CA2408576A1

CA2408576A1 - Polypeptide rh116 et ses fragments et polynucleotides codant lesdits polypeptides et applications therapeutiques

Info

Publication number: CA2408576A1
Application number: CA002408576A
Authority: CA
Inventors: Georges Bahr; Cecile Cocude; Andre Carpon
Original assignee: ISTAC; Institut Pasteur de Lille
Current assignee: Individual
Priority date: 2000-05-11
Filing date: 2001-05-11
Publication date: 2001-11-15
Also published as: JP2003532424A; WO2001085955A1; AU2001260413A1; FR2808801B1; EP1285074A1; US20040086500A1; FR2808801A1

Abstract

La présente invention concerne un nouveau polypeptide de 116 kDa présentant des homologies de séquences avec des hélicases à ARN (DEXH box) dénommé RH116 et ses fragments, le clonage de l'ADNc et les polynucléotides codant lesdits polypeptides, des vecteurs de clonage et/ou d'expression incluant lesdits polynucléotides, des cellules transformées par lesdits vecteurs et des anticorps spécifiques dirigés contre lesdits polypeptides. L'invention concerne également des procédés de détection et/ou de dosage desdits polypeptides et polynucléotides, les trousses de diagnostic correspondantes, et un procédé de criblage de ligands, ainsi que des composés utilisables à
titre de médicament pour la prévention et/ou le traitement thérapeutique.

Description

« POLYPEPTIDE RH 116 ET SES FRAGMENTS ET POLYNUCLEOTIDES
CODANT LESDITS POLYPEPTIDES ET APPLICATIONS
THERAPEUTIQUES ».
La présente invention concerne un nouveau polypeptide de 116 kDa présentant des homologies de séquences avec des hélicases à ARN (DEXH
box) dénommé RH116 et ses fragments, le clonage de fADNc et les polynucléotides codant lesdits polypeptides, des vecteurs de clonage et/ou d'expression incluant lesdits polynucléotides, des cellules transformées par lesdits vecteurs et des anticorps spêcifiques dirigés contre lesdits polypeptides. L'invention concerne également des procédês de détection et/ou de dosage desdits polypeptides et polynucléotides, les trousses de diagnostic correspondantes, et un procédé de criblage de ligands, ainsi que des composés utilisables à titre de médicament pour la prévention et/ou le traitement thérapeutique. , Les muramylpeptides sont, parmi les immunomodulateurs de synthèse, ceux qui ont montré un grand nombre d'effets immunopharmacologiques sur les cellules de la lignée monocytaire /macrophagique potentialisant leur résistance non spécifique à l'infection, augmentant l'activité tumoricidale des macrophages, et aussi agissant comme adjuvants de vaccins. Le Murabutide (MB), analogue du muramyldipeptide (MDP) a été sélectionné pour son profil biologique particuliérement prometteur et sa bonne tolérance chez l'animal et chez l'homme. En effet, contrairement au MDP et à de nombreux autres analogues, il est démontré que le MB n'est pas pyrogène, n'induit pas de réactions inflammatoires et n'a pas montré de toxicité sévère lors des études cliniques chez des volontaires sains et de patients atteints de cancer.
De par ses capacités biologiques, le MB est un agent antiviral prometteur dans le domaine du SIDA (Syndrome d'Immunodéficience acquise). En effet, le MB inhibe la réplication du virus de l'immunodêficience humaine (VIH) dans les macrophages et les cellules dendritiques mais également dans les cellules mononuclées du sang périphérique (Peripheral Blood Mononuclear Cells, PBMC) de patients infectés. Ainsi, compte tenu de ces caractéristiques biologiques

2 fimmunomodulateur MB a fait l'objet d'un brevet français délivré N° FR

724 845 et intitulé « Compositions de Muramyl peptides capables d'inhiber jusqu'à 100% 1a réplication d'un virus de l'immunodéficience acquise tel que le VIH». De plus, les essais cliniques de phase I et de phase IIa menés à
terme sur des patients VIH+ ont démontré une bonne tolérance clinique du MB.
Les inventeurs ont démontré que le MB exerce une forte inhibition de la réplication virale dans les PBMCs de patients déplétées en lymphocytes CDB, activées par la phytohémagglutinine (PHA) et mises en culture avec de l'interleukine 2 (IL-2). En effet, le MB inhibe de 70 à 100% le taux de protéine virale p24 du VIH dans les surnageants de culture. Cet effet est corrêlé au taux d'expression des ARN messagers viraux (non épissés et simple êpissés). De plus, l'analyse du profil de cytokines et chimiokines sécrétées a démontré que le MB induisait la production de chimiokines connues comme inhibitrices de Ia réplication du VIH. Toutefois, cette induction ne semble pas être corrélëe en totalité avec l'effet inhibiteur du MB. L'inhibition de la réplication du VIH par le MB ne passe pas seulement par l'induction de la production de ~-chimiokines puisque le MB intervient aussi au niveau de l'ADN proviral et de la transcription virale. L'absence de toxicité du MB dans ces mémes cultures cellulaires a êté vérifiée par les inventeurs qui ont constaté que non seulement le nombre de cellules vivantes reste inchangé en début de culture mais semble, de plus, augmenter en fin de culture.
Les résultats obtenus par les inventeurs suggèrent donc que le MB
induit la production de cytokines ou d'autres facteurs non identifiés à ce jour, et qui possèdent une activité suppressive de la réplication du VIH.
Afin d'identifier ces nouveaux facteurs impliqués dans la régulation de la réplication virale, Ies inventeurs ont utïlisé la méthodologie du « Differential Display-RT-PCR » (DD-RT-PCR) qui repose sur 2 étapes essentielles. Une première étape de reverse transcription (RT) de TARN total cellulaire afin d'obtenir des ADN complémentaires de tous les ARN qui possède une queue poly A. Ensuite, une deuxième étape d'amplification par

3 Polymerase Chain Reaction (PCR) à partir des ADNc servant de matrice et de différents couples d'amorces en présence d'un nucléotide radio-marqué.
Les produits de PCR sont ensuite séparés sur gel par électrophorèse. Les fragments différentiellement amplifiés sont coupés du gel, ré-amplifiés puis clonés et séquencés.
La DD-RT-PCR, réalisée à partir de PBMCs d'un patient VIH+, a permis aux inventeurs de sélectionner plus de 130 fragments d'ADNc diffêrentiellement exprimés après traitement au MB. Ces fragments ont été
sous-clonés dans Ie vecteur pCR2.1 (Invitrogen), puis séquencés par séquençage automatique (ABI Prism 377, Perkin-Elmer). Les séquences ont été analysées pour les recherches d~omologies en utilisant les banques de données et le serveur Basic Local Alignment Search Tool (Blast 2) du NCBI.
Les inventeurs ont identifié un nouveau polypeptide présentant des homologies de séquences avec des hélicases à ARN.
Les hélicases à ARN (pour revue voir Critical Rev. In Biochemistry and Molecular Biology ( 1995) 33 (4) : 259-296) représentent une large famille de protêines présentes dans tous les types de systèmes biologiques où l'ARN
joue un rôle central. Elles sont distribuées de maniére ubiquitaire dans une large gamme d'organismes et sont impliquées dans le processus d'épissage mitochondrial et nucléaire, l'édition de TARN (RNA editing), la maturation de rRNA (rRNA processing), l'initiation de la traduction, l'export des ARNm nucléaires et la dégradation des ARNm.
Les hëlicases à ARN constituent des facteurs indispensables à la différenciation et au développement cellulaire, et certaines d'entre elles jouent un rôle dans la transcription et la réplication de génome viral à ARN
simple brin.
Les hélicases à ARN appartiennent au large groupe des enzymes susceptibles d'hydroliser les nuclêotides 5'-trisphosphates.
Une étude de comparaison de séquence des ATPases-ADN dépendantes a conduit à une nouvelle classification des NTPases selon le motif ATPase A.
Ainsi, les hélicases à ADN se caractêrisant par un motif A, encore appelé

4 motif "Walker" (G-X-X-X-X-G-K-T), et appartiennent à la superfamille I, alors que les hélicases à ARN présentent des variations dans ce domaine (A-X-X-G-X-G-K-T) et forment 1a superfamille II voisine (Gorbalenya et al., 1988).
Des comparaisons des séquences conservées ont montré des liens étroits entre les différentes hélicases à ARN, suggérant que ces protéines dérivent d'un ancêtre commun.
En effet, l'alignement de la séquence en acides aminés de différents membres de la superfamille II des hélicases à ARN a permis de mettre en évidence une région centrale commune qui se caractérise par la présence de huit domaines hautement conservés. A (heure actuelle, la fonction biochimique de quatre des huit domaines conservés (domaines I, II, VI, et VIII) ont été élucidés. Compte tenu de la forte homologie de séquence dans le cinquième des huit éléments structuraux, appelé motif "boîte DEAD" (ou "DEAD Box") (D-E-A-D : Asp-Glu-Ala-Asp), les hélicases à ARN appartenant à la superfamille II sont également appelés protéines "Boite DEAD" (Linder et al., 1989). L'existence de motifs DEAD divergents ont permis de subdiviser en sous-groupes Ia superfarnille II des hélicases à ARN. A ce jour, trois sous-groupes ont été identifiés. Le premier sous-groupe est formé
par les protéines à boîte DEAD classique, les deux autres sous-groupes sont appelës DEAH et DEXH du fait de leur motif ATPase B divergent.
De part et d'autre de la séquence centrale conservée, les extrémités amino- et carboxy-terminales des hêlicases à ARN se caractérisent par des séquences de longueur et de contenu variables. T1 est suggéré que ces régions divergentes sont responsables des fonctions protéiques individuelles, alors que les domaines hautement conservés sont impliqués dans l'activité hélicase à ARN.
Le domaine I (A/ G-X-X-G-X-G-K-T : Ala/ Gly-X-X-Gly-X-Gly-lys-Thr) est décrit comme Ie motif A des ATPases (Walker et al., 1982).
Le domaine V, ou boîte DEAD (L-D-E-A-D-X-X-Leu : Leu-Asp-Glu-Ala-Asp-X-X-leu représente une forme spécifique du motif ATPase B (Walker et

5 PCT/FRO1/01441 al., 1982) qui semble impliqué dans (hydrolyse de fATP (Pause and Sonenbery, 1992).
Le domaine VI ou motif SAT (Ser-Ala-Thr) est localisé â proximité de la boîte DEAD et semble spécifique des hélicases à ARN.
5 Le domaine VIII est caractérisé par la boîte YIHRIGRXXR (Tyr-Ile-His-Arg-Ile-Gly-Arg-X-X-Arg) qui représente un motif qui est, comme SAT, spécifique aux hëlicases à ARN. Des expériences in vitro avec le facteur d'initiation de la traduction eIF-4A indiquent que ce domaine est critique pour la liaison à TARN.
La présente invention a donc pour objet un polypeptide isolê dénommé
RH 116 » (pour hélicase â ARN de 116 kDa) de séquence d'acides aminés SEQ ID N°2. Cette séquence comprend des domaines consensus conservés qui sont aisément identifiables par (homme du métier et qui permettent de classer le polypeptide RH 116 de (invention dans le sous-groupe DEAH ou DEXH (pour revue voir Luking. et al., ( 1998)) Parmi ces domaines consensus conservés, il convient de citer .la séquence GSGKT qui correspond aux acides aminés 332 à 336 de la sëquence SEQ ID N°2, et qui constitue le domaine conservé I (G-GKT) de la superfamille des hélicases à ARN.
~ la séquence DECH qui correspond aux acides aminés 443 à 446 de la séquence SEQ ID N°2 et qui constitue le domaine conservë V (DE-H) de la superfamille des hêlicases à ARN du sous-groupe DEXH.
Ces deux domaines consensus conservé sont impliqués dans la fonction ATPase.
~ la séquence TAS qui correspond aux acides aminés 488 â 490 de la séquence SEQ ID N°2 et qui constitue le domaine conservé VI (-A-) de la superfamille des hélicases à ARN du sous-groupe DEAH.
.la séquence RGRAR qui correspond aux acides aminés 820 à 824 de la séquence SEQ ID N°2 et qui constitue le domaine conservé VIII de la superfamille des hélicases à ARN du sous-groupe DEAH.

Ces deux domaines conservés (domaines VI et VIII) sont plus spécifiques des hélicases à ARN et sont responsables de la liaison et du déroulement de l'ARN cible.
Le polypeptide isolé se caractérise en ce qu'il comprend un polypeptide choisi paxmi a) un polypeptide de séquence SEQ ID N°2 ;
b) un polypeptide variant de polypeptide de séquences d'acides aminés défini en a) ;
c) un polypeptide homologue au polypeptide défini en a) ou b) et comportant au moins 80 % d'identité, de préférence 85 %, 87 %, 90 %, 95 % , 97 % 98 %, 99 % d'identité avec ledit polypeptide de a) a d) un fragment d'au moins 15 acides aminés consëcutifs de préférence 17, 20, 23, 25, 30, 40, 50, 100, 250 amino-acides consécutifs d'un polypeptide défini en a), b) ou c) ;
e) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide défini en a), b) ou c).
Dans la présente description, on utilisera le terme polypeptide pour désigner également une protéine ou un peptide.
On entendra par polypeptide variant l'ensemble des polypeptides mutés pouvant exister naturellement, en particulier chez l'être humain, et qui correspondent notamment à des troncatures, substitutions, délétions et/ou additions de résidus d'amino-acides.
Par polypeptide homologue, on entendra désigner les polypeptides présentant, par rapport au polypeptide naturel RH116, certaines modifications comme en particulier une délétion, addition ou substitution d'au moins un acide aminé, une troncature, un allongement et/ou une fusion chimérique. Parmi les polypeptides homologues, on préfère ceux dont la séquence d'acides aminés présente au moins 80 % d'identité, de préférence d'au moins 85 %, 87 %, 90 %, 93%, 95%, 97 %, 98 %, 99 d'identité avec les séquences d'acides aminés des polypeptides selon l'invention. Dans le cas d'une substitution, un ou plusieurs acides aminés consécutifs ou non consécutifs, peuvent être remplacés par des acides aminés <t équivalents ». L'expression acide aminé ~s équivalent » vise ici à
désigner tout acide aminé susceptible d'être substitué à l'un des acides aminés de la structure de base sans cependant modifier les caractéristiques ou propriétês fonctionnelles essentielles, comme leurs activités biologiques, des polypeptides correspondants telles que l'induction in vivo d'anticorps capables de reconnaitre le polypeptide dont la sêquence d'acides aminês est comprise dans la séquence d'acides aminés SEQ ID N°2, ou l'un de ses fragments. Ces acides aminés équivalents peuvent être déterminés soit en s'appuyant sur leur homologie de structure avec les acides aminés auxquels ils se substituent, soit sur les résultats des essais d'activité biologique croisée auxquels les différents polypeptides sont susceptibles de donner lieu. A titre d'exemple, on mentionnera les possibilités de substitutions susceptibles d'être effectuées sans qu'il en résulte une modification approfondie des activités biologiques des polypeptides modifiés correspondants, les remplacements, par exemple, de la leucine par la valine ou l'isoleucine, de l'acide aspartique par l'acide glutamique, de la glutamine par l'asparagine, de l'arginine par la Iysine etc., les substitutions inverses étant naturellement envisageables dans les mêmes conditions.
Par fragment biologiquement actif, on entendra dêsigner en particulier un fragment de sêquence d'acides aminés de polypeptide selon l'invention prêsentant au moins une des caractéristiques ou propriétés fonctionnelles du polypeptide selon l'invention, notamment en ce qu'il comporte une activitê hëlicase à ARN. Le polypeptide variant, Ie polypeptide homologue ou le fragment de polypeptide selon l'invention possède au moins 10 %, de préfërence 20 % , 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 30 %, 90 %, 95 % de l'activité hélicase à ARN. Différents protocoles connus de l'homme de l'art ont êté décrits pour mesurer l'activité hélicase à ARN des polypeptides selon l'invention ; il convient de citer les articles de Lain et al.
( 1990) et Lee et Hurwitz ( 1993). Les exemples ci-après proposent des fonctions biologiques pour la protéine RH 116 en fonction des domaines peptidiques de cette protéine et permettent ainsi à l'homme du métier d'identifier les fragments biologiquement actifs.
Par fragment de polypeptide, on entend désigner un polypeptide comportant au minimun 15 acides aminés consécutifs, de préférence 17, 20, 23, 25, 30, 40, 50, 100, 250 amino-acides consécutifs. Les fragments de polypeptide selon l'invention obtenus par clivage dudit polypeptide par une enzyme protéolytique, par un réactif chimique, ou encore en plaçant ledit polypeptide dans un environnement très acide font également partie de l'invention.
De prêférence un polypeptide selon l'invention est un polypeptide constitué de la séquence SEQ ID N° 2 ou d'une séquence possédant au moins 80 % d'identité, de préférence au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 % et 99 % d'identité avec la SEQ ID N° 2 après alignement optimal. Par polypeptide dont la séquence d'acides aminés présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 et 99 % après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les polypeptides présentant certaines modifications par rapport au polypeptide de réfêrence, comme en particulier une ou plusieurs délêtions, troncations, un allongement, une fusion chimérique, et/ou une ou plusieurs substitutions.
Parmi les polypeptides dont la séquence d'acides aminés présente un pourcentage d'identitë d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 % et 99 % après alignement optimal avec les séquences SEQ ID
N° 2 ou avec l'un de leurs fragments selon l'invention, on préfère les polypeptides variants codés par les séquences peptidiques variantes telles que précédemment définies, en particulier les polypeptides dont Ia séquence d'acides aminés présente au moins une mutation correspondant notamment à une troncation, délétion, substitution et/ou addition d'au moins un résidu d'acide aminé par rapport aux séquences SEQ ID N°2 ou avec fun de leurs fragments, de manière plus préférée les polypeptides variants présentant une mutation liée à une pathologie.

Le polypeptide selon l'invention se caractérise en ce qu'il est comporte au moins un domaine conservë appartenant à la superfamille des hélicases à ARN, ceux-ci étant choisi de préférence parmi les séquences G-GKT
correspondant au domaine T, DEAD, DE-D, DEAH, correspondants au domaine V, SAT, -A-, correspondants au domaine VI, YIHRIGRR, HRIGR-R, -R-GR-R, ---GR, correspondants au domaine VIII.
L'invention concerne également un polynucléotide purifié ou isolé
caractérisé en ce qu'il code pour un polypeptide de séquence SEQ ID N°2 tel que défini précédemment. De manière prëférêe, Ie polynucléotide selon l'invention posséde la sêquence SEQ ID N° 1.
Le polynucléotide purifié ou isolé selon l'invention se caractérise en ce qu'il comprend un polynuclêotide choisi parmi a) SEQ ID N° 1 ;
b) la séquence d'un fragment d'au moins 15 nucléotides consécutifs, de préférence d'au moins 18, 21, 24, 27, 30, 35, 40, 50, 75, 100 nucléotides consécutifs de la séquence SEQ ID N° 1 à (exception des séquences nucléiques identifiées sous le N° d'accession AC 007750 et N°AC0108176 dans la banque de données GenBank, ainsi qu'à
(exception de la séquence génomique de 95417 pb, ainsi qu'â
l'exception des séquences nucléiques enregistrées identifiées sous numêro d'accès N°AW589567, N°AW 152541 et AW 189584 dans la banque de données EMBL ;
c) une séquence nucléique présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de prëfêrence d'au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 % et 99 % aprës alignement optimal avec une séquence définie en a) ou b) ;
d) Ia séquence complémentaire ou Ia séquence d'ARN correspondant à
une séquence telle que définie en a), b) ou c).
Par acide nucléique, séquence nucléique ou d'acide nucléique, polynucléotide, oligonucléotide, séquence de polynucléotide, séquence nucléotidique, termes qui seront employés indifféremment dans la présente description, on entend désigner un enchaînement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir un fragment ou une région d'un acide nuclêique, comportant ou non des nucléotides non naturels, et pouvant correspondre aussi bien â un ADN double brin, un ADN simple brin que des produits de transcription desdits ADN, et/ou un fragment d'ARN.
5 II doit être compris que Ia prësente invention ne concerne pas les sêquences nucléotidiques dans leur environnement chromosomique naturel, c'est-à-dire à l'état naturel. Il s'agit de séquences qui ont été
isolées et/ou purifiées, c'est-à-dire qu'elles ont été prélevées directement ou indirectement, par exemple par copie, leur environnement ayant êté au 10 moins partiellement modifié. On entend ainsi également désigner les acides nucléiques obtenus par synthèse chimique.
Par polynucléotide de séquence complémentaire, on entend désigner tout ADN dont les nuclêotides sont complémentaires de ceux de la SEQ ID
N° 1 ou d'une partie de la SEQ ID N° 1 et dont l'orientation est inversée.
Par « pourcentage d'identité » entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminês au sens de la présente invention, on entend désigner un pourcentage de nucléotides ou de résidus d'acides aminés identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après le meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences êtant réparties au hasard et sur toute leur longueur. On entend désigner par "meilleur alignement" ou "alignement optimal", l'alignement pour lequel le pourcentage d'identité déterminé comme ci-après est le plus élevé. Les comparaisons de séquences entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminês sont traditionnellement réalisées en comparant ces séquences après les avoir alignées de manière optimale, ladite comparaison étant réalisée par segment ou par ~~ fenêtre de comparaison » pour identifier et comparer les régions locales de similarité
de séquence. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé, outre manuellement, au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Smith et Waterman (1981), au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Neddleman et Wunsch ( 1970), au moyen de la méthode de recherche de similarité de Pearson et Lipman ( 1988), au moyen de logiciels informatiques utilisant ces algorithmes (GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA et TFASTA dans le Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI). Afin d'obtenir l'alignement optimal, on utilise de prëférence le programme BLAST, avec la matrice BLOSUM 62. On peut également utiliser les matrices PAM ou PAM250.
Le pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés est déterminé en comparant ces deux séquences alignées de manière optimale, la séquence d'acides nucléiques ou d'acides aminés à
comparer pouvant comprendre des additions ou des délêtions par rapport à
la séquence de référence pour un alignement optimal entre ces deux séquences. Le pourcentage d'identité est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour lesquelles le nuclêotide ou le résidu d'acide aminé est identique entre les deux séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions comparêes et en multipliant le résultat obtenu par 100 pour obtenir le pourcentage d'identitê
entre ces deux séquences.
Par séquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 % et 99 après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les séquences nucléiques présentant, par rapport à la séquence nucléique de référence, certaines modifications comme en particulier une délétion, une troncation, un allongement, une fusion chimérique, et/ou une substitution, notamment ponctuelle, et dont la séquence nucléique présente au moins 80 %, de préférence au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 % et 99 d'identité après alignement optimal avec la séquence nucléique de référence. Il s'agit de préférence de séquences dont les séquences complémentaires sont susceptibles de s'hybrider spécifiquement avec les sêquences SEQ ID N° 1 de l'invention. De prêférence, les conditions d'hybridation spécifiques ou de forte stringence seront telles qu'elles assurent au moins 80 %, de préférence d'au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 et 99 % d'identité après alignement optimal entre l'une des deux séquences et la séquence complémentaire de l'autre.

Une hybridation dans des conditions de forte stringence signifie que les conditions de température et de force ionique sont choisies de telle manière qu'elles permettent le maintien de l'hybridation entre deux fragments d'ADN
complémentaires. A titre illustratif, des conditions de forte stringence de l'étape d'hybridation aux fins de définir les fragments polynucléotidiques décrits ci-dessus, sont avantageusement les suivantes.
L'hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN est réalisêe en deux étapes : (1) préhybridation à 42°C pendant 3 heures en tampon phosphate (20 mM, pH
7,5) contenant 5 x SSC ( 1 x SSC correspond à une solution 0,15 M NaCl +
0,015 M citrate de sodium), 50 % de formamide, 7 % de sodium dodécyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt's, 5 % de dextran sulfate et 1 % d'ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation proprement dite pendant 20 heures à
une température dépendant de la taille de la sonde (i.e. : 42°C, pour une sonde de taille > 100 nucléotides) suivie de 2 lavages de 20 minutes à
20°C
en 2 x SSC + 2 % SDS, 1 lavage de 20 minutes à 20°C en 0,1 x SSC + 0,1 SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS pendant 30 minutes â 60°C pour une sonde de taille > 100 nucléotides. Les conditions d'hybridation de forte stringence dêcrites ci-dessus pour un polynucléotide de taille dêfinie, peuvent être adaptées par l'homme du métier pour des oligonucléotides de taille plus grande ou plus petite, selon l'enseignement de Sambrook et al., 1989.
Parmi les sêquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité
d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 85 %, 90 %, 95 %; 98 % et 99 après alignement optimal avec la séquence selon l'invention, on préfère également les séquences nucléiques variantes de SEQ ID N° l, ou de leurs fragments, c'est-à-dire l'ensemble des séquences nucléiques correspondant à des variants allêliques, c'est-à-dire des variations individuelles des séquences SEQ ID N° 1. Ces séquences mutées naturelles correspondent à
des polymorphismes présents chez les mammifères, en particulier chez l'être humain et, notamment, à des polymorphismes pouvant conduire à la survenue d'une pathologie.

On entend également désigner par séquence nucléique variante tout ARN ou ADNc résultant d'une mutation et/ou variation d'un site d'épissage de la séquence nucléique génomique dont l'ADNc a pour séquence SEQ ID
N° 1.
Plus particulièrement, l'invention concerne un acide nucléique purifié
ou isolé selon la présente invention, caractérisé en ce qu'il comprend ou est constitué de l'une des séquences SEQ ID N° 1, de leurs séquences complémentaires ou des séquences de l'ARN correspondant à SEQ ID N° 1.
Les amorces ou sondes, caractérisées en ce qu'elles comprennent une séquence d'un acide nucléique selon l'invention, font également partie de l'invention. Ainsi, la présente invention pour la détection, l'identification, le dosage ou l'amplification de séquence d'acide nucléique concerne êgalement les amorces ou les sondes selon l'invention qui peuvent permettre en particulier de mettre en évidence ou de discriminer les séquences nucléiques variantes, ou d'identifier la séquence génomique des gènes dont l'ADNc est représenté par SEQ ID N° 1, en utilisant notamment une méthode d'amplification telle que la méthode PCR, ou une méthode apparentée. Selon l'invention, les polynucléotides pouvant être utilisés comme sonde ou comme amorce dans des procédés de détection, d'identification, de dosage ou d'amplification de séquence nucléique, présentent une taille minimale de 15 bases, de préférence d'au moins 18, 20, 25, 30, 40, 50 bases.
Les polynucléotides selon l'invention peuvent ainsi étre utilisés comme amorce et/ou sonde dans des procédés mettant en oeuvre notamment la technique de PCR (amplification en chaîne par polymérase) (Rolfs et al., 1991). Cette technique nécessite le choix de paires d'amorces oligonucléotidiques encadrant le fragment qui doit être amplifié. On peut, par exemple, se référer à la technique décrite dans le brevet américain U.S.
N° 4 683 202. Les fragments amplifiés peuvent être identifiés, par exemple après une électrophorèse en gel d'agarose ou de polyacrylamide, ou après une technique chromatographique comme la filtration sur gel ou la chromatographie êchangeuse d'ions, puis sêquencés. La spécificité de l'amplification peut être contrôlée en utilisant comme amorces les séquences nucléotidiques de polynucléotides de l'invention et comme matrices, des plasmides contenant ces séquences ou encore les produits d'amplification dérivés. Les fragments nucléotidiques amplifiés peuvent être utilisés comme réactifs dans des réactions d'hybridation afin de mettre en évidence la présence, dans un échantillon biologique, d'un acide nucléique cible de séquence complêmentaire à celle desdits fragments nucléotidiques amplifiés. L'invention vise également les acides nucléiques susceptibles d'être obtenus par amplification â l'aide d'amorces selon l'invention.
D'autres techniques d'amplification de l'acide nucléique cible peuvent être avantageusement employées comme alternative à la PCR (PCR-litre) à
l'aide de couple d'amorces de séquences nucléotidiques selon l'invention.
Par PCR-litre on entend désigner toutes les méthodes mettant en oeuvre des reproductions directes ou indirectes des sêquences d'acides nucléiques, ou bien dans lesquelles les systêmes de marquage ont êté amplifiés, ces techniques sont bien entendu connues. En général il s'agit de l'amplification de l'ADN par une polymérase ; lorsque l'échantillon d'origine est un ARN il convient préalablement d'effectuer une transcription reverse.
Il existe actuellement de trës nombreux procédés permettant cette amplification, comme par exemple la technique SDA (Strand Displacement Amplification) ou technique d'amplification à déplacement de brin (Walker et al., 1992), la technique TAS (Transcription-based Amplification System) décrite par Kwoh et al. (1989), la technique 3SR (Self Sustained Sequence Replication) décrite par Guatelli et al. ( 1990), la technique NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amplification) décrite par Kievitis et al. (1991), la technique TMA (Transcription Mediated Amplification), la technique LCR
(Ligase Chain Reaction) décrite par Landegren et al. ( 1988), la technique de RCR (Repair Chain Reaction) décrite par Segev ( 1992), la technique CPR
(Cycling Probe Reaction) décrite par Duck et al. ( 1990), la technique d'amplification à la Q-béta-réplicase décrite par Miele et al. ( 1983).
Certaines de ces techniques ont depuis été perfectionnées.

Dans le cas où le polynucléotide cible à détecter est un ARNm, on utilise avantageusement, préalablement à la mise en oeuvre d'une réaction d'amplification à l'aide des amorces selon l'invention ou à la mise en oeuvre d'un procédé de détection à l'aide des sondes de l'invention, une enzyme de 5 type transcriptase inverse afin d'obtenir un ADNc à partir de l'ARNm contenu dans l'ëchantillon biologique. L'ADNc obtenu servira alors de cible pour les amorces ou les sondes mises en oeuvre dans le procédé
d'amplification ou de détection selon l'invention.
La technique d'hybridation de sondes peut être réalisée de manières 10 diverses (Matthews et a2., 1988). La méthode la plus générale consiste à
immobiliser l'acide nucléique extrait des cellules de différents tissus ou de cellules en culture sur un support (tels que la nitrocellulose, le nylon, le polystyrène) pour réaliser par exemple des puces à ADN, puis à incuber, dans des conditions bien définies, l'acide nucléique cible immobilisé avec la 15 sonde. Aprês l'hybridation, l'excès de sonde est éliminé et les molécules hybrides formées sont dêtectées par la méthode appropriée (mesure de la radioactivité, de la fluorescence ou de l'activité enzymatique liée à
la.sonde).
Selon un autre mode de mise en oeuvre des sondes nucléiques selon l'invention, ces dernières peuvent ëtre utilisêes comme sondes de capture.
Dans ce cas, une sonde, dite t~ sonde de capture >~, est immobilisée sur un support et sert à capturer par hybridation spêcifique l'acide nucléique cible obtenu à partir de l'échantillon biologique à tester et l'acide nucléique cible est ensuite détectê grâce à une seconde sonde, dite <~ sonde de détection », marquée par un élément facilement détectable.
Parmi les fragments d'acides nuclêiques intéressants, il convient par ailleurs de citer en particulier les oligonucléotides anti-sens, c'est-à-dire dont la structure assure, par hybridation avec la séquence cible, une inhibition de l'expression du produit correspondant. Il faut également citer les oligonucléotides sens qui, par interaction avec des protéines impliquées dans la régulation de l'expression du produit correspondant, induiront soit une inhibition, soit une activation de cette expression. Les oligonucléotides selon l'invention présente une taille minimale de 9 bases, de préférence d'au moins 10, 12, 15, 17, 20, 25, 30, 40, 50 bases.
Les sondes, amorces et oligonucléotides selon l'invention peuvent être marqués directement ou indirectement par un composé radioactif ou non radioactif, par des mëthodes bien ~ connues de l'homme du métier, afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable. Les sêquences de polynucléotides selon l'invention non marquées peuvent être utilisées directement comme sonde ou amorce.
Les sëquences sont généralement marquées pour obtenir des séquences utilisables pour de nombreuses applications. Le marquage des amorces ou des sondes selon l'invention est réalisé par des éléments radioactifs ou par des molécules non radioactives. Parmi les isotopes radioactifs utilisés, on peut citer le 32P, le 33P, le 355, le 3H ou le 1251.
Les entités non radioactives sont sélectionnées parmi les ligands tels la biotine, l'avidine, la streptavidine, la dioxygënine, les haptênes, les colorants, les agents luminescents tels que les agents radioluminescents, chémoluminescents, bioluminescents, fluorescents, phosphorescents.
La présente invention concerne également les vecteurs de clonage et/ou d'expression comprenant un acide nucléique ou codant pour un polypeptide selon l'invention. Un tel vecteur peut également contenir les éléments nécessaires à l'expression et éventuellement à la sécretion du polypeptide dans une cellule hôte. Une telle cellule hôte est êgalement un objet de l'invention.
Selon un autre aspect, l'invention concerne un vecteur d'expression antisens. Un tel vecteur d'expression, contient une séquence de polynucléotide selon l'invention, insérée en orientation inverse dans le vecteur d'expression. Ainsi, l'homme du métier reconnaît aisément qu'un ARNm correspondant à l'ADN dans le vecteur antisens hybride avec un ARNm correspondant à de l'ADN dans 1e vecteur sens. Un vecteur d'expression antisens est un vecteur qui exprime un ARN antisens d'intérêt dans une cellule hôte appropriée, soit de manière constitutive soit après induction. Le terme antisens se réfêre à toute composition contenant une séquence d'acide nucléique spécifique. Les molécules antisens peuvent être produites par des méthodes telles que la synthèse ou la transcription.
Lorsque de telles molécules sont introduites dans la cellule, les nucléotides complémentaires se combinent avec les séquences naturelles produites par la cellule pour former des duplexes et ainsi bloquer soit la transcription ou la traduction du polypeptide selon l'invention. Il entre également dans (étendue de l'invention, de réaliser des molécules antisens susceptibles de s'apparier avec la molécule d'ARN qui est le substrat de l'hélicase à ARN
RH 116, afin d'en bloquer l'activité biologique.
Les nouveaux composés identifiés susceptibles de diminuer ou d'abolir le taux d'expression et/ou l'activité hêlicase à ARN du polypeptide selon l'invention constituent des antagonistes du polypeptide selon l'invention. Le terme "antagoniste" se réfère à une molécule qui, lorsqu'elle se lie au polypeptide selon l'invention, diminue la quantité ou la durée des effets de factivitê biologique ou immunologique du polypeptide RH 116. Les antagonistes incluent les protéines, les acides nucléiques, les carbohydrates, et toutes les molêcules susceptibles de diminuer les effets de RH 116.
Lesdits vecteurs comportent de préférence un promoteur, des signaux d'initiation et de terminaison de la traduction, ainsi que des rêgions appropriées de régulation de la transcription. Ils doivent pouvoir être maintenus de façon stable dans la cellule et peuvent éventuellement posséder des signaux particuliers spécifiant la sécrétion de la protéine traduite. Selon un mode particulier de réalisation de l'invention, le promoteur peut être le promoteur naturellement présent en amont du gène codant pour le polypeptide RH 116 humain de l'invention.
Les différents signaux de contrôle sont choisis en fonction de l'hôte cellulaire utilisê. A cet effet, les séquences d'acide nucléique selon l'invention peuvent être insérëes dans des vecteurs à réplication autonome au sein de l'hôte choisi, ou des vecteurs intêgratifs de l'hôte choisi.
Parmï les systèmes à réplication autonome, on utilise de préférence en fonction de la cellule hôte, des systèmes de type ~~ plasmide », ~~ cosmide »
ou <~ mini-chromosome » ou des systèmes de type viral, les vecteurs viraux pouvant notamment être des adénovirus (Perricaudet et al., 1992), des rétrovirus, des lentivirus, des poxvirus ou des virus herpétiques (Epstein et al., 1992). L'homme du métier connaît les technologies utilisables pour chacun de ces systèmes.
Lorsque l'on souhaite l'intégration de la séquence dans les chromosomes de la cellule hôte, on peut utiliser par exemple des systèmes de type plasmidique ou viral ; de tels virus sont, par exemple, les rétrovirus (Temin, 1986), ou les AAV (Carter, 1993).
Parmi les vecteurs non viraux, on préfère les polynucléotides nus tels que l'ADN nu ou l'ARN nu selon la technique développée par la société
VICAL, Ies chromosomes artificiels de bactérie (BAC, bacterial artificiel chromosome), les chromosomes artificiels de levure (YAC, yeast artificiel chromosome) pour l'expression dans la levure, les chromosomes artificiels de souris (MAC, mouse artificiel chromosome) pour l'expression dans les cellules murines et de manière préférée les chromosomes artificiels d'homme (HAC, human artificiel chromosome) pour l'expression dans les cellules humaines.
De tels vecteurs sont préparés selon les méthodes couramment utilisées par l'homme du mêtier, et les clones en résultant peuvent être introduits dans un hôte approprié par des méthodes standard, telles que par exemple la lipofection, l'électroporation, le choc thermique, la transformation après perméabilisation chimique de la membrane, la fusion cellulaire.
L'invention comprend en outre les cellules hôtes, notamment les cellules euca.ryotes et procaryotes, transformées par les vecteurs selon l'invention. Parmi les cellules utilisables aux sens de la présente invention, on peut citer les cellules bactériennes (Olins et Lee, 1993), mais aussi les cellules de levure (Buckholz, 1993), de même que les cellules animales, en particulier les cultures de cellules de mammifères (Edwards et Aruffo, 1993), et notamment les cellules d'ovaire de hamster chinois (CHO) et les cellules humaines. On peut citer également les cellules d'insectes dans lesquelles on peut utiliser des procédës mettant par exemple en oeuvre des baculovirus (Luckow, 1993). Un hôte cellulaire préfêré pour l'expression des protêines de l'invention est constitué par les cellules COS et les cellules Hela.
L'invention comprend également les animaux transgéniques, de préférence les mammiféres, excepté l'Homme, comprenant une desdites cellules transformées selon l'invention. Ces animaux peuvent être utilisés en temps que modèles, pour l'ëtude de l'étiologie de pathologie liée à une altération de l'homologue animal de la protéine RH 116 naturelle humaine ou pour l'étude des effets d'une infection virale provoquée par un virus à
ARN, tel le VIH, sur l'expression de la protéine RH 116 en présence ou non d'un traitement anti-viral, tel qu'un antagoniste du RH I I6, comme par exemple le murabutide.
Parmi les mammifères selon l'invention, on préfère des animaux tels que les rongeurs, en particulier les souris, les rats ou les lapins, exprimant un polypeptide selon l'invention.
Les animaux transgéniques selon l'invention peuvent surexprimer le gène codant pour la protéine selon l'invention, ou leur gène homologue, ou exprimer ledit gêne dans lequel est introduite une mutation. Ces animaux transgéniques, en particulier des souris, sont obtenus par exemple par transfection de copie de ce gène sous contrôle d'un promoteur fort de nature ubiquitaire, ou sélectif d'un type de tissu, ou après transcription virale.
Alternativement, les animaux transgéniques selon l'invention peuvent être rendus déficients pour le gène codant pour le polypeptide de séquence SEQ ID N° 2, ou leurs gènes homologues, par inactivation ciblêe par recombinaison homologue en utilisant ou non Ie système LOX-P/CRE
recombinase (Rohlmann et al., 1996) ou par tout autre système d'inactivation de l'expression de ce gène. Ces animaux transgéniques sont obtenus par exemple par recombinaison homologue sur cellules souches embryonnaires, transfert de ces cellules souches à des embryons, sélection des chimères affectées au niveau des lignées reproductrices, et croissance desdites chimères.
Les cellules ou mammifères transformés tels que décrits prêcédemment peuvent aussi être utilisés â titre de modèles afin d'étudier 5 les interactions entre les polypeptides selon l'invention, et les composés chimiques ou protéiques, impliqués directement ou indirectement dans les activitês des polypeptides selon l'invention, ceci afin d'ëtudier les différents mêcanismes et interactions mis en jeu. Ils peuvent en particulier être utilisês pour la sélection de produits interagissant avec les polypeptides 10 selon l'invention, notamment la protêine de séquence SEQ ID N°2 ou leurs variants selon l'invention, à titre de cofacteur, ou d'inhibiteur, notamment compëtitif, ou encore ayant une activité agoniste ou antagoniste de l'activitë
des polypeptides selon l'invention. De prêférence, on utilise lesdites cellules transformées ou animaux transgéniques à titre de modèle notamment pour 15 la sélection de composés permettant de diminuer 1e taux d'expression ou l'activité hélicase à ARN du polypeptide RH 116 de l'invention.
En plus de leur utilité à titre de modèle d'analyse, les cellules et mammifères selon l'invention sont utilisables dans une méthode de production d'un polypeptide selon l'invention, comme décrit ci-dessous. La 20 méthode de production d'un polypeptide de l'invention sous forme recombinante, elle-même comprise dans la prësente invention, se caractérise en ce que l'on cultive les cellules transformées, notamment les cellules de la prêsente invention, dans des conditions permettant l'expression et éventuellement la sécrétion d'un polypeptide recombinant codé par une séquence d'acide nucléique selon l'invention, et que l'on récupère ledit polypeptide recombinant. Les polypeptides recombinants susceptibles d'être obtenus par cette mêthode de production font également partie de l'invention. Ils peuvent se prësenter sous forme glycosylée ou non glycosylée et peuvent présenter ou non la structure tertiaire de la protéine naturelle. Les séquences des polypeptides recombinants peuvent être également modifiées afin d'améliorer leur solubilité, en particulier dans les solvants aqueux. De telles modifications sont connues de l'homme du métier comme par exemple la délétion de domaines hydrophobes ou la substitution d'acides aminés hydrophobes par des acides aminés hydrophiles.
Ces polypeptides peuvent être produits à partir des séquences d'acide nuclêique définies ci-dessus, selon les techniques de production de polypeptides recombinants connues de l'homme du mêtier. Dans ce cas, la séquence d'acide nucléique utilisée est placée sous le contrôle de signaux permettant son expression dans un hôte cellulaire.
Un système efficace de production d'un polypeptide recombinant nécessite de disposer d'un vecteur et d'une cellule hôte selon l'invention.
Ces cellules peuvent étre obtenues par l'introduction dans des cellules hôtes d'une séquence nuclêotidique insérée dans un vecteur tel que défini ci-dessus, puis la mise en culture desdites cellules dans des conditions permettant la réplication et/ou l'expression de la séquence nucléotidique transfectée.
Les procédés utilisés pour la purification d'un polypeptide recombinant sont connus de l'homme du métier. Le polypeptide recombinant peut être purifié â partir de lysats et extraits cellulaires, du surnageant du milieu de culture, par des méthodes utilisées individuellement ou en combinaison, tels que le fractionnement, les méthodes de chromatographie, les techniques d'immunoaffinité à l'aide d'anticorps monoclonaux ou polyclonaux spécifiques, etc... . Une variante préférée consiste à produire un polypeptide recombinant fusionnê à une protéine « porteuse » (protéine chimère). L'avantage de ce système est qu'il permet une stabilisation et une diminution de la protéolyse du produit recombinant, une augmentation de la solubilité au cours de la renaturation in vitro et/ ou une simplification de la purification lorsque le partenaire de fusion possède une affinitê pour un ligand spécifique.
Les polypeptides selon la présente invention peuvent aussi être obtenus par synthèse chimique en utilisant l'une des nombreuses synthèses peptidiques connues, par exemple les techniques mettant en oeuvre des phases solides (voir notamment Stewart et al., 1984) ou des techniques utilisant des phases solides partielles, par condensation de fragments ou par une synthèse en solution classique. Les polypeptides obtenus par synthèse chimique et pouvant comporter des acides aminés non naturels correspondants sont également compris dans l'invention.
L'invention concerne également un anticorps monoclonal ou polyclonal et ses fragments, caractérisés en ce qu'ils lient sélectivement et/ou spécifiquement un polypeptide selon l'invention. Les anticorps chimériques, les anticorps humanisés et les anticorps simple chaîne font également partie de l'invention. Les fragments d'anticorps selon l'invention sont de préférence des fragments Fab, F(ab')2 ou Fv.
Les polypeptides selon l'invention permettent de préparer des anticorps monoclonaux ou polyclonaux. Les anticorps monoclonaux pourront avantageusement être préparés â partir d'hybridomes selon la technique décrite par Kohler et Milstein en 1975.
Z5 Les anticorps polyclonaux pourront être préparés, par exemple par immunisation d'un animal, en particulier une souris, avec un polypeptide selon l'invention associé à un adjuvant de la réponse immunitaire, puis purification des anticorps spécifiques contenus dans le sérum des animaux immunisés sur une colonne d'affinité sur laquelle a prëalablement été fixé le polypeptide ayant servi d'antigène. Les anticorps polyclonaux selon l'invention peuvent aussi ètre préparés par purification sur une colonne d'affinité, sur laquelle a préalablement été immobilisé un polypeptide selon l'invention.
Selon un mode particulier de réalisation de l'invention, l'anticorps est capable d'inhiber l'interaction entre le polypeptide RH 116 et la séquence d'ARN sur laquelle celle-ci se lie afin d'altérer la fonction physiologique dudit polypeptide RH 116.
L'invention concerne également des méthodes pour la détection et/ou la purification d'un polypeptide selon l'invention, caractérisêes en ce qu'elles mettent en oeuvre un anticorps selon l'invention. L'invention comprend en outre des polypeptides purifiés, caractérisés en ce qu'ils sont obtenus par une méthode selon l'invention.

Par ailleurs, outre leur utilisation pour la purification des polypeptides, les anticorps de l'invention, en particulier les anticorps monoclonaux, peuvent également être utilisês pour la détection de ces polypeptides dans un échantillon biologique.
Pour ces différentes utilisations, les anticorps de l'invention pourront également être marquês de la même maniêre que décrit précédemment pour les sondes nucléiques de l'invention et de manière préférée avec un marquage de type enzymatique, fluorescent ou radioactif.
Les anticorps de l'invention constituent également un moyen d'analyse de l'expression de polypeptide selon l'invention, par exemple par immunofluorescence, marquage à l'or, immunoconjugués enzymatiques.
Plus généralement, les anticorps de l'invention peuvent être avantageusement mis en oeuvre dans toute situation où l'expression d'un polypeptide selon l'invention doit être observée, et plus particulièrement en immunocytochimie, en immunohistochimie ou dans des expériences de western blotting ».
Ils peuvent permettre notamment de mettre en évidence une expression anormale de ces polypeptides dans les tissus ou prélèvements biologiques.
Plus génêralement, les anticorps de l'invention peuvent être avantageusement mis en oeuvre dans toute situation oû l'expression d'un polypeptide selon l'invention, normal ou muté, doit être observée. Ainsi, un procédé de détection d'un polypeptide selon l'invention dans un échantillon biologique, comprenant les êtapes de mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'invention et de mise en évidence du complexe antigène-anticorps formé est également un objet de l'invention.
Entre également dans le cadre de l'invention, une trousse de réactif pour la détection et/ou le dosage d'un polypeptide selon l'invention dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les êléments suivants : (i) un anticorps monoclonal ou polyclonal tel que décrit précédemment ; (ü) le cas échéant, les réactifs pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique ; (iii) les réactifs permettant la détection des complexes antigène-anticorps produits par la réaction immunologique. Cette trousse est notamment utile â la réalisation d'expériences de Western Blotting ; celles-ci permettent d'étudier la rëgulation de l'expression du polypeptide selon l'invention à partir de tissus ou de cellules. Cette trousse est également utile aux expêriences d'immunoprécipitation pour mettre en évidence notamment les protêines interagissant avec le polypeptide selon l'invention. Cette trousse est également utile pour réaliser la détection et/ou le dosage d'un polypeptide selon l'invention en utilisant une méthode qui met en jeu la technique ELISA, l'immunofluorescence, la radio-immunologie (technique RIA) ou une technique équivalente.
L'invention comprend également une méthode de détection et/ou de dosage d'un polynucléotide selon l'invention, dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comporte les étapes suivantes : (i) d'isolement de l'ADN à partir de fêchantillon biologique à analyser, ou obtention d'un ADNc à paxtir de l'ARN de l'échantillon biologique ; (ü) d'amplification spécifique de l'ADN codant pour le polypeptide selon l'invention à l'aide d'amorces ; (iii) d'analyse des produits d'amplification.
C'est êgalement un objet de l'invention de fournir une trousse pour la détection et/ou le dosage d'un acide nuclêique selon l'invention, dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : (i) un couple d'amorces nucléiques selon l'invention, (ü) les réactifs nécessaires pour effectuer une réaction d'amplification d'ADN, et éventuellement (iii) un composant permettant de vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement une sonde selon l'invention.
L'invention comprend aussi une méthode de détection et/ou de dosage d'acide nucléique selon l'invention, dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comporte les étapes suivantes : (i) de mise en contact d'un polynucléotide selon l'invention avec un échantillon biologique ; (ü) de détection et/ou de dosage de l'hybride formé entre ledit polynucléotide et l'acide nucléique de l'échantillon biologique. C'est également un objet de l'invention de fournir une trousse pour la détection et/ou le dosage d'acide nucléique selon l'invention, dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : (i) une sonde selon l'invention, (ü) les réactifs nécessaires à la mise en oeuvre d'une réaction d'hybridation, et/ou le cas êchêant, (iii) un couple d'amorces selon l'invention, ainsi que 5 les réactifs nécessaires â une réaction d'amplification de l'ADN.
De prëférence, l'échantillon biologique selon l'invention dans lequel sont réalisés la détection et le dosage est constitué par un fluide corporel, par exemple un sêrum humain ou animal, du sang, ou par des biopsies.
Font également partie de l'invention, les méthodes de détermination 10 d'une variabilité allélique, d'une mutation, d'une délétion, d'une perte d'hétérozygotie ou de toute anomalie gënétique du gène codant le polypeptide selon l'invention, caractêrisëes en ce qu'elles mettent en oeuvre une séquence d'acide nucléique, un polypeptide ou un anticorps selon l'invention.
15 On peut détecter ces mutations directement par analyse de l'acide nucléique et des sëquences selon l'invention (ARN, ou ADNc), mais également par l'intermédiaire des polypeptides selon l'invention. En particulier, l'utilisation d'un anticorps selon l'invention qui reconnaît un épitope portant une mutation permet de discriminer entre une protéine 20 « saine » et une protéine « associée à une pathologie ».
Cette méthode de diagnostic et/ou d'évaluation pronostique peut étre utilisée de façon préventive, ou afin de servir à l'établissement et/ou la confirmation d'un état clinique chez un patient. L'analyse peut être effectuêe par séquençage de tout ou d'une partie du gène (i.e. les exons), ou 25 par d'autres méthodes connues de l'homme du métier. On peut en particulier utiliser des méthodes basées sur la PCR, par exemple la PCR-SSCP qui permet de détecter des mutations ponctuelles. On peut également effectuer l'analyse par fixation d'une sonde selon l'invention sur une puce à
ADN contenant au moins un polynucléotide selon l'invention et l'hybridation sur ces microplaques. Une puce à ADN contenant une séquence selon l'invention est également un des objets de l'invention.

De même, une puce à protéines contenant une séquence d'acides aminés selon l'invention est aussi un objet de l'invention. Une telle puce à
protêines permet l'étude des interactions entre les polypeptides selon l'invention et d'autres protéines ou des composés chimiques, et peut ainsi être utile pour le criblage de composés interagissant avec les polypeptides selon l'invention. On peut également utiliser les puces à protéines selon l'invention pour détecter la présence d'anticorps dirigés contre les polypetides selon l'invention dans le sérum de patients. On peut aussi mettre en oeuvre une puce à protéines contenant un anticorps selon l'invention.
Des substances peuvent également être testées et identifiées pour leur aptitude à moduler les activités enzymatiques du polypeptide de l'invention.
On entend désigner par "une substance qui module une activité
enzymatique", une substance qui change (activité enzymatique par rapport à l'activité enzymatique mesuréé en absence de la substance à tester. Par exemple une telle substance peut inhiber partiellement ou totalement (activité hélicase à ARN ; une telle activité peut être mesurée par des méthodes connues par l'homme de l'art. Par exemple des oligonucléotides synthétiques peuvent être immobilisés sur une matrice et hybridé avec un oligoribonuclêotide complémentaire marqué. Les oligoribonuclêotides hybridés sont ensuite mis en oeuvre avec un polypeptide de l'invention, qui relargue une certaine quantité mesurable de l'oligoribonucléotide marqué, non attachê à la matrice, compte tenu de son activité hélicase à ARN. Les effets de la présence ou de l'absence de modulateurs potentiels de l'hélicase à ARN RH 116 de l'invention ou l'un de ses fragments peuvent ainsi être testés. Une autre alternative consiste à utiliser le protocole décrit par Jaramillo et al. (1991) ; cette méthode consiste à mélanger un substrat ARN
duplexe marqué au 32P, avec le polypeptide de l'invention dans une solution tamponnée ; la réaction est arrêtée par addition d'un mélange de glycérol/SDS/EDTA/bleu de bromophénol ; le mélange est ensuite préparé
sur un gel SDS-PAGE (8%) selon les conditions standards. L'activité
hélicase à ARN est estimée par le rapport entre la quantité d'ARN monomère sur la quantité d'ARN duplexe. D'autres protocoles sont également disponibles (Rozen et al.( 1990) ; Pause et al. ( 1992) ; Lain et al. ( 1993), Lee et Hurwitz (1993)). Ces essais peuvent être réalisés dans des microplaques afin de tester simultanément de larges quantités de modulateurs, d'inhibiteurs du polypeptide selon l'invention.
De telles substances peuvent être au préalable développées et sélectionnées par modelage moléculaire afin d'identifier des substances susceptibles de réagir avec un polypeptide de l'invention. Il est possible d'identifier une substance qui affecte l'aptitude de la protéine de l'invention à lier avec fATP ou d'autres substrats, tels que TARN, fADN ou les complexes ARN/protéines. Les substrats qui interfèrent avec un site de liaison au substrat de la protéine de l'invention ou avec un site qui affecte de tels épitopes fonctionnels peuvent être identifiés par des méthodes connues de l'homme de l'art (pour revue, voir Fruehleis et a1.(1987) ; Perun et al. ( 1989) ; Van de Waterbeemd ( 1994), Blundell ( 1996).
L'invention concerne donc une procédé de criblage d'un composé
susceptible d'affecter le taux d'expression cellulaire et/ou l'activitê
hélicase à ARN d'un polypeptide RH 116 selon l'invention et qui comporte les étapes suivantes de (i) mise en contact d'une cellule choisie parmi la cellule hôte de l'invention et une cellule eucaryote, de préférence humaine, exprimant ou contenant le polypeptide selon l'invention, et d'un ou plusieurs composés ou ligands potentiels susceptibles de pénétrer ou d'être introduits dans ladite cellule, et de (ü) détection et/ou mesure du taux d'expression cellulaire et/ou de l'activité hélicase à ARN. Le gène codant pour le polypeptide selon l'invention qui est présent dans la cellule hôte ou dans une cellule eucaryote, de préférence humaine, correspond au moins à une séquence polynucléotidique codant pour le polypeptide de l'invention de préférence sous la forme d'ADN génomique ou d'ADNc, lié de manière opérationnelle à la séquence promotrice du gène du RH 116 humaine ou du gène homologue d'une espèce animale telle la souris. Les composés criblés par un tel procêdê et susceptibles d'affecter le taux d'expression de l'hélicase à ARN RH 116 sont de préfêrence des composés susceptibles d'interagir avec les séquences polynucléotidiques régulatrices (promoteur, séquence amont, « enhancer », « silencer », « insulator », etc..,) du gène codant naturellement pour le polypeptide selon l'invention ou les composés susceptibles d'interagir avec des facteurs de transcription (facteurs de transcription généraux ou facteurs tissu-spécifiques) impliqués dans la régulation de la transcription du gêne codant pour le polypeptide selon l'invention, pour former un complexe susceptible d'affecter la transcription du gène codant le polypeptide RH 116 de l'invention, c'est-à-dire d'augmenter, de diminuer, de moduler ou d'annuler la transcription dudit l0 gène. Les techniques de détection et/ou de mesure de l'activité
transcriptionnelle sont connues de l'homme du métier. Il convient notamment de citer les technologies de Northern Blotting et de RT-PCR qui peuvent être mises en oeuvre avec les polynucléotides de l'invention utilisés comme respectivement comme sonde ou comme amorce.
L'invention concerne également un procédê de criblage d'un composé susceptible d'affecter l'activité hêlicase à ARN d'un polypeptide selon l'invention et qui comporte les étapes suivantes de (i) mise en contact dudit polypeptide et d'un ou plusieurs composè(s) ou ligands potentiels) en présence de réactifs nécessaires à 1a mise en oeuvre de l'activité hélicase à
ARN, et de (ü) détection et/ou mesure de l'activité hélicase à ARN.
Selon un mode préféré de réalisation, les procêdés de criblage de composés prêcédemment décrits se caractérisent en ce que ledit composé
criblê diminue ou annihilé le taux d'expression et/ou l'activité hélicase à
ARN du polypeptide RH 116 de l'invention. Le composé susceptible d'être obtenu par les procédés précédemment décrits et qui diminue le taux d'expression et/ ou l'activité hélicase à ARN du polypeptide RH 116 de l'invention est un antagoniste de la RH 116 et constitue également un des objets de l'invention ; ce composé se caractérise en ce qu'il est choisi parmi un polynucléotide selon l'invention utilisé en tant que séquence d'acide nucléique antisens, un vecteur d'expression antisens selon l'invention, un anticorps selon l'invention, les muramylpeptides, de préférence le Murabutide, ou parmi tout autre antagoniste du polypeptide selon l'invention.
En effet, le blocage partiel ou total de l'activité biologique du polypeptide RH 1 I6 de (invention et de ses fragments constitue un moyen d'inhiber ou d'anihiler 1a réplication virale. En effet, l'ARN génomique non épissé et fARNm incomplêtement épissé des rétrovirus tels le VIH
nécessitent d'étre exportês dans le cytoplasme pour l'empaquetage et/ou la traduction, Un tel processus est médié soit par un élément de transport agissant en CIS pour les rétrovirus simples (CIS-acting constitutive transport element ou CTE), soit par la protéine virale Rev agissant en TRAMS avec des éléments de réponse (Rev Responsive element pour RRE) pour les rétrovirus complexes tels le VIH. L'hëlicase à ARN RH 1 I6 selon l'invention est susceptible de constituer un cofacteur pour le CTE et jouer également un rôle dans l'expression de gène médié par le RRE et ainsi de jouer un rôle dans la réplication du VIH.
La présente invention se propose donc de fournir des composés susceptibles de bloquer partiellement ou totalement l'activité hélicase à ARN
du polypeptide de l'invention pour diminuer ou annihiler la réplication de virus. Parmi ceux-ci il convient de citer un polynucléotide selon l'invention utilisé en tant que sëquence d'acide nucléique antisens, un vecteur d'expression antisens selon l'invention, un anticorps selon l'invention, les muramylpeptides, de préférence le Murabutide, ou tout autre antagoniste du polypeptide selon l'invention. De préférence, les muramylpeptides et le Murabutide constituent des antagonistes de Ia RH I 16 dans les cellules de patients VIH+.
La présente invention ne se limite pas au seul virus VIH mais à
(ensemble des virus faisant intervenir directement ou indirectement une hélicase à ARN dans sa réplication. Par virus, on entend désigner les virus à
ADN ou à ARN, monocaténaires ou bicaténaires, enveloppés ou non-enveloppés. De préférence, les virus appartiennent à la famille des rétroviridae, des orthomyxoviridae, des rhabdoviridae, des bunyaviridae, des adênoviridae, des hépadnaviridae, des herpesviridae, des poxviridae. De prêférence, les hepadnavirus sont les virus de l'hépatite B et de l'hépatite C.
L'activitê biologique du polypeptide de l'invention n'est pas restreinte au seul contrôle post-transcriptionnelle des ARN viraux, mais participe 5 également au contrôle transcriptionnel des ARN en général. Ainsi, le polypeptide de l'invention constitue-t-il une cible thérapeutique d'intérêt pour des composês susceptibles d'altérer l'activité hélicase à ARN
intervenant dans d'autres processus biologiques normaux ou pathologiques.
10 L'hélicase â ARN constitue une cible de choix pour des composés destinés au traitement du cancer. En effet, différents articles de la littérature scientifique traitent de (implication des hêlicases à ARN dans la tumorigénëse. Ainsi une surexpression de la protéine DEAD-box 1 (DDX Z ) est susceptible de jouer un rôle dans la progression des tumeurs telles que 15 le neuroblastome (Nb) et le rétinoblastome (Godbout et al. 1998) en altérant la structure secondaire normale et le taux d'expression des ARN des cellules cancéreuses. D'autres hêlicases à ARN ont été impliquées directement ou indirectement dans la tumorigénèse. Ainsi la protéine murine p68 est mutée dans les tumeurs induites par la lumière ultra-violette ; le gène de l'hélicase 20 à ARN DDX6 est situé au niveau du point de cassure chromosomique associê avec le lymphome des cellules B. De la même manière, une protéine chimérique comprenant DDX10 et la nuclëoporine NUP98 semble être impliquée dans la pathogénése de certaines maladies myéloïdes. Les composés susceptibles de diminuer ou d'annuler l'activité hélicase à ARN de 25 RH 116 constituent donc des composés d'intérêt destinês au traitement préventif ou curatif du cancer. Parmi les cancers susceptibles d'être traités par les composés antagonistes de la RH 116, il convient de citer de maniêre non les cancers tels que fadënocarcinome, la leucémie, le lymphome, le mélanome, le myélome, le sarcome, le gliome, le tératocarcinome et plus 30 particulièrement les cancers de la glande adrénale, de la vessie, des os, de la moelle, du sein, du tractus gastro-intestinal, du foie, du poumon, du pancrêas, de l'ovaire, de l'utérus, des testicules, de la prostate et de la gorge.
De même les composés susceptibles de diminuer ou d'annuler l'activité
hélicase à ARN de RH 116 constituent donc des composés d'intérêt destinés au traitement préventif ou curatif d'autres pathologies telles que Ie rhumatisme, les maladies héréditaires, l'arthrite, l'arthérosclérose, (ostéoporose, les maladies infectieuses aigües et chroniques, les maladies auto-immunes, les diabètes, ainsi que les problêmes liés à la rejet des organes lors de la transplantation. Plus particulièrement, l'invention concerne les maladies immunes et auto-immunes dont fait également partie le SIDA (Syndrome d'immunodêficience acquise).
Les inhibiteurs, antagonistes et autres composés susceptibles de diminuer ou d'annuler l'activité hélicase à ARN de RH 116 constituent des composés d'intérêt pour le traitement préventif ou curatif de maladies auto-immunes. En effet, il a été récemment rapporté par Takeda et al. ( 1999) que l~élicase à ARN A agit comme un auto-antigène chez les patients atteints de lupus systémique érythémateux. Ainsi, le polynucléotide selon l'invention utilisé en tant que séquence d'acide nucléique antisens, le vecteur d'expression antisens selon l'invention, l'anticorps selon l'invention, les muramylpeptides, et de préférence le Murabutide, ou tout autre antagoniste du polypeptide RH 116 selon l'invention, peuvent être utilisés pour le traitement des maladies auto-immunes. Parmi les maladies auto-immunes, il convient de citer plus particulièrement, l'uvéite, la maladie de Bechet, la sarcoïdose, le syndrome de Sjôgren, la polyarthrite rhumatoïde, la polyarthrite juvénile, le syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter, la goutte, l'ostéoarthrose, le Iupus érythémateux systémique, le Iupus érythémateux aigu disséminé, Ia polymyosite, la myocardite, Ia cirrhose biliaire primitive, la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, la sclérose en plaques et autres maladies démyélinisantes, l'anémie aplasique, le purpura thrombocytopénique, le myêlome multiple et le lymphome à lymphocytes B, le panhypopituitarisme de Simmonds, la maladie de Basedow-Graves et l'ophtalmopathie de Graves, la thyroïdite subaiguë et la maladie de Hashimoto, la maladie d'Addison, le diabète sucré insulino-dêpendant (type 1), la maladie d'Addison, le syndrome de détresse respiratoire de (adulte, les allergies, (anémie, l'asthme, l'anémie hémolytique auto-immune, la bronchite, la dermatite atopique, l'emphysémie, la lymphopénie épisodique.
Selon un autre mode de réalisation de l'invention, le procédé de criblage de composé de l'invention se caractérise en ce que ledit composé
criblé augmente le taux d'expression et/ou l'activité hélicase à ARN du polypeptide RH 116 de l'invention. Le composê ainsi criblé, également objet de l'invention, constitue un agoniste du polypeptide selon l'invention. Parmi les composés agonistes susceptibles d'être obtenu par le procédé de l'invention, il convient de citer les muramylpeptides, et de préfêrence le Murabutide ; en effet, les inventeurs ont démontré expérimentalement que ce dernier composé, le Murabutide, augmente le taux d'expression de RH 116 dans les cellules de donneurs sains, se comportant ainsi comme un agoniste du polypeptide de l'invention.
Selon un autré mode de réalisation, l'invention porte sur un procédé de criblage de composés susceptibles d'affecter l'activité
fonctionnelle d'un polypeptide selon l'invention. Un tel procédé comporte les étapes de (i) mise en contact dudit polypeptide et d'un ou plusieurs ligands) potentiels) en présence de réactifs nécessaires à la mise en oeuvre d'une réaction choisie parmi Ia réaction d'épissage de l'ARN nucléaire et/ou mitochondrial, de réaction d'édition de l'ARN, de réaction de maturation de l'ARNr, de réaction d'initiation de Ia traduction, de la réaction d'export des ARNm nucléaire vers le cytoplasme, et la réaction de dégradation des ARNm et de (ü) détection et/ou mesure de ladite réaction. Le composé criblé
susceptible d'être obtenu par le procédé entre également dans la portée de cette invention.
L'invention concerne donc un composé caractérisé en ce qu'il est choisi parmi un anticorps selon l'invention, un polypeptide selon l'invention, un polynucléotide selon l'invention, un oligonucléotide selon l'invention, un vecteur selon l'invention, un vecteur d'expression antisens selon l'invention, une cellule selon l'invention, un composé susceptible d'être obtenu par les différents procédés de criblage selon l'invention à titre de médicament et notamment en tant que principes actifs de mêdicament ; ces composés seront préférentiellement sous forme soluble, associés à un véhicule pharmaceutiquement acceptable. Par véhicule pharmaceutiquement acceptable, on entend dêsigner tout type de véhicule employê
habituellement dans la préparation de compositions injectables, c'est-à-dire un diluant, un agent de suspension tel une solution saline isotonique ou tamponnée. De préférence, ces composés seront administrés par voie systémique, en particulier par voie intraveineuse, par voie intramusculaire, intradermique ou par voie orale. Leurs modes d'administration, posologies et formes galéniques optimaux peuvent être déterminés selon les critères généralement pris en compte dans l'établissement d'un traitement adapté à
un patient comme par exemple l'âge ou le poids corporel du patient, la gravité de son état général, la tolérance au traitement et les effets secondaires constatés, etc.
De préférence, les composés de l'invention à titre de médicament sont destinës à la prévention et/ou au traitement de pathologies sêlectionnées dans le groupe composé du cancer, des maladies infectieuses aiguës ou chroniques telles les infections par le VIH ou le virus de l'hépatite B ou C, des maladies génétiques héréditaires, des maladies immunes et auto-immunes, du rhumatisme, de l'arthrite, de l'arthérosclérose, de l'ostéoporose, des diabètes et à la prévention des rejets de greffes d'organe.
Parmi les composés à titre de mêdicament de l'invention, les composés antagonistes du polypeptide RH 116 sont particulièrement préféré
pour la préparation d'un médicament destiné au traitement de pathologies virales tel que le syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA) ou l'hépatite.
C'est également un des objets de la présente invention de fournir une composition pharmaceutique pour le traitement préventif et curatif de pathologies virales et notamment du SIDA ou de l'hépatite caractérisée en ce qu'elle contient une quantité thérapeutiquement efficace d'un composé antagoniste d'un polypeptide RH 1 I6 et d'un véhicule pharmaceutiquement acceptable. Plus particulièrement l'invention vise également à fournir un produit comprenant au moins un composê
antagoniste de la RH 116 et au moins un autre agent antiviral comme produit de combinaison pour une utilisation simultanêe, séparêe ou étalée dans le temps en thérapie anti-virale, de préférence anti-VIH. Cet autre agent antiviral est de préférence choisi parmi (i) les inhibiteurs nuclêotidiques ou non-nucléotidiques de la reverse transcriptase tel que par exemple le 3'-azido-3'déoxythymidine (AZT), le 2',3'-didéoxyinosine (ddI), le 2',3'-didéoxycytidine (ddC), Ie (-)2',3'-didéoxy-3'-théacytidine (3TC), Ie 2',3'-didéhydro-2',3'didêoxythymidine (d4T), le (-)2'-déoxy-5-fluoro-3'-théacytidine (FTC), le TIBO, le HEPT, le TSAO, l'a-APA, la nêvirapine, le BAHP, l'acide phosphonoformique (PFA) et (ü) les inhibiteurs de la protéase virale tels l'indinavir et le saquinavir.
Selon un autre mode de réalisation, il est également dans l'étendue de l'invention de fournir une méthode de traitement thérapeutique ou prophylactique de maladie associée à une augmentation de (expression ou de l'activitë du polypeptide RH 116 selon l'invention. Cette méthode comprend d'administrer à un patient qui nêcessite un tel traitement, une quantité thérapeutiquement efficace d'un antagoniste du polypeptide de l'invention.
L'invention porte également sur l'utilisation d'un polypeptide selon l'invention, d'un polynucléotide selon l'invention, d'un composé agoniste d'un polypeptide RH 116 selon l'invention pour la préparation d'un médicament destinë au traitement prophylactique de pathologies. En effet, les vaccins en général induisent une immunité à une infection ou à une maladie en gënérant une réponse immune chez un patient contre un antigène spécifique associé avec l'infection ou avec la maladie. Cependant, dans beaucoup de cas, les antigènes purifiés sont de faibles immunogènes.
Dans de tels cas, des agents immunomodulateurs tels un adjuvant ou un immunostimulant doivent âtre employés pour augmenter la réponse immune. Cependant, l'un des désavantages de nombreux adjuvants employés à l'heure actuelle est leur toxicité. Il existe donc un réel besoin d'identifier de nouveaux composés qui permettent d'augmenter les réponses immunes spécifiques ; c'est ce que se propose de faire la présente invention.
En effet, les polypeptides et les polynucléotides de l'invention et les composés agonistes d'un polypeptide RH 116 selon l'invention peuvent étre 5 utilisés pour la préparation d'un médicament destiné à provoquer ou à
augmenter Ia réponse immune à un vaccin chez un patient.
D'autres caractéristiques et avantages de l'invention apparaissent dans la suite de la description avec les exemples représentés ci-après. Dans ces 10 exemples on se référera aux figures suivantes.
FIGURE 1 : Stratégie utilisée pour l'obtention de l'extrémité
3' de l'ADNc codant pour le RH 116.
Le court fragment supêrieur est le fragment initial de 164 pb obtenu 15 par le DD-RT PCR et correspond à la région 3' de l'ADNc codant pour le polypeptide RH 116 de l'invention. Ce fragment plus long de 1260 pb a été
obtenu après un 3' RACE (trait inférieur).
FIGURE 2 : Stratégie d'obtention de la région 5' de l'ADNc codant 20 pour le RH 116. (A) La partie de l'extrémité 5' a été obtenue après deux réactions de PCR (5'RACE) pour Rapid Amplification of eDNA Ends, i.e.
amplification rapide des extrémités des ADNc, les fragments obtenus sont symbolisés en (....) (R3) et en (----) (R8). Cette stratégie a donc permis aux inventeurs d'obtenir un cadre de lecture ouvert (ORF open reading frame) 25 de 853 acides aminés. Les oligonucléotides HELI let HELI 2 qui serviront d'amorces pour les RT-PCR, sont indiqués. (B) La partie 5' terminale de fADNe correspondant au polypeptide RH 116 a été obtenue après une réaction de PCR à partir de l'amorce R16 (5'RACE). Le fragment obtenu de 964pb est symbolisé en pointillé (- - - - - - ) .
FIGURE 3 : Séquence eu amin,o-acides de l'hélicase à ARN putative humaine RH 116 et comparaison avec l'hélicase ARN putative (RIG-1). (A) Représentation schématique des rêgions en amino-acides hautement conservées caractéristiques des ARN hêlicases ATP dépendantes putatives df la famille des protéines ~~ DEAD-BOX ». Le motif conservé est encadrê (le « x indique n'importe quel amino-acide), un motif SAT, -A- est l'amino-acide hautement conservé, S et T peuvent être remplacês par n'importe quel acidf aminë dans n'importe cas individuel (Luking et al., 1998). Dans le motif VI
(X) 1-2 indique n'importe lequel des 2 acides aminês. (B) Séquence en amino-acides de la protéine RH 116 déduite à partir de la séquence d'ADNc (N' d'accession EMBL AY017378). 6 motifs conservés caractéristiques de 1G
famille des protéines « DEAD-BOX » sont indiquês par des lettres en gras. (Cj Alignement de séquence du cadre de lecture ouvert de 1025 aa (clone 10.5J
(séquence supérieure) avec une hélicase à ARN humaine (RIG-1) décrite par SUN Y.W. (Numêro d'accès AF 038963) (séquence inférieure). Les homologie de séquences sont présentêes dans la ligne intermédiaire aux deux séquences.
Les séquences encadrées correspondent aux domaines conservés des hélicases à ARN ; les domaines G-GKT et DEXH correspondent aux domaines ATPase et les domaines SAT (-A-) et RGR-R (GR--R), spécifiques des hélicases à ARN, sont responsables de la liaison et du déroulement de TARN cible.
FIGURE 4: Analyse en Northern-blot de l'expression de l'ARN
messager RH 116 dans de multiples tissus humains (CLONTECH).
L'ARN polyA+ obtenu à partir de cerveau (1), de coeur (2), de muscle squelettique (3), de côlon (4), de thymus (5), de rate (6), de rein (7), de foie (8), d'intestin grêle (9), de placenta ( 10), de poumon ( 11), de leucocytes du sang périphérique ( 12) ont été hybridés avec une sonde oligonucléotidique dérivée de l'ARN messager de RH 116 et marquêe à son extrémité au phosphore 32P (partie supérieure de la figure). Des quantités équivalentes d'ARN polyA+ sont également hybridées avec une sonde ~-actine utilisée comme contrôle (partie inférieure de la figure). A la fois dans le coeur et dans le muscle squelettique, il existe deux formes d'ARN messager ~i-actine, une forme de 2 kb et une forme de 1,6-1,8 kb. Cette différence de taille n'est pas due à une dégradation de l'ARN messager mais à l'hybridation de la sonde avec soit la forme a soit la forme y de l'actine (voir les instructions du fabricant CLONTECH).
FIGURE 5 : Inhibition. de l'expression. de l'ARN messager RH 116 induite par le murabutide dans des PBMC infectés de manière endogène et déplétés en CDB. Les PBMC activés par la PHA et déplétés en CD8 sont maintenus en culture, en absence (medium) ou en présence de murabutide à 10 ~g/ml pendant 6 ou 24 heures. (Aj Des échantillons d'ARN
(20, 100 et 500 ng) sont sujets à une amplification par RT PCR avec une paire d'amorces spêcifiques pour détecter l'ARN messager RH 116. L'ARN
messager GAPDH (contrôle interne) exprimé de manière constitutive est également amplifié dans les mêmes êchantillons. (B) Le pourcentage d'inhibition moyen de l'expression de l'ARN messager de RH 116 est observé
dans des échantillons de 5 patients infectés par le VIH-1.
FIGURE 6 : Immuno-précipitation de la protéine RH 116 à partir d'extraits cellulaires marquës â l'iode lzsl obtenues à partir de cellules U93?. (A) Extraits cellulaires totaux ( 1, 2) ou extraits nucléaires (3, 4) sont marqués et immuno-précipités en utilisant 20 ~ug d'immunoglobulines purifiées à partir de sérum normal (1, 3) ou de sérum murin obtenu contre la protéine RH 1161-sas (2,4). Les échantillons sont chargés sur un gel SDS-PAGE à 8%. (B) La qualité du fractionnement cellulaire est vérifiée par une analyse en Western-Blot en utilisant un anticorps dirigé contre la protéine de 58 kDa de l'appareil de Golgi (protêine cytoplasmique) et un anticorps anti-histone 1 (protéine nucléaire) dans des extraits totaux (1) et/ou des extraits nucléaires (2).
FIGURE 7 : L'immuno-localisation de la protéine RH 116 dans les cellules HeLa-CD4+. Les cellules Hela-CD4+ fixées au méthanol sont incubées avec du sérum murin normal (Aj, des anticorps monoclonaux anti-histone H 1 (Santa Cruz) (B) ou un anti-sérum murin dirigé contre la protéine RH 1161-sss (C), et sont colorées avec des anticorps IgG anti-souris de chèvre conjugués au FITC et/ou avec l'iodure de propidium. L'immuno fluorescence montre une coloration au FITC verte ( 1), une contre-coloration nucléaire rouge correspondant à l'iodure de propidium (2) et la double coloration (3).
FIGURE 8 : Expression, de l'antigène viral P24 par des cellules HeLa CD4+ transfectêes et infectées par le virus VIH-1~. Les cellules HeLa CD4+ sont transfectées de manière transitoire, d'une part avec le plasmide pEGFP (GFP) ou avec le plasmide pEGFP dans lequel sont respectivement clonés les ADNc de RH 116 ou de SSA (GFP-RH 116 et GFP-SSA respectivement) et, d'autre part, avec le plasmide pCR3 ou le plasmide pCR3 dans lequel est clonê Tat (pCR3-Tat) ; les cellules sont infectées 24 heures après par le virus VIH-1LAI. A partir du 2ème jour après l'infection des cellules, Ies milieux de culture sont collectés quotidiennement jusqu'au Sème jour.
La rëplication virale est évaluée par le relargage de l'antigène P24 par les cellules (concentration cellulaire normalisée à 5 x 105 cellules/ml) dans les surnageants des cultures de cellules transfectées avec la GFP, GFP-RH
116 ou GFP-SSA (A) et de cellules transfectées avec pCR3 ou pCR3-Tat (B).
(C) Augmentation de l'antigène P24 dans les cellules infectées et transfectées par GFP-RH 116, GFP-SSA ou Tat comparées avec les contrôles correspondants respectifs (GFP ou pCR3 respectivement). Les résultats correspondent aux valeurs moyennes plus ou moins l'écart type des valeurs obtenues pour 5 (GFP-RH 116 et GFP-SSA) et pour 3 expériences indépendantes (pCR3-Tat).
FIGURE 9: RT PCR servi-quar~titative représentative de l'expression de l'ADN viral et de l'ARN messager dans des cellules HeLa-CD4+ transfectées et infectées par 1e virus VIH-1~. Les échantillons d'ARN (500, 100, 20 et 4 ng) sont sujets à des amplifications RT PCR avec des amorces spécifiques pour détecter une surexpression des ARNm codant pour la protéine RH 116, SSA-56 ou TAT (A). Les échantillons d'ARN sont soumis à des amplifications de RT PCR pour dêtecter I'ARNrn viral (Bj avec une paire d'amorces GAG04-GAG06 pour dêtecter les ARNm non épissés GAG ou POL et avec une paire d'amorces BSS/KPNA pour détecter des transcrits viraux de taille intermédiaire ou simplement épissés.
Ces ARN messagers sont nommés sur la base des exons qu'ils contiennent et des protéines qu'ils produisent (Neuman, 1994). /Cj L'ADN total est extrait 24 heures après l'infection et des concentrations variables ( 150, 30,

6 et 1,2 ng) sont utilisées comme matrice pour une amplification par PCR
au moyen d'une paire d'amorces GAG04-GAG06 afin de détecter le gène GAG du VIH-1. L'équivalent cellulaire est déterminé par amplification des gènes (3-actine ou GAPDH.
FIGURE 10 : Détection, d'auto-anticorps dirigês contre la protêine RH 116 dans des patients contrôle sains et des patients infectés par 1e VIH avant et après traitement anti-rëtroviral. Les baxres horizontales reflètent les valeurs moyennes arithmêtiques.

EXEMPLES

1. Cellules et con.dition.s de culture 5 Les cellules HeLa-CD4+ (fournies par le Docteur HUBER, LABORATOIRE DE VIROLOGIE, Lille, France) et Ies cellules U937 sont cultivées respectivement dans du milieu DMEM ou dans du milieu RPMI
1640 complémenté avec 10% de sérum de veau foetal inactivé par la chaleur (LIFE-TECHNOLOGIES-INVITROGEN, Cergy-Pontoise, France), 2 mM L-10 glutamine (LIFE-TECHNOLOGIES-INVITROGEN, Cergy-Pontoise, France) et 1% de gentamycine (SHERING-PLOUGH, Levallois-Perret, France).
2. Préparation. des cellules mononucléaires humaines du sang périphériques (PBMC) 15 Le sang veineux est collecté â partir de patients séropositifs au VIH-1 et des cellules mononucléaires du sang périphérique (PBMC) sont isolêes par centrifugation sur Ficoll-Hypaque (AMERSHAM PHARMACIA BIOTECH, Uppsala, Suède). Les cellules sont lavées avec soin pour éliminer les plaquettes et sont déplétées en cellules CD8+ en utilisant des billes 20 électromagnétiques couvertes d'un anticorps anti-CD8 (DYNAL, Oslo, Norvège). Les PBMC déplétés obtenus par la mise en oeuvre du protocole du fabricant contiennent moins de 3% de cellules CD8+ après analyse par cytomêtrie de flux. Les cellules sont ensuite cultivées dans du RPMI 1640 supplémenté avec 10% de sêrum AB inactivé par la chaleur 25 (ETABLISSEMENT DE TRANSFUSION SANGUINE, Lille, France) puis stimulées avec de la phytohémaglutinine (PHA) (5 ~ug/ml pendant 3 jours).
Les PBMC sont ensuite cultivés puis récupérés en présence ou en absence de murabutide (N-acétyl-muramyl-L-alanyl-D-glutamine-n.-butyl ester) (fournis par ISTAC SA, Lille, France) ( 10 ~g/ ml) et d'interleukine 2 (IL-2) ( 10 30 ~g/ml) pendant 6 ou 24 heures.
3. Expérience de « differential display-RT-PCR » (DD-RT-PCR) La DD-RT-PCR a été réalisée sur des extraits d'ARN totaux de PBMC
activés par la PHA et déplétés en CD8 obtenus de patients VIH-1, tels que précédemment décrits {Liang et Pardee, 1992 avec certaines modifications).
Brièvement, 1 mg d'ARN total est incubé à 75°C pendant 10 minutes en présence de 2 mM d'amorces oligo (dT), T12BA (B étant un mélange de G, T, C), T12VT {V étant un mélange de A, G, C), T12HG (H étant un mélange de A, C, T), T12DC {D étant un mélange de A, G, T) et d'eau dépourvue de ribonucléase, dans un volume final de 11 ~.1. L'ADN complémentaire (ADNc) est ensuite synthétisé à l'aide de la reverse-transcriptase RNAse H
Superscript (LIFE-TECHNOLOGIES-INVITROGEN, Cergy-Pontoise, France) dans 25 ~.1 contenant 10 mM de dithiotréithol, 20 ~m de dNTP pendant une heure à 37°C avant une dénaturation de 10 min à 95°C. L'ADNc synthétisé
est ensuite amplifié avec une unité de polymérase Ampli Taq Gold (APPLIED
BIOSYSTEMS, Foster City, CA, Etats-Unis), 2,5 mM de MgCl2, 2 ~M de dNTP, 2 ~Ci de s3P-dATP (AMERSHAM PHARMACIA BIOTECH) en utilisant des amorces spécifiques en aval et des amorces aléatoires en amont : APO:
TAT CGA CTC CAA G (SEQ ID N° 27); APl: TTA GCT AGC ATG G (SEQ ID
N° 28); AP2: TGC TAA GAC TAG C (SEQ ID N° 29); AP3: TTG CAG
TGT
GTG A {SEQ ID N° 30); AP4: TGT GAC CAT TGC A (SEQ ID N°
31); APS:
TGT CTG CTA GGT A {SEQ ID N° 32); AP6 : TGC ATG GTA GTC T (SEQ ID
N° 33); AP7: TGT GTT GCA CCA T {SEQ ID N° 34); APB: TAG ACG
CTA GTG
T (SEQ ID N° 35); AP9: TTA GCT AGC AGA C (SEQ ID N° 36);
AP10: TCA
TGA TGC TAC C (SEQ ID N° 37); AP 11: TAC TCC ATG ACT C (SEQ ID
N°
38); AP12: TAT TAC AAC GAG G {SEQ ID N° 39); AP13: TAT TGG ATT GGT
C (SEQ ID N° 40); AP14: TAT CTT TCT ACC C (SEQ ID N° 41);
AP15: TAT
TTT TGG CTC C (SEQ ID N° 42); AP16: TTA TCT ATA CAG G (SEQ ID
N°
43); AP17: TTA TGG TAA AGG G (SEQ ID N° 44); AP18: TTA TCG GTC ATA
G (SEQ ID N° 45); AP19: TTA GGT ACT AAG G (SEQ ID N° 46).
Les paramêtres de l'amplification sont 1 min à 94°C, 1 min â 40°C, 1 min à
72°C, suivies par une étape d'extension finale de 5 min à 72°C.
Les produits PCR sont ensuite séparés par électrophorèse sur un gel à 6%

polyacrylamide-8 M urée. Après séchage, le gel est ensuite exposé sur un film Hyperfilm-HP. Des bandes ADNc exprimées de manière différente sont excisées du gel, éluêes dans 100 ~l d'eau stérile, précipitées puis resuspendues dans 10 ~l d'eau stérile. Les fragments d'ADNc sont ensuite réamplifiés en utilisant le méme couple d'amorces dêcrit précédemment et subséquemment clonés dans le vecteur de clonage TOPO TA PCR II
(INVITROGEN, Groningen, Pays-Bas).
4. Séquen,çage de l'ADN
Les ADNc clonés sont utilisés comme matrice pour le sêquençage en utilisant le kit de séquençage « PRISM Ready Reaction Dye Deoxy Terminator » de APPLIED BIOSYSTEMS. Les échantillons sont soumis â
électrophorèse sur un séquenceur d'ADN ABI 377 ; il sont lus automatiquement puis enregistrês en utilisant le logiciel ABI Prism, version 2.2.1, de APPLIED BIOSYSTEMS. Des recherches d'homologie dans des banques de données de nucléotides ont été réalisées en utilisant le programme Basic Local Alignment Search Tool (BLAST).
5. RT PCR servi-quax~titative pour la détection. de l'expression de gènes L'ARN cellulaire total extrait en utilisant le kit RNA plus (Q-BIOgene, Illkirch, France) est prêtraité avec de la DNAseI. La synthëse du premier brin sur l'ARN polyA+ a été amorcée avec une amorce p(dT) 1s (BOERHINGER MANNHEIM, ROCHE DIAGNOSTICS, France) et réalisée par la reverse-transcriptase dérivée du virus de la leucémie murine de Moloney (M-MLV) (PROMEGA, Madison, CA, USA) ( 1 heure à 37°C, 3 min à
92°C).
L'ADNc résultant est ensuite soumis à 25 â 35 cycles répétés d'amplification avec l'ADN polymérase AmpliTaq Gold (APPLIED
BIOSYSTEMS). L'amplification PCR des séquences GAPDH est réalisée pour obtenir un contrôle interne. Les amorces oligonucléotidiques spécifiques sont les suivantes : GAPDH [Brin sens : 5'- GCC ATC AAT GAC CCC TTC
ATT GAC-3' (SEQ ID N° 19) ; brin antisens : 5'- TGA CGA ACA TGG
GGG

CAT CAG CAG -3' (SEQ ID N° 20)), RH 116 (Brin sens : 5'- GGA AGT
ACA
ATG AGG GCC TAC AAA-3' (SEQ ID N° 13) ; brin antisens : 5'-TCC TCA
GTC
CTA GTA TAT TGC TCC-3' (SEQ ID N° 14)), SSA-56 [Brin sens : 5'-GAA
AGA GAG GTC GCA GAG GCC TGT-3' (SEQ ID N°47); brin antisens : 5'-TGA
TAA GGC TGA GGA AGG GAA ATG-3' (SEQ ID N°48)), Tat (Brin sens : 5'-CTA GAC CCC TGG AAG CAT CCA-3' (SEQ ID N°49); brin antisens : 5'-TCG
GGC CTG TCG GGT CCC CTC-3' (SEQ ID N°50)).
Tous les produits PCR sont ensuite séparés sur gels d'agarose à 2%
puis visualisés par une coloration au bromure d'éthidium. En utilisant des systèmes d'imagerie (IMAGE MASTER 1D PRIME, AMERSHAM PHARMACIA
BIOTECH), le pourcentage de variation d'expression d'ARN messager a êtê
déduit après normalisation par rapport aux taux des standards internes correspondants, tel que précédemment décrit (Amiel et al., 1999).
6. Clonage de l'ADNc pleine longueur Le clonage de l'ADNc pleine longueur RH 116 a été rëalisé en utilisant le kit d'amplification SMARTTM RACE cDNA (CLONTECH, Palo Alto, CA, USA) sur des échantillons d'ARN polyA+ à partir de PBMC de patient sain déplétês en CDB. De plus, une banque humaine de rate (~, TripIEXTM Library CLONTECH) a été criblée avec des sondes spécifiques marquées au phosphore 32P selon les instructions du fabricant.

7. Analyse par Northern ~lotting L'analyse par Northern Blotting a étê réalisée en utilisant le kit « Multiple Tissue Northern » (MTNTM) (CLONTECH) selon les instructions du fabricant. L'ARN polyA+ a ëté hybridê avec les oligonucléotides 5'-CGT GCT
GAT TCC TCA GTC CTA GTA TAT TGC-3' (SEQ ID N° 26) and 5'-GCA TCT
GCA ATG GCA AAC TTC TTG CAT GGC-3' (SEQ ID N° 18) e dérivés de la séquence ADNc de RH 116 et marqués aux extrémités par du phosphore 32P. Les membranes sont réhybridées avec une sonde ADNc de ~i-actine humaine.

8. Expression de la protéine marquée avec un His-Tag et production d'anticorps polyclonaux de souris Un fragment partiel correspondant au 335 premiers acides aminés de l'ARN messager RH 116 a été amplifié en utilisant des oligonucléotides spécifiques (SEQ ID N°21 et SEQ ID N°22) et a été sous-cloné
dans le vecteur pQE-81 (QIAGEN, Courtaboeuf, France), préalablement coupê avec les enzymes BamHI et Sali. Le plasmide résultant pQE-81-His6-RH 1161-sss est ensuite transformé dans les cellules E. coli TOPlOF'. Les cellules transformées sont ensuite cultivées et induites par 1 mM d'isopropyl-1-thio-(i-D-galactopyranoside pendant 5 heures. La purification en conditions dénaturantes est réalisée en utilisant des billes Ni-NTA selon les recommandations du fabricant (QIAexpressionistTM QIAGENE).
La protéine recombinante partielle RH 1161-sss (50 ~,g), émulsifiée dans un adjuvant complet de Freund (SIGMA, Saint-Louis, MI, USA), est utilisée pour immuniser une souris par injection intrapéritonéale. Après 30 jours, les animaux sont stimulés avec 50 ~.g de la même protéine recombinante émulsifiée avec l'adjuvant incomplet de Freund (SIGMA) et 15 jours plus tard avec 50 ~,g de la mêmé protéine sans adjuvant. Les sera sont collectés 10 jours après la dernière stimulation et sont testés pour le taux d'anticorps anti-RH 116. Les immunoglobulines sont ensuite purifiées â
partir des anti-sera selon la mêthode utilisant l'acide caprylique (Steinbuch et Audran, 1969) et concentrêes par précipitation au sulfate d'ammonium saturê. Avant l'immunisation, les sera sont collectês et utilisés comme contrôle négatif. Les activités d'anti-sera et d'immunoglobuline sont testées par ELISA, tel que décrit ci-dessous.

9. Analyses par immunofluorescence indirecte Pour les analyses par immunofluorescence indirecte, les cellules HeLa-CD4+ sont cultivées sur des lames à chambre (NALGE, Nunc, Rochester, NY, USA? et fixées et perméabilisées avec un mélange méthanol/acétone (2V/ 1V) pendant 10 min à -20°C. Après humidification dans du PBS contenant 1% de sérum albumine bovine (BSA) pendant 30 min, les échantillons sont incubés avec le premier anticorps à température ambiante pendant 45 min dans du PBS contenant 0,5% de BSA. Le sérum de souris normale et l'ami-sérum dirigé contre RH 1161-ss5 est utilisë à une dilution de 1/20ème ; l'anticorps monoclonal IgG2a anti-histone 1 (SANTA
5 CRUZ BIOTECHNOLOGIES, USA) et un anticorps-contrôle qui correspond à
ce type d'isotype sont utilisés à une concentration de 1 / 50ème. Après 3 lavages dans du PBS, les échantillons sont colorés avec un anticorps de chêvre IgG anti-souris conjugué à du FITC (fluorescéine isothiocyanate) (SIGMA). Aprês plusieurs lavages, Ies échantillons sont incubés 3 min dans

10 du PBS contenant 0,5 ~,g/ml d'iodure de propidium puis examinés par microscopie de fluorescence.
10. Fractionr~.emeut sub-cellulaire Le fractionnement sub-cellulaire est préparé tel que décrit dans Li-Ru 15 et al. (1999). Brièvement, pour la préparation des lysats cellulaires totaux, les cellules sont lysées dans un tampon contenant IO mM Tris-HCI pH 7, I, 1 mM EDTA, 1% triton X-100, 1 mM PMSF, 1 mM NasV04, 10 ~M E-64 (Trans-Epoxy-Succinylt-L-Leucylamido-(4-guanidino)-butane), 1 ~,g/ml de pepstatine et 0,1% d'aprotinine. Pour la préparation des fractions 20 nucléaires, les culots cellulaires sont incubés dans un tampon hypotonique (20 mM HEPES pH 7,4, I mM MgCl2, 10 mM KCl, 0,5% Nonidet P40, 0,5 mM dithiotréitol (DTT), 1 mM PMSF, 1 mM Na3V04, 10 ~,M E64, 1 ~g/ml pepstatine, 0,1 % aprotinine à 4°C pendant 30 min. Après centrification, les culots résultant contenant les noyaux sont resuspendus dans un tampon à
25 haute force ionique ( Z mM HEPES, pH7,4, 20% glycérol, 0,4 M NaCl, 1 mM
MgCl2, 10 mM KCl, 0,5 mM DTT, 1 mM PMSF, 1 mM Na.3V0~-, 10 ~.M E64, 1 ~,g/ml pepstatine, 10 ~.g/ml leupeptine, 0,1 % aprotinine. La qualité du fractionnement est contrôlée par Western-blotting en utilisant des anticorps monoclonaux dirigés contre l'histone 1 (SANTA-CRUZ BIOTECHNOLOGY) 30 (protéine nucléaire) et dirigée contre la protéine de Golgi 58K (SIGMA) (protêine cytoplasmique).

11. Aaalpse par Western-blottiug Les lysats cellulaires sont mêlangés avec un tampon de dépôt 2 X SDS
incubês à 100°C pendant 5 min puis séparés par électrophorèse sur un gel polyacrylamide SDS-PAGE à 15% et enfin transfêrés sur une membrane de nitrocellulose (Hybond-C-Amersham). Les membranes sont saturées avec du PBS (phosphate Buffered Saline) contenant 5% de lait non gras pendant Z heure à température ambiante, suivie par une incubation de l'anticorps primaire (dilution 1 / 100ème pour l'anticorps anti-histone 1 ; dilution 1/ 1000ème pour l'anticorps anti-Golgi 58 K) à 4°C pendant la nuit.
Après des lavages avec du PBS 0,1% Tween-20, les membranes sont incubêes avec un second anticorps conjugué à la péroxydase de raifort ( 1 / 1000) (SIGMA) à température ambiante pendant 1 heure. Les bandes transfêrêes sur les membranes sont détectées par incubation avec un rêactif de chemiluminescence augmentêe (ECL) (Amersham) et exposées â un film KODAK XOMAT.

12. Immuo,oprécipitatiou 500 ~g de chaque extrait cellulaire sont radiomarqués avec 500 ~.Ci d'iode 1251, en utilisant la méthode à la chloramine T. 3 x 106 CPM
d'extraits cellulaires sont pré-traités pendant 2 heures avec un sêrum de souris normale et 50 ~.I de protéine G sépharose (PHARMACIA) dans un tampon TNSTEN (50 mM Tris-HCl pH8,2, 0,5 M NaCI, 0,1% SDS, 0,5%
Triton X100, 5 mM EDTA, 0,02 % NaNs, avec 0,1% d'aprotinine). Les immunoprécipitations sont réalisées en ajoutant 20 ~.g d'immunoglobulines purifiêes â partir du sérum anti-RH 1161-sas ou de sérum normal et 50 ~.1 de protéine G sépharose. Après une incubation sur la nuit à 4°C, les billes de sêpharose sont lavées 10 fois avec un tampon TNSTEN et ensuite resuspendues puis bouillies dans un tampon de dêpôt SDS-PAGE 2X
concentré. Les protéines sont sêparées sur un gel SDS PAGE à 8% puis analysêes par autoradiographie.

4?

13. Transfection de l'ADN
Tous les plasmides utilisés sont préparés en utilisant des matériaux dépourvus d'endotoxine (« EndoFreeTM », Giga Kit, QIAGENj. Pour l'expression transitoire dans les cellules HeLa-CD4+, un fragment XhoI-BamHI comprenant l'ADNc RH 116 est sous-cloné dans un vecteur d'expression de mammifère pEGFP-N1 (CLONTECH). La construction chimërique résultante consiste en une protéine RH 116 pleine longueur fusionnée à l'extrémité carboxy-terminale de la protéine de fluorescence verte (GFP). La fusion dans un cadre correct de lecture de l'ADNc est contrôlëe par séquençage. La séquence codante d'une protéine quelconque telle SSA (disponible dans le laboratoire des inventeurs) a été sous-clonêe dans le vecteur pEGFP-N 1 (GFP-SSA) et utilisées comme contrôle. Pour le contrôle positif, les inventeurs ont étudié les effets d'une expression transitoire de Tat cloné dans pCR3 tel que précédemment décrit (Billaut-Mulot et al., 2001) ; le pCR3 natif constitue le contrôle correspondant. La transfection est réalisée en utilisant Effectene (QIAGEN) comme réactif de transfection et utilisé selon 1e protocole du fabricant. Brièvement, Ia veille de la transfection, 2 X 105 cellules sont ensemencées par puits dans des plaques de 12 puits et sont subséquemment transfectées en utilisant 1 ~g d'ADN et 10 ~.l d'Effectene dans des expériences en triplicata. Les cellules sont infectées par le VIH-1LAI 24 heures après la transfection,

14. Infections in vitro La souche de cellules T présentant un tropisme pour le VIH-lLa1 est obtenue à partir du Laboratoire de Virologie Centrale de Lille, France, Pour infecter des cellules transfectées, 5 X 104 CPM d'activité reverse-transcriptase virale (RT) sont ajoutés dans chaque puits. Les cellules sont incubées sur la nuit à 37°C. Les virus sont ensuite retirés et les cellules sont lavées 2 fois et un milieu frais est ajouté. 1 jour après l'infection et pendant les 4 jours suivants, les surnageants sont collectés dans chacun des puits et les cellules sont récupérées et comptées. La rêplication virale est évaluée par la détection de l'ADN et de l'ARN du VIH-1, 24 heures après l'infection ou par la détection de la présence de la protéine p24 dans les surnageants entre 2 jours et 5 jours après l'infection.

15. Détection. de l'ADN et de l'ARN du VIH-1 L'ADN cellulaire total est extrait des cellules infectées par le VIH- I 24 heures après l'infection, puis soumis à 35 cycles d'amplification avec l'ADN
polymêrase « AmpliTaq Gold ». L'amplification PCR des séquences de J3-actine est réalisée avec les oligonucléotides 5'-GGG TCA GAA GGA TTC CTA
TG-3' (SEQ ID N°51) et 5'-GGT CTC AAA CAT GAT CTG GG-3' (SEQ ID
N°52) pour standardiser l'équivalence entre les cellules. L'ADN
proviral VIH-1 de chaque échantillon est mesuré en utilisant l'amorce GAG06 (5'-GCI TTI
AGC CCI GAA GTI ATA CCC ATG-3'; SEQ ID N° 53) et GAG04 (5'-CAT ICT
ATT TGT TCI TGA AGG GTA CTA G-3'; SEQ ID N°54). Pour mesurer le taux d'ARN de VIH-1, l'ARN cellulaire total est extrait en utilisant le kit RNAplus (Q-BIOgene) et ensuite amplifié en utilisant la rTth polymérase (Applied Biosystems) en présence de la paire d'amorces GAG06-GAG04 pour détecter l'ARNm GAG-POL non épissé du VIH-I et en présence de la paire d'amorces BSS (5'-GGC TTG CTG AIG NGC ICA CIG CAA GAG G-3' ; SEQ ID N°55)-KPNA (5'-AGA GTI GTG GTT GNT TCN TTC CAC ACA G-3' ; SEQ ID N°56) pour détecter la taille intermédiaire de l'ARN messager simplement épissé
tel que précédemment décrit (Amiel et al., 1999). Tous les produits PCR
sont séparés sur gel d'acrylamide ét visualisés par une coloration au bromure d'éthidium. En utilisant des systèmes d'imagerie (Image Master 1 D
Prime ; Amersham PHARMACIA BIOTECH), le changement d'expression de l'ADN VIH-1 et de l'ARN est déduit aprës normalisation par rapport aux contrôles standard internes correspondants (respectivement GAPDH ou a-actine). Brièvement, les taux d'ARN VIH sont normalisés au taux de a-actine en calculant le ratio du volume de la bande d'ARN du VIH sur celle de la ~-actine. Ainsi, le taux d'augmentation de l'expression du VIH est déduit par comparaison des cellules transfectées par RH 1 I6, SSA ou Tat avec les cellules HeLa CD4+ transfectëes par GFP ou pCR3.

16. fiest p24 La réplication virale est évaluée en mesurant le taux d'antigêne p24 dans les surnageants de culture en utilisant le kit d'essai d'antigène p24 de VIH-1 {Coulter, Miami, USA) selon les instructions du fabricant.

17. Détection par ELISA des auto-anticorps dans les sera de patïents VIH+
Pour évaluer la présence d'anticorps dirigés contre RH 116 dans les sera de patients VIH-1, un groupe de 32 sujets infectés par le VIH-1 ont êtë
testés avant et après traitement avec des agents antirétroviraux potentiels.
Le groupe était constitué de 8 femmes et de 24 hommes ayant une moyenne d'âge de 37 ans (gamme 25-64). Avant Ie début de la thérapie antirétrovirale, la charge virale plasmatique moyenne était de 421326 copies/ml et le nombre moyen (+ l'écart type) de cellules CD4+ était de 150 (+ 14) cellules/~l. Après une durée moyenne de traitement de 14 mois avec 2 inhibiteurs de reverse-transcriptase et un inhibiteur de protéase, Ia charge virale est tombée à un taux moyen de 3272 copies/ml et le nombre de cellules CD4+ a augmenté jusqu'à 313 (+ 23) cellules/~.1. Les taux d'anticorps dans le sérum des patients sont comparés avec ceux présents dans le sérum de 40 contrôles sains de sexes et d'âges correspondants. La présence d'autoanticorps contre RH 116 dans les séra a été recherchée par ELISA. Brièvement, les plaques sont couvertes avec 1 ~ug/ml de RH 1161-3ss dans du tampon de coating (30 mM Na2COs, 70 mM NaHCOs) pendant 3 heures à 4°C. Après 3 lavages dans du PBS contenant 0,05% de Tween-20 (PBS-Tween), les plaques sont incubêes pendant 2 heures avec des sera dilués de 1/300 jusqu'à 1/2700. Les plaques sont ensuite lavées et incubées sur la nuit à 4°C avec un anticorps IgG humain (SIGMA) conjugué
à la péroxydase. Après 3 lavages avec du PBS-Tween et un lavage avec du PBS, les plaques sont dêveloppêes pendant 30 minutes en utilisant 0,5 mg/ml d'un substrat au O-phénylène-diamine-dihydrochloride (SIGMA) et 0,1% H2O2 et la réaction est stoppée par l'addition de 50 ~1/puits de HCl 1N. Les valeurs d'absorbance sont lues à 492 nm en utilisant un lecteur de microplaques automatiques (TITERTEK MULTISKAN, LABYSYSTEMS, Finlande). Des protocoles similaires sont utilisés pour évaluer la présence des anticorps antiRH 116 dans les sera de souris immunisées, à l'exception que le conjugué utilisé est un anticorps antisouris à Ia place d'un anticorps 5 antihumain IgG.
EXEMPLE 1 : Ide~,tification du gène RH 116 modulé par Ie murabutide par DD-RT-PCR.
Les échantillons d'ARN de PBMC non stimulé et de PBMC déplété en 10 CD8 stimulé par le murabutide et obtenu à partir d'un patient VIH-1 sont analysés par DD-RT-PCR. Les inventeurs ont sêlectionné plus de 130 fragments d'ADNc différentiellement exprimés après traitement des PBMC
de patient VIH+ au murabutide. Ces fragments ont été sous-clonés dans le vecteur Pcr2.l (Invitrogen), puis séquencés par séquençage automatique 15 (ABI Prism 377, Perkin-Elmer). Les séquences ont été analysêes pour les recherches d'homologie en utilisant les banques de données et le serveur Basic Local Alignment Search Tool (Blast 2) du NCBI.
L'expression d'un certain nombre de gènes apparaît être régulée de manière positive ou négative après un traitement avec le murabutide 20 pendant 6 ou 24 heures. Parmi ceux-ci, 3 gènes correspondent à des répétitions alu, 20 séquences correspondent avec des EST ou des séquences des banques de données génomiques, et 49 séquences sont des gênes bien caractérisês. Parmi les gênes régulés par le muramutide, 28 prêsentent une expression accrue et 21 ont leur expression inhibée. Le 25 profil d'expression de 14 gènes régulês de manière positive et de 7 gènes régulés de manière négative, par le murabutide a été confirmé par RT-PCR
ou par reverse Northern-Blot sous forme de « dot-blot » (données non montrées) sur des extraits d'ARN de PBMC déplétês en CD8 obtenus à
partir de 3 autres patients. La modulation de l'expression par le 30 murabutide a également été vérifiée parmi les séquences identifiées par DD-RT-PCR qui correspondent à des EST ou les séquences génomiques des banques de données. Ainsi, 6 clones présentent une expression accrue : 4 clones (clones 1, 71, 87 et 99) suite à un traitement de 6 heures, 2 clones (clones 11 et 89) suite à un traitement de 24 heures. D'autre part, 4 séquences identifiées induisent une inhibition de l'expression : 2 clones (clones 7 et 10) suite à une exposition de 6 heures au murabutide et 2 clones (clones 62 et 96) suite à une exposition de 24 heures au murabutide.
Le profil d'expression du nouveau gêne régulé par le murabutide et correspondant au clone 10 a êté étudié par RT PCR semi-quantitative et l'ADNc pleine longueur correspondant a été cloné et caractérisé.
EXEMPLE 2 : Clonage pleine longueur du gène RH 116 modulé par 1e murabutide.
La séquence d'ADN pleine longueur correspondant au clone IO a été
obtenue stratégie 5' et 3' RACE. En se basant sur les fragments d'ADNc obtenus par DDRT PCR, un premier cycle de RACE 5' et de RACE 3' a permis aux inventeurs de caractériser l'extrémité polyA+ de ce nouveau gêne et d'ëtendre la sëquence d'ADNc dans la partie 5' du gène. L'extrémité
5' complète de l'ADNc a étë obtenue suite à 3 étapes de 5' RACE. Le criblage d'une librairie d'ADNc a permis aux inventeurs de confirmer la séquence d'ADNc pleine longueur. La séquence nucléotidique complète a été obtenue en déterminant les séquences chevauchantes de 2 clones différents. La séquence d'ADNc pleine longueur a été soumise à GeneBank (N°
d'accession AY 017378).
Plus précisément, à partir d'un fragment long de 164pb (SEQ ID
N°3) obtenu par du DD-RT-PCR, les inventeurs ont synthêtisé deux amorces spécifiques dont F 1: 5' TGA TGA GGG TGG TGA TGA TGA GTA TTG TG 3' (SEQ ID N°4) afin de réaliser une première amplification par le 5' et 3' RACE. Les inventeurs ont ainsi pu obtenir un fragment de 1284pb gràce à
l'amplification à paxtir de F1. Ce fragment a été séquencé en plusieurs étapes grâce aux amorces internes spécifiques F2 (5' -GCA GTG AGT TCA
AAC CCA TGA CAC AGA ATG -3') (SEQ ID N°5) et R2 : (5'- CAG CAT TCT
GAA TAG TCA AGA TTG GGA AAT G -3') (SEQ ID N°6) ; la séquence de ce fragment correspond à la séquence SEQ ID N°7. Celle-ci présente un cadre de lecture ouvert de 380 acides aminés jusqu'à un codon Stop potentiel lequel est suivi aprés 119pb par une queue poly A+ (figure N°1).
Afin d'obtenir la partie 5' de I'ADNc, les inventeurs ont synthétisé une amorce R3 (SEQ ID N°8) qui correspond à la sêquence complêmentaire de F1 ; l'amorce R3 a permis aprés PCR d'obtenir une séquence de 194pb (symbolisé en pointillé .... dans la figure 2A).
A partir de cette séquence les inventeurs ont synthétisé une nouvelle amorce R8 (SEQ ID N°9): 5'-GTA GGG CCT CAT TGT ACT TCC TCA AAT-3') afin de déterminer la séquence en position 5' de fADNc : une réaction de PCR a permis d'obtenir un fragment d'environ 1200 pb (symbolisê en tiret --- dans la. figure 2a) (SEQ ID N° 10). Le séquençage complet du fragment a été rêalisé en plusieurs ëtapes grâce à des oligonucléotides internes R8-seq 1 (5 'CTC CAA CAC CAG GTG AAG CTG 3') (SEQ ID N° 11) et R8-seq 2 (5' CAG ATG AAG AGA ATG TGG CAG 3') (SEQ ID N° 12). Le cadre de lecture reste ouvert et permet d'identifier un cadre de lecture de 853aa.
A partir de ces deux séquences les inventeurs ont synthétisé deux amorces HELI 1 (5'- GGA AGT ACA ATG AGG GCC TAC AAA-3') (SEQ ID
N° 13) et HELI 2 (5'-tcc tca gTc cta gta tat tgc tcc-3') (SEQ ID
N° 14), respectivement prises sur le fragment Fl et R3, afin de rêaliser des RT-PCR
pour l'analyse de l'expression diffêrentielle de fARNm correspondant (Voir exemple N°4) A partir de la séquence SEQ ID N° 10, les inventeurs ont synthétisé une nouvelle amorce R16 (5'-CTA AGC AGC TGA CAC TTC CTT CTG CCA AAC
TTG TGT CTG -3') (SEQ ID N° 15) afin de remonter en 5' de l'ADNc ;
une réaction de PCR a permis d'obtenir un fragment de 964pb (symbolisé en pointillé (- - - - - -), figure 2b).
L'extrémité 5' de 964 pb obtenue après la réaction de PCR (5'RACE) contient un codon ATG potentiel qui est précêdé d'un codon STOP dont la présence sera confirmé ultêrieurement. Cette stratégie a donc permis aux inventeurs d'obtenir un cadre de lecture ouvert (ORF open reading frame) de 1025 acides aminés.

La séquence complète de fADNc correspondant à RH 116 est maintenant de 3372pb et correspond à la SEQ ID N° 1 et code pour une protéine de 1025 aa qui correspond à la SEQ ID N°2.
Une stratégie de PCR â I'aide de deux amorces F4: (5'-ggg ccc tgt gga caa cct cgt cat tgt-3') (SEQ ID N° 16) et R14: (5'-CCA GAG TGG CTG TTT
ACA TTG CCA AGG ATC ACT-3') (SEQ ID N° 17) spécifiques de la séquence SEQ ID N° 1 a êté développée afin de confimer la présence du codon d'initiation de la traduction ATG ainsi que la présence du codon STOP (TGA) en amont de celui-ci. Pour cela les inventeurs ont réalisê une PCR sur une matrice 5' RACE à l'aide des deux amorces citées précédemment, et ont obtenu un fragment de taille expectée, qui a été cloné et séquencé. La séquence de ce fragment a confirmé la présence du codon TGA avant le codon ATG initiateur confirmant ainsi que les inventeurs possèdent la copie complète de I'ADNc.
La séquence ADNc (3 372 paires de bases) contient un codon d'initiation en position 155 et un cadre ouvert de lecture (ORF) de 3 Oi5 paires de bases ainsi qu'une région 3' non transcrite de 141 paires de bases avec un signal de polyadênylation consensus AATAA,AA situé 24 paires de bases en amont d'une queue polyA+ de 21 paires de bases. L'ORF code pour un polypeptide de 1025 acides aminés (FIG. 2B) avec une masse molêculaire calculée de 116 kdaltons et un point isoélectrique de 5,2, EXEMPLE 3 : Etude de comparaison de la séquence pleine longueur de RH 116 avec les séquences des bases de données .
Les inventeurs ont comparé la séquence en acides aminés déduite de 1025 acides aminés avec les séquences présentes dans les banques de données.
Les inventeurs ont identifié dans cette séquence des domaines conservés appartenant à la superfamille des hélicases à ARN et plus précisément de la famille des protéines connues pour avoir des fonctions d'hélicase à ARN dépendantes de l'ATP. Parmi les classes d'hëlicases basées sur cette homologie de séquence (Luking et al., 1998) sont présentes les protéines appelées « DEAD-BOX ». Une caractéristique importante de toutes les hélicases à ARN « DEAD-BOX » est la prêsence de motifs caractéristiques espacés les uns des autres par une distance conservée (Luking et al., 1998 ; Linder et Daugeron, 2000). Malgré des diffêrences mineures, ces motifs sont prêsents dans la nouvelle séquence clonée (FIG.
3A et 3B). De ce fait, les inventeurs considèrent que cette protéine, appelée RH 116 (pour RNA hélicase 116 kdaltons), constitue un membre de la sous-famille des protéines « DEAD-BOX » des ARN-hélicases dépendantes de l'ATP. Les inventeurs égalemer~~ont noté la présence d'un motif KKKK à la position 349 amino-acides mais aucun motif bi-partite de signal de localisation nucléaire A n'a pu clairement étre identifié. 8 sites de N-glycosylation ont été détectés et des sites potentiels de phosphorisation ont étê trouvés pour la kinase CAMP dépendante ainsi que Ia protéine kinase C ;
la signification biologique de ces sites n'a pas été étudiée.
Au cours des recherches effectuées dans les banques de données, Ies inventeurs ont noté que la protéine RH 116 présentait, en dehors de son homologie de séquence générale avec les membres de la famille des protéines « DEAD-BOX » un fort % d'homologie avec une hélicase à ARN
humaine hypothétique et jusqu'à présent non caractérisée, appelée « RIG-1 » (FIG. 3b C) décrite par Sun, Y.W (Genbank, numéro d'accession AF038963). L'alignement des séquences est présenté en figure 3b C.
L'identité totale de séquence en amino-acides entre les deux protéines est de 31% et la similarité qui inclut des échanges conservatifs est de 44%.
L'interrogation de différentes banques de donnêes a permis aux inventeurs de retrouver des parties de la séquence nucléotidique dans d'autres clones génomiques différents. Une partie de la séquence est retrouvée dans le clone NH0576116 enregistré sous le numéro 'd'accession gb/AC007750, la seconde partie est retrouvée dans le clone génomique RP11-214A4 enregistré sous le n°AC108176. Il convient également de citer les EST (expressed séquences tags) enregistrées sous les numéros d'accès AW 589567, AW 152541 et AW 189584 dans la banque de données EMBL
qui présentent respectivement 100%, 99%, 97% d'homologie avec respectivement les fragments de séquence 2879-3350, 2870-3350, 2818-3350 de la séquence SEQ ID N° 1.
EXEMPLE 4 : Etude par Northern blotting de l'expression. de l'ARNm de 5 RH 116 dans différents tissus.
Des ARN de polyA+ de différents tissus ont été testés par Northern-Blot en utilisant des oligonucléotides marqués à leur extrémité et dérivés de la séquence en ADNc de RH 116 ; la séquence nucléotidique 5'- GCA TCT GCA
ATG GCA AAC TTC TTG CAT GGC-3' (SEQ ID N° 18) et Ia sêquence 10 nucléotidique 5'- CGT GCT GAT TCC TCA GTC CTA GTA TAT TGC-3' (SEQ
ID N° 26) spécifique de la séquence codante a été synthétisée et marquée au 3~P (T4 Polynucléotide Kinase, Amersham) afin de servir de sonde pour réaliser un Northern blotting. L'hybridation d'une membrane contenant 2~.g d'ARN poly A+ (Clontech) a révélé le résultat présenté à la figure 4.
15 Un signal spécifique correspondant à un ARN messager d'une taille estimêe à environ 3,5 kb a été détecté indiquant que la séquence d'ADNc isolëe était une séquence pleine longueur (figure N°4). Le taux d'expression de l'ARN messager dans 12 tissus .humains (cerveau, coeur, muscle squelettique, côlon, thymus, rate, rein, foie, intestin grêle, placenta, 20 poumon, leucocytes du sang périphérique) a été étudié. L'intensité du signal radioactif est légèrement réduite dans le cerveau, le côlon, le thymus, l'intestin grêle et dans les leucocytes du sang périphérique et un signal radioactif très intense est présent dans le coeur et les reins.
25 EXEMPLE 5 : Etude par RT PCR de l'expression, diffêrentielle de RH
116 dans les PBMCs de patients VIH+ et de contrôles sains aprês traitement ou sans traitement par 1e murabutide.
L'expression de l'ARN messager de RH 116 est inhibée par le murabutide. Les inventeurs ont en outre étudié si l'ARN messager RH 116 30 était un nouveau gène modulé par le murabutide en utilisant la RT PCR
semi-quantitative utilisant des oligonucléotides spécifiques dérivés de l'ADNc de RH 116.

Des PBMC de patients (P) infectés par le VIH ou de donneurs sains contrôles (C) sont isolêes, déplétées en lymphocytes CD8+ (Dynabeads, Dynal) et stimulées par la phytohêmagglutinine PHA (5~g/ml) pendant 3 jours. Puis, les cellules sont traitées ou non par le Murabutide (10~g/ml) en présence d'interleukine 2 (IL2) (l0U/ml) dans un milieu RPMI supplêmenté
par 10 % de sérum de veau foetal (SVF) pendant 6 heures ou 24 heures à
raison de 5.106 cellules minimum par condition. Après traitement, l'ARN
des cellules est extrait (RNAplus, Quantum-bioprobe) puis traité à la DNase (Boerhinger) et retrotranscrit (RT) à l'aide d'un oligo(dT) en présence de la reverse transcriptase Mu-MLV (Superscript II, Gibco). La qualité des RT est vérifiée par PCR (25 cycles) à l'aide d'amorces spêcifiques de la GAPDH
(5'GCC ATC AAT GAC CCC TTC ATT GAC 3') (SEQ ID N° 19) et (5' TGA CGA
ACA TGG GGG CAT CAG CAG 3') (SEQ ID N°20) à partir de 20, 100 et 500ng d'ARN total. Puis, Ies inventeurs ont réalisé les RT-PCR (35cycles) à
l'aide d'amorces spécifiques Héli 1 et Héli 2 du nouveau polypeptide RH 116 (5' GGA AGT ACA ATG AGG GCC TAC AAA 3') (SEQ ID N° 13) et 5' TCC TCA
GTC CTA GTA TAT TGC TCC 3' ) (SEQ ID N° 14). Le nombre de cycles d'amplification a été mis au point au préalable (35 cycles). Les fragments amplifiês sont visualisês sur gel d'agarose (1%) en prêsence de bromure d'éthidium, puis quantifiés grâce au programme Imager master (Pharmacia). Pour chaque dilution, la valeur donnée pour le gène êtudié est rapportée à celle de la GAPDH (Rapport=R). Pour chaque patient et chaque temps (6h ou 24h), le R des cellules traitées au Murabutide est rapporté à
celui des cellules non traitées. Les résultats sont alors exprimés en d'augmentation ou d'inhibition de l'expression du gène par rapport au cellules non traitées. Il est à noter que, pour chaque dilution testëe, le R
peut vaxier faiblement, la moyenne des R a été effectuée en prenant soin d'être toujours dans la phase linéaire d'amplification.
Cette étude a été menée sur 12 patients et 10 contrôles sains. L'étude sur les patients montrent une inhibition significative de l'expression du gène du RH 116 après un traitement de 6 ou 24 h au Murabutide par rapport au cellules non traitées. D'autre paxt, l'étude réalisée sur des PBMCs de donneurs sains révèlent une augmentation très significative de l'expression du gène de RH 116 notamment après 6 heures de traitement au Murabutide.
La figure 5 reprêsente les rësultats de RT-PCR obtenus sur les PBMCs de patients après 6 et 24 heures de traitement.
Une RT PCR représentative réalisée sur des PBMC déplétés en CD8 obtenue à partir de patients infectés par le VIH-1 est présentée FIG. 5A et montre une inhibition significative de l'expression de l'ARN messager suite à
un traitement de 6 ou 24 heures avec le murabutide.
Les résultats présentés dans la figure 5B présentent un pourcentage moyen d'inhibition de l'expression de l'ARN messager de RH 116 et démontrent que le traitement avec le murabutide des PBMC déplétés en CD8 de 5 patients induit une inhibition importante de l'expression de l'ARN
messager de RH 116 avec une inhibition moyenne maximale (90%) observée dans le patient N° 5 suite à 6 heures de traitement par le murabutide, et cet effet peut être maintenu après 24 heures, la moyenne maximum d'inhibition (57%) étant observée chez le patient N°3.
EXEMPLE 6 . Expression de la protéine recombinante en spstême bactêrien E. coli (pQE) Une PCR a été réalisée sur de fADNc de rate à partir d'amorces nucléotidiques correspondant à fATG: Heli ATG: (5'- TGA GAG GAT CCG
ATG TCG AAT GGG TAT TCC 3') (SEQ ID N°21) et au STOP (5'-AAT GTC
GAC CTA ATC CTC ATC ACT AAA TAA -3') (SEQ ID N°22).
Le fragment a été cloné dans le vecteur pQE80 (Qiagen) digéré par les enzymes de restriction BamHI/SaI I .
Après transformation de bactéries TOP 10F', l'expression de la protéine recombinante est induite par l'IPTG, le temps d'expression a été optimisé et estimé à deux heures, en effet après 5 heures d'induction les inventeurs ne détectent pas de protéine recombinante. La protéine est faiblement exprimée (environ 500~g pour 500 ml de culture) et se présente sous forme soluble.
EXEMPLE 7 : Expression de la protéine recombinan.te en système eucaryote.
La protéine "RH 116" étant exprimée dans le cytoplasme ou dans le noyau de cellules de mammifères les inventeurs ont développé une stratégie de surexpression de la protéine recombinante dans des cellules eucaryotes afin d'apprêcier son rôle dans la rëgulation du VIH.
Pour cela, la copie complëte de fADNc a été amplifiée à partir des amorces heli-GFP-ATG (Xho I) (5'-TGA GAG CTC GAG ATG TCG AAT GGG
TAT TCC ACA GAC -3') (SEQ ID N°23) et Heli-GFP (Bam HI) (5'- TGT
TTA
TTT AGT GAT GAG GAT CGG GAT CCG ATT GAA-3') (SEQ ID N°24) ; le fragment amplifié est cloné dans le vecteur pEGFP digéré par Xho I/Bam HI
puis séquencé. Le cDNA codant pour la "Green Fluorescent Protein" (GFP) est situé en 3' de l'insert cloné.
D'autre part, la copie complète de fADNc a êté amplifiée à partir des amorces Heli ATG Bam (5'- TGA GAG GATCCG ATG TCG AAT GGG TAT
TCC -3') (SEQ ID N°21) et Heli STOP XhoI (5'-ttc aat ctc gag atc ctc atc act aaa taa aga -3')(SEQ ID N°25) ; le fragment amplifié est cloné dans le vecteur pcDNA6 digéré par Bam HI /Xho I. Dans ce systême la protéine est fusionnée à 6 Histidines et à une protéine V5 contre laquelle des anticorps monoclonaux sont disponibles.
EXEMPLE 8 : Transfection erg cellules eucaryotes.
Des expériences de transfection ont êté réalisêes dans les cellules cos-7 et cellules Hela à l'aide des plasmides recombinants pEGFP et pcDNA6 contenant la séquence complète du polypeptide RH 116 tels que dêcrits dans (exemple 5.
Les transfections ont été réalisêes (Effectene-Qiagen) avec l~ug de plasmide recombinant et 101 d'Effectene. Une analyse en RT-PCR a permis de confirmer la surexpression de fARNm codant pour le polypeptide RH 1 I6.
L'expression des protéines recombinantes fusionnées a été vérifiée par cytofluorométrie (fusion avec la GFP) ou en western blotting (fusion avec V5-HIS6).
EXEMPLE 9 : Caractërisation molëculaixe de l'ADNc codant pour Ia protéine RH 116.
La caractérisation molëculaire de la protéine RH 116 native a été
réalisée en utilisant des immunoglobulines purifiées â partir de sérum de souris dirigé contre la protéine RH I I6 ~-sss recombinante partielle. Le marquage cellulaire et l'immuno-précipitation génêrent un produit protéique de 130 à 140 kdaltons en accord avec la masse moléculaire calculée de la protéine codée qui doit être hautement glycosylée. La protéine RH l I6 est immuno-précipitée dans les lysats cellulaires totaux obtenus à
partir de cellules U937 et dans des fractions enrichies en extraits nucléaires (FIG. 6A). Des résultats similaires sont obtenus sur des cellules HeLa (données non montrées). La figure 6B présente le contrôle de qualité de fractionnements sous-cellulaires et montre des extraits nucléaires enrichis qui présentent une expression accrue d'histone 1 (34 kdaltons) que dans l'extrait total et une expression moindre de protéines cytoplasmiques (60 kdaltons et 40 kdaltons environ).
EXEMPLE 10 : Etude d'immunolocalisation de la protéine RH 116.
Pour examiner la location cellulaire de la protéine RH I16 native, les inventeurs ont réalisé des expériences d'immunocytochimie sur des cultures en monocouches de cellules HeLa-CD4+ (FIG. 7). Un anticorps souris dirigé contre la protéine RH I I6 ~-aas colore intensément le cytoplasme des cellules HeLa-CD4+ (FIG. 7C). Un sérum de souris normale est utilisé comme contrôle négatif (FIG. 7A) et une coloration nucléaire est observée en utilisant un anticorps monoclonal anti-histone 1 (FIG. 7B). La localisation de la protéine RH 116 est également confirmée par des études d'immunolocalisation de cellules U937 (données non publiées). D'autre part, la localisation intracellulaire de la protéine RH 116 dans les cellules HeLa-CD4+ transfectées par une construction d'ADNc chimérique codant pour la protéine RH 116 pleine longueur fusionnée à une extrémité
carboxyterminale de la GFP (GFP-RH 116) est différente. De fait, le 5 marquage de la protéine GFP-RH 116 exprimée dans les cellules HeLa-CD4+ transfectées montre une localisation cytoplasmique et nuclêaire (données non montrées). Cette dernière observation est plus consistante que les analyses d'immunoprécipitation et l'activité putative de membres de la sous-famille des protéines « DEAD-BOX » des ARN hélicases.
EXEMPLE 11 : RH 116 augmente l'expression de la protéine virale P24.
Dans un but d'êlucider le rôle putatif de Ia protéine RH I16, dont l'expression est inhibée par l'activitê « inhibiteur du VIH » du murabutide, les inventeurs ont cherché à dêterminer si RH 116 pouvait jouer un rôle dans la régulation de l'expression du virus. Ainsi, les inventeurs ont entamé
une étude de l'expression de P24 par les cellules HeLa-CD4+ transfectées par la protêine GFP-RH 116 et infectées 24 heures plus tard par' le virus VIH- lLa~.
L'examen microscopiaue d'une culture à différents moments et l'analyse par Ia coloration au bleu trypan a révélé que l'infection de cellules transfectées par la GFP-RH 116 affecte la viabilitê des cellules comparêes à
celle des cellules transfectées par la GFP ou des cellules GFP-SSA (une protéine sans rapport). Ainsi, les inventeurs ont normalisé les taux d'antigêne P24 pour 5 x 105 cellules. L'étude de l'expression de Ia protéine virale P24 dans les surnageants de cellules HeLa-CD4+ exprimant la GFP, ou la GFP-RH 116, ou la GFP-SSA, a été réalisêe au cours de 5 expériences indépendantes. L'êtude de l'expression de la protëine virale P24 dans les surnageants de cellules HeLa-Cd4+ transformées par pCR3 et par pCR3-Tat a êté réalisée dans 3 expériences indêpendantes. Les figures 8A et 8B
présentent des résultats obtenus. La figure 8A montre que l'expression de l'antigène P24 viral (en nanogrammes/ml ~ la déviation standard) dans les surnageants de cellules HeLa-CD4+ transfectés par Ia GFP-RH 116 est dramatiquement inhibée au jour 3 (I2,1 ~1,4s ng/ml) jusqu'au jour 5 (9 770 ~ 64s ng/ml) comparés aux cellules exprimant la GFP (2,65 ~ 0,5 ng/ml et 690 ~ 2~2 ng/ml respectivement aux jours 3 et 5).
Le taux d'antigène P24 dans le surnageant des cellules transfectées par pCR3-Tat est présenté dans la figure 8B (en nanogrammes/ml + la déviation standard). Comme attendu, les résultats montrent une augmentation importante de la libération de P24 par les cellules transfectées par Tat à partir du jour 2 (2,2 ~o,is ng/ml) jusqu'au jour 5 (2,994 ~ 391 ng/ml) comparé avec les cellules transfectées par pCR3 au jour 2 (1 ~o,os ng/ml) et au jour (74 ~22 ng/ml). La figure 8C présente le nombre de fois d'augmentation obtenu dans 3 ou 5 expériences indépendantes. Ces résultats indiquent clairement qu'une surexpression de la GFP-RH 116 induit une augmentation importante de P24 à partir du jour 2 (3,43 ~ 0,17) jusqu'au jour 5 (18,2 ~1o) comparé à la surexpression de la GFP-SSA (jour 2 : 1,18 ~0,25 ; jour 5 : 1,35 ~0,37) et une augmentation équivalente est obtenue avec une surexpression de la TAT (jour 2 : 3,0 ~s,42 ; jour 5 : 18,7 ~
~.,2).
EXEMPLE 12 : La protéine RH 116 rêgule l'expressioxi de l'ARNm P24 viral.
Pour déterminer le mécanisme de l'augmentation de l'expression de P24 en réponse à une surexpression de RH II6, les inventeurs ont isolê
l'ARN total de cellules HeLa-CD4+ transfectées et infectées puis ont déterminé le taux d'ARN messager non épissé, simplement épissé ou de taille intermédiaire, par RT PCR semi-quantitative. Le nombre de fois d'augmentation d'expression d'ARN messager du VTH est obtenu dans 3 expériences séparées (moyenne + l'écart type) (données non présentées).
Tout d'abord, les cellules transfectées par la GFP-RH 116 présentent un taux plus élevé d'ARN non épissê que les cellules transfectées par la GFP-SSA comparé aux cellules transfectées par la GFP seule (respectivement 3,14 + 1,5 et 0,81 + 0,12). Les ARNm de V1H-1 de taille intermédiaire ou simplement épissés sont également augmentés dans les cellules transfectées par la GFP-RH 116 (2,81 + 0,73) comparé aux cellules transfectées par la GFP-SSA (0,91 + 0,14).
En ce qui concerne la surexpression de Tat, des résultats sont obtenus à partir de deux expériences indépendantes ; le taux d'ARN messager non épissé et de taille intermédiaire ou simplement ëpissé est respectivement de 4,75 ~x,25 et de 4,18 ~0,31. Une analyse de RT PCR obtenue 3 jours après l'infection est présentée dans la figure 9. La figure 9A indique que Ia surexpression des ARNm de RH 116, SSA ou TAT est dans les cellules transfectées de manière transitoire. La figure 9B illustre l'augmentation des ARNm non épissés, ou de taille intermédiaire, ou simplement épissés des protêines surexprimées RH 116 (à droite) et TAT (à gauche) . L'étude de la formation de l'ADN proviral (figure 8C) révèle qu'il n'y a pas de différence significative dans aucune des cellules transfectées. Ces résultats suggèrent que la régulation de l'expression du VIH par RH 116 est réalisêe au niveau transcriptionnel ou post-transcriptionnel.
EXEMPLE 13 : La protéine RH 116 constitue un auto-antigène chez les patients infectés par le VIH-1.
La question de savoir si RH 116 peut être un auto-antigène a étê
étudiée par analyse ELISA en utilisant des sera obtenus à partir de donneurs sains et de ceux obtenus à partir de patients VIH-1 testës avant et après un traitement anti-rétroviral. Les résultats présentês à la figure 10 démontrent de manière significative une augmentation des taux d'auto-anticorps dans les sera de patients comparês avec ceux de contrôle sain. De plus, les taux ëlevés d'auto-anticorps RH 116 observés dans les patients non traités VIH-1 sont toujours significatifs même aprës un traitement significatif avec des agents anti-rétroviraux efficaces.

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<223> Description de la séquence artificielle: Amorce <400> 42 tatttttggc tcc 13 <210> 43 <211> 13 <212> ADN
<213> Séquence artificielle <220>
<223> Description de la séquence artificielle: Amorce <400> 43 ttatctatac agg 13 <210> 44 <211> 13 <212> ADN
<213> Séquence artificielle <220>
<223> Description de la séquence artificielle: Amorce <400> 44 ttatggtaaa ggg 13 <210> 45 <211> 13 <212> ADN
<213> Séquence artificielle <220>
<223> Description de la séquence artificielle: Amorce <400> 45 ttatcggtca tag 13 <220> 46 <211> 13 <212> ADN
<213> Séquence artificielle <220>
<223> Description de la séquence artificielle: Amarce <400> 46 ttaggtacta agg 13 <210> 47 <211> 24 <212> ADN
<213> Homo sapiens <400> 47 gaaagagagg tcgcagaggc ctgt 24 <210> 48 <211> 24 <212> RDN
<213> Homo sapiens <400> 48 tgataaggct gaggaaggga aatg 24 <210> 49 <211> 21 <212> ADN
<213> Homo sapiens <400> 49 ctagacccct ggaagcatcc a 21 <210> 50 <211> 21 <212> ADN

<213> Homo sapiens <400> 50 tcgggcctgt cgggtcccct c 21 <210> 51 <211> 20 <212> ADN
<213> Homo sapiens <400> 51 gggtcagaag gattcctatg 20 <210> 52 <211> 20 <212> ADN
<213> Homo sapiens <400> 52 ggtctcaaac atgatctggg 20 <210> 53 <211> 27 <212> ADN
<213> Virus immunodeficient humain type 1 <220>
<223> GAG06 <220>
<223> n en position 3, 6, 12 et 18 correspond à
1'inosine <400> 53 gcnttnagcc cngaagtnat acccatg 27 <210> 54 <211> 28 <212> ADN
<213> Virus immunodeficient humain type 1 <220>
<223> GAG04 <220>
<223> n en position 4 et 15 correspond à 1'inosine <400> 54 catnctattt gttcntgaag ggtactag 2g <210> 55 <211> 28 <212> ADN
<213> Virus immunodeficient humain type 1 <220>

<223> BSS
<220>
<223> n en position 11, 16 et 20 correspond à l'inosine <220>
<223> n en position 13 correspond à a, g, c ou t/u <400> 55 ggCttgctga ngngcncacn gcaagagg 28 <210> 56 <211> 28 <212> ADN
<213> Virus immunodeficient humain type 1 <220>
<223> KPNA
<220>
<223> n en position 6 correspond à l'inosine <220>
<223> n en position 14 et 18 correspond à a, g, c ou t/u <400> 56 agagtngtgg tt,~ttcntt ccacacag 2g

Claims

REVENDICATIONS

1. Polypeptide isolé dénommé RH 116 de séquence d'acides aminés SEQ ID N°2.

2. Polypeptide isolé caractérisé en ce qu'il comprend un polypeptide choisi parmi:

a) un polypeptide de séquence SEQ ID N°2;

b) un polypeptide variant de polypeptide de séquences d'acides aminés défini en a);

c) un polypeptide homologue au polypeptide défini en a) ou b) et comportant au moins 80 % d'identité avec ledit polypeptide de a);

d) un fragment d'au moins 15 acides aminés consécutifs d'un polypeptide défini en a);

e) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide défini en a).

3. Polypeptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 2 caractérisé en ce qu'il est comporte au moins un domaine conservé
appartenant à la superfamille des hélicases à ARN.

4. Polypeptide selon la revendication 3 caractérisé en ce que ledit domaine conservé est choisi parmi:

- les séquences G-GKT correspondant au domaine I de la superfamille des hélicases à ARN.

- les séquences DEAD, DE-D, DEAH correspondant au domaine V
de la superfamille des hélicases à ARN.

5. Polynucléotide purifié ou isolé caractérisé en ce qu'il code pour un polypeptide selon la revendication 1.

6. Polynucléotide selon la revendication 5 de séquence SEQ ID N° 1.

7. Polynucléotide isolé caractérisé en ce qu'il comprend un polynucléotide choisi parmi:

a) SEQ ID N° 1;

b) la séquence d'un fragment d'au moins 15 nucléotides consécutifs de la séquence SEQ ID N° 1 à l'exception des séquences nucléiques enregistrées identifiées sous le numéro d'accès N°AC007750 et N°AC0108176 dans la banque de données GenBank et les séquences nucléiques enregistrées identifiées sous le numéro d'accès N°AW589567, N°AW152541 et AW189584 dans la banque de données EMBL ;

c) une séquence nucléique présentant un pourcentage d'identité d'au moins 85 %, après alignement optimal avec une séquence définie en a) ou b);

d) la séquence complémentaire ou la séquence d'ARN
correspondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c).

8. Utilisation d'un polynucléotide selon la revendication 7 en tant qu'amorce pour l'amplification ou la polymérisation de séquences nucléiques.

9. Utilisation in vitro d'un polynucléotide selon la revendication 7 en tant que sonde pour la détection de séquences nucléiques.

10. Utilisation in vitro d'un polynucléotide selon la revendication 7 en tant que séquence d'acide nucléique sens ou antisens pour contrôler l'expression du produit protéique correspondant.

11. Utilisation d'un polynucléotide selon l'une quelconque des revendications 8, 9, 10 caractérisé en ce que ledit polynucléotide est marqué directement ou indirectement par un composé radioactif ou un composé non radioactif.

12. Vecteur recombinant de clonage et/ou d'expression comprenant un polynucléotide selon l'une des revendications 5 à 7 ou codant pour un polypeptide selon l'une quelconque des revendications 1 à
4.

13. Vecteur recombinant d'expression antisens comprenant un polynucléotide selon l'une des revendications 5 à 7 caractérisé en ce que ledit polynucléotide est inséré en orientation inverse dans ledit vecteur.

14. Cellule hôte, caractérisée en ce qu'elle est transformée par un vecteur selon l'une des revendications 12 et 13.

15. Animal, excepté l'homme, caractérisé en ce qu'il comprend une cellule selon la revendication 14.

16. Procédé de préparation d'un polypeptide recombinant caractérisé
en ce que l'on cultive une cellule hôte selon la revendication 14 dans des conditions permettant l'expression et éventuellement la sécrétion dudit polypeptide recombinant et que l'on récupère ledit polypeptide recombinant.

17. Polypeptide recombinant obtenu par le procédé selon la revendication 16.

18. Anticorps monoclonal ou polyclonal et ses fragments caractérisé
en ce qu'il lie sélectivement un polypeptide selon l'une des revendications 1 à 4 ou 17.

19. Procédé de détection et/ou de dosage d'un polypeptide selon l'une des revendications 1 à 4 ou 17, dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes a) mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon la revendication 18;
b) mise en évidence du complexe antigène-anticorps formé.

20. Trousse de réactifs pour la mise en oeuvre d'un procédé selon la revendication 19 dans un échantillon biologique par réaction immunologique, caractérisé en ce qu'elle comprend les éléments suivants :
a) un anticorps monoclonal ou polyclonal selon la revendication 18;
b) le cas échéant, les réactifs pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique ;
c) les réactifs permettant la détection du complexe antigène-anticorps produit lors la réaction immunologique.

21. Procédé de détection et/ou de dosage d'un polynucléotide selon l'une quelconque des revendications 5 à 7 dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comporte les étapes suivantes a) isolement de l'ADN â partir de l'échantillon biologique à
analyser, ou obtention d'un ADNc à partir de l'ARN de l'échantillon biologique ;
b) amplification spécifique de l'ADN â l'aide d'amorces selon la revendication 8 ;
c) analyse des produits d'amplification.

22. Procédé de détection et/ou de dosage d'un polynucléotide selon l'une quelconque des revendications 5 à 7 dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comporte les étapes suivantes :

a) Mise en contact d'un polynucléotide selon l'une des revendications 5 à 7 avec un échantillon biologique ;
b) Détection et/ou dosage de l'hybride formé entre ledit polynucléotide et l'acide nucléique de l'êchantillon biologique.

23. Puce à ADN caractérisée en ce qu'elle contient un polynucléotide selon l'une des revendications 5 à 7.

24. Puce à protéines caractérisée en ce qu'elle contient un polypeptide selon l'une des revendications l à 4 ou 17, ou un anticorps selon la revendication 18.

25. Procédé de criblage d'un composé qui affecte le taux d'expression cellulaire et/ou l'activité hélicase à ARN d'un polypeptide selon les revendications 1 à 4 ou 17 et qui comporte les étapes suivantes de:
a) mise en contact d'une cellule choisie parmi la cellule hôte de la revendication 14 et une cellule eucaryote, de préférence humaine, exprimant ou contenant le polypeptide selon la revendication 1 à 4 ou 17, et d'un ou plusieurs composés potentiels susceptibles de pénétrer ou d'être introduits dans ladite cellule;
b) détection et/ou mesure du taux d'expression cellulaire et/ou de l'activité hélicase à ARN.

26. Procédé de criblage d'un composé qui affecte l'activité hélicase à
ARN d'un polypeptide selon les revendications 1 à 4 ou 17 et qui comporte les étapes suivantes de:
a) mise en contact dudit polypeptide et d'un ou plusieurs composé(s) potentiel(s) en présence de réactifs nécessaires à
la mise en oeuvre de l'activité hélicase à ARN;
b) détection et/ou mesure de l'activité hélicase à ARN.

27. Procédé selon les revendications 25 et 26 caractérisé en ce que ledit composé criblé diminue le taux d'expression et/ou l'activité
hélicase à ARN du polypeptide selon les revendications 1 à 4 ou 17.

28. Composé obtenu par le procédé selon la revendication 27 caractérisé en ce qu'il est choisi parmi :
a) un polynucléotide selon l'une quelconque des revendications 5 à 7 utilisé en tant que séquence d'acide nucléique antisens selon la revendication 10 ;
b) un vecteur d'expression antisens selon la revendication 13;
c) un anticorps selon la revendication 18 ;
d) un antagoniste du polypeptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 4 ou 17 ;
e) les muramylpeptides.

29. Composé selon la revendication 28 caractérisé en ce que le muramylpeptide est le Murabutide.

30. Procédé selon les revendications 25 et 26 caractérisé en ce que ledit composé criblé augmente le taux d'expression et/ou l'activité
hélicase à ARN du polypeptide selon les revendications 1 à 4 ou 17.

31. Composé agoniste du polypeptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 4 ou 17 obtenu par le procédé selon la revendication 30.

32. Procédé de criblage de composés qui affectent l'activité
fonctionnelle d'un polypeptide selon les revendications 1 à 4 ou 17 et qui comporte les étapes suivantes de:

a) mise en contact dudit polypeptide et d'un ou plusieurs composé(s) potentiel(s) en présence de réactifs nécessaires à
la mise en oeuvre d'une réaction choisie parmi la réaction d'épissage de l'ARN nucléaire et/ou mitochondrial, de réaction d'édition de l'ARN, de réaction de maturation de l'ARNr, de réaction d'initiation de la traduction, de la réaction d'export des ARNm nucléaires vers le cytoplasme, et la réaction de dégradation des ARNm;
b) détection et/ou mesure de ladite réaction.

33. Composé caractérisé en ce qu'il est choisi parmi :
a) un polypeptide selon l'une des revendications 1 à 4 ou 17;
b) un polynucléotide selon l'une des revendications 5 à 7 ;
c) un vecteur selon la revendication 12 ou 13 ;
d) une cellule selon la revendication 14 e) un anticorps selon la revendication 18 ;
un composé selon l'une des revendications 28, 29 et 31 ;
à titre de médicament.

34. Composé selon la revendication 33 à titre de médicament destiné
à la prévention et/ou au traitement de pathologie sélectionnée dans le groupe composé du cancer, des maladies infectieuses aiguës ou chroniques, des maladies génétiques héréditaires, des maladies immunes et auto-immunes, du rhumatisme, de l'arthrite, de l'arthérosclérose, de l'ostéoporose, des diabètes et à la prévention des rejets de greffes d'organes.

35. Composé selon la revendication 34 caractérisé en ce que ladite maladie infectieuse est sélectionnée parmi le SIDA ou l'hépatite C.

36. Utilisation d'un composé selon la revendication 33 pour la préparation d'un médicament destiné au traitement de pathologies virales.

37. Utilisation selon la revendication 36 caractérisé en ce que la pathologie virale est le syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA).

38. Composition pharmaceutique pour le traitement préventif et curatif du SIDA caractérisée en ce qu'elle contient une quantité
thérapeutiquement efficace d'un composé selon la revendication 33 et un véhicule pharmaceutiquement acceptable.

39. Produit comprenant au moins un composé selon la revendication 33 et au moins un autre agent antiviral comme produit de combinaison pour une utilisation simultanée, séparée ou étalée dans le temps en thérapie anti-virale, de préférence anti-VIH.

40. Utilisation selon la revendication 36 caractérisé en ce que la pathologie virale est l'hépatite B ou C.

41. Utilisation d'un polynucléotide selon l'une quelconque des revendications 5 à 7 et/ou d'un polypeptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 4 et 17 et/ou d'un agoniste d'un polypeptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 4 et 17 pour la préparation d'un médicament destiné à provoquer ou à augmenter la réponse immune à un vaccin chez un patient.