CZ148399A3

CZ148399A3 - Sekvence nukleových kyselin a aminokyselin Helicobacter pylori a vakcinační prostředky

Info

Publication number: CZ148399A3
Application number: CZ19991483A
Authority: CZ
Inventors: Douglas Smith; Richard Alm
Original assignee: Astra Aktiebolag
Priority date: 1997-10-28
Filing date: 1997-10-28
Publication date: 2000-03-15

Abstract

Jsou popsány rekombinantní nebo významně přečištěné přípravky polypeptidů Hpylori.Takéjsou popsány nukleové kyseliny kódující polypeptidy. Polypeptidy Hpylorijsou užitečné pro výrobu diagnostických a vakcinačních prostředků.

Description

Předkládaný vynález se týká sekvencí nukleových kyselin a aminokyselin týkajících se'Helicobacter pylori a.vakcinačních prostředků, které je obsahují. ’

Dosavadní stav techniky

Helicobacter pylori je gram-negativní mikroaerofilní bakterie esovítého tvaru, která byla objevena a kultivována z bioptických vzorků ze žaludku. (Warren, J.R. et al., and B. Marshall (1983) Lancet 1: 1273 - 1275; a Marshall et al., (1984) Microbios Lett.

25: 83 - 88) . H. pylori byl'silně vázán na chronickou gastritis a dvanáctníkový vřed (Rathbone et al., (1986) Gut 27: 635 - 641).

Kromě toho, hromadí se důkazy pro etiologickou roli H. pylori u nonulcerosní dyspepsie, žaludečních vředů a adenokarcinomu žaludku (Blaser M.J. (1993) Trends Microbiol. 1: 255 - 260). Nákaza probíhá orální cestou a riziko infekce se zvyšuje s věkem (Taylor, D.N. and M.J. Blaser (1991) Epidemiol. Rev. 13: 42 50). H. pylori kolonizuje žaludeční sliznici a vzniká infekce, která přetrvává desetiletí. Prevalence infekce H. pylori je v celém světě. V rozvinutých zemích je pozitivita infekce vyšší než 50% u dospělé populace, zatímco rozvojové země mají pozitivitu infekce dosahující 90% pro dospělé starší 20 let. (Hopkins R.J. and J.G. Morris (1994) Am. J. Med. 97: 265 - 277).

Bakteriální faktory nezbytné pro kolonizaci žaludečního prostředí a pro virulenci tohoto patogenu, jsou málo známé. Příklady domnělých faktorů virulence zahrnují například: ureasu, enzym, který může’mít úlohu v neutralizaci kyselého pH v žaludku ' ,»·* ř

(Eaton et al., (1991) Infect. Immůnol. 59: 2470 -2475; Ferrero,

R.L. and A. Lee (1991) Microb. Ecol. Hlth. Dis. 4: 121 - 134; Labigne et al., (1991) J, Bacteriol. -173: 1920 - 1931); bakteriální bičíkové proteiny odpovědné za motilitu přes . , slizniční vrstvu (Házeli et al., (1986) J. Inf. Dis. 153: 658

663; Leying et al., (1992) Mol. Microbiol. 6: 2863 - 2874; a Haas et al.; (1993) Mol. Microbiol. 8: 753 -760); VacA, bakteriální toxin, který indukuje tvorbu intracelulárnich vakuol v epiteliálních buňkách (Schmitt, W. and R. Haas (1994) Molecular Microbiol. 12(2) 307 - 319); a několik adhesinů specifických pro tkáň žaludku (Bořen et al., (1993) Science 262: 1892 - 1895;

Evans et al., (1993) J. Bacteriol. 175: 674 - 683; a Falk et al., :,11993) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 90: 2035 - 203).

V současnosti jsou dostupná mnohá terapeutická činidla, která eradikují infekci H. pylori in.vitro (Huesca et al. (1993) Zbl. Bakt. 280: 244 - 252; Hopkins, R.J. and J. G. Morris, výše).’ Nicméně, mnoho z těchto způsobů léčby je in vivo suboptimální z důvodů bakteriální resistence, alterované distribuce lékuj nespolupráce pacienta nebo špatné dostupnosti“ léčiva (Hopkins, R.J. and J. G. Morris, výše). Léčba antibiotiky v kombinaci s bismutem je součástí standardního režimu používaného pro léčbu infekce H. pylori (Malfertheiner, P. and J.E. Dominguez-Munoz (1993) Clinical Therapeutics 15 Supp. B: 37 - 48). V současnosti bylo prokázáno, že kombinace inhibitoru protonové pumpy a jednoho antibiotika zmírňuje dvanáctníkový vřed (Malfertheiner, P. and J.E. Dominguez-Munoz, výše). Nicméně, způsoby léčby využívající antibiotik mohou obsahovat nebezpečí vzniku bakteriálních kmenů, které jsou rezistentní na tato činidla (Hopkins, R.J. and J.G. Morris, výše). Tato omezení ukazují, že jsou potřeba nové účinné metody pro léčbu infekce H. pylori in vivo. Zejména je žádoucí vývoj nových vakcin, které mohou bránit infekci těmito bakteriemi.

Podstata vynálezu

Předkládaný vynález se týká nových genů, například genů kódujících pčlypeptidy jakoo jsou bakteriální povrchové proteiny, z organismu Helicobacter pylori (H. pylori) a dalších příbuzných genů, jejich produktů a jejich použití. Nukleové kyseliny a peptidy podle předkládaného vynálezu jsou použitelné jako diagnostické prostředky a terapeutické prostředky pro H. pylori a jiné druhy'Helicobacter. Mohou být také použity pro detekci přítomnosti H. pylori a jiných druhů Helicobacter ve vzorku; a mohou být použity pro vyšetřování sloučenin schopných interference s životním cyklem H. pylori nebo těch, které jsou schopné inhibovat infekci H. pylori.-Přesněji se vynález týká složení nukleových kyselin odpovídajících celé kódující sekvenci pro proteiny H. pylori, včetně povrchových a secernóvaných proteinů nebo jejich částí, nukleových,kyselin, které se mohou vázat na mRNA proteinů z H. pylori a.tak blokovat translaci proteinů a způsobů pro výrobu proteinů H. pylori nebo jejich částí za použití peptidové Syntézy a. rekombinantních DNA technik. Vynález se také týká protilátek a nukleových kyselin, které jsou použitelné jako sondy pro detekci infekce H. pylori. Dále se vynález týká vakcin a způsobů pro ochranu před infekcí H. pylori nebo pro léčbu infekce H. pylori.

Popis obrázků na připojených výkresech

Obr. 1 je sloupcový graf znázorňující titr protilátky v séru myší po imunizaci specifickými antigeny H. pylori.

Obr. 2 je sloupcový graf znázorňující titr protilátky ve sliznici myší po imunizaci specifickými antigeny H. pylori.

Obr. 3 je sloupcový graf znázorňující terapeutickou imunizaci myší infikovaných H. pylori specifickými antigeny rozpuštěnými v HEPES pufru.

Obr. 4 je sloupcový graf znázorňující terapeutickou imunizaci myší infikovaných H. pylori specifickými antigeny rozpuštěnými v pufru obsahujícím DOC.

Obr.. 5 ukazuje uspořádání aminokyselin v části sekvence pěti proteinů H. pylori (uvedeno v jednopísmeném kódu aminokyselin; od N-kónce do C-konce, zleva doprava).

Obr. 6 ukazuje uspořádání aminokyselin v části sekvence čtyř proteinů H. pylori (uvedeno v jednopísmeném kódu aminokyselin; od N-konce,do C-konce, zleva doprava).

Obr. 7 ukazuje uspořádání aminokyselin v části sekvence dvou proteinů H. pylori (uvedeno v jednopísmeném kódu aminokyselin; od N-konce do C-konce, zleva doprava).

Obr. 8 ukazuje uspořádání aminokyselin v části sekvence dvou proteinů H. pylori (uvedeno v jednopísmeném kódu aminokyselin; od N-konce do C-konce, zleva doprava).

V jednom aspektu vynález obsahuje rekombinantní nebo významně přečištěný přípravek polypeptidu H. pylori SEQ ID NO: 74. Vynález také obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori SEQ ID NO: 74, která je uvedena v SEQ ID NO: 1. Sekvence polypeptidů H. pylori podle předkládaného vynálezu jsou uvedeny v Seznamu sekvencí a nukleové kyseliny kódující polypeptidy H. pylori podle předkládaného vynálezu jsou uvedeny v Seznamu sekvencí.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 75, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 2.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající

aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 76, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 3.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H.. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 77, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 4.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypepťid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 78, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 5.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 79, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 6.

* ·>

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 80, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 7.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 81, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 8.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 82, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 9.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypéptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 83, jako je nukleová .kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 10.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypéptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 84, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 11.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypéptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 85, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 12.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypéptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 86, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 13.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypéptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 87, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 14.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypéptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 88, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 15.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypéptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 89, jako je nukleová ·· ···· kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 16.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovouťkyselinu kódující polypeptid H. pylori'mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 90, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 17.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 91, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 18.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 92, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 19.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 93, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 20.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 94, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 21.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 95, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 22.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou /

· » « • 4 4444 ·· · 4 • 4 nukleovou-kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 96, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 23.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kóduj ící polypeptid. H. pylori ..máj ící aminokyselinovou sekvencí SEQ-ID NO: 97, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 24.

/V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 98, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 25.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kóduj ící. polypeptid H. pylori mající' aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 99, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou.v SEQ ID NO: 26.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 100, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 27.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 101, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 28.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 102, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 29.

$ ·* «···

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 103, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 30.

V jiném. aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 104, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 31.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 105, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 32.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ IĎ NO: 106, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 33.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 107, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 34.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 108, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 35.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 109, jako je nukleová ···· • · íá kyselina obsahující sekvenci nukleotidů' uvedenou v SEQ ID NO: 36

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 110, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů .uvedenou v SEQ ID NO: 37

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující. polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 111, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 38

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 112, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 39

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NÓ: 113, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 40

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 114, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 41

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 115, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 42

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou • · • · · φ · φφφφ • · · φ · · · · • ·· · · · ··· · · · φ φφφ φ φ φφφφ φφ φ φφ φφ

13;

nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 116, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 43.

. E

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H.'pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 117, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů*uvedenou v SEQ ID NO: 44.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 118, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 45.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 119, jako jé nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 46.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 120, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 47.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 121, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 48.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 122, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 49.

i.' . ’ /Ύ jiném aspektu, vynález obsahuje významně, přečištěnou ?. nukleovou kyselinu kódující. polypeptid H·. pylori mající . · aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 123, jako je nukleová .

' . . i·. ». <i ...... . ' ,» . . . v

„...kyselina.'’ obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou vy SEQ ID NO: 50.

» , ---¹ /* <

V. - . .' '/'' ^s ' , ·.„ · i ' ·- V,, j inem aspektu vynalez ^obsahuje 'významně přečištěnou : -7 f _; 1 i. ' 7'. ‘ ‘ . ,· * ·· i ·* Ϊ / “ ’ •'ů » · ť ’ ’· ’· ‘r ^?·' '•‘'‘•,nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající _t * .' aminokyselinovou sekvenci SEQ 'ID .NO: 124, j ako je nukleová . / kyselina, obsahující- sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ’ID NO:^! 51.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 125, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukíeotidů uvedenou v SEQ ID NO: 52.

V jiném aspektu vynález Obsahuje významně přečištěnou·'' nukleovou kyselinu kóduj ící .‘polypeptid H. pylori mající. “ ' aminokyselinovou sekvenci SEQ -±D NO:’:; 126, jako je'· nukleová ^r<' · j ·/. v i; .

kyselina obsahující sekvenci·nukleotidů uvedenou v SEQ IĎ NO: 53.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 127, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 54.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 128, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 55.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 129, jako je nukleová

13.

• · kyselina .obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 56.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 130, jako je .nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů-uvedenou v SEQ ID NO: 57.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 131, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 58.

íV jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 132, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 59.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 133, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 60.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 134, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 61.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 135, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 62.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou • ·

nukleovou kyselinu,kódující polypeptid H. pylori.mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 136, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID,NO: 63.

\ , ' ' ⁴ f t

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou . nukleovou kyselinu,kódující polypeptid H. pylori.mající aminokyselinovou, sekvenci;, SEQ. ID'NO: 137, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 64.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 138, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 65.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ,ID NO: 139, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 66.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 140, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 67.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 141, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 68.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 142, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 69.

ι£ • · ·

-i

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 143, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 70.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 144, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 71.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 145, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 72.

V jiném aspektu vynález obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori mající aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 146, jako je nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů uvedenou v SEQ ID NO: 73.

Zejména výhodná je izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů kódující polypeptid obalu buňky H. pylori nebo jeho fragment. Taková nukleová kyselina je vybrána ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO:

52, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 1,

SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 11, SEQ

ID NO: 71, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO:

6, SEQ ID NO: 8a SEQ ID NO: 21.

V jiném provedení je polypeptid obalu buňky H. pylori nebo jeho fragment polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou -vybranou ze skupiny Skládající se z SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 25 a SEQ/ID NO: 48.

V jiném. provedení, je polypeptid obalu buňky H. pylori nebo jeho. fragment polypeptid.zevní membrány H.ypylori,nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO:‘ 37, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO 55, SEQ ID .NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO 11 a SEQ ID NO: 71,

V jiném provedení je polypeptid zevního obalu buňky H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori mající koncový fenylalaninový zbytek a C-koncové tyrosinové seskupení nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou, ze skupiny Skládající se z SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 11 a SEQ ID NO: 71.

V jiném provedení je polypeptid zevního obalu buňky H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori mající koncový fenylalaninový zbytek nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 16, SEQ

ID NO: 45, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO

39, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 28,

SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 56 a SEQ

ID NO: 58.

Zejména výhodná je izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů kódující secernovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment. Taková nukleová kyselina je vybrána ze ·· ····

Skupiny skládající se z SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO:

51,	SEQ	1 ID ΝΟ-	2,	SEQ	ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ	I ID NO:	13,	1
SEQ	ID	ΝΟ: 22,	SEQ	ID	NO: 29‘, SEQ	ID NO: 31, SEQ	ID NO:'	33,	SEQ ID
NO:	34;	,.SEQ ID	>NO:	36,	SEQ ID NO:	38, SEQ ID?NO:	40, ‘SEQ	! ID	NO:
41,.	SEQ	'ID-NO:	44,	SEQ ID NO: 46,	SEQ ID NO: 49,	SEQ-ID	NO:	53,
SEQ	ID	NO: '59, ^!	SEQ	ID	NO: 61, ,SEQ	ID· NO: 62, SEQ	.ID NO:	65,	SEQ
ID NO:	66, SEQ	ID :	NO:	67 a SEQ ID	NO: 68.

Zejména výhodná je izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů kódující buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment. Taková nukleová kyselina je vybrána ze skupiny Skládající se z SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70 a SEQ ID NO: 73.

Zejména výhodný je přečištěný nebo izolovaný polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, kde^polypeptid je vybrán ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 98,

SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 112, SEQ ID

NO:	128,	SEQ ID NO:	91,	SEQ ID
103,	SEQ	ID NO: 125,	SEQ	[ ID NO
131,	SEQ	ID NO: 74,	SEQ	ID NO:
116,	SEQ	ID NO: 84,	SEQ	ID NO:
130,	SEQ	ID NO: 78,	SEQ	ID NO:

NO: 92, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO:

127, SEQ ID NO	: 129, SEQ ID NO:
115,	SEQ ID NO:	87,	SEQ	ID	NO:
144,	SEQ ID NO:	90,	SEQ	ID	NO:
79,	SEQ ID NO:	81 a	SEQ	ID	NO: 94

V jiném provedení je polypeptid buněčného obalu H. pylori polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 98 a SEQ ID NO: 121.

V jiném provedení je polypeptid buněčného obalu H. pylori * ť.

polypeptid* zevní membrány .H. pylori nebo jeho ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 89, SEQ fragment vybraný

ID NO : 83, SEQ ID

Í8 · ··· ····

Λ

NO: 118, 'SEQ	ID	NO:	108,	SEQ ID
NO: í12, SEQ	.ID.	NO:	128,	SEQ ID
101,.SEQ ID	NO:	103,	SEQ.	ID NO:
129, - SEQ·.ID	NQ:	131,	SEQ	ID NO:

.87, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 84, a SEQ ID NO: 130. ' ,

NO: 110, SEQ ID NO: 80, SEQ ID ' NÓ:91, SEQ ID NO:.92, SEQ ID NO: .125, SEQ ID NO: 127, SEQ-ID NO:

74, SEQ.. ID NO: 115, . SEQ .ID NO: '

SEQ ID NO: 144,. SEQ ID NO: 90 ^A .. ’ ' ♦ ? . . t .

V jiném provedení je polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori mající terminální fenylalaninový zbytek a C-koncové tyrosinové seskupení nebo jeho fragment vybraný ze skupiny skládajíc^se z SEQ ID NO: _7A,__SEQ__ID_ N0:“4L15, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 84 a SEQ ID NO: 144.

V jiném provedení je polypeptid; zevní'membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori mající terminální í fenylalaninový zbytek nebo jeho fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 108,

SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 128,

SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 131.

Zejména výhodný je přečištěný nebo izolovaný secernovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je vybrán ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO:

86, SEQ :

ID NO:

95, SEQ IE

i NO: 102,

SEQ IE

* NO: 104, SEQ IE

» NO:

106, SEQ

ID

NO:

107,

SEQ

ID

NO: 109

, SEQ

ID

NO:

111,

SEQ

ID

NO:

113, SEQ

ID

NO:

114,

SEQ

ID

NO: 117

, SEQ

ID

NO:

119,

SEQ

ID

NO:

122, SEQ

ID

NO:

126,

SEQ

ID

NO: 132

, SEQ

ID

NO:

134,

SEQ

ID

NO:

135, SEQ

ID

NO:

136,

SEQ

ID

NO: 138

, SEQ

ID

NO:

139,

SEQ

ID

NO:

··· 000· • 0 0000

000

0*

140 a SEQ ID NO: 141.

ť i ’ »· S . . .

Zejmena výhodný· je přečištěný nebo izolovaný buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde .polypeptid je vybrán ze-Skupiny skládající se Z SEQ ID NO: 85, ,SEQ .ID,NO: 88, SEQ ID •NO: 93*, .SEQ.-ID'. NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ TD/NÓ :99, SEQ ID NO:

100, SEQ;ID NO: 120, SEQ ID NO: 123,SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO:

137., SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 146.

V jiném aspektu se vynález týká jakéhokoliv polypeptidů H. pylori nebo nukleové kyseliny kódující takový polypeptid náležící do výše definované skupiny polypeptidů H. pylori.

V jiném aspektu se vynález týká nukleových kyselin schopných vazby na mRNA H. pylori. Taková nukleová kyselina může působit jako protismyslná nukleová kyselina pro kontrolu·translace mRNA H. pylori. V dalším aspektu se vynález týká nukleových kyselin, které jsou schopné specifické vazby na nukleovou/ kyselinu H. pylori. Tyto nukleové kyseliny jsou zde také označovány jako komplementární nukleové kyseliny a mohou být použity jako sondy a záchytová činidla.

V jiném aspektu se vynález týká expresního systému obsahujícího otevřený čtecí rámec odpovídající nukleové kyselině H. pylori. Nukleová kyselina dále obsahuje kontrolní sekvenci kompatibilní se zamýšleným hostitelem. Expresní systém je použitelný pro výrobu polypeptidů odpovídajících nukleové kyselině H. pylori.

V jiném aspektu se vynález týká buňky transformované expresním systémem pro produkci polypeptidů H. pylori.

λ V jiném aspektu se vynález týká způsobu pro výrobu protilátek “! · t

proti polypeptidům H. pylori, které se specificky váží na polypeptidy Ή. pylori. Takové protilátky jsou použitelné jako .činidla v imunotestech pro hodnocení-četnosti a distribuce antigenů specifických pro H. pylori. --./-V- jiném aspektu se vynález týká způsobu/, pro '-výrobu vakcin pro imunizaci jedinců proti H. pylori. Technika vakcinace obsahuje: imunizaci subjektu alespooň jedním polypeptidem H. pylori podle předkládaného vynálezu, například povrchovým nebo secernovaným polypeptidem,.riebo jeho aktivní částí, a farmaceuticky přijatelným nosičem. Takové vakciny mají terapeutické a/nebo profylaktické použití.

V jiném aspektu vynález obsahuje způsob pro výrobu vakciny obsahující modifikovaný imunogenní polypeptid H. pylori, například povrchový nebo secernovaný polypeptid nebo jeho aktivní část, a farmaceuticky přijatelný'nosič. , - /

V jiném aspektu se vynález týká 'způsobu pro testování sloučenin, například polypeptidů, například fragmentu polypeptidů hostitelské buňky, na schopnost vázat polypeptid H. pylori.

Způsob obsahuje: kontaktování testované sloučeniny s polypeptidem H. pylori a určení toho, zda se sloučenina váže nebo jinak interaguje s polypeptidem H. pylori. Sloučeniny, které se váží na H. pylori, jsou kandidáty na aktivátory nebo inhibitory životního cyklu bakterie. Tyto testy mohou být provedeny in vivo nebo in vitro.

V j iném aspektu se vynález týká způsobu pro testování sloučenin, například polypeptidů, například fragmentu polypeptidů hostitelské buňky, na schopnost vázat se na nukleovou kyselinu H. pylori, například na DNA nebo RNA. Způsob obsahuje: kontaktování testované sloučeniny s nukleovou kyselinou H. pylori a určení • ·

• 9 9 9 9 · 99 9 99 9

9 9 > ·.· ·· aminokyselinové sekvenci o 1, 2, 3, 5, 10 nebo více zbytků od sekvence podle.předkládaného vynálezu obsažené v seznamu sekvencí. Odlišnosti jsou nicméně takové, že polypeptid H. pylori vykazuje, biologickou aktivitu polypeptidu H. pylori, -například si polypeptid H. pylori uchovává biologickou aktivitu přirozeného polypeptidu H. pylori...

Ve výhodných provedeních obsahuje polypeptid celou nebo fragment aminokyselinové sekvence podle předkládaného vynálezu obsaženou v seznamu sekvencí; fúsovanou, ve čtecím rámci, na další aminokyselinové zbytky, výhodně na zbytky kódované genomovou DNA 5' nebo 3¹, na genomovou DNA kóduj ící sekvence podle předkládaného vynálezu obsažené v seznamu sekvencí.

V ještě dalším výhodném provedení je polypeptid H. pylori rekombinantní polypeptid mající první část tvořenou polypeptidem H. pylori a druhou část tvořenou polypeptidem, například polypeptidem majícím aminokyselinovou sekvenci, která není příbuzná k H. pylori. Druhou polypeptidovou částí může být například jakákoliv glutathion-S-transferasa, DNA - vazebná doména, nebo doména aktivující polymerasu. Ve výhodném provedení může být fúsní protein použit ve dvou-hybridním testu.

Polypeptidy podle předkládaného vynálezu zahrnují ty polypeptidy, které vznikají v důsledku alternativní transkripce, alternativního sestřihu RNA a alternativního translačního a postratranslačního zpracování.

Vynález také obsahuje imunogenní složku, která obsahuje alespoň jeden polypeptid H. pylori v imunogenním přípravku; kde imunogenní složka může vyvolat imunitní odpověď specifickou pro polypeptid H. pylori, například humorální odpověď, protilátkovou odpověď nebo buněčnou odpověď. Ve výhodných provedeních obsahuje

imunogenní složka alespoň jednu antigenní determinantu z polypeptidu podle předkládaného vynálezu, který je obsažen v seznamu sekvencí.

V jiném aspektu vynález také obsahuje významně přečištěnou nukleovou kyselinu mající sekvenci nukleotidů-kódující polypeptid H. pylori. Ve výhodných provedeních má' kódovaný polypeptid: biologickou aktivitu; aminokyselinovou sekvenci alespoň ze 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 98% identickou nebo homologní s aminokyselinovou sekvencí podle předkládaného vynálezu uvedenou v seznamu sekvencí; aminokyselinovou sekvenci vpodstatě stejnou jako je aminokyselinová sekvence podle předkládaného vynálezu obsažená v seznamu sekvencí; délku alespoň 5, 10, 20,

1Ό0 nebo 150 aminokyselin; obsahuje alespoň 5, lépe 10, ještě lépe alespoň 20, nejlépe alespoň 50, 100,nebo 150 sousedních aminokyselinových zbytků podle předkládanéhovynálezu obsažených v seznamu sekvencí.

Ve výhodných provedeních je nukleová kyselina podle předkládaného vynálezu nukleová kyselina obsažená v seznamu sekvencí; nukleová kyselina má alespoň 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 99% homologii se sekvecí nukleové kyseliny podle předkládaného vynálezu obsaženou v seznamu sekvencí.

Ve výhodném provedení se kódovaný polypeptid H. pylori liší (například aminokyselinovou substitucí, adicí nebo delecí alespoň jednoho aminokyselinového zbytku) v aminokyselinové sekvenci o 1, 2, 3, 5, 10 nebo více zbytků od sekvence podle předkládaného vynálezu obsažené v seznamu sekvencí. Odlišnosti jsou nicméně takové, že kódovaný polypeptid H. pylori vykazuje biologickou aktivitu polypeptidu H. pylori, například si kódovaný polypeptid H. pylori uchovává biologickou aktivitu přirozeného polypeptidu H. pylori.

Ve výhodných provedeních obsahuje kódovaný polypeptid/celou nebo fragment aminokyselinové sekvence podle předkládaného vynálezu .obsaženou v seznamu-sekvencí; fúsovanou,-ve.čtecím rámci, na další aminokyselinové zbytky, výhodně na zbytky · kódované genomovou DNA 5' nebo 3', na genomovou DNA kódující sekvence podle předkládaného.vynálezu obsažené v seznamu . sekvencí. ~ ·

Ve výhodném provedení obsahuje nukleová kyselina H. pylori transkripčrií.regulační sekvenci, například alespoň jeden transkripční promotor nebo zesilovač transkripce, v operabilní vazbě na sekvenci genu H. pylori, proto, aby sekvence genu H. pylori byla vhodná pro expresi v rekombinantních hostitelských buňkách.

V ještě dalším výhodném provedení hybridizuje nukleová kyselina, která kóduje polypeptid H. pylori podle předkládaného vynálezu, za přísných podmínek ňa sondu nukleové kyseliny odpovídající alespoň 8 sousedním nukleotidům podle předkládaného vynálezu, které jsou uvedeny v seznamu sekvencí; výhodně odpovídající alespoň 12 sousedním nukleotidům podle předkládaného vynálezu, které jsou uvedeny v seznamu sekvencí; lépe odpovídající alespoň 20 sousedním nukleotidům podle předkládaného vynálezu, které jsou uvedeny v seznamu sekvencí; nejlépe odpovídající alespoň 40 sousedním nukleotidům podle předkládaného vynálezu, které jsou uvedeny v seznamu sekvencí.

Ve výhodném provedení kóduje nukleová kyselina peptid, který se liší alespoň v jednom aminokyselinové zbytku od sekvencí podle předkládaného vynálezu obsažených v seznamu sekvencí.

Ve výhodném provedení se nukleová kyselina liší alespoň v jednom nukleotidu od nukleotidových sekvencí podle i

4.

• · ·-· · ♦ předkládaného vynálezu obsažených v seznamu sekvencí, které kódují aminokyseliny podle předkládaného vynálezu obsažené v seznamu sekvencí.

V jiném aspektu vynález obsahuje: vektor/obsahující nukleovou 'kyselinu, která kóduje polypeptid H. pylori nebo variantní polypeptid H. pylori, jak je zde popsán; hostitelskou buňku trasfektovanou vektorem; a způsob pro výrobu rekombinantního polypeptidu H. pylori nebo variantního polypeptidu H. pylori, který obsahuje kultivaci buněk, například v: buněčném kultivačním mediu, a izolování polypeptidu H. pylori nebo varianty polypeptidu H. pylori, například z buněk nebo z buněčného kultivačního media.

V jiném aspektu se vynález týká přečištěné rekombinantní nukleová kyseliny mající alespoň/50%*, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%,

98% nebo 99% homologii se sekvencí podlé“ předkládaného vynálezu obsaženou v seznamu sekvencí.' , ¹ » · ' ,i

Vynález také obsahuje sondu nebo primer, který obsahuje významně přečištěný oligonukleotid. Oligonukleotid obsahuje region nukleotidové sekvence, který hybridizuje za přísných podmínek na alespoň 8 sousedních nukleotidů kódující nebo protismyslné sekvence podle předkládaného vynálezu uvedené v seznamu sekvencí, nebo jejího přirozeného mutantu. Ve výhodném provedení je na sondu nebo primer připojena značkovací skupina. Značkovací skupinou může být například radioizotop, fluorescenční skupina, enzym a/nebo kofaktor enzymu. Výhodně má oligonukleotid délku alespoň 8 a méně než 10, 20, 30, 50, 100 nebo 150 nukleotidů.

Vynález také obsahuje izolovaný polypeptid H. pylori, který je kódovaný nukleovou kyselinou, která hybridizuje za přísných

...podmínek na nukleovou kyselinu uvedenou v seznamu sekvencí.

Vynález také obsahuje nukleové kyseliny,.například RNA nebo DNA, kódující polypéptid podle předkládaného vynálezu. Patří sem dvouřetězcové nukleové kyseliny, stejně jako kódující a protismyslné jednotlivé řetězce.

Kmen H. pylori, jehož genomové sekvence byly sekvencovány, byl uložen v American Type Culture Collection (ATCC # 55679; uloženo Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) jako kmen HP-J99.

Vynález obsahuje: alelické variace; přirozené mutanty; indukované mutanty; proteiny kódované DNA, která hybridizuje za podmínek vysoké nebo nízké přísnosti na nukleovou kyselinu, která kóduje polypéptid podle předkládaného vynálezu obsaženou v seznamu sekvencí (pro definici podmínek vysoké a nízké přísnosti viz Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons,

New York, 1989, 6.3.1 - 6.3.6 a 6.4.1 - 6.4.10, zde uvedenou jako odkaz); a polypeptidy, které se specificky váží na antisérum k polypeptidům H. pylori, zejména na antisérum k aktivnímu místu nebo vazebné doméně polypeptidu H. pylori. Vynález také obsahuje fragmenty, zejména biologicky aktivní fragmenty. Tyto a další polypeptidy jsou také označovány jako analoga nebo varianty polypeptidu H. pylori.

Byly určeny domnělé funkce několika polypeptidů H. pylori podle předkládaného vynález, a jsou uvedeny v tabulce 1.

V souladu s tím obsahuje předkládaný vynález také použití polypeptidů H. pylori založené na identifikaci těchto jejich funkcí, stejně jako jiných funkcí, které jsou zde popsány.

• · β e • · t : · · • ·

- - «····<·

Dále předkládaný vynález, obsahuje polypeptidy H. pyloricharakterizované v tabulce 1, dále, včetně: proteinů buněčného •obalu H. pylori; secernovaných proteinů H. pylori; a buněčných .proteinů H. pylori. .Proteiny-patřící do těchto-skupin byly identifikovány vyšetřením BLAST homologie a vyšetřením ná sekreční signály nebo transmembřánové proteinové .motivy Polypeptidy signifikantně homologní k polypeptidům podle tabulky If jsou také považovány homológy uvedené v tabulce <1. ¹

• · · ····

Tabulka 1

[j ORF - Jméno a skupina	nt SeqlD	aa SeqlD \|
A. Buněčný obal
A.1 I Proteiny vnitřní membrány ·
02ge11622 23494043 f1 6	3	76
hp5p15212 13095752 c3 36	25	98
06ep30223_20173437_f1_37	48	121
A. 2 Proteiny zevní membrány
05ee10816_14495437_f2_13 .	10	83
A.2.1 koncový phe zbytek
06ep11509 35954752J2 1	16	89
06ep 10615 14495437 f3 47	45	118
03ae10804 14495437 c2 38	35	108
05ae30220 917200 c3 172	37	110
04cp 11202 23646885 f2 26	7	80
05ep10815 16131925 c2 97	39	112
09cp61003 5860877 f2 23	55	128
09ae10512 48768 c3 67	18	91
09cp11003 5860877 f3 7	19	92
hp6e12267 30478562 f3 33	28	101
06cp30603 34174212 c3 71	30	' 103
09cp10224 1962590 f3 31	52	125
09cp61003 30478562 c3 106	54	127
11ae80818 10553192 f2 16	56	129
11ee11408_10584582_c3_51	58	131
A.2.2 koncový phe zbytek a C- C- i koncové tyrosinové seskupení
01ae12001 116018 c2 40	1	74
06ap10609 116018 c3 50	42	115
06cp30603 4687507 f1 9	14	87
06cp30603 4687507 f1 7	43	116
05ee 10816 36126938 f3 16	11	84
01cp20708_4960952_c1_43	71	144
A. 3 Homology
07ap80601 5083193 f3 8	17	90
11ap20714_4797137_f3_45	57	130
A.4 ( Jiné proteiny buněčného obalu
04ap12016 25501501J1 1	5	78
04cp 11202 20415937 f2 25	6	79
04ee11108 3906963 f1 7	8	8Ϊ
29ep10720_25501501_c2_33	21	94
θ· > Secemované proteiny 5
hp3e 10342 22448587 c2 15	72	145
hp5p15212 24276587 f1 2	32	105
09ce10413 35336707 f2 9	’ 51	124

01ae12001 32462543 c2 43	2	75
03ee11215 1416312 c3 35	4	77
05ae30220 14570443 c2 94	9	82
06cp30603 2772578 c1 46	13	86
29ep10720 289077 f2 12	22	95
03ee11215 22542803 f1 7	29	102
09a,e10512 3166040 c1 40	> 31	104
01ce11104 10742963 c2 12.	33	106
02ge10116 36335436 f3 66	34	.107
04ep41903 11876461 f1 4	36	,109
05ce10208 23631292 f1 6	38	,111
05ep10815 22447252 c3 110	40	113
05ep10815 30283516 c3 109	41	114
106ee30709 33851038 c3 30	44	117
06ep11202 21687842 c3 35	46	119
06ep30223 2774062 f1 33	49	122
09cp10713 23912707 c1 26	53	126
11ee11408 4882318 f3 24	59	132
hp4e13394 5908553 f 1 1	61	134
hp4e53394 1416312 c3 119	62	135

hp5e15211 24328910 c3 38	63	136
hp6p10606 23493756 cE21	65	138
hp6p22217 23564012 f1 5	66	139
hp6p22217 272058 f1 2	67	.140
hp6p22217_2922143_f2_9	' . .68	’ 141
& Jiné buněčné proteiny S
06ap11119 14726542 f3 21	12	* 85
06ee10709 6136430 c1 11	15	. . 88
12ap10605 14094816 c1 5	20	93
hp2p10272 34042518 f1 2	23	96
hp5e15211 25411557 c1 22	24	97
hp5p15641 3907968J1 3	26	99
hp6e10967 657638 f3 9	27	100
06ep11202 4569693 c2 28	47	120
06ep30223 3930468 c1 110	50	123
hp2e10911 960952 c2 86	60	133
hp6p10509 14642217 c2 17	64	137
hp6p80503 20964382 f2 11	69	142
hp7e10192 5917593 f1 2	70	143
hp6p10509 14642217 c3 25	73	146

(V tabulce 1 znamená nt identifikační číslo sekvence nukleotidů a aa znamená identifikační číslo sekvence aminokyselin)

·· ··

Definice.:

/Termíny přečištěný polypeptid a izolovaný polypeptid a . významně přečištěný polypeptidový přípravek jsou ;,ž^aměⁿitelné a jak jsou.zde použity znamenají polypeptid⁵prostý jiných proteinů, lipidů· a nukleových kyselin, se kterými se přirozeně vyskytuje. Výhodně je polypeptid také separovaný od'substancí, například protilátek nebo gelu, například pólyakry1amidu, které byly použity pro jeho přečištění. Výhodně tvoří polypeptid alespoň 10, 20, 50, 70, 80 nebo 90% suché hmotnosti přečištěného přípravku. Výhodně přípravek obsahuje: dostatek polypeptidu pro sekvencování proteinu; alespoň 1, 10 nebo 100 /xg polypeptidu; alespoň 1, 10 nebo 100 mg polypeptidu. Dále, termíny přečištěný polypeptid a izolovaný polypeptid a významně přečištěný polypeptidový přípravek, jak jsou zde použity, označují jak polypeptid z přirozených zdrojů, tak polypeptid produkovaný technikou rekombinantní DNA, jak je zde popsána.

Například, izolovaný nebo přečištěný protein nebo jeho biologicky aktivní část je v podstatě bez buněčného materiálu nebo jiných kontaminujících proteinů z buněk nebo tkání, ze kterých je protein H. pylori získán, nebo je v podstatě bez chemických prekursorů nebo jiných chemických sloučenin, pokud je syntetizován chemicky. Výraz v podstatě bez buněčného materiálu označuje přípravky proteinu H. pylori, ve kterých je protein separován od buněčných složek buněk, ze kterých je izolován nebo ve kterých je rekombinantně produkován. V jednom provedení označuje výraz v podstatě bez buněčného materiálu přípravky proteinu H. pylori mající méně než přibližně 30% (suché hmotnosti) proteinů nenáležících H. pylori (které jsou zde také oznaovány jako kontaminující proteiny), lépe méně než přibližně i

20% proteinů nenáležících H, pylori, ještě lépe méně než přibližně 10% proteinů nenáležících H. pylori a nejlépe méně než přibližně

·· ΒΒΒΒ

5% proteinů nenáležících H. pylori. Pokud je protein H. pylori nebo jeho.aktivní část produkován rekombinantně, pak je také výhodně v podstatě-bez kultivačního media, t.j. kultivační medium představuje.méně než. přibližně 20%, lépe méně než přibližně 10% a nejlépe'méně hež přibližně 5%.Objemu proteinového .'přípravku..

Výraz v podstatě bez chemických prekursorů nebo jiných chemických sloučenin označuje přípravky proteinu H. pylori, ve kterých je protein separován od chemických prekursoru nebo jiných chemických sloučenin, ktéré jsou použity při synteze proteinu.

V jednom provedení označuje výraz v podstatě bez chemických prekursorů nebo jiných chemických sloučenin přípravky proteinu H. .pylori mající méně než přibližně 30% (suché hmotnosti) chemických prekursorů nebo jiných chemických sloučenin nenáležících H. pylori, lépe méně než přibližně 20% chemických prekursorů nebo jiných chemických sloučenin nenáležících H. pylori, ještě lépe méně než přibližně 10% chemických prekursorů nebo jiných chemických sloučenin nenáležících H. pylori a nejlépe méně než přibližně 5% chemických prekursorů nebo jiných chemických sloučenin nenáležících H. pylori

Přečištěný přípravek buněk označuje, v případě rostliných nebo živočišných buněk, in vitro přípravek buněk a nikoliv celou intaktní rostlinu nebo živočicha. V případě kultivovaných buněk nebo mikrobiálních buněk se skládá z alespoň 10% a lépe 50% uvedených buněk.

Přečištěná nebo izolovaná nebo významně přečištěná nukleová kyselina, například významně přečištěná DNA, (termíny jsou zaměnitelné) je nukleová kyselina vybraná z jedné nebo obou z: nukleové kyseliny, které nesousedí bezprostředně s oběma kódujícími sekvencemi, se kterými bezprostředně sousedí (t.j. na 5'-konci a na 3'-konci) v přirozeném genomu organismu, ze kterého

V

0 · ·	0	• 0 0 0 0	0 0	0 0
0 0 0 0	0	0 0	0	0 0 0

• 0	e ·	• 0 ·	• 0	• · 0 0
0 0	0	0 0		0 0
0 0 0 0 0 0 0	0	0 é	• «	• 0

toho, zda se sloučenina váže nebo jinak interaguje s.polypeptidem H. pylori. Sloučeniny, které se váží na H. pylori, jsou kandidáty na aktivátory nebo inhibitory životního cyklu bakterie. Tyto testy, mohou,být provedeny in vivo nebo in vitro.

'Vynález se-dále týká polypeptidu H. pylori, výhodně významně přečištěných přípravků polypeptidu Ή. pylori nebo rekombinantního polypeptidu H. pylori. Ve výhodných provedeních má polypeptid:. biologickou aktivitu; aminokyselinovou Sekvenci alespoň ze 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 98% identickou nebo homologní s aminokyselinovou sekvencí podle předkládaného vynálezu uvedenou v seznamu sekvencí, výhodně má přibližně 65% identitu sekvence s aminokyselinovou sekvencí podle předkládaného vynálezu uvedenou v seznamu sekvencí a nejlépe má přibližně 92% až 99% identitu sekvence s aminokyselinovou sekvencí podle předkládaného vynálezu uvedenou v seznamu sekvencí; aminokyselinovou sekvenci v podstatě stejnou jako je aminokyselinová sekvence'podle předkládaného vynálezu obsažená v seznamu sekvencí;Adélku alespoň 5, 10, 20,

100 nebo 150 aminokyselin; obsahuje alespoň 5, lépe 10, ještě lépe alespoň 20, nejlépe alespoň 50, 100 nebo,150 sousedních aminokyselinových zbytků podle předkládaného vynálezu obsažených v seznamu sekvencí. V ještě jiném výhodném provedení obsahuje vynález také aminokyselinovou sekvenci, která se liší v identitě sekvence o přibližně 7% až 8% od aminokyselinové sekvence H. pylori podle předkládaného vynálezu obsažené v seznamu sekvencí.

Ve výhodných provedeních je polypeptid H. pylori kódovaný nukleovou kyselinou podle předkládaného vynálezu obsaženou v seznamu sekvencí nebo nukleovou kyselinou mající alespoň 60%,

70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 99% homologii s nukleovou kyselinou podle předkládaného vynálezu obsaženou v seznamu sekvencí.

Ve výhodném provedení se určitý polypeptid H. pylori liší v ' v <

A <

jemukleová kyselina získána; nebo nukleová kyselina, která je významně přečištěná od nukleových kyselin, se kterými se •vyskytuje v, organismu, ze kterého je nukleová kyselina odvozena. Termín, zahrnuje,ínapříklad, .rekombinantní DNA, která je vložena do vektoru, například do autonomně se replikujícího. plasmidu nebo viru, nebo do genomové DNA prokaryotického nebo? eukaryotického organismu, -nebo ‘která existuje jako samostatná molekula (například cDNA nebo fragment genomové DNA produkovaný PCR nebo zpracováním restrikčními endonukleasami) nezávislá na jiných DNA sekvencích. Významně přečištěná DNA také.zahrnuje rekombinantní DNA, která je součástí hybridního genu kódujícího další DNA sekvence H. pylori.

Zde použitý výraz část sekvence znamená nukleovou kyselinu představující souvislý řetězec genomové sekvence organismu.

Otevřený čtecí rámec, zde též označovaný, jako ORF, je region nukleové kyseliny, který kóduje polypéptid. Tento region může představovat část kódující sekvence nebo celou sekvenci a může být určen od stop kodonu do stop kodonu nebo od start kodonu do stop kodonu.

Zde použitý výraz kódující sekvence je nukleová kyselina, která je transkribována na mediátorovou RNA a/nebo translatována na polypéptid, pokud je umístěna pod kontrolou vhodných regulačních sekvencí. Hranice kódující sekvence jsou určeny translačním start kodonem na 5'-konci a translačním stop kodonem na 3'-konci. Kódující sekvence zahrnuje, ale není omezena na, mediátorovou RNA, syntetickou DNA a rekombinantní sekvence nukleové kyseliny.

Zde použitý výraz komplementární sekvence nukleové kyseliny antiparalelní nebo protismyslnou sekvenci, která se účastni na •'4 33 • ΒΒ ·Β> ···· ΒΒ ΒΒ

ΒΒΒ Β ' ' 9' · Β 9 Β · Β • «ΒΒ · ΒΒΒΒ

Β · ’· Β 'Β Β · ΒΒΒ ΒΒΒ

Β Β ΒΒΒ Β Β

ΒΒΒΒΒΒΒ ΒΒ Β ΒΒ ΒΒ

Watson-Crickově-párování baží s původní sekvencí.

' ' » '· , Genový produkt- je protein nebo strukturální RNA, která je - specificky kódována genem.

’ Zde použitý termín sonda označuje nukleovou kyselinu, ' peptid nebo jinou chemickou entitu, která se specificky váže na požadovanou,molekulu. Na sondy jsou často připojeny nebo na ně mohou být připojeny značky. Značka je chemická skupina, kterou je možno detekovat. Typickými značkami jsou .barviva, radioizotopy, luniscenční činidla a chemiluminiscenční skupiny, fluorofory, enzymy, činidla způsobující srážení, amplifikační sekvence a podobně. Obdobně, nukleová kyselina, peptid nebo jiná chemická entita, která se specificky váže na požadovanou molekulu a imobilizuje takovou molekulu je označována jako záchytný ligand. Záchytné ligandy jsou obvykle asociovány nebo jsou schopné asociace s nosiči jako - je hitrocelulosa, sklo, nylonové membrány, korálky, částice a'podobně:· Specificita hybridizace závisí na podmínkách jako je složení párů baží nukleotidů, teplota a koncentrace solí v reakci. Tyto podmínky zjistí odborníci v oboru běžnými pokusy.

Homologie označuje podobnost sekvence nebo identitu sekvence mezi dvěma polypeptidy nebo dvěma molekulami nukleové kyseliny. Pokud je pozice v obou srovnávaných sekvencích obsazena stejnou baží nebo aminokyselinovou monomerní podjednotkou, například když je pozice v každé ze dvou molekulách DNA obsazena adeninem, tak jsou molekuly v této pozici homologní. Procento homologie mezi dvěma sekvencemi je počet odpovídajících nebo homologických pozic ve dvou sekvencích dělený počtem srovnávaných pozic x 100. Například, když 6 z 10 pozic ve dvou sekvencích odpovídá nebo jsou homologní, tak mají tyto dvě sekvence 60% homologii. Například, DNA sekvence ATTGCC a TATGGC mají 50% homologii.

·*.

• ·· ·· ···· 99 9 9 · · · • 9 <9 9 '9 9 ' • 9 9 9 9

Λ99 9999 99 '9

99 '9 9 9

9 9 '··· «·· • · ·· ··

Obecně se srovnání provádí tehdy, když jsou dvě sekvence přiřazeny tak, aby měly nejvyšší homologii.

•T· . Ňukleové kyseliny jsou hybridizovatelné jedna na druhou, pokud může být alespoň jeden .řetězec ňukleové kyseliny tepelně navázán* na druhou nukleovou .kyselinu za definovaných podmínek přísnosti. Přísnost hybridizace je určena: (a) teplotou, při které je provedena hybridizace a/nebo promývání; a (b) iontovou koncentrací a polaritou hybridizačních a promývacích roztoků.· Hybridizace vyžaduje, aby dvě ňukleové kyseliny obsahovaly komplementární sekvence; nicméně, v závislosti na přísnosti hybridizace mohou být tolerovány chyby. Typicky vyžaduje hybridizace při vysoké přísnosti (jako je například roztok 0,5X SSC při 65 °C) , aby byly sekvence v podstatě zcela homologní. Podmínky střední přísnosti (jako je například 2X SSC při °C) a nízké přísnosti (jako je například 2X SSC při 55 °C) vyžadují příslušně nižší celkovou komplementaritu mezi hybridizuj ičími sekvencemi. (IX SSC je 0,15 M NaCl, 0,015 M Na citrát) . Výhodným, nelimitujícím příkladem přísných podmínek hybridizace je hybridizace v 6X chlorid sodný/citrat sodný (SSC) při 45 °C, po které následuje jedno nebo více promytí v 0,2 X SSC, 0,1% SDS při 50 - 65 °C.

Termíny peptidy, proteiny a polypeptidy jsou zaměnitelné.

Zde použitý termín povrchový protein označuje všechny proteiny dostupné na povrchu, například proteiny zevní a vnitřní membrány, proteiny adherující na buněčnou stěnu a secernované proteiny.

Polypeptid má biologickou aktivitu polypeptidu H. pylori, pokud má jednu, dvě a výhodně více z následujících vlastností:

(l) pokud je exprivován během infekce H. pylori, může navodit

• 0 9«

9' 9

0099 '· 0 • 0 nebo zprostředkovat navázání H. pylori na buňky,; :,(2) má, enzymatickou-aktivitu, strukturální nebo regulační’ funkci charakteristickou pro protein H. pylori; (3) gen, který ho kóduje, může’nahradit letální mutaci v genu H. pylori; nebo (4) je?imunogenní u subjektu. Polypeptid má biologickou aktivitu, pokud je ántagonistou, agonistou nebo super-agonistou polypeptidu majícího výše uvedené vlastnosti.

Biologicky aktivní fragment nebo analog je takový, který má in vivo nebo in vitro aktivitu, která je charakteristická pro polypeptidy H. pylori podle předkládaného vynálezu obsažené v seznamu sekvencí, nebo pro jiné přirozené polypeptidy H. pylori, například jednu nebo více biologických aktivit, které jsou zde popsány. Zejména výhodné jsou fragmenty, které existují in vivo, například fragmenty, které vznikají posttranskripčním zpracováním nebo které vznikají translací alternativně sestřižené RNA. Fragmenty zahrnují ty, které jsou exprivovány v nativních nebo endogenních buňkách, stejně jako ty, které jsou produkovány v expresních systémech, například v CHO buňkách. Protože peptidy jako jsou polypeptidy H. pylori často mají různé fyziologické vlastnosti a protože také vlastnosti mohou být přisouzeny různým částem molekuly je použitelný fragment H. pylori nebo analog H. pylori ten, který vykazuje biologickou aktivitu v jakémkoliv biologickém testu na aktivity H. pylori. Nejvýhodnější je fragment nebo analog mající 10%, lépe 40% a nejlépe 60%, 70%, 80% nebo 90% aktivitu H. pylori v in vivo nebo in vitro testu.

Analogy se liší od přirozených polypeptidů H. pylori v aminokyselinové sekvenci nebo způsoby nezahrnujícími sekvenci nebo v obou. Modifikace nezahrnující sekvenci zahrnují acetylaci, methylaci, fosforylaci, karboxylaci nebo glykosylaci. Výhodné analogy zahrnují polypeptidy H. pylori (nebo jejich biologicky aktivní fragmenty), jejichž sekvence se liší od přirozené t

, <·· ·«·· • · '♦ · · · • · '.· '· « · • · ♦ ··· ··· sekvence jednou-nebo více konzervativními .aminokyselinovými substitucemi, delecemi nebo insercemi, které nesnižují významně biologickou..aktivitu.polypeptidu H. pylori. Konzervativní .substituce obvykle zahrnují substituci jedné aminokyseliny jinou aminokyselinou s .podobnými, charakteristikami, /například substituce v následujících skupinách: valin, glycin; glycin, alanin; valin, isoleucin, leucin; kyselina asparagová, kyselina glutamová; asparagin, glutamin; serin, threonin; lysin, arginin; a fenylalanin, tyrosin. Jiné konzervativní substituce jsou uvedeny v tabulce 2, dále.

„Tabulka 2: Konzervativní aminokyselinové substituce

4 ·-»>

•4 4..4 4 4 4

Aminokyselina	Kod	.Substituce jakoukoliv z
Alanin	a : ·	D-Ála, Gly, β-Ala, L-Cys, D-Cys
Arginin	R	D-Arg, Lys, D-Lys, homo-Arg,. D-homo-Arg,
		Met, Ile, D-Met, Ď-Ile, Orn, D-Orn
Ásparagin,	N	D-Asn, Asp, D-Asp, Glu, D-Glu, Gin, D-Gln
Kyselina	D	D-Asp, D-Asn, Asn, Glu, D-Glu, Gin, D-Gln
asparagová
Cystein	C	D-Cys, S-Me-Cys, Met, D-Met, Thr, D-Thr
Glutamin	Q	D-Gln, Asn, D-Asn, Glu, D-Glu, Asp, D-Asp
Kyselina	E	D-Glu, D-Asp, Asp, Asn, D-Asn, Gin, D-Gln
glutamová
Glycin	G	Ala, D-Ala, Pro, D-Pro, β-Ala, Acp
Isoleucin	I	D-Ile, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
Leucin	L	D-Leu, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
Lysin	K	D-Lys, Arg, D-Arg, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, D-Met, Ile, D-Ile, Orn, D-Orn
Methionin	M	D-Met, S-Me-Cys, Ile, Ď-Ile, Leu, D-Leu, Val, D-Val
Fenylalanin	F	D-Phe, Tyr, D-Thr, L-Dopa, His, D-His,

Prolin

Serin

Threonin

Tyrosin

Valin

Trp, D-Trp, Trans-3,4 nebo 5-fenylprolin, cis-3,4 nebo 5-fenylprolin p D-Pro, L-I-thiazolidin-4-karboxylová kyselina, D- nebo

L-l-oxazolidin-4-karboxylová kyselina S D-Ser, Thr, D-Thr, allo-Thr, Met, D-Met,

Met(O), D-Met(0), L-Cys, D-Cys T D-Thr, Ser, D-Ser, allo-Thr, Met, D-Met,

Met(0), D-Met(0), Val, D-Val

Y D-Tyr, Phe, D-Phe, L-Dopa, His, D-His

V D-Val, Leu, D-Leu, Ile, D-Ile, Met, D-Met

Další analogy podle předkládaného vynálezu jsou analogy s modifikacemi, které zvyšují stabilitu peptidu; takové analogy mohou obsahovat, například, jednu nebo více nepeptidových vazeb (místo peptidových vazeb) v peptidové sekvenci. Také jsou obsaženy: analogy, které obsahují jiné zbytky;než přirozené L-áminokyseliny,⁵ například D-aminokyseliny nebo přirozeně neexistující nebo syntetické aminokyseliny,.například β nebo τ aminokyseliny; a cyklické analogy.

Termín fragment, jak je zde použit na.analog H. pylori, bude mít délku nejméně 20 zbytků, lépe alespoň .40-zbytků a nejlépe alespoň 60 zbytků. Fragmenty polypeptidů H. pylori mohou být -vyrobeny technikami, které jsou v oboru známé. Schopnost potenciálního fragmentu vykazovat biologickou aktivitu polypeptidu H. pylori může být hodnocena metodami známými v oboru, které jsou zde popsány. Také jsou zde obsaženy.polypeptidy H. pylori obsahující zbytky, které nejsou nutné pro.biologickou aktivitu peptidu nebo ty, které vznikají v důsledku alternativního sestřihu mRNA nebo alternativního zpracování proteinu.

Termín imunogenní složka je skupina, jako polypeptid H. pylori, jeho fragment nebo analog, která může vyvolat humorální a/nebo protilátkovou imunitní odpověď u hostitele samostatně nebo v kombinaci s adjuvans.

Termín antigenní složka je skupina, jako polypeptid H. pylori, jeho fragment nebo analog, která je schopná vazby na specifickou protilátku s dostatečně vysokou afinitou pro vznik detekovatelného komplexu antigen-protilátka.

Termín transgen označuje nukleovou kyselinu (kódující například jeden nebo více polypeptidů), která je částečně nebo ··«« w

9 ’· ’· · • · . ' · . · '9

9999

9 · · '99 99 ί· plně heterologní, t.j. cizorodá, pro transgenní zvíře nebo buňku, do kterého je.vložena, nebo je .homologní k endogenímu·genu .transgenního zvířete nebo buňky; do kterého je vložena', ale která má být> insertována nebo je insertováná do -buněčného.genomu takovým, způsobem, který mění genom buňky,, dó’ které je insertována (například jeinsertována vmístě, které‘je odlišné od , ; přirozeného místa genu nebo vede inserce k vyřazení genu). Transgen může obsahovat jednu nebo více transkripčních regulačních sekvencí a jakoukoliv jinou nukleovou kyselinu, jako například introny, která může být nezbytná pró optimální expresi vybrané nukleové kyseliny, které jsou navázány na vybranou nukleovou kyselinu a může obsahovat zesilovač transkripce.

Termín transgenní buňka, jak je zde použit, označuje buňku obsahující transgen.

Termín transgenní zvíře, jak je zde použit, označuje zvíře, jehož jedna nebo více buněk, á výhodně všechny buňky, obsahují transgen. Transgen může být vložen do buňky přímo nebo nepřímo vložením do prekursoru buňky, libovolnou genetickou manipulací, jako jsou techniky transformace kompetentních buněk mikroinjekcí nebo infekcí rekombinantním virem. Tato molekula může být integrována v chromosomu, nebo to může být extrachromosomálně se replikující DNA.

Termín protilátka, jak je zde použit, zahrnuje její fragmenty, které jsou specificky reaktivní s polypeptidy H. pylori.

Zde použitý termín buněčně specifický promotor označuje DNA sekvenci, která slouží jako promotor, t.j. reguluje expresi vybrané sekvence DNA, která’je operativně navázána na promotor, a která ovlivňuje expresi vybrané sekvence, DNA ve specifických

• 9999 ·· buňkách tkáně.. Patří sem také takzvané leaky promotory, které regulují expresi vybrané DNA primárně v jedné tkáni, ale mohou také způsobit expresi v jiných tkáních.

Chybná exprese označuje nepřirozený typ/genové exprese,. Zahrnuje expresi v nepřirozeném množství, t.j. nadměrnou nebo nedostatečnou expresi; expresi, která se>liší od-přirozené exprese ve stadiu nebo době, kdy je gen exprivován, například zvýšená nebo snížená exprese (ve srovnání s přirozenou-expresí) v předem určené vývojové periodě nebo stadiu; expresi, která se liší od přirozené exprese ve smyslu snížené exprese (ve srovnání s přirozenou expresí) v předem určeném typu buněk nebo tkání; expresi, která se liší od přirozené exprese ve smyslu velikosti sestřihu, aminokyselinové sekvenci, postranslačních modifikací, nebo biologické aktivity exprivovaného polypeptidu; expresi, která se liší od přirozené exprese ve smyslu vlivu stimulů z prostředí nebo extracelulárních stimulů na expresi genu, například zvýšená nebo snížená exprese (ve srovnání s přirozenou expresí) v přítomnosti zvýšeného nebo sníženého stimulu.

Termín hostitelská buňka a jiné takové termíny označující mikroorganismus nebo jinou vyšší eukaryotickou buněčnou linii kultivovanou jako monocelulární entita znamenají buňky, které mohou být příjemci nebo které jsou příjemci rekombinantního vektoru nebo jiné přenesené DNA a zahrnují potomstvo původní buňky, která byla transfektována. Odborníkům v oboru je známo, že potomstvo jedné buňky nemusí být nutně zcela identické v genomové nebo celkové DNA s původní rodičovskou buňkou, vzhledem k úmyslným nebo náhodným mutacím.

Zde použitý termín kontrolní sekvence označuje nukleovou kyselinu mající sekvenci baží, která je rozpoznávána hostitelským organismem a ovlivňuje expresi kódované sekvence, na kterou je

·· e

• 0 0 ·

0 000 0000 •t 00β0

0 0 0 00 τι—ΟΙ 0 0 ·

Ď 0 0 0

0·;0 «00 0 0

00 ligována. Charakter takových kontrolních sekvencí se liší podle hostitelských organismů: u prokaryotických organismů zahrnuj í •takové kontrolní-sekvence.obvykle promotor, vazebná místa pro ribosomy,-terminátory a v některých případech operátory; u eukaryotických organismů zahrnují takové kontrolní sekvence promotory,, .terminátory a v některých případech zesilovače transkripce. Termín kontrolní' sekvence zahrnuje minimálně všechny složky,.jejichž přítomnost je nutná pro expresi a může také Zahrnovat další složky, jejichž přítomnost je výhodná, například vedoucí sekvence.

Zde použitý termín operativně navázaná označuje sekvenci připojenou nebo ligovanou tak, aby fungovala žádoucím způsobem. Například, kontrolní sekvence je operativně navázaná na kódující sekvenci ligací tak, že exprese kódující sekvence probíhá za podmínek slučitelných s kontrolní sekvencí a hostitelskou buňkou.

Metabolismus substance označuje jakýkoliv aspekt exprese, funkce, působení nebo regulace substance. Metabolismus substance zahrnuje modifikace, například kovalentní nebo nekovalentní modifikace substance. Metabolismus substance zahrnuje modifikace, například kovalentní nebo nekovalentní modifikace, indukované substancí v jiných substancích. Metabolismus substance také zahrnuje změny v distribuci substance. Metabolismus substance také zahrnuje změny indukované substancí v distribuci jiných substancí.

Zde použitý termín vzorek označuje biologický vzorek, jako je například tkáň nebo tekutina izolovaná od jedince (včetně, ale bez omezení plasmy, séra, mozkomíšního moku, lymfy, slz, slin a tkáňových řezů) nebo ze složek buněčné kultury in vitro, stejně jako vzorky prostředí.

ty ¹í mí.

V provedení vynálezu jsou použity, pokud není' uvedeno jinak, běžné techniky chemie, molekulární biologie, mikrobiologie, rekombinantní DNA, a imunologie, které jsou v .oboru známé. Takové techniky jsou plně vysvětleny v literatuře. Viz například Sambrook, Fritsch and Maniatis, Molecular Cloning: Laboratory Manual, 2. vydání, (,1989); DŇA Cloning, svazky I a'II (D.N.

Glover eď. 1985);Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait ed. 1984); Nucleic Acid Hybridization (B.D. Hames & S.J.tHiggins ed. 1984); serie Methods in· Enzymology (Academie Press, lne.), zejména ^jsvazky 154 a 155 (Wu and Grossmán, ed.) a PCR - A.Practical Approach (McPherson, Quirke and Taylor, ed., 1991).

I. Izolace nukleových kyselin H. pylori a jejich použití

Genomová sekvence H. pylori

Předkládaný vynález obsahuje .sekvenci nukleotidů genomu H. pylori a tak obsahuje knihovnu’ DNA sekvence genomové DNA H. pylori. Podrobný popis, který, následuje, tak poskytuje nukleotidová sekvence H. pylori a také popisuje, jak byly tyto sekvence získány a jak byly identifikovány ORF a protein-kodující sekvence. Také jsou popsány metody použití popsaných sekvencí H. pylori v metodách pro diagnostické a terapeutické aplikace. Dále, knihovna může být použita jako databáze pro identifikaci a srovnání medicínsky významných sekvencí v tomto a jiných kmenech H. pylori.

Pro určení genomové sekvence H. pylori byla DNA izolována z kmenu H. pylori (ATCC # 55679; uloženo Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) a byla mechanicky rozstříhána nebulizací na medián velikosti 2 kb. Po frakcionaci podle velikosti za použití gelové elektroforesy byly fragmenty tupě zakončeny, ligovány na adapterové oligonukleotidy • · ·«· ···· ·· » ·· ·· a klonovány do každého, z 20 různých pMPX vektorů (Rice et al., Abstracts of Meeting of Genome Mapping and Sequencing, ,Cold Spring Harbor, NY, 5/11 - 5/15, 1994, str. 225) pro konstrukci serie všeobecných subklonových knihoven.

Sěkvncování DNA bylo provedeno za použiti unnohonásobných postupů sekvencování jak jsou popsány v Church et al., 1988, Science 240: 185; U.S. patentech č. 4942124 a 5149625. DNA byla extrahována ze souborů kultur a byla podrobena chemickému nebo enzymatickému sekvencování. Sekvenační reakční produkty byly rozděleny elektroforesou a produkty byly přeneseny a kovalentně navázány na nylonové membrány. Nakonec byly membrány sekvenčně hybridizovány sérií značených oligonukleotidů komplementárních ke stopkovým sekvencím přítomným v různých všeobecných klonovacích vektorech. Tímto způsobem může být získán velký počet sekvencí z jediné sady sekvenaČních reakcí. Postupy klonování a sekvencování jsou podrobněji popsány v příkladech provedení vynálezu.

Odečítání jednotlivých sekvencí získaných tímto způsobem bylo provedeno za použití FALCON™ programu (Church et al., 1994, Automated DNA Sequencing and Analysis, J.C. Venter, ed., Academie Press) a PHRAP (P. Green, Abstracts of DOE Human Genome Program Contractor-Grantee Workshop V, 1/1996, str. 175). Průměrná délka sekvencí byla přibližně 3-4 kb.

Pro seřazení sekvencí tak, aby byla získána nepřetržitá sekvence představující celý genom H. pylori, se používá mnoho technik. Syntetické oligonukleotidy jsou navrženy tak, aby byly komplementární k sekvencím na koncích každé částečné sekvence. Tyto oligonukleotidy mohou hybridizovat na knihovny genomové DNA H. pylori například v lambda fágových vektorech nebo v plasmidových vektorech, aby byla provedena identifikace klonů, • · · ·· · ······ které obsahují sekvence odpovídající spojovacím regionům .mezi jednotlivými částečnými sekvencemi. Takové klony se potom použití pro izolaci templatové DNA a stejné oligonukleotidy se použijí v polymerasové řetězové reakci (PCR) pro amplifikaci spojovacích fragmentů, jejichž nukleotidová sekvence je potom určena.

Sekvence H. pylori byly analyzovány na'přítomnost otevřených čtecích rámců (ORF) obsahujících alespoň 180 nukleotidů. Protože výsledky analýzy ORF jsou založeny ná čtení od stop do stop kodonu, nemusí tyto ORF odpovídat ORF přirozených;polypeptidů H. pylori. Tyto ORF mohou obsahovat start kodony, které určují iniciaci syntézy proteinu přirozeného polypeptidu H. pylori. Takové start kodony ve zde uvedených ORF mohou být identifikovány odborníky v obořu a výsledný ORF a kódovaný polypeptid H. pylori spadá do rozsahu předkládaného vynálezu. Například může být v ORF identifikován kodon jako je AUG nebo GUG (kódující methionin nebo valin), který je součástí iniciačního signálu pro syntézu proteinu a ORF může být modifikován tak, aby odpovídal přirozenému polypeptidu H. pylori. Předpokládané kódující regiony byly identifikovány hodnocením kódujícího potenciálu takových sekvencí·pomocí programu GENEMARK™ (Borodovsky and Mclninch, 1993, Comp. Chem. 17: 123).

Jiné nukleové kyseliny H. pylori

Nukleová kyseliny podle předkládaného vynálezu mohou být získány přímo z DNA výše uvedeného kmenu H. pylori za použití polymerasové řetězové reakce (PCR). Viz PCR - A Practical Approach (McPherson, Quirke and Tazlor ed., IRL Press, Oxford, UK, 1991) pro detailní popis PCR. PCR s vysokou spolehlivostí může být použita pro zajištění věrných kopií DNA před expresí. Kromě toho, autenticita amplifikovaných produktů může být ověřena běžnými sekvenačními technikami. Klony obsahuj ící požadované • · · · · · sekvence.podle předkládaného vynálezu mohou· být získány ..vyšetřováním knihoven za použití PCR nebo hybridizace syntetických, oligonukleotidových sond na filtry knihoven tvořících kolonie,, nebo na plaky, jak.je v.oboru známo (viz například Sambrook et al., MolecularCloning:, A. Laboratory Manual, 2. vydání, (1989), Cold Spring Harbor·Laboratory Press,

NY) .

Je také možné získat nukleové kyseliny kódující polypeptidy-H. pylori z cDNA knihovny podle protokolu,.který je zde popsán. cDNA kódující polypeptid H. pylori může být získána izolací celkové mRNA z vhodného kmenu. Potom může být z celkové mRNA připravena dvouřetezcová cDNA. Potom může být cDNA insertována do vhodného plasmidového nebo virového (například bakteriofágového) vektoru za použití jakékoliv techniky, která je v oboru známá. Geny kódující polypeptidy H. pylori mohou být také klonovány za použití zavedených technik polymerasové řetězové reakce podle nukleotidových sekvencí obsažených v předkládaném vynálezu. Nukleové kyseliny podle předkládaného vynálezu mohou být DNA nebo RNA. Výhodné nukleové kyseliny podle předkládaného vynálezu jsou uvedeny v seznamu sekvencí.

Nukleové kyseliny podle předkládaného vynálezu mohou být také syntetizovány chemicky za použití standardních technik. Různé techniky pro chemickou syntézu polydeoxynukleotidů jsou známé, včetně syntézy na solidní fázy, která je, jako peptidová syntéza, plně automatizovaná v komerčně dostupných DNA syntezátorech (viz například Itakura et al. U.S. patent č. 4598049; Caruthers et al., U.S. patent č. 4458066; a Itakura U.S. patenty č. 4401796 a 7373 071, které jsou zde uvedeny jako odkaz) .

Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované podle předkládaného vynálezu jsou použitelné například jako sondy,

primery, záchytné ligandy, protismyslné geny a také pro vývoj expresních systémů pro syntézu proteinů a peptidů odpovídajících takovým sekvencím. V případě sond, primerů, záchytných ligandů a protismyslných sekvencí se nukleová kyselina obyčejně skládá z celé nebo z. části (přibližně dvaceti nebo více nukleotidů pro zajištění specificity, stejně jako pro tvorbu stabilních hybridizačních produktů) nukleových kyselinpodle předkládaného vynálezu obsažených v seznamu sekvencí. Tato použití jsou 'podrobněji popsána dále.

Sondy

Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované podle sekvencí předkládaného vynálezu uvedených v seznamu sekvencí jsou použitelné jako sondy pro specifickou detekci H. pylori. Podle sekvencí podle předkládaného vynálezu jsou identifikovány sekvence obsahující dvacet nebo více nukleotidů, které umožňují požadovanou sensitivitu a specificitu pro H. pylori, a cizorodé nukleové kyseliny, které budou pravděpodobně identifikovány v průběhu hybridizace. Výhodněji bude sekvence obsahovat alespoň dvacet až třicet nukleotidů, aby byla zajištěna stabilita produktu hybridizace tvořeného sondou a požadovanou cílovou molekulou.

Sekvence delší než 1000 nukleotidů se obtížně syntetizují, ale mohou být vyrobeny rekombinatními DNA technikami. Odborníkům v oboru bude jasné, že nukleové kyseliny pro použití jako sondy mohou být opatřeny značkou pro usnadnění detekce produktu hybridizace.

Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované podle sekvencí předkládaného vynálezu uvedených v seznamu sekvencí jsou použitelné také jako sondy pro detekci homologních regionů

4Ί ······ · · (zejména homologních genů) jiných druhů .Helicobacter za použití vhodně přísných podmínek hybridizace, které jsou zde popsány.

Záchytný ligand

Pro použití jako záchytný ligand může.;být ,nukleová kyselina popsaná výše jako sonda snadno navázána na nosič. Způsoby pro navázání nukleové kyseliny na nosič jsou dobře známé. Nukleová kyselina mající dvacet nebo více nukleotidů sekvence podle předkládaného vynálezu uvedené v seznamu sekvencí se může použít pro separaci nukleové kyseliny H. pylori z nukleové kyseliny dalších a jiných organismů. Nukleová kyselina mající dvacet nebo více nukleotidů sekvence podle předkládaného vynálezu uvedené v seznamu sekvencí se může také použít pro separaci jiných druhů Helicobacter od dalších a jiných organismů. Výhodně bude sekvence obsahovat alespoň dvacet nukleotidů, aby byla zajištěna stabilita produktu hybridizace tvořeného sondou a požadovanou cílovou molekulou. Sekvence delší než 1000 nukleotidů se obtížně syntetizují, ale mohou být vyrobeny rekombinatními DNA technikami.

Primery

Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná podle zde popsaných sekvencí je použitelná jako primer pro amplifikaci nukleové kyseliny H. pylori. Tyto nukleové kyseliny mohou být také použity pro amplifikaci nukleových kyselin jiných druhů Helicobacter. Podle technik polymerasové řetězové reakce (PCR) jsou sekvence nukleové kyseliny délky s 10-15 nukleotidů podle předkládaného vynálezu obsažené v seznamu sekvencí použitelné společně s vhodnými enzymy a činidly pro výrobu kopií nukleové kyseliny H. pylori. Výhodně bude sekvence obsahovat alespoň dvacet nebo více nukleotidů, aby byla zajištěna stabilita

ΦΦΦΦΦ produktu hybridizace tvořeného primerem a požadovanou cílovou molekulou. Vazebné podmínky primerů delších než 100 nukleotidů jsou obtížně kontrolovatelné pro zajištění specificity. PCR s vysokou spolehlivostí může být použita pro zajištění věrných kopií DNA před expresí. Kromě.toho, amplifikované produkty mohou být ověřeny běžnými sekvenačními technikami.

Kopie mohou být použity v diagnostických testech pro detekci specifických sekvencí, včetně genů z H. pylori a/nebo jiných druhů Helicobacter. Kopie mohou být také vloženy,, do rklonovacích a expresních vektorů pro výrobu polypeptidů odpovídajících ňukleové kyselině syntetizované PCR, jak je zde podrobněji popsáno.

Protismyslné sekvence

Nukleová kyselina nebo hybridizující derivát ňukleové kyseliny izolovaná nebo syntetizovaná podle zde popsaných sekvencí je použitelná jako protismyslná sekvence pro zabránění exprese genů H. pylori. Tyto sekvence jsou také použitelné jako protismyslné sekvence pro zabránění exprese genů- jiných druhů Helicobacter.

V jednom provedení je nukleová kyselina nebo derivát odpovídající ňukleové kyselině H. pylori vložena do vhodného nosiče, jako je například liposom nebo bakteriofág, pro zavedení do bakteriálních buněk. Například, nukleová kyselina délky dvacet nebo více nukleotidů je schopná vazby na bakteriální nukleovou kyselinu nebo na bakteriální mediátořovou RNA. Výhodně obsahuje protismyslná nukleová kyselina 20 nebo více nukleotidů pro zajištění nezbytné stability produktu hybridizace přirozeně se nevyskytující ňukleové kyseliny a bakteriální ňukleové kyseliny a/nebo bakteriální mediátorové RNA. Ňukleové kyseliny delší než 1000 nukleotidů se obtížně syntetizují, ale mohou být vyrobeny rekombinatními DNA technikami. Způsoby pro vložení protismyslné • · a jsou uvedeny .1980 nukleové kyseliny do liposomů jsou v.oboru známé například v U.S. patentu 4241046 udělenému 23.12

Papahadjopoulosovi et al.

II. Exprese nukleové kyseliny H. pylori

Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná podle zde popsaných sekvencí je použitelná pro výrobu polypeptidů. Nukleová kyselina podle předkládaného vynálezu uvedená v seznamu sekvencí nebo fragmenty uvedené nukleové kyseliny-kódující aktivní části polypeptidů H. pylori mohou být klonovány do vhodných vektorů nebo mohou být použity pro izolaci nukleové kyseliny. Izolovaná nukleová kyselina je kombinována s vhodnými DNA vazebnými sekvencemi a je klonována do vhodného vektoru.

Funkce specifického genu nebo operonu může být zjištěna, expresí v bakteriálním kmenu za podmínek, při kterých může být specificky měřena aktivity genového produktu určeného požadovaným genem nebo operonem. Alternativně může být genový produkt produkován ve velkých množstvích v exprivujícím kmenu a může být použit jako antigen, průmyslové činidlo, pro strukturální studie a podobně. Tato exprese může být provedena v mutantním kmenu, který postrádá aktivitu testovaného genu, nebo v kmenu, který neprodukuje stejný genový produkt. Sem patří, bez omezení, jiné kmeny Helicobacter, nebo jiné bakteriální kmeny jako je E. coli, Norcardia, Corynebacterium, Campylobacter a Streptomyces.

V některých případech bude exprivující hostitel využívat přirozený Helicobacter promotor, zatímco jindy bude nutné řídit expresi genu promotorovou sekvencí odvozenou z exprivujícího organismu (například E. coli β-galaktosidasový promotor pro expresi v E. coli).

Pro expresi genové produktu za použití přirozeného promotoru

H. pylori může být.použit následující postup. /Restrikční fragment obsahující požadovaný gen, spolu s jeho asociovaným přirozeným ?promotorovým elementem a .regulačními'•skvencemi (identif ikovaný za použití dat„DNA .sekvence) je klonován do vhodného rekombinantního ,plasmidu obsahujícího origin of replication funkční v hostitelském organismu a vhodný selektovatelný/markér. Toto může být provedeno mnoha technikami, které jsou v-oboru známé.

Nejuvýhodněji je to provedeno trávením plasmidu a klonovaného fragmentu stejným restrikčním enzymem za vzniků kompetibilních konců, které mohou být potom ligovány dohromady. Rekombinantní plasmid je vložen.do hostitelských organismů, například elektroporací, a buňky obsahující rekombinantní plasmid jsou identifikovány selekcí podle markéru na plasmidu. Exprese požadovaného genového produktu je detekována za použití testu specifického pro tento genový produkt.

V případě genu, který vyžaduje jiný promotor, je gen (kódující sekvence) specificky excidován a klonován do vhodného expresního plasmidu. Toto subklonování může být provedeno různými technikami, ale nejlépe je provedeno PCR amplifikací specifického fragmentu a ligací do expresního plasmidu po zpracování produktu PCR restrikčním enzymem nebo exonukleasou pro vytvoření vhodných konců pro klonování.

Vhodná hostitelská buňka pro expresi genu může být jakákoliv prokaryotická nebo eukaryotická buňka. Například, polypeptid H. pylori může být exprivován v bakteriálních buňkách jako je E. coli, hmyzích buňkách (bakulovirus), kvasinkách, nebo v savčích buňkách jako jsou ovariální buňky čínského křečka (CHO). Další vhodné hostitelské buňky jsou odborníkům známé.

Exprese v eukaryotičkých buňkách jako jsou savčí, hmyzí buňky nebo kvasinky může vést k částečné nebo úplné glykosylaci a/nebo . ·* ke tvorbě relevantních inter- nebo intra-řetězcových disulf idových vazeb produkovaného rekombinantního,peptidu. Příklady vektorů pro expresi v·kvasince S. .cerevisiae'zahrnuj i pYepSecl (Baldari et al,, (1987) EMBO J. 6: 229' - 234), pMFa (Kurjan and.Herskowitz (1982). Cell 30: 933 - 943), pJRY88 (Schultz et al., (1987) Gene 54: 113 - 123) a.pZES2 (Invitrogen •Corporation, San. Diego, CA). Bakulovirové vektory-dostupné pro expresi proteinů v kultivovaných hmyzích buňkách (SF9 buňkách) zahrnují pAc sérii (Smith et al., (1983) Mol. Cell. Biol. 3: 2156 - 2.165) a pVL sérii (Luclow V.A. and Summers, M..D. (1989)

Virology 170: 31 - 39) . Obyčejně jsou COS buňky (Gluzman, Y. (1981) Cell 23: 175 - 182) použity s vektory jako je pCDM 8 t

(Aruffo, A. and Seed, B. (1987) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 84: 8573 - 8577) pro dočasnou amplifikaci/expresi v savčích buňkách, zatímco CHO (dhfr^-.Chinese Hamster Ovary) buňky jsou použity s vektory jako je pMT2PC (Kaufman et al., (1987) EMBO J. 6: 187 195) pro stabilní amplifikaci/expresi v savčích buňkách.

Vektorová DNA může být vložena do savčích buněk pomocí běžných technik, jako je srážení fosforečnanem vápenatým nebo chloridem vápenatým, DEAE-dextraném zprostředkovanou transfekcí nebo elektroporací. Výhodné techniky pro transformaci hostitelských buněk jsou uvedeny v Sambrook et al. (Molecular Cloning:

A Laboratory Manual, 2. vydání, (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY) a jiných učebnicích.

Exprese v prokaryotech je nej častěji provedena v E. coli buď za použití fúsních, nebo ne-fúsních indukovatelných expresních vektorů. Fúsní vektory obvykle přidávají určitý počet NH₂koncových aminokyselin k exprivovanému genu. Tyto NH₂ koncové aminokyseliny jsou často označovány jako reporterová skupina. Takové reportérové skupiny obvykle slouží dvěma účelům: 1) zvyšují rozpustnost cílového rekombinantního proteinu; a 2) napomáhají přečištění.cílového rekombinantního proteinu tím, že •9 999· • · účinkují jako ligand při afinitním přečištění. Často je ve fúsních expresních vektorech vloženo v místě spojení reportérové , skupiny a cílového rekombinantního proteinz proteolytické štěpící místo, aby byla možná separace cílového rekombinantního proteinu od reportérové skupiny po přečištění fúsního proteinu. Takové enzymy, a jejich odpovídájící rozpoznávacísekvence, zahrnují faktor Xa, trombin a enterokinasu. Typické fúsní expresní vektory zahrnují pGEX (Amrad Corp., Melbourne, Austrálie), pMAL (New Englands Biolabs; Beverly, MA) a pRIT5 (Pharmacia, Piscataway,

NJ), které fúsují glutahion-S-transferasu, E vazebný protein pro maltosu nebo protein A, v příslušném pořadí, na cílový rekombinantní protein. Výhodnou reportérovou skupinou je póly(His), která může být fúsována na amino- nebo karboxy-konec proteinu a která umožňuje snadné přečištění rekombinantního fúsního proteinu chromatografii s chelaty kovů.

Indukovatelné nefúsní expresní vektory zahrnují pTrc (Amann et al., (1988) Gene 69: 301 - 315) a pETlld (Studier et al., Gene

Expresion Technology: Methods in Enzymology 185, Academie Press, San Dlego, California (1990) 60 - 89). Zatímco exprese cílového genu spočívá v transkripci RNA polymerasou hostitele z hybridního trp-lac promotoru v pTrc, exprese cílového genu insertovaného do pETlld spočívá v transkripci z T7 gnlO-lac 0 fúsního promotoru, která je zprostředkována současně exprivovanou virovou RNA polymerasou (T7 gn 1). Tato virová polymerasa je dodávána hostitelským kmenem BL21(DE3) nebo HMS174(DE3) zde obsaženým labda profágu nesoucího T7 gnl pod transkripční kontrolou lacUV 5 promotoru.

Například, hostitelská buňka transfektovaná vektorem nukleové kyseliny řídícím expresi nukleotidové sekvence kódující polypeptid H. pylori může být kultivována za vhodných podmínek umožňujících expresi polypeptidu. Polypeptid může být secernován

• ·· • · 9	• · •	· *·· • ·	·· ·· • · · ·
• ·	• ·	• · ·	• · · · · ·
• ·	•	• ·	• ·
• · · · · ··	• ·	•	• · 9 9

a.izolován ze směsi buněk a media obsahujícího peptid.

Alternativně může být polypeptid zadržován v cytoplasmě a buňky mohou být sklízeny, -lyžovány a protein může.být izolován. Buněčná kultura obsahuje hostitelské buňky, medium a další „vedlejší produkty. Vhodná*media pro buněčnou kulturu jsou v oboru známá. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohoubýt izolovány z buněčného kultivačního media, z hostitelských buněk nebo z obou za použití technik známých v oboru pro přečištění proteinů, včetně iontoměničové chromatografie, gelové filtrační chromatografie, ultrafiltrace, elektroforesy a imunoafinitního přečištění za použití protilátek specifických pro takové polypeptidy. Dále, v mnoha situacích mohou být, polypeptidy produkovány chemickým štěpením nativního proteinu (například trávením trypsinem) a produkty štěpení mohou být potom přečištěny standardními technikami.

V případě proteinů vázaných na membrány mohou být tyto proteiny izolovány z hostitelských buněk kontaktováním proteinové frakce spojené s membránami s detergentem tvořícím solubulizovaný komplex, ve kterém není protein asociovaný s membránami nadále plně zanořen do membránové frakce a je solubilizován alespoň v tom rozsahu, který umožňuje jeho chromatografickou izolaci z membránové frakce. Pro výběr detergentu vhodného pro solubilizaci těchto komplexů se použije několika různých kriterií. Například, jedním kriteriem je schopnost detergentu solubilizovat protein H. pylori v membránové frakci s minimální denaturací proteinu asociovaného s membránami, aby bylo umožněno obnovení aktivity nebo funkce proteinu asociovaného s membránami po rekonstituci proteinu. Jiným kriteriem pro výběr detergentu je kritická koncentrace micel (CMC) detergentu, kdy detergent volby má výhodně vysokou CMC hodnotu, aby bylo možné jeho snadné odstranění po rekonstituci. Třetím kriteriem je hydrofobní charakter detergentu. Obvykle jsou proteiny asociované

9 0«

0 0 » 0 0 '0

000 00«

0

00 • 0 0 ·· · s membránami velmi hydrofobní a proto budou detergenty, které jsou také hydrofobní, například detergenty tritonové serie, použitelné pro solubilizaci hydrofobních proteinů. Další významnou vlastností detergentů může být schopnost detergentů odstraňovat protein H. pylori s minimální interakcí protein-protein, což usnadňuje další přečištění. Pátým kriteriem pro výběr detergentů je náboj detergentů. Například, pokud je při procesu přečištění použita iontoměničová pryskyřice, tak by detergentem měl být detergent bez náboje. Chromatografické techniky, které mohou být použity v konečném přečištění jsou v oboru známé a zahrnují hydrofobní interakce, lektinovou afinitu, iontomšniče, afinitu k barvivům a imunoafinitu.

Jednou strategií pro maximalizaci exprese rekombinantního peptidu H. pylori v E. coli je exprese proteinu v hostitelské bakterii s narušenou kapacitou pro proteolytické štěpení rekombinantního proteinu (Gottesman, S., Gene Expresion Technology: Methods in Enzymology 185, Academie Press, San Dlego, California (1990) 119 - 128). Jinou strategií je alterace nukleové kyseliny kódující peptid H. pylori, která má být insertována do expresního vektoru, tak, že jednotlivé kodony pro každou aminokyselinu budou ty kodony, které jsou přednostně využívány u proteinů E. coli exprivovaných ve vysokých množstvích (Wada et al., (1992) Nuc. Acids Res. 20: 2111 - 2118). Taková alterace nukleových kyselin podle předkládaného vynálezu může být provedena standardními technikami syntézy DNA.

Nukleové kyseliny podle předkládaného vynálezu mohou být také syntetizovány chemicky za použití standardních technik. Jsou známé různé metody pro chemickou syntézu polydeoxynukleotidů, včetně syntézy na solidní fázy, která je, jako peptidová syntéza, plně automatizovaná v komerčně dostupných DNA syntezátorech (viz například Itakura et al. U.S. patent č. 4598049; Caruthers et

9· *··· φ

·· ·<

• · 9

9 9

9 · 9 9 · • · ·♦ ·· al., U.S. patent č..4458066; a Itakura U.S. patenty č. 4401796 a 7373071, které;jsou-zde uvedeny jako odkaz).

III. Polypeptidy H. pylori

Vynález obsahuje izolované polypeptidy H. pylori kódované popsanými genomovými- sekvencemi H. pylori, včetně polypeptidů podle předkládaného vynálezu uvedených v seznamu sekvencí. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mají výhodně délku alespoň 5 aminokyselinových zbytků. Pomocí_:zde uvedené sekvence DNA může být za použití dobře známých technik odvozena aminokyselinová sekvence polypeptidů podle ^předkládaného vynálezu. Mělo by být jasné, že sekvence celé nukleové kyseliny /kódující polypeptid H. pylori může být izolována a identifikována na základě ORF, který kóduje pouze fragment odpovídajícího protein-kodujícího regionu. Totoho může být dosaženo, například, za použití izolované nukleové kyseliny kódující ORF, nebo jeho fragmentů, pro nastartování polymerasové řetězové reakce s genomovou DNA H. pylori jako templátem; potom následuje sekvencování amplifikovaného produktu.

Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být izolovány z přirozených nebo z mutantních buněk H. pylori nebo z heterologních organismů· nebo buněk (včetně, ale bez omezení, bakterií, kvasinek, hmyzích, rostliných a savčích buněk) do kterých byla vložena a ve kterých byla exprivována nukleová kyselina H. pylori. Kromě toho, polypeptidy mohou být částí rekombinantních fúsních proteinů.

Polypeptidy H. pylori podle předkládaného vynálezu mohou být chemicky syntetizovány za použití automatizovaných postupů, které jsou zde uvedeny jako odkazy.

IV. Identifikace nukleových kyselin kódujících složky vakcin a cílů.pro, činidla účinná proti H. pylori

Popsané genomové sekvence H. pylori obsahují segmenty, které řídí syntézu kyseliny ribonukleové a polypeptidů, stejně jako elementy rozpoznávající počátek replikace, ..promotory, jiné typy regulačních sekvencí a intergenní nukleové kyseliny. Vynález obsahuje nukleové kyseliny kódující imunogenní složky vakcin a cíle pro činidla účinná proti H. pylori. Identifikace uvedených imunogenních složek obsažená v určení funkce .popsaných sekvencí může být provedena různými technikami. Nelimitující příklady takových technik jsou stručně popsány dále.

Homologie se známými sekvencemi: Počítačové srovnání popsaných sekvencí H. pylori s dříve popsanými sekvencemi ve veřejně dostupných databázích je použitelné pro identifikaci funkčních nukleových kyselin a polypeptidů H. pylori. Mělo by být jasné, že sekvence kódující protein, například, mohou být srovnávány jako celek, a že vysoký stupeň homologie sekvence mezi dvěma proteiny (například > 80 - 90%) na aminokyselinové úrovni naznačuje, že dva proteiny mají také určitý stupeň funkční homologie, jako je například homologie mezi enzymy účastnícími se na metabolismu, syntéze DNA, nebo syntéze buněčné stěny, a homologie mezi proteiny obsaženými v transportu, buněčném dělení atd. Kromě toho bylo identifikováno mnoho strukturálních rysů jednotlivých proteinpvých tříd a tyto rysy korelují se specifickými konvenčními sekvencemi, jako jsou například vazebné domény pro nukleotidy, DNA, ionty kovů a jiné malé molekuly; místa pro kovalentní modifikace jako je fosforylace, acylace a podobně; místa pro interakce protein:protein, atd. Tyto konvenční sekvence mohou být dosti krátké a mohou představovat pouze frakci celé protein-kodující sekvence. Identifikace takových rysů v sekvenci H. pylori je proto použitelná pro určení funkce kódovaného proteinu a pro identifikaci cílů pro antibakteriální léčiva.

Pro předkládaný vynález j sóu zejména významné ty charakteristické rysy, které jsou společné sekrečriím, . transmembránovým a povrchovým proteinům, včetně sekrečních signálních peptidů a hydrofobních transmembránoyých domén. Proteiny H. pylori pravděpodobně obsahující signální sekvence a/nebo’ transmembránové domény jsou použitelné jako imunogenní složky vakcín.

Identifikace .esenciálních genů: Nukleové kyseliny, které kódují esenciální proteiny pro růst nebo životaschopnost H. pylori jsou výhodnými cíly pro léčiva. Geny H. pylori mohou být testovány na jejich biologický význam pro organismus pomocí vyšetřování vlivu delece a/nebo narušení genů, t.j. pomocí tzv. vyřazení genu, za použití technik dobře známých v oboru. Tímto způsobem mohou být identifikovány esenciální geny.

Sekvence specifické pro jednotlivé kmeny: Z důvodů evoluční příbuznosti mezi různými kmeny H. pylori se předpokládá, že popsané sekvence H. pylori jsou použitelné pro identifikaci a pro rozlišení známých a nových kmenů H. pylori. Předpokládá se, že jiné kmeny H. pylori budou mít alespoň 70% homologii sekvence se sekvencemi podle předkládaného vynálezu. Systematická a rutinní analýza DNA sekvencí získaných ze vzorků obsahujících kmeny H. pylori a srovnání se sekvencemi podle předkládaného vynálezu umožní identifikaci sekvencí, které mohou být použity pro rozlišení kmenů, stejně jako identifikaci těch sekvencí, které jsou společné všem kmenům H. pylori. V jednom provedení obsahuje vynález nukleové kyseliny, včetně sond, a peptidy a polypeptidové sekvence, které odlišují jednotlivé kmeny H. pylori. Složky specifické pro kmeny mohou být také identifikovány funkčně podle jejich schopnosti vyvolávat tvorbu protilátek nebo reagovat s • ·

protilátkami, které selektivně rozpoznávají jeden nebo více kmenů H. pylori. V jiném provedení obsahuje vynález nukleové kyseliny, včetně sond, a peptidy a polypeptidové sekvence, které jsou společné všem kmenům H. pylori, ale které nejsou přítomné v jiných druzích bakterií.

Konkrétní ;příklad: Určení potenciálních proteinových antigenů pro protilátku a vývoj vakciny

Výběr potenciálních proteinových antigenů-pro vývoj vakciny může být proveden pomocí nukleových kyselin kódujících polypeptidy H. pylori. Nejprve může být ORF analyzován na homologii s jinými známými secernovanými a-membránovými proteiny a může být analyzován za použití diskriminační analýzy, kterou popsali Klein et al. (Klein, P., Kanehsia, M. and DeLisi, C.

(1985) Biochimica et Biophysica Acta 815: 468 ~ 476) pro určení secernovaných a membránových proteinů.

Vyšetřování homologie může být provedeno za použití BLAST algoritmu, který je obsažen v Wisconsin Sequence Analysis Package (Genetics Computer Group, University Research Park, 575 Science Drive, Madison, WI 53711), pro srovnání každé předpokládané aminokyselinové sekvence ORF se všemi sekvencemi uvedenými v současné GenBank, SWISS-PROT a PIR databázích. BLAST vyhledává lokální přiřazení ORF k sekvencím v databázích a popisuje pravděpodobnostní skoré, které určuje pravděpodobnost nalezení této sekvence v databázi. ORF se signifikantní homologii (například pravděpodobností, že homologie je náhodná, nižší než 1 x 10⁶) s membránovými nebo secernovanými proteiny představují proteinové antigeny pro vývoj vakciny. Možná funkce genů H. pylori může být určena na základě homologie s geny klonovanými v jiných organismech.

• · · · · ···· • · • · · · · ····

CQ · · · · · · · ··· ···

-J 9 9 9 9 9 9 9

999 9999 99 9 99 99

Diskriminační analýza (Klein et al., výše) může být použita pro stanovení aminokyselinové sekvence ORF. Tento algoritmus využívá vnitřní informace obsažené v aminokyselinové,sekvenci a srovnává je s informacemi získanými z vlastností známých membránových a secernovaných proteinů. Toto srovnání určuje, který protein bude sečernován, asociován s .membránou nebo uložen v cytoplasmě. Aminokyselinové sekvence ORF identifikované jako sečernované nebo asociované s membránou jsou potenciálními proteinovými antigeny pro vývoj vakciny.

i

Membránové proteiny zevní membrány pravděpodobně přestavují nejlepší antigeny pro vyvolání,protektivní imunitní odpovědi proti H. pylori. Pro určení těchto proteinů zevní membrány je možno použít vyšetření na přítomnost amfipatického regionu β-skládaného listu na jejich C-konci. Tento region, který byl detekován u velkého počtu zevních membránových .proteinů u Gram negativních bakterií, je často charakterizován hydrofobními zbytky (Phe nebo Tyr), které jsou seskupeny v různých pozicích v oblasti C-konce (Například viz obr. 5, blok F; obr. 7, blok E) . Důležité je, že tyto sekvence nebyly detekovány v oblasti C-konců periplasmatických proteinů, což umožňuje předběžné rozlišení těchto tříd proteinů na základě primární sekvence. Tento fenomen popsal Struyve et al. (J. Mol. Biol. 218: 141 - 148, 1991).

Na obrázku 5 jsou také uvedeny další motivy aminokyselinové sekvence, které jsou nalézány v mnoha zevních membránových proteinech H. pylori. Seřazení aminokyselinové sekvence na obr. 5 uvádí části sekvence pěti proteinů H. pylori (v jednopísměném aminokyselinovém kódu) označených identifikačním číslem aminokyselinové sekvence a popsané od N-konce do C-konce, zleva doprava. Nalézá se zde pět nebo šest různých bloků (označených A až E nebo F) podobných aminokyselinových zbytků včetně různých hydrofobních zbytků (Phe nebo Tyr; F nebo Y v jednopísměném kódu

• · pro aminokyselinové zbytky), které se často nacházejí v pozicích blízko C-konce zevních membránových proteinů. Přítomnost několika stejných motivů jednoznačně určuje podobnost členů teto skupiny proteinů.

Další seřazení aminokyselin pro čtyři zevní ..membránové proteiny izolované z H. pylori je uvedeno na obr. 6.

-—Zevní membránové proteiny izolované z H. pylori často mají další společné motivy, jak jsou uvedeny pro,dva proteiny na obr. 7, které mají také společné C-koncové hydrofobní zbytky, a jak jsou uvedeny pro dva proteiny na obr. 8, které nemají společný C-koncový motiv hydrofobních zbytků, ale které mají jiný společný C-koncový motiv.

Odborníkům v oboru bude jasné, že tyto testované motivy sekvence jsou vysoce signifikantní a určují podobnost v této skupině proteinů.

Málokdy se stane, že není možné rozlišit mezi více možnými nukleotidy v dané pozici v sekvenci ňukleové kyseliny. V těchto případech jsou nejednoznačné výsledky označeny následujícími písmeny:

• · · · · · • · • · · · »· · · · · *

Oficiální IUPAC-IUB- jednopísmenný kod baží

Kod	Popis baze
G	Guanin
A	Adenin
T	Thymidin
C	Cytosin
R	------- Purin	(A	nebo	G)
Y	Pyrimidin	(C	nebo	T nebo U)
M	Amino	(A	nebo	C)
K	Keton	(G	nebo	T)

S	Silná interakce	(C	nebo	G)
W	Slabá interakce	(A	nebo	T)
H	Ne-G	(A	nebo	C	nebo	T)
B	Ne-A	(C	nebo	G	nebo	T)
V	Ne-T (Ne-U)	í 7\	nebo	/1 V,	nebo	G)
D	Ne-C	(A	nebo	G	nebo	T)
N	Jakákoliv	(A	nebo	C	nebo	G nebo T)

Aminokyselina podle předkládaného vynálezu translatovaná z nejednoznačné sekvence nukleové kyseliny z nejednoznačného kodonu je označena X. Ve všech případech jsou možné aminokyselinové zbytky v pozici zřejmé ze stanovení sekvence nukleové kyseliny, za použití standardního genetického kódu.

V. Produkce fragmentů a analogů nukleových kyselin a polypeptidů H. pylori

Podle genových produktů H. pylori podle předkládaného vynálezu uvedených v seznamu sekvencí může odborník v oboru pozměnit popsanou strukturu (geny H. pylori) například tvorbou

·· ·· ···· ·· ·· • · · · • · · · • · · · · · • · « · · · fragmentů nebo analogů a,testovat aktivitu nově vytvořených struktur. Příklady: technik v oboru známých, ?které* je .možno použít pro produkci a..testování fragmentů a analogů,- jsou-uvedeny dále. Tyto techniky, nebo analogické techniky, .mohou být*použity pro .výrobu’knihoven polypeptidů, například knihoven náhodných polypeptidů nebo knihoven fragmentů nebo analogů.buněčných proteinů a jejich vyšetřování na schopnost vazby na polypeptidy H. pylori. Taková vyšetřní jsou použitelná pro identifikaci inhibitorůH. pylori.

Výroba fragmentů

Fragmenty proteinů mohou být produkovány různými způsoby, například rekombinantně, proteolytickým trávením, nebo chemickou syntézou. Vnitřní nebo koncové fragmenty polypeptidu mohou být vyrobeny odstraněním jednoho nebo více nukleotidů z jednoho konce (pro terminální fragment) nebo z obou konců (pro vnitřní fragment) nukleové kyseliny, která kóduje polypeptid. Při expresi mutované DNA je produkován polypeptidový fragment. Trávení za použití konec zpracujících endonukleas může tak generovat DNA, které kódují seskupení fragmentů. DNA, které kódují fragmenty proteinu, mohou být také generovány náhodným štěpením, restrikčním trávením nebo kombinací výše uvedených technik.

Fragmenty mohou být také chemicky syntetizovány za použití technik známých v oboru, jako je běžná Merrfieldova technika syntézy na pevné fázi f-Moc nebo t-Boc. Například, peptidy podle předkládaného vynálezu mohou být rozděleny na určené fragmenty požadované délky bez přesahů, nebo mohou být rozděleny na přesahující fragmenty požadované délky.

Alterace nukleových kyselin a polypeptidů: Náhodné metody • 0000

0000 • · 0 • · · • · ·

0 0 • 0 0

00 0 0 0 0

0 0 0

0·· 000 • 0

0 0 0

Varianty.aminokyselinové sekvence proteinu mohou být připraveny.náhodnou mutagenesi DNA, která'kóduje protein nebo určitou doménu nebo region-protéinu.; Použitelné techniky zahrnují PCR ^mutagenesi a·saturační mutagenesi. Knihovna,náhodných,variant aminokyselinové sekvence může být také vytvořena.pomocí syntézy , sady degenerovaných oligonukleotidových sekvencí. (Techniky pro ·. vyšetřování proteinu v-knihovnách variant jsou zde uvedeny na i jiném miste).

(A) PCR mutagenese

V PCR mutagenesi je Taq polymerasa s redukovanou spolehlivostí použita pro vložení náhodných mutací do klonovaného fragmentu DNA (Leung et al., 1989, Technique 1: 11 - 15). Region DNA, který má být podroben mutagenesi, je amplifikován za použití polymerasové řetězové reakce (PCR) za podmínek,, které redukují spolehlivost syntézy DNA Taq DNA polymerasou, například za použití poměru dGTP/dATP pět a za přidání Mn²* do PCR reakční směsi. Soubory amplifikovaných DNA fragmentů jsou insertovány do vhodných klonovacích vektorů za vzniku knihoven náhodných mutantů.

(B) Saturační mutagenese

Saturační mutagenese umožňuje rychlé vložení velkého počtu substitucí jednotlivých baží do klonovaných DNA fragmentů (Mayers et al., 1985, Science 229: 242). Tato technika obsahuje generování mutací, například chemickým zpracováním nebo ozářením jednořetězové DNA in vitro, a syntézu komplementárního DNA řetězce. Frekvence mutací může být ovlivňována změnou intenzity zpracování a mohou být získány v podstatě všechny možné substituce baží. Jelikož tato technika neobsahuje genetickou selekci pro mutované fragmenty, jsou získány jak neutrální substituce, tak substituce, které mění funkci. Distribuce • i 't *

9 9 bodových mutací není ovlivněna chybou ve smyslu konzervovaných elementů.sekvence.

(C) Degenerované oligonukleotidy

Knihovna homologů může.být také generována za/použití degenerovaných oligonukleotidových sekvencí. Chemická syntéza degenerovaných sekvencí může být provedena na automatickém DNA syntezátoru a syntetický gen je potom ligován do vhodného expresního vektoru. Syntéza degenerovaných .oligonukleotidů je v oboru známá (viz například Narang, S.A. (1983) Tetrahedron 39:3; Itakura et al., (1981) Recombinant DNA, Proč 3rd Cleveland

Sympos. Macromolecules, ed. A.G. Walton, Amsterdam: Elsevier str. 273 - 289; Itakura et al., (1984) Annu. Rev. Biochem. 53: 323;

Itakura et al., (.1984) Science 198: 1056; Ike et al., (1983)

Nucleic Acids Res. 11: 477. Takové techniky-mohou být použity v přímém vývoji jiných proteinů (viz například Scott et ai ., (1990) Science 249: 386 - 390; Roberts et al., (1992) PNAS 89: 2429 2433; Devlin et al., (1990) Science 249: 404 - 406; Cwirla et al., (1990) PNAS 87: 6378 - 6382; stejně jako U.S. patenty č. 5223409, 5198346 a 5096815).

Alterace nukleových kyselin a polypeptidů: Metody pro řízenou mutagenesi

Techniky nenáhodné nebo řízené mutagenese mohou být použity pro výrobu specifických sekvencí nebo mutací ve specifických regionech. Tyto techniky mohou být použity pro výrobu variant, které obsahují například delece, inserce nebo substituce zbytků známé aminokyselinové sekvence proteinu. Místa mutací mohou být modifikována jednotlivě nebo v sérii, například (1) nejprve substitucí konzervovanou aminokyselinou a potom radikálněji, podle dosaženého výsledku, (2) delecí cílového zbytku, nebo (3) • · · · · insercí zbytků stejné nebo jiné třídy do sousedství vybraného místa, nebo .kombinací těchto modifikací.

(A) .Alaninová vyhledávací mutagenese

Alaninová vyhledávací mutagenese je užitečná^technika pro identifikaci určitých zbytků nebo regionů požadovaného proteinu, které jsou výhodnými místy pro mutagenesi (Cunningham and Wells,

Science 244: 1081------1085, 1989) . V alaninovém vyhledávání je identifikován zbytek nebo skupina zbytků (například.zbytky s nábojem jako je Arg, Asp, His, Lys a Glu) a je nahrazen neutrální aminokyselinou nebo aminokyselinou s negativním nábojem (nejlépe alaninem nebo polyalaninem). Substituce aminokyseliny může ovlivnit interakci aminokyselin s okolním vodným prostředím v nebo mimo buňku. Ty domény, které vykazují funkční· sensitivitu na substituce, jsou potom upraveny vložením dalších nebo jiných variant do místa substituce. Proto, ačkoliv je místo pro vložení variace aminokyselinové sekvence předem určeno, charakter mutace samotné nemusí být předem určen. Například, pro optimalizaci mutace v daném místě může být alaninová vyhledávací nebo náhodná mutagenese provedena v cílovém kodonu nebo regionu a exprivované požadované varianty proteinové podjednotky jsou vyšetřovány na optimální kombinaci požadované aktivity.

(B) Mutagenese zprostředkovaná oligonukleotidy

Mutagenese zprostředkovaná oligonukleot idy je užitečnou technikou pro přípravu substitučních, inserčních a delečních variant DNA, viz například Adelman et al., (DNA 2: 183, 1983) . Stručně, požadovaná DNA je alterována hybridizací oligonukleotidu kódujícího mutaci na DNA templát, kde templátem je jednořetězcová forma plasmidu nebo bakteriofágu obsahující nealterovanou nebo přirozenou DNA sekvenci požadovaného proteinu. Po hybridizacei je « · · · • · · · ·· · ··· celého druhého do kterého j e tak inkorporován použita DNA.polymerasa pro syntézu komplementárního řetězce templátu, oligonukleotidový primer a který tak bude,kodovat vybranou alteraci DNA pro požadovaný protein. Obyčejně jsou použity oligonukleotidy délky alespoň 25 nukleotidů.Optimální oligonukleotid bude obsahovat 12 až 15 nukleotidů, které jsou zcela komplementární k templátu na obou stranách od nukleotidu kódujícího mutaci. Toto zajistí, že oligonukleotid bude správně hybridizovatna jednořetězcovoutemplátovou molekulu DNA. Oligonukleotidy mohou být jednoduše syntetizovány za použití v oboru známých technik, jako je technika popsaná v Crea et al., (Proč. Nati. Acad. Sci. USA 75: 5765 (1978)).

(C) Kazetová mutagenese

Jiná technika pro přípravu variant, kazetová mutagenese, je založena na technice popsané Wellsem et al., (Gene 34: 315 (1985)).Výchozím materiálem je plasmid (nebo jiný vektor), který obsahuje DNA pro podjednotku proteinu, která má být mutována.

Jsou identifikovány kodony v DNA pro podjednotku proteinu, které máji být mutovány. Na každé straně identifikovaného místa mutace musí existovat jedinečné místo pro restrikční endonukleasu. Pokud takové restrikční místo neexistuje, musí být vytvořeno za použití výše uvedené techniky mutagenese zprostředkované oligonukleotidy a musí být vloženo do vhodné pozice požadované DNA pro podjednotku proteinu. Po vložení restrikčního místa do plasmidu je plasmid v těchto místech rozstřižen a linearizován.

Dvoj řetězcový oligonukleotid kódující sekvenci DNA mezi restrikčními místy, ale obsahující požadovanou mutaci, je syntetizován za použití běžných technik. Dva řetězce jsou syntetizovány odděleně a potom spolu hybridizují za použití běžných technik. Tento dvouřetězcový oligonukleotid je označován jako kazeta. Tato kazeta je navržena tak, aby měla 5' a 3' konce, které jsou kompatibilní s konci 1inearizovaného,plasmidu, takže . může být přímo ligována do plasmidu. Takový plasmid potom , obsahuje požadovanou mutovanou DNA sekvenci pro, podjednotku proteinu.

(D) Kombinatoriální mutagenese

Kombinatoriální mutagenese může být také použita pro tvorbu mutantů (Ladner et al., WO 88/06630). V této technice jsou aminokyselinové sekvence pro skupinu homologů nebo jiných příbuzných proteinů seřazeny, výhodně tak, aby bylo dosaženo co nejvyšší homologie. Všechny aminokyseliny, které jsou v dané pozici seřazených sekvencí mohou být vybrány pro vytvoření degenerované sady kombinatoriálních sekvencí. Všeobecná knihovna variant je tvořena kombinatoriální mutagenesí na úrovni nukleových kyselin a je kódována všeobecnou.genovou knihovnou. Například, směs syntetických oligonukleotidů může být enzymaticky ligována do genových sekvencí tak, že degenerovaná sada potenciální sekvencí je exprivovatelná jako jednotlivé peptidy, nebo alternativně, jako sada větších fúsních proteinů obsahujících sadu degenerovaných sekvencí.

Další modifikace nukleových kyselin a polypeptidů H. pylori

Je možné modifikovat strukturu polypeptidu H. pylori za účelem vyšší rozpustnosti, vyšší stability (například životnosti ex vivo a resistence na proteolytickou degradaci in vivo). Může být vyroben modifiovaný protein nebo peptid H. pylori, ve kterém byla pozměněna aminokyselinová sekvence, například aminokyselinovou substitucí, delecí nebo adicí, jak je zde popsána.

Peptid H. pylori může být také modifikován substitucí cysteinových zbytků, výhodně alaninem, serinem, threoninem,

leucinem nebo kyselinou glu týmovou, aby byla .minimalizována dimerizace způsobená disulfidovou vazbou. Dále, 'vedlejší řetězce aminokyselin fragmentů proteinu podle předkládaného vynálezu mohou být chemicky .modifikovány. Jinou modifikací »je cyklizace peptidu. .

Pro zvýšení stability a/nebo reaktivity může být polypeptid H. pylori modifikován tak, aby inkorporoval jeden nebo více polymorfismů v aminokyselinové sekvenci proteinu vzniklý v důsledků přirozené alelické variace. Kromě toho mohou-být D-aminokyseliny, přirozeně se nevyskytující aminokyseliny nebo neaminokyselinové analogy přidány nebo substituovány, za vzniku modifikovaného proteinu podle předkládaného vynálezu. Dále, polypeptid H. pylori může být modifikován za použití polyethylenglykolu (PEG) podle techniky, kterou popsal A. Sehon a kol. (Wie et al., výše), za vzniku proteinu konjugovaného s PEG. Kromě toho může být PEG přidán, v průběhu syntézy proteinu. Další modifikaci proteinů H. pylori zahrnuj i redukci/alkylaci (Tarr., Methods of Protein Mikrocharakterization, J.E. Silver ed., Humana Press, Clifton NJ, 155 - 194, 1986)); acylaci (Tarr, výše); chemické navázání na vhodný nosič (Mishell and Shiigi, ed., Selected Methods in Cellular Immunology, W.H. Freeman, San Francisco, CA (1980), U.S. Patent 4939239; nebo šetrné zpracování formalinem (Marsh (1971) Int. Arch. of Allergy and Appl. Immunol. 41: 199 - 215) .

Pro usnadnění přečištění a pro potenciální zvýšení solubility proteinu nebo peptidu H. pylori je možné přidat aminokyselinovou fúsní skupinu na peptidový skelet. Například může být na protein přidán pro přečištění afinitní chromatografii s imobilizovaným iontem kovu hexa-histidin (Hochuli, E. et al., (1988)

Bio/Technology 6: 1321 - 1325). Dále, pro usnadnění izolace peptidů bez nežádoucích sekvencí může být specifické místo pro

I štěpení endoproteasami vloženo mezi sekvence fúsní skupiny a peptidu.

Pro usnadnění správného zpracování antigenů, kterými jsou polypeptidy, H. pylori může být konvenční: místo sénsitivní na proteasy zapracováno mezi dva regiony, 'které.obsahují každý alespoň jeden epitop, za použití rekombinantích. nebo/syntetických metod. Například, páry.aminokyselin s nábojem, ;jako-je.KK nebo RR, mohou být vloženy mezi regiony proteinu nebo fragmentu v

-—------průběhu jeho rekombinantní konstrukce. Vzniklý peptid může být sénsitivní na štěpení kathepsinem a/nebo trypsinu podobnými enzymy, které budou tvořit části proteinu obsahuj cí i/jeden nebo více epitopů. Kromě toho, také aminokyselinové zbytky s nábojem mohou vést ke zvýšení rozpustnosti peptidu.

Primární metody pro vyšetřování polypeptidů.a^analogů . ' . v ·

V oboru jsou známé různé techniky pro vyšetřování generovaných produktů mutantního genu. Techniky pro vyšetřování genových knihoven často obsahují klonování genové knihovny do * replikovatelných expresních vektorů, transformaci vhodných buněk vzniklou knihovnou vektorů a expresi genů za podmínek, za kterých detekce požadované aktivity, například v tomto případě vazby na polypeptid H. pylori nebo na interagující protein, usnadňuje relativně snadnou izolaci vektoru kódujícího gen, jehož produkt byl detekován. Každá technika popsaná dále je vhodná pro vysoce výkonou analýzu pro vyšetřování velkého počtu vytvořených sekvencí, například vytvořených technikou náhodné mutagenese.

(A) Dvou hybridní systém

Dvou hybridní test, jako je systém popsaný výše (pro jiné vyšetřovací techniky, které jsou zde popsány), může být použit

-Á

pro identifikaci polypeptidů, například fragmentů nebo analogů přirozeného polypeptidu H. pylori, například‘buněčných proteinů nebo náhodně generovaných polypeptidů, které se váží na protein H. pylori.. (Doména H. pylori je.použita jako záchytný protein a knihovny variant jsou exprivovány jako fúsní-proteiny, které maj být zachyceny) . Obdobně může být dvou.hybridní test (jak je zde popsán pro jiné vyšetřovací techniky) ' použit pro* vyhledání polypeptidů, které se váží na polypéptid H. pylori.

(B) Zobrazovací knihovny

V jednom provedení vyšetřovacích testů jsou. potenciální peptidy zobrazeny na povrchu buněk nebo virových částic a je detekována schopnost jednotlivých buněk nebo virových částic vázat se na vhodný receptorový protein prostřednictvím zobrazeného produktu v panelovacím testu.Například, genová knihovna může být klonována do genu,pro povrchový membránový protein bakteriální buňky a vzniklý fúsní protein může být detekován panelováním (Ladner et al., WO 88/06630; Fuchs et al., (1991) Bio/Technology 9: 1370 - 1371; a Goward et al., (1992)

TIBS 18: 136 - 140) . Podobným způsobem může být detekovatelně značený ligand použit pro hodnocení potenciálních funkčních homologů peptidu. Fluorescenčně značené ligandy, například receptory, mohou být použity pro detekci homologů, které si zachovávají vazebnou aktivitu pro ligand. Použití fluorescenčně značených ligandů umožňuje vizualizaci buněk a jejich separaci fluorescenční mikroskopií, nebo - pokud to umožňuje morfologie buněk - jejich separaci ve fluorescencí aktivovaném třídiči buněk.

Genová knihovna může být exprivována jako fúsní protein na povrchu virových částic. Například, ve filamentosním fágovém systému může být cizorodá peptidová sekvence exprivována na povrchu infekčního fágu,· což má dvě významné výhody.' Za prvé, protože tyto fágy mohou být aplikovány do afinitních matric v koncentracích vyšších než 10^x3 fágu na ml, , může být v jednu dobu vyšetřován'velký počet fágů. Za druhé, protože-každý infekční fág zobrazuje genový produkt na svém povrchu,· tak pokud'je určitý fág získán z afinitní matrice; v nízkém výtěžku, -může být amplifikován ve „druhém kole infekce. Skupina téměř identických E. coli filamentosních fágů M13, fd., a fl je nejčastěji používána ve fágových zobrazovacích knihovnách. Jak fágový gl11, tak gVIII obalový protein může být použit pro tvorbu fúsních .proteinů bez narušení·konečné struktury virové částice. Cizorodé epitopy mohou být exprivovány na NH₂-konci pílí a fág nesoucí takové epitopy může být získán z velkého nadbytku fágu bez těchto epitopů '(Ladner et al., PCT přihláška WO 90/02909; Garrard et al., PCT přihláška WO 92/09690; Marks et al., (1992) J. Biol. Chem. 267:

16007 - 16010; Griffiths et al., (1993) EMB0.J 12: 725 - 734;

Clackson et al., (1991) Nátuře 352: 624 - 628; a Barbas et al., (1992) PNAS 89: 4457 - 4461).

Běžný přístup využívá maltosový receptor E. coli (protein zevní membrány, LamB) jako peptidového fúsního partnera (Charbit et al., (1986) EMBO J. 5: 3029 - 3037). Oligonukleotidy byly insertovány do plasmidu kódujícího LamB gen za produkce peptidů fušovaných na jednu z extracelulární smyček proteinu. Tyto peptidy jsou přístupné pro vazbu na ligandy, například na protilátky, a mohou vyvolat imunitní odpověď při podání buněk zvířatům. Jiné proteiny buněčného povrchu, například OmpA (Schorr et al., (1991) Vaccines 91, str. 387 - 392), PhoE (Agterberg et al., (1990) Gene 88: 37 - 45), a PAL (Fuchs et al., (1991 (Bio/Tech 9: 1369 - 1372), stejně jako velké povrchové struktury bakterií, mohou sloužit jako nosiče pro zobrazení peptidu.

Peptidy mohou být fúsovány na pilin, protein, který polymerizuje za vzniku pilus-a kanálu pro interbakteriální výměnu genetické ·

• 0 0 *>

informace (Thiry et al., (1989) Appl. Environ. Microbiol. 55: 984

- -993). Vzhledem ke své úloze. při .interakci, s dalšími buňkami je pilus výhodným nosičem pro prezentaci peptidů v extracelulárním prostředí. Jinou velkou strukturou použitou pro .zobrazení peptidu je orgán sloužící k pohybu bakterií, bičík. Fúse peptidu na podjednotku proteinu flagelinu umožňuje zobrazení mnoha kopií peptidu ve vysoké hustotě na hostitelské·buňce (Kuwajima et al., (1988) Bio/Tech 6: 1080 - 1083). Povrchové proteiny jiných bakteriálních druhů mohou také sloužit jako peptidové fúsní _____ partnery. Příklady zahrnují protein A Staphylococcus a zevní membránovou IgA proteasu Neisseria (Hansson et al., (1992) J.

Bacteriol. 174: 4239 - 4245 a Klauser et al., (1990) EMBO J.

9: 1991 - 1999).

Ve filamentosních fágových systémech a v LamB systému, které jsou uvedeny výše, je fyzikální vazba mezi peptidem a jeho kódující DNA taková, že DNA je obsažena v částici (buňce nebo fágu), která má peptid na svém povrchu. Zachycením peptidu se zachycuje částice a DNA v ní obsažená. Alternativní schéma využívá DNA-vazebný protein Láci pro vytvoření vazby mezi peptidem a DNA (Culí et al., (1992) PNAS USA 89: 1865 - 1869).

Tento systém využívá plasmidu obsahujícího Láci gen s oligonukleotidovým klonujícím místem na jeho 3'-konci. Při kontrolované indukci arabinosou je produkován Láci-peptid fúsní protein. Tento fúsní protein si zachovává přirozenou schopnost Láci vázat se na krátkou DNA sekvenci známou jako LacO operátor (LacO). Tím, že se dvě kopie LacO instalují do expresního plasmidu se dosáhne toho, že Láci-peptid fúsní produkt se těsně váže na plasmid, který ho kóduje. Protože plasmid v každé buňce obsahuje pouze jedinou oligonukleotidovou sekvenci a každá buňka expriivuje pouze jedinou peptidovou sekvenci je peptid specificky a stabilně asociovaný s DNA sekvencí, která řídí jeho syntézu. Buňky knihovny jsou šetrně lyžovány a komplexy pepti-DNA jsou • ··’··· »··· • · . · · · · ······· · · · ·· vystaveny matrici obsahující imobilizovaný .receptor pro získání komplexů obsahujících aktivní peptidy. Asociovaná plasmidové DNA' je .potom znovu vložena do buněk pro amplifikaci a/provede se DNA sekvencování pro určení identity .peptidových/ligandů. Jako příklad praktického.využití této metody byla vytvořena rozsáhlá náhodná knihovna doděkapeptidů a byla provedena selekce na monoklonální protilátce proti opioidnímu peptidu·dynorfinu B.

Byla získána kohorta peptidů, které byly všechny příbuzné v konvenčnísekvenciodpovídaj ící šesti -zbytkům dynorf inu B (Culí et al., (1992) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 89: ,1869).

Toto schéma, někdy označované jako peptidy-na-plasmidech, se liší od fágových zobrazovacích metod ve dvou významných bodech.

Za prvé, peptidy jsou připojeny na C-konec fúsního proteinu, což vede ke zobrazení prvků knihovny jako peptidů majících volný karboxy konec. Oba obalové proteiny.filamentosních fágů, plil a pVIH, jsou zakotveny ve fágu v jejich C-koncích a navázané peptidy jsou umístěny na volných N-koncových'doménách. V některých případech jsou peptidy zobrazované na fágu přítomny právě v amino-konci fúsního proteinu (Cwirla et al., (1990) Proč.

Nati. Acad. Sci. USA 87: 6387 - 6382). Druhým rozdílem je sada biologických chyb ovlivňujících populaci peptidů aktuálně přítomných v knihovnách. Láci fúsní molekuly jsou omezeny na cytoplasmu hostitelských buněk. Fágové obalové fúsní proteiny jsou přechodně v cytoplasmě v průběhu translace, ale jsou rychle secernovány přes vnitřní membránu do periplasmatického kompartmentu, zůstávají zakotveny v membráně prostřednictvím jejich C-koncových hydrofobních domén, s N-koncem obsahujícím peptidy přesahujícím do periplasmy, při čekání na zařazení do fágové částice. Peptidy v Láci a fágových knihovnách se mohou významně lišit v důsledku expozice různým proteolytickým aktivitám. Fágové obalové proteiny vyžadují transport přes vnitřní membránu a zpracování signální peptidasou před »i»i 9 9 9 99 * · · · » • · · » · * • · · ·«· W · · « · · ·

99 99 inkorporací do fágu.. Některé peptidy jsou tímto-zpracováním .narušeny a nejsou v knihovnách representativní (Gallop et al., (1994) J. Med. Chem. 37(9): 1233 - 1251). K těmto chybám nedochází v Láci. zobrazovacím systému.

Počet malých peptidů dostupných v rekombinantích.náhodných knihovnách je značný. Běžně jsou připravovány knihovny obsahující ΙΟ⁷- 10⁹ nezávislých klonů. Byly vytvořeny knihovny obsahující až 10¹¹ rekombinantnů, ale tato velikost se blíží praktickému limitu pro knihovny klonů. Toto omezení velikosti - knihoven ; spočívá v transformaci DNA obsahující randomizované segmenty do hostitelských bakteriálních buněk. Pro překonání tohoto omezení byl vyvinut in vitro systém založený na zobrazení nascentních peptidů v polysomových komplexech. Tato technika zobrazovacích knihoven může produkovat knihovny o 3 - 6 řádů větší než v současnosti dostupné fág/fágemidové nebo plasmidoyé knihovny. Kromě toho, konstrukce knihoven, exprese peptidů a vyšetřování je provedeno zcela bez účasti buněk.

V jedné aplikaci této techniky (Gallop et al., (1994) J. Med.

Chem. 37 (9) : 1233 - 1251) byla konstruována molekulární knihovna DNA kódující 10¹² dekapeptidů a knihovna byla exprivována v S30 in vitro vázaném transkripčním/translačním systému E. coli. Podmínky byly vybrány tak, aby byly ribosomy odblokovány od mRNA, což způsobilo akumulaci značné části RNA v polysomech a vedlo k zisku komplexů obsahujících nascentní peptidy ještě stále ve vazbě na jejich kódující RNA. Tyto polysomy jsou dostatečně velké pro afinitní přečištění na imobilizovaných receptorech za použití stejného způsobu, jaký je použit pro vyšetřování běžných zobrazovacích knihoven rekombinantních peptidů. RNA z navázaných komplexů je získána, je přeměněna na cDNA a je amplifikována PCR za zisku templátu pro další kolo syntézy a vyšetřování.

Polysomová zobrazovací knihovna může být spojena s fágovým ····

zobrazovacím systémem. Po.několika kolech vyšetřování je cDNA z obohaceného souboru polysomů klonována do fagemidového vektoru. Tento vektor slouží jak jako expresní vektor pro peptid, který zobrazuje.peptidy fúsované na obalové proteiny, tak jako.DNA sekvenační vektor pro identifikaci peptidu. Při expresi.peptidů získaných z polysomů na fágu je možné buď pokračovat v .postupu afinitní selekce v tomto formátu, nebo je-možné testovat peptidy na jednotlivých klonech na vazebnou aktivitu ve fágovém ELISA testu, nebo je možné testovat peptidy na vazebnou specificitu v kompletačním fágovém ELISA testu (Barret et al., (1992) Anal. Biochem. 204: 357 - 364), pro identifikaci sekvencí aktivních peptidů na sekvencích DNA produkovaných fagemidovým hostitelem.

Sekundární vyšetřování polypeptidů a analogů

Po testech s vysokou výkonosti .popsaných výše může následovat sekundární vyšetřování pro identifikaci dalších biologických aktivit, které umožní, například, odlišení agonistů od antagonistů. Typ použitého sekundárního vyšetření bude záviset na požadované aktivitě, která má být testována. Například může být vyvinut test, ve kterém může být schopnost inhibovat interakci mezi požadovaným proteinem a jeho příslušným ligandem použita pro identifikaci antagonistů ze skupiny peptidových fragmentů izolovaných v jednom z primárních vyšetřovacích testů popsaných výše.

Způsoby pro generování fragmentů a analogů a jejich testování na aktivitu jsou známé v oboru. Po identifikaci základní požadované sekvence je pro odborníky v oboru snadné získání analogů a fragmentů.

Peptidová mimetika polypeptidů H. pylori « « φ φ • φ 'φ φ φ φ φφφ φφφ • « φ · ».·

Vynález také obsahuje redukci proteinových-vazebných domén polypeptidů H. pylori tvorbou mimetik,.například peptidových nebo nepeptidových činidel. Peptidová mimetika jsou .schopná narušit vazbu polypeptidů na jeho ligand, například, v případě polypeptidů H. pylori jeho vazbu na přirozený ligand. Mohou být určeny kritické zbytky určitého polypeptidů H. pylori, které se účastní v molekulovém rozpoznání polypeptidů a mohou být použity pro tvorbu peptidomimetik odvozených od H. pylori, která budou kompetitivně nebo nekompetitivně inhibovat vazbu polypeptidů H. pylori s interagujícím polypeptidem (viz například Evropská patentová přihláška EP-412462A a EP-B31080A) .

Například mohou být pro mapování aminokyselinových zbytků určitého polypeptidů H. pylori účastnících se vazby s interagujícím polypeptidem vyhledávací mutagenese vyrobeny peptidomimetické sloučeniny (například deriváty diazepinu nebo isochinolinu), které zakrývají tyto zbytky při vazbě na interagující polypeptid a které proto mohou inhibovat vazbu polypeptidů H. pylori na interagující polypeptid a tak mohou interferovat s funkcí polypeptidů H. pylori. Například, nehydrolyzovatelné peptidové analogy takových zbytků mohou být vyrobeny za použití benzodiazepinu (například viz Freidinger et al., v Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), azepinu (viz například Huffman et al., v Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), substituovaných T-laktamových kruhů (Garvey et al., v Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), keto-methylenových pseudopeptidů (Ewenson et al., (1986)

J. Med. Chem. 29: 295; a Ewenson et al., v Peptides: Structure and Function (Proceedings of 9th American Peptide Symposium) Pierce Chemical Co., Rockland, IL, 1985), β-uspořádaných dipeptidových jader (Nagai et al., (1985) Tetrahedron Lett. 26:

,, (.1986) J...Chem. Soc.-Perkin. Trans. 1: 1231)

..(Gordon et al., (1985) Biochem.’-Eiophys . Res.

a Dann et al.,. . (1986) Biochem. Biophys. Res.

• 9 · · • · · ·9

9 9 ·

647; a Sáto et al a β-aminoalkoholů Commun. .126: 419; Comm. 134: 71) .

VI. Vakcinační prostředky pro nukleové kyseliny a polypeptidy

H. pylori

Předkládaný-vynález se^také týká-vakcinačníchprostředků a — formulací (termíny jsou zaměnitelné) pro .ochranu/před infekcí H. pylori- nebo pro léčbu infekce H. pylori. Zde.použitý termín léčba infekce H. pylori označuje terapeutickou léčbu existující nebo rozvinuté infekce H. pylori. Termíny ochrana před infekcí H. pylori nebo profylaktická léčba označuje-použití vakcinačního prostředku proti H. pylori pro;redukci rizika nebo pro zabránění vzniku infekce u subjektu,-u kterého je riziko infekce H. pylori. V jednom provedení obsahuje vakcinační prostředek jednu nebo více imunogenních složek, jako je povrchový protein, H. pylori, nebo jeich částí, a farmaceuticky přijatelný nosič. Například, v jednom provedení obsahují vakcinační prostředky podle předkládaného vynálezu alespoň jeden nebo kombinaci polypeptidů H. pylori nebo jejich fragmentů ze stejného nebo z různých antigenů H. pylori. Nukleové·kyselina a polypeptidy H. pylori pro použití ve vakcinačních prostředcích podle předkládaného vynálezu zahrnují nukleové kyseliny a polypeptidy uvedené v seznamu sekvencí, výhodně ty nukleové kyseliny H. pylori, které kódují povrchové proteiny a povrchové proteiny nebo jejich fragmenty. Například, výhodná nukleová kyselina a polypeptid H. pylori pro použití ve vakcinačním prostředku podle předkládaného vynálezu je vybrána ze skupiny nukleových kyselin, které kódují proteiny obalu H. pylori a z proteinů obalu H. pylori, jak jsou uvedeny v tabulce 1. Nicméně, jakákoliv nukleová kyselina kódující imunogenní protein H. pylori a polypeptid H. pylori, nebo jeho část, mohou být použity v předkládaném vynálezu. Tyto vakciny mají terapeutické a/nebo profylaktické použití.

V jednom aspektu obsahuje předkládaný vynález vakcinační prostředek pro ochranu před infekcí H. pylori, který obsahuje alespoň jeden imunogenní fragment proteinu H. pylori a farmaceuticky přijatelný nosič. Výhodné fragmenty zahrnují peptidy dé-bky^-alespoň 10 aminokyselinových zbytků, lépe délky přibližně 10-20 aminokyselinových zbytků a nejlépe délky přibližně 12-16 aminokyselinových zbytků.

Imunogenní složky podle předkládaného vynálezu mohou být získány například vyšetřováním polypeptidů produkovaných rekombinantně z odpovídajícího fragmentu nukleové kyseliny kódující celý protein H. pylori. Dále mohou být fragmenty syntetizovány chemicky za použití technik známých v oboru, ' je Merrifieldova f-Moc nebo t-Boc syntéza na solidní fázi.

V jednom provedení jsou imunogenní složky identifikovány podle schopnosti peptidů stimulovat T buňky. Peptidy, které stimulují T buňky, jak jsou určeny například v testu proliferace T buněk nebo sekrece cytokinů, jsou zde definovány tak, že obsahují alespoň jeden epitop. Soudí se, že epitopy pro T buňky se účastní iniciace a rozvoji imunitní odpovědi proti proteinovému alergenu, který je odpovědný za klinické příznaky alergie. Soudí se, že tyto epitopy T buněk spouští děje na úrovni T-pomocných buněk prostřednictvím vazby na vhodnou HLA molekulu na povrchu buňky presentující antigen, což stimuluje subpopulaci T buněk s odpovídajícím receptorem T buněk pro epitop. Tyto děje vedou k proliferaci T buněk, sekreci lymfokinů, lokální zánětlivé reakci, mobilizaci dalších buněk imunitního systému do místa interakce antigen/T buňka a k aktivaci B buněčné kaskády, která vede k • '·· '·'« '···· <·· · ·· · · · • · · <· 9 • 9 9 9·· .· · 9 ^9 9 (9 9 9 99 9 9 9 9 · ► 9 9

I · · ··· « produkci protilátek. T buněčný epitop je základním prvkem, .nebo nejmenší jednotkqu pro .rozpoznávání receptorem T buněk a obsahuje základní aminokyseliny, .pro. rozpoznání-.receptorem . (například ,přibližně ,.6*:nebo. 7· aminokyselinových zbytků) . „Aminokyselinové sekvence,, které;-napodobuj i tyto T buněčnéepitopy, . spadaj í také do - rozsahu. předkládaného vynálezu.

V jiném provedení jsou imunogenní složky podle předkládaného, vyna 1 ezu idéntifikovány pomoci~gěhomÓvé ~ vakčinacě. Základní protokol je založen na myšlence, že exprese knihoven obsahujících celý nebo část genomu patogenu, například genomu H. pylori, může vyvolat ochranu, pokud je použita pro genetickou imunizaci hostitele. Tato imunizace expresní knihovnou (ELI) je analogická k expresnímu klonování a obsahuje redúkci,.genomové expresní knihovny patogenu, například H. pylori, do plasmidů, které mohou působit jako genetické vakciny. Plasmidy,mohou být také navrženy

9» O Ι-'ΧΤ F 1-F· 1 » F V* O 4“ «? If· If· ♦“ F\, n rif· ^W

V ΛΑ v »ÍÍCI j JTkV^J-Cl V Jf .

stimulovat protilátkovou odpověď. Tato genetická adjuvans mohou být vložena do vzdálených míst a mohou působit jak extracelulárně, tak intracelulárně.

Toto je nový přístup pro výrobu vakcin, který má mnoho výhod jako živé/atenuované patogeny, ale žádné riziko infekce. Expresní knihovna DNA patogenu je použita pro imunizaci hostitele, což umožňuje dosáhnout stejných účinků prezentace antigenu, jako jsou dosaženy při použití živé vakciny, ale bez rizika. Například, v předkládaném vynálezu mohou být náhodné fragmenty z genomu H. pylori nebo z kosmidových nebo plasmidových klonů, stejně jako PCR produkty z genů identifikovaných sekvencováním genomu, použity pro imunizaci hostitele. Uskutečnitelnost tohoto přístupu byla demonstrována na Mycoplasma pulmonis (Barry et al., Nátuře 377: 632 - 635, 1995), kde i částečné expresní knihovny

Mycoplasma pulmonis, přirozeného patogenu hlodavců, vyvolaly • 9« ·· 0900 *9 ·· ·ι<9 9 '0 '· , .9 -'9 9 .·* ·0 0 *9 • ’.9 *· >0 9 -9 9 9 19 ‘0 0^9 · 0- >· .9 0 9 00 0

9 ,9 0 9 9 9

0 0 0 0 00 ι9 0 9 .0 9 00 ochranu.proti infekci patogenem.

ELI je technika, která umožňuje produkci neinfekčních mnohostranných vakcin, i když je málo,známo o biologii patogenu, protože ELI využívá imunitní systém pro vyšetřování genů, které jsou kandidáty pro toto použití. Po izolaci mohou být tyto geny použity jako genetické vakcíny nebo pro vývoj rekombinantních proteinových vakcin. Tak umožňuje ELI výrobu vakcin systematickým, vysocemechanizováným způsobem.

Vyšetřování imunogenních složek může být provedeno za použití jednoho nebo více různých testů. Například, in vitro je testována stimulační aktivity peptidu pro T buňky kontaktováním peptidu, o kterém se předpokládá nebo o kterém je známo, že je imunogenní, s buňkou prezentující antigen, která jej potom prezentuje na vhodných MHC molekulách v kultuře T buněk. Prezentace imunogenního peptidu H. pylori s vhodnou MHC molekulou T buňkám spolu s nutnou současnou stimulací vede k přenosu signálu na T buňky, které produkují zvýšené množství cytokinů,, zejména interleukinu-2 a interleukinu-4. Může být získán supernatant kultury a může být testován na interleukin-2 a jiné známé cytokiny. Například, může být použit jakýkoliv z mnoha běžných testů na interleukin-2, jako je test popsaný v Proč. Nati. Acad. Sci. USA 86: 1333 (1989), jehož části související s tímto testem jsou uvedeny jako odkaz. Kit pro test na produkci interferonu je také dostupný od Genzyme Corporation (Cambridge, MA).

Alternativně, běžný test pro měření proliferace T buněk měří inkorporaci tritiem značeného thymidinu. Proliferace T buněk může být měřena in vitro určením množství ³H-značeného thymidinu inkorporovaného do replikující se DNA kultivovaných buněk. Tak může být kvantifikována rychlost syntézy DNA a tak i rychlost buněčného dělení.

(·' ί· ’0-0 · %· '···· '·. '· · ^Ί· .0 0 '0 '0 0 <0> · 0 · {0

0 0 0 0'00 0 0. '0 0 '0

000 0:0 0

Vakcinační prostředky nebo formulace podle předkládaného vynálezu obsahující jednu nebo více imunogenních složek (například polypeptid H, pylori nebo jeho fragment nebo nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori nebo jeho fragment) výhodně obsahují farmaceuticky přijatelný nosič. Termín farmaceuticky přijatelný nosič zahrnuje jakákoliv rozpouštědla, dispergační media, potahy, antibakteriální a antimykotická činidla, izotonická činidla a činidla zpomalující absorpci a podobně^ která jsou slučitelnás farmaceu t řckýnwpodáním; Vhodné farmaceuticky přijatelné nosiče zahrnují, například, vodu, fyziologický roztok, fosfátem pufrovaný fyziologický roztok, dextrosu, glycerol, ethanol a podobně, stejně jako jejich kombinace. Farmaceuticky přijatelné nosiče mohou dále obsahovat malá množství pomocných substancí, jako jsou smáčivá nebo emulgační činidla, konzervační činidla nebo pufry, které zvyšují životnost nebo účinnost nukleové kyseliny nebo polypeptidu H. pylori. Fro vakcinační prostředky podle předkládaného vynálezu obsahující polypeptidy H. pylori je polypeptid výhodně podán společně s vhodným adjuvans a/nebo systémem pro podání, jak jsou zde popsány.

Odborníkům v oboru bude jasné, že terapeuticky účinné množství DNA nebo proteinu podle předkládaného vynálezu bude záviset, mimo jiné, na protokolu podání, jednotlivé podané dávce nukleové kyseliny nebo polypeptidu H. pylori, na to, zda je protein nebo nukleová kyselina podána v kombinaci s dalšími terapeutickými činidly, na stavu imunitního systému a zdravotním stavu pacienta a na terapeutické aktivitě jednotlivého proteinu nebo nukleové kyseliny.

Vakcinační prostředky jsou obvykle podány parenterálně, například injekcí, buď subkutání nebo intramuskulární. Techniky intramuskulární imunizace jsou popsány ve Wolff et al., (1990) '··♦ ···· ·· ·♦ • · · · · · · • · · · · · · • · · ‘,· ······ .· ,· · 9 9

9 99 99

Science 247: 1465 - 1468 a v Sedegah et al., (1994) Immunology

91: 9866 - 9870. Jiné způsoby podání zahrnují orální a pulmonální prostředky, čípky a transdermální přípravky. Orální imunizace je výhodnější než parenterální techniky pro indukci ochrany před infekcí H. pylori. Czinn et al., (1993) Vaccine 11: 637 - 642.

Orální prostředky obsahují běžně používané přísady, jako je manitol, laktosa, škrob, stearan hořečnatý, sacharin sodný, celulosa, uhličitan hořečnatý a podobně, vše při farmaceutické 'čístofě^-. ------------------ --------------- ----------------V jednom provedení obsahuje vakcinační prostředek adjuvans, jako farmaceuticky přijatelný nosič. Příklady vhodných adjuvans pro použití ve vakcinačních prostředcích podle předkládaného vynálezu zahrnují, ale nejsou omezeny na, hydroxid hlinitý; N-acetyl-muramyl-L-threonyl-D-isoglutamin (thr-MDP); N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamin (CGP 11637, též označovaný jako nor-MDP); N-acetylmuramyl-L-alanyl-D-isoglutamyl-L-alanin-2-(1'-2'-dipalmitoyl-sn-glycero-3-hydroxyfos-fosforyloxy)-ethylamin (CGP 19835A, též označovaný jako MTP-PE); RIBI, které obsahuje tři složky z bakterií; monofosforyl lipid A; dimykoloat trehalosy; skelet buněčné stěny (MPL-TDM-CWS) ve 2% emulsi skvalen/Tween 80; a choleratoxin. Dále mohou být použity netoxické deriváty choleratoxínu, včetně jeho B podjednotky, a/nebo konjugáty nebo geneticky zpracované přípravky polypeptidu H. pylori s choleratoxinem nebo jeho B podjednotkou, procholeragenoidem, polysacharidy mykotického původu, včetně schizofylanu, muramyldipeptidu, derivátů muramyldipeptidu, estery forbolu, labilním toxinem E. coli, non-H. pylori bakteriálními lyzáty, blokovými polymery nebo saponiny.

V jiném provedení obsahuje vakcinační prostředek jako farmaceuticky přijatelný nosič přenosový systém. Vhodné přenosové systémy pro použití ve vakcinačních prostředcích podle

• '<· ·· >···	··
<·· · <· · ;· ·	» ·	• ·
• · # · * * ·	·♦·	·(· ·
• · · · ·	•	- ·
«·<· · ·'·· · '·· ·	·· ··

předkládaného vynálezu zahrnují mikrokapsle nebo imunostimulační komplexy (ISCOM), kochleaty, nebo liposomy, geneticky upravené živé vektory jako jsou viry nebo bakterie a rekombinantní (chimérické). virů podobné částice, například bluetongue.

V jiném provedení vynálezu obsahuje vakcinační prostředek jak přenosový systém, tak adjuvans.

* '

Systémy pro podání lidem mohou obsahovat kapsle s enterálním Uvdrňdváhínrchránící antigen před kyselým prostředím v žaludku a obsahující polypeptid H. pylori v nerozpustné formě jako fúsní protein. Vhodnými nosiči pro vakciny podle předkládaného vynálezu jsou kapsle s enterálním potahem a .polylaktid-glykolidové mikrosféry. Vhodnými ředidly jsou 0,2 N NaHC0₃ a/nebo fyziologický roztok.

Vakciny podle předkládaného vynálezu mohou být podány jako primární profylaktické činidlo dospělým nebo dětem, jako sekundárně prevence, po úspěšné eradikaci H. pylori u infikovaného hostitele, nebo jako terapeutické činidlo pro indukci imunitní odpovědi u vnímavého hostitele pro zabránění infekci H. pylori. Vakciny podle předkládaného vynálezu jsou podány v množství, které snadno určí odborník v oboru. Pro dospělé bude vhodná dávka v rozmezí 10 /xg až 10 g, lépe 10 pg až 100 mg, například 50 pg až 50 mg. Vhodná dávka pro dospělé bude také v rozmezí od 5 pg do 500 mg. Podobná dávková rozmezí platí také pro děti.

Množství použitého adjuvans bude záviset na typu použitého adjuvans. Například, pokud je slizničním adjuvans choleratoxin, tak je výhodně použit v množstí 5 μg až 50 μg, například 10 μg až 35 μg. Pokud je použito formy mikrokapslí, pak bude použité množství záviset na množství použitém v matrici mikrokapsle pro dosažení požadované dávky. Určení tohoto množství je pro 'tt· ·· tttt·· tttt ·· tt · · · · · · tt · tt tttt tt ···· tt tttt 1» · tt tttttt ·-·· • tttttt · .· • tttttt· ·· · ·· ·» odborníky sňadné.

Odborníkům v oboru bude jasné, že optimální dávka bude více či méně závislá na tělesné hmotnosti pacienta, na onemocnění, způsobu podání a na jiných faktorech. Odborníkům v oboru bude také jasné, že dávka může být určena na základě výsledků získaných pro jiné známé orální vakciny, jako je například vakciňa lyzátu E. coli (6 mg na den až 540. mg na den) a “přečxšťěný^-antrigen enterotoxické; E. coli (4 dávky pomg) (Schulman et al., J. Urol. 150: 917 - 921 (1993)); Boedecker et al., American Gastroenterological Assoc. 999: A-222 (1993)).

Počet dávek bude záviset na onemocnění, prostředku a na účinosti, jak bude určena v klinických pokusech. Bez omezení, léčba může být podána jako 3 až 8 dávek pro primární imunizaci během 1 měsíce (Boedecker et al., American Gastroenterological Assoc.

999: A-222 (1993)) .

Ve výhodném provedení může být vakcinační prostředek podle předkládaného vynálezu založen na přípravku usmrcených celých E. coli s imunogenním fragmentem proteinu H. pylori podle předkládaného vynálezu exprivovaným na jejich povrchu, nebo může být založen na lyzátu E. coli, kde působí usmrcené E. coli jako nosič nebo adjuvans.

Odborníkům v oboru bude jasné, že některé vakcinační prostředky podle předkládaného vynálezu jsou užitečné pouze pro zabránění infekce H. pylori, některé jsou užitečné pouze pro léčbu infekce H. pylori a některé jsou užitečné jak pro léčbu, tak pro profylaxi infekce H. pylori. Ve výhodném provedení poskytuje vakcinační prostředek podle předkládaného vynálezu ochranu před infekcí H. pylori stimulací humorální a/nebo buněčné imunity proti H. pylori. Mělo by být jasné, že zmírnění jakýchkoliv klinických příznaků infekce H. pylori je konečným »· ·♦ »0 0000

000 · 0 00

00 0 0 0 0 0

0 0 0 0

0 000 ·00 0 0 0 0 00 ·· klinickým cílem, včetně snížení dávky medikace použité pro léčbu onemocnění způsobeného H. pylori, nebo zvýšení protukce protilátek v séru nebo na sliznici pacientů.

VII. Protilátky reaktivní s polypeptidy H. pylori

Vynález také obsahuje protilátky specificky reaktivní s polypeptidem H. pylori. Anti-proteinové/anti-peptidové antisérum nebo monoklonální protilátky mohou být připraveny za použití standardních technik (Viz například Antibodies: A Laboratory Manual, vydáno Harlow and Lané (Cold Spring Harbor Press: 1988)). Savci, jako například myši, křečci nebo králíci, mohou být /imunizováni imunogenní formou peptidu. Techniky pro vyvolání imunogenicity peptidu nebo proteinu zahrnují konjugaci na nosič nebo j iné techniky v oboru dobře známé. Imunogenní část polypeptidu H. pylori může být podána za přítomnosti adjuvans. Pokračování imunizace může být sledováno detekcí titrů protilátek v plasmě nebo v séru. Standardní ELISA nebo jiné imunotesty mohou být použity s imunogenem jako je antigen pro hodnocení hladiny protilátek.

Ve výhodném provedení jsou uvedené protilátky imunospecifické pro antigenní determinanty polypeptidů H. pylori podle předkládaného vynálezu, například pro antigenní determinanty polypeptidů podle předkládaného vynálezu uvedených v seznamu sekvencí, nebo jejich blízce příbuzných lidských nebo non-lidských savčích homologů (například homologních z 90%, lépe homologních z alespoň 95%). V ještě dalším výhodném provedení vynálezu nejsou protilátky proti H. pylori významně zkříženě reaktivní (t.j. reagují specificky) s proteinem, který má například 80% homologii se sekvencí podle předkládaného vynálezu uvedenou v seznamu sekvencí. Termín není významně zkříženě reaktivní znamená, že protilátka má vazebnou afinitu pro ·· φφ Φ···

ΦΦ ·· φ · φ · φ φ φφφφ φ φ φφφ φφφ φ φ «

Φ ΦΦ ·€ nehomologní.protein nižší než 10%, lépe nižší než 5%, a nejlépe nižší než 1% vazebné afinity pro protein podle předkládaného vynálezu uvedený,v seznamu sekvencí. V.nejvýhodnějším provedení není zkřížená reaktivita mezi bakteriálními a savčími antigeny.

Termín protilátka, jak je zde použit, zahrnuje její.fragmenty, které jsou také specificky reaktivní s polypeptidy H. pylori. Protilátky mohou být fragmentovány za použití běžných technik a f r agmentymvohouAbýt^ test oványnaj e j i;čh~ póu z i t elno st stejným způsobem, jako je popsán pro celé protilátky. Například F(ab')₂fragmenty mohou být vyrobeny zpracováním protilátky pepsinem. Výsledný F(ab')₂ fragment může být zpracován tak, že jsou redukovány disulfidové vazby, za zisku Fab' fragmentů. Protilátka podle předkládaného vynálezu dále zahrnuje bispecifické a chimérické molekuly mající část reaktivní proti H. pylori.

Jak monoklonální, tak polyklonální protilátky (Ab) proti polypeptidům H. pylori nebo variantám polypeptidů H. pylori, a protilátkové fragmenty jako je Fab' a F(ab')₂, mohou být použity pro blokování účinku polypeptidů H. pylori a umožňují studium úlohy jednotlivého polypeptidů H. pylori podle předkládaného vynálezu v aberantní nebo nežádoucí intracelulární signalizaci, stejně jako studím normálních buněčných funkcí H. pylori, za použití mikroinjekce protilátek proti polypeptidům H. pylori podle předkládaného vynálezu.

Protilátky, které se specificky vážou na epitopy H. pylori, mohou být také použity pro imunohistochemické barvení vzorků tkání pro hodnocení množství a charakteru exprese antigenů H. pylori. Protilátky proti polypeptidů H. pylori mohou být použity diagnosticky v imunosrážení a imuno-blotingu pro detekci a hodnocení množství H. pylori ve tkáních nebo tělesných tekutinách, kde tyto techniky jsou součástí klinických testů.

Obdobně, schopnost monitorovat hladiny polypeptidu H. pylori u jedinců umožňuje určení účinosti dané léčby:u jedince s takovým onemocněním. Hladina polypeptidu H. pylori' může být měřena v buňkách tělesných tekutin, jako například ve vzorcích moči, nebo může být měřena ve tkáních, například* v- biopsiích ze žaludku. Diagnostické testy využívající protilátky proti...H. .pylori mohou zahrnovat, například,· imunotesty určené-pro časnou diagnostiku infekce H. pylori. Předkládaný vynález může být také použit jako metOda^-pro-děteRčíAprOtilátek obsažených ve vzorcích od jedinců infikovaných touto bakterií za použití specifických antigenů H. pylori.

Jinou aplikací protilátek proti polypeptidu H. pylori je 'imunologické vyšetřování cDNA knihoven konstruovaných v expresních vektorech, jako je lambdagťll, lambdagt18-23,lambdaZAP a lambdaORF8. Mediátórové knihivny tohoto .typu,.mající kódující

Τ ΤΊ 0 0*+ ΖΛΤΓΟ vt i «t rza c**^**·^ rv» Λτν· *** · ·***“? rvn/-» a-xiwv-x * WliVU. v IWllLVprodukovat fúsní proteiny. Například, lambdágtll bude produkovat fúsní proteiny, jejichž amino-konec se skládá z β-galaktosidasových aminokyselinových sekvencí a jejichž karboxy-konec se skládá z cizorodého proteinu. Antigenní epitopy uvedeného polypeptidu H. pylori mohou být potom detekovány protilátkami, například v reakci nitrocelulosových filtrů vytažených z infikovaných ploten s protilátkami proti polypeptidu H. pylori. Fág, vyšetřený tímto testem, může být izolován z infikované plotny. Tak může být přítomnost homologního genu H. pylori detekována a gen může být klonován z jiných druhů a mohou být detekovány a klonovány alternativní izoformy (včetně sestřihových variant).

VIII. Kity obsahující nukleové kyseliny, polypeptidy a protilátky podle předkládaného vynálezu

Nukleové kyseliny, polypeptidy a protilátky podle předkládaného vynálezu mohou být kombinovány s dalšími činidly a součástmi za vzniku kitu. Kity pro diagnostické účely obvykle obsahuj i-nukleové kyseliny, polypeptidy nebo protilátky ve fiolách nebo v jiných vhodných nádobách. Kity obvykle obsahují další činidla pro provedení' hybridizačních reakcí, polymerasových řetězových reakcí (PCR), nebo pro rekonstituci lyofilizovaných složek, jako jsou vodná media, soli, pufry a podobně. Kity mohou také—obsahovat^činidla pro zpracování vzorku jako-jsou----------detergenty, chaotropní soli a podobně. Kity mohou také obsahovat imobilizační prostředky jako jsou částice, nosiče, jamky, tyčinky, a podobně. Kity mohou také obsahovat prostředky pro značení jako jsou barviva, vyvíjecí činidla, radioizotopy, fluorescenční činidla, luminiscenční.nebo chemoluminiscenční činidla, enzymy, interkalační činidla a podobně. Pomocí sekvencí nukleových kyselin a aminokyselin uvedených v předkládaném vynálezu může oHbnr-η ί tr v oboru snadno sestavit kity pro určitý účel. Kity mohou dále obsahovat návod pro použití.

IX. Testy pro vyhledávání léčiv využívající polypeptidy H. pylori

Vzhledem k dostupnosti přečištěných a rekombinantních polypeptidů H. pylori obsažených v předkládaném vynálezu obsahuje vynález testy, které mohou být použity pro vyhledávání léčiv, která jsou buď agonisty, nebo antagonisty normální buněčné funkce, v tomto případě uvedených polypeptidů H. pylori, nebo jejich úlohy v intracelulární signalizaci. Takové inhibitory nebo potenciátory mohou být použitelné jako nová terapeutická činidla proti infekcím H. pylori u lidí. Mohou být použity různé typy testů, které jsou - ve světle předkládaného vynálezu - jasné odborníkům v oboru.

• ·

V mnoha programech pro vyhledávání léčiv, které testují knihovnu sloučenin a přirozených extraktů,.jsou žádoucí vysce výkoné.testy pro maximalizaci počtu sloučenin testovaných v daném časovém úseku. Testy, které jsou provedeny v bezbuněčných systémech, jak mohou být například odvozeny od přečištěných nebo semi-přečištěných proteinů, jsou často preferovány jako primární vyhledávání, protože mohou být navrženy tak, že .umožňují rychlý vývoj a relativně snadnou detekci alterací v cílové molekule, které jsou způsobeny testovanou sloučeninou. Kromě toho, vliv----buněčné toxicity a/nebo biodostupnosti testované sloučeniny může být v in vitro systému zanedbán a tento test je primárně zaměřen na vliv léčiva na cílovou molekulu, jak se projevuje v alteraci ^vazebné afinity k jiným proteinům nebo změnou enzymatických vlastností cílové molekuly. V souladu s tím je v příkladném vyhledávácím testu podle předkládaného vynálezu požadovaná sloučenina kontaktována s izolovaným a přečištěným polypeptidem H. pylori, , - ,

Vyhledávací testy mohou být vytvořeny in vitro s přečištěným polypeptid H. pylori nebo jeho fragmentem, jako je polypeptid H. pylori mající enzymatickou aktivitu, takže aktivita polypeptidu vyvolává vznik detekovatelného reakčního produktu. Účinost sloučeniny může být hodnocena podle křivé dávka-odpověď z dat získaných při použití různých koncentrací testované sloučeniny. Kromě toho může být také proveden kontrolní test pro získání základních hodnot pro srovnání. Vhodné reakční produkty zahrnuj i například produkty s odlišnou absorpcí, s fluorescenčními nebo chemiluminiscenčními vlastnostmi, které umožňují automatickou detekci. Mnoho syntetických nebo přirozených sloučenin může být testováno v tomto testu pro identifikaci těch sloučenin, které inhibují nebo potencují aktivitu polypeptidu H. pylori. Některé z těchto sloučenin mohou také přímo, nebo po chemických alteracích pro vyvolání membránové permeability nebo solubility, také • · inhibovat nebo potencovat stejnou aktivitu (například enzymatickou aktivitu) v celých živých buňkách H. pylori.

Vynález bude dále popsán v následujících příkladech, které jej nikterak neomezují. Všechny citace a publikované patentové přihlášky citované v této přihlášce jsou zde uvedeny jako odkaz.

Příklady provedení vynálezu

Příklad 1: Klonování a sekvencování DNA H. pylori

Chromosomální DNA H. pylori se izoluje podle základního DNA protokolu uvedeného v Schleíf R.F. a Wensink P.C., Practical Methods in Molecular Biology, str. 98, Springer-Verlag, NY, 1981, s drobnými modifikacemi. Stručně, buňky se peletují, resuspendují se v TE (10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 7,6) a přidá se GES lyzační pufr (5,1 M guanidiniumthiokyanatan, 0,1 M EDTA,. pH 8,0, 0,5% N-laurylsarkosin). Suspenze se zmrazí a přidíá se octan amonný (NH₄Ac) do konečné koncentrace 2,0 M. DNA se extrahuje, nejprve chloroformem, potom fenol-chloroformem, a reextrahuje se chloroformem. DNA se sráží isopropanolem, promyje se dvakrát 70% EtOH, suší se a resuspenduje se v TE.

Po izolaci se celá genomová DNA H. pylori nebulizuje (Bodenteich et al., Automated DNA Seguencing and Analysis (J.C. Venter ed.), Academie Press, 1994) na medián velikosti 2000 bp.

Po nebulizaci se DNA koncentruje a separuje se na standardním 1% agarosovém gelu. Několik frakcí, odpovídajících přibližným velikostem 900-1300 bp, 1300-1700 bp, 1700-2200 bp, 2200-2700 bp se exciduje z gelu a přečistí se GenClean technikou (BiolOl, lne.) .

Přečištěné DNA fragmenty se tupě zakončí za použití T4 DNA

i.

• · ·· ···· polymerasy. Zpracovaná DNA se potom liguje do jedinečných BstXI-íinker adapterů v 100 - 1000 násobném molárním nadbytku. Tyto linkery jsou komplementární k pMPX vektoru.trávenému BstXI, .zatímco přesah není sám o sobě komplementární. Proto nebudou linkery konkatemerizovat, ani se nebudou trávené vektory snadno zpětně 1'igovat. Inserty linker-adapter se separují od inkorporovaných linkerů na 1% aga.rosovém gelu za použití GeneClean. Inserty linker-adapter se ligují do každého z 20 vektorů pMPX za zisku s erie všeobecnýchsubklonovýchknihoven. Vektory obsahují lacZ gen mimo čtecí rámec v klonovacím místě, které se posouvá do čtecího rámce v případě klonování adapteru-dimeru, což umožňuje jejich rozpoznání podle jejich modrého zbarvení.

Všechny další kroky se provedou pódle protokolů mnohonásobného DNA sekvencování, které jsou uvedeny v Church G.M. a Kieffer-Higgins S., Science 240: 185 - 188. 1998. Jsou uvedeny pouze hlavní modifikace protokolu. Stručně, každý z 20 vektorů se transformuje do DH5a kompetentních buněk (Gibco/BRL, DH5a transformační protokol)). Knihovny se testují umístěním na antibiotické plotny obsahující ampicilin, methicilin a IPTG/Xgal. Plotny se inkubují přes noc při 37 °C. Úspěšné transformanty se potom použijí pro kultivaci klonů a shromáždí se do mnohotných souborů. Klony se odeberou a umístí se do kultur ve 40 ml kultivačního media. Kultury se inkubují přes noc při 37 °C. DNA se přečistí za použití Qiagen Midi-prep kitů a Tip-100 kolon (Qiagen, lne.). Tímto způsobem se získá 100 μg DNA na soubor. Vytvoří se 15 96-jamkových ploten DNA za vzniku 5-10-násobného nadbytku sekvence čtené délky přibližně 250 - 300 baží.

Tyto přečištěné vzorky DNA se potom sekvencují za použití mnohonásobného DNA sekvencování založeného na technikách chemické degradace (Church G.M. a Kieffer-Higgins S., Science 240: 185 - 188, 1998. nebo za použití Sequithrem (Epicenter Technologies) dideoxy sekyenačních protokolů. Reakční produkty-sekvencování se zpracují elektroforesou a přenesou se na„nylonové- membrány přímou přenosovou elektroforesou ze 40 cm gelů (Richterich P. and Church G.M., Methods in enzymology 218: 187 -222, 1993) nebo pomocí elektroblotování (Church, výše). Na gel se použije 24 vzorků. 45 správných membrán se produkuje chemickým sekvencováním a 8 se produkuje dideoxy sekvencováním. DNA se kováléntne navaze ha membrány expozicí UV světlu a hybridizuje se značenými oligonukleotidy komplementárními k stopkovým sekvencím na vektorech (Church, výše). Membrány se promyjí pro vypláchnutí nespecificky navázaných sond a exponují se na, rentgenovém filmu pro jednotlivých sekvencí. Po autoradiografii se hybridizovaná sonda odstraní inkubací při 65 ^PC a hybridizační cyklus se opakuje s jinou stopkovou sekvencí, dokud není membrána„sondována “i O t— V» J Λ. 1 — — Λ Μ M A* — —« žt. «Μ V» ·»^ « * 1 f\ +» VW» 4 Λ r

JO^_AJLCIL· pxv ĎCA VCiiUUVCUiC UiCUlV J_ CU1J Cl pXV UXUCVAJ' sekvencované membrány. Tak každý gel produkuje velký počet filmů, který každý obsahuje novou informaci o sekvenci. Kdykoliv je zpracována nová skvrna, je nejprve sondována na vnitřní standardní sekvence přidané do každého souboru.

Digitální zobrazení filmů se získá za použití densitometru s laserovým snímáním (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA). Digitalizovaná zobrazení se zpracují na počítači (VaxStation 4000's) za použití programu REPLICA™ (Church et al., Automated DNA Sequencing and Analysis (J.C. Venter ed.), Academie Press, 1994). Zpracování zobrazení zahrnuje umístění řádků, kontrastní úpravu pro urovnání rozdílů intenzity a rozlišení pomocí řetězové Gausovské dekonvoluce. Sekvence se potom automaticky ukládají v REPLICA™ a zobrazují se pro řetězové ověřování před jejich uložením v databazy projektu. Ověřování se provede rychlým vizuálním prohlížením filmu, po kterém následuje kliknutí myší na • · • · proužek zobrazeného filmu pro modifikaci názvů baží. Může být detekováno a opraveno mnoho chyb sekvence, protože více odečítání sekvence pokrývá stejnou část genomové DNA a tak je získáno odpovídající' množství sekvencí pro její určení. Každé sekvenci je automaticky přiřazeno identifikační číslo (odpovídající mikrotitrační plotně, sondě a sadě linií). Toto číslo slouží jako trvalá identifikace sekvence, takže je možné identifikovat originál jakékoliv sekvence bez opětovného prohlížení specializovanědatabaze.

Rutiní seřazení sekvencí H. pylori se provede za použití programu FALCON (Church, Church et al., Automated DNA Sequencing and,,.Analysis (J.C. Venter ed.), Academie Press, 1994). bylo ověřeno, že tento program je rychlý a spolehlivý pro většinu sekvencí. Seřazené části sekvence se zobrazí za použití modifikované verze GelAssemble, která je vyvinuta Genetics

Computer Group (GCG) (Devereux et al., Nuclerc Acids Res. 12:

387 - 95, 1984) a které je slučitelná s .REPLICA™. Takto je získán integrovaný editor, který umožňuje okamžité vyvolání mnoha gelových zobrazení sekvence z REPLICA™ databáze a zobrazení umožňuje rychlé prohlížení částí sekvence a ověřov,ání gelových stop, pokud se vyskytnou diskrepance mezi rúsnými sekvencemi při seřazování.

Příklad 2: Identifikace, klonování a exprese rekombinantních DNA sekvencí H. pylori

Pro usnadnění klonování, exprese a přečištění membránových a secernovaných proteinů H. pylori se vybere účinný genový expresní systém, pET System (Novagen) pro klonování a expresi rekombinantních proteinů v E. coli. DNA sekvence kódující konec peptidu, His-Tag, se fúsuje na 3' konec požadované DNA sekvence pro usnadnění přečištění rekombinantních proteinových produktů.

• ···«

3'-konec se vybere pro fúsi proto, aby nedošlo k alteraci jakékoliv 5'-koncové signální sekvence. Výjimkou je ppiB, gen klonovaný jako kontrola v expresních studiích. V této studii obsahuje sekvence pro H. pylori ppiB DNA sekvenci kódující His-Tag fúsovaný na 5'-konec kompletního genu, protože proteinový produkt tohoto genu neobsahuje signální sekvenci a je exprivován jako cytosolový protein.

PCR amplifikaceaklonování DNA sekvencí obsahujících ORF pro membránové a secernované proteiny kmenu J99 H. pylori

Vybrané sekvence (ze seznamu sekvencí DNA podle předkládaného vynálezu) pro klonování z kmene J99 H. pylori se připraví pro amplifikaci za použití klonování polymerasovou řetězovou reakcí (PCR). Byly navrženy syntetické oligonukleotidové priměry (tabulka 3) specifické pro 5', a'3' konce otevřených čtecích rámců (ORF) a byly zakoupeny od GibcoBRL Life Technologies,¹Gaithersburg, MD, USA) . Všechny primery pro kódující sekvenci (specifické pro 5' konec sekvence) byly navrženy tak, aby kódovaly Ncol klonující místo ha konci 5'-konce, s výjimkou HpSeq.4821082, kde bylo použito Ndel místo. Tyto primery byly navrženy tak, aby umožnily iniciaci translace proteinu v místě methioninového zbytku následovaného valinovým zbytkem a kódující sekvencí pro zbytek přirozené DNA sekvence H. pylori. Výjimkou je sekvence H. pylori 4821082, kde je iniciační methionin ihned následován zbývající přirozenou DNA sekvencí H. pylori. Všechny primery pro protismyslnou sekvenci (specifické pro 3'-konec ORF H. pylori) obsahovaly EcoRI místo na konci 5'-konce, aby bylo umožněno klonování každé sekvence H. pylori do čtecího rámce pET-28b. Vektor pET-28b obsahuje sekvenci kódující dalších 20 karboxy-koncových aminokyselin (pouze 19 aminokyselin v HpSeq. 26380318 a HpSeq. 14640637) včetně šesti histidinových zbytků (na konci C-konce), které tvoří His-stopku. Výjimkou je, jak bylo f

• · uvedeno výše, vektor pro ppiB gen. Syntetický oligonukleotidový primer specifický pro 5'-konec ppiB genu kodoval .BamHI místo na konci 5'-konce a primer pro 3'-konec ppiB genu kodoval Xhol místona konci 5'-konce. . ·

Tabulka 3 - Oligonukleotidové/primery použité pro PCR amplifikaci DNA sekvencí H. pylori

Proteiny zevní Kódující primer Reversní primer membrány___ 5' - 3' 5' - 3'

Protein 16225006	5-TATACCATGGTGGG CGCTAA-3’ (SEQ ID NO: 147)	5'- ATGAATTCGAGTAAG GATTTTTG-3’ (SEQ ID NO: 148)
Protein 26054702	5'- TTAACCATGGTGAAA AGCGATA-3' (SEQ ID NO: 149)	5'- TAGAATTCGCATAAC GATCAATC-3' (SEQ ID NO:150)
Protein 7 i Íóó2ó	5- - ATATCCATGGTGAGT TTGATGA-3' (SEQ ID NO:151)	5- ATGAATTCAATTTTT TATTTTGCCA-3’ (SEQ ID NO: 152)
Protein 29479681	5'- AATTCCATGGTGGGG GCTATG-3' (SEQ ID NO: 153)	5- ATGAATTCTCGATAG CCAAAATC-3' (SEQ ID NO: 154)
Protein 14640637	5'- AATTCCATGGTGCAT' AACTTCCATT-3’ (SEQ ID NO: 155)	5'- AAGAATTCTCTAGCA TCCAAATGGA-3' (SEQ ID NO: 156)

Periplasmatické/

Secernované proteiny

Protein 30100332	5'-ATTTCCATGGTCATG TCTCATATT-3' (SEQ ID NO: 157)	5'- ATGAATTCCATCTTT TATTCCAC-3' (SEQ ID NO:158)
Protein 4721061	5'-AACCATGGTGATTT TAAGCATTGAAAG-3' (SEQ ID NO: 159)	5'- AAGAATTCCACTCA AAATTTÍTTAACAG-3' (SEQ ID NO: 160)

·« ···· • '· ··· ···

Jiné povrchové proteiny

	Protein 4821082	5’-GATCATCCATATGTT ATCTTCTAAT-3' (SEQ IDNO:161)	5’- TGAATTCAACCATTT TAACCCTG-3' (SEQ ID NO: 162)
Protein 978477	5'-TATACCATGGTGAA ATTTTTTCTTTTA-3'	5'- AGAATTCAATTGCG	1
		(SEQ ID NO: 163)	TCTTGTAAAAG-3' (SEQ ID NO: 164)

Protein vnitřní membrány

Protein 26380318

5-TATACCATGGTGAT

GGACAAACTC-3' (SEQ

5'-ATGAATTCCCACTT GGGGCGATA-3' (SEQ

Cytoplasmatický protein ppi

5'-TTATGGATCCAAAC CAATTAAAACT-3' (SEQ ID NO: 167)

5'-TATCTCGAGTTATA GAGAAGGGC-3' (SEQ ID NO: 168)

Genomová DNA připravená z kmene J99 H. pylori (ATCC #55679; uložený Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) se použije jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikační reakce (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994). Pro amplifikaci DNA sekvence obsahující ORF H. pylori se genomová DNA (50 ng) vloží do reakční nádoby obsahující 2 mM MgCl₂, 1 mikromol syntetických oligonukleotidových primerů (kódujících a .

• 0* • 00 0

0 • · '· 0 ······· ····

·· 0 ·· 0·

0 · · «·00 • *· 0 0 0 • 0 • 9 »» reversních primerů) komplementárních k a sousedících’ s definovaným ORF H. pylori, 0,2 mM každého deoxynukleotid .trif osf atu; dATP, .dGTP, dCTP, dTTP a 2,5 jednotek termostabilní DNA polymerasy’(Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA) v konečném objemu 100 μΐ. Následující teplotní cykly se použijí pro získání amplifikovaných DNA .produktů pro každý, ORF za použití přístroje Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 pro provedení teplotních cyklů.

Protein 26054702, protein 7116626, protein 29479681, protein 30100332 a protein 4821082;

Denaturace při 94 °C po dobu 2 minut;

cykly při 94 °C po dobu 15 s, 30 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty cyklů při 94 °C po dobu 15 s, 55 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty rl τ

-‘-J or»

Protein 16225006;

Denaturace při 94 °C po dobu 2 minut;

cyklů při 95 °C po dobu 15 s, 55 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty

Reakce byla ukončena při 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 4721061;

Denaturace při 94 °C po dobu 2 minut;

cykly při 94 °C po dobu 15 s, 36 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty cyklů při 94 °C po dobu 15 s, 60 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty

Reakce byly ukončeny při 72 °C po dobu 6 minut.

• ·

Protein 26380318; . ’ ’ .Denaturace při 94 °C po dobu 2 minut;

cykly při 94 °C po dobu 15 s, 38 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty cyklů při 94 °C po dobu 15 s, 62 °Cpo:dobu 15,s a 72 °C po dobu l,5.minuty .Reakce byly ukončeny při 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 14640637;

Denaturace při 94 °C po dobu 2 minut;

cykly při 94 °C po dobu 15 s, 33 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty cyklů při 94 °C po dobu 15 s, 55 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty

Reakce byly ukončeny při 72 °C po dobu 6 minut.

Podmínky pro amplifikaci ppiB H. pylori

Denaturace při 94 °C po dobu 2 minut;

cykly při 94 °C po dobu 15 s, 32 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty cyklů při 94 °C po dobu 15 s, 56 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty

Reakce byly ukončeny při 72 °C po dobu 6 minut.

Po dokončení teplotních cyklů se každý vzorek amplifikované DNA promyje a přečistí za použití Qiaquick Spin PCR kitu pro přečištění (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Všechny amplifikované vzorky DNA se tráví restrikčními endonukleasami Ncol a EcoRI (New England BioLabs, Beverly, MA, USA), nebo v případě HpSeq. 4821082 (SEQ ID NO: 1309) Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed.,

1994) . Vzorky DNA se potom zpracují elektroforesou na 1,0%

NuSieve (FMC BioProducts, Rockland, ME USA) agarosovém gelu. DNA se vizualizuje expozicí ethidiumbromidu a ozářením UV světlem s dlouhou vlnovou délkou. DNA obsažená vřezech izolovaných z agarosového gelu se přečistí za použití Bio 101 GeneClean Kit protokolu (Bio 101, Vista, CA,' USA) .

Klonování DNA sekvencí H. pylori do prokaryotického^expresního vektoru pET-28b

Vektor pET-28b se připraví pro klonování trávením Ncol a EcoRI, nebo v případě proteinu H. pylori 4821082 Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994). V případě klonování ppiB může být použit vektor pET-28a, který kóduje His-stopku, který může být fúsován na 5'-konec insertovaného genu, a místo pro klonování může být připraveno v ppiB genu/trávením restrikčními endonukleasami BamHT a Xhol

Po trávení se DNA inserty klonují (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994) do předem tráveného pET-28b expresního vektoru, s výjimkou amplifikovaného insertu pro ppiB, který se klonuje do expresního vektoru pET-28a. Produkty ligační reakce se potom použijí k transformaci kmene B121 E. coli (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994) jak je popsáno dále.

Transformace kompetentní bakterie rekombinantními plasmidy

Kompetentní bakterie, E. coli kmen BL21 nebo E. coli kmen BL21 (DE3) se transformují rekombinantními pET expresními plasmidy nesoucími klonované sekvence H. pylori za použití standardních technik (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and • · · ·

100

Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994). Stručně 1 μΐ ligační reakční směsi se smísí s 50 μΐ elektrokompetentnich buněk a provede se puls vysokého napětí, po kterém se vzorky inkubují v 0,45 ml SOC media (0,5% kvasinkový extrakt, 2,0% trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM KC1, 10 mM.MgCl₂, 10 mM MgSO^ a 20 mM-glukosa) při 37 °C s třepáním po dobu 1 hodiny. Vzorky šer potom namnoží na LB agarových plotnách obsahujících 25 gg/ml· kanamycinsulfatu kultivací přes noc. Transformované kolonie BL21 se potom odeberou a analy-zuj-í-^se —na—klonované inserty? jak~je~popsáno^dáleT

Identifikace rekombinantních pET expresních plasmidů nesoucích sekvence H. pylori

Jednotlivé BL21 klony transformované rekombinantnimi pET-28b-H. pylori ORF se analyzují za použití PCR.amplifikace klonovaných insertů za použití stejných .kódujících.a reversních primerů, specifických pro každou sekvenci H; pylori, jako byly použity pro původní reakce PCR amplifikačníhó klonování. Úspěšná amplifikace potvrdí integraci sekvencí H. pylori do expresního vektoru (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994).

Izolace a příprava plasmidové DNA z BL21 transformantů

Jednotlivé klony rekombinantních pET-28b vektorů nesoucích správně klonované ORF H. pylori se odeberou a inkubují se v 5 ml LB bujónu s 25 μg/ml kanamycinsulfatu přes noc. Následující den se plasmidová DNA izoluje a přečistí se za použití Qiagen protokolu pro přečištění plasmidu (Qiagen lne., Chatsworth, CA, USA) .

Exprese rekombinantních sekvencí H. pylori v E. coli • ·

101 pET vektor může být propagován v. E. coli, kmenu K-12, například V.HMS174, ,.ΗΒΙΟΙ, JM109, DH5, atd., za účelem klonování nebo přípravy plasmidu. Hostitelé pro expresi_zahrnuj i kmeny E.

coli obsahuj ící chromosomální kopii genu pro T7 ^;ŘNÁ .polymerasu. Tito hostitelé, jsou:lysogeny bakteriofágu DE3, .lambda derivátu, který obsahuje Láci gen, lacUV5 promotor a gen pro T7 RNA polymerasu. T7 RNA polymerasa je indukována-přidáním isopřopyl-B-D-thiogalaktosidu (IPTG) a T7 RNA polymerasa transkribuje j akýkoliv c £1ový pla smid, j ako j e pET-28b, obsahující T7 - promotor a požadovaný gen. Použité kmeny zahrnují: BL21 (DE3) (Studier, F:W., Rosenberg, A.H.Dunn, J.J., a Dubendorff, J.W. (1990)

Meth. Enzymol. 185: 60 - 89).

Pro expresi rekombinantních sekvencí H. pylori se .50 ng plasmidové DNA izolované způsobem popsaným výše použije ke transformaci kompetentních BL21(DE3) bakterií, jakýjsou popsány výše (získaných od Novagen Jako součást kitu pET expresního systému). lacZ gen (pro β-galaktosidasu) se exprivuje v pET-systému způsobem popsaným pro rekombinantní konstrukci H. pylori. Transformované buňky se kultivují v SOC mediu po dobu 1 hodiny a potom se kultura umístí na LB plotny obsahující 25 μg/ml kanamycinsulfatu. Následující den se kolonie bakterií odeberou a kultivují se na LB mediu obsahujícím kanamycinsulfat (25 μg/ml) do optické density 0,5 až 1,0 OD jednotek při 600 nM, kdy se přidá 1 milimolární IPTG do kultury na dobu 3 hodin pro indukci genové exprese rekombinantních konstrukcí DNA H. pylori.

Po indukci genové exprese IPTG se bakterie peletují centrifugací za použití Sorvall' RC-3B centrifugy při 3500 x g po dobu 15 minut při 4 °C. Pelety se resuspendují v 50 ml chladného 10 mM Tris-HCl, pH 8,0, 0,1 M NaCl a 0,1 mM EDTA (STE pufru) . Buňky se potom centrifugují při 2000 x g po dobu 20 minut při 4 °C. Vlhké pelety se zváží a zmrazí se při -80 °C, dokud nejsou • · · · • · · · ·

102 z E. coli .stanoví použity pro přečištění proteinu.

Příklad 3: Přečištění rekombinantních proteinů

Analytické metody

Koncentrace přípravků přečištěného proteinu se spektrofotometricky za použití koeficientů absorbance vypočítaných z obsahu aminokyselin (Perkins, S.J., 1986, Eur. J.

Biochem—157 :—1-69——1-80J— Koncentrace proteinu se také měří---metodou podle Bradforda, M.M. (1976), Anal. Biochem. 72: 248 - 254, a Lowryho, O.H., Rosebrougha, N., Farra, A.L. a Randalla, R.J. (1951) J. Biol. Chem. 193, str. 265 - 275, za použití hovězího sérového albuminu jako standardu.

SDS-polyakrylamidové gely (12% nebo 4,0 až 25% akrylamidové gradientní gely) se zakoupí od BioRad (Hercules, CA, USA) a barví se Coomassie modří. Markéry molekulové hmotnosti jsou králičí myosin kosterního svalu (200 kDa), E. coli (-) galaktosidasa (116 kDa) , fosforylasa B králičího svalu (116 kDa), hovězí sérový albumin (66,2 kDa), ovalbumin (45 kDa), hovězí karbonianhydrasa (31 kDa), sojový trypsinový inhibitor (21,5 kDa), lysozym vaječného bílku (14,4 kDa) a hovězí aprotinin (6,5 kDa).

1. Přečištění rozpustných proteinů

Všechny kroky se provedou při 4 °C. Zmrazené buňky se rozmrazí, resuspendují se v 5 objemech lyzačního pufru (20 mM Tris, pH 7,9, 0,5 M NaCl, 5 mM imidazol s 10% glycerolem, 0,1% 2-merkaptoethanol, 200 μg/ml lysozym, 1 mM fenylmethylsulfonylfluorid (PMSF) a 10 μg/ml každého z leupeptinu aprotininu, pepstatinu, L-l-chlor-3-[4-tosylamido]-7-amino-2-heptanonu (TLCK), L-l-chlor-3-[4-tosylamido]-4-fenyl-2-butanonu (TPCK) a sojového inhibitoru trypsinu a rozruší se několika koly

103 na mikrofluidizéru s malým objemem (Model M-110S, Microfluids International Corporation, .Newton, MA) . Vzniklý homogenizát se zpracuje 0., 1% Brij 35 a centrifuguje se při. 100000 x g po dobu 1 hodiny za zisku čirého'supernatantu (surového extraktu).

Po filtraci přes 0,8 μπι Suport filtr (Gelman Sciences, FRG) se surový extrakt vloží přímo do Ni²*-nitriltriacetat-agarosy (NTA) s objemem lože 5 ml (Hochuli, E.,.Dbeli, H. a Schacheer, A. -(-3.-987)-J- Chromá tography+4TT1 177 - I84j předem uvedené do rovnováhy v lyzačním pufru obsahujícím 10% glycerol, 0,1% Brij 35 a 1 mM PMSF. Kolona se promyje 250 ml (50 objemů lože) lyzačního pufru obsahujícího 10% glycerol, 0,1% Brij 35 a vymývá se postupně lyzačním pufrem obsahujícím 10% glycerol, 0,05% Brij 35, mM PMSF a 20, 100, 200 a 500. mM imidazol. Frakce se monitorují podle absorbance při OD_zao a píkové frakce se analyzují SDS-PAGE. Frakce obsahující rekombinantní protein.eluuji při 100 mM imidazolu.

Rekombinantní protein 14640637 a proteiny E-galaktosidasa (lacZ) a peptidyl-prolyl-cis-trans izomerasa (ppiB)

Frakce obsahující rekombinantní proteiny z Ni²*-NTA agarosových kolon se shromáždí a koncentrují se na přibližně 5 ml centrifugační filtrací (Centriprep-10, Amicon, MA) a vloží se přímo do 180 ml kolon (1,6 x 91 cm) obsahujících Sephacryl S-100 HR gelové filtrační medium, které jsou uvedeny do rovnováhy v pufru A (10 mM HEPES, pH 7,5, 150 mM NaCl, 0,1 mM EGTA) a promývají se pufrem A při 18 ml/hod. Frakce obsahující rekombinantní protein se identifikují podle absorbance při 280 nm a analyzují se SDS-PAGE. Frakce se odeberou a koncentrují se centrifugační filtrací.

Rekombinantní protein 7116626 ,

104

Frakce-obsahující rekombinantní protein z Ni²*-NTA agarosových kolon se shromáždí a dialyzují se’přes noc proti 1 litru dialyzačního pufru (10 mM MOPS, pH 6,5,. 50 mM NaCl, 0,1.mM

EGTA, 0,02% Brij 35 a 1 mM PMSF). Ráno se odstraní jemná bila sraženina a vzniklý supernatant se vloží’ do 8 ml (8 x 75 mm)

MonoS kolony pro kapalinovou chromatografii s vysokou rozlišovací schopností (Pharmacia Biotechnology, lne., Piscataway, NJ, USA) uvedené do rovnováhy v pufru B (10 mM MOPS, pH 6,5, 0,1 mM EGTA) obsahujícím 50 mM NaCl. Kolona byla vyplachována 10 objemy lože pufru B obsahujícího 50 mM NaCl a byla vyvíjena za použití 50 ml lineárního gradientu zvyšující se koncentrace NaCl (50 až 500 mM).Rekombinantní protein 7116626 eluoval jako ostrý pík při 300 mM NaCl.

2. Přečištění.nerozpustných proteinů z. inklusních tělísek

Všechny kroky se provedou při 4 °C. Buněčné pelety se resuspendují v lyzačním pufru s 10% glycerolem, 200 ^g/ml lysozymem, 1 mM PMSF a 0,1% 2-merkaptoethanolem. Po průchodu přes přístroj pro rozrušení buněk se vzniklý homogenizát zpracuje 0,2% deoxycholatem, míchá se po dobu 10 minut a potom se centrifuguje při 20000 x g po dobu 30 minut. Pelety se potom promyjí lyzačním pufrem obsahujícím 10% glycerol, 10 mM EDTA, 1% Triton X-100, 1 mM PMSF a 0,1% merkaptoethanol a potom následuje několik promytí lyzačním pufrem obsahujícím 1 M močovinu, 1 mM PMSF a 0,1%

2-merkaptoethanol. Vzniklá bílá peleta je složena hlavně z inklusních tělísek, nejsou v ní nepoškozené buňky a membránový materiál.

Rekombinantní proteiny 26054702, 16225006, 30100332, 4721061

Následující kroky se provedou při pokojové teplotě. Přečištěná

105 ·· ···· inklusní tělíska se rozpustí ve 20 ml 8,0, M močoviny v lyzačním pufru s 1 mM PMSF a 0,1%. 2-merkaptoethanolem a provede se .inkubace při pokoj ové teplotě :po dobu 1 „hodiny. '.Nerozpuštěný · materiál se odstraní centrifugací. Čirý supernatant se filtruje, potom se zavede do Ni²NTA agarosové kolony'předem uvedené do rovnováhy, v 8,0'M močovině v lyzačním pufru. Kolona se promyje 250 ml (50 objemů lože) lyzačního pufru obsahujícího?8 M močovinu, 1,0 mM PMSF a 0,1% 2-merkaptoethanol a vyvíjí se postupnělyzacnímpufremobsahujícím8 M močovinu, 1,0 mM PMSF a 0,1% 2-merkaptoethanol a 20, 100, 200 a 500 mM imidazol. Frakce se monitorují podle absorbance při 0D_2ao a píkové frakce se analyzují SDS-PAGE. Frakce obsahující rekombinantní protein eluují při 100 mM imidazolu..

Rekombinantní proteiny 29479681,-26380318 obsahující inklusní tělíska se rozpustí v pufru B obsahujícím 8 M močoviny, 1,0 mM PMSF a 0,1% 2-merkaptoethanolu a provede se inkubace při pokojové teplotě po dobu 1 hodiny. Nerozpuštěný materiál se odstraní centrifugací při 20000 x g po dobu 30 minut a čirý supernatant vloží do 15 ml (1,6 x 7,5 cm) SP-Sepharosové kolony předem uvedené do rovnováhy v pufru B,

M močovina, 1 mM PMSF, 0,1% 2-merkaptoethanol. Po promytí kolony 11 objemy lože se kolona vyvíjí za použití lineárního gradientu od 0 do 500 mM NaCl.

Dialýza a koncentrování proteinových vzorků

Močovina se z proteinových vzorků pomalu odstraníá dialýzou proti Tris-pufrovánému fyziologickému roztoku (TBS; 10 mM Tris pH 8,0, 150 mM NaCl), který obsahuje 0,5% deoxycholat (DOC) s postupnou redukcí koncentrace močoviny:· 6 M, 4 M, 3 M, 2 Μ, 1 M, 0,5 M a nakonec TBS bez močoviny. Každý dialyzační krok se i

i

106 '· · provede po dobu minimálně 4 hodin při pokojové teplotě.

Po dialýze se vzorky,koncentruj i tlakovou filtrací za použití Amicon kyvet. Koncentrace proteinu se měří ..metodou podle Perkins (1986, Eur. J. Biochem. 157: 169 - 180), bradford ((1976) Anal. Biochem. 72: 248 - 254) a Lowry ((1951) J. Biol. Chem. 193: 265 - 275) .

-Rekombinantní proteiny přečištěné metodami popsanými výše jsou shrnuty v tabulce 4

Tabulka 4

Identif. ě.	Homolog	Symbol	Bakteriální b.	Způsob	Relativní	Konečná	Složení
sekvence	identifikovaný homol.	frakce použitá	přečištění	MW na	konc.	ionof.
J99	BLAST	genu	pro přečištění rekombinantních		SDS-PAGE gelu	, přečištěného proteinu	pufru

proteinů

Proteiny zevní membrány

16225006	P28635	YEAC	Inklusní těliska	His-stopka	18 kDa	5 mg/ml	B
26054702	P15929	flgH	Inklusní tělíska	His-stopka	37 kDa	1,18 mg/ml	B jako suché pelety
7116626	P26093	e(P4)	Solubilní frakce	His-stopka	29 kDa	0,8 mg/ml 1,85 mg/ml	A C
29479681	P13036	fecA	Inklusní tělíska	SP- Sepharosa	23 kDa	2,36 mg/ml 0,5 mg/ml	B B jako suché pelety
14640637	P16665	TPF1	Solubilní frakce	His-stopka	17 kDa	2,4 mg/ml	A

gelová filtrace S100 HR

107 ····

Periplasmatické/Secernované proteiny

3010032	P23847	dppA	Inklusní tělíska	His-stopka	llkDa	2,88 mg/ml	B
4721061	P36175	GCP	Inklusní tělíska	His-stopka	38 kDa	2,8 mg/ml	B
Jiné povrchové proteiny
4821082	P08089	M protein	Inklusní tělíska	His-stopka	20 kDa	.1,16 mg/ml	B
		FBP54	Inklusní tělíska—	SP- Sepharosa	44 kDa	2,56 mg/ml OJ mg/ml	B
978477	L28919	B

Proteiny vnitřní membrány
26380318 P15933	fliG	Inklusní tělíska	SP- 11 kDa Sepharosa	22 mg/ml	B
Kontrolní proteiny s His-stopkou
P0O722	iačZ	OUlUUllUi imn.vv	JJis-etnnJrn 116 kDa gelová filtrace S200 HR	10 mg/ml	A
	ppiB	Solubilní frakce	His-stopka 21 kDa gelová filtrace S100 HR	4,4 mg/ml	A

Složení pufrů:

A: 10 mM HEPES pH 7,5,150 mM NaCl, 0,1 mM EGTA B: 10 mM Tris pH 8,0,150 mM NaCl, 0,5% DOC C: 10 mM MOPS pH 6,5, 300 mM NaCl, 0,1 EGTA

108 «444

Příklad 4: Analýza proteinů H. pylori jako kandidátů pro . vakcinu

Pro výzkum imunomodulačnich účinků proteinů H. pylori se použije model myš/H. pylori. Tentomodel v.mnoha ohledech napodobuje infekci H. pylori u lidí. Je zaměřen na vliv orální imunizace zvířat -infikovaných H. pylori -pro testování konceptu terapeutické orální imunoterapie.

Zvířata

Samice SPF BALB/c myší se zakoupí od Bomholt Breeding Center (Dánsko). Chovají se v obvyklých makrolonových boxech s krmením a napájením podle potřeby. Zvířata jsou při nákupu stará 4-6 týdnů.

Infikování

Po nejméně jednotýdení aklimatizaci se zvířata infikují kmenem typu 2 (VacA negativním) H. pylori (kmen 244 původně izolovaný od pacientů s vředovou chorobou). Podle našich dřívějších zkušeností tento kmen dobře kolonizuje myší žaludek, bakterie se kultivují přes noc v Brucella bujónu doplněném 10% fetálním telecím šerem, při 37 °C v mikroaerofilní atmosféře (10% CO₂, 5% 0₂) . Zvířatům se podá orálně omeprazol (400 μτηοΐ/kg) a 3 - 5 hodin potom orální inokulace H. pylori v bujónu (přibližně 10^s cfu/zvíře). Pozitivní uchycení infekce se u některých zvířat potvrdí 2-3 týdny po inokulaci.

Antigeny

Rekombinantní antigeny H. pylori se vyberou na základě jejich asociace se zevními membránami H. pylori. Tyto antigeny se

109 vyberou z následujícich .skupi: (1) proteiny zevní membrány; (2) periplasmatické/secernované proteiny; (3) proteiny zevního povrchu; a (4) proteiny vnitřní.membrány. Všechny·rekombinantní proteiny se konstruují s hexa-HIS stopkou pro přečištění a stejným způsobem se 'konstruuje non-H. pylori kontrolní protein (β-galaktosidasa E. coli; LacZ).

Všechny antigeny se podají v rozpustné formě, t.j. rozpuštěné buďvHEPES pufru, nebo vpufru obsahujícím 0,5% deoxycholat (DOC) .

Antigeny jsou uvedeny v tabulce 5, dále.

Tabulka 5: Proteiny Helicobacter pylori

Proteiny zevní membrány

Protein

7116626

4721061

16225006

29479681

14640637

Periplasmatické/secernované proteiny Protein 30100332

Jiné proteiny buněčného obalu Protein 4821082

Proteiny asociované s bičíkem Protein 26380318

Kontrolní proteiny β-galaktosidasa (LacZ) ·· »···

110 ·· • · · · · '· '· · .· • · · '· ’· · · · · · · · · · ··· ··· • · · φ · » ···· ·· · ·· ··

Imunizace

Deset zvířat v každé skupině se imunizuje 4-krát během 34 dní (den 1, 15, 25 a 35) .’ Přečištěné antigeny v roztoku nebo suspenzi se podají v dávce 100 mg/myš. Jako adjuvans se zvířatům také podá 10 ^g/myš choleratoxinu (CT) při každé imunizaci. Omepražol (400 mmól/kg) se podá orálně každému zvířeti 3 - -5 . hodin před imunizací pro ochranu antigenu před degradací kyselinou.—Infikovaným kontrolním—zvířatům—se podá HEPES pufητ-+— CT nebo DOC pufr + CT. Zvířata se usmrtí 2-4 týdny po poslední imunizaci.‘Obecný plán studie je uveden v tabulce 6, dále.

···· • ·

111 ·· » · » · • · ·

Tabulka 6: Plán studie terapeutické .imunizace

Všechny myši byly infikovány kmenem Ah244 H. pylori v den 30.

Substance <	-Kmen myši n = 10	• .Dávka/myš	Dny podání
1. Kontroly, PBS 2. Choleratoxin, 10 pg	Balb/c Balb/c	0,3 ml 0,3 ml	0,14,24,34 0,14,24,34
3.Protein 16225006, 100 gg CT 10 pg	+ Balb/c	0,3 ml	0,14,24,34
4.Protein 26054702, 100 gg CT 10 pg	+ Balb/c	0,3 ml	0,14,24,34
5.Protein 26380318, 100 μg CT 10 μg	+ Balb/c	0,3 ml	0,14,24,34
6.Protein 29479681, 100 μg CT 10 μg	+ Balb/c	0,3 ml	0,14,24,34
z . rivLcxn _t íuu CT 10 gg	+ Balb/c	0,3 mi	0,14,24,34
8.Protein 4721061, 100 μg CT 10 gg.	+ Balb/c	0,3 ml	0,14,24,34
9.Protein 4821082, 100 μg CT 10 μg	+ Balb/c	0,3 ml	0,14,24,34
10.Protein 7116626, 100 μg CT 10 μg	+ Balb/c	0,3 ml	0,14,24,34
11.Protein 14640637,100 μg CT 10 μg	+ Balb/c	0,3 ml	0,14,24,34

Analýza infekce

Slizniční infekce: Myši se usmrtily CO₂ a cervikální dislokací. Rozřízne se dutina břišní a vyjme se žaludek. Po rozstřižení žaludku podél velké kurvatury se žaludek vypláchne

112 • · * · · fyziologickým roztokem. Sliznice z antra a těla žaludku o ploše mm² se jednotlivě seškránou chirurgickým skalpelem.

Seškrábnutá sliznice .se suspenduje v Brucella bujónu a umístí se na Blood Skirow selektivní plotny. Plotny se inkubují za mikroaerofilních podmínek po dobu 3-5 dní a počítá se počet kolonií. Identita H. pylori se ověří ureasovým a katalasovým testem á přímou mikroskopií nebo při barvení dleGrama.

Ureas o vý t es ts e pr o vede~ná;sl.eduj irc im z pů sobemčinidlo—Urea

Agar Base Concentrate, ze získá od DIFCO Laboratories, Detroit, MI (katalogové č. 0284-61-3). Urea Agar Base koncentrát se ředí 1:10 vodou. 1 ml ředěného koncentrátu se smísí s 100 - 200 ml aktivně rostoucích buněk H. pylori. Barevná změna na fuchsin naznačuje, že buňky jsou ureasa-pozitivní.

Katalasový test se provede následujícím způsobem. Činidlo,

Ν, Ν, Ν' , Ν'-tet ^rametbv'¹ -T-ι--Fcinvl Pnrií amin . sa získá od Sicrma. St. Louis, MO (katalogové č. T3134). Připraví se roztok činidla (1% hmot./obj. ve vodě). Buňky H. pylori se umístí na Whatmanův filtrační papír a překryjí se 1% roztokem. Změna barvy na tmavě modrou ukazuje, že buňky jsou katalasa pozitivní.

Sérové protilátky: Od všech myší se připraví sérum z krve odebrané punkcí srdce. Sérové protilátky se identifikují běžnými ELISA technikami, se specifickými antigeny H. pylori.

Slizniční protilátky: U 50% myší se provede jemné seškrábnutí definované části těla žaludku a 4 cm duodena pro určení přítomnosti protilátek ve sliznici. Titry protilátek se určí běžnou ELISA technikou, stejně jako pro sérové protilátky.

Statistická analýza: Wilcoxonův-Mannův-Whitneyho seřazovací test se použije pro určení signifikantních účinků antigenů na

113 ·· 000· ·· ·

0 0

0» 0 • 00 000 0 9

00 kolonizaci Η. pylori. Ρ < 0,05 se považuje.za signifikantní. Jelikož antrum je hlavním místem kolonizace pro Helicobacter, je největší důraz kladen na změny v kolonizaci antra.

Výsledky

Protilátky v séru: Při podání všech testovaných antigenů s CT vznikl měřitelný specifický titr v séru. Nejvyšší odpověď byla pozorována^-pro-¹protein—71-16 62 β_Ί—protein 4721061, protein---------26380318, protein 14640637 a pro protein 4821082 (viz obr. 1).

Protilátky ve sliznici: Ve vzorcích sliznice byly zjištěny specifické protilátky proti všem testovaným antigenů. Nej silnější odpověď byla zjištěna pro protein 30100332, potom pro protein 14640637 a protein 26380318 (viz obr..2).

Účinky terapeutické imunizace ,

Všechna kontrolní zvířata (BALB/c myši) byla dobře kolonizována H. pylori (kmen AH244) jak v antru, tak v tělu žaludku. Z testovaných antigenů způsobovaly 3 proteiny (protein 4721061, protein 4821082 a protein 14640637) dobrou a signifikantní redukci a/nebo eradikaci infekce H. pylori. Stupeň kolonizace antra byl nižší po imunizaci proteinem 7116626 a proteinem 26380318, ve srovnání s kontrolou. Účinek proteinů 16225006, 29479681 a 30100332 se nelišil'od kontroly. Kontrolní protein lacZ, t.j. non-H. pylori protein, neměl eradikační vliv a ve skutečnosti zde byla vyšší kolonizace Helicobacterem ve srovnání s HEPES + CT. Všechna data jsou uvedena na obr. 3 a 4 pro proteiny rozpuštěné v HEPES a DOC, v příslušném pořadí. Data jsou uvedena jako geometrické průměrné hodnoty, n = 8 - 10, Wilcoxonův-Mannův-Whitneyho test * = p < 0,05; x/10 = počet myší vykazujících eradikaci H. pylori ku celkovému počtu vyšetřovaných • · · ·

114 myší.

ϊ .

Získaná data*naznačují,, že všechny proteiny asociované s H. pylori použité v této studii, pokud jsou použity jako orální imunogeny spolu s orálním adjuvans CT, vedou ke stimulaci imunitní odpovědi jak je měřena podle specifických sérových a slizničních protilátek. Většina proteinů vede k redukci, a některé k úplnému vymizení kolonizace H. pylori v tomto zvířecím modelu. MěToABy^byt^-uveďenoj že redukce nebo vymizení je--způsobena spíše heterologní ochranou než homologní ochranou (polypeptidy byly získány na základě sekvence kmene J99 H. pylori a byly použity ve studiích terapeutické imunizace proti jinému kmenu (AH244), což naznačuje potenciál vakciny proti širokému spektru kmenů H. pylori).

Nejvyšší kolonizace v antru byla pozorována u zvířat ošetřených proteinem LacZ nepocházejícim .z. Helicobacter sp., což ukazuje, že účinky pozorované pro antigeny H. pylori jsou specifické.

Dohromady tato data podporují použití těchto proteinů H. pylori ve farmaceutických prostředcích pro léčbu a/nebo prevenci infekcí H. pylori u lidí.

V. Analýza variace sekvence genů kmenů Helicobacter pylori

Čtyři geny se klonují a sekvencují z několika kmenů H. pylori pro srovnání DNA a odvozených aminokyselinových sekvencí, tato informace se použije pro určení variace sekvence mezi kmenem J99 H. pylori a jinými kmeny H. pylori izolovanými od lidí.

Příprava chromosomální DNA

115

»·* ···

Kultury kmenů H. pylori (jak jsou uvedeny v tabulce 9) se kultivují v BLBB (1% trypton, 1% peptamin, 0,1% glukosa, 0,2% kvasinkový extrakt, 0,5% chlorid sodný, 5% fetální hovězí sérum) na 0D^6O° 0,2. Buňky se centrifugují na Sorvall RC-3B při 3500 x g při 4 °C po dobu 15 minut a peleta se resuspenduje v 0,95 ml 10 mM Tris-HCl, 0,1 mM EDTA (TE) . Přidá se lysozym na konečnou koncentraci 1 mg/ml a SDS na 1% a RNAsa A+Tl na 0,5 mg/ml a 5 jednotek/ml, respektive, a provede se inkubace při 37 °C po dobu hodiny. Potom se přidá proteinasa K na konečnou koncentraci 0,4 mg/ml a vzorek se inkubuje při 55 °C po dobu více než jedné hodiny. Do vzorku se přidá NaCl v konečné koncentraci 0,65 M, provede se pečlivé míšení a přidá se 0,15 ml 10% CTAB v 0,7 M .NaCl (konečná koncentrace je 1% CTAB/70 mM NaCl) a potom následuje inkubace při 65 °C po dobu 20 minut. Potom se vzorky extrahují chloroform:isoamylalkoholem, extrahují se fenolem a znovu se extrahují chloroform:isoamylalkoholem. DNA se vysráží buď EtOH (i, 5-násobným objemem) nebo iscprcpanclem ,(0,6-násobným objemem) při -70 °C po dobu 10 minut, promyje se v 70% EtOH a resuspenduje se v TE.

PCR amplifikace a klonování

Genomová DNA připravená z 12 kmenů H. pylori se použije jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikační reakce (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., ed., 1994) . Pro amplifikaci DNA sekvence obsahující ORF H. pylori se genomová DNA (10 ng) vloží do reakční nádoby obsahující 2 mM MgCl₂, l mikromol syntetických oligonukleotidových primerů (kódujících a reversních primerů, viz tabulka 7) komplementárních k a sousedících s definovaným ORF H. pylori, 0, 2 mM každého deoxynukleotid trifosfatu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 0,5 jednotek termostabilní DNA polymerasy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) v konečném ·· • · ·· · ··

4 4 · 4 4 4 · · 4 ·

444 4 4 · 4 44 4

4444 44 4 4 44 44 · * * 444 4 444

116 ··· · .........

objemu 200 μΐ ve dvojím provedení.

Tabulka 7 - Oligonukleotidové primery .použité pro PCR amplifikaci DNA sekvencí H. pylori

Proteiny zevní membrány · '

Kódující primer . -Reversní primer · - 3 ’ 5 ' - 3 '

Protein 26054702 (pro kmeny AH4, AH15, AH61, 5294, 5640, AH18 a AH244

TTTAACCATGGTGAAA AGCGATA-3' (SEQ ID NO: 169) _ '5-—---TAGAATTCGCCTCTA AAACTTTAG-3' (SEQ ID NO: 170)_

Protein 26054702 (pro kmeny AH5, 5155, 7958, AH24 a J99

5’TTAACCATGGTGAAA AGCGATA-3'(SEQ ID NO: i 71) *

5TAGAATTCGCATAAC GATCAATC-3’ (SEQ ID

Ύ T /> - t \ πυ; i /

Protein 7116626

5’- ATATCCATGGTGAGT TTGATGA-3' (SEQ ID NO:I73)

5’- ATGAATTCAATTTTT TATTTTGCCA-3' (SEQ ID NO: 174)

Protein 29479681

Protein 346

5'- AATTCCATGGCTATC CAAATCCG-3' (SEQ ID NO: 175)	5- ATGAATTCGCCAAAA TCGTAGTATT-3' (SEQ ID NO: 176)

5’- GATACCATGGAATTT ATGAAAAAG-3' (SEQ IDNO:177)	5’- TGAATTCGAAAAAGT GTAGTTATAC-3’ (SEQ IDNO:178) i

117 • ·· • · · • · · · • · · · · · · • · · • · ·· • «« β« • · · · · · • · · · · • · · · · · • · · · ·

999 99 99

Následující teplotní cykly se použijí pro získání amplifikovaných DNA produktů pro každý ORF za použití přístroje Perkin Elmer Cetus/GeneAmp' PCR System 9600 pro provedení teplotních cyklů. .

Protein 7116626 a protein 346;Denaturace při 94 °C po dobu 2 minut;

cykly při 94 °C po dobu .15 s, 30 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty cyklů při 94 °C po dobu 15 s, 55 °C po dobu 15 s a 72 °C po dobu 1,5 minuty

Reakce se ukončí při 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 26054702 pro kmeny AH5, 5155, 7958, AH24 a J99;

Denaturace.při 94 °C po dobu 2 minut;

cykly při 94 °C po dobu 15 s, 30 °C po dobu 15 -s a 72 °C po d.o3ou 1/5 minuty * * cyklů při 94 °C po dobu 15 s, 55 °C po dobu 15 s-a 72 °C po dobu 1,5 minuty

Reakce se ukončí při 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 26054702 a protein 294796813 pro kmeny AH4, AH15,

AH61, 5294, 5640, AH18 a Hp244;

Denaturace při 94 °C po dobu 2 minut;

cykly při 94 °C po dobu 15 s, 30 °C po dobu 20 s a 72 °C po dobu 2 minut cyklů při 94 °C po dobu 15 s, 55 °C po dobu 20 s a 72 °C po dobu 2 minut

Reakce se ukončí při 72 °C po dobu 8 minut.

Po dokončení teplotních cyklů se každý pár vzorků kombinuje a použije se přímo pro klonování do pCR klonovacího vektoru metodou popsanou dále.

118 ,» ϊ

9 9 9

99 ťi

Klonování DNA sekvencí Η. pylori do pCR TA.klonovacího vektoru

Všechny amplifikované inserty se klonují do pCR 2.1 vektoru technikou popsanou v,Originál TA klonovacím kitu (Invitrogen, San Diego, CA) Produkty ligační reakce se potom použij i pro transformaci, kmene TOPIOF' (INVaF' v případě sekvence 350 H. pylori) E. coli, jak je popsáno dále.

Transformace kompetentních bakterií rekombinantními plasmidy

Kompetentní bakterie, E. coli kmen TOPIOF' nebo E. coli kmen INVaF' se transformují rekombinantními pCR expresními plasmidy nesoucími klonované sekvence H. pylori za použití standardních technik (Current Protocols in Molecular. Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994). Stručně 2 μΐ 0,5 mikromolárního BME se přidá do každé zkumavky obsahu jící 50 μΐ i- í τλ^4- ——. « — n .. i i U 4* -w-x-» <- ........

VUHCJV . rucuill OC £* ůLHCOi ŮLUXQX kompetentními buňkymi a provede se inkubace na.ledu po dobu 30 minut. Buňky a ligační směs se potom podrobí tepelnému soku při 42 °C po dobu 30 sekund a potom se umístí na led na dobu dalších 2 minut, po kterých se vzorky inkubují v 0,45 ml SOC media (0,5% kvasinkový extrakt, 2,0% trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM KC1, 10 mM MgCl₂, 10 mM MgSO^ a 20 mM glukosa) při 37 °C s třepáním po dobu 1 hodiny. Vzorky se potom namnoží na LB agarových plotnách obsahujících 25 μg/ml kanamycinsulfatu nebo 100 μg/ml ampicilinu kultivací přes noc. Transformované kolonie TOPIOF' nebo INVaF' se potom odeberou a analyzují se na klonované inserty, jak je popsáno dále.

Identifikace rekombinantních PCR plasmidů nesoucích sekvence H. pylori

Jednotlivé TOPIOF',nebo INVaF' klony transformované

119 • · ·· · ·· · rekombinantními pCR-Η.pylori ORF se analyzují za použití PCR amplifikace klonovaných insertů za. použití stejných.kódujícich a reversních primerů, specifických pro každou sekvenci H. pylori, jako byly použity pro původní .reakce PCR .amplifikačního klonování. Úspěšná amplifikace potvrdí integraci-sekvencí H. pylori. do klonovacího vektoru (Current...Protocols in-Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne .,.F., Ausubel et. al ., ed.,

1994) .

Jednotlivé klony rekombinantních pCR vektorů nesoucí správně klonované ORF H. pylori se odeberou pro analýzu sekvence. Analýza sekvence se provede na ABI Sequencer za použití standardního protokolu (Perkin Elmer) za použití primerů specifických pro vektor (jak je možné zjistit v PCRII nebo pCR2.1, Invitrogen, San Diego, CA) a primerů pro sekvencování specifických pro ORF, jak jsou uvedeny v tabulce 8, dále.

* · t · ' ^{* 1} .

i ty. ^?

Tabulka 8 - Oligonukleotidové primery použité pro ,PCR amplifikaci DNA sekvencí H. pylori

Proteiny zevní membrány

Kódující primer 5’ - 3’

Reversní primer 5 - _ 3 .

Protein 26054702	5- CCCTTCATTTTAGAAATC G-3’ (SEQ ID NO: 179) 5’- ATTTCAACCAATTCAAT GCG-3’ (SEQ ID NO: 180) 5’- GCCCCTTTTGATTTGAAG CT-3’ (SEQ ID NO: 181) 5’- TCGCTCCAAGATACCAA GAAGT-3’ (SEQ ID NO: 182) 5’- CTTGAATTAGGGGCAAA GATCG-3’(SEQ ID . NO: 183)	5'- CTTTGGGTAAAAACGCA TC-3’ (SEQ ID NO: 186) 5’- CGATCTTTGATCCTAATT CA-3' (SEQ ID NO: 187) 5- ATCAAGTTGCCTATGCT GA-3'(SEQID NO: 188)
	ATGCGTTTTTACCCAAA	.....
	GAAGT-3’(SEQ ID , NO: 184) - ,

·· ····

120

	5'- ATAACGCCACTTCCTTAT TGGT-3* (SEQ ID NO: 185)
	-
Protein 7116626	5’- TTGAACACTTTTGATTAT GCGG-3'(SEQ ID NO: 189) 5‘- GGATTATGCGATTGTTTT ACAAG-3'(SEQ ID NO: 190)	5’- GTCTTTAGCAAAAATGG CGTC-3’(SEQIDNO:191) 5- AATGAGCGTAAGAGAGC CTTG-3* (SEQ ID NO: 192)
Protein 29479681	5’- CTTATGGGGGTATTGTC	5'- AGGTTGTTGCCTAAAGA
	A-3' (SEQ ID NO: 193) 5'- AGCATGTGGGTATCCAG C-3’(SEQ ID NO: 194)	CT-3’ (SEQ ID NO: 195) 5’- CTGCCTCCACCTTTGATC , -3’(SEQ ID NO: 196)
Protein 346	5’- ACCAATATCAATTGGCA CT-3’ (SEQ ID NO: 197) 5’- ACTTGGAAAAGCTCTGC A-3’(SEQ ID NO: 198)	5’- CTTGCTTGTCATATCTAG C-3’(SEQ ID NO: 199) 5’- GTTGAAGTGTTGGTGCT · A-3* (SEQ IDNO:20Ó)
	5’- CAAGCAAGTGGTTTGGT > TTTAG-3’ (SEQ ID NO:201) 5- TGGAAAGAGCAAATCAT TGAAG-3' (SEQ ID NO:202)	5'- . ' . GCCCATAATCAAAAAGČ _:CCAT-3’ (SEQ ID NQ:203) 5’- CTAAAACCAAACCACTT GCT TGTC-3' (SEQ ID NO:204)

Vektorové primery	5’- GTAAAACGACGGCCAG3’ (SEQ ID NO:205) ~	5’- CAGGAAACAGCTATGAC -3' (SEQ ID NO:206)

• · • · ♦ · • ·

V 9 · * * · · . · 9 9 9

9 9 9 9 9 9 9

999 9 9 9 999 999

9 9 9 9 9

9 999 99 9 99 99

121

Výsledky

Pro určení četnosti PCR chyb v těchto /.pokusech se pět jednotlivých klonů proteinu 26054702,. ./připravených z pěti jednotlivých PCR reakčních směsí z kmene.J99 H. pylori, sekvericuje v cele délce 897 nukleotidů.pro. .celkem 4485 baží DNA sekvence. DNA sekvence pro těchto pěť;'klonů \se. srovnává s DNA sekvencí získanou dříve za použití jiné metody, t.j. náhodného všeobecného klonování a sekvencování___četnost chyb v PCR pro tyto pokusy byla určena jako 2 změněné baze na 4485 baží, což odpovídá hodnocené četnosti chyb menší nebo rovné 0,04%.

Analýza DNA sekvence se provede na čtyřech otevřených čtecích rámcích identifikovaných jako geny a amplifikovaných PCR z různých kmenů bakterie Helicobacter pylori..Odvozené aminokyselinové sekvence tří ze čtyř otevřených čtecích rámců vybraných pro tuto studii, vykazují statisticky signifikantní BLA.ST homologii s definovanými‘proteiny jiných bakteriálních druhů, tyto ORF zahrnují: protein 260547,02, homologní k val A a B genům kódujícím ABC transportní protein F. novicida; protein 7116626, homologní k lipoproteinu e (P4) přítomnému v zevní membráně H. influenzae; protein 29479681, homologní k fecA, zevnímu membránovému receptoru v transportu dicitratu železitého v E. coli. Protein 346 byl identifikován jako neznámý otevřený čtecí rámec, protože vykazuje nízkou homologii se sekvencemi v publikovaných databázích.

Pro hodnocení rozsahu konzervace nebo variace v ORF mezi různými kmeny H. pylori se změny v DNA sekvenci a odvozených proteinových sekvencích srovnávají s DNA a odvozenými proteinovými sekvencemi kmene J99 H. pylori (viz tabulka 9, dále) . Výsledky jsou uvedeny jako procento identity s kmenem J99 H. pylori sekvencovahým náhodné všeobecné klonování. Pro kontrolu

122

jakýchkoliv variací v sekvenci J99 se každý ze čtyřech,otevřených čtecích rámců znovu klonuje a sekvencuje z. bakteriálního kmene J99 a sekvence se srovnává se sekvencí, která byla: získána ► » * η - z insertů klonovaných náhodného všeobecného‘sekvencováním kmene ‘ J99. data ukazují, že variace v DNA sekvenci je v rozmezí od

0,12% odlišnosti, (protein 346, kmen J99) do .přibližně 7% odlišnosti (protein 26054702, kmen AH5)Odvozené proteinové sekvence bud' nevykazují žádnou variaci (protein 346, kmen AH18 —a AH24)~,—nebo vykazuj í až 7,66% variaci v aminokyselinové---------. ..

sekvenci (protein 26054702, kmen AH5).

Tabulka 9 - Analýza DNA sekvence více kmenů, které jsou kandidáty na vakcinu

JD protein č.	26054702	2054702	7116626	7116626	29479681	29479681	346 346
Délka sekvencovaného regionu	248 ak	746 nk	232 ak	96 nk	182 ak	548 nk	273 ak. 819 nk
Testovaný kmen	Identita aminokys.	Identirta nukleotidů	Identita aminokys.	Identita . . nukleotidů	Identita . , . aminokys. .	Identita nnkieok '	Identita , Identita aminokys. nuldeok
J99	100.00%	100.00%	100.00%	•100.00%	♦100.00%	100.00%	•99.63%	99.88%
AH244	95.16%	95.04%	n.d.	n.d.	99.09%	96.71%	98.90%	96.45%
AH4	95.97%	95.98%	97.84%	95.83%	n.d.	n.d.	97.80%	95.73%
AH5	92.34%	93.03%	98.28%	96.12%	98.91%	96.90%	98.53%	95.73%
AH15	95.16%	94.91%	97.41%	95.98%	' 99.82%	97.99%	99.63%	96.09%
AH61	n.d.	n.d.	97.84%	95.98%	9927%	97.44%	n.d.	n.d.
5155	n.d.	n.d.	n.d.	n.d.	99.45%	97.08%	9833%	95.60%
5294	94.35%	94.37%	9828%	95.40%	99.64%	9726%	97.07%	95.48%
7958	9435%	94.10%	97.84%	95.40%	n.d.	n.d.	99.63%	96.46%
5640	95.16%	94.37%	97.41%	95.69%	99.09%	97.63%	9833%	95.48%
AH18	n.d-	n.d.	98.71%	95.69%	99.64%	97.44%	100.00%	95.97%
AH24	94.75%	95.04%	97.84%	95.40%	9927%	96.71%	100.00%	96.46%

n.d. = neprovedeno

123 • · · · » · · · » · · · • · · · · ·

VI. Experimentální knock-out protokol pro určení esenciálních genů H. pylori jako potenciálních terapeutických cílů

Terapeutické cíle jsou vybrány z těch-genů,, jejich proteinové produkty pravděpodobně mají klíčové úlohy v základních buněčných dějích, jako je syntéza buněčného obalu, syntéza DNA, transkripce, translace, regulace a kolonizace/virulence.

Protokol pro deleci částí genů/ORF H. pylori a pro inserční mutagenesi kazety resistence na kanamycin do identifikovaných genů, které jsou pro buňku esenciální, je modifikován z dříve publikovaných metod (Labigne-Roussel et al., 1988, J. Bacteriology 170, str. 1704 - 1708; Cover et al., 1994, J. Biological Chemistry 269: 10566 - 10573; Reyrat et al., 1995, Proč. Nati Acad. Sci. 92: 8768 - 8772). Výsledkem je vyřazení genu. ...

Identifikace a klonování genových sekvencí H. pylori

Sekvence genů nebo ORF (otevřených čtecích rámců) vybraných pro vyřazení jsou identifikovány z genomových sekvencí H. pylori a jsou použity pro navržení primerů pro specifickou amplifikaci genů/ORF. Všechny syntetické oligonukleotidové primery jsou navrženy za použití OLIGO programu (National Biosciences, lne. Plymouth, MN 55447, USA) a mohou být získány od Gibco/BRL Life Technologies (Gaithersburg, MD, USA) . Pokud je ORf menší než 800 až 1000 párů baží, pak jsou vybrány sousední primery mimo otevřený čtecí rámec.

Genomová DNA připravená z kmene HpJ99 H. pylori (ATCC #55679; uložený Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) se použije jako zdroj templátové DNA pro • ·

124

• ··	·· ····	• · · ·
• · · ·	• ·	• · · ·

* · · ·	« · ·	• · · · · ·
• · ·	• ·	• ·
• · · · · ·	··	• · · ·

amplifikací ORF pomocí PCR (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et ál., ed.,

1994). Pro přípravu.genomové DNA H. pylori viz příklad 1. PCR reakce se provede vložením 10 ng genomévé HpJ99 DNA do reakční nádoby obsahující 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KC1, 2 mM MgCl₂, 2 mikromolární syntetické oligonukleotidové/primery (kódující = Fl a reversní = Rl), 0,2 mM každého deoxynukleotid trifosfatu (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) a 1,25 jednotek termostabilní DNA polymerasy (AmplirtaqT^-Roche Molecular^-Systems- lne j, Branchburg,NJ,USA)v konečném objemu 40 μΐ. PCR se provede za použití přístroje Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 pro provedení teplotních cyklů.

Po dokončení teplotních cyklů se každý vzorek amplifikované DNA vizualizuje na 2% TAE agarosovém gelu barveném ethidiumbromidem (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ečL 1994) pro určení toho, zda v reakci vznikl jediný produkt očekávané velikosti. Amplifikovaná DNA se potom promyje a přečistí se za použití Qiaquick Spin PCR kitu pro přečištění (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) .

Produkty PCR se klonují do pT7Blue T-vektoru (katalogové č. 69820-1, Novagen, lne., Madison, WI, USA) za použití TA klonovací strategie (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994). Ligace produktu PCR do vektoru se provede smísením 6-násobného molárního nadbytku produktu PCR, 10 ng vektoru pT7Blue-T (Novagen), 1 μΐ T4DNA ligasového pufru (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) a 200 jednotek T4 DNA ligasy (New England Biolabs) v konečném reakčním objemu 10 μΐ. Ligace probíhá po dobu 16 hodin při 16 °C.

Produkty ligace.se elektroporuji (Current Protocols in

0 0 » 0 0 0

000 000

125 • 00 • * 0 0 0 0 0 • 0 0 0 0 0

0 0 0 0

0000000 00 0 •4 ··«·

Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F..,Ausubel et al., ed., 1994) do:’kompetentních buněk pro elektroporaci XL-1 Blue nebo DH5-_ra E. coli (Clontech Lab.lne., Palo Álto, CA, USA) .

Stručně· 1 μΐ ligační reakční směsi se smísí se>40.gl •elektrokompetentních buněk a provede se puls vysokého.napětí (25 μΡ, 2,5 kV, 200 Ω)., po kterém se vzorky inkubuji v 0,4.5.ml SOC media (0,5% kvasinkový extrakt, 2,0% trypton, 10: mM'NaCl, 2,5 mM KC1,. 10 mM Mgci₂, 10 mMMgS<\ a 20 mM glukosa) při 37 °C

-s~třepáním-pó—dobu—1 hodiny. Vzorky se potom namnoží na—LB—(10--------g/1 bacto trypton, 5 g/1 bacto kvasinkový extrakt, 10 g/1 chlorid sodný) plotnách obsahujících 100 μg/ml ampicilinu, 0,3% X-gal a 100 μg/ml IPTG. Tyto plotny se inkubují přes noc při 37 °C.

Kolonie resistentní na ampicilin se selektují, kultivují se v 5 ml kapalného LB obsahujícího 100 μg/ml ampicilinu a plasmidová DNA se izoluje za použití Qiagen miniprep protokolu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . ··

Pro ověření správného klonování DNA insertů H. pylori se tyto pT7Blúe plasmidové DNA použijí jako templáty pro PCR’amplifikaci klonovaných insertů, za použití stejných kódujících a reversních primerů, jako byly použity pro počáteční amplifikaci sekvence H. pylori J99. Určení primerů a PCR produktu odpovídající velikosti při vizualizaci na 2% TAE, agarosovém gelu barveném ethidiumbromidem, je potvrzením toho, že byly klonovány správné inserty. Získá se dva až šest takto ověřených klonů pro každý vyřazený cílový gen a zmrazí se a uskladní se při -70 °C. Pro minimalizaci chyb způsobených PCR jsou plasmidové DNA z těchto ověřených klonů odebrány a jsou použity v následujících krocích klonování.

Sekvence genů/ORF jsou znovu použity pro vývoj druhého páru primerů, které obklopují region DNA H. pylori, který má být přerušen nebo deletován (do 250 párů baží) v ORF, ale jsou •í

126 ί

ΦΦ φ* φφφφ

Φφ φφ • · · φ • « φ φ • φφ φφφ • φ φφ φ· orientovány opačně. Soubory cirkulárních plasmidových DNA dříve izolovaných klonů jsou použity’ jako templáty pro toto .kolo, PCR. Protože je orientace amplifikace tohoto páru delečních * primerů. opačná, není část ORF mezi oběma primery obsažena ve výsledném produktu PCR: Produkt je lineární DNA, s DNA H. -pylori na každém konci a s pT7Blue vektorem mezi.'.nimi, což vede k deleci části. ORF. Produkt PCR-se vizualizúje na >2% TAE, agarosovém gelu barveném ethidiumbromidem pro určení toho, zda v byl amplifikován jediný produkt očekávané velrikost-i-----------------Kazeta resistence na kanamycin (Labigne-Rousell et al., 1988,

J. Bacteriology 170: 1704 - 1708) je ligována do tohoto PCR .produktu TA klonovací metodou použitou výše (Current Protocols in íMolecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., ed., 1994). Kanamycínová kazeta obsahující Campzlobacterový gen resistence na kanamycin se získá provedením trávení plasmidu pCTB8:kan (Cover et al., 1994, J. Biological Chemistry 269: 10566 - 10573) EcoRI. Správný fragment (1,4 kb) se izoluje na 1% TAE gelu a za použití QIAquick kitu pro extrakci z gelu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Konec fragmentu je opraven za použití Klenow fill-in protokolu, který obsahuje smísení 4 μg DNA fragmentu, 1 μΐ dATP, dGTP, dCTP, dTTP v koncentraci 0,5 M, 2 μΐ Klenow pufru (New England Biolabs) a 5 jednotek Klenow DNA Polymerase I Large (Klenow) Fragment (New England Biolabs) do 20 μΐ reakční směsi, inkubaci při 30 °C po dobu 15 minut a inaktivaci enzymu zahřátím na 75 °C na dobu 10 minut. Tato tupě zakončená kanamycinová kazeta se potom přečistí za použití Quiaquick kolony (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) pro odstranění nukleotidů. T přesah se potom vytvoří smísením 5 μg tupě zakončené kanamycinové kazety, 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KC1, 2 mM MgCl , 5 jednotek DNA polymerasy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), 20 μΐ 5 mM dTTP ve 100 μΐ reakční směsi a inkubací při 37 °C po dobu 2 hodin. Kan-T

127 kazeta se potom přečistí za použití Quiaquick kolony (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). PCR produkt, delečních.primerů (F2 a R2) se.liguje do Kan-T kazety smísením 10 až 25 ng PCR produktu delečních primerů, 50 - 75 ng DNA Kan-T kazety, 1 μΙΙΟχ T4 DNA ligasové reakční směsi, 0,5 μΐ T4 DNA ligasy (New.England Biolabs, Beverly, MA? USA) v 10 μΐ reakční směsi a inkubací po' dobu 16 hodin při 16 °C.

Produkty iigacese“trans f ormu j í~do XL^l Blue nebo~ DH5 - aE zcoii elektroporací, jak byla popsána výše. Po zotavení v SOC se buňky umístí na LB plotny obsahující 10 gg/ml ampicilinu a kultivují se přes noc při 37 °C. Tyto plotny se potom znovu umístí na plotny Obsahující 25 ^g/ml kanamycinu a provede se kultivace přes noc. Vzniklé kolonie mají jak gen resistence na ampicilin přítomný ve vektoru pT7 Blue, tak nově vložený gen resistence na kanamycin. Kolonie se přenesou na LB obsahující 25 /zg/ml kanamycinu a plasmidová DNA se izoluje z kultivovaných buněk za použití Qiagen miniprep protokolu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Několik testů se provede pomocí PCR amplifikace na těchto plasmidech pro ověření toho, že kanamycinová kazeta je insertována v genu/ORF H. pylori a pro určení orientace inserce genu resistence na kanamycin vzhledem k genu/ORF H. pylori. Pro ověření toho, že kanamycinová kazeta je insertována do sekvence H. pylori se plasmidové DNA použijí jako templáty pro PCR amplifikaci se sadou primerů původně použitých pro klonování genu/ORF H. pylori. Správný PCR produkt má velikost deletovaného genu/ORF zvětšeného o 1,4 kb kanamycinové kazety. Pro vyloučení potenciálních polárních vlivů kazety resistence na kanamycin na expresi genu H. pylori je určena orientace genu resistence na kanamycin vzhledem k vyřazenému genu/ORF a obě orientace jsou použity při transformaci H. pylori (viz dále). Pro určení orientace inserce genu resistence na kanamycin jsou navrženy • ·

128 primery z konce genu resistence na kanamycin (Kan-1

5'-ATCTTACCTATCACCTCAAAT-3' (SEQ IDNO: 207)) a (Kan-2

5' -AGACAGCAACATCTTTGTGAA-3' (SEQ ID NO: 208)) . Za použití každého z klonovacích primerů spolu s každým Kan primerem (4 kombinace primerů) se určí orientace kanamycinové kazety ve vztahu k sekvenci H. pylori. Pozitivní klony se klasifikují buď jako A orientace (stejný směr transkripce je přítomen jak pro gen H. pylori, takfpro gen resistence ria kanamycin), nebo jako B orientace (směr transkripce pro gen H. pylorije opačnýnež pro— gen resistence na kanamycin). Klony mající stejnou orientaci (A nebo B) se získají pro další pokusy a nezávisle se transformují do H. pylori.

Transformace plasmidové DNA do buněk H. pylori

Dva kmeny H. pylori se použijí pro transformaci: ATCC 55679, klinický izolát, který poskytuje/DNA, ze které je získána databáze sekvence H. pylori, a AH244, izolát, kte^ byl pasážován v myším žaludku a má schopnost kolonizovat myší žaludek. Buňky pro transformaci jsou kultivovány při 37 °C, 10% C0₂, 100% vlhkosti, buď na Sheep-Blood agarových plotnách, nebo na kapalném Brucella Broth. Buňky jsou kultivovány do exponenciální fáze a jsou vyšetřovány pod mikroskopem pro určení toho, zda se jedná o buňky zdravé (aktivně se pohybující) a nekontaminované. Při kultivaci na plotnách jsou buňky získány seškrábnutím buněk z plotny za použití sterilního očka, suspendují se v l ml Brucella Broth, odstředí se (1 minuta, maximální rychlost v eppendorfově mikrofúze) a resuspendují se ve 200 μΐ Brucella Broth. Při kultivaci v kapalném Brucella Broth se buňky centrifugují (15 minut při 3000 rpm na Beckman TJ6 centrifúze) a buněčná peleta se resuspenduje ve 200 μΐ Brucella Broth. Alikvota buněk se odebere pro určení optické hustoty při 600 nm, pro vypočítání koncentrace buněk. Alikvota (1 až 5 OD_goo jednotek/25 μΐ) resuspendovaných

129 • ·

buněk se umístí na předem ohřátou plotnu Sheep-Blood agaru a plotna se potom inkubuje při 37 °C, 6% C0₂, 100% vlhkosti po dobu 4 hodin. Po této inkubaci se 10.μΐ plasmidové DNA (100 gg/ml) umístí na tyto buňky. Paralelně se provede pozitivní kontrola (plasmidová DNA s genem pro ribonukleasu H narušeným genem resistence na kanamycin) a negativní kontrola -(bez· plasmidové DNA). Plotny se opět inkubují při 37 °C, 6% C0₂, .100% vlhkosti po dobu 4 hodin. Buňky se potom propagují na této plotně za použití štětce namočeného v Brucella bujónu a kultivují se při 37 °č, 6%

CO₂ po dobu 20 hodin. Buňky se potom přenesou na plotnu obsahující Sheep-Blood agar obsahující 25 ^g/ml kanamycinu a provede se kultivace po dobu 3 až 5 dní při 37 °C, 6% CO₂, 100% vlhkosti. Pokud se objeví kolonie, tak se odeberou a znovu se kultivují jako pruhy na čerstvé plotně obsahující Sheep-Blood agar obsahující 25 gg/ml kanamycinu.

Provedou se tři sady PCR testů pro ověření toho, že kolonie transformantů vznikly v důsledku homologní rekombinace ve správném ístě chromosomu. Templát pro PCR (DNA z kolonie) se získá rychlým zahřátím DNA následujícím způsobem. Alikvota kolonie (odběr kličkou) se vloží do 100 μΐ 1% Triton X-100, 20 mM Tris, pH 8,5 a vaří se po dobu 6 minut. Přidá se stejný objem fenolu:chloroformu (1:1) a provede se důkladné míšení. Směs se zpracuje na mikrofuse po dobu 5 minuta supernatant se použije jako DNA templát pro PCR s kombinací následujících primerů pro ověření homologní rekombinace ve správném místě chromosomu.

TEST 1. PCR s klonovacími primery původně použitými pro amplifikaci genu/ORF. Pozitivní výsledek homologní rekombinace ve správném místě chromosomu by měl být znázorněn jako jediný PCR produkt, jehož velikost bude velikost deletovaného genu/ORF zvětšená o 1,4 kb kanamycinové kazety. PCR produkt velikosti genu/ORF znamená, že gen nebyl vyřazen a že transformant nen

130 » · · · ··· · · ·· • · · · ···· • · · v · · · · ¹ · 1 • · <

výsledkem homologní rekombinace ve správném místě chromosomu.

TEST 2. PCR s F3 (primerem navrženým pro sekvenci upstream od genu/ORF a nepřítomnou na plasmidu) a bud' primerem Kan-1 nebo Kan-2 (primery navržené z konců genu; resistence na kanamycin)', podle toho, zda použitá DNA byla A nebo B orientace.

Homologní rekombinace ve správném místě chromosomu .povede ke vzniku jediného PCR produktu očekávané velikosti (t.j. od F3 do místa genu pro resistenci na kanamycin). Žádný PCR produkt nebo PCR produkt nesprávné velikosti znamená, že plasmid nebyl integrován ve správném místě a že gen nebyl vyřazen.

-TEST 3. PCR s R3 (primerem navrženým pro sekvenci downstream od genu/ORF a nepřítomnou na plasmidu) a buď primerem Kan-1 nebo Kan-2, podle toho, zda použitá DNA byla A nebo B orientace. Homologní rekombinace ve správném místě chromosomu povede-ke ' . vzniku jediného PCR produktů očekávané velikosti, (t.j. od místa inserce genu pro resistenci na kanamycin do downstream umístění R3). Opět, žádný PCR produkt nebo PCR produkt nesprávné velikosti znamená, že plasmid nebyl integrován ve správném místě a že gen nebyl vyřazen.

Transformanty mající pozitivní výsledky pro všechny tři testy uvedené výše ukazují, že gen není esenciální pro přežívání in vitro.

Negativní výsledek pro jakýkoliv ze tří testů uvedených výše pro ka každý transformant naznačuje, že gen nebyl narušen a že gen je esenciální pro přežívání in vitro.

V případě, že žádná kolonie nevzniká ze dvou nezávislých transformací, ačkoliv pozitivní kontrola s porušenou plasmidovou DNA pro ribonukleasu H produkuje transformanty, je plasmidové DNA

131

dále analyzována PCR na DNA z populace transformantů .před umístěním na plotny pro tvorbu kolonií. Tímto.způsobem se ověří, že-plasmid může vstupovat do buněk a podléhat homologní rekombinaci ve správném místě. Stručně, plasmidová DNA se inkubuje podle.transformačního protokolu uvedeného výše. DNA se extrahuje z buněk H. pylori ihned po inkubaci s plasmidovou DNA a DNA se použije jako templát pro výše uvedený TEST 2a TEST 3. Pozitivní výsledky v testu 2 a v testu 3 potvrdí, že plasmidová DNA může vstupovat do buněk a podléhat homologní rekombinaci ve správném místě chromosomu. Pokud jsou TEST 2 a TEST 3 pozitivní, pak nemožnost získat životaschopné transformanty naznačuje, že gen je esenciální a buňky s narušením tohoto genu jsou neschopné tvorby kolonií.

VII. Vysoce výkone testy pro vyhledávání léků

Klonování, exprese a přečištění proteinu

Klonování, transformace, exprese a přečištění cílového genu H. pylori a jeho proteinového produktu, například enzymu H. pylori, který je použit v vysoce výkoném testu pro vyhledávání léků, je provedena způsobem popsaným v příkladech 2 a 3, výše. Vývoj a aplikace vyhledávacího testu pro konkrétní produkt genu H. pylori, peptidyl-propyl-cis-trans izomerasu, je popsán dále jako specifický příklad.

Enzymový test

Test se provede způsobem, který popsal Fisher (Fisher, G. et al., (1984) Biomed. Biochim. Acta 43: 1101 - 1111). Test měří cis-trans izomerizaci Ala-Pro vazby v testovacím peptidu N-sukcinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-p-nitroanilidu (Sigma č. S-7388, lot č. 84H5805). V testu je použit α-chymotrypsin, jehož schopnost v ·« · · 9· · 9 .9· · · ···· · · 9 9 · · ·

9 99 9' 9 99 9

-1 η -) · · 9 · · 9 · 9·9 ···

J Z 99 9 9 * 9 9 štěpit testovací peptid se projeví pouze tehdy, pokud je Ala-Pro vazba ve trans, formě. Konverze testovacího peptidu ’na‘-trans izomer se sleduje při 390 nm na Beckman Model, DU-650 spektrofotometru, data se získávají každou sekundu s průměrnou dobou snímání 0,5 s. Testy se provedou y .35 mM HEPES, pH 8,0 v konečném objemu 400 μΐ, s 10 μΜ α-chymotrypsinu (typ 1-5 hovězí slinivky břišní, Sigma č C-7762, lot 23H7020) a 10 nM PPIasy. Pro iniciaci reakce se 10 μΐ substrátu (2 mM N-sukcinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-p-nitroaniTidu v DMSO) přidá k 390 μΐ reakční^-směsi při pokojové teplotě.Enzymový test v surovém bakteriální extraktu ml kultury H. pylori (kmen J99) v Brucella bujónu se odebere v mid-log fázi (0D_soo přibližně 1) a resuspeduje se v lyzačním pufru s následujícími inhibitory proteas: 1 mM PMSF a 10 gg/ml každého z leupeptinu, aprotiňinu, pepstatinu, TLCK, TPCK a sojového inhibitoru trypsinu. Suspenze se podrobí třem cyklům znrazení-rozmrazení (15 minut při -70 °C, potom 30 minut při pokojové teplotě), potom sonikaci (30 s rázy). Lyzát se centrifuguje (12000 x g po dobu 30 minut) a supernatant se testuje na enzymatickou aktivitu způsobem popsaným výše.

Mnoho enzymů H. pylori může být exprivováno ve vysokých koncentracích a v aktivní formě v E. coli. Taková velká množství přečištěných proteinů jsou vhodná pro vývoj různých vysoce výkoných testů pro vyhledávání léků.

Ekvivalenty

Odborníci v oboru budou schopni vytvořit mnoho ekvivalentů jednotlivých provedení a způsobů, které jsou zde popsány. Takové ekvivalenty spadají do rozsahu připojených patentových nároků.

• ·« ·· ···· ·· ·« · * · · · ····

Seznam sekvencí

- (1) Obecné informace:

(i) Přihlašovatel:

(A) Jméno: Astra Aktiebolag (B) Ulice: S-15185 (C) Město: Sodertalje (D) Země:

(E) Stát: Švédsko (F) Poštovní kod (ZIP) (ii) Název vynálezu: Sekvence nukleových kyselin a aminokyselin týkající se Helicobacter pylori a vakcinační. prostředky (iii) Počet sekvencí: 208 (iv) Počítačová čtecí forma:

(A) Typ media:

(B) Počítač:

(C) Operační systém:

(D) Software:

(v) Údaje o současné přihlášce:

(A) Číslo přihlášky:

(B) Datum podání:

(vi) Předchozí data přihlášky:

(A) Číslo přihlášky: US 08/739150 (B) Datum podání: 28.10.1996 (vii) Předchozí data přihlášky:

·· ····

134 ·· · • · (A) .Číslo přihlášky: US 08/759739 (B) Datum podání: 6.12.1996 A (viii)' Předchozí data přihlášky: ' , (A) .Číslo přihlášky: US 08/891928 (B) Datum podání: 14.7.1997 (ix) Adresa pro korespondenci (A) Adresa: Lahive & Cockfie1d (B) Ulice: 28 State Street (C) Město: Boston (D) Stát: Massachusetts (E) Země: USA (F) ZIP: 02109-1875 (x) Zástupce/agent informace (A) Jméno: Mandragouras, Amy E.

(B) Registrační číslo: 36207 (C) Reference/číslo rejstříku: GTN-001CP10PC (ix) Telekomunikační informace:

(A) Telefon: (617)227-7400 (B) Fax: (617)742-4214 (2) Informace pro SEQ ID NO: 1:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 561 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE

135

(iv) Protismyslná: NE (vi) Původní.zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:. .(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) 'Umístění: 1...561 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 1:

ATGATTAAAA GAATTGCTTG TATTTTAAGC TTGAGCGCGA GTTTAGCGTT AGCTGGCGAA 60

GTGAATGGGTTTTTCATGGGTGCGGGTTATCAACAAGGTCGTTATGGCCCTTATAACAGC--120

AATTACTCTG ATTGGCGTCA TGGCAATGAC CTTTATGGTT TGAATTTCAA ATTAGGTTTT 180

GTAGGCTTTG CCAATAAATG GTTTGGGGCT AGGGTGTATG GCTTTTTAGA TTGGTTTAAC 240

ACTTCAGGGA CTGAACACAC CAAAACCAAT TTGCTCACCT ATGGCGGCGG TGGCGATTTG 300

ATTGTCAATCTCATTCCTTT GGATAAATTC GCTCTAGGTC TCATTGGTGG CGTTCAATTA 360

GCCGGAAACA CTTGGATGTT CCCTTATGAT GTCAATCAAA CCAGATTCCA GTTCTTATGG 420

AATTTAGGCG GAAGAATGCG TGTTGGGGAT CGCAGTGCGT TTGAAGCGGG CGTGAAATTC 480

CCTATGGTTA ATCAGGGTAG CAAAGATGTA GGGCTTATCC GCTACTATTC TTGGTATGTG 54 0

GATTATGTCT TCACTTTCTA G 561 (2) Informace pro SEQ ID NO: 2.:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 351 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...351

136 φφ φφφφ 'φ φ (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO:’ 2:

TTGATGCGCA TTATCATAAG GTTACTTTCA TTTAAAATGA‘ACGCTTŤTTT· AAAACTCGCG 60 .·; ctcgcttctt tgatgggggg GCTTTGGTAT GCTTTCAATG .GCGAAGGCTC ‘TGAGATTGTC 12 o . GCTATAGGGA ·' TTTTTGTGTT GATCTTGTTT GTTTTTTTTAÚTCCGCCCTGT.GAGTTTCCAA 180

GACCCAGAAA AACGAGAAGA ATACATAGAA CGGCTTAAAA'. AAAACCATGAti GAGGAAAATG 24 0 ATCTTACAAG ACAAGCAAAA AGAAGAGCAA ATGCGCCTCT ATCAAGCCAA/AAAAGAGCGA 3 00 GAGAGCAGGC AAAAACAAGA CCTTAAAGAA CAAATGAAAA ÍAATACTCATA A 3 51 (2) Informace'pro SEQ ID NO: 3:

(i) Charakteri st iky sekvence:

(A) Délka: 1038 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (i i) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj: ' (A) Organismus: Helicobacter pylori' (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1038 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 3:

ATGGTTAAAC ACTATCTTTT CATGGCGGTT TCGCAGGTCT TTTTCTCCTT CTTTTTAGTG 60 CTGTTTTTTA TCTCTTCCAT TGTGTTATTA ATCAGTATTG CAAGCGTAAC GCTCGTGATT 120 AAAGTGAGCT TTTTGGATCT GGTGCAACTC TTTTTGTATT CCTTGCCAGG AACCATTTTT 180 TTTATTTTGC CGATCACTTT TTTTGCGGCT TGCGCTTTGG GGCTTTCAAG GCTTAGCTAT 24 0 GACCATGAAT TGTTAGTGTT TTTCTCTTTA GGGGTTTCGC CTAAAAAAAT GACTAAAGCG 300 TTTGTGCCTT TAAGTTTGTT AGTGAGCGCG ATTTTATTAG CGTTTTCGCT CATCTTAATC 360 CCCACTTCTA AGAGCGCTTA TTACGGGTTT TTGCGTCAAA AAAAAGACAA GATTGACATT 420 AACATCAGAG CGGGTGAATT CGGGCAAAAA TTAGGCGATT GGCTCGTGTA TGTGGATAAG 480 ACTGAAAACA ATTCCTATGA TAATTTGGTG CTTTTTTCTA ATAAAAGTCT CTCTCAAGAA 540 AGCTTTATTT TGGCTCAAAA AGGCAATATC AACAATCAAA ACGGCGTGTT TGAATTGAAT 600 TTGTATAACG GGCATGCGTA TTTCACTCAA GGCGATAAAA TGCGTAAGGT TGATTTTGAA 660 GAATTGCATT TGCGCAACAA GCTCAAGTCT TTCAATTCTA ATGATGCGGC TTATTTGCAA 720 GGCACGGATT ATTTGGGTTA TTGGAAAAAA GCCTTTGGTA AAAACGCTAA TAAAAATCAA 780 AAACGCCGTT TTTCTCAAGC GATCTTAGTT TCCTTGTTCC CTTTAGCGAG CGTGTTTTTA 840 ATCCCCTTAT TTGGCATCGC CAACCCGCGA TTCAAAACGA ATTGGAGTTA TTTCTATGTC 900 CTTGGAGCGG TTGGGGTTTA TTTTTTAATG GTGCATGTGA. TTTCTACGGA TTTGTTTTTG 960 ATGACCTTTT TCTTCCCCTT TATTTGGGCG TTTATTTCTT ATTTATTGTT TAGAAAATTC 1020 ATTTTAAAGC GTTATTAA 1038

137

(2) Informace pro SEQ ID NO: 4:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 831 párů baží (B) .Typ:.nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...831 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 4:

ATGAAGAAAA AAGCAAAAGT CTTTTGGTGT TGTTTTAAAA TGATTCGTTG GTŤGTATTTG 60 GCGGTCTTTT TTTTGTTGAG CGTATCAGAC GCTAAAGAAA' TCGCTATGCA.< ACGATTTGAC 120 AAACAAAACC ATAAGATTTT TGAAATCCTT GCGGATAAAG TGAGCGCCAA AGACAATGTG 180 ATAACCGCCT CAGGGAATGC GATCCTATTG AATTATGACG TGTATATTCT AGCGGATAAG 240 GTGCGTTATG ACACCAAGAC TAAAGAAGCG TTATTAGAAG GCAATATTAA GGTTTATAGG 300 GGCGAGGGCT TGCTCGTTAA AACCGATTAT GTGAAATTGA GTTTGAACGA AAAATATGAG 360 ATCATTTTCC CCTTTTATGT CCAAGACAGC GTGAGCGGGA TTTGGGTGAG CGCGGATATT 420 GCTAGCGGGA AGGATCAAAA ATATAAGATT AAAAACATGA GCGCTTCAGG GTGCAGCATT 480 GACAACCCCA TTTGGCATGT CAATGCGACT TCAGGCTCAT TTAACATGCA AAAATCGCAT 540 TTGTCAATGT GGAATCCTAA GATTTATGTC GGCGATATTC CTGTATTGTA TTTGCCCTAT 600 ATTTTCATGT CCACGAGCAA TAAAAGAACT ACCGGGTTTT TATACCCTGA GTTTGGCACT 660 TCCAACTTAG ACGGCTTTAT TTATTTGCAA CCCTTTTATT TAGCCCCCAA AAACTCATGG 720 GATATGACCT TTACCCCACA AATCCGTTAC AAAAGGGGTT TTGGCTTGAA TTTTGAAGCG 780 CGCTACATCA ACTCTAAGAC GCAGGTTTTT ATTCAATGCG CGCTATTTTA G 331 (2) Informace pro SEQ ID NO: 5:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 675 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE

·' ·

138

(vi), Původní zdroj:

- (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) (Vlastnosti:

. (A), Jméno/klíč: misc_chařakter , 7 (B) Umístění: l. . .675 (xi) -Popis sekvence:SEQ ID NO: 5:

. ATGATTAGAT' TAAAAGGTTT - GAATAAAACT TTAAAAACAA GCTTATTAGC TGGGGTTTTA CTAGGTGCTA-CTGCTCCCTT AATGGCAAAG CCTTTATTAA GCGATGAAGA CTTATTGAAA CGAGTAAAAC -TACACAATAT CAAAGAAGAT ACGCTGACTA GCTGTAATGC TAAGGTGGAC. GGCTCTCAAT ACTTGAATAG TGGTTGGAAT TTATCTAAAGAATTTCCGCA AGAATATAGA GAAAAGATŤT TTGAATGCGT AGAAGAAGAA AAACATAAAC AAGCCCTTAA TTTAATCAAT AAAGAAGACA CTAAAGATAA AGAAGAACTT GCAAAAAAAA TCAAAGAAATTAAAGAAAAA GCTAAAGTTT taaggcaaaa atttatggct tttgaaatga aagaacactc taaagaattc CCAAATAAAA AGCAACTTCA AACCATGCTT GAGAACGCTT TTGATAATGG ..AGCTGAAAGT TTTATTGATG ATTGGCACGA ACGCTTTGGG GGTATAAGTA GAGAGAATAC TTATAAAGCA CTTGGCATTA AAGAATATAG TGATGAAGGA AAGATATTGC CTTTGGCGAA AGAAGTTATA TTAGACAATA TAAAAAAGAT TTTGAAGAAA GCACTTATGA TACTAGACAA CCCTTATCTG CTATGGCTAG TATGA

120 1.8 0 240 300 360 420 430 540 600 660 675 (2) Informace pro SEQ ID NO: 6:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1290 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1290 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 6:

·· ···· ·· ·· · ' · ·

139

ATGCCATACG CCTTAAGAAA AAGATTTTTC AAACGCCTTT TATTGTTTTT TTTAATTGTT 60

TGTATGATAA ATTTGCATGC CAAAAGCTAT CTGTTTTCTC CTTTGCCCCC AGCGCACCAG 120

CAAATCATTA AGACAGAGCC TTGCTCTTTG GAGTGCTTGA AAGACTTGAT GCTGCAAAAT 180

CAAATCTTTT CTTTTGTATC CCAATACGAT GATAACAACC AAGATGAGAG CCTTAAAACT 240

TATTACAAGG ACATCTTAAA CAAACTCAAC CCCGTATTCA TCGCTTCTCA AACTCCAGCT 300

AAAGAAAGCT ATGAGCCTAA GATTGAATTA GCGATTTTAC TGCCTAAAAA GGTGGTGGGC 360

CGTTATGCGA .TTTTAGTGAT GAACACCCTT TTAGCGTATT TGAACACCAG AAACAACGAT 420 : TTCAATATCC AAGTCTTTGA CAGCGATGAA- GAAAGCCCTG /AAAAATTAGA -AGAAACCTAT 480

AAAGAAATTG' AAAAAGAAAA ATT.CCCTTTT ATCATCGCTT -TATTGACTAA AGAGGGCGTG 540

GAAAATTTGC. TCCAAAATAC GACTATCAAT ACCCCTACTT ATGTGCCTAC .'GGTGAATAAA 600

ACGCAATTAG 'AAAATCATAC CGAGCTTTCT TTAAGCGAGC,GCTTGTATTTTGGGGGGATT 660 GATTATAAAG AGCAATTAGG CATGCTCGCA ACTTTCATTA .GCCCTAATTC - GCCCGTGATT 720'

GAATACGATG ATGATGGCCT3GATAGGTGAA CGCTTGAGGC AAATCACGGA-GTCTTTAAAC 780

GTTGAAGTCA AACACCAAGA AAACATTTCT · TACAAACAAG . CGACCAGTTT' TTCTAAAAAT 840 : TTTAGAAAAC, ATGATGCGTT TTTTAAAAAT TCTACCTTAA' .TTTTGAACAC CCCTACCACT 900

AAAAGCGGTC TGATCCTTTC TCAAATAGGG ČTTTTAGAGT''ATAAGCCTCT '.TAAAATCCTT 960

TCCACACAAA TCAATTTCAA CCCCTCTTTA CTCTTGCTCA CCCAGCCTAA AGACAGGAAA 1020 _AATTTATTCA TTGTCAATGC CTTGCAAAAC AGCGATGAAA CGCTGATAGA ATACGCTTCC 1080

TTATTAGAGA GCGATTTAAG GCATGATTGG GTGAATTATT CCAGCGCGAT AGGGČTAGAG 1140

ATGTTTTTAA ACACGCTAGA TCCGCATTTT AAAAAGTCTT TTCAAGAGAG TTTGGAAGAC 1200

AATCAAGTCC GTTACCACAA TCAAATTTAT CAGGCTTTAG . .GGTATTCTTT TGAGCCGATA 1260

AAAAACGAAA GCGAAACAAA AAAAGAATAA ¹²⁹⁰ (2j Informace pro SEQ ID NO: 7:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1368 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární' (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1368 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 7:

GTGTTAAAAT.

TTATTGGCTT

AACCATTCCA

ACGATCAAGC

AAAATAGGCG

GACCAAGCCA

GGGTTTTTAG

AATTATGTGC

TTAGGGCGTT

GATTATAAAA

TTCAAAAATT

TTGATTATAA

AACTCAATTC

TTCAAGTGGA

TTGGGGGGAT

CGCATCAAAT

GCAACGCTCC

TGTATAAŤTC atctctctaa

TCAATTCTAA

ACCCTTATTG

GTTTAGTGGG

CAAAGAAGGG

TTCCAATCTG

TTTAGGAGCG

CTATGGCTCA

TTGGAAAGAC

CTATCTGTTT

CATGGATTTT

AATAGCGTTA

TTTGTTTCCA

GTAGCGGAAT

ATTTTCCCTA

CTCCCTAAAA

CTCGCTTACG

GAACTTTTTT

TCCCTCATAG

TATTCTTATG

ATGAGTTCCT

AAATGGTTTA

TTCTTTATAA

CTGTTTCTAA

CAGCCACCTT

ACATTGAAAA

ATTCCACCAA

ACCTCATAGG

AATCTGACGC

GCGATAAATT

ACACACAGGG

GCTCTTTTGG

TCAAAGCCCT	60
AGTGGGGTTT	120
TGTAACCGCC	180
ACACAGCTTA	240
AACGCTCATA	300
GCGTTGGTGG	360
TCACACCCGT	420
CCACCTAAAA	480
TTTTGAACTG	540
GAGGGCGTTG	600

140

GCTTTTGGGC AATGGATACG GGATTGGTAT GCCCCTATTG TAACTGAAGA TGGCAGAAAA 660 GAAGTTTATG ATGGCATCCA TGCCGCGCAA CTCTATTTTT CTAGCAAGCA TGTTCAAGTC 720 ATGCCTTTTG CTTATTTTTC GCCTAAGATT TACGGAGCGC CCGGTGTTAA AATCCATATT 780 GATAGCAACC CGAAATTCAA AGGCTTAGGG TTAAGGGCTC AAACCACTAT TAATGTGATT 840 TTCCCTGTTT ATGCTAAAGA TTTATACGAT GTGTATTGGC GTAACTCTAA GATTGGCGAG 900 TGGGGCGCAT CGCTTTTGAT CCACCAACGC TTTGACTACA ACGAATŤTAA CTTTGGCTTT 960 GGTTATTACC AAAATTTTGG CAACGCTAAC GCAAGGATTG GCTGGTATGG TAACCCCATC 1020 CCTTTTAATT ATAGAAATAA CAGCGTTTAT GGTGGGGTCT'TCAGTAACGC TATTACCGCA 1080 GACGCCGTTT CTGGGTATGT CTTTGGTGGG GGGGTGTATA GAGGGTTTTT ATGGGGTATT 1140 TTAGGCAGAT ACACTTATGC CACTAGAGCG AGCGAAAGAT CCATCAACTT GAACTTGGGC 1200 TATAAATGGG GTTCTTTTGC TAGAGTTGAT GTGAATTTAG AATACTATGT GGTCAGCATG 1260 CACAAGGGGT ATAGATTAGA CTATCTCACC GGCCCTTTCA ÁCAAAGCCTT TAAGGCTGAC 1320 • GCACAAGATA GGAGTAACCT TATGGTTAGC ATGAAATTČT‘ŤTTTTTAA ^136E (2) Informace pro SEQ ID NO: 8:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 849 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) ' (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...849 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 8:

ATGGGGTGTT CGTTTATCTT TAAAAAAGTT AGGGTTTATT CTAAAATGTT GGTTGCTTTG 60 GGGCTTTCAA GCGTGTTGAT CGGTTGCGCG ATGAATCCAA GCGCTGAGAC AAAAAAACCA 120 AATGACGCCA AAAACCAACA ACCAGTTCAA ACTCATGAAA GAATGACAAC AAGTTCTGAA 180 CATGTTACGC CACTAGATTT TAATTACCCG GTGCATATTG TTCAAGCCCC ACAAAACCAT 240 CATGTTGTAG GTATTTTAAT GCCACGCATT CAAGTGAGCG ATAATCTAAA ACCCTATATT 300 GATAAGTTTC AAGACGCTTT AATTAATCAA ATCCAAACTA TTTTTGAAAA AAGAGGCTAT 360 CAAGTGTTGC GTTTTCAAGA TGAAAAAGCT TTGAATGTGC AAGATAAGAA AAAGATTTTT 420 TCCGTTTTGG ATTTGAAAGG GTGGGTAGGA ATCTTAGAAG ATTTGAAAAT GAATTTAAAA 480 GATCCCAATA GTCCCAATTT AGACACGCTA GTGGATCAAA GCTCAGGCTC TGTATGGTTT 540 AATTTTTATG AACCAGAAAG CAATCGTGTC GTCCATGATT TTGCTGTAGA AGTAGGAACT 600 TTTCAGGCAA TAACATACAC ATACACCTCT ACTAATAACG CTTCAGGAGG GTTTAATTCT 660 TCAAAAAGCG TTATCCATGA AAATTTGGAT AAGAATAGAG AAGACGCGAT ACACAAGATT 720 TTAAACAGAA TGTATGCGGT TGTCATGAAA AAAGCTGTAA CAGAACTTAC AAAAGAAAAT 780 ATCGCCAAAT ACAGAGACGC TATTGATAGA ATGAAAGGCT TTAAAAGTTC TATGCCTCAA 840 AAAAAGTAG 849

141 .· ·

449· ··, ' ' · · '· • · ^;· • · 1· ··-· • · · ·· · ·· (2)· Informace pro.SEQ ID NO: 9:

(i) Charakteristiky sekvence: , (A) Délka: 843 párů baží ’(B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý • (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...843 . „ (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO:^9:'

ATGAAACTGA GAGCAAGTGT TTTAATCGGT GTGGCAÁTTC TGTGCTTAAT TTTAAGTGCG 60 TGCAGTAACT ATGCGAAAAA AGTGGTGAAA CAAAAGAACC ATGTTTATAC GCCTGTGTAT 120 AATGAACTGA TAGAGAAGTA TAGTGAGATC CCCTTAAATG ACAAACTCAA AGACACACCA 180 TTCATGGTGC AAGTGAAGTT GCCAAATTAC AAGGACTATT TGTTGGATAA TAAACAAGTT 24 0 GTACTAACTT TCAAACTTGT TCACCATTCT AAAAAGATTA CGCTCATAGG CGATGCCAAT 300 AAGATCCTCC AATACAAGAA TTACTTCCAA GCTAACGGGG CAAGATCTGA CATTGATTTT 360 TACTTGCAAC CCACTTTGAA TCAAAAGGGT GTGGTGATGA TAGCGAGTAA CTACAATGAT 420 AATCCCAACA ACAAAGAAAA ACCACAGACC TTTGATGTGT TGCAAGGAAG TCAGCCAATG 480 CTAGGAGCTA ACACAAAAAA CTTGCATGGC TATGATGTGA GTGGAGCAAA CAACAAGCAA 540 GTGATCAATG AAGTGGCAAG AGAAAAAGCT CAGCTAGAAA AAATCAATCA GTATTACAAG 600 ACTCTCTTGC AAGACAAGGA ACAAGAATAT ACCACTAGGA AAAATAACCA ACGAGAAATT 660 TTAGAAACAT TGAGTAATCG TGCAGGTTAT CAAATGAGGC AGAATGTGAT TAGTTCTGAG 720 ATTTTTAAGA ATGGCAACTT GAACATGCAA GCCAAAGAAG AAGAAGTTAG GGAGAAGCTA 780 CAAGAAGAAA GAGAGAATGA ATACTTGCGC AATCAAATCA GAAGTTTGCT CAGTGGTAAG 840 TGA 843 (2) Informace pro SEQ ID NO: 10:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1179 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární ^;í*·

142

(ii) Typ molekuly (iii) Hypotetická (iv) Protismyslná

DNA (genomová)

NE (iv)

NE (vi) Původní zdroj:

(Á) Organismus: Helicobacter pylori . ...

> . 1 (ix)· Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér.

(B) Umístění: 1...1179 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 10:

ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA TTCAGCGCTT.. TAGAAGCGAA CGAGAAAAAC 6 0 GGCTTTTTCA TAGAAGCCGG CTTTGAAACT GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA 120 AAAAGACACA CCACCACAAA AAACACTTAC GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG 180 ATTTTAAAAA GAGCGGCTAA TTTATTCACC AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC 240 TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAAAAC 300 TTCTTGCCTT ATAATTTAAA TAATGTTAAG CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGGCAATGTG 360 ATCGATCTAG GCGTGATAGA GACTATCCCC AAACACTCTA AGATTGTTTT GCCCGGAGAG 420 GCATTTGATA GTCTAAAAAT TGACCCCTAT AČTTTATTTC' TTČČAAAAAT TGAAGCCACT 480 AGCACTTCTA TTTCTGACGC TAACACGCAG AGGGTGTTTG AAACGCTCAA TAAGATTAAG . 54 0 ACAAATTTGG TCGTAAATTA TAGGAATGAA AACAAATTTA AAGATCACGA AAATCATTGG 600 GAAGCCTTTA CCCCACAAAC CGCAGAAGAA TTCACTAATT TAATGTTGAA CATGATCGCT 660 GTTTTAGACT CCCAATCTTG GGGCGATGCG AŤCTTAAACG CTCCTTTTGA GTTCACTAAC 720 AGCCCAACAG ATTGCGATAA TGATCCTTCA AAATGCGTAA ATCCTGGGAC AAACGGGCTT 780 GTCAATTCTA AAGTCGATCA AAAATATGTG TTAAACAAAC AAGACATTGT CAATAAATTT 840 AAAAACAAAG CGGATCTTGA TGTAATTGTT TTAAAGGATT CAGGGGTTGT AGGGCTTGGG 900 AGTGATATTA CCCCTAGCAA CAATGATGAT GGCAAGCATT ATGGCCAGTT AGGGGTAGTA 960 GCTTCTGCTT TAGATCCTAA AAAACTCTTT GGCGATAACC TTAAGACTAT CAATTTAGAG 1020 GATTTAAGAA CCATCTTGCA TGAATTCAGC CACACTAAAG GCTATGGGCA TAACGGGAAT 1080 ATGACCTATC AAAGAGTGCC GGTAACGAAA GATGGTCAAG TGGAAAAGGA TAGTAATGGC 1140 AAGCCAAAAG ATTCTGATGG CCTCCCCTAT AATGTGTGT 1179 (2) Informace pro SEQ ID NO: 11:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 813 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE

143 ··*· ··· . · (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori * (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč:, misc_charakter (B) Umístění: 1...813 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 11:'

ATGAAAAAGT TTGTAGC7TT AGGGCTTCTA TCCGCGGTTT-TAAGCTCTTC^GTTGTTAGCC GAAGGTGATG GTGTTTATAT AGGGACTAAT TATCAGCTTG ' GACAAGCCCG TTTGAATAGC AATATTTATA ATACAGGGGA TTGCACAGGG AGTGTTGTAG GTTGCCCCCC AGGTCTTACC GCTAATAAGC~ATAATGCAGG—AGGGAGCAAT—ATCAATTGGC-ACTCCAAATA_CG.CTAATGGG_ GCTTTGAATG GTTTTGGGTT GAATGTGGGT TATAAGAAAT TCTTCCAATT CAAGTCGCTA GATATGACAA GCAAGTGGTT TGGTTTTAGA GTGTATGGGC TTTTTGATTA CGGGCATGCC GATTTAGGTA AACAAGTTTA TGCACCTAAT AAAATCCAGT TGGATATGGT CTCTTGGGGT GTGGGGAGCG ATTTGTTAGC TGATATTATT GATAAAGACA ACGCTTCTTT TGGTATTTTT GGTGGGGTCG CTATCGGCGG TAACACTTGG AAAAGCTCTG CAGCAAACTA TTGGAAAGAG CAAATCATTG AAGCCAAAGG TCCTGATGTT TGTACCCCTA CTTATTGTAA CCCTAATGCC CCTTATAGCA CCAACACTTC AACCGTCGCT TTTCAAGTGT GGTTGAATTT TGGGGTGAGA GCCAATATCT ACAAGCATAA TGGCGTGGAA TTTGGCGTGA GAGTGCCGCT ACTCATCAAT AAATTTTTGA GCGCGGGTCC taacgctact aacctttatt accatttgaa ACGGGATTAT TCGCTTTATTTGGGGTATAA CTACACTTTT TAA (2) Informace pro SEQ ID ŇO: 12:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 423 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...423 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 12:

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

813 '

144

SO

120

ISO

240

300

3S0

420

423 ·· 1?·«· ·· ··

I » · · > · · · • c · o·· ··

ATGCATCCTA

GGAACACTTT

GCAAAGAGTT

GAATTAATAG

GACATGAGAG

GAAATTGATT

ATAGAAAAAT

TAATGTTTGC CTATATCGCT AACGCGCTCG CTCAAGOTAG AAAGATCAAC GCATGGCGTT TCAAAAAATA TCTCAAGTCA AAGAATTAGG CATTGATAAA TGATAGGCAA CCTTTCTCAA GTGATTATCT ACCCCAGAAA AGATACTGAT AATGTGGCGT CCCATTAAGC GATAGTGAAA TCAATTTCTT ACACAACACG CCAGACAAGT GCTAGTAAAA AATATCGTTA CAAACGOTTC AGCTTTTATT TAAAAAAGAT TTGCAAGAAC TACTTTATAT TCTTGATAGC AATGCTGGTA CCTCAATGAT CTTAAAAAAG CAAACCAAGA AACTTATAAG GAAGAGTATT

TAA· (2) Informace pro SEQ ID NO: 13:

(i)

Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 771 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý

-(-Dj—Topologie :cirkulámí--------------(n) Typ molekuly: DNA (genomova) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...771' (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 13:

ATGTTGGGGA GCGTCAAAAA AGCGGTTTTT TGCGGGGGGT TAATGGCAGA GCAAGATCCT TACACGGATA AAAATTTCAC TAGAGCTAAG GATGCTGATG GCTGTGCAAT CTTAAGAGAG GAAAACGCAA GAGAGAGCAT TGAAAAAGCT AAATTAAACG ATGCTGAAAA ATGCAAGGAC CTTAAAAATG CTTTAGAATA TTACTCTAAA ATGCTGTCAG CAACTTTTTA TAACGATATG CTAGAATATT ATTCTAAAGC TTGCGAGTTA GGGGATTATT TTTTTGGTGA AGGCGTAACA GCCAAAGCTT GTGAGTTGAA CGATGCTAAA GAGGGTAAAG GCGTGGCAAA GGATGAAAAG AAGCTAGGAT TAAAAGAAGC ATGCGATATT

AGGGTTTTGT GTTTGGGGGC GTTGTGTTTA 50 AAAGAGCTTA TATTTTCAGG TATAACTATT 120 AAATATTTTG AAAAAGCTTG CAAATCAAAC 180 GTTTATTCTA GTGGTAAAGC CATAGCGAGA 240 CTTGAACACA CCGCTACTGC TAAAGTTTGT 3 00 TTAGCAGAGT TTTATTTTAA TGTAAACGAT 360 TCTTGTAAGT TAAATAATGT TGAAGGGTGT 420 ATAAAGGGTT TGAAAAAAGA TAAAAAAGAT 480 AATAACGGTG GAGGGTGTTC TAAATTAGGA 540 AAAGATTTCA AAAAAGCTTT TGAATATTCT S00 GGGTGTTACG CTCTAGCAGC GTTTTATAAT S60 CAAACGACAG AAAACCTTGA AAAGAGTTGC 720 CTCAAAGAAC AAAAACAATA A 771 (2) Informace pro SEQ ID NO: 14 (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 729 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina i

i i

145 (C) Řetězec: dvojitý · ' ' (D) Topologie: cirkulární '(ii) Typ molekuly: DNA (genomová) ,. , „ ' *' - ‘ ‘(iii) ' Hypotetická: NE _; (iv) Protismyslná: NE · . :

(vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori .

~ fix)^- VlasCnosťT:

(A) Jměno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...729 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 14:

ATGAAAAAAT TTTTTTCTCA ATCTTTGTTA GCTCTTATTA TCTCTATGAA TGCGGTATCT 60 GGCATGGATG GTAATGGCGT TTTTTTAGGG GCGGGTTATT TGCAAGGACA GGCGCAAATG 120 CATGCGGATA TTAATTOTCA AAAACAAGCC ACCAACGCTA CGATCAAAGG CTTTGACGCG 180 CTCTTGGGGT ATCAATTTTT CTTTGAAAAA CACTTTGGCT/TÁCGCCTTTA TGGGTTTTTT 240 GACTACGCTC ATGCCAATTC TATTAAGCTT AÁAAACCČTA ACTATAATAG CGAAGCGGCG 300 CAAGTGGCTA GTCAAATTCT TGGGAAACAA GAAATCAATC GTTTAACAAA CATTGCCGAT 360 CCCAGAACTT TTGAGCCGAA CATGCTCACT‘ TATGGGGGGG CTATGGACGT GATGGTTAAT 420 GTCATCAATA ACGGCATCAT GAGTTTGGGG GCTTTTGGCG GGATACAATT GGCCGGCAAT ' 480 TCATGGCTTA TGGCGACACC GAGCTTTGAG GGCATTTTAG TGGAACAAGC CCTTGTGÁGC 540 AAGAAAGCCA CTTCTTTCCA ATTTTTAŤTC AATGTGGGGG CTCGCTTAAG GATCTTAAAA 600 CATTCTAGCA TTGAAGCGGG CGTGAAATTC CCCATGCTAA AGAAAAACCC CTACATCACT 660 GCAAAAAATT TGGATATAGG GTTTAGGCGC GTGTATTCGT GGTATGTGAA TTACGTGTTC 720 ACTTTCTAG 729 (2) Informace pro SEQ ID NO: 15:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 804 párů. baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

ť..

v

146

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) .Umístění: 1/..804 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 15:

ATGAACTACC CTAATCTACC TAACAGCGCT TTAGAGATAA GCGAACAGCC AGAAGTGAAA 60 . GAAATCACTA ACGÁGCTTTT AAAGCAATTA CAAAACGCTT, TAAGGAGCAA .CGCGCATTTT 120 . AGCGAGCAAG TGGAATTAAG CCTTAAATGC ATCGTTAGGA TTTTAGAAGT GCTTTTGAGT .18 0 .TTGGATTTTT. TTAAGAATGC GAATGAGATT. GATAGCAGTT.'TAAGAAATTC CATTGAGTGG · 240

CTGACTAACG CCGGCGAGAG CTTGAAATTA AAAATGAAAG. AATACGAGCG CTTTTTTAGC 300

GAGTTTAATA . CGAGCATGCA, TGCCAACGAG _: CAGGAAGTAA CCAATACCTT AAACGCTAAC 360

GCCGAGAACA TTAAAAGCGA AATTAAAAAG CTAGAAAATC AATTGATAGA AACCACGACA 420

AGACTTTTAA CGAGCTATCA AATCTTTTTA. AACCAAGCCA -GAGATAACGC TAACAACCAA-480ATCACAAAAA ACAAAACCCA AAGCCTTGAA GCGATTACAC AAGCTAAAAA CAACGCTAAT 540

AATGAAATAA GCAACAATCA AACGCAAGCG ATAACTAATA TCACCGAAGC GAAAACGAAC 600

GCTAATAATG AAATAAGCAA CAATCAAACG CAAGCGATAA CTAACATTAA CGAAGCCAÁA 660

GAAAGCGCTA CAACGCAAAT AAACGCCAAT AAGCAAGAAG CAATAAATAA CATCACGCAA 720

GAAAAAACCC AAGCCACAAG CGAGATCACC GAAGCGAAAA AGACCGATCA TTATCAAAAC 780

ATTGATTTTT TTGAGTTTGA ATAA 804 (2) Informace pro SEQ ID NO: 16:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1632 párů baží . ' (B) Typ: nukleová kyselina ,.··.··'· γ (C) Řetězec: dvojitý _; (D) Topologie: cirkulární (i i) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1632 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 16:

GTGATAGAGA CCATCCCCAA ACACTCTAAG ATTGTTTTAC CCGGGGAGGC GTTTGATAGT «a.

..., í · ··· ··

TTAAAAGAGG CGTTTGATAA AATTGACCCC TATACTTTCT TTTTŤČÍAJA. AťTŤGÁAGCC ·* 12V ACTAGCACTT CTATTTCTGA TACTAACACG CAGAGGGTGT TTGAAACGCT CAATAAGATT 180 AAAACAAATC TTATAATGAA ATATAGTAAT GAAAATCCAA ACAATTTCAA CACTTGTCCT 240 TACAATAATA ATGGTAATAC AAAAAATGAT TGTTGGCAAA ATTTCACCCC ACAAACCGCA 300 GAAGAATTCA CCAATTTAAT GTTGAACATG ATCGCTGTCT. TAGACTCCCA ATCTTGGGGC 360 GATGCGATCT TAAACGCTCC TTTTGAATTC ACTAACAGCT CAACAGATTG CGATAGCGAT 420 CCTTCAAAAT GCGTAAATCC CGGAGTAAAT GGGCGTGTTG ATACTAAAGT CGATCAACAA 480 TATATACTCA ACAAACAAGG TATTATTAAT AATTTTAGAA AAAAAATAGA AATTGATGCG 54 0 GTTGTTTTAA AAAATTCAGG GGTTGTAGGG TTAGCCAATG GATATGGCAA TGATGGTGAA 600 TATGGCACAT TAGGGGTAGA AGCCTATGCT TTAGATCCTA AAAAACTCTT TGGCAACGAC 660 CTTAAGACTA TCAATTTAGA AGATTTAAGA ACCATCTTGC ATGAATTCAG CCACACTAAA 720 GGCTATGGGC ATAACGGGAA TATGACCTAT CAAAGAGTGC CGGTAACGAA AGATGGTCAA 780 GTGGAAAAGG ATAGTAATGG CAAGCCAAAA GATTCTGATG GCCTCCCCTA TAATGTGTGT 840 TCGCTTTATG GGGGATCCAA TCAGCCCGCT TTCCCTAGCA ACTACCCTAA TTCCATCTAT 900 CACAATTGTG CGGATGTCCCGGCTGGCTTT TTAGGGGTAA CAGCAGCGGT TTGGCAGCAG 960 CTCATCAATC AAAACGCCTT GCCGATCAAC TACGCTAACT TGGGGAGTCA AACAAACTAC 1020 AACCTAAAGG CTAGTTTAAA CACGCAAGAT TTAGCCAATT CCATGCTCAG CACCATCCAA 1080 AAAACCTTTG TAACTTCTAG CGTTACCAAC CACCATTTTT CAAACGCATC GCAAAGTTTT 1140 AGAAGCCCTA TTTTAGGGGT TAACGCTAAA ATAGGCTATC AAAACTACTT TAATGATTTC 1200 ATAGGGTTGG CTTATTATGG CATCATCAAA TACAATTACG CTAAAGCTGT TAATCAAAAA 1260 GTCCAGCAAT TGAGCTATGG TGGGGGGATA GATTTGTTAT TGGATTTCAT CACCACTTAC 1320 TCCAATAAAA ATAGCCCTAC AGGCATTCAA ACCAAAAGGA ATTTTTCTTC ATCTTTTGGT 1380 ATCTTTGGGG GGTTAAGGGG CTTGTATAAC AGCTATTATG TGTTGAACAA AGTCAAAGGA 1440 AGCGGCAATT TAGATGTGGC TACCGGGTTG AACTACCGCT ATAAGCATTC TAAATATTCT 1500 GTAGGGATTA GCATCCCTTT AATCCAAAGA AAAGCTAGCG TCGTTTCTAG CGGTGGCGAT 1560 TATACGAACT CTTTTGTTTT CAATGAAGGG GCTAGCCACT TTAAGGTGTT TTTCAATTAC 1620 GGTGGGTGTT TT 1632 (2) Informace pro SEQ ID NO: 17:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1071 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1071 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 17:

TTGATGAAAA GCATTTTGCT CTTTATGATT TTTGTAGTTT GTCAGTTAGA AGGCAAAAAA 60 TTTTCACAAG ATAATTTTAA GGTGGATTAT AACTACTATT TGCGCAAACA GGATTTGCAC 120 ATCATTAAAA CGCAAAACGA TTTGTCCAAT GCCTGGTATC TCCCTCCACA AAAAGCCCCC 180 AAAGAACATT CTTGGGTGGA TTTTGCTAAA AAATATTTAA ACATGATGGA TTATCTAGGC 240 • ·

148 • · · · · · · · ·· · ·« · ······ • · · · · · • · · ·· · · · · ·

ΑΟΤΤΑΤΓΤΓΤ TGCCTTTTTA TCATAGTTTC ACCCCCATTT. TTCAATGGTA CCACCCTAAT 300 ATČAACCCCT ACCAACGCAA TGAGTTTAAG TTCCAAATCA GTTTTAGAGT GCCTGTAŤTT 360 AGGCATATTC ’ TTTGGACTAA AGGCACGCTT TATCTGGCTT ATACCCAAAC TAACTGGTTT 420 CAAATTTATA ÁTGACCCTCA^ř ATCCGCCCCC ATGCGAATGA TCAATTTCAT. GCCTGAACTC 480 ATCTATGTTT ATCCTATTAA'' TTTTAAACCT „TTTGGGGGTA AAATAGGGAA ' TTTTTCTGAA 540 ATTTGGAtÁg.GTTGGCAGCA CATTTCTAAT GGTGTGGGGG GTGCGCAATG TTACCAGCCT 600’ TTTAATAAÁG^AAGGTAATCC TGAAAACCAG TTTCCAGGAC AACCTGTAAT CGTTAAAGAT 660 TATAAČGGGC-AAÁAAGATGT GCGCTGGGGG GGGTGTCKTT CGGTGARCSC GGGCAACSCC 720 CTGTGTTTCG TTTTGGTGTG GGAAAAGGGA. GGCCTAAAAA TCATGGTCGC TTATTGGCCC 780 TATGTCCCTT ATGATCAATC CAACCCTCAA'TTGATTGATT ACATGGGGTA TGGTAACGCT 840 AAAATTGATT ACAGGAGAGG GCGCCÁCCAT TTTGAATTGC AACTTTATGA TATTTTCACG 900 CAAŤACTGGC GTTATGATCG CTGGCATGGA GCTTTCCGCT TAGGCTATAC CTACCGCATT 960 AACCCTTTTG TGGGGATTTA TGCGCAGTGG TTTAACGGCT ATGGCGATGG CTTGTATGAA 1020 TACGATGTTT TTTCCAATCG TATAGGGGTA GGAATACGOT TGAACCCTTA A 1071 (2) Informace pro SEQ ID NO: 18 (i) Charakteristiky sekvence: · (A) Délka: 2028 párů baží * (B) Typ: nukleová kyselina' (C) Řetězec: dvojitý <' (D) Topologie: cirkulární^{* 1} (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...2028 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 18:

TTGTCTAAAG GTTTGAGTAT CGGTAATAAA GTGTGCGTGA GCATTTTAGG GGTGTCCTTA AGCGCTCTGC ATTCAATGCA AGATAGTTTG TTGGAAAACA CTTATACGAG CATGGGCATT AGAGAAATCA AAATCCAGTT GTTAAAAAAC GTGAGCATGT TTTTTAAAGA CAGAGAGGAT ACGATCAAGT TGATGGAAAA CCCGTCATTA AAAAATAAAG AAATTTCTAA AAGCTTGCCT GTTTATGGCG TGGATATTCTTTTACCACTA GTTCTGATGA TTTTCTTTTC' CATTGACAGC

ATCATATTGT GCGTGGCGTT GATTGTGATC AACAGCAGGG TGAAAGAGAT TTTAAAAGAA CATTTCAAGG TTAAGGAAGT GCAAAGTGTT GTCAAAGAAA TGCTCCCTGA AGACACCAAA TTCATTTTAG CCAATTCGCA TGTCGCTGGG TTGAGATTGA CGCTTTTACG AGATAACGAT GGGAGTAACC CTTTAGCGCA AAAAGCGÁTG TATTACAGGA AAATGCCTAA CGGGGCGGAA TTCAAGGAAA ACACGCÁAGA AGTGGTGGGG TTCAGTAATG AAATCACTAA AAACAGGAGC

120

180

240

300

360

420

480

540

500 '· 7Y

V· • · · · · • ·

GATTTATTTT TAATTGGCGT GACAAATCCA TCACCGAAAT ATTTTAGAAA ATGGCTCTAA AATTTTTTAG ČCGTTGAAAC AATTGGATGA TCGCTTTGAT' CGTTTTGTGG TGGTTGCAGC CTTTTAATGC GAGCGATCGT

149

TAAAGGTAAA GTGCTTTTGA TTATAAAAGC GTGCCTAAAG AGCGACTTTA GAATACTTGG CTTTAAAATG CTAGGCAAAA CATTGAAAAA GACAAGGTCT GAGTGCTATC' ATGGTGTTAG GAGCAATCGT TTGGAAGTCG • · · • · · • · · a • · · ·· ·

GCGCGAATAA AAGCTTGCAA CCACTAATGA AGTGATGGCT ATCCCTTTAG CCATAAGGAG CAGAAAGTAA AGACAATCTT ATGAGCAAGT GGGATCGGTG CCTTAATCAT AGCGATCACT TTTCTAGCAC CTTGTCTCAT

TTCTTTAAAT TATTGAACAA TCAAGCCCAT TCTAATGACG AATTAGGGCG CATGCAAACA aaaaccatgc AAGAAGACAG gcaagccgtc AAAGCGGGGA ATTTTGCGGT GCGCATCACG TTGAGAGACG CGCTAAATGG GATCATGGAT CCAAGCATTT TCAAAATCTT TGAAAGCTAT AACGCTTCGG GTAGGGTGGA ATTGGTTACT CTAGAAACTT CGTCTAATTT;TGCCAAAGAT TGCGTGCAAA ATTTAGAAAA GGCTTCAAAC AAAACGATAG AAAATATCAC CACTTCCATT ATTGAACAAG GGAAAGACAT TAAAAGCATT. ACGAATCTAT TAGCCCTAAA CGCŤGGTAŤTGGCTTTGCGG TGGTGGCTGA TGAGGTGAGG' AGTGAGATTG AAGCCAATAT TAATATTCTC ATTAAAAACC AGGTTAAAGA AGTAGAAGAG GTTACTGAGG GCAATCTAAA AATCGCTAGC AAAGTCTCTA ACGATATTTT AGAAGATGTG

TCTAGCGACA TTAAATTGGT TGAAGCGCGA GCGATCAATA AAAATATCTT GCAAACCCAA CAAGACACCA TTAAAGTGGT- TTCAGACGTG gctgaacccg. caagccctga tttgaaagaa TATTTGCAAG AAAGCGTAGG·GACTCACATG TCTGGCTTGG ATTTTAGAGG GCGGATCCAA aacgctttag GGCAAGAAAT CCAAAAAATG ČTAGCGAACG ATAGCGCGAA TTTAAAAGAA TCCCAACACA AAAGCCTGAT GGAAACTTCC CAAGGCGTGA GCTOTCAÁAG TGAAGCCATG GTAGAAATCA TTAGAGATAT TGCČGATCAA GAAGCCGCACGAGCCGGCGAGCATGGCAGA AAGCTCGCTG AAAGGACGCA AAAATCCCTC GTTCAAAGCA TTTCAGACAC GAGCGAAAGC ATCAACGCTT CTATTGAAGC CTTAAGATCG GATTCTTTAG AAATCAGTCA AGAAATTGAC AATAAAAAGC AGTTTTAA • ·

560 720 730 340 900 960

1020 .1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1580

1740-------1800

1860

1920

1980

2028 (2) Informace pro SEQ ID NO: 19:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 816 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...816 • ·

150 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 19: ._ . ATGAACATAT TCAAGCGTAT TATTTGCGTA ACCGCTATTG TTTTAGGTTT TTTTAACCTT

TTAGACGCCA AACACCACAA AGAAAAAAAA GAAGACCACA AAATCACTCG TGAGCTTAAA GTGGGCGCTA ACCCTGTGCC GCATGCGCAA ATCTTGCAAT CAGTTGTGGA TGATTTGAAA GAGAAAGGGA TCAAATTAGT GATCGTGTCT TTTÁCGGATT ATGTGTTGCC TAATTTAGCG CTCAATGACG GCTCTTTAGA CGCGAATTAC ' TTCCAGCACC GCCCTTATTT GGATCGGTTT . AATTTGGACA GAAAAATGCA CCTTGTTGGT TTGGCCAATA TCCATGTGGA GCCTTTAAGA TTTTATTCTC AAAAAATCAC AGACATTAÁA AACCTTAAAA- AAGGCTCAGT. 'GATTGCTGTG CCAAATGATC . CGGCCAATCA. AGGCAGGGCG. TTGATTTTAC, TCCATAAACAAGGCCTTATC GCTCTCAAAG ACCCAAGCAA TCTATACGCT ACGGAGTTTG ATATTGTCAA AAATCCTTAC AACATCAAAA TCAAACCCCT AGAAGCTGCG TTATTGCCTA AGGTTTTAGG GGATGTGGAT GGGGCTATCA TAACAGGGAA TTATGCCTTG CAAGCftAAAC TCACCGGAGC CTTATTTTCA —GAAGATAAGG“ACTCGCCTTA-TGCTAATGTT—GTAGGGTCTG—GTGAGGATAA—TGCGCAAGAT. GAAGCGATAA AAGCGTTGAT TGAAGCCTTA CAGAGCGAAA AGACCAGGAA ATTCATTTTG GATACCTATA AGGGGGCGAT TATCCCGGCT TTTTAA (2) Informace pro SEQ ID NO: 20:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 486 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE ' (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...486 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 20: atgtttttta aaacttatca aaaattactg ggcgcgagct gtttggcgct gtatttagtg GGCTGTGGGA ATGGTGGTGG CGGTGAATCG CCGGTTGAGA TGATTGCAAA TAGCGAGGGT ACGTTTCAAA TCGAOTCCAA agcagatagc attactattc aaggcgtgaa gcttaataga GGTAATTGTG CTGTCAATTT TGTTCCAGTA AGTGAGACGT TTCAAATGGG TGTTTTAAGT CAAGTTACTC CAATCTCTAT ACAGGATTTT AAAGATATGG CAAGCACTTA TAAGATATTT GATCAAAAGA AAGGGTTGGC AAACATAGCA AATAAAATTT CTCAATTAGA GCAAAAGGGT GTGATGATGG AACCTCAAAC CCTTAATTTT GGAGAAAGTT TAAAAGGCAT TTCTCAAGGG TGCAATATTA TAGAGGCAGA AATACAAACC GACAAAGGCG CTTGGACTTT TAACTTTGAT AAATAA (2) Informace pro SEQ ID NO: 21:

(i) Charakteristiky sekvence:60

120

180

240

300

360

420

480'

540

600

660

7.2JD..

780

816

120

180

240

300

360

420

480

486

151 ··· ··· (A) Délka: 1014 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

______(A)—Organismus:—Hel-icobaoter^pylori----------------------(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1014 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 21:

ATGATTAGAT TAAAAGGTTT GAATAAAACT TTAAAAACAA GCTTATTAGC TGGGGTTTTA SO 'CTAGGTGCTA CTGCTCCCTT AATGGCAAAG CCTTTATTAA GCGATGAAGA CTTATTGAAA 120

CGAGTAAAAC TACACAATAT CAAAGAAGAT ACGCTGACTA GCTGTAATGC TAAGGTGGAC 180

GGCTCTCAAT ACTTGAATAG TGGTTGGAAT TTATCTAAAG AATTTCCGCA AGAATATAGA 240

GAAAAGATTT TTGAATGCGT AGAAGAAGAA AAACATAAAC AAGCCCTTAA TTTAATCAAT 300

AAAGAAGACA CTGAAGATAA AGAAGAACTT GCAAAAAAAA TCAAAGAAAT TAAAGAAAAA 350

GCTAAAGTTT TAAGGCAAAA ATTTATGGCT TTTGAAATGA AAGAAČACTC TAAAGAATTC 420

CCAAATAAAA AGCAACTTCA AACCATGCTT GAGAACGCTT TTGATAATGG AGCTGAAAGT 480

TTTATTGATG ATTGGCACGA ACGCTTTGGG GGTATAAGTA GAGAGAATAC TTATAAAGCA 540

CTTGGCATTA AAGAATATAG TGATGAAGGA AAGATATTAG CCTTTGGCGA AAGAAGTTAT 600

ATTAGACAAT ATAAAAAAGA TTTTGAAGAA AGCACTTATG ATACTAGACA AACCTTATCT 660

GCTATGGCTA ATATGAGTGG CGAAAACGAT TATAAAATTA CTTGGTTAAA ACCCAAATAT 720

CAGCTCCATA GTTCAAATAA TATTAAACCC TTAATGTCAA ACACAGAGTT GTTAAATATG 780

ATAGAGCTAA CCAATATCAA AAAAGAATAT GTTATGGGCT GTAATATGGA AATAGATGGT 840

TCTAAATATC CCATTCATAA AGATTGGGGA TTTTTTGGTA AGGCAAAAGT CCCAGAAACT 900

TGGAGAAATA AGATTTGGGA ATGTATTAAG AATAAAGTAA AGTCCTATGA CAACACTACC 960

GCTGAAATAG GAATAGTTTG GAAAAAAAAT ACTTATTCTA TCTCTCATCA CTAA 1014 (2) Informace pro SEQ ID NO: 22:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1251 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE ···· 99 99 • φ 9 9 9 9

152

999 999 (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus:

(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč:

(B) Umístění: 1

Helicobacter pylori misc_charakter

..1251 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 22:

ATGAAAAAAT TAGTTTTTAG CATGCTTTTA TGTTGTAAAA GCGTGTTTGC AGAGGGGGAA 60

ACTCCTTTGA-TTGTCAATGA-CCCAGAAACC-CATGTAAGTCAAGCCACTATCATAGGCAAA-----120--ATGGTAGATA GTATCAAAAG ATACGAAGAG ATTATTTCTA AGGCTCAAGC TCAAGTCAAT 180 CAGTTACAAA AAGTCAATAA CATGATAAAT ACGACTAATT CTTTGATTAG TAGTAGTGCT 240 ATCACTTTAG CCAATCCTAT GCAAGTTTTA CAAAACGCTC AGTATCAAAT AGAGAGCATT 300 AGATACAACT ATGAGAATTT AAAGCAAAGC ATAGAAAATT GGAACGCACA AAATTTGTTA 360 AGAAACAAAT ACTTACAGCA ACAATGCCCT TGGCTTAATG TCAATGCTCT TACTAACAAT 420 AAGATTGTCA ATCTTAAAGA TCTCAATAAC CTAATCACCA AAAATGGCGA ACAAACCCAA 480 ACCGCAAGAG ATGTGCAAAA TCTCATTCAG TCCATTAGTG GCAGTGGCTA TGGAAACATG 540 CAATCACTTG CTGGGGAATT GAGTGGTAGA GCGTGGGGGG AAATGTTGTG TAAAATGGTA 600 AACGATAGTA ATTATGAAAG CGAGCAAGCT CTTTTAGCAA CAGGCAATAA CCCAGAAGAG 660 CAAAAACGAA GATTTTTGCT TAGAGTAAAG AAAAAGGTTA ATGATAATAA' GCAGTTAAAA 720 GATAAACTTG ACCCATTTCT AAAAAGACTT GATGTCCTAC AAACTGAGTT TGGTGTAACT 780 GACCCTACAG CTAACCATAA TAAGCAAGGG .ATACATTATT GCACAGAAAA TAAAGAGACA 840 GGTAAATGCG ACCCTATTAA AAATGTATTT AGGACAACTC GCTTAGATAA CGAATTAGAA 900 CAAGAAATCC AAACGCTCAC ACTTGATTTA ATCAAAGCCT CCAATAAAGA CGCTCAAAGC 960 CAAGCCTACG CAAATTTCAA TCAAAGGATT AAATTACTTA CTCTAAAATA TTTAAAAGAA 1020 ATTACCAATC AAATGCTCTT TTTAAATCAA ACAATGGCAA TGCAAAGCGA GATTATGACA 1080 GATGATTATT TTAGGCAAAA TAATGATGGC TTTGGGGAAA AAGAAAACCA TATAGACAAA 1140 CAATTAACGC AAAAAAGAAT AAACGAAAGA GAAAGAGCTA GAATATACTT TCAAAACCCT 1200 AATGTTAAAT TTGACCAATT TGGCTTTCCC ATTTTTAGTA TATGGGATTA A 1251 (2) Informace pro SEQ ID NO: 23:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1131 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori

153

(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1131 (xx) Popis sekvence:SEQ ID NO: 23:

GTGAATAAGT GGATTAAAGG. TTTTCTTTAA TCTACCACCA AATGACGATG AGGTGAAATA ACTAACACGG AAAGCTCCAA GCTTTAAAAG. CCCTAAACTC CCTCCCATGG ATCCAAAAAC TTACTGGCCT CTCGCATCAC 7ATTTTCCCTG TGGATAACCC ATCGCCACTA ATGAAAACAA TTTTTGATTA CGCCCATTTC GATATTTTTG CAAGCATGGG TATTACAGCA ACAATAACAA ATCACTCCCC ATGGCATTAA TATAACGGOT TAGTGGGGGA CTGCTTTCTA CGCTCACTAA GGCAATAAAG AAGAGGTGAC CAAAGCGGCA TGGGGATCAA GCCCCCATTG TGGTGATTAG TTCTTCCCTA TACCCAGAGA (2) Informace prc

GGCGGTTGTT TTTGTAGGGG AAAGCCAAAA GCCCCCCTAA CCCCTTACAA GACTACACTT AGACGCTACC ATCAAAGCCT CAAAGAAATG AATTATTCCA AACCCCCCCT AAAAAAGACT CCCTTTCAAG CAAAGCCCTA TAATGGCATT GATAGTTTCA GCTTTTACGC ACCATTACAG TAGCCAGATC GCTGGTAAAG CAAAGCCGTC TTAATCCCCA AATGGGCGAA TACCGCTTGG TATCATGCTC ACTAACGCTA ATTGATTGAA AGGAATTTCC. CGGCCTATTG ATTGGGATCA taatttcttt ggggattatc TCAAGTGGTC AATCAAATTT AGAGGGGAGT AGGGTCTTCA GAATGAAGTC ATCGCTGAGT > SEQ ID NO: 24:

GTTTTGCAAC- GATTACAACC ATAACCAGCC TAGCCTTTTG TCACTCAAAA CCCACAGCCA TACAAGAACA .GCTCAAAGCC AAGAAGAGAC TTTTACTAGC TTTCTCCAAA ACAATTAGAT AAAATTACGA AGAAAACCTG CTAACCTTAA AGAAAAAGAC CTGACAAAAT GATACCCGCT TGATTGCGCA AGTGGAGAGC AAGGCTCTAA AGTCATAGGC ATATTGTATG GAGTCGAATC AAGGGGCGGA CATTAAAGGC AACGCTATGG CGTGCCGTTA CTTCGGCTTT AAACAACAGA TTTTATTGCA ATTGATGAGG TAAGAGACAA GAGCAAGATC TTTCGCCCAA TACTGACATC TTTTGAAGTG A

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

340

900

960

1020

1080

1131 (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 2751 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...2751 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 24:

GTGGATTTGA GGAŤCCAATC TAAAGAAGTC AGTCATAATT TAAAGGAATT ATCAAAAACG CTAATCAGCT ATCCTTTTGA AAAACATGTA GAAGCTTTAG GGGAACAATG CAGTAACTTC GTTTCTATTC CCATTAACAA TGACGACTAT TCAAATATTT GCACTTTTGT GAGTGATTTT ATAAATCTTA TAGCTTCTTA CAATTTATTA GAATCATTTT TAGATTTTTA TAAAGATAAA TTAAAATTGA GCGAGCTTGT AACTGAATAT GCCAACGTAA CCAATAATCT GCTTTTCAAA AAATTAATCA AACATTTAAG CGGCAACAAT caattggtta aaaattttta tcagtgtata AGAGAAATTA TAAAATACAA CGCCCCTÁAT AAAGAATACA AACCCAATCA ATTTTTTATA

120

180

240

300

360

420

t.

ATAGGGAAAG GCAAACAAAA GCAAGTGAAA TTAAACCACA AAAATTTTTA AAACTACCGA ATTAAAGAAA TAGACGAAAA TTTGAATCAA ATATTGAAAA TCGCTGATCC GAGAAATTGA GAGTATAAGA TTAATGATCT AGTCATGCCG TTAATGATGT AAACAGATAG ATTTATTAGT GAACCAATAC.AAAGATCTTT TATTTGTTCC CTAAAAATAT .TTCAAACAAA GCAAAAATGT ACAGCGTTTA ACTTTCATCT GTGCCAATCA TGAAAGAATA TCAACCAAAG AGACTGGTČT TTATTTAATA AAACAAACTT AGATCAAAAA TAAAGTTTGA AATATCTCTA AAAAATACTT TCAAAAGATT TTTTTTCAAT -CAACTTGAAT“TiTiTGAUAA ATTTTAGAAT ACAACATGCA CTTTTAGCGA TCGTTCAAGA CATAACAATA AGCTTCCTAG GATTGCAGAA AATCCCACGA TTCCAATGGG CGTTTAATTT TTTAACCATA ATATTATCTA agaaaggagt ttaggaaatt

154

ACAATTAGCA AAAATTTATT AGATATGGAA GACATCTTAA CTTTACAAAA TTCACACCAA ATACCCTATC AATGAAAATT ACATGATGAA ATAAAAAAGG AAATCACTGC AAAAATGAAT GCTCAAAAAT ATCCAACAAA GTCTAAAGAT ATTAAATCCA CAATTCAGAA ATTGTGCGAT ATGGGAGAGT ATAAAAATTT TGGTGAAATC AAGGATAAAT TTCTGAGTTC,GCAGAATATT AAATATAAAT AATGGTTTAT CAAAGAGCCA AAAATCACAG TGCTAGCCAA TTATCTGGGC TAATCCTAAT AAAATTTGGA TAAAGATTTA GAAATCTATT GCAAGAAATA GATCAAGAAT TCAAAAAATA GAGAGTAAGC TGATACAAGT TTTCTTTTTG ATTAAAAATA GATTCTTTAA TAGTCCCCAA GATAGTTACC AGAGAAATAT ACGGAACATG TCACAATGAG CCAATCATCT CATGTTTGGC TTTCTTTATA TGTCATGGAC GAGCCAGCCA TTTAAAAGAA TACGCTCATA ·· ···· • ,· · · · · ’<

• · · · · · · Φ · I • · · · · ······· ·· · ··

CTCATTTAAA AGAACTTAGT 'AAAAGCTAGA GGAATTAGAT AAACTGAAAT TAAGGATATT TTAAACGGCA ATTTAATGAG ATTTTGAGCG AAACAAAGAG GCAATAGCGA AGAAGAGCCG TATGCAAAAA TTATATAGAA TGATGTGTCA GTTTTATTTG ACAGATACAG CAATCTTTTT •TAGATAATGA AAGTGGCATT TTGAAGCAAA CAAGGAAAAA. GCCGAGAGTG TAACCCCTAT GTCATCAATT TGAAAAATTC AŤAATGACCT.TGAAGCCATA ACTGGTTTTT TCAGCTTTCG ‘TTCCTTTAGA 'GTTCAATAAA TTGATAGTCA' TGAATCGTTC CACTAAAAAA GATCAAACAA. ATGATAATAA CGATATACTG CTAAAGGAAG TTTTGCAGAA TTACAAAAGA ATTTAATAAG AATTAAAAAT TCGTGTCCGA AAATAAAACT TGAAGTTTAT TAAGCCAGCA AAGCACCGGC ATGTGGGATC ACATTTTAGT CTCATTTGAG CGTGCCAGCC AAAATCATGT TACTTTTGTT

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1920

1980

2040

TTAGCCACCC ATGACCCCTT TTTAGTGGAT ACGGATCATT TAGATGAAAT. AAGGATTGTG 2100 GAAAAGGAAA CAGAAGGCTC TGTAATŤAAG AATCACTTTA ACTAŤCCCCT. AAATAATGCA 2160 AGCAAAGAGT CCGACGCTTT GGACAAAATC AAACGCTCTT TAGGAGTGGG CCAGCATGTT 2220 TTTCATAACC CCCAAAAACA CCGAATCATT TTTGTAGAAG GCATCACGGA TTATTGTTAT. 2280 TTGAGCGCTT TTAAATTGTA TTTGCGTTAC AAAGAATACA AGGACAACCC CATTCCTTTC 2340 ACTCTCTTAC CCATTTCAGG GCTTAAAAAC GATTCAAACG ATATGAAAGA AACCATTGAA. 2400 AAACTTTGCG AGTTAGACAA TCACCCTATT GTŤTTGACAG ACGATGACAC AAAATGCGTT 2460 TTTAACCAAC AAGCAACGAG CGAACGATTT AAAAGAGCTA ATGAAGAAAT GCATGÁTCCC 2520 ATCACCATCC TACAACTCTC AGACTGCGAT AGGCATTTCA AACAAATTGA AGATTGTTTC 2580 AGCGCAAACG ATAGAAACAA ATACGCTAAA AATAAGCAAA TGGAATTGAG CATGGCTTTT 2640 AAAACAAGGC TTTTGTATGG CGGAGAAGAT GCGATAGAAA AACAAACAAA AAGAAATTTT 2700 TTAAAATTAT TCAAATGGAT TGCATGGGCT ACAAACTTGA TCAAAAACTA A 2751 (2) Informace pro SEQ ID NO: 25:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 531 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE

155 ·· ···· ·· 99 '9 ·9 9 · ··· ·«· • 9 , (iv) Protismyslná:, NE ' (vi) Původní zdroj . · (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění:. 1...531 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 25:

ATGACTGCAA TGATGCGTTA TTTTCACATC TATGČGACCA CTTTTITCTT CCiTTTGGCG CTTCTTTTTG CGGTTAGTGG GCTTTCATTG CTCTTTAAAG CGCGCCAAGA CACTGGCGCT AAGATCAAAG AATGGGTTTT AGAAAAATCC TTAAAAAAAG AAGAACGATT GGACTTTTTA AAAGGCTTTA TAAAAGAAAA CCATATCGCT ATGCCTAAAA AGATAGAGCC TAGAGAGTAT AGGGGAGCGT TAGTCATTGG CACGCCTTTG TATGAAATCA ACCTTGAAAC TAAAGGCACT CAAACGAAAA TCAAGACCAT TGAAAGGGGC TTTTTAGGCG CGCTCATCAT GCTGCATAAG GCTAAGGTGG GCATCGTGTT TCAGGCGCTT TTAGGGATTT TTTGCGTGTT TTTATTGTTG TTTTACTTGA GCGCGTTTTT AATGGTGGCT TTTAAAGACA CTAAACGCAT GTTTATAAGC GTTTTAATAG GGAGCGTGGT GTTCTTTGGA GCGATCTATT GGTCTTTGTA G

120

180

240

300

360

420

480

531 (2) Informace pro SEQ ID NO: 26:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 669 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...669 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 26:

ATGTTTAAAA ACGCTTTAAA TATACAAGAT TTTTCATTTA AAAATCATAC TAGTACAGCC 60

ATTATTGGCA CAAATGGTGC TGGAAAATCA ACGCTTATCA ACACTATTCT AGGCATTAGA 120

TCAGACTATA ATTTTAAAGC ACAAAACAAT AATATTCCAT ACCACGACAA TGTTATACCA 180

CAACGCAAGC AATTGGGAGT TGTCTCTAAC CTATTCAACT ACCCACCTGG ATTAAACGCA 240

AACGACCTTT TTAAATTCTA TCAATTTTTT CACAAAAACT GCACTCTAGA TTTGTTTGAA 300 ; .

AAAAATCTTT TAAATAAAAC CTACGAACAC CTAAGCGACG GACAAAAACA GCGCTTAAAA 360 !

ATTGACTTAG CTCTTAGCCA TCACCCACAA TTAGTTATTA TGGATGAACC AGAAACCAGT 420 j ₄

TTAGAGCAAA ACGCTCTTAT AAGACTATCA AATCTCATAA GCTTGCGCAA CACCCAACAA .480

CTTACAAGTA TCATCGCCAC TCATGATCCT ATTGTCTTAG ATAGŤTGCGA ATGGGTATTG . 540

CTCCTTAAGA ATGGCAACAT TGCTCAATAC .AAACCTTTAA ’aTTCTATATT AAAATCTGTA 600 ’··...·' GCTAAAACTT TTAACTTTAA AGAAAAACCA ACCACAAAAG·ACTTATTAGC GTTACTAAAG 660 GATATTTAA . . 669 i - i* ·» |-'l ’·

156 • ·· · · ftftftft ftft ftft • · · ft · '· · ft Λ <· « ft • :· · · * ftftftft • ft · · ftft ,· ·····<

• · ftftft · ft ftftft ftftftft ftft ft ftft ftft (2) Informace'pro SEQ/ID NO: 27:

(i). Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1221 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1221 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 27:

ATGTATGCGG CTCATCCTAT TAAACCCATA AAAGCCCCTA AACTCAAATC TCAATTTTTA 60

AGGCGTGTGT TTGTGGGCGC GTCCATTAGG CGCTGGAATG ACCAAGCATG CCCTTTGGAA 120

TTTGTGGAAT TAGACAAGCA AGCCCATAAA GCGATGATTG CGTATCTGCT CGCTAAAGAT 18 0

TTAAAAGATA GGGGTAAAGA TTTAGATTTA GATCTTTTAA TCAAATATTT TTGCTTTGAG 24 0

TTTTTGGAGC GCTTGGTTTT AACCGATATT AAACCCCCTA TTTTTTACGC CCTCCAACAA 300

ACGCATAGTA AAGAGTTAGC TTCCTATGTT GCGCAAAGTT TGCAAGATGA AATCAGTGCG 360 TATTTTTCTT TAGAGGAACT CAAAGAGTAT TTAAGCCACA GGCCTCAAAT TTTAGAAACT 420 CAAATTTTAG AGAGCGCGCA TTTTTATGCG TCTAAGTGGG AGTTTGATAT TATCTATCAT 480 TTTAACCCCA ACATGTATGG CGTGAAAGAG ATTAAAGATA AAATTGACAA GCAACTCCAC 540 AATAACGATC ATTTGTTTGA AGGGCTTTTT GGGGAAAAAG AAGATTTGAA AAAATTGGTG 600 AGCATGTTTG GGCAGTTGCG TTTCCAAAAG CGCTGGAGCC AAACCCCAAG AGTGCCACAA 660 ACCAGTGTTC TAGGGCATAC TTTATGCGTG GCGATTATGG GGTATTTATT GAGTTTTGAC 720 TTGAAAGCTT GTAAAAGCAT GCGGATCAAT CATTTTTTGG GCGGGCTTTT CCATGATTTA 780 CCCGAAATTT TAACCCGAGA CATTATCACG CCCATCAAAC AAAGCGTTGC AGGGCTTGAT 84 0 CATTGCATTA AAGAGATTGA AAAAAAGGAA ATGCAAAACA AAGTCTATTC CTTTGTGTCT 900 TTGGGCGTTC AAGAAGATTT GAAATATTTC ACCGAAAACG AGTTTAAAAA CCGCTACAAA 960 GACAAGTCTC ATCAAATCGT TTTCACTAAA GACGCTGAAG AATTATTCAC GCTTTATAAT 1020 AGCGATGAAT ATCTTGGGGT TTGCGGGGAG CTTTTGAAGG TGTGCGATCA TTTGAGCGCG 1080 TTTTTAGAAG CCCAAATCTC ŤCTTTCTCAT GGCATTTCTA GCTACGATTT AATCCAAGGA 1140 GCTAAAAACC TTTTAGAATT/GCGATCCCAA ACGGAACTGC TTGATTTGGA TTTAGGGAAA 1200 TTGTTTAGAG ATTTTAAGTA A 1221 • ·· tttt ···· ·· tttt • · · · · · · · tttt ·

-I ΖΣ 7 · · · · » · ···

Λ O / · · ·· ·· « ··· ··· • ♦ ♦ · ♦ · · ··· ···· ·· · «· ·· (2) Informace pro SEQ ID NO: 28:

. (i) Charakteristiky sekvence: —————--------- . (A) Délka: 1008 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE' __________________________ (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...1008 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 28:

GTGTTGTGGG TGCTATATTT TTTAACCAGT TTATTTATTT GCTCTTTGAT TGTTTTGTGG 60 TCTAAAAAAT CCATGCTCTT TGTGGATAAC GCTAATAAAA, TCCAAGGCTT CCATCATGCA 120 AGAACCCCAC GAGCCGGGGG GCTTGGGATC TTTCTTTCTT TTGCGTTGGC TTGTTATCTT 180 GAACCTTTTG AGATGCCTTT TAAGGGGCCT TTTGTTTTCT TAGGGCTATC GCTAGTGTTT 240 TTGAGCGGTT TTTTAGAAGA CATTAACCTT TCATTAAGCC CCAAAATACG CCTTATTTTG 300 CAAGCTGTAG GGGTCGTTTG CATCATTTCA TCAACGCCTT TAGTGGTGAG CGATTTTTCG 360 CCCCTTTTTA GCTTGCCTTA TTTCATCGCT TTTTTATT.CG CTATTTTTAT GCTGGTGGGT 420 ATCAGTAACG CTATTAATAT CATTGACGGG TTTAACGGGC TTGCATCTGG GATTTGCGCG 480 ATCGCGCTTT TAGTCATTCA TTATATAGAC CCTAGCAGTT TGTCTTGTTT GCTCGCTTAC 540 ATGGTGCTTG GGTTTATGGT GTTAAATTTC CCTTCAGGAA AGATTTTTTT AGGCGATGGG 600 GGGGCGTATT TTTTGGGTTT GGTGTGCGGG ATTTCTCTCT TGCATTTGAG TTTGGAGCAA 660 AAAATCAGCG TGTTTTTTGG GCTCAATTTA ATGCTTTATC CGGTCATAGA GGTGCTTTTT 720 AGTATCCTTA GGCGCAAAAT AAAACGCCAG AAAGCCACCA TGCCGGATAA TTTGCATTTG 780 CACACCCTTT TATTTAAATT CTTGCAACAA CGCTCTTTCA ATTACCCTAA CCCTTTATGC 840 GCGTTTATCC TTATTCTATG CAACCTGCCT TTTATTTTAA TAAGCGTTTT GTTTCGCTTG 900 GACGCTTATG CGCTCATTGT GATTAGCCTA GTCTTTATCG CATGCTATTT AATAGGCTAT 960 GCTTATTTGA ATAGGCAAGT TTGCGCTTTA GAAAAGCGGG CGTTTTAA 1008 (2) Informace pro SEQ ID NO: 29:

(i) Charakteristiky sekvence:

« · ·· · Β Β ·

Β ΒΒΒ

Β · Β Β Β • · Β Β

9ΒΒΒΒΒΒ ΒΒ

158 ·· ··«· ·· ΒΒ Β Β Β Β Β .· · · Β Β

Β Β Β < · ·«φ • · Β • ·· ΒΒ (A) Délka: 291 párů baží .

_______(Β) Typ: nukleová kyselina ,___' ____ (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) -Typ molekuly:'DNA (genomová) · * (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná': NE (vi) Původní zdroj:

—-(A-)—Organismus-:—Hel-řcobaoter-pylOri------------(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...291 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 29:

ATGAAAAAGG TTATTGTGGC TTTAGGCGTT TTGGCGTTCG CAAATGTTTT AATGGCAACC 60 GATGTTAAGG CTCTTGTAAA AGGTTGTGCC GCTTGCCATG GGGTTAAGTT TGAAAAGAAA 120 GCTTTAGGTA AAAGCAAAAT CGTTAACATG ATGAGCGAAA AAGAGATTGA AGAGGATCTT 180 ATGGCTTTTA AAAGCGGTGC CAACAAGAAT CCTGTCATGA CCGCGCAAGC TAAAAAATTA 240 AGCGATGAAG ACATCAAAGC TTTAGCCAAA TACATCCCCA CTCTCAAATA A 291 (2) Informace pro SEQ ID NO: 30:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 471 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...471

··· »

159 «··« ' # * • · • .

• · • · · • * · tt t 99 (xi) Popis sekvence:SEQ. ID NO: 30:

ATGCGAGATT TCAATAACAT TCAAATCACA CGCTTAAAAG. TGCGTCAAÁA TGCCGTTTTT GAAAAACTGG ATCTGGAGTT TAAAGATGGC TTGAGCGCGA TTAGTGGGGC TAGTGGGGTG GGGAAAAGCG .TCCTTATTGC GAGCCTTŤTA GGGGCGTTŤG GGCTTAAAGA GAGCAACGCT

TCAAACATTG AAGTGGAATT GATCGCGCCT. TTTTTAGACA· CGGAAGAATA CGGCATTTTT AGAGAAGATG AGCATGAACC CTTAGTTATT AGCGTGATTA AAAÁAGAAAA, AACACGCTAT TTTTŤAAACC AAACAAGCCT ATCTAAAAAC ACGCTCAAAG CGTTATTAAA GGGGCTTATT AAACGCTTAT CTAACGACAG ATTCAGCCAG AATGAACTCA-ACGATAŤTTT/ AATGCTCTCC TTATTAGATG GCTATATCCA AAATAAAAAT AGGCGTTTAG CCCCCTTTTA G _(2_)_Jnformace pro SEQ ID NO: 31:_

SO

120

180

240

300

360

420

471 (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 357 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...357 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 31:

GTGATGCTAA

ATGAGTTTAT

TTAAATGATT

AGCAGAAAGG

AAAGAACAAG

AAAAAATTTG

TGGCAATTTT

TCGCCAATAT

TTGTTTTTGG

CTATGGAAAA

TAGATATTAG

ATTTTGTTAT

TACCCCTTAT

GGGGTTGGAG

TATAGAAGTG

TCATCTTATC

AGAATTTGAG

TTTTAGCAAA

ATTCTTATTT

CAAATTTTTT

GGGCTTGATA

GGTCTTTTTG

GATTTACGCC

GAGAAAACTT

TGAAAATGAT

GCAACAGAGA

GCAATGCGAG

TCCAAGCTCA

AGGCTTTTGG

ATTTTCATAG

GAAAAAGTCT

CATTAAAGAT

AAAAAATCGT

ΑΤΓΑΑΑΤΤΤΤ

AAATGATACT

AAGCTAA

120

180

240

300

357 (2) Informace pro SEQ ID NO: 32:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1068 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární

160 • · (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE ——

- (iv) Protismyslná: NE ’ (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: . misc_charakter (B) Umístění: 1...1068 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 32:

ATGAATATCA AAATTTTAAA AATATTAGTT GGAGGGTTAT TTTTTTTGAG CTTGAACGCC CATTTATGGG GGAAACAAGA CAATAGCTTT TTAGGGATTG GTGAAAGAGC CTATAAAAGC GGGAATTATT CTAAAGCGGC GTCTTATTTT AAAAAAGCAT GCAACGATGG GGTGAGTGAA GGCTGCACGC AATTAGGAAT CATTTATGAA AACGGGCAAG GCACTAGAAT AGATTATAAA AAAGCCCTAG AATATTATAA AACCGCATGC CAGGCTGATG ATAGGGAAGG GTGTTTTGGC TTAGGGGGGC TTTATGATGA GGGTTTAGGC ACGGCTCAAA ATTATCAAGA AGCCATTGAC GCTTACGCTA AGGCATGCGT TTTAAAACAC CCTGAGAGTT GCTACAATTT AGGCATCATT TATGATAGAA AAATCAAAGG CAATGCCGCT CAAGCGGTTA CTTACTATCA AAAAAGCTGT AATTTTGATA TGGCTAAGGG GTGTTATATT TTAGGCACTG CCTATGAAAA AGGCTTTTTA GAAGTCAAAC AGAGCAACCA TAAAGCCGTT ATCTATTATT TGAAAGCGTG CCGATTGAAT GAGGGGCAGG CTTGCCGAGC GTTAGGGAGT TTGTTTGAAA ATGGCGATGC AGGGCTTGAT GAAGATTTTG AAGTGGCGTT TGATTATTTG CAAAAAGCTŤ. GCGCTTTAAA CAATTCTGGT GGTTGCGCGA GTTTAGGCTC TATGTATATG TTGGGCÁGGT ATGTTAAAAA AGACCCCCAA AAGGCTTTTA ACTATTTCAA GCAAGCATGC GATATGGGGA GCGCGGTGAG TTGCTCTAGG ATGGGCTTTA TGTATTCGCA AGGGGACACT GTTTCAAAAG ACTTGAGGAA AGCCCTTGAT AATTATGAAA GAGGTTGCGA TATGGGCGAT GAAGTGGGTT GCTTCGCTCT AGCGGGCATG TATTACAACA TGAAAGATAA AGAAAACGCC ATAATGATTT ATGACAAGGG CTGTAAATTG GGCATGAAAC AGGCATGCGA AAATCTCACC AAACTCAGGG GGTATTAG (2) Informace pro SEQ ID NO: 33:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 582 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori

120 íao

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1068

(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: mise charakter (B) Umístění: 1...582 (xi) Popis sekvence:SEQ ID ATGAAAGAAA AAAACTTTTG GCCTTTAGGA ATCGTGGTGT TTTTAGTGGT GTTTGCCCTA .TTCAAGGGTC ATAACGAAGT GGATTTAAAC TTTAAATCCA ATTATCGTTT TTCAGTGGGT CCCATTTTGC CCTATTTTTC TAAAGGCACG TTAAACAACG CTTTGATTTT AGAAAAGTCC AAACCCGCTT TAGATTCGCC AAftTaTT\aj\ CAGCCCAGAT TATTAGGAAC GCTTGATTGT TTGTTAGAGG GCGAŤAAAGT GGGGCGCTAT AAAGAAGAAT TGATTTTGGA GCAACTGGCT

NO: 33:

ATCATGAGCG TGCTTATTTT TGGGCTTGGG aaaaattcgc.ctaaaaatga TTTAGTGTAT TTTAACGCCA TGCTTAAAAC TTATGAAAAC TTAAAGCCTC. TTACCGAAAG CCCTAAAACC CATGGGGATAAAAAAATCCA AGAAAACCTT AACACGCTTT ATGCACAATT GCAACCGCTC GTGTATTTAG CGTTCTATCC CAGCCAATCC AAAAACGCAT GCGAACCTTT AAAATTTGAT AAGATCCTTT TTAAATTTGT TTTTAAAAAT TTTTTTAAGT AG .50 120 180 240 300 360

42Ό^-

480

540

582 (2) Informace pro SEQ ID NO: 34:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 870 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý , .

(D) Topologie: cirkulární <

(ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...870 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 34:

TTGGGTATCA ATATGTGTTC TTAAGCTTGT GCGCTGAAGA GAAGAAAACA CCCCTAAAGA GAGCTTAAAG AAGAAAATGA ATCCATAAGA AAAAACGCCA TCCATCTTAT TCCAACAAAT GGCGATATAG GGATTAACGC GCTTCTCCCT TGCTGTATGG

TAAAAAAATA AGAAATCTCA AAATATCACC AAAGAAAACA CGCTCCCATT CTTTTGGAAG AGTGGCAAAA AAGATTGATG GCTTTACATG CTCAAAGGGG GGCTAAAAAT AAGAGCGGCT TAATCCTTAT GAGAAGTTTG TTTAAGGAGC GGGTATCAAA.

TTTTATGCTT TGGTTTTATT TGACTGAAAC GAACACGACT AAAAACGCGC CCAAACTCTA AAAAAAGCCT GCTTGAAGAA AÁTTGCATGA AAAGAATGAA TTTTTATAGG CGTGATCCTT AACTTTTAAG CAATATTCAA AGTATTTCGC TAACGGGATT

120

180

240

300

360

420

480

162 • · ·· ···· ·· ·· • · · · · · · · · • · · 9 '···· • · Φ · · · ··♦ · · · • · · · · · ····· · O · ·· · «

AGCGCCTTAC GCTTTTATGG GGAATATTTA GGGGGGGCGA TCTTTAGCTT CTTATCAAAC CGCAAGCTTG AATATTGATC GACAAAGAAA AAAGGTTTGC GTTAGGGATA TTTGGAGGCG ATGTATCAAA ATTTAAAAGA GATTAGAGGG TATTCACAGC TTAAATTTAG GGGTGAGCAT GACGCTCAAC CTCAAACACC ATGCCTCCCT... TAAAAGAAAC TTCGCAAACC ŤTTTTATATT TATTATATTA' GTTACAACTA .TTTATTGTAA

TGAAAGGGTT TAAAAGCGAT 540 TGTTGATGGA TAAGCCTATT 600 TTGGAGTGGG GTGGAATGGG 660 CTAACGCCTT TGGGTTGGTG 720 GCTTTGAATT AGCCCTAAAA 780 , ATTTTAAAAG CACTAATATT 840

370 (2) Informace pro SEQ ID NO: 35:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 2007 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina __(C) Řetězec: dvojitý_______________________ (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...2007 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 35:

ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA TTCAGCGCTT TAGAAGCGAA CGAGAAAAAC 60

GGCTTTTTCA TAGAAGCCGG CTTTGAAACT GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA 120

AAAAGACACA CCACCACAAA AAACACTTAC GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG 180

ATTTTAAAAA GAGCGGCTAA TTTATTCACC AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC 240

TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAAAAC 300

TTCTTGCCTT ATAATTTAAA TAATGTTAAG CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGGCAACACG 360

ATTGATCTAG GCGTGATAGA GACCATCCCC AAACACTCTA AGATTGTTTT ACCCGGGGAG 420

GCGTTTGATA GTTTAAAAGA GGCGTTTGAT AAAATTGACC CCTATACTTT ATTTCTTCCA 480

AAATTTGAAG CCACTAGCAC TTCTATTTCT GATACTAACA CGCAGAGGGT GTTTGAAACG 540

CTCAATAACA TTAAAACAAA TCTTATAATG AAATATAGTA ATGAAAATCC AAACAATTTC 6 00

AACACTTGTC CTTACAATAA TAATGGTAAT ACAAAAAATG ATTGTTGGCA AAATTTCACC 660

CCACAAACCG CAGAAGAATT CACCAATTTA ATGTTGAACA TGATCGCTGT CTTAGACTCC 720

CAATCTTGGG GCGATGCGAT CTTAAACGCT CCTTTTGAAT TCACTAACAG CTCAACAGAT 780

TGCGATAGCG ATCCTTCAAA ATGCGTAAAT CCCGGAGTAA ATGGGCGTGT TGATACTAAA 840

GTCGATCAAC AATATATACT CAACAAACAA GGTATTATTA ATAATTTTAG AAAAAAAATA 900

GAAATTGATG CGGTTGTTTT AAAAAATTCA GGGGTTGTAG GGTTAGCCAA TGGATATGGC 960

AATGATGGTG AATATGGCAC ATTAGGGGTA GAAGCCTATG CTTTAGATCC TAAAAAACTC 1020

TTTGGCAACG ACCTTAAGAC TATCAATTTA GAAGATTTAA GAACCATCTT GCATGAATTC 1080

AGCCACACTA AAGGCTATGG GCATAACGGG AATATGACCT ATCAAAGAGT GCCGGTAACG 1140

AAAGATGGTC AAGTGGAAAA GGATAGTAAT GGCAAGCCAA AAGATTCTGA TGGCCTCCCC 1200

TATAATGTGT GTTCGCTTTA TGGGGGATCC AATCAGCCCG CTTTCCCTAG CAACTACCCT 1260

AATTCCATCT ATCACAATTG TGCGGATGTC CCGGCTGGCT TTTTAGGGGT AACAGCAGCG 1320 • ·

163 • · · φ '· ·

GTTTGGCAGC AGCTCATCftA TCAAAACGCC TTGCCGATCA ACTACGCTAA CTTGGGGAGT CAAACAAACT ACAACCTAAA CGCTAGTTTA AACACGCAAG ATTTAGCCAA TTCCATGCTC AGCACCATCC AAAAAACCTT TGTAACTTCT AGCGTTACCA ACCACCATTT TTCAAACGCA TCGCAAAGTT TTAGAAGCCC TATTTTAGGG GTTAACGCTA AAATAGGCTA TCAAAACTAC TTTAATGATT TCATAGGGTT GGCTTATTAT GGCATCATCA AATACAATTA CGCTAAAGCT GTTAATCAAA AAGTCCAGCA-ATTGAGCTAT GGTGGGGGGA TAGAŤTTGTT.. ATTGGATTTC 'ATCACCACTT ACTCCAATAA AAATAGCCCT. ACAGGCATTC.AAACCAAAAG GAATTTTTCT -TCATCTTTTG GTATCTTTGG GGGGTTAAGG GGCTTGTATA ACAGCTATTA TGTGTTGAAC : AAAGTCAAAG GAAGCGGCAATTTAGATGTG GCTACCGGGT TGAACTACCG. CTATAAGCAT TCTAAATATT·CTGTAGGGAT. TAGCATCCCT TTAATCCAAA GAAAAGCTAG: CGTCGTTTCT » AGCGGTGGCG-ATTATftCGAÁ”CTCTTTTGTT TTCAATGAAG ' GGGCTAGCCA 'CTTTAAGGTG. TTTTTCAATT ACGGGTGGGT GTTTTAG (2) Informace pro SEQ ID NO: 36:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 192 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE 7‘ (iv) Protismyslná: NE ' ' (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...192 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 36:

ATGAATACAG AAATTTTAAC CATCATGTTA GTTGTCTCCG TGCTTATGGG ATTGGTAGGC TTAATAGCGT TTTTATGGGG GGTTAAAAGC GGTCAGTTTG ACGATGAAAA ACGCATGCTT GAAAGCGTGT TGTATGACAG CGCGAGCGAC TTGAACGAAG CGATTTTACA AGAAAAACGC CAAAAGAATT AA

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800 '1860

1320

1980

2007

120

180

192 (2) Informace pro SEQ ID NO: 37:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1221 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý f-o4 (Č). Řetězec: dvojitý ' , (D) Topologie: cirkulární.

(ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) .Protismyslná: NE (vi) (ix)

Původní, zdroj :

(A) Organismus: Helicobacter pylori

Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1221 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 37:

ATGGTATTTT

TTATTCCATT

CTTTTAGTGG

AACCATATCC

GAAATCCAAA

GCCCTTATCC

TTTTTAGACT

CAAACTTCGC

TTGATGAACG

GCTATCGTTT

ATGGCGATGG

TATTACGATT

ACCCGCATTT

CCTCATTACG

GGCCGTGTGG

AATGAATTGC

TCGTTCGTTA

CCGCATTTGC

CGCACCGCTA

TATTCTAAGC

TATCTTTTAG

TTCATAAGAA

TATCCTATGG

GTGAAAGGCT

CCCAAAAACT

GCAATGTTAC

CTATTAGCCA

TTATCCCCAT

CCTATCAAGA

CGTATAAAAA

ATACAAGGGA

TTAGCTCTCG

CAAAAGCGCA

CTTCGCCTTT

GCGTGGATTA

GTTTTATAGG

GCTTGGTGTA

AAAAAGGGCA attttggcgt

AAAGCAAGCT

AAAAATTAGA

AGGGTTTTTA

AATTATTTTA

GGTTCTTTTA

TGTGTGGGAT

CTACTACAAT

CTACTACACT

GGATTTGCAA

TGTTTTCACT

TATTGTCAAA

AAGCGTGCCT

TTATCGTGTG

TTTGCACCAA

AGAAGTGGCA

TTCGTATGGG

TGCGGCTAAA

GGTTAAGGCG

TGCTCACATG

AATCATAGGA

GTATAAAAAC

GCATGGCAAA

AGAACTTTTT

A

AATTTTATCT.

AAAGCCGATG

AAGCTCACGC

TTGAGCTCTC

TTAAGAGATG

ATCCATATTT

CGTAAAGAAA

GCCACCAATG

TTTAAACGCC

GGGCAAGCGT

TACTATCTTT

GGGTTTTTAC

AGGTTCCATC

CATGGCAGTT

GGTTATGGGA

AGCGCGTTCG

AGAGTGGGAA

TCCCGCCCCA

CAAAGAGAGG

AAAACCCATT

ATTCTTTAAT	GGTTGCTTTT	60
GAATGGCTAA	AAAGCAAACT	120
TGTTAGGGTT	TTTAGAAAAA	180
AAGATAAAGA	attgagtgct	240
CAAATÁACAC	gctcattcaa	300
ACAAAAAAGG	agaggattat	360
GAACCCTCCT	TCTTTCCTTA	420
ACCCCCTTTT	AGCCAACCAA	480
TAGTGAAAAA	CGATAAAATC	540
TTGGCCAGCC	GACCATCAAA	600
TTTCCCATTC	AAACGGGCGT	660
TAGAAACCCC	GGTGAAATAC	720
CTGTTTTAAA	AGTTAAACGG	780
TGATCCATTC	TGCTTCAGAC	840
AGGTGGTTGA	aatccatttg	900
CTAACGGATT	AAAAAAAGGC	960
GCACGGGTTT	AAGCACCGGG	1020
TTAATCCTTT	AGGCTATATC	1080
TTTTTTTAGA	AAAAGCTCAG	1140
CTTTTGAAAA	AAATTCATTT	1200 1221

(2) Informace pro SEQ ID NO: 38:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 891 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) ····

165 (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...891 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 38:

TTGTTTTTAG TCAAAAAAAT AGGCGTGGTA ATAATGATTT TAGTCTGCTT TTTAGCTTGC 60 TCGCAAGAGA-GCTTTATCAAVAATGCAAAAA AAAGCCCAAG AGCAAGAAAA TGACGGČTCT ' 120

AAACGCCCCA GCTATGTGGA TTCGGATTAT GAAGTCTTTA GCGAAACGAT TTTTTTACAA 180 AACATGGTGT ATCAGCCTAT AGAGGAAAGA AACGCTTTTT TCCAACTGAC TAAAGATGAA 240 GACAATTCTT TTAACCCTGA AAATTCCGTG ATTTTACTGA ATGAGCCAAG CGATAATAGT 300 GAAAAAAACC TACTCTCATA CCCAAACGAT CCCAATAACA ATGAAGACAA CGCTAATAAT 360 AGTCAAAAAA ATCCGTTCCT TTACAAGCCC AAAAGAAAAA CAAAAAACCC AAAACTCATT 420 GAATATTCCC AACAAGATTT CTACCCCCTA AAAAATGGGG ATATTATCAT GAGTAAAGAA 480 GGGGATCAAT GGTTGATAGA AATCCAATCC AAAGCCTTGA AGCGTTTTTT AAAAGATCAA 540 AACGATAAAG ATCGCCAGAT CCAAACTTTC ACTTTTAATG ACACTAAAAC GCAAATCGCG 600 CAAATTAAGG GCAAAATTTC TTCGTATGTT TATACCACCA ATAACGGTAG CTTGAGTTTA 660 AGGCCTTTTT ATGAATCGTT TTTGTTAGAA AAAAAGAGCG ATAATGTTTA TACGATAGAG 720 AATAAGGCTT TAGATACTAT GGAGATTTCA AAGTGTCAAA TGGTGTTAAÁ AAAGCATTCA 780 ACCGATAAAT TAGACAGCCA GCATAAAGCC ATCAGTATTG ATTTGGATTT TAAAAAAGAG 840 CGCTTTAAGA GCGATACGGA ACTCTTTTTA GAATGTCTTA AGGAAAGTTA G 891 (2) Informace pro SEQ ID NO: 39:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 747 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...747 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 39:

····

GTGAGCTATG ACAACACCGA TGATTATTAT TTCCCTAGAA ATGGGGTTAT CTTTAGTTCC

TATGCGACAA TGTCTGGTTT GCCAAGCTCT GGCACGCTCA AŤTCTTGGAA CGGGTTAGGC GGGAATGTCC GTAACACCAA AGTTTATGGT AAATTCGCCG CTTACCACCA TTTGCAAAAA TATTTATTGA TAGATTTGAT CGCTCGTTTT AAAACGCAAG GGGGCTATAT CTTTAGGTAT AACACCGATG ATTACTTGCC CTTAAACTCC ACTTTCTACA TGGGGGGCGT AACCACGGTG . .AGAGGCTTTA GGAACGGCTC AATCACACCT. AAAGATGAGT. TTGGCTTGTG GCTTGGAGGC : ~ GATGGGATTT TTACCGCTTC TACTGAATTG AGCTATGGGG TGTTAAAAGC GGCTAAAATG

... .CGTTTAGCGT .GGTTTTTTGA . CTTTGGTTTC. TTAACCTTTA;AAACCCCAAC. ..TAGGGGGAGT . ... . '^QTTCTATA'ACGCTCCCAC' CACGACGGCG^? AATTTTAAAGIATTATGGCGT TGTAGGGGCT . GGGTTTGAAA GGGCGACTTG GAGGGČTTCT ACAGGCTTAC AGATTGAATG.GATTTCGCCC • ^; atggggcčtt: tggtgttgat tttccctata GCGTŤTTTCAACCAATGGGG .cgatggcaat , ; GGCAAAAAAT , GTAAAGGGCT GTGGTTTAAC CCTAACATGA. ACGATTACAC ' GCAACATTTT ' GAATTTTCTA TGGGAACAAG GTTTTAA (2) Informace pro. SEQ ID NO: 40:

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

747

-(-ij—eharakťerístiky sekvence^ (A) Délka: 1008 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj: ' (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...1008 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 40:

GTGCAACACT TCAATTTCCT CTATAAAGAT TCTTTATTTT CTATCGCTTT ATTCACTTTC ATTATCGCTC TTGTGATTTT ATTAGAACAG GCTAGAGCGT ATTTCACCCG AAAGAGAAAC AAAAAATTTT TGCAAAAATT CGCCCAAAAT CAAAACGCCT ATGCGAGCAG CGAGAATTTA GACGAGCTTT TAAAGCATGC TAAAATTTCC AGTTTGATGT TTTTAGCTAG GGCGTATTCT AAAGCGGATG TGGAAATGAG CATTGAAATC TTAAAAGGGC TTTTGAATCG CCCCTTAAAA GATGAAGAAA AAATCGCTGT TTTAGATTTA TTGGCTAAAA ATTATTTTAG CGTGGGGTAT TTGCAGAAAA CAAAAGACAC CGTGAAAGAA ATTTTGCGCT TTTCCCCAAG GAATGTGGAA GCGTTGTTGA AGCTTTTGCA TGCGTATGAA TTAGAAAAAG ATTATTCAAA GGCTTTAGAA ACTTTGGAAT GTTTGGAAGA ATTAGAGGTG CCTAAAATTG AAACGATTAA AAATTACCTC TATTTAATGC ATTTAATAGA GAATAAGGAA GATGCGGCTA AAATCTTGCA TGTTTCAAAA GCGTCGTTAG ATTTGAAAAA AATCGCTCTG AATCACTTAA AATCGCATGA TGAAAATCTT TTTTGGCAAG AAATTGATAC AACCGAACGG CTAGAAAATG TGATCGATCT TTTATGGGAT ATGAATATCC CTGCTTTTAT TTTAGAAAAA CATGCCCTTT TGCAGGACAT CGCGCGATCT CAAGGGTTGC TTTTGGATCA CAAACCTTGC CAAATTTTTG AATTAGAGGT TTTACGCGCT CTATTGCATA GCCCTATAAA AGCGAGTCTG ACTTTTGAAT ACCGCTGCAA GCATTGCAAA CAAATCTTTC CTTTTGAAAG CCATAGGTGT CCTGTGTGTT ACCAGTTAGC GTTTATGGAT ATGGTGCTTA AAATCTCTAA AAAAACGCAT GCTATGGGAG TGGATTAA

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1008 • i

167 ·· 9

(2) Informace pro SEQ ID NO: 41:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1242 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE

---(iv)—Protismysl-ná-:—NE—^J------------------(vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...1242 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 41:

ATGAGGAAAA TTTTTTCTTA TATTTCTAAG GTTCTATTAT TTATTGGGGT GGTTTATGCA GAGCCTGATT CTAAAGTGGA AGCCTTAGAA GGGAGGAAGC AAGAGTCTTC TTTGGATAAA AAAATCCGCC AAGAATTGAA GAGTAAGGAA TTGAAGAATA AGGAATTAAA GAATAAGGAT TTGAAAAATA AAGAAGAAAA GAAAGAAACA AAAGCCAAGA GAAAACCCAG AGCAGAAGTC CATCATGGGG ACGCCAAAAA TCCCACTCCA AAGATCACGC CTCCTAAAAT CAAAGGGAGT AGTAAGGGCG TTCAAAATCA AGGCGTŤCAA AACAACGCGC CAAAACCTGA AGAAAAAGAT ACAACCCCTC AAGCTACTGA AAAAAATAAG GAAACAAGCC CTAGCTCTCA ATTCAATTCC ATTTTTGGTA ATCCTAATAA CGCTACCAAC AACACCCTTG AAGATAAGGT CGTAGGGGGC ATTTCATTGC TTGTTAATGG TTCGCCTATC ACGOTGTATC AAATCCAAGA AGAGCAAGAA AAATCTAAAG TGAGTAAGGC TCAAGCTAGG GATCGTTTGA TCGCTGAACG CATTAAAAAC CAAGAAATTG AGCGCTTAAA AATCCATGTA GATGATGACA AGCTAGACCA AGAAATGGCG ATGATGGCGC AACAACAAGG CATGGATTTA GACCATTTCA AACAGATGCT TATGGCTGAG GGGCATTATA AACTCTATAG AGATCAACTT AAAGAGCATT TAGAAATGCA AGAATTGTTG CGTAATATTT TGCTCACGAA TGTGGATACC AGCTCTGAAA CCAAAATGCG CGAATATTAC AACAAACACA AGGAGCAATT CAGTATCCCC ACAGAAATAG AAACCGTGCG CTACACTTCC ACCAATCAAG AGGATTTAGA AAGGGCTATG GCAGACCCTA ATTTGGAAGT CCCAGGGGTG AGTAAGGCCA ATGAAAAAAT AGAGATGAAA ACCCTAAACC CTCAAATCGC CCAAGTCTTT

ATTTCGCATG AGCAAGGCTC TTTCACGCCC GTTATGAATG GGGGTGGGGG GCAGTTCATC ACCTTTTATA tcaaggaaaa aaggggtaaa aatgaagtga gcttcagtca ggccaagcaa TTCATCGCCC AAAAATTAGT GGAAGAATCT AAGGATAAGA TTTTAGAAGA GCATTTTGAA AAATTGCGCG TTAAGTCTAG GATTGTGATG ATCAGAGAGT GA (2) Informace pro SEQ ID NO: 42:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 561 párů baží

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1242

168 • φ φ φ φ φφφ φ φ φ φ φ · φ · • · φ φ ·· (Β) Typ:“nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární ' (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) .(iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE ' (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori ______(ix)_Vlastnosti :____________________ (A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...561 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 42:

ATGATTAAAA GAATTGCTTG TATTTTAAGC TTGAGCGCGA GTTTAGCGTT AGCTGGCGAA SO GTGAATGGGT TTTTCATGGG TGCGGGTTAT CAACAAGGTC GTTATGGCCC TTATAACAGC 120 AATTACTCTG ATTGGCGTCA TGGCAATGAC CTTTATGGTT TGAATTTCAA ATTAGGTTTT 180 GTAGGCTTTG CCAATAAATG GTTTGGGGCT AGGGTGTATG GCTTTTTAGAVTTGGTTTAAC 240 ACTTCAGGGA CTGAACACAC CAAAACCAAT TTGCTCACCT ATGGCGGCGG:TGGCGATTTG 300 ATTGTCAATC TCATTCCTTT GGATAAATTC GCTCTAGGTC TCATTGGTGG- CGTTCAATTA 360 GCCGGAAACA CTTGGATGTT CCCTTATGAT GTCAATCAAA CCAGATTCCA GTTCTTATGG 420 AATTTAGGCG GAAGAATGCG TGTTGGGGAT CGCAGTGCGT TTGAAGCGGG CGTGAAATTC 480 CCTATGGTTA ATCAGGGTAG CAAAGATGTA GGGCTTATCC GCTACTATTC TTGGTATGTG 540 GATTATGTCT TCACTTTCTA G 561 (2) Informace pro SEQ ID NO: 43:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 729 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...729

• ·

169 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 43:

ATGAAAAAAT TTTTTTCTCA ATCTTTGTTA' GCTCTTATTAT.CTCTATGAA'.'TGCGGTATCT 60 GGCATGGATG GTAATGGCGT TTTTTTAGGG GCGGGTTATT r TGCAAGGACA GGCGCAAATG 120

......- -CATGCGGATA TTAATTCTCA.AAAACAAGCC ; ACCAACGCTA CGATCAAAGG. CTTTGACGCG 18 0 • CTCTTGGGGT 'ATČAATTTTT CTTTGAÁAAA , CACTTTGGCT, TACGCCTTTA TGGGTTTTTT · . 24 0 * GACTACGCTC. ATGCCAATTC TATTAAGCTT. 'AAAAACCCTA ACTATAATAG CGAAGCGGCG 300

CAAGTGGCTA GTCAAATTCT TGGGAAACAA GAAATCAATC GTTTAACAAA.CATTGCCGAT 360 CCCAGAACTT TTGAGCCGAA CATGCTCACT -TATGGGGGGG CTATGGACGT GATGGTTAAT 420 •GTCATCAATA ACGGCATCAT GAGTTTGGGG GCTTTTGGCG GGATACAATTGGCCGGCAAT ' 480 . TCATGGCTTÁ TGGCGACACC GAGCTTTGAG GGCATTTTAG. TGGAACAAGCCCTTGTGAGC 540

AAGAAAGCCA CTTCTŤTCCA ATTTTTATTC AATGTGGGGG CTCGCTTAAG GATCTTAAAA 600

CATTCTAGCA TTGAAGCGGG CGTGAAATTC CCCATGCTAA AGAAAAACCC CTACATCACT 660

GCAAAAAATT TGGATATAGG GTTTAGGCGC GTGTATTCGT GGTATGTGAA TTACGTGTTC 720

ACTTTCTAG 729 (2) Informace pro SEQ ID NO: 44:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 771 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE . _t ‘ / (iv) Protismyslná: NE ’ (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...771 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 44:

ATGGGATACG CAAGCAAATT AGCTTTAAAG ATTTGTTTGG TAGGTTTATG TTTATTTAGC 60 acccttggtg cagaacacct tgagcaaaaa GGGAATTATA TTTATAAGGG AGAGGAGGCT 120 TATAATAATA AGGAATATGA GCGAGCGGCT TCTTTTTATA AGAGCGCTAT TAAAAATGGT 180 GAGTCGCTTG CTTATATTCT TTTAGGGATC ATGTATGAAA ATGGTAGGGG TGTACCTAAA 24 0 GATTACAAGA AAGCGGTTGA ATATTTCCAA AAAGCTGTTG ATAACGATAT ACCTAGAGGG 300 TATAACAATT TGGGCGTGAT GTATAAAGAG GGTAAGGGAG TTCCTAAAGA TGAAAAGAAA 360 GCGGTGGAAT ATTTTAGAAT AGCTACAGAG AAAGGTTATA CTAACGCTTA TATCAACTTA 420 GGCATCATGT ATATGGAGGG CAGGGGAGTT CCAAGTAACT ATGCGAAAGC GACAGAATGT 480 TTTAGAAAAG CGATGCATAA GGGCAATGTG GAAGCTTATA TTCTCCTAGG GGATATTTAT 540

170 • 444 • 4 * · 4 · • 4 · · 4 4 « 4 4 · f

4444444 · 4 4

TATAGCGGGA

AAAATGGCGG

TATGGGTTAG

GATTTTGACA

ATGATCAATT

CTGATGTGAG

GCGTGGAAAA

TTGATAAAAA

GGGTATTGAG

TTCTTCTAGA

AGATAAAAAA

TTGTAAGAAA

CCGGACAAAG

GCTTATGAAG

AAGGCTGAAG

AAGAACACTT

ATAAGGCTGT

GGTTGTCAGA

AATACATGCA

CAAGCCGATA

TGTCTATTAT

GTCTTATCGG

AAAAGCATGC

A

600

660

720

771 (2) Informace pro SEQ ID NO: 45:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1974 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...1974 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 45:

ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA GGCTTTTTCA TAGAAGCCGG CTTTGAAACT AAAAGACACA CCACCACAAA AAACACTTAC ΑΤΤΤΓΑΑΑΑΑ GAGCGGCTAA TTTATTCACC TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT TTCTTGCCTT ATAATTTAAA TAATGTTAAG ATCGATCTAG GCGTGATAGA GACTATCCCC GCATTTGATA GTCTAAAAAT TGACCCCIAT AGCACTTCTA TTTCTGACGC TAACACGCAG ACAAATTTGG TCGTAAATTA TAGGAATGAA GAAGCCTTTA CCCCACAAAC CGCAGAAGAA GTTTTAGACT CCCAATCTTG GGGCGATGCG AGCCCAACAG ATTGCGATAA TGATCCTTCA GTCAATTCTA AAGTCGATCA AAAATATGTG AAAAACAAAG CGGATCTTGA TGTAATTGTT AGTGATATTA CCCCTAGCAA CAATGATGAT GCTTCTGCTT TAGATCCTAA AAAACTCTTT GATTTAAGAA CCATCTTGCA TGAATTČAGC ATGACCTATC AAAGAGTGCC GGTAACGAAA AAGCCAAAAG ATTCTGATGG CCTCCCCTAT CAGCCCGCTT TCCCTAGCAA CTACCCTAAT GCTGGCTTTT TAGGGGTAAC AGCAGCGGTT CCGATCAACT ACGCTAACTT GGGGAGTCAA ACGCAAGATT TAGCCAATTC CATGCTCAGC GTTACCAACC ACCATTTTTC AAACGCATCG AACGCTAAAA TAGGCTATCA AAACTACTTT ATCATCAAAT ACAATTACGC TAAAGCTGTT

TTCAGCGCTT TAGAAGCGAA CGAGAAAAAC 60 GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA 120 GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG 180 AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC 240 ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAAAAC 300 CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGGCAATGTG 360 AAACACTCTA AGATTGTTTT GCCCGGAGAG 420 ACTTTATTTC TTCCAAAAAT TGAAGCCACT 480 AGGCTGTTTG AAACGCTCAA TAAGATTAAG 540 AACAAATTTA AAGATCACGA AAATCATTGG 600 TTCACTAATT TAATGTTGAA CATGATCGCT 660 ATCTTAAACG CTCCTTTTGA GTTCACTAAC 720 AAATGCGTAA ATCCTGGGAC AAACGGGCTT 780 TTAAACAAAC AAGACATTGT CAATAAATTT 840 TTAAAGGATT CAGGGGTTGT AGGGCTTGGG 900 GGCAAGCATT ATGGCCAGTT AGGGGTAGTA 960 GGCGATAACC TTAAGACTAT CAATTTAGAG 1020 CACACTAAAG GCTATGGGCA TAACGGGAAT 1080 GATGGTCAAG TGGAAAAGGA TAGTAATGGC 1140 AATGTGTGTT CGCTTTATGG GGGATCCAAT 1200 TCCATCTATC ACAATTGTGC GGATGTCCCG 1260 TGGCAGCAGC TCATCAATCA AAACGCCTTG 1320 ACAAACTACA ACCTAAACGC TAGTTTAAAC 1380 ACCATČCAAA AAACCTTTCT AACTTCTAGC 1440 CAAAGTTTTA GAAGCCCTAT TTTAGGGGTT 1500 AATGATTTCA TAGGGTTGGC TTATTATGGC ,1560 AATCAAAAAG ŤCCAGCAATT GAGCTATGGT 1620

171

* 0 · · ♦ ·· ·«· ♦ ♦ :'· >9 ·· · · ···

GGGGGGATAG ATTTGTTATT GGATTTCATC ACCACTTACT CCAATAAAAA TAGCCCTACA 1680 GGCATTCAÁA CCAAAAGGAA, TTTTTCTTCA TCTTTTGGTA TCTTTGGGGG GTTAAGGGGC 1740 TTGTATAACA GCTATTATGT.GTTGAACAAA GTCAAAGGAA GCGGCAATTT,AGATGTGGCT 1800 . ACCGGGTTGA.‘ACTACCGCTA .TAAGCATTCT AAATATTCTG TAGGGATTAG CATCCCŤTTA 1860 .ATCCAAAGAA AAGCTAGCGT CGTTTCTAGC GGTGGCGATT/ ATACGAACTC .TTTTGTTTTC 1920 ; ' AATGAAGGGG CTAGCCACTT ..TAAGGTGTTT TTCAATTACG.GGTGGGTGTT TTAG ' 1974 (2) Informace pro SEQ ID NO: 46:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 504 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE .

(iv) Protismyslná: NE ' (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori · (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...504 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 46:

ATGAAATTGG TGAGTCTTAT TGTAGCGTTA GTTTTTTGTT GTTTTTTAGG GGCTGTAGAG 60 TTGCČTGGAG TTTATCAAAC TCAAGAATTT TTATACATGA AAAGCTCTTT TGTGGAGTTT 120 TTTGAGČATA ACGGGAAGTT CTATGCCTAT GGTATTTCTG ATGTGGATGG CTCTAAAGCC 180 AAAAAAGACA AACTCAATCC TAACCCAAAG CTAAGGAATC GCAGCGATAA AGGCGTGGTG 240 TTTTTAAGCG ATTTGATTAA GGTTGGGGAA CAATCTTATA AAGGCGGTAA GGCGTATAAT 300 TTTTATGACG GCAAGACCTA CCATGTGAGA GTCACTCAAA ATTCAAACGG GGATTTGGAA 360 TTCACTTCAA GCTATGACAA ATGGGGGTAT GTGGGCAAAA CCTTCACCTG GAAACGCCTG 420 AGCGATGAAG AAATCAAAAA TCTAAAGCTC AAGCGTTTTA ACTTGGACGA AGTCCTTAAA 480 ACCCTCAAAG ATAGCCCTAT TTAA 504 (2) Informace pro SEQ ID NO: 47:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 885 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární

172

(ii) Typ molekuly:

(iii) Hypotetická:

(iv) Protismyslná:

DNA (genomová)

NE (iv)

NE (vi) Původní zdroj: ' (A) Organismus:' Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter . _(B) Umístění: 1...885_______________________ (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 47:

ATGAGTAATC AAGCGAGCCA TTTGGATAAT TTTATGAACG CTAAAAATCC CAAAAGTTTT 60

TTTGATAATA AGGGGAATAC CAAATTCATC GCTATCACAA GCGGTAAGGG GGGCGTGGGG 120

AAATCCAACA TTAGCGCTAA TTTAGCTTAC TCTTTATACA AGAAAGGTTA TAAGGTAGGG 180

GTATTTGATG CGGATATTGG TTTAGCGAAT TTAGATGTCA TTTTTGGGGT . GAAAACCCAT 240

AAAAATATCT TGCATGCCTT AAAAGGCGAA GCCAAATTGC AAGAAATCAT ' TTGCGAGATT 300

GAACCCGGGC TTTGCTTAAT CCCTGGGGAT AGCGGCGAAG AAATTTTAAA ATACATCAGC 360

GGCGCGGAAG CTTTGGATCG ATTCGTAGAT GAAGAGGGGG TTTTAAGCTC , TTTAGATTAT 420

ATTGTGATTG ATACGGGTGC TGGGATTGGG GCCACTACGC AAGCGTŤTTT' GAATGCGAGC 480 GATTGCGTGG TGATTGTTAC CACACCCGAT CCTTCAGGGA TTACCGATGC GTATGCATGC 540 ATTAAAATCA ACTCCAAGAA TAAAGATGAA TTGTTCCTTA TCGCTAACAT GGTAGCCCAA 600 CCTAAAGAAG GCAGGGCGAC TTATGAAAGG CTATTCAAGG TGGCTAAAAA CAATATCGCT 660 TCATTAGAAT TGCACTATTT AGGGGCGATT GAAAACAGCT CCTTATTGAA ACGCTATGTG 720 AGGGAGCGAA AGATTTTGAG GAAAATAGCC CCTAACGATT TGTTTTCGCA ATCCATTGAC 780 CAGATAGCGA GCCTTTTAGT TTCTAAACTA GAAACCGGCA CTTTAGAAAT ACCAAAAGAA 840 GGTTTAAAAA GCTTTTTTAA AAGGCTTTTG AAGTATTTGG GGTAG 385 (2) Informace pro SEQ ID NO: 48:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1119 párů baží (Β) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori

173

• ·· 99 9 ··	9	9 9 9	9999 99 99 9 9 9 9	9
				•
• 9	9 9	9	9 9 999 99	9
• 9	9	9	9 9	•
• 99 ·999		• 9	9' '9'· 9 9

(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: I...1119 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 48:

TTGGAACCTT CAAGAAATCG CCTAAAACAT GCCGCCTTTT TTGTGGGGCT TTTTATCGTT 60

TTGTTTTTAA TTATAATGAA GCACCAAACC TCCCCCTATG 'CTTTCACGCA TAATCAAGCC 120

CTTGTCACTC AAACCCCCCC CTATTTCACG CAACTCACTA TCCCTAAACC AAATGACGCT 180

TTAAGCGCGC ATGCGAGCTC TTTAATCAGC TTGCCTAACG ACAATCTTTT’GAGCGCTTAT 240

TTTAGCGGCA CTAAAGAAGG GGCAAGGGAT GTGAAAATCA GCGCGAATCT TTTTGACAGC 3 00

AAGACTAATC GCTGGAGCGA AGCCTTCATT CTTTTAACCA AAGAAGAGCT TTCTCATCAT 360

TCGCATGAAT ACATCAAAAA ATTAGGTAAC CCCTTGCTTT TTTTGCATGA TAATAAAATT 420 ~TTGTTGTTTG~TCGTAGGGGT. GAGCATGGGC GGGTGGGCCA CTTCTAAAAT CTATCAATTT 480 GAAAGCGCTT TAGAGCCGAT TCATTTTAAG TTTGCGCGAA AACTCTCTTT AAGCCCTTTT 540

TTAAATTTGA GCCATTTAGT AAGGAATAAG CCTTTAAACA CCACTGATGG . .CGGGTTTATG 600

CTACCACTCT ATCACGAATT AGCCACCCAA TACCCCTTGT TGTTGAAATT TGACCAACAA 660

AATAACCCAA GAGAGCTTTT.AAGGCCTAAT ACCTTAAACC ACCAGCTCCA ACCAAGCTTA 72 0 ACCCCCTTTA AAGACTGCGC TGTCATGGCG TTTAGAAACC ATTCTTTTAA AGATAGCCTC 780

ATGCTAGAAA CCTGTAAAAC CCCCACTGAT TGGCAAAAAC CCATTTCTAC AAATCTTAAA 840

AACTTAGATG ATTCTTTAAA TTTACTCAAT TTAAATGGAA TATTGTATTT GATCCACAAC' 900 CCTAG.CGATT TATCACTGCG TCGTAAAGAA CTTTGGCTTT CTAAATTAGA AAACTCCAAC 960 TCGTTTAAAA CCTTAAAAGT TTTGGATAAA GCGAATGAAG TGAGTTACCC AAGCTATAGC 1020 CTTAATCCGC ATTTTATAGA TATTGTCTAT ACTTACAACC GCTCTCATAT CAAACACATC .1080 CGTTTCAATA TGGCTTATTT AAATTCCCTT CTCAAGTGA 1119 (2) Informace pro SEQ ID NO: 49:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 2937 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...2937 (xi)· Popis sekvence:SEQ ID NO: 49:

174 ⁽9 · ·· 0 0 0·· · · 9 9 ^,f9 0 '· · 0 · 0 0 ;· ·· ‘· · -'· · 10 9 .9 . (0 0 0 0 0 00 0 000 ‘0 · · · '<· · >'··· ·· 0 ·· 00

ATGAAGAAAA GAAAACATGT ATCCAAGAAA GTGTTTAATG TCATTATCTT GTTTGTGGCA 60

GTATTCACTC TTTTAGTCGT CATTCACAAA ACCCTTTCAA ACGGCATTCA CATACAAAAT 120

TTAAAAATTG GAAAACTTGG CATTTCTGAA TTATACTTAA AACTCAATAA CAAGCTTTCT 180

TTGGAAGTTG AGCGGGTTGA TCTCTCTTCT TTCTTCCATC AAAAACCCAC TAAAAAGCGT 240

TTAGAAGTTT CTGATTTGAT TAAAAATATC CGTTATGGCA TTTGGGCGGT GTCTTATTTT 3 00

GAAAAACTTA AAGTCAAAGA AATCATTTTA GACGATAAAA ATAAAGCCAA TATCTTTTTT 360

GATGGGAATA AATACGAGTT AGAATTTCCA GGAATCAAAG GGGAATTTTC CCTAGAAGAC 420 .GATAAAAATA TCAAGCTTAA AATCATCAAT . TTGCTTTTTA AAGATGTTAA AGTCCAAGTG 480 • GATGGCAACG ČCCACTATTC ACCCAAAGCC AGGAAAATGG 'CGTTCAATTŤ : GATTGTCAAG . 540 . CCCTTAGTTG AACCCAGCGC TGCAATTTAT TTGCAAGGGC TAACCGATTT AAAAACCATA 600 / GAATTAAAAA TTAACACTTC TCCAATGAAA AGCCTAGCGT TTTTAAAGCC TCTTTTCCAA 660 “ CGCCAATCGC AAAAAAATTT AAAAACGTGG ATTTTTGACA AGATCCAATT TGCCAGCTTT 720 . AAGATTGATA ACGCTTTAAT CAAGGCTAAT. TTCACTCCTA -GCGAGTTTAT CCCATCGCTT '780

TTGGAAAATT .CTGTAGTTAA, AGCCACTTTG ATŤAAGCCTT .CAGTCGTTTT .TAATGATGGC 840 'TTATCGCCCA TTAAAATGGA TAAAACCGAA TTGATTTTCA AAAACAAACA GCTCCTCATA 900

CAGCCCCAAA AAATCACTTA' TGAAACCATG GAATTAACCG GCTCTTACGC' CACTTTTTCC 960

AATTTGTTAG AAGCCCCTAA GTTGGAGGTT TTTTTAAAAA; CGACČCCTAA‘TTATTATGGC 1020 GATAGCATTA AGGATTTATT GAGCG.CTTAT AAAGTCGTTT TACCTTTGGA TAAAATCAGC 1080 ATGCCATCTA GCGCGGATTT GAAGCTCACT TTGCAATTCT TAAAAAACAC CGCCCCCTTA 1140 TTTAGCGTTC AAGGCAGCGT TAATTTGCAA GAAGGCACTT TCTCGCTCTA TAATATCCCC 1200

CTTTACACGC AAAGCGCTCA AATCAATTTG GACATCGCCC AAGAATACCA ATACATCTAC 1250 ATAGACACGA TCCACACGCG CTATGCAAAC ATGCTGGATT TAGACGCTAA. AATCGCTTTA 1320 GATTTAGGTC AAAAAAACCT TTCTTTGGAT TCTTTAGTCC ATAAAATCCA AGTCflATACC 1380 AATAACAATA TCAACATGCG CTCTTATGAT CCCAATAACA CTCAAGAAGA TCCGCAAACT 1440 AACTTTACTT TGGATCTAAA AAGCTTGCAT TCTATCATTC AAGAGGGTGA AAATTCAGAA 1500 GTTTTTAGAA GAAAAATCAT AGACACCATT AAAGCCCAAA GCGAAGATAA ATTCACTAAA 1560 GATGTTTTTT ACGCCACAGG AGACACTCTC AAAAGCCTGT CGTTGAGTTT TGATTTTTCC 1620 AACCCCGATC ACATACAATG GAGCGTGCCA CAACTCTTAT ŤAGAAGGCGA ATTTAAAGAT 1680 AACGCCTATA CTTTTAAGAT CAAAGATTTG AAAAAGATCA AGCCCTATTC CCCCATTATG 1740 GACTATATTG CCCTAAAAGA CGGCTCTTTA gAggTŤTCTA CGAGCGATTT TGTCAATATT 1800 GATTTTTTTG CTAAAGATTT GAAAATGAAC CTCČCCATTT ATAGGAGCGA TGGATCGCAT 1860 TTTGATTCTT TTTCTTTATT TGGCTCTATC AATAAAGATG AAATTTCTGT CTATACTCCA 1920 AGCAAAAGCA TATCCATAAA AGTTAAGGGG GATCAAAAGG ATATTACCCT TAATAACATT 1980 GATTTGAGTA TTGATGATTT CTTGGATAGT AAAATGCCAG CTATTGCGGG ATTATTCTCA 2040 AAAGAACGAA AAGAAAAGCC TAGCTCTAAA GAAATCCAAG ATGAAGATGT TTTCATTAGC 2100 GCCAAACAAC GCTATGAAAA AGCCCACAAA ATTATCCCCA TCTCTACACG CATCCATGCT 2160 AAAGATGTCG TGCTGATCTA TAAAAAAATG CCTTTTCCTT TAGAAAATCT TGATATTGTC 2220 GCTCAAGACG ATAGGGTGAA AATTGATGGC AATTATAAAA ACGCCATGAT CATGGCGGAT 2280 TTAGTGCATG GGGCTTTGTA TCTTAAGGCT CATAATTTTA GCGGGGATTA TATCAACACC 2340 ATTCTTCAAA AAGATTTCGT AGAAGGAGGC TTATTCACGC TTATTGGGGC TCTTGAAGAT 2400 CAGGTTTTCA ATGGCGAATT GAAATTCCAA AACACAAGCT TAAAGAATTT CGCCCTCATG 2460 CAAAACATGG TCAATCTCAT CAACACCATT CCCTCCCTCA TTGTCTTTAG AAACCCTCAT 2520 TTAGGGGCTA ATGGCTATCA AATCAAAACC GGCTCCGTTG TGTTTGGGAT CACTAAAGAA 2580 TATTTAGGGT TAGAAAAAAT TGATCTTGTC GGCAAAACGC TTGATATTGC TGGCAATGGA 2640 ATCATTGAAT TAGACAAAAA CAAATTAGAT TTAAACTTAG AAGTTTCCAC TATCAAGGCT 2700 TTGAGTAATG TCTTAAATAA AATCCCTATC GTGGGCTATC TCGTTTTAGG AAAAGGAGGT 2750 AAAATCACCA CTAACGTGAA TGTCAAAGGC ACGTTGGATA AGCCTAAAAC CCAAGTAACT 2820 TTAGCGTCAG ATATTATCCA AGCGCCTTTT AAAATCTTAC GCCGTATTTT CACGCCTATT 2880 GACATCATCG TGGATGAAGT CAAGAAAAAC ATTGATTCAA AAAGGAAATT AAAATGA 2937 ₍« .<· · .·»·

175 >·♦* (2), Informace pro SEQ ID NO: 50:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) , Délka: 1434 párů baží; ' ' (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE , (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní' zdroj :

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1434 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 50:

ATGAATACTA TTATAAGATA TGCGAGTTTA TGGGGCTTGT GTATTACTCT .AACTCTWSCG CAAACCCCCT CTAAAACCCC TGATGAAATC AAGCAAATCC TTAACAATTA/TAGCCATAAG AATTTAAAGC TCATTGATCC GCCGACAAGT TCTTTAGAAG CGACACCGGG' TTTTTTACCC TCGCCTAAAG AAACAGCGAC CACGATCAAT CAAGAGATCG CTAAATACCA TGAAAAAAGC GATAAAGCCG CTTTGGGGCT TTATGAATTG CTAAAGGGGG CTACCACCAA TCTCAGTTTG CAAGCGCAAG AACTCAGTGT CAAGCAAGCG ATGAAGAACC ACACCATCGC CAAAGCGATG TTTTTGCCTA CTTTGAACGC GAGTTATAAT TTTAAAAATG AAGCTAGGGA TACTCCAGAA TATAAGCATT ATAACACCCA ACAACTCCAA GCTCAAGTCA CATTGAATGT GTTTAATGGC TTTAGCAATG TGAATAATGT CAAAGAAAAG TCTGCGACTT ACCGATCCAC TGTGGCTAAT TTAGAATATA GCCGCCAAAG CGTGTATTTG CAAGTGGTGC AACAATACTA CGAGTATTTT AACAATCTCG CTCGCATGAT CGCTTTGCAA AAGAAATTAG AGCAAATCCA AACGGACATT AAAAGGGTTA CTAAGCTCTA TGACAAAGGG CTGACCACGA TTGATGATTT ACAAAGCTTA AAAGCGCAAG GGAATTTGAG CGAATACGAT ATTTTGGACA TGCAATTTGC TTTGGAGCAA AACCGCTTGA CTTTAGAATA CCTCACTAAC CTCAGTGTGA AAAATTTGAA AAAGACCACG ATTGATGCGC CTAATTTGCA ATTAAGAGAA AGGCAGGATT TGGTTTCTTT AAGGGAGCAG ATTTCTGCAC tcagatacca aaacaagcaa ctcaattatt accccaagat agatgtgttt GACTCATGGC TTTTTTGGAT CCAAAAACCC GCTTATGCCA CAGGGCGTTT TGGGAATTTC TACCCAGGTC AGCAAAATAC GGCTGGGGTT ACTGCGACTT TGAATATTTT TGATGATATA GGGTTGAGCT TGCAAAAACA ATCCATCATG CTAGGCCAAT TAGCGAATGA AAAGAATTTA GCGTATAAAA AATTGGAGCA AGAAAAAGAC GAACAGCTTT ACAGAAAGTC GCTTGATATT GCCAGAGCTA AGATTGAATC TTCAAAGGCT AGTTTGGATG CGGCCAATCT TTCTTTTGCC AATATTAAAA GGAAATACGA CGCTAATTTA GTGGATTTCA CTACCTATTT AAGGGGCTTA ACCACGCGCT TTGATGCAGA AGTGGCTTAC AATTTAGCGC TCAACAATTA CGAAGTGCAA AAAGCCAATT ACATTTTTAA CAGCGGGCAT AAAATAGACG ACTATGTGCA TTAA (2) Informace pro SEQ ID NO: 51:

(i) Charakteristiky .sekvence:

»< *

176 '· 9 9 *9 9 '99 9 9 .99 9 9

ÍB 9 ^f9 Ů· · .·· · . :9 >· · · <9 ‘·9 (.9 · * ι· '· 9 9 * 9' '9 9 29 9 <Β · Β · ΒΒΒ · '· · Β · · 9

V9 9 9 9999 99 - · · · (A) Délka: 1239 párů baží (Β) Typ: nukleová kyselina , (C) Řetězec: dvojitý (Dj Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

-----(A)—Organismus:—Helicobacter pylori----------(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1239 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 51:

ÉATGCTATCTT TTATAAGCGC GTTTGATAAA AGGGGCGTTT CAATACGCCT TCTAACAGCC 60 TTGTTACTGC TTTTTAGTTT GGGTTTGGCT AAAGATTTAG AAATCCAAAC TTTTGTGGCT 120 AAATACCTTT CTAAAAATCA AAAAATACAA GCCCTACAGG AGCAAATTGA CGCTTTAGAT 180 TCTCAAGAAA AAGTCGTTAG CAAATGGGAT AACCCTATTT TGTATTTAGG CTATAACAAC . 240 GCTAACGTGA GCGATTTTTT CAGGCTGGAT · AGCACCTTAA' TGCAAAACAT GAGCTTGGGT 300 TTGTCTCAAA AAGTGGATTT AAATGGTAAA AAACTCACGCAGTCTAAAAT GATCAATTTA '360 GAAAAACAAA AAAAAATATT AGAGCTTAAA AAAACCAAGC AGCAATTGGT GATTAATTTA 420 ATGATAAACG GCATTGAAAA CTATAAAAAC CAACAAGAAA TAGAGCTTTT AAACACAGCG 480 ATTAAAAATT TAGAAAACAC CCTCTATCAA GCČAACCATT CCAGTTCGCC CGATTTAATA 540 GCGATCGCCA AGTTAGAAAT TTTAAAATCG CTATTAGAAA TCCAAAAAAA CGATTTAGAA 600 GTAGCGCTCT CTAGCAGCCA TTATTCCATG GGCGAATTGA CTTTTAAAGA AAACGAGATT 660 TTAAGCATTG CCCCTAAAAA TTTTGAATTC AATAACGAGC AAGAGCTGCA TAACATTAGC 720 GCCACTAATT ACGATATTGC GATCGCCAGG CTTGATGAAG AAAAAGCACA AAAAGACATC 780 ACTCTGGCTA AAAAAAGCTT TTTAGAAGAC ATAAACGTTA CCGGGGTGTA TTATTTCCGC 840 TCCAAACAAT ACTATAACTA CGACATGTTT AGCGTCGCTT TGTCTATCCC TTTACCTCTT 900 TATGGCAAGC AGGCTAAATT AGTGGAGCAA AAGAAAAAAG AAAGCTTGGC GTTTAAAAGC 960 GAAGTGGAAA ACGCCAAAAA CAAAACGCGC CACCTGGCCC TAAAACTCCT TAAAAAATTA 1020 GAAACCTTGC AAAAAAACCT GGAATCGATC AATAAAATCA TCAAACAGAA. TGAAAAAATC 1080 GCGCAAATTT ATGCGCTTGA TTTGAAAACT AATGGCGATT ACAACGCTTA TTACAACGCC 1140 TTGAATGACA AAATCACTAT TCAAATCACC CAGCTTGAAA CCTTAAGCGC TCTAAATAGT 1200 GCTTATTTGT CCTTACAAAA TCTCAAAGGA TTAGAATGA 1239 (2) Informace pro SEQ ID NO: 52:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 414 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární '·» '···· ·· tttt .· · tt '· tt tt ’ tt Itt í· tt tt· tt tttt · · · • · · • · · \· · tt ·

177 (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter

----------(B)-Umístění-:--l—7r414---(xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 52:

ATGCGTATAG

GCGGATTTAG

CATAAAAACC

AAAAATAGCG

AAAAGCGATA

ATGCCGATTG

AGCAAAAAAA

TTAGAAATTT ATTTCTTGTA TCGTTTGTGG CGTATAGTAG TGCGTTCGCA AAACCGGAAC CAAAAACGAC AAAAAGAGCG GTAAAAAATT TTACAAACTC ATGGCTCAGA AACCGAGACT AAAAACGATA AAAAGCTTTA TGATTTCACT GATTAGAAGG CGTGGATTTA GAAAAAAGCC CTAACCTTAA AAGCCATAAA AAAAGTTTTA TAAACAACTC GCTAAAAACA ATATCGCTGA AGGGGTGAGC TGAATTTCAA TAAAGCCCTA TCTTTTGGGC CTTATTTTGA AAGGACTAAA CCCAATACAT GGACGGCGGG TTGATGATGC ACATCCGTTT TTAA

120

180

240

300

360

414 (2) Informace pro SEQ ID NO: 53:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 930 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...930 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 53:

178 (9·9· ,·

TTGATGCCAC AAAACCAGCT TGTGATCACC AAATTTTCTA AAAATTTAAA ACGCAACCTC GTGGGGCTTG GCGTGGGGTT TTTAAAATTT GAGAGGAATG CGGTTTTAAG GGATTTTAGG AAAGAGATTA AAAACAAGCG AGAAGAGCTT GAATCCTTGA /TTGÁAATCAA; AAAGGGGGGT GATTTAGAAA ATTTGAGCTT, AAATCAAAAA : ATGCCCCTAA; AAACTTATAG CGCTATCAAA , ; AAGATTAAGG.GCGTTGAATC CGGGATCGAT

-GCGAGCGCTG ATGGGATTGT GGATTTTGTG ' TTGGTGCGCA -TTGAACATGC GTTTGGTTTC

- AATGTGCAGC CTAAAAGCTT, CATCCAAAAA GGTAATAGCG GCGGCGAAAA ATTGCATTAT GCAGAAAAAT TCCTAGCATG GGATTTGGAT

- TTTATTGAAT GGAAGAATCT GTTTTGGGTT GTGGATAAAG ACACCTTAAA AGGTCAGTAG

ATCATTGATG AATCAGGCTC TAAGCAACTC atcatttctg TTGTCATTCT TTTATTGATC TTAATCGCTA AAATGGATAC GATGACAAGC GGTTTGTATC AAAAAAATTA. CGCCCTAGCG TTTATTGTGG GGCAAAAGAT . CCGTGGGCTA AATGGGGGAG'GGCATCTCTA TGATGAAGTG CATTTAGCAC TCATGCTCAT: TCCTAATGGC CCCACTAAAG ’ AAAGGAACCA CCCCATTAÁA TTTATCGCGC CATTGAACAC - GCCTGTGTAT AAGACTCGTT CTAATGCGGG. GTATGGGAAC AGCTCCATTT ATACGCACTT 'ÁGATCATGTC GGGCAGTTGA / TTGGCTATAG CGGGAAGAGC GAAGTGCGGT. TTTTGGGTAA AATTTTAGAC cattttcaaa GCGCTTTAGA-AGAAAATAAA TTAGAAGACA TCGTCCAGCT CCAAGAGCAT

120 190 240 300 3 60 420 480 540 600 660 720 780 840 900 930 (2) Informace pro SEQ ID NO: 54:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 999 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...999 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 54:

GTGCTATATT TTTTAACCAG TTTATTTATT TGCTCTTTGA TTGTTTTGTG GTCTAAAAAA 60 TČCATGCTCT TTGTGGATAA CGCTAATAAA ATCCAAGGCT TCCATCATGC AAGAACCCCA 120 CGAGCCGGGG GGCTTGGGAT CTTTCTTTCT TTTGCGTTGG CTTGTTATCT TGAACCTTTT 180

GAGATGCCTT TTAAGGGGCC TTTTGTTTTC TTAGGGCTAT CGCTAGTGTT TTTGAGCGGT 240 TTTTTAGAAG ACATTAACCT TTCATTAAGC CCCAAAATAC GCCTTATTTT GCAAGCTGTA 300 GGGGTCGTTT GCATCATTTC ATCAACGCCT TTAGTGGTGA GCGATTTTTC GCCCCTTTTT 360 AGCTTGCCTT ATTTCATCGC TTTTTTATTC GCTATTTTTA TGCTGGTGGG TATCAGTAAC 420 GCTATTAATA TCATTGACGG GTTTAACGGG CTTGCATCTG GGATTTGCGC GATCGCGCTT 480 TTAGTCATTC ATTATATAGA CCCTAGCAGT TTGTCTTGTT TGCTCGCTTA CATGGTGCTT 540 GGGTTTATGG TGTTAAATTT CCCTTCAGGA AAGATTTTTT TAGGCGATGG GGGGGCGTAT 600 TTTTTGGGTT TGGTGTGCGG GATTTCTCTC TTGCATTTGA GTTTGGAGCA AAAAATCAGC 660

179 ·· ···· .·* . ·« • '· · .·'··<

• · » φ ··· • · · · ·.·· ·«« • · · : · « ·· · t· ··

GTGTTTCTTG ggctcaattt AATGCTTTAT CCGGTCATAG AGGTGCTTTT TAGTATGCTT 720 aggcgcaaaa’ taaaacgcca GAAAGCCACC atgccggata atttgcattt gcacaccctt 780 TTATTTAAAT TCTTGCAACA ACGCTCTTTC AATTACCCTA ACCCTTTATG CGCGTTTATC 840 CTTATTCTAT gcaacctgcc ttttatttta ataagcgttt tgtttcgctt GGACGCTTAT 900 GCGČTCATTG TGATTAGCCT AGTCTTTATČ GCATGCTATT TAATAGGCTA TGCTTATTTG 960 AATAGGCAAG TTTGCGCTTT AGAAAAGCGG GCGTTTTAA ⁹⁹⁹ ' (2) Informace pro SEQ ID NO: 55: .

.» (i) Charakteristiky sekvence:

(A) , Délka:, 816 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (Č) Řetězec: dvojitý (D)^—TopolOgler^cirkulární----— (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj: , (A) Organismus: Helicobacter pylori ’ (ix) Vlastnosti: ’ (A) Jméno/klíč: miscýcharaktér ’ (B) Umístění: 1...816 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 55:

ATGAACATAT TCAAGCGTAT TATTTGCGTA ACCGCTATTG TTTrAGGTTT TTTTAACCTT 60 TTAGACGCCA AACACCACAA AGAAAAAAAA GAAGACCACA AAATCACTCG TGAGCTTAAA 120 GTGGGCGCTA ACCCTGTGCC GCATGCGCAA ATCTTGCAAT CAGTTGTGGA TGATTTGAAA 180 GAGAAAGGGA TCAAATTAGT GATCGTGTCT TTTACGGATT ATGTGTTGCC TAATTTAGCG 240 CTCAATGACG GCTCTTTAGA CGCGAATTAC TTCCAGCACC GCCCTTATTT GGATCGGTTT 300 AATTTGGACA GAAAAATGCA CCTTGTTGGT TTGGCCAATA TCCATGTGGA GCCTTTAAGA 360 TTTTATTCTC AAAAAATCAC AGACATTAAA AACCTTAAAA AAGGCTCAGT GATTGCTGTG 420 CCAAATGATC CGGCCAATCA AGGCAGGGCG TTGATTTTAC TCCATAAACA AGGCCTTATC 480 GCTCTCAAAG ACCCAAGCAA TCTATACGCT ACGGAGTTTG ATATTGTCAA AAATCCTTAC 540 AACATCAAAA TCAAACCCCT AGAAGCTGCG TTATTGCCTA AGGTTTTAGG GGATGTGGAT 600 GGGGCTATCA TAACAGGGAA TTATGCCTTG CAAGCAAAAC TCACCGGAGC CTTATTTTCA 660 GAAGATAAGG ACTCGCCTTA TGCTAATCTT GTAGCCTCTC GTGAGGATAA TGCGCAAGAT 720 GAAGCGATAA AAGCGTTGAT TGAAGCCTTA CAGAGCGAAA AGACCAGGAA ATTCATTTTG 780 GATACCTATA AGGGGGCGAT TATCCCGGCT TTTTAA ³¹⁶ (2) Informace pro SEQ ID NO: 56:

(i) Charakteristiky sekvence:

' i

• 9 • 9

9

9 9

180

9· I»··

9 9

9 ·

9 9

9 9 · * (A) Délka: 951 párů baží .

Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) . Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

_(A) Organismus: Helicobacter pylori______ (ix) Vlastnosti: ’ (A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...951 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 56:

ATGCAAGAAT TCAGTTTGTG GTGCGATTTT ATAGAAAGGG ATTTTTTAGAAAACGATTTT 60 TTAAAGCTCA TCAATAAGGG GGCTATTTGC GGGGCGACGA GTAACCCTAG .TTTGTTTTGC 120 GAAGCGATCA CAAAAAGCGC GTTTTATCAA GATGAAATCG CTAAACTCAA/AGGCAAAAAA 180 GCTAAAGAAA TTTATGAAAC TCTGGCACTA AAGGATATTT . TACAAGCCTC / TAGCGCGTTA 24 0

ATGCCTTTGT ATGAAAAAGA CCCTAACAAC GGCTACATCA GCCTAGAAAT TGACCCCTTT 300

TTAGAAGACG ATGCGATTAA AAGCATTGAT GAAGCCAAGC GGTTATTCAA AACATTAAAC 360

CGCCCCAATG TGATGATTAA AGTCCCGGCG AGTGAAAGCG CTTTTGAAGT CATTAGCGCT’ 420

CTGGCTCAAG CCTCTATCCC CATTAATGTA ACTTTAGTCT TTTCGCCTAA AATTGCCGGT 480

GAAATCGCTC AAATCTTAGC CAAAGAAGCA CGAAAAAGAG. CGGTCATTAG CGTGTTTGTC 540

TCACGATTTG ACAAAGAAAT AGACCCACTA GTGCCACAAA ATTTGCAAGC TCAAAGTGGG 600

ATCATGAACG CTACCGAGTG TTATTATCAA ATCAACCAGC ATGCTAATAA GCTAATAAGC 660

ACCCTTTTTG CATCCACCGG CGTTAAATCT AATTCTTTAG CTAAAGATTA CTACATTAAA 720

GCGCTGTGTT TTAAAAACTC TATCAACACA GCCCCCCTAG ACGCCCTAAA CGCTTATTTG 780

CTTGACCCAA ACACCGAGTG TCAAACCCCT TTAAAAATCA CAGAAATTGA AGCGTTCAAA 840

AAAGAATTAA AAACGCACAA TATTGATTTA GAAAACACCG CCCAAAAACT CCTTAAAGAA 900

GGCTTGATAG CGTTCAAACA ATCCTTTGAA AAGCTTTTAA GCAGTTTTTG A 951 (2) Informace pro SEQ ID NO: 57:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 783 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE ·· ·· ····

181 ·«·· ·« ♦ · ·· • · · • · · · «·· ··· • · ♦ · «« (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus:

(ix) Vlastnosti:

(A) ,'Jméno/klíč:

(B) . Umístění: 1

Helicobacter pylori misc_charakter ., 783 (xi)

Popis sekvence:SEQ ID NO: 57:

ATGAAAACAA

GTGGTGGCTT

AAATTGAATT

TTAAGGCCAG

AATCAAACCA

GTGGATAGCA

GTCGCTATGA

TCAGAACCCG

GCTGGGTTTG

ACGATGGATT

CATAGCGGAG

AAGAGCGCTT

CAAAGGAATT

TAA atggtcattt.

TATTAGTGGG

ACCATCCAGC

CTTTCCAATA

CGCTTAAAGT

GCGATAAAGA

ATGGCGAAAT

GGTTATTATT

TCAAGGTTAC

TGAGCGAGTT

GGTTAGTTAG

TGAATAAGAT

TAGAATCTTA

TAAGGATTTT . GCATGGAAAA GTGTAGCCCG CATATTATTG TAGCGAGAAA GTTCAAGCGT aatgcttttt aggcgcgagc AAACCAATGA AGTTGCTTTG TAGATGAAAA GATTTTACTT

120

ISO

CAGCGATAAT

TGAAGAGATC

CGATTTTTCT

TGTTTTACGC

CTCCACTGGT

CATACTAGAG

GGACATCCAA

CACTATGGTT

TTTTGCAAGT

TCAAAAAGAC

ATTGCTAAAG”AGTATGAAAA~CAAATTCAAG--240

TTGCAAAATC AGGGCTATAA GGTTATTAAT 300

TTTGCGCAAA AAAAAGAAGG GTATTTGGCT 360

CCCGATCCTA AAAGGACCAT ACAGAAAAAA 420

TTGGATAAAA TGGAAAGGGT TTTAATCCCG 480

CCTATGAGTG GGGAATCTTT GGATTCTTTT 540

GAAAAATTCT TAAAAACCAC.CCATTCAAGC 600 AAGGGGACGG ATAATTCTAA TGACGCAATT 660

ATCATGCAAG AAATGGATAA GAAACTCACT 720

GCCAAGGAAT TAAAAAACAA GAGAAACCGA 780

783 (2) Informace pro SEQ ID NO: 58:

(i) Charakteristiky sekvence:.

(A) Délka: 4149 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...4149 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 58:

TTGAATTTTA ATAACCTTAC GGCTAATGGG GCGTTAAATT TTAATGGTTA TGCGCCCTCT 60 TTAACTAAGG CTTTAATGAA TGTCAGCGGG CAGTTTGTTT TAGGGAATAA TGGGGATATT 120 AATTTATCTG ACATCAATAT CTTTGACAAC ATCACAAAAT CTGTAACTTA CAACATCTTA 180 AACGCTCAAA AAGGGATTAC TGGCATTAGT GGGGCTAATG GCTATGAAAA AATCCTTTTT 240 TATGGCATGA AAATCCAAAA CGCTACCTAT AGCGATAATA ACAACATCCA AACTTGGTCG 300TTTATAAACC CTCTCAATTC TTCTCAAATC ATTCAAGAGA GCATTAAAAA TGGGGATCTA 360 ACCATAGAAG TTTTAAATAA CCCTAACTCG GCTTCCAACA CTATTTTTAA TATCGCTCCT 420 GAGCTTTATA ATTACCAAGA. TTCTAAGCAA AATCCTACCG GCTATAGCTA TGATTATAGC 480 GACAÁTCAAG CAGGCACTTA TEACTTGACA' AGCAACATTA AAGGTCTTTT CACCCCTAAA : 540 GGCTCTCAAA CGCCTCAAAC CCCAGGCACT TATAGCCCAT TTAACCAGCC TTTGAATAGT S00 TTGAATATCT ACAATAAGGG TTTTTCTAGC GAGAATTTAA AAACGCTTTT AGGGATCCTT' ⁶⁵⁰ • · · · ·· · ···· • · ··· ····

1Q2 · · · · · · · ··· ··· * A * * A A *

ATTGAATCCA ACCAACTAGA CAATATCACT AAGATTAAAA TCACCCAAGC GCAAAAGCAA GACAACATCA ATCAAACCTT TAATAACGGG GTTACAAACT CTACTAGCTC TATATGGTTT CTAGATAGCG CCACTTGTTC TTCTTTTAGA ACTTCCCCTT ATTTAGGCTA CATTAACGCT •GGGACAATTGGAAGTAGTAACGCTTTTGAA AGČGCTAATÁ· ACTTAGTGTT ί GAATAAAGCT TTTAATCTTT TGGGTCAAGA-AGGGATTGAT /GTTCTTAGTC ,aaatggctat.,ggaaaaaatc GAAAACGCTC TAAGCCCTTT GAGTAAGGAA GGCCAACTTA TAGGTCAAAA, TAACTTAGAT >' GAAATCCAAA^: ACATTATCAG -TCAAAAACTA ; atcatagaaa actaccttgc taagcagtct ' TTGAATTTTA ITCGGTGGGTA TATAGACGCT TTAAAGGATA TTACTAACCC CCCTACAAGC GACTTGTTGA ACGAGTTTTT AGGACAAGAT GTGAGTAATA TCATCAATAA TGTTATTTCT GGTTTAGGGA GCGTGTTGCC GCCCTCTTTA ACTCTTTTAT CGCCTAGAGG CTTGCATGAT AGCAATGGCT ATGTTTTTGT CAATAACAGC AATTTTGTCG CCAACAAGTC .TATTATCTTT TATCAAGGCG CATTGATTTT TGCTTCTAAT AACGCCACTA ATGGCTTAAG CCTTAATGCG GAAATTTGTA TCAATTTAGC. CAATTGCCCT AGCGTAACCC CCACTAATGA GTCTTTAAGC ACAATCATCT CTAATGGGGC TATTGATTTG ACGCTCAATC TCAATGAAAA TGCGACCTTG TTTAACAACG CCTCTAACTC TACGGCTAAT GCGACTTTAA GCACTAACGC TAGTGGTTTG GATTTGGTGT TTAACCTCAG TCATTCAGTT GCGACGATCA TGGCCAATAA TAACCCTTTG GGTACTTACA CGCTGATTGA TAGCGCTAAA ACAGGAGGCA GTAGCCTGGA TAATTACCTT AAGCACATGG TGATGACTGA CAACGGCTTA GATGGCGGTT TAGTTGTAGG CTTTAAGGAC CTTTATAATA AAGTGAAAAT CGCTGTTTCT ACTTTAAAAC AATATATCGC TCAAATTCAG GCTGGGGGAA ATCAAGCGAT TAATTGGCTC TTATTCGCTC CCTATTATCT AGAGAGCCAC GATATTGCTA ACACTTTAGA AGTCATCGCT ATTTTACAGA TCAACACCTA CACGCAGCAA TCAACTTTCG CCCGTTCTGA TTTCTTAGAA GCTGATGCGA TCCCTAACGC TATGGATGTG AAAAATAATG TGTGGGCGAC AGGAGTTGGA ACTTTATATG GTATCAATGT AGGGTATGAT TATGCCGCTT ATGGGTATAG CGGGTTCCAT GTCAATGTGG GCGTTTATAG CCGAGCGTTT AATGAGACTT GGGGATACAA TAAAACTTTC ATCAATCAGT CTTACAGATA CGACACTTGG GATTTCATGT TTAAAGATAA AAGCGTTATT TACATTGGTT TGTCTGGTTT AAGGGGCATT GCCAATGCTG ACCCTAATAA AAAATCCGTT CATTATTTCA ATAAAAACTC TTATTATTTT ATTAATTCTA TGGGGGATAA AATGGTGCGT

TCTCAAAATT CCGCCACCTT AAAAGAAATG AACATTAATG AAGTGTTGCA ACTCTTAGAT GCGCTCCTAG AAACGATCAA CCATTTGACT AATCTCGTTA TAGGCGCTAC CCAAGATAAT GGGGGCAATG GCTATAGCAG CCCTTGCGCG AACACTTACT TGGGGCAATT ATTAGGCTCA 'GATTTTAAAG CTAAAAGCAT TTATATTACC AGCGGAGGGA GCGCGGATGT' AACCTTTCAA AACATAGAAG CTCAAGCCAC' AGACAATATC AAAATCTTTA ATCAGGGGAA ‘.TTTAGCGAAT AAGCAAGCCG · GCGGTTTAGG. GAACTTTATA TTACCCGCTA GCTTGCAAGA TGAAACCTTA GATTTATTGA ATAATAGTGG, AGTCATGAAT -AGCATTTTTG GCAATTTTGT -TACCCCATCC TTAAAAAGCA TGCTAGACGATAAAGGGCTT TCTGAATTAA GCTCTAŤTTT AGGCGTGATT CTGCAAAAAG ACATTGGTGT GGTAGCGAAC GTTGTCAAAA AGCTAGAAAG TCAAGGCTTG CAAGGCGGGT TGAGCGGCGT TTATAATCAA CAAAACGCGC TCAAAGAAAA CGATTTAGGC TTTTGGCAAA AAGGGTATTT TAACTTTTTA TCTTTTAGTA ACGCTACTGG GGGTAGTTTG AATGGCGATA ATACGATTGA CTTTAGCAAG GGTGTTTCTA ATATCAATAT CACCACCCTA GGTTTGAATA ATGTGAGCGT TCAAAAAGGA ACAACCAAAA ACAGCTCTCC TGCAAACTCT GTGCACGCTA ATAATTTCAC TTTCTTAGGC TCTCAAGTAA CAAATAATAG CGTTATAGGC CAAGCTAATA ATTTAACGAT CACCAACGCT ATTGATGGTA ATTTCACCTT AAACCAACAA AATGTCATGG GGAATTTTAA TAGCTATGGC AGTCATGCTA TTATCAATAC TCAAGGCACA ATCCAATTCA ACGCTTCTTC AAAAGAAGTG GCCATTTATT ACGGGTATAA CAACCAAATC AAGCTTTATG CGCTCATTGA TATTAATGGC ACCTATAACG GGCAAGCCGT GAGCGTTAAA TCTCAAAATC AATACATTTA CACTTCCATT AATGATCCTA TCAATAACCC ACAAGCCCCC GGCGTTCAAA GCGTGGATAG CATCGATCAA AATAAAATCT TTGAAACTAA AGGAAGCCCT TCCACAAAAG ATTTAACCAC GATCGCTGGA AACCCTAATT TTAAAAATGA CGCCACTAAT ATGAGTCGTT TAGCCAAGCT CTCTGACACT CGCTTAGAAG CCCTTAAAAA CAAGCGATTC ΑΤΤΓΤΑΑΑΑΤ ACTCTCAAAG GAATAGAGTT GGGGCTAGTT TCATTAGTGG AGGTACŤGGA AGGTTTATTA AGGGCGTGAT TGTGGGAGGT GCAAACATCA CTCAATCAGG CTCTAGCAAT ATCAAAAGAA GCGAGCTAAC CATGAGCTTG ATCAACTCCT ATGACCCCCT ACTCTCAATC ACGACTGACG CTAAAATCAA TTATGGCTAT TTTAAACCCC AAGTAGGCTT AAGCTATTAT ATGGATGATC CTATTTACAA CCAATTCAGA CTAACGATCA ATTTTGCCCT AGAAAGTCGG GTGATTGCGG ATGTGGGCAG AGACTTATTC

720

780

840

900

960

1020 .1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1920

1980

2040

2100

2150

2220

2280

2340

2400

2460

2520

2580

2640

2700

2760

2820

2880

2940

3000

3060

3120

3180

3240

3300

3360

3420

3480

3540

3600

3660

3720

3780

3840

3900

3960

183

· ·	• ·	• · · ·	• · · ·
• · · ·	•	• ·	• · ·	•
				•
• ·	• ·	• · ·	• · · · ·	•
• ·	*	• ·	•	•
• · · · · · ·	··	•	·· ♦ ·

TTCATCGGTA ATAACACCCT AAGCTATAGA GATGGTGGCA GATACAACAC TTTTGCTAGC 4020 ATTATCACAG GCGGGGAGAT AAGATTGTTC AAAACCTTTT ATGTGAATGC GGGCATAGGG 4 080 GCTAGGTTTG. GGCTTGATTA TAAAGATATT AATATTACCG GAAATATTGG TATGCGCTAT 4140 GCTTTTTAA· 4149 (2) Informace pro-SEQ ID NO: 59:

(i) · Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 789 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina —Řetězec: dvojitý------------(D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...789 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 59:

ATGAAAAAAA TTGGTTTGAG CTTGTGTTTG GTTTTGAGTT TGGGTTTTTT AAAAGCCCAT 60

GAAGTGAGCG CTGAAGAGAT TGCGGATATT TTCTACAAAC TCAACGCCAA AGAGCCTAAA 120

ATGAAAATCA ACCACACGAA GGGGTTTTGC GCTAAAGGCG TGTTCCTCCC TAACCCGCAA 180

GCAAGAGAGG ATTTAGAGGT GCCACTACTC AATGAAAAAG AAATCCCTGC GTCTGTAAGG 240

TATTCTTTAG GGGGCGTGGC GATGGACGAT AAAAGCAAGG TTAGGGGAAT GGCGTTAAAA 300

CTAGAAAATC AAAACGCTAG TTGGACAATG GTGATGCTCA ATACAGAAAT CAATTTTGCC 360

AAAAACCCTG AAGAATTCGC CCAATTTTTT GAAATGAGAC TTCCTAAAAA TGGCAAGGTA 420

GATGAAGCAA GAAŤCAAAAA GCTTTACGAA GAAGTCCCCT CTTATAGGAA TTTTGCCGCC 480

TATATGAAAA CGATAGGGAT TAGCTCAAGC GTGGCTAATA CGCCTTATTA TAGCGTGCAT 540

GCGTTCAAGT TTAAAGATAA GAAAGAAAAA TTATTGCCTG CGAGGTGGAA ATTTGTGCCT 600

AAAGAGGGCG TTAAATACTT AAATCCTCAA GAATTAAAGC AAAAAGATTC AAATTATCTG S60

CTCTCTTCAT TCCAACAACA CCTTAAAAAT AAACCCATAG AATACCAAAT GTATTTGGTG 720

TTTGCGAATC AAAATGATGC CACCAACGAC ACGACCGCGC TTTGGAAAGG CAGCATAAGG 780

AATTATTAG 789 (2) Informace pro SEQ ID NO: 60:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 741 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý • ·

184 (D) Topologie:.cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) OrganismusHelicobacter pylori (ix) Vlastnosti:___________ (A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...741 (xi) Popis sekvence: ATGAAACAAT TTAAAAAGAA ACCAAAAAAG ATCTTAAAGC GTCCTTTATG GCTTATGCCT TATGCGGATG GAACAGACAT TTTGGGGCTT GTGCATCGTC CATGGTATGC TATATGGAGT TTTACAGGAA ACCAACTCAT CACAAAAACT CACTCTCAAA ACAACCAAGA CATCACAGCC TTAAGCGGTC TGTATAACTA CACCGGAGGG TTAGGCAGTA ACGCTACTTT TAATCTAGGT TATCCTAATG GGCATACTGA TGTTACTTTT GTAGAAGTGG GCAATCGTGT GGGATCGGGA AACTTGAACG CTAATAAGGT TACTATCAAT GTGAATGTAG GCAATGCTAA CAGCGTTATT TACTTGCAGT TCTTTAGCTA G (2) Informace pro SEQ I

3EQ ID NO: 60:

ATAAAACGAT CGCATCAAAA TCAAAAAACA TTACTGATTG GCGGGTTTGC TAGTGGGGTG AGTTGGGGGG AAAAAAGCCA AAAGGTATGC TGCGATAAAT,GGGAGGAAAA AACACAACAA TGGGCAGGGG.GTAATGCGGC. TAACTACTAC AATTTAAAAA ATGATAACGG CACTTATTTT GAATATAATG GGGGGAATTT.AGACATTGAA GCGAGTAGTG GGAATAGCTT CACTTCTTGG AGCGCTGGGA CTATCAATGT GAATAACAGC GCTGGCACGC ACACCGGCAC AGCCACTTTA TCCAATATCA GCGCGTATAA AACTTCGCAA ACCATTAATT CGGTTTCTTT AAATGGGGAA

D NO: 61:

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

741 (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 738 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...738

185

(xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 61:

. ATGATAAAAA AGACCCTTGC ATCGGTTTTA TTAGGATTGA GTTTGATGAG - TGTGTTAAAT

GCCAAAGAAT GCGTTTCGCC CATAACAAGA AGCGTTAAGT ATCATCAGCA ► AAGTGCTGAG , : ATCAGAGCCT TGCAATTACA AAGTTACAAA ATGGCGAAAA TGGCGCTAGA CAATAACCTT . AAGCTCGTTA'AAGACAAAAA GCCAGCCGTC ATCTTGGATT TAGATGAAAC' CGTTTTGAAC

ACTTTTGATT ATGCGGGCTA TTTAGTCAAA AACTGCATTÁ AATACACCCC· AGAAACTTGG

GATAAATTTG AAAAAGAAGG CTCTCTTACG CTCATTCCTG GAGCGCTAGA' CTTTTTAGAA

TACGČTAATT CTÁAGGGCGT-TAAGATTTTT TACATTTCTA ACCGCACCCA -AAAAAATAAG ,‘GCATTCACTT TAAAAACGCT. CAAAAGCTTT AAGCTCCCCC AAGTGAGTGAÍAGAATCCGTT

TTGTTAAAGG AAAAAGGCAA GCCTAAAGCC GTTAGGCGGG AGTTAGTCGC TAAGGATTAT _GCGATTGTTT TACAAGTGGG CGACACTTTG CATGATTTTG ACGCCATTTT TGCTAAAGAC

GCTAAAAACA GCCAAGAACA ACAAGCCAAA GTCTTGCAAA ACGCTCAAAA ATTCGGCACA

GAATGGATCA TTTTACCCAA CTCTCTTTAT GGCACATGGG AAGATGGGCC TATAAAAGCA

TGGCAAAATA AAAAATAA

SO .120

180

240

300

3S0

420

480

540

600

650

720

738 (2) Informace pro SEQ ID NO: 62:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 867 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...867 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 62:

TTGTGGTGTT TAAAAACCCC TATCATAGGG CATGGCATGA AGAAAAAAGC AAAAGTCTTT TGGTGTTGTT TTAAAATGAT TCGTTGGTTG TATTTGGCGG TCTTTTTTTT GTTGAGCGTA TCAGACGCTA AAGAAATCGC TATGCAACGA TTTGACAAAC AAAACCATAA GATTTTTGAA ATCCTTGCGG ATAAAGTGAG CGCCAAAGAC AATGTGATAA CCGCCTCAGG GAATGCGATC CTATTGAATT ATGACGTGTA TATTCTAGCG GATAAGGTGC GTTATGACAC CAAGACTAAA GAAGCGTTAT TAGAAGGCAA TATTAAGGTT TATAGGGGCG AGGGCTTGCT CGTTAAAACC GATTATGTGA AATTGAGTTT GAACGAAAAA TATGAGATCA TTTTCCCCTT TTATGTCCAA GACAGCGTGA GCGGGATTTG GGTGAGCGCG GATATTGCTA GCGGGAAGGA TCAAAAATAT AAGATTAAAA ACATGAGCGC TTCAGGGTGC AGCATTGACA ACCCCATTTG GCATGTCAAT GCGACTTCAG GCTCATTTAA CATGCAAAAA TCGCATTTGT CAATGTGGAA TCCTAAGATT TATGTCGGCG ATATTCCTGT ATTGTATTTG CCCTATATTT TCATGTCCAC GAGCAATAAA AGAACTACCG GGTTTTTATA CCCTGAGTTT GGCACTTCCA ACTTAGACGG CTTTATTTAT TTGCAACCCT TTTATTTAGC CCCCAAAAAC TCATGGGATA TGACCTTTAC CCCACAAATC CGTTACAAAA GGGGTTTTGG CTTGAATTTT GAAGCGCGCT ACATCAACTC TAAGACGCAG GTTTTTATTC AATGCGCGCT ATTTTAG

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660 ‘720

780

840

867 • * · · » · · « » 9 · «

186 (2) Informace pro SEQ ID NO: 63:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 387 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina _J(C) Řetězec: dvojitý ~ (D) Topologie: cirkuTární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti: (A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...387 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 63:

TTGATGTTTA AAAAAATGTG TTTGAGCCTG CTAATGATAA GCGGTGTTTG TGTGGGGGCA AAGGATTTGG ATTTCAAGCT GGATTATCGC GCGACTGGGG GGAAATTCAT GGGGAAAATG ACGGACTCTA GTCTTTTAAG TATCACTTCT ATGAACGATG AACCGGTGGT GATTAAAAAC CTTATTGTCA ATAGGGGAAA TTCATGCGAA GCGACTAAAA AAGTAGAACC CAAATTTGGC GATAAGTTTA AAAAAGAAAA ACTCTTTGAT CATGAATTAA AATACTCGCA ACAGATATTT TACCGCCTGG ATTGCAAGCC TAACCAATTG TTAGAAGTTA AAATCATCAC GGACAAGGGC GAATATTACC ATAAATTTTC CAAATAG (2) Informace pro SEQ ID NO: 64:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 510 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE

120

180

240

300

360

387 ·· · ·

187 (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj.:

(A) Organismus: Helicobacter. pylori (ix) Vlastnosti:

-·,. (A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...510 ' .

(xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 64: >

; . ť i

ATGCAAGCGT TAAAATCATT GCTTGAÁGTG ATTACAAAAC TCCAGAATCT AGGCGGCTAT 60

TTGATGCATA 'TAGCTATTTT-CATCATTTTT„ATTTGGATTG GAGGGCTTAA GTTTGTGCCT__120

TACGAAGCTG AAGGGATCGC CCCTTTTGTG GCCAACTCCC CTTTCTTTTC TTTCATGTAT ~X8O’ AAATTTGAAA AACCTGCATA CAAACAACAC AAAATGTCTG AATCCCAATC CATGCAAGAA 240 GAAATGCAAG ATAACCCTAA AATCGTTGAA AACAAAGAAT GGCATAAAGA' AAACCGCACT 300 TATTTAGTGG CTGAAGGTTT AGGGATTACG ATCATGATCC TAGGCATTTT GGTGCTTTTG 360 GGGCTTTGGA TGCCTTTAAT GGGCGTAGTT GGGGGCTTGC TTGTCGCTGG AATGACGATC 420 ACCACCCTAT TCTTTTTTAT TCACAACGCC AGAAGTGTTT GTCAATCAGC ATTTCCCATC 480 GCTTTCTGGG GCTGGAAGGC TAGTGGTTAA , 510 (2) Informace pro SEQ ID NO: 65:

(i) Charakteristiky sekvence:' (A) Délka: 1464 párů baží / 7 (B) Typ: nukleová kyselina 7 J (C) Řetězec: dvojitý . ’ (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1464 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 65:

ATGATTGAAT GGATGCAAAA TCATAGAAAG TATTTAGTGG TTACGATATG GATAAGCACG 60 ATCGCTTTTA TTGCCGCCGG AATGATAGGT TGGGGGCAAT ACAGCTTTTC TTTAGATAGC 120 GATAGCGCTG CCAAAGTGGG ACAGATTAAG ATTTCTCAAG AAGAATTAGC CCAAGAATAC 180 CGCCGCCTTA AAGACGCCTA ŤGCTGAGTČT ATCCCTGATT TTAAAGAACT CACCGAAGAT 240 CAAATCAAAG CCATGCATTT AGAAAAAAGC. GCGCTAGATT CGCTCATCAA TCAAGCTTTA 300

í.

188 • ·

TTGAGGAATT TCGCTTTAGA TTTAGGGCTT GGTGCTACCA AGCAAGAAGT GGCCAAAGAG . 360

ATCAGAAAAA CGAACGTTTT TCAAAAAGAT GGCGTTTTTG ATGAAGAATT GTATAAAAAT 420

ATCTTAAAAC AAAGCCATTA CCGCCCCAAG CATTTTGAAG AAAGCGTTGA AAGGCTTTTA 480

ATCCTTCAAA AAATCAGCGC TCTATTCCCC AAAACCACCA CCCCTTTGGA GCAATCCAGT 54 0

CTATCGCTTT. GGGCAAAATT GCAAGACAAÁ TTAGACATTC TTATCCTAAA TCCTAATGAT' 600

GTTAAAATCT CTCTCAATGA AGAAGAGATG AAAAAATATT ATGAAAACCÁ TAGAAAGGAT 660

TTTAAAAAGC CCACAAGCŤT TAAAACACGC TCTTTATATT TTGACGCTAG TTTAGAAAAA .720

ACTGATTTGA AAGAGTTGGA GGAATACTAC CATAAAAACA'AGGTGTCTTA' TTTGGACAAA 780

GAGGGGAAAŤ‘TACAGGATTT TAÁAAGCGTT-CAAGAGCAAG.TCAAGCATGA TTTAAACATG 840.

CAAAAGGCGA,ATGAAAAAGC CTTAAGGAGC TATATCGCTC .TAAAAAAGGG GAACGCACAA 900 . .

AACTACACCA CGCAAGATTT TGAAAAAAAC AACTCCCCCT ATACTGCTGA AATCACGCAA 960 ..

AAACTCACCG. CTCTČAAGCC CGTTGAAGTC CTAAAACCAG AGCCTTTTAAAGATGGTTTT ,1020 ATCGTGGTGČ AGCTTGTCTC 'TCAAATTAAA GACGAATTGC AAAATTTTCA TGAAGCCAAA 1080 AGCGCTCTTA AAACCCGTCT GACTCAAGAA AAAACCČTTA.TGGCGTTGCA AACTTTAGCT 1140 ,

AAAGAAAAGC.. TTAÁGGATTT TAAAGGGAAA'AGCGTGGGTT ATGTAAGCCC TAATTTTGGA 1200 ,

GGCACTAŤCA' GTGAACTTAA CCAAGAAGAG AGCGCGAAGT TTAŤCAACAC CCTTTTTAAC ,1260 CGCCAGGAAA AAAAAGGGTT TGTAACCATA· GGTAATAAAG TGGTGCTTTA TCAAATCACA 1320 GAGCAAAATT TCAATCACCC.' CTTTAGŤGCA GAAGAAAACC AATACATGCA GCGTTTAGTC 1380

AATAACACTA AAACGGATTT TTTTGATAAA GCGTTGATAG AAGAATTGAA AAAACGCTAT—1440-----------AAGÁTAGTCA AATACATTCA ATAA . . · ¹⁴⁶⁴ (2) Informace pro SEQ ID NO: 66:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 429 párů bázi (^β) Typ: nukleová kyselina ‘ (C) Řetězec: dvojitý .-. ;

(D) Topologie: cirkulární · .

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...429 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 66:

ATGAAAACGA ACTTTTATAA AATTAAATTA CTATTTGCTT GGTGTCTTAT CATTGGCATG 60 TTTAACGCTC CGCTTAACGC TGACCAAAAC ACGGATATAA AAGATATTAG TCCTGAAGAT 120 ATGGCGCTAA ATAGCGTGGG GCTTGTTTCT AGAGATCAGC TAAAAATAGA GATCCCTAAA 180 GAAACCCTAG AGCAAAAAGT GGCCATACTC AATGACTATA ATGATAAGAA TGTTAATATC 240 AAGTTTGACG ACATAAGTTT AGGGAGTTTC CAACCTAATG ATAATCTAGG TATCAATGCG 300 ATGTGGGGCA TTCAAAATCT TCTCATGAGC CAAATGATGA GCAATTACGG TCCAAACAAT 360 TCTTTCATGT ATGGCTATGC GCCAAČATAC TCAGATTCAT CGTTTTTACC ACCGATCTTA 420 GGGTATTAA 429 (2) Informace pro SEQ ID NO: 67:

(i). .Charakteristiky sekvence:

_f ·, (A) Délka: 627(párů baží (B) Typ:.· nukleová .kyselina '-(O Řetězec:-dvojitý (D) Topologie: cirkulární / ((ii) Typ molekuly: DNA' (genomová)

• (iii) Hypotetická: NE ' . q

-(iv) Proti-smýsl-ná-:—NE-------------—---γ-----(vi) Původní zdroj: í;

(A) Organismus: Helicobacter pylori

J . (ix) Vlastnosti: -ý (A) Jméno/klíč: misc_charakter z (B) Umístění: 1...627 (xi) Popis sekvence:ŠEQ ID NO: 67:

TTGATCAACA ATAATAATAA CAATAAAAAA CTGAGAGGCT TTTTTTTGAA* AGTTCTCTTA ,60 AGTCTCGTTG. TTTTCAGTTC GTATGGGTCA GCAAATGACG ATAAAGAAGC CAAAAAAGAA 120 GCGCTAGAAA AAGAAAAAAA CACTCCCAAT GGGCTTGTTT ATACGAATTT ' AGATTTTGAT 1:80 AGTTTTAAAG CGACTATCAA AAATTTGAAA GACAAGAAAG TAACTTTCAA AGAAGTCAAT 240 CCCGATATTA TCAAAGATGA AGTTTTTGAC TTCGTGATTG TCAATAGAGT CCTTAAAAAA 3.00 ATAAAGGATT TGAAGCATTA CGATCCAGTT ATTGAAAAAA TCTTTGATGA AAAGGGTAAA 360 GAAATGGGAT TGAATGTAGA ATTACAGATC AATCCTGAAG TGAAAGACTT TTTTACTTTC 420 AAAAGCATCA GCACGACCAA CAAACAACGC TGCTTTCTAT CATTGCACGG AGAAACAAGA 480 GAAATTTTAT GCGATGATAA GCTATATAAT GTTTTATTGG CCGTATTCAA TTCTTATGAT 540 CCTAATGATC TTTTGAAACA CATTAGCACC ATAGAGTCTC TCAAAAAAAT CTTTTATACG 600 ATTACATGTG AAGCGGTATA TCTATAA 627 (2) Informace pro SEQ ID NO: 68:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 738 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) i

(iii) Hypotetická: NE ' | (iv) Protismyslná: (vi) Původní zdroj:

NE

190 •0 0000 (A) Organismus:

(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč:

(B) Umístění: 1

Helicobacter pylori mi s c_charakt er . .738 (xi) Popis.sekvence:SEQ ,ID NO: 68:

ATGGCAGGCA'

TCAATCATCT

ÁTGACAGCAG

ATGACCCAAT

CAACAATACA

ATCTTAAATÁ

CAAATTAGTG

AATCCTAGCG

ACGGTTGAAA

CTAGCTCTAC

GATTCCCTTG

AGTTGCATGC

ACCAGCGGTT

CACAAGCTAT ATATGAATCA'TCTTCTGCAG GATTCTTATC GCAAGTCTCC CAAGCACAAG. TGGTGTCGCA GGGCCATTTG CAGGAATAGT AGCGGGCGCT· CGATTATTCC TATTGTTGTG . GGATTTACTA·· ATCCGCAAAT GACCGCTATC ACAATCAAAG CATCGCTGAA GCTGTAAGCG TGCCTATGAA AGCCGCTAAC ACCAATTGTA TCAAGGTTTT AACGATCAAA GCATGGCTGT GGGGAACAAT

TCAGCAAATT AACAGGGGAA TTTAACGCGC AAGGCAACAC GCAAAGCGCG CTGTCAATAG TCAGATTGCA AGCATTTTAG CGAGTAACAC TACCCCTAAA CTATTGAAGC TTATGCGACG AATCAAATCG CTGTTCCTAG CGTGCCAACA TGATGAGCGG TATATTAGGC AATATTACAA GCGCAGCACC AAAATACGCC AAGAGCAACT GCGTTCTCAA GCAAGCAACA GCTCAATGAA -TGATACAGCC ATAGCTGTAC CGCTTTAGGC GCACTTGTTG GCTCATCAAA-ÁGTGTTTTTC AAATTTCTAT GACTCCTATG AGTGTTTCTA TGCCCACTGT TATGCCAAAT GCCACTAA .120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

738 (2) Informace pro SEQ ID NO: 69:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1104 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1104 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 69:

9999

191

ATGATTAAAA GCGTAGAGAT TGAAAATTAC TTTAAACTCA TCAACTTTTT TACCGGTCAA GCTCTTTATA CCAACACAGG CCTTTGTGAT GAACATGCCG TGAATATTAG TGAATTCAGA ACCTTTTTTT ATCAAGGAAA CACCGCTAAT GCTACTATCC CTGTTACTAT CCAATACCCC -TTGAATAGCG ATGATGCTCA. TATGACAAAC . .CTCCAATTTT ' CCTACAATCC ATCCCTTTCC 7 CAAAACCTAG 'GTTTAATCCA.-TTCTAATTTA • 3 GCGATGTTTA -TTCCTATAGA ATTATCTATT

- CAATTAGCAA '· GCAAAGAAAA í AGAATTGATT ' TTAAATGCTA ATACAA7AAG' AAAGTCTGTC

- ‘, CTAGAAGAAA .GTCCCAAAAG ? GCTTTTAAAT „ attátggtga GCATTCTTAT. AGACAATCGT / AGCGGTTTGC ACCATACAAA AATGČAAGAG • ‘AAATTACAGÁ^:TTCAAATTTT^!TGCCACCACG ' ’ AACACGATAT CCGATAATGA AAGGGGAGTT

AAAGAAAGCG cttctggctt TATCAGACAC AGGGGTATGG AGGTTAGAGG CTGA

AAAAATTTTG AGCACCTTAA AATGGAAAAT AACGATGCGG GTAAAACCAA TCTTTTAGAA CCTACTGCCA ATCAAGTCAG TCTTCCTCCT ‘AAAATCAAAC TCGATGCCGA CAACOTAAAA CCCATTAGTA TCCGCACTGA' ATTTGAACAT ACACAAACCA 'GTTACAGCAA AGACATCAAT CTTATAAACA¹CAACÁATAAC GAAGCCACAG CCCATG ACAA' TGACTTATGÁ ‘ ATTTGAAAGG GATAAAATCG' CTCAAACCTA. TAAAGAAAAT GTTAATTCTC TTAAAGCATT-GGAAAATTTA GAAATCCTAC '>. AATGTTTCAA .CCCTAATATT TATÁ7CCAAÁ TCAAAGATGAAAACACACCG TTGTTTGGTT·GGGGTTTTAT CAAATTCTTT GTCAAGTATC TTTTTATTGA TGAAATAGAA TTTTTAAAAG CTCTGTTTAA-GTTAGCTCAA CACAATAAGG. ÁATTTTTÁTT;AAACGCCATC TTTAAAGACA TAGCCTTGTT TGAGCTTGAA AGCTATTCTA TGCTAGAAAA AGCGCTTTAT

120 180 240 300 360 420 480 -540 ' 600 .660 '720 '•.780 .840 900 960 1020 1080

-1104— (2) Informace pro SEQ ID NO: 70:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1230 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý „ (D) Topologie: cirkulární (ii.) Typ molekuly: DNA (genomová) * \*· ’ (iii) Hypotetická: NE Λ (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1230 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 70:

ATGTCCTTGA TTAGAGTGAA TGGGGAAGCT TTTAAACTCT CTTTGGAAAG TTTAGAAGAA 61

GATCCTTTTG AAACTAAAGA AACGCTAGAA ACGCTAGAAA CGCTTATCAA ACAAACGAGC 120 GTTGTTTTAT TGGCCGCTGG GGAGTCTAAG CGTTTTTCTC GTGCGATTAA AAAGCAGTGG 180 CTACGCTCTC ACCACACCCC CTTATGGCTC AGCGTGTATG AAAGCTTTAA AGAAGCCCTA 240 GACTTTAAGG AAGTCATTCT AGTTGTAAGC GAATTGGATT ATGTTTATAT CCAACGCCAT 300 TACCCCAAAA TCAAGCTTGT AAAAGGCGGG GCATCAAGGC AAGAATCCGT GCGTAACGCT 360 TTGAAAGTAA TTGATAGCAC TTACACGATC ACCAGCGATG TGGCTAGGGG TTTAGCGAAT 420 ATGGAAGCGC TTAAAAGCTT GTTTTTAAČC CTCCAACAAA CGAGCCATTA TTGCATCGCC 480 CCTTACTTGC CTTGCTATGA CACAGCGATC , TATTATAACG AGGCTTTAGA TAGAGAAGCG 540 ATCAAACTCA TTCAAACCCC GCAATTAAGC CACACCAAAA CGCTCCAATC AGCCCTAAAC 600 CAAGGGGGTT TTAAAGATGA AAGCAGCGCG; ATTTTACAAG CTTTCCCTAA CTCTGTGAGC 660

192 • · ···

TATATTGAAG GCAGTAAGGA TTTGCACAAA CTCACCACAA GCGGCGATTT AAAGTTTTTT , 720 ACGCCTTTTT TTAACCCAGC AAAGGACACT TTTATAGGCA TGGGTTTTGA TACGCATGCG '780 TTCATTAAAG ATAAGCCTAT GGTTTTAGGG GGGGTTGTTT TGGATTGCGA GTTTGGGTTA . 840 AAGGCTCATA GCGATGGCGA TGCTTTATTG CATGCGGTTA TTGATGCGAT TTTAGGAGCG 900 ATTAAAGGGG GGGATATTGG CGAATGGTTC CCTGATAATG ACCCCAAATA CAAAAACGCC 960 TCTTCTAAAG'AGCTTTTAAA'AATCGTGTTG'GATTTTTCTC AAAGCATTGG'‘GTTTGAATTG z 1020 CTTGAAATGG -GAGCGACCAT CTTTAGCGAA' ATCCCTAAAA TCACTCCTTA CAAACCGGCG 108 0 ’ATTTTAGAGÁ-)ÁTTIGAGCCA-'ACTrTTGGGT/'TTAGAAAAAT;CTCAAATCAGÍ^,.CTTGAAAGCC 1140 ACTACAATGG ‘AAAAAATGGG-GTTCATTGGC AAACAAGAAG GGCTGTTAGT CCAAGCGCAT 1200 GŤGAGCATGC GTTATAAACA AAAÁCTTTAA · 1230 (2) Informace pro SEQ ID NO: 71:

“Ti”) Charakteristiky sekvence^-: -- --- (A) Délka: ,813 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj: / (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...813 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 71:

ATGAAAAAGT TTGTAGCTTT AGGGCTTCTA TCCGCGGTTT TAAGCTCTTC GTTGTTAGCC 60 GAAGGTGATG GTGTTTATAT AGGGACŤAAT TATCAGCTTG GACAAGCCCG TTTGAATAGC 120 AATATTTATA ATACAGGGGA TTGCACAGGG AGTGTTGTAG GTTGCCCCCC AGGTCTTACC 180 GCTAATAAGC ATAATCCAGG AGGCACCAAT ATCAATTGGC ACTCCAAATA CGCTAATGGG 240 GCTTTGAATG GTTTTGGGTT GAATGTGGGT TATAAGAAAT TCTTCCAATT CAAGTCGCTA 300 GATATGACAA GCAAGTGGTT TGGTTTTAGA GTGTATGGGC TTTTTGATTA CGGGCATGCC 360 GATTTAGGTA AACAAGTTTA TGCACCTAAT AAAATCCAGT TGGATATGGT CTCTTGGGGT 420 GTGGGGAGCG ATTTGTTAGC TGATATTATT GATAAAGACA ACGCTTCTTT TGGTATTTTT 480 GGTGGGGTCG CTATCGGCGG TAACACTTGG AAAAGCTCTG CAGCAAACTA TTGGAAAGAG 540 CAAATCATTG AAGCCAAAGG TCCTGATGTT TGTACCCCTA CTTATTGTAA CCCTAATGCC 600 CCTTATAGCA CCAACACTTC AACCGTCGCT TTTCAAGTGT GGTTGAATTT TGGGGTGAGA 660 GCCAATATCT ACAAGCATAA TGGCGTGGAA TTTGGCGTGA GAGTGCCGCT ACTCATCAAT 720 AAATTTTTGA GCGCGGGTCC TAACGCTACT AACCTTTATT ACCATTTGAA ACGGGATTAT 780 TCGCTTTATT TGGGGTATAA CTACACTTTT TAA ⁸¹³ (2) Informace pro SEQ ID NO: 72:

\ > » ^; • ' / ' · • ? * * .' 1 '

ΒΒ ····

193 'Β

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1317 párů baží (B) Typ:· nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE ___(vi)_Pů.vodní_zdroj_:_______________________ (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1317 (xi) Popis sekvence:SEO ID NO: 72:

ATGGCTTACA AACCTAACAA AAAGAAGTTA AAAGAATTAA GAGAGCAACC GAATTTATTT AGCATCTTAG ATAAGGGCGA TGTTGCAACA AACAATCCTG TTGAAGAGTC AGACAAGGCC AATAAAATAC AAGAGCCACT CCCTTATGTC GTGAAAACGC AAATCAATAA AGCAAGCATG ATTTCTAGAG ATCCTATTGA ATGGGCAAAG TATTTAAGCT TTGAAAAACG AGTCTATAAG GATAATAGTA AAGAAGATGT CAATTTCTTT GCCAATGGTG AGATAAAAGA AAGTTCTCGT GTTTATGAAG CGAATAAAGA AGGGTTTGAA AGGCGCATCA CTAAAAGATA CGATCTGATT GATAGAAATA TTGATAGAAA TAGAGAATTT TTTATAAAAG AAATTGAAAT TCTAACCCAC ACAAACAGCT TAAAAGAATT GAAAGAGCAA GGGTTAGAAA TCCAATTGAC CCACCATAAT GAAACGCATA AGAAAGCCTT AGAAAATGGC AATGAAATCG TTAAAGAATA CGACCATCTT AAAGATATTT ACCAAGAAGT AGAAAGAACA AAAGATGGTG GATTGGTAAG AGAAATAATC CCCAGTATTT CTAGCGCTGA GTATTTCAAG CTTTACAACA AACTGCCTTT TGAATCAATA AACAATGAAA ATACCAAACT GAATACTAAC GACAATGAAG AAGTTAAAAA ACTAGAATTT GAATTAGCTA AAGAAGTGCA TATTTTAATC CTAGAGCAAC AATTGCTTTC AGCAACAAAT TATTATTCTT GGATAGATAA AGATGATAAT GCGAATTTTG CTTGGAAAAT GCATAGGCTT atcaatgaaa ataaactcaa agaaaaccat ctcagcgcca ataacgctaa taagattaag CAATTTTTCT TTAATAATGG TTCTATTTTA GGCTGGACTA AAGAAGAACA AAGCGCTATA CAAGAAAACA GAGATTATTC TTTAAGAAGC GCTCTTTTAA GTTTAGAAGA AATCGCTCAA GCAAAAATTG AATTGCAAAA ATACTATGAA AGCGTTTATG TTAATGGTGA TGGGAATAAA AGAGAAATCA AGCCTTTTAA AGAAATTTTA AGAGACACCA ACAATTTTGA AAAAGCTTAT AAGGAGCGTT ATGACAAATT GGTAAGCTTG AGTGCAGCAA TCATTCAAGC TAAAGAGGGT GGTAATGAGC GACCAAATTC TAGTGCAAAT AACAATAACC CTATTAAAAA TACAATAGAG ACTAATACTT CTAACAATAT TATTCAAAAT AATGATAATA TAATCATCCA AATTTAA (2) Informace pro SEQ ID NO:. 73:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 648 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární

120

180

240

300

360

420

480

540

600

560

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1317

194 (ii)· Typ molekuly: DNA (genomová) . , (iii) Hypotetická: NE (iv), Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj : . ..

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter

-,-(-B-)—Umí-stšní-:--l.-.-;648----(xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 73:

ATGCAAGCGT TAAAATCATT GCTTGAAGTG ATTACAAAAC TCCAGAATCT ’ AGGCGGCTAT TTGATGCATA TAGCTATTTT CATCATTTTT ATTTGGATTG GAGGGCTTAA GTTTGTGCCT GCCAACTCCC CTTTCTTTTC TTTCATGTAT AAAATGTCTG AATCCCAATC CATGCAAGAA AACAAAGAAT GGCATAAAGA AAACCGCACT

TACGAAGCTG AAGGGATCGC CCCTTTTGTG AAATTTGAAA AACCTGCATA CAAACAACAC GAAATGCAAG ATAACCCTAA AATCGTTGAA TATTTAGTGG CTGAAGGTTT ÁGGGATTACG-ATCATGATCC TAGGCATTTT GGTGCTTTTG GGGCTTTGGA TGCCTTTAAT GGGCGTAGTT /GGGGGCTTGC TTGTCGCTGG AATGACGATC ACCACCCTAT CTTTTTTATT CACAACGCCA GAAGTGTTTG TCAATCAGCA TTTCCCATGG CTTTCTGGGG CTGGAAGGCT AGTGGTTAAA' GACTTGGCGT' TATTTGCTGG AGGCTTGTTT GTGGCCGGAT TTGATGCGAA ACGCTATTTG GAGGGTAAAG GGTTTTGCTT GATGGACCGC TCATCGGTAG GGATTAAAAC TAAATGCTCT AGCGGGTGTT, GCTCTTAA (2) Informace pro SEQ ID NO: 74:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 186 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...186 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 74:

Met Ile Lys Arg Ile Ala Cys Ile Leu Ser Leu Ser Ala Ser Leu Ala ^{1 5} ‘ 2.° 15

Leu Ala Gly Glu Val Asn Gly Phe Phe Met Gly Ala Gly Tyr Gin Gin i 20 , 25 30

Gly Arg Tyr Gly Pro Tyr Asn 'Ser Asa Tyr Ser Asp Trp Arg w-La Gly

S0

120

180

240

300

360

420

480

540

600

648

I ’

195 ·· ·· ···· • '.· · · · <· · · .· • '9 -9 ·9 9 '· · 9

9999 ·· 9

.. 9 9 ·· ♦ · · · • · '· · '*·(·'· 9 99

9 ·99\

	35					40				45
Asn.	Asp Leu	Tyr	Gly	Leu	Asn	Phe	Lys	Leu	Gly	Phe Val Gly Phe Ala
	50				55					60 .
Asn	Lys Trp	Phe	Gly	Ala	Arg	Val	Tyr	Gly	Phe	Leu Asp Trp Phe Asn
.65				70					75	80
• Thr-	:Ser'Gly	.Thr	Glu	His	'Thr:	Lys	Thr	Asn	Leu	.'Leu 'Thr TyrGly Gly
			85					90		95
Gly.	Glý/íAsp	Leu	Ilé,	Val:	Asn	Leu.	Ile-	Pro	Leu	Asp .Lys JPhe . Ala .'Leu
		100					105			‘ 110
' Gly	Leu.Ile	Gly	Gly	'Val	Gin	Leu	Ala	Gly	Asn	Thr·'.Trp Met Phe. Pro
	.. 115		. *			120				.125
Tyr	Asp Val'	Asn	Gin	Thr	Arg	Phe	Gin	Phe	Leu	Trp · ‘Asn:. Leu. 'Gly . Gly
	130'				135	>				140
Arg	Met Arg	Val	Gly	Asp	Arg	Ser	Ala	Phe	Glu	Ala ' Gly Val . Lys. Phe
145				150					155	160
Pro	Meť Val	Asn'	Gin	,Gly	Ser	Lys	Asp	Val	Gly	Leu Ile Arg Tyr Tyr
			165					170		175
Ser	Trp Tyr	Val	Asp	Tyr Val	Phe	Thr	Phe

180 185 (2) Informace pro SEQ ID NO: 75:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka:* 116 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...116

(xi) Popis sekvence:

SEQ.

ID

NO:

75 :

Leu

Met

Arg

Ile

Arg

Leu

Ser

Phe

Lys

Met

Asn

Ala

Phe

1 '

5

10

1S

Leu

Lys

Leu

Ala

Leu

Ala

Ser

Leu

Met

Gly

Leu

Trp

Tyr

Ala

Phe

20

25

30

Asn

Gly

Glu

Gly

Ser

Glu

Ile

Val

Ala

Ile

Gly

Ile

Phe

Val

Leu

Ile

35

40

45

Leu

Phe

Val

Phe

Ile

Arg

Pro

Val

Ser

Phe

Gin

Asp

Pro

Glu

Lys

50

55

60

Arg

Glu

Tyr

Ile

Glu

Arg

Leu

Lys

Asn

His

Glu

Arg

Lys

Met

65

70

75

80

Ile

Leu

Gin

Asp

Lys

Gin

Lys

Glu

Gin

Met

Arg

Leu

Tyr

Gin

Ala

85

90

95

Lys

Glu

Arg

Glu

Ser

Arg

Gin

Lys

Gin

Asp

Leu

Lys

Glu

Gin

Met

100

105

110

Lys Lys Tyr Ser ,<í._; ** ·· ····

196.

• · · ·

1« '· '· · ' <·{·;· · ·,'» (2) Informace pro SEQ ID NO: 76:

(.i) 'Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 345 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová

---(D-)—Tdpol-og-i-e-:-—1-i-neární-------------(ii) Typ, molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...-345

	(xi) Popis	sekvence:SEQ	ID	NO:	76:
Met 1	Val Lys His	Tyr Leu Phe Met 5	Ala	Val 10	Ser Gin Val Phe Phe Ser 15
Phe	Phe Leu Val 20	Leu Phe Phe Ile	Ser 25	Ser	Ile Val Leu Leu Ile Ser 30
XI e	Ala Ser Val 35	Thr Leu Val Ile 40	Lys	Val	Ser Phe Leu Asp Leu Val 45
Gin	Leu Phe Leu 50	Tyr Ser Leu Pro 55	Gly	Thr	Ile Phe Phe Ile Leu Pro 60
Ile 65	Thr Phe Phe	Ala Ala Cys Ala 70	Leu	Gly	Leu Ser Arg Leu Ser Tyr 75 80
Asp	His Glu Leu	Leu Val Phe Phe 85	Ser	Leu 90	Gly Val Ser Pro Lys Lys 95
Met	Thr Lys Ala 100	Phe Val Pro Leu	Ser 105	Leu	Leu Val Ser Ala Ile Leu 110
Leu	Ala Phe Ser 115	Leu Ile Leu Ile 120	Pro	Thr	Ser Lys Ser Ala Tyr Tyr ¹²⁵
Gly	Phe Leu Arg 130	Gin Lys Lys Asp 135	Lys	Ile	Asp Ile Asn Ile Arg Ala 140
Gly 145	Glu Phe Gly	Gin Lys Leu Gly ISO	Asp	Trp	Leu Val Tyr Val Asp Lys 155 160
Thr	Glu Asn Asn	Ser Tyr, Asp Asn ¹⁶⁵ ''Λ	Leu	Val 170	Leu Phe Ser Asn Lys Ser ¹⁷⁵
Leu	Ser Gin Glu 180	Ser Phe Ile Leu ' í · ‘‘ l	Ala 185	Gin	Lys Gly Asn Ile Asn Asn ISO
Gin	Asn Gly Val , 195	Phe Glu Leu Asn ' ' 200	Leu Tyr	Asn Gly His Ala Tyr Phe : , 205 ;
Thr	Gin Gly Asp 210;	Lys Met, Arg Lys '/ ’ 215	Val	Asp	Phe .Glu Glu Leu His Leu i 220
Arg 225	Asn Lys Leu	Lys Ser Phe Ash 230 '	Ser	Asn	Asp Ala Ala Tyr Leu Gin 235 v 240

• 0 0 • · '·	• 0 0	'0'· 0 0 0 · '· 1	00. » '· 0
• ·	• 0	0 * ·	·· 0
• 0	-.0	0 0	'0
0 0 0 0 0 0	9 0

197

Gly Thr Asp Tyr Leu Gly Tyr Trp Lys ²⁴⁵

Asn Lys Asn Gin Lys Arg Arg Phe Ser

250 -255

Gin Ala Ile Leu Val Ser Leu

260 , 265 270

Phe	Pro	Leu Ala Ser	Val	Phe	Leu	Ile	Pro Leu- Phe	Gly	Ile Ala	Asn
		275 ·			280			285
Pro	Arg	Phe Lys 'Thr	Asn	Trp	Ser	Tyr	Phe Tyr Val	Leu	Gly Ala	Val.
	290			295			300
'.Gly	>Val’	Tyr'Phe Leu	Met.	Val	His	Val·	Ile Ser *.Thr..'	.Asp	Leu Phe	.Leu
•305			310				315			'320
Met	Thr	Phe Phe Phe	Pro	Phe,	Ile-	Trp	.'Ala..řPhe,’Ila.	iSer	'.Tyr. .Leu	•.Leu
		' ³²⁵					330 '		. ,335
, Phe	Arg	Lys phe Ile	Leu	Lys	Arg Tyr

340 345 (2) Informace pro SEQ ID NO: 77:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 276 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO ..

(vi) Původní zdroj : . · ' - ’ (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...276 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 77:

Met

Lys

Ala

Lys

Val

Phe

Trp

Cys

Phe

Lys

Met

Ile

Arg

1

5

10

15

Trp

Leu

Tyr

Leu

Ala

Val

Phe-

Phe

Leu

Ser

Val

Ser

Asp

Ala

Lys

20

25

3 0

Glu

Ile

Ala

Met

Gin

Arg

Phe

Asp

Lys

Gin

Asn

His

Lys

Ile

Phe

Glu

35

40

45

Ile

Leu

Ala

Asp

Lys

Val

Ser

Ala

Lys

Asp

Asn

Val

Ile

Thr

Ala

Ser

50

55

60

Gly

Asn

Ala

Ile

Leu

Asn

Tyr Asp

Val

Tyr

Ile

Leu

Ala

Asp

Lys

65

70

75

80

Val

Arg

Tyr Asp

Thr

Lys

Thr

Lys

Glu

Ala

Leu

Glu

Gly

Asn

Ile

85

90

95

Lys

Val

Tyr Arg

Gly

Glu

Gly

Leu

Val

Lys

Thr

Asp

Tyr

Val

Lys

100

105

110

Leu

Ser

Leu

Asn

Glu

Lys

Tyr

Glu

Ile

Phe

Pro

Phe

Tyr

Val

Gin

115

-

120

125

Asp

Ser

Val

Ser

Gly

Ile

Trp

Val

Ser

Ala

Asp

•Ile

Ala

Ser

Gly

Lys

130

135

L

140

Asp

Gin

Lys

Tyr

Lys

Ile

Lys

Asn

Met

Ser

Ala·

. Ser,

Gly

Cys

Ser

Ile

145

150

155

160

Asp

Asn

Pro

Ile

Trp.,

His

vál

Asn

Ala

Thr'

Ser

Gly

Ser

Phe

Asn

Met

165-'

!

,íí

170*

175

Gin’

Lys

Ser

His

Leu Ser

Met‘ v

Trp

Asn

Pro Lys

Ile· Tyr • >

Val

Gly

Asp

180 ···«

	·· · · · • « · • · · ·	• 9 •	9 9 9 9 · · • > ···
198	9 · ·	•	• ·

Ile	Pro	Val 195	Leu	Tyr	Leu	Pro	Tyr 200
Arg	Thr 210	Thr	Gly	Phe	Leu	Tyr 215	Pro
Gly 225	Phe	Ile >	Tyr	Leu	Gin '230	Pro	Phe
Asp	Meh.	.•;,Thr	Phe	:Thr 245	Pro	Gin	Ile
Asn. Cys	>Phe Ala	Glu Leu	Ala 260 Phe	Arg	Tyr	Ile	Asn

'275

185				190
Ile	Phe	Met	Ser	Thr Ser 205	Asn	Lys
Glu	Phe	Gly	Thr 220	Ser Asn	Leu	Asp
Tyr	Leu	Ala '235	Pro.	Lys Asn	Ser	Trp 240
Arg	Tyr	. Lys:	• Arg/	;Gly'.Phe	.Gly	Leu'
	250			*:	,255
Ser 265	Lys	Thr	Gin	Val Phe 270	/Ile	Gin

(2) Informace- pro SEQ ID NO:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 224 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti: ' (A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...224 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 78:

Met 1

Ile

Arg

Leu

Lys 5

Gly

Leu

Asn

Lys

Thr 10

Leu

Lys

Thr

Ser

Leu 15

Leu

Ala

Gly

Val

Leu 20

Leu

Gly

Ala

Thr

Ala 25

Pro

Leu

Met

Ala

Lys 30

Pro

Leu

Ser

Asp 35

Glu

Asp

Leu

Lys 40

Arg

Val

Lys

Leu

His 45

Asn

Ile

Lys

Glu

Asp 50

Thr

Leu

Thr

Ser

Cys 55

Asn

Ala

Lys

Val

Asp 60

Gly

Ser

Gin

Tyr

Leu 65

Asn

Ser

Gly

Trp

Asn 70

Leu

Ser

Lys

Glu

Phe 75

Pro

Gin

Glu

Tyr

Arg 80

Glu

Lys

Ile

Phe

Glu 85

Cys

.Val

Glu

Glu 90

Lys

His

Lys

Gin

Ala 95

Leu

Asn

Leu

Ile

Asn 100

Lys

Glu

Asp

Thr

Lys Asp 105

Lys

Glu

Leu 110

Ala

Lys

Ile

Lys 115

Glu

Ile

Lys

Glu

Lys 120

Ala

Lys

Val

Leu

Arg 125

Gin

Lys

Phe

Met

Ala 130

Phe

Glu

Met

Lys

Glu 135

His

Ser

Lys

Glu

Phe 140

Pro

Asn

Lys

Gin 145

Leu

Gin

Thr

Met

Leu 150

Glu

Asn i;

Ala

Phe

Asp 155

Asn

Gly

Ala

Glu

Ser 160

Phe

Ile

Asp

Trp

His

Glu Arg

Phe

Gly

•Tle

Ser

Arg

Glu

Asn

·· ·

199 ·· • 9 • · φ Φ · t · • · · · «·«· «· · «· *·

Γ t · · * • · · · • ·« · 4·· » ·

- ♦'« ·· ., 165 170 175

Thr Tyr Lys Ala Leu Gly Ile Lys Glu Tyr Šer Asp Glu Gly Lys -Ile'

180 . .. · 185. · · 190 ., Leu Pro' Leu Ala'· Lys Glu .Val Ile. Leu Asp Asn ,Ile.^;,Lys;;Lys.;Ile\Leu

195 ' ' 200 205 , ,

Lys Lys Ala Leu Met Ile Leu, Asp Asn Pro Tyr Leu Leu Trp Leu Val

- 210 215 · · . 220 (2) Informace pro SEQ ID NO: 79 :

-—(i) Charakteristiky sekvence: ~ (A) Délka: 429 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti: , (A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...429 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 79:

Met

Pro

Tyr

Ala

Leu

Arg

Lys

Arg Phe

Phe

Lys

Arg

Leu

Phe

1

5

10

15

Phe

Leu

Ile

Val

Cys

Met

Ile

Asn Leu

His

Ala

Lys

Ser

Tyr

Leu

Phe

20

25

30

Ser

Pro

Leu

Pro

Ala

His

Gin Gin

Ile

Lys

Thr

Glu

Pro

Cys

35

40

45

Ser

Leu

Glu

Cys

Leu

Lys

Asp

Leu Met

Leu

Gin

Asn

Gin

Ile

Phe

Ser

50

55

60

Phe

Val

Ser

Gin

Tyr

Asp

Asn Asn

Gin

Asp

Glu

Ser

Leu

Lys

Thr

65

70

75

80

Tyr

Lys

Asp

Ile

Leu

Asn

Lys Leu

Asn

Pro

Val

Phe

Ile

Ala

Ser

85

90

95

Gin

Thr

Pro

Ala

Lys

Glu

Ser

Tyr Glu

Pro

Lys

Ile

Glu

Leu

Ala

Ile

100

105

110

Leu

Pro

Lys

Val

Gly Arg

Tyr

Ala

Ile

Leu

Val

Met

Asn

¹¹⁵

120

125

Thr

Leu

Ala

Tyr

Leu

Asn

Thr Arg

Asn

Asp

Phe

Asn

Ile

Gin

130

135

140

Val

Phe

Asp

Ser

Asp

Glu'

Glu

Ser Pro

Glu

Lys

Leu

Glu

Thr

Tyr

145

150

155

160

Lys

Glu

Ile

Glu

Lys

Glu'

Lyš

Phe Pro

Phe

Ile

Ile.

Ala

Leu

Thr

165

170

175

Lys

Glu

Gly

Val

Glu

Asn,

Leu

Leu Gin

Asn

Thr,

Thr

ile

Asn

Thr

Pro

180

V ' ,185

190

Thr

Tyr

Val

Pro

Thr.

Val

Asn

Lys 'Thr

Gin

Leu

Glu

Asn

His

Thr

Glu

• · í

195

200 ::

205

Leu

Ser

Leu

Ser

Glu-

Arg

Leu.

Tyr Phe

Gly

Gly:

Ile

Asp ,u ·

Tyr

Lys

Glu

2po .· ·: ::

• · ·

···

• · · ·

• ·

•

1

»· ·

210

215

220

Gin

Leu

Gly

Met

Leu

Ala

Thr

Phe

Ile

Ser

Pro

Asn

Ser

Pro

Val

Ile

225

230

235

240

Glu

Tyr

Asp

Gly

Leu

Ile

Gly

Glu

Arg

Leu

Arg

Gin

Ile

Thr

245

250

255

Glu

.Ser

Leu

•Asn

Val

Glu

Val

Lys

His

Gin

Glu

Asn

Ile

Ser

Tyr

Lys

260

265

270

Gin

Ala

. Thr

Ser

Phe

Ser

Lys

Asn

Phe

Arg

Lys

His

Asp Ala..

Phe

.Phe

275

280

285

Lys

Asn

Ser

Thr

Leu

Ile

Leu

Asn

Thr

Pro

Thr

Lys.

Ser

Gly

Leu

290

295

300

Ile

Leu

Ser

Gin

Ile

Gly,

Leu

Glu

Tyr

Lys

-Pro

.Leu

Lys

Ile

Leu

305

310

315

320

Ser

Thr,

.Gin

Ile

Asn

Phe

Asn

Pro

Ser

Leu

iLeu;

Leu

'Thr

Gin

Pro

32S

330

335

Lys

Asp

Arg

Lys

Asn

Leu^-

Phe

Ile

Val

Asn

Ala

Leu

Gin

Asn

Ser

Asp

340

.......

_____

Glu

Thr

Leu

Ile

Glu

Tyr

Ala

Ser

Leu

Glu

Ser

Asp

350 Leu

Arg

His

355

360-

365

Asp

Trp

Val

Asn

Tyr

Ser

Ala

Ile

Gly

Leu

Glu

Met

Phe

Leu

Asn

370

375

380

Thr

Leu.

Asp

Pro

His

Phe

Lys

Ser

Phe

Gin

Glu

Ser

Leu

Glu

Asp

385

390

395

400

Asn

Gin

Val

Arg

Tyr

His

Asn

Gin

Ile

Tyr

Gin

Ala

Leu

Gly

Tyr

Ser

405

410

415

Phe

Glu

Pro

Ile

Lys

Asn

Glu

Ser

Glu

Thr

Lys

Glu

420

425 (2) Informace pro SEQ ID NO: 80:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 455 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...455 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 80:

Val

Leu

Lys

Phe

Gin

Lys

Leu

Pro

Leu

Phe

Val

Ser

Ile

Leu

Tyr

1

5

10

IS

Asn

Gin

Ser

Pro

Leu

Ala

Phe

Asp

Tyr

Lys

Phe

Ser

Gly

Val

Ala

20

25

30

Glu

Ser

Val

Ser

Lys

Val

Gly

Phe

Asn

His

Ser

Lys

Leu

Asn

Ser

Lys

35

40

45

Glu

Gly

Ile

Phe

Pro

Thr

Ala

Thr

Phe

val

Thr

Ala

Thr

Ile

Lys

Leu

50

55

60

Gin

Val

Asp

Ser.Asn

Leu

Pro.

Lys

Asn

Ile

Glu Lys His

Ser

Leu

65

70

75

80

Lys

:ile

Gly

Val.

Gly.

Gly

Ile .

Leu

Gly.

Ala

Leu

Ala-

Tyr Asp

.Ser,

Thr

85

90

95

Lys

Thr

Leu

Ile'

Asp

Gin

Ala

Thr

His

Gin'

Ile

Tyr .Gly, Ser,

Glu

Leu

100

105

. 110

Phe

Tyr

Leu

Ile

Gly

Arg

Trp.

.Trp

Gly

Phe:

Leu

Gly / Asn; Ala

Pro

Trp

115.

120

-

,125

Lys

Asp

Ser.

Leu

,Ile,

Glu:

Ser-

Asp

Ala-

His

Thr Arg

Asn' Tyr

Val_:

Leu

130

135

.

,140

Tyr

Asn

Ser

Tyr

«Leu

Phe

,Tyr

Ser

Tyr

Gly

Asp Lys

Phe/His

Leu

Lys

145

150

155

160

Tjf»u

Glv Aro

Tyr.

Leu

Ser

Asn

Met

Asp

Phe

Met

Ser

Ser Tyr

Thr

Gin

165

170

175

·. Gly

Phe

Glu

Leu

Asp

Tyr

Lys

Ile

Asn

Ser

Lys

Ile

Ala Leu

Lys

Trp

180

185

190

Phe

Ser

Phe

Gly

Arg

Ala

Leu

Ala

Phe

Gly

Gin

Trp,Ile.

Arg

Asp

195

200

205

Trp

Tyr.

Ala

Pro'

Ile

Val

Thr

Glu Asp

Gly Arg

Lys

Glu Val

Tyr

Asp

210

215

220

Gly

Ile

His

Ala

Gin

Leu

Tyr

Phe

Ser

Lys

His Val

Gin

Val

225

230

235

240

Met

Pro

Phe

Ala

Tyr

Phe

Ser

Pro

Lys

Ile

Tyr

Gly

Ala Pro

Gly

Val

245

250

255

Lys

Ile

His

Ile

Asp

Ser

Asn

Pro

Lys

Phe

Lys

Gly

Leu Gly

Leu

Arg

260

265

270

Ala

Gin

Thr

Ile

Asn

Val

Ile

Phe

Pro

Val

Tyr

Ala Lys

Asp

Leu

275

280

285

Tyr

Asp

Val

Tyr

Trp

Arg

Asn

Ser

Lys

Ile

Gly

Glu

Trp Gly

Ala

Ser

290

295

300

Leu

Ile

His

Gin

Arg

Phe

Asp

Tyr

Asn

Glu

Phe

Asn Phe

Gly

Phe

305

310

315

320

Gly

Tyr Tyr

Gin

Asn

Phe

Gly

Asn

Ala

Asn

Ala

Arg

Ile Gly

Trp

Tyr

325

330

335

Gly

Asn

Pro

Ile

Pro

Phe

Asn

Tyr

Arg

Asn

Ser

Val Tyr

Gly

340

345

350

Val

Phe

Ser

Asn

Ala

Ile

Thr

Ala

Asp

Ala

Val

Ser

Gly Tyr

Val

Phe

355

360

365

Gly

Val

Tyr

Arg

Gly

Phe

Leu

Trp

Gly

Ile

Leu Gly

Arg

Tyr

370

375

380

Thr

Tyr

Ala

Thr

Arg

Ala

Ser

Glu

Arg

Ser

Ile

Asn

Leu Asn

Leu

Gly

385

390

395

400

Tyr

Lys

Trp

Gly

Ser

Phe

Ala

Arg

Val

Asp

Val

Asn

Leu Glu

Tyr

405

410

415

Val

Ser

Met

His

Asn

Gly

Tyr

Arg

Leu

Asp

Tyr

Leu Thr

Gly

Pro

420

425

430

Phe

Asn

Lys

Ala

Phe

Lys

Ala

Asp

Ala

Gin

Asp Arg

Ser Asn

Leu

Met

435

440

445

Val

Ser

Met

Lys

Phe

-

450 455

• · ··· ··· (2) Informace pro SEQ ID NO: 81:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: .482 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová - . (D) Topologie: lineární . (ii) Typ molekuly/-protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

‘ -(A) Organismus: Helicobacter pylori-----------------------------(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...282 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 81:

Met

Gly

Cys

Ser

Phe

Ile

Phe

Lys

Val

Arg

Val

Tyr

Ser

Lys

Met

1

5

10

15

Leu

Val

Ala

Leu

Gly

Leu

Ser

Val

Leu

Ile

Gly

Cys

Ala

Met

Asn

20

25

30

Pro

Ser

Ala

Glu

Thr

Lys

Lys-

Pro

Asn

Asp

Ala

Lys

Asn

Gin

Pro

35

40 ,

45

Val

Gin

Thr

His

Glu

Arg

Met

Thr

Ser

Glu

His

Val

Thr

Pro

50

55

60

Leu

Asp

Phe

Asn

Tyr

Pro

Val

His

Ile

Val

Gin

Ala

Pro

Gin

Asn

His

65

70

75

80

His

Val

Gly

Ile

Leu

Met

Pro

Arg

Ile

Gin

val

Ser

Asp

Asn

Leu

85

90

95

Lys

Pro

Tyr

Ile

Asp

Lys

Phe

Gin

Asp

Ala

Leu

Ile

Asn

Gin

Ile

Gin

100

105

110

Thr

Ile

Phe

Glu

Lys

Arg

Gly

Tyr

Gin

Val

Leu

Arg

Phe

Gin

Asp

Glu

115

120

125

Lys

Ala

Leu

Asn

Val

Gin

Asp

Lys

Ile

Phe

Ser

Val

Leu

Asp

130

135

140

Leu

Lys

Gly

Trp

Val

Gly

Ile

Leu

Glu

Asp

Leu

Lys

Met

Asn

Leu

Lys

145

150

155

160

Asp

Pro

Asn

Ser

Pro

Asn

Leu

Asp

Thr

Leu

Val

Asp

Gin

Ser

Gly

165

170

175

Ser

Val

Trp

Phe

Asn

Phe

Tyr

Glu

Pro

Glu

Ser

Asn

Arg

Val

His

180

185

190

Asp

Phe

Ala

Val

Glu

Val

Gly

Thr

Phe

Gin

Ala

Ile

Thr

Tyr

Thr

Tyr

195

200

205

Thr

Ser

Thr

Asn

Ala

Ser

Gly

Phe

Asn

Ser

Lys

Ser

Val

210

215

220

Ile

His

Glu

Asn

Leu

Asp

Lys

Asn

Arg

Glu

Asp

Ala

Ile

His

Lys

Ile

225

230

235

240

Leu

Asn

Arg

Met

Tyr

Ala

Val

Met

Lys

Ala

Val

Thr

Glu

Leu

245·

250

255

Thr

Lys

Glu

Asn

Ile

Ala

Lys

Tyr Arg

Asp, Ala

Ile

Asp

Arg

Met

Lys

260

265

₄

270

Gly

Phe

Lys

Ser

Sér

Meť

’ Pro

Gin Lys

Lys

*

275

280

-

• ·

2CX3 ) Informace pro SEQ ID NO: 82:

. (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 280 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

-(-Aj—Grgani-smus-:—Hei-icobacter^pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...280 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 82:

Met Lys Leu Arg	Ala Ser Val	Leu Ile Gly Val Ala	Ile Leu	Cys	Leu
1	5	10		15
Ile Leu Ser Ala	Cys Ser Asn	Tyr Ala Lys Lys Val	Val Lys	Gin	Lys
20		25	30
Asn His Val Tyr	Thr Pro Val	Tyr Asn Glu Leu Ile	Glu Lys	Tyr	Ser
35		40	45
Glu Ile Pro Leu	Asn Asp Lys	Leu Lys Asp Thr Pro	Phe Met	Val	Gin
50	55	60
Val Lys Leu Pro	Asn Tyr Lys	Asp Tyr Leu Leu Asp	Asn Lys	Gin	Val
65	70	' 75			80
Val Leu Thr Phe	Lys Leu Val	His His Ser Lys Lys	Ile Thr	Leu	Ile
	85	90		95
Gly Asp Ala Asn	Lys Ile Leu	Gin Tyr Lys Asn Tyr	Phe Gin	Ala	Asn
100		105	110
Gly Ala Arg Ser	Asp Ile Asp	Phe Tyr Leu Gin Pro	Thr Leu	Asn	Gin
115		120	125
Lys Gly Val Val	Met Ile Ala	Ser Asn Tyr Asn Asp	Asn Pro	Asn	Asn
130	¹³⁵	140
Lys Glu Lys Pro	Gin Thr Phe	Asp Val Leu Gin Gly	Ser Gin	Pro	Met
145	150	155			160
Leu Gly Ala Asn	Thr Lys Asn	Leu His Gly Tyr Asp	Val Ser	Gly	Ala
	165	170		175
Asn Asn Lys Gin	Val Ile Asn	Glu Val Ala Arg Glu	Lys Ala	Gin	Leu
180		185	190
Glu Lys Ile Asn	Gin Tyr Tyr	Lys Thr Leu Leu Gin	Asp Lys	Glu	Gin
195		200	205
Glu Tyr Thr Thr	Arg Lys Asn	Asn Gin Arg Glu Ile	Leu Glu	Thr	Leu
210	215	220
Ser Asn Arg Ala	Gly Tyr Gin	Met Arg Gin Asn Val	Ile Ser	Ser	Glu
225	230	235			240
Ile Phe Lys Asn	Gly Asn Leu	Asn Met Gin Ala Lys	Glu Glu	Glu	Val
	245	250		255
Arg Glu Lys Leu	Gin Glu Glu	Arg Glu Asn Glu Tyr	Leu Arg	Asn	Gin
260		265	270
Ile Arg Ser Leu	Leu Ser Gly	Lys

275 280 ·· ····

64 • •tt · (2) Informace pro SEQ ID NO: 83:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 393 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) .Původní .zdroj :

		(A) Organismus:	Helicobacter pylori
	(ix)· Vlastnosti: (A) Jméno/klíč: (B) Umístění: 1 (xi) Popis sekvence:	misc_charakter ...393 SEQ ID NO: 83:
Met 1	Arg	Lys Leu Phe Ile Pro 5	Leu Leu Leu Phe Ser Ala 10	Leu	Glu 15	Ala
Asn	Glu	Lys Asn Gly Phe Phe 20	Ile Glu Ala Gly Phe Glu 25	Thr 30	Gly	Leu
Leu	Glu	Gly Thr Gin Thr Gin 35	Glú Lys Arg His Thr Thr. 40 45	Thr	Lys	Asn
Thr	Tyr 50	Ala Thr Tyr Asn Tyr 55	Leu Pro Thr Asp Thr Ile 60	Leu	Lys	Arg
Ala 65	Ala	Asn Leu Phe Thr Asn 70	Ala Glu Ala Ile Ser Lys 75	Leu	Lys	Phe 80
Ser	Ser	Leu Ser Pro Val Arg 85	Val Leu Tyr Met Tyr Asn 90	Gly	Gin 95	Leu
Thr	Ile	Glu Asn Phe Leu Pro 100	Tyr Asn Leu Asn Asn Val 105	Lys 110	Leu	Ser
Phe	Thr	Asp Ala Gin Gly Asn 115	Val Ile Asp Leu Gly Val 120 125	Ile	Glu	Thr
Ile	Pro 130	Lys His Ser Lys Ile 135	Val Leu Pro Gly Glu Ala 140	Phe	Asp	Ser
Leu 145	Lys	Ile Asp Pro Tyr Thr 150	Leu Phe Leu Pro Lys Ile 155	Glu	Ala	Thr 160
Ser	Thr	Ser Ile Ser Asp Ala 165	Asn Thr Gin Arg Val Phe 170	Glu	Thr 175	Leu
Asn	Lys	Ile Lys Thr Asn Leu 180	Val Val Asn Tyr Arg Asn 185	Glu 190	Asn	Lys
Phe	Lys	Asp His Glu Asn His 195	Trp Glu Ala Phe Thr Pro 200 205	Gin	Thr	Ala
Glu	Glu 210	Phe Thr Asn Leu Met 215	Leu Asn Met Ile Ala.Val 220	Leu	Asp	Ser
Gin 225	Ser	Trp Gly Asp Ala Ile ²³⁰	Leu Asn Ala Pro Phe. Glu 235'	Phe	Thr	Asn 240
Ser	Pro	Thr Asp Cys Asp Asn 245	Asp Pro Ser Lys Cys Val 250	Asn	Pro Gly 255
Thr	Asn	Gly Leu Val Asn Ser 260	Lys Val Asp Gin Lys Tyr 265	Val 270	Leu	Asn

Lys Gin Asp Ile

Val Asn

Lys

Phe Lys Asn Lys Ala Asp Leu Asp Val

275

280

285

Ile

Val

Leu

Lys

Asp

Ser

Gly

Val

Gly

Leu

Gly

Ser

Asp

Ile

Thr

290

295

300

Pro

Ser

Asn

Asp

Gly

Lys

His

Tyr

Gly

Gin

Leu

Gly

Val

305

310

315

-

320

Ala

Ser

Ala

Leu

Asp

Pro

Lys

Leu

Phe

Gly

Asp

Asn

Leu

Lys

Thr

325

330

335

Ile

Asn

Leu

Glu

Asp

Leu

Arg

Thr

Ile

Leu

His

Glu

Phe

Ser

His

Thr

*

340

345

350

Lys

Gly

Tyr

Gly

His

Asn

Gly

Asn

Met

Thr

Tyr

Gin

Arg

Val

Pro

Val

355

360

365

Thr

Lys

Asp

Gly

Gin

Val

Glu

Lys

Asp

Ser

Asn

Gly

Lys

Pro

Lys

Asp

370

375

380

Ser

Asp‘Gly

Leu

Pro

Tyr

Asn

Val

Cys

385

390

(2) Informace pro SEQ ID NO: 84:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 270 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO ^; (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...270

	(xi) Popis	sekvence:SEQ ID NO: 84:
Met 1	Lys Lys Phe	Val Ala Leu Gly Leu Leu Ser Ala Val Leu Ser Ser 5 10 15
Ser	Leu Leu Ala 20	Glu Gly Asp Gly Val Tyr Ile Gly Thr Asn Tyr Gin 25 30
Leu	Gly Gin Ala 35	Arg Leu Asn Ser Asn Ile Tyr Asn Thr Gly Asp Cys 40 45
Thr	Gly Ser Val 50	Val Gly Cys Pro Pro Gly Leu Thr Ala Asn Lys His 55 60
Asn 65	Pro Gly Gly	Thr Asn Ile Asn Trp His Ser Lys Tyr Ala Asn Gly 70 75 80
Ala	Leu Asn Gly	Phe Gly Leu Asn Val Gly Tyr Lys Lys Phe Phe Gin 85 90 95
Phe	Lys Ser Leu 100	Asp Met Thr Ser Lys Trp Phe Gly Phe Arg Val Tyr 105 110
Gly	Leu Phe Asp 115	Tyr Gly His Ala Asp Leu Gly Lys Gin Val Tyr Ala 120 125
Pro	Asn Lys Ile 130	Gin Leu Asp Met Val Ser Trp Gly Val Gly Ser Asp 135 140

• ·· ······ ·· ·· · · · · · · • *

Leu	Leu	Ala	Asp	Ile	Ile	Asp	Lys	Asp	Asn	Ala	Ser
145					ISO					155
. Glý	Gly	Val	Ala	Ile	Gly	Gly	Asn	Thr	‘Trp	Lys	Ser
				165					170
Tyr	Trp	Lys	Glu	Gin	Ile	Ile	Glu	Ala	Lys	Gly	Pro
			180					185
Pro	Thr	Tyr	Cys	Asn	Pro	Asn	Ala	Pro	Tyr	Ser	Thr
		195					200
Val	Ala	Phe	Gin	Val	Trp	Leu	Asn	Phe	Gly	Val	Arg
	210					215					220
Lys	His	Asn	Gly	Val	Glu	Phe	Gly	Val	Arg	Val	Pro
' 225					230					235
Lys	Phe.	Leu	Ser	Ala	Gly	Pro	Asn	Ala	Thr	Asn	Leu
				245					250
Lys	Arg	Asp	Tyr	Ser	Leu	Tyr	Leu	Gly	Tyr	Asn	Tyr
			260-					265

Phe

Ser

Asp

Asn

205

Ala

Leu

Tyr

Thr

Gly

Ala

Val

190

Thr

Asn

Leu

Tyr

Phe

270

Ile

Ala

175

Cys

Ser

Ile

Ile .His

255

Phe

160

Asn

Thr

Tyr

Asn

240

..Leu (2) Informace pro SEQ ID NO: 85:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 140 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...140

	(xi) Popis	sekvence:SEQ	ID	NO:	85:
Met	His Pro Ile	Met Phe Ala Tyr	Ile	Ala	Asn Ala Leu Ala Gin Ala
1		5		10	15
Arg	Lys Ile Asn	Gly Thr Leu Cys	Met	Ala	Phe Gin Lys Ile Ser Gin
	20		25		30
Val	Lys Glu Leu	Gly Ile Asp Lys	Ala	Lys	Ser Leu Ile Gly Asn Leu
	35	40			45
Ser	Gin Val Ile	Ile Tyr Pro Thr	Lys	Asp	Thr Asp Glu Leu Ile Glu
	50	55			60
Cys	Gly Val Pro	Leu Ser Asp Ser	Glu	Ile	Asn Phe Leu His Asn Thr
65		70			75 80
Asp	Met Arg Ala	Arg Gin Val Leu	Val	Lys	Asn Ile Val Thr Asn Ala
		85		90	95
Ser	Ala Phe Ile	Glu Ile Asp Leu	Lys	Lys	Ile Cys Lys Asn Tyr Phe
	100		105		110
Ile	Phe Leu Ile	Ala Met Leu Val	Ile	Glu	Lys Ser Ser Met Ile Leu
	115	120			125
Lys	Lys Gin Thr	Lys Lys Leu Ile	Arg	Lys	Ser Ile
	130	¹³⁵			140

20*7 ,·*

(2) Informace pro SEQ ID NO: 86:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 256 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...256 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO:'86:

Met Leu Gly Ser	Val	Lys	Lys	Ala Val Phe. Arg	Val Leu	Cys	Leu	Gly
1	5			\ . 10 / .	»		15
Ala Leu Cys Leu	Cys	Gly	Gly	Leu Met Ala Glu	Gin Asp	Pro	Lys	Glu
20				. 25		30
Leu Ile Phe Ser	Gly	Ile	Thr	Ile Tyr Thr Asp	Lys Asn	Phe	Thr	Arg
35				40	45
Ala Lys Lys Tyr	Phe	Glu	Lys	Ala Cys Lys Ser	Asn Asp	Ala	Asp	Gly
50			55		60
Cys Ala Ile Leu	Arg	Glu	Val	Tyr Ser Ser Gly	Lys Ala	Ile	Ala	Arg
65		70		75				80
Glu Asn Ala Arg	Glu	Ser	Ile	Glu Lys Ala Leu	Glu His	Thr	Ala	Thr
	85			90			95
Ala Lys Val Cys	Lys	Leu	Asn	Asp Ala Glu Lys	Cys Lys	Asp	Leu	Ala
100				105		110
Glu Phe Tyr Phe	Asn	Val	Asn	Asp Leu Lys Asn	Ala Leu	Glu	Tyr	Tyr
115				120	125
Ser Lys Ser Cys	Lys	Leu	Asn	Asn Val Glu Gly	Cys Met	Leu	Ser	Ala
130			135		140
Thr Phe Tyr Asn	Asp	Met	Ile	Lys Gly Leu Lys	Lys Asp	Lys	Lys	Asp
145		150		155				160
Leu Glu Tyr Tyr	Ser	Lys	Ala	Cys Glu Leu Asn	Asn Gly	Gly	Gly	Cys
	165			170			175
Ser Lys Leu Gly	Gly	Asp	Tyr	Phe Phe Gly Glu	Gly Val	Thr	Lys	Asp
180				¹⁸⁵		190
Phe Lys Lys Ala	Phe	Glu	Tyr	Ser Ala Lys Ala	Cys Glu	Leu	Asn	Asp
195				200	’ 205
Ala Lys Gly Cys	Tyr	Ala.	Leu·	Ala Ala Phe Tyr Asn Glu	Gly Lys	Gly
210			215		.220
Val Ala Lys Asp	Glu	Lys	Gin	Thr Thr Glu Asn	Leu Glu	Lys	Ser	Cys
225		230		‘ 235 ^k ·'	'			240
Lys Leu Gly Leu	Lys	Glu	Ala	Cys Ásp Ilé Leu	Lys Glu	Gin Lys	Gin
	245			250	•... *		255

i.

2G58 .· (2) Informace pro SEQ ID NO: 87:

(i) Charakteristiky' sekvence: .

(A) Délka: 242 aminokyselin , , (B) Typ: .aminokyselinová . * , (D) Topologie: liheární (ii) Typ molekuly: protein . (iii) Hypotetická: ANO., (vi) Původní,zdroj:

______(A)—Organ-i-smue-:—Hel-ieobacter-pylOri (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...242 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 87:

Met 1

Lys

Phe

Phe 5

Ser

Gin

Ser

Leu

Leu 10·

Ala

Leu

Ile

Ser 15

Met

Asn

Ala

Val

Ser 20

Gly

Met

Asp

Gly Asn Gly 25 ; · - ’

Val‘ Phe -- :: _k

Leu

Gly 30

Ala

Gly

Tyr

Leu

Gin 35

Gly

,Gln

Ala

Gin

Met- 40 '

His

Ala

Asp'

Ile

Asn 45

Ser

Gin

Lys

Gin

Ala 50

Thr

Asn

Ala

Thr

Ile 55

Lys

Gly

Phe

Asp

Ala 50

Leu

Gly

Tyr

Gin 65

Phe

Glu

Lys 70

His

Phe

Gly

Leu

Arg 75

Leu

Tyr

Gly

Phe

Phe 80

Asp

Tyr

Ala

His

Ala 85

Asn

Ser

Ile

Lys

Leu 90

Lys

Asn

Pro

Asn

Tyr 95

Asn

Ser

Glu

Ala

Ala 100

Gin

Val

Ala

Ser

Gin 105

Ile

Leu

Gly

Lys

Gin 110

Glu

Ile

Asn

Arg

Leu 115

Thr

Asn

Ile

Ala

Asp 120

Pro

Arg

Thr

Phe

Glu 125

Pro

Asn

Met

Leu.

Thr 130

Tyr

Gly

Ala

Met 135

Asp

Val

Met

Val

Asn 140

Val

Ile

Asn

Gly 145

Ile

Met

Ser

Leu

Gly 150

Ala

Phe

Gly

Ile 155

Gin

Leu

Ala

Gly

Asn 150

Ser

Trp

Leu

Met

Ala 165

Thr

Pro

Ser

Phe

Glu 170

Gly

Ile

Leu

Val

Glu 175

Gin

Ala

Leu

Val

Ser 180

Lys

Ala

Thr

Ser 135

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe 190

Asn

Val

Gly

Ala

Arg 195

Leu

Arg

Ile

Leu

Lys 200

His

Ser

Ile

Glu 205

Ala

Gly

Val

Lys

Phe 210

Pro

Met

Leu

Lys

Lys 215

Asn

Pro

Tyr

Ile

Thr 220

Ala

Lys

Asn

Leu

Asp 225

Ile

Gly

Phe

Arg

Arg 230

Val

Tyr

Ser

Trp

Tyr 235

Val

Asn

Tyr

Val

Phe 240

Thr Phe • ·· «« ··♦· ··

20? .· • ·.· · · · · • · ·· (2) Informace pro SEQ ID NO: 88:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 267 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

--(A) Organismus: Helicobacter pylori------(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...267 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 88:

Met

Asn

Tyr

Pro

Asn

Leu

Pro

Asn

Ser

Ala

Leu

Glu

Ile

Ser

Glu

Gin

1

5

10 .

15

Pro

Glu

Val

Lys

Glu

Ile

Thr

Asn

Glu

Leu

Lys

Gin

Leu

Gin

Asn

20

25

30

Ala

Leu

Arg

Ser

Asn

Ala

His

Phe

Ser

Glu

Gin

Val

Glu

Leu

Ser

Leu

35

40

45

Lys

Cys

Ile

Val

Arg

Ile

Leu

Glu

Val

Leu

Ser

Leu

Asp

Phe

50

55

60

Lys

Asn

Ala

Asn

Glu

Ile

Asp

Ser

Leu

Arg

Asn

Ser

Ile

Glu

Trp

65

70

75

80

Leu

Thr

Asn

Ala

Gly

Glu

Ser

Leu

Lys

Leu

Lys

Met

Lys

Glu

Tyr

Glu

85

90

95

Arg

Phe

Ser

Glu

Phe

Asn

Thr

Ser

Met

His

Ala

Asn

Glu

Gin

Glu

100

105

110

Val

Thr

Asn

Thr

Leu

Asn

Ala

Asn

Ala

Glu

Asn

Ile

Lys

Ser

Glu

Ile

115

120

125

Lys

Leu

Glu

Asn

Gin

Leu

Ile

Glu

Thr

Arg

Leu

Thr

130

135

140

Ser

Tyr

Gin

Ile

Phe

Leu

Asn

Gin

Ala

Arg

Asp

Asn

Ala

Asn

Gin

145

150

155

160

Ile

Thr

Lys

Asn

Lys

Thr

Gin

Ser

Leu

Glu

Ala

Ile

Thr

Gin

Ala

Lys

165

170

175

Asn

Ala

Asn

Glu

Ile

Ser

Asn

Gin

Thr

Gin

Ala

Ile

Thr

180

185

190

Asn

Ile

Thr

Glu

Ala

Lys

Thr

Asn

Ala

Asn

Glu

Ile

Ser

Asn

195

200

205

Gin

Thr

Gin

Ala

Ile

Thr

Asn

Ile

Asn

Glu

Ala

Lys

Glu

Ser

Ala

Thr

210

215

220

Thr

Gin

Ile

Asn

Ala

Asn

Lys

Gin

Glu Ala

Ile

Asn

Ile

Thr

Gin

225

230

235

240

Glu

Lys

Thr

Gin

Ala

Thr

Ser

Glu

Ile

Thr

Glu'

Ala

Lys

Thr

Asp

245

250

255

His

Tyr

Gin

Asn

Ile

Asp

Phe

Glu

Phe

Glu

260

265

«0 00 · ·

W / *

0*0 0000

0« 0000

(2) Informace pro SEQ ID NO: 89:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 544 aminokyselin

- (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární · (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

--·—_(A)—Organismus-:- Hel-i-cobacter^pylori’ (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...544

	(xi) Popis	sekvence:SEQ	ID	NO:	89:
Val '1	Ile Glu Thr	Ile Pro Lys His 5	Ser	Lys 10	Ile Val Leu Pro Gly Glu 15
Ala	Phe Asp Ser 20	Leu Lys Glu Ala	Phe 25	Asp	Lys Ile Asp Pro Tyr Thr 30
Phe	Phe Phe Pro 35	Lys Phe Glu Ala 40	Thr	Ser	Thr Ser Ile Ser Asp Thr 45
Asn	Thr Gin Arg 50	Val Phe Glu Thr· 55	Leu	Asn	Asn Ile Lys Thr Asn Leu 60
Ile 65	Met Lys Tyr	Ser Asn Glu Asn 70	Pro	Asn	Asn Phe Asn Thr Cys Pro 75 80
Tyr	Asn Asn Asn	Gly Asn Thr Lys 85	Asn	Asp 90	Cys Trp Gin Asn Phe Thr 95
Pro	Gin Thr Ala 100	Glu Glu Phe Thr	Asn 105	Leu	Met Leu Asn Met Ile Ala 110
Val	Leu Asp Ser 115	Gin Ser Trp Gly Asp 120	Ala	Ile Leu Asn Ala Pro Phe 125
Glu	Phe Thr Asn 130	Ser Ser Thr Asp 135	Cys	Asp	Ser Asp Pro Ser Lys Cys 140
Val 145	Asn Pro Gly	Val Asn Gly Arg 150	Val	Asp	Thr Lys Val Asp Gin Gin 155 160
Tyr	Ile Leu Asn	Lys Gin Gly Ile 165	Ile	Asn 170	Asn Phe Arg Lys Lys Ile 175
Glu	Ile Asp Ala 180	Val Val Leu Lys	Asn 185	Ser	Gly Val Val Gly Leu Ala 190
Asn	Gly Tyr Gly 195	Asn Asp Gly Glu 200	Tyr	Gly	Thr Leu Gly Val Glu Ala 205
Tyr	Ala Leu Asp 210	Pro Lys Lys Leu 215	Phe	Gly	Asn Asp Leu Lys Thr Ile 220
Asn 225	Leu Glu Asp	Leu Arg Thr Ile 230	Leu	His	Glu Phe Ser His Thr Lys 235 240
Gly	Tyr Gly His	Asn Gly Asn Met ²⁴⁵	Thr	Tyr 250	Gin Arg Val Pro Val Thr 255
Lys	Asp Gly Gin 260	Val Glu Lys Asp	Ser 265	Asn	Gly Lys Pro Lys Asp Ser 270
Asp	Gly Leu Pro 275	Tyr Asn Val Cys 280	Ser	Leu	Tyr Gly Gly Ser Asn Gin 285 '
Pro	Ala Phe Pro 290	Ser Asn Tyr Pro 295	Asn	Ser	Ile Tyr His Asn Cys Ala 300

• · · · ' · • · <1 · · · ·

•

·· ··

• ·

41

• ·

Asp 305

Val

Pro

Ala

Gly

Phe 310

Leu

Gly

Val

Thr

Ala 315

Ala

Val

Trp

Gin

Gin 320

Leu

Ile

Asn

Gin

Asn 325

Ala

Leu

Pro

Ile

Asn 230

Tyr

Ala

Asn

Leu

Gly 335

Ser

Gin

Thr

Asn

Tyr 340

Asn

Leu

Asn

Ala

Ser 345

Leu

Asn

Thr

Gin

Asp 350

Leu

Ala

Asn

-Ser

Met 355

Leu

Ser

Thr

Ile

Gin 360

Lys

Thr

Phe

Val

Thr 365

Ser

Val

Thr*

Asn 370

His

Phe ?

Ser

Asn 375

Ala

Ser

Gin

Ser

Phe 380

Arg

Ser

pro

Ile

Leu 385

Gly

Val

Asn

Ala

Lys 390

Ile

Gly

Tyr.

Gin

Asn 395

Tyr

Phe

Asn

Asp

Phe 400

Ile

Gly

Leu

Ala

Tyr 405

Tyr

Gly

Ile

Lys 410

Tyr

Asn

Tyr.

Ala

Lys 415

Ala

Val

Asn

Gin'

Lys 420

Val

Gin

Leu

Ser 425

Tyr

Gly

Ile 430

Asp

Leu

Asp 435

Phe

Ile

Thr

Tyr 440

Ser

Asn

Lys

Asn

Ser 445

Pro

Thr Gly

.Ile

Gin 450

Thr

Lys

Arg

Asn

Phe 455

Ser

Phe

Gly 460

Ile

Phe

Gly

Leu 465

Arg

Gly

Leu

Tyr

Asn 470

Ser

Tyr

Val

Leu 475

Asn

Lys

Val

Lys

Gly 480

:-.Ser

Gly

Asn

Leu

Asp 485

Val

Ala

Thr

Gly

Leu 490

Asn

Tyr

Arg

Tyr

Lys 495

His

Ser

Lys

Tyr

Ser 500

Val

Gly

Ile

Ser

Ile 505

Pro

Leu

Ile'

Gin

Arg 510

Lys

Ala

Ser

Val

Val 515

Ser

Gly

Asp 520

Tyr

Thr

Asn

Ser

Phe 525

Val

Phe

Asn

Glu

Gly 530

Ala

Ser

His

Phe

Lys 535

Val

Phe

Asn

Tyr 540

Gly

Cys

Phe

(2) Informace pro SEQ ID NO: 90:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 356 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...356 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 90:

Leu Met Lys Ser Ile Leu Leu Phe Met Ile Phe Val Val Cys Gin Leu ^{1 5} 10 _ 15

Glu Gly Lys Lys Phe Ser Gin Asp Asn Phe LyS Val. Asp Tyr Asn Tyr

25 30 • ·

	·······	• · ·	« · · ·
Tyr Leu Arg	Lys, Gin Asp Leu His Ile Ile Lys	Thr Gin	Asn Asp Leu
35	40	45
Ser Asn Ala	Trp Tyr Leu Pro Pro Gin Lys Ala	Pro Lys	Glu His Ser
50	55	60
'Trp Val Asp	Phe Ala Lys Lys Tyr Leu Asn Met	Met Asp	Tyr Leu Gly
65	70 75		80
Thr Tyr Phe	Leu Pro Phe Tyr His Ser Phe Thr	Pro Ile	Phe Gin Trp
	B5 90		95
Tyr His Pro	Asn Ile Asn Pro Tyr Gin Arg Asn	Glu Phe	Lys Phe Gin
	100 105		110
Ile Ser Phe	Arg Val Pro Val Phe Arg His Ile.	Leu Trp	.Thr Lys Gly
115	120	:i25
Thr Leu Tyr	Leu Ala Tyr Thr Gin Thr Asn Trp	Phe Gin	Ile Tyr.Asn
13 0	135	140
-Asp—Pro Gin	-Ses-Ala—Pro-MetArg-Met—I-le-Asn-	-Phe-Met-	Pro-Glu—Leu
145	150 155		160
Ile Tyr Val	Tyr Pro Ile Asn Phe Lys Pro Phe	Gly Gly	Lys Ile Gly
	165 170		175
Asn Phe Ser	Glu Ile Trp Ile Gly Trp Gin . His	Ile Ser	Asn Gly Val
	180 185		190
Gly Gly Ala	Gin Cys Tyr Gin Pro Phe Asn Lys	Glu Gly	Asn Pro Glu
195	200	205
Asn Gin Phe	Pro Gly Gin Pro Val Ile Val Lys.	Asp Tyr	Asn Gly Gin
210	215	220
Lys Asp Val	Arg Trp Gly Gly Cys Xaa Ser Val	Xaa Xaa	Gly Asn Xaa
225	230 · -235		240
Leu Cys Phe	Val Leu Val Trp Glu Lys Gly Gly,	Leu Lys	Ile Met Val
	245 250		255
Ala Tyr Trp	Pro Tyr Val Pro Tyr' Asp Gin Ser	Asn Pro	Gin Leu Ile
	260 265		270
Asp Tyr Met	Gly Tyr Gly Asn Ala Lys Ile Asp	Tyr Arg	Arg Gly Arg
275	280	285
His His Phe	Glu Leu Gin Leu Tyr Asp Ile Phe	Thr Gin	Tyr Trp Arg
290	295	300
Tyr Asp Arg	Trp His Gly Ala Phe Arg Leu Gly	Tyr Thr	Tyr Arg Ile
305	310 315		320
Asn Pro Phe	Val Gly Ile Tyr Ala Gin Trp Phe	Asn Gly	Tyr Gly Asp
	325 330		335
Gly Leu Tyr	Glu Tyr Asp Val Phe Ser Asn Arg	Ile Gly	Val Gly Ile
	340 345		350
Arg Leu Asn	Pro
355

(2) Informace pro SEQ ID NO: 91:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 675 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová ·· · ·

917 · * · ·· ·· · x x-j · · · ·· (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...675

(xi)

Popis

sekvence:SEQ

ID NO:

91:

Leu 1

Ser

Lys

Gly

Leu 5

Ser

Ile

Gly

Asn

Lys 10

Ile

Leu

Cys

Val 15

Ala

Leu

Ile

Val

Ile 20

Val

Cys

Val

Ser

Ile 25

Leu

Gly

Val

Ser

Leu 30

Asn

Ser

Arg

Val

Lys 35

Glu

Ile

Leu

Lys

Glu 40

Ser

Ala

Leu

His

Ser 45

Met

Gin

Asp

Ser

Leu 50

His

Phe

Lys

Val

Lys 55

Glu

Val

Gin

Ser

Val 60

Leu

Glu

Asn

Thr

Tyr 65

Thr

Ser

Met

Gly

Ile 70

Val

Lys

Glu

Met

Leu 75

Pro

Glu

Asp - Thr

Lys 80

Arg

Glu

Ile

Lys

Ile 85

Gin

Leu

Lys

Asn 90

Phe

Ile

Leu

Ala

Asn 95

Ser

His

Val

Ala

Gly 100

Val

Ser

Met

Phe

Phe 105

Lys

Asp

Arg

Glu

Asp 110

Leu

Arg

Leu

Thr

Leu 115

Leu

Arg

Asp

Asn

Asp 120

Thr

Ile

Lys

Leu

Met 125

Glu

Asn

Pro

Ser

Leu 130

Gly

Ser

Asn

Pro

Leu 135

Ala

Gin

Lys

Ala

Met 140

Lys

Asn

Lys

Glu

Ile 145

Ser

Lys

Ser

Leu

Pro 150

Tyr

Arg

Lys

Met 155

Pro

Asn

Gly

Ala

Glu 160

Val

Tyr

Gly

Val

Asp 165

Ile

Leu

Pro

Leu 170

Phe

Lys

Glu

Asn

Thr 175

Gin

Glu

Val

Gly 180

Val

Leu

Met

Ile

Phe 185

Phe

Ser

Ile

Asp

Ser 190

Phe

Ser

Asn

Glu

Ile 195

Thr

Lys

Asn

Arg

Ser 200

Asp

Leu

Phe

Leu

Ile 205

Gly

Val

Lys

Gly

Lys 210

Val

Leu

Ser

Ala 215

Asn

Lys

Ser

Leu

Gin 220

Asp

Lys

Ser

Ile

Thr 225

Glu

Ile

Tyr

Lys

Ser 230

Val

Pro

Lys

Ala

Thr 235

Asn

Glu

Val

Met

Ala 240

Ile

Leu

Glu

Asn

Gly 245

Ser

Lys

Ala

Thr

Leu 250

Glu

Tyr

Leu

Asp

Pro 255

Phe

Ser

His

Lys

Glu 260

Asn

Phe

Leu

Ala

Val 265

Glu

Thr

Phe

Lys

Met 270

Leu

Gly

Lys

Thr

Glu 275

Ser

Lys

Asp

Asn

Leu 280

Asn

Trp

Met

Ile

Ala 285

Leu

Ile

Glu

Lys 290

Asp

Lys

Val

Tyr

Glxi 295

Gin

Val

Gly

Ser

Val 300

Arg

Phe

Val

Val 305

Ala

Ser

Ala

Ile 310

Met

Val

Leu

Ala

Leu 315

Ile,,

.Ile

Ala

Ile

Thr 320

Leu

Met

Arg

Ala 325

Ile

Val

Ser

Asn

Arg 330

Leu

Glu

Val

Ser 335

Ser

214

Thr Leu Ser His Phe Phe Lys Leu Leu Asn Asn Gin Ala His Ser Ser 340 345 350

Asp Ile Lys Leu Val Glu Ala Arg Ser Asn Asp Glu Leu Gly Arg Met 355 360 365

Gin Thr Ala Ile Asn Lys Asn Ile Leu Gin Thr Glň Lys Thr Met Gin:

370 375 380 *

Glu-Asp Arg Gin Ala Val Gin Asp Thr Ile Lys Val Val Ser-Asp Val

385 390 395 400

Lys Ala Gly Asn Phe Ala Val Arg Ile Thr Ala Glu Pro Ala Ser Pro

405 410 415

Asp Leu Lys Glu Leu Arg Asp Ala Leu Asn Gly Ile Met Asp Tyr Leu

420 425 ' . 430

Gin Glu Ser Val Gly Thr His Met Pro Ser Ile Phe Lys .Ile Phe Glu . 435 ' 440 , 445 ' ·.

Ser Tyr· Ser Gly Leu Asp Phe Arg Gly Arg Ile Gin Asn Ala Ser Gly

450 455 ⁴⁶⁰

Arg Val Glu Leu Val .Thr Asn Ala Leu Gly Gin Glu Ile Gin. Lys Met

465 470 ' . ' .---475----------—480

Leu Glu Thr Ser Ser Asn Phe Ala Lys Asp Leu Ala Asn Asp Ser Ala

485 490 495

Asn

Leu

Lys

Glu Cys 500

Val Gin

Asn Leu Glu Lys Ala Ser Asn Ser Gin

505

510

His

Lys

Ser

Leu

Met

Glu

Thr

Ser^- Lys

Thr

ile 'Glu

Asn

Ile

Thr

515

520

525

Ser'

Ile-

Gin

Gly

Val

Ser

Gin

Ser

Glu

Ala

Met

Ile

Glu

Gin

Gly

530

535

540

Lys

Asp

Ile

Lys

Ser

Ile

Val

Glu,.

Ile

Arg

Asp

Ile

Ala

Asp

Gin

545

550

555

560

Thr

Asn

Leu

Ala

Leu

Asn

Ala

Ile

•Glu

Ala

Arg

Ala

Gly

565

570

575

Glu

His

Gly

Arg

Gly

Phe

Ala

Val

Ala

Asp

Glu

Val

Arg

Lys

Leu

580

585

590

Ala

Glu

Arg

Thr

Gin

Lys

Ser

Leu

Ser

Glu

Ile

Glu

Ala

Asn

Ile

Asn

595

600

605

Ile

Leu

Val

Gin

Ser

Ile

Ser

Asp

Thr

Ser

Glu

Ser

Ile

Lys

Asn

Gin

610

615

620

Val

Lys

Glu

Val

Glu

Ile

Asn

Ala

Ser

Ile

Glu

Ala

Leu

Arg

Ser

625

630

635

640

Val

Thr

Glu

Gly

Asn

Leu

Lys

Ile

Ala

Ser

Asp

Ser

Leu

Glu

Ile

Ser

645

650

655

Gin

Glu

Ile

Asp

Lys

Val

Ser

Asn

Asp

Ile

Leu

Glu

Asp

Val

Asn

Lys

660

665

670

Lys

Gin

Phe

675

(2) Informace pro SEQ ID NO: 92:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 271 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární

215 (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj·:

- (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...271 (xi) Popis sekvence:SEQ ID'NO: 92:

Met 1

Asn

Ile

Phe.

Lys 5

Arg

Ile

Cys

Val 10

Thr

Ala

Ile

Val

Leu 15

Gly

Phe

Asn

Leu 20

Leu

Asp

Ala

Lys

His 25

His

Lys

Glu

Lys

Lys 30

Glu

Asp

His

Lys

Ile 35

Thr

Arg

Glu

Leu

Lys 40

Val

Gly

Ala

Asn

Pro 45

Val

Pro

His

Ala

Gin 50

Ile

Leu

Gin

Ser

Val 55

Val

Asp

Leu

Lys 60

Glu

Lys

Gly

Ile

Lys 65

Leu

Val

Ile

Val

Ser 70

Phe

Thr

Asp

Tyr

Val 75

Leu

Pro

Asn

Leu

Ala 80

Leu

Asn

Asp

Gly

Ser 85

Leu

Asp

Ala

Asn

Tyr 90

Phe

Gin

His

Arg

Pro 95

Tyr

Leu

Asp

Arg

Phe 100

Asn

Leu

Asp

Arg

Lys 105

Met

His

Leu

Val

Gly 110

Leu

Ala

Asn

Ile

His 115

Val

Glu

Pro

Leu

Arg 120

Phe

Tyr

Ser

Gin

Lys 125

Ile

Thr

Asp

Ile

Lys 130

Asn

Leu

Lys

Gly 135

Ser

Val

Ile

Ala

Val 140

Pro

Asn

Asp

Pro

Ala 145

Asn

Gin

Gly

Arg

Ala 150

Leu

Ile

Leu

His 155

Lys

Gin

Gly

Leu

Ile 160

Ala

Leu

Lys

Asp

Pro 165

Ser

Asn

Leu

Tyr

Ala 170

Thr

Glu

Phe

Asp

Ile 175

Val

Lys

Asn

Pro

Tyr 180

Asn

Ile

Lys

Ile

Lys 185

Pro

Leu

Glu

Ala

Ala 190

Leu

Pro

Lys

Val 195

Leu

Gly

Asp

Val

Asp 200

Gly

Ala

Ile

Thr 205

Gly

Asn

Tyr

Ala

Leu 210

Gin

Ala

Lys

Leu

Thr 215

Gly

Ala

Leu

Phe

Ser 220

Glu

Asp

Lys

Asp

Ser 225

Pro

Tyr

Ala

Asn

Leu 230

Val

Ala

Ser

Arg

Glu 235

Asp

Asn

Ala

Gin

Asp 240

Glu

Ala

Ile

Lys

Ala 245

Leu

Ile

Glu

Ala

Leu 250

Gin

Ser

Glu

Lys

Thr 255

Arg

Lys

Phe

Ile

Leu 260

Asp

Thr

Tyr

Lys

Gly 265

Ala

Ile

Pro

Ala 270

Phe

(2) Informace pro SEQ ID NO: 9-3:

216

0 (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 161 aminokyselin , (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori

-(ix) VI a s tno s t i:—-----------------------(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...161

Met

Phe

(xi) Popis Phe Lys Thr

i sekvence: Tyr Gin Lys

SEQ Leu

ID Leu

NO: Gly

93 Ala

Ser

Cys

Leu

Ala

1 Leu

Tyr

Leu

Val

5 Gly

Cys

Gly

Asn

Gly

10 Gly

Gly

Glu

Ser

15 Pro

Val

Glu

Met

Ile

20 Ala

Asn

Ser

Glu

Gly

25 Thr

Phe

Gin

Ile

Asp

30 Ser

Lys

Ala

Asp

Ser

35 Ile

Thr

Ile

Gin

Gly

40 Val

Lys

Leu

Asn

Arg

45\ Gly

Asn

Cys

Ala

Val

50 Asn

Phe

Val

Pro

Val

55 Ser

Glu

Thr

Phe

Gin

60 Met

Gly

Val

Leu

Ser

65 Gin

Val

Thr

Pro

Ile

70 Ser

Ile

Gin

Asp

Phe

75 Lys

Asp

Met

Ala

Ser

80 Thr

Tyr

Lys

Ile

Phe

85 Asp

Gin

Lys

Gly

90 Leu

Ala

Asn

Ile

Ala

95 Asn

Lys

Ile

Ser

Gin

100 Leu

Glu

Gin

Lys

Gly

105 Val

Met

Glu

Pro

110 Gin

Thr

Leu

Asn

Phe

115 Gly

Glu

Ser

Leu

Lys

120 Gly

Ile

Ser

Gin

Gly

125 Cys

Asn

Ile

Glu

130 Ala

Glu

Ile

Gin

Thr

135 Asp

Lys

Gly

Ala

Trp

140 Thr

Phe

Asn

Phe

Asp

145	150	155	160
Lys
(2)	Informace pro SEQ ID NO:	94:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 337 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO

217 (vi) Původní zdroj:

.(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) . Umístění : 1...337 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 94:

Met	Ile	Arg	Leu Lys Gly	Leu Asn Lys Thr Leu	Lys Thr.Ser	Leu	Leu
1			5	10		15
Ala	Gly Val	Leu Leu Gly Ala Thr Ala Pro Leu 20 25	Met Ala Lys 30	Pro	Leu
Leu	Ser	Asp 35	Glu Asp Leu	Leu Lys Arg Val Lys 40	Leu His Asn 45	Ile	Lys
Glu	Asp 50	Thr	Leu Thr Ser	Cys Asn Ala Lys Val 55	Asp Gly Ser 60	Gin	Tyr
Leu >65	Asn	Ser	Gly Trp Asn 70	Leu Ser Lys Glu Phe 75	Pro Gin Glu	Tyr	Arg 80
Glu	Lys	Ile	Phe Glu Cys 85	Val Glu Glu Glu Lys 90	His Lys Gin	Ala 95	Leu
Asn	Leu	Ile	Asn Lys Glu 100	Asp Thr Glu Asp Lys 105	Glu Glu Leu 110	Ala	Lys
Lys	Ile	Lys 115	Glu Ile Lys	Glu Lys Ala Lys Val 120	Leu Arg Gin' 125	Lys	Phe
Met	Ala 130	Phe	Glu Met Lys	Glu His Ser Lys Glu. 135	Phe Pro Asn 140	Lys	Lys
Gin 145	Leu	Gin	Thr Met Leu 150	Glu Asn Ala Phe Asp 155	Asn Gly Ala	Glu	Ser 160
Phe	Ile	Asp	Asp Trp His 165	Glu Arg Phe Gly Gly 170	Ile Ser Arg	Glu 175	Asn
Thr	Tyr	Lys	Ala Leu Gly 180	Ile Lys Glu Tyr Ser 185	Asp Glu Gly 190	Lys	Ile
Leu	Ala	Phe 195	Gly Glu Arg	Ser Tyr Ile Arg Gin 200	Tyr Lys Lys 205	Asp	Phe
Glu	Glu 210	Ser	Thr Tyr Asp	Thr Arg Gin Thr Leu 215	Ser Ala Met 220	Ala	Asn
Met 225	Ser	Gly	Glu Asn Asp 230	Tyr Lys Ile Thr Trp 235	Leu Lys Pro	Lys	Tyr 240
Gin	Leu	His	Ser Ser Asn 245	Asn Ile Lys Pro Leu 250	Met Ser Asn	Thr 255	Glu
Leu	Leu	Asn	Met Ile Glu 260	Leu Thr Asn Ile Lys 265	Lys Glu Tyr 270	Val	Met
Gly	Cys	Asn 275	Met Glu Ile	Asp Gly Ser Lys Tyr 280	Pro Ile His 285	Lys	Asp
Trp	Gly 290	Phe	Phe Gly Lys	Ala Lys Val Pro Glu 295	Thr Trp Arg 300	Asn	Lys
Ile 305	Trp	Glu	Cys Ile Lys 310	Asn Lys Val Lys Ser 315	Tyr Asp Asn	Thr	Thr 320
Ala	Glu	Ile	Gly Ile Val 325	Trp Lys Lys Asn Thr ~ 330	Tyr Ser Ile	Ser 335	His

218 (2) . Informace pro SEQ ID NO: 95: .

(ij Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 416 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie:, lineární (ii) * Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

---(A)—Organismus-:—Helicobacter—pylori--------(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...416

	(xi) Popis sekvence:SEQ	ID NO:	95:
Met	Lys Lys Leu Val Phe Ser Met	Leu Leu	Cys Cys Lys Šer Val Phe
1	5	10	15
Ala	Glu Gly Glu Thr Pro Leu Ile	Val Asn	Asp Pro Glu Thr His Val
	20	25	30
Ser	Gin Ala Thr Ile Ile Gly Lys	Met Val	Asp Ser Ile Lys Arg Tyr
	35 40		45
Glu	Glu Ile Ile Ser Lys Ala Gin	Ala Gin	Val Asn Gin Leu Gin Lys
	50 55		60
Val	Asn Asn Met Ile Asn Thr Thr	Asn Ser	Leu Ile Ser Ser Ser Ala
65	70		75 80
Ile	Thr Leu Ala Asn Pro Met Gin	Val Leu	Gin Asn Ala Gin Tyr Gin
	85	90	95
Ile	Glu Ser Ile Arg Tyr Asn Tyr	Glu Asn	Leu Lys Gin Ser Ile Glu
	100	105	110
Asn	Trp Asn Ala Gin Asn Leu Leu	Arg Asn	Lys Tyr Leu Gin Gin Gin
	115 120		125
Cys	Pro Trp Leu Asn Val Asn Ala	Leu Thr	Asn Asn Lys Ile Val Asn
	130 135		140
Leu	Lys Asp Leu Asn Asn Leu Ile	Thr Lys	Asn Gly Glu Gin Thr Gin
145	¹⁵⁰		155 160
Thr	Ala Arg Asp Val Gin Asn Leu	Ile Gin	Ser Ile Ser Gly Ser Gly
	165	170	175
Tyr	Gly Asn Met Gin Ser Leu Ala	Gly Glu	Leu Ser Gly Arg Ala Trp
	180	185	190
Gly	Glu Met Leu Cys Lys Met Val	Asn Asp	Ser Asn Tyr Glu Ser Glu
	195 200		205
Gin	Ala Leu Leu Ala Thr Gly Asn	Asn Pro	Glu Glu Gin Lys Arg Arg
	210 215		220
Phe	Leu Leu Arg Val Lys Lys Lys	Val Asn	Asp Asn Lys Gin Leu Lys
225	230		235 240
Asp	Lys Leu Asp Pro Phe Leu Lys	Arg Leu	Asp Val Leů Gin Thr Glu
	245	250	255
Phe	Gly Val Thr Asp Pro Thr Ala	Asn His	Asn Lys Gin Gly Ile His
	260	265	270
Tyr	Cys Thr Glu Asn Lys Glu Thr Gly Lys	Cys Asp Pro Ile Lys Asn
	275 280		285
Val,	Phe Arg Thr Thr Arg Leu Asp Asn Glu	Leu Glu Gin Glu Ile Gin
	290 295		300
Thr	Leu Thr Leu Asp Leu Ile Lys	Ala Ser	Asn Lys Asp Ala Gin Ser
3 05	310		315 320

0· • · ·♦ »00·

0 0 0 0 0 0 0

000 000 0 0

00

Gin

Ala

Tyr

Ala

Asn 325

Phe

Asn

Gin

Arg

Ile 330

Lys

Leu

Thr

Leu 335

Lys

Tyr

Leu.

Lys

Glu 340

Ile

Thr

Asn

Gin

Met 345

Leu

Phe

Leu

Asn

Gin 350

Thr

Met

Ala

Met

Gin 3S5

Ser

Glu

Ile

Met

Thr 360

Asp

Tyr

Phe

Arg 365

Gin

Asn

Asp

Gly 370

Phe

Gly

Glu

Lys

Glu 375

Asn

His

Ile

Asp

Lys 380

Gin

Leu

Thr

Gin

Lys 385

Arg

. He

Asn

Glu

Arg 390

Glu

Arg

Ala

Arg

Ile 395

Tyr

Phe

Gin

Asn

Pro 400

Asn

Val

Lys

Phe

Asp 405

Gin

. Phe

Gly

Phe

Pro 410

Ile

Phe

Ser

Ile

Trp 415

Asp

(2) Informace pro SEQ ID NO: 96:

-(-i-)—Charakteri st iky sekvence: _____________ (A) Délka: 376 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...376

	(xi) Popis sekvence:SEQ ID	NO:	96 :
Val 1	Asn Lys Trp Ile Lys Gly Ala Val 5	Val 10	Phe Val Gly Gly Phe Ala 15
Thr	Ile Thr Thr Phe Ser Leu Ile Tyr 20 25	His	Gin Lys Pro Lys Ala Pro 30
Leu	Asn Asn Gin Pro Ser Leu Leu Asn 35 40	Asp	Asp Glu Val Lys Tyr Pro 45
Leu	Gin Asp Tyr Thr Phe Thr Gin Asn 50 55	Pro	Gin Pro Thr Asn Thr Glu 60
Ser 65	Ser Lys Asp Ala Thr Ile Lys Ala 70	Leu	Gin Glu Gin Leu Lys Ala 75 80
Ala	Leu Lys Ala Leu Asn Ser Lys Glu 85	Met 90	Asn Tyr Ser Lys Glu Glu 95
Thr	Phe Thr Ser Pro Pro Met Asp Pro 100 105	Lys	Thr Thr Pro Pro Lys Lys 110
Asp	Phe Ser Pro Lys Gin Leu Asp Leu 115 120	Leu	Ala Ser Arg Ile Thr Pro 125
Phe	Lys Gin Ser Pro Lys Asn Tyr Glu 130 135	Glu	Asn Leu Ile Phe Pro Val 140
Asp 145	Asn Pro Asn Gly Ile Asp Ser Phe ISO ·	Thr	Asn Leu Lys Glu Lys Asp 155 160
Ile	Ala Thr Asn Glu Asn Lys Leu Leu 165	Arg 170	Thr Ile Thr Ala Asp Lys 175
Met	Ile Pro Ala Phe Leu Ile Thr Pro 180 185	Ile	Ser Ser Gin Ile Ala Gly 190 .
Lys	Val Ile Ala Gin Val Glu Ser Asp 195 200	Ile	Phe Ala Ser Met Gly Lys 205
Ala	Val Leu Ile Pro Lys Gly Ser Lys 210 215	Val	Ile Gly Tyr Tyr Ser Asn 220

·'·♦'· · · · · · * ii ·· ··>·

Asn Asn Lys Met Gly Glu Tyr Arg

225 230

Ile Thr Pro His Gly Ile Asn Ile

245

Asp	Ile Lys	Gly 260	Tyr Asn Gly Leu 4?
Phe	Gin Arg	Tyr	Gly Val Pro Leu
	275		280
Leu	Leu Ile	Gly	Ile Thr Ser Ala. :
	290		. 295
Glu	Val Thr	Asn	Phe Phe Gly Asp '
305			310
Gla	Ser Gly Mec	Gly Ile *Asn Gin '
	- .		325
Lys.	Ser Lys	Ile	Ala Pro-,· Ile Val ¹
		340
Phe	Ile. Ser	Pro	Asn Thr Asp Ile :
	355		360
Glu	Val Ile	.Ala-	Glu-Phe—Leu Lys
	370		375

··· ···· ·· Φ ·· ··

Leu Asp Ile Val Trp Ser Arg Ile 235 240

Met Leu Thr Asn Ala Lys Gly Ala 250 255

Val Gly Glu Leu Ile Glu Arg Asn

2S5 270

Leu	Leu	Ser	.Thr	Leu	Thr Asn	Gly
				285
Leu	Asn	Asn	Arg	Gly	Asn Lys	Glu
			300
Tyr	Leu	Leu	Leu	Gin	Leu Met	Arg
		,315·				320
Val	Val	Asn	.Gin	.Ile	Leu·Arg	Asp
	330				335
Val	Ile	Arg	.Glu	..Gly	Ser, Arg	Val
345					350
Phe	Phe	Pro	Ile	Pro	Arg Glu	Asn
				365

(2) Informace pro SEQ ID NO: 97:

(i) Charakteristiky sekvence: . ‘ (A) Délka: 916 aminokyselin ^; (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...916 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 97:

Val

Asp

Leu

Arg

Ile

Gin

Ser

Lys

Glu

Val

Ser

His

Asn

Leu

Lys

Glu

1

5

10

15

Leu

Ser

Lys

Thr

Leu

Ile

Ser

Tyr

Pro

Phe

Glu

Lys

His

Val

Glu

Ala

20

25

30

Leu

Gly

Glu

Gin

Cys

Ser

Asn

Phe

Val

Ser

Ile

Pro

Ile

Asn

Asp

35

40

45

Asp.

Tyr

Ser

Asn

Ile

Cys

Thr

Phe

Val

Ser

Asp

Phe

Ile

Ásn

Leu

Ile

50

55

⁶⁰

Ala

Ser

Tyr

Asn

Leu,

Leu

Glu

Ser

Phe

Leu

Asp

Phe

Tyr

Lys

Asp

Lys

65

70

75

⁸⁰

Leu

Lys

Leu

Ser

Glu

Leu

Val'

.Thr

Glu

Tyr

Ala Asn

val

Thr

Asn

85

90

95

•

Leu

Phe

Lys

Leu

Ilé\ •i,i

Lys

His

Leu

Ser Gly

Asn

Gin

Leu

100

105

110

····

• '4 · •

• •

• ' · 9 ·

• •

« •

9 9 9 '·

• •

221

•

* 9 •

9 · 9 9

• •

• ·«

9 99 9

• «

··· ····

··

•

·«

99

Val

Lys

Asn

Phe

Tyr

Gin

Cys

Ile

Arg

Glu

Ile

Lys

Tyr

Asn

Ala

115

120

125

Pro

Asn

Lys

Glu

Tyr

Lys

Pro

Asn

Gin

Phe

Ile

Gly

Lys

Gly

130

135

140

Lys

Gin

Lys

Gin

Leu

Ala

Lys

Ile

Tyr

Ser

His

Leu

Lys

Glu

Leu

Ser

145

ISO

155

160

Ala

Ser

Glu

Ile

Lys 165

Pro

Gin

Asp

Met

Glu 170

Asp

Ile

Leu

Lys

Lys 175

Leu

Glu

Leu

Asp 180

Lys

Ile

Phe

Lys

Thr 185

Thr

Asp

Phe

Thr

Lys 190

Phe

Thr

Pro

Lys

Thr 195

Glu

Ile

Lys

Asp

Ile 200

Ile

Lys

Glu

Ile

Asp 205

Glu

Lys

Tyr

Pro

Ile 210

Asn

Glu

Asn

Phe

Lys 215

Arg

Gin

Phe

Asn

Glu 220

Phe.

Glu

Ser

Asn

Ile 225

Glu

Lys

His

Asp

Glu 230

Ile

Lys

Asp

Phe 235

Glu

Arg

Asn

Lys

Glu 240

Ser

Leu

Ile

Arg

Glu 245

Ile

Glu

Asn

His

Cys 250

Lys

Asn

Glu

Cys

Asn 255

Ser

Glu

Pro_ 260

□Glu.

-Tyr-

Lys

-Tle-

Asn Asp 265

Leu

Lys

Asn 270

Ile

Gin

Ile

Cys 275

Lys

Asn

Tyr

Ile

Glu 280

Ser

His

Ala

Val

Asn 285

Asp

Val

Ser

Lys

Asp 290

Ile

Lys

Ser

Met

Met 295

Cys

Gin

Phe

Tyr

Leu 300

Lys

Gin

Ile

Asp

Leu ,305

Leu

Val

Asn

Ser

Glu 310

Ile

Val

Arg Tyr Arg 315

Tyr

Ser

Asn

Leu

Phe 320

Glu

Pro

Ile

Gin

Arg 325

Ser

Leu

Trp

Glu

Ser 330

Ile

Lys

Ile

Leu

Asp 335

Asn

Glu

Ser

Gly

Ile 340

Tyr

Leu

Phe

Pro

Lys 345

Asn

Ile

Gly

Glu

Ile 350

Lys

Asp

Lys

Phe

Glu 355

Ala

Asn

Lys

Glu.

Lys 360

Phe

Lys

Gin

Ser

Lys 365

Asn

Val

Ser

Glu

Phe 370

Ala

Glu

Tyr

Cys

Arg 375

Glu

Cys

Asn

Pro

Tyr 380

Thr

Ala

Phe

Asn

Phe 385

His

Leu

Asn

Ile

Asn 390

Asn

Gly

Leu

Ser

His 395

Gin

Phe

Glu

Lys

Phe 400

Val

Pro

Ile

Met

Lys 405

Glu

Tyr

Lys

Glu

Pro 410

Lys

Ile

Thr

Asp

Asn 415

Asp

Leu

Glu

Ala

Ile 420

Ser

Thr

Lys

Glu

Thr 425

Gly

Leu

Ala

Ser

Gin 430

Leu

Ser

Gly

His

Trp 435

Phe

Gin

Leu

Ser 440

Leu

Phe

Asn

Lys

Thr 445

Asn

Phe

Asn

Pro

Asn 450

Lys

Ile

Trp

Ile

Pro 455

Leu

Glu

Phe

Asn

Lys 460

Arg

Ser

Lys

Ile

Lys 465

Phe

Asp

Lys

Asp

Leu 470

Glu

Ile

Tyr

Phe

Asp 475

Ser

His

Glu

Ser

Phe 480

Asn

Ile

Ser

Lys

Lys 485

Tyr

Leu

Gin

Glu

Ile 490

Asp

Gin

Glu

Ser

Leu 495

Lys

Ile

Lys

Gin 500

Ser

Lys

Asp

Phe

Phe 505

Ser

Ile

Gin

Lys

Ile 510

Glu

Ser

Lys

His

Asp 515

Asn

Asp

Ile

Leu 520

Gin

Leu

Glu

Phe

Phe 525

Glu

Asn

Asp

Thr

Ser 530

Phe

Leu

Phe

Ala

Lys 535

Gly

Ser

Phe

Ala

Glu 540

Ile

Leu

Glu

Tyr

Asn 545

Met

Gin

Leu

Lys

Ile 550

Asp

Ser

Leu

Ile

Thr 555

Lys

Glu

Phe

Ásn

Lys 560

Leu

Ala

Ile

Val 565

Gin

Asp

Ser

Pro

Gin 570

Asp

Ser

Tyr

Gin

Leu 575

Lys

Ile

Arg

val

Arg 580

His

Asn

Lys

Leu 585

Pro

Arg

Glu.

Lys

Tyr 590

Thr

Glu;

His

Glu

Ile

Lys

Leu

Glu

Val

Tyr

Asp

Cys

Arg

Lys

Ser

His

Asp

His i

»· ·· ···· ··

·······

• ·

•

• ·'

595

600

605

Asn

Glu

Pro Ile

Ile

Leu

Ser

Gin

Ser

Thr

Gly

Phe

Gin

Trp

Ala

610

615

620

Phe

Asn

Phe Met

Phe

Gly Phe

Leu

Tyr

Asn

Val

Gly

Ser

His

Phe

Ser

S25

630

635

640

Phe

Asn

His Asn

Ile

Tyr

Val

Met

Asp

Glu

Pro

Ala

Thr

His

Leu

645

650

655

Ser

Val

Pro Ala

Arg

Lys

Glu

Phe

Arg

Lys

Phe

Leu

Lys

Glu

'Tyr

Ala

.660

665

670

His

Lys

Asn His

Val

Thr

Phe

Val

Leu

Ala

Thr

His¹

Asp

Pro

Phe

Leu

675

680

¹

685

Val

Asp

Thr Asp

His

Leu

Asp-

Glu

Ile

Arg

Ile

Val

Glu

Lys.

Glu

Thr

690

'

695

700

Glu

Gly

Ser’ Val

Ile

Lys

Asn

His

Phe

Asn

Tyr

Pro

Leu'

Asn

Ala

705

710

715

720

Ser

Lys

Asp-Ser

Asp

Ala

-Leu

Asp

Lys

Ile

Lys

Arg

Ser

Leu

Gly

Val

His Val

725

730

735

Gly Gin

Phe

His

Asn

Pro

Gin

Lys

His

Arg

Ile

Phe

Val

740

745

750

Glu

Gly

Ile Thr

Asp

Tyr

Cys

Tyr

Leu

Ser

Ala

Phe

Lys

Leu

Tyr

Leu

755

760

765

Arg

Tyr

Lys Glu

Tyr

Lys

Asp

Asn

Pro

Ile

Pro

Phe

Thr

Phe

Leu

Pro

770

775

780

Ile

Ser

Gly Leu

Lys

Asn

Asp

Ser

Asn

Asp

Met

Lys

Glu

Thr

Ile

Glu

785

790

795

800

Lys

Leu

Cys Glu

Leu

Asp

Asn

His

Pro

Ile

Val

Leu

Thr

Asp

805

810

815

Arg

Lys

Cys Val

Phe

Asn

Gin

Ala

Thr

Ser

Glu

Arg

Phe

Lys

Arg

820

825

830

Ala

Asn

Glu Glu

Met

His

Asp

Pro

Ile

Thr

Ile

Leu

Gin

Leu

Ser

Asp

835

840

845

Cys

Asp

Arg His

Phe

Lys

Gin

Ile

Glu

Asp

Cys

Phe

Ser

Ala

Asn

Asp

850

855

860

Arg

Asn

Lys Tyr

Ala

Lys

Asn

Lys

Gin

Met

Glu

Leu

Ser

Met

Ala

Phe

865

870

875

880

Lys

Thr

Arg Leu

Leu

Tyr

Gly

Glu

Asp

Ala

Ile

Glu

Lys

Gin

Thr

885

890

895

Lys

Arg

Asn Phe

Leu

Lys

Leu

Phe

Lys

Trp

Ile

Ala

Trp

Ala

Thr

Asn

900

905

910

Leu

Ile

Lys Asn

915

223 • ·· 0 \0 00 '0 0 ‘0 '0 · '0 0 • 0 000 0000 '0 '0 .0 '· •0 <· '0 0 (2) Informace pro SEQ ID NO: 98:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 176 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová .. (D) Topologie: .lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

_____4A)_Organismus : He-iicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístěni: 1...176

Met

(Xi) ’ Thr Ala

Popis sekvence Met Met Arg Tyr

:SEQ ID Phe His

NO Ile

: 98 Tyr

Ala

Thr

Phe

1 Phe

Pro

Leu

Ala

5 Leu

Leu

Phe

Ala

Val.

10 Ser

Gly

Leu

Ser

Leu

15 Leu

Phe

Lys

Ala

Arg

20 Gin

Asp

Thr

Gly

Ala

25 Lys

Ile

Lys

Glu

Trp

30 Val

Leu

-Glu

Lys

Ser

35 Leu

Lys

Glu

40 Arg

Leu

Asp

Phe

Leu

45 Lys

Gly

Phe

Ile

Lys

50 Glu

Asn

His

Ile

Ala

55 Met

Pro

Lys

Ile

60 Glu

Pro-

Arg

Glu

Tyr

65 Arg

Gly

Ala

Leu

Val

70 Ile

Gly

Thr

Pro

Leu

75 Tyr

Glu

Ile

Asn

Leu

80 Glu

Thr

Lys

Gly

Thr

85 Gin

Thr

Lys

Ile

Lys

90 Thr

Ile

Glu

Arg

Gly

95 Phe

Leu

Gly

Ala

Leu

100 Ile

Met

Leu

His

Lys

105 Ala

Lys

Val

Gly

Ile

110 Val

Phe

Gin

Ala

Leu

115 Leu

Gly

Ile

Phe

Cys

120 Val

Phe

Leu

125 Phe

Tyr

Leu

Ser

Ala

130 Phe

Leu

Met

Val

Ala

135 Phe

Lys

Asp

Thr

Lys

140· Arg

Met

Phe

Ile

Ser

145· Val

Leu

Ile

Gly

Ser

150 Val

Val

Phe

Gly

155 Ala

Ile

Tyr

Trp

Ser

160 Leu

(2)

165 Informace pro SEQ

ID NO:

170 yy:

175

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 222 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein

224 • · · ·· (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:.

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...222 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 99:

Met Phe Lys Asn Ala Leu Asn Ile Gin Asp Phe Ser Phe Lys Asn His

10 ____________________15___

Thr Ser Thr Ala Ile Ile Gly Thr Asn Gly Ala Gly Lys Ser Thr Leu

25 30

Ile Asn Thr Ile Leu Gly Ile Arg Ser Asp Tyr Asn Phe Lys Ala Gin

35

40

45

Asn

Ile

Pro

Tyr

His

Asp

Asn

Val

Ile

Pro

Gin

Arg

Lys

Gin

50

55

60

.‘Leu

Gly

Val

Ser

Asn

Leu

Phe

Asn

Tyr

Pro

Gly

Leu

Asn

Ala

65

70

75

80

Asn

Asp

Leu

Phe

Lys

Phe

Tyr

Gin

Phe

His

Lys

Asn

Cys

Thr

Leu

85

90

95

Asp

Leu

Phe

Glu

Lys

Asn

Leu

Asn

Lys

.Thr

Tyr

Glu

His

Leu

Ser

100

105

110

Asp

Gly

Gin

Lys

Gin

Arg

Leu

Lys

Ile

Asp

Leu

Ala

Leu

Ser

His

115

120

125

Pro

Gin

Leu

Val

Ile

Met

Asp

Glu

Pro

Glu

Thr

Ser

Leu

Glu

Gin

Asn

130

135

140

Ala

Leu

Ile

Arg

Leu

Ser

Asn

Leu

Ile

Ser

Leu

Arg

Asn

Thr

Gin

145

150

155

160

Leu

Thr

Ser

Ile

Ala

Thr

His

Asp

Pro

Ile

Val

Leu

Asp

Ser

Cys

165

170

175

Glu

Trp

Val

Leu

Lys

Asn

Gly

Asn

Ile

Ala

Gin

Tyr

Lys

Pro

180

185

190

Leu

Asn

Ser

Ile

Leu

Lys

Ser

Val

Ala

Lys

Thr

Phe

Asn

Phe

Lys

Glu

195

200

205

Lys

Pro

Thr

Lys

Asp

Leu

Ala

Leu

Lys

Asp

Ile

210

215

220

(2) Informace pro SEQ ID NO: 100:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 406 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (•j '· ;«

225 · ί··· ·0«·

(vi) Původní zdroj :

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...406 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 100:

Met	Tyr	Ala Ala His Pro	Ile Lys Přo	Ile	Lys	Ala Pro Lys	Leu	Lys
1		5		10			13
Ser	Gln.	Phe Leu Arg Arg Val-Phe Val 20 25	GlyAla	Ser Ile Arg Arg 30	-T-rp—
Asn Asp	Gin Ala Cys Pro 35	Leu Glu Phe 40	Val	Glu	Leu Asp Lys 45	Gin	Ala
His	Lys 50	Ala Met Ile Ala	Tyr Leu Leu 55	Ala	Lys	Asp Leu Lys 60	Asp	Arg
Gly Lys 65	Asp Leu Asp Leu 70	Asp Leu Leu	Ile	Lys 75	Tyr Phe Cys	Phe	Glu 80
Phe	Leu	Glu Arg Leu Val 85	Leu Thr Asp	Ile 90	Lys	Pro Pro Ile	Phe 95	Tyr
Ala	Leu	Gin Gin Thr His 100	Ser Lys Glu 105	Leu	Ala	Ser Tyr Val 110	Ala,	Gin
Ser	Leu	Gin Asp Glu Ile 115	Ser Ala Tyr 120	Phe	Ser	Leu Glu Glu 125	Leu	Lys
Glu	Tyr 130	Leu Ser His Arg	Pro Gin Ile 135	Leu	Glu	Thr Gin Ile 140	Leu	Glu
Ser 145	Ala	His Phe Tyr Ala 150	Ser Lys Trp	Glu	Phe 155	Asp Ile Ile	Tyr	His 160
Phe	Asn	Pro Asn Meť Tyr 165	Gly Val Lys	Glu 170	Ile	Lys Asp Lys	Ile 175	Asp
Lys	Gin	Leu His Asn Asn 180	Asp His Leu 185	Phe	Glu	Gly Leu Phe 190	Gly	Glu
Lys	Glu	Asp Leu Lys Lys 195	Leu Val Ser 200	Met	Phe	Gly Gin Leu 205	Arg	Phe
Gin	Lys 210	Arg Trp Ser Gin	Thr Pro Arg 215	Val	Pro	Gin Thr Ser 220	Val	Leu
Gly 225	His	Thr Leu- Cys Val 230	Ala Ile Met	Gly	Tyr 235	Leu Leu Ser	Phe	Asp 240
Leu	Lys	Ala Cys Lys Ser 245	Met Arg Ile	Asn 250	His	Phe Leu Gly	Gly 255	Leu
Phe	His	Asp Leu Pro Glu 260	Ile Leu Thr 265	Arg	Asp	Ile Ile Thr 270	Pro	Ile
Lys	Gin	Ser Val Ala Gly 275	Leu- Asp His 280	Cys	Ile	Lys Glu Ile 285	Glu	Lys
Lys	Glu 290	Met Gin Asn Lys	Val Tyr Ser 295	Phe	Val	Šer Leu Gly 300	Val	Gin
Glu 305	Asp	Leu Lys Tyr Phe 310,	Thr Glu Asn	Glu	Phe 315	Lys Asn Arg	Tyr	Lys 320
Asp	Lys	Ser His Gin Ile 325	Val Phe Thr	Lys Asp 330	Ala.Glu Glu	Leu 335	Phe
Thr	Leu	Tyr Asn Ser Asp 340	Glu Tyr Leu ³⁴⁵	Gly Val	Cys Gly Glu 350	Leu	Leu
Lys	Val	Cys Asp His Leu 355	Ser Ala Phe 360 *	Leu	Glu.	Ala Gin Ile 365'	Ser	Leu .

	226 («	• • · ·· ··	v· • · ··	• · • · • · ·'·	9 9 9 9	• • ·« • 9	• 9 9 ·(· • • ·
Ser His	Gly Ile Ser Ser Tyr Asp Leu Ile	Gin	Gly	Ala	Lys	Asn	Leu
370	375		380
Leu Glu	Leu Arg Ser Gin Thr Glu Leu Leu	Asp	Leu	Asp	Leu	Gly	Lys
385	390	395					400
Leu Phe	Arg Asp Phe Lys

405 (2) Informace pro SEQ ID NO: 101:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 335 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D).Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

-—_(A)—Organismus-; Helicobacter pylori(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...335

	(xi) Popis	sekvence:SEQ	ID	NO:	101:
Val 1	Leu Trp Val	Leu Tyr Phe Leu 5	Thr	Ser 10	Leu Phe Ile Cys Ser Leu 15
Ile	Val Leu Trp 20	Ser Lys Lys Ser	Met 25	Leu	Phe Val Asp Asn Ala Asn 30
Lys	Ile Gin Gly 35	Phe His Kis Ala 40	Arg	Thr	Pro Arg Ala Gly Gly Leu 45
Gly	Ile Phe Leu 50	Ser Phe Ala Leu 55	Ala	Cys	Tyr Leu Glu Pro Phe Glu 60
Met 55	Pro Phe Lys	Gly Pro Phe Val 70	Phe	Leu	Gly Leu Ser Leu Val Phe 75 80
Leu	Ser Gly Phe	Leu Glu Asp Ile-Asn 85	Leu 90	Ser Leu Ser Pro Lys Ile 95
Arg	Leu Ile Leu 100	Gin Ala Val Gly	Val 105	Val	Cys Ile Ile Ser Ser Thr 110
Pro	Leu Val Val 115	Ser Asp Phe Ser 120	Pro	Leu	Phe Ser Leu Pro Tyr Phe 125
Ile	Ala Phe Leu 130	Phe Ala Ile Phe 135	Met	Leu	Val Gly Ile Ser Asn Ala 140
Ile 145	Asn Ile Ile	Asp Gly Phe Asn 150	Gly	Leu	Ala Ser Gly Ile Cys Ala 155 160
Ile	Ala Leu Leu	Val Ile His Tyr 165	Ile	Asp 170	Pro Ser Ser Leu Ser Cys 175
Leu	Leu Ala Tyr 180	Met Val Leu Gly	Phe 185	Met	Val Leu Asn Phe Pro Ser 190
Gly	Lys Ile Phe 195	Leu Gly Asp Gly 200	Gly	Ala	Tyr Phe Leu Gly Leu Val 205
Cys	Gly Ile Ser 210	Leu Leu His Leu 215	Ser	Leu	Glu Gin Lys Ile Ser Val 220
Phe 225	Phe Gly Leu	Asn Leu Met Leu 230	Tyr	Pro	Val Ile Glu Val Leu Phe 235 240
Ser	Ile Leu Arg	Arg Lys Ile Lys 245	Arg	Gin 250	Lys Ala Thr Met Pro Asp 255
Asn	Leu His Leu 260	His Thr Leu Leu	Phe 265	Lys	Phe Leu Gin Gin Arg Ser 270
Phe.	Asn Tyr Pro 275	Asn Pro Leu Cys 280	Ala	Phe	Ile Leu Ile Leu Cys Asn 285

227 : .· ·:

'·’·· ···· *·

Leu Pro Phe Ile Leu Ile Ser Val Leu Phe Arg Leu Asp 290 ?95 300

Leu Ile Val Ile Ser Leu Val Phe Ile Ala Cys Tyr Leu

305 310 315

Ala Tyr Leu Asn Arg Gin Val Cys Ala, Leu Glu Lys Arg

325 330 (2) Informace pro SEQ ID NO: 102:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 96 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová ' ’ (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

-----------(A) Organismus: Helicobacter pylori

AÍa Tyr*AÍa··’

Ile Gly Tyr 320

Ala Phe • 335 (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...96 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 102:

Met

Leu

His

Asn

Ser

Ser (2)

Lys	Lys Val	Ile Val Ala Leu Gly Val Leu Ala Phe- Ala Asn Val
5	10	15
Met	Ala Thr	Asp Val	Lys Ala Leu Val Lys Gly Cys-Ala	Ala Cys
	20		25 30
Gly	val Lys	Phe Glu	Lys Lys Ala Leu Gly Lys Ser Lys	Ile Val
	35		40 45
Met	Met Ser	Glu Lys	Glu Ile Glu Glu Asp Leu Met Ala	Phe Lys
50			55 60
Gly	Ala Asn	Lys Asn	Pro Val Met Thr Ala Gin Ala Lys	Lys Leu
		70	75	80
Asp	Glu Asp	Ile Lys	Ala Leu Ala Lys Tyr Ile Pro Thr	Leu Lys
		85	90	95
Informace pro SEQ ID NO: 103:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 156 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...156

228 ···· *· • · · · « • · · · • ♦ · · · • ♦ · · • ···· «· ₄

	(xi) -Popis	sekvence:SEQ ID NO:	103 :
Met	Arg. Asp Phe	Asn Asn Ile Gin Ile Thr	Arg Leu' Lys Val’Arg Gin
1		5' 10	15
Asn	Ala Val Phe	Glu Lys Leu Asp Leu Glu	Phe Lys Asp Gly . Leu Ser
	20	25	30
Ala	Ile Ser Gly	Ala“ . Ser Gly. Val Gly Lys	Ser Val Leu lie Ala Ser
	35	• 40	45
Leu	Leu Gly Ala.	Phe Gly Leu Lys Glu Ser	Asn Ala Ser. Asn Ile Glu
	50	55	60

Val Glu Leu Ile Ala Pro Phe Leu Asp Thr Glu Glu Tyr Gly Ile Phe 65 · 70 _75__________ 80

Arg

Glu

Asp

Glu

His Glu Pro-Leu Val Ile

Ser

Val

Ile

Lys

Lys Glu 95

85.,

90

Lys

Thr

Arg

Tyr

Phe

Leu

Asn

Gin

Thr

Ser

Leu

Ser

Lys

Asn

Thr

Leu

100

105

110

Lys

Ala

Leu

Lys

Gly

Leu

Ile

Lys

Arg

Leu

Ser

Asn

Asp

Arg

Phe

115

120

125

Ser

Gin

Asn

Glu

Leu

Asn

Asp

Ile

Leu

Met

Leu

Ser

Leu

Asp

Gly

130

135

140

Tyr

Ile

Gin

Asn

Lys

Asn

Arg

Leu

Ala

Pro

Phe

145

150

155

(2) Informace pro SEQ ID NO: 104:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 118 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...118 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 104:

Val

Met

Leu

Met Ala

Ile Phe

Thr

Pro

Tyr

Ile

Leu

Ile

Leu

Lys

Met

1

5·

10

15

Met

Lys

Ser Met

Ser Leu

Phe

Ala

Asn

Met

Gly

Leu

Glu

Gin

Ile

20

25

30

Phe

Cys

Asn

Arg Asp

Ile Lys

Asp

Leu

Asn

Asp

Phe

Val

Phe

Gly

Ile

35

40

45

Glu

Val

Gly

Leu¹ Asp

Ser Asn

Ala

Arg

Lys

Asn

Arg

Ser

Arg

Lys

Ala

50

. 55

'60*

•f· ’

229 q·· ·· • «

9999 • - 9 9

9999

9 9

9 ·

9 9 > · .9 9

9· 9

999 -9

9«·

9

Met	Glu	Asn	His	Leu	Ile	Gly	Leu
65					70
Lys	Glu	Gin	Val	Asp	Ile	Arg	Glu
				85
Gly	Asn Asp	Thr'	Lys	Lys	Phe	Asp
			100
Thr	Tyr	Phe	His	Arg	Ser
	¹	115

Phe Val Gin Ala Gin Leu Asn Phe 75 ‘ ³⁰

Phe Glu Asp Leu. Arg Gin Ala Phe ·, ⁹⁵

Phe Val Ile Phe Ser‘Lys Glu Lys

105 HO (2) Informace pro SEQ 'ID NO: 105:

(i) Charakteristiky sekvence:

_(A) Délka:. 335 aminokyselin------------------------(B) Typ: aminokyselinová (D) 'Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti: >

(A) Jméno/klíč': misc_charakter +(B) Umístění: 1...335 ' , '

Met	(xi) Asn	Popis Ile Lys	sekvence:SEQ	ID NO: Leu Val	105: ' ; ' ' Gly Gly Leu Phe Phe Leu
Ile	Leu	Lys Ile
1			5			10	15
Ser	Leu	Asn Ala 20	His	Leu	Trp Gly	Lys Gin 25	Asp Asn Ser Phe Leu Gly 30
Ile	Gly	Glu Arg 35	Ala	Tyr	Lys Ser 40	Gly Asn	Tyr Ser Lys Ala Ala Ser 45
Tyr	Phe 50	Lys Lys	Ala	Cys	Asn Asp 55	Gly Val	Ser Glu Gly Cys Thr Gin 60
Leu 65	Gly	Ile Ile	Tyr	Glu 70	Asn Gly	Gin Gly	Thr Arg Ile Asp Tyr Lys 75 80
Lys	Ala	Leu Glu	Tyr 85	Tyr	Lys Thr	Ala Cys 90	Gin Ala Asp Asp Arg Glu 95
Gly	Cys	Phe Gly 100	Leu	Gly	Gly Leu	Tyr Asp 105	Glu Gly Leu Gly Thr Ala 110
Gin	Asn	Tyr Gin 115	Glu	Ala	Ile Asp 120	Ala Tyr	Ala Lys Ala Cys Val Leu 125
Lys	His 130	Pro Glu	Ser	Cys	Tyr Asn 135	Leu Gly	Ile Ile Tyr Asp Arg Lys 140
Ile 145	Lys	Gly Asn	Ala	Ala. 150.	Gin Ala	Val Thr	Tyr Tyr Gin Lys Ser Cys 155 160
Asn	Phe	Asp Met	Ala 165	Lys	Gly Cys Tyr Ile 170	Leu Gly Thr,Ala Tyr Glu ¹⁷⁵ '
Lys	Gly	Phe Leu 180	Glu	Val «r	Lys Gin	Ser Asn 185	His ’Lys Ala Val Ile Tyr 190
Tyr	Leu	Lys Ala 155	Cys	Arg	Leu Ash ,200	Glu Gly	Gin Ala Cys Arg Ala Leu 205
Gly	Ser 210	Leu Phe	Glu	Asn	Gly Asp 215	Ala Gly	Leu Asp Glu Asp Phe Glu _ř 220

230

Val 225

Ala

Phe

Asp

Tyr

Leu 230

Gin

Lys

Ala

Cys

< Ala 235

• · · · « Leu

I · · Asn

• * Jř · · · Asn Ser Gly 240

Gly

Cys

Ala

Ser

Leu 245

Gly

Ser

Met

Tyr

Met 250

Leu

Gly

Arg

Tyr Val Lys 255

Lys

Asp

Pro

Gin 2S0

Lys

Ala

Phe

Asn

Tyr 265

Phe

Lys

Gin

Ala

Cys Asp Met 270

Gly

Ser

Ala 275

Val

Ser

Cys

Ser

Arg 280

.Met

Gly

Phe

Met

Tyr 285

Ser Gin Gly

Asp

Thr 290

Val'

'Ser

Lys

Asp

Leu 295

Arg

Lys

.Ala

Leu

Asp 300

Asn

Tyr Glu Arg

Gly 305

Cys

Asp

Met

Gly

Asp 310

Glu

Val

Gly

Cys

Phe 315

Ala

Leu

Ala Gly Met .320 .

Tyr ’

Tyr.’

Asn

Met

Lys 325

Asp

Lys

Glu

Asn

Ala 330

Xle

Met

Ile

Tyr Asp Lys 335

Gly Arg

Cys Gly -

Lys Tyr 355

Leu 340

Gly

Met

Lys

Gin Ala 345

Cys

Glu

Asn

Leu

Thr:Lys Leu 350

(2) Informace pro SEQ ID NO: 106:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 193 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...193 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 106:

Met	Lys	Glu Lys	Asn	Phe	Trp Pro	Leu Gly Ile Met Ser	Val	Leu	Ile
1			5			10		15
Phe	Gly	Leu Gly	Ile	Val	Val Phe	Leu Val Val Phe Ala	Leu	Lys	Asn
		20				25	30
Ser	Pro	Lys Asn	Asp	Leu	Val Tyr	Phe Lys Gly His Asn	Glu	Val	Asp
		35			40	45
Leu	Asn	Phe Asn	Ala	Met	Leu Lys	Thr Tyr Glu Asn Phe	Lys	Ser	Asn
	50				55	60
Tyr	Arg	Phe Ser	Val	Gly	Leu Lys	Pro· Leu Thr Glu Ser	Pro	Lys	Thr
65				70		75			80
Pro	Ile	Leu Pro	Tyr	Phe	Ser Lys	Gly Thr His Gly Asp	Lys	Lys	Ile
			85			90		95
Gin:	Glu	Asn Leu	Leu	Asn	Asn Ala	Leu Ile Letí Glu Lys	Ser	Asn	Thr

• ·

231

Leu Tyr Ala 115

Ile Gin Val 130

Leu Gly-Thr 145

Leu Leu Glu

Val Phe Lys

Lys

100

Gin Leu

Tyr Leu

Leu Asp

Gly Asp 165

Asn-Lys 130

Gin

Ala

Cys

150

Lys

Glu

Pro

Phe

135

Lys

Val

Leu Lys Pro Ala Leu Asp Ser

120 ¹²⁵Tyr Pro Ser Gin Ser Gin Pro

140

Asn Ala Cys Glu ^{Pro Leu}155

Gly Arg Tyr Lys Ile Leu Phe

170

Glu Leu Ile Leu Glu Gin 185

Leu Ala 190

Pro Asn

Arg Leu

Phe Asp 160 .-Lys Phe 175

Phe,Phe (2) Informace pro SEQ ID NO: 107:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 289 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...289 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 107:

Leu

Gly

Ile

Asn

Met

Cys

Ser

Lys

Ile

Arg

Asn

Leu

Ile

Leu

Cys

1

5

10

15

Phe

Gly

Phe

Ile

Leu

Ser

Leu

Cys

Ala

Glu

Asn

Ile

Thr

Lys

Glu

20

25

30

Asn

Met

Thr

Glu

Thr

Asn

Thr

Glu

Asn

Thr

Pro

Lys

Asp

Ala

35

40

45

Pro

Ile

Leu

Glu

Lys

Arg

Ala

Gin

Thr

Leu

Glu

Leu

Lys

Glu

50

55

60

Glu

Asn

Glu

Val

Ala

Lys

Ile

Asp

Glu

Lys

Ser

Leu

Glu

65

70

75

80

Ile

His

Lys

Arg

Gin

Leu

Tyr

Met

Leu

Lys

Gly

Glu

Leu

His

85

90

95

Glu

Lys

Asn

Glu

Ser

Ile

Leu

Phe

Gin

Met

Ala

Lys

Asn

Lys

Ser

100

105

110

Gly

Phe

Ile

Gly

Val

Ile

Leu

Gly

Asp

Ile

Gly

Ile

Asn

Ala

Asn

115

120

125

Pro

Tyr

Glu

Lys

Phe

Glu.

Leu

Ser

Asn

Ile

Gin

Ala

Ser

Pro

Leu

232 •

• · • · · ·

• · • ·

• e • · • ·

« » • •

• · · • • ·

130

135

140

Leu

Tyr

Gly

Leu

Arg

Ser

Gly

Tyr

Gin

Lys

Tyr

Phe

Ala

Asn

Gly

Ile

145

150

155

160

Ser

Ala

Leu

Arg

Phe

Tyr

Gly

Glu

Tyr

Leu

Gly

Ala

Met

Lys

Gly

165

170

175

Phe

Lys

Ser

Asp

Ser

Leu

Ala

Ser

Tyr

Gin

Thr

Ala

Ser

Leu

Asn

Ile

180

185

190

Asp

Leu

Met

Asp

Lys

Pro

Ile Asp

Lys

Glu

Lys

Arg

Phe

Ala

Leu

195

200

205

Gly

Ile

Phe

Gly

Val

Gly

Val

Gly

Trp

Asn

Gly

Met

Tyr

Gin

Asn

210

215

220

Leu

Lys

Glu

Ile

Arg

Gly

Tyř

Ser

Gin

Pro

Asn

Ala

Phe

Gly

Leu

Val

225

230

235

240

Leu

Asn

Leu

Gly

Val.

Ser

Met

Thr

Leu

Asn

Leu

Lys

His

Arg

Phe

Glu

245

250

.255

Leu

Ala

Leu

Lys

Met

Pro

Leu

Lys

Glu

Thr

Ser

Gin

Thr

Phe

Leu

-Phe-

260

265

270

Tyr

-Tyr-

-Lys-

-Ser-

-Thr-

-Asn-

Tle

TyrTyr

-T18·

Ser

Tyr Asn

Tyr

Leu

(2) Informace pro SEQ ID NO: 108:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 668 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO, (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...668 (xi) Popis sekvence.-SEQ ID NO: 108:

Met

Arg

Lys

Leu

Phe

Ile

Pro

Leu

Phe

Ser

Ala

Leu

Glu

Ala

1

5

10

15

Asn

Glu

Lys

Asn

Gly

Phe

Ile

Glu

Ala

Gly

Phe

Glu

Thr

Gly

Leu

20

25

30

Leu

Glu

Gly

Thr

Gin

Thr

Gin

Glu

Lys

Arg

His

Thr

Lys

Asn

35

40

45

Thr

Tyr

Ala

Thr

Tyr

Asn

Tyr

Leu

Pro

Thr

Asp

Thr

Ile

Leu

Lys

Arg

50

55

60

Ala

Asn

Leu

Phe

Thr

Asn

Ala

Glu

Ala

Ile

Ser

Lys

Leu

Lys

Phe

65

70

75

80

Ser

Leu

Ser

Pro

Val

Arg

Val

Leu

Tyr

Met

Tyr

Asn

Gly

Gin

Leu

85

90

95

Thr

Ile

Glu

Asn

Phe

Leu

Pro

Tyr

Asn

Leu

Asn

Val

Lys

Leu

Ser

100

105

110

Phe

Thr

Asp

Ala

Gin

Gly

Asn

Thr

Ile

Asp

Leu

Gly

val

Ile

Glu

Thr

• ft • ftft · · · · ·

234

ft ft , · · • · · ftftftft

• · • • ·

• · • · ft

« ftftft · • • · ·

530

535

540

Val

Gin

Leu

Ser

Tyr

Gly Gly Gly

Ile

Asp

Leu

Asp Phe

545

550

555

560

Zle

Thr

Tyr

Ser

Asn

Lys Asn Ser

Pro

Thr

Gly

Ile

Gin,

Thr' Lys

565

570

575

Arg

Asn

Phe

Ser

Phe Gly Ile

Phe

Gly

Leu

Arg

Gly Leu

580

585

590

Tyr

Asn

Ser

Tyr

Val

Leu Asn Lys

Val

Lys

Gly

Ser

Gly

Asn. Leu

595

600

605

Asp

Val

Ala

Thr

Gly Leu

Asn,Tyr. Arg Tyr Lys

His

Ser

Lys.

:Tyr' Ser

610

615

620

Val

Gly

Ile

Ser

Ile

Pro

Leu,Ile'Gin

Arg

• Lys

Ala

Ser

Val

Val Ser

625

630

635

640

Ser.

Gly

Asp

Tyr

Thr

Asn Ser Phe

Val

Phe

Asn

Glu

Gly

Ala Ser

645

650

655.

His

Phe

Lys

Val

Phe

Asn Tyr Gly

Trp

Val

Phe

660 665 (2) Informace pro SEQ ID NO: 109:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 63 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...63 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 109:

Met

Asn

Thr

Glu

Ile

Leu

Thr

Ile

Met

Leu

Val

Ser

Val

Leu

Met

1

5

10

15

Gly

Leu

Val

Gly

Leu

Ile

Ala

Phe

Leu

Trp

Gly

Val

Lys

Ser

Gly

Gin

20

25

30

Phe

Asp

Glu

Lys

Arg

Met

Leu

Glu

Ser

Val

Leu

Tyr

Asp

Ser

Ala

35

40

45

Ser

Asp

Leu

Asn

Glu

Ala

Ile

Leu

Gin

Glu

Lys

Arg

Gin

Lys

Asn

50

55

60

(2) Informace pro SEQ ID NO: 110:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 406 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární

235 • · · ♦ · · φ φφφφ • φ φφφ φφφφ • · φφ φφ φ φφφφφφ • · · · · · · φφφφφφφ φφ φ φφ φφ (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístěni: 1...406 (xi-)—Popis—sekvenee-:-SEQ—TBNO :-1-10-:-—---

Met 1

Val

Phe

His 5

Lys

Ile

Leu 10

Asn

Phe

Ile

Tyr

Ser 15

Leu

Met

Val

Ala

Phe 20

Leu

Phe

His

Leu

Ser 25

Tyr

Gly

Val

Leu

Leu 30

Lys

Ala

Asp

Gly

Met 35

Ala

Lys

Gin

Thr 40

Leu

Val

Gly

Glu 45

,Arg

Leu

Val

Trp

Asp 50

Lys

Leu

. Thr

' Leu

Leu 55

Gly

Phe

Leu

Glu Lys 60

Asn

His

Ile

Pro

Gin 65

Lys

Leu

Tyr

Asn 70

Leu

Ser

Gin

Asp 75 ,

Lys ,

Glu

Leu

Ser

Ala 80

Glu

Ile

Gin

Ser

Asn 85

Val

Thr

Tyr

Thr 90

Leu

Arg

Asp

Ala

Asn 95

Asn

Thr

Leu

Ile

Gin 100

Ala

Leu

Ile

Pro

Ile 105

Ser

Gin

Asp

Leu

Gin 110

Ile

His

Ile

Tyr

Lys 115

Lys

Gly

Glu

Asp

Tyr 120

Phe

Leu

Asp

Phe

Ile 125

Pro

Ile

Val

Phe

Thr 130

Arg

Lys

Glu

Arg

Thr 135

Leu

Ser

Leu 140

Gin

Thr

Ser

Pro

Tyr 145

Gin

Asp

Ile

Val

Lys 150

Ala

Thr

Asn

Asp

Pro 155

Leu

Ala

Asn

Gin 160

Leu

Met

Asn

Ala

Tyr 165

Lys

Ser

Val

Pro 170

Phe

Lys

Arg

Leu

Val 175

Lys

Asn

Asp

Lys

Ile 180

Ala

Ile

Val

Tyr

Thr 185

Arg

Asp

Tyr

Arg

Val 190

Gly

Gin

Ala

Phe

Gly 195

Gin

Pro

Thr

Ile

Lys 200

Met

Ala

Met

Val

Ser .205

Ser

Arg

Leu

His

Gin 210

Tyr

Leu

Phe

Ser 215

His

Ser

Asn

Gly

Arg 220

Tyr

Asp

Ser

Lys 225

Ala

Gin

Glu

Val

Ala 230

Gly

Phe

Leu

Glu 235

Thr

Pro

Val

Lys

Tyr 240

Thr

Arg

Ile

Ser

Ser 245

Pro

Phe

Ser

Tyr

Gly 250

Arg

Phe

His

Pro

Val 255

Leu

Lys

Val

Lys

Arg 260

Pro

His

Tyr

Gly

Val 265

Asp

Tyr

Ala

Lys 270

His

Gly

Ser

Leu

Ile 275

His

Ser

Ala

Ser

Asp 280

Gly

Arg

Val

Gly

Phe 285

Ile

Gly

Val

Lys	Ala 290	Gly	Tyr	Gly	Lys	Val 295	Val
Leu 305	Val	Tyr	Ala	His	Met 310	Ser	Ala
Ser	Phe	Val	Lys	Lys 325	Gly	Gin	Ile
Leu	Ser	Thr	Gly 340	Pro	His	Leu	His
Pro	Ile	Asn 355	Pro	Leu	Gly	Tyr	Ile 360
Gly	Lys 370	Gin	Arg	Glu	Val	Phe 375	Leu
Lys 385 Tyr	Leu Leu	Glu Leu	Glu Glu	Leu Gly 405	Phe 390 Phe	Lys	Thr

0 • ·	0 0 • 0	0 0 0	00 0 0 0*0	• 0 0 0 0
	236	0 •	0 .0	0 0 0	0 0 0 0		0 0 0 0 0
		00 0	0 0 0 0	0 0	0		0 0 0
Glu	Ile	His	Leu	Asn	Glu	Leu	Arg
			300
Phe	Ala	Asn	Gly	Leu	Lys	Lys	Gly
		315					320
Ile	Gly	Arg	Val	Gly	Ser	Thr	Gly
	330					335
Phe	Gly	Val	Tyr	Lys	Asn	Ser	Arg
345					350
Arg	Thr	Ala	Lys	Ser	Lys	Leu	His
				365
Glu	Lys	Ala	Gin	Tyr	Ser	Lys	.Gin
			380
His	Ser	Phe	Glu	Lys	Asn	Ser	Phe
		395					400

(2) Informace pro SEQ ID NO: lil:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 296 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: .Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...296 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 111:

Leu

Phe

Leu

Val

Lys

Ile

Gly

Val

Ile

Met

Ile

Leu

Val

Cys

1

5

10

15

Phe

Leu

Ala

Cys

Ser

Gin

Glu

Ser

Phe

Ile

Lys

Met

Gin

Lys

Ala

20

25

30

Gin

Glu

Gin

Glu

Asn

Asp

Gly

Ser

Lys

Arg

Pro

Ser

Tyr

Val

Asp

Ser

35

40

45

Asp

Tyr

Glu

Val

Phe

Ser

Glu

Tlnr-Ile

Phe

Leu

Gin

Asn

Met

Val

Tyr

50

55

60

Gin

Pro

Ile

Glu

Arg

Asn

Ala

Phe

Gin

Leu

Thr

Lys

Asp

Glu

65

70

75

80

Asp

Asn

Ser

Phe

Asn

Pro

Glu

Asn

Ser

Val

Ile

Leu

Asn

Glu

Pro

85

90

95

Ser

Asp

Asn

Ser

Glu

Lys

Asn

Leu

Ser

Tyr

Pro

Asn

Asp

Pro

Asn

100

105

110

Asn

Glu

Asp

Asn

Ala

Asn

Ser

Gin

Lys

Asn

Pro

Phe

Leu

Tyr

115

120

125

Lys

Pro

Lys

Arg

Lys

Thr

Lys

Asn

Pro

Lys

Leu

Ile

Glu

Tyr

Ser

Gin

130

135

140

Gin

Asp

Phe

Tyr

Pro

Leu

Lys

Asn

Gly Asp

Ile

Met

Ser

Lys

Glu

145

150

155

160

Gly

Asp

Gin

Trp

Leu

Ile

Glu

Ile

Gin

Ser

Lys

Ala

Leu

Lys

Arg

Phe

165

170

175

Leu

Lys

Asp

Gin

Asn

Asp

Lys

Asp

Arg

Gin

Ile

Gin

Thr

Phe

Thr

Phe

180

185

190

237 •« ·· · · · · · · · · ''· · · · ·'·«· • · · · « · '··· • · · · · · · »·»··· • · · · · · · ······· ·· · ·· ··

Asn

Asp

Thr

Lys Thr

Gin

Ile

Ala

Gin

Ile

Ly3

Gly Lys Ile

Ser

195

200

205

Tyr

Val

Tyr

Thr Thr

Asn

Gly

Ser

Leu

Ser

Leu Arg Pro

Phe

Tyr

210

215

220

Glu

Ser

Phé

Leu.Leu

Glu Lys

Lys

Ser

Asp

Asn

Val Tyr Thr

Ile

Glu

225

230

235

240

Asn.'

Lys

Ala

Leu Asp

Thr

Met

Glu

Ile

Ser

Lys

Cys ..Gin Met

Val

Leu

245

250

-

255

Lys

Lys-

, His.

.Ser .Thr

Asp

Lys.

Leu

Asp

Ser

Gin

His Lys.Ala

Ile

Ser

*

260

265

270

Ile

Asp

Leu

Asp Phe

Lys

Glu

Arg

Phe

Lys·

Ser Asp Thr

Glu

Leu

275

280

7285

Phe

Leu

Glu-

Cys Leu

Lys

Glu

Ser

290

295

(2) Informace pro SEQ ID NO: 112:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 248 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein , (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...248 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 112:

Val Ser Tyr Asp Asn Thr	Asp Asp Tyr Tyr Phe	Pro Arg	Asn Gly Val
1 5	10		15
Ile Phe Ser Ser Tyr Ala	Thr Met Ser Gly Leu	Pro Ser	Ser Gly Thr
20	25		30
Leu Asn Ser Trp Asn Gly	Leu Gly Gly Asn Val	Arg Asn	Thr Lys Val
35	⁴⁰	45
Tyr Gly Lys Phe Ala Ala	Tyr His His Leu Gin	Lys Tyr	Leu Leu Ile
50	55	60
Asp Leu Ile Ala Arg Phe	Lys Thr Gin Gly Gly	Tyr Ile	Phe Arg Tyr
65 70	75		80
Asn Thr Asp Asp Tyr Leu	Pro Leu Asn Ser Thr	Phe Tyr	Met Gly Gly
85	90		95
Val Thr Thr Val Arg Gly	Phe Arg Asn Gly Ser	Ile Thr	Pro Lys Asp
100	¹⁰⁵		110
Glu Phe Gly Leu Trp Leu	Gly Gly Asp Gly Ile	Phe Thr	Ala Ser Thr
¹¹⁵	120	¹²⁵
Glu Leu Ser Tyr Gly Val	Leu Lys Ala Ala Lys	Met,Arg	Leu Ala Trp
130	,135 ··	140

Phe 145	Phe	Asp	Phe	Gly	Phe 150	Leu	Thr
Phe	Phe	Tyr	Asn	Ala 165	Pro	Thr	Thr
Val.	Val	Gly	Ala 180	Gly	Phe	Glu	Arg
Leu	Gin	Ile 195	Glu	Trp	Ile	Ser	Pro 200
Pro	Ile 210	Ala	Phe	Phe	Asn	Gin 215	Trp
Lys 225	Gly	Leu	Cys	Phe	Asn 230	Pro	Asn
Glu	Phe	Ser	Met	Gly 245	Thr	Arg	Phe

		• *· ·· • · · 9 · ·	99 9 9 9	• · •	9 9 9 9
238	• · · · · • · · ·	9 9	9 9 9	9 9 9 9 9 9
		······· ··	9	9 9	9 9
Phe	Lys	Thr Pro Thr	Arg	Gly	Ser
		155			160
Thr	Ala	Asn Phe Lys	Asp	Tyr	Gly
	170			175
Ala	Thr	Trp Arg. Ala.	Ser	Thr	Gly
185			190
Met	Gly	Pro Leu Val	Leu	Ile	Phe
		205
Gly	Asp	Gly Asn Gly	Lys	Lys	Cys
		220
Met	Asn	Asp Tyr;Thr	Gin	His	Phe
		235			240

(2j Informace pro SEQ ID NO: 113:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 335 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární.

(ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...335 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 113:

Val 1

Gin

His

Phe

Asn 5

Phe

Leu

Tyr Lys

Asp 10

Ser

Leu

Phe

Ser

Ile 15

Ala

Leu

Phe

Thr

Phe 20

Ile

Ala

Leu Val 25

Ile

Leu

Glu

Gin 30

Ala

Arg

Ala

Tyr

Phe 35

Thr

Arg

Lys

Arg

Asn^-Lys 40

Lys

Phe

Leu

Gin 45

Lys

Phe

Ala

Gin

Asn 50

Gin

Asn

Ala

Tyr

Ala 55

Ser Ser

Glu

Asn

Leu 80

Asp

Glu

Leu

Lys 65

His

Ala

Lys

Ile

Ser 70

Ser

Leu Met

Phe

Leu 75

Ala

Arg

Ala

Tyr

Ser 80

Lys

Ala

Asp

Val

Glu 85

Met

Ser

Ile Glu

Ile- 90

Leu

Lys

Gly

Leu

Leu 95

Asn

Arg

Pro

Leu

Lys 100

Asp

Glu

•Glu

Lys Ile 105

Ala

Val

Leu

Asp

Leu 110

Leu

Ala

239

Lys

Asn

Tyr

Phe

Ser

Val

Gly

Tyr Leu

Gin

Lys

Thr Lys

Asp

Thr

Val

115

120

125

Lys

Glu

Ile

Leu

Arg

Phe

Ser

Pro Arg

Asn

Val

Glu Ala

Leu

Lys

130

135

140

Leu

His

Ala

Tyr

Glu

Leu

Glu Lys

Asp

Tyr

Ser Lys

Ala

Leu

Glu

145

150

155

160

Thr

Leu

Glu

Cys

Leu

Glu

Leu Glu

Val

Pro

Lys Ile

Glu

Thr

Ile

165'

170

175

Lys.

Asn

Tyr

Leu

Tyr i

Leu

Met

His Leu

Ile

Glu

Asn Lys

Glu

Asp

Ala

180

185

190

Ala

Lys

Ile

Leu

His

Val

Ser Lys’ Ala

Ser

Leu

Asp Leu

Lys

Ile

195

200

.205

Ala

Leu

Asn

His

Leu

Lys

Ser

His Asp

Glu

Asn

Leu'Phe

Trp

Gin

• Glu

2X0

215

220

Ile

Asp

Thr

Glu

Arg

Leu

Glu Asn

Val

Ile

Asp Leu

Leu

Trp

Asp

225

230

235

240

Met

Asn

Ile

Pro

Ala

Phe

Ile

Leu Glu Lys

His

Ala Leu

Leu

Gin

Asp

245

250

255

Ile.

Ala

Arg

Ser

Gin

Gly

Leu

Leu Leu

Asp

His

Lys Pro

Cys

Gin

Ile

260

265

270

Phe

Glu

Leu

Glu

Val

Leu

Arg

Ala Leu

Leu

His

Ser Pro

Ile

Lys

Ala

275

280

285

Ser

Leu

Thr

Phe

Glu

Tyr

Arg

Cys Lys

His

Cys

Lys Gin

-Ile

Phe

Pro

290

295

300

Phe

Glu

Ser

His

Arg

Cys

Pro

Val Cys

Tyr

Gin

Leu Ala

Phe

Met

Asp

305

310

315

320

Met

Val

Leu.

Lys

Ile

Ser

Lys

Lys Thr

His

Ala

Met Gly Val

Asp

325

330

335

(2) Informace pro SEQ ID NO: 114:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 413 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...413 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 114_:

240 • ·

Met 1

Arg

Lys

Ile Phe 5

Ser Tyr

Ile

Ser

Lys Val Leu Leu Phe Ile

Gly

10

15

Val

Tyr

Ala

Glu

Pro

Asp

Ser

Lys

Val

Glu

Ala Leu

Glu Gly

Arg

20

25

-

30

Lys

Gin

Glu

Ser

Leu

Asp

Lys

Ile

Arg

Gin Glu

Leu Lys

Ser

35

40

45

„Lys

Glu

, Leu'

Lys

Asn

Lys

Glu

.Leu

Lys

Asn

Lys

Asp .Leu

Lys Asn

Lys

50

55

60

.Glu

Glu

Lys

Glu

Thr

Lys

Ala

Lys

.Arg

Lys

Pro.Arg

Ala. Glu

Val

'65

-

70

75

'80

His

Gly

Asp

Ala

Lys

Asn

Pro

Thr

'Pro

-Lys,

.Tle ..Thr

‘.Pro' Pro

Lys

85

90

95

Ile

Lys

„Gly

Ser

Lys

Gly

Val

Gin

Asn

Gin Gly 'Val.

Gin Asn

Asn

100

105

.110

Ala

Pro

Lys

-Pro

Glu

Lys

Asp

Thr

Pro·.

.Gin Ala.

.Thr ..Glu

.Lys

115

120

.“125

Asn

Lys

Glu

Thr

Ser

Pro

Ser

Gin

Phe

Asn

Ser Ile

Phe Gly

Asn

130

135

140

Pro

Asn

Ala

Thr

Asn

Thr

Leu

Glu

Asp

Lys Val

Val Gly

Gly

145

150

155

160

. Ile

Ser

Leu

Val

Asn

Gly

Ser

Pro

Ile

Thr

Leu Tyr

Gin Ile

-Gin

165

170

175

Glu

Gin

Glu

Lys

Ser

Lys

Val

Ser

Lys

Ala

Gin Ala.

Arg Asp

Arg

180

185

190

Leu

Ile

Ala

Glu

Arg

Ile

Lys

Asn

Gin

Glu

Ile

Glu Arg

Leu Lys

Ile

195

200

205

His

Val

Asp

Lys

Leu

Asp

Gin

Clu

Met

Ala. Met

Met. Ala

Gin

210

215

220

Gin

Gly

Met

Asp

Leu

Asp

: His

Phe

Lys

Gin

Met .- Leu

Met Ala

Glu

225

230

235

240

Gly

His

Tyr

Lys

Leu

Tyr

Árg

Asp

Gin

Leu

Lys

Glu His.

Leu Glu

Met

245

250

255

Gin

Glu

Leu

Arg

Asn

Ile

Leu

Thr

Asn

Val Asp

Thr Ser

Ser

260

265

270

Glu

Thr

Lys

Met

Arg

Glu

Tyr

Asn

Lys

His

Lys Glu

Gin Phe

Ser

275

280

285

Ile

Pro

Thr

Glu

Ile

Glu

Thr

Val

Arg

Tyr

Thr

Ser Thr

Asn Gin

Glu

290

295

300

Asp

Leu

Glu

Arg

Ala

Met

Ala

Asp

Pro

Asn

Leu

Glu Val

Pro Gly

Val

305

310

315

320

Ser

Lys

Ala

Asn

Glu

Lys

Ile

Glu

Met

Lys

Thr

Leu Asn

Pro Gin

Ile

325

330

335

Ala

Gin

Val

Phe

Ile

Ser

His

Glu

Gin

Gly

Ser

Phe Thr

Pro Val

Met

340

345

350

Asn

Gly

Gin

Phe

Ile

Thr

Phe

Tyr

Ile Lys

Glu Lys

Arg

355

360

365

Gly

Lys

Asn

Glu

Val

Ser

Phe

Ser

Gin

Ala

Lys

Gin Phe

Ile Ala

Gin

370

375

380

Lys

Leu

Val

Glu

Ser

Lys

Asp

Lys

Ile

Leu

Glu Glu

His Phe

Glu

385

390

395

400

Lys

Leu

Arg

Val

Lys

Ser

Arg

Ile

Val

Met

Ile

Arg Glu

405 410

241 • '0 0 · · · 0 0 0 .0 0 0 0 0 0 0 0 0

0000 00 0 .0 0 00 (2) Informace pro SEQ ID NO: 115:

(i) Charakteristiky sekvence:

______JA)__Organismus :_Helicobacter- pylori---(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...186

	(xi)	Popis	sekvence:SEQ ID NO:	115:
. Met	Ile	Lys Arg	Ile Ala Cys Ile Leu Ser	Leu Ser Ala Ser Leu Ala
1			5 10	15
Leu	Ala	Gly Glu	Val Asn Gly Phe Phe Met	Gly Ala Gly Tyr Gin Gin
		20	25	³⁰
Gly	Arg	Tyr Gly	Pro Tyr Asn Ser Asn Tyr	Ser Asp Trp Arg His Gly
		35	⁴⁰	45
Asn	Asp	Leu Tyr	Gly Leu Asn Phe Lys Leu	Gly Phe Val Gly Phe Ala
	50		55	60
Asn	Lys	Trp Phe	Gly .Ala Arg Val Tyr Gly	Phe Leu Asp Trp Phe Asn
65			70	75 80
Thr	Ser	Gly Thr	Glu His Thr Lys Thr Asn	Leu Leu Thr Tyr Gly Gly
			85 90	95
Gly	Gly	Asp Leu	Ile Val Asn Leu Ile Pro	Leu Asp Lys Phe Ala Leu
		100	105	110
Gly	Leu	Ile Gly	Gly Val Gin Leu Ala Gly	Asn Thr Trp Met Phe Pro
		115	120	125
Tyr	Asp	Val Asn	Gin Thr Arg Phe Gin Phe	Leu Trp Asn Leu Gly Gly
	130		135	140
Arg	Met	Arg Val	Gly Asp Arg Ser Ala Phe	Glu Ala Gly Val Lys Phe
145			150	155 160
Pro	Met	Val Asn	Gin Gly Ser Lys Asp Val	Gly Leu Ile Arg Tyr Tyr
			165 170	175
Ser	Trp	Tyr Val	Asp Tyr Val Phe Thr Phe
		180	185
(2)	Informace	pro SEQ ID NO: 116:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 242 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová ·· ···· • · · -· · · \· · > · -)/1-) · · · · · · ··· ··· Ζ Ζ · · :· ·♦ · · · (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) ' Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:.

(A) Organismus: Helicobacter pylori» (ix) Vlastnosti:

	(A) Jméno/klíč: .. (B) Umístění: 1	misc_charaktér .. . .242
(xi) Popis sekvence:	SEQ ID NO: 116:
Met 1	Lys Lys Phe Phe Ser 5	Gin Ser Leu Leu Ala Leu Ile .Ile Ser Met 10 15
Asn	Ala Val Ser Gly Met 20	Asp Gly Asn Gly Val Phe . Leu Gly Ala Gly 25 30
Tyr	Leu Gin Gly Gin Ala 35	Gin Met His Ala Asp Ile. Asn Ser Gin Lys 40 45
Gin	Ala Thr Asn Ala Thr 50	Ile Lys Gly Phe „Asp, Ala :Leu Leu Gly Tyr 55 60
Gin 65	Phe Phe Phe Glu Lys 70	His Phe Gly Leu Arg Leu'Tyr Gly Phe Phe ‘ 75 80
Asp	Tyr Ala His Ala Asn 85	Ser Ile Lys Leu Lys Asn Pro Asn Tyr Asn 90 95
Ser	Glu Ala Ala Gin Val 100	Ala Ser Gin Ile Leu Gly Lys Gin Glu Ile 105 110
Asn	Arg Leu Thr Asn Ile 115	Ala Asp Pro Arg Thr Phe Glu Pro Asn Met 120 125
Leu	Thr Tyr Gly Gly Ala 130	Met Asp Val Met Val Asn Val Ile Asn Asn 135 140
Gly 145	Ile Met Ser Leu Gly 150	Ala Phe Gly Gly Ile Gin Leu Ala Gly Asn 155 150
Ser	Trp Leu Met Ala Thr 165	Pro Ser Phe Glu Gly Ile Leu Val Glu Gin 170 175
Ala	Leu Val Ser Lys Lys 180	Ala Thr Ser Phe Gin Phe Leu Phe Asn Val 185 190
Gly	Ala Arg Leu Arg Ile 195	Leu Lys His Ser Ser Ile Glu Ala Gly Val 200 205
Lys	Phe Pro Met Leu Lys 210	Lys Asn Pro Tyr Ile Thr Ala Lys Asn Leu 215 220
Asp 225 Thr	Ile Gly Phe Arg Arg 230 Phe	Val Tyr Ser Trp Tyr Val Asn Tyr Val Phe 235 240

243 (· · '· tt tt · · · .·· tt • ' · tt · · . tt · tt ,· ’ ·(··.· · · ··· ·· • · ;.· · · ’· ······· · · ,· i· · · «· • tt · · (2) Informace pro SEQ ID NO: 117:

,(i), Charakteristiky sekvence:

(A) .Délka: 256 /aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D). Topologie:’ lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) . Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

—_-_____(A)_Organismus: Helicobacter pylori---------------(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...256 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 117:

Met 1

Gly

Tyr

Ala

Ser 5

Lys

Leu

Ala

Leu

Lys 10

Ile

Cys

Leu

Val

Gly 15

Leu

Cys

Leu

Phe

Ser 20

Thr

Leu

Gly

Ala

Glu 25

His

Leu

Glu

Gin

Lys Gly 30 . ,

Asn

Tyr

Ile

Tyr 35

Lys

Gly

Glu

Ala 40

Tyr

Asn

Lys

Glu 45

Tyr

Glu

Arg

Ala

Ala 50

Ser

Phe

Tyr

Lys

Ser 55

Ala

Ile

Lys

Asn

Gly 60

Glu

Ser

Leu

Ala

Ťyr 65

Ile

Leu

Gly

Ile 70

Met

Tyr

Glu

Asn

Gly 75

Arg

Gly

Val

Pro

Lys 80

Asp

Tyr

Lys

Ala 85

Val

Glu

Tyr

Phe

Gin 90

Lys

Ala

Val

Asp

Asn 95

Asp

Ile

Pro

Arg

Gly 100

Tyr

Asn

Leu

Gly 105

Val

Met

Tyr

Lys

Glu 110

Gly

Lys

Gly

Val

Pro 115

Lys

Asp

Glu

Lys

Lys 120

Ala

Val

Glu

Tyr

Phe 125

Arg

Ile

Ala

Thr

Glu 130

Lys

Gly

Tyr

Thr

Asn 135

Ala

Tyr

Ile

Asn

Leu 140

Gly

Ile

Met

Tyr

Met 145

Glu

Gly

Arg

Gly

Val 150

Pro

Ser

Asn

Tyr

Ala 155

Lys

Ala

Thr

Glu

Cys 160

Phe

Arg

Lys

Ala

Met 165

His

Lys

Gly

Asn

Val 170

Glu

Ala

Tyr

Ile

Leu 175

Leu

Gly

Asp

Ile

Tyr 180

Tyr

Ser

Gly

Asn

Asp 185

Gin

Leu

Gly

Ile

Glu 190

Pro

Asp

Lys

Asp

Lys 195

Ala

Val

Tyr

Tyr 200

Lys

Met

Ala

Asp 205

Val

Ser

Arg 210

Ala

Tyr

Glu

Gly

Leu 215

Ser

Glu

Ser

Tyr

Arg 220

Tyr

Gly

Leu

Gly

·· ···· ·· · '·'·· · '« .'9 · · • ‘9.9 ’· ·' '· ‘9 9 9 • · Γ· * 9 · » .··· ···

244

' 1«

• · 99 99

• ·

9 9 9 9

• •

• • 9

• • ·

Val

Glu

Lys

Asp

Lys

Ala

Glu

Tyr

Met

Gin

Lys

Ala

Cys

225

230

235

240

Asp

Phe

Asp

Ile

Asp

Lys

Asn

Cys

Lys

Asn

Thr

Ser

Arg

245

250

255

(2) Informace pro SEQ.ID NO: 118:

(i) Charakteristiky sekvence: , (A) Délka: 657:aminokyselin (B) Typ: --aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly:'protein (iii) Hypotetická: ANO , (vi) Původní zdroj:

-—-—(A) Organismus : Helicobacter pylori __________________ _____ _..

(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...657 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 118:

Met Arg Lys Leu Phe Ile Pro Leu Leu Leu Phe Ser Ala Leu Glu Ala

5 10 15

Asn Glu Lys Asn Gly Phe Phe Ile-Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly Leu .25 · 30

Leu

Glu

Gly 35

Thr

Gin

Thr

Gin'

Glu 40

Lys

Arg

His

Thr

Thr 45

Thr

Lys

Asn

Thr

Tyr 50

Ala

Thr

Tyr

Asn

Tyr 55

Leu

Pro

Thr

Asp

Thr 60

Ile

Leu

Lys

Arg

Ala 65

Ala

Asn.

Leu

Phe

Thr 70

Asn

Ala

Glu_

Ala

Ile 75

Ser

Lys

Leu

Lys

Phe 80

Ser

Leu

Ser

Pro 85

Val

Arg

Val

Leu

Tyr 90

Met

Tyr

Asn

Gly

Gin 95

Leu

Thr

Ile

Glu

Asn 100

Phe

Leu

Pro

Tyr

Asn 105

Leu

Asn

Val

Lys 110

Leu

Ser

Phe

Thr

Asp 115

Ala

Gin

Gly

Asn

Val 120

Ile

Asp

Leu

Gly

Val 125

ile

Glu

Thr

Ile

Pro 130

Lys

His

Ser

Lys

Ile 135

Val

Leu

Pro

Gly

Glu 140

Ala

Phe

Asp

Ser

Leu 145

Lys

Ile

Asp

Pro

Tyr 150

Thr

Leu

Phe

Leu

Pro 155

Lys

Ile

Glu

Ala

Thr 160

Ser

Thr

Ser

Ile

Ser 165

Asp

Ala

Asn

Thr

Gin 170

Arg

Val

Phe

Glu

Thr 175

Leu

Asn

Lys

Ile

Lys 180

Thr

Asn

Leu

Val

Val 185

Asn

Tyr

Arg

Asn

Glu 190

Asn

Lys

Phe

Lys

Asp 195

His

Glu

Asn

His

Trp 200

Glu

Ala

Phe

Thr

Pro 205

Gin

Thr

Ala

Glu

Glu 210

Phe

Thr

Asn

Leu

Met 215

Leu

Asn

Met

Ile

Ala 220

Val

Leu

Asp

Ser

Gin 225

Ser

Trp

Gly

Asp

Ala 230

Ile

Leu

Asn

Ala

Pro 235

Phe

Glu

Phe

Thr

Asn 240

245

'· ** 11.1 '· · (· • Φ • · • · -1 :111 111,1

«· ···»

• l· ‘i 1 · Λ '·· 1 ·-· ,· 1

• · • ' 1 či .· · • ‘.11

l· 9 <:<· *· 1 ··

1 · « • · (« • · 1 :1 .1 » ·

Ser

Pro

Thr

Asp

Cys

Asp

Asn

Asp

Pro

Ser

Lys

Cys

Val Asn

Pro

Gly

245

250

255

Thr

Asn

Gly

Leu

Val

Asn

Ser

Lys

Val

Asp

Gin

Lys

Tyr Val

Leu

Asn

260

265

' 270

Lys

Gin

Asp

Ile

Val

Asn

Lys

Phe

Lys

Asn

Lys

Ala

Asp .Leu

Asp

Val

275

280

235

Ile

Val

Leu

Lys

Asp

Ser

Gly

Val

Gly

Leu

Gly

Ser. Asp'

Ile

Thr

290

Γ . .

295

300

Pro

Ser

Asn

Asp

Gly

Lys

His

Tyr

Gly

Gin..

Leu. Gly

Val

305

310

315

320

Ala

Ser

• Ala

Leu

Asp

Pro

Lys

Leu

Phe

Gly

Asp

Asn .Leu Lys '.Thr

325

330

335

Ile-

Asn

Leu

Glu

Asp'

Leu Arg

Thr

Ile

Leu.

His.

Glu *Phe.Ser

His

Thr

340

345

350

Lys

Gly

Tyr

Gly

His

Asn Gly Asn

Met

Thr

Tyr

Gin Arg val

Pro

Val

355

360

365

Thr

Lys

Asp

Gly

Gin

Val

Glu

Lys

Asp

Sér

Asn

Gly Lys Pro

Lys

Asp

370

375

380

Ser

Asp

Gly

Leu

Pro

Tyr

Asn

Val

Cys

Ser

Leu

Tyr

Gly Gly

Ser

Asn

335

390

395

400

Gin

Pro

Ala

Phe

Pro

Ser

Asn

Tyr

Pro

Asn

Ser

Ile

Tyr His

Asn

Cys

405

410

415

Ala

Asp

Val

Pro

Ala

Gly

Phe

Leu

Gly

Val

Thr

Ala

Ala Val

Trp

Gin

420

425

^30

Gin

Leu

Ile

Asn

Gin

Asn

Ala

Leu

Pro

Ile

Asn

Tyr

Ala Asn

Leu

Gly

435

440

445

Ser

Gin

Thr

Asn

Tyr

Asn

Leu

Asn

Ala

Ser

Leu:

Asn

Thr.Gin

Asp

Leu

450

455

460

Ala

Asn

Ser

Met

Leu

Ser

Thr

Ile

Gin

Lys

Thr

Phe

Val Thr

Ser

465

470

475

480

Val

Thr

Asn

His

Phe

Ser

Asn

Ala

Ser

Gin

Ser

Phe Arg

Ser·

Pro

485

490

495

Ile

Leu

Gly

Val

Asn

Ala

Lys

Ile

Gly

Tyr

Gin

Asn

Tyr Phe

Asn

Asp

500

505

510

Phe

Ile

Gly

Leu

Ala

Tyr

Gly

Ile

Lys

Tyr

Asn Tyr

Ala

Lys

515

520

52S

Ala

Val

Asn

Gin

Lys

Val

Gin

Leu

Ser

Tyr

Gly

Gly Gly

Ile

Asp

530

535

540

Leu

Asp

Phe

Ile

Thr

Tyr

Ser

Asn

Lys

Asn Ser

Pro

Thr

545

550

555

560

Gly

Ile

Gin

Thr

Lys

Arg

Asn

Phe

Ser

Phe

Gly Ile

Phe

Gly

565

570

575

Gly

Leu

Arg

Gly

Leu

Tyr

Asn

Ser

Tyr

Val

Leu

Asn Lys

Val

Lys

580

585

590

Gly

Ser

Gly

Asn

Leu

Asp

•Val

Ala

Thr

Gly

Leu

Asn

Tyr Arg

Tyr

Lys

595

600

605

His

Ser

Lys

Tyr

Ser

Val

Gly

Ile

Ser

Ile

Pro

Leu

Ile Gin

Arg

Lys

610

615

620

Ala

Ser

Val

Ser

Gly Gly

Asp

Tyr

Thr

Asn

Ser Phe

Val

Phe

625

630

635

640

Asn

Glu

Gly

Ala

Ser

His

Phe

Lys

Val

Phe

Asn

Tyr Gly Trp

Val

-

645

650

655

Phe

··

246 • · '· · ·,· · .· ·♦ (2) Informace pro SEQ ID NO: 119:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) .Délka: 167.'aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární ' (ii) . Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

Qrgani s_mus. Hel icobacter pylori - ~ (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...167 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 119:

Met 'Lys Leu Val Ser Leu Ile Val A±a Leu Val Phe cys Cys .'Phe.. Leu 1 5 10 15 '

Gly Ala Val Glu Leu Pro Gly Val Tyr Gin Thr Gin'Glu Phe Leu Tyr

25 30

Met Lys Ser Ser Phe Val Glu Phe Phe Glu His Asn Gly Lys Phe Tyr

40 45

Ala Tyr Gly Ile Ser Asp Val Asp Gly Ser Lys Ala Lys Lys Asp Lys

55 60

Leu Asn Pro Asn Pro Lys Leu Arg Asn Arg Ser Asp Lys Gly Val Val

70 75 80

Phe Leu Ser Asp Leu Ile Lys Val Gly Glu Gin Ser Tyr Lys Gly Gly

Θ5 90 95

Lys Ala Tyr Asn Phe Tyr Asp Gly Lys Thr Tyr His Val Arg Val Thr

100 105 110

Gin Asn Ser Asn Gly Asp Leu Glu Phe Thr Ser Ser Tyr Asp Lys Trp

115 120 125

Gly Tyr Val Gly Lys Thr Phe Thr Trp Lys Arg Leu Ser Asp Glu Glu

130 135 140

Ile Lys Asn Leu Lys Leu Lys Arg Phe Asn Leu Asp Glu Val Leu Lys 145 150 155 160

Thr Leu Lys Asp Ser Pro Ile (2) Informace pro SEQ ID NO: 120:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 294 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein , • 000

247, ·· ·· » · · · » 0 · · •00 0·0 (vi) Původní/zdroj :

(A) ..Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

• (A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...294 í-x-il Podís sekvence:SEO ID NO: 120:

Met 1

Ser

Asn

Gin

Ala 5'

Ser

His

Leu

Asp

Asn 10

Phe.

.-Met·

Asn

.Ala

Lys 15

Asn

Pro

Lys

Ser

Phe 20

Phe

Asp

Asn

Lys

Gly 25

Asn

Thr

Lys

Phe

Ile 30

Ala

Tle

Thr

Ser

Gly 35

Lys

Gly

val

Gly Lys 40

Ser

Asn

Ile

Ser 45

Ala

Asn

Leu

Ala

Tyr 50

Ser

Leu

Tyr

.Lys

Lys 55

Gly Tyr

Lys

Val

Gly 60

Val

Phe

Asp

Ala

Asp 65

Ile

Gly

Leu

Ala

Asn 70

Leu

Asp

Val

Ile

Phe 75

Gly

Val

Lys

Thr

His 80

.Lys

Asn

•Ile

Leu

His 85

Ala

Leu

Lys

Gly

Glu 90

.Ala

Lys

Leu

Gin

Glu 95

Ile

Cys

Glu

Ile 100

Glu

Pro

Gly

Leu

Cys' 105

Leu

Ile

Pro

Gly.

Asp .110

Ser Gly

Glu

Ile 115

Leu

Lys

Tyr

Ile

Ser ,120

Gly

Ala

Glu

Ala

Leu, 125

Asp

Arg

Phe

Val

Asp 130

Glu

Gly

Val

Leu 135

Ser

Leu

Asp

Tyr 140

Ile

Val

Ile

Asp

Thr 145

Gly

Ala

Gly

Ile

Gly 150

Ala

Thr

Gin

Ala 155

Phe

Leu

Asn

Ala

Ser 160

Asp

Cys

Val

Ile 165

Val

Thr

Pro

Asp 170

Pro

Ser

Ala

Ile

Thr 175

Asp

Ala

Tyr

Ala

Cys 180

Ile

Lys

Ile

Asn

Ser 185

Lys

Asn

Lys

Asp

Glu 190

Leu

Phe

Leu

Ile

Ala 195

Asn

Met

Val

Ala

Gin 200

Pro

Lys

Glu

Gly Arg 205

Ala

Thr

Tyr

Glu

Arg 210

Leu

Phe

Lys

Val

Ala 215

Lys

Asn

Ile

Ala 220

Ser

Leu

Glu

Leu

His 225

Tyr

Leu

Gly

Ala

Ile 230

Glu

Asn

Ser

Leu 235

Leu

Lys

Arg

Tyr

Val 240

Arg

Glu

Arg

Lys

Ile 245

Leu

Arg

Lys

Ile

Ala 250

Pro

Asn

Asp

Leu

Phe 255

Ser

Gin

Ser

Ile

Asp 260

Gin

Ile

Ala

Ser

Leu 265

Leu

Val

Ser

Lys

Leu 270

Glu

Thr

Gly

Thr

Leu

Glu

Ile

Pro

Lys

Glu

Gly

Leu

Lys

Ser

Phe

Lys

Arg

	275	280	285
Leu	Leu Lys Tyr	Leu Gly .
	290
(2)	Informace	pro SEQ ID NO: 121:

·* • 99 9 ft 9 9 9

9·· 99«

248 ·· <··· t · · (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 372 aminokyselin.

•(B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein • (iii)· Hypotetická: ANO , (vi) -Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori —(ix) Vlastnosti:---------- ----- -----(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...372 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 121:

Leu .1

Glu

Pro

Ser

Arg 5

Asn

Arg

Leu

Lys

His 10

Ala

Phe

Val 15

Gly

Leu

Phe

Ile

Val 20

Leu

Phe

Leu

Ile

Ile 25

Met

Lys

His.

Gin

Thr 30

Ser

Pro

Tyr

Ala

Phe 35

Thr

His

Asn

Gin

Ala. 40

Leu

Val

Thr.

Gin

Thr 45

Pro

Tyr

Phe

Thr 50

Gin

Leu

Thr

Ile

Pro 55 '

Lys

Pro

Asn

Asp

Ala 60

Leu

Ser

Ala

His

Ala 65

Ser

Leu

Ile

Ser 70

Leu

Pro

Asn

Asp

Asn 75

Leu

Ser

Ala

Tyr 80

Phe

Ser

Gly

Thr

Lys 85

Glu

Gly

Ala

Arg

Asp 90

Val

Lys

Ile

Ser

Ala 95

Asn

Leu

Phe

Asp

Ser 100

Lys

Thr

Asn

Arg

Trp 105

Ser

Glu

Ala

Phe

Ile 110

Leu

Thr

Lys

Glu 115

Glu

Leu

Ser

His

His 120

Ser

His

Glu

Tyr

Ile 125

Lys

Leu

Gly

Asn 130

Pro

Leu

Phe

Leu 135

His

Asp

Asn

Lys

Ile 140

Leu

Phe

Val

Val 145

Gly

Val

Ser

Met

Gly 150

Gly

Trp

Ala

Thr

Ser 155

Lys

Ile

Tyr

Gin

Phe 160

Glu

Ser

Ala

Leu

Glu 165

Pro

Ile

His

Phe

Lys 170

Phe

Ala

Arg

Lys

Leu 175

Ser

Leu

Ser

Pro

Phe 180

Leu

Asn

Leu

Ser

His 185

Leu

Val

Arg

Asn

Lys 190

Pro

Leu

Asn

Thr

Thr 195

Asp

Gly

Phe

Met 200

Leu

Pro

Leu

Tyr

His 205

Glu

Leu

Ala

Thr

Gin 210

Tyr

Pro

Leu

Leu 215

Lys

Phe

Asp

Gin

Gin 220

Asn

Pro

Arg

Glu 225

Leu

Arg

Pro

Asn 230

Thr

Leu

Asn

His

Gin 235

Leu

Gin

Pro

Ser

Leu 240

Thr

Pro

Phe

Lys

Asp 245

Cys

Ala

Val

Met

Ala 250

Phe

Arg

Asn

His

Ser 255

Phe

Lys

Asp

Ser

Leu 260

Met

Leu

Glu

Thr

Cys 265

Lys

Thr

Pro

Thr

Asp 270

Trp

Gin

Lys

Pro

Ile 275

Ser

Thr

Asn

Leu

•Lys 280

Asn

Leu

Asp

Ser 285

Leu

Asn

Leu

Asn 290

Leu

Asn

cly

Ile

Leu 295

Tyr

Leu

Ile

His

Asn 300

Pro

Ser

Asp

.Leu

Ser 305

Leu

Arg

Lys

Glu 310

Leu

Trp

Leu

Ser

Lys 315

Leu

Glu

Asn

Ser

Asn 320

• · _ _x - · '· ··’· ··

249 . · · · · · · » ··;

• · · · · · ·

Ser

Phe

Lys

Thr

Leu

Lys

Vál

Leu

Asp

Lys

Ala

Asn

Glu

val

Ser

Tyr

325

330

335,

Pro

Ser

Tyr

Ser

Leu

Asn

Pro

His

Phe

Ile

Asp

Ile

Val

Tyr

Thr

Tyr

340

345

350

Asn

Arg

Ser

His

Tle

Lys

His

Ile

Arg

Phe

Asn

Met

Ala

Tyr

Leu

Asn

3S5

360

'365

Ser

Leu

Lys

_t

j,

3 70

2) Informace pro SEQ ID NO: 122:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) . Délka: 978 aminokyselin ^! (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...978 ' , (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 122:

Met 1

Lys

Arg

Lys 5

His

Val

Ser

Lys

Lys 10

Val

Phe

Asn

Val

Ile 15

Ile

Leu

Phe

Val

Ala 20

Val

Phe

Thr

Leu

Leu 25

Val

Ile

His

Lys 30

Thr

Leu

Ser

Asn

Gly 35

Ile

His

Ile

Gin

Asn 40

Leu

Lys

Ile

Gly

Lys 45

Leu

Gly

Ile

Ser

Glu 50

Leu

Tyr

Leu

Lys

Leu 55

Asn

Lys

Leu

Ser 60

Leu

Glu

Val

Glu

Arg 65

Val

Asp

Leu

Ser

Ser 70

Phe

His

Gin

Lys 75

Pro

Thr

Lys

Arg 80

Leu

Glu

Val

Ser

Asp 85

Leu

Ile

Lys

Asn

Ile 90

Arg

Tyr Gly

Ile

Trp 95

Ala

Val

Ser

Tyr

Phe 100

Glu

Lys

Leu

Lys

Val 105

Lys

Glu

Ile

Leu 110

Asp

Lys

Asn

Lys 115

Ala

Asn

Ile

Phe

Phe 120

Asp

Gly

Asn

Lys

Tyr 12S

Glu

Leu

Glu

Phe

Pro 130

Gly

Ile

Lys

Gly

Glu 135

Phe

Ser

Leu

Glu

Asp 140

Asp

Lys

Asn

Ile

Lys 145

Leu

Lys

Ile

Asn 150

Leu

Phe

Lys

Asp 155

Val

Lys

Val

Gin

Val 160

Asp

Gly

Asn

Ala

His 165

Tyr

Ser

Pro

Lys

Ala 170

Arg

Lys

Met

Ala

Phe 175

Asn

Leu

Ile

Val

Lys ISO

Pro.

Leu

Val í

Glu

Pro 185

Ser

Ala

Ile

Tyr 190

Leu

Gin

Gly

Leu

Thr 195

Asp

Leu

Lys

Thr¹ ř

' Ile 200

Glu

Leu

Lys

Ile

Asn 205

Thr

Ser

Pro

Met

Lys 210

Ser

Leu

Ala

Phe

Leu 215

Lys v.

Pro

Leu

Phe * ..

Gin 220

Arg

Gin

Ser

Gin

Lys

Asn

Leu

Lys

Thr

Trp

Ile

Phe

Asp

Lys

Ile

Glh

Phe

Ala

Ser

Phe

	250	• · • • • · ·	• ' · • • • · · ·	• · • • · • • ·	• · · • • · • · i	• • 9 9	• · · • · - 99 9 9 • ·· 0
225 Lys Ile Asp	230 Asn Ala Leu Ile Lys Ala Asn	23 5 Phe	Thr	pro	Ser	Glu	240 Phe
Ile Pro Ser	24S 250 Leu Leu Glu Asn Ser Val Val	Lys	Ala	Thr	Leu	255 Ile	Lys
Pro Ser Val	260 265 Val Phe Asn Asp Gly Leu Ser	Pro	Ile.	Lys.	270 Met.	Asp	Lys
275 Thr Glu Leu	280 Ile Phe-Lys Asn Lys Gin Leu	Leu	Ile	285 Gin.	Pro	Gin	Lys
290 Ile Thr Tyr	295 Glu Thr. Met Glu Leu Thr Gly	Ser	300 Tyr Ala	Thr ; Phe	Ser
³⁰⁵ Asn Leu Leu	310 Glu»Ala. Pro Lys Leu Glu Val	315 Phe	Leu	Lys'	Thr.	,Thr	320 Pro
Asn Tyr Tyr	325 330 .Gly ' Asp Ser Ile Lys Asp Leu	Leu	Ser.'	Ala'	.:,.335 Tyr Lys	Val
Val Leu Pro	340 345 Leu'Asp Lys Ile Ser Met Pro	Ser	Ser	Ala	350 Asp	Leu	Lys
355 Leu Thr Leu	360 Gin Phe Leu Lys Asn Thr Ala	Pro	Leu	365 Phe	Ser'	Val	Gin
370 Gly Ser Val	375 Asn Leu Gin Glu Gly Thr Phe	Ser	380 Leu	Tyr	Asn	Ile	Pro
385 Leu Tyr Thr	390 Gin Ser Ala Gin Ile Asn Leu	395 Asp	Ile	Ala	Gin	Glu	400 Tyr
Gin Tyr Ile	405 410 Tyr Ile Asp Thr Ile His Thr	Arg	Tyr	Ala	Asn	415 Met	Leu
Asp Leu Asp	420 425 Ala Lys Ile Ala Leu Asp Leu	Gly	Gin	Lys	430 Asn	Leu	Ser
435 Leu Asp Ser	440 ’ Leu Val His Lys Ile Gin Val	Asn	445 Thr Asn	Asn	Asn	Ile
450 Asn Met Arg	455 ’ ’ ' '/ Ser Tyr Asp Pro Asn Asn Thr	Gin	460 Glu	Asp	Pro	Gin	Thr
465 Asn Phe Thr	470 Leu Asp Leu Lys Ser Leu His	⁴⁷⁵ Ser	Ile	Ile	Gin	Glu	⁴⁸⁰ Gly
Glu Asn Ser	485 490 Glu Val Phe Arg Arg Lys Ile	Ile	Asp	Thr	Ile	495 Lys	Ala
Gin Ser Glu	500 505 Asp Lys Phe Thr Lys Asp Val	Phe	Tyr	Ala	510 Thr	Gly	Asp
515 Thr Leu Lys	520 Ser Leu Ser Leu Ser Phe Asp	Phe	Ser	525 Asn	Pro	Asp	His
530 Ile Gin Trp	535 Ser Val Pro Gin Leu Leu Leu	Glu	540 Gly	Glu	Phe	Lys	Asp
545 Asn Ala Tyr	550 Thr Phe Lys Ile Lys Asp Leu	555 Lys	Lys	Ile	Lys	Pro	560 Tyr
Ser Pro Ile	565 570 Met Asp Tyr Ile Ala Leu Lys	Asp	Gly	Ser	Leu	575 Glu	Val
Ser Thr Ser	580 585 Asp Phe Val Asn Ile Asp Phe	Phe	Ala	Lys	590 Asp	Leu	Lys
595 Ile Asn Leu	600 Pro Ile Tyr Arg Ser Asp Gly	Ser	His	605 Phe	Asp	Ser	Phe
610 Ser Leu Phe	615 Gly Ser Ile Asn Lys Asp Glu	Ile	620 Ser	Val	Tyr	Thr	Pro
625 Ser Lys Ser	630 Ile Ser Ile Lys Val Lys Gly	635 Asp	Gin	Lys	Asp	Ile	640 Thr
Leu Asn Asn	645 650 Ile Asp Leu Ser Ile Asp Asp	Phe	Leu	Asp	Ser	655 Lys	Met

660 €65 670

'251

Pro Ala Ile	Ala	Gly Leu Phe	Ser Lys Glu Arg Lys Glu Lys Pro Ser
	⁶⁷⁵	580	685
Ser	Lys Glu	Ile	Gin Asp Glu.	Asp Val Phe	Ile Ser .Ala ..Lys, Gin Arg
	690		• 695-		/700 ’ '
Tyr	Glu. Lys 'Ala.	.His-Lys Ile	Ile Pro. Ile	tSer·Thr Arg. i Ile.His · Ala
.705	>	v	. 710		715 ·, 720
Lys	Asp Val	Val	Leu Ile Tyr. Lys Lys Met'	Pro Phe Pro Leu.Glu -.Asn
			725-	730	. *735
..Leu	Asp Ile·	Val.	Ala, Gin·,Asp‘Asp ArgVal	• Lys , Ile Asp GlyAsn Tyr
		740	, ' I	745	'750
Lys	Asn’Ala	Met	vile Met Ala.	Asp,Leu Val	His . Gly,, Ala „'Leu Tyr Leu
	⁷⁵⁵			‘760,	765
Lys	Ala His	Asn	Phe Ser Gly	Asp Tyr Ile	Asn Thr Ile Leu Gin Lys
	770		' 775		780
„Ásp-	Phe Val	-Glu-Gly-Gly—Leu	PheThr Leu	Ile Gly Ala Leu Glu Asp
785			790		795 800
Gin	Val Phe	Asn	Gly Glu Leu	Lys Phe Gin	Asn Thr.Ser Leu,Lys Asn
			805	810	815
Phe	Ala Leu	Met	Gin Asn Met	Val Asn Leu	Ile Asn Thr Ile Pro Ser
		820		825	830
Leu	Ile Val	Phe	Arg Asn Pro	His Leu Gly	Ala Ash Gly Tyr Gin Ile
	835			840	845
Lys	Thr Gly	Ser	Val Val Phe	Gly Ile Thr	Lys Glu Tyr Leu Gly Leu
	850		855		860
Glu	Lys Ile	Asp	Leu Val Gly	Lys Thr Leu	Asp Ile Ala Gly Asn Gly
865			870		875 ³ 880
Ile	Ile Glu	Leu	Asp Lys Asn	Lys Leu Asp	Leu Asn Leu Glu Val Ser
			885	890	. ' 895
Thr	Ile Lys	Ala	Leu Ser Asn	Val Leu Asn	‘Lys Ile Pro Ile Val Gly
		900		905 .	910
Tyr	Leu Val	Leu	Gly Lys Gly Gly Lys Ile	Thr Thr Asn Val Asn Val
	915			920	925
Lys	Gly Thr	Leu	Asp Lys Pro	Lys Thr Gin	Val Thr Leu Ala Ser Asp
	930		935		940
Ile	Ile Gin	Ala	Pro Phe Lys	Ile Leu Arg	Arg Ile Phe Thr Pro Ile
945			950		955 960
Asp	Ile Ile	Val	Asp Glu Val	Lys Lys Asn	Ile Asp Ser Lys Arg Lys

965 970 975

Leu Lys (2) Informace pro SEQ ID NO: 123:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 477 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie:„lineární

252 • ΦΦΦ • Φ φ φ - . ..

φ ’ ' · φ φ · Φ ΦΦ φ φ φφ φ φ.φφφ φ φφ φ φ · ΦΦΦ .ΦΦΦ (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická:. ANO (vi). Původní zdroj :

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč:,misc_charakter (B) Umístění: 1...477 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 123:

Met 1

Asn

Thr

Ile

Ile 5

Arg

Tyr

Ala

Ser

Leu 10

Trp

Gly

Leu

Cys

Ile 15

Thr

Leu

Thr

Leu

Ala 20

Gin

Thr

Pro

Ser

Lys. 25

Thr

Pro

Asp

Glu

Ile 30

Lys

Gin

Ile

Leu

Asn 35

Asn

Tyr

Ser

His

Lys 40

Asn

Leu

Lys

Leu

Ile 45

Asp

Pro

Thr

Ser 50

Ser

Leu

Glu

Ala

Thr 55

Pro

Gly

Phe

Leu

Pro 60

Ser

.Pro

Lys

Glu

Thr 65

Ala

Thr

Ile

Asn 70

Gin

Glu

Ile

Ala

: Lys ⁷⁵

Tyr

His

:Glu

Lys

Ser 80

Asp

Lys

Ala

Leu 85

Gly

Leu

Tyr

Glu

Leu 90

Leu

Lys'

Gly

Ala

Thr 95

Thr

Asn

Leu

Ser

Leu 100

Gin

Ala

Gin

Glu

Leu 105

Ser

Val

Lys

Gin

Ala 110

Met

Lys

Asn

His

Thr 115

Ile

Ala

Lys

Ala

Met 120

Phe

Leu

Pro

Thr

Leu 125

Asn

Ala

Ser

Tyr

Asn 130

Phe

Lys

Asn

Glu

Ala 135

Arg

Asp

Thr

Pro

Glu 140

Tyr

Lys

His

Tyr

Asn 145

Thr

Gin

Leu

Gin 150

Ala

Gin

Val

Thr

Leu 155

Asn

Val

Phe

Asn

Gly 160

Phe

Ser

Asn

Val

Asn 165

Asn

Val

Lys

Glu

Lys 170

Ser

Ala

Thr

Tyr

Arg 175

Ser

Thr

Val

Ala

Asn 180

Leu

Glu

Tyr

Ser

Arg 185

Gin

Ser

Val

Tyr

Leu 190

Gin

Val

Gin

Gin 195

Tyr

Glu

Tyr

Phe 200

Asn

Leu

Ala

Arg 205

Met

Ile

Ala

Leu

Gin 210

Lys

Leu

Glu

Gin 215

Ile

Gin

Thr

Asp

Ile 220

Lys

Arg

Val

Thr

Lys 225

Leu

Tyr

Asp

Lys

Gly 230

Leu

Thr

Ile

Asp 235

Asp

Leu

Gin

Ser

Leu 240

Lys

Ala

Gin

Gly

Asn 245

Leu

Ser

Glu

Tyr

Asp 250

Ile

Leu

Asp

Met

Gin 255

Phe

Ala

Leu

Glu

Gin 260

Asn

Arg

Leu

Thr

Leu 265

Glu

Tyr

Leu

Thr

Asn 270

Leu

Ser

Val

Lys

Asn 275

Leu

Lys

Thr

Thr 280

Ile

Asp

Ala

Pro

Asn 285

Leu

Gin

Leu

Arg

Glu 290

Arg

Gin

Asp

Leu

Val 295

Ser

Leu

Arg

Glu

Gin 300

Ile

Ser

Ala

Leu

Arg 305

Tyr

Gin

Asn

Lys

Gin 310

Leu

Asn

Tyr

Pro 315

Lys

Ile

Asp

Val

Phé 320

Asp

Ser

Trp

Leu

Phe 325

Trp

Ile

Gin

Lys

Pro 330

Ala

Tyr

Ala

Thr

Gly Arg 335

253 • · · · · · .· ······ • · · · · · · ··· ···· ·· · ·· ··

Phe Thr Ile Leu

Gly Asn Phe Tyr 340

Pro Asp Leu Asp

Gly Gin Gin Asn Thr Ala Gly Val Thr Ala

Asp Ile

345 Gly Leu Ser

350 Leu Gin Lys 365 Leu Ala Tyr 380 Lys Ser Leu

Gin Ser Lys Lys Asp Ile

Leu Asn 355 Met Leu 370

Ile Phe Gly Gin

Ala 375 Glu

360 Ash Gin

Glu Leu

Lys Asn

Glu

Gin

Glu

Lys

Tyr

Arg

385

390

395

400

. Ala

Arg.

Ala

Lys

Ile

Glu

Ser

Lys

Ala

Ser

Leu.Asp Ala

Ala Asn

405

410

415

_x · Leu

Ser.

Phe

Ala

Asn

Ile

Lys'· Arg.

Lys ?

Tyr

Asp

Ala.Asn Leu

Val Asp

.420

425

.430

. Phe

Thr

Thr,

Tyr

Leu

Arg

Gly

Leu

Thr

Arg

Phe Asp Ala

Glu Val

435

440

' 445

, Ala

Tyr

Asn

Leu

Ala

Leu

Asn

Tyr

Glu

Val

Gin‘Lys Ala

Asn Tyr

450

455

460

Ile

Phe

Asn

Ser

Gly

His

Lys

Ile

Asp

Tyr

Val His

465

470

475

(2)

Informace

pro

SEQ

ID

NO:

124:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 412 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární.

(ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...412 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 124:

Met 1

Leu

Ser

Phe

Ile 5

Ser

Ala

Phe

Asp

Lys 10

Arg

Gly

Val

Ser

Ile 15

Arg

Leu

Thr

Ala 20

Leu

Phe 25

Ser

Leu

Gly

Leu

Ala 30

Lys

Asp

Leu

Glu

Ile 35

Gin

Thr

Phe

Val

Ala 40

Lys

Tyr

Leu

Ser

Lys 45

Asn

Gin

Lys

Ile

Gin 50

Ala

Leu

Gin

Glu

Gin 55

Ile

Asp

Ala

Leu

Asp 60

Ser

Gin

Glu

Lys

Val 65

Val

Ser

Lys

Trp

Asp 70

Asn

Pro

Ile

Leu

Tyr 75

Leu

Gly Tyr

Asn

Asn 80

Ala

Asn

Val

Ser

Asp 85

Phe

Arg

Leu

Asp 90

Ser

Thr

Leu

Met

Gin 95

Asn

Met

Ser

Leu

Gly 100

Leu

Ser

Gin

Lys

Val 105

Asp

Leu

Asn

Gly

Lys 110

Lys

Leu

Thr

Gin

Ser 115

Lys

Met

Ile

Asn

Leu 120

Glu

Lye

Gin

Lys

Lys 125

Ile

Leu

Glu

Leu

Lys 130

Lys

Thr.

Lys

Gin

Gin 135

Leu

Val

Ile

Asn

Leu 140

Met

Ile

Asn

Gly

Ile 145

Glu

Asn

Tyr

Lys

Asn 150

Gin

Glu

Ue

Glu 155

Leu

Asn

Thr

Ala 160

Ile

Lys

Asn

Leu

Glu 165

Asn

Thr

Leu

Tyr

Gin 170

Ala Asn

His

Ser

Ser 175

Ser

Pro

Asp

Leu

Ile

Ala

Ile

Ala

Lys

Leu

Glu

Ile

Leu

Lys

Ser

Leu

·99· • ·

Glu

Ile

Gin

180 Lys

Asn

Asp

Leu

Glu

185 Val

Ala

Leu

Ser

190 Ser

His

Tyr

Ser

Met

195 Gly

Glu

Leu

Thr

Phe

200 Lys'

Glu

Asn

Glu

Ile .

205 Leu

Ser

.Ile

Ala

Pro

210 Lys

Asn

Phe

Glu

Phe,

215 Asn

Asn

Glu

Gin

Glu

220 Leu

His

Asn

Ile

.Ser

225 Ala

Thr

Asn

Tyr

Asp

230 Ile

Ala

Ile

Ala

Arg

235 Leu

Asp

Glu

Glu'

Lys

240 Ala

Gin

Lys

Asp

Ile

245 Thr

Leu

Ala

•Lys

Lys

250 Ser

Phe

Leu-Glu

Asp

255 Ile .

.Asn

Val

Thr

Gly

250 Val

Tyr

Phe

Arg

265 Ser

Lys

Gin

Tyr'Tyr

'270 Asn

Tyr

Asp

Met

Phe

275 Ser

Val

Ala

Leu

Ser

280 Ile

Pro

Leu

Pro

Leu

285 Tyr

Gly

Lys

Gin

290

—

295

—

300

— -

— .....—

.

Ala

Lys

Leu

Val

Glu

Gin

Lys

Glu

Ser

Leu

Ala

Phe

Lys

Ser

305 Glu

Val

Glu

Asn

Ala

310 Lys

Asn

Lys

Thr

Arg

315 His

Leu

Ala

Leu

Lys

320 Leu

Leu

Lys

Leu

325 Glu

Thr

Leu

Gin

Lys

330 Asn

Leu

Glu

Ser

Ile

335 Asn

Lys

Ile

Lys

340 Gin

Asn

Glu

Lys

Ile

345 Ala

Gin

Ile

Tyr

Ala

350 Leu

Asp

Leu

Lys

Thr

355 Asn

Gly

Asp

Tyr

Asn

360 Ala

Tyr

Asn

Ala

365 Leu

Asn

Asp

Lys

Ile

370 Thr

Ile

Gin

Ile

Thr

375 Gin

Leu

Glu

Thr

Leu

380 Ser

Ala

Leu

Asn

Ser

385 Ala

Tyr

Leu

Ser

Leu

390 Gin

Asn

Leu

Lys

Gly

395 Leu

Glu

400

405 410 (2) Informace pro SEQ ID NO: 125:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 137 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (ví) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori • · • · • · « • · · • · · ·· ·

255 • · · · · (ix) Vlastnosti: . , (A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...137 (xi): Popis sekvence:SEQ ID NO: 125: *

· Met 'Arg Tle · Val	Arg Asn Leu Phe Leu	Val	Ser Phe Val Ala	Tyr. Ser
1 ' ' ⁴	5 ’	10		.15
‘Ser.Ala.Phe Ala	Ala. Asp Leu Glu Thr	Gly	Thr Lys Asn'Asp	‘ Lys -Lys
20.	²⁵		30
Ser Gly Lys Lys	.Phe Tyr Lys .Leu His	Lys	Asn HisGlySer	Glu ‘ Thr
' - <. 35	40 ,		45
Glu. Thr Lys Asn Asp . Lys ..Lys. Leu Tyr Asp	Phe Thr Lys Asn	Ser Gly
50 ' ‘ '	55 /		60
Leu Glu Gly Val	Asp Leu Glu Lys Ser	Pro	Asn Leu Lys Ser	His Lys
65	⁷⁰		75	80
Lys Ser Asp Lys	Lys Phe Tyr Lys Gin	Leu	Ala Lys.; Asn Asn	Ile Ala
	85	90		95
Glu Gly Val Ser	Met Pro Ile Val Asn	Phe	Asn Lys _t'Ala Leu	Ser Phe
100	105		110
Gly Pro Tyr Phe	Glu Arg Thr Lys Ser	Lys	Lys. Thr Gin Tyr	Met Asp
115	120		125
Gly Gly Leu Met	Met His Ile Arg Phe«
130	135
(2) Informace	pro SEQ ID NO: 126:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 309 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...309 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 126:

Leu

Met

Pro

Gin

Asn

Gin

Leu Val Ile

Thr

Ile

Ile Asp

Glu

Ser

Gly

1

5

10

15

Ser

Lys

Gin

Leu

Lys

Phe

Ser Lys Asn

Leu

Lys

Arg Asn

Leu

Ile

20

2 ' 25

³⁰

Ser

Val

Ile

Leu

Léu

Leu. Ile Val

Gly

Leu

Gly Val

Gly

Phe

Leu

35

40.

45

Lys

Phe

Leu

Ile

Ala

Lys

Met Asp Thr

Met

Thr

Ser‘Glu

Arg

Asn

Ala

50

⁵⁵· ‘

60

Val

Leu

Arg

Asp

Phe

Arg

Gly Leu .Tyr

Gin

Lys

Asn Tyr

Ala

Leu

Ala.

65

C ^Ť

⁷° .

75

,· * ' Λ

80

256

Lys

Glu

Ile

Lys

Asn'

Lys

Arg

Glu

Leu

Phe

Ile Val

Gly Gin, Lys

85

90

95 ,

Ile

Arg

Gly

Leu

Glu

Ser

Leu

Ile

Glu

Ile

Lys

Lys Gly

Ala

Asn Gly

100

105

110

Gly

His

Leu

Tyr

Asp

Glu

Val

Asp

Leu

Glu

Asn Leu

Ser

Leu Asn

r

115

120

125

Gin

Lys

His

Leu

Ala

Leu

Met

Leu

Ile.

Pro

Asn

Gly Met

Pro

Leu Lys

130

135

140

Thr

Tyr

Ser

Ala

Ile

Lys

Pro

Thr

Lys.

Glu

Arg

Asn .His.

Pro

Ile.Lys

145

150

155

160

Lys

Ile

Lys

Gly

Val

Glu

Ser

Gly

Ile

Asp

Phe.

Ile,Ala

Pro

Leu Asn

165

170

175

Thr

Pro

Val

Tyr

Ala

Ser

Ala

Asp

Gly

Ile

Val

Asp Phe

Val

Lys Thr

180

185

190

Arg

‘Šer

Asn

Ala

Gly Tyr

Gly

Asn

Leu

Val

Arg

Ile Glu

.'His

Ala .Phe

195

200

205

Gly

Phe

Ser

Ile

Tyr

Thr

His

Leu

Asp

His

Val Asn

Val

Gin Pro

—

™2i0

-- - .

215.

,_____ .

220______

... __

Lys

Ser

Phe

Ile

Gin

Lys

Gly

Gin

Leu

Ile

Gly

Tyr Ser

Gly

Lys Ser

225

230

235

240

Gly

Asn

Ser

Gly

Glu

Lys

Leu

His

Tyr

Glu

Val Arg

Phe

Leu Gly

245

250

255

Lys

Ile

Leu

Asp

Ala

Glu

Lys

Phe

Leu

Ala

Trp

Asp Leu

Asp

His .Phe

260

265

270

'sGln

Ser

Ala

Leu

Glu

Asn

Lys

Phe

Ile

Glu

Trp Lys

Asn

Leu.Phe

275

280

285

Trp

Val

Leu

Glu

Asp

Ile

Val

Gin

Leu

Gin

Glu

His Val

Asp

Lys Asp

290

295

300

Thr

Leu

Lys

Gly

Gin

305 (2) Informace pro SEQ ID NO: 127:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 332 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

ι • 090 <'· • 0

257 (Β), Umístění: 1. ..332 (xi) .Popis sekvence:SEQ ID NO:'127:

Val

Leu Tyr

,.Phe

•Leu.

Thr

Ser

Lěu

Phe

Ile.

Cys

Ser Leu

'Ile

.Val

.Leu

1 -

. <

5

,10'

i.

;i-5

Trp

Ser.

Lys

Ser.

Met.

Leu

Phe

Val.

i Asp. Asn

Ala - Asn

. Lys. :ile

.Gin

20

25

* · »

30

Gly,Phe

His

.Ala

Arg

Thr

, Pro

Arg

-Ala Gly

Gly;Leu

: .Gly Ile

Phe

35

40

45

Leu

Ser.

.Phe

Ala

Leu

Ala

Cys

Tyr

Leu

Glu

Pro

Phe Glu

: Met

'Pro

^:'Phe

50

55

€0

Lys

Gly

Pro

Phe

Val

Phe

Leu

Gly

Leu

Ser

Leu

Val Phe

Leu

Ser

Gly

65

70

75

80

Phe

~Leu

Glu Asp

Ile

Asn

Leu

Ser

Lěu

Ser

(Pro

Lys Ile

Arg

Leu

Ile

85

90

95

Leu

Glh

Ala

Val

. Gly

Val

Cys

Ile

Ser

Ser Thr

Pro

Leu

Val

100

105

110

Val

Ser

Asp

Phe

Ser

Pro

Leu

Phe

Ser

Leu

Pro

Tyr iPhe

Ile

Ala

Phe

115

120

125

Leu

Phe

Ala

Ile

Phe

Met

Leu

Val

Gly

Ile

Ser

Asn Ala

Ile

Asn

Ile

Χ3Ό

135

140

Ile

Asp

Gly

Phe

Asn

Gly

Leu

Ala

Ser

Gly

Ile

Cys¹ Ala

Ile

Ala

Leu

145

150

155

160

Leu

Val

Ile

His

Tyr

Ile

Asp

Pro

Ser-

Ser

Leu ’

Ser Cys

Leu

Ala

165

170

. -ř

175

Tyr

Met

Val

Leu

Gly

Phe

Met

Val

Leu

Asn

Phe

ProSer

Gly

Lys

Ile

180

185

. , ' ·

^Lř

190

Phe

Leu

Gly

Asp

Gly

Ala

Tyr

Phe

Leu

Gly,

Leu Val

Cys

Gly

Ile

195

200

-

205

Ser

Leu

His

Leu

Ser

Leu

Glu

Gin

Lys

Ile

Ser Val

Phe

Gly

210

215

220

Leu

Asn

Leu

Met

Leu

Tyr

Pro

Val

Ile

Glu

Val

Leu Phe

Ser

Ile

Leu

225

230

235

240

Arg

Lys

Ile

Lys

Arg

Gin

Lys

Ala

Thr

Met

Pro Asp

Asn

Leu

His

245

250

255

Leu

His

Thr

Leu

Phe

Lys

Phe

Leu

Gin

Arg Ser

Phe

Asn

Tyr

260

265

270

Pro

Asn.

Pro

Leu

Cys

Ala

Phe

Ile

Leu

Ile

Leu

Cys Asn

Leu

Pro

Phe

275

280

285

Ile

Leu

Ile

Ser Val

Leu

Phe

Arg

Leu

Asp

Ala

Tyr Ala

Leu

Ile

val

290

295

300

Ile

Ser.

Leu

Val

Phe

Ile

Ala

Cys

Tyr

Leu

Ile.

Gly Tyr

Ala

Tyr

Leu

305

310

315

320

Asn

Arg

Glh

Val

Cys

Ala

Leu

Glu

Lys

Arg

Ala

Phe

325 330 (2) Informace pro SEQ ID NO: 128:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 271 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová ’.

, ; . < ř ·

Ϊ ·'·%.·· e' ' - ’ , í ^ř ' ·

258 (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární

(.ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter

------- (B) Umístění: 1...271 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 128:

Met 1

Asn

Ile

Phe

Lys 5

Arg

Ue

Ile

Cys

Val 10

Thr

Ala

Ile

Val

Leu 15

Gly

Phe

Asn

Leu 20

Leu

Asp

Ala

Lys

His 25

His

Lys

Glu

Lys

Lys 30

Glu

Asp

His

Lys

Ile 35

Thr

Arg

Glu

Leu

Lys 40

Val

Gly

Ala

Asn

Pro 45

Val

Pro

His

Ala

Gin 50

Ile.

Leu

Gin

Sec

Val 55

Val

Asp

Leu

Lys 60

Glu.

Lys:

Gly

Ile

Lys 65

Leu

Val

Ile

Val

Ser 70

Phe

Thr

Asp

Tyr

Val 75

Leu

Pro

Asn

Leu

Ala 80

Leu

Asn

Asp

Gly

Ser 85

Leu

Asp

Ala

Asn

Tyr 90

Phe

Gin

His

Arg

Pro 95

Tyr

Leu

Asp

Arg

Phe 100

Asn

Leu

Asp

Arg

Lys 105

Met

His

Leu

Val

Gly 110

Leu

Ala

Asn

Ile

His 115

Val

Glu

Pro

Leu

Arg 120

Phe

Tyr

Ser

Gin

Lys 125

Ile

Thr

Asp

Xle

Lys 130

Asn

Leu

Lys

Gly 135

Ser

Val

Ile

Ala

Val 140

Pro

Asn

Asp

Pro

Ala 145

Asn

Gin

Gly

Arg

Ala 150

Leu

Ile

Leu

His 155

Lys

Gin

Gly

Leu

Ile 160

Ala

Leu

Lys

Asp

Pro 165

Ser

Asn

Leu

Tyr

Ala 170

Thr

Glu

Phe

Asp

Ile 175

Val

Lys

Asn

Pro

Tyr 180

Asn

Ile

Lys

Ile

Lys 185

Pro

Leu

Glu

Ala

Ala 190

Leu

Pro

Lys

Val 195

Leu

Gly

Asp

Val

Asp 200

Gly

Ala

Ile

Thr 205

Gly

Asn

Tyr

Ala

Leu 210

Gin

Ala

Lys

Leu

Thr 215

Gly

Ala

Leu

Phe

Ser 220

Glu

Asp

Lys

Asp

Ser 225

Pro

Tyr

Ala

Asn

Leu 230

Val

Ala

Ser

Arg

Glu 235

Asp

Asn

Ala

Gin

Asp 240

Glu

Ala

Ile

Lys

Ala 245

Leu

Ile

Glu

Ala

Leu 250

Gin

Ser

Glu

Lys

Thr 255

Arg

Lys

Phe

Ile

Leu 260

Asp

.Thr

Tyr

Lys

Gly 265

Ala

Ile

Pro

Ala 270

Phe

. 259 •· ···· (2) Informace pro, SEQ ID NO: 129: , , (i) Charakteristiky sekvence: ' - / (A) Délka: 316 aminokyselin (B) Typ:- aminokyselinová (D) Topologie: lineární · (ii) Typ molekuly: protein.

i » 'I (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

__________________(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...316 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 129:

Met	Gin	Glu	Phe	Ser	Leu
1 Glu	Asn	Asp	Phe	5 Leu	Lys
Thr	Ser	Asn	20 Pro	Ser	Leu
Tyr	Gin	35 Asp	Glu	Ile	Ala
Tyr	50 Glu	Thr	Leu	Ala	Leu
65 Met	Pro	Leu	Tyr	Glu	70 Lys
Ile	Asp	Pro	Phe	85 Leu	Glu
Lys	Arg	Leu	100 Phe	Lys	Thr
Pro	Ala	115 Ser	Glu	Ser	Ala
Ser	130 Ile	Pro	Ile	Asn	Val
145 Glu	Ile	Ala	Gin	Ile	ISO Leu
Ser	Val	Phe	Val	165 Ser	Arg
Gin	Asn	Leu	180 Gin	Ala	Gin
Tyr	Gin	195 Ile	Asn	Gin	His
Ser	210 Thr	Gly	Val	Lys	Ser

225 ,.'·'23Ο

Trp Cys Asp Phe	Ile Glu Arg Asp	Phe 15	Leu
	10
Leu	Ilé	.Asn	Lys	Gly	Ala	Ile	Cys_t Gly	- Ala
		25''					30
Phe	.cys	Glu	,Ala	Ile	Thr	Lys	Ser	. Ala	. Phe
	40 ’					45
Lys	Leu	Lys Gly	Lys	Lys	Ala	Lys	Glu	. Ile.
55					60				t
Lys	Asp	Ile	Leu	Gin	Ala	Ser	Ser	Ala	Leu
				75					80
Asp	Pro	Asn	Asn	Gly	Tyr	Ile	Ser	Leu	Glu
			90					95
Asp	Asp	Ala	Ile	Lys	Ser	Ile	Asp	Glu	Ala
		105					110
Leu	Asn	Arg	Pro	Asn	Val	Met	Ile	Lys	Val
	120					125
Phe	Glu	Val	Ile	Ser	Ala	Leu	Ala	Gin	Ala
135					140
Thr	Leu	Val	Phe	Ser	Pro	Lys	Ile	Ala	Gly
				155					160
Ala	Lys	Glu	Ala	Arg	Lys	Arg	Ala	Val	Ile
			170					175
Phe	Asp	Lys	Glu	Ile	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
		185					190
Ser	Gly-, Ile	Met	Asn	Ala	Thr	Glu	Cys	Tyr
	200					205
Ala	Asn	Lys	Leu	Ile	Ser	Thr	Leu	Phe	Ala
215					220
Asn	Ser	Leu	Ala	Lys	Asp	Tyr	Tyr	Ile	Lys
	'· ⁴:			235					240

i! '' ,r ' - : i·. ‘ . >'

i

260

Ala

Leu

Cys

Phe

Lys

Asn

Ser

Xle

Asn

Thr

Ala

Pro

Leu

Asp

Ala

Leu

245

2S0

z

255

Asn

Ala

Tyr

Leu

Asp

Pro

Asn

Thr

Glu

Cys

Gin

Thr

Pro

Leu

Lys

260

265

270

Ile

Thr

Glu

Ile

Glu

Ala

Phe

Lys

Glu

Leu

Lys

Thr

His

Asn

Ile

275

280

285

Asp.

Leu.

•Glu.

Asn.

Thr.,

.Ala.

Gin

Lys

Leu

Lys

.Glu

Gly

/Leů

Ile

Ala

290

295

300

Phe.

Lys

Gin

Ser

Phe-

Glu.

Lys

Leu

Ser

Phe

305 310 315 (2) . Informace pro SEQ ID NO: 130:

(i) Charakteristiky sekvence:

-------- (A) Délka: 260 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter · (B) Umístění: 1...260 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 130:

Met

Lys

Thr

Asn

Gly

His

Phe

Lys

Asp

Phe

Ala

Trp

Lys

Cys

Phe

1

5

10

15

Leu

Gly

Ala

Ser

Val

Ala

Leu

Val

Gly

Cys

Ser

Pro

His

Ile

20

25

30

Ile

Glu

Thr

Asn

Glu

Val

Ala

Leu

Lys

Leu

Asn

Tyr

His

Pro

Ala

Ser

35

40

45

Glu

Lys

Val

Gin

Ala

Leu

Asp

Glu

Lys

Ile

Leu

Arg

Pro

Ala

50

55

60

Phe

Gin

Tyr

Ser

Asp

Asn

Ile

Ala

Lys

Glu

Tyr

Glu

Asn

Lys

Phe

Lys

65

70

75

80

Asn

Gin

Thr

Leu

Lys

Val

Glu

Ile

Leu

Gin

Asn

Gin

Gly

Tyr

85

90

95

Lys

Val

Ile

Asn

Val

Asp

Ser

Asp

Lys

Asp

Phe

Ser

Phe

Ala

100

105

110

·· ····

• ’· « ·· '« '· • * ·

·· • ·

···· •

<4 •

r ·· • · .

•

261

♦ ‘ ·- · · • · ···,!··· ·

‘· .· • . · • ·

• • •

• ·« ·«

»· ·'· • ··

’·

Gin

Lys

Glu

Gly

Tyr

Leu

Ala

Val

Ala Met

Asn

Gly

Glu

Ile

Val

115

120

125

Leu

Arg

Pro

Asp

Pro

Lys

Arg

Thr

Ile.

Gin Lys

Lys

Ser

Glu

Pro

Gly

130

135

140

Leu

Phe

Ser

Thr

Gly

Leu

Asp

Lys

Met Glu Arg

Val

Leu

Ile

Pro

145

150

155

160

Ala

Gly

Phe

Val

Lys

Val

Thr

Ile

Leu

Glu-Pro

Met

Ser

Gly

Glu

Ser

*

165

170

175'

Leu

Asp

Ser

Phe

Thr

Met

Asp

Leu

Ser

Glu Leu Asp

Ile

Gin

Glu

Lys

‘180

185

190

Phe

Leu

Lys

.Thr

Thr

His

Ser

His

Ser Gly Gly

Leu

Val

Ser

Thr

•1

195

200

205

Met

Val

Lys

Gly

Thr

Asp

Asn

Ser

Asn

Asp. Ala

Ile

Lys

Ser

Ala

Leu

-210

215

220

Asn

Lys

Ile

Phe

Ala

Ser

Ile

Met

Gin

Glu Met

Asp

Lys

Leu

Thr

,225

230

235

24 0

Gin

Arg

Asn

Leu

Glu

Ser

Tyr

Gin

Lys

Asp Ala

Lys

Glu

Leu

Lys

Asn

—_·_—

245

—

-

250

-

255

Lys

Arg Asn Arg

260 (2) Informace pro SEQ ID NO: 131:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 1382 aminokyselin ' „ (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...1382 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 131:

Leu Asn Phe Asn Asn Leu Thr Ala Asn Gly Ala Leu Asn Phe Asn Gly ·♦··

262 . · • ····

·· ··

1 Tyr

Ala

. Pro

Ser

5 Leu

Thr

Lys

Ala

Leu

10 Met

Asn

Val

Ser

Gly

15 Gin

Phe

Val

Leu

20 Gly.Asn

Asn

Gly

Asp

Ile

25 Asn

Leu

Ser Asp

Ile

30 · Asn

Ile

Phe

Asp

Asn

35 Ile

Thr

Lys

Ser

Val

40 Thř

Tyr

Asn

Ile

Leu

45 Asn

Ala

Gin

Lys

Gly

50 .Xle

Thr

Gly

Ile

Ser

55 Gly

Ala

Asn

Gly Tyr

60 Glu

Lys

Ile

Leu

Phe

65 Tyr

Gly

Met

Lys

Ile

70 Gin

Asn

Ala

Thr

Tyr

75 Ser

Asp

Asn

30 Ile

Gin

Thr

Trp

Ser

85 Phe

Ile

Asn

Pro

Leu

90 Asn

Ser

Gin

Ile

95 Ile

Gin

Glu

Ser

Ile

100 Lys

Asn

Gly Asp

Leu

105 Thr

Ile·

Glu .

Val

Leu

110 Asn

Asn

Pro

Asn

Ser

115 Ala

Ser

Asn

Thr

Ile

120 Phe

Asn

Ile

Ala

Pro

125 Glu

Leu

Tyr

Asn

Tyr

130^:Gin

Asp

Ser

Lys

Gin

135 Asn

Pro

Thr

Gly Tyr

140 Ser

Tyr

Asp

Tyr

Ser

145 Asp

Asn

Gin

Ala

Gly

150 Thr

Tyr

Leu

Thr

155 Ser

Asn

Ile

Lys

Gly

160 Leu

Phe

Thr

Pro

Lys

165 Gly

Ser

Gin

Thr

Pro

170 Gin

Thr

Pro

Gly

Thr

175 Tyr

Ser

Pro

Phe

Asn

180 Gin

Pro

Leu

Asn

Ser

185 Leu

Asn

Ile

Tyr

Asn

190 Lys

Gly

Phe

Ser

195 Glu

Asn

Leu

Lys

Thr

200 Leu.

Leu

Gly

Ile

Leu

205 Ser

Gin

Asn

Ser

Ala

210 Thr

Leu

Lys

Glu

Met

215 Ile

Glu

Ser

Asn

Gin

220 Leu

Asp

Asn

Ile.

Thr

225 Asn

Ile

Asn

Glu

Val

230 Leu

Gin

Leu

Asp

235 Lys

Ile

Lys

Ue

Thr

240 Gin

Ala

Gin

Lys

Gin

245 Ala

Leu

Glu

Thr

250 Ile

Asn

His

Leu

Thr

255 Asp

Asn

Ile

Asn

Gin

260 Thr

Phe

Asn

Gly

265 Asn

Leu

Val

Ile

Gly

270 Ala

Thr

Gin

Asp

Asn

275 Val

Thr

Asn

Ser

Thr

280 Ser

Ser

Ile

Trp

Phe

285 Gly

Gly

Asn

Gly

Tyr

290 Ser

Ser

Pro

Cys

Ala

295 Leu

Asp

Ser

Ala

Thr

300 Cys

Ser

Phe

Arg

305 Asn

Thr

Tyr

Leu

Gly

310 Gin

Leu

Gly

Ser

315 Thr

Ser

Pro

Tyr

Leu

320 Gly

Tyr

Ile

Asn

Ala

325 Asp

Phe

Lys

Ala

Lys

330 Ser

Ile

Tyr

Ile

Thr

335 Gly

Thr

Ile

Gly

Ser

340 Ser

Asn

Ala

Phe

Glu

345 Ser

Gly Gly

Ser

Ala

350 Asp

Val

Thr

Phe

Gin

355 Ser

Ala

Asn

Leu

360 Val

Leu

Asn

Lys

Ala

365 Asn

Ile

Glu

Ala

Gin

370 Ala

Thr

Asp

Asn

Ile

375 Phe

Asn

Leu

Gly

380 Gin

Glu

Gly

Ile

Asp

385 Lys

Ile

Phe

Asn

Gin

390 Gly

Asn

Leu

Ala

Asn

395 Val

Leu

Ser

Gin

Met

400 Ala

Met

Glu

Lys

Ile

405 Lys

Gin

Ala

Gly

410 Leu

Gly

Asn

Phe

Ile

415 Glu

. Asn

Ala

Leu

Ser

420 Pro

Leu

Ser

Lys

Glu

425 Leu

Pro

Ala

Ser

Leu

430 Gin

Asp

Glu

435 . 440 445

263

Thr

Leu 450

Gly

Gin

Leu

Ile

Gly 455

Gin

Asn

Leu

Asp 460

Asp

Leu

Asn

Asn 465

Ser

Gly

Val

Met

Asn 470

Glu

Ile

Gin

Asn

Ile 475

Ile

Ser

Gin

Lys

Leu 480

Ser

He

Phe

Gly-

Asn 485.

Phe

Val

Thr

Pro

Ser 490

Ile

Glu

Asn

Tyr 495

Leu

Ala

Lys

Gin

Ser 500

Leu

Lys

Ser

Met

Leu 505

Asp

Lys

Gly

Leu 510

Leu

Asn ¹

Phe

Ile

Giy 515

Gly

Tyr

Ile

Asp .

Ala 520

Ser

Glu

Leu

Ser

Ser 525

Ile

Leu

Gly

Val'

ile 530

Leu

Lys

'Asp

Ile·

Thr 535

Asn

Prp

Pro

Thr

Ser 540

Leu

Gin

Lys

Asp

Ile 545

Gly

Val

val’'

Ala

Asn 550

Asp

Leu

Asn

Glu 555

Phe

Leu ;

Gly.

Gin

Asp ,560

Val

Lys

Leu 565

Glu

Ser

Gin'

Gly

Leu 570

Val

-Ser

Asn

Ile'

Ile 575

Asn

Val

Ile

Ser 580

Gin

Gly

Leu

Ser, 585

Gly

Val

•Tyr

Asn

Gin 590

Gly

Leu

Gly

Ser

Val 595

Leu

Pro

Ser

Leu 600

Gin

Asn

Ala

Leu

Lys 605

Glu

Asn

Asp

Leu

Gly 610

Thr

Leu

Ser

Pro 615

Arg

Gly

Leu

His

Asp 620

Phe

Trp

Gin

Lys

Gly 625

Tyr

Phe

Asn

Phe

Leu 630

Ser

Asn

Gly

Tyr

Val 635

Phe

Val

Asn

Ser 640

Ser

Phe

Ser

Asn

Ala 645

Thr

Gly

Ser

Leu 650

Asn

Phe

Val

Ala

Asn 655

Lys

Ser

Ile

Phe 660

Asn

Gly

Asp.

Asn

Thr 665

Ile

Asp

Phe

Ser

Lys 670

Tyr

Gin

Gly

Ala

Leu 675

Ile

Phe

Ala

Ser

Asn* 680

Gly

Val

Ser

Asn

Ile-. 685

'Asn

Ile

Thr

Leu 690

Ásn

Ala

Thr

Asn

Gly 695

Leu

Ser

Leu

Asn

Ala 700

Gly

Leu

Asn

Val 705

Ser

Val

Gin

Lys

Gly 710

Glu

Ile

Cys

Ile

Asn 715

Leu

Ala

Asn

Cys

Pro 720

Thr

Lys

Asn

Ser 725

Ser

Pro

Ala

Asn

Ser 730

Ser

Val

Thr

Pro

Thr 735

Asn

Glu

Ser

Leu

Ser 740

Val

His

Ala

Asn

Asn 745

Phe

Thr

Phe

Leu

Gly 750

Thr

Ile

Ser

Asn 755

Gly

Ala

Ile

Asp

Leu 760

Ser

Gin

Val

Thr

Asn 765

Asn

Ser

Val

Ile

Gly 770

Thr

Leu

Asn

Leu

Asn 775

Glu

Asn

Ala

Thr

Leu 780

Gin

Ala

Asn

Leu 785

Thr

Ile

Thr

Asn

Ala 790

Phe

Asn

Ala

Ser 795

Asn

Ser

Thr

Ala

Asn 800

Ile

Asp

Gly

Asn

Phe 805

Thr

Leu

Asn

Gin

Gin 810

Ala

Thr

Leu

Ser

Thr 815

Asn

Ala

Ser

Gly

Leu 820

Asn

Val

Met

Gly

Asn 825

Phe

Asn

Ser

Tyr

Gly Asp 830

Leu

Val

Phe

Asn 835

Leu

Ser

His

Ser

Val 840

Ser

His

Ala

Ile

Ile 845

Asn

Thr

Gin

Gly

Thr 850

Ala

Thr

Ile,

Met

Ala 855

Asn

Pro

Leu 860

Ile

Gin

Phe

Asn

Ala 865

Ser

Lys

Glu

Val 870

Gly

Thr

Tyr

Thr

Leu 875

Ile

Asp

Ser

Ala

Lys 880

Ala

Ile

Tyr

Gly Tyr

Asn

Gin

Ile

Thr

Gly

Ser

Leu

•X · .··

	264	• · · • · ·	·· • ' · 9 9 ··'···	9 9 « • · - '· 9 9 9 • · · • · ·	• • a •	·· '9 9 ·'· 9 9 9 ·	.«· • • 9 >9 9 9 9 9
	885	390				895
Asp Asn	Tyr Leu Lys Leu Tyr Ala Leu	Ile	Asp	Ile Asn	Gly	Lys	His
	900 905				910
Met Val	Met Thr Asp Asn Gly Leu Thr	Tyr	Asn	Gly Gin	Ala	Val	Ser
	915 _ 920			925
Val Lys	Asp Gly Gly Leu Val Val Gly	Phe	Lys	Asp Ser	Gin	Asn	Gin
930	935			940
Tyr-Ile	Tyr Thr Ser Ile Leu-Tyr Asn	Lys	Val	Lys Ile	Ala	Val	Ser
945	950		955				960
Asn Asp	Pro Ile Asn Asn Pro Gin Ala	Pro	Thr	Leu Lys	Gin	Tyr	Ile
<	965	970				975
Ala Gin	Ile Gin Gly Val Gin Ser Val	Asp	Ser	Ile Asp	Gin	Ala	Gly
	980 985				990
Gly Asn	Gin Ala Ile Asn Trp Leu Asn	Lys	Ile	Phe Glu	Thr	Lys	Gly
	995 1000			1005
Ser Pro	Leu Phe Ala Pro Tyr Tyr Leu	Glu	Ser	His Ser	Thr	Lys_	Asp
1010 1015			1020
Leu Thr	Thr Ile Ala Gly Asp Ile- Ala	Asn	Thr	Leu Glu	Val	Ile	Ala
1025	1030		1035			1040
Asn Pro	Asn Phe Lys Asn Asp Ala Thr	Asn	Ile	Leu Gin	Ile	Asn	Thr
	1045	1050			1055
Tyr Thr	Gin Gin Met Ser Arg Leu Ala	Lys	Leu	Ser Asp	Thr	Ser	Thr
	1060 1065			1070
Phe Ala	Arg Ser Asp Phe Leu Glu Arg	Leu	Glu	Ala Leu	Lys	Asn Lys
	1075 1080			1085
Arg Phe	Ala Asp Ala Ile Pro Asn Ala	Met	Asp	Val Ile	Leu	Lys	Tyr
1090 1095 '			1100
Ser Gin	Arg Asn Arg Val Lys Asn Asn	Val	Trp	Ala Thr	Gly	Val Gly
1105	1110 ·		1115			1120
Gly Ala	Ser Phe Ile Ser Gly Gly Thr	Gly	Thr	Leu Tyr	Gly	Ile	Asn
	1125	1130 ·			1135
Val Gly	Tyr Asp Arg Phe Ile Lys Gly	Val	Ile	Val Gly	Gly	Tyr	Ala
	1140 1145			1150
Ala Tyr	Gly Tyr Ser Gly Phe His Ala	Asn	Ile	Thr Gin	Ser	Gly	Ser
	1155 1160			1165
Ser Asn	Val Asn Val. Gly Val Tyr Ser	Arg	Ala	Phe Ile	Lys	Arg	Ser
117C	1175			1180
Glu Leu	Thr Met Ser Leu Asn Glu Thr	Trp	Gly	Tyr Asn	Lys	Thr	Phe
1185	1190		1195			1200
Ile Asn	Ser Tyr Asp Pro Leu Leu Ser	Ile	Ile	Asn Gin	Ser	Tyr	Arg
	1205	1210			1215
Tyr Asp	Thr Trp Thr Thr Asp Ala Lys	Ile	Asn	Tyr Gly	Tyr	Asp	Phe
	1220 1225			1230
Met Phe	Lys Asp Lys Ser Val Ile Phe	Lys	Pro	Gin Val	Gly	Leu	Ser
	1235 1240			1245
Tyr Tyr	Tyr Ile Gly Leu Ser Gly Leu	Arg	Gly	Ile Met	Asp	Asp	Pro
125C	1255			1260
Ile Tyr	Asn Gin Phe Arg Ala Asn Ala	Asp	Pro	Asn Lys	Lys	Ser	Val
1265	1270		1275			1280
Leu Thr	Ile Asn Phe Ala Leu Glu Ser	Arg	His	Tyr Phe	Asn. Lys	Asn.
	1285	1290			1295
Ser Tyr	Tyr Phe Val Ile Ala Asp Val	Gly Arg	Asp Leu	Phe	Ile	Asn
	1300 1305			1310
Ser Met	Gly Asp Lys Met Val Arg Phe	•Ile Gly	As n Asn.	Thr.	Leu	Ser

1315 · , 1320 1325 » 0 » 0

265

9909 • 9 9« • 9 9 -0

0 0 · > · ··· 0 . 0

Tyr Arg Asp 1330	Gly	Gly	Arg Tyr Asn 1335	Thr Phe Ala Ser Ile Ile Thr 1340	Gly
Gly Glu ‘Ile	Arg	Leu	Phe Lys Thr	Phe Tyr Val Asn Ala Gly Ile	Gly
1345			1350	1355 ·	1360
Ala Arg Phe.	Gly	Leu	Asp Tyr Lys	Asp Ile Asn Ile Thr Gly Asn	Ile
		1365	1370 ,. - 1375
Gly,.Met Arg	Tyr	Ala	Phe
	1380		* ^r » ’

(2) Informace pro SEQ ID NO: 132:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 262 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj: , (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...262 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 132:

Met 1	Lys Lys	Ile Gly Leu Ser Leu Cys Leu Val Leu Ser Leu Gly	Phe
5	10	¹⁵
Leu	Lys Ala	His Glu Val	Ser Ala Glu Glu	Ile Ala Asp Ile Phe	Tyr
		20	25	30
Lys	Leu Asn	Ala Lys Glu	Pro Lys Met Lys	Ile Asn His Thr Lys	Gly
	35		40	45
Phe	Cys Ala	Lys Gly Val	Phe Leu Pro Asn	Pro Gin Ala Arg Glu	Asp
	50		55	60
Leu	Glu Val	Pro Leu Leů	Asn Glu Lys Glu	Ile Pro Ala Ser Val	Arg
65		70		75	80
Tyr	Ser Leu	Gly Gly Val	Ala Met Asp Asp	Lys Ser Lys Val Arg	Gly
		85	90	95
Met	Ala Leu	Lys Leu Glu	Asn Gin Asn Ala	Ser Trp Thr Met Val	Met
		100	105	110
Leu	Asn Thr	Glu Ile Asn	Phe Ala Lys Asn	Pro Glu Glu Phe Ala	Gin
	115		120	125
Phe	Phe Glu	Met Arg Leu	Pro Lys Asn Gly	Lys Val Asp Glu Ala	Arg
	130		135	140
Ile	Lys Lys	Leu Tyr Glu	Glu Val Pro Ser	Tyr Arg Asn Phe Ala	Ala
145		ISO		155,	160
Tyr	Met Lys	Thr Ile Gly	Ile Ser Ser Ser	Val Ala Asn Thr Pro	Tyr
		165	170	' ” - . 175
Tyr	Ser Val	His Ala Phe	Lys Phe, Lys Asp	Lys Lys Glu Lys Leu	Leu
		180	¹⁸⁵	-Ů ·» 190
Pro	Ala Arg	Trp Lys Phe	Val Pro Lys Glu	Gly>Val Lys Tyr Leu	Asn
	195		200	? ' ’ 205

4000 • 0 · I • 0 0 , '«0 000 «·

266 • 0 0 0 • 0 · 0

0 0 0 .0«· 000

- 0 ·* 00

Pro

Gin

Glu

Leu

Lys

Gin

Lys

Asp

Ser

Asn

Tyr

Leu

Ser

Phe

210

215

220

Gin.

Gin

His

Leu

Lys

Asn

Lys

Pro

Ile

Glu

Tyr

Gin

Met

Tyr

Leu

Val

225

230

235

240

Phe

Ala

Asn

Gin

Asn

,Asp.

Ala

Thr

Asn

Asp

Thr

•Ala

Leu.

Trp

Lys

245

2SQ

255

Gly

Ser

Ile

Arg

Asn

Tyr

260

(2) Informace pro SEQ ID NO: 133:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 246 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...246 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 133:

Met

Lys

Gin

Phe

Lys

Pro

Lys

Ile

Lys

Arg

Ser

His

Gin

1

5

10

15

Asn

Gin

Lys

Thr

Ile

Leu

Lys

Arg

Pro

Leu

Trp

Leu

Met

Pro

Leu

20

25

30

Ile

Gly

Phe

Ala

Ser

Gly

Val

Tyr

Ala

Asp

Gly

Thr

Asp

Ile

Leu

35

40

45

Gly

Leu

Ser

Trp

Gly

Glu

Lys

Ser

Gin

Lys

Val

Cys

Val

His

Arg

Pro

50

55

60

Trp

Tyr

Ala

Ile

Trp

Ser

Cys

Asp

Lys

Trp

Glu

Lys

Thr

Gin

65

70

75

80

Phe

Thr

Gly

Asn

Gin

Leu

Ile

Thr

Lys

Thr

Trp

Ala

Gly Gly

Asn

Ala

85

90

95

Ala

Asn

Tyr

His

Ser

Gin

Asn

Gin

Asp

Ile

Thr

Ala

Asn

Leu

100

105

110

Lys

Asn

Asp

Asn

Gly

Thr

Tyr

Phe

Leu

Ser

Gly

Leu

Tyr

Asn

Tyr

Thr

115

120

125

Gly

Glu

Tyr

Asn

Gly

Asn

Leu

Asp

Ile

Glu

Leu

Gly

Ser

Asn

130

135

140

Ala

Thr

Phe

Asn

Leu

Gly

Ala

Ser

Gly

Asn

Ser

Phe

Thr

Ser

Trp

145

150

155

160

Tyr

Pro

Asn

Gly

His

Thr

Asp

VaL

Thr

Phe

Ser

Ala

Gly

Thr

Ile

Asn

165

170

175

267

Val	Asn	Asn
Thr	His	Thr 195
Ile	Asn 210	Ser
Asn 225	Ala	Asn
Tyr	Leu	Gin

Ser Val Glu 180 Gly Thr Ala
Asn	Ile	Ser
Ser	Val	Ile 230
Phe	Phe 245	Ser

Val Gly Asn Arg Val Gly’ Ser Gly Ala Gly _;

185 f lao

Thr Leu Asn Leu Ásn Ala Asn Lys Val Thr

200 205

Ala Tyr Lys Thr Ser Gin Val Asn Val Gly .215 ' . ' 220.

Thr ile Asn Ser Val Ser Leu Asn Gly Glu

235 , · 240 (2) Informace pro SEQ ID NO: 134:

(i) Charakteristiky sekvence:

(Á) Délka: 245 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj: ’ ’ :

(A) Organismus: Helicobacter pylori· (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...245 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 134:

Met 1

Ile

Lys

Thr 5

Leu

Ala

Ser

Val

Leu 10

Leu

Gly

Leu

Ser

Leu 15

Met

Ser

Val

Leu

Asn 20

Ala

Lys

Glu

Cys

Val 25

Ser

Pro

Ile

Thr

Arg 30

Ser

Val

Lys

Tyr

His 35

Gin

Ser

Ala

Glu 40

Ile

Arg

Ala

Leu

Gin 45

Leu

Gin

Ser

Tyr

Lys 50

Met

Ala

Lys

Met

Ala 55

Leu

Asp

Asn

Leu 60

Lys

Leu

Val

Lys

ASp 65

Lys

Pro

Ala

Val 70

Ile

Leu

Asp

Leu

Asp 75

Glu

Thr

Val

Leu

Asn 80

Thr

Phe

Asp

Tyr

Ala 85

Gly

Tyr

Leu

Val

Lys 90

Asn

Cys

Ile

Lys

Tyr 95

Thr

Pro

Glu

Thr

Trp 100

Asp

Lys

Phe

Glu

Lys 105

Glu

Gly

Ser

Leu

Thr 110

Leu

Ile

Pro

Gly

Ala 115

Leu

Asp

Phe

Leu

Glu 120

Tyr

Ala

Asn

Ser

Lys 125

Gly

Vál

Lys

Ile

Phe 130

Tyr

Ile

Ser

Asn

Arg 135

Thr

Gln_:

Lys

Asn

Lys 140

Ala

Phe

Thr

Leu

Lys 145

Thr

Leu

Lys

Ser

Phe 150

Lys

Léu

Pro

Gin

val 155

Šer

Glu e f

Glu

Ser

Val 160

Leu

Lys

Glu

Lys 165

Gly

Lys

Pro'

Lys

Ala 170

val

Arg

Glu

Leu 175

Val

V ' ¹ Ϊ . ,

4’ .·..·'' ¹ ti * ·ί

268 • ft ft • · · · ·

Ala Lys

Asp

Tyr Ala Ile Val Leu Gin Val Gly Asp Thr Leu His Asp

180

185

190

Phe

Asp

Ala

Ile

Phe

Ala

Lys

Asp

Ala

Lys

Asn Ser

Gin

Glu

Gin

19S

200

205

Ala

bys

Val

Leu

Gin

Asn

Ala

Gin

Lys

Phe

Gly Thr

GlU

Trp

Ile

210

215

220

Leu Pro Asn 225

Trp Gin Asn

Ser Leu Tyr Gly'Thr Trp Glu ²³⁰

Lys Lys 245

Asp Gly Pro Ile Lys. Ala 235 240 (2) Informace pro SEQ ID NO: 135:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 288 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori i . ' (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...288 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 135:

Leu 1

Trp

Cys

Leu

Lys 5

Thr

Pro

Ile

Gly 10

His

Gly

Met

Lys

Lys 15

Lys

Ala

Lys

Val

Phe 20

Trp

Cys

Phe

Lys 25

Met

Ile

Arg

Trp

Leu 30

Tyr

Leu

Ala

Val

Phe 35

Phe

Leu

Ser

Val 40

Ser

Asp

Ala

Lys

Glu 45

Ile

Ala

Met

Gin

Arg 50

Phe

Asp

Lys

Gin

Asn 55

His

Lys

Ile

Phe

Glu 60

Ile

Leu

Ala

Asp

Lys 65

Val

Ser

Ala

Lys

Asp 70

Asn

Val

Ile

Thr

Ala 75

Ser

Gly

Asn

Ala

Ile 80

Leu

Asn

Tyr

Asp 85

Val

Tyr

Ile

Leu

Ala 90

Asp

Lys

Val

Arg

Tyr 95

Asp

Thr

Lys

Thr

Lys 100

Glu

Ala

Leu

Glu 105

Gly

Asn

Ile

Lys

Val 110

Tyr Arg

Gly

Glu

Gly 115

Leu

Val

Lys

Thr 120

Asp

Tyr

Val

Lys

Leu 125

Ser

Leu

Asn

Glu

Lys 130

Tyr

Glu

Ile

Phe 135

Pro

Phe

Tyr

Val

Gin 140

Asp

Ser

Val

Ser

Gly 145

Ile

Trp

Val

Ser

Ala 150

Asp

Ile

Ala

Ser

Gly 155

Lys

Asp

Gin

Lys

Tyr 160

Lys

Ile

Lys

Asn

Met 155

Ser

Ala·

Ser

Gly

Cys 170

Ser

Ile

Asp

Asn

Pro 175

Ile

Trp

His

Val

Asn 180

Ala

Thr

Ser Gly

Ser 185

Phe

Asn

Met

Gin

Lys 190

Ser

His

269

Leu

Ser

Met

Trp

Asn

Pro

Lys

Ile

Tyr

Val

Gly Asp

Ile

Pro

Val

Leu

195

200

205,

Tyr

Leu

Pro

Tyr

Ile

Phe

Met

Ser

Thr

Ser

Asn Lys

Arg-

Thr

Gly

210

215

220

Phe

Leu

Tyr

Pro

Glu

Phe

Gly

Thr

Ser

Asn

Leu>Asp

Gly

Phe

Ile

Tyr

225

230

235

l X

240

Leu Gin Pro Phe Tyr'Leu Ala Pro Lys Asn Ser Trp Asp Met Thr Phe 245 250 255

Thr Pro Gin Ile Arg Tyr Lys Arg Gly Phe Gly. Leu Asn Phe. Glu Ala 260 265 270

Arg Tyr Ile. Asn Ser Lys Thr Gin Val Phe Ile Gin Cys Ala, Leu Phe 275 “ 280 < ' 285 (2) Informace pro SEQ ID NO: 136:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 128 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter’ (B) Umístění: 1..,128 - ‘ ’ (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 136:

Leu

Met

Phe

Lys

Met

Cys

Leu

Ser

Leu

Met

Ile

Ser

Gly

Val

1

5

10

15

Cys

Val

Gly

Ala

Lys

Asp

Leu

Asp

Phe

Lys

Leu

Asp

Tyr

Arg

Ala

Thr

20

25

30

Gly

Lys

Phe

Met

Gly

Lys

Met

Thr

Asp

Ser

Leu

Ser

Ile

35

40

45

Thr

Ser

Met

Asn

Asp

Glu

Pro

Val

Ile

Lys

Asn

Leu

Ile

Val

Asn

50

55

-

60

Arg

Gly

Asn

Ser

Cys

Glu

Ala

Thr

Lys

Val

Glu

Pro

Lys

Phe

Gly

65

70

75

80

Asp

Lys

Phe

Lys

Glu

Lys

Leu

Phe

Asp

His

Glu

Leu

Lys

Tyr

Ser

85

90

95

Gin

Ile

Phe

Tyr

Arg

Leu

Asp

Cys

Lys

Pro

Asn

Gin

Leu

Glu

100

105

110

Val

Lys

Ile

Thr

Asp

Lys

Gly

Glu

Tyr

His

Lys

Phe

Ser

Lys

115

120

125

(2)

Informace

pro

SEQ

ID

NO:

137:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 169 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová

270

(ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...169

... (xi) Popis sekvence : SEQ ID NO : 137 :

Met

Gin

Ala

Leu

Lys

Ser

Leu

Glu

Val

Ile

Thr

Lys

Leu

Gin

Asn

1

5

10

15

Leu

Gly Gly

Tyr

Leu

Met

His

Ile

Ala

Ile

Phe

Ile

Phe

Ile

Trp

20

25

30

Ile

Gly Gly

Leu

Lys

Phe

Val

Pro

Tyr

Glu

Ala

Glu

Gly

Ile

Ala

Pro

35

40

45

Phe

Val

Ala

Asn

Ser

Pro

Phe

Ser

Phe

Met

Tyr Lys

Phe

Glu

Lys

50

55

60

Pro

Ala

Tyr

Lys

Gin

His

Lys

Meť Ser

Glu

Ser

Gin

Ser

Met

Gin

Glu

65

70

75

80

Glu

Met

Gin

Asp

Asn

Pro

Lys

Ile

Val

Glu

Asn

Lys

Glu

Trp ·

His

Lys

85

90

95

Glu

Asn

Arg'

Thr

Tyr

Leu

Val

Ala

Glu

Gly

Leu

Gly

Ile

Thr

Ile

Met

100

105

110

Ile

Leu

Gly

Ile

Leu

Val

Leu

Gly

Leu

Trp

Met

Pro

Leu

Met

Gly

115

120

125

Val

Gly

Leu

Val

Ala

Gly

Met

Thr

Ile

Thr

Leu

Phe

13 0

135

140

Phe

Ile

His

Asn

Ala

Arg

Ser

Val

Cys

Gin

Ser

Ala

Phe

Pro

Met

145

150

155

160

Ala

Phe

Trp

Gly

Trp

Lys

Ala

Ser

Gly

165

(2) Informace pro SEQ ID NO: 138:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 487 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori

271 • · • · · · · · (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér

	(B) '	Umístění: i...	487
(xi) Popis ‘sekvence: SEQ	ID NO: 138:
Met 1 -	Ile Glu Trp Met Gin Asn 5	His Arg Lys Tyr Leu Val Val Thr Ile 10 15
Trp	Ile Ser	Thr Ile Ala Phe 20	Ile Ala Ala Gly Meť He Gly Trp Gly 25 30
Gin	Tyr Ser 35	Phe Ser Leu Asp	Ser Asp Ser Ala Ala Lys Val Gly Gin 40 45
Ile	Lys Ile 50	Ser Gin Glu Glu 55	Leu Ala Gin Glu Tyr Arg Arg Leu Lys 60
Asp 65	Ala Tyr	Ala Glu Ser Ile 70	Pro Asp Phe Lys Glu Leu Thr Glu Asp 75 80
Gin	Ile Lys	Ala Met His Leu 85	Glu Lys Ser Ala Leu Asp Ser Leu Zle 90 95
Asn	Gin Ala	Leu Leu Arg Asn 100	Phe Ala Leu Asp Leu Gly Leu Gly Ala 105 110
Thr	Lys Gin 115	Glu Val Ala Lys	Glu Ile Arg .Lys Thr Asn Val Phe Gin 120 · 125
Lys	Asp Gly 130	Val Phe Asp Glu 135	Glu Leu Tyr Lys Asn Ile Leu Lys Gin 140
Ser 145	His Tyr	Arg Pro Lys His 150	Phe Glu Glu Ser Val Glu Arg Leu Leu 155 160
Ile	Leu Gin	Lys Ile Ser Ala 165	Leu Phe Pro Lys Thr Thr Thr Pro Leu 170 175
Glu	Gin Ser	Ser Leu Ser Leu 180	Trp Ala Lys Leu Gin Asp Lys Leu Asp 185 190
Ile	Leu Ile 195	Leu Asn Pro Asn	Asp Val Lys Ile Ser Leu Asn Glu Glu 200 205
Glu	Met Lys 210	Lys'Tyr Tyr Glu 215	Asn His Arg Lys Asp Phe Lys Lys Pro 220
Thr 225	Ser Phe	Lys Thr Arg Ser 230	Leu Tyr Phe Asp Ala Ser Leu Glu Lys 235 240
Thr	Asp Leu	Lys Glu Leu Glu 245	Glu Tyr Tyr His Lys Asn Lys Val Ser 250 255
Tyr	Leu Asp	Lys Glu Gly Lys 260	Leu Gin Asp Phe Lys Ser Val Gin Glu 265 270
Gin	Val Lys 275	His Asp Leu Asn	Met Gin Lys Ala Asn Glu Lys Ala Leu 280 285
Arg	Ser Tyr 290	Ile Ala Leu Lys 295	Lys Gly Asn Ala Gin Asn Tyr Thr Thr 300
Gin 305	Asp Phe	Glu Lys Asn Asn 310	Ser Pro Tyr Thr Ala Glu Ile Thr Gin 315 320
Lys	Leu Thr	Ala Leu Lys Pro 325	Leu Glu Val Leu Lys Pro Glu Pro Phe 330 335
Lys	Asp Gly	Phe Ile Val Val 340	Gin Leu Val Ser Gin Ile Lys Asp Glu 345 350
Leu	Gin Asn 355	Phe Asp Glu Ala	Lys Ser Ala Leu Lys Thr Arg Leu Thr 360 365
Gin	Glu Lys 370	Thr Leu Met Ala . .375	Leu Gin Thr Leu Ala Lys Glu Lys Leu 380
Lys 385	Asp Phe	Lys Gly Lys Ser 390	Val Gly Tyr Val Ser Pro Asn Phe Gly 395 400

» ·

272

Gly	Thr	Ile	Ser	Glu 405	Leu	Asn	Gin
Thr	Leu	Phe	Asn 420	Arg	Gin	Glu	Lys
Lys	Val	Val 435	Leu	Tyr	Gin	Ile	Thr 440
Ser	Ala 450	Glu	Glu	Asn	Gin	Tyr 455	Met

Glu	Glu 410	Ser	Ala	Lys	Phe	Ile 415	Asn
Lys 425	Gly	Phe	Val	Thr	Ile 430	Gly	Asn
Glu	Gin	Asn	Phe	Asn 445	His	Pro	Phe
Gin	Arg	Leu	Val 460	Asn	Asn	Thr	Lys

Thr	Asp	Phe	Phe	Asp	Lys	Ala LeU	Ile Glu Glu Leu Lys	Lys Arg Tyr
465 Lys	Ile	Val	Lys	Tyr 485	470 Ile	Gin	475	480

(2) Informace pro SEQ ID NO: 139:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 142 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klič: misc_charakter (B) Umístěni: 1...142 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 139:

Met

Lys

Thr

Asn

Phe

Tyr

Lys

Ile

Lys

Leu

Phe

Ala

Trp

Cys

Leu

1

5

10

15

Ile

Gly

Met

Phe

Asn

Ala

Pro

Leu

Asn

Ala

Asp

Gin

Asn

Thr

Asp

20

25

30

Ile

Lys

Asp

Ile

Ser

Pro

Glu

Asp

Met

Ala

Leu

Asn

Ser

Val

Gly

Leu

35

40

45

Val

Ser

Arg

Asp

Gin

Leu

Lys

Ile

Glu

Ile

Pro

Lys

Glu

Thr

Leu

Glu

50

55

60

Gin

Lys

Val

Ala

Ile

Leu

Asn

Asp

Tyr

Asn

Asp

Lys

Asn

Val

Asn

Ile

65

70

75

80

Lys

Phe

Asp

Ile

Ser

Leu

Gly

Ser

Phe

Gin

Pro

Asn

Asp

Asn

Leu

85

90

95

Gly

Ile

Asn

Ala

Met

Trp

Gly

Ile

Gin

Asn

Leu

Met

Ser

Gin

Met

100

105

110

Met

Ser

Asn

Tyr

Gly

Pro

Asn

Ser

Phe

Met

Tyr

Gly

Tyr

Ala

Pro

115

120

125

Thr

Tyr

Ser

Asp

Ser

Phe

Leu

Pro

Ile

Leu

Gly

Tyr

130

135

140

• · · ·

273

(2) Informace pro SEQ ID NO: 140:

(i) . Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 208 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová . ’(D),Topologie: lineární .

(ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

-.....(A) Organismus: Helicobacter pylori------(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...208 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 140:

Leu 1

Ile

Asn

Asn 5

Asn

Lys

Lys 10

Leu

Arg Gly

Phe

Phe 15

Leu

Lys

Val

Leu

Leu 20

Ser

Leu

Val

Phe 25

Ser

Tyr., Gly

Ser 30

Ala

Asn

Asp

Lys 35

Glu

Ala

Lys

Glu 40

Ala

Leu¹

Glu

Lys

Glu 45

Lys

Asn

Thr

Pro

Asn 50

Gly

Leu

Val·

Tyr

Thr 55

Asn

Leu

Asp

Phe

Asp 60

Ser

Phe

Lys

Ala

Thr 65

Ile

Lys

Asn

Leu

Lys 70

Asp

Lys

val

Thr 75

Phe

Lys

Glu

Val

Asn 80

Pro

Asp

Ile

Lys 85

Asp

Glu

Val

Phe

Asp 90

Phe

Val

Ile

Val

Asn 95

Arg

Val

Leu

Lys

Lys 100

Ile

Lys

Asp

Leu

Lys 105

His

Tyr Asp

Pro

Val 110

Ile

Glu

Lys

Ile

Phe 115

Asp

Glu

Lys

Gly

Lys 120

Glu

Met

Gly

Leu

Asn 125

Val

Glu

Leu

Gin

Ile 130

Asn

Pro

Glu

Val

Lys 135

Asp

Phe

Thr

Phe 140

Lys

Ser

Ile

Ser

Thr 145

Thr

Asn

Lys

Gin

Arg 150

Cys

Phe

Leu

Ser

Leu 155

His

Gly

Glu

Thr

Arg 160

Glu

Ile

Leu

Cys

Asp 165

Asp

Lys

Leu

Tyr

Asn 170

Val

Leu

Ala

Val 175

Phe

Asn

Ser

Tyr

Asp 180

Pro

Asn

Asp

Leu

Leu 185

Lys

His

Ile

Ser

Thr 190

Tle

Glu

Ser

Leu

Lys 195

Lys

Ile

Phe

Tyr

Thr 200

Ile

Thr

Cys

Glu

Ala 205

Val

Tyr

Leu

(2) Informace pro SEQ ID NO: 141:

(i) Charakteristiky sekvence:

274 ·· ···· (A) Délka: 245 aminokyselin (B.) Typ: aminokyselinová (D)'Topologie: lineární (iij’ Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...245

	(xi) Popis	sekvence:SEQ	ID	NO:	141:
Met 1	Ala Gly Thr	Gin Ala Ile Tyr 5	Glu	Ser 10	Ser Ser Ala Gly Phe Leu 15
Ser	Gin .Val Ser 20	Ser Ile Ile Ser	Ser 25	Thr	Ser Gly Val Ala Gly Pro 30
Phe	Ala Gly Ile 35	Val Ala Gly Ala 40	Met	Thr	Ala Ala Ile Ile Pro Ile 45
Val	Val Gly Phe 50	Thr Asn Pro Gin 55	Met	Thr	Ala Ile Met Thr Gin Tyr 60
Asn 65	Gin Ser Ile	Ala Glu Ala Val 70	Ser	Val	Pro Met Lys Ala Ala Asn 75 , , 80
Gin	Gin Tyr Asn	Gin Leu Tyr Gin 85	Gly	Phe 90	Asn Asp Gin Ser Met Ala 95
Val	Gly Asn Asn 100	Ile Leu Asn Ile	Ser 105	Lys	Leu Thr Gly Glu Phe Asn 110
Ala	Gin Gly Asn 115	Thr Gin Ser Ala· 120	Gin	Ile	Ser Ala Val Asn Ser- Gin 125
Ile	Ala Ser Ile 130	Leu Ala Ser Asn- Thr 135	Thr	Pro Lys Asn Pro Ser Ala 140
Ile 145	Glu Ala Tyr	Ala Thr Asn Gin ISO	Ile	Ala	Val Pro Ser Val Pro Thr 155 160
Thr	Val Glu Met	Met Ser Gly Ile 155	Leu	Gly 170	Asn Ile Thr Ser Ala Ala 175
Pro	Lys Tyr Ala 180	Leu Ala Leu Gin	Glu 185	Gin	Leu Arg Ser Gin Ala Ser 190
Asn	Ser Ser Met 195	Asn Asp Thr Ala 200	Asp	Ser	Leu Asp Ser Cys Thr Ala 205
Leu	Gly Ala Leu 210	Val Gly Ser Ser 215	Lys	Val	Phe Phe Ser Cys Met Gin 220
Ile 225	Ser Met Thr	Pro Met Ser Val 230	Ser	Met	Pro Thr Val Met Pro Asn 235 240

Thr Ser Gly Cys His 245 (2) Informace pro SEQ ID NO: 142:

····

275 (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 367 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) _; Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori

-----(ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...367 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 142:

1

5

10

15

Lys

Met

Glu

Asn 20

Phe

Lys

Leu

Ile

Asn 25

Phe

Thr

Gly

Gin 30

Asn

Asp

Ala

Gly

Lys 35

Thr

Asn

Leu

Glu 40

Ala.

Leu

Tyr

Thr

Asn 45

Thr

Gly

Leu

Cys

Asp 50

Pro

Thr

Ala

Asn

Gin ⁵⁵

Val

Ser.

Leu

Pro

Pro 60

Glu

His

Ala

Vál

Asn 65

Ile

Ser

Glu

Phe

Arg 70

Lys

Ue

Lys

Leu

Asp 75

Ala

Asp

Asn

Leu

Lys 80

Thr

Phe

Tyr

Gin 85

Gly

Asn

Thr

Ala

Asn 90

Pro

Ue

Ser

Ue

Arg 95

Thr

Glu

Phe

Glu

His 100

Ala

Thr

Ile

Pro

Leu 105

Thr

Ile

Gin

Tyr

Pro 110

Thr

Gin

Thr

Ser

Tyr 115

Ser

Lys

Asp

Ue

Asn 120

Leu

Asn

Ser

Asp

Asp 125

Ala

His

Met

Thr

Asn 130

Leu

Ile

Asn

Thr

Thr 135

Ue

Thr

Lys

Pro

Gin 140

Leu

Gin

Phe

Ser

Tyr 145

Asn

Pro

Ser

Leu

Ser ISO

Pro

Met

Thr

Met

Thr 155

Tyr

Glu

Phe

Glu

Arg 160

Gin

Asn

Leu

Gly

Leu 165

Ue

His

Ser

Asn

Leu 170

Asp

Lys

Ile

Ala

Gin 175

Thr

Tyr

Lys

Glu.

Asn 180

Ala

Met

Phe

Ile

Pro 185

Ue

Glu

Leu

Ser

Ile 190

Val

Asn

Ser

Leu

Lys 195

Ala

Leu

Glu

Asn

Leu 200

Gin

Leu

Ala

Ser

Lys 205

Glu

Lys

Glu

Leu

Ile 210

Glu

Ile

Leu

Gin

Cys 215

Phe

Asn

Pro

Asn

Ile 220

Leu

Asn

Ala

Asn

Thr 225

Ile

Arg

Lys

Ser

Val 230

Tyr

Ile

Gin

Ile

Lys 235

Asp

Glu

Asn

Thr

Pro 240

Leu

Glu

Ser

Pro 245

Lys

Arg

Leu

Asn 250

Leu

Phe

Gly

Trp

Gly 255

Phe

Ile

Lys

Phe

Phe 260

Ile

Met

Val

Ser

Ile 265

Leu

Ile

Asp

Asn

Arg 270

Val

Lys

Tyr

Leu

Phe 275

Ile

Asp

Glu

Ile

Glu 280

Ser

Gly

Leu

His

His 285

Thr

Lys

Met

Gin

Glu 290

Phe

Leu

Lys

Ala'

Leu* ²⁹⁵

Phe

Lys

Leu

Ala

Gin 300

Lys

Leu

Gin

Ile

Gin 305

Ile

Phe

Ala

Thr

Thr 310

His

Asn

Lys

Glu

Phe 315

Leu

Asn

Ala

Ile 320

• 9 999999 99 • 9 9 9 9

276

9 9

• 9

<· 9 9

9 9 • 9

9

Asn

Thr

ile

Ser

Asp

Asn

Glu

Thr

Gly

Val

Phe

Lys

Asp

Ile'

'Ala

Leu

325

330

335

Phe

Glu

Leu

Glu

Lys

Glu

Ser

Ala

Ser

Gly

Phe

Ile

Arg

His

Ser

Tyr

340

345

350

Ser

Met

Leu

Glu

Lys

Ala

Leu

Tyr

Arg

Gly

Met

Glu

Val

Arg

Gly

355

360

365

)

Informace pro

SEQ

ID

NO:

143

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 409 aminokyselin (B) .Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

----------(A) Organismus : Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...409

(xi) Popis	sekvence:	SEQ	ID	NO:	143 :
Met Ser Leu 1	Ile Arg Val 5	Asn	Gly	Glu	Ala Phe Lys Leu Ser Leu Glu 10 15
Ser Leu Glu	Glu Asp Pro 20	Phe	Glu	Thr 25	Lys Glu Thr Leu Glu Thr Leu 30
Glu Thr Leu 35	Ile Lys Gin	Thr	Ser 40	Val	Val Leu Leu Ala Ala Gly Glu 45
Ser Lys Arg 50	Phe Ser Arg	Ala 55	Ile	Lys	Lys Gin Trp Leu Arg Ser His 60
His Thr Pro 65	Leu Trp Leu 70	Ser	Val	Tyr	Glu Ser Phe Lys Glu Ala Leu 75 80
Asp Phe Lys	Glu Val Ile 35	Leu	Val	Val	Ser Glu Leu Asp Tyr Val Tyr 90 95
Ile Gin Arg	His Tyr Pro 100	Lys	Ile	Lys 105	Leu Val Lys Gly Gly Ala Ser 110
Arg Gin Glu 115	Ser Val Arg	Asn	Ala 120	Leu.	Lys Val Ile Asp Ser Thr Tyr 125
Thr Ile Thr 130	Ser Asp Val	Ala 135	Arg	Gly	Leu Ala Asn Met Glu Ala Leu 140
Lys Ser Leu 145	Phe Leu Thr 150	Leu	Gin	Gin	Thr Ser His Tyr Cys Ile Ala 155 160
Pro Tyr Leu	Pro Cys Tyr 165	Asp	Thr	Ala	Ile Tyr Tyr Asn Glu Ala Leu 170 175
Asp Arg Glu	Ala Ile Lys 180	Leu	Ile	Gin 185	Thr Pro Gin Leu Ser His Thr 190
Lys Thr Leu 195	Gin Ser Ala	Leu	Asn 200	Gin	Gly Gly Phe Lys Asp Glu Ser 205
Ser Ala Ile 210	Leu Gin Ala	Phe 215	Pro	Asn	Ser Val Ser Tyr Ile Glu Gly 220
Ser Lys Asp 225	Leu His Lys 230	Leu	Thr	Thr	Ser Gly Asp Leu Lys Phe Phe 235 240
Thr Pro Phe	Phe Asn Pro 245	Ala	Lys	Asp	Thr Phe Ile Gly Met Gly Phe 250 255
Asp Thr His	Ala Phe Ile 260	Lys	Asp	Lys 265	Pro Met Val Leu Gly Gly Val 270
Val Leu Asp 275	Cys Glu Phe	Gly	Leu 280	Lys.	Ala His Ser Asp Gly Asp Ala 285
Leu Leu His 290	Ala Val Ile	Asp 295	Ala	Ile	Leu Gly Ala Ile Lys Gly Gly 300

277

Asp	Ile	Gly	Glu	Trp	Phe	Pro	Asp	Asn	Asp	Pro
305					310					315
Ser	Ser	Lys	Glu	Leu	Leu	Lys	Ile	Val	Leu	Asp
				325					330
Gly	Phe	Glu	Leu	Leu	Glu	Met	Gly	Ala	Thr	Ile
			340					345
Lys	Ile	Thr	Pro	Tyr	Lys	Pro	Ala	Ile	Leu	Glu
		355					360
Leu	Gly	Leu	Glu·	Lys	Ser	Gin	Ile	Ser	Leu	Lys
	370					375
Lys	Met	Gly.	Phe	Ile	Gly	Lys	Gin	Glu	Gly	Leu
3Θ5					390					395
Val	Ser	Met	Arg	Tyr	Lys	Gin	Lys	Leu

405

	• · ·	·· •	• · • ·	···· '»· ·· • - Φ · · ·
		• «	'· ·	• ' Φ '· ·'· · · ·
		•	• ·	• · ·
	··· ·	• · ·	'··	• · · · ·
Lys	Tyr	Lys	Asn	Ala 320
Phe	Ser	Gin	Ser 335	Ile
Phe	Ser	Glu 350	Ile	Pro
Asn	Leu 365	Ser	Gin	Leu
Ala 380	Thr	Thr	Met	Glu
Leu	Val	Gin	Ala	His

400 (2) Informace pro SEQ ID NO: 144:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 270 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein .

(iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...270 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 144:

Met

Lys

Phe

Val

Ala

Leu

Gly

Leu

Ser

Ala

Val

Leu

Ser

1

5

10

15

Ser

Leu

Ala

Glu

Gly

Asp

Gly

Val

Tyr

Ile

Gly

Thr

Asn

Tyr

Gin

20

25

30

Leu

Gly

Gin

Ala

Arg

Leu

Asn

Ser

Asn

Ile

Tyr

Asn

Thr

Gly

Asp

Cys

35

40

—

45

Thr

Gly

Ser

Val

Gly

Cys

Pro

Gly

Leu

Thr

Ala

Asn

Lys

His

50

55

60

Asn

Pro

Gly

Thr

Asn

Ile

Asn

Trp

His

Ser

Lys

Tyr

Ala

Asn

Gly

65

70

75

80

Ala

Leu

Asn

Gly

Phe

Gly

Leu

Asn

Val

Gly

Tyr

Lys

Phe

Gin

85

90

95

Phe

Lys

Ser

Leu

Asp

Met

Thr

Ser

Lys

Trp

Phe

Gly

Phe

Arg

Val

Tyr

100

105

110

Gly

Leu

Phe

Asp

Tyr

Gly

His

Ala

Asp

Leu

Gly

Lys

Gin

Val

Tyr

Ala

115

120

125

Pro

Asn

Lys

Ile

Gin

Leu

Asp

Met

Val

Ser

Trp

Gly Val

Gly

Ser

Asp

130

135

140

• 0 900«

278 • · ·

0 9 » 0 9 0 0

Val

Lys

225

Lys

Ala 210	Phe	Gin	val	Trp	Leu 215	Asn	Phe
His	Asn	Gly	Val	Glu 230	Phe	Gly	Val
Phe	Leu	Ser	Ala 245	.Giy·	Pro	Asn	Ala
Arg	Asp	Tyr 260	Ser	Leu.	Tyr	Leu	Gly 265

Gly	Val	Arg	Ala	Asn	ile	Tyr
		220
Arg	val	Pro	Leu	Leu	Ile	Asn
	235					240
Thr	Asn	Leu	Tyr	Tyr	His	Leu
250					255
Tyr	Asn	Tyr	Thr	Phe
				270

(2) Informace pro SEQ ID NO: 145:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 438 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová (D) Topologie: lineární (ii) Typ molekuly: protein (iii) Hypotetická: ANO (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...438 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 145:

Met 1

Ala

Tyr

Lys

Pro 5

Asn

Lys

Leu Lys 10

Glu

Leu

Arg

Glu 15

Gin

Pro

Asn

Leu

Phe 20

Ser

Ile

Leu

Asp

Lys 25

Gly Asp

Val

Ala

Thr 30

Asn

Pro

Val

Glu 35

Glu

Ser

Asp

Lys

Ala 40

Asn

Lys Ile

Gin

Glu 45

Pro

Leu

Pro

Tyr

Val 50

Val

Lys

Thr

Gin

Ile 55

Asn

Lys

Ala Ser

Met 60

Ile

Ser

Arg

Asp

Pro 65

Ile

Glu

Trp

Ala

Lys 70

Tyr

Leu

Ser

Phe Glu 75

Lys

Arg

Val

Tyr

Lys 80

Asp

Asn

Ser

Lys

Glu 85

Asp

Val

Asn

Phe

Phe Ala 90

Asn

Gly

Glu

Ile 95

Lys

279

• ··	·· ····	·,· ··
• · ♦ · ·	• ·	• · · ·

• · · ·	• ·	• ··· ···
• · ·	• ·	• ·
• ·· · ···	·· ·	·· ··

Glu Ser Ser Arg Val Tyr Glu Ala Asn Lys Glu Gly Phe Glu Arg Arg
	100	105	110
Ile Thr Lys	Arg	Tyr Asp Leu Ile Asp	Arg Asn Ile Asp Arg Asn Arg
115		120	125
Glu Phe Phe	Ile	Lys Glu Ile Glu Ile	Leu Thr His Thr Asn Ser Leu
130		135	140
Lys Glu Leu	Lys	Glu Gin Gly Leu Glu	Ile Gin Leu Thr His His Asn
145		150	155 160
Glu Thr'His	Lys	Lys Ala Leu Glu Asn	Gly Asn Glu Ile Val Lys Glu
		165	170 175
Tyr Asp-His	Leu	Lys Asp Ile Tyr Gin,	Glu Val Glu Arg Thr Lys Asp
	180	185	190
Gly Gly. Leu	Val	Arg Glu Ile Ile-Pro	Ser Ile Ser.Ser Ala Glu Tyr
195		200	205
Phe Lys Leu	Tyr	Asn Lys'Leu Pro Phe	Glu Ser :lle Asn.Asn Glu..Asn
210		215	220
Thr Lys Leu	Asn	Thr Asn Asp Asn Glu	Glu Val Lys Lys Leu Glu Phe
225-----		230	235_240
Glu Leu Ala	Lys	Glu Val His Ile Leu	Ile Leu Glu Gin Gin Leu Leu
		245	250 255
Ser Ala Thr	Asn	Tyr Tyr Ser Trp Ile	Asp Lys Asp Asp Asn Ala Asn
	260	265	270
Phe Ala Trp	Lys	Met His Arg Leu Ile	Asn Glu Asn Lys Leu Lys Glu
275		280	285
Asn His Leu	Ser	Ala Asn Asn Ala Asn	Lys Ile Lys Gin Phe Phe Phe
290		295	300
Asn Asn Gly	Ser	Ile Leu Gly Trp Thr	Lys Glu Glu Gin Ser Ala Ile
305		310	315 320
Gin Glu Asn	Arg	Asp Tyr Ser Leu Arg	Ser Ala Leu Leu Ser Leu Glu
		325	330 335
Glu Ile Ala	Gin	Ala Lys Ile Glu Leu	Gin Lys Tyr Tyr Glu Ser Val
	340	345	350
Tyr Val Asn	Gly	Asp Gly Asn Lys Arg	Glu Ile Lys Pro Phe, Lys Glu
355		360	365
Ile Leu Arg	Asp	Thr Asn Asn Phe Glu	Lys Ala Tyr Lys Glu Arg Tyr
370		375	380
Asp Lys Leu	Val	Ser Leu Ser Ala Ala	Ile Ile Gin Ala Lys Glu Gly
385		390	395 400
Gly Asn Glu	Arg	Pro Asn Ser Ser Ala	Asn Asn Asn Asn Pro Ile Lys
		405	410 415
Asn Thr Ile	Glu	Thr Asn Thr Ser Asn	Asn Ile Ile Gin Asn Asn Asp
	420	425	430
Asn Ile Ile	Ile	Gin Ile

435 (2) Informace pro SEQ ID NO: 146:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 215 aminokyselin (B) Typ: aminokyselinová ·· ··»·

280 · 99 • 9 9

9 9

9 9-9 9

9 (D) Topologie: lineami (ii) Typ molekuly: protein (iii) ' Hypotetická: ANO (vi),Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér

B) Umístěni : 1. . . 215 (xi) Popis sekvence:SEQ ID

Met 1	Gin	Ala	Leu	Lys 5	Ser	Leu	Leu
Leu Gly Gly	Tyr 20	Leu	Met	His	Ile
Ile	Gly	Gly 35	Leu	Lys	Phe	Val	Pro 40
Phe	Val 50	Ala	Asn	Ser	Pro	Phe 55	Phe ·
Pro 55	Ala	Tyr	Lys	Gin	His 70	Lys	Met
Glu	Met	Gin	Asp	Asn 85	Pro	Lys	Ile
Glu	Asn	Arg	Thr 100	Tyr	Leu	Val	Ala
Ile	Leu	Gly 115	Ile	Leu	Val	Leu	Leu 120
Val	Val 130	Gly	Gly	Leu	Leu	Val 135	Ala
Phe 145	Leu	Phe	Thr	Thr	Pro 150	Glu	Val
Leu	Ser	Gly	Ala	Gly 165	Arg	Leu	Val
Gly	Gly	Leu	Phe 180	Val	Ala	Gly	Phe
Lys	Gly	Phe 195	Cys	Leu	Met	Asp	Arg 200
Cys	Ser 210	Ser	Gly	Cys	Cys	Ser 215

NO: 146:

Glu Val Ile Thr Lys Leu Gin Asn 10 15

Ala Ile Phe Ile Ile ^phe He Trp 25 30

Tyr	Glu	Ala	Glu	Gly 45	Ile	Ala	Pro
Ser	Phe	Met	Tyr 60	Lys	Phe	Glu	Lys.
Ser	Glu	Ser 75.	Gin	Ser	Met	Gin	Glu 80
Val	Glu 90	Asn	Lys	Glu	Trp	His. 95 .	Lys
Glu 105	Gly	Leu	Gly	Ile	Thr 110	Ile	Met
Gly	Leu	Trp	Met	Pro 125	Leu	Met	Gly
Gly	Met	Thr	Ile 140	Thr	Thr	Leu	Ser
Phe	Val	Asn 155	Gin	His	Phe	Pro	Trp 160
Val	Lys 170	Asp	Leu	Ala	Leu	Phe 175	Ala
Asp 185	Ala	Lys	Arg	Tyr	Leu 190	Glu	Gly
Ser	Ser	Val	Gly	Ile 205	Lys	Thr	Lys

(2) Informace pro SEQ ID NO:

147:

TAGí (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 20 párů baží

281 • ·* ·· * φ •· *··· • '<· • » • · ♦ 4« ΦΦΦΦ φ· *« • * · * · · > t tfc· *·· • * * « φ Ο e · (Β) Typ: nukleová kyselina (C) . Řetězec: dvojitý .

(D) Topologie: cirkulární , _k (ii) 'Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) ; Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...20 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 147:

TATACCATGG TGGGCGCTAA (2) Informace pro SEQ ID NO: 148:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 23 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární Y (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 148:

ATGAATTCGA GTAAGGATTT TTG ²³ (2) Informace pro SEQ ID NO: 149:

·· · · (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 22 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) .Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 149:

TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA (2) Informace pro SEQ ID NO: 150:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 23 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 150:

TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC • 0

• ·	•		• ·	• 0 0 0	00 00
0 0 ·	•	•	* ·	•	0 0 0	0
						•
•	•	• ·	•	0 0	0 0 0 0 0	0
• 0		•	•	0	0	0
• · · · ·	• ·		• ·	0	0 0 0 0

(2) Informace pro SEQ ID NO: 151: .

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 22. párů hází .

(B) Typ:.nukleová kyselina' (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická:' NE (iv) Protismyslná: NE ------(vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 151:

ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA ‘ 22 (2) Informace pro SEQ ID NO: 152:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 25 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 152:

ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA

I.

'K

4

284

4 · ··· • · · · · · (2) Informace pro SEQ ID NO: 153:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 21 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ. molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...21 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 153: AATTCCATGG TGGGGGCTAT G (2) Informace pro SEQ ID NO: 154:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 154:

ATGAATTCTC GATAGCCftAA ATC

285 (2) Informace pro SEQ ID NO: 155:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 25 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) . Řetězec: dvojitý . .

(D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) .Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 155:

aattccatgg tgcataactt ccatt (2) Informace pro SEQ ID ŇO: 156.:^- ' ' (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence-.SEQ ID NO: 156:

AAGAATTCTC TAGCATCCAA ATGGA

286

(2) Informace pro’SEQ ID NO: 157:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 24 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý.

,(D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE ----(vi) Původní'zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...24 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 157:

ATTTCCATGG TCATGTCTCA TATT (2) Informace pro SEQ ID NO: 158:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 158:

ATGAATTCCA TCTTTTATTC CAC

287

(2) Informace pro SEQ ID NO: 159:

(i) „Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 27 párů baží .

(B) Typ: nukleová.kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární . · (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE

-------------(-iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...27 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 159:

AACCATGGTG ATTTTAAGCA TTGAAAG . ’ 27 (2) Informace pro SEQ ID NO: 160:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 28 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...28 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 160:

aagaattcca ctcaaaattt TTTAACAG

288

(2) Informace pro SEQ ID NO: 161:

(i) .Charakteristiky sekvence:

• (A) Délka: 25 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý ‘ . (D/'.Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 161: GATCATCCAT ATGTTATCTT CTAAT (2) Informace pro SEQ ID NO: 162:. ' (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 162:

TGAATTCAAC CATTTTAACC CTG

289 ··« · (2) Informace pro SEQ ID NO: 163:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) * Délka: 27 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE .....

(vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...27 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 163: TATACCATGG TGAAATTTTT TCTTTTA (2) Informace pro SEQ ID NO: 164:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 164: AGAATTCAAT TGCGTCTTGT AAAAG • 4 ····

290 (2) Informace pro SEQ ID NO: 165:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) . Délka: 24 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...24 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 165: TATACCATGG TGATGGACAA ACTC (2) Informace pro SEQ ID NO: 166:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 166:

ATGAATTCCC ACTTGGGGCG ATA

291

• BB « · *	•	B« ··<* • ·	• · » · B
• 0	• B	• « B	BBB
• ·	•	• B	B
·· ····		• · ·	Λ ·

(2) Informace pro SEQ ID NO: 167:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 167: TTATGGATCC AAACCAATTA AAACT (2) Informace pro SEQ ID NO: 168:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 168:

TATCTCGAGT TATAGAGAAG GGC

292

(2) Informace pro SEQ ID NO: 169:

(i) Charakteristiky.sekvence:

(A) Délka: 22 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina ,(C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie : ' cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 169:

TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA ²² (2) Informace pro SEQ ID NO: 170:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 24 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...24 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 170:

TAGAATTCGC CTCTAAAACT TTAG

(2) Informace pro SEQ ID NO: 171:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 22 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) . Řetězec:“dvojitý (D) . Topologie: cirkulární (ii) Typ .molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 171: TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA (2) Informace pro SEQ ID NO: 172:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 172:

TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC • · · ·

294 (2) Informace pro SEQ ID NO: 173:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: .22 párů baží (B) Typ: nukleová .kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární . (ii) Typ. molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1. ..22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 173:

ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA (2) Informace pro SEQ ID NO: 174:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 174:

ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA

295

(2) Informace pro SEQ ID NO: 175,:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 23 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) . Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ.-.molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 175:

AATTCCATGG CTATCCAAAT CCG (2) Informace pro SEQ ID NO: 176:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 176:

ATGAATTCGC CAAAATCGTA GTATT

296 (2) Informace pro SEQ ID NO: 177:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 24 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) ‘Topologie: cirkulární (ii) . Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE ----(vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...24 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 177:

GATACCATGG AATTTATGAA AAAG ²⁴ (2) Informace pro SEQ ID NO: 178:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...25 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 178:

TGAATTCGAA AAAGTGTAGT TATAC

297

(2) Informace pro SEQ ID NO: 179:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 19 párů baží (B) Typ:, nukleová kyselina (C) Řetězec.: „dvojitý (D) -Topologie: cirkulární (ii) 'Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...19 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 179:

CCCTTCATTT TAGAAATCG (2) Informace pro SEQ ID NO: 180:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 20 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...20 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 180:

ATTTCAACCA ATTCAATGCG

298 • · (2). Informace pro SEQ ID NO: 181:

(i) .Charakteristiky.sekvence:

(A) Délka: 20 párů.baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) . Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA .. (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

. (A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_čharakter (B) Umístění: 1...20 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 181: GCCCCTTTTG ATTTGAAGCT (2) Informace pro SEQ ID ŇO: 182:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 22 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 182:

TCGCTCCAAG ATACCAAGAA GT • ·

299 (2) Informace pro SEQ ID NO: 183:

(i) Charakteristiky sekvence:

„(A) Délka: 22 párů baží · (B) Typ: nukleová kyselina (C) ,Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 183: CTTGAATTAG GGGCAAAGAT CG (2) Informace pro SEQ ID NO: 184:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 184:

ATGCGTTTTT ACCCAAAGAA GT

300 • · · · ··· ·· ···· ·* ·· • ' · · · • · · · ··· ··· (2) Informace pro SEQ ID NO: 185:

(i) Charakteristiky sekvence: ’ .

* (A) Délka: 22 párů baží · ' ' * (B) Typ: nukleová kyselina . :

(C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová).

(iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

. (A). Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 185:

ATAACGCCAC TTCCTTATTG GT ’ 22 (2) Informace pro SEQ ID NO: 186:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 19 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charaktér (B) Umístění: 1...19 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 186:

CTTTGGGTAA AAACGCATC .:

(2) Informace pro SEQ ID NO: 187:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 20 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý ' .

(D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...20 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 187:

CGATCTTTGA TCCTAATTCA 20 (2) Informace pro SEQ ID NO: 188:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...19 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 188:

ATCAAGTTGC CTATGCTGA

302

(2) Informace pro SEQ ID NO: 189:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 189:

TTGAACACTT TTGATTATGC GG (2) Informace pro SEQ ID NO: 190:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 23 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná:. NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...23 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 190:

GGATTATGCG ATTGTTTTAC AAG

303 »9 *··· (2) Informace pro SEQ ID NO:.191:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 21 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ. molekuly: DNA (genomová) · (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...21 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 191:

GTCTTTAGCA AAAATGGCGT C (2) Informace pro SEQ ID NO: 192:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 21 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...21 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 192:

• AATGAGCGTA AGAGAGCCTT C

304

• ·*	··«·	·* ·*
• · · ·	•	• ·	• ·'· ·

• ·	• ·	· · ·	··· ···
• ·	•	Λ ·	• ·
··« · ·<· ·		·· ·	• · · ·

(2) Informace pro SEQ ID NO: 193:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) .Délka: 18 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ,molekuly: DNA . (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...18 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 193: CTTATGGGGG TATTGTCA (2) Informace pro SEQ ID NO: 194:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 18 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...18 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 194:

AGCATGTGGG TATCCAGC ·· ····

305 ·· ·· » · · · » · · · ··* ··· (2) Informace pro SEQ ID NO: 195:

(i) Charakteristiky, sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...19 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 195:

AGGTTGTTGC CTAAAGACT (2) Informace pro SEQ ID NO: 196:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...18 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 196:

CTGCCTCCAC CTTTGATC •f

Β

306 ·· • · ·· «V • Λ Β · · • e · · · • 9 *«·«·· • · · • »· ·· (2) Informace pro SEQ ID NO: 197:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 19 párů hází (B) Typ: nukleová kyselina 7 (C) Řetězec: dvojitý ¹ „ .

(D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE . __________. ..

(vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...19 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: .197:

ACCAATATCA ATTGGCACT 19 (2) Informace pro SEQ ID NO: 198:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...18 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 198:

ACTTGGAAAA GCTCTGCA

307 (2) Informace pro SEQ ID NO: 199:

' (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 19 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) .Řetězec: dvojitý ' ·· (D) Topologie:' cirkulární (ii) Typ'molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE - ----------(vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...19 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 199:

CTTGCTTGTC ATATCTAGC (2) Informace pro SEQ ID NO: 200:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...18 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 200:

GTTGAAGTGT TGGTGCTA i

·'· • ·

308 (2) Informace pro SEQ ID NO:’201:

. . (i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 22 párů baží . - ^K (B) Typ: nukleová kyselina (C) .Řetězec: dvojitý ’ * ,(D) Topologie: cirkulární ’ ; .

(ii) Typ molekuly: DNA (genomová).

(,iii) Hypotetická: NE

- (iv) Protismyslná: NE ' (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 · (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 201:

CAAGCAAGTG GTTTGGTTTT AG ' 22 (2) Informace pro SEQ ID NO: 202: · (i) Charakteristiky sekvence: ' (A) Délka: 22 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...22 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 202:

TGGAAAGAGC AAATCATTGA AG

309 • · (2) Informace pro SEQ ID NO: 203:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 21 párů baží (B) Typ:, nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...21 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 203:

GCCCA.TAATC AAAAAGCCCA T .. . 21 »

(2) Informace pro SEQ ID ŇO: 204:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...24 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 204:

CTAAAACCAA ACCACTTGCT TGTC

310

(2) Informace pro SEQ ID NO: 205:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 16 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární , (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE - ·- ; --------------— (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...16 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 205:

GTAAAACGAC GGCCAG 16 (2) Informace pro SEQ ID ŇO: 206:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 17 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...17 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 206:

CAGGAAACAG CTATGAC

311

(2) Informace pro SEQ ID NO: 207:

(i) Charakteristiky sekvence:

(A) Délka: 21 párů baží (B) Typ: nukleová kyselina (C) Řetězec: dvojitý' (D) Topologie: cirkulární (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) (iii) Hypotetická: NE .——---- (iv) Protismyslná: NE ' ’· (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter (B) Umístění: 1...21 te· | (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 207:

» ATCTTACCTA TCACCTCAAA T ’/ !? t (2) Informace pro SEQ ID NO: 208:

(i) Charakteristiky sekvence:

. (A) Délka: 21 párů baží t _t (B) Typ: nukleová kyselina [ ’ (C) Řetězec: dvojitý | (D) Topologie: cirkulární | (ii) Typ molekuly: DNA (genomová) > (iii) Hypotetická: NE (iv) Protismyslná: NE (vi) Původní zdroj:

(A) Organismus: Helicobacter pylori (ix) Vlastnosti:

(A) Jméno/klíč: misc_charakter ⁷ (B) Umístění: 1...21 (xi) Popis sekvence:SEQ ID NO: 208:

AGACAGCAAC ATCTTTGTGA A ·· ····

0 0

000 000

312

P a t e n t o v.é nároky

Claims

1. Izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori mající alespoň .60% ,'homologii s aminokyselinovou sekvencí vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 74 až SEQ ID NO: 146.

2. Izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 74 až SEQ ID NO: 146.

3. Izolovaná nukleová kyselina kódující polypeptid H. pylori obsahující nukleotidovou sekvenci mající alespoň 60% homologii s nukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 1 až SEQ ID NO: 73, nebo jejich komplementárních sekvencí.

4. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku 1 obsahující nukleotidovou sekvenci vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 1 až SEQ ID NO: 73, nebo jejich komplementárních sekvencí.

5. Izolovaná nukleová kyselina kódující polypeptid H. pylori obsahující nukleotidovou sekvenci, která hybridizuje za přísných hybridizačních podmínek na molekulu nukleové kyseliny obsahující nukleotidovou sekvenci vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 1 až SEQ ID NO: 73, nebo jejich komplementárních sekvencí.

6. Izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci délky alespoň 8 nukleotidů, která hybridizuje za přísných hybridizačních podmínek na molekulu nukleové kyseliny obsahující nukleotidovou sekvenci vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 1 až SEQ ID NO: 73, nebo jejich komplementářních sekvencí.

• « 9 · · * ··

- 313 • ·Φ • · · · · « · * · · « · • · · · · · · • · · · · *······ ·· · β « • · · · • · · ·

1·1. 1·· • · ·« ··

7. Izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci.nukleotidů kódující polypeptid obalu buňky H. pylori nebo jeho.fragment, kde uvedená nukleová kyselina je vybrána.ze skupiny skládající se Z SEQ ID NO: 3 , SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID

NO: 7, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 28 , SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 52 , SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 56 , SEQ ID NO: 58 , SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 11, SEQ IE i NO : 71, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 , SEQ ID NO: 8 a SEQ

ID NO: 21, nebo jejich komplementárních sekvencí.

8. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku 7, kde uvedený polypeptid obalu buňky H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 25 a SEQ ID NO: 48, nebo jejich komplementárních sekvencí.

9. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku 7, kde uvedený polypeptid obalu buňky H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID

NO: 7, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO:

19, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 54,

SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 42, SEQ ID

NO: 14, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 11 a SEQ ID NO: 71, nebo jejich komplementárních sekvencí.

10. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku 9, kde uvedený polypeptid zevní membrány buňky H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori mající terminální fenylalaninový zbytek

9 9

9 9999 • ·9* ··

- 314 • 9 • «99« • 9 · 9 9 • · ··· ··· 9 9 9 • 99 99 a C-terminální tyrosinové seskupení nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO:'43, . SEQ ID NO:

11 a SEQ ID NO: 71, nebo jejich komplementárních sekvencí. .

11. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku .9, kde uvedený polypeptid zevní membrány buňky H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori mající terminálnx fenylalaninový zbytek nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 45, SEQ . ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 56 a SEQ ID NO: 58, nebo jejich komplementárních sekvencí.

12. Izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci^nukleotidů kódující polypeptid obalu buňky H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 98,

SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 118, SEQ

ID NO: 108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 112, SEQ ID

NO: 128, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO:

103, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO:

131, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO:

116, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO:

130, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 81 a SEQ ID NO: 94.

13. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku 12, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 98 a SEQ ID NO: 121.

14. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku 12, kde uvedený ·· ··· ·

- 315 • · · polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho .fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID 118, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO

NO: 89, SEQ ID NO: 83, 'SEQ ID NO:

112, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO:

128, SEQ ID NO 103, SEQ ID NO

129, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO 87, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: a SEQ ID NO: 130.

110, SEQ ID NO 91, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO 74, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO:

: 80, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO:

: 127, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO:

144, SEQ ID NO: 90

15. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku 14, kde uvedený polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori mající terminální fenylalaninový zbytek a C-terminální tyrosinové seskupení nebo jeho fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 84 a SEQ ,ID.NO: 144. ,

16. Izolovaná nukleová kyselina podle nároku 14, kde uvedený polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori mající terminální fenylalaninový zbytek nebo jeho fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 89,

SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 101 , SEQ ID NO: 103 , SEQ ID NO: 125 , SEQ ID NO: 127 , SEQ

ID NO: 129 a SEQ ID NO: 131.

17. Izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů kódující secernovaný polypeptid buňky H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedená nukleová kyselina je vybrána ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ • · · ·

- 316

ID NO:.53, SEQ ID

NO: 63, SEQ ID NO:

68, nebo jejich

ID NO: 44, SEQ,ID NO: 46, SEQ ID NO: 49, SEQ NO: 59, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62,SEQ ID 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67 a SEQ ID NO. komplementárních sekvencí.

18. Izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidu kódující secernovaný polypeptid buňky H. pylori nebo jeho fragment vybrány ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 77, SEQ ID

NO: 82, ! SEQ ID 104, SEQ ID NO 111, SEQ ID NO 119, SEQ ID NO 134, SEQ ID NO 139, SEQ ID NO

NO: 86, SEQ ID

106, SEQ ID NO: 113 , SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO:

140 a SEQ ID NO : 95, SEQ ID NO

107, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 141

102, SEQ ID NO:

109, SEQ ID NO 117, SEQ ID NO 13 2, SEQ. ID NO 138, 'SEQ ; ID NO

19. Izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů kódující buněčný polypeptid buňky H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedená nukleová kyselina je vybrána ze skupiny skládající se Z SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO:

70 a SEQ ID NO: 73, nebo jejich komplementárních sekvencí.

20. Izolovaná nukleová kyselina obsahující sekvenci nukleotidů kódující buněčný polypeptid buňky H. pylori nebo jeho fragment vybráný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 146.

21. Sonda obsahující sekvenci nukleotidů skládající se z alespoň 8 nukleotidů nukleotidová sekvence vybrané ze skupiny skládající ···· »

317 • · se z SEQ ID NO: l až SEQ ID NO:. 73., nebo., jejich.komplementárních sekvencí. '

22. /Rekombinantní expresní vektor obsahující^nukleovou kyselinu podle, jakéhokoliv z nároků 1, 2, 3, 4, 5, 6, '7, .12.,/1.7., 18, 19 nebo 20 operativně navázanou .na .transkripční//regulační. element.

23. Buňka obsahující rekombinantní expresní vektor podle nároku 22.

24. Způsob pro produkci polypeptidů H. pylori vyzná č u jí c í set i m, že zahrnuje kultivaci buněk podle nároku 23 za podmínek, které umožňují expresi polypeptidů.

. í

25. Způsob podle nároku 24 v y z n a ču'j í'cí‘s e tím, že dále zahrnuje přečištění polypeptidů z buněk.

26. Způsob pro detekci přítomnosti nukleové kyseliny z Helicobacteru ve vzorku vyznačující se tím, že zahrnuje (a) kontaktování vzorku s nukleovou kyselinou podle jakéhokoliv z nároků 6 nebo 21 takovým způsobem, že může být tvořen hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou Helicobacteru ve vzorku; a (b) detekování hybridu tvořeného v kroku (a), kdy detekce hybridu ukazuje na přítomnost nukleové kyseliny Helicobacteru ve vzorku.

27. Izolovaný polypeptid H. pylori obsahující aminokyselinovou sekvenci mající alespoň 60% homologii s polypeptidem H. pylori vybraným ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 74 až SEQ ID NO: 146 .

- 318

28. Izolovaný polypeptid Η.. , pylori kódovaný nukleovou..kyselinou obsahující sekvenci nukleotidů mající alespoň 60%. homologii s nukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny skládající se. z SEQ ID NO: 1 až SEQ ID NO: 73.

29. Izolovaný polypeptid H. pylori podle nároku 28, kde uvedený polypeptid je kódovaný nukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 1 až SEQ ID NO: 73.

30. Izolovaný polypeptid H. pylori kódovaný nukleovou kyselinou, která hybridizuje za přísných hybridizačních*podmínek s nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 1 až SEQ ID NO;: 73, nebo jejich komplementárních sekvencí..

31. Izolovaný polypeptid H. pylori obsahující aminokyselinovou sekvenci vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 74 až SEQ ID NO: 146.

32. Izolovaný polypeptid obalu buňky H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid je vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO:

89, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO:

110, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO:

91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO:

125, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO:

84, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO:

78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 81 a SEQ ID NO: 94.

33. Izolovaný polypeptid podle nároku 32, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny

319 skládající se . z .SEQ ID.NO: 76, .SEQ ID NO: .98 a SEQ ID'.NO: 121.

34. Izolovaný polypeptid podle nároku 32, kde uvedený polypeptid -buněčného, obalu H. pylori'nebo .jeho/Tfragment je polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny .skládající se z SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO:

112, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO:

101, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO:

129, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 74, SEQ ID.NO: 115, SEQ ID .NO:

87, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 90 a SEQ ID NO: 130.

35. Izolovaný polypeptid podle nároku 34, kde uvedený polypeptid zevní membrány H. pylori’ nebo jeho- fragment je polypeptid H. pylori. mající terminální. fenylalaninový:zbytek · a C-terminální tyrosinové seskupení nebo. jeho fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 84 a SEQ ID NO: 144.

36. Izolovaný polypeptid podle nároku 34, kde uvedený polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori mající terminální fenylalaninový zbytek nebo jeho fragment vybraný ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 80,

SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ

ID NO: 101, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 127, SEQ

ID NO: 129 a SEQ ID NO: 131.

37. Izolovaný polypeptid obalu H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid je kódovaný nukleovou kyselinou vybránou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 35,

320 • ····

SEQ ID NO: 37, SEQ ID -NO: 7, SEQ ID NO: 39, SEQ .ID .NO: 55., SEQ ID NO:, 18 , ‘ SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 28,SEQ ID NO: 30,'SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 58,. ‘SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 14, .SEQ.ID.NO: 43, .SEQ.ID NO: 11, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 57, SEQ.ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 z SEQ ID NO: 8 a SEQ ID NO: 21.

38. Izolovaný polypeptid podle nároku 37, kde uvedený polypeptid obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se z SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 25 a SEQ ID NO: 48.

39. Izolovaný polypeptid podle nároku 37, kde uvedený polypeptid obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid. zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se ze SEQ.ID NO: 16, SEQ ID NO:

10, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 7,

SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ

ID NO: 28, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 54, SEQ ID

NO: 56, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO:

14, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 11 a SEQ ID NO: 71.

40. Izolovaný polypeptid podle nároku 39, kde uvedený polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori mající terminální fenylalaninový zbytek a C-terminální tyrosinové seskupení nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se ze SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 11 a SEQ ID NO: 71.

41. Izolovaný polypeptid podle nároku 39, kde uvedený polypeptid zevní membrány H. pylori nebo jeho fragment je

- 321 polypéptid H. pylori mající terminální fenylalaninový zbytek nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se ze SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 45,'SEQ ID NO:

35, SEQ ID NO: 37, SEQ : ID NO: 7, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO : 28, SEQ ID NO: 30, .SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 56 a SEQ ID NO: 58.

42. Izolovaný buněčný polypéptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypéptid je vybrán ze skupiny skládající se ze SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143 a SEQ ID NO: 146.

43. Izolovaný buněčný polypéptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypéptid je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny skládající se ze SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 15, SEQ ID

NO: 20 , SEQ ! ID NO: 23 , SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70 a SEQ ID NO: 73 •

44. Izolovaný secernovaný polypéptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypéptid je vybrán ze skupiny skládající

se ze SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 82 :, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO : 95, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107 , SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136 , SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140 a SEQ ID NO : 141.

45. Izolovaný secernovaný polypéptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypéptid je kódovaný nukleovou kyselinou

322 vybranou ze skupiny skládající

32, SEQ ID NO: ,51, SEQ ID NO: ID NO: 13, SEQ IĎ NO: 22, SEQ NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID 40, SEQ ID NO: ⁴¹ SEQ ID NO: SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 59, ID NO: 63, SEQ ID NO: 65, SEQ NO: 68.

se .ze SEQ .ID . NO: 7.2 ,: SEQ „ID NO:

2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 29, 'SEQ· ID NO: 31, SEQ ID NO: 36, SEQ ID ..NO: 38 ,. SEQ .ID NO: 44, SEQ ID NO; .46 , SEQ ID NO: 49 , SEQ ID NO: 61, ,S.EQ ID NO: 62,. SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: '67 a SEQ ID

46. Fúsní protein obsahující polypeptid H. pylori, který obsahuje aminokyselinovou sekvenci vybranou ze skupiny skládající se ze SEQ ID NO: 74 až SEQ ID NO: 146 operativně navázanou na polypeptid nepocházející z H. pylori.

47. Vakcinační prostředek pro profylaxi nebo léčbu infekce H. pylori v y z n ač u j ící s e t í m, že obsahuje účinné množství alespoň jedné izolované nukleové kyseliny podle jakéhokoliv z nároků 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 12, 17, 18, 19 nebo 20.

48. Vakcinační prostředek pro profylaxi nebo léčbu infekce H. pylori vyznačující se tím, že obsahuje účinné množství alespoň jednoho z polypeptidů H. pylori nebo jejich fragmentů podle jakéhokoliv z nároků 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 37, 42, 43, 44 nebo 45.

49. Vakcinační prostředek podle nároku 47 vyznačuj ící se t i m, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.

50. Vakcinační prostředek podle nároku 48 vyznačuj ící se t í m, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.

51. Vakcinační prostředek podle nároku 49 v y z n a č u j ící se t i m, že farmaceuticky přijatelný nosič obsahuje adjuvans.

• · 4 4

- 323

44 4·

4 4 4 «

4 · · «

4*4 44«

52. Vakcinační prostředek podle nároku 50 v y z n a č u j ící s e t i m, že farmaceuticky přijatelný nosič.-obsahuje adjuvans.

53. Vakcinační prostředek podle nároku 49 v y z. n/a č u j ící s e ,t í m> »že .farmaceuticky přijatelný nosič//zahrnuje ..přepravní systém pro podání. *

54. Vakcinační prostředek podle nároku 50 vyznačuj ící se t í m, že farmaceuticky přijatelný nosič.zahrnuje přepravní systém pro podání.

55. Vakcinační prostředek podle nároku 53 vyznačuj ící se t í m, že přepravní systém pro podání zahrnuje živý vektor.

56. Vakcinační prostředek podle nároku 54 v y z..n a č u j í c í se t i m, že přepravní systém pro podání zahrnuje živý vektor.

57. Vakcinační prostředek podle nároku 55 vyznačuj ící se t í m, že živý vektor je bakterie nebo virus.

58. Vakcinační prostředek podle nároku 56 vyznačuj ící se t i m, že živý vektor je bakterie nebo virus.

59. Vakcinační prostředek podle nároku 53 vyznačuj ící se t i m, že farmaceuticky přijatelný nosič dále obsahuje adj uvans.

60. Vakcinační prostředek podle nároku 54 vyznačuj ící se t i m, že farmaceuticky přijatelný nosič dále obsahuje adjuvans.

61. Způsob pro léčbu nebo redukci rizika infekce H. pylori

324

♦.· ·· ··♦.· ·· u subjektu vyznačující se t i m, že subjektu se podá vakcinační prostředek podle ...nároku 47 tak, že dojde.k;léčbě nebo k redukci rizika infekce H. pylori.

62. .Způsob pro léčbu nebo redukci ..rizika .infekce H. pylori u subjektu vyznačující se t í m, že subjektu se podá vakcinační .^prostředek podle nároku 48 tak,.že dojde k léčbě nebo k redukci rizika infekce H. pylori.

63. Způsob pro výrobu vakcinačního prostředku vyznačuj ící se tím, že zahrnuje kombinování alespoň jednoho z izolovaných polypeptidů H. pylori nebo jejich fragmentů vybraných ze skupiny skládající se ze SEQ ID NO: 74 až SEQ ID NO: 146 s farmaceuticky přijatelným nosičem za vzniku vakcinačního prostředku.

64. Způsob pro výrobu vakcinačního prostředku vyznačující se tím, že zahrnuje (a) poskytnutí alespoň jednoho izolovaného polypeptidů H. pylori nebo jeho fragmentu vybraného ze skupiny skládající se ze SEQ ID NO: 74 až SEQ ID NO: 146; a (b) kombinování alespoň jednoho uvedeného izolovaného polypeptidů H. pylori nebo jeho fragmentu s farmaceuticky přijatelným nosičem za vzniku vakcinačního prostředku.

65. Způsob pro výrobu vakcinačního prostředku vyznačující se tím, že zahrnuje (a) kultivování buněk za podmínek umožňujících expresi polypeptidů H. pylori nebo jeho fragmentu vybraného ze skupiny skládající se ze SEQ ID NO: 74 až SEQ ID NO: 146;

(b) izolování uvedeného polypeptidů H. pylori z buněk; a (c) kombinování alespoň jednoho uvedeného izolovaného polypeptidů H. pylori nebo jeho fragmentu s farmaceuticky přijatelným nosičem za vzniku vakcinačního prostředku.