CZ297698A3 - Sekvence nukleové kyseliny a aminokyselinové sekvence vztahující se k Helicobacter pylori a její vakcinační kompozice - Google Patents

Description

Dosavadní stav techniky

Helicobacter pylori je gram-negativní, mikroaerofilní bakterie, esovitého tvaru, která se izolovala a vykultivovala z biopsie lidského žaludku (Warren, J.R. and B. Marshall, (1983) Lancet 1: 1273 - 1275; a Marshall et al., (1984),

Microbios Lett. 25: 83 - 88). Bakterie H. pylori je úzce spjata s chronickými záněty žaludku a s onemocněním duodenálními vředy (Rathbone et al., (1986) Gut 27: 635 641). Existují však důkazy, že H. pylori má důležitou roli v etiologii nevředové poruchy trávení, onemocnění žaludečními vředy a žaludečním adenokarcinomem (Blaser M. J., (1993)

Trends Microbiol. 1: 255 - 260). K přenosu bakterií dochází orální cestou a nebezpečí infekce roste s věkem (Taylor, D. N. and M. J. Blaser, (1991) Epidemiol. Rev 13: 42 - 50).

Bakterie H. pylori kolonizuje sliznici lidského žaludku, přičemž vzniká onemocnění, které obvykle přetrvává desítky let. Infekce způsobená bakterií H. pylori se vyskytuje na celém světě. Zatímco ve vyspělých zemích je četnost infekce u dospělé populaci přes 50 %, v rozvojových zemích dosahuje četnost infekce u dospělých, jejichž věk přesáhl 20 let, 90 % (Hopkins R. J. and J. G. Morris (1994) Am. J. Med. 97: 265 277) .

Faktory, které jsou nezbytné při kolonizaci prostředí žaludku a pro virulenci, nejsou plně známy. Příklady putativních faktorů virulence zahrnují: ureázu, což je enzym, který se může podílet na neutralizaci hodnoty pH žaludečních kyselin (Eaton et al., (1991) Infect. Immunol. 59: 2470 2475; Ferrero, R. L. and A. Lee (1991) Microb. Ecol. Hlth. Dis. 4: 121 - 134; Labigne et al., (1991) J. Bacteriol. 173:

·· ·· > · · • ··· • · ··<

1920 - 1931); bakteriální flagerální proteiny, které zodpovídají za pohyblivost mukózní vrstvou (Házeli et al., (1986) J. Inf. Dis. 153: 658 - 663; Leying et al., (1992) Mol. Microbiol. 6: 2863 - 2874; a Haas et al., (1993) Mol. Microbiol. 8: 753 - 760); Vac A, což je bakteriální toxin, který indukuje tvorbu vnitrobuněčných vakuol v epiteliálních buňkách (Schmitt, W. and R. Haas, (1994) Molecular Microbiol. 12(2): 307 - 319); a několik adhezinů specifických pro tkáň žaludku (Bořen et al., (1993) Science 262: 1892 - 1895; Evans et al·., (1993) J. Bacteriol. 175: 674 - 683; a Falk et al., (1993) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 90: 2035 - 203).

Pro zneškodnění infekcí in vitro, které způsobují bakterie H. pylori, existuje řada terapeutických činidel (Huesca et al., (1993) Zbl. Bakt. 280: 244 - 252; Hopkins, R. J. and J. G. Morris, (1994) Jim. J. Med. 97: 265 - 277). Některá z uvedených činidel nejsou suboptimálně účinná in vivo, protože dochází k rezistenci bakterií, mění se distribuce léků, léky pacientům nevyhovují nebo nejsou dostupné (Hopkins, R. J. and J. G. Morris, (1994) Am. J. Med. 97: 265 - 277). Část standardního postupu užívaného při léčbě infekce způsobené bakteriemi H. pylori tvoří léčba antibiotiky, které se kombinují s vizmutem (Malfertheiner, P. and J. E. Dominguez-Munoz (1993) Clinical Therapeutics 15 Supp. B 37 - 48) . Kombinace inhibitorů protonových pump a jednoduchého antibiotika se ukázala být účinná při potlačení onemocnění duodenálními vředy (Malfertheiner, P. and J. E. Dominguez-Munoz, (1993) Clinical Therapeutics 15 Supp. B 37 48) . U metod, které využívají antibiotika, se může objevit problém s účinností u kmenů, které jsou rezistentní k těmto činidlům (Hopkins, R. J. and J. G. Morris, (1994) Am. J. Med. 97: 265 - 277) . Tato omezení ukazují, že je třeba vytvořit nové účinější metody pro zneškodnění in vivo infekcí, které jsou způsobeny bakteriemi H. pylori. Zvláště je nutné • · • ··· připravit nové vakciny, které mohou předejit vzniku infekce, která je způsobena těmito bakteriemi.

Podstata vynálezu

Tento vynález popisuje nové geny, např. geny kódující polypeptidy, jako jsou bakteriální povrchové proteiny, které pochází z oragnizmu Helicobacter pyroli (H. pyroli), a jiné příbuzné geny, jejich produkty a jejich použití. Nukleové kyseliny a peptidy podle vynálezu se používají při diagnostice a terapii bakterií H. pyroli a jiných specií Helicobacter. Mohou se také použít při detekci přítomnosti H. pyroli a jiných specií Helicobacter ve vzorku; dále při testování schopnosti sloučenin interferovat s životním cyklem

H. pyroli nebo inhibovat infekci způsobenou bakteriemi H. pyroli. Tento vynález popisuje složení nukelových kyselin, které odpovídají celým kódujícím sekvencím proteinů bakterií H. pyroli, jenž zahrnují povrchové a vylučované proteiny nebo jejich části, dále popisuje nukleové kyseliny schopné se vázat na mRNA z proteinů bakterií H. pyroli za účelem blokování translace proteinů a způsoby produkce proteinů bakterií H. pyroli nebo jejich částí za použití syntézy peptidů a metod rekombinace DNA. Tento vynález také popisuje protilátky a nukleové kyseliny, které se používají jako sondy pro detekci infekce způsobené bakteriemi H. pyroli. Navíc vynález popisuje vakcinační kompozice a způsoby ochrany proti infekci, kterou způsobují bakterie H. pyroli.

Vynález popisuje rekombinantní nebo v podstatě čistý přípravek polypeptidu baktérie H. pylori se sekvencí SEQ ID NO: 496. Vynález dále zahrnuje v podstatě čistou nukleovou kyselinu, která kóduje polypeptid baktérie H. pylori se SEQ ID NO: 496, taková nukleová kyselina je obsažená v sekvenci SEQ ID NO: 5. Zde popsané polypeptidové sekvence baktérie H.

pylori jsou obsaženy na seznamu sekvencí a nukleových kyselin, které kódují polypeptidy bakterie H. pylori.

Vynález dále popisuje rekombinantí a v podstatě čistý přípravek polypeptidu bakterie H. pylori vybraného ze skupiny, která zahrnuje SEQ ID NO: 496, SEQ ID NO: 501, SEQ ID NO: 514, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 550, SEQ ID NO: 553, SEQ ID NO: 564, SEQ ID NO: 568, SEQ ID NO: 586, SEQ ID NO: 588, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 602, SEQ ID NO: 606, SEQ ID NO: 614, SEQ ID NO: 621, SEQ ID NO: 632, SEQ ID NO: 636, SEQ ID NO: 652, SEQ ID NO: 654, SEQ ID NO: 655, SEQ ID NO: 660, SEQ ID NO: 664, SEQ ID NO: 670, SEQ ID NO: 675, SEQ ID NO: 676, SEQ ID NO: 678, SEQ ID NO: 679, SEQ ID NO: 683, SEQ ID NO: 690, SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 706, SEQ ID NO: 707, SEQ ID NO: 708, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 713, SEQ ID NO: 714, SEQ ID NO: 715, SEQ ID NO: 716, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 821, SEQ ID NO: 822, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 880, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO: 942, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298. Vynález také popisuje v podstatě čistou nukleovou kyselinu, která kóduje polypeptid bakterie H. pylori vybraný ze skupiny zahrnující polypeptidy bakterie H.

pyl	ori se sekvencemi SEQ ID	NO:	496, SEQ ID	NO:	501, SEQ ID
NO:	514, SEQ ID NO: 547, SEQ	ID	NO: 550, SEQ	ID	NO: 553, SEQ
ID	NO: 564, SEQ ID NO: 568,	SEQ	ID NO: 586,	SEQ	ID NO: 588,
SEQ	ID NO: 598, SEQ ID NO:	602,	SEQ ID NO:	606,	, SEQ ID NO:
614	, SEQ ID NO: 621, SEQ ID	NO:	632, SEQ ID	NO:	636, SEQ ID
NO:	652, SEQ ID NO: 654, SEQ	ID	NO: 655, SEQ	ID	NO: 660, SEQ
ID	NO: 664, SEQ ID NO: 670,	SEQ	ID NO: 675,	SEQ	ID NO: 676,
SEQ	ID NO: 678, SEQ ID NO:	679,	SEQ ID NO:	683,	, SEQ ID NO:
690	, SEQ ID NO: 701, SEQ ID	NO:	704, SEQ ID	NO:	706, SEQ ID
NO:	707, SEQ ID NO: 708, SEQ	ID	NO: 709, SEQ	ID	NO: 711, SEQ
ID	NO: 712, SEQ ID NO: 713,	SEQ	ID NO: 714,	SEQ	ID NO: 715,
SEQ	ID NO: 716, SEQ ID NO:	729,	SEQ ID NO:	742,	, SEQ ID NO:
745	, SEQ ID NO: 746, SEQ ID	NO:	754, SEQ ID	NO:	758, SEQ ID
NO:	773, SEQ ID NO: 776, SEQ	ID	NO: 777, SEQ	ID	NO: 802, SEQ
ID	NO: 809, SEQ ID NO: 810,	SEQ	ID NO: 816,	SEQ	ID NO: 817,
SEQ	ID NO: 818, SEQ ID NO:	820,	SEQ ID NO:	821,	, SEQ ID NO:
822	, SEQ ID NO: 842, SEQ ID	NO:	843, SEQ ID	NO:	844, SEQ ID
NO:	855, SEQ ID NO: 865, SEQ	ID	NO: 880, SEQ	ID	NO: 890, SEQ
ID	NO: 903, SEQ ID NO: 913,	SEQ	ID NO: 916,	SEQ	ID NO: 924,
SEQ	ID NO: 928, SEQ ID NO:	929,	SEQ ID NO:	938,	, SEQ ID NO:
939	, SEQ ID NO: 940, SEQ ID	NO:	942, SEQ ID	NO:	943, SEQ ID
NO:	945, SEQ ID NO: 946, SEQ	ID	NO: 956, SEQ	ID	NO: 958, SEQ
ID	NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ ID NO: 1043,	SEQ ID NO:

1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298, taková nukleová kyselina je obsažena v sekvencích SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO:

X

179, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 984, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 995, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 999, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 1294 a SEQ ID NO: 1295.

Dále vynález popisuje rekombinantí a v podstě čistou přípravu polypeptidu bakterie H. pylori vybraného ze skupiny zahrnující polypeptidy H. pylori uvedené v sekvenčním protokolu. Vynález zahrnuje v podstě čistou nukleovou kyselinu kódující polypeptid bakterie H. pylori vybraný ze skupiny zahrnující polypeptidy H. pylori uvedený v sekvenčním protokolu. Rozumí se, že vynález zdůrazňuje každý polypeptid baktérie H. pylori a nukleové kyseliny kódující takový polypeptid, který je uveden v sekvenčním protokolu pod danným identifikačním číslem sekvence. Například reprezentativní polypeptid bakterie H. pylori je obsažen v sekvenci SEQ ID NO: 496. Proto tento vynález klade důraz na rekombinantí nebo v podstatě čistý přípravek polypeptidu bakterie H. pylori se sekvencí SEQ ID NO: 496. Takový vynález také zahrnuje v podstatě čistou nukleovou kyselinu, která kóduje polypeptid bakterie H. pylori se sekvencí SEQ ID NO: 496.

Vynález se také týká libovolného jednotlivého člena polypeptidů nebo nukleové kyseliny, která kóduje takový člen ze skupiny shora uvedených polypeptidů bakterie H. pylori nebo nukleových kyselin, stejně jako libovolné podskupiny z různých shora uvedených skupin. Podskupiny mohou dále přednostně obsahovat 1, 3, 5, 10, 15, 20, 30 nebo 40 členů z libovolné shora uvedené skupiny, stejně jako jejich libovolnou kombinaci.

Zvláště preferovaná je izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci, která kóduje buněčný obalový polypeptid bakterií H. pylori nebo jeho fragment. Taková nukleová kyselina se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO:1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.

V jiném provedení vynálezu buněčný obalový protein bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny obsahující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID • ·

NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.

V jiném provedení vynálezu buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny obsahující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.

U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který má terminální fenylalaninový zbytek kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ

ID NO: 331,	SEQ	ID NO:	353,	SEQ ID NO: 364,	SEQ	ID NO:	412,
SEQ ID NO:	433,	SEQ	ID	NO:	449, SEQ ID NO:	452,	SEQ ID	NO:
469, SEQ ID	NO:	989,	SEQ	ID	NO: 1029 a SEQ ID	NO:	1032.

U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který má na C-konci tyrozinový klášter nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující sekvence SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294 a SEQ ID NO: 1295.

U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který má terminální fenylalaninový zbytek a na C-konci má tyrozinový klášter kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující sekvence SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027 a SEQ ID NO: 1031.

Zvláště preferovaná je izolovaná nukleová kyselina, která obsahuje nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid cytoplazmy bakterií H. pylori nebo jeho fragment. Taková nukleová kyselina se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 330 a SEQ ID NO: 995.

V jiném provedení vynálezu polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který se podílí na metabolizmu kofaktoru a je kódován nukleovou kyselinou obsahující sekvenci SEQ ID NO: 455.

V jiném provedení vynálezu polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie ·«

H. pylori nebo jeho fragment, který se podílí na metabolizmu lipidů a je kódován nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 351.

Zvláště preferovaná je izolovaná nukleovaná kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid nebo jeho fragment, který vylučuje bakterie H. pylori. Uvedená nukleová kyselina obsahuje nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 451.

Zvláště preferovaná je izolovaná nukleovaná kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující buněčný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment. Uvedená nukleová kyselina je vybrána ze skupiny zahrnující sekvence SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282 a SEQ ID NO: 984.

Zvláště preferovaným je čištěný nebo izolovaný buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, přičemž polypeptid je vybrán ze skupiny obsahující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297, SEQ ID NO: 1298, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 880 a SEQ ID NO: 909.

V jiném provedení vynálezu buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID

NO:	940, SEQ ID NO:	943,	SEQ ID NO: 960,	SEQ	ID NO:	1043, SEQ
ID NO: 1083, SEQ ID	NO:	777, SEQ ID NO:	817,	SEQ ID	NO: 865,
SEQ	ID NO: 890, SEQ	ID	NO: 913, SEQ ID	NO:	945, SEQ ID NO:
956,	SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ	ID NO:	1077, SEQ
ID NO: 1297, SEQ ID	NO:	1298, SEQ ID NO:	810,	SEQ ID	NO: 816,
SEQ	ID NO: 916, SEQ	ID	NO: 928, SEQ ID	NO:	929, SEQ ID NO:
938,	SEQ ID NO: 939,	SEQ ID NO: 958, SEQ	ID	NO: 1050, SEQ ID
NO:	1081, SEQ ID NO:	: 1085, SEQ ID NO: 1086,	SEQ ID	NO: 745,
SEQ	ID NO: 843 a SEQ	ID	NO: 880.
	U jiného provedení	vynálezu polypeptid	vněj ší	membrány
bakterií H. pylori nebo	jeho fragment je	polypeptid	bakterie

H. pylori nebo jeho fragment, který má terminální fenylalaninový zbytek kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083 a SEQ ID NO: 1086.

U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který má na C-konci tyrozinový klášter vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298.

U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který má terminální fenylalaninový zbytek a na C-konci má tyrozinový klášter vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081 a SEQ ID NO: 1085.

• · • ··· ···· ·*

Zvláště preferovaný je čištěný nebo izolovaný polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment. Uvedený polypeptid je vybrán ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 821 a SEQ ID NO: 1049.

V jiném provedení vynálezu polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který se podílí na metabolizmu kofaktoru a obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 946.

V jiném provedení vynálezu polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který se podílí na metabolizmu lipidů a obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 842.

Zcláště preferovaný je čištěný nebo izolovaný polypeptid vylučovaný bakterií H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 942.

Zvláště preferovaný je čištěný nebo izolovaný buněčný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je vybrán ze skupiny zahrnující sekvence SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 808 a SEQ ID NO: 1038.

Vynález se týká libovolného jednotlivého polypeptidového zástupce bakterie H. pylori nebo nukleové kyseliny kódující takového zástupce ze shora uvedených skupin polypeptidů bakterie H. pylori.

Vynález popisuje nukleové kyseliny schopné vázat se na mRNA bakterie H. pylori. Taková nukleová kyselina je schopná působit jako antisense nukleová kyselina a kontroluje translaci mRNA bakterie H. pylori. Dále vynález popisuje nukleovou kyselinu, která je schopna se specificky vázat na nuklovou kyselinu bakterie H. pylori. Tyto nukleové kyseliny jsou zde nazývány jako komplementy a používají se jako sondy a jako záchytná činidla.

Vynález popisuje expresivní systém obsahující otevřený čtecí rámec odpovídající nukleové kyselině bakterie H. pylori. Nukleová kyselina dále obsahuje řídící sekvenci kompatibilní s určitým hostitelem. Expresivní systém se může použít pro přípravu polypeptidů, které odpovídají nukleové kyselině bakterie H. pylori.

Vynález popisuje buňku transformovanou expresivním systémem za účelem produkce polypeptidů bakterie H. pylori.

Vynález popisuje způsob přípravy protilátek proti polypeptidům bakterie H. pylori, které jsou schopné se specificky vázat na polypeptidy bakterie H. pylori. Taková protilátka se může použít jako činidlo při imunotestech za účelem vyhodnocení relativního zastoupení a distribuce antigenů, které jsou specifické pro bakterii H. pylori.

Vynález dále popisuje způsob přípravy vakcín pro imunizaci jednotlivců proti bakterii H. pylori. Způsob zahrnuje imunizaci subjektu polypeptidem bakterie H. pylori, např. povrchovým nebo vylučovaným polypeptidem nebo jeho aktivní částí a farmaceuticky přijatelným nosičem. Takové vakcíny mají terapeutické a profylaktické použití.

Vynález popisuje způsob přípravy vakcíny obsahující modifikovaný imunogenní polypeptid bakterie H. pylori, např. povrchový a vylučovaný polypeptid nebo jeho aktivní část a farmaceuticky přijatelný nosič.

Vynález dále zahrnuje způsob hodnocení schopnosti sloučenin, např. polypeptidů, např. fragmentu polypeptidů hostitelské buňky, vázat se na polypeptid bakterie H. pylori. Při tomto způsobu dochází ke kontaktu kandidáta sloučeniny s polypeptidem bakterie H. pylori a stanoví se, zda se sločenina váže nebo dochází k jiné interakci s polypeptidem bakterie H. pylori. Sloučeniny, které se váží na bakterii H. pylori, se mohou využívat jako aktivátory nebo inhobitory • ·

životního cyklu bakterií. Tento test se provádí in vitro nebo i n vivo.

Vynález dále popisuje způsob hodnocení schopnosti sloučeniny, npř. Polypeptidu, např, fragmentu polypeptidu hostitelské buňky, vázat se na nukleovou kyselinu bakterie H. pylori, např. DNA nebo RNA. Při tomto způsobu dochází ke kontaktu sloučeniny s nukleovou kyselinou bakterie H. pylori a ke stanovení, zda se sločenina váže nebo dochází k jiné interakci s polypeptidem bakterie H. pylori. Sloučeniny, které se váží na bakterii H. pylori, se mohou využívat jako aktivátory nebo inhobitory životního cyklu bakterií. Tento test se provádí in vitro nebo in vivo.

Vynález s výhodou popisuje polypeptidy bakterie H. pylori, s výhodou popisuje v podstatě čistý přípravek polypeptidu bakterie H. pylori nebo rekombinantí polypeptid bakterie H. pylori. V preferovaných provedeních vynálezu polypeptid má biologickou aktivitu; polypeptid má aminokyselinovou sekvenci nejméně z 60%, 70%, 80%, 90%, 95% nebo z 99% homologní s aminokyselinovou sekvencí, která je zahrnuté v sekvenčním protokolu; Polypeptid má aminokyselinovou sekvenci, která je v podstatě stejná jako aminokyslinová sekvence uvedená v sekvenčním protokolu; polypeptid má nejméně 5, 10, 20, 50, 100 nebo 150 aminokyselinových zbytků; polypeptid zahrnuje nejméně 5, s výhodou nejméně 10, upřednostňuje se 20, více se upřednostňuje nejméně 50, 100 nebo 150 sousedících aminokyselinových zbytků polypeptidu, který je obsažen v sekvenčním protokolu.

V preferovaných provedeních polypeptid bakterie H. pylori je kódován nukleovou kyselinou, která je uvedena v sekvenčním protokolu nebo nukleovou kyselinou, která vykazuje nejméně 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 99% homologii s nukleovou kyselinou uvedenou v sekvenčním protokolu.

·« ·· » · · • · ·« ···· ··

V preferovaném provedení vynálezu aminokyselinová sekvence polypeptidu bakterie H. pylori se liší v 1, 2, 3, 5, 10 nebo více zbytcích od sekvence uvedené v sekvenčním protokolu. Rozdíly jsou však takové, že polypeptid bakterie H. pylori vykazuje biologickou aktivitu, např. polypeptid bakterie H. pylori si udržuje biologickou aktivitu přirozeně se vyskytujícího enzymu bakterie H. pylori.

U preferovaných provedení polypeptid zahrnuje všechny celou aminokyselinovou sekvenci nebo její fragment, která je uvedena v sekvenčním protokolu; tato sekvence je fúzovaná do čtecího rámce s dalšími aminokyselinovými zbytky, upřednostňují se zbytky kódované genomovou DNA5'až do genomové DNA, která kóduje sekvenci uvedenou v sekvenčním protokolu.

V dalších preferovaných provedeních vynálezu polypeptid bakterie H. pylori je rekombinantní fúzní protein, který se skládá z první části polypeptidu bakterie H. pylori a z druhé části polypeptidu, např. druhá část polypeptidu má aminokyselinovou sekvenci, která se nevztahuje k bakterii Jí. pylori. Druhou částí polypeptidu může být např. libovolná glutathion-S-transferasa, oblast vázající se na DNA nebo oblast aktivující polymerázu. V preferovaném provedení se fúzní protein může použít při dvouhybridním testu.

Polypeptidy podle vynálezu zahrnují ty polypeptidy, které vznikají jako výsledek alternativního sestřihu RNA a posttranslačních úprav.

Vynález popisuje imunogenní komponent, který zahrnuje polypeptid bakterie H. pylori alternativní alternativní transkripce, translace a který se používá v imunogenním přípravku; imunogenní komponent je schopný vyvolat imunní odezvu, která je specifická pro polypeptid bakterie H. pylori, např. humorální odezvu, protilátkovou odezvu nebu buněčnou odezvu. V preferovaných provedeních

• · *« ·· * · · · • · ·· vynálezu imunogenní komponenty obsahují nejméně jednu antigenní determinantu, která se nachází v polupeptidu uvedeném v sekvenčním protokolu.

Vynález dále popisuje v podstatě čistou nukleovou kyselinu, která má nukleotidovou sekvenci, jenž kóduje polypeptid bakterie H. pylori. V preferovaných provedeních má kódovaný polypeptid biologickou aktivitu; kódovaný polypeptid má aminokyselinovou sekvenci nejméně 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 98 nebo 99% homologii s aminokyselinovou sekvencí, která je uvedena v sekvenčním protokolu; kódovaný polypeptid má aminokyselinovou sekvenci v podstatě stejnou jako je aminokyselinová sekvence v sekvenčním protokolu; kódovaný polypeptid má délku nejméně 5, 10, 20, 50, 100 nebo 150 aminokyselin; kódovaný polypeptid obsahuje nejméně 5, s výhodou 10, upřednostňuje se 20, nejvíce se upřednostňuje 50, 100 nebo 150 sousedících aminokyselin, které jsou uvedeny v sekvenčním protokolu.

V preferovaných provedeních vynálezu preferovanou nukleovou kyselinou je ta, která je uvedena v sekvenčním protokolu. V preferovaném provedení se kódovaný polypeptid bakterie H. pylori liší (např. substitucí aminokyseliny, adicí nebo delecí nejméně jednoho aminokyselinového zbytku) od sekvence uvedené v sekvenčním protokole v aminokyselinové sekvenci 1, 2, 3, 5, 10 nebo více zbytky. Rozdíly jsou však takové, že kódovaný polypeptid bakterie H. pylori vykazuje biologickou aktivitu bakterie H. pylori , např. kódovaný nezym bakterie H. pylori si uchovává biologickou aktivitu přirozeně se vyskytující bakterie H. pylori.

V preferovaných provedeních kódovaný polypeptid zahrnuje celou aminokyselinovou sekvenci nebi její fragment, která je uvedena v sekvenčním protokolu; tato sekvence je fúzovaná do čtecího rámce s dalšími aminokyselinovými zbytky, upřednostňují se zbytky kódované genomovou DNA5'až do

genomové DNA, která kóduje sekvenci uvedenou v sekvenčním protokolu.

V preferovaných provedeních nukleová kyselina bakterie H. pylori bude zahrnovat transkripční regulační sekvenci , např. nejméně jeden transkripční promotor nebo transkripční zesilující sekvenci operabilně spojenou s genovou sekvencí bakterie H. pylori, např. za účelem vzniku genové sekvence bakterie H. pylori, která je vhodná pro expresi v rekombinantní hostitelské buňce.

V dalším preferovaném provedení nukleová kyselina, která kóduje polypeptid bakterie H. pylori podle vynálezu hybridizuje za velmi přísných podmínek se sondou, kterou je nukleová kyselina a která koresponduje s nejméně s 8 konsekutivními nukleotidy nukleové kyseliny, jenž je uvedena v sekvenčním protokolu; upřednostňuje se, aby odpovídala nejméně 12 konsekutivních nukleotidů nukleové kyselin obsažené v sekvenčním protokolu; s výhodou odpovídá 20 konsekutivních nukleotidů nukleové kyselin obsažené v sekvenčním protokolu; více se upřednostňuje, aby odpovídala nejméně 40 konsekutivních nukleotidů nukleové kyselin obsažené v sekvenčním protokolu.

V preferovaném provedení nukleová kyselina kóduje peptid, který se liší od sekvencí uvedených v sekvenčním protokolu nejméně jedním aminokyselinovým zbytkem.

V preferovaném provedení se nukleové kyselina liší od nukleotidové sekvence uvedené v sekvenčním protokole, která kóduje aminokyselinové sekvence uvedené v sekvenčním protokole, nejméně jedním nukleotidem.

V jiném provedení vynález zdůrazňuje vektor zahrnující nukleovou kyselinu, která kóduje zde popsaný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho variantu; hostitelskou buňku transfekovanou vektorem; a způsob produkce rekombinantího polypeptidu bakterie H. pylori nebo jeho variantu. Tneto způsob zahrnuje kultivaci buňky, např. v kultivačním buněčném médiu a izolaci bakterie H. pylori nebo varianty polypeptidu bakterie H. pylori např. z buňky nebo z buněčného kultivačního média.

Vynález dále popisuje čištěnou rekombinantní nukleovou kyselinu, která vykazuje nejméně 50%, 60%, 70%, 80% 90%, 95%, 98% nebo 99% homologii se sekvencí uvedenou v sekvenčním protokolu.

Vynález dále poskytuje sondu nebo primer, který zahrnuje v podstatě čistý oligonukleotid. Oligonukleotid zahrnuje oblast nukleotidové sekvence, která hybridizuje za přísných podmínek nejméně s 10 konsekventními nukleotidy sense nebo antisense molekuly uvedené v sekvenčním protokolu nebo s jejími přirozeně se vyskytujícími mutanty. V preferovaných provedeních vynálezu sonda nebo primer dále zahrnují k nim připojenou značící skupinu. Značenou skupinou může být např. radioizotop, fluorescenční sloučenina, enzym a/nebo ko-faktor enzymu. Upřednostňuje se, aby oligonukleotid obsahoval nejméně 10 a méně než 20, 30, 50, 100 nebo 150 nukleotidů.

Vynález dále popisuje nukleotidové kyseliny, např. RNA nebo DNA, kódující polypeptid podle vynálezu. Uvedené kyseliny zahrnují dvouřetězcové stejně jako kódující a antisense jednoduché řetězce.

Kmen bakterie H. pylori, jehož genomové sekvence se sekvenovaly, byl uložen v instituci American Type Culture Collection (ATCC) jako kmen HP-J99.

Do vynálezu spadají alelické varianty; přirozené mutanty; indukované mutanty; proteiny kódované DNA, které hybridizují za vysoce přísných nebo málo přísných podmínek s nukleovou kyselinou, která kóduje polypeptid, který je uveden v sekvenčním protokolu (definice vysoce přísných nebo málo přísných podmínek se uvádí v publikaci Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1989, 6.3.119

6.3.6); polypeptidy, které se specificky váží na antiséra vytvořená k polypeptidům bakterie H. pylori zvláště na séra vytvořená proti aktivnímu místu nebo vazebné doméně polypeptidů H. pylori. Vynález dále zahrnuje fragmenty s výhodou aktivní fragmenty. Tyto a jiné polypeptidy se také zde uvádějí jako polypeptidové analogy nebo jejich varianty bakterie H. pylori.

Putativní funkce, které se stanovily pro několik polypeptidů bakterie H. pylori jsou uvedeny v tabulce č. 1.

Vynález v podstatě také zahrnuje použití nárokovaných polypeptidů baktérie H. pylori v těchto identifikovaných funkcích.

Vynález zahrnuje polypeptidy bakterie H. pylori charakterizované podle tabulky č. 1, které zahrnují buněčné obalové proteiny bakterie H. pylori, vylučované proteiny bakterie H. pylori, cytoplazmatické proteiny bakterie H. pylori a buněčné proteiny bakterie H. pylori. Členové této skupiny se identifikovaly na základě sledování BLAST homologie a vyhledáváním sekrečního signálu nebo motivů transmembránového proteinu. Polypeptidy, které se svou podstatnou homologií vztahují k polypeptidům uvedených v tabulce č. 1 (reflektují na FASTA porovnání aminokyselinových sekvencí a uvádějí se v mnoha případech v níže zobrazených tabulkách č. 3 až 6), se klasifikují způsobem podle homologu, což je uvedeno v tabulce č. 1:

• ·

Tabulka č. 1

Název ORF	nt Seq ID#	ak SEQ ID #
A.I^OMÍCNY OfcKU
A.l vnější membrána
A.1.2 terminální fe.‘ zbytek
01ael2001 24218781 f2 18	255	746
02ge 11622 875260 β 36	263	754
02gp20706 23632775f3 32	266	757
07apl1015 23938312 f3 2	271	762
05eel0816 4103408 f2 l 1 “	277	768
06ap20306 23437632 f3 9 “	280	771
07ap20216 7227202 f3 10	285	776
14ap10815 20585777 c 1 13	292	783
hplp1401311726503 c2 20	294	785
hp5p1564121698387 c2 20	299	790
02gp20706 16803513 fl l	311	802
02gp20706 20365905 G 8	312	803
02gp20814 3984818 fl l	313	804
05ae30220 9882767£2 34	321	812
07epl 1916 5913592 β 18	327	818
09ze10333 22460750 f2 6	329	820
14apl0221 13689381 c3 4	-331	882
06ce20610 1367157 fl 8.aa	353	844
02gel0116 16803513 ť2 34	364	855
02gel0116 36367936 cl 92	366	857
05ce10910 25598277 f3 3	368	859
06cpll217 4881263 f2 9	375	866
06ep30223 34409437 0 94	384	875
06gp71906 970325 c3 l90	391	882
07ae10923 24426508 fl 1	392	883
09cp10224 l062966 c3 61	397	888
09cpl0224 1412715 c3 56	398	889
09cp61003 14562637 c2 93	402	893
09cp61003 24063587 cl 74	404	895
1lae80818 7952 cl 49	409	900
llap20714 4960432 c3 97	410	901
1 lap20714 7227202 f3 43.aa	412	903
hp5pl5641 12195281 cl 24	427	918
hp6pl0903 4398263 β 6.aa	433	924
hp6p 10903 4398263 β 6.aa	434	925
02ae31010 30208317 fl 14	441	932
02cpl0615 26573462 cl 45	444	935
03ael0804 12609533 cl 26	445	936
04ep41903 4101593J2 10.aa	449	940
05ep10815 26570332 c2 99	450	941
05epl0815 4719175 cl 83	452	943
06cp30603 679218 f2 34	453	944
llae80818 19632781 c3 57	466	957
llap20714 34023312J3 46	468	959
lleel 1408 4977193 cl 41.aa	469	960
Ilaell922 12586675 f2 l	983	1037
07eel1402 2458267 c3 108	985	1039
1 lap20714 7227202J3 40	989	1043

• ·

hp7el0192 25598277 c2 15	1008	1062
06βρ30223 34409437 β 64	1011	1065
09cpl0224 1062966 cl 44	1014	1068
01ce6l016 12931513 c2 106	1015	1069
05epl0815 4719175 cl 115	1029	1083
05ae30220 4977193 c3 198	1032	1086
A.1.3’bez terraináLního fe. zbytku
02ael1612 22477267 f2 27	259	750
A.1.4 “motiv C-termiňálního tyrožinového klastru.
07epl1916 5273452 c3 31	286	777
07cel1019 22051291 fl l	326	817
06cpl 1217 19720300 D l 1	374	865
09cpl0224 429510 c2 46.aa	399	890
hp4e53394 22864682 c2 86.aa	422	913
06epl0615 961562 f2 41	454	945
09cp61003 492187 c2 80.aa	465	956
14gpll423 26803801 G 7	998	1052
hp4e53394 19720300 c3 98	1009	1063
hp4e53394 l9720300 c3 98	1023	1077
01ce61016 492187 c3 120	1294	1297
06epl0615_961562_fl_15	1295	1298
A 1 5 termlnální fe. zbytek a C-terminální. Λ.1.3 tyrozinový klastr ------------- - 1
04ge10816 33726080 c2 29	319	810
06eel0709 21675012 fl 2	325	816
hp5p 15575 33445317 f2 20.aa	425	916
01cp20708 36134808 f2 l 1	437	928
02ae31010 l2504512J3 28.aa	438	929
04ep41903 26757937 O l 6	447	938
04ep41903 26757937 G 16	448	939
1lae80818 7290627 c2 51	467	958
13ael0610 35912 G 3	996	1050
01cp20708 13086002 G 27	1027	1081
14cpl 1908 24218954 c 1<58	1031	1085
A. 1.6 Viahomolgy
Olael1010 40688 c2 38	254	745
02gp20814 24415958 O 9	269	760
09cpl1003 5945252 f2 4	328	819
06cp30603 23476568 c2 133.aa	352	843
09cp61003 5945252 fl 5	406	897
14ee41924 23527267 c3 107	415	906
07eel1402 10759567 c2 86	1019	1073
A.1.7 jiné proteiny vnější membrány
06epl0615 9842 f3 46	381	872
06gp 10409 3398427 f2 12	389	880
06epl0615 9842 fl 5	1010	1064
06gpl0409 3398427 f2 12	1012	1066
A.2 vnitřní membrána
A.2.1 proteiny podílející se na syntéze vnější 1 membrány a buněčné stěny
06ep30223 4698838£2 55	354	845
A.2.2 proteiny podílející se na konverzi energie

• ·

06ce20610 4331338 fi 18	372	863
09cp10224 4484718 c 1 38	400	891
hp4e13394 5964452 c2 97	421	912
hp4el3394 15828963 c2 90	1022	1076
A.2.3 Proteiny podílející se na metabolizmu kofaktoru
06gp71906 25478192 c1 131	463	954
A.2.4 proteiny podílející se na sekreci a adhezi
06cp30603 23452 c3 80	281	772
09cpl0713 23452 c3 195	988	1042
A.2.5 Viahomolgy
1lap20714_5271967_cl_60	411	902
A.2.6 proteiny podílející se na transportu
11ae80818 1118879l c3 60	407	898
14cpl1908 25593768 c3 97	1017	1071
A.2.7 jiné proteiny vnitřní membrány
13ael0712 14100018 f2 12	290	781
hp lp 13939 25397327 O 22	417	908
hp5pl5870 14350428 fl l	430	921
06ge20501 14100018 cl 34	992	1046
05ae30220 14350428 f3 91	1025	1079
A.3 flagelární proteiny
hp4e13394 3368767 c l 80	477	968
A.4 transportní proteiny
14ce31519 15635927 f3 15	414	905
A.5 jiné buněčné obalové proteiny
04cpl1202 24256567 c3 l 17	253	744
29ge30321 34157812J3 10	293	784
29ge30321 12913562 fl l	334	825
hp6pl0233 12273302 fl l	343	834
hp2el0911 24855312 cl 69	418	909
hp5p15575 2930031l c1 29	424	915
02ae31010 5085162 c 1 47	443	934
B. CYTOPLAZMATICKÉ PROTEINY
B.l proteiny zahrnuté do konverze energie
1lgel0308 5256 f2 l	470	961
11gel0308 24609417 f2 1	1033	1087
Proteiny zahrnuté do metabolizmu a Lran&poiru
06ep11917 24803153 c3 24	357	848
06epl1202_4884677_cl_17	457	948
n 3 proteiny zahrnuté do metabolizmu*
06ep30223 23476067 cl l19	461	952
06ep30223 23476067 c 1 115	1030	1084
B.4 proteiny podílej ící se na metabolizmu kofaktoru «
07apl1213 35156577 c1 24	345	836
06ep30223 23557202 c2 130	383	874
06ep30223 5109443 c 1 109	387	878
06epl1202 133293 cl 19	455	946
07ee50709 35156577 fi 80	1003	1057
B.5 Proteiny podílející se na metabolizmu lipidů
hp6e 12267 14650278 β 29	351	842
14ee41924 23834800 f2 32	416	907
β.6 proteiny podílející se na translaci mRNA , a biogenezi ribozómu

• · » · · • · • ···

14ee41924 16282067 cl 72	473	964
07eell402 19565702 c2 88	1034	1088
R7 proteiny podílející se na replikaci, transkripci, rekombinaci a opravách genomu
05eel0816 4687651 cl 22	278	769
29ge3032l 135253 f2 6	335	826
07ap80601 976413 β 9	346	837
14ce21516 85786 fl 1	350	841
hp2el0911 3349 cl 63	419	910
06ep30223 16512 c3 160	460	951
14ce61516 13073577 Π 12	472	963
07ee50709 4818967 f2 43	1000	1054
05ae30220 976413 c3 204	1004	1058
07ee50709 48.18967 f2 43	1020	1074
hp7e10590,13073577 c3 107	1293	1296
B.8 cytoplazmatické proteiny
04ge10816,22086531 ť2 10	318	809
05cp21223 4725443 O 14	322	813
06apl 1119,24426508,0,26	324	815
Í2gel0321 4821082 fi 14	330	821
hp3p10807,189075 f2 4	347	838
02ae31010 2117087 β 34	440	931
03ael0804 21698400 c2 32	446	937
06gp71906,25504187 β 112	464	955
hp7pl 0290,35156558,β 15	490	981
hp7pl0290 435l718 fl,6 .	491	982
13ael0610 859692 c2 32	995	1049
06apl 1119,24426508,0,27	997	1051
hp3el1188 47327 G 9	1005	1059
07ee50709_2643 8968,0,36	1028	1082
C. VYLUČOVANÉ PROTEINY'
C.l Proteiny podílející se na sekreci a adhezi
12ap10324,4805318 f2 3	355	846
12apl0324 4805318 G 6	1006	1060
C.2 jiné sekretované proteiny
0lgp11016,4103403 c2 l3	257	748
02ael 1612,1074212,0,1	258	749
02ael 1612,23598175,0,2	260	751
02ael1612 33203250 cl 51	261	752
02gp20706 1203402 c3 58	264	755
02gp20706 l5781452 c2 51	265	756
02gp20706 4892558 f3 19	268	759
04cpl 1202,24261588 f2 23	270	761
05ae30220 21619067 β 56	272	763
07apll213 35401528 cl 21	273	764
05ae30220 24882812 c3 l03	274	765
05ae30220 25953163 c3 98	275	766
05eel0816 14649077 0 18	276	767
06apl1119,16594193,0,9	279	770
06cp30603 4689068 c3 79	283	774
07aplllll 234693 c3J4	284	775
09cpl1003,19532625 c3 l7	287	778

• ·

09cp20502 24001388 c1 31	288	779
12gp31106 3024126 f2 25	289	780
13ae10712 29569208 c2 27	291	782
hp2p10272 23697200 f3 22	295	786
hp2pl0272 26829136 fl l	296	787
hp5el521l 819455 c2 24	297	788
hp5p15212 34064750 f2 9	298	789
hpóe 10967 23476502 f2 6	300	791
hp6el0967 24882750 f2 7	301	792
hpóe12267 4876718 f2 23	302	793
hp6e20339 l190660 c2 46	303	794
hp6e20339 21492187 c1 40	304	795
hp6e20339 34024187 c1 37	305	796
04cpl1202 16603425 c2 72	314	805
04cp11202 19797128 fl 5	315	806
05eel0816 259703 f2 7	323	814
hp2p10272 22692325 f3 21	338	829
hp6e20339 24317062 c3 57	342	833
02gel1622 21695936 cl 54	348	839
12gel0321 24308513 D 20	349	840
14ee41924 2458267 c2 93	356	847
01celll04 36125337 cl 8	358	849
01 ce21104 33203250 c3 87	359	850
02ae31010 34616666 f2 27	360	851
02ae31010 35270000 D 33	361	852
02ae31010 36132785 f2 29	362	853
02gel0116 15781452 cl 87	363	854
03ae10804 23485968 c3 47	367	858
06ce20610 29298537 c2 32	370	861
06ce20610 3913967 c3 36	371	862
06cpllll8 212827 cl 17	373	864
06cp30603 21492187 f2 41	377	868
06cp30603 34024l87 fl 20	378	869
06cp30603 34024187 fl 20	379	870
06ep 10615 14649077 f3 52	380	871
06ep30223 5271902 c1 106	388	879
06gp7190624261588 c2 174	390	881
09cel0413 41401l fl 3	394	885
09cel0413 5865665 fl 4	395	886
09ce52017 29324062 c.l 21	396	887
09cp216Ó7 7224187 c2 12	401	892
09cp61003 19532625 c1 78	403	894
09cp61003 24335762 c3 l11	405	896
1 lae80818 783127 c3 63	408	899
hp4e13394 35957200 fl 21	420	911
hp5p15575 6140713J2 18	426	917
hp5pl564l 24304527 c3 35	428	919
hp5pl5641 25635452 c3 34	429	920
hp6p10606 l9546933 c3 31	432	923
02ae31010 16833312 f2 19	439	930
02ae31010 36132785 f2 29	442	933
05epl0815 4195292 cl 84	451	942

• ·

12apl0324 13178562J3 6	471	962
hp2e!091l 4882027 c2 87	474	965
hp5pl5212 6928132 c3 34	478	969
hp7pl0290 25548812J3 14	488	979
07ee50709 l 0213593 O 77	986	1040
06ep 10615 14649077 f2 30	987	1041
01ce61016 23609580 c3 139	990	1044
06gp71906 3024126 c1 128	991	1045
09cp10713 34024187 fl 31	993	1047
02apl1117 23495187 c3 81	1001	1055
09cp 10713 34024187 fl 31	1002	1056
hp1e80523 23485968 c2 49	1007	1061
09cel0413 5865665 fl 4	1013	1067
01ce61016 23609580 c3 13 9	1016	1070
14cpll908 783127 cl 72	1018	1072
hp4e13394 5088562 f3 54	1021	1075
hp8e10080 19546933 c2 88	1026	1080
07ee50709 960952 fÍ47	1035	1089
D. JINÉ BUNĚČNÉ PROTEINY
Olgel1619 23711062 c3 14	256	747
02gp20706 23866562 c2 53	267	758
06cp30603 23476568 cl 44	282	773
01gel0203 35281542 c3 16	306	797
01gel0203 860166 f3 9	307	798
Olgel1619 13788141 c2 ll	308	799
Olgel1619 24415880 c2 12	309	800
Olgel1619 24417813 cl 8	310	801
04cpl1202 23553177 cl 75	316	807
04cpl 1202 23553177 c3 J09	317	808
29ep10720 24220926 f2 8	332	823
29epl0720 24432762 c3 39	333	824
29ge30321 21673965 f2 7	336	827
29ge30321 24336712 fl 5	337	828
hp2p10272 24406280 c1 26	339	830
hp3pl0807 29343768 fl l	340	831
hp3pl0807 29352212 f2 5	341	832
02ep20506 24611325 f2 6	344	835
06ael 1016 30579712 f2 21	369	860
06cpl1217 4897077 fl 6	376	867
06epl1202 26353438 cl 22	382	873
06ep30223 4876077 c3 149	386	877
hp5e15044 4554652 O 3	423	914
hpóp10590 23440913 c2 31	431	922
hp6pl0904 2214676 cl 14	435	926
hp6pl0904 23704412 f2 5	436	927
06epl 1202 792962 c2 26.aa	458	949
06gp71906 l5115637 f2 59	462	953
hp3elll88 47327 f2 5	475	966
hp3el 1188 5082842 f3 12	476	967
hp5p1564l 30273312 c2 28	479	970
hp5pl5641 5211687 c2 29	480	971
hpóp10590 30521093 f2 14	481	972

• ·

hp6p10904 7089062 c1 16	482	973
hp6pl2129 16603417 O 14	483	974
hp6pl2244 3948467 cl 52	484	975
hp6p22217 23470967 fl 4	485	976
hp7e10192 4412568 f2 5	486	977
hp7pl0287 24611325 c2 24	487	978
hp7pl0290 25585941 f3 12	489	980
02gel0116 23866562 c3 146	984	1038
hp4p62853 5914693 c3 52	994	1048
07cel0312 4554652 O 2	1024	1078
hp6pl2244 3948467 c3 88	1036	1090

vysvětlivky: nt SEQ ID číslo nukleotidu a aa je SEQ ID číslo aminokyseliny.

Definice.

Čištěný přípravek nebo v podstatě čistý přípravek polypeptidu znamená polypeptid, který je separován od jiných proteinů, lipidů a nukleových kyselin, s nimiž se společně přirozeně vyskytuje. Upřednostňuje se, aby se polypeptid také separoval od látek, jako jsou např. protilátky nebo gelová matrice, např. polyakrylamid, které se používají při jeho čištění. Upřednostňuje se, aby polypeptid tvořil nejméně 10, 20, 50, 70, 80 nebo 95% suché hmetnosti čištěného přípravku. Přípravek s výhodou obsahuje dostatek polypeptidu, aby bylo možné sekvenovat protein; nejméně 1, 10 nebo 100 μg polypeptidu; nejméně 1, 10 nebo 100 mg polypeptidu.

Čištěný přípravek buněk v případě rostlinných nebo zvířecích buněk znamená in vitro buňky a nikoli celou neporušenou rostlinu nebo zvíře. V případě kultivovaných buněk nebo mikrobiálních buněk zahrnuje nejméně 10% a s výhodou 50% buněk, které jsou předmětem zájmu.

V podstatě čistá nukleová kyselina, např. v podstatě čistá DNA je nukleová kyselina, která zahrnuje jednu nebo obě z následujících možností: bezprostředně nenavazuje na obě • · kódující sekvence, se kterými bezprostředně sousedí (to je jeden na 5'konci a jedne na 3'konci) v přirozeně se vyskytujícím genomu organizmu, ze kterého se nukleová kyselina získala; nebo která je v podstatě bez nukleové kyseliny, se kterou se objevuje v organizmu, z něhož se nukleová kyselina získala. Uvedený termín zahrnuje například rekombinantní DNA, která je začleněna do vektoru, např. do samostatně se replikujícího plazmidu nebo viru nebo do genomové DNA prokaryonta nebo eukaryonta nebo která existuje jako oddělená . molekula (např. cDNA nebo fragment genomové DNA, který vznikl pomocí PCR nebo aplikací restrikčních endonukleáz) nezávisle na jiných sekvencích DNA. V podstatě čistá DNA také zahrnuje rekombinantní DNA, která je částí hybridního genu, jenž kóduje další sekvenci DNA bakterie H. pyl ori.

Contig zde znamená nukleovou kyselinu, která tvoří navazující protažení genomové sekvence organizmu.

Otevřený čtecí rámec zde taká uvedený jako ORF je oblast nukleové kyseliny, která kóduje polypeptid. Tato oblsat může reprezentovat část kódující sekvence nebo celou sekvenci.

Kóduj ící přepiduje do polypeptidu v sekvence je nukleová kyselina, která se mediátorové případě, že

RNA a/nebo se překládá do se řídí vhodnými refulačními sekvencemi. Hranice kódující sekvence jsou stanoveny kodonem počátku translace na 5'konci a stop kodonem translace na 3'konci. Kódující sekvence může zahrnovat, ale není omezena na mediátorovou RNA, syntetickou DNA a rekombinantními sekvencemi nukleové kyseliny.

Komplement nukleové kyseliny znamená antiparalelní nebo antisense sekvenci, která se podílí na párování baží podle Watson-Crick teorie s původní sekvencí.

Genový produkt je protein nebo strukturální RNA, která je specificky kódována genem.

Termín sonda znamená nukleovou kyselinu, peptid nebo jinou chemickou entitu, která se specificky váže na molekulu, která je ve středu zájmu. Sondy jsou často značeny nebo jsou schopny se spojovat se značícími látkami. Uvedená značka je chemická část, která je schopna detekce. Mezi typické značící látky patří barviva, radioizotopy, luminiscenční a chemoluminiscenční látky, fluorofory, enzymy, precipitační činidla, amplifikační sekvence a podobně. Podobně nukleová kyselina, peptid nebo jiná chemikálie, které se specificky váží na molekulu, která je středem zájmu, a imobilizují ji se zde nazává záchytným ligandem. Záchytné ligandy jsou v typickém případě spojeny s nosičem, jako je například nitrocelulóza, sklo, nylonová membrána, kuličky, částice a podobně. Specificta hybridizace závisí na podmínkách, jako je složení párů baží nukleotidů a teplota a koncentrace solí v reakci. Tyto podmínky může odborník snadno rozeznat za použití rutinních experimentů.

Homologie znamená podobnost sekvencí nebo shodnost sekvencí mezi dvěma polypeptidy nebo mezi dvěmi molekulami nukleové kyseliny. Jestliže pozice v obouch ze dvou srovnatelných sekvencí je obsazena stejnou baží nebo aminokyselinovou monomérní podjednotkou, např. jestliže pozice v každé ze dvou molekul DNA je obsazena adeninem, pak molekuly jsou v této pozici homologní. Procento homologie mezi dvěmi sekvencemi je funkce počtu homologních pozic nebo pozic, které se k sobě hodí, které zdili dvě sekvence, děleno počtem pozic, které se srovnávají, násobeno stem. Jestliže například 6 z 10 pozic ve dvouch sekvencích se k sobě hodí nebo jsou homologní, pak tyto dvě sekvence jsou ze 60% homologní. Například sekvence DNA ATTGCG a TATGGC mají 50% homologii. Obecně se srovnání provádí v případě, že dvě • ·

I » · · ·· · * • · ·· 1 sekvence jsou orientová ny tak, aby došlo k maximální homologii.

Nukleové kyseliny mohou spolu navzájem hybridizovat, jestliže se nejméně jeden řetězec nukleové kyseliny může vázat na jiný řetězec nukleové kyseliny za definovaných podmínek.

Přísnost podmínek hybridizace se definuje: (a) jako teplota, při které probíhá hybridizace a/nebo promývání; a (b) iontová síla a polarita hybridizadního a promývacího roztoku. Hybridizace požaduje, aby dvě nukleové kyseliny obsahovaly komplementární sekvence; v závislosti na přístnosti hybridizace se mohou tolerovat chybné párování. V typickém případě hybridizace dvouch sekvencí za velmi striktních podmínek (např. v roztoku 0,5x SSC, při teplotě 65 °C) požaduje, aby sekvence byly kompletně homologní. Středně striktní podmínky (např. 2XSSC při teplotě 65 °C) a málo přísné podmínky (např. 2X SSC při teplotě 55°C) vyžadují nižší celkovou komplementaritu mezi hybridizačními sekvencemi. (1XSSC je 0,15M NaCl, 0,015M citrát sodný).

Termíny peptidy, proteiny a polypetidy jsou zde zaměnitelné.

Termín povrchový protein znamená všechny povrchově přístupné proteiny, například proteiny vnitřní nebo vnější membrány, proteiny adherující k buněčné stěně a vylučované proteiny.

Polypeptid má biologickou aktivitu bakterie H. pylori v případě že vykazuje, jednu, dvě a s výhodou více následujících vlastností: (1) v případě, že je exprimován v případě infekce bakterií H. pylori, může podporovat nebo zprostředkovat zachycení bakterie H. pylori na buňku; (2) má enzymatickou aktivitu, která cahrakterizuje protein bakterie H. pylori; (3) nebo gen, který ho kóduje, může zachránit letální mutaci v genu bakterie H. pylori. Polypeptid má biologickou aktivitu, jestliže je antagonistou, agonistou nebo superagonistou polypeptidů, který má jednu shora uvedených vlastností.

Biologicky aktivní fragment nebo analog je ten, který má in vivo nebo in vitro aktivitu, která je chrakteristická pro polypeptidy bakterií H. pylori, které jsou uvedeny v sekvenčním protokolu, nebo pro jiné přirozeně se vyskytující polypeptidy bakterie H. pylori. Popisují se zde jedna nebo více biologických aktivit. Zvláště preferované jsou fragmenty, které existují in vivo, např. fragmenty, které vznikají při postranskripčních úpravách nebo ke kterým dochází při translaci alternativně sestřižených RNA. Mezi fragmenty se zahrnují ty, které se exprimovaly v přirozených nebo endogenních buňkách, stejně jako ty, které se připravují v expresivním systému, např. v buňkách CHO. Protože peptidy, jako jsou polypeptidy bakterie H. pylori, často vykazují rozmezí fyziologických vlastností a protože takové vlastnosti se mohou přisuzovat různým částím molekuly, použitelný fragment nebo analog je ten, který vykazuje biologickou aktivitu v libovolném biologickém testu, kde se zkoumá aktivita bakterie H. pylori. Je výhodné, když fragment nebo analog v libovolném in vivo nebo in vitro testu vykazuje 10%, přednostně 40%, s výhodou 90% a vyšší aktivitu bakterie H. pyl ori.

Analogy se mohou lišit od přirozeně se vyskytujících polypeptidů bakterie H. pylori aminokyselinovou sekvencí nebo rysem, který nezahrnuje sekvenci nebo oběma způsoby. Žádné modifikace nezahrnují změny fosforylaci, karboxylaci nebo analogy zahrnují polypeptidy bakterie H. pylori (nebo její biologicky aktivní fragment), jejichž sekvence se liší od sekvence divokého typu substitucí jedné nebo více konzervativních aminokyselin nebo substitucí, delecí nebo v acetylaci, metylaci, glykosylaci. Preferované ·· ·· • · · • »·· • · · • · · ·« ·· • · · • · • ·· · • ·

inzercí jedné nebo více nekonzervativních aminokyselin, které v podstatě nepoškozují biologickou aktivitu polypeptidu bakterie H. pylori. Konzervativní substituce v typickém případě zahrnuje substituci jedné aminokyseliny jinou aminokyselinou, která vykazuje podobné charakteristiky, např. substituce v následujících skupinách: valin, glycin; glycin, alanin; valin, izoleucin, leucin; kyselina aspartová, kyselina glutamová; asparagin, glutamin; serin, treonin; lysin, arginin; a fenylalanin, tyrozin. Jiné konzervativní substituce jsou uvedeny v tabulce č. 2 dále v textu.

Tabulka č. 2

Náhrady konzervativních aminokyselin

aminokyselina	kód	nahrazeno libovolnou z
alanin	A	D-Ala, Gly, beta-Ala, L-Cys, D-Cys
arginin	R	D-Arg, Lys, D-Lys, homo-Arg, Dhomo-Arg, Met, Ile, D-Met, D-Ile, Orn, D-Orn
asparagin	N	D-Asn, Asp, D-Asp, Glu, D-Glu, Gin, D-Gln
kys. aspartová	D	D-Asp, D-Asn, Asn, Glu, D-Glu, Gin, D-Gin
cystein	C	D-Cys, S-Me-Cys, Met, D-Met, Thr, D-Thr
glutamin	Q	D-Gln, Asn, D-Asn, Glu, D-Glu, Asp, D-Asp
kys. glutamová	E	D-Glu, D-Asp, Asp, Asn, D-Asn, Gin, D-Gln
glycin	G	Ala, D-Ala, Pro, D-Pro, β-Ala, Acp
izoleucin	I	D-Ile, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
leucin	L	D-Leu, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
lyzin	K	D-Lys, Arg, D-Arg, homo-Arg, Dhomo-Arg, Met, D-Met, Ile, D-Ile, Orn, D-Orn
metionin	M	D-Met, S-Me-Cys, Ile, D-Ile, Leu, D-Leu, Val, D-Val
fenylalanin	F	D-Phe, Tyr, D-Thr, L-Dopa, His, DHis, Trp, D-Trp, Trans-3,4 nebo 5fenylprolin, cis-3,4, nebo 5fenylprolin

,· «· • · · • ··· ···· ·· ♦ · ·· » · · · » · ·· ··· · · • · · ·· ··

prolin	P	D-Pro, L-I-tioazolidin-4karboxylová kyselina, D-neboL-1oxazolidin-4karboxylová kyselina
serin	S	D-Ser, Thr, D-Thr, allo-Thr, Met, D-Met, Met(0), D-Met(0), L-Cys, DCys
treonin	T	D-Thr, Ser, D-Ser, Allo-Thr, Met, D-Met, Met(O), D-Met(0), Val, DVal
tyrozin	Y	D-Tyr, Phe, D-Phe, L-Dopa, His, DHis
valin	v	D-Val, Leu, D-Leu, Ile, D-Ile, Met, D-Met

Jiné analogy podle vynálezu jsou ty s modifikací, která zvyšuje stabilitu peptidu; takové analogy mohou obsahovat například jednu nebo více nepeptidových vazeb (které nahrazují peptidové vazby) ve peptidové sekvenci. Také zahrnují analogy, které zahrnují zbytky jiné, než přirozeně se vyskytující L-aminokyseliny, např. D-aminokyseliny nebo ne přirozeně se vyskytující nebo syntetické aminokyseliny, např. β nebo γ aminokyseliny; a cyklické analogy.

Termín fragment znamená analog, který obyčejně má nejméně okolo 20 zbytků, s výhodou nejméně okolo 40 zbytků, upřednostňuje se okolo 60 zbytků. Fragmenty polypeptidů mohou vznikat způsoby, které odborník zná. Schopnost fragmentu vykazovat biologickou aktivitu polypeptidu bakterie H. pylori se může stanovit zde popsanými způsoby. Také se zahrnují polypeptidy bakterie H. pylori, které obsahují zbytky, jenž se nepodílí na biologické aktivitě peptidu nebo které vedou k alternativnímu sestřihu mRNA nebo k alternativní úpravě proteinu.

Termín imunologický komponent znamená část, jako je polypeptid bakterie H. pylori, analog nebo její fragment, který je schopný vyvolat v hostitelském zvířeti humorální a/nebo buněčnou imunní odezvu.

• · · ·

Termín antigenní komponent znamená část, jako je například polypeptid bakterie H. pylori, analog nebo její fragment, který je schopný se vázat na specifické protilátkys dostatečně vysokou afinitou, aby se vytvořil detekovatelný komplex antigen-protilátka.

Termín transgen znamená nukleovou kyselinu (kódující např. jeden nebo více polypeptidu), která je částečně nebo celá heterogenní, to znamená, že je pro transgenní zvíře nebo buňku, do které se vnesla, cizorodá nebo je homogenní s endogenním genem transgenního zvířete nebo buňky, do které se vnesla, ale která je připravena tak, aby byla schopna se začlenit nebo je začleněna do buněčného genomu takovým způsobem, aby změnila gen buňky, do kterého je začleněna (např. začlení se do oblasti, která se liší od oblasti v přirozeném genu, nebo inzerce nukleové kyseliny vede ke záhubě buňky). Transgen může zahrnovat transkripčních regulačních sekvencí a nukleovou kyselinu, jako jsou introny, nezbytné při optimální expresi vybrané nukleové kyseliny a které jsou operabilně spojeny s vybranou nukleovou kyselinou, a mohou dále obsahovat zesilovací sekvenci.

Termín transgenní buňka znamená buňku obsahující transgen.

Termín transgenní zvíře znamená libovolné zvíře, ve kterém jedna nebo více, s výhodou všechny buňky obsahují transgen. Transgen se může zavést do buňky přímo nebo nepřímo, což znamená, že se zavede do prekurzoru buňky způsobem záměrné genové manipulace, jako je mikroinjektáž nebo infekce rekombinantím virem. Tato molekula se může začlenit do chromozomu nebo se může replikovat mimo chromozom.

jednu nebo více libovolnou jinou které mohou být • ·

Termín protilátka je zamýšlena, aby zahrnovala fragment, který specificky reaguje s polypeptidy bakterie H. pylori.

Termín buněčně specifický promotor znamená DNA sekvenci, která slouží jako promotor, to znamená, že reguluje expresi vybrané sekvence DNA, která je operabilně spojena s promotorem a který ovlivňuje expresi vybrané sekvence DNA ve specifických buňkách tkáně. Termín také zahrnuje tak zvané děravé (leaky) promotory, které regulují expresi vybrané DNA primárně v jedné tkáni, ale stejně tak způsobují expresi v dalších tkáních.

Termín misexprese znamená nedivoký typ paternu genové exprese. To zahrnuje expresi, která není na úrovni expresi divokého typu, to znamená, že přesahuje nebo nedosahuje úrovně exprese divokého typu; patern exprese se liší od paternu exprese divokého typu v čase nebo v stádiu, ve kterém se gen exprimuje, například jde o zvýšenou nebo sníženou expresi (jestliže se srovnává s expresí divokého typu) v předem určeném časovém úseku nebo fázi vývoje; patern exprese, který se liší od paternu divokého typu sníženou expresí (jestliže se srovnává s expresí divokého typu) v předem určených typech buněk nebo v typu tkáně; patern exprese, který se liší od paternu divokého typu místem sestřihu, aminokyselinovou sekvencí, postranslační úpravou nebo biologickou aktivitou exprimovaného polypeptidu; patern exprese, který se liší od paternu divokého typu účinkem stimulu prostředí nebo extrabuněčným stimulem na expresi genu, např. patern zesílené nebo zeslabené exprese (srovnáno s divokým typem), je-li zeslaben nebo zesílen stimul.

Termín hostitelská buňka a jiné takové termíny, které popisují mikrooragnizmy nebo vyšší eukaryontní buněčné linie kultivované jako jednobuněčné entity, znamenají buňky, které se mohou stát nebo se používají jako recipienti ♦ ·

rekombinantního vektoru nebo jiné transferové DNA a zahrnují progeny původní buňky, která se transfekuje. Odborník ví, že v případě progenů jednoduché rodičovské buňky není nezbytné, aby jejich genomová nebo celková DNA byla zcela identická s původním parentem, což je způsobeno náhodnou nebo záměrnou mutací.

Termín řídící sekvence znamená nukleovou kyselinu, která má sekvenci, jenž rozeznává hostitelský organizmus, aby ovlivnil expresi kódovaných sekvencí, ke kterým je připojena. Podstata takových řídících sekvencí se liší v závislosti na hostitelském organizmu; u prokaryontů takové řídící sekvence obecně zahrnují promotor, ribozomální vazebné místo a terminátory; v eukaryontech obecně takové řídící sekvence zahrnují promotory, terminátory a v některých případech zesilovače. Termín řídící sekvence zahrnuje nejméně všechny komponenty, jejichž přítomnost je nezbytná pro expresi a může také zahrnovat další komponenty, jejichž přítomnost je výhodná, například vedoucí sekvence.

Termín operabilně spojen znamená spojení nebo ligace sekvencí, které fungují zamýšleným způsobem. Řídící sekvence je například operabilně spojena s kódující sekvencí ligací takovým způsobem, že exprese kódující sekvence se dosáhne za podmínek kompatibilních s řídící sekvencí a hostitelskou buňkou.

Metabolizmus látky znamená libovolný aspekt exprese, funkce, působení nebo regulace látky. Metabolizmus látky zahrnuje modifikace , např. kovalentní nebo nekovalentní modifikace látky. Metabolizmus látky zahrnuje modifikace, např. kovalentní nebo nekovalentní modifikace, které látka indukuje u jiných substancí. Metabolizmus látky také zahrnuje změny v distribuci látky. Metabolizmus látky také zahrnuje změny, které látka indukuje v distribuci jiných látek.

• ·

Termín vzorek znamená biologický vzorek, jako je například tělní tkáň nebo tekutina (zahrnujíc bez omezení plazmu, sérum, mozkomíšní mok, lymfu, slzy, sliny a tkáňové sekce) nebo z in vitro buněčných kultivačních konstituentů stejně jako vzorky prostředí.

V praktických příkladech vynálezu se používají, není-li uvedeno jinak, běžné chemické způsoby, způsoby molekulární biologie, mikrobiologie, rekombinace DNA a imunologie, které jsou dobře známy v oboru. Takové způsoby se popisují v Fritsch a Maniatis, Molecular

2^nd ed.

(1989); DNA Cloning, 1985); Oligonucleotide publikacích např. Sambrook,

Cloning; Laboratory Manual Volumes I and II (D.N. Glover ed.

Synthesis (M. J. Gait ed, 1984); Nucleic Acid Hybridization (B.D. Hames & S.J. Higgins eds. 1984); Methods in Enzymology (Academie Press, lne.), zvláště Vol. 154 a 155 (Wu and Grossman, eds.) a PCR-A Practical Approach (McPherson, Quirk, and Taylor, eds.)

I. Izolace r.ukleových kyselin bakterie H. pylori a použití genomové sekvence bakterie H. pylori.

Vynález popisuje nukleotidové sekvence genomu bakterie H. pylori, které tudíž zahrnují sekvence knihovny genomové DNA bakterie H. pylori. Detailní popis, který následuje, poskytuje nukleotidové sekvence bakterie H. pylori a také uvádí způsob získání sekvencí a způsob identifikace ORF a sekvencí, které kódují proteiny. Také uvádí způsoby použití sekvencí bakterie H. pylori při diagnostice a pro terapeutické účely. Dále knihovna se může použít jako databáze při identifikaci a srovnání lékařsky důležitých sekvencí v tomto nebo v jiných kmenech bakterie H. pylori.

Za účelem stanovení genomové sekvence bakterie H. pylori se izolovala DNA z kmene bakterie H. pylori a mechanicky se nastřihala nebulizací na střední velikost 2 kb. Následovalo • · · · » · · • · · · • · « • · « » · · · · · • · · · > · · I » « · · • · · · I • · • · · · dělení podle velikosti gelovou elektroforézou a fragmenty mely tupé konce, ligovaly se do adaptérových oligonukleotidů a klonovaly se do každého z 20 různých pMX vektorů (Rice et al., abstrakt z Meeting of Genome Mapping and Sequencing, Cold Spring Harbor, NY, 5/11-5/15, 1994, str. 225) za účelem konstrukce série knihovny subklónů.

Sekvenování DNA se provedlo za použití sekvenčních postupů, jak v podstatě popisují publikace Church et al., 1988, Science 240: 185; U.S. Patens No. 4,942,124 a 5,149,625). DNA se extrahovala ze shromážděných kultur a provedlo se chemické nebo enzymatické sekvenování. Sekvenační reakce se rozdělila elektroforézou a produkty se přenesly na nylonové membrány, na které se kovalentně navázaly. Nakonec se membrány postupně hybridizovaly se sérií značených oligonukleotidů, které jsou komplementární s tag sekvencemi přítomnými v různých klónovacích vektorech. Tímto způsobem se může získat velký počet sekvencí ze sekvenčních reakcích s jednoduchým uspořádáním. Postupy klonování a sekvenování se detailněji popisují v dalších příkladech.

Pro čtení jednotlivých sekvencí se použil program FALCON™ (Church et al., 1994, Automated DNA Sequencing and Analysis, J.C. Venter, ed., Academie Press) a PHRAP (P. Green, Abstrakty DOE Human Genome Program Contractor-Grantee Workshop V, Jan. 1996, pl57). Získalo se výsledné sestavení contigů, každý reprezentuje navazující protažení DNA, nebo sekvence DNA. Délka průměrného contigu je přibližně 3 kb.

Za účelem contigů, aby se získaly souvislá sekvence, která reprezentuje celý genom bakterie H. pylori se použila řada přístupů. Syntetické oligonukleotidy se navrhly tak, aby byly komplementární se sekvencemi na konci každého contigu. Tyto oligonukleotidy mohou hybridizovat s knihovnami genomové DNA bakterie H. pylori například ve vektorech fága lambda, aby se identifikovaly klony, které obsahují sekvence

odpovídající spojovacím oblastem mezi jednotlivými contigy. Takové klony se pak používají pro izolaci templátové DNA a některé oligonukleotidy se používají jako primery v polymerázové řetězové reakci (PCR) pro amplifikaci spojených fragmentů, přičemž se pak určila jejich nukleotidová sekvence.

Testovala se přítomnost otevřeného čtecího rámce (ORF), který zahrnuje nejméně 180 nukleotidů, v sekvenci bakterie H. pylori. Předpovídala se existence ORF se 180 nukleotidy (jestliže se ORF čte od terminačního kodonu k terminačnímu kodonu). V případě, že se používá analýza ORF na základě čtení stop kodon až stop kodon, nemohou tyto ORF odpovídat ORF přirozeně se vyskytujícího polypeptidy bakterie H. pylori. Ubedené ORF mohou obsahovat iniciační kodony, které indikují iniciaci syntézy proteinu přirozeně se vyskytujícího polypeptidů bakterie H. pylori. Takové počáteční kodony v ORF, které se zde popisují, mohou být identifikovány odborníkem a výsledný ORF a kódovaný polypeptid bakterie H. pylori je předmětem vynálezu. Například v ORF se může identifikovat kodon, jako je AUG nebo GUG (kódující metionin nebo valin), jenž je součástí iniciačního signálu syntézy proteinu, a ORF se modifikoval, aby odpovídal přirozeně se vyskytujícímu polypeptidů bakterie H. pylori. Předpovídaná kódující oblast se definovala zhodnocením kódujícího potencionálu takových sekvencí za pomoci programu GENEMARK™ (Borodovsky and Mclninch, 1993, Comp. Chem. 17:123).

Jiné nukleové kyseliny bakterie H. pylori

Nukleové kyseliny podle vynálezu se mohou získat přímo z DNA shora zmiňovaného kmene bakterie H. pylori za použití polymerázové řetězové reakce (PCR). Detailní popis PCR je v publikaci PCR, A Practical Approuch (McPherson, Quirke, and Taylor, eds., IRL Press, Oxford, UK, 1991). PCR s vysokou linie mRNA.

nebo věrností se může používat pro zajištění věrné kopie DNA před expresí. Amplifikovaný produkt se může kontrolovat běžnými sekvenčními metodami. Klony nesoucí požadované sekvence podle vynálezu se mohou získat testováním knihoven pomocí PCR nebo hybridi žací na membráně kolonií nebo plaků knihovny se syntetickými oligonukleotidovými sondami (Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual 2^nd edition, 1989, Cold Spring Harbor Press, NY).

Je také možné v souladu se zde popsanými protokoly získat nukleové kyseliny kódující polypeptidy bakterie H. pylori z knihovny cDNA. cDNA kódující polypeptid bakterie H. pylori se může získat izolací celkové mRNA z vhodné buněčné Dvouřetězcová cDNA se pak může připravit z celkové cDNA se následně může začlenit do vhodného plazmidu virového vektoru (např. bakteriofágu) , přičemž se používá jedna z řady známých metod. Geny kódující polypeptidy bakterie H. pylori se mohou také klonovat použitím metody polymerázové řetězové reakce v souladu s informacemi o nukleové sekvenci podle vynálezu. Nukleovými kyselinami podle vynálezu mohou být DNA nebo RNA. Preferované nukleové kyseliny jsou uvedeny v sekvenčním protokolu.

Nukleové kyseliny podle vynálezu se mohou také chemicky syntetizovat za použití standardních metod. Jsou známy řůzné metody chemické syntézy polydeoxynukleotidů, které zahrnují syntézu napevné fázi, která podobně jako syntéza peptidu je a probíhá na komerčně dostupných (Itakura et al., U.S. Patent No.

4,598,049; Caruthers et al., U.S. Patent No. 4,458,066; a Itakura U.S. Patent No. 4,401,796 a 4,373,071).

Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu s vynálezem jsou použitelné bez omezení jako sondy, primery, záchytné ligandy, antisense geny a pro vyvyjející se expresivní systémy vhodné pro syntézu proteinů a peptidů, plně automatizovaná syntetizátorech DNA

které odpovídají takovým sekvencím. Nukleové kyseliny, které se používají jako primery, sondy, záchytné ligandy a antisense činidla, normálně zahrnují celou nebo část (v zájmu specifity a schopnosti tvořit stabilní produkt hybridizace obsahují přibližně 20 nebo více nukleotidů) nukleové kyseliny uvedené v sekvenčním protokolu. Tyto použití se detailně popisují v dalších příkladech dále v textu.

Sondy

Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu s nukleotidovými sekvencemi, které jsou uvedeny v sekvenčním protokolu se mohou používat jako sonda pro specifickou detekci bakterie H. pylori. Podle sekvenčních informací uvedených zde v přihlášce se identifikovaly sekvence 20 nebo více nukleotidů, které poskytují požadovanou inkluzivitu a exkluzivitu s ohledem na bakterii H. pylori, a soutěží za danných hybridizačních podmínek s nepatřičnými nukleovými kyselinami. Je výhodné, aby sekvence zahrnovaly nejméně dvacet až třicet nukleotidů za účelem zajištění stability hybridizačního produktu, který vzniká mezi sondou a zamýšlenými cílovými molekulami.

Je obtížné syntetizovat sekvence větší než 1000 nukleotidů, ale mohou se připravit rekombinací DNA. Odborníci vědí, že nukleové kyseliny, které se použijí jako sonda, se za účelem detekce hybridizačního produktu značí.

Nukleové kyseliny, které se izolovaly a syntetizovaly v souladu se sekvencemi uvedenými v sekvenčním protokolu, se mohou použít jako sondy při detekci homologních oblastí (zvláště homologních genů) jiných specií H. pylori za použití zde popsaných přísných hybridizačních podmínek.

Záchytné ligandy « · • · « ·

Za účelem použití jako záchytný ligand nukleová kyselina, která se s ohledem na sondy vybrala shora popsaným způsobem, může být spojena s podporou. Způsob, kterým se nukleová kyselina spojuje s podporou je dobře znám. Nukleová kyselina má sekvenci s 20 nebo více nukleotidy, která je uvedena v sekvenčním protokolu, se používá při separaci nukleové kyseliny bakterie H. pylori od nukleové kyseliny každého jiného organizmu. Nukleová kyselina má v sekvenci uvedené v sekvenčním protokole dvacet nebo více nukleotidů a může se také využívat k separaci jiných specií Heliobacter a od jiných organizmů. Upřednostňuje se, aby sekvence obsahovala nejméně dvacet nukleotidů, aby byla zabezpečena stabilita hybridizačního produktu, který se tvoří mezi sondou a zamýšlenými cílovými molekulami. Sekvence, které jsou větší než 1000 nukleotidů, je obtížné syntetizivat, ale mohou vznikat způsobem rekombinace DNA.

Primery

Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se zde popsanými sekvencemi se mohou používat jako primery při amplifikaci nukleové kyseliny bakterie H. pylori. Tyto nukleové kyseliny se mohou také používat jako primery při amplifikaci nukleových kyselin v dalších specií Heliobacter. S ohledem na způsob polymerázové řetězové reakce (PCR) nukleové kyseliny, které obsahují 10 až 15 nukleotidů nebo více nukleotidů a které jsou obsaženy v sekvenčním protokolu se mohou využít ve spojení s vhodnými enzymy a činidly za účelem vytvoření kopií nukleové kyseliny bakterie H. pylori. Upřednostňuje se, aby sekvence obsahovala dvacet nebo více nukleotidů, čímž se zajistí stabilita hybridizačního produktu, který se tvoří mezi primerem a zamýšlenými cílovými molekulami. Vazebné podmínky u primerů, které jsou větší než 100 nukleotidů, se řídí daleko obtížněji, aby se dosáhlo

specifičnost. PCR s vysokou věrností se může použít k zajištění věrohodnosti kopie PCR před expresí. Navíc amplifikované produkty se mohou kontrolovat běžnými sekvenačními metodami.

Kopie se mohou využít v diagnostických testech za účelem detekce specifických sekvencí, do kterých patří geny bakterie H. pylori a/nebo další specie Heliobacter. Uvedené kopie se také mohou začlenit do klónovacích a expresivních vektorů za vzniku polypeptidů, které odpovídají nukleové kyselině syntetizované PCR, která se zde popisuje detailněji.

Antisense

Nukleová kyselina nebo deriváty hybridizující s nukleovou kyselinou izolované nebo syntetizované podle zde popsaných sekvencí se využívají jako antisense činidla při prevenci exprese genů bakterie H. pylori. Tyto sekvence se také mohou použít jako antisense činidla při prevenci esprese genů jiných specií H. pylori.

V jednom provedení vynálezu nukleové kyseliny nebo deriváty odpovídající nukleovým kyselinám bakterie H. pylori se spojí s vhodným nosičem, jako je liposim nebo bakteriofág za účelem jejich zavedení do bakteriálních buněk. Nukleová kyselina, která má například 20 nebo více nukleotidů je schopna se vázat na nukleovou kyselinu bakterie nebo na mediátorovou RNA bakterie. Upřednostňuje se, aby antisense nukleová kyselina obsahovala 20 nebo více nukleotidů, aby mohlo být dosaženo nezbytné stabilety hybridizačního produktu nukleové kyseliny, která se přirozeně nevyskytuje, a bakteriální nukleové kyseliny a/nebo bakteriální mediátorové RNA. Nukleovou kyselinu, která má sekvence větší než 1 000 nukleotidů, je obtížné syntetizovat, ale může vznikat způsobem rekombinace DNA. Způsoby nanesení nukleové kyseliny na lipozomy jsou dobře známy v oboru a popisují se v U.S.

Patentu 4,241,046 podaném 23. Prosince 1980, autorem je Papahadjopoulos et al.

II. Exprese nukleových kyselin bakterie H. pylori.

Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se zde popsanými sekvencemi se může využít pro přípravu polypeptidů. Nukleové kyseliny uvedené v sekvenčním protokole nebo fragmenty uvedených nukleových kyselin, které kódují aktivní části polypeptidů bakterie H. pylori, se mohou klonovat do vhodných vektorů nebo se mohou použít při izolaci nukleové kyseliny. Izolovaná nukleová kyselina se kombinovala s vhodnými linkery DNA a klonovala se do vhodného vektoru.

Funkce specifického genu nebo operonu se dá zjistit expresí v bakteriálním kmenu za podmínek, kde aktivita genového produktu(ů) specifikovaná danným genem nebo operonem se může specifiky měřit. V jiném případě produkt genu se může za účelem použití jako antigen, průmyslové činidlo nebo při studiích struktury produkovat v expresivních kmenech ve velkém množství. Tato exprese se může uskutečnit v mutantním kmenu, který postrádá aktivitu genu, který se testuje nebo v kmenu, který neprodukuje stejný genový produkt (y). Tyto kmeny zahnrují, ale nejsou omezeny na jiné kmeny Heliobacter a jiné bakteriální kmeny, jako jsou E. coli, Norcardia, Corynebacterium a specie Streptomyces. V některých případech exprese hostitele bude využívat přirozený promotor bakterie H. pylori, zatímco v jiných případech je nutné řídit gen promotorovou sekvencí, která je odvozena od expresivního organizmu (např. beta-galaktosidázový promotor bakterie E. coli, který je vhodný při expresi v E. coli.)

Za účelem exprese genového produktu, kde se používá přirozený promotor bakterie H. pylori, se používají následující způsoby. Restrikční fragment obsahující zajímavý gen spolu s jeho spojeným přirozeným promotorovým elementem a

plazmid se elektroporací regulační sekvence (určené za použití dat o sekvenci DNA) se klonuje do vhodného rekombinantího plazmidu, který zahrnuje počátek replikace, který je funkční v hostitelském oragnizmu a vhodný selekční markér. Toho lze dosáhnout řadou postupů, které jsou dobře známy v oboru. Nejvýhodnější postup je pro účely klonování nastřihat plazmid a fragment stejným restrikčním enzymem za vzniku kompatibilních konců, které se mohou ligovat tak, že vytvoří spojení dvou kusů. Rekombinantí zavede do hostitelského organizmu např. a buňky obsahující rekombinantí plazmid se určují na základě selekčního markéru, který je nesen plazmidem. Exprese požadovaného genového produktu se detekuje použitím testu, který je specifický uvedený genový produkt.

V případě genu, který požaduje odlišný promotor, je základ genu (kódující sekvence) specificky vystřižena a klonuje se do vhodného expresivního plazmidu. K tomuto subklónování se může použít řada metod, ale nejjednodušeji se provede PCR amplifikací specifického fragmentu a ligací do expresivního plazmidu po té, co je produkt PCR tráven s restrikčními enzymy nebo exonukleázami za vzniku vhodných konců pro klonování.

Hostitel vhodný pro expresi genu může být libovolná prokaryontní nebo eukaryontní buňka. Například polypeptid bakterie H. pylori se může exprimovat v bakteriálních buňkách, jak jsou bakterie E. coli, v hmyzích buňkách (bakuloviry), v kvasinkách nebo v savčích buňkách, jako jsou buňky vaječníků čínských křečků (CHO). Jiné vhodné hostitelské buňky jsou dobře známy v oboru.

Exprese v eukaryontních buňkách, jako jsou savčí, kvasinkové nebo hmyzí buňky může vést k částečné nebo celkové glykosylaci a/nebo k tvorbě relevantních inter- nebo intrařetězcových disulfidových vazeb produktu rekombinantího peptidu. Příklady vektorů pro expresi v kvasinkách • · · · ·· • ·· ·· ·· • · · · • · ·· • · · · ·

S.cerivisae zahrnuje pYepSecI (Baldari, et al., (1987) Embo

J. 6: 229-234), pMFa (Kurjan and Herskowitz, (1982) Cell 30: 933-943), pJRY88 (Schultz et al., (1987) Gene 54: 113-123) a pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego, CA) . Bakulovirové vektory, které jsou vhodné pro expresi proteinů v kultivovaných hmyzích buňkách (buňky SF 9) zahrnují pAc série (Smith et al., (1983) Mol. Cell Biol. 3: 2156-2165) a pVL série (Lucklow, V.A. and Summers, M.D., (1989) Virology 170: 31-39. Obecně buňky COS (Gluzman, Y., (1981) Cell 23: 175182) se používají pro spojení s takovými vektory, jako je pCDM 8 (Aruffo, A. and Seed, B., (1987) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 84: 8573-8577) pro krátkodobou ampilifikaci/expresi v savčích buňkách, zatímco buňky CHO (dhfr vaječníky čínských křečků) se používají s vektory, jako jsou pMT2PC (Kaufman et al., (1987), EMBO J. 6: 187-195), což zajišťuje stabilní amplifikaci/expresi v savčích buňkách. Vektor DNA se může zavést do savčích buněk pomocí běžných postupů, jako je ko-precipitace s fosforečnanem vápenatým nebo chloridem vápenatým, transfekce zprostředkovaná DEAE-dextranem nebo elektroporace. Vhodné způsoby transformace hostitelských buněk se mohou nalést v publikaci Sambrook et al., Molecular Clonning: A Laboratory Manual, 2^nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory press (1989) a v jiných laboratorních manuálech.

Exprese v prokaryontech nejčastěji probíhá v bakteriích E. coli buď s fúzními nebo nefúzními indukovatelnými expresivními vektory. Fúzní vektory obvykle k exprimovanému cílovému genu přidají řadu aminokyselin NH₂ konce. Tyto aminokyselin NH₂ konce se často označují jako reportní skupina. Uvedené reportní skupiny mají dvě funkce: 1) zvyšují rozpustnost cílového rekombinantího proteinu; a 2) napomáhají čištění cílového rekombinantího proteinu tím, že působí jako ligand při afintiním čištění. Ve fúzních expresivních

vektorech je často místo proteolytického štěpení zavedeno do spojení reportní skupiny a cílového rekombinantího proteinu, aby umožnilo separaci cílového rekombinantího proteinu od reportní skupiny, což následuje po čištění fúzního proteinu. Takové enzymy a jejich příbuzné rozeznávané sekvence zahrnují faktor Xa, trombin a enterokináza. Typické fúzní expresivní vektory zahrnují pGEX (Amrad Corp., Melbourne, Australia) , pMAL (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) a pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, NJ) , které fúzují glutation-Stransferázu, maltozu vázající se na protein E nebo s protein A s cílovým rekombinantím proteinem. Preferovanou reportní skupinou je póly (His), který se fúzuje s N nebo C koncem proteinu a který zachovává rekombinantní fúzní protein snadno izolovatelný chromatografií s chelátem kovu.

Indukovatelné nefúzní expresní vektory zahrnují pTrc (Ammann et al., (1988) Gene 69: 301-315) a pETlld (Studier et al., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academie Press, San Diego, California (1990) 60-89). Zatímco exprese cílového genu se opírá polymerázovou transkripci hostitelské RNA řízenou hybridním trp-lac fúzním promotorem v pTrc, exprese cílových genů začleněných do pETlld se opírá o transkripci řízenou fúzním promotorem T7 gnlO-lacO, která je zprostředkovaná ko-exprimovanou virovou RNA polymerázou (T7 gnl) . Virovou polymerázu poskytují hostitelské kmeny BL21(DE3) nebo HMS174(DE3), která pochází z rezidentského profága λ, který nese T7 gnl, přičemž transkripci řídí promotor UV 5.

Například hostitelské buňky transfekované nukleovou kyselinou vektoru, který řídí expresi nukleotidové sekvence kódující polypeptid bakterie H. pylori, se mohou kultivovat za vhodných podmínek, což umožňuje expresi polypeptidu. Polypeptid se může vylučovat a izolovat ze směsi buněk a z média, které polypeptid obsahuje. V jiném případě se

polypeptid udržuje v cytoplazmě a buňky se shromáždí, lyžují se a polypeptid se izoluje. Buněčná kultura zahrnuje hostitelské buňky, médium a jiné produkty. Vhodné médium pro kultivaci buněk je v oboru dobře známo. Polypeptidy podle vynálezu se mohou izolovat z média buněčné kultury, z hostitelských buněk nebo z obouch za použití postupů sloužících k čištění proteinů, jako je iontoměničová chromatografie, elektroforéza a imunoafinitní čištění s protilátkami, které jsou pro uvedené poypeptidy specifické. Takové postupy jsou dobře známy v oboru. Navíc v mnoha případech se mohou polypeptidy produkovat chemickým štěpením nativního proteinu (např. tryptické štěpení) a štěpený produkt se může izolovat standardním postupem.

Jestliže jsou proteiny vázané na membránu, mohou se izolovat z hostitelské buňky tak, že dochází ke kontaktu frakce, která obsahuje uvedený protein, s detergentem, jenž tvoří rozpustný komplex, přičemž protein spojený s membránou celý zakotven v membránové frakci, ale nejméně v množství, které umožňuje chromatografickou izolaci z membránové frakce. Několik různých kriterií je vhodných pro rozpuštění těchto komplexů. Jedno z těchto kritérií je schopnost detergentu ropzustit protein bakterie H. pylori, který je obsažen v membránové frakci, při minimální denaturaci proteinu spojeného s membránou, což umožňuje zachování aktivity a funkce proteinu asociovaného s membránou po rekonstituci proteinu. Jiná vlastnost, která se zohledňuje při výběru detergentu, je kritická koncentrace micelií (CMC) detergentu. Upřednostňuje se, aby volený detergent měl vysokou hodnotu CMC, což umožňuje jednoduché odstranění po rekonstituci. Další vlastnost, která se zohledňuje při výběru detrgentu je jeho hydrofobicita. V typickém případě proteiny spojené s mebránou jsou velmi hydrofóbní a proto detergenty, které jsou také nezůstává déle rozpouští se

hydrofóbní, např. je to série tritonů, se mohou použít při rozpouštění hydrofóbních proteinů. Jinou vlastností, která je důležitá v případě detergentu důležitá, je se schopnost detergentu odstranit protein bakterie H. pylori s minimální interakcí protein-protein, což umožňuje další čištění. Další důležitou vlastností detergentu je náboj detergentu. Jestliže se například uvažuje při postupech čištění s použitím iontoměničových pryskyřic, pak se upřednostňuje detergentbez náboje. Chromatografické metody, které se používají při konečném kroku čištění, jsou dobře známy v oboru a zahrnují hydrofóbní interakci, afinitu k lektinu, iontovou výměnu, afinitní barvení a imunoafinitu.

Jednou ze strategií maximalizovat expresi rekombinantního peptidu bakterie H. pylori v bakterii E. coli je exprese proteinu v hostitelské bakterii, která má narušenou kapacitu k proteolytickému štěpení rekombinantího proteinu (Gottesman, S., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academie Press, San Diego, California (1990) 119-128). Jinou strategií je změna nukleotidové kyseliny kódující peptid bakterie H. pylori, aby mohl být začleněn do expresivního vektoru tak, že jednotlivé kodóny pro každou aminokyselinu budou ty, které se přednostně využívaly v silně exprimovaných proteinech v bakterii E. coli (Wada et al., (1992) Nuc. Acids Res. 20: 2111-2118) . Taková změna nukleových kyselin podle vynálezu se může provést standardními způsoby syntézy DNA.

Nukleové kyseliny podle vynálezu se mohou také chemicky syntetizovat za použití standardních metod. Jsou známy různé metody chemicky se syntetizujících se polydeoxynukleotidů, které zahrnují syntézu na pevné fázi, která podobně jako syntéza peptidu je zcela automatizovaná a probíhá na běžně dostupných syntetizérech DNA (např. Itakura et al., U.S. Patent No. 4,598,049; Caruthers et al. U.S. Patent No.

·

4,458,066; a Itakura et al., U.S. Patent No. 4,401,769 a 4,373, 071) .

III. Polypeptidy bakterie H. pylori.

Vynález popisuje izolované polypeptidy bakterie H. pylori kódované doloženými genovými sekvencemi bakterie H. pylori. Mezi zmíněné polypeptidy patří ty, které jsou uvedeny v sekvenčním protokolu. Polypeptidy podle vynálezu s výhodou obsahují nejméně 5 aminokyselinových zbytků. Za použití zde poskytnutých informací o DNA sekvenci, se mohou dedukovat za použití dobře známých metod aminokyselinové sekvence polypeptidu podle vynálezu. Rozumí se, že sekvence celé nukleové kyseliny kódující polypeptid bakterie H. pylori se může izolovat a identifikovat na základě ORF, který tvoří pouze fragment příbuzné sekvence kódující protein. Toho se může dosáhnout například použitím izolované nukleové kyseliny, která kóduje ORF nebo jeho fragment, přičemž slouží jako primer polymerázové řetězové reakce, kde templátem je genomové DNA bakterie H. pylori; pak následuje sekvenace amplifikovaného produktu.

Polypeptidy podle vynálezu se mohou izolovat z buněk bakterie H. pylori divokého typu nebo z mutantních buněk nebo z heterogenních organizmů nebo z buněk (které zahrnují, ale nejsou omezeny na buňky bakterií, kavsinek, hmyzu, rostlin a savců), do kterých se zavede nukleová kyselina bakterie H. pylori a kde se také exprimuje. Navíc polypeptidy mohou být částí rekombinantích fúzních proteinů.

Polypeptidy bakterie H. pylori podle vynálezu se mohou syntetizovat chemicky za použití běžně dostupných automaticovaných postupů, které se zde uvádějí.

Řada polypeptidů podle vynálezu mají příbuzenský vztah. Některé z těchto vztahů se popisují dále v taxtu v tabulkách č. 3 až 6. Všechny délky polypeptidů v tabulce č. 3 jsou od ► ·· • · • · ·· • · • 41 » · · • · terminačního kodónu do terminačního kodónu nukleotidové sekvence bakterie H. pylori. Odborník ví, že skutečné délky polypeptidu jsou obvykle kratší než délka mezi oběma terminačními kodóny, protože počáteční kodon iniciátoru nabité tRNA se obvykle objeví několik nukleotidů downstream od předcházejícího terminačního kodonu a v několika nukleotidech, které následují vazebné místo ribozómu (jde o Shineova-Dalgarnova sekvence). Protože většina vazebných míst ribozómú v bakterii H. pylori má řadu stejných obecných rysů s vazebným místem, které se vyskytuje v bakterii E. coli, odborník dokáže s dobrou spolehlivostí předpovědět z termonační-terminační nukleotidové sekvence otevřeného čtecího rámce skutečný startovací kodon. Polypeptidové sekvence SEQ ID NO: 492 až 743 podle vynálezu reprezentují vzdálenost mezi stop až stop kodony otevřených čtecích rámců SEQ ID NO: 1 až 252. Všechny jiné polypeptidové sekvence podle vynálezu reprezentují předpovězenoé délky proteinů od počátečního do terminačního kodonu nukleotidových sekvencí. Odborník může rozeznat počáteční místo v stop-stop otevřených čtecích rámců nukleotidových sekvencí, které jsou zde uvedeny. Navíc odborník může určit alternativní počáteční místa, kdy některé z nich se mohou in vivo využívat v buněčných mechanizmech. Řada těchto alternativních počátečních míst je dostatěčně malá tak, že odborník může ve známých rekombinatních expresivních testovat, které z nich poskytují proteinové protdukty. Vztah mezi polypeptidy, které jsou uvedeny v tabulce č. 3, se může popsat následovně. Za prvé, všechny polypeptidy uvedené v tabulce č. 3 mají nejméně z 90% shodnou délku a většina z nich je více jak z 95% identická. Za druhé, délky terminační až terminační kodon se liší u z homologních párů polypeptidů. V systémech autentické snadno funkční některých případech některých kratší polypeptid obsahuje relevantní část

*« ·· • · · • · · · • · · • · · • ·· · ·· proteinu, který se může polde vynálezu využít; v některých případech delší polypeptid vykazuje vylepšené použití. Za třetí, některé polypeptidy v druhém sloupci jsou homologní s kratšími polypeptidy, které jsou uvedeny v pátém sloupci.

Ve všech případech homologní vztahy popsané v tabulce č. 3 jsou vysoce podstatné. Typický genový produkt bakterie H. pylori například vykazuje aminokyselinovou sekvenci, která je z 92% až ze 100% identická mezi odlišnými kmeny bakterie H. pylori, které se získaly od pacientů. Nukleotidové sekvence kódující příbuzné polypeptidy podle vynálezu jsou si také velmi podobné. Například nukleotidové sondy odvozené z kódující sekvence polypeptidu podle vynálezu se mohou použít v PCR nebo při hybridizaci za účelem identifikace klonů, které nesou nukleotidovou sekvenci kódující homologní příbuzný polypeptid.

«· ·· » · · • ··· • · «

1 02gp20706 23632775 f3 32 |

| 02gp20706 20365905 f2 8 |

o td (JO X td o d o Os td O tu Os th Ό O L/s ‘i3 00

1 02gp20706 16803513 fl l |

1 02gp20706 l6803513 fl I |

1 02gp20706 l6803513 fl l ]

| 02gp20706 15781452 c2 51 |

1 02gp20706 1203402 c3 58 |

| 02gell622 875260J3 36 |

O td (jo o Os td td 1 td Os SO tzi SO tu Os O tzi

| 02gel0116 36367936 cl 19 j

O td n> X td O Ul O Os td Os tu td th l 3 Os

| 02ael1612 33203250 cl 51

1 02ae 11612 23598175 fl 2

| 02ae11612 22477267 f2 27

| 02ael 1612 1074212 f 11

1 Olgpl1016 4103403 c2 13

1 Olgel161924417813 c1 8

1 Olgel1619 24415880 c2 12

1 Olgel1619 23711062 c3 14

| Olgel1619 13788141 c2 l1

1 01gel0203 860166 f3 9

| 01gel0203 35281542 c3 16

| 01gel0203 35281542 c3 16

| 01ae12001 2421878l f2 18

| 01 ae 12001 2421878 l f2 l 8

Olael1010_40688_c2_38

-d tn *d

00 o LU

00 o tu

00 o td

802 |

802 |

' 756 |

I SSL

1 754 |

Γ 839 I

1 1

9C8 |

Γ 752

Γ 751

| 750

| 749

| 748

f 801

008 |

Γ 747

f 799

| 798

| 797

1 797

1 746

f 746

| 745

td tu O

Ό OO

| 861

488 |

OO OO

488 |

97 |

162 |

523 1

1 ειε |

i επ 1

1 256

I 509

| 332

tu o -U

| 103

| 145

| 324

ÍLl |

| 319

| 105

td tu Id

| 261

1 261

| 148

| 148

| 261

OógelOl 15orf4

Olepí 1710orfl8

O o X d O O -n a

O o x d o o -i tX

Olepí 1710orf6

Olepí 1710orfl6

OógelOl 15orfl7

O o CTO O d o 00 td o •n

13eel0216orf7

13eel0216orf57

O td (JO CD td O Os O —t <3

o o o t/i tu O d

05cpl 191 lorf35

02aell612orfl5

o tu X CD td LA o —t a

O td 03 o Os td O 22

I Olgpl1016orfl3

I 1 Igel0309orf24 I

ΐΓ ct> o tu O to o Ui

I 1 Igel0309orfl2 1

1 Ilgel0309orf4 1

01gel0203orf6 1

O (JO CD O td O tu O n 22 K

01gel0203orf7

07gpll807orfl7

05gpl 1901 orfl 91

1 hp3el 1075orf3 |

t/s Os tZi

I 653

I 656

Os L/S -U

1 655

Os t/1 td

1 563

1 574

| 586

1 743

1 521

| 500

I 549

I 510

tA td s©

th O s©

| 508

| 684 I

1 688 I

579 |

687 |

658 |

657 |

659 I

568 |

553 |

632 |

| 230

00 tzs

I 130

| 146

1 247

I 64

O d

1 162

I 523

| 313

I 173

| 256

I 206

I 332

1 152

εοι |

1 εζι |

1 fZX |

1 ui 1

319 |

105 |

233 |

d

154 I

s© th

tu d o

261 1

O

tU

I 68

| 342

| 241

| 424

O

O

O

O

O

O

| 303

O

t/s td

O

| 22

O

o

O

O

O

190 |

107 |

1 d

td td td

O

| 100%

o o X®

I 95%

I 99%

1 99%

I 98%

o o ox

1 100%

%οοι 1

1 98%

%001 1

o o X®

I 99%

%οοι |

s© -U x® θ'

%οοι 1

%ooi |

%ooi |

| 100% ’

I %ooi i

100% I

I %ooi

99% |

91% |

100% I

95% 1

100% |

230

Ϊu

tu O

X tz«

td d

63

Ό d

I 162

I 523

I 313

1 173

| 256

I 205

I 332

I 148

1 103

| 123

1 324

d tu

1 6I£

105 1

233 |

69 |

138 |

143 1

149 |

261 |

Tabulka č. 3___________ název ORF afe Seq délka název ORF ak. Seq délka rozdíl v %ID přesah

ID# ID# délce ________ ·· «» » · · • ··· ·* ·· • · · · • · ··->

··· · · • · * «· ··

O

o

o

o

o

O

O

O

O

O

O

O

o

O

O

o

o

O

O

O

O

O

O

O

O

O

O

O

O

O

©

o

o

Os

Os

LA

LA

LA

LA

LA

LA

LA

LA

LA

LA

-U

4^

4x

4x

4^

-u

4x

4x

4^

4^

4^

4^

tu

tu

tu

tu

tu

DO

Dl

DO

DO

a

©

©

©

©

n

Dl

Dl

Dl

Dl

cro

oro

n

O

O

o

O

O

O

O

O

O

(R

(R

fR

fR

(R

Ό

TJ

TJ

Ό

a

a

a

©

tj

©

<P

O

<D

©

O

“O

Ό

Ό

Ό

Ό

Ό

•u

T3

•o

Ό

TJ

*n

TJ

TJ

TJ

tU

MM

MM

MM

MM

—*

MM

MM

MM

tU

LU

LU

LU

LU

MM

MM

MM

MM

MM

►—·

MM

MM

mM

MM

tu

tu

tu

tu

tu

O

MM

<—t

MM

o

©

O

O

O

O

O

O

O

O

o

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

o

o

o

©

©

LU

MM

MM

MM

00

oo

00

00

oo

bU

14

ÍU

bU

t4

oo

00

K>

N>

tu

bU

bU

bU

bU

tu

tu

tu

oo

00

OO

4

4

O

MM

mM

MM

MM

1—«

·—

M—

MM

tU

tU

bJ

tU

b4

MM

o

O

o

o

o

o

o

o

o

o

©

©

Os

©

©

©

Os I

Os

Os I

Os

Os

LU

O

O

O

O

Os

Os

bJ

bJ

bJ

bJ

bJ

bJ

bJ

bU

tu

4x

-U

4^

Os

Os

tU

1 tU

1 tu

1

4^

-U

4^

tu

MM

©

tU

tU

b4

1 LU

bJ

1 b4

bJ

bU

bU

1 bU

bJ

1 bU

fbU

l

MM

LU

LU

ftu

4x

tu

LU

-U

4^

Os

Os

Os

MM

LA

4x

4

OO

LA

4x

MM

LU

b4

4^

4^

4^

4^

LU

LU

LU

LU

©

OS

©

©

4^

00

LU

4^

4>

4»

LA

00

00

O

©

Os

tU

00

s©

00

Os

•4

o

K)

bJ

bU

bJ

LA

LA

LA

LA

4

Os

00

00

4x

©

OO

LU

tU

bJ

©

4

4

LU

4

4x

<A

tu

LA

00

MM

bJ

oo

Os

LA

LA

LA

LA

LA

LA

LA

©

o

4^

4^

tu

Os

4

Os

Os

4>

Os

Os

4^

O

©

4^

4

LU

tu

s©

Os

OS

Os

OS

Os

LU

LU

LU

LU

4

LU

00

OO

LA

LA

Os

Os

LA

LA

MM

LA

LA

O

LU

O

Os

MM

oo

o

O

LA

LA

LA

LA

LA

MM

MM

MM

MM

MM

-U

©

LA

LA

LU

O

O

©

MM

MM

oo

1

4

LU

4

Os

MM

Os

OO

<4

00

Os

Os

Os

4

4

4

4

bJ

tu

00

00

LA

00 1

Os

tU

00

00

LU

1

1

□ 1

4

1

1

LU

tu

•4

O

MM

00

4

4

4

4

4

4

4

00

LA

1

00

tu

1 □

1 □

1 □

—

O

o |MM

Í3

□

a 1

i3 1

1 o LU

1 o LU

1 □

1 o bJ I

1 Í3

□

1 o LU

O LU

1 o LU

í O LU

1 o LU

1 o

1 o

1

1 o tu

22

1 □

□ 1

© tu

1

tu

tU

—M

LU

1

1

1

1

1

—

MM

o

tU

tu

©

tu

tU

—

·-*

4^

4^

s©

MM

LA

b4

MM

bJ

mm

MM

MM

4

4

LA

4

©

©

LA

Os

Os

00

OO

o

Os

©

O

LU

MM

MM

MM

O

O

LA

LA

tu

LU

LU

4

4

4

©

©

4

00

00

4

4

4

4

00

4

00

00

4

4

•4

00

00

4

4

4

4

00

00

00

00

00

OO

00

OO

4

4

4

4

M—

>—·

4

Os

Os

Os

—M

Os

MM

MM

Os

Os

Os

MM

o

Os

-U

4^

4^

o

o

O

o

O

o

o

O

Os

LA

LA

LA

LA

O

©

©

00

4x

4

LU

bJ

Os

LA

LU

O

s©

4^

4^

00

00

4

4

Os

LA

4^

4x

O

©

00

tU

OO

©

©

tU

Os ©

00

•U

b4

LU

bJ

s© Os

LA

LA

LA

LU

LU

LU

LU

tu

tu

tu

©

tu

tU

LA

LA

MM

LA

Os

MM

OO

s©

Os

O

LU

LU

LU

4

4

4

4

©

OO

MM

MM

4

MM

tu

o

O

LU

w

LA

00

LU

LU

OS

LU

S©

00

OS

Os

Os

bJ

bJ

bU

bJ

©

LA

LA

LA

Os

00

©

O

=r

mm

MM

O

O

O

o

O

nr

O

O

o

O

MM

o

O

O

O

O

O

O

O

O

O

MM·

MM

MM

©

o

4x

•n

mm

MM

4x

4x

4x

4>

4x

TJ

LA

LA

LA

LA

LU

4^

4X

4x

4x

Os

Os

Os

Os

4*

4^

4^

4».

4^

mm

Os

fR

u

fR

fR

O

O

O

o

O

tú

Dl

Dl

Dl

Dl

m

Dl

00

(R

rp

Dl

D)

Dl

Dl

CR

O

O

©

©

O

fR

TJ

o

a

O

©

Λ

a

o

Λ

©

<D

©

O

G>

O

O

O

O

O

o

Ό

Ό

“O

Ό

O

XJ

©

©

©

“O

©

__

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

tU

bJ

bJ

Í4

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

MM

tu

O

O

MM

MM

MM

MM

MM

©

O

O

O

O

o

MM

b4

MM

MM

MM

O

O

O

O

MM

O

O

O

o

MM

©

00

o

LU

LU

Os

Os

Os

Os

Os

<A

tu

tU

tu

bJ

Os

t4

O

4

4

4

bU

bU

bJ

K>

4

LU

LU

LU

4

o

Os

O

O

mM

MM

MM

MM

MM

©

tu

tU

tu

b4

MM

b4

o

o

o

o

mm

MM

O

O

O

MM

MM

LU

LU

©

©

4

4

4

4

4

Os

o

O

O

O

O

O

MM

LU

LU

LU

©

©

©

©

LU

©

00

00

00

O

LA

O

O

O

o

O

O

O

O

O

O

o

O

O

O

o

O

o

O

O

O

o

o

o

o

O

O

o

o

o

o

O

“1

“n

-i

Ί

1

3

—i

-i

»n

Ί

—I

>*n

-t

-i

•A

22

22

□

ΰ

Ϊ3

22

—)

2

·“·> LA

□

22

T LA

22

22

ΓΑ LA

a

□

22

2

22

2

2

22

-*>

LU

00

Os

4

Os

O

4

LA

MM

OO

Os

00

LA

O

©

©

LA

Os

Os

LA

LA

LA

LA

Os

LA

Os

Os

LA

LA

LA

Os

Os

4^

Os

Os

OS

Os

OS

Os

Os

Os

Os

Os

LA

LA

LA

LA

4»

©

oo

00

LU

MM

LU

Os

LU

©

4

4x

4x

4x

s©

Os

©

Os

Os

O

4

4

4

4

Os

©

©

©

©

©

Os

©

LA

o

tU

©

-U

os

LA

bJ

4^

O

4x

bJ

4

OS

LU

4^

LU

4x

LA

tu

4x

LU

4».

tu

-U

24

00 OS

LU

00

1 23

Os 4

mm

K

LA

MM

1 69 I

00

| 48

| 29

LU

1 20

Γ 96

bJ LA

Í3

1 20

00

Γ 88

00

00 00

LU

Os

LA

Os

4

tu

00

LU

4

00

Os

LA

tu

tU

LU

OS

LU

U>

00

O

bu

O

Os

Os

bJ

LA

Os

00

1

4

bJ

b4

bU

4^

LU

bU

bU

Os 4

frt J

| 60

1_36

OO

4x

4

o

LA

4 4

O

Os

O

O

O

o

O

LU Os

o

o

98

4x

36

86

00 4x

98

00 4^

47

O

©

99%

O O x® σ'

O O σ'

1 %ooi |

O O X? σ'·

1 100%

O O X® σ'

© LU x® ©X

© 4 x® σ'

I 100% i

1 %ooi |

o o X?

o o X® θ'*

O O ox

I 98%

%οοι |

o o σ'

I 97%

1 91%

| 99%

%86 |

| 96%

© 00 σ'

© Os σ'

O O σ'

© Os ''K σ'

%ooi |

© 4 σ'

© © σ'

%ooi |

| 96%

ZZ

Os LA

!u

00

tU LU

67

MM

4x

Os ©

OO

I 48

I 29

bJ

I 20

© Os

bU LU

©

4

4 ©

4

4

tu

LA

4x

Os

4

tu

00

OO

00

Os

LA

tU

4x

LU

Os

LU

o

00

A

LA

©

©

4

00

LU

4

Os

00

4^

Tabulka č. 3 pokračování

1 14ce21516 85786 f 1 1 |

| 14ce21516 85786 fl l |

1 14apl0815 20585777 cl 13 |

1 14apl0221 13689381 c3 4 |

| 14apl0221 13689381 c3 4 ]

LU P O o tu sO LA Os sO tU O 00 1 o tu tu *U

1 13ae 10712 14100018 f2 l 2 j

b-> σο LU 5 OS 1 LU O tU tU Os 1 σ LA

1 12ge10321 4821082 f3 14 j

tu :σο n> O LU tu 4^. 00 tu o 00 tu 1 □

1 12gel0321 24308513 f3 20 |

o Ό N n> O LU LU LU tu -U Os o «u LA O 1 F3 1 Os

o O O O tu o LA O tu 'm -U o o LU OO 00 1 o Γ LU

O O O Ό O O LU 1 LA O LA tu LA tu 1 Í3 1 4^

1 09cpl1003 19532625 c3 17 j

| 07epll916 5913592 f3 18

1 07epl1916 5273452 c3 31

| 07cel1019 22051291 fl l

1 07cel1019 22051291 fl l

1 07ap80601 976413J3 9

1 07ap20216 7227202 f3 10

1 07apll213 35401528 cl 21

j 07apl1213 35401528 cl 21 |

| 07apll213 35156577 cl 24 |

(07apl111l 234693 c3 14

| 07apl1015 23938312 f3 2 j

| 07apl1015 23938312 f3 2 j

1 06eel0709 21675012 fl 2 j

| 06cp30603 4689068 c3 79 ]

| 06cp30603 23476568 cl 44 |

| 06cp30603 23452 c3 80 |

00 4^

00 4x

'U 00 LU

| 822 |

00 tu tU

| 782 I

1 781 1

1 780 1

00 tu

00 tu

1 840 ]

00 tu o

*U •u SO

oo o

1 778 j

1 818

1 777

1 817

00

00 LU >U

«u -u Os

1 764

1 fr9í 1

1 836 1

1 £12 1

«u Os tu

-u Os tu

1 918 1

1 mi |

| 773 j

| 772 j

700 |

700 1

Os •u 'U

| 366 |

LU Os OS

264 1

1 201 1

«u

«u tu

*u tu

| 729 I

Os

tu S0

LU LA 'U

tu -u tu

tu LA LA

| 600

1 600

tu -u 4^.

εες I

| 803

| 803 i

4* O

| 209

1 271 1

[ 112 1

tu 00 A

O o

1 2frV |

*u os

O 4x £» TJ tU o o o -U o “1 □

U o tu LA os o -i

1 hp3el0349orf27 |

| 06epl0306orfl |

| 05gpl 1901 orfl9 ]

| 13ael0712orfl5 |

| 14cpl0705orf4 j

1 13apl I517orfl5 |

hp4pl 1352orf5

=r *o .u T3 LU LA tu O 3

O Os σο σ sO tu o o ~t Σ2?

O LU σο o o LA O LA O -1 ra

1 14gpll820orfl

1 14gel0705orf3 |

1 14gel0705orfl4 |

1 Olepí 1710orf5

1 Olepí 1414orf2

| 07cp21714orfi

1 07cp21714orfl

| 07ap80601orf2

1 05ap21216orf4

| hp2el0911orf24

sr Ό tu O o SO O •n E3 LA

sr Ό tu O o SO o □ LA

1 07apl 111 lorf!3

| 07apll015orf4 !

1 07apll015orf2 |

1 06eel0709orf2

| 06cp30603orfl5 |

| 05cp20518orf39 ' |

| 06cp30603orfl6 |

1 740 I

LA LU LU

628 1

Os *u Os

LA LA LU

LA 00 4^

1 392 I

LA oo LA

-u o

Os 00 LU

1 im I

I 099 I

Cs O o

Os 'O LA

LA Ό SO

1 634

LA O

| 679

1 678

| 633

1 547

| 620

1 672

| 718

| 566

Os tu 4x

1 622 1

1 £29 1

Γ 559 ]

1 550 I

| 560 |

284 |

LU os

677 |

1 99 I

1 370 I

tU Os -U

1 201 1

1 im 1

os 00

LA

t zk 1

| 323 |

Os

tu S0

1 357 1

4x Os

; 993 1

4x 00

1 193

| 268

1 529

1 344

89V I

I 420

| 209

tu

95

1 284 Π

O o

-U 4* tu

[ 159 |

416 |

LU LU SO

O

300 |

1 4^

o

o

o

104 I

57_1

o

U o Os

O

O

o

tu Os

o

| 182

| 407

Os

uu

Γ 459

| 345

1 SO

O

[ 60

| 176

o

o

O

*u

95%

98% I

o o sp θ'*

I 100% i

1 96% |

o o ©s·

99% |

o o sp o^·

1 92% 1

O o

| 99% 1

sO -u s® ©s

I %οοι 1

o o ©s

| 99% 1

SO LU s® ©s

o o sp er*

%00l |

| 99%

| 100%

o o s® O''

O o s® ©s·

%οοι 1

| 99%

o o v® ox

| 99%

%ooi |

1 100%

1 100%

1 100%

1 97%

271

LU LA O

677

66

360

tU Os -U

201

s -u

64

LA

tu 4x tu

312

Os

tu o

LU LA «U

Ί

4x -U

Ό O

tu Os LA

L 529 |

l 344 I

4x LA 00

1 399 I

l 209 I

•u «•u

O 4^

I 284 |

o o

1™1

1 155 1

Tabulka č. 3 pokračování • ·

1 hp6pl0233 12273302 fl l

| hp6e20339 34024187 cl 37

1 hp6e20339 24317062 c3 57

| hp6e20339 21492187 cl 40

xr X3 Os <t> O to to O to O Os Os O 1 o bJ Os

| hp6el2267 4876718 f2 23

zr X5 Os O bJ b4 Os -4 -b. Os tA O b4 -4 00 sO

| hp6el0967 24882750 f2 7

| hp6e!0967 23476502 f2 6

1 hp5p!5641 21698387 c2 20

XT XJ tA T3 tA b-> bS 1 to -U o Os 4 tA O 1 E3

j hp5el521l 819455 c2 24 |

XT XJ to U O 00 O 4 1 K> sO to tA bJ M b4 tA

| hp3pl0807 29343768 fl l j

| hp3pl0807 189075 f2 4 |

| hp2pl0272 26829136 fl l |

| hp2pl0272 24406280 cl 26 |

| hp2pI0272 23697200 f3 22 |

XT XJ b4 “O o b4 4 bJ bJ Os SO bJ to bJ tA □ 1 b4

| hplpl4013 l1726503 c2 20 |

| 29ge30321 34157812 f3 10 |

| 29ge30321 24336712 fl 5 |

| 29ge30321 24336712 fl 5 |

| 29ge30321 21673965 f2 7 |

bJ sO 00 CĎ tu o tu bJ c tu tA bJ tA tu Os

| 29ge30321 12913562 fl l |

| 29epl0720 24432762 c3 39 |

| 29epl0720 24220926 f2 8 |

| 29ep10720 24220926 f2 8 |

1 834

961 I

00 tu to

| 795

1 794

1 793

1 842

| 792

4 sO

| 790

4 00 so

1 788 I

| 832 I

oo to

00 to oo

4 00 4

00 to O

4 00 Os

00 bJ SO

785 |

| V8Í

00 bJ 00

828 |

827 |

826 |

825 1

824 |

00 b4 tu

00 bJ tu

1 143

bJ bJ

| 382

| 106

| 69

| 143

| 277

| 157

| 165

| 185

1 148 I

b4 Os SO

| 230 |

1 187 1

1 312 !

1 ενε I

sO -U

j 329 |

00 00

-h. SO

342 1

.u bJ bJ

422 1

| 488 |

O

4 SO

[ 227 |

86 I

00 Os

| 07cpl0312orf5 |

1 04gpll213orfll

| 04gpl 1213orf5

1 04gpll213orfl4

| 04gpll2l3orf22

| 12gel0305orf5

1 12ge20305orf26

xr X3 b4 O O Os b4 tA O “Ί Os

ΧΓ XJ b4 O O Os b4 tA O —t a

XT Ό tA XJ tA Os O ř3 to

1 02cel0213orfl9

xr -o tA O tA b4 O —t E3 to

| hp3pl0807orf7 |

[ hp3pl0807orf4

| hp3pl0807orf6 |

| hp2pl0272orfl

O SO P XJ b4 O 00 o bJ o —1 σ

1 09ap20802orfl4 ]

1 09ap20802orfl 3 j

hp 1 p 14013orf 17

| Olcel 1618orf24 |

Olcel 1618orf27 |

Olcel 1618orfll |

| Olcel 1618orf9 |

|01cel 1618orf7 |

Olcel 1618orG2 |

1 Igel0309orf39 |

1 Igel0309orf28 |

XT n> bS o Os tu o -n

1 ll9 I

tA tU 00

699 I

tA to sO

1 540

1 582

3W. I

| 627

Os b4 Os

| 644

tA tA

1 641 I

1 698 ]

Os so 4

1 728 |

SZ9 |

Os 00

1 570 I

1 680 ]

I 617 I

SO 00

1 649 I

1 647 1

1 651 I

| 650 I

| 648 1

I 989 I

685 |

699 |

1 138 |

1 122

1 382

1 136

1 69 1

1 146

| 277

| 157

1 165

1 185

| 148

| 269

| 230

1 187

1

to U to

1 I94 1

| 278 |

Os to

sO

1 86 i

1 εεζ i

00 oo

| 409 I

O

79 1

227 |

tu 4

86 |

tA

o

o

1 -3° 1

o

1 to

O

O

O

O

O

O

O

O

1 to

O

O

tA

1 25 1

O

1 256 1

í i87 1

1 nz 1

4 Ό

o

o

O

tA

O

95% |

1 %ooi

99% |

99% |

[ 100% 1

| 98% I

[ %86 |

| 100% 1

sO SO

SO 00 ox

| 98% I

o o ©s

%οοι |

| 100%

| 99% i

I %ooi |

5 o cr

O o vp θ'-

| 99% I

sO SO x® ©**

SO 4 s?

j 96% |

1 93% |

1 100% i

sO 4 x? oS

1 100% j

| 100%

O O ©^

100% I

105

122

382 |

1 106 I

1 69 |

1 146 1

1 277 I

1 152 I

Os tA

£81

X 00

69S|

| 230 |

1 187 1

1 ζιε 1

to -U to

1 194 1

1 276 1

K so

SO

1£8 1

1 SC3 |

00

1 409 |

O

1 79 1

1 227 1

00

86 1

Tabulka č. 3 pokračování • · • *

Vztah mezi polypeptidy podle vynálezu se popisuje dále v textu v tabulce č. 4. Všechny délky polypeptidů v tabulce č. 4 se měří od terminačního kodonu do terminačního kodonu v nukleotidové sekvenci bakterie H. pylori.

Vztah mezi polypeptody, který je zobrazen v tabulce č. 4 se popisuje následovně. Za prvé, délka polypeptidů uvedených v tabulce č. 4 je nejméně s 90% identická, většina z nich je více jak z 95% identická. Za druhé, délky terminační až terminační kodon se liší u některých z homologních párů polypeptidů. V některých případech kratší polypeptid obsahuje relevantní část proteinu, který se může podle vynálezu využít; v některých případech delší polypeptid vykazuje vylepšené použití. Za třetí, některé polypeptidy v druhém sloupci jsou homologní s kratšími polypeptidy, které jsou uvedeny v pátém sloupci.

Ve všech případech homologní vztahy popsané v tabulce č. 4 jsou vysoce podstatné. Typický genový produkt bakterie H. pylori například vykazuje aminokyselinovou sekvenci, která je z 92% až ze 100% identická mezi odlišnými kmeny bakterie H. pylori, které se získaly od pacientů. Nukleotidové sekvence kódující příbuzné polypeptidy podle vynálezu jsou si také velmi podobné. Například nukleotidové sondy odvozené z kódující sekvence polypeptidů podle vynálezu se mohou použít v PCR nebo při hybridizaci za účelem identifikace klonů, které nesou nukleotidovou sekvenci kódující homologní příbuzný polypeptid.

• · • · *·

06cpll217 4897077jl 6	867	100	hplpl3852orf4	613	100	100	100	0
06cp30603 21492187 f2 41	868	106	04gpll213orfl4	539	136	98	106	-30
06cp30603 34024187 f 1 20	869	483	04gpl 1213orfl 1	538	122	100	122	361
06cp30603 34024187 Ω 20	869	483	04gpl 1213orf5	669	382	95	377	101
06cp30603 679218 f2 34	944	380	hp3el0302orfl7	721	231	98	236	149
06ep 10615 14649077 O 52	871	300	04cel 1617orf4	534	152	96	145	148
06epl0615 961562 f2 41	945	636	29ep20112orf2	713	135	98	87	501
06epl0615 9842 B 46	872	159	05epll717orf2	552	192	99	159	-33
06epl1202 l33293 c 1 19	946	167	06cp20302orD	602	167	100	167	0
06epl1202 26353438 c122	873	286	hp2el 1858orf6	623	155	100	154	131
06epl1202 26353438 cl 22	873	286	02ae21214orfl	522	109	92	110	177
06epl 1202 792962 c2 26.aa	949	151	06cp20302orf6	604	66	92	66	85
06epl1202 4884677 c1 17	948	171	06cp20302orf5	603	171	99	171	0
06epl1917 24803153 c3 24	848	409	hp4el4535orfi	536	253	98	239	156
06epl1917 24803153 c3 24	848	409	hp4el4535orf7	730	60	97	60	349
06ep30223 16512 c3 160	951	231	hp3el0128orfl	720	231	100	231	0
06ep30223 23476067 cl l19	952	151	01ep30520orf8	511	94	93	95	57
06ep30223 23557202 c2130	874	329	hp3e 11024orf49	630	329	100	329	0
06ep30223 34409437 f3 94	875	148	hp3el 1024orf5	631	148	100	148	0
06ep30223 4698838 f2 55	845	663	14gp 12015orfl 3	662	344	100	334	319
06ep30223 4698838 f2 55	845	663	14gp 12015orfl 6	663	117	99	112	546
06ep30223 4876077 c3 149	877	113	hp3el 1024orf34	629	113	100	113	0
06ep30223 5109443 c1109	878	342	05ee 1041 lorf5	551	293	95	287	49
06ep30223 5271902 c1 106	879	207	hp2el0229orf4	619	80	95	38	127
06gp 10409 3 398427 f2 12	880	115	13ael0511orfi	583	115	92	115	0
06gp7190615115637 f2 59	953	158	hp4pll393orf2	733	158	100	158	0
06gp71906 24261588 c2 174	881	96	01ael2021orf5	492	96	100	96	0
06gp71906 25478192 c1 131	954	236	hp3el1122orfi	723	236	100	236	0
06gp71906 25504187 f3 112	955	443	hp4pl 1393orfl	732	169	91	155	274
06gp71906 970325 c3 190	882	158	02ap2I113orf2	512	113	92	98	45
07ae10923 24426508 fl l	883	137	llgel0309orC8	685	137	100	137	0
07ae10923 24426508 f 1 1	883	137	Ilgel0309orf28	685	137	100	137	0
09cel0413_41401l_fl_3	885	169	02cel0216orf6	516	172	100	169	-3
09cel0413 5865665 fl 4	886	353	02cel0216orf7	517	74	100	74	279
09ce52017 29324062 c1 21	887	141	01ep30520orí24	506	141	100	141	0
09cp10224 l062966 c3 61	888	367	05cel0420orfl	548	194	100	194	173
09cp10224 1412715 c3 56	889	185	01cel0516orf20	495	185	100	185	0
09cp 10224 429510 c2 46.aa	890	316	01 ce 10516orf21	496	108	98	108	208
09cp10224 4484718 c1 3 8	891	581	01cel0516orfl5	493	301	99	297	280
09cp21607J7224187 c2 12	892	72	07gp31516orf9	569	72	100	72	0
09cp61003 1456263 7 c2 93	893	106	03gp20123orfi	527	80	98	83	26
09cp61003 19532625 c178	894	357	14gel0705orfl4	599	357	99	357	0
09cp61003 24063587 cl 74	895	201	1 leel0423orfl	577	116	100	116	85
09cp61003 24335762 c3 l11	896	204	1 Ieel0423orf4	578	105	100	104	99
09cp61003 492187 c2 80.aa	956	667	06gpl0108orf2	621	266	98	266	401
09cp61003 5945252 fl 5	897	219	14gel0705orfi	695	219	100	219	0
1lae80818 l1188791 c3 60	898	221	llapl 1902orf3	575	185	99	185	36
1lae80818 l963278l c3 57	957	100	06cpl 1722orfl 1	595	100	100	100	0
1lae80818 7290627 c2 51	958	152	06cpl 1722orf5	598	98	100	93	54
1 lae80818 783127 c3 63	899	182	03ap21820orf4	523	182	100	182	0
1lae80818 7952 cl 49	900	148	03ap21820orf8	524	148	100	148	0
1lap20714 34023312 β 46	959	285	hp3el0057orfi	719	285	100	285	0

• · • ·

Tabulka č. 4

Název ORF	aa Seq ID#	délka Název ORF ak	délka (ak)	% ident ity	přesa h (ak)	Změny délky
(ak)	Seq ID#
Olcel 1104 36125337 cl 8	849	74	ihple!0523orf3	612	63	100	63	11
01ce21104 33203250 c3 87	850	509		D5cpl 191 lorf35	549	206	100	204	303
01 cp20708 36134808 f2 l 1	928	230		14eel0419orf5	704	229	100	229	1
02ae31010 12504512 f3 28.aa	929	490		31gel0801orf2	514	60	95	56	430
02ae31010 16833312 f2 19	930	181		02cell022orf2	530	184	98	181	-3
02ae31010 2117087 f3 34	931	137		07cel0203orfl7	635	76	97	77	61
02ae31010 30208317 fl 14	932	343		ιρί p 13947orfl0	717	343	100	343	0
02ae31010 34616666 f2 27	851	184		Olcel 1618orfl	503	124	99	125	60
02ae31010 34616666 f2 27	851	184		ipl p 13947orfl 1	616	81	94	77	103
02ae31010 35270000 f3 33	852	231		Olepí 1504orf5	505	156	99	156	75
02ae31010 36132785 f2 29	853	438		01cell618orfi	499	67	98	64	371
02ae31010 36132785 f2 29	853	438		Olcel 1618orfl3	504	378	97	387	60
02ae31010 5085162 cl 47	934	416		07cel0203orfl 1	634	416	100	416	0
02cp10615 26573462 c1 45	935	168		hp3pl0304orf2	727	126	91	129	42
02ge10116 15781452 c1 87	854	97		pógelOl 15orfl7	563	97	100	97	0
02gel0116 16803513 f2 34	855	488		Olepí 1710orfl6	652	64	100	62	424
02gel 0116 16803513 f2 34	855	488	(Olepí 1710orf5	654	146	99	145	342
02gel0116 36367936 c1 92	857	173		02ge20116orf25	521	173	100	173	0
03ael0804 12609533 cl 26	936	257		06epl0306orfl0	610	257	100	257	0
hp6pl0903 4398263 f3 6.aa	924	370	05gpll901orfl9	553	370	100	370	0
hp6pl0903 4398263 f3 6.aa	924	370	05gpll901orfl9	553	370	100	370	0
03ae10804 2I698400 c2 32	937	386	06epl0306orfl 1	611	386	100	386	0
03ael0804 23485968 c3 47	858	88	06epl0306orf5	561	88	100	88	0
04ep41903 2675793 7 f3 16	938	703	29apl0306orf3	711	325	97	319	378
04ep41903 26757937 f3 l 6	938	703	29apll902orfl	712	280	92	280	423
04ep41903 4101593 f2 10.aa	940	1240	14ee21118orfl	706	365	96	358	875
05cel0910 25598277 f3 3	859	258	07eel 1519orfl	567	170	96	166	88
05epl0815 26570332 c2 99	941	183	12gel0610orf2	702	97	98	97	86
05ep10815 4195292 c1 84	942	441	hplel0554orfl	715	103	99	94	338
05epl0815 4719175 cl 83	943	663	06eel0207orfl	606	99	99	99	564
06ael 1016 30579712 f2 21	860	239	03ce21717orfl	526	193	99	193	46
06ce20610 1367157 fl 8.aa	844	248	29gel0111orf3	714	124	90	121	124
06ce20610 29298537 c2 32	861	234	05gp2011 lorf4	555	234	100	234	0
06ce20610 3913967 c3 36	862	283	05gp2011 lorf6	556	283	100	283	0
06ce20610 4331338 f3 18	863	353	05gp2011 lorfl2	554	243	99	245	110
06cpl1118 212827 cl 17	864	73	06cpl 1118orf7	558	73	100	73	0
06cpl1217 19720300 f3 l 1	865	308	hplpl3852orf6	614	646	96	278	-338
06cpl1217_4881263_f2_9	866	93	hplpl3852orf7	615	93	100	93	0

• ·

1lap20714 4960432 c3 97	901	151	14eell217orf2	596	100	100	88	51
1lap20714 5271967 cl 60	902	260	14eel 1217orf3	597	231	100	227	29
1 lap20714 7227202 fi 43.aa	903	798	05ap21216orf4	547	529	100	529	269
1 lap20714 7227202 O 43.aa	903	798	05ap21216orf4	547	529	100	529	269
11 ee 11408 4977193 c 1 41 .aa	960	497	14epl 1115orf3	708	91	100	91	406
1lgelO3O8 5256 f2 l	961	71	1 lgel0308orfl	693	71	100	71	0
12aplO324 13178562J3 6	962	269	12apl0324orf8	700	164	99	164	105
12apl0324 4805318 f2 3	846	326	12apl0324orf6	581	95	100	77	231
12apl0324 4805318 f2 3	846	326	12apl0324orf5	645	215	99	213	111
14ce31519 15635927 f3 15	905	293	02cel0809orf6	518	293	100	293	0
14ce61516 13073577 f2 12	963	784	14epll905orfl3	709	721	100	526	63
14ee41924 16282067 c 1 72	964	64	02ep30607orf32	546	104	97	63	-40
14ee41924 23527267 c3 107	906	233	02ep30607orf27	520	138	98	97	95
14ee41924 23834800 f2 32	907	298	1 Icel0917orfl0	639	298	100	298	0
14ee41924 2458267 c2 93	847	1304	02ep30607orfl9	590	407	99	397	897
hplpl3939 25397327 fi 22	908	228	06cel0808orf2	557	151	100	145	77
hp2e10911 24855312 c 1 69	909	161	1 Icpl2006orfl3	576	105	95	112	56
hp2el0911 3349 cl 63	910	113	Olcel 1618orf22	648	79	100	65	34
hp2e1091l 4882027 c2 87	965	583	Olepí 1108orf6	507	101	99	99	482
hp3el1188 47327 f2 5	966	368	hp3pl0807orf6	728	325	96	323	43
hp3el1188 5082842 f3 12	967	89	06eel 161 lorfl	608	89	100	89	0
hp4e13394 3368767 c1 80	968	804	09apl 1406orf2	668	804	100	804	0
hp4el3394 35957200 fl 21	911	233	06epl 1108orfl7	562	165	100	147	68
hp4e13394 5964452 c2 97	912	79	02ap71220orf2	513	79	100	79	0
hp4e53394 22864682 c2 86.aa	913	427	hplpl3852orf6	614	646	100	422	-219
hp5el5044 4554652J3 3	914	146	07cpl0312orf5	677	138	100	138	8
hp5pl5212 6928132 c3 34	969	270	1 lcel0908orfl	682	165	93	169	105
hp5p15575 29300311 c1 29	915	152	14cel0720orf3	591	163	95	152	-11
hp5p 15575 33445317 f2 20.aa	916	294	hp3pll086orfl	636	217	92	202	77
hp5pl5575 6140713 f2 18	917	288	14cel0720orfl2	589	288	100	288	0
hp5pl5641 1219528l c 1 24	918	92	hp5p 15612orf2	643	92	100	92	0
hp5pl5641 24304527 c3 35	919	139	29gel0307orf4	609	103	98	102	36
hp5p15641 25635452 c3 34	920	92	29gel0307orf3	607	92	100	92	0
hp5p15641 30273312 c2 28	970	301	05cel0613orfl	572	79	91	70	222
hp5pl5641 30273312 c2 28	970	301	05cel0613orf2	573	61	100	54	240
hp5pl5641 5211687 c2 29	971	297	05apl0914orf3	571	60	98	60	237
hp5pl5870 14350428 fl l	921	84	05ae20220orf56	543	101	99	79	-17
hp6p1059023440913 c2 31	922	371	04ee70114orfl0	535	243	98	235	128
hp6p10590 30521093 f2 l 4	972	138	07cel 1206orfl	637	107	97	107	31
hp6p10606 19546933 c3 31	923	283	13epl2003orf21	587	222	92	228	61
hp6p109042214676 c1 14	926	179	hp4pl3446orf3	640	179	99	179	0
hp6p1090423704412 f2 5	927	384	hp4pl3446orfl3	638	384	99	384	0
hp6p109047089062c1 16	973	364	hp4pl3446orf5	736	364	100	364	0
hp6p12129 16603417 f3 14	974	358	hp3el0302orf26	722	268	98	266	90
hp6p12244 3948467 c1 52	975	476	^ip4pl2005orf2	735	108	96	84	368
hp6p22217 23470967 fl 4	976	272	13eel2016orf7	703	272	100	272	0
hp7el0192 4412568 f2 5	977	291	02cel0114orf3	525	291	100	291	0
hp7pl0287 24611325 c2 24	978	256	Olcel 1513orfl7	500	256	100	256	0
hp7p1029025548812 f3 l4	979	489	ip3pl0156orf2	724	333	100	333	156
hp7pl0290 25585941 f3 12	980	374	hp3pl0156orí3	725	91	91	87	283
hp7pl0290 35156558 f3 15	981	411	llcpl2002orfi	689	109	96	107	302
hp7pl0290 4351718 fl 6	982	324	hp3pl0156orf7	726	302	95	299	22

« ·

Vztah mezi polypeptidy podle vynálezu se popisuje dále v textu v tabulce č. 5. Všechny délky polypeptidů v tabulce č. 5 se měří od terminačního kodonu do terminačního kodonu v nukleotidové sekvenci bakterie H. pylori.

Vztah mezi polypeptody, který je zobrazen v tabulce č. 5 se popisuje následovně. Za prvé, délka polypeptidů uvedených v tabulce č. 5 je nejméně s 90% identická, většina z nich je více jak z 95% identická. Za druhé, délky terminační až terminační kodon se liší u některých z homologních párů polypeptidů. V některých případech kratší polypeptid obsahuje relevantní část proteinu, který se může podle vynálezu využít; v některých případech delší polypeptid vykazuje vylepšené použití. Za třetí, některé polypeptidy v druhém sloupci jsou homologní s kratšími polypeptidy, které jsou uvedeny v pátém sloupci.

Ve všech případech homologní vztahy popsané v tabulce č. 5 jsou vysoce podstatné. Typický genový produkt bakterie H. pylori například vykazuje aminokyselinovou sekvenci, která je z 92% až ze 100% identická mezi odlišnými kmeny bakterie H. pylori, které se získaly od pacientů. Nukleotidové sekvence kódující příbuzné polypeptidy podle vynálezu jsou si také velmi podobné. Například nukleotidové sondy odvozené z kódující sekvence polypeptidu podle vynálezu se mohou použít v PCR nebo při hybridizaci za účelem identifikace klonů, které nesou nukleotidovou sekvenci kódující homologní příbuzný polypeptid.

3“	3“	3*	3*	3“	3*	3“
-o	TJ	TJ	TJ	TJ	tj	TJ	4	>—«
Ό	Os	OS	Os	LA	LU	to	a	co
TJ	O	T3	TJ	<5	O	«	(D	TJ
		—		>—·		—·	4	to
O	o	O	la	LA	·—·	0		0
tO	s©	s©	00	O	—·	©	©
00	O	O	Ό	4	00	—	to
-o	CU	LU	O	4	00	i“—	4	4
*tO	4	'4	1	4	4	LU	to	-U
4	co	LU	4	LA	-O	LU	4	to
cjs	so	s©	LU	LA	LU	4	LA	to
	00	00	la	4	to	©	00	-O
	to	to	O	Os	Ό		to	to
LU	Os	Os	4	LA	1	O	Os	O
tO	co	LU	K>	to	E3		•0	to
LA			00		1 Os LU
	□	□		C5	LA	0 to	□
tO 1	l Os	1 Os	l				s©	'4
to	b	tt					LU	LU
4	3	P						3 P
sO	s©	s©	so	©	©	©	00	©
Ό	to	to	to		OS	1—·	4	O
00	4	4		4	OS	O	Ό	LU
to	LU	LU	00		LU		1 1288	Ό
LA	os	Os	Mt	Os		©
Os	Os	Os		4	00	O	to
O	__	O	0	3*	3“	to	0	0
to	4	»»	LA	TJ	TJ	©	Ό	-0
o	w	co	w	Os	LU	(to	p	co
TJ	□	(6	σ>	TJ	“O	O	TJ	TJ
to		—*	LU			LU		to
o	O	to	O	O	0	O	1—»	0
LA	to	0	to	to	00	LU	O	to
O	to	0	to	LU	0	to		«—»
Os		1”—	0	LU	«0		LA	Os
to		to	u—	1	í	1	'to	-O
4	LU	4	4	to	00	to	LU	to
OS	OS	to	LU	to	©	S©	S©	to
	00		LA	Ό	0		LU	•O
	SO	00	O	LU	Ό	LU	00	to
CU	LU	Ό	4	LU	LA |	LA	LU	0
to	00	00	to	O	OS		to
1 Í3	Γ o LU	σ	OO 1	to 1 n?	□ '4,	to 1	N> 1 C5	'□ 1
I	I	1	1	J		1	|
Os	4^		©				to	0
		00
OO	00	Ό	00	00	00	00	•0	•0
CU	to	4		LU	LU	to	Os	Ό
LA	to	OS		4	00	LA	to	Os
to	LU		«Ο		LU		to	LA
4	LU		4	4			LA	LU
to	OO	©	00	LU	to		«Ο	LU
4	1 28	1 247	1 -668	1 -29	LA Os	1 40	O LU	| 259
	s©	SO	©	©
	Os	Os	00	LA
o	O	0	O	0
o	4	Os	^0	LA	O	0	O	0
	LA	4	LA	00
to	LU		OO		LU	1. 65 |	to	CA
4	LU				LA	to
to	OO	sO		LU	to	Ό	-4

O	O	O	O	0	O	0	O
Os	Os	Os	Os	to	to	to	to
0	O	O	O	(ro	(TO	(TO	rro
TJ	TJ	TJ	Ό	a	a	<T>	0
LU	LU	LU	LU		>_·	·—»	—
O	O	O	O	O	0	0	0
Os	Os	Os	Os	1—*	—	_>	—
O	O	O	O			►—Λ	—
LU	LU	LU	LU	Os	Os	o	Os
LU	LU	to	to	LU	L-		—
4	4	LU		Os	Os	0	LA
O	0	4	4^	LU	00	00	-O
to	to	Ό	s©	Os	0	0	00
4	4	Os	to	-J	LU	LU
		LA		s©	LA	LA	4
00	00	Os	00	LU	>—»	1—*	LA
Ό	~U	00	Ό	Os	LU	CU	to t
—		O to	1	O	«3	'íO	O
to	to	'___	4x	s©	LU	LU	1 00
O	O	LU	·—	to	4^	4x	•O
		LU
		P
		P
00	00	OO	00	00	00	00	00
OS	Os	4	Os	LA	LA	LA	LA
s©	©	LU	00	Ό	LA	LA	4
4	4	4	89 1		4^	4.	s©
Ό	Ό	LU	Ό	Ό	*O
s©	s©	Ό		s©	s©
3*	3*	O	3“	O	O	O	O
TJ	TJ	Os	TJ	to	Ό	to	to
OS	OS	O	OS	(TO	O	(TO	(TO
O	O	TJ	G>	Π»	TJ	TJ	TJ
to	to	LU	to	1—-		to	to
0	0	O	O	0	·—»	0	0
cu	LU	Os	cu	I—»	s©	Ό	-u
LU	LU	O	LU		·-—	O	0
©	s©	LU	S0	Os	Os I	O	Os
LU	to	'to	to	CU	LA	1	1
4	4	LU		Os	s©	0	LA
O	LU	4	-U	LU	1—*	00	^4
to		Ό	LO	Os	LU	0	00
4	Ό	Os	to	-O	LA	LU	—
	O	LA		s©	S©	LA	4
00	Os	Os	00	LU	to		LA
Ό	to	00	Ό	Os		CU	to
'0	O	O	O	O	'-A	O
	LU	-		·“*			to
LU	1 LA	4	4*.	1	00		LA
«Ο	Ό	4	O	s©			—
Ό	00	*O	Ό	Ό	00	00	Ό
s©	LU		s©	LA	*·—	O	LA
Os	LU	LU	LA	LU	00	to	Os
	LU	-U	00 s©		to
	LA	LU	Os	0	00
00	Ό	Os	s©	s©	O	O
LU					to
Os	22		O	to	5	~o	Ό
			s©		s©
					««q
O	0	O		O	Os	0	O
O	0	O	^4	O	0	O
			LA		O
	LU	4^	OO S©			4	00
	LA	LU	Os	to	Ό
OO	*U	Os	s©	00	s©

σ tr

CO

Π5 — CL QJ θ'

H W tb

O o F* =»=43 — CL CD O' a π O' o

Tabulka

O<

Cn os h“¹

• ·· ·· «· ··

Vztah mezi polypeptidy podle vynálezu se popisuje dále v textu v tabulce č. 6. Všechny délky polypeptidů v tabulce č. 6 se měří od terminačního kodonu do terminačního kodonu v nukleotidové sekvenci bakterie H. pylori.

Vztah mezi polypeptody, který je zobrazen v tabulce č. 6 se popisuje následovně. Za prvé, délka polypeptidů uvedených v tabulce č. 6 je nejméně s 90% identická, většina z nich je více jak z 95% identická. Za druhé, délky terminační až terminační kodon se liší u některých z homologních párů polypeptidů. V některých případech kratší polypeptid obsahuje relevantní část proteinu, který se může podle vynálezu využít; v některých případech delší polypeptid vykazuje vylepšené použití.

Ve všech případech homologní vztahy popsané v tabulce č. 6 jsou vysoce podstatné. Typický genový produkt bakterie H. pylori například vykazuje aminokyselinovou sekvenci, která je z 92% až ze 100% identická mezi odlišnými kmeny bakterie H. pylori, které se získaly od pacientů. Nukleotidové sekvence kódující příbuzné polypeptidy podle vynálezu jsou si také velmi podobné. Například nukleotidové sondy odvozené z kódující sekvence polypeptidů podle vynálezu se mohou použít v PCR nebo při hybridizaci za účelem identifikace klonů, které nesou nukleotidovou sekvenci kódující homologní příbuzný polypeptid.

ο

o

O

O

o

zr

o

o

3*

3*

bU

O

O

O

©

O

3*

t

©

©

©

©

©

©

©

©

Cb

Os

Os

tA

tu

4

Ό

4

4

tj

Π

©

-U

4

Os

4^

TJ

tu

4

©

4

Os

tA

4

4

4

1

<χ>

O

O

O

P

P

tu

P

p

Os

bU

Ϊ0

w

O

co

70

70

70

Os

co

JO

O

G)

(TO

rt

Ό

TJ

TJ

CD

<U

TJ

Ό

*3

Ό

G>

Ό

G>

Ό

Ό

G>

0

O

n>

0

TJ

TJ

*3

Ό

“3

*3

3

·—

OO

MM

4

tu

—

—»

4

·—-

tu

—»

4

—·

*

MM

4

4

ο

o

_»

O

O

O

o

O

MM

©

o

O

O

—

O

O

O

©

O

·—

©

©

©

--

©

Ν)

Os

4

©

oo

tu

00

Os

4

tu

bJ

tu

bJ

O

>—>

00

00

4

tu

4

—

©

4

Os

4

O

4

Κ)

MM

o

4

o

O

tu

4

bJ

bU

—»

_

—t

—

©

tu

0

©

1—·

©

tA I

©

tu

tA

4

o

4^

4^

4

tu

©

bU

©

©

Os

Os

tu

©

4

Os

tu

Os

tu l

Os

tu

Os

1

1 ©

4

1 4

.

1 ©

1 tu

4

bJ

1

4

'4

1 tu

4

tu

tu

1 tu

4

4

—

tu

4

4

4

-£*

00

©

tA

tu

oc

00

4

tA

4^

bJ

tu

tu

bJ

4^

tu

4

tA

4^

4^

©

©

4

tu

4^

tA

tu

tu

4^

4^

4

tA

4^

o

SfS

OS

mm

tu

Os

1Λ

Os

O

4x

4

O

4

O

·—*

4

tA

4

4^

Os

4^

©

00

4

ο

4

bU

©

OO

tA

<~s

4^

tA

MM

©

bU

00

tA

4

4

OO

00

4

©

4x

tu

4

tA

U

©

4

OS

SČ

o

OO

tA

tu

4

Os

4

4

tA

©

—

Os

Os

Os

4^

©

4

4

4

©

00

Os

00

£b

tu

4

©

tA 1

tu

tA

O

tu

tu

tu

4

tA

O

tA

tA

©

4

Os

©

1

©

tA

tu

tA

4

tu

o

4

Os

oc

|

4

Os

b->

|

00

©

O

OO

tu

-U

00

Os

4

4

O

4

4

·—

Os

00

-J 1 □

'4*. Os

o □

7 f3

00 o tu

’ř3

53 4^

O ©

7 cl

2 c3

U) □

σ 'os

i~ o tu

l“ —

00 1 □

0 c2

1“ F3

4 1 a tu

4 1 0

00 1 σ

1 P3 1

tA O tu

1 3

tu 00 ©

4 l □

00 0

4 a

4 O 4

1“ Γ5

1

|

tu

I

i

1

|

1

4

1

·—»

4

|

l

©

tu

4x

4

tA

bJ

4^

1—

4

4

·—

tu

tA

©

4

tA

00

4

A

4

Os

©

©

Os

4

4

4

tu

oo

00

00

oo

00

oc

00

OO

00

00

00

00

00

00

00

OO

00

4

4

4

4

4

4

4

4

4

4

4

4

4

4

Os

tA

tA

4x

tu

tu

tu

tu

bJ

bJ

bJ

——

—

©

©

©

OO

OO

4

4

4

Os

Os

Os

tA

£

tA

4

tA

©

00

CS

00

4

Os

tu

©

OS

bJ

4

tA

O

©

4

Os

©

00

Os

4

4

4s»

4

00

Os

tu

4

00

tu

tu

4

4^

tu

tu

Os

tu

4

4

4

tu

tA

4

00

4

tA

o

tA

4

4

O

00

00

o

Os

O

4

Os

©

Os

4

©

4^

tA

tu

4

Os

©

4

4

οο

©

00

00

00

4

4

X*.

4

00

Os

O

©

00

4

4

4

tu

4

tu

tu

©

©.

ο

O

ZT

3“

3*

__

3

O

O

o

o

o

O

O

3

©

©

©

©

©

©

©

©

©

M-j

σ\

Os

“O

TJ

O

4

Ό

tA

4

©

bU

4

Os

4^

Os

tu

uu

TJ

©

Os

Os

►—·

©

OS

4

4

4

ο

O

•4

P

tu

P

O

o

Ď>

O

ΐύ

σο

&>

G?

fc>

4i.

O

<70

<70

O

G>

O

Λ

a

ΓΡ

<70

P

Ό

*3

Λ

Q

o

3

Π)

n>

O

T3

Ό

©

T3

o

O

(V

0

TJ

TJ

n>

Xi

Q

3

T3

0

0

0

tu

tA

00

tu

tA

tA

>—»

«—»

—

Os

»—»

4

4

Os

4

tA

*“·

ο

o

tu

o

o

o

MM

o

O

o

o

O

©

©

4

©

©

—

©

©

©

©

©

i

4

OS

tu

tA

tu

MM

4

4

4

4

os

4*.

*—·

Os

os

00

4

tA

©

O

4

4

Os

4

4^

©i

4

©

©

4

4

00

bJ

O

MM

O

o

4

1—

tA

1—·

©

©

>—»

1—·

©

©

MM

4

tu

tA

4^

4

tu

-U

oo

o

©

tu

4

©

©

tu

©

O |

© |

tu

tu

Os

Os 1

4^

tu

tA

©

4 I

Os 1

4 |

1 tu

1 ©

'bJ

'4

'4

4^

1 ©

'tu

'tu

'bU

4^>

4

4

tu

00

tA

1 tu

'tu

4

4

4

L-

—

4

4

•U

00

Os

tA

tu

00

4

4

tA

tu

00

N)

Os

4*.

tA

tA

©

4^

4^

©

tu

4

tu

4^

©

4^

tu

4

-U

4

tA

4x

o

14

Os

1—·

O

·—»

tA

00

4x

©

©

©

4

Os

4

4^

Os

4

tA

00

tA

ο

4 |

O

©

00

tA

4

4^

tA

4

©

00

00

©

4

4

Cs

4^

4

©

4^

©

4

tA

4*.

MM

00

O

00

©

©

OO

tA

tu

4

«—·

Os

•U

tA

©

Os

tu

Os

©

Os

4^

©

©

4

4

©

tu

4

O

Os

4^

—A

00

4

©

J

tu

tA

Os

Os

oo

tA

4

©

©

4

tA

©

1

©

tA

Os

tA

Os

tu

4»

4

Os

00

ra

4

OO

OO

4

4

o

O

F3

tu

00

1—*

Os

OO

4

0

4

©

4

O

4

-4

'tA

14

•4

00

O

4

4

4

tA

00

O

4

00

©

tu

4

tu

4

tA

1 □

1 o tu I

O 4

1 O 4 1

Í3 1

©

tu 'bJ

1 C3

1 -A

O tu

ř3 1.

't3

□

'□

tu

4 tu

O tu |

'0

O

O tu

a 1.

1 ©

Π

0

O tu t

0 tu

b5

Os

O

1

1

4^>

1

1

4

1

|

1

4x

tA

tu

1

Mm.

1

OS

sn

4x

4^

00

tu

oo

tu

4

4

4

tu

tu

4

©

4

©

4^

oo

tA

©

O

©

4

—*

4x

00

tu

©

4

00

-U

©

0

Ο

O

o

O

O

O

O

O

o

O

o

O

o

O

O

0

O

©

©

©

©

©

©

©

©

©

©

©

©

OS

OS

Os

OS

OS

os

tA

tA

tA

tA

tA

tA

tA

tA

tA

tA

4x

-U

4^

4^

4^

4^

4^

4^.

-U

tu

tu

tu

tA

4^

tu

4

o

©

00

4

Os

tA

4*>

tu

4

©

©

00

4

Os

tA

4».

tu

4

©

©

00

4

4

tu

Os

4^

4

-U

tu

tu

tA

4^

bJ

4^

tu

4

A

4x

4

4^

tA

4X

tu

4

tA

4

0

4

©

4x

00

4

4

bJ

Os

oo

Os

00

tA

OO

4

tu

tA

©

4

00

tA

©

4^

©

4

©

tA

tA

Os

4

tu

o

00

4^

4

tu

tu

4

tA

4

4

©

4

tu

tu

tA

tu

OO

Os

©

4x

£

©

tu

tA OS

Os tA

tu

tu

tu

4

1

4

tu

tu

Os

CA

4^

00

4

Os

tu

©

mm

Os

o

00

©

Cb

©

Os

tA

tA

—

OS

4^

00

4

©

4

Os

OO

-ř»

t/s

O

Os

Os

4

O

tu

4

OO

4^

tA

©

tu

©

4

4

00

tu

tu

4

tu

00 OS

tu

tA

tu

4

4

4

tu

tA

4

4

4

-U

tA

4

t/s

4

4

O

4

00

Os

Os

4

Os

©

Os

4

©

4^

4^

tu

4

4^

4

4

©

4

©

00

4^

4

4

-h.

O

4

00

tu

00

00

4

tu

4

tu

4

tA

Os

4

©

1 97.

© ©

© Os

O O

O O

O o

O O

O O

O o

© Os

© ©

© P°

© Os

© ©

O O

© ©

© 00

© ©

© ©

© ©

© ©

© ©

© ©

©

© Os

© ©

© ©

© ©

© ©

4 oo

tu 4

4 Os

o o

o o

© o

© o

o o

© o

tA tA

4^ 4

oo 4^

Os ©

00 4

O O

© ©

tA Os

Cs 4

©

© ©

© ©

© 0

© ©

tu tA

4 4>

© ©

© ©

© ©

© ©

σ r

CO

Π) κΩ σ κ ο α ο

Η

0) tr c

!—

ÍU η<

Os σΊ ω

• · ·

O CA n> u o CA CA 1 O CA CA CA AJ 1 a 1 -U

| 09cp61003 492187 c2 80 |

-U o r& CA CA CA d O 4 d ca 4 4 l a5 L· AJ

1 hp6pl2244 3948467 cl 52 |

| hp2el0911 4882027 c2 87 |

í 14ee41924 l6282067 cl 72 |

1 1lgel0308 5256 f2 l |

| 1 leel 1408 4977193 cl 41.aa |

| 1 lae80818 7290627 c2 51 |

1 06ep30223 23476067 cl l 19 |

| 05ep10815 47I9175 c1 83 |

1 02ae31010 2117087 f3 34 |

1 01 cp20708 36134808J2 11 |

| hp6pl0606 19546933 c3 31 |

ΞΓ T3 CA Ό Ca 00 4 O -U d CA O 4^ AJ 00 J

| hp5el5044 4554652 f3 3 |

1 hp4e53394 22864682 c2 86.aa |

=r Ό 4* O d d O 4^ CA © CA 4*· 4* CA AJ o AJ ©

1 hp4el3394 35957200 fl 21 |

3 *σ aj a o o d d 4^ © O CA d

| 14ee41924 23527267 c3 107 |

| 1 lae80818 783127 c3 63 j

1 Iae80818 l118879I c3 60

09cp61003 19532625 cl 78

| 09cp61003 I4562637 c2 93

O © o *σ o AJ AJ 4^ 1^ o CA AJ © CA CA O d CA

| 09cel0413 5865665 fl 4

o CA σο XJ o o so d d O 00 -u AJ 4 1 □ 1^ AJ

945 |

956 |

963 |

1 975 1

965 1

1 964 |

*© CA

960 J

1 958 |

l 952 |

943 |

Ό d

| 928 |

| 923 |

921

914 I

© d

v© fj

©

© O

906

668

| 898

00 o 4^

1 893

00 00 00

| 886

880

O\ d CA

667 |

785 |

4^ 4 CA

CA 00 d

1 64 |

4

í 530 |

1 152 I

CA

CA CA d

d 4

| 230 1

| 283 |

00 -U

1 146 1

1 427 I

4 ©

| 233 I

d

| 233 I

1 182 1

1 221

1 357

| 106

d CA 4

4 4*·

116

06epl0615 961562 fl 15 |

O n o CA 5 CA 'a k© AJ 00 4 1 o d L· aj o

hp7el0590 13073577 c3 107 |

hp6pl2244 3948467 c3 88 |

07ee50709 960952 f2 47 |

07eel140219565702 c2 88 |

[ hp7el0557 21698387 f 1 1 j

05ae30220 4977193 c3 198 |

ΞΓ •o 4 G> O CA O o 1 AJ CA 4 AJ CA CA 4x O l~ CA 00

O CA T3 d o AJ AJ d *AJ d 4^ 4 CA O CA 4 O CA

1 05epl0815 4719175 cl l15 j

1 07ee50709 26438968 f2 36

[ 01cel0320 30273587 f3 38 í

| hp8el0080 19546933 c2 88 |

O CA Ď3 Π» d o AJ AJ O d Ca O 4^ AJ 00 □ ©

1 07cel0312 4554652 f3 2 J

! hp4e53394 19720300 c3 98

:r Ό 4* O d d © 4x CA oo AJ 00 © CA d O AJ 1 © o

| hp4el3394 5088562 f3 54

1 07ee50709 4818967 f2 43

1 07eeI1402 10759567 c2 86 1

| 14cp11908 783127 c172

1 14cpl1908 25593768 c3 97

1 01ce61016 23609580 c3 139

| 01ce610I6 129315I3 c2 I06

1 09cpl0224 1062966 cl 44

O © O o o 4x d 1 CA 00 CA CA CA O\ CA A

| 06gpl0409 3398427 f2 12

1298 |

1297 |

1296 1

| 0601

6801

| 1088|

| 1087 |

9801

| 10851

5 oo

1 1083 j

O 00 AJ

( 1801

O 00 o

1 1079

| 1078 |

| 1077

| 1076 ;

1 1075

| 1074

| 1073

| 1072

| 1071

O 4 O

| 1069

8901 I

| 1067

| 1066

CA d 4

668 1

897 |

CA O oo

1213 |

1 465 1

| 239 I

1 ics 1

1 556

AJ O

1 925 1

1 265

1 Sít |

1 428

1 752

4 4*.

I 647

1 135

| 225

Γ 487

| 292

I 337

[ 538

| 343

1 376

1 485

1 353

] 292

—

-

AJ

d AJ

CA d O

401 I

CA 00

1 204 j

CA s©

| 262 I

aj 00

1_45 I

1 145 1

| 668

1 8t |

| 220

| 56

1 00

W.C 1

59

I 155

d 4

(

| 270

00

AJ 4 ©

| 176

636

CA CA 4

4 00 ca

1 SW

CA 00 CA

63

CA

CA AJ 00

£

CA O

1 CS9 |

1 >28 I

1 230 1

1 280 I

00 A

A <A

4χ AJ AJ

4 4

215

O o

232

1 491 |

AJ O -U

342

V6 1

d 4 AJ

4 •U

CA

00Ό01

| 00Ό01

00Ό0Ι

1 00Ό0Ι

©> 4 4 00

00Ό01

98.55

99.05

88.65

I 98.67

O p o o

98.44

00Ό01 |

99.29

98.81

1 ΟΟΌΟΙ |

| ΟΟΌΟΙ |

1 00Ό01 |

ΟΟΌΟΙ

95.41

00Ό01

98.20 |

99.51 )

100.00 i

93.62

94.09

100.00

1 ioo.oo I

Tabulka č. 6 pokračování • · ·· ·· ·· • · · · • · · · ·· • · · ··· · • · · · ·· ·· ··

IV. Identifikace nukleových kyselin kódujících komponenty vakcíny a cíle pro činidla účinná proti bakterii H. pylori.

Popisovaná genomová sekvence bakterie H. pylori zahrnuje segmenty, které řídí syntézu ribonukleových kyselin, stejně jako počátek replikace, promotory, jiné typy regulačních sekvencí a vnitrogenních nukleových kyselin. Vynález popisuje identifikaci nukleových kyselin kódujících imunogenní komponenty vakcín a cílů činidel účinných proti bakterii H. pylori. Důležitým aspaktem identifikace je stanovení funkcí popsaných sekvencí, čehož se dá dosáhnout různými přístupy. Příklady těchzo metod se popisují dále v textu.

Homologie se známou sekvencí: Srovnání provedené za asistence počítače uvedených sekvencí bakterie H. pylori s dříve uvedenými sekvencemi, které se dříve publikovaly ve veřejně dostupných databázích, je užitečný nástroj při identifikaci funkční nukleové kyseliny bakterie H. pylori a polypeptidových sekvencí. Rozumí se, že sekvence kódující proteiny se mohou například srovnat jako celek a že dosahují na úrovni aminokyselin vysokého stupně homologie (například více jak 80 až 90%). Toto zjištění naznačuje, že dva proteiny také mají určitý stupeň funkční homologie, jako je například mezi enzymy, které se podílejí na metabolizmu, syntéze DNA nebo syntéze buněčné stěny, a proteiny, jenž se účastní transportu, buněčného dělení atd.. Navíc se určila řada strukturních rysů určitých tříd proteinů a ta koreluje se specifickými sekvencemi, jako jsou například vazebné oblasti nukleotidů, DNA, iontů kovů a jiné malé molekuly; místa pro kovalentní modifikace, jako je fosforylace, acylace a podobně; místa interakcí protein-protein, atd. Tyto sekvence mohou být docela krátké a tak mohou reprezentovat pouze frakce selé sekvence kódující protein. Určení takového rysu u sekvence bakterie H. pylori je proto užitečná při stanovení • · • ·· ·· ·· ·· · · · · · · • · · · · ·· • · · · ··· · · • · · · · · ··· ·· ·· ·· funkce kódovaného proteinu a identifikaci potencionálně použitelných cílů pro antibakteriální léky.

Částečnou relevancí k vynálezu jsou strukturní rysy, které jsou běžné u sekrečních, transmembránových a povrchových proteinů, mezi něž patří sekreční signální peptidy a hydrofóbní transmembránové oblasti. Proteiny bakterie H. pylori, které se určily jako putativní signální sekvence a/nebo transmembránové oblasti, se mohou použít jako imunogenní komponenty vakcín.

Stanovení podstatných genů: Preferovanými cíly léčiv jsou nukleové kyseliny, které kódují proteiny podstatné při růstu nebo životaschopnosti bakterie H. pylori. U genů bakterie H. pylori se testuje biologická relevance k organizmu tím, že se zkouší účinek delece a/nebo porušení genů, to znamená tzv. genový knokout, za použití postupů, které jsou dobře známy v oboru. Tímto způsobem se mohou určit podstatné geny.

Kmenově specifické sekvence: Vzhledem k vývojovému vztahu mezi různými kmeny bakterie H. pylori se věří, že současně doložené sekvence bakterie H. pylori jsou použitelné při identifikaci a/nebo diskriminaci mezi dříve známými a novými kmeny bakterie H. pylori. Věří se, že jiné kmeny bakterie H. pylori vykazují nejméně 70% sekvenční homologie se sde doloženou sekvencí, at už to je či není správně , není to pro vynález důležité. Systematická a rutinní analýza sekvencí DNA odvozených od vzorků, které obsahují kmeny bakterie H. pylori a srovnání se současnou sekvencí umožňuje určení sekvencí, které se mohou použít k diskriminaci mezi kmeny, stejně jako těch, které jsou běžné pro kmey bakterie H. pylori. V jednom provedení vynálezu se popisují nukleotidové sekvence, mezi něž patří sondy a peptid a a polypeptidové sekvence, které diskriminují různé kmeny bakterie H. pylori. Kmenově specifické komponenty se mohou také určit funkčně na základě jejich schopnosti vyvolat tvrobu protilátek nebo reagovat s protilátkami, které selektivně rozeznávají jeden nebo více kmenů bakterie H. pylori.

V jiném provedení vynálezu se popisují nukleové kyseliny, které zahrnují sondy a peptid a polypeptidové sekvence, které se běžně vyskytují ve všech kmenech bakterie H. pylori, ale nebyly nalezeny v jiných bakteriálních speciích.

Stanovení kandidáta proteinových antigenů za účelem vývoje protilártek a vakcíny.

Výběr kandidáta proteinových antigenů při vývoji vakcíny se může odvodit od nukleových kyselin kódujících polypeptidy bakterie H. pylori. Za prvé; u ORF se analyzuje homologie s jinými známými exportovanými nebo membránovými proteiny a dále se analyzoval pomocí diskriminační analýzy popsané kleinem et al., (Klein, P., Kanehsia, M., and DeLisi, C. (1985) Biochimica et Biophysica Acta 815, 468-476) za účelem předpovězení exportovaných a membránových proteinů.

Testování homologie může proběhnout za použití algoritmu BLAST, který je obsažen v souboru Wisconsin Sequence Analysis Package (Genetícs Computer Group, University Research Park, 575 Science Drive, Madison, WI 53711), za účelem porovnat každý předpovězený ORF aminokyselinové sekvence se všemi sekvencemi nalezenými v současné GenBank, SWISS-PROT a PIR databázích. BLAST zkoumá lokální uspořádání mezi ORF a sekvencemi databank a udává skóre pravděpodobnosti, které indikuje pravděpodobnost náležení této sekvence změnou v databázi. ORF vykazující signifikantní homologii (např. pravděpodobnosti vyšší než 1x10 (ee-6)) s membránovými nebo exportovanými proteiny reprezentují pravděpodobně proteinové antigeny vhodné pro vývoj vakcíny. Na základě sekvenční • · homologie s geny klonovanými do jiných organizmů se poskytují genům bakterie H. pylori určité funkce.

Diskriminační analýza (Klein, P., Kanehsia, M., and DeLisi, C. (1985) Biochimica et Biophysica Acta 815, 468-476) se může použít pro testování aminokyselinových sekvencí ORF. Tento algoritmus používá skutečnou informaci obsaženou v aminokyselinové sekvenci ORF a srovnává ji s informací odvozenou od vlastností známých membránových a exportovaných proteinů. Toto srovnání předpovídá, které proteiny budou exportovány, které jsou spojeny s membránou nebo které jsou obsaženy v cytoplazmě. Aminokyselinové sekvence ORF označené tímto algoritmem jako exportované nebo spojené s membránou jsou pravděpodobně proteinové antigeny vhodné pro vývoj vakcíny.

Proteiny vnější mebrány pravděpodobně reprezentují nej lepší antigeny, které vyvolávají ochrannou imunitní odezvu proti bakterii H. pylori. Algoritmy, které se mohou používat pro předpověď proteinů vnější mebrány, zahrnují přítomnost amfipatické oblasti beta-listu na jejich C-konci. Tato oblast, která se detekovala ve velkém množství proteinů vnější membrány u gram-negativních bakterií, je často charakterizována hydrofóbními zbytky (Phe nebo Tyr) přibližně v pozicích 1, 3, 5,7 a 9 od C-konce (to je např. zobrazeno na obr. č. 8, blok F). Je důležité, že tyto sekvence se nedetekovaly na C-konci periplazmických proteinů a tak umožňují preliminární odlišení tříd proteinů v závislosti na primárních sekvenčních datech. Tento jev dříve popisuje Struyne et al., (J. Mol. Biol. 218: 141-148, 1991).

Jak je zobrazeno na obr. č. 8 další aminokyselinové sekvenční motivy se nacházejí u řady proteinů vnější mebrány bakterie H. pylori. Uspořádání aminokyselinových sekvencí na obrázku č. 8 znázorňuje části sekvence 12 proteinů bakterie H. pylori (znázorněno jednopísmenným aminokyselinovým kódem), • ·

které jsou označené ID čísly aminokyselinové sekvence, a ukazují sekvence od N-konce k C-konci směrem zleva do prava. Nachází se šest rozdílných bloků (označených A až F) podobných aminokyselinových zbytků tak, že zahrnují odlišné hydrofóbní zbytky (Phe nebo Tyr; F nebo Y vzhledem jednopísmennému kódu pro aminokyselinové zbytky), které se často nacházejí v pozicích blízko C-konce proteinů vnější membrány. Přítomnost několika zdílených motivů jasně ukazuje na podobnost mezi členy této skupiny proteinů.

Navíc proteiny vnější mebrány izolované z bakterie H. pylori často sdílejí, jak ukazují aminokyselinové zbytky ohraničené rámečkem na obr. č. 9, motiv blízko dokončeného Nkonce (to je po procesu odstranění sekrečního signálu). Obr. č. 9 zobrazuje část N-konce devíti proteinů bakterie H. pylori (označených aminokyselinovými sekvenčními ID čísly a zobrazují sekvenci od N-konce do C-konce zleva do prava).

Odborníkovi je známo, že tyto zdílené sekvenční motivy jsou vysoce signifikantní a ustanovují podobnost mezi touto skupinou proteinů.

Ne příliš často je možné rozlišit mezi více možnými nukleotidy v danné pozici v sekvenci nukleové kyseliny. V těchto případech je dvouznačnost označena rozšířenou abecedou následovně:

Toto jsou oficiální jednopísmenné kódy bází	podle	IUPAC-IUB
kód	popis báze
G	guanin
A	adenin
T	tymin
C	cytozin
R	purin	(A	nebo	G)
Y	pyrimidin	(C	nebo	T nebo U)
M	amino	(A	nebo	C)
K	keton	(G	nebo	T)
s	silná interakce	(C	nebo	G)
w	slabá interakce	(A	nebo	T)
H	bez G	(A	nebo	C nebo T)

• ·

···· ·· • ·«

B	bez A	(C nebo G nebo T)
V	bez T (bez U)	(A nebo C nebo G)
D	bez C	(A nebo G nebo T)
N	libovolná	(A nebo C nebo G nebo T)

Aminokyselinové translace podle vynálezu, kde se hodnotí dvojznačnost v nukleotidové sekvenci translací dvojznačného kodonu jsou značeny jako písmeno X.

V. Produkce fragmentů a analogů nukleových kyselin a polypeptidů bakterie H. pylori.

Na základě objevu genového produktu bakterie H. pylori, který je uveden v sekvenčním protokolu, může odborník pozměnit popsanou strukturu (genů bakterie H. pylori), např. produkcí fragmentů nebo analogů a může testovat aktivitu nově vzniklých struktur. Příklady postupů, které jsou dobře známy v oboru a které umožňují produkci a testování fragmentů a analogů, se popisují dále v textu. Tyto nebo analogové metody se mohou použít pro přípravu a testování schopnosti knihoven polypeptidů, např. knihoven náhodných peptidů nebo knihoven fragmentů nebo analogů buněčných proteinů vázat se na polypeptidy bakterie H. pylori. Takové testu jsou použitelné pro vývoj inhibitorů bakterie H. pylori.

Příprava fragmentů

Fragmenty proteinu se mohou produkovat několika způsoby, např. rekombinačně, proteolytickým štěpením nebo chemickou syntézou. Interní nebo terminální fragmenty polypeptidů se mohou generovat odstraněním jednoho nebo více nukleotidů z jednoho konce (v případě konečného fragmentu) nebo z obouch konců (v případě vnitřního fragmentu) nukleové kyseliny, která kóduje polypeptid. Exprese mutované DNA produkuje fragmenty polypeptidů. Štěpení endonukleázami, které ukusují konce (end-nibbling) , může dát vzniku DNA, které • · · · • · · ···· ·· ·

kódují skupinu fragmentů. DNA, které kódují fragmenty proteinu, mohou vznikat náhodným zdílením, restrikčním štěpením nebo kombinací shora uvedených metod.

Fragmenty se mohou také chemicky syntetizovat za použití metod, které jsou v oboru známy, jako je Merrifieldova chemie na pevné fázi f-Moc nebo t-Boc. Například peptidy podle vynálezu se mohou rozdělit na fragmenty požadované délky bez překryvu fragmentů nebo se mohou rozdělit na překrývající se fragmenty o požadované délce.

Změna nukleových kyselin a polypeptidů: náhodné metody.

Varianty aminokyselinových sekvencí proteinu se mohou připravit náhodnou mutagenezí DNA, která kóduje protein nebo určitou doménu nebo oblast proteinu. Použitelné metody zahrnují mutagenezi PCR a saturační mutagenezí. Knihovna náhodných variant aminokyselinové sekvence se může také připravit syntézou sady degenerovaných oligonukleotidových sekvencí. (Způsoby testování proteinů v knihovně variant jsou také zde uvedeny).

(A) PCR mutageneze

Při PCR mutagenezi se používá omezená věrnost Taq polymerázy pro zavedení mutagenezí do klonovaného fragementu DNA (Leung et al·., 1989, Technique 1: 11-15). Oblast DNA, která je mutována se amplifikuje za použití polymerázové řetězové reakce (PCR) za podmínek, které redukují věrnost syntézy DNA, pomocí Taq DNA polymerázy, např. lze použít poměr dGTP/dATP roven pěti a přidání Mn²⁺ do PCR reakce. Amplifikované fragmenty DNA se začlení do vhodných klónovacích vektorů za vzniku náhodné knihovny mutantů.

(B) Saturační mutageneze

Saturační mutageneze umožňuje rychlé zavedení velkého počtu substitucí jedné báze do klonovaných fragmentů DNA (Mayers et al., 1985, Science 229:242). Tato metoda zahrnuje • · tvoření mutací, např. chemickou cestou nebo ozářením jednořetězcové DNA in vitro a syntézu komplementárního řetězce DNA. Frekvence mutace se může upravit modulací intenzity aplikace a v podstatě se mohou získat všechny možné substituce baží. Protože tento způsob nezahrnuje genovou selekci mutantních fragmentů, získaly se obě neutrální substituce, stejně jako ty, které změnily funkci. Rozdělení bodových mutací je nakloněno směrem k elementům s konzervativní sekvencí.

(C) Degenerované oligonukleotidy

Z degenerovaných oligonukleotidových sekvencí se může také připravit knihovna homologů. Chemická syntéza degenerovaných sekvencí se může provést na automatizovaných syntetizérech a syntetické geny se pak ligují do vhodného expresivního vektoru. Syntéza degenerovaných oligonukleotidů je známa v oboru (Narang, SA (1983) Tetrahedron 39:3; Itakura et al., (1981) Recombinant DNA, Proč 3^rd Cleveland Sympos. Macromolecules, ed. AG Walton, Amsterdam: Elsevier pp 273289; Itakura et al., (1984) Annu. Rev. Biochem. 53: 323;

Itakura et al (1984) Science 198: 1056; Ike et al., (1983)

Nucleic Acid Res. 11: 477. Takové metody se používají při řízeném vývoji proteinů (Scott et el.,(1990) Science 249: 386-390; Roberts et al. (1992) PNAS 89: 2429-2433; Devlin et al., (1990) Science 249: 404-406; Cwirla et al. (1990) PNAS

87: 6378-6382; U.S. Patent Nos. 5,223,409; 5,198,346 a

5, 096,815) .

Změna nukleových kyselin a polypeptidů: Způsoby vhodné pro řízenou mutagenezi.

Žádný způsob náhodné nebo řízené mutageneze se nemůže poskytnout specifické sekvence nebo mutace specifických oblastí. Tyto metody se mohou použít pro přípravu variant, které zahrnují např. delece, inzerce nebo substituce zbytků známé aminokyselinové sekvence proteinu. Místa mutace se ·· • « • ··· • · · ·· · • · « ♦ v · ·· • « « « · • · · mohou modifikovat jednotlivě nebo v sériích, například (1) nejdříve se substituje konzervativní aminokyselynami a pak s více radikální volbou, která závisí na výsledku, kterého chceme dosáhnout, (2) se deletuje cílený zbytek nebo (3) vedle lokalizovaného místa se zavedou zbytky stejné nebo odlišné třídy, nebo se poiužívá kombinace bodů 1 až3.

(A) Alanin skenovací mutageneze.

Alanin skenovací mutageneze je použitelná metoda při identifikaci jistých zbytků nebo oblastí požadovaného proteinu, které jsou preferovanými oblastmi nebo doménami mutageneze (Cunnigham and Wells, Science 244: 1081-1085,

1989). Při skenování alaninu se idantifikuje zbytek nebo skupina cílových zbytků (např. nabyté zbytky, jako jsou Arg, Asp, His, Lys a Glu) a nahradí se neutrální nebo negativně nabitou aminokyselinou (nejvýhodnější je alanin nebo prolyalanin). Nahrazení aminokyseliny může ovlibnit interakci aminokyselin s okolním vodným prostředím uvnitř nebo vně buňky. Tyto domény ukazující funkční citlivost na substituce se pak vylepšují zavedením dalších nebo jiných variant do míst substituce. Tak zatímco místo zavedení variace aminokyselinové sekvence je předem určeno, podstatu mutace není třeba předvídat. Pro optimalizaci provedení mutace v danném místě může se provést alanin skenovací nebo náhodná mutageneze cílového kodonu nebo oblasti a u exprimovaných požadovaných proteinových podjednotkových variant se testuje optimální kombinace požadované aktivity.

(B) Oligonukleotidy zprostředkovaná mutageneze.

Oligonukleotidy zprostředkovaná mutageneze je metoda použitelná pro přípravu substituce, delece a inzerce variant DNA (např. Adelman et al., DNA 2: 183, 1983). Požadovaná DNA se pozměnila hybridizací oligonukleotidu, který kóduje mutaci templátové DNA, kde templát je jednořetězcová forma plazmidu nebo bakteriofágu, která obsahuje nezměněnou nebo nativní ·« *· * · · • ··· • · · • · · ···« ·»

«· • · · • ·· ··* · · • · « ·· ·* sekvenmci DNA požadovaného proteinu. Po hybridizaci se používá pro syntézu celého druhého komplementárního řetězce templátu DNA polymeráza, kde se pak inkorporuje oligonukleotidový primer, a bude kódovat vybranou změnu DNA požadovaného proteinu. Obecně se používají oligonukleotidy, které obsahují nejméně 25 nukleotidů. Optimální oligonukleotid má 12 až 15 nukleotidů, které jsou zcela komplementární s templátem na každé straně nukleotidu(ů), jenž kódují mutaci. Tato skutečnost zaručuje, že oligonukleotid bude správně hybridizovat s molekulou templátu jednořetězcové DNA. Oligonukleotidy se snadno syntetizují za použití metody dobře známé v oboru, kterou popisuje Crea et al., (Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 75:5765 (1978)).

(C) Kazetová mutageneze

Jiná metoda přípravy variant, kterou je kazetová mutageneze, je založena na způsobu, který popisuje Wells et al., Gene, 34: 315 (1985). Počátečním materiálem je plazmid (nebo jiný vektor), který zahrnuje proteinovou podjednotkovou DNA, která se má mutovat. V proteinové podjednotkové DNA se identifikovaly kodón(y), které budou mutovat. Na každé straně určeného místa(míst) mutace musí existovat jediné místo, které rozeznává reastrikční endonukleáza. Jesltiže taková restrikční místa neexistují mohou se vytvořit za použití shora popsané mutageneze zprostředkované oligonukleotidy tím, že se zavedou do vhodných lokací požadované proteinové podjednotkové DNA. Po té, co se restrikční místa zavedly do plazmidu, plazmid se v těchto místech štěpil za účelem lineralizace. Za použití standardních postupů se syntetizoval dvouřetězcový oligonukleotid kódující sekvenci DNA mezi restrikčními místy, který obsahuje požadovanou mutaci(e). Odděleně se syntetizovaly dva řetězce a pak se spolu hybridizovaly za použití standardních metod. Tento dvouřetězcový oligonukleotid se zde označuje jako kazeta.

*· ·· • · · • ··· • · · · « · · «··< ·· ·· ·· • · · · • · ·· ··· · · ·· ··

Tato kazeta je označena tak, že má 3'a 5'konce, které jsou srovnatelné s konci linearizovaného plazmidu tak, že se může do plazmidu přímo ligovat. Tento plazmid nyní obsahuje mutovanou požadovanou proteinovou podjednotkovou sekvenci DNA.

(D) Kombinatorická mutageneze

Kombinatorická mutageneze se může také použít pro přípravu mutantů (Ladner et al., WO 88/06630). Při této metodě se uspořádají aminokyselinové sekvence pro skupinu homologů nebo pro jiné příbuzné proteiny. Upřednostňuje se, aby se pdopořila nej vyšší možná homologie. Za účelem vytvořit degenerovanou sadu kombinatorních sekvencí se mohou vybrat všechny aminokyseliny, které se objeví na danné pozici uspořádané sekvence. Kombinatorní mutagenezí na úrovni nukleových kyselin se připraví zpestřená knihovna variant a je kódovaná zpstřenou genovou knihovnou. Například směs syntetických oligonukleotidů se může enzymaticky ligovat do genových sekvencí tak, že degenerovaná sada potencionálních sekvencí je exprimovatelná jako jednotlivé peptidy nebo v jiném případě jako sada větších fúzních proteinů, která obsahuje sadu degenerovaných sekvencí.

Jiné modifikace nukleových kyselin a polypeptidů bakterie H. pylori.

Za účelem zvýšení rozpustnosti, zvýšení stability (např. doba uskaldnění ex vivo a rezistence k proteolytickému štěpení in vivo) je možné modifikovat strukturu polypeptidů bakterie H. pylori. Může se produkovat modifikovaný protein nebo peptid bakterie H. pylori, kde je změněna aminokyselinová sekvence substitucí aminokyseliny, delecí nebo adicí, jak se zde popisuje.

Peptid bakteri H. pylori se může také modifikovat substitucí cysteinových zbytků. S výhodou se používají alaninové, serinové, treoninové, leucinové zbytky nebo zbytek • · kyseliny glutamové, aby se minimalizovala dimerizace prostřednictvím disulfidových vazeb. Navíc aminokyselinové postranní řetězce fragmentů proteinu podle vynálezu se mohou modifikovat. Jinou modifikací je cyklizace peptidu.

Za účelem zvýšení stability a/nebo reaktivity polypeptidu bakterie H. pylori se může provést jeho modifikace inkorporací jednoho nebo více polymorfizmů do aminokyselinové sekvence proteinu, který vzniká z libovolné přirozené alalické varianty. Navíc D-aminokyseliny, nepřirozené aminokyseliny nebo neaminokyselinové analogy se mohou substituovat nebo adovat za účelem produkce modifikovaného proteinu, což je předmětem vynálezu. Dále polypetid bakterie H. pylori se může modifikovat za použití polyetylenglykolu (PEG) podle způsobu, který popisuje A. Sehon a spolupracovníci (Wie et al., uvedeno dříve v textu) za účelem produkce proteinu konjugovaného s PEG. Navíc PEG se může přidat během chemické syntézy proteiny. Jiné modifikace proteinů bakterie H. pylori zahrnují redukci/alkylaci (Tarr, Methods of Protein Microcharacterization, J. E. Silver ed., Humana Press, Clifton NJ 155-194 (1986)); acylace (Tarr, Methods of Protein Microcharacterization, J. E. Silver ed., Humana Press, Clifton NJ 155-194 (1986)); chemické párování s vhodným nosičem (Mishell and Shiigi, eds, SELECTED Methods in Cellular Immunology, WH Freeman, San Francisco, CA (1980), U.S. Patent 4,939,239; nebo jemná aplikace formalínu (Marsh, (1971) Int. Arch. of Allergy and Appl. Immunol., 41: 199215) .

Za účelem provedení čištění a potencionální zvýšení rozpustnosti protřenu nebo peptidu bakterie H. pylori je možné přidat k peptidové kostře aminokyselinovou fúzní část. Za účelem čištění afinitní chromatografií s imobilizovaným kovovým iontem s k proteinu může přidat například hexahistidin (Hochuli, E. et al., (1988) Bio/Technology, 6:

• · • 9 · ·

1321-1325). Navíc za účelem provedení izolace peptidů, které nenesou irelevantní sekvence se mezi sekvence fúzní části a peptidů můžou začlenit specifická místa štěpení endoproteázy.

Aby došlo k vhodnému antigennímu zpracování epitopů v polypeptidu bakterie H. pylori může se mezi oblasti začlenit místa citlivá na kánonickou proteázu, každé obsahuje nejméně jeden epitop prostřednictvím metod rekombinace nebo syntézy. Například nabité páry aminokyselin, jako jsou KK nebo RR, se mohou začlenit mezi oblasti do proteinů nebo fragmentů během jejich rekombinantí konstrukce. Výsledný peptid si zůstává citlivý ke štěpení katepsinem a/nebo jinými enzymy podobnými trypsinu, které budou tvořit části proteinu, jenž obsahují jeden nebo více epitopů. Navíc takové nabité aminokyselinové zbytky mohou vést ke zvýšení rozpustnosti peptidů.

Primární metody testování polypeptidů a analogů.

Pro testování vzniklých mutantních genových produktů se používá řada metod. Způsoby skenování velkých genových knihoven často zahrnují klonování genové knihovny do replikovatelných expresivních vektorů, transformaci vhodných buněk s výslednou knihovnou vektorů a expresi genů za podmínek, ve kterých detekce požadované aktivity, např. v tomto případě vázání na polypeptid bakterie H. pylori nebo na interakční protein, umožňuje relativně jednoduše izolovat vektor kódující gen, jehož produkt se detekoval. Každá z takových níže popsaných metod slouží jako analýza velkého množství sekvencí, které vznikly například způsobem náhodné mutageneze.

(A) Dvouhybridní systémy.

Dvouhybridní testy, jako je shora popsaný systém (stejně jako jiné zde popsané testovací metody) se mohou použít při identifikaci polypeptidů, např. fragmentů nebo analogů přirozeně se vyskytujícího polypeptidu bakterie H. pylori, • · ·· ·· ·· např. buněčné proteiny nebo náhodně generované proteiny, které se váží na protein bakterie H. pylori. (Doména bakterie H. pylori se používá jako proteinová návnada a knihovna variant se exprimuje jako rybí fúzní proteiny.) Analogickýn způsobem se dvouhybridní test (s jinými zde popsanými testovacími metodami) může použít pro nalezení polypeptidů, které vážou polypeptid bakterie H. pylori.

(B) Zobrazení knihoven.

V jednom z přístupů ke skreeningovým testům se kandidát peptidů objeví na povrchu buňky nebo virové partikule a měří se schopnost určitých buněk nebo virových partikulí vázat se na vhodný receptorový protein prostřednictvím povrchového produktu. Tento test se nazývá panoramatická test. Genová knihovna se například klonuje do genu povrchového membránového proteinu bakteriální buňky a vzniká fúzní protein detekovaný panoramatickým testem (Ladner et al., WO 88/06630; Fuchs et al., (1991) Bio/Technology 9: 1370-1371; a Goward et al., (1992) TIBS 18:136-140. Podobným způsobem se může použít detekovatelně značený ligand za účelem zjistit potencionálně funkční peptidové homology. Fluorescenčně značené ligandy, např. receptory, se mohou používat k detekci homologu, který si zachovává aktivitu vázání na ligand. Použití fluorescentně značených ligandů umožňuje vizualizaci buněk, kterou je možné prohlédnout a oddělitza použití fluorescenčního mikroskopu nebo v případě, že to umožňuje morfologie buňky, mohou se separovat na fluorescenčně aktivovaném buněčném třídiči.

Genová knihovna se může exprimovat jako fúzní protein na povrchu virové částice. Například ve vláknitém fágovém systému se mohou na povrchu infikovaného fága exprimovat cizorodé peptidové sekvence, což tvoří dvě podstatné výhody. Za prvé; vzhledem k tomu, že se tyto fági mohou aplikovat na afinitní matrice při koncentraci přes 10¹³ fágů na mililitr, • · může se testovat velké množství fága v jeden okamžik. Za druhé; vzhledem k tomu, že každý infekční fág vyjevuje genový produkt na svém povrchu, pak v případě, že určitý fág je získán z afinitní matrice v nízkém výtěžku, fág se může amplifikovat dalším cyklem infekce. Skupina skoro identických vláknitých fágů bakterie E. coli M13, fd., a fl se nejčastěji používají při zobrazení fágových knihoven. Buď fágový obalový protein glll nebo gVIIIse může použít pro přípravu fúzních proteinů bez poškození balení virových partikulí. Cizorodé epitopy se mohou exprimovat na N-konci proteinu plil a fág nesoucí takové epitopy se může získat z velkého množství fágů, kterým tento epitop chybí (Lander et al. PCT přihláška WO 90/02909; Garrard et al., PCT přihláška WO 92/09690; Marks et al. (1992) J. Biol. Chem. 267: 16007-16010; Griffiths et al., (1993) EMBO J 12: 725-734; Clackson et al., (1991) Nátuře 352: 624-628; a Barbas et al. (1992) PNAS 89: 44574461) .

Maltózový receptor bakterie E. coli (protein vnější membrány, LamB) se používá jako fúzní partner (Cherbit et al., (1986) EMBO 5, 3029-3037). Oligonukleotidy se začlenily do plamidů, které kódují gen LamB, aby vznikly peptidy fúzované s jednou z extracelulárních smyček proteinu. Tyto peptidy jsou schopné vázat se na ligandy, např. na protilátky, a mohou vyvolat v případě, že je buňka podána zvířatům, vyvolat imunitní odezvu. Jiné buněčné povrchové proteiny, např. OmpA (Schorr et al., (1991) Vaccines 91, pp. 387-392), PhoE (Agterberg et al., (1990) Gene 88, 37-45) a

PAL (Fuchs et al., (1991) Bio/Tech 9, 1369-1372), stejně jako velké povrchové bakteriální struktury slouží jako nástroje exprese peptidu. Peptidy se mohou fúzovat s pilinem, což je protein, který polymerizuje za vzniku potrubí pilusu, které je vhodné pro interbakteriální změnu genetické informace (Thiry et al. (1989) Appl. Environ, Microbiol. 5, 984-993).

• · • · · · ·

Vzhledem ke své úloze v interakci s jinými buňkami pilus poskytuje použitelnou podporu pro prezentaci peptidů vzhledem k okolnímu prostředí. Jinou velkou povrchovou strukturou, která je vhodná pro znázornění peptidu je bakteriální motorický orgán, kterým je flagellum. Fúze peptidů s podjednotkou proteinu flagellinu nabízí hustou řadu kopií peptidů na hostitelských buňkách (Kuwajima et al., (1988) Bio/Tech. 6, 1080-1083). Povrchové proteiny jiných bakteriálních specií také mohou sloužit jako fúzní partnery peptidů. Takovými příklady proteinů jsou protein A bakterie Staphylococcus a proteáza vnější membrány IgA bakterie Neisseria (Hansson et al., (1992) J. Bacteriol. 174, 42394245 a Klasser et al., (1190) EMBO J. 9, 1991- 1999).

V systémech vláknitých fágů a v systému LamB, které se popisují shora v textu, dochází k fyzickému spojení peptidu a jeho kódující DNA na základě snečištění DNA partikulemi (buňky nebo fág), které ensou na vsém povrchu peptid. Zachycující se peptid zachycuje sebou částici nebo DNA. Alternativní schéma používá protein Láci vázající DNA za vzniku vazby mezi peptidem a DNA (Culí et al., (1992) PNAS USA 89: 1865-1869). Tento systém používá plazmid obsahující gen Láci, který nese na svém 3'-konci místo pro kůňování oligonukleotidu. Při indukci kontrolované arabinózou vzniká fúzní protein s peptidem Láci. Tato fúze se uchovává přirozenou schopnost Láci vázat se na krátkou sekvenci DNA, která je známá jako operátor LacO (LacO). Pomocí instalace dvou kopií LacO na expresním plazmidu se Lacl-peptidová fúze pevně váže na plazmid, který ho kóduje. Protože plazmidy v každé buňce obsahují pouze jedinou oligonukleotidovou sekvenci a každá buňka exprimuje pouze jedinou peptidovou sekvenci, peptid se stává specificky a stabilně spojen se sekvencí DNA, která řídí jeho syntézu. Buňky knihovny se slabě lyžují a komplexy peptid-DNA se vystaví vlivu matrice « · • · imobilizovaných receptorů, přičemž se získají komplexy, které obsahují aktivní peptidy. Asociovaná plazmidová DNA se pak znovu zavede do buněk, amplifikuje se a sekvenuje se za účelem stanovení shodnosti peptidových ligandů. Za účelem ukázat praktickou využitelnost metody se připravila velká náhodná knihovna dodekapeptidů a vybrala se na základě monoklonálních protilátek, které vznikly proti opioidovému peptidu dynorfinu B. Získala se skupina peptidů. Všechny peptidy jsou příbuzné uzanční sekvenci odpovídající části dynorfinu B, která obsahuje šest zbytků (Culí et al., (1992) Proč. Nati. Acad. Sci U.S.A 89-1869).

Toto schéma také někdy ukazuje, že peptidy nesené na plazmidech se liší od metod exprese pomocí fágů ve dvouch důležitých rysech. Za prvé; peptidy jsou zachycené na C-konci fúzního proteinu, což vede k expresi členů knihovny jako peptidů s volným karboxylovým koncem. Oba obalové proteiny vláknitých fágů plil a pVIII jsou ukotveny ve fágu prostřednictvím jejich C-konce a hostitelské cizorodé peptidy jsou umístěny do ven vyčnívající oblasti N-konce. V některém uspořádání na fágu vyjevené peptidy jsou přítomny právě na Nkonci fúzního proteinu (Cwirla, et al., (1990) Proč. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 87, 6378-6382). Druhým rozdílem je řada biologických dispozic, které ovlivňují populaci peptidů aktuálně přítomných v knihovnách. Fúzní molekuly Láci zůstávají v cytoplazmě hostitelských buněk. Fágové obalové fúze jsou krátce během translace vystaveny cytoplazmě, ale pak jsou rychle vylučovány skrz vnitřní membránu periplazmatické oblasti, přičemž zůstávají zakotveny v membráně svými hydrofóbními oblastmi C-konce. Peptidy svými N-konci vyčnívají do periplazmy, zatímco čekají, aby byly zahrnuty do fágových partikulí. Peptidy v Láci a fágových knihovnách se mohu podtatně lišit na základě působení různých proteolytických aktivit. Aby mohlo dojít k začlenění do fágu • · • · • · · ··· · · · ···· ·· ··· ·· ·· ·· fágové obalové proteiny vyžadují transport skrz vnitřní membránu a zpacování signální peptidázou. Jisté peptidy se uplatňují při delečním působení na tyto postupy a jsou přítomny v knihovnách (Gallop et al., (1994) J. Med. Chem. 37 (9): 1233-1251). Tyto určité dispozice neovlivňují systém vyjevení Láci.

Počet malých peptidů, které jsou dostupné v rekombinantích náhodných knihovnách je enormní. Rutině se připravují knihovny, které obsahují 10⁷ až 10⁹ nezávislých klonů. Připravily se knihovny tak velké, že obsahují 10¹¹ rekombinantů, ale tato velikost je prakticky limitující pro knihovnu klonů. Toto omezení velikosti knihovny se objevuje při kroku transformace DNA, která obsahuje náhodné segmenty, do bakteriálních buněk hostitele. Za účelem zrušit toto omezení se vyvynul in vitro systém založený na vyjevení nascentních peptidů v polyzómových komplexech. Tento způsob vyjádření knihovny má potenciál produkovat knihovny o 3 až 6 řádů větší než jsou současně dostupné fágové/fágemidové knihovny. Dále konstrukce knihoven, exprese peptidů a testování se provádí v zcela bezbuněčném formátu.

Při jedné aplikaci této metody (Gallop et al. (1994) J.

Med. Chem. 37 (9): 1233-1251) se konstruovala knihovna molekulové DNA kódující 10¹² decapeptidy. Uvedená knihovna se exprimovala v in vitro systému bakterie E. coli S30, který spojuje transkripci a translaci. Podmínky se zvolily tak, aby se pozdržely ribozymi na mRNA, což způsobuje, že se akumuluje podstatná část RNA v polyzómech a vznikají komplexy, které obsahují nascentní peptidy, které jsou stále spojeny s jejich kódující RNA. Polyzómy jsou dostatečně mohutné, aby se mohly čisti na základě afinity na imobilizovaných receptorech velmi stejným způsobem jako se testují běžnější rekombinantí knihovny sloužící k vyjevení peptidů. RNA se získá z vazebných komplexů přeměnou na cDNA a amplifikuje se PCR, přičemž vzniká templát pro další syntézu a testování. Polyzómová vyjevovací metoda se může spojit s fágovým systémem. Pak následuje několik kol testování, cDNA z polyzómů se klonovala do fágemidového vektoru. Tento vektor slouží jako peptidový expresivní vektor, přičemžvyjadřuje peptidy fúzované s obalovými proteiny a dále slouží jako DNA sekvenačni vektor v případě identifikace peptidů. Při exzpresi peptidů získaných z polyzómů ve fágách se může buď pokračovat v afinitní slekci nebo se u peptidů testuje vazebná aktivita pomocí ELISA testu fágů nebo na jednotlivých klonech nebo se testuje vazebná specificta v testu kompletační fágové ELISv (Barret, et al., (1992) anal. Biochem 204, 357-364). Při identifikaci sekvencí aktivních peptidů se produkovala fagemiaovým hostitelem jedna sekvence DNA.

Sekundární tetsování polypeptidů a analogů.

Shora popisovaný test z vysokou propustností může být následován sekundárním skreeningem za účelem identifikace dalších biologických aktivit, které například umožní odborníkovi odlišit agonistu od antagonisty. Typ sekundárního testování závisí na požadované aktivitě, kterou je nutné testovat. Například se může vyvinout test, ve kterém se může použít schopnost inhibovat interakci mezi proteinem a jeho ligandem pro identifikaci antagonisty ze skupiny peptidových fragmentů izolovaných pomocí primárního testování, jak se popisuje shora v textu.

Způsoby tvoření fragmentů a analogů a testování jejich aktivity jsou dobře známy v oboru. Po té co je znám základ sekvence je pouze rutinou získání analogů a fragmentů.

Peptidové napodobeniny polypeptidů bakterie H. pylori.

Vynález také umožňuje redukci domén polypeptidů bakterie H. pylori, které váží protein, za účelem vzniku napodobenin, např. peptidových nebo nepeptidových činidel. Peptidové napodobeniny jsou schopné porušit navázání polypeptidů na jejich ligand, např. v případě polypeptidů bakterie H. pylori, který se váže na přirozeně se vyskytující ligand. Mohou se určit kritické zbytky polypeptidů bakterie H. pylori, které se podílejí na molekulovém rozpoznání polypeptidů a používají se při tvoření peptidonapodobenin odvozených od bakterie H. pylori, které zvratné nebo nezvratně inhibují vazbu peptidu bakterie H. pylori s interakčním polypeptidem (přihláška evropského patentu EP412,762A a Ep-B31,080A).

Skenování mutageneze se může použít pro mapování aminokyselinových zbytků určitého polypeptidů bakterie H. pylori, které se podílí na navázání na interakční polypeptid, mohou se vytvořit peptidomimetické látky (např. diazepin nebo izocholinové deriváty), které napodobují vázání těchto zbytků na interakční polypeptid a tím interferují s funkcí polypeptidů bakterie H. pylori. Například nehydrolyzovatelné peptidové analogy takových zbytků mohou vznikat za použití benzodiazepinu (např. Freindinger et al., in Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), azepin (např. Huffman et al., in Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), substituovaný gamalaktámový kruh (Garvey et al in Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), ketonmetylenové pseudopeptidy (Ewenson et al. (1986) J. Med. Chem. 29: 295; a Ewenson et al., in Peptides: Structure and Function (Proceedings of the 9^th American Peptide Symposium) Pierce Chemical Co. Rockland, IL, 1985), beta-smyčka dipeptidových jader (Nagai et al. (1985) • ·

Tetrahedron Lett 26: 647; a Sáto et al., (1986) J. Chem. Soc. Perkin. Trans. 1: 1231) a betaaminoalkoholy (Gordon et al., (1985) Biochem. Biophys. Res. Commun. 126: 419; a Dann et al., (1986) Biochem. Biophys. Res. Commun. 134: 71).

VI. Formulace vakciny pro nukleové kyseliny a polypeptidů bakterie H. pylori.

Tento vynález také popisuje vakcínové kompozice, které slouží k ochraně proti infekci bakterií H. pylori nebo při léčbě infekce bakterií H. pylori, což je gram-negativní spirálová mikroaerofilní bakterie. V jednom provedení vakcínové kompozice obsahují jeden nebo více imunogenních komponentů, jako je povrchový protein z bakterie H. pylori nebo jeho část a farmaceuticky přijatelný nosič. Příklady nukleových kyselin podle vynálezu jsou ty uvedené v sekvenčním protokolu, které kódují povrchové proteiny bakterie H. pylori. Libovolná nukleová kyselina kódující imunogenní protein bakterie H. pylori nebo jeho část, který je exprimovatelný v buňce, se může použít podle vynálezu. Vakciny mají terapeutické a profylaktické využití.

Vynález popisuje kompozici sloužící k ochraně proti infekci bakterií H. pylori, která obsahuje nejméně jeden imunogenní fragment proteinu bakterie H. pylori a farmaceuticky přijatelný nosič. Preferované fragmenty zahrnují peptidy, které obsahují nejméně 10 aminokyselinových zbytků, upřednostňuje se přibližně 10 až 20 aminokyselinových zbytků a s výhodou se používá přibližně 12 až 16 aminokyselinových zbytků.

Imunogenní komponenty podle vynálezu se mohou získat například testováním polypeptidů, které se rekombinantě produkují z odpovídajícího fragmentu nukleové kyseliny, která kóduje protein bakterie H. pylori v plné délce. Navíc fragmenty se mohou chemicky syntetizovat za použití metod » ·· ·· ·· • · · · · ·· · • · · · · · · ·· ·· ···· · • · · · · · ··· ·· ·· · · dobře známých v oboru, jako Merrifieldova chemie na pevné fázi F-Moc nebo t-Boc.

V jednom provedení vynálezu se identifikují imunogenní komponenty schopností peptidu stimulovat T buňky. Peptidy, které stimulují T buňky, což se například určí proliferací T buněk nebo sekrecí cytokinu, jak se zde popisuje, obsahují nejméně jeden epitop T buňky. Věří se, že epitopy T buněk se podílí na iniciaci a perpetuaci imunitní odezvy na proteinový alergen, který je odpovědný za klinické symptomy alergie. Uvádí se, že tyto epitopy T buněk spouští časné kroky na úrovni T helprů při navázání na vhodnou HLA molekulu na povrchu antigenů přítomného v buňce, přičemž stimuluje subpopulaci T buněk s relevantním receptorem pro epitop. Tyto skutečnosti vedou k proliferací T buněk, k sekreci lymfokinu, k lokálním zánětlivým reakcím, doplnění dalších imunitních buněk na místo interakce antigen/T buňka a k aktivaci kaskády B buněk vedoucí k produkci protilátek. Epitop T buňky je základní element nebo nejmenší jednotka rozeznávaná receptorem T buňky, kde epitop obsahuje aminokyseliny podstatné pro rozpoznání receptoru (např. přibližně 6 nebo 7 aminokyselinových zbytků) Aminokyselinové sekvence, které napodobují sekvence epitopů T buňky jsou obsahem vynálezu.

V jiném provedení vynálezu imunogenní komponenty podle vynálezu se identifikovaly pomocí genové vakcinace. Základní protokol je založen na idee, že expresivní knihovny obsahují celý nebo části genomu patogenu, např. genom bakterie H. pylori, může poskytnout ochranu, když se používá pro genetickou imunizaci hostitele. Tato imunizace expresivní knihovnou (ELI) je analogem pro expresivní klonování a zahrnuje redukci genomové expresivní knihovny patogenu, např. bakterie H. pylori, do plazmidů, které může působit jako genová vakcína. Plazmidy se také mohou navrhnout, aby kódovaly genetické adjuvans, které může dramaticky stimulovat • · · • « • « • · ··· · • · ·· 1 sekvenováním se může Uskutečnitelnost tohoto humorální odezvu. Tyto genetické adjuvans se mohou začlenit do vzdálených míst a působí stejně dobře uvnitř i vně buňky.

To je nový přístup k produkci vakcíny, která má mnoho výhod živých/atenuovaných patogenů, ale neriskuje se infekce. Expresivní knihovna patogenové DNA se používá pro imunizaci hostitele, přičemž se projevují účinky antigenů živé vakcíny bez jakéhokoli nebezpečí. Náhodné fragmenty z genomu bakterie H. pylori nebo z kosmidu nebo z plazmidových klonů stejně jako produkty PCR z genů identifikovaných genomovým použít k imunizaci hostitele, přístupu se ukázala za použití

Mycoplasma pulmonis (Barry et al., Nátuře 377: 632-635,

1995), kde dokonce částečná expresivní knihovna Mycoplasma pulmonis, což je přirozený patogen u hlodavců, pokytuje ochranu proti napadení patogenem.

ELI je metoda, která umožňuje produkci neinfekční multiparitní vakcíny, dokonce když se pouze málo ví o biologii patogenů, protože ELI používá imunitní systém k testování kandidátů genů. Po té, co se tyto geny izolovaly, mohou se použít jako genetické vakcíny nebo pro vývoj rekombinantních proteinových vakcín. Tak ELI umožňuje produkci vakcín systematickým, vysoce mechanizovaným způsobem.

Testování imunogenních komponentů se může uskutečnit za použití jedné nebo více z několika různých způsobů. In vitro stimulační aktivita T buněk peptidu se testuje kontaktem peptidu, který je znám nebo, o kterém se předpokládá, že je imunogenní s antigenem přítomných buněk, kterým jsou vhodné MHC molekuly v kultuře T buněk. Přítomnost imunogenního peptidu bakterie H. pylori ve spojení s vhodnými molekulami MHC s T buňkami spolu s nezbytnou kostimulací umožňuje transmisr signálu k T buňce, což indukuje produkci zvýšeného množství cytokinů, zvláště interleukinu-2 a interleukinu-4.

• · · · roztok, fyziologický dextrózou, glycerolem,

Přítomnost intereleukinu-2 nebo jiných známých cytokinů se testovat v zísakném supernatantu kultury. V případě interleukinu-2 se může použít libovolný test z několika běžně dostupných, jako je např. test popsaný v Proč. Nati. Acad. Sci USA, 86: 1333 (1989) . Může se také použít test pro produkci ínterferonu, který je dostupný u firmy Genzyme Corporation (Cambridge, MA).

V jiném případě běžný test pro proliferaci T buněk měří inkorporací tritiovaného tymidinu. Proliferace T buněk se měří in vitro stanovením množství tymidinu značeného ³H inkorporovaného do replikující se DNA kultivovaných buněk. Proto se může kvantifikovat rychlost syntézy DNA a naopak rychlost dělení buněk.

Vakcinační kompozice podle vynálezu obsahující imunogenní komponenty (např. polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment nebo nukleová kyselina kódující polypeptid H. pylori nebo jeho fragment) s výhodou zahrnují farmaceuticky přijatelný nosič. Termín farmaceuticky přijatelný nosič znamená nosič, který nepůsobí alergickou reakci nebo nemá na pacienty jiný nežádoucí účinek, na které se aplikuje. Vhodné farmaceuticky přijatelné nosiče zahrnují např. jednu nebo více látek ze skupiny, která zahrnuje vodu, fyziologický roztok pufrovaný fosforečnanem, etanolem a podobně, stejně jako kombinace těchto látek. Farmaceuticky přijatelné nosiče mohou dále obsahovat minoritní množství auxiliárních látek , jako jsou zvlhčovači a emulgační činidla, konzervační činidla nebo pufry, které prodlužují možnou dobu skladování nebo účinnost protilátek. U vakcín podle vynálezu, které obsahují polypeptidy bakterie H. pylori je tento polypeptid aplikován spolu s vhodným adjuvans.

Je zřejmé, že terapeuticky účinné množství DNA nebo proteinu podle vynálezu závisí na rozvrhu podávání, jdnotkové ··· • ·· ·· ·· ·· · · · · · · • · · · · ·· • · ·· ·· · · · ··· ··· ··· ··»· ·· ··· ·· ·· ·· dávce aplikovaných protilátek, zda protin nebo DNA se aplikuje v kombinaci s jinými terapeutickými činidly, imunitní status a zdravotní stav pacienta a terapeutická aktivita určitého proteinu nebo DNA.

Vakcinační kompozice se běžně podávají parenterálně, např. injekcí buď podkožně nebo do svalu. Metody intramuskulární imunizace popisuje Wolff et al., (1990) Science 247: 14651468 a Sedegah et al. (1994) Immunology 91: 9866-9870. Jiné módy aplikace zahrnují orální a pulmorální formulace, čípky a transdemickou aplikaci. Při indukci ochrany proti infekci bakteriemi H. pylori se preferuje orální imunizace před parentálními metodami (Czinn et al., (1993) Vaccine 11: 637642). Orální formulace zahrnují normálně používané ekcipienty, jako jsou např. manitol v čistotě, který vyhovuje farmaceutickému použití, laktóza, škrob, sterát hořčíku, sacharin sodíku, celulózu, uhličiten hořečnatý a podobně.

Vakcinační kompozice podle vynálezu může zahrnovat adjuvans, které obsahuje, ale není omezenona hydroxid hlinitý; N-acetyl-muramyl-L-treonyl-D-izoglutamin (thr-MDP); N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-izoglutamin (GGP 11637, norMDP); N-acetylmuramyl-L-alanyl-D-izoglutaminyl-L-alanin-2(1'-2'-dipalmitoyl-sn-glycero-3-hydroxyfosforyloxy)-etylamin (GGP 19835A, MTP-PE); RIBI, které obsahuje tři komponenty z bakterií; monofosforyllipid A; trehalosedimycoloát; skeleton buněčné stěny (MPL+TDM+CWS) v 2% emulzi squalen/Tween 80; a toxin cholery. Dalšími látkami, které se mohou používat jsou netoxické deriváty toxinu cholery zahrnující podjednotku B a/nebo konjugáty nebo geneticky manipulované fúze polypeptidu bakterie H. pylori s toxinem cholery nebo jeho podjednotkou B, procholeragenoid, polysacharidy hub, které zahrnují schizofylan, muramyldipeptid, deriváty muramyldipeptidu, forbolestery, labilní toxin bakterie E. coli, bakteriální • · ·· · • ·

lyzáty, které neobsahují bakterii H. pylori, blokové polyméry nebo saponiny.

Jiné vhodné metody zavádění zahrnují biodegradibilní mikrokapsule nebo imunostimulující komplexy (ISCOM) nebo lipozomy, geneticky manipulované atenuované živé vektory nebo bakterie a rekombinantí (chimérické) partikule podobné virovým partikulím. Množství použitého adjuvans závisí na typu použitého adjuvans. Je-li např. mukozální adjuvans cholera, je vhodné ho používat v množství 5 μg až 50 μρ, např. v rozmezí 10 μg až 35 μς. Jestliže se používá ve formě mikrokapsulí, použité množství závisí na množství obsažené v mikrokapsuli, aby se dosáhlo požadované dávky. Stanovení tohoto množství je pro odborníka rutinou.

Nosičové systémy vhodné pro použití u lidí mohou zahrnovat kapsule, z kterých se aktivní látka uvolňuje až ve střevech, jenž tak chrání antigen před kyselím prostředím v žaludku a a které zahrnují polypeptid bakterie H. pylori v nerozpustné formě jako fúzní proteiny. Vhodné nosiče pro vakcíny podle vynálezu jsou střevní obalené kapsule a polylaktidglykolidové mikrosféry. Vhodnými rozpouštědly jsou 0,2 N NaHCO₃ a/nebo fyziologický roztok.

Vakcíny podle vynálezu se mohou aplikovat dospělým a dětem jako primární profylaktické činidlo, jako sekundární prevence po té, co se u infikovaného jedince úspěšně vyhubila bakterie H. pylori. Může se použít jako terapeutické činidlo, které má za úkol indukovat imunitní odezvu u náchylného hostitele, aby se předešlo infekci bakterií H. pylori. Vakcíny podle vynálezu se aplikují v množství, které určí odborník. U dospělých je vhodná dávka v rozmezí 10 μρ až 10 g, upřednostňuje se 10 μρ až 100 mg, například 50 pg až 50 mg. Vhodná dávka pro dospělé se také může pohybovat v rozmezí 5 μρ až 500 mg. Podobné rozmezí dávky se může také aplikovat na dětech. Odborník rozezná, že optimální dávka může být více či méně závislá na tělesné váze pacienta, onemocnění, způsobu aplikace a jiných faktorech. Odborníci také vědí, že vhodná dávka se může získat na základě výsledků dosažených s orálními vakcínami, např. vakcína, jejíž základ tvoří lyzát bakterie E. coli (6 mg denně, celkové množství 540 mg) a enterotoxigenní čištěný antigen bakterie E. coli (4 dávky po 1 mg) (Schulman et al., J. Urol. 150: 917-921 (1993); Boedecker et al., American Gastroenterological Assoc. 999: A222 (1993)). Počet dávek závisí na onemocnění, formulaci a účinnosti vyplývající z klinických testů. Během léčby se může při primárním imunizačním rozvrhu trvajícím jeden měsíc podat 3 až 8 dávek (Boedeker, American Gastroenterological Assoc. 888: A-222 (1993)).

Je zřejmé, že některé vakcinační kompozice podle vynálezu jsou použitelné pouze při prevenci infekce bakterie H. pylori a některé jsou použitelné při léčbě infekce bakteriemi H. pylori a některé jsou použitelné jak pro prevenci tak pro léčbu infekce bakterií H. pylori. V preferovaném provedení vynálezu vakcinační kompozice poskytuje ochranu proti infekci bakterií H. pylori tím, že stimuluje humorální a/nebo buňkou zprostředkovanou imunitu proti bakterii H. pylori. Rozumí se, zlepšení libovolného symptomu, které provázají infekci bakterií H. pylori je požadovaný cíl, který zahrnuje stanovení dávky medikamentu užívaného při léčbě onemocnění způsobeném bakterií H. pylori.

VII. Protilátky, které reagují s polypeptidy bakterie H. pylori.

Vynález také popisuje protilátky, které specificky reagují s polypeptidem bakterie H. pylori. Antiproteinová/antipeptidová antiséra nebo monoklonální protilátky se mohou připravit podle standardních protokolů • · (např. Antibodies: A Laboratory Manual ed. Harlow and Lané (Cold Spring Harbor Press: 1988)). Savci, jako je křeček nebo králík, se mohou imunizovat imunogenní formou peptidu. Metody, které propůjčují imunogenicitu protinu nebo peptidu zahrnují konjugaci nosičů nebo jiné metody, které jsou dobře známy v oboru. Imunogenní část polypeptidů bakterie H. pylori se může aplikovat v přítomnosti adjuvans. Progres imunizace se může monitorovat detekcí titru protilátek v plazmě nebo v séru. Standardní ELISA nebo jiné imunotesty se mohou použít spolu s imunogenem, který slouží jako antigen, aby se odhadla hladina protilátek.

V preferovaném provedení vymálezu jsou protilátky imunospecifické pro antigenní determinanty polypeptidů bakterie H. pylori podle vynálezu, např. antigenní determinanty polypeptidů uvedené v sekvenčním protokolu nebo příbuzný lidský nebo nelidský savčí homolg (např. 90% homologní, více se prferuje nejméně 95% homologie). V dalším preferovaném provedení vynálezu protilátky proti bakterii H. pylori nedávají podstatnou křížovou reakci (to znamená, že reagují specificky) s proteinem, který je například méně než z 80 % homologní se sekvencí, která je uvedena v sekvenčním protokole. Termín nedávají podstatnou křížovou reakci znamená, že protilátky mají vazebnou afinitu pro nehomologní protein, která tvoří méně než 10%, preferuje méně než 5 %, více se preferuje méně než 1 % vazebné afinity proteinu obsaženého v sekvenčním protokole. V nejvíce preferovaném provedení vynálezu neexistuje křížová reaktivita mezi bakteriálními a savčími antigeny.

Termín protilátka zde zahrnuje její fragmenty, které také specificky reagují s polypeptidy bakterie H. pylori. Protilátky se mohou rozdělit na fragmentyza použití běžných metod a u nich se pak může testovat jejich použitelnost stejným způsobem, jak se popisuje shora v textu pro celé ·· «I • ·· • · · • · ·· ·· ·· ·· • · · · · · • · · · · · • · » «··· · • · · · · • «· ·· >· protilátky. Fragmenty F(ab')₂ se mohou tvořit tak, že se na protilátku aplikuje pepsin. Výsledný fragment F(ab')₂ se může ošetřit tak, že se redukují disulfidové můstky a vznikají fargmenty Fab'. Protilátka proti vynálezu dále zahrnuje bispecifické a chimérické molekuly, které mají anti-H. pylori část.

Monoklonální a polyklonální protilátky (Ab) určené proti polypeptidům bakterie H. pylori nebo variantám polypeptidů bakterie H. pylori a fragmenty protilátek, jako je Fab'a F(ab')_2ř se mohou použít k zablokování působení polypeptidů bakterie H. pylori a umožňují studium úlohy určitého polypeptidů bakterie H. pylori podle vynálezu v odchylných nebo nežádoucích intracelulárních signalizacích, stejně jako normálních buněčných funkcích bakterie H. pylori. Protilátky proti polypeptidů bakterie H. pylori podle vynálezu se aplikují mikroinjekcí.

Protilátky, které se specificky vážou na epitopy bakterie H. pylori se mohou také použít při imunochemickém barvení vzorků za účelem hodnocení množství a paternu exprese antigenů bakterie H. pylori. Protilátky proti polypeptidů bakterie H. pylori se mohou použít pro diagnostiku při imunoprecopitaci a imunoblotování, za účelem detekce a hodnocení množství bakterie H. pylori v tkáních nebo v tělních tekutinách, jako část postupu klinického testu. Schopnost monitorovat u jedinců množství polypeptidů bakterie H. pylori může umožnit stanovení účinnosti daného režimu léčby u jedinců postižených uvedeným onemocněním. Množství polypeptidů bakterie H. pylori se může měřit v buňkách, které se nacházejí v tělních tekutinách, jako jsou například vzorky moče, nebo se mohou měřit v tkáních, která se získá biopsií žaludku. Diagnostické testy za použití protilátek proti bakterii H. pylori mohou například zahrnovat imunotesty vedoucí k diagnostice infekcí bakterie H. pylori. Vynález se ·· ·· • · · • ··♦ • · · · • · · ···· ·* • ·· ·· ·· ·· · · · · · · • · · · · ·· • · · · ··· · · • · · · ♦ · «*· «· *· ·· také může použít jako metoda detekce protilátek obsažených ve vzorcích jednotlivců infikovaných touto bakterií za použití specifických antigenů bakterie H. pylori.

Jiné použití protilátek proti polypeptidů bakterie H. pylori je při imunologickém testování knihoven cDNA v expresivních vektorech, jako jsou Xgtll, Xgtl8-23, λΖΑΡ a ÁORF8. Mediátorové knihovny tohoto typu mají kódující sekvence začleněné ve správném čtecím rámci a jsou orientovány tak, aby se mohly produkovat fúzní proteiny. Např. Ágtll produkuje fúzní proteiny, jejichž N-konec obsahuje β-galaktozidázové aminokyselinové sekvence a jejich C-konec obsahuje cizorodý polypeptid. Antigenní epitopy polypeptidů bakterie H. pylori se pak mohou detekovat protilátkami. Takovou metodou je reakce protilátek proti polypeptidů bakterie H. pylori s antigeny na nitrocelulózových filtrech liftovaných z infikovaných ploten. Fág dokázaný tímto testem se pak může izolovat z infikovaných ploten. Přítomnost genových homologů bakterie H. pylori se může detekovat a klonovat z jiných specií a mohou se také detekovat a klonovat změněné izoformy (mezi něž patří také sestřižené varianty).

VIII. Sady obsahující nukleové kyseliny, polypeptidy nebo protilátky podle vynálezu.

Nukleová kyselina, polypeptidy a protilátky podle vynálezu se mohou kombinovat s jinými činidly a vznikají kity. Kyty pro diagnostické účely obvykle obsahují ve zkumavkách nukleovou kyselinu, polypeptidy nebo protilátky nebo jiné vhodné látky. Kyty obvykle obsahují další činidla, která jsou vhodná pro hybridizační reakce, polymerázové řetězcové reakce (PCR) nebo pro rekonstituci lyofilizovaných komponentů, jako jsou vodná média, sole a podobně. Sady mohou • · • · • · také obsahovat činidla pro zpracování vzorků, jako jsou detergenty, chaotropní sole a podobně. Kyty dále mohou zahrnovat předměty vhodné pro imobilizaci, jako jsou partikule, podpory, buňky, tyčinky a podobně. Dále mohouz ahrnovat věci na značení, jako jsou barviva, vyvijecí činidla, radioizotopy, fluorescenční činidla, luminiscenční nebo chemoluminiscenční činidla, enzymy a podobně. Na základě zde uvedených informací o aminokyselinových sekvencích a sekvencí nukleových kyselin se může snadno sestavit kit, který slouží pro určitý účel. Kyty dále mohou zahrnovat instrukce pro použití.

IX. Testování léčeiv za použití polypeptidů bakterie H. pylori.

Aby se byly dostupné izolované a rekombinantí polypeptidy bakterie H. pylori, vynález popisuje test, který se může použít při testování léčiv, které jsou buď agonisty nebo antagonisty normální buněčné funkce, v tomto případě se jedná o polypeptidy bakterie H. pylori nebo jejich úlohu ve vnitrobuněnčé signalizaci. Takové inhibitory nebo potenciátory se mohou použít jako nová terapeutická činidla pro boj s infekcí bakterií H. pylori u lidí. Řada testů je dostačujících a odborník je bude využívat v souladu s vynálezem.

Pro testovací programy léčiv, které testují knihovný látek a přirozených extraktů, se používají testy s vysokou průchodností, aby se maximalizoval počet látek testovaných v danném časovém úseku. Často se jako primární testy preferují ty, které probíhají v systémech bez účasti buněk, které např. probíhají s čištěnými nebo semi-čištěnými proteiny. Tyto testy se připravují, aby umožnily rychlý vývoj a relativně snadnou detekci změn v molekulových cílech, které jsou zprostředkované testovanou látkou. Účinky buněčné toxicity • · nebo jeho pylori má a/nebo biodostupnost testovací látky se může v in vitro systémech obecně ignorovat. Test místo aby se primárně zaměřil na účinek léku na molekulový cíl, může ukázat změnu ve vazebné afinitě vzhledem k jiným proteinům nebo změnu enzymatických vlastností molekulového cíle. Podle příkladného testu podle vynálezu se látka dostává do kontaktu s izolovaným a čištěným polypeptidem bakterie H. pylori.

Skreeningové testy se mohou konstruovat in vitro s čištěným polypeptidem bakterie H. pylori fragmentem. Takový polypeptid bakterie H.

enzymatickou aktivitu, která produkuje detekovatelný reakční produkt. Účinnost látky se může odhadnout vytvořením křivky závislosti odezvy na dávce z dat, které se získaly za použití různých koncentrací testované látky. Může také proběhnout kontrolní test, aby se získaly základní srovnávací hodnoty. Vhodné produkty zahrnují ty, které vykazují odlišné absorpční, fluorescenční nebo chemo-luminiscenční vlastnosti, například proto, že detekce může být snadno automatizovaná. Za účelem identifikovat ty činidla, která inhibují a zesilují aktivitu polypeptidu bakterie H. pylori se může testovat řada syntetických a přirozeně se vyskytujících látek. Některé z těchto aktivních látek mohou přímo nebo chemickými změnami vyvolat permeabilitu membrány nebo rozpustnost, také inhibují nebo zesilují stejnou aktivitu (např. enzymatickou aktivitu) v celých živých buňkách bakterie H. pylori.

Jiná provedení vynálezu.

Řada nukleových kyselin a korespondujícícj polypeptidů podle vynálezu bylo dříve uvedeno v přihláškách U.S.S.N. 08/761,318, podáno 6. 12.1996 (GTN-009CP2), U.S.S.N.

08/736,905 podáno 25. 10. 1996 (GTN-010CP) a U.S.S.N. 08/738, 859, podáno 28. 10. 1996 (GTN-009CP) , které tvoří • · • · • · pokračování U.S.S.N. 08/625,811, podáno 29. 3. 1996 (GTN009), U.S.S.N. 08/758,731 podáno 2. 4. 1996 (GTN-010).

Přehled obrázků na výkrese

Na obrázku č. 1 je sloupcový graf znázorňující titr protilátek v séru myší, které se imunizovaly specifickými antigeny bakterií H. pyroli.

Na obrázku č. 2 je sloupcový graf znázorňující titr protilátek ve sliznici myší, které se imunizovaly specifickými antigeny bakterií H. pyroli.

Na obrázku č. 3 je sloupcový graf znázorňující terapeutickou imunizaci myší, které se infikovaly specifickými antigeny rozpuštěnými v pufru HEPES.

Na obrázku č. 4 je sloupcový graf znázorňující terapeutickou imunizaci myší, které se infikovaly specifickými antigeny rozpuštěnými v pufru, jenž obsahuje DOC.

Na obrázku č. 5 je graf znázorňující aktivitu rekombinantí PPIázy.

Na obrázku č. 6 je graf znázorňující aktivitu PPIázy v extraktu bakterií H. pylori.

Na obrázku č. 7 je graf znázorňující pokles aktivity glutamátové racemázy s L-serin-O-sulfátu.

Obrázek č. 8 znázorňuje uspořádání aminokyselinové sekvence v části sekvence 12-ti proteinů bakterií H. pylori (znázorněné jednopísmenným kódem pro aminokyseliny a označené ID čísly aminokyselinové sekvence; znázorňuje zleva do prava sekvenci od N-konec do C-konce).

Obrázek č. 9 znázorňuje část N-konce devíti proteinů bakterií H. pylori (znázorněné jednopísmenným kódem pro aminokyseliny a označené ID čísly aminokyselinové sekvence; znázorňuje zleva do prava sekvenci od N-konec do C-konce).

• · · · ·· ·· · ·· • · · · · · · • · · · · · * • · · · · · ·

Příklady provedení vynálezu

Příklad č. 1: Klonování a sekvenování DNA bakterie H. pylori.

Chromozomální DNA bakterie H. pylori se izolovala podle základního protokolu s určitými minorními změnami uvedeného v publikaci Schleif R. F. and Wensink P.C., Practical Methods in Molecular Biology, p. 98, Springer-Verlag, NY., 1981). Vytvořil se pelet buněk, resuspendoval se v TE (10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 7,6) a přidal se lyzační pufr GES (5,1 M guanidin thiokyanaát, 0,1 M EDTA, pH 8,0, 0,5 % N-laurylsarkosin) . Suspenze se ochladila a přidal se acetát amonný (NH₄Ac) v množství, aby konečná koncebtrace byla 2,0 M. DNA se extrahovala nejdříve chloroformem, pak s fenol-chloroformem a znovu se extrahovala chloroformem. DNA se precipitovala izopropanolem, dvakrát se promyla s 70% EtOH, sušila se a resuspendovala se v TE.

Izolovaná celá genomová DNA bakterie H. pylori se fragmentovala (Bodenteich et al., Automated DNA Sequencing and Analysis J.C. Venter et al. ed., Academie Press, 1994) na střední velikost 2 000 bp. Pak se DNA koncentrovala a separovala na standardním 1 % agarózovém gelu. Některé frakce, které odpovídají přibližné velikosti 900 až 1 300 bp, 1 300 až 1 700 bp, 1 700 až 2 200 bp, 2 200 až 2 700 bp, s vyřízly zgelu a čistily se kitem GneClean (BiolOl, lne.).

Čištěné fragmenty DNA se upravily tak, aby měly tupé konce za použití T4 DNA polymerázy. DNA se pak ligovala do jediného linkrového adaptéru BstXI, který je přítomen v 100 až 1 000 násobném přebytku. Tyto linkery jsou komplementární s vektory pMPX štěpenými enzymem BstXI, zatímco přesahy nejsou mezi seboukomplementární, Z toho důvodu nebudou linkery konkatemerizovat ani se nebudou štěpené vektory jednoduše mezi sebou ligovat. Inzerty s linkery se oddělily od linkerů, které se nezačlenily na 1 % agarózovém gelu a izolovaly se za použirí sady GeneClean. Inzerty s linkery se pak ligovaly ke každému z 20 vektorů pMPX, aby se zkonstruovala série knihoven subklónů. Vektory obsahují mimo rámec v klónovacím místě gen LacZ. Toto klónovací místo se začleňuje do rámce, když se klonuje adapterový dimér, což indikuje jeho modrá barva.

Všechny následující kroky probíhají podle multiplexních sekvenčních protokolů pro DNA popsaných v publikaci Church G. M. and Kieffer-Higgins S., Science 240: 185-188, 1988. Zde se zdůrazňují pouze hlavní modifikace. Každý z 20 vektorů se pak transformoval do kompetentních buněk DH5a (Gibco/BRL), transformační protokol pro DH5a). Knihovny se určily tak, že se nanesly na plotny s antibiotiky, které obsahují ampicilín, meticilín a IPTG/Xgal. Plotny se inkubovaly přes noc při teplotě 37°C. Transformanty se pak použily pro další nanesení klonů na plotny a všechny se shromáždily. Izolovaly se klony a přenesly se do 40 ml kultivačního růstového média. Kultura se kultivovala přes noc při teplotě 37°C. DNA se izolovala za použití sady Qiagen Midi-prep a kolon Tip-100 (Qiagen, lne.). Tímto se zjedné shromážděné dávky získalo 100 pg DNA. Připravilo se 15 ploten s 96 buňkami s DNA, aby se získalo 5 až 10 násobný nadbytek sekvence s průměrnou délkou 250 až 300 bází.

Tyto izolované vzorky DNA se pak sekvenovaly za použití vícenásobné sekvenace DNA, která je založena na chemických degradujících metodách (Church G. M. and Kieffer-Higgins S., Science 240: 185-188, 1988) nebo podle Sequithrem (Epicenter Technologies) dideoxysekvenčního protokolu. Sekvenačni reakce se elktroforetizovaly a přenesly se na nylonovou membránu přímým transferem elektroforézy ze 40 cm gelu (Richterich P. and Church G. M., Methods in Enzymology 218: 187-222, 1993) nebo elektroblotem (Church, uvedeno shora v textu). Na gelu se analyzovalo 24 vzorků. Chemickým sekvenováním se vytvořilo • · ·· I

100

5 membrán a 8 se vytvořilo dideoxysekvenováním. DNA se kovalentně vázala na membrány expozicí na UV světle a hybridizovala se značenými oligonukleotidy, které jsou komplemetnární se sekvencemi tag, jež nesou vektory (Church, uvedeno shora v textu). Membrány se promyly, aby se odstranily nespecificky navázané sondy a exponoval se film Xpaprsky, aby došlo k vizualizaci jednotlivých žebříčků sekvence. Po autoradiografii se hybridizovaná sonda odstranila inkubací při teplotě 65°C a hybridizace se opakovala s jinou sekvencí tag. Memrána vytvořená chemickým sekvenováním se hybridizovala 38 krát a dideoxysekvenační membrány se hybridizovaly 10 krát. Z každého gelu se tak připravilo velké množství exponovaných filmů, přičemž každý obsahoval nové sekvenační informace. Každý zpracovaný blot se na začátku hybridizoval se sondou, která odhalila vnitřní standardní sekvenci, která se přidala do každé sbírky.

Filmy se digitálně zpracovaly za použití laserem skenovaným denzitometru (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA) . Digitalizované filmy se zpracovaly na počítači (VaxStation 4000's) za použití programu REPLICA™ (Church et al., Automated DNA Sequencing and Analysis (J.C. Venter,ed.), Academie Press, 1994). Zpracování digitalizovaného filmu zahrnuje napřímení čar, nastavení kontrastu, aby se zesílily kontrasty a zlepšení rozlišitelnosti pomocí iterativní Gaussova rozdělení. Sekvence se pak automaticky zavedly do programu REPLICA™ a před tím, než se uložily do databáze se zobrazily za účelem interaktivního korigování. Korektury sekvencí se provedly rychlým vizuálním skenováním filmu. Pak následovalo kliknutí myší na určité proužky zobrazeného filmu za účelem modifikace názvu báze. V případě typických sekvencí získaných chemickým sekvenováním zpracpvaných na programu odvozeným od programu REPLICA™ je 2 až 5%, přičemž většina chyb se vyskytuje blízko konce čtení sekvencí. Řada chyb • · • »

101 sekvencí se může určit a opravit, protože stejné části sekvencí genomové DNA se čtou několikrát a tak vzniká adekvátní sekvenční redundance pro editování. Každá sekvence automaticky je očíslována, přičemž číslo koresponduje s informacemi o mikrotitrační plotně a sondě a číslo značící dráhu (odpovídající sloupcům mikrotitračních ploten). Toto číslo slouží pro permanentí identifikaci sekvence tak, že je také vždy možné identifikovat původ libovolné určité sekvence, aniž je nutné se vracet do specializované databaze.

Rutinní cestou se sekvence bakterie H. pylori sestavila za použití programu FALCON (Church, Church et al., Automated DNA Seguencing and Analysis (J.C. Venter,ed.), Academie Press, 1994). Tento program po vylepšení je rychlý a je vhodný pro většinu sekvencí. Sestavené contigy se zobrazily za použití modifikované verze GelAssemble, kterou vyvinula firma Genetics Computer Group (GCG) (Devereux et al., Nucleic Acid Res. 12: 387-95, 1984). Tento program spolupracuje s programem REPLICA™. Což umožňuje, aby se více sekvenčních gelů mohlo okamžitě vyvolat z databáze REPLICA™ a zobrazit se, což umožňuje rychlé skenování contigů a korekturu drah na gelu v případě, že se objeví jisté odlišnosti mezi různými čtení sekvencí v sestavě.

Příklad 2: Identifikace, klonování a exprese nukleových kyselin bakterie H. pylori.

Exprese a čištění polypeptidů bakterie H. pylori podle vynálezu se může provést v podstatě stejným způdobem, jak se popisuje dále v textu.

Za účelem provedení klonování, exprese a čištění membránových a vylučovaných proteinů bakterie H. pylori se vybral genový expresivní systém pET(Novagen) , který se používá pro klonování a expresi rekombinantích proteinů v bakterii E. coli. DNA sekvence, která kóduje peptid tag, His• · • ·

102

Tag, fúzuje s 3'-koncem sekvencí DNA, které jsou středem zájmu, aby se provedlo čištění produktu rekombinantích proteinů. 3'-konec se vybral pro fúzi, aby se zabránilo změně libovolné signální sekvence na 5'-konci. Výjimkou je ppiB, což je gen, jehož klonováním se získá kontrola při studiích exprese. Sekvence genu ppiB bakterie H. pylori obsahuje sekvenci DNA kódující gen His-Tag fúzovaný s 5'-koncem genu v plné délce, protože proteinový produkt tohoto genu neobsahuje signální sekvenci a exprimuje se jako cytosolový protein.

Amplifikace PCR a klonování nukleových kyselin, které obsahují ORF kódující membránové a vylučované polypeptidy bakterie H. pylori.

Nukleové kyseliny, které se vybraly (např. nukleové kyseliny uvedené v sekvenčním protokolu) za účelem klonování z kmene J99 bakterie H. pylori, se připravily pro amplifikační klonování pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) . Syntetické oligonukleotidové primery, které jsou specifické pro 5'- a 3'- konec otevřených čtecích rámců (ORF) se získaly od firmy GibcoBRL Life Technologies (Gaithersburg MD, USA). Všechny dříve zmiňované primery (specifické pro 5'konec sekvence) se navrhly tak, že zahrnují klónovací místo Ncol na nejvzdálenějším místě 5'-konce. Tyto primery se navrhly tak, že umožňují iniciaci translace proteinu v metioninovém zbytku, po němž následuje valinový zbytek a kódující sekvence zbytku nativní DNA sekvence bakterie H. pylori. Všechny reverzní primery (specifické k 3'-konci libovolného ORF bakterie H. pylori) zahrnují místo EcoRI na nejvzdálenějším místě 5'-konce, což umožňuje klonování každé sekvence bakterie H. pylori do čtecího rámce pET-28b. Vektor pET-28b poskytuje sekvenci kódující dalších 20 aminokyselin C-konce, které zahrnují šest histidinových zbytků (na nejvzdálenějším konci C-konce), a obsahují His-Tag. Výjimkou, • ·

103 jak se dříve poznamenalo, je vektorová konstrukce pro gen ppiB. Syntetický oligonukleotidový primer specifický pro 5'konec genu ppiB kóduje místo BamHI na jeho nejvzdálenějším místě 5'-konce a primer pro 3'-konec genu ppiB kóduje místo Xhol na jeho nejvzdálenějším místě 5'-konce

Genomová DNA, která se připravila z kmene J99 bakterie H. pylori se používá při PCR amplif ikačních reakcích jako zdroj templátové DNA (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Za účelem amplifikace sekvence DNA, která obsahuje ORF bakterie H. pylori, se genomová DNA (50 nanogramů) přidalo do reakční zkumavky, která obsahuje 2mM MgCl₂, 1 mikromolární syntetické oligonukleotidové primery (froward a reverzní primery) lemující určitý ORF bakterie H. pylori, 0,2 mM každého z deoxynukleotidtrifosforečnanu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 2,5 jednotky teplotněstabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), přičemž konečný objem byl 100 mikrolitrů.

Po ukončení termických cyklických reakcí každý vzorekamplifikované DNA se promyje a čistí za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Všechny amplifikované vzorky DNA endonukleázou, např. Ncol a EcoRI

Beverly, MA, USA) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994). Vzorky DNA se podrobily elaktroforéze na 1,0% agarózovém gelu NuSeive (FMC BioProducts, Rockland, ME USA). DNA se vizualizuje tak, že se vystaví působení etidiumbromidu a dlouhovlnému UV záření. DNA, která je zahrnuta ve vyříznutých proužcích izolovaných z agarózového gelu, se čistí podle protokolu Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA).

se štěpí restrikční (New England Biolabs, • · ·· · ·

104

Klonování nukleových kyselin bakterie H. pylori do expresivního vektoru.

Za účelem klonování se připravil vektor pET-28b a to tak, že se štěpí endonukleázami např. Ncol a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne. F. Ausubel et al., eds., 1994). V případě klonování genu ppiB se používá vektor pET-28a, který kóduje His-Tag, jenž se fúzuje s 5'-koncem začleněného genu. Pro klonování se používá restrikční místo, které se nachází v genu ppiB a připravilo se štěpením restrikčními endinukleázami BamHI a Xhol.

Pak následuje klonování DNA inzertů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994) do štěpeného expresivního vektoru pET-28b. Výjimkou je amplifikovaný inzert genu ppiB, který se klonuje do expresivního vektoru pET-28a. Produkty ligační reakce se pak používají pro transformaci kmene B121 bakterie E. coli (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994), jak se popisuje dále v textu.

Transformace kompetentních bakterií s rekombinantími plazmidy.

Kompetentní bakterie, což je kmen B121 E. coli nebo kmen BL21 (DE3) E. coli, se transformovaly rekombinantními expresivními plazmidy pET, které nesou klonované sekvence bakterie H. pylori, podle standardních metod (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994). 1 μΐ ligační reakce se smíchá s 50 mikrolitry elektrokompetentních buněk a aplikují se na ně pulzy vysokého napětí. Po té se vzorky inkubují v SOC mediu o objemu 0,45 mililitrů (0,5 trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM K kvasinkový extrakt, 2,0% 10 mM MgC12, 10 mM Mgso4 a 20 mM glukóza) při teplotě 37 °C za stálého míchání po dobu • · ·

105 jedné hodiny. Vzorky se pak nanesou na plotny s LB agarem, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinsulfátu, a kultivují se přes noc. Transformované kolonie BL21 se izolují a analyzují se inzerované klony.

Identifikace rekombinantích expresivních vektorů pomocí nukleové kyseliny bakterie H. pylori.

Jednotlivé klony BL21 transformované rekombinantními pEt-28b-H.pylori ORF se analyzují amplifikací PCR klonovaných inzertů za použití forward a reverzních primerů, které jsou stejné jako ty, co se použily v původních PCR amplifikačních klónovacích reakcích. Primery jsou specifické pro každou sekvenci bakterie H. pylori. Úpěšnou amplifikací se ověřilo začlenění sekvencí H. pylori do expresivního vektoru (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994).

Izolace a příprava nukleových kyselin z transformantů.

Izolovaly se jednotlivé klony rekombinantích vektorů pET-28b, které nesou správně klonované ORF bakterie H. pylori, a inkubovaly se přes noc v 5 ml LB půdy s 25 mikrogramy/ml kanamycinsulfátu. Následující den se izolovala plazmidová DNA a čistila se za použití protokolu pro izolaci plazmidů QiagenQiagen lne., Chastworth, Ca, USA).

Exprese rekombinantích sekvencí bakterie H. pylori v bakterii E. coli.

Vektor pET se může pomnožit v libovolném kmeni bakterií E. coli K-12, např. HMS174, HB101, Jml09, DH5 atd, za účelem klonování nebo přípravy plazmidu. Mezi hostitele, které jsou vhodné pro expresi, patří kmeny bakterie E.coli, jenž obsahují chromozomální kopii genu kódujícího T7 RNA polymerázu. Tyto hostitelé jsou lyzogen bakteriofága DE3,

106

derivát bakteriofágy lambda, které nesou gen láci, promotor lacUVS a gen kódující T7 RNA polymerázu. T7 RNA polymeráze se indukuje přidáním izopropyl-B-D-tiogalaktozidu (IPTG). T7 RNA polymeráza přepisuje libovolný cílový plazmid, jako je pEt28b, který nese požadovaný gen. Zde používané geny jsou: BL21(DE3) (Studier, F. W., Rosenberg, A.H., Dunn, J.J., and Dudendorff, J. W. (1990) Meth. Enzymol. 185, 60-89).

Za účelem exprese sekvencí bakterie H. pylori se použilo 50 nanogramů plazmidové DNA, která se izolovala způsobem popsaný, shora v textu, pro transformaci kompetentních bakterií BL21(DE3), jak se popisuje shora v textu (Novagen jako součást kitu expresivního systému pET). Gen lacZ (betagalaktozidáza) se exprimuje v pET-Systémech, které se popisují pro konstrukce rekombinantů bakterie H. pylori. Transformované buňky se kultivují v médiu SOC po dobu 1 hodiny a kultura se pak nanese na plotny s LB agarem, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinsulfátu. Následující den se shromáždí bakteriální kolonie a nechají se růst v LB médiu, které obsahuje kanamycinsulfát (25 mikrogramů/ml) až do fdasažení optické hustoty 0,5 až 1,0 OD při vlnové délce 600 nm. V tomto bodě se kultury přidá 1 milimolární IPTG a probíhá další kultivace po dobu tří hodin, přičemž dochází k indukci exprese genu rekombinantních konstrukcí DNA bakterie H. pylori.

Po indukci genové exprese pomocí IPTG se vytvoří centrifugací na centrifuze Sorvall RC-3B při 3 500 x g po dobu 15 minut a teplotě 4°C pelet bakterií. Pelet se resuspenduje v 50 ml chladného 10 mM Tris-HCl, pH8,0, 0, 1M NaCl a 0,1 mM EDTA (STE pufru). Buňky se pak centrifugují při 2 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4°C. Vlhký pelet se zváží a zmrazí se při teplotě -80 °C. Takto se uchovává do té doby, než se použitje pro čištění proteinu.

··

107

Příklad 3: Čištění rekombinantních proteinů z bakterie E. coli.

Analytické metody.

Koncentrace izolovanýc proteinů se určila spektrofotometricky za použití absorbčních koeficientů, které se vypočítají obsahu aminokyselin (Perkins, S. J. 1986 Eur. J. Biochem. 157, 169-180). Koncentrace proteinů se měří způsobem podle Bradford, M.M. (1976) Tínal. Biochem. 72, 248254, a Lowry, O.H., Rosebrough, N., Farr, A.L. & Randall, R. J. (1951) J. Biol. Chem. 193, str. 265-275, za použití standardu, kterým je sérový albumin.

SDS polyakrylamidové gely (s 12 % nebo 4,0 až 25 % akrylamidovým gardientem) se získaly od firmy BioRad (Hercules, CA, USA) a barvily se Coomasieovou modří. Markéry molekulové hmotnosti zahrnují myozin svalů skeletu (200 000), galaktozidázu bakterie E. coli (116 000), svalovou fosforylázu B z králíka (97 400), bovinní sérový albumin (66 200), ovalbumin (45 000), bovinní uhličitá anhydráza (31 000, inhibitor sojového trypsinu (21 500), vaječný bílý lysozym (14 400) a bovinní aprotinin (6 500).

1. Čištění rozpustných proteinů.

Všechny kroky se provádějí při teplotě 4 °C. Rozmražené buňky se resuspendovaly v lyzačním pufru (20 mM Tris, pH7,9, g/ml PMSF) pepstatinu,

0,5 M NaCl, 5mM imidazol merkaptoetanol, 200 fenylmetylsulfonylfluorid leupeptinu, aprotinu, tosylamido]-7-amino-2-heptanon (TLCK) , tosylamido]-4-fenyl-2-butanon (TPCK) a trypsinu ) několikrát procházejí %

mM z

10% glycerolem, lysozymu, 1 a 10 μς/ιηΐ každého

L-l-chloro-3-[4L-l-chloro-3-[4inhibitor sojového přes maloobjemový

0,1

108 mikrofluidizér (Model M-110S, Microfluidocs International Corporation, Newton, MA) . Výsledný homogenát se připravil 0,1 % Brij 35 a centrifugoval se při 100 000 x G po dobu 1 hodiny za vzniku čistého supernatantu (to je surový extrakt).

Následuje filtrace přes Supor filtr o velikosti pórů 0,8 μιτι (Gelman Sciences, FRG) , pak se surový extrakt nanesl přímo na Ni²⁺-nitrolotriacetát-agaróza (NTA) o objemu lože 5 mililitrů (Hochuli, E., Dbeli, H. and Schacheer, A. (1987) J. Chromatography 411, 177-184), která je předem uvedena do rovnováhy lyzačním pufrem, který obsahuje 10 % glycerol, 0,1 % Brij 35 a 1 mM PMSF. Kolona se promývá 250 ml ( 50-ti násobek objemu lože) lyzačniho pufru, který obsahuje 10 % glycerol, 0,05 % brij 35, 1 mM PMSF a buď 20, 100, 200 nebo 500 mM imidazol. U jednotlivých frakcí se sleduje absorbance při OD₂8o nm a pík frakce se analyzuje testem SDS-PAGE.

2. Čištění nerozpustných proteinů z inkluzí.

Následující kroku probíhají při teplotě 4 °C. Buněčné pelety se resuspendovaly v lyzačním pufru s 10 % glycerolem, 200 μρ/ιηΐ lysozymu, 5 mM EDTA, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanolem. Suspenze prošla zařízením, které porušuje buňky. Výsledný homogenát se připravil ve 0,2 % deoxycholátu, míchal se 10 minut, pak se centrifugoval při 20 000 x g po dobu 30 min. Pelety se promyly lyzačním pufrem, který obsahuje 10 % glycerol, 10 mM EDTA, 1% Triton X-100, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanol, pak se promyjí několikrát lyzačním pufrem, který obsahuje 1 M močovina, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanol. Výsledný bílý pelet je primárně tvořen inkluzemi a neobsahuje neporušené buňky a membránový materiál.

Dialýza a koncentrace proteinových vzorků.

109 » ·· • · «

• ·

Močovina se pomalu odstraňuje z proteinových vzorků dialýzou proti fyziologickému roztoku pufrovaným Tris (TBS; 10 mM Tris pH 8,0, 150 mM NaCl) , který obsahuje 0,5 % deoxycholátu (DOC), a koncentrace močoviny se následovně snižuje 6M, 4M, 3M, 2M, 1M, 0,5M a nakonev TBS bez močoviny. Každý dialyzační krok se provádí po minimální dobu 4 hodiny při teplotě místnosti.

Po dialýze se vzorky koncentrují tlakovou filtrací za použití přístroje Amicon, kde jsou míchány. Koncentrace proteinů se měří za použití metod Perkinson (1986 Eur. J. Biochem. 157, 169-180), Bradford ((1976) Anal. Biochem. 72,

248-254) a Lowry ((1951) J. Biol. Chem. 193, str. 265-275).

Příklad 4: Stanovení antigenicity antigenů lokalizovaných ve vnější membráně bakterie H. pylori.

Čištění vnějších membrán z bakterií H. pylori může probíhat podle následujícího protokolu uvedeného dále v textu.

Kmeny J99 (ATCC# 55679) a Ah244 bakterie H. pylori se kultivují na čokoládovém krevním agaru, který obsahuje 5% (objem/objem) koňské krve při teplotě 37 °C v atmosféře obsahující 10 % CO₂ po dobu 48 hodin. Bakterie se shromáždily do suspenze v 20 mM Tris pH7,5. BuŇky se centrifugovaly při 12 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C a 3 krát se promyly 20 mM Tris pH 7,5. Buňky se resuspendovaly v 20 mM Tris pH 7,5 a otevřely se sonifikací na ledu (8 rázů po dobu 30 vteřin při 60 watech s 60 vteřinovou přestávkou mezi jednotlivými rázy. K buněčné suspenzi se přidala Dnáza (0,1 mg) a RNáza (0,5 mg) a směs se inkubovala po dobu 30 minut při teplotě místnosti. Buněčná suspenze se centrifugovala při 12 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C. Supernatant se vrátil a centrifugoval se ještě jednou. Všechny membrány se odstraní ze supernatantu centrifugaci při 40 000 x g po dobu

110 minut a při teplotě 4 °C. Pelet se dvakrát promyje 20 mM Tris, pH 7,5. Obsah proteinu se testuje Bradfordovým proteinovým testem s bovinnim sérovým albuminem (BSA), který se používá jako standard. Koncentrace suspenze se pak upraví

tak, aby	obsahovala 1	mg	proteinu	na mílii
Membrány	se rozpustí	Po	přidání	N-lauryl-
suspenze	v poměru 6	mg	N-lauryl-	sarkosinu

proteinu. Suspenze se inkubovaly po dobu 30 minut při teplotě místnosti v přítomnosti N-lauryl-sarkosinu. Vnější membrány se centrifugovaly při 40 000 x g po dobu 30 min při teplotě 4 °C. Pelet se 3 x promyl s Milli Q vodou, rozdělil se na alikvoty a uskladnil se při teplotě -20 °C až do doby dalšího použití.

Identifikace antigenů vnějších membrán bakterie H. pylori.

Antigeny vnějších membrán se mohou identifikovat podle protokolu, který je uveden dále v textu. Proteiny se separovaly na polyakrylových gelech s dodecylsulfátem sodným (SDS-PAGE) podle metody, kterou popisuje Laemmli, U.K. (1970) Nátuře (London) Volume 277, 680-685. Vzorky se připravily suspenzací ve standardním pufru a zahřátím při teplotě 100 °C po dobu 10 minut. Do jednotlivých buněk (0,75 mm) minigelu 8 x 10 cm se naneslo 1 až 5 mg proteinů. Separované proteiny se pak přenesly na membrány PVDF, jak se popisuje dále v textu.

Elektroblotování separovaných proteinů na membrány PVDF se provádí na BioRad Mini-Trans blotovacím elektorforetickém zařízení. Používá se PVDF membrána Immobilon-P^SQ. Elektroblotování se provádí po dobu 60 minut při 50 V za použití transferového pufru CAPS (lOmM 3-[cyklohexylamino]-lpropansulfonová kyselina, 10% metanol). Membrána se obarví 0,2 % Ponceau S a odbarví se vodou Milli Q.

«» ·· • · · • ··· » · » • · · • ·· · ·*

111

Antigeny se pak identifikují za použití western omunoblotování. Při elektroblotování se nespecifické vazebné místa blokují 5 % netučným sušeným mlékem v 10 mM Tris-HCl0,9% NaCl, pH7,5. Membrána se inkubuje s normálním myšším sérem ve vhodném ředění, které je obsaženo v 10 mM Tris-HCl0,9% NaCl-Ο,5%Tween 20-0,5% BSA, pH7,5 po dobu 2 hodin a při teplotě 37°C a 3 krát se promyje 10 mM tris-HCl-0, 9% NaCl0,5% Tween 20, pH7,5 (TTBS). Alaklická fosfatáza konjugovaná s anti-myšším Ig z kozi se pak přidala do 10 mM Tris-HCl0,9%NaCl-0,5%Tween 20-0,5% BSA, pH7,5 a inkubovala se po dobu 1 hodiny při teplotě místnosti.Po této inkubaci se mebrána promyla 3 krát TTBS. Pruhy, které reagovaly, se vizualizovaly za použití vhodného substrátu pro alkalickou fosfatázu 5bromo-4-chloro-3-indolylfosforečnanu (Βίο-Rad) a nitrotetrazoliuové modři (Bio-Rad), jenž se používá jako barevné vyvijecí činidlo.

Při mikrosekvenování aminokyselin se proteiny, které se určí jako imunoreaktivní štěpí z čerstvých omobilizovaných membrán a sekvenace probíhá na mikrisekvenačním zařízení Worcestrovy nadace. Membrány, z kterých se vyřízly proteinové pruhy, se pak podrobí estrnově imunoblotu, jak se popisuje shora v textu, aby se protvrdilo, že se vyřízly správné pruhy.

Příklad 5: Analýza proteinů bakterie H. pylori jako vakcinačních kandidátů

Za účelem zkoumání imunomodulačního účinku proteinů bakterie H. pylori se použil model myš/bakterie H. pylori. Tento model v mnoha ohledech napodobuje lidskou infekci způsobenou bakterií H. pylori. Středem pozornosti je účinek orální imunizace zvířat infikovaných bakterií H. pylori za účelem testování terapeutické orální imunoterapie.

• ··

112 ·· *· » · · • ··· ···· *♦ ·· ·· • · · · · • · · »· • · ··· · · • · · · ·· ··

Zvířata

Myšší samice SPF BALB/c se získaly z instituce Bomholt Breeding Center (Dánsko). Udržovaly se v normálních makrolonových klecích s volnou dodávkou vody a krmení. Při dodávce byla zvířata 4 až týdnů stará.

Infekce

Po minimální aklimatizaci jednoho týdne se zvířata infikovala kmenem typu 2 bakterie H. pylori (VacA negativní) (kmen 244, původně izolovaný u pacinta se vředy). Už dříve se dokázalo, že tento kmen dokázže dobře kolonizovat myšší žaludek. Bakterie se kultivovaly přes noc na Bruccelově půdě doplněné 10% fetálním telecím sérem při teplotě 37 °C v mikroaerofilní atmosféře (10 % CO₂, 5% O₂) . Zvířata dostala orální dávku omeprazolu (400 gmol/kg) a 3 až 5 hodin po této orální inokulaci půdy bakterií H. pylori (přibližně 10⁸ cfu/zvíře; cfu je počet jednotek, které tvoří kolonie). Pozitivní infekce se prokazovala u některých zvířat 2 až 3 týdny po inokulaci.

Antigeny

Rekombinantí antigeny bakterie H. pylori se vybraly na základě jejich asociace s externě exponovanou buněčnou mebránou bakterie H. pylori. Tyto antigeny se vybraly z následujících skupin: (1) proteiny vnější membrány; (2) periplastické/vylučované proteiny; (3) proteiny na vnějším povrchu; a (4) proteiny vnitřní membrány. Všechny rekombinantí proteiny se konstruovaly pro účely čištění s hexa-His-tag a kontrolní protein, který nepochází z bakterie Helicobacter pylori, (β-galaktozidáza z bakterie E. coli; LacZ) se konstruovaly stejným způsobem.

113 ·· ·· • · · • ··· • · · · • · · ···· ·· • *· ·· · · • · · • · · · • · · ··· ·· ·* ·· • · · · • · ·· ··· · · «· · ·· »·

Všechny antigeny se použily v rozpuštěné formě, to zanmená rozpuštěné v pufru HEPES nebo v jiném pufru, který obsahuje 0,5% deoxycholát (DOC).

Antigeny jsou uvedeny v tabulce č. 8 dále v textu.

Tabulka č. 8 proteiny bakterie Heliobacter pylori

Proteiny vnější membrány protein 1 protein 2 protein 3 protein 4 protein 5

Periplastické/sekretované proteiny protein 6

Jiné buněčné obalové proteiny protein 7 protein 8

Proteiny spojené s flagely protein 9

Kontrolní proteiny β-galaktozidáza (LacZ)

Imunizace.

zvířat v každé skupině se imunizovalo čtyři krát během 34 dnů (v den 1, 15, 25 a 35) . Podávaly se čištěné antigeny v roztoku nebo v suspenzi v dávce 100 pg na myš. Zvířata také dostala při každé imunizaci toxin cholery 10 pg • · • · · • ·

114 na myš (CT) . 4 až 5 hodin před imunizací se orálně zvířatům aplikoval omeprazol (400 pmol/kg) , což sloužilo jako způsob ochrany antigenů proti rozkladu kyselinou. Infikovaná kontrolní zvířata obdržela pufr HEPES a CT nebo pufr DOC a CT. Zvířata se usmrtila 2 až 4 týdny po konečné imunizaci. Obecný průběh imunizace se uvádí v tabulce č. 9 dále v etxtu.

Tabulka č. 9

Studie průběhu terapeutické imunizace.

Myši se infikovaly kmenem Ah244 bakterií H. pylori 30-tý den.

Látka	myšší kmen n=10	dávka/myš	data pro dávkování
1. kontrola, PBS	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
2. toxin cholery	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
3. protein 1, 100 pg/ml + CT 10pg	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
4. protein 5, 100 pg/ml + CT 10pg	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
5. protein 10, 100 pg/ml + CT 10pg	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
6. protein 9, 100 pg/ml + CT 10μρ	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
7. protein 2, 100 pg/ml + CT ΙΟμρ	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
8. protein 6, 100 μρ/ml + CT 10pg	balb/c	0, 3 ml	0, 14, 24, 34
9. protein 4, 100 pg/ml + CT ΙΟμς	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
10. protein 7, 100 pg/ml + CT	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34

• · • · • · • · · • · · ► · · · • · ·

115

10μρ
11. protein 8, 100 μρ/πιΐ + CT 10μg	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34
12. protein 3, 100 μρ/ml + CT 10μg	balb/c	0,3 ml	0, 14, 24, 34

Analýza infekce.

Mukozální infekce: Myši se usmrtily C0₂ a cervikální dislokací. Otevřelo se jim břicho a vyňal se žaludek. Žaludek se po rozříznutí podle většího zakřivení promyl fyziologickým roztokem. Mukóza z oblasti antrumu a korpusu o velikosti 25 mm² se seškrábla chirurgickým skalpelem. Tento výškrab se resuspendoval v Brukellově půdě a nanesl se na krevní Skirovovy selektivní plotny. Plotny se inkubovaly za mikroaerofilních podmínek po dobu 3 až 5 dnů a spočítal se počet kolonií. Identita bakterií H. pylori se určila na základě testu s ureázou a katalázou a přímým mikroskopickým pozorováním nebo Gramovým barvením.

Ureázový test se provedl v podstatě následujícím způsobem. Činidlo, kterým je koncentrát močové agarové báze, se získal od firmy DIFCO Laboratories, Detroit, MI (Catalog # 0284-61-3). Koncentrát močové agarové báze se naředil v poměru 1:10 vodou, lml ředěného koncentrátu se smísil s 100 až 200 μΐ aktivně rostoucích buněk bakterie H. pylori. Změna barvy fichsinu indikuje, že jsou pozitivní na ureázu.

Katalázový test se uskutečnil podle následujícího postupu. Činidlo N,N,Ν',N'-tetrametyl-p-fenylendiamin se získalo od firmy Sigma , St. Louis, MO (katalogové číslo T3134) . Připravil se roztok činidla (1% hm/o roztok ve vodě) . Buňky bakterie H. pylori se nanesly na Whatmanův filtrační papír a přelily se 1% roztokem. Změna barvy na tmavě modrou indikuje jsou pozitivní na katalázu.

• · • · • ·

116 • · · · • · · · • · · · · • · · • * · ·

Sérové protilátky: Ze všech myši se získala punkcí srdce krev, ze které se připravilo sérum. Sérové protilátky se identifikovaly běžnou metodou ELISA, kde se nanesly specifické entigeny bakterie Heliobacter pylori.

Mukozílní protilátky : U 50 % myší se provedlo jemné seškrábnutí definované části korpusu a 4 cm duodenumu za účelem detekce přítomností protilátek ve sliznici. Titry protilátek se určily běžným způsobem ELISA, jako se používá pro detekci sérových protilátek.

Statistická analýza: Wilcoxon-Mann-Whitneyův tets se použil při stanovení podstatných účinků antigenů na kolonizaci bakterií Heliobacter pylori. Za signifikantní se považuje hodnota P menší než 0,05. Vzhledem k tomu, že antrum je hlavní místo kolonizace bakterií Heliobacter, důraz se kladl na změny při antrální kolonizaci.

Výsledky.

Protilátky v séru: Všechny testované antigeny, které se podávaly dohromady s CT daly vznik měřitelnému specifickému titru protilátek v séru. Nejvyšší odezva se projevila u protinů 3, 4, 9, 1 a 7. (obr. 1).

Protilátky ve ve sliznici: Ve stěru sliznice se pokořovaly specifické protilátky proti všem tetsovaným antigenům. Nejsilnější odezva se pozorovala v případě proteinu 6 pak následuje protein 1, 3 a 9 (obr. č. 2).

Účinky terapeutické imunizace: Všechny kontrolní zvířata myši BALB/c) byla dobře kolonizována bakterií H. pylori (kmen AH244) v obou částích žaludku, jak v antrumu tak v korpusu. Antigeny tetsovaných tří proteinů (protein 4, 7 a 1) daly způsobyly podstatnou redukci a/nebo eradikaci infekce bakterií H. pylori. V případě proteinů 8, 9 a 3 byl po imunizaci stupeň kolonizace antrumu nižší ve srovnání s kontrolou. Účinek proteinů 5, 2 a 6 se nelišil od kontroly.

• · • ·

117

Kontrolní protein lacZ, toje protein, který nepochází z bakterie H. pylori, neměl žádný eradikační účinek a ve skutečnosti při jeho aplikaci byla kolonizace baktrií Helicobacter vyšší ve srovnání skontrolouHEPES + CT. Všechna data pro proteiny rozpuštěné v HEPES a DOC jsou znázorněny na obr. č. 3 a 4. Data jsou vyjádřena jako geometrická průměrná hodnota. N=8 až 10 Wilcoxon-Mann-Whitneyův test *=pmenší jak 0,05; x/10= počet myší, které vykazují eradikaci bakterií H. pylori z celkového počtu testovaných myší.

Presentovaná data indikují, že všechny bakterie H. pylori spojené s proteiny, které jsou zahrnuty do studie, vedou ke stimulaci imunitní odezvy měřitelné pomocí specifického séra a mukózních protilátek, jestliže se používají jako orální imunogeny ve spojení s orálním adjuvans CT. Většina proteinů u uvedeného zvířecího modelu způsobuje redukci a v některých případech celkové odstranění kolonizace baktreií Jí. pylori. Je nutné poznamenat, že redukce nebo zničení kolonizace se provedlo heterologní ochranou spíše než homologní ochranou (polypeptidy jsou založeny na sekvenci kmene J99 bakterie H. pylori a použily se v terapeutických imunizačních studiích proti odlišnému (AH244) očkovacímu kmeni), což indikuje, že vakcinační potenciál proti širokému rozmezí kmenů bakterie H. pylori.

Největší kolonizace antrumu se pozorovala u zvířat, na které se aplikoval protein LacZ, který nepochází s bakterií Helicobacter, což ukazuje, že účinek pozorovaný s antigeny bakterií Helicobacter pylori byl specifický.

Uvedená data silně podporují použití uvedených proteinů bakterie H. pylori ve farmaceutických formulacích, které se aplikují lidem za účelem léčby a/nebo prevence infakcí bakterie H. pylori.

118

Příklad 6: Analýza sekvenční proměnlivosti genů kmenů bakterie Helicobacter pylori.

Čtyři geny z několika kmenů bakterie H. pylori se klonovaly a sekvenovaly, aby se srovnaly DNA a dedukované aminokyselinové skevence. Tato informace se používala při stanovení sekvenčních změn mezi kmenem bakterie H. pylori J99 a jinými kmeny H. pylori, které se izolovaly z lidských pacientů.

Příprava chromozomální DNA.

Kultury kmenů bakterie H. pylori (jak se uvádí v tabulce č. 12) se kultivovaly v BLBB (1% trypton, 1 % peptamin, 0,1 % glukóza, 0,2 % kvasinkový extrakt, 0,5 % chlorid sodný, 5 % fatální bovinní sérum) až do dosažení hodnoty OD₆₀₀ 0, 2 . Buňky se centrifugovaly na Sorvall RC-3B při 3 500 x g, při teplotě 4 °C a po dobu 15 minut. Pelet se resuspendoval v 10 mM TrisHC1, 0,1 mM EDTA (TE) o objemu 0,95 ml. Do suspenze se přidal lysozym v množství, aby jeho konečná koncentrace byla 1 mg/ml, SDS až do dosažení koncentrace 1 % a RNáza A + TI do koncentrace 0,5 mg/ml a 5 jednotek/ml. Směs se inkubovala po dobu jedné hodiny při teplotě 37 °C. Proteináza K se pak přidala v množství, aby konečná koncentrace byla 0,4 mg/ml a vzorek se inkuboval při teplotě 55 °C více jak jednu hodinu. Ke vzorku se přidala NaCl v koncentraci 0, 65 M, pomalu se promíchal a přidalo se 0,15 ml 10 % CTAB v 0,7 M NaCl (konečná koncentrace je 1 % CTAB/70 mM NaCl), pak následovala inkubace po dobu 20 minut při teplotě 65 °C. V tento okamžik se vzorky extrahovaly směsí chloroformu : izoamylalkoholu, fenolem a opět směsí chloroformu : izoamylalkoholu. DNA se precipitovala buď etanolem (1,5 x objem) nebo izopropanolem (0,6 x objem) při teplotě -70 °C po dobu 10 minut, promyla se 70 % EtOH a resuspendovala se v TE.

Amplifikace PCR a klonování • · ·

119 ·· ·· ··

Z dvanácti kmenů bakterie Helicobacter pylori se připravila genomová DNA, která se použila jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikačni reakce (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994).Za účelem amplifikace sekvence DNA, která obsahuje ORF bakterie Jí. pylori, se do reakčni zkumavky vneslo 10 nanogramů genomová DNA, která obsahuje 2 mM MgCl₂, 1 mikrogram syntetických oligonukleotidových primerů (forward a reverse primery, tabulka č. 10) , které lemují definovaný ORF bakterie H. pylori, 0,2 mM každého deoxynukleotidového trifosforečnanu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 0,5 jednotek tepelně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Rtoche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), přičemž se zpracovávají vždy dva duplikáty a konečný objem je 20 mikrolitrů.

Tabulka č. 10

Oligonukleotidové primery používané při PCR amplifikaci sekvencí DNA bakterií H. pylori.

Proteiny vnější membrány	forward primer 5'až 3'	reverzní primer 5'až 3 '
protein 11 (pro kmeny AH4, AH15, AH61, 5294, 5640, AH18 a Ah244)	5'- TTAACCATGGTGAAAAGCG ATA-3' (SEQ ID NO: 1091)	5'- TAGAATTCGCCTCTAAAAC TTTAG-3' (SEQ ID NO: 1092)
Protein 11 (pro kmeny AH5, 5155, 7958, 7VH24 a J99)	5'- TTAACCATGGTGAAAAGCG ATA-3' (SEQ ID NO: 1093)	5'- TAGAATTCGCATAACGATC AATC-3' (SEQ ID NO. 1094)
protein 12	5'- ATATCCATGGTGAGTTTGA TGA-3' (SEQ ID NO: 1095)	5'- ATGAATTCAATTTTT T ATT TTGCCA-3' (SEQ ID NO: 1096)
protein 13	5'- AATTCCATGGCTATCCAAA TCCG-3' (SEQ ID NO: 1097)	5'- ATGAATTCGCCAAAATCGT AGTATT-3' (SEQ ID NO: 1098)
PROTEIN 14	5'- GAT ACC AT G GAAT T T AT GA AAAAG-3' (SEQ ID NO: 1099)	5'- TGAATTCGAAAAAGTGTAG TTATAC-3' (SEQ ID NO: 1100)

• ·

120 • · · · • · · • · · · • · « • · « • · · · · ·

Za účelem získání amplifikačních produktů DNA pro každý ORF za použití termického cykléru Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 se amplifikační reakce provedla za podmínek:

Sekvence proteinu 12 a 14;

denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, dále 30 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 6 min.

Sekvence proteinu 11 pro kmeny AH5, 5155, 7958, AH24 a J99; denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 min, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 30 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 6 min.

Sekvence proteinu 11 a proteinu 13 pro kmeny AH4, AH15, AH61, 5294, 5640, AH18 a Hp244;

denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 min, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 30 °C po dobu 20 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 2 min.

reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 8 min.

Po ukončení termických cyklických reakcí se každý pár vzorků sloučil a použil se přímo pro klonování do PCR klónovacího vektoru, jak se popisuje dále v textu.

• ·

121

Klonování DNA sekvencí bakterie H. pylori do klónovacího vektoru pCR TA.

Všechny amplifikované inzerty se klonovaly do vektoru pCR2.1 způsobem, který se popisuje v původním TA klónovacím kitu (Invitrogen, San Diego, CA). Produkty ligační reakce se pak použily pro transformaci TOPIOF' (INVaF'v případě sekvence 350 bakterie H. pylori} kmene bakterie E.coli, jak se popisuje dále v textu.

Transformace kompetentních bakterií rekombinantními plazmidy.

Kompetentní bakterie kmen TOPIOF' bakterie E.coli nebo kmen INVaF' bakterie E.coli se transformovaly rekombinantními expresivními plazmidy pCR, které nesou klonované sekvence bakterie H. pylori podle standardních metod ((Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Do každé zkumavky s 50 mikrolitry kompetentních buněk se přidaly 2 mikrolitry 0,5 mikromolárního BME. Následně se smíchaly 2 mikrolitry ligační reakce s kompetentními buňkami a inkubovaly se na ledu po dobu 30 minut. Buňky a ligační směs se pak podrobily tepelnému šoku při teplotě 42 °C po dobu 30 vteřin a následně se umístily na led po dobu dalších 2 minut, pak se vzorky inkubovaly v médiu SOC o objemu 0,45 mililitrů (0,5 % kvasinkový extrakt, 2,0 % trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM KCl, 10 mM MgCl₂, 10 mM Mg SO₄ a 20 mM glukóza) při teplotě 37 °C za stálého míchání po dobu jedné hodiny. Vzorky se pak nanesly na plotny s LB agarem, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinsulfátu nebo 100 mikrogramů/ml ampicilínu a nechaly se růst přes noc. Transformované kolonie TOPIOF' nebo INVaF' se izolovaly a analyzovaly se jejich klonované inzerty, jak se popisuje dále v textu.

122

Identifikace rekombinantních PCr plazmidů, které nesou sekvence bakterie H. pylori.

Jednotlivé klony TOPIOF' nebo INVaF' transformované rekombinantním pCR-Η. pylori ORF se analyzovaly PCR amplifikaci klonovaných inzertů za použití stejných forward a reverzních primerů, které jsou specifické pro každou sekvenci bakterie H. pylori, které se používaly při původních PCR amplifikačních klónovacích reakcích. Úspěšná amplifikace se ověřila integrace sekvencí bakterie H. pylori do klónovacího vektoru (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994).

Izolovaly se jednotlivé klony rekombinantních vektorů pCR, které nesou správně klonované ORF bakterie H. pylori, podrobily se sekvenační analýze. Sekvenační analýza se provedla na sekvenátoru ABI za použití standardního protokolu (Perkin Elmer) za použití pro vektor specifických primerů (které se nachází v PCRII nebo pCR2.1, Invitrogen, San Diego, CA) a sekvenčních primerů specifických pro ORF uvedený v tabulce č. 11 dále v textu.

Tabulka č. 11

Oligonukleotidové primery používané při sekvenování DNA sekvencí bakterie H. pylori.

Proteiny vněj ší membrány	forward primery 5'až 3'	reverzní primery 5'až 3'
protein 11	5'-CCCTTCATTTTAGAAATCG3' (SEQ ID NO: 1101) 5'- ATTTCAACCAATTCAATGCG-3' (SEQ ID NO: 1102) 5'- GCCCCTTTTGATTTGAAGCT-3' (SEQ ID NO: 1103) 5'- TCGCTCCAAGATACCAAGAAGT-	5'-CTTTGGGTAAAAACGCATC3' (SEQ ID NO: 1108) 5'- CGATCTTTGATCCTAATTCA-3' (SEQ ID NO: 1109) 5'-ATCAAGTTGCCTATGCTGA3' (SEQ ID NO: 1110)

123

	3' (SEQ ID NO: 1104) 5'- CTTGAATTAGGGGCAAAGATCG3'(SEQ ID NO: 1105) 5'- ATGCGTTTTTACCCAAAGAAGT3' (SEQ ID NO: 1106) 5'- ATAACGCCACTTCCTTATTGGT3' (SEQ ID NO: 1107)
protein 12	5'- TTGAACACTTTTGATTATGCGG3' (SEQ ID NO: 1111) 5'- GGATTATGCGATTGTTTTACAAG -3' (SEQ ID NO: 1112)	5'- gtctttagcaaaaatggcgtc3' (SEQ ID NO: 1113) 5'- AAT GAGC G TAAGAGAGCC T T C 3' (SEQ id NO: 1114)
protein 13	5'-CTTATGGGGGTATTGTCA3' (SEQ ID NO: 1115) 5'-AGCATGTGGGTATCCAGC3' (SEQ ID NO: 1116)	5'-AGGTTGTTGCCTAAAGACT3' (SEQ ID NO: 1117) 5'-CTGCCTCCACCTTTGATC3' (SEQ ID NO: 1118)
protein 14	5'-ACCAATATCAATTGGCACT3' (SEQ ID NO: 1119) 5'-ACTTGGAAAAGCTCTGCA3' (SEQ ID NO: 1120)	5'-CTTGCTTGTCATATCTAGC3' (SEQ ID NO: 1121) 5'-GTTGAAGTGTTGGTGCTA3' (SEQ ID NO: 1122)
	5'- CAAGCAAGTGGTTTGGTTTTAG3' (SEQ ID NO: 1123) 5'- T G G AAAGAGC AAAT C AT T GAAG3'(SEQ ID NO: 1124)	5'- GCCCATAATCAAAAAGCCCAT3' (SEQ ID NO: 1125) 5'- CTAAAACCAAACCACTTGCTTGT C-3' (SEQ ID NO: 1126)
primery vektoru	5'-GTAAAACGACGGCCAG-3' (SEQ ID NO: 1127)	5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3' (SEQ ID NO: 1128)

Výsledky

Za účelem stanovení četnost chyb PCR v těchto experimentech se sekvenovalo 5 jednotlivých klonů proteinu 11 připravených z 5 separovaných reakčních směsí PCR z kmene J99 bakterie H. pylori. Tyto klony se sekvenovaly po celé délce 897 nukleotidů kumulativního celku 4485 bází sekvence DNA. Sekvence DNA pěti klonů se srovnávaly s DNA sekvencí proteinu 11, který se získal dříve odlišnou metodou, to je náhodným klonováním a sekvenováním. Četnost chyb PCR v těchto zde popsaných experimentech byla stanovana na hodnotu 2 změny • ·

124 bází z 4485 bází, což se rovná odhadnuté četnosti chyb menší než nebo rovno 0,04%.

DNA sekvenční analýza se uskutečnila pro čtyři různé otevřené čtecí rámce, které se identifikovaly jako geny a amplifikovaly se pomocí PCR z 12 různých kmenů bakterie Helicobacter pylori. Dedukované aminokyselinové sekvence tří ze čtyř otevřených čtecích rámců se pak vybraly pro účely studie, která má ukázat statisticky podstatnou BLAST homologii, aby se definovaly proteiny přítomné v jiných bakteriálních speciích. Tyto ORF zahrnují: protein 11, což je homolog val A & B genů, které kódují ABC transportér do F. novicida; protein 12, což je homolog lipoproteinu e(P4) přítomného ve vnější membráně bakterie H. influenzae; protein 13, což je homolog fecA receptoru vnější membrány při transportu dicitrátu železitého v bakterii E.coli. Protein 14 se identifikoval jako neznámý otevřený čtecí rámec, protože vykazuje nízkou homologii se sekvencemi, které jsou uveřejněné v databázích.

Za účelem odhadu rozsahu konzervativnosti nebo proměnlivosti v ORF v různých kmenech bakterie H. pylori, se porovnaly změny v sekvenci DNA a dedukované proteinové sekvenci s DNA a dedukovanými proteinovými sekvencemi, které se nacházejí v kmeni J99 bakterie H. pylori (tabulka č. 12 dále v textu). Výsledky se uvádějí jako procento identity kmene J99 bakterie H. pylori sekvenovaného náhodným klonováním. Za účelem kontroly libovolných variací v sekvenci kmene J99 každý ze čtyř otevřených čtecích rámců se klonoval a sekvenoval proti bakteriálnímu kmeni J99 a pak se sekvenační informace srovnaly se sekvenčními informacemi, které se sebraly z inzertů klonovaných náhodným sekvenováním kmene J99. Data naznačují, že existuje variace DNA sekvence , která má rozsah odpovídající hodnotě 0,12 % změn (protein 14, kmen J99) až přibližně 7 % změn (protein 11, kmen AH5) .

• ·

• · · · 1 • · 4 ·· ··

125

Dedukované proteinové sekvence vykazují buď žádné variace (protein 14, kmeny Ahl8 a AH24) nebo až 7,66 % změn aminokyselin ( protein 11, kmen AH5).

Tabulka č. 12

Vícenásobná analýza sekvence DNA vakcinačních kandidátů kmene bakterie H. pylori.

J99 protein #	11	11	12	12	13	13	14	14
délka sekvenované oblasti	248	746 nt.	232 a. k.	696 nt.	182 a.k.	548 nt.	273 a. k.	819 nt.
testované kmeny
	Ak	Nuk	Ak	Nuk	Ak	Nuk	Ak	Nuk
	ident ita	identi ta	identi ta	identi ta	identi ta	identi ta	identi ta	identi ta
J99	100 %	100 %	100 %	100 %	100 %	100 %	100 %	100 %
AH2 4 4	95,16 %	95,04 %	n. d.	n. d.	99, 09 %	96, 71 %	98,90 %	96, 45 %
AH4	95,97 %	95,98 %	97, 84 %	95,83 %	n. d.	n. d.	97,80 %	95,73 %
AH5	92,34 %	93, 03 %	98,28 %	96, 12 %	98,91 %	96,90 %	98,53 %	95,73 %
AH15	95,16 %	94,91 %	97,41 %	95,98 %	99,82 %	97,99 %	99,63 %	96,09 %
AH61	n.d.	n.d.	97,84 %	95,98 %	99,27 %	97, 44 %	n. d.	n. d.
5155	n. d.	n. d.	n. d.	n. d.	99, 45 %	97, 08 %	98,53 %	95,60 %
5294	94,35 %	94,37 %	98,28 %	95,40 %	99, 64 %	97,26 %	97,07 %	95,48 %
7958	94,35	94,10 %	97, 84 %	95,40 %	n. d.	n. d.	99, 63 %	96, 46 %
5640	95,16 %	94,37 %	97, 41 %	95,69 %	99, 09 %	97, 63 %	98,53 %	95,48 %
AH18	n. d.	n. d.	98,71 %	95,69 %	99, 64 %	97,44%	100,00 %	95,97 %
AH2 4	94,75 %	95,04 %	97,84 %	95,40 %	99,27 %	96,71 %	100,00 %	96, 46 %

n.d. znamená nebylo provedeno

Příklad 7: Experimentální knock-out protokol pro stanovení genů bakterií H. pylori, které jsou podstatné jako potencionální terapeutické cíle.

Terapeutické cíle vybrané z genů, jejichž proteinové produkty se podílejí na podstatných buněčných dějích, jako je syntéza obalu, syntéza DNA, transkripce, translace, regulace a kolonizace/virulence.

• · • ·

126

Protokol delece částí genů/ORF bakterie H. pyloria inzerčních mutagenezí kazety kódující rezistenci na kanmycin se ve srovnání s publikovanmými metodami změnil (LabigneRoussel et al., 1988, J. Bacteriology 170, pp. 1704-1708; Cover et al., 1994, J. Biological Chemistry 269, pp. 1056610573; Reyrat et al., 1995, Proč. Nati. Acad. Sci. 92, pp

8768-8772) .

Identifikace a klonování genových sekvencí bakterie H. pyl ori .

Z genomové sekvence bakterie H. pylori se určily sekvence genů nebo ORF (otevřené čtecí rámce) vybrané jako knock-out cíle a použily se pro navržení primerů pro specifickou amplifikaci genů/ORF. Všechny syntetické oligonukleotidové primery (tabulka 13) se navrhly za použití programu OLIGO (National Biosciences, lne., Plymouth, MN 55447, USA) a získaly se od firmy Gibco/BRL Life Technologies (Gaithesburg, MD, USA) . Zvolily specifické primery (F1 a Rl), které lemují většinu nebo všechny ORF, což záleží na jeho velikosti. Jestliže ORF je menší než 800 až 1 000 párů baží, pak vybrané lemující primery leží vně otevřeného čtecího rámce.

·· • ·· ·· ·· ·· • · · · · · • · · · · · • · · ···· · • · · · · • ·♦ ·· ··

μ <

O

H

H

O < 5 <

< o < μ f- o o o o o μ <

< o o o o U u o < o o <

EE oo co

O O μ o < < < o

Ě<

sč o < o a O μ < o < <

>1 μ ή o c e <l>

•H i—f P Ή Oj O

co v

< _ <Ě o <

<Ě fcí

O <

o H O H H <

O O o μ O O O H

O υ f μ a < ~ u CZ < ^ω o £, o

o o

μ o

μ o o μ μ < o

Ο

Ό ó

z o o μ <

<

<

< o < o

U < Cl o < υ μ ú η υ ω - oo

127

Tabulka č. 13

Oligonukleotidové sekvence pro knock-out geny/ORF <

O o <

<

< <

< < o μ Η P o o o < u uS3

O

H <

<

<

<

Č £ o o a o o o ř— O O <

o μ < o < o μ <

Ě

8S® t^z o9 p θ' i řTl

Ή >. C O >0 d) o) e

O oj

CN u H < O 88 Ě<

υ o μ o

VH

O nJ > > μ O 0) α e <

H

O u

< < u o '0 I—I rM

Pd rd O fa

O <D <—I >N W O >

0) 2 U c Vití <D C CP

O

O <

o o

o

Η ^υ u cz < ω < 5S co co μ§ u2 o X o cz o ω o S3

CO co <

<

O < o PU <-/ o ί<ó o

H Q o O μ o co o _ < a < z 5 < < < Q <

co

C-l co < <

< - o ó o z ^υ μ í o o S o pczč O ω H U ČO

S§ μ * o a < cz < ^ω μ 53 o

'cl

CL μ CX < o W H μ 53μ μ

<

<

o

Η ^ϋ

O o o μ O < O O < < O < o <

to tn o °

O Cl < O gg

Os co μ ° μ ίο o o μ o o <1 u o a o μ σ <

co

Tabulka č. 13 pokračování ·· ·· » · · • · ·· ·· ·· » · · « » · ·· ··· · «

co co 52 <

ΐπ co o

Bg co o P o l· u O < < ω < P 52

< o <

P co < H co u o co o

z

Q σ

ω oo

CO <

<

co <

Η <

CO < CO O < co < co < o

’Τ

TI

TI ó

z

Q <y ω

(Z)

O co < < co H < O H' < < < H _ CO

<

CO co co

H

CO co co co co < co p

<

co

H co < P co < co co co co co co co co

co co

H

CO CO co < CO co p <

< <

< r co P co co <

u o

P< o < co co co < co co < co o

z

Q o

ω czi co <

<

CO ,

P co < < co co

H co < co <

co o < ^ω o 52 co co

m

TI

TI co <

<

co o p ω < &

co co <

<

Βΐ < < H H

CO CO “ CO CO O CO co < H

o :

< ¹ CO i < σ co pp <O < co co co < CO co co <

co <

<

co

P < co co co co P co <

< co H co co co ω

ϋVO oo co co co H co co <o co CO H co co po H ² < Q 0:7 co θ' co ω < 52 'ίο

TI ó

z

Q σ

ω (Λ

<

<

P co co co co < co co H co co o P ω o 52 co o§ ge

p. ω 5 52

co co

<

co

P co < H υ <

< H co co CO H co co < (r· co <

O\ o

TI ó

z

Q σ

ω

CZ3 τι co S

CO P co H <z>

co <

co

H co co

CO o < co

Ί· oo o

z

Q cx co (Z) m

oo o

z

Q σ

[O

H

CO co

H <

<

< Q co P σ\

Ό rΣ

H co co <

H < co co CO H CO

ti TI TI ó z < co Q σ ω (Z) < ΤΗ co 2 p^<_ S H č

TI

TI ó

z s

<y ω

izi

H <

H co co co co co z

<

<

<

P o u“ P co 52

H o CO <N rn r\] (N

O z

Ό <N

ΓΊ

L< O j? CO H Q

OhcO CO co P ω ÓOHČ

H Z CO Q < < O co ω < &

co co co co

H £

P < S

H CO <-> ^H & H CO ^ω - co 52

T~ o

TI ó

Z

H <

CO o

Z <N

H CO

H CO H

Η θ' co ω

CD <

CO

P <

co co co co co co < co co co < < < H <

«ΖΊ

ΓΊ

CN

Ó

Z

Q

O ω

Οΰ οο

ΓΊ < 00 ·· ·· * · · • ··· • · · · • · · • ·· · ·· •· ·· ·· • · · · · · • · · · · · • ·· ·· · · · • · · · · • ·· ·· ··

Tabulka č. 13 pokračování

130

Genomová DNA připravená z kmene HpJ99 bakterie Helicobacter pylori (ATCC55679) se použila jako zdroj templátové DNA při amplifikaci ORF pomocí PCR (polymerázovou řetězovou reakcí) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Příprava genomové DNA z bakterií H. pylori se popisuje v příkladu 1. PCR amplifikace probíhá tak, že do reakční zkumavky, která obsahuje 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KC1, 2 mM MgCl₂. 2 mikromolární oligonukleotidové primery (forward=Fl a reverzní-Rl), 0,2 mM každého deoxynukleotidtrifosforečnanu (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) a 1,25 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA) se přidalo 10 nanogramů genomové DNA kmene HpJ99, přičemž konečný objem je 40 mikrolitrů. PCR se provedla na tepelném cykleru Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600. Podmínky teplotních cyklů, které se používají, aby se dosáhlo amplifikace produktů DNA pro každý knock-out cíl, jsou uvedeny v tabulce č. 14.

Tabulka č. 14

Podmínky PCR

MurC denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 48 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhlo při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

Sig 54 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 50 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

• ·

131 lpxC denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 50 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

KO24, KO26, KO27 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 50,5 °C po dobu 20 vteřin a 72 °C po dobu 2 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

KO29, protein o molekulové hmotnosti 26 000 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 50,5 °C po dobu 20 vteřin a 72 °C po dobu 2 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

DnaE, glycyl denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 51 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

Gltx denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 51 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

KO2 8 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, • #·

132 cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 51 °C po dobu 15 vteřin a “2 °C po dobu 2 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

KO3 0 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 51,5 °C po dobu 15 vteřin a ^2 °C po dobu 1 min 45 vt..

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

MurI, MurG denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 52 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

DnaB, KdtA, IpxB denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 52 °C po dobu 15 vteřin a “2 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

Tsf, FlgE, FiiM, Sig28, MurB denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 52 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

PpiB denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 52 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 2,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

133

·· · ·

MurD, MurE, AlgA, MetL, FusA, SerS, Rnh denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

Po ukončení termických cyklických reakcí se každý vzorek amplifikované DNA vizualizoval na 2 % TAE agarózovém gelu obarveném v etidiumbromidu (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994) za účelem zjištění, zda v reakci vznikl produkt očekácvané velikosti. Amplifikovaná DNA se pak promyla a čistila se za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA.

Produkty PCR se klonovaly do vektoru pT7Blue T (katalogové číslo 69820-1, Novagen, Inc., Madison, WI, USA) za použití klónovací strategie TA (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Ligace produktu PCR do vektoru proběhla smícháním 6-ti násobného přebytku produktu PCR , 10 ng vektoru pT7Blue-T (Novagen), 1 mikrolitru pufru T4 DNA ligázy (New England Biolabs, Bevrly, MA, USA) a 200 jednotek T4 DNA ligázy (New England Biolabs), přičemž konečný objem byl 10 mikrolitrů. Ligace probíhala po dobu 16 hodin při teplotě 16 °C.

Ligační produkty se elektroporeticky zavedly (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994) kompetentních buněk bakterie E.coli XL-1 Blue nebo DH5-a (Clontech Lab., Inc. Palo Alto, Ca, USA) . 1 mikrolitr ligační reakce se smísil s 40 mikrolitry elektrokompeptntních buněk a aplikovaly se pulzy vysokého napětí (25 mukrofaradů, 2,5 kV, 200 ohmů), po • · · • · · • ·· · ·· •· ·· ·· • · · · · · • · · · ·· • · · «··· · • · · · · ·* ·· ··

134 kterých se vzorky inkubovaly v médiu SOC o objemu 0,45 ml (0,5 % kvasinkový extrakt, 2% trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM KC1, 10 mM MgCl_2ř 10 mM MgSO₄ a 20 mM glukóza) při teplotě 37 °C za stálého míchání po dobu jedné hodiny. Vzorky se pak nanesly na plotny s LB agarem (10 g/1 baktotryptonu, 5 g/1 bakto kvasinkového extraktu, 10 g/1 chloridu sodného) , které dále obsahují 100 mikrogramů/ml ampicilinu, 0,3 % X-gal a 100 mikrogramů/ml IPTG. Tyto plotny se inkubovaly přes noc při teplotě 37 °C. Vybraly se bílé kolonie rezistentní na ampicilin, kultivovaly se v 5 ml kapalné půdy LB, která obsahuje 100 mikrogramů/ml ampicilinu. Plazmidová DNA se izolovala za použití protokolu Qiagen miniprep (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Za účelem ověření, že se klonovaly správné inzerty bakterie H. pylori, se tato plazmidová DNA pT7Blue použila jako templát pro PCR amplifikaci klonovaných inzertů, za použití stejných forward a reverzních primerů (F1 a Rl), jako se používaly při iniciaci amplifikace sekvence kmene J99 bakterie H. pylori. Po vizualizaci PCR produktu a primerů na 2 % TAE etidiumbromidem obarveném agarózovém gelu se rozpoznaly správné velikosti produktu, což potvrdilo, že se klonovaly správné inzerty. Pro každý knock-out cíl se získaly dva až šest takových ověřených klonů, zmrazily se a uchovávaly se při teplotě -70 °C. Za účelem minimalizace chyby PCR se plazmidová PCR těchto ověřených klonů smíchala a použila se pro násleující klonování.

Sekvence genů/ORF se opět použily při navrhování druhého páru primerů (F2 a R2) , které lemují oblast DNA bakterie H. pylori, aby bala buď v ORF porušena nebo deletována (až 250 párů baží), primer se orientovalysměrem od sebe. Smíchaná kruhová plazmidová DNA, která se před tím izolovala z klonů, se použila jako templáty pro PCR. Protože orientace amplifikace tohot páru delečních primerů byla směrem od sebe,

135 ·· ·· • · · • · ·· • · · • · · «··· ·· • ·· ·· ·* ·· · · · · · · • · · · · ·· • · · · ···· · • · · * · · ··· ·* ·· ·· část ORF mezi primery nebyla zahrnuté do výsledného produktu PCR. Produkt PCR je kus lineární DNA, která na každém konci obsahuje DNA bakterie H. pylori, a mezi nimi leží kostra DNA vektoru pT Blue, což vede k deleci části ORF. Za účelem potvrzení, že se amplifikoval pouze jedne produkt správné velikosti, se produkt PCR vizualizoval na 1% TAE etidiumbromidem obarveném agarózovém gelu.

Kazeta kódující rezistenci na kanamycín (Labigne-Roussel et al., 1988, J. Bacteriology 170, pp. 1704-1708) se ligoval do tohoto produktu PCR pomocí způsobu TA klonování, který se použil už dříve (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Kazeta kódující rezistenci na kanamycín, které obsahuje gen rezistence na kanamycín pocházející z Campylobakter se získala tak, že se rekombinantí plazmid pCTB8:kan (Cover et al., 1994, J. Biological Chemistry 269, pp. 10566-10573) štěpil restrikční endonukleázou EcoR I. Na 1% TAE gelu se izoloval správný fragment o velikosti 1,4 kb a čistil se za použití extrakčního kitu QIAquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . U fragmentu se upravily konce Klenow fragmentem tak, že se do 20 mikrolitrové reakce smíchaly 4 pg fragmentu DNA, 1 mikrolitr dATP, dGTP, dCTP, dTTP v koncentraci 0,5 mM, 2 mikrolitry Klenow pufru (New England Biolabs) a 5 jednotek Klenow DNA polymerázy I velkého (Klenow) fragmentu (New England Biolabs). Vše se inkubovalo při teplotě 30 °C po dobu 15 minut a enzym se deaktivoval zahřátím při teplotě 75 °C po dobu 10 minut. Kanamycinová kazeta s tupými konci se pak čistila z použití Qiaquick kolony (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) za účelem odstranit nukleotidy. Převis ÓTÓ se připravil tak, že do 100 mikrolitrové reakce se smíchalo 5 mikrogramů kanamycinové kazety s tupými konci, 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KC1, 2 mM MgCl₂, 5 jednotek DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne. Branchburg, NJ, USA), 20 mikrolitrů 5 ·· ·· • · · • ··· • · · · • · · ···« ·· ·· ·· ·· • · · · • · ·· ··· * · •* · ·· ··

136 mM dTTP, vše se inkubovalo při teplotě 37 °C po dobu 2 hodiny. Kazeta Kan-T se čistila za použití kolony QIAquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Produkt PCR s delečními primery (F2 a R2) se ligoval do Kan-T kazety tak, že do 10 mikrolitrové reakce se smíchalo 10 až 25 ng PCR produktu, vzniklého za použití delečních primerů, 50 až 75 ng DNA kazety Kan-T, 1 mikrolitr 10 T4 DNA ligázové reakční směsi, 0,85 mikrolitrů T4 DNA ligázy (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) a vše se inkubovalo po dobu 16 hodin při teplotě 16 °C.

Ligační produkty se transformovaly elektroporací do buněk bakterie E.coli XL-1 Blue nebo DH5-oc, jak se popisuje shora v textu. Po přenosu bunšk do média SOC se buňky nanesly na plotny s LB agarem, které obsahují 100 mikrogramů/ml ampicilinu a kultivovaly se přes noc při teplotě 37 °C. K těmto plotnám se vytvořily duplikáty, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinu a také se nechaly kultivovat přes noc. Výsledné kolonie obsahovaly jak gen kódující rezistenci na ampicilin přítomný ve vektoru pT7Blue tak i nově zavedený gen kódující rezistenci na kanamycin. Kolonie se přenesly do LB média, které obsahuje 25 mikrogramů/ml kanamycinu a izolovala se plazmidová DNA za použití protokolu Qiagen miniprep (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Na těchto plazmidech se provedla řada testů pomocí amplifikace PCR za účelem ověření, že se do genu/ORF bakterie H. pylori zavedl kanamycin a aby se zjistila relativní orientace začlenění genu kódujícího rezistenci na kanamycin vzhledem k genu/ORF bakterie H. pylori. Za účelem ověření, že kanamycinová ikazeta se začlenila do sekvence bakterie H. pylori se plamidové DNA použily jako templáty při PCR amplifikací se sadou primerů (F1 a Rl) , které se původně použily při klonování genu/ORF bakterie H. pylori. Správný produkt PCR měl velikost deletovaného genu/ORF plus 1,4 kb, • · • ·

137 což odpovídá velikosti kanamycinové kazety. Aby se zabránilo opačným účinkům kazety kódující rezistenci na kanamycin na expresi genů bakterie H. pylori určila se orientace genu kódujícího rezistenci na kanamycin s ohledem na knock-out gen/ORF. Eventuálně se při transformaci buněk bakterie H. pylori použily obě orientace (uvedeno dále v textu). Aby se určila orientace inzerce genu, který kóduje rezistenci na kanamycin, navrhly se primery od konců genu pro rezistenci na kanamycin (Kan-1 5'-ATCTTACCTATCACCTCAAAT-3'(SEQ ID NO:

1285) a Kan-2 5' -AGACAGCAACATCTTTGTGAA-3' (SEQ ID NO:

1286) ). Relativní orientace kanamycinové kazety vzhledem k sekvenci bakterie H. pylori se určila použitím každého z klónovacích primerů (F1 a Rl) ve spojení s každým z primerů Kan (což tvoří čtyři kombinace primerů). Pozitivní klony se klasifikovaly jako buď s orientací označenou písmenem A (stejný směr transkripce existuje jak pro gen bakterie H.

pylori, tak pro gen kódující rezistenci na kanamycin) nebo je označena písmenem B (což znamená, že směr transkripce genu bakterie H. pylori je opačný ke směru transkripce genu pro rezistenci na kanamycin). Klony, které mají stejnou orientaci (A nebo B) se skombinovaly za účelem provedení dalších experimentů a nezávisle se transformovaly do buněk bakterie H. pylori.

Transformace plazmidové DNA do buněk bakterie H. pylori.

Pro transformaci se použily dva kmeny bakterie H. pylori: klinický izolát ATCC 55679, ze kterého pochází sekvenční databáze bakterie H. pylori a kmen AH244, což je izolát, který se pasážoval a má schopnost kolonizovat žaludek myší. Buňky určené pro transformaci se kultivovaly při teplotě 37 °C, v atmosféře 10 % CO₂, 100 % vlhkosti, buď na plotnách s krevním agarem nebo v v kapalné Brucellově půdě. Buňky se kultivovaly až do dosažení exponenciální fáze a pak • ·

138 se buňky smyčkou, se sledovaly pod mikroskopem, aby se stanovilo, které buňky jsou zdravé (aktivně se pohybující buňky) a nejsou kontaminované. V případě růstu na plotnách shromáždily seškrabáním z plotny sterilní suspendovaly se v 1 ml Brucellově půdy, centrifugovaly se (1 minutu, při nejvyšší rychlosti ependorfovy mikrocentrifugy) a resuspendovaly se v 200 mikrolitrech Brucellovy půdy. Po kultivaci v kapalné Brucellově půdě se buňky centrifugovaly (15 minut při 3 000 ot./min. v centrifuze Beckman TJ6) a buněčný pelet se resuspendoval v Brucellově půdě o objemu 200 mikrolitrů. Odebral se alikvot buněk, aby se stanovila optická hustota při vlnové délce 600 nm pro výpočet koncentrace buněk. Alikvot (1 až 5 OD₆₀₀ jednotek/25 mikrolitrů) resuspendovaných buněk se nanesl na předehřáté plotny s krevním garem (krev pochází z ovce) a plotny se dále inkubovaly při teplotě 37 °C, v atmosféře 6 % CO₂ a při 100 % vlhkosti po dobu 4 hodin. Po popsané inkubaci se na buňky naneslo 10 mikrolitrů plazmidové DNA (v koncentraci 100 mikrogramů na mikrolitr) . Paralelně se se nanesla i pozitivní (plazmidové DNA s genem ribonukleázy H přerušeným genem pro rezistenci na kanamycin) a negativní (bez plazmidové DNA) kontrola. Plotny se daly dále kultivovaly při teplotě 37 °C, v atmosféře 6 % CO₂ a po dobu dalších 4 hodin. Buňky se pak rozetřely na uvedené plotny stěrkou namočenou v brucellově půdě a kultivovaly se po dobu 20 hodin při teplotě 37 °C v atmosféře 6 % CO₂. Pak se buňky přenesly na plotny s krevním agarem (krev pochází z ovcí), které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinu a nechaly se růst po dobu 3 až 5 dnů při teplotě 37 °C v atmosféře 6 % CO₂ při 100 % vlhkosti. Když se objevily kolonie, izolovaly se a znovu se kultivovaly na čerstvých plotnách s krevním agarem, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinu.

• · · · • · · • · · · • · I • · « • · · · · ·

139

Provedly se tři sady PCR reakce (tři testy) za účelem ověření, že kolonie transformantů vznikly na základě homologní rekombinace ve správné pozici na chromozómu. Templát pro PCR (DNA z kolonií) se získal rychlým povařením. Alikvot kolonie (kolonie se vypíchla párátkem) se přenesla do 100 mikrolitrů 1% Tritonu X-100, 20 mM Tris, pH8,5 a povařil se po dobu 6 min. Přidal se stejný objem směsi fenolu : chloroformu (1 : 1) a směs se promýchala na vortexu. Směs se centrifugovala na mikrocentrifuze po dobu 6 min a supernatant se použil jako templátová DNA pro reakci PCR s kombinacemi následujících primerů, aby se ověřila homologní rekombinace správné polohy na chromozomu.

TEST 1: PCR s primery F1 a R1 (klónovací primery, které se původně použily při amplifikaci gen/ORF). Pozitivní výsledek homologní rekombinace ve správné pozici na chromozómu by měl ukázat jediný produkt PCR, jehož očekávaná velikost odpovídá velikosti deletovaného genu/ORF zvětšeného o velikost přidané kanamycinové kazety, což je 1,4 kilobází. Produkt PCR, který právě odpovídá velikosti genu/ORF, se prověřil, že gen nebyl knockoutován a že transformant není výsledek homologní rekombinace ve správném místě na chromozomu.

TEST 2: PCR s primerem F3 (primer navržený podle sekvencí upstream genu/ORF ) a buď s primerem Kan-1 nebo Kan2 (primery navržené podle konců genu pro rezistenci na kanamycin) v závislosti na skutečnosti, zda používaná plazmidová DNA má orientaci A nebo B. Pozitivní výsledek homologní rekombinace ve správné pozici na chromozómu sekvencí genu/ORF upstream od genu kanamycinové rezistence by měl vykazovat jediný produkt PCR, jehož očekávaná velikost odpovídá vzdálenosti od pozice F3 do místa začlenění genu rezistence na kanamycin. Ani produkt PCR ani produkt(y) PCR o • · • · » · · « k · · · • · · · « • · 4 • · · ·

140 nesprávné velikosti nepotvrdily, že plazmid se nezačlenil do správného místa ani že gen byl knockoutován.

TEST 3: PCR s primerem R3 (primer navržený podle sekvencí, které se nachází downstream genu/ORF) a buď~s primerem Kan-1 nebo Kan-2 v závislosti, zda se použila plazmidová DNA v orientaci A nebo B. Pozitivní výsledek homologní rekombinace se správnou polohou downstream od genu kanamycinové rezistence vykazuje jediný produkt PCR, jehož očekávaná velikost odpovídá vzdálenosti mezi místem začlenění genu pro rezistenci na kanamycin a downstream lokalizace primeru R3. Ani produkt PCR ani produkt(y) PCR o nesprávné velikosti nepotvrdily, že plazmid se nezačlenil do správného místa ani že gen byl knockoutován.

Geny, které nejsou podstatné pro přežití in vitronormálně vedou ke vzniku mnoha transformantů, jak bylo možno pozorovat u pozitivní kontroly genu ribonukleázy H. Libovolné transformanty, které vykazují pozitivní výsledky u všech třech shora popsaných testů vedou k závěru, že gen nebyl podstatný pro přežití in vitro.

Geny, které jsou podstatné pro přežití in vitro normálně vykazují velmi málo transformantů. Testovaly se všechny transformanty. Negativní výsledek libovolného ze tří shora popsaných testů pro každý transformant povede k závěru, gen nebyl poškozen a že gen byl podstatný pro přežití in vitro.

Ve skutečnosti ze dvou nezávislých transformantů nevznikla žádná kolonie, zatímco pozitivní kontrola s porušenou plazmidovou DNA ribonukleázy H produkuje transformanty. U plazmidová DNA se dále analyzovala pomocí PCR přítomnost DNA z populace transformantů před tím, než se nanesly na plotny za účelem vytvoření kolonií, aby se potvrdilo, že DNA může vstoupit do buněk a může dojít k homologní rekombinaci na správném místě. Plazmidová DNA se inkubovala podle dříve popsaného protokolu pro transformaci.

141

Neprodleně po inkubaci s plazmidovou DNA se z buněk bakterie H. pylori extrahovala DNA a použila se jako templáty při shora popsaných tetsech TEST 2 a TEST 3. Pozitivní výsledky v testech 2 a 3 potvrzují, že plazmidová DNA může vstoupit do buněk a způsobit homologní rekombinaci ve správní pozici na chromozómu. Jestliže TEST 2 a TEST 3 jsou pozitivní, pak se nezískaly vhodné transformanty, což ukazuje, že gen je podstatný a buňky, kde došlo k poškození tohoto genu, nejsou schopny tvořit kolonie.

Zjistilo se, že geny používané při těchto experimetech jsou podstatné, nepodstatné nebo se stále zkoumají, jak je uvedeno v tabulce č. 15.

Tabulka č. 15

Souhrn knokoutováných genů/ORF
gen	číslo uložení	podílí se na	status
rnh	P23329	transkripce	nepodstatný
ppiB	P29820	translace	nepodstatný
tsf	P34828	translace	podstatný
MurD	P14900	buněčný obal	podstatný
MurE	P22188	buněčný obal	podstatný
AlgA	P07874	virulence/kol onizace	nepodstatný
metL	P19358	biosyntéza aminokyselin- rodina aspartátů	nepodstatný
fusA	X16278	translace	podstatný
FlgE	U09549	virulence/kol onizace	nepodstatný- poškozená pohyblivost
FliM	M37691	virulence/kol onizace	nepodstatný- poškozená pohyblivost
MurC	U32794	buněčný obal	podstatný
dnaE	M10040	replikace DNA	podstatný
serS	X05017	translace	podstatný
giy	P00960	translace	podstatný
gltX	L14580	translace	podstatný
sig28(fliA)	M37691	regulační	nepodstatný-

142

		funkce	poškozená pohyblivost
sig54		regulační funkce	nepodstatný- poškozená pohyblivost
MurI	U12405	buněčný obal	podstatný
dnaB	D26185	replikace DNA	zkoumá se
MurG	D10602	buněčný obal	zkoumá se
lpxC/envA	U32794	buněčný obal	zkoumá se
kdtA	M86305	buněčný obal	zkoumá se
lpxB	U09549	buněčný obal	zkoumá se
KO24		podobný tioláze	zkoumá se
KO2 6		podobný tioláze	zkoumá se
KO27		podobný NADH dehydrogenáze respiračního řetězce	zkoumá se

Příklad 8: Klonování, čištění a charakterizace genu kódujícího cis-trans peptidylpropylizomerázu bakterie H. pyl ori.

Zjistilo se, že genom bakterie H. pylori obsahuje otevřený čtecí rámec (ORF) tvořený 170 aminokyselinami je homologní s ppi genem bakterie Synechococcus sp. (kmen PCC 7942) (NCBI číslo uložení P29820). Za účelem zhodnocená, zda tento ORF kóduje protin, který vykazuje aktivitu Ppiázy, se gen izoloval PCR amplifikačním klůónováním, exprimoval se v nadměrném množství v bakterii E.coli a protein se čistil až se dosáhlo homogenity. Aby se mohlo proběhnout čištění musel se na N-konec uvedeného ORF přidat polyhistidin tag. Vyvinul se jednoduchý test za použití PPIázy, aby se zhodnotila funkce balení proteinu, aby se mohl použít pro další tesetování léčiv v primárních testech s vysokou propustností.

Současně se třída PPIázy rozdělují do tří nepříbuzných rodin: cyklofilinů, vázající-FK506 (FKBP) a parvuliny. Ačkoli se mutanty PPIázy vyskytuji u kvasinek a ovocných mušek, pokusy o izolaci přerušených mutantů v bakterii Escherichia

143 coli nebyly úspěšné (Shieh, B.H., et al. (1989) Nátuře 338: 67-70). To naznačuje, že uvedená aktivita je podstatná pro životaschopnost bakterie.

Klonováni, exprese a čištění proteinu.

Aby se mohlo uskutečnit klonování, exprese a čištění genu ppi z bakterie H. pylori, použil se pro klonování a expresi rekombinantího ppi v bakterii E.coli silný expresivní systém, jako je systém pET. Při této studii sekvence ppi bakterie H. pylori obsahuje sekvenci DNA kódující gen His-Tag fúzovaný s 5'koncem genu v plné délce, protože proteinový produkt tohoto genu neobsahuje signální sekvenci a exprimuje se jako cytosolový protein.

Syntetický oligonukleotidový primer (5'TTATGGATCCAAACCAATTAAAACT-3' (SEQ ID NO: 1287)), který je specifický pro 5'konec genu ppi, kóduje místo BamHI na jeho nejvzdálenějším místě 5'-konce a primer (5'TATCTCGAGTTATAGAGAAGGGC-3' (SEQ ID NO: 1288)), který je specifický pro 3'konec genu ppi kóduje místo Xhol v jeho nej vzdálenějším místě 5'-konce. Genomová DNA připravená z kmene J99 bakterie Helicobacter pylori se použila jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikaci (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Za účelem amplifikace sekvence DNA, která obsahuje gen ppi bakterie H. pylori, se genomová DNA (50 nanogramů) přidala do reakční zkumavky, která obsahuje 2 mM MgCl₂, 1 mikromolární syntetické oligonukleotidové primery (forward a reverzní primery), které jsou komplementární a lemují definovaný ORF bakterie H. pylori, 0,2 mM každého deoxynukleotidtrifosforečnanu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 2,5 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), přičemž konečný objem je 100 mikrolitrů. Za účelem získání

144 amplifikovaných produktů se použily následující podmínky amplifikace pro každý ORF za použití termálních cyklerů Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600:

Podmínky amplifikace genu ppiB bakterie H. pylori: denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, dále 32 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 56 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.

reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 6 min.

Po ukončení termálních cyklických reakcí se amplifikovaná DNA promyla a čistila se za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Vzorek amplifikované DNA se štěpil restrikčními endonukleázami BamHI a Xhol (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). DNA se zpracovala na elektroforéze na 1,0 % NuSeive agarózovém gelu (FMC BioProducts, Rockland, ME USA) . DNA se vizualizovala obarvením etidiumbromidem a působením dlouhých vln UV záření. DNA, která se nachází v pruzích vyříznutých z agarózového gelu, se čistila za podle protokolu Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA).

Klonování, transformace, exprese a čištění genu PPI se provádí v podstatě, jak se popisuje v příkladech II a III shora v textu.

Test aktivity PPIázy.

Testování PPIázy se v podstatě popisuje v publikaci Fisher, G. et al., (1984) Biomed. Biochim. Acta 43: 11011111). Test měří cis-trans izomerizaci Ala-Pro vazby v • · ·

145 ··

testovaném peptidu N-sucinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-p-nitroanilid (Sigma # S-7388, lot #84H5805) . Test je spojen s achymotripsinem, kde se objevuje schopnost proteázy štěpit testovaný peptid pouze v případě, že vazba Ala-Pro je v poloze trans. Konverze testovaného peptidu na trans izomér se sleduje pomocí spektrofotometru Beckman Model DU-650 při vlnové délce 390 nm. Data se odečítala každou vteřinu s průměrným skenovacím časem 0,5 vteřiny. Testy proběhly v 35 mM Hepes, pH8,0, přičemž konečný objem je 400 mikrolitrů, s 10 mikromolárním α-chymotripsinem (typ 1 až 5 pocházejícího z bovinního pankreasu, Sigma # C-7762, lot 23H7020) a s 10 nM PPIázou. Aby došlo k iniciaci reakce, přidalo se k reakční směsi o objemu 390 μΐ 10 μΐ substrátu (2 mM N-sucinyl-AlaAla-Pro-Phe-p-nitroanilid v DMSO) při teplotě místnosti.

Test PPiázy v surovém bakteriálním extraktu.

ml kultury bakterie Helicobacter pylori (kmen J99) b Brucellově půdě se shromázždilo po dosažení střední logaritmické fáze růstu (OD_{600 nm} ~1) a resuspendovala se v lyzačním pufru s následujícími inhibitory proteáz: 1 mM PMSF a 10 μg/ml každé látky ze skupina, která zahrnuje aprotinin, leupeptin, pepstatin, TLCK, TPCK a inhibitor sojového trypsinu. Suspenze se třikrát zmrazila a rozmrazila (15 minut při teplotě -70 °C, pak 30 minut při teplotě místnosti) , pak následuje sonifikace (tři dvacetivteřinové pulzy). Lyzát se centrifugoval (při 12 000 x g po dobu 30 minut) a v supernatantu se testovala aktivita PPiázy.

Výsledky.

Gen PPI z bakterie H. pylori se exprimoval v bakterii E. coli za použití expresivního vektoru pET-28b od Novagenu (katalogové číslo # 69868-1). Exprimovaný rekombinantí • · • ·

146 protein se izoloval z rozpustné frakce bakteriálních buněk, které se poškodily kavitací v mikrofluidní cele pro poškozování buněk. Rekombinantí gen PPI exprimoval 100 mg proteinu. Rekombinantí protein se může čistit do dosažení jeho homogenity Ni²⁺ chelátovou chromatografií a gelovou filtrací. Rekombinantí protein migruje na sodium dodecylsulfárových polyakrylamidových gelech jako jediný pruh, jehož molekulová hmotnost je 21 000. Molekulová hmotnost dedukovaná z genové sekvence je 20 975.

Aktivita PPiázy se testovala za použití chromogenního tripeptidového substrátu N-sucinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-pnitroanilidu. S izolovaným enzymem se měřila počáteční rychlost 4,9 pmolů/min/mg proteinu (obr. č. 5). To odpovídá hodnotě k_cat 1,6 vt'¹, která je podobná hodnotě získané pro PPIázu bakterie E.coli (Liu, J and Walsh, C.T. (1990) Proč. Nati. Acad. Sci USA 87: 4028-4032) a hodnotě získané z prasečích ledvin (Fisher, G. (1989) Nátuře 337: 476_478).

Rekombiantní protein má vysokou katalytickou účinnost 2,06 x 10⁹ M'¹s'¹, kdy test se měří při teplotě 25 °C. Tyto hodnoty jsou jednou až dvojnásobně vyšší než hodnoty pozorované jiné charakterizované PPIázy. Při těchto studiích ppiázový tesu proběhl při teplotě 10 °C, což mohlo přizpět k rozdílu. Katalitická účinnost je velmi blízká hodnotám 1 x 10⁸ až 1 x 10⁹ M^-1s^_1 horního difuzinálního limitu pro kineticky perfektní enzymy (Albery, W.J. and Knowles, J.R. (1976) Biochemistry 15: 5631-5640) a nejméně jedno měření naznačuje, že PPIáza bakterie H. pylori je vysoce účinný katalyzátor cis-trans izomerizace vazby Ala-Pro v oligopeptidovém substrátu.

Přítomnost aktivity PPiázy se zjistila také v extraktu bakterie H. pylori. Aktivita PPiázy se detekovala stejným testem jako v případě rekombinantního proteinu a je nezávislá a koncentraci přidaného extraktu (obr. č. 6).

• · • · • · · ··· ·· ···· ·« ··· ·· ··

147

Tyto výsledky ikazují, že PPIázová aktivita se měří buď v extraktech bakterie H. pylori nebo v rekombianntím proteinu bakterie E.coli. Vysoká katalytická účinnost také ukazuje, že enzymy bakterie H. pylori, jako je PPIáza, se mohou exprimovat ve velkém množství a s vysokou aktivitou v bakterii E.coli. Takový vyskoký výtěžek proteinu se může použít pro navržení různých primárních testů skenování léčiv s vysokou propustností.

Příklad 9: Klonování, čištění a charakterizace genu kódujícího glutamátovou racemázu bakterie H. pylori.

Zjistilo se, že genom bakterie Helicobacter pylori obsahující otevřený čtecí rámec (ORF), který tvoří 255 aminokyselin, je homologní s genem glutamátové racemázy (dga) bakterie Staphylococcus haemolyticus (NCBI číslo uložení U12405) a s genem murl bakterie E.coli, který kóduje v tomto oragnizmu aktivitu glutamátové racemázy. Za účelem zhodnocení, zda tento ORF bakterie H. pylori kóduje protein s aktivitou glutamátové racemázy, uvedený gen se izoloval PCR amplifikačním klonováním, v nadbytku se exprimoval v bakterii E.coli a protin se čistil až do dosažení homogenity. Připravil se jednoduchý test aktivity glutamátové racemázy, která způsobuje izomerizaci D-glutamové kyseliny na Lglutamovou kyselinu. Tento test umožňuje čištění proteinu a může se použít při skenování léčiv.

Při studii poškození genu se zjistilo, že ORF bakterie H. pylori je podstatný pro životaschopnost buněk bakterie H. pylori v laboratorní kultuře (příklad 7, uvedený shora v textu). Proto se očekává, že inhibice enzymatické aktivity bude pro organizmus letální. Takové inhibitory se pak mohou využít při antimikrobiální terapii lidských infekčních onemocnění.

• ·

148

Klónování genu murl bakterie H. pylori, který kóduje glutamátovou racemázu.

PCR amplifikačním klonováním se izolovala DNA sekvence obsahující 765 párů baží, která kóduje gen murl bakterie H. pylori. Při amplifikaci genu murl bakterie H. pylori se použily syntetický oligonukleotidový primer (5'AAATAGTCATATGAAAATAGGCGTTTTTG-3' (SEQ ID NO: 1289)), který kóduje restrikční místo Ndel a 5'konec genu murl, a primer (5'-AGAATTCTATTACAATTTGAGCCATTCT-3' (SEQ ID NO: 1290)), který kóduje restrikční místo EcorI a 3'konec genu murl, a jako templátová DNA se použila genomová DNA připravená z kmene J99 bakterie H. pylori. PCR amplifikační reakce proběhly podle protokolu uvedeném v publikaci Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994. Za účelem amplifikace sekvence DNA obsahující gen murl, se do každé ze dvou reakčních zkumavek, které obsahují 1,0 mikromol každého syntetického oligonukleotidového primeru, 2,0 mM MgClž každého deoxynukleotidtrifosforečnanu (dATP, dGTP, dCTP a DTTP) a 1,25 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), přidala genomová DNA (25 nanogramů), přičemž konečný objem je 50 mikrolitrů. Za účelem získání amplifikačních produktů DNA genu murl za použití termického cykléru Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 se amplifikační reakce provedla za podmínek:

Podmínky amplifikace genu murl bakterie H. pylori; denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, dále 30 °C po dobu 30 vteřin a 72 °C po dobu 15 vteřin cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 53 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 15 vteřin reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.

• · • ·

• · · · · * • ··· · · • · · · · · a « · · · • ·· · · · · · ·

149

Po ukončení termických cyklických reakcí se amplifikovaná DNA promyje a čistí se za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Vzorek amplifikované DNA se štěpí restrikčními endonukleázami Ndel a EcoRI (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994). Vzorky DNA z každé ze dvouch reakčních směsí se spojily a podrobily se elektroforéze na 1,0% agarózovém gelu SeaPlaque (FMC BioProducts, Rockland, ME USA). DNA se vizualizuje tak, že se gel obarví etidiumbromidem a vystaví se dlouhovlnému UV záření. Amplif ikovaná DNA kódující gen murl bakterie H. pylori se izolovala z vyříznutých proužků agarózového gelu a čistila se podle protokolu Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA) .

Klonování sekvencí DNA bakterie H. pylori do prokaryontního expresivního vektoru pET-23.

Pro účely klonování nebo přípravyplazmidu se vektor pET23b pomnožil v libovolném kmenu bakterie E.coli K-12, např.HMS174, HB101, JM109, DH5ct atd. . Hostitelé vhodné pro expresi zahrnují kmeny bakterie E.coli, které obsahují na chromozomu kopii genu T7 RNA polymerázy. Těmito hostiteli jsou lyzogeny bakteriofágu DE3, deriváty bakteriofága lambda, které nesou gen láci, promotor lacUV5 a gen T7 RNA polymerázy. T7 RNA polymeráza se indukuje přidáním izopropylB-D-tiogalaktozisu (IPTG) a T7 DNA polymeráza dokáže přepsat libovolný cílový plazmid, jako je pET-28b, který nese gen, o nějž je zájem. Mezi kmeny, které se používaly podle vynálezu patří: BL21(DE3) (Studier, F.W., Rosenberg, A.H., Dunn, J.J., and Dubendorff, J.W. (1990) Methods in Enzymology 185, 6089) .

150

Vektor pET-32b (Novagen, lne., Madison, WI, USA) se připravil pro klonování štěpením restrikčními enzymy Ndel a EcorI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Po štěpení se amplifikovaný fragment DNA izolovaný z agarózového gelu, který nese gen murl, se klonoval ((Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994) do štěpeného expresivního vektoru pET-23b. Produkty ligační reakce se pak použily pro transformaci kmene BL21(DE3) bakterie E.coli.

Transformace kompetentích bakterií rekombinantími plazmidy.

Kompetentí bakterie E.coli kmen BL21 nebo E.coli kmen BL21(DE3) se transformovaly rekombinantím expresivním plazmidem pET23-murT, který nese klonovanou sekvenci bakterie H. pylori podle standardních metod (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994) . 1 μΐ ligační reakce se smíchá s 50 mikrolitry elektrokompetentních buněk a aplikují se na ně pulzy vysokého napětí. Po té se vzorky inkubují v SOC mediu o objemu 0,45 mililitrů (0,5 % kvasinkový extrakt, 2,0% trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM KC1, 10 mM MgC12, 10 mM Mgso4 a 20 mM glukóza) při teplotě 37 °C za stálého míchání po dobu jedné hodiny. Vzorky se pak nanesou na plotny s LB agarem, které obsahují 100 mikrogramů/ml ampicilinu a kultivují se přes noc. Transformované kolonie BL21 se izolují a analyzují se inzerované klony, jak se popisuje dále v textu.

Identifikace rekombinantích expresivních plazmidů pET, které nesou sekvence bakterie H. pylori.

Jednotlivé klony BL21 transformované rekombinantím pET23-murI se analyzovaly amplifikací PCR klonovaného inzertu za

151 použití stejných forward a reverzních primerů, které jsou specifické pro každou sekvenci bakterie H. pylori, jako se používaly při původní PCR amplifikačních klónovacích reakcích. Úspěšná amplifikace potvrzuje integraci sekvencí bakterie H. pylori do expresivního vektoru ((Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994).

Izolace a příprava plazmidové DNA z transformantů BL21.

Kolonie nesoucí vektory pET-23-murJ se vypíchly a inkubovaly se v 5 ml LB půdy se 100 mikrogramy/ml ampicilinu přes noc. Následující den se izolovala a čistila plazmidová DNA za použití protokolu Qiagen pro čištění plazmidů (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Klonování a exprese operonu groE bakterie E.coli.

Ukázalo se, že kooperace genu murl bakterie E. coli s geny operonu groE bakterie E.coli redukuje tvorbu nerozpustných inkluzních tělísek, které obsahují glutamátovou racemázu (Ashiuchi, M., Youshimura, T., Kitamura, T., Kawata, Y., Nagai, J., Gorlatov, S., Esaki, N. and Soda, K., 1995, J. Biochem. 117, 495-498). Operon groE kóduje dva proteiny GroE (97 aminokyselin) a GroEL (548 aminokyselin), které jsou molekulovými chaperony. Molekulární chaperony se podílí na balení nových polypeptidových řetězců (F. Ulrich Hartl, 1996, Nátuře London 381, pp. 571-580).

PCR amplifikačním klonováním se izolovala sekvence DNA o velikosti 2 210 bp, která kóduje operon groE bakterie E.coli (NCBI číslo uložení X07850). Při amplifikaci operonu groE bakterie E.coli se použil syntetický oligonukleotidový primer (5'GCGAATTCGATCAGAATTTTTTITCT-3' (SEQ ID NO: 1291)), který kóduje restrikční místo EcoRI a 5'konec operonu groE obsahující endogenní promotorovou oblast operonu groE, a

152 ·· ·· • · · · • · ·· primer (5'-ATAAGTACTTGTGAATCTTATACTAG-3' (SEQ ID NO: 1292)), a 3'konec genu groEL, jako templátová DNA se kmene MG1655 bakterie který kóduje restrikčni místo Seal který je obsažen v operonu groE, a použila genomová DNA připravená z

E.coli. PCR amplifikační reakce proběhly podle protokolu uvedeném v publikaci Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994. Za účelem amplifikace sekvence DNA obsahující operonu groE bakterie E. coli, se do každé ze dvou reakčních zkumavek, které obsahují 0,5 mikromolů každého syntetického oligonukleotidového primerů, 1,5 mM MgCl₂ každého deoxynukleotidtrifosforečnanu (dATP, dGTP, dCTP a dTTP) a 2,6 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Expanded High Fidelity PCR System, Boehringer Mannheim, Indianapolis, Indiana), přidala genomová DNA (12,5 nanogramů), přičemž konečný objem je 50 mikrolitrů. Za účelem získání amplifikačních produktů DNA operonu groE za použití termického cykléru Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 se amplifikační reakce provedla za podmínek:

Podmínky amplifikace a klonování operonu groE bakterie

E. coli;

denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, dále 30 °C po dobu 30 vteřin a 72 °C po dobu 2 minuty cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 2 minut reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 8 min.

Po ukončení termických cyklických reakcí se amplifikovaná DNA promyje a čistí se za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Vzorek amplifikované DNA se štěpí restrikčními endonukleázami Seal a

153 ·· ·· · ·· ·· • · · ···· · · · • ··· · · · · · • · ·· · · · · ··· · ··· ··· ·· ···· · · · · · · · · ·

EcoRI (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994) . Vzorky DNA z každé ze dvouch reakčních směsí se spojily a podrobily se elektroforéze na 1,0% agarózovém gelu SeaPlaque (FMC BioProducts, Rockland, ME USA). DNA se vizualizuje tak, že se gel obarví etidiumbromidem a vystaví se dlouhovlnému UV záření. Amplifikovaná DNA kódující gen murl bakterie H. pylori se izolovala z vyříznutých proužků agarózového gelu a čistila se podle protokolu Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA) .

Fragment DNA EcoRI až Seal, který obsahuje operon groE bakterie E. coli se klonoval do odpovídajících míst expresivního vektoru pACYC184 (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) za vzniku pACYC18 4-gro£'. Kmen BL21 (DE3) bakterie E: coli se transformoval rekombinantím plazmidem pACYC184-groF. Izoloval se transformant rezistentní na tetracyklin, který v nadměrné míře exprimuje proteiny o M_r okolo 14 000 (GroES) a M_r okolo 60 000 (GroEL).

Transformace kmene BL21(DE3) bakterie E. coli nese plazmid pACYC-groF bakterie E. coli.

Kompetentní bakterie odvozené z klonu kmene BL21(DE3), které nesou plazmid pACYC-gro£ se transformovaly 50 nanogramy DNA plazmidu pET23-murJ, který se izoluje jak se popisuje shora v textu ((Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Izoloval se klon BL21(DE3) , který nese oba expresivní plazmidy pACYC-groF a pET23-murJ, a použil se při expresi rekombinantní glutamátové racemázy, jak se popisuje dále v textu.

Exprese rekombinantího genu murl bakterie H. pylori.

• ·

154

Bakteriální klon BL21(DE3), který nese oba expresivní plazmidy pACYC-groF a pET23-murJ se kultivoval v LB půdě doplněné 1,0 mM D,L-glutamovou kyselinou a 100 gg/ml ampicilinu a 10 μg/ml tetracyklinu při teplotě 30 °C až do dosažení hodnoty optické hustoty při vlnové délce 600nm 0,5 až 1,0 jednotek O.D., v tomto bodě se do kultury přidal isopropyl-beta-D-tiogalaktosid (IPTG) tak, aby konečná koncentrace byla 1,0 mM. Buňky se kultivovaly přes noc, aby se indukovala exprese rekombinantních konstrukcí DNA bakterie H. pylori.

Po indukci exprese genu IPTG se bakterie centrifugovaly na centrifuze Sorvall RC-3B při 3 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C. Pelety se resuspendovaly v 50 ml chladného 10 mM Tris-HCl, pH 8,0, 0,1 M NaCl a 0,1 mM EDTA (pufr STE). Buňky se centrifugovaly při 2 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C. Pelety se vážily (průměrná vlhká váha je 6g/l) a dále zpracovávaly za vzniku čistého rekombinantního proteinu, který se popisuje dále v textu.

Čištění rozpustné glutamátové racemázy.

Všechny kroky proběhly při teplotě 4 °C. Buňky se suspendovaly ve 4 objemech lyzačního pufru (50 mM fosforečnan draselný, pH 7,0, 100 mM NaCl, 2mM EDTA, 2 mM EGTA, 10 % glycerol, 10 mM D, L-glutamová kyselina, 0,1 % βmerkaptoetanol, 200 gg/ml lysozymu, 1 mM PMSF a 10 μg/ml každé látky ze skupiny, která obsahuje leupeptin, aprotinin, pepstatin, L-l-chloro-3-[4-tosylamido]-7-amino-2-heptanon (TLCK) , L-l-chloro-3-[4-tosylamido]-4-fenyl-2-butanon (TPCK) a inhibitor sojového trypsinu. Buňky se dále otevřely třinásobným průchodem přes mikrofluidizér s malým objemem (Model M-110S, Microfluidics International Corporation, Newton, MA) . Výsledný homogenát se naředil jedním objemem

155

pufru A (lOmM Tris-HCl pH7,0, 0,1 mM EGTA, 10 % glycerol, 1 mM DL-glutamová kyselina, 1 mM PMSF, 0,1 % betamerkaptoetanol) , za vzniku 0,1 % Brij-35 a centrifugoval se (při 100 000 x g, po dobu 1 hod) až vyčeřil supernatant (surový extrakt).

Po filtraci přes filtr s póry o velikosti 0,80 pmse extrakt nanesl přímo na Q-Sepharózovou kolonu o objemu 20 ml, které se před tím uvedla do rovnováhy pufrem A, který obsahuje 100 mM NaCl a 0,02 % Brij-35. Kolona se promyla 100 ml (což odpovídá 5 objemům lože) pufru A , který obsahuje 100 mM NaCl a 0,02 % Brij-35, pak se extrakt vymyl 100 ml lineárního gradientu zvyšující se koncentrace NaCl (od 100 do 500 mM) v pufru A. Pruh s molekulovou hmotností M_r = 28 000, který odpovídá glutamátové racemáze, což je produkt rekombinantího genu murl bakterie H. pylori, který se eluuje při koncentračním gradientu přibližně 200 až 280 mM NaCl. U jednotlivých frakcích na koloně se pak charakterizovala aktivita glutamázové racemázy (dále v textu se tento test popisuje) a proteinový profil frakcí se analyzoval na 12 % akrylamidových SDS-PAGE gelech.

Frakce obsahující glutamátovou racemázu se skombinovaly ze 70 % se saturovaly pevným (NH₄)₂SO₄, míchaly se po dobu 20 minut a pak se centrifugovaly při 27 000 x g po dobu 20 minut. Výsledný pelet se resuspendoval v lyzačním pufru, přičemž konečný objem byl 8 ml a nanesl se přímo na kolonu gelové filtrace o objemu 350 ml (2,2 x 92 cm), kde se používá médium Sephacryl S-100HR ekvilibrované pufrem B (10 mM Hepes pH 7,5, 150 mM NaCl, 0, 1 mM EGTA, 10 % glycerol, 1 mM D, Lglutamová kyselina, 0,1 mM PMSF, 0,1% beta-merkaptoetanol) a procházela kolonou rychlostí 30 ml/hod. Frakce, kde se zjistilo, že vykazují aktivitu glutamátové racemázy se spojily a přidalo se 0,5 objemu pufru C (10 mM Tris pH 7,5, 0,1 mM EGTA, 10 % glycerol, 1 mM D, L- glutamová kyselina, 0,1

156 ·· · · • · «· *· mM PMSF, 0,1 % B-merkaptoetanol)(který má redukovat koncentraci NaCl na 100 mM) a nanesl se na kolonu vysokotlaké kapalinové chromatografie MonoQ 10/10, která je ekvilibrována pufrem C, který obsahuje 100 mM NaCl. Kolona se promyla uvedeným pufrem o objemu, který se rovná 5-ti násobku objemu podloží, a eluovala se 40 ml lineárního gradientu NaCl (od 100 do 500) . Eluovaná glutamátová racemáza tvoří ostrý pík při koncentraci NaCl 310 mM. Frakce vykazující aktivitu glutamátové racemázy se spojily, zakoncentrovaly se dialýzou proti pufru, který je vhodný pro uchovávání (50 % glycerol, 10 mM 3-(N-morfolino-propansulfonová kyselina (MOPS) pH7,0, 150 mM NaCl, 0, 1 mM EGTA, 0,02 % Brij-35, 1 mM ditiotreitol (DTT)), a uchovávají se při teplotě -20 °C.

Testování aktivity glutamátracemázy.

Konverze D-glutamátu na L-glutamát (test párování dvou enzymů).

Aktivita glutamátracemázy, což je interkonverze enentiomérů glutamové kyseliny, se měřila za použití Dglutamové kyseliny jako substrátu. Metoda podle Gallo and Knowles (Gallo, K.A. and Knowles, J.R., 1993, Biochimistry 32, 3981-3990), která se používá k měření aktivity glutamátracemázy u bakterií Lactobacillus fermenti se adaptovala pro měření aktivity glutamátracemázy produktu genu murl bakterie H. pylori, který se izoloval jako rekombinantí protein z bakterií E. coli. V tomto testu je měření aktivity glutamátracemázy spojeno se změnou OD ve viditelném rozmezí v sérii párových reakcí s aktivitami Lglutamáthydrogenázy (redukce NAD na NADH) a diaforázy (redukce barviva p-jodonitrotetrazoliová violeť, INT). Počáteční rychlosti se určily následným zvýšením absorbance při vlnové délce 500 nm v reakci o objemu 200 μΐ, která

157 obsahuje 50 mM Tris-HCl, pH7,8, 4 % (o/o) glycerolu, 10 mM

NAD, 2 mM INT, 60 jednotek/ml L-glutamátdehydrogenázy, 5 jednotek/ml diaforázy a různé koncentrace jiného substrátu (od 0,063 mM do 250 mM D-glutamové kyseliny.nebo čištěný enzym (od 1 pg do 50 pg) . Po předinkubaci všech reakčních činidel mimo buď substrátu nebo (D-glutamové kyseliny) nebo enzymu (produkt genu murl} po dobu 5 minut se iniciovaly reakce přidáním chybějících ingredience (to je enzymu nebo substrát, když je to nutné) a zvýšení optické hustoty při vlnové délce 500 nm se měřilo na přístroji Microplate Spectrophotometer System (Molecular Devices, Spectra MAX 250). Měření následovalo po 20 minutách a počáteční rychlosti se odvodily z výpočtu maximální strmosti zvýšení absorbance. Pérovací reakce se může z obecnit náseldovně:

1) D-glutamát -> L-glutamát glutamátracemáza

2) L-glutamát + H₂O+ NAD⁺ -> 2-oxoglutarát + NH₃ + NADH

L-glutamátdehydrogenáza

3) NADH + INT —> NAD⁺ + foramazan (zbarvení) diaforáza

Konverze D-glutamátu na L-glutamát (spřažený test jednoho enzymu).

V tomto testu konverze D-glutamové kyseliny na Lglutamovou kyselinu je spojená s konverzí L-glutamové kyseliny a NAD⁺ pomocí L-glutamatdehydrogenázy na 2oxoglutarát amonia. Produkce NADH se měří jako zvýšení absorbance při vlnové délce 340 nm (redukce NAD⁺ na NADH) při teplotě 37 °C. Standardní testovací směs (opravená od Choi, S-Y., Esaki, N., Yoshimura, T., and Soda, K., 1991, Protein

Expression and Purification 2, 90-93) obsahuje 10 mM Tris«· ·* » 4 · • · ·· • * · • ·· ·* ··

>··· ·· • ··

158

HC1, pH7,5, 5 mM NAD+, 5 jednotek/ml L-glutamátdehydrogenázy, různé koncentrace substrátu D-glutamové kyseliny (0,063 mM až 250 mM) a čištěný rekombinantní enzym bakterie H. pylori glutamátracemázu (1 pg až 50 pg) . Všechny ingredience testu se inkubovaly po dobu 37 °C po dobu 5 minut a reakce se započala přidáním buď substrátu D-glutamové kyseliny nebo rekombinantní glutamátracemázy. Změna absorbance při vlnové délce 340 nm se měřila na přístroji Spectra MAX 250. Počáteční rychlosti se odvodily z počátečních směrnic. Spřažené reakce se mohou sumarizovat do:

1) D-glutamát glutamátracemáza

2) L-glutamát + H₂O+ NAD⁺ -> 2-oxoglutarát + NH₃ + NADH

L-glutamátdehydrogenáza

Výsledky

1) Exprese genu murl bakterie H. pylori v buňkách E. coli

Za účelem testování biochemických vlastností glutamátracemáza bakterie H. pylori se exprimovala v nadměrné míře v bakterii E. coli a čistila se. Za přítomnosti GroES a GroEL v bakterii E.coli se glutamátracemáza exprimovala jako rozpustný protein. Z intenzity proteinového pruhu po SDSPAGEse odhadlo, že z litru kultury se produkovalo 20 mg rozpustného proteinu Murl. V kontrolní dráze na gelu, kde se nachází extrakty z buněk transformovaných vektorem pET, kterým chybí inzert murl, se neobjevil žádný pruh, jenž svou molekulovou hmotností odpovídá molekulové váze proteinu murl. Přidání 1 mM DL-glutamové kyseliny během kultivace exprimujicích buněk zvýšilo zjevnou expresi přibližně na pěti-násobek.

159 ·· ·« • · · • ··· ♦ · · · • · · ·»«« ·· ·· ·· ·· • · · · · • · · · ·· • ·* · · · · 4 • β · · « ·· ·· ··

2) Čištění rekombinantního proteinu murl bakterie H. pylori.

Murl se čistil chromatografií s výměnou kationtů a gelovou filtrací. Při analýze na SDS-PAGE čištěný protein migroval jako jedno specie polypeptidu se zjevnou molekulovou hmotností 29 000, což ve shodě s pžedpovězenou hmotností 28 858.

3) Kinetické vlastnosti rekombinantího enzymu murl bakterie H. pylori. Kinetická konstanta případě rekombinantí glutamátracemázy se odhadla testování její aktivity při různých koncentracích proteinu a D-glutamové kyseliny, jak se popisuje shora v textu. Čištěná rekombinantí glutamátracemáza bakterie H. pylori vykazuje V_max přibližně 300 nmolů/min/mg proteinu (kcat=8,6 min’¹) a K^, přibližně 100 μΜ D-glutamátu. Ačkoli hodnota V_max je nižší než hodnota pozorovaná pro vysoce čištěnou glutamázovou racemázu z některých jiných bakteriálních druhů, Km v případě D-glutamové kyseliny je vyšší než je hodnota pozorovaná v případě enzymu izolovaného z většiny jiných specií, což vede ke katalytické účinnosti (kcat/Km), která je typická pro čištěný přípravek z bakterií E. coli a P. Pentococcus.

4) Charakterizace proteinu Murl: Inhibice L-serinu-0sulfátu, o kterém je známo, že inhibuje murl z bakterie E. coli. Enzym se inkuboval v přítomnosti 20 mM L-serin-Osulfátu a v různých časových úsecích se odebíraly alikvóty pro stanovení reziduální aktivity. Počáteční rychlost čištěného rekombinantího proteinu murl bakterie H. pylori se určila pomocí sdružovacího testu jednoho enzymu a následující inkubací s inhibitorem L-serin-O-sulfát (LSOS) o koncentraci 20 mM, přičemž na osu x se vynáší čas. Inkubace kontroly se provedla stejným způsobem, ale bez přítomnosti LSOS. Jak je

160 ·· ·· • · · • ··· • · · · • · · ···· ·· • ·· ·· ·· ·· · · · · · · • · · · · ·· • · · · ··· · · • · · · · · ··· ·· ·· ·· zobrazeno na obrázku č. 7, glutamátracemáza bakterie H. pylori se může snadno deaktivovat inhibitorem.

Aplikace aktivity glutamátracemázy při primárních skríningových testech s vysokou průchodností.

Shora popsané testy měření glutamátracemázové aktivity v bakterii H. pylori se provedly na plotnách s 96 buňkami, ve kterých probíhá více reakcí najednou. Měření aktivity ve více buňkách umožňuje rychlou analýzu schopnosti inhibovat glutamátracemázovou aktivitu u řady sloučenin. Látky, které inhibují glutamátracemázovou aktivituse mohou aplikovat jako nová antibiotika a jsou vhodná pro léčbu a eradikaci bakteriálních infekcí u lidí (např. bakteriemi H. pylori. Pro kalibraci testů s nízkým záchytem se může používat řada známých inhibitorů glutamátracemázy, což umožňuje identifikaci novýc látek, které mají vlastnosti vhodné pro terapii lidí in vivo.

TV fy

SEKVENČNÍ PROTOKOL (1) OBECNÍ INFORMACE:

(i) PŘIHLAŠOVATEL:

(A) JMÉNO: Astra Aktiebolag (B) ULICE:

(C) MĚSTO: Sodertalje (D) ZEMĚ:

(E) STÁT: ŠVÉDSKO (F) PSČ: S-151 85 (ii) NÁZEV VYNÁLEZU: NUKLEOVÁ KYSELINA A SEKVENCE AMINEKYSELIN TÝKAJÍCÍ SE HELICOBACTER PYLORI A JEJICH VAKCINEVÉ KOMPOZICE (iii) POČET SEKVENCÍ: 394 (iv) KORESPONDENČNÍ ADRESA:

(A) JMÉNO: LAHIVE & COCKFIELD (B) ULICE: 28 State Street (C) MĚSTO: Boston (D) STÁT: Massachusetts (E) ZEMĚ: USA (F) PSČ: 02109-1875 (v) STROJNĚ ČITELNÁ FORMA:

(A)	TYP MEDIA	: CD/ROM ISO9660
(B)	COMPUTER:
(C)	OPERAČNÍ	SYSTEM:
(D)	SOFTWARE:

(vi) STROJNĚ ČITELNÁ FORMA:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: PCT/US97/05223 (B) DATUM PODÁNÍ: 27.03.1997 (vii) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/625,811 (B) DATUM PODÁNÍ: 29.03.1996 (viii) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/758,731 (B) DATUM PODÁNÍ: 02.04.1996 (ix) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/736,905 (B) DATUM PODÁNÍ: 25.10.1996 (x) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/738,859 (B) DATUM PODÁNÍ: 28.10.1996 (xi) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/761,318 (B) FILING DÁTE: 06.12.1996 (xii) INFORMACI O ZÁSTUPCI:

162

(A) JMÉNO: Mandragouras, Amy E.

(B) REG. Č. : 36,207 (C) REFERENCE/ČÍSLO SPISU: GTN-009C2PC (xiii) TELEKOMUNIKAČNÍ INFORMACE:

(A) TELEFON: (617)227-7400 (B) TELEFAX: (617)227-5941

2) INFORMACE	PRO SEQ ID	NO: 5:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 324	párů bázi
(B)	TYP: nukleová kyselina
(C)	DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii) DRUH	MOLEKULY:	genomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...324 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:5:

TATCAAATCT TAAACCAAAG AAAAACCATG AAAAAAGTCC TCTTACTAAC TCTCTCTCTC TCTCTCTCGT TTTGGCTCCA CGCTGAAAGG AACGGATTTT ATTTAGGTTT AAATTTTGCA GAAGGAAGCT ATATTCAAGG ACAAGGTAGC ATCGGCGAAA AAGCTTCAGC AGAAAACGCC TTAAATCAAG CGATCAATAA CGCACAAAAT TCATTATTCC CTAACACACA AGCCATAAGA GATGTGCAAA ACGCCTTAAA TGCAGTGAAA GATTCAAACA AAATCGCTAA CCGATTCGCA GGAAATGGTG GATCGGGCGG TATT (2)

INFORMACE PRO SEQ

ID NO:10:

120

180

240

300

324 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 765 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová genomová DNA (ii) DRUH MOLEKULY:

(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS:

Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...765 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:10:

• ·

1-63

ATGAAAAAGA TTTTTTTAGG TATGGCATTA GCCTTTAGTG TGTCCATGGC GGCGCGTTTT TAGGAGGGGG GTTTCAATAT TCTAATTTAG AAAACCAAAA ACCCCAAGCG CTAACAATAA CACCCCGATA AACACTTCAA TGTTTGGCAA GCTCCAGCCC AAGAAACGCC AAGCGTGATC AACACCAATA ATTACGGGCA GTAGATGCGA TGGCAGGGTA TAAGTGGTTC TTTGGCAAAA CCAAACGCTT ACTTATGGAT ACTACAGCTA TAACCATGCG AATTTGAGCT TTGTAGGCAG ATCATGGATG GCGCATCTCA AGTGAATAAC TTCACTTATG GCGTGGGCTT TATAACTTCT ATGAAAGCAA AGAGGGCTAT AACACAGCAG GGTTGTTCGT TTAGGAGGGG ATTCGTTTAT CGTTCAAGGA GAGAGCTACT TGAAATCTCA TGCAACAACA CCGCCGGCTG TTCAGCGAGC ATGAACACGA GCTACTTCCA GAATTTGGTT TTAGGAGCAA TTTCTCTAAA CACAGCGGGA TTGAAGTGGG CCTTTATTTA CCAACCAATT CTATAAAGAA AGGGGCGTAG ATGGATCGGT TATAAAAGGA ATTTCTCTAT CTATTTTAAC TACATGATCA ACCTC (2)

INFORMACE PRO SEQ

ID NO:23:

AGAAAAAAGC

CACCACCCGC

CAATCAAGCG

AATGTATGGG

TGGCTTTAGG

TAAGCTTGGA

TGATGCGCTC

GGGCTTTGGA

GATGCAAATT

AATGCCTGTG

CTTTAAATTG

AGATGTGTTC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

765 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 180 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...180 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:23:

TTTGATTTGG GCGTGCGCAC CAACTTTGCA AAAACCAATT TCAATAAGCA CAAGGGATAG AATTTGGGGT GAAAATCCCT GTTATCGCTC ATAAATATTT GGCTCAAGCG CGAGCTATAT GAGGAATTTT AGCTTCATAT GTGGGCTATT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:56:

CAGATTAGAC

TGCAACCCAA

CAGTCGGTTT

120

180 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1587 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1587 • · • · ·

• ·· ·· ···· · • · · · · · ··· · · ·· ·· (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:56:

ATGAGAAAGG TTATCATAAT GAATGGTTAT TTGAGGGTAA AAACCCCGTA TTTTTTAGCG TCGGTCGTTT TGACTTTTTG GACTTTTAAT TCTTTTATGA GCGCGAAAGA TAAGCACCAT TTTTTAAAAA AAGTTACAAC CACCGAGCAA AAATTCAGTT CTAGTGCCCC AATTTCATGG CAAAGCGAAG AGGTGCGTAA TTCCACAAGC TCTCGCACGG TGATTTCCAA CAAAGAACTC AAAAAAACGG GGAATTTGAA TATTGAAAAC GCCTTGCAAA ATGTACCAGG GATTCAAATC AGAGACGCTA CAGGCACGGG CGTGCTGCCT AAAATTTCGG TGCGCGGTTT TGGTGGGGGC GGTAACGGGC ATAGCAACAC CAACATGATT TTAGTCAATG GTATCCCCAT TTATGGCGCG CCGTATTCCA ATATTGAACT GGCGATTTTC CCTGTAACTT TCCAGTCAGT GGATAGGATT GATGTGATTA AGGGGGGAAC GAGCGTCCAA TACGGCCCTA ACACTTTTGG AGGCGTGGTG AATGTCATCA CTAAAGAAAT CCCCAAAGAG TGGGAAAATC AAGCGGCTGA AAGGATCACT TTTTGGGGGC GCTCCTCTAA TGGGAATTTT GTCGATCCCA AAGAAAAAGG CAAGCCCTTA GCCCAAACTT TAGGAAACCA AATGCTGTTT AACACTTATG GGCGAACGGC TGGGATGTTG GGTAAATATA TAGGCATTAG CGCTCAAGGC AATTGGATTA ATGGGCAAGG TTTCAGGCAA AATAGCCCTA CAAAGGTGCA AAACTACTTG TTGGATGCGA TTTATAAGAT CAATGCGACC AATACTTTTA AAGCTTATTA CCAGTATTAT CAATACAACT CTTACCATCC AGGCACTTTG AGCGCGCAAG ATTACGCCTA TAACCGCTTC ATCAATGAGC GCCCTGACAA TCAAGATGGA GGGCGAGCCA AGCGCTTTGG GATCGTGTAT CAAAACTACT TTGGCGATCC GGATAGGAAA GTGGGGGGCG ATTTTAAATT CACTTATTTC ACGCATGACA TGAGTAGGGA TTTTGGGTTT TCCAACCAAT ACCAAAGCGT GTATATGAGC GGTCAAAATA AGATTTTACC CTTTAAAGGC AAGGGAGAAA TCAGCGCAAA AAACCCTAAT TGCGGTCTGT ATTCTTATAG CGACACGAAT AGCCCTTGCT GGCAATTTTT TGACAATATC CGCCGATCCG TGGTGAATGC CTTTGAGCCA AAACTCAATC TTATCGTCAA TACTGGTAAA GTCAAACAAA CTTTTAACAT GGGAATGCGC TTTTTAACTG AAGATTTATA CCGCCGATCC ACCACCAGGA AAAACCCTAG CATGCCTAAT AATGGGAGTG GGTTTGATGC AGGAACTTCA CTCAATAATT TCAACAATTA TACCGCTGTG TATGCCAGCG ATGAAATCAA TTTCAATAAC GGCATGCTAA CGATCACGCC GGGCTTGAGA TACACTTTTT TAAATTACGA AAAAAAAGAC GCTCCTCCCT TTAAGGTGGG TCAAACCCCA AAAACCACGA AAGAGCGTTA TAACCAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:59:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1326 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1326 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:59:

GGAAAAATTA AAGGTGTGAT GATGAAATTT TTTCTTTTAA AGAAATTCAG CGAATTTTTA AACACTCAAA CGCATTTTAA CCTCAAACGC TTGAACGCGT CTAGTTTTTT ATTAGAGACT TTTTCTAAAG AAAAACACGC CTTTGTTGTG GATTTGAGCG CGCCTTATAT TGGTTTGTCC AAAAAACCCC CAGAGAGCGT TTTAAAAAAC ACTTTAGCGT TAGATTTTTG TTTGAATAAA TTCACCAAAA ACGCCAAAAT TTTACAAGCA AACGTCATTG ATAACGATCG GATTTTAGAA ATCAAGGGCG CTAAAGATTT AGCTTATAAG AGTGAAACTT TTATTTTGCG TTTAGAAATG ATCCCTAAAA AAGCCAATCT CATGATTTTA GATCAAGAAA AATGCGTGAT AGAGGCTTTT CGTTTTAATG ACAGGGTGGC TAAAAACGAT ATTTTAGGGG CATTGCCTCC TAATATTTAC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1587

120

180

240

300

360

420

480 • · • ·

16š

GAGCATCAAG AAGAGGATTT GGATTTTAAG GGATTGTTGG ACATTTTAGA AAAAGATTTT 540 TTATCCTATC AGCACAAAGA ATTGGAACAC AAAAAAAATC AAATCATCAA GCGATTAAAC 600 GCCCAAAAAG AACGCTTGAA AGAAAAATTA GAAAAACTAG AAGATCCTAA AACTTTACAG 660 CTGGAAGCGA AAGAATTGCA AACTCAAGCC TCATTGTTGC TCACTTACCA GCATTTAATC 720 AACAGGCGTG AAAATCGCGT GATTTTAAAG GATTTTGAAG ATAAAGAATG CATGATTGAA 780 ATTGATAAGA GCATGCCCTT AAACGCTTTT ATCAATAAAA AATTCACTCT CAGCAAGAAA 840 AAGAAACAAA AATCGCAATT CTTGTATTTA GAAGAAGAGA ATCTGAAAGA AAAAATCGCT 900 TTTAAGGAAA ATCAAATCAA CTATGTTAGA GACGCTGCAG AAGAAAGCGT TTTAGAAATG 960 TTTATGCCGG TAAAAAACTC TAAAATCAAA CGCCCGATGA ACGGGTATGA AGTGCTGTAT 1020 TATAAGGATT TTAAAATCGG TTTAGGGAAA AACCAAAAAG AGAATATCAA GCTTTTACAA 1080 GACGCAAGAG CGAATGATTT GTGGATGCAT GTGAGAGATA TTCCTGGATC GCATTTGATC 114 0 GTTTTTTGCC AAAAGAATAC GCCTAAAGAT GAGGTCATTA TGGAATTAGC CAAAATGTTG 1200 ATTAAAATGC AAAAAGATGC GTTTAATGGT TACGAGATTG ACTACACGCA ACGAAAATTT 1260 GTCAAAATCA TCAAAGGAGC TCATGTCATT TACTCAAAAT ACCGAACTAT TAGTCTAAAG 1320 GACACT 1326 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:62:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1110 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1110 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:62:

CAGGATCAAC CCATGCAATT TCAAAAAACC TTACTTTCTT TATCTTTATT ATTTTTATCT 60 TATTGTATCG CTGAAGAAAA TGGGGCGTAT GCGAGCGTGG GTTTTGAATA TTCCATCAGT 120 CATGCCGTTG AACACAATAA CCCTTTTTTG AATCAAGAAC GCATCCAAAC GATTTCTAAC 180 GCTCAAAACA AAATCTATAA ACTCAATCAA GTCAAAAATG AAATCACAAA CATGCCCAAC 240 ACCTTTAACT ACATCAACAA CGCTTTAAAA AACAATGCTA AATTAACCCC TACTGAAAAG 300 CAAGCCGAAA CCTACTACCT GCAATCTACC CTTCAAAACA TTGAAAAAAT AGTCATGCTT 360 AGCGGGGGCG TTGCGTCTAA CCCTAAATTA GCCCAAGCGT TAGAAAAAAT GCAAGAACCC 420 ATTACTAACC CTTTAGAATT GGTAGAAAAC TTAAAAAATT TAGAATTACA ATTCAGCCAA 480 TCTCAAAACA GCATGCTTTC TTCTTTGTCT TCTCAGATCG CTCAAATTTC AAATTCTTTG 540 AACGCGCTTG ATCCCAGCTC TTATTCTAAA AACGTTTCAA GCATGTATGG GGTAGGTTTG 600 AGCGTAGGGT ATAAGCATTT CTTTACCAAG AAAAAAAATC AAGGGTTTCG TTATTACTTA 660 TTCTATGACT ATGGTTACAC TAATTTTGGT TTTGTGGGTA ATGGCTTTGA TGGTTTAGGC 720 AAAATGAATA ACCACCTCTA TGGGCTTGGC ATAGATTATC TTTTCAATTT CATTGATAAT 780 GCGCAAAAAC ATTCGAGCGT GGGGTTTTAT GTAGGCTTTG CTTTAGCGGG GAGTTCGTGG 840 GTAGGGAGTG GTTTAGGCAT GTGGGTGAGT CAAATGGATT TCATCAACAA CTATTTGACG 900 GATTATCGGG CTAAAATGCA CACGAGTTTT TTCCAAATCC CTTTGAATTT TGGGGTTCGT 960 GTGAATGTGG ATAGGCACAA TGGTTTTGAA ATGGGCTTAA AGATCCCTTT AGCGGTCAAT 1020 TCCTTTTATG AAACGCATGG CAAGGGGTTA AACGCTTCCC TCTTTTTCAA ACGCCTTGTC 1080 ATGTTTAACG TGAGTTATGT TTATAGTTTT 1110 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:73:

166 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 252 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...252 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:73:

AAAACAATCA ATAAATTAAG GATTATAATG AAACCAACGA ACGAACCTAA AAAACCTTTT 60 TTTCAAAGTC CCATTGTTCT TGCGGTTCTT GGAGGGATTT TACTCATTTT TTTCCTACGC 120 TCTTTCAATT CTGATGGCAG TTTTTCGGAC AATTTCTTAG CTTCTAGCAC TAAAAATGTG 180 AGCTACCATG AAATCAAACA ACTCATCAGC AATAATGAAG TGGAAAATGT AAGTATCGGT 240 CAAACTTTAA TC 2 52 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:77:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 585 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...585 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:77:

TTAGGATCAC CCATGCAATT TCAAAAAACC TTATCTTCCT TATCTTTATT TTTATCTTTA 60 TCTTTATTCT TATCTTTTAG TATCGCTGAA GAAAATGGGG CGTATGCGAG CGTGGGTTTT 120 GAATATTCCA TTAGTCATGC CGTTGAGCAC AATAATCCCT TTTTAAATCA AGAACGCATC 180 CAAACGATTT CTAACGCTCA AAACCAAATC TATAAACTCA ATCAAATTGA AAATGAAATC 240 ACAAACATGC AAAACACCTT TAACTACACC AACAACGCTT TGAAAAACAA TGCTAAATTA 300 ACCCCCACTG AAATGCAAGC CGAACAATAC TACCTCCAAT CCACCCTTCA AAACATTGAA 360 AAAATAGTCA TGCTTAGCGG TGGCGTTGCG TCTAACCCTA AACTAGTCCA AGCGTTAGAA 420 AAAATGCAAG AACCCATTAC TAACCCTTTA GAATTGGTAG AAAACTTAAA AAATTTAGAA 480 TTACAATTCA GCCAATCTCA AAACAGCATG CTTTCTTCTT TGTCTTCTCA GATCGCTCAA 540 ATTTCAAATT CTTTGAACGC GCTTGATCCC AGCTCTTATT CTAAA 585 • · • · ··· ···· ··· ···· ·· · · · • · · · ·· ·· · · · · ··· ··· ··

167 .............

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:95:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1569 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1569 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:95:

TATATTCCAT TCAATTTATT TCAAGGACAA ACAAACATGA AAAAACTTCT TTATACCATG CTCGCGCTTC TTTTAATCGG CCTTTTAACG GCCTATCTTA TCCTTTTTAC AGAATGGGGG AATAAGATCA TCGCTTCGTA TATAGAGAAA AAAATCAATC CGAACGAGCG TTATTTGAGC GTTAAAACCT TTAAATTGAG ATTCAACTCT TTGGATTTCA AAGCTCAAGC CAACGATGAT TCCACGCTCA TTCTTAAGGG GGATTTCTCG CTTTTAACGC AAAGCGTAAA TTTGGATTAC CACATAGACA TTAAAAATTT ACGCTCTTTT AAGGATTTGA TACCCTACCC CTTAAGAGGG GCTATTGTTA CTTCTGGGAA TATCAAAGGG CATAGAAAAG CCCTTGTAGT TCAAGGCGTC TCCAATGTCG CTCAATCCCA CACTGCCTAC AACGCCCTTT TAGATGATTT CAAGCTTTCT CACTTAAGTT TGAACGCAAA AGACGCCAAT TTAGAAGATT TGCTTTATTT AATCAACCGC CCCGCTTATG CGAACGCAAA AGTGTCCTTA CAAGCGGATT TTAACTCTCT AAAGCCCTTA GAAGGGCATT TGATCCTAAC AGCTAATAAC GCTTTAATCA ATAACGCCCT AATCAATCAA ATCTTTCATT TAAACCTTAA AGACACGCTC GTTTTCAACC TCTCGCACTC AAGCGATTTT AAAGGAAACA AAGCCATCAG CGATACCACC CTAACTAGCC CTTTAGTTAA TTTCACAGCC CTAAAAAGCG AATATTCTTT CCCTGCTTTA AAACTCAACG CCCCCTACAC TTTAGAAATA CCCCATCTAG CCAAACTCCA AAACATTACC AACCACCCCT TAAAAGGGAG CTTGACTTTA AAAGGCGATA TAGAGCAAAG CCCTAAACTC TTAAAAGTCA GTGGCCATTC AAATTTACTA GACGGCGCGC TAGACTTCAC GCTTTTAAAT AAAGATTTGA AAGCCCGTTT TTCCAATATT TCCACTTCAA AAGCCTTAGA TTTATTCCAT TACCCTAAAT TTTTCCAATC CATTGCAGAC GCTAACTTGG ATTATGACCT TATCTCTAAG CAAGGCGTGT TGAAAGCCAA TCTCAAGAAC GCAAGATTCC TCAAAAATGC ATTCAGCGAT TTCCTCTATT CCATTTCTCG TTTTGATATT ACTAAAGAAA TTTATCACGA TGCCAATCTA GTAAGCCAAA TCAACCAGCA ACGCCTGCTC TCTGATTTGA GTTTAAAAAG CCCCAAAACC CAATTGAAAA TCCATAACGG CTTGTTGGAT TTAAACACCA AGCAAATGGA CATACTCATG GATGCGGAAA TCTTAAAATT CATCTTTAAA ATGAAACTTC AAGGCAGCAT GCACCAGCCA AAATTTTCCC TCATTTTAAA CGAAAAAGCC ATTCAGCAAA ACCTGCAACA AGGCTTGAAA GAAATCCTTA AAAACGACAC CCTTAAAAAA GGTTTAGATC ATTTGCTTAA AGATGATAAA CTCAAAGAAA AGCTTGAAAA AGGGCTTAAG GGGCTTTTT

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1569 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:97:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 897 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·

168

(ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...897 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:97:

TTAGTTATAA TATCGCTACT AACAACACTC AAGCTAAAAT CCATTAAGGA AATCAGTATT 60 AAAAAATTTA TTCTATCTTC TCTTGTTTTC GCATGTATCA ATACCGGCGT TGAAGCTTTA 120 GAAAATGACG GCTCTAAACC AAACGATTTG GCTTCTCCAA AAGAAACCCC AAAAGAGGCT 180 CAAAAAAATG AAGCTCAAAA CGAAACCTCT CAATCCAATC AAACGCCTAA AGAAATGAAA 240 GTCAAGTCCA TTTCTTATGT CGGGCTTTCT TACATGTCTG ACATGCTCGC TAATGAAATT 300 GCAAAGATTC GCGTGGGCGA TATGGTGGAT TCTAAAAAAA TAGACACCGC TGTTTTAGCT 360 TTGTTCAACC AAGGGTATTT TAAAGACGTT TATGCCACTT TTGAAAACGG CATTTTAGAG 420 TTTCATTTTG ATGAAAAAGC CAGGATTGCC GGGGTAGAAA TCAAGGGTTA TGGGACTGAA 480 AAGGAAAAAG ACGGCTTAAA ATCCCAAATG GGGATCAAAA AGGGCGACAC CTTTGATGAG 540 CAAAAATTAG AGCATGCTAA AACGGCTTTA AAAACGGCTT TAGAGGGGCA GGGCTATTAT 600 GGGAGCGTGG TGGAGGTGCG CACAGAAAAG GTCAGTGAGG GAGCGTTATT GATCGTGTTT 660 GATGTGAATA GGGGGGACAG TATTTATATC AAACAATCCA TTTATGAGGG AAGCGATAAA 72 0 TTAAAACGCC GTGTGATTGA ATCTTTGAGC GCGAACAAGC AGCGCGATTT CATGGGCTGG 780 ATGTGGGGCT TGAATGACGG GAAATTGCGC TTAGATCAAT TAGAATACGA TTCTTTGCGT 840 ATCCAAGATG TGTATATGCG TAGGGGTTAC TTAGACGCTC ATATTTCTTC GCCTTTT 897 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:107:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 294 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...294 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:107:

CAGCGTCTAT ACCTAGGAAA ATTAAACGCT AAAGTGAATC ACACGATTTT CCAATTTTTA 60 GTGAATGTGG GCATTAGAAC CAATATTTTT GAACACCATG GCATTGAGTT TGGTATCAAA 120 ATCCCCACGC TCCCTAATTA CTTTTTCAAA GGTTCTACTA CTATAAGAGC GAAAAAACAA 180 GGCCCACTAG AGAATGGGAA CCCGACTACT ATCACCGGAG CAGAAACCAA TTTCAGCTTA 240 ACCCAAACCT TACGCCGTCA GTATTCTATG TATTTGCGTT ATGTTTATAC TTTT 294

169

INFORMACE PRO SEQ ID NO:111:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 501 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: i	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacte
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .501
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:11

GGCCGAGCTT TTATGATGCG AGAGATCCTT ACTAACCGCT TTTTCCCAAG CCTTTTTAAA 60 AAAAGGCTTG ATTTTTCTAA CAGAGTGGTT TTAGGGCTGG GATCTAATCT TAAAAACCCT 120 TTAAAAATAT TAAAAAGTTG TTTTTTATAT TTTAAAAATC ATAGTAAAAT CGGGAAAATT 180 TTTTCTTCAC CCATTTATAT CAATCCGCCT TTTGGTTACA CTAATCAACC TAACTTTTAT 240 AACGCTACGA TTATCCTTAA AACATCTTTA GGTTTGCGCC ATTTTTTTGC TCTAGTGTTT 300 TATATAGAAA GGCGTTTTGG GCGTGCAAGG AAGCGCGATT TTAAAGATGC TCCAAGAACT 360 TTAGATATTG ATATTATCGC TTTCAATCAA GTCATTTTGA GGCAGAATGA TTTGACTTTA 420 CCTCACCCTA AATGGAGTGA AAGAGACTCG GTGTTAGTGC CTTTAACTTT ACAACAAATC 480 CTTTTTAAAA GAGAAGAGTG G 501 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:115:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 297 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...297 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:115:

TACCAATACA TCCAACAAGG CGGGGGCTTT GGGGTGAATG TCGGGCGCAC GCTGGGTAAT 60 AGAACCCATG TGAGCTTAGG GTATAACCTG AATGTTACCA AACTCCTTGG TTTCAGCAGC 120 CCCTTATACA ACCGCTACTA TTCCTCTGTT AATGAAGTGG CCTCTCCAAG GCAATGTTCC 180 ACACCCGCAT CGGTGATTAT CAACCGCTTA TCAGGCGGTA GAACTCCATT GGTTCCTGAA 240 AGCTGTTCTA GTCCTGGAGC GATCACCATC TTCACCAGAA ATAAAAGGTA TTTGGGA 297 • w · · • · · • · · · • · ·

• · ·

170 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:123:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1938 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1938 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:123:

TCGAATTACA ACAACCTAAA CACTCTTGTA TCGCTGTCCT CCGATCCGAG TGCTGTCAAC 60

GACGCAAGGG ATAATCTAGG CTCAAGCGCT AGGAATTTGC TAGATGTCAA AGCCAATTCC 120

CCCGCCTATC AAGCGGTGCT TTTAGCATTG AACGCTGCAG TGGGCTTGTG GCAAGTTACA 180

AGCTATGCCT TTACCGCTTG TGGTCCTGGT AGCAATGAGA ACGCGAATGG AGGTATCCAA 240

ACCTTTAATA ATGTGCCAGG ACAAAACACG ACGACCATCA CTTGTAATTC GTATTATGAG 300

CCAGGACATG GCGGGCCAAT ATCCACTGAA AATTATGCGA TCATCAACAA GGCTTATCAA 360

ATCATTCAAA AGGCTTTGAC AGCCAATGGA GAAGGGATCC CAGTTTTAAG CAACACCACT 420

ACAAAACTTG ATTTCACTAT CAATGGAGAC AAAAGAACGG GTGGCGAACC AAATAAAAAA 480

TTAGTATACC CATGGAGTCA TGGGAAAGCT ATTTCAACCT CGTGGAATGC AACCATAACA 540

GTACCAACAA CAGAAAATAT CAATACAACC AATAGCGCTC AAGAGCTTTT AAAACAAGCG 600

AGCATCATTA TCACTACCCT GAATAGTGCA TGCCCAAACT TCCAAAATGG TGGTAGCGGT 660

TATTGGGCAG GGATAAGTGG CAATGGGACA ATGTGTGGGA TGTTTAAGAA TGAAATCAGC 720

GCTATCCAAG GCATGATCGC TAACGCGCAA GAAGCTGTCG CGCAAGCCAA AATCGTTAGT 780

GAAAACACGC AAAATCAAAA CAGCCTAGAC GCTGGAAAAC CATTCAACCC CTACACAGAC 840

GCTAGTTTTG CTGAAAGCAT GCTCAAAAAC GCGCAAGCCC AAGCGGAGAT TTTAAACCAA 900

GCCGAACAAG TGGTGAAAAA CTTTGAAAAA ATCCCTACAG CCTTTGTAAA TGACTCTTTA 960

GGGGTGTGTT ATGAAGTGCA AGGAGGTGAG CGTCGTGGCA CCAATCCGGG TCAGACGACT 1020

TCTAACACTT GGGGGGCAGG CTGTGCGTAT GTAGGACAAA CGATAACAAA TCTTAAAAAC 1080

AGCATCGCCC ATTTTGGCAC TCAAGAGCAG CAGATACAGC AAGCCGAAAA CATCGCTGAC 1140

ACTCTGGTGA ATTTCAAATC TAGATACAGC GAATTGGGCA ACACTTATAA CAGCATCACC 12 00

ACTGCGCTCT CTAATATCCC TAACGCGCAA AGCTTGCAAA ATGCGGTGAG TAAAAAGAAT 1260

AACCCCTATA GCCCGCAAGG CATAGACACC AATTACTACC TCAATCAAAA CTCTTACAAC 132 0

CAAATCCAAA CCATCAACCA AGAACTCGGG CGTAACCCCT TTAGGAAAGT GGGGATTGTT 1380

AGTTCTCAAA CCAATAATGG CGCGATGAAT GGGATCGGTA TTCAGGTGGG TTACAAACAA 144 0

TTCTTTGGCC AAAAAAGAAA ATGGGGCGCT AGGTATTACG GCTTTTTTGA TTACAACCAT 1500

GCGTTCATTA AATCCAGCTT CTTCAACTCG GCTTCTGACG TGTGGACTTA TGGCTTTGGA 1560

GCGGACGCTC TTTATAATTT CATCAACGAT AAAGCCACCA ATTTCTTAGG CAAAAACAAC 1620

AAGCTTTCTG TGGGGCTTTT TGGGGGTATT GCATTAGCCG GGACTTCATG GCTTAATTCT 1680

GAGTATGTGA ATTTAGCCAC CATGAATAAC GTCTATAACG CTAAAATGAA CGTGGCGAAT 1740

TTCCAATTCT TATTCAACAT GGGAGTGAGG ATGAATTTAG CCAGGCCTAA GAAAAAAGAC 1800

AGCGATCATG CGGCTCAGCA TGGGATTGAG TTAGGGCTTA AAATCCCCAC CATCAACACG 1860

AACTACTATT CCTTTATGGG GGCTGAACTC AAATACCGAA GGCTCTATAG CGTGTATTTG 1920 AATTACGTGT TCGCTTAC 1938 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:130:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 798 párů bází

474 «·«« ·· * ·· ·· » · • · · • · » • · · ··· ·« ·· • » «·

(ii)	(B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: DRUH MOLEKULY:	kružnicová genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.798
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:130

TTGTTGGCGC GCACCATACT TGATTTTAGA GGCAGCCTTA GTAATTTAAA CAACACTTAT AACAGCATCA CCACGACCGC TTCAAACACG CCTAATTCCC CATTCCTTAA AAATTTGATA AGCCAATCCA CTAACCCTAA TAACCCCGGG GGCTTACAGG CCGTTTATCA AGTCAACCAA AGCGCTTATT CGCAATTATT AAGCGCCACG CAAGAATTAG GGCATAACCC TTTCAGACGC GTTGGATTAA TCAGCTCTCA AACCAACAAT GGTGCCATGA ATGGGATCGG TGTGCAAGTG GGCTACAAAC AATTTTTTGG TGAAAAGAGA AGGTGGGGGT TAAGGTATTA CGGCTTTTTT GACTATAACC ATGCTTATAT CAAATCTAGC TTTTTCAATT CGGCTTCTGA TGTGTTCACT TATGGGGTAG GGACAGATGT CCTCTATAAC TTTATCAATG ATAAAACCAC CAAAAACAGC AAGATTTCTT TTGGGGTGTT TGGGGGGATT GCGTTAGCTG GCACTTCATG GCTGAATTCC CAGTATGTGA ATTTAGCGAC CTTCAATAAT TTCTATAGCG CTAAAATGAA TGTGGCGAAT TTCCAATTCT TGTTCAATTT AGGCTTGAGA ATGAACCTCG CTAAGAATAA GAAAAAAGAC AGCGATCATG CGGCTCAGCA TGGCGTGGAA TTGGGCGTGA AAATCCCTAC CATTAACACC AATTATTATT cttttctagg cactaagcta gaatacagaa gactctatag cgtgtatctc AATTATGTGT TTGCGTAT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:141:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 783 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...783 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:141:

GAATTGATTT TAAAGAAAAA GAAAGAAAGG AATTTAATGA AAAAAGGTAG TTTAGCAATC GTTTTAGGAT CGTTACTAGC AAGTGGGACG TTTTATACGG CTCTAGCTGA TGGAATGCCT ATGAAGCAAC AGCACAATAA CATGGGTGAG TCTGTGGAGT TGCATTTCCA CTATCCTATT AAAGGCAAAC AAGAGCCTAA AAATAACCAT TTAGTTGTCT TAATCGATCC TAAGATAGAG GCTAATAAAG TTATCCCTGA AAATTATCAA AAAGAATTTG AGAAGTCTTT GTTCCTCCAA

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

798

120

180

240

300 • ·

• ·

CTGAGTAATT TTTTAGAGAG AAAGGGCTAT AGCGTTTCGC AATTTAAAGA TGTTAGCGAA 360 ATCCCTCAAG ACATCAAAGA AAAAGCGTTG CTCGTTTTAC GCATGGATGG GAATGTGGCT 420 ATCTTGGAAG ATATTGTAGA AGAGAGCGAT GCGCTCAGTG AAGAAAAAGT GATAGACATG 480 TCTTCAGGGT ATTTGAATCT GAATTTTGTT GAGCCAAAAA GTGAAGACAT TATCCATAGT 540 TTTGGTATTG ATGTTTCAAA GATTAAGGCT GTGATTGAAA GGGTGGAATT GCGGCGTACC 600 AATTCTGGAG GTTTTGTCCC CAAAACTTTT GTGCATAGGA TCAAGGAAAC CGACCATGAC 660 AGAGCCATTA AAAAGATCAT GAATCAAGCC TATCACAAAG TGATGGCGCA TATCACCAAA 720 GAATTAAGCA AAAAACACAT GGAACGTTAT GAAAAAGTTT CTAGTGAAAT GAAAAAG CGA 780 AAG 783 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:145:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 651 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...651 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:145:

AGGAGATGTT GTAGGAGGGA AGACACGAAG AGATATGTGA TAGAAGTGGT TATATCTTTA 60 AGCACAATGA CAAGTTTATT GTCAGCAGAG ACCCCTAAGC AAGAAAAGGC TATTAAGACT 120 AGCCCTACCA AAAAAGGTGA AAGAAATGCT GCTTTTATAG GGATTGATTA CCAGTTGGGT 180 ATGCTCAGCA CTACCGCTCA AAATTGTTCC CATGGGAATT GCAATGGTAA TCAAAGTGGG 240 GCTTACGGCT CTAATACGCC TAACATGCCT ACAGCGTCAA ACCCAACAGG AGGCCTTACT 300 CATGGCGCTC TAGGGACTCG TGGGTATAAA GGCTTAAGCA ACCAACAATA CGCTATCAAT 360 GGTTTTGGGT TTGTTGTAGG GTATAAGCAT TTTTTTAAGA AAGCCCCACA ATTTGGAATG 420 CGTTATTACG GATTCTTTGA TTTTGCAAGC TCTTATTATA AGTACTACAC TTATAATGAT 480 TATGGCATGA GAGACGCTCG CAAGGGTTCT CAAAGTTTCA TGTTTGGCTA TGGGGCTGGC 540 ACAGATGTGT TGTTTAACCC AGCTATTTTC AATCGTGAGA AACTTGCATT TGGGGTTTTT 600 CTTGGGCGTT GCGATTGGTG GCACCTCTTG GGGTCCAACA AACTATTATT T 651 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:161:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 192 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

• · • ·

173 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...192 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:161:

CCAAATGAAG CGAGCGCGGC TGTTAATGTG GGCTATAAGA TCAGTAAGAG TTTGACAGCG 60 AGCGTGAAAT TAGAATATTT GGGCGTGATG ACGCATTCAG GCTTTACGGT AGGGAGTTAC 120 AGACCCACGC CCGGCTCTAA AGCACTTTAT TCAGACAGGA GCCATCTAAT GACAACCCTT 180 AGCGCCAAAG TC 192 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:163:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 438 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...438 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:163:

GTGCAAGCGT TTGATTATAA AATTGAAGTT TTGGCAGAGT CCTTTTCTAA AGTTGGCTTT 60 AATAAAAAAA AGATTGACAT AGCTAGGGGG ATTTATCCTA CAGAGACTTT TGTAACCGCT 120 GTGGGTCAGG GCAATATTTA TGCGGATTTT TTATCCAAAA GCCTTAAAGA TCAAGGGCAT 180 GTTTTAGAGG GAAAAGTCGG CGGCACAATC GGTGGGATTG CTTATGACAG CACGAAATTC 240 AATCAAGGCG GATCGGTTAT TTATAATTAT ATCGGTTATT GGGATGGCTA TTTAGGGGGT 300 AAAAGGGCCT TGCTTGATGG CACGAGTATC CATGAGTGCG CGCTTGGCTC TGATGGCAAG 360 GTGATTGATT CTATAGCGTG CGGGAACGCT AGAGCCAATA AAATCCGCCG TAATTACTTG 420 ATGAATACCC CCTTCTCA 438 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:164:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 741 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · • ·

174 (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...741 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:164:

TTCCGCTATA AGGATATATT TGCGGCTAAA GGGGGGCGTT ATCAATCCAA TGCTCCTTAT 60 ATGAGCTCTT ATACGCAAGG CTTTGAAATC AGCGCTAAAA TCAAGGATAA AAATGAGGGG 120 AGCCATAAAT TATGGTGGTT TAGCTCATGG GGTAGGGCGT TCGCTTATGG GGAGTGGATT 180 TATGATTTTT ACTCTCCAAG AACCGTGATT AAAAACGGGC GCACTCTAAA TTATGGTATC 240 CATTTAGTGG ATTACACTTA CGAAAGGAAA GGGGTTAGCG TCAGCCCCTT TTTCCAGTTT 300 TCGCCCGGGA CTTATTATAG CCCTGGGGTG GCTGTAGGCT ATGATAGTAA CCCTAATTTT 360 AATGGCGTGG GCTTTAGATC CGAAACGAAG GCTTATATTT TGCTCCCTGT CCATGCCCCC 420 CTTAAAAGGG ATACTTATCG TTACGCTGTG AAAGCTGGCA CCGCTGGGCA AAGCCTGCTC 480 ATTAGGCAAC GATTTGATTA CAATGAATTT AACTTTGGGG GAGCGTTTTA TAAAGTATGG 54 0 AAAAACGCAA ACGCTTACAT AGGCACGACA GGAAACCCTC TAGGCATTGA TTTTTGGACC 600 AATAGCGTTT ATGATATAGG GCAAGCCTTA AGCCATGTGG TAACCGCTGA TGCCGTCTCT 660 GGTTGGGTTT TTGGTGGAGG CGTGCATAAA AAATGGCTGT GGGGGACTTT GTGGCGTTGG 720 ACTAGCGGCG CTTTAGCCAA A 741 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:169:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 969 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...969 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:169:

TGGCTTCAAT CAAGGTGTTT TAGGGATAGC GCCTTTTGCC TTAGTTCCGA AAAATTGTTC 60 GGTAAAAATT TGAATAAAGT GGTCATTTTG GCATTAAGAG ACATTATCCA TGAATATGGG 120 CATACTTTAG GCTATACCCA TAACGGGAAC ATGACTTATC AAAGGGTGCG TTTATGCCAA 180 GAAGGAAACG GGCCAGAGGC ACGCTGTGAG GGCGGGCATG AAGTGGAGAA AAACGGCAAA 240 GAAGAGCTAG AATTCAGTAA TGGGCATGAA GTGCGAGACC ATGATGGTTA CACCTATGAT 300 GTTTGCTCTC GTTTTGGCGG CAAAAATCAG CCCGCTTTCC CTAGCAATTA CCCCAATTCC 360 ATCTATACCA ATTGCGCTCA AGTCCCCGCT GGGCTTATAG GGGTTACTAC CGCTGTTTGG 420 CAACAGCTCA TCAATCAAAA CGCCCTGCCC ATTAATTTCG CTAACCTAAA TAGCCAAACC 480 AGCCATTTAA ACGCCGGGTT GAATGCGCAA AATTTTGCAA CCTCTATGGT CAGCGCGATC 540 GCGCAAAATT TTTCCACCAC TTCCACTACC ACTTACCGCT CTTCAAGTAA GAATTTTAGA 600 AGCCCTATTT TAGGGGTTAA TGTTAAAATA GGCTACCAAC ATTATTTCAA TGACTACATC 660 GGGTTAGCCT ATTACGGCAT TATCCAATAC AACTACGCTC AAGCTAACGA TGAAAAAATC 720 CAGCAATTAA GCTATGGTGG GGGAATGGAT GTGCTGTTTG ATTTCATCAC CACTTACACC 780 AATAAAAAGC AAGACCATCC AACTAAAAAG GTTTTTGCTT CCTCTTTTGG GGTGTTTGGG 840 GGGTTAAGGG GCTTATACAA TAGCTACTAT GTCTTCAATC AAGTCAAAGG AAGCGGTAAT 900 TTAGATATAG TAACCGGGTT TAATTACCGC TACAAGCATT CTAAATATTC CATAGCGTTA 960 GCGTTCCTT 969

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:173:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 624 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...624 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:173:

CCCAGAGACC ACACTTATAG CTTAGAAGAC AGCACGCCTC ATGGCTCTTT GTTAGGGAGG 60 AATGGCGTTA CTTTAAATAT CCGCCAGGTT TTTTGGTGGG ATAATTTCAA CTGGTCCATT 120 GGCTTTTATA ACACCTTTGG CAATTCAGAC GCTTTTTTAG GCTCTCACAC CATGCCAAGG 18 0 GGGAATAACA CTTCCTATAT CAGTAATGAA ATCTCAGTAA CGACTAGGCA TGCCGGAATG 24 0 ATCGGCTATG ATTTTTGGGA TAATACGGCT TATGATGGGC TGGCTGATGC GATCACTAAC 300 GCGAACACTT TCACTTTTTA CACTTCGGTT GGAGGGATCC ATAAGCGTTT TGCATGGCAT 360 GTTTTTGGGC GCGTCTCTCA TGCGAATAAA AATGCGTTAG GGCAAGTGGG GAGGGCTAAT 420 GAATATTCCT TGCAATTCAA TGCGAGCTAT GCGTCCACTG AATCGGTTCT CCTTAACTTT 480 AGGATCACTT ATTATGGGGC TAGGATCAAT AAAGGGTATC AAGCAGGGTA TTTTGGAGCG 540 CCCAAATTCA ATAACCCGGA TGGCGATTTT AGCGCTAATT ACCAAGACAG AAGTTACATG 60 0 ATGACCAACC TCACGCTGAA GTTT 62 4 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:179:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 315 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...315 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:179:

ACCAAAAAGT TAAACAATAC TCTATTCAAT AAAGGATTAA TTATTTTTAA AATGTTTAAA 60 • · • ·

176

• · · · ·

AAAATCATTT TTTTGTGCGT TTTTTTGATA GGGGGATTTG TCATTCCACC CCTTGAAGCC 120 ATGCCTATTT TGCGCAATAA AACCCCCAAA AAAAATTACC AAGAAGCCCA TGAAAAGCTC 180 TATAGAAGCA TCATTAACCG CCAAAAGCTC ACGCGTAAAA AAAGCGGGTG GTATTTTTTA 240 GGGGGGGTTG GCGCTGTAGA AGCCATTAAG GACTATCAAG GCAAGGAAAT GAAAGATTGG 300

ATGCCACGCT CAATT

315 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:184:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 852 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (ví) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...852 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:184:'

AATTTCAATC AAAGGGCTTT TTTGAAACGA GCGTTATGGT TAATTTTAGG GCTTTTTTAC 60

GCGCTTAATG CAGAGAGCTT TAAAGATGTT TTGACTAAAG GGGATTACAC TTTTTTTAAT 120

AAAAAGGTGG TTTCGCCTAT CAAACGCTAT GCGGATAGAT CGGCGTTTTA TCTGGGGCTT 180

GGGTATCAAT TAGGGAGCAT TCAGCACAAC TCTAGCAACT TGAATTTATC CCAACGATTT 240

AATAAGAGTC AGATTATTTT CAGCGATAGT CTAAGCCCTG TTTTTAAAAA TTCGTATGTG 300

TCTAATGGTC TTGGCGTTCA AGTGGGCTAT AAGTGGGTGG GTAAGCATGA AGAGACGAAA 360

TGGTTTGGCT TCAGGTGGGG GCTGTTTTAT GATTTGAGCG CTTCTCTTTA TGGCTCTCAA 420

GAATCGCAGT CTATCATCAT TTCCACTTAC GGCACTTATA TGGATTTATT GCTTAACGCT 480

TATAATGGGG ATAAGTTTTT TGCCGGGTTC AATCTGGGGA TCGCTTTTGC TGGAGTGTAT 540

GACAGATTGA GCGATGCGTT ATTGTATCAA ACTCTTCTTC AAAACACTTT TGGCGGGAAA 600

GTGAATTTAA ACGGCTTCCA GTTTTTGGTG GATTTAGGGG TTCGTTTAGG GAATGAACAC 660

AACCAATTTG GCTTTGGGAT TAAAATCCCT ACTTATTATT TTAACCATTA TTATTCCATG 720

AATAACATTA GCAATAATAG TGAAAATGTC TTAAAAGTTT TACGATTTTT AGAATACGGG 780

ATCAACAGCT TGTTGTATCA AGTTGATTTC AGGCGCAATT ACTCGGTTTA TTTCAACTAC 840

ACTTATAGTT TT 852 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:185:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 198 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · • · ·

177 (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...198 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:185:

AAAATGCACA CGAGTTTTTT CCAAATCCCT TTGAATTTTG GGGTTCGTGT GAATGTGGAT AGGCACAATG GCTTTGAAAT GGGCTTAAAG ATCCCTTTAG CGGTCAATTC CTTTTATGAA ACGCATGGCA AGGGGTTAAA CGCTTCCCTC TTTTTCAAAC GCCTTGTCAT GTTTAACGTG AGTTATGTTT ATAGTTTT

120

180

198 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:187:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 579 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...579 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:187:

CGCTACCACC

CATGTGGCAA

CATTTAGAAA

GGTAGCGGAA

CTATCTAGCA

AACCAAAACC

ATCAATCAAA

AATTATTATT

GCTGAAAACC

CATGTGAATG

ACTTCTCCGG

GTCATAGCCT

ATGGGGGCGT

CGACCACCAC

GCGAATACCA

AAGGAGGCGG

CTTTCACAAA

CAGGCGGTTC

TTTTGCAACA

GTGGTGGTGG

CCTATCAAGC

TTGGCATCAG

TCGATCGTTT

CACTTGTAAT

GGTTCTCAAT

GATGCCTGCC

AAACCCTACC

ATCAATCCCA

AGCCGCTACT

GGTCATGGGG

TGTGGCTTTA

CTGTGGCCCT

GACAACACGC

GGAGCCAGTA

ACCGCTTATC

TTGAATAGCT

ACAGAATACA

ATCCAGCTAA

ATCATCAATG

GTTTGGCGG

GCGCTCAATG

GGCCCAATCT

CAAACTACAG

ATGTAGGGCC

AAACTATCCA

CCAAAAATAT

CTTACCCCGA

AGATTAGTAG

TCCTTACCAC

CGGCTGTGGG

TGGCCCAGAA

CTACAACACC

CAATGGTATC

AACCGCTTTA

GGTAGTCAAT

TGGGAATGGC

CGTCAATGAC

CCAAAACCCG

120

180

240

300

360

420

480

540

579 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:188:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1254 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

• ·

178 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1254 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:188:

ATGGTGGTGG TGGGGTCATG GGGGTTTGGC GGTAAGACCG GGAATGTGAT GGATATTTTT 60 GGCGATAGTT TTAACGCTAT TAACGAAATG ATCAAAAACG CTCAAGCCGT TTTAGAAAAA 120 ACCCAACAGC TTAACGCTAA TGAAAACACC CAAATCACGC AACCAGACAA TTTCAACCCC 180 TACACTTCTA AAGACACGCA GTTCGCTCAA GAAATGCTCA ATAGAGCTAA CGCTCAAGCA 24 0 GAGATTTTGA GCTTAGCCCA ACAAGTAGCG GACAATTTCC ACAGCATTCA AGGGCCTATC 300 CAACAAGATC TAGAAGAATG CACCGCAGGA TCAGCCGGTG TGATTAACGA CAACACTTAT 360 GGTTCAGGTT GCGCGTTTGT GAAAGAGACT CTCAATTCCT TAGAGCAACA CACCGCTTAT 420 TATGGCAACC AGGTCAATCA GGATAGGGCT TTGTCTCAAA CCATTTTGAA TTTTAAAGAA 480 GCCCTTAGCA CTTTAGGGAA CGACTCAAAA GCGATCAATA GCGGTATCTC TAACTTGCCT 540 AACGCTAAGT CCCTTCAAAA CATGACGCAT GCCACTCAAA ACCCTAATTC CCCAGAAGGT 600 TTGCTCACTT ATTCTTTGGA TACCAGCAAA TACAACCAGC TCCAAACTGT TGCGCAAGAA 660 TTAGGCAAAA ACCCCTTTAG GCGCATCGGC GTGATTAACT ATCAAAACAA TAACGGGGCG 720 ATGAACGGCA TCGGCGTGCA AGCGGGCTAT AAGCAATTCT TTGGCAAAAA AAGGAATTGG 780 GGGTTAAGGT ATTATGGTTT CTTTGATTAT AACCATGCTT ATATCAAATC TAATTTTTTT 840 AACTCGGCTT CTGATGTGTG GACTTATGGG GTGGGTATGG ACGCGCTTTA TAACTTCATC 900 AACGATAAAA ACACCAACTT TTTAGGCAAA AATAACAAGC TTTCTGTGGG GCTTTTTGGT 960 GGCTTTGCGT TAGCCGGGAC TTCGTGGCTT AATTCCCAAC AAGTGAATTT GACCATGATG 1020 AATGGCATTT ATAACGCTAA TGTCAGCGCT TCTAACTTCC AATTTTTGTT TGATTTAGGC 1080 TTGAGAATGA ACCTCGCTAG GCCCAAGAAA AAAGACAGCG ATCATGCCGC TCAGCATGGC 1140 ATGGAATTGG GCGTGAAAAT CCCCACCATT AACACGGATT ATTATTCTTT CATGGGGGCT 1200 GAACTCAAAT ACAGAAGGCT CTATAGCGTG TATCTCAATT ATGTGTTTGC TTAC 1254 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:192:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 345 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...345 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:192:

ACGGGAGCAA TCATGTTATC TTCTAATGAT TTGTTTATGG TCGTTTTAGG GGCGATTTTA 60 TTGGTGTTGG TGTGCTTGGT GGGGTATTTG TATCTTAAAG AAAAAGAGTT TTACCATAAA 120 ATGAGGCGTT TAGAAAAAAC TTTAGATGAA TCCTATCAAG AAAATTATCT CTATTCTAAG 180 CGTTTGAGAG AATTAGAGGG GCGTTTGGAA GGCCTTTCTT TAGAAAAAAG CGCTAAAGAG 240 GACAGCTCAT TAAAAACGAC TCTTTCGCAC CTTTATAACC AGTTGCAAGA AATCCAAAAA 300 TCCATGGATA AAGAGCGCGA TTACTTAGAA GAAAAAATCA TTACT 345 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:199:

179 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 399 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...399 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:199:

GCTTTAGAGA AGAATGGGAC TGCTACTGCT AATAGCACTA GTAGCACTAG CGGTGCGACT 60 GGTTCAGATG GTCAAACTTA CTCTCAACAA GCTATTCAAT ACCTTCAAGG CCAACAAAAT 120 ATCTTAAATA ACGCAGCGAA CTTGCTCAAG CAAGATGAAT TGCTCCTAGA AGCTTTCAAC 180 TCTGCCGTAG CTGCTAACAT TGGGAATAAG GAATTCAATT CAGCCGCTTT TACAGGTTTG 240 GTGCAAGGCA TTATTGATCA ATCTCAATTG GTTTATAACG AGCTCACTAA AAACACCATT 300 AGCGGGAGCG CGGTTAATAA CGCTGGGATA AACTCCAACC AAGCTAACGC GTGCAAGGGC 360 GTGCTAGTTA GCTCCCTAAC GCTCTTTACA ACGTGCAAG 399 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:210:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 204 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...204 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:210:

AGAGCGCGAT TACTTAGAAG AAAAAATCAT TACTTAGAAA ACAAATTTAA AGACATGGGG 60 CATTATGCCG CTAGCGATGA AGTCAACGAA AAACAGGTTT TGAAAATGTA TCAAGAAGGC 120 TATAGCGTGG ATTCTATTTC TAAAGAATTT AAAGTGAGTA AGGGCGAGGT GGAATTTATA 180 TTGAACATGG CAGGGTTAAA ATGG 204 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:213:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

• ·

(A) DÉLKA: 687 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...687 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:213:

GTGAAAGGCG AGAAAAACGC TTGGTATCTG GGGATTAGCT ATCAAGTCGG TCAGGCTTCA 60 CAAAGTGTTA AAAACCCCCC CAAAAGTAGT GAATTTAACT ATCCTAAGTT CCCTGTGGGT 120 AAAACCGACT ATCTGGCCGT TATGCAAGGC TTAGGGCTTA CTGTGGGTTA TAAGCAGTTT 180 TTCGGGGAGA AAAGATGGTT TGGTGCGCGC TATTACGGCT TTATGGATTA TGGGCATGCC 240 GTGTTTGGAG CGAACGCTTT GACATCAGAT AATGGTGGGG TGTGCAAACT CAATGAGCCA 300 TGCGCGACCA AAGTAGGGAC TATGGGCAAT CTGTCTGACA TGTTCACTTA TGGTGTGGGT 360 ATTGACACTT TATACAATGT CATTAATAAG GAAGACGCGA GTTTTGGTTT CTTTTTTGGG 420 GCTCAAATCG CGGGTAACTC TTGGGGTAAT ACGACAGGGG CCTTTTTGGA AACTAAAAGC 480 CCTTATAAGC ACACCTCCTA TAGCCTTGAT CCGGCGATTT TCCAGTTCCT TTTTAATTTA 540 GGGATTCGCA CCCATATTGG TCAGCATCAA GAATTTGACT TTGGCGTGAA GATTCCTACT 600 ATCAATGTTT ATTATTTTAA CCATGGGAAC TTGAGCTTCA CTTACCGCCG TCAATACAGC 660 CTTTATGTAG GGTATCGTTA CAATTTC 687 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:215:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1095 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1095 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:215:

CGCTTTAAAC ACTTTAGGGG TGGGGGTTTT CCCCACCACA ACCTCAACGC ATGTGGTGCT 60 AAACCCACCG GACAAGTCGT ATTCTATCCA ACTAATTCCC TTTTAGGCTC TACTTCTTCA 120 AACAGCAATA ACCAACAACA ATACAACAAC ACCCTTTTAA TGAACACCTT ACAAGGGGAA 180 TTAAGCACTA ACAATCAAAA TAACCCCAAT GGTTGCGCCA ATCAAATCCA GTGTTTAGAG 240 CAATTCATCC AAAATTTAAC CCCTTTAGCC GCAACCCCCA CTTCAACTAA CCAGGCCAAC 300 • ·

181

CAGCAAGTCC AAGCCATCGC TCAAAAACTT CAAAGCGTTG CTATCAACGC TTTAGACAAC 360 AATGCGATCA ACAACACCAC CTATAATTTA AACAACTTGC ACAACGCTTT GAATTTCCAA 420 GCCTATCAAA GCACGATAGA ACAATACAAT AACGCTTTAA AGCAAATTTC GTGGATTAGT 480 TTTAGCGAGC CTAAAAACTT GCTCAAAAAC ACTTCCAATA ACTACCAAAT CGGCACGGTT 540 ACCAACGATC AAGGGCAAAA TATCAGCGCC TATGATTGCA CAAGCGCTAC CGGAAGCCTT 600 TCTAGCGATG CTTCTAGTGG GATTTCATGC TCAGCCACAA GCTCCACAAG CAACACAAAT 660 AGTTTTGACA ATTCTTTAGT CGCTACCTCC AAAGTCCAAA CCATCAACGG CAAAGAGCAG 720 ATCGGCGTGA ATTCTTTTAA TCTTGTCTCT CAAGTGTGGA GCGTTTATAA CTCTTTAAAA 780 ACTTCAGAAG AAAATTTGCA AAAAAACGCC AAAATATTAT GCAACAATGG ATCGCAATCT 840 GGGACAAGCC CATGCAATAG CTCTTCAGGG GGTTTGAGCA TCAGCGGGAA CGCCCAATTG 900 CAAAATATTT TAAGCCCTAC TAATGGGACT ACCACTAATA CTCAAGCTAA AAGCAACGCT 960 TCCAAACTAA AAGCGATGGT AATGGTGAAT AATGAAGAAG AAGCCAAAAC GACCAATTTC 102 0 AATCAAAGCA GTGGGCCAAC CACACAATCT TCTAACAGCA CGGTGATGGG AGCTTTAAAC 1080 ACCGTATTGC AAAAT 1095 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:216:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 405 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...405 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO.-216:

AACCCATTCT TCACAATCAC AGCCAAACTC CTTTCCAACA CCCAAAGCGC GTTTGATCAG 60 GGCATCGCTC TAAGCTCTAA TATCATTAGT GCAGTCAATA GCCTAAACCC TAGCAACAAC 120 TCCCAAGAAG TCAAAGCCCA GCTCCAAAAC ACCGCGCAAT CCATGACAGA ATTGTTGCAA 180 CAAATTGAAC ACAGCATCAC TAAAACCACT AGCACCACTT ACGCACAATC CTTACTCTCC 24 0 AATCTGACCG ATGCGGTGAA TGCATCTAGC AATAATACCA CTTATGTGAG CGCTCTTGTT 300 AACGCTTTAA ACACTTTAGG GGTGGGGGTT TTCCCCACCA CAACCTCAAC GCATGTGGTG 360 CTAAACCCAC CGGACAAGTC GTATTCTATC CAACTAATTC CCTTT 405

INFORMACE	PRO SEQ ID	NO:217:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 273	párů bází
(B)	TYP: nukleová kyselina
(C)	DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii) DRUH	MOLEKULY: <	genomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • ·

(ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...273 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:217:

GGAAGAGGAA TGAAATTAAA AAAACGAAAA GTTGCGGCTA CATTGCTAAA GCGTTTGACC 60 TTGCCACTAT TGTTCACTAC GGGTTCATTA GGGGCGGTTA CTTATGAAGT GCATGGGGAT 120 TTTATCAACT TCTCCAAAGT GGGTTTTAAC CGTTCGCCTA TTAACCCTGT TAAAGGTATC 180 TATCCTACAG AAACTTTTGT TAACCTTACG GGTAAGCTAG AGGGGTCTGT GCATTTAGGT 240 AGGGGATGGA CCGTGAATGT AGGCGGTGTT TTG 273 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:218:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 2163 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2163 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:218:

ATGGAGCAGC CAGTCATTAA AGAAGGGACT TTAGCTTTAA TTGATACCTT TGCGTATTTG 60 TTTAGAAGCT ATTACATGAG CGCTAAAAAT AAGCCTTTAA CCAACGATAA GGGCTTTCCT 120 ACAGGGCTTT TAACGGGGCT TGTGGGCATG GTTAAAAAAT TTTATAAAGA CAGAAAAAAC 180 ATGCCTTTTA TCGTGTTCGC CCTAGAAAGC CAGACTAAAA CTAAAAGAGC TGAAAAACTG 240 GGCGAATACA AACAAAATCG TAAAGACGCC CCTAAAGAGA TGCTTTTACA AATCCCTATC 300 GCCTTAGAAT GGTTGCAAAA AATGGGTTTT ACTTGCGTGG AGGTGGGAGG GTTTGAAGCC 360 GATGATGTGA TCGCAAGTTT AGCCACGCTA AGCCCTTATA AAACCCGCAT TTATTCTAAA 420 GATAAGGATT TTAACCAGCT TTTGAGCGAT AAAATCGCGC TTTTTGATGG CAAAACGGAG 480 TTTTTGGCGA AAGATTGCGT GGAAAAATAC GGGATTTTGC CGAGTCAATT CACGGATTAT 540 CAGGGCATTG TGGGGGATAG CAGCGATAAT TACAAGGGGG TTAAAGGCAT TGGGAGCAAG 600 AACGCTAAGG AATTGTTGCA GCGATTAGGG AGCTTGGAAA AAATCTATGA AAATTTAGAC 660 TTGGCGAAAA ATTTACTCAG CCCTAAAATG TATCAAGCCT TGATACAAGA CAAAGGAAGC 720 GCCTTTTTAA GCAAAGAATT AGCCACTTTA GAAAGAGGAT GCATTAAAGA ATTTGATTTT 780 TTAAGTTGCG CTTTTCCGAG CGAAAACCCC TTGTTGAAAA TCAAAGATGA ATTGAAAGAA 840 TATGGTTTCA TTTCTACCTT AAGGGATTTA GAAAATTCCC CTTTCATTGT AGAAAACGTG 900 CCCATATTAA ACAGCACGCC TATATTAGAC AATACCCCCG CCTTAGACAA CGCCCCTAAA 960 AAATCGCGCA TGATTGTTTT AGAAAGCGCT GAGCCTTTGA GCATGTTTTT AGAAAAATTA 1020 GAAAACCCTA ACGCTAGGGT TTTTATGCGT TTGGTTTTGG ATAAAGACAA AAAAATTCTA 108 0 GCCCTAGCGT TTTTATTACA AGATCAAGGC TATTTTTTAC CTTTAGAAGA GGCGTTGTTT 1140 TCGCCCTTTT CTTTGGAATT TTTACAAAAC GCTTTTTCTC AAATGTTACA GCATGCGTGT 1200 ATCATTGGGC ATGATTTAAA GCCTTTATTA AGCTTTTTAA AAGCCAAATA TCAGGTGCCT 1260 TTGGAAAATA TCCGCATCCA AGACACTCAG ATTTTAGCGT TTTTAAAGAA TCCGGAAAAA 1320 GTGGGGTTTG ATGAGGTTTT AAAGGAATAT TTAAAAGAAG ATTTAATCCC GCATGAAAAG 1380 ATCAAAGATT TTAAGACAAA AAGTAAGGCG GAAAAATCAG AACTTTTAAG CATGGAATTA 1440 AACGCCTTAA AGCGTTTGTG CGAATACTTT GAAAAAGGGG GGCTAGAAGA GGATTTGCTC 1500 ACTTTAGCTA GAGACATTGA AACGCCGTTT GTGAAAGTTT TAATGGGCAT GGAATTTCAA 1560 * ·

GGCTTTAAGA TTGATGCCGC CTTGGAAAAT ATCGTCATCG CAGGTGTTAC AAACAAACCC 1620 AATGGTGCTG GCGCTATCAC ATCCACTGGT CATGTAACCG ACTATGCGGT GTTTAACAAC 1680 ATCAAGGCGA TGCTACCTAT CTTGCAACAA GCGCTTACGC TTTCTCAAAG TAACCACACC 1740 CTATCCACTC AGTTGCAAGC TCGAGCTATG GGATCTCAAA CAAATCGTGA ATTCGCTAAA 1800 GACATCTACG CTTTAGCTCA AAACCAAAAG CAAATCCTTT CTAACGCTTC AAGTATCTTC 1860 AATCTCTTTA ATTCCATTCC TAAAGACCAA CTTAAGTATT TGGAGAACGC TTACTTGAAA 1920 GTGCCACATT TGGGTAAAAC CCCTACTAAC CCTTACAGAC AGAATGTGAA TTTGAATAAA 1980 GAAATTAATG CGGTTCAAGA CAATGTAGCT AATTATGGTA ATCGTTTGGA TTCGGCTTTA 2040 AGCGTGGCTA AAGATGTTTA TAACCTAAAA TCCAATCAAA CAGAGATCGT AACCACTTAT 2100 AACGATGCTA AGAATTTGGG CCCAGGGGTT TCTAAACTTC CCTGTCGTTG TTTGGAGAAG 2160 ATT 2163 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:220:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 975 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...975 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:220:

AAAGAAAAGG ATAACCCCTT GCAAAACTTT GTTTTTAATA AAAAATGGCT CATCTATTCT 60 AGCCTACTCC CCTTATTTTT TCTTAACCCT TTAATGGCAG AAGACGATGG GTTTTTTATG 120 GGGGTGAGTT ATCAAACTTC TTTGGCCGTT CAAAGGGTGG ATAACTCAGG GCTTAACGCC 180 AGTCAAGACG CATCCACTTA TATCCGCCAA AACGCTATCG CTCTAGAATC TGCGGCGGTG 240 CCTTTAGCCT ATTATTTAGA AGCGATGGGC CAACAAACGA GAGTCTTAAT GCAAATGCTC 300 TGCCCTGATC CTTCTAAAAG ATGTTTGCTC TATGCAGGGG GCTATCAAAA CGGACAAAAT 360 AATAACGGCG ATACAGGCAA CAACCCCCCA AGAGGCAATG TCAATGCCAC CTTTGATATG 420 CAATCTCTAG TCAATAATTT AAACAAGCTC ACCCAACTCA TCGGCGAAAC TTTAATCCGT 480 AACCCTGAAA ATCTTCCTAA CTCCAAAGTC TTTAACGTCA AATTTGGCAA TCAAAGCACT 540 GTTATTGCAT TGCCTGAGGG TCTAGCCAAT ACCATGGACG CTTTAAACAA TGACATCACC 600 AACGCTTTAA CCACGCTCTG GTATAACCAA ACCTTAACGA ATAAATCTTT TAGCACCCCT 660 AGTAACACTT CTGTGAATTT TAGCCCCCAA GTCTTGCAAC ACCTTTTACA AGACGGCTTA 720 GCCACAGCAA ATAATAATCA AACCATTTGC AGCACTCAAA ACCAATGCAC CGCCACTAAT 780 GAAGCTAAAT CTATCGCTCA AAACGCCCAA AACATCTTCC AGGCTTTAAT GCAAGCAGGG 840 ATTTTAGGGG GCTTAGCCAA TGAAAAGCAA TTTGGCTTCA CTTACAACAA AGCCCCCAAT 900 GGCGGCGATT CCCAACAAGG CTATTCAAAG CTTTGCGGCC CGGGTATTAC ACCAAAACGA 960 CAACACCACG CAAGC 975 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:221:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 840 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·

184 (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...840 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:221:

TATAACCAGA TGCAAGACGT GATCAATTAC GGGGAAAGCT TGCTTAGTAA CACCGTAGCG 60

TATGGGGATT TCATCACCAA TTGGGTCGCC CCCTATTTGG ATTTAAACAA TAAAGGTTTG 120

AATTTCTTGC CTAATTATGG GGGGCAATTG AATGGCGCTA ATAATCAAAC CCCACAATTA 180

ACCCCACAAC AAGCCCAACA AGAACAAAAA GTGATCATGA ACCAATTAGA GCAAGCCACA 24 0

AACGCCCCCA CCCCCGCGCA AATAAACAGG ATTTTAGCCA ACCCCTATTC CCCCACGGCA 300

AAAACTTTAA TGGCTTATGG GCTCTATCGC TCTAAAGCAG TGATTGGCGG AGTGATTGAT 360

GAAATGCAAA CTAAAGTGAA TCAAGTCTAT CAAATGGGCT TTGCTAGGAA TTTTTTGGAG 420

CATACACTCT ACATTCTAAT AACACTGAAC GGCTTTGGCG TGAAAATGGG CTATAAGCAA 480

TTTTTCGGCA AAAAGCGCAT GTTTGGGCTT AGGTATTATG GTTTTTATGA TTTTGGTTAC 540

GCTCAATTTG GCACAGAATC TTCTTTAGTG AAAGCCACCC TCTCTAGCTA TGGAGCGGGC 600

ACAGACTTTC TTTATAATGT TTTTACCCGA AAAAGAGGGA CTGAAGCGAT AGATATAGGT 660

TTTTTTGCCG GTATCCAACT TGCAGGGCAA ACCTGGAAAA CGAATTTTTT AGATCAAGTG 720

GATGGCAACC ATCTTAAACC TAAGGACACT TCTTTCCAAT TCCTTTTTGA TTTGGGCATA 780

ATGGACCAAA TTTTTCCAAA ATCGCTCATC TCAAAAAAGA ATCTCGTTTT TCTCAAGGGA 840

INFORMACE	PRO SEQ ID NO:222:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 405 párů bází
(B)	TYP: nukleová kyselina
(C)	DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) DRUH	MOLEKULY: genomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...405 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:222:

CAACCACACA AACAAAGAAA CATCGCCCAT CTACAACACG CGCAAGCTGT TATCACTTCA 60

GTATTGGCTT TTTGGAGTCT TTATGCAGGG AACGCTCTCA GTTTTCATGT GACCGGTTTG 120

AATGATGGAT CTAATTCTCC TTTAGGAAGA ATCCATAGAG ATGGGAACTG CACAGGATTA 18 0

CAACAATGTT TTATGAGCAA AGAAACTTAT GATAAAATGA AGACACTTGC CGAAAACCTC 240

CAAAAAGCTC AAGGCAATCT CTGTGCCTTA TCAGAATGCT CTAGCAATCA AGATAGCGGA 300

TTTCCTGTTT TGGATAGTGC AGGAAAACAA GTAACTATAA CAATAACAAC GCAAACTAAT 360

GGAGCTAATA AAAGTGAAAC TACTACTACT ACTACTACTA CTAAT 405 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:223:

185

• · • ·· t ··

« · ·· ·· • · • ··

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 372 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...372 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:223:

GGACTATCAA GGCAAGGAAA TGAAAGATTG GATGCCACGC TCAATTTAAA AACCGGCGTG 60

CAAAGTTTTT TTAAAAAATA CATCGGGATT AGGGGGGTTT TTGCATGGGA TCTTGGGTCA 120

GGAAAAGTGA ATTATCAAAG CTATAAAGAT CCTACCAACT CTTTTTTTAC CATGCTTGCG 180

GTGGGTTTGG ATGTGATCAT GGAATTTCCT CTAGGGAGTT ATAAGCATTA TTTAGGGGCG 240

TTTGGGGGAG CTAGGGGGGC TTTAGTTGTT TATACAGACA AGCAAAATTT CAAGTTTTTT 300

AAACATTCTG TGGTTTCAGG GGGATTAGCG ATTAGTGGAG GTTGGTTGAT ATTGTTGCGG 360

ACACCGCACT TC 372 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:224:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 309 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...309 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:224:

CCGGTTGGGC TCTACCCCCT TGAATCCCCT TTAATTTATG AAGAAAACCA TTTGTTACCC 60

ATGGGGTTTA TCCATTTAGC CTTTAGAGGG GGTGGGAGCT TGAGCGATAA AAACCAGTTG 120

GGTTTGGCGA AATTGTTCGC GCAAGTTTTA AACGAAGGCA CTAAAGAGCT TGGCGCGGTG 180

GGGTTTGCGC AACTTTTAGA GCAAAAAGCG ATCAGTTTGA ATGTGGATAC CAGCGCAGAA 240

GATTTGCAAA TCACTTTAGA ATTTTTAAAA GAATACGAAG ATGAAGCCAT AATGCGCTTA 300

AAAGAGCTT 309 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:225:

• ·

186

• · · · • · ·· ·« ··

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 258 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...258 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:225:

TATAGCGTGT ATATCCGCTC CAACTTTTCT AAAGTGGCGC ATTTTGCGAG CGGGTATTTG 60

CAAACCAAGC TCAGCACTCA AGCTAAAAGC GTTGCCTTAG CCAAAAAAAC AACTAAAGAA 120

TTTATAGAAA AAGGCATGAC GCAACAAGAA TTAGACGACG CTAAAAAGTT TTTACTAGGC 180

TCTGAGCCTT TAAGGAATGA AACGATCTCA AGCCGCTTGA ACACCACTTA CAATTATTTT 240

ATTTGGGTTT GCCTTTAG 258 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:238:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 396 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...396 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO.-238:

GAGACGCTCG CAAGGGTTCT CAAAGTTTCA TGTTTGGCTA TGGGGCTGGC ACAGATGTGT 60

TGTTTAACCC AGCTATTTTC AATCGTGAGA AACTTGCATT TGGGGTTTTT CTTGGGCGTT 120

GCGATTGGTG GCACCTCTTG GGGTCCAACA AACTATTATT TTAAGGACTT AGCTGAAGAG 18 0

TATAGAGGGA GTTTCCACCC ATCAAATTTC CAGGTCTTAG TTAATGGCGG GATCCGCTTA 240

GGCACTAAAC ACCAAGGTTT TGAAATTGGC TTGAAAATCC AAACCATTCG CAATAATTAC 300

TATACCGCTA GCGCGGATAA TGTGCCTGAA GGGACTACTT ATAGATTCAC TTTCCACCGC 360

CCTTACGCCT TTTATTGGCG TTACATTGTA AGCTTT 396 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:251:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 831 párů bází • ·

187 (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...831 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:251:

GTCATGAAAA CTTCTAACAC AAAAACCCCT AAACCCGTTT TAATCGCCGG GCCATGCGTC 60

ATTGAGAGTT TAGAAAATCT AAGAAGTATC GCTATTAAAT TACAACCCCT AGCCAACAAC 120

GAGCGGTTGG ATTTTTATTT TAAAGCGAAT TTTGATAATG CTAACCGCAC GAGTTTGGAA 180

AGTTACAAAG AACCTGGTTT AGAAAAAGGC TTAGAAATGT TACAAACTAT CAAAGATGAA 240

TTTGGTTATA AAATTTTAAC CGATGTGCAT GAGAGCTATC AAGCAAGCGT GGCAGCCAAG 300

GTAGCGGATA TTTTACAAAT CCCGGCGTTT TTGTGCCGCC AAACGGATCT GATTGTAGAA 360

GTGAGCCAAA CTAACGCCAT TGTCAATATC AAAAAAGGGC AATTCATGAA CCCAAAAGAC 420

ATGCAATATT CCGTTCTAAA AGCCCTTAAA ACAAGGGATA GTAGCATTCA AAGCCCCACT 480

TATGAAACAG CGTTAAAAAA TGGCGTGTGG CTGTGTGAAA GGGGGAGCAG CTTTGGGTAT 540

GGGAATTTAG TGGTGGATAT GCGCTCTTTA AAAATCATGC GAGAATTTGC CCCTGTGATT 600

TTTGACGCTA CCCATAGCGT GCAAATGCCA GGGGGAGCGA ACGGGAAAAG TTCAGGAGAC 660

AGCTCTTTTC CCCCTATTTT ACCCAGAGCG GCGGCGGCGG TGGGGATTGA TGGGCTGTTC 720

GCTGAAACGC ATATTGATCC TAAAAACGCC CTAAGCGATG GAGCAAACAT GCTAAAACCT 780

GACGAGCTAG AACACTTAGT AACCAACATG TTAAAAATCC AAAATTTATT T 831 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:254:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 750 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...750 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:254:

ATGAAAAAAG GTAGTTTAGC AATCGTTTTA GGATCGTTAC TAGCAAGTGG GACGTTTTAT 60

ACGGCTCTAG CTGATGGAAT GCCTATGAAG CAACAGCACA ATAACATGGG TGAGTCTGTG 120

GAGTTGCATT TCCACTATCC TATTAAAGGC AAACAAGAGC CTAAAAATAA CCATTTAGTT 180

GTCTTAATCG ATCCTAAGAT AGAGGCTAAT AAAGTTATCC CTGAAAATTA TCAAAAAGAA 240 • · • · • ·

188

TTTGAGAAGT CTTTGTTCCT CCAACTGAGT AATTTTTTAG AGAGAAAGGG CTATAGCGTT 300

TCGCAATTTA AAGATGTTAG CGAAATCCCT CAAGACATCA AAGAAAAAGC GTTGCTCGTT 360

TTACGCATGG ATGGGAATGT GGCTATCTTG GAAGATATTG TAGAAGAGAG CGATGCGCTC 420

AGTGAAGAAA AAGTGATAGA CATGTCTTCA GGGTATTTGA ATCTGAATTT TGTTGAGCCA 480

AAAAGTGAAG ACATTATCCA TAGTTTTGGT ATTGATGTTT CAAAGATTAA GGCTGTGATT 540

GAAAGGGTGG AATTGCGGCG TACCAATTCT GGAGGTTTTG TCCCCAAAAC TTTTGTGCAT 600

AGGATCAAGG AAACCGACCA TGACAGAGCC ATTAAAAAGA TCATGAATCA AGCCTATCAC 660

AAAGTGATGG CGCATATCAC CAAAGAATTA AGCAAAAAAC ACATGGAACG TTATGAAAAA 720

GTTTCTAGTG AAATGAAAAA GCGAAAGTAG 750 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:255:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 357 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...357 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:255:

ATGCAAAACA CCTTTAACTA CACCAACAAC GCTTTGAAAA ACAATGCTAA ATTAACCCCC 60

ACTGAAATGC AAGCCGAACA ATACTACCTC CAATCCACCC TTCAAAACAT TGAAAAAATA 120

GTCATGCTTA GCGGTGGCGT TGCGTCTAAC CCTAAACTAG TCCAAGCGTT AGAAAAAATG 180

CAAGAACCCA TTACTAACCC TTTAGAATTG GTAGAAAACT TAAAAAATTT AGAATTACAA 240

TTCAGCCAAT CTCAAAACAG CATGCTTTCT TCTTTGTCTT CTCAGATCGC TCAAATTTCA 300

AATTCTTTGA ACGCGCTTGA TCCCAGCTCT TATTCTAAAA ACGTTTCAAG CATGTAT 357

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:263:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1536 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1. . . 1536 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:263:

• · • ·

189

• · · · • · • « · ·

ATGAAAAAAC TTCTTTATAC CATGCTCGCG CTTCTTTTAA TCGGCCTTTT AACGGCCTAT

CTTATCCTTT TTACAGAATG GGGGAATAAG ATCATCGCTT CGTATATAGA GAAAAAAATC 120

AATCCGAACG AGCGTTATTT GAGCGTTAAA ACCTTTAAAT TGAGATTCAA CTCTTTGGAT 180

TTCAAAGCTC AAGCCAACGA TGATTCCACG CTCATTCTTA AGGGGGATTT CTCGCTTTTA 240

ACGCAAAGCG TAAATTTGGA TTACCACATA GACATTAAAA ATTTACGCTC TTTTAAGGAT 300

TTGATACCCT ACCCCTTAAG AGGGGCTATT GTTACTTCTG GGAATATCAA AGGGCATAGA 360

AAAGCCCTTG TAGTTCAAGG CGTCTCCAAT GTCGCTCAAT CCCACACTGC CTACAACGCC 420

CTTTTAGATG ATTTCAAGCT TTCTCACTTA AGTTTGAACG CAAAAGACGC CAATTTAGAA 480

GATTTGCTTT ATTTAATCAA CCGCCCCGCT TATGCGAACG CAAAAGTGTC CTTACAAGCG 540

GATTTTAACT CTCTAAAGCC cttagaaggg CATTTGATCC TAACAGCTAA TAACGCTTTA 600

ATCAATAACG CCCTAATCAA TCAAATCTTT CATTTAAACC TTAAAGACAC GCTCGTTTTC 660

AACCTCTCGC ACTCAAGCGA TTTTAAAGGA AACAAAGCCA TCAGCGATAC CACCCTAACT 720

AGCCCTTTAG TTAATTTCAC AGCCCTAAAA AGCGAATATT CTTTCCCTGC TTTAAAACTC 780

AACGCCCCCT ACACTTTAGA AATACCCCAT CTAGCCAAAC TCCAAAACAT TACCAACCAC 840

CCCTTAAAAG GGAGCTTGAC TTTAAAAGGC GATATAGAGC AAAGCCCTAA ACTCTTAAAA 900

GTCAGTGGCC ATTCAAATTT ACTAGACGGC GCGCTAGACT TCACGCTTTT AAATAAAGAT 960

TTGAAAGCCC GTTTTTCCAA TATTTCCACT TCAAAAGCCT TAGATTTATT CCATTACCCT 1020

AAATTTTTCC AATCCATTGC AGACGCTAAC TTGGATTATG ACCTTATCTC TAAGCAAGGC 1080

GTGTTGAAAG CCAATCTCAA GAACGCAAGA TTCCTCAAAA ATGCATTCAG CGATTTCCTC 1140

TATTCCATTT CTCGTTTTGA TATTACTAAA GAAATTTATC ACGATGCCAA TCTAGTAAGC 12 00

CAAATCAACC AGCAACGCCT GCTCTCTGAT TTGAGTTTAA AAAGCCCCAA AACCCAATTG 12 60

AAAATCCATA ACGGCTTGTT GGATTTAAAC ACCAAGCAAA TGGACATACT CATGGATGCG 1320

GAAATCTTAA AATTCATCTT TAAAATGAAA CTTCAAGGCA GCATGCACCA GCCAAAATTT 138 0

TCCCTCATTT TAAACGAAAA AGCCATTCAG CAAAACCTGC AACAAGGCTT GAAAGAAATC 144 0

CTTAAAAACG ACACCCTTAA AAAAGGTTTA GATCATTTGC TTAAAGATGA TAAACTCAAA 1500

GAAAAGCTTG AAAAAGGGCT TAAGGGGCTT TTTTAA 1536 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:267:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 336 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...336 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:267:

ATGAAACCAA CGAACGAACC TAAAAAACCT TTTTTTCAAA GTCCCATTGT TCTTGCGGTT 60

CTTGGAGGGA TTTTACTCAT TTTTTTCCTA CGCTCTTTCA ATTCTGATGG CAGTTTTTCG 120

GACAATTTCT TAGCTTCTAG CACTAAAAAT GTGAGCTACC ATGAAATCAT ACAGCTCATC 180

AGCAATCATG AAGTGGGAAA TGTGAGTATC GGTCAAACTT TGATCAAAGC CAGCCATAAA 240

GAGGGCAATA ATCGTGTGAT TTATATCGCT AAACGAGTGC TGATCTACCT TAGTGCCTTT 300

GTTAGACGAG AAAAAAATCA ATTATTCTGG TTTTGA 336 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:282:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

• · • ·

49Θ (A) DÉLKA: 1311 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1311 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:282:

ATGATGAAAT TTTTTCTTTT AAAGAAATTC AGCGAATTTT TAAACACTCA AACCTCAAAC GCTTGAACGC GTCTAGTTTT TTATTAGAGA CTTTTTCTAA GCCTTTGTTG TGGATTTGAG CGCGCCTTAT ATTGGTTTGT CCAAAAAACC GTTTTAAAAA ACACTTTAGC GTTAGATTTT TGTTTGAATA AATTCACCAA ATTTTACAAG CAAACGTCAT tgataacgat cggattttag aaatcaaggg TTAGCTTATA AGAGTGAAAC TTTTATTTTG CGTTTAGAAA TGATCCCTAA CTCATGATTT TAGATCAAGA AAAATGCGTG ATAGAGGCTT TTCGTTTTAA GCTAAAAACG ATATTTTAGG GGCATTGCCT CCTAATATTT ACGAGCATCA TTGGATTTTA AGGGATTGTT GGACATTTTA GAAAAAGATT TTTTATCCTA GAATTGGAAC ACAAAAAAAA TCAAATCATC AAGCGATTAA ACGCCCAAAA AAAGAAAAAT TAGAAAAACT AGAAGATCCT AAAACTTTAC AGCTGGAAGC CAAACTCAAG CCTCATTGTT GCTCACTTAC CAGCATTTAA TCAACAGGCG GTGATTTTAA AGGATTTTGA AGATAAAGAA TGCATGATTG AAATTGATAA TTAAACGCTT TTATCAATAA AAAATTCACT CTCAGCAAGA AAAAGAAACA TTCTTGTATT TAGAAGAAGA GAATCTGAAA GAAAAAATCG CTTTTAAGGA AACTATGTTA GAGACGCTGC AGAAGAAAGC GTTTTAGAAA TGTTTATGCC TCTAAAATCA AACGCCCGAT GAACGGGTAT GAAGTGCTGT ATTATAAGGA GGTTTAGGGA AAAACCAAAA AGAGAATATC AAGCTTTTAC AAGACGCAAG TTGTGGATGC ATGTGAGAGA TATTCCTGGA TCGCATTTGA TCGTTTTTTG ACGCCTAAAG ATGAGGTCAT TATGGAATTA GCCAAAATGT TGATTAAAAT GCGTTTAATG GTTACGAGAT TGACTACACG CAACGAAAAT TTGTCAAAAT GCTCATGTCA TTTACTCAAA ATACCGAACT ATTAGTCTAA AGGACACTTA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:285:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1599 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky

AACGCATTTT

AGAAAAACAC

CCCAGAGAGC

AAACGCCAAA

CGCTAAAGAT

AAAAGCCAAT

TGACAGGGTG

AGAAGAGGAT

TCAGCACAAA

AGAACGCTTG

GAAAGAATTG

TGAAAATCGC

GAGCATGCCC

AAAATCGCAA

AAATCAAATC

GGTAAAAAAC

TTTTAAAATC

AGCGAATGAT

CCAAAAGAAT

GCAAAAAGAT

CATCAAAGGA

A

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1311 • · • ·

194 • · · · « · · · • · · • · · · · · • · · · · · • · · * · · c ·· · · · · <· • · · · · • · · · · · (B) POZICE 1...1599 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:285:

ATGAGAAAGG TTATCATAAT GAATGGTTAT TTGAGGGTAA AAACCCCGTA TTTTTTAGCG 60 TCGGTCGTTT TGACTTTTTG GACTTTTAAT TCTTTTATGA GCGCGAAAGA TAAGCACCAT 120 TTTTTAAAAA AAGTTACAAC CACCGAGCAA AAATTCAGTT CTAGTGCCCC AATTTCATGG 180 CAAAGCGAAG AGGTGCGTAA TTCCACAAGC TCTCGCACGG TGATTTCCAA CAAAGAACTC 240 AAAAAAACGG GGAATTTGAA TATTGAAAAC GCCTTGCAAA ATGTGCCAGG GATTCAAATC 300 AGAGACGCTA CAGGCACGGG CGTGCTGCCT AAAATTTCGG TGCGCGGTTT TGGTGGGGGC 360 GGTAACGGGC ATAGCAACAC CAACATGATT TTAGTCAATG GTATCCCCAT TTATGGCGCG 420 CCGTATTCCA ATATTGAACT GGCGATTTTC CCTGTAACTT TCCAGTCAGT GGATAGGATT 480 GATGTGATTA AGGGGGGAAC GAGCGTCCAA TACGGCCCTA ACACTTTTGG AGGCGTGGTG 540 AATGTCATCA CTAAAGAAAT CCCCAAAGAG TGGGAAAATC AAGCGGCTGA AAGGATCACT 600 TTTTGGGGGC GCTCCTCTAA TGGGAATTTT GTCGATCCCA AAGAAAAAGG CAAGCCCTTA 660 GCCCAAACTT TAGGAAACCA AATGCTGTTT AACACTTATG GGCGAACGGC TGGGATGTTG 720 GGTAAATATA TAGGCATTAG CGCTCAAGGC AATTGGATTA ATGGGCAAGG TTTCAGGCAA 780 AATAGCCCTA CAAAGGTGCA AAACTACTTG TTGGATGCGA TTTATAAGAT CAATGCGACC 840 AATACTTTTA AAGCTTATTA CCAGTATTAT CAATACAACT CTTACCATCC AGGCACTTTG 900 AGCGCGCAAG ATTACGCCTA TAACCGCTTC ATCAATGAGC GCCCTGACAA TCAAGATGGA 960 GGGCGAGCCA AGCGCTTTGG GATCGTGTAT CAAAACTACT TTGGCGATCC GGATAGGAAA 1020 GTGGGGGGCG ATTTTAAATT CACTTATTTC ACGCATGACA TGAGTAGGGA TTTTGGGTTT 1080 TCCAACCAAT ACCAAAGCGT GTATATGAGC GGTCAAAATA AGATTTTACC CTTTAAAGGC 1140 AAGGGAGAAA TCAGCGCAAA AAACCCTAAT TGCGGTCTGT ATTCTTATAG CGACACGAAT 1200 AGCCCTTGCT GGCAATTTTT TGACAATATC CGCCGATCCG TGGTGAATGC CTTTGAGCCA 1260 AAACTCAATC TTATCGTCAA TACTGGTAAA GTCAAACAAA CTTTTAACAT GGGAATGCGC 1320 TTTTTAACTG AAGATTTATA CCGCCGATCC ACCACCAGGA AAAACCCTAG CATGCCTAAT 1380 AATGGGAGTG GGTTTGATGC AGGAACTTCA CTCAATAATT TCAACAATTA TACCGCTGTG 1440 TATGCCAGCG ATGAAATCAA TTTCAATAAC GGCATGCTAA CGATCACGCC GGGCTTGAGA 1500 TACACTTTTT TAAATTACGA AAAAAAAGAC GCTCCTCCCT TTAAGGTGGG TCAAACCCCA 1560 AAAACCACGA AAGAGCGTTA TAACCAATGG AATCCGGCA 1599

INFORMACE	PRO SEQ ID	NO:286:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 768	párů bází
(B)	TYP: nukleová kyselina
(C)	DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii) DRUH	MOLEKULY:	genomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...768 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:286:

ATGAAAAAGA TTTTTTTAGG TATGGCATTA GCCTTTAGTG TGTCCATGGC AGAAAAAAGC 60

GGCGCGTTTT TAGGAGGGGG GTTTCAATAT TCTAATTTAG AAAACCAAAA CACCACCCGC 120

ACCCCAAGCG CTAACAATAA CACCCCGATA AACACTTCAA TGTTTGGCAA CAATCAAGCG 18 0

GCTCCAGCCC AAGAAACGCC AAGCGTGATC AACACCAATA ATTACGGGCA AATGTATGGG 240

GTAGATGCGA TGGCAGGGTA TAAGTGGTTC TTTGGCAAAA CCAAACGCTT TGGCTTTAGG 300

ACTTATGGAT ACTACAGCTA TAACCATGCG AATTTGAGCT TTGTAGGCAG TAAGCTTGGA 360

ATCATGGATG GCGCATCTCA AGTGAATAAC TTCACTTATG GCGTGGGCTT TGATGCGCTC 420 oo

TATAACTTCT ATGAAAGCAA AGAGGGCTAT AACACAGCAG GGTTGTTCGT GGGCTTTGGA 480

TTAGGAGGGG ATTCGTTTAT CGTTCAAGGA GAGAGCTACT TGAAATCTCA GATGCAAATT 540

TGCAACAACA CCGCCGGCTG TTCAGCGAGC ATGAACACGA GCTACTTCCA AATGCCTGTG 600

GAATTTGGTT TTAGGAGCAA TTTCTCTAAA CACAGCGGGA TTGAAGTGGG CTTTAAATTG 660

CCTTTATTTA CCAACCAATT CTATAAAGAA AGGGGCGTAG ATGGATCGGT AGATGTGTTC 720

TATAAAAGGA ATTTCTCTAT CTATTTTAAC TACATGATCA ACCTCTAA 768 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:311:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1461 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1461 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:311:

TTGGCTATTA AAAGGGAAAA AATGAAAAAT AGCGCGCCTT TAAAGAATAA AGTTTTTTGT 60 GGGTTATACG TTTTAAGTTT AAGCGCTTCT GTGCAAGCGT TTGATTATAA AATTGAAGTT 120 TTGGCAGAGT CCTTTTCTAA AGTTGGCTTT AATAAAAAAA AGATTGACAT AGCTAGGGGG 180 ATTTATCCTA CAGAGACTTT TGTAACCGCT GTGGGTCAGG GCAATATTTA TGCGGATTTT 240 TTATCCAAAA GCCTTAAAGA TCAAGGGCAT GTTTTAGAGG GAAAAGTCGG CGGCACAATC 300 GGTGGGATTG CTTATGACAG CACGAAATTC AATCAAGGCG GATCGGTTAT TTATAATTAT 360 ATCGGTTATT GGGATGGCTA TTTAGGGGGT AAAAGGGCCT TGCTTGATGG CACGAGTATC 420 CATGAGTGCG CGCTTGGCTC TGATGGCAAG GTGATTGATT CTATAGCGTG CGGGAACGCT 480 AGAGCCAATA AAATCCGCCG TAATTACTTG ATGAATAACG CTTTTTTAGA ATACCGCTAT 540 AAGGATATAT TTGCGGCTAA AGGGGGGCGT TATCAATCCA ATGCTCCTTA TATGAGCTCT 600 TATACGCAAG GCTTTGAAAT CAGCGCTAAA ATCAAGGATA AAAATGAGGG GAGCCATAAA 660 TTATGGTGGT TTAGCTCATG GGGTAGGGCG TTCGCTTATG GGGAGTGGAT TTATGATTTT 720 TACTCTCCAA GAACCGTGAT TAAAAACGGG CGCACTCTAA ATTATGGTAT CCATTTAGTG 780 GATTACACTT ACGAAAGGAA AGGGGTTAGC GTCAGCCCCT TTTTCCAGTT TTCGCCCGGG 840 ACTTATTATA GCCCTGGGGT GGCTGTAGGC TATGATAGTA ACCCTAATTT TAATGGCGTG 900 GGCTTTAGAT CCGAAACGAA GGCTTATATT TTGCTCCCTG TCCATGCCCC CCTTAAAAGG 960 GATACTTATC GTTACGCTGT GAAAGCTGGC ACCGCTGGGC AAAGCCTGCT CATTAGGCAA 1020 CGATTTGATT ACAATGAATT TAACTTTGGG GGAGCGTTTT ATAAAGTATG GAAAAACGCA 1080 AACGCTTACA TAGGCACGAC AGGAAACCCT CTAGGCATTG ATTTTTGGAC CAATAGCGTT 1140 TATGATATAG GGCAAGCCTT AAGCCATGTG GTAACCGCTG ATGCCGTCTC TGGTTGGGTT 1200 TTTGGTGGAG GCGTGCATAA AAAATGGCTG TGGGGGACTT TGTGGCGTTG GACTAGCGGC 1260 GCTTTAGCCA ATGAAGCGAG CGCGGCTGTT AATGTGGGCT ATAAGATCAG TAAGAGTTTG 1320 ACAGCGAGCG TGAAATTAGA ATATTTGGGC GTGATGACGC ATTCAGGCTT TACGGTAGGG 1380 AGTTACAGAC CCACGCCCGG CTCTAAAGCA CTTTATTCAG ACAGGAGCCA TCTAATGACA 1440 ACCCTTAGCG CCAAATTCTA A 1461 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:318:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 579 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý • ·

193 (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...579 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:318:

TTGTTAGGGA GGAATGGCGT TACTTTAAAT ATCCGCCAGG TTTTTTGGTG GGATAATTTC 60

AACTGGTCCA TTGGCTTTTA TAACACCTTT GGCAATTCAG ACGCTTTTTT AGGCTCTCAC 120

ACCATGCCAA GGGGGAATAA CACTTCCTAT ATCAGTAATG AAATCTCAGT AACGACTAGG 180

CATGCCGGAA TGATCGGCTA TGATTTTTGG GATAATACGG CTTATGATGG GCTGGCTGAT 240

GCGATCACTA ACGCGAACAC TTTCACTTTT TACACTTCGG TTGGAGGGAT CCATAAGCGT 300

TTTGCATGGC ATGTTTTTGG GCGCGTCTCT CATGCGAATA AAAATGCGTT AGGGCAAGTG 360

GGGAGGGCTA ATGAATATTC CTTGCAATTC AATGCGAGCT ATGCGTTCAC TGAATCGGTT 420

CTCCTTAACT TTAGGATCAC TTATTATGGG GCTAGGATCA ATAAAGGGTA TCAAGCAGGG 480

TATTTTGGAG CGCCCAAATT CAATAACCCG GATGGCGATT TTAGCGCTAA TTACCAAGAC 540

AGAAGTTACA TGATGACCAA CCTCACGCTG AAGTTTTGA 579 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:319:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1065 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1065 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:319:

ATGCAACAAC AGCTCACCTA CTTGAATGCG GGGAATGTGT TTTTTAATGC GATGAATAAG 60

GCTTTAGAGA AGAATGGGAC TGCTACTGCT AATAGCACTA GTAGCACTAG CGGTGCGACT 120

GGTTCAGATG GTCAAACTTA CTCTCAACAA GCTATTCAAT ACCTTCAAGG CCAACAAAAT 180

ATCTTAAATA ACGCAGCGAA CTTGCTCAAG CAAGATGAAT TGCTCCTAGA AGCTTTCAAC 240

TCTGCCGTAG CTGCTAACAT TGGGAATAAG GAATTCAATT CAGCCGCTTT TACAGGTTTG 300

GTGCAAGGCA TTATTGATCA ATCTCAATTG GTTTATAACG AGCTCACTAA AAACACCATT 360

AGCGGGAGCG CGGTTAATAA CGCTGGGATA AACTCCAACC AAGCTAACGC TGTGCAAGGG 420

CGTGCTAGTC AGCTCCCTAA CGCTCTTTAT AACGTGCAAG TAACTTTGGA TAAAATCAAC 480

GCGCTCAACA ATCAGGTGAG AAGCATGCCT TACTTGCCCC AATTCAGAGC CGGGAACAGC 540

CGTGCAACGA ATATTTTAAA CGGGTTTTAC ACTAAAGTGG GCTATAAGCA ATTCTTCGGG 600

AAGAAAAGGA ATATCGGTTT GCGCTATTAT GGTTTCTTTT CTTATAACGG AGCGAGCGTG 660 • ·

♦ · · · • · · · • · · · «

GGCTTTAGAT CCACTCAAAA TAATGTAGGG TTATACACTT ATGGGGTGGG GACTGATGTG 720 TTGTATAACA TCTTTAGCCG CTCCTATCAA AACCGCTCTG TGGATATGGG CTTTTTTAGC 780 GGTATCCAAT TAGCCGGTGA GACCTTCCAA TCCACGCTCA GAGATGACCC CAATGTGAAA 840 TTGCATGGGA AAATCAATAA CACGCACTTC CAGTTCCTCT TTGACTTCGG TATGAGAATG 900 AACTTCGGTA AGTTGGACGG GAAATCCAAC CGCCACAACC AGCACACGGT GGAATTTGGC 960 GTAGTAGTGC CTACGATTTA TAACACTTAT TACAAATCAG CAGGGACTAC CGTGAAGTAT 1020 TTCCGTCCTT ATAGCGTTTA TTGGTCTTAT GGGTATTCAT TCTAA 1065 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:325:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 834 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...834 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:325:

TTGAAACGAG CGTTATGGTT AATTTTAGGG CTTTTTTACG CGCTTAATGC AGAGAGCTTT 60 AAAGATGTTT TGACTAAAGG GGATTACACT TTTTTTAATA AAAAGGTGGT TTCGCCTATC 120 AAACGCTATG CGGATAGATC GGCGTTTTAT CTGGGGCTTG GGTATCAATT AGGGAGCATT 180 CAGCACAACT CTAGCAACTT GAATTTATCC CAACGATTTA ATAAGAGTCA GATTATTTTC 240 AGCGATAGTC TAAGCCCTGT TTTTAAAAAT TCGTATGTGT CTAATGGTCT TGGCGTTCAA 300 GTGGGCTATA AGTGGGTGGG TAAGCATGAA GAGACGAAAT GGTTTGGCTT CAGGTGGGGG 360 CTGTTTTATG ATTTGAGCGC TTCTCTTTAT GGCTCTCAAG AATCGCAGTC TATCATCATT 420 TCCACTTACG GCACTTATAT GGATTTATTG CTTAACGCTT ATAATGGGGA TAAGTTTTTT 480 GCCGGGTTCA ATCTGGGGAT CGCTTTTGCT GGAGTGTATG ACAGATTGAG CGATGCGTTA 540 TTGTATCAAA CTCTTCTTCA AAACACTTTT GGCGGGAAAG TGAATTTAAA CGGCTTCCAG 600 TTTTTGGTGG ATTTAGGGGT TCGTTTAGGG AATGAACACA ACCAATTTGG CTTTGGGATT 660 AAAATCCCTA CTTATTATTT TAACCATTAT TATTCCATGA ATAACATTAG CAATAATAGT 720 GAAAATGTCT TAAAAGTTTT ACGATTTTTA GAATACGGGA TCAACAGCTT GTTGTATCAA 780 GTTGATTTCA GGCGCAATTA CTCGGTTTAT TTCAACTACA CTTATAGTTT TTAA 8 34 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:326:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1482 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

« · • · · · · · · • · · · · · · • · · · · · · • · · * · · · · • · · · · ·

495 ...... .....

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1482 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:326:

ATGCCTGCCT TGAATAGCTC CAAAAATATG GTAGTCAATA TCAATCAAAC TTTCACAAAA 60

AACCCTACCA CAGAATACAC TTACCCCGAT GGGAATGGCA ATTATTATTC AGGCGGTTCA 12 0

TCAATCCCAA TCCAGCTAAA GATTAGTAGC GTCAATGACG CTGAAAACCT TTTGCAACAA 18 0

GCCGCTACTA TCATCAATGT CCTTACCACC CAAAACCCGC ATGTGAATGG TGGCGGTGGG 240

GCATGGGGGT TTGGCGGTAA GACCGGGAAT GTGATGGATA TTTTTGGCGA TAGTTTTAAC 300

GCTATTAACG AAATGATCAA AAACGCTCAA GCCGTTTTAG AAAAAACCCA ACAGCTTAAC 360

GCTAATGAAA ACACCCAAAT CACGCAACCA GACAATTTCA ACCCCTACAC TTCTAAAGAC 420

ACGCAGTTCG CTCAAGAAAT GCTCAATAGA GCTAACGCTC AAGCAGAGAT TTTGAGCTTA 480

GCCCAACAAG TAGCGGACAA TTTCCACAGC ATTCAAGGGC CTATCCAACA AGATCTAGAA 540

GAATGCACCG CAGGATCAGC TGGTGTGATT AACGACAACA CTTATGGTTC AGGTTGCGCG 600

TTTGTGAAAG AGACTCTCAA TTCCTTAGAG CAACACACCG CTTATTATGG CAACCAGGTC 660

AATCAGGATA GGGCTTTGTC TCAAACCATT TTGAATTTTA AAGAAGCCCT TAGCACTTTA 720

GGGAACGACT CAAAAGCGAT CAATAGCGGT ATCTCTAACT TGCCTAACGC TAAGTCCCTT 780

CAAAACATGA CGCATGCCAC TCAAAACCCT AATTCCCCAG AAGGTTTGCT CACTTATTCT 840

TTGGATACCA GCAAATACAA CCAGCTCCAA ACTGTTGCGC AAGAATTAGG CAAAAACCCC 900

TTTAGGCGCA TCGGCGTGAT TAACTATCAA AACAATAACG GGGCGATGAA CGGCATCGGC 960

GTGCAAGCGG GCTATAAGCA ATTCTTTGGC AAAAAAAGGA ATTGGGGGTT AAGGTATTAT 1020

GGTTTCTTTG ATTATAACCA TGCTTATATC AAATCTAATT TTTTTAACTC GGCTTCTGAT 1080

GTGTGGACTT ATGGGGTGGG TATGGACGCG CTTTATAACT TCATCAACGA TAAAAACACC 1140

AACTTTTTAG GCAAAAATAA CAAGCTTTCT GTGGGGCTTT TTGGTGGCTT TGCGTTAGCC 1200

GGGACTTCGT GGCTTAATTC CCAACAAGTG AATTTGACCA TGATGAATGG CATTTATAAC 1260

GCTAATGTCA GCGCTTCTAA CTTCCAATTT TTGTTTGATT TAGGCTTGAG AATGAACCTC 1320

GCTAGGCCCA AGAAAAAAGA CAGCGATCAT GCCGCTCAGC ATGGCATGGA ATTGGGCGTG 13 8 0

AAAATCCCCA CCATTAACAC GGATTATTAT TCTTTCATGG GGGCTGAACT CAAATACAGA 1440

AGGCTCTATA GCGTGTATCT CAATTATGTG TTTGCTTACT AG 1482 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:327:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 810 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...810 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:327:

GTGCTAAACA CCACCCAAAA AAGCCTATTG GTTTTCATGG GGGTTTTTTT CCTTATCTTT 60

GGCGTGGATC AAGCGATTAA ACACGCTATT TTAGAGGGGT TTCACTATGA AAGTTTGGTT 120

ATAGATATTG TTTTAGTGTT CAATAAAGGC GTGGCGTTTT CCTTACTCAG TTTTTTAGAG 180

GGGGGTTTGA AATACTTGCA AATCCTTTTA ATTTTAGGGC TTTTTATCTT TTTAATGCGC 240

CAAAAGGAGC TTTTTAAAAG CCATGCGATA GAGTTTGGCA TGGTGTTTGG CGCTGGGGTT 300 • · ·

19é

TCTAATGTTT

GCTATTAGAA

TTATACGTTT

GCAGAGTCCT

TATCCTACAG

TCCAAAAGCC

GGGATTGCTT

GGTTATTGGG

ACTGCGCGCT

TAAATCGGTT

GGGAAAAAAT

TAAGTTTAAG

TTTCTAAAGT

AGACTTTTGT

TTAAAGATCA

ATGACAGCAC

ATGGCTATTT

TGGCTCTGAT

AGTATCATTG

GAAAAATAGC

CGCTTCTGTG

TGGCTTTAAT

AACCGCTGTG

AGGGCATGTT

GAAATTCAAT

AGGGGGTACA

GGCAAGGTGA

GGGCAATTGT

GCGCCTTTAA

CAAGCGTTTG

AAAAAAAAGA

GGTCAGGGCA

TTAGAGGGAA

CAAGGCGGAT

AAGGCCTGCT

ATATTCTTTA

AGAATAAAGT

ATTATAAAAT

TTGACATAGC

ATATTTATGC

AAGTCGGCGG

CGGTTATATA

TGATGGCACA

TGATGTATTG

TTTTTGTGGG

TGAAGTTTTG

TAGGGGGATT

GGATTTTTTA

CACAATCGGT

TAATTATATC

AGTATCCATG

360

420

480

540

600

660

720

780

810 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 329:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 648 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZTROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...648 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:329:

atgttaaaac

GAAGCCTTTC

CTATTACAAG

CCCAAACCCA

CAAAGCACCA

ACCTTTTACT

GCTGGCTATG

AACATTGAGC

ACTATCCCTA

AACGCCGATG

AGAATCTGTT

TCGCCAGTAA

AAAAACACC.A

GCACACAAAC

AACCAAAACC

TTTTAAAGAA

CTCAAAACCC

GTAATAACAG

TGAGTTACAC

AACAATCTCA

GCTCCAACAA

TAACAAGCTC

AACGATTTGT

AAAAGACGGC

CCAAGAACAA

CATTACCCCT

TGCGACTGAG

TGTGTATGTA

CTTGATTATG

GGACGATCAA

AATCATTCTG

CTCCAAACCA

AGCAAGGTTA

TTGTCCCTAA

TTTTTCATAG

ACCATAGCCA

CAAAGCACCT

TTGTTTGCAG

ACCGCTTATA

ATACAAAACT

GGCAATGTGG

CCCGCAAGCT

ACACCACACG

CAACCAATCT

TCAGCTCATT

AAGCCGGCTT

CCACTCAAGA

ATGGGAAATA

AGGATAATAT

ACCAAGAAAG

TCTTGCCTTA

TCAGTTTGGG

TGTTTAACGA

ATTTTCTGAT

TCAAATGA

CACGGCTGTA

TGAAACCGGG

AAAACCCAAA

CTACATCTCC

CACCAACTTA

CGCTGAAGAA

TAACTTGAAC

CGTGATAGAG

CCCACAGCTT

GCCAGCACGC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

648 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:330:

(i) CHARAKTERΓŠTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKU·.: 507 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • ·

197 ·· · · • · • · í (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/'KLÍČ: různé znaky (B) POZICE’ 1. . . 507 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:330:

ATGTTATCTT CTAATGATTT GTTTATGGTC GTTTTAGGGG CGATTTTATT TGCTTGGTGG GGTATTTGTA TCTTAAAGAA AAAGAGTTTT ACCATAAAAT GAAAAAACTT TAGATGAATC CTATCAAGAA AATTATCTCT ATTCTAAGCG TTAGAGGGGC GTTTGGAAGG CCTTTCTTTA GAAAAAAGCG CTAAAGAGGA AAAACGACTC TTTCGCACCT TTATAACCAG TTGCAAGAAA TCCAAAAATC GAGCGCGATT ACTTAGAAGA AAAAATCATT ACTTTAGAAA ACAAATTTAA CATTATGCCG CTAGCGATGA AGTCAACGAA AAACAGGTTT TGAAAATGTA TATAGCGTGG ATTCTATTTC TAAAGAATTT AAAGTGAGTA AGGGCGAGGT TTGAACATGG CAGGGTTAAA ATGGTAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:331:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1017 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

(D) TOPOLOGIE:	kružnicová genomová DNA
(ii)	DRUH MOLEKULY:
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANISMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV'KLÍČ (B) POZIC! 1..	: různé znaky . 1017
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:331:

GTGGGTTTTG AATATTCGAT CAGTCATGCC GTTGAACACA ATAACCCTTT GAACGCATCC AAGCGATTTC TAACGCTCGA GGCGAAGTCT GTGGACTCGA AATGAAATCA CAGACATGCC CAACACCTTT AACTACATCA ACAACGCTTT GCTAAATTAA CCCCTACTGA AAAGCAAGCC GAAACCTACT ACCTGCAATC AACATTGAAA AAATAGTCAT GCTTAGCGGG GGCGTTGCGT CTAACCCTAA GCGTTAGAAA AAATGCAAVC ACCCATTACT AACCCTTTAG AATTGGTAGA AATTTAGAAT TACAATTCAG CCAATCTCAA AACAGCATGC TTTCTTCTTT ATCGCTCAAA TTTCAAATTC TTTGAACGCG CTTGATCCCA GCTCTTATTC TCAAGCATGT ATGGGGTAGG TTTGAGCGTA GGGTATAAGC ATTTCTTTAC AATCAAGGGT TTCGTTATTA CTTATTCTAT GACTATGGTT ACACTAATTT GGTAATGGCT TTGATGCVVCT AGGCAAAATG AATAACCACC TCTATGGGCT TATCTTTTCA ATTTCATTAA TAATGCGCAA AAACATTCGA GCGTGGGGTT TTTGCTTTAG CGGGGAGTA! GTGGGTAGGG AGTGGTTTAG GCATGTGGGT GATTTCATCA ACAACTATAT GACGGATTAT CGGGCTAAAA TGCACACGAG ATCCCTTTGA ATTTTGGGGT TCGTGTGAAT GTGGATAGGC ACAATGGTTT TTAAAGATCC CTTTAGCGGT CAATTCCTTT TATGAAACGC ATGGCAAGGG TCCCTCTTTT TCAAACGCCT TGTCATGTTT AACGTGAGTT ATGTTTATAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:351:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 831 párů bází

GGTGTTGGTG

GAGGCGTTTA

TTTGAGAGAA

CAGCTCATTA

CATGGATAAA

AGACATGGGG

TCAAGAAGGC

GGAATTTATA

120

180

240

300

360

420

480

507

TTTGGATCAA

TCGAGTCAAA

AAAAAACAAT

TACCCTTCAA

ATTAGCCCAA

AAACTTAAAA

GTCTTCTCAG

TAAAAACGTT

CAAGAAAAAA

TGGTTTTGTG

TGGCATAGAT

TTATGTAGGC

GAGTCAAATG

TTTTTTCCAA

TGAAATGGGC

GTTAAACGCT

TTTTTAG

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1017 • · ···

198 (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...831 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:351:

ATGAAAACTT CTAACACAAA AACCCCTAAA CCCGTTTTAA TCGCCGGGCC ATGCGTCATT 60 GAGAGTTTAG AAAATCTAAG AAGTATCGCT ATTAAATTAC AACCCCTAGC CAACAACGAG 120 CGGTTGGATT TTTATTTTAA AGCGAGTTTT GATAAGGCTA ACCGCACGAG TTTGGAGAGT 180 TACAGAGGAC CTGGTTTAGA AAAAGGCTTA GAAATGTTAC AAACTATCAA AGATGAATTT 24 0 GGTTATAAAA TTTTAACCGA TGTGCATGAG AGCTATCAAG CAAGCGTGGC AGCCAAGGTA 300 GCGGATATTT TACAAATC.CC GGCGTTTTTG TGCCGCCAAA CGGATCTGAT TGTAGAAGTG 360 AGCCAAACTA ACGCCATTGT CAATATCAAA AAAGGGCAAT TCATGAACCC AAAAGACATG 420 CAATATTCCG TTCTAAAAGC CCTTAAAACA AGGGATAGTA GCATTCAAAG CCCCACTTAT 480 GAAACAGCGT TAAAAAATGG CGTGTGGCTG TGTGAAAGGG GGAGCAGCTT TGGGTATGGG 540 AATTTAGTGG TGGATATGCG CTCTTTAAAA ATCATGCGAG AATTTGCCCC TGTGATTTTT 600 GACGCTACCC ATAGCGTGCA AATGCCAGGG GGAGCGAACG GGAAAAGTTC AGGAGACAGC 660 TCTTTTCCCC CTATTTTACC CAGAGCGGCG GCGGCGGTGG GGATTGATGG GCTGTTCGCT 720 GAAACGCATA TTGATCCTAA AAACGCCCTA AGCGATGGAG CAAACATGCT AAAACCTGAC 780 GAGCTAGAAC ACTTAGTAAC CGACATGTTA AAAATCCAAA ATTTATTTTA A 831 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:352:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1311 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1311 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:352:

ATGATGAAAT TTTTTCTTTT AAAGAAATTC AGCGAATTTT TAAACACTCA AACGCATTTT 60

AACCTCAAAC GCTTGAACGC GTCTAGTTTT TTATTAGAGA CTTTTTCTAA AGAAAAACAC 120

GCCTTTGTTG TGGATTTGAG CGCGCCTTAT ATTGGTTTGT CCAAAAAACC CCCAGAGAGC 180

GTTTTAAAAA ACACTTTAGC GTTAGATTTT TGTTTGAATA ÁATTCACCÁA AAACGCCAAA 240

ATTTTACAAG CAAACGTCAI TGATAACGAT CGGATTTTAG AAATCAAGGG CGCTAAAGAT 300 • ·

199 • ··

TTAGCTTATA AGAGTGAAAC TTTTATTTTG CGTTTAGAAA TGATCCCTAA CTCATGATTT TAGATCAAGA AAAATGCGTG ATAGAGGCTT TTCGTTTTAA GCTAAAAACG ATATTTTAGG GGCATTGCCT CCTAATATTT ACGAGCATCA TTGGATTTTA AGGGATTGTT GGACATTTTA GAAAAAGATT TTTTATCCTA GAATTGGAAC ACAAAAAAAA TCAAATCATC AAGCGAŤTAA ACGCCCAAAA AAAGAAAAAT TAGAAAAACT AGAAGATCCT AAAACTTTAC AGCTGGAAGC CAAACTCAAG CCTCATTGTT GCTCACTTAC CAGCATTTAA TCAACAGGCG GTGATTTTAA AGGATTTTGA AGATAAAGAA TGCATGATTG AAATTGATAA TTAAACGCTT TTATCAATAY AAAATTCACT CTCAGCAAGA AAAAGAAACA TTCTTGTATT TAGAAGAAGA GAATCTGAAA GAAAAAATCG CTTTTAAGGA AACTATGTTA GAGACGCTGC AGAAGAAAGC GTTTTAGAAA TGTTTATGCC TCTAAAATCA AACGCCCGAT GAACGGGTAT GAAGTGCTGT ATTATAAGGA GGTTTAGGGA AAAACCAAAA AGAGAATATC AAGCTTTTAC AAGACGCAAG TTGTGGATGC ATGTGAGAGA TATTCCTGGA TCGCATTTGA TCGTTTTTTG ACGCCTAAAG ATGAGGTC.AT TATGGAATTA GCCAAAATGT TGATTAAAAT GCGTTTAATG GTTACGAGLV TGACTACACG CAACGAAAAT TTGTCAAAAT GCTCATGTCA TTTACTCAAA ATACCGAACT ATTAGTCTAA AGGACACTTA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:353:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 696 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE, 1 . . . 696 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:353:

AAAAGCCAAT

TGACAGGGTG

AGAAGAGGAT

TCAGCACAAA

AGAACGCTTG

GAAAGAATTG

TGAAAATCGC

GAGCATGCCC

AAAATCGCAA

AAATCAAATC

GGTAAAAAAC

TTTTAAAATC

AGCGAATGAT

CCAAAAGAAT

GCAAAAAGAT

CATCAAAGGA

A

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1311

ATGTTTAAAA

CTTGAAGCCA

GAAAAGCTCT

TATTTTTTAG

AAAGATTGGA

ATCGGGATTA

TATAAAGATC

GAATTTCCTC

TTAGTTGTTT

GGATTAGCGA

GGGTTTAAGA

CCCCTATTTT

AAATCATTTI

TGCCTATTiI¹

ATAGAAGCAT

GGGGGGTTGG

TCGCCACGCT

GGGGGGTTTT

CTACCAACTC

TAGGGAGTTA

ATACAGACAA

TTAGTGGAGG

TCTTGCCCAC

ATGCGGCATA

TTTGTGCGTT

GCGCAATAAA

CATTAACCGC

CGCTGTAGAA

CAATTTAAAA

TGCATGGGAT

TTTTTTTACC

TAAGCATTAT

GCAAAATTTC

GGTCATGCTC

CGCCAGATTG

CAGCTATAAA

TTTTTGATAG

ACCCCCAAAA

CAAAAGCTCA

GCCATTAAGG

ACCGGCGTGC

CTTGGGTCAG

ATGCTTGCGG

TTAGGGGCGT

AAGTTTTTTA

ACGCTTTTTT

CTTTCTAGCT

TTTTAA

GGGGATTTGT

AAAATTACCA

CGCGTAAAAA

ACTATCAAGG aaagtttttt

GAAAAGTGAA

TGGGTTTGGA

TTGGGGGAGC

AACATTCTGT

TAAGGCACCG

CTAGTCGCTT

CATTCCACCC

AGAAGCCCAT

AAGCGGGTGG

CAAGGAAATG

TAAAAAATAC

TTATCAAAGC

TGTGATCATG

TAGGGGGGCT

GGTTTCAGGG

CATTGAATTA

TGAAACTTCG

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

696 (2) INFORMACE PRO SF,

ID NO:364:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1440 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • · • ···

20Θ (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (Vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE i ... 1440 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:364:

ATGAAAAATA GCGCGCCTI'1' AAAGAATAAA GTTTTTTGTG GGTTATACGT TTTAAGTTTA 60

AGCGCTTCTG TGCAAGCGTT TGATTATAAA ATTGAAGTTT TGGCAGAGTC CTTTTCTAAA 120

GTTGGCTTTA ΑΤΑΑΑΑΑΑΑΆ GATTGACATA GCTAGGGGGA TTTATCCTAC AGAGACTTTT 180

GTAACCGCTG TGGGTCAGGG CAATATTTAT GCGGATTTTT TATCCAAAAG CCTTAAAGAT 240

CAAGGGCATG TTTTAGAGGG AAAAGTCGGC GGCACAATCG GTGGGATTGC TTATGACAGC 300

ACGAAATTCA ATCAAGGCGG ATCGGTTATT TATAATTATA TCGGTTATTG GGATGGCTAT 360

TTAGGGGGTA AAAGGGCCTT GCTTGATGGC ACGAGTATCC ATGAGTGCGC GCTTGGCTCT 420

GATGGCAAGG TGATTGATTG TATAGCGTGC GGGAACGCTA GAGCCAATAA AATCCGCCGT 480

AATTACTTGA TGAATAACGO TTTTTTAGAA TACCGCTATA AGGATATATT TGCGGCTAAA 540

GGGGGGCGTT ATCAATCCAK TGCTCCTTAT ATGAGCTCTT ATACGCAAGG CTTTGAAATC 600

AGCGCTAAAA TCAAGGATAA AAATGAGGGG AGCCATAAAT TATGGTGGTT TAGCTCATGG 660

GGTAGGGCGT TCGCTTATGG GGAGTGGATT TATGATTTTT ACTCTCCAAG AACCGTGATT 720

AAAAACGGGC GCACTCTAAA TTATGGTATC CATTTAGTGG ATTACACTTA CGAAAGGAAA 780

GGGGTTAGCG TCAGCCCC.TT TTTCCAGTTT TCGCCCGGGA CTTATTATAG CCCTGGGGTG 84 0

GCTGTAGGCT ATGATAGTAA CCCTAATTTT AATGGCGTGG GCTTTAGATC CGAAACGAAG 900

GCTTATATTT TGCTCCCTGT CCATGCCCCC CTTAAAAGGG ATACTTATCG TTACGCTGTG 960

AAAGCTGGCA CCGCTGGGCA AAGCCTGCTC ATTAGGCAAC GATTTGATTA CAATGAATTT 1020

AACTTTGGGG GAGCGTTTTA TAAAGTATGG AAAAACGCAA ACGCTTACAT AGGCACGACA 1080

GGAAACCCTC TAGGCATTGA TTTTTGGACC AATAGCGTTT ATGATATAGG GCAAGCCTTA 1140

AGCCATGTGG TAACCGCTGA TGCCGTCTCT GGTTGGGTTT TTGGTGGAGG CGTGCATAAA 1200

AAATGGCTGT GGGGGACTTC¹ GTGGCGTTGG ACTAGCGGCG CTTTAGCCAA TGAAGCGAGC 1260

GCGGCTGTTA ATGTGGGCTA TAAGATCAGT AAGAGTTTGA CAGCGAGCGT GAAATTAGAA 1320

TATTTGGGCG TGATGACGCA TTCAGGCTTT ACGGTAGGGA GTTACAGACC CACGCCCGGC 1380

TCTAAAGCAC TTTATTCAGA CAGGAGCCAT CTAATGACAA CCCTTAGCGC CAAATTCTAA 1440

INFORMACE	PRO SEC ID	NO:374:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 828	párů bázi
(B)	TYP: nukleová kyselina
(C)	DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii) DRUH	MOLEKUZY:	genomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...828

• · • ·

201 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:374:

TTGCTAGATG TCAAAGCCAA TTCCCCCGCC TATCAAGCGG TGCTTTTAGC GCAGTGGGCT TGTGGCAACI TACAAGCTAT GCCTTTACCG CTTGTGGTCC GAGAACGCGA ATGGAGGTAC CCAAACCTTT AATAATGTGC CAGGACAAAA ATCACTTGTA ATTCGTATTA TGAGCCAGGA CATGGCGGGC CAATATCCAC GCGATCATCA ACAAGGCTTA TCAAATCATT CAAAAGGCTT TGACAGCCAA ATCCCAGTTT TAAGCAACAC CACTACAAAA CTTGATTTCA CTATCAATGG ACGGGTGGCG AACCAAATAA AAAATTAGTA TACCCATGGA GTCATGGGAA ACCTCGTGGA ATGCAACCAT AACAGTACCA ACAACAGAAA ATATCAATAC GCTCAAGAGC TTTTAAAACC. AGCGAGCATC ATTATCACTA CCCTGAATAG AACTTCCAAA ATGGTGGTAC OGGTTATTGG GCAGGGATAA GTGGCAATGG GGGATGTTTA AGAATGAAAT CAGCGCTATC CAAGGCATGA TCGCTAACGC GTCGCGCAAG CCAAAATCGT TAGTGAAAAC ACGCAAAATC AAAACAGCCT AACCATTCAA CCCCTACACA GACGCTAGTT TTGCTGAAAG CATGCTCAAA CCAAGCGGAG ATTTTAAACG AAGCCGAACA AGTGGTGAAA AACTTTGA (2) INFORMACE PRO SEC, ID NO: 38 9:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 330 párů bází (B) TYP: nASeová kyselina (C) DRUH ŤTTĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ,: NE (iv) POZITIVNÍ: :^!E (vi) PŮVODNÍ ZLITU:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...330 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:389:'

ATGCTTAGAA ATCAATTTCc TATCGTGTTT GTCTCTTGTA TTGTCGCTAG GCTCAAGAAA ATACCCACAG TTTGGGTAAG GTAACCACTA AGGGTGAAAG TACAACAATA AAATGTATAI TGACAGGAAA GAGCTCCAAC AACGCCAAAG CGTGATATTT TTAGGACTAG GGCGGATGTG AATGTGGCCA GTGGGGGCTT AAAATCTATG TTAGGGGGAT TGAGAGCCGT CTCTTAAGGG TAACGATAGA CAAAATGGTA ACATTTTCCA CCATGACGCT

ATTGAACGCT

TGGTAGCAAT

CACGACGACC

TGAAAATTAT

TGGAGAAGGG

AGACAAAAGA

ACCTATTTCA

AACCAATAGC

TGCATGCCCA

GACAATGTGT

GCAAGAAGCT

AGACGCTGAA

AACGCGAAGC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

828

CAGTTTGCAA

GACTTTTGAA

CAACCAAATC

AATGGCGCAA

TGGCGTCGCT

120

180

240

300

330

INFORMACE	PRO SEC ID NO:399:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 924 párů bází
(B)	TYP: nukleová kyselina
(C)	DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) DRUH	MOLEKULY: genomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE

• ·

202 ·· «·

(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...924 (xi) POPIS SEKVEKCE: SEQ ID NO:399:

ATGAAAAAAG TCCTCTTAC'T AACTOTCTCT CTCTCTCTCT CGTTTTGGCT CCACGCTGAA 60

AGGAACGGAT TTTATTTAGO TTT/AATTTT GCAGAAGGAA GCTATATTCA AGGACAAGGT 12 0

AGCATCGGCG AAAAAGCTTO AGCAGAAAAC GCCTTAAATC AAGCGATCAA TAACGCAAAA 180

AATTCATTAT TCCCTAACAC AAAAGCCATA AGAGATGTGC AAAACGCCTT AAATGCAGTG 240

AAAGATTCAA ACAAAATCGC TAACCGATTC GCAGGAAATG GTGGATCGGG CGGTATTTTC 300

AATGAACTCA GCTTGGGGTA TAAATATTTT TTGGGTAAAA AAAGGATTAT AGGGTTTAGG 360

CACTCTCTTT TTTTCGGTTA CCAACTTGGT GGCGTTGGTT CTGTTCCTGG CAGCGGTTTA 420

ATAGCTTTTT TACCCTATGG TTTCAATACG GATTTGCTCA TTAATTGGAC TAACGATAAG 480

CGAGCGTCTC AAGAATAC¹V TGAAAGAAGG GTAAAAGGGC TCTCTATATT TTACAAAGAT 54 0

ATGACCGGCA GAACGCTAGA CGCTGATACA TTAAAAAGAG CATCAAGGCA CATAATCAGA 600

AAATCTTCAG GGCTTGTGAT TGGCATGGAA CTAGGGGCTA GCACTTGGTT TGCAAGTAAC 660

AATCTCACCC CTTTTAATCo. AGTCAAGAGT CGCACGATTT TTCAGTTACA AGGGAAATTT 720

GGCGTTCGTT TTAGTAGTGA TGAATACGAT ATTGATCGCT ATGGCGATGA AAACTATCTT 780

GGGGGTTCTA GTGTTGAAT'1’ AGGGGTTAAA GTGCCAGCGT TTAAAGTCAA TTATTATAGC 84 0

GATGATTACG GGGATAAAT2 GGATTATAAA AGAGTGGTGA GCGTTTATCT TAACTATACG 900

TATAACTTTA AAAACAAAC. 3 TTAA 924 (2) INFORMACE PRO SEC ID 110:412:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKO.: 2297 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: HE (iv) POZITIVNÍ: UE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLIČ: různé znaky (B) POZICE i...2397 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:412:

ATGAGAAAGG TTATCATAAT GAATGGTTAT TTGAGGGTAA AAACCCCGTA TTTTTTAGCG 60

TCGGTCGTTT TGACTTTTTG GACTTTTAAT TCTTTTATGA GCGCGAAAGA TAAGCACCAT 120

TTTTTAAAAA AAGTTACAAC CACCGAGCAA AAATTCAGTT CTAGTGCCCC AATTTCATGG 180

CAAAGCGAAG AGGTGCGTAA TTCC.ACAAGC TCTCGCACGG TGATTTCCAA CAAAGAACTC 24 0

AAAAAAACGG GGAATTTGAA TATTGAAAAC GCCTTGCAAA ATGTGCCAGG GATTCAAATC 300

AGAGACGCTA CAGGCACGGG CGTGCTGCCT AAAATTTCGG TGCGCGGTTT TGGTGGGGGC 360

GGTAACGGGC ATAGCAACAO CAACATGATT TTAGTCAO.TG GTATCCCCAT TTATGGCGCG 420

CCGTATTCCA ATATTGAACZ GGCGATTTTC CCTGTAACTT TCCAGTCAGT GGATAGGATT 480

GATGTGATTA AGGGGGGAAG GAGCGTCCAA TACGGCCCTA ACACTTTTGG AGGCGTGGTG 540

AATGTCATCA CTAAAGAAAT CCCCAAAGAG TGGGAAAATC AAGCGGCTGA AAGGATCACT 600

TTTTGGGGGC GCTCCTCTAA TGGGAATTTT GTCGATCCCA AAGAAAAAGG CAAGCCCTTA 660

203 »

··«

• · · * • · · ·

GCCCAAACTT TAGGAAACCA AATGCTGTTT AACACTTATG GGCGAACGGC TGGGATGTTG 720 GGTAAATATA TAGGCATTAG CGCTCGAGGC AATTGGATTA ATGGGCAAGG TTTCAGGCAA 780 AATAGCCCTA CAAAGGTGC.A AAACTACTTG TTGGATGCGA TTTATAAGAT CAATGCGACC 84 0 AATACTTTTA AAGCTTATTA O C.AGTATTAT CAATACAACT CTTACCATCC AGGCACTTTG 900 AGCGCGCAAG ATTACGCCTA TAACCGCTTC ATCAATGAGC GCCCTGACAA TCAAGATGGA 960 GGGCGAGCCA AGCGCTTTGG GATCGTGTAT CAAAACTACT TTGGCGATCC GGATAGGAAA 1020 GTGGGGGGCG ATTTTAAATT CACTTATTTC ACGCATGACA TGAGTAGGGA TTTTGGGTTT 1080 TCCAACCAAT ACCAAAGCGT GTATATGAGC GGTCAAAATA AGATTTTACC CTTTAAAGGC 1140 AAGGGAGAAA TCAGCGCAAA AAACGCTAAT TGCGGTCTGT ATTCTTATAG CGACACGAAT 1200 AGCCCTTGCT GGCAATTTTT TGACAATATC CGCCGATCCG TGGTGAATGC CTTTGAGCCA 1260 AAACTCAATC TTATCGTCAA TACTGGTAAA GTCAAACAAA CTTTTAACAT GGGAATGCGC 1320 TTTTTAACTG AAGATTTATA CCGCCGATCC ACCACCAGGA AAAACCCTAG CATGCCTAAT 1380 AATGGGAGTG GGTTTGATGG AGGAAGTTCA CTCAATAATT TCAACAATTA TACCGCTGTG 1440 TATGCCAGCG ATGAAATCAA TTTCAATAAC GGCATGCTAA CGATCACGCC GGGCTTGAGA 1500 TACACTTTTT TAAATTACGA AAAAAAAGAC GCTCCTCCCT TTAAGGTGGG TCAAACCCCA 1560 AAAACCACGA AAGAGCGTTA TAACCAATGG AATCCGGCAG TCAATGTCGG CTATAAACCC 1620 ATTAAAGAAT TATTGTTTTA TTTCAATTAC CAAAGAAGCT ACATTCCGCC CCAATTCAGC 1680 AATATCGGTA ATTTTGTAGG GACAAGCACG GATTATTTTC AAATCTTTAA TGTCATGGAA 1740 GGCGGCTCAA GATATTATTT 7AACCATCAA GTGAGTTTTA ACGCGAACTA TTTTGTGATT 1800 TTTGCGAATC ATTATTTTAG CGGGCGCTAT GGGGACAACA GAGAGCCGGT CAATGCGAGA 1860 TCGCAAGGCG TGGAGCTGGA ACTCTACTAC ACGCCTATTA GGGGGCTTAA TTTCCATGCG 1920 GCTTACACTT TTATAGACGG TAATATCACA AGCCACACGA TGGTTACTAA CCCTGCTAAT 1980 CCTAAAGGGC CTAAAAAAGA TATTTTTGGC AAAAAGCTCC CTTTTGTCAG CCCGCACCAA 2040 TTCATTTTAG ACGCGAGTTA CACTTACGCT AAAACCACGA TTGGGTTAAG CTCTTTCTTT 2100 TATAGCCGCG CTTATAGCGA TGTGTTAAAC ACCGTGCCTT TTACAGAATA CGCGCCCACG 2160 ATTAAAAATG GGGCTATCGG TACCAAAACA GCGGGCATGA CGCCGTACTA TTGGGTGTGG 2220 AATTTGCAAA TTTCTACCAC TTTGTGGGAA CGCAAAAATC AAAGCGTGAA TGCGAGCTTG 2280 CAAATCAATA ACATTTTTAA CATGAAATAT TGGTTTAGCG GGATAGGCAC TAGCCCTAAC 2340 GGGAAAGAAG CTGCGCCTGG CAGGAGCATC ACAGCGTATG TGAGTTATAA TTTTTAA 2397 (2) INFORMACE PRO SE

ID NO:422:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1251 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1.,.12'U (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:422:

ATGTGTGGGA TGTTTAAGAA GAAGCTGTCG CGCAAGCCAA GCTGGAAAAC CATTCAACCC GCGCAAGCCC AAGCGGAGAT ATCCCTACAG CCTTTGTAAk CGTCGTGGCA CCAATCCGGG GTAGGACAAA CGATAACAAA CAGATACAGC AAGC.CGAAAA

TGAAATCAGC GCTATCCAAG AATCGTTAGT GAAAACACGC CTACAGAGAC GCTAGTTTTG TTTAAACCAA GCCGAACAAG TGACTGTTTA GGGGTGTGTT TCAGACGACT TCTAACACTT TCTTAAAAAC AGCATCGCCC GATCGCTGAC ACTCTGGTGA

GCATGATCGC TAACGCGCAA AAAATCAAAA CAGCCTAGAC CTGAAAGCAT GCTCAAAAAC TGGTGAAAAA CTTTGAAAAA ATGAAGTGCA AGGAGGTGAG GGGGGGCAGG CTGTGCGTAT ATTTTGGCAC TCAAGAGCAG ATTTCAAATC TAGATACAGC

120

180

240

300

360

420

480 ·· »·

204 ·· • « » · • · »· • · · · · • · · *· ·»

GAATTGGGCA ACACTTATAA CAGCATCACC ACTGCGCTCT CTAATATCCC TAACGCGCAA 540

AGCTTGCAAA ATGCGGTGAG TAAAAAGAAT AACCCCTATA GCCCGCAAGG CATAGACACC 600

AATTACTACC TCAATCAAAA CTCTTACAAC GAAATGCAAA CCATCAACCA AGAACTCGGG 660

CGTAACCCCT TTAGGAAAGT GGGGATTGTT AGTTCTCAAA CCAATAATGG CGCGATGAAT 720

GGGATCGGTA TTCAGGTGGG TTACAGACAA TTCTTTGGCC AAAAAAGAAA ATGGGGCGCT 780

AGGTATTACG GCTTTTTTGA TTACATCCAT GCGTTCATTA AATCCAGCTT CTTCAACTCG 840

GCTTCTGACG TGTGGACTTA TGGCTTTGGA GCGGACGCTC TTTATAATTT CATCAACGAT 900

AAAGCCACCA ATTTCTTAGG CAAAATCAAC AAGCTTTCTG TGGGGCTTTT TGGGGGTATT 960

GCATTAGCCG GGACTTCATG GCTTATTTCT GAGTATGTGA ATTTAGCCAC CATGAATAAC 1020

GTCTATAACG CTAAAATGAA CGTGGGGAAT TTCCAATTCT TATTCAACAT GGGAGTGAGG 1080

ATGAATTTAG CCAGGCCTAA GAAAAAAGAC AGCGATCATG CGGCTCAGCA TGGGATTGAG 1140

TTAGGGCTTA AAATCCCCUC CATCA.-YCACG AACTACTACT CCTTTATGGG GGCTGAACTC 1200

AAATACCGAA GGCTCTAT' G oGTGTATTTG AATTACGTGT TCGCTTACTA A 1251 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:425:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 861 páru bází (B) TYP: r.ukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: UE (iv) POZITIVNÍ: KE (Vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/'KLIČ: různé znaky (B) POZICE. 1...861 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:425:

ATGAAGAAAT CTGTTATAGT AGGTGCTATC TCTCTAGCAA TGACAAGCTT ATTGTCAGCA 60

GAGACCCCTA AGCAAGAAAk GGCTATTAAG ACTAGCCCTA CCAAAAAAGG TGAAAGAAAT 120

GCTGCTTTTA TAGGGATTGA TTACCAGTTG GGTATGCTCA GCACTACCGC TCAAAATTGT 180

TCCCATGGGA ATTGCAATGG TAATCAAAGT GGGGCTTACG GCTCTAATAC GCCTAACATG 240

CCTACAGCGT CAAACCCAAC AGGAGGCCTT ACTCATGGCG CTCTAGGGAC TCGTGGGTAT 300

AAAGGCTTAA GCAACCAACA ATACGCTATC AATGGTTTTG GGTTTGTTGT AGGGTATAAG 360

CATTTTTTTA AGAAAGCCCG ACAATTTGGA ATGCGTTATT ACGGATTCTT TGATTTTGCA 420

AGCTCTTATT ATAAGTACTA CACTTATAAT GATTATGGCA TGAGAGACGC TCGCAAGGGT 480

TCTCAAAGTT TCATGTTTUU CTATGUGGCT GGCACAGATG TGTTGTTTAA CCCAGCTATT 540

TTCAATCGTG AGAACTTGCA TTTGGGGTTT TTCTTGGGCG TTGCGATTGG TGGCACCTCT 600

TGGGGTCCAA CAAACTATTA TTTTAAGGAC TTAGCTGAAG AGTATAGAGG GAGTTTCCAC 660

CCATCAAATT TCCAGGTCTI AGTTAATGGC GGGATCCGCT TAGGCACTAA ACACCAAGGT 720

TTTGAAATTG GCTTGAAAAT CCAAACCATT CGCAATAATT ACTATACCGC TAGCGCGGAT 780

AATGTGCCTG AAGGGACTAC TTATAGATTC ACTTTCCACC GCCCTTACGC CTTTTATTGG 840

CGTTACATTG TAAGCTTT7A A 8 61 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:433:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1101 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA ·· ·· • · · · • · ·· ·«· · · * · · ·· 0»

20§ ·· ·· • · » • ··· • · · · • · · ·*·· «· k ·· ·· · · • · · • · · · • · · ··» ·· (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMU:/: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLIČ: různé znaky (B) POZICE 1...1101 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:433:

ATGCAATTTC AAAAAACCTI¹ ACTTTCTTTA TCTTTATTAT TTTTATCTTA TTGTATCGCT 60 GAAGAAAATG GGGCGTATGC GAGCGTGGGT TTTGAATATT CCATCAGTCA TGCCGTTGAA 120 CACAATAACC CTTTTTTGÁA TGAAGAACGC ATCCAAACGA TTTCTAACGC TCAAAACAAA 180 ATCTATAAAC TCAATCAAGT OAAAAATGAA ATCACAAACA TGCCCAACAC CTTTAACTAC 240 ATCAACAACG CTTTAAAAcÁ CAATGCTAAA TTAACCCCTA CTGAAAAGCA AGCCGAAACC 300 TACTACCTGC AATCTACCCT TCAAAACATT GAAAAAATAG TCATGCTTAG CGGGGGCGTT 360 GCGTCTAACC CTAAATTAGC CCAAGCGTTA GAAAAAATGC AAGAACCCAT TACTAACCCT 420 TTAGAATTGG TAGAAAACTT AAAAAATTTA GAATTACAAT TCAGCCAATC TCAAAACAGC 480 ATGCTTTCTT CTTTGTCTTC TCAGATCGCT CAAATTTCAA ATTCTTTGAA CGCGCTTGAT 540 CCCAGCTCTT ATTCTAAAAA CGTTTCAAGC ATGTATGGGG TAGGTTTGAG CGTAGGGTAT 600 AAGCATTTCT TTACCAAGAA ÁAAAAATCAA GGGTTTCGTT ATTACTTATT CTATGACTAT 660 GGTTACACTA ATTTTGGTTT TGTGGGTAAT GGCTTTGATG GTTTAGGCAA AATGAATAAC 720 CACCTCTATG GGCTTGGCAC AGATTATCTT TTCAATTTCA TTGATAATGC GCAAAAACAT 780 TCGAGCGTGG GGTTTTATGT AGGCTTTGCT TTAGCGGGGA GTTCGTGGGT AGGGAGTGGT 840 TTAGGCATGT GGGTGAGTCA AÁTGGATTTC ATCAACAACT ATTTGACGGA TTATCGGGCT 900 AAAATGCACA CGAGTTTTTT CCAAATCCCT TTGAATTTTG GGGTTCGTGT GAATGTGGAT 960 AGGCACAATG GCTTTGAAAT GGGCTTAAAG ATCCCTTTAG CGGTCAATTC CTTTTATGAA 1020 ACGCATGGCA AAGGGTTÁAÁ CGCTTCCCTC TTTTTCAAAC GCCTTGTCAT GTTTAACGTG 1080 AGTTATGTTT ATAGTTTTRÁ c 1101 (2)

INFORMACE PRO SEQ IR NO:437:

(i) CHARAKTERISTIKÁ SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 691 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) (iv) (vi)

HYPOTETICKÁ: E

POZITIVNÍ: NE

PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix)

ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC (B) POZICE, 1..

různé znaky

690 (xi)

POPIS SEKVENCE

SEQ ID NO:437:

GTGAAAGGCG

CAAAGCGTTA

AAAACCGACT

TTCGGGGAGA

GTGTTTGGAG

AGAAAAACQC

AAAACCCCOC

ATCTGGCCOR

AAAGATGGTT

CGAACGCTTT

TTGGTATCTG

RNAÁAGCAGT

TÁTGCAAGGC

TGGTGCGCGC

GACATCAGAT

GGGATTAGCT

GAATTTAACT

TTAGGGCTTA

TATTACGGCT

AATGGTGGGG

ATCAAGTCGG

ATCCTAAGTT

CTGTGGGTTA

TTATGGATTA

TGTGCAAACT

TCAGGCTTCA

CCCTGTGGGT

TAAGCAGTTT

TGGGCATGCC

CAATGAGCCA

120

180

240

300 • ·

	206	·· ·· • · · • · ·· • · · · • · · ···· ··	.. . . · · · ·
i . · · * , , II ··· • · · * ... ·· ··	• · • · • · • ·
TGCGCGACCA	AAGTAGGGAA	4ATGGGCAAT	CTGTCTGACA	TGTTCACTTA	TGGTGTGGGT	360
ATTGACACTT	TATACAATGT	(ATTAATAAG	GAAGACGCGA	GTTTTGGTTT	CTTTTTTGGG	420
GCTCAAATCG	CGGGTAACTA	TTGGGGTAAT	ACGACAGGGG	CCTTTTTGGA	AACTAAAAGC	480
CCTTATAAGC	ACACCTCCTA	TAGCCTTGAT	CCGGCGATTT	TCCAGTTCCT	TTTTAATTTA	540
GGGATTCGCA	CCCATATTUA	TAAGCATCAA	GAATTTGACT	TTGGCGTGAA	GATTCCTACT	600
ATCAATGTTT	ATTATTTTAA	ACATGGGAAC	TTGAGCTTCA	CTTACCGCCG	TCAATACAGC	660

CTTTATGTAG GGTATCGTI K ZAATTTCTGA 690 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:438:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1440 párů bází (B) TYP: rukleová kyselina (C) DRUH FETÉZCE: dvojitý (D) TOPOLÍ:!!: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: Ní
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMU:	- : Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KL D (B) pozicí: i..	': různé znaky . . 1440
(xi)	POPIS SEKVENCE:	: SEQ ID NO:438:

TTGAAAAACC ACTCCTTTAA AAAAACGATC GCTCTTTCCT TGCTGGCGAG CATGTCTTTG 60

TGTAACGCTG AAGAAGATGG AGCGTTTTTT GTCATTGATT ACCAAACGAG TTTGGCCAGA 120

CAGGAATTGA AAAATC.CA:-G CTTCACTCAA GCGCAAGAAT TAAAGCAACT CATTAGAGAT 180

GGGGCTGTGA GGTTGCAAA-.C TTCTGCCATT CCCTTATCCT ACTACTTGGA TATTTTAGGG 24 0

AATAAAACAA AAACTCTTTT GAGTGAAAGC CTAAAAAACA ATCCGCAACA ACCAAACGGG 300

CAACCCAACC AAGCTTTAGT CAATTTAGAG CAATCTCTAG GGATTTTAGG AAAACTACTA 360

GATCTATCCC AACAATACGC TTCAGAAGGT GTCATTAAGC CTTTGGTGGT GGATGTAGGG 420

AAAGAACAAA TCGGTATCAG GGATAGCATG CTCTTGGTGG CTCAAAACAT CGTTTTAGCT 480

TTAGGGCAAG TGGATTTGAG CGAAATCCAA CAAAACAATG GTAACCAACA GCTATACGAA 54 0

AACATCATGA AAGTCATGGT TTAGGCACA GGCGGGACTA ATGGAGCGTA TAATGGCGTG 600

AGTGTGGGCG ATATCGCCAC AGGCATGCAA AATTTTCCTT CGCAAACGGG CTTGATTGGG 660

GCTAATTCTA CGGTGAGCGA GKTCAACGCT TTGATTAAGA GCGGGATTTC TTTAGATCGT 720

GAAACTTTGG GGTTAGGGAG TTTTATTGAA AAAAATATCT GCAGCGGTGC ATCGTCTTGT 780

TTTAGTGGGA ATCAGCTTAT CAATAAGAAA GGGCTAGACA GAACCATAAA CATCATTAAT 840

GCGGTATTAG GTCAGTTTGK AISTTCGGCT AGTTCTCTTT ATAAGATTTC TTATATCCCT 900

AACCTCTTTT CGCTCAAAAA ^r K ACCAGTCA GCGAGCATGA ACGGCTTTGG GGCTAAAATG 960

GGTTATAAAC AATTTTTCAA : , ATAAGAAA AATATCGGCT TAAGGTATTA TGGGTTTTTG 1020

GATTATGGCT ATGCGAATTT TGGCGATACG AATTTAAAAG TGGGAGCGAA TCTTGTTACT 1080

TATGGGGTAG GAACGGATTT TTTATACAAT GTGTATGAAC GCTCTAGAAG GAGAGAAAGG 1140

ACTACAATCG GTCTTTTCTT TGGCGCTCAA ATTGCAGGGC AAACTTGGAG CACTAATGTA 1200

ACGAACTTAT TGAGCGGGGA AAGGCCTGAT GTCAAGTCCA GTTCGTTCCA ATTCTTATTT 1260

GATTTGGGCG TGCGC.ACC? A (TTGCAAAA ACCAATTTCA ATAAGCACAG ATTAGACCAA 1320

GGGATAGAAT TTGGGGTGL AATCCCTGTT ATCGCTCATA AATATTTTGC AACCCAAGGC 1380

TCAAGCGCGA GCTATATGA4 MAATTTTAGC TTCTATGTGG GCTATTCAGT CGGTTTTTAA 1440 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:447:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA.: 2' '4 páru bází (B) TYP: uikDová kyselina (C) DRUH RETE2CE: dvojitý • ·

(D) TOPOLOGIEA kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKO: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2094 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:447:

TTGCAAAACT TTGTTTTTAA TAAAAAATGG CTCATCTATT CTAGCCTACT CCCCTTATTT 60

TTTCTTAACC CTTTAATGGC AGAAGACGAT GGGTTTTTTA TGGGGGTGAG TTATCAAACT 120

TCTTTGGCCG TTCAAAGGGT GGATAACTCA GGGCTTAACG CCAGTCAAGA CGCATCCACT 180

TATATCCGCC AAAACGCTAT CGCTCTAGAA TCTGCGGCGG TGCCTTTAGC CTATTATTTA 240

GAAGCGATGG GCCAACAAAC GAGAGTCTTA ATGCAAATGC TCTGCCCTGA TCCTTCTAAA 300

AGATGTTTGC TCTATGCAGG GGGCTATCAA AACGGACAAA ATAATAACGG CGATACAGGC 360

AACAACCCCC CAAGAGGCAA TGTCAATGCC ACCTTTGATA TGCAATCTCT AGTCAATAAT 420

TTAAACAAGC TCACCCAACT CATCGGCGAG ACTTTAATCC GTAACCCTGA AAATCTTCCT 480

AACTCCAAAG TCTTTAACGT CAAATTTGGC AATCAAAGCA CTGTTATTGC ATTGCCTGAG 540

GGTCTAGCCA ATACCATGGA CGCTTTAAAC AATGACATCA CCAACGCTTT AACCACGCTC 600

TGGTATAACC AAACCTTAAC GAATAAATCT TTTAGCACCC CTAGTAACAC TTCTGTGAAT 660

TTTAGCCCCC AAGTCTTGCA ACACCTTTTA CAAGACGGCT TAGCCACAGC AAATAATAAT 720

CAAACCATTT GCAGCACTCA YAACCAATGC ACCGCCACTA ATGAAGCTAA ATCTATCGCT 780

CAAAACGCCC AAAACATCTT CCAGGCTTTA ATGCAAGCAG GGATTTTAGG GGGCTTAGCC 840

AATGAAAAGC AATTTGGCTT CACTTACAAC AAAGCCCCCA ATGGCAGCGA TTCCCAACAA 900

GGCTATCAAA GCTTTAGCGG CCCGGGTTAT TACACCAAAA ACGACAACAC CACGCAAGCG 960

CCCTTAAAAG CATTACCCGC TGGAGCGACA ATTGGATCAG GCAATGGCCA ATACACCTAC 1020

CACCCCAGCT CGGCAGTCTA TTATTTAGCC GATAGCATCA TCGCTAATGG CATCACCGCT 1080

TCTATGATTT TTTCAGGCAT GCAAAATTTC GCCAATAAAG CCGCTAAACT GATAGGCACT 1140

TCAAGCTATA ACCAGATGCA AGATGTGATC AATTACGGGG AAAGCTTGCT TAGTAACACC 1200

GTAGCGTATG GGGATTTCAT CACCAATTGG GTCGCCCCCT ATTTGGATTT AAACAATAAA 1260

GGTTTGAATT TCTTGCCTAA TTATGGGGGG CAATTGAATG GCGCTAATAA TCAAACCCCA 1320

CAATTAACCC CACAACAAGC CCAACAAGAA CAAAAAGTGA TCATGAACCA ATTAGAGCAA 1380

GCCACAAACG CCCCCAC.CCC CGCGCAAATA AACAGGATTT TAGCCAACCC CTATTCCCCC 1440

ACGGCAAAAA CTTTAATGGC TTATGGGCTC TATCGCTCTA AAGCAGTGAT TGGCGGAGTG 1500

ATTGATGAAA TGCAAACTAY AGTGAATCAA GTCTATCAAA TGGGCTTTGC TAGGAATTTT 1560

TTGGAGCATA ACTCTAATVC TAATAACATG AACGGCTTTG GCGTGAAAAT GGGCTATAAG 1620

CAATTTTTCG GCAAAAAGCG CATGTTTGGG CTTAGGTATT ATGGTTTTTA TGATTTTGGT 1680

TACGCTCAAT TTGGCACAGA ATCTTCTTTA GTGAAAGCCA CCCTCTCTAG CTATGGAGCG 1740

GGCACAGACT TTCTTTATAA TGTTTTTACC CGAAAAAGAG GGACTGAAGC GATAGATATA 1800

GGTTTTTTTG CCGGTATC’ TTGCAGGG CAAACCTGGA AAACGAATTT TTTAGATCAA 1860

GTGGATGGCA ACCATCTI - i TAAGGAC ACTTCTTTCC AATTCCTTTT TGATTTGGGC 1920

ATAAGGACCA ATTTTT ACTCAT CAAAAAAGAT CTCGTTTTTC TCAAGGGATA 1980

GAATTTGGCC TTAAAATACC GGTGCTTTAT CACACCTACT ACCAATCAGA AGGCGTTACA 2040

GCGAAGTATA GAAGAGCCTT TAGTTTTTAT GTGGGCTACA ACATAGGCTT TTGA 20 94 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:448:

(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCE:

(A) DÉLKA,: 2014 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLIČ: různé znaky (B) POZICF’ 1. . .2094 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:448:

TTGCAAAACT TTGTTTTTAU TAAAAAATGG CTCATCTATT CTAGCCTACT CCCCTTATTT 60

TTTCTTAACC CTTTAATGGC AGAAGACGAT GGGTTTTTTA TGGGGGTGAG TTATCAAACT 120

TCTTTGGCCG TTCAAAGGGT GGATAACTCA GGGCTTAACG CCAGTCAAGA CGCATCCACT 180

TATATCCGCC AAAACGCTAT CGCTCTAGAA TCTGCGGCGG TGCCTTTAGC CTATTATTTA 240

GAAGCGATGG GCCAACAAAC GAGAGTCTTA ATGCAAATGC TCTGCCCTGA TCCTTCTAAA 300

AGATGTTTGC TCTATGCAGG GGGCTATCAA AACGGACAAA ATAATAACGG CGATACAGGC 360

AACAACCCCC CAAGAGGCAA TGTCAATGCC ACCTTTGATA TGCAATCTCT AGTCAATAAT 420

TTAAACAAGC TCACCCAACT CATCGGCGAG ACTTTAATCC GTAACCCTGA AAATCTTCCT 480

AACTCCAAAG TCTTTAACGT CAAATTTGGC AATCAAAGCA CTGTTATTGC ATTGCCTGAG 540

GGTCTAGCCA ATACC.ATGCR CGCTTTAAAC AATGACATCA CCAACGCTTT AACCACGCTC 600

TGGTATAACC AAACCTTAAC GAATAAATCT TTTAGCACCC CTAGTAACAC TTCTGTGAAT 660

TTTAGCCCCC AAGTCTTGCA ACACCTTTTA CAAGACGGCT TAGCCACAGC AAATAATAAT 720

CAAACCATTT GCAGCACTCA AAACCAATGC ACCGCCACTA ATGAAGCTAA ATCTATCGCT 780

CAAAACGCCC AAAACATC.TT CCAGGCTTTA ATGCAAGCAG GGATTTTAGG GGGCTTAGCC 840

AATGAAAAGC AATTTGGCTT CACTTACAAC AAAGCCCCCA ATGGCAGCGA TTCCCAACAA 900

GGCTATCAAA GCTTTAGCGG CCCGGGTTAT TACACCAAAA ACGACAACAC CACGCAAGCG 960

CCCTTAAAAG CATTACCOCZ TGGAGCGACA ATTGGATCAG GCAATGGCCA ATACACCTAC 1020

CACCCCAGCT CGGCAGTCTA TTATTTAGCC GATAGCATCA TCGCTAATGG CATCACCGCT 1080

TCTATGATTT TTTCAGGCAA GCAAAATTTC GCCAATAAAG CCGCTAAACT GATAGGCACT 1140

TCAAGCTATA ACCAGATGCA AGATGTGATC AATTACGGGG AAAGCTTGCT TAGTAACACC 1200

GTAGCGTATG GGGATTTCAT CACCAATTGG GTCGCCCCCT ATTTGGATTT AAACAATAAA 1260

GGTTTGAATT TCTTGCCTAA TTATGGGGGG CAATTGAATG GCGCTAATAA TCAAACCCCA 1320

CAATTAACCC CACAACAAGC COAACAAGAA CAAAAAGTGA TCATGAACCA ATTAGAGCAA 1380

GCCACAAACG CCCCCACCCC CGCGCAAATA AACAGGATTT TAGCCAACCC CTATTCCCCC 1440

ACGGCAAAAA CTTTAATGGC TTATGGGCTC TATCGCTCTA AAGCAGTGAT TGGCGGAGTG 1500

ATTGATGAAA TGCAAACTAA AGTGAATCAA GTCTATCAAA TGGGCTTTGC TAGGAATTTT 1560

TTGGAGCATA ACTCTAATTC TAATAACATG AACGGCTTTG GCGTGAAAAT GGGCTATAAG 1620

CAATTTTTCG GCAAAAAGCG CATGTTTGGG CTTAGGTATT ATGGTTTTTA TGATTTTGGT 1680

TACGCTCAAT TTGGCACAGA ATCTTCTTTA GTGAAAGCCA CCCTCTCTAG CTATGGAGCG 1740

GGCACAGACT TTCTTTATAA TGTTTTTACC CGAAAAAGAG GGACTGAAGC GATAGATATA 1800

GGTTTTTTTG CCGGTATCCA ACTTGCAGGG CAAACCTGGA AAACGAATTT TTTAGATCAA 1860

GTGGATGGCA ACCATCTTAA ACCTAAGGAC ACTTCTTTCC AATTCCTTTT TGATTTGGGC 1920

ATAAGGACCA ATTTTTCC.AA AATCGCTCAT CAAAAAAGAT CTCGTTTTTC TCAAGGGATA 1980

GAATTTGGCC TTAAAATACC GGTGCTTTAT CACACCTACT ACCAATCAGA AGGCGTTACA 2040

GCGAAGTATA GAAGAGCCTT TAGTTTTTAT GTGGGCTACA ACATAGGCTT TTGA 2094 (2) INFORMACE PRO SCO 10 NO:449:

(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) (B) (C) (D)	DÉLKA: TYP: u DRUH Ř TOPODO	3714 párů bázi nkleová kyselina ETĚZOE: dvojitý GIE: kružnicová
(ii)	DRUH	MOLEKULY: genomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: NE

209 ·· ·· • · · • · · · • · · · • · ·· <

(iv) (Vi)

POZITIVNÍ: NE

PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANTZMKS: Helicobacter pylori (ix) (xi)

ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...3714

POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:449:

ATGATAAAAA AAGCTAAAAA GACAATGGCT GGTATATGTC AACAAACAAC TTTTAGAAAA ATTGCAGGGC CTACTACCGG GGCTATGGCG TGAGTAACAC CAAATTGGCA AAAGAAAAGA ATCATAGGGC TTAAAGGAAG AAACTCCTTT CCAACACCCA ATTAGTGCAG TCAATAGCCT CAAAACACCG CGCAATCCAA ACCACTAGCA CCACTTACGC TCTAGCAATA ATACCACTTA GGGGTTTTCC CCACCACAC ' TTCTATCCAA CTAATTCCCT TACAACAACA CCCTTTTAAT AACCCCAATG GTTGCGCCAA CCTTTAGCCG CAACCCCCAC CAAAAACTTC AAAGCGTTGC TATAATTTAA ACAACTTGCA CAATACAATA ACGCTTTAJA CTCAAAAACA CTTCCAAT-A ATCAGCGCCT ATGATT ATTTCATGCT CAGCCA GCTACCTCCA AAGTCCCTTGTCTCTC AAGTGT AAAAACGCCA ΑΑΆΤΑΤΓ-Ί TCTTCAGGGG GTTTGA AATGGGACTA CCACTA ATGGTGAATA ATGAAGAA ACACAATCTT CTAACA AATTTCCAAC AAAGCA GCGAACGCAC TTTATA AACAATAACC AAGATT ATTAACCAGC AAGTGC CAAACAAGCG GATCAG GGCAACTGGT GCTACC GCTTTAGGGT ATCAAACACA ACCTACAATG TCCAACAAAT AACCTTAAGA GCGTTAATGG ATCAACACAG CCTACCAA.AT AGTAGCAATA GTAG CAAT AG AGCACCAACG GGAGCAATGG AACGCCACCA CCGCAACCAC CAAAAAATAG CCAATATTAT AAACAATTCT TTGAAGCGTT GGTAGTAGCG GTAGTAGCTC CCCACAAACG GAGTGAGC A ACCGCCGGGT TTATCC AA AA CAAGCCATTA CGAGCGCTAT AATGCGATTT TGACCTTGCT T C GCAAAC CT TAC G G CAG C O

ATTTATACCA CTCTTTTTAA TGTAGGCTAT CAAATCGGTG TCAAAATATC ATCAATAGCA CCTAATCACT TTAAGCTCTC CGTGGGTAAC CAATTAGAAG CTTTTATTCT AGCCGTCAAA CTCTGATCCC TTAAAAGCCC AAGCGCGTTT GATCAGGGCA AAACCCTAGC AACAACTCCC GACAGAATTG TTGCAACAAA ACAATCCTTA CTCTCCAATC TGTGAGCGCT CTTGTTAACG GTCAACGCAT GTGGTGCTAA ' TTAGGCTCT ACTTCTTCAA AAACACCTTA CAAGGGGAAT TCAAATCCAG TGTTTAGAGC TTCAACTAAC CAGGCCAACC TATCAACGCT TTAGACAACA CAACGCTTTG AATTTCCAAG GCIAAATTTCG TGGATTAGTT - ™ OCAAATC GGCACGGTTA

IGCTACC GGAAGCCTTT i ( CACAAAT AACACAAATA TCAACGGC AAAGAGCAGA GTTTATAAC TCTTTAAAAA -CAATGGA TCGCAATCTG

IGGGAAC GCCCAATTGC \GCTAAA AGCAACGCTT

CAAAACG ACCAATTTCA

IATGGGA GCTTTAAACA

IGCTTTT CAAAACCAAG rAACCCT AATGGGAATC ICAATTA AGGGCGAATT IATGAAC GCTTTAATTA IACGAAC AACGCATGCG

-ITCCGAT TCTAAGGCTT AGCGACAACT CAAAATGGGA CACGCTCACT AGCGGTGGTT GGGCAGTAAT GGGGGAAGCA GCTCACAGAC GCTAGCGATG TA.GCAATAGT GGCAATAATA GACGAGTGGG AGCAATTGTT CACGACCGAC AGCAATTTAC CGCCAGCTCT GGGAACAATA AAAAAGTAAT AGCAGCAGTC TACTTGCTCC GGTGGGCTTA TACGAATAAT TTAATTAATC TTATGATAGT AATGTATCTA TTCTCAAGGG TTTCAAGCCT CCAAGAAATC ACTTCTAACA OOTAGGGGAT AAAACCTTCT

TTGGCTCCCT

GCACGCAGCA

TCACCCAAAG

AAAGCGTTAT

GCATTTCTAA

TCTCTAGCAT

ATTCTTCACA

TCGCTCTAAG

AAGAAGTCAA

TTGAACACAG

TGACCGATGC

CTTTAAACAC

ACCCACCGGG

ACAGCAATAA

TAAGCACTAA

AATTCATCCA

AGCAAGTCCA

ATGCGATCAA

CCTATCAAAG

TTAGCGAGCC

CCAACGATCA

CTAGCGATGC

GTTTTGACAA

TCGGCGTGAA

CTTCAGAAGA

GGACAAGCCC

AAAATATTTT

CCAAACTAAA

ATCAAAGCAG

CCGTATTGCA

AAAATAATAT

AATCGCAAAA

TTTACCAGCT

ATCAAAGCCA

CGAGCGGAAT

ATTACAGCGG

GCAGTGGTGG

TGCTCAATCA

GTGGGAATGG

GGAAATTAGG

ACGGCTATAC

ATGAACCCAA

AAAAAGTCTA

AAGGCGTTGA

TTAGTAATTT

TCAACCTTTT

TGCTCACTGA

CTAGTCTTAC

TGCAAAACGA

CCACCACCAT

TTATGGTGCA

CTTAGCTGAA

ATTCATCAAT

CGCGATCAAT

TGACGCTTTA

TATCCTGAAT

TTCCCAGCAA

AATCACAGCC

CTCTAATATC

AGCCCAGCTC

CATCACTAAA

GGTGAATGCA

TTTAGGGGTG

ACAAGTCGTA

CCAACAACAA

CAATCAAAAT

AAATTTAACC

AGCCATCGCT

CAACACCACC

CACGATAGAA

TAAAAACTTG

AGGGCAAAAT

TTCTAGTGGG

TTCTTTAGTC

TTCTTTTAAT

AAATTTGCAA

ATGCAATAGC

AAGCCCTACT

AGCGATGGTA

TGGGCCAACC

AAATGTCAGC

CCAAGCTTGG

TTTAACCACT

CATCAATACC

ACAAACCCAG

GGGGAGTAGT

GTTGCAAAGC

GAGCAATATC

AATTATCACA

CACTAGTCAA

GACTTATAAT

GCCATGCAAT

CAAACAACAA

TAATGACGCC

AAACGGCTTA

ATGTGGTAAT

AGGGGCAATC

ATTCATTAAA

AAGCGCTTTT

TATTAGCCCT

TCAGTCATTC

ACAAAAGCTC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1920

1980

2040

2100

2160

2220

2280

2340

2400

2460

2520

2580

2640

2700

2760

2820

2880

2940

3000

3060 • ·

21Θ • · • · · · • · ·· ··· · · • · · ·· ··

ATTGATGCGA TGATTAACGC GAGAAATCAG GTTCAAAACG CGCAAAATCA AGCCAATAAC 3120 TACGGCTCTC AACCCGTTTT 7AGCCAGTAT GCGGCCGGTA AAAGCACCCA ACACGGCATG 3180 AGCAATGGCT TAGGGGTTGG GATAGGCTAT AAATACTTCT TTGGTAAGGC TAGGAAATTA 3240 GGCCTTAGGC ATTATTTTTT OTTTGATTAC GGCTTTAGTG AAATAGGCCT AGCCAATCAA 3300 AGCGTGAAAG CGAATATCTT TA3TTATGGG GTAGGCACGG ATTTTTTATG GAATCTATTC 3360 AGGAGGACTT ACAACACTAA AGCGTTGAAT TTTGGGCTAT TTGCCGGGGT CCAACTGGGC 3420 GGTGCAACTT GGCTTAGTTG CTTAAGGCAA CAAATCATTG ACAACTGGGG GAACGCTAAT 3480 GACATCCATT CAACGAATTT TCAAGTGGCG CTGAATTTTG GGGTGCGCAC CAATTTCGCG 3540 GAGTTTAAGC GTTTTGCTAA GAAATTCCAC AATCAAGGGG TCATCAGCCA AAAGAGCGTG 3600 GAATTTGGGA TCAAGGTGCG I ‘.TCATCAAT CAAGCGTATT TGAATAGTGC TGGGGCTGAT 3660 GTGAGCTACA GGAGGCTTTA '' CTTTCTAT ATCAATTACA TCATGGGGTT TTAA 3714 (2) INFORMACE PRO SEO A NO:451:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1308 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGII',: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NA (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ (B) pozic./; i..

: Helicobacter pylori : různé znaky Al 3 0 8 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:451:

ATGAAAAAAA	TTTTAATCAC	TTTAATCACT	TTATTATTAG	GAGTTTTTAT	GGGGTTACAA	60
GCGAGTGCTT	TGACACACCA	AGAAATCAAT	CAAGCTAAAG	TCCCTGTGAT	TTATGAAGAA	120
AACCATTTGT	TACCCATGUG	1'TTTATCCAT	TTAGCCTTTA	GAGGGGGTGG	GAGCTTGAGC	180
GATAAAAACC	AGTTGGGr“ n	AGAAATTG	TTCGCGCAAG	TTTTAAACGA	AGGCACTAAA	240
GAGCTTGGCG	CGGTGGGGI?T	I -CGCAACTT	TTAGAGCAAA	AAGCGATCAG	TTTGAATGTG	300
GATACCAGCG	CAGAAGAT/'Τ	GAAAATCACT	TTAGAATTTT	TAAAAGAATA	CGAAGATGAA	360
GCCATAATGC	GCTTAAAAGA	GCTTTTAAAA	TCCCCTAATT	TCACGCAAAA	CGCTTTAGAA	420
AAAGTCAAAA	CCAGAATGTT	ACCCAACTT	TTACAAAAAG	AAAGCGACTT	TGATTATTTG	480
GCTAAACTGA	CTTTAAAACA	AAAGCTTTTT	GCTAACACCC	CTTTAGCTAA	TGCGGCCTTA	540
GGCACTAAAG	AGAGTCTTAA	AAAAATCAAG	CTAGACGATT	TGAAACAGCA	ATTTGCTAAG	600
GTTTTTGAAC	TCAATAAA TI	catggtggtg	CTTGGGGGCG	ATTTGAAAGT	CAATCAAACG	660
CTCAATCGTT	TAAATAACGC	CCTCAATTTC	TTGCCGCAAG	GTAAAGCCTA	TGAAGAGCCT	720
TATTTTGAAG	CGAGCGAT.AA	AAAAAGTGAA	AAAGTCCTCT	ATAAAGACAC	TGAGCAGGCT	780
TTCGTGTATT	TTGGCGTGAC	CCTTAAAATC	AAGGATCTAA	AACAGGATTT	AGCGAAATCT	840
AAAGTCATGA	TGTTT	T VGGGGGGG	TTTGGCTCTC	GTTTGATGGA	AAAAATCAGG	900
GTTCAAGAGG	GCTTGGCTAA	3UCGTGTAT	ATCCGCTCCA	ACTTTTCTAA	AGTGGCGCAT	960
TTTGCGAGCG	GGTATTTG A	i ‘.CAAGCTC	AGCACTCAAG	CTAAAAGCGT	TGCCTTAGTT	1020
AAAAAAATAA	TTAAAGIV.EE,'	TATAGAAAAA	GGCATGACGC	AACAAGAATT	AGACGACGCT	1080
AAAAAGTTTT	TACTAGGCTC	TGAGCCTTTA	AGGAATGAAA	CGATCTCAAG	CCGCTTGAAC	1140
ACCACTTACA	ATTATTTTTA	TTTGGGTTTG	CCTTTAGATT	TCAACCAAAC	GCTACTCAAT	1200
CAAATCCAAA	AAATGAGTTT	GAAAGAGATC	AATGATTTCA	TTAAAGAGCA	TACCGAAATC	1260
AACGACTTGA	CCTTTGCTAT	TGTGAGCAAT	AAAAAGAAGG	ACAAATAA		1308
(2) INFORMACE PRO SEJ	1- NO:452:

(i) CHARAKTERISTIK// SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1SA5 párů bází

314 • · • I ·· ·

(B)	TYP: nuk..
(C)	DRUH ŘETE
(D)	TOPOLOGIE'
DRUH	MOLEKULY:

_: ova ÍCE:

kyselina dvoj ity kružnicová genomová DNA (ii)

iii)	HYPOTETICKÁ; U
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMU
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLE (B) POZICE 1.
(Xi)	POPIS SEKVENCF

: různé znaky . 1845

SEQ ID NO:452:

Helicobacter pylori

TTGGCTTCTC

TCTCAATCCA

TCTTACATGT

GATTCTAAAA

GTTTATGCCA

GCCGGGGTAG

ATGGGGATCA

TTAAAAACGG

AAGGTCAGTG

ATCAAACAAT

AGCGCGAACA

CGCTTAGATC

TACTTAGACG

AAGCTCCATT

ATTGACAACC

GATGTCTTTA

GATAAGGGCT

CTTGTGAAAG

ATTTCAGGGA

AAAGATAAAT

TTTTTCTCTA

GTGAGCGTAG

GGAGGGCTCA

ATGAGCTTGT

GGGGCGGGGC

TGGTATAGCT

CAAGGCGGGG

TTAGGGTATA

TACTATTCCT

ATTATCAACC

GGAGCGATCA

CAAAAGAAZA

ATCAAACGCC

CTGACATGCT

AAATAGACAC

CTTTTGAAAA

AAATCAAGGG

AAAAGGGCGA

CTTTAGAGGG

AGGGAGCGTT

CCATTTATGA

AGCAGCGCGA

AATTAGAATA

CTCATATTTC

ATAAGOTCAG

CGGTAGTCCG

ATATTGAGCA

ATGCGTTTC/'

TCATT'/AT! cg

ACCA/u

ACAAC/

AAGTCZ

AAGAGGGG

TGCTTAATGG

ATGCTAACAT

GTATGTTTGC

CTACGATCAX

GCTTTGGGfiT

ACTTGAATX

CTGTTAATGA

GCTTATCAGG

CCATCTTCAC

C XAAAAGAG T. .AAGAAATG CGCTAATGAA /'XTGTTTTA CGGCATTTTA TTATGGGACT CGCCTTTGAT

ZKGGGCTAT ACTGATCGTG G' TGAAGCGAT TTTCATGGGC GGATTCTTTG TTCGCCTTTT í '/AGGGGATC CCTAAAAACC T 'TAAGAGCG í-STGGTGAAG T.ITTGAAGTG GCGATAGG Z .AACTGAGA TAAAGAAAAA CACCGGGCAG G/AGCGTGAGC TGCCACAGGG C/zGGAATTTG TCTTTATGCG /-/A-TGTCGGG / AAAAACTC AGTGGCCTCT CGGTAGAACT ZV/AAATAAA

GCTCAAAAAA

AAAGTCAAGT

ATTGCAAAGA

GCTTTGTTCA

GAGTTTCATT

GAAAAGGAAA

GAGCAAAAAT

TATGGGAGCG

TTTGATGTGA

AAATTAAAAC

TGGATGTGGG

CGTATCCAAG

TTGAAAACGG

CAATACAGGA

TTAGAAAAAG

GATGCGCAAA

CCAGACTTGG

GGCGATATGG

ATCATTAGGA

AATTCCGAAA

AGGGTCAATA

TTGCAATTCG

GAAAGGAATC

GGGGGTAGAT

AGCTTGACTA

GATTACAGGA

CGCATGCTGG

CTTGGTTTCA

CCAAGGCAAT

CCATTGGTTC

AGGTATTTGG

ATGAAGCTCA

CCATTTCTTA

TTCGCGTGGG

ACCAAGGGTA

TTGATGAAAA

AAGACGGCTT

TAGAGCATGC

TGGTGGAGGT

ATAGGGGGGA

GCCGTGTGAT

GCTTGAATGA

ATGTGTATAT

ATTTTTCCAC

TTTCAGATAT

CGCTTAAAGT

TTTTAAAAAC

ATAAAGACGA

TGCATATCAA

GGGAATTGTT

ATTCTTTGAG

GCTCATTGAT

GGTTGGGCTA

TTTTTGGCAC

CTTATCCGGG

ATCCAAGGAT

TAAGCTACCA

GTAATAGAAC

GCAGCCCCTT

GTTCCACACC

CTGAAAGCTG

GATAG

AAACGAAACC

TGTCGGGCTT

CGATATGGTG

TTTTAAAGAC

AGCCAGGATT

AAAATCCCAA

TAAAACGGCT

GCGCACAGAA

CAGTATTTAT

TGAATCTTTG

CGGGAAATTG

GCGTAGGGGT

CCATGACGCT

TTTAATAGAG

TAAAAGGAAA

CGAAATCGCC

AAAAAACGGG

TGATGTCATC

ACTAGGGCCT

GCGTTTAGGG

GGATTTGTTA

TGGCTCTTAT

AGGGCAAAGC

CATGCCAAAA

TTTTGACAGC

ATACATCCAA

CCATGTGAGC

ATACAACCGC

CGCATCGGTG

TTCTAGTCCT

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1845

INFORMACE	PRv SEQ A	NO:454:
(i) CHARAKTERISTIK. (A) DÉLKA: 1« (B) TYP: ::ukl (C) PRUH ŘETĚZ (D) TCXZLOMIZ:	SEKVENCE: 6 páru bází uvá kyselina VE: dvojitý kružnicová
(ii) DRUH	MA E1VAY:	jenomová DNA
(iii) HYPOTETICKÁ: Ní	y

212 • ·

(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLI (B) POZICE 1..	: různé .18 66	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID	NO:4 5 4:

TTGCATGCTG

CAAATGGTCA

CAATCTTTAG

GCTGTCAACA

GAAACATCGC

AGTCTTTATG

TCTCCTTTAG

AGCAAAGAAA

AATCTCTGTG

ACTACAGCTC

ATGGTGTGGA

ATCACATCCA

CCTATCTTGC

CAAGCTCGAG

GCTCAAAACC

ATTCCTAAAG

AAAACCCCTA

CAAGACAATG

GTTTATAACC

TTGAGCGAAG

TCGCCTAAAG

AACCAAGCTT

CAAAACAATA

GGCGAAAGCA

ATCAAATCCA

TTGTTAGTGA

CTTTTTGGTG

ACAGCGTTCA

AATCTCGGCT

CAACATGGCG

CTAGGCACTA

TATTAA

AAGACAACGG

AAAACACCGA

CCCAACTGA:

ATGCTTTAAG

CCATCTACAA

CAGGGAAf A

GAAGAACTTATG

CCTTAT

TTCAAA

ΑΑΑΑΊΑ

CTGGTCAACAAGCGCT

CTATGGGATG

AAAAGK :AAi ~

ACCAACTTAA

CTAACCCTT.a

TAGCTAATTA

TAAAATCCAA

AGATTTCTAA

ATT( T^:(A

TA A' i

ACGGG CJGI :

AAAGATGGGG

GCTTTTTTAA

ATTTTATCAA <

GTATCCAAC?

ATAACCCTTA

TGG\GGGCG.GG

TTGAACTGGG

AGCTYI AATA

-AATTGAAA

TTCGTTAAAA

CGATTTAAAA

C.--CCGCGCAA

KSTCAGTTTT

AAGAGATGGG

A.TGAAGACA

AGCTCTAGC

GAACAGCTC

ATCGCAGGT

GKCCGACTAT GACGCTTTCT G AAACAAAT ' TTTCTAAC A :ATTTGGAG GAGACAGAAT TGGTAATCGT TCAAACAGAG ACTTCCCTAT GGGCCAATAC AGGCAATAAC ά,Α AGGGCTT GTTAAGGTAT ICTTCTTCT JATAGCATC JCAGGGACT f AGCGCGAAA ’ GAGCTACA CATTAAAATC GAAGGCTT

AGCGCGGGCT

AACTTGAACG

AAAAGCATTC

AGCTTTGCGA

GCTGTTATCA

CATGTGACCG

AACTGCACAG

CTTGCCGAAA

AATCAATCAA

ATGGACTTAA

GTTACAAACA

GCGGTGTTTA

CAAAGTAACC

CGTGAATTCG

GCTTCAAGTA

AACGCTTACT

GTGAATTTGA

TTGGATTCGG

ATCGTAACCA

AACCAAGTCA

CAAATCAACC

CCCTTTAAAA

GGCGTGCAAG

TATGGTTTCT

GATATATGGA

ACAAGAAAGA

ACATGGCTTA

GTCAATGCTT

GCTAAGAAAA

CCTACCATTA

TATAGCGTGT

ATCAAATCGG

ACAAATACGA

AAACGGCGAA

GTAACAACCA

CTTCAGTATT

GTTTGAATGA

GATTACAACA

ACCTCCAAAA

ATGGAGGCAA

TCGAACAGAC

AACCCAATGG

ACAACATCAA

ACACCCTATC

CTAAAGACAT

TCTTCAATCT

TGAAAGTGCC

ATAAAGAAAT

CTTTAAGCGT

CTTATAACGA

ATGTAACAAA

CAGAGCAGCA

AAGTGGGCAT

TGGGTTATAA

TTGATTACAA

CTTATGGCGG

ACAACAAGCT

ATTCTCAATA

CCAATTTCCA

AAGACAGCGA

ACACCAATTA

ATCTCAATTA

CGAAGCGGTG

GCAGTTAAGC

CAACATTCAG

CACAAACAAA

GGCTTTTTGG

TGGATCTAAT

ATGTTTTATG

AGCTCAAGGC

AACTTCCATG

CAAGGTTTCT

TGCTGGCGCT

GGCGATGCTA

CACTCAGTTG

CTACGCTTTA

CTTTAATTCC

ACATTTGGGT

TAATGCGGTT

GGCTAAAGAT

TGCTAAGAAT

CATCGTTATG

ATCCAATCTT

GATCAGCTCT

ACAATTCTTT

CCACGGCTAT

TGGGAGCGAT

TTCTGTGGGT

CATGAATTTA

ATTTTTGTTC

ACGTTCCGCG

TTATTCTTTT

TGTGTTTGCT

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1866 (2) INFORMACE PR (i) (ii)

CHARAKJGSRi GRIL

(A)	DÉLKA	: 4-i
(B)	TYL :	nukl
(C)	DRUH ŘETĚ
(D)	TOPOLOGIE
DRUH	MOLEK	U LY :

SEKVENCE: oáru bází ová kyselina CE: dvojitý kružnicová uenomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • ·

213

(ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLP' (B) POZICE 1..

(xi) POPIS SEKVENCE:

ATGATGCGAG TTTTCTAACA AAAAGTTGTT ATTTATATCA ATCCTTAAAA CGTTTTGGGC ATTATCGCTT TGGAGTGAAA GAAGAGTGGT

AGATC.CTTAC GAGTGGTTTT TTTTAZ ΆΤΤΤ ATCCGCPTTT CATCTTTAGG GTGCAAGGAA TCAATCAAGT GAGACTCGGT GA různé znaky . 4 92

NO:455:

TTCCCAAGCC TCTAATCTTA AGTAAAATCG AATCAACCTA TTTTTTGCTC AAAGATGCTC CAGAATGATT TTAACTTTAC

SEQ ID

TAACCGCTTT Az PGCTGGGA . uAAATCAT T -CTTACACT

Ί......IGCGCCAT

G ‘GCGATTTT CATTTTGAGG GTTAGTGCCT

TTTTTAAAAA AAGGCTTGAT AAAACCCTTT ΑΑΑΑΑΤΑΤΤΑ GGAAAATTTT TTCTTCACCC ACTTTTATAA CGCTACGATT TAGTGTTTTA TATAGAAAGG CAAGAACTTT AGATATTGAT TGACTTTACC TCACCCTAAA AACAAATCCT TTTTAAAAGA

120

180

240

300

360

420

480

492 (2) INFORMACE PRO· SEQ IZ NO: 465:

CHARAKTERISTIK	Z SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 20	A párů bázi
(B)	TYL: cukl	íivá kyselina
(C)	DRUH RET1S	ΖΟΞ: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE	: kružnicová
DRUH	MOLEKULY:	oenomová DNA

(iii) HYPOTETICKÁ: N<

(iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMU!: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A)	NÁZEV,	''KLI Z:	: různé	znaky
(B)	pozic:	: i. .	. 0004
(xi) POPIS	SEKVENCE:	SEQ ID	NO:465

AAAAAACCCT TTTACTCTCT CTCTCTCGCT TCATCGCTTT TAAACGCTGA AGACAACGGC TTTTTTATCA GCGCGGGCTA ^rIZAAATCGGT GAAGCCGCTC AAATGGTGAA AAACACCGGC GAATTGAAAA AACTTTCACA CACITATGAG AATTTGAGCA accttttaac caattttaac AACCTCAATC AGGCGGTAcC V1AGCGAGC AGCCCTTCAG AAATCAATGC TGCGATCGAT AATTTAAAAG CAAACACGCA AGGGCTAATT GGCGAAAAAA CCAATTCCCC GGCGTATCAA GCGGTGTATT TGGCGOTCAA ZZZ4GCGGTA GGGCTGTGGA ATGTCATCGC CTATAATGTC CAATGCGGTC CTGGTAACAG ⁿc/ACAACAA AGCGTAACCT TTGAGGGCCA ACCAGGACAT AATTCAAGTT CCATTAAT^r:’G CAZITTAACC GGTTATAACA ACGGGGTTAG CGGCCCTTTA TCCATTGAGA ATTTTAAAZA G ZAAATCAG GCTTATCAAA CTATCCAACA AGCTTTAAAA CAAGATAGCG GATTTCOTGT TTGGATAGT GCAGGAAAAC AAGTAACTAT AACAATAACA ACGCAAACTA. ATGGAGCTAA TAAAAGTGAA ACTACTACTA CTACTACTAC TACTAATGAC GCTCAAACCC TTTTGCAAGA AGCCAGTAAA ATGATAAGCG TCCTCACTAC AAACTGCCCA TGGGTCAATC ACAATCAAGG AAAAAACGGG GGCGCGCCGT GGGGTTTAGA TACGGCAGGG AATGTGTGTC AGGTTTTTGC C.ACGGAATTT AGCGCCGTTA CTAGCATGAT CAAAAACGCC CAAGAAATCG TAACGCAAGC TOAAAGCCTT AACCAGCAAA ACAATCAAAA CGCGCCGCAA GATTTCAATC CTTACZZCCcc GCTGATAGG GCTTTCGCTC AAAACATGCT CAATCACGCG CAAGCGCAAG CCAAGAIACT PZAGCTAGCC GATCAAATGA AAAAAGACCT TAACACTATC CCAAGCCAAT TTATCACAAA TTACTTGGCA GCTTGCCACA ATGGGGGTGG GACATTACCT GATGCGGGGG TTACTAACAA CACTTGGGGG GCCGGTTGCG CGTATGTGGA AGAGACGATA ACGGCTTTAA ACAACAGCCT TGCGCATTTT GGCACTCAAG CTGAGCAAAT CAAGCAATCT GAGTTGTTGG CGCGCACCAT ACTTGATTTT AGAGGCAGCC TTAGTAATTT AAACAACACT TATAACAGCA TCACCZZ.CCAC CAOTTCAAAC ACGCCTAATT CCCCATTCCT TAAAAATTTG

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320 • ·

214

ATAAGCCAAT CCACTAACCC TAATAACCCC GGGGGCTTAC AGGCCGTTTA TCAAGTCAAC 1380 CAAAGCGCTT ATTCGCAATT ATTAAGCGCC ACGCAAGAAT TAGGGCATAA CCCTTTCAGA 1440 CGCGTTGGAT TAATCAGCTC 7’ 'AAACCAAC AATGGTGCCA TGAATGGGAT CGGTGTGCAA 1500 GTGGGCTACA AACAATTA7T i GGTGAAAAG AGAAGGTGGG GGTTAAGGTA TTACGGCTTT 1560 TTTGACTATA ACCATGCT^rnA 7ATCAAATCT AGCTTTTTCA ATTCGGCTTC TGATGTGTTC 1620 ACTTATGGGG TAGGGACAGA 7 STCCTCTAT AACTTTATCA ATGATAAAAC CACCAAAAAC 1680 AGCAAGATTT CTTTTGGGGT GTTTGGGGGG ATTGCGTTAG CTGGCACTTC ATGGCTGAAT 1740 TCCCAGTATG TGAATTTAGC GACCTTCAAT AATTTCTATA GCGCTAAAAT GAATGTGGCG 1800 AATTTCCAAT TCTTGTTCAA TTTAGGCTTG AGAATGAACC TCGCTAAGAA TAAGAAAAAA 18 60 GCGAGCGATC ATGCGGCTíA G 'ATGGCGTG GAATTAGGCG TGAAGATCCC CACGATCAAC 1920 ACGAATTACT ATTCTTTGCT ZVCACTCAA CTCCAATACC GAAGATTGTA TAGCGTGTAT 1980 TTGAATTATG TGTTCGCTTA CAGA 2 004

INFORMACE	PRO SEQ ID	NO:467:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DEDKA: 4I ;	páru bází
(B)	TYP: nuk!·.·.	>va kyselina
(C)	DRUH ŘETÉZí	.Έ: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE :	kružnicová
(ii) DRUH	MOLEKULY: c	fenomová DNA

(iii) HYP0TET7 CE7\.: i (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

	(Ai	ORGANIZMUS	: Helicobacter
(ix)	ZNAK (A) (B)	Ϊ : NÁSEV/KLI POZICE 1..	: různé znaky .4 05
(Xi)	POPI	S SEKVENCE:	SEQ ID NO:467

ATGTTTATGG CGTCÍAATACG '	•CTGACG VTTGTAAT WAATCAC PACCATGGC VTACTACT VCGGAGCA VVCGTTAT	CACATGACTA ACGCTGATGG GTGGGGATTA ACCCTAACAG	TACGATCACA CGTCTATACC GAATGTGGGC CCCCACGCTC CCCACTAGAG CCAAACCTTA	60 120 180 240 300 360 405
TGCGGAGACA ACAGGAAAAT ATTAGAACCA CCTAATTACT AATGGGAACC CGCCGTCAGT	CGACGí KVncc TAAACGCTAA ATATTTTTGA TTTTCAAAGG CGACTACTAT ATTCTATGTA	A·. AC rp Π· cv
ACGATTTTCC ATTGAGTTTG ATAAGAGCGA GAAACCAATT GTTTATACTT	AATTTTTAGT GTA.TCAAAAT AAAAACAAGG TCAGCTTAAC TTTAA
(2) INFORMACE PRO SEQ	16	’ NO:469:

(i)	CHARAKT E RIS TIKA (A) DÉLKA: 1497 (B) TYP: iiuklvi (Cj DRUH RETKA' (D; TOPOLOVÍ A	SEKVENCE: párů bází vá kyselina Ξ: dvojitý vužnicová
(ii)	DRUH	MíPWY '	vovvá DNA
(iii)	HYPP	KE' .'ZLA
(iv)	póza:	I VKV NE
(vi)	PŮVA

• ·

21§ (A) NÁZEV/KLIČ: různé znaky (B) POZICE 1...1497 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:469:

ATGAAATTAA

TTGTTCACTA

TTCTCCAAAG

GAAACTTTTG

ACCGTGAATG

TGGGCAAAGG

TTGAGCCTTT

GACCCTAGGG

TATCCGGCTA

CTTACCTATG

GAGCAAATGG

AAGAACATGA

TTGTTCCCTA

CCTACAAAGA

CCCGGTGCTA

AAAACGACTT

GCACCCGCTC

CAAGGTCCTG

GTGGTTGGTG

AACCCTGTGG

GCGGGGATTG

AAGCATGGTA

GAATATGGTA

AAACTCGTGT

GGGCCAAACG

AAAAACGAAA

CGGGTTCATT

TGGGTTTTAA

TTAACCTTAC

TAGGCGGTGT

ATTTTACCCC

GTATGAATGC

GTATTGGCTA

ACGCCVKCTT

ACAGCGACAG

ATTGGATTTA

AATTCTTGCT

TCTATCGTGA

ATCTAATGAT

AAATAGAATA

TCTATGTGTT

GTTATAACAC

GTGGTGCGAC

GTGCTTACCT

CTCTTGATGG

ACAACATTAC

AGTTCAGTTG

TTGGTATGTA

GGTTAGAGTT

GTCAGCCGCT

AGTTGCGGCT AGGGGCGGTT CCGTTCGCCT GGGTAAGCTA TTTGGGCGGA

CAAGCTAT CTAAAATG TGTATATG CCGGGCAT

TGTCCATATG CCAATTGTTC CTTTAGCTCT AAAGCCTTGG CCACCCTTAT CGATACCAAT GAATGACTAT T'⁷¹ GGGATCCG CGTCTATTTG CAACATCGGT TATCGAACAA CGATGCTGAT GAGCGTTTAT T KAGACTAT C CAAATCCGT CAACTTGAAT

ACATTGCTAA

ACTTATGAAG

ATTAACCCTG

GAGGGGTCTG

CAAGTTTATG

TGGGATAAAA

TGGCAACAGC

GGTGAGTGGA

TCAAGGCGCT

GTAATGGGGC

CAAGGTTTTT

TGGGGTCGTG

GGTATTCATA

GTGTATCTCA

CCTGAGTTTA

CGTTGGAATA

TTCTTGGATA

CACCACCACA

AACCCTAACA

TGGGTCGGTG

GCGTTCACTG

CAGCGCTTCA

CAGTTCAGCA

GCGGGTTACA

AATGGTTTGT

AGCGTTTGAC

TGCATGGGGA

TTAAAGGTAT

TGCATTTAGG

ATAACACTAG

CTTCTTGCGG

AAGGGCCAGG

ACGGCTTGTT

ATGAAGTTTA

GCTTTGATGT

ATGGGACTTT

GTATCGCTGA

AGGCGGGTAT

TCCCAATGGT

GCGGTAGAGG

ACGCTGAATA

ATGGTAAGTG

TAGACATTAA

TGAACTTAGG

GCATCTACAG

AGTATGTTAA

CTACCGCACC

AGCATGTTAA

ACCCTGGAAC

TTGAATCTTC

CTTGCCACTA

TTTTATCAAC

CTATCCTACA

TAGGGGATGG

GTATGATAGG

CACTGATTCT

TGGTATCATT

CCCTAATTAC

TAAAGCGAAT

TACCGAGCAG

CAAGCTTACT

TGGTCAATGG

TATTTATCGC

AGGTACATTG

TATAAGGAAT

CGGCCGTTAC

GCGTGGCTTG

CAACTACTTT

TACTTGGGGT

CTTAGGCTTT

AGGTGGAGGT

AAGGGCTTTG

AGCGGGTCTC

CGGTTTCCTT

GGCGTTC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1497 (2) INFORMACE PRO SEQ I⁷ NO:496:

CHARAKTERISTIK (A) DÉLKA: 10 (B) TYP: amin (D) TOPOLOGIE

SEKVENCE:

aminokyselin ) kyselina lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMU.· (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLI (B) POZICE 1..

: Helicobacter pylori různé znaky 108

(xi)

POPIS

SEKV

ENCE :

: SEQ

> ID

NO:

496:

Tyr

Gin

Ile

Leu

Asn

Gin

Arg

Lys

Thr

Met

Lys

Lys

Val

Leu

Leu

Leu

1

5

10

15

Thr

Leu

Ser

Leu

Srr

Leu

S er

Phe

Trp

Leu

His

Ala

Glu

Arg

Asn

Gly

20

25

30

Phe

Tyr

Leu

Gly

Leu

Asn

Phe

Ala

Glu

Gly

Ser

Tyr

Ile

Gin

Gly

Gin

35

40

45

Gly

Ser

Ile

Gly

Glu

Lys

Ala

Ser

Ala

Glu

Asn

Ala

Leu

Asn

Gin

Ala

50

5 5

60

Ile

Asn

Asn

Ala

Gin

Asn

Ser

Leu

Phe

Pro

Asn

Thr

Gin

Ala

Ile

Arg

65

70

75

80

216 ····

Asp Val Gin Asn Ala Lev asn Ala Val Lys Asp Ser Asn Lys Xle Ala 8 5 90 95

Asn Arg Phe Ala Gly Asn Gly Gly Ser Gly Gly Ile 100 105 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:501:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A)	DÉLKA: 255	aminokyselin
(B)	TYP: amino	kyselina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
DRUH	MOLEKULY:	protein

(iii) HYPOTETICKÁ: -ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLlC: různé znaky (B) POZICE 1...255 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:501:

Met 1

Lys

Lys

Ile

Phe 5

Leu

Gly Met

Ala

Leu 10

Ala

Phe

Ser

Val

Ser 15

Met

Ala

Glu

Lys

Ser

G1V

Ala

P'ne

Leu

Gly

Gly

Gly

Phe

Gin

Tyr

Ser

Asn

20

25

30

Leu

Glu

Asn

Gin

Asn

Thr

Thr

Arg

Thr

Pro

Ser

Ala

Asn

Asn

Asn

Thr

35

40

45

Pro

Ile

Asn

Thr

Ser

Met

Phe

Gly

Asn

Asn

Gin

Ala

Ala

Pro

Ala

Gin

50

55

60

Glu

Thr

Pro

Ser

Va Ί

11 ν-

Asn

Thr

Asn

Asn

Tyr

Gly

Gin

Met

Tyr

Gly

65

ΤΟ

75

80

Val

Asp

Ala

Met

Ala

Gly

Tyr

Lys

Trp

Phe

Phe

Gly

Lys

Thr

Lys

Arg

O C,

90

95

Phe

Gly

Phe

Arg

Thr

Tyr

Gly

Tyr

Tyr

Ser

Tyr

Asn

His

Ala

Asn

Leu

100

105

110

Ser

Phe

Val

Gly

S a r

Lys

2eu

Gly

Ile

Met

Asp

Gly

Ala

Ser

Gin

Val

115

12 0

125

Asn

Asn

Phe

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Phe

Asp

Ala

Leu

Tyr

Asn

Phe

Tyr

130

135

140

Glu

Ser

Lys

Glu

Gly

Tyr

Asn

Thr

Ala

Gly

Leu

Phe

Val

Gly

Phe

Gly

145

150

155

160

Leu

Gly

Gly

Asp

Ser

Phe

Ile

Val

Gin

Gly

Glu

Ser

Tyr

Leu

Lys

Ser

J 6 5

170

175

Gin

Met

Gin

Ile

C' v s

Asr

Asn

Thr

Ala

Gly

Cys

Ser

Ala

Ser

Met

Asn

180

185

190

Thr

Ser

Tyr

Phe

Gin

Met

Pro

Val

Glu

Phe

Gly

Phe

Arg

Ser

Asn

Phe

195

200

205

Ser

Lys

His

Ser

Gly

Ile

Glu

Val

Gly

Phe

Lys

Leu

Pro

Leu

Phe

Thr

210

215

220

Asn

Gin

Phe

Tyr

Lys

Glu

Arg

Gly

Val

Asp

Gly

Ser

Val

Asp

Val

Phe

225

2 3 5

235

240

Tyr

Lys

Arg

Asn

Pivě

Ser

11 e

Tyr

Phe

Asn

Tyr

Met

Ile

Asn

Leu

245

250

255

(2) INFORMACE PRO SEQ 15 NO:514:

(i) CHARAKTERISTIK5 SEKVENCE:

217

(A)	DÉLKA: 60	aminokyselin
(B)	TYP: amin:	Usyselina
(D)	TOPOLOGIE:	1ineárni
DRUH	MOLEKULY:	protein

(iii) HYPOTETICKÁ: AUO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMÍU: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

	(xi)	(A) NÁZEV/KLÍ i (B) POZICE 1. popis sekvence;	1: různé znaky
. . 60 : SEQ ID	NO:	514 :
Phe	Asp	Leu Gly Val Arg	Thr Asn	Phe	Ala	Lys	Thr	Asn	Phe	Asn	Lys
1		T,			10					15
His	Arg	Leu Asp Gin Gly	Ile Glu	Phe	Gly	Val	Lys	Ile	Pro	Val	Ile
		20		25					30
Ala	His	Lys Tyr Phe Ala	Thr Gin	Gly	Ser	Ser	Ala	Ser	Tyr	Met	Arg
		35	40					45
Asn	Phe	Ser Phe Ile Cys	Gly Leu	Phe	Ser	Arg	Phe
	50		5 5				60

(2)	INFORMACE PRO	SEQ IP NO:547:
	(i) CHARAKTE	PISTI PO SEKVENCE:
	(A) DÉL	KA: 52 aminokyselin
	(B) TYP	: aminokyselina
	(D) TOPOLOGIE: lineární
	(ii) DRUH MOLEKULY: protein
	(iii) HYPOTETI	CKÁ: AUO
	(vi) PŮVODNÍ	ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZ	EV/KL] ': různé znaky
	(B) po z	IOE 1...529
	(xi) POPIS SE	KVENCE: SEQ ID NO:547:
Met	Arg Lys Val ;	le Ile Met Asn Gly Tyr Leu Arg Val Lys Thr Pro
1		10 15
Tyr	Phe Leu Ala 1	er Val Val Leu Thr Phe Trp Thr Phe Asn Ser Phe
	20	25 30
Met	Ser Ala Lys A	;-:p Lys His His Phe Leu Lys Lys Val Thr Thr Thr
	35	40 45
Glu	Gin Lys Phe S	er Ser Ser Ala Pro Ile Ser Trp Gin Ser Glu Glu
	50	5 5 60
Val	Arg Asn Ser T	hr Ser Ser Arg Thr Val Ile Ser Asn Lys Glu Leu
65		70 75 80
Lys	Lys Thr Gly A	::n Lei: Asn Ile Glu Asn Ala Leu Gin Asn Val Pro
	i í	90 95
Gly	Ile Gin Ile A	rg Asp Ala Thr Gly Thr Gly Val Leu Pro Lys Ile
	100	105 110
Ser	Val Arg Gly P	lie Gly Gly Gly Gly Asn Gly His Ser Asn Thr Asn

·» ·* • · · · • ♦ ·· »« · · · • · ·

318

115

120

125

Met

Ile 130

Leu

Val

As n

Gly

Ile 13 5

Pro

Ile

Tyr

Gly

Ala 140

Pro

Tyr

Ser

Asn

Ile 145

Glu

Leu

Ala

T .1 e

Phe 150

P r o

Val

Thr

Phe

Gin 155

Ser

Val

Asp

Arg

Ile 160

Asp

Val

Ile

Lys

Gly 165

Gly

Thr

Ser

Val

Gin 170

Tyr

Gly

Pro

Asn

Thr 175

Phe

Gly

Gly

Val

Val 180

Asn

Val

Ile

Thr

Lys 185

Glu

Ile

Pro

Lys

Glu 190

Trp

Glu

Asn

Gin

Ala 195

Ala

Glu

Ara

Ile

Thr 200

Phe

Trp

Gly

Arg

Ser 205

Ser

Asn

Gly

Asn

Phe 210

Val

Asp

1 r o

Lys

Glu 215

Lys

Gly

Lys

Pro

Leu 220

Ala

Gin

Thr

Leu

Gly 225

Asn

Gin

Met

Leu

Phe 2 3 0

Asn

Thr

Tyr

Gly

Arg 235

Thr

Ala

Gly

Met

Leu 240

Gly

Lys

Tyr

Ile

Ile

Ger

Ala

Gin

Gly 250

Asn

Trp

Ile

Asn

Gly 255

Gin

Gly

Phe

Arg

Gin 260

As n

Sei

P r o

Thr

Lys 265

Val

Gin

Asn

Tyr

Leu 270

Leu

Asp

Ala

Ile

Tyr 275

Lys

Ile

Asn

Ala

Thr 280

Asn

Thr

Phe

Lys

Ala 285

Tyr

Tyr

Gin

Tyr

Tyr 290

Gin

Tyr

As n

Ser

Tyr 2 95

His

Pro

Gly

Thr

Leu 300

Ser

Ala

Gin

Asp

Tyr 305

Ala

Tyr

Asn

Ar q

Phe 310

11 e

Asn

Glu

Arg

Pro 315

Asp

Asn

Gin

Asp

Gly 320

Gly

Arg

Ala

Lys

Arg 12 5

Phe

Gly

Ile

Val

Tyr 330

Gin

Asn

Tyr

Phe

Gly 335

Asp

Pro

Asp

Arg

Lys 340

Val

Gly

Gly

Asp

Phe 345

Lys

Phe

Thr

Tyr

Phe 350

Thr

His

Asp

Met

Ser 355

Arg

L.p

Phe

Gly

Phe 360

Ser

Asn

Gin

Tyr

Gin 365

Ser

Val

Tyr

Met

Ser 370

Gly

Gin

Asn

Lys

Ile 37 5

Leu

Pro

Phe

Lys

Gly 380

Lys

Gly

Glu

Ile

Ser 385

Ala

Lys

Asn

Pro

Asn 3 9 6'

Cys

Gly

Leu

Tyr

Ser 395

Tyr

Ser

Asp

Thr

Asn 400

Ser

Pro

Cys

Trp

lín

Phe

Phe

Asp

Asn

Ile 410

Arg

Arg

Ser

Val

Val 415

Asn

Ala

Phe

Glu

Pro 420

Lvs

Leu

As n

Leu

Ile 425

Val

Asn

Thr

Gly

Lys 430

Val

Lys

Gin

Thr

Phe 435

Asn

Met

Gly

Met

Arg 440

Phe

Leu

Thr

Glu

Asp 445

Leu

Tyr

Arg

Arg

Ser 450

Thr

Thr

Arg

Lys

Asn 4 5 5

Pro

Ser

Met

Pro

Asn 460

Asn

Gly

Ser

Gly

Phe 465

Asp

Ala

Gly

Obr

Ser 4 7C·

Leu

Asn

Asn

Phe

Asn 475

Asn

Tyr

Thr

Ala

Val 480

Tyr

Ala

Ser

Asp

Glu 4 05

Ile

Asn

Phe

Asn

Asn 490

Gly

Met

Leu

Thr

Ile 495

Thr

Pro

Gly

Leu

Arg 500

Tyr

Thr

Phe

Leu

Asn 505

Tyr

Glu

Lys

Lys

Asp 510

Ala

Pro

Pro Gin

Phe

Lys 515

Val

í ;ly

Glu.

Thr

Pro 52 0

Lys

Thr

Thr

Lys

Glu 525

Arg

Tyr

Asn

(2) INFORMACE PRO SEQ 10' NO: 550:

(i) CHARAKTERISTIKO SEKVENCE:

(A) DÉOIIR: 440 aminokyselin (B) TYR: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein

219 ·♦ • · · • ··« • * * • · · »··· ·· ♦ ·» ·· · · • · · • · · • · · »·· <·

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMU:·: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC: různé (B) POZICE 1...442 znaky (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID

Gly	Lys	Ile	Lys	Cly	Val	Met	Met
1 Ser	Glu	Phe	Leu	Asn	Thr	Gin	Thr
Ala	Ser	Ser	20 Phe	LecU	Leu	Glu	Thr
Val	Val	35 Asp	Leu	$ v.· r	Ala	Pro	40 Tyr
Glu	50 Ser	Val	Leu	L y s	As n	5 5 Thr	Leu
65 Phe	Thr	Lys	Asn	AI a	70 Lys	Tle	Leu
Arg	Ile	Leu	Glu	11 e	Lys	Gly	Ala
Thr	Phe	Ile	100 Leu	Arg	Leu	Glu	Met
Ile	Leu	115 Asp	Gin	Glu	Lys	Cys	120 Val
Arg	130 Val	Ala	Lys	A, ii	Asp	135 Ile	Leu
145 Glu	His	Gin	Glu	Glu	150 Asp	Leu	Asp
Glu	Lys	Asp	Phe	115 Leu	Ser	Tyr	Gin
Asn	Gin	Ile	180 Ile	L^s	Ary	Leu	Asn
Lys	Leu	195 Glu	Lys	L·	Glu	Asp	200 Pro
Glu	210 Leu	Gin	Thr	Gin	Ala	215 Ser	Leu
225 Asn	Arg	Arg	Glu	Aa n	230 Arg	val	Ile
Cys	Met	Ile	Glu	1J e	Asp	Lys	Ser
Lys	Lys	Phe	260 Thr	Leu	Ser	Lys	Lys
Tyr	Leu	275 Glu	Glu	G1 u	Asn	Leu	280 Lys
Gin	290 Ile	Asn	Tyr	v, /1	Arg	2 9 5 Asp	Ala
305 Phe	Met	Pro	Val	L v s o v c	3I0 Asn	Ser	Lys
Glu	Val	Leu	Tyr	- >O Tyr	Lys	Asp	Phe
Lys	Glu	Asn	340 Ile	L \7 a	Leu	Leu	Gin
Met	His	355 Val	Arg	Asp	Iie	P r o	360 Gly
Lys	370 Asn	Thr	Pro	Lys	Asp	375 Glu	Val
385					3 9 0

NO:550:

Lys	Phe 10	Phe	Leu	Leu	Lys	Lys 15	Phe
His 2 5	Phe	Asn	Leu	Lys	Arg 30	Leu	Asn
Phe	Ser	Lys	Glu	Lys 45	His	Ala	Phe
Ile	Gly	Leu	Ser 60	Lys	Lys	Pro	Pro
Ala	Leu	Asp 75	Phe	Cys	Leu	Asn	Lys 80
Gin	Ala 90	Asn	Val	Ile	Asp	Asn 95	Asp
Lys 105	Asp	Leu	Ala	Tyr	Lys 110	Ser	Glu
Ile	Pro	Lys	Lys	Ala 125	Asn	Leu	Met
Ile	Glu	Ala	Phe 140	Arg	Phe	Asn	Asp
Gly	Ala	Leu 155	Pro	Pro	Asn	Ile	Tyr 160
Phe	Lys 170	Gly	Leu	Leu	Asp	Ile 175	Leu
His 185	Lys	Glu	Leu	Glu	His 190	Lys	Lys
Ala	Gin	Lys	Glu	Arg 205	Leu	Lys	Glu
Lys	Thr	Leu	Gin 220	Leu	Glu	Ala	Lys
Leu	Leu	Thr 235	Tyr	Gin	His	Leu	Ile 240
Leu	Lys 250	Asp	Phe	Glu	Asp	Lys 255	Glu
Met 2 65	Pro	Leu	Asn	Ala	Phe 270	Ile	Asn
Lys	Lys	Gin	Lys	Ser 285	Gin	Phe	Leu
Glu	Lys	Ile	Ala 300	Phe	Lys	Glu	Asn
Al a	Glu	Glu 315	Ser	Val	Leu	Glu	Met 320
Ile	Lys 330	Arg	Pro	Met	Asn	Gly 335	Tyr
Lys 345	Ile	Gly	Leu	Gly	Lys 350	Asn	Gin
As; p	Ala	Arg	Ala	Asn 365	Asp	Leu	Trp
Ser	His	Leu	Ile 380	Val	Phe	Cys	Gin
Ile	Met	Glu 395	Leu	Ala	Lys	Met	Leu 400

• ·

Ile

Lys

Met

Gin

Lys

Asp

Ala Phe

Asn

Gly

Tyr

Glu

Ile

Asp

Tyr

Thr

4 05

410

415

Gin

Arg

Lys

Phe

Val

Lys

Ile Ile

Lys

Gly

Ala

His

Val

Ile

Tyr

Ser

420

425

430

Lys

Tyr

Arg

Thr

Ile

Ser

Leu Lys

Asp

Thr

435

440

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:553:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 370 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: AIDO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE 1...370 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:553:

Gin 1

Asp

Gin

Pro

Met c.

Gin

Phe

Gin

Lys

Thr 10

Leu

Leu

Ser

Leu

Ser 15

Leu

Leu

Phe

Leu

Ser

Tyr

Cys

Ile

Ala

Glu

Glu

Asn

Gly

Ala

Tyr

Ala

Ser

20

2 5

30

Val

Gly

Phe

Glu

Tyr

Ser

Ile

Ser

His

Ala

Val

Glu

His

Asn

Asn

Pro

35

40

45

Phe

Leu

Asn

Gin

Glu

Arg

Ile

Gin

Thr

Ile

Ser

Asn

Ala

Gin

Asn

Lys

50

5 5

60

Ile

Tyr

Lys

Leu

As n

Gin

Val

Lys

Asn

Glu

Ile

Thr

Asn

Met

Pro

Asn

65

70

75

80

Thr

Phe

Asn

Tyr

Ile

Asn

Asn

Ala

Leu

Lys

Asn

Asn

Ala

Lys

Leu

Thr

O o u

90

95

Pro

Thr

Glu

Lys

Gin

Ala

Glu

Thr

Tyr

Tyr

Leu

Gin

Ser

Thr

Leu

Gin

100

10 5

110

Asn

Ile

Glu

Lys

Ile

Val

Met

Leu

3 e r

Gly

Gly

Val

Ala

Ser

Asn

Pro

115

12 0

125

Lys

Leu

Ala

Gin

Ar a

Leu

Glu

Lys

Met

Gin

Glu

Pro

Ile

Thr

Asn

Pro

130

135

140

Leu

Glu

Leu

Val

Glu

Asn

Leu

Lys

Asn

Leu

Glu

Leu

Gin

Phe

Ser

Gin

145

150

155

160

Ser

Gin

Asn

Ser

Met

Leu

3 e r

Ser

Leu

Ser

Ser

Gin

Ile

Ala

Gin

Ile

t 5

170

175

Ser

Asn

Ser

Leu

Ar; n

Al a

Leu

Asp

P e o

Ser

Ser

Tyr

Ser

Lys

Asn

Val

180

185

190

Ser

Ser

Met

Tyr

Gly

Val

Gly

Leu

Ser

Val

Gly

Tyr

Lys

His

Phe

Phe

195

200

205

Thr

Lys

Lys

Lys

Asn

Gin

Gly

Phe

Arg

Tyr

Tyr

Leu

Phe

Tyr

Asp

Tyr

210

215

220

Gly

Tyr

Thr

Asn

Fhe

Gly

Phe

Val

Gly

Asn

Gly

Phe

Asp

Gly

Leu

Gly

225

230

235

240

Lys

Met

Asn

Asn

His

Leu

Tyr

Gly

Leu

Gly

Ile

Asp

Tyr

Leu

Phe

Asn

245

250

255

Phe

Ile

Asp

Asn

Ala

Gin

Lys

His

Ser

Ser

Val

Gly

Phe

Tyr

Val

Gly

260

2 55

270

• « • · • ·

22-1

Phe

Ala

Leu 275

Ala

Gly

Ser

Ser

Trp 280

Val

Gly

Ser

Gly

Leu 285

Gly

Met

Trp

Val

Ser

Gin

Met

Asp

Phe

Lle

Asn

Asn

Tyr

Leu

Thr

Asp

Tyr

Arg

Ala

290

2 95

300

Lys

Met

His

Thr

S t-· t

Phe

Phe

Gin

Ile

Pro

Leu

Asn

Phe

Gly

Val

Arg

305

310

315

320

Val

Asn

Val

Asp

Atg

His

Asn

Gly

Phe

Glu

Met

Gly

Leu

Lys

Ile

Pro

325

330

335

Leu

Ala

Val

Asn

Ser

Phe

Tyr

Glu

Thr

His

Gly

Lys

Gly

Leu

Asn

Ala

340

34 5

350

Ser

Leu

Phe

Phe

Lys

Arg

Ljeu

Val

Met

Phe

Asn

Val

Ser

Tyr

Val

Tyr

355 360 365

Ser Phe 370 (2) INFORMACE PRO SEQ II NO: 5 64:

(i) CHARAKTERE ŠTIKO SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 84 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...84 znaky (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID

Lys 1	Thr	Ile	Asn	ΓΊ	Leu Lrg	Ile
Lys	Lys	Pro	Phe	Phe	Gin Ser	Pro
			20
Ile	Leu	Leu	Ile	Phe	Phe Leu	Arg
		35				40
Ser	Asp	Asn	Phe	Leu	Al a :3 e r	Ser
	50				5 5
Ile	Lys	Gin	Leu	Lle	Ser Asn	Asn
65					70
Gin	Thr	Leu	Ile

NO:564:

Ile	Met 10	Lys	Pro	Thr	Asn	Glu 15	Pro
Ile 2 5	Val	Leu	Ala	Val	Leu 30	Gly	Gly
Ser	Phe	Asn	Ser	Asp 45	Gly	Ser	Phe
Thr	Lys	Asn	Val 60	Ser	Tyr	His	Glu
Glu	Val	Glu 75	Asn	Val	Ser	Ile	Gly 80

INFORMACE	PRO S	EQ ID :	Ϊ0:568:
(i) CHARAKTE'	rsTiKA	SEKVENCE:
(A)	DELL	N: 195	aminokyselin
(B)	TYP :	amine	Kyselina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
(ii) DRUH	MOLE	NULY: :	irotein

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · • · • «

222 (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE 1...195 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:568:

Leu 1

Gly

Ser

Pro

Met 5

Gin

Phe

Gin

Lys

Thr 10

Leu

Ser

Ser

Leu

Ser 15

Leu

Phe

Leu

Ser

Leu

Ser

Leu

Phe

Leu

Ser

Phe

Ser

Ile

Ala

Glu

Glu

Asn

20

2 5

30

Gly

Ala

Tyr

Ala

Ser

Val

Gly

Phe

Glu

Tyr

Ser

Ile

Ser

His

Ala

Val

35

40

45

Glu

His

Asn

Asn

Pro

Phe

Leu

Asn

Gin

Glu

Arg

Ile

Gin

Thr

Ile

Ser

50

5 5

60

Asn

Ala

Gin

Asn

Gin

Ile

Tyr

Lys

Leu

Asn

Gin

Ile

Glu

Asn

Glu

Ile

65

70

75

80

Thr

Asn

Met

Gin

Asn

Thr

Phe

Asn

Tyr

Thr

Asn

Asn

Ala

Leu

Lys

Asn

8 5

90

95

Asn

Ala

Lys

Leu

Thr

Pro

Thr

Glu

Met

Gin

Ala

Glu

Gin

Tyr

Tyr

Leu

100

105

110

Gin

Ser

Thr

Leu

Gin

Asn

Ile

Glu

Lys

Ile

Val

Met

Leu

Ser

Gly

Gly

115

120

125

Val

Ala

Ser

Asn

P r o

Lys

Leu

Val

Gin

Ala

Leu

Glu

Lys

Met

Gin

Glu

130

135

140

Pro

Ile

Thr

Asn

Pro

Leu

Glu

Leu

Val

Glu

Asn

Leu

Lys

Asn

Leu

Glu

145

150

155

160

Leu

Gin

Phe

Ser

Gin

Ser

Gin

Asn

Ser

Met

Leu

Ser

Ser

Leu

Ser

Ser

165

170

175

Gin

Ile

Ala

Gin

11 e

Ser

Asn

Ser

Leu

Asn

Ala

Leu

Asp

Pro

Ser

Ser

180

1 O c. i o 3

190

Tyr Ser Lys 195 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:586:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A)	DÉLKA: 522	aminokyselin
(B)	TYP: amine	kyselina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
ii) DRUH	MOLEKULY:	orotein

(iii) HYPOTETICKÁ: AříJ (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZJ CE 1. . .523 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:586:

Tyr 1

Ile

Pro

Phe

Asn 5

Leu

Phe

Gin

Gly

Gin 10

Thr

Asn

Met

Lys

Lys 15

Leu

Leu

Tyr

Thr

Met 20

Leu

Ala

Leu

Leu

Leu 2 5

Ile

Gly

Leu

Leu

Thr 30

Ala

Tyr

Leu

Ile

Leu 35

Phe

Thr

Glu

Trp

Gly 40

Asn

Lys

Ile

Ile

Ala 45

Ser

Tyr

Ile

Glu

Lys 50

Lys

Ile

Asn

Pro

Asn 5 5

Glu

Arg

Tyr

Leu

Ser 60

Val

Lys

Thr

Phe

Lys

Leu

Arg

Phe

Asn

Ser

Leu

Asp

Phe

Lys

Ala

Gin

Ala

Asn

Asp

Asp

223

• • · · ·

• · • ·

• *

• • ··

65

70

75

80

Ser

Thr

Leu

Ile

Leu

Lys Gly

Asp

Phe

Ser

Leu

Leu

Thr

Gin

Ser

Val

O R

90

95

Asn

Leu

Asp

Tyr

H .i s

Ile asp

Ile

Lys

Asn

Leu

Arg

Ser

Phe

Lys

Asp

100

105

110

Leu

Ile

Pro

Tyr

Pro

Leu Arg

Gly

Ala

Ile

Val

Thr

Ser

Gly

Asn

Ile

115

120

125

Lys

Gly

His

Arg

Lys

Ala Leu

Val

Val

Gin

Gly

Val

Ser

Asn

Val

Ala

130

r 3 5

140

Gin

Ser

His

Thr

AI a

Tyr asn

Ala

Leu

Leu

Asp

Asp

Phe

Lys

Leu

Ser

145

15 0

155

160

His

Leu

Ser

Leu

Asn

Ala Lys

Asp

Ala

Asn

Leu

Glu

Asp

Leu

Leu

Tyr

165

170

175

Leu

Ile

Asn

Arg

P r o

Ala Tyr

Ala

Asn

Ala

Lys

Val

Ser

Leu

Gin

Ala

180

185

190

Asp

Phe

Asn

Ser

Leu

Lys Pro

Leu

Glu

Gly

His

Leu

Ile

Leu

Thr

Ala

195

200

205

Asn

Asn

Ala

Leu

11 e

As n As n

Ala

Leu

Ile

Asn

Gin

Ile

Phe

His

Leu

210

215

220

Asn

Leu

Lys

Asp

Thr

Leu Val

Phe

Asn

Leu

Ser

His

Ser

Ser

Asp

Phe

225

230

235

240

Lys

Gly

Asn

Lys

Al a

Ile Ser

Asp

Thr

Thr

Leu

Thr

Ser

Pro

Leu

Val

24 5

250

255

Asn

Phe

Thr

Ala

Lsu

Lys Ser

Glu

Tyr

Ser

Phe

Pro

Ala

Leu

Lys

Leu

260

2 65

270

Asn

Ala

Pro

Tyr

Thr

Leu Glu

Ile

Pro

His

Leu

Ala

Lys

Leu

Gin

Asn

275

280

285

Ile

Thr

Asn

His

P r o

Leu lys

Gly

Ser

Leu

Thr

Leu

Lys

Gly

Asp

Ile

290

2 95

300

Glu

Gin

Ser

Pro

Lys

Leu leu

Lys

Val

Ser

Gly

His

Ser

Asn

Leu

Leu

305

310

315

320

Asp

Gly

Ala

Leu

Asp

Phe Thr

Leu

Leu

Asn

Lys

Asp

Leu

Lys

Ala

Arg

32 5

330

335

Phe

Ser

Asn

Ile

Ser

Thr Ser

Lys

Ala

Leu

Asp

Leu

Phe

His

Tyr

Pro

340

34 5

350

Lys

Phe

Phe

Gin

C; V-

Ile ala

Asp

Al a

Asn

Leu

Asp

Tyr

Asp

Leu

Ile

355

360

365

Ser

Lys

Gin

Gly

Val

Leu Lys

Ala

Asn

Leu

Lys

Asn

Ala

Arg

Phe

Leu

370

175

380

Lys

Asn

Ala

Phe

Ser

Asp Phe

Leu

Tyr

Ser

Ile

Ser

Arg

Phe

Asp

Ile

385

390

395

400

Thr

Lys

Glu

Ile

Tyr

His asp

Ala

As n

Leu

Val

Ser

Gin

Ile

Asn

Gin

11 5

410

415

Gin

Arg

Leu

Leu

S e r

Asp Iru

Ser

Leu

Lys

Ser

Pro

Lys

Thr

Gin

Leu

420

425

430

Lys

Ile

His

Asn

Gly

Leu Leu

Asp

Leu

Asn

Thr

Lys

Gin

Met

Asp

Ile

435

440

445

Leu

Met

Asp

Ala

Glu

Tle lj e u

Lys

Phe

Ile

Phe

Lys

Met

Lys

Leu

Gin

450

155

460

Gly

Ser

Met

His

Gin

Pro Lys

Phe

S e r

Leu

Ile

Leu

Asn

Glu

Lys

Ala

465

470

475

480

Ile

Gin

Gin

Asn

Leu

Gin Gin

Gly

Leu

Lys

Glu

Ile

Leu

Lys

Asn

Asp

4 85

490

495

Thr

Leu

Lys

Lys

Gly

Leu .asp

His

Leu

Leu

Lys

Asp

Asp

Lys

Leu

Lys

500

5 0 5

510

Glu

Lys

Leu

Glu

Lys

Gly Leu

Lys

Gly

Leu

Phe

515

520

(2) INFORMACE PRO SEQ IP NO:588:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

• · • ·

224 (A) DÉLKA: 299 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: orotein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...299 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID znaky

Leu	Val	Ile	Ile	S e r	Leu	Leu	Thr
1				5
Glu	Ile	Ser	Ile	L v s	Lys	Phe	Ile
			20
Ile	Asn	Thr	Gly	Va 1	Glu	Ala	Leu
		35					40
Asp	Leu	Ala	Ser	P ' o	Lys	Glu	Thr
	50					o 5
Ala	Gin	Asn	Glu	Thr	Ser	Gin	Ser
65					70
Val	Lys	Ser	Ile	Ser O T	Tyr	'Ta 1	Gly
Ala	Asn	Glu	Ile	Al.a	Lys	: le	Arg
			100
Lys	Ile	Asp	Thr	Ala	Val	Leu	Ala
		115					120
Asp	Val	Tyr	Ala	Thr	Phe	Glu	Asn
	130					1 35
Glu	Lys	Ala	Ar g	I le	Ala	51 y	Val
145					15 0
Lys	Glu	Lys	Asp	Gly	Leu	urys	Ser
				165
Thr	Phe	Asp	Glu	Gin	Lys	Leu	Glu
			180
Ala	Leu	Glu	Gly	Gin	Gly	Tyr	Tyr
		195					200
Glu	Lys	Val	Ser	G.mi	Gly	11a	Leu
	210					’ ’ 3
Gly	Asp	Ser	Ile	Tyr	Ile	Lys	Gin
225					230
Leu	Lys	Arg	Ar oj	Val	Ile	Glu	Ser
				2 4 5
Phe	Met	Gly	Trp	Met	Trp	01 y	Leu
			2 60
Gin	Leu	Glu	Tyr	Asp	Ser	Leu	Arg
		275					280
Gly	Tyr	Leu	Asp	Ala	His	Ile	Ser
	290					2 95

NO:588:

Thr	Leu 10	Lys	Leu	Lys	Ser	Ile 15	Lys
Leu 25	Ser	Ser	Leu	Val	Phe 30	Ala	Cys
Glu	Asn	Asp	Gly	Ser 45	Lys	Pro	Asn
P r o	Lys	Glu	Ala 60	Gin	Lys	Asn	Glu
Asn	Gin	Thr 75	Pro	Lys	Glu	Met	Lys 80
Leu	Ser 90	Tyr	Met	Ser	Asp	Met 95	Leu
Val 105	Gly	Asp	Met	Val	Asp 110	Ser	Lys
Leu	Phe	Asn	Gin	Gly 125	Tyr	Phe	Lys
Gly	Ile	Leu	Glu 140	Phe	His	Phe	Asp
Glu	Ile	Lys 155	Gly	Tyr	Gly	Thr	Glu 160
Gin	Met 170	Gly	Ile	Lys	Lys	Gly 175	Asp
His 185	Ala	Lys	Thr	Ala	Leu 190	Lys	Thr
Gly	Ser	Val	Val	Glu 205	Val	Arg	Thr
Leu	Ile	Val	Phe 220	Asp	Val	Asn	Arg
3 e r	Ile	Tyr 235	Glu	Gly	Ser	Asp	Lys 240
Leu	Ser 250	Ala	Asn	Lys	Gin	Arg 255	Asp
As n 2 6 5	Asp	Gly	Lys	Leu	Arg 270	Leu	Asp
Ile Ser	Gin Pro	Asp Phe	Val	Tyr 285	Met	Arg	Arg

(2) INFORMACE PRO SEQ II: NO: 598:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 98 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina

22S « ·

(D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: arotein (iii) HYPOTETILKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE 1. . A8 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:598:

Gin

Arg

Leu

Tyr

Leu

Gly Lys

Leu

Asn

Ala

Lys

Val

Asn

His

Thr

Ile

1

S

10

15

Phe

Gin

Phe

Leu

Ail

Asn i'ai

Gly

11 e

Arg

Thr

Asn

Ile

Phe

Glu

His

20

2 5

30

His

Gly

Ile

Glu

Phe

Gly hle

Lys

Ile

Pro

Thr

Leu

Pro

Asn

Tyr

Phe

35

40

45

Phe

Lys

Gly

Ser

Ti; r

Thr Ile

Arg

Ala

Lys

Lys

Gin

Gly

Pro

Leu

Glu

50

A A

60

Asn

Gly

Asn

Pro

Thr

Thr Ale

Thr

Gly

Ala

Glu

Thr

Asn

Phe

Ser

Leu

65

70

75

80

Thr

Gin

Thr

Leu

Arg

Arg Gin

Tyr

Ser

Met

Tyr

Leu

Arg

Tyr

Val

Tyr

o ς

90

95

Thr

Phe

INFORMACE	PRO SEQ IP	NO:602 :
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 167	aminokyselin
(B)	TYP: aminei	zyselina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
(ii) DRUH	MOLEKULY: ;	eotein

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

	(A)	ORGANIZMUS	: Helicobacter
(ix)	ZNAKY
	(A)	NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B)	POZICE 1..	. 167
(xi)	POPIS	SEKVENCE:	SEQ ID NO:602

Gly

Arg

Ala

Phe

Met

Met

Ar g

Glu

Ile

Leu

Thr

Asn

Arg

Phe

Phe

Pro

1

F

10

15

Ser

Leu

Phe

Lys

L V S

Arg

Leu

Asp

Phe

Ser

Asn

Arg

Val

Val

Leu

Gly

20

25

30

Leu

Gly

Ser

Asn

Leu

Lys

Asn

Pro

Leu

Lys

Ile

Leu

Lys

Ser

Cys

Phe

35

40

45

Leu

Tyr

Phe

Lys

As n

His

Ser

Lys

Ile

Gly

Lys

Ile

Phe

Ser

Ser

Pro

50

:ί 5

60

Ile

Tyr

Ile

Asn

Pro

Pro

?he

Gly

Tyr

Thr

Asn

Gin

Pro

Asn

Phe

Tyr

65

70

75

80

Asn

Ala

Thr

Ile

ilá

Leu

Lys

Thr

S e r

Leu

Gly

Leu

Arg

His

Phe

Phe

H 5

90

95

• · · ·

22é

Ala

Leu

Val

Phe 100

T>

/r

Ile

Glu Arg

Arg 105

Phe

Gly Arg

Ala

Arg 110

Lys

Arg

Asp

Phe

Lys

Asp

A'

8

Pro

Arg Thr

Leu

Asp

Ile Asp

Ile

Ile

Ala

Phe

115

120

125

Asn

Gin

Val

Ile

L-

11

Arg

K n Asn

Asp

Leu

Thr Leu

Pro

His

Pro

Lys

130

L 55

140

Trp

Ser

Glu

Are;

A;

p

Ser

Val Leu

Val

Pro

Leu Thr

Leu

Gin

Gin

Ile

145

150

155

160

Leu

Phe

Lys

Arg

G '

u

Glu

Crp

J. 6 5 (2) INFORMACE PRO SEQ IP MO:606:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 99 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODN í ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...99 (xi) POPIS SEKVENCE ^EQ ID NO:606:

Tyr

Gin

Tyr

Ile

CK n

Gin

šly

Gly

PVy

Phe

Gly

Val

Asn

Val

Gly

Arg

1

r..

10

15

Thr

Leu

Gly

Asn

Arg

Thr

His

Val

S e r

Leu

Gly

Tyr

Asn

Leu

Asn

Val

20

PS

30

Thr

Lys

Leu

Leu

Gly

Phe

Ser

Ser

Pro

Leu

Tyr

Asn

Arg

Tyr

Tyr

Ser

35

40

45

Ser

Val

Asn

Glu

Val

Ala

3 e r

Pro

Arg

Gin

Cys

Ser

Thr

Pro

Ala

Ser

50

3 5

60

Val

Ile

Ile

Asn

Arg

Leu

.Ser

Gly

Gly

Arg

Thr

Pro

Leu

Val

Pro

Glu

65

70

75

80

Ser

Cys

Ser

Ser

P r o

Gly

Ala

Ile

Thr

Ile

Phe

Thr

Arg

Asn

Lys

Arg

Ο Γ

90

95

Tyr

Leu

Gly

INFORMACE	PRO SEQ ID	NO:614 :
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 646	aminokyselin
(B)	TYP: amine	zyselina
(D)	TOIPLOGIE:	Iineárni
(ii) DRUH	MOLEKULY: :	orotein

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky • ·

227 (B) POZICE l...íj4 6 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID

Ser 1	Asn	Tyr	Asn	A s n	Leu	Asn	Thr
Ser	Ala	Val	Asn 20	V. -p	Ala	rrg	Asp
Leu	Leu	Asp 35	Val	L v s	Ala	Asn	Ser 40
Ala	Leu 50	Asn	Ala	ř\ . a	Val	w	Leu
Thr 65	Ala	Cys	Gly	2' ' o	Gly 7 0	.Ar r	Asn
Thr	Phe	Asn	Asn	Μ 1	Pro	Gly	Gin
Ser	Tyr	Tyr	Glu Ί íií)	P 2 O	Gly	G l· s	Gly
Ala	Ile	Ile 115	Asii	1. ;S	Ala	2 i- r	Gin 120
Asn	Gly 130	Glu	Gly	12 e	Pro	Val i 35	Leu
Phe 145	Thr	Ile	As n	Gly	Asp 150	Lys	Arg
Leu	Val	Tyr	Pro	Trp rq	Ser	Gis	Gly
Ala	Thr	Ile	Thr 18 0	λ vi	Pro	Ί; i r	Thr
Ala	Gin	Glu 195	Leu	L - u	Lys	Sin	Ala 200
Ser	Ala 210	Cys	Pro	A i'i n	Phe	Sin 2 i r	Asn
Ile 225	Ser	Gly	As n	v' y	Thr 230	2Pvt	Cys
Ala	Ile	Gin	Gly	M t ' · iq	Ile	Al a	Asn
Lys	Ile	Val	Ser 2 0 U As n	- -A G.iu	Asn	2 lir	Gin
Lys	Pro	Phe 275	r ' O	Tyr	G i r	Asp 280
Lys	Asn 290	Ala	Gin	A,r a	Gin	Al a 2 9 5	Glu
Val 305	Lys	Asn	Phe	Vlu	Lys 310	11 e	Pro
Gly	Val	Cys	Tyr	Τ.Ί u	Val	'Sin	Gly
Gly	Gin	Thr	Thr 34 0	.. -j A-r	Asn	Vir	Trp
Gin	Thr	Ile 355	Thr	A r n	Leu	'.rys	Asn 360
Glu	Gin 370	Gin	Ile	r.·! π	Gin	Al a	Glu
Phe 385	Lys	Ser	Arcj	T \’r	Ser 390	4 2. u	Leu
Thr	Ala	Leu	Ser	Av-n	Ile	Ίο	Asn
Ser	Lys	Lys	As n 42 o	': O ? . n	Pro	2Άγ	Ser
Tyr	Leu	Asn 435	Gin	2 ’Ί	S e r	Syr	Asn 440
Leu	Gly 450	Arg	Asn	Pro	Phe	Arg 455	Lys

NO:614 :

Leu	Val 10	Ser	Leu	Ser	Ser	Asp 15	Pro
As n 2 5	Leu	Gly	Ser	Ser	Ala 30	Arg	Asn
P r o	Ala	Tyr	Gin	Ala 45	Val	Leu	Leu
Trp	Gin	Val	Thr 60	Ser	Tyr	Ala	Phe
Glu	Asn	Ala 75	Asn	Gly	Gly	Ile	Gin 80
Asn	Thr 90	Thr	Thr	Ile	Thr	Cys 95	Asn
Gly .05	Pro	Ile	Ser	Thr	Glu 110	Asn	Tyr
Ile	Ile	Gin	Lys	Ala 125	Leu	Thr	Ala
3 e r	Asn	Thr	Thr 140	Thr	Lys	Leu	Asp
Thr	Gly	Gly 155	Glu	Pro	Asn	Lys	Lys 160
Lys	Ala 170	Ile	Ser	Thr	Ser	Trp 175	Asn
Glu i 85	Asn	Ile	Asn	Thr	Thr 190	Asn	Ser
Ger	Ile	Ile	Ile	Thr 205	Thr	Leu	Asn
Gly	Gly	Ser	Gly 220	Tyr	Trp	Ala	Gly
Gly	Met	Phe 235	Lys	Asn	Glu	Ile	Ser 240
Al a	Gin 250	Glu	Ala	Val	Ala	Gin 255	Ala
Asn 165	Gin	Asn	Ser	Leu	Asp 270	Ala	Gly
Sil a	S e r	Phe	Ala	Glu 285	Ser	Met	Leu
2 le	Leu	Asn	Gin 300	Ala	Glu	Gin	Val
Thr	Ala	Phe 315	Val	Asn	Asp	Ser	Leu 320
Aly	Glu 330	Arg	Arg	Gly	Thr	Asn 335	Pro
Čily 6 4 5	Ala	Gly	Cys	Ala	Tyr 350	Val	Gly
G e r	Ile	Ala	His	Phe 365	Gly	Thr	Gin
Asn	Ile	Ala	Asp 380	Thr	Leu	Val	Asn
Gly	As n	Thr 395	Tyr	Asn	Ser	Ile	Thr 400
Ala	Gin 410	Ser	Leu	Gin	Asn	Ala 415	Val
P r o	Gin	Gly	Ile	Asp	Thr 430	Asn	Tyr
c 1 n	Ile	Gin	Thr	Ile 445	Asn	Gin	Glu
Val	Gly	Ile	Val 460	Ser	Ser	Gin	Thr

·· ·. ·»

Asn

Asn

Gly

Ala

I^zt

Asn

Ly Ile

Cly

Ile

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

465

470

475

480

Phe

Phe

Gly

Gin

Lvs

Arcj

Zys

Trp

Gly

Ala

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

d 5

4 90

495

Asp

Tyr

Asn

His

v λ a

Phe

.. 1 e

Lys

S e r

Ser

Phe

Phe

Asn

Ser

Ala

Ser

5 0 0

i· 0 5

510

Asp

Val

Trp

Thr

2 './r

Gly

‘he

Gly

Ala

Asp

Ala

Leu

Tyr

Asn

Phe

Ile

515

520

525

Asn

Asp

Lys

Ala

Thr

Asn

Phe

Leu

Gly

Lys

Asn

Asn

Lys

Leu

Ser

Val

530

5 35

540

Gly

Leu

Phe

Gly

Gly

Ile

Ala

Leu

Ala

Gly

Thr

Ser

Trp

Leu

Asn

Ser

545

550

555

560

Glu

Tyr

Val

As n

L-u

Ala

Air

Met

A s n

Asn

Val

Tyr

Asn

Ala

Lys

Met

! * S

57 0

575

Asn

Val

Ala

Asn

P he

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

Met

Gly

Val

Arg

Met

Asn

58 0

585

590

Leu

Ala

Arg

Pro

Lys

Lys

hys

Asp

Ser

Asp

His

Ala

Ala

Gin

His

Gly

595

600

605

Ile

Glu

Leu

Gly

’ -u

Lys

Lle

Pro

Thr

Ile

Asn

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Ser

610

'15

620

Phe

Met

Gly

Ala

u

Leu

jVS

Tyr

Arg

Arg

Leu

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

625

6.3 0

635

640

Asn

Tyr

Val

Phe

A La

Tyr

¢. 4 5 (2) INFORMACE PRh SEQ H NO:621:

CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 266	aminokyselin
(B)	TYP: amine'	cyselina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
DRUH	MCI.··',KULY:	; rotein

(iii) HYPOTETICKÁ: Al·! ) (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORCYNIZMUZ: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE 1...266

(xi;

i popis :

> 2:

VENCE: SE

Q ID

NO :

621 :

Leu

Leu

Ala

Arcj

rp

r

Ile mu

Asp

?1 re

Arg

Gly

Ser

Leu

Ser

Asn

Leu

1

IA

10

15

Asn

Asn

Thr

Tyr

As

n

Ser Ile

Thr

Thr

Thr

Ala

Ser

Asn

Thr

Pro

Asn

20

2 5

30

Ser

Pro

Phe

Leu

Ly

rs

Asn Leu

Ile

Ser

Gin

Ser

Thr

Asn

Pro

Asn

Asn

35

40

45

Pro

Gly

Gly

Leu

Cl

n

Ala Tri

Tyr

Gin

Val

Asn

Gin

Ser

Ala

Tyr

Ser

50

4 V

60

Gin

Leu

Leu

Ser

Al

a

Thr Gin

Glu

Leu

Gly

His

Asn

Pro

Phe

Arg

Arg

65

70

75

80

Val

Gly

Leu

Ile

S š.

r

Ser Gin

Thr

Asn

Asn

Gly

Ala

Met

Asn

Gly

Ile

H '9

90

95

Gly

Val

Gin

Val

C l·

y

Tyr Lys

Gin

I1 h e

Phe

Gly

Glu

Lys

Arg

Arg

Trp

10 0

i 0 5

110

Gly

Leu

Arg

Tyr

T V

T

Gly Phe

Phe

Asp

Tyr

Asn

His

Ala

Tyr

Ile

Lys

115

120

125

• · • ·

229

• « • · · ·

• • ·

• · • · · · ·

Ser

Ser

Phe

Phe

R · n

Ser

y ,

Ser

Asp

Val

Phe

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

130

.. -S

140

Thr

Asp

Val

Leu

Tur

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp

Lys

Thr

Thr

Lys

Asn

Ser

145

150

155

160

Lys

Ile

Ser

Phe

G1y

Val

E'he

Gly

Gly

Ile

Ala

Leu

Ala

Gly

Thr

Ser

i 6 5

170

175

Trp

Leu

Asn

Ser

<-' n

Tyr

Vi..

Asn

Leu

Ala

Thr

Phe

Asn

Asn

Phe

Tyr

1 8 0

185

190

Ser

Ala

Lys

Met

A.s n

Val

Ala

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

Leu

Gly

195

200

205

Leu

Arg

Met

Asn

IzU

Ala

V/S

Asn

Lys

Lys

Lys

Asp

Ser

Asp

His

Ala

210

21A

220

Ala

Gin

His

Gly

VI

Glu

V ? υ

Gly

Val

Lys

Ile

Pro

Thr

Ile

Asn

Thr

225

Z 0

235

240

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Pne

Leu

hly

Thr

Lys

Leu

Glu

Tyr

Arg

Arg

Leu

Tyr

2 4 5

250

255

Ser

Val

Tyr

Leu

Asm

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

2 60

265

(2)	INFORMACE PRC SEQ II	NO:632 :
	(i) CHARAKTFPISTI KA	SEKVENCE:
	(A) DÉLKA: 261	aminokys elin
	(B) TIK: amine	tyselina
	(D) TOFVLOGIE:	lineární
	(ii) DRUH MO1EKULY:	arotein
	(iii) HYPOTETICKÁ: AN
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORKV.NIZMUS	• Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍC	: různé znaky
	(B! POZICE 1..	.2 61
	(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:632:
Glu	Leu Ile Leu ILvs	Zys Lys Vru Arg Asn Leu Met Lys Lys Gly
1	ty	10 15
Ser	Leu Ala Ile Val Leu	Kly Ser leu Leu Ala Ser Gly Thr Phe Tyr
	2 0	25 30
Thr	Ala Leu Ala Asp Gly	let Pro Met Lys Gin Gin His Asn Asn Met
	35	40 45
Gly	Glu Ser Val (Vu Leu	ii.·-; Phe His Tyr Pro Ile Lys Gly Lys Gin
	50	V 60
Glu	Pro Lys Asn Asn His	mu Val Val Leu Ile Asp Pro Lys Ile Glu
65	7 0	75 80
Ala	Asn Lys Val Ile Pro	Olu Asn Tyr Gin Lys Glu Phe Glu Lys Ser
	h 5	9 0 95
Leu	Phe Leu Gin lvu Ser	lan Phe leu Glu Arg Lys Gly Tyr Ser Val
	i 0 ů	.V) 5 110
Ser	Gin Phe Lys Asp Val	Ser Glu Ile Pro Gin Asp Ile Lys Glu Lys
	115	120 125
Ala	Leu Leu Val Leu Arg F	let Asp Gly Asn Val Ala Ile Leu Glu Asp
	130	1.35 14 0
Ile	Val Glu Glu Sar Asp	ala Leu Ser Glu Glu Lys Val Ile Asp Met
145	i 5 0	155 160
Ser	Ser Gly Tyr R m Asn	Sci Asn Pne Val Glu Pro Lys Ser Glu Asp
	165	170 175

• ·

	230	• • · · ·	• · • ·	• ·	• • · ·
Ile Ile His Ser i. he Gly	le Asp Val Ser Lys Ile	Lys	Ala	Val	Ile
i tí 0	i 0 5		190
Glu Arg Val Glu Leu Arg	2rg Thr Asn Ser Gly Gly	Phe	Val	Pro	Lys
195	200	205
Thr Phe Val His Arg Ile	I.ys Glu Thr Asp His Asp	Arg	Ala	Ile	Lys
210	215 220
Lys Ile Met Asn Gin Ala	2yr His Lys Val Met Ala	His	Ile	Thr	Lys
225 2U	235				240
Glu Leu Ser Lys Lys His	let Glu Arg Tyr Glu Lys	Val	Ser	Ser	Glu
215	250			255
Met Lys Lys Arg Lys
2 60
(2) INFORMACE PRO SEC II’	H0:636:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 217	aminokyselin
(B) TYP: aminu	syselina
(D) TOPOLOGIE:	lineární
(ii) DRUH MCI SKULY:	r; o t e i n
(iii) HYPOTETT KÁ: ATI	)
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé maky
(B) POZ i CE I. .	. 217
(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID 110:636:
Arg Arg Cys Cvs A'g Arg	v.u Asp Thr Lys Arg Tyr	Val	Ile	Glu	Val
1	10			15
Val Ile Ser Leu S -r Thr	let Thr Ser Leu Leu Ser	Ala	Glu	Thr	Pro
2 0	2 5		30
Lys Gin Glu Lys Ala Ile	lys Thr Ser Pro Thr Lys	Lys	Gly	Glu	Arg
35	40	45
Asn Ala Ala Phe jle Glv	le Asp Tyr Gin Leu Gly	Met	Leu	Ser	Thr
50	5 60
Thr Ala Gin Asn Cys Ser	íis Gly Asn Cys Asn Gly	Asn	Gin	Ser	Gly
65 7 0	75				80
Ala Tyr Gly Ser Asn Thr	’ro Asn Met Pro Thr Ala	Ser	Asn	Pro	Thr
c C	90			95
Gly Gly Leu Thr His Gly	Yla Leu Gly Thr Arg Gly	Tyr	Lys	Gly	Leu
1 0 0	105		110
Ser Asn Gin Gin T τ Ala	le Asn my pi-ie Gly phe	Val	Val	Gly	Tyr
115	120	125
Lys His Phe Phe hus Lys	Tla Pro Gin Phe Gly Met	Arg	Tyr	Tyr	Gly
130	1.35 140
Phe Phe Asp Phe 7Aa Ser	ler Tyr Tyr Lys Tyr Tyr	Thr	Tyr	Asn	Asp
145 150	155				160
Tyr Gly Met Arg Asp Ala	\rg Lys Gly Ser Gin Ser	Phe	Met	Phe	Gly
J 55	170			175
Tyr Gly Ala Gly Thr Asp	'al Leu Phe Asn Pro Ala	Ile	Phe	Asn	Arg
1 ft 0	A5		190
Glu Lys Leu Ala Ise Gly	’al Phe Leu Gly Arg Cys	Asp	Trp	Trp	His
195	200	205
Leu Leu Gly Ser Asn Lys	.,eu Leu Phe
210	L - 1

• · » · · » · « ··· ·

23-1 (2) INFORMACE PRC SEQ IR HO:652:

(i) CHARAKTERISTIKA. SEKVENCE:

(A) DÉLKA: '54 aminokyselin (B) TYP: amine Kyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: sretein (iii) HYPOTETjTKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE i...64

	(xi)	POPIS SE	KVENCE:	SEQ ID	NO:	652 :
Pro	Asn	Glu Ala 2	a · r A.,, a	V.Tm Val	Asn	Val Gly Tyr Lys Ile
1						10
Ser	Leu	Thr Ala S	er Val	jys Leu	Glu	Tyr Leu Gly Val Met
		20			2 5	30
Ser	Gly	Phe Tůr ··'	al Gly	Ser Tyr	Arg	Pro Thr Pro Gly Ser
		35		40		45
Leu	Tyr	Ser Asp A	rg Ser	ais Leu	••Tet	Thr Thr Leu Ser Ala
	50			• '0		60

Ser Lys 15

Thr His

Lys Ala

Lys Val (2) INFORMACE PRO SEQ IL NO:654:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉI HA: 146 aminokyselin (B) TYL : amino :yselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: Al·· :

(vi) PŮVODNÍ ODRO

	(A) ORGANIZMUS	: Helic
	(ix)	ZNAKY:
		(A) HAL EV/KLÍČ	různé
		(B: LOELCE ...	. . 4 6
	(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID
Val	Gin	Ala Phe Asp Tyr	2ys Ile
1		r
Lys	Val	Gly Plit.· L.m Lys a Q	4ys Lys
Pro	Thr	Glu Thr i he Val '	Lir Ala
		35	40
Asp	Phe	Leu Ser Lvs Ser ;	Leu Lys
	50		a 5
Lys	Val	Gly Gly Var He <	21 y Gly
65		z a
Asn	Gin	Gly Gly Gy Val	Y.e Tyr

::bacter pylori znaky

NO:654:

Glu	Val 10	Leu	Ala	Glu	Ser	Phe 15	Ser
Ile 2 5	Asp	Ile	Ala	Arg	Gly 30	Ile	Tyr
Val	Gly	Gin	Gly	Asn 45	Ile	Tyr	Ala
Asp	Gin	Gly	His 60	Val	Leu	Glu	Gly
Ile	Ala	Tyr 75	Asp	Ser	Thr	Lys	Phe 80
Asn	Tyr	Ile	Gly	Tyr	Trp	Asp	Gly

·· • · « • · · • ·· · ·· • · ·· · · •··· · · · • · · · · · ·

232

• ·»··

• · • ·

• • ·

• • · ·

p Á.

9 0

95

Tyr

Leu

Gly

Gly Eg/s

Arg

Ala

Leu

Leu

Asp

Gly

Thr

Ser

Ile

His

Glu

1 0 0

1 0 5

110

Cys

Ala

Leu

Gly ÍVr

Asp

' ;iy

Lys

Val

Ile

Asp

Ser

Ile

Ala

Cys

Gly

115

120

125

Asn

Ala

Arg

Ala Asn

L v s

lle

Arg

Ar g

Asn

Tyr

Leu

Met

Asn

Thr

Pro

130

:.35

140

Phe Ser

145 (2) INFORMACE PRO SEQ IR 110:655:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 247 aminokyselin

(B) 'I

YE: amin o

v/selina

(D) 7'

Cl OLO

VYE :

lineám i

(ii)

DRUH MOLEKULY: .

uotein

(iii)

HYPOTETICKÁ

.: ANI

)

(vi)

PŮVODE!

í ODROU:

(A) O

Rf ANI

Z MUL

: Heliconacter

pylori

(ix)

ZNAKY:

(A) NÁZEV/

KLIČ:

: různé zna

ky

(B) E’

OL ECE

1 . .

.247

(xi)

POPIL

SEKVE

ELK:

LEQ ID CEO:

655 :

Phe

Arg

Tyr Lys

A sup

I i e

Tie Ala Ala

Lys

Gly

Gly

Arg

Tyr

Gin

Ser

1

Γ.

10

15

Asn

Ala

Pro Tyr

Met

.5 “ r :

er Tyr Kar

Gin

Gly

Phe

Glu

Ile

Ser

Ala

2 0

2 5

30

Lys

Ile

Lys Asp

1 ys

Asn '

!lu Gly Ser

His

Lys

Leu

Trp

Trp

Phe

Ser

35

40

45

Ser

Trp

Gly Arsj

1.a

t A e

la Tyr Gly

Glu

Trp

Ile

Tyr

Asp

Phe

Tyr

50

v

60

Ser

Pro

Arg Thr

Val

Ile :

jys Asn Gly

Arg

Thr

Leu

Asn

Tyr

Gly

Ile

65

a i~

75

80

His

Leu

Val Asp

Tyr

Thr

V/r Glu Arg

Lys

Gly

Val

Ser

Val

Ser

Pro

9 0

95

Phe

Phe

Gin Phr-

: r

' Ů

Ely Thr 7’yr

Tvr

Ser

Pro

Gly

Val

Ala

Val

1 0 :j

-00 5

110

Gly

Tyr

Asp Ser

T.n

P r o i'

isn Phe Asn

Gly

Val

Gly

Phe

Arg

Ser

Glu

115

120

125

Thr

Lys

Ala Tyr

T I e

Leu :

jeu Pro Val

His

Ala

Pro

Leu

Lys

Arg

Asp

130

. 3 5

140

Thr

Tyr

Arg Tyr

.· η a

Val ’

.vs Ala Gly

Thr

Ala

Gly

Gin

Ser

Leu

Leu

145

c o

155

160

Ile

Arg

Gin Arg

HHe .

Asp

'yr Asn Glu

Phe

Asn

Phe

Gly

Gly

Ala

Phe

o ·Τ5

170

175

Tyr

Lys

Val Trp

I ys

Asn

>.la Asn Ala

Tvr

Ile

Gly

Thr

Thr

Gly

Asn

E c: (i

L 8 5

190

Pro

Leu

Gly lir

T Hp

Phe

rp Thr Asn

S e r

Val

Tyr

Asp

Ile

Gly

Gin

195

200

205

Ala

Leu

Ser His;

val

c/al

4ir Ala Asp

Ala

Val

Ser

Gly

Trp

Val

Phe

210

N5

220

Gly

Gly

Gly Vai

His

Lys

,ys Trp Leu

Trp

Gly

Thr

Leu

Trp

Arg

Trp

225

2 30

235

240

Thr

Ser

Gly Ala

ieu . : -' 5

A i a

,ys

233 (2) INFORMACE ΪΑ SEQ II 150:660:

(i) (ii)	CHARAKT E ί 31S TIKA	SEKVENCE: aminokyselin '.yselina lineární :otein
(A) (B) (D) DRUH	DÉLKA: 323 TYL: aminO TOPOLOGIE: MOLEKULY:
(iii)	HYPOT	ETICKÁ: AIR
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A)	ORí-' ΑΝΙ ZMUS :	Helicobacter
(ix)	ZNAKY
	(A)	NAIEV/KLÍČ:	různé znaky
	(B)	POZ 5CE I . . .	323
(xi)	POPIS	SEKVENCE:	SEQ ID HO:660

Trp 1 Glu

Leu Lys

Gin Sen

G

g -ΐ-Υ

i_j v s

he aSll

Arg Leu

Osp Asn 2 5

Ser Lys

Ala Val

Phe Val

Cys Ile

Leu Leu 30

Ser 15 Ala

Ser Leu

Leu

Phe 2 0

Arg

Asp

Ile 35

Ile

I·7

L S

Glu

Tyr

Gly 40

His

Thr

Leu

Gly

Tyr 45

Thr

His

Asn

Gly

Asn 50

Met

Thr

vr

Gin

Org

Val

Arg

Leu

Cys

Gin 60

Glu

Gly

Asn

Gly

Pro 65

Glu

Ala

Are;

YS

G1 u 7 0

’ '1γ

Gly

:: 1 S

G 1 u

Val 75

Glu

Lys

Asn

Gly

Lys 80

Glu

Glu

Leu

Glu

ι-

he 1

Ser

\sn

Gly

His

Glu 9 0

Val

Arg

Asp

His

Asp 95

Gly

Tyr

Thr

Tyr

Asp 1 0 n

Τ.

,\1

Cys

θ r

Arg

Phe ί 0 5

Gly

Gly

Lys

Asn

Gin 110

Pro

Ala

Phe

Pro

Ser 115

As::

/ r

P : o

.Sil

Ser 120

11 e

Tyr

Thr

Asn

Cys 125

Ala

Gin

Val

Pro

Ala 130

Gly

Leu

he

Gly

’ .< h

Thr

Thr

Ala

Val

Trp 140

Gin

Gin

Leu

Ile

Asn 145

Gin

Asn

AI a

L

YU

Pro

,L Y

Asn

Phe

Ala

Asn 155

Leu

Asn

Ser

Gin

Thr 160

Ser

His

Leu

Asn

λ a

r: : a

Y

Asn

7 1 a

Gin 17 0

Asn

Phe

Ala

Thr

Ser 175

Met

Val

Ser

Ala

Ile 18 0

j.a

Gin

hsn

Phe

S e r 185

Thr

Thr

Ser

Thr

Thr 190

Thr

Tyr

Arg

Ser

Ser 195

Ser

ys

A.sn

>’he

Arg 200

S e r

Pro

Ile

Leu

Gly 205

Val

Asn

Val

Lys

Ile 210

Gly

Ty r

n

His

'7 V

Phe

Asn

Asp

Tyr

Ile 220

Gly

Leu

Ala

Tyr

Tyr 225

Gly

Ile

I I a

n

1 yr 2 30

.Sli

Tyr

Al a

Gin

Ala 235

Asn

Asp

Glu

Lys

Ile 240

Gin

Gin

Leu

Ser

yr 4 5

Gly

αν

Gly

Met

Asp 250

Val

Leu

Phe

Asp

Phe 255

Ile

Thr

Thr

Tyr

Thr

? n

n

Lys

j í s

Gin

Asp .2 6 5

His

Pro

Thr

Lys

Lys 270

Val

Phe

Ala

Ser

Ser 275

Pln:

-Y

Ve 1

li.:

Gly 280

rly

Leu

Arg

Gly

Leu 285

Tyr

Asn

Ser

Tyr

Tyr 290

Val

Pka

ř-

Gin

'Vil .95

Lys

Gly

S e r

Gly

Asn 300

Leu

Asp

Ile

Val

Thr 305

Gly

Phe

As 1 !

Y.r

Org

Yr

Lys

His

S e r

Lys 315

Tyr

Ser

Ile

Ala

Leu 320

334 » ·· • · • · ·· ·· ··

Ala Phe Leu

(2) INFORMACE	PPI SEQ 71	UK ):664:
(i) CHARA	KTUUIŠTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉIHA: 2 Os	aminokyz elin
(B)	TY: : amrncl	i/selina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
(ii) DRUH	MCI ZKULO:	: r ctein

(iii) HYPOTETICKÁ: AT;

(vi) PŮVODNÍ ,'DROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍ0: různé znaky (B) POZICE 1.....2 08 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:664:

Pro 1

Arg

Asp

Hrs

h:r

Tyr

. e r

Leu

Glu

Asp

Ser

Thr

Pro

His

Gly 15

Ser

Leu

Leu

Gly

Ar q A

7... n

Gly

hůl

Thr

Leu 25

As n

Ile

Arg

Gin

Val 30

Phe

Trp

Trp

Asp

Asn 35

Pln-

/Λ . v!

Trp

ier

Ile 40

Gly

Phe

Tyr

Asn

Thr 45

Phe

Gly

Asn

Ser

Asp 50

Ala

Pk--

’:· LI

GQ ) - τ

i a

His

Thr

Met

Pro

Arg 60

Gly

Asn

Asn

Thr

Ser 65

Tyr

Ile

Se r

;i

Glu

1 e

Ser

Val

Thr

Thr 75

Arg

His

Ala

Gly

Met 80

Ile

Gly

Tyr

Asp

Phe

Trp

.esp

Asn

Thr

AMa 9 0

Tyr

Asp

Gly

Leu

Ala 95

Asp

Ala

Ile

Thr

Asn IIV

11 a

As n

:lhr

Phe

Thr 105

Phe

Tyr

Thr

Ser

Val 110

Gly

Gly

Ile

His

Lys 115

Arg

; ' e

Ala

r ρ

His 120

Val

Phe

Gly

Arg

Val 125

Ser

His

Ala

Asn

Lys 130

Asn

Ar a

hnu

Gly

Gin ? IQ

Val

Gly

Arg

Ala

Asn 140

Glu

Tyr

Ser

Leu

Gin 145

Phe

Asn

AI. a

5 a r

Tyr .1. Z 0

ala

Ser

Thr

Glu

Ser 155

Val

Leu

Leu

Asn

Phe 160

Arg

Ile

Thr

Ty:

'i ’ 7 r .. 15

1 ’ ' y

,ia

Arg

Ile

asn I z o

Lys

Gly

Tyr

Gin

Ala 175

Gly

Tyr

Phe

Gly

AI. a 1 1 ;

h 1 o

í V S

i ’ h e

Asn

Asn 155

Pro

Asp

Gly

Asp

Phe 190

Ser

Ala

Asn

Tyr

Gin 195

Asp

Ser

/yr

Met 2 00

Met

Thr

Asn

Leu

Thr 205

Leu

Lys

Phe

(2) INFORMACE PRO SEI 10 170:670:

(i)	CHARAKTI	Z.I ŠTIKA	SEKVENCE:
	(A) DÉI	ZA: .0 5	aminokyselir
	(B) ΙΎΪ	: amine	:ycelina
	(D) TOK	O LOG.i E:	i ) neárrh
(ii)	DRUH MOI,	ZKULY: :	rotein

(iii) HYPOTETICKÁ: AN

A

• · • · · · • · · · • ··· · · • · · ·· «·

	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORG	ANIZMUS	i Helicobacter	pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A; UÁP	IV/LIll!	různé maky
		(B) COP	CE . . .	.o5
	(xi)	POPIS SK	Í7VENCE:	SEQ ID NO:671:
Thr	Lys	Lys Lei 7’	on Asn	Air Leu Phe Asn	Lys Gly Leu Ile Ile Phe
1				L	15
Lys	Met	Phe Lys 1	.‘3 . .	le Phe Leu Cys	Val Phe Leu Ile Gly Gly
				15	30
Phe	Val	Ile Pro P	iO Letí	Glu Ala Met Pro	Ile Leu Arg Asn Lys Thr
		35		40	45
Pro	Lys	Lys Aru I	yr Gin	Au Ala His Glu	Lys Leu Tyr Arg Ser Ile
	50			' 5	60
Ile	Asn	Arg R n I	••'S 1η·η	lir Arg Lys L/s	Ser Gly Trp Tyr Phe Leu
65					75 80
Gly	Gly	Val Gr y 7,	.a Val	Glu Ala Zle Lys	Asp Tyr Gin Gly Lys Glu
		S	Γ7	91	95
Met	Lys	Asp Trp M	at Pra	arg Ser Ile
		7 : i		J 05

(2)	INFORMACE	rh SEQ A	N C): 6 7 5 :
	(i)	CHAIA	rhTPAI STÍ Pia	SEKVENCE:
		(A;	DÉLKA: 254	aminokyselin
		(B	YYI : anri no	ivselina
		(D	R 'LOG i P' :	lineární.
	(ii)	DRUH	MOLEKULY:	rotein
	(iii)	HYPCI	N7TALKÁ: AR
	(vi)	PUVC	AI i DRU A
		(A	loR ' 7AIIZ''C R	Helicccacter	pylori
	(ix)	ZNAK’
		(Ai	HÁZEV/KrÁč	různé maky
		(B I	PORCE ...	2 H 4
	(xi)	POP 7,	' SPRVENCR:	SEQ ID HO:675;
Asn	Phe	Asn	i. Z, q A„	Le Leu Cys Arg	Ala	Leu	Trp	Leu	Ile	Leu
1				1 Lj					15
Gly	Leu	Phe	η: /1 i a Ln; c	an Ala Glu Ser	Phe	Lys	Asp	Val	Leu	Thr
		R. '		2 5				30
Lys	Gly	Asp 1'	a Thr Phe	’he Asn Lys Lys	Val	Val	Ser	Pro	Ile	Lys
		35		4 0			45
Arg	Tyr	Ala A;	ar 7org cm'	A.oi Phe Tyr E-u	Gly	Leu	Gly	Tyr	Gin	Leu
	50			5		60
Gly	Ser	Ile GI	.n Los Asn	ar Ser «sn Leu	Asn	Leu	Ser	Gin	Arg	Phe
65					75					80
Asn	Lys	Ser G1	a A.e I : e	bn? Ser Asp Ser	Leu	Ser	Pro	Val	Phe	Lys
				c.. .					95
Asn	Ser	Tyr ’ C		To Leu 11 y Vol	Gin	Val	Gly	Tyr	Lys	Trp
		i		P05				110
Val	Gly	Lys Hhi	n Glu G'.n	'hr Lys Trp Phe	Gly	Phe	Arg	Trp	Gly	Leu
		115		120			125
Phe	Tyr	Asp lir	a i I? r Ala ,	er Leu Tyr Gly	Ser	Gin	Glu	Ser	Gin	Ser

·· · · • · · · « · · · ·· · · · é

130

3 5

140

Ile

Ile

Ile 5- r 1

Est Tyr

Cly

Thr

Tyr

Met

Asp

Leu

Leu

Leu

Asn

Ala

145

12 h

155

160

Tyr

Asn

Gly Asp i

es Pise

he

Ala

Gly

L J i e

Asn

Leu

Gly

Ile

Ala

Phe

A 5

.1 '' 0

175

Ala

Gly

Val T”r A

sp A-'s

' au

Ser

Asp

Al a

Leu

Leu

Tyr

Gin

Thr

Leu

l,ú

j. 8 5

190

Leu

Gin

Asn Thr I

* .i. e G i y

Aly

Lys

Val

Asn

Leu

Asn

Gly

Phe

Gin

Phe

195

200

205

Leu

Val

Asd Leu G

hy Val i

Arg

Leu

Gly

As n

Glu

His

Asn

Gin

Phe

Gly

210

215

220

Phe

Gly

Ile has 1

i e E’ r es

h l*

Tyr

Tyr

FLe

Asn

His

Tyr

Tyr

Ser

Met

225

2 i

235

240

Asn

Asn

Ile .A r 1.

sn Ais!: ,

er

Glu

Asn

Val

Leu

Lys

Val

Leu

Arg

Phe

: 5

2 5 0

255

Leu

Glu

Tyr Gly I

Le Asn

Ar

Leu

Leu

Tyr

Gin

Val

Asp

Phe

Arg

Arg

2 0

265

270

Asn

Tyr

Ser Vel re

vr PLe·

Asn

Tyr

Thr

Tvr

Ser

Phe

275

280

(2)

INFORMACE PRí

SEC 1T;

NO

: 676:

(i)

CHAELLKT!

ErSTLPA

'7 U

KVENCE:

(Ai DEL.

LA:

smi

nokys

elin

(B, TYL

: arr.j.i;

7 S

elina

( D T 0 i

'LOG~A:

il

neárnj

(ii)

DRUH MOi

EKULY: s

srotein

(iii)

HYPCTETL

LKÁ: ALT

(vi)

PU VOLU í

ZDROA:

(A; OFC

NI Z' AL

H

elicc

i a ct

.er pylori

(ix)

ZNAKY:

(A: NAZ

EV/KLÍČ

: r

uzné

maky

(B, POZ

1CE L . .

(xi)

POPiU 1U

A VEN A:

Q ID

NO : 6

Lys

Met

His Thr i

ar Pi'>e s

lie

Gin

Ile

P r o

Leu

Asn

Phe

Gly

Val

Arg

1

1

10

15

Val

Asn

Val Zup Z

:sg Hles

asi;

Gly

Phe

Glu

Met

Gly

Leu

Lys

Ile

Pro

2 v

30

Leu

Ala

Val i

r j r

Glu

7 'ar

H s s

Gly

Lys

Gly

Leu

Asn

Ala

35

40

45

Ser

Leu

Phe lije L

ys Are;

eu

Val

Xet

P li e

Asn

Val

Ser

Tyr

Val

Tyr

50

5

60

Ser

Phe

65

(2) INFORMACE	P Pí	SEC i	EL NO:678:
(i) CHALU	ΈΚΤΕ'	LISTEi	LA SEKVENCE:
(Ai	DÉL	<A: si	'3 aminokyselil
(Bi	TYÍ	: am.L:	:o i: ys elina
(Di	T I '	'LOGE'	h: I; neárrií
(ii) DRUH	MOLL	LEHLE i':	: Lutein

(iii) HYPOTETICKÁ: ΆΝ ·

·<

237 ·· * · « • · »· » · • · ··*« ·· • · • · • · · • · •

·· ·· • · · · • · · · ··· * * • » · ·· ··

(vi)

PŮVODNÍ (Ai ORC.

ZDROJ: ANIZMUS

Helicobacter pylori

(ix)

ZNAKY:

(Au NÁZ'

/Klíš

uzné

maky

(B KOZ

ZfZE

n·'

3

(Xi)

POPIS sr

ZZVENCE:

SE

Q ID

NO:

67 H :

Arg

Tyr

His His í

e

8 - r

-iv

Leu

S e r

S e r

Cys

Gly

Phe

Ser

Ala

Gin

1

i 5

15

Cys

Gly

Cys Ά. y ;

U.S

Ser

N.ls

S >' r

Leu

Trp

His

Gin

Leu

Trp

c. L . -V

30

Pro

Trp

Pro Asn Z

• :U

Giy

< r o

Glu

His

L e U

Glu

Asn

Gly

Gly

Val

Arg

35

40

45

Ser

Phe

Asp Asn Z

hr

P r o

•hs n

Tyr

Ser

Tyr

Asn

Thr

Gly

Ser

Gly

Thr

50

s

60

Thr

Thr

Thr Thr '

v s

As n

h l· y

Ala

Ser

As n

Val

Gly

Pro

Asn

Gly

Ile

65

~

75

80

Leu

Ser

Ser . r

.u

T' '3

In

Val

Leu

As n

Thr

Ala

Tyr

Gin

Thr

Ile

9 (.i

95

Gin

Thr

Ala Leu Τ-

u: n

Gin

-.sn

Gin

Gly

Gly

Gly

Met

Pro

Ala

Leu

Asn

Ι 0 0

105

110

Ser

Ser

Lys Asn Z

nit

Val

a l·

Asn

Ile

A:; n

Gin

Thr

Phe

Thr

Lys

Asn

115

120

125

Pro

Thr

Thr GZu s

;r

Thr

r

Pro

Asp

Gly

Asn

Gly

Asn

Tyr

Tyr

Ser

130

s s

140

Gly

Gly

Ser Her Z

,'_e

P .s o

1 e

Gin

Leu

Lys

Ile

Ser

Ser

Val

Asn

Asp

145

IP 0

155

160

Ala

Glu

Asn Zieu Z

u

G ai

In

Ala

Ala

Thr

Ile

Ile

Asn

Val

Leu

Thr

Z c.

Z 0

175

Thr

Gin

As n IZ r o '

s

rsa

Gly

Oly

c : y

Gly

Val

Met

Gly

Val

Trp

. 7 0

.85

190

Arg

(2)	INFORMACE PRC	' SEQ ID	NO:679:
	(i)	CHAPAKTr	o iST: os	SEKVENCE:
		(A' DEZ	ZA: Z .::	aminokyselin
		(b; tyí	: anunc	.yselina
		(D ) TO:	'OLOGIE:	lineární
	(ii)	DRUH MOZ	zí?:kuizz: :	rotein
	(iii)	HYP 'TET Z	?KÁ: AH
	(vi)	PŮVODNÍ	z: DROU:
		(A; ORC-	ANIZMUS:	Helicobacter	pylori
	(ix)	ZNAZ-ZY :
		(AZ' Z1AZ	-V/KOlh	::uzné :.nak'·,'
		(E PC Z	CE . .	O Ί _ U
	(xi)	popi:? sk	KVENOE:	SEQ ID NO:67‘O
Met	Val	Val Val 0	I y Ser 'Z	. rp Gly Phe Gly	Gly	Lys	Thr	Gly	Asn	Val
1		r:		J π					15
Met	Asp	Ile Z Os e '	Z.y Asn	O;· Phe Asn Ala	Ile	Asn	Glu	Met	Ile	Lys
				z: 5				30
Asn	Ala	Gin Ala o	;il Leu	•lu Lys Thr Gin	Gin	Leu	Asn	Ala	Asn	Glu

·« • · *··· ·· • ·· • · • · ·· ·· ··· • · • · • · • · ·· ·« ·» • · » · • · ·· • ···· · • · · ·· ··

35

40

45

Asn

Thr 50

Gin Ile

T/i.r

Gin

ro : 5

Asp

i \ ss n

Lbe

Asn

Pro 60

Tyr

Thr

Ser

Lys

Asp 65

Thr

Gin Phe

/. .1.. a

Gin 7 !?

Glu

Met

Leu

Asn

Arg 75

Ala

Asn

Ala

Gin

Ala 80

Glu

Ile

Leu Ser

' ii!

Ala

-ln

Gin

Val

Al a

Asp

Asn

Phe

His

Ser 95

Ile

Gin

Gly

Pro Ile 1 0 0

. V.n

G ’ n

3 p

Leu

Glu .i. 0 5

Glu

Cys

Thr

Al a

Gly 110

Ser

Ala

Gly

Val

Ile As n 115

1 up

Au:

Gr

Tyr 120

Gly

S e r

Gly

Cys

Ala 125

Phe

Val

Lys

Glu

Thr 130

Leu Asn

5 ?r

Leu

•au 3 5

Gin

His

Thr

Ala

Tyr 140

Tyr

Gly

Asn

Gin

Val 145

Asn

Gin Asp

' g

A .. a

nu

Ser

Gin

Thr

Ile 155

Leu

Asn

Phe

Lys

Glu 160

Ala

Leu

Ser Thr

1 : U _ί 35

Gly

: . 3 n

Asp

0 e r

Lys 17 0

Ala

Ile

Asn

Ser

Gly 175

Ile

Ser

Asn

Leu Iro ' s 0

1 ; n

Al a

,yu

Ser

Leu 1 8 5

Gin

Asn

Met

Thr

His 190

Ala

Thr

Gin

Asn

Pro Asn 195

- Ί

• 3 ; 1

Gly 200

Leu

IvU

Thr

Tyr

Ser 205

Leu

Asp

Thr

Ser

Lys 210

Tyr Asn

3' 'i n

Leu

’hl GI 5

Thr

Val

Al. a

Gin

Glu 220

Leu

Gly

Lys

Asn

Pro 225

Phe

Arg Arg

5 le

Gly z v ví

’ Gul

Ile

As n

T vr

Gin 235

Asn

Asn

Asn

Gly

Ala 240

Met

Asn

Gly Ile

Oly ' 1 FL

Val

Ίη

Ala

Gly

Tyr 2 -0

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly 255

Lys

Lys

Arg

Asn Trp 160

c 7 y

lem

. a: a

Tyr

I'yr 2 65

G._y

Phe

Phe

Asp

Tyr 270

Asn

His

Ala

Tyr

Ile Lys 27 5

I ;r

Asy

' h e

Phe 280

Asn

Ser

Ala

Ser

Asp 285

Val

Trp

Thr

Tyr

Gly 290

Val Gly

1 vt

Asp

i. a •' 5

Leu

Tyr

As; n

Phe

Ile 300

Asn

Asp

Lys

Asn

Thr 305

Asn

Phe .Leu

L A

.· .3 n

Asn

lys

ie-U

3 e r 315

Val

Gly

Leu

Phe

Gly 320

Gly

Phe

Ala Leu

? ·. a 55

GI. y

aur

Ser

Trp

Leu 3 3 0

Asn

Ser

Gin

Gin

Val 335

Asn

Leu

Thr

Met let ; 4 0

/ ; n

G..

i-

Tyr

Asn - 4 5

Al a

Asn

Val

Ser

Ala 350

Ser

Asn

Phe

Gin

Phe i:eu 355

i , i. a

Λ . v ZA. e1

vU

Gly 3 60

I eu

Ivig

Met

Asn

Leu 365

Ala

Arg

Pro

Lys

Lys 370

Lys Asp

.3-r

A.v p

Gis a 5

Ala

A1 a

Gin

His

Gly 380

Met

Glu

Leu

Gly

Val 385

Lys

Ile Pro

33ur

11 e

.xSn

Thr

Asp

Tyr

Tyr 395

Ser

Phe

Met

Gly

Ala 400

Glu

Leu

Lys Tyr

Arg .1 : 5

Aaa

' ,eu

Tyr

S e r

Val 4 1 0

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val 415

Phe

Ala Tyr

INFORMACE	PPI	SEP .tiv	MG:683:
(i) CHAP	akt :	IST 71Λ	SEKVENCI.',
(A)	DÉL	A: zra	auiinokys
(B;	TYt	: aminn	lyselina
(Di	TO1	MLOGIE:	1Ineární
(ii) DRUI	mg ;	IKULY:	; rutein
(iii) HYPG	TET .	ÍKÁ: lva

I · ·

239

	(vi)	puvo (A'	DNÍ OP,	0 PJROP’ : PNIZVKP	Heliccbact·* i'	pylori
	(ix)	ZNAK	Y:
		(A;	MÁZ	EV/KLÍČ	různé znakv
		(B	ΌΡ	CE i . .	L Í5
	(xi)	POP		VENCA :	PPQ ID EO;6r-:
Thr	Gly	Ala C	le L	Pst Leu	Ser Ser Asn Asp Leu Phe	Met	Val	Val	Leu
1			r		1 0				15
Gly	Ala	Ile n	e u 1	U Val	Oeu Val Cys Leu Val Gly	Tyr	Leu	Tyr	Leu
			O		2 5			30
Lys	Glu	Lys -	P u ·	Pe Tyr	His Lys Met Are	j Arg Leu	Glu	Lys	Thr	Leu
		35			40		45
Asp	Glu	Ser		. n G L u	. .so Tyr I.eu P yr Ser Lys	Arg	Leu	Arg	Glu
	50					60
Leu	Glu	G1 y A	•A C	,'U GPu	Ply Leu Ser Leu Glu Lys	Ser	Ala	Lys	Glu
65				a i		75				80
Asp	Ser	Ser K	„U C	ps Tra'	' hr Leu Ser Ki:	s Leu Tyr	Asn	Gin	Leu	Gin
					Cj				95
Glu	Ile	Gin		,-r PK c	.sp Lys Piu Are	e Asp Tyr	Leu	Glu	Glu	Lys
			i 0		CoJ5			110
Ile	Ile	Thr
		115
(2)	INFORMACI	PPP	SEQ ''	NO:690:
	(i)	CHAK	AKT Li	RISTIKA	SEKVENCE:
		(A)	DÉL	PA: 13P	aminokys elin
		(B	ΤΥΪ	: amino	Pyselina
		(D;	TOI	OLOGPE:	lineární
	(ii)	DRUH	MCiP	PKUIo:	rotein
	(iii)	HYPO	HETC	PPÁ: AP
	(vi)	PUVO	PNI	ZDROJ:
		(Ai	OR-	ΚΠΖΜΚΡ	HelicoLracter	pylori
	(ix)	ZNAK
		(A!	NAP	PV/KPÍC	: různé znakv
		(Bi	POP	i CE C . .	.13 3
	(xi)	POP.....		VEL C:	SEQ PD NO:690:
Ala	Leu	Glu P	py -·	o Co/	Po: Ala 'Ar zK,	i Asn Ser	Thr	Ser	Ser	Thr
1					C 0				15
Ser	Gly	Ala CC	nr V	C.y Ser .	.sp Gly Kn Thr Tyr Ser	Gin	Gin	Ala	Ile
		P			PS			30
Gin	Tyr	Leu V	ir	Py GCti	sin Asn Cle Leu Asn Asn	Ala	Ala	Asn	Leu
		35			40		45
Leu	Lys	Gin A	sp r-	CU Pe.U	eo Leu Au Ale	i Phe Asn	Ser	Ala	Val	Ala
	50					60
Ala	Asn	Ile P	uV	en Lor	ha Phe Asn CA	: Ala Ala	Phe	Thr	Gly	Leu
65				1 /.		75				80
Val	Gin	Gly K	e	e Aap ;	Kn Ser Gin Leu Val Tyr	Asn	Glu	Leu	Thr
				r-.	9 0				95
Lys	Asn	Thr T	Se S	r GPy .	οι- Ala Val Asn Asn Ala	Gly	Ile	Asn	Ser

a V

V'5 110

Gly Val Vv-u Val Ser Ser Leu Thr Leu

Asn Gin Ala Ani

24(-) • · · · · ·· ·· ·· ···· « • · · · · « ··· ·· ·· ··

115	12 0
Phe Thr Thr (Es I
	130
(2)	INFORMACI	Z PR-	SEQ IQ	MO:7 01 :
	(i)	cha:	ZAKTI	TSTZD	SEKVENCE
		(A	de:	Z A: ~	ai Znokys e
		(B;	ty:	: amun	vselina
		(D i	to:	SLOGIE:	Z znearnz
	(ii)	dru:	: mo:	ZKUTI ':	s -tein
	(iii)	HYP:	ΆΕΤ	UA: AT
	(vi)	PUVC	ZDNI	Q.DRO.J:

	(A;	ORGANIZMUS	Helicobacter pylori
	(ix)	1 ZNAK
		(AI	ná;	EV/KZJG	zúzné znaky
		(B	po:	:: se
	(xil	i pop:	s sz	KVENCE :	S EQ ID N 3: 7 0 i :
Arg	Ala	Arg Zj	e u I	u Arg	.rg Lys Asn His	Tyr	Leu	Glu	Asn	Lys	Phe
1					i 'Z					15
Lys	Asp	Met G	0 , .	’ Tyr	Z i Ala Vr Asp	Glu	Val	Asn	Glu	Lys	Gin
									30
Val	Leu	Lys k!	,rt Z	a OK. n	i i Gly Z.yr za-r	Val	Asp	Ser	Ile	Ser	Lys
		35			40			45
Glu	Phe	Lys ''	al	r 1 / s	Iv Glu Val (Zlu	Phe	Ile	Leu	Asn	Met	Ala
	50						60
Gly	Leu	Lys T	-P
65

(2)	INFORMACE PRí	SEQ Is	NO:704:
	(i)	CHARAKT I	KISTIKA	SEKVENCE:
		(Ai. DÉZ	A: 121-	aminokysslin
		(B TY'	' ύιΓϊιί:	• velm,
		(D το:	aog: iv	. Jivdi:
	(ii)	DRUH MOT	EKULY: i	i o t e i n
	(iii)	HYPUTET	'KA: AU
	(vi)	PUVsvyy
		(A OP-	M 1 ' 'El τ v	Uelicobactsj	pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A NA,	SV/KKIZK	zuzné znaky
		(B PCZ	SE Z . .	S Z9
	(xi)	POPAZ Za	ZEEU Ta	SEQ ID IS): 7sZ ;
Val	Lys	Gly Glu I	vs Asn ,	,1a Trp Tyr Leu	Gly	Ile	Ser	Tyr	Gin	Val
1		Γ		10					15
Gly	Gin	Ala S e r (	L n 5 (- r 7	a 1 Lys Asn Pro	Pro	Lys	Ser	Ser	Glu	Phe
		íl		2 5				30
Asn	Tyr	Pro Z, y s T	i- Z-O '	a I Gly lys TI i r	Asp	Tyr	Leu	Ala	Val	Met

• · • · • · • ·

34-1 • · · · • · 4 ·· ··

Gin

Gly

35 Leu

u y ’

' ' L i

Tur

a 1

4 0 Gu y

r'''/ r

Gin

Phe

45 Phe

Gly

Glu

Lys

Arg

50 Trp

Phe

Gly 1

la

Arg

' 1/ >*

Tyr

Gly

i1Η e

Met

60 Asp

Tyr

Gly

His

Ala

65 Val

Phe

Gly

Al a I

u:n

Ala

Leu

Thr

S e r

Asp

75 Asn

Gly

Gly

Val

Cys

80 Lys

Leu

Asn

Glu

P r o t

•'S

A_l a

Air

Lys

Val

I ( : Cly

Thr

Met

Gly

Asn

95 Leu

Ser

Asp

Met

Phe

I 0 0 ihr '

. . r

C- i- v

. 1 .

G1 y

1 0 5 Tle

As p

Thr

Leu

Tyr

110 Asn

Val

Ile

Asn

Lys

115 Glu

Asp 1

r

' He

120 Gly

The

HHe

Phe

Gly

125 Ala

Gin

Ile

Ala

Gly

130 Asn

Ser

Trp :

'V

Asn

Hr

Thr

Aly

a; a

Phe

140 Leu

Glu

Thr

Lys

Ser

145 Pro

Tyr

Lys

lis

y-

i A C .? - l·

Ser

A AU

Ar p

155 Pro

Ala

Ile

Phe

Gin

160 Phe

Leu

Phe

Asn

Leu '

y

I .. e

.rq

Thr

His

A A)

Gly

Gin

His

Gin

175 Glu

Phe

Asp

Phe

Gly

180 Hul '

' 7 s

Ile

v-

Thr

A A 5 A1 e

As n

Val

Tyr

Tyr

190 Phe

Asn

His

Gly

Asn

195 Leu

1 e r ’

ur

2 0 0 Arg

A rg

a; 1 ii

Tyr

Ser

205 Leu

Tyr

Val

Gly

Tyr 225

210 Arg

Tyr

As n :

-

220

(2)

INFORMACE PP2

SEQ 12

NO:7 0 6:

(i)

CHAL

akt:

MSrL LKA

..PLKVENOL' :

(A

DÉl

2A: 16 A

aminoky: elin

(B

TYL

: au i_n a

auelina

(I)

TOP

OLOGIE:

Lineám i

(ii)

DRU1

: MO:

SKULY:

r atein

(iii)

HYP'

'-'ET L

LA: A':

(vi)

PUVí

5 DNÍ

LDRG1:

(A'

OP.o

LNI Z MUL'

: Heliccbacteu

pylori

(ix)

ZNAL

ÍA )

NÁL

ΐν/!1'.Α2'

,uzné snaks

(B'

POP

í OE .. . .

. ΐ e 5

(xi)

POPL

S S 1

2VENCE:

SEQ ID NO:706

Arg

Phe

Lys 1

lis P

he Arg

Mv Gly Gly I-’h

• e

Pro

His

His

Asn

Leu

Asn

1

15

Ala

Cys

Gly -

-1 a ’

/s H; o :

Iv Gly Gin A;

ii

Val

Phe

Tyr

Pro

Thr

Asn

c.

' r.;

30

Ser

Leu

Leu 1

U :

u Tir .

Ser Ser Asn Se

u

Asn

Asn

Gin

Gin

Gin

Tyr

35

4 0

45

Asn

Asn

Thr Ϊ

,eu j

u Met .

Isn Thr Leu Gin

Gly

Glu

Leu

Ser

Thr

Asn

50

5

60

Asn

Gin

As n p

\n :

.O Asu

i'/ Cys a.ta v

a

Gin

Ile

Gin

Cys

Leu

Glu

65

7 5

80

Gin

Phe

Ile r

PLn /

sn Leu '

lli v Pro 1“U A\1

a

Ala

Thr

Pro

Thr

Ser

Thr

r

95

Asn

Gin

Ala ?'

,sn <

: n Clu ’

Mi Gin Ala 11

Al

Ala

Gin

Lys

Leu

Gin

Ser

0 0

0 5

110

Val

Ala

Ile 1

sn .

, a H · u

Asn z'sn 11

a

Ile

Asn

Asn

Thr

Thr

Tyr

• · • ·

242 • · · · · • · · ·· ··

115

10:0

125

Asn

Leu

Asn

Asn

eu His

Osn Ala

heu Aon

Phe

Gin

Ala

Tyr

Gin

Ser

130

140

Thr

Ile

Glu

z '„n 7

C .0..

: i Al a

7-m Ca aa

Gin

Ile

Ser

Trp

Ile

Ser

145

0. 0 0

155

160

Phe

Ser

Glu

Pro 7

/s Asn

eu Leu

avs .h. n

Thr

Ser

Asn

Asn

Tyr

Gin

.i ' 0

175

Ile

Gly

Thr

-al '

Ir Asn

sn Gin

Aly Cli li

Asn

Ile

Ser

Ala

Tyr

Asp

_L 3 0

. . 5

190

Cys

Thr

Ser

··. .L cl C

- GI y

; Leu

. r 3-a

Asp

Ar a

Ser

Ser

Gly

Ile

195

2 o 0

205

Ser

Cys

Ser

Ala

ar Ser

. ea Thr

Ser Asn

Thr

Asn

Ser

Phe

Asp

Asn

210

15

220

Ser

Leu

Val

.Ala. r.

ar Ser

lys Val·

'•ln Thr

Ile

Asn

Gly

Lys

Glu

Gin

225

2 30

235

240

Ile

Gly

Val

Asn

r Phe

on Leu

Asi .ocr

Gin

Val

Trp

Ser

Val

Tyr

11 0

255

Asn

Ser

Leu

:,ys '

.a: 3-r

O i Glu

m uf a

Gin

Lys

Asn

Ala

Lys

Ile

160

0 05

270

Leu

Cys

Asn

7 s n -

-y Ser

Ln Ser '

AO y Tur

Ser

Pro

Cys

Asn

Ser

Ser

275

280

285

Ser

Gly

Gly

lnu :

R- T 0

er Gly .

Osn A!a

Gin

Leu

Gin

Asn

Ile

Leu

290

300

Ser

Pro

Thr

nn '

y, i i

m Thr

'sin Tle

Gin

Ala

Lys

Ser

Asn

Ala

305

3 a U

315

320

Ser

Lys

Leu

lys ;

!a Mat '

'al Met ’

Gal Asn

Asn

Glu

Glu

Glu

Ala

Lys

.5

00 '0.0

335

Thr

Thr

Asn

lbe /

n Gin

c Ser

A. y hro

Thr

Thr

Gin

Ser

Ser

Asn

AJ 0

AS

350

Ser

Thr

Val

‘-et ·

y A.;, o

; Asn '

0' 1: r ’ . 0.

Leu

Gin

Asn

355

3 60

3 65

(2)

INFORMACE PRC

SEC 10·

NO:707:

(i)

CHARAKTÍ

I ŠTIKA

SEKVENCI

IR .

(A

' DÉc

OA: 0.3 -

mninoky;

elll

(B

T Y

: airrn :

o nehnu

(D

TO;

LOG1E:

Oineari;

(ii)

DRN'

H MOi '

OKULY: ;

r;) t e i n

(iii)

HYP<

OTET!

OKÁ: AN

(vi)

PUV

ODNI

O':RQ ' :

(A

0 OP.·' .

OJIZMUO

: neline!

uctsr pylori

(ix)

Z NA ;

NY:

(A

: NA.’

C/KLIC

různé ;

maky

( B

PC

CE ; . .

0i5

(xi)

POP'

10 00

0/ENGE :

OEQ ID 0

A): 70; :

Asn

Pro

Phe

Phe n

7: r Ile

'Ohr Ala

lys

heu

Leu

Ser

Asn

Thr

Gin

Ser

1

10

15

Ala

Phe

Asp

Gin ‘O

y I e

I l.-i Leu

.3 e r

Ser

Asn

Ile

Ile

Ser

Ala

Val

0 0

a

30

Asn

Ser

Leu

Asn

' 3c r

s i Asn

. ' r

G 0 n

Glu

Val

Lys

Ala

Gin

Leu

35

4 0

45

Gin

Asn

Thr

Ala u

i a · r

'A z Thr

CU

Icu

Leu

Gin

Gin

Ile

Glu

His

50

. 0)

60

Ser

Ile

Thr

Lys '0.

er Thr

oer Thr

Thr

Tyr

Ala

Gin

Ser

Leu

Leu

Ser

65

7 n

0' 5

80

• · • · • · • ·

	24a	• • • · · ·	• · • · • ·	• · • ·
Asn	Leu	Thr Asp 7	a V a 1 .	sn Ala	Ser St-r	Asn	Asn	Thr	Thr	Tyr	Val
		i	0		(2j í.					95
Ser	Ala	Leu Val 7	s n AL a	i Asn	TLr Li u	Gly	Val	Gly	Val	Phe	Pro
		100			3 0 5				110
Thr	Thr	Thr Ser 3	ii' HSs	i . Val	L:U /s Sl	Pro	Pro	Asp	Lys	Ser	Tyr
		115		120				125
Ser	Ile	Gin Leu	Se Pro	;: a
	130
(2)	INFORMACE PRe	sec i:	2 ):7 0 8 :
	(i)	CHAPAKIS	ISHKA.	' SKVĚN(3
		(A'i DÉL	••'A: :H	ernokys	in
		(B) ty:	: arič.nA	' ;e'i ,iih
		(d: to;	VOrRE :	:_neárp
	(ii)	DRDY MC	UTJ 7 : ;	itsiii
	(iii)	HYLOTET	H3Á: A3S
	(Vi)	PŮVODNÍ	DROU:
		(a: OP3	LNI Z MU.'	ilelíco	ssb	pylori
	(ix)	zna:ly :
		(A; NÁS	'V/ELIT	; uzné	nakv
		(B, POD	CE . . .
	(Xi)	POPIS SE	33VENCE:	2EQ id	30 : 7 '3 - :
Gly	Arg	Gly Vet ’	’3 RR1 :	' í Lys	3rg Iss	Val	Ala	Ala	Thr	Leu	Leu
1										15
Lys	Arg	Leu Υ7Ή r	11 ί : ,i	.i Leu	se Hr	Thr	Gly	Ser	Leu	Gly	Ala
		2 0			23				30
Val	Thr	Tyr Olu ~	1 ř: ' s	:./ Asp	•he he	Asn	Phe	Ser	Lys	Val	Gly
		35		4 0				45
Phe	Asn	Arg 3er	r : 3 a :	: , E J r o	3a 1 Lrs	Gly	He	Tyr	Pro	Thr	Glu
	50						6 0
Thr	Phe	Val Asn	;.i Ί A r	7 Lys	vu L Lis	Gly	Ser	Val	His	Leu	Gly
65						7 5					80
Arg	Gly	Trp Thr 3	li Asn	sl Gly	31 y Vi-il	Leu

(2) INFORMACE PP3	SEC I/:	’: O : 7 0 9 :
(i)	CHARAKT3	IS ur	' 2KVENC
(A; DER (B( ty: (LU TO!	A: 72. : arsen n Ř0G2E:	sninokys. yselinř: 3 rneárn,	elin
(ii)	DRUH MG	2KULY:	: ;tein
(iii)	hypotet:	'KÁ: AL
(vi)	původní (Au OF	TRSU: Ni: 3263	Hel 1 co 3.)	actes pylori
(ix)	ZNAKY: (AL NA,	sV/:3 3.R2		lak’.’

(Βί ΡΟζ 3 CE ... . . . 721

SEKVENCE: SEQ ID NO:709:

(xi) POPIS • ·

244

Met 1 Phe Leu Gly Val 65

Glu Ala Thr Met 50 Phe

Gin Tyr Asn 35 Val Ala

P r o LeU 2 0 Asp Lys I Leu '

1 7 S . a

1M-, -

- 4' / u Lil

Glu Tyr P; o 4 < L y s Thr

Gly A R/r A Asp A Lys A

. r /7 r

Leu h e r Leu Lys Lys 7 5

Ala Ala Leu Asn 60 Arg

Leu Lys Thr 45 Met Ala

Ile Asn 30 Gly Pro Glu

Asp 15 Lys Leu Phe Lys

Thr Pro Val Ile Leu 80

Gly

Glu

Tyr

Lys '

: : a

P .< n

- í

Lys

Asp

a

Pro

Lys

Glu

Met

Leu

Leu

95

Gin

Ile

Pro

Ile ,

a

i -a,

.. 1

Trp

Leu -

a

Lys

Met

Gly

Phe

Thr

Cys

100

105

110

Val

Glu

Val

Gly

o y

Pie

' a

Ala

Asp A.

P

Val

Ile

Ala

Ser

Leu

Ala

115

120

125

Thr

Leu

Ser

Pro '

r

7 ' ' e

ar

Ar g

Ile A

T

h e r

Lys

Asp

Lys

Asp

Phe

130

14 0

Asn

Gin

Leu

Leu .

11 e

.· . a

a

Lhe

Asp

Gly

Lys

Thr

Glu

145

_ '4

r55

160

Phe

Leu

Ala

Lys 7

Ό

ť V A

i .7

Glu

Lys R

/r

Gly

Ile

Leu

Pro

Ser

Gin

, · ‘0

0

175

Phe

Thr

Asp

Tyr '

: n

r. v

Val

Gly A.

p

h e r

Ser

Asp

Asn

Tyr

Lys

1 8 0

. 8 5

190

Gly

Val

Lys

Gly '

Lus

Asn 1.

Lys

Glu

Leu

Leu

Gin

Arg

195

2 a 0

205

Leu

Gly

Ser

Leu '

a

Lys

.. a a

Tyr

Glu u-.:

aa

Leu

Asp

Leu

Ala

Lys

Asn

210

_ 7?

220

Leu

Leu

Ser

Pro

Mat.

r:'yr

Gin

Ala Ι-

a

Ile

Gin

Asp

Lys

Gly

Ser

225

? Γ-

235

240

Ala

Phe

Leu

Ser

- u

Ala

Ο H r !

a

Glu

Arg

Gly

Cys

Ile

Lys

i

255

Glu

Phe

Asp

Phe

Ι'

,'. 1

Al a

Aae u

. a

h e r

Glu

Asn

Pro

Leu

Leu

260

165

270

Lys

Ile

Lys

Asp '

. 'a

7 , U

' :VS

Glu

Tyr A

i 7

Phe

Ile

Ser

Thr

Leu

Arg

275

20 0

285

Asp

Leu

Glu

Asn .

r

P o

i a

Ile

Aal A

: a

Asn

Val

Pro

Ile

Leu

Asn

290

' A

3.0 0

Ser

Thr

Pro

Ile

71

P . r

aa

Tur

Ir O .

a

Leu

Asp

Asn

Ala

Pro

Lys

305

315

320

Lys

Ser

Arg

Me t

e

7 ’a_^

?1 1

Glu

her A

. a

Glu

Pro

Leu

Ser

Met

Phe

5

7 0

335

Leu

Glu

Lys

Leu

' Μ

A 317

/ 77

Au-; n

TA a I-:

7Í

Val

Phe

Met

Arg

Leu

Val

3 4 0

S 15

350

Leu

Asp

Lys

As p

: 7'S

Se U

2. L a

a

Ala

Phe

Leu

Leu

Gin

Asp

355

3 u 0

365

Gin

Gly

Tyr

Phe '

- u

P 17 0

: -’ι a

Glu

Glu A

a

Leu

Phe

Ser

Pro

Phe

Ser

370

5

380

Leu

Glu

Phe

Leu <

AL:;n .·

L a

Phe

her G'

: TI

Met

Leu

Gin

His

Ala

Cys

385

\ u 0

3 95

400

Ile

Ile

Gly

His S

P

7 a a

P i o

Leu O-·

a

S e r

Phe

Leu

Lys

Ala

Lys

i

415

Tyr

Gin

Val

P r o '

1. e

Arg A

Gin

Asp

Thr

Gin

Ile

Leu

42 0

' 2 5

430

Ala

Phe

Leu

Lys 7

.. n

I re

: - .7 u

Lys

Aal Ga

. y

Phe

Asp

Glu

Val

Leu

Lys

435

440

445

Glu

Tyr

Leu

Lys ;

υ

Á. '77.

: 7 71

Ile

Pro A;

a

Glu

Lys

Ile

Lys

Asp

Phe

450

7

4 60

Lys

Thr

Lys

3 e r

7 . Ai '

..i

7 ' '

h -r R

: 1

i ,eu

Leu

S e r

Met

Glu

Leu

465

; 0

4 75

480

Asn

Ala

Leu

Lys ,

3

G.i u

Tyr A

Glu

Lys

Gly

Gly

Leu

Glu

i 495 • · • · • · · • · · · • · · • · · · · · · · ·

Glu

Asp

Leu

Leu 5 00

r u

ar An.:g

Αίφ 1 5 05

e GlU

Thr

Pro

Phe 510

Val

Lys

Val

Leu

Met 515

Gly !

11 C u

:a Gin 510

Gly D!

:e Lys

Ile

Asp 525

Ala

Ala

Leu

Glu

Asn 530

Ile

Val '

v Vui 1

Vir A

n Lys

Pro 54 0

Asn

Gly

Ala

Gly

Ala 545

Ile

Thr

S e r

l

As AT

lir v

o Tyr 555

Ala

Val

Phe

Asn

Asn 560

Ile

Lys

Ala

Met

5

.. e Leu

An V

n Ala

Leu

Thr

Leu

Ser 575

Gin

Ser

Asn

His

Thr 5 8 0

u F r

. ‘ G1 n

Leu G r , , 5

n Ala

Arg

Ala

Met 590

Gly

Ser

Gin

Thr

Asn 595

Arg

LI

í Lys 680

Tep :

e Tyr

Ala

Leu 605

Ala

Gin

Asn

Gin

Lys 610

Gin

Ile

U i Ar

. ‘n Ala . o

S e r S,

r Ile

Phe 620

Asn

Leu

Phe

Asn

Ser 625

Ile

Pro

Lys .

. ' Ό 1 !'!

li Lys

Tyr V

8i Glu 63 5

Asn

Ala

Tyr

Leu

Lys 640

Val

Pro

His

Leu '

(V V/L

r Pro

Tor A,

n tro

Tyr

Arg

Gin

Asn 655

Val

Asn

Leu

Asn

Lys : 660

η Ala

Val 6_ 6 65

81 Asp

Asn

Val

Ala 670

Asn

Tyr

Gly

Asn

Arg 675

Leu

Ό > : ' r.

i. a Leu 68 0

Vir V

. 1 Al a

Lys

Asp 685

Val

Tyr

Asn

Leu

Lys 690

Ser

As n '

ui ' ?.

.u Ale

Vul V

a- Thr

Tyr 100

Asn

Asp

Ala

Lys

Asn

Leu

Gly

Pro

Y 9

a Lys

8 8.1 i 1

a Gys

Arg

Cys

Leu

Glu

Lys

705 C 715 720

Ile (2) INFORMACE PR SE:,

(i)	CHARAKTI	ISr7KA IA: 6 2 o : an -.no ::L0C 2 F :	SEKVENCE aifiinokys nelina rneai rr i
(a: (B) (P)	DEJ τγ- το
ii)	DRUH	MC	V :	: t el Li

(iii) HYPOTÉK EÁ:

(vi) PŮVODNÍ 22R:

	(A! OPI	III2 u' a	Hel ret	• t GCtn-	: pelori
(ix)	1 ZNAKY:
	(A) na:	IV/i- 62 a	: různé	:: n a k y
	;b: pg!	SE	. a! 5
(xi:	1 POPIS v	ΥΈ:	: EQ I D	28:7.
Lys Glu	Lys Asp		u Gin	vLl'1 i'	: · lAil Phe Asn Lys Lys Trp
1					15
Leu Ile	Tyr Ser :	-r v n :	u Pro	Leu L	6e Phe Leu Asn Pro Leu Met
	20			L5	30
Ala Glu	Asp Asp a	.y íbe :	e Met	;-y v,	1 Ser Tyr Gin Thr Ser Leu
	35		4 0		45
Ala Val	Gin Arg	: l·. : I	n Ser	L'.y L	u Asn Ala Ser Gin Asp Ala
50					6 0
Ser Thr	Tyr Ile .	g O ni ,	an Ala	Ile A.	’a Leu Glu Ser Ala Ala Val
65					75 80

• · • · ·· • · · • · · · • · · . · · · 24^ ···· ·· • «

Pro Met	Leu Ala Tyr	r u 's Pro	íi A±a ...Ό Pro	. 1- S e r I.. 105	y Gin ys Arg	Gin Cys	Thr Arg Val	Leu Ala
Leu	Leu 110	95 Tyr
Gin	Met Leu : i 00
Gly	Gly	Tyr Gin .	; t : ' v <	. n Asn	Asn /i	n G1 y	Asp	Thr	Gly	Asn	Asn
		115		/ 0 o				125
Pro	Pro	Arg Gly '	V r: ' 1	n Ala	Tnr i	i : Asp	Met	Gin	Ser	Leu	Val
	130			< 5			140
Asn	Asn	Leu Asn	' s I -u	. r Gin	heu í.	g Gly	Glu	Thr	Leu	Ile	Arg
145						155					160
Asn	Pro	Glu Asn	u Ko ,	.' n e r	Lvs V	. 1 Phe	Asn	Val	Lys	Phe	Gly
			-		i	!				175
Asn	Gin	Ser Thr		u A< oj	h:o !·	.1 Gly	Leu	Ala	Asn	Thr	Met
		180			/ <5				190
Asp	Ala	Leu Asn .	n / rr- ;	e Thr	/on A	a Leu	Thr	Thr	Leu	Trp	Tyr
		195		2 0 0				205
Asn	Gin	Thr Leu !	, r I 3 u	s Ser	;ine 5	r Thr	Pro	Ser	Asn	Thr	Ser
	210			1			220
Val	Asn	Phe Ser		i Leu	E/.n ;;	. s Leu	Leu	Gin	Asp	Gly	Leu
225						235					240
Ala	Thr	Ala Asn .		0 Thr	he C	/3 Ser	Thr	Gin	Asn	Gin	Cys
			5			0				255
Thr	Ala	Thr Asn '	su 13 a	rs Ser	r 1 e A	.a Gin	Asn	Ala	Gin	Asn	Ile
		260			0 05				270
Phe	Gin	Ala Leu ?	<1 'Cr ;	a Gly	0 1 e ;,	u G1 y	Gly	Leu	Ala	Asn	Glu
		275		1 0				285
Lys	Gin	Phe Gly	=- 'Vi	1 .-\s n	0\'s 0··.	a ;VO	Asn	Gly	Gly	Asp	Ser
	290						300
Gin	Gin	Gly Tyr 3	-r Tys '	u Cys	Gly h	0 Gly	Ile	Thr	Pro	Lys	Arg
305			; L 0			315					320
Gin	His	His Ala ,	- r
(2)	INFORMACE PR^	SE;, ’:	G 1A2 :
	(i)	charakt:	isv:kg	EKVENC
		(A’ de:	GV: V 'i	arin 0 ky-	iGílie
		V TV	: aseuu	sel r na
		(Di TC	GO' ' 5:	Lna- ari:
	(ii)	DRUH MC	KUI ': i	otc.-rn
	iii)	HYPOTET'	T<Á: ani
	(vi)	PŮVODNÍ	' DRC .':
		(A) OP		Ne r ca:	:> -ictv-	pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A i NA	’V/K ICO	hus né	e naky
		( B i PO	GE . . .	‘80
	(Xi)	popis :v	VEK Vy	EQ ID	JO: 7 j :

Tyr 1

Asn

Gin

Met u I

/ : L

1 j. a

201 L

c.'’ Gly

Glu

S e r

Leu

Leu 15

Ser

Asn

Thr

Val

Ala ' 'G f 2 0

Vy P

Phe /

. e

i '. r As n

Trp

Val

Ala 30

Pro

Tyr

Leu

Asp

Leu 35

Asn . '3 'j

- y

Leu / -·c·

Lan r

Ve Leu

Pro

Asn 45

Tyr

Gly

Gly

Gin

Leu 50

Asn

Gly . a .'

n .1

Vn C

ír

00 Gin

Leu 6 0

Thr

Pro

Gin

Gin

Ala

Gin

Gin

Glu 1V a ]

vs v-V

Ile 1'

Pit 0

on! Gin

Leu

Glu

Gin

Ala

Thr

247 • ·

Asn Ala	Pro Thr	a A , a . a L .i. e	Zam ví
Ser	Pro	Thr Ala	,s ri . t:	a	Me t	.ala T
		10 0				i 3 U
Ala	Val	Ile Gly 115			Asp i. 0	7· η H
Val	Tyr	Gin Met		1	n; g	?·,.·ιι 2
	130			7
Ile	Leu	Ile Thr	u A/a	7	Phe	/2_y V
145			L. 2 'v
Phe	Phe	Gly Lys	/3 A A!		Phe	-Vy 2.
Asp	Phe	Gly Tyr .	a mu		6...y	Za '2
		18 0				. -:5
Thr	Leu	Ser Ser	v í;F.y	7 La	Gly	Tar A
		195			2 0 0
Thr	Arg	Lys Arg	v Ta r	' : U	Ala	., 1 6 Al
	210			5
Ile	Gin	Leu Ala	r 1 r	v	T': p	a-/S T
225
Asp	Gly	Asn His F	' ' 1 ; ' a	i o	3	A/p '2
Asp	Leu	Gly Ile h	S I A	.. a	2... e	A i e T
		2 68				-
Lys	Asn	Leu '/al 275			A. v
(2)	INFORMACE PR	SE! IR	70:	7 7 3:
	(i)	CHARAKT F'	PST KA	, 77 K	YENC	1 V ·
		(A) RE.		mi	aaka.	-aalia
		(Bi TY	' ar u :	e	n;-
		(Di TC	F.jO- 'a	2Π	i - ; r i
	(ii)	DRUH MO	KUFR i: :	ot	- ; n
	(iii)	HYPOTET	KÁ: Al
	(vi)	PUVODI11	AR :
		(A) OR	RRIF A	iíe	.2 2	a a ct
	(ix)	ZNAKY:
		(A! NAF	A/K AF R	ru	a é	/aaka
		ÍEO PCF	KFFR . .	- S
	(Xi)	POPIS ::	IAFF F :	iC	: D	A 7
Gin	Pro	His Lys -	fu Ara I	au ;	2: ie	Ala IT
1						i
Val	Ile	Thr Ser	-1 Kr; í	a	2 ’h e	Tap 3;
		20
Leu	Ser	Phe His 35	! I ; r	'7	'. t- u	Aan A.
Gly	Arg	Ile His .	g r a '		an	1 7/s Ti
	50
Met	Ser	Lys Glu '	L T'.'/ .·'	' D 2	. J'/ s	2 a ρ p ’
65
Gin	Lys	Ala Gin	y / a;	a	s	7 2 ?l i :
Gin	Asp	Ser Gly			u	lap a:
		100				2)5

'5	80
RÍ	Ile	Leu	Ala	Asn	Pro 95	Tyr
r	Gly	Leu	Tyr	Arg 110	Ser	Lys
	'Fin	Thr	Lys 125	Val	Asn	Gin
Ai	I ,eu	Glu 140	His	Thr	Leu	Tyr
1	Lys 155	Met	Gly	Tyr	Lys	Gin 160
a a	Arg	Tyr	Tyr	Gly	Phe 175	Tyr
/1	Fier	Ser	Leu	Val 190	Lys	Ala
P	Phe	Leu	Tyr 205	Asn	Val	Phe
P	i 1 e	Gly 220	Phe	Phe	Ala	Gly
	Asn 2 3 5	Phe	Leu	Asp	Gin	Val 240
Ι- Ο	Fier	Phe	Gin	Phe	Leu 255	Phe
a	Lys	Ser	Leu	Ile 270	Ser	Lys

pylori

Leu	Gin	His	Ala	Gin 15	Ala
Leu	Tyr	Ala	Gly 30	Asn	Ala
Cly	Ser	Asn 45	Ser	Pro	Leu
Cíly	Leu 60	Gin	Gin	Cys	Phe
Thr 7 5	Leu	Ala	Glu	Asn	Leu 80
7 e r	Glu	Cys	Ser	Ser 95	Asn
A i a	Gly	Lys	Gin 110	Val	Thr

24 S

• • · · ·

• · • ·

• ·

Ile

Thr

Ile Thr

a n

a . sn

L ys

Ser

Glu

Thr

Thr

115

1 0

125

Thr

Thr

Thr Thr

r c

130

y

(2)

INFORMACE PR<

SEí IV-

,· ο ·

U4 :

(i)

CHA.RAKT

: tu : i.

1Κ

UU

(Ai DE

A: ΊΊ

,!ii

rOu

r .1 :

(B! TY

. a:Ί Ά'

e

. n<

(D) TO

LO2UE :

i.n·

a. r;

(ii)

DRUH Mí;

UUi :

í. n

(iii)

HYPOTET

Ί_Ά; Ί;

(Vi)

PŮVODNÍ

•,DRCU:

(A) OP.

INIZUUS

uíe

.ICC

bacta

- pylori

(ix)

ZNAKY:

(A) NA

aru:

CO

:: ía

ua )u

ÍB. PC

Έ

2 4

(xi)

POPIS S

'VEL 0 5' :

IQ

ID

UO:7 i

Gly

Leu

Ser Arg

n Ol v .

a

: 3. u

Arg 1

u Asp

Ala

Thr

Leu

Asn

Leu

1

15

Lys

Thr

Gly Val

I ,

s I yr

Ile

Gly

Ile

Arg

Gly

20

30

Val

Phe

Ala Trp

p Leu

V

'ar

Uy Ir

-s val

Asn

Tyr

Gin

Ser

Tyr

35

: i

45

Lys

Asp

Pro Thr

a Ί-r

: r a

Ar Ί

U Leu

Ala

Val

Gly

Leu

Asp

50

£5

Val

Ile

Met lilu

; Ur

UL v

.-:-:.1/

a bys

H u_ s

Tyr

Leu

Giy

Ala

65

- 5

80

Phe

Gly

Gly Ala .

g O m ;

a

.au

ΑΪ A

ii Tyr

Tnr

Asp

Lys

Gin

Asn

95

Phe

Lys

Phe Phe

rs Lis .

r

'al

Yal 2 =

u Gly

Gly

Leu

Ala

Ile

Ser

100

2 t)5

110

Gly

Gly

Trp Leu 115

·'

rg 2 0

3'hr

o H i s

Phe

(2)

INFORMACE PR

SEC 1'

I 5 :

(i)

charakt:

USCKt

LIT

ΈΝί

g .

(A) DE

2A: UU

mi’

ukr

rrlri;

(B) TY'

a?··, a -

; a

ur

(D; TC

l,C U:

: n

aru

(ii)

DRUH MO

KUI I: .

u

r n

(iii)

HYPOTET

C: UU

(Vi)

PŮVODNÍ

Í'R; U

íAi OP

* ! r A '

i a

i v

rast·

p yior

(ix)

ZNAKY:

(A) NAP

uv/F ri·:

rú;

;né

mak'.-

(B) PC

CE L

53

(xi)

POPIS i

ν'Εί :Ί

iQ'

ID

'U: 7

• ·

?4 u

• · · ·

• ·

«··

Pro

Val

Gly Leu

!

( ti

';) ieu

I Le

Tyr

Glu

Glu

Asn

1

15

His

Leu

Leu Pro

t c ; ,·

ě

1. e

í .3 S ;

.η A_La

Plie

Arg

Gly

Gly

Gly

20

30

Ser

Leu

Ser As p i

s Am

; n

:SU 1

iLy 7-

' u Al a

Lys

Leu

Phe

Ala

Gin

35

t 0

45

Val

Leu

Asn Glu

v ϊ ί-

3

]U ’

Gí-U ' '

y Ala

Val

Gly

Phe

Ala

Gin

50

61)

Leu

Leu

Glu Gin

?

r:

M,n

m Val

Asp

Thr

Ser

Ala

Glu

65

75

80

Asp

Leu

Gin Ile

ο 1 - i

1

ne .

GÍU i’

•s Glu

Tyr

Glu

Asp

Glu

Ala

)

95

Ile

Met

Are, Leu

S f ; i

100

(2)

INFORMACE PF

Ά,

Ol:

(i)

CHARAKT

LG O«

:k

'ENl.

CG) DPI

n

kyn

EG TG

ar o ;

ů e

l n <-

’ I·; ; 'T1,;'·

i.n

η r?

(ii)

DRUH MC

ot.

in

(iii)

HYPOTET

’KÁ: A’!·

(vi)

PUVODNI

GORf G

í A) OP

GIZ O/

ie

:c(ó

1.

pylori

(ix)

ZNAKY:

;a) nai

V/RA'

jí u:

llé '

í ’ i a k y

(B) PC

GE

(xi)

POPIS G

1Έ'

-Q

7D í

'j:7L

Tyr

Ser

Val Tyr

- MU

.3 11

. e i

r Lys

Val

Ala

His

Phe

Ala

1

15

Ser

Gly

Tyr Leu

n Tím

eu :

1 r T:

r Gin

Ala

Lys

Ser

Val

Ala

2 0

r-

30

Leu

Ala

Lys Lys

' On

•lu

3 e 1 i

e Glu

Lys

Gly

Met

Thr

Gin

35

45

Gin

Glu

Leu Asp

r ; . o

'J s

a e i

u Leu

G i y 6 0

Ser

Glu

Pro

Leu

50

Arg

Asn

Glu Thr

e :yu- .

r .·’

,.rg 7

nu A.-

n Thr

T h r

Tyr

Asn

Tyr

Phe

65

75

80

Ile

Trp

Val Cys )

U

(2) INFORMACE PR	5 El A	0 : A 9 :
(i)	CHARAKT	AST1K	. ίΆΑΈΓΑ'Γ
	1A; FA'!		ni: o k\ v	eli
	'EG Tv	a;	iě Lín
	KG A	T ' ;	iii .-irn
(ii)	DRUH MC	GIN li:	' o t: ' i n
(iii)	HYPOTET	KÁ: AG
(vi)	PUVODN í	GGG G
	A) GI	HP G ' .	ie . íc gg	mSt

• · • · · · ·· · · · · · · • · · · · · · ·· · · ···· · • · · · · · ··· ·· · ♦ ··

	(ix) (xi)	ZNAKY:
i A) NA 6.7 i· ;	a. EQ	ID
(B) PC: POPIS 6	GE . HELE :
Glu	Thr	Lev: Ala	v 7 ’	i	S
1
Ala	Gin	Met Cys			:. n
		20
His	Leu	Gly Phe 35	: e L-u :	k	3a 1 : 0
Pro	Thr	Asn Tyr	'7l EEe		. sp
	50
Phe	His	P r o .3 e v	n ! .a		Οΐΐ
65
Gly	Thr	Lys His	- c · \	-	-lu
Arg	Asn	Asn Tyr	t G a	a	er
		100
Thr	Tyr	Ara Phe 115			:: g 0
Ile	Val	Ser Phe
	130
(2)	INFORMACE PR	A Eg A'		'42:
	(1)	CHARAKT	g	NG	AiNG
		-A; PA:		: d	: k '
		(B) TY	: arr c; .	i č	i na
		ÍD) TCO	LOG.E:	tn -	arn
	(ii)	DRUH MO	: KUI :	. Jti	i. n
	(iii)	HYVOTET	\A : k
	(vi)	PŮVODNÍ	A-LRC. ' :
		ÍA) OŘ-	'Nik: ΊΑ	•le .	ICC'
	(ix)	ZNAKY:
		:a) na	·/ V Γ '	. Ή	ce
		: B) ÍA	kE

. a k

- Ίι::

meter pylori vraku • C 6'

: i	‘'r	Cys	Leu	Ala	Met	Gly 15	Leu
: a	: e	A e r	lle	Val	Arg 30	Asn	Leu
ke.- a	I _ ě	Gly	GLy	Thr 45	Ser	Trp	Gly
Leu	k--._a	Glu	Glu 6 0 GLy	Tyr	Arg	Gly	Ser
k - u	c, i	Asn 75	Gly	Ile	Arg	Leu 80
_____e	Cl ' 0	Leu	Lys	Ile	Gin	Thr 95	Ile
G5	Asp	Asn	Val	Pro	Glu 110	Gly	Thr
’ i o	.’ Γ	Ala	f Ge	Tyr 125	Trp	Arg	Tyr

(Xi)

POPIS 0

GEL '1:

60 :.d

27:73.

Val

Met

Lys Thr

i \

; '3

7 e v 7

:. O

Lys

L r o

Val

Leu

Ile

Ala

1

15

Gly

Pro

Cys Val

kw U

1 : U A:

Ui

Leu

Arg

Ser

Ile

Ala

Ile

20

30

Lys

Leu

Gin Pro

a A a ;

c G.cn

W..U A.

)

Leu

Asp

Phe

Tyr

Phe

Lys

35

·· 0

45

Ala

Asn

Phe Asp

.ei A ' - ::

vi -lig

Thr V

-jr

Leu

G i u

Ser

Tyr

Lys

Glu

50

6 0

Pro

Gly

Leu Glu

a G y ;

e klu

YW. '7'

-u

Gin

Thr

Ile

Lys

Asp

Glu

65

75

80

Phe

Gly

Tyr Lys

v 1.

e: kup

7 li L

.3

Glu

L e r

Tyr

Gin

Ala

Ser

i

95

Val

Ala

Ala Lys

e I e

i eu 37

ni

Ile

P r o

Ala

Phe

Leu

Cys

ioo

Je 15

110

Arg

Gin

Thr Asp

i; Ί

G. -klu

'V 6

•r

Gin

Thr

Asn

Ala

Ile

Val

lir;

125

• ·

251

• · · ·

• ·

• ·

As η

Ile

Lys

Lys

Gly

Gin

Phe

Met

Asn

Pro

Lys

Asp

Met

Gin

Tyr

Ser

130

135

140

Val

Leu

Lys

Ala

Leu

Lys

Thr

Arg

Asp

Ser

Ser

Ile

Gin

Ser

Pro

Thr

145

150

155

160

Tyr

Glu

Thr

Ala

Leu

Lys

Asn

Gly

Val

Trp

Leu

Cys

Glu

Arg

Gly

Ser

165

170

175

Ser

Phe

Gly

Tyr

Gly

Asn

Leu

Val

Val

Asp

Met

Arg

Ser

Leu

Lys

Ile

180

185

190

Met

Arg

Glu

Phe

Ala

Pro

Val

Ile

Phe

Asp

Ala

Thr

His

Ser

Val

Gin

195

200

205

Met

Pro

Gly

Gly

Ala

Asn

Gly

Lys

Ser

Ser

Gly

Asp

Ser

Ser

Phe

Pro

210

215

220

Pro

Ile

Leu

Pro

Arg

Ala

Ala

Ala

Ala

Val

Gly

Ile

Asp

Gly

Leu

Phe

225

230

235

240

Ala

Glu

Thr

His

Ile

Asp

Pro

Lys

Asn

Ala

Leu

Ser

Asp

Gly

Ala

Asn

245

250

255

Met

Leu

Lys

Pro

Asp

Glu

Leu

Glu

His

Leu

Val

Thr

Asn

Met

Leu

Lys

260

265

270

Ile

Gin

Asn

Leu

Phe

275

(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:745
	(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
		(A) DÉLKA: 249 aminokyselin
		(B) TYP: aminokyselina
		(D) TOPOLOGIE: lineární
	(ii)	DRUH MOLEKULY: protein
	(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
		(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A) NÁZEV/KLÍČ: různé	znaky
		(B) POZICE 1...249
	(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:	745:
Met	Lys	Lys Gly Ser Leu Ala Ile	Val	Leu	Gly	Ser	Leu	Leu	Ala	Ser
1		5		10					15
Gly	Thr	Phe Tyr Thr Ala Leu Ala	Asp	Gly	Met	Pro	Met	Lys	Gin	Gin
		20	25					30
His	Asn	Asn Met Gly Glu Ser Val	Glu	Leu	His	Phe	His	Tyr	Pro	Ile
		35 40					45
Lys	Gly	Lys Gin Glu Pro Lys Asn	Asn	His	Leu	Val	Val	Leu	Ile	Asp
	50	55				60
Pro	Lys	Ile Glu Ala Asn Lys Val	Ile	Pro	Glu	Asn	Tyr	Gin	Lys	Glu
65		70			75					80
Phe	Glu	Lys Ser Leu Phe Leu Gin	Leu	Ser	Asn	Phe	Leu	Glu	Arg	Lys
		85		90					95
Gly	Tyr	Ser Val Ser Gin Phe Lys	Asp	Val	Ser	Glu	Ile	Pro	Gin	Asp
		100	105					110
Ile	Lys	Glu Lys Ala Leu Leu Val	Leu	Arg	Met	Asp	Gly	Asn	Val	Ala
		115 120					125
Ile	Leu	Glu Asp Ile Val Glu Glu	Ser	Asp	Ala	Leu	Ser	Glu	Glu	Lys
	130	135				140
Val	Ile	Asp Met Ser Ser Gly Tyr	Leu	Asn	Leu	Asn	Phe	Val	Glu	Pro
145		150			155					160

252

Lys

Ser

Glu

Asp

Ile 165

Ile

His

Ser

Phe

Gly 170

Ile

Asp

Val

Ser

Lys 175

Ile

Lys

Ala

Val

Ile

Glu

Arg

Val

Glu

Leu

Arg

Arg

Thr

Asn

Ser

Gly

Gly

180

185

190

Phe

Val

Pro

Lys

Thr

Phe

Val

His

Arg

Ile

Lys

Glu

Thr

Asp

His

Asp

195

200

205

Arg

Ala

Ile

Lys

Lys

Ile

Met

Asn

Gin

Ala

Tyr

His

Lys

Val

Met

Ala

210

215

220

His

Ile

Thr

Lys

Glu

Leu

Ser

Lys

Lys

His

Met

Glu

Arg

Tyr

Glu

Lys

225

230

235

240

Val

Ser

Ser

Glu

Met

Lys

Lys

Arg

Lys

245

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:746:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 119 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...119 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:746:

Met 1

Gin

Asn

Thr

Phe 5

Asn

Tyr

Thr

Asn

Asn 10

Ala

Leu

Lys

Asn

Asn 15

Ala

Lys

Leu

Thr

Pro

Thr

Glu

Met

Gin

Ala

Glu

Gin

Tyr

Tyr

Leu

Gin

Ser

20

25

30

Thr

Leu

Gin

Asn

Ile

Glu

Lys

Ile

Val

Met

Leu

Ser

Gly

Gly

Val

Ala

35

40

45

Ser

Asn

Pro

Lys

Leu

Val

Gin

Ala

Leu

Glu

Lys

Met

Gin

Glu

Pro

Ile

50

55

60

Thr

Asn

Pro

Leu

Glu

Leu

Val

Glu

Asn

Leu

Lys

Asn

Leu

Glu

Leu

Gin

65

70

75

80

Phe

Ser

Gin

Ser

Gin

Asn

Ser

Met

Leu

Ser

Ser

Leu

Ser

Ser

Gin

Ile

85

90

95

Ala

Gin

Ile

Ser

Asn

Ser

Leu

Asn

Ala

Leu

Asp

Pro

Ser

Ser

Tyr

Ser

100

105

110

Lys

Asn

Val

Ser

Ser

Met

Tyr

115

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:754:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 511 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO

253 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...511 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:754:

Met 1

Lys

Lys

Leu

Leu 5

Tyr

Thr

Met

Leu

Ala 10

Leu

Leu

Leu

Ile

Gly 15

Leu

Leu

Thr

Ala

Tyr

Leu

Ile

Leu

Phe

Thr

Glu

Trp

GLy

Asn

Lys

Ile

Ile

20

25

30

Ala

Ser

Tyr

Ile

Glu

Lys

Lys

Ile

Asn

Pro

Asn

Glu

Arg

Tyr

Leu

Ser

35

40

45

Val

Lys

Thr

Phe

Lys

Leu

Arg

Phe

Asn

Ser

Leu

Asp

Phe

Lys

Ala

Gin

50

55

60

Ala

Asn

Asp

Asp

Ser

Thr

Leu

Ile

Leu

Lys

Gly

Asp

Phe

Ser

Leu

Leu

65

70

75

80

Thr

Gin

Ser

Val

Asn

Leu

Asp

Tyr

His

Ile

Asp

Ile

Lys

Asn

Leu

Arg

85

90

95

Ser

Phe

Lys

Asp

Leu

Ile

Pro

Tyr

Pro

Leu

Arg

Gly

Ala

Ile

Val

Thr

100

105

110

Ser

Gly

Asn

Ile

Lys

Gly

His

Arg

Lys

Ala

Leu

Val

Val

Gin

Gly

Val

115

120

125

Ser

Asn

Val

Ala

Gin

Ser

His

Thr

Ala

Tyr

Asn

Ala

Leu

Leu

Asp

Asp

130

135

140

Phe

Lys

Leu

Ser

His

Leu

Ser

Leu

Asn

Ala

Lys

Asp

Ala

Asn

Leu

Glu

145

150

155

160

Asp

Leu

Leu

Tyr

Leu

Ile

Asn

Arg

Pro

Ala

Tyr

Ala

Asn

Ala

Lys

Val

165

170

175

Ser

Leu

Gin

Ala

Asp

Phe

Asn

Ser

Leu

Lys

Pro

Leu

Glu

Gly

His

Leu

180

185

190

Ile

Leu

Thr

Ala

Asn

Asn

Ala

Leu

Ile

Asn

Asn

Ala

Leu

Ile

Asn

Gin

195

200

205

Ile

Phe

His

Leu

Asn

Leu

Lys

Asp

Thr

Leu

Val

Phe

Asn

Leu

Ser

His

210

215

220

Ser

Ser

Asp

Phe

Lys

Gly

Asn

Lys

Ala

Ile

Ser

Asp

Thr

Thr

Leu

Thr

225

230

235

240

Ser

Pro

Leu

Val

Asn

Phe

Thr

Ala

Leu

Lys

Ser

Glu

Tyr

Ser

Phe

Pro

245

250

255

Ala

Leu

Lys

Leu

Asn

Ala

Pro

Tyr

Thr

Leu

Glu

Ile

Pro

His

Leu

Ala

260

265

270

Lys

Leu

Gin

Asn

Ile

Thr

Asn

His

Pro

Leu

Lys

Gly

Ser

Leu

Thr

Leu

275

280

285

Lys

Gly

Asp

Ile

Glu

Gin

Ser

Pro

Lys

Leu

Leu

Lys

Val

Ser

Gly

His

290

295

300

Ser

Asn

Leu

Leu

Asp

Gly

Ala

Leu

Asp

Phe

Thr

Leu

Leu

Asn

Lys

Asp

305

310

315

320

Leu

Lys

Ala

Arg

Phe

Ser

Asn

Ile

Ser

Thr

Ser

Lys

Ala

Leu

Asp

Leu

325

330

335

Phe

His

Tyr

Pro

Lys

Phe

Phe

Gin

Ser

Ile

Ala

Asp

Ala

Asn

Leu

Asp

340

345

350

Tyr

Asp

Leu

Ile

Ser

Lys

Gin

Gly

Val

Leu

Lys

Ala

Asn

Leu

Lys

Asn

355

360

365

Ala

Arg

Phe

Leu

Lys

Asn

Ala

Phe

Ser

Asp

Phe

Leu

Tyr

Ser

Ile

Ser

370

375

380

Arg

Phe

Asp

Ile

Thr

Lys

Glu

Ile

Tyr

His

Asp

Ala

Asn

Leu

Val

Ser

385

390

395

400

Gin

Ile

Asn

Gin

Gin

Arg

Leu

Leu

Ser

Asp

Leu

Ser

Leu

Lys

Ser

Pro

405

410

415

Lys

Thr

Gin

Leu

Lys

Ile

His

Asn

Gly

Leu

Leu

Asp

Leu

Asn

Thr

Lys

354 • 4 ·· • · · « ··· • · « • · · »··· ·· • «· ·· · · • · · • · · · • · * ·*· ·* ·· ·«

9 · • ·· ··· · * • · · ·· **

420

425

430

Gin

Met

Asp

Ile

Leu

Met

Asp

Ala

Glu

Ile

Leu

Lys

Phe

Ile

Phe

Lys

435

440

445

Met

Lys

Leu

Gin

Gly

Ser

Met

His

Gin

Pro

Lys

Phe

Ser

Leu

Ile

Leu

450

455

460

Asn

Glu

Lys

Ala

Ile

Gin

Gin

Asn

Leu

Gin

Gin

Gly

Leu

Lys

Glu

Ile

465

470

475

480

Leu

Lys

Asn

Asp

Thr

Leu

Lys

Lys

Gly

Leu

Asp

His

Leu

Leu

Lys

Asp

485

490

495

Asp

Lys

Leu

Lys

Glu

Lys

Leu

Glu

Lys

Gly

Leu

Lys

Gly

Leu

Phe

500

505

510

(2)	INFORMACE PRO SEQ ID	NO:758:
	(i) CHARAKTERISTIKA	. SEKVENCE:
	(A) DÉLKA: 111	aminokyselin
	(B) TYP: aminokyselina
	(D) TOPOLOGIE:	lineární
	(ii) DRUH MOLEKULY:	protein
	(iii) HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	. 111
	(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:758:
Met	Lys Pro Thr Asn Glu	Pro Lys Lys Pro Phe Phe Gin Ser Pro Ile
1	5	10 15
Val	Leu Ala Val Leu Gly	Gly Ile Leu Leu Ile Phe Phe Leu Arg Ser
	20	25 30
Phe	Asn Ser Asp Gly Ser	Phe Ser Asp Asn Phe Leu Ala Ser Ser Thr
	35	40 45
Lys	Asn Val Ser Tyr His	Glu Ile Ile Gin Leu Ile Ser Asn His Glu
	50	55 60
Val	Gly Asn Val Ser Ile	Gly Gin Thr Leu Ile Lys Ala Ser His Lys
65	70	75 80
Glu	Gly Asn Asn Arg Val	Ile Tyr Ile Ala Lys Arg Val Leu Ile Tyr
	85	90 95
Leu	Ser Ala Phe Val Arg	Arg Glu Lys Asn Gin Leu Phe Trp Phe
	100	105 110

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:773:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 436 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

25§ (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...436 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:773:

Met

Met

Lys

Phe

Phe

Leu

Leu

Lys

Lys

Phe

Ser

Glu

Phe

Leu

Asn

Thr

1

5

10

15

Gin

Thr

His

Phe

Asn

Leu

Lys

Arg

Leu

Asn

Ala

Ser

Ser

Phe

Leu

Leu

20

25

30

Glu

Thr

Phe

Ser

Lys

Glu

Lys

His

Ala

Phe

Val

Val

Asp

Leu

Ser

Ala

35

40

45

Pro

Tyr

Ile

Gly

Leu

Ser

Lys

Lys

Pro

Pro

Glu

Ser

Val

Leu

Lys

Asn

50

55

60

Thr

Leu

Ala

Leu

Asp

Phe

Cys

Leu

Asn

Lys

Phe

Thr

Lys

Asn

Ala

Lys

65

70

75

80

Ile

Leu

Gin

Ala

Asn

Val

Ile

Asp

Asn

Asp

Arg

Ile

Leu

Glu

Ile

Lys

85

90

95

Gly

Ala

Lys

Asp

Leu

Ala

Tyr

Lys

Ser

Glu

Thr

Phe

Ile

Leu

Arg

Leu

100

105

110

Glu

Met

Ile

Pro

Lys

Lys

Ala

Asn

Leu

Met

Ile

Leu

Asp

Gin

Glu

Lys

115

120

125

Cys

Val

Ile

Glu

Ala

Phe

Arg

Phe

Asn

Asp

Arg

Val

Ala

Lys

Asn

Asp

130

135

140

Ile

Leu

Gly

Ala

Leu

Pro

Pro

Asn

Ile

Tyr

Glu

His

Gin

Glu

Glu

Asp

145

150

155

160

Leu

Asp

Phe

Lys

Gly

Leu

Leu

Asp

Ile

Leu

Glu

Lys

Asp

Phe

Leu

Ser

165

170

175

Tyr

Gin

His

Lys

Glu

Leu

Glu

His

Lys

Lys

Asn

Gin

Ile

Ile

Lys

Arg

180

185

190

Leu

Asn

Ala

Gin

Lys

Glu

Arg

Leu

Lys

Glu

Lys

Leu

Glu

Lys

Leu

Glu

195

200

205

Asp

Pro

Lys

Thr

Leu

Gin

Leu

Glu

Ala

Lys

Glu

Leu

Gin

Thr

Gin

Ala

210

215

220

Ser

Leu

Leu

Leu

Thr

Tyr

Gin

His

Leu

Ile

Asn

Arg

Arg

Glu

Asn

Arg

225

230

235

240

Val

Ile

Leu

Lys

Asp

Phe

Glu

Asp

Lys

Glu

Cys

Met

Ile

Glu

Ile

Asp

245

250

255

Lys

Ser

Met

Pro

Leu

Asn

Ala

Phe

Ile

Asn

Lys

Lys

Phe

Thr

Leu

Ser

260

265

270

Lys

Lys

Lys

Lys

Gin

Lys

Ser

Gin

Phe

Leu

Tyr

Leu

Glu

Glu

Glu

Asn

275

280

285

Leu

Lys

Glu

Lys

Ile

Ala

Phe

Lys

Glu

Asn

Gin

Ile

Asn

Tyr

Val

Arg

290

295

300

Asp

Ala

Ala

Glu

Glu

Ser

Val

Leu

Glu

Met

Phe

Met

Pro

Val

Lys

Asn

305

310

315

320

Ser

Lys

Ile

Lys

Arg

Pro

Met

Asn

Gly

Tyr

Glu

Val

Leu

Tyr

Tyr

Lys

325

330

335

Asp

Phe

Lys

Ile

Gly

Leu

Gly

Lys

Asn

Gin

Lys

Glu

Asn

Ile

Lys

Leu

340

345

350

Leu

Gin

Asp

Ala

Arg

Ala

Asn

Asp

Leu

Trp

Met

His

Val

Arg

Asp

Ile

355

360

365

Pro

Gly

Ser

His

Leu

Ile

Val

Phe

Cys

Gin

Lys

Asn

Thr

Pro

Lys

Asp

370

375

380

Glu

Val

Ile

Met

Glu

Leu

Ala

Lys

Met

Leu

Ile

Lys

Met

Gin

Lys

Asp

385

390

395

400

Ala

Phe

Asn

Gly

Tyr

Glu

Ile

Asp

Tyr

Thr

Gin

Arg

Lys

Phe

Val

Lys

405

410

415

Ile

Ile

Lys

Gly

Ala

His

Val

Ile

Tyr

Ser

Lys

Tyr

Arg

Thr

Ile

Ser

420

425

430

Leu

Lys

Asp

Thr

• ·

256

435 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:776:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 533 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...533 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:776:

Met

Arg

Lys

Val

Ile

Ile

Met

Asn

Gly

Tyr

Leu

Arg

Val

Lys

Thr

Pro

1

5

10

15

Tyr

Phe

Leu

Ala

Ser

Val

Val

Leu

Thr

Phe

Trp

Thr

Phe

Asn

Ser

Phe

20

25

30

Met

Ser

Ala

Lys

Asp

Lys

His

His

Phe

Leu

Lys

Lys

Val

Thr

Thr

Thr

35

40

45

Glu

Gin

Lys

Phe

Ser

Ser

Ser

Ala

Pro

Ile

Ser

Trp

Gin

Ser

Glu

Glu

50

55

60

Val

Arg

Asn

Ser

Thr

Ser

Ser

Arg

Thr

Val

Ile

Ser

Asn

Lys

Glu

Leu

65

70

75

80

Lys

Lys

Thr

Gly

Asn

Leu

Asn

Ile

Glu

Asn

Ala

Leu

Gin

Asn

Val

Pro

85

90

95

Gly

Ile

Gin

Ile

Arg

Asp

Ala

Thr

Gly

Thr

Gly

Val

Leu

Pro

Lys

Ile

100

105

110

Ser

Val

Arg

Gly

Phe

Gly

Gly

Gly

Gly

Asn

Gly

His

Ser

Asn

Thr

Asn

115

120

125

Met

Ile

Leu

Val

Asn

Gly

Ile

Pro

Ile

Tyr

Gly

Ala

Pro

Tyr

Ser

Asn

130

135

140

Ile

Glu

Leu

Ala

Ile

Phe

Pro

Val

Thr

Phe

Gin

Ser

Val

Asp

Arg

Ile

145

150

155

160

Asp

Val

Ile

Lys

Gly

Gly

Thr

Ser

Val

Gin

Tyr

Gly

Pro

Asn

Thr

Phe

165

170

175

Gly

Gly

Val

Val

Asn

Val

Ile

Thr

Lys

Glu

Ile

Pro

Lys

Glu

Trp

Glu

180

185

190

Asn

Gin

Ala

Ala

Glu

Arg

Ile

Thr

Phe

Trp

Gly

Arg

Ser

Ser

Asn

Gly

195

200

205

Asn

Phe

Val

Asp

Pro

Lys

Glu

Lys

Gly

Lys

Pro

Leu

Ala

Gin

Thr

Leu

210

215

220

Gly

Asn

Gin

Met

Leu

Phe

Asn

Thr

Tyr

Gly

Arg

Thr

Ala

Gly

Met

Leu

225

230

235

240

Gly

Lys

Tyr

Ile

Gly

Ile

Ser

Ala

Gin

Gly

Asn

Trp

Ile

Asn

Gly

Gin

245

250

255

Gly

Phe

Arg

Gin

Asn

Ser

Pro

Thr

Lys

Val

Gin

Asn

Tyr

Leu

Leu

Asp

260

265

270

Ala

Ile

Tyr

Lys

Ile

Asn

Ala

Thr

Asn

Thr

Phe

Lys

Ala

Tyr

Tyr

Gin

275

280

285

Tyr

Tyr

Gin

Tyr

Asn

Ser

Tyr

His

Pro

Gly

Thr

Leu

Ser

Ala

Gin

Asp

290

295

300

Tyr

Ala

Tyr

Asn

Arg

Phe

Ile

Asn

Glu

Arg

Pro

Asp

Asn

Gin

Asp

Gly

305

310

315

320

• ·

257 ··· · · · · ···· ···· · · · · · ·· • · ·· · · ·· ···· · ··· ··· ··· ···· ·· ··· ·· ·· ··

Gly Arg Ala

Lys

Arg 325

Phe

Gly

Ile

Val

Tyr 330

Gin

Asn

Tyr

Phe

Gly 335

Asp

Pro Asp Arg

Lys

Val

Gly

Gly

Asp

Phe

Lys

Phe

Thr

Tyr

Phe

Thr

His

340

345

350

Asp Met Ser

Arg

Asp

Phe

Gly

Phe

Ser

Asn

Gin

Tyr

Gin

Ser

Val

Tyr

355

360

365

Met Ser Gly

Gin

Asn

Lys

Ile

Leu

Pro

Phe

Lys

Gly

Lys

Gly

Glu

Ile

370

375

380

Ser Ala Lys

Asn

Pro

Asn

Cys

Gly

Leu

Tyr

Ser

Tyr

Ser

Asp

Thr

Asn

385

390

395

400

Ser Pro Cys

Trp

Gin

Phe

Phe

Asp

Asn

Ile

Arg

Arg

Ser

Val

Val

Asn

405

410

415

Ala Phe Glu

Pro

Lys

Leu

Asn

Leu

Ile

Val

Asn

Thr

Gly

Lys

Val

Lys

420

425

430

Gin Thr Phe

Asn

Met

Gly

Met

Arg

Phe

Leu

Thr

Glu

Asp

Leu

Tyr

Arg

435

440

445

Arg Ser Thr

Thr

Arg

Lys

Asn

Pro

Ser

Met

Pro

Asn

Asn

Gly

Ser

Gly

450

455

460

Phe Asp Ala

Gly

Thr

Ser

Leu

Asn

Asn

Phe

Asn

Asn

Tyr

Thr

Ala

Val

465

470

475

480

Tyr Ala Ser

Asp

Glu

Ile

Asn

Phe

Asn

Asn

Gly

Met

Leu

Thr

Ile

Thr

485

490

495

Pro Gly Leu

Arg

Tyr

Thr

Phe

Leu

Asn

Tyr

Glu

Lys

Lys

Asp

Ala

Pro

500

505

510

Pro Phe Lys

Val

Gly

Gin

Thr

Pro

Lys

Thr

Thr

Lys

Glu

Arg

Tyr

Asn

515

520

525

Gin Trp Asn

Pro

Ala

530

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO

: 777

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 255 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina

	(E	i) TOPOLOGIE:	lineární
	(ii) DRUH MOLEKULY:	protein
	(iii) HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	různé znaky
	(E	;) POZICE 1. .	.255
	(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:777:
Met	Lys Lys	Ile Phe Leu	Gly Met Ala Leu Ala Phe Ser Val Ser Met
1		5	10 15
Ala	Glu Lys	Ser Gly Ala	Phe Leu Gly Gly Gly Phe Gin Tyr Ser Asn
		20	25 30
Leu	Glu Asn	Gin Asn Thr	Thr Arg Thr Pro Ser Ala Asn Asn Asn Thr
	35		40 45
Pro	Ile Asn	Thr Ser Met	Phe Gly Asn Asn Gin Ala Ala Pro Ala Gin
	50		55 60
Glu	Thr Pro	Ser Val Ile	Asn Thr Asn Asn Tyr Gly Gin Met Tyr Gly
65		70	75 80
Val	Asp Ala	Met Ala Gly	Tyr Lys Trp Phe Phe Gly Lys Thr Lys Arg
		85	90 95
Phe	Gly Phe	Arg Thr Tyr	Gly Tyr Tyr Ser Tyr Asn His Ala Asn Leu

• ·

258

100

105

110

Ser

Phe

Val

Gly

Ser

Lys

Leu

Gly

Ile

Met

Asp

Gly

Ala

Ser

Gin

Val

115

120

125

Asn

Asn

Phe

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Phe

Asp

Ala

Leu

Tyr

Asn

Phe

Tyr

130

135

140

Glu

Ser

Lys

Glu

Gly

Tyr

Asn

Thr

Ala

Gly

Leu

Phe

Val

Gly

Phe

Gly

145

150

155

160

Leu

Gly

Gly

Asp

Ser

Phe

Ile

Val

Gin

Gly

Glu

Ser

Tyr

Leu

Lys

Ser

165

170

175

Gin

Met

Gin

Ile

Cys

Asn

Asn

Thr

Ala

Gly

Cys

Ser

Ala

Ser

Met

Asn

180

185

190

Thr

Ser

Tyr

Phe

Gin

Met

Pro

Val

Glu

Phe

Gly

Phe

Arg

Ser

Asn

Phe

195

200

205

Ser

Lys

His

Ser

Gly

Ile

Glu

Val

Gly

Phe

Lys

Leu

Pro

Leu

Phe

Thr

210

215

220

Asn

Gin

Phe

Tyr

Lys

Glu

Arg

Gly

Val

Asp

Gly

Ser

Val

Asp

Val

Phe

225

230

235

240

Tyr

Lys

Arg

Asn

Phe

Ser

Ile

Tyr

Phe

Asn

Tyr

Met

Ile

Asn

Leu

245

250

255

(2)	INFORMACE PRO SEQ IP	' NO:802:
	(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
	(A) DÉLKA: 486	aminokyselin
	(B) TYP: aminokyselina
	(D) TOPOLOGIE:	lineární
	(ii) DRUH MOLEKULY:	protein
	(iii) HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	i: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.486
	(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:802:
Leu	Ala Ile Lys Arg Glu	Lys Met Lys Asn Ser Ala Pro Leu Lys Asn
1	5	10 15
Lys	Val Phe Cys Gly Leu	Tyr Val Leu Ser Leu Ser Ala Ser Val Gin
	20	25 30
Ala	Phe Asp Tyr Lys Ile	Glu Val Leu Ala Glu Ser Phe Ser Lys Val
	35	40 45
Gly	Phe Asn Lys Lys Lys	Ile Asp Ile Ala Arg Gly Ile Tyr Pro Thr
	50	55 60
Glu	Thr Phe Val Thr Ala	Val Gly Gin Gly Asn Ile Tyr Ala Asp Phe
65	70	75 80
Leu	Ser Lys Ser Leu Lys	Asp Gin Gly His Val Leu Glu Gly Lys Val
	85	90 95
Gly	Gly Thr Ile Gly Gly	Ile Ala Tyr Asp Ser Thr Lys Phe Asn Gin
	100	105 110
Gly	Gly Ser Val Ile Tyr	Asn Tyr Ile Gly Tyr Trp Asp Gly Tyr Leu
	115	120 125
Gly	Gly Lys Arg Ala Leu	Leu Asp Gly Thr Ser Ile His Glu Cys Ala
	130	135 140
Leu	Gly Ser Asp Gly Lys	Val Ile Asp Ser Ile Ala Cys Gly Asn Ala
145	150	155 160
Arg	Ala Asn Lys Ile Arg	Arg Asn Tyr Leu Met Asn Asn Ala Phe Leu

• ·

259

165

170

175

Glu

Tyr

Arg

Tyr

Lys

Asp

Ile

Phe

Ala

Ala

Lys

Gly

Gly

Arg

Tyr

Gin

180

185

190

Ser

Asn

Ala

Pro

Tyr

Met

Ser

Ser

Tyr

Thr

Gin

Gly

Phe

Glu

Ile

Ser

195

200

205

Ala

Lys

Ile

Lys

Asp

Lys

Asn

Glu

Gly

Ser

His

Lys

Leu

Trp

Trp

Phe

210

215

220

Ser

Ser

Trp

Gly

Arg

Ala

Phe

Ala

Tyr

Gly

Glu

Trp

Ile

Tyr

Asp

Phe

225

230

235

240

Tyr

Ser

Pro

Arg

Thr

Val

Ile

Lys

Asn

Gly

Arg

Thr

Leu

Asn

Tyr

Gly

245

250

255

Ile

His

Leu

Val

Asp

Tyr

Thr

Tyr

Glu

Arg

Lys

Gly

Val

Ser

Val

Ser

260

265

270

Pro

Phe

Phe

Gin

Phe

Ser

Pro

Gly

Thr

Tyr

Tyr

Ser

Pro

Gly

Val

Ala

275

280

285

Val

Gly

Tyr

Asp

Ser

Asn

Pro

Asn

Phe

Asn

Gly

Val

Gly

Phe

Arg

Ser

290

295

300

Glu

Thr

Lys

Ala

Tyr

Ile

Leu

Leu

Pro

Val

His

Ala

Pro

Leu

Lys

Arg

305

310

315

320

Asp

Thr

Tyr

Arg

Tyr

Ala

Val

Lys

Ala

Gly

Thr

Ala

Gly

Gin

Ser

Leu

325

330

335

Leu

Ile

Arg

Gin

Arg

Phe

Asp

Tyr

Asn

Glu

Phe

Asn

Phe

Gly

Gly

Ala

340

345

350

Phe

Tyr

Lys

Val

Trp

Lys

Asn

Ala

Asn

Ala

Tyr

Ile

Gly

Thr

Thr

Gly

355

360

365

Asn

Pro

Leu

Gly

Ile

Asp

Phe

Trp

Thr

Asn

Ser

Val

Tyr

Asp

Ile

Gly

370

375

380

Gin

Ala

Leu

Ser

His

Val

Val

Thr

Ala

Asp

Ala

Val

Ser

Gly

Trp

Val

385

390

395

400

Phe

Gly

Gly

Gly

Val

His

Lys

Lys

Trp

Leu

Trp

Gly

Thr

Leu

Trp

Arg

405

410

415

Trp

Thr

Ser

Gly

Ala

Leu

Ala

Asn

Glu

Ala

Ser

Ala

Ala

Val

Asn

Val

420

425

430

Gly

Tyr

Lys

Ile

Ser

Lys

Ser

Leu

Thr

Ala

Ser

Val

Lys

Leu

Glu

Tyr

435

440

445

Leu

Gly

Val

Met

Thr

His

Ser

Gly

Phe

Thr

Val

Gly

Ser

Tyr

Arg

Pro

450

455

460

Thr

Pro

Gly

Ser

Lys

Ala

Leu

Tyr

Ser

Asp

Arg

Ser

His

Leu

Met

Thr

465

470

475

480

Thr

Leu

Ser

Ala

Lys

Phe

485

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:809:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 192 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...192 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:809:

• ·

	360	• · · ·	• ·	• · ·
Leu Leu Gly	Arg Asn Gly Val Thr Leu Asn Ile	Arg Gin Val	Phe	Trp
1	5 10		15
Trp Asp Asn	Phe Asn Trp Ser Ile Gly Phe Tyr	Asn Thr Phe	Gly	Asn
	20 25	30
Ser Asp Ala	Phe Leu Gly Ser His Thr Met Pro	Arg Gly Asn	Asn	Thr
35	40	45
Ser Tyr Ile	Ser Asn Glu Ile Ser Val Thr Thr	Arg His Ala	Gly	Met
50	55	60
Ile Gly Tyr	Asp Phe Trp Asp Asn Thr Ala Tyr	Asp Gly Leu	Ala	Asp
65	70 75			80
Ala Ile Thr	Asn Ala Asn Thr Phe Thr Phe Tyr	Thr Ser Val	Gly	Gly
	85 90		95
Ile His Lys	Arg Phe Ala Trp His Val Phe Gly	Arg Val Ser	His	Ala
	100 105	110
Asn Lys Asn	Ala Leu Gly Gin Val Gly Arg Ala	Asn Glu Tyr	Ser	Leu
115	120	125
Gin Phe Asn	Ala Ser Tyr Ala Phe Thr Glu Ser	Val Leu Leu	Asn	Phe
130	135	140
Arg Ile Thr	Tyr Tyr Gly Ala Arg Ile Asn Lys	Gly Tyr Gin	Ala	Gly
145	150 155			160
Tyr Phe Gly	Ala Pro Lys Phe Asn Asn Pro Asp	Gly Asp Phe	Ser	Ala
	165 170		175
Asn Tyr Gin	Asp Arg Ser Tyr Met Met Thr Asn	Leu Thr Leu	Lys	Phe
	180 185	190
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:810:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 354 aminokyselin
(B) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLOGIE: lineární
(ii) DRUH MOLEKULY: protein

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

	(ix) (xi)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé	znaky
(B) POZICE 1.. POPIS SEKVENCE:	. . 354	NO: :	810:
SEC	> ID
Met	Gin	Gin Gin Leu Thr	Tyr	Leu	Asn	Ala Gly Asn Val Phe Phe Asn
1		5				10 15
Ala	Met	Asn Lys Ala Leu	Glu	Lys	Asn	Gly Thr Ala Thr Ala Asn Ser
		20			25	30
Thr	Ser	Ser Thr Ser Gly	Ala	Thr	Gly	Ser Asp Gly Gin Thr Tyr Ser
		35		40		45
Gin	Gin	Ala Ile Gin Tyr	Leu	Gin	Gly	Gin Gin Asn Ile Leu Asn Asn
	50		55			60
Ala	Ala	Asn Leu Leu Lys	Gin	Asp	Glu	Leu Leu Leu Glu Ala Phe Asn
65		70				75 80
Ser	Ala	Val Ala Ala Asn	Ile	Gly	Asn	Lys Glu Phe Asn Ser Ala Ala
		85				90 95
Phe	Thr	Gly Leu Val Gin	Gly	Ile	Ile	Asp Gin Ser Gin Leu Val Tyr
		100			105	110
Asn	Glu	Leu Thr Lys Asn	Thr	Ile	Ser	Gly Ser Ala Val Asn Asn Ala
		115		120		125
Gly	Ile	Asn Ser Asn Gin	Ala	Asn	Ala	Val Gin Gly Arg Ala Ser Gin

• ·

26-1

130

135

140

Leu

Pro

Asn

Ala

Leu

Tyr

Asn

Val

Gin

Val

Thr

Leu

Asp

Lys

Ile

Asn

145

150

155

160

Ala

Leu

Asn

Asn

Gin

Val

Arg

Ser

Met

Pro

Tyr

Leu

Pro

Gin

Phe

Arg

165

170

175

Ala

Gly

Asn

Ser

Arg

Ala

Thr

Asn

Ile

Leu

Asn

Gly

Phe

Tyr

Thr

Lys

180

185

190

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Lys

Lys

Arg

Asn

Ile

Gly

Leu

Arg

195

200

205

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Ser

Tyr

Asn

Gly

Ala

Ser

Val

Gly

Phe

Arg

Ser

210

215

220

Thr

Gin

Asn

Asn

Val

Gly

Leu

Tyr

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Thr

Asp

Val

225

230

235

240

Leu

Tyr

Asn

Ile

Phe

Ser

Arg

Ser

Tyr

Gin

Asn

Arg

Ser

Val

Asp

Met

245

250

255

Gly

Phe

Phe

Ser

Gly

Ile

Gin

Leu

Ala

Gly

Glu

Thr

Phe

Gin

Ser

Thr

260

265

270

Leu

Arg

Asp

Asp

Pro

Asn

Val

Lys

Leu

His

Gly

Lys

Ile

Asn

Asn

Thr

275

280

285

His

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asp

Phe

Gly

Met

Arg

Met

Asn

Phe

Gly

Lys

290

295

300

Leu

Asp

Gly

Lys

Ser

Asn

Arg

His

Asn

Gin

His

Thr

Val

Glu

Phe

Gly

305

310

315

320

Val

Val

Val

Pro

Thr

Ile

Tyr

Asn

Thr

Tyr

Tyr

Lys

Ser

Ala

Gly

Thr

325

330

335

Thr

Val

Lys

Tyr

Phe

Arg

Pro

Tyr

Ser

Val

Tyr

Trp

Ser

Tyr

Gly

Tyr

340

345

350

Ser

Phe

(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:816:
	(1)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
		(A) DÉLKA: 277 aminokyselin
		(B) TYP: aminokyselina
		(D) TOPOLOGIE: lineární
	(ii)	DRUH MOLEKULY: protein
	(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
		(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A) NÁZEV/KLÍČ: různé	znaky
		(B) POZICE 1...277
	(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:	816:
Leu	Lys	Arg Ala Leu Trp Leu Ile	Leu	Gly	Leu	Phe	Tyr	Ala	Leu	Asn
1		5		10					15
Ala	Glu	Ser Phe Lys Asp Val Leu	Thr	Lys	Gly	Asp	Tyr	Thr	Phe	Phe
		20	25					30
Asn	Lys	Lys Val Val Ser Pro Ile	Lys	Arg	Tyr	Ala	Asp	Arg	Ser	Ala
		35 40					45
Phe	Tyr	Leu Gly Leu Gly Tyr Gin	Leu	Gly	Ser	Ile	Gin	His	Asn	Ser
	50	55				60
Ser	Asn	Leu Asn Leu Ser Gin Arg	Phe	Asn	Lys	Ser	Gin	Ile	Ile	Phe
65		70			75					80
Ser	Asp	Ser Leu Ser Pro Val Phe	Lys	Asn	Ser	Tyr	Val	Ser	Asn	Gly

• · · ·

262

85

90

95

Leu

Gly

Val

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Trp

Val

Gly

Lys

His

Glu

Glu

Thr

100

105

110

Lys

Trp

Phe

Gly

Phe

Arg

Trp

Gly

Leu

Phe

Tyr

Asp

Leu

Ser

Ala

Ser

115

120

125

Leu

Tyr

Gly

Ser

Gin

Glu

Ser

Gin

Ser

Ile

Ile

Ile

Ser

Thr

Tyr

Gly

130

135

140

Thr

Tyr

Met

Asp

Leu

Leu

Leu

Asn

Ala

Tyr

Asn

Gly

Asp

Lys

Phe

Phe

145

150

155

160

Ala

Gly

Phe

Asn

Leu

Gly

Ile

Ala

Phe

Ala

Gly

Val

Tyr

Asp

Arg

Leu

165

170

175

Ser

Asp

Ala

Leu

Leu

Tyr

Gin

Thr

Leu

Leu

Gin

Asn

Thr

Phe

Gly

Gly

180

185

190

Lys

Val

Asn

Leu

Asn

Gly

Phe

Gin

Phe

Leu

Val

Asp

Leu

Gly

Val

Arg

195

200

205

Leu

Gly

Asn

Glu

His

Asn

Gin

Phe

Gly

Phe

Gly

Ile

Lys

Ile

Pro

Thr

210

215

220

Tyr

Tyr

Phe

Asn

His

Tyr

Tyr

Ser

Met

Asn

Asn

Ile

Ser

Asn

Asn

Ser

225

230

235

240

Glu

Asn

Val

Leu

Lys

Val

Leu

Arg

Phe

Leu

Glu

Tyr

Gly

Ile

Asn

Ser

245

250

255

Leu

Leu

Tyr

Gin

Val

Asp

Phe

Arg

Arg

Asn

Tyr

Ser

Val

Tyr

Phe

Asn

260

265

270

Tyr

Thr

Tyr

Ser

Phe

275

(2)

INFORMACE PRO SEQ ID NO:

: 817:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 493 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina

	(D) TOPOLOGIE:	lineární
	(ii) DRUH MOLEKULY:	protein
	(iii) HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.493
	(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:817 :
Met	Pro Ala Leu Asn Ser	Ser Lys Asn Met Val Val Asn Ile Asn Gin
1	5	10 15
Thr	Phe Thr Lys Asn Pro	Thr Thr Glu Tyr Thr Tyr Pro Asp Gly Asn
	20	25 30
Gly	Asn Tyr Tyr Ser Gly	Gly Ser Ser Ile Pro Ile Gin Leu Lys Ile
	35	40 45
Ser	Ser Val Asn Asp Ala	Glu Asn Leu Leu Gin Gin Ala Ala Thr Ile
	50	55 60
Ile	Asn Val Leu Thr Thr	Gin Asn Pro His Val Asn Gly Gly Gly Gly
65	70	75 80
Ala	Trp Gly Phe Gly Gly	Lys Thr Gly Asn Val Met Asp Ile Phe Gly
	85	90 95
Asp	Ser Phe Asn Ala Ile	Asn Glu Met Ile Lys Asn Ala Gin Ala Val
	100	105 110
Leu	Glu Lys Thr Gin Gin	Leu Asn Ala Asn Glu Asn Thr Gin Ile Thr
	115	120 125

• · ·· · «· ·· ·· ··· · · · · · · · · • · · · ·· · · · · · • · · k · · · · ···· · • a · ··· ···

263 ...............

Gin

Pro 130

Asp

Asn

Phe

Asn

Pro 135

Tyr

Thr

Ser

Lys

Asp 140

Thr

Gin

Phe

Ala

Gin

Glu

Met

Leu

Asn

Arg

Ala

Asn

Ala

Gin

Ala

Glu

Ile

Leu

Ser

Leu

145

150

155

160

Ala

Gin

Gin

Val

Ala

Asp

Asn

Phe

His

Ser

Ile

Gin

Gly

Pro

Ile

Gin

165

170

175

Gin

Asp

Leu

Glu

Glu

Cys

Thr

Ala

Gly

Ser

Ala

Gly

Val

Ile

Asn

Asp

180

185

190

Asn

Thr

Tyr

Gly

Ser

Gly

Cys

Ala

Phe

Val

Lys

Glu

Thr

Leu

Asn

Ser

195

200

205

Leu

Glu

Gin

His

Thr

Ala

Tyr

Tyr

Gly

Asn

Gin

Val

Asn

Gin

Asp

Arg

210

215

220

Ala

Leu

Ser

Gin

Thr

Ile

Leu

Asn

Phe

Lys

Glu

Ala

Leu

Ser

Thr

Leu

225

230

235

240

Gly

Asn

Asp

Ser

Lys

Ala

Ile

Asn

Ser

Gly

Ile

Ser

Asn

Leu

Pro

Asn

245

250

255

Ala

Lys

Ser

Leu

Gin

Asn

Met

Thr

His

Ala

Thr

Gin

Asn

Pro

Asn

Ser

260

265

270

Pro

Glu

Gly

Leu

Leu

Thr

Tyr

Ser

Leu

Asp

Thr

Ser

Lys

Tyr

Asn

Gin

275

280

285

Leu

Gin

Thr

Val

Ala

Gin

Glu

Leu

Gly

Lys

Asn

Pro

Phe

Arg

Arg

Ile

290

295

300

Gly

Val

Ile

Asn

Tyr

Gin

Asn

Asn

Asn

Gly

Ala

Met

Asn

Gly

Ile

Gly

305

310

315

320

Val

Gin

Ala

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Lys

Lys

Arg

Asn

Trp

Gly

325

330

335

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Asp

Tyr

Asn

His

Ala

Tyr

Ile

Lys

Ser

340

345

350

Asn

Phe

Phe

Asn

Ser

Ala

Ser

Asp

Val

Trp

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Met

355

360

365

Asp

Ala

Leu

Tyr

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp

Lys

Asn

Thr

Asn

Phe

Leu

Gly

370

375

380

Lys

Asn

Asn

Lys

Leu

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

Gly

Gly

Phe

Ala

Leu

Ala

385

390

395

400

Gly

Thr

Ser

Trp

Leu

Asn

Ser

Gin

Gin

Val

Asn

Leu

Thr

Met

Met

Asn

405

410

415

Gly

Ile

Tyr

Asn

Ala

Asn

Val

Ser

Ala

Ser

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

420

425

430

Asp

Leu

Gly

Leu

Arg

Met

Asn

Leu

Ala

Arg

Pro

Lys

Lys

Lys

Asp

Ser

435

440

445

Asp

His

Ala

Ala

Gin

His

Gly

Met

Glu

Leu

Gly

Val

Lys

Ile

Pro

Thr

450

455

460

Ile

Asn

Thr

Asp

Tyr

Tyr

Ser

Phe

Met

Gly

Ala

Glu

Leu

Lys

Tyr

Arg

465

470

475

480

Arg

Leu

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

485

490

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:818:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 269 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

• ·

264 • · · • · · · • · « ·· · • · · • · · · (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...269 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:818:

Val 1

Leu

Asn

Thr

Thr 5

Gin

Lys

Ser

Leu

Leu 10

Val

Phe

Met

Gly

Val 15

Phe

Phe

Leu

Ile

Phe

Gly

Val

Asp

Gin

Ala

Ile

Lys

His

Ala

Ile

Leu

Glu

20

25

30

Gly

Phe

His

Tyr

Glu

Ser

Leu

Val

Ile

Asp

Ile

Val

Leu

Val

Phe

Asn

35

40

45

Lys

Gly

Val

Ala

Phe

Ser

Leu

Leu

Ser

Phe

Leu

Glu

Gly

Gly

Leu

Lys

50

55

60

Tyr

Leu

Gin

Ile

Leu

Leu

Ile

Leu

Gly

Leu

Phe

Ile

Phe

Leu

Met

Arg

65

70

75

80

Gin

Lys

Glu

Leu

Phe

Lys

Ser

His

Ala

Ile

Glu

Phe

Gly

Met

Val

Phe

85

90

95

Gly

Ala

Gly

Val

Ser

Asn

Val

Leu

Asn

Arg

Leu

Val

Ser

Leu

Gly

Gin

100

105

110

Leu

Tyr

Ile

Leu

Tyr

Asp

Val

Leu

Ala

Ile

Arg

Arg

Glu

Lys

Met

Lys

115

120

125

Asn

Ser

Ala

Pro

Leu

Lys

Asn

Lys

Val

Phe

Cys

Gly

Leu

Tyr

Val

Leu

130

135

140

Ser

Leu

Ser

Ala

Ser

Val

Gin

Ala

Phe

Asp

Tyr

Lys

Ile

Glu

Val

Leu

145

150

155

160

Ala

Glu

Ser

Phe

Ser

Lys

Val

Gly

Phe

Asn

Lys

Lys

Lys

Ile

Asp

Ile

165

170

175

Ala

Arg

Gly

Ile

Tyr

Pro

Thr

Glu

Thr

Phe

Val

Thr

Ala

Val

Gly

Gin

180

185

190

Gly

Asn

Ile

Tyr

Ala

Asp

Phe

Leu

Ser

Lys

Ser

Leu

Lys

Asp

Gin

Gly

195

200

205

His

Val

Leu

Glu

Gly

Lys

Val

Gly

Gly

Thr

Ile

Gly

Gly

Ile

Ala

Tyr

210

215

220

Asp

Ser

Thr

Lys

Phe

Asn

Gin

Gly

Gly

Ser

Val

Ile

Tyr

Asn

Tyr

Ile

225

230

235

240

Gly

Tyr

Trp

Asp

Gly

Tyr

Leu

Gly

Gly

Thr

Lys

Ala

Cys

Leu

Met

Ala

245

250

255

Gin

Val

Ser

Met

Thr

Ala

Arg

Leu

Ala

Leu

Met

Ala

Arg

260 265 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:820:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 215 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární

(ii)	DRUH MOLEKULY:	protein
(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.215
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:820:
Met Leu	Lys Leu Ala Ser	Lys Thr Ile Cys Leu Ser Leu Ile Ser Ser

• ·

265

1	5	10	15
Phe	Thr Ala Val Glu Ala Phe Gin	Lys His Gin	Lys Asp Gly Phe Phe
	20	25	30
Ile	Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly	Leu Leu Gin	Gly Thr Gin Thr Gin
	35 40		45
Glu	Gin Thr Ile Ala Thr Thr Gin	Glu Lys Pro	Lys Pro Lys Pro Lys
	50 55		60
Pro	Lys Pro Ile Thr Pro Gin Ser	Thr Tyr Gly	Lys Tyr Tyr Ile Ser
65	70	75	80
Gin	Ser Thr Ile Leu Lys Asn Ala	Thr Glu Leu	Phe Ala Glu Asp Asn
	85	90	95
Ile	Thr Asn Leu Thr Phe Tyr Ser	Gin Asn Pro	Val Tyr Val Thr Ala
	100	105	110
Tyr	Asn Gin Glu Ser Ala Glu Glu	Ala Gly Tyr	Gly Asn Asn Ser Leu
	115 120		125
Ile	Met Ile Gin Asn Phe Leu Pro	Tyr Asn Leu	Asn Asn Ile Glu Leu
	130 135		140
Ser	Tyr Thr Asp Asp Gin Gly Asn	Val Val Ser	Leu Gly Val Ile Glu
145	150	155	160
Thr	Ile Pro Lys Gin Ser Gin Ile	Ile Leu Pro	Ala Ser Leu Phe Asn
	165	170	175
Asp	Pro Gin Leu Asn Ala Asp Gly	Ser Asn Asn	Ser Lys Pro Thr Pro
	180	185	190
His	Asp Phe Leu Met Pro Ala Arg	Arg Ile Cys	Leu Thr Ser Ser Ala
	195 200		205
Arg	Leu Gin Pro Ile Phe Lys
	210 215
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:821:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 168 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina

	(D) TOPOLOGIE:	: lineární
	(ii) DRUH MOLEKULY:	protein
	(iii) HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky
	(B) POZICE 1..	. 168
	(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:821:
Met	Leu Ser Ser Asn Asp	Leu Phe Met Val Val Leu Gly Ala Ile Leu
1	5	10 15
Leu	Val Leu Val Cys Leu	Val Gly Tyr Leu Tyr Leu Lys Glu Lys Glu
	20	25 30
Phe	Tyr His Lys Met Arg	Arg Leu Glu Lys Thr Leu Asp Glu Ser Tyr
	35	40 45
Gin	Glu Asn Tyr Leu Tyr	Ser Lys Arg Leu Arg Glu Leu Glu Gly Arg
	50	55 60
Leu	Glu Gly Leu Ser Leu	Glu Lys Ser Ala Lys Glu Asp Ser Ser Leu
65	70	75 80
Lys	Thr Thr Leu Ser His	Leu Tyr Asn Gin Leu Gin Glu Ile Gin Lys
	85	90 95
Ser	Met Asp Lys Glu Arg	Asp Tyr Leu Glu Glu Lys Ile Ile Thr Leu
	100	105 110

26é

Glu

Asn

Lys 115

Phe

Lys

Asp

Met

Gly His 120

Tyr

Ala

Ala

Ser 125

Asp

Glu

Val

Asn

Glu

Lys

Gin

Val

Leu

Lys

Met

Tyr

Gin

Glu

Gly

Tyr

Ser

Val

Asp

130

135

140

Ser

Ile

Ser

Lys

Glu

Phe

Lys

Val

Ser

Lys

Gly

Glu

Val

Glu

Phe

Ile

145

150

155

160

Leu

Asn

Met

Ala

Gly

Leu

Lys

Trp

165

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:822:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 338 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...338 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:822:

Val 1

Gly

Phe

Glu

Tyr 5

Ser

Ile

Ser

His

Ala 10

Val

Glu

His

Asn

Asn 15

Pro

Phe

Leu

Asp

Gin 20

Glu

Arg

Ile

Gin

Ala 25

Ile

Ser

Asn

Ala

Arg 30

Gly

Glu

Val

Cys

Gly 35

Leu

Asp

Arg

Val

Lys 40

Asn

Glu

Ile

Thr

Asp 45

Met

Pro

Asn

Thr

Phe 50

Asn

Tyr

Ile

Asn

Asn 55

Ala

Leu

Lys

Asn

Asn 60

Ala

Lys

Leu

Thr

Pro 65

Thr

Glu

Lys

Gin

Ala 70

Glu

Thr

Tyr

Tyr

Leu 75

Gin

Ser

Thr

Leu

Gin 80

Asn

Ile

Glu

Lys

Ile 85

Val

Met

Leu

Ser

Gly 90

Gly

Val

Ala

Ser

Asn 95

Pro

Lys

Leu

Ala

Gin 100

Ala

Leu

Glu

Lys

Met 105

Gin

Glu

Pro

Ile

Thr 110

Asn

Pro

Leu

Glu

Leu 115

Val

Glu

Asn

Leu

Lys 120

Asn

Leu

Glu

Leu

Gin 125

Phe

Ser

Gin

Ser

Gin 130

Asn

Ser

Met

Leu

Ser 135

Ser

Leu

Ser

Ser

Gin 140

Ile

Ala

Gin

Ile

Ser 145

Asn

Ser

Leu

Asn

Ala 150

Leu

Asp

Pro

Ser

Ser 155

Tyr

Ser

Lys

Asn

Val 160

Ser

Ser

Met

Tyr

Gly 165

Val

Gly

Leu

Ser

Val 170

Gly

Tyr

Lys

His

Phe 175

Phe

Thr

Lys

Lys

Lys 180

Asn

Gin

Gly

Phe

Arg 185

Tyr

Tyr

Leu

Phe

Tyr 190

Asp

Tyr

Gly

Tyr

Thr 195

Asn

Phe

Gly

Phe

Val 200

Gly

Asn

Gly

Phe

Asp 205

Gly

Leu

Gly

Lys

Met 210

Asn

Asn

His

Leu

Tyr 215

Gly

Leu

Gly

Ile

Asp 220

Tyr

Leu

Phe

Asn

Phe 225

Ile

Asp

Asn

Ala

Gin 230

Lys

His

Ser

Ser

Val 235

Gly

Phe

Tyr

Val

Gly 240

Phe

Ala

Leu

Ala

Gly 245

Ser

Ser

Trp

Val

Gly 250

Ser

Gly

Leu

Gly

Met 255

Trp

Val

Ser

Gin

Met

Asp

Phe

Ile

Asn

Asn

Tyr

Leu

Thr

Asp

Tyr

Arg

Ala

• · ·· · · · · · ·· • · · ···· ···· • ··· ·· · · ··· «· · · · · ·· ··· · · ··· ··· ··· «··· ·· «·· ·· ·· ··

260

265

270

Lys

Met

His

Thr

Ser

Phe

Phe

Gin

Ile

Pro

Leu

Asn

Phe

Gly

Val

Arg

275

280

285

Val

Asn

Val

Asp

Arg

His

Asn

Gly

Phe

Glu

Met

Gly

Leu

Lys

Ile

Pro

290

295

300

Leu

Ala

Val

Asn

Ser

Phe

Tyr

Glu

Thr

His

Gly

Lys

Gly

Leu

Asn

Ala

305

310

315

320

Ser

Leu

Phe

Phe

Lys

Arg

Leu

Val

Met

Phe

Asn

Val

Ser

Tyr

Val

Tyr

325

330

335

Ser

Phe

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:842:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 276 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...276 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:842:

Met

Lys

Thr

Ser

Asn

Thr

Lys

Thr

Pro

Lys

Pro

Val

Leu

Ile

Ala

Gly

1

5

10

15

Pro

Cys

Val

Ile

Glu

Ser

Leu

Glu

Asn

Leu

Arg

Ser

Ile

Ala

Ile

Lys

20

25

30

Leu

Gin

Pro

Leu

Ala

Asn

Asn

Glu

Arg

Leu

Asp

Phe

Tyr

Phe

Lys

Ala

35

40

45

Ser

Phe

Asp

Lys

Ala

Asn

Arg

Thr

Ser

Leu

Glu

Ser

Tyr

Arg

Gly

Pro

50

55

60

Gly

Leu

Glu

Lys

Gly

Leu

Glu

Met

Leu

Gin

Thr

Ile

Lys

Asp

Glu

Phe

65

70

75

80

Gly

Tyr

Lys

Ile

Leu

Thr

Asp

Val

His

Glu

Ser

Tyr

Gin

Ala

Ser

Val

85

90

95

Ala

Ala

Lys

Val

Ala

Asp

Ile

Leu

Gin

Ile

Pro

Ala

Phe

Leu

Cys

Arg

100

105

110

Gin

Thr

Asp

Leu

Ile

Val

Glu

Val

Ser

Gin

Thr

Asn

Ala

Ile

Val

Asn

115

120

125

Ile

Lys

Lys

Gly

Gin

Phe

Met

Asn

Pro

Lys

Asp

Met

Gin

Tyr

Ser

Val

130

135

140

Leu

Lys

Ala

Leu

Lys

Thr

Arg

Asp

Ser

Ser

Ile

Gin

Ser

Pro

Thr

Tyr

145

150

155

160

Glu

Thr

Ala

Leu

Lys

Asn

Gly

Val

Trp

Leu

Cys

Glu

Arg

Gly

Ser

Ser

165

170

175

Phe

Gly

Tyr

Gly

Asn

Leu

Val

Val

Asp

Met

Arg

Ser

Leu

Lys

Ile

Met

180

185

190

Arg

Glu

Phe

Ala

Pro

Val

Ile

Phe

Asp

Ala

Thr

His

Ser

Val

Gin

Met

195

200

205

Pro

Gly

Gly

Ala

Asn

Gly

Lys

Ser

Ser

Gly

Asp

Ser

Ser

Phe

Pro

Pro

210

215

220

Ile

Leu

Pro

Arg

Ala

Ala

Ala

Ala

Val

Gly

Ile

Asp

Gly

Leu

Phe

Ala

268

225 Glu

Thr

His

Ile

Asp

230 Pro

Lys

Asn

Ala

Leu

235 Ser

Asp

Gly

Ala

Asn

240 Met

Leu

Lys

Pro

Asp

245 Glu

Leu

Glu

His

Leu

250 Val

Thr

Asp

Met

Leu

255 Lys

Ile

Gin

Asn

Leu

260 Phe

265

270

275 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:843:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 436 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...436 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:843:

Met

Met

Lys

Phe

Phe

Leu

Leu

Lys

Lys

Phe

Ser

Glu

Phe

Leu

Asn

Thr

1

5

10

15

Gin

Thr

His

Phe

Asn

Leu

Lys

Arg

Leu

Asn

Ala

Ser

Ser

Phe

Leu

Leu

20

25

30

Glu

Thr

Phe

Ser

Lys

Glu

Lys

His

Ala

Phe

Val

Val

Asp

Leu

Ser

Ala

35

40

45

Pro

Tyr

Ile

Gly

Leu

Ser

Lys

Lys

Pro

Pro

Glu

Ser

Val

Leu

Lys

Asn

50

55

60

Thr

Leu

Ala

Leu

Asp

Phe

Cys

Leu

Asn

Lys

Phe

Thr

Lys

Asn

Ala

Lys

65

70

75

80

Ile

Leu

Gin

Ala

Asn

Val

Ile

Asp

Asn

Asp

Arg

Ile

Leu

Glu

Ile

Lys

85

90

95

Gly

Ala

Lys

Asp

Leu

Ala

Tyr

Lys

Ser

Glu

Thr

Phe

Ile

Leu

Arg

Leu

100

105

110

Glu

Met

Ile

Pro

Lys

Lys

Ala

Asn

Leu

Met

Ile

Leu

Asp

Gin

Glu

Lys

115

120

125

Cys

Val

Ile

Glu

Ala

Phe

Arg

Phe

Asn

Asp

Arg

Val

Ala

Lys

Asn

Asp

130

135

140

Ile

Leu

Gly

Ala

Leu

Pro

Pro

Asn

Ile

Tyr

Glu

His

Gin

Glu

Glu

Asp

145

150

155

160

Leu

Asp

Phe

Lys

Gly

Leu

Leu

Asp

Ile

Leu

Glu

Lys

Asp

Phe

Leu

Ser

165

170

175

Tyr

Gin

His

Lys

Glu

Leu

Glu

His

Lys

Lys

Asn

Gin

Ile

Ile

Lys

Arg

180

185

190

Leu

Asn

Ala

Gin

Lys

Glu

Arg

Leu

Lys

Glu

Lys

Leu

Glu

Lys

Leu

Glu

195

200

205

Asp

Pro

Lys

Thr

Leu

Gin

Leu

Glu

Ala

Lys

Glu

Leu

Gin

Thr

Gin

Ala

210

215

220

Ser

Leu

Leu

Leu

Thr

Tyr

Gin

His

Leu

Ile

Asn

Arg

Arg

Glu

Asn

Arg

225

230

235

240

Val

Ile

Leu

Lys

Asp

Phe

Glu

Asp

Lys

Glu

Cys

Met

Ile

Glu

Ile

Asp

245

250

255

Lys

Ser

Met

Pro

Leu

Asn

Ala

Phe

Ile

Asn

Lys

Lys

Phe

Thr

Leu

Ser

260

265

270

• · • · ··

269

Lys

Lys

Lys 275

Lys

Gin

Lys

Ser

Gin 280

Phe

Leu

Tyr

Leu

Glu 285

Glu

Glu

Asn

Leu

Lys

Glu

Lys

Ile

Ala

Phe

Lys

Glu

Asn

Gin

Ile

Asn

Tyr

Val

Arg

290

295

300

Asp

Ala

Ala

Glu

Glu

Ser

Val

Leu

Glu

Met

Phe

Met

Pro

Val

Lys

Asn

305

310

315

320

Ser

Lys

Ile

Lys

Arg

Pro

Met

Asn

Gly

Tyr

Glu

Val

Leu

Tyr

Tyr

Lys

325

330

335

Asp

Phe

Lys

Ile

Gly

Leu

Gly

Lys

Asn

Gin

Lys

Glu

Asn

Ile

Lys

Leu

340

345

350

Leu

Gin

Asp

Ala

Arg

Ala

Asn

Asp

Leu

Trp

Met

His

Val

Arg

Asp

Ile

355

360

365

Pro

Gly

Ser

His

Leu

Ile

Val

Phe

Cys

Gin

Lys

Asn

Thr

Pro

Lys

Asp

370

375

380

Glu

Val

Ile

Met

Glu

Leu

Ala

Lys

Met

Leu

Ile

Lys

Met

Gin

Lys

Asp

385

390

395

400

Ala

Phe

Asn

Gly

Tyr

Glu

Ile

Asp

Tyr

Thr

Gin

Arg

Lys

Phe

Val

Lys

405

410

415

Ile

Ile

Lys

Gly

Ala

His

Val

Ile

Tyr

Ser

Lys

Tyr

Arg

Thr

Ile

Ser

420

425

430

Leu

Lys

Asp

Thr

435

(2)

INFORMACE PRO SEQ ID NO:

: 844 :

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 231 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina

	(D) TOPOLOGIE:	lineární
(ii)	DRUH MOLEKULY:	protein
(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.231
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:844 :
Met Phe	Lys Lys Ile Ile	Phe Leu Cys Val Phe Leu Ile Gly Gly Phe
1	5	10 15
Val Ile	Pro Pro Leu Glu	Ala Met Pro Ile Leu Arg Asn Lys Thr Pro
	20	25 30
Lys Lys	Asn Tyr Gin Glu	Ala His Glu Lys Leu Tyr Arg Ser Ile Ile
	35	40 45
Asn Arg	Gin Lys Leu Thr	Arg Lys Lys Ser Gly Trp Tyr Phe Leu Gly
50		55 60
Gly Val	Gly Ala Val Glu	Ala Ile Lys Asp Tyr Gin Gly Lys Glu Met
65	70	75 80
Lys Asp	Trp Ile Ala Thr	Leu Asn Leu Lys Thr Gly Val Gin Ser Phe
	85	90 95
Phe Lys	Lys Tyr Ile Gly	Ile Arg Gly Val Phe Ala Trp Asp Leu Gly
	100	105 110
Ser Gly	Lys Val Asn Tyr	Gin Ser Tyr Lys Asp Pro Thr Asn Ser Phe
	115	120 125
Phe Thr	Met Leu Ala Val	Gly Leu Asp Val Ile Met Glu Phe Pro Leu
130		135 140
Gly Ser	Tyr Lys His Tyr	Leu Gly Ala Phe Gly Gly Ala Arg Gly Ala

• · ···· ·· · · · · •· · · · · ·· ···· · ··· · · · ··· ···· ·· «·· ·· ·· ··

27Θ

145

150

155

160

Leu

Val

Val

Tyr

Thr

Asp

Lys

Gin

Asn

Phe

Lys

Phe

Phe

Lys

His

Ser

165

170

175

Val

Val

Ser

Gly

Gly

Leu

Ala

Ile

Ser

Gly

Gly

Val

Met

Leu

Thr

Leu

180

185

190

Phe

Leu

Arg

His

Arg

Ile

Glu

Leu

Gly

Phe

Lys

Ile

Leu

Pro

Thr

Ala

195

200

205

Arg

Leu

Leu

Ser

Ser

Ser

Ser

Arg

Phe

Glu

Thr

Ser

Pro

Leu

Phe

Tyr

210

215

220

Ala

Ala

Tyr

Ser

Tyr

Lys

Phe

225

230

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:855:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 479 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...479 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:855:

Met

Lys

Asn

Ser

Ala

Pro

Leu

Lys

Asn

Lys

Val

Phe

Cys

Gly

Leu

Tyr

1

5

10

15

Val

Leu

Ser

Leu

Ser

Ala

Ser

Val

Gin

Ala

Phe

Asp

Tyr

Lys

Ile

Glu

20

25

30

Val

Leu

Ala

Glu

Ser

Phe

Ser

Lys

Val

Gly

Phe

Asn

Lys

Lys

Lys

Ile

35

40

45

Asp

Ile

Ala

Arg

Gly

Ile

Tyr

Pro

Thr

Glu

Thr

Phe

Val

Thr

Ala

Val

50

55

60

Gly

Gin

Gly

Asn

Ile

Tyr

Ala

Asp

Phe

Leu

Ser

Lys

Ser

Leu

Lys

Asp

65

70

75

80

Gin

Gly

His

Val

Leu

Glu

Gly

Lys

Val

Gly

Gly

Thr

Ile

Gly

Gly

Ile

85

90

95

Ala

Tyr

Asp

Ser

Thr

Lys

Phe

Asn

Gin

Gly

Gly

Ser

Val

Ile

Tyr

Asn

100

105

110

Tyr

Ile

Gly

Tyr

Trp

Asp

Gly

Tyr

Leu

Gly

Gly

Lys

Arg

Ala

Leu

Leu

115

120

125

Asp

Gly

Thr

Ser

Ile

His

Glu

Cys

Ala

Leu

Gly

Ser

Asp

Gly

Lys

Val

130

135

140

Ile

Asp

Ser

Ile

Ala

Cys

Gly

Asn

Ala

Arg

Ala

Asn

Lys

Ile

Arg

Arg

145

150

155

160

Asn

Tyr

Leu

Met

Asn

Asn

Ala

Phe

Leu

Glu

Tyr

Arg

Tyr

Lys

Asp

Ile

165

170

175

Phe

Ala

Ala

Lys

Gly

Gly

Arg

Tyr

Gin

Ser

Asn

Ala

Pro

Tyr

Met

Ser

180

185

190

Ser

Tyr

Thr

Gin

Gly

Phe

Glu

Ile

Ser

Ala

Lys

Ile

Lys

Asp

Lys

Asn

195

200

205

Glu

Gly

Ser

His

Lys

Leu

Trp

Trp

Phe

Ser

Ser

Trp

Gly

Arg

Ala

Phe

210

215

220

Ala

Tyr

Gly

Glu

Trp

Ile

Tyr

Asp

Phe

Tyr

Ser

Pro

Arg

Thr

Val

Ile

• · · · · ·· · · · · t ♦ · «* · * · · · · ···· ·· · · · ·· • · · · · · · · ···· · • · · ··· · · · ···· ·· ··· ·· ·· ··

274

225

230

235

240

Lys

Asn

Gly

Arg

Thr

Leu

Asn

Tyr

Gly

Ile

His

Leu

Val

Asp

Tyr

Thr

245

250

255

Tyr

Glu

Arg

Lys

Gly

Val

Ser

Val

Ser

Pro

Phe

Phe

Gin

Phe

Ser

Pro

260

265

270

Gly

Thr

Tyr

Tyr

Ser

Pro

Gly

Val

Ala

Val

Gly

Tyr

Asp

Ser

Asn

Pro

275

280

285

Asn

Phe

Asn

Gly

Val

Gly

Phe

Arg

Ser

Glu

Thr

Lys

Ala

Tyr

Ile

Leu

290

295

300

Leu

Pro

Val

His

Ala

Pro

Leu

Lys

Arg

Asp

Thr

Tyr

Arg

Tyr

Ala

Val

305

310

315

320

Lys

Ala

Gly

Thr

Ala

Gly

Gin

Ser

Leu

Leu

Ile

Arg

Gin

Arg

Phe

Asp

325

330

335

Tyr

Asn

Glu

Phe

Asn

Phe

Gly

Gly

Ala

Phe

Tyr

Lys

Val

Trp

Lys

Asn

340

345

350

Ala

Asn

Ala

Tyr

Ile

Gly

Thr

Thr

Gly

Asn

Pro

Leu

Gly

Ile

Asp

Phe

355

360

365

Trp

Thr

Asn

Ser

Val

Tyr

Asp

Ile

Gly

Gin

Ala

Leu

Ser

His

Val

Val

370

375

380

Thr

Ala

Asp

Ala

Val

Ser

Gly

Trp

Val

Phe

Gly

Gly

Gly

Val

His

Lys

385

390

395

400

Lys

Trp

Leu

Trp

Gly

Thr

Leu

Trp

Arg

Trp

Thr

Ser

Gly

Ala

Leu

Ala

405

410

415

Asn

Glu

Ala

Ser

Ala

Ala

Val

Asn

Val

Gly

Tyr

Lys

Ile

Ser

Lys

Ser

420

425

430

Leu

Thr

Ala

Ser

Val

Lys

Leu

Glu

Tyr

Leu

Gly

Val

Met

Thr

His

Ser

435

440

445

Gly

Phe

Thr

Val

Gly

Ser

Tyr

Arg

Pro

Thr

Pro

Gly

Ser

Lys

Ala

Leu

450

455

460

Tyr

Ser

Asp

Arg

Ser

His

Leu

Met

Thr

Thr

Leu

Ser

Ala

Lys

Phe

465

470

475

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:865:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 275 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...275 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:865:

Leu

Leu

Asp

Val

Lys

Ala

Asn

Ser

Pro

Ala

Tyr

Gin

Ala

Val

Leu

Leu

1

5

10

15

Ala

Leu

Asn

Ala

Ala

Val

Gly

Leu

Trp

Gin

Val

Thr

Ser

Tyr

Ala

Phe

20

25

30

Thr

Ala

Cys

Gly

Pro

Gly

Ser

Asn

Glu

Asn

Ala

Asn

Gly

Gly

Ile

Gin

35

40

45

Thr

Phe

Asn

Asn

Val

Pro

Gly

Gin

Asn

Thr

Thr

Thr

Ile

Thr

Cys

Asn

50

55

60

Ser

Tyr

Tyr

Glu

Pro

Gly

His

Gly

Gly

Pro

Ile

Ser

Thr

Glu

Asn

Tyr

• · • · · · · · » ···· • ··· ··· ···· ·· · · · · ·· · · · · · ··· · · · ··· ···· ·· ··· ·· ·· ·· 272

65 Ala

Ile

Ile

Asn

Lys

70 Ala

Tyr

Gin

Ile

Ile

75 Gin

Lys

Ala

Leu

Thr

80 Ala

Asn

Gly

Glu

Gly

85 Ile

Pro

Val

Leu

Ser

90 Asn

Thr

Thr

Thr

Lys

95 Leu

Asp

Phe

Thr

Ile

100 Asn

Gly

Asp

Lys

Arg

105 Thr

Gly

Gly

Glu

Pro

110 Asn

Lys

Lys

Leu

Val

115 Tyr

Pro

Trp

Ser

His

120 Gly

Lys

Pro

Ile

Ser

125 Thr

Ser

Trp

Asn

Ala

130 Thr

Ile

Thr

Val

Pro

135 Thr

Thr

Glu

Asn

Ile

140 Asn

Thr

Thr

Asn

Ser

145 Ala

Gin

Glu

Leu

Leu

150 Lys

Gin

Ala

Ser

Ile

155 Ile

Ile

Thr

Thr

Leu

160 Asn

Ser

Ala

Cys

Pro

165 Asn

Phe

Gin

Asn

Gly

170 Gly

Ser

Gly

Tyr

Trp

175 Ala

Gly

Ile

Ser

Gly

180 Asn

Gly

Thr

Met

Cys

185 Gly

Met

Phe

Lys

Asn

190 Glu

Ile

Ser

Ala

Ile

195 Gin

Gly

Met

Ile

Ala

200 Asn

Ala

Gin

Glu

Ala

205 Val

Ala

Gin

Ala

Lys

210 Ile

Val

Ser

Glu

Asn

215 Thr

Gin

Asn

Gin

Asn

220 Ser

Leu

Asp

Ala

Glu

225 Asn

His

Ser

Thr

Pro

230 Thr

Gin

Thr

Leu

Val

235 Leu

Leu

Lys

Ala

Cys

240 Ser

Lys

Thr

Arg

Ser

245 Pro

Ser

Gly

Asp

Phe

250 Lys

Pro

Ser

Arg

Thr

255 Ser

Gly

Glu

Lys

Leu 275

260

265

270

(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:880:
	(1)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
		(A) DÉLKA: 110 aminokyselin
		(B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární
	(11)	DRUH MOLEKULY: protein
	(lil)	HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
		(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A) NÁZEV/KLÍČ: různé	znaky
		(B) POZICE 1...110
	(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:	880:
Met	Leu	Arg Asn Gin Phe Arg Ile	Val	Phe	Val	Ser	Cys	Ile	Val	Ala
1		5		10					15
Ser	Ser	Leu Gin Ala Gin Glu Asn	Thr	His	Thr	Leu	Gly	Lys	Val	Thr
		20	25					30
Thr	Lys	Gly Glu Arg Thr Phe Glu	Tyr	Asn	Asn	Lys	Met	Tyr	Ile	Asp
		35 4 0					45
Arg	Lys	Glu Leu Gin Gin Arg Gin	Ser	Asn	Gin	Ile	Arg	Asp	Ile	Phe
	50	55				60
Arg	Thr	Arg Ala Asp Val Asn Val	Ala	Ser	Gly	Gly	Leu	Met	Ala	Gin
65		70			75					80
Lys	Ile	Tyr Val Arg Gly Ile Glu	Ser	Arg	Leu	Leu	Arg	Val	Thr	Ile
		85		90					95
Asp	Gly	Val Ala Gin Asn Gly Asn	Ile	Phe	His	His	Asp	Ala

• ·

373

100 105 110

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:890:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A)	DÉLKA: 307	aminokyselin
(B)	TYP: amino	kyselina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
(ii) DRUH	MOLEKULY:	protein

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...307

(xi)

i POPIS ;

SEKVENCE:

: SEQ ID

NO::

890:

Met

Lys

Lys

Val

Leu

Leu

Leu

Thr

Leu

Ser

Leu

Ser

Leu

Ser

Phe

Trp

1

5

10

15

Leu

His

Ala

Glu

Arg

Asn

Gly

Phe

Tyr

Leu

Gly

Leu

Asn

Phe

Ala

Glu

20

25

30

Gly

Ser

Tyr

Ile

Gin

Gly

Gin

Gly

Ser

Ile

Gly

Glu

Lys

Ala

Ser

Ala

35

40

45

Glu

Asn

Ala

Leu

Asn

Gin

Ala

Ile

Asn

Asn

Ala

Lys

Asn

Ser

Leu

Phe

50

55

60

Pro

Asn

Thr

Lys

Ala

Ile

Arg

Asp

Val

Gin

Asn

Ala

Leu

Asn

Ala

Val

65

70

75

80

Lys

Asp

Ser

Asn

Lys

Ile

Ala

Asn

Arg

Phe

Ala

Gly

Asn

Gly

Gly

Ser

85

90

95

Gly

Gly

Ile

Phe

Asn

Glu

Leu

Ser

Leu

Gly

Tyr

Lys

Tyr

Phe

Leu

Gly

100

105

110

Lys

Lys

Arg

Ile

Ile

Gly

Phe

Arg

His

Ser

Leu

Phe

Phe

Gly

Tyr

Gin

115

120

125

Leu

Gly

Gly

Val

Gly

Ser

Val

Pro

Gly

Ser

Gly

Leu

Ile

Ala

Phe

Leu

130

135

140

Pro

Tyr

Gly

Phe

Asn

Thr

Asp

Leu

Leu

Ile

Asn

Trp

Thr

Asn

Asp

Lys

145

150

155

160

Arg

Ala

Ser

Gin

Glu

Tyr

Val

Glu

Arg

Arg

Val

Lys

Gly

Leu

Ser

Ile

165

170

175

Phe

Tyr

Lys

Asp

Met

Thr

Gly

Arg

Thr

Leu

Asp

Ala

Asp

Thr

Leu

Lys

180

185

190

Arg

Ala

Ser

Arg

His

Ile

Ile

Arg

Lys

Ser

Ser

Gly

Leu

Val

Ile

Gly

195

200

205

Met

Glu

Leu

Gly

Ala

Ser

Thr

Trp

Phe

Ala

Ser

Asn

Asn

Leu

Thr

Pro

210

215

220

Phe

Asn

Gin

Val

Lys

Ser

Arg

Thr

Ile

Phe

Gin

Leu

Gin

Gly

Lys

Phe

225

230

235

240

Gly

Val

Arg

Phe

Ser

Ser

Asp

Glu

Tyr

Asp

Ile

Asp

Arg

Tyr

Gly

Asp

245

250

255

Glu

Asn

Tyr

Leu

Gly

Gly

Ser

Ser

Val

Glu

Leu

Gly

Val

Lys

Val

Pro

260

265

270

Ala

Phe

Lys

Val

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Asp

Asp

Tyr

Gly

Asp

Lys

Leu

Asp

275

280

285

Tyr

Lys

Arg

Val

Val

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Thr

Tyr

Asn

Phe

Lys

290

295

300

Asn

Lys

His

305

• · • I*

274

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:903:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 798 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...798 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:903:

Met

Arg

Lys

Val

Ile

Ile

Met

Asn

Gly Tyr

Leu

Arg

Val

Lys

Thr

Pro

1

5

10

15

Tyr

Phe

Leu

Ala

Ser

Val

Val

Leu

Thr

Phe

Trp

Thr

Phe

Asn

Ser

Phe

20

25

30

Met

Ser

Ala

Lys

Asp

Lys

His

His

Phe

Leu

Lys

Lys

Val

Thr

Thr

Thr

35

40

45

Glu

Gin

Lys

Phe

Ser

Ser

Ser

Ala

Pro

Ile

Ser

Trp

Gin

Ser

Glu

Glu

50

55

60

Val

Arg

Asn

Ser

Thr

Ser

Ser

Arg

Thr

Val

Ile

Ser

Asn

Lys

Glu

Leu

65

70

75

80

Lys

Lys

Thr

Gly

Asn

Leu

Asn

Ile

Glu

Asn

Ala

Leu

Gin

Asn

Val

Pro

85

90

95

Gly

Ile

Gin

Ile

Arg

Asp

Ala

Thr

Gly

Thr

Gly

Val

Leu

Pro

Lys

Ile

100

105

110

Ser

Val

Arg

Gly

Phe

Gly

Gly

Gly

Gly

Asn

Gly

His

Ser

Asn

Thr

Asn

115

120

125

Met

Ile

Leu

Val

Asn

Gly

Ile

Pro

Ile

Tyr

Gly

Ala

Pro

Tyr

Ser

Asn

130

135

140

Ile

Glu

Leu

Ala

Ile

Phe

Pro

Val

Thr

Phe

Gin

Ser

Val

Asp

Arg

Ile

145

150

155

160

Asp

Val

Ile

Lys

Gly

Gly

Thr

Ser

Val

Gin

Tyr

Gly

Pro

Asn

Thr

Phe

165

170

175

Gly

Gly

Val

Val

Asn

Val

Ile

Thr

Lys

Glu

Ile

Pro

Lys

Glu

Trp

Glu

180

185

190

Asn

Gin

Ala

Ala

Glu

Arg

Ile

Thr

Phe

Trp

Gly

Arg

Ser

Ser

Asn

Gly

195

200

205

Asn

Phe

Val

Asp

Pro

Lys

Glu

Lys

Gly

Lys

Pro

Leu

Ala

Gin

Thr

Leu

210

215

220

Gly

Asn

Gin

Met

Leu

Phe

Asn

Thr

Tyr

Gly

Arg

Thr

Ala

Gly

Met

Leu

225

230

235

240

Gly

Lys

Tyr

Ile

Gly

Ile

Ser

Ala

Gin

Gly

Asn

Trp

Ile

Asn

Gly

Gin

245

250

255

Gly

Phe

Arg

Gin

Asn

Ser

Pro

Thr

Lys

Val

Gin

Asn

Tyr

Leu

Leu

Asp

260

265

270

Ala

Ile

Tyr

Lys

Ile

Asn

Ala

Thr

Asn

Thr

Phe

Lys

Ala

Tyr

Tyr

Gin

275

280

285

Tyr

Tyr

Gin

Tyr

Asn

Ser

Tyr

His

Pro

Gly

Thr

Leu

Ser

Ala

Gin

Asp

290

295

300

Tyr

Ala

Tyr

Asn

Arg

Phe

Ile

Asn

Glu

Arg

Pro

Asp

Asn

Gin

Asp

Gly

·· ·

27§ ·· · · • · ·· ··

305

310

315

320

Gly

Arg

Ala

Lys

Arg

Phe

Gly

Ile

Val

Tyr

Gin

Asn

Tyr

Phe

Gly

Asp

325

330

335

Pro

Asp

Arg

Lys

Val

Gly

Gly

Asp

Phe

Lys

Phe

Thr

Tyr

Phe

Thr

His

340

345

350

Asp

Met

Ser

Arg

Asp

Phe

Gly

Phe

Ser

Asn

Gin

Tyr

Gin

Ser

Val

Tyr

355

360

365

Met

Ser

Gly

Gin

Asn

Lys

Ile

Leu

Pro

Phe

Lys

Gly

Lys

Gly

Glu

Ile

370

375

380

Ser

Ala

Lys

Asn

Pro

Asn

Cys

Gly

Leu

Tyr

Ser

Tyr

Ser

Asp

Thr

Asn

385

390

395

400

Ser

Pro

Cys

Trp

Gin

Phe

Phe

Asp

Asn

Ile

Arg

Arg

Ser

Val

Val

Asn

405

410

415

Ala

Phe

Glu

Pro

Lys

Leu

Asn

Leu

Ile

Val

Asn

Thr

Gly

Lys

Val

Lys

420

425

430

Gin

Thr

Phe

Asn

Met

Gly

Met

Arg

Phe

Leu

Thr

Glu

Asp

Leu

Tyr

Arg

435

440

445

Arg

Ser

Thr

Thr

Arg

Lys

Asn

Pro

Ser

Met

Pro

Asn

Asn

Gly

Ser

Gly

450

455

460

Phe

Asp

Ala

Gly

Thr

Ser

Leu

Asn

Asn

Phe

Asn

Asn

Tyr

Thr

Ala

Val

465

470

475

480

Tyr

Ala

Ser

Asp

Glu

Ile

Asn

Phe

Asn

Asn

Gly

Met

Leu

Thr

Ile

Thr

485

490

495

Pro

Gly

Leu

Arg

Tyr

Thr

Phe

Leu

Asn

Tyr

Glu

Lys

Lys

Asp

Ala

Pro

500

505

510

Pro

Phe

Lys

Val

Gly

Gin

Thr

Pro

Lys

Thr

Thr

Lys

Glu

Arg

Tyr

Asn

515

520

525

Gin

Trp

Asn

Pro

Ala

Val

Asn

Val

Gly

Tyr

Lys

Pro

Ile

Lys

Glu

Leu

530

535

540

Leu

Phe

Tyr

Phe

Asn

Tyr

Gin

Arg

Ser

Tyr

Ile

Pro

Pro

Gin

Phe

Ser

545

550

555

560

Asn

Ile

Gly

Asn

Phe

Val

Gly

Thr

Ser

Thr

Asp

Tyr

Phe

Gin

Ile

Phe

565

570

575

Asn

Val

Met

Glu

Gly

Gly

Ser

Arg

Tyr

Tyr

Phe

Asn

His

Gin

Val

Ser

580

585

590

Phe

Asn

Ala

Asn

Tyr

Phe

Val

Ile

Phe

Ala

Asn

His

Tyr

Phe

Thr

Gly

595

600

605

Arg

Tyr

Gly

Asp

Asn

Arg

Glu

Pro

Val

Asn

Ala

Arg

Ser

Gin

Gly

Val

610

615

620

Glu

Leu

Glu

Leu

Tyr

Tyr

Thr

Pro

Ile

Arg

Gly

Leu

Asn

Phe

His

Ala

625

630

635

640

Ala

Tyr

Thr

Phe

Ile

Asp

Ala

Asn

Ile

Thr

Ser

His

Thr

Met

Val

Thr

645

650

655

Asn

Pro

Ala

Asn

Pro

Lys

Gly

Pro

Lys

Lys

Asp

Ile

Phe

Gly

Lys

Lys

660

665

670

Leu

Pro

Phe

Val

Ser

Pro

His

Gin

Phe

Ile

Leu

Asp

Ala

Ser

Tyr

Thr

675

680

685

Tyr

Ala

Lys

Thr

Thr

Ile

Gly

Leu

Ser

Ser

Phe

Phe

Tyr

Ser

Arg

Ala

690

695

700

Tyr

Ser

Asp

Val

Leu

Asn

Thr

Val

Pro

Phe

Thr

Glu

Tyr

Ala

Pro

Thr

705

710

715

720

Ile

Lys

Asn

Gly

Ala

Ile

Val

Thr

Lys

Thr

Ala

Gly

Met

Thr

Pro

Tyr

725

730

735

Tyr

Trp

Val

Trp

Asn

Leu

Gin

Ile

Ser

Thr

Thr

Leu

Trp

Glu

Arg

Lys

740

745

750

Asn

Gin

Ser

Val

Asn

Ala

Ser

Leu

Gin

Ile

Asn

Asn

Ile

Phe

Asn

Met

755

760

765

Lys

Tyr

Trp

Phe

Ser

Gly

Ile

Gly

Thr

Ser

Pro

Asn

Gly

Lys

Glu

Ala

770

775

780

Ala

Pro

Pro

Arg

Ser

Ile

Thr

Ala

Tyr

Val

Ser

Tyr

Asn

Phe

785

790

795

ίί$>

»· ·* * * · • · ·« ···· ·· • »· ·· ·· • · · · · ·« · • · · · · ·· • · «« ···« · • · · X · · ··· ·· XX ·· (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:913:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 416 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...416 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:913:

Met 1

Cys

Gly

Met

Phe 5

Lys

Asn

Glu

Ile

Ser 10

Ala

Ile

Gin

Gly

Met 15

Ile

Ala

Asn

Ala

Gin 20

Glu

Ala

Val

Ala

Gin 25

Ala

Lys

Ile

Val

Ser 30

Glu

Asn

Thr

Gin

Asn 35

Gin

Asn

Ser

Leu

Asp 40

Ala

Gly

Lys

Pro

Phe 45

Asn

Pro

Tyr

Thr

Asp 50

Ala

Ser

Phe

Ala

Glu 55

Ser

Met

Leu

Lys

Asn 60

Ala

Gin

Ala

Gin

Ala 65

Glu

Ile

Leu

Asn

Gin 70

Ala

Glu

Gin

Val

Val 75

Lys

Asn

Phe

Glu

Lys 80

Ile

Pro

Thr

Ala

Phe 85

Val

Asn

Asp

Ser

Leu 90

Gly

Val

Cys

Tyr

Glu 95

Val

Gin

Gly

Gly

Glu 100

Arg

Arg

Gly

Thr

Asn 105

Pro

Gly

Gin

Thr

Thr 110

Ser

Asn

Thr

Trp

Gly 115

Ala

Gly

Cys

Ala

Tyr 120

Val

Gly

Gin

Thr

Ile 125

Thr

Asn

Leu

Lys

Asn 130

Ser

Ile

Ala

His

Phe 135

Gly

Thr

Gin

Glu

Gin 140

Gin

Ile

Gin

Gin

Ala 145

Glu

Asn

Ile

Ala

Asp 150

Thr

Leu

Val

Asn

Phe 155

Lys

Ser

Arg

Tyr

Ser 160

Glu

Leu

Gly

Asn

Thr 165

Tyr

Asn

Ser

Ile

Thr 170

Thr

Ala

Leu

Ser

Asn 175

Ile

Pro

Asn

Ala

Gin 180

Ser

Leu

Gin

Asn

Ala 185

Val

Ser

Lys

Lys

Asn 190

Asn

Pro

Tyr

Ser

Pro 195

Gin

Gly

Ile

Asp

Thr 200

Asn

Tyr

Tyr

Leu

Asn 205

Gin

Asn

Ser

Tyr

Asn 210

Gin

Ile

Gin

Thr

Ile 215

Asn

Gin

Glu

Leu

Gly 220

Arg

Asn

Pro

Phe

Arg 225

Lys

Val

Gly

Ile

Val 230

Ser

Ser

Gin

Thr

Asn 235

Asn

Gly

Ala

Met

Asn 240

Gly

Ile

Gly

Ile

Gin 245

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin 250

Phe

Phe

Gly

Gin

Lys 255

Arg

Lys

Trp

Gly

Ala 260

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe 265

Phe

Asp

Tyr

Asn

His 270

Ala

Phe

Ile

Lys

Ser 275

Ser

Phe

Phe

Asn

Ser 280

Ala

Ser

Asp

Val

Trp 285

Thr

Tyr

Gly

Phe

Gly 290

Ala

Asp

Ala

Leu

Tyr 295

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp 300

Lys

Ala

Thr

Asn

Phe 305

Leu

Gly

Lys

Asn

Asn 310

Lys

Leu

Ser

Val

Gly 315

Leu

Phe

Gly

Gly

Ile 320

Ala

Leu

Ala

Gly

Thr

Ser

Trp

Leu

Asn

Ser

Glu

Tyr

Val

Asn

Leu

Ala

277 ·· ·· t · · • ··· ·· ·· • · · · • · ·· « ···· · • · · ·· ··

325

330

335

Thr

Met

Asn

Asn 340

Val

Tyr

Asn

Ala

Lys 345

Met

Asn

Val

Ala

Asn 350

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe 355

Asn

Met

Gly

Val

Arg 360

Met

Asn

Leu

Ala

Arg 365

Pro

Lys

Lys

Lys

Asp 370

Ser

Asp

His

Ala

Ala 375

Gin

His

Gly

Ile

Glu 380

Leu

Gly

Leu

Lys

Ile 385

Pro

Thr

Ile

Asn

Thr 390

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Phe 395

Met

Gly

Ala

Glu

Leu 400

Lys

Tyr

Arg

Arg

Leu 405

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu 410

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala 415

Tyr

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:916:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 286 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...286 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:916:

Met

Lys

Lys

Ser

Val

Ile

Val

Gly

Ala

Ile

Ser

Leu

Ala

Met

Thr

Ser

1

5

10

15

Leu

Leu

Ser

Ala

Glu

Thr

Pro

Lys

Gin

Glu

Lys

Ala

Ile

Lys

Thr

Ser

20

25

30

Pro

Thr

Lys

Lys

Gly

Glu

Arg

Asn

Ala

Ala

Phe

Ile

Gly

Ile

Asp

Tyr

35

40

45

Gin

Leu

Gly

Met

Leu

Ser

Thr

Thr

Ala

Gin

Asn

Cys

Ser

His

Gly

Asn

50

55

60

Cys

Asn

Gly

Asn

Gin

Ser

Gly

Ala

Tyr

Gly

Ser

Asn

Thr

Pro

Asn

Met

65

70

75

80

Pro

Thr

Ala

Ser

Asn

Pro

Thr

Gly

Gly

Leu

Thr

His

Gly

Ala

Leu

Gly

85

90

95

Thr

Arg

Gly

Tyr

Lys

Gly

Leu

Ser

Asn

Gin

Gin

Tyr

Ala

Ile

Asn

Gly

100

105

110

Phe

Gly

Phe

Val

Val

Gly

Tyr

Lys

His

Phe

Phe

Lys

Lys

Ala

Pro

Gin

115

120

125

Phe

Gly

Met

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Asp

Phe

Ala

Ser

Ser

Tyr

Tyr

130

135

140

Lys

Tyr

Tyr

Thr

Tyr

Asn

Asp

Tyr

Gly

Met

Arg

Asp

Ala

Arg

Lys

Gly

145

150

155

160

Ser

Gin

Ser

Phe

Met

Phe

Gly

Tyr

Gly

Ala

Gly

Thr

Asp

Val

Leu

Phe

165

170

175

Asn

Pro

Ala

Ile

Phe

Asn

Arg

Glu

Asn

Leu

His

Leu

Gly

Phe

Phe

Leu

180

185

190

Gly

Val

Ala

Ile

Gly

Gly

Thr

Ser

Trp

Gly

Pro

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Phe

195

200

205

Lys

Asp

Leu

Ala

Glu

Glu

Tyr

Arg

Gly

Ser

Phe

His

Pro

Ser

Asn

Phe

210

215

220

Gin

Val

Leu

Val

Asn

Gly

Gly

Ile

Arg

Leu

Gly

Thr

Lys

His

Gin

Gly

225

230

235

240

• ·

378

Phe

Glu

Ile

Gly

Leu 245

Lys

Ile

Gin

Thr

Ile 250

Arg

Asn

Asn

Tyr

Tyr 255

Thr

Ala

Ser

Ala

Asp

Asn

Val

Pro

Glu

Gly

Thr

Thr

Tyr

Arg

Phe

Thr

Phe

260

265

270

His

Arg

Pro

Tyr

Ala

Phe

Tyr

Trp

Arg

Tyr

Ile

Val

Ser

Phe

275

280

285

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:924:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 366 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...366 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:924:

Met 1

Gin

Phe

Gin

Lys 5

Thr

Leu

Leu

Ser

Leu 10

Ser

Leu

Leu

Phe

Leu 15

Ser

Tyr

Cys

Ile

Ala

Glu

Glu

Asn

Gly

Ala

Tyr

Ala

Ser

Val

Gly

Phe

Glu

20

25

30

Tyr

Ser

Ile

Ser

His

Ala

Val

Glu

His

Asn

Asn

Pro

Phe

Leu

Asn

Gin

35

40

45

Glu

Arg

Ile

Gin

Thr

Ile

Ser

Asn

Ala

Gin

Asn

Lys

Ile

Tyr

Lys

Leu

50

55

60

Asn

Gin

Val

Lys

Asn

Glu

Ile

Thr

Asn

Met

Pro

Asn

Thr

Phe

Asn

Tyr

65

70

75

80

Ile

Asn

Asn

Ala

Leu

Lys

Asn

Asn

Ala

Lys

Leu

Thr

Pro

Thr

Glu

Lys

85

90

95

Gin

Ala

Glu

Thr

Tyr

Tyr

Leu

Gin

Ser

Thr

Leu

Gin

Asn

Ile

Glu

Lys

100

105

110

Ile

Val

Met

Leu

Ser

Gly

Gly

Val

Ala

Ser

Asn

Pro

Lys

Leu

Ala

Gin

115

120

125

Ala

Leu

Glu

Lys

Met

Gin

Glu

Pro

Ile

Thr

Asn

Pro

Leu

Glu

Leu

Val

130

135

140

Glu

Asn

Leu

Lys

Asn

Leu

Glu

Leu

Gin

Phe

Ser

Gin

Ser

Gin

Asn

Ser

145

150

155

160

Met

Leu

Ser

Ser

Leu

Ser

Ser

Gin

Ile

Ala

Gin

Ile

Ser

Asn

Ser

Leu

165

170

175

Asn

Ala

Leu

Asp

Pro

Ser

Ser

Tyr

Ser

Lys

Asn

Val

Ser

Ser

Met

Tyr

180

185

190

Gly

Val

Gly

Leu

Ser

Val

Gly

Tyr

Lys

His

Phe

Phe

Thr

Lys

Lys

Lys

195

200

205

Asn

Gin

Gly

Phe

Arg

Tyr

Tyr

Leu

Phe

Tyr

Asp

Tyr

Gly

Tyr

Thr

Asn

210

215

220

Phe

Gly

Phe

Val

Gly

Asn

Gly

Phe

Asp

Gly

Leu

Gly

Lys

Met

Asn

Asn

225

230

235

240

His

Leu

Tyr

Gly

Leu

Gly

Ile

Asp

Tyr

Leu

Phe

Asn

Phe

Ile

Asp

Asn

245

250

255

Ala

Gin

Lys

His

Ser

Ser

Val

Gly

Phe

Tyr

Val

Gly

Phe

Ala

Leu

Ala

260

265

270

Gly

Ser

Ser

Trp

Val

Gly

Ser

Gly

Leu

Gly

Met

Trp

Val

Ser

Gin

Met

• ·

279

275

280

285

Asp

Phe

Ile

Asn

Asn

Tyr

Leu

Thr

Asp

Tyr

Arg

Ala

Lys

Met

His

Thr

290

295

300

Ser

Phe

Phe

Gin

Ile

Pro

Leu

Asn

Phe

Gly

Val

Arg

Val

Asn

Val

Asp

305

310

315

320

Arg

His

Asn

Gly

Phe

Glu

Met

Gly

Leu

Lys

Ile

Pro

Leu

Ala

Val

Asn

325

330

335

Ser

Phe

Tyr

Glu

Thr

His

Gly

Lys

Gly

Leu

Asn

Ala

Ser

Leu

Phe

Phe

340

345

350

Lys

Arg

Leu

Val

Met

Phe

Asn

Val

Ser

Tyr

Val

Tyr

Ser

Phe

355

360

365

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:928:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 229 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...229 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:928:

Val

Lys

Gly

Glu

Lys

Asn

Ala

Trp

Tyr

Leu

Gly

Ile

Ser

Tyr

Gin

Val

1

5

10

15

Gly

Gin

Ala

Ser

Gin

Ser

Val

Lys

Asn

Pro

Pro

Lys

Ser

Ser

Glu

Phe

20

25

30

Asn

Tyr

Pro

Lys

Phe

Pro

Val

Gly

Lys

Thr

Asp

Tyr

Leu

Ala

Val

Met

35

40

45

Gin

Gly

Leu

Gly

Leu

Thr

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Glu

Lys

50

55

60

Arg

Trp

Phe

Gly

Ala

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Met

Asp

Tyr

Gly

His

Ala

65

70

75

80

Val

Phe

Gly

Ala

Asn

Ala

Leu

Thr

Ser

Asp

Asn

Gly

Gly

Val

Cys

Lys

85

90

95

Leu

Asn

Glu

Pro

Cys

Ala

Thr

Lys

Val

Gly

Thr

Met

Gly

Asn

Leu

Ser

100

105

110

Asp

Met

Phe

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Ile

Asp

Thr

Leu

Tyr

Asn

Val

Ile

115

120

125

Asn

Lys

Glu

Asp

Ala

Ser

Phe

Gly

Phe

Phe

Phe

Gly

Ala

Gin

Ile

Ala

130

135

140

Gly

Asn

Ser

Trp

Gly

Asn

Thr

Thr

Gly

Ala

Phe

Leu

Glu

Thr

Lys

Ser

145

150

155

160

Pro

Tyr

Lys

His

Thr

Ser

Tyr

Ser

Leu

Asp

Pro

Ala

Ile

Phe

Gin

Phe

165

170

175

Leu

Phe

Asn

Leu

Gly

Ile

Arg

Thr

His

Ile

Gly

Gin

His

Gin

Glu

Phe

180

185

190

Asp

Phe

Gly

Val

Lys

Ile

Pro

Thr

Ile

Asn

Val

Tyr

Tyr

Phe

Asn

His

195

200

205

Gly

Asn

Leu

Ser

Phe

Thr

Tyr

Arg

Arg

Gin

Tyr

Ser

Leu

Tyr

Val

Gly

210

215

220

Tyr

Arg

Tyr

Asn

Phe

• ·

280

225
(2)	INFORMACE	PRO SEQ ID	NO:929:
	(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
	(A)	DÉLKA: 479	aminokyselin
	(B)	TYP: aminokyselina
	(D)	TOPOLOGIE:	lineární

(ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...479 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:929:

Leu 1

Lys

Asn

His

Ser 5

Phe

Lys

Lys

Thr

Ile 10

Ala

Leu

Ser

Leu

Leu 15

Ala

Ser

Met

Ser

Leu

Cys

Asn

Ala

Glu

Glu

Asp

Gly

Ala

Phe

Phe

Val

Ile

20

25

30

Asp

Tyr

Gin

Thr

Ser

Leu

Ala

Arg

Gin

Glu

Leu

Lys

Asn

Pro

Gly

Phe

35

40

45

Thr

Gin

Ala

Gin

Glu

Leu

Lys

Gin

Leu

Ile

Arg

Asp

Gly

Ala

Val

Arg

50

55

60

Leu

Gin

Thr

Ser

Ala

Ile

Pro

Leu

Ser

Tyr

Tyr

Leu

Asp

Ile

Leu

Gly

65

70

75

80

Asn

Lys

Thr

Lys

Thr

Leu

Leu

Ser

Glu

Ser

Leu

Lys

Asn

Asn

Pro

Gin

85

90

95

Gin

Pro

Asn

Gly

Gin

Pro

Asn

Gin

Ala

Leu

Val

Asn

Leu

Glu

Gin

Ser

100

105

110

Leu

Gly

Ile

Leu

Gly

Lys

Leu

Leu

Asp

Leu

Ser

Gin

Gin

Tyr

Ala

Ser

115

120

125

Glu

Gly

Val

Ile

Lys

Pro

Leu

Val

Val

Asp

Val

Gly

Lys

Glu

Gin

Ile

130

135

140

Gly

Ile

Thr

Asp

Ser

Met

Leu

Leu

Val

Ala

Gin

Asn

Ile

Val

Leu

Ala

145

150

155

160

Leu

Gly

Gin

Val

Asp

Leu

Ser

Lys

Ile

Gin

Gin

Asn

Asn

Gly

Asn

Gin

165

170

175

Gin

Leu

Tyr

Glu

Asn

Ile

Met

Lys

Val

Met

Leu

Leu

Gly

Thr

Gly

Gly

180

185

190

Thr

Asn

Gly

Ala

Tyr

Asn

Gly

Val

Ser

Val

Gly

Asp

Ile

Ala

Thr

Gly

195

200

205

Met

Gin

Asn

Phe

Pro

Ser

Gin

Thr

Gly

Leu

Ile

Gly

Ala

Asn

Ser

Thr

210

215

220

Val

Ser

Glu

Leu

Asn

Ala

Leu

Ile

Lys

Ser

Gly

Ile

Ser

Leu

Asp

Arg

225

230

235

240

Glu

Thr

Leu

Gly

Leu

Gly

Ser

Phe

Ile

Glu

Lys

Asn

Ile

Cys

Ser

Gly

245

250

255

Ala

Ser

Ser

Cys

Phe

Ser

Gly

Asn

Gin

Leu

Ile

Tyr

Lys

Lys

Gly

Leu

260

265

270

Asp

Arg

Thr

Ile

Asn

Ile

Ile

Asn

Ala

Val

Leu

Gly

Gin

Phe

Glu

Ser

275

280

285

Ser

Ala

Ser

Ser

Leu

Tyr

Lys

Ile

Ser

Tyr

Ile

Pro

Asn

Leu

Phe

Ser

290

295

300

Leu

Lys

Asp

Tyr

Gin

Ser

Ala

Ser

Met

Asn

Gly

Phe

Gly

Ala

Lys

Met

305

310

315

320

• ·

284

• · · ·

• ·

• · ·

• ·

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Thr

His

Lys

Lys

Asn

Ile

Gly

Leu

Arg

Tyr

325

330

335

Tyr

Gly

Phe

Leu

Asp

Tyr

Gly

Tyr

Ala

Asn

Phe

Gly

Asp

Thr

Asn

Leu

340

345

350

Lys

Val

Gly

Ala

Asn

Leu

Val

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Thr

Asp

Phe

Leu

355

360

365

Tyr

Asn

Val

Tyr

Glu

Arg

Ser

Arg

Arg

Arg

Glu

Arg

Thr

Thr

Ile

Gly

370

375

380

Leu

Phe

Phe

Gly

Ala

Gin

Ile

Ala

Gly

Gin

Thr

Trp

Ser

Thr

Asn

Val

385

390

395

400

Thr

Asn

Leu

Leu

Ser

Gly

Gin

Arg

Pro

Asp

Val

Lys

Ser

Ser

Ser

Phe

405

410

415

Gin

Phe

Leu

Phe

Asp

Leu

Gly

Val

Arg

Thr

Asn

Phe

Ala

Lys

Thr

Asn

420

425

430

Phe

Asn

Lys

His

Arg

Leu

Asp

Gin

Gly

Ile

Glu

Phe

Gly

Val

Lys

Ile

435

440

445

Pro

Val

Ile

Ala

His

Lys

Tyr

Phe

Ala

Thr

Gin

Gly

Ser

Ser

Ala

Ser

450

455

460

Tyr

Met

Arg

Asn

Phe

Ser

Phe

Tyr

Val

Gly

Tyr

Ser

Val

Gly

Phe

465

470

475

(2)	INFORMACE PRO SEQ IE	i NO:938:
	(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
	(A) DÉLKA: 697	aminokyselin
	(B) TYP: aminokyselina
	(D) TOPOLOGIE:	lineární
	(ii) DRUH MOLEKULY:	protein
	(iii) HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	ů různé znaky
	(B) POZICE 1..	. 697
	(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:938:
Leu	Gin Asn Phe Val Phe	Asn Lys Lys Trp Leu Ile Tyr Ser Ser Leu
1	5	10 15
Leu	Pro Leu Phe Phe Leu	Asn Pro Leu Met Ala Glu Asp Asp Gly Phe
	20	25 30
Phe	Met Gly Val Ser Tyr	Gin Thr Ser Leu Ala Val Gin Arg Val Asp
	35	40 45
Asn	Ser Gly Leu Asn Ala	Ser Gin Asp Ala Ser Thr Tyr Ile Arg Gin
	50	55 60
Asn	Ala Ile Ala Leu Glu	Ser Ala Ala Val Pro Leu Ala Tyr Tyr Leu
65	70	75 80
Glu	Ala Met Gly Gin Gin	Thr Arg Val Leu Met Gin Met Leu Cys Pro
	85	90 95
Asp	Pro Ser Lys Arg Cys	Leu Leu Tyr Ala Gly Gly Tyr Gin Asn Gly
	100	105 110
Gin	Asn Asn Asn Gly Asp	Thr Gly Asn Asn Pro Pro Arg Gly Asn Val
	115	120 125
Asn	Ala Thr Phe Asp Met	Gin Ser Leu Val Asn Asn Leu Asn Lys Leu
	130	135 140
Thr	Gin Leu Ile Gly Glu	Thr Leu Ile Arg Asn Pro Glu Asn Leu Pro
145	150	155 160

• ·

282

« · · ·

• ·

• · ·

• ·

Asn

Ser

Lys

Val

Phe

Asn

Val

Lys

Phe

Gly

Asn

Gin

Ser

Thr

Val

Ile

165

170

175

Ala

Leu

Pro

Glu

Gly

Leu

Ala

Asn

Thr

Met

Asp

Ala

Leu

Asn

Asn

Asp

180

185

190

Ile

Thr

Asn

Ala

Leu

Thr

Thr

Leu

Trp

Tyr

Asn

Gin

Thr

Leu

Thr

Asn

195

200

205

Lys

Ser

Phe

Ser

Thr

Pro

Ser

Asn

Thr

Ser

Val

Asn

Phe

Ser

Pro

Gin

210

215

220

Val

Leu

Gin

His

Leu

Leu

Gin

Asp

Gly

Leu

Ala

Thr

Ala

Asn

Asn

Asn

225

230

235

240

Gin

Thr

Ile

Cys

Ser

Thr

Gin

Asn

Gin

Cys

Thr

Ala

Thr

Asn

Glu

Ala

245

250

255

Lys

Ser

Ile

Ala

Gin

Asn

Ala

Gin

Asn

Ile

Phe

Gin

Ala

Leu

Met

Gin

260

265

270

Ala

Gly

Ile

Leu

Gly

Gly

Leu

Ala

Asn

Glu

Lys

Gin

Phe

Gly

Phe

Thr

275

280

285

Tyr

Asn

Lys

Ala

Pro

Asn

Gly

Ser

Asp

Ser

Gin

Gin

Gly

Tyr

Gin

Ser

290

295

300

Phe

Ser

Gly

Pro

Gly

Tyr

Tyr

Thr

Lys

Asn

Asp

Asn

Thr

Thr

Gin

Ala

305

310

315

320

Pro

Leu

Lys

Ala

Leu

Pro

Ala

Gly

Ala

Thr

Ile

Gly

Ser

Gly

Asn

Gly

325

330

335

Gin

Tyr

Thr

Tyr

His

Pro

Ser

Ser

Ala

Val

Tyr

Tyr

Leu

Ala

Asp

Ser

340

345

350

Ile

Ile

Ala

Asn

Gly

Ile

Thr

Ala

Ser

Met

Ile

Phe

Ser

Gly

Met

Gin

355

360

365

Asn

Phe

Ala

Asn

Lys

Ala

Ala

Lys

Leu

Ile

Gly

Thr

Ser

Ser

Tyr

Asn

370

375

380

Gin

Met

Gin

Asp

Val

Ile

Asn

Tyr

Gly

Glu

Ser

Leu

Leu

Ser

Asn

Thr

385

390

395

400

Val

Ala

Tyr

Gly

Asp

Phe

Ile

Thr

Asn

Trp

Val

Ala

Pro

Tyr

Leu

Asp

405

410

415

Leu

Asn

Asn

Lys

Gly

Leu

Asn

Phe

Leu

Pro

Asn

Tyr

Gly

Gly

Gin

Leu

420

425

430

Asn

Gly

Ala

Asn

Asn

Gin

Thr

Pro

Gin

Leu

Thr

Pro

Gin

Gin

Ala

Gin

435

440

445

Gin

Glu

Gin

Lys

Val

Ile

Met

Asn

Gin

Leu

Glu

Gin

Ala

Thr

Asn

Ala

450

455

460

Pro

Thr

Pro

Ala

Gin

Ile

Asn

Arg

Ile

Leu

Ala

Asn

Pro

Tyr

Ser

Pro

465

470

475

480

Thr

Ala

Lys

Thr

Leu

Met

Ala

Tyr

Gly

Leu

Tyr

Arg

Ser

Lys

Ala

Val

485

490

495

Ile

Gly

Gly

Val

Ile

Asp

Glu

Met

Gin

Thr

Lys

Val

Asn

Gin

Val

Tyr

500

505

510

Gin

Met

Gly

Phe

Ala

Arg

Asn

Phe

Leu

Glu

His

Asn

Ser

Asn

Ser

Asn

515

520

525

Asn

Met

Asn

Gly

Phe

Gly

Val

Lys

Met

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

530

535

540

Lys

Lys

Arg

Met

Phe

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Tyr

Asp

Phe

Gly

545

550

555

560

Tyr

Ala

Gin

Phe

Gly

Thr

Glu

Ser

Ser

Leu

Val

Lys

Ala

Thr

Leu

Ser

565

570

575

Ser

Tyr

Gly

Ala

Gly

Thr

Asp

Phe

Leu

Tyr

Asn

Val

Phe

Thr

Arg

Lys

580

585

590

Arg

Gly

Thr

Glu

Ala

Ile

Asp

Ile

Gly

Phe

Phe

Ala

Gly

Ile

Gin

Leu

595

600

605

Ala

Gly

Gin

Thr

Trp

Lys

Thr

Asn

Phe

Leu

Asp

Gin

Val

Asp

Gly

Asn

610

615

620

His

Leu

Lys

Pro

Lys

Asp

Thr

Ser

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asp

Leu

Gly

625

630

635

640

Ile

Arg

Thr

Asn

Phe

Ser

Lys

Ile

Ala

His

Gin

Lys

Arg

Ser

Arg

Phe

645

650

655

• ·

• · · · • · · · • · · · · · • · ·

Ser

Gin

Gly

Ile 660

Glu

Phe

Gly

Leu

Lys 665

Ile

Pro

Val

Leu

Tyr 670

His

Thr

Tyr

Tyr

Gin

Ser

Glu

Gly

Val

Thr

Ala

Lys

Tyr

Arg

Arg

Ala

Phe

Ser

675

680

685

Phe

Tyr

Val

Gly

Tyr

Asn

Ile

Gly

Phe

690 695 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:939:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 697 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...697 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:939:

Leu 1

Gin

Asn

Phe

Val 5

Phe

Asn

Lys

Lys

Trp 10

Leu

Ile

Tyr

Ser

Ser 15

Leu

Leu

Pro

Leu

Phe

Phe

Leu

Asn

Pro

Leu

Met

Ala

Glu

Asp

Asp

Gly

Phe

20

25

30

Phe

Met

Gly

Val

Ser

Tyr

Gin

Thr

Ser

Leu

Ala

Val

Gin

Arg

Val

Asp

35

40

45

Asn

Ser

Gly

Leu

Asn

Ala

Ser

Gin

Asp

Ala

Ser

Thr

Tyr

Ile

Arg

Gin

50

55

60

Asn

Al a

Ile

Ala

Leu

Glu

Ser

Ala

Ala

Val

Pro

Leu

Ala

Tyr

Tyr

Leu

65

70

75

80

Glu

Ala

Met

Gly

Gin

Gin

Thr

Arg

Val

Leu

Met

Gin

Met

Leu

Cys

Pro

85

90

95

Asp

Pro

Ser

Lys

Arg

Cys

Leu

Leu

Tyr

Ala

Gly

Gly

Tyr

Gin

Asn

Gly

100

105

110

Gin

Asn

Asn

Asn

Gly

Asp

Thr

Gly

Asn

Asn

Pro

Pro

Arg

Gly

Asn

Val

115

120

125

Asn

Ala

Thr

Phe

Asp

Met

Gin

Ser

Leu

Val

Asn

Asn

Leu

Asn

Lys

Leu

130

135

140

Thr

Gin

Leu

Ile

Gly

Glu

Thr

Leu

Ile

Arg

Asn

Pro

Glu

Asn

Leu

Pro

145

150

155

160

Asn

Ser

Lys

Val

Phe

Asn

Val

Lys

Phe

Gly

Asn

Gin

Ser

Thr

Val

Ile

165

170

175

Ala

Leu

Pro

Glu

Gly

Leu

Ala

Asn

Thr

Met

Asp

Ala

Leu

Asn

Asn

Asp

180

185

190

Ile

Thr

Asn

Ala

Leu

Thr

Thr

Leu

Trp

Tyr

Asn

Gin

Thr

Leu

Thr

Asn

195

200

205

Lys

Ser

Phe

Ser

Thr

Pro

Ser

Asn

Thr

Ser

Val

Asn

Phe

Ser

Pro

Gin

210

215

220

Val

Leu

Gin

His

Leu

Leu

Gin

Asp

Gly

Leu

Ala

Thr

Ala

Asn

Asn

Asn

225

230

235

240

Gin

Thr

Ile

Cys

Ser

Thr

Gin

Asn

Gin

Cys

Thr

Ala

Thr

Asn

Glu

Ala

245

250

255

Lys

Ser

Ile

Ala

Gin

Asn

Ala

Gin

Asn

Ile

Phe

Gin

Ala

Leu

Met

Gin

260

265

270

Ala

Gly

Ile

Leu

Gly

Gly

Leu

Ala

Asn

Glu

Lys

Gin

Phe

Gly

Phe

Thr

·· • ·· ·* ·· • · · · · · · · • · · · · · · • · ·· ···· · • · · · · · ··· ·· ·· ··

284

275

280

285

Tyr

Asn

Lys

Ala

Pro

Asn

Gly

Ser

Asp

Ser

Gin

Gin

Gly

Tyr

Gin

Ser

290

295

300

Phe

Ser

Gly

Pro

Gly

Tyr

Tyr

Thr

Lys

Asn

Asp

Asn

Thr

Thr

Gin

Ala

305

310

315

320

Pro

Leu

Lys

Ala

Leu

Pro

Ala

Gly

Ala

Thr

Ile

Gly

Ser

Gly

Asn

Gly

325

330

335

Gin

Tyr

Thr

Tyr

His

Pro

Ser

Ser

Ala

Val

Tyr

Tyr

Leu

Ala

Asp

Ser

340

345

350

Ile

Ile

Ala

Asn

Gly

Ile

Thr

Ala

Ser

Met

Ile

Phe

Ser

Gly

Met

Gin

355

360

365

Asn

Phe

Ala

Asn

Lys

Ala

Ala

Lys

Leu

Ile

Gly

Thr

Ser

Ser

Tyr

Asn

370

375

380

Gin

Met

Gin

Asp

Val

Ile

Asn

Tyr

Gly

Glu

Ser

Leu

Leu

Ser

Asn

Thr

385

390

395

400

Val

Ala

Tyr

Gly

Asp

Phe

Ile

Thr

Asn

Trp

Val

Ala

Pro

Tyr

Leu

Asp

405

410

415

Leu

Asn

Asn

Lys

Gly

Leu

Asn

Phe

Leu

Pro

Asn

Tyr

Gly

Gly

Gin

Leu

420

425

430

Asn

Gly

Ala

Asn

Asn

Gin

Thr

Pro

Gin

Leu

Thr

Pro

Gin

Gin

Ala

Gin

435

440

445

Gin

Glu

Gin

Lys

Val

Ile

Met

Asn

Gin

Leu

Glu

Gin

Ala

Thr

Asn

Ala

450

455

460

Pro

Thr

Pro

Ala

Gin

Ile

Asn

Arg

Ile

Leu

Ala

Asn

Pro

Tyr

Ser

Pro

465

470

475

480

Thr

Ala

Lys

Thr

Leu

Met

Ala

Tyr

Gly

Leu

Tyr

Arg

Ser

Lys

Ala

Val

485

490

495

Ile

Gly

Gly

Val

Ile

Asp

Glu

Met

Gin

Thr

Lys

Val

Asn

Gin

Val

Tyr

500

505

510

Gin

Met

Gly

Phe

Ala

Arg

Asn

Phe

Leu

Glu

His

Asn

Ser

Asn

Ser

Asn

515

520

525

Asn

Met

Asn

Gly

Phe

Gly

Val

Lys

Met

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

530

535

540

Lys

Lys

Arg

Met

Phe

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Tyr

Asp

Phe

Gly

545

550

555

560

Tyr

Ala

Gin

Phe

Gly

Thr

Glu

Ser

Ser

Leu

Val

Lys

Ala

Thr

Leu

Ser

565

570

575

Ser

Tyr

Gly

Ala

Gly

Thr

Asp

Phe

Leu

Tyr

Asn

Val

Phe

Thr

Arg

Lys

580

585

590

Arg

Gly

Thr

Glu

Ala

Ile

Asp

Ile

Gly

Phe

Phe

Ala

Gly

Ile

Gin

Leu

595

600

605

Ala

Gly

Gin

Thr

Trp

Lys

Thr

Asn

Phe

Leu

Asp

Gin

Val

Asp

Gly

Asn

610

615

620

His

Leu

Lys

Pro

Lys

Asp

Thr

Ser

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asp

Leu

Gly

625

630

635

640

Ile

Arg

Thr

Asn

Phe

Ser

Lys

Ile

Ala

His

Gin

Lys

Arg

Ser

Arg

Phe

645

650

655

Ser

Gin

Gly

Ile

Glu

Phe

Gly

Leu

Lys

Ile

Pro

Val

Leu

Tyr

His

Thr

660

665

670

Tyr

Tyr

Gin

Ser

Glu

Gly

Val

Thr

Ala

Lys

Tyr

Arg

Arg

Ala

Phe

Ser

675

680

685

Phe

Tyr

Val

Gly

Tyr

Asn

Ile

Gly

Phe

690

695

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:940:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1237 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein » <

• ·

28S

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1237 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:940:

Met

Ile

Lys

Lys

Ala

Lys

Lys

Phe

Ile

Pro

Leu

Phe

Leu

Ile

Gly

Ser

1

5

10

15

Leu

Leu

Ala

Glu

Asp

Asn

Gly

Trp

Tyr

Met

Ser

Val

Gly

Tyr

Gin

Ile

20

25

30

Gly

Gly

Thr

Gin

Gin

Phe

Ile

Asn

Asn

Lys

Gin

Leu

Leu

Glu

Asn

Gin

35

40

45

Asn

Ile

Ile

Asn

Ser

Ile

Thr

Gin

Ser

Ala

Ile

Asn

Ile

Ala

Gly

Pro

50

55

60

Thr

Thr

Gly

Leu

Ile

Thr

Leu

Ser

Ser

Gin

Ser

Val

Ile

Asp

Ala

Leu

65

70

75

80

Gly

Tyr

Gly

Val

Ser

Asn

Thr

Val

Gly

Asn

Gin

Leu

Glu

Gly

Ile

Ser

85

90

95

Asn

Ile

Leu

Asn

Gin

Ile

Gly

Lys

Arg

Lys

Asp

Phe

Tyr

Ser

Ser

Arg

100

105

110

Gin

Ile

Ser

Ser

Ile

Ser

Gin

Gin

Ile

Ile

Gly

Leu

Lys

Gly

Ser

Ser

115

120

125

Asp

Pro

Leu

Lys

Ala

His

Ser

Ser

Gin

Ile

Thr

Ala

Lys

Leu

Leu

Ser

130

135

140

Asn

Thr

Gin

Ser

Ala

Phe

Asp

Gin

Gly

Ile

Ala

Leu

Ser

Ser

Asn

Ile

145

150

155

160

Ile

Ser

Ala

Val

Asn

Ser

Leu

Asn

Pro

Ser

Asn

Asn

Ser

Gin

Glu

Val

165

170

175

Lys

Ala

Gin

Leu

Gin

Asn

Thr

Ala

Gin

Ser

Met

Thr

Glu

Leu

Leu

Gin

180

185

190

Gin

Ile

Glu

His

Ser

Ile

Thr

Lys

Thr

Thr

Ser

Thr

Thr

Tyr

Ala

Gin

195

200

205

Ser

Leu

Leu

Ser

Asn

Leu

Thr

Asp

Ala

Val

Asn

Ala

Ser

Ser

Asn

Asn

210

215

220

Thr

Thr

Tyr

Val

Ser

Ala

Leu

Val

Asn

Ala

Leu

Asn

Thr

Leu

Gly

Val

225

230

235

240

Gly

Val

Phe

Pro

Thr

Thr

Thr

Ser

Thr

His

Val

Val

Leu

Asn

Pro

Pro

245

250

255

Gly

Gin

Val

Val

Phe

Tyr

Pro

Thr

Asn

Ser

Leu

Leu

Gly

Ser

Thr

Ser

260

265

270

Ser

Asn

Ser

Asn

Asn

Gin

Gin

Gin

Tyr

Asn

Asn

Thr

Leu

Leu

Met

Asn

275

280

285

Thr

Leu

Gin

Gly

Glu

Leu

Ser

Thr

Asn

Asn

Gin

Asn

Asn

Pro

Asn

Gly

290

295

300

Cys

Ala

Asn

Gin

Ile

Gin

Cys

Leu

Glu

Gin

Phe

Ile

Gin

Asn

Leu

Thr

305

310

315

320

Pro

Leu

Ala

Ala

Thr

Pro

Thr

Ser

Thr

Asn

Gin

Ala

Asn

Gin

Gin

Val

325

330

335

Gin

Ala

Ile

Ala

Gin

Lys

Leu

Gin

Ser

Val

Ala

Ile

Asn

Ala

Leu

Asp

340

345

350

Asn

Asn

Ala

Ile

Asn

Asn

Thr

Thr

Tyr

Asn

Leu

Asn

Asn

Leu

His

Asn

355

360

365

Ala

Leu

Asn

Phe

Gin

Ala

Tyr

Gin

Ser

Thr

Ile

Glu

Gin

Tyr

Asn

Asn

370

375

380

Ala

Leu

Lys

Gin

Ile

Ser

Trp

Ile

Ser

Phe

Ser

Glu

Pro

Lys

Asn

Leu

385

390

395

400

• ·

286

Leu

Lys

Asn

Thr

Ser Asn Asn 405

Tyr

Gin

Ile 410

Gly

Thr

Val

Thr

Asn 415

Asp

Gin

Gly

Gin

Asn

Ile

Ser

Ala

Tyr

Asp

Cys

Thr

Ser

Ala

Thr

Gly

Ser

420

425

430

Leu

Ser

Ser

Asp

Ala

Ser

Ser

Gly

Ile

Ser

Cys

Ser

Ala

Thr

Ser

Ser

435

440

445

Thr

Asn

Asn

Thr

Asn

Ser

Phe

Asp

Asn

Ser

Leu

Val

Ala

Thr

Ser

Lys

450

455

460

Val

Gin

Thr

Ile

Asn

Gly

Lys

Glu

Gin

Ile

Gly

Val

Asn

Ser

Phe

Asn

465

470

475

480

Leu

Val

Ser

Gin

Val

Trp

Ser

Val

Tyr

Asn

Ser

Leu

Lys

Thr

Ser

Glu

485

490

495

Glu

Asn

Leu

Gin

Lys

Asn

Ala

Lys

Ile

Leu

Cys

Asn

Asn

Gly

Ser

Gin

500

505

510

Ser

Gly

Thr

Ser

Pro

Cys

Asn

Ser

Ser

Ser

Gly

Gly

Leu

Ser

Ile

Ser

515

520

525

Gly

Asn

Ala

Gin

Leu

Gin

Asn

Ile

Leu

Ser

Pro

Thr

Asn

Gly

Thr

Thr

530

535

540

Thr

Asn

Thr

Gin

Ala

Lys

Ser

Asn

Ala

Ser

Lys

Leu

Lys

Ala

Met

Val

545

550

555

560

Met

Val

Asn

Asn

Glu

Glu

Glu

Ala

Lys

Thr

Thr

Asn

Phe

Asn

Gin

Ser

565

570

575

Ser

Gly

Pro

Thr

Thr

Gin

Ser

Ser

Asn

Ser

Thr

Val

Met

Gly

Ala

Leu

580

585

590

Asn

Thr

Val

Leu

Gin

Asn

Val

Ser

Asn

Phe

Gin

Gin

Ser

Ile

Gin

Ser

595

600

605

Ala

Phe

Gin

Asn

Gin

Glu

Asn

Asn

Ile

Gin

Ala

Trp

Ala

Asn

Ala

Leu

610

615

620

Tyr

Asn

Thr

Ser

Asn

Pro

Asn

Gly

Asn

Gin

Ser

Gin

Asn

Leu

Thr

Thr

625

630

635

640

Asn

Asn

Asn

Gin

Asp

Leu

Arg

Ile

Gin

Leu

Arg

Ala

Asn

Phe

Tyr

Gin

645

650

655

Leu

Ile

Asn

Thr

Ile

Asn

Gin

Gin

Val

Pro

Thr

Asp

Met

Asn

Ala

Leu

660

665

670

Ile

Asn

Gin

Ser

Gin

Gin

Thr

Gin

Gin

Thr

Ser

Gly

Ser

Ala

Ser

Thr

675

680

685

Thr

Asn

Asn

Ala

Cys

Ala

Ser

Gly

Met

Gly

Ser

Ser

Gly

Asn

Trp

Cys

690

695

700

Tyr

Gin

Gin

Trp

Ser

Asp

Ser

Lys

Ala

Tyr

Tyr

Ser

Gly

Leu

Gin

Ser

705

710

715

720

Ala

Leu

Gly

Tyr

Gin

Thr

Gin

Ala

Thr

Thr

Gin

Asn

Gly

Ser

Ser

Gly

725

730

735

Gly

Ser

Asn

Ile

Thr

Tyr

Asn

Val

Gin

Gin

Ile

Thr

Leu

Thr

Ser

Gly

740

745

750

Gly

Leu

Leu

Asn

Gin

Ile

Ile

Thr

Asn

Leu

Lys

Ser

Val

Asn

Gly

Gly

755

760

765

Ser

Asn

Gly

Gly

Ser

Ser

Gly

Asn

Gly

Thr

Ser

Gin

Ile

Asn

Thr

Ala

770

775

780

Tyr

Gin

Met

Leu

Thr

Asp

Ala

Ser

Asp

Gly

Lys

Leu

Gly

Thr

Tyr

Asn

785

790

795

800

Ser

Ser

Asn

Ser

Ser

Asn

Ser

Ser

Asn

Ser

Gly

Asn

Asn

Asn

Gly

Tyr

805

810

815

Thr

Pro

Cys

Asn

Ser

Thr

Asn

Gly

Ser

Asn

Gly

Thr

Ser

Gly

Ser

Asn

820

825

830

Cys

Tyr

Glu

Pro

Asn

Lys

Gin

Gin

Asn

Ala

Thr

Thr

Ala

Thr

Thr

Thr

835

840

845

Thr

Asp

Ser

Asn

Leu

Gin

Lys

Val

Tyr

Asn

Asp

Ala

Gin

Lys

Ile

Ala

850

855

860

Asn

Ile

Ile

Ala

Ser

Ser

Gly

Asn

Asn

Lys

Gly

Val

Glu

Asn

Gly

Leu

865

870

875

880

Lys

Gin

Phe

Phe

Glu

Ala

Leu

Lys

Ser

Asn

Ser

Ser

Ser

Leu

Ser

Asn

885

890

895

• ·

	287	• · · · · ·	• · ·	• ·
Leu Cys Gly	Asn Gly Ser Ser Gly Ser Ser 900 905	Ser Thr Cys Ser 910	Gly	Gly
Leu Ile Asn 915	Leu Leu Gly Ala Ile Pro Thr 920	Asn Gly Val Ser 925	Asp	Thr
Asn Asn Leu 930	Ile Asn Leu Leu Thr Glu Phe 935	Ile Lys Thr Ala 940	Gly	Phe
Ile Gin Asn 945	Asn Asp Ser Asn Val Ser Thr 950	Ser Leu Thr Ser 955	Ala	Phe 960
Gin Ala Ile	Thr Ser Ala Ile Ser Gin Gly 965 970	Phe Gin Ala Leu	Gin 975	Asn
Asp Ile Ser	Pro Asn Ala Ile Leu Thr Leu 980 985	Leu Gin Glu Ile 990	Thr	Ser
Asn Thr Thr 995	Thr Ile Gin Ser Phe Ser Gin 1000	Thr Leu Arg Gin 1005	Leu	Leu
Gly Asp Lys 1010	Thr Phe Phe Met Val Gin Gin 1015	Lys Leu Ile Asp 1020	Ala	Met
Ile Asn Ala 1025	Arg Asn Gin Val Gin Asn Ala 1030	Gin Asn Gin Ala 1035	Asn	Asn 1040
Tyr Gly Ser	Gin Pro Val Leu Ser Gin Tyr 1045 105C	Ala Ala Gly Lys	Ser 1053	Thr
Gin His Gly	Met Ser Asn Gly Leu Gly Val 1060 1065	Gly Ile Gly Tyr 107C	Lys	Tyr
Phe Phe Gly 1073	Lys Ala Arg Lys Leu Gly Leu 1080	Arg His Tyr Phe 1085	Phe	Phe
Asp Tyr Gly 1090	Phe Ser Glu Ile Gly Leu Ala 1095	Asn Gin Ser Val 1100	Lys	Ala
Asn Ile Phe 1105	Ala Tyr Gly Val Gly Thr Asp 1110	Phe Leu Trp Asn 1115	Leu	Phe 1120
Arg Arg Thr	Tyr Asn Thr Lys Ala Leu Asn 1125 113C	Phe Gly Leu Phe	Ala 1135	Gly
Val Gin Leu	Gly Gly Ala Thr Trp Leu Ser 1140 1145	Ser Leu Arg Gin 115C	Gin	Ile
Ile Asp Asn 1155	Trp Gly Asn Ala Asn Asp Ile 1160	His Ser Thr Asn 1165	Phe	Gin
Val Ala Leu 1170	Asn Phe Gly Val Arg Thr Asn 1175	Phe Ala Glu Phe 1180	Lys	Arg
Phe Ala Lys 1185	Lys Phe His Asn Gin Gly Val 1190	Ile Ser Gin Lys 1195	Ser	Val 1200
Glu Phe Gly	Ile Lys Val Pro Leu Ile Asn 1205 121C	Gin Ala Tyr Leu	Asn 1213	Ser
Ala Gly Ala Tyr Ile Met 1235	Asp Val Ser Tyr Arg Arg Leu 1220 1225 Gly Phe	Tyr Thr Phe Tyr 123C	Ile	Asn

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:942:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 435 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...435 • ·

288 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:942:

Met

Lys

Lys

Ile

Leu

Ile

Thr

Leu

Ile

Thr

Leu

Leu

Leu

Gly

Val

Phe

1

5

10

15

Met

Gly

Leu

Gin

Ala

Ser

Ala

Leu

Thr

His

Gin

Glu

Ile

Asn

Gin

Ala

20

25

30

Lys

Val

Pro

Val

Ile

Tyr

Glu

Glu

Asn

His

Leu

Leu

Pro

Met

Gly

Phe

35

40

45

Ile

His

Leu

Ala

Phe

Arg

Gly

Gly

Gly

Ser

Leu

Ser

Asp

Lys

Asn

Gin

50

55

60

Leu

Gly

Leu

Ala

Lys

Leu

Phe

Ala

Gin

Val

Leu

Asn

Glu

Gly

Thr

Lys

65

70

75

80

Glu

Leu

Gly

Ala

Val

Gly

Phe

Ala

Gin

Leu

Leu

Glu

Gin

Lys

Ala

Ile

85

90

95

Ser

Leu

Asn

Val

Asp

Thr

Ser

Ala

Glu

Asp

Leu

Gin

Ile

Thr

Leu

Glu

100

105

110

Phe

Leu

Lys

Glu

Tyr

Glu

Asp

Glu

Ala

Ile

Met

Arg

Leu

Lys

Glu

Leu

115

120

125

Leu

Lys

Ser

Pro

Asn

Phe

Thr

Gin

Asn

Ala

Leu

Glu

Lys

Val

Lys

Thr

130

135

140

Arg

Met

Leu

Ala

Gin

Leu

Leu

Gin

Lys

Glu

Ser

Asp

Phe

Asp

Tyr

Leu

145

150

155

160

Ala

Lys

Leu

Thr

Leu

Lys

Gin

Glu

Leu

Phe

Ala

Asn

Thr

Pro

Leu

Ala

165

170

175

Asn

Ala

Ala

Leu

Gly

Thr

Lys

Glu

Ser

Leu

Gin

Lys

Ile

Lys

Leu

Asp

180

185

190

Asp

Leu

Lys

Gin

Gin

Phe

Ala

Lys

Val

Phe

Glu

Leu

Asn

Lys

Leu

Val

195

200

205

Val

Val

Leu

Gly

Gly

Asp

Leu

Lys

Val

Asn

Gin

Thr

Leu

Asn

Arg

Leu

210

215

220

Asn

Asn

Ala

Leu

Asn

Phe

Leu

Pro

Gin

Gly

Lys

Ala

Tyr

Glu

Glu

Pro

225

230

235

240

Tyr

Phe

Glu

Ala

Ser

Asp

Lys

Lys

Ser

Glu

Lys

Val

Leu

Tyr

Lys

Asp

245

250

255

Thr

Glu

Gin

Ala

Phe

Val

Tyr

Phe

Gly

Val

Pro

Phe

Lys

Ile

Lys

Asp

260

265

270

Leu

Lys

Gin

Asp

Leu

Ala

Lys

Ser

Lys

Val

Met

Met

Phe

Val

Leu

Gly

275

280

285

Gly

Gly

Phe

Gly

Ser

Arg

Leu

Met

Glu

Lys

Ile

Arg

Val

Gin

Glu

Gly

290

295

300

Leu

Ala

Tyr

Ser

Val

Tyr

Ile

Arg

Ser

Asn

Phe

Ser

Lys

Val

Ala

His

305

310

315

320

Phe

Ala

Ser

Gly

Tyr

Leu

Gin

Thr

Lys

Leu

Ser

Thr

Gin

Ala

Lys

Ser

325

330

335

Val

Ala

Leu

Val

Lys

Lys

Ile

Ile

Lys

Glu

Phe

Ile

Glu

Lys

Gly

Met

340

345

350

Thr

Gin

Gin

Glu

Leu

Asp

Asp

Ala

Lys

Lys

Phe

Leu

Leu

Gly

Ser

Glu

355

360

365

Pro

Leu

Arg

Asn

Glu

Thr

Ile

Ser

Ser

Arg

Leu

Asn

Thr

Thr

Tyr

Asn

370

375

380

Tyr

Phe

Tyr

Leu

Gly

Leu

Pro

Leu

Asp

Phe

Asn

Gin

Thr

Leu

Leu

Asn

385

390

395

400

Gin

Ile

Gin

Lys

Met

Ser

Leu

Lys

Glu

Ile

Asn

Asp

Phe

Ile

Lys

Glu

405

410

415

His

Thr

Glu

Ile

Asn

Asp

Leu

Thr

Phe

Ala

Ile

Val

Ser

Asn

Lys

Lys

420

425

430

Lys Asp Lys 435 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:943 ·· ·

289 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 614 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...614 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:943:

Leu 1

Ala

Ser

Pro

Lys 5

Glu

Thr

Pro

Lys

Glu 10

Ala

Gin

Lys

Asn

Glu 15

Ala

Gin

Asn

Glu

Thr 20

Ser

Gin

Ser

Asn

Gin 25

Thr

Pro

Lys

Glu

Met 30

Lys

Val

Lys

Ser

Ile 35

Ser

Tyr

Val

Gly

Leu 40

Ser

Tyr

Met

Ser

Asp 45

Met

Leu

Ala

Asn

Glu 50

Ile

Ala

Lys

Ile

Arg 55

Val

Gly

Asp

Met

Val 60

Asp

Ser

Lys

Lys

Ile 65

Asp

Thr

Ala

Val

Leu 70

Ala

Leu

Phe

Asn

Gin 75

Gly

Tyr

Phe

Lys

Asp 80

Val

Tyr

Ala

Thr

Phe 85

Glu

Asn

Gly

Ile

Leu 90

Glu

Phe

His

Phe

Asp 95

Glu

Lys

Ala

Arg

Ile 100

Ala

Gly

Val

Glu

Ile 105

Lys

Gly

Tyr

Gly

Thr 110

Glu

Lys

Glu

Lys

Asp 115

Gly

Leu

Lys

Ser

Gin 120

Met

Gly

Ile

Lys

Lys 125

Gly

Asp

Thr

Phe

Asp 130

Glu

Gin

Lys

Leu

Glu 135

His

Ala

Lys

Thr

Ala 140

Leu

Lys

Thr

Ala

Leu 145

Glu

Gly

Gin

Gly

Tyr 150

Tyr

Gly

Ser

Val

Val 155

Glu

Val

Arg

Thr

Glu 160

Lys

Val

Ser

Glu

Gly 165

Ala

Leu

Leu

Ile

Val 170

Phe

Asp

Val

Asn

Arg 175

Gly

Asp

Ser

Ile

Tyr 180

Ile

Lys

Gin

Ser

Ile 185

Tyr

Glu

Gly

Ser

Asp 190

Lys

Leu

Lys

Arg

Arg 195

Val

Ile

Glu

Ser

Leu 200

Ser

Ala

Asn

Lys

Gin 205

Arg

Asp

Phe

Met

Gly 210

Trp

Met

Trp

Gly

Leu 215

Asn

Asp

Gly

Lys

Leu 220

Arg

Leu

Asp

Gin

Leu 225

Glu

Tyr

Asp

Ser

Leu 230

Arg

Ile

Gin

Asp

Val 235

Tyr

Met

Arg

Arg

Gly 240

Tyr

Leu

Asp

Ala

His 245

Ile

Ser

Ser

Pro

Phe 250

Leu

Lys

Thr

Asp

Phe 255

Ser

Thr

His

Asp

Ala 260

Lys

Leu

His

Tyr

Lys 265

Val

Lys

Glu

Gly

Ile 270

Gin

Tyr

Arg

Ile

Ser 275

Asp

Ile

Leu

Ile

Glu 280

Ile

Asp

Asn

Pro

Val 285

Val

Pro

Leu

Lys

Thr 290

Leu

Glu

Lys

Ala

Leu 295

Lys

Val

Lys

Arg

Lys 300

Asp

Val

Phe

Asn

Ile 305

Glu

His

Leu

Arg

Ala 310

Asp

Ala

Gin

Ile

Leu 315

Lys

Thr

Glu

Ile

Al a 320

Asp

Lys

Gly

Tyr

Ala 325

Phe

Ala

Val

Val

Lys 330

Pro

Asp

Leu

Asp

Lys 335

Asp

Glu

Lys

Asn

Gly 340

Leu

Val

Lys

Val

Ile 345

Tyr

Arg

Ile

Glu

Val 350

Gly

Asp

··

29Θ ·· ·· • · · • ··· • * · · • · · ···· ·· « ·· ·· * · • · · • · · • · · • ·· ·» • · • · »··

Met

Val

His 355

Ile Asn Asp

Val

Ile 360

Ile

Ser

Gly

Asn

Gin 365

Arg

Thr

Ser

Asp

Arg

Ile

Ile

Arg

Arg

Glu

Leu

Leu

Leu

Gly

Pro

Lys

Asp

Lys

Tyr

370

375

380

Asn

Leu

Thr

Lys

Leu

Arg

Asn

Ser

Glu

Asn

Ser

Leu

Arg

Arg

Leu

Gly

385

390

395

400

Phe

Phe

Ser

Lys

Val

Lys

Ile

Glu

Glu

Lys

Arg

Val

Asn

Ser

Ser

Leu

405

410

415

Met

Asp

Leu

Leu

Val

Ser

Val

Glu

Glu

Gly

Arg

Thr

Gly

Gin

Leu

Gin

420

425

430

Phe

Gly

Leu

Gly

Tyr

Gly

Ser

Tyr

Gly

Gly

Leu

Met

Leu

Asn

Gly

Ser

435

440

445

Val

Ser

Glu

Arg

Asn

Leu

Phe

Gly

Thr

Gly

Gin

Ser

Met

Ser

Leu

Tyr

450

455

460

Ala

Asn

Ile

Ala

Thr

Gly

Gly

Gly

Arg

Ser

Tyr

Pro

Gly

Met

Pro

Lys

465

470

475

480

Gly

Ala

Gly

Arg

Met

Phe

Ala

Gly

Asn

Leu

Ser

Leu

Thr

Asn

Pro

Arg

485

490

495

Ile

Phe

Asp

Ser

Trp

Tyr

Ser

Ser

Thr

Ile

Asn

Leu

Tyr

Ala

Asp

Tyr

500

505

510

Arg

Ile

Ser

Tyr

Gin

Tyr

Ile

Gin

Gin

Gly

Gly

Gly

Phe

Gly

Val

Asn

515

520

525

Val

Gly

Arg

Met

Leu

Gly

Asn

Arg

Thr

His

Val

Ser

Leu

Gly

Tyr

Asn

530

535

540

Leu

Asn

Val

Thr

Lys

Leu

Leu

Gly

Phe

Ser

Ser

Pro

Leu

Tyr

Asn

Arg

545

550

555

560

Tyr

Tyr

Ser

Ser

Val

Asn

Glu

Val

Ala

Ser

Pro

Arg

Gin

Cys

Ser

Thr

565

570

575

Pro

Ala

Ser

Val

Ile

Ile

Asn

Arg

Leu

Ser

Gly

Gly

Arg

Thr

Pro

Leu

580

585

590

Val

Pro

Glu

Ser

Cys

Ser

Ser

Pro

Gly

Ala

Ile

Thr

Ile

Phe

Thr

Arg

595

600

605

Asn

Lys

Arg

Tyr

Leu

Gly

610

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:945:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 621 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...621 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:945:

Leu

His

Ala

Glu

Asp

Asn

Gly

Phe

Phe

Val

Ser

Ala

Gly

Tyr

Gin

Ile

1

5

10

15

Gly

Glu

Ala

Val

Gin

Met

Val

Lys

Asn

Thr

Gly

Glu

Leu

Lys

Asn

Leu

20

25

30

Asn

Asp

Lys

Tyr

Glu

Gin

Leu

Ser

Gin

Ser

Leu

Ala

Gin

Leu

Ala

Ser

35

40

45

Leu

Lys

Lys

Ser

Ile

Gin

Thr

Ala

Asn

Asn

Ile

Gin

Ala

Val

Asn

Asn

Tv • ·

29Í···

• · • ·

• · * · ·

• ·

• ·

50

55

60

Ala

Leu

Ser

Asp

Leu

Lys

Ser

Phe

Ala

Ser

Asn

Asn

His

Thr

Asn

Lys

65

70

75

80

Glu

Thr

Ser

Pro

Ile

Tyr

Asn

Thr

Ala

Gin

Ala

Val

Ile

Thr

Ser

Val

85

90

95

Leu

Ala

Phe

Trp

Ser

Leu

Tyr

Ala

Gly

Asn

Ala

Leu

Ser

Phe

His

Val

100

105

110

Thr

Gly

Leu

Asn

Asp

Gly

Ser

Asn

Ser

Pro

Leu

Gly

Arg

Ile

His

Arg

115

120

125

Asp

Gly

Asn

Cys

Thr

Gly

Leu

Gin

Gin

Cys

Phe

Met

Ser

Lys

Glu

Thr

130

135

140

Tyr

Asp

Lys

Met

Lys

Thr

Leu

Ala

Glu

Asn

Leu

Gin

Lys

Ala

Gin

Gly

145

150

155

160

Asn

Leu

Cys

Ala

Leu

Ser

Glu

Cys

Ser

Ser

Asn

Gin

Ser

Asn

Gly

Gly

165

170

175

Lys

Thr

Ser

Met

Thr

Thr

Ala

Leu

Gin

Thr

Ala

Gin

Gin

Leu

Met

Asp

180

185

190

Leu

Ile

Glu

Gin

Thr

Lys

Val

Ser

Met

Val

Trp

Lys

Asn

Ile

Val

Ile

195

200

205

Ala

Gly

Val

Thr

Asn

Lys

Pro

Asn

Gly

Ala

Gly

Ala

Ile

Thr

Ser

Thr

210

215

220

Gly

His

Val

Thr

Asp

Tyr

Ala

Val

Phe

Asn

Asn

Ile

Lys

Ala

Met

Leu

225

230

235

240

Pro

Ile

Leu

Gin

Gin

Ala

Leu

Thr

Leu

Ser

Gin

Ser

Asn

His

Thr

Leu

245

250

255

Ser

Thr

Gin

Leu

Gin

Ala

Arg

Ala

Met

Gly

Ser

Gin

Thr

Asn

Arg

Glu

260

265

270

Phe

Ala

Lys

Asp

Ile

Tyr

Ala

Leu

Ala

Gin

Asn

Gin

Lys

Gin

Ile

Leu

275

280

285

Ser

Asn

Ala

Ser

Ser

Ile

Phe

Asn

Leu

Phe

Asn

Ser

Ile

Pro

Lys

Asp

290

295

300

Gin

Leu

Lys

Tyr

Leu

Glu

Asn

Ala

Tyr

Leu

Lys

Val

Pro

His

Leu

Gly

305

310

315

320

Lys

Thr

Pro

Thr

Asn

Pro

Tyr

Arg

Gin

Asn

Val

Asn

Leu

Asn

Lys

Glu

325

330

335

Ile

Asn

Ala

Val

Gin

Asp

Asn

Val

Ala

Asn

Tyr

Gly

Asn

Arg

Leu

Asp

340

345

350

Ser

Ala

Leu

Ser

Val

Ala

Lys

Asp

Val

Tyr

Asn

Leu

Lys

Ser

Asn

Gin

355

360

365

Thr

Glu

Ile

Val

Thr

Thr

Tyr

Asn

Asp

Ala

Lys

Asn

Leu

Ser

Glu

Glu

370

375

380

Ile

Ser

Lys

Leu

Pro

Tyr

Asn

Gin

Val

Asn

Val

Thr

Asn

Ile

Val

Met

385

390

395

400

Ser

Pro

Lys

Asp

Ser

Thr

Ala

Gly

Gin

Tyr

Gin

Ile

Asn

Pro

Glu

Gin

405

410

415

Gin

Ser

Asn

Leu

Asn

Gin

Ala

Leu

Ala

Ala

Met

Ser

Asn

Asn

Pro

Phe

420

425

430

Lys

Lys

Val

Gly

Met

Ile

Ser

Ser

Gin

Asn

Asn

Asn

Gly

Ala

Leu

Asn

435

440

445

Gly

Leu

Gly

Val

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Glu

Ser

Lys

450

455

460

Arg

Trp

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Asp

Tyr

Asn

His

Gly

Tyr

465

470

475

480

Ile

Lys

Ser

Ser

Phe

Phe

Asn

Ser

Ser

Ser

Asp

Ile

Trp

Thr

Tyr

Gly

485

490

495

Gly

Gly

Ser

Asp

Leu

Leu

Val

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp

Ser

Ile

Thr

Arg

500

505

510

Lys

Asn

Asn

Lys

Leu

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

Gly

Gly

Ile

Gin

Leu

Ala

515

520

525

Gly

Thr

Thr

Trp

Leu

Asn

Ser

Gin

Tyr

Met

Asn

Leu

Thr

Ala

Phe

Asn

530

535

540

Asn

Pro

Tyr

Ser

Ala

Lys

Val

Asn

Ala

Ser

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

• · • · • · ·

292.....

545

550

555

560

Asn

Leu

Gly

Leu

Arg

Thr

Asn

Leu

Ala

Thr

Ala

Lys

Lys

Lys

Asp

Ser

565

570

575

Glu

Arg

Ser

Ala

Gin

His

Gly

Val

Glu

Leu

Gly

Ile

Lys

Ile

Pro

Thr

580

585

590

Ile

Asn

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Phe

Leu

Gly

Thr

Lys

Leu

Glu

Tyr

Arg

595

600

605

Arg

Leu

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

610

615

620

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:946:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 163 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...163 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:946:

Met Met Arg

Glu

Ile

Leu

Thr

Asn

Arg

Phe

Phe

Pro

Ser

Leu

Phe

Lys

1

5

10

15

Lys

Arg

Leu

Asp

Phe

Ser

Asn

Arg

Val

Val

Leu

Gly

Leu

Gly

Ser

Asn

20

25

30

Leu

Lys

Asn

Pro

Leu

Lys

Ile

Leu

Lys

Ser

Cys

Phe

Leu

Tyr

Phe

Lys

35

40

45

Asn

His

Ser

Lys

Ile

Gly

Lys

Ile

Phe

Ser

Ser

Pro

Ile

Tyr

Ile

Asn

50

55

60

Pro

Pro

Phe

Gly

Tyr

Thr

Asn

Gin

Pro

Asn

Phe

Tyr

Asn

Ala

Thr

Ile

65

70

75

80

Ile

Leu

Lys

Thr

Ser

Leu

Gly

Leu

Arg

His

Phe

Phe

Ala

Leu

Val

Phe

85

90

95

Tyr

Ile

Glu

Arg

Arg

Phe

Gly

Arg

Ala

Arg

Lys

Arg

Asp

Phe

Lys

Asp

100

105

110

Ala

Pro

Arg

Thr

Leu

Asp

Ile

Asp

Ile

Ile

Ala

Phe

Asn

Gin

Val

Ile

115

120

125

Leu

Arg

Gin

Asn

Asp

Leu

Thr

Leu

Pro

His

Pro

Lys

Trp

Ser

Glu

Arg

130

135

140

Asp

Ser

Val

Leu

Val

Pro

Leu

Thr

Leu

Gin

Gin

Ile

Leu

Phe

Lys

Arg

145

150

155

160

Glu

Glu

Trp

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:956:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 667 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein • · • ·

29?.....

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...667 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:956:

Lys 1

Lys

Pro

Phe

Tyr 5

Ser

Leu

Ser

Leu

Ala 10

Ser

Ser

Leu

Leu

Asn 15

Al a

Glu

Asp

Asn

Gly

Phe

Phe

Ile

Ser

Ala

Gly

Tyr

Gin

Ile

Gly

Glu

Ala

20

25

30

Ala

Gin

Met

Val

Lys

Asn

Thr

Gly

Glu

Leu

Lys

Lys

Leu

Ser

Asp

Thr

35

40

45

Tyr

Glu

Asn

Leu

Ser

Asn

Leu

Leu

Thr

Asn

Phe

Asn

Asn

Leu

Asn

Gin

50

55

60

Ala

Val

Thr

Asn

Ala

Ser

Ser

Pro

Ser

Glu

Ile

Asn

Ala

Ala

Ile

Asp

65

70

75

80

Asn

Leu

Lys

Ala

Asn

Thr

Gin

Gly

Leu

Ile

Gly

Glu

Lys

Thr

Asn

Ser

85

90

95

Pro

Ala

Tyr

Gin

Ala

Val

Tyr

Leu

Ala

Leu

Asn

Ala

Ala

Val

Gly

Leu

100

105

110

Trp

Asn

Val

Ile

Ala

Tyr

Asn

Val

Gin

Cys

Gly

Pro

Gly

Asn

Ser

Gly

115

120

125

Gin

Gin

Ser

Val

Thr

Phe

Glu

Gly

Gin

Pro

Gly

His

Asn

Ser

Ser

Ser

130

135

140

Ile

Asn

Cys

Asn

Leu

Thr

Gly

Tyr

Asn

Asn

Gly

Val

Ser

Gly

Pro

Leu

145

150

155

160

Ser

Ile

Glu

Asn

Phe

Lys

Lys

Leu

Asn

Gin

Ala

Tyr

Gin

Thr

Ile

Gin

165

170

175

Gin

Ala

Leu

Lys

Gin

Asp

Ser

Gly

Phe

Pro

Val

Leu

Asp

Ser

Ala

Gly

180

185

190

Lys

Gin

Val

Thr

Ile

Thr

Ile

Thr

Thr

Gin

Thr

Asn

Gly

Ala

Asn

Lys

195

200

205

Ser

Glu

Thr

Thr

Thr

Thr

Thr

Thr

Thr

Thr

Asn

Asp

Ala

Gin

Thr

Leu

210

215

220

Leu

Gin

Glu

Ala

Ser

Lys

Met

Ile

Ser

Val

Leu

Thr

Thr

Asn

Cys

Pro

225

230

235

240

Trp

Val

Asn

His

Asn

Gin

Gly

Gin

Asn

Gly

Gly

Ala

Pro

Trp

Gly

Leu

245

250

255

Asp

Thr

Ala

Gly

Asn

Val

Cys

Gin

Val

Phe

Ala

Thr

Glu

Phe

Ser

Ala

260

265

270

Val

Thr

Ser

Met

Ile

Lys

Asn

Ala

Gin

Glu

Ile

Val

Thr

Gin

Ala

Gin

275

280

285

Ser

Leu

Asn

Gin

Gin

Asn

Asn

Gin

Asn

Ala

Pro

Gin

Asp

Phe

Asn

Pro

290

295

300

Tyr

Thr

Ser

Ala

Asp

Arg

Ala

Phe

Ala

Gin

Asn

Met

Leu

Asn

His

Ala

305

310

315

320

Gin

Ala

Gin

Ala

Lys

Ile

Leu

Glu

Leu

Ala

Asp

Gin

Met

Lys

Lys

Asp

325

330

335

Leu

Asn

Thr

Ile

Pro

Ser

Gin

Phe

Ile

Thr

Asn

Tyr

Leu

Ala

Ala

Cys

340

345

350

His

Asn

Gly

Gly

Gly

Thr

Leu

Pro

Asp

Ala

Gly

Val

Thr

Asn

Asn

Thr

355

360

365

Trp

Gly

Ala

Gly

Cys

Ala

Tyr

Val

Glu

Glu

Thr

Ile

Thr

Ala

Leu

Asn

370

375

380

Asn

Ser

Leu

Ala

His

Phe

Gly

Thr

Gin

Ala

Glu

Gin

Ile

Lys

Gin

Ser

385

390

395

400

294··· ’·*’

Glu

Leu

Leu

Ala

Arg 405

Thr

Ile

Leu

Asp

Phe 410

Arg

Gly

Ser

Leu

Ser 415

Asn

Leu

Asn

Asn

Thr

Tyr

Asn

Ser

Ile

Thr

Thr

Thr

Ala

Ser

Asn

Thr

Pro

420

425

430

Asn

Ser

Pro

Phe

Leu

Lys

Asn

Leu

Ile

Ser

Gin

Ser

Thr

Asn

Pro

Asn

435

440

445

Asn

Pro

Gly

Gly

Leu

Gin

Ala

Val

Tyr

Gin

Val

Asn

Gin

Ser

Ala

Tyr

450

455

460

Ser

Gin

Leu

Leu

Ser

Ala

Thr

Gin

Glu

Leu

Gly

His

Asn

Pro

Phe

Arg

465

470

475

480

Arg

Val

Gly

Leu

Ile

Ser

Ser

Gin

Thr

Asn

Asn

Gly

Ala

Met

Asn

Gly

485

490

495

Ile

Gly

Val

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Glu

Lys

Arg

Arg

500

505

510

Trp

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Asp

Tyr

Asn

His

Ala

Tyr

Ile

515

520

525

Lys

Ser

Ser

Phe

Phe

Asn

Ser

Ala

Ser

Asp

Val

Phe

Thr

Tyr

Gly

Val

530

535

540

Gly

Thr

Asp

Val

Leu

Tyr

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp

Lys

Thr

Thr

Lys

Asn

545

550

555

560

Ser

Lys

Ile

Ser

Phe

Gly

Val

Phe

Gly

Gly

Ile

Ala

Leu

Ala

Gly

Thr

565

570

575

Ser

Trp

Leu

Asn

Ser

Gin

Tyr

Val

Asn

Leu

Ala

Thr

Phe

Asn

Asn

Phe

580

585

590

Tyr

Ser

Ala

Lys

Met

Asn

Val

Ala

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

Leu

595

600

605

Gly

Leu

Arg

Met

Asn

Leu

Ala

Lys

Asn

Lys

Lys

Lys

Ala

Ser

Asp

His

610

615

620

Ala

Ala

Gin

His

Gly

Val

Glu

Leu

Gly

Val

Lys

Ile

Pro

Thr

Ile

Asn

625

630

635

640

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Leu

Leu

Gly

Thr

Gin

Leu

Gin

Tyr

Arg

Arg

Leu

645

650

655

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

660

665

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:958:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 134 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...134 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:958:

Met 1

Phe

Met

Ala

Ser 5

Ile

Arg

Thr

Leu

Thr 10

His

Met

Thr

Asn

Ala 15

Asp

Gly

Thr

Ile

Thr 20

Cys

Gly

Asp

Thr

Thr 25

Pro

Ala

Ser

Cys

Asn 30

Val

Gly

Ile

Asn

Pro 35

Asn

Ser

Val

Tyr

Thr 40

Thr

Gly

Lys

Leu

Asn 45

Ala

Lys

Val

Asn

His

Thr

Ile

Phe

Gin

Phe

Leu

Val

Asn

Val

Gly

Ile

Arg

Thr

Asn

• ·

29^··· ’··’

55 60

Ile

Phe

Glu

His

His

Gly

Ile

Glu

Phe

Gly

Ile

Lys

Ile

Pro

Thr

Leu

65

70

75

80

Pro

Asn

Tyr

Phe

Phe

Lys

Gly

Ser

Thr

Thr

Ile

Arg

Ala

Lys

Lys

Gin

85

90

95

Gly

Pro

Leu

Glu

Asn

Gly

Asn

Pro

Thr

Thr

Ile

Thr

Gly

Ala

Glu

Thr

100

105

110

Asn

Phe

Ser

Leu

Thr

Gin

Thr

Leu

Arg

Arg

Gin

Tyr

Ser

Met

Tyr

Leu

115

120

125

Arg

Tyr

Val

Tyr

Thr

Phe

130

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:960:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 499 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...499 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:960:

Met

Lys

Leu

Lys

Lys

Arg

Lys

Val

Ala

Ala

Thr

Leu

Leu

Lys

Arg

Leu

1

5

10

15

Thr

Leu

Pro

Leu

Leu

Phe

Thr

Thr

Gly

Ser

Leu

Gly

Ala

Val

Thr

Tyr

20

25

30

Glu

Val

His

Gly

Asp

Phe

Ile

Asn

Phe

Ser

Lys

Val

Gly

Phe

Asn

Arg

35

40

45

Ser

Pro

Ile

Asn

Pro

Val

Lys

Gly

Ile

Tyr

Pro

Thr

Glu

Thr

Phe

Val

50

55

60

Asn

Leu

Thr

Gly

Lys

Leu

Glu

Gly

Ser

Val

His

Leu

Gly

Arg

Gly

Trp

65

70

75

80

Thr

Val

Asn

Val

Gly

Gly

Val

Leu

Gly

Gly

Gin

Val

Tyr

Asp

Asn

Thr

85

90

95

Arg

Tyr

Asp

Arg

Trp

Ala

Lys

Asp

Phe

Thr

Pro

Pro

Ser

Tyr

Trp

Asp

100

105

110

Lys

Thr

Ser

Cys

Gly

Thr

Asp

Ser

Leu

Ser

Leu

Cys

Met

Asn

Ala

Thr

115

120

125

Lys

Met

Trp

Gin

Gin

Gin

Gly

Pro

Gly

Gly

Ile

Ile

Asp

Pro

Arg

Gly

130

135

140

Ile

Gly

Tyr

Met

Tyr

Met

Gly

Glu

Trp

Asn

Gly

Leu

Phe

Pro

Asn

Tyr

145

150

155

160

Tyr

Pro

Ala

Asn

Ala

Tyr

Leu

Pro

Gly

His

Ser

Arg

Arg

Tyr

Glu

Val

165

170

175

Tyr

Lys

Ala

Asn

Leu

Thr

Tyr

Asp

Ser

Asp

Arg

Val

His

Met

Val

Met

180

185

190

Gly

Arg

Phe

Asp

Val

Thr

Glu

Gin

Glu

Gin

Met

Asp

Trp

Ile

Tyr

Gin

195

200

205

Leu

Phe

Gin

Gly

Phe

Tyr

Gly

Thr

Phe

Lys

Leu

Thr

Lys

Asn

Met

Lys

210

215

220

Phe

Leu

Leu

Phe

Ser

Ser

Trp

Gly

Arg

Gly

Ile

Ala

Asp

Gly

Gin

Trp

225

230

235

240

Leu

Phe

Pro

Ile

Tyr 245

Arg

Glu

Lys

Pro

Trp 250

Gly

Ile

His

Lys

Ala 255

Gly

Ile

Ile

Tyr

Arg

Pro

Thr

Lys

Asn

Leu

Met

Ile

His

Pro

Tyr

Val

Tyr

260

265

270

Leu

Ile

Pro

Met

Val

Gly

Thr

Leu

Pro

Gly

Ala

Lys

Ile

Glu

Tyr

Asp

275

280

285

Thr

Asn

Pro

Glu

Phe

Ser

Gly

Arg

Gly

Ile

Arg

Asn

Lys

Thr

Thr

Phe

290

295

300

Tyr

Val

Leu

Tyr

Asp

Tyr

Arg

Trp

Asn

Asn

Ala

Glu

Tyr

Gly

Arg

Tyr

305

310

315

320

Ala

Pro

Ala

Arg

Tyr

Asn

Thr

Trp

Asp

Pro

Phe

Leu

Asp

Asn

Gly

Lys

325

330

335

Trp

Arg

Gly

Leu

Gin

Gly

Pro

Gly

Gly

Al a

Thr

Leu

Tyr

Leu

His

His

340

345

350

His

Ile

Asp

Ile

Asn

Asn

Tyr

Phe

Val

Val

Gly

Gly

Ala

Tyr

Leu

Asn

355

360

365

Ile

Gly

Asn

Pro

Asn

Met

Asn

Leu

Gly

Thr

Trp

Gly

Asn

Pro

Val

Ala

370

375

380

Leu

Asp

Gly

Ile

Glu

Gin

Trp

Val

Gly

Gly

Ile

Tyr

Ser

Leu

Gly

Phe

385

390

395

400

Ala

Gly

Ile

Asp

Asn

Ile

Thr

Asp

Ala

Asp

Ala

Phe

Thr

Glu

Tyr

Val

405

410

415

Lys

Gly

Gly

Gly

Lys

His

Gly

Lys

Phe

Ser

Trp

Ser

Val

Tyr

Gin

Arg

420

425

430

Phe

Thr

Thr

Ala

Pro

Arg

Ala

Leu

Glu

Tyr

Gly

Ile

Gly

Met

Tyr

Leu

435

440

445

Asp

Tyr

Gin

Phe

Ser

Lys

His

Val

Lys

Ala

Gly

Leu

Lys

Leu

Val

Trp

450

455

460

Leu

Glu

Phe

Gin

Ile

Arg

Ala

Gly

Tyr

Asn

Pro

Gly

Thr

Gly

Phe

Leu

465

470

475

480

Gly

Pro

Asn

Gly

Gin

Pro

Leu

Asn

Leu

Asn

Asn

Gly

Leu

Phe

Glu

Ser

485

490

495

Ser

Ala

Phe

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:984:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1899 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1899 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:984:

ATGAAACCAA CGAACGAACC TAAAAAACCT TTTTTTCAAA GTCCCATTGT TCTTGCGGTT CTTGGAGGGA TTTTACTCAT TTTTTTCCTA CGCTCTTTCA ATTCTGATGG CAGTTTTTCG GACAATTTCT TAGCTTCTAG CACTAAAAAT GTGAGCTACC ATGAAATCAA ACAGCTCATC

120

180

AGCAATAATG AAGTGGAAAA TGTGAGTATC GGTCAAACTT TGATCAAAGC GAGGGCAATA ATCGTGTGAT TTATATCGCT AAACGAGTGC CTGATCTAAC TTGTTAGACG AGAAAAAAAT CAATTATTCT GGTTTTAGCG AATCTAACTT ATGTTAGGGT GGCTCATGCC TATTTTAGTG ATTTTAGGGC TATGGATGTT CGCATGCAAA AAAATATGGG TGGGGGTATT TTTGGCATGG GGAGCGCGAA AACGCTGAAA AACCCAATGT GCGTTTTAAT GACATGGCGG GCAATGAAGA GAAGTAGTAG AAATCGTGGA TTTCTTAAAA TACCCCGAAC GATACGCCAA AAAATCCCTA AAGGTGTGCT GTTAGTAGGG CCTCCAGGAA CCGGTAAAAC AAGGCGGTGG CTGGCGAAGC GCATGTGCCG TTTTTCTCTA TGGGAGGGAG GAAATGTTTG TGGGCTTAGG GGCAAGCAGG GTTAGGGATT TGTTTGAAAC CAAGCCCCTA GCATCATTTT TATTGATGAA ATTGATGCCA TAGGCAAGAG GGAGGCATGA TAAGTGGGAA TGATGAGAGA GAGCAAACCC TAAACCAGCT ATGGATGGTT TTGGGAGCGA AAACGCACCT GTCATTGTTT TAGCCGCAAC GAAATCTTGG ATCCGGCTTT AATGCGTCCA GGGCGCTTTG ACAGGCAGGT AAGCCTGATT TTAATGGCAG GGTGGAAATC TTAAAAGTGC ATATTAAAGG GCTAATGATG TGAATTTGCA AGAAGTCGCC AAACTCACCG CAGGGCTTGC TTGGCGAATA TCATCAATGA AGCCGCGCTT TTAGCGGGAC GAAACAACCA AAACAACAGC ATTTAAAAGA AGCGGTTGAA AGAGGGATTG CTGGGCTAGA AGGCGTATCA GTCCTAAAGA AAAGAAAATC GTCGCCTACC ATGAAAGCGG ATTTCTGAAA TGACTAAAGG GAGCACTAGG GTGAATAAAG TCTCTATCAT ATGGCGGCTT TAGGCTACAC CCTTAACACG CCTGAAGAAA ACAAATACTT CACGAACTCA TCGCTGAAAT TGATGTGCTT TTAGGCGGGA GGGCGGCTGA TTAGAAGAAA TTTCTACCGG TGCGAGCAAC GATTTAGAAA GAGCGACTGA GGCATGGTGA GTTACTACGG CATGAGCAGT GTCAGCGGGC TTATGGTGTT CGGAACGCCT TTTTAGGAGG CGGTTATGGG AGCAGTAGGG AATTTAGCGA GAAGAAATGG ATCTTTTCAT TAAAAACCTA CTAGAAGAGC GCTATCAGCA ACCTTAAGCG ACTATAGAGA GGCGATTGAA ATCATGGTCA AAGAATTGTT GTCATTACAG GCGAAAGGGT GCGTGAAATC ATCAGCGAAT ACGAAGCCGC GAAAGCCGTT TGATCCCTTT AGAAGAGCAA GCGAGTTAA

CAGCCATAAA

CTTAGTGCCT

TTTTACCGAC

TATGGCAAAC

AAAACTCATT

AGCCAAAGAA

TTTAGGGGCT

CCTTTTAGCA

CAGTTTCATT

CGCTAAAAAA

CAGAGCGGCT

CTTAGCCGAA

GAACCGCCCT

TTTAGTGGAT

CGTGAAACTC

AGGGGCGGAT

AAAAGAAGTC

AAAGAAAAGC

GCATGCCGTG

TCCAAGGGGC

GATGCAAAAA

AGAAGTCTTT

TATTATTAAA

AGAAAAGCAA

AAAAACCGCA

TGTCAAACAA

TGACAAAGAA

CAACAATTTA

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1899 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:989:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 2382 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2382 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:989:

ATAATGAATG GTTATTTGAG GGTAAAAACC CCGTATTTTT TAGCGTCGGT TTTTGGACTT TTAATTCTTT TATGAGCGCG AAAGATAAGC ACCATTTTTT ACAACCACCG AGCAAAAATT CAGTTCTAGT GCCCCAATTT CATGGCAAAG CGTAATTCCA CAAGCTCTCG CACGGTGATT TCCAACAAAG AACTCAAAAA TTGAATATTG AAAACGCCTT GCAAAATGTG CCAGGGATTC AAATCAGAGA ACGGGCGTGC TGCCTAAAAT TTCGGTGCGC GGTTTTGGTG GGGGCGGTAA AACACCAACA TGATTTTAGT CAATGGTATC CCCATTTATG GCGCGCCGTA GAACTGGCGA TTTTCCCTGT AACTTTCCAG TCAGTGGATA GGATTGATGT

CGTTTTGACT

AAAAAAAGTT

CGAAGAGGTG

AACGGGGAAT

CGCTACAGGC

CGGGCATAGC

TTCCAATATT

GATTAAGGGG

120

180

240

300

360

420

480 • ·

298····

GGAACGAGCG TCCAATACGG CCCTAACACT TTTGGAGGCG TGGTGAATGT CATCACTAAA GAAATCCCCA AAGAGTGGGA AAATCAAGCG GCTGAAAGGA TCACTTTTTG GGGGCGCTCC TCTAATGGGA ATTTTGTCGA TCCCAAAGAA AAAGGCAAGC CCTTAGCCCA AACTTTAGGA AACCAAATGC TGTTTAACAC TTATGGGCGA ACGGCTGGGA TGTTGGGTAA ATATATAGGC ATTAGCGCTC AAGGCAATTG GATTAATGGG CAAGGTTTCA GGCAAAATAG CCCTACAAAG GTGCAAAACT ACTTGTTGGA TGCGATTTAT AAGATCAATG CGACCAATAC TTTTAAAGCT TATTACCAGT ATTATCAATA CAACTCTTAC CATCCAGGCA CTTTGAGCGC GCAAGATTAC GCCTATAACC GCTTCATCAA TGAGCGCCCT GACAATCAAG ATGGAGGGCG AGCCAAGCGC TTTGGGATCG TGTATCAAAA CTACTTTGGC GATCCGGATA GGAAAGTGGG GGGCGATTTT AAATTCACTT ATTTCACGCA TGACATGAGT AGGGATTTTG GGTTTTCCAA CCAATACCAA AGCGTGTATA TGAGCGGTCA AAATAAGATT TTACCCTTTA AAGGCAAGGG AGAAATCAGC GCAAAAAACC CTAATTGCGG TCTGTATTCT TATAGCGACA CGAATAGCCC TTGCTGGCAA TTTTTTGACA ATATCCGCCG ATCCGTGGTG AATGCCTTTG AGCCAAAACT CAATCTTATC GTCAATACTG GTAAAGTCAA ACAAACTTTT AACATGGGAA TGCGCTTTTT AACTGAAGAT TTATACCGCC GATCCACCAC CAGGAAAAAC CCTAGCATGC CTAATAATGG GAGTGGGTTT GATGCAGGAA CTTCACTCAA TAATTTCAAC AATTATACCG CTGTGTATGC CAGCGATGAA ATCAATTTCA ATAACGGCAT GCTAACGATC ACGCCGGGCT TGAGATACAC ΤΤΤΤΤΤΑΑΑΤ TACGAAAAAA AAGACGCTCC TCCCTTTAAG GTGGGTCAAA CCCCAAAAAC CACGAAAGAG CGTTATAACC AATGGAATCC GGCAGTCAAT GTCGGCTATA AACCCATTAA AGAATTATTG TTTTATTTCA ATTACCAAAG AAGCTACATT CCGCCCCAAT TCAGCAATAT CGGTAATTTT GTAGGCACAA GCACGGATTA TTTTCAAATC TTTAATGTCA TGGAAGGCGG CTCAAGATAT TATTTTAACC ATCAAGTGAG TTTTAACGCG AACTATTTTG TGATTTTTGC GAATCATTAT TTTACCGGGC GCTATGGGGA CAACAGAGAG CCGGTCAATG CGAGATCGCA AGGCGTGGAG CTGGAACTCT ACTACACGCC TATTAGGGGG CTTAATTTCC ATGCGGCTTA CACTTTTATA GACGCTAATA TCACAAGCCA CACGATGGTT ACTAACCCTG CTAATCCTAA AGGGCCTAAA AAAGATATTT TTGGCAAAAA GCTCCCTTTT GTCAGCCCGC ACCAATTCAT TTTAGACGCG AGTTACACTT ACGCTAAAAC CACGATTGGG TTAAGCTCTT TCTTTTATAG CCGCGCTTAT AGCGATGTGT TAAACACCGT GCCTTTTACA GAATACGCGC CCACGATTAA AAATGGGGCT ATCGTTACCA AAACAGCGGG CATGACGCCG TACTATTGGG TGTGGAATTT GCAAATTTCT ACCACTTTGT GGGAACGCAA AAATCAAAGC GTGAATGCGA GCTTGCAAAT CAATAACATT TTTAACATGA AATATTGGTT TAGCGGGATA GGCACTAGCC CTAACGGGAA AGAAGCTGCG CCTCCCAGGA GCATCACAGC GTATGTGAGT TATAATTTTT AA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:995:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1197 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1197 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:995:

TTGGGGGCTA TCATGGATAC TTTTTTAACA AGTATCTTGG TCCTGCTTAT GCGGGGACTT CTCAATCAGC GAGCTATCAT GCAAGGCCTT ATGTGGTGGA TACCGCTTTT TTACGATACG ATTACCAAAG ATGTTTTTGG GTTTAAGGCG GGGCGCTATG AAGCGAATAT TGATTTCATG AGCGGTTCGA ATCAAGGGTG GGAAGTGTAT TATCAGCCCT ATAAGACTGA GACGCAAAGG TTAAGGTTTT GGTGGTGGAG TTCTTTTGGG AGAGGTTTGG CGTTTAACTC TTGGATTTAT GAGTTTTTTG CGACCGTGCC TTATTTGAAA AAGGGAGGCA ACCCTAGTAA CAGCAACGAT

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1920

1980

2040

2100

2160

2220

2280

2340

2382

120

180

240

300

360

TTCATCAATT ATGGCTGGCA TGGGATCACC ACGACTTATT CTTATAAAGG TTTAGACGCT 420 CAATTTTTTT ATTATTTTGC ACCTAAAACT TATAACGCTC CCGGTTTTAA GCTAGTCTAT 480 GACACGAATA GGAATTTTGA AAACGTAGGC TTTCGCTCTC AAAGCATGAT CATGACGACC 540 TTCCCTTTAT ATTATAGGGG GTGGTATAAC CCAGAGACAA ACACTTATAG CTTAGAAGAC 60 0 AGCACGCCTC ATGGCTCTTT GTTAGGGAGG AATGGCGTTA CTTTAAATAT CCGCCAGGTT 660 TTTTGGTGGG ATAATTTCAA CTGGTCCATT GGCTTTTATA ACACCTTTGG CAATTCAGAC 720 GCTTTTTTAG GCTCTCACAC CATGCCAAGG GGGAATAACA CTTCCTATAT CAGTAATGAA 780 ATCTCAGTAA CGACTAGGCA TGCCGGAATG ATCGGCTATG ATTTTTGGGA TAATACGGCT 840 TATGATGGGC TGGCTGATGC GATCACTAAC GCGAACACTT TCACTTTTTA CACTTCGGTT 900 GGAGGGATCC ATAAGCGTTT TGCATGGCAT GTTTTTGGGC GCGTCTCTCA TGCGAATAAA 960 AATGCGTTAG GGCAAGTGGG GAGGGCTAAT GAATATTCCT TGCAATTCAA TGCGAGCTAT 1020 GCGTTCACTG AATCGGTTCT CCTTAACTTT AGGATCACTT ATTATGGGGC TAGGATCAAT 1080 AAAGGGTATC AAGCAGGGTA TTTTGGAGCG CCCAAATTCA ATAACCCGGA TGGCGATTTT 1140 AGCGCTAATT ACCAAGACAG AAGTTACATG ATGACCAACC TCACGCTGAA GTTTTGA 1197 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:996:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1335 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1335 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:996:

TTGAGTAACG CTTTCTCCCA ATACCTTTAT TCGCTTTTAG GGGCGTATCC CACGAAACTC 60 AATGGTAACG ACGTGTCTGC GAACGCTCTT TTAAGTGGTG CGGTAGGCAG TGGGACTTGC 120 GCGGCTGCAG GGACGGCTGG TGGCACAACT CTTAACACTC AAAGCGCTTG CACCGCTGCG 180 GGCTATTACT GGCTCCCTAG CTTGACTGAT AGGATTTTAA GCACGATCGG CAGCCAGACT 240 AACTACGGCA CGAACACCAA TTTCCCCAAC ATGCAACAAC AGCTCACCTA CTTGAATGCG 300 GGGAATGTGT TTTTTAATGC GATGAATAAG GCTTTAGAGA AGAATGGGAC TGCTACTGCT 360 AATAGCACTA GTAGCACTAG CGGTGCGACT GGTTCAGATG GTCAAACTTA CTCTCAACAA 420 GCTATTCAAT ACCTTCAAGG CCAACAAAAT ATCTTAAATA ACGCAGCGAA CTTGCTCAAG 480 CAAGATGAAT TGCTCCTAGA AGCTTTCAAC TCTGCCGTAG CTGCTAACAT TGGGAATAAG 540 GAATTCAATT CAGCCGCTTT TACAGGTTTG GTGCAAGGCA TTATTGATCA ATCTCAATTG 600 GTTTATAACG AGCTCACTAA AAACACCATT AGCGGGAGCG CGGTTAATAA CGCTGGGATA 660 AACTCCAACC AAGCTAACGC TGTGCAAGGG CGTGCTAGTC AGCTCCCTAA CGCTCTTTAT 720 AACGTGCAAG TAACTTTGGA TAAAATCAAC GCGCTCAACA ATCAGGTGAG AAGCATGCCT 780 TACTTGCCCC AATTCAGAGC CGGGAACAGC CGTGCAACGA ATATTTTAAA CGGGTTTTAC 840 ACTAAAGTGG GCTATAAGCA ATTCTTCGGG AAGAAAAGGA ATATCGGTTT GCGCTATTAT 900 GGTTTCTTTT CTTATAACGG AGCGAGCGTG GGCTTTAGAT CCACTCAAAA TAATGTAGGG 960 TTATACACTT ATGGGGTGGG GACTGATGTG TTGTATAACA TCTTTAGCCG CTCCTATCAA 1020 AACCGCTCTG TGGATATGGG CTTTTTTAGC GGTATCCAAT TAGCCGGTGA GACCTTCCAA 1080 TCCACGCTCA GAGATGACCC CAATGTGAAA TTGCATGGGA AAATCAATAA CACGCACTTC 1140 CAGTTCCTCT TTGACTTCGG TATGAGAATG AACTTCGGTA AGTTGGACGG GAAATCCAAC 1200 CGCCACAACC AGCACACGGT GGAATTTGGC GTAGTAGTGC CTACGATTTA TAACACTTAT 1260 TACAAATCAG CAGGGACTAC CGTGAAGTAT TTCCGTCCTT ATAGCGTTTA TTGGTCTTAT 1320 GGGTATTCAT TCTAA 1335

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:998:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 2091 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2091 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:998:

ATGAAAATCA AAAAATCCCT CTTTGCTCTC TCTTTCTCTC TCATGGCTTC ATTATCAAGG 60

GCTGAAGATG ACGGATTTTA CATGAGTGTG GGCTATCAAA TCGGTGAAGC GGTCCAAAAA 120

GTGAAAAACA CTGGAGCATT ACAAAATCTT GCAGACAGAT ACGATAACTT GAGCAACCTT 180

TTAAACCAAT ACAATTACTT AAATTCCTTA GTCAATCTAG CCAGCACGCC TAGCGCGATT 240

ACCGGTGCGA TTGACAATCT AAGCTCAAGC GCGATCAATC TCACTAGCGC TACCACCACT 300

TCTCCGGCCT ATCAAGCTGT GGCTTTAGCG CTCAATGCGG CTGTGGGCAT GTGGCAAGTC 360

ATAGCCTTTG GCATCAGCTG TGGCCCTGGC CCCAATCTTG GCCCAGAACA TTTAGAAAAT 420

GGGGGCGTTC GATCGTTTGA CAACACGCCA AACTACAGCT ACAACACCGG TAGCGGAACG 480

ACCACCACCA CTTGTAATGG AGCCAGTAAT GTAGGGCCCA ATGGTATCCT ATCTAGCAGC 540

GAATACCAGG TTCTCAATAC CGCTTATCAA ACTATCCAAA CCGCTTTAAA CCAAAACCAA 600

GGAGGCGGGA TGCCTGCCTT GAATAGCTCC AAAAATATGG TAGTCAATAT CAATCAAACT 660

TTCACAAAAA ACCCTACCAC AGAATACACT TACCCCGATG GGAATGGCAA TTATTATTCA 720

GGCGGTTCAT CAATCCCAAT CCAGCTAAAG ATTAGTAGCG TCAATGACGC TGAAAACCTT 780

TTGCAACAAG CCGCTACTAT CATCAATGTC CTTACCACCC AAAACCCGCA TGTGAATGGT 840

GGCGGTGGGG CATGGGGGTT TGGCGGTAAG ACCGGGAATG TGATGGATAT TTTTGGCGAT 900

AGTTTTAACG CTATTAACGA AATGATCAAA AACGCTCAAG CCGTTTTAGA AAAAACCCAA 960

CAGCTTAACG CTAATGAAAA CACCCAAATC ACGCAACCAG ACAATTTCAA CCCCTACACT 1020

TCTAAAGACA CGCAGTTCGC TCAAGAAATG CTCAATAGAG CTAACGCTCA AGCAGAGATT 1080

TTGAGCTTAG CCCAACAAGT AGCGGACAAT TTCCACAGCA TTCAAGGGCC TATCCAACAA 1140

GATCTAGAAG AATGCACCGC AGGATCAGCT GGTGTGATTA ACGACAACAC TTATGGTTCA 1200

GGTTGCGCGT TTGTGAAAGA GACTCTCAAT TCCTTAGAGC AACACACCGC TTATTATGGC 1260

AACCAGGTCA ATCAGGATAG GGCTTTGTCT CAAACCATTT TGAATTTTAA AGAAGCCCTT 1320

AGCACTTTAG GGAACGACTC AAAAGCGATC AATAGCGGTA TCTCTAACTT GCCTAACGCT 1380

AAGTCCCTTC AAAACATGAC GCATGCCACT CAAAACCCTA ATTCCCCAGA AGGTTTGCTC 1440

ACTTATTCTT TGGATACCAG CAAATACAAC CAGCTCCAAA CTGTTGCGCA AGAATTAGGC 1500

AAAAACCCCT TTAGGCGCAT CGGCGTGATT AACTATCAAA ACAATAACGG GGCGATGAAC 1560

GGCATCGGCG TGCAAGCGGG CTATAAGCAA TTCTTTGGCA AAAAAAGGAA TTGGGGGTTA 1620

AGGTATTATG GTTTCTTTGA TTATAACCAT GCTTATATCA AATCTAATTT TTTTAACTCG 1680

GCTTCTGATG TGTGGACTTA TGGGGTGGGT ATGGACGCGC TTTATAACTT CATCAACGAT 1740

AAAAACACCA ACTTTTTAGG CAAAAATAAC AAGCTTTCTG TGGGGCTTTT TGGTGGCTTT 1800

GCGTTAGCCG GGACTTCGTG GCTTAATTCC CAACAAGTGA ATTTGACCAT GATGAATGGC 1860

ATTTATAACG CTAATGTCAG CGCTTCTAAC TTCCAATTTT TGTTTGATTT AGGCTTGAGA 1920

ATGAACCTCG CTAGGCCCAA GAAAAAAGAC AGCGATCATG CCGCTCAGCA TGGCATGGAA 1980

TTGGGCGTGA AAATCCCCAC CATTAACACG GATTATTATT CTTTCATGGG GGCTGAACTC 2040

AAATACAGAA GGCTCTATAG CGTGTATCTC AATTATGTGT TTGCTTACTA G 2091 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:999:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

• · ·«

304 • · · · • · ·· <

(A) DÉLKA: 1116 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1116 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:999:

ATGCAATTTC AAAAAACCTT ATCTTCCTTA TCTTTATTTT TATCTTTATC TTTATTCTTA 60

TCTTTTAGTA TCGCTGAAGA AAATGGGGCG TATGCGAGCG TGGGTTTTGA ATATTCCATC 120

AGTCATGCCG TTGAACACAA TAACCCTTTT TTGAATCAAG AACGCATCCA AACGATTTCT 180

AACGCTCAAA ACAAAATCTA TAAACTCAAT CAAGTCAAAA ATGAAATCAC AAACATGCCC 240

AACACCTTTA ACTACATCAA CAACGCTTTA AAAAACAATG CTAAATTAAC CCCTACTGAA 300

AAGCAAGCCG AAACCTACTA CCTGCAATCT ACCCTTCAAA ACATTGAAAA AATAGTCATG 360

CTTAGCGGGG GCGTTGCGTC TAACCCTAAA TTAGCCCAAG CGTTAGAAAA AATGCAAGAA 420

CCCATTACTA ACCCTTTAGA ATTGGTAGAA AACTTAAAAA ATTTAGAATT ACAATTCAGC 480

CAATCTCAAA ACAGCATGCT TTCTTCTTTG TCTTCTCAGA TCGCTCAAAT TTCAAATTCT 540

TTGAACGCGC TTGATCCCAG CTCTTATTCT AAAAACGTTT CAAGCATGTA TGGGGTAGGT 600

TTGAGCGTAG GGTATAAGCA TTTCTTTACC AAGAAAAAAA ATCAAGGGTT TCGTTATTAC 660

TTATTCTATG ACTATGGTTA CACTAATTTT GGTTTTGTGG GTAATGGCTT TGATGGTTTA 720

GGCAAAATGA ATAACCACCT CTATGGGCTT GGCATAGATT ATCTTTTCAA TTTCATTGAT 780

AATGCGCAAA AACATTCGAG CGTGGGGTTT TATGTAGGCT TTGCTTTAGC GGGGAGTTCG 840

TGGGTAGGGA GTGGTTTAGG CATGTGGGTG AGTCAAATGG ATTTCATCAA CAACTATTTG 900

ACGGATTATC GGGCTAAAAT GCACACGAGT TTTTTCCAAA TCCCTTTGAA TTTTGGGGTT 960

CGTGTGAATG TGGATAGGCA CAATGGCTTT GAAATGGGCT TAAAGATCCC TTTAGCGGTC 1020

AATTCCTTTT ATGAAACGCA TGGCAAAGGG TTAAACGCTT CCCTCTTTTT CAAACGCCTT 1080

GTCATGTTTA ACGTGAGTTA TGTTTATAGT TTTTAG 1116 (2)

INFORMACE PRO SEQ

ID NO:1009:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 2007 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1. . .2007 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1009:

• · ···

302 • ·· ·· • ·

ATGGTGAAAA ACACCAAAGG CATTCAACAG CTTTCAGAGA ATTATGAAAA GTTGAACAAT 60

CTTTTAAATA ATTACAACAC CCTAAACACT CTTGTAAAGC TGTCCTCCGA TCCGAGTGCT 120

GTCAACGACG CAAGGGATAA TCTAGGCTCA AGCACTAGGA ATTTGCTAGA TGTCAAAGCC 180

AATTCCCCCG CCTATCAAGC GGTGCTTTTA GCATTGAACG CTGCAGTGGG CTTGTGGCAA 240

GTTACAAGCT ATGCCTTTAC CGCTTGTGGT CCTGGTAGCA ATGAGAACGC GAATGGAGGT 300

ATCCAAACCT TTAATAATGT GCCAGGACAA AACACGACGA CCATCACTTG TAATTCGTAT 360

TATGAGCCAG GACATGGCGG GCCAATATCC ACTAAAAATT ATGCGATCAT CAACAAGGCT 420

TATCAAATCA TTCAAAAGGC TTTGACAGCC AATGGAGAAG GGATCCCAGT TTTAAGCAAC 480

ACCACTACAA AACTTGATTT CACTATCAAT GGAGACAAAA GAACGGGTGG CGAACCAAAT 540

AAAAAATTAG TATACCCATG GAGTCATGGG AAAGCTATTT CAACCTCGTG GAATGCAACC 600

ATAACAGCAC CAACAACAGA AAATATCAAT ACAACCAATA GCGCTCAAGA GCTTTTAAAA 660

CAAGCGAGCA TCATTATCAC TACCCTGAAT AGTGCATGCC CAAACTTCCA AAATGGTGGT 720

AGCGGTTATT GGGCAGGGAT AAGTGGCAAT GGGACAATGT GTGGGATGTT TAAGAATGAA 780

ATCAGCGCTA TCCAAGGCAT GATCGCTAAC GCGCAAGAAG CTGTCGCGCA AGCCAAAATC 840

GTTAGTGAAA ACACGCAAAA TCAAAACAGC CTAGACGCTG GAAAACCATT CAACCCCTAC 900

ACAGACGCTA GTTTTGCTGA AAGCATGCTC AAAAACGCGC AAGCCCAAGC GGAGATTTTA 960

AACCAAGCCG AACAAGTGGT GAAAAACTTT GAAAAAATCC CTACAGCCTT TGTAAATGAC 1020

TCTTTAGGGG TGTGTTATGA AGTGCAAGGA GGTGAGCGTC GTGGCACCAA TCCGGGTCAG 1080

ACGACTTCTA ACACTTGGGG GGCAGGCTGT GCGTATGTAG GACAAACGAT AACAAATCTT 1140

AAAAACAGCA TCGCCCATTT TGGCACTCAA GAGCAGCAGA TACAGCAAGC CGAAAACATC 1200

GCTGACACTC TGGTGAATTT CAAATCTAGA TACAGCGAAT TGGGCAACAC TTATAACAGC 1260

ATCACCACTG CGCTCTCTAA TATCCCTAAC GCGCAAAGCT TGCAAAATGC GGTGAGTAAA 1320

AAGAATAACC CCTATAGCCC GCAAGGCATA GACACCAATT ACTACCTCAA TCAAAACTCT 1380

TACAACCAAA TCCAAACCAT CAACCAAGAA CTCGGGCGTA ACCCCTTTAG GAAAGTGGGG 1440

ATTGTTAGTT CTCAAACCAA TAATGGCGCG ATGAATGGGA TCGGTATTCA GGTGGGTTAC 1500

AAACAATTCT TTGGCCAAAA AAGAAAATGG GGCGCTAGGT ATTACGGCTT TTTTGATTAC 1560

AACCATGCGT TCATTAAATC CAGCTTCTTC AACTCGGCTT CTGACGTGTG GACTTATGGC 1620

TTTGGAGCGG ACGCTCTTTA TAATTTCATC AACGATAAAG CCACCAATTT CTTAGGCAAA 1680

AACAACAAGC TTTCTGTGGG GCTTTTTGGG GGTATTGCAT TAGCCGGGAC TTCATGGCTT 1740

AATTCTGAGT ATGTGAATTT AGCCACCATG AATAACGTCT ATAACGCTAA AATGAACGTG 1800

GCGAATTTCC AATTCTTATT CAACATGGGA GTGAGGATGA ATTTAGCCAG GCCTAAGAAA 1860

AAAGACAGCG ATCATGCGGC TCAGCATGGG ATTGAGTTAG GGCTTAAAAT CCCCACCATC 1920

AACACGAACT ACTACTCCTT TATGGGGGCT GAACTCAAAT ACCGAAGGCT CTATAGCGTG 1980 TATTTGAATT ACGTGTTCGC TTACTAA 2007 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1023:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1908 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1908 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1023:

CTGTCCTCCG ATCCGAGTGC TGTCAACGAC GCAAGGGATA ATCTAGGCTC AAGCACTAGG 60

AATTTGCTAG ATGTCAAAGC CAATTCCCCC GCCTATCAAG CGGTGCTTTT AGCATTGAAC 120

GCTGCAGTGG GCTTGTGGCA AGTTACAAGC TATGCCTTTA CCGCTTGTGG TCCTGGTAGC 180 ·· • · · ·· « ··· • * ·

303· • ·

« • · «» »· • · · » • · ·· ···♦ · • · · ·· ·»

AATGAGAACG CGAATGGAGG TATCCAAACC TTTAATAATG TGCCAGGACA AAACACGACG 240

ACCATCACTT GTAATTCGTA TTATGAGCCA GGACATGGCG GGCCAATATC CACTAAAAAT 300

TATGCGATCA TCAACAAGGC TTATCAAATC ATTCAAAAGG CTTTGACAGC CAATGGAGAA 360

GGGATCCCAG TTTTAAGCAA CACCACTACA AAACTTGATT TCACTATCAA TGGAGACAAA 420

AGAACGGGTG GCGAACCAAA TAAAAAATTA GTATACCCAT GGAGTCATGG GAAAGCTATT 480

TCAACCTCGT GGAATGCAAC CATAACAGCA CCAACAACAG AAAATATCAA TACAACCAAT 540

AGCGCTCAAG AGCTTTTAAA ACAAGCGAGC ATCATTATCA CTACCCTGAA TAGTGCATGC 600

CCAAACTTCC AAAATGGTGG TAGCGGTTAT TGGGCAGGGA TAAGTGGCAA TGGGACAATG 660

TGTGGGATGT TTAAGAATGA AATCAGCGCT ATCCAAGGCA TGATCGCTAA CGCGCAAGAA 720

GCTGTCGCGC AAGCCAAAAT CGTTAGTGAA AACACGCAAA ATCAAAACAG CCTAGACGCT 7 80

GGAAAACCAT TCAACCCCTA CACAGACGCT AGTTTTGCTG AAAGCATGCT CAAAAACGCG 840

CAAGCCCAAG CGGAGATTTT AAACCAAGCC GAACAAGTGG TGAAAAACTT TGAAAAAATC 900

CCTACAGCCT TTGTAAATGA CTCTTTAGGG GTGTGTTATG AAGTGCAAGG AGGTGAGCGT 960

CGTGGCACCA ATCCGGGTCA GACGACTTCT AACACTTGGG GGGCAGGCTG TGCGTATGTA 1020

GGACAAACGA TAACAAATCT TAAAAACAGC ATCGCCCATT TTGGCACTCA AGAGCAGCAG 1080

ATACAGCAAG CCGAAAACAT CGCTGACACT CTGGTGAATT TCAAATCTAG ATACAGCGAA 1140

TTGGGCAACA CTTATAACAG CATCACCACT GCGCTCTCTA ATATCCCTAA CGCGCAAAGC 1200

TTGCAAAATG CGGTGAGTAA AAAGAATAAC CCCTATAGCC CGCAAGGCAT AGACACCAAT 1260

TACTACCTCA ATCAAAACTC TTACAACCAA ATCCAAACCA TCAACCAAGA ACTCGGGCGT 1320

AACCCCTTTA GGAAAGTGGG GATTGTTAGT TCTCAAACCA ATAATGGCGC GATGAATGGG 1380

ATCGGTATTC AGGTGGGTTA CAAACAATTC TTTGGCCAAA AAAGAAAATG GGGCGCTAGG 1440

TATTACGGCT TTTTTGATTA CAACCATGCG TTCATTAAAT CCAGCTTCTT CAACTCGGCT 1500

TCTGACGTGT GGACTTATGG CTTTGGAGCG GACGCTCTTT ATAATTTCAT CAACGATAAA 1560

GCCACCAATT TCTTAGGCAA AAACAACAAG CTTTCTGTGG GGCTTTTTGG GGGTATTGCA 1620

TTAGCCGGGA CTTCATGGCT TAATTCTGAG TATGTGAATT TAGCCACCAT GAATAACGTC 1680

TATAACGCTA AAATGAACGT GGCGAATTTC CAATTCTTAT TCAACATGGG AGTGAGGATG 1740

AATTTAGCCA GGCCTAAGAA AAAAGACAGC GATCATGCGG CTCAGCATGG GATTGAGTTA 1800

GGGCTTAAAA TCCCCACCAT CAACACGAAC TACTACTCCT TTATGGGGGC TGAACTCAAA 1860

TACCGAAGGC TCTATAGCGT GTATTTGAAT TACGTGTTCG CTTACTAA 1908 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1027:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 813 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...813 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1027:

ATGAAAAAGT TTGTAGTGTT TAAAACGCTC TGTTTATCGG TAGTGTTAGG TAATAGTCTT 60

GTGGCAGCAG AAGGTAGCAC AGAAGTGCAA AAGCAATTGG AAAAGCCAAA AGATTATAAA 120

GCAGTGAAAG GCGAGAAAAA CGCTTGGTAT CTGGGGATTA GCTATCAAGT CGGTCAGGCT 180

TCACAAAGCG TTAAAAACCC CCCCAAAAGC AGTGAATTTA ACTATCCTAA GTTCCCTGTG 240

GGTAAAACCG ACTATCTGGC CGTTATGCAA GGCTTAGGGC TTACTGTGGG TTATAAGCAG 300

TTTTTCGGGG AGAAAAGATG GTTTGGTGCG CGCTATTACG GCTTTATGGA TTATGGGCAT 360

GCCGTGTTTG GAGCGAACGC TTTGACATCA GATAATGGTG GGGTGTGCAA ACTCAATGAG 420

CCATGCGCGA CCAAAGTAGG GACTATGGGC AATCTGTCTG ACATGTTCAC TTATGGTGTG 480

GGTATTGACA CTTTATACAA TGTCATTAAT AAGGAAGACG CGAGTTTTGG TTTCTTTTTT 540 • ·

504

GGGGCTCAAA TCGCGGGTAA CTCTTGGGGT AATACGACAG GGGCCTTTTT GGAAACTAAA 600 AGCCCTTATA AGCACACCTC CTATAGCCTT GATCCGGCGA TTTTCCAGTT CCTTTTTAAT 660 TTAGGGATTC GCACCCATAT TGGTCAGCAT CAAGAATTTG ACTTTGGCGT GAAGATTCCT 720 ACTATCAATG TTTATTATTT TAACCATGGG AACTTGAGCT TCACTTACCG CCGTCAATAC 780 AGCCTTTATG TAGGGTATCG TTACAATTTC TGA 813 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1029:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 2778 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2778 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1029:

TTAGTTATAA TATCGCTACT AACAACACTC AAGCTAAAAT CCATTAAGGA AATCAGTATT 60 AAAAAATTTA TTCTATCTTC TCTTGTTTTC GCATGTATCA ATACCGGCGT TGAAGCTTTA 120 GAAAATGACG GCTCTAAACC AAACGATTTG GCTTCTCCAA AAGAAACCCC AAAAGAGGCT 180 CAAAAAAATG AAGCTCAAAA CGAAACCTCT CAATCCAATC AAACGCCTAA AGAAATGAAA 240 GTCAAGTCCA TTTCTTATGT CGGGCTTTCT TACATGTCTG ACATGCTCGC TAATGAAATT 300 GCAAAGATTC GCGTGGGCGA TATGGTGGAT TCTAAAAAAA TAGACACCGC TGTTTTAGCT 360 TTGTTCAACC AAGGGTATTT TAAAGACGTT TATGCCACTT TTGAAAACGG CATTTTAGAG 420 TTTCATTTTG ATGAAAAAGC CAGGATTGCC GGGGTAGAAA TCAAGGGTTA TGGGACTGAA 480 AAGGAAAAAG ACGGCTTAAA ATCCCAAATG GGGATCAAAA AGGGCGACAC CTTTGATGAG 540 CAAAAATTAG AGCATGCTAA AACGGCTTTA AAAACGGCTT TAGAGGGGCA GGGCTATTAT 600 GGGAGCGTGG TGGAGGTGCG CACAGAAAAG GTCAGTGAGG GAGCGTTATT GATCGTGTTT 660 GATGTGAATA GGGGGGACAG TATTTATATC AAACAATCCA TTTATGAGGG AAGCGATAAA 720 TTAAAACGCC GTGTGATTGA ATCTTTGAGC GCGAACAAGC AGCGCGATTT CATGGGCTGG 780 ATGTGGGGCT TGAATGACGG GAAATTGCGC TTAGATCAAT TAGAATACGA TTCTTTGCGT 840 ATCCAAGATG TGTATATGCG TAGGGGTTAC TTAGACGCTC ATATTTCTTC GCCTTTTTTG 900 AAAACGGATT TTTCCACCCA TGACGCTAAG CTCCATTATA AGGTCAAAGA GGGGATCCAA 960 TACAGGATTT CAGATATTTT AATAGAGATT GACAACCCGG TAGTCCCCTT AAAAACCTTA 1020 GAAAAAGCGC TTAAAGTTAA AAGGAAAGAT GTCTTTAATA TTGAGCATTT AAGAGCGGAT 1080 GCGCAAATTT TAAAAACCGA AATCGCCGAT AAGGGCTATG CGTTTGCGGT GGTGAAGCCA 1140 GACTTGGATA AAGACGAAAA AAACGGGCTT GTGAAAGTCA TTTATCGTAT TGAAGTGGGC 1200 GATATGGTGC ATATCAATGA TGTCATCATT TCAGGGAACC AGCGCACGAG CGATAGGATC 1260 ATTAGGAGGG AATTGTTACT AGGGCCTAAA GATAAATACA ACTTGACCAA ACTGAGAAAT 1320 TCCGAAAATT CTTTGAGGCG TTTAGGGTTT TTCTCTAAAG TCAAGATTGA AGAAAAAAGG 1380 GTCAATAGCT CATTGATGGA TTTGTTAGTG AGCGTAGAAG AGGGGCGCAC CGGGCAGTTG 1440 CAATTCGGGT TGGGCTATGG CTCTTATGGA GGGCTCATGC TTAATGGGAG CGTGAGCGAA 1500 AGGAATCTTT TTGGCACAGG GCAAAGCATG AGCTTGTATG CTAACATTGC CACAGGGGGG 1560 GGTAGATCTT ATCCGGGCAT GCCAAAAGGG GCGGGGCGTA TGTTTGCCGG GAATTTGAGC 1620 TTGACTAATC CAAGGATTTT TGACAGCTGG TATAGCTCTA CGATCAATCT TTATGCGGAT 1680 TACAGGATAA GCTACCAATA CATCCAACAA GGCGGGGGCT TTGGGGTGAA TGTCGGGCGC 1740 ATGCTGGGTA ATAGAACCCA TGTGAGCTTA GGGTATAACT TGAATGTTAC CAAACTCCTT 1800 GGTTTCAGCA GCCCCTTATA CAACCGCTAC TATTCCTCTG TTAATGAAGT GGCCTCTCCA 1860 AGGCAATGTT CCACACCCGC ATCGGTGATT ATCAACCGCT TATCAGGCGG TAGAACTCCA 1920 TTGGTTCCTG AAAGCTGTTC TAGTCCTGGA GCGATCACCA CTTCACCAGA AATAAAAGGT 1980

ATTTGGGATA GGGATTACCA CACGCCTATC ACCAGTTCTT TCACCCTTGA TGTGAGCTAT 2040 GACAACACCG ATGATTATTA TTTCCCTAGA AATGGGGTTA TCTTTAGTTC CTATGCGACA 2100 ATGTCTGGTT TGCCAAGCTC TGGCACGCTC AATTCTTGGA ACGGGTTAGG CGGGAATGTC 2160 CGTAACACCA AAGTTTATGG TAAÁTTCGCC GCTTACCACC ATTTGCAAAA ATATTTATTG 2220 ATAGATTTGA TCGCTCGTTT TAAAACGCAA GGGGGCTATA TCTTTAGGTA TAACACCGAT 2280 GATTACTTGC CCTTAAACTC CACTTTCTAC ATGGGGGGCG TAACCACGGT GAGAGGCTTT 2340 AGGAACGGCT CAATCACACC TAAAGATGAG TTTGGCTTGT GGCTTGGAGG CGATGGGATT 2400 TTTACCGCTT CTACTGAATT GAGCTATGGG GTGTTAAAAG CGGCTAAAAT GCGTTTAGCG 2460 TGGTTTTTTG ACTTTGGTTT CTTAACCTTT AAAACCCCAA CTAGGGGGAG TTTCTTCTAT 2520 AACGCTCCCA CCACGACGGC GAATTTTAAA GATTATGGCG TTGTAGGGGC TGGGTTTGAA 2580 AGGGCGACTT GGAGGGCTTC TACAGGCTTA CAGATTGAAT GGATTTCGCC CATGGGGCCT 2640 TTGGTGTTGA TTTTCCCTAT AGCGTTTTTC AACCAATGGG GCGATGGCAA TGGCAAAAAA 2700 TGTAAAGGGC TGTGCTTTAA CCCTAACATG AACGATTACA CGCAACATTT TGAATTTTCT 2760 ATGGGAACAA GGTTTTAA 2778 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1031:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1023 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1023 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1031:

TTGAGTTCGT TATGGCTGAC AAACCCCTTA AATGCCCATG AAAAGAATGG CGCGTTTGTG 60

GGGATTAGCT TGGAAGTGGG TAGGGTCGAT CAAAAGACCA ACGCTTATAG AAACGGCGAG 120

TTGTTTCAAG TGCCTTTTGG CGATGTTTCG GCTAATGATG ATGGCAAAGT CCCTGATGGG 180

CAGACCGGTG GCTGTCAGCC AGCTTCAGGG ACTCCAGGAA CGCCAGGCTA TACTAAAGCT 240

AATTGCGTGG TCAATTGGAC TTCTCGCACC ATGCTTAGCA CCAATAAGGA CATTCCTGGC 300

CGTAACCAGC CGATGTATGG GCTAGGCGTG ATGACAGGGT ATAAGCATTT TGTGGGTAAA 360

AAAAGGTGGT TTGGGCTGCG TTATTATGGC TTTTTTGATT ACGGGCATAC CAATTTCTCT 420

AACTCTAGGG CCGCTAACGC CATATCGCCC TTTTATTTGA GCGATCAAAA AGCGGACATG 480

TATACTTATG GTTTTGGCAC AGACATGCTT TTTAACGTTA TAGACAAGCC TAAAGCCACG 540

GCCGGGTTTT TTGTGGGCGT GAATTTTGCG GGTAACACTT GGACTAATAA TCGTGTGGGG 600

TATTTTAAGG ACGGGTATGT TTATGGCGTC AATACGGACG CTGACGCTTA CATGACTAAC 660

GCTGATGGCA CGATCACATG CGGAGACACG ACGCCGGCGA GTTGTAATGT GGGGATTAAC 720

CCTAACAGCG TCTATACCAC AGGAAAATTA AACGCTAAAG TGAATCACAC GATTTTCCAA 780

TTTTTAGTGA ATGTGGGCAT TAGAACCAAT ATTTTTGAAC ACCATGGCAT TGAGTTTGGT 840

ATCAAAATCC CCACGCTCCC TAATTACTTT TTCAAAGGTT CTACTACTAT AAGAGCGAAA 900

AAACAAGGCC CACTAGAGAA TGGGAACCCG ACTACTATCA CCGGAGCAGA AACCAATTTC 960

AGCTTAACCC AAACCTTACG CCGTCAGTAT TCTATGTATT TGCGTTATGT TTATACTTTT 1020

TAA 1023 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1032:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 1587 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina

306

(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1587 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1032:

ATGAAATTAA AAAAACGAAA AGTTGCGGCT ACATTGCTAA AGCGTTTGAC CTTGCCACTA 60 TTGTTCACTA CGGGTTCATT AGGGGCGGTT ACTTATGAAG TGCATGGGGA TTTTATCAAC 120 TTCTCCAAAG TGGGTTTTAA CCGTTCGCCT ATTAACCCTG TTAAAGGTAT CTATCCTACA 180 GAAACTTTTG TTAACCTTAC GGGTAAGCTA GAGGGGTCTG TGCATTTAGG TAGGGGATGG 240 ACCGTGAATG TAGGCGGTGT TTTGGGCGGA CAAGTTTATG ATAACACTAG GTATGATAGG 300 TGGGCAAAGG ATTTTACCCC CCCAAGCTAT TGGGATAAAA. CTTCTTGCGG CACTGATTCT 360 TTGAGCCTTT GTATGAATGC GACTAAAATG TGGCAACAGC AAGGGCCAGG TGGTATCATT 420 GACCCTAGGG GTATTGGCTA TATGTATATG GGTGAGTGGA ACGGCTTGTT CCCTAATTAC 480 TATCCGGCTA ACGCCTACTT GCCCGGGCAT TCAAGGCGCT ATGAAGTTTA TAAAGCGAAT 540 CTTACCTATG ACAGCGACAG AGTCCATATG GTAATGGGGC GCTTTGATGT TACCGAGCAG 600 GAGCAAATGG ATTGGATTTA CCAATTGTTC CAAGGTTTTT ATGGGACTTT CAAGCTTACT 660 AAGAACATGA AATTCTTGCT CTTTAGCTCT TGGGGTCGTG GTATCGCTGA TGGTCAATGG 720 TTGTTCCCTA TCTATCGTGA AAAGCCTTGG GGTATTCATA AGGCGGGTAT TATTTATCGC 780 CCTACAAAGA ATCTAATGAT CCACCCTTAT GTGTATCTCA TCCCAATGGT AGGTACATTG 840 CCCGGTGCTA AAATAGAATA CGATACCAAT CCTGAGTTTA GCGGTAGAGG TATAAGGAAT 900 AAAACGACTT TCTATGTGTT GTATGACTAT CGTTGGAATA ACGCTGAATA CGGCCGTTAC 960 GCACCCGCTC GTTATAACAC TTGGGATCCG TTCTTGGATA ATGGTAAGTG GCGTGGCTTG 1020 CAAGGTCCTG GTGGTGCGAC GCTCTATTTG CACCACCACA TAGACATTAA CAACTACTTT 1080 GTGGTTGGTG GTGCTTACCT CAACATCGGT AACCCTAACA TGAACTTAGG TACTTGGGGT 1140 AACCCTGTGG CTCTTGATGG TATCGAACAA TGGGTCGGTG GCATCTACAG CTTAGGCTTT 1200 GCGGGGATTG ACAACATTAC CGATGCTGAT GCGTTCACTG AGTATGTTAA AGGTGGAGGT 1260 AAGCATGGTA AGTTCAGTTG GAGCGTTTAT CAGCGCTTCA CTACCGCACC AAGGGCTTTG 1320 GAATATGGTA TTGGTATGTA TCTAGACTAT CAGTTCAGCA AGCATGTTAA AGCGGGTCTC 1380 AAACTCGTGT GGTTAGAGTT CCAAATCCGT GCGGGTTACA ACCCTGGAAC CGGTTTCCTT 1440 GGGCCAAACG GTCAGCCGCT CAACTTGAAT AATGGTTTGT TTGAATCTTC GGCGTTCGCG 1500 CAAGGCCCTC AAAACATGGG TGGTATCGCA AAAAGCATTA CTCAAGACAG AAGCCATTTG 1560 ATGACACACA TCAGTTATAG TTTCTAA 1587 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1038:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 632 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

• ·

207 (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...632 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1038:

Met

Lys

Pro

Thr

Asn

Glu

Pro

Lys

Lys

Pro

Phe

Phe

Gin

Ser

Pro

Ile

1

5

10

15

Val

Leu

Ala

Val

Leu

Gly

Gly

Ile

Leu

Leu

Ile

Phe

Phe

Leu

Arg

Ser

20

25

30

Phe

Asn

Ser

Asp

Gly

Ser

Phe

Ser

Asp

Asn

Phe

Leu

Ala

Ser

Ser

Thr

35

40

45

Lys

Asn

Val

Ser

Tyr

His

Glu

Ile

Lys

Gin

Leu

Ile

Ser

Asn

Asn

Glu

50

55

60

Val

Glu

Asn

Val

Ser

Ile

Gly

Gin

Thr

Leu

Ile

Lys

Ala

Ser

His

Lys

65

70

75

80

Glu

Gly

Asn

Asn

Arg

Val

Ile

Tyr

Ile

Ala

Lys

Arg

Val

Pro

Asp

Leu

85

90

95

Thr

Leu

Val

Pro

Leu

Leu

Asp

Glu

Lys

Lys

Ile

Asn

Tyr

Ser

Gly

Phe

100

105

110

Ser

Glu

Ser

Asn

Phe

Phe

Thr

Asp

Met

Leu

Gly

Trp

Leu

Met

Pro

Ile

115

120

125

Leu

Val

Ile

Leu

Gly

Leu

Trp

Met

Phe

Met

Ala

Asn

Arg

Met

Gin

Lys

130

135

140

Asn

Met

Gly

Gly

Gly

Ile

Phe

Gly

Met

Gly

Ser

Ala

Lys

Lys

Leu

Ile

145

150

155

160

Asn

Ala

Glu

Lys

Pro

Asn

Val

Arg

Phe

Asn

Asp

Met

Ala

Gly

Asn

Glu

165

170

175

Glu

Ala

Lys

Glu

Glu

Val

Val

Glu

Ile

Val

Asp

Phe

Leu

Lys

Tyr

Pro

180

185

190

Glu

Arg

Tyr

Ala

Asn

Leu

Gly

Ala

Lys

Ile

Pro

Lys

Gly

Val

Leu

Leu

195

200

205

Val

Gly

Pro

Pro

Gly

Thr

Gly

Lys

Thr

Leu

Leu

Ala

Lys

Ala

Val

Ala

210

215

220

Gly

Glu

Ala

His

Val

Pro

Phe

Phe

Ser

Met

Gly

Gly

Ser

Ser

Phe

Ile

225

230

235

240

Glu

Met

Phe

Val

Gly

Leu

Gly

Ala

Ser

Arg

Val

Arg

Asp

Leu

Phe

Glu

245

250

255

Thr

Ala

Lys

Lys

Gin

Ala

Pro

Ser

Ile

Ile

Phe

Ile

Asp

Glu

Ile

Asp

260

265

270

Ala

Ile

Gly

Lys

Ser

Arg

Ala

Ala

Gly

Gly

Met

Ile

Ser

Gly

Asn

Asp

275

280

285

Glu

Arg

Glu

Gin

Thr

Leu

Asn

Gin

Leu

Leu

Ala

Glu

Met

Asp

Gly

Phe

290

295

300

Gly

Ser

Glu

Asn

Ala

Pro

Val

Ile

Val

Leu

Ala

Ala

Thr

Asn

Arg

Pro

305

310

315

320

Glu

Ile

Leu

Asp

Pro

Ala

Leu

Met

Arg

Pro

Gly

Arg

Phe

Asp

Arg

Gin

325

330

335

Val

Leu

Val

Asp

Lys

Pro

Asp

Phe

Asn

Gly

Arg

Val

Glu

Ile

Leu

Lys

340

345

350

Val

His

Ile

Lys

Gly

Val

Lys

Leu

Ala

Asn

Asp

Val

Asn

Leu

Gin

Glu

355

360

365

Val

Ala

Lys

Leu

Thr

Ala

Gly

Leu

Ala

Gly

Ala

Asp

Leu

Ala

Asn

Ile

370

375

380

Ile

Asn

Glu

Ala

Ala

Leu

Leu

Ala

Gly

Arg

Asn

Asn

Gin

Lys

Glu

Val

385

390

395

400

Lys

Gin

Gin

His

Leu

Lys

Glu

Ala

Val

Glu

Arg

Gly

Ile

Ala

Gly

Leu

405

410

415

Glu

Lys

Lys

Ser

Arg

Arg

Ile

Ser

Pro

Lys

Glu

Lys

Lys

Ile

Val

Ala

420

425

430

Tyr

His

Glu

Ser

Gly

His

Ala

Val

Ile

Ser

Glu

Met

Thr

Lys

Gly

Ser

435

440

445

Thr

Arg

Val

Asn

Lys

Val

Ser

Ile

Ile

Pro

Arg

Gly

Met

Ala

Ala

Leu

• ·

308

• • · ·

• · • · ·

• · • · ·

• • ·

• • ·

450

455

460

Gly

Tyr

Thr

Leu

Asn

Thr

Pro

Glu

Glu

Asn

Lys

Tyr

Leu

Met

Gin

Lys

465

470

475

480

His

Glu

Leu

Ile

Ala

Glu

Ile

Asp

Val

Leu

Leu

Gly

Gly

Arg

Ala

Ala

485

490

495

Glu

Glu

Val

Phe

Leu

Glu

Glu

Ile

Ser

Thr

Gly

Ala

Ser

Asn

Asp

Leu

500

505

510

Glu

Arg

Ala

Thr

Asp

Ile

Ile

Lys

Gly

Met

Val

Ser

Tyr

Tyr

Gly

Met

515

520

525

Ser

Ser

Val

Ser

Gly

Leu

Met

Val

Leu

Glu

Lys

Gin

Arg

Asn

Ala

Phe

530

535

540

Leu

Gly

Gly

Gly

Tyr

Gly

Ser

Ser

Arg

Glu

Phe

Ser

Glu

Lys

Thr

Ala

545

550

555

560

Glu

Glu

Met

Asp

Leu

Phe

Ile

Lys

Asn

Leu

Leu

Glu

Glu

Arg

Tyr

Gin

565

570

575

His

Val

Lys

Gin

Thr

Leu

Ser

Asp

Tyr

Arg

Glu

Ala

Ile

Glu

Ile

Met

580

585

590

Val

Lys

Glu

Leu

Phe

Asp

Lys

Glu

Val

Ile

Thr

Gly

Glu

Arg

Val

Arg

595

600

605

Glu

Ile

Ile

Ser

Glu

Tyr

Glu

Ala

Ala

Asn

Asn

Leu

Glu

Ser

Arg

Leu

610

615

620

Ile

Pro

Leu

Glu

Glu

Gin

Ala

Ser

625

630

(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:1043:
	(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
		(A) DÉLKA: 793 aminokyselin
		(B) TYP: aminokyselina
		(D) TOPOLOGIE: lineární
	(ii)	DRUH MOLEKULY: protein
	(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
		(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A) NÁZEV/KLÍČ: různé	znaky
		(B) POZICE 1...793
	(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:	1043
Ile	Met	Asn Gly Tyr Leu Arg Val	Lys	Thr	Pro	Tyr	Phe	Leu	Ala	Ser
1		5		10					15
Val	Val	Leu Thr Phe Trp Thr Phe	Asn	Ser	Phe	Met	Ser	Ala	Lys	Asp
		20	25					30
Lys	His	His Phe Leu Lys Lys Val	Thr	Thr	Thr	Glu	Gin	Lys	Phe	Ser
		35 40					45
Ser	Ser	Ala Pro Ile Ser Trp Gin	Ser	Glu	Glu	Val	Arg	Asn	Ser	Thr
	50	55				60
Ser	Ser	Arg Thr Val Ile Ser Asn	Lys	Glu	Leu	Lys	Lys	Thr	Gly	Asn
65		70			75					80
Leu	Asn	Ile Glu Asn Ala Leu Gin	Asn	Val	Pro	Gly	Ile	Gin	Ile	Arg
		85		90					95
Asp	Ala	Thr Gly Thr Gly Val Leu	Pro	Lys	Ile	Ser	Val	Arg	Gly	Phe
		100	105					110
Gly	Gly	Gly Gly Asn Gly His Ser	Asn	Thr	Asn	Met	Ile	Leu	Val	Asn
		115 120					125
Gly	Ile	Pro Ile Tyr Gly Ala Pro	Tyr	Ser	Asn	Ile	Glu	Leu	Al a	Ile

• · · · • · · · • · · · • · · ·

309 ····*··’

130

135

140

Phe

Pro

Val

Thr

Phe

Gin

Ser

Val

Asp

Arg

Ile

Asp

Val

Ile

Lys

Gly

145

150

155

160

Gly

Thr

Ser

Val

Gin

Tyr

Gly

Pro

Asn

Thr

Phe

Gly

Gly

Val

Val

Asn

165

170

175

Val

Ile

Thr

Lys

Glu

Ile

Pro

Lys

Glu

Trp

Glu

Asn

Gin

Ala

Ala

Glu

180

185

190

Arg

Ile

Thr

Phe

Trp

Gly

Arg

Ser

Ser

Asn

Gly

Asn

Phe

Val

Asp

Pro

195

200

205

Lys

Glu

Lys

Gly

Lys

Pro

Leu

Ala

Gin

Thr

Leu

Gly

Asn

Gin

Met

Leu

210

215

220

Phe

Asn

Thr

Tyr

Gly

Arg

Thr

Ala

Gly

Met

Leu

Gly

Lys

Tyr

Ile

Gly

225

230

235

240

Ile

Ser

Ala

Gin

Gly

Asn

Trp

Ile

Asn

Gly

Gin

Gly

Phe

Arg

Gin

Asn

245

250

255

Ser

Pro

Thr

Lys

Val

Gin

Asn

Tyr

Leu

Leu

Asp

Ala

Ile

Tyr

Lys

Ile

260

265

270

Asn

Ala

Thr

Asn

Thr

Phe

Lys

Ala

Tyr

Tyr

Gin

Tyr

Tyr

Gin

Tyr

Asn

275

280

285

Ser

Tyr

His

Pro

Gly

Thr

Leu

Ser

Ala

Gin

Asp

Tyr

Ala

Tyr

Asn

Arg

290

295

300

Phe

Ile

Asn

Glu

Arg

Pro

Asp

Asn

Gin

Asp

Gly

Gly

Arg

Ala

Lys

Arg

305

310

315

320

Phe

Gly

Ile

Val

Tyr

Gin

Asn

Tyr

Phe

Gly

Asp

Pro

Asp

Arg

Lys

Val

325

330

335

Gly

Gly

Asp

Phe

Lys

Phe

Thr

Tyr

Phe

Thr

His

Asp

Met

Ser

Arg

Asp

340

345

350

Phe

Gly

Phe

Ser

Asn

Gin

Tyr

Gin

Ser

Val

Tyr

Met

Ser

Gly

Gin

Asn

355

360

365

Lys

Ile

Leu

Pro

Phe

Lys

Gly

Lys

Gly

Glu

Ile

Ser

Ala

Lys

Asn

Pro

370

375

380

Asn

Cys

Gly

Leu

Tyr

Ser

Tyr

Ser

Asp

Thr

Asn

Ser

Pro

Cys

Trp

Gin

385

390

395

400

Phe

Phe

Asp

Asn

Ile

Arg

Arg

Ser

Val

Val

Asn

Ala

Phe

Glu

Pro

Lys

405

410

415

Leu

Asn

Leu

Ile

Val

Asn

Thr

Gly

Lys

Val

Lys

Gin

Thr

Phe

Asn

Met

420

425

430

Gly

Met

Arg

Phe

Leu

Thr

Glu

Asp

Leu

Tyr

Arg

Arg

Ser

Thr

Thr

Arg

435

440

445

Lys

Asn

Pro

Ser

Met

Pro

Asn

Asn

Gly

Ser

Gly

Phe

Asp

Ala

Gly

Thr

450

455

460

Ser

Leu

Asn

Asn

Phe

Asn

Asn

Tyr

Thr

Ala

Val

Tyr

Ala

Ser

Asp

Glu

465

470

475

480

Ile

Asn

Phe

Asn

Asn

Gly

Met

Leu

Thr

Ile

Thr

Pro

Gly

Leu

Arg

Tyr

485

490

495

Thr

Phe

Leu

Asn

Tyr

Glu

Lys

Lys

Asp

Ala

Pro

Pro

Phe

Lys

Val

Gly

500

505

510

Gin

Thr

Pro

Lys

Thr

Thr

Lys

Glu

Arg

Tyr

Asn

Gin

Trp

Asn

Pro

Ala

515

520

525

Val

Asn

Val

Gly

Tyr

Lys

Pro

Ile

Lys

Glu

Leu

Leu

Phe

Tyr

Phe

Asn

530

535

540

Tyr

Gin

Arg

Ser

Tyr

Ile

Pro

Pro

Gin

Phe

Ser

Asn

Ile

Gly

Asn

Phe

545

550

555

560

Val

Gly

Thr

Ser

Thr

Asp

Tyr

Phe

Gin

Ile

Phe

Asn

Val

Met

Glu

Gly

565

570

575

Gly

Ser

Arg

Tyr

Tyr

Phe

Asn

His

Gin

Val

Ser

Phe

Asn

Ala

Asn

Tyr

580

585

590

Phe

Val

Ile

Phe

Ala

Asn

His

Tyr

Phe

Thr

Gly

Arg

Tyr

Gly

Asp

Asn

595

600

605

Arg

Glu

Pro

Val

Asn

Ala

Arg

Ser

Gin

Gly

Val

Glu

Leu

Glu

Leu

Tyr

610

615

620

Tyr

Thr

Pro

Ile

Arg

Gly

Leu

Asn

Phe

His

Ala

Ala

Tyr

Thr

Phe

Ile

• ·

21Θ

625

630

635

640

Asp

Ala

Asn

Ile

Thr

Ser

His

Thr

Met

Val

Thr

Asn

Pro

Ala

Asn

Pro

645

650

655

Lys

Gly

Pro

Lys

Lys

Asp

Ile

Phe

Gly

Lys

Lys

Leu

Pro

Phe

Val

Ser

660

665

670

Pro

His

Gin

Phe

Ile

Leu

Asp

Ala

Ser

Tyr

Thr

Tyr

Ala

Lys

Thr

Thr

675

680

685

Ile

Gly

Leu

Ser

Ser

Phe

Phe

Tyr

Ser

Arg

Ala

Tyr

Ser

Asp

Val

Leu

690

695

700

Asn

Thr

Val

Pro

Phe

Thr

Glu

Tyr

Ala

Pro

Thr

Ile

Lys

Asn

Gly

Ala

705

710

715

720

Ile

Val

Thr

Lys

Thr

Ala

Gly

Met

Thr

Pro

Tyr

Tyr

Trp

Val

Trp

Asn

725

730

735

Leu

Gin

Ile

Ser

Thr

Thr

Leu

Trp

Glu

Arg

Lys

Asn

Gin

Ser

Val

Asn

740

745

750

Ala

Ser

Leu

Gin

Ile

Asn

Asn

Ile

Phe

Asn

Met

Lys

Tyr

Trp

Phe

Ser

755

760

765

Gly

Ile

Gly

Thr

Ser

Pro

Asn

Gly

Lys

Glu

Ala

Ala

Pro

Pro

Arg

Ser

770

775

780

Ile

Thr

Ala

Tyr

Val

Ser

Tyr

Asn

Phe

785

790

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1049:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 398 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...398 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1049:

Leu

Gly

Ala

Ile

Met

Asp

Thr

Phe

Leu

Thr

Ser

Ile

Leu

Val

Leu

Leu

1

5

10

15

Met

Arg

Gly

Leu

Leu

Asn

Gin

Arg

Ala

Ile

Met

Gin

Gly

Leu

Met

Trp

20

25

30

Trp

Ile

Pro

Leu

Phe

Tyr

Asp

Thr

Ile

Thr

Lys

Asp

Val

Phe

Gly

Phe

35

40

45

Lys

Ala

Gly

Arg

Tyr

Glu

Ala

Asn

Ile

Asp

Phe

Met

Ser

Gly

Ser

Asn

50

55

60

Gin

Gly

Trp

Glu

Val

Tyr

Tyr

Gin

Pro

Tyr

Lys

Thr

Glu

Thr

Gin

Arg

65

70

75

80

Leu

Arg

Phe

Trp

Trp

Trp

Ser

Ser

Phe

Gly

Arg

Gly

Leu

Ala

Phe

Asn

85

90

95

Ser

Trp

Ile

Tyr

Glu

Phe

Phe

Ala

Thr

Val

Pro

Tyr

Leu

Lys

Lys

Gly

100

105

110

Gly

Asn

Pro

Ser

Asn

Ser

Asn

Asp

Phe

Ile

Asn

Tyr

Gly

Trp

His

Gly

115

120

125

Ile

Thr

Thr

Thr

Tyr

Ser

Tyr

Lys

Gly

Leu

Asp

Ala

Gin

Phe

Phe

Tyr

130

135

140

Tyr

Phe

Ala

Pro

Lys

Thr

Tyr

Asn

Ala

Pro

Gly

Phe

Lys

Leu

Val

Tyr

145

150

155

160

Asp

Thr

Asn

Arg

Asn

Phe

Glu

Asn

Val

Gly

Phe

Arg

Ser

Gin

Ser

Met

165

170

175

Ile

Met

Thr

Thr

Phe

Pro

Leu

Tyr

Tyr

Arg

Gly

Trp

Tyr

Asn

Pro

Glu

180

185

190

Thr

Asn

Thr

Tyr

Ser

Leu

Glu

Asp

Ser

Thr

Pro

His

Gly

Ser

Leu

Leu

195

200

205

Gly

Arg

Asn

Gly

Val

Thr

Leu

Asn

Ile

Arg

Gin

Val

Phe

Trp

Trp

Asp

210

215

220

Asn

Phe

Asn

Trp

Ser

Ile

Gly

Phe

Tyr

Asn

Thr

Phe

Gly

Asn

Ser

Asp

225

230

235

240

Ala

Phe

Leu

Gly

Ser

His

Thr

Met

Pro

Arg

Gly

Asn

Asn

Thr

Ser

Tyr

245

250

255

Ile

Ser

Asn

Glu

Ile

Ser

Val

Thr

Thr

Arg

His

Ala

Gly

Met

Ile

Gly

260

265

270

Tyr

Asp

Phe

Trp

Asp

Asn

Thr

Ala

Tyr

Asp

Gly

Leu

Ala

Asp

Ala

Ile

275

280

285

Thr

Asn

Ala

Asn

Thr

Phe

Thr

Phe

Tyr

Thr

Ser

Val

Gly

Gly

Ile

His

290

295

300

Lys

Arg

Phe

Ala

Trp

His

Val

Phe

Gly

Arg

Val

Ser

His

Ala

Asn

Lys

305

310

315

320

Asn

Ala

Leu

Gly

Gin

Val

Gly

Arg

Ala

Asn

Glu

Tyr

Ser

Leu

Gin

Phe

325

330

335

Asn

Ala

Ser

Tyr

Ala

Phe

Thr

Glu

Ser

Val

Leu

Leu

Asn

Phe

Arg

Ile

340

345

350

Thr

Tyr

Tyr

Gly

Ala

Arg

Ile

Asn

Lys

Gly

Tyr

Gin

Ala

Gly

Tyr

Phe

355

360

365

Gly

Ala

Pro

Lys

Phe

Asn

Asn

Pro

Asp

Gly

Asp

Phe

Ser

Ala

Asn

Tyr

370

375

380

Gin

Asp

Arg

Ser

Tyr

Met

Met

Thr

Asn

Leu

Thr

Leu

Lys

Phe

385

390

395

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1050:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 444 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...444 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1050:

Leu

Ser Asn Ala

Phe

Ser

Gin

Tyr

Leu

Tyr

Ser

Leu

Leu

Gly

Ala

Tyr

1

5

10

15

Pro

Thr

Lys

Leu

Asn

Gly

Asn

Asp

Val

Ser

Ala

Asn

Ala

Leu

Leu

Ser

20

25

30

Gly

Ala

Val

Gly

Ser

Gly

Thr

Cys

Ala

Ala

Ala

Gly

Thr

Ala

Gly

Gly

35

40

45

Thr

Thr

Leu

Asn

Thr

Gin

Ser

Ala

Cys

Thr

Ala

Ala

Gly

Tyr

Tyr

Trp

50

55

60

Leu

Pro

Ser

Leu

Thr

Asp

Arg

Ile

Leu

Ser

Thr

Ile

Gly

Ser

Gin

Thr

65

70

75

80

• ·

312

Asn

Tyr

Gly

Thr

Asn 85

Thr

Asn

Phe

Pro

Asn 90

Met

Gin

Gin

Gin

Leu 95

Thr

Tyr

Leu

Asn

Ala

Gly

Asn

Val

Phe

Phe

Asn

Ala

Met

Asn

Lys

Ala

Leu

100

105

110

Glu

Lys

Asn

Gly

Thr

Ala

Thr

Ala

Asn

Ser

Thr

Ser

Ser

Thr

Ser

Gly

115

120

125

Ala

Thr

Gly

Ser

Asp

Gly

Gin

Thr

Tyr

Ser

Gin

Gin

Ala

Ile

Gin

Tyr

130

135

140

Leu

Gin

Gly

Gin

Gin

Asn

Ile

Leu

Asn

Asn

Ala

Ala

Asn

Leu

Leu

Lys

145

150

155

160

Gin

Asp

Glu

Leu

Leu

Leu

Glu

Ala

Phe

Asn

Ser

Ala

Val

Ala

Ala

Asn

165

170

175

Ile

Gly

Asn

Lys

Glu

Phe

Asn

Ser

Ala

Ala

Phe

Thr

Gly

Leu

Val

Gin

180

185

190

Gly

Ile

Ile

Asp

Gin

Ser

Gin

Leu

Val

Tyr

Asn

Glu

Leu

Thr

Lys

Asn

195

200

205

Thr

Ile

Ser

Gly

Ser

Ala

Val

Asn

Asn

Ala

Gly

Ile

Asn

Ser

Asn

Gin

210

215

220

Ala

Asn

Ala

Val

Gin

Gly

Arg

Ala

Ser

Gin

Leu

Pro

Asn

Ala

Leu

Tyr

225

230

235

240

Asn

Val

Gin

Val

Thr

Leu

Asp

Lys

Ile

Asn

Ala

Leu

Asn

Asn

Gin

Val

245

250

255

Arg

Ser

Met

Pro

Tyr

Leu

Pro

Gin

Phe

Arg

Ala

Gly

Asn

Ser

Arg

Ala

260

265

270

Thr

Asn

Ile

Leu

Asn

Gly

Phe

Tyr

Thr

Lys

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

275

280

285

Phe

Gly

Lys

Lys

Arg

Asn

Ile

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Ser

290

295

300

Tyr

Asn

Gly

Ala

Ser

Val

Gly

Phe

Arg

Ser

Thr

Gin

Asn

Asn

Val

Gly

305

310

315

320

Leu

Tyr

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Thr

Asp

Val

Leu

Tyr

Asn

Ile

Phe

Ser

325

330

335

Arg

Ser

Tyr

Gin

Asn

Arg

Ser

Val

Asp

Met

Gly

Phe

Phe

Ser

Gly

Ile

340

345

350

Gin

Leu

Ala

Gly

Glu

Thr

Phe

Gin

Ser

Thr

Leu

Arg

Asp

Asp

Pro

Asn

355

360

365

Val

Lys

Leu

His

Gly

Lys

Ile

Asn

Asn

Thr

His

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

370

375

380

Asp

Phe

Gly

Met

Arg

Met

Asn

Phe

Gly

Lys

Leu

Asp

Gly

Lys

Ser

Asn

385

390

395

400

Arg

His

Asn

Gin

His

Thr

Val

Glu

Phe

Gly

Val

Val

Val

Pro

Thr

Ile

405

410

415

Tyr

Asn

Thr

Tyr

Tyr

Lys

Ser

Ala

Gly

Thr

Thr

Val

Lys

Tyr

Phe

Arg

420

425

430

Pro

Tyr

Ser

Val

Tyr

Trp

Ser

Tyr

Gly

Tyr

Ser

Phe

435

440

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1052:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 696 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...696 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1052:

Met 1

Lys

Ile

Lys

Lys 5

Ser

Leu

Phe

Ala

Leu 10

Ser

Phe

Ser

Leu

Met 15

Ala

Ser

Leu

Ser

Arg 20

Ala

Glu

Asp

Asp

Gly 25

Phe

Tyr

Met

Ser

Val 30

Gly

Tyr

Gin

Ile

Gly 35

Glu

Ala

Val

Gin

Lys 40

Val

Lys

Asn

Thr

Gly 45

Ala

Leu

Gin

Asn

Leu 50

Ala

Asp

Arg

Tyr

Asp 55

Asn

Leu

Ser

Asn

Leu 60

Leu

Asn

Gin

Tyr

Asn 65

Tyr

Leu

Asn

Ser

Leu 70

Val

Asn

Leu

Ala

Ser 75

Thr

Pro

Ser

Ala

Ile 80

Thr

Gly

Ala

Ile

Asp 85

Asn

Leu

Ser

Ser

Ser 90

Ala

Ile

Asn

Leu

Thr 95

Ser

Ala

Thr

Thr

Thr 100

Ser

Pro

Ala

Tyr

Gin 105

Ala

Val

Ala

Leu

Ala 110

Leu

Asn

Ala

Ala

Val 115

Gly

Met

Trp

Gin

Val 120

Ile

Ala

Phe

Gly

Ile 125

Ser

Cys

Gly

Pro

Gly 130

Pro

Asn

Leu

Gly

Pro 135

Glu

His

Leu

Glu

Asn 140

Gly

Gly

Val

Arg

Ser 145

Phe

Asp

Asn

Thr

Pro 150

Asn

Tyr

Ser

Tyr

Asn 155

Thr

Gly

Ser

Gly

Thr 160

Thr

Thr

Thr

Thr

Cys 165

Asn

Gly

Ala

Ser

Asn 170

Val

Gly

Pro

Asn

Gly 175

Ile

Leu

Ser

Ser

Ser 180

Glu

Tyr

Gin

Val

Leu 185

Asn

Thr

Ala

Tyr

Gin 190

Thr

Ile

Gin

Thr

Ala 195

Leu

Asn

Gin

Asn

Gin 200

Gly

Gly

Gly

Met

Pro 205

Ala

Leu

Asn

Ser

Ser 210

Lys

Asn

Met

Val

Val 215

Asn

Ile

Asn

Gin

Thr 220

Phe

Thr

Lys

Asn

Pro 225

Thr

Thr

Glu

Tyr

Thr 230

Tyr

Pro

Asp

Gly

Asn 235

Gly

Asn

Tyr

Tyr

Ser 240

Gly

Gly

Ser

Ser

Ile 245

Pro

Ile

Gin

Leu

Lys 250

Ile

Ser

Ser

Val

Asn 255

Asp

Ala

Glu

Asn

Leu 260

Leu

Gin

Gin

Ala

Ala 265

Thr

Ile

Ile

Asn

Val 270

Leu

Thr

Thr

Gin

Asn 275

Pro

His

Val

Asn

Gly 280

Gly

Gly

Gly

Ala

Trp 285

Gly

Phe

Gly

Gly

Lys 290

Thr

Gly

Asn

Val

Met 295

Asp

Ile

Phe

Gly

Asp 300

Ser

Phe

Asn

Ala

Ile 305

Asn

Glu

Met

Ile

Lys 310

Asn

Ala

Gin

Ala

Val 315

Leu

Glu

Lys

Thr

Gin 320

Gin

Leu

Asn

Ala

Asn 325

Glu

Asn

Thr

Gin

Ile 330

Thr

Gin

Pro

Asp

Asn 335

Phe

Asn

Pro

Tyr

Thr 340

Ser

Lys

Asp

Thr

Gin 345

Phe

Ala

Gin

Glu

Met 350

Leu

Asn

Arg

Ala

Asn 355

Ala

Gin

Ala

Glu

Ile 360

Leu

Ser

Leu

Ala

Gin 365

Gin

Val

Ala

Asp

Asn 370

Phe

His

Ser

Ile

Gin 375

Gly

Pro

Ile

Gin

Gin 380

Asp

Leu

Glu

Glu

Cys 385

Thr

Ala

Gly

Ser

Ala 390

Gly

Val

Ile

Asn

Asp 395

Asn

Thr

Tyr

Gly

Ser 400

Gly

Cys

Ala

Phe

Val

Lys

Glu

Thr

Leu

Asn

Ser

Leu

Glu

Gin

His

Thr

• ·

214

Ala

Ile 450

Asn

Ser

Gly

Ile

Ser 455

Asn

Leu

Pro

Asn

Ala 460

Lys

Ser

Leu

Gin

Asn

Met

Thr

His

Ala

Thr

Gin

Asn

Pro

Asn

Ser

Pro

Glu

Gly

Leu

Leu

465

470

475

480

Thr

Tyr

Ser

Leu

Asp

Thr

Ser

Lys

Tyr

Asn

Gin

Leu

Gin

Thr

Val

Ala

485

490

495

Gin

Glu

Leu

Gly

Lys

Asn

Pro

Phe

Arg

Arg

Ile

Gly

Val

Ile

Asn

Tyr

500

505

510

Gin

Asn

Asn

Asn

Gly

Ala

Met

Asn

Gly

Ile

Gly

Val

Gin

Ala

Gly

Tyr

515

520

525

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Lys

Lys

Arg

Asn

Trp

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

530

535

540

Phe

Phe

Asp

Tyr

Asn

His

Ala

Tyr

Ile

Lys

Ser

Asn

Phe

Phe

Asn

Ser

545

550

555

560

Ala

Ser

Asp

Val

Trp

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Met

Asp

Ala

Leu

Tyr

Asn

565

570

575

Phe

Ile

Asn

Asp

Lys

Asn

Thr

Asn

Phe

Leu

Gly

Lys

Asn

Asn

Lys

Leu

580

585

590

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

Gly

Gly

Phe

Ala

Leu

Ala

Gly

Thr

Ser

Trp

Leu

595

600

605

Asn

Ser

Gin

Gin

Val

Asn

Leu

Thr

Met

Met

Asn

Gly

Ile

Tyr

Asn

Ala

610

615

620

Asn

Val

Ser

Ala

Ser

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asp

Leu

Gly

Leu

Arg

625

630

635

640

Met

Asn

Leu

Ala

Arg

Pro

Lys

Lys

Lys

Asp

Ser

Asp

His

Ala

Ala

Gin

645

650

655

His

Gly

Met

Glu

Leu

Gly

Val

Lys

Ile

Pro

Thr

Ile

Asn

Thr

Asp

Tyr

660

665

670

Tyr

Ser

Phe

Met

Gly

Ala

Glu

Leu

Lys

Tyr

Arg

Arg

Leu

Tyr

Ser

Val

675

680

685

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

690

695

(2)

INFORMACE PRO SEQ ID NO:

: 1053:

(i)

CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA:

: 371

. aminokyselin

(B) TYP: aminokyselina

	(D) TOPOLOGIE:	lineární
(ii)	DRUH MOLEKULY:	protein
(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	7 Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	různé znaky
	(B) POZICE 1..	. 371
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1053:
Met Gin	Phe Gin Lys Thr	Leu Ser Ser Leu Ser Leu Phe Leu Ser Leu
1	5	10 15
Ser Leu	Phe Leu Ser Phe	Ser Ile Ala Glu Glu Asn Gly Ala Tyr Ala
	20	25 30
Ser Val	Gly Phe Glu Tyr	Ser Ile Ser His Ala Val Glu His Asn Asn
	35	40 45
Pro Phe	Leu Asn Gin Glu	Arg Ile Gin Thr Ile Ser Asn Ala Gin Asn
50		55 60
Lys Ile	Tyr Lys Leu Asn	Gin Val Lys Asn Glu Ile Thr Asn Met Pro

• ··

65

70

75

80

Asn

Thr

Phe

Asn

Tyr

Ile

Asn

Asn

Ala

Leu

Lys

Asn

Asn

Ala

Lys

Leu

85

90

95

Thr

Pro

Thr

Glu

Lys

Gin

Ala

Glu

Thr

Tyr

Tyr

Leu

Gin

Ser

Thr

Leu

100

105

110

Gin

Asn

Ile

Glu

Lys

Ile

Val

Met

Leu

Ser

Gly

Gly

Val

Ala

Ser

Asn

115

120

125

Pro

Lys

Leu

Ala

Gin

Ala

Leu

Glu

Lys

Met

Gin

Glu

Pro

Ile

Thr

Asn

130

135

140

Pro

Leu

Glu

Leu

Val

Glu

Asn

Leu

Lys

Asn

Leu

Glu

Leu

Gin

Phe

Ser

145

150

155

160

Gin

Ser

Gin

Asn

Ser

Met

Leu

Ser

Ser

Leu

Ser

Ser

Gin

Ile

Ala

Gin

165

170

175

Ile

Ser

Asn

Ser

Leu

Asn

Ala

Leu

Asp

Pro

Ser

Ser

Tyr

Ser

Lys

Asn

180

185

190

Val

Ser

Ser

Met

Tyr

Gly

Val

Gly

Leu

Ser

Val

Gly

Tyr

Lys

His

Phe

195

200

205

Phe

Thr

Lys

Lys

Lys

Asn

Gin

Gly

Phe

Arg

Tyr

Tyr

Leu

Phe

Tyr

Asp

210

215

220

Tyr

Gly

Tyr

Thr

Asn

Phe

Gly

Phe

Val

Gly

Asn

Gly

Phe

Asp

Gly

Leu

225

230

235

240

Gly

Lys

Met

Asn

Asn

His

Leu

Tyr

Gly

Leu

Gly

Ile

Asp

Tyr

Leu

Phe

245

250

255

Asn

Phe

Ile

Asp

Asn

Ala

Gin

Lys

His

Ser

Ser

Val

Gly

Phe

Tyr

Val

260

265

270

Gly

Phe

Ala

Leu

Ala

Gly

Ser

Ser

Trp

Val

Gly

Ser

Gly

Leu

Gly

Met

275

280

285

Trp

Val

Ser

Gin

Met

Asp

Phe

Ile

Asn

Asn

Tyr

Leu

Thr

Asp

Tyr

Arg

290

295

300

Ala

Lys

Met

His

Thr

Ser

Phe

Phe

Gin

Ile

Pro

Leu

Asn

Phe

Gly

Val

305

310

315

320

Arg

Val

Asn

Val

Asp

Arg

His

Asn

Gly

Phe

Glu

Met

Gly

Leu

Lys

Ile

325

330

335

Pro

Leu

Ala

Val

Asn

Ser

Phe

Tyr

Glu

Thr

His

Gly

Lys

Gly

Leu

Asn

340

345

350

Ala

Ser

Leu

Phe

Phe

Lys

Arg

Leu

Val

Met

Phe

Asn

Val

Ser

Tyr

Val

355

360

365

Tyr

Ser

Phe

370

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1063:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 668 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární

(ii)	DRUH MOLEKULY: protein
(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...668	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1063:

Met Val Lys Asn Thr Lys Gly Ile Gin Gin Leu Ser Glu Asn Tyr Glu 15 10 15 ·· ·· ·· • · · · · • · · · ·«

31é • · • · · ···· ··

Lys

Leu

Asn

Asn 20

Leu

Leu Asn Asn

Tyr 25

Asn

Thr

Leu

Asn

Thr 30

Leu

Val

Lys

Leu

Ser

Ser

Asp

Pro

Ser

Ala

Val

Asn

Asp

Ala

Arg

Asp

Asn

Leu

35

40

45

Gly

Ser

Ser

Thr

Arg

Asn

Leu

Leu

Asp

Val

Lys

Ala

Asn

Ser

Pro

Ala

50

55

60

Tyr

Gin

Ala

Val

Leu

Leu

Ala

Leu

Asn

Ala

Ala

Val

Gly

Leu

Trp

Gin

65

70

75

80

Val

Thr

Ser

Tyr

Ala

Phe

Thr

Ala

Cys

Gly

Pro

Gly

Ser

Asn

Glu

Asn

85

90

95

Ala

Asn

Gly

Gly

Ile

Gin

Thr

Phe

Asn

Asn

Val

Pro

Gly

Gin

Asn

Thr

100

105

110

Thr

Thr

Ile

Thr

Cys

Asn

Ser

Tyr

Tyr

Glu

Pro

Gly

His

Gly

Gly

Pro

115

120

125

Ile

Ser

Thr

Lys

Asn

Tyr

Ala

Ile

Ile

Asn

Lys

Ala

Tyr

Gin

Ile

Ile

130

135

140

Gin

Lys

Ala

Leu

Thr

Ala

Asn

Gly

Glu

Gly

Ile

Pro

Val

Leu

Ser

Asn

145

150

155

160

Thr

Thr

Thr

Lys

Leu

Asp

Phe

Thr

Ile

Asn

Gly

Asp

Lys

Arg

Thr

Gly

165

170

175

Gly

Glu

Pro

Asn

Lys

Lys

Leu

Val

Tyr

Pro

Trp

Ser

His

Gly

Lys

Ala

180

185

190

Ile

Ser

Thr

Ser

Trp

Asn

Ala

Thr

Ile

Thr

Ala

Pro

Thr

Thr

Glu

Asn

195

200

205

Ile

Asn

Thr

Thr

Asn

Ser

Ala

Gin

Glu

Leu

Leu

Lys

Gin

Ala

Ser

Ile

210

215

220

Ile

Ile

Thr

Thr

Leu

Asn

Ser

Ala

Cys

Pro

Asn

Phe

Gin

Asn

Gly

Gly

225

230

235

240

Ser

Gly

Tyr

Trp

Ala

Gly

Ile

Ser

Gly

Asn

Gly

Thr

Met

Cys

Gly

Met

245

250

255

Phe

Lys

Asn

Glu

Ile

Ser

Ala

Ile

Gin

Gly

Met

Ile

Ala

Asn

Ala

Gin

260

265

270

Glu

Ala

Val

Ala

Gin

Ala

Lys

Ile

Val

Ser

Glu

Asn

Thr

Gin

Asn

Gin

275

280

285

Asn

Ser

Leu

Asp

Ala

Gly

Lys

Pro

Phe

Asn

Pro

Tyr

Thr

Asp

Ala

Ser

290

295

300

Phe

Ala

Glu

Ser

Met

Leu

Lys

Asn

Ala

Gin

Ala

Gin

Ala

Glu

Ile

Leu

305

310

315

320

Asn

Gin

Ala

Glu

Gin

Val

Val

Lys

Asn

Phe

Glu

Lys

Ile

Pro

Thr

Ala

325

330

335

Phe

Val

Asn

Asp

Ser

Leu

Gly

Val

Cys

Tyr

Glu

Val

Gin

Gly

Gly

Glu

340

345

350

Arg

Arg

Gly

Thr

Asn

Pro

Gly

Gin

Thr

Thr

Ser

Asn

Thr

Trp

Gly

Ala

355

360

365

Gly

Cys

Ala

Tyr

Val

Gly

Gin

Thr

Ile

Thr

Asn

Leu

Lys

Asn

Ser

Ile

370

375

380

Ala

His

Phe

Gly

Thr

Gin

Glu

Gin

Gin

Ile

Gin

Gin

Ala

Glu

Asn

Ile

385

390

395

400

Ala

Asp

Thr

Leu

Val

Asn

Phe

Lys

Ser

Arg

Tyr

Ser

Glu

Leu

Gly

Asn

405

410

415

Thr

Tyr

Asn

Ser

Ile

Thr

Thr

Ala

Leu

Ser

Asn

Ile

Pro

Asn

Ala

Gin

420

425

430

Ser

Leu

Gin

Asn

Ala

Val

Ser

Lys

Lys

Asn

Asn

Pro

Tyr

Ser

Pro

Gin

435

440

445

Gly

Ile

Asp

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Leu

Asn

Gin

Asn

Ser

Tyr

Asn

Gin

Ile

450

455

460

Gin

Thr

Ile

Asn

Gin

Glu

Leu

Gly

Arg

Asn

Pro

Phe

Arg

Lys

Val

Gly

465

470

475

480

Ile

Val

Ser

Ser

Gin

Thr

Asn

Asn

Gly

Ala

Met

Asn

Gly

Ile

Gly

Ile

485

490

495

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Gin

Lys

Arg

Lys

Trp

Gly

Ala

500

505

510

·· • · • · ··

217

Arg

Tyr

Tyr 515

Gly

Phe

Phe

Asp

Tyr 520

Asn

His

Ala

Phe

Ile 525

Lys

Ser

Ser

Phe

Phe

Asn

Ser

Ala

Ser

Asp

Val

Trp

Thr

Tyr

Gly

Phe

Gly

Ala

Asp

530

535

540

Ala

Leu

Tyr

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp

Lys

Ala

Thr

Asn

Phe

Leu

Gly

Lys

545

550

555

560

Asn

Asn

Lys

Leu

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

Gly

Gly

Ile

Ala

Leu

Ala

Gly

565

570

575

Thr

Ser

Trp

Leu

Asn

Ser

Glu

Tyr

Val

Asn

Leu

Ala

Thr

Met

Asn

Asn

580

585

590

Val

Tyr

Asn

Ala

Lys

Met

Asn

Val

Ala

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

595

600

605

Met

Gly

Val

Arg

Met

Asn

Leu

Ala

Arg

Pro

Lys

Lys

Lys

Asp

Ser

Asp

610

615

620

His

Ala

Ala

Gin

His

Gly

Ile

Glu

Leu

Gly

Leu

Lys

Ile

Pro

Thr

Ile

625

630

635

640

Asn

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Phe

Met

Gly

Ala

Glu

Leu

Lys

Tyr

Arg

Arg

645

650

655

Leu

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

660

665

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1077:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 635 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NAZEV/KLIC: různé (B) POZICE 1...635 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID znaky

Leu 1	Ser	Ser	Asp	Pro 5	Ser	Ala	Val
Ser	Ser	Thr	Arg 20	Asn	Leu	Leu	Asp
Gin	Ala	Val 35	Leu	Leu	Ala	Leu	Asn 40
Thr	Ser 50	Tyr	Ala	Phe	Thr	Ala 55	Cys
Asn 65	Gly	Gly	Ile	Gin	Thr 70	Phe	Asn
Thr	Ile	Thr	Cys	Asn 85	Ser	Tyr	Tyr
Ser	Thr	Lys	Asn 100	Tyr	Ala	Ile	Ile
Lys	Ala	Leu 115	Thr	Ala	Asn	Gly	Glu 120
Thr	Thr 130	Lys	Leu	Asp	Phe	Thr 135	Ile
Glu 145	Pro	Asn	Lys	Lys	Leu 150	Val	Tyr

NO:1077 :

Asn	Asp 10	Ala	Arg	Asp	Asn	Leu 15	Gly
Val 25	Lys	Ala	Asn	Ser	Pro 30	Ala	Tyr
Ala	Ala	Val	Gly	Leu 45	Trp	Gin	Val
Gly	Pro	Gly	Ser 60	Asn	Glu	Asn	Ala
Asn	Val	Pro 75	Gly	Gin	Asn	Thr	Thr 80
Glu	Pro 90	Gly	His	Gly	Gly	Pro 95	Ile
Asn 105	Lys	Ala	Tyr	Gin	Ile 110	Ile	Gin
Gly	Ile	Pro	Val	Leu 125	Ser	Asn	Thr
Asn	Gly	Asp	Lys 140	Arg	Thr	Gly	Gly
Pro	Trp	Ser 155	His	Gly	Lys	Ala	Ile 160

• ·

318

Ser

Thr

Ser

Trp

Asn 165

Ala

Thr

Ile

Thr

Ala 170

Pro

Thr

Thr

Glu

Asn 175

Ile

Asn

Thr

Thr

Asn

Ser

Ala

Gin

Glu

Leu

Leu

Lys

Gin

Ala

Ser

Ile

Ile

180

185

190

Ile

Thr

Thr

Leu

Asn

Ser

Ala

Cys

Pro

Asn

Phe

Gin

Asn

Gly

Gly

Ser

195

200

205

Gly

Tyr

Trp

Ala

Gly

Ile

Ser

Gly

Asn

Gly

Thr

Met

Cys

Gly

Met

Phe

210

215

220

Lys

Asn

Glu

Ile

Ser

Ala

Ile

Gin

Gly

Met

Ile

Ala

Asn

Ala

Gin

Glu

225

230

235

240

Ala

Val

Ala

Gin

Ala

Lys

Ile

Val

Ser

Glu

Asn

Thr

Gin

Asn

Gin

Asn

245

250

255

Ser

Leu

Asp

Ala

Gly

Lys

Pro

Phe

Asn

Pro

Tyr

Thr

Asp

Ala

Ser

Phe

260

265

270

Ala

Glu

Ser

Met

Leu

Lys

Asn

Ala

Gin

Ala

Gin

Ala

Glu

Ile

Leu

Asn

275

280

285

Gin

Ala

Glu

Gin

Val

Val

Lys

Asn

Phe

Glu

Lys

Ile

Pro

Thr

Ala

Phe

290

295

300

Val

Asn

Asp

Ser

Leu

Gly

Val

Cys

Tyr

Glu

Val

Gin

Gly

Gly

Glu

Arg

305

310

315

320

Arg

Gly

Thr

Asn

Pro

Gly

Gin

Thr

Thr

Ser

Asn

Thr

Trp

Gly

Al a

Gly

325

330

335

Cys

Ala

Tyr

Val

Gly

Gin

Thr

Ile

Thr

Asn

Leu

Lys

Asn

Ser

Ile

Ala

340

345

350

His

Phe

Gly

Thr

Gin

Glu

Gin

Gin

Ile

Gin

Gin

Ala

Glu

Asn

Ile

Ala

355

360

365

Asp

Thr

Leu

Val

Asn

Phe

Lys

Ser

Arg

Tyr

Ser

Glu

Leu

Gly

Asn

Thr

370

375

380

Tyr

Asn

Ser

Ile

Thr

Thr

Ala

Leu

Ser

Asn

Ile

Pro

Asn

Ala

Gin

Ser

385

390

395

400

Leu

Gin

Asn

Ala

Val

Ser

Lys

Lys

Asn

Asn

Pro

Tyr

Ser

Pro

Gin

Gly

405

410

415

Ile

Asp

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Leu

Asn

Gin

Asn

Ser

Tyr

Asn

Gin

Ile

Gin

420

425

430

Thr

Ile

Asn

Gin

Glu

Leu

Gly

Arg

Asn

Pro

Phe

Arg

Lys

Val

Gly

Ile

435

440

445

Val

Ser

Ser

Gin

Thr

Asn

Asn

Gly

Ala

Met

Asn

Gly

Ile

Gly

Ile

Gin

450

455

460

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Gin

Lys

Arg

Lys

Trp

Gly

Ala

Arg

465

470

475

480

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Asp

Tyr

Asn

His

Ala

Phe

Ile

Lys

Ser

Ser

Phe

485

490

495

Phe

Asn

Ser

Ala

Ser

Asp

Val

Trp

Thr

Tyr

Gly

Phe

Gly

Ala

Asp

Ala

500

505

510

Leu

Tyr

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp

Lys

Ala

Thr

Asn

Phe

Leu

Gly

Lys

Asn

515

520

525

Asn

Lys

Leu

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

Gly

Gly

Ile

Ala

Leu

Ala

Gly

Thr

530

535

540

Ser

Trp

Leu

Asn

Ser

Glu

Tyr

Val

Asn

Leu

Ala

Thr

Met

Asn

Asn

Val

545

550

555

560

Tyr

Asn

Ala

Lys

Met

Asn

Val

Ala

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

Met

565

570

575

Gly

Val

Arg

Met

Asn

Leu

Ala

Arg

Pro

Lys

Lys

Lys

Asp

Ser

Asp

His

580

585

590

Ala

Ala

Gin

His

Gly

Ile

Glu

Leu

Gly

Leu

Lys

Ile

Pro

Thr

Ile

Asn

595

600

605

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Phe

Met

Gly

Ala

Glu

Leu

Lys

Tyr

Arg

Arg

Leu

610

615

620

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

625

630

635

• · · ·· ·· I · ·

319 • · « · · < • · · · · · t · ·· · · <

• · · · I ·· ·· ··

INFORMACE	PRO SEQ ID	NO:1081:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 270	aminokyselin
(B)	TYP: aminokyselina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
(ii) DRUH	MOLEKULY: ;	protein

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...270 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1081:

Met

Lys

Lys

Phe

Val

Val

Phe

Lys

Thr

Leu

Cys

Leu

Ser

Val

Val

Leu

1

5

10

15

Gly

Asn

Ser

Leu

Val

Ala

Ala

Glu

Gly

Ser

Thr

Glu

Val

Gin

Lys

Gin

20

25

30

Leu

Glu

Lys

Pro

Lys

Asp

Tyr

Lys

Ala

Val

Lys

Gly

Glu

Lys

Asn

Ala

35

40

45

Trp

Tyr

Leu

Gly

Ile

Ser

Tyr

Gin

Val

Gly

Gin

Ala

Ser

Gin

Ser

Val

50

55

60

Lys

Asn

Pro

Pro

Lys

Ser

Ser

Glu

Phe

Asn

Tyr

Pro

Lys

Phe

Pro

Val

65

70

75

80

Gly

Lys

Thr

Asp

Tyr

Leu

Ala

Val

Met

Gin

Gly

Leu

Gly

Leu

Thr

Val

85

90

95

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Glu

Lys

Arg

Trp

Phe

Gly

Ala

Arg

Tyr

100

105

110

Tyr

Gly

Phe

Met

Asp

Tyr

Gly

His

Ala

Val

Phe

Gly

Ala

Asn

Ala

Leu

115

120

125

Thr

Ser

Asp

Asn

Gly

Gly

Val

Cys

Lys

Leu

Asn

Glu

Pro

Cys

Ala

Thr

130

135

140

Lys

Val

Gly

Thr

Met

Gly

Asn

Leu

Ser

Asp

Met

Phe

Thr

Tyr

Gly

Val

145

150

155

160

Gly

Ile

Asp

Thr

Leu

Tyr

Asn

Val

Ile

Asn

Lys

Glu

Asp

Ala

Ser

Phe

165

170

175

Gly

Phe

Phe

Phe

Gly

Ala

Gin

Ile

Ala

Gly

Asn

Ser

Trp

Gly

Asn

Thr

180

185

190

Thr

Gly

Ala

Phe

Leu

Glu

Thr

Lys

Ser

Pro

Tyr

Lys

His

Thr

Ser

Tyr

195

200

205

Ser

Leu

Asp

Pro

Ala

Ile

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

Leu

Gly

Ile

Arg

210

215

220

Thr

His

Ile

Gly

Gin

His

Gin

Glu

Phe

Asp

Phe

Gly

Val

Lys

Ile

Pro

225

230

235

240

Thr

Ile

Asn

Val

Tyr

Tyr

Phe

Asn

His

Gly

Asn

Leu

Ser

Phe

Thr

Tyr

245

250

255

Arg

Arg

Gin

Tyr

Ser

Leu

Tyr

Val

Gly

Tyr

Arg

Tyr

Asn

Phe

260

265

270

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1083:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 925 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární

32Q (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...925 znaky (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID

Leu	Val	Ile	Ile	Ser	Leu	Leu	Thr
1				5
Glu	Ile	Ser	Ile 20	Lys	Lys	Phe	Ile
Ile	Asn	Thr 35	Gly	Val	Glu	Ala	Leu 40
Asp	Leu 50	Ala	Ser	Pro	Lys	Glu 55	Thr
Ala 65	Gin	Asn	Glu	Thr	Ser 70	Gin	Ser
Val	Lys	Ser	Ile	Ser 85	Tyr	Val	Gly
Ala	Asn	Glu	Ile 100	Ala	Lys	Ile	Arg
Lys	Ile	Asp 115	Thr	Ala	Val	Leu	Ala 120
Asp	Val 130	Tyr	Ala	Thr	Phe	Glu 135	Asn
Glu 145	Lys	Ala	Arg	Ile	Ala 150	Gly	Val
Lys	Glu	Lys	Asp	Gly 165	Leu	Lys	Ser
Thr	Phe	Asp	Glu 180	Gin	Lys	Leu	Glu
Ala	Leu	Glu 195	Gly	Gin	Gly	Tyr	Tyr 200
Glu	Lys 210	Val	Ser	Glu	Gly	Ala 215	Leu
Gly 225	Asp	Ser	Ile	Tyr	Ile 230	Lys	Gin
Leu	Lys	Arg	Arg	Val 245	Ile	Glu	Ser
Phe	Met	Gly	Trp 260	Met	Trp	Gly	Leu
Gin	Leu	Glu 275	Tyr	Asp	Ser	Leu	Arg 280
Gly	Tyr 290	Leu	Asp	Ala	His	Ile 295	Ser
Ser 305	Thr	His	Asp	Ala	Lys 310	Leu	His
Tyr	Arg	Ile	Ser	Asp 325	Ile	Leu	Ile
Leu	Lys	Thr	Leu 340	Glu	Lys	Ala	Leu
Asn	Ile	Glu 355	His	Leu	Arg	Ala	Asp 360
Ala	Asp 370	Lys	Gly	Tyr	Ala	Phe 375	Ala

NO:1083:

Thr	Leu 10	Lys	Leu	Lys	Ser	Ile 15	Lys
Leu 25	Ser	Ser	Leu	Val	Phe 30	Ala	Cys
Glu	Asn	Asp	Gly	Ser 45	Lys	Pro	Asn
Pro	Lys	Glu	Ala 60	Gin	Lys	Asn	Glu
Asn	Gin	Thr 75	Pro	Lys	Glu	Met	Lys 80
Leu	Ser 90	Tyr	Met	Ser	Asp	Met 95	Leu
Val 105	Gly	Asp	Met	Val	Asp 110	Ser	Lys
Leu	Phe	Asn	Gin	Gly 125	Tyr	Phe	Lys
Gly	Ile	Leu	Glu 140	Phe	His	Phe	Asp
Glu	Ile	Lys 155	Gly	Tyr	Gly	Thr	Glu 160
Gin	Met 170	Gly	Ile	Lys	Lys	Gly 175	Asp
His 185	Ala	Lys	Thr	Ala	Leu 190	Lys	Thr
Gly	Ser	Val	Val	Glu 205	Val	Arg	Thr
Leu	Ile	Val	Phe 220	Asp	Val	Asn	Arg
Ser	Ile	Tyr 235	Glu	Gly	Ser	Asp	Lys 24 0
Leu	Ser 250	Ala	Asn	Lys	Gin	Arg 255	Asp
Asn 265	Asp	Gly	Lys	Leu	Arg 270	Leu	Asp
Ile	Gin	Asp	Val	Tyr 285	Met	Arg	Arg
Ser	Pro	Phe	Leu 300	Lys	Thr	Asp	Phe
Tyr	Lys	Val 315	Lys	Glu	Gly	Ile	Gin 320
Glu	Ile 330	Asp	Asn	Pro	Val	Val 335	Pro
Lys 345	Val	Lys	Arg	Lys	Asp 350	Val	Phe
Ala	Gin	Ile	Leu	Lys 365	Thr	Glu	Ile
Val	Val	Lys	Pro 380	Asp	Leu	Asp	Lys

32-1 ·· ♦· • · · • ··· • · · · • · · ··*· ·· »· · ·· ·· ·· • · · * • · ·* ··· · <

• · ·

Α· ··

Asp

Glu

Lys

Asn

Gly

Leu

Val

Lys

Val

Ile

Tyr

Arg

Ile

Glu

Val

Gly

385

390

395

400

Asp

Met

Val

His

Ile 405

Asn

Asp

Val

Ile

Ile 410

Ser

Gly

Asn

Gin

Arg 415

Thr

Ser

Asp

Arg

Ile 420

Ile

Arg

Arg

Glu

Leu 425

Leu

Leu

Gly

Pro

Lys 430

Asp

Lys

Tyr

Asn

Leu 435

Thr

Lys

Leu

Arg

Asn 440

Ser

Glu

Asn

Ser

Leu 445

Arg

Arg

Leu

Gly

Phe 450

Phe

Ser

Lys

Val

Lys 455

Ile

Glu

Glu

Lys

Arg 460

Val

Asn

Ser

Ser

Leu 4 65

Met

Asp

Leu

Leu

Val 470

Ser

Val

Glu

Glu

Gly 475

Arg

Thr

Gly

Gin

Leu 480

Gin

Phe

Gly

Leu

Gly 485

Tyr

Gly

Ser

Tyr

Gly 490

Gly

Leu

Met

Leu

Asn 495

Gly

Ser

Val

Ser

Glu 500

Arg

Asn

Leu

Phe

Gly 505

Thr

Gly

Gin

Ser

Met 510

Ser

Leu

Tyr

Ala

Asn 515

Ile

Ala

Thr

Gly

Gly 520

Gly

Arg

Ser

Tyr

Pro 525

Gly

Met

Pro

Lys

Gly 530

Ala

Gly

Arg

Met

Phe 535

Ala

Gly

Asn

Leu

Ser 540

Leu

Thr

Asn

Pro

Arg 545

Ile

Phe

Asp

Ser

Trp 550

Tyr

Ser

Ser

Thr

Ile 555

Asn

Leu

Tyr

Al a

Asp 560

Tyr

Arg

Ile

Ser

Tyr 565

Gin

Tyr

Ile

Gin

Gin 570

Gly

Gly

Gly

Phe

Gly 575

Val

Asn

Val

Gly

Arg 580

Met

Leu

Gly

Asn

Arg 585

Thr

His

Val

Ser

Leu 590

Gly

Tyr

Asn

Leu

Asn 595

Val

Thr

Lys

Leu

Leu 600

Gly

Phe

Ser

Ser

Pro 605

Leu

Tyr

Asn

Arg

Tyr 610

Tyr

Ser

Ser

Val

Asn 615

Glu

Val

Ala

Ser

Pro 620

Arg

Gin

Cys

Ser

Thr 625

Pro

Ala

Ser

Val

Ile 630

Ile

Asn

Arg

Leu

Ser 635

Gly

Gly

Arg

Thr

Pro 640

Leu

Val

Pro

Glu

Ser 645

Cys

Ser

Ser

Pro

Gly 650

Ala

Ile

Thr

Thr

Ser 655

Pro

Glu

Ile

Lys

Gly 660

Ile

Trp

Asp

Arg

Asp 665

Tyr

His

Thr

Pro

Ile 670

Thr

Ser

Ser

Phe

Thr 675

Leu

Asp

Val

Ser

Tyr 680

Asp

Asn

Thr

Asp

Asp 685

Tyr

Tyr

Phe

Pro

Arg 690

Asn

Gly

Val

Ile

Phe 695

Ser

Ser

Tyr

Ala

Thr 700

Met

Ser

Gly

Leu

Pro 705

Ser

Ser

Gly

Thr

Leu 710

Asn

Ser

Trp

Asn

Gly 715

Leu

Gly

Gly

Asn

Val 720

Arg

Asn

Thr

Lys

Val 725

Tyr

Gly

Lys

Phe

Ala 730

Ala

Tyr

His

His

Leu 735

Gin

Lys

Tyr

Leu

Leu 740

Ile

Asp

Leu

Ile

Ala 745

Arg

Phe

Lys

Thr

Gin 750

Gly

Gly

Tyr

Ile

Phe 755

Arg

Tyr

Asn

Thr

Asp 760

Asp

Tyr

Leu

Pro

Leu 765

Asn

Ser

Thr

Phe

Tyr 770

Met

Gly

Gly

Val

Thr 775

Thr

Val

Arg

Gly

Phe 780

Arg

Asn

Gly

Ser

Ile 785

Thr

Pro

Lys

Asp

Glu 790

Phe

Gly

Leu

Trp

Leu 795

Gly

Gly

Asp

Gly

Ile 800

Phe

Thr

Ala

Ser

Thr 805

Glu

Leu

Ser

Tyr

Gly 810

Val

Leu

Lys

Ala

Ala 815

Lys

Met

Arg

Leu

Ala 820

Trp

Phe

Phe

Asp

Phe 825

Gly

Phe

Leu

Thr

Phe 830

Lys

Thr

Pro

Thr

Arg 835

Gly

Ser

Phe

Phe

Tyr 840

Asn

Ala

Pro

Thr

Thr 845

Thr

Ala

Asn

Phe

Lys 850

Asp

Tyr

Gly

Val

Val 855

Gly

Ala

Gly

Phe

Glu 860

Arg

Ala

Thr

Trp

Arg 865

Ala

Ser

Thr

Gly

Leu 870

Gin

Ile

Glu

Trp

Ile 875

Ser

Pro

Met

Gly

Pro 880

• · · ·

222

Leu

Val

Leu

Ile

Phe 885

Pro

Ile

Ala

Phe

Phe 890

Asn

Gin

Trp

Gly

Asp 895

Gly

Asn

Gly

Lys

Lys

Cys

Lys

Gly

Leu

Cys

Phe

Asn

Pro

Asn

Met

Asn

Asp

900

905

910

Tyr

Thr

Gin

His

Phe

Glu

Phe

Ser

Met

Gly

Thr

Arg

Phe

915

920

925

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1085:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 340 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...340 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1085:

Leu 1

Ser

Ser

Leu

Trp 5

Leu

Thr

Asn

Pro

Leu 10

Asn

Ala

His

Glu

Lys 15

Asn

Gly

Ala

Phe

Val 20

Gly

Ile

Ser

Leu

Glu 25

Val

Gly

Arg

Val

Asp 30

Gin

Lys

Thr

Asn

Ala 35

Tyr

Arg

Asn

Gly

Glu 40

Leu

Phe

Gin

Val

Pro 45

Phe

Gly

Asp

Val

Ser 50

Ala

Asn

Asp

Asp

Gly 55

Lys

Val

Pro

Asp

Gly 60

Gin

Thr

Gly

Gly

Cys 65

Gin

Pro

Ala

Ser

Gly 70

Thr

Pro

Gly

Thr

Pro 75

Gly

Tyr

Thr

Lys

Ala 80

Asn

Cys

Val

Val

Asn 85

Trp

Thr

Ser

Arg

Thr 90

Met

Leu

Ser

Thr

Asn 95

Lys

Asp

Ile

Pro

Gly 100

Arg

Asn

Gin

Pro

Met 105

Tyr

Gly

Leu

Gly

Val 110

Met

Thr

Gly

Tyr

Lys 115

His

Phe

Val

Gly

Lys 120

Lys

Arg

Trp

Phe

Gly 125

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly 130

Phe

Phe

Asp

Tyr

Gly 135

His

Thr

Asn

Phe

Ser 140

Asn

Ser

Arg

Ala

Ala 145

Asn

Ala

Ile

Ser

Pro 150

Phe

Tyr

Leu

Ser

Asp 155

Gin

Lys

Ala

Asp

Met 160

Tyr

Thr

Tyr

Gly

Phe 165

Gly

Thr

Asp

Met

Leu 170

Phe

Asn

Val

Ile

Asp 175

Lys

Pro

Lys

Ala

Thr 180

Ala

Gly

Phe

Phe

Val 185

Gly

Val

Asn

Phe

Ala 190

Gly

Asn

Thr

Trp

Thr 195

Asn

Asn

Arg

Val

Gly 200

Tyr

Phe

Lys

Asp

Gly 205

Tyr

Val

Tyr

Gly

Val 210

Asn

Thr

Asp

Ala

Asp 215

Ala

Tyr

Met

Thr

Asn 220

Ala

Asp

Gly

Thr

Ile 225

Thr

Cys

Gly

Asp

Thr 230

Thr

Pro

Ala

Ser

Cys 235

Asn

Val

Gly

Ile

Asn 240

Pro

Asn

Ser

Val

Tyr 245

Thr

Thr

Gly

Lys

Leu 250

Asn

Ala

Lys

Val

Asn 255

His

Thr

Ile

Phe

Gin 260

Phe

Leu

Val

Asn

Val 265

Gly

Ile

Arg

Thr

Asn 270

Ile

Phe

Glu

His

His

Gly

Ile

Glu

Phe

Gly

Ile

Lys

Ile

Pro

Thr

Leu

Pro

Asn

• · • ·

323

275

280

285

Tyr

Phe

Phe

Lys

Gly

Ser

Thr

Thr

Ile

Arg

Ala

Lys

Lys

Gin

Gly

Pro

290

295

300

Leu

Glu

Asn

Gly

Asn

Pro

Thr

Thr

Ile

Thr

Gly

Ala

Glu

Thr

Asn

Phe

305

310

315

320

Ser

Leu

Thr

Gin

Thr

Leu

Arg

Arg

Gin

Tyr

Ser

Met

Tyr

Leu

Arg

Tyr

325

330

335

Val Tyr Thr Phe 340

INFORMACE	PRO SEQ ID	NO:1086:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 528	aminokyselin
(B)	TYP: amino	kyselina
(D)	TOPOLOGIE:	lineární
(ii) DRUH	MOLEKULY:	protein

(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...528 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1086:

Met

Lys

Leu

Lys

Lys

Arg

Lys

Val

Ala

Ala

Thr

Leu

Leu

Lys

Arg

Leu

1

5

10

15

Thr

Leu

Pro

Leu

Leu

Phe

Thr

Thr

Gly

Ser

Leu

Gly

Ala

Val

Thr

Tyr

20

25

30

Glu

Val

His

Gly

Asp

Phe

Ile

Asn

Phe

Ser

Lys

Val

Gly

Phe

Asn

Arg

35

40

45

Ser

Pro

Ile

Asn

Pro

Val

Lys

Gly

Ile

Tyr

Pro

Thr

Glu

Thr

Phe

Val

50

55

60

Asn

Leu

Thr

Gly

Lys

Leu

Glu

Gly

Ser

Val

His

Leu

Gly

Arg

Gly

Trp

65

70

75

80

Thr

Val

Asn

Val

Gly

Gly

Val

Leu

Gly

Gly

Gin

Val

Tyr

Asp

Asn

Thr

85

90

95

Arg

Tyr

Asp

Arg

Trp

Ala

Lys

Asp

Phe

Thr

Pro

Pro

Ser

Tyr

Trp

Asp

100

105

110

Lys

Thr

Ser

Cys

Gly

Thr

Asp

Ser

Leu

Ser

Leu

Cys

Met

Asn

Ala

Thr

115

120

125

Lys

Met

Trp

Gin

Gin

Gin

Gly

Pro

Gly

Gly

Ile

Ile

Asp

Pro

Arg

Gly

130

135

140

Ile

Gly

Tyr

Met

Tyr

Met

Gly

Glu

Trp

Asn

Gly

Leu

Phe

Pro

Asn

Tyr

145

150

155

160

Tyr

Pro

Ala

Asn

Ala

Tyr

Leu

Pro

Gly

His

Ser

Arg

Arg

Tyr

Glu

Val

165

170

175

Tyr

Lys

Ala

Asn

Leu

Thr

Tyr

Asp

Ser

Asp

Arg

Val

His

Met

Val

Met

180

185

190

Gly

Arg

Phe

Asp

Val

Thr

Glu

Gin

Glu

Gin

Met

Asp

Trp

Ile

Tyr

Gin

195

200

205

Leu

Phe

Gin

Gly

Phe

Tyr

Gly

Thr

Phe

Lys

Leu

Thr

Lys

Asn

Met

Lys

210

215

220

Phe

Leu

Leu

Phe

Ser

Ser

Trp

Gly

Arg

Gly

Ile

Ala

Asp

Gly

Gin

Trp

225

230

235

240

Leu

Phe

Pro

Ile

Tyr

Arg

Glu

Lys

Pro

Trp

Gly

Ile

His

Lys

Ala

Gly

245

250

255

J24 • · · ·

Ile

Ile

Tyr

Arg 260

Pro

Thr

Lys

Asn

Leu 265

Met

Ile

His

Pro

Tyr 270

Val

Tyr

Leu

Ile

Pro

Met

Val

Gly

Thr

Leu

Pro

Gly

Ala

Lys

Ile

Glu

Tyr

Asp

275

280

285

Thr

Asn

Pro

Glu

Phe

Ser

Gly

Arg

Gly

Ile

Arg

Asn

Lys

Thr

Thr

Phe

290

295

300

Tyr

Val

Leu

Tyr

Asp

Tyr

Arg

Trp

Asn

Asn

Ala

Glu

Tyr

Gly

Arg

Tyr

305

310

315

320

Ala

Pro

Ala

Arg

Tyr

Asn

Thr

Trp

Asp

Pro

Phe

Leu

Asp

Asn

Gly

Lys

325

330

335

Trp

Arg

Gly

Leu

Gin

Gly

Pro

Gly

Gly

Ala

Thr

Leu

Tyr

Leu

His

His

340

345

350

His

Ile

Asp

Ile

Asn

Asn

Tyr

Phe

Val

Val

Gly

Gly

Ala

Tyr

Leu

Asn

355

360

365

Ile

Gly

Asn

Pro

Asn

Met

Asn

Leu

Gly

Thr

Trp

Gly

Asn

Pro

Val

Ala

370

375

380

Leu

Asp

Gly

Ile

Glu

Gin

Trp

Val

Gly

Gly

Ile

Tyr

Ser

Leu

Gly

Phe

385

390

395

400

Ala

Gly

Ile

Asp

Asn

Ile

Thr

Asp

Ala

Asp

Ala

Phe

Thr

Glu

Tyr

Val

405

410

415

Lys

Gly

Gly

Gly

Lys

His

Gly

Lys

Phe

Ser

Trp

Ser

Val

Tyr

Gin

Arg

420

425

430

Phe

Thr

Thr

Ala

Pro

Arg

Ala

Leu

Glu

Tyr

Gly

Ile

Gly

Met

Tyr

Leu

435

440

445

Asp

Tyr

Gin

Phe

Ser

Lys

His

Val

Lys

Ala

Gly

Leu

Lys

Leu

Val

Trp

450

455

460

Leu

Glu

Phe

Gin

Ile

Arg

Ala

Gly

Tyr

Asn

Pro

Gly

Thr

Gly

Phe

Leu

465

470

475

480

Gly

Pro

Asn

Gly

Gin

Pro

Leu

Asn

Leu

Asn

Asn

Gly

Leu

Phe

Glu

Ser

485

490

495

Ser

Ala

Phe

Ala

Gin

Gly

Pro

Gin

Asn

Met

Gly

Gly

Ile

Ala

Lys

Ser

500

505

510

Ile

Thr

Gin

Asp

Arg

Ser

His

Leu

Met

Thr

His

Ile

Ser

Tyr

Ser

Phe

515

520

525

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1091:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1091:

TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1092:

• · • · · · • · • · 4

22š (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1092:

TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1093:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: .	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .22
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1093:
TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1094:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE

32é (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1094:

TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1095:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová	DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé .22	znaky
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID	NO:1095:

ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1096:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...25
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1096:

ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1097:

327

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý .

(D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1097:

AATTCCATGG CTATCCAAAT CCG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1098:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1098:

ATGAATTCGC CAAAATCGTA GTATT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1099:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 24 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE • ·

328

	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:	pylori
(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter
	(ix)	ZNAKY:
		(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
		(B) POZICE 1..	.24
	(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1099
GATACCATGG AATTTATGAA AAAG
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1100:
	(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
		(A) DÉLKA: 25 ;	párů bází
		(B) TYP: nukleová kyselina
		(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
		(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
	(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
	(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
	(iv)	POZITIVNÍ: NE
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
		(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter	pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
		(B) POZICE 1..	.25
	(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1100
TGAATTCGAA AAAGTGTAGT TATAC
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1101:
	(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
		(A) DÉLKA: 19 ]	párů bází
		(B) TYP: nukleová kyselina
		(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
		(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
	(ii)	DRUH MOLEKULY: <	genomová DNA
	(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
	(iv)	POZITIVNÍ: NE
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
		(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter	pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
		(B) POZICE 1..	. 19
	(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1101

CCCTTCATTT TAGAAATCG • ·

329 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1102:

(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1102:

ATTTCAACCA ATTCAATGCG 20

(2)	INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1103:
	(1)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
	(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
	(lil)	HYPOTETICKÁ: NE
	(iv)	POZITIVNÍ: NE
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
	(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1103:
GCCCCTTTTG ATTTGAAGCT
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1104:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE θ

(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: (B) POZICE 1...	různé znaky ,22
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1104:
TCGCTCCAAG ATACCAAGAA GT
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1105:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .22
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1105:

CTTGAATTAG GGGCAAAGAT CG 22

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1106:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1106:

ATGCGTTTTT ACCCAAAGAA GT ·· ·· • · · · • · · ·

• · ··

234 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1107:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .22
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1107:

ATAACGCCAC TTCCTTATTG GT 22

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1108:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 19 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...19
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1108:

CTTTGGGTAA AAACGCATC 19 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1109:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE ·

232

(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1109:

CGATCTTTGA TCCTAATTCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1110:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 19 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky . 19
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1110:

ATCAAGTTGC CTATGCTGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1111:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1111:

• 4 ·· • · · • · ··

333

TTGAACACTT TTGATTATGC GG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1112:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1112:

GGATTATGCG ATTGTTTTAC AAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1113:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1113:

GTCTTTAGCA AAAATGGCGT C

(2) INFORMACE	PRO SEQ ID NO:1114:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A)	DÉLKA: 21 párů bází
(B)	TYP: nukleová kyselina
(C)	DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D)	TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) DRUH	MOLEKULY: genomová DNA

a ar • · ·· • ·

334

(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...21	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1114:

AATGAGCGTA AGAGAGCCTT C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1115:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky . 18
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1115:

CTTATGGGGG TATTGTCA 18

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1116:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...18
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1116:

·· ·· • · · • ··· • · * • · · ·· ·· §

*

Λ

• · · · • · ·· • ·

AGCATGTGGG TATCCAGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1117:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 19 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...19 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1117:

AGGTTGTTGC CTAAAGACT 19 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1118:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1118:

CTGCCTCCAC CTTTGATC 18 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1119:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 19 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA é

(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...19	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1119:

ACCAATATCA ATTGGCACT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1120:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky

(B) POZICE 1...18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1120:

ACTTGGAAAA GCTCTGCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1121:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 19 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...19 • · • · (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1121:

CTTGCTTGTC ATATCTAGC 19 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1122:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(li)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky . 18
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1122:

GTTGAAGTGT TGGTGCTA 18 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1123:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(11)	DRUH MOLEKULY: i	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .22
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1123:
CAAGCAAGTG GTTTGGTTTT AG
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1124:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • · • · · · · • · ·

338

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová	DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé .22	znaky
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID	NO:1124:

TGGAAAGAGC AAATCATTGA AG

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1125:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(Xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1125:

GCCCATAATC AAAAAGCCCA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1126:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 24 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...24 • · • · · · · · . · · ···· · • · · · · • · · · ·· (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1126:

CTAAAACCAA ACCACTTGCT TGTC 24 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1127:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 16 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY: ,	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky

(B) POZICE 1...16 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1127:

GTAAAACGAC GGCCAG 16 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1128:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 17 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...17 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1128:

CAGGAAACAG CTATGAC 17 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1129:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·

340

(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1129:

TTGCCCCATC GTATTGATAG A 21

(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:1130:
	(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
	(11)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
	(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
	(iv)	POZITIVNÍ: NE
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
	(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1130:
AGAGCGTATT TCACCCGAAA G
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:1131:
	(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
	(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
	(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
	(iv)	POZITIVNÍ: NE
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky • · • · · • · · (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1131:

TCTTGCATCT TAATCCACTC C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1132:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(li)	DRUH MOLEKULY: <	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1132:
CGGGTCAAAA CGACCACTTA A
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1133:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1133:

AATCCGTTTC GCTAATTTAG T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1134:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý • · • · • · • · • ·

342 (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1134:

AACACTTCAA TTTCCTCTAT A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1135:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY: .	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1135:
TGGTATAAGG ATTTGAATGG A
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1136:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

• · · ’ • · ·· ·· · · • · • · ·

343 (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21

	(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1136:
TTGACTAAAC ACATGCGAGA A
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1137:
	(i)	CHARAKTERIŠTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
	(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
	(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
	(iv)	POZITIVNÍ: NE
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
	(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1137:
ATAGAGAGCG TTGTGTTTAG C
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1138:
	(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
	(ii)	DRUH MOLEKULY: i	genomová DNA
	(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
	(iv)	POZITIVNÍ: NE
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
	(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1138:
CCTTTATTGG TTTTGATCGT G
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1139:
	(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina • ·

144

	(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(li)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. .	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:113
ATGTCCGTTG TCTGTATGGA A

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1140:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(11)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1140:

TAGGGTGTCT AGGGATTTGA T

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1141:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter

• ·

345 (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1141:

GCGTTTGGCT TCTTCGTTGT C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1142:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1142 :
GAAATGGAAA ATAGCGGTCA A

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1143:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1143:

GCAAATCCCC AGCCACTTCC 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1144:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází • · • · ·

54é (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1144:

GTGGCTAAAA ATGAGGGCTT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1145:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.22
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1145:
GTTAGGAAAT TAGAAATCAT TG
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1146:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
	(A) DÉLKA: 21 ;	párů bázi
	(B) TYP: nukleová kyselina
	(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori

··

347 (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1146:

GCTAAAACTT CATCGCTCAA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1147:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(li)	DRUH MOLEKULY: ,	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1147:
GTTGGGCAGA AAATAAGGTG A
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1148:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1148:

CAAACAAACC TGACAAGAAA C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1149:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

348

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(ii)	(D) TOPOLOGIE: DRUH MOLEKULY:	kružnicová genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1149:

CATTGATGCC TAAAACTTCG 20

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1150:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1150:

CGTGGTGGTT TTCCCGTTAG 20

2) INFORMACE	PRO SEQ ID NO:1151:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH	MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE

(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

• ·

349 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1151:

GGGGCATTGT GTTTGTTTTT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1152:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky . 20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1152:

TGGTCTATCA TGCGAATTAT 20

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1153:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1153:

GCCCTGATCC ATTCCCCCCT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1154:

·<·» · ·

35Θ (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (íx) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1154:

CGCGCTAGAG GCTTGTAAAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1155:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) (iv) (vi) (ix) (xi)

HYPOTETICKÁ: NE

POZITIVNÍ: NE

PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori

ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20

POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1155:

GCCCTGATCC ATTCCCCCCT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1156:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE

55-1 ·· ·· β · · • ··· » » · • · · »·»« ·· • ·· ·· · · • · · • · · » • · · • · · * * • v ·· • · · · • · ·· • · · · * • * · * · ^r (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1156:

CTGTTTTTAG CGTCCCTGTA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1157:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1157:

GGCGTTATTA AGCGACATCG 20

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1158:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1158:

TTTCACCGGC AATTTTAGGC 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1159:

·· ·· ·« • · · • ··· • · • * ···· ·· • ·· ·· · · • · · • · · • » · f ·· • · · * • · ·· • ··· « · • » · ·· ·*

352 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1159:
GCGTTTTGAT TCTGTCTGTT A

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1160:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová	DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé .21	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID	NO:1160:

GTAAAAACAC CGCTAACGCA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1161:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE » ·· • · • · ··

353 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1161:

GCGTGTTTTC TAAGGGTTCA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1162:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1162:

GGAATTTTAA CGCTCTTTTT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1163:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1163:

AAATCTCTGT GGGCTTAGTG 20

354 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1164:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A! DÉLKA: 20 párů bází (Ej TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B’i POZICE 1. .	: různé znaky .20
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1164:
AATCAAAAAC AKGAGCGTGG

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1165:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A. DÉLKA: 21 párů bází (B: TYP: nukleová kyselina (C; DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D: TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A, NÁZEV/KLÍČ: různé znaky

(B POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1165:

GCCCCAGCCC CATAATACAA A (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1166:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A, DÉLKA: 21 párů bází (B TYP: nukleová kyselina (C DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE

(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...21	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1166:

GGAGGGCGCA ATTAAACATC G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1167:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1167:

TCACGCTTTC TAAATCATCA 20

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1168:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) . DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1168:

CGCTAATCAC ATCCTTTCTT

356 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1169:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1169:

TGCCCAAAAA TCCACTAACG

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1170:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(11)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1170:

AACGGGTTTG ACACTGATGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1171:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE • ·

357

(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...21	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1171:

GAATGCGGTG GTTTTAGAGA G (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1172:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová	DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. .	: různé .21	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID	NO:1172 :
GCGTTTTTAA GACTGAATAC A

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1173:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1173:

• · • ·

358

GGGCGATGTG ATTGGCGATT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1174:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1174:
GGATAGCCTG CCAAAACGCC
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1175:
(i)	CHARAKTERISTIKA (A) DÉLKA: 20 ;	SEKVENCE: párů bází

(3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1175:

AAGTTTATGC GGGCGAGATT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1176:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA

359

(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1176:

GGAGCAATCA GCCATTTTTC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1177:

(i) CHARAKTERIŠTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: ,	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (3) POZICE 1..	: různé znaky .20
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1177:
CTAGCGATTC AAGGCGATGG
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1178:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 ·· ·* » · · * • · · · • · · ♦ • · · ► · · · · · · (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1178:

360

CGGCCTCCTT CAAACACATT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1179:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. .	: různé znaky .20
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1179:

AGCGGGCAGT TTAGGACCAC 2 0

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1180:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1180:

GCATTGATCG CATTTTTAGC C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1181:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA • · • ·

264

lil)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1181:

ACGGGTTAGC AGGGCAGAAT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1182:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1182:

CAAAAGAGGC GGGTTCATGC

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1183:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20

• ·

162 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1183:

TTTAGAAGTC GTTGATGAGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1184:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1184:

CATACACGCT CACTTCATCG 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1185:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1185:

AGTGTGGTCG CCTGTGGTGG AG 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1186:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

363

(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22
(Xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1186:

CCCCTAATAG TCTGTCAATC AT

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1187:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1187:

CAAAAGATTG AAGCAGAAGA GT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1188:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22

364 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1188:

AATGGTTTTC CTATACCCTT GA 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1189:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1189:

GAGAGCAAAT CCTTATCCAG 2 0

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1190:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1190:

CATACACGCT CACTTCATCG 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1191:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·

36S (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

Ά) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1191:

AGTGTGGTCG CCTGTGGTGG AG

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1192:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(11)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(lil)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: ÍA) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1192:

CCCCTAATAG TCTGTCAATC AT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1193:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

ÍA) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky • ·

366 (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1193:

CAAAAGATTG AAGCAGAAGA GT 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1194:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(li)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .22
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1194:

AATGGTTTTC CTATACCCTT GA 22

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1195:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(Xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 1195:

TTGAAACCCC AAAAGTTTTA C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1196:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (E) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý • ·· *· ·· ··

367 (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1196:

TCAACTGATA GGTAATATCC C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1197:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1197:

GCTAGGATTT ATGCCAATTT A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1198:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

368 (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1198:

TACGAGACAA AATAGGGATT T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1199:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1199:

ATAGGCATGC AGAATTTTTC C 21

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1200:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 17 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii )	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky •B) POZICE 1...17
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1200:

CCATTACATT TCGCCTC 17 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1201:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

Ά) DÉLKA: 21 párů bází B) TYP: nukleová kyselina • ·

369

	(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1201

CGATAGATAT TGTAGAAGTC A (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1202:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1202:
GGGCTTGTAT TCATTTTGTA A

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1203:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori ·· ·· • · • · ··· » ·· • · • · ·· • »· · ·«

37Θ (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1203:

GTTTTAAAAA CGCCATAGCC A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1204:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1204:

TTCTAAAAGG TGGTAATCTT C 21

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1205:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1205:

TAAGTCAAGC CATAAAACCA AA 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1206:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází ·· ·· « · » • ··· • · · · • · · *··» ··

• · • · · ·· ·· ··· · ·

574 (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1206:

TTTTGGGGTA AAAAGGCTGA A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1207:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1207:

ATCTTTTTGC CCTTGCTCAT A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1208:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • ·

372

(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé	znaky
(B) POZICE 1...	.21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID	NO:1208

AGACAGCACC AGTTTGATAA A

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1209:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1209:

CAGCCACACT TCAATGTCTA T

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1210:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1210:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

GTAAGGCGTT AGAAAAATAC C (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1211:

• ·

373 (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1211:

GCCCCATTAA AATCCTTTTC T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1212:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 17 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...17 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1212:

AAAGGATACA AGGGGGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1213:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1213:

CTCGCTCCAT TTTATCTTTT A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1214:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1214:

TTTTTTAGGG AGGATTGAGA T 21

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :1215:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1215:

TGTTTGGAAA TGCTGGTGAT C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1216:

€ · ··· · • · • · «

37S (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1216:

CTTTTGGGGG AGTTTGACAA G

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1217:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1217:

TTTGATAAAC GCCCACTTTT T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1218:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

	(A)	DÉLKA: 21 párů bází
	(B)	TYP: nukleová kyselina
	(C)	DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
	(D)	TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH	MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE

(iv) POZITIVNÍ: NE • · • ·

• · · · • · · · • · · · · (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1218:

TTTCAAAACG CTCACCTTTT G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1219:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1219:

TCTATTCTTT TGATGCTCTC T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1220:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1220:

ATAATGAGTT TGATCGTTAC G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1221:

« · • · · · ·

377 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

(D) TOPOLOGIE:	kružnicová genomová DNA
(11)	DRUH MOLEKULY:
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1221:

ACAATAATAG GCTTTGTCTT C 21

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1222:
(1)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(11)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(lil)	HYPOTETICKÁ: NE
(Iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1222:

AATTAGCCCT TAAAATAGAT G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1223:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE

378 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1223:

AACAACCGCT AAAATCAAAC 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1224:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1224:

CTTCAGCGAT ACTAAAAGAT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1225:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1225:

TAGGGGCGAT TGAAAACAGC 2 0 • ·

279 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1226:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(li)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1226:

GCTGGATAAG GATTTGCTCT 20

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1227:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1227:

TTTTTGGGGG TATGCTAAAA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1228:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE • · ·· · · • · •« «

180

(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1228:

GGCTGGTAAA TACTGGATAG 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1229:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1229:

AGGCTATTCA AGGTGGCTAA A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1230:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .22
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1230:

ATTCTCATCA ACGACTTCTA AA • · • · · • · · · ·· · ·

384 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1231:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(Xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1231:

GCAGTTGGCG GTATTTGGTG 20

(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:1232:
	(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
	(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
	(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
	(iv)	POZITIVNÍ: NE
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
	(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1232:
GAGAGCGAAG TTTATGAGAA
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO:1233:
	(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
	(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
	(iii)	HYPOTETICKÁ: NE

• ·

382 ··· · • · »· <

(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1233:

TGATTGTTGG GTAGCTCTCA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1234:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1234:

AAAATCGGTC TGATGCTCTT A 21

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :1235:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1235:

• ·

383

CTTTTCCTTT CGCTTGAAGA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1236:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1236:

AAAACAAACG CATCAAAAAT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1237:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii) DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii) HYPOTETICKÁ: NE
(iv) POZITIVNÍ: NE
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
(B) POZICE 1. .	.21
(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1237:
TTTCAAGGCG AGGAGGCAGA T
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1238:
(i) CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA

384

iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (3) POZICE 1...21	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1238:

GCACAAAGAC CCCACCACGA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1239:

(i) CHARAKTERIŠTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: ÍA) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky

(3) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1239:

CGCCCGAATG GATGAGTAGG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1240:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1240:

• · • · • · ♦ • · · • ·· · ··

385

TGCAACAAAA ATACGCCCTT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1241:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1241:

TTTTTAAGGG CGTATTTTTG T 21

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1242:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(li)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :1242:

TGGGTTTTAA GGAATGTGAT G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1243:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA ·· ·

386

(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1243:

CGCGCTCAAA ATCCCTAAAT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1244:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1244:
GGCCCATTCT TTCGGATATT
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1245:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
	(A) DÉLKA: 20 j	párů bází

(B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20

387 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1245:

GCCCCATTCC TGTTTTTAGC 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1246:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1246:

CGCTTTAACG CTCCTTTCAC 20

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1247:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1247:

AGCGTTTTTG TAAGGGGGTA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1248:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·

I · ·· · · • · ·· « · · · » * · • · ··

388 (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1248:

TCCCTATCAT AGCGTTAGTG C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1249:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1249:

CTTAGGGGTT TTTAGCATGA A 21

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1250:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 páru bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20

» ·

• · »· ·· • ·

• · ·· · · · · ·· • * · · • · *·

389 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1250:

GCACAATTCC CACACGCTGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1251:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1251:

CCAAAGCTAA AGCGGTGTTT T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1252:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1252:

GCTCATGGAT ATAAAGGGGT ATT 23 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1253:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová ·· ·« • · · · • · ·· ··· · · • · · ·· ·· *

·· ·· • · · • ··· · · · • · · ···« ·· • ·· ·· · · • · · • · · · • · · ·«· »·

39Θ

(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1253:

CTTAGCCCCT TTAGTGTTTA 2 O (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1254:

(i) CHARAKTERIŠTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	: různé znaky
	(B) POZICE 1..	.20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1254:
CGCAAAAGGG TAGGGGATAA
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1255:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:
	(A) DÉLKA: 21 ;	párů bázi

(B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky * · • · • · a · *

394 (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1255:

TTTTATTTTT AGAAACGAAT C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1256:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(li)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1256:

CAAACTTATC GCCCTCTCTA 20

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1257:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23
(Xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1257:

AAAGATAACG CTAGGATTTC TAC 23 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1258:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

• · ·· · · ·· ···· · ··· · · · · · · ···· ·· ··· ·· ·· ··

392 (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1258:

TAATTCTACA GAGTGGTTAA TGG 23 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1259:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1259:

GCGGTCATGG AATTTTTAGA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1260:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 22 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

• ·

395 (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1260:

ATTCAAAGAA AGCTGGCTGT CT 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1261:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .20
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1261:

GCTTGTGGGG GTTGTTTTAT 20

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1262:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1262:

GAACCCCCTA AAATGACAAT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :12 63:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina

294 (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1263:

ACCATGCTCA TTAACGCTAG G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1264:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE: kružnicová
(il)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter	pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1264
GTAAGTTTGA GCGGCTAATT C
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1265:
(1)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(li)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter	pylori

• ·

39š (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1265:

AAAAAGAAAG AAGAACTCGT G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1266:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1266:

AAAGATACTC CCCTGTGATT A 21

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1267:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
(Xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1267:

CAAAGAAACG CAAAATACAG 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1268:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 20 párů bází • ·

396

ÍB) TYP: nukleová kyselina ÍC) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

ÍA) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...20 (xi) PCPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1268:

GCATGGTATT CAGCGTTTTC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1269:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (3) POZICE 1..	: různé znaky .21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1269:
GCAGCGGCAC AGCGACTTTA G
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1270:
(i)	CHARAKTERISTIKA (A) DÉLKA: 21 ,	SEKVENCE: párů bází

(3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (O) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · • ·

397

(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: (B) POZICE 1...	; různé .21	znaky
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID	NO:1270

CGCCCCCAAA AAGTCGCAGT A

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1271:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1271:

AAAGGTTTGA AACAAGAAAT CT

2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1272:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(Xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1272:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

CACTTGAGCG TTAGCAACAA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :1273:

« ·

398 (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1273:

GGGGTGTTTG AAATTGATAG A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1274:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(li)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1274:

CGCTAGGAGA AAGGAAGGAA A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1275:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

• » ♦ »

199 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1275:

CAAGGGCGTT TTTTGGGGTA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1276:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1276:
GGGATTGTTA CAGGAAAAGA T

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1277:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. .	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1277:

GGAATACAAT AACGCATAAA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1278:

400 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA

(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...21	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1278:

GCCTTTTTAG ACAACCCTAC T

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1279:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1279:

CCCCTAAACT CAAATCTCAA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1280:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE

I

404 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1280:

GCTAGAAATG CCATGAGAAA G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1281:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY: <	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1281:
GCGATTATGG GGTATTTATT G
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1282:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1282:
TTATTGTGGA GTTGCTTGTC A

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1283:

• ·

402 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý

	(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1283
TATGCGGCTC ATCCTATTAA A
(2) INFORMACE PRO SEQ ID	NO:1284:
(i)	CHARAKTERISTIKA	SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. .	: různé znaky .21
(xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1284:
CCCTAAATCC AAATCAAGCA G

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1285:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE • ·

403 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1285:

ATCTTACCTA TCACCTCAAA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1286:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová

(li)	DRUH MOLEKULY:	genomová	DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé .21	znaky
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID	NO:1286:

AGACAGCAAC ATCTTTGTGA A 21

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1287:
(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...25
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1287:

TTATGGATCC AAACCAATTA AAACT • · · ···· ···· ···· ·· · · · · · • · · · ·· · · · · · · · • · · ··· ··· ···· ·· ··· ·· ·· ··

404 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1288:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1288:

TATCTCGAGT TATAGAGAAG GGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1289:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 29 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...29 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1289:

AAATAGTCAT ATGAAAATAG GCGTTTTTG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1290:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 28 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE • ·

405

(iv)	POZITIVNÍ: NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...28	znaky
(xi)	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:1290:

AGAATTCTAT TACAATTTGA GCCATTCT 28 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1291:

(i)	CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 26 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE:	kružnicová
(ii)	DRUH MOLEKULY:	genomová DNA
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	POZITIVNÍ: NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1..	: různé znaky .26
(Xi)	POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1291:

GCGAATTCGA TCAGAATTTT TTTTCT 26 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1292:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 26 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...26 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1292:

ATAAGTACTT GTGAATCTTA TACTAG • · ·

406 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1294:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 2007 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2007 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1294:

ATGAAAAAAC CCTTTTACTC TCTCTCTCTC GCTTCATCGC TTTTAAACGC TGAAGACAAC 60

GGCTTTTTTA TCAGCGCGGG CTATCAAATC GGTGAAGCCG CTCAAATGGT GAAAAACACC 120

GGCGAATTGA AAAAACTTTC AGACACTTAT GAGAATTTGA GCAACCTTTT AACCAATTTT 180

AACAACCTCA ATCAGGCGGT AACGAACGCG AGCAGCCCTT CAGAAATCAA TGCTGCGATC 240

GATAATTTAA AAGCAAACAC GCAAGGGCTA ATTGGCGAAA AAACCAATTC CCCGGCGTAT 300

CAAGCGGTGT ATTTGGCGCT CAATGCGGCG GTAGGGCTGT GGAATGTCAT CGCCTATAAT 360

GTCCAATGCG GTCCTGGTAA CAGTGGACAA CAAAGCGTAA CCTTTGAGGG CCAACCAGGA 420

CATAATTCAA GTTCCATTAA TTGCAATTTA ACCGGTTATA ACAACGGGGT TAGCGGCCCT 480

TTATCCATTG AGAATTTTAA AAAGCTTAAT CAGGCTTATC AAACTATCCA ACAAGCTTTA 54 0

7AACAAGATA GCGGATTTCC TGTTTTGGAT AGTGCAGGAA AACAAGTAAC TATAACAATA 600

ACAACGCAAA CTAATGGAGC TAATAAAAGT GAAACTACTA CTACTACTAC TACTACTAAT 660

GACGCTCAAA CCCTTTTGCA AGAAGCCAGT AAAATGATAA GCGTCCTCAC TACAAACTGC 720

CCATGGGTCA ATCACAATCA AGGACAAAAC GGGGGCGCGC CGTGGGGTTT AGATACGGCA 780

GGGAATGTGT GTCAGGTTTT TGCCACGGAA TTTAGCGCCG TTACTAGCAT GATCAAAAAC 840

GCCCAAGAAA TCGTAACGCA AGCTCAAAGC CTTAACCAGC AAAACAATCA AAACGCGCCG 900

CAAGATTTCA ATCCTTACAC CTCTGCTGAT AGGGCTTTCG CTCAAAACAT GCTCAATCAC 960

GCGCAAGCGC AAGCCAAGAT ACTTGAGCTA GCCGATCAAA TGAAAAAAGA CCTTAACACT 1020

ATCCCAAGCC AATTTATCAC AAATTACTTG GCAGCTTGCC ACAATGGGGG TGGGACATTA 1080

CCTGATGCGG GGGTTACTAA CAACACTTGG GGGGCCGGTT GCGCGTATGT GGAAGAGACG 1140

ATAACGGCTT TAAACAACAG CCTTGCGCAT TTTGGCACTC AAGCTGAGCA AATCAAGCAA 1200

TCTGAGTTGT TGGCGCGCAC CATACTTGAT TTTAGAGGCA GCCTTAGTAA TTTAAACAAC 1260

ACTTATAACA GCATCACCAC GACCGCTTCA AACACGCCTA ATTCCCCATT CCTTAAAAAT 1320

TTGATAAGCC AATCCACTAA CCCTAATAAC CCCGGGGGCT TACAGGCCGT TTATCAAGTC 1380

AACCAAAGCG CTTATTCGCA ATTATTAAGC GCCACGCAAG AATTAGGGCA TAACCCTTTC 1440

AGACGCGTTG GATTAATCAG CTCTCAAACC AACAATGGTG CCATGAATGG GATCGGTGTG 1500

CAAGTGGGCT ACAAACAATT TTTTGGTGAA AAGAGAAGGT GGGGGTTAAG GTATTACGGC 1560

TTTTTTGACT ATAACCATGC TTATATCAAA TCTAGCTTTT TCAATTCGGC TTCTGATGTG 1620

TTCACTTATG GGGTAGGGAC AGATGTCCTC TATAACTTTA TCAATGATAA AACCACCAAA 1680

AACAGCAAGA TTTCTTTTGG GGTGTTTGGG GGGATTGCGT TAGCTGGCAC TTCATGGCTG 1740

AATTCCCAGT ATGTGAATTT AGCGACCTTC AATAATTTCT ATAGCGCTAA AATGAATGTG 1800

GCGAATTTCC AATTCTTGTT CAATTTAGGC TTGAGAATGA ACCTCGCTAA GAATAAGAAA 1860

AAAGCGAGCG ATCATGCGGC TCAGCATGGC GTGGAATTAG GCGTGAAGAT CCCCACGATC 1920

AACACGAATT ACTATTCTTT GCTAGGCACT CAACTCCAAT ACCGAAGATT GTATAGCGTG 1980

TATTTGAATT ATGTGTTCGC TTACTAA 2007 (2)

INFORMACE PRO SEQ

ID NO:1295:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

407 (A) DÉLKA: 1914 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...1914 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1295:

ATGAAAAGAC AATTCTACTC TCTCTCTCTC TCTCTCGCTT CATCGCTCTT GCATGCTGAA 60

GACAACGGCT TTTTTGTGAG CGCGGGCTAT CAAATCGGCG AAGCGGTGCA AATGGTCAAA 120

AACACCGGCG AATTGAAAAA CTTGAACGAC AAATACGAGC AGTTAAGCCA ATCTTTAGCC 180

CAACTGGCTT CGTTAAAAAA AAGCATTCAA ACGGCGAACA ACATTCAGGC TGTCAACAAT 24 0

GCTTTAAGCG ATTTAAAAAG CTTTGCGAGT AACAACCACA CAAACAAAGA AACATCGCCC 300

ATCTACAACA CCGCGCAAGC TGTTATCACT TCAGTATTGG CTTTTTGGAG TCTTTATGCA 360

GGGAACGCTC TCAGTTTTCA TGTGACCGGT TTGAATGATG GATCTAATTC TCCTTTAGGA 420

AGAATCCATA GAGATGGGAA CTGCACAGGA TTACAACAAT GTTTTATGAG CAAAGAAACT 480

TATGATAAAA TGAAGACACT TGCCGAAAAC CTCCAAAAAG CTCAAGGCAA TCTCTGTGCC 540

TTATCAGAAT GCTCTAGCAA TCAATCAAAT GGAGGCAAAA CTTCCATGAC TACAGCTCTT 600

CAAACCGCGC AYCAGCTCAT GGACTTAATC GAACAGACCA AGGTTTCTAT GGTGTGGAAA 660

AATATCGTCA TCGCAGGTGT TACAAACAAA CCCAATGGTG CTGGCGCTAT CACATCCACT 720

GGTCATGTAA CCGACTATGC GGTGTTTAAC AACATCAAGG CGATGCTACC TATCTTGCAA 780

CAAGCGCTTA CGCTTTCTCA AAGTAACCAC ACCCTATCCA CTCAGTTGCA AGCTCGAGCT 840

ATGGGATCTC AAACAAATCG TGAATTCGCT AAAGACATCT ACGCTTTAGC TCAAAACCAA 900

AAGCAAATCC TTTCTAACGC TTCAAGTATC TTCAATCTCT TTAATTCCAT TCCTAAAGAC 960

CAACTTAAGT ATTTGGAGAA CGCTTACTTG AAAGTGCCAC ATTTGGGTAA AACCCCTACT 1020

AACCCTTACA GACAGAATGT GAATTTGAAT AAAGAAATTA ATGCGGTTCA AGACAATGTA 1080

GCTAATTATG GTAATCGTTT GGATTCGGCT TTAAGCGTGG CTAAAGATGT TTATAACCTA 1140

AAATCCAATC AYACAGAGAT CGTAACCACT TATAACGATG CTAAGAATTT GAGCGAAGAG 1200

ATTTCTAAAC TTCCCTATAA CCAAGTCAAT GTAACAAACA TCGTTATGTC GCCTAAAGAT 1260

TCTACAGCGG GCCAATACCA AATCAACCCA GAGCAGCAAT CCAATCTTAA CCAAGCTTTA 1320

GCGGCGATGA GCAATAACCC CTTTAAAAAA GTGGGCATGA TCAGCTCTCA AAACAATAAC 1380

GGCGCTTTGA ACGGGCTTGG CGTGCAAGTG GGTTATAAAC AATTCTTTGG CGAAAGCAAA 1440

AGATGGGGGT TAAGGTATTA TGGTTTCTTT GATTACAACC ACGGCTATAT CAAATCCAGC 1500

TTTTTTAATT CTTCTTCTGA TATATGGACT TATGGCGGTG GGAGCGATTT GTTAGTGAAT 1560

TTTATCAACG ATAGCATCAC AAGAAAGAAC AACAAGCTTT CTGTGGGTCT TTTTGGTGGT 1620

ATCCAACTAG CAGGGACTAC ATGGCTTAAT TCTCAATACA TGAATTTAAC AGCGTTCAAT 1680

AACCCTTACA GCGCGAAAGT CAATGCTTCC AATTTCCAAT TTTTGTTCAA TCTCGGCTTG 1740

AGGACGAATC TCGCTACAGC TAAGAAAAAA GACAGCGAAC GTTCCGCGCA ACATGGCGTT 1800

GAACTGGGCA TTAAAATCCC TACCATTAAC ACCAATTATT ATTCTTTTCT AGGCACTAAG 1860

CTAGAATACC GAAGGCTTTA TAGCGTGTAT CTCAATTATG TGTTTGCTTA TTAA 1914 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1297:

(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 668 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein • · • ·

408 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...668 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1297:

Met 1

Lys

Lys

Pro

Phe 5

Tyr

Ser

Leu

Ser

Leu 10

Ala

Ser

Ser

Leu

Leu 15

Asn

Ala

Glu

Asp

Asn

Gly

Phe

Phe

Ile

Ser

Ala

Gly

Tyr

Gin

Ile

Gly

Glu

20

25

30

Ala

Ala

Gin

Met

Val

Lys

Asn

Thr

Gly

Glu

Leu

Lys

Lys

Leu

Ser

Asp

35

40

45

Thr

Tyr

Glu

Asn

Leu

Ser

Asn

Leu

Leu

Thr

Asn

Phe

Asn

Asn

Leu

Asn

50

55

60

Gin

Ala

Val

Thr

Asn

Ala

Ser

Ser

Pro

Ser

Glu

Ile

Asn

Ala

Ala

Ile

65

70

75

80

Asp

Asn

Leu

Lys

Ala

Asn

Thr

Gin

Gly

Leu

Ile

Gly

Glu

Lys

Thr

Asn

85

90

95

Ser

Pro

Ala

Tyr

Gin

Ala

Val

Tyr

Leu

Ala

Leu

Asn

Ala

Ala

Val

Gly

100

105

110

Leu

Trp

Asn

Val

Ile

Ala

Tyr

Asn

Val

Gin

Cys

Gly

Pro

Gly

Asn

Ser

115

120

125

Gly

Gin

Gin

Ser

Val

Thr

Phe

Glu

Gly

Gin

Pro

Gly

His

Asn

Ser

Ser

130

135

140

Ser

Ile

Asn

Cys

Asn

Leu

Thr

Gly

Tyr

Asn

Asn

Gly

Val

Ser

Gly

Pro

145

150

155

160

Leu

Ser

Ile

Glu

Asn

Phe

Lys

Lys

Leu

Asn

Gin

Ala

Tyr

Gin

Thr

Ile

165

170

175

Gin

Gin

Ala

Leu

Lys

Gin

Asp

Ser

Gly

Phe

Pro

Val

Leu

Asp

Ser

Ala

180

185

190

Gly

Lys

Gin

Val

Thr

Ile

Thr

Ile

Thr

Thr

Gin

Thr

Asn

Gly

Ala

Asn

195

200

205

Lys

Ser

Glu

Thr

Thr

Thr

Thr

Thr

Thr

Thr

Thr

Asn

Asp

Ala

Gin

Thr

210

215

220

Leu

Leu

Gin

Glu

Ala

Ser

Lys

Met

Ile

Ser

Val

Leu

Thr

Thr

Asn

Cys

225

230

235

240

Pro

Trp

Val

Asn

His

Asn

Gin

Gly

Gin

Asn

Gly

Gly

Ala

Pro

Trp

Gly

245

250

255

Leu

Asp

Thr

Ala

Gly

Asn

Val

Cys

Gin

Val

Phe

Ala

Thr

Glu

Phe

Ser

260

265

270

Ala

Val

Thr

Ser

Met

Ile

Lys

Asn

Ala

Gin

Glu

Ile

Val

Thr

Gin

Ala

275

280

285

Gin

Ser

Leu

Asn

Gin

Gin

Asn

Asn

Gin

Asn

Ala

Pro

Gin

Asp

Phe

Asn

290

295

300

Pro

Tyr

Thr

Ser

Ala

Asp

Arg

Ala

Phe

Ala

Gin

Asn

Met

Leu

Asn

His

305

310

315

320

Ala

Gin

Ala

Gin

Ala

Lys

Ile

Leu

Glu

Leu

Ala

Asp

Gin

Met

Lys

Lys

325

330

335

Asp

Leu

Asn

Thr

Ile

Pro

Ser

Gin

Phe

Ile

Thr

Asn

Tyr

Leu

Ala

Ala

340

345

350

Cys

His

Asn

Gly

Gly

Gly

Thr

Leu

Pro

Asp

Ala

Gly

Val

Thr

Asn

Asn

355

360

365

Thr

Trp

Gly

Ala

Gly

Cys

Ala

Tyr

Val

Glu

Glu

Thr

Ile

Thr

Ala

Leu

370

375

380

Asn

Asn

Ser

Leu

Ala

His

Phe

Gly

Thr

Gin

Ala

Glu

Gin

Ile

Lys

Gin

385

390

395

400

• ·

409

Ser

Glu

Leu

Leu

Ala 405

Arg

Thr

Ile

Leu

Asp 410

Phe

Arg

Gly

Ser

Leu 415

Ser

Asn

Leu

Asr.

Asn

Thr

Tyr

Asn

Ser

Ile

Thr

Thr

Thr

Ala

Ser

Asn

Thr

420

425

430

Pro

Asn

Ser

Pro

Phe

Leu

Lys

Asn

Leu

Ile

Ser

Gin

Ser

Thr

Asn

Pro

435

440

445

Asn

Asn

Prc

Gly

Gly

Leu

Gin

Ala

Val

Tyr

Gin

Val

Asn

Gin

Ser

Ala

450

455

460

Tyr

Ser

Gin

Leu

Leu

Ser

Ala

Thr

Gin

Glu

Leu

Gly

His

Asn

Pro

Phe

465

470

475

480

Arg

Arg

Val

Gly

Leu

Ile

Ser

Ser

Gin

Thr

Asn

Asn

Gly

Ala

Met

Asn

485

490

495

Gly

Ile

Gly

Val

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Glu

Lys

Arg

500

505

510

Arg

Trp

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Asp

Tyr

Asn

His

Ala

Tyr

515

520

525

Ile

Lys

Ser

Ser

Phe

Phe

Asn

Ser

Ala

Ser

Asp

Val

Phe

Thr

Tyr

Gly

530

535

540

Val

Gly

Thr

Asp

Val

Leu

Tyr

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp

Lys

Thr

Thr

Lys

545

550

555

560

Asn

Ser

Lys

Ile

Ser

Phe

Gly

Val

Phe

Gly

Gly

Ile

Ala

Leu

Ala

Gly

565

570

575

Thr

Ser

Trp

Leu

Asn

Ser

Gin

Tyr

Val

Asn

Leu

Ala

Thr

Phe

Asn

Asn

580

585

590

Phe

Tyr

Ser

Ala

Lys

Met

Asn

Val

Ala

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

595

600

605

Leu

Gly

Leu

Arg

Met

Asn

Leu

Ala

Lys

Asn

Lys

Lys

Lys

Ala

Ser

Asp

610

615

620

His

Ala

Ala

Gin

His

Gly

Val

Glu

Leu

Gly

Val

Lys

Ile

Pro

Thr

Ile

625

630

635

640

Asn

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Leu

Leu

Gly

Thr

Gin

Leu

Gin

Tyr

Arg

Arg

645

650

655

Leu

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

660

665

(2)

INFORMAC

:E PRO SEQ ID NO:

:1298:

(i)

CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:

(A) DÉLKA:

: 637

' aminokyselin

(3) TYP: aminokyselina

	(D) TOPOLOGIE:	lineární
	(ii) DRUH MOLEKULY:	protein
	(iii) HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANIZMUS	: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
	(A) NÁZEV/KLÍČ	d různé znaky
	(5) POZICE 1..	. 637
	(xi) POPIS SEKVENCE:	SEQ ID NO:1298:
Met	Lys Arg Gin Phe Tyr	Ser Leu Ser Leu Ser Leu Ala Ser Ser Leu
1	5	10 15
Leu	His Ala Glu Asp Asn	Gly Phe Phe Val Ser Ala Gly Tyr Gin Ile
	20	25 30
Gly	Glu Ala Val Gin Met	Val Lys Asn Thr Gly Glu Leu Lys Asn Leu
	35	40 45
Asn	Asp Lys Tyr Glu Gin	Leu Ser Gin Ser Leu Ala Gin Leu Ala Ser

*· ·· • · · * « « « » · · • · · • ·* · ·► ·· ·· • « · · « · ·· • · · · • · · ·· Μ

41Θ

50

55

60

Leu

Lys

Lys

Ser

Ile

Gin

Thr

Ala

Asn

Asn

Ile

Gin

Ala

Val

Asn

Asn

65

70

75

80

Ala

Leu

Ser

Asp

Leu

Lys

Ser

Phe

Ala

Ser

Asn

Asn

His

Thr

Asn

Lys

85

90

95

Glu

Thr

Ser

Pro

Ile

Tyr

Asn

Thr

Ala

Gin

Ala

Val

Ile

Thr

Ser

Val

100

105

110

Leu

Ala

Phe

Trp

Ser

Leu

Tyr

Ala

Gly

Asn

Ala

Leu

Ser

Phe

His

Val

115

120

125

Thr

Gly

Leu

Asn

Asp

Gly

Ser

Asn

Ser

Pro

Leu

Gly

Arg

Ile

His

Arg

130

135

140

Asp

Gly

Asn

Cys

Thr

Gly

Leu

Gin

Gin

Cys

Phe

Met

Ser

Lys

Glu

Thr

145

150

155

160

Tyr

Asp

Lys

Met

Lys

Thr

Leu

Ala

Glu

Asn

Leu

Gin

Lys

Ala

Gin

Gly

165

170

175

Asn

Leu

Cys

Ala

Leu

Ser

Glu

Cys

Ser

Ser

Asn

Gin

Ser

Asn

Gly

Gly

180

185

190

Lys

Thr

Ser

Met

Thr

Thr

Ala

Leu

Gin

Thr

Ala

Gin

Gin

Leu

Met

Asp

195

200

205

Leu

Ile

Glu

Gin

Thr

Lys

Val

Ser

Met

Val

Trp

Lys

Asn

Ile

Val

Ile

210

215

220

Ala

Gly

Val

Thr

Asn

Lys

Pro

Asn

Gly

Ala

Gly

Ala

Ile

Thr

Ser

Thr

225

230

235

240

Gly

His

Val

Thr

Asp

Tyr

Ala

Val

Phe

Asn

Asn

Ile

Lys

Ala

Met

Leu

245

250

255

Pro

Ile

Leu

Gin

Gin

Ala

Leu

Thr

Leu

Ser

Gin

Ser

Asn

His

Thr

Leu

260

265

270

Ser

Thr

Gin

Leu

Gin

Ala

Arg

Ala

Met

Gly

Ser

Gin

Thr

Asn

Arg

Glu

275

280

285

Phe

Ala

Lys

Asp

Ile

Tyr

Ala

Leu

Ala

Gin

Asn

Gin

Lys

Gin

Ile

Leu

290

295

300

Ser

Asn

Ala

Ser

Ser

Ile

Phe

Asn

Leu

Phe

Asn

Ser

Ile

Pro

Lys

Asp

305

310

315

320

Gin

Leu

Lys

Tyr

Leu

Glu

Asn

Ala

Tyr

Leu

Lys

Val

Pro

His

Leu

Gly

325

330

335

Lys

Thr

Pro

Thr

Asn

Pro

Tyr

Arg

Gin

Asn

Val

Asn

Leu

Asn

Lys

Glu

340

345

350

Ile

Asn

Ala

Val

Gin

Asp

Asn

Val

Ala

Asn

Tyr

Gly

Asn

Arg

Leu

Asp

355

360

365

Ser

Ala

Leu

Ser

Val

Ala

Lys

Asp

Val

Tyr

Asn

Leu

Lys

Ser

Asn

Gin

370

375

380

Thr

Glu

Ile

Val

Thr

Thr

Tyr

Asn

Asp

Ala

Lys

Asn

Leu

Ser

Glu

Glu

385

390

395

400

Ile

Ser

Lys

Leu

Pro

Tyr

Asn

Gin

Val

Asn

Val

Thr

Asn

Ile

Val

Met

405

410

415

Ser

Pro

Lys

Asp

Ser

Thr

Ala

Gly

Gin

Tyr

Gin

Ile

Asn

Pro

Glu

Gin

420

425

430

Gin

Ser

Asn

Leu

Asn

Gin

Ala

Leu

Ala

Ala

Met

Ser

Asn

Asn

Pro

Phe

435

440

445

Lys

Lys

Val

Gly

Met

Ile

Ser

Ser

Gin

Asn

Asn

Asn

Gly

Ala

Leu

Asn

450

455

460

Gly

Leu

Gly

Val

Gin

Val

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Phe

Gly

Glu

Ser

Lys

465

470

475

480

Arg

Trp

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr

Gly

Phe

Phe

Asp

Tyr

Asn

His

Gly

Tyr

485

490

495

Ile

Lys

Ser

Ser

Phe

Phe

Asn

Ser

Ser

Ser

Asp

Ile

Trp

Thr

Tyr

Gly

500

505

510

Gly

Gly

Ser

Asp

Leu

Leu

Val

Asn

Phe

Ile

Asn

Asp

Ser

Ile

Thr

Arg

515

520

525

Lys

Asn

Asn

Lys

Leu

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

Gly

Gly

Ile

Gin

Leu

Ala

530

535

540

Gly

Thr

Thr

Trp

Leu

Asn

Ser

Gin

Tyr

Met

Asn

Leu

Thr

Ala

Phe

Asn

414 ·· • · ' ··<

···· ··

·· ·· • · · · • · ·· • ··· · · • · · ·· »·

545

550

555

560

Asn

Pro

Tyr

Ser

Ala

Lys

Val

Asn

Ala

Ser

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

565

570

575

Asn

Leu

Gly

Leu

Arg

Thr

Asn

Leu

Ala

Thr

Ala

Lys

Lys

Lys

Asp

Ser

580

585

590

Glu

Arg

Ser

Ala

Gin

His

Gly

Val

Glu

Leu

Gly

Ile

Lys

Ile

Pro

Thr

595

600

605

Ile

Asn

Thr

Asn

Tyr

Tyr

Ser

Phe

Leu

Gly

Thr

Lys

Leu

Glu

Tyr

Arg

610

615

620

Arg

Leu

Tyr

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn

Tyr

Val

Phe

Ala

Tyr

625

630

635

WL

Claims (103)

1. PATENTOVÉ NÁROKY

   1. Izolovaná nukleová kyselina, která obsahuje nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori vybraný ze skupiny, jenž zahrnuje SEQ ID NO: 496, SEQ ID NO: 501, SEQ ID NO: 514, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 550, SEQ ID NO: 553, SEQ ID NO: 564, SEQ ID NO: 568, SEQ ID NO: 586, SEQ ID NO:

   588, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO:' 602, SEQ ID NO: 606, SEQ ID NO: 614, SEQ ID NO: 621, SEQ ID NO: 632, SEQ ID NO: 636, SEQ ID NO: 652, SEQ ID NO: 654, SEQ ID NO: 655, SEQ ID NO: 660, SEQ ID NO: 664, SEQ ID NO: 670, SEQ ID NO: 675, SEQ ID NO:

   676, SEQ ID NO: 678, SEQ ID NO: 679, SEQ ID NO: 683, SEQ ID NO: 690, SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 706, SEQ ID NO: 707, SEQ ID NO: 708, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 713, SEQ ID NO: 714, SEQ ID NO: 715, SEQ ID NO: 716, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO:

   817, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 821, SEQ ID NO: 822, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 880, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO:

   924, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO: 942, SEQ ID NO: 943, SEQ

   ID NO: 945, SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO; : 1077, SEQ ID NO : 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298.
2. 2. Rekombinantí expresivní vektor, vyznačuj ící se tím, že obsahuje nukleovou kyselinu podle nároku 1, která je operabilně spojena s elementem, který reguluje transkripci.
3. 3. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombinantí expresivní vektor podle nároku 2.
4. 4. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, v y značující setím,že zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 3 za podmínek, které dovolují expresi polypeptidů.
5. 5. Sonda, vyznačující se tím, že obsahuje nejméně 8 nukleotidů nukleotidové sekvence vybrané ze skupiny, která zahrnuje SEQ ID NO: 5, SEQ ID ID NO: 23, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID ID NO: 73, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 95, SEQ ID ID NO: 107, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 115, SEQ SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 145, 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: NO: 173, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 184, SEQ ID ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 192, SEQ SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID ID NO: 225, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 251, SEQ SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 267, 282, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353,

   NO: 10, SEQ NO: 62, SEQ NO: 97, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 169 , SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 220 , SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 311 , SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO:

   • ·

   364, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 399, SEQ ID

   NO: 412, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 433, SEQ

   ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448,

   SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO:

   454, SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 467, SEQ ID

   NO: 469, SEQ ID NO: 984, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 995, SEQ

   ID NO: 996, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 999, SEQ ID NO: 1009,

   SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1029, ID NO: 1031, ID NO: 1032, ID NO: 1294, ID NO: 1295 nebo její komplement.
6. 6. Izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci, která má délku nejméně 8 nukleotidů, kde sekvence je schopna hybridizovat s nukleovou kyselinou, jenž má nukleotidovou sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID

   NO: 5, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO : 73, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO : 107, SEQ ID NC >: 111, SEQ ID NO: 115 , SEQ ID NO : 123, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO:

   184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO:

   • · • ·

   425, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID

   NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 451, SEQ

   ID NO: 452, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 465,

   SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 984, SEQ ID NO:

   989, SEQ ID NO: 995, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 998, SEQ ID

   NO: 999, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1029, ID NO: 1031, ID NO: 1032, ID NO: 1294, ID NO: 1295 nebo její komplement.
7. 7. Vakcinační kompozice vhodná pro prevenci nebo léčbu infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství izolované nukleové kyseliny zahrnující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, přičemž uvedená nukleová kyselina obsahuje nukleotidovou sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 10,

   SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO : 73, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO : 107, SEQ ID NO : 111, SEQ ID NO : 115, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 145, SEQ ID

   NO: 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 399, SEQ • · » · · · ·· • * · · » · w <

   » · · · • · · · 1 • · ·· ··

   ID NO: 412 , SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 455 ., SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 469 , SEQ ID NO: 984, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 995, SEQ ID NO: 9 9 6, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 999, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1029, ID NO: 1031, ID NO: : 1032, ID NO: 1294 a ID NO: 1295 1 .
8. 8. Vakcinační kompozici podle nároku 7, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
9. 9. Vakcinační kompozici podle nároku 8, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
10. 10. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 7 jedinci tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
11. 11. Způsob podle nároku 10, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
12. 12. Způsob podle nároku 10, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
13. 13. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ícíse tím, že zahrnuje (a) kontakt vzorku se sondou podle nároku 5 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a • · • · · (b) detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), přičemž detekce hybridu indikuje ve vzorku přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter.
14. 14. Rekombinantí nebo v podstatě čistý přípravek polypeptidů bakterie H. pylori, vyznačující se tím, že zahrnuje SEQ ID NO: 496, SEQ ID NO: 501, SEQ ID NO: 514, SEQ ID NO: 547, SEQ ID

    NO: 550, SEQ ID NO: 553, SEQ ID NO: 564, SEQ ID NO: 568, SEQ

    ID NO: 586, SEQ ID NO: 588, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 602, SEQ ID NO: 606, SEQ ID NO: 614, SEQ ID NO: 621, SEQ ID NO: 632, SEQ ID NO: 636, SEQ ID NO: 652, SEQ ID NO: 654, SEQ ID

    NO: 655, SEQ ID NO: 660, SEQ ID NO: 664, SEQ ID NO: 670, SEQ

    ID NO: 675, SEQ ID NO: 676, SEQ ID NO: 678, SEQ ID NO: 679, SEQ ID NO: 683, SEQ ID NO: 690, SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 706, SEQ ID NO: 707, SEQ ID NO: 708, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 713, SEQ ID NO: 714, SEQ ID NO: 715, SEQ ID NO: 716, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 821, SEQ ID NO: 822, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO:

    843, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 880, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO:

    942, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ

    ID NO: : 1043, SEQ ID NO: 1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: : 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298.

    ·· · · • · · • · ·»
15. 15. Vakcinační kompozice vhodná pro prevenci nebo léčbu infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství čištěného polypeptidu bakterie H. pylori nebo jeho fragment, přičemž uvedený polypeptid bakterie H. pylori se vybral ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 496, SEQ ID NO: 501, SEQ ID NO: 514, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 550, SEQ ID NO: 553, SEQ ID NO: 564, SEQ ID NO: 568, SEQ ID NO: 586, SEQ ID NO: 588, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 602, SEQ ID NO: 606, SEQ ID NO: 614, SEQ ID NO: 621, SEQ ID NO: 632, SEQ ID NO: 636, SEQ ID NO: 652, SEQ ID NO: 654, SEQ ID NO: 655, SEQ ID NO: 660, SEQ ID NO: 664, SEQ ID NO: 670, SEQ ID NO: 675, SEQ ID NO: 676, SEQ ID NO: 678, SEQ ID NO: 679, SEQ ID NO: 683, SEQ ID NO: 690, SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 706, SEQ ID NO: 707, SEQ ID NO: 708, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 713, SEQ ID NO: 714, SEQ ID NO: 715, SEQ ID NO: 716, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 821, SEQ ID NO: 822, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 880, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ

    ID NO: 940, SEQ ID NO: 942, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO : 1049, SEQ

    ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298.
16. 16. Vakcinační kompozice podle nároku 15, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
17. 17. Vakcinační kompozice podle nároku 16, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
18. 18. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 15 jedinci tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
19. 19. Způsob podle nároku 18, kde ošetření je profylaktické ošetření.
20. 20. Způsob podle nároku 18, kde ošetření je terapeutické ošetření.
21. 21. Izolovaná nukleová kyselina zahrnuje nukleotidovou sekvenci kódující obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, přičemž uvedená nukleové kyselina se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO:

    469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ

    ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.
22. 22. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 21, kde uvedený buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO:

    465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325,

    SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO:

    447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.
23. 23. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 22, kde uvedený polypeptid vnější buněčné membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který má terminální fenylalaninový zbytek, nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID

    NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ

    ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449,

    SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO:

    1029 a SEQ ID NO: 1032.
24. 24. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 22, kde uvedený polypeptid vnější buněčné membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který má C-terminální tyrozinový klastr, nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294 a SEQ ID NO: 1295.
25. 25. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 22, kde uvedený polypeptid vnější buněčné membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který má terminální fenylalaninový zbytek a C-terminální tyrozinový klastr, nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO:

    325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027 a SEQ ID NO: 1031.
26. 26. Rekombinantí expresivní vektor, vyznačující se tím, že obsahuje nukleovou kyselinu podle nároku 21 operabilně spojenou s elementem, který reguluje transkripci.
27. 27. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombinantí expresivní vektor podle nároku 26.
28. 28. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, v y značuj ícísetím, že který zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 27 za podmínek, které umožňují expresi polypeptidů.

    • · • ·
29. 29. Izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci, která kóduje polypeptid vylučovaný bakterií H. pylori nebo jeho fragment, zahrnuje nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 451.
30. 30. Rekombinantí expresivní vektor,v yznačuj ící se tím, že zahrnuje nukleovou kyselinu podle nároku 29 operabilně spojenou s elementem, který reguluje transkripci.
31. 31. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombinantí expresivní vektor podle nároku 30.
32. 32. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, vyznačující se tím, že zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 31 za podmínek, jenž umožňují expresi polypeptidů.
33. 33. Izolovaná nukleová kyselina, která obsahuje nukleotidovou sekvenci kódující cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 318,

    SEQ ID NO: 330 a SEQ ID NO: 995.
34. 34. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 33, kde uvedený cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který se podílí na metabolizmu kofaktoru, nebo jeho fragment a je kódován nukleovou kyselinou zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 455.
35. 35. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 33, kde uvedený cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který se • · podílí na metabolizmu lipidů, nebo jeho fragment a je kódovaný nukleovou kyselinou obsahující nukleotídovou sekvenci SEQ ID NO; 351.
36. 36. Rekombinantí expresivní vektor, vyznačuj Ιοί se tím, že obsahuje nukleovou kyselinu podle nároku 33 operabilně spojenou s elementem, který reguluje transkripci.
37. 37. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombinantí expresivní vektor podle nároku 36.
38. 38. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, vyznačující se tím, že zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 37 za podmínek, jenž umožňují expresi polypeptidů.
39. 39. Izolovaná nukleová kyselina, která zahrnuje nukleotídovou sekvenci kódující buněčný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282 a SEQ ID NO: 984.
40. 40. Rekombinantní expresivní vektor, vyznačuj í cí se tím, že nukleová kyselina podle nároku 39 je operabilně spojena s elementem, který reguluje transkripci.
41. 41. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombianntí expresivní vektor podle nároku 40.
42. 42. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, vyznačující se tím zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 41 za podmínek, jenž umožňují expresi polypeptidů.

    » i « ·· · ·
43. 43. Vakcinační kompozice určená pro prevenci nebo léčbu infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství nukleové kyseliny podle nároku 21.
44. 44. Vakcinační kompozice podle nároku 43, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
45. 45. Vakcinační kompozice podle nároku 44, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
46. 46. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 43 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
47. 47. Způsob podle nároku 46, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
48. 48. Způsob podle nároku 46, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
49. 49. Vakcinační kompozice vhodná k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství nukleové kyseliny podle nároku 29.
50. 50. Vakcinační kompozici podle nároku 49, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.

    • · · ♦ · · 4 ··
51. 51. Vakcinační kompozici podle nároku 50, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
52. 52. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 49 jedinci tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
53. 53. Způsob podle nároku 52, kde ošetření je profylaktické ošetření.
54. 54. Způsob podle nároku 52, kde ošetření je terapeutické ošetření.
55. 55. Vakcinační kompozice vhodná k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství nukleové kyseliny podle nároku 33.
56. 56. Vakcinační kompozici podle nároku 55, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
57. 57. Vakcinační kompozici podle nároku 56, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
58. 58. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 55 jedinci tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
59. 59. Způsob podle nároku 58, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
60. 60. Způsob podle nároku 58, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
61. 61. Vakcinační kompozice určená k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství nukleové kyseliny podle nároku 39.
62. 62. Vakcinační kompozice podle nároku 61, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
63. 63. Vakcinační kompozice podle nároku 62, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
64. 64. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 61 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
65. 65. Způsob podle nároku 64, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
66. 66. Způsob podle nároku 64, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
67. 67. Čištěný buněčný obalový polypeptid bakterie H.

    pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802,

    SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO:

    855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 940, SEQ ID

    NO: 943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083, • ·

    SEQ ID NO o 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID ' NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297, SEQ ID NO : 1298, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO : 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO : 745, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 880 a SEQ ID NO: 909. 68. Čištěný polypeptid podle nároku 67 , kde uvedený

    buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny, která zahrnuje SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO:

    943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297, SEQ ID NO: 1298, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO:

    1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 843 s SEQ ID NO: 880.
68. 69. Čištěný polypeptid podle nároku 68, kde uvedený polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori s terminálním fenylalaninovým zbytkem nebo jeho fragment a je vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ··· ·

    ID NO: 940, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083 a SEQ ID NO: 1086.
69. 70. Čištěný polypeptid podle nároku 68, kde uvedený polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori s C-terminálním tyrozinovým klastrem nebo jeho fragment a je vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298.
70. 71. Čištěný polypeptid podle nároku 68, kde uvedený polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori s terminálním fenylalaninovým zbytkem a s C-terminálním tyrozinovým klastrem nebo jeho fragment a je vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916,

    SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081 a SEQ ID NO: 1085.
71. 72. Čištěný buněčný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragmenc vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 808 a SEQ ID NO: 1038.
72. 73. Čištěný polypeptid vylučovaný bakterií H. pylori nebo jeho fragment obsahující aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 942.
73. 74. Čištěný cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je vybrán ze skupiny obsahující SEQ

    ID NO: 946, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 821 a SEQ ID NO: 1049.
74. 75. Čištěný polypeptid podle nároku 74, kde uvedený cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který se podílí na metabolizmu kofaktoru, nebo jeho fragment a obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 946.
75. 76. Čištěný polypeptid podle nároku 74, kde uvedený cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který se podílí na metabolizmu lipidů, nebo jeho fragment a obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 842.
76. 77. Vakcinační kompozice určená pro prevenci nebo léčbu infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství polypeptidů bakterie H. pylori podle nároku 67.
77. 78. Vakcinační kompozice podle nároku 77, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
78. 79. Vakcinační kompozice podle nároku 78, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
79. 80. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 77 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.

    • «a a a a a·a a a a a a aa aa ··
80. 81. Způsob podle nároku 80, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
81. 82. Způsob podle nároku 80, kde ošetření je terapeutickými ošetřením.
82. 83. Vakcinační kompozice určená k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství polypeptidů bakterie H. pylori podle nároku 72.
83. 84. Vakcinační kompozice podle nároku 83, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
84. 85. Vakcinační kompozice podle nároku 84, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
85. 86. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 83 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
86. 87. Způsob podle nároku 86, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
87. 88. Způsob podle nároku 86, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
88. 89. Vakcinační kompozice určená k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství polypeptidů bakterie H. pylori podle nároku 73.

    ·« ·· * ·· ·· ·· • · « ♦ · · · · · · · • *·· · · · · · ·· • · ·· · · · · · · · · · • · · «·* · · · ·«·· ·· ··· ·· ·· ··
89. 90. Vakcinační kompozice podle nároku 89, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
90. 91. Vakcinační kompozice podle nároku 90, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
91. 92. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 89 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
92. 93. Způsob podle nároku 92, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
93. 94. Způsob podle nároku 92, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
94. 95. Vakcinační kompozice určená k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství polypeptidů bakterie H. pylori podle nároku 74.
95. 96. Vakcinační kompozice podle nároku 95, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
96. 97. Vakcinační kompozice podle nároku 96, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.

    ·· ·· · ·· • · · ·· 4 · • ··« · · · • · · · · · · • · · · · · • *· · »· ··· ··
97. 98. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 95 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
98. 99. Způsob podle nároku 98, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
99. 100. Způsob podle nároku 98, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
100. 101. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ící se t i m že dochází (a) ke kontaktu vzorku s nukleovou kyselinou podle nároku 21 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a (b) k detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), a detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku.
101. 102. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ící se tím, že dochází (a) ke kontaktu vzorku s nukleovou kyselinou podle nároku 29 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a (b) k detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), a detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku.

     ·· • · ·· • · • · ·· ·· ·« • · · • ··· • · · • · · ···· ··
102. 103. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ícíse tím, že dochází (a) ke kontaktu vzorku s nukleovou kyselinou podle nároku 33 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a (b) k detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), a detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku.
103. 104. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ícíse tím, že dochází (a) ke kontaktu vzorku s nukleovou kyselinou podle nároku 39 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a (b) k detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), a detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku.