BRPI0810083B1 - Métodos para estabelecer onde uma planta de soja ou semente de soja deve ser cultivada, de melhoramento da planta de soja, para selecionar uma semente de soja, de distribuição de uma planta de soja, para isolar sementes de soja de maturidade precoce indeterminada, e para determinar se uma planta de soja tem um grupo de maturidade - Google Patents
Métodos para estabelecer onde uma planta de soja ou semente de soja deve ser cultivada, de melhoramento da planta de soja, para selecionar uma semente de soja, de distribuição de uma planta de soja, para isolar sementes de soja de maturidade precoce indeterminada, e para determinar se uma planta de soja tem um grupo de maturidade Download PDFInfo
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Description
(54) Título: MÉTODOS PARA ESTABELECER ONDE UMA PLANTA DE SOJA OU SEMENTE DE SOJA DEVE SER CULTIVADA, DE MELHORAMENTO DA PLANTA DE SOJA, PARA SELECIONAR UMA SEMENTE DE SOJA, DE DISTRIBUIÇÃO DE UMA PLANTA DE SOJA, PARA ISOLAR SEMENTES DE SOJA DE MATURIDADE PRECOCE INDETERMINADA, E PARA DETERMINAR SE UMA PLANTA DE SOJA TEM UM GRUPO DE MATURIDADE (51) Int.CI.: C12Q 1/68; A01H 5/10 (30) Prioridade Unionista: 28/03/2007 US 60/920,531, 31/10/2007 US 61/001,049 (73) Titular(es): MONSANTO TECHNOLOGY LLC (72) Inventor(es): JONATHAN JENKINSON; JOHN TAMULONIS; JAMES NARVEL; KENNETH GRUYS; HENRY E. VALENTIN
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Relatório Descritivo da Patente de Invenção para MÉTODOS PARA ESTABELECER ONDE UMA PLANTA DE SOJA OU SEMENTE DE SOJA DEVE SER CULTIVADA, DE MELHORAMENTO DA PLANTA DE SOJA, PARA SELECIONAR UMA SEMENTE DE SOJA, DE DISTRIBUIÇÃO DE UMA PLANTA DE SOJA, PARA ISOLAR SEMENTES DE SOJA DE MATURIDADE PRECOCE INDETERMINADA, E PARA DETERMINAR SE UMA PLANTA DE SOJA TEM UM GRUPO DE MATURIDADE.
Referência Cruzada a Pedidos de Patente Relacionados [001] Este pedido de patente reivindica o benefício sob 35 U.S.C. § 119(e) do Pedido de Patente Provisória U.S. Nos 60/920.531, depositado em 28 de março de 2007, e 61/001.049, depositado em 31 de outubro de 2007. A totalidade de cada uma destes pedidos de patentes está neste pedido incorporada por referência.
Incorporação da Listagem de Sequências [002] Duas cópias da Listagem de Sequências e uma forma legível em computador da listagem de sequência em CD-ROM, cada uma contendo o arquivo denominado ListagemdeSequências.txt, que tem 140.000 bytes de tamanho (medido no MS-Windows) estão depositadas por meio deste e neste pedido incorporadas por referência. Uma cópia de papel da Listagem de Sequência e uma forma legível em computador da listagem de sequência em disquete, contendo o arquivo denominado pa_seq_54590.txt que tem 143.360 bytes de tamanho (medido no MS-Windows) e que foi registrado no dia 14 de março de 2007 e depositado no Pedido de Patente U.S. No 60/920.531, estão neste pedido incorporados por referência.
Campo da Invenção [003] A invenção inclui métodos e composições de regiões genômicas para classificação e seleção de plantas e sementes do gênero Glycine associadas com maturidade e hábito de crescimento da
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 11/152
2/114 planta de soja. A invenção também inclui métodos e composições para classificação de plantas e sementes do gênero Glycine com marcadores associados com regiões genômicas que estão relacionadas à maturidade vegetal e hábito de crescimento vegetal de plantas Glycine. Antecedentes da Invenção [004] Soja, Soja (L). Merril, é uma cultura econômica importante no mundo inteiro e é uma fonte primária de óleo e proteína vegetal (Sinclair and Backman, Compendium of Soybean Diseases, 3rd Ed. APS Press, St. Paul, MN, p. 106. (1989)). A demanda crescente por baixo colesterol e dietas ricas em fibra tem também aumentado a importância da soja como um alimento saudável.
[005] As variedades de soja cultivadas nos Estados Unidos têm uma base genética estreita. Seis introduções, ‘Mandarim’, ‘Manchu’, ‘Mandarim’ (Ottawa), ‘Richland’, ‘AK’ (Harrow) e ‘Mukden’ contribuíram com quase 70% do germoplasma representado em 136 liberações de cultivar. A base genética da soja cultivada pode ser ampliada através do uso de espécies exóticas. Além disso, as espécies exóticas podem possuir tais traços-chave como resistência à doença e estresse. Neste momento, os traços de muitas espécies exóticas são inacessíveis em parte devido as limitações com cruzamento das plantas de soja a partir de grupos de maturidade extremamente diferentes. A maioria dos cruzamentos de desenvolvimento de variedade de soja são feitas entre parentais em 10 dias de maturidade de cada um. Se os parentais se diferenciam muito na maturidade, as plantas da progênie segregam amplamente para maturidade. Para que melhoradores obtenham e selecionem plantas de soja do grupo de maturidade desejado, devem produzir e manter um grande número de plantas de progênie, prática a qual é de custo proibitivo.
[006] Maturidade e rendimento vegetal estão intimamente associados na soja. Um aumento de um dia na maturidade pode ser equiPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 12/152
3/114 valente a ~0,77 saca/ha de aumento no rendimento. De modo inverso, uma redução na maturidade muitas vezes penalizada com uma redução de ~0,77 saca/ha no rendimento. A correlação de maturidade e rendimento vegetal confunde a avaliação de loci de caracteres quantitativos potenciais (QTLs) e genes candidatos associados ao rendimento. A capacidade de estabelecer geneticamente a maturidade em uma planta de soja seria útil e auxiliaria na elucidação de traços associados com o rendimento.
[007] Plantas de soja são plantas de dias curtos, por isso a florescência é iniciada em dias curtos devido a uma redução no fotoperíodo (Garner & Allard, J. Agric. Res. 18, 553-606 (1920)). Consequentemente, o fotoperíodo (comprimento do dia) e resposta da planta de soja à temperatura determina áreas de adaptação vegetal. Devido à sensibilidade ao fotoperíodo, os genotipos de soja muitas vezes são cultivados em zonas estreitas de latitude para otimizar o rendimento. Variedades de soja do norte, em contraste com variedades do sul, iniciam a florescência com dias mais longos. Variedades do norte plantadas ao sul de sua zona de adaptação exibe florescência acelerada, crescimento vegetal e rendimento reduzido. Variedades de soja do sul plantadas ao norte de sua zona de adaptação terão florescência retardada com um potencial de dano por geada que pode reduzir o rendimento.
[008] Variedades da planta de soja são classificadas com base em bandas de adaptação que são determinadas por comprimento do dia e latitude. Na América do Norte, sojas são categorizadas em 13 grupos de maturidade com as designações variando a partir de grupos de maturidade 000, 00, 0, e I a X. O grupo de maturidade mais precoce, sojas 000 são adaptadas ao norte (latitude 45°) , enquanto sojas do grupo de maturidade posterior X são adaptadas a regiões próximas ao equador. Plantas de soja em grupos de maturidade 000 a IV têm estruPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 13/152
4/114 tura vegetal indeterminada, enquanto as plantas de soja em grupos de maturidade V a X têm estrutura vegetal determinada. Variedades determinadas cessam o crescimento vegetativo após o tronco principal terminar em um grupo de vagens maduras. Variedades indeterminadas desenvolvem folhas e flores simultaneamente em todas as partes de uma porção do seu período reprodutivo, com uma a três vagens no ápice terminal. Variedades de maturidade precoce (000 a III) são adaptadas a latitudes ao norte com a designação de maturidade aumentando em latitudes ao sul. O grupo de maturidade é determinado pela data de maturidade. Plantas são consideradas maduras quando 95% das vagens alcançaram sua cor madura. A data de maturidade é tipicamente descrita como uma mensuração de dias após 31 de agosto no hemisfério norte.
[009] Há uma necessidade na técnica de melhoramento vegetal para identificar regiões genômicas associadas com o grupo de maturidade de uma planta de soja. Neste momento, melhoradores de soja estão limitados a cruzamentos de plantas dentro de grupos de maturidade similares. Além disso, diversos traços, como níveis de óleo, são influenciados pela latitude e região de crescimento de maturidade. Por isso, há uma necessidade de um método rápido, de custo eficiente para pré-selecionar o grupo de maturidade de plantas de soja. A presente invenção inclui um método para classificar e selecionar uma planta de soja para uma maturidade vegetal preferencial usando a tecnologia de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP).
Breve Descrição de Figuras [0010] Figura 1: Influência do grupo de maturidade na porcentagem de óleo em sojas comerciais.
[0011] Figura 2: Correlação de níveis de ácido estearidônico (SDA) e GLA (ácido gama-linolênico) e latitude para sementes de soja maduras. As plantas de soja são transgênicas e projetadas para proPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 14/152
5/114 duzir SDA e GLA.
[0012] Figura 3: Correlação de níveis de ácido estearidônico (SDA) e latitude de sementes de soja madura em três testes. As plantas de soja são transgênicas e projetadas para produzir SDA.
Sumário da Invenção [0013] A presente invenção inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja ou semente de soja deve ser cultivada por determinação da combinação alélica de uma planta de soja ou semente de soja pela obtenção de DNA de uma planta de soja ou semente de soja; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 1 são homozigotos ou heterozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 2 são homozigotos ou heterozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 3 são homozigotos ou heterozigotos; determinação da combinação alélica dos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1, 2 e 3; e atribuição de um valor de grupo de maturidade à planta de soja ou semente de soja.
[0014] Em outro aspecto, a presente invenção inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja ou semente de soja deve ser cultivada pela determinação da combinação alélica de uma planta de soja ou semente de soja pela obtenção de DNA de uma planta de soja ou semente de soja; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 1 são homozigotos ou heterozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 2 são homozigotos ou heterozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 3 são homozigotos ou heterozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 2 são homozigotos ou heterozigotos; determinação da combinação alélica dos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1, 2, 3 e 4; e atribuição de um valor de grupo de maturidade à planta
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6/114 de soja ou semente de soja.
[0015] A presente invenção também inclui um método de fornecimento de informação sobre a maturidade de uma planta de soja ou semente de soja pela obtenção de DNA da semente de soja ou planta de soja e pela determinação do perfil alélico em um locus da região genômica 4.
[0016] A presente invenção também inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja ou semente de soja deve ser cultivada por determinação da combinação alélica de uma planta de soja ou semente de soja pela obtenção de DNA de uma planta de soja ou semente de soja; determinação se um alelo em um locus na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo em um locus na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo em um locus na região genômica de maturidade 3 é homozigoto ou heterozigoto; e determinação da combinação alélica dos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1,2 e 3.
[0017] Um aspecto da presente invenção inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja ou semente de soja deve ser cultivada pela determinação da combinação alélica de uma planta de soja pela obtenção de DNA de uma planta de soja ou semente de soja; determinação se um alelo em um locus na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo em um locus na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; determinação da combinação alélica dos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1 e 2; e atribuição de um valor de crescimento de maturidade à planta de soja ou semente de soja.
[0018] Em um aspecto da presente invenção, um método de melhoramento da planta de soja inclui o cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da
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7/114 planta de soja a partir do cruzamento; genotipagem não destrutiva da progênie de uma planta de soja ou semente de soja do cruzamento com um marcador genético caracterizando uma região genômica de maturidade; e seleção de uma planta de soja possuindo um genótipo de um grupo de maturidade desejado.
[0019] Um aspecto da presente invenção inclui um método de seleção de uma planta de soja para melhoria do germoplasma pela determinação de um grupo de maturidade pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; genotipagem não destrutiva de uma progênie da planta de soja ou semente de soja do cruzamento com um marcador genético caracterizando uma região genômica de maturidade; e seleção de uma planta de soja que possui um genótipo para um grupo de maturidade desejado; e incorporação da planta de soja selecionada em um uso selecionado para qualquer uso da planta de soja para melhoramento, reprodução da planta de soja por autofertilização, integração de traço, uso de planta de soja ou partes da mesma para transformação e uso das plantas de soja ou partes das mesmas para mutagênese.
[0020] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de cosseleção de uma planta de soja para expressão de um traço fenotípico de não maturidade e um traço de maturidade pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; genotipagem não destrutiva de uma progênie da planta de soja ou semente de soja do cruzamento com um marcador genético caracterizando uma região genômica de maturidade; e seleção de uma planta de soja possuindo um genótipo para um grupo de maturidade desejado; e determinação da geografia desejada para o crescimento da progênie da planta de soja e um método para determinação do fenótipo de não maturidade.
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8/114 [0021] Em um aspecto, a presente invenção inclui um método de melhoramento da planta de soja pela análise de uma planta de soja para a presença de sequências marcadoras selecionadas do grupo consistindo na SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213; e associação da planta de soja com um grupo de maturidade.
[0022] Em outro aspecto, a presente invenção inclui um método de melhoramento da planta de soja compreendendo cruzamento de uma planta de soja parental tendo um traço desejado com uma segunda planta de soja parental, em que as plantas de soja parentais se diferenciam na maturidade da planta de soja por mais de 5 dias, mais de 10 dias, 10 dias a 20 dias ou 10 dias a 30 dias, pelo cruzamento de uma planta de soja parental compreendendo um traço desejado com uma segunda planta de soja parental; obtenção da progênie da semente de soja a partir do cruzamento; classificação de uma progênie da semente de soja para o traço; classificação de uma progênie da semente de soja para um grupo de maturidade desejado usando um marcador selecionado a partir do grupo consistindo na SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 para determinar a região de crescimento geográfica desejada; e seleção de uma progênie da semente de soja contendo o traço desejado e maturidade de planta de soja desejada.
[0023] Um aspecto da presente invenção inclui um método de melhoramento da planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes, em que as plantas de soja parentais se diferenciam na maturidade da planta de soja por mais de 5 dias, mais de 10 dias, 10 dias a 20 dias, ou 10 dias a 30 dias; obtenção de uma progênie da semente de soja a partir do cruzamento; genotipagem de uma progênie da semente de soja do cruzamento com um marcador genético; e seleção de uma semente de soja possuindo um genótipo para maturidade preferencial.
[0024] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de
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9/114 seleção de sementes de soja com base no grupo de maturidade da planta de soja pela obtenção de DNA de uma semente de soja; determinação se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo na região genômica de maturidade 3 é homozigoto ou heterozigoto; e atribuição de um valor de crescimento de maturidade à semente de soja.
[0025] Um aspecto da presente invenção inclui um método para selecionar uma semente de soja com base no hábito de crescimento indeterminado ou determinado compreendendo determinação se a região genômica de maturidade 3 é homozigota ou heterozigota.
[0026] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de distribuição de uma planta de soja com base no grupo de maturidade pela obtenção de DNA de uma planta de soja; determinação se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo na região genômica de maturidade 3 é homozigoto ou heterozigoto; e atribuição de um valor de crescimento de maturidade à planta de soja; e transportar a planta de soja a uma região geográfica preferencial.
[0027] Outro aspecto da presente invenção inclui um método para isolar sementes de soja de maturidade indeterminada-precoce pela obtenção de DNA da semente de soja usando um método não destrutivo; determinação se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; e determinação se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto.
[0028] Um aspecto da presente invenção inclui um método de determinação se uma semente de soja se tornará uma planta de soja que tem um grupo de maturidade de III a VI pela determinação de um marPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 19/152
10/114 cador homozigoto ou heterozigoto na semente de soja usando um marcador com a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 151. [0029] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de determinação se uma semente de soja se tornará uma planta de soja tendo um grupo de maturidade entre 0.0 a III.0 compreendendo determinação se uma inserção de 11 pares de base na sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 149 existe na semente de soja.
[0030] Um aspecto da presente invenção inclui um método para determinar se uma planta de soja tem um grupo de maturidade de 0.0 a III.9 pela determinação se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; e atribuição de um valor de grupo de maturidade da planta de soja entre 0.0 e III.9.
[0031] Um aspecto da presente invenção é um método de introgressão de um alelo em uma planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; classificação da progênie da planta de soja a partir do cruzamento do alelo; obtenção de DNA de uma semente de soja da progênie da planta de soja usando um método não destrutivo; e seleção de uma semente de soja, em que a semente de soja compreende o alelo e uma sequência de ácidos nucleicos selecionada a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOS: 143 a 213.
[0032] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de introdução de um traço desejado em uma planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes, em que pelo menos uma planta de soja parental tem um traço desejado; obtenção de uma progênie da semente de soja a partir do cruzamento; obtenção de DNA de uma semente de soja da progênie da planta de
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11/114 soja usando um método não destrutivo; análise da progênie da semente de soja do cruzamento para evidência do traço desejado; e seleção da semente de soja com o traço desejado e um grupo de maturidade desejado. Em um aspecto preferencial, o traço desejado é transgênico. [0033] Um aspecto adicional da presente invenção inclui um método de introgressão de um alelo em uma planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; obtenção de DNA de uma semente de soja da progênie da planta de soja usando um método não destrutivo; e seleção de uma semente de soja com o alelo e uma sequência de ácidos nucleicos selecionada a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOS: 143 a 174.
[0034] Um método de melhoramento da planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes, em que as plantas de soja parentais se diferenciam na maturidade da planta de soja por mais de 10 dias; obtenção de progênie da semente de soja a partir do cruzamento; genotipagem da progênie da semente de soja do cruzamento com um marcador genético selecionado a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOS: 143 a 213; e seleção de uma semente de soja com um grupo de maturidade desejado.
[0035] Um aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 4 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 175 a 180. Outro aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 5 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 181 a 189. Outro aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 6 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 190 a 196. Outro aspecto da prePetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 21/152
12/114 sente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 7 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 197 a 203. Outro aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 8 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 204 a 213.
[0036] Um aspecto adicional da presente invenção inclui uma planta de soja compreendendo em seu genoma um haplótipo introgresso associado à maturidade, em que a introgressão é facilitada por pelo menos um dos marcadores das SEQ ID NO: 143 a 213.
Breve Descrição das Sequências de Ácidos Nucleicos [0037] SEQ ID NO: 1 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 143.
[0038] SEQ ID NO: 2 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 143.
[0039] SEQ ID NO: 3 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 144.
[0040] SEQ ID NO: 4 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 144.
[0041] SEQ ID NO: 5 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 145.
[0042] SEQ ID NO: 6 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 145.
[0043] SEQ ID NO: 7 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 146.
[0044] SEQ ID NO: 8 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 146.
[0045] SEQ ID NO: 9 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 147.
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13/114 [0046] SEQ ID NO: 10 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 147.
[0047] SEQ ID NO: 11 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 148.
[0048] SEQ ID NO: 12 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 148.
[0049] SEQ ID NO: 13 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 149.
[0050] SEQ ID NO: 14 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 149.
[0051] SEQ ID NO: 15 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 150.
[0052] SEQ ID NO: 16 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 150.
[0053] SEQ ID NO: 17 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 151.
[0054] SEQ ID NO: 18 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 151.
[0055] SEQ ID NO: 19 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 152.
[0056] SEQ ID NO: 20 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 152.
[0057] SEQ ID NO: 21 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 153.
[0058] SEQ ID NO: 22 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 153.
[0059] SEQ ID NO: 23 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 154.
[0060] SEQ ID NO: 24 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 154.
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14/114 [0061] SEQ ID NO: 25 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 155.
[0062] SEQ ID NO: 26 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 155.
[0063] SEQ ID NO: 27 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 156.
[0064] SEQ ID NO: 28 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 156.
[0065] SEQ ID NO: 29 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 157.
[0066] SEQ ID NO: 30 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 157.
[0067] SEQ ID NO: 31 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 158.
[0068] SEQ ID NO: 32 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 158.
[0069] SEQ ID NO: 33 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 159.
[0070] SEQ ID NO: 34 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 159.
[0071] SEQ ID NO: 35 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 160.
[0072] SEQ ID NO: 36 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 160.
[0073] SEQ ID NO: 37 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 161.
[0074] SEQ ID NO: 38 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 161.
[0075] SEQ ID NO: 39 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 162.
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15/114 [0076] SEQ ID NO: 40 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 162.
[0077] SEQ ID NO: 41 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 163.
[0078] SEQ ID NO: 42 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 163.
[0079] SEQ ID NO: 43 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 164.
[0080] SEQ ID NO: 44 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 164.
[0081] SEQ ID NO: 45 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 165.
[0082] SEQ ID NO: 46 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 165.
[0083] SEQ ID NO: 47 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 166.
[0084] SEQ ID NO: 48 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 166.
[0085] SEQ ID NO: 49 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 167.
[0086] SEQ ID NO: 50 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 167.
[0087] SEQ ID NO: 51 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 168.
[0088] SEQ ID NO: 52 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 168.
[0089] SEQ ID NO: 53 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 169.
[0090] SEQ ID NO: 54 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 169.
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16/114 [0091] SEQ ID NO: 55 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 170.
[0092] SEQ ID NO: 56 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 170.
[0093] SEQ ID NO: 57 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 171.
[0094] SEQ ID NO: 58 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 171.
[0095] SEQ ID NO: 59 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 172.
[0096] SEQ ID NO: 60 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 172.
[0097] SEQ ID NO: 61 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 173.
[0098] SEQ ID NO: 62 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 173.
[0099] SEQ ID NO: 63 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 174.
[00100] SEQ ID NO: 64 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 174.
[00101] SEQ ID NO: 65 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 175.
[00102] SEQ ID NO: 66 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 175.
[00103] SEQ ID NO: 67 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 176.
[00104] SEQ ID NO: 68 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 176.
[00105] SEQ ID NO: 69 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 177.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 26/152
17/114 [00106] SEQ ID NO: 70 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 177.
[00107] SEQ ID NO: 71 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 178.
[00108] SEQ ID NO: 72 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 178.
[00109] SEQ ID NO: 73 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 179.
[00110] SEQ ID NO: 74 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 179.
[00111] SEQ ID NO: 75 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 180.
[00112] SEQ ID NO: 76 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 180.
[00113] SEQ ID NO: 77 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 181.
[00114] SEQ ID NO: 78 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 181.
[00115] SEQ ID NO: 79 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 182.
[00116] SEQ ID NO: 80 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 182.
[00117] SEQ ID NO: 81 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 183.
[00118] SEQ ID NO: 82 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 183.
[00119] SEQ ID NO: 83 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 184.
[00120] SEQ ID NO: 84 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 184.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 27/152
18/114 [00121] SEQ ID NO: 85 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 185.
[00122] SEQ ID NO: 86 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 185.
[00123] SEQ ID NO: 87 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 186.
[00124] SEQ ID NO: 88 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 186.
[00125] SEQ ID NO: 89 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 187.
[00126] SEQ ID NO: 90 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 187.
[00127] SEQ ID NO: 91 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 188.
[00128] SEQ ID NO: 92 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 188.
[00129] SEQ ID NO: 93 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 189.
[00130] SEQ ID NO: 94 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 189.
[00131] SEQ ID NO: 95 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 190.
[00132] SEQ ID NO: 96 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 190.
[00133] SEQ ID NO: 97 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 191.
[00134] SEQ ID NO: 98 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 191.
[00135] SEQ ID NO: 99 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 192.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 28/152
19/114 [00136] SEQ ID NO: 100 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 192.
[00137] SEQ ID NO: 101 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 193.
[00138] SEQ ID NO: 102 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 193.
[00139] SEQ ID NO: 103 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 194.
[00140] SEQ ID NO: 104 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 194.
[00141] SEQ ID NO: 105 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 195.
[00142] SEQ ID NO: 106 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 195.
[00143] SEQ ID NO: 107 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO:196.
[00144] SEQ ID NO: 108 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 196.
[00145] SEQ ID NO: 109 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 197.
[00146] SEQ ID NO: 110 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 197.
[00147] SEQ ID NO: 111 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 198.
[00148] SEQ ID NO: 112 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 198.
[00149] SEQ ID NO: 113 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 199.
[00150] SEQ ID NO: 114 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 199.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 29/152
20/114 [00151] SEQ ID NO: 115 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 200.
[00152] SEQ ID NO: 116 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 200.
[00153] SEQ ID NO: 117 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 201.
[00154] SEQ ID NO: 118 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 201.
[00155] SEQ ID NO: 119 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 202.
[00156] SEQ ID NO: 120 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 202.
[00157] SEQ ID NO: 121 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 203.
[00158] SEQ ID NO: 122 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 203.
[00159] SEQ ID NO: 123 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 204.
[00160] SEQ ID NO: 124 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 204.
[00161] SEQ ID NO: 125 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 205.
[00162] SEQ ID NO: 126 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 205.
[00163] SEQ ID NO: 127 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 206.
[00164] SEQ ID NO: 128 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 206.
[00165] SEQ ID NO: 129 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 207.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 30/152
21/114 [00166] SEQ ID NO: 130 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 207.
[00167] SEQ ID NO: 131 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 208.
[00168] SEQ ID NO: 132 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 208.
[00169] SEQ ID NO: 133 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 209.
[00170] SEQ ID NO: 134 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 209.
[00171] SEQ ID NO: 135 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 210.
[00172] SEQ ID NO: 136 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 210.
[00173] SEQ ID NO: 137 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 211.
[00174] SEQ ID NO: 138 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 211.
[00175] SEQ ID NO: 139 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 212.
[00176] SEQ ID NO: 140 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 212.
[00177] SEQ ID NO: 141 é um iniciador de sentido direto da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 213.
[00178] SEQ ID NO: 142 é um iniciador de sentido reverso da PCR para a amplificação da SEQ ID NO: 213.
[00179] SEQ ID NO: 143 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00180] SEQ ID NO: 144 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 31/152
22/114 [00181] SEQ ID NO: 145 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00182] SEQ ID NO: 146 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00183] SEQ ID NO: 147 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00184] SEQ ID NO: 148 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00185] SEQ ID NO: 149 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00186] SEQ ID NO: 150 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00187] SEQ ID NO: 151 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00188] SEQ ID NO: 152 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00189] SEQ ID NO: 153 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00190] SEQ ID NO: 154 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00191] SEQ ID NO: 155 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 1.
[00192] SEQ ID NO: 156 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 2.
[00193] SEQ ID NO: 157 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 2.
[00194] SEQ ID NO: 158 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 2.
[00195] SEQ ID NO: 159 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 2.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 32/152
23/114 [00196] SEQ ID NO: 160 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 2.
[00197] SEQ ID NO: 161 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 2.
[00198] SEQ ID NO: 162 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00199] SEQ ID NO: 163 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00200] SEQ ID NO: 164 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00201] SEQ ID NO: 165 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00202] SEQ ID NO: 166 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00203] SEQ ID NO: 167 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00204] SEQ ID NO: 168 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00205] SEQ ID NO: 169 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00206] SEQ ID NO: 170 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00207] SEQ ID NO: 171 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00208] SEQ ID NO: 172 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00209] SEQ ID NO: 173 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
[00210] SEQ ID NO: 174 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 3.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 33/152
24/114 [00211] SEQ ID NO: 175 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 4.
[00212] SEQ ID NO: 176 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 4.
[00213] SEQ ID NO: 177 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 4.
[00214] SEQ ID NO: 178 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 4.
[00215] SEQ ID NO: 179 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 4.
[00216] SEQ ID NO: 180 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 4.
[00217] SEQ ID NO: 181 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
[00218] SEQ ID NO: 182 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
[00219] SEQ ID NO: 183 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
[00220] SEQ ID NO: 184 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
[00221] SEQ ID NO: 185 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
[00222] SEQ ID NO: 186 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
[00223] SEQ ID NO: 187 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
[00224] SEQ ID NO: 188 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
[00225] SEQ ID NO: 189 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 5.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 34/152
25/114 [00226] SEQ ID NO: 190 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 6.
[00227] SEQ ID NO: 191 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 6.
[00228] SEQ ID NO: 192 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 6.
[00229] SEQ ID NO: 193 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 6.
[00230] SEQ ID NO: 194 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 6.
[00231] SEQ ID NO: 195 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 6.
[00232] SEQ ID NO: 196 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 6.
[00233] SEQ ID NO: 197 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 7.
[00234] SEQ ID NO: 198 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 7.
[00235] SEQ ID NO: 199 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 7.
[00236] SEQ ID NO: 200 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 7.
[00237] SEQ ID NO: 201 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 7.
[00238] SEQ ID NO: 202 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 7.
[00239] SEQ ID NO: 203 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 7.
[00240] SEQ ID NO: 204 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 35/152
26/114 [00241] SEQ ID NO: 205 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00242] SEQ ID NO: 206 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00243] SEQ ID NO: 207 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00244] SEQ ID NO: 208 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00245] SEQ ID NO: 209 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00246] SEQ ID NO: 210 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00247] SEQ ID NO: 211 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00248] SEQ ID NO: 212 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00249] SEQ ID NO: 213 é uma sequência genômica derivada a partir de Soja correspondendo ao locus de maturidade 8.
[00250] SEQ ID NO: 214 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ ID NO: 143.
[00251] SEQ ID NO: 215 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ ID NO: 143.
[00252] SEQ ID NO: 216 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ ID NO: 144.
[00253] SEQ ID NO: 217 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ ID NO: 144.
[00254] SEQ ID NO: 218 é uma sonda para a detecção do SNP da
SEQ ID NO: 145.
[00255] SEQ ID NO: 219 é uma sonda para a detecção do SNP da
SEQ ID NO: 145.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 36/152
27/114 [00256] SEQ ID NO SEQ ID NO: 146. [00257] SEQ ID NO SEQ ID NO: 146. [00258] SEQ ID NO SEQ ID NO: 147. [00259] SEQ ID NO SEQ ID NO: 147. [00260] SEQ ID NO SEQ ID NO: 148. [00261] SEQ ID NO SEQ ID NO: 148. [00262] SEQ ID NO SEQ ID NO: 149. [00263] SEQ ID NO SEQ ID NO: 149. [00264] SEQ ID NO SEQ ID NO: 150. [00265] SEQ ID NO SEQ ID NO: 150. [00266] SEQ ID NO SEQ ID NO: 151. [00267] SEQ ID NO SEQ ID NO: 151. [00268] SEQ ID NO SEQ ID NO: 152. [00269] SEQ ID NO SEQ ID NO: 152. [00270] SEQ ID NO SEQ ID NO: 153.
220 é uma sonda para a
221 é uma sonda para a
222 é uma sonda para a
223 é uma sonda para a
224 é uma sonda para a
225 é uma sonda para a
226 é uma sonda para a
227 é uma sonda para a
228 é uma sonda para a
229 é uma sonda para a
230 é uma sonda para a
231 é uma sonda para a
232 é uma sonda para a
233 é uma sonda para a
234 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 37/152
28/114 [00271] SEQ ID NO SEQ ID NO: 153. [00272] SEQ ID NO SEQ ID NO: 154. [00273] SEQ ID NO SEQ ID NO: 154. [00274] SEQ ID NO SEQ ID NO: 155. [00275] SEQ ID NO SEQ ID NO: 155. [00276] SEQ ID NO SEQ ID NO: 156. [00277] SEQ ID NO SEQ ID NO: 156. [00278] SEQ ID NO SEQ ID NO: 157. [00279] SEQ ID NO SEQ ID NO: 157. [00280] SEQ ID NO SEQ ID NO: 158. [00281] SEQ ID NO SEQ ID NO: 158. [00282] SEQ ID NO SEQ ID NO: 159. [00283] SEQ ID NO SEQ ID NO: 159. [00284] SEQ ID NO SEQ ID NO: 160. [00285] SEQ ID NO SEQ ID NO: 160.
235 é uma sonda para a
236 é uma sonda para a
237 é uma sonda para a
238 é uma sonda para a
239 é uma sonda para a
240 é uma sonda para a
241 é uma sonda para a
242 é uma sonda para a
243 é uma sonda para a
244 é uma sonda para a
245 é uma sonda para a
246 é uma sonda para a
247 é uma sonda para a
248 é uma sonda para a
249 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
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29/114 [00286] SEQ ID NO SEQ ID NO: 161. [00287] SEQ ID NO SEQ ID NO: 161. [00288] SEQ ID NO SEQ ID NO: 162. [00289] SEQ ID NO SEQ ID NO: 162. [00290] SEQ ID NO SEQ ID NO: 163. [00291] SEQ ID NO SEQ ID NO: 163. [00292] SEQ ID NO SEQ ID NO: 164. [00293] SEQ ID NO SEQ ID NO: 164. [00294] SEQ ID NO SEQ ID NO: 165. [00295] SEQ ID NO SEQ ID NO: 165. [00296] SEQ ID NO SEQ ID NO: 166. [00297] SEQ ID NO SEQ ID NO: 166. [00298] SEQ ID NO SEQ ID NO: 167. [00299] SEQ ID NO SEQ ID NO: 167. [00300] SEQ ID NO SEQ ID NO: 168.
250 é uma sonda para a
251 é uma sonda para a
252 é uma sonda para a
253 é uma sonda para a
254 é uma sonda para a
255 é uma sonda para a
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258 é uma sonda para a
259 é uma sonda para a
260 é uma sonda para a
261 é uma sonda para a
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263 é uma sonda para a
264 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
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30/114 [00301] SEQ ID NO SEQ ID NO: 168. [00302] SEQ ID NO SEQ ID NO: 169. [00303] SEQ ID NO SEQ ID NO: 169. [00304] SEQ ID NO SEQ ID NO: 170. [00305] SEQ ID NO SEQ ID NO: 170. [00306] SEQ ID NO SEQ ID NO: 171. [00307] SEQ ID NO SEQ ID NO: 171. [00308] SEQ ID NO SEQ ID NO: 172. [00309] SEQ ID NO SEQ ID NO: 172. [00310] SEQ ID NO SEQ ID NO: 173. [00311] SEQ ID NO SEQ ID NO: 173. [00312] SEQ ID NO SEQ ID NO: 174. [00313] SEQ ID NO SEQ ID NO: 174. [00314] SEQ ID NO SEQ ID NO: 175. [00315] SEQ ID NO SEQ ID NO: 175.
265 é uma sonda para a
266 é uma sonda para a
267 é uma sonda para a
268 é uma sonda para a
269 é uma sonda para a
270 é uma sonda para a
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275 é uma sonda para a
276 é uma sonda para a
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278 é uma sonda para a
279 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
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31/114 [00316] SEQ ID NO SEQ ID NO: 176. [00317] SEQ ID NO SEQ ID NO: 176. [00318] SEQ ID NO SEQ ID NO: 177. [00319] SEQ ID NO SEQ ID NO: 177. [00320] SEQ ID NO SEQ ID NO: 178. [00321] SEQ ID NO SEQ ID NO: 178. [00322] SEQ ID NO SEQ ID NO: 179. [00323] SEQ ID NO SEQ ID NO: 179. [00324] SEQ ID NO SEQ ID NO: 180. [00325] SEQ ID NO SEQ ID NO: 180. [00326] SEQ ID NO SEQ ID NO: 181. [00327] SEQ ID NO SEQ ID NO: 181. [00328] SEQ ID NO SEQ ID NO: 182. [00329] SEQ ID NO SEQ ID NO: 182. [00330] SEQ ID NO SEQ ID NO: 183.
280 é uma sonda para a
281 é uma sonda para a
282 é uma sonda para a
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289 é uma sonda para a
290 é uma sonda para a
291 é uma sonda para a
292 é uma sonda para a
293 é uma sonda para a
294 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
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32/114 [00331] SEQ ID NO SEQ ID NO: 183. [00332] SEQ ID NO SEQ ID NO: 184. [00333] SEQ ID NO SEQ ID NO: 184. [00334] SEQ ID NO SEQ ID NO: 185. [00335] SEQ ID NO SEQ ID NO: 185. [00336] SEQ ID NO SEQ ID NO: 186. [00337] SEQ ID NO SEQ ID NO: 186. [00338] SEQ ID NO SEQ ID NO: 187. [00339] SEQ ID NO SEQ ID NO: 187. [00340] SEQ ID NO SEQ ID NO: 188. [00341] SEQ ID NO SEQ ID NO: 188. [00342] SEQ ID NO SEQ ID NO: 189. [00343] SEQ ID NO SEQ ID NO: 189. [00344] SEQ ID NO SEQ ID NO: 190. [00345] SEQ ID NO SEQ ID NO: 190.
295 é uma sonda para a
296 é uma sonda para a
297 é uma sonda para a
298 é uma sonda para a
299 é uma sonda para a
300 é uma sonda para a
301 é uma sonda para a
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308 é uma sonda para a
309 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
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33/114 [00346] SEQ ID NO SEQ ID NO: 191. [00347] SEQ ID NO SEQ ID NO: 191. [00348] SEQ ID NO SEQ ID NO: 192. [00349] SEQ ID NO SEQ ID NO: 192. [00350] SEQ ID NO SEQ ID NO: 193. [00351] SEQ ID NO SEQ ID NO: 193. [00352] SEQ ID NO SEQ ID NO: 194. [00353] SEQ ID NO SEQ ID NO: 194. [00354] SEQ ID NO SEQ ID NO: 195. [00355] SEQ ID NO SEQ ID NO: 195. [00356] SEQ ID NO SEQ ID NO: 196. [00357] SEQ ID NO SEQ ID NO: 196. [00358] SEQ ID NO SEQ ID NO: 197. [00359] SEQ ID NO SEQ ID NO: 197. [00360] SEQ ID NO SEQ ID NO: 198.
310 é uma sonda para a
311 é uma sonda para a
312 é uma sonda para a
313 é uma sonda para a
314 é uma sonda para a
315 é uma sonda para a
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317 é uma sonda para a
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319 é uma sonda para a
320 é uma sonda para a
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322 é uma sonda para a
323 é uma sonda para a
324 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
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34/114 [00361] SEQ ID NO SEQ ID NO: 198. [00362] SEQ ID NO SEQ ID NO: 199. [00363] SEQ ID NO SEQ ID NO: 199. [00364] SEQ ID NO SEQ ID NO: 200. [00365] SEQ ID NO SEQ ID NO: 200. [00366] SEQ ID NO SEQ ID NO: 201. [00367] SEQ ID NO SEQ ID NO: 201. [00368] SEQ ID NO SEQ ID NO: 202. [00369] SEQ ID NO SEQ ID NO: 202. [00370] SEQ ID NO SEQ ID NO: 203. [00371] SEQ ID NO SEQ ID NO: 203. [00372] SEQ ID NO SEQ ID NO: 204. [00373] SEQ ID NO SEQ ID NO: 204. [00374] SEQ ID NO SEQ ID NO: 205. [00375] SEQ ID NO SEQ ID NO: 205.
325 é uma sonda para a
326 é uma sonda para a
327 é uma sonda para a
328 é uma sonda para a
329 é uma sonda para a
330 é uma sonda para a
331 é uma sonda para a
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334 é uma sonda para a
335 é uma sonda para a
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338 é uma sonda para a
339 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
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35/114 [00376] SEQ ID NO SEQ ID NO: 206. [00377] SEQ ID NO SEQ ID NO: 206. [00378] SEQ ID NO SEQ ID NO: 207. [00379] SEQ ID NO SEQ ID NO: 207. [00380] SEQ ID NO SEQ ID NO: 208. [00381] SEQ ID NO SEQ ID NO: 208. [00382] SEQ ID NO SEQ ID NO: 209. [00383] SEQ ID NO SEQ ID NO: 209. [00384] SEQ ID NO SEQ ID NO: 210. [00385] SEQ ID NO SEQ ID NO: 210. [00386] SEQ ID NO SEQ ID NO: 211. [00387] SEQ ID NO SEQ ID NO: 211. [00388] SEQ ID NO SEQ ID NO: 212. [00389] SEQ ID NO SEQ ID NO: 212. [00390] SEQ ID NO SEQ ID NO: 213.
340 é uma sonda para a
341 é uma sonda para a
342 é uma sonda para a
343 é uma sonda para a
344 é uma sonda para a
345 é uma sonda para a
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350 é uma sonda para a
351 é uma sonda para a
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353 é uma sonda para a
354 é uma sonda para a detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da detecção do SNP da
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36/114 [00391] SEQ ID NO: 355 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ ID NO: 213.
Definições [00392] Um valor de grupo de maturidade pode ser qualquer número indicativo, símbolo, ou combinação de ambos que forneçam uma indicação de quando uma planta amadurecerá. Um alelo de maturidade dominante é um alelo que, quando presente em cópia única (heterozigoto) ou em duas cópias (homozigoto), afeta a maturidade da planta.
[00393] Um alelo de maturidade recessivo é um alelo que, quando presente em uma cópia (heterozigoto), não afeta a maturidade de uma planta.
[00394] Como usado neste pedido, o hábito de crescimento determinado refere-se à cessação do crescimento vegetativo após o tronco principal terminar em um grupo de vagens maduras.
[00395] Como usado neste pedido, o hábito de crescimento indeterminado refere-se ao desenvolvimento de folhas e flores simultaneamente em todas as partes de uma porção de seu período reprodutivo, com uma a três vagens no ápice terminal.
[00396] Como usado neste pedido, uma combinação alélica é a combinação dos alelos presentes em mais de uma posição caracterizada ou loci. Um exemplo de uma combinação alélica é a combinação alélica 10, que é homozigota dominante na região genômica de maturidade 1; homozigota recessiva na região genômica de maturidade 2; e homozigota dominante na região genômica de maturidade 3.
[00397] Como usado neste pedido, linhagem refere-se a um grupo de plantas individuais de ascendência similar com traços similares. Uma linhagem de elite é qualquer linhagem que tenha resultado do melhoramento e seleção para desempenho agronômico superior. Adicionalmente, uma linhagem de elite é suficientemente homogênea e
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37/114 homozigota para ser usada para produção comercial. Linhagens de elite podem ser usadas em esforços adicionais de melhoramento para desenvolver novas linhagens de elite. Uma planta de elite é qualquer planta de uma linhagem de elite.
[00398] Como usado neste pedido, um traço refere-se a uma característica observável e/ou mensurável de um organismo, tal como um traço de uma planta, por exemplo, tolerância a um herbicida, inseto e micróbio. Um traço pode ser convencional e transgênico. Exemplos não-limitantes de traços incluem a tolerância à herbicida, rendimento aumentado, controle de insetos, resistência à doença fúngica, resistência a vírus, resistência a nematoide, resistência à doença bacteriana, resistência à doença de micoplasma, produção de óleos alterada, alta produção de óleo, alta produção de proteína, controle de crescimento de germinação e mudas, nutrição animal e humana potencializada, baixa rafinose, resistente a estresse ambiental, digestibilidade aumentada, enzimas industriais, proteínas, peptídeos e pequenas moléculas farmacêuticas, traços de processamento melhorados, sabor melhorado, fixação de nitrogênio, produção de semente híbrida, alergenicidade reduzida, biopolímeros, e biocombustíveis.
[00399] Como usado neste pedido, um transgene refere-se a um gene estranho que é colocado em um organismo pelo processo da transformação vegetal. Em certos aspectos, uma planta de soja fornecida pela invenção pode compreender um ou mais transgene(s). [00400] Como usado neste pedido, alterada significa maturidade aumentada ou diminuída. Neste aspecto, uma semente madura como definida por uma semente que é colhida no campo de práticas agrícolas comerciais, tal como venda para ração. Em um aspecto, plantas de soja são selecionadas para geografia preferencial para expressão de pelo menos um traço fenotípico. O traço fenotípico inclui níveis alterados de uma substância ou uma molécula, tais como proteínas, óleos
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38/114 ou ácido gama-linolênico. Alterado pode incluir qualquer aumento ou redução relativos à função ou produção de um produto gênico de interesse, em um aspecto e incluindo eliminação completa da função ou produção daquele produto gênico. Quando os níveis de um produto gênico são comparados, tal comparação é preferencialmente realizada entre organismos com um contexto genético similar. Preferencialmente, um contexto genético similar é um contexto onde os organismos que são comparados compartilham 50% ou mais, mais preferencialmente 75% ou mais, e ainda mais preferencialmente 90% ou ainda maior identidade de sequência do material genético nuclear. Em outro aspecto, um contexto genético similar é um contexto onde as plantas são isogênicas exceto por um ou mais marcadores da presente invenção.
[00401] Como usado neste pedido, um cultivar é uma raça ou variedade de uma planta que foi criada ou selecionada intencionalmente e mantida através de cultivo.
[00402] Como usado neste pedido, o termo cultura de tecido indica uma composição compreendendo células isoladas do mesmo ou um tipo diferente ou uma coleção de tais células organizadas em partes de uma planta.
Descrição Detalhada da Invenção [00403] Determinação do valor de grupo de maturidade de uma planta ou semente de soja é importante na seleção onde uma planta de soja deve ser cultivada. Um aspecto da presente invenção fornece um método de estabelecimento onde uma planta ou semente deve ser cultivada. Uma região adequada de uma planta ou semente de soja pode ser estabelecida. O estabelecimento de uma região pode incluir a seleção de uma região de cinturão de maturidade adequada. Cinturões de maturidade variam nos Estados Unidos de 000 no extremo norte dos Estados Unidos a VIII nos estados do sul da Costa do Golfo. A
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39/114 presente invenção também pode ser usada para determinar outros cinturões de maturidade incluindo IX e X. A presente invenção pode ainda ser utilizada para determinar se uma planta é adequada para um, dois ou mais cinturões ou regiões de maturidade.
[00404] Uma região geográfica adequada pode ser selecionada usando um método da presente invenção. Além de cinturões de maturidade, outras regiões geográficas que podem ser selecionadas incluem o regiões de grupo de maturidade 0, tais como e sem restrição, Maine Ocidental, Dacota do Norte, Montana Central, Noroeste de Oregon; regiões de grupo de maturidade 1, tais como e sem restrição, norte de Wisconsin, Dacota do Sul; regiões de grupo de maturidade 2, tais como e sem restrição, Vermont, sul de Massachusetts, norte de Connecticut, Nova Iorque, Flórida Central, Michigan, norte de Illinois, sul de Wisconsin, Iowa, Nebraska, Colorado, Califórnia Central; regiões de grupo de maturidade 3, tais como e sem restrição, New Hampshire Ocidental, Pensilvânia, Ohio, Indiana, sul de Illinois, norte do Missouri, Kansas, sudeste de Wyoming, Colorado; regiões de grupo de maturidade 4, tais como e sem restrição, Maryland, norte da Virginia, Kentucky, Virginia Oeste e Ocidental, Missouri Central, Texas, Oklahoma Ocidental; regiões de grupo de maturidade 5, tais como e sem restrição, Virginia Central, Carolina do Norte, Carolina do Norte Central e Ocidental, Mississipi, Luisiana, Tennessee; regiões de grupo de maturidade 6, tais como e sem restrição, Carolina do Norte, Carolina do Sul Oriental; e regiões de grupo de maturidade 7, tais como e sem restrição, Geórgia e Alabama. Em outro aspecto, uma semente da presente invenção pode ser enviada a uma região geográfica que é desejável para otimizar um traço, tal como rendimento.
[00405] A presente invenção também fornece métodos de seleção de uma região geográfica adequada e métodos para determinação do grupo de maturidade de uma planta ou semente de soja pela análise
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40/114 genotípica. Um aspecto da presente invenção inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja deve ser cultivada pela obtenção de DNA da planta de soja; e determinação se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto usando o marcador da SEQ ID NO: 151.
[00406] A presente invenção permite a determinação de combinações alélicas. Combinações alélicas podem ser quaisquer combinações de alelos. Em um aspecto, pode ser uma combinação de 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 pares de alelos que ocupam um locus genético. Em outro aspecto, os alelos podem ser localizados em 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 ou mais regiões genômicas de maturidade. Tais regiões de maturidade podem ser selecionadas a partir da região genômica de maturidade 1, região genômica de maturidade 2, região genômica de maturidade 3, região genômica de maturidade 4, região genômica de maturidade 5, região genômica de maturidade 6, região genômica de maturidade 7 ou região genômica de maturidade 8, etc.
[00407] Alelos em qualquer combinação de regiões de maturidade podem ser determinados individualmente ou em combinação. Uma combinação ilustrativa é uma combinação de mais de um par de alelos em regiões de maturidade 1, 2 e 3. Outra combinação ilustrativa é uma combinação de mais de um par de alelos em regiões de maturidade 1 e 2. Combinações alélicas cujo objetivo é incluir, sem restrição, qualquer homozigoto dominante, homozigoto recessivo e heterozigotos alternativos em um locus particular.
[00408] Determinação de um alelo ou combinação de alelos em um locus ou loci pode ser realizada por qualquer metodologia apropriada. Em um aspecto, vários ensaios podem ser usados, tais como um ensaio de Taq-Man®, PCR em Tempo real e sequenciamento de ácido nucleico e mapeamento de repetição de sequência simples, para detectar o genótipo. Em um aspecto da presente invenção, o ensaio inPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 50/152
41/114 clui uma molécula de ácido nucleico da presente invenção. Ácidos nucleicos incluem ácidos desoxirribonucleicos (DNA) e ácidos ribonucleicos (RNA) e análogos funcionalmente equivalentes dos mesmos. [00409] Ácidos nucleicos para uso na presente invenção podem ser obtidos de uma planta, tal como de uma parte da planta que inclui uma folha, tecido vascular, flor, vagem, semente, raiz, tronco ou uma porção qualquer.
[00410] Em um aspecto, ácidos nucleicos são obtidos de uma parte da planta ou planta usando um método não destrutivo. Em um aspecto, a parte da planta é uma semente. Em um aspecto, os ácidos nucleicos são obtidos de uma semente de uma maneira não destrutiva, que fornece uma semente que é viável. Por exemplo, DNA pode ser obtido de uma semente quebrando a semente com uma faca afiada em uma parte o mais distante do ‘olho’ ou furando cuidadosamente com uma agulha para perfurar a semente. Qualquer método obterá DNA para análise ou permitirá a análise in situ do DNA pode ser usado para fornecer aquela planta ou parte da planta que conserva a capacidade de crescer. Se DNA for tomado de uma semente e a semente é ainda viável, o método pode ser considerado não destrutivo. Métodos exemplares para amostragem de sementes sem afetar a viabilidade de germinação das sementes são detalhados na Publicação do Pedido de Patente U.S. 20060042527A1, por meio desta incorporada por referência. Em um aspecto, sementes são escolhidas pela alimentação das sementes individualmente a uma estação de amostragem, remoção de uma amostra da semente na estação de amostragem, transporte da amostra a um compartimento em uma bandeja de amostragem e transporte da semente a um compartimento correspondente em uma bandeja de semente.
[00411] Em um aspecto, a região genômica de maturidade associada com a maturidade vegetal e hábito de crescimento vegetal da prePetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 51/152
42/114 sente invenção é introduzida ou selecionada do gênero Glycine. O gênero Glycine inclui as sojas perenes selvagens e tem uma matriz ampla de diversidade genética. Por exemplo, a soja cultivada (Soja (L.) Merr.) e o seu progenitor anual selvagem (Glycine soja (Sieb. and Zucc.)) pertencem ao subgênero Soja, contêm 2n = 40 cromossomos, são cruzamento-compatíveis, normalmente produzem híbridos F1 férteis vigorosos, e carregam genomas similares. Híbridos das espécies Glycine cultivadas e espécies Glycine perenes selvagens têm êxito variável entre acessões.
[00412] A presente invenção fornece ainda que a planta selecionada é do grupo consistindo em membros do gênero Glycine, mais especificamente do grupo composto da Glycine arenaria, Glycine argyrea, Glycine canescens, Glycine clandestine, Glycine curvata, Glycine cyrtoloba, Glycine falcate, Glycine latifolia, Glycine latrobeana, Soja, Glycine microphylla, Glycine pescadrensis, Glycine pindanica, Glycine rubiginosa, Glycine soja, Glycine sp., Glycine stenophita, Glycine tabacina e Glycine tomentella. Em um aspecto, a planta da presente invenção é selecionada a partir de uma linhagem de elite Soja.
[00413] A presente invenção também fornece uma planta de soja selecionada a partir de uma maturidade de planta desejada pela classificação para um marcador de maturidade na planta ou semente de soja, a seleção compreendendo análise de ácidos nucleicos genômicos para presença de uma molécula marcadora que é geneticamente ligada a uma região genômica associada a uma maturidade vegetal na planta de soja, onde a região genômica também é localizada em um grupo de ligação associado com uma planta de soja de uma maturidade vegetal preferencial.
[00414] Métodos da presente invenção incluem determinação se um locus contém um polimorfismo, ou for homozigoto ou heterozigoto em uma região de maturidade selecionada a partir da região genômica
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43/114 de maturidade 1, região genômica de maturidade 2, região genômica de maturidade 3, região genômica de maturidade 4, região genômica de maturidade 5, região genômica de maturidade 6, região genômica de maturidade 7 e/ou região genômica de maturidade 8 pela detecção de um polimorfismo em uma molécula de ácido nucleico compreendendo uma sequência ou fragmento da mesma selecionado a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOS: 143 a 174, ou complementos da mesma. A presente invenção inclui identificação de alelos em oito regiões do grupo de maturidade. Estas regiões são denominadas regiões genômicas de maturidade 1 a 8.
[00415] O estado de homozigosidade ou heterozigosidade e dominância ou recessividade da região genômica de maturidade 1 pode ser monitorado pela análise de um alelo de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ou 13 ou mais marcadores genéticos selecionados a partir do grupo consistindo em NS0093385, NS0093976, NS0096829, NS0097798, NS0098982, NS00995929, NS0099746, NS0103749, NS0123747, NS0124601, NS0125408, NS0128378, e NS0135390. Sequências de DNA marcadoras de SNP da região 1 incluem aquelas apresentadas como SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 155 e pode ser amplificado usando os iniciadores indicados como SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 26 com sondas indicadas como SEQ ID NO: 214 a SEQ ID NO: 239. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 1 é uma região associada com as SEQ ID NOS: 143 a 149, 154 a 155. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 1 é uma região associada à SEQ ID NO: 149 ou SEQ ID NO: 151 ou ambas. Em um aspecto, região genômica de maturidade 1 pode transpor 1 centiMorgan (cM), 5 cM, 10 cM, 15 cM, 20 cM ou 30 cM de qualquer lado da SEQ ID NO: 149 ou SEQ ID NO: 151.
[00416] Um aspecto da presente invenção inclui um método de determinação se uma semente de soja se tornará uma planta de soja que
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44/114 tem um grupo de maturidade de III a VI pela determinação de um marcador homozigoto ou heterozigoto na semente de soja usando um marcador com a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 151. Em um aspecto preferencial, o marcador homozigoto pode ser recessivo ou dominante. Em outro aspecto preferencial, a maturidade da planta é retardada onde o marcador é homozigoto dominante.
[00417] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de determinação se uma semente de soja se tornará uma planta de soja que tem um grupo de maturidade entre 0.0 a III.0 compreendendo determinação se uma inserção de 11 pares de bases na sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 149 existe na semente de soja. [00418] O estado de homozigosidade ou heterozigosidade e dominância ou recessividade da região genômica de maturidade 2 pode ser monitorado pela análise de um alelo de 1, 2, 3, 4, 5, ou 6 ou mais marcadores genéticos incluindo aqueles selecionados a partir do grupo consistindo em NS0118907, NS0122182, NS0126989, NS097952, NS0123506 e NS0095677. Sequências de DNA marcadoras de SNP para a região 2 incluem aquelas apresentadas como SEQ ID NO: 156 a SEQ ID NO: 161 e podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID NO: 27 a SEQ ID NO: 38 com sondas indicadas como SEQ ID NO: 240 a SEQ ID NO: 251. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 2 é uma região associada à SEQ ID NO: 158. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 2 é uma região associada às SEQ ID NOS: 156 a 161. Em um aspecto, região genômica de maturidade 2 pode transpor 1 cM, 5 cM, 10 cM, 15 cM, 20 cM ou 30 cM de qualquer lado da SEQ ID NO: 158.
[00419] O estado de homozigosidade ou heterozigosidade e dominância ou recessividade da região genômica de maturidade 3 pode ser monitorado pela análise de um alelo de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, ou 13 ou mais marcadores genéticos incluindo aqueles selecionaPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 54/152
45/114 dos a partir do grupo consistindo em NS0098853, NS0092561, NS0093197, NS0094891, NS0096225, NS0103853, NSO113929, NS0115535, NS0121511, NS0136544, NS0119569, NS0123708 e NS0114317. Sequências de DNA marcadoras de SNP para região 3 incluindo aquelas apresentadas como SEQ ID NO: 162 a SEQ ID NO: 174 e podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID NO: 39 a SEQ ID NO: 64 com sondas indicadas como SEQ ID NO: 252 a SEQ ID NO: 277. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 3 é uma região associada às SEQ ID NOS: 164, 167, 171 a 174. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 3 é uma região associada à SEQ ID NO: 169. Em um aspecto, região genômica de maturidade 3 pode transpor 1 cM, 5 cM, 10 cM, 15 cM, 20 cM ou 30 cM de qualquer lado da SEQ ID NO: 169.
[00420] O estado de homozigosidade ou heterozigosidade e dominância ou recessividade da região genômica de maturidade 4 pode ser monitorado pela análise de um alelo de 1, 2, 3, 4, 5 ou 6 ou mais marcadores genéticos incluindo aqueles selecionados a partir do grupo consistindo em NS0092743, NS0098176, NS0100078, NS0137415, NS0095530 e NS0129004. Sequências de DNA marcadoras de SNP para região 4 são apresentadas como SEQ ID NO: 175 a SEQ ID NO: 180 e podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID NO: 65 a SEQ ID NO: 76 com sondas indicadas como SEQ ID NO: 278 a 289. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 4 é uma região associada à SEQ ID NO: 178. Em um aspecto, região genômica de maturidade 4 pode transpor 1 cM, 5 cM, 10 cM, 15 cM, 20 cM ou 30 cM de qualquer lado da SEQ ID NO: 178. Um aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 4 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 175 a 180. [00421] O estado de homozigosidade ou heterozigosidade e domiPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 55/152
46/114 nância ou recessividade da região genômica de maturidade 5 pode ser monitorado pela análise de um alelo de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 ou 9 ou mais marcadores genéticos incluindo aqueles selecionados a partir do grupo consistindo em NS0120015, NS0113878, NS0101863,
NS0115066, NS0123168, NS0119165, NS0123724, NS0103446 e NS0099024. Sequências de DNA marcadoras de SNP para região 5 incluindo aquelas apresentadas como SEQ ID NO: 181 a SEQ ID NO: 189 e podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID NO: 77 a SEQ ID NO: 94 com sondas indicadas como SEQ ID NO: 290 a SEQ ID NO: 307. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 5 é uma região associada à SEQ ID NO: 187. Em um aspecto, região genômica de maturidade 5 pode transpor 1 cM, 5 cM, 10 cM, 15 cM, 20 cM ou 30 cM de qualquer lado da SEQ ID NO: 187. Um aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 5 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 181 a 189.
[00422] O estado de homozigosidade ou heterozigosidade e dominância ou recessividade da região genômica de maturidade 6 pode ser monitorado pela análise de um alelo de 1, 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 ou mais marcadores genéticos incluindo aqueles selecionados a partir do grupo consistindo em NS0116125, NS0125770, NS0103755, NS0125713, NS0124590, NS0119281 e NS0102717. Sequências de DNA marcadoras de SNP para região 6 incluindo aquelas apresentadas como SEQ ID NO: 190 a SEQ ID NO: 196 e podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID NO: 95 a SEQ ID NO: 108 com sondas indicadas como SEQ ID NO: 308 a SEQ ID NO: 321. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 6 é uma região associada à SEQ ID NO: 192. Em um aspecto, região genômica de maturidade 6 pode transpor 1 cM, 5 cM, 10 cM, 15 cM, 20 cM ou 30 cM de
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47/114 qualquer lado da SEQ ID NO: 192. Um aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 6 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 190 a 196.
[00423] O estado de homozigosidade ou heterozigosidade e dominância ou recessividade da região genômica de maturidade 7 pode ser monitorado pela análise de um alelo de 1, 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 ou mais marcadores genéticos incluindo aqueles selecionados a partir do grupo consistindo em NS0095211, NS0099531, NS0099417, NS0097307, NS0103004, NS0102630 e NS0102915. Sequências de DNA de SNP para região 7 incluindo aquelas apresentadas como SEQ ID NO: 197 a SEQ ID NO: 203 e podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID NO: 109 a SEQ ID NO: 122 com sondas indicadas como SEQ ID NO: 322 a SEQ ID NO: 335. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 7 é uma região associada à SEQ ID NO: 202. Em um aspecto, região genômica de maturidade 7 pode transpor 1 cM, 5 cM, 10 cM, 15 cM, 20 cM ou 30 cM de qualquer lado da SEQ ID NO: 202. Um aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 7 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 197 a 203.
[00424] O estado de homozigosidade ou heterozigosidade e dominância ou recessividade da região genômica de maturidade 8 pode ser monitorado pela análise de um alelo de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 ou mais marcadores genéticos incluindo aqueles selecionados a partir do grupo consistindo em N0102362, NS0100652, NS0117716,
NS0119574, NS0127728, NS0099639, NS0103255, NS0119106,
NS0101020 e NS0101779. Sequências de DNA de SNP da região 8 incluindo aquelas apresentadas como SEQ ID NO: 204 a SEQ ID NO:
213 e podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como
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SEQ ID NO: 123 a SEQ ID NO: 142 com sondas indicadas como SEQ ID NO: 336 a SEQ ID NO: 355. Em outro aspecto, uma região genômica de maturidade 8 é uma região associada à SEQ ID NO: 204. Em um aspecto, região genômica de maturidade 8 pode transpor 1 cM, 5 cM, 10 cM, 15 cM, 20 cM ou 30 cM de qualquer lado da SEQ ID NO: 204. Um aspecto da presente invenção inclui um método de detecção da região genômica de maturidade 8 pela detecção de um alelo usando um marcador selecionado a partir de qualquer uma das SEQ ID NO: 204 a 213.
[00425] Moléculas de ácidos nucleicos da presente invenção ou fragmentos das mesmas são capazes de hibridizar especificamente a outras moléculas de ácidos nucleicos, também incluídas na presente invenção, em certas circunstâncias. Em um aspecto, as moléculas de ácidos nucleicos da presente invenção contêm qualquer uma das SEQ ID NO: 143 a 213, complementos das mesmas e fragmentos quaisquer. Em outro aspecto, as moléculas de ácidos nucleicos da presente invenção incluem moléculas de ácidos nucleicos que hibridizam, por exemplo, sob alta ou baixa estringência, sequências substancialmente homólogas, ou que têm ambas estas moléculas. Como usado neste pedido, duas moléculas de ácidos nucleicos são capazes de hibridizar especificamente uma à outra se as duas moléculas forem capazes de formar uma estrutura de ácido nucleico dupla fita antiparalela. Uma molécula de ácido nucleico é o complemento de outra molécula de ácido nucleico se exibe complementaridade completa. Como usado neste pedido, as moléculas exibem complementaridade completa quando cada nucleotídeo de uma das moléculas é complementar a um nucleotídeo da outra. Duas moléculas são minimamente complementares se puderem hibridizar uma à outra com estabilidade suficiente para permitir-lhes permanecer aneladas uma à outra sob condições de baixa estringência pelo menos convencionais. Similarmente, as moPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 58/152
49/114 léculas são complementares se puderem hibridizar uma à outra com estabilidade suficiente para permitir-lhes permanecer aneladas uma à outra sob condições de alta estringência convencionais. Condições de estringência convencionais são descritas por Sambrook et al., em: Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd Edition, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (1989)), e por Haymes et al., em: Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press, Washington, DC (1985). Partidas de complementaridade completa são então permissíveis, enquanto tais partidas não impedem completamente a capacidade das moléculas de formar uma estrutura de fita dupla. A fim de uma molécula de ácido nucleico servir como um iniciador ou sonda é necessário somente ser suficientemente complementar na sequência para ser capaz de formar uma estrutura de fita dupla estável sob determinadas concentrações de solvente e sal empregadas. [00426] Como usado neste pedido, uma sequência substancialmente homóloga é uma sequência de ácidos nucleicos que hibridizará especificamente ao complemento da sequência de ácidos nucleicos com a qual está sendo comparada sob condições de alta estringência. As sondas de ácido nucleico e iniciadores da presente invenção podem hibridizar sob condições estringentes a uma sequência-alvo de DNA. O termo condições de hibridização estringentes é definido como condições sob as quais uma sonda ou iniciador hibridizam especificamente com uma sequência(s) alvo e não com sequências não-alvo, como pode ser determinado empiricamente. O termo condições estringentes é funcionalmente definido quanto à hibridização de uma sonda de ácido nucleico a um ácido nucleico-alvo (isto é, a uma determinada sequência de ácido nucleico de interesse) pelo procedimento de hibridização específica discutido em Sambrook et al., 1989, em 9.52-9.55. Ver também, Sambrook et al., 1989 em 9.47-9.52, 9.569.58; Kanehisa, Nucl. Acids Res. 12:203-213, 1984; e Wetmur and DaPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 59/152
50/114 vidson, J. Mol. Biol. 31:349-370, 1968. Condições de estringência apropriadas que promovem a hibridização de DNA são, por exemplo, 6,0 x cloreto de sódio/citrato de sódio (SSC) em aproximadamente 45°C, seguidos por lavagem com 2,0 x SSC a 50°C, sã o conhecidos àqueles versados na técnica ou podem ser encontrados em Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y., 1989, 6.3.16.3.6. Por exemplo, a concentração de sal na etapa de lavagem pode ser selecionada a partir de uma estringência baixa de aproximadamente 2,0 x SSC a 50°C a uma alta estringência de aproximadamente 0,2 x SSC a 50°C. Além disso, à temperatura na etapa de lavagem pode ser aumentada de condições de baixa estringência a temperatura ambiente, aproximadamente 22°C, a condições de alta e stringência a aproximadamente 65°C. Ambos temperatura e sal podem ser variados, ou a temperatura ou concentração de sal podem ser consideradas constantes enquanto outra variável é modificada.
[00427] Por exemplo, a hibridização usando sondas ou iniciadores de DNA ou RNA pode ser realizada a 65°C em 6 x SSC, SDS 0,5%, Denhardt 5x, DNA não específico 100 pg/mL (por exemplo, DNA de esperma de salmão sonicado) com lavagem em 0,5 x SSC, SDS 0,5% a 65°C, para alta estringência.
[00428] É contemplado que condições de hibridização de estringência mais baixa, tais como hibridização mais baixa e/ou temperaturas de lavagem podem ser usadas para identificar sequências relacionadas tendo um grau de similaridade menor de sequência se a especificidade de ligação da sonda ou iniciador à sequência(s)-alvo for conservada. Consequentemente, as sequências nucleotídicas da presente invenção podem ser usadas para sua capacidade de formar seletivamente moléculas duplexes com intervalos complementares de fragmentos de DNA, RNA ou cDNA. A detecção de segmentos de DNA através de hibridização é bem conhecida para aqueles versados na
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51/114 técnica, e dessa maneira dependendo da aplicação visada, cada um desejará empregar condições de hibridização variadas para alcançar graus variados de seletividade de sonda em direção à sequência-alvo e o método de escolha dependerá dos resultados desejados.
[00429] Como usado neste pedido, um agente, sendo uma molécula que ocorre naturalmente ou de outra maneira pode ser substancialmente purificado, se desejado, referindo-se a uma molécula separada substancialmente de todas outras moléculas normalmente associadas a ele em seu estado nativo. Mais preferencialmente, uma molécula substancialmente purificada é a espécie predominante presente em uma preparação. Uma molécula substancialmente purificada pode ser mais que 60% livre, preferencialmente 75% livre, mais preferencialmente 90% livre, e ainda mais preferencialmente 95% livre de outras moléculas (exclusivas de solvente) presentes na mistura natural. O termo substancialmente purificado não é destinado a englobar as moléculas presentes em seu estado nativo.
[00430] Os agentes da presente invenção preferencialmente serão biologicamente ativos em relação a um atributo estrutural, tais como a capacidade de um ácido nucleico de hibridizar a outra molécula de ácido nucleico, ou em relação à capacidade de uma proteína de ser ligada por um anticorpo (ou competir com outra molécula por tal ligação). Alternativamente, tal atributo pode ser catalítico, e dessa maneira implicar a capacidade do agente de mediar uma reação química ou resposta.
[00431] Os agentes da presente invenção também podem ser recombinantes. Como usado neste pedido, o termo recombinante significa qualquer agente (por exemplo, DNA, peptídeo etc.), isto é, ou resultados, entretanto indiretos, da manipulação humana de uma molécula de ácido nucleico.
[00432] Os agentes da presente invenção podem ser marcados
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52/114 com reagentes que facilitam a detecção do agente (marcadores, por exemplo, fluorescentes (Prober et al., Science 238:336-340 (1987); Patente Europeia No 144914), marcadores químicos (Patente NorteAmericana No 4.582.789; Patente Norte-Americana No 4.563.417), bases modificadas (Patente Europeia No 119448), todas as quais são neste pedido incorporadas por referência em sua totalidade).
[00433] Em um aspecto, um agente da presente invenção hibridizará especificamente a uma ou mais das moléculas de ácidos nucleicos apresentadas nas SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 ou complementos das mesmas ou fragmentos quaisquer sob condições moderadamente estritas, por exemplo, em aproximadamente 2,0 x SSC e aproximadamente 65°C. Em um aspecto, um ácido nucle ico da presente invenção hibridizará especificamente a uma ou mais das moléculas de ácidos nucleicos apresentadas nas SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 ou complementos ou fragmentos quaisquer sob condições de alta estringência.
[00434] Agentes da presente invenção incluem marcadores genéticos. Exemplos de tais marcadores incluem moléculas de ácidos nucleicos compreendendo sequências de ácidos nucleicos selecionadas a partir do grupo composto das SEQ ID NOS: 143 a 213. Exemplos de bancos de dados públicos de marcadores incluem, por exemplo: Soybase, um Serviço de Pesquisa Agrícola, e Departamento de Agricultura dos Estados Unidos. Outros marcadores genéticos são revelados neles.
[00435] Agentes da presente invenção incluem fragmentos de moléculas de ácidos nucleicos da presente invenção. Os fragmentos podem conter porções significantes das, ou de fato, a maior parte das, SEQ ID NOS: 143 a 213. Em um aspecto, os fragmentos estão entre 100 e 200 resíduos consecutivos, 150 e 300 resíduos consecutivos, 50 e 150 resíduos consecutivos, ou 20 e 50 resíduos consecutivos ao
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53/114 longo de uma molécula nucleica da presente invenção. Em outro aspecto, o fragmento compreende pelo menos 50, 100, 200, 300, 400, ou 500 resíduos consecutivos das SEQ ID NOS: 143 a 213. Em um aspecto, um fragmento da molécula de ácido nucleico é capaz de seletivamente hibridizar às SEQ ID NOS: 143 a 213.
[00436] Em um aspecto da presente invenção, um marcador preferencial da molécula de ácido nucleico da presente invenção tem a sequência de ácidos nucleicos apresentada em SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 ou complementos das mesmas ou fragmentos também. Em outro aspecto da presente invenção, um marcador preferencial da molécula de ácido nucleico da presente invenção compartilha identidade de sequência entre 80% e 100% ou 90% e 100% com a sequência de ácidos nucleicos apresentada na SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 ou complemento das mesmas ou fragmentos também. Em um aspecto adicional da presente invenção, um marcador preferencial da molécula de ácido nucleico da presente invenção compartilha identidade de sequência entre 95% e 100% com a sequência apresentada nas SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 ou complemento das mesmas ou fragmentos também. Em um aspecto da presente invenção, um marcador preferencial da molécula de ácido nucleico da presente invenção compartilha identidade de sequência entre 98% e 100% com a sequência de ácidos nucleicos apresentada nas SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 ou complemento das mesmas ou fragmentos também.
[00437] A porcentagem de identidade é preferencialmente determinada usando Best Fit ou programa Gap do Pacote de Software de Análise de Sequência™ (Versão 10; Genetics Computer Group, Inc, Universidade do Centro de Biotecnologia de Wisconsin, Madison, WI). Gap utiliza o algoritmo de Needleman e Wunsch para encontrar o alinhamento de duas sequências que maximiza o número de compatiPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 63/152
54/114 bilidades de posição e minimiza o número de lacunas. BestFit realiza um alinhamento ótimo do melhor segmento de similaridade entre duas sequências e insere lacunas para maximizar o número de compatibilidades de posição usando o algoritmo de homologia local de Smith e Waterman. Os cálculos de porcentagem de identidade também podem ser realizados usando o programa Megalign da suíte computacional de bioinformática LASERGENE (parâmetros pré-definidos, DNASTAR Inc., Madison, Wisconsin). A porcentagem de identidade é ainda mais preferencialmente determinada usando o programa BestFit usando parâmetros pré-definidos.
[00438] A presente invenção fornece ainda um ou mais marcadores de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP). A detecção de sítios polimórficos em uma amostra de DNA, RNA, ou cDNA pode ser facilitada através do uso de métodos de amplificação de ácidos nucleicos. Tais métodos incluem aqueles que especificamente aumentam a concentração de polinucleotídeos que atravessam o sítio polimórfico, ou incluem aquele sítio e sequências localizadas distal ou proximal a ele. Tais moléculas amplificadas podem ser prontamente detectadas pela eletroforese em gel ou outros meios.
[00439] Um método de realização de tal amplificação emprega a reação da polimerase em cadeia (PCR) (Mullis et al. 1986 Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263-273; Patente Europeia No 50.424; Patente Europeia No 84.796; Patente Europeia No 258.017; Patente Europeia No 237.362; Patente Europeia No 201.184; Patente NorteAmericana No 4.683.202; Patente Norte-Americana No 4.582.788; e Patente Norte-Americana No 4.683.194), usando pares de iniciadores que são capazes de hibridizar às sequências proximais que definem um polimorfismo em sua forma de fita dupla.
[00440] Alelos que estão associados com maturidade vegetal podem ser determinados com base em análise de ligação das plantas e
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55/114 moléculas de ácidos nucléicos da presente invenção. Diversos mapas genéticos moleculares de Glycine foram relatados (Mansur et al., Crop Sci. 36: 1327 - 1336 (1996); Shoemaker et al., Genetics 144: 329-338 (1996); Shoemaker et al., Crop Science 32: 1091-1098 (1992), Shoemaker et al., Crop Science 35: 436-446 (1995); Tinley and Rafalski, J. Cell Biochem. Suppl. 14E: 291 (1990); Cregan et al., Crop Science 39: 1464-1490 (1999)). Soja, Glycine soja e Soja x. Glycine soja compartilha grupos de ligação (Shoemaker et al., Genetics 144: 329-338 (1996)). Um grupo de ligação (LG) é um conjunto de genes que tendem a ser herdados juntos de geração à geração. Como usado neste pedido, referência para os grupos de ligação (LG), D1b; C2; O; L; e I e de Soja refere-se ao grupo de ligação que corresponde a grupos de ligação, D1b, C2, O, L; e I do mapa genético de Soja (Mansur et al., Crop Science. 36: 1327-1336 (1996)); Cregan et al., Crop Science 39: 1464-1490 (1999), e Soybase, Serviço de Pesquisa Agrícola, Departamento de Agricultura dos Estados Unidos.
[00441] Pesquisas por todo o genoma revelaram marcadores SNP associados com a região genômica de maturidade 1 são localizados no grupo de ligação (LG) C2, região genômica de maturidade 2 é localizada em LG O, região genômica de maturidade 3 é localizada em LG L, região genômica de maturidade 4 é localizada em LG I, região genômica de maturidade 5 é localizada em LG L, região genômica de maturidade 6 é localizada em LG Dlb+W, região genômica de maturidade 7 é localizada em LG G e região genômica de maturidade 8 é localizada em LG M.
[00442] Em um aspecto, a presente invenção pode ser usada para identificar marcadores adicionais associados com regiões genômicas de maturidade 1 a 8. A presente invenção inclui um marcador de maturidade em 1 cM, 5 cM, 10 cM, 15 cM ou 30 cM das SEQ ID NO: 143 a 213. Similarmente um ou mais marcadores mapeados dentro de 1, 5,
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10, 20 e 30 cM ou menos das moléculas marcadoras da presente invenção podem ser usados para a seleção ou introgressão da região associada com maturidade e/ou hábito de crescimento vegetal. A presente invenção inclui um marcador de maturidade que é ligado com as SEQ ID NO: 143 a 213 e maturidade retardada. A presente invenção inclui uma molécula de ácido nucleico substancialmente purificada compreendendo um marcador de maturidade em 5 quilobases, 10 quilobases, 20 quilobases, 30 quilobases, 100 quilobases, 500 quilobases, 1.000 quilobases, 10.000 quilobases, 25.000 quilobases ou 50.000 quilobases de um marcador selecionado a partir do grupo composto das SEQ ID NO: 143 a 213. A presente invenção inclui um marcador de maturidade em 5 quilobases, 10 quilobases, 20 quilobases, 30 quilobases, 100 quilobases, 500 quilobases, 1.000 quilobases, 10.000 quilobases, 25.000 quilobases ou 50.000 quilobases de qualquer uma das SEQ ID NO: 143 a 213 que cossegrega com qualquer uma das SEQ ID NO: 143 a 213. Similarmente um ou mais marcadores mapeados em 5 quilobases, 10 quilobases, 20 quilobases, 30 quilobases, 100 quilobases, 500 quilobases, 1.000 quilobases, 10.000 quilobases, 25.000 quilobases ou 50.000 quilobases ou menos de moléculas marcadoras da presente invenção podem ser usadas para a seleção ou introgressão da região associada com maturidade e/ou hábito de crescimento vegetal.
[00443] Uma região genômica de maturidade é uma região física de um cromossomo vegetal que foi associado com a determinação da data de maturidade de uma planta. Uma planta é considerada madura quando 95% de suas vagens tenham alcançado sua cor madura. Em um aspecto da presente invenção, a data de maturidade de uma planta é o número de dias após 31 de agosto no hemisfério norte. Alelos das regiões genômicas de maturidade 1 a 8 podem influir na data de maturidade de uma planta.
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57/114 [00444] Em um aspecto, a data de maturidade de uma planta pode determinar o grupo de maturidade de uma planta. Neste pedido, a maturidade relativa refere-se a um grupo de maturidade de planta de soja subdividindo um grupo de maturidade em décimos, por exemplo, III.5. Maturidade relativa fornece uma descrição mais exata da maturidade vegetal. O número após o ponto decimal refere-se ao parental mais precoce ou mais retardado com um grupo de maturidade, por exemplo, IV.2 é uma variedade precoce do grupo IV e IV.9 é um grupo tardio IV. [00445] Em outro aspecto, grupo de maturidade pode ser determinado por referência em relação a uma linhagem comercializada para um grupo de maturidade. Por exemplo, uma linhagem comercializada com um grupo de maturidade conhecido é cultivada em um experimento com uma nova linhagem de soja e a maturidade relativa da nova linhagem de soja é apurada pela contagem do número de dias após 31 de agosto e comparando com a linhagem comercializada. Grupo de maturidade refere-se a uma divisão da indústria de grupos de variedades baseadas em uma faixa em latitudes que a planta é melhor adaptada e ainda mais produtiva. Variedades de soja são classificadas em 13 grupos de maturidade reconhecidos com as designações variando de grupos de maturidade 000, 00, 0, e I a X, onde 000 representa a variedade de maturidade mais precoce e X representa a variedade de maturidade mais tardia. Os grupos de maturidade têm cinturões de maturidade correspondentes.
[00446] Plantas de soja em grupos de maturidade 000 a IV têm um hábito vegetal indeterminado, enquanto as plantas de soja em grupos de maturidade V a X têm um hábito vegetal determinado. Variedades precoces de maturidade (000 a III) são adaptadas a latitudes norte com comprimentos de dia mais longos com a designação de maturidade aumentando em latitudes ao sul com comprimentos de dia mais curtos.
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58/114 [00447] Um aumento na maturidade pode se correlacionar com um aumento no rendimento ou outros traços, tais como concentração de óleo. A correlação da maturidade vegetal e outros traços confunde a avaliação de marcadores e genes candidatos potenciais associados com outros traços, tais como rendimento. Identificação de regiões genômicas associadas com maturidade vegetal, mas não a outro traço, pode permitir a melhoradores estabelecer geneticamente a maturidade vegetal em uma planta de soja e separadamente elucidar outros traços, tais como aqueles associados com rendimento.
[00448] A presente invenção inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja ou semente de soja devem ser cultivadas pela determinação da combinação alélica de uma planta de soja ou semente de soja pela obtenção de DNA de uma planta de soja ou semente de soja; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 1 são homozigotos ou heterozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 2 são homozigotos ou heterozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 3 são homozigotos ou heterozigotos; determinação da combinação alélica dos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1, 2 e 3; e atribuição de um valor de grupo de maturidade à planta de soja ou semente de soja. Em um aspecto preferencial, determinação se os alelos em um locus são homozigotos ou heterozigotos inclui a detecção de um polimorfismo com uma molécula de ácido nucleico tendo uma sequência de qualquer uma das SEQ ID NOS: 143 a 174, ou complementos das mesmas.
[00449] Em outro aspecto, a presente invenção inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja ou semente de soja deveria ser cultivada pela determinação da combinação alélica de uma planta de soja ou semente de soja pela obtenção de DNA de uma planta de soja ou semente de soja; determinação se alelos em um loPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 68/152
59/114 cus na região genômica de maturidade 1 são heterozigotos ou homozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 2 são heterozigotos ou homozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 3 são heterozigotos ou homozigotos; determinação se alelos em um locus na região genômica de maturidade 2 são heterozigotos ou homozigotos; determinação da combinação alélica dos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1, 2, 3 e 4; e atribuição de um valor de grupo de maturidade à planta de soja ou semente de soja.
[00450] A presente invenção também inclui um método de fornecimento de informação sobre a maturidade de uma planta de soja ou semente de soja pela obtenção de DNA da semente de soja ou planta de soja e pela determinação do perfil alélico em um locus da região genômica 4.
[00451] A presente invenção também inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja ou semente de soja deveria ser cultivada pela determinação da combinação alélica de uma planta de soja ou semente de soja pela obtenção de DNA de uma planta de soja ou semente de soja; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 3 determinação; e determinação da combinação alélica dos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1, 2, e 3.
[00452] Em um aspecto preferencial, a planta de soja ou semente de soja é homozigota para os alelos nas regiões genômicas de maturidade 1, 2 e 3. Em um aspecto preferencial, os alelos homozigotos são dominantes ou recessivos. Em outro aspecto, a planta de soja ou semente de soja é homozigota para os alelos nas regiões genômicas de maturidade 1 e 2. Em um aspecto preferencial, os alelos homozigotos
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60/114 são dominantes ou recessivos. Em outro aspecto, a planta de soja ou semente de soja é homozigota para os alelos nas regiões genômicas de maturidade 2 e 3. Em um aspecto preferencial, os alelos homozigotos são dominantes ou recessivos. Em outro aspecto, a planta de soja ou semente de soja é heterozigota para os alelos nas regiões genômicas de maturidade 1, 2 e 3. Em outro aspecto, a planta de soja ou semente de soja é heterozigota para os alelos nas regiões genômicas de maturidade 1 e 2. Em outro aspecto, a planta de soja ou semente de soja é heterozigota para os alelos nas regiões genômicas de maturidade 2 e 3. Em um aspecto preferencial, a combinação alélica é a combinação alélica 10, combinação alélica 11, combinação alélica 12, combinação alélica 13, combinação alélica 14, combinação alélica 15, combinação alélica 16, combinação alélica 17, combinação alélica 18 e combinação alélica 19.
[00453] Um aspecto da presente invenção inclui um método de estabelecimento onde uma planta de soja ou semente de soja deveria ser cultivada pela determinação da combinação alélica de uma planta de soja pela obtenção de DNA de uma planta de soja ou semente de soja; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; determinação da combinação alélica dos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1 e 2; e atribuição de um valor de crescimento de maturidade à planta de soja ou semente de soja. Em um aspecto preferencial, determinação se um alelo é homozigoto ou heterozigoto inclui a detecção de um polimorfismo de qualquer uma das SEQ ID NOS: 143 a 161. Em um aspecto preferencial, a combinação alélica é a combinação alélica 1, combinação alélica 2, combinação alélica 3, combinação alélica 4, combinação alélica 5, combinação alélica 6, combinação alélica 7, combinação alélica 8 e combinação alélica 9. Em um aspecto prefePetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 70/152
61/114 rencial, a planta de soja ou semente de soja é obtida de um cruzamento de uma planta precoce de soja parental do grupo de maturidade e uma planta de soja parental de maturidade média. Em um aspecto preferencial, a planta de soja parental do grupo de maturidade precoce está entre 00,0 e 1.0 e a planta de soja parental de maturidade média está entre III.0 e IV.9.
[00454] Um aspecto da presente invenção inclui um método para determinar se uma planta de soja tem um grupo de maturidade de 0,0 a III.9 pela determinação se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; e atribuição de um valor de grupo de maturidade para a planta de soja entre 0,0 e III.9. Em um aspecto preferencial, a maturidade na planta de soja é alcançada pelo menos 5 dias antes de uma planta de soja que é homozigota dominante na região genômica de maturidade 1, homozigota dominante na região genômica de maturidade 2 e é cultivada sob as mesmas condições ambientais.
[00455] Outro aspecto da presente invenção inclui um método para determinar se a maturidade de uma planta de soja está em um grupo de maturidade 00,0 a III.0 pela determinação se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; e atribuição de um valor de grupo de maturidade pela planta de soja entre 00.0 e III.0. Em um aspecto preferencial, uma semente de soja selecionada é homozigota recessiva na região genômica de maturidade 1 e homozigota recessiva na região genômica de maturidade 2 e tem um grupo de maturidade entre 0.5 e II.0. Em um aspecto preferencial, uma semente de soja é selecionada sendo homozigota recessiva na região genômica de maturidade 1 e heterozigota dominante na região genômica de maturidade 2 e tem um grupo de
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62/114 maturidade entre 1.5 e II.9.
[00456] A presente invenção inclui um método onde o grupo de maturidade de uma planta de progênie é predito se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto dominante, homozigoto recessivo ou heterozigoto e se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto dominante, homozigoto recessivo ou heterozigoto. Em um aspecto, se o grupo de maturidade de uma planta estiver entre 0 e II, o grupo de maturidade pode ser identificado pela determinação da combinação alélica das regiões genômicas de maturidade 1 e 2 em uma planta ou semente. Ver, por exemplo, A tabela 9.
[00457] Em um aspecto alternativo, se o grupo de maturidade de uma planta estiver entre III e V, o grupo de maturidade pode ser identificado pela determinação da combinação alélica das regiões genômicas de maturidade 1, 2 e 3 em uma planta ou semente. Ver, por exemplo, A tabela 9. Em um aspecto, se o grupo de maturidade de uma planta está entre IV e V, o grupo de maturidade pode ser identificado pela determinação da combinação alélica das regiões genômicas de maturidade 1, 2 e 3 em uma planta ou semente. Ver, por exemplo, A tabela 9.
[00458] Em outro aspecto, o grupo de maturidade das plantas parentais é conhecido. Em um aspecto, os grupos de maturidade das plantas parentais são diferentes por mais de 10 dias, entre 10 dias e 20 dias, entre 10 dias e 30 dias, mais de 2 grupos de maturidade, menos de 2 grupos de maturidade, entre grupos de maturidade 000 e VI. Em um aspecto, o grupo de maturidade de uma planta de progênie resultante de um cruzamento com pelo menos um parental tendo um grupo de maturidade de 0 a II é identificado pela determinação da combinação alélica das regiões genômicas de maturidade 1 e 2. Em outro aspecto, o grupo de maturidade de uma planta de progênie resultante de um cruzamento com plantas parentais tendo um grupo de
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63/114 maturidade de III, IV, V, ou III a V é identificado pela determinação da combinação alélica das regiões genômicas de maturidade 1, 2 e 3. [00459] Em um aspecto, os alelos mais dominantes em um locus em uma região de grupo de maturidade estão em correlação com um retardo na maturidade. Em outro aspecto, um aumento no número de alelos dominantes está em correlação com um retardo na maturidade. [00460] Em um aspecto, as plantas parentais com uma diferença no grupo de maturidade maior do que 1,5, 2, 2,5, 3, 3,5 são cruzadas e seu grupo de maturidade identificado pela determinação da combinação alélica. Em um aspecto, plantas parentais com uma diferença no grupo de maturidade entre 1 e 3, entre 1 e 4, entre 2 e 3, entre 2 e 5, entre 2 e 6, entre 2 e 7 são cruzadas e seu grupo de maturidade identificado pela determinação da combinação alélica da progênie. Em um aspecto, as plantas parentais com uma diferença no grupo de maturidade maior do que 1,5, 2, 2,5, 3, 3,5 são cruzadas e seu grupo de maturidade identificado pela determinação da combinação alélica.
[00461] Em um aspecto, uma planta de progênie tem um grupo de maturidade anterior a um parental em 5, 10 ou 15 dias. Em outro aspecto, uma planta de progênie tem um grupo de maturidade posterior uma planta parental em 5, 10 ou 15 dias. Em um aspecto, uma planta de progênie tem um grupo de maturidade anterior a ambos os parentais em 5, 10 ou 15 dias. Em outro aspecto, uma planta de progênie tem um grupo de maturidade posterior a ambas as plantas parentais em 5, 10 ou 15 dias.
[00462] Em um aspecto, um parental precoce do grupo de maturidade 0,1 é cruzado com uma planta parental de maturidade posterior que é uma 1,9, e as plantas de progênie com a combinação alélica 1 são de maturidade 0,1 a 0,5. Em outro aspecto, um parental precoce com a maturidade de 0,9 é cruzado com uma planta tendo maturidade de 3,5, e as plantas tendo combinação alélica 1 é o grupo de maturiPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 73/152
64/114 dade 1,0 a 1,5.
[00463] Em um aspecto, o grupo de maturidade de uma semente de progênie é determinado a partir de um cruzamento entre uma planta parental de maturidade muito precoce com uma planta parental de maturidade posterior. Em um aspecto, a planta parental de maturidade mais precoce é um grupo de maturidade 00,0 a 0,9 e a planta parental de maturidade posterior é um grupo de maturidade III.5 a IV.5. Em um aspecto, a planta parental de maturidade mais precoce é um grupo de maturidade 00 e a planta parental de maturidade posterior é um grupo de maturidade III ou IV. Em um aspecto, DNA pode ser obtido de plantas ou partes da planta, tais como sementes nas populações F1, F2, F3, F4 ou posteriores. Em um aspecto, uma ou mais plantas ou partes da planta são genotipadas para alelos em regiões genômicas 1 e 2. Em um aspecto, os alelos são determinados usando os marcadores de SNP NS0128378 (região de maturidade genômica 1) e NS0118907 (região de maturidade genômica 2).
[00464] Em um aspecto, as plantas são fenotipadas para maturidade pela contagem do número de dias após 31 de agosto até que uma planta amadureça. Em um aspecto, uma planta é considerada madura quando 95% das vagens estão marrons. Em um aspecto, quando alelos de marcadores associados com a maturidade das regiões genômicas 1 e 2 são homozigotos recessivos, a planta de progênie alcançará a maturidade 15, 14, 12, 11, 10, 9 ou 8 dias mais cedo do que o grupo de maturidade se os alelos de marcadores associados com as regiões genômicas de maturidade 1 e 2 forem homozigotos dominantes. Em um aspecto, se um alelo de um marcador associado com a região genômica de maturidade 1 for homozigoto dominante e um alelo de um marcador associado com a região genômica de maturidade 2 é heterozigoto, então a planta de progênie alcançará a maturidade entre 1 dia, 1 e 2 dias, 2 e 3 dias, 2 e 4 dias, ou 3 e 5 dias antes
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65/114 se os alelos de marcadores associados com as regiões genômicas de maturidade 1 e 2 forem homozigotos dominantes.
[00465] Em outro aspecto da presente invenção, múltiplas sementes podem ser selecionadas ou crescidas. Múltiplas sementes podem incluir mais que ou igual a 2, 3, 4, 5, 6, 10, 50, 100, 500, 1000, 5.000, 10.000 ou mais sementes. Uma ou múltiplas sementes podem ser distribuídas a uma região geográfica adequada para o crescimento de uma ou múltiplas plantas. Neste aspecto, as sementes selecionadas podem ser distribuídas ou transportadas a uma região apropriada. [00466] A presente invenção também fornece múltiplas sementes de soja nas quais mais que 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% ou 99% das sementes se tornarão plantas onde a variação no grupo de maturidade está dentro de um grupo de maturidade, não mais de 2 grupos ou 20 dias após 31 de agosto, não mais de 1 grupo ou 10 dias após 31 de agosto, não mais de grupo 0,9 ou nove dias após 31 de agosto, não mais de 5 dias após 31 de agosto ou grupo 0,5, ou com um grupo de maturidade entre 0,0 a II,0, 000,0 a III,9. Múltiplas sementes de soja podem tornar-se plantas de soja tendo hábito de planta de soja indeterminado ou tendo hábito de planta de soja determinado. Um aspecto da presente invenção inclui um método para selecionar uma semente de soja com base no hábito de crescimento indeterminado ou determinado compreendendo a determinação se a região genômica de maturidade 3 for homozigota ou heterozigota. Em um aspecto, 85% de múltiplas sementes de soja podem alcançar a maturidade em 10 dias, 5 dias, 3 dias cada uma. Em outro aspecto, 95% de múltiplas sementes de soja podem alcançar a maturidade em 10 dias, 5 dias, 3 dias cada uma.
[00467] Outro aspecto da presente invenção inclui um método para isolar sementes de soja precoces de maturidade indeterminada pela obtenção de DNA da semente de soja usando um método não destruPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 75/152
66/114 tivo; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; e determinação se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto.
[00468] Tais múltiplas sementes podem estar em um recipiente. O recipiente de sementes de soja pode conter qualquer número, peso, ou volume de sementes. Por exemplo, um recipiente pode conter pelo menos, ou mais do que, aproximadamente 10, 25, 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 80, 90, 1000, 1500, 2000, 2500, 3000, 3500, 4000, 5000, 7500, ou 10.000 ou mais sementes. Em outro aspecto, um recipiente pode conter aproximadamente, ou mais que aproximadamente, 1 grama, 5 gramas, 10 gramas, 15 gramas, 20 gramas, 25 gramas, 50 gramas, 100 gramas, 250 gramas, 500 gramas, ou 1000 gramas de sementes. Alternativamente, o recipiente pode conter pelo menos, ou mais que, aproximadamente 0 gramas(0 onça), 28,349 gramas (1 onça), 141,745 gramas (5 onça), 283,49 gramas (10 onça), 453,592 gramas (1 libra), 907,184 gramas (2 libras), 1360,776 gramas (3 libras), 1814,368 gramas (4 libras), 2267,96 gramas (5 libras), 4535,92 gramas (10 libras), 6803,88 gramas (15 libras), 9071,84 gramas (20 libras), 11339,8 gramas (25 libras), 13606,76 gramas (30 libras), 18143,68 gramas (40 libras), 22679,6 gramas (50 libras), 27215,52 gramas (60 libras), 31751,44 gramas (70 libras), 36287,36 gramas (80 libras), 45359,2 gramas (100 libras), 90718,4 gramas (200 libras), 136077,6 gramas (300 libras), 226796 gramas (400 libras) ou 453592 gramas (1000 libras) ou mais sementes.
[00469] Recipientes de sementes de soja podem ser quaisquer recipientes disponíveis na técnica. Por exemplo, um recipiente pode ser uma caixa, uma saca, uma lata, um pacote, uma bolsa, um rolo de fita, um balde ou um tubo.
[00470] Em outro aspecto, as sementes contidas nos recipientes de sementes de soja podem ser tratadas ou sementes de soja não traPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 76/152
67/114 tadas. Em um aspecto, as sementes podem ser tratadas para melhorar a germinação, por exemplo, pelo condicionamento osmótico, ou pela desinfecção para proteger contra agentes patogênicos associados à semente. Em outro aspecto, as sementes podem ser recobertas com qualquer revestimento disponível para melhorar, por exemplo, plantabilidade, emergência de semente e proteção contra agentes patogênicos associados à semente. O revestimento de semente pode ser qualquer forma de revestimento de semente incluindo, mas não limitado a, peletização, revestimento de filme e incrustamentos.
[00471] Um aspecto da presente invenção inclui um método de distribuição de uma planta de soja com base no grupo de maturidade pela obtenção de DNA de uma planta de soja; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 3 é homozigoto ou heterozigoto; e atribuição de um valor de crescimento de maturidade à planta de soja; e transporte da planta de soja a uma região geográfica preferencial.
[00472] Uma planta da invenção também pode compreender um gene que confere a resistência a inseto, peste, ataque viral ou bacteria No Tal gene pode ser um transgene. Por exemplo, um gene conferindo resistência a uma peste, tal como nematoide do cisto da soja foi descrita na Patente Norte-Americana No 7.154.021, neste pedido incorporada por referência.
[00473] Transgenes também podem ser usados para alterar o metabolismo proteico. Por exemplo, Patente Norte-Americana No 5.545.545, neste pedido incorporado por referência, descreve milho insensível à lisina sintase ácida dihidrodipicolínica (DHPS), que é substancialmente resistente a concentrações da L-lisina que de outra maneira inibem a atividade de DHPS nativo. Similarmente, EP
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0640141, neste pedido incorporada por referência, descreve sequências que codificam aspartoquinase insensível à lisina (AK) capaz de causar uma produção maior do que a normal de treonina, bem como um subfragmento que codifica lisina cetoglutarato redutase antissenso para aumentar a lisina.
[00474] Em outro aspecto, um transgene pode ser empregado alterando o metabolismo de carboidrato na planta. Por exemplo, genes frutoquinases são conhecidos pelo uso na engenharia metabólica da expressão genética de frutoquinase em plantas transgênicas e suas frutas (ver Patente Norte-Americana No 6.031.154, neste pedido incorporada por referência). Um exemplo adicional de transgenes que podem ser usados são genes que alteram o rendimento de grão. Por exemplo, Patente Norte-Americana No 6.486.383, neste pedido incorporada por referência, descreve a modificação do conteúdo de amido em plantas com subunidades proteicas de adenosina difosfoglicose pirofosforilase (ADPG PPase). Em EP0797673, neste pedido incorporada por referência, plantas transgênicas são discutidas nas quais a introdução e expressão de determinadas moléculas de DNA resultam na formação de pools de fosfato facilmente mobilizados fora do vacúolo e uma produção de biomassa aumentada e/ou comportamento de florescência alterado. Ainda mais conhecidos são genes para alterar a maturidade vegetal. Patente Norte-Americana No 6.774.284, neste pedido incorporada por referência, descreve DNA que codifica uma lipase vegetal e métodos de uso do mesmo para controlar a senescência em plantas. Patente Norte-Americana No 6.140.085, neste pedido incorporada por referência, discute genes FCA para alterar características de florescência, particularmente o momento da florescência. Patente Norte-Americana No 5.637.785, neste pedido incorporada por referência, discute plantas geneticamente modificadas tendo desenvolvimento modulado de flores, tais como tendo desenvolvimento prePetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 78/152
69/114 coce de meristema floral e compreendendo um gene estrutural que codifica a proteína LEAFY em seu genoma.
[00475] Em outro aspecto, a presente invenção fornece métodos e composições para a implantação preferencial de traços convencionais e transgênicos relacionados a síntese de ácido graxo e conteúdo de óleo. Usando a presente invenção, melhoradores podem adaptar a integração do traço à região geográfica para expressão de traço preferencial, se o traço é convencional (por exemplo, uma mutação) ou transgênico. Por exemplo, um transgene pode ser empregado alterando a biossíntese de óleo vegetal e composição de óleo. Especialmente, o ácido linoleico (LA) (18:2, Δ9, 12) é produzido a partir do ácido oleico (18:1, Δ9) por uma D12-desaturase (codificado por FAD2) enquanto ácido alfa-linolênico (ALA) (18:3, Δ9, 12, 15) é produzido a partir de LA por uma Á15-desaturase (codificado por FAD3). Além disso, ácido estearidônico (SDA) (18:4, Δ6, 9, 12, 15) e ácido gama-linolênico (GLA) (18:3, Δ6, 9, 12) são ácidos graxos polinsaturados (PUFAs) produzidos a partir de LA e ALA por uma Á6-desaturase. Vários genes que codificam desaturases foram descritos. Por exemplo, Patente Norte-Americana No 5.952.544, neste pedido incorporada por referência, descreve fragmentos de ácidos nucleicos isolados e clonados de Brassica napus que codificam enzimas ácido graxo desaturase. A expressão da B. napus Δl5-desaturase da patente ‘544 resultou na acumulação de ALA. Patente Publicada PCT 20060156435, neste pedido incorporada por referência, descreve a expressão de Δ15-desaturases fúngicas para aumentar perfis de ácido graxo ômega 3 em plantas. Patente Publicada PCT WO05/021761, neste pedido incorporada por referência, discute plantas geneticamente projetadas que produzem ambas SDA e GLA como um resultado da expressão de uma Δ6desaturase e uma Δ15-desaturase. PUFAs de cadeia longa, tais como EPA e DHA podem ser produzidos em plantas como revelado na PaPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 79/152
70/114 tente Norte-Americana Publicada 20040172682, neste pedido incorporada por referência.
[00476] Inibição do gene FAD2 de soja endógena foi mostrada através do uso de transgenes que inibem a expressão de FAD2 mostrou conferir um desejável fenótipo de ácido mid-oleico (18:1) (isto é, semente de soja compreendendo ácido oleico de aproximadamente 50% e de 75% por peso). Transgenes e plantas transgênicas fornecidos para inibição da expressão gênica de FAD2 endógena e fenótipo mid-oleico são revelados na Patente Norte-Americana 7.067.722, neste pedido incorporada por referência. Ao contrário, plantas de soja de tipo selvagem que são desprovidos de transgenes de inibição de FAD2 tipicamente produzem semente com composições de ácido oleico de menos de 20%. Inibição do gene FAD3 endógeno através do uso de transgenes que inibem a expressão de FAD3 têm sido mostrados conferir um fenótipo de ácido linolênico desejável (18:3). Um gene FATB ou palmitoil-ACP tioesterase codifica uma enzima (FATB) capaz de catalisar a clivagem hidrolítica da ligação tioéster do carbono-enxofre no grupo prostético pantoteno de palmitoil-ACP como sua reação preferencial. Hidrólise de outros tioésteres ACP de ácido graxo também pode ser catalisada por esta enzima. Sequências FATB-1 representativas incluem, sem restrição, aquelas apresentadas na Patente NorteAmericana Publicada 20040006792 e Patentes Americanas Nos 5.955.329; 5.723.761; 5.955.650; e 6.331.664, neste pedido incorporadas por referência. Quando a quantidade de FATB é reduzida em uma célula vegetal, uma quantidade reduzida de ácidos graxos saturados, tais como palmitato e estearato pode ser fornecida. Dessa forma, uma redução na expressão de FATB pode resultar em uma proporção aumentada de ácidos graxos insaturados, tais como ácido oleico (18:1). A supressão simultânea de expressão de FAD2, FAD3 e FATB por meio disso resulta na condução da via de FAS em direção a um auPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 80/152
71/114 mento total em ácidos graxos monoinsaturados de comprimento de 18 carbonos, tais como ácido oleico (C18:1). Ver Patente NorteAmericana No 5.955.650, neste pedido incorporada por referência. [00477] Em um aspecto, a presente invenção fornece métodos e composições para a implantação preferencial de traços convencionais e transgênicos relacionados a síntese de ácido graxo e conteúdo de óleo. Níveis de óleo da semente de soja são altamente impactados pelo ambiente. Aumentos de concentração de óleo com a diminuição de latitude, por isso, sojas em grupos de maturidade 00-1 geralmente têm níveis de óleo mais baixos do que sojas de maturidade posterior (Yaklich et al. 2002. Crop Sci 42:1504-1515). A redução em concentrações de óleo é atribuída a temperaturas baixas e estação de crescimento mais curta (Piper and Boote 1999 J. Am. Oil Chem. Soc. 76:1233-124). Além disso, sojas cultivadas sob estresse da seca tendem a produzir sementes com proteína reduzida e óleo aumentado (Specht et al. 2001 Crop Sci 41:493-509). Usando a presente invenção, melhoradores podem adaptar a integração do traço a geografias para expressão de traço preferencial, se o traço é convencional (por exemplo, uma mutação) ou transgênico.
[00478] Genes para alteração das características morfológicas vegetais também são conhecidos e podem ser usados conforme a invenção. Patente Norte-Americana No 6.184.440, neste pedido incorporada por referência, discute plantas geneticamente projetadas que mostram estrutura ou morfologia alterada como um resultado da expressão de um transgene de modulação de parede celular. Exemplos de transgenes de modulação de parede celular incluem um domínio de ligação à celulose, uma proteína de ligação à celulose, ou uma proteína ou enzima de modificação da parede celular, tal como endoxiloglican transferase, xiloglican endo-transglicosilase, uma expansina, celulose sintase, ou uma nova isolada endo-l,4-p-glicanase.
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72/114 [00479] Métodos para introdução de um transgene, por exemplo, na soja, são bem conhecidos na técnica e incluem protocolos de transformação biológicas e físicas vegetais. Ver, por exemplo, Miki et al. (1990), Clemente et al. (Clemente e al, Crop Sci., 40:797-803, 2000), e Patente Norte-Americana 7.002.058, todos neste pedido incorporados por referência. Um aspecto adicional da invenção relaciona-se a culturas de tecido de uma variedade de soja da invenção. Tipos exemplares de culturas de tecido são protoplastos, calos e células vegetais que estão intactos em plantas ou partes das plantas. Partes das planta incluem, mas não limitadas a embriões, pólen, flores, folhas, raízes, extremidades de raiz, anteras, tecido vascular, vagem, tronco, semente ou uma porção dos mesmos, ou uma célula isolada a partir da planta. Em um aspecto, a cultura de tecido compreende partes da planta, tais como embriões, protoplastos, células meristemáticas, pólen, folhas ou anteras. Nestes modos, plantas da presente invenção ou partes das mesmas são cultivadas em cultura e regeneradas. Procedimentos exemplares para preparar culturas de tecido celulares de soja regeneráveis e regenerar plantas de soja a partir disto, são revelados na Patente Norte-Americana No 4.992.375; Patente Norte-Americana No 5.015.580; Patente Norte-Americana No 5.024.944 e Patente NorteAmericana No 5.416.011, cada uma das revelações das quais é especificamente incorporada neste pedido por referência em sua totalidade. Uma capacidade importante de uma cultura de tecido é a capacidade de regenerar plantas férteis. Para a transformação ser eficiente e bem sucedida, DNA deve ser introduzido em células que dão a origem a plantas ou tecido de linhagem germinativa.
[00480] Em particular, métodos para a regeneração de plantas Soja a partir de vários tipos de tecido e métodos de cultura de tecido de
Soja são conhecidos na técnica (Ver, por exemplo, Widholm et al., In
Vitro Selection and Culture-induced Variation in Soybean, Em
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Soybean: Genetics, Molecular Biology and Biotechnology, Eds. Verma and Shoemaker, CAB International, Wallingford, Oxon, Inglaterra (1996). Técnicas de regeneração de plantas, tais como Soja podem usar como material inicial vários tecidos ou tipos celulares. Com Soja em particular, foram desenvolvidos processos de regeneração que começam com certos tipos de tecido diferenciados, tais como meristemas, Cartha et al., Can. J. Bot. 59:1671-1679 (1981), seções de hipocotil, Cameya et al., Plant Science Letters 21: 289 - 294 (1981), e segmentos de nó de tronco, Saka et al., Plant Science Letters, 19:193201(1980); Cheng et al., Plant Science Letters, 19:91-99(1980). Regeneração de plantas Soja totalmente maduras sexualmente de embriões somáticos gerados a partir de explantes de embriões de Soja imaturas foi relatada (Ranch et al., In Vitro Cellular & Developmental Biology 21:653-658(1985)). A regeneração de plantas Soja maduras a partir de cultura de tecido por organogênese e embriogênese também foi relatada (Barwale et al., Plant 167:473-481 (1986); Wright et al., Plant Cell Reports 5:150-154(1986)).
[00481] Uma vez que um transgene é introduzido em uma variedade pode ser prontamente transferido por cruzamento. Pelo uso de retrocruzamento, essencialmente todas as características morfológicas e fisiológicas desejadas de uma variedade são recuperadas além do locus transferido na variedade através de técnica de retrocruzamento. Métodos de retrocruzamento podem ser usados com a presente invenção para melhorar ou introduzir uma característica em uma planta (Poehlman e Sleper, Em: Breeding Field Crops, Iowa State University Press, Ames, 1995; Fehr, Principles of Cultivar Development Vol. 1, pp. 2-3 (1987), neste pedido incorporado por referência).
[00482] A presente invenção inclui um método de melhoramento da planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes, onde as plantas de soja parentais se diferenciam
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74/114 na maturidade vegetal em mais de 10 dias, 10 dias a 20 dias, 10 dias a 30 dias; obtenção de uma semente a partir da progênie cruzada; genotipagem de uma semente de progênie cruzada com um marcador genético; e seleção de uma semente de soja que possui um genótipo de maturidade preferencial. A presente invenção também inclui um método de melhoramento da planta de soja pela análise de uma planta de soja para a presença de sequências de marcador selecionadas a partir das SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213; e associação da planta de soja com um grupo de maturidade. A presente invenção também inclui um método de melhoramento da planta de soja compreendendo cruzamento da uma planta de soja parental que tem um traço desejado com uma segunda planta de soja parental, onde as plantas de soja parentais se diferenciam na maturidade de planta de soja em mais de 10 dias, 10 dias a 20 dias, 10 dias a 30 dias, pelo cruzamento de uma planta de soja parental compreendendo um traço desejado com uma segunda planta de soja parental; obtenção da progênie da semente de soja a partir do cruzamento; classificação de uma progênie da semente de soja para o traço; classificação de uma progênie da semente de soja em um grupo de maturidade desejado que usa um marcador selecionado a partir do grupo composto das SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 para determinar a região de crescimento geográfica desejada; e seleção de uma progênie da semente de soja contendo o traço desejado e maturidade da planta de soja desejada.
[00483] Em um aspecto da presente invenção, um método de melhoramento da planta de soja inclui o cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; genotipagem não destrutiva de uma progênie da planta de soja ou semente de soja do cruzamento com um marcador genético caracterizando uma região genômica de maturidade; e seleção de uma planta de soja possuindo um genótipo
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75/114 para um grupo de maturidade desejado. Em um aspecto preferencial, o fenótipo de maturidade da progênie da planta de soja ou semente de soja é desconhecido. Em outro aspecto preferencial, a progênie é cultivada sob condições que são impróprias para determinar a maturidade da planta de soja. Em outro aspecto preferencial, as plantas de soja parentais diferenciam-se na maturidade de planta de soja em mais de 5 dias, mais de 10 dias, 10 dias a 20 dias, 10 dias a 30 dias, neste pedido um fenótipo de maturidade de pelo menos uma das duas plantas de soja parentais diferentes é desconhecido. Em um aspecto preferencial, o fenótipo de maturidade das duas plantas de soja parentais diferentes é desconhecido. Em um aspecto preferencial, a progênie da planta de soja não é sensível a fotoperíodo. Em outro aspecto preferencial, pelo menos uma planta de soja parental não é sensível a fotoperíodo. Em um aspecto preferencial, ambas as plantas de soja parentais não são sensíveis a fotoperíodo. Em um aspecto preferencial, a região genômica de maturidade é caracterizada por um alelo dominante identificado na tabela 6. Em um aspecto preferencial, a região genômica de maturidade é caracterizada por um alelo recessivo identificado na tabela 6.
[00484] Em um aspecto da presente invenção, pelo menos uma ou ambas as plantas de soja parentais são uma variedade de elite. Em um aspecto da presente invenção, uma progênie da planta de soja é uma planta de soja exótica ou uma ou ambas as plantas de soja parentais são plantas de soja exóticas.
[00485] Um aspecto da presente invenção inclui um método de seleção de uma planta de soja para melhora do germoplasma pela determinação de um grupo de maturidade pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; genotipagem não destrutiva de uma progênie da planta de soja ou semente de soja do cruPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 85/152
76/114 zamento com marcador genético caracterizando uma região genômica de maturidade; e seleção de uma planta de soja possuindo um genótipo para um grupo de maturidade desejado; e incorporação da planta de soja selecionada em um uso selecionado a partir do grupo consistindo do uso da planta de soja para melhoramento, desenvolvimento da planta de soja através de autofertilização, integração de traço, uso da planta de soja ou partes da mesma para transformação e uso das plantas de soja ou partes das mesmas para a mutagênese.
[00486] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de cosseleção de uma planta de soja para expressão de um traço fenotípico de não maturidade e um traço de maturidade pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; genotipagem não destrutiva de uma progênie da planta de soja ou semente de soja do cruzamento com um marcador genético caracterizando uma região genômica de maturidade; e seleção de uma planta de soja possuindo um genótipo para um grupo de maturidade desejado; e para determinar a geografia desejada para o crescimento da progênie da planta de soja, e um método para determinação do fenótipo de não maturidade. [00487] Em um aspecto preferencial, o método para detecção do fenótipo de não maturidade é um método genotípico ou fenotípico. Em um aspecto preferencial, o traço fenotípico de não maturidade é qualquer um de tolerância à herbicida, rendimento aumentado, controle de inseto, resistência à doença fúngica, resistência à vírus, resistência a nematoide, resistência à doença bacteriana, resistência à doença de micoplasma, produção de óleos alterada, alta produção de óleo, alta produção de proteína, controle de crescimento de germinação e mudas, nutrição animal e humana potencializada, baixa rafinose, resistência ao estresse ambiental, digestibilidade aumentada, enzimas industriais, proteínas, peptídeos e pequenas moléculas farmacêuticas,
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77/114 traços de processamento melhorados, aroma melhorado, fixação de nitrogênio, produção de semente de soja híbrida, alergenicidade reduzida, biopolímeros e biocombustíveis.
[00488] Em outro aspecto preferencial, um traço fenotípico é qualquer um de proteína alterada e composição de óleo, níveis alterados de uma molécula selecionada a partir do grupo consistindo em proteína, óleo, ácido linolênico, ácido esteárico, ácido palmítico, ácido oleico, ácido linoleico, ácido estearidônico, ácido alfa-linolênico, ácido gamalinolênico, ácido docosa-hexaenoico, ácido eicosapentaenoico, ácido docosapentaenoico e combinações dos mesmos.
[00489] Em um aspecto, as plantas da presente invenção podem ser usadas em atividades relacionadas à melhoria de germoplasma, exemplos não-limitantes dos quais incluem uso da planta para melhoramento, desenvolvimento da planta através de autofertilização, integração de traço, uso da planta ou partes da mesma para transformação e uso de plantas ou partes da mesma para mutagênese. Exemplos não-limitantes de decisões de reprodução incluem seleção de progênie, seleção parental e seleção recorrente para pelo menos um haplótipo. Em outro aspecto, decisões de reprodução relacionando-se com o desenvolvimento de plantas para liberação comercial compreendem desenvolvimento de plantas para teste, desenvolvimento de plantas para pureza, purificação de sublinhagens durante o desenvolvimento, desenvolvimento de variedades e desenvolvimento de híbridos. Ainda em outros aspectos, decisões de melhoramento e atividades de melhoria de germoplasma compreendem a seleção de evento transgênico, fazendo cruzamento de melhoramento, teste e desenvolvimento de uma planta através de autofertilização, usando plantas ou partes das mesmas para transformação, usando plantas ou partes das mesmas para candidatos para construtos de expressão, e usando plantas ou partes das mesmas para mutagênese. A escolha do métoPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 87/152
78/114 do de melhoramento depende do modo de reprodução vegetal, herdabilidade do traço(s) sendo melhorado, e o tipo de cultivar usado comercialmente (por exemplo, cultivar de híbrido F1, cultivar de linhagem pura, etc.).
[00490] Descrições de métodos de melhoramento que são comumente usados para sojas podem ser encontradas em um dos vários livros de referência (por exemplo, Fehr, Principies of Cultivar Development Vol. 1, pp 2-3 (1987)).
[00491] Em um aspecto, a presente invenção inclui um método de melhoramento da planta de soja pela análise de uma planta de soja para a presença de sequências marcadoras selecionadas a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213; e associação da planta de soja com um grupo de maturidade.
[00492] Em outro aspecto, a presente invenção inclui um método de melhoramento da planta de soja compreendendo cruzamento de uma planta de soja parental tendo um traço desejado com uma segunda planta de soja parental, em que as plantas de soja parentais diferenciam-se na maturidade da planta de soja em mais de 5 dias, mais de 10 dias, 10 dias a 20 dias, ou 10 dias a 30 dias, pelo cruzamento de uma planta de soja parental compreendendo um traço desejado com uma segunda planta de soja parental; obtenção da progênie da semente de soja a partir do cruzamento; classificação de uma progênie da semente de soja para o traço; classificação de uma progênie da semente de soja para um grupo de maturidade desejado usando um marcador selecionado a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 para determinar a região de crescimento geográfica desejada; e seleção de uma progênie da semente de soja contendo o traço desejado e maturidade da planta de soja desejada. Em um aspecto preferencial, o traço desejado é transgênico.
[00493] Um aspecto da presente invenção inclui um método de
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79/114 melhoramento da planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes, em que as plantas de soja parentais diferenciam-se na maturidade da planta de soja em mais de 5 dias, mais de 10 dias, 10 dias a 20 dias, ou 10 dias a 30 dias; obtenção de uma semente de soja de progênie a partir do cruzamento; genotipagem de uma progênie da semente de soja do cruzamento com um marcador genético; e seleção de uma semente de soja possuindo um genótipo de maturidade preferencial.
[00494] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de classificação de sementes de soja com base no grupo de maturidade da planta de soja pela obtenção de DNA de uma semente de soja; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto; determinação se um alelo da região genômica de maturidade 3 é homozigoto ou heterozigoto; e atribuição de um valor de crescimento de maturidade à semente de soja.
[00495] Um aspecto da presente invenção é um método de introgressão de um alelo em uma planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; classificação da progênie da planta de soja do cruzamento para o alelo; obtenção de DNA a partir de uma semente de soja da progênie da planta de soja usando um método não destrutivo; e seleção de uma semente de soja, em que a semente de soja compreende o alelo e uma sequência de ácidos nucleicos selecionada a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOS: 143 a 213. Em um aspecto preferencial, a semente de soja selecionada ainda tem uma segunda sequência selecionada a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOS: 143 a 213. Em outro aspecto preferencial, o alelo é selecionado a partir de qualquer uma ou ambas as
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80/114 resistência à SCN e resistência ao apodrecimento da raiz.
[00496] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de introdução de um traço desejado em uma planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes, em que pelo menos uma planta de soja parental tem um traço desejado; obtenção de uma progênie da semente de soja a partir do cruzamento; obtenção de DNA de uma semente de soja da progênie da planta de soja usando um método não destrutivo; análise da progênie da semente de soja do cruzamento para evidência do traço desejado; e seleção da semente de soja com o traço desejado e um grupo de maturidade desejado. Em um aspecto preferencial, o traço desejado é transgênico. [00497] Um aspecto adicional da presente invenção inclui um método de introgressão de um alelo em uma planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes; obtenção de uma progênie da planta de soja a partir do cruzamento; obtenção de DNA de uma progênie da semente de soja da planta de soja usando um método não destrutivo; e seleção de uma semente de soja com o alelo e uma sequência de ácidos nucleicos selecionada a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOS: 143 a 174.
[00498] Outro aspecto da presente invenção inclui um método de melhoramento da planta de soja pelo cruzamento de pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes, em que as plantas de soja parentais se diferenciam na maturidade da planta de soja em mais de 10 dias; obtenção da progênie da semente de soja a partir do cruzamento; genotipagem da progênie da semente de soja do cruzamento com um marcador genético selecionado a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOS: 143 a 213; e seleção de uma semente de soja com um grupo de maturidade desejado. Um aspecto adicional da presente invenção inclui uma planta de soja compreendendo em seu genoma um haplótipo introgresso associado à maturidade, em que a introgressão é
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81/114 facilitada por pelo menos um dos marcadores das SEQ ID NO: 143 a 213 ou dos marcadores 143 a 162.
[00499] Tendo descrito agora geralmente a invenção, o mesmo será mais prontamente entendido através de referência aos seguintes exemplos que são fornecidos por meio de ilustração, e não são destinados a limitar a presente invenção, a menos que expressamente especificado.
Exemplos
Exemplo 1: Descoberta de marcadores moleculares associados com regiões genômicas afetando a maturidade vegetal [00500] Soja é uma planta de dia curto, por isso a florescência é iniciada em dias curtos devido a uma redução no fotoperíodo (Garner & Allard, J. Agric. Res. 18, 553 - 606 (1920)).
[00501] Consequentemente, o fotoperíodo (comprimento de dia) e a resposta à temperatura da planta de soja determina áreas de adaptação vegetal. Devido à sensibilidade ao fotoperíodo, os genótipos de soja são cultivados em zonas estreitas de latitude para otimizar o rendimento. Variedades de soja do norte, em contraste com variedades do sul, iniciam a florescência com dias mais longos. Variedades do norte plantadas ao sul de sua zona de adaptação exibem florescência acelerada, crescimento de planta limitado e reduzido rendimento. Variedades de soja do sul plantadas ao norte da sua zona de adaptação terão florescência retardada com um potencial de dano por geada que pode reduzir o rendimento. A maioria dos cruzamentos para desenvolvimento das variedades de soja é feita entre parentais em 10 dias de maturidade cada um. Se os parentais se diferenciam muito na maturidade, plantas de progênie segregam amplamente para a maturidade. A fim de melhoradores obterem e selecionarem plantas de soja de um grupo de maturidade desejado, devem produzir e manter um grande número de plantas de progênie, prática a qual é de custo proibitivo.
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Identificação de regiões genômicas associadas com a maturidade vegetal facilitou cruzamentos entre parentais além de 10 dias de maturidade cada um sem manter um grande número de plantas de progênie. [00502] Para identificar regiões genômicas associadas com a maturidade vegetal, 258 linhagens de soja (129 pares de grupos de maturidade diferentes) são genotipadas com mil e quatrocentos marcadores de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP), distribuídos através dos 20 grupos de ligação do mapa de ligação genética da soja. Além disso, 258 linhagens de soja são fenotipadas para rendimento e maturidade vegetal. Associações entre genótipo marcador de SNP e fenótipo de maturidade vegetal são então avaliadas. Isto foi feito em múltiplos ambientes (Tabelas 2 e 3).
Tabela 1: Identificação inicial das regiões genômicas de maturidade através do melhoramento assistido por marcador
| Região | Marcador | SEQ ID NO: | Efeito (Dd) | valor de P |
| 1 | NS0125408 | 148 | -0,05071 | 0,009068 |
| 1 | NS0098982 | 155 | 1,242281 | 0,01081 |
| 2 | NS0123506 | 156 | -0,57638 | 0,021863 |
| 3 | NS0093197 | 164 | 1,274868 | 1,92E-09 |
| 3 | NS0136544 | 171 | 1,162352 | 1,33E-10 |
| 3 | NS0119569 | 172 | -1,87063 | 3,79E-15 |
| 3 | NS0114317 | 174 | 1,419675 | 3,01E-08 |
| 5 | NS0123168 | 188 | -0,21704 | 0,025498 |
| 6 | NS0103755 | 190 | -0,02572 | 0,011701 |
| 7 | NS0095211 | 199 | -0,09176 | 2,99E-07 |
| 7 | NS0097307 | 200 | -0,09023 | 6,66E-07 |
| 7 | NS0102630 | 202 | -0,08407 | 2,26E-06 |
| 7 | NS0102915 | 203 | -0,08226 | 5,19E-06 |
| 8 | NS0100652 | 206 | 1,75824 | 3,92E-06 |
| 8 | NS0119574 | 207 | 0,446757 | 0,045212 |
| 8 | NS0101020 | 212 | 0,829784 | 0,000462 |
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Tabela 2: Efeito estimado em dias das regiões genômicas de maturidade
| Região | Efeito estimado | ||||
| Marcador | SEQ ID NO: | na maturidade vegetal (Dd) | Efeito (Dd) | Valor P | |
| 1 | NS0124601 | 143 | 4,7 | 0,309636 | 0,156883 |
| 1 | NS0096829 | 145 | 4,8 | 0,444689 | 0,022932 |
| 1 | NS0099746 | 146 | 4,7 | 0,315142 | 0,191492 |
| 1 | NS0123747 | 147 | 4,9 | 0,714394 | 0,011568 |
| 1 | NS0125408 | 148 | 4,8 | 0,538569 | 0,015846 |
| 1 | NS0128378 | 149 | 4,9 | 0,757069 | 0,01699 |
| 1 | NS0093976 | 154 | 5,1 | 0,989792 | 0,061019 |
| 1 | NS0098982 | 155 | 5,2 | 1,242281 | 0,01081 |
| 2 | NS0123506 | 156 | 4,1 | 0,911763 | 0,007307 |
| 2 | NS0097952 | 157 | 5,6 | 4,069668 | 5,06E-30 |
| 2 | NS0118907 | 158 | 6,3 | 5,477999 | 1,01E-33 |
| 2 | NS0126989 | 160 | 4,6 | 1,994585 | 0,000191 |
| 2 | NS0095677 | 161 | 3,8 | 0,473053 | 0,10136 |
| 3 | NS0093197 | 164 | 5,2 | 1,274868 | 1,92E-09 |
| 3 | NS0103853 | 167 | 6 | 2,937938 | 3,78E-09 |
| 3 | NS0136544 | 171 | 6,4 | 3,765493 | 3,23E-11 |
| 3 | NS0119569 | 172 | 5,8 | 2,409513 | 1,72E-21 |
| 3 | NS0123708 | 173 | 6 | 2,876505 | 3,44E-26 |
| 3 | NS0114317 | 174 | 5,9 | 2,627908 | 1,69E-22 |
| 4 | NS0098176 | 176 | 4,3 | 1,068684 | 6,45E-12 |
| 4 | NS0100078 | 177 | 4 | 0,479955 | 0,073839 |
| 4 | NS0095530 | 179 | 4,5 | 1,364994 | 2,50E-09 |
| 4 | NS0129004 | 180 | 4,5 | 1,48424 | 8,04E-08 |
| 5 | NS0099024 | 181 | 3,4 | 0,732455 | 0,112193 |
| 5 | NS0101863 | 182 | 3,3 | 0,434912 | 0,078906 |
| 5 | NS0103446 | 183 | 3,1 | 0,181809 | 0,058299 |
| 5 | NS0123168 | 188 | 3,2 | 0,217041 | 0,025498 |
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Efeito estimado
| Região | Marcador | SEQ ID NO: | na maturidade | ||
| vegetal (Ad) | Efeito (Ad) | Valor P | |||
| 6 | NS0103755 | 190 | 1,2 | 0,609071 | 0,140857 |
| 6 | NS0116125 | 191 | 0,9 | 0,456086 | 0,152892 |
| 6 | NS0125713 | 192 | 1,1 | 0,566084 | 0,036335 |
| 6 | NS0125770 | 193 | 0,8 | 0,414212 | 0,009099 |
| 6 | NS0119281 | 194 | 1,6 | 0,797885 | 0,038077 |
| 6 | NS0124590 | 195 | 1,4 | 0,706375 | 0,000889 |
| 6 | NS0102717 | 196 | 1,5 | 0,749548 | 0,000246 |
| 7 | NS0099531 | 197 | 1,3 | 0,636575 | 0,000701 |
| 7 | NS0099417 | 198 | 2,4 | 1,181523 | 0,015954 |
| 7 | NS0095211 | 199 | 1,7 | 0,835736 | 0,099501 |
| 7 | NS0097307 | 200 | 0,2 | 0,090232 | 6,66E-07 |
| 7 | NS0102630 | 202 | 2,1 | 1,029761 | 0,046938 |
| 7 | NS0102915 | 203 | 2,5 | 1,231387 | 4,37E-09 |
| 8 | NS0102362 | 204 | 4,8 | 2,23831 | 1,23E-09 |
| 8 | NS0117716 | 205 | 4,3 | 1,171503 | 9,09E-06 |
| 8 | NS0100652 | 206 | 4,6 | 1,75824 | 3,92E-06 |
| 8 | NS0119574 | 207 | 4,3 | 1,195594 | 4,79E-05 |
| 8 | NS0127728 | 208 | 4,5 | 1,630904 | 3,33E-07 |
| 8 | NS0099639 | 209 | 4,2 | 1,037891 | 0,015656 |
| 8 | NS0103255 | 210 | 4,2 | 0,975115 | 0,001037 |
| 8 | NS0119106 | 211 | 4,3 | 1,18298 | 0,023909 |
| 8 | NS0101020 | 212 | 4,1 | 0,829784 | 0,000462 |
| 8 | NS0101779 | 213 | 4,2 | 1,000886 | 0,000563 |
[00503] As posições aproximadas de marcadores informativos que indicam um estado de dominância ou recessividade das regiões genômicas 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 e 8 são determinadas com base em uma pesquisa de polimorfismos entre uma lista de 258 linhagens de soja (tabela 3 e 4). Um fator na escolha destes marcadores informativos é baseado em qual marcador tem o maior efeito ou é associado com o
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85/114 maior retardo na maturidade tal que seja indicativo do fenótipo de maturidade. Outro fator na escolha destes marcadores informativos é baseado no valor de P mais baixo, tal que o marcador não se torna perdido no evento de recombinação. Os marcadores com valor de P mais baixo com maior probabilidade de ser consistentemente associado com fenótipo de maturidade através de populações de soja diferentes (parentais diferentes, pedigrees diferentes). Marcadores com associação forte e preditiva de introgressão da região genômica são listados na tabela 5. Para NS0128378, o SNP é de fato uma indel de 11 bp, em que D representa a deleção (***********) e I representa a inserção (TTCGAAGATTT).
Tabela 3: Posição de marcadores de SNP associados com as regiões
| 1,2, 3, 4, 5, 6, 7 e 8. | |||||
| Região | LG | Posição (cM) | Marcador | Posição de polimor- fismo na Sequência Consenso | SEQ ID NO: |
| 1 | C2 | 113,7 | NS0124601 | 884 | 143 |
| 1 | C2 | 121,9 | NS0103749 | 96 | 144 |
| 1 | C2 | 121,9 | NS0096829 | 225 | 145 |
| 1 | C2 | 121,9 | NS0099746 | 330 | 146 |
| 1 | C2 | 121,9 | NS0123747 | 56 | 147 |
| 1 | C2 | 121,9 | NS0125408 | 133 | 148 |
| 1 | C2 | 121,9 | NS0128378 | 212 | 149 |
| 1 | C2 | 129,3 | NS0135390 | 108 | 150 |
| 1 | C2 | 123 | NS0099529 | 243 | 151 |
| 1 | C2 | 124,3 | NS0097798 | 325 | 152 |
| 1 | C2 | 129,4 | NS0093385 | 109 | 153 |
| 1 | C2 | 134,7 | NS0093976 | 242 | 154 |
| 1 | C2 | 134,7 | NS0098982 | 383 | 155 |
| 2 | O | 125,4 | NS0123506 | 126 | 156 |
| 2 | O | 127,7 | NS0097952 | 420 | 157 |
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Região LG Posição Marcador Posição de polimor- SEQ ID
| (cM) | fismo na Sequência Consenso | NO: | |||
| 2 | O | 134,9 | NS0118907 | 450 | 158 |
| 2 | O | 151,4 | NS0122182 | 104 | 159 |
| 2 | O | 150,8 | NS0126989 | 251 | 160 |
| 2 | O | 158,5 | NS0095677 | 202 | 161 |
| 3 | L | 99,4 | NS0098853 | 82 | 162 |
| 3 | L | 111,5 | NS0092561 | 190 | 163 |
| 3 | L | 99,4 | NS0093197 | 225 | 164 |
| 3 | L | 100,4 | NS0094891 | 83 | 165 |
| 3 | L | 99,4 | NS0096225 | 471 | 166 |
| 3 | L | 136,2 | NS0103853 | 341 | 167 |
| 3 | L | 114,2 | NS0113929 | 685 | 168 |
| 3 | L | 114,2 | NS0115535 | 433 | 169 |
| 3 | L | 113,6 | NS0121511 | 512 | 170 |
| 3 | L | 132,9 | NS0136544 | 208 | 171 |
| 3 | L | 143,1 | NS0119569 | 262 | 172 |
| 3 | L | 145,8 | NS0123708 | 530 | 173 |
| 3 | L | 155,9 | NS0114317 | 331 | 174 |
| 4 | I | 48,3 | NS0092743 | 217 | 175 |
| 4 | I | 49,6 | NS0098176 | 92 | 176 |
| 4 | I | 66,4 | NS0100078 | 1412 | 177 |
| 4 | I | 58,3 | NSO137415 | 231 | 178 |
| 4 | I | 33,4 | NS0095530 | 327 | 179 |
| 4 | I | 32,3 | NS0129004 | 1014 | 180 |
| 5 | L | 40,1 | NS0099024 | 69 | 181 |
| 5 | L | 35,7 | NS0101863 | 381 | 182 |
| 5 | L | 40,1 | NS0103446 | 69 | 183 |
| 5 | L | 35,9 | NS0113878 | 375 | 184 |
| 5 | L | 36,8 | NS0115066 | 298 | 185 |
| 5 | L | 36,9 | NS0119165 | 181 | 186 |
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| Região | LG | Posição (cM) | Marcador | Posição de polimor- fismo na Sequência Consenso | SEQ ID NO: |
| 5 | L | 36,8 | NS0120015 | 449 | 187 |
| 5 | L | 36 | NS0123168 | 75 | 188 |
| 5 | L | 38,8 | NS0123724 | 42 | 189 |
| 6 | Dlb+W | 172,5 | NS0103755 | 45 | 190 |
| 6 | Dlb+W | 164,1 | NS0116125 | 409 | 191 |
| 6 | Dlb+W | 176,3 | NS0125713 | 392 | 192 |
| 6 | Dlb+W | 165,4 | NS0125770 | 1074 | 193 |
| 6 | Dlb+W | 134,8 | NS0119281 | 596 | 194 |
| 6 | Dlb+W | 157,6 | NS0124590 | 1092 | 195 |
| 6 | Dlb+W | 177,2 | NS0102717 | 402 | 196 |
| 7 | G | 111,5 | NS0099531 | 287 | 197 |
| 7 | G | 122,1 | NS0099417 | 408 | 198 |
| 7 | G | 125,7 | NS0095211 | 251 | 199 |
| 7 | G | 125,7 | NS0097307 | 426 | 200 |
| 7 | G | 130,4 | NS0103004 | 430 | 201 |
| 7 | G | 132,1 | NS0102630 | 186 | 202 |
| 7 | G | 131,2 | NS0102915 | 193 | 203 |
| 8 | M | 37,7 | NS0102362 | 74 | 204 |
| 8 | M | 42,2 | NS0117716 | 74 | 205 |
| 8 | M | 44,2 | NS0100652 | 247 | 206 |
| 8 | M | 44,2 | NS0119574 | 367 | 207 |
| 8 | M | 42,8 | NS0127728 | 650 | 208 |
| 8 | M | 48,8 | NS0099639 | 362 | 209 |
| 8 | M | 64,8 | NS0103255 | 289 | 210 |
| 8 | M | 64,8 | NS0119106 | 417 | 211 |
| 8 | M | 67,1 | NS0101020 | 238 | 212 |
| 8 | M | 67,1 | NS0101779 | 147 | 213 |
[00504] Sondas de transferência de energia de ressonância de fluorescência específica para o alelo (FRET) são usadas em ensaios de
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PCR em Tempo Real. Duas sondas FRET carregando corantes repórter fluorescentes diferentes são usadas, onde um corante único é incorporado em um oligonucleotídeo que pode anelar com alta especificidade a somente um dos dois alelos. Os corantes repórter são 2’cloro-7’-fenil-l,4-dicloro-6-carboxifluoresceína (VIC) e fosforamidita 6carboxifluoresceína (FAM).
Tabela 4: Lista de marcadores de SNP associados às regiões 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 e 8.
| Região | Marcador | SEQ ID NO: | SEQ ID NO: Inicia- dor de senti- do direto | SEQ ID NO: Inicia- dor de sentido reverso | SEQ ID NO: FAM | Alelo FAM | SEQ ID NO: Son- da VIC | Alelo VIC |
| 1 | NS0124601 | 143 | 1 | 2 | 214 | T | 215 | G |
| 1 | NSO103749 | 144 | 3 | 4 | 216 | G | 217 | A |
| 1 | NS0096829 | 145 | 5 | 6 | 218 | C | 219 | A |
| 1 | NS0099746 | 146 | 7 | 8 | 220 | G | 221 | A |
| 1 | NS0123747 | 147 | 9 | 10 | 222 | T | 223 | A |
| 1 | NS0125408 | 148 | 11 | 12 | 224 | T | 225 | C |
| 1 | NS0128378 | 149 | 13 | 14 | 226 | TTCG AAGA TTT | 227 | ******** *** |
| 1 | NS0135390 | 150 | 15 | 16 | 228 | T | 229 | G |
| 1 | NS0099529 | 151 | 17 | 18 | 230 | T | 231 | A |
| 1 | NS0097798 | 152 | 19 | 20 | 232 | G | 233 | A |
| 1 | NS0093385 | 153 | 21 | 22 | 234 | T | 235 | C |
| 1 | NS0093976 | 154 | 23 | 24 | 236 | G | 237 | C |
| 1 | NS0098982 | 155 | 25 | 26 | 238 | C | 239 | * |
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| Região | Marcador | SEQ ID NO: | SEQ ID NO: Inicia- dor de senti- do direto | SEQ ID NO: Inicia- dor de sentido reverso | SEQ ID NO: FAM | Alelo FAM | SEQ ID NO: Son- da VIC | Alelo VIC |
| 2 | NS0123506 | 156 | 27 | 28 | 240 | T | 241 | G |
| 2 | NS0097952 | 157 | 29 | 30 | 242 | G | 243 | A |
| 2 | NS0118907 | 158 | 31 | 32 | 244 | C | 245 | A |
| 2 | NS0122182 | 159 | 33 | 34 | 246 | T | 247 | C |
| 2 | NS0126989 | 160 | 35 | 36 | 248 | T | 249 | A |
| 2 | NS0095677 | 161 | 37 | 38 | 250 | T | 251 | C |
| 3 | NS0098853 | 162 | 39 | 40 | 252 | AG | 253 | ** |
| 3 | NS0092561 | 163 | 41 | 42 | 254 | T | 255 | C |
| 3 | NS0093197 | 164 | 43 | 44 | 256 | G | 257 | A |
| 3 | NS0094891 | 165 | 45 | 46 | 258 | T | 259 | G |
| 3 | NS0096225 | 166 | 47 | 48 | 260 | C | 261 | A |
| 3 | NS0103853 | 167 | 49 | 50 | 262 | T | 263 | C |
| 3 | NS0113929 | 168 | 51 | 52 | 264 | G | 265 | C |
| 3 | NS0115535 | 169 | 53 | 54 | 266 | T | 267 | G |
| 3 | NS0121511 | 170 | 55 | 56 | 268 | T | 269 | C |
| 3 | NS0136544 | 171 | 57 | 58 | 270 | T | 271 | C |
| 3 | NS0119569 | 172 | 59 | 60 | 272 | T | 273 | A |
| 3 | NS0123708 | 173 | 61 | 62 | 274 | G | 275 | A |
| 3 | NS0114317 | 174 | 63 | 64 | 276 | G | 277 | A |
| 4 | NS0092743 | 175 | 65 | 66 | 278 | AGAA | 279 | **** |
| 4 | NS0098176 | 176 | 67 | 68 | 280 | T | 281 | C |
| 4 | NS0100078 | 177 | 69 | 70 | 282 | T | 283 | G |
| 4 | NS0137415 | 178 | 71 | 72 | 284 | T | 285 | C |
| 4 | NS0095530 | 179 | 73 | 74 | 286 | T | 287 | A |
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| Região | Marcador | SEQ ID NO: | SEQ ID NO: Inicia- dor de senti- do direto | SEQ ID NO: Inicia- dor de sentido reverso | SEQ ID NO: FAM | Alelo FAM | SEQ ID NO: Son- da VIC | Alelo VIC |
| 4 | NSOI29004 | 180 | 75 | 76 | 288 | G | 289 | A |
| 5 | NS0099024 | 181 | 77 | 78 | 290 | G | 291 | A |
| 5 | NS0101863 | 182 | 79 | 80 | 292 | G | 293 | A |
| 5 | NS0103446 | 183 | 81 | 82 | 294 | G | 295 | A |
| 5 | NS0113878 | 184 | 83 | 84 | 296 | G | 297 | A |
| 5 | NS0115066 | 185 | 85 | 86 | 298 | T | 299 | A |
| 5 | NS0119165 | 186 | 87 | 88 | 300 | G | 301 | A |
| 5 | NS0120015 | 187 | 89 | 90 | 302 | G | 303 | C |
| 5 | NS0123168 | 188 | 91 | 92 | 304 | T | 305 | C |
| 5 | NS0123724 | 189 | 93 | 94 | 306 | G | 307 | A |
| 6 | NS0103755 | 190 | 95 | 96 | 308 | T | 309 | A |
| 6 | NS0116125 | 191 | 97 | 98 | 310 | T | 311 | C |
| 6 | NS0125713 | 192 | 99 | 100 | 312 | G | 313 | A |
| 6 | NS0125770 | 193 | 101 | 102 | 314 | G | 315 | A |
| 6 | NSOI19281 | 194 | 103 | 104 | 316 | G | 317 | A |
| 6 | NS0124590 | 195 | 105 | 106 | 318 | T | 319 | C |
| 6 | NS0102717 | 196 | 107 | 108 | 320 | G | 321 | A |
| 7 | NS0099531 | 197 | 109 | 110 | 322 | AA | 323 | ** |
| 7 | NS0099417 | 198 | 111 | 112 | 324 | G | 325 | C |
| 7 | NS0095211 | 199 | 113 | 114 | 326 | T | 327 | C |
| 7 | NS0097307 | 200 | 115 | 116 | 328 | G | 329 | c |
| 7 | NSO103004 | 201 | 117 | 118 | 330 | G | 331 | A |
| 7 | NS0102630 | 202 | 119 | 120 | 332 | C | 333 | A |
| 7 | NS0102915 | 203 | 121 | 122 | 334 | G | 335 | A |
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 100/152
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| Região | Marcador | SEQ ID NO: | SEQ ID NO: Inicia- dor de senti- do direto | SEQ ID NO: Inicia- dor de sentido reverso | SEQ ID NO: FAM | Alelo FAM | SEQ ID NO: Son- da VIC | Alelo VIC |
| 8 | NS0102362 | 204 | 123 | 124 | 336 | T | 337 | C |
| 8 | NS0117716 | 205 | 125 | 126 | 338 | ACTT | 339 | **** |
| 8 | NS0100652 | 206 | 127 | 128 | 340 | T | 341 | A |
| 8 | NS0119574 | 207 | 129 | 130 | 342 | G | 343 | A |
| 8 | NS0127728 | 208 | 131 | 132 | 344 | G | 345 | A |
| 8 | NS0099639 | 209 | 133 | 134 | 346 | T | 347 | C |
| 8 | NS0103255 | 210 | 135 | 136 | 348 | T | 349 | C |
| 8 | NS0119106 | 211 | 137 | 138 | 350 | G | 351 | A |
| 8 | NS0101020 | 212 | 139 | 140 | 352 | G | 353 | C |
| 8 | NS0101779 | 213 | 141 | 142 | 354 | G | 355 | C |
Tabela 5: marcadores mais preditivos de regiões genômicas associadas com maturidade vegetal e/ou hábito de crescimento de plantas de soja
| Região | Marcador | SEQ ID NO | Alelo Rec. | Alelo Dom. |
| 1 | NS0099529 | 151 | A | T |
| 1 | NS0128378 | 149 | *********** | TTCGAAGATTT |
| 2 | NSO118907 | 158 | A | C |
| 3 | NS0115535 | 169 | T | G |
| 4 | NS0137415 | 178 | C | T |
| 5 | NS0 120015 | 187 | C | G |
| 6 | NS0125713 | 192 | A | G |
| 7 | NS0102630 | 202 | C | A |
| 8 | NS0102362 | 204 | C | T |
| [00505] | Marcadores de SNP | associados | com a região 1 incluem |
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SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 155. Todos estes marcadores de SNP no mapa da região 1 de uma região no grupo de ligação C2. A tabela 4 lista sequências de iniciadores de amplificação de PCR, indicados como SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 26 e sondas indicadas como SEQ ID NO: 214 a SEQ ID NO: 239.
[00506] Marcadores de SNP associados com a região 2 incluem SEQ ID NO: 156 a SEQ ID NO: 161. Todos estes marcadores de SNP no mapa da região 2 de uma região no grupo de ligação 0. A tabela 4 lista sequências de iniciadores de amplificação de PCR, indicados como SEQ ID NO: 27 a SEQ ID NO: 38 e sondas indicadas como SEQ ID NO: 240 a SEQ ID NO: 251.
[00507] Marcadores de SNP associados com a região 3 incluem SEQ ID NO: 162 a SEQ ID NO: 174. Todos estes marcadores de SNP no mapa da região 3 de uma região no grupo de ligação L. A tabela 4 lista sequências de iniciadores de amplificação de PCR, indicados como SEQ ID NO: 39 a SEQ ID NO: 64 e sondas indicadas como SEQ ID NO: 252 a SEQ ID NO: 277.
[00508] Marcadores de SNP associados com a região 4 incluem SEQ ID NO: 175 a SEQ ID NO: 180. Todos estes marcadores de SNP no mapa da região 4 de uma região no grupo de ligação I. A tabela 4 lista sequências de iniciadores de amplificação de PCR, indicados como SEQ ID NO: 65 a SEQ ID NO: 76 e sondas indicadas como SEQ ID NO: 278 a SEQ ID NO: 289.
[00509] Marcadores de SNP associados com a região 5 incluem SEQ ID NO: 181 a SEQ ID NO: 189. Todos estes marcadores de SNP no mapa da região 5 de uma região no grupo de ligação L. A tabela 4 lista sequências de iniciadores de amplificação de PCR, indicados como SEQ ID NO: 77 a SEQ ID NO: 94 e sondas indicadas como SEQ ID NO: 290 a SEQ ID NO: 307.
[00510] Marcadores de SNP associados com a região 6 incluem
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SEQ ID NO: 190 a SEQ ID NO: 196 destes marcadores de SNP no mapa da região 6 de uma região no grupo de ligação DIb. A tabela 4 lista sequências de iniciadores de amplificação de PCR, indicados como SEQ ID NO: 95 a SEQ ID NO: 108 e sondas indicadas como SEQ ID NO: 308 a SEQ ID NO: 321.
[00511] Marcadores de SNP associados com a região 7 incluem SEQ ID NO: 197 a SEQ ID NO: 203. A tabela 4 lista sequências de iniciadores de amplificação de PCR, indicados como SEQ ID NO: 109 a SEQ ID NO: 122 e sondas indicadas como SEQ ID NO: 322 a SEQ ID NO: 333.
[00512] Marcadores de SNP associados com a região 8 incluem SEQ ID NO: 204 a SEQ ID NO: 213 deste mapa de marcadores de SNP. A tabela 4 lista sequências de iniciadores de amplificação de PCR, indicados como SEQ ID NO: 123 a SEQ ID NO: 142 e sondas indicadas como SEQ ID NO: 336 a SEQ ID NO: 355.
Exemplo 2: Identificação das combinações alélicas de regiões genômicas associadas com a maturidade da planta em sojas do grupo de maturidade precoce [00513] Regiões genômicas 1 e 2 são usadas para predizer a maturidade vegetal da progênie da planta resultando em um cruzamento entre parentais de maturidade precoce e maturidade média (III a V). Em particular, as combinações alélicas de regiões genômicas 1 e 2 estão correlacionadas com um retardo na maturidade vegetal. Para determinar a correlação entre combinações alélicas da região 1 e 2 e retardo na maturidade vegetal, três populações são desenvolvidas a partir do cruzamento de um parental de maturidade precoce (grupo de maturidade 00) com um parental de maturidade média (grupo de maturidade III ou IV) (Tabela 6). As populações 1 a 3 são usadas para determinar a associação da composição de regiões genômicas 1 e 2 com o retardo na maturidade vegetal.
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Tabela 6: fenótipo do grupo de maturidade de parentais em populações de soja
População Grupo de Maturidade do Grupo de Maturidade do Parental Feminino Parental Feminino
| 1 | 00,9 | 3,1 |
| 2 | 00,9 | 3,4 |
| 3 | 00,9 | 4,1 |
| 4 | 5,9 | 4,7 |
| 5 | 5,9 | 5,1 |
| 6 | 5,8 | 4,7 |
| 7 | 4,1 | 00,9 |
| 8 | 3,1 | 00,9 |
| 9 | 3,4 | 00,9 |
[00514] As três populações segregam amplamente para a maturidade e são polimórficas nas regiões genômicas 1 e 2. Sementes F3 são obtidas pela seleção de uma vagem por planta F2 (descendente modificado de semente única). As populações F3 são plantadas em Guelph, ON e 1.214 indivíduos F3 das três populações são fenotipados para regiões genômicas 1 e 2 com marcadores de SNP NS0128378 (região genômica 1) e NS0118907 (região genômica 2). Plantas individuais nas populações F3 são também genotipadas para maturidade pela contagem do número de dias após 31 de agosto até que a planta amadureça; plantas são consideradas maduras quando 95% das vagens estiverem marrons. O procedimento é repetido com 1055 das plantas individuais onde cada linhagem da planta é cultivada no Chile e fenotipada para maturidade pela contagem do número de dias após 1° de março até que a planta amadureça; plantas são consideradas maduras quando 95% das vagens estiverem marrons. O procedimento é repetido com linhagens de melhoramento experimentais desenvolvidas de 88 das 1055 plantas individuais. A tabela 8 compara os dias
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95/114 com a maturidade de plantas individuais através das três populações e o genótipo dos indivíduos nas regiões genômicas 1 e 2. Os marcadores associados com 1 e 2 ilustram 64% da variação na maturidade vegetal no ano 1 e 94% da variação na maturidade vegetal no ano 2. Tabela 7: a associação de dias à maturidade com composição das regiões 1 e 2. Presença (1) ou ausência (0) do alelo dominante indicado. Estados de alelo homozigoto são 0,0 e 1,1. Estado de alelo heterozigoto é 0,1.
| Combinação Alélica | Região 1 | Região 2 | Dias para Maturidade (D após 31 de agosto | |
| Ano 1 | Ano 2 | |||
| 1 | 0 | 0 | 19,2 | 9,5 |
| 2 | 0 | 0,1 | 25,7 | 13,5 |
| 3 | 0 | 1,1 | 33,6 | 15,5 |
| 4 | 0,1 | 0 | 26,2 | 16,4 |
| 5 | 0,1 | 0,1 | 40,3 | ND |
| 6 | 0,1 | 1,1 | 49,1 | 19,5 |
| 7 | 1,1 | 0 | 34,2 | 17,11 |
| 8 | 1,1 | 0,1 | 49,3 | 22,7 |
| 9 | 1,1 | 1,1 | 53,5 | 23,9 |
| Correlação: | 64% | 94% |
Exemplo 3: identificação das combinações alélicas de regiões genômicas associadas com a maturidade vegetal em sojas do grupo de maturidade tardia.
[00515] Regiões genômicas 1, 2 e 3 são usadas para predizer a maturidade vegetal da planta de progênie que resulta de um híbrido de maturidade tardia e parentais de maturidade média. Em particular, algumas das combinações alélicas das regiões genômicas 1, 2 e 3 são correlacionadas com um retardo na maturidade vegetal (tabelas 8 e 9). Para determinar a correlação entre combinações alélicas da região 1, 2 e 3 e retardo na maturidade vegetal, três populações F3 são desenPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 105/152
96/114 volvidas a partir de cruzamento de um grupo de maturidade tardia V com um grupo de maturidade tardia IV. As populações 4 a 6 após cruzamentos são usadas para determinar associação da composição das regiões genômicas 1,2 e 3 com o retardo na maturidade vegetal. [00516] As três segregam amplamente para maturidade e são polimórficas nas regiões genômicas 1, 2 e 3. Sementes F3 são obtidas pela seleção de uma semente por planta F2 (descendente de semente única). 5.984 indivíduos F3 a partir das três populações são genotipados com os marcadores de SNP NS0099529 (região genômica 1), NS0118907 (região genômica 2), e NS0115535 (região genômica 3) e sementes com o mesmo marcador haplotípico são reunidas. Sementes F3 são plantadas.
Tabela 8: sumário de dias para florescência de linhagens de soja contendo várias composições de regiões genômicas 1, 2 e 3 para maturidade vegetal. Presença (1) ou ausência (0) do alelo dominante indicado. Estados de alelo homozigoto são 0,0 e 1,1. Estado de alelo heterozigoto é 0,1. ND = nenhum dado.
Combinação Região Região Região Dias para a florescência
| Alélica | 1 | 2 | 3 | Pop. 4 | (DAP) Pop. 5 | Pop. 6 |
| 10 | 1,1 | 0 | 1,1 | 57 | 57 | 57 |
| 11 | 1,1 | 1 | 1,1 | 58 | 57 | 58 |
| 12 | 1,1 | 1,1 | 0 | 58 | 59 | 55 |
| 14 | 1,1 | 0 | 0 | ND | ND | 54 |
| 15 | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 59 | 57 | 56 |
| 16 | 0 | 1,1 | 1,1 | 43 | 36 | 41 |
| 17 | 0 | 0 | 1,1 | 44 | 38 | 45 |
| 18 | 0 | 1,1 | 0 | 44 | 39 | 44 |
| 19 | 0 | 0 | 0 | 44 | 38 | 43 |
[00517] Os indivíduos são também fenotipados para a maturidade pela contagem do número de dias após 31 de agosto até que a planta
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97/114 amadureça; plantas são consideradas maduras quando 95% das vagens estiverem marrons. Região genômica 3 influencia o tempo de maturidade (tTabelas 8 e 9).
Tabela 9: sumário de dias para maturidade vegetal de linhagens de soja contendo várias composições de regiões genômicas 1, 2 e 3 para maturidade vegetal. ND = nenhum dado.
Combinação Dias para a Maturidade (D após agosto)
Alélica Pop. 4 Pop 5 Pop 6
| 10 | 59 | 58 | 58 |
| 11 | 54 | 58 | 58 |
| 12 | 59 | 57 | 59 |
| 14 | ND | ND | 58 |
| 15 | 54 | 54 | 53 |
| 16 | 41 | 35 | 37 |
| 17 | 37 | 35 | 38 |
| 18 | 44 | 44 | 43 |
| 19 | 38 | 42 | 43 |
Exemplo 4: descoberta de marcadores moleculares associados com regiões genômicas afetando hábito de crescimento vegetal.
[00518] Hábito de crescimento vegetal é uma característica importante de regiões de crescimento do grupo de maturidade tardia. Para identificar regiões genômicas associadas com o hábito de crescimento vegetal, três populações F3 são desenvolvidas a partir do cruzamento de um grupo de maturidade tardia V (hábito de crescimento determinado) com um grupo de maturidade tardia IV (hábito de crescimento indeterminado). As populações de 4 a 6 são usadas para determinar a associação da região genômica 3 com o hábito vegetal (tabela 6). Setecentas e setenta e quatro linhagens de soja são classificadas com os marcadores associados com a região genômica 3. As três populações segregaram amplamente para maturidade e são polimórficas na região genômica 3. Sementes F3 são obtidas pela seleção de uma semente
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98/114 por planta F2 (descendente de semente única). 5.984 indivíduos F3 das três populações foram fenotipados com o SNP NS0115535 (região genômica 3) e sementes com o mesmo marcador haplotípico são reunidas. Sementes F3 são plantadas. Um marcador único, NS00115535, é determinado para ser o mais preditivo e capaz de separar variedades do grupo determinante V do grupo indeterminante IV e variedades mais precoces.
Exemplo 5: regiões genômicas associadas com hábito de crescimento e maturidade independente do rendimento [00519] Maturidade e rendimento vegetal estão intimamente associados na soja. Um aumento de um dia na maturidade pode ser equivalente a um aumento de ~0,77 saca/ha no rendimento. A correlação de maturidade e rendimento vegetal confunde a avaliação de QTLs potenciais e genes candidatos associados com o rendimento. A identificação de regiões genômicas associadas com a maturidade vegetal permite a melhoradores estabelecer geneticamente a maturidade vegetal em uma planta de soja e elucidar traços associados com o rendimento.
[00520] Três populações de soja são geradas a partir do cruzamento de um grupo de maturidade 0 com um grupo de maturidade III ou IV. As populações de 7 a 9 são usadas (tabela 5). A semente da progênie plantada no Chile e as sementes então colhidas a partir daquelas plantas de progênie são selecionadas no Chile e as plantas são cultivadas em Ontário em 2006. Oitenta e quatro progênies são classificadas com marcadores associados a regiões de maturidade 1 e 2 e avaliadas para dias de maturidade e rendimento (tabelas de 10 a 12). Marcadores associados com regiões 1 e 2 selecionados para maturidade e são independentes de rendimento. Por exemplo, a Progênie 0430 tem o rendimento significativamente mais alto do que a Progênie 0083 (tabela 11). O rendimento mais alto da Progênie 0430 não é atriPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 108/152
99/114 buído a diferenças na maturidade vegetal devido a dias similares para maturidade e estados alélicos das regiões genômicas de maturidade 1 e 2.
Tabela 10: sumário de rendimento, maturidade e combinação alélica das regiões de maturidade 1 e 2.
| Pedigree | Progênie ID No | Melhor Est. De Rendimento (sa- ca/ha) | Dias de | |
| Maturi- dade | Combinação Alélica | |||
| População 8 | 0117 | 34,023 (30,93) | 5,50 | 1 |
| População 8 | 0140 | 32,098 (29,18) | 6,50 | 1 |
| População 8 | 0234 | 36,124 (32,84) | 6,50 | 1 |
| População 8 | 0043 | 38,137 (34,67) | 6,50 | 1 |
| População 8 | 0267 | 40,48 (36,80) | 7,00 | 1 |
| População 8 | 0276 | 44,737 (40,67) | 7,50 | 1 |
| População 8 | 0243 | 47,168 (42,88) | 9,50 | 1 |
| População 8 | 0198 | 43,516 (39,56) | 10,50 | 1 |
| População 8 | 0325 | 36,762 (33,42) | 11,00 | 1 |
| População 8 | 0011 | 43,912 (39,92) | 11,50 | 1 |
| População 8 | 0390 | 45,342 (41,22) | 11,50 | 1 |
| População 8 | 0418 | 48,455 (44,05) | 11,50 | 1 |
| População 8 | 0119 | 45,782 (41,62) | 9,50 | 2 |
| População 8 | 0069 | 41,448 (37,68) | 10,00 | 2 |
| População 8 | 0274 | 42,79 (38,90) | 10,00 | 2 |
| População 8 | 0165 | 47,333 (43,03) | 10,00 | 2 |
| População 8 | 0219 | 43,637 939,67) | 12,50 | 2 |
| População 8 | 0373 | 54,142 (49,22) | 13,00 | 2 |
| População 8 | 0089 | 55,451 (50,41) | 17,00 | 2 |
| População 8 | 0186 | 48,114 (43,74) | 18,00 | 2 |
| População 8 | 0395 | 47,52 (43,20) | 9,50 | 3 |
| População 8 | 0426 | 45,232 (41,12) | 10,00 | 3 |
| População 8 | 0256 | 48,213 (43,83) | 10,00 | 3 |
| População 8 | 0216 | 50,017 (45,47) | 10,50 | 3 |
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 109/152
100/114
| Pedigree | Progênie ID No | Melhor Est. De Rendimento (saca/ha) | Dias de Combina- Maturi- ção Alélica dade | |
| População 8 | 0367 | 52,734 (47,94) | 11,50 | 3 |
| População 8 | 0266 | 47,146 (42,86) | 14,00 | 3 |
| População 8 | 0285 | 46,244 (42,04) | 16,00 | 3 |
| População 8 | 0277 | 55,517 (50,47) | 16,00 | 3 |
| População 8 | 0188 | 50,182 (45,62) | 17,50 | 3 |
| População 8 | 0143 | 48,917 (44,47) | 13,50 | 4 |
| População 8 | 0101 | 45,342 (41,22) | 14,50 | 4 |
| População 8 | 0366 | 45,969 (41,79) | 16,50 | 4 |
| População 8 | 0340 | 52,151 (47,41) | 11,50 | 7 |
| População 8 | 0359 | 50,71 (46,10) | 14,50 | 7 |
| População 8 | 0184 | 50,864 (46,24) | 14,50 | 7 |
| População 8 | 0158 | 47,388 (43,08) | 16,00 | 7 |
| População 8 | 0401 | 56,045 (50,95) | 16,00 | 7 |
| População 8 | 0255 | 51,986 (47,26) | 17,00 | 7 |
| Média Global | 47,058 (42,78) | 12,00 | ||
| Não Checada | ||||
| Média | 46,86 (42,60) | 12,38 | ||
| Média Checada | 48,488 (44,08) | 9,25 | ||
| # Locs | 3,3 (3) | 2 | ||
| # Reps | 3,3 (3) | 2 | ||
| CV | 10,9758 (9,978) | 15,094 | ||
| LSD(,05) | 7,6879 (6,989) | 3,640 | ||
| Estatística F | 4,9775 (4,525) | 7,670 | ||
| Valor de P | 0,000 (0,000) | 0,000 | ||
| Repetibilidade | 0,8591 (0,781) | 0,870 | ||
| Raiz MSE | 4,6959 (4,269) | 1,811 |
Tabela 11: sumário de rendimento, maturidade e a combinação alélica de regiões de maturidade 1 e 2.
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101/114
| Pedigree | Progênie ID No | Melhor Est. De Rendimento (sa- ca/ha) | Maturi- dade (D) | Combinação Alélica |
| População 9 | 381 | 42,306 (38,46) | 11,00 | 1 |
| População 9 | 473 | 44,979 (40,89) | 12,50 | 1 |
| População 9 | 371 | 40,546 (36,86) | 9,00 | 2 |
| População 9 | 380 | 35,046 (31,86) | 10,00 | 2 |
| População 9 | 263 | 47,311 (43,01) | 11,00 | 2 |
| População 9 | 396 | 42,867 (38,97) | 12,00 | 2 |
| População 8 | 83 | 31,911 (29,01) | 15,00 | 2 |
| População 8 | 430 | 46,915 (42,65) | 15,00 | 2 |
| População 9 | 299 | 43,956 (39,96) | 16,00 | 2 |
| População 8 | 76 | 47,245 (42,95) | 22,00 | 2 |
| População 9 | 142 | 35,541 (32,31) | 11,50 | 3 |
| População 9 | 487 | 30,646 (27,86) | 14,00 | 3 |
| População 8 | 240 | 48,026 (43,66) | 15,50 | 3 |
| População 9 | 317 | 51,414 (46,74) | 16,50 | 3 |
| População 8 | 392 | 42,031 (38,21) | 18,50 | 3 |
| População 9 | 206 | 50,347 (45,77) | 19,00 | 3 |
| População 9 | 254 | 48,466 (44,06) | 19,50 | 3 |
| População 8 | 280 | 53,042 (48,22) | 26,50 | 3 |
| População 9 | 262 | 45,551 (41,41) | 17,50 | 4 |
| População 9 | 173 | 47,487 (43,17) | 23,50 | 4 |
| População 9 | 32 | 37,015 (33,65) | 13,50 | 6 |
| População 9 | 166 | 44,792 (40,72) | 11,50 | 7 |
| População 9 | 188 | 46,409 (42,19) | 16,50 | 7 |
| População 9 | 117 | 52,778 (47,98) | 19,00 | 7 |
| População 8 | 229 | 49,874 (45,34) | 20,00 | 7 |
| População 9 | 437 | 47,575 (43,25) | 20,50 | 7 |
| População 9 | 77 | 37,455 (34,05) | 10,50 | 8 |
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| Pedigree | Progênie ID No | Melhor Est. De Rendimento (saca/ha) | Maturi- dade (D) | Combinação Aléli- ca |
| População 9 | 78 | 52,426 (47,66) | 17,00 | 8 |
| População 9 | 187 | 40,898 (37,18) | 27,00 | 8 |
| População 8 | 230 | 51,986 (47,26) | 20,50 | 9 |
| População 9 | 368 | 51,139 (46,49) | 21,50 | 9 |
| População 9 | 505 | 37,466 (34,06) | 23,50 | 9 |
| Média Global | 43,956 (39,06) | 15,69 | ||
| Média Não Che- | 16,57 | |||
| cada | 44,418 (40,38) | |||
| Média Checada | 40,777 (37,07) | 9,50 | ||
| # Locs | 3,3 (3) | 2 | ||
| #Reps | 3,3 (3) | 2 | ||
| CV | 16,9983 (15,453) | 13,984 | ||
| LSD(,05) | 11,1155 (10,105) | 4,434 | ||
| Estatística F | 2,8006 (2,546) | 10,862 | ||
| Valor P | 0,000 (0,000) | 0,000 | ||
| Repetibilidade | 0,6699 (0,609) | 0,908 | ||
| Raiz MSE | 6,7936 (6,176) | 2,194 |
Tabela 12: sumário de rendimento, maturidade e da combinação alélica das regiões de maturidade 1 e 2.
| Pedigree | Progênie ID No | Melhor Estimativa de Rendimento (saca/ha) | Maturidade y (D) | Combinação Alélica |
| População 7 | 0121 | 38,775 (35,25) | 8,5 | 1 |
| População 7 | 0107 | 34,078 (30,98) | 10,5 | 1 |
| População 7 | 0251 | 40,249 (36,59) | 10,5 | 1 |
| População 7 | 0377 | 37,961 (34,51) | 11 | 1 |
| População 7 | 0375 | 37,774 (34,34) | 11,5 | 1 |
| População 7 | 0326 | 33,56914 (30,51) | 13 |
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103/114
| Pedigree | Progênie ID No | Melhor Estimati- va de Rendimento (saca/ha) | Maturidade y (D) | Combinação Alélica |
| População 7 | 0216 | 46,486 (42,26) | 10,5 | 2 |
| População 7 | 0312 | 39,765 (36,25) | 18 | 2 |
| População 7 | 0298 | 45,54 (41,40) | 19 | 2 |
| População 7 | 0205 | 43,351 (39,41) | 13 | 3 |
| População 7 | 0139 | 42,449 (38,59) | 14,5 | 3 |
| População 7 | 0365 | 41,954 (38,14) | 13 | 4 |
| População 7 | 0004 | 43,769 (39,79) | 12,5 | 5 |
| População 7 | 0361 | 52,525 (47,75) 0 | 24 | 8 |
| Média Global | 43,307 (39,37) | 12,55 | ||
| Média Não Checada | 41,569 (37,79) | 13,57 | ||
| Média Checada | 48,51 (44,10) | 9,50 | ||
| # Locs | 3,3 (3) | 2 | ||
| # Reps | 3,3 (3) | 2 | ||
| CV | 18169,8 (16,518) | 11.343 | ||
| LSD(,05) | 11823,9 (10,749) | 2.979 | ||
| Estatística F | 3381,4 (3,074) | 16.491 | ||
| Valor de P | 0,0022 (0,002) | 0,000 | ||
| Repetibilidade | 0,7425 (0,675) | 0,939 | ||
| Raiz MSE | 7,1533 (6,503) | 1,423 |
Exemplo 6: utilização de marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal para selecionar a região geográfica para plantar a semente.
[00521] Os genótipos de soja são cultivados em zonas estreitas de latitude para otimizar o rendimento devido à sensibilidade ao fotoperíodo. As variedades de soja do norte, em contraste com variedades do sul, iniciam a florescência com dias mais longos. As variedades do norte plantadas ao sul de sua zona de adaptação exibem florescência acelerada, crescimento vegetal limitado e reduzido rendimento. As vaPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 113/152
104/114 riedades de soja do sul plantadas ao norte de sua zona de adaptação têm florescência retardada com um potencial de dano por geada que pode reduzir o rendimento. Quando os parentais se diferenciam na maturidade vegetal maior do que 10 dias, a progênie do cruzamento segrega amplamente para a maturidade vegetal. Marcadores moleculares associados com as regiões genômicas de maturidade vegetal permitem a melhoradores cruzar parentais que se diferenciam na maturidade em mais 10 dias, selecionar semente do cruzamento para cultivo na zona de maturidade apropriada.
[00522] Uma população de soja BC2F1 é gerada por cruzamento de MG III.5 com MG 000 e a semente é selecionada para a região de cultivo da zona de maturidade apropriada usando os marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal. Noventa e três plantas BC2F1 são classificadas com 106 marcadores de SNP para avaliar a similaridade genética com o MG parental recorrente III.5 (Tabela 13). Adicionalmente, os marcadores de SNP incluíram marcadores associados com as regiões genômicas de maturidade 1, 2, 3, 4 e 5. Cada indivíduo é heterozigoto em pelo menos uma região genômica de maturidade. O indivíduo Progeny:0107 é heterozigoto para 1, 2, 3, 4 e 5 e pode ser usado para selecionar indivíduos de variedades adaptadas a cada zona do grupo de maturidade. Os indivíduos selecionados para avançar em direção à geração seguinte com base na adaptação a regiões do grupo de maturidade específicas usando a combinação alélica para as regiões de maturidade genômicas.
Tabela 13: sumário de heterozigosidade de regiões genômicas de maturidade com a geração F2 de MG parental III.5/(MG III.5 parental*2/MG 000 parental). Os indivíduos na população são selecionados para uma região geográfica do grupo de maturidade com marcadores de SNP associados com regiões genômicas de maturidade.
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| Planta | Similaridade a MGIII,5 parental (%) | Heterozigoto para a região de maturi- | ||||
| 1 | dade genômica | 5 | ||||
| 2 | 3 | 4 | ||||
| MG III.5 parental | 98,7 | |||||
| MG 000 parental | 2,6 | |||||
| Progênie:0050 | 86,2 | x | x | x | ||
| Progênie:0107 | 85,8 | x | x | |||
| Progênie:0050 | 84,9 | x | x | |||
| Progênie:0093 | 84,9 | x | x | |||
| Progênie:0050 | 82,8 | x | x | x | x | |
| Progênie:0096 | 82,8 | x | x | |||
| Progênie:0107 | 82,3 | x | ||||
| Progênie:0096 | 81,9 | x | x | |||
| Progênie:0107 | 81,5 | x | x | x | x | x |
| Progênie:0066 | 60,8 | x | ||||
| Progênie:0096 | 84,1 | x | x | x | ||
| Progênie:0093 | 82,8 | x | x | |||
| Progênie:0050 | 81,9 | x | x | x | ||
| Progênie:0050 | 81,9 | x | x | |||
| Progênie:0096 | 81,0 | x | x | x | ||
| Progênie:0046 | 80,6 | x | x | x | x | |
| Progênie:0050 | 80,2 | x | x | x | ||
| Progênie:0107 | 80,2 | x | x | x | ||
| Progênie:0093 | 80,2 | x | x | |||
| Progênie:0096 | 80,2 | x | ||||
| Progênie:0093 | 79,7 | x | x | |||
| Progênie:0063 | 79,7 | x | x | |||
| Progênie:0093 | 79,3 | x | x | x | ||
| Progênie:0096 | 78,9 | x | x | |||
| Progênie:0012 | 78,9 | x | x | x | ||
| Progênie:0085 | 78,4 | x | x | x | ||
| Progênie:0096 | 78,0 | x |
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| Planta | Similaridade a MGIII,5 parental (%) | Heterozigoto para a região de maturi- | ||||
| 1 | dade genômica | 5 | ||||
| 2 | 3 | 4 | ||||
| Progênie:0107 | 77,6 | x | x | |||
| Progênie:0063 | 74,6 | x | x | x | ||
| Progênie:0063 | 74,1 | x | x | |||
| Progênie:0012 | 61,2 | x | x | x | ||
| Progênie:0036 | 61,2 | x | x | x | ||
| Progênie:0012 | 61,2 | x | x | |||
| Progênie:0093 | 61,2 | x | x | x | x | |
| Progênie:0012 | 61,2 | x | x | x | ||
| Progênie:0050 | 61,2 | x | x | |||
| Progênie:0036 | 61,2 | x | x | |||
| Progênie:0063 | 61,2 | x | x | x | ||
| Progênie:0050 | 61,2 | x | x | |||
| Progênie:0012 | 61,2 | x | x | |||
| Progênie:0107 | 61,2 | x | ||||
| Progênie:0012 | 61,2 | x | ||||
| Progênie:0012 | 60,8 | x | x | x | ||
| Progênie:0012 | 60,8 | x | x | x | ||
| Progênie:0012 | 60,8 | x | x | x | ||
| Progênie:0050 | 60,8 | x | x | |||
| Progênie:0012 | 60,8 | x | x | |||
| Progênie:0036 | 60,8 | x | x | |||
| Progênie:0012 | 60,8 | x | ||||
| Progênie:0012 | 60,8 | x | ||||
| Progênie:0036 | 60,8 | x | x | x | ||
| Progênie:0012 | 60,8 | x | x | |||
| Progênie:0012 | 60,3 | x | x | |||
| Progênie:0093 | 59,9 | x | x | x | x | |
| Progênie:0096 | 59,9 | x | x | x | ||
| Progênie:0012 | 59,9 | x | x |
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| Planta | Similaridade | Heterozigoto para a região de maturi- |
| a MGIII,5 | dade genômica | |
| parental (%) | ||
| 1 2 3 4 5 |
| Progênie:0050 | 59,9 | x | x | ||
| Progênie:0085 | 59,9 | x | x | ||
| Progênie:0050 | 59,5 | x | x | ||
| Progênie:0096 | 59,5 | x | x | x | |
| Progênie:0036 | 59,5 | x | x | x | |
| Progênie:0096 | 59,5 | x | x | x | |
| Progênie:0063 | 59,5 | x | x | ||
| Progênie:0036 | 59,5 | x | x | ||
| Progênie:0096 | 59,5 | x | |||
| Progênie:0093 | 58,6 | x | x | x | |
| Progênie:0050 | 58,6 | x | |||
| Progênie:0050 | 58,6 | x | |||
| Progênie:0093 | 58,6 | x | x | x | |
| Progênie:0093 | 58,2 | x | x | ||
| Progênie:0012 | 58,2 | x | x | x | |
| Progênie:0012 | 58,2 | x | x | x | |
| Progênie:0050 | 58,2 | x | x | x | |
| Progênie:0012 | 58,2 | x | x | x | |
| Progênie:0012 | 58,2 | x | x | ||
| Progênie:0143 | 58,2 | x | x | ||
| Progênie:0096 | 58,2 | x | x | ||
| Progênie:0050 | 58,2 | x | x | ||
| Progênie:0012 | 57,8 | x | x | x | |
| Progênie:0050 | 57,8 | x | x | x | |
| Progênie:0012 | 57,8 | x | x | ||
| Progênie:0093 | 57,8 | x | x | ||
| Progênie:0093 | 57,8 | x | |||
| Progênie:0012 | 57,8 | x | x | ||
| Progênie:0012 | 57,8 | x | x |
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Planta Similaridade Heterozigoto para a região de maturia MGIII,5 dade genômica parental (%)
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | ||
| Progênie:0012 | 57,8 | x | x | |||
| Progênie:0096 | 57,3 | x | x | x | ||
| Progênie:0050 | 56,9 | x | x | x | ||
| Progênie:0093 | 56,9 | x | x | x | ||
| Progênie:0050 | 56,9 | x | x | x | ||
| Progênie:0050 | 56,9 | x | x | |||
| Progênie:0050 | 56,9 | x | x | |||
| Progênie:0096 | 55,6 | x | x | x | x |
Exemplo 7: estimativa do efeito das regiões genômicas associadas com a maturidade.
[00523] Cada alelo de cada região genômica de maturidade individual está associado com um valor que pode aumentar ou diminuir a maturidade relativa de uma dada linhagem. A maturidade relativa de uma dada linhagem é predita pelo uso um modelo aditivo ou epistático. O exemplo na tabela 14 demonstra a predição de maturidade relativa com base na combinação alélica das regiões genômicas de maturidade. O grupo de maturidade de uma semente de soja é predito pela composição dos alelos da região genômica de maturidade.
Tabela 14: um exemplo de predição de maturidade relativa com base no modelo aditivo.
Maturidade genômica ( Dias Direção
10 10
5-5
3-3
2 2
6 6
4 4
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| 7 | 5 | -5 |
| Soma | 9 | |
| Constante | 3 | |
| Dias de maturidade | 12 | |
| Grupo de Maturidade | 1.2 |
Exemplo 8: utilização de marcadores moleculares associados com maturidade vegetal para facilitar cruzamentos com germoplasma exótico. [00524] A base genética da soja cultivada é estreita comparada com outros campos de cultura. De oitenta a noventa por cento da combinação gênica da soja cultivada são seguidos por 12 introduções vegetais no norte dos Estados Unidos e sete introduções vegetais no sul dos Estados Unidos. Devido à base genética estreita, a soja é com mais probabilidade impactada por doenças e ataques de insetos. O germoplasma exótico ajuda a estender a base genética da soja. Além disso, o germoplasma exótico possui traços-chave tais como resistência à doença, resistência a inseto, resistência a nematoide, e tolerância a estresse ambiental. No momento, muitas espécies exóticas são inacessíveis em parte devido a limitações com cruzamento de plantas de soja de grupos de maturidade extremamente diferentes. Tradicionalmente, os melhoradores devem produzir e manter grande número de plantas de progênie para cruzamentos entre germoplasmas exóticos e cultivados, a fim de melhoradores selecionarem um pequeno número de plantas de soja do grupo de maturidade desejado. Muitas vezes é de custo proibitivo manter o grande número de plantas necessárias.
[00525] Marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal facilitam o uso do germoplasma exótico. Melhoradores criam cruzamentos entre germoplasmas exóticos e cultivados. A semente de progênie é analisada para a maturidade vegetal sem despender os recursos necessários para plantar e cultivar grande número de progênies.
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Exemplo 9: utilização de marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal para facilitar introgressão de um transgene.
[00526] Após um transgene ser introduzido em uma variedade, pode ser prontamente transferido para outras variedades por cruzamento. A maioria do desenvolvimento de cruzamentos de variedades de soja é feita entre parentais em 10 dias de maturidade cada um. Quando os parentais se diferenciam na maturidade vegetal mais que 10 dias, a progênie do cruzamento segrega amplamente para a maturidade vegetal. A fim de melhoradores obterem e selecionarem plantas de soja do grupo de maturidade desejado, devem produzir e manter um grande número de plantas de progênie, prática a qual é de custo proibitivo. Se um transgene estiver presente em uma variedade do grupo de maturidade III necessita ser transferida para o grupo de maturidade 0, um cruzamento direto entre uma variedade do grupo de maturidade III e uma variedade do grupo de maturidade 0 não é tipicamente realizado. Em vez disso, o transgene é transferido através de uma série de cruzamentos intermediários entre variedades próximas em maturidade vegetal. Marcadores moleculares associados com regiões genômicas de maturidade vegetal permitem a melhoradores cruzar parentais que se diferenciam na maturidade mais que 10 dias, então selecionar sementes do cruzamento com base na presença do transgene e o fenótipo de maturidade vegetal.
Exemplo 10: utilização de marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal para facilitar introgressão de um traço.
[00527] Se uma variedade possui um traço desejável, pode ser prontamente transferido a outras variedades por cruzamento. A maioria dos cruzamentos de desenvolvimento de variedade de soja é feita entre parentais em 10 dias de maturidade cada um. Quando os parentais se diferenciam na maturidade vegetal mais que 10 dias, a progênie do cruzamento segrega amplamente para a maturidade vegetal. A
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111/114 fim de melhoradores obterem e selecionarem plantas de soja do grupo de maturidade desejado, devem produzir e manter um grande número de plantas de progênie, prática a qual é de custo proibitivo. Se um traço estiver presente em uma variedade do grupo de maturidade III necessita ser transferido para o grupo de maturidade 0, um cruzamento direto entre uma variedade do grupo de maturidade III e uma variedade do grupo de maturidade 0 não é tipicamente realizado. Em vez disso, o traço é transferido através de uma série de cruzamentos intermediários entre variedades próximas em maturidade vegetal. Marcadores moleculares associados com regiões genômicas de maturidade vegetal permitem a melhoradores cruzar parentais que se diferenciam na maturidade mais que 10 dias, então selecionar sementes do cruzamento com base na presença do traço e o fenótipo de maturidade vegetal.
Exemplo 11: utilização de marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal para selecionar ambientes para otimizar a expressão de traços.
[00528] Sojas cultivadas em ambientes diferentes muitas vezes atuam diferentemente. Por exemplo, uma variedade de soja pode produzir sementes com um determinado perfil de ácido graxo em um ambiente e um perfil de ácido graxo diferente em outro ambiente. Diversos fatores ambientais podem influenciar na expressão de traços, incluindo tipo de solo, condições de solo, temperatura, fotoperíodo, geografia e práticas de cultivo. Variação no desempenho de genótipos através de ambientes diferentes é muitas vezes referida como interações genótipo x ambiente.
[00529] Os níveis de óleo na semente de soja são altamente impactados pelo ambiente. A concentração de óleo aumenta com a redução da latitude, por isso, sojas em grupos de maturidade 00-I geralmente têm níveis de óleo mais baixos do que sojas de maturidade tarPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 121/152
112/114 dia (figura 1). Marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal auxiliam melhoradores na seleção de genótipos de soja e produzem plantas que são melhor adaptadas a uma região do grupo de maturidade para produzir mais óleo.
[00530] A composição de ácido graxo de semente de soja é altamente impactada pela latitude do cultivo. A presente invenção fornece marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal que são úteis para auxiliar melhoradores de planta a selecionar genótipos de maturidade de soja favoráveis para otimizar a expressão de determinados traços em geografias específicas, tais como síntese de ácido graxo, em que o traço é convencional ou transgênico. Como usado neste pedido, traços convencionais incluem aqueles obtidos por mutagênese. Por exemplo, o perfil graxo das plantas de soja transgênicas projetadas para produzir ácido estearidônico (SDA) tem uma correlação positiva com a latitude para produção de SDA e tem uma correlação negativa com a latitude para produção de ácido oleico, ácido esteárico, ácido palmítico e ácido α-linolênico (tabela 15). A porcentagem de SDA aumenta com o aumento da latitude (figuras 2 e 3).
Tabela 15: correlação de longitude e latitude em ácidos graxos de semente de soja madura.
| Ácido Graxo | Latitude R valor P N | Longitude R valor P N | ||||
| Ácido estearidônico | 0,6625* | 3,12E-10 | 71 | -0,3748 | 0,001281263 | 71 |
| Ácido g- linolênico | 0,1097 | 0,362504877 | 71 | -0,0798 | 0,508051934 | 71 |
| Ácido oleico | -0,4081* | 0,000411819 | 71 | 0,167 | 0,16389379 | 71 |
| Ácido linolei- co | -0,1581 | 0,187769857 | 71 | 0,0837 | 0,48752276 | 71 |
| Ácido a- linoleico | -0,2403* | 0,043495686 | 71 | 0,1901 | 0,112261464 | 71 |
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 122/152
113/114
| Ácido Graxo | R | Latitude | R | Longitude valor P | N | |
| valor P | N | |||||
| Ácido Pal- mítico | -0,7305* | 4,82E-13 | 71 | 0,4592 | 5,62E-05 | 71 |
| Ácido esteá- rico | -0,258* | 0,029810388 | 71 | -0,1498 | 0,212583113 | 71 |
| [00531] Lal | titude está estreitamente re | acionada | com grupos de |
maturidade e regiões de cultivo. Sojas são classificadas em 13 grupos de maturidade (000, 00, 0, I a X) de acordo com a faixa na latitude na qual as plantas são adaptadas e mais produtivas. O grupo 000 é de maturidade mais precoce e cultivado nas latitudes mais altas e o Grupo X é maturidade mais tardia e cultivado em latitudes mais baixas. Marcadores moleculares associados com a maturidade vegetal auxiliarão os melhoradores na seleção de genótipos de soja que são adaptados a latitudes conhecidas para serem associados com a produção de SDA preferencial nas plantas. Por conseguinte, os melhoradores de soja produzem mais eficientemente plantas que são mais bemadaptadas ao ambiente e produzem níveis mais altos de SDA ou outros traços similares.
[00532] Está no escopo desta invenção utilizar os métodos e composições de integração do traço preferencial para qualquer traço, convencional ou transgênico, afetado ou influenciado pela latitude. É contemplado pelos inventores que a presente invenção seja útil para integração de traço de um ou mais traços fenotípicos que são influenciados pela latitude tal que os métodos e composições fornecidos neste pedido facilitarão a implementação de um ou mais traços no germoplasma preferencial com base na maturidade, em que os traços podem ser convencionais ou transgênicos.
[00533] Tendo ilustrado e descrito os princípios da presente invenção, deve ser evidente para os versados na técnica que a invenção pode ser modificada no arranjo e detalhe sem se afastar de tais princíPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 123/152
114/114 pios. Reivindica-se todas as modificações que estão dentro do espírito, escopo e conceito das reivindicações adicionadas.
Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 124/152
1/10
Claims (22)
- REIVINDICAÇÕES1. Método de estabelecer onde uma planta de soja ou semente de soja deve ser cultivada pela determinação da combinação alélica de uma planta de soja ou semente de soja, caracterizado pelo fato de que compreendea. obter DNA de uma planta de soja ou semente de soja;b. determinar se alelos em um locus na região genômica de maturidade 1 são homozigotos ou heterozigotos detectando através de um ensaio um primeiro marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 1, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 centiMorgans (cM) de SEQ ID NO: 143 a 155;c. determinar se alelos em um locus na região genômica de maturidade 2 são homozigotos ou heterozigotos detectando através de um ensaio um segundo marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 2, e o dito segundo marcador de maturidade está localizado dentro de 10 cM de SEQ ID NO: 156 a 161;d. determinar se alelos em um locus na região genômica de maturidade 3 são homozigotos ou heterozigotos detectando através de um ensaio um terceiro marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 3, e o dito terceiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 cM de SEQ ID NO: 162 a 174;e. determinar a combinação alélica dos ditos alelos nas regiões genômicas de maturidade 1, 2 e 3 para determinar a data de maturidade da referida planta de soja ou semente de soja; ef. atribuir um valor de grupo de maturidade da dita planta de soja ou semente de soja, em que a referida combinação alélica é selecionada do grupo que consiste na combinação alélica 10, 11, 12,Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 125/152
- 2/1013, 14, 15, 16, 17, 18 e 19.2. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a dita determinação se os alelos em um locus são homozigotos ou heterozigotos compreende detecção de um polimorfismo com uma molécula de ácido nucleico selecionada a partir do grupo consistindo um nucleotídeo que é um T ou G na posição 884 do marcador NS0124601 compreendendo SEQ ID NO: 143, um nucleotídeo que é um G ou A na posição 96 do marcador NS0103749 compreendendo SEQ ID NO: 144, um nucleotídeo que é um C ou A na posição 225 do marcador NS0096829 compreendendo SEQ ID NO: 145, um nucleotídeo que é um G ou A na posição 330 do marcador NS0099746 compreendendo SEQ ID NO: 146, um nucleotídeo que é um T ou A na posição 56 do marcador NS0123747 compreendendo SEQ ID NO: 147, um nucleotídeo que é um T ou C na posição 133 do marcador NS0125408 compreendendo SEQ ID NO: 148, um nucleotídeo com uma inserção de 11 bases na posição 212 do marcador NS0128378 compreendendo SEQ ID NO: 149, um nucleotídeo que é um T ou G na posição 108 do marcador NS0125390 compreendendo SEQ ID NO: 150, um nucleotídeo que é um T ou A na posição 243 do marcador NS0093385 compreendendo SEQ ID NO: 151, um nucleotídeo que é um G ou A na posição 325 do marcador NS0097798 compreendendo SEQ ID NO: 152, um nucleotídeo que é um T ou C na posição 109 do marcador NS0093385 compreendendo SEQ ID NO: 153, um nucleotídeo que é um G ou C na posição 242 do marcador NS0093976 compreendendo SEQ ID NO: 154,Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 126/152
- 3/10 um nucleotídeo com um C inserido na posição 383 do marcador NS0098982 compreendendo SEQ ID NO: 155, um nucleotídeo que é um T ou G na posição 126 do marcador NS0123506 compreendendo SEQ ID NO: 156, um nucleotídeo que é um G ou A na posição 420 do marcador NS0097952 compreendendo SEQ ID NO: 157, um nucleotídeo que é um C ou A na posição 450 do marcador NS0118907 compreendendo SEQ ID NO: 158, um nucleotídeo que é um T ou C na posição 104 do marcador NS0122182 compreendendo SEQ ID NO: 159, um nucleotídeo que é um T ou A na posição 251 do marcador NS0126989 compreendendo SEQ ID NO: 160, um nucleotídeo que é um T ou C na posição 202 do marcador NS0095677 compreendendo SEQ ID NO: 161, um nucleotídeo com AG inserido na posição 82 do marcador NS0098853 compreendendo SEQ ID NO: 162, um nucleotídeo que é um T ou C na posição 190 do marcador NS0092561 compreendendo SEQ ID NO: 163, um nucleotídeo que é um G ou A na posição 225 do marcador NS0093197 compreendendo SEQ ID NO: 164, um nucleotídeo que é um T ou G na posição 83 do marcador NS0094891 compreendendo SEQ ID NO: 165, um nucleotídeo que é um C ou A na posição 471 do marcador NS0096225 compreendendo SEQ ID NO: 166, um nucleotídeo que é um T ou C na posição 341 do marcador NS0103853 compreendendo SEQ ID NO: 167, um nucleotídeo que é um G ou C na posição 685 do marcador NS0113929 compreendendo SEQ ID NO: 168, um nucleotídeo que é um T ou G na posição 433 do marcador NS0115535 compreendendo SEQ ID NO: 169,Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 127/152
- 4/10 um nucleotídeo que é um T ou C na posição 512 do marcador NS0121511 compreendendo SEQ ID NO: 170, um nucleotídeo que é um T ou C na posição 208 do marcador NS0136544 compreendendo SEQ ID NO: 171, um nucleotídeo que é um T ou A na posição 262 do marcador NS0119569 compreendendo SEQ ID NO: 172, um nucleotídeo que é um G ou A na posição 530 do marcador NS0123708 compreendendo SEQ ID NO: 173 e um nucleotídeo que é um G ou A na posição 331 do marcador NS0114317 compreendendo SEQ ID NO: 174.3. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que compreende ainda seleção de múltiplas sementes de soja.4. Método de acordo com a reivindicação 3, caracterizado pelo fato de que as ditas múltiplas sementes de soja se tornam plantas de soja que têm o hábito da planta de soja indeterminado.
- 5. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que os ditos alelos em um locus na região genômica de maturidade 1, compreendem uma sequência de ácidos nucleicos selecionada a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOs: de 143 a 149, de 154 a 155.
- 6. Método para estabelecer onde uma planta de soja ou semente de soja deve ser cultivada pela determinação da combinação alélica de uma planta de soja, caracterizado pelo fato de que compreendea. obter DNA de uma planta de soja ou semente de soja;b. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um primeiro marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 1, e o dito primeiro marcador de matuPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 128/1525/10 ridade está localizado dentro de 10 centiMorgans (cM) de SEQ ID NO: 143 a 155;c. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um segundo marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 2, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 cM de SEQ ID NO: 156 a 161;d. determinar a dita combinação alélica de alelos nas regiões genômicas de maturidade 1 e 2 para determinar a data de maturidade da referida planta de soja ou semente de soja; ee. atribuir de um valor de crescimento de maturidade à dita planta de soja ou semente de soja, em que a referida combinação alélica é selecionada do grupo que consiste na combinação alélica 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, e 9.
- 7. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que a dita determinação se um alelo é homozigoto ou heterozigoto compreende a detecção de um polimorfismo selecionado a partir do grupo consistindo nas SEQ ID NOs: de 143 a 161.
- 8. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que a dita planta de soja ou semente de soja é obtida de um cruzamento de uma planta de soja parental de grupo de maturidade precoce e uma planta de soja parental de maturidade média.
- 9. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que a dita planta de soja parental do grupo de maturidade precoce está entre 00.0 e 1.0 e a dita planta de soja parental de maturidade média está entre III.0 e IV,9.
- 10. Método de melhoramento da planta de soja, caracterizado pelo fato de que compreendea. análise de uma planta de soja para a presença de sequências marcadoras selecionadas a partir do grupo consistindo naPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 129/1526/10SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213; eb. associação da dita planta de soja com um grupo de maturidade.
- 11. Método de melhoramento de planta de soja, caracterizado pelo fato de que compreende cruzamento de uma planta de soja parental tendo um traço desejado com uma segunda planta de soja parental, em que as ditas plantas de soja parentais se diferenciam na maturidade da planta de soja em mais de 10 dias, compreendendoa. cruzar uma planta de soja parental compreendendo um traço desejado com uma segunda planta de soja parental;b. obter progênie da semente de soja a partir do dito cruzamento;c. classificar uma progênie da semente de soja para o dito traço;d. classificar uma progênie da semente de soja para um grupo de maturidade desejado usando um marcador selecionado a partir do grupo consistindo na SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 213 para determinar a região de crescimento geográfica desejada; ee. selecionar uma progênie da semente de soja contendo o traço desejado e maturidade da planta de soja desejada.
- 12. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o dito traço desejado é transgênico.
- 13. Método de melhoramento da planta de soja, caracterizado pelo fato de que compreendea. cruzar pelo menos duas plantas de soja parentais diferentes, em que as plantas de soja parentais se diferenciam na maturidade da planta de soja em mais de 10 dias;b. obter uma progênie da semente de soja a partir do dito cruzamento;c. genotipar uma progênie da semente de soja do dito cruPetição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 130/1527/10 zamento com um marcador genético; ed. selecionar uma semente de soja possuindo um genótipo para maturidade preferencial.
- 14. Método para selecionar uma semente de soja com base no hábito de crescimento indeterminado ou determinado, caracterizado pelo fato de compreende determinar se a região genômica de maturidade 3 é homozigota ou heterozigota.
- 15. Método de acordo com a reivindicação 14, caracterizado pelo fato de que a dita maturidade da região genômica 3 é caracterizada por um G na posição 433 no marcador da SEQ ID NO: 169.
- 16. Método de distribuição de uma planta de soja com base no grupo de maturidade, caracterizado pelo fato de que compreendea. obter DNA de uma planta de soja;b. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um primeiro marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 1, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 centiMorgans (cM) de SEQ ID NO: 143 a 155;c. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um segundo marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 2, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 cM de SEQ ID NO: 156 a 161;d. determinação se um alelo na região genômica de maturidade 3 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um terceiro marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 3, e o dito terceiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 cM de SEQ ID NO: 162 a 174;Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 131/1528/10 ee. atribuir um valor de crescimento de maturidade à dita planta de soja; ef. transportar a dita planta de soja a uma região geográfica preferencial.
- 17. Método para isolar sementes de soja de maturidade precoce indeterminada, caracterizado pelo fato de que compreendea. obter DNA da dita semente de soja usando um método não destrutivo;b. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um primeiro marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 1, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 centiMorgans (cM) de SEQ ID NO: 143 a 155; ec. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um segundo marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 2, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 cM de SEQ ID NO: 156 a 161.
- 18. Método para determinar se uma planta de soja tem um grupo de maturidade de 0,0 a III,9, caracterizado pelo fato de que compreendea. obter DNA da dita semente de soja usando um método não destrutivo;b. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um primeiro marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 1, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 centiMorgans (cM) de SEQ ID NO:Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 132/1529/10143 a 155;c. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um segundo marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 2, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 cM de SEQ ID NO: 156 a 161; ed. atribuir um valor de grupo de maturidade para a dita planta de soja entre 0,0 e III,9.
- 19. Método de acordo com a reivindicação 18, caracterizado pelo fato de que a maturidade na dita planta de soja é alcançada pelo menos 5 dias antes de uma planta de soja que é homozigota dominante na região genômica de maturidade 1, homozigota dominante na região genômica de maturidade 2 e é cultivada sob as mesmas condições ambientais.
- 20. Método para determinar se a maturidade de uma planta de soja está em um grupo de maturidade de 00,0 a III,0, caracterizado pelo fato de que compreendea. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 1 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um primeiro marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 1, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 centiMorgans (cM) de SEQ ID NO: 143 a 155;b. determinar se um alelo na região genômica de maturidade 2 é homozigoto ou heterozigoto detectando através de um ensaio um segundo marcador de maturidade geneticamente ligado à referida região genômica de maturidade 2, e o dito primeiro marcador de maturidade está localizado dentro de 10 cM de SEQ ID NO: 156 a 161; ec. atribuir um valor de grupo de maturidade para a dita planta de soja entre 00,0 e III,0.Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 133/15210/10
- 21. Método de acordo com a reivindicação 20, caracterizado pelo fato de que compreende ainda seleção de uma semente de soja que é homozigota recessiva na região genômica de maturidade 1 e homozigota recessiva na região genômica de maturidade 2 e tem um grupo de maturidade entre 0,5 e II,0.
- 22. Método de acordo com a reivindicação 20, caracterizado pelo fato de que compreende ainda seleção de uma semente de soja que é homozigota recessiva na região genômica de maturidade 1 e heterozigota dominante na região genômica de maturidade 2 e tem um grupo de maturidade entre 1,5 e II,9.Petição 870170047791, de 07/07/2017, pág. 134/1521/3ÓLEO POR GRUPOS DE MATURAÇÃO EM VARIEDADES COMERCIAIS
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