CZ20053A3 - Diagnostický způsob - Google Patents
Diagnostický způsob Download PDFInfo
- Publication number
- CZ20053A3 CZ20053A3 CZ20053A CZ20053A CZ20053A3 CZ 20053 A3 CZ20053 A3 CZ 20053A3 CZ 20053 A CZ20053 A CZ 20053A CZ 20053 A CZ20053 A CZ 20053A CZ 20053 A3 CZ20053 A3 CZ 20053A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- individual
- antigen
- peptide
- pathogen
- protein
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 193
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 202
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 171
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 119
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 119
- 244000052769 pathogen Species 0.000 claims abstract description 106
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims abstract description 102
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims abstract description 68
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims abstract description 42
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims abstract description 37
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 claims abstract description 11
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims abstract description 9
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 111
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 111
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 109
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 83
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 claims description 70
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 36
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 36
- 208000027531 mycobacterial infectious disease Diseases 0.000 claims description 36
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 claims description 35
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 claims description 35
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 27
- 208000036981 active tuberculosis Diseases 0.000 claims description 25
- 206010062207 Mycobacterial infection Diseases 0.000 claims description 24
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 24
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 22
- 238000002650 immunosuppressive therapy Methods 0.000 claims description 21
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 20
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 19
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 claims description 17
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 claims description 16
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 claims description 15
- 210000000612 antigen-presenting cell Anatomy 0.000 claims description 15
- 229960000598 infliximab Drugs 0.000 claims description 15
- 241000186359 Mycobacterium Species 0.000 claims description 14
- AEUTYOVWOVBAKS-UWVGGRQHSA-N ethambutol Chemical compound CC[C@@H](CO)NCCN[C@@H](CC)CO AEUTYOVWOVBAKS-UWVGGRQHSA-N 0.000 claims description 14
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims description 14
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N streptomycin Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 claims description 14
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 13
- -1 kanamyin Chemical compound 0.000 claims description 10
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 9
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 9
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 9
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 claims description 8
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 claims description 8
- 229960003350 isoniazid Drugs 0.000 claims description 8
- QRXWMOHMRWLFEY-UHFFFAOYSA-N isoniazide Chemical compound NNC(=O)C1=CC=NC=C1 QRXWMOHMRWLFEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 230000028327 secretion Effects 0.000 claims description 8
- 238000011161 development Methods 0.000 claims description 7
- 229960000285 ethambutol Drugs 0.000 claims description 7
- 229960005206 pyrazinamide Drugs 0.000 claims description 7
- IPEHBUMCGVEMRF-UHFFFAOYSA-N pyrazinecarboxamide Chemical compound NC(=O)C1=CN=CC=N1 IPEHBUMCGVEMRF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 229960001225 rifampicin Drugs 0.000 claims description 7
- JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N rifampicin Chemical compound O([C@](C1=O)(C)O/C=C/[C@@H]([C@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)\C=C\C=C(C)/C(=O)NC=2C(O)=C3C([O-])=C4C)C)OC)C4=C1C3=C(O)C=2\C=N\N1CC[NH+](C)CC1 JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N 0.000 claims description 7
- 229960005322 streptomycin Drugs 0.000 claims description 7
- VCOPTHOUUNAYKQ-WBTCAYNUSA-N (3s)-3,6-diamino-n-[[(2s,5s,8e,11s,15s)-15-amino-11-[(6r)-2-amino-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-8-[(carbamoylamino)methylidene]-2-(hydroxymethyl)-3,6,9,12,16-pentaoxo-1,4,7,10,13-pentazacyclohexadec-5-yl]methyl]hexanamide;(3s)-3,6-diamino-n-[[(2s,5s,8 Chemical compound N1C(=O)\C(=C/NC(N)=O)NC(=O)[C@H](CNC(=O)C[C@@H](N)CCCN)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CNC(=O)[C@@H]1[C@@H]1NC(N)=NCC1.N1C(=O)\C(=C/NC(N)=O)NC(=O)[C@H](CNC(=O)C[C@@H](N)CCCN)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CNC(=O)[C@@H]1[C@@H]1NC(N)=NCC1 VCOPTHOUUNAYKQ-WBTCAYNUSA-N 0.000 claims description 6
- WUBBRNOQWQTFEX-UHFFFAOYSA-N 4-aminosalicylic acid Chemical compound NC1=CC=C(C(O)=O)C(O)=C1 WUBBRNOQWQTFEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 108010065839 Capreomycin Proteins 0.000 claims description 6
- DYDCUQKUCUHJBH-UWTATZPHSA-N D-Cycloserine Chemical compound N[C@@H]1CONC1=O DYDCUQKUCUHJBH-UWTATZPHSA-N 0.000 claims description 6
- DYDCUQKUCUHJBH-UHFFFAOYSA-N D-Cycloserine Natural products NC1CONC1=O DYDCUQKUCUHJBH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 229960004909 aminosalicylic acid Drugs 0.000 claims description 6
- 229960002170 azathioprine Drugs 0.000 claims description 6
- LMEKQMALGUDUQG-UHFFFAOYSA-N azathioprine Chemical compound CN1C=NC([N+]([O-])=O)=C1SC1=NC=NC2=C1NC=N2 LMEKQMALGUDUQG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 229960004602 capreomycin Drugs 0.000 claims description 6
- 229960003077 cycloserine Drugs 0.000 claims description 6
- AEOCXXJPGCBFJA-UHFFFAOYSA-N ethionamide Chemical compound CCC1=CC(C(N)=S)=CC=N1 AEOCXXJPGCBFJA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 229960002001 ethionamide Drugs 0.000 claims description 6
- 229940124307 fluoroquinolone Drugs 0.000 claims description 6
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 claims description 6
- SRVJKTDHMYAMHA-WUXMJOGZSA-N thioacetazone Chemical compound CC(=O)NC1=CC=C(\C=N\NC(N)=S)C=C1 SRVJKTDHMYAMHA-WUXMJOGZSA-N 0.000 claims description 6
- 229960003231 thioacetazone Drugs 0.000 claims description 6
- 230000005859 cell recognition Effects 0.000 claims description 5
- 239000003246 corticosteroid Substances 0.000 claims description 5
- 229960001334 corticosteroids Drugs 0.000 claims description 5
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 5
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims description 5
- 241000228212 Aspergillus Species 0.000 claims description 4
- 241000589562 Brucella Species 0.000 claims description 4
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 claims description 4
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 claims description 4
- 241000709687 Coxsackievirus Species 0.000 claims description 4
- 241001337994 Cryptococcus <scale insect> Species 0.000 claims description 4
- 241000589248 Legionella Species 0.000 claims description 4
- 208000007764 Legionnaires' Disease Diseases 0.000 claims description 4
- 208000004554 Leishmaniasis Diseases 0.000 claims description 4
- 241000186362 Mycobacterium leprae Species 0.000 claims description 4
- 241000223960 Plasmodium falciparum Species 0.000 claims description 4
- 241000293871 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Species 0.000 claims description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 4
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 claims description 4
- 241000712461 unidentified influenza virus Species 0.000 claims description 4
- FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N L-methotrexate Chemical compound C=1N=C2N=C(N)N=C(N)C2=NC=1CN(C)C1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N 0.000 claims description 3
- 241000223996 Toxoplasma Species 0.000 claims description 3
- 101150079015 esxB gene Proteins 0.000 claims description 3
- RTGDFNSFWBGLEC-SYZQJQIISA-N mycophenolate mofetil Chemical compound COC1=C(C)C=2COC(=O)C=2C(O)=C1C\C=C(/C)CCC(=O)OCCN1CCOCC1 RTGDFNSFWBGLEC-SYZQJQIISA-N 0.000 claims description 3
- 229960004866 mycophenolate mofetil Drugs 0.000 claims description 3
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims description 3
- 229960000485 methotrexate Drugs 0.000 claims description 2
- 101710166488 6 kDa early secretory antigenic target Proteins 0.000 claims 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 2
- 101710180978 D-alanine aminotransferase Proteins 0.000 claims 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 claims 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims 1
- 238000010998 test method Methods 0.000 claims 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 51
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 description 37
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 14
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 13
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 13
- 210000003162 effector t lymphocyte Anatomy 0.000 description 12
- 239000000047 product Substances 0.000 description 12
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 12
- 238000011510 Elispot assay Methods 0.000 description 11
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 10
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 9
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 9
- 238000003114 enzyme-linked immunosorbent spot assay Methods 0.000 description 9
- 201000009671 multidrug-resistant tuberculosis Diseases 0.000 description 8
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 7
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 6
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 6
- 238000011976 chest X-ray Methods 0.000 description 6
- 108010049041 glutamylalanine Proteins 0.000 description 6
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 6
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 6
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 6
- RUFHOVYUYSNDNY-ACZMJKKPSA-N Glu-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O RUFHOVYUYSNDNY-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 5
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 5
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 5
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 5
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 5
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 5
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 5
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 5
- JZDHUJAFXGNDSB-WHFBIAKZSA-N Glu-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O JZDHUJAFXGNDSB-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 4
- UTKUTMJSWKKHEM-WDSKDSINSA-N Glu-Ala-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O UTKUTMJSWKKHEM-WDSKDSINSA-N 0.000 description 4
- PJBVXVBTTFZPHJ-GUBZILKMSA-N Glu-Leu-Asp Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N PJBVXVBTTFZPHJ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 4
- GRIRDMVMJJDZKV-RCOVLWMOSA-N Gly-Asn-Val Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O GRIRDMVMJJDZKV-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 4
- 101001057048 Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) ESAT-6-like protein EsxB Proteins 0.000 description 4
- SCQBNMKLZVCXNX-ZFWWWQNUSA-N Trp-Arg-Gly Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)NCC(=O)O)N SCQBNMKLZVCXNX-ZFWWWQNUSA-N 0.000 description 4
- 102100040247 Tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 4
- 108010024078 alanyl-glycyl-serine Proteins 0.000 description 4
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 description 4
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 4
- 108010037850 glycylvaline Proteins 0.000 description 4
- STKYPAFSDFAEPH-LURJTMIESA-N glycylvaline Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN STKYPAFSDFAEPH-LURJTMIESA-N 0.000 description 4
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 description 4
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 4
- 230000007420 reactivation Effects 0.000 description 4
- 206010039073 rheumatoid arthritis Diseases 0.000 description 4
- RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N Ala-Ala-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 3
- WDIYWDJLXOCGRW-ACZMJKKPSA-N Ala-Asp-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O WDIYWDJLXOCGRW-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 3
- LMFXXZPPZDCPTA-ZKWXMUAHSA-N Ala-Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](C)N LMFXXZPPZDCPTA-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 3
- YNSUUAOAFCVINY-OSUNSFLBSA-N Arg-Thr-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O YNSUUAOAFCVINY-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 3
- ZZXMOQIUIJJOKZ-ZLUOBGJFSA-N Asn-Asn-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O ZZXMOQIUIJJOKZ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 3
- PNHQRQTVBRDIEF-CIUDSAMLSA-N Asn-Leu-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N PNHQRQTVBRDIEF-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- RAUPFUCUDBQYHE-AVGNSLFASA-N Asn-Phe-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O RAUPFUCUDBQYHE-AVGNSLFASA-N 0.000 description 3
- 101100505161 Caenorhabditis elegans mel-32 gene Proteins 0.000 description 3
- 208000011231 Crohn disease Diseases 0.000 description 3
- ZHNHJYYFCGUZNQ-KBIXCLLPSA-N Glu-Ile-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O ZHNHJYYFCGUZNQ-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 3
- PZAJPILZRFPYJJ-SRVKXCTJSA-N His-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O PZAJPILZRFPYJJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 3
- WKXVAXOSIPTXEC-HAFWLYHUSA-N Ile-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O WKXVAXOSIPTXEC-HAFWLYHUSA-N 0.000 description 3
- SITWEMZOJNKJCH-UHFFFAOYSA-N L-alanine-L-arginine Natural products CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CCCNC(N)=N SITWEMZOJNKJCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010079364 N-glycylalanine Proteins 0.000 description 3
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 3
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 3
- NQQMWWVVGIXUOX-SVSWQMSJSA-N Thr-Ser-Ile Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O NQQMWWVVGIXUOX-SVSWQMSJSA-N 0.000 description 3
- UTQBQJNSNXJNIH-IHPCNDPISA-N Trp-Asn-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)N UTQBQJNSNXJNIH-IHPCNDPISA-N 0.000 description 3
- RWOKVQUCENPXGE-IHRRRGAJSA-N Tyr-Ser-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O RWOKVQUCENPXGE-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 3
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010038633 aspartylglutamate Proteins 0.000 description 3
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 3
- VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N glycyl-DL-alpha-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 238000010212 intracellular staining Methods 0.000 description 3
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 3
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 3
- 238000002483 medication Methods 0.000 description 3
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 3
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical group N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- KQFRUSHJPKXBMB-BHDSKKPTSA-N Ala-Ala-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)C)C(O)=O)=CNC2=C1 KQFRUSHJPKXBMB-BHDSKKPTSA-N 0.000 description 2
- NBTGEURICRTMGL-WHFBIAKZSA-N Ala-Gly-Ser Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O NBTGEURICRTMGL-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- SMCGQGDVTPFXKB-XPUUQOCRSA-N Ala-Gly-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](C)N SMCGQGDVTPFXKB-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 2
- SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- XUCHENWTTBFODJ-FXQIFTODSA-N Ala-Met-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O XUCHENWTTBFODJ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- OEVCHROQUIVQFZ-YTLHQDLWSA-N Ala-Thr-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OEVCHROQUIVQFZ-YTLHQDLWSA-N 0.000 description 2
- IOFVWPYSRSCWHI-JXUBOQSCSA-N Ala-Thr-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](C)N IOFVWPYSRSCWHI-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- 206010002556 Ankylosing Spondylitis Diseases 0.000 description 2
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 2
- 102100021277 Beta-secretase 2 Human genes 0.000 description 2
- 101710150190 Beta-secretase 2 Proteins 0.000 description 2
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 2
- 206010011224 Cough Diseases 0.000 description 2
- PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N Cyclosporin A Chemical compound CC[C@@H]1NC(=O)[C@H]([C@H](O)[C@H](C)C\C=C\C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C1=O PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N 0.000 description 2
- 108010036949 Cyclosporine Proteins 0.000 description 2
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 208000031886 HIV Infections Diseases 0.000 description 2
- 208000037357 HIV infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 102000018713 Histocompatibility Antigens Class II Human genes 0.000 description 2
- HYXQKVOADYPQEA-CIUDSAMLSA-N Ile-Arg Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N HYXQKVOADYPQEA-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- 206010065048 Latent tuberculosis Diseases 0.000 description 2
- ILJREDZFPHTUIE-GUBZILKMSA-N Leu-Asp-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O ILJREDZFPHTUIE-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- ZOKVLMBYDSIDKG-CSMHCCOUSA-N Lys-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN ZOKVLMBYDSIDKG-CSMHCCOUSA-N 0.000 description 2
- KTINOHQFVVCEGQ-XIRDDKMYSA-N Lys-Trp-Asp Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O KTINOHQFVVCEGQ-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 2
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 2
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 2
- 108091054438 MHC class II family Proteins 0.000 description 2
- 241000282346 Meles meles Species 0.000 description 2
- ONGCSGVHCSAATF-CIUDSAMLSA-N Met-Ala-Glu Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O ONGCSGVHCSAATF-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- LQMHZERGCQJKAH-STQMWFEESA-N Met-Gly-Phe Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 LQMHZERGCQJKAH-STQMWFEESA-N 0.000 description 2
- LCPUWQLULVXROY-RHYQMDGZSA-N Met-Lys-Thr Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LCPUWQLULVXROY-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 2
- QJJXYPPXXYFBGM-LFZNUXCKSA-N Tacrolimus Chemical compound C1C[C@@H](O)[C@H](OC)C[C@@H]1\C=C(/C)[C@@H]1[C@H](C)[C@@H](O)CC(=O)[C@H](CC=C)/C=C(C)/C[C@H](C)C[C@H](OC)[C@H]([C@H](C[C@H]2C)OC)O[C@@]2(O)C(=O)C(=O)N2CCCC[C@H]2C(=O)O1 QJJXYPPXXYFBGM-LFZNUXCKSA-N 0.000 description 2
- IGROJMCBGRFRGI-YTLHQDLWSA-N Thr-Ala-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O IGROJMCBGRFRGI-YTLHQDLWSA-N 0.000 description 2
- TYVAWPFQYFPSBR-BFHQHQDPSA-N Thr-Ala-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O TYVAWPFQYFPSBR-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 2
- SHOMROOOQBDGRL-JHEQGTHGSA-N Thr-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O SHOMROOOQBDGRL-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 2
- LHEZGZQRLDBSRR-WDCWCFNPSA-N Thr-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O LHEZGZQRLDBSRR-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 2
- YKRQRPFODDJQTC-CSMHCCOUSA-N Thr-Lys Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN YKRQRPFODDJQTC-CSMHCCOUSA-N 0.000 description 2
- OQWNEUXPKHIEJO-NRPADANISA-N Val-Glu-Ser Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N OQWNEUXPKHIEJO-NRPADANISA-N 0.000 description 2
- RTJPAGFXOWEBAI-SRVKXCTJSA-N Val-Val-Arg Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N RTJPAGFXOWEBAI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 2
- 229960001265 ciclosporin Drugs 0.000 description 2
- MYSWGUAQZAJSOK-UHFFFAOYSA-N ciprofloxacin Chemical compound C12=CC(N3CCNCC3)=C(F)C=C2C(=O)C(C(=O)O)=CN1C1CC1 MYSWGUAQZAJSOK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 229930182912 cyclosporin Natural products 0.000 description 2
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 2
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 2
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 2
- 239000000890 drug combination Substances 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 2
- YMAWOPBAYDPSLA-UHFFFAOYSA-N glycylglycine Chemical compound [NH3+]CC(=O)NCC([O-])=O YMAWOPBAYDPSLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010015792 glycyllysine Proteins 0.000 description 2
- 208000033519 human immunodeficiency virus infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 2
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 2
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 2
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 2
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 2
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 2
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 2
- 208000008128 pulmonary tuberculosis Diseases 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 2
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 2
- 229960001967 tacrolimus Drugs 0.000 description 2
- QJJXYPPXXYFBGM-SHYZHZOCSA-N tacrolimus Natural products CO[C@H]1C[C@H](CC[C@@H]1O)C=C(C)[C@H]2OC(=O)[C@H]3CCCCN3C(=O)C(=O)[C@@]4(O)O[C@@H]([C@H](C[C@H]4C)OC)[C@@H](C[C@H](C)CC(=C[C@@H](CC=C)C(=O)C[C@H](O)[C@H]2C)C)OC QJJXYPPXXYFBGM-SHYZHZOCSA-N 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 108010061238 threonyl-glycine Proteins 0.000 description 2
- 108010058119 tryptophyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 2
- 229960001005 tuberculin Drugs 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N (3s)-4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(1s)-1-carboxy-2-hydroxyethyl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-[[2-[[(2s)-2,6-diaminohexanoyl]amino]acetyl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N 0.000 description 1
- ABEXEQSGABRUHS-UHFFFAOYSA-N 16-methylheptadecyl 16-methylheptadecanoate Chemical compound CC(C)CCCCCCCCCCCCCCCOC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC(C)C ABEXEQSGABRUHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QRXMUCSWCMTJGU-UHFFFAOYSA-N 5-bromo-4-chloro-3-indolyl phosphate Chemical compound C1=C(Br)C(Cl)=C2C(OP(O)(=O)O)=CNC2=C1 QRXMUCSWCMTJGU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AAQGRPOPTAUUBM-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O AAQGRPOPTAUUBM-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- YYSWCHMLFJLLBJ-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Ser Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YYSWCHMLFJLLBJ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- JAMAWBXXKFGFGX-KZVJFYERSA-N Ala-Arg-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O JAMAWBXXKFGFGX-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- CXISPYVYMQWFLE-VKHMYHEASA-N Ala-Gly Chemical compound C[C@H]([NH3+])C(=O)NCC([O-])=O CXISPYVYMQWFLE-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- ZSOICJZJSRWNHX-ACZMJKKPSA-N Ala-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C([O-])=O)NC(=O)[C@H](C)[NH3+] ZSOICJZJSRWNHX-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- DCVYRWFAMZFSDA-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ser-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DCVYRWFAMZFSDA-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- LSMDIAAALJJLRO-XQXXSGGOSA-N Ala-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O LSMDIAAALJJLRO-XQXXSGGOSA-N 0.000 description 1
- GXXWTNKNFFKTJB-NAKRPEOUSA-N Arg-Ile-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O GXXWTNKNFFKTJB-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- XYOVHPDDWCEUDY-CIUDSAMLSA-N Asn-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O XYOVHPDDWCEUDY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- KWBQPGIYEZKDEG-FSPLSTOPSA-N Asn-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O KWBQPGIYEZKDEG-FSPLSTOPSA-N 0.000 description 1
- XOQYDFCQPWAMSA-KKHAAJSZSA-N Asn-Val-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O XOQYDFCQPWAMSA-KKHAAJSZSA-N 0.000 description 1
- KRXIWXCXOARFNT-ZLUOBGJFSA-N Asp-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O KRXIWXCXOARFNT-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- KVMPVNGOKHTUHZ-GCJQMDKQSA-N Asp-Ala-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O KVMPVNGOKHTUHZ-GCJQMDKQSA-N 0.000 description 1
- VFUXXFVCYZPOQG-WDSKDSINSA-N Asp-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O VFUXXFVCYZPOQG-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- CJUKAWUWBZCTDQ-SRVKXCTJSA-N Asp-Leu-Lys Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O CJUKAWUWBZCTDQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 101100398835 Caenorhabditis elegans leo-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 241001227713 Chiron Species 0.000 description 1
- 208000017667 Chronic Disease Diseases 0.000 description 1
- 150000008574 D-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 1
- 108010008165 Etanercept Proteins 0.000 description 1
- 208000020545 Exposure to communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- KBKGRMNVKPSQIF-XDTLVQLUSA-N Glu-Ala-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O KBKGRMNVKPSQIF-XDTLVQLUSA-N 0.000 description 1
- VTTSANCGJWLPNC-ZPFDUUQYSA-N Glu-Arg-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O VTTSANCGJWLPNC-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- KRGZZKWSBGPLKL-IUCAKERBSA-N Glu-Gly-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N KRGZZKWSBGPLKL-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- VMKCPNBBPGGQBJ-GUBZILKMSA-N Glu-Leu-Asn Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N VMKCPNBBPGGQBJ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- JWNZHMSRZXXGTM-XKBZYTNZSA-N Glu-Ser-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O JWNZHMSRZXXGTM-XKBZYTNZSA-N 0.000 description 1
- JVACNFOPSUPDTK-QWRGUYRKSA-N Gly-Asn-Phe Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JVACNFOPSUPDTK-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N Gly-Asp Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- YWAQATDNEKZFFK-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Ser Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YWAQATDNEKZFFK-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- FGPLUIQCSKGLTI-WDSKDSINSA-N Gly-Ser-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O FGPLUIQCSKGLTI-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- WZDCVAWMBUNDDY-KBIXCLLPSA-N Ile-Glu-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N WZDCVAWMBUNDDY-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- QNBYCZTZNOVDMI-HGNGGELXSA-N Ile-His Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CN=CN1 QNBYCZTZNOVDMI-HGNGGELXSA-N 0.000 description 1
- ZNOBVZFCHNHKHA-KBIXCLLPSA-N Ile-Ser-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N ZNOBVZFCHNHKHA-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- ZLFNNVATRMCAKN-ZKWXMUAHSA-N Ile-Ser-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)O)N ZLFNNVATRMCAKN-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 102000008070 Interferon-gamma Human genes 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 241000764238 Isis Species 0.000 description 1
- OVZLLFONXILPDZ-VOAKCMCISA-N Leu-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O OVZLLFONXILPDZ-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- DAYQSYGBCUKVKT-VOAKCMCISA-N Leu-Thr-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O DAYQSYGBCUKVKT-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- FXBKQTOGURNXSL-HJGDQZAQSA-N Met-Thr-Glu Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O FXBKQTOGURNXSL-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- 241000186366 Mycobacterium bovis Species 0.000 description 1
- 241001467552 Mycobacterium bovis BCG Species 0.000 description 1
- 241000186363 Mycobacterium kansasii Species 0.000 description 1
- 241000187492 Mycobacterium marinum Species 0.000 description 1
- 101100342977 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) leu-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100205189 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) leu-5 gene Proteins 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 108010047620 Phytohemagglutinins Proteins 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 239000006146 Roswell Park Memorial Institute medium Substances 0.000 description 1
- 208000032370 Secondary transmission Diseases 0.000 description 1
- WTWGOQRNRFHFQD-JBDRJPRFSA-N Ser-Ala-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O WTWGOQRNRFHFQD-JBDRJPRFSA-N 0.000 description 1
- SMIDBHKWSYUBRZ-ACZMJKKPSA-N Ser-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O SMIDBHKWSYUBRZ-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- MUARUIBTKQJKFY-WHFBIAKZSA-N Ser-Gly-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O MUARUIBTKQJKFY-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- UIGMAMGZOJVTDN-WHFBIAKZSA-N Ser-Gly-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UIGMAMGZOJVTDN-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- MUJQWSAWLLRJCE-KATARQTJSA-N Ser-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O MUJQWSAWLLRJCE-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- SQHKXWODKJDZRC-LKXGYXEUSA-N Ser-Thr-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O SQHKXWODKJDZRC-LKXGYXEUSA-N 0.000 description 1
- KKKVOZNCLALMPV-XKBZYTNZSA-N Ser-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O KKKVOZNCLALMPV-XKBZYTNZSA-N 0.000 description 1
- 206010051837 Skin induration Diseases 0.000 description 1
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 1
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 1
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 1
- 102100030140 Thiosulfate:glutathione sulfurtransferase Human genes 0.000 description 1
- CAJFZCICSVBOJK-SHGPDSBTSA-N Thr-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O CAJFZCICSVBOJK-SHGPDSBTSA-N 0.000 description 1
- CTONFVDJYCAMQM-IUKAMOBKSA-N Thr-Asn-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)N CTONFVDJYCAMQM-IUKAMOBKSA-N 0.000 description 1
- LMMDEZPNUTZJAY-GCJQMDKQSA-N Thr-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O LMMDEZPNUTZJAY-GCJQMDKQSA-N 0.000 description 1
- BECPPKYKPSRKCP-ZDLURKLDSA-N Thr-Glu Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O BECPPKYKPSRKCP-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 1
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000018594 Tumour necrosis factor Human genes 0.000 description 1
- 108050007852 Tumour necrosis factor Proteins 0.000 description 1
- IVXJODPZRWHCCR-JYJNAYRXSA-N Val-Arg-Phe Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N IVXJODPZRWHCCR-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- UPJONISHZRADBH-XPUUQOCRSA-N Val-Glu Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O UPJONISHZRADBH-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 108010047495 alanylglycine Proteins 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 229940034014 antimycobacterial agent Drugs 0.000 description 1
- 239000003926 antimycobacterial agent Substances 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001363 autoimmune Effects 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 238000004159 blood analysis Methods 0.000 description 1
- 238000004820 blood count Methods 0.000 description 1
- 238000013276 bronchoscopy Methods 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 229940046731 calcineurin inhibitors Drugs 0.000 description 1
- 125000000837 carbohydrate group Chemical group 0.000 description 1
- 238000000423 cell based assay Methods 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 239000003593 chromogenic compound Substances 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 208000020832 chronic kidney disease Diseases 0.000 description 1
- 208000022831 chronic renal failure syndrome Diseases 0.000 description 1
- 229960003405 ciprofloxacin Drugs 0.000 description 1
- WDQPAMHFFCXSNU-BGABXYSRSA-N clofazimine Chemical compound C12=CC=CC=C2N=C2C=C(NC=3C=CC(Cl)=CC=3)C(=N/C(C)C)/C=C2N1C1=CC=C(Cl)C=C1 WDQPAMHFFCXSNU-BGABXYSRSA-N 0.000 description 1
- 229960004287 clofazimine Drugs 0.000 description 1
- 238000002648 combination therapy Methods 0.000 description 1
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 1
- 238000007596 consolidation process Methods 0.000 description 1
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 239000012470 diluted sample Substances 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- 208000022602 disease susceptibility Diseases 0.000 description 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229960000403 etanercept Drugs 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 1
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 102000034356 gene-regulatory proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091006104 gene-regulatory proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 description 1
- 229940048921 humira Drugs 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 230000003301 hydrolyzing effect Effects 0.000 description 1
- 125000004356 hydroxy functional group Chemical group O* 0.000 description 1
- 238000005417 image-selected in vivo spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 239000003018 immunosuppressive agent Substances 0.000 description 1
- 229940124589 immunosuppressive drug Drugs 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 1
- 208000027866 inflammatory disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000012739 integrated shape imaging system Methods 0.000 description 1
- 229960003130 interferon gamma Drugs 0.000 description 1
- 208000033353 latent tuberculosis infection Diseases 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 108010016686 methionyl-alanyl-serine Proteins 0.000 description 1
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 1
- 229960003702 moxifloxacin Drugs 0.000 description 1
- FABPRXSRWADJSP-MEDUHNTESA-N moxifloxacin Chemical compound COC1=C(N2C[C@H]3NCCC[C@H]3C2)C(F)=CC(C(C(C(O)=O)=C2)=O)=C1N2C1CC1 FABPRXSRWADJSP-MEDUHNTESA-N 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 229940124624 oral corticosteroid Drugs 0.000 description 1
- 229940126701 oral medication Drugs 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 1
- 108010012581 phenylalanylglutamate Proteins 0.000 description 1
- 230000001885 phytohemagglutinin Effects 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 229960005205 prednisolone Drugs 0.000 description 1
- OIGNJSKKLXVSLS-VWUMJDOOSA-N prednisolone Chemical compound O=C1C=C[C@]2(C)[C@H]3[C@@H](O)C[C@](C)([C@@](CC4)(O)C(=O)CO)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 OIGNJSKKLXVSLS-VWUMJDOOSA-N 0.000 description 1
- 238000009117 preventive therapy Methods 0.000 description 1
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002685 pulmonary effect Effects 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 229940116176 remicade Drugs 0.000 description 1
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 1
- 201000000306 sarcoidosis Diseases 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 201000005671 spondyloarthropathy Diseases 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 229940046728 tumor necrosis factor alpha inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 239000002452 tumor necrosis factor alpha inhibitor Substances 0.000 description 1
- 208000027930 type IV hypersensitivity disease Diseases 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
- G01N33/5047—Cells of the immune system
- G01N33/505—Cells of the immune system involving T-cells
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56911—Bacteria
- G01N33/5695—Mycobacteria
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Virology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Magnetic Resonance Imaging Apparatus (AREA)
- Electrotherapy Devices (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Diaphragms For Electromechanical Transducers (AREA)
- Heating, Cooling, Or Curing Plastics Or The Like In General (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
Description
Předkládaný vynález se týká způsobu pro diagnostikováni infekce u jedince.
Dosavadní stav techniky
Infekce patogenem může a nemusí způsobit příznaky onemocnění u jedince. Ačkoliv jsou dostupné terapeutické produkty pro léčbu infekcí patogeny, může být dlouhodobé užívání těchto produktů škodlivé. Proto je žádoucí cíleně použít terapeutické produkty u jedinců, u kterých je nejpravděpodobnější, že se u nich rozvinou příznaky onemocnění. Cílené použití terapie tímto způsobem je také nej ekonomičtěj ší.
Podstata vynálezu
Dlouhodobě infikovaní jedinci, u kterých se nerozvíjeji příznaky onemocnění, jsou mnohem méně rizikový z hlediska vzniku příznaků onemocnění než nedávno infikovaní jedinci. Například, po infekci M. tuberculosis mají jedinci přibližně 10% riziko progrese k aktivní tuberkulose s příznaky onemocnění v prvních jednom až dvou letech po infikování.
Pokud se aktivní tuberkulosa nemanifestuje během prvních dvou let, pak je reziduální riziko progrese k aktivní tuberkulose u jedince během jeho života 5%. Proto je žádoucí vybírat pro preventivní léčbu nově infikované jedince, neboť u takových jedinců je nejvyšší pravděpodobnost progrese k onemocnění.
Některé skupiny jedinců máji vyšší riziko rozvoje aktivní tuberkulosy, například mladší děti (pod 5 let věku), novorozenci (pod 1 rok věku), jedinci s HIV infekcí nebo na imunosupresivní medikaci, jako jsou kortikosteroidy (typicky orální kortikosteroidy), jako je prednisolon, nebo protilátky proti TNF-V (typicky monoklonální a/nebo humanizované), jako je infliximab. U takových jedinců je ještě významnější diagnostikování recentní infekce patogenem.
Předkladatelé vynálezu zjistili, že T lymfocyty od jedinců recentně infikovaných intracelulárním patogenem reagují s celými proteiny od patogenu, ale nereagují - nebo reagují významně méně - s peptidovými epitopy patogenu. Předpokládá se, že to může být způsobeno tím, že když je buněčná Tlymfocytární imunitní reakce právě nastartována (indukována) recentní infekcí, tak mají T lymfocyty nižší afinitu pro příbuzný ligand, protože právě probíhá jemné ladění epitopové specificity a klonální expanze různých populací T lymfocytů.
V testu reakce T lymfocytů je T lymfocytům prezentován celý protein po vychytání a zpracování buňkami prezentujícími antigen (APC) a následné prezentaci optimálních peptidových epítopů v kontextu MHC molekul na povrchu APC, a proto i buňky s relativně nízkou afinitou rozpoznávají tyto optimální přirozeně prezentované epitopy.
Krátké vícečetné peptidové epitopy z patogenu nejsou, ačkoliv dohromady reprezentují celou sekvenci proteinového antígenu, obvykle optimálními epitopy, ale pouze obsahují optimální epitopovou sekvenci ve své sekvenci. Proto rozpoznávání těchto peptidů vyžaduje, aby byly přítomny T lymfocyty, které mají vyšší afinitu k optimálnímu epitopu. Předpokládá se, že takové T lymfocyty se objevují v pozdějším průběhu infekce, kdy je repertoár T lymfocytů zralejší a «·
specializovanější, a nejsou přítomny u nedávno infikovaných jedinců.
V souladu s tím vynález poskytuje způsob pro diagnostiku nedávné infekce jedince činidlem, kterým je patogen, vakcína nebo skupina, která způsobuje buněčnou imunitní reakci, kde uvedený způsob zahrnuje in vitro nebo in vivo stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají protein z uvedeného agens, který má délku alespoň 30 aminokyselin až délku větší než je délka peptidového epitopu z agens, kdy vyšší úroveň rozpoznávání proteinu ukazuje, že jedinec byl nedávno infikován činidlem.
Výhodně je ve způsobu patogenem M. tuberculosis a peptidový epitop a/nebo protein je z ESAT-6 nebo CFP10.
Předkladatelé vynálezu také za použití techniky na bázi T lymfocytární detekce (ex vivo ELISPOT) dokázali, že T lymfocyty od jedinců infikovaných patogenem reagují s antigenem patogenu ve 3 měsíci po infekci, ale již ne v 6 měsíci po infekci. Pokud platí, že přítomnost efektorových T lymfocytů ukazuje na přítomnost infekce patogenem, pak toto prokazuje, že jedinci eliminovali infekci, která u nich byla původně přítomna. Toto hodnocení dynamiky reakce T lymfocytů během infekce a eliminace infekce ukazuje na potřebu testu v následujícím časovém období, pomocí kterého by bylo možné určit jedince, kteří přirozeně eliminují infekci a tyto jedince potom neléčit.
V souladu s tím vynález poskytuje způsob pro diagnostiku jedince, který eliminoval infekci patogenem, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z patogenu v prvním a ve druhém časovém bodě po infekci patogenem, kdy zjištěni, že T lymfocyty rozpoznávají antigen v prvním časovém bodě a ne ve druhém časovém bodě ukazuje, že jedinec eliminoval infekci.
Dále předkladatelé vynálezu identifikovali jedince, jejichž T lymfocyty nereagují ve 3. měsíci po infekci, ale reagují v 6. měsíci po infekci. U těchto jedinců se vyvíjí pomalejší slabší odpověď na infekci. Proto je u nich menší pravděpodobnost kontroly infekce a s větší pravděpodobností dojde k progresi k aktivnímu onemocnění. Proto je žádoucí určit tuto skupinu jedinců za účelem léčby.
V souladu s tím vynález poskytuje způsob pro diagnostikování jedinců, u který je pravděpodobnější progrese k aktivnímu onemocnění po infekci patogenem, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z patogenu v prvním a ve druhém časovém bodě po infekci patogenem, kde zjištění, že T lymfocyty nerozpoznávají antigen v prvním časovém bodě, ale rozpoznávají antigen ve druhém časovém bodě, ukazuje, že u jedince dojde pravděpodobněji k rozvoji aktivního onemocnění.
Objev může být také použit ve způsobu pro diagnostikování jedince, u něhož dochází k rozvoji slabší reakce na vakcínu nebo skupinu, která indukuje buněčnou reakci, po expozici vakcíně nebo skupině, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen vakcíny nebo skupiny v prvním a ve druhém časovém bodě po expozici, kde zjištění, že T lymfocyty nerozpoznávají antigen v prvním časovém bodě, ale rozpoznávají antigen ve druhém časovém bodě, ukazuje na to, že se u jedince rozvíjí slabší reakce na vakcínu nebo skupinu.
• · · · · ·
Předkladatelé vynálezu také ukazují na výhody v detekci latentní mykobakteriální infekce za použití T lymfocytárních detekčních testů podle předkládaného vynálezu u jedinců na imunosupresivní terapii nebo v době zahájení imunosupresivní terapie.
V souladu s tím vynález poskytuje způsob pro diagnostikování citlivosti k aktivní tuberkulose a k latentní mykobakteriální infekci u jedinců na imunosupresivní terapii nebo před zahájením imunosupresivní terapie, kde uvedený způsob zahrnuje toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají mykobakteriální antigen či nikoliv, kdy rozpoznání mykobakterálního antigenu T lymfocyty ukazuje na sensitivitu k aktivní tuberkulose a latentní mykobakterální infekci.
Dále vynález poskytuje způsob pro monitorování sensitivity k aktivní tuberkulose a latentní mykobakterální infekce u jedince na imunosupresivní terapii, kde uvedený způsob zahrnuje detekování toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají mykobakterální antigen či nikoliv, kde rozpoznávání mykobakterálního antigenu T lymfocyty ukazuje na sensitivitu k aktivní tuberkulose a latentní mykobakterální infekci.
Předkladatelé vynálezu prokázali, že se efektorové T lymfocyty specifické pro mykobakterální antigen významně zvyšují před rozvojem aktivní symptomatické mykobakterální infekce. Proto může být toto zvýšení efektorových T lymfocytů použito jako prediktor progrese, nebo citlivosti k progresi onemocnění u asymptomaticky latentně infikovaných jedinců.
V souladu s tím vynález poskytuje způsob pro detekci citlivosti k rozvoji aktivní mykobakterální infekce u jedince, který nemá žádné příznaky mykobakterálního onemocnění, kde φ φ φφφ
ΦΦΦΦ· φ • φφφ uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda má jedinec zvýšené hladiny T lymfocytů, které rozpoznávají mykobakterální antigen, což určuje to, zda je jedinec rizikový z hlediska vzniku aktivní mykobakterální infekce. Toto umožní lékařům indikování radiologických a jiných vyšetření u asymptomatických jedinců s latentní mykobakterální infekcí, a umožní to diagnostiku a léčbu časného aktivního onemocnění před rozvojem příznaků. Taková časná léčba, i před nástupem příznaků, bude významně snižovat morbiditu a mortalitu, zejména (ale nejenom) u lidí s tuberkulosou s mnohotnou lékovou resistencí.
Podrobný popis vynálezu
Nyní budou popsány různé aspekty předkládaného vynálezu. Je třeba si uvědomit, že detekční techniky na bázi specifických T lymfocytů, které jsou popsány dále v souvislosti s jedním aspektem předkládaného vynálezu (zejména v souvislosti se způsobem diagnostiky nedávné infekce), mohou být použity také v jiných aspektech předkládaného vynálezu. Tak je popis typů a počtu peptidových epitopů/proteinů (včetně jejich délky, původu, sekvence a analogů) použitých v detekční metodě, způsob, kterým je reakce T lymfocytů detekována (včetně změny stavu), typy T lymfocytárních vzorků, které jsou použity, způsob zpracování takových vzorků, forma T lymfocytů v testu a specifický způsob, kterým je detekce T lymfocytů provedena, popsaný pro způsob diagnostiky nedávné infekce, relevantní také pro další aspekty předkládaného vynálezu.
Obdobně, typy testovaných jedinců a typy mykobakterií, kterými mohou být jedinci infikováni, které jsou popsány v souvislosti s metodou diagnostiky nedávné infekce, se vztahují též k dalším aspektům předkládaného vynálezu.
• · · ·
• · · · · ·· • · • · • · · ··
Způsob diagnostiky nedávné infekce
Způsob podle předkládaného vynálezu zahrnuje stanovní toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají protein (s délkou alespoň 30 aminokyselin) z činidla lépe než peptidový epitop z činidla. Toto může být provedeno detekcí reakce T lymfocytů s proteinovým a peptidovým epitopem nebo s jejich analogem (jak jsou popsány dále). Je třeba si uvědomit, že termín protein nebo peptidový epitop z patogenu také zahrnuje analogy těchto molekul, pokud není řečeno jinak.
Způsob je obvykle prováděn na vzorku od jedince, kterým je výhodně člověk, ale kterým může být zvíře (obvykle zvíře, které může být přirozeně nebo arteficiálně infikováno relevantním patogenem). Tak může být jedincem savec, jako je primát, kráva, ovce, prase, jezevec nebo hlodavec, např. myš nebo krysa. Jedinec může být rizikový z hlediska (přirozené) infekce patogenu, například může jedinec žít v oblasti, kde se patogen vyskytuje. Jedinec může mít zvýšené riziko infikování, typicky v důsledku socioekonomických okolností nebo v důsledku genetické nebo získané predispozice k patogenu. V jednom provedení není infekcí přirozená infekce (tj. jedná se o artificiální infekci), například o úmyslnou infekci zvířecího modelu patogenem. V jiném provedení je infekcí nepřirozené (typicky úmyslné) rozšíření patogenu v oblasti, kde hostitelé (včetně lidí) žijí.
Patogenem může být extracelulární patogen, ale výhodně se jedná o intracelulární patogen, a jde obvykle o přirozený patogen (nemodifikovaný artificiálně. Patogen je obvykle schopen infikovat jakýkoliv specifický typ hostitelů popsaných výše. Může se jednat o virus, bakterii nebo houbu, jako je • · · ·
HPV, HIV, HCV, druh Chlamydia,HBV, EBV, CMV, VZV, HSV, Legionella, S. typhi, P. falciparum, Leishmaniasis, M. leprae, chřipkový virus, Coxsackie virus, druh Toxoplasma, druh Brucella, druh Cryptococcus, druh Candida nebo druh Aspergillus.
Ve výhodných provedeních je patogenem mykobakterium. Mykobakterium typicky exprimuje ESAT-β nebo CFP 10, a může se jednat o M.tuberculosis. Mykobakterium může být M. marinum nebo M. kansasii. Charakter klinických příznaků může být použit pro odlišení těchto dvou organismů a M. tuberculosis. Mykobakterium může být M. bovis (které infikuje dobytek, ale které může také infikovat člověka a další druhy, jako jsou jezevci a opice).
V případě, že je činidlem vakcína, může vakcína obsahovat antigen z (poskytující ochranu před) jakýmkoliv z patogenů uvedených výše. Jakýkoliv typ činidel uvedených výše může být schopen indukovat buněčnou reakci u jedince, obvykle T lymfocytární a/nebo NK buněčnou reakci.
Proteinový a/nebo peptidový epitop patogenů může být od jakéhokoliv z patogenů uvedených výše, výhodně se jedná o mykobakterální epitop. V jednom provedení je protein z, nebo obsahuje sekvenci z, konkrétního patogenního proteinu, zatímco peptidový epitop pochází z jiného proteinu patogenů. Výhodně je však peptidovým epitopem epitop v proteinu, tj. protein obsahuje sekvenci peptidového epitopu. Peptidový epitop obvykle obsahuje ve své sekvenci optimální epitop, typicky obklopený jednou nebo více aminokyselinami na N nebo C konci optimální epitopové sekvence.
···· • * • · · · • · ·« ···
Proteinem může být membránový protein, cytoplasmatický protein (přítomný v cytoplasmě patogenu nebo buňce, kterou patogen infikoval), secernovaný protein (secernovaný z patogenu a/nebo z infikované buňky), enzym, strukturální protein nebo regulační protein. Proteinem může být protein obsahující typicky alespoň 10%, jako je alespoň 30% nebo 50%, suché hmotnosti činidla. Proteinem může být protein v přirozené formě a/nebo takový protein, jaký je použit ve způsobu, obsahuje alespoň 5, jako je alespoň 10 nebo 15 CD4 a/nebo CD8 T lymfocytárních epitopů.
Peptidovým epitopem je obvykle fragment jakéhokoliv proteinu z patogenu, jak byl popsán výše. V případě M. tuberculosis může být peptidový epitop jakýkoliv z peptidů popsaných níže z ESAT-6 a CFP-10.
Peptidy z ESAT-6:
MTEQQWNFAGIEAAA
WNFAGIEAAASAIQG
IEAAASAJQGNVTSI
SAIQGNVTSIHSLLD
NVTSIHSLLDEGKQS
HSLLDEGKQSLTKLA
EGKQSLTKLAAAWGG
LTKLAAAWGGSGSEA
AAWGGSGSEAYQGVQ
SGSEAYQGVQQKWDA
YQGVQQKWDATATEL
QKWDATATELNNALQ
TATELNNALQNLART
NNALQNLARTISEAG
NLARTISEAGQAMAS
ISEAGQAMASTEGNV ·
···· *
• tM
QAMASTEGNVTGMFA
Peptidy z CFP-10:
MAEMKTDAATLAQEA
TDAATLAQEAGNFER
LAQEAGNFERISGDL
GNFERISGDLKTQID
ISGDLKTQIDQVEST
KTQIDQVESTAGSLQ
QVESTAGSLQGQWRG
AGSLQGQWRGAAGTA
GQWRGAAGTAAQAAV
AAGTAAQAAVVRFQE
AQAAVVRFQEAANKQ
VRFQEAANKQKQELD
AANKQKQELDEISTN
KQELDEISTNIRQAG
EISTNIRQAGVQYSR
IRQAGVQYSRADEEQ
VQYSRADEEQQQALS
ADEEQQQALSSQMGF
Peptidový epitop má typicky délku alespoň 8 až 29 aminokyselin, jako je 12 až 25 aminokyselin. Protein má typicky délku alespoň 30 až 400 aminokyselin, jako je 50 až 30Q, nebo 80 až 200 aminokyselin. Protein může být stejný jako celý přirozený protein, nebo se může jednat o jeho fragment. V jednom provedení je ve formě fúzního proteinu, například s nepatogenní proteinovou sekvence. Obecně protein obsahuje patogenní sekvenci (sekvenci z proteinu patogenu), která je dlouhá alespoň 8, například alespoň 12, 18, 25 nebo 30 aminokyselin.
• 9 9999
99·
Způsob podle předkládaného vynálezu může být proveden za použití jakékoliv vhodné techniky. Různé techniky jsou popsány dále a patří mezi ně techniky, které detekují reakci T lymfocytů nebo které kvantifikují T lymfocyty specifické pro antigen. Tyto techniky mohou být založeny na detekci skvrn tvořených substancemi secernovanýmí z T-lymfocytů (jako je ELISPOT), třídění (počítání) T lymfocytů (například za použití intracelulárního barvení nebo FACS), použití MHC tetramerů (například při technice třídění) nebo ELISA technice.
Způsob podle předkládaného vynálezu je obecně založen na detekci různých úrovní reakce a/nebo různých frekvencí T lymfocytů u jedince, které jsou odpovědí na jeden nebo více proteinů a jeden nebo více (menších) peptidových epitopů z patogenu. T lymfocyty, které reagují, jsou specifické pro vazbu na aminokyselinové sekvence v proteinovém nebo peptidovém epitopu. T lymfocyty, které jsou ve způsobu analyzovány, mohou být CD4 a/nebo CD8 T lymfocyty, (* T lymfocyty nebo CD1 restrihované T lymfocyty). T lymfocyty jsou pre-sensitivizované in vivo k proteinu z patogenu.
Způsob podle předkládaného vynálezu může být proveden za použití techniky, která detekuje reakci T lymfocytů na proteinový/peptidový epitop. V mnoha takových technikách bude to, zda T lymfocyty jedince reagují s proteinovým nebo peptídovým epitopem či nikoliv, snadno zřejmé, a tak bude u jedinců diagnostikováno, zda byly v nedávnu infikovány, pokud budou jejich T lymfocyty reagovat s proteinovým a nebudou reagovat s peptidovým epitopem. Vhodné hraniční hodnoty mohou být určeny odborníkem v oboru. V jednom provedení se arbitrární hodnoty použijí pro stanovení pozitivní a negativní odpovědi.
• · · · · · ·· ··· ·· ···
Typicky bude způsob proveden tak, že budou detekovatelné reaktivní T lymfocyty přítomné ve frekvenci alespoň přibližně 20 na milion mononukleárních buněk periferní krve (PBMC) (pozitivní výsledek), a výhodně bude tento výsledek odlišitelný od reaktivních T lymfocytů přítomných s frekvencí přibližně 19 na milion PBMC nebo nižší (negativní výsledek).
Tak budou jedinci určeni jako jedinci nedávno infikovaní patogenem tehdy, když u nich budou zjištěny T lymfocyty, které jsou schopny rozpoznávat protein, ve frekvenci alespoň 20 na milion PBMC, a když bude zjištěno, že mají méně než 19 Tlymfocytů na milion PBMC, kde tyto T-lymfocyty rozpoznávají peptidový epitop. Je třeba si uvědomit, že pozitivní a negativní výsledky mohou být definovány za použití jiných hraničních hodnot, než jsou hodnoty uvedené výše.
Ve výhodném provedení jsou T lymfocyty detekovány:
(i) kontaktováním první populace T lymfocytů od jedince in vitro nebo in vivo s jedním nebo více peptidovými epitopy z patogenu (včetně analogu uvedeného peptidu, který je rozpoznáván T lymfocyty, které rozpoznávají uvedený peptid), a stanovením reakce T lymfocytů s peptidovým epitopem (epitopy), a (ii) kontaktováním druhé populace T lymfocytů od jedince in vitro nebo in vivo s jedním nebo více proteiny z patogenu (včetně analogu uvedeného proteinu, který je rozpoznáván T lymfocyty, které rozpoznávají uvedený protein), kde protein má délku alespoň 30 aminokyselin, a stanovením reakce T lymfocytů s proteinem.
44444 4 4
4 ·
4 • 4 4
Stanovení toho, zda T lymfocyty reagují s/rozpoznávají protein nebo peptidový epítop, může být provedeno detekováním změny stavu T lymfocytů za přítomnosti proteinu nebo peptidového epitopu. Změna stavu je obecně způsobena antigenně specifickou funkční aktivitou T lymfocytů po navázání proteinu na T lymfocytární receptor (po jeho zpracování) nebo po navázání peptidového epitopu. Obvykle je při vazbě na T lymfocytární receptor zpracovaný protein nebo peptid navázán na MHC molekulu třídy I nebo třídy II, která je typicky přítomná na povrchu buněk prezentujících antigen (APC).
Změnou stavu T lymfocytů může být zahájení nebo zvýšení sekrece substance z T lymfocytů, jako je cytokin, zejména IFN(, IL-2 nebo TNF-V. Zejména výhodné je stanovení sekrece IFN(. V jednom provedení je detekován více než jeden vytokán, jako například 2, 3, 4 až 10 nebo více cytokinů.
Intracelulární změny mohou být detekovány například pomocí technik intracelulárního barvení, typicky intracelulárního barvení na cytokiny (např. na jakýkoliv vytokán uvedený výše). Barvení může být detekováno za použití technik pro třídění buněk, například za použití FACS techniky.
Substance mohou být detekovány tak, že se umožní jejich vazba na specifické vazebné činidlo a potom se měří přítomnost komplexů specifické vazebné činidlo/substance. Specifickým vazebným činidle je obvykle protilátka, jako je polyklonální nebo monoklonální protilátka. Protilátky k cytokinům jsou komerčně dostupné, nebo mohou být vyrobeny za použití standardních technik.
Typicky je specifické vazebné činidlo zmobilizováno na pevném nosiči. Nosičem může být jamka (typicky v testovací plotně), nebo se může jednat o mikrosféru. V jednom provedení
9999 • 9
999
9
9 9
999
9 9
9 9
9 9 9
99999
9 9 toto umožňuje stanovení skutečného počtu reagujících T lymfocytů, protože po vazbě činidla substance zůstává v blízkosti T lymfocytů, který ji secernuje. Tak se mohou na nosiči tvořit 'skvrny' komplexu substance/činidlo, kde každá skvrna představuje T lymfocyt, který secernuje substanci. Kvantifikace skvrn (a typicky srovnání proti kontrole) umožňuje stanovení rozpoznávání peptidů.
Po navázání substance může být pevný nosič promyt za účelem odstranění materiálu, který není specificky navázán na činidlo. Komplex činidlo/substance může být detekován za použití druhého činidla, které se váže na komplex. Typicky se druhé činidlo váže na substanci v místě, které je odlišné od místa, ve kterém se váže první činidlo. Druhým činidlem je obvykle protilátka a je značena přímo nebo nepřímo detekovatelným značkovacím činidlem.
Tak může být druhé činidlo detekováno třetím činidlem, které je typicky značeno přímo nebo nepřímo detekovatelným značkovacím činidlem. Například může druhé činidlo obsahovat biotinovou skupinu, což umožní detekci třetím činidlem, které obsahuje streptavidinovou skupinu a typicky alkalickou fosfatasu jako detekovatelné značkovací činidlo.
V jednom provedení je použitým detekčním systémem ex-vivo ELISPOT test popsaný ve WO 98/23 960. V tomto testu je IFN-( secernovaný z T lymfocytů navázán na první IFN-( specifickou protilátku, která je imobilizována na pevném nosiči. Navázaný IFN-( je potom detekován za použití druhé IFN-( specifické protilátky, která je značena detekovatelným značkovacím činidlem. Mohou být použita i jiná detekovatelné značkovací činidla.
··. :··· • φφφ φ φ φ φ · φφ φφφ φφ φ φ φφφφ ♦ · φ φ φφφφ φ φ φ φφφ · · φ* φ • ·
V jiném provedení je detekce provedena za použití mnohotné analýzy cytokinů provedené za použití mikrosfér potažených protilátkou specifickou k cytokinů. Mohou být použity detekční protilátky (které se váží na cytokin navázaný na protilátku na mikrosféře. Takové detekční protilátky mohou být značené, například fluorescenčním značkovacím činidlem. Detekční technika může btý na bázi Luminex systému pro detekci více cytokinů.
Typicky jsou T lymfocyty použité ve způsobu podle předkládaného vynálezu odebrány od jedince ve vzorku krve, ačkoliv mohou být použity i jiné typy tělesných vzorků obsahujících T lymfocyty. Vzorek může být přidán přímo do testu nebo může být nejprve zpracován. Obvyklé zpracování zahrnuje naředění vzorku, například vodou nebo pufrem. Typicky je vzorek naředěn 1,5 až 100-krát, například 2 až 50-krát nebo 5 až 10-krát.
Zpracování může zahrnovat separování složek vzorku.
Obvykle jsou ze vzorku separovány mononukleární buňky (MC). MC obsahují T lymfocyty a APC. Tak mohou ve způsobu podle předkládaného vynálezu APC přítomné ve vzorku prezentovat peptid T lymfocytům. V jiném provedení mohou být ze vzorku separovány pouze T lymfocyty, jako jsou pouze CD4 T lymfocyty. PBMC, MC a T lymfocyty mohou být separovány ze vzorku za použití technik známých v oboru, jako jsou techniky popsané v Lalvani et al (1997) J.Exp.Med. 186, 859-865.
V případě vzorků krve mohou být ze vzorku odstraněny erytrocyty (za zisku séra a dalších buněk).
V jednom provedení jsou T lymfocyty, které jsou detekovány, ve formě nezpracovaných nebo naředěných vzorků. T ··· · · · · · · · ' · · · · · · ·· ♦·· • ······· · · · · · · ··· · · · 9 · · »· « ·· ··· ·· 999 lymfocyty jsou výhodně přímo ex vivo, tj. nejsou kultivovány před použitím ve způsobu podle předkládaného vynálezu. T lymfocyty jsou obvykle čerstvě izolovanými T lymfocyty (jako například ve formě čerstvě izolovaných MC nebo PBMC).
APC, které jsou použity ve způsobu podle předkládaného vynálezu, mohou být od stejného jedince jako T lymfocyty, nebo mohou být od jiného jedince. APC mohou být přirozené APC nebo artificiální APC. APC je buňka, která je schopna presentování peptidu T lymfocytů. Jedná se typicky o B lymfocyt, dendritickou buňku nebo makrofág. Tyto buňky jsou typicky separovány ze vzorku jako T lymfocyty a jsou typicky přečištěny současně s T lymfocyty. Tak mohou být APC přítomny v MC nebo v PBMC. APC je typicky čerstvě izolovanou ex vivo buňkou nebo kultivovanou buňkou. Může být ve formě buněčné linie, jako je krátkodobá nebo imortalizovaná buněčná linie.
APC může na svém povrchu exprimovat prázdné molekuly MHC třídy I nebo II.
V jednom provedení způsobu podle předkládaného vynálezu může být použito více než jednoho proteinu z patogenu (typicky alespoň 2, 5, 10 nebo více různých proteinů) a/nebo více než jednoho peptidového epitopu z patogenu (typicky alespoň 2, 5, nebo více různých peptidových epitopů). Například, T lymfocyty mohou být vloženy do testu se všemi proteiny nebo peptidovými epitopy (tj. se souborem proteinů nebo peptidů), které je v úmyslu testovat. Alternativně mohou být T lymfocyty rozděleny a umístěny do separátních testů, kde každý test obsahuje jeden nebo více proteinů nebo peptidů, které se testují.
V jednom provedení je protein nebo peptidový epitop poskytnut APC za nepřítomnosti T lymfocytů. Potom se T • · · • toto to tototo • to toto·· • to · ·· · •to ···· • toto • to ··« ·· · ·· · ·· ··· lymfocytům dodá APC, typicky poté, co se jim umožnila prezentace zpracovaného proteinu nebo peptidového epitopu na jejich povrchu. Prezentovaný peptid může být vychytán do APC a prezentován, nebo může být jednoduše zachycen na povrchu APC bez toho, že by vstupoval do nitra APC.
Doba, po kterou je protein nebo peptidový epitop kontaktován s T lymfocyty, je různá podle metody použité pro stanoveni rozpoznáni. Obvykle se do každého testu přidá 10~ to ~ lépe lxlO5 až 5xl05 PBMC. Peptid je typicky použit v testu v koncentraci od 10_1 do ΙΟ3 μς/ιηΐ, výhodně 0,5 až 50 μ9/ιη1 nebo 1 ž 10 μς/πιΐ.
Obvykle je doba, po kterou jsou T lymfocyty inkubovány s proteinem nebo peptidem, od 4 do 72 hodin, výhodně 6 až 48, až 24 nebo 10 až 16 hodin. Při použiti ex vivo PBMC bylo zjištěno, že 0,3xl06 PBMC může být inkubováno s 10 μ9/ιη1 peptidu po dobu 12 hodin při 37°C.
Způsob podle předkládaného vynálezu může být založen na ELISA metodě, jako je Quantiferon systém pro analýzu plné krve (například od Cellestis).
V jednom provedení jsou místo proteinu a/nebo peptidového epitopu použity analogy, které jsou rozpoznávány T lymfocyty, které rozpoznávají protein nebo peptid. Takové analogy mohou být identifikovány rutinními prostředky a jejich schopnost být rozpoznávány relevantními T lymfocyty může být testována za použití jakékoliv vhodné zde uvedené techniky. Pro proteiny bude takové rozpoznávání samozřejmě probíhat po zpracování a prezentaci proteinu a/nebo analogu APC.
• · 9
Analog bude mít obvykle stejné vazebné vlastnosti k proteinu a/nebo peptidu a tak se bude obvykle vázat na stejnou MHC molekulu. Analog se může vázat na protilátky specifické pro protein nebo peptid a tak může inhibovat vazbu proteinu nebo peptidu na takovou protilátku.
Analog je typicky protein nebo peptide.Může mít homologii s ekvivalentním původním proteinem nebo peptidem. Peptid, který je homologní s jiným peptidem, je typicky alespoň ze 70% homologní s peptidem, výhodně alespoň ze 80 nebo 90% a ještě výhodněji alespoň z 95%, 97% nebo 99% homologní s peptidem, například v regionu alespoň 8, výhodně alespoň 15, například alespoň 40, 60 nebo 100 nebo více sousedních aminokyselin. Analog se typicky liší od proteinu nebo peptidu v 1, 2, méně než 6, jako například méně než 12 mutacích (kde každá z nich je substituce (např. konzervativní substituce), delece nebo inserce), například v jakémkoliv výše uvedeném regionu, ve kterém se hodnotí homologie.
Způsoby pro měření homologie proteinů jsou dobře známé v oboru a odborníkům v oboru bude jasné, že v tomto kontextu je homologie vypočtena na základě identity aminokyselin (což je někdy označováno jako hard homology). Například UWGCG Package poskytuje BESTFIT program, který může být použit pro výpočet homologie (například při použití nastavených chybových parametrů) (Devereux et al. (1984) Nucleic Acids Research 12, 387-395).
Analog, kterým je protein nebo peptid, má typicky jakoukoliv aminokyselinovou délku zmíněnou výše pro protein nebo peptid uvedený výše a/nebo může být součástí fúzního proteinu. Typicky jsou aminokyseliny v analogu v pozicích ekvivalentních aminokyselinám v původním proteinu nebo ·* #··· • · β · · · 9
9·· · · • ·9999 9 · ·
9 9 · * ♦ ·· • · · • * « ·· ··· peptidu, které jsou odpovědné stejné nebo se přispívají k vazbě na MHC molekulu nebo které za rozpoznání T lymfocytárním receptorem, jedná o konzervativní substituce.
Konzervativní substituce jsou definovány v následující tabulce. Aminokyseliny ve stejném bloku ve druhém sloupci a výhodně ve stejném řádku ve třetím sloupci mohou být vzájemně substituované:
Alifatické
Aromatické
Nepolární GAP
I L V
Polární-bez náboje C S T M
N Q
Polární-s nábojem D E
K R
H F W Y
Typicky obsahuje analog proteinu nebo peptidu jednu nebo více modifikací, kterými mohou být přirozené post-transiační modifikace nebo artificiální modifikace. Modifikace může poskytnout chemickou skupinu (typicky substitucí vodíku, např. C-H vazby), jako je amino, acetyl, hydroxy nebo halogenová (např. fluorová) skupina nebo karbohydrátovou skupinu. Obvykle je modifikace přítomna na N nebo C konci.
Analogy mohou obsahovat jednu nebo více umělých aminokyselin, například aminokyselin vedlejším řetězcem odlišným od přirozených aminokyselin. Obecně, umělé aminokyseliny mají N-konec a/nebo C-konec. Umělými aminokyselinami mohou být L- nebo D- aminokyseliny. Anaiogy mají obvykle tvar, velikost, flexibilitu nebo elektronovou konfiguraci, která je v podstatě stejná jako u původního
9999 ·· » · * • · · · • ···· 9 ·
9 9
9
99 9 9 9
9 9 999 • » · · · * 9 9 9 9 9
999 99 999 proteinu nebo peptidů. Jedná se typicky o derivát původního proteinu nebo peptidů.
Analog je typicky navržen výpočtem a potom je syntetizován za použití metod známých v oboru. Alternativně může být analog vybrán z knihovny sloučenin. Knihovnou může být kombinatoriální knihovna nebo zobrazovací knihovna, jako je fágová zobrazovací knihovna. Knihovna sloučenin může být exprimována v zobrazovací knihovně ve formě navázané na molekuly MHC třídy I nebo II, jako je MHC molekula, která váže původní peptid. Analogy jsou obecně vybrány z knihovny na základě své schopnosti napodobovat vazebné charakteristiky původního proteinu nebo peptidů. Tak mohou být vybrány podle své schopnosti vazby na T lymfocytární receptor nebo protilátku, které rozpoznávají původní protein nebo peptid.
V jednom provedení jsou T lymfocyty detekovány nikoliv na základě své reakce na substance, ale podle své schopnosti vazby na specifické vazebné činidlo. Typicky činidlo je nebo obsahuje jakýkoliv z proteinů, peptidových epitopů nebo analogů uvedených výše. Činidlo může být značené (například za použití jakéhokoliv detekovatelného značkovacího činidla popsaného výše). Specifické vazebné činidlo může obsahovat MHC molekulu a jedná se výhodně o komplex MHC tetramer-peptid.
Zde uváděný peptide nebo analog může být vyroben za použití standardních syntetických technik, jako je použití automatického syntezátoru. Peptid nebo analog může být vyroben z delšího polypeptidu, například fúzního proteinu, kde tento polypeptid typicky obsahuje sekvence peptidů, a může být získán z polypeptidu například hydrolyzováním polypeptidu, například za použití proteasy; nebo fyzikálním štěpením polypeptidu. Protein může být exprimován rekombinantně.
0000
0 0
0 000 «» 0 • » · • * 0 »
0«
0 0 • ·
V případě, že je způsob podle předkládaného vynálezu prováděn in vivo, může být protein, peptidový epitop a/nebo analog podán jakýmkoliv vhodným způsobem a v jakékoliv vhodné dávce, například ve formě, způsobem nebo v dávce uvedené dále pro terapeutický produkt. Výhodné je podání do kůže.
Vynález také poskytuje způsob pro léčbu jedinců, který zahrnuje použití diagnostického způsobu a podání produktu, který terapeuticky nebo preventivně léčí onemocnění způsobené patogenem jedinci, u kterého byla diagnostikována nedávná infekce patogenem. Tak vynález poskytuje použití produktu při výrobě léčiva pro léčbu jedince, u kterého byla diagnostikována způsobem podle předkládaného vynálezu nedávná infekce patogenem. Typicky je podáno netoxické účinné množství terapeutického činidla.
V případě M. tuberculosis může být terapeutickým činidlem rifampicin, isoniazid, pyrazinamid, ethambutol, streptomycin, kyselina para-amino-salicylová, kanamycin, capreomycin, ethionamid, cykloserin, thiacetazon nebo fluorchinolon (např. ciprofloxacin).
Produkt může být ve formě farmaceutického prostředku, který obsahuje činidlo a farmaceuticky přijatelný nosič nebo ředidlo. Mezi vhodné nosiče nebo ředidla patří izotonické salinické roztoky, například fosfátem pufrovaný salinický roztok. Obvykle je produkt podán parenterálně, intravenosně, intramuskulárně, subkutánně, transdermálně, intradermálně, orálně, intranasálně, inhalačně (do plic), intravaginálně, nebo intrarektálně.
9999 • · • 99·
9
9
999
909 • 9 9 • · · · • 9 9999 • · · ·
9« • 9 •' ·
9 ·
9 • 9
Dávka produktu může být určena podle různých parametrů, zejména podle konkrétního typu činidla; podle věku, hmotnosti a celkového stavu léčeného pacienta; podle způsobu podání; a podle požadovaného režimu. Lékař bude schopen určit dávku a způsob podání vhodný pro konkrétního pacienta. Vhodná dávka může být od 10 μς do 10 g, například od 100 μg do 1 g produktu.
Způsoby pro diagnostiku nebo testování vakcín zahrnující testování ve dvou časových bodech
Předkladatelé vynálezu také pomocí techniky na bázi T lymfocytární detekce (ex vivo ELISPOT) prokázali, že T lymfocyty od jedince infikovaného patogenem reagují s antigenem antigen z patogenu ve 3 měsíci od infekce, ale již nereagují s antigenem v 6 měsíci od infekce. Jestliže přítomnost efektorových T lymfocytů ukazuje na přítomnost infekce patogenem, pak toto ukazuje, že jedinci eliminovali infekci, která byla dříve detekována. Toto hodnocení dynamiky reakce T lymfocytů během infekce a eliminace infekce ukazuje na potřebu stanovení v dalším časovém bodě, které může zabránit léčbě u jedinců, kteří sami eliminují infekci.
V souladu s tím vynález poskytuje způsob pro diagnostikování jedince, který eliminoval infekci patogenem, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z patogenu v prvním a druhém časovém bodě po infekci patogenem, kde zjištění, že T lymfocyty rozpoznávají antigen v prvním časovém bodě a nikoliv ve druhém časovém bodě ukazuje, že jedinec eliminoval infekci.
Infekce může být eliminována přirozeným způsobem imunitní reakcí jedince, ale může být také eliminována farmakologicky za použití produktu, který léčí infekci.
Dále předkladatelé vynálezu identifikovali jedince, jejichž T lymfocyty nereagují ve 3. měsíci po infekci, ale reagují v 6. měsíci po infekci. U těchto jedinců se rozvíjí pomalejší slabší reakce na infekci. Je proto u nich menší pravděpodobnost, že budou kontrolovat infekci a s větší pravděpodobností budou progredovat k aktivnímu onemocnění. Je proto žádoucí identifikovat tuto skupinu jedinců za účelem léčby.
V souladu s tím vynález poskytuje způsob pro diagnostikování jedince, u kterého je více pravděpodobná progrese k aktivnímu onemocnění po infekci patogenem, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z patogenů v prvním a následném druhém časovém bodě po expozici patogenů, kde zjištění, že T lymfocyty nerozpoznávají antigen v prvním časovém bodě, ale rozpoznávají antigen ve druhém časovém bodě, ukazuje na to, že u jedince je větší pravděpodobnost progrese k aktivnímu onemocnění.
Objev může být také použit ve způsobu pro diagnostikování jedince, u něhož se rozvíjí slabší odpověď na vakcínu nebo skupinu, která indukuje buněčnou reakci po expozici vakcíně nebo skupině, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty od jedince rozpoznávají antigen z vakcíny nebo skupiny v prvním a následném druhém časovém bodě po expozici, kde zjištění, že T lymfocyty nerozpoznávají antigen v prvním časovém bodě, ale rozpoznávají antigen ve druhém časovém bodě ukazuje na to, že se u jedince rozvíjí slabší reakce na vakcínu nebo skupinu.
Další testování v následném časovém bodě může být také použito pro testování účinnosti vakcíny. V souladu s tím vynález poskytuje způsob pro testování účinnosti vakcíny, která byla podána jedinci, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z patogenu v prvním a následném druhém časovém bodě po infekci patogenem, kde zjištění, že T lymfocyty rozpoznávají antigen v prvním časovém bodě a ne ve druhém časovém bodě ukazuje na to, že antigen vakcíny byl eliminován a nepersistuje.
Pokud se zjistí, že vakcína má nízkou účinnost (tj. byla eliminována), tak může jedinec potřebovat další nebo zvýšenou dávku vakcíny nebo může potřebovat vakcinaci alternativní vakcínou. Tak může být vakcína podána jedinci znovu, volitelně ve zvýšené dávce. Alternativně může být aplikována jiná vakcína (například vakcína obsahující jiné antigeny/proteiny).
Ve výše uvedených způsobech jsou první časový bod a druhý časový bod obvykle separovány přibližně 2 až 16 týdny, jako například 4 až 12 týdny. První časový bod může být 8 až 16 týdnů (výhodně přibližně 12 týdnů) po infekci a/nebo může být druhý časový bod přibližně 18 až 48 týdnů (výhodně přibližně 24 týdnů) po infekci.
Jedinci, u kterých je diagnostika prováděna, mohou být jakýkoliv jedinci, kteří zde byly uvedeni, ale výhodně se jedná o lidí. Uvedené stanovení rozpoznávání T lymfocytů může být provedeno jakoukoliv vhodnou metodou, jako je jakákoliv zde popsaná vhodná metoda. Antigenem může být jakýkoliv antigen, který je rozpoznáván T lymfocyty (jako je jakýkoliv zde uvedený typ T lymfocytů) a tak jím může být jakýkoliv z uvedených proteinů nebo peptidových epitopů. Ve stanovení φ · Φ ·· · ······ • φφ φφφφ φφφ • ··· · φ · φ φφφφ φ φ φφφφ φφφ Φ··· · mohou být použity analogy antigenu, jako například jakýkoliv uvedený typ analogu nebo specifický analog.
Typicky je patogenem intracelulární patogen, jako je jakýkoliv z patogenů uvedených výše, například HPV, HIV, S1V, HCV, druh Chlamydia, HBV, EBV, CMV, VZV, HSV, Legionella, S. typhi, P. falciparum, Leishmaniasis, M. leprae, chřipkový virus, Coxsackie virus, druh Toxopiasma, druh Brucella, druh Cryptococcus, druh Candida nebo druh Aspergillus. Výhodně je patogenem M. tuberculosis.
Jak bylo uvedeno výše, rozpoznání antigenu nebo analogu může být provedeno za použití jakékoliv vhodné metody, ale výhodně je stanoveno určením sekrece cytokinů T lymfocyty, například sekrece IFN-(.
Výše uvedený způsob, který zahrnuje stanovení T lymfocytárního rozpoznávání ve dvou časových bodech, může být použit pro diagnostikování jedinců, u nichž je nejvyšší pravděpodobnost progrese k aktivnímu onemocnění. Vynález poskytuje způsob pro léčbu jedince, u kterého byla provedena diagnostika tohoto rizika, kde uvedený způsob zahrnuje podání produktu, který preventivně nebo terapeuticky léčí onemocnění způsobené patogenem, takovému jedinci.
Výhodně je patogenem M. tuberculosis a/nebo činidlem je rifampicin, isoniazid, pyrazinamid, ethambutol, streptomycin, kyselina para-amino-salicylová, kanamycin, capreomycin, ethionamid, cykloserin, thiacetazon nebo fluorchinolon, nebo analog takového činidla.
Předkladatelé vynálezu také identifikovali jedince, kteří byli pozitivní pouze při testu s celým mykobakterálním » · 4 • ·
4 4
44444 4
4444
4 4 4 4 4 antigenem a kteří byli negativní při testování s peptidem, a kteří byli negativní (na antigen a peptid) v následném časovém bodě. Tak reakce T lymfocytů na antigen určuje pouze to, zda jedinec eliminuje infekci. Toto ukazuje, že je výhodné kombinovat první aspekt předkládaného vynálezu (testování s proteinem a peptidem) a druhý aspekt předkládaného vynálezu (testování ve dvou časových bodech) pro identifikaci jedinců, kteří byli nedávno infikováni, ale kteří eliminovali infekci.
Tak v jednom provedení vynález poskytuje způsob pro diagnostikování jedinců, kteří byli v nedávné době infikováni mykobakteriem a u kterých je pravděpodobné, že eliminovali infekci způsobenou mykobakteriem, kde uvedený způsob zahrnuje (i) in vitro stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají protein z uvedeného činidla mající délku alespoň 30 aminokyselin ve větší míře než jeden nebo více peptidových epitopů z činidla, kde větší míra rozpoznávání proteinu ukazuje na to, že jedinec byl v nedávné době infikován činidlem; a (ii) stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z mykobakteria ve druhém časovém bodě, kde větší míra rozpoznávání proteinu v (i) a zjištění, že T lymfocyty nerozpoznávají antigen ve druhém časovém bodě ukazuje, že jedinec byl v nedávné době infikován mykobakteriem a eliminoval mykobakteriální infekci.
Způsoby diagnostiky nebo monitorování před nebo během imunosupresivní terapie
Předkladatelé vynálezu také zjistili, že detekce latentní mykobakterální infekce, a tím možnosti vzniku aktivní tuberkulosy, u jedinců na imunosupresivní terapii, může btý stanovena za použití testů na bázi T lymfocytů podle předkládaného vynálezu.
··· ·· · ······ ··· · · · · * · · • · · · · · · · » · ·· • · ···· · · · · · · · · ··· · · · ·· · • · · ·· ··♦ · · ···
V souladu s tím vynález poskytuje způsob diagnostikování vyššího rizika vzniku aktivní tuberkulosy a latentní mykobakterální infekce u jedince na nebo před zahájením imunosupresivní terapie, kde uvedený způsob zahrnuje detekování toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají mykobakterální antigen či nikoliv, kde rozpoznávání mykobakterálního antigenu T lymfocyty ukazuje na vyšší riziko vzniku aktivní tuberkulosy a na latentní mykobakterální infekci.
Dále vynález poskytuje způsob monitorování vyššího rizika vzniku aktivní tuberkulosy a latentní mykobakterální infekce u jedince na imunosupresivní terapii, kde uvedený způsob zahrnuje detekování toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají mykobakterální antigen či nikoliv, kde rozpoznávání mykobakterálního antigenu T lymfocyty ukazuje na vyšší riziko vzniku aktivní tuberkulosy a na latentní mykobakterální infekci.
Jedinci, u kterých je prováděna diagnostika nebo monitorování, mohou být jakýkoliv jedinci uvedení výše, ale výhodně jsou jimi lidé.
Imunosupresivní terapií v těchto metodách může být podání anti-TNF-V činidla. Takové činidlo obvykle působí proti TNF-V. V jednom provedení se antí-TNF-V činidlo váže na TNF-V. Alternativně může anti-TNF V činidlo působit na TNF-V receptorů, a v jednom provedení se váže na TNF V receptor. Ve výhodném provedení anti-TNF-V činidlem je, nebo toto činidlo obsahuje, protilátku nebo fragment protilátky, který se váže na TNF-V. Takovým činidlem může být lidská nebo myší protilátka nebo chimérická protilátka, která obsahuje sekvenci lidské protilátky. Ve výhodném provedení je protilátkou lidská-myší chimérická protilátka. Ve značně výhodném provedení je protilátkou infliximab (remicade) nebo humira. Anti-TNF-V činidlem může být, nebo může toto činidlo obsahovat, TNF-V receptor nebo fragment takového receptorů, například etanercept.
Imunosupresivní terapie může zahrnovat podání antimethotrexatu, azathioprinu, kortikosteroidů nebo mykofenolátmofetilu. Jedinci mohou dále užívat inhibitory clacineurinu, jako je cyklosporin nebo tacrolimus. Jedinci mohou užívat funkční analogy methotrexátu, azathioprinu, kortikosteroidů, mykofenolát-mofetilu, cyklosporinu nebo tacrolimu, které mají imunosupresivní účinky.
Uvedené stanovení T lymfocytárního rozpoznávání může být provedeno za použití jakékoliv vhodné metody, jako je jakákoliv zde uvedená vhodná metoda. Mykobakteríem může být jakékoliv zde uvedené mykobakterium, ale výhodně se jedná o M. tuberculosis. Antigenem může být jakýkoliv antigen, který je rozpoznáván T lymfocyty (jako je jakýkoliv zde uvedený T lymfocyt) a může se jednat o jakýkoliv ze zde uvedených proteinů nebo peptidových epitopů. Analogy antigenu mohou být použity v uvedeném stanovení, například jakýkoliv zde uvedený typ analogů nebo jakýkoliv konkrétní analog.
Vynález také poskytuje kit pro provádění výše uvedených způsobů pro diagnostikování/monitorování vyššího rizika vzniku mykobakterálního onemocnění/infekce, stejně jako způsob pro léčbu jedinců, kteří jsou identifikováni jako jedinci s vyšším rizikem mykobakterálního onemocnění/infekce.
·· • · · · · • · · « · · • ······· · • · · · · • · · · ·
Způsob pro detekování vyššího rizika vzniku mykobakterálního onemocnění
Vynález poskytuje způsob pro detekování vyššího rizika vzniku aktivního mykobakterálního onemocnění u jedince, který nemá žádné příznaky mykobakterálního onemocnění, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda má jedinec vyšší hladiny T lymfocytů, které rozpoznávají mykobakterální antigen, což určuje, zda je jedinec rizikový z hlediska vzniku aktivního mykobakterálního onemocnění.
Jedinci, kteří jsou testováni, mohou být jakýkoliv výše uvedení jedinci, ale výhodně se jedná o lidi. Stanovení hladin T lymfocytů může být provedeno za použití jakékoliv vhodné metody, jako je jakákoliv ze zde popsaných metod.
Mykobakteriem může být jakékoliv zde uvedené mykobakterium, ale výhodně se jedná o M. tuberculosis. Antigenem může být jakýkoliv mykobakteriální antigen, který je rozpoznáván T lymfocyty (jako je jakýkoliv zde uvedený T lymfocyt) a může se jednat o jakýkoliv ze zde uvedených proteinů nebo peptidových epitopů. Analogy antigenů mohou být použity v uvedeném stanovení, například jakýkoliv zde uvedený typ analogů nebo jakýkoliv konkrétní analog.
Jedinci mohou být vybráni jako jedinci rizikový z hlediska vzniku onemocnění tehdy, když hladina (frekvence) T-lymfocytů specifických pro mykobakterální antigen u jedince je alespoň
5-krát vyšší, například alespoň 8-krát nebo alespoň 10-krát vyšší než v předchozím časovém bodě u stejného jedince (obvykle v předchozím časovém bodě, kdy byl jedinec již latentně infikován a asymptomatický). Takové zvýšení hladin takových T-lymfocytů může být zvýšení o přibližně alespoň 80 • « • · · · · · · na milion mononukleárních buněk periferní krve, například alespoň 100 na milion, 150 na milion nebo 200 na milion.
Toto je jedno provedení, ve kterém jsou hladiny T lymfocytů stanoveny v alespoň dvou časových bodech. První časový bod předchází výše uvedenému stanovení zvýšení hladin T-lymfocytů a je určeno, že stanovení ve druhém časovém bodě by mělo být separováno od prvního časového bodu přibližně 3 až 104 týdny, například 8 až 52 týdny nebo 15 až 30 týdny.
Jedincům identifikovaným způsobem podle předkládaného vynálezu jako rizikový z hlediska rozvoje onemocnění může být podána vhodná terapie, jako je podání anti-mykobakterálního činidla. Jedinci identifikovaní způsobem podle předkládaného vynálezu jako rizikový z hlediska rozvoje onemocnění mohou být testováni jinými diagnostickými testy na aktivní mykobakterální onemocnění, například pomocí radiologických vyšetření (a potom mohou být vhodným způsobem léčeni na aktivní onemocnění).
Vynález dále poskytuje kit pro provádění způsobu podle předkládaného vynálezu, stejně jako způsob pro léčbu jedinců, kteří byli identifikováni jako jedinci rizikový z hlediska vzniku mykobakterálního onemocnění.
Sekvence ESAT-6:
MTEQQWNFAGIEAAASAIQGNVTSIHSLLDEGKQSLTKL AAAWGGSGSEAYQGVQQKWDATATELNNALQNLARTI SEAGQAMASTE GNVTGMFA
Sekvence CFP-10:
• · · ·
MAEMKTDAATLA QEAGNF ERIS GD LKTQ IDQ VES TAG SL QGQWRGAAGTAAQAAVVRFQEAANKQKQELDEIS TNIR QAGVQYSRADEEQQQAL S SQMGF
Příklady provedení vynálezu
Vynález bude dále dokreslen následujícími příklady.
Příklad 1
Metody
Ex vivo ELISPOT testy
ELISPOT testy byly provedeny 2-4 hodiny po venepunkci.
Vzorky byly testovány dvěma odborníky bez znalosti personálních identifikačních kódů či TST výsledků.
Mononukleární buňky periferní krve (PBMC) se separovaly z heparinízované krve za použití standardního odstředění podle hustoty a promyly se v RPMI. PBMC se počítaly v automatickém čítači buněk pod mikroskopem, resuspendovaly se v kompletním mediu (R10) a umístily se v hustotě 2,5 χ 105 buněk na jamku do ELISPOT ploten předem potažených záchytnou antiIFN-γ monoklonální protilátkou (mAb) (Mabtech, Stockholm, Sweden) a pre-blokovaly se pomocí R10.
Duplikované jamky neobsahovaly žádný antigen (negativní kontrola) nebo obsahovaly phytohemagglutinin (pozitivní kontrola) (ICN Biomedicals, OH, USA), rekombinantní ESAT-6 (rESAT-6) nebo jeden z 12 různých peptidových souborů získaných z ESAT-6 a CFP 10. testy se provedly inkubací přes noc při 37 °C, 5% CO2, a plotny se vyvíjely další ráno promytím • · · ·* · ······ • · · · · · 9 ·«· • ··· · · · · · · ·· • ······· · · · · · · • · · ·· · · · · · · · · ploten fosfátem pufrovaným salinickým roztokem s 0,05% Tween20 (Sigma, MO, USA), provedla se inkubace po dobu 90 minut s detekční anti-IFN-γ mAb prekonjugovanou s alkalickou fosfatasou (Mabtech), potom se zopakovalo promytí a 15 minutová inkubace s BCIP/NBTPLUS chromogenním substrátem (Moss lne, MD, USA). Plotny se po promytí vodou sušily vzduchem.
Plotny se skórovaly v automatické ELISPOT čtečce se stejným nastavením pro všechny vzorky. Testovací jamky se skórovaly jako pozitivní, pokud obsahovaly alespoň o 5 buněk vytvářejících skvrny (SFC) více než byl průměr negativních kontrolních jamek a pokud byl tento počet alespoň dvakrát vyšší než průměr negativních kontrolních jamek. Pro peptídové soubory byla pozitivní reakce definována jako reakce na soubory v obou sestavách, protože každá sestava obsahovala kompletní sadu peptidů. Pozitivní reakce na soubory peptidů odvozených z ESAT-β, soubory peptidů odvozených z CFP 10 nebo rESAT-β se považovala za pozitivní ELISPOT test.
Peptidy
Jak bylo popsáno výše, 17 peptidů pokrývajících délku ESAT6 molekuly a 18 peptidů pokrývajících délku CFP 10 molekuly bylo zakoupeno komerčního dodavatele (Research Genetics, AL, USA). Každý peptid měl délku 15 aminokyselin a překrýval se se sousedním peptidem v délce 10 zbytků; čistota byla >70%. Peptidy byly uspořádány do 12 souborů obsahujících 2 sestavy 6 souborů, kde každá sestava obsahovala všech 35 peptidů ze dvou molekul v různých kombinacích, což znamená, že každý peptid byl testován čtyřikrát.
Výsledky • · · ·
124 jedinců z Italských nemocnic s nedávnou (před 11 týdny) expozicí (a tím rizikem infekce) M. tuberculosis se testovalo za použití ELISPOT testu popsaného výše. Za použití peptidů a celých antigenů pro ESAT-6 a CFP-10 bylo pouze 10 (8%) z nich shledáno pozitivními pomocí tuberkulinového kožního testu, zatímco 34 (27%) bylo pozitivních při použití ELISPOT, což ukazuje, že ELISPOT detekuje infekci dříve po expozici. Ze 124 jedinců bylo 35 pracovníků ve zdravotnictví (HCW) a z těchto bylo několik vystaveno v minulosti M. tuberculosis, a 89 byly matky a jejich 11-měsíční děti, kdy žádná matka ani žádné dítě nebyly v minulosti v kontaktu s M.tuberculosis. Z 18 HCW, kteří reagovali na ELISPOT, reagovalo pouze 11 (61%) na celý antigen. Ze 16 matek a dětí, které reagovaly, reagovalo 14 (87,5%) na celý antigen ve větší míře než na soubory peptidů. V tomto případě 16 matek a dětí reagovalo pouze na celý antigen a nereagovaly na soubory peptidů.
Naopak, ve studii provedené na 545 dětech při epidemii M. tuberculosis na UK středních školách, kde byly děti v kontaktu s M. tuberculosis 4 až 12 měsíců před testováním pomocí ELISPOT, 133 dětí reagovalo na celý ESAT-6 nebo peptidy z ESAT-6, a z těchto pouze 13 (9,8%) reagovalo pouze na ESAT-6 (ve srovnání s výše uvedenými 61% a 87,5% v Italské studii). Toto odráží skutečnost, že děti v UK škole byly exponovány mnohem dříve než jedinci v Italské studii. Proto může být detekce vyšší reakce na celý antigen než na peptidy použita ke stanovení nedávné expozici patogenu.
Příklad 2
Výsledky dvoustupňového testování (dva testy ELISPOT formátu) ve 3 a 6 měsíci po expozici M. tuberculosis • · · · ♦ * · ·· · · · • · · · · · · · · » • · e · · · · · · · ·
Test na bázi T lymfocytárního rozpoznávání (ex vivo ELISPOT) se použil pro hodnocení dynamiky časné infekce na úrovni T lymfocytů (místo ukazatelů infekce/onemocnění na bázi příznaků). Detekovatelná přítomnost efektorových T lymfocytů u jedince se považuje za ukazatel toho, že je hostitel aktuálně infikován patogenem.
Dárci bylo 108 matek a dětí z Italské studie popsané výše. Bylo zjištěno, že 61 jedinců, kteří měli negativní výsledek v ELISPOT testu ve 3 měsíci, mělo negativní výsledek také v 6 měsíci. 15 jedinců, kteří měli pozitivní výsledkem ve 3 měsíci, mělo pozitivní výsledek též v 6 měsíci. 13 jedinců, kteří měli negativní výsledek ve 3 měsíci, mělo pozitivní výsledek v 6 měsíci, a 19 jedinců, kteří měli pozitivní výsledek ve 3 měsíci, mělo negativní výsledek v 6 měsíci. Tak byly pomocí testování T lymfocytů od jedinců ve dvou časových bodech po expozici identifikovány dvě významné skupiny j edinců.
Za prvé, 19 jedinců s pozitivním výsledkem testu v prvním časovém bodě a negativním výsledkem testu ve druhém časovém bodě jsou jedinci, kteří byli nejprve infikováni a potom eliminovali infekci. Tito jedinci nepotřebují léčbu. Toto ilustruje důležitost následného testování po prvotním pozitivním testování, když je použito diagnostiky infekce na bázi T lymfocytů. Je zajímavé, že všech 19 těchto jedinců mělo pozitivní test pouze na antigen a ne na peptidy, což naznačuje, že jedinci s pozitivním výsledkem v ELISPOT testu při použití proteinového antigenu a zároveň negativní v ELISPOT testu při použití peptidu jsou jedinci, u kterých je pravděpodobnější, že eliminují infekci. Toto dokresluje důležitost identifikování takových jedinců (a pravděpodobně
0000 • 0 · ·· · ·· • · 0 0 0 0 0 ···
0 0 0 00 0 0« 000 · · ···· 0 0 0 · · 0 0 ·
000 000000 · ·· 000 0· 000 jejich testování v dalších časových bodech) pro stanovení toho, zda potřebují léčbu, či nikoliv.
Za druhé, 13 jedinců s negativním výsledkem v prvním časovém bodě a pozitivním výsledkem ve druhém časovém bodě jsou jedinci, u kterých se rozvíjí pomalejší (slabší) T lymfocytární reakce. U takových jedinců se slabší reakcí je více pravděpodobné, že nedokáží kontrolovat infekci a proto u nich dojde k rozvoji aktivního onemocnění. Tak může být diagnostický test prováděný ve dvou časových bodech na bázi T lymfocytů použit pro identifikování jedinců, u kterých je pravděpodobnější progrese k aktivnímu onemocnění. Je jasné, že je žádoucí vybrat tyto jedince pro terapii. Tento objev může být také použit pro identifikování jedinců, u kterých se rozvíjí pomalejší reakce na vakcínu nebo na jiné skupiny, které indukují buněčnou reakci.
Příklad 3
Časná diagnostika subklinické mykobakterální infekce u imunosuprimovaného jedince
Ex vivo enzymově vázaný ,immunospot' test na interferongamma (ELISPOT) detekuje T lymfocyty, které jsou specifické pro antigeny exprimované M. tuberculosis, ale které nejsou přítomné u M bovis BCG. U nedávných kontaktů s tuberkulosou (TB) test významně přesněji koreluje s expozicí M tuberculosis než TST, a, oproti TST, není závislý na BCG vakcinačním stavu. Tak se jeví jako více sensitivní a specifický než TST v detekci infekce M. tuberculosis. Toto je první klinická aplikace tohoto testu na obtížný a častý klinický problém: hodnocení nedávného TB kontaktu při imunosupresivní terapii.
• φ φ φ • φ φ φ « * · · φ • · φφφφ φ · • ·
24-letá ilegální imigrantka z Moldávie porodila v Universitní nemocnici v Modeně, Modena, Italy, zdravé dítě. Protože nebyla astenická a nekašlala,. odložil se rentgen hrudníku na týden po porodu. Rentgenové vyšetření plic a počítačová tomografie s vysokým rozlišením (HRCT) plic ukazovaly na aktivní plicní TB, a když byla informována o pravděpodobné diagnose, sdělila svou kompletní anamnesu. Tehdy vyšlo najevo, že teploty a kašel přetrvávají po dobu 4 měsíců, ale obavy pramenící z postavení ilegálního imigranta jí bránily vyhledat lékařskou pomoc dříve. Před 10 lety v Moldávii byla léčena pro plicní TB 2 nespecifikovanými orálními léky po dobu přibližně 2 měsíců. Tři vzorky sputa byly silně pozitivní (3+) na acidofilní bacily při ZiehlNeelsen (ZN) barvení a HIV sérologie byla negativní. Byla zahájena standardní anti-TB 4-kombinovaná terapie. Za tři týdny byl ve vzorcích sputa vykultivován M tuberculosis komplex resistentní na isoniazid a rifampin. Terapie byla proto změněna na kombinaci 5 léků (pyrazinamid, moxifloxacin, ethambutol, streptomycin a klofazimin), což vedlo k progresivnímu klinickému zlepšení. Trvání příznaků naznačovalo, že pacientka byla infekční po dobu 4 měsíců; vyšetření jejích kontaktů bylo proto prioritou.
Nejvíce exponovaným kontaktem byl její 41-letý manžel. Byl dlouhodobě na imunosupresivní terapii pro inaktivní Crohnovu nemoc s udržovací dávkou azathioprinu (150 mg/den). Neměl žádné příznaky a jeho fyzikální vyšetření bylo normální.
V důsledku terapie azathioprinem bylo provedeno vyšetření krevního obrazu a diferenciálu a toto vyšetření bylo v normě. Vzhledem k úzkému domácímu kontaktu byl manžel považován za vysoce rizikového z hlediska infekce M tuberculosis s mnohotnou lékovou resistencí (MDR); pokud by byl infikován, bylo by u něj značné riziko progrese k aktivní MDR TB,
9999
9 99
9 9 99 99
9999 99 9 99 999 · · 9999 999 9999 9
-3 ' 999 999 999
9 99 999 99 999 v důsledku jeho imunosupresivní terapie. Limity TST však vytvářejí závažné překážky v diagnostice tohoto pacienta. Konkrétně, TST je často falešně negativní (špatně sensitivní) u jedinců s imunosupresivní medikací, s HIV infekcí nebo s některými chronickými onemocněními (např. chronickým renálním selháním), tj. přesně u těch lidí, kteří mají největší riziko progrese do aktivní tuberkulosy. Časná identifikace infekce MDR M tuberculosis je zejména významná, protože aktivní, symptomatičtí nosiči MDR TB mají nejvyšší mortalitu. Manžel byl proto pozván k provedení vyšetření pomocí ELISPOT a zároveň TST.
TST bylo provedeno Mantouxovou metodou za použití 5 IU proteinového přečištěného derivátu (PPD) (Biocine, Chiron Italy). Příčný průměr kožní indurace se měřil pravítkem a měření se provedlo 72 hodin po naočkování, s 5 mm jako hranicí pozitivního testu. Bezprostředně po aplikaci TST se odebral vzorek krve a provedl se ELISPOT test, popsaným způsobem, za použití antigenů vysoce specifických M tuberculosis komplex. Použitými antígeny byly rekombinantní časný sekreční antigenní skupina-6 (ESAT-6), rekombinantní protein filtrátu z kultury 10 (CFP 10), a peptidové soubory odvozené z těchto antigenů.
TST indurace byla 4 mm a proto se jevila jako negativní, zatímco výsledky ELISPOT testu byly pozitivní. V důsledku pozitivních výsledků v ELISPOT testu byla u manžela provedeno RTG plic a HROT plic. RTG plic ukázal špatně definované nespecifické zastínění na periferii horního pole pravé plíce a HROT hrudníku ukázalo několik malých lokusů konsolidace, kde jedna byla s velmi časnou kavitací. Provedla se fibro-optická bronchoskopie s bronchoalveolární laváží (BAL) v předním segmentu pravého horního laloku. Tekutina z laváže ukázala acidofilní bacily při ZN barvení a pacientovi byla proto * ·
4 4
4 4 4
4 4 4 4 4
4444 • 4 4 444
444 naordinována stejné kombinace 5 léků, jako jeho manželce, na základě předpokládané diagnosy MDR-TB. M tuberculosis komplex se izoloval z kultivace BAL kapaliny o 5 týdnů později. Charakter lékové resistence byl stejný jako v izolátu od jeho ženy a molekulární typizace kmenu (DNA fingerprinting), pomocí analýzy polymorfismu délky IS6110 restrikčního fragmentu, prokázala, že izolát je identický jako u jeho manželky.
Klinické použití tohoto nového testu na bázi T lymfocytů v hodnocení nedávného TB kontaktu vedlo k časné diagnose a k promptní léčbě subklinické, aktivní plicní MDR TB u asymptomatického jedince s negativním kožním testem. Stejně jako měla přímý přínos časná diagnostika u manžela, zabrání taková diagnostika sekundárnímu přenosu tohoto MDR M tuberculosis v komunitě. Příčinou, proč byl ELISPOT test schopen detekovat přítomnost časné subklinické MDR TB, zatímco TST ne, může být to, že ELISPOT test může být méně citlivý na falešně negativní výsledky u iatrogenně imunosuprimovaných jedinců. Velký a stále se zvyšující počet pacientů je na medikaci, která má slabý až středně silný imunosupresivní účinek a, stejně jako u popsaného případu, mnoho z těchto pacientů má narušenou oddálenou hypersensitivní reakci a falešně negativní TST. Kromě toho jsou to právě tito imunosuprimovaní pacienti, u kterých se s větší pravděpodobností rozvinou závažné a diseminované formy TB. Vyhledávání asymptomatické infekce M tuberculosis je zejména důležité u pacientů s autoimunními a inflamatorními nemocemi, kteří jsou kandidáty na terapii anti-TNF-α činidly (jako je např. Infliximab). Významným nežádoucím účinkem této účinné nové třídy činidel je reaktivace TB u latentně infikovaných jedinců, ale diagnostika latentní infekce M tuberculosis pomocí TST je u těchto pacientů zejména obtížná, protože většina z nich již užívá imunosupresivní léčiva.
•» · ·♦ ft »·»··» • · · · · · 9 9 9 9
9999 99 9 99 999
OQ 9 · »··· »· · 9 9 9 9 9
J7 9 9 9 999 99 9 · 99 999 99 999
Prokázali jsme, že tento nový test na bázi T lymfocytů detekuje časnou, aktivní MDR TB za nepřítomnosti příznaků a za negativního TST. Náš popis poprvé demonstruje klinickou použitelnost testování krve v diagnostice infekce M tuberculosis a ukazuje potenciál ELISPOT testu pro zlepšení klinických výsledků. Na základě těchto výsledků je nyní ELISPOT používán pro vyšetřování všech nemocničních kontaktů popsaného případu, aby se zabránilo nosokomiálnímu šíření MDR TB.
Příklad 4
Vyšetřování pacientů s revmatoidní artritidou na imunosupresivní terapii v době zahájení terapie přípravkem Infliximab
Thl cytokin Tumour Necrosis Factor a (TNF-a) je klíčovým cytokinem imunity a zánětu. Monoklonální protilátky, které neutralizují TNF, a léky, které blokují jeho receptor, jsou důležitou novou třídou léků pro léčbu chronických autoimunních onemocnění, které jsou resistentní na jinou medikaci. Mezi taková onemocnění patří revmatoidní arthritida (RA), Crohnova nemoc (CD), ankylosující spondylitis (AS) a seznam onemocnění, u kterých mají tyto léky klinické použití, se rozšiřuje a nyní zahrnuje seronegativní spodyloarthropatie a sarkoidosu. Prvním anti-TNF léčivem v klinické praxi byl Infliximab, humanizovaná anti-TNF monoklonální protilátka. Toto je první léčivo, se kterým je nejvíce klinických zkušeností, i z hlediska nežádoucích účinků.
Infliximab je bezpečný a dobře tolerovaný a hlavním nežádoucím účinkem je reaktivace latentní tuberkulosní (TB) infekce (LTBI). 90% lidí s LTBI je celoživotně zdrávo; pouze u 10% se rozvine aktivní TB. Terapie Infliximabem však ·* · • « ·
9 9 • · • 9
9 »·»*
9 9 · · · · • · ··*· · · • · · · ·· · • · · · • * ·
Φ · 999 mnohonásobně zvyšuje toto riziko a u většiny pacientů s LTBI, kteří zahájí léčbu Infliximabem, se rozvine aktivní TB během 17 týdnů od zahájení terapie. Reaktivaci TB může být zabráněno preventivní anti-TB terapií (preventivní terapie isoniazedem) po dobu 6 měsíců. Lékařům předepisujícím Infliximab proto výrobce doporučuje vyšetřit pacienty na LTBI před zahájením terapie.
Problém spočívá v identifikaci nemocných, kteří skutečně mají LTBI. Do nedávné doby byl jedinou metodou pro diagnostiku LTBI sto let starý tuberkulinový kožní test (TST). TST má určité významné nevýhody, včetně nízké specificity (zejména v důsledku zkřížené reaktivity s M bovis BCG a mykobakteriemi prostředí) a nízké sensitivity (ve skutečnosti neexistuje žádný zlatý standard pro diagnostiku LTBI). Hlavní problémy, před kterými stojí lékař, který chce zahájit léčbu přípravkem Infliximab, jsou proto:
? Falešně negativní výsledky TST (způsobené probíhající imunosupresivní terapií nebo onemocněním samotným). Falešně negativní výsledky znamenají, že pacient s LTBI nebude diagnostikován, zahájí léčbu Infliximabem a rozvine se u něj aktivní TB;
? Falešně pozitivní výsledky TST (způsobené předchozí BCGvakcinací). Falešně pozitivní výsledky znamenají, že mnohým pacientů potřebujícím léčbu Infliximabem nebude tato léčba nasazena z obavy před reaktivací TB, ačkoliv ve skutečnosti nemají LTBI. Toto je obvyklý problém, protože větišna populace v Evropě a ve světě je vakcinována BCG.
ELISPOT test se použil k vyšetření 10 pacientů s revmatoidní artritidou před zahájením terapie Infliximabem.
9 9 9 • · · 9 9 · 9 9 • 9» 9999 9·· • ·· · 99 9 99999
Λ1 · ····· 999 9999 9
T I 999 999 99 9
9 · 99 999 9999·
I přesto, že již byli léčení imunosupresivní terapií (včetně methotrexátu, azathioprinu, kortikosteroidů) , měli tito pacienti stále ještě snadno detekovatelné IFN-y-secernující T lymfocyty specifické ke kontrolním antigenům v ELISPOT testu. Jeden z těchto pacientů měl pozitivní anamnesu expozice TB v domácnosti. Tato pacientka byla pozitivní na TB infekci podle ELISPOT, ale negativní podle TST. Její LTBI by proto nebyla zachycena při použití TST samotného, ale byla detekována pomocí ELISPOT. Kromě toho byla 10 týdnů po zahájení terapie Infliximabem stále ještě ELISPOT pozitivní, což naznačuje, že ELISPOT může být použit pro detekci LTBI i po zahájení TNFblokády.
Příklad 5
Stanovení frekvence efektorových T lymfocytů jako prediktoru rozvoje tuberkulosy
ELISPOT test se použil pro stanovení změn ve frekvenci efektorových T lymfocytů u pacienta, který progredoval z asymptomatické latentní tuberkulosní infekce do aktivní tuberkulosy. K rozvoji příznaků došlo v 8. měsíci po zahájení studie a léčba onemocnění byla zahájena v 10. měsíci. Diagnosa onemocnění byla potvrzena kultivací mykobakterií. Výsledky jsou uvedeny níže.
| Čas (měsíce) | Frekvence efektorových T lymfocytů (SFU na 106 buněk) |
| 0 | 40 |
| 6 | 564 |
| 12 | 216 |
SFU - jednotky vytvářející skvrny
Výše uvedená data ukazují, že dochází k výraznému zvýšení frekvence efektorových T lymfocytů (v 6. měsíci) před rozvojem příznaků onemocnění (8. měsíc). Zvýšení frekvence efektorových T lymfocytů pravděpodobně odráží zvýšení počtu bacilů (tj. zvýšení množství antigenu). Ačkoliv zvýšení počtu bacilů vede ke zvýšení počtu efektorových T-lymfocytů nezpůsobuje takové množství tkáňové patologie, aby se příznaky rozvinuly před 8. měsícem. Proto může být detekce efektorových T-lymfocytů (například za použití ELISPOT) použita jako prediktor rozvoje aktivní tuberkulosy.
| Seznam | sekvencí |
| <110> | ISIS INNOVATION LIMITED |
| <120> | Diagnostický způsob |
| <130> | N.86130A JCI |
| <140> | PCT/GB03/002936 |
| <141> | 2003-07-07 |
| <150> | GB 0215710.5 |
| <151> | 2002-07-05 |
| <160> | 37 |
| <170> | Patentln version 3.1 |
| <210> | 1 |
| <211> | 15 |
| <212> | PRT |
| <213> | Mycobacterium tuberculosis |
| <400> | 1 |
Met Thr Glu Gin Gin Trp Asn Phe Ala Gly Ile Glu Ala Ala Ala
| 1 | 5 | |
| <210 | 2 | |
| <211> | 15 | |
| <212> | PRT | |
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | |
| <400> | 2 |
Μ»
Trp Asn Phe Ala Gly Ile Glu Ala Ala Ala Ser Ala Ile Gin Gly 15 10 15 <210> 3 <211> 15 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 3
Ile Glu Ala Ala Ala Ser Ala Ile Gin Gly Asn Val Thr Ser Ile 15 10 15 <210> 4 <211> 15 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 4
Ser Ala Ile Gin Gly Asn Val Thr Ser Ile His Ser Leu Leu Asp 1 5 10 15
| <210> <211> <212> <213> <400> Asn Val 1 | 5 15 PRT Mycobacterium tuberculosis 5 . Thr Ser Ile His Ser Leu Leu 5 | Asp Glu Gly Lys Gin Ser | |||||
| 10 | 15 | ||||||
| <210> | 6 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 6 | ||||||
| His Ser Leu Leu Asp Glu Gly Lys Gin | Ser | Leu | Thr | Lys | Leu | Ala | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 7 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 7 | ||||||
| Glu Gly Lys Gin Ser Leu Thr Lys beu | Ala | Ala | Ala | Trp | Gly | Gly | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 8 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 8 | ||||||
| Leu Thr Lys Leu Ala Ala Ala Trp Gly | Gly | Ser | Gly | Ser | Glu | Ala | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 9 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 9 | ||||||
| Ala Ala Trp Gly Gly Ser Gly Ser Glu | Ala | Tyr | Gin | Gly | Val | Gin | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 10 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 10 | ||||||
| Ser Gly Ser Glu Ala Tyr Gin Gly Val | Gin | Gin | Lys | Trp | Asp | Ala | |
| 1 | 5 | 10 | 15 |
| 45 í | • · · • · · • * · · | • · • • • « • • · | • • · · • · • · • · • · | ||||
| • ♦ • v • · | ···· • • | ||||||
| <210> | 11 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 11 | ||||||
| Tyr Gin | Gly Val Gin Gin Lys Trp Asp | Ala | Thr | Ala | Thr | Glu | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 12 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 12 | ||||||
| Gin Lys | Trp Asp Ala Thr Ala Thr Glu | Leu | Asn | Asn | Ala | Leu | Gin |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 13 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 13 | ||||||
| Thr Ala Thr Glu Leu Asn Asn Ala Leu | Gin | Asn | Leu | Ala | Arg | Thr | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 14 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 14 | ||||||
| Asn Asn Ala Leu Gin Asn Leu Ala Arg | Thr | Ile | Ser | Glu | Ala | Gly | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 15 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 15 | ||||||
| Asn Leu Ala Arg Thr Ile Ser Glu Ala | Gly | Gin | Ala | Met | Ala | Ser | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 16 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 16 | ||||||
| Ile Ser Glu Ala Gly Gin Ala Met Ala | Ser | Thr | Glu | Gly | Asn | Val | |
| 1 | 5 | 10 | 15 |
·· · ··
| 4 6 ! | • * • · • · • · • · | • • · • · · · • • | • · · · • · · | ||||
| • · • • · | • · • · • · | ||||||
| <210> | 17 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 17 | ||||||
| Gin Ala | Met Ala Ser Thr Glu Gly Asn | Val | Thr | Gly | Met | Phe | Ala |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 18 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 18 | ||||||
| Met Ala | Glu Met Lys Thr Asp Ala Ala | Thr | Leu | Ala | Gin | Glu | Ala |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 19 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 19 | ||||||
| Thr Asp Ala Ala Thr Leu Ala Gin Glu | Ala | Gly | Asn | Phe | Glu | Arg | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 20 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 20 | ||||||
| Leu Ala Gin Glu Ala Gly Asn Phe Glu | Arg | Ile | Ser | Gly | Asp | Leu | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 21 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 21 | ||||||
| Gly Asn Phe Glu Arg Ile Ser Gly Asp | Leu | Lys | Thr | Gin | Ile | Asp | |
| 1 | - 5 | 10 | 15 | ||||
| <210> | 22 | ||||||
| <211> | 15 | ||||||
| <212> | PRT | ||||||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||||||
| <400> | 22 | ||||||
| Ile Ser Gly Asp Leu Lys Thr Gin Ile | Asp | Gin | Val | Glu | Ser | Thr | |
| 1 | 5 | 10 | 15 |
ί
| 1 | 9 9 9999 999 9 | |||
| · · · · · · * · · 9 9 · · | ||||
| <210> | 23 | |||
| <211> | 15 | |||
| <212> | PRT | |||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | |||
| <400> | 23 | |||
| Lys Thr Gin Ile Asp Gin Val Glu Ser | Thr | Ala | Gly Ser Leu Gin | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |
| <210> | 24 | |||
| <211> | 15 | |||
| <212> | PRT | |||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | |||
| <400> | 24 | |||
| Gin Val Glu Ser Thr Ala Gly Ser Leu | Gin | Gly | Gin Trp Arg Gly | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |
| <210> | 25 | |||
| <211> | 15 | |||
| <212> | PRT | |||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | |||
| <400> | 25 | |||
| Ala Gly Ser Leu Gin Gly Gin Trp Arg | Gly | Ala | Ala Gly Thr Ala | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |
| <210> | 26 | |||
| <211> | 15 | |||
| <212> | PRT | |||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | |||
| <400> | 26 | |||
| Gly Gin Trp Arg Gly Ala Ala Gly Thr | Ala | Ala | Gin Ala Ala Val | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |
| <210> | 27 | |||
| <211> | 15 | |||
| <212> | PRT | |||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | |||
| <400> | 27 | |||
| Ala Ala Gly Thr Ala Ala Gin Ala Ala | Val | Val | Arg Phe Gin Glu | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |
| <210> | 28 | |||
| <211> | 15 | |||
| <212> | PRT | |||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | |||
| <400> | 28 | |||
| Ala Gin Ala Ala Val Val Arg Phe Gin | Glu | Ala | Ala Asn Lys Gin | |
| 1 | 5 | 10 | 15 |
• · · · · · • · · · · · • ······· · • · · · · ·· · ·· · <210> 29 <211> 15 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 29
Val Arg Phe Gin Glu Ala Ala Asn Lys Gin Lys Gin Glu Leu Asp 15 10 15 ·· ··*
| <210> | 30 | ||
| <211> | 15 | ||
| <212> | PRT | ||
| <213> | Mycobacterium tuberculosis | ||
| <400> | 30 | ||
| Ala Ala | Asn Lys Gin Lys Gin Glu Leu | Asp Glu Ile | Ser Thr Asn |
| 1 | 5 | 10* | 15 |
| <210> | 31 |
| <211> | 15 |
| <212> | PRT |
| <213> | Mycobacterium tuberculosis |
| <400> | 31 |
Lys Gin Glu Leu Asp Glu Ile Ser Thr Asn 15 10
Ile Arg Gin Ala Gly 15 <210> 32 <211> 15 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 32
Glu Ile Ser Thr Asn Ile Arg Gin Ala Gly Val Gin Tyr Ser Arg 1 5 ’ 10 15 <210> 33 <211> 15 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 33
Ile Arg Gin Ala Gly Val Gin Tyr Ser Arg Ala Asp Glu Glu Gin 15 10 15 <210> 34 <211> 15 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 34
Val Gin Tyr Ser Arg Ala Asp Glu Glu Gin Gin Gin Ala Leu Ser 15 10 15 ·· ···· > · · > · ··· ·· · ·· • · · · · • · * · · · • ······· · • · * · · • · · · · <210> 35 <211> 15 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 35
Ala Asp Glu Glu Gin Gin Gin Ala Leu Ser Ser Gin Met Gly Phe 15 10 15 <210> 36 <211> 95 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 36
| Met 1 | Thr | Glu | Gin Gin 5 | Trp Asn Phe Ala Gly Ile Glu Ala Ala Ala | Ser | ||||||||||
| 10 | 15 | ||||||||||||||
| Ala | Ile | Gin | Gly | Asn | Val | Thr | Ser | Ile | His | Ser | Leu | Leu | Asp | Glu | Gly |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Lys | Gin | Ser | Leu | Thr | Lys | Leu | Ala | Ala | Ala | Trp | Gly | Gly | Ser | Gly | Ser |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Glu | Ala | Tyr | Gin | Gly | Val | Gin | Gin | Lys | Trp | Asp | Ala | Thr | Ala | Thr | Glu |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Leu | Asn | Asn | Ala | Leu | Gin | Asn | Leu | Ala | Arg | Thr | Ile | Ser | Glu | Ala | Gly |
| 65 | 70 | 75 | 30 | ||||||||||||
| Gin | Ala | Met | Ala | Ser | Thr | Glu | Gly | Asn | Val | Thr | Gly | Met | Phe | Ala | |
| 85 | 90 | 95 |
<210> 37 <211> 100 <212> PRT <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 37
Met Ala Glu Met Lys Thr Asp Ala 1 5
Asn Phe Glu Arg Ile Ser Gly Asp 20
Glu Ser Thr Ala Gly Ser Leu Gin 35 40
Thr Ala Ala Gin Ala Ala Val Val 50 55
Gin Lys Gin Glu Leu Asp Glu Ile 65 70
Val Gin Tyr Ser Arg Ala Asp Glu 85
Ala Thr Leu Ala Gin Glu Ala 10 15
Leu Lys Thr Gin Ile Asp Gin 25 30
Gly Gin Trp Arg Gly Ala Ala 45
Arg Phe Gin Glu Ala Ala Asn 60
Ser Thr Asn Ile Arg Gin Ala 75
Glu Gin Gin Gin Ala Leu Ser 90 95
Gly
Val
Gly
Lys
Gly
Ser
Gin Met Gly Phe 100 ·· · ·· • · · · · * · · · > · φ φφφφφ·· · • > φ φ · φφ »··· φ φ φ φ φ ΦΦΦ
Claims (94)
1. Způsob diagnostikování nedávné expozice činidlu, kterým je patogen, vakcína nebo jakákoliv jiná skupina, která indukuje buněčnou reakci, u jedince, vyznačující se tím, že zahrnuje in vitro stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají protein z uvedeného, činidla mající délku alespoň 30 aminokyselin, ve větší míře než jeden nebo více peptidových epitopů z činidla, kdy větší míra rozpoznávání proteinu ukazuje na to, že jedinec byl v nedávné době exponován činidlu.
2. Způsob podle nároku lvyznačující se tím, že zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince vykazují větší reakci s proteinem z uvedeného činidla majícím délku alespoň 30 aminokyselin než s jedním nebo více peptidovými epitopy z činidla, kde větší reakce ukazuje, že jedinec byl v nedávné době exponován činidlu.
3. Způsob podle nároku lvyznačující se tím, že stanovení toho, zda T lymfocyty rozpoznávají uvedený protein, je provedeno stanovením reakce T lymfocytů s analogem proteinu, který je rozpoznáván T lymfocyty, které rozpoznávají uvedený protein, kde uvedený analog má délku alespoň 30 aminokyselin.
4. Způsob podle nároku 1 nebo 3vyzn'ačující se tím, že stanovení toho, zda T lymfocyty rozpoznávají uvedený peptidový epitop, je provedeno stanovením reakce T lymfocytů s analogem peptidového epitopu, kde tento analog je rozpoznáván T lymfocyty, které rozpoznávají uvedený peptidový epitop.
• 9 9 99 ! · · 9 9 9 • 9 9 9 9 9
9 9 9999 99 9 • 9 9 9 9
99 9999 • 9 « 999 9 9
9 9 9
99 999
5. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že zahrnuje:
(i) kontaktování první populace T lymfocytů od jedince s (a) jedním nebo více peptidovými epitopy z činidla, nebo (b) analogem uvedeného peptidu (peptidů), který je rozpoznáván T lymfocyty, které rozpoznávají uvedený peptid(y), a stanovení reakce T lymfocytů s peptidem(y) nebo analogem(y), a (ii) kontaktování druhé populace T lymfocytů od jedince s (a) proteinem z činidla, nebo (b) analogem uvedeného proteinu, který je rozpoznáván T lymfocyty, které rozpoznávají uvedený protein, kde protein nebo analog má délku alespoň 30 aminokyselin, stanovení reakce T lymfocytů s proteinem nebo analogem.
6. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že jedinec je diagnostikován jako jedinec exponovaný v nedávné době činidlu, když není přítomna v podstatě žádná reakce T lymfocytů s peptidovým epitopem nebo jeho analogem.
7. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že protein nebo jeho analog obsahuje alespoň aminokyselinovou sekvenci peptidového epitopu nebo jeho analogu.
8. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že peptidový epitop, nebo analog peptidového epitopu, má délku 8 až 29 aminokyselin.
9. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků ·« 9 9 99
99 9 9 9
9 ·9 ·Μ • · 9 · ·
9 · · ·
99« 99 999 vyznačující se tím, že je stanoveno, zda T lymfocyty rozpoznávají soubor alespoň 4 peptidových epitopů, nebo jejich analogů, či nikoliv.
10. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že je použit soubor peptidových epitopů a/nebo analogů, které dohromady reprezentují všechny možné epitopy proteinu.
11. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že v průběhu detekce reakce T lymfocytů s proteinem nebo s analogem proteinu jsou přítomny buňky prezentující antigen, které jsou schopny zpracování proteinu a jeho prezentace T lymfocytům.
12. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že patogenem je intracelulární patogen nebo tím, že vakcína je proti intracelulárnímu patogenu.
13. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že patogenem je HPV, HIV, SIV, HCV, druh Chlamydia, HBV, EBV, CMV, VZV, HSV, Legionella, S. typhi, P. falciparum, Leishmaniasis, M. leprae, chřipkový virus, Coxsackie virus, druh Toxoplasma, druh Brucella, druh Cryptococcus, druh Candida nebo druh Aspergillus; nebo tím, že vakcína je namířena proti kterémukoliv z těchto patogenu.
14. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 4 až 12 vyznačující se tím, že patogenem je M.
tuberculosis nebo tím, že vakcína je namířena proti M. tuberculosis.
φφ
ΦΦ «φφφ φ · Φ
Φ · ΦΦΦ
ΦΦΦ « • Φ φ φ φ · • φφφ φ φφφφ* φφφ φφ ·
Φ*φ ΦΦ Φ«φ
15. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že protein a/nebo epitopový peptide je z ESAT-6 nebo CFP10.
16. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že peptid(y) je vybrán z jednoho nebo více následujících peptidových epitopů:
MTEQQWNFAGIEAAA
WNFAGIEAAASAIQG
IEAAASAIQGNVTSI
SAIQGNVTSIHSLLD
NVTSIHSLLDEGKQS
HSLLDEGKQSLTKLA
EGKQSLTKLAAAWGG
LTKLAAAWGGSGSEA
AAWGGSGSEAYQGVQ
SGSEAYQGVQQKWDA
YQGVQQKWDATATEL
QKWDATATELNNALQ
TATELNNALQNLART
NNALQNLARTISEAG
NLARTISEAGQAMAS
ISEAGQAMASTEGNV
QAMASTEGNVTGMFA
MAEMKTDAATLAQEA
TDAATLAQEAGNFER
LAQEAGNFERISGDL
GNFERISGDLKTQID
ISGDLKTQIDQVEST
KTQIDQVESTAGSLQ
QVESTAGSLQGQWRG
AGSLQGQWRGAAGTA
4 4 44
4 4 4 • 4 · 4 • · · ** 444
44 9999
9 4 44P «44 « • 4 4
44 4«<
lymfocyty, ·» · t t I • · I t • » ·»·· • · · ·· ·
GQWRGAAGTAAQAAV
AAGTAAQAAVVRFQE
AQAAVVRFQEAANKQ
VRFQEAANKQKQELD
AANKQKQELDEISTN
KQELDEISTNIRQAG
EISTNIRQAGVQYSR
IRQAGVQYSRADEEQ
VQYSRADEEQQQALS
ADEEQQQALSSQMGF nebo jejich analogů, které jsou rozpoznávány T které rozpoznávají peptidový epitop.
17. Způsob podle jakéhokoliv z předchozích nároků vyznačující se tím, že rozpoznání peptidového epitopu, nebo jeho analogu, nebo proteinu, nebo jeho analogu, je stanoveno detekováním sekrece cytokinů z T lymfocytů.
18. Způsob podle nároku 17 vyznačující se tím, že cytokinem je IFN-(.
19. Způsob podle nároku 17 nebo 18 vyznačující se tím, že cytokin je detekován tak, že se cytokin nechá navázat na imobilizovanou protilátku specifickou k cytokinů a potom se detekuje přítomnost komplexu protilátka/cytokin.
20. Způsob diagnostikování nedávné expozice činidlu u jedince, kde činidlem je patogen, vakcína nebo jakákoliv jiná skupina, která indukuje buněčnou reakci, vyznačující se tím, že zahrnuje in vivo stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají protein z uvedeného činidla mající délku alespoň 30 aminokyselin ve větší míře než peptidový epitop z • *
4’ ’ 4 · · ··· · ··
4 4·· ·· · ·· ··· • 4 4··· ··· · · · · ·
4 · · 4·· ·· *
44 · · · · · · · · · · · činidla, kdy větší míra rozpoznávání proteinu ukazuje na to, že jedinec byl nedávno exponován činidlu.
21. Způsob podle nároku 20 vyznačující se tím, že je proveden za použití způsobu podle jakéhokoliv z nároků 2 až 19.
22. Použití proteinu majícího délku alespoň 30 aminokyselin z činidla, kterým je patogen, vakcína nebo jakákoliv jiná skupina, která indukuje buněčnou reakci a/nebo jednoho nebo více peptidových epitopů z činidla, pro výrobu diagnostického přípravku pro způsob diagnostiky nedávné expozice činidlu u jedince, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají protein ve větší míře než peptidový epitop(y) , kdy větší míra rozpoznávání proteinu ukazuje na to, že jedinec byl nedávno exponován činidlu.
23. Produkt vyznačující se tím, že obsahuje protein z činidla, kterým je patogen, vakcína nebo jakákoliv jiná skupina, která indukuje buněčnou reakci, kde uvedený protein má délku alespoň 30 aminokyselin, a/nebo jeden nebo více peptidových epitopů z činidla, pro samostatné, současné nebo sekvenční použití ve způsobu diagnostikování nedávné expozice činidlu u jedince, kde uvedený způsob zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají protein ve větší míře než peptidový epitop(y), kdy větší míra rozpoznávání proteinu ukazuje na to, že jedinec byl nedávno exponován činidlu.
24. Způsob léčby jedince vyznačující se tím, že zahrnuje podání produktu, který preventivně nebo terapeuticky léčí onemocnění způsobené patogenem, jedinci, u • · · · · • · · • · · · · • · kterého byla způsobem podle jakéhokoliv z předchozích nároků diagnostikována nedávná expozice patogenu.
25. Použití produktu, který preventivně nebo terapeuticky léčí onemocnění způsobené patogenem, pro výrobu léčiva pro terapii jedince, u kterého byl způsobem podle jakéhokoliv z nároků 1 až 21 diagnostikována nedávná expozice patogenu.
26. Způsob nebo použití podle nároku 24 nebo 25 vyznačující se tím, že patogenem je M.
tuberculosis a/nebo tím, že činidlem je rifampicin, isoniazid, pyrazinamid, ethambutol, streptomycin, kyselina paraaminosalicylová, kanamyin, kapreomycin, ethionamid, cykloserin, thiacetazon nebo fluorochinolon, nebo analog takového činidla.
27. Kit pro provádění způsobu podle jakéhokoliv z nároků 1 až 21 vyznačující se tím, že obsahuje (i) uvedený epitopový peptid nebo jeho uvedený analog, a (ii) uvedený protein nebo jeho uvedený analog, a případně také prostředky pro stanovení toho, zda T lymfocyty rozpoznávají (i) a (ii).
28. Kit podle nároku 27 vyznačující se tím, že také obsahuje činidlo, jak je definováno v jakémkoliv z nároků 24 až 26.
29. Způsob diagnostikování jedince, který eliminoval infekci patogenem, vyznačující se tím, že zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z patogenu v prvním a následném druhém časovém bodě po expozici patogenu, kde zjištění, že T lymfocyty rozpoznávají antigen v prvním časovém bodě a ne ve druhém časovém bodě ukazuje, že jedinec eliminoval infekci.
• · 9 9 9 9
9 9 9 · «
9 9 9 9 9 9
9 9 9 9 9 • 9 999 99 999
30. Způsob diagnostikování jedince, u kterého je pravděpodobnější progrese k aktivnímu onemocnění po expozici patogenu, vyznačující se tím, že zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z patogenu v prvním a následném druhém časovém bodě po expozici patogenu, kde zjištění, že T lymfocyty nerozpoznávají antigen v prvním časovém bodě, ale rozpoznávají antigen ve druhém časovém bodě, ukazuje, že u jedince je více pravděpodobná progrese k aktivnímu onemocnění.
31. Způsob diagnostikování jedince, u kterého se rozvíjí slabší odpověď na vakcínu nebo skupinu, která indukuje buněčnou reakci po expozici vakcíně nebo skupině, vyznačující se tím, že zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z vakcíny nebo skupiny v prvním a následném druhém časovém bodě po expozici, kde zjištění, že T lymfocyty nerozpoznávají antigen v prvním časovém bodě, ale rozpoznávají antigen ve druhém časovém bodě, ukazuje na to, že se u jedince rozvíjí slabší reakce na vakcínu nebo skupinu.
32. Způsob testování účinnosti vakcíny, která byla podána jedinci, vyznačující se tím, že zahrnuje stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají antigen z patogenu v prvním a následném druhém časovém bodě po expozici patogenu, kde zjištění, že T lymfocyty rozpoznávají antigen v prvním časovém bodě a ne ve druhém časovém bodě, ukazuje, že antigen vakcíny byl eliminován a nepřetrvává.
33. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 32 vyznačující se tím, že první časový bod a druhý časový bod jsou separovány přibližně 12 týdny.
34. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 33 vyznačující se tím, že první časový bod je přibližně 2 až 16 týdnů po expozici a/nebo druhý časový bod je přibližně 18 až 48 týdnů po expozici.
35. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 34 vyznačující se tím, že uvedené stanovení je provedeno detekováním toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávájí/reaguji na antigen z uvedeného patogenu, vakcíny nebo skupiny.
36. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 35 vyznačující se tím, že antigenem je protein z uvedeného patogenu, vakcíny nebo skupiny mající délku alespoň 30 aminokyselin nebo peptidový epitop z patogenu, vakcíny nebo skupiny, kde protein nebo peptidový epitop jsou stejné, jak jsou definovány v jakémkoliv z předchozích nároků.
37. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 36 vyznačující se tím, že uvedené stanovení se provede detekováním reakce T lymfocytů na analog antigenu, kterým je volitelně analog, jak je definován v jakémkoliv z předchozích nároků.
38. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 37 vyznačující se tím, že uvedené stanovení je provedeno in vitro nebo in vivo kontaktováním populace T lymfocytů od jedince s antigenem, nebo analogem uvedeného antigenu, a stanovením reakce T lymfocytů s antigenem nebo analogem.
39. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 38 • ··· vyznačující se tím, že stanovení je považováno za negativní, pokud není přítomna v podstatě žádná reakce T lymfocytů s antigenem nebo analogem.
40. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 39 vyznačující se tím, že uvedené stanovení zahrnuje detekování toho, zda T lymfocyty rozpoznávají soubor alespoň 4 peptidových epitopů nebo jejich analogů.
41. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 40 vyznačující se tím, že v průběhu uvedeného stanovení jsou přítomny buňky prezentující antigen, které jsou schopny zpracovat antigen nebo analog a prezentovat ho T lymfocytům.
42. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 41 vyznačující se tím, že patogenem je intracelulární patogen nebo tím, že vakcína je namířena proti intracelulárnímu patogenu.
43. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 42 vyznačující se tím, že patogenem je HPV, HIV, SIV, HCV, druh Chlamydia, HBV, EBV, CMV, VZV, HSV, Legionella, S. typhi, P. falciparum, Leishmaniasis, M. leprae, virus chřipky, Coxsackie virus, druh Toxoplasma, druh Brucella, druh Cryptococcus, druh Candida nebo druh Aspergillus; nebo tím, že vakcína je namířena proti kterémukoliv z těchto patogenů.
44. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 42 vyznačující se tím, že patogenem je M.
tuberculosis nebo tím, že vakcína je namířena proti M. tuberculosis.
ro ···· ··· ·····
OU * ······· · · · · · ··· ··· ·· ·· · ·» · · · ·· · · ·
45. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 29 až 44 vyznačující se tím, že rozpoznání antigenu nebo analogu se stanoví detekováním sekrece cytokinu z T lymfocytů.
46. Způsob podle nároku 45 vyznačující se tím, že cytokinem je IFN-(.
47. Způsob podle nároku 45 nebo 46 vyznačující se tím, že cytokin je detekován tak, že se cytokin nechá navázat na imobilizovanou protilátku specifickou k cytokinu a potom se detekuje přítomnost komplexu protilátka/cytokin.
48. Způsob léčby jedince vyznačující se tím, že jedinci, u kterého byla způsobem podle jakéhokoliv z nároků 30 až 47 diagnostikována infekce patogenem, je podán produkt, který preventivně nebo terapeuticky léčí onemocnění způsobené patogenem.
49. Způsob podle nároku 48vyznačující se tím, že patogenem je M. tuberculosis a/nebo činidlem je rifampicin, isoniazid, pyrazinamid, ethambutol, streptomycin, kyselina para-aminosalicylová, kanamyin, kapreomycin, ethionamid, cykloserin, thiacetazon nebo fluorochinolon, nebo analog takových činidel.
50. Použití antigenu nebo analogu, jak jsou definovány v nárocích 29 až 47, pro výrobu diagnostického přípravku pro použití při způsobu podle jakéhokoliv z nároků 29 až 47, kde způsob je prováděn in vivo.
51. Kit pro provádění způsobu podle jakéhokoliv z nároků 29 až 47 vyznačující se tím, že obsahuje antigen nebo analog, a volitelně také prostředek pro detekování toho, zda T lymfocyty rozpoznávají antigen nebo analog.
52. Kit podle nároku 51 vyznačující se tím, že také obsahuje činidlo jak je definováno v nároku 48 nebo 49.
53. Způsob diagnostikování vyššího rizika vzniku aktivní tuberkulosy a latentní mykobakterální infekce u jedince na imunosupresivní terapii nebo před zahájením imunosupresivní terapie vyznačující se tím, že zahrnuje detekování toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají mykobakterální antigen či nikoliv, kde rozpoznávání mykobakterálního antigenu T lymfocyty ukazuje na vyšší riziko vzniku aktivní tuberkulosy a na latentní mykobakterální infekci.
54. Způsob monitorování vyššího rizika vzniku aktivní tuberkulosy a latentní mykobakterální infekce u jedince na imunosupresivní terapii vyznačující se tím, že zahrnuje detekování toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávají mykobakterální antigen či nikoliv, kde rozpoznávání mykobakterálního antigenu T lymfocyty ukazuje na vyšší riziko vzniku aktivní tuberkulosy a na latentní mykobakterální infekci.
55. Způsob podle nároku 53 nebo 54 vyznačující se tím, že imunosupresivní terapie zahrnuje podávání anti-TNF-V protilátky, methotrexátu, azathioprinu, kortikosteroidů nebo mykofenolát-mofetilu.
56. Způsob podle nároku 54 vyznačující se tím, že protilátkou je infliximab.
• · · ·
57. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 53 až 56 vyznačující se tím, že T lymfocytární rozpoznávání se stanoví za použití způsobu definovaného v jakémkoliv z předcházejících nároků.
58. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 53 až 57 vyznačující se tím, že zahrnuje in vitro stanovení toho, zda T lymfocyty jedince rozpoznávájí/reagují na mykobakterální antigen nebo analog mykobakterálního antigenů.
59. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 53 až 58 vyznačující se tím, že zahrnuje kontaktování populace T lymfocytů od jedince s (a) jedním nebo více peptidovými epitopy mykobakteria, nebo (b) analogem uvedeného peptidů(ů), který(é) je(jsou) rozpoznáván(y) T lymfocyty, které rozpoznávají uvedený peptid(y), a stanovení reakce T lymfocytů s peptidem(y) nebo analogem(y).
60. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 53 až 59 vyznačující se tím, že peptidový epitop, nebo analog peptidového epitopu, má délku 8 až 100 aminokyselin.
61. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 53 až 60 vyznačující se tím, že se určí, zda T lymfocyty rozpoznávají soubor alespoň 4 peptidových epitopů nebo jejich analogů, či nikoliv.
62. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 53 až 61 vyznačující se tím, že v průběhu detekce reakce T lymfocytů s peptidem nebo analogem peptidů jsou přítomny buňky prezentující antigen, které jsou schopny zpracování peptidů nebo analogu a jeho prezentace T lymfocytům.
• · 9
99 999·
9 9 9 9 9
9 9 9·9 · 9 ·
63. Způsob podle vyznačuj i antigenem je z M.
jakéhokoliv z nároků 53 až 62 c í se t í m, že mykobakterálním tuberculosis.
64. Způsob podle jakéhokoliv z vyznačující se tí antigenem je ESAT-6 nebo CFP 10 nároků 53 až 63 m, že mykobakterálním
65. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 53 až 64 vyznačující se tím, že je stanoveno rozpoznávání T lymfocytů peptidu nebo peptidů vybraných z jednoho nebo více následujících peptidových epitopů:
MTEQQWNFAGIEAAA
WNFAGIEAAASAIQG
IEAAASAIQGNVTSI
SAIQGNVTSIHSLLD
NVTSIHSLLDEGKQS
HSLLDEGKQSLTKLA
EGKQSLTKLAAAWGG
LTKLAAAWGGSGSEA
AAWGGSGSEAYQGVQ SGSEAYQGVQQKWDA YQGVQQKWDATATEL QKWDATATELNNALQ TATELNNALQNLART NNALQNLARTISEAG NLARTISEAGQAMAS ISEAGQAMASTEGNV QAMASTEGNVTGMFA MAEMKT DAAT L AQE A TDAATLAQEAGNFER
9 9 9 99 9 «99999 « « « «999 999
9999 99 9 9 · 999
9 9999999 9 9 · 9 9 9
9« 999 99 99«
LAQEAGNFERISGDL
GNFERISGDLKTQID
ISGDLKTQIDQVEST
KTQIDQVESTAGSLQ
QVESTAGSLQGQWRG
AGSLQGQWRGAAGTA
GQWRGAAGTAAQAAV
AAGTAAQAAVVRFQE
AQAAVVRFQEAANKQ
VRFQEAANKQKQELD
AANKQKQELDEISTN
KQELDEISTNIRQAG
EISTNIRQAGVQYSR
IRQAGVQYSRADEEQ
VQYSRADEEQQQALS
ADEEQQQALSSQMGF nebo jejich analogu, který je rozpoznáván T lymfocyty, které rozpoznávají peptidový epitop.
66. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 53 až 65 vyznačující se tím, že rozpoznávání T lymfocyty se určí detekcí sekrece cytokinu z T lymfocytu.
67. Způsob podle nároku 66 vyznačující se tím, že cytokinem je IFN-(.
68. Způsob podle nároku 66 nebo 67 vyznačující se tím, že cytokin je detekován tak, že se cytokin nechá navázat na imobilizovanou protilátku specifickou k cytokinu a potom se detekuje přítomnost komplexu protilátka/cytokin.
··* · * · ······ ··· ···· · · © • · · · · 9 9 9 9 9 99
9 9 9999 9 9 9 9 99 9 9
9 9 9 9 9 9 9 9 9
99 9 99 999 99 999
69. Způsob léčby jedince vyznačující se tím, že jedinci, který byl diagnostikován jako rizikový z hlediska rozvoje aktivní tuberkulosy nebo latentní mykobakterální infekce způsobem podle jakéhokoliv z nároků 53 až 68, je podán produkt, který preventivně nebo terapeuticky léčí uvedené onemocnění nebo infekci.
70. Způsob podle nároku 69 vyznačující se tím, že produktem je rifampicin, isoniazid, pyrazinamid, ethambutol, streptomycin, kyselina para-aminosalicylová, kanamyin, kapreomycin, ethionamid, cykloserin, thiacetazon nebo fluorochinolon, nebo analog takového produktu.
71. Kit pro provedení způsobu podle jakéhokoliv z nároků 53 až 68 vyznačující se tím, že obsahuje mykobakterální antigen nebo jeho analog, a volitelně také prostředek pro detekování toho, zda T lymfocyty rozpoznávají mykobakterální antigen nebo analog.
72. Kit podle nároku 70 vyznačující se tím, že mykobakteriální antigen nebo jeho analog obsahuje peptidový epitop délky 8 až 100 aminokyselin.
73. Kit podle nároku 71 nebo 72 vyznačující se tím, že také obsahuje produkt podle nároku 69 nebo 70.
74. Způsob detekování vzniku aktivního mykobakterálního onemocnění nebo vyššího rizika vzniku aktivního mykobakterálního onemocnění u jedince, který nemá žádný příznak mykobakterálního onemocnění vyznačující se tím, že zahrnuje stanovení toho, zda má jedinec zvýšené hladiny T lymfocytů, které rozpoznávají mykobakterální antigen, což určuje vznik mykobakterálního onemocnění nebo to, ·· 9 • · · • · · • ·
I · · · 9 * ·
4 ··· zda je jedince rizikový k rozvoji aktivního mykobakterálního onemocnění.
75. Způsob podle nároku 74 vyznačující se tím, že zahrnuje stanovení toho, zda hladina uvedených T lymfocytů u jedince je alespoň 5-krát vyšší ve srovnání s předchozím vyšetřením.
76. Způsob podle nároku 74 nebo 75vyznačující se tím, že zahrnuje stanovení toho, zda je hladina uvedených T lymfocytů u jedince alespoň o 100 na milion mononukleárních buněk periferní krve vyšší ve srovnání s předchozím vyšetřením.
77. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 76 vyznačující se tím, že zahrnuje stanovení základní hodnoty T-lymfocytů specifických pro mykobakterální antigen u jedince v prvním časovém bodě a stanovení případného zvýšení hodnot uvedených T lymfocytů u jedince ve druhém časovém bodě.
78. Způsob podle nároku 77 vyznačující se tím, že první a druhý časový bod jsou separovány přibližně 3 až 24 měsíci.
79. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 78 vyznačující se tím, že hladina T lymfocytů je detekována in vitro měřením rozpoznávání/reakce T lymfocytů s mykobakterálním antigenem nebo analogem mykobakterálního antigenu.
80. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 79 • to to • to to··· ««· · to ·· ··· ···· ·· · · · ··· • ······· · · ·· · · ··· ··· ·· · · ·· ··· ·· ··· vyznačující se tím, že zahrnuje kontaktování populace T lymfocytů od jedince s (a) jedním nebo více peptidovými epitopy mykobakteria, nebo (b) analogem uvedeného(ých) peptidu(ů), který(é) je (jsou) rozpoznáván(y) T lymfocyty, které rozpoznávají uvedený peptid(y), a stanovení reakce T lymfocytů s peptidem(y) nebo analogem(y).
81. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 80 vyznačující se tím, že peptidový epitop, nebo analog peptidového epitopu, má délku 8 až 100 aminokyselin.
82. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 81 vyznačující se tím, že je stanovena reakce T lymfocytů se souborem alespoň 4 peptidových epitopů nebo jejich analogů.
83. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 82 vyznačující se tím, že v průběhu detekce reakce T lymfocytů s peptidem nebo s analogem peptidu jsou přítomny buňky prezentující antigen, které jsou schopny zpracování peptidu nebo analogu peptidu a jeho prezentace T lymfocytům.
84. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 83 vyznačující se tím, že mykobakterálním antigenem je z M. tuberculosis.
85. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 84 vyznačující se tím, že mykobakterálním antigenem je ESAT-6 nebo CFP10.
86. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 85
99 9 ·* ·
9 9 9 9 9 99 1
9 · · · · · · ’ • ·····«· · · · • · · · · 9 <
·· · 99 999 vyznačující se tím, že je stanoveno rozpoznávání T lymfocytů peptidu nebo peptidů vybraných z jednoho nebo více následujících peptidových epitopů:
MTEQQWNFAGIEAAA
WNFAGIEAAASAIQG
IEAAASAIQGNVTSI
SAIQGNVTSIHSLLD
NVTSIHSLLDEGKQS
HSLLDEGKQSLTKLA
EGKQSLTKLAAAWGG
LTKLAAAWGGSGSEA
AAWGGSGSEAYQGVQ
SGSEAYQGVQQKWDA
YQGVQQKWDATATEL
QKWDATATELNNALQ
TATELNNALQNLART
NNALQNLARTISEAG
NLARTISEAGQAMAS
ISEAGQAMASTEGNV
QAMASTEGNVTGMFA
MAEMKT DAATLAQEA
TDAATLAQEAGNFER
LAQEAGNFERISGDL
GNFERISGDLKTQID
ISGDLKTQIDQVEST
KTQIDQVESTAGSLQ
QVESTAGSLQGQWRG
AGSLQGQWRGAAGTA
GQWRGAAGTAAQAAV
AAGTAAQAAVVRFQE
AQAAVVRFQEAANKQ
VRFQEAANKQKQELD
9999 9 9 9 999 ·· φ···
AANKQKQELDEISTN
KQELDEISTNIRQAG
EISTNIRQAGVQYSR
IRQAGVQYSRADEEQ
VQYSRADEEQQQALS
ADEEQQQALSSQMGF nebo jejich analogu, který je rozpoznáván T lymfocyty, které rozpoznávají peptidový epitop.
87. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 74 až 86 vyznačující se tím, že rozpoznávání T lymfocyty se určí detekcí sekrece cytokinu z T lymfocytů.
88. Způsob podle nároku 87 vyznačující se tím, že cytokinem je IFN-(.
89. Způsob podle nároku 87 nebo 88 vyznačující se tím, že cytokin je detekován tak, že se cytokin nechá navázat na imobilizovanou protilátku specifickou k cytokinu a potom se detekuje přítomnost komplexu protilátka/cytokin.
90. Způsob léčby jedince vyznačující se tím, že jedinci, který byl diagnostikován jako rizikový z hlediska rozvoje aktivní tuberkulosy nebo latentní mykobakterální infekce způsobem podle jakéhokoliv z nároků 74 až 89, je podán produkt, který preventivně nebo terapeuticky léčí uvedené onemocnění nebo infekci.
91. Způsob podle nároku 90 vyznačující se tím, že produktem je rifampicin, isoniazid, pyrazinamid, ethambutol, streptomycin, kyselina para-aminosalicylová,
99 9999
9 9 9 9 9
9 9 999
9 9 9
9 · 9 9 9
9 9 9 9
9 9 9
9 99 999 kanamyin, kapreomycin, ethionamid, cykloserin, thiacetazon nebo fluorochinolon, nebo analog takového produktu.
92. Kit pro provedení způsobu podle jakéhokoliv z nároků 74 až 91 vyznačující se tím, že obsahuje mykobakterální antigen nebo jeho analog, a volitelně také prostředek pro detekování toho, zda T lymfocyty rozpoznávají mykobakterální antigen nebo analog.
93. Kit podle nároku 92 vyznačující se tím, že mykobakteriální antigen nebo jeho analog obsahuje peptidový epitop délky 8 až 100 aminokyselin.
94. Kit podle nároku 92 nebo 93 vyznačující se tím, že také obsahuje produkt podle nároku 90 nebo 91.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| GBGB0215710.5A GB0215710D0 (en) | 2002-07-05 | 2002-07-05 | Diagnostic method |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ20053A3 true CZ20053A3 (cs) | 2005-05-18 |
Family
ID=9939991
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ20053A CZ20053A3 (cs) | 2002-07-05 | 2003-07-07 | Diagnostický způsob |
Country Status (13)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US7572597B2 (cs) |
| EP (1) | EP1520174B1 (cs) |
| JP (1) | JP4515257B2 (cs) |
| AT (1) | ATE499610T1 (cs) |
| AU (1) | AU2003244856B2 (cs) |
| CA (1) | CA2490172C (cs) |
| CZ (1) | CZ20053A3 (cs) |
| DE (1) | DE60336138D1 (cs) |
| DK (1) | DK1520174T3 (cs) |
| GB (1) | GB0215710D0 (cs) |
| NZ (1) | NZ537331A (cs) |
| WO (1) | WO2004005925A2 (cs) |
| ZA (1) | ZA200500056B (cs) |
Families Citing this family (19)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB9624456D0 (en) * | 1996-11-25 | 1997-01-15 | Isis Innovation | Assay method |
| DK1144447T3 (da) * | 1998-11-04 | 2010-02-08 | Isis Innovation | Dianostisk tuberkulosetest |
| ITRM20040091A1 (it) | 2004-02-19 | 2004-05-19 | Istituto Naz Per Le Malattie | Test immunologico rapido per la diagnosi ed il monitoraggio dell'infezione tubercolare. |
| CA2556557A1 (en) * | 2004-02-26 | 2005-09-09 | Alk Abello A/S | Method of evaluating the therapeutic potential of a vaccine for mucosal administration |
| EP2253956A3 (en) * | 2004-05-24 | 2011-07-06 | Baylor Research Institute | Immune response assessment method |
| WO2006117538A2 (en) * | 2005-04-29 | 2006-11-09 | Fusion Antibodies Limited | Assays for diagnosis of tuberculosis and uses thereof |
| GB0616238D0 (en) * | 2006-08-15 | 2006-09-27 | Inst Animal Health Ltd | Diagnostic Test |
| GB0618127D0 (en) * | 2006-09-14 | 2006-10-25 | Isis Innovation | Biomarker |
| JP2012503206A (ja) * | 2008-09-22 | 2012-02-02 | オレゴン ヘルス アンド サイエンス ユニバーシティ | Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ感染を検出するための方法 |
| US8753292B2 (en) * | 2010-10-01 | 2014-06-17 | Angiodynamics, Inc. | Method for locating a catheter tip using audio detection |
| IT1403092B1 (it) | 2010-12-01 | 2013-10-04 | Univ Degli Studi Modena E Reggio Emilia | Metodo per la diagnosi e/o il monitoraggio della mucormicosi. |
| US9678071B2 (en) | 2012-01-12 | 2017-06-13 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Detecting latent tuberculosis infections |
| US10401360B2 (en) | 2013-04-29 | 2019-09-03 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Flow cytometry assay methods |
| US20140356930A1 (en) * | 2013-06-03 | 2014-12-04 | Panacea Pharmaceuticals | Immune system enhancing immunotherapy for the treatment of cancer |
| CN107121546B (zh) * | 2014-12-17 | 2019-03-22 | 中山大学 | 用于检测结核分枝杆菌感染的抗原刺激物、试剂盒及其应用 |
| US10684275B2 (en) | 2016-12-14 | 2020-06-16 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for obtaining a tuberculosis assessment in a subject |
| EP3976764B1 (en) * | 2019-05-30 | 2025-07-23 | Viti, Inc. | Methods for detecting a mycobacterium tuberculosis infection |
| CN113980145B (zh) * | 2021-11-08 | 2022-08-12 | 成都可恩生物科技有限公司 | 一种结核分枝杆菌融合蛋白及其制备方法和应用 |
| CN117777259B (zh) * | 2024-02-23 | 2024-06-07 | 上海科新生物技术股份有限公司 | 检测结核感染的抗原组合物、试剂盒及其应用 |
Family Cites Families (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR2640706B1 (fr) * | 1988-12-20 | 1991-02-01 | Roulements Soc Nouvelle | Roulement a capteur d'informations |
| DK1144447T3 (da) * | 1998-11-04 | 2010-02-08 | Isis Innovation | Dianostisk tuberkulosetest |
| JP5010079B2 (ja) * | 1999-07-13 | 2012-08-29 | スタテンズ セーラム インスティテュート | マイコバクテリウム・ツベルクローシスｅｓａｔ−６遺伝子ファミリーベースの結核ワクチン及び診断法 |
| NZ526807A (en) * | 2001-01-08 | 2005-03-24 | Isis Innovation | Assay to determine efficacy of treatment for mycobacterial infection |
-
2002
- 2002-07-05 GB GBGB0215710.5A patent/GB0215710D0/en not_active Ceased
-
2003
- 2003-07-07 CZ CZ20053A patent/CZ20053A3/cs unknown
- 2003-07-07 EP EP03738332A patent/EP1520174B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2003-07-07 NZ NZ537331A patent/NZ537331A/en not_active IP Right Cessation
- 2003-07-07 CA CA2490172A patent/CA2490172C/en not_active Expired - Lifetime
- 2003-07-07 JP JP2004518996A patent/JP4515257B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 2003-07-07 WO PCT/GB2003/002936 patent/WO2004005925A2/en not_active Ceased
- 2003-07-07 AT AT03738332T patent/ATE499610T1/de not_active IP Right Cessation
- 2003-07-07 US US10/520,084 patent/US7572597B2/en not_active Expired - Lifetime
- 2003-07-07 DE DE60336138T patent/DE60336138D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-07-07 AU AU2003244856A patent/AU2003244856B2/en not_active Expired
- 2003-07-07 DK DK03738332.0T patent/DK1520174T3/da active
-
2005
- 2005-01-04 ZA ZA200500056A patent/ZA200500056B/en unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2004005925A2 (en) | 2004-01-15 |
| US20050208594A1 (en) | 2005-09-22 |
| US7572597B2 (en) | 2009-08-11 |
| JP2005532546A (ja) | 2005-10-27 |
| JP4515257B2 (ja) | 2010-07-28 |
| EP1520174A2 (en) | 2005-04-06 |
| ATE499610T1 (de) | 2011-03-15 |
| CA2490172C (en) | 2012-01-10 |
| ZA200500056B (en) | 2006-06-28 |
| EP1520174B1 (en) | 2011-02-23 |
| AU2003244856B2 (en) | 2010-09-16 |
| CA2490172A1 (en) | 2004-01-15 |
| AU2003244856A1 (en) | 2004-01-23 |
| DK1520174T3 (da) | 2011-06-14 |
| GB0215710D0 (en) | 2002-08-14 |
| DE60336138D1 (de) | 2011-04-07 |
| WO2004005925A3 (en) | 2004-03-18 |
| NZ537331A (en) | 2008-04-30 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CZ20053A3 (cs) | Diagnostický způsob | |
| DK2417456T3 (en) | DIAGNOSTIC TEST Mycobacterium tuberculosis | |
| US7135280B2 (en) | Assay to determine efficacy of treatment for mycobacterial infection | |
| JP2013522637A (ja) | Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ感染と関連した患者状況のｉｎｖｉｔｒｏ迅速判定法 | |
| AU2002219338A1 (en) | Assay to determine efficacy of treatment for mycobacterial infection | |
| Ahmad et al. | Mycobacterium tuberculosis specific protein Rv1509 evokes efficient innate and adaptive immune response indicative of protective Th1 immune signature | |
| JP2010503846A (ja) | 個体が活動性マイコバクテリア症に進行しやすいかを診断するための方法およびキット | |
| Kumar et al. | Immune response to Mycobacterium tuberculosis specific antigen ESAT-6 among south Indians | |
| CN106248935B (zh) | 结核分枝杆菌抗原蛋白Rv1798及其T细胞表位肽的应用 | |
| US11635434B2 (en) | Betaretrovirus epitopes and related methods of use | |
| Cuccu et al. | Identification of a human immunodominant T-cell epitope of mycobacterium tuberculosis antigen PPE44 | |
| CN104272111B (zh) | 检测结核的方法 | |
| Martinez et al. | T-cell and serological responses to Erp, an exported Mycobacterium tuberculosis protein, in tuberculosis patients and healthy individuals | |
| US20220042993A1 (en) | Betaretrovirus epitopes and related methods of use | |
| Nogimori et al. | mRNA vaccine induces cytotoxic CD8+ T-cell cross-reactivity against SARS-CoV-2 Omicron variant and regulates COVID-19 severity | |
| Alnwaisri | Inflammation, infections and immunity | |
| Valentini et al. | Immune recognition surface construction of | |
| Teixeira | Monokine induced by interferon gamma and IFN-c response to a fusion protein of Mycobacterium tuberculosis ESAT-6 and CFP-10 in Brazilian tuberculosis patients | |
| Heide et al. | Background: T cells are thought to play a major role in conferring immunity against malaria. This study aimed to comprehensively define the breadth and specificity of the Plasmodium falciparum (P. falciparum)-specific CD4+ T cell response directed against the exported protein 1 (EXP1) in a cohort of patients diagnosed with acute malaria. Methods: Peripheral blood mononuclear cells of 44 patients acutely infected with |