CN1753615A - 翦股颖事件asr-368和组合物及其检测方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供翦股颖ASR-368植物和种子。还提供根据DNA序列用于检测翦股颖ASR-368的存在的方法,和在DNA检测方法中这些DNA序列作为分子标记物的用途。

Description

翦股颖事件ASR-368和组合物及其检测方法
发明领域
本发明涉及植物分子生物学领域。更具体地说,本发明涉及草甘膦耐受的翦股颖植物事件ASR-368,并涉及鉴定和用于在植物样品中检测翦股颖植物事件ASR-368DNA的存在的方法和组合物。
发明背景
翦股颖(Agrostis stolonifera)在世界很多地区是重要的草皮物种。
已有把生物技术的方法应用于翦股颖以改善其农学性状。一种这样的农学性状是除草剂耐受性,特别是对草甘膦除草剂的耐受性。在翦股颖中控制杂草是特别成问题的。在高尔夫球绿地上使用的翦股颖对许多在其他的草皮草上或在高尔夫球场的其他区域上通常使用的除草剂特别敏感。一年生草本,例如,马唐属(crabgrass)、狐尾草(foxtail)、毛花雀稗(dallisgrass)和牛筋草(goosegrass)必须通过使用各种除草剂包括砜草磷(bensulide)、氟硫草定(dithiopyr)、噁草酮(oxadiazon)、噁唑禾草灵(fenoxaprop)和氨基丙氟灵(prodiamine),以特定的比例、环境条件和季节通过专门的撒药机施用来进行有效的控制。一年生的和多年生阔叶杂草可以在翦股颖草皮上通过施用包括2,4-D、MCPP、麦草畏(dicamba)及其混合物来控制。许多草类和阔叶除草剂不能在翦股颖高尔夫球绿地上使用,因为其对翦股颖的损伤,或因为它们没有被注册为在翦股颖上使用。需要一种草甘膦耐受的翦股颖来恢复这些除草剂的使用,并需要提供一种当施用的草甘膦除草剂时在翦股颖草皮中有效的控制草类和阔叶杂草的方法。
N-磷酰甲基甘氨酸,也称为草甘膦,是一种在广谱的植物品种上具有活性的公知除草剂。草甘膦是Roundup(Monsanto Co.)的活性成分,是在环境中具有理想的短半衰期的安全的除草剂。当施用到植物表面时,草甘膦通过植物系统性地移动。由于对莽草酸途径的抑制,草甘膦是植物毒性的,莽草酸途径提供用于合成芳香族氨基酸的前体。草甘膦抑制在植物中发现的5-烯醇丙酮-3-磷酸莽草酸合酶(EPSPS)。草甘膦耐受性也可以通过表达细菌EPSPS变体和植物EPSPS变体来实现,所述变体具有对草甘膦的低亲合性,因此在草甘膦存在的情况下保持了它们的催化活性(美国专利No.5,633,435、5,094,945、4,535,060和6,040,497)。
已知在植物中表达外源基因受到它们的染色体位置的影响,也许是由于染色质结构(例如,异染色质)或转录调控元件(例如,增强子)靠近整合位点(Weising等,Ann.Rev.Genet 22:421-477,1988)造成的。为此,常常必须筛选大量的事件来鉴别以导入的感兴趣的基因的最优表达为特征的事件。例如,已经在植物和其他生物中观察到,在事件之中可能存在着在导入基因的表达水平上的大范围变化。在表达的空间或时间模式上也可能存在差异,例如,在各种植物组织中转基因的相对表达的差异,其可能与根据存在于导入的基因结构中针对转录调控元件所期待的模式不相应。为此,普遍的是生产数百到数千个不同的事件并从这些事件中筛选具有用于商业目的的期望的转基因表达水平和模式的单个事件。具有期望的转基因表达水平或模式的事件对于利用传统的育种方法通过有性杂交将转基因渗入到其他的遗传背景中是有用的。这种杂交的子代维持了原始转化体的转基因表达特征。这个策略被用于在许多变种中确保可靠的基因表达,这些品种很好地适应了当地的生长条件和市场需求。
能够检测特定事件的存在以确定有性杂交的子代是否包含感兴趣的转基因是有用的。此外,检测特定事件的方法,比方说,对于遵守需要上市前批准的法规和对来源于重组农作物的食物进行标记是有帮助的。通过任何已知的核酸检测方法例如聚合酶链式反应(PCR)或利用核酸探针的DNA杂交,有可以检测转基因的存在。这些检测方法通常关注经常使用的遗传元件,例如启动子、终止子、标记基因等等。结果,除非邻近于插入的DNA的染色体DNA(“侧翼DNA”)的序列是已知的,这种方法对于辨别不同的事件,特别是那些利用相同的DNA构建体产生的事件可能是没有用的。已经讨论了事件特异性的PCR分析,例如,Windels等(Med.Fac.Landbouww,Univ.Gent 64/5b:459-462,1999),利用跨越了插入物和侧翼DNA之间的连接的引物组,具体地说是一个包括来自插入物的序列的引物和包括来自侧翼DNA的序列的第二引物,通过PCR鉴别了草甘膦耐受的大豆事件40-3-2。也已经描述了用于草甘膦耐受的玉米事件的事件特异性的DNA检测方法(US 20020013960A1,此处将其全部引用作为参考)。
本发明涉及草甘膦除草剂耐受的翦股颖植物ASR-368,和包含被包括在ASR-368的基因组中的转基因/基因组连接区的DNA组合物,以及用于在翦股颖植物ASR-368和其子代中检测转基因/基因组连接区的方法。
发明概述
本发明是命名为ASR-368的翦股颖转基因事件,其种子保藏在美国典型培养物保藏中心(ATCC)保藏号为No.PTA-4816。本发明的另一方面是翦股颖植物ASR-368的子代植物、或种子、或植物和种子的可再生部分。本发明还包括翦股颖植物ASR-368的一部分,包括但不限于,花粉、胚珠、花、芽、根和叶子。
本发明的一个方面提供用于检测来自翦股颖植物事件ASR-368的转基因/基因组连接区的存在的组合物和方法。提供DNA分子,其包含选自于SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2和其互补物的至少一个转基因/基因组连接DNA分子,其中连接分子跨越包含插入到翦股颖基因组中的异源DNA的插入位点和来自翦股颖细胞在翦股颖事件ASR-368中位于插入位点侧翼的基因组DNA。包含这些分子的翦股颖植物ASR-368和种子是本发明的一个方面。
提供新的DNA分子,其是转基因/基因组区域SEQ ID NO:3或其互补物,其中这个DNA分子在翦股颖事件ASR-368中是新的。在基因组中包含SEQ ID NO:3的翦股颖植物和种子是本发明的一个方面。
根据本发明的另一个方面,提供DNA分子,其是转基因/基因组区域SEQ ID NO:4或其互补物,其中这个DNA分子在翦股颖事件ASR-368中是新的。在基因组中包含SEQ ID NO:4的翦股颖植物和种子是本发明的一个方面。
根据本发明的另一个方面,提供两个DNA分子用于DNA检测方法,其中第一个DNA分子包含SEQ ID NO:3的DNA分子转基因区域的任何部分的至少11个或更多个连续多核苷酸和SEQ ID NO:3的5’侧翼翦股颖基因组DNA区域的任何部分的类似长度的DNA分子,其中当共同使用这些DNA分子时它们作为DNA引物应用于生产扩增子的DNA扩增方法。利用这些DNA引物在DNA扩增方法中生产的扩增子可检测翦股颖事件ASR-368。通过与SEQ ID NO:3的任何部分同源或互补的DNA引物生产的包含SEQ ID NO:1的任何扩增子是本发明的一个方面。
根据本发明的另一个方面,提供两个DNA分子用于DNA检测方法,其中第一个DNA分子包含SEQ ID NO:4的DNA分子转基因区域的任何部分的至少11个或更多个连续多核苷酸和SEQ ID NO:4的5’侧翼翦股颖基因组DNA区域的任何部分的类似长度的DNA分子,其中当共同使用这些DNA分子时它们作为DNA引物应用于生产扩增子的DNA扩增方法。利用这些DNA引物在DNA扩增方法中生产的扩增子可检测翦股颖事件ASR-368。通过与SEQ ID NO:4的任何部分同源或互补的DNA引物生产的包含SEQ ID NO:2的任何扩增子是本发明的一个方面。
根据本发明的另一个方面,提供检测样品中存在特定的相应于翦股颖事件ASR-368DNA的DNA的检测方法。这种方法包含:(a)使包含DNA的样品与引物组接触,所述引物组在用于与翦股颖事件ASR-368的基因组DNA进行核酸扩增反应时产生可检测翦股颖事件ASR-368的扩增子,(b)进行核酸扩增反应,从而生产扩增子;和(c)检测该扩增子。
根据本发明的另一个方面,提供检测样品中存在特定的相应于翦股颖事件ASR-368DNA的检测方法。这种方法包含:(a)使包含DNA的样品与探针接触,该探针在严紧杂交条件下与来自翦股颖事件ASR-368的基因组DNA杂交并且在严紧杂交条件下不与对照翦股颖植物DNA杂交;(b)将样品和探针置于严紧杂交条件中;和(c)检测探针与ASR-368DNA的杂交。
根据本发明的另一个方面,提供生产能耐受施用的草甘膦的翦股颖植物的方法,包含步骤:(a)使对施用的草甘膦耐受的包含本发明表达盒的第一亲本翦股颖事件ASR-368,与缺乏草甘膦耐受性的第二亲本翦股颖植物进行有性杂交,从而生产大量子代植物;和(b)挑选耐受草甘膦的子代植物。这种方法可选择性地包含进一步的步骤,该步骤使子代植物与第二亲本翦股颖植物回交并挑选草甘膦耐受的子代来生产耐受施用的草甘膦的纯育翦股颖种类。
提供包含翦股颖事件ASR-368的草类的草皮草植被(turfgrassstand)。草甘膦耐受的翦股颖ASR-368的草皮草植被在高尔夫球场上是特别有用的,这些草皮草植被是本发明的一个方面。
本发明的另一个方面是用于在翦股颖ASR-368的草皮草植被上控制杂草的方法,包含向该草皮草植被施用含草甘膦的除草剂配方的步骤。
本发明的上述及其他方面将根据以下的详细说明和附随的图变得更为显而易见。
图的简要说明
图1.pMON25496的质粒图
图2.插入在翦股颖事件ASR-368中的基因组构成
图3.ASR-368 5’转基因/基因组DNA序列(SEQ ID NO:3)
图4.ASR-368 5’转基因/基因组DNA序列(SEQ ID NO:4)
图5.ASR-368 5’转基因/基因组连接区(SEQ ID NO:1)和3’转基因/基因组连接区(SEQ ID NO:2)
优选实施方式的详细说明
提供以下定义和方法来更好的定义本发明和指导本领域的普通技术人员实施本发明。除非另作说明,根据本领域普通技术人员的常规的用法来理解术语。在分子生物学中通用术语的定义也可在Rieger等,Glossary of Genetics:Classical and molecular,第五版,Springer-Verlag:New York,1991;和Lewin,Genes V,OxfordUniversity Press:New York,1994中找到。使用如37CFR§1.822中阐明的DNA碱基命名法。
如在此处使用的,术语“翦股颖”是指Agrostis stolonifera,并包括所有可以用翦股颖ASR-368繁殖的植物变种。
如在此处使用的,术语“包含”是指“包括但不限于”。
“草甘膦”指N-磷酰甲基甘氨酸和它的盐,草甘膦是Roundup除草剂(Monsanto Co.)的活性成分。用“草甘膦除草剂”处理是指用Roundup、Roundup Ultra、Roundup Pro除草剂或任何其他包含草甘膦的除草剂配方处理。草甘膦的商用配方的实例包括但不限于,那些Monsanto Company出售的如ROUNDUP、ROUNDUPULTRA、ROUNDUPULTRAMAX、ROUNDUPCT、ROUNDUPEXTRA、ROUNDUPBIACTIVE、ROUNDUPBIOFORCE、RODEO、POLARIS、SPARK和ACCORD除草剂,所有这些都包含草甘膦作为其异丙基铵盐;那些Monsanto Company出售的如ROUNDUPDRY和RIVAL除草剂,其包含草甘膦作为其铵盐;Monsanto Company出售的如ROUNDUPGEOFORCE,其包含草甘膦作为其钠盐;和Zeneca Limited出售的如TOUCHDOWN除草剂,其包含草甘膦作为其三甲基锍盐。
转基因“事件”是通过异源DNA,即,包括感兴趣的转基因的核酸构建体对植物细胞进行转化,由转基因插入到植物基因组中再生的植物群体,和选择插入特定基因组位置的为特征的特定的植物产生的。术语“事件”指包括异源DNA的原始转化体和该转化体的子代。术语“事件”还指通过在转化体和另一个包括异源DNA的事件之间进行有性的异型杂交生产的子代。甚至在重复的对回归亲本的回交之后,来自转化的亲本的插入DNA和侧翼基因组DNA存在于杂交子代的相同染色体位置。术语“事件”还指可望将来自包含插入的DNA和紧邻插入DNA的侧翼基因组序列的原始转化体的DNA转移到包括感兴趣的转基因的插入DNA的子代中,所述子代是包括插入DNA的一个亲体株系(例如,原始转化体和自交产生的子代)与不包含插入的DNA的亲本株系进行有性杂交的结果。草甘膦耐受的翦股颖植物可以通过首先使第一亲本翦股颖植物与缺乏对草甘膦除草剂的耐受性的第二亲本翦股颖植物进行有性杂交,从而生产出大量的第一子代植物,其中第一亲本翦股颖植物由转基因的翦股颖植物生长出的、耐受施用的草甘膦除草剂的翦股颖植物组成,该转基因的翦股颖植物是由包含在pMON25496(图1)中的植物表达盒转化的;然后挑选对施用的草甘膦除草剂耐受的第一子代植物;然后对第一子代植物进行自交,从而生产出大量第二子代植物;然后从第二子代植物中挑选出草甘膦除草剂耐受植物。这些步骤可进一步包括使第一草甘膦耐受的子代植物或第二草甘膦耐受的子代植物与第二亲本翦股颖植物或第三亲本翦股颖植物回交,从而生产出耐受施用的草甘膦除草剂的翦股颖植物。在本发明中,转基因翦股颖事件也被定义为翦股颖事件ASR-368,在此也可称为ASR-368或事件ASR-368。
还应理解的是,两个不同的转基因的植物也可以被配对来生产包含两个独立地分别添加的外源基因的后代。适当于代的自交能产生对于两个添加的外源基因都是纯合的植物。还包括对亲本植物进行回交和用非转基因植物进行异型杂交以及营养繁殖。通常被用于不同性状和作物的其他繁育方法的说明可参见下述任一参考文献例如,Fehr,Breeding Methods for Cultivar Development,Wilcox J.ed.,American Society of Agronomy,Madison WI(1987)。
“探针”是分离的核酸,在上面附有常规的可检测的标记或报告分子,例如,放射性同位素、配体、化学发光剂或酶。这种探针与目标核酸的链互补,就本发明来说,与来自翦股颖事件ASR-368的基因组DNA的链互补,不论该基因组DNA是来自翦股颖事件ASR-368植物还是来自包括来自该事件的DNA的样品。根据本发明的探针不仅包括脱氧核糖核酸或核糖核酸,还包括与目标DNA序列特异结合并可用于检测目标DNA序列存在的聚酰胺及其他探针材料。
“引物”是分离的核酸,其通过核酸杂交与互补的目标DNA链退火形成引物和目标DNA链的杂合体,然后通过聚合酶,例如DNA聚合酶沿目标DNA链延伸。本发明的引物对涉及它们用于目标核酸序列的扩增的用途,例如,通过聚合酶链式反应(PCR)或其他常规的核酸扩增方法。
探针和引物的长度通常是11个多核苷酸或以上,常常是18个多核苷酸或以上、24个多核苷酸或以上、或30个多核苷酸或以上。选择这种探针和引物使其具有足够的长度来在高度严紧杂交条件下特异地与目标序列杂交。尽管可以通过常规方法设计保持对目标序列的杂交能力的、与目标序列不同的探针,优选的,根据本发明的探针和引物具有与目标序列类似的全部的序列。
制备和使用探针和引物的方法已有描述,例如,MolecularCloning:A Laboratory Manual,2nd ed.,vol.1-3,ed.Sambrook等,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY,1989(在下文中,“Sambrook等,1989”);Current Protocolsin Molecular Biology,ed.Ausubel等,Greene Publishing andWiley-Interscience,New York,1992(定期更新)(在下文中,“Ausubel等,1992”);和Innis等,PCR Protocols:A Guide toMethods and Applications,Academic Press:San Diego,1990。PCR引物对可源自已知序列,例如,通过使用为此目的设计的计算机程序,例如Primer(Version 0.5,1991,Whitehead Institute forBiomedical Research,Cambridge,MA)。
在此公开的根据侧翼基因组DNA和插入序列的引物和探针可用于通过常规方法确认(和,如有必要,纠正)公开的DNA序列,例如,对这种分离自翦股颖ASR-368的DNA分子进行重克隆和测序,翦股颖ASR-368的种子保藏在ATCC,保藏号为PTA-4816。
本发明的核酸探针和引物在严紧条件下与目标DNA分子杂交。可使用任何常规的核酸杂交或扩增方法来鉴别样品中来自转基因事件的DNA的存在。核酸分子或其片段能在某些环境下与其他的核酸分子特异性的杂交。如此处使用的,如果两个核酸分子能形成反义平行的双链核酸结构,则称为两个核酸分子能相互特异性的杂交。如果核酸分子显示出完全的互补性,则称为核酸分子是另一个核酸分子的“互补物”。如此处使用的,当一个分子的每一个核苷酸与另一个分子的核苷酸互补时,称为分子显示出“完全的互补性”。如果它们的相互杂交具有足够的稳定性以使它们在至少常规的“低严紧”条件下保持相互的退火,称为两个分子是“最低度互补的”。类似地,如果它们的相互杂交具有足够的稳定性以使它们在至少常规的“高严紧”条件下保持相互的退火,称为分子是“互补的”。常规的严紧条件由Sambrook等,1989和Haymes等,在NucleicAcid Hybridizatiorz,A PracticalApproach,IRL Press,Washington,DC(1985)中描述。因此对完全的互补性的偏离是可允许的,只要这种偏离不会完全地排除分子形成双链结构的能力。为了使核酸分子充当引物或探针,仅需在序列中充分的互补,以使得在所使用的特定溶剂和盐浓度下能形成稳定的双链结构。
此处所用的,基本上同源的序列是在高度严紧条件下和与其相比较的核酸序列的互补物特异性的杂交的核酸序列。促进DNA杂交的适当严紧的条件,例如,6.0×氯化钠/柠檬酸钠(SSC)约45℃,之后是在50℃用2.0×SSC洗涤,对本领域的技术人员是公知的,或可在Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,N.Y.(1989),6.3.1-6.3.6中找到。例如,洗涤步骤中的盐浓度可以从低度严紧的约2.0×SSC、50℃到高度严紧的约0.2×SSC、50℃之中选择。此外,洗涤步骤中的温度可以从低度严紧条件的室温下约22℃,到高度严紧条件的约65℃。温度和盐度可以都变化,或者温度或盐浓度保持不变而另一个变量发生改变。在优选的方案中,本发明的核酸与SEQ ID NO:1、2、3或4中列出的一个或多个核酸分子,或其互补物或其中任何一个的片段,在中度严紧条件下,例如,在2.0×SSC和约65℃下杂交。在特别优选的方案中,本发明的核酸与SEQ ID NO:1到SEQ ID NO:4中列出的一个或多个核酸分子,或其互补物或其中任何一个的片段,在高度严紧条件下杂交。在本发明的一个方面中,本发明的优选的标记物核酸分子具有SEQ ID NO:1到SEQ ID NO:4中列出的,或其互补物或其中任何一个的片段的核酸序列。在本发明的另一个方面中,本发明的优选的标记物核酸分子与SEQ ID NO:1到SEQ ID NO:4中列出的,或其互补物或其中任何另一个的片段的核酸序列享有80%到100%,或90%到100%的序列同一性。在本发明的更进一步的方面中,本发明的优选的标记物核酸分子与SEQ ID NO:1到SEQ ID NO:4中列出的,或其互补物或其中任何另一个的片段的核酸序列享有95%到100%的序列同一性。SEQ ID NO:1到SEQ ID NO:4可用作植物繁育方法中的标记物来鉴别遗传杂交的子代,与对单一序列重复DNA标记物分析描述的方法类似,如“DNA markers:Protocols,applications,and overviews:(1997)173-185,Cregan,等,eds.,Wiley-Liss NY;全部引入作为参考。探针与目标DNA分子的杂交可以通过许多本领域技术人员已知的方法进行检测,这些可包括但不局限于,荧光标记、放射性标记、基于抗体的标记和化学发光标记。
关于使用特定的扩增引物对目标核酸序列的扩增(例如,通过PCR),“严紧条件”是允许引物对仅与目标核酸序列杂交的条件,具有相应的野生型序列(或其互补物)的引物将与目标核酸序列结合,优选的在DNA热扩增反应中产生独特的扩增产物,扩增子。
术语“特异于(目标序列)”是指探针或引物在严紧杂交条件下仅与包含目标序列的样品中的目标序列杂交。
如此处使用的,“扩增的DNA”或“扩增子”指目标多核苷酸分子的多核苷酸扩增产物,目标多核苷酸分子是多核苷酸模板的一部分。例如,为确定有性杂交产生的翦股颖植物是否包含来自本发明的翦股颖事件ASR-368植物的转基因事件基因组DNA,可对从翦股颖植物组织样品中提取的DNA利用引物对通过多核苷酸扩增法产生对ASR-368事件DNA的存在有检测价值的扩增子,其中引物对包括来源于在ASR-368植物的基因组中邻近插入的异源DNA(转基因DNA)的插入位点的侧翼DNA的引物,和来源于插入的异源DNA的第二引物。扩增子具有一定长度并具有多核苷酸序列,对事件的检测也是有价值的。扩增子的长度可在引物对加上一个核苷酸碱基对的组合长度范围发生变化,优选的加上约五十个核苷酸碱基对,更优选的加上约两百五十个核苷酸碱基对,和更进一步优选的加上约四百五十个核苷酸碱基对或以上。做为选择,引物对可以是源自插入的异源DNA两侧的多核苷酸侧翼基因组序列,以产生包含全部的插入多核苷酸序列的扩增子(例如,正向基因组引物来自SIQ ID NO:3,反向基因组引物来自SEQ ID NO:4,扩增插入的DNA分子,其包含转化到翦股颖中的pMON25496 DNA片段的HindIII表达盒,约6681核苷酸碱基对,图1)。源自ASR-368的植物基因组序列的引物对的成员可以被定位在距插入的DNA分子一定距离上,该距离可以在一个核苷酸碱基对到约两万核苷酸碱基对的范围变化。术语“扩增子”的使用要特定的排除可在DNA热扩增反应中形成的引物二聚物。
可以通过本领域已知的任何一种多核苷酸扩增方法,包括聚合酶链式反应(PCR)完成多核苷酸扩增。本领域已知一种扩增方法,特别地在美国专利NO.4,683,195和4,683,202和PCR Protocols:A Guideto Methods and Applications,ed.Innis等,Academic Press,SanDiego,1990中描述。PCR扩增方法已经发展到可扩增达到22kb的基因组DNA和达到42kb的噬菌体DNA(Cheng等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:5695-5699,1994)。这些方法以及本领域的其他DNA扩增方法可用于实施本发明。来自翦股颖事件ASR-368的异源DNA插入物或侧翼基因组DNA的序列可以利用来源于此处提供的序列的引物从事件中扩增这种DNA分子,然后对PCR扩增子或克隆的DNA进行标准的DNA测序,来核实(如果有必要,可被纠正)。根据DNA扩增方法的DNA检测试剂盒包含特异性扩增有检测价值的扩增子的DNA引物。该试剂盒可提供基于琼脂糖凝胶的检测方法或本领域已知的许多检测扩增子的方法。
可以提供大量的技术来检测这些方法生产的扩增子。其中一个方法是Genetic Bit Analysis(Nikiforov,等Nucleic Acid Res.22:4167-4175,1994),其中,设计于迭盖邻近侧翼基因组DNA序列和插入的DNA序列的DNA寡聚核苷酸。将寡聚核苷酸固定在微量滴定板的孔中。在对感兴趣的区域进行PCR之后(使用在插入的序列中的一个引物,和在邻近侧翼基因组序列中的一个引物),单链PCR产物可与固定的寡聚核苷酸杂交并充当模板,用于利用DNA聚合酶和特异于期待的下一个碱基的标记脱氧核苷酸三磷酸盐(ddNTP)进行单碱基延伸反应。读出过程可以是基于荧光的或基于ELISA的。信号指示由于成功的扩增、杂交和单碱基延伸导致的插入/侧翼序列的存在。
另一个方法是如Winge(Innov.Pharma.Tech.00:18-24,2000)描述的Pyrosequencing技术。在这个方法中设计于迭盖邻近基因组DNA和插入DNA连接的寡聚核苷酸。使寡聚核苷酸与来自感兴趣区域的单链PCR产物(一个引物在插入的序列中,一个在侧翼基因组序列中)杂交,在存在DNA聚合酶、ATP、硫酸化酶、荧光素酶、三磷酸腺苷双磷酸酶、腺苷酸5’磷酸和萤光素的情况下孵育。分别地添加脱氧核糖核苷酸(DNTP),测量导致发光的掺入。发光指示由于成功的扩增、杂交和单碱基或多碱基延伸导致的转基因插入/侧翼序列的存在。
Chen等描述的荧光偏振(Genome Res.9:492-498,1999)是可用于检测本发明的扩增子的方法。利用这个方法设计于迭盖基因组侧翼和插入的DNA连接的寡聚核苷酸。使寡聚核苷酸与来自感兴趣区域的单链PCR产物(一个引物在插入的DNA序列中,一个在侧翼基因组DNA序列中)杂交,在存在DNA聚合酶和荧光标记的ddNTP的情况下孵育。单碱基延伸导致ddNTP的掺入。利用荧光计测量偏振的变化可以测量所述的掺入。偏振的变化指示由于成功的扩增、杂交和单碱基延伸导致的转基因插入/侧翼序列的存在。
Taqman(PE Applied Biosystems,Foster City,CA)是一种对DNA序列的存在进行检测和定量的方法,可以根据厂家提供的说明完全理解。简要地,设计于迭盖基因组侧翼和插入DNA连接区的FRET寡聚核苷酸探针。在存在热稳定聚合酶和dNTP的情况下,FRET探针和PCR引物(一个引物在插入的DNA序列中和一个在侧翼基因组序列中)进行循环。FRET探针的杂交导致FRET探针上荧光部分从淬火部分裂解和释放。荧光信号指示由于成功的扩增和杂交导致的侧翼/转基因插入序列的存在。
如Tyangi等所述(Nature Biotech.14:303-308,1996),已经描述了用于序列检测的Molecular Beacons。简要地说,设计于迭盖基因组侧翼和插入那些DNA连接的FRET寡聚核苷酸探针。该FRET探针的独特的结构造成其包含二级结构,该二级结构使荧光和淬火部分保持邻近。在存在热稳定聚合酶和dNTP的情况下,FRET探针和PCR引物(一个引物在插入的DNA序列中和一个在侧翼基因组序列中)进行循环。在成功的PCR扩增之后,FRET探针对目标序列的杂交导致探针二级结构的消除和荧光部分与淬火部分的空间隔离。产生荧光信号。荧光信号指示了由于成功的扩增和杂交导致的侧翼/转基因插入序列的存在。
翦股颖事件ASR-368是对草甘膦除草剂耐受的,作为草皮草植被是有用的。可用于私人和公共场所培养草皮草植被。好的草皮草植被,或绿地,兼备美观和实用性;对于高尔夫球、网球、棒球、足球及其他体育设施它的维护是一种昂贵的和专业化的程序。翦股颖ASR-368事件作为高尔夫球场上生长的草皮草植被是特别有用的。高尔夫球场有多种草皮草植被草皮草组分,其形成球洞。这些组分包括开球区、球道、障碍区和绿地。当将事件ASR-368用作草皮草时可提供通过使用包含草甘膦的除草剂有效地控制杂草,从而便于管理的草皮草植被。包含翦股颖事件ASR-368的草皮草植被是本发明的一个方面,鉴于ASR-368草皮草植被是高尔夫球场的组分,该组分也是本发明的一个方面。本发明的草皮草植被优选的包含50%或以上组分的翦股颖事件ASR-368,更优选的75%组分,更进一步优选的大于90%组分。
以下实施例用于说明本发明的某些优选的方案。那些本领域的技术人员应当了解,在实例中公开的技术代表发明人已验证的可在实践本发明中充分发挥其功能的方法,因此可以被认为是实施本发明的优选实施例。然而,本领域的技术人员根据当前公开的内容应当理解,可以在公开的特定的方案中进行许多变化,在不背离本发明的主旨和范围的情况下仍获得相象的或类似的结果。
实施例
实施例1
通过利用来源于(图1)包含本发明的转基因插入物的pMON25496的线性HindIII DNA片段对翦股颖系B99061R/990028进行微弹轰击,产生转基因的翦股颖事件ASR-368。该DNA片段包含两个转基因表达盒,共同赋予翦股颖ASR-368植物对草甘膦的耐受性。第一个表达盒由水稻肌动蛋白1启动子和内含子(P-Os.Act1,也被称为P-ract,和内含子I-Os.Act1,也被称为ract内含子,美国专利NO.5,641,876)组成,可操作的连接到拟南芥(Arabidopsis)EPSPS叶绿体转运肽(TS-At.EPSPS:CTP2,也称为ctp2,Klee等,Mol.Gen.Genet.210:47-442,1987),可操作的连接到来自土壤杆菌菌株CP4(AGRTU.aroA:CP4 EPSPS,也称as cp4,美国专利NO.5,633,435)的草甘膦耐受的5-烯醇-丙酮基莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS),和可操作的连接到胭脂氨酸合酶转录终止子(T-nos,也称作NOS 3’,Fraley等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80:4803-4807,1983)。第二转基因表达盒包含串联重复的增强子区域的花椰菜花叶病毒35S启动子(P-CaMV.35S,也被称为P-e35S,Kay等Science 236:1299-1302,1987;美国专利NO.5,164,316),可操作的连接到玉米(Zea Mays)Hsp70内含子(I-Zm.Hsp70,也称为ZmHSP70内含子,美国专利No.5,362,865),可操作的连接到拟南芥EPSPS叶绿体转运肽(TS-At.EPSPS:CTP2),可操作的连接到来自土壤杆菌菌株CP4(AGRTU.aroA:CP4 EPSPS)的草甘膦耐受的5-烯醇-丙酮基莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS),和可操作的连接到胭脂氨酸合酶转录终止子(T-nos,Fraley等Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80:4803-4807,1983)。已经展示了DNA构建体pMON25496赋予转基因玉米草甘膦耐受性(US20020013960A1)。在轰击后,在包含3mM草甘膦的培养基上选择草甘膦耐受的转基因愈合组织,随后再生植物。生产出转基因事件,根据特性的优势综合,包括草甘膦耐受性、农学性能、和单转基因插入,挑选出事件ASR-368。在ASR-368中发生的转基因插入如图2所示。
实施例2
测试草甘膦耐受的翦股颖事件ASR-368对草甘膦植物损伤的耐受性。草甘膦耐受的翦股颖事件ASR-368对于用手动喷雾器喷雾的5%RoundupPro(包含草甘膦的除草剂配方)或相当于每英亩128盎斯RoundupPro的数量没有显示受损。标准推荐的比率是1.25到2.5%RoundupPro或相当于每英亩32到64盎司RoundupPro的数量。在生长季节期间,初夏、仲夏和早秋,施用三次包含草甘膦的除草剂配方来检测经受事件ASR-368的草皮草植被的草甘膦耐受性。翦股颖事件ASR-368在三个检测点显示了对施用的全部草甘膦的耐受性。对事件ASR-368没有观察到植物损伤,而不包含pMON25496的翦股颖植物经过包含草甘膦的除草剂配方处理全部严重的损伤或被杀死。用包含草甘膦的除草剂处理作为草皮草植被的草皮草组分的翦股颖ASR-368是在草皮草植被中控制杂草及其他不需要的植物的有用的方法。
实施例3
邻近转基因插入物的5’和3’基因组区域的DNA序列通过利用Clontech的Universal Genome WalkerTM试剂盒和RAGE法(基因组DNA末端的快速扩增)分离DNA分子来确定。通过用HindIII在37℃消化过夜从翦股颖ASR-368基因组DNA中分离出5’转基因/基因组DNA(图3)、用XbaI在37℃消化pBluescript KS质粒(Stratagene,La Jolla CA)3小时。将四个核苷酸碱基突出端用两个核苷酸补平以适合于连接。通过在适当条件下与T4DNA连接酶一起孵育,使基因组DNA与用XbaI消化的、2个核苷酸碱基补平的pBluescript KS质粒连接。在连接反应之后,将5μl的连接混合物用于DNA扩增法,使用2μl 10μM M13正向引物(SEQ ID NO:5)、2μl 10μM ASR-368转基因特异的寡聚核苷酸引物(SEQ ID NO:6),1.75μl 10mM脱氧核糖核苷酸,Expand Long Template PCR System(Roche)和水至50μl。首轮反应在热循环仪中以下循环条件进行:94℃2分钟30个循环;每次94℃10秒;56℃30秒;68℃3分钟和最后68℃10分钟。在第二反应中扩增1μl的首轮反应物,包括2μl 10μM T7引物(SEQ ID NO:7),2μl ASR-368特异性的引物(SEQ ID NO:8),1.75μl 10mM脱氧核糖核苷酸,Expand Long Template PCR系统(Roche)和加水至50μl,热循环条件与初级反应使用的相同。
通过PCR证实翦股颖样品中转基因/基因组DNA的存在。利用一个引物(SEQ ID NO:11)配合第二引物(SEQ ID NO:12)生产出5’转基因/基因组连接区扩增子,前一引物被设计为相应于插入的转基因DNA 5’端的侧面的基因组DNA序列,第二引物在插入的转基因DNA的水稻肌动蛋白1启动子中。5’连接扩增子通过以约50ng叶子基因组DNA(1μl)作为模板,15pmol每个引物(各1.5μl)和Expand HighFidelity PCR系统在50μl反应体积中产生。扩增反应在以下循环条件下进行:94℃2分钟进行1个循环;94℃15秒,60℃30秒,72℃1分钟进行10个循环;94℃15秒,60℃30秒,72℃1分钟,每循环加额外的5秒进行25个循环;72℃7分钟进行1个循环。
在另一个方法中,从翦股颖事件ASR-368分离相应的转基因/基因组DNA分子也可以如Genome WalkerTM试剂盒中描述的(目录#K1807-1,CloneTech Laboratories,Inc,Palo Alto,CA)利用连接的接头和嵌套PCR来完成。首先,用CTAB纯化法(Rogers等,PlantMol.Biol.5:69-76,1985)从ASR-368事件分离基因组DNA。根据制造商的说明(Genome WalkerTM,CloneTech Laboratories,Inc,Palo Alto,CA)制备用于扩增的基因组DNA库。在独立的反应中,基因组DNA用平头末端限制性核酸内切酶在37℃消化过夜(CloneTechLaboratories,Inc,Palo Alto,CA)。用苯酚∶氯仿提取反应混合物,向水相添加乙醇沉淀DNA,通过离心作用颗粒化,然后重悬浮在Tris-EDTA缓冲液(10mM Tris-HCl,pH8.0,1mM EDTA)中。根据制造商的说明将纯化的平头末端基因组DNA片段连接到GenomeWalkerTM接头上。连接之后,热处理(70℃5分钟)每个反应来终止反应,然后在Tris-EDTA缓冲液中稀释10倍。1μl各连接物在50μl反应中进行扩增,包括1μl各接头-连接的库、1μl 10μM GenomeWalkerTM接头引物AP1(SEQ ID NO:9,制造商提供)、1μl 10μM事件ASR-368转基因特异性的寡聚核苷酸(SEQ ID NO:12)、1μl 10mM脱氧核糖核苷酸、2.5μl二甲基亚砜、5μ10X包含MgCl2的PCR缓冲液、0.5μl(2.5单位)Amplitaq热稳定DNA聚合酶(PE AppliedBiosystems,Foster City,CA)加H2O至50μl。在热循环仪中利用计算的温度控制和下列循环条件进行反应:95℃9分钟1个循环;94℃2秒,70℃3分钟进行7个循环;94℃2秒,65℃3分钟进行36个循环;65℃4分钟进行1个循环。1μl的每个首轮反应物用50倍水稀释,在第二反应中扩增(1μl各稀释的首轮反应物,1μl 10μM Genome WalkerTM嵌套接头引物AP2,(SEQ ID NO:10,由制造商提供),1μl 10μM事件ASR-368转基因特异性的嵌合寡聚核苷酸(SEQ ID NO:12),1μl 10mM脱氧核糖核苷酸,2.5μl二甲基亚砜,5μl包含MgCl2的10XPCR缓冲液,0.5μl(2.5单位)Amplitaq热稳定的DNA聚合酶(PE Applied Biosystems,Foster City,CA)加H2O到50μl),使用以下循环条件:95℃9分钟1个循环;94℃2秒,70℃3分钟5个循环;94℃2秒,65℃3分钟24个循环;65℃4分钟1个循环。
PCR产物,代表跨越了在翦股颖事件ASR-368转基因插入物和邻近的侧翼翦股颖基因组DNA序列之间的连接的5’区域,通过琼脂糖凝胶电泳纯化,然后利用QIAquick Gel Extraction试剂盒(目录#28704,Qiagen Inc.,Valencia,CA)从琼脂糖基块上分离,直接克隆到pGEM-T Easy载体(目录#A1360,Promega,Madison,+WI)中。通过DNA序列分析(ABI PrismTM 377,PE Biosystems,FosterCity,CA和DNASTAR序列分析软件,DNASTAR Inc.,Madison,WI)确认克隆的PCR产物与用来生产翦股颖ASR-368的pMON25496的HindIII片段的同一性和关系。5’基因组/转基因区域DNA分子的DNA序列如图3所示。通过用下划线的DNA序列在图3中进一步确认了翦股颖基因组DNA部分,双下划线的DNA序列是与PCR引物分子同源或互补的DNA序列,对包含SEQ ID NO:3的翦股颖基因组的确认是有用的。
类似地,利用第一引物(SEQ ID NO:14)和第二引物(SEQ ID NO:13)扩增了翦股颖事件ASR-368 3’侧翼基因组DNA序列(图4),前一引物被设计为位于转基因插入物3’端侧面的基因组DNA序列,第二引物位于pMON25496中包含的T-nos 3’转录终止区域。利用约211ng叶子基因组DNA(1μl)作为模板,15pmol每个引物(各1.5μl)和Expand Long Template PCR系统(Roche)在50μl反应体积中进行PCR。在以下循环条件下进行反应的扩增:94℃2分钟1个循环;94℃10秒,60℃30秒,68℃30秒35个循环;68℃10分钟1个循环。
通过对GenomeWalkerTM衍生的扩增产物进行测序并与已知的转基因序列比对,位于转基因插入物的两侧的翦股颖基因组DNA序列被确定为事件ASR-368。对转基因插入位点的5’区域测序,该区域包含插入连接周围的896核苷酸碱基对(bps)的转基因/基因组DNA序列(SEQID NO:3)。该DNA序列由637bps的侧翼翦股颖基因组序列(SEQ IDNO:3的1-637位核苷酸)和259bps的来自P-Os.Act1 5’端的序列(SEQ ID NO:3的638-896位核苷酸)组成,如图3所示。
DNA序列被确定为3’插入连接周围的474bps片段(SEQ ID NO:4),其来自具有T-nos转录终止子的248bps的5’端(SEQ ID NO:4的1-248位核苷酸),剩余序列由位于整合位点侧面的翦股颖基因组DNA序列(相应于SEQ ID NO:4的249-474位碱基)组成,如图4所示。双下划线的DNA序列是与PCR引物分子同源或互补的DNA序列,对包含SEQ ID NO:4的翦股颖基因组的鉴别是有用的。
连接序列,SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2(图5)是来自事件ASR-368的新的DNA序列,对于检测翦股颖植物事件ASR-368和它的子代是有价值的。在SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2中的连接序列包含转基因序列片段的插入位点的两侧的多核苷酸和翦股颖基因组DNA。连接序列SEQ ID NO:1在SEQ ID NO:3的626-649位的核苷酸、转基因插入位点的5’区域。连接序列SEQ ID NO:2位于SEQ ID NO:4置236-259位的核苷酸、转基因插入位点的3’区域。每个连接序列都可用作DNA探针和引物,来特异地鉴定事件ASR-368的基因组DNA。
实施例4
DNA事件引物对用于生产对翦股颖事件ASR-368有检测价值的扩增子。对ASR-368有检测价值的扩增子包含至少一个连接序列,SEQ IDNO:1或SEQ ID NO:2。将产生对翦股颖ASR-368有检测价值的扩增子的ASR-368事件引物对,包括但不限于,包括事件引物1(SEQ ID NO:11)和事件引物2(SEQ ID NO:12)的引物对,其提供5’扩增子DNA分子,和引物对SEQ ID NO:13和SEQ NO:14,其在表1列出的方案中代替引物1和引物2生产3’扩增子DNA分子。除这些引物对之外,来源于SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4的、在DNA扩增反应产生对翦股颖事件ASR-368有检测价值的扩增子的任何引物对都是本发明的一个方面。包含SEQ ID NO:3的11个连续核苷酸或其互补物的任何单个分离的DNA多核苷酸引物分子,都是对生产对翦股颖事件ASR-368有检测价值的扩增子DNA的扩增方法有用的,是本发明的一个方面。包含SEQ ID NO:4的11个连续核苷酸或其互补物的任何单个分离的DNA多核苷酸引物分子,其是对生产对翦股颖事件ASR-468有检测价值的扩增子的DNA扩增方法有用的,是本发明的一个方面。用于这些分析的扩增条件在表1和表2中说明,然而,对这些利用DNA引物生产对翦股颖事件ASR-368有检测价值的方法的任何修改都在本领域普通技术人员的范围内。检测上有价值的扩增子包含至少一个转基因/基因组连接DNA(SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2)。
对事件ASR-368植物组织样品的分析应包括来自事件ASR-368的阳性组织对照、来自非事件ASR-368的翦股颖植物的阴性对照,和不包含翦股颖DNA的阴性对照。额外的引物序列可以由对DNA扩增方法熟练的技术人员从SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4中选择,为生产扩增子选用的条件可以是表1和表2所示的条件或与之不同的条件,只要可产生对事件ASR-368有检测价值的扩增子即可。对表1和表2的方法有修改的DNA引物序列的使用在本发明的范围之内。通过至少一个来源于SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4的DNA引物序列生产的、对ASR-368有检测价值的扩增子是本发明的一个方面。
包含至少一个来源于SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4的引物、用于DNA扩增方法可产生对翦股颖ASR-368有检测价值的扩增子的DNA检测试剂盒,是本发明的一个方面。通过至少一个来源于pMON25496的任何遗传元件的引物序列生产的、对ASR-368有检测价值的扩增子是本发明的一个方面。翦股颖植物或种子是本发明的一个方面,其中当使用DNA扩增方法检测以从所述翦股颖植物或种子中扩增DNA分子时,其基因组能产生对翦股颖事件ASR-368有检测价值的扩增子。对ASR-368扩增子的分析可通过利用如表2所示的StratageneRobocycler、MJ Engine、Perkin-Elmer 9700或EppendorfMastercycler Gradient热循环仪,或通过本领域技术人员所知的方法和设备来进行。
表1.用于鉴定翦股颖事件ASR-368 5’转基因插入物/基因组连接区的PCR程序和反应混合物条件。
  步骤   试剂   数量   备注
  1   无核酸酶的水   添加至终体积20μl   -
  2   10X反应缓冲液(有MgCl2)   2.0μl   缓冲液终浓度1X,MgCl2的终浓度1.5mM
  3   10mM dATP、dCTP、dGTP和dTTP溶液   0.4μl   每种dNTP的终浓度200μM
  4   事件引物1(SEQ IDNO:11)(悬浮于1×TE缓冲液或无核酸酶的水中,浓度10μM)   0.4μl   终浓度0.2μM
  5   事件引物2(SEQ IDNO:12)(悬浮于1×TE缓冲液或无核酸酶的水中,浓度10μM)   0.4μl   终浓度0.2μM
  6   无RNase、DNase(500ng/μl)   0.1μl   50ng/反应
  7   RED Taq DNA聚合酶(1单位/μl)   1.0μl(推荐在下一步骤前更换移液管)   1单位/反应
  8   提取的DNA(模板):·需分析的样品*单独的叶*叶的集合(最大50叶/集合)·阴性对照·阴性对照·阳性对照 ·10-200ng基因组DNA·200ng基因组DNA·50ng翦股颖基因组DNA(非ASR-368)·无模板DNA·50ngASR-368基因组DNA   -
表2.对不同热循环仪建议的PCR参数
轻轻地混合,和如果必要(热循环仪上没有加热盖),在每个反应上添1-2滴矿物油。利用以下循环参数在StratageneRobocycler、MJEngine、Perkin-Elmer 9700、或EppendorfMastercycler Gradient热循环仪上进行PCR。
注意:MJ Engine或Eppendorf Mastercycler Gradient热循环仪应按计算的模式运行。将变温速度(ramp speed)设定在最大值运行Perkin-Elmer 9700热循环仪。
  循环数   装置:Stratagene Robocycler
  1   94℃3分钟
  38   94℃1分钟60℃1分钟72℃1分钟和30秒
  1   72℃10分钟
  循环数   装置:MJ Egnine或Perkin-Elmer 9700
  1   94℃3分钟
  38   94℃10秒60℃30秒72℃1分钟
  1   72℃10分钟
Monsanto公司的保藏物,以上公开的和权利要求中所述的翦股颖种子ASR-368已经根据布达佩斯条约保藏在美国典型培养物保藏所(ATCC),10801 University Boulevard,Manassas,Va.20110。ATCC保藏号是PTA-4816。该保藏物将维持30年、或在最后一次请求后5年、或在本专利的有效期内,取其中期限较长的,根据需要就在该时期内进行替换。
已经说明和描述了本发明的原理,对本领域的技术人员显而易见的是,可以在安排和细节上对本发明进行修改而不背离这种原理。我们要求所有的修改都处于附加的权利要求的精神和范围内。
在本说明书中引用的所有出版物和公开的专利文件在此通过引证来引入,其程度如同特定的或单独的指示通过引证来引入各单独的出版物或专利申请。
                            序列表
<110>Guo,Xiaoli
     Harriman,Robert
     Lee,Lisa
     Nelson,Erick
<120>翦股颖事件ASR-368和组合物及其检测方法
<130>11899.0236.PCUS00
<150>60/431153
<151>2002-12-05
<160>14
<170>PatentIn version 3.2
<210>1
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>翦股颖基因组DNA和转基因插入DNA的嵌合DNA
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(24)
<223>5’转基因/基因组连接DNA,翦股颖基因组DNA和转基因插入DNA的嵌合DNA
<400>1
gacatatgct taagaagaga gtcg                             24
<210>2
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>翦股颖基因组DNA和转基因插入DNA的嵌合DNA
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(24)
<223>3’转基因/基因组DNA连接,翦股颖基因组DNA和转基因插入DNA的嵌合DNA
<400>2
aattcggtac catgtaccac gaac                             24
<210>3
<211>896
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>翦股颖基因组DNA和转基因插入DNA的嵌合DNA
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(896)
<223>5’转基因/基因组区,翦股颖基因组DNA和转基因插入DNA的嵌合DNA
<400>3
aagcgagtat cctgataaga aaggaagaag acgatcgctc tgtctatggg cggggctcag     60
ggcgacgaca gaaccagagc tttcgtcgtg aacaaaacag ggaaggacca aagcagagga    120
agaggagagg aaacagagag aaagaggggg ttggtaggta cttggtggtc cctgctactt    180
ctccaacagc agcagaaagg aaagaagaac gaaccaaggc acaagtacgc tccaaccgag    240
ccatcccttt cttcccttta tcattgactt taatcatgag aaatctaatt aattaattaa    300
actctacgca aaaggcatat aaaattgtca attatgcaag gcagttgccc tgtttctggt    360
agccggttac aacacaggaa gacaaccaaa agcgtcggaa aagtgagttt agtcgaatct    420
gaattcaatg tgaaagattt ttgtaaagaa tgaaataaat cccgataaaa aaagaatgaa    480
caaaaggaaa ctaaaaaact gtggatgtga gtccaacgtt taagcatatc gatgcaaacg    540
tgatgaagaa ccaaacgcgc cggcggaaga cggattcccg gaagaccaaa ttaaagacga    600
tagttgtcga gcaaacgacc aaaagaagaa gatccgacat atgcttaaga agagagtcgg  660
gatagtccaa aataaaacaa aggtaagatt acctggtcaa aagtgaaaac atcagttaaa  720
aggtggtata aagtaaaata tcggtaataa aaggtggccc aaagtgaaat ttactctttt  780
ctactattat aaaaattgag gatgtttttg tcggtacttt gatacgtcat ttttgtatga  840
attggttttt aagtttattc gcttttggaa atgcatatct gtatttgagt cgggtt      896
<210>4
<211>474
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>翦股颖基因组DNA和转基因插入DNA的嵌合DNA
<400>4
agattgaatc ctgttgccgg tcttgcgatg attatcatat aatttctgtt gaattacgtt   60
aagcatgtaa taattaacat gtaatgcatg acgttattta tgagatgggt ttttatgatt  120
agagtcccgc aattatacat ttaatacgcg atagaaaaca aaatatagcg cgcaaactag  180
gataaattat cgcgcgcggt gtcatctatg ttactagatc ggggatatcc ccggggaatt  240
cggtaccatg taccacggaa cagaaaaaag aaaggcccac ggttgtgcag gaaacggcca  300
ccgcgcgagc cagcgcctca cgcctcatcc gccattccgt cgagcacccc gcacgcgccg  360
ccgctgctat gctcctccgg ccgcgcccct tcctcctcca ggtcctcacg ccgcttcgct  420
cctcccgcgc ccccctcgcg gtccgccgca cgctctcagc gcacgccgcg gcag        474
<210>5
<211>23
<212>DNA
<213>噬菌体M13
<400>5
cgccagggtt ttcccagtca cga                              23
<210>6
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA引物分子
<400>6
tgacgtatca aagtaccgac aaaaacatcc                       30
<210>7
<211>23
<212>DNA
<213>噬菌体T7
<400>7
taatacgact cactataggg cga                              23
<210>8
<211>30
<212>DNA
<213>匍匐剪股颖
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(30)
<223>ASR-368基因组DNA引物分子
<400>8
ccttgtttt attttggact atcccgactc                        30
<210>9
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的引物分子AP1
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(26)
<223>来自Genome Walker的人工引物分子AP1
<400>9
agattgaatc ctgttgccgg tcttgc                           26
<210>10
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的引物分子AP2
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(28)
<223>来自Genome Walker的人工引物分子AP2
<400>10
gcggtgtcat ctatgttact agatcggg                         28
<210>11
<211>29
<212>DNA
<213>匍匐剪股颖
<400>11
aagcgagtat cctgataaga aaggaagaa                        29
<210>12
<211>30
<212>DNA
<213>籼稻
<400>12
aaccgactc aaatacagat atgcatttcc                        30
<210>13
<211>25
<212>DNA
<213>根癌农杆菌
<400>13
agattgaatc ctgttgcggt cttgc                            25
<210>14
<211>21
<212>DNA
<213>匍匐剪股颖
<400>14
ctgccgcggc gtgcgctgag a                                21

Claims (20)

1.命名为ASR-368的翦股颖植物的种子,其是典型的翦股颖植物的种子,以保藏号PTA-4816保藏在ATCC。
2.翦股颖植物ASR-368或其部分,其是由权利要求1所述的种子产生的。
3.权利要求2的翦股颖植物ASR-368或其部分,其包含花粉、胚珠、种子、根或叶。
4.权利要求2的翦股颖植物ASR-368,其进一步包含该植物的子代。
5.权利要求4的翦股颖植物ASR-368,其中,所述翦股颖植物或其子代的基因组包含选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4的DNA分子。
6.权利要求5的翦股颖植物ASR-368,其中,所述翦股颖植物是对草甘膦耐受的。
7.权利要求5的翦股颖植物ASR-368,其中,所述DNA分子分离自翦股颖植物ASR-368的基因组。
8.权利要求6的翦股颖植物ASR-368,其包括草皮草植被。
9.权利要求8的翦股颖植物ASR-368,其中所述草皮草用于高尔夫球场。
10.权利要求9的翦股颖植物ASR-368,其中所述高尔夫球场包含绿地、发球区或球道。
11.翦股颖植物或种子,在通过从所述翦股颖植物或种子提取的DNA中产生扩增子的DNA扩增方法进行的检测中,由其基因组产生用于检测翦股颖植物ASR-368的扩增子,其中所述扩增子包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2。
12.权利要求11的翦股颖植物或种子,其中所述扩增子是用选自SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12、以及SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14的引物对生产的。
13.特异的用于在样品中检测翦股颖事件ASR-368或其子代基因组DNA的DNA检测试剂盒,其包含具有SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4或其互补物的至少11个连续核苷酸的分离的DNA引物分子,其中所述DNA引物分子用于具有翦股颖植物ASR-368基因组DNA的DNA扩增方法中时,产生包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2的扩增子。
14.权利要求13的DNA检测试剂盒,包含选自SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12、或SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14的经分离的DNA引物分子。
15.权利要求13的DNA检测试剂盒,其中该试剂盒包含选自着色、遗传比特分析、焦磷酸测序、荧光偏振、Taqman和分子信标的DNA扩增检测方法。
16.在样品中检测是否存在DNA的方法,所述DNA相应于翦股颖ASR-368DNA该方法包含:
(a)从翦股颖ASR-368植物或植物部分提取DNA样品;和
(b)使该DNA样品与DNA引物对接触;和
(c)进行核酸扩增反应,从而产生扩增子;和
(d)检测该扩增子,
其中,所述扩增子包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2。
17.在样品中检测是否存在DNA的方法,所述DNA相应于翦股颖ASR-368DNA,该方法包含:
(a)从翦股颖ASR-368植物或植物部分提取DNA样品;和
(b)使包含DNA的样品与探针接触,所述探针在严紧杂交条件下与来自翦股颖事件ASR-368的基因组DNA杂交,但不与对照翦股颖植物基因组DNA杂交,该探针与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2同源或互补;和
(c)将样品和探针置于严紧杂交条件下;和
(d)检测探针与该DNA的杂交。
18.生产耐受施用的草甘膦除草剂的植物的方法,包含:
(a)使第一草甘膦耐受的翦股颖植物ASR-368与缺乏对草甘膦除草剂的耐受性的第二亲本翦股颖植物有性杂交,从而生产大量第一子代植物;和
(b)挑选耐受施用的草甘膦的第一子代植物;和
(c)使所述第一子代植物自交,从而生产大量第二子代植物;和
(d)从所述第二子代植物挑选草甘膦耐受植物。
19.权利要求18的方法,其进一步包含使草甘膦耐受的第一子代植物或草甘膦耐受的第二子代植物与第二亲本植物或第三亲本植物回交,从而生产草甘膦耐受的植物。
20.包含草甘膦耐受性状的翦股颖植物,其中草甘膦耐受性状与标记物多核苷酸的互补物遗传性偶联,所述标记物多核苷酸分子选自SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2。
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