DK2491385T3 - Proximitetsmedierede assays til detektering af oncogene fusionsproteiner - Google Patents

Proximitetsmedierede assays til detektering af oncogene fusionsproteiner Download PDF

Info

Publication number
DK2491385T3
DK2491385T3 DK10769132.1T DK10769132T DK2491385T3 DK 2491385 T3 DK2491385 T3 DK 2491385T3 DK 10769132 T DK10769132 T DK 10769132T DK 2491385 T3 DK2491385 T3 DK 2491385T3
Authority
DK
Denmark
Prior art keywords
bcr
fusion protein
abl
oncogenic fusion
activation
Prior art date
Application number
DK10769132.1T
Other languages
English (en)
Inventor
Sharat Singh
Xinjun Liu
Original Assignee
Diatech Holdings Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Diatech Holdings Inc filed Critical Diatech Holdings Inc
Application granted granted Critical
Publication of DK2491385T3 publication Critical patent/DK2491385T3/da

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57505—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer of the blood, e.g. leukaemia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5011—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing antineoplastic activity
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving oncogenic proteins
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/56—Staging of a disease; Further complications associated with the disease

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Claims (26)

1. Fremgangsmåde til bestemmelse af niveauet eller aktiveringstilstanden af et oncogent fusionsprotein, hvilken fremgangsmåde omfatter: (a) fremstilling af et cellulært ekstrakt, der omfatter et ekstrakt af celler isoleret fra en prøve, hvor de isolerede celler ikke vaskes før lysis for at fremstille det cellulære ekstrakt; (b) etablering af kontakt mellem et cellulært ekstrakt og en første bindingsdel, der er specifik for et første domæne af et første fuldlængdeprotein, under forhold, der er egnede til at transformere det første fuldlængdeprotein, der er til stede i det cellulære ekstrakt, til et kompleks, der omfatter det første fuldlængdeprotein, og den første bindingsdel, hvor det første domæne af det første fuldlængdeprotein er fraværende fra et tilsvarende oncogent fusionsprotein, der omfatter et andet, forskelligt domæne af det første fuldlængdeprotein fusioneret til et første domæne af et andet, forskelligt fuldlængdeprotein; (c) fjernelse af komplekset fra trin (b) fra det cellulære ekstrakt for at danne et cellulært ekstrakt, der er fri for det første fuldlængdeprotein; (d) etablering af kontakt mellem det cellulære ekstrakt fra trin (c) og en anden bindingsdel, en tredje bindingsdel og en fjerde bindingsdel under forhold, der er egnede til at transformere det oncogene fusionsprotein, der er til stede i det cellulære ekstrakt, til et kompleks, der omfatter det oncogene fusionsprotein og den anden, tredje og fjerde bindingsdel; hvor den anden bindingsdel er specifik for det andet, forskellige domæne af det første fuldlængdeprotein, hvor den anden bindingsdel fastholdes på en fast bærer i et adresserbart array, hvor den tredje bindingsdel mærkes med en glucoseoxidase og er specifik for ét af følgende: (i) det første domæne af det andet, forskellige fuldlængdeprotein; (ii) det andet, forskellige domæne af det første fuldlængdeprotein; eller (iii) fusionsstedet mellem det andet, forskellige domæne af det første fuldlængdeprotein og det første domæne af det andet, forskellige fuldlængdeprotein, hvor den fjerde bindingsdel mærkes med et første element af et signalforstærkningspar og er specifik for det første domæne af det andet, forskellige fuldlængdeprotein, og hvor glucoseoxidasen genererer et oxiderende middel, der kanaliseres til og omsættes med det første element af signalforstærkningsparret; (e) inkubation af komplekset fra trin (d) med et andet bindingselement af signalforstærkningsparret for at generere et forstærket signal; og (f) detektering af det forstærkede signal genereret fra det første og det andet element af signalforstærkningsparret, hvorved niveauet eller aktiveringstilstanden af det oncogene fusionsprotein bestemmes.
2. Fremgangsmåde ifølge krav 1, hvor prøven er udvalgt fra gruppen bestående af fuldblod, semm, plasma, urin, sputum, fluid fra bronkialvask, tårer, brystvorteaspirat, lymfe, spyt, finnåls aspirat (FNA) og kombinationer deraf.
3. Fremgangsmåde ifølge krav 2, hvor prøven opnås fra en patient med cancer.
4. Fremgangsmåde ifølge krav 3, hvor canceren er forårsaget af dannelsen af et oncogent fusionsprotein på grund af en kromosomal translokation i cancercellerne, og hvor canceren eventuelt er en hæmatologiske malignitet, et osteogent sarkom, eller blødvævssarkom, og hvor den hæmatologiske malignitet eventuelt er en leukæmi, såsom en kronisk myeloid leukæmi (CML) eller lymfom.
5. Fremgangsmåde ifølge krav 2, hvor: (i) de isolerede celler er udvalgt fra gruppen bestående af cirkulerende tumorceller, leukocytter og kombinationer deraf; eller (ii) de isolerede celler stimuleres in vitro med vækstfaktorer.
6. Fremgangsmåde ifølge krav 5(ii), hvor: (i) de isolerede celler inkuberes med et anticancerlægemiddel før vækstfaktorstimulering; eller (ii) de isolerede celler lyseres efter vækstfaktorstimulering for at producere det cellulære ekstrakt.
7. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 4, hvor det oncogene fusionsprotein er udvalgt fra gruppen bestående af BCR-ABL, DEK-CAN, E2A-PBX1, RARa-PML, 1REL-URG, CBF/3-MYH11, AML1-MTG8, EWS-FLI, LYT-10-Cc, HRX-ENL, HRX-AF4, NPM-ALK, IGH-MYC, RUNX1-ETO, TEL- TRKC, TEL-AML1, MLL-AF4, TCR-RBTN2, C0L1A1-PDGF, E2A-HFF, PAX3-FKHR, ETV6-NTRK3, RET-PTC, TMRSS-ERG, TPR-MET og kombinationer deraf.
8. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 7, hvor det oncogene fusionsprotein er BCR-ABE, og eventuelt: hvor det første fuldlængdeprotein er BCR, eller hvor det første domæne af det første fuldlængdeprotein omfatter den carboxyl-terminale region af BCR (BCR-C), hvor det andet, forskellige domæne af det første fuldlængdeprotein omfatter den amino-terminale region af BCR (BCR-N), eller hvor det andet, forskellige fuldlængdeprotein er ABL, eller hvor det første domæne af det andet, forskellige fuldlængdeprotein omfatter den carboxyl-terminale region af ABE (ABL-C), eller hvor det første fuldlængdeprotein er ABL, eller hvor det andet, forskellige fuldlængdeprotein er BCR.
9. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 8, hvor aktiveringstilstanden er udvalgt fra gruppen bestående af en phosphoryleringstilstand, ubiquitineringstilstand, komplekseringstilstand og kombinationer deraf, eller som endvidere omfatter bestemmelse af niveauet eller aktiveringstilstanden af ét eller flere signaltransduktionsmolekyler, hvor ét eller flere signaltransduktionsmolekyler eventuelt er et BCR-ABL-substrat, hvor BCR-ABL-substratet eventuelt er udvalgt fra gruppen bestående af CRKL, JAK2, STAT5, VAV, BAP-1 og kombinationer deraf.
10. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 9, hvor: (i) den første bindingsdel omfatter et første antistof, hvor det første antistof eventuelt er bundet til en fast bærer, hvor den faste bærer eventuelt er udvalgt fra gmppen bestående af glas, plast, spænder, stifter, filtre, kugler, papir, membran, fiberbundter og kombinationer deraf; eller (ii) den anden bindingsdel omfatter et andet antistof, hvilket andet antistof eventuelt er bundet til en fast bærer.
11. Fremgangsmåde ifølge krav 1, hvor det cellulære ekstrakt fra trin (c) bringes i kontakt med en fortyndingsserie af den anden bindingsdel for at danne en flerhed af komplekser, der omfatter det oncogene fusionsprotein og den anden bindingsdel.
12. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 11, hvor den tredje og den fjerde bindingsdel omfatter henholdsvis tredje og fjerde antistoffer.
13. Fremgangsmåde ifølge krav 12, hvor: (i) det tredje og fjerde antistof begge er aktiveringstilstandsuafhængige antistoffer, og eventuelt hvor det forstærkede signal genereret fra det første og det andet element af signalforstærkningsparret er korrelativt til den totale mængde af det oncogene fusionsprotein; eller (ii) det tredje antistof er et aktiveringstilstandsuafhængigt antistof og det fjerde antistof er et aktiveringstilstandsafhængigt antistof, hvor det forstærkede signal genereret fra det første og det andet element of signalforstærkningsparret eventuelt er korrelativt til mængden af aktiveret oncogent fusionsprotein.
14. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 13, hvor den tredje bindingsdel direkte mærkes med glucoseoxidasen, eller hvor den fjerde bindingsdel direkte mærkes med det første element af signalforstærkningsparret, eller hvor den fjerde bindingsdel mærkes med det første element af signalforstærkningsparret via binding mellem et første element af et bindingspar konjugeret til det andet detection antistof og et andet bindingselement af bindingsparret til det første element af signalforstærkningsparret.
15. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 14, der endvidere omfatter: (g) etablering af kontakt mellem det cellulære ekstrakt og en femte bindingsdel, der er specifik for ct andet domæne af det andet, forskellige fuldlængdcprotcin under forhold, der er egnede til at transformere det andet, forskellige fuldlængdeprotein, der er til stede i det cellulære ekstrakt, til et kompleks, der omfatter det andet, forskellige fuldlængdeprotein og den femte bindingsdel, hvor det andet domæne af det andet, forskellige fuldlængdeprotein er fraværende fra det oncogene fusionsprotein; og (h) fjernelse af komplekset fra trin (g) fra det cellulære ekstrakt for at danne et cellulært ekstrakt fri for det andet, forskellige fuldlængdeprotein, hvor trin (g) udføres før, under eller efter trin (b), og hvor den femte bindingsdel eventuelt omfatter et femte antistof, hvor det femte antistof eventuelt er bundet til en fast bærer, hvor den faste bærer eventuelt er udvalgt fra gruppen bestående af glas, plast, spænder, stifter, filtre, kugler, papir, membran, fiberbundter og kombinationer deraf.
16. Fremgangsmåde til optimering af terapi og/eller reduktion af toksicitet hos en person, der har cancer og modtager et terapiforløb for behandlingen af cancer, hvilken fremgangsmåde omfatter: (a) lysis af isolerede cancerceller fra en person efter administration af et anticancerlægemiddel for at fremstille et cellulært ekstrakt, hvor de isolerede cancerceller ikke vaskes før lysis; (b) måling af et niveau af ekspression og/eller aktivering af et oncogent fusionsprotein i det cellulære ekstrakt i henhold til fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 15; og (c) sammenligning af det målte niveau af ekspression og/eller aktivering af det oncogene fusionsprotein med et niveau af ekspression og/eller aktivering af det oncogene fusionsprotein målt på et tidligere tidspunkt under terapiforløbet; og (d) bestemmelse af en efterfølgende dosis for terapiforløbet for personen eller af, om et andet terapiforløb skal administreres til personen baseret på sammenligningen fra trin (c).
17. Fremgangsmåde ifølge krav 16, hvor det oncogene fusionsprotein er BCR-ABL, eller hvor personen er bestemt til at have cancerceller, der udtrykker det oncogene fusionsprotein, før modtagelse af terapiforløbet, hvor personen eventuelt cr positiv for BCR- ABL.
18. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 16 eller 17, hvor både niveauet af ekspression og niveauet af aktivering af det oncogene fusionsprotein måles i det cellulære ekstrakt, hvor trin (b) eventuelt endvidere omfatter beregning af et forhold mellem aktiverede og totale oncogene fusionsproteinniveauer, hvor trin (c) eventuelt omfatter sammenligning af det beregnede forhold mellem aktiverede og totale oncogene fusionsproteinniveauer med et forhold mellem aktiverede og totale oncogene fusionsproteinniveauer beregnet for personen på et tidligere tidspunkt.
19. Fremgangsmåde ifølge krav 18, hvor: (i) det beregnede forhold mellem aktiverede og totale oncogene fusionsproteinniveauer korrelerer med den procentvise percent hæmning af det aktiverede oncogene fusionsprotein efter behandling med anticancerlægemiddel; (ii) det beregnede forhold mellem aktiverede og totale oncogene fusionsproteinniveauer is i forhold til niveauet af et kontrolprotein; eller (iii) hvor det beregnede forhold mellem aktiverede og totale oncogene fusionsproteinniveauer omfatter et forhold mellem phospho/totale BCR-ABL-proteinniveauer, og hvor kontrolproleinet eventuelt omfatter et nativt fuldlængdeprotein, der indeholder sekvenser eller domæner fundet i det oncogene fusionsprotein, eller hvor kontrolproteinet er udvalgt fra gruppen bestående af fuldlængde-BCR, fuldlængde-ABL og kombinationer deraf.
20. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 16 til 29, hvor mindre end ca. 50 % hæmning af niveauet af aktivering af det oncogene fusionsprotein indikerer et behov for at øge den efterfølgende dosis for terapiforløbet eller for at administrere et andet terapiforløb, eller hvor mindre end ca. 50 % hæmning af niveauet af aktivering af det oncogene fusionsprotein indikerer personens manglende overholdelse af terapiforløbet, eksistensen af mulige bivirkninger eller toksicitet forbundet med terapiforløbet, eller kombinationer deraf, eller hvor mere end ca. 80 % hæmning af niveauet af aktivering af det oncogene fusionsprotein indikerer, at personen cr på det korrekte terapiforløb ved den korrekte dosis.
21. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 16 til 20, hvor canceren er kronisk myeloid leukæmi (CML), eller hvor anticancerlægemidlet er udvalgt fra gruppen bestående af et monoklonalt antistof, en tyrosinkinasehæmmer, et kemoterapeutisk agent, et hormonelt terapeutisk middel, radioterapeutisk agent, en vaccine, og kombinationer deraf, tyrosinkinasehæmmeren er udvalgt fra gruppen bestående af imatinibmesylat, nilotinib, dasatinib, bosutinib (SKI-606) og kombinationer deraf
22. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 16 til 21, hvor trin (c) til (e) som et alternativ omfatter: (c’) måling af et niveau af ekspression og/eller aktivering af et oncogent fusionsprotein og ét eller flere signaltransduktionsmolekyler i banen i det cellulære ekstrakt; og (d’) sammenligning af det målte niveau af ekspression og/eller aktivering af det oncogene fusionsprotein og signaltransduktionsmolekyler med et niveau af ekspression og/eller aktivering af det oncogene fusionsprotein og signaltransduktionsmolekyler målt på et tidligere tidspunkt under terapiforløbet; og (e’) bestemmelse af en efterfølgende dosis for terapiforløbet for personen eller om et andet terapiforløb skal administreres til personen baseret på sammenligningen fra trin (d’)·
23. Fremgangsmåde til udvælgelse af et egnet anticancerlægemiddel til behandling af en cancer, eller til identificering af en cancers reaktion på behandling med et anticancerlægemiddel, eller til forudsigelse af responset for en person med cancer på behandling med et anticancerlægemiddel, eller til bestemmelse af, om en person med cancer er resistent over for behandling med et anticancerlægemiddel, hvilken fremgangsmåde omfatter: (a) lysis af isolerede cancerceller fra en person efter administration af et anticancerlægemiddel, eller før inkubation med et anticancerlægemiddel, for at fremstille et cellulært ekstrakt, hvor de isolerede cancerceller ikke vaskes før lysis; (b) måling af et niveau af ekspression og/eller aktivering af et oncogent fusionsprotein i det cellulære ekstrakt i henhold til fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 15; og (c) bestemmelse af, om anticancerlægemidlet er egnet eller uegnet til behandlingen af canceren ved sammenligning af niveauet af ekspression og/eller aktivering detekteret for det oncogene fusionsprotein med et referenceniveau og/eller en aktiveringsprofil genereret i fravær af anticancerlægemidlet, identificering af canceren som reagerende eller ikke-reagerende på behandling med anticancerlægemidlet ved sammenligning af niveauet af ekspression og/eller aktivering detekteret for det oncogene fusionsprotein med et referenceniveau og/eller en aktiveringsprofil genereret i fravær af anticancerlægemidlet, forudsigelse af sandsynligheden for, at personen vil reagere på behandling med anticancerlægemidlet ved sammenligning af niveauet af ekspression og/eller aktivering detekteret for det oncogene fusionsprotein med et referenceniveau og/eller en aktiveringsprofil genereret i fravær af anticancerlægemidlet, bestemmelse af, om personen er resistent eller følsom over for behandling med anticancerlægemidlet ved sammenligning af niveauet af ekspression og/eller aktivering detekteret for det oncogene fusionsprotein med et referenceniveau og/eller en aktiveringsprofil genereret i henholdsvis fravær af anticancerlægemidlet eller i nærvær af anticancerlægemidlet på et tidligere tidspunkt.
24. Fremgangsmåde ifølge krav 23, hvor canceren er kronisk myeloid leukæmi (CML), eller hvor anticancerlægemidlet er udvalgt fra gruppen bestående af et monoklonalt antistof, en tyrosinkinasehæmmer, et kemoterapeutisk middel, hormonelt terapeutisk middel, radioterapeutisk middel, vaccine, og kombinationer deraf, hvor det monoklonale antistof eventuelt er udvalgt fra gruppen bestående af trastuzumab, alemtuzumab, bevacizumab, cetuximab, gemtuzumab, panitumumab, rituximab, tositumomab, og kombinationer deraf, hvor tyrosinkinasehæmmeren eventuelt er udvalgt fra gruppen bestående af imatinibmesylat, nilotinib, dasatinib, bosutinib (SKI-606), gefitinib, sunitinib, erlotinib, lapatinib, canertinib (Cl 1033), semaxinib (SU5416), vatalanib (PTK787/ZK222584), sorafenib (BAY 43-9006), leflunomid (SU101), vandetanib (ZD6474) og kombinationer deraf, hvor det kemoterapeutiske middel eventuelt er udvalgt fra gruppen bestående af pemetrexed, gemcitabin, sirolimus (rapamycin), rapamycinanaloger, platinforbindelser, carboplatin, cisplatin, satraplatin, paclitaxcl, docctaxcl (Taxotcrc®), tcm si roli mus (CCI-779), everolimus (RAD001) og kombinationer deraf, hvor det hormonelle terapeutiske middel eventuelt er udvalgt fra gruppen bestående af aromatasehæmmere, selektive østrogenreceptormodulatorer, steroider, finasterid, gonadotropin-frigørende hormonagonister, farmaceutisk acceptable salte deraf, stereoisomerer deraf, derivater deraf, analoger deraf og kombinationer deraf, hvor det radioterapeutiske middel eventuelt er udvalgt fra gruppen bestående af 47Sc, 6aCU, 67CU, 89Sr, 86Y, 87v 90v 105-r.l· 111* 111T 117mc 149π„, 153*-,_ 166ττ 177τ 186η 188n 211*, Y, Y, Rh, A, In, Sn, Pm, Sm, Ho, Lu, Re, Re, At, 212 Bi og kombinationer deraf.
25. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 7, hvor det oncogene fusionsprotein er BCR-ABL og hvor den første bindingsdel er et anti-BCR-antistof specifikt for et C-terminalt domæne af fuldlængde-BCR-protein, hvor den anden bindingsdel eventuelt er et anti-BCR-antistof specifikt for et N-terminalt domæne af fuldlængde-BCR-protein, hvor den tredje bindingsdel eventuelt er et anti-ABL-antistof specifikt for et C-terminalt domæne af fuldlængde-ABL-protein, og hvor den fjerde bindingsdel eventuelt er et antistof, der binder til phospho-ABL-C.
26. Fremgangsmåde ifølge krav 1, hvor den faste bærer er udvalgt fra gruppen bestående af glas, plast, spænder, filtre, papir, membran og kombinationer deraf.
DK10769132.1T 2009-10-20 2010-10-20 Proximitetsmedierede assays til detektering af oncogene fusionsproteiner DK2491385T3 (da)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US25339309P 2009-10-20 2009-10-20
US30508410P 2010-02-16 2010-02-16
US32748710P 2010-04-23 2010-04-23
US38303710P 2010-09-15 2010-09-15
PCT/US2010/053386 WO2011050069A1 (en) 2009-10-20 2010-10-20 Proximity-mediated assays for detecting oncogenic fusion proteins

Publications (1)

Publication Number Publication Date
DK2491385T3 true DK2491385T3 (da) 2017-08-28

Family

ID=43242385

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DK10769132.1T DK2491385T3 (da) 2009-10-20 2010-10-20 Proximitetsmedierede assays til detektering af oncogene fusionsproteiner

Country Status (16)

Country Link
US (1) US20120277109A1 (da)
EP (1) EP2491385B1 (da)
JP (3) JP5819307B2 (da)
KR (1) KR20120110168A (da)
CN (1) CN102667478B (da)
AU (1) AU2010310746B2 (da)
BR (1) BR112012009296A2 (da)
CA (1) CA2777934A1 (da)
DK (1) DK2491385T3 (da)
ES (1) ES2637853T3 (da)
IL (1) IL219313A (da)
MX (1) MX337666B (da)
NZ (1) NZ599460A (da)
RU (1) RU2558797C2 (da)
WO (1) WO2011050069A1 (da)
ZA (1) ZA201202957B (da)

Families Citing this family (42)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20120065092A1 (en) * 2010-09-14 2012-03-15 Wai Hobert Fusion analyte cytometric bead assay, and systems and kits for performing the same
SG191230A1 (en) 2010-12-23 2013-07-31 Nestec Sa Drug selection for malignant cancer therapy using antibody-based arrays
CA2827609A1 (en) 2011-02-17 2012-11-15 Nestec S.A. Assays for detecting autoantibodies to anti-tnf.alpha. drugs
EP2681552A2 (en) 2011-03-02 2014-01-08 Nestec S.A. Prediction of drug sensitivity of lung tumors based on molecular and genetic signatures
CN102676648A (zh) * 2011-03-07 2012-09-19 重庆医科大学附属儿童医院 白血病诊疗的基因芯片
DK2694972T3 (da) 2011-04-04 2017-10-02 Pierian Holdings Inc Fremgangsmåder til forudsigelse og forbedring af overlevelse af gastrisk cancer
AU2012253422B2 (en) 2011-05-10 2015-08-13 Société des Produits Nestlé S.A. Methods of disease activity profiling for personalized therapy management
US8679767B2 (en) * 2011-05-12 2014-03-25 Genentech, Inc. Multiple reaction monitoring LC-MS/MS method to detect therapeutic antibodies in animal samples using framework signature peptides
US9804160B2 (en) * 2011-09-28 2017-10-31 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Protein-protein interaction as biomarkers
US9335292B2 (en) 2011-10-13 2016-05-10 Auburn University Electrochemical proximity assay
WO2013086031A1 (en) 2011-12-05 2013-06-13 Nestec S.A. Method of therapy selection for patients with cancer
SG10201606195UA (en) * 2012-02-09 2016-09-29 Var2 Pharmaceuticals Aps Targeting of chondroitin sulfate glycans
ES2678211T3 (es) 2012-03-27 2018-08-09 Ventana Medical Systems, Inc. Conjugados de señalización y procedimientos de uso
JP2014030572A (ja) * 2012-08-03 2014-02-20 Akira Sakai 抗がん剤投与装置
US9422602B2 (en) 2012-08-15 2016-08-23 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for determining nucleic acid degradation
EP2904405B1 (en) 2012-10-05 2017-05-31 Nestec S.A. Methods for predicting and monitoring mucosal healing
CN103792364B (zh) * 2012-10-31 2016-06-08 张宝弘 用于检测外周血中循环肿瘤细胞ror1蛋白的试剂及其应用
EP2954328A1 (en) 2013-02-05 2015-12-16 Nestec S.A. Drug selection for colorectal cancer therapy using receptor tyrosine kinase profiling
HK1218939A1 (zh) 2013-02-05 2017-03-17 Nestec S.A. 用於非小细胞肺癌疗法的药物选择
WO2014122600A1 (en) 2013-02-05 2014-08-14 Nestec S.A. Methods of selecting combination therapy for colorectal cancer patients
CN104007257B (zh) * 2013-02-24 2017-02-08 北京莱尔生物医药科技有限公司 一种检测非体液性稀有有核细胞的方法和试剂盒
WO2014141306A2 (en) * 2013-03-15 2014-09-18 Rajiv Gandhi Centre For Biotechnology Methods and materials for identifying therapeutic response in chronic myeloid leukemia
JP6478417B2 (ja) 2013-05-21 2019-03-06 ダイアテック ホールディングス， インコーポレイテッドＤｉａＴｅｃｈ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ， Ｉｎｃ． 大腸癌患者の生存を予測及び改善するための方法
WO2015110989A1 (en) 2014-01-23 2015-07-30 Nestec S.A. Biomarker panel for assessment of mucosal healing
GB2524519B (en) * 2014-03-25 2019-11-06 Pelago Bioscience AB Methods for identifying a biomarker indicative of a reduced drug response using a thermal shift assay
MX2016017048A (es) * 2014-06-30 2017-05-03 Nestec Sa Inmunoensayo reactivo y colaborativo potenciado por enzimas (ceer) usando citometria de flujo.
CA2964857A1 (en) 2014-10-20 2016-04-28 Nestec S.A. Methods for prediction of anti-tnf alpha drug levels and autoantibody formation
US11149299B2 (en) * 2015-06-25 2021-10-19 Ramesh Vallabhaneni Method and system for multiplex profiling of chromosomes in biological samples using target-specific DNA probes
TWI734775B (zh) 2016-04-26 2021-08-01 美商美國泰福生技股份有限公司 細胞培養基
CN106645728A (zh) * 2016-11-09 2017-05-10 百奥森（江苏）食品安全科技有限公司 一种食品中氟喹诺酮类药物的检测试剂盒
EP3548007A4 (en) 2016-12-01 2020-08-12 Ignyta, Inc. METHOD OF TREATMENT OF CANCER
WO2018165566A1 (en) 2017-03-09 2018-09-13 Auburn University Differential circuit for background correction in electrochemical measurements
KR20180117529A (ko) * 2017-04-19 2018-10-29 주식회사 프로티나 단백질-단백질 상호작용 분석에 의한 약물 반응성 예측 방법
EP3612843A1 (en) 2017-05-31 2020-02-26 Prometheus Biosciences, Inc. Methods for assessing mucosal healing in crohn's disease patients
US11505799B2 (en) 2017-07-07 2022-11-22 Innamed, Inc. Aptamers for measuring lipoprotein levels
US11560565B2 (en) 2018-06-13 2023-01-24 Auburn University Electrochemical detection nanostructure, systems, and uses thereof
CN109439759A (zh) * 2018-12-18 2019-03-08 武汉迪安医学检验实验室有限公司 一种用于检测CBFβ-MYH11融合基因的试剂盒
CN113498341A (zh) * 2019-01-02 2021-10-12 浙江冠科美博生物科技有限公司 使用多靶点激酶抑制剂结合蛋白激酶生物标志物的癌症治疗
WO2023286723A1 (ja) 2021-07-13 2023-01-19 キヤノン株式会社 検体の分析方法および検体分析装置
WO2023058624A1 (ja) * 2021-10-08 2023-04-13 コニカミノルタ株式会社 染色方法、評価方法および標本
US20260043069A1 (en) * 2024-08-09 2026-02-12 Cleancard Inc. Methods, systems and compositions for analyte detection
CN119020510A (zh) * 2024-10-31 2024-11-26 江苏谱新生物医药有限公司 检测k562工程细胞残留的引物探针组合物、试剂盒和方法

Family Cites Families (74)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4197199A (en) 1977-10-25 1980-04-08 Manor Engineering Company Limited Filter presses
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4676980A (en) 1985-09-23 1987-06-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Target specific cross-linked heteroantibodies
US5567610A (en) 1986-09-04 1996-10-22 Bioinvent International Ab Method of producing human monoclonal antibodies and kit therefor
US5223409A (en) 1988-09-02 1993-06-29 Protein Engineering Corp. Directed evolution of novel binding proteins
GB8823869D0 (en) 1988-10-12 1988-11-16 Medical Res Council Production of antibodies
US5175384A (en) 1988-12-05 1992-12-29 Genpharm International Transgenic mice depleted in mature t-cells and methods for making transgenic mice
US5229275A (en) 1990-04-26 1993-07-20 Akzo N.V. In-vitro method for producing antigen-specific human monoclonal antibodies
US5532138A (en) 1990-04-26 1996-07-02 Behringwerke Ag Method and kits for determining peroxidatively active catalysts
US5571894A (en) 1991-02-05 1996-11-05 Ciba-Geigy Corporation Recombinant antibodies specific for a growth factor receptor
WO1992021032A1 (en) 1991-05-24 1992-11-26 The Regents Of The University Of California Methods for the detection of bcr-abl and abnormal abl proteins in leukemia patients
US5565332A (en) 1991-09-23 1996-10-15 Medical Research Council Production of chimeric antibodies - a combinatorial approach
FI941572A7 (fi) 1991-10-07 1994-05-27 Oncologix Inc Anti-erbB-2-monoklonaalisten vasta-aineiden yhdistelmä ja käyttömenete lmä
WO1993008829A1 (en) 1991-11-04 1993-05-13 The Regents Of The University Of California Compositions that mediate killing of hiv-infected cells
CA2372813A1 (en) 1992-02-06 1993-08-19 L.L. Houston Biosynthetic binding protein for cancer marker
WO1993016177A1 (en) 1992-02-11 1993-08-19 Cell Genesys, Inc. Homogenotization of gene-targeting events
US5573905A (en) 1992-03-30 1996-11-12 The Scripps Research Institute Encoded combinatorial chemical libraries
US5332662A (en) 1992-07-31 1994-07-26 Syntex (U.S.A.) Inc. Methods for determining peroxidatively active substances
CA2140280A1 (en) 1992-08-17 1994-03-03 Avi J. Ashkenazi Bispecific immunoadhesins
US5618829A (en) 1993-01-28 1997-04-08 Mitsubishi Chemical Corporation Tyrosine kinase inhibitors and benzoylacrylamide derivatives
ATE361759T1 (de) 1993-07-15 2007-06-15 Cancer Res Campaign Tech Verbindungen die zur herstellung von protein- tyrosin-kinase-inhibitor-prodrogen verwendet werden können
EP0711341A4 (en) * 1993-07-29 2001-12-19 Cor Therapeutics Inc RECEPTION FUNCTION TESTS
WO1995006877A1 (en) 1993-09-03 1995-03-09 Behringwerke Ag Fluorescent oxygen channeling immunoassays
US5807522A (en) 1994-06-17 1998-09-15 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for fabricating microarrays of biological samples
US5804396A (en) 1994-10-12 1998-09-08 Sugen, Inc. Assay for agents active in proliferative disorders
US6107457A (en) 1995-02-16 2000-08-22 Board Of Regents, The University Of Texas System Bcr-Abl directed compositions and uses for inhibiting Philadelphia chromosome stimulated cell growth
US5731168A (en) 1995-03-01 1998-03-24 Genentech, Inc. Method for making heteromultimeric polypeptides
US5641870A (en) 1995-04-20 1997-06-24 Genentech, Inc. Low pH hydrophobic interaction chromatography for antibody purification
US5639757A (en) 1995-05-23 1997-06-17 Pfizer Inc. 4-aminopyrrolo[2,3-d]pyrimidines as tyrosine kinase inhibitors
EA001595B1 (ru) 1996-04-12 2001-06-25 Варнер-Ламберт Компани Необратимые ингибиторы тирозинкиназ
US6057098A (en) 1997-04-04 2000-05-02 Biosite Diagnostics, Inc. Polyvalent display libraries
US6686165B2 (en) 1997-05-20 2004-02-03 Erasmus Universiteit Rotterdam Recognition of tumor-specific gene products in cancer
EP0983510B1 (en) * 1997-05-20 2004-03-03 Erasmus Universiteit Rotterdam Recognition of tumour-specific gene products in cancer
ZA986732B (en) 1997-07-29 1999-02-02 Warner Lambert Co Irreversible inhibitiors of tyrosine kinases
US6100254A (en) 1997-10-10 2000-08-08 Board Of Regents, The University Of Texas System Inhibitors of protein tyrosine kinases
US6897073B2 (en) 1998-07-14 2005-05-24 Zyomyx, Inc. Non-specific binding resistant protein arrays and methods for making the same
US6780582B1 (en) 1998-07-14 2004-08-24 Zyomyx, Inc. Arrays of protein-capture agents and methods of use thereof
US6197599B1 (en) 1998-07-30 2001-03-06 Guorong Chin Method to detect proteins
US6740665B1 (en) 1999-02-10 2004-05-25 Ramachandran Murali Tyrosine kinase inhibitors and methods of using the same
US6245759B1 (en) 1999-03-11 2001-06-12 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
EP1206260A4 (en) 1999-06-30 2002-10-30 Merck & Co Inc SRC-KINASE INHIBITING COMPOUNDS
EP1194152A4 (en) 1999-06-30 2002-11-06 Merck & Co Inc Links to SRC kinase inhibition
WO2001000213A1 (en) 1999-06-30 2001-01-04 Merck & Co., Inc. Src kinase inhibitor compounds
US7179638B2 (en) 1999-07-30 2007-02-20 Large Scale Biology Corporation Microarrays and their manufacture by slicing
AU779908B2 (en) 1999-09-10 2005-02-17 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
AU778042B2 (en) 1999-10-19 2004-11-11 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
US6794393B1 (en) 1999-10-19 2004-09-21 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
CA2387351C (en) 1999-10-19 2009-09-08 Merck & Co., Inc. Indole derivatives as tyrosine kinase inhibitors
US6313138B1 (en) 2000-02-25 2001-11-06 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
US6420382B2 (en) 2000-02-25 2002-07-16 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
JP2004506201A (ja) 2000-08-03 2004-02-26 マサチューセッツ・インスティチュート・オブ・テクノロジー 機能性生体分子のマイクロアレイおよびその使用
US20020132274A1 (en) * 2001-01-17 2002-09-19 Nevalainen Marja T. Diagnostic and monitorings methods for cancer
WO2002084252A2 (en) 2001-04-17 2002-10-24 Xenoport, Inc. Epitope-captured antibody display
CA2450562A1 (en) 2001-06-22 2003-01-03 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
US6958340B2 (en) 2001-08-01 2005-10-25 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
US6927293B2 (en) 2001-08-30 2005-08-09 Merck & Co., Inc. Tyrosine kinase inhibitors
US20030190689A1 (en) * 2002-04-05 2003-10-09 Cell Signaling Technology,Inc. Molecular profiling of disease and therapeutic response using phospho-specific antibodies
US20030153013A1 (en) 2002-11-07 2003-08-14 Ruo-Pan Huang Antibody-based protein array system
US7354773B2 (en) * 2003-05-14 2008-04-08 Beckman Coulter, Inc. Method and apparatus for preparing cell samples for intracellular antigen detection using flow cytometry
EP1507147A1 (en) * 2003-08-12 2005-02-16 Erasmus University Medical Center Rotterdam Method for detecting low levels of a fusion protein
US20050214301A1 (en) 2004-03-24 2005-09-29 Cell Signaling Technology, Inc. Antibodies specific for BCR-ABL fusion protein and uses thereof
US20060263837A1 (en) 2004-06-17 2006-11-23 Liu George D Immunoassay system and method for detection of antigens
US7771955B2 (en) 2005-06-09 2010-08-10 University Of Maryland Affinity membrane for capture of a target biomolecule and formation thereof by site-directed immobilization of a capture biomolecule
DE212006000071U1 (de) * 2005-11-18 2008-07-24 Board of Regents, The University of Texas System, Austin Quantifizierung von Fusionsproteinen und ihrer Aktivität in Folge chromosomaler Translokation
NZ575827A (en) * 2006-09-21 2012-02-24 Prometheus Lab Inc Antibody-based arrays for detecting multiple signal transducers in rare circulating cells
BRPI0717416A2 (pt) 2006-09-21 2013-11-12 Prometheus Lab Inc Método para realizar um imunoensaio complexo de alta produtividade, e, arranjo
JP2008261764A (ja) * 2007-04-13 2008-10-30 Kyowa Hakko Kogyo Co Ltd キナーゼ阻害物質の測定方法
EP2179291B1 (en) 2007-07-13 2014-10-22 Nestec S.A. Drug selection for lung cancer therapy using antibody-based arrays
GB0714573D0 (en) * 2007-07-26 2007-09-05 Imp Innovations Ltd Marker gene
CN101802182A (zh) * 2007-08-21 2010-08-11 诺达利蒂公司 用于诊断、预后和治疗方法的方法
JP5228416B2 (ja) * 2007-09-12 2013-07-03 株式会社リコー 定電流出力制御型スイッチングレギュレータ
AU2009219437B2 (en) 2008-02-25 2014-10-16 Nestec S.A. Drug selection for breast cancer therapy using antibody-based arrays
EP2108956A1 (en) * 2008-04-07 2009-10-14 Erasmus University Medical Center Rotterdam Improved methods and kits for detecting tumor-specific fusion proteins
US8301258B2 (en) 2008-08-14 2012-10-30 The Chinese University Of Hong Kong Methods and devices for preventing ankle sprain injuries

Also Published As

Publication number Publication date
CA2777934A1 (en) 2011-04-28
JP6301892B2 (ja) 2018-03-28
ES2637853T3 (es) 2017-10-17
MX337666B (es) 2016-03-14
JP5819307B2 (ja) 2015-11-24
JP2013508728A (ja) 2013-03-07
ZA201202957B (en) 2017-01-25
KR20120110168A (ko) 2012-10-09
AU2010310746B2 (en) 2015-07-23
EP2491385A1 (en) 2012-08-29
EP2491385B1 (en) 2017-05-10
CN102667478A (zh) 2012-09-12
JP2016028251A (ja) 2016-02-25
AU2010310746A1 (en) 2012-05-03
RU2558797C2 (ru) 2015-08-10
CN102667478B (zh) 2018-06-01
IL219313A0 (en) 2012-06-28
BR112012009296A2 (pt) 2021-02-02
WO2011050069A1 (en) 2011-04-28
JP2018119975A (ja) 2018-08-02
IL219313A (en) 2017-03-30
MX2012004619A (es) 2012-05-08
RU2012120722A (ru) 2013-11-27
US20120277109A1 (en) 2012-11-01
NZ599460A (en) 2014-07-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DK2491385T3 (da) Proximitetsmedierede assays til detektering af oncogene fusionsproteiner
AU2008276251B2 (en) Drug selection for lung cancer therapy using antibody-based arrays
CA2664108C (en) Antibody-based arrays for detecting multiple signal transducers in rare circulating cells
DK2602623T3 (da) Fremgangsmåde til detekteringen af intracellulært trunkerede receptorer
EP2751562B1 (en) Profiling of signal pathway proteins to determine therapeutic efficacy
EP3023789B1 (en) Antibody-based arrays for detecting multiple signal transducers in rare circulating cells
CA2787225A1 (en) Methods for predicting response of triple-negative breast cancer to therapy
HK1175529A (en) Proximity-mediated assays for detecting oncogenic fusion proteins
HK1175529B (en) Proximity-mediated assays for detecting oncogenic fusion proteins
HK1224747B (en) Antibody-based arrays for detecting multiple signal transducers in rare circulating cells
HK1182169A (en) Antibody-based arrays for detecting multiple signal transducers in rare circulating cells