migração quimiotática mediante a ligação a um receptor quimiotático como CXCR4 e outros que podem ocorrer nas PBMCs. A inibição da migração quimiotática pode ser observada mediante a aplicação de um possível inibidor quimiotático, como vMIP-ll (viral Macrophage Inflammatory Pro20 tein-ll, ou proteína inflamatória de macrófago viral II), disponível junto à Sigma-Aldrich, de St. Louis, Missouri, EUA. A vMIP-ll pode ligar-se a receptores quimiotáticos como CCR2, CCR5 e outros que podem ocorrer nas PBMCs. Um inibidor quimiotático pode exibir inibição parcial ou total da quimiotaxia, e pode mostrar uma dependência em relação à dose.

vMIP-ll Porcentagem de inibição de quimio¬ (concentração em gg/mL) taxia induzida por SDFIa 0,01564 50% 0,22 100% Exemplo H

Os compostos de teste como etoxiquina, eugenol ou dihidroeugenol, disponíveis junto à Sigma-Aldrich1 de St. Louis1 Missouri, EUA1 podem ser testados quanto à inibição de atividade da ciclo-oxigenase mediante o uso de enzimas purificadas. Os compostos de teste podem ser submetidos a ensaio para a inibição da produção de prostaglandina mediante o contato individual dos mesmos com células que tenham sido infectadas com rinovírus. Um ensaio para prostaglandina está disponível junto à Cisbio International, de Bedford, Massachusetts, EUA. Uma linhagem de células ade5 quada para infecção por rinovírus é a A549 (designação ATCC: CCL-185), um carcinoma epitelial pulmonar humano disponível junto à ATCC, de Manassas, Virginia, EUA. Os resultados dos testes podem ser registrados como IC50 (concentração inibitória a 50%), a concentração na qual a formação de PGE2 ou a atividade de COX-1 ou COX-2 está à metade de seu valor máxi10 mo. Um ensaio para COX está disponível junto à Cayman Chemical, de Ann Arbor, Michigan, EUA.

IC50 (μΜ) Formação de Atividade da Atividade da Composto PGE2 COX-1 COX-2 ETOXIQUINA 0,03 459 54 EUGENOL 0,42 42 15 DI-HIDROEUGENOL 0,38 82 75 Exemplo I

Os compostos de teste como curcumina (disponível junto à Sigma-Aldrich, de St. Louis, Missouri, EUA) e Ro1069920 (disponível junto à CaIBiochem, EMD Biosciences, de Darmstadt, Alemanha) podem ser submetidos a ensaios quanto à inibição da atividade de NF-kB, medindo-se a diminuição da translocação de NF-kB mediante o uso do kit de reagente NFkB Activation HitKit® HCS (disponível junto à Cellomics, de Pittsburgh, PA, EUA). Os compostos de teste podem ser submetidos a ensaios quanto à inibição da translocação de NF-kB, colocando-os individualmente em contato com células que tenham sido infectadas com rinovírus, ou ativadas mediante o uso de IL1 β. Duas linhagens de células adequadas à infecção por rinovírus são A549 (um carcinoma epitelial pulmonar humano, ATCC CCL-185), e BEAS-2B (linhagem de célula epitelial brônquica humana, ATCC CRL-9609). Neste exemplo, ambos os tipos de célula foram pré-tratados com IL1b (0,05 ng/mL para células A549 e 0,5 ng/mL para células BEAS-2B) durante 30 minutos, para estimular a translocação de NF-kB para o núcleo, antes da adição dos inibidores em teste. Após a adição dos inibidores em teste, as células foram incubadas por outros 30 minutos. As células foram fixadas e testadas usando o kit de reagente NFKB Activation HitKit® HCS1 da Cellomics. Os resultados dos testes podem ser registrados como IC50 (concentração inibitória a 50%), a concentração na qual a translocação de NF-κΒ está à metade de seu valor máximo.

IC50 (μΜ) de translocação nuclear de NFkB induzida por IL1b Com Dosto A549 BEAS-2B Ro1069920 6,7 0,8 Curcumina 37,5 5,9 Exemplo J

Componentes de um extrato de chá verde (camellia sinensis), 10 como epigalocatequina e gaiato de epigalocatequina podem ser colocados próximos ao ICAM-1 (receptor para rinovírus humano codificado por um gene da Tabela I). A extensão da ligação entre os componentes na expressão do ICAM-1 pode ser determinada por meio de um teste de ligação competitiva padrão. Os componentes que se ligam substancialmente ao ICAM-1 po15 dem ser identificados como compostos envolvidos na regulação da infecção por rinovírus, mediante a inibição através de efeitos sobre a ligação e a absorção viral.

As dimensões e valores apresentados na presente invenção não devem ser compreendidos como estando estritamente limitados aos exatos 20 valores numéricos mencionados. Em vez disso, exceto onde especificado em contrário, cada uma dessas dimensões se destina a significar tanto o valor declarado como uma faixa de valores funcionalmente equivalentes em torno daquele valor. Por exemplo, uma dimensão apresentada como "40 mm" destina-se a significar "cerca de 40 mm".

Todos os documentos citados na presente invenção estão, em

sua parte relevante, aqui incorporados a título de referência, sendo que a citação de qualquer documento não deve ser interpretada como admissão ! de que este represente técnica anterior com respeito à presente invenção.

Embora modalidades específicas da presente invenção tenham sido ilustradas e descritas, deve ficar óbvio aos versados na técnica que várias outras alterações e modificações podem ser feitas sem se afastar do espírito e do escopo da invenção. Portanto, pretende-se cobrir nas reivindicações anexas todas essas alterações e modificações que se enquadram no escopo da presente invenção.

Tabela I - Lista dos principais genes expressos em amostras nasais de 48

horas após a infecção dos indivíduos com RV16

Transcript ID Título Acrônimo 202869 at 2',5'-oligoadenilato sintetase 1, 40/46kDa OAS1 205552 s at 2',5'-oligoadenilato sintetase 1, 40/46kDa OAS1 204972 at 2'-5'-oligoadenilato sintetase 2, 69/7IkDa OAS2 206553 at 2'-5'-oligoadenilato sintetase 2, 69/71 kDa OAS2 228607 at 2'-5'-oligoadenilato sintetase 2, 69/71 kDa OAS2 218400 at 2'-5'-oligoadenilato sintetase 3, 100kDa OAS3 232666 at 2'-5'-oligoadenilato sintetase 3,100kDa OAS3 205660 at similar a 2'-5'-oligoadenilato sintetase OASL 210797 s at similar a 2'-5'-oligoadenilato sintetase OASL 219684 at proteína responsiva a interferon de 28kD IFRG28 204607 at 3-hidróxi-3-metil glutaril-coenzima A sintase 2 (mitocondrial) HMGCS2 1555785 a at 5'-3' exoribonuclease 1 XRN1 233632 s at 5'-3' exoribonuclease 1 XRN1 223298 s at 5'-nucleotidase, citosólica Ill NT5C3 222162_s_at um motivo similar à disintegrina e metaloprotease (do tipo ADAMTS1 reprolisina) com trombospondina tipo 1, 1 237281 at uma proteína âncora da quinase (PRKA) 14 AKAP14 237282 s at uma proteína âncora da quinase (PRKA) 14 AKAP14 206513 at ausente em melanoma 2 AIM2 1557418 at membro da família de cadeia longa AciI-CoA sintetase 4 ACSL4 201786 s at adenosina deaminase, específica para RNA ADAR 213217 at adenilato ciclase 2 (cérebro) ADCY2 225342 at adenilato quinase 3 AK3L1 1553734 at adenilato quinase 7 AK7 209869 at receptor alfa-2A-adrenérgico ADRA2A 206170 at receptor beta-2-adrenérgico de superfície ADRB2 202912 at adrenomedulina ADM 206262 at álcool desidrogenase 1C (classe I), polipeptídeo gama ADH1C 207544 s at álcool desidrogenase 6 (classe V) ADH6 214261 s at álcool desidrogenase 6 (classe V) ADH6 210505_at álcool desidrogenase 7 (classe IV), polipeptídeo mu ou ADH7 sigma 205640 at família aldeído desidrogenase 3, membro B1 ALDH3B1 211004 s at família aldeído desidrogenase 3, membro B1 ALDH3B1 203609_s_at família aldeído desidrogenase 5, membro A1 (succinato- ALDH5A1 semialdeído desidrogenase) 209901 x at fator inflamatório de aloenxerto 1 AIF1 213095 x at fator inflamatório de aloenxerto 1 AIF1 215051 x at fator inflamatório de aloenxerto 1 AIF1 1552698 at similar â alfa tubulina MGC16703 205156 s at canal de cátion sensível à amilorida 2, neuronal ACCN2 1555284 at esclerose lateral amiotrófica 2 (juvenil) ALS2 211110_s_at receptor de androgênio (receptor de di-hidrotestosterona, AR feminização testicular, atrofia muscular espinhal e bulbar, doença de Kennedy) 219962 at enzima conversora de angiotensina I (peptidil-dipeptidase ACE2 210486 at contendo repetição da anquirina e domínio MYND 1 ANKMY1 238439 at domínio de repetição da anquirina 22 ANKRD22 239196 at domínio de repetição da anquirina 22 ANKRD22 211712 s at anexina A9 ANXA9 210873_x_at apolipoproteína B1 enzima editora de mRNA, similar a poli¬ APOBEC3A peptídeo catalítico 3A Transcript_ID Título Acrônimo 209546 s at apolipoproteína L, 1 APOL1 221653 x at apolipoproteína L1 2 APOL2 221087 s at apolipoproteína L, 3 APOL3 1555600 s at apolipoproteína L, 4 APOL4 223801 s at apolipoproteína L1 4 APOL4 219716 at apolipoproteína L1 6 APOL6 241869 at apolipoproteína L1 6 APOL6 221241 s at regulador de apoptose BCL-G BCLG 204446 s at araquidonato 5-lipoxigenase ALOX5 214366 s at araquidonato 5-lipoxigenase ALOX5 204445 s at araquidonato 5-lipoxigenase ALOX5 213952 s at araquidonato 5-lipoxigenase ALOX5 238878 at homeobox relacionado com aristaless ARX 223794 at contendo repetição do armadillo 4 ARMC4 205969 at aril acetamida desacetilase (esterase) AADAC 215407 s at astrotactina 2 ASTN2 213138 at domínio interativo rico em AT 5A (similar a MRF1) ARID5A 232265 at similar à ataxina 7 1 ATXN7L1 237400_at ATP sintase, transportador de H+, complexo mitocondrial ATP5S FO1 subunidade s (fator B) 239859_x_at ATP sintase, transportador de H+, complexo mitocondrial ATP5S F0, subunidade s (fator B) 214255 at ATPase1 Classe V1 tipo 10A ATP10A 207583 at cassete de ligação a ATP1 subfamília D (ALD)1 membro 2 ABCD2 206076 at gene B7 B7 205662 at proteína B9 EPPB9 210534 s at proteína B9 EPPB9 210538 s at contendo repetição de IAP baculoviral 3 BIRC3 221530 s at contendo domínio básico hélice-laço-hélice, classe B1 3 BHLHB3 220766 at gene de translocação da célula B 4 BTG4 203728 at antagonista/assassino de BCL2 1 BAK1 221241 s at similar a BCL2 14 (facilitador de apoptose) BCL2L14 220087 at beta-caroteno 15,15'-mono-oxigenase 1 BCM01 201641 at antígeno de célula estromal da medula óssea 2 BST2 218876 at proteína específica para o cérebro CGI-38 206382 s at fator neurotrófico derivado do cérebro BDNF 202946 s at contendo domínio BTB (POZ) 3 BTBD3 1554712 a at BXMAS2-10 BXMAS2-10 233662 at similar à caderina 26 CDH26 209530 at canal de cálcio, dependente de tensão, subunidade beta 3 CACNB3 214475 x at calpaína 3, (p94) CAPN3 208063 s at calpaína 9 CAP N 9 210641 at calpaína 9 CAP N 9 229228 at proteina de ligação a elemento responsivo a cAMP 5 CREB5 220168 at candidato a suscetibilidade para câncer 1 CASC1 234732_s_at proteína interativa para complexo de proteína para ligação a FLJ23588 CAP 1 219634 at carboidrato (condroitina 4) sulfotransferase 11 CHST11 223737 x at carboidrato (N-acetil galactosamina 4-0) sulfotransferase 9 CHST9 224400 s at carboidrato (N-acetil galactosamina 4-0) sulfotransferase 9 CHST9 219182 at carboidrato (N-acetil glicosamina 6-0) sulfotransferase 5 CHST5 205379 at carbonil redutase 3 CBR3 209616_s_at carboxil esterase 1 (serina esterase de monócito/macrófago CES1 1) 206576_s_at molécula de adesão celular 1 relacionada a antígeno carci- CEACAM1 noembriônico (glicoproteína biliar) 209498_at molécula de adesão celular 1 relacionada a antígeno carci- CEACAM1 noembriônico TranscriptJD Título Acrônimo (glicoproteína biliar) 211883_x_at molécula de adesão celular 1 relacionada a antígeno carci- CEACAM1 noembriônico (glicoproteína biliar) 211889_x_at molécula de adesão celular 1 relacionada a antígeno carci- CEACAM1 noembriônico (glicoproteína biliar) 210563 x at regulador de apoptose similar a CASP8 e FADD CFLAR 209939 x at regulador de apoptose similar a CASP8 e FADD CFLAR 211862 x at regulador de apoptose similar a CASP8 e FADD CFLAR 211317 s at regulador de apoptose similar a CASP8 e FADD CFLAR 239629 at regulador de apoptose similar a CASP8 e FADD CFLAR 210564 x at regulador de apoptose similar a CASP8 e FADD CFLAR 209508 x at regulador de apoptose similar a CASP8 e FADD CFLAR 211367_s_at caspase 1, protease de cisteína relacionada à apoptose CASP1 (interleucina 1, beta, convertase) 211368_s_at caspase 1, protease de cisteína relacionada à apoptose CASP1 (interleucina 1, beta, convertase) 205467 at caspase 10, protease de cisteína relacionada â apoptose CASP10 213596 at caspase 4, protease de cisteína relacionada à apoptose CASP4 209310 s at caspase 4, protease de cisteína relacionada â apoptose CASP4 207500 at caspase 5, protease de cisteína relacionada à apoptose CASP5 207181 s at caspase 7, protease de cisteína relacionada à apoptose CASP7 207686 s at caspase 8, protease de cisteína relacionada â apoptose CASP8 201432 at catalase CAT 238363 at cata Iase CAT 1565633 at catenina (proteína associada â caderina), delta 1 CTNND1 203645 s at antígeno CD163 CD163 215049 x at antígeno CD163 CD163 223834 at antígeno CD274 CD274 227458 at antígeno CD274 CD274 228766_at antígeno CD36 (receptor de colágeno tipo I, receptor de CD36 trombospondina) 211075_s_at antígeno CD47 (antígeno relacionado a Rh1 transdutor de CD47 sinal associado à integrina) 213857_s_at antígeno CD47 (antígeno relacionado a Rh, transdutor de CD47 sinal associado à integrina) 203507 at antígeno CD68 CD68 209795_at antígeno CD69 (p60, antígeno de ativação precoce das CD69 células T) 237009_at antígeno CD69 (p60, antígeno de ativação precoce das CD69 células T) 214049 x at antígeno CD7 (p41) CD7 1554519 at antígeno CD80 (ligante de antígeno CD28 1, antígeno B7-1) CD80 204440_at antígeno CD83 (linfócitos B ativados, superfamília da imu- CD83 noqlobulina) 211192 s at antígeno CD84 (antígeno de leucócito) CD84 210895 s at antígeno CD86 (ligante de antígeno CD28 2, antígeno B7-2) CD86 205288_at CDC14, ciclo de divisão celular 14, homólogo A (S. cerevi- CDC14A siae) 210742_at CDC14, ciclo de divisão celular 14, homólogo A (S. cerevi- CDC14A siae) 240735_at proteína quinase alfa para ligação a CDC42 (similar a CDC42BPA DMPK) 204693 at proteína efetora CDC42 (ligação a Rho GTPase) 1 CDC42EP1 1569004 at clone de cDNA, IMAGE:30349460, CDS parcial 1570165_at clone de cDNA, IMAGE:3895112, contendo erros de deslo¬ camento de quadro 1559817 at clone de cDNA, IMAGE:3961179, CDS parcial 231046 at clone de cDNA, IMAGE:4329532, CDS parcial 238910 at clone de cDNA, IMAGE.4779711, CDS parcial 1559103 s at clone de cDNA, IMAGE:4791593, CDS parcial 228108 at clone de cDNA, IMAGE:5263177, CDS parcial Transcript ID Título Acrônimo 235532 at clone de cDNA, IMAGE:5302913, CDS parcial 236522 at CDNA FLJ25684 fis, clone TST04185 213429 at CDNA FLJ26539 fis, clone KDN09310 225996 at CDNA FLJ36725 fis, clone UTERU2012230 1557383 a at CDNA FLJ38112 fis, clone D30ST2002272 1556938 a at CDNA FLJ38433 fis, clone FEBRA2014578 227061 at CDNA FLJ44429 fis, clone UTERU2015653 229190 at CDNA FLJ90295 fis, clone NT2RP2000240. 214567 s at ligante de quimioquina (motivo C) 1 XCL1 206366 x at ligante de quimioquina (motivo C) 2 XCL2 32128_at ligante de quimioquina (motivo C-C) 18 (pulmonar e regula¬ CCL18 do por ativação) 210072 at ligante de quimioquina (motivo C-C) 19 CCL19 216598 s at ligante de quimioquina (motivo C-C) 2 CCL2 205476 at ligante de quimioquina (motivo C-C) 20 CCL20 205114 s at ligante de quimioquina (motivo C-C) 3 CCL3L1 1405 i at ligante de quimioquina (motivo C-C) 5 CCL5 1555759 a at ligante de quimioquina (motivo C-C) 5 CCL5 204655 at ligante de quimioquina (motivo C-C) 5 CCL5 214038 at ligante de quimioquina (motivo C-C) 8 CCL8 205098 at receptor de quimioquina (motivo C-C) 1 CCR1 205099 s at receptor de quimioquina (motivo C-C) 1 CCR1 206991 s at receptor de quimioquina (motivo C-C) 5 CCR5 211434 s at similar a receptor de quimioquina (motivo C-C) 2 CCRL2 203687 at ligante de quimioquina (motivo C-X3-C) 1 CX3CL1 823 at ligante de quimioquina (motivo C-X3-C) 1 CX3CL1 204470_at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 1 (atividade de estí¬ CXC L1 mulo ao crescimento de melanoma, alfa) 204533 at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 10 CXCL10 210163 at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 11 CXCL11 211122 s at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 11 CXCL11 205242_at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 13 (quimiotático para CXCL13 célula B) 222484 s at Iiqante de quimioquina (motivo C-X-C) 14 CXCL14 209774 x at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 2 CXCL2 207850 at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 3 CXCL3 215101 s at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 5 CXCL5 203915 at ligante de quimioquina (motivo C-X-C) 9 CXCL9 1555705 a at fator similar à quimioquina, superfamília 3 CKLFSF3 224998 at fator similar à quimioquina, superfamília 4 CKLFS4 225009 at fator similar à quimioquina, superfamília 4 CKLFS4 209395 at similar à quitinase 3 1 (glicoproteína 39 de cartilagem) CHI3L1 209396 s at similar à quitinase 3 1 (glicoproteína 39 de cartilagem) CHI3L1 213415 at canal intracelular de cloreto 2 CLIC2 221881 s at canal intracelular de cloreto 4 CLIC4 206869 at condroaderina CHAD 211571 s at sulfato de condroitina proteoglicano 2 (versicano) CSPG2 207571 x at cromossomo 1, quadro de leitura aberto 38 C10RF38 238453 at cromossomo 10, quadro de leitura aberto 13 C100RF13 241902 at cromossomo 10, quadro de leitura aberto 48 C100RF48 220344 at cromossomo 11, quadro de leitura aberto 16 C110RF16 215692 s at cromossomo 11, quadro de leitura aberto 8 C110RF8 237974 at cromossomo 14, quadro de leitura aberto 29 C140RF29 1552950 at cromossomo 15, quadro de leitura aberto 26 C150RF26 230811 at cromossomo 16, quadro de leitura aberto 55 C160RF55 225929 s at cromossomo 17, quadro de leitura aberto 27 C170RF27 Transcript ID Título Acrônimo 225931 s at cromossomo 17, quadro de leitura aberto 27 C170RF27 230000 at cromossomo 17, quadro de leitura aberto 27 C170RF27 229542 at cromossomo 20, quadro de leitura aberto 85 C200RF85 1558333 at cromossomo 22, quadro de leitura aberto 15 C220RF15 1558334 a at cromossomo 22, quadro de leitura aberto 15 C220RF15 240232 at cromossomo 3, quadro de leitura aberto 1 C30RF1 229152 at cromossomo 4, quadro de leitura aberto 7 C40RF7 220751 s at cromossomo 5, quadro de leitura aberto 4 C50RF4 1559051 s at cromossomo 6, quadro de leitura aberto 150 C60RF150 233438 at cromossomo 6, quadro de leitura aberto 162 C60RF162 230695 s at cromossomo 6, quadro de leitura aberto 206 C60RF206 231070 at cromossomo 6, quadro de leitura aberto 71 C60RF71 226603 at cromossomo 7, quadro de leitura aberto 6 SAMD9L 230036 at cromossomo 7, quadro de leitura aberto 6 SAMD9L 235643 at cromossomo 7, quadro de leitura aberto 6 SAM D9L 243271 at cromossomo 7, quadro de leitura aberto 6 SAM D9L 218541 s at cromossomo 8, quadro de leitura aberto 4 C80RF4 221946 at cromossomo 9, quadro de leitura aberto 116 C90RF116 59437 at cromossomo 9, quadro de leitura aberto 116 C90RF116 1557014 a at cromossomo 9, quadro de leitura aberto 122 C90RF122 229976 at cromossomo 9, quadro de leitura aberto 18 C90RF18 229012 at cromossomo 9, quadro de leitura aberto 24 C90RF24 1553433 at cromossomo 9, quadro de leitura aberto 93 C90RF93 1553905 at cromossomo X, quadro de leitura aberto 22 CXORF22 231389 at cromossomo X, quadro de leitura aberto 41 CXORF41 228739 at Proteína cilia-associada(CYSI) 218223 s at proteína interativa para CK2 1, proteína HQ0024C CKIP-1 218182 s at claudina 1 CLDN1 222549 at claudina 1 CLDN1 1556687 a at claudina 10 CLDN10 214598 at claudina 8 CLDN8 243585 at clone DNA57844 ELIP488 (UNQ488) mRNA, CDS completo 209716 at fator estimulante de colônia 1 (macrófago) CSF1 207442 at fator estimulante de colônia 3 (granulócito) CSF3 1555229 a at componente complementar 1, subcomponente s C1S 208747 s at componente complementar 1, subcomponente s C1S 209906 at componente complementar 3a, receptor 1 C3AR1 208451 s at componente complementar 4A C4B 227209 at contactina 1 CNTN1 229831 at contactina 3 (associada à plasmocitoma) CNTN3 244632 at contactina 5 CNTN5 1556209 at Iectina de tipo C1 família de domínio 2, membro B CLEC2B 209732 at Iectina de tipo C1 família de domínio 2, membro B CLEC2B 1555214 a at Iectina de tipo C1 família de domínio 7, membro A CLEC7A 202284 s at inibidor de quinase dependente de ciclina 1A (p21, Cip1) CDKN1A 210140 at cistatina F (Ieucocistatina) CST7 205081 at proteína rica em cisteína 1 (intestinal) CRIP1 230866 at receptor de cisteinil Ieucotrieno 1 CYSLTR1 231747 at receptor de cisteinil Ieucotrieno 1 CYSLTR1 203922_s_at citocromo b-245, beta polipeptídeo (doença granulomatosa CYBB crônica) 203923_s_at citocromo b-245, beta polipeptídeo (doença granulomatosa CYBB crônica) 1553434 at citocromo P450 4Z2 pseudogene CYP4Z2P 206504 at citocromo P450, família 24, subfamília A, polipeptídeo 1 CYP24A1 Transcript ID Título Acrônimo 206424 at citocromo P450, família 26, subfamília A, polipeptídeo 1 CYP26A1 220432 s at citocromo P450, família 39, subfamília A1 polipeptídeo 1 CYP39A1 223961 s at proteína induzível por citoquina contendo SH2 CISH 231794 at proteína citotóxica associada a linfócito T 4 CTLA4 236341 at proteína citotóxica associada a linfócito T 4 CTLA4 218943 s at polipeptídeo de box DEAD (Asp-GIu-AIa-Asp) 58 DDX58 222793 at polipeptídeo de box DEAD (Asp-GIu-AIa-Asp) 58 DDX58 242961 x at polipeptídeo de box DEAD (Asp-GIu-AIa-Asp) 58 DDX58 213420 at polipeptídeo de box DEAH (Asp-Glu-Ala-Asp/His) 57 DHX57 210397 at defensina, beta 1 DEFB1 225415 at similar a deltex 3 (drosófila) DTX3L 231552 at proteína DKFZP434C212 GAPVD1 202887 s at transcrição induzível por dano ao DNA 4 DDIT4 1560020 at homólogo DnaJ (Hsp40), subfamília C, membro 13 DNAJC13 207311 at domínios duplos similares a C2, beta DOC2B 1552708 a at fosfatase de especificidade dupla 19 DUSP19 204794 at fosfatase de especificidade dupla 2 DUSP2 209457 at fosfatase de especificidade dupla 5 DUSP5 208891 at fosfatase de especificidade dupla 6 DUSP6 208892 s at fosfatase de especificidade dupla 6 DUSP6 208893 s at fosfatase de especificidade dupla 6 DUSP6 1565337 at dineína, axonêmica, polipeptídeo pesado 6 DNAH6 240857 at dineína, axonêmica, polipeptídeo pesado 9 DNAH9 220636 at dineína, axonêmica, polipeptídeo intermediário 2 DNAI2 227081 at dineína, axonêmica, polipeptídeo intermediário leve 1 DNAL11 1565149 at dineína, citoplasmática, polipeptídeo pesado 2 DNCH2 235273 at suscetibilidade à dislexia 1, candidato 1 DYX1C1 1562921 at proteína de ligação a E1A p300 EP300 220624 s at fator similar a E74 5 (fator de transcrição de domínio ets) ELF5 205249_at resposta de crescimento precoce 2 (homólogo Krox-20, EGR2 Drosófila) 209392 at ectonucleotídeo pirofosfatase/fosfodiesterase 2 (autotaxina) ENPP2 210839 s at ectonucleotídeo pirofosfatase/fosfodiesterase 2 (autotaxina) ENPP2 201842_s_at proteína de matriz extracelular similar à fibulina contendo EFEMP1 EGF 1 207111_at contendo módulo similar a EGF1 similar à mucina, similar a EMR1 receptor de hormônios 1 207610_s_at contendo módulo similar a EGF, similar a mucina, similar a EMR2 receptor de hormônios 2 244660_at ELAV similar a (letal embrionário, visão anormal, Drosófila) E LAVL1 (antígeno Hu R) 227180_at membro da família ELOVL 7, alongamento de ácidos graxos ELOVL7 de cadeia longa (levedura) 204858_s_at fator de crescimento para célula endotelial 1 (derivado de ECGF1 plaqueta) 217497_at fator de crescimento para célula endotelial 1 (derivado de ECGF1 plaqueta) 206758 at endotelina 2 EDN2 204464 s at receptor de endotelina tipo A EDNRA 203249 at intensificador do homólogo de zeste 1 (Drosófila) EZH1 201313 at enolase 2 (gama, neuronal) EN02 227609 at interação epitelial estromal 1 (seio) EPST11 239979 at interação epitelial estromal 1 (seio) EPST11 235276 at interação epitelial estromal 1 (seio) EPST11 222646 s at similar a ER01 (S. cerevisiae) EROIL 206710 s at faixa de proteína da membrana de eritrócito similar a 4,1 3 EPB41L3 212681 at faixa de proteína da membrana de eritrócito similar a 4,1 3 EPB41L3 Transcript ID Título Acrônimo 221680 s at gene variante ets 7 (oncogene TEL2) ETV7 224225 s at gene variante ets 7 (oncogene TEL2) ETV7 204211 x at fator de início da tradução eucariótica 2-alfa quinase 2 EIF2AK2 223533 at fator para diferenciação de adipócitos 158 LRRC8C 1554547 at família com similaridade de seqüência 13, membro C1 FAM13C1 226804 at família com similaridade de seqüência 20, membro A FAM20A 241981 at família com similaridade de seqüência 20, membro A FAM20A 242945 at família com similaridade de seqüência 20, membro A FAM20A 243221 at família com similaridade de seqüência 20, membro A FAM20A 244457 at família com similaridade de seqüência 20, membro C FAM20C 221766 s at família com similaridade de seqüência 46, membro A FAM4QA 224973 at família com similaridade de seqüência 46, membro A FAM46A 204780 s at Fas (superfamília de receptor para TNF, membro 6) FAS 204781 s at Fas (superfamília de receptor para TNF1 membro 6) FAS 215719 x at Fas (superfamília de receptor para TNF, membro 6) FAS 216252 x at Fas (superfamília de receptor para TNF, membro 6) FAS 210865 at ligante para Fas (superfamília de TNF, membro 6) FASLG 1554899_s_at fragmento Fe de IgE, alta afinidade I, receptor para polipep¬ FCER1G tídeo gama 204232_at fragmento Fe de IgE1 alta afinidade I, receptor para polipep¬ FCER1G tídeo gama 216950 s at fragmento Fe de IgG1 alta afinidade Ia, receptor (CD64) FCGR1A 203561 at fragmento Fe de IgG, baixa afinidade Ila1 receptor (CD32) FCGR2A 210889 s at fragmento Fe de IgG, baixas afinidade llb, receptor (CD32) FCGR2B 211395_x_at fragmento Fe de IgG, baixa afinidade llc, receptor para FCGR2C (CD32) 230645 at contendo domínio FERM 3 FRMD3 235846 at proteína de ligação ao silenciador do fibrinogênio RAD54B 222693 at domínio de fibronectina tipo Ill contendo 3B FNDC3B 205237 at ficolina (contendo domínio colágeno/fibrinogênio) 1 FCN1 1570515 a at proteína interativa para filamina A 1 FILIP1 215300 s at mono-oxigenase contendo flavina 5 FM05 231985 at flavoproteína óxido redutase MICAL3 mical3 239697 x at proteína FLJ42117 FLJ42117 230757 at proteína FLJ44796 FLJ44796 230956 at proteína FLJ45803 FLJ45803 1568606 at proteína FLJ46266 FLJ46266 226847 at folistatina FST 204420 at antígeno similar a FOS 1 FOSL1 230741_at clone de cDNA com inserção de comprimento total YX74D05 1556190_s_at clone de cDNA com inserção de comprimento total ZC64C06 237690 at receptor acoplado à proteína G 115 GPR115 210473 s at receptor acoplado à proteína G 125 GPR125 209631_s_at receptor acoplado à proteína G 37 (receptor de endotelina GPR37 similar ao tipo B) 223767 at receptor acoplado à proteína G 84 GPR84 223278 at proteína de junção de lacuna, beta 2, 26kDa (conexina 26) GJ B2 213685 at gene de PAC 886K2, cromossomo 1 222102 at glutationa S-transferase A3 GSTA3 204550 x at glutationa S-transferase M1 GSTM1 204418 x at glutationa S-transferase M2 (músculo) GSTM2 204149 s at glutationa S-transferase M4 GSTM4 227163 at glutationa S-transferase ômega 2 GST02 203815 at glutationa S-transferase teta 1 GSTT1 205164_at glicina C-acetiltransferase (2-amino-3-cetobutirato coenzima GCAT A ligase) TranscriptJD Título Acrônimo 205495 s at granulisina GNLY 205488_at granzima A (granzima 1, serina esterase citotóxica associa¬ GZMA da a linfócito T 3) 210164_at granzima B (granzima 2, serina esterase citotóxica associa¬ GZMB da a linfócito T 1) 210321 at granzima H (catepsina similar a G 2, proteína h-CCPX) GZMH 204224 s at GTP ciclo-hidrolase 1 (distonia dopa-responsiva) GCH1 219243 at GTPase, família IMAP1 membro 4 GIMAP4 219777 at GTPase1 família IMAP1 membro 6 GIMAP6 204115_at proteína de ligação a nucleotídeo de guanina (proteína G), GNG11 gama 11 204187 at guanosina monofosfato redutase GMPR 202269_x_at proteína de ligação a guanilato 1, induzível por interferon, GBP1 67kDa 202270_at proteína de ligação a guanilato 1, induzível por interferon, GBP1 67kDa 231577_s_at proteína de ligação a guanilato 1, induzível por interferon, GBP1 67kDa 231578_at proteína de ligação a guanilato 1, induzível por interferon, GBP1 67kDa 202748 at proteína de ligação a guanilato 2, induzível por interferon GBP2 242907 at proteína de ligação a guanilato 2, induzível por interferon GBP2 223434 at proteína de ligação a guanilato 3 GBP3 235175 at proteína de ligação a guanilato 4 GBP4 235574 at proteína de ligação a guanilato 4 GBP4 229625 at proteína de ligação a guanilato 5 GBP5 238581 at proteína de ligação a guanilato 5 GBP5 218839 at hairy/enhancer-of-split relacionado com o motivo YRPW 1 HEY1 44783 s at hairy/enhancer-of-split relacionado com o motivo YRPW1 HEY1 219863 at domínio hect e RLD 5 HERC5 219352 at domínio hect e RLD 6 HERC6 213069 at homólogo HEG 1 (peixe paulistinha) HEG1 1552787 at helicase (DNA) B HELB 1552788 a at helicase (DNA) B HELB 1552623 at contendo domínio SH2 hematopoiético HSH2D 203821 at fator de crescimento similar a EGF para ligação à heparina HBEGF 206149 at gene para antígeno do carcinoma hepatocelular 520 LOC63928 220812 s at HERV-H associado com LTR 2 HHLA2 211267 at homeobox (expressa em células ES) 1 HESX1 238704 at Homo sapiens, clone IMAGE:3866695, mRNA 238887 at Homo sapiens, clone IMAGE:3901628, mRNA 1570298 at Homo sapiens, clone IMAGE:4042783, mRNA 1559777 at Homo sapiens, clone IMAGE:4133286, mRNA 1569675 at Homo sapiens, clone IMAGE:4694422, mRNA 1557118 a at Homo sapiens, clone iMAGE:4812643, mRNA, CDS parcial 1558605 at Homo sapiens, clone IMAGE:4819775, mRNA 239343 at Homo sapiens, clone IMAGE:4821804, mRNA, CDS parcial 240888 at Homo sapiens, clone IMAGE.4838406, mRNA 1561368 at Homo sapiens, clone IMAGE:5194369, mRNA 229072 at Homo sapiens, clone IMAGE:5259272, mRNA 228740 at Homo sapiens, clone IMAGE:5276765, mRNA 227917 at Homo sapiens, clone IMAGE:5285282, mRNA 1561045 a at Homo sapiens, clone IMAGE:5548255, mRNA 1559534 at Homo sapiens, clone IMAGE:5743779, mRNA 1559535 s at Homo sapiens, clone IMAGE:5743779, mRNA 232790 at Homo sapiens, clone IMAGE:6058191, mRNA 1561355_at Homo sapiens, similar ao gene associado à deficiência de carnitina expresso no ventrículo 1, clone IMAGE:4837775, mRNA 205221 at homogentisato 1,2-dioxigenase (homogentisato oxidase) HGD 219865 at proteína HSPC157 HSPC157 Transcript ID Título Acrônimo 227262 at proteína de ligação de hialuronano e proteoglicano 3 HAPLN3 230372 at hialuronano sintase 2 HAS2 223541 at hialuronano sintase 3 HAS3 242733 at hidróxi prostaglandina desidrogenase 15-(NAD) HPGD 205404 at hidróxi esteroide (11-beta) desidrogenase 1 HSD11B1 204130 at hidróxi esteroide (11-beta) desidrogenase 2 HSD11B2 244395 at gene hipotético suportado por AK123449, BX641014 LOC401155 244761 at gene hipotético suportado por AK126569 FLJ44606 229291 at gene hipotético suportado por BC053344 LOC440600 236909 at LOC129881 hipotético LOC129881 229930 at LOC150371 hipotético LOC150371 235606 at LOC344595 hipotético LOC344595 229107 at LOC388227 hipotético LOC388227 236674 at LOC388780 hipotético LOC388780 1557647 a at LOC400125 hipotético LOC400125 222347 at LOC401131 hipotético LOC401131 222089 s at proteína hipotética AF447587 LOC146562 1552639 at proteína hipotética BC009980 MGC16635 236285 at proteína hipotética BC009980 MGC16635 228439 at proteína hipotética BC012330 MGC20410 1552269 at proteína hipotética BC014608 LOC128153 227966 s at proteína hipotética BC016861 LOC90557 233326_at proteína hipotética DKFZp434A128 DKFZP434A 128 219876_s_at proteína hipotética DKFZp434M0331 DKFZP434 M0331 213657_s_at proteína hipotética DKFZp547K1113 DKFZP547K 1113 37590_g_at proteína hipotética DKFZp547K1113 DKFZP547K 1113 1556158_at proteína hipotética DKFZp666G057 DKFZP666G 057 226018 at proteína hipotética Ellsl ELLS1 218824 at proteína hipotética FLJ10781 FLJ10781 218999 at proteína hipotética FLJ11000 FLJ11000 243465 at proteína hipotética FLJ11000 FLJ11000 218627 at proteína hipotética FLJ11259 FLJ11259 1555491 a at proteína hipotética FLJ11286 FLJ11286 53720 at proteína hipotética FLJ11286 FLJ11286 220156 at proteína hipotética FLJ11767 EFCAB1 220361 at proteína hipotética FLJ12476 FLJ12476 219381 at proteína hipotética FLJ13231 FLJ13231 221908 at proteína hipotética FLJ14627 FLJ14627 221909 at proteína hipotética FLJ14627 FLJ14627 218986 s at proteína hipotética FLJ20035 FLJ20035 218532 s at proteína hipotética FLJ20152 FLJ20152 236276 at proteína hipotética FLJ20366 FLJ20366 218802 at proteína hipotética FLJ20647 FLJ20647 219895 at proteína hipotética FLJ20716 FLJ20716 1554919 s at proteína hipotética FLJ21062 FLJ21062 219455 at proteína hipotética FLJ21062 FLJ21062 219334 s at proteína hipotética FLJ22833 FLJ22833 1554140 at proteína hipotética FLJ23129 WDR78 1554141 s at proteína hipotética FLJ23129 WDR78 220389 at proteína hipotética FLJ23514 FLJ23514 215341 at proteína hipotética FLJ23529 FLJ23529 237220 at proteína hipotética FLJ23834 FLJ23834 228152 s at proteína hipotética FLJ31033 FLJ31033 230339 at proteína hipotética FLJ32745 FLJ32745 230047 at proteína hipotética FLJ32810 FLJ32810 Transcript ID Título Acrônimo 233157 x at proteína hipotética FLJ32926 FLJ32926 230158 at proteína hipotética FLJ32949 DPY19L2 1558899 s at proteína hipotética FLJ35946 FLJ35946 236418 at proteína hipotética FLJ36119 TTLL5 215143 at proteína hipotética FLJ36166 FLJ36166 1553314 a at proteína hipotética FLJ37300 FLJ37300 1553362 at proteína hipotética FLJ37357 FLJ37357 228903 at proteína hipotética FLJ37464 FLJ37464 242470 at proteína hipotética FLJ38944 FLJ38944 1552389 at proteína hipotética FLJ39553 FLJ39553 1552390 a at proteína hipotética FLJ39553 FLJ39553 231081 at proteína hipotética FLJ40298 FLJ40298 228100 at proteína hipotética LOC128344 C10RF88 226702 at proteína hipotética LOC129607 LOC129607 239722 at proteína hipotética LOC134121 LOC134121 1557636 a at proteína hipotética LOC136288 LOC136288 228863 at proteína hipotética LOC144997 PCDH17 239593 at proteína hipotética LOC155006 LOC155006 241416 at proteína hipotética LOC155036 LOC155036 1556357 s at proteína hipotética LOC157697 LOC157697 238625 at proteína hipotética LOC199920 C10RF168 213248 at proteína hipotética LOC221362 LOC221362 1557417 s at proteína hipotética LOC222967 LOC222967 242601 at proteína hipotética LOC253012 LOC253012 236076 at proteína hipotética LOC257396 LOC257396 213148 at proteína hipotética LOC2574Ü7 LOC257407 1556062 at proteína hipotética LOC283012 LOC283012 1561096 at proteína hipotética LOC285419 LOC285419 1562209 at proteína hipotética LOC285429 LOC285429 232504 at proteína hipotética LOC285628 LOC285628 1557107 at proteína hipotética LOC286002 LOC286002 232921 at proteína hipotética LOC286025 LOC286025 225033 at proteína hipotética LOC286167 LOC286167 206721 at proteína hipotética LOC57821 C10RF114 227910 at proteína hipotética LOC63929 DNAJB7 232611 at proteína hipotética LOC92497 LOC92497 212281 s at proteína hipotética MAC30 MAC 30 224495 at proteína hipotética MGC10744 MGC10744 224463 s at proteína hipotética MGC13040 MGC13040 1563863 x at proteína hipotética MGC17403 MGC17403 1553055 a at proteína hipotética MGC19764 MGC19764 235498 at proteína hipotética MGC22773 LRRC44 228532 at proteína hipotética MGC24133 C10RF162 236085 at proteína hipotética MGC26610 CAPSL 1561200 at proteína hipotética MGC26733 MGC26733 228606 at proteína hipotética MGC33212 MGC33212 1555007 s at proteína hipotética MGC33630 WDR66 229302 at proteína hipotética MGC33926 MGC33926 1553729 s at proteína hipotética MGC35140 LRRC43 231549 at proteína hipotética MGC35194 C10RF158 238008 at proteína hipotética MGC35308 MGC35308 237020 at proteína hipotética MGC39581 MGC39581 243832 at proteína hipotética MGC5391 SFT2D3 221477 s at proteína hipotética MGC5618 MGC5618 235743 at proteína hipotética MGC61716 MTERFD2 TranscriptJD Título Acrônimo 213038 at contendo domínio IBR 3 IBRDC3 36564 at contendo domínio IBR 3 IBRDC3 230670 at superfamília da imunoglobulina, membro 10 IGSF10 210029 at indolamina-pirrol 2,3 dioxigenase INDO 215177 s at integrina, alfa 6 ITGA6 1555349 a at integrina, beta 2 (antígeno CD18 (p95), antígeno associado ITGB2 208083 s at integrina, beta 6 ITGB6 226535 at integrina, beta 6 ITGB6 208084 at integrina, beta 6 ITGB6 202637_s_at molécula de adesão intercetular 1 (CD54), receptor para ICAM1 rinovírus humano 202638_s_at molécula de adesão intercelular 1 (CD54), receptor para ICAM1 rinovírus humano 215485_s_at molécula de adesão intercelular 1 (CD54), receptor para ICAM1 rinovírus humano 201601 x at proteína transmembranar induzida por interferon 1 (9-27) IFITM1 214022 s at proteína transmembranar induzida por interferon 1 (9-27) IFITM1 201315 x at proteína transmembranar induzida por interferon 2 (1-8D) IFITM2 212203 x at proteína transmembranar induzida por interferon 3 (1-8U) IFITM3 1555464 at induzido por interferon com domínio helicase C 1 IFIH1 216020 at induzido por interferon com domínio helicase C 1 IFIH1 219209 at induzido por interferon com domínio helicase C 1 I Fl H1 202531 at fator regulador de interferon 1 IRF1 208436 s at fator regulador de interferon 7 IRF7 204057 at fator regulador de interferon 8 IRF8 204698 at gene estimulado por interferon 20kDa ISG20 33304 at gene estimulado por interferon 20kDa ISG20 205483 s at interferon, proteína alfa-induzível (clone IFI-15K) G1P2 204415 at interferon, proteína alfa-induzível (clone IFI-6-16) G1P3 210354 at interferon, gama IFNG 209417 s at proteína induzida por interferon 35 IFI35 214059 at proteína induzida por interferon 44 IFI44 214453 s at proteína induzida por interferon 44 IFI44 204439 at proteína induzida por interferon similar a 44 IFI44L 203153_at proteína induzida por interferon com repetições de tetratri- IFIT1 copeptídeo 1 217502_at proteína induzida por interferon com repetições de tetratri- IFIT2 copeptídeo 2 226757_at proteína induzida por interferon com repetições de tetratri- IFIT2 copeptídeo 2 204747_at proteína induzida por interferon com repetições de tetratri- IFIT3 copeptídeo 3 229450_at proteína induzida por interferon com repetições de tetratri- IFIT3 copeptídeo 3 203595_s_at proteína induzida por interferon com repetições de tetratri- IFIT5 copeptídeo 5 203596_s_at proteína induzida por interferon com repetições de tetratri- IFIT5 copeptídeo 5 212657 s at antagonista do receptor de interleucina 1 IL1RN 39402 at interleucina 1, beta IL1B 207433 at interleucina 10 IL10 207375 s at receptor de interleucina 15, alfa IL15RA 1555016 at interleucina 16 (fator quimiotático para linfócitos) IL16 209827 s at interleucina 16 (fator quimiotático para linfócitos) IL16 222868 s at proteína de ligação à interleucina 18 IL18BP 220745 at interleucina 19 IL19 1552609 s at interleucina 28A (interferon, Iambda 2) IL28A 203828 s at interleucina 32 IL32 230966 at interleucina 4 induzida 1 IL4I1 210744 s at receptor de interleucina 5, alfa 1L5RA Transcript ID Título Acrônimo 205207 at interleucina 6 (interferon, beta 2) IL6 206693 at interleucina 7 IL7 241808 at interleucina 7 IL7 226218 at receptor de interleucina 7 IL7R 202859 x at interleucina 8 IL8 211506 s at interleucina 8 IL8 233290_at proteína 1 de ligação quinase 1 associada ao receptor inter- IRAK1BP1 leucina-1 1554739 at polipeptídeo promovido por partícula intracisternal A IPP 236235_at homólogo de Itchy E3 ubiquitina proteína Iigase (camun- ITCH dongo) 205841 at quinase Janus 2 (uma proteína-tirosina quinase) JAK2 205842 s at quinase Janus 2 (uma proteína-tirosina quinase) JAK2 227677 at quinase Janus 3 (uma proteína-tirosina quinase, leucócito) JAK3 229294 at juntofilina 3 JPH3 205157 s at queratina 17 KRT17 209125 at queratina 6A KRT6C 204166 at KIAA0963 KIAA0963 212942 s at KIAA1199 KIAA1199 1562648 at KIAA1212 KIAA1212 234936 s at proteína KIAA1345 KIAA1345 225076 s at proteína KIAA1404 KIAA1404 1569503 at proteína KIAA1414 KIAA1414 227409 at KIAA1443 KIAA1443 222139 at gene KIAA1466 KIAA1466 241347 at KIAA1618 KIAA1618 225193 at KIAA1967 KIAA1967 203934_at receptor de domínio para inserção de quinase (uma tirosina KDR quinase receptora de tipo III) 223778 at família quinesina, membro 9 Kl F9 228429 x at família quinesina, membro 9 Kl F9 231319 x at família quinesina, membro 9 Kl F9 204385 at quinureninase (L-quinurenina hidrolase) KYNU 210663 s at quinureninase (L-quinurenina hidrolase) KYNU 217388 s at quinureninase (L-quinurenina hidrolase) KYNU 205306 x at quinurenina 3-mono-oxigenase (quinurenina 3-hidroxilase) KMO 203276 at lamina B1 LMNB1 217933 s at Ieucina aminopeptidase 3 LAP3 236917 at contendo repetição rica em Ieucina 34 LRRC34 236918 s at contendo repetição rica em Ieucina 34 LRRC34 220003 at contendo repetição rica em Ieueina 36 LRRC36 205266 at fator inibitório de leucemia (fator de diferenciação colinérgi- LIF 205876 at receptor do fator inibitório de leucemia LIFR 225571 at receptor do fator inibitório de leucemia LIFR 227771 at receptor do fator inibitório de leucemia LIFR 225575 at receptor do fator inibitório de leucemia LIFR 210660_at receptor de leucócito similar â imunoglobulina, subfamília A LILRA1 (com domínio TM), membro 1 211100_x_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília A LILRA2 (com domínio TM), membro 2 207104_x_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília A LILRB1 B (com domínios TM e ITIM), membro 1 229937_x_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília A LILRB1 B (com domínios TM e ITIM), membro 1 207697_x_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília A LILRB2 B (com domínios TM e ITIM), membro 2 210225_x_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília B LILRB2 (com Transcript ID Título Acrônimo domínios TM e ITIM), membro 2 210784_x_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília B LILRB2 (com domínios TM e ITIM), membro 2 211135_x_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília A LILRB2 B (com domínios TM e ITIM), membro 2 208594_x_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília A LILRB3 B (com domínios TM e ITIM), membro 6 215838_at receptor de leucócito similar à imunoglobulina, subfamília A LILRA5 B (com domínios TM e ITIM), membro 7 210644 s at receptor similar a Ig associado a leucócito 1 LAIR1 224806 at LOC440448 LOC440448 230552 at LOC440523 LOC440523 239279 at LOC440702 LOC440702 237585 at LOC441Q54 LOC441Q54 236045 x at LOC441801 LOC441801 202067_s_at receptor para lipoproteína de baixa densidade (hipercoleste- LDLR rolemia familiar) 217173_s_at receptor para lipoproteína de baixa densidade (hipercoleste- LDLR rolemia familiar) 202068_s_at receptor para lipoproteína de baixa densidade (hipercoleste- LDLR rolemia familiar) 235126_at proteína hipotética LQK1, mRNA com isoforma curta (LQK1), CDS completo, alternativamente submetida a splicing 220532 s at proteína LR8 LR8 207797 s at proteína de ligação LRP2 LRP2BP 206486 at gene de ativação de linfócitos 3 LAG3 205569 at proteína de membrana associada a Iisossoma 3 LAM P3 209728_at complexo principal de histocompatibilidade, classe II, DR H LA-DR B4 beta 4 204475 at metaloproteinase de matriz 1 (colagenase intersticial) MMP1 204580 at metaloproteinase de matriz 12 (elastase de macrófago) MMP12 202827 s at metaloproteinase de matriz 14 (inserida pela membrana) MMP14 217279 x at metaloproteinase de matriz 14 (inserida pela membrana) MMP14 203936_s_at metaloproteinase de matriz 9 (gelatinase B, gelatinase de MMP9 92kDa, colagenase tipo IV de 92kDa) 218810 at proteína induzida por tratamento MCP-1 ZC3H12A 1552594 at MDAC1 MDAC1 205655_at Mdm4, célula 3T3 transformada duplo minuto 4, proteína de MDM4 ligação p53 (camundongo) 241876_at Mdm4, célula 3T3 transformada duplo minuto 4, proteína de M DM4 ligação p53 (camundongo) 219703 at proteína estrutural nuclear específica para meiose 1 MNS1 221369 at receptor de melatonina 1A MTNR1A 219574 at dedo de anel associado à membrana (C3HC4) 1 1-Mar 229383 at dedo de anel associado à membrana (C3HC4) 1 1-Mar 219607_s_at domínios abrangendo a membrana 4, subfamília A, membro MS4A4A 4 212185 x at metalotioneína 2A MT2A 201761_at metileno tetra-hidrofolato desidrogenase (dependente de MTHFD2 NADP+) 2, metenil tetra-hidrofolato ciclo-hidrolase 205101 at transativador MHC classe Il MHC2TA 226084 at proteína associada a microtúbulo 1B MAPI B 228943 at proteína associada a microtúbulo 6 MAP6 1552573 s at polidactilia com imagem em espelho 1 MIPOL1 222528 s at proteína carreadora de soluto mitocondrial SLC25A37 238025 at similar a domínio quinase de linhagem mista MLKL 204041 at monoamina oxidase B MAOB Transcript ID Título Acrônimo 215731 s at fosfoproteína de fase M 9 MPHOSPH9 1561272_at MRNA, cDNA DKFZp313J0134 (obtido de clone DKFZp313J0134) 225812_at MRNA, cDNA DKFZp586F0922 (obtido de clone DKFZp586F0922) 1568698_at MRNA, cDNA DKFZp686G0585 (obtido de clone DKFZp686G0585) 238484 s at MRNA, clone CD 43T7 238752_at similar a MRS2, fator de homeostase do magnésio (S. cere- MRS2L visiae) 222712 s at mucina 13, transmembranar epitelial MUC13 218687 s at mucina 13, transmembranar epitelial MUC13 227241 at mucina 15 MUC15 235740_at múltiplos domínios C2 com duas regiões transmembranares MCTP1 1 213306 at proteína de domínio PDZ múltiplo MPDZ 212913 at mutS homólogo 5 (E. coli) MSH5 200798 x at seqüência de leucemia mielocítica 1 (relacionado a BCL2) MCL1 200796 s at seqüência de leucemia mielocítica 1 (relacionado a BCL2) MCL1 200797 s at seqüência de leucemia mielocítica 1 (relacionado a BCL2) MCL1 202086_at resistência a mixovírus (vírus da gripe) 1, proteína induzível MX1 por interferon p78 (camundongo) 204994 at resistência a mixovírus (vírus da gripe) 2 (camundongo) MX2 206418 at NADPH oxidase 1 NOX1 213915 at seqüência do grupo de células "Natural Killer" 7 NKG7 1557071 s at NEDD8 ultimate buster-1 NYREN18 238844 s at nefronoptise 1 (juvenil) NPHP1 1552309 a at nexilina (proteína de ligação para F actina) NEXN 226103 at nexilina (proteína de ligação para F actina) NEXN 211086_x_at quinase relacionada a NIMA ("never in mitosis", ou nunca NEK1 em mitose, gene a) 1 210037 s at óxido nítrico sintase 2A (induzível, hepatócitos) NOS2A 200632 s at gene N-myc regulado a jusante 1 NDRG1 206197_at células não-metastáticas 5, proteína expressa em (nucleo- NME5 sídeo-difosfato quinase) 210218 s at antígeno nuclear Sp100 SP100 209636_at fator nuclear do intensificador do gene de polipeptídeo leve NFKB2 kappa em células B 2 (p49/p100) 201502_s_at inibidor do fator nuclear do intensificador do gene de poli¬ NFKBIA peptídeo leve kappa em células B, alfa 223217_s_at inibidor do fator nuclear do intensificador do gene de poli¬ NFKBIZ peptídeo leve kappa em células B, zeta 223218_s_at inibidor do fator nuclear do intensificador do gene de poli¬ NFKBIZ peptídeo leve kappa em células B, zeta 241031 at fator localizado nuclear 1 NLF1 225344 at coativador de receptor nuclear 7 NCOA7 205729 at receptor de oncostatina M OSMR 226621 at receptor de oncostatina M OSMR 210415 s at fibra densa externa da cauda do esperma 2 ODF2 238575 at similar à proteína de ligação de oxiesterol 6 OSBPL6 209230 s at proteína p8 (candidato de metástase 1) P8 222725 s at palmdelphin PALMD 1556773 at hormônio similar ao hormônio da paratiroide PTHLH 206300 s at hormônio similar ao hormônio da paratiroide PTHLH 214204 at PARK2 corregulado PACRG 234927 s at contendo domínio PDZ1 cromossomo X FLJ21687 236548 at proteína de domínio PDZ GIPC2 GIPC2 1553589 a at proteína interativa para PDZK1 1 PDZK1IP1 Transcript ID Título Acrônimo 219630 at proteína interativa para PDZK1 1 PDZK1IP1 1553681 a at perforina 1 (proteína formadora de poros) PRF1 214617 at perforina 1 (proteína formadora de poros) PRF1 224210 s at proteína de membrana peroxissomal 4, 24kDa PXM P4 228230_at complexo peroxissomal ativado por proliferador e interativo PRIC285 para receptor A 285 232517_s_at complexo peroxissomal ativado por proliferador e interativo PRIC285 para receptor A 285 219195_at receptor peroxissomal ativado por proliferação, gama, coati- PPARGC1A vador 1, alfa 204285 s at proteína induzida por forbol-12-miristato-13-acetato 1 PMAIP1 204286 s at proteína induzida porforbol-12-miristato-13-acetato 1 PMAIP1 232553 at fosfato citidilil transferase 1, colina, isoforma beta PCYT1B 239808_at proteína de transferência do fosfatidil inositol, citoplasmática PITPNC1 1 1558680 s at fosfodiesterase 1A, dependente de calmodulina PDE1A 231213 at fosfodiesterase 1 A, dependente de calmodulina PDE1A 226459 at proteína adaptadora de fosfoinositida-3-quinase 1 PIK3AP1 202430 s at fosfolipídeo escramblase 1 PLSCR1 202446 s at fosfolipídeo escramblase 1 PLSCR1 241916 at fosfolipídeo escramblase 1 PLSCR1 218901 at fosfolipídeo escramblase 4 PLSCR4 1558534_at quinase relacionada a ΡΙ-3-quinase similar a SMG-1 DKFZP547E 087 211924 s at ativador de plasminogênio, receptor de uroquinase PLAUR 203470 s at plecstrina PLEK 203471 s at plecstrina PLEK 218613 at plecstrina e domínio Sec7 contendo 3 PSD3 1557363_a_at proteína interativa para o domínio de homologia da plecstri¬ PHIP na 224701 at família poli (ADP-ribose) polimerase, membro 14 PARP14 235157 at família poli (ADP-ribose) polimerase, membro 14 PARP14 223220 s at família poli (ADP-ribose) polimerase, membro 9 PARP9 227807 at família poli (ADP-ribose) polimerase, membro 9 PAR P9 225291 at polirribonucleotídeo nucleotidiltransferase 1 PNPT1 1555167 s at fator de intensificação de colônia pré-célula B 1 PBEF1 207838_x_at proteína interativa para fator de transcrição de leucemia PBXIP1 pré-célula B 1 235229_at PREVISTO: Homo sapiens, similar a receptor olfativo 2I2 (LOC442197), mRNA 238531_x_at PREVISTO: Homo sapiens, similar a receptor olfativo 2I2 (LOC442197), mRNA 238629_x_at PREVISTO: Homo sapiens, similar a receptor olfativo 2I2 (LOC442197), mRNA 231077_at PREVISTO: Homo sapiens, similar a RIKEN cDNA 1700009P17 (LOC257177), mRNA 230044 at prepro-neuropeptídeo B NPB 227458 at ligando 1 para morte celular programada 1 PDCD1I1 223834 at ligando 1 para morte celular programada 1 PDCD1I1 206503 x at leucemia promielocítica PML 209640 at leucemia promielocítica PML 210362 x at leucemia promielocítica PML 211012 s at leucemia promielocítica PML 211013 x at leucemia promielocítica PML 211588 s at leucemia promielocítica PML 235508 at leucemia promielocítica PML 213652 at pro-proteína convertase subtilisina/quexina tipo 5 PCSK5 204748_at prostaglandin-endoperoxide synthase 2 (prostaglandin G/H PTGS2 sintase e ciclo-oxigenase) Transcript ID Titulo Acrônimo 218083 at prostaglandina E sintase 2 PTGES2 1555097 a at receptor de prostaglandina F (FP) PTGFR 207177 at receptor de prostaglandina F (FP) PTGFR 222277 at espiral tripla de colágeno da próstata PCOTH 226279 at protease, serina, 23 PRSS23 229441 at protease, serina, 23 PRSS23 204211 x at proteína quinase, dependente de RNA de filamento duplo PRKR 237105 at proteína quinase, ativador dependente de RNA de filamento PRKRA 228620 at proteína quinase, ativador dependente de RNA de filamento PRKRA 218273_s_at proteína fosfatase 2C, dependente de magnésio, subunida¬ PPM2C de catalítica 222572_at proteína fosfatase 2C, dependente de magnésio, subunida¬ PPM2C de catalítica 207808 s at proteína S (alfa) PROS1 1569552_at proteína tirosina fosfatase, tipo não-receptora 18 (derivada PTPN18 do cérebro) 208300 at proteína tirosina fosfatase, tipo receptora, H PTPRH 203030 s at proteína tirosina fosfatase, tipo receptora, N polipeptídeo 2 PTPRN2 209323 at proteína quinase, inibidor dependente de RNA de filamento PRKRIR 227289 at protocaderina 17 PCDH17 205656 at protocaderina 17 PCDH17 227282 at protocaderina 19 PCDH19 238117 at protoporfirinogênio oxidase PPOX 204788 s at protoporfirinogênio oxidase PPOX 220005 at receptor purinérgico P2Y, acoplado à proteína G, 13 P2RY13 206637 at receptor purinérgico P2Y, acoplado à proteína G, 14 P2RY14 1563104 at proteína 3 (classe II) interativa com a família RAB11 RAB11FIP3 205925 s at RAB3B, membro da família de oncogenes RAS RAB3B 227123 at RAB3B, membro da família de oncogenes RAS RAB3B 239202 at RAB3B, membro da família de oncogenes RAS RAB3B 213797 at domínio radical S-adenosil metionina contendo 2 RSAD2 242625 at domínio radical S-adenosil metionina contendo 2 RSAD2 226436 at família de domínio de associação a Ras (RalGDS/AF-6) 4 RASSF4 209545 s at serina-treonina quinase interativa com o receptor 2 RIPK2 1555804 a at regulado na quinase COPD YSK4 202988 s at regulador de sinalização da proteína G 1 RGS1 223691 at regulador de sinalização da proteína G 22 RGS22 220105 at gene da região de deleção de tumor rabdoide 1 RTDR1 206526 at domínio RIB43A com espirais enroladas 2 RIBC2 206111_at ribonuclease, família RNase A, 2 (fígado, neurotoxina deri¬ RNASE2 vada de eosinófilos) 242442 x at domínio RNA (guanina-9-) metiltransferase contendo 2 RG9MTD2 238763 at proteína com motivo de ligação a RNA 20 RBM20 235004 at proteína com motivo de ligação a RNA 24 RBM24 223609 at similar à roporina 1 ROPN1L 220330_s_at domínio SAM, domínio SH3 e sinais de localização nuclear, SAMSN1 1 213435 at família SATB, membro 2 SATB2 223843 at receptor de sequestrante classe A, membro 3 SCARA3 213456 at domínio esclerostina contendo 1 SOSTDC1 205241_at homólogo SCO deficiente em citocromo oxidase 2 (levedu¬ SC02 ra) 216346 at similar a SEC14 3 (S. cerevisiae) SEC14L3 Transcript ID Título Acrônimo 240699 at similar a SEC14 3 (S. cerevisiae) SEC14L3 213716 s at secretado e transmembranar 1 SECTM1 209875_s_at fosfoproteína secretada 1 (osteopontina, sialoproteina ós¬ SPP1 sea I, ativação precoce de linfócito T 1) 204563 at selectina L (molécula de adesão de linfócito 1) SELL 228869 at interator do ligante de selectina citoplasmático-1 SLIC1 231669 at selenoproteína P, plasma, 1 SEPP1 217977 at selenoproteína X, 1 SEPX1 215028_at domínio sema, domínio transmembranar (TM) e domínio SEMA6A citoplasmático, (semaforina) 6A 225660_at domínio sema, domínio transmembranar (TM) e domínio SEMA6A citoplasmático, (semaforina) 6A 223567_at domínio sema, domínio transmembranar (TM) e domínio SEMA6B citoplasmático, (semaforina) 6B 202376_at inibidor de serina (ou cisteína) proteinase, clade A (alfa-1 SERPINA3 antiproteinase, antitripsina), membro 3 212268_at inibidor de serina (ou cisteína) proteinase, clade B (ovalbu- SERPINB1 mina), membro 1 239213_at inibidor de serina (ou cisteína) proteinase, clade B (ovalbu- SERPINB1 mina), membro 1 1552463_at inibidor de serina (ou cisteína) proteinase, clade B (ovalbu- SERPINB11 mina), membro 11 1563357_at inibidor de serina (ou cisteina) proteinase, clade B (ovalbu- SERPINB9 mina), membro 9 209723_at inibidor de serina (ou cisteína) proteinase, clade B (ovalbu- SERPINB9 mina), membro 9 242814_at inibidor de serina (ou cisteína) proteinase, clade B (ovalbu- SERPINB9 mina), membro 9 200986_at inibidor de serina (ou cisteína) proteinase, clade G (inibidor SERPING1 C1), membro 1, (angioedema, hereditário) 206319_s_at similar a inibidor de serina protease, com domínios Kunitz e SPINLW1 WAP 1 (epina) 228035 at serina/treonina quinase 33 STK33 208607 s at amiloide sérica A1 SAA1 214456 x at amiloide sérica A1 SAA1 207096 at amiloide sérica A4, constitutiva SAA4 222717_at resposta à privação de soro (proteína de ligação à fosfatidil SDPR serina) 44673 at sialoadesina SN 208322 s at sialiltransferase 4A (beta-galactosídeo alfa-2,3-sialil- SIAT4A 209969 s at transdutor de sinal e ativador de transcrição 1, 91 kDa STAT1 232375 at transdutor de sinal e ativador de transcrição 1, 91 kDa STAT1 205170 at transdutor de sinal e ativador de transcrição 2,113 kDa STAT2 217199 s at transdutor de sinal e ativador de transcrição 2,113 kDa STAT2 225636 at transdutor de sinal e ativador de transcrição 2, 113 kDa STAT2 206181_at família da molécula de sinalização da ativação linfocítica, SLAMF1 membro 1 1559760 at similar a domínio de repetição da anquirina 20A LOC442146 226612 at similar a CG4502-PA FLJ25076 231044 at similar a CG5435-PA LOC127003 1560118_at Similar à proteína de ligação a zinco, contendo domínio rico LOC388943 em cisteína e histidina (CHORD) 1 1554609 at similar a citocromo c, somático MGC12965 230314 at similar à proteína hipotética 628 LOC440424 Transcript ID Título Acrônimo 239150 at similar a proteína hipotética A430083B19 LOC132203 231923 at similar a proteína hipotética LOC231503 LOC441027 230033 at similar a proteína testicular hipotética obtida de macaco LOC3529Q9 241912 at similar à proteína dedo de zinco hipotética KIAA1956 LOC400721 240287 at similar a gene de resposta imune 1 LOC341720 1570541_s_at similar à proteína de ligação a guanilato induzida por interfe¬ LOC400759 ron 1 (proteína de ligação a GTP 1) (proteína de ligação a nucleotídeo de guanina 1) (HuGBP-1) 216565_x_at similar a proteína transmembranar induzida por interferon 3 LOC391020 (proteina induzível por interferon 1-8U) 236666 s at similar à repetição rica em Ieucina contendo 10 LOC390205 227522 at similar ao gene 2310016A09Rik de camundongo LOC134147 230615 at similar a gene homólogo interativo para Numb LOC405753 237291 at similar a RIKEN cDNA 2010316F05 LOC344405 227628 at similar a RIKEN cDNA 2310016C16 LOC493869 242555 at similar a RIKEN cDNA 4921524J17 LOC388272 222068 s at similar a RIKEN cDNA 4930457P18 LRRC50 228362_s_at similar ao gene RIKEN cDNA A630077B13, RIKEN cDNA LOC441168 2810048G17 229390_at similar ao gene RIKEN cDNA A630077B13, RIKEN cDNA LOC441168 2810048G17 229391_s_at similar ao gene RIKEN cDNA A630077B13, RIKEN cDNA LOC441168 2810048G17 230591_at similar à serina/treonina-proteína quinase PLK1 (quinase LOC441777 similar a Polo 1) (PLK-1) (serina-treonina proteína quinase 13) (STPK13) 1559681_a_at similar à proteína B box contendo motivo tripartite 16, res- LOC147166 ponsiva a estrogênio 244551 at similar à proteína dedo de zinco 92 (HTF12) LOC442699 219159 s at família SLAM1 membro 7 SLAMF7 222838 at família SLAM1 membro 7 SLAMF7 234306 s at família SLAM1 membro 7 SLAMF7 219386 s at família SLAM1 membro 8 SLAMF8 232547 at proteína interativa para SNAP25 SNIP 241436 at canal de sódio, não-dependente de voltagem 1, gama SCNN1G 243713_at família carreadora de soluto 1 (transportador de glutamato SLC1A1 neuronal/epitelial de alta afinidade, sistema Xag), membro 1 219593 at família carreadora de soluto 15, membro 3 SLC15A3 1557918_s_at família carreadora de soluto 16 (transportadores de ácido SLC16A1 monocarboxílico), membro 1 202236_s_at família carreadora de soluto 16 (transportadores de ácido SLC16A1 monocarboxílico), membro 1 209900_s_at família carreadora de soluto 16 (transportadores de ácido SLC16A1 monocarboxílico), membro 1 202497_x_at família carreadora de soluto 2 (transportador de glicose SLC2A3 facilitado), membro 3 216236_s_at família carreadora de soluto 2 (transportador de glicose SLC2A14 facilitado), membro 3 1554161 at família carreadora de soluto 25, membro 27 SLC25A27 1560705 at família carreadora de soluto 25, membro 28 SLC25A28 221432 s at família carreadora de soluto 25, membro 28 SLC25A28 223192 at família carreadora de soluto 25, membro 28 SLC25A28 206529 x at família carreadora de soluto 26, membro 4 SLC26A4 232277_at família carreadora de soluto 28 (transportador de nucleosí- SLC28A3 deo acoplado com sódio), membro 3 Transcript ID Título Acrônimo 204204_at família carreadora de soluto 31 (transportadores de cobre), SLC31A2 membro 2 206628_at família carreadora de soluto 5 (cotransportador de só¬ SLC5A1 dio/glicose), membro 1 210854_x_at família carreadora de soluto 6 (transportador de neuro- SLC6A8 transmissor, creatina), membro 8 213843_x_at família carreadora de soluto 6 (transportador de neuro- SLC6A8 transmissor, creatina), membro 8 237058_x_at família carreadora de soluto 6 (transportador de neuro- SLC6A13 transmissor, GABA), membro 13 219614_s_at família carreadora de soluto 6 (transportador de prolina SLC6A20 IMINO), membro 20 225516_at família carreadora de soluto 7 (transportador de aminoácido SLC7A2 catiônico, sistema y+), membro 2 1561615_s_at família carreadora de soluto 8 (trocador de sódio/cálcio), SLC8A1 membro 1 1554988 at família carreadora de soluto 9, isoforma 11 SLC9A11 218404 at nexina de classificação 10 SNX10 208012 x at proteína corporal nuclear SP110 SP110 208392 x at proteína corporal nuclear SP110 SP110 209761 s at proteína corporal nuclear SP110 SP110 209762 x at proteína corporal nuclear SP110 SP110 223980 s at proteína corporal nuclear SP110 SP110 210033 s at antígeno associado a esperma 6 SPAG6 206815 at antígeno associado a esperma 8 SPAG8 205406 s at proteína autoantigênica do esperma 17 SPA17 233251 at proteína de ligação a RNA perinuclear de espermatideo STRBP 233252 s at proteína de ligação a RNA perinuclear de espermatideo STRBP 244439 at domínio EVH1 relacionado a sprouty contendo 1 SPRED1 204595 s at estaniocalcina 1 STC1 204596 s at estaniocalcina 1 STC1 204597 x at estaniocalcina 1 STC1 230746 s at estaniocalcina 1 STC1 213820 s at domínio START contendo 5 STARD5 1554923 at domínio de motivo alfa estéril contendo 6 SAMD6 219691 at domínio de motivo alfa estéril contendo 9 SAMD9 228531 at domínio de motivo alfa estéril contendo 9 SAMD9 218800 at esteroide 5 similar à alfa-redutase 2 SRD5A2L 225241 at gene sensível a esteroide 1 URB 225242 s at gene sensível a esteroide 1 URB 243864 at gene sensível a esteroide 1 URB 203767_s_at esteroide sulfatase (microssômico), arilsulfatase C, isoen- STS zima S 203770_s_at esteroide sulfatase (microssômico), arilsulfatase C, isoen- STS zima S 243543 at similar a esterol-C4-metil oxidase SC4MOL 1553794 at estomatina similar a (EPB72) 3 STOM L3 1553202 at storkhead box 1 STOX1 229378 at storkhead box 1 STOX1 223939 at receptor de succinato 1 SUCNR1 1553030 a at su Ifito oxidase SUOX 219934_s_at família sulfotransferase 1E, com preferência para estrogê- SULT1E1 nio, membro 1 222940_at família sulfotransferase 1E, com preferência para estrogê- SULT1E1 nio, membro 1 215078 at superóxido dismutase 2, mitocondrial SOD2 215223 s at superóxido dismutase 2, mitocondrial SOD2 216841 s at superóxido dismutase 2, mitocondrial SOD2 221477 s at superóxido dismutase 2, mitocondrial SOD2 209999 x at supressor da sinalização de citoquina 1 SOCS1 TranscriptJD Título Acrônimo 210001 s at supressor da sinalização de citoquina 1 SOCS1 213337 s at supressor da sinalização de citoquina 1 SOCS1 203372 s at supressor da sinalização de citoquina 2 SOCS2 203373 at supressor da sinalização de citoquina 2 SOCS2 206359 at supressor da sinalização de citoquina 3 SOCS3 206360 s at supressor da sinalização de citoquina 3 SOCS3 227697 at supressor da sinalização de citoquina 3 SOCS3 210190 at sintaxina 11 STX11 1569566_at família de domínio TBC1 (tre-2/USP6, BUB2, cdc16), mem¬ TBC1D1 bro 1 204526 s at família de domínio TBC1, membro 8 (com domínio GRAM) TBC1D8 1556318 s at proteína interativa para TBP CAN D1 1552542 s at proteína ativadora da GTPase de ativação de células T TAGAP 229723 at proteína ativadora da GTPase de ativação de células T TAGAP 234050 at proteína ativadora da GTPase de ativação de células T TAGAP 242388 x at proteína ativadora da GTPase de ativação de células T TAGAP 201645 at tenascina C (hexabraquiona) TNC 216005 at tenascina C (hexabraquiona) TNC 218864 at tensina TNS1 1566606 a at gene expresso em testículo 9 TEX9 237057 at específico para testículos, 10 TSGA10 203824 at tetraspanina 8 TSPAN8 244571 s at domínio de repetição tetratricopeptídeo 12 TTC12 244190 at domínio THAP contendo 5 THAP5 201666_at inibidor de tecidos de metaloproteinase 1 (atividade poten- TIMP1 cializadora de eritroide, inibidor de colagenase) 220655 at proteína interativa com TNFAIP3 3 TNIP3 204924 at receptor similar a toll 2 TLR2 1552798 a at receptor similar a toll 4 TLR4 224341 x at receptor similar a toll 4 TLR4 229560 at receptor similar a toll 8 TLR8 209593 s at família torsina 1, membro B (torsina B) TOR1B 236833 at família torsina 2, membro A TTC16 226117_at proteína interativa para TRAF, com um domínio associado TIFA ao forkhead 228941 at Iocus transcrito 229278 at Iocus transcrito 229869 at Ioeus transcrito 230406 at Iocus transcrito 231181 at Iocus transcrito 235670 at Iocus transcrito 236198 at Ioeus transcrito 236203 at Iocus transcrito 236256 at Iocus transcrito 237573 at Iocus transcrito 238392 at Iocus transcrito 239582 at Iocus transcrito 240013 at Iocus transcrito 240183 at Iocus transcrito 240422 at Iocus transcrito 241371 at Iocus transcrito 241853 at Iocus transcrito 243063 at Iocus transcrito 243379 at Iocus transcrito 243754 at Iocus transcrito 244116 at Iocus transcrito 244313 at Iocus transcrito Transcript ID Título Acrônimo 235892_at Iocus transcrito, moderadamente similar a XP_510261.1, similar a componente 5 do complexo gama-tubulina (GCP5) [Pan troglodytes] 229641_at Iocus transcrito, moderadamente similar a XP_517655.1, similar a proteína KIAA0825 [Pan troglodytes] 230269_at Iocus transcrito, fortemente similar a NP_001186.1, proteína estrutural em filamento globular 1, filensina [Homo sapiens] 235428_at Iocus transcrito, fortemente similar a XP_511361.1, similar à proteína ribossómica L23a, 60S proteína ribossômica L23a, seqüência de cDNA BC029892 [Pan troglodytes] 229843_at Iocus transcrito, fortemente similar a XP_519844.1, similar à proteína CGI-90 [Pan troglodytes] 240182_at Iocus transcrito, fortemente similar a XP_531023.1 LOC463393 [Pan troglodytes] 230927_at Iocus transcrito, fracamente similar à proteína NP_694983.1 contendo DHHC 20 [Homo sapiens] 235949_at Ioeus transcrito, fracamente similar à NP_775735.1 l(3)similar a mbt 4 (DrosophiIa) [Homo sapiens] 238725_at Iocus transcrito, fracamente similar à proteína hipotética XP 496299.1 LOC148206 [Homo sapiens] 235247 at fator de transcrição similar a CP2 3 TFCP2L3 232116 at fator de transcrição similar a CP2 4 TFCP2L4 206715 at fator de transcrição EC TFEC 232383 at fator de transcrição EC TFEC 201042_at transglutaminase 2 (polipeptídeo C, proteína-glutamina- TGM2 gama-glutamiltransferase) 211573_x_at transglutaminase 2 (polipeptídeo C, proteína-glutamina- TGM2 gama-glutamiltransferase) 1554485 s at proteína transmembranar 37 TMEM37 227190 at proteína transmembranar 37 TMEM37 217875 s at RNA transmembranar induzido por androgênio da próstata TMEPAI 202307_s_at transportador 1, cassete de ligação a ATP, subfamília B TAP1 (MDR/TAP) 204770_at transportador 2, cassete de ligação a ATP, subfamília B TAP2 (MDR/TAP) 225973_at transportador 2, cassete de ligação a ATP, subfamília B TAP2 (MDR/TAP) 202478 at homólogo de tribbles 2 (DrosophiIa) TRIB2 202479 s at homólogo de tribbles 2 (DrosophiIa) TRIB2 36742 at contendo motivo tripartite 15 TRIM15 213293 s at contendo motivo tripartite 22 TRIM22 213884 s at contendo motivo tripartite 3 TRIM3 208170 s at contendo motivo tripartite 31 TRIM31 215444 s at contendo motivo tripartite 31 TRIM31 210705 s at contendo motivo tripartite 5 TRIM5 200628 s at triptofanil-tRNA sintetase WARS 200629 at triptofanil-tRNA sintetase WARS 228882 at homólogo de tubby (camundongo) pote 207490 at tubulina, alfa 4 TUBA4 223501_at superfamília Fator de Necrose Tumoral (ligante), membro TNFSF13B 13b 223502_s_at superfamília Fator de Necrose Tumoral (ligante), membro TNFSF13B 13b 1552648_a_at superfamília receptor do Fator de Necrose Tumoral, mem¬ TNFRSF10A bro 10a 231775_at superfamília receptor do Fator de Necrose Tumoral, mem¬ TNFRSF10A bro 10a 218368_s_at superfamília receptor do Fator de Necrose Tumoral, mem¬ TNFRSF12A bro 12A 203508_at superfamília receptor do Fator de Necrose Tumoral, mem¬ TNFRSF1B bro 1B TranscriptJD Título Acrônimo 207536_s_at superfamília receptor do Fator de Necrose Tumoral, mem¬ TNFRSF9 bro 9 202510 s at Fator de Necrose Tumoral, proteína alfa-induzida 2 TNFAIP2 206026 s at Fator de Necrose Tumoral, proteína alfa-induzida 6 TNFAIP6 220804 s at proteína tumoral p73 TP73 232770 at candidato a supressor tumoral 3 TUSC3 205890 s at ubiquitina D UBD 219211 at protease específica para ubiquitina 18 USP18 207213 s at protease específica para ubiquitina 2 USP2 1562738 a at protease específica para ubiquitina 3 USP3 237247 at protease específica para ubiquitina 51 USP51 201649 at enzima conjugadora de ubiquitina E2L 6 UBE2L6 238657 at contendo domínio UBX 3 UBXD3 203868 s at molécula de adesão celular vascular 1 VCAM1 204929 s at proteína de membrana associada à vesícula 5 (miobrevina) VAMP5 203798 s at similar à visinina 1 VSNL1 1566324_a_at homólogo do oncogene v-maf para fibrossarcoma músculo- MAF aponeurótico (aviário) 218559_s_at homólogo B do oncogene v-maf para fibrossarcoma múscu- MAFB lo-aponeurótico (aviário) 222670_s_at homólogo B do oncogene v-maf para fibrossarcoma múscu- MAFB lo-aponeurótico (aviário) 36711_at homólogo F do oncogene v-maf para fibrossarcoma múscu- MAFF lo-aponeurótico (aviário) 205205_at homólogo B do oncogene v-rel para retículo endoteliose RELB viral, fator nuclear do intensificador do gene de polipeptídeo leve kappa em células B 3 (aviário) 1557132 at domínio de repetição WD 17 WDR17 225898 at domínio de repetição WD 54 WDR54 204712_at fator inibitório WNT 1 WIF1 210301 at xantina desidrogenase XDH 241994 at xantina desidrogenase XDH 206133 at fator-1 associado a XIAP BIRC4BP 228617 at fator-1 associado a XIAP BIRC4BP 242234 at fator-1 associado a XIAP BIRC4BP 241588 at contendo domínio YTH 2 YTHDC2 242020 s at proteína de ligação Z-DNA 1 ZBP1 220104 at proteína antiviral dedo de zinco ZAP 213051 at proteína antiviral dedo de zinco ZAP 225634 at proteína antiviral dedo de zinco ZAP 218543 s at domínio de dedo de zinco tipo CCCH contendo 1 PARP12 220104 at dedo de zinco tipo CCCH, antiviral 1 ZC3HAV1 203603 s at homeobox de dedo de zinco 1b ZFHX1B 229848 at proteína dedo de zinco 10 (KOX 1) ZNF10 235366 at proteína dedo de zinco 10 (KOX 1) ZNF10 229848 at proteína dedo de zinco 10 (KOX 1) ZNF10 1567031 at proteína dedo de zinco 160 ZNF160 220497 at proteína dedo de zinco 214 ZNF214 226754 at proteína dedo de zinco 251 ZNF251 1565614 at proteína dedo de zinco 337 ZNF337 201531_at proteína dedo de zinco 36, tipo C3H, homólogo (camundon¬ ZFP36 go) 238454 at proteína dedo de zinco 540 ZNF540 1562282 at proteína dedo de zinco 568 ZNF568 1553696 s at proteína dedo de zinco 569 ZNF569 228093 at proteína dedo de zinco 599 ZNF599 222816 s at dedo de zinco, domínio CCCH contendo 2 ZCCHC2 Transcript ID Título Acrônimo 1552557 a at dedo de zinco, domínio CCCH contendo 15 ZDHHC15 205714 s at dedo de zinco, domínio MYND contendo 10 ZMYND10 216663 s at dedo de zinco, domínio MYND contendo 10 ZMYND10 1553454 at 1556003 a at 1556216 s at 1557012 a at 1557236 at 1557437 a at 1557617 at 1560422 at 1560751 at 1561882 at 1562472 at 1563075 s at 1564656 at 201422 at 205442 at 206048 at 214084 x at 214511 x at 214712 at 216834 at 221159.at 227361 at 227783 at 229437 at 229543 at 230230 at 230776 at 234517 at 235276 at 235456 at 235539 at 235681 at 236915 at 237448 at 238491 at 238720 at 239302 s at 239896 at 241710 at 241857 at 242007 at 242620 at 243803 at 244045 at 244383 at Tabela Il - Lista de exemplos para categorias de proteínas, receptores, enzimas, produtos de proteínas, receptores de produtos de proteínas e regula

dores de expressão

Cateaorias funcionais Exemplos Proteínas antioxidantes sintases de óxido nítrico, ubiquitina, PARK2, catalases, proto¬ porfirinogênio oxidase, sulfito oxidase, superóxido dismutase 2, glutationa S-transferase, superóxido dismutase 2, SOD, gluta¬ tiona peroxidase Antiviral 2',5'-oligoadenilato sintetases, viperina, fosfolipídeo escrambla¬ se 1, adenosina deaminase, ACE2, granzimas A, B e H, GBP 1-5, gene estimulado por interferon, receptor do fator inibitório de leucemia, fator inibitório de leucemia, proteína quinases dependentes de RNA de filamento duplo induzível por interfe¬ ron (PRKRs)1 proteínas antivirais dedo de zinco, proteína dedo de zinco 10, DDX58 Apoptose BCL-2, BCL-G, calpaínas, CASP1 - 10, Fas, ligante de Fas, PMAIP1, antagonista/assassino de BCL2 1, regulador de apop¬ tose similar a CASP8 e FADD1 MCL1, Iigantes para morte celu¬ lar programada Adesão à célula carboidrato sulfotransferases, CEACAM1, cateninas, Iectinas de tipo C, contactinas, ficolina, integrinas, ICAM1, tenascinas, tetraspaninas, sialoadesinas, selectinas, interação epitelial estromal 1 (EPSTI1), hialuronano sintase 2, protocaderina 17, fosfoproteína secretada 1, molécula de adesão de linfócito 1, TIMP1, VCAM1 Moléculas da superfície CD163, CD274, CD36, CD47, CD68, CD69, CD7, CD80, celular (agrupamentos CD83, CD84, CD86 de diferenciação) Lise celular granulisina, granzimas A1 B e H1 membros da família SLAM (SLAMF7 e SLAMF8), sintaxinas, perforinas Quimiotaxia CCL2, CCL3L1, CCL5, CCL8, CCL18, CCL19, XCL1, XCL2, CCL20, CXCL1, CX3CL1, CXCL2, CXCL3, CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, CXCL14, MCP-1, fator similar a quimioquina, superfamílias 3 e 4, IP-10. Receptores quimiotáti- CCR1, CCR2, CCR3.CCR5, CCRL2, CXCR3, CXCR4, COS CX3CR1, XCR1 Tecido conjuntivo Fibronectina1 colágeno Receptores de citoqui¬ Receptor do fator inibitório de leucemia, receptores de oncosta¬ na tina M Citoquinas Fator de Necrose Tumoral (TNF)1 IL1, IL12, Interferons Tipo I (IFN-a, IFN-b), IL10, IL6, IL15, IL18, Interferon-g (IFN-g)), IL19, IL-4, IL5, Fator de crescimento de transformação-b (TGF-b), Linfotoxina (LT), IL13, CSFs1 IL-28A, IL32, IL5R, IL7, IL1ra, IL8, cistatina, defensinas, S0CS1-3, TAGAP Citoesqueleto e mobili¬ calpaínas, inibidor de quinase dependente de ciclina, autotaxidade nas, dineínas, filaminas, queratinas, tubulinas, estomatinas, tensinas, tetraspaninas, laminas, proteínas associadas a micro¬ túbulo, nexilinas, palmodelfinas, ativadores de plasminogênio. Replicação de DNA DNA helicase B Mitogênios de célula PD-ECGF1 endotelial Matriz extracelular EFEMP1, hialuronano sintase, HAPLN3, TIMP1, metaloproteinases de matriz (MMPs)1 Receptores acoplados receptores alfa e beta-adrenérgicos, receptores de succinato, à proteína G receptores purinérgicos, receptor de endotelina tipo A, recepto¬ res de prostaglandina F Junções de lacuna conexinas, juntofilinas, claudinas, caderina Receptores de imuno¬ Receptores similares a Ig associados a leucócito globulina Imunoglobulinas Fragmentos Fe de IgE e IgG Proteínas inflamatórias araquidonato 5-lipoxigenase, COX1 LOX1 MMPs1 TACE1 ICE1 hialuronidase, sintases induzíveis de óxido nítrico, prostaglandinas, Ieucotrienos Cateaorias funcionais Exemplos Proteínas induzidas por Proteínas transmembranares induzidas por interferon (IFITM1- interferon IFITM3), proteína induzida por interferon com repetições de tetratricopeptídeo (IFIT1-IFIT5), IFI35, IFI44, IFI44L, MX1, MX2, GBP1-GBP5, IFIH-1 Proteínas de ligação a apolipoproteínas 1-6, amiloides séricas, proteína de ligação lipídio LRP2 Receptores de hormô¬ EMR1, EMR2 nio similares à mucina Mucinas MUC13, MUC15, sialiltransferase AA Receptores similares a IFIH-1, DDX58 RIG Metabolismo de RNA exoribonucleases, ribonucleases Transdução de sinal JAKs, STAT1, STAT2, NFkB1 fosfodiesterases, adenilato ciclases, fosfatases de especificidade dupla, estomatina, serina treonina quinases, RIPK2, tirosina fosfatases, quinases Janus, RGS1, RGS22, fosfodiesterases, proteínas de ligação a guani¬ lato (GBPs), GTPases Receptores para TNF superfamília receptor do Fator de Necrose Tumoral Receptores similares a TLR2, TLR4, TLR8 Toll Fatores de transcrição CREB, proteína de ligação E1A, fator de transcrição de domí¬ nio ETS1 F0SL1, EIF2AK2, fatores reguladores de interferon (IRF1, IRF7, IRF8), proteína interativa para TBP1 TIFA1 fator de transcrição EC1 fator de transcrição similar a CP2 Transportadores e CLIC2, CLIC4, canais de sódio, anquirinas, subunidade beta-3 canais do canal de cálcio, cassetes de ligação a ATP, ATPase1 proteí¬ nas da família carreadora de soluto, TAP2, TAP1 Homeostase vascular endotelina, receptor de endotelina tipo A Receptores virais ICAM1 (receptor para RV humano)

Claims (13)

1. Método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, compreendendo: a) colocar pelo menos um composto em contato com um alvo selecionado dentre genes identificados na Tabela I, proteínas codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão para genes da Tabela I, receptores de proteínas codificados por genes da Tabela I, produtos de proteínas codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos das proteínas de genes da Tabela I e combinações dos mesmos; b) determinar se o dito composto se liga ao alvo; e c) identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que se ligam ao alvo.

2. Método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, compreendendo: a) colocar pelo menos um composto em contato com um sistema modelo para infecção por rinovírus contendo um alvo selecionado entre genes identificados na Tabela I, proteínas codificadas por genes da Tabela I, reguladores de expressão para genes da Tabela I1 receptores de proteínas codificados por genes da Tabela I, produtos de proteínas codificados por genes da Tabela I, receptores de produtos das proteínas de genes da Tabela I e combinações dos mesmos; b) determinar, ainda, se o composto regula a infecção por rinovírus, ou a resposta à infecção por rinovírus, em um sistema modelo para infecção por rinovírus; e c) identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que regulam a infecção por rinovírus, ou a resposta à infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus.

3. Método, de acordo com a reivindicação 1 ou a reivindicação2, compreendendo pelo menos dois compostos.

4. Método, de acordo com a reivindicação 1 ou a reivindicação2, compreender, ainda: administrar a um mamífero o composto identificado na etapa (c) da reivindicação 1 ou na etapa (c) da reivindicação 2 e determinar se o composto regula a infecção por rinovírus ou a resposta à infecção por rinovírus no mamífero, sendo que os compostos que regulam a infecção por rinovírus ou a resposta à infecção por rinovírus no mamífero são identificados como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus in vivo.

5. Método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, compreendendo: a) colocar pelo menos um composto em contato com uma população de células expressando uma proteína codificada pelos genes da Tabela I e identificada na Tabela II; b) determinar e comparar o nível de atividade da proteína na população de células que é colocada em contato com o composto ao nível de atividade da proteína na população de células que não é colocada em contato com o composto; e c) identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que modulam a atividade da proteína na população de células que é colocada em contato com o composto, em comparação à atividade na população de células que não é colocada em contato com o composto.

6. Método, de acordo com a reivindicação 5, compreendendo, ainda: d) determinar, ainda, se o composto identificado na etapa (c) da reivindicação 5 regula a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus; e e) identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que regulam a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus.

7. Método, de acordo com a reivindicação 5 ou a reivindicação6, compreendendo, ainda: administrar a um mamífero o composto identificado na etapa (c) da reivindicação 5 ou na etapa (e) da reivindicação 6, e determinar se o composto regula a infecção por rinovírus no mamífero, sendo que os compostos que regulam a infecção por rinovírus no mamífero são identificados como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus.

8. Método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, compreendendo: a) colocar pelo menos um composto em contato com uma população de células expressando uma proteína identificada na Tabela Il codificada por genes da Tabela I; b) determinar e comparar o nível de expressão da proteína na população de células que é colocada em contato com o composto ao nível de expressão da proteína na população de células que não é colocada em contato com o composto; e c) identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que modulam a expressão da proteína na população de células que é colocada em contato com o composto, em comparação à expressão da proteína na população de células que não é colocada em contato com o composto.

9. Método, de acordo com a reivindicação 8, compreendendo, ainda: d) determinar se o composto identificado na etapa (c) da reivindicação 8 regula a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus; e e) identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que regulam a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus.

10. Método, de acordo com a reivindicação 8 ou a reivindicação9, compreendendo, ainda: administrar a um mamífero o composto identificado na etapa (c) da reivindicação 8 ou na etapa (e) da reivindicação 9, e determinar se o composto regula a infecção por rinovírus no mamífero, sendo que os compostos que regulam a infecção por rinovírus no mamífero são identificados como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus.

11. Método para a identificação de compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus, compreendendo: a) colocar pelo menos um composto em contato com uma população de células expressando um gene identificado na Tabela I; b) determinar e comparar o nível de expressão do gene na população de células que é colocada em contato com o composto ao nível de expressão do gene na população de células que não é colocada em contato com o composto; e c) identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que modulam a expressão do gene na população de células que é colocada em contato com o composto, em comparação à expressão do gene na população de células que não é colocada em contato com o composto.

12. Método, de acordo com a reivindicação 11, compreendendo, ainda: d) determinar se o composto identificado na etapa (c) da reivindicação 11 regula a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus; e e) identificar como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus aqueles compostos que regulam a infecção por rinovírus em um sistema modelo para infecção por rinovírus.

13. Método, de acordo com a reivindicação 11 ou a reivindicação 12, compreendendo, ainda: administrar a um mamífero o composto identificado na etapa (c) da reivindicação 11 ou na etapa (e) da reivindicação 12, e determinar se o composto regula a infecção por rinovírus no mamífero, sendo que os compostos que regulam a infecção por rinovírus no mamífero são identificados como compostos destinados à regulação de infecção por rinovírus.