CZ258097A3 - Psychrofilní proteáza a psychrofilní bakterie - Google Patents

Psychrofilní proteáza a psychrofilní bakterie Download PDF

Info

Publication number
CZ258097A3
CZ258097A3 CZ972580A CZ258097A CZ258097A3 CZ 258097 A3 CZ258097 A3 CZ 258097A3 CZ 972580 A CZ972580 A CZ 972580A CZ 258097 A CZ258097 A CZ 258097A CZ 258097 A3 CZ258097 A3 CZ 258097A3
Authority
CZ
Czechia
Prior art keywords
protease
enzyme
psychrophilic
activity
temperature
Prior art date
Application number
CZ972580A
Other languages
English (en)
Inventor
Eiichie Tamiya
Original Assignee
The Procter & Gamble Company
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by The Procter & Gamble Company filed Critical The Procter & Gamble Company
Publication of CZ258097A3 publication Critical patent/CZ258097A3/cs

Links

Landscapes

  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Detergent Compositions (AREA)

Description

Psychrofilní proteasa a psychrofilní bakterie
Oblast techniky
Vynález se týká proteasy, která má vysokou aktivitu v rozsahu nízkých teplot, jejího použití a psychrofilní bakterie, která proteasu produkuje.
Dosavadní stav techniky
Psychrofilní bakterie jsou známy dlouhou dobu a jejich existence v podmínkách nízkých teplot byla potvrzena v řadě případů. Psychrofilní bakterie lze izolovat z různých prostředí vyznačujících se nízkými teplotami, například z půdy, rybných produktů nebo mléčných výrobků, stejně jako z arteficielního prostředí vyznačujícího se nízkými teplotami. Existují studie o psychrofilních bakteriích v potravinářské mikrobiologii, ale tyto studie se v podstatě týkají fylogenetiky mikroorganismů.
Existuje předpoklad, že enzymy získávané z psychrofilních bakterií budou rovněž psychrofilní, tedy, že jejich optimální teplota se bude nalézat v rozsahu nízkých teplot. Obecně platí. že psychrofilní enzym, který účinkuje efektivně při nízkých teplotách, lze přidat například do detergentu, který pak lze používat ve vodě při nízké teplotě. Lze se rovněž domnívat, že takový enzym lze použít v chemické reakci v přítomnosti organického rozpouštědla, které je těkavé při teplotě místnosti, i pro zlepšení kvality potravin při teplotě, kdy nedojde ke zkažení potravin. Studium enzymů
·. . · ·· ·· ···· • · · .... · · ·
... ······ z , ···· · · » · · ··· · • · · · · · · ···· · ··· ·· ·· · pocházejících z psychrofilních bakterií je velmi zajímavé i z hlediska fyziologické funkce a adaptačních mechanismů týkajících se nízkých teplot u psychrofilních bakterií.
Souhrn
Byl nalezen nový bakteriální kmen, který produkuje novou psychrofilni proteasu.
V souladu s tím, je předmětem tohoto vynálezu nová psychrofilní proteasa.
Dalším předmětem tohoto vynálezu je nový mikroorganismus, ] který tuto psychrofilní proteasu produkuje. (
Dalším předmětem tohoto vynálezu je způsob přípravy této f $
psychrofilní proteasy pomocí uvedeného nového mikroorganismu. ,
Psychrofilni proteasa podle tohoto vynálezu má I následujícíc fyzikálně-chemické vlastnosti.
- Specifická aktivita a substrátová specificita: proteasa rozkládá kasein a dimethylkasein, avšak nepůsobí na ribonukleasu.
Optimální teplota: optimální teplota tohoto enzymu je přibližně 40 °C.
- Teplotní stabilita: za podmínek skladování při pH 7 po dobu 1 hodiny při 30 °C proteasa není prakticky inaktivována, avšak při 40 °C ztrácí přibližně 40 % své aktivity, a při 50 °C je rychle inaktivována, takže aktivita enzymu se úplně ztrácí během 15 minut.
Podle provedení vynálezu, kterému je dávána přednost, má tato proteasa rovněž následující fyzikálně-chemické vlastnosti:
·· ···· • ···· · • · • · · · ·
- Optimální pH: proteasa optimálně působí při pH 7,5;
- Stabilita enzymu z hlediska pH: proteasa je stabilní v rozsahu pH 6,0 až 10,0 v podmínkách skladování při 20 °C po dobu 1 hodiny;
- Molekulová hmotnost: přibližně 38 kDa (elektroforéza v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti sodium dodecylsulfátu a metody gelové filtrace);
- Izoelektrický bod: přibližně 4,5.
Nový mikroorganismus podle tohoto vynálezu je Flavobacterium balustinum, které má schopnost produkovat psychrofilní proteasu, jak je popsáno výše.
Způsob přípravy psychrofilní proteasy podle tohoto vynálezu zahrnuje kultivaci mikroorganismu Flavobacterium balustinum a získání psychrofilní proteasy z mikrobiální kultury.
Krátký popis zobrazení
Obr. 1 znázorňuje výsledek Příkladu 2, který ukazuje vztah mezi teplotou a aktivitou proteas kmene P104 a proteasy Subtilysin Carlsberg.
Obr. 2 znázorňuje výsledek Příkladu 4 (2), který ukazuje vliv počátečního pH na aktivitu extracelulární proteasy a růst
Flavobacterium balustinum P104.
Obr. 3 znázorňuje výsledek Příkladu 4 (3), který ukazuje vliv kultivačních teplot na aktivitu extracelulární proteasy a růst Flavobacterium balustinum P104. Obr. 3 (A), (B) a (C) znázorňují výsledky získané při teplotách 10, 20 a 30 °C.
Obr. 4 znázorňuje výsledek eluce při gelové filtraci v Příkladu 5 (2) (c).
• ·
Obr. 5 znázorňuje výsledek chromatografické eluce v Příkladu 5 (2) (c).
Obr. 6 znázorňuje výsledek elektroforézy v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti sodium dodecylsulfátu pro zjištění molekulové hmotnosti v Příkladu 6.
Obr. 7 znázorňuje kalibrační křivku pro zjištěni molekulové hmotnosti v Příkladu 4.
Obr. 8 znázorňuje kalibrační křivku pro gelovou filtraci pro zjištění molekulové hmotnosti v Příkladu 6.
Obr. 9 znázorňuje výsledek izoelektrieké fokusace v Příkladu 7. {
Obr. 10 znázorňuje kalibrační křivku izoelektrieké J fokusace v Příkladu 7. |
Obr. 11 znázorňuje výsledek Příkladu 8, který ukazuje vliv , pH na enzymovou reakci prováděnou enzymem podle tohoto I vynálezu.
Obr. 12 znázorňuje výsledek Příkladu 9, který ukazuje stabilitu enzymu v závislosti na pH podle tohoto vynálezu.
Obr. 13 znázorňuje výsledek Příkladu 10, který ukazuje vliv teploty na enzymovou reakci prováděnou enzymem podle tohoto vynálezu.
Obr. 14 znázorňuje výsledek Příkladu 11, který ukazuje teplotní stabilitu enzymu podle tohoto vynálezu.
Obr. 15 znázorňuje výsledek Příkladu 13, který ukazuje vliv proteinového modifikátoru sodium dodecylsulfátu na enzym podle tohoto vynálezu.
Obr. 16 znázorňuje výsledek Příkladu 13, který ukazuje vliv proteinového modifikátoru močoviny na enzym podle tohoto vynálezu.
• · · · • · • ·
Obr. 17 představuje Lineweaver-Burkovo vynesení týkající se enzymu podle tohoto vynálezu zjišťované v Příkladu 16. Obr. 17 (A) ukazuje změnu hodnoty 1/v v rozsahu 0 až 2,0, obr. 17 (B) v rozsahu 0 až 0,2.
Podstata vynálezu
Bakterie produkující novou proteasu
Nová proteasa podle tohoto vynálezu je produkována mikroorganismy, které náleží k rodu Flavobacterium a mají schopnost produkovat proteasu, která má výše popsané vlastnosti.
Specifický příklad mikroorganismů, které mají schopnost produkovat proteasu podle tohoto vynálezu, výhodně zahrnuje Flavobacterium balustinum P104. Tento kmen je mikroorganismem izolovaným z vnitřností lososa a byl uložen v National Institute of Bioscience and Human-Techno1ogy, Ageney of Industrial Science and Technology pod číslem FERM BP-5006 dne
17. února 1995.
Bakteriologické vlastnosti Flavobacterium balustinum P104 podle tohoto vynálezu jsou vyjmenovány dále.
(1) Morfologické vlastnosti
Kmen má podobu krátkých bacilů o velikosti 0,4 až 0,5 x 1,7 až 1,9 mikrometrů.
(2) Povaha kultivačního media
Kmen rostl na agarovém mediu a produkoval žlutý pigment.
(3) Optimální podmínky růstu pH: kmen rostl v rozmezí pH hodnot 5 až 9, a optimální pH růstu bylo přibližně neutrální.
Teplota: kmen rostl v rozmezí teplot 10 až 30 °C, a optimální růstová teplota byla přibližně 20 C.
(4) Příslušnost k aerobním a anaerobním bakteriím: aerob.
(5) Příslušnost podle Gramova barvení: Gram negativní.
(6) Biochemické vlastnosti
Hlavní biochemické vlastnosti mikroorganismu
Flavobacterium balustinum P104 jsou uvedeny v Tab. 1.
Tabulka 1
Testované vlastnosti Výsledek
Galaktosidasa -
Arginindihydrolasa -
Lysindekarboxylasa
Ornitindekarboxylasa -
Využití kyseliny citrónové -
Produkce H^S -
Ureasa +
Trypto fanaminasa -
Produkce indolů +
Želatinasa +
Glukosa -
Ď-manitol -
Inositol -
D-sorbitol -
Rhamnosa -
Sacharosa -
D-melibiosa -
D-amygdalin -
L-arbinol -
Oxidasa
Ačkoli se kmen jevil podle těchto vlastností jako Flavobacterium indolgenes, byl klasifikován jako Flavobacterium balustinum na základě porovnání sekvence DNA kódující 16S ribosomální RNA se sekvencí baží známého mikroorganismu, jak je popsáno v Příkladu 3.
Kultivační medium používané pro kultivaci mikroorganismu je buď tekuté nebo pevné, ale obecně je používána třepaná kultura nebo aerovaná kultura obsahující tekuté medium.
Lze použít libovolné kultivační medium pro kultivaci • · • · · · mikroorganismu, které je vhodné z hlediska růstu a produkce proteasy. Specificky příklady zdrojů uhlíku zahrnují glukosu, trehalosu, fruktosu, maltosu, sacharosu, škrob a oligosacharidy ze sladu. Příklady zdroje dusíku zahrnují kvasničný extrakt, sojovou moučku, moučku z bavlníkových semen, corn steep, různé aminokyseliny a jejich soli, a nitráty. Lze rovněž použít syntetická media nebo přírodní media obsahující vhodné anorganické soli jako fosfáty hořčíku, vápníku, sodíku, draslíku, železa a manganu, a jiné živiny podle potřeby.
Kultivační podmínky jako jsou pH a teplota lze určit v rozsahu produkce proteasy, třepaná kultura na tekutém mediu nebo aerovaná třepaná kultura se výhodně provádějí při neutrální hodnotě pH a teplotě okolo 20 °G.
Proteasa podle tohoto vynálezu je produkována v buněčné stěně bakteriální buňky, uvnitř buňky a v supernatantu kultury a je tudíž ve formě bakteriální stěny, hrubého enzymu získaného z bakteriální buňky, nebo supernatantu kultury na tekutém mediu, nebo ve formě extrahovaného a purifikovaňého enzymu. Enzym též může být v podobě proteasy imobilizované na substrátu pomocí známé metody.
Izolace enzymu
Pro izolaci a purifikaci enzymu podle tohoto vynálezu z kultury na tekutém mediu lze použít dobře známé metody a to buď jednotlivě nebo v kombinaci.
Proteasa podle tohoto vynálezu je převážně vylučována extracelulárně, zvláště v kulturách na tekutém mediu, proto
lze bakteriální buňky snadno odstranit například fitrací nebo centrifugací a získat tak hrubý roztok enzymu. Hrubý roztok enzymu lze dále purifikovat známými metodami. Tyto metody zahrnuji přednostně vysolování s použitím soli jako je amonium sulfát, precipitační metodu s organickými rozpouštědly jako jsou metanol, etanol, nebo aceton, adsorpční metodu se surovým škrobem, ultrafiltrační metodu, a různé chromatografické metody jako je gelová filtrační chromatografie nebo iontoměničová chromatografie. Typické příklady přednostně užívaných metod jsou uvedeny v Příkladech v dalším textu.
Vlastnosti proteasy
Byly zkoumány vlastnosti proteasy podle tohoto vynálezu a výsledky jsou uvedeny dále.
(1) Aktivita a substrátová specificita
Tento enzym dobře štěpí makromolekulám! proteiny jako kasein či dimetylkasein nebo denaturované proteiny. Rovněž štěpí gelatin, což je denaturovaný protein kolagenu v rozsahu asi 50% ve srovnání s kaseinem. Málo působí na ostatní přirozené proteiny a vůbec nepůsobí na ribonukleasu.
Průmyslově používané proteasy jako subtilisin nemají substrátovou specifitu a působí na většinu proteinů. Naopak, enzym podle tohoto vynálezu působí jen na makromolekulární proteiny nebo na denaturované proteiny, do kterých se poměrně snadno dostává.
Proteasa, která je obdobou enzymu podle tohoto vynálezu a je získána z psychrofilní bakterie Pseudomonas fluorescens, dobře štěpí makromolekulární proteiny jako kasein nebo • · · · · · dimetylkasein nebo denaturované proteiny. Avšak tato proteasa, která se liší od enzymu tohoto vynálezu, rovněž štěpí přirozené globulární proteiny jako hemoglobin a albumin hovězího séra v rozsahu asi 40 % ve srovnání s dimetylkaseinem. Proto má enzym podle tohoto vynálezu pravděpodobně vyšší substrátovou specifitu než známé enzymy.
(2) Optimální teplota a teplotní stabilita
Enzym podle tohoto vynálezu působí při teplotě 40 °C.
Když je enzym uchováván při pH 7 po dobu 1 hodiny, je zřídka inaktivován při teplotě do 30 °C, ale při 40 °C ztrácí % své aktivity. Při teplotě 50 °C je rychle inaktivován, takže do 15 minut ztrácí veškerou aktivitu.
Enzym podle tohoto vynálezu je tedy psychrofilním enzymem, projevujícím účinnou katalytickou aktivitu při nízkých teplotách.
(3) Optimální pH a rozsah pH kdy je enzym stabilní
Enzym podle tohoto vynálezu má optimální pH 7,5.
Je stabilní v rozmezí pH 6,0 až 10,0 za podmínek uchovávání při 20 °C po dobu 1 hodiny.
Enzym je tedy neutrální proteasou, která nepůsobí v extrémně kyselém nebo zásaditém rozmezí hodnot pH. Enzym se inaktivuje při uchovávání v extrémně kyselém nebo zásaditém rozmezí hodnot pH.
(4) Molekulová hmotnost
Enzym podle tohoto vynálezu má molekulovou hmotnost 38 kDa, která byla měřena pomocí metod elektroforesy na polyakrylamidovém gelu v přítomnosti sodium dodecylsulfátu a gelové filtrace.
(5) Izoelektrický bod • · · * • · · · 1 • · · · · · · • · · • « « • ···· · • · ··· · ·
Enzym podle tohoto vynálezu má izoelektrický bod 4,5, který byl měřen pomocí izoelektrické fokusace.
(6) Inhibice aktivity
Proteasová aktivita enzymu není inhibována fenylmetylsulfonylfluoridem nebo jodoacetamidem, ale je značně inhibována kyselinou ethylendiamintetraoctovou, 2,2-bipyridylem, kyselinou citrónovou nebo kyselinou šťavelovou. Proteasová aktivita tedy závisí na kovových iontech, proto je pravděpodobně enzym podle tohoto vynálezu metaloproteasou. Z inhibice proteasové aktivity kyselinou citrónovou a šťavelovou vyplývá závislost enzymové aktivity na iontech vápníku.
Navíc je enzymovoá aktivita značně inhibována kovovými ionty jako Ag‘, Cu2 ' , Zn2-1, Co24 a Fe2+, mezi nimi pak zvláště Ag''. Není však inhibována Mg2'ani Ca2 1/ (7) Enzymová reakční kinetika
Enzym podle tohoto vynálezu vykazuje typ reakční rychlosti Michaelis-Mentenové v závislosti na koncentraci substrátu jako je kaseih. Hodnoty K klesají a hodnoty V stoupají se m raax zvyšující se teplotou. Navíc, enzymu vykazuje pozoruhodně vysoké hodnoty v rozmezí od 10 do 40 °C. Enzymy bývají obecně inhibovány nadbytkem substrátu. Avšak v případě enzymu podle tohoto vynálezu Kcat hodnota stoupá, když se systém blíží optimální pracovní teplotě. Enzym je tedy výhodný v tom ohledu, že nepozorujeme znatelnou inhibici rozkladnými produkty. Z Lineweaver-Burkeho závislosti lze rovněž usuzovat, že inhibice způsobená teplotou má smíšenou formu, to znamená, že vliv teploty představuje nekompetitivní nebo akompetitivní inhibici a vliv rozkladných produktů inhibici kompetitivní.
• Φ φφφφ • φ φ φ φ · φ · φ φ <
• φ φ ··· φ • · · • φ · φ φ φ • ···· · • · φφφφ ·
Použití enzymu
Psychrofilní proteasa podle tohoto vynálezu má optimální teplotu v nízkém teplotním rozsahu. Tedy, pomocí psychrofilní proteasy podle tohoto vynálezu, lze štěpit proteiny při nízké teplotě. Například detergent, který lze použít i ve vodě při nízké teplotě, je připraven přidáním proteasy podle tohoto vynálezu do detergentního přípravku. S výjimkou zahrnutí psychrofilní proteasy podle tohoto vynálezu, lze tento detergentní přípravek připravit konvenčními metodami. Stručně řečeno, lze jej připravit kombinací proteasy podle tohoto vynálezu s obvyklou detergentní složkou jako je povrchově aktivní činidlo pro detergenty, bělidlo nebo plnidlo.
Enzymová reakce psychrofilní proteasy podle tohoto vynálezu probíhá při nízké teplotě. Tedy, i když reakční systém obsahuje organické rozpouštědlo, které je těkavé při teplotě místnosti, může reakce probíhat za nízké teploty, kdy se organické rozpouštědlo neodpařuje. Navíc, když zamýšlíme zlepšit kvalitu potravin použitím proteasy podle tohoto vynálezu, je výhodné užít tuto proteasu, protože reakce probíhá při nízké teplotě, při které jsou potraviny účinně chráněny před rozkladem.
Vzhledem k tomu, že proteasa podle tohoto vynálezu je dostupná, očekáváme pokrok v dalším studiu fyziologických mechanismů psychrofilních bakterií a jejich aplikačních mechanismů při nízkých teplotách
Tento vynález je popsán podrobněji dále v souvislosti se specifickými příklady, ale rozsah vynálezu jimi není • · • · • · · · • · ·· ······ • ······ · • · · · · ··· ····· · · · · ··· · • · · · · · • ····· ·· · omezen.
V této souvislosti byly proteiny kvantitativně stanoveny barvicí metodou Bio-Rad Protein Assay a proteinové frakce eluátu získané pomoci chromatografie byly měřeny s využitím absorpce ultrafialového záření při 280 nm, pokud není uvedeno jinak.
Kromě toho byla aktivita proteasy měřena následovně. : (a) Rozkladná aktivita proteinu měřená s azokaseinem
0,05 ml roztoku enzymu bylo přidáno k 0,3 ml 0,067 M fosfátového pufru, obsahujícího 1 % (W/V) azokaseinu (pH
7,0) a směs byla udržována při teplotě 30 °C po dobu 30 minut. |
Reakce byla ukončena přidáním 6% roztoku trichloroctové l kyseliny. Po 15 minutách byla reakční směs centrifugována při f i
000 ot./min při teplotě místnosti po dobu 5 minut. ,
Absorbance supernatantu byla měřena při 340 nm. Enzymová I aktivita byla definována na základě AGU (jednotka rozkladu azokaseinu = azocasein digestion unit), která představuje nárůst absorbance o 0,001 za minutu při 340 nm.
(b) Rozkladná aktivita proteinu stanovená modifikovanou Ansonovou metodou
0,05 ml roztoku enzymu bylo přidáno k 0,3 ml 0,067 M fosfátového pufru obsahujícího 1% (W/V) koncentraci proteinu (pH 7,0) a směs byla potom udržována při teplotě 30 °C po dobu 30 minut. Reakce byla ukončena přidáním 7,5 % roztoku trichloroctové kyseliny. Po 30 minutách byla reakční směs centrifugována při 14 000 ot./min při teplotě místnosti po dobu 5 minut. Absorbance supernatantu byla změřena při 280 nm.
Enzymová aktivita byla definována na základě AU (modifikovaná Ansonova jednotka = modified Anson unit), která představuje
- o · · · «···· iJ · ···· · · · · · ··· · • · · · · · · • · · · · ··· ·· · · · produkci tyrosinu v množství 1 mol za minutu.
Příklady provedení vynálezu
Příklad 1 (1) Vyhledávání nových bakteriálních kmenů
Izolace nového bakteriálního kmene byla provedena na agarovém mediu. Izolovaný vzorek vnitřních orgánů lososa byl resuspendován ve fyziologickém roztoku a supernatant byl použit jako zásobní roztok, ze kterého byl připraven 100 krát ředěný roztok. Objemy 0,2 ml zásobního roztoku a 100 krát ředěného roztoku byly nastříkány na agarové medium pro vyhledávání kmenů (polypepton 3 g/1, kvasničný extrakt 10 g/1, Na kasein 10 g/1, MgSO^.7 H20 0,2 g/1, agar 2,0 g/1; Petriho misky o průměru 9 cm) a agarové plotny byly kultivovány při teplotě 10 °C po 3 dny. Z kolonií vyrostlých na agaru byly vybrány dobře rostoucí izoláty pro subkultivaci a inokulaci na agarových plotnách pro vytvoření zásobních kultur.
Aktivita exoenzymu byla stanovena na agarovém mediu. Izolovaný bakteriální kmen byl inokulován v pruzích na agarové medium pro vyhledávání, jak bylo popsáno výše, a kultivován při 10 ”C po 3 dny. Na agarovou plotnu, na které rostly bakterie, byla následně nastříkána 10% kyselina trichloroctová a bakterie produkující proteasu byly detekovány vytvořením jasných skvrn.
(2) Kultivace izolovaného bakteriálního kmene a produkce enzymu • · · • · • · • · · · · ·
Izolované bakterie ze zásobního media byly inokulovány do 25 ml prekultivačního media (polypepton 10 g/1, endoextrakt 10 g/1, MgSO^.7 H^O 0,2 g/1, pH 7,0 ve 100 ml Ěrlenmeyerově baňce) a kultivovány na rotačním třepačce při 10 °C a 150 ot./min po dobu 48 hodin v TAITECNR-80, aby se stabilizovala růstová aktivita bakterií. Obvykle bylo inokulováno 0,25 ml prekultivačního roztoku do 25 ml media pro produkci enzymů (polypepton 5 g/1, kvasničny extrakt 2,5 g/1. Na kasein 5 g/1, MgSO4.7 Ha0 0,2 g/1, pH 7,0 ve 100 ml Ěrlenmeyerově baňce) a kultivovány na rotační třepačce při 10 °C a 150 ot./min po dobu 72 hodin. Kultivační medium bylo předtím sterilizováno párou při 121 °C (1,2 kgf/cm2) po dobu 15 minut.
Izolovaný bakteriální kmen byl uchováván na agarovém mediu pro uchovávání bakterií při 10 ”C a subkultivován po 2 týdnech až 1 měsíci.
(3) Měření proteasové aktivity
Kultivační roztok, získaný předchozím postupem (2), byl zcentrifugován (17 000 x g, 4 °C, 15 minut). Supernatant byl použit jako hrubý enzymový roztok. Proteasová aktivita byla měřena rozkladem azokaseinu. 0,05 ml hrubého enzymového roztoku bylo přidáno k 0,3 ml 0,067 M fosfátového roztoku, obsahujícího 1% (W/V) azokaseinu (pH 7,0) a směs byla inkubována při 20 °C po dobu 30 minut. Reakce byla potom ukončena 6% roztokem kyseliny trichloroctové a po 15 minutách byla reakční směs centrifugována při 14 000 ot./min a teplotě místnosti po dobu 5 minut. Absorbance šupernatantu byla změřena při 340 nm pomocí spektrofotometru (Beckman DU640). Enzymová aktivita byla stanovena na základě ACU (jednotka rozkladu azokaseinu = azokasein digestion unit), která *
• · • · · · · · · • · · · · · • · · · · · · φ • · · φ ·
Φ·· · · φφ φ představuje nárůst absorbance ο 0,001 za minutu při 340 nm.
Výsledkem kroků (1) až (3) byla izolace bakteriálního kmene P104 s proteasovou aktivitou. Bakteriální kmen vykazoval proteasovou aktivitu, která je ukázána v následující tabulce.
V tabulce uvedená rychlost růstu kmene byla získána porovnáním s růstem kmene Cytophaga xantha IFO 14972.
Tabulka 2
Bakteriální kmen s proteasovou aktivitou
Kmen Růstová rychlost Proteasová aktivita (x 103 ACU/ml)
P104 +++ 0,982
Příklad 2
Proteasová aktivita u P104
Vliv teploty na enzymovou aktivitu byl zkoumán u kultivačního roztoku získaného kultivací kmene P104 produkujícího proteasu v teplotním rozmezí od 0 do 60 ”C. Teplotní závislost enzymové aktivity byla stejným způsobem zkoumána u Subtilisinu Carlsberg (Sigma), což je komerčně dostupná enzymová proteasa pocházející z Bacillus licheniformis.
Výsledek je ukázán na obr. 1, na kterém je specifická aktivita kmene P104 znázorněna čtverečky a specifická aktivita Subtilisinu Carlsberg trojúhelníčky.
Optimální teploty byly 40 C pro ěxoproteasu kmene P104 a 60 °C nebo více pro Subtilisin Carlsberg. Exoproteasa kmene P104 si zachovala při teplotě 20 °C a při optimální teplotě 40 a více procent proteasové aktivity. Proteasa Subtilisin
Carlsberg si zachovala jen asi 10% proteasové aktivity při optimální teplotě.
V rozmezí od 10 do 40 °C byla pro tyto exoproteasy vypočtena aktivační energie enzymové reakce. Výsledky ukazuje následující tabulka.
Tabulka 3
Bakteriální buňka Aktivační energie (kJ/mol)
P104 39,8
Bacillus subtilis 58,3
Příklad 3
Identifikace kmene P104 na základě sekvence baží v DNA pro 16S ribosomální RNA.
Vzorek kultivačního roztoku získaný podle Příkladu 2 byl odebrán do 1,5 ml mikrozkumavky a bakterie byly odděleny centrifugací. Genomová DNA byla extrahována s cílem amplifikovat DNA sekvencí baží kódující 16S RNA pomocí PCR (polymerasová řetězová reakce). Sekvence baží byla potom určena za použití Sangerovy metody a porovnána s databazí Genové banky (Genbank) pro identifikaci. Seznam použitých primerů je uveden dále, jako PCR bylo použito ÍF-Link a 5R-Link.
Primery:
1F-Link i 5'-TGTAAAACGACGGCCAGTAGTTTGATCATGGCTCAG-3';
3R-Link: 5'-CAGGAAACAGCTATGACCCGTCAATTCATTTGAGTT-3';
3F-Link: 5'-TGTTAAAACGACGGCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTA-3';
5R-Link: 5'-TGTAAAACGACGGCCAGTAAGTCCCGCAACGAGCGCAA-3'.
• ·
Výsledky srovnání s databazí Genové banky jsou uvedeny v následujících tabulkách. V těchto tabulkách Query představuje gen pro 16S ribosomální RNA pocházející z kmene P104 a Subject představuje 16S ribosomální RNA z Flavobacterium balustinum (FVBRR16SH). Bakteriální kmen byl identifikován jako Flavobacterium balustinum. Kmen P104 je tedy dále označován jako Flavobacterium balustinum P104.
·· · · ·· ·· ···· η q ··· ······»
Ιο ··· ······ • ···· · · · · · «·· « • · · · · · · • ·· · · ··· ·· · · · (a) Použitý primer ÍF-Link
Identita = 185/204 (90 %), podobnost = 185/204 (90 %)
Qucry:l G A T G A ACG CTA GCGGGAGGC
Sbjci:31 GATNA ACG CTA G C G G G A G G C
Qucry:21 CTAAC ACA T G C AAG CCG AGC
Sbjct:51 CTAACACA T G C A A G C C G AGC
Query:41 GGTATTTG • « « « » T C T a TTCGGGACA ( a aaa
Sbjct:71 GGTATAGA T T C T TCGGA ATC
Qucry:6i GAGAG agc G G A G T A C G G G T G
Sbjct:91 TAGAG AGC G G C GTACGGGTC
Query:Sl CGGAACAC GTG TGCAACCTA
Sbjctl 11 CGGAACAC GTG TGCAACCTA
Query:101 CCTTTATC AGG GGGATAGCC
Sb jer131 CCNTTATC AGG GGGATAGCC
Query:121 TTTCG AAA G G A AGA T TA AT A
Sbjcrl51_ T T T C G A A A G G A AGATTAATA
Query:I4i CCCCATAA T A T ATTGATTGG
5bjct:171 CCCNATAA T A T ATTGACTGG
Query:l6l CATCAGTT ACT ATTGACAAC a i a a a « a «
Sbjct:191 CATCAGTC GAT ATTGAA aac
Query:181 TCCGGTGG A T A GAGATGGTC
Sbjc::211 TCCGGTGG A T A GAGATGGGC
Query:201 A C G C « a < 1
Sbjci:231 A C G C
• · • · · · · · • · ·· · • · · • · · • ···· · • · • · · · · • · · • · · • · · · • 9
9 (b) Použitý primer 3F-Link
Identita = 208/330 (63 %), podobnost = 208/330 (63 %)
Query:l G A T A
Sbjcr.695 G A T A
Query:21 T T G C « « I *
Sbjct:715 T T G C
Query:4l G Τ Ν T
I · »
Sbjci:735 G Τ Τ T
Qucry:61 C C G A • * 4
Sbjct:755 A C G A
Query:81 C A G G
TTACTTAG : : : ; : i : :
TTACTTAG G A G G G A N G « » I « t • * · · I
GAAGGCAG N A 'C C T G A T
AACACCAA
TAACTGAC
AAGTGNGN • · · S i
AAGCGTGG A T T A O T T N
AAC ACCAA Τ T C A C T A T :::::::
GTCACTAT GC N G A T G N * · 4-444
GCTGATGG
TGAGTGAA • t * «44
4*4 4 « 4
GG A G C G A A CCATGGTC
Sbjct:775
QucryrlOl
Sbjci:795
Query:121
C A G G
G N C C • 4 4
4 4
G T C C
T A T C
A Τ T A
A C O N ; i :
A C G C
T C G N
G A T A
C G Τ N
4 * • * «
C G T A
Τ Τ Ν T
C C C T
C A C N < *
A A C G
G G G A
G G T A A Τ Ν T
I *
A T G C
Τ T A N
Sbjct:815 T A
Query:!41 N A
5bjct;835 G G
Qucryrlól A G • I
Sbjci:843 a G
Qucry:181 N C
Sbjct:865 G G
Query:20l C G
Sbjct:885 G A
A C T C G T
G Τ N C A G * 4 14 4
4 «14
G Τ T C A G
Τ N G T A T < « 4
T G A T A A
G N G T C N * * 4
4 4
G A G T A C
A A Ν T C A : : : i :
A A C T C A
Τ Τ Τ T G G
C G A G T A : i : :
A G A C TA
G Ν N A G N i I » < 4 4
G Τ T A G C
G Τ T C G C
G C Τ Τ T A
A C A N A G
A G C G A A
C A C C N G » I « ·
4* 4
N A C C T G
A G G Τ Τ T
A A G A A T
T G G C G G « I «
I 4
Τ T G A C G • · ··· · «V • · · · • · ·· ·
Qucry:201 NTGGCCNNTACACNCTGTGN
II «·· < I··
I « 11« I «II
Sbjct:9O5 GGNNCCNG CACAAG.CGGTGG
Query:22l T T T A T A T N G T N T A A N G C G T T > I · I I I « « « « I I I lili « II III · » I
Sbjct:925 ATTATGTGGTTTAATTCGAT Query:24l NATNCNAGAGGGTCCTNACC : : : i : : j : j : : : :
Sbjci:94í OATACGCGAOOAACCTTACC Query:261 ANGNTTNNTTNGGGTCNTCC « · I 11« | • I t «II |
Sbjct:965 AAGGCTTAAATGGGAATTGA Qucry:281 CAOCCTTCGTCTNTACTTGT
I « I lil l i
I « «I» «I
Sbj’Ci:983 CAGGTTTAGAAATAGACTTT Query:3O1 GNTTCGGACA
SbjcclOOS TCTTCGGACA • · · • · · • · · • · · · · • · • ·· · · • ·· ·· ···· ······ · • · · · · · ·· · · ···· • · · · · ··· ·· ·· · (c) Použitý primer 3R-Link
Identita = 128/162 (79 %), podobnost = 128/162 (79 %)
Query*162 T T N T T G G G N A T A A N A G G G N C |1 « » » «« « « 1 « a .
Sbjct:552 Query:142 tttattgggttta aagggtc CNTCNGCGGACCTGTAAATC
Sbjct:572 Query:122 CGTAGGCGGATCTGTAAGTC ATTGGT GATATC T C A O A G GC
Sbjct:592 Query:102 AGTGGT GAAATCTCAT AG CT tgtctatgggactaccattg
Sbjct:612 Qucry;82 taactatgaaactgccattg atgctccaggtcatgagtct
Sbjct:632 Query:62 atactgcaggtcttgagt AA agcaggagtggctggaataa
Sbjct:652 Query;42 agtagaagtggctggaataa gtactgtaacg gtgtaatgc
5bj«:672 Qucry:22 gtagtgtagcggtgaaa TGC atagatattactcagaaccc
Sbjct:692 Qucry:2 AT AGAT ATT ACT T AGAAC AC C A
Sbjci:712 C A • · ··· · ·· · · «· • · · ······ · • · · ··· · · · • ····· · · φ · φφφ φ • · · · · · · ··· · · ·Φ · φ φ · · · (d) Použitý primer 5R-Link
Identita = 237/273 (86 %), podobnost
237/273 (86 %)
Querý:273 C C G G T a A a C N C « C 1 C T T a G a G G < a C C a a A a c A
Sbjct:l)93 C C C T T a A • c G c a T T a G G G a a c c A c a A
Query:253 C A C G T A A T A C A A T C N C A A G N
Sbjct:l213 C A C G T A A T A C A A T G G C C A G T
Query:233 A C • t A a G a A O N G T A G C N A C C A G N C
Sbjct:1233 A C A G A G G G C A • G a c T A C C A G G C
Query:213 G N C T G G A T G C G A A T C T C G A A
Sbjci:1233 G A C T G G A T G C G A A T C T C G A A
Qoery:193 A N 1 C τ 1 G C 1 Ň c T c A G A N C G G A N T
Sbjct:1273 1 A G C T N a G N c T c A G T T C G G A τ τ
Qucry:173 G G 1 1 A 1 G a T 1 C « T < G a c a A 1 A 1 C a T a C G a a A C 1 ! τ 1 e T
Sbjct:J293 G G A G T c T G c A A c T C G A C T c T
Query:133 A T 1 1 G I A a A 1 A c 1 T G a G a A a T N C G C T A G T
Sbjci:1313 A T G A A G c T G G A A τ C G g τ A G τ
·· • · • · · • · · · • ·· · • · • · ·· · • · · · · · · • · · · • ·· ·· ·
Query:133 A A T c G C A T A T c A G N C A T G A T
Sbjct:1333 A A T c G C A T A T G A G C G A T G A T
Que;y:ll3 N c I G G T G A A N A C G T T G C G N G G
Sbjct:1333 G c G G T G A A T A C G T T C C C N G G
Qucry:93 C c T T G N A A A C A C C G C C C G T C
Sbjct:I373 C c T T G T A C A C A C C G C N C G T C
Qoery:73 A 1 A < C C C A T 0 G A A G T T T G G G G T
Sbjc«:l393 A A G C C A T G G A A G T T T c O G G 7
Query:53 A C C T G N A G T C G G T G A C C OTA
Sbjci:1413 A c C T G A A G T G Q G T G A C C OTA
Query;33 A c N G G A C C T N C C T A G G G T A N
Sbjct;I433 ACAGGAGCTGCCTAGGGTAA Query:l3 NACAAGTAACTAG
Sbjci:J433 AACAAGTAACTAG ·· ·· ···· • · · · · • · · · · • · * ··· « • 9 9 9
99 * ·· 9 9
9 9 99
9 9 · • ···· · · • · ·
9999 · ···
Příklad 4
Kultura Flavobacterium balustinum PÍO4 (1) Měření koncentrace bakteriálních buněk
Kultivační roztok, získaný podle Příkladu 2, byl naředěn fyziologickým roztokem tak, aby byla zajištěna hodnota 0 až 5 buněk připadajících na komůrku počítače bakterií (bacterial counter cell). Buňky byly počítány za pomoci optického mikroskopu. Aby se získala korelace mezi počtem buněk a turbiditou suspense buněk, byly turbidity jednotlivých ředění kultivačního roztoku měřeny spektroskopicky při 6.S0 nm. Vztah mezi turbiditou a koncentraci bakteriálních buněk Flavobacterium balustinum P104 popisuje následující rovnice:
(Buňky/ml) = 1,13 x 10® x Abs.660 nm, kde 1,13 x 10® je faktor získaný z kalibrační křivky.
(2) Vliv pH
Bakteriální kmen byl kultivován při různých počátečních hodnotách pH kultivačních medií pro produkci proteasy v rozmezí od 5 do 9 se záměrem prozkoumat vliv počátečního pH na exoproteasovou aktivitu a růst.
Výsledky jsou zobrazeny na obr. 2.
Při alkalickém pH byl růst bakterií signifikantně snížen a rovněž se snížila proteasová aktivita. Nesignifikantní rozdíly, ať už v bakteriálním růstu nebo v proteasové aktivitě, byly pozorovány při kyselém pH. Růst bakteriálního kmene byl nejvyšší a proteasová aktivita dosahovala nejvyšší úroveň při neutrálním pH.
(3) Vliv kultivační teploty
Flavobacterium balustinum PÍ04 bylo kultivováno při • · · · · · ··· ··♦··· · ΟΛ ··· ······ o · ···· · * · · » ··· * • · · · · · · ···· « ··· · · · · · různých teplotách v rozmezí od 10 do 30 °C s cílem prozkoumat fluktuaci exoproteasové aktivity a růst v průběhu kultivace.
Výsledky jsou zobrazeny na obr. 3.
Zatímco bakteriální kmen dobře rostl při teplotách 10 a 20 °C, celkový nárůst biomasy při 30 °C byl asi poloviční ve srovnání s ustáleným stavem na konci růstu při 10 a 20 ®c.
Nejvyšší rychlost růstu vykazoval kmen při 20 °e, takže optimální teplota pro kultivaci je pravděpodobně 20 °C.
Příklad 5
Purifikace proteasy Flavobacterium balustinum P104 (1) Kultivace bakteriálního kmene
Izolovaný bakteriální kmen, získaný z následujícího kultivačního media pro uchovávání bakterií, byl inokulován do 25 ml prekultivačního media (ve 100 ml Erlenmeyerově baňce) a kultivován na rotační třepačce při 150 ot./min v TAITEC NR-80 při 10 °C po dobu 48 hodin. Vlastni kultura byla připravena inokulací 0,25 ml prekultivačního roztoku do 25 ml vlastního kultivačního media ve 100 ml Erlenmeyerově baňce a kultivována na rotační třepačce při 150 ot./min a 10 °C po dobu 72 hodin.
Zásobní medium:
polypepton 3 g/1 enzymový extrakt 2,5 g/1
Na kasein 20 g/1
MgSO^.7HaO 0,2 g/1 agar 20 g/1 pH 7,0 • · • · · · · • · · · · ·
Překultivační medium:
polypepton enzymový extrakt
Na kasein
MgSO .7H O 3 4 2 g/1
2,5 g/1 i g/i 0,2 g/1 pH 7,0
Kultivační medium:
polypepton 3 g/i
enzymový extrakt 2,5 g/1
Na kasein 5 g/1
KH PO .7H 0 2 4 2 3 g/1
MgSO .7H 0 4 2 0,2 g/1
pH 7,0
Kultivační media byla sterilizována párou Za vysokého tlaku v autoklávu při 120 °C (1,2 kgf/cm2) po dobu 15 minut.
Flavobacterium balustinum P104 bylo uchováváno na agarových zásobních plotnách při 10 °C. Kmen byl subkultivován po 2 týdnech až 1 měsíci.
(2) Purifikace proteasy (a) Vysolování síranem amonným
Kultivační roztok, získaný v předchozím kroku (1), byl zeentrifugován (17 000 x g, 4 °C, 15 minut). Supernatant byl použit jako hrubý enzymový roztok. K hrubému enzymovému roztoku byl přidáván síran amonný tak, aby roztok obsahoval finální koncentraci síranu amonného rovnou 50 % jeho saturační koncentrace. Po pomalém míchání po dobu 1 hodiny, byl roztok zeentrifugován (17 000 x g, 4 °C, 15 minut) a byla získána • · 4
Q <r ··· · · · ·
J ··········· • · · · · ···· · ····· · příslušná saturační frakce (O až 50 %). Množství přidaného síranu amonného bylo počítáno na saturační koncentraci při 25 °C.
(b) Gelová filtrace
Gelová filtrace byla prováděna na preparační koloně HiLoad 16/60 Superdex 200 prep grade. Všechny operace sloupcové chromatografie byly prováděny při 4 C s použitím systému HiLoad System 50 (Farmacia Biotec Co.).
Kolona HiLoad 16/60 Superdex 200 prep grade byla ekvilibrována průtokem 20 mM Bis-Tris pufru (pH 6,0) při lineární rychlosti 60 cm/hodinu (poměr k objemu gelu byl nejméně 3, tj. 400 ml).
ml vzorek enzymového roztoku po vysolování síranem amonným byl nanesen na kolonu vybavenou zařízením Superloop. Kolona byla eluována 20 mM Bis-Tris pufrem (pH 6,0) lineární rychlostí 60 cm/hodinu a byly odebírány 5 ml frakce.
Eluční křivka je zobrazena na obr. 4.
Transparentní žlutý protein o vysoké molekulové hmotnost obsažený v kultivačním roztoku byl eluován jako vylučovací mez. Následující eluovaná frakce obsahovala bezbarvý transparentní protein vykazující UV absorpci při 280 nm. Fragment připojený k protease byl pravděpodobně odstraněn v důsledku přítomnosti proteasové aktivity v této frakci.
(c) Sloupcová chromatografie
Chromatografie na iontoměniči byla prováděna na koloně Sepharose Q HP. Jako chromatografický sloupec byla použita kolona 0,7 x 12,5 cm, vyrobená z pěti HiTrapQ (lml) kolon zapojených v sérii. Kolona byla ekvilibrována průtokem 20 mM Bis-Tris pufru (pH 6,0) lineární rychlostí 35 cm/hodinu (poměr • · • · · · · · • · k objemu gelu byl nejméně 5, t j. 25 ml).
Vzorek enzymového roztoku frakce eluované při gelové filtraci, která měla proteasovou aktivitu, byl nanesen na kolonu vybavenou Superloopem lineární rychlostí 17,5 cm/hodinu. Kolona byla poté přomývána 80 ml 20 mM Bis-Tris pufru obsahujícího lineární gradient 0 až 150 mM NaCl lineární rychlostí 35 cm/hodinu a byly sbírány frakce o objemu 2 ml. Lineární gradient NaCl byl připraven přidáváním 1 M NaCl do uvedeného pufru, aby byla zvýšena jeho iontová síla.
Elučni křivka je zobrazena na obr. 5.
Kromě toho je výše popsaný způsob purifikace shrnut v následující tabulce.
Tabulka 4
Shrnutí purifikace proteasy
Množství (ml) Protein Enzymová Spec. Účinnost aktivita aktiv, purifikací Stupeň ϊ purifikace (x)
(mg) (xlO3 ACÚ) A (XlO3 CU.mg-1; (%) )
Kultiv. materiál 270 13,0 365 28,1 100 1
Vysolení (NH j SO 5 3,38 273 80,8 74,8 2,9
Gelová filtrace 25 0,752 77,7 103 21,3 3,7
Chromatografie na iontoměniči 18 0,154 29,3 190 8,03 6,8
Příklad 6
Stanovení čistoty a molekulové hmotnosti proteasy (1) Elektoforéza (a) Polyakrylamidová gelová elektroforéza v přítomnosti sodium
9 9999
9 99 999 9
9 9 · 9
9 9 9 9 9 9 dodecylsulfátu (SDS-PAGE)
Byl použit 10 % polyaktylamidový gel tloušťky 1 mm.
Elektroforéza byla prováděna s použitím elektrického proudu o hodnotě 20 mA až do doby, kdy bromfenolová modř (BPB) dosáhla spodní hranice gelu. Gelová plotna byla barvena vodným roztokem obsahujícím 30 % metanol, 10 % kyselinu octovou a 0,02 % Coomasie Briliant Blue R250 po dobu 1 hodiny a poté přes noc odbarvována odbarvovačem (30 % metanol a 10 % kyselina octová).
Molekulová hmotnost proteasy byla stanovena pomocí SDS-PAGE za použití fosforylasy, albuminu, ovalbuminu, karboanhydrasy, trypsinového inhibitoru a alfa-laktalbuminu jako markérů.
Výsledky a kalibrační křivka SDS-PAGE jsou uvedny na obr.
a 7. Enzym vykazoval jedno maximum (band) a lze jej proto pokládat za jednoduchý protein nemající subjednotkovou strukturu.
(b) Gelová filtrace
Molekulová hmotnost byla stanovena gelovou filtrační metodou pomocí kolony Hiprep 16/60 Sephacryl S-100 HR. Kolona byla ekvilibrována průtokem 50 mM fosfátového pufru obsahujícího 0,15 M NaCl (pH 7,0) při lineární rychlosti 30 cm/hodinu (poměr k objemu gelu byl nejméně 3, tj. 400 ml). 1 ml vzorek enzymového roztoku byl nanesen na kolonu a eluován stejným pufrem lineární rychlostí 30 cm/hodinu a byly sbírány frakce o objemu 2 ml. Volný objem byl stanoven pro Blue Dextran 2000 s albuminem (67 kDa), ovalbuminem (43 kDa), chymotrypsinogenem A (25 kDa) a ribonukleasou A (13,7 kDa) jako proteinovými standardy.
QQ ··· ······
ZO ······ ········ • · · · · · · ···· · ··· · · · · ·
Výsledky jsou ukázány na obr. 8. Kromě toho byly spolu korelovány hodnoty UV absorpce proteinu při 280 nm a enzymová aktivita. Absorpční křivka proteinu v UV oblasti spektra vykazovala maximální absorpci při 278 nm a žádnou absorpci v oblasti viditelného světla. Na základě těchto pozorování lze považovat protein za dostatečně čistý pro zkoumáni jeho vlastností. ?
Příklad 7
Izoelektrická fokusace i
Izoelektrická fokusace byla prováděna pomocí Phast systému j (Farmacia-Biotec Co.). Byl použit gel IEF3-9 a vzorek byl nanesen na gel v místě vzdáleném 3 cm od anody. Elektroforéza byla prováděna za následujících podmínek: 2 000 V, 2,5 mA, 15 eC, 410 Vh. Gelová plotna byla fixována ve 20 % roztoku TCA při 20 C po dobu 5 minut a poté omývána oplachovacím a odbarvovačím roztokem (30% metanol a 10% kyselina octová) po dobu 2 minut. Plotna byla nakonec opláchnuta a obarvena roztokem obsahujícím 0,02 % Coomasie Brilliant Blue R250 (50 °C, 10 minut). Jako pí markér byl použit Broad pí Calibration kit (Farmacia-Biotec Co.).
Výsledky a kalibrační křivka izoelektrické fokusace jsou zobrazeny na obr. 9 a 10.
Enzym se barvil jako jednotlivý pruh (band) s izoelektrickým bodem při pH 4,5.
Příklad 8
Vliv pH na enzymovou reakci
Azokasein byl štěpen enzymem při různých hodnotách pH.
Pufrující roztoky v reakční směsi měly koncentraci 67 mM a obsahovaly acetátový pufr (pH 4-5,5), KH^PO^-Na^PO^ (pH 6,0-8,0), Na2B4Ov-HCl (pH 8,0-9,0), Na^B^-NaOH (pH
9,5-10,0) a Na^HPO^-NaOH (pH 10,5-12,0).
Výsledky jsou ukázány na obr. 11.
Relativní aktivita enzymu při pH 7,5 jako optimálním pH se udržela na hodnotě 80 % v rozmezí pH 6,0 až 10,0. Enzym tedy funguje v poměrně širokém rozmezí okolo hodnoty neutrálního pH. Enzym však nefungoval uspokojivě při hodnotách pH 5,5 a nižších nebo při hodnotách pH 10,0 a vyšších, a při pH 12 byl inaktivován a ztrácel proteasovou aktivitu.
Příklad 9
Stabilita proteasy v závislosti na pH
Enzym byl zkoumán v pufrech o různém pH pomocí Econo-Pac (Biorad Co.). Pufrující roztoky měly koncentraci 67 mM a obsahovaly acetátový pufr (pH 4-5), KH^PO^-Na^HPO^ (pH 6-8), glycin-NaOH (pH 9-10) a Na^HPO^-NaOH (pH 11-12). Po výměně pufru byl enzym inkubován při 20 C po dobu 1 hodiny, aby bylo možno vyhodnotit zbytkovou proteasovou aktivitu.
Výsledky jsou ukázaný na obr. 12.
Bylo zjištěno, že enzym je stabilní v rozmezí pH 6,0 až 10,0 při teplotě 20 °C po dobu 1 hodiny, ale při zachování stejných podmínek je inaktivován při pH 4,0 a 12,0.
• · ·· ····
9 • 9 9 9 • 99 9 9 9
Příklad 10
Vliv teploty na enzymovou reakci
Azokasein byl štěpen enzymem při různých pH v teplotním rozmezí od 0 do 70 °C .
Podobná reakce byla prováděna s komerčně dostupnými enzymy jako jsou Subtilisin Carlsberg, V8 proteasa (izolovaná ze Staphylococcus aurcub V8), Sabinasa (Novonordisc), a Alkalasa (Novonordisc).
Výsledky znázorňující za předpokladu, že substrát byl přítomen v nadbytku a veškerý enzym byl přítomen ve formě komplexu enzym-substrát, jsou uvedeny na obr. 13, kde 0 představuje náš enzym, V8 proteasu, O Subtilisin Carlsberg, A Sabinasu a V Alkalasu.
Bylo zjištěno, že enzym má teplotní optimum při 40 °C a rychle se inaktivuje při reakční teplotě vyšší než je jeho optimální teplota. Bylo rovněž zjištěno, že všechny komerčně dostupné proteasy mají teplotní optimum 50 °C a vyšší, a že hodnota K<;at námi presentovaného enzymu je v rozmezí 10 až 40 °C vyšší než u kterékoliv ze srovnávaných proteas.
Příklad 11
Teplotní stabilita proteasy
Enzym byl inkubován při teplotách od 20 do 50 °C. Změny aktivity v závislosti na čase inkubace jsou uvedeny na obr. 14, kde Q představuji změny při 20 °C, φ při 30 °C, O při 40 °C a Z\ při 50 °C.
Enzym nebyl prakticky inaktivován při 20 nebo 30 °C, ale ««ΰ «β»»,»».
• · · · · · * · · • · · ··· · • · ·· · po jedné hodině inkubace při 40 ”C se postupně snížila jeho aktivita na 60 % aktivity pozorované při 20 nebo 30 °C, a při 50 °C byl enzym úplně inaktivován do 15 minut.
Enzym lze považovat za tepelně nestabilní, protože výše zmíněné teploty jsou nižší než optimální teploty proteas použitých v předchozím experimentu pro srovnání.
Příklad 12
Vliv inhibitorů
Jako inhibitory byly použity fenylmetylsulfonylfluorid (PMSF) působící na serinové proteasy, jodoacetamid (IAA), působící na cysteinové proteasy, kyselina ethylendiaminotetraoctová (EDTA) působící na metaloproteasy, o-fenantrolin, 2,2'-bipyridyl, a citrát a oxalát působící specificky na Ca2* ionty. Po přidání inhibitorů v různých koncentracích do enzymového reakčního systému, byl tento systém inkubován při 20 C po dobu 1 hodiny, aby bylo možno stanovit zbytkovou proteasovou aktivitu. Výsledky ukazuje následující tabulka.
Tabulka 5
Vliv inhibitorů
Inhibitor Koncentrace Zbytková aktivita (%)
Bez inhibitoru 10 mM 100
PMSF 10 mM 99
Jodoacetamid 10 mM 94
EDTA 10 mM 8
o-Fenantrolin 10 mM 91
2,2'-Bipyridyl 10 mM 39
Citrát 10 mM 100 mM 41 0
Oxalát 10 mM 100 mM 45 0
• · · • · · ···· ♦
Proteasová aktivita enzymu nebyla inhibována PMSF nebo IAA, ale výrazně ji inhibovaly EDTA, 2,2'-bipyridyl, citrát a oxalát. Bylo tak zjištěno, že proteasová aktivita je závislá na přítomnosti iontů kovů a tedy, že studovaný enzym je metalóproteasa. Z inhibice citrátem a oxalátem lze usuzovat, že proteasová aktivita je závislá na vápníku.
Příklad 13
Vliv látek denaturujících proteiny
Sodium dodecylsulfát (SDS) a močovina byly použity jako | látky denaturující proteiny. Po přidáni různých koncentrací { látek děnaturujících proteiny byl enzymový systém inkubován pri 20 °C po dobu 1 hodiny, aby bylo možno stanovit zbytkovou 1 proteasovou aktivitu.
Výsledky získané s SDS a močovinou jsou uvedeny na obrázcích 15 a 16.
Proteasa byla inhibována i v nízkých koncentracích SDS a úplné inaktivace bylo dosaženo při použití koncentrace 0,25 % SDS. Proteasa nebyla inhibována močovinou až do koncentrace
M, při použití 3 M močoviny činila zbytková aktivita 60 % a 4 M močovina úplně inhibovala aktivitu proteasy.
Příklad 14
Vliv iontů kovů
AgNO3, CuSO^, ZnSO4, CoSO^, FeSO^, MnSO4, CaCl^ a MgSO^ byly použity jako zdroj iontů kovů. Po přidání soli
9999
9 9 « · · 999999 9
9 9 9 · 9 9 9 9
DD · 9999 9 9 · 9 · 999 9
9 9 9 9 9 9
9999 · 99999 99 9 příslušného kovu v konečné koncentraci 1 mM, byl enzymový systém inkubován při 20 °C po dobu 1 hodiny a byla stanovena zbytková aktivita enzymu.
Výsledky jsou uvedeny v následující tabulce
Tabulka 6
Vliv iontů kovů
Kovový ion Zbytková aktivita (%)
Žádný kovový ion 100
Ag* 11
Cu2M 44
Zn2+ 61
Co2* 63
Fe2+ 76
Mn2 95
Ca2 100
Mg2* 100
Studovaný enzym byl výrazně inhibován ionty Ag^, Cu2+, Zn2+, Co2*, a Fe2+. Při inhibici Ag^ byla zbytková aktivita pouze 10 %. Enzym nebyl vůbec inhibován ionty Mg2* a Ca2''.
Příklad 15
Substrátová specificita
Kasein (Hammarsten), dimethylkasein, želatina, hemoglobin, hovězí serumalbumin a ribonukleasa byly použity jako substrátové proteiny k měření proteolytické aktivity modifikovanou Ansonovou metodou. Azokasein a azoalbumin byly použity jako azoprotein-modifikující proteiny.
Výsledky jsou uvedeny v následující tabulce.
·· · · ·· ·· ···· • · · ······ * • · · »·»··· ······ · · · · ··· · • · 9 9 9 9 9
9999 9 999 99 99 9
Tabulka 7
Substrátová specificita
Substrát (1 %) Rychlost hydrolysy (%)
Kasein (Hammarsten) 100
Dimethylkasein 93
Želatina 53
Hemoglobin 18
Hovězí serumalbumin 17
Ribonukleasa 0
Azokasein 100
Azoalbumin 20
Enzym podle tohoto vynálezu dobře rozkládá í
vysokomolekulární proteiny a denaturované proteiny jako t í
například kasein a dimethylkasein a rovněž rozkládá želatinu j . . . i jako protein denaturovaného kolagenu s 50 % účinností ve ·$ srovnání s kaseinem. Enzym prakticky nerozkládá jiné přírodní | proteiny a zejména ne ribonukleasu. 1
Příklad 16
Kinetiká enzymové reakce s kaseinem
Vynesení podle Lineweavera a Burka byla získána při různých teplotách od 5 do 40 °C s roztokem obsahujícím 0,05 až % kaseinu jako enzymový substrát. Vynesení jsou znázorněna na obr. 17, kde horní graf (A) ukazuje změnu hodnoty 1/v v rozsahu 0 až 2,0 a spodní graf (B) změnu hodnoty 1/v v rozsahu až 0,2. Na obrázku Q představuje vynesení při 5 C, φ při °C, O při 20 ”C, při 30 °C a v při 40 °C.
Kinetická konstanta enzymové reakce byla získána z vynesení podle Lineweavera a Burka tak jak je znázorněno v tabulce uvedené níže.
9· 9
Tabulka 8
Substrátová specificita
Substrát (1 %) Rychlost hydrolysy (%)
Kaséin (Hammarsten) 100
Dimethylkasein 93
Želatina 53
Hemoglobin 18
Hovězí serumalbumin 17
Ribonukleasa 0
Azokasein 100
Azoalbumin 20
Jak je z tabulky zřejmé, enzym vykazuje reakční rychlost typu Michaelis-Mentenové pro různé koncentrace kaseinu. Hodnota K klesala a hodnota V naopak stoupala se zvyšující m max se teplotou. Enzymová aktivita byla inhibóvána při vysoké koncentraci kaseinu při 5 a 10 °C. Obecně měl enzym tendenci být inhibován při nadbytečné koncentraci substrátu. Avšak enzym nebyl inhibován při koncentraci kaseinu 1 % při zvýšené reakční teplotě. Domníváme se, že důvodem pro toto chování bylo zvýšení hodnoty tím, že teplota se přiblížila optimální hodnotě a docházelo k malé inhibici produkty rozkladu kaseinu. Na základě vynesení podle Lineweavera a Burka se rovněž domníváme, že teplotní inhibice je smíšeného typu. To znamená, že vliv teploty je považován za nekompetitivní nebo akompetitivní inhibici a vliv produktů rozkladu kaseinu za kompetitivní inhibici.
Průmyslová využitelnost
Psychrofilní proteasa podle tohoto vynálezu má optimální teplotu v nízkém teplotním rozsahu. Tedy, pomocí psychrofilní • · · ·· · ) · · • · · proteasy podle tohoto vynálezu, lze štěpit proteiny při nízké teplotě. Například detergent, který lze použít i ve vodě při nízké teplotě, je připraven přidáním proteasy podle tohoto vynálezu do detergentního přípravku. S výjimkou zahrnutí psychrofilní proteasy podle tohoto vynálezu, lze tento detergentní přípravek připravit konvenčními metodami. Stručně řečeno, lze jej připravit kombinací proteasy podle tohoto vynálezu s obvyklou detergentní složkou jako je povrchově aktivní činidlo pro detergenty, bělidlo nebo plnidlo.
Enzymová reakce psychrofilní proteasy podle tohoto vynálezu probíhá při nízké teplotě. Tedy, i když reakční systém obsahuje organické rozpouštědlo, které je těkavé při teplotě místnosti, může reakce probíhat za nízké teploty, kdy se organické rozpouštědlo neodpařuje. Navíc, když zamýšlíme zlepšit kvalitu potravin použitím proteasy podle tohoto vynálezu, je výhodné užít tuto proteasu, protože reakce probíhá při nízké teplotě, při které jsou potraviny účinně chráněny před rozkladem.

Claims (10)

1. Psychrofilní proteasa, která má následující fyzikálně-chemické vlastnosti:
Specifická aktivita a substrátová specificita: enzym rozkládá kasein a dimethylkasein, ale nerozkládá ribonukleasu;
- Optimální teplota: enzym má optimální teplotu účinku 40 °C; a
- Teplotní stabilita: za podmínek uchovávání při pH 7 po dobu 1 hodiny není enzym prakticky inaktivován při teplotách do 30 °C, ale při 40 °C ztrácí přibližně 40 % své aktivity, a při 50 °C je rychle inaktivován, takže aktivita úplně mizí po 15 minutách.
2. Psychrofilní proteasa podle nároku 1, která má následující fyzikálně-chemické vlastnosti:
- Optimální pH: působí optimálně při pH 7,5 ; a
- Stabilita v závislosti na pH: enzym je stabilní při pH v rozmezí 6,0 až 10,0 za podmínek uchovávání při teplotě 20 °G po dobu 1 hodiny.
3. Psychrofilní proteasa podle nároku 1, kdy proteasa má molekulovou hmotnost 38 kDa podle měření polyakrylamidovou elektroforesou v přítomnosti sodium dodecylsulfátu a metodou gelové filtrace.
4. Psychrofilní proteasa podle nároku 1, kdy proteasa má • · ·
9 9 9
9 9 9
9 99 9 9
9 9
999 9 9 • ·· · · · ··· *« · · · · ·
9 9 9 9 9 9 99 99 9999
9 9 9 9 9
99 9 99 99 9 hodnotu izoelektrického bodu 4,5 podle měření pomocí izoelektrické fokusace.
5. Izolovaný mikroorganismus náležející druhu Flavobacteríum balustinum, který je schopný produkovat proteasu podle nároků
1 až 4.
6. Izolovaný mikroorganismus náležející druhu Flavobacteríum balustinum podle nároku 5, kdy mikroorganismus roste přednostně při teplotách v rozmezí 10 až 20 °C.
I
7. Izolovaný mikroorganismus náležející druhu Flavobacteríum j balustinum podle nároku 5, který představuje kmen Flavobacteríum balustinum P104 {FERM BP-5006).
8. Způsob přípravy psychrofilní proteasy, vyznačuj i cí se tím, že zahrnuje: kultivaci mikroorganismu
Flavobacteríum balustinum podle nároku 5, a izolaci psychrofilní proteasy podle nároku 1 z mikrobní kultury.
9. Způsob přípravy psychrofilní proteasy, vyznačující se tím, že zahrnuje: kultivaci mikroorganismu
Flavobacteríum balustinum podle nároku 6, a izolaci psychrofilní proteasy podle nároku 1 z mikrobní kultury.
·· · • · · • · · • ·· ·· • ·· ······ · • e » · · · « · · · · · · · • · · · · »·· ·» · · ·
10. Způsob přípravy psychrofilní proteasy, vyznačující se t í m, že zahrnuje: kultivaci mikroorganismu Flavobacterium balustinum podle nároku 7, a izolaci psychrofilní proteasy podle nároku 1 z mikrobní kultury.
CZ972580A 1995-02-17 1996-02-16 Psychrofilní proteáza a psychrofilní bakterie CZ258097A3 (cs)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP7029904A JPH08214878A (ja) 1995-02-17 1995-02-17 低温性プロテアーゼおよび低温性細菌

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CZ258097A3 true CZ258097A3 (cs) 1998-01-14

Family

ID=12288976

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CZ972580A CZ258097A3 (cs) 1995-02-17 1996-02-16 Psychrofilní proteáza a psychrofilní bakterie

Country Status (10)

Country Link
JP (1) JPH08214878A (cs)
CN (1) CN1181108A (cs)
BR (1) BR9607452A (cs)
CA (1) CA2211938A1 (cs)
CZ (1) CZ258097A3 (cs)
HU (1) HUP9802061A3 (cs)
IL (1) IL117164A0 (cs)
MA (1) MA23810A1 (cs)
TR (1) TR199700776T1 (cs)
ZA (1) ZA961237B (cs)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2019080493A (ja) * 2017-10-27 2019-05-30 プリマハム株式会社 プロテアーゼ、洗浄剤組成物、洗浄方法、微生物
CN109749978B (zh) * 2019-03-07 2019-10-11 自然资源部第一海洋研究所 利用低温蛋白酶促进细菌生长的方法
CN110208411B (zh) * 2019-06-10 2021-12-24 浙江龙传生物医药科技有限公司 用于药物代谢检测的羧酸酯酶抑制剂制剂

Also Published As

Publication number Publication date
BR9607452A (pt) 1998-06-30
ZA961237B (en) 1996-08-27
JPH08214878A (ja) 1996-08-27
HUP9802061A2 (hu) 1998-12-28
MA23810A1 (fr) 1996-10-01
CN1181108A (zh) 1998-05-06
IL117164A0 (en) 1996-06-18
CA2211938A1 (en) 1996-08-22
TR199700776T1 (xx) 1998-02-21
HUP9802061A3 (en) 1999-07-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Laxman et al. Optimization and scale up of production of alkaline protease from Conidiobolus coronatus
Karadzic et al. Purification and characterization of a protease from Pseudomonas aeruginosa grown in cutting oil
Hua et al. Purification and characterization of a novel fibrinolytic enzyme from Bacillus sp. nov. SK006 isolated from an Asian traditional fermented shrimp paste
Setyorini et al. Purification and characterization of two novel halotolerant extracellular proteases from Bacillus subtilis strain FP-133
Cui et al. Production and characterization of alkaline protease from a high yielding and moderately halophilic strain of SD11 marine bacteria
Qadar et al. Optimization of protease production from newly isolated strain of Bacillus sp. PCSIR EA-3
Wang et al. Purification and properties of an extracellular cold-active protease from the psychrophilic bacterium Pseudoalteromonas sp. NJ276
Hamamoto et al. Characterization of a protease from a psychrotroph, Pseudomonas fluorescens 114
Lama et al. Purification and characterization of a protease produced by an aerobic haloalkaliphilic species belonging to the Salinivibrio genus
Gerze et al. Partial purification and characterization of protease enzyme from Bacillus subtilis megatherium
Chitte et al. Production of a fibrinolytic enzyme by thermophilic Streptomyces species
Ghareib et al. Thermostable alkaline protease from Thermomyces lanuginosus: optimization, purification and characterization
Ingram et al. Studies of the extracellular proteolytic activity produced by Propionibacterium acnes
WO1996025489A1 (en) Psychrophilic protease and psychrophilic bacteria
CZ258097A3 (cs) Psychrofilní proteáza a psychrofilní bakterie
Morita et al. Purification and characterization of a cold‐active protease from psychrotrophic Serratia marcescens AP3801
Aoki et al. Anaerobic synthesis of extracellular proteases by the soil bacterium Bacillus sp. AM-23: purification and characterization of the enzymes
Rashad et al. Purification and characterization of a novel fibrinolytic enzyme by Candida guilliermondii grown on sunflower oil cake
JP3592811B2 (ja) 低温活性アルカリプロテアーゼ、これを生産する微生物及び当該アルカリプロテアーゼの製造法
Shumi et al. Production of protease from Listeria monocytogenes
Joseph et al. Isolation, production and characterisation of novel gelatinase enzyme from Bacillus spp
Gudzenko et al. Influence of Cultivation Temperature on Activity of Proteolitic Enzymes of Bacteria Isolated from the Deep-Water Bottom Sediments of the Black Sea
JP2882652B2 (ja) アルカリプロテアーゼ及びその生産性微生物
WO1998040473A1 (en) Keratinolytic protease ek3 and xanthomonas maltophilia ek3
RATTRAY et al. RECENTLY IDENTIFIED ENZYMES OF BREVIBACTERIUM LINENS ATCC 9174‐A REVIEW

Legal Events

Date Code Title Description
PD00 Pending as of 2000-06-30 in czech republic