ES2272296T3 - Grupos de borrelia burgdorferi que producen la enfermedad de lyme en humanos. - Google Patents

Grupos de borrelia burgdorferi que producen la enfermedad de lyme en humanos. Download PDF

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Abstract

Una composición de vacuna que comprende uno o más excipientes, adyuvantes, tampones, proteínas portadoras o conservantes o una combinación de los mismos y un agente inmunógeno, en la que el agente inmunógeno está constituido por uno o más polipéptidos OspC de cada una de las familias de OspC de Borrelia burgdorferi que se seleccionan del grupo formado por: A, B, I y K, en la que la familia A de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029860 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029860, la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029861 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029861, la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029869 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029869 y la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank U08284 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank U08284.

Description

Grupos de Borrelia burgdorferi que producen la enfermedad de Lyme en humanos.
Antecedentes de la invención
La enfermedad de Lyme se inicia en el lugar de una picadura de garrapata, produciendo una infección primaria en la que el organismo se extiende a zonas secundarias al principio del transcurso de la infección. La enfermedad de Lyme es un trastorno multisistémico progresivo y es la enfermedad más común propagada por vectores tanto en América del norte como en Europa. Esta enfermedad se describió inicialmente como foco de los pacientes de artritis pediátrica en Old Lyme, CT (Steere, A.C., y cols., Arth. Rheum. 20:17 (1977)). La asociación de este syndrome con la picadura de la garrapata de venado, Ixodes scapularis, llevó a la identificación de la espiroqueta Borrelia burgdorferi comoagente causante (Burgdorfer, W., y cols., Science, 216:1317-1319 (1982)). Al hacerse más eficaz el aislamiento de la bacteria en los cultivos de muestras clínicas y de campo, Baranton y colaboradores describieron tres genoespecies patógenas, B. burgdorferi en sentido estricto B. burgdorferi o B.b.s.s.), B. afzelii, y B. garinii (Baraton, G., y cols., Int. J. Syst. Bacteriol. 42:378-383 (1992)). Éstas son miembros de un complejo de especies, B. burgdorferi en el sentido amplio, que está formado al menos por 10 genoespecies diferentes (Piken, R.N., y cols., J. Invest. Dermatol., 110:211-214 (1998); Postic, D., y cols., Int. J. Syst. Bacteriol. 44:743-752 (1994); Valsangiacomo, C.T., y cols., Int. J. Syst. Bacteriol. 47:1-10 (1997)). Se cree que B. Burgdorferi, B. afzelii y B. garinii son todas patógenas y todas se encuentran en Europa, pero B. burgdorferiis es la única genoespecie patógena que se encuentra en América del norte. Cada una de estas tres genoespecies está asociada a manifestaciones clínicas diferenciadas (Van Dam, A. P. y cols., Clin. Infect. Dis. 17:708-717 (1993)). Esto implica que las diferencias entre las genoespecies pueden desempeñar un papel importante en el amplio espectro de manifestaciones clínicas que se observan en la enfermedad de Lyme.
Cuando una garrapata infectada empieza a alimentarse de un mamífero, se induce la síntesis de la proteína C de la superficie exterior (OspC) (Schwan, T.G., y cols., Proc. Natl. Acad. Sci. 2:2909-2913 (1995)). Así, al inicio de la infección, OspC es la principal proteína de la membrana exterior expresada por la espiroqueta (Fung. B.P., y cols., Infect. Immun. 62:3213-3221 (1994); Padula, S.J., y cols., J. Clin. Microbiol., 32:1733-1738 (1994)). Aunque se ha demostrado que OspC tiene una exposición superficial limitada (Cox, D.L., y cols. Proc. Natl. Acad. Sci., 93:7973-7978 (1996); Mathiesen, M. M. y cols., Infect. Immun. 66:4073-4079 (1998)), OspC es un inmunógeno potente. La inmunización con OspC protege contra la infección por Borrelia trasmitida por garrapatas (Gilmore Jr., R.D., Infect Immun. 64:2234-2239 (1999)). Sin embargo, debido a que OspC es muy variable en su secuencia, la protección se limita a la cepa de Borrelia burgdorferi que expresa el mismo OspC inmunizador que codifica un alelo específico. La exposición a cepas aisladas heterólogas, que expresan otros alelos de ospC produce la infección (Probert, W.S., y cols., J. Infect. D., 175:400-405 (1997)). OspC es muy diverso (Jauris-Heipke, S., y cols., Med. Microbiol. Immunol. 182:37-50 (1993)). Livey y cols. encontraron treinta y cuatro alelos en setenta y seis cepas aisladas de B. burgdorferi en sentido amplio (Livey, I., y cols., Mol. Microbiol. 18:257-269 (1995)).
Actualmente, la enfermedad de Lyme se trata con antibióticos. Sin embargo tal tratamiento no siempre tiene éxito para eliminar la infección. El tratamiento a menudo se retrasa debido a un diagnóstico inadecuado con el efecto perjudicial de que la infección progresa a una afección crónica, en la que el tratamiento con antibióticos a menudo no es útil. Uno de los factores que contribuyen al retraso en el tratamiento es la carencia de herramientas de diagnóstico eficaces.
Además, aunque se sabe que los antígenos tales como OspC son protectores, en algunos casos, la existencia de alelos múltiples de estos antígenos entorpece mucho el desarrollo de vacunas basadas en tales antígenos que protegerían contra más de una cepa de Borrelia. Recientemente dos ensayos independientes de vacunas de primera generación para la prevención de la enfermedad de Lyme, han estudiado la eficacia y seguridad de una vacuna basada en la proteína A de la superficie exterior recombinante (OspA) (Sigal, L.H. y cols., N. Engl. J. Med. 339:216-222,1998; Steere, A.C. y cols., N. Engl. J. Med. 339:209-215, (1998)). Sin embargo, una vacuna formada por OspA recombinante puede necesitar frecuentes inmunizaciones de refuerzo. La infección natural por B. burgdorferi no provoca una respuesta de anticuerpos contra OspA, al contrario que contra OspC. Lo que se necesita es una selección de antígenos de Borrelia que pueda usarse para diagnosticar o vacunar contra todas o la mayor parte de las formas de Borrelia que provocan la enfermedad sistémica.
Las diferencias entre la frecuencia de B. burgdorferi, B. garinii, y B. afzelii en las garrapatas y en la infección en seres humanos ha llevado a la hipótesis de que las diferentes genoespecies son patógenas de forma diferenciada (Picken, R.N. y cols., J. Invest. Dermatol. 110:211-214, 1998; Van Dam, A.P. y cols., Clin. Infect. Dis. 17:708-717. 1993). Sin embargo, el número de cepas diferentes en una genoespecie dada y las diferencias entre las cepas de una genoespecie dada, así como entre genoespecies, obstaculizan el desarrollo de compuestos proteínicos inmunógenos para usar como agentes de diagnóstico y vacunación en la detección, prevención y el tratamiento de la enfermedad de Lyme. Un número de investigadores han usado OspC como antígeno de serodiagnóstico para la enfermedad de Lyme temprana (Fung, B.P. y cols., Infect. Immun. 62:3213-3221, 1994; Gerber, M.A. y cols., J. Infect. Dis. 171:724-727,1995; Padula, S.J. y cols., J. Clin. Microbiol. 32:1733-1738, (1994)). En estas pruebas, el uso de OspC como antígeno de diagnóstico arrojó resultados muy específicos pero no sensibles. Sin embargo, estos estudios incluyeron únicamente la cepa B. burgdorferi y por lo tanto sólo un tipo de OspC. Las pruebas rutinarias para el diagnóstico de la enfermedad de Lyme también usan un protocolo de cepa única y por lo tanto un único alelo de OspC para la detección de anticuerpos contra la espiroqueta. No está claro qué mezcla de proteínas OspC debe usarse para preparar unas herramientas de diagnóstico y vacunación útiles, eficaces contra más de una de las cepas de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme, o contra la mayoría, o contra todas, las cepas invasoras de una genoespecie. Preferiblemente, tal mezcla sería eficaz contra todas las cepas invasoras de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme.
El documento WO 94/25596 describe una estrategia de formulación de vacuna contra Borrelia tomando en cuenta la información serológica, genotípica y epidemiológica por la que se agrupan las proteínas OspC de cepas diferentes de B. burgdorferi. Los antígenos OspC se eligen para que constituyan una muestra representativa de los grupos, de forma que la vacuna resultante proporciona la mayor protección cruzada con el menor número de antígenos.
Sumario de la invención
La presente invención se refiere a una composición de vacuna que comprende polipéptidos OspC de bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme tal como se reivindica en la reivindicación 1 y en las reivindicaciones 5-6. En otro aspecto la invención se refiere a un procedimiento para detectar en una muestra de un huésped una respuesta inmunitaria contra Borrelia asociada a la enfermedad de Lyme tal como se reivindica en la reivindicación 7. Las características preferidas del procedimiento se definen en las reivindicaciones 6-9. En un aspecto adicional, la invención se refiere a una proteína quimérica tal como se reivindica en la reivindicación 10. Las características preferidas de la proteína se definen en las reivindicaciones 11-13. En un aspecto adicional, la invención se refiere a un ácido nucleico aislado tal como se reivindica en la reivindicación 14. Las características preferidas del ácido nucleico se definen en las reivindicaciones 15-16. En un aspecto adicional, la invención se refiere a la composición que se reivindican en la reivindicación 17. La composición que se describe en la presente memoria comprende un polipéptido OspC o fragmento del mismo de al menos dos familias de OspC de Borrelia burgdorferi que se seleccionan del grupo formado por A, B, I y K, las características preferidas de la vacuna se definen en las reivindicaciones 2-3. En otro aspecto, la invención se refiere al uso de una composición para la fabricación de un medicamento para inmunizar a un animal contra la enfermedad de Lyme diseminada. Se definen las características preferidas de uso. La composición que se describe en la presente memoria comprende al menos un polipéptido OspC o fragmento del mismo de cada una de las familias A y B de OspC de Borrelia afzelii.
También se describe un procedimiento para inmunizar a un animal contra la enfermedad de Lyme, que comprende administrar una composición que comprende polipéptidos OspC de bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme. También se describe una composición que comprende un polipéptido OspC o un fragmento del mismo de al menos dos familias de OspC de Borrelia burgdorferi que se seleccionan del grupo formado por: A, B, I y K, a excepción de la combinación formada por dos proteínas OspC, en la que una proteína OspC es de la familia A de OspC y la segunda proteína OspC es de la familia I de OspC. También se describe una composición que comprende al menos un polipéptido OspC o un fragmento del mismo de cada una de las familias A y B de OspC de Borrelia afzelii. Las composiciones que se describen en la presente memoria junto con excipientes y/o adyuvantes adecuados se administra a un animal de tal forma que el animal desarrolle una respuesta inmunitaria contra al menos un polipéptido OspC de la composición.
También se describe un procedimiento para detectar una respuesta inmunitaria contra bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme en una muestra de un huésped. El procedimiento comprende poner en contacto una muestra de un huésped con una composición que comprende polipéptidos OspC de cepas de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme, de tal forma que los anticuerpos contra OspC, en dicha muestra, si estuvieran presentes, se unen a dichos polipéptidos OspC. La composición comprende al menos un polipéptido OspC o un fragmento del mismo de cada una de las familias A, B, I y K de OspC de Borrelia burgdorferi. Se mide la cantidad de anticuerpos que tienen dichos polipéptidos OspC o fragmentos de los mismos unidos; detectando así una respuesta inmunitaria contra bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme.
También se describe un kit de diagnóstico que comprende polipéptidos OspC de bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme. El kit de diagnóstico comprende al menos un polipéptido OspC o un fragmento de diagnóstico del mismo de cada una de las familias A, B, I y K de OspC de Borrelia burgdorferi. De forma alternativa, la composición de diagnóstico comprende al menos un polipéptido OspC o un fragmento de diagnóstico del mismo de cada una de las familias A y B de OspC de Borrelia afzelii.
También se describe una composición que comprende al menos un polipéptido OspC o un fragmento del mismo de cada una de las familias A y B de OspC de Borrelia afzelii. También se describen composiciones que comprenden polipéptidos OspC o sus fragmentos de Borrelia burgdorferi, Borrelia afzelii, Borrelia garinii y sus combinaciones.
También se describen proteínas quiméricas para usar en los procedimientos que se describen en la presente memoria. Se describen proteínas quiméricas que comprenden polipéptidos OspC de dos o más familias de OspC de bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme. Las familias pueden comprender las familias de OspC A, B, I y K de Borrelia burgdorferi. De forma alternativa, las familias comprenden las familias A y B de OspC de Borrelia afzelii. De forma alternativa, la composición comprende polipéptidos quiméricos de OspC o sus fragmentos de Borrelia burgdorferi, Borrelia afzelii, Borrelia garinii y sus combinaciones.
Las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria comprenden al menos un primer y un segundo polipéptido de OspC, de tal forma que el primer polipéptido comprende OspC desde aproximadamente la base 26 hasta aproximadamente la base 630 de un primer gen ospC y el segundo polipéptido comprende desde aproximadamente la base 28 hasta aproximadamente la base 570 de un segundo gen ospC. Las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria pueden usarse en los procedimientos de inmunización y detección que se describen en la presente memoria.
En la presente memoria se describe el número mínimo de familias de Borrelia burgdorferi y Borrelia afzelii que son responsables de la enfermedad sistémica en los seres humanos y es útil para vacunas y kits de diagnóstico. En la presente memoria se describe una combinación de proteínas que, cuando se usa como vacuna, evita que la enfermedad de Lyme se convierta en sistémica. Las proteínas y proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria pueden ser eficaces en la prevención de la enfermedad de Lyme así como tener un efecto terapéutico sobre la infección establecida, por ejemplo después de que el paciente nota la picadura de la garrapata. Las proteínas y proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria se espera que actúen a nivel de la garrapata así como al nivel del huésped en la prevención tanto de la infección como de la enfermedad debida a Borrelia burgdorferi, Borrelia afzelii y/o Borrelia garinii. La descripción de la presente memoria permite desarrollar una vacuna a nivel mundial que comprende sólo seis proteínas necesarias para generar una respuesta inmunitaria contra todas.
También se describen herramientas de diagnóstico mejoradas. Ahora es posible preparar herramientas de diagnóstico, que comprenden antígenos de OspC que representan las cuatro familias patógenas de Borrelia burgdorferi y/o las dos familias patógenas de Borrelia afzelii, que detectan así la exposición clínicamente importante a bacterias patógenas y a la vez pasan por alto las familias que no provocan la enfermedad patógena.
Tal como se demuestra en la presente memoria, una proporción significativa, si no todas, las infecciones sistémicas por B. burgdorferi en sentido estricto en seres humanos se asocian a cuatro grupos de ospC y una porción significativa, si no todas, las infecciones sistemáticas por B. afzelii en seres humanos se asocian a dos grupos de ospC. Se sabe que las vacunas contra OspC son protectoras, pero son limitadas debido a la diversidad de ospC (Probert, W.S. y cols., J. Infect. D. 175:400-405, (1997)). Los polipéptidos que se describen en la presente memoria proporcionan proteínas, sus fragmentos y proteínas quiméricas inmunógenos para vacunas y diagnósticos muy protectores. Se describe una vacuna que incluye una o más de estas cuatro formas de OspC. La vacunas deberían ser un segundo nivel importante de protección contra la infección diseminada de la espiroqueta B. burgdorferi. Además, los análisis del polimorfismo conformacional de cadena única (SSCP) que se describen en la presente memoria pueden proporcionar una herramienta rápida y poderosa para controlar la eficacia de las vacunas al detectar grupos ospC invasivos raros o nuevos.
Los nuevos ensayos de diagnóstico de la presente invención, basados en los grupos de ospC principales A, B, I y K son útiles para identificar a los que presentan riesgo de padecer una enfermedad progresiva. Dado que las proteínas OspC son antigénicamente variables, los individuos infectados con una cepa pueden producir una respuesta de anticuerpos que no reaccionan con una proteína OspC de un grupo principal diferente. La detección de anticuerpos usando preparaciones de antígenos, que incorporan una mezcla adecuada de clones invasores de B. burgdorferi serán mucho más sensibles que los presentes protocolos de cepa única. Las composiciones que se describen en la presente memoria no solo provocan respuestas inmunitarias humorales y mediadas por células, sino que las composiciones también son capaces de detectar tanto respuestas inmunitarias humorales como las mediadas por células cuando se usan para analizar una muestra de un huésped.
Se describen tanto los polipéptidos OspC lipidados, como sus fragmentos y las proteínas quiméricas que comprenden dos o más polipéptidos OspC, en los que la proteína quimérica tiene una señal de lipidación, tal como la señal de lipidación de las proteínas B de la superficie exterior en el extremo 5' del gen que codifica la quimera. Además, se describen polipéptidos OspC no lipidados, sus fragmentos y proteínas quiméricas que comprenden dos o más polipéptidos OspC, en los que el gen que codifica la proteína quimérica no comprende una señal de lipidación y la proteína quimérica no está lipidada. Los polipéptidos OspC no lipidados, sus fragmentos y sus proteínas quiméricas son ventajosos debido a unos procedimientos de producción más simples, unos rendimientos mejorados de proteína y una purificación más simple. Las proteínas quiméricas no lipidadas que se describen en la presente memoria, de forma inesperada, provocan una respuesta inmunitaria contra cepas de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme al menos tan amplia como las proteínas OspC lipidadas que se usan como control positivo. Además, las proteínas OspC quiméricas provocan una respuesta inmunitaria contra más de una genoespecie de cepas de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme, que incluyen genoespecies y cepas que no se usan para generar el inmunógeno quimérico de OspC.
Breve descripción de los dibujos
La Figura 1 es un diagrama esquemático de la distribución de la frecuencia de los grupos de ospC principalesentre las cepas de B. burgdorferi aisladas en garrapatas Ixodes scapularis del este de Long Island.
La Figura 2 es un gráfico de barras que muestra la reactividad del suero de ratones inmunizados con las proteínas de Borrelia o las proteínas recombinantes quiméricas de Borrelia que se indican (eje X) contra los antígenos OspC que se indican (leyenda) donde el suero es de la primera extracción de sangre.
La Figura 3 es un gráfico de barras que muestra la reactividad del suero de ratones inmunizados con las proteínas de Borrelia o las proteínas recombinantes quiméricas de Borrelia que se indican (eje X) contra los antígenos OspC que se indican (leyenda) donde el suero es de la segunda extracción de sangre.
La Figura 4 es un gráfico de barras que muestra la reactividad del suero de ratones inmunizados con las proteínas de Borrelia o las proteínas recombinantes quiméricas de Borrelia que se indican (eje X) contra las cepas de Borrelia burgdorferi en sentido estricto que se indican (leyenda).
La Figura 5 es un gráfico de barras que muestra la reactividad del suero de ratones inmunizados con las proteínas de Borrelia o las proteínas recombinantes quiméricas de Borrelia que se indican (eje X) contra las cepas de Borrelia burgdorferi en sentido estricto que se indican (leyenda).
La Figura 6 es un gráfico de barras que muestra la reactividad del suero de ratones inmunizados con las proteínas de Borrelia o las proteínas recombinantes quiméricas de Borrelia que se indican (eje X) contra las cepas de Borrelia afzelii que se indican (leyenda).
La Figura 7 es un gráfico de barras que muestra la reactividad del suero de ratones inmunizados con las proteínas de Borrelia o las proteínas recombinantes quiméricas de Borrelia que se indican (eje X) contra las cepas indicadas de Borrelia garinii (leyenda).
La Figura 8 es una Tabla que compara la reactividad de las proteínas lipidadas OspC C1 y C2 contra el suero de pacientes con la afección que se indica con la reactividad de las proteínas quiméricas no lipidadas de la presente invención, donde el número entre paréntesis es el número total de sueros analizados en esa categoría.
Descripción detallada de la invención
Tal como se describe en la presente memoria, inicialmente se encontraron diecinueve grupos de ospC en B. burgdorferi en sentido estricto en una pequeña población de garrapatas (Wang, I-N., y cols., Genetics, 151:15-30 (1999)). Los principales grupos de ospC se definieron usando la de que los alelos de ospC son muy similares, con una divergencia entre las secuencias inferior al 2%, o muy diferentes, con una divergencia entre las secuencias superior al 8%, y la mayoría con una divergencia entre las secuencias superior al 14%.
Basándose en divergencias entre las secuencias, los alelos de ospC pueden agruparse en veintiún grupos principales (Tabla II). Para evaluar si las diferencias entre las cepas definidas por un grupo de ospC están ligadas a la capacidad invasiva y patógena, se compararon las distribuciones de las frecuencias de los principales grupos de ospC presentes en garrapatas, en lesiones cutáneas primarias de eritema migrans (EM), y en zonas secundarias, principalmente a partir de sangre y fluido espinal. Tal como se describe en la presente memoria, la distribución de las frecuencias de los grupos de ospC de garrapatas es significativamente diferente de la de la zona primaria de infección que, a su vez es significativamente diferente de las zonas secundarias. Los grupos de ospC principales A, B, I y K presentaban una frecuencia mayor en a las que en las garrapatas y eran los únicos grupos encontrados en las zonas secundarias de la infección. Por lo tanto, en la presente memoria se definen tres categorías de grupos de ospC principales. Una categoría es habitual en las garrapatas pero provoca enfermedad en seres humanos muy raramente, si es que lo hace, una segunda categoría que provoca sólo infección local en la zona de picadura de la garrapata, y una tercera categoría que provoca enfermedad sistémica o diseminada. Aunque muchos grupos de ospC que se encuentran en las garrapatas se encontraron también en lesiones cutáneas primarias, las distribuciones de las frecuencias son significativamente diferentes entre las garrapatas y las lesiones cutáneas primarias (Tabla III). Todos los grupos de ospC se encontraron de forma más o menos habitual en las garrapatas. Sin embargo, sólo cuatro grupos se encuentran habitualmente en las lesiones cutáneas o en las infecciones secundarias (Tablas III y IV). Tal como se describe en la presente memoria, las lesiones cutáneas primarias albergaban grupos de Borrelia que raramente o nunca tienen grupos de ospC distintos de A, B, I o K. De forma más importante, sólo se encontraron estos cuatro grupos de ospC en las zonas secundarias. El hallazgo de que todas las infecciones sistémicas por B. burgdorferi en sentido estricto están asociadas a cuatro grupos de ospC tiene importancia en el diagnóstico, tratamiento y prevención de la enfermedad de Lyme.
Existen indicios de que ospC se ha transferido entre cepas e incluso entre genoespecies (Wang I-N, y cols., Genetics, 151:15-30 (1998)). Esto no es cierto para los genes cromosómicos de Borrelia (Dykhuizen, D.E., y cols., Proc. Natl. Acad Sci., 30:10163-10167 (1999); Maynard Smith, J. y Smith. N.H., Mol. Biol. Evol., 15:590-599 (1998)). Sin embargo, los alelos ospA y ospC de B. Burgdorferi en sentido estricto están casi completamente ligados (Wang I-N. y cols., Genetics, 151:15-30 (1999)). Esto sugiere que una vez se ha transferido un alelo de ospC a un entorno particular, existe poca o ninguna selección para otro evento de recombinación similar. Así, cada grupo de ospC principal representa una población clónica que desciende de una única recombinación.
El veinte por ciento del eritema migrans sin tratamiento desapareció de forma espontánea sin provocar ninguna complicación sistémica (Steere, A.C. y cols., Arth. Rheum. 20:7-17. (1977)). Tal como se demuestra en la presente memoria, esto no es significativamente diferente (p = 0,25 para una prueba de contingencias de 2 por 2 con dicotomía doble) del porcentaje de cepas no invasoras que se encuentra en la piel, lo que sugiere que los eritemas migrans que desaparecieron de forma espontánea están provocados por clones no invasores.
Existe una extensa diversidad genética y antigénica de ospC en las tres genoespecies patógenas de B.burgdorferi en sentido amplio (Livey, I. y cols., Mol. Microbiol. 18:257-269,1995; Masuzawa, T. y cols., Clin. Diagn. Lab. lmmunol. 4:60-63, 1997; Picken, R.N. y cols., J. Invest. Dermatol. 110:211-214, 1998; Theisen, M. y cols., J. Clin. Microbiol. 31:2570-2576, 1993; Wang, I-N. y cols., Genetics 151:15-30 (1999). Tal como se demuestra en la presente memoria, solo cuatro grupos de alelos de ospC están ligados tanto a la infectividad como a la invasividad, y esa invasividad está limitada a un pequeño número de clones de ospC. Está claro que los alelos ospA y ospC están estrechamente relacionados a pesar de que están en plásmidos diferentes (Wang, I-N. y cols., Genetics 151:15-30 (1999)). Si la invasividad la provoca la variación alélica en otro locus, esta variación probablemente esté estrechamente ligada a la variación de ospC. Así, ospC es un buen marcador para la capacidad patógena en seres humanos y quizá sea determinante. Estos hallazgos tienen implicaciones importantes no sólo para nuestro conocimiento de la patogénesis de esta enfermedad sino para su diagnóstico y prevención.
La espiroquetemia es un fenómeno transitorio, pero presumiblemente clave como germen de las zonas cutáneas secundarias, el corazón, las articulaciones y el sistema nervioso, donde estas Borrelia provocan las manifestaciones clínicas secundarias y terciarias de la enfermedad de Lyme. Los cuatro grupos invasores de Borrelia burgdorferi se encontraron en cepas aisladas en sangre y FCE. La única cepa aislada en articulaciones pertenecía al grupo A. Sin embargo, puede inferirse que los grupos que no se encuentran en la sangre no se encontrarán en las articulaciones dado que la mayoría sino toda la diseminación de Borrelia a las zonas secundarias es mediante la sangre.
Normalmente, se usan organismos modelo como sustitutos para los experimentos en seres humanos. Sin embargo, esta substitución funciona solo en tanto en cuanto las propiedades del organismo modelo y de los seres humanos sean iguales para los fenómenos estudiados. El sistema inmunitario humano desempeña un papel crítico que se espera que sea diferente de la respuesta inmunitaria en organismos modelo, en particular en el ratón. Los seres humanos son huéspedes accidentales y habitualmente finales mientras que el ratón es un huésped reservorio crítico. El campo de la genética poblacional ha desarrollado procedimientos sólidos para alcanzar conclusiones a partir de los datos de estudios.
Los polipéptidos quiméricos que se describen en la presente memoria provocan respuestas inmunitarias específicas contra OspC. Los polipéptidos quiméricos también provocan una respuesta inmunitaria contra cepas de Borrelia que provocan la enfermedad de Lymede la misma genoespecie que la representada por el OspC quimérico así como contra bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lymede diferentes genoespecies que la representada por el OspC quimérico. La respuesta inmunitaria incluye respuestas humorales, respuestas secretoras, respuestas mediadas por células y sus combinaciones en un animal tratado con las composiciones que se describen en la presente memoria. Las composiciones pueden incluir componentes adicionales adecuados para el uso in vitro e in vivo. Estos componentes adicionales incluyen tampones, proteínas portadoras, adyuvantes, conservantes y sus combinaciones.
Las composiciones inmunógenas que se describen en la presente memoria pueden usarse para inmunizar animales que incluyen seres humanos. Las inmunizaciones se entiende que provocan respuestas inmunógenas específicas tal como se describe anteriormente. Tal como se describe en la presente memoria, una respuesta inmunógena incluye respuestas que producen al menos algún nivel de inmunidad en el animal tratado, donde el animal fue tratado con una composición que comprende al menos una proteína o proteína quimérica. El animal tratado desarrolla inmunidad contra la infección por bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme, en la que las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria provocan respuestas contra Borrelia burgdorferi, Borrelia afzelii y Borrelia garinii.
La inmunidad, tal como se describe en la presente memoria, se entiende que significa la capacidad del animal tratado de resistir la infección, de resistir la infección sistémica, de superar la infección tal como la infección sistémica o de superar la infección tal como la infección sistémica de forma más fácil o más rápida cuando se compara con los individuos no inmunizados o no tratados. La inmunidad también puede incluir una capacidad mejorada del individuo tratado de mantener una infección con síntomas clínicos menores de infección sistémica o sin ellos. El individuo puede ser tratado con las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria bien de forma proactiva, por ejemplo una vez al año o quizá tratarse después de sufrir una picadura de garrapata.
Para usar como vacuna, la composición que se describe en la presente memoria pude incluir adyuvantes adecuados, notorios en la técnica, para potenciar la capacidad inmunógena, la potencia o semivida de las proteínas quiméricas en el animal tratado. Los adyuvantes y su uso son notorios en la técnica (véase por ejemplo la Publicación de PCT WO 96/40290). La composición puede prepararse mediante procedimientos conocidos para la preparación de vacunas. Por ejemplo, las proteínas o proteínas quiméricas OspC a usar en las composiciones pueden aislarse y/o purificarse mediante técnicas conocidas tales como cromatografía por exclusión de tamaño, cromatografía de afinidad, electroforesis preparativa, precipitación selectiva o sus combinaciones. Las proteínas o proteínas quiméricas preparadas pueden mezclarse con otros reactivos adecuados tal como se describe anteriormente, donde la proteína quimérica está en una concentración adecuada. La dosificación de proteína o proteína quimérica variará desde 1 \mug a 500 \mug y depende de la edad, peso y/o estado físico del animal a tratar. La dosificación óptima puede determinarse mediante técnicas de optimización rutinarias, usando modelos animales adecuados.
La composición a usar como vacuna puede administrarse mediante cualquier técnica adecuada. La administración es mediante inyección, por ejemplo inyección subcutánea, intramuscular, intravenosa, o intraperitoneal. De forma alternativa, la composición puede administrarse a las mucosas, por ejemplo exponiendo la mucosa nasal a gotas nasales que contengan las proteínas o proteínas quiméricas de la presente invención. En una realización alternativa, la composición inmunógena puede administrarse mediante administración oral. De forma alternativa las proteínas quiméricas pueden administrarse mediante inmunización con ADN.
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Al igual que muchas proteínas de la superficie exterior de Borrelia, OspC se produce en la espiroqueta Borrelia con lipidación en 5'. Los polipéptidos quiméricos que se describen en la presente memoria pueden producirse tanto en forma lipidada como no lipidada. La señal de lipidación codificada por el ospC natural se elimina de la secuencia codificante, de tal forma que el gen o gen quimérico codifique un OspC o polipéptido quimérico OspC no lipidado. De forma alternativa, la señal de lipidación del gen ospC natural es sustituida por la señal de lipidación del gen ospB. Así, se produce una proteína OspC o una proteína quimérica OspC lipidada.
Los polipéptidos que se describen en la presente memoria pueden expresarse de forma recombinante en huéspedes microbianos adecuados, donde dichos huéspedes incluyen, pero sin limitación, huéspedes bacterianos, tales como E. coli, huéspedes fúngicos S. cerevisiae, o huéspedes de cultivo celular tales como un cultivo de células de mamífero o un cultivo de células de insectos.
Aunque la carencia de señal de lipidación permite producir grandes cantidades de proteínas OspC y proteínas quiméricas OspC, anteriormente se creyó que la carencia de señal de lipidación hacía que las proteínas de la superficie exterior de Borrelia fueran menos o nada inmunógenas. Sin embargo, tal como se describe en la presente memoria, los polipéptidos quiméricos no lipidados, de forma inesperada, provocan una inmunogenidad tan amplia como la proteína OspC lipidada (Figuras 2 y 3) y mayor inmunogenidad contra cepas de otras genoespecies (Figura 5-7) comparadas con los controles positivos, que fueron de OspC lipidada de B31 y OspC lipidada de C12.
Las proteínas y proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria también son antigénicas y por lo tanto son útiles para detectar o diagnosticar la presencia de bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme, especialmente de Borrelia de grupos capaces de provocar síntomas diseminados de la enfermedad de Lyme. Tal como se describe en la presente memoria, síntomas diseminados se refiere a la infección más allá de la lesión cutánea de eritema migrans, por ejemplo la infección en la sangre, SNC o las membranas sinoviales. Tal como se describe en la presente memoria, antigénico se refiere a la capacidad de un compuesto de unirse a productos de una respuesta inmunitaria, tales como anticuerpos, receptores de los linfocitos T o ambos. Tales respuestas pueden medirse usando ensayos de detección de anticuerpos estándar, tales como ELISA o ensayos de activación de linfocitos T
estándar.
En la presente memoria también se describen composiciones que comprenden polipéptidos OspC de bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lymey polipéptidos quiméricos OspC. Las composiciones pueden incluir uno o más polipéptidos OspC o fragmentos de los mismos de al menos dos grupos de ospC de Borrelia burgdorferi, que también se denominan familias en la presente memoria, que se seleccionan del grupo formado por A, B, I y K, a excepción de la combinación formada por dos polipéptidos OspC de las familias A y I. De forma alternativa, las composiciones pueden incluir al menos un polipéptido OspC o un fragmento del mismo de cada una de las familias de OspC de Borrelia burgdorferi A, B, I y K. De forma alternativa, la composición puede incluir al menos un polipéptido OspC o un fragmento del mismo de cada una de las familias de OspC de Borrelia afzelii A y B. De forma alternativa, la composición puede incluir polipéptidos OspC de al menos un grupo o miembro de la familia de ospC de Borrelia burgdorferi que se selecciona del grupo formado por A, B, I y K y al menos un miembro de la familia de OspC de Borrelia afzelii que se selecciona del grupo formado por A y B.
Tal como se describe en la presente memoria, las familias de ospC comparten una homología de aproximadamente el 98% a nivel de los ácidos nucleicos entre cepas de la misma familia y comparten una homología no superior a aproximadamente el 92% al nivel de los ácidos nucleicos entre cepas de diferentes familias. La determinación de la homología excluye cualesquiera secuencias distintas de ospC. Los miembros de la misma familia de ospC tienen perfiles antigénicos similares, por ejemplo provocan una respuesta inmunitaria contra cepas similares de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme. Las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria de forma inesperada provocan una respuesta inmunitaria contra bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lymede genoespecies diferentes a las genoespecies de las que se derivaron los polipéptidos que los componen. La familia A de OspC de Borrelia burgdorferi puede comprender las cepas B31, CA4, HII, IP1, IP2, IP3, L5, PIF, PKA, TXGW y las cepas de Borrelia que contienen el alelo de ospC OC1. La familia B de OspC de Borrelia burgdorferi puede comprender las cepas 35B808, 61BV3, BUR, DK7, PB3, ZS7 y las cepas que contienen los alelos de ospC OC2 y OC3. La familia I de OspC de Borrelia burgdorferi puede comprender las cepas 297, HB 19 y las cepas que contienen el alelo de ospC OC10, en la que la cepa 297 se caracteriza por un ospC con n.º de acceso de GenBank L42893. La familia K de OspC de Borrelia burgdorferi puede comprender las cepas 272, 297, 2 83 54, KIPP, MUL y las cepas que contienen los alelos OC12 y OC13 de ospC, en la que la cepa 297 se caracteriza por un ospC con n.º de acceso de GenBank U08284.
Dichas composiciones pueden comprender un polipéptido OspC o un fragmento del mismo de cada una de las familias A y B de OspC de Borrelia afzelii. La familia A de OspC de Borrelia afzelii puede comprender las cepas Pbo, Pwud, Pko, Pgau, DK2, DK3, DK21, DK8, Bfox y JSB. La familia B de OspC de Borrelia afzelii puede comprender las cepas DK5, ACA 1, DK9, XB 18h, Ple y 143M. Tal como se describe anteriormente para Borrelia burgdorferi las composiciones también incluyen polipéptidos quiméricos OspC de las familias A y B de Borrelia afzelii.
El polipéptido OspC puede ser un OspC quimérico que comprende al menos una región variable o porción de la misma de una proteína OspC de al menos un gen ospC. De forma alternativa, la región variable del polipéptido OspC puede estar codificada por un ácido nucleico que comprende los dos tercios 3' del gen ospC, desde aproximadamente el nucleótido 150 hasta aproximadamente el nucleótido 519 de un gen ospC (o desde aproximadamente el codón 50 hasta aproximadamente el codón 173). De forma alternativa, dicha región variable del polipéptido OspC está codificada por un ácido nucleico, en la que el ácido nucleico comprende, por ejemplo, desde el nucleótido 244 hasta aproximadamente el nucleótido 519 (o desde aproximadamente el codón 81 hasta aproximadamente el codón 173), el ácido nucleico desde aproximadamente el nucleótido 337 hasta aproximadamente el nucleótido 519 (o desde aproximadamente el codón 112 hasta aproximadamente el codón 173), el ácido nucleico desde aproximadamente el nucleótido 418 hasta aproximadamente el nucleótido 519 (o desde aproximadamente el codón 139 a aproximadamente el codón 173), el ácido nucleico desde aproximadamente el nucleótido 244 hasta aproximadamente el nucleótido 418 (o desde aproximadamente el codón 81 hasta aproximadamente el codón 139), el ácido nucleico desde aproximadamente el nucleótido 337 hasta aproximadamente el nucleótido 418 (o desde aproximadamente el codón 112 hasta aproximadamente el codón 139), y el ácido nucleico desde aproximadamente el nucleótido 150 hasta aproximadamente el nucleótido 243 (o desde aproximadamente el codón 50 hasta aproximadamente el codón 81) de un gen ospC.
Los polipéptidos quiméricos OspC que se describen en la presente memoria comprenden dos o más polipéptidos en los que un primer polipéptido es de un primer gen ospC desde aproximadamente el nucleótido 26 (o aproximadamente el codón 8) hasta aproximadamente el nucleótido 630 (o aproximadamente el codón 210). De forma alternativa, el primer polipéptido es desde aproximadamente el nucleótido 28. De forma alternativa, el primer polipéptido es desde aproximadamente el nucleótido 53. De forma alternativa, el primer polipéptido es desde aproximadamente el nucleótido 55. De forma alternativa, el primer polipéptido es hasta aproximadamente el nucleótido 621 de un primer gen ospC. De forma alternativa, el primer polipéptido es hasta aproximadamente el nucleótido 582 de un primer gen ospC. De forma alternativa, el primer polipéptido es hasta aproximadamente el nucleótido 576 de un primer gen ospC.
El OspC quimérico que se describe en la presente memoria comprende además un segundo polipéptido, en el que el segundo polipéptido se deriva de un segundo gen ospC desde aproximadamente el nucleótido 28 (o aproximadamente el codón 9) hasta aproximadamente el nucleótido 571 (o aproximadamente el codón 190).
Se entiende que los polipéptidos que comprenden el polipéptido quimérico pueden incluir nucleótidos adicionales o menos nucleótidos del gen ospC dado del que se deriva el polipéptido para simplificar la construcción del gen que codifica el polipéptido quimérico, por ejemplo para permitir el uso de sitios de restricción por endonucleasas convenientes o para permitir el ligado de fragmentos génicos de tal forma que se cree una región codificante contigua. Basándose en las directrices que se proporcionan en la presente memoria, una persona de experiencia ordinaria en la técnica fácilmente sería capaz de añadir o eliminar nucleótidos de los extremos de los fragmentos génicos que codifican los polipéptidos de la proteína quimérica OspC generando proteínas quiméricas sin ninguna experimentación o solo con experimentación rutinaria. Además, puede haber desde aproximadamente 1 hasta aproximadamente 10 aminoácidos adicionales en los extremos N- y/o C- de los polipéptidos y proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria y todavía mantener las propiedades que se describen en la presente memoria.
También se describen variantes o versiones alteradas de los polipéptidos OspC y ácidos nucleicos que codifican dichos polipéptidos. Tal como se usa en la presente memoria, una variante de un polinucleótido o polipéptido se refiere a una molécula que es sustancialmente similar o a la molécula entera o a un fragmento de la misma. Por ejemplo, cuando la molécula es un polipéptido, variante se refiere a una secuencia de aminoácidos que tiene uno o más amino ácidos alterados, en la que se mantiene una función biológica, estructura o capacidad antigénica de dicha secuencia o combinación de las mismas en la variante. La variante puede tener cambios "conservadores", en los que un aminoácido sustituido tiene propiedades estructurales o químicas similares, por ejemplo, sustitución de leucina por isoleucina. O una variante puede tener cambios "no conservadores", por ejemplo, sustitución de una glicina por un triptófano. Variaciones menores similares también pueden incluir deleciones o inserciones de aminoácidos, o ambas. De forma similar, cuando la molécula es un polinucleótido, variante se refiere a una secuencia que tiene uno o más nucleótidos alterados. La variante puede tener variaciones silentes, en las que el cambio no altera el aminoácido codificado por el triplete que comprende dicha variación o la variación no es silente, es decir, se generan alteraciones en los aminoácidos codificados.
Tal como se usa en la presente memoria, la expresión "versión alterada" se refiere a una secuencia de polinucleótidos o una secuencia de polipéptidos, en la que dicha secuencia tiene una o más diferencias respecto a una versión nativa o natural de dicha secuencia.
También se describe una molécula de ácido nucleico aislada que comprende una secuencia de nucleótidos que es homóloga a una o más de las secuencias quiméricas que se describen en la presente memoria, o sus complementos. Tal secuencia de nucleótidos muestra una homología o identidad entre las secuencias de al menos aproximadamente el 80%, con una de las secuencias quiméricas de OspC, de tal forma que la proteína codificada mantiene la capacidad antigénica e inmunógena de la proteína quimérica no alterada. Preferiblemente, las secuencias homólogas comparten al menos aproximadamente una homología o una identidad entre las secuencias del 90% respecto al ospC quimérico no alterado correspondiente. Secuencias particularmente preferidas tienen una homología de al menos aproximadamente el 95% o tienen esencialmente la misma secuencia.
Los ácidos nucleicos alterados y los ácidos nucleicos homólogos se hibridan con el ospC quiméricoencondiciones muy estrictas. Ausubel, F.M., y cols., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. y Wiley-Interscience 1987, y Sup. 49, 2000 contienen una descripción general de lo estricto de las condiciones de hibridación. Factores tales como la longitud de la sonda, la composición base, el porcentaje de no coincidencias entre las secuencias que se hibridan, la temperatura y la potencia iónica influyen en la estabilidad de los híbridos de los ácidos nucleicos. Así, lo estricto de las condiciones, suficientes para permitir la hibridación de los oligonucleótidos con la plantilla, puede variarse mediante optimización rutinaria generando condiciones muy estrictas.
De forma alternativa, lo estricto de las condiciones se describe en el documento WO 98/40404. En particular, en el documento WO 98/40404 se proporcionan ejemplos de condiciones muy estrictas, estrictas, reducidas y menos estrictas en la Tabla de la página 36. Ejemplos de lo estricto de las condiciones se muestran en la Tabla I a continuación que es del documento WO 98/40404 de Jacobs y cols.: lascondiciones muy estrictas son las que son al menos tan estrictas como por ejemplo, las condiciones A-F; las condiciones estrictas son al menos tan estrictas como, por ejemplo, las condiciones G-L; y las condiciones estrictas reducidas son al menos tan estrictas como, por ejemplo, las condiciones M-R.
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TABLA 1
1
2
3
\ddagger La longitud del híbrido es la anticipada para la(s) región(es) hibridada(s) de los polinucleótidos que se hibridan. Cuando se hibrida un polinucleótido con un polinucleótido diana de secuencia desconocida, la longitud el híbrido se asume que es la del polinucleótido que se hibrida. Cuando se hibridan polinucleótidos de secuencia conocida, la longitud del híbrido puede determinarse alineando las secuencias de los polinucleótidos e identificando la región o regiones de complementariedad óptima de las secuencias.
\dagger: SSPE (1xSSPE es NaCl 0,15 M, NaH_{2}PO_{4} 10 mM y EDTA 1,25 Mm a pH 7,4) puede sustituir a SSC (1 x SSC es NaCl 0,15 M y citrato sódico 15 mM) en los tampones de hibridación y de lavado; los lavados se realizan durante 15 minutos después de que se ha completado la hibridación.
*T_{B} - T_{R}: La temperatura de hibridación para los híbridos que se prevé que son de menos de 50 pares de bases de longitud debería ser de 5-10ºC menos que la temperatura de fusión (T_{f}) del híbrido, donde T_{f} se determina de acuerdo con las siguientes ecuaciones. Para los híbridos de menos de 18 pares de bases de longitud, T_{f}(ºC) = 2(n.º de bases A + T) + 4(n.º de bases G + C). Para los híbridos entre 18 y 49 pares de bases de longitud, T_{f}(ºC) = 81,5 + 16,6(log_{10}[Na+]) + 0,41(%G+C)-(600/N), donde N es el número de bases del híbrido, y [Na+] es la concentración de iones sodio en el tampón de hibridación ([Na+] para 1 x SSC = 0,165 M).
Tal como se usa en la presente memoria, "aislado" se refiere un ácido nucleico o polipéptido que ha sido extraído de su entorno original (por ejemplo, el entorno natural si es una molécula natural). Por ejemplo, el polinucleótido o ADN o polipéptido, que se separa de algunos o todos los materiales coexistentes en el sistema natural. Un polinucleótido aislado puede ser parte de un vector y/o composición, y todavía estar aislado porque el vector o composición no es parte de su entorno natural. Del mismo modo, los polipéptidos pueden ser parte de una composición y todavía estar aislados porque la composición no es parte de su entorno natural.
Las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria comprenden las proteínas o polipéptidos OspC tal como se describen anteriormente de dos o más familias de OspC de Borrelia que provocan la enfermedad de Lymetal como se describe en Tabla II. Dichas familias pueden comprender las familias de OspC de Borrelia burgdorferi A, B, I y K y las familias de OspC de Borrelia afzelii A y B. Las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria comprenden, por ejemplo, un primer polipéptido OspC codificado por un ácido nucleico que comprende una secuencia desde aproximadamente el codón 18 hasta aproximadamente el codón 210 de un primer gen ospC. De forma alternativa, la secuencia es desde aproximadamente el codón 8. De forma alternativa, la secuencia es hasta aproximadamente el codón 207. De forma alternativa, la secuencia es hasta aproximadamente el codón 194. De forma alternativa, la secuencia es hasta aproximadamente el codón 192. Las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria además comprenden, por ejemplo, un segundo polipéptido OspC que comprende un polipéptido variable OspC codificado por fragmentos de ácido nucleico tal como se describe anteriormente. De forma alternativa, la proteína quimérica comprende dos o más polipéptidos variables OspC tal como se describe anteriormente.
Las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria además comprenden, por ejemplo, un segundo polipéptido OspC codificado por un ácido nucleico que comprende una secuencia desde aproximadamente el codón 9 hasta aproximadamente el codón 190 de un segundo gen ospC.
Para las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria, al menos dos de dichos polipéptidos OspC o sus fragmentos inmunógenos están fusionados en una única proteína, una proteína quimérica, codificada por un único ácido nucleico, en el que no se encuentran dos polipéptidos adyacentes en dicha proteína de fusión en la misma configuración en una proteína OspC natural.
De forma alternativa, las proteínas OspC o las proteínas quiméricas que se describen en la presente memoria de Borrelia burgdorferi y Borrelia afzelii están combinadas en una composición.
También se describe un procedimiento para detectar una respuesta inmunitaria contra bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lymeen una muestra de un huésped. El procedimiento comprende poner en contacto la muestra del huésped con una composición que comprende polipéptidos OspC de cepas de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme, de tal forma que los anticuerpos contra OspC de dicha muestra, si estuvieran presentes, se unen a dichos polipéptidos OspC. La composición puede comprender uno o más polipéptidos OspC o un fragmento de los mismos de diagnóstico de dos familias de OspC de Borrelia burgdorferi que se seleccionan del grupo formado por A, B, I y K, excluyendo la composición formada por dos proteínas OspC en la que una proteína OspC es de la familia A de OspC y la segunda proteína OspC es de la familia I de OspC. Se detectan o miden los anticuerpos que se unen a los polipéptidos OspC de la composición; detectando así una respuesta inmunitaria contra bacterias Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme. De forma alternativa, la composición puede comprender al menos dos polipéptidos OspC de Borrelia o fragmento de diagnóstico de los mismos de dos familias de OspC de Borrelia afzelii que se seleccionan del grupo formado por A y B. De forma alternativa, la composición puede comprender polipéptidos OspC de Borrelia burgdorferi y Borrelia afzelii. De forma alternativa, la composición puede comprender uno o más polipéptidos de cada una de las familias A, B, I y K de Borrelia burgdorferi y de las familias A y B de Borrelia afzelii. La composición también puede comprender uno o más de los polipéptidos quiméricos que se describen en la presente memoria.
También se describen kits que comprenden uno o más polipéptidos OspC o polipéptidos quiméricos OspC o sus combinaciones, junto con tampones y reactivos de detección de anticuerpos adecuados para la detección o diagnóstico de cepas de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme. Los kits pueden comprender ácido nucleico lo suficientemente homólogo a los polipéptidos OspC o a los polipéptidos quiméricos OspC para detectar el ácido nucleico que codifica los genes ospC de las cepas de Borrelia que provocan la enfermedad de Lyme junto con reactivos para detectar la hibridación positiva con ADN diana o reactivos para ADN específico, por ejemplo.
En el contexto de un kit detección, "homólogo" se refiere a dos o más secuencias que comparten una similitud sustancial pero no son idénticas. Dos secuencias de ADN son "substancialmente similares" cuando al menos aproximadamente el 95% (preferiblemente al menos aproximadamente el 98%) de los nucleótidos coinciden en una longitud definida de las secuencias de ADN. Las secuencias que son sustancialmente homólogas pueden identificarse comparando las secuencias usando programas informáticos disponibles en bancos de datos de secuencias o en un experimento de hibridación de Southern, por ejemplo, en condiciones estrictas tal como se definen para ese sistema particular. La definición de las condiciones de hibridación está dentro de la experiencia de la técnica. Véase, por ejemplo, Ausubel y cols., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc., Nueva York; Sambrook y cols., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Para esta descripción, se consideran sustancialmente homólogas las secuencias de aminoácido que tienen, por ejemplo, una similitud superior al 90 por ciento.
Las composiciones de vacuna que se describen en la presente memoria provocan respuestas inmunitarias humorales y mediadas por células en un huésped. Además, las composiciones de diagnóstico que se describen en la presente memoria son capaces de detectar tanto las respuestas inmunitarias humorales como las mediadas por células de una muestra de un huésped usando técnicas de inmunodiagnóstico estándar.
Ejemplificación
Ejemplo 1
Técnicas Cepas de Borrelia
Se aislaron ciento cuarenta cepas de B. burgdorferi a partir delesionesprimarias de eritema migrans (EM), sangre o líquido cefalorraquídeo (LCR) de los pacientes en observación en el Centro para la enfermedad de Lyme de Stony Brook, Nueva York, el Centro para el Diagnóstico de la Enfermedad de Lyme en el New York Medical College, Valhalla, Nueva York o las prácticas privadas de los dos médicos colaboradores en el extremo este de Long Island o se obtuvieron en los Centros para el control de enfermedades (CDC). Todos los pacientes cumplían la definición para la vigilancia de los Centros para el Control de Enfermedades para la enfermedad de Lyme (CDC, Morb. Mortal. Wkly. Rep. 46:20-21, (1997)). Las cepas aisladas de piel, sangre y LCR se obtuvieron usando técnicas estándar (Barbour, A.G., Yale J. Biol. Med. 57:521-525, 1984; Berger, B.W. y cols., J. Clin. Microbiol. 30:359-361, 1992; Wormser, G.P. y cols., J. Clin. Microbiol. 36:296-298 (1998)). Se obtuvieron biopsias mediante sacabocados (punch) el borde de avance de la lesión de eritema migrans y se incubaron en medio BSK-H (Sigma, St. Louis, MO) a 34ºC para crear un cultivo. Existía poco sesgo en los cultivos según se determinó por análisis directo de los tejidos de las biopsias comparando con las cepas aisladas cultivadas (Seinost, G. y cols., Arch. Derm., 135:1329-1333, (1999)), al contrario que el aislamiento de B. burgdorferi a partir de garrapatas que no habían sido alimentadas (Norris, D.E. y cols., J. Clin. Microbiol. 35:2359-2364, (1997)). Además, se extrajeron veintidós secuencias de OspC de B. burgdorferi en sentido estricto de GenBank. Los datos de las garrapatas que se usaron eran o de GenBank o del estudio de Wang y cols.(Wang, I-N. y cols., Genetics 151:15-30 (1999)).
Aislamiento de ADN
Para aislar el ADN genómico de Borrelia, se recolectaron células en fase de crecimiento exponencial por centrifugación a 10.000 RPM durante 30 minutos a 4ºC. El sedimento de bacterias se resuspendió en tampón de Tris/solución salina (Tris 10 mM (a pH 7,5), NaCl 150 mM). Después se sedimentaron las bacterias y se volvieron a suspender en TNE (Tris 10 mM (pH 7,5), NaCl 150 mM, EDTA 1 mM). Se añadieron lisozima de preparación reciente (20 mg/mlen TNE), dodecil sulfato sódico (10%) y proteínasa K (20 mg/ml) y la mezcla se incubó a 50ºC durante una hora, seguido de tratamiento con ARNasa. El ADN se extrajo con fenol/cloroformo, se precipitó con etanol y se resuspendió en tampón TE.
Reacción en cadena de la polimerasa
El gen ospC se amplificó usando PCR, tal como se describe anteriormente (Wang, I-N. y cols., Genetics 151:15-30(1999)). El gen ospC se amplificó usando dos cebadores externos: 5'-AAA GAA TAC ATT AAG TGC GAT ATT-3' (+), SEC. ID. N.º: 1, empezando en la base 6; y 5'-GGG CTT GTA AGC TCT TTA ACT G-3' (-), SEC. ID. N.º: 4, terminando en la base 602. La mitad 5' de ospC se amplificó usando la SEC. ID. N.º: 1 y el cebador inverso, 5'-CAA TCC ACT TAA TTT TTG TGT TAT TAG-3' (-) SEC. ID. N.º: 2; terminando en la base 345. La mitad de 3' de ospC se amplificó usando el cebador, 5'-TTG TTA GCA GGA GCT TAT GCA ATA TC-3' (+), SEC. ID. N.º: 3, empezando en la base 289, y la SEC. ID. N.º: 4 como cebador inverso. Los cebadores externos amplificaron un fragmento de 597 pb. La amplificación de la mitad 5' produjo un fragmento de 340 pb mientras que la amplificación de la mitad 3' produjo un fragmento de 314 pb. Todos los números de las bases y los tamaños de los fragmentos amplificados se basan en la secuencia ospC de la cepa B31 (número de acceso de GenBank U01894), con el codón de inicio como base 1.
La amplificación se realizó en 50 \mul de una solución que contenía tampón para PCR Perkin-Elmer Cetus 10x (Tris-HCl 100 mM (pH 8,3), KCl 500 mM), MgCl_{2} 2,5 mM, desoxinucleósido trifosfatos a 0,2 mM por nucleótido, 2,5 U de polimerasaTaq (Perkin-Elmer/Cetus) y 0,5 \muM de cada cebador. La reacción de amplificación se realizó durante cuarenta ciclos en un ciclador térmico de ADN (PTC-100: MJ Research, Inc., Watertown, MA) con un perfil de amplificación de: desnaturalización a 95ºC durante 40 segundos, hibridación a 54ºC durante 35 segundos, y extensión a 72ºC durante 1 minuto, después de una etapa inicial de desnaturalización a 96ºC durante 2 minutos. Se incluyeron controles negativos en cada experimento para controlar la contaminación.
Análisis por SSCP frío
Se eligió el análisis por SSCP para caracterizar la variación genética de los fragmentos aislados del gen ospC basándose en su velocidad de detección satisfactoriamente alta de los polimorfismos y mutaciones puntuales de ADN en una variedad de posiciones en fragmentos de ADN (Orita, M. y cols., Proc. Natl. Acad Sci. 86:2766-2770. (1989)). Se han detectado mutaciones puntuales en fragmentos de hasta 800 pb de longitud (Michaud. J. y cols., Genomics. 13:389-394, (1992)). Sin embargo, existen indicios de que la capacidad del análisis por SSCP de detectar mutaciones comienza a declina de forma significativa cuando loa fragmentos de PCR se aproximan a 400 pb de tamaño (Hayashi, K., PCR Methods & Applications 1:34-38, (1991)). Por lo tanto, para lograr una alta eficacia de detección del polimorfismo de los nucleótidos, la longitud de los productos de la PCR que se usaron en la presente memoria era de 340 pb de la mitad 5' y 314 pb de la mitad 3' de OspC.
Se analizaron fragmentos del gen ospC de todas las ciento cuarenta cepas para determinar las variaciones genéticas mediante el protocolo de SSCP frío que se describe en Hongyo y cols. (Hongyo, T. y cols., Nucleic. Acid Res. 21:3637-3642. (1993)). En resumen, se añadieron de 5 a 15 \mul del producto de la PCR a una mezcla que contenía 4 \mul 5 x tampón de muestras TBE Ficoll (NOVEX, San Diego, CA) y 0,4 \mul de hidróxido de metilmercurio 1 \muM (Alfa Aesaer, Ward Hill. MA). La cantidad del producto de la PCR que se usó para el análisis por SSCP se estimó después de visualizar el producto de la PCR en un gel de agarosa con bromuro de etidio. La mezcla de muestra se calentó a 95ºC durante 4 minutos, después se enfrió sobre hielo antes de cargar los 20 \mul completos en el pocillo de muestras del gel. Las bandas más nítidas se observaron cuando la muestra se aplicó a un gel TBE al 20% previamente formado (NOVEX) en un sistema de electroforesis (ThermoFlow ETC Unit, NOVEX) con tampón de procesamiento 1,25 x TBE. La electroforesis de los productos del SSCP se realizó a temperatura constante de 8ºC durante 17 h a 240 voltios para revelar los desplazamientos de movilidad discernibles. Los geles se tiñeron con 0,5 \mul/ml de bromuro de etidio en 1x tampón TBE durante 25 minutos y se destiñeron en agua destilada durante 30 minutos. Las bandas teñidas se visionaron usando una caja de tinción UV a 340 nm. Las muestras que mostraban más de dos bandas de SSCP se volvieron a amplificar para determinar si las bandas encontradas eran alelos reales o producto de artefactos de la PCR. Se realizó
un análisis por SSCP en paralelo para detectar incluso los desplazamientos pequeños de la movilidad electroforética.
Secuenciación de ADN
El gen ospC o representantes de cada clase de movilidad se volvieron a amplificar. Los fragmentos de la PCR bicatenarios se purificaron mediante electroforesis en gel de agarosa y se sometieron a secuenciación automatizada de ADN usando reacciones de terminación con didesoxi fluorescente y los cebadores directos e inversos que se usaron originariamente para la amplificación por PCR.
Análisis estadístico
Se realizó el análisis de X^{2} de las tablas de contingencias. Este análisis prueba las diferencias significativas entre las distribuciones de las frecuencias. Las tablas eran de 2xN donde N es el número de grupos de ospC principales que se distinguen. El número medio esperado para cada elemento de la tabla debe ser aproximadamente seis o mayor para una prueba sin sesgos (Zar, J.H., Biostatistical Analysis, 3ª ed, página 206, (1996)). Esto quiere decir que el número de observaciones debería ser mayor de 6 veces 2N. Cuando el número medio esperado era inferior a seis, se combinaron los grupos de ospC principales con el menor número en la muestra hasta que los números de observaciones eran aproximadamente iguales o mayores de 12N.
Resultados Clases de movilidad de ospC cepas de B. burgdorferi aisladas en seres humanos
Ciento treinta y dos cepas aisladas de B. burgdorferi en sentido estricto de muestras de piel, sangre, y LCR de pacientes (Tabla II) se propagaron in vitro y se usaron como fuente de ADN para el análisis. El genotipo ospC de cada cepa se determinó mediante análisis por SSCP frío a partir del extremo 5' (340 pb) del gen y se confirmó por análisis de SSCP del extremo 3' (314 pb) de ospC. En todas las cepas aisladas de B. burgdorferi, la variación genética en el extremo 5' del gen se correspondía con la variación en el extremo 3'. Subsiguientemente se secuenciaron al menos dos muestras representativas de cada clase de motilidad del SSCP. Las secuencias de las mismas clases de motilidad eran idénticas en todas las muestras y cada clase de motilidad tenía una secuencia distinta. Por lo tanto, la sensibilidad y especificidad del análisis por SSCP era del 100%. A cada clase de motilidad en el SSCP se le dio el nombre de un alelo. Wang y cols. recientemente han descrito 13 alelos de ospC (Wang, I-N. y cols., Genetics 151:15-30). En la presente memoria se describen cinco clases de motilidad adicionales de ospC (OC), OC14-18. OC14 tiene la misma secuencia de ospC que el ospC de la cepa 2591.
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(Tabla pasa a página siguiente)
TABLA II Alineación de los grupos de ospC principales con los alelos de ospC identificados por análisis por SSCP
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^{1}Se proporciona una única secuencia de GenBank de cada tipo como ejemplo.
^{2}Número de cada grupo de ospC principal que se observa en sangre, líquido sinovial o líquido cefalorraquídeo. Este incluye tanto los datos de SSCP como los datos de la bibliografía, incluido GenBank.
*Los grupos P a S de B. burgdorferi en sentido estricto solo se encuentran en Europa. Los grupos R y S se excluyen del análisis debido a que en B. afzelii y B. garinii se encuentran alelos casi idénticos de ospC, lo que demuestra que estos grupos se crearon recientemente por la transferencia entre especies.
Infecciones múltiples
De las ciento treinta y dos cepas primarias aisladas en pacientes con la enfermedad de Lyme de este estudio, la mayoría contenían solamente una única cepa. Siete muestras de piel y una de LCR contenían dos cepas diferentes según se determinó mediante análisis por SSCP, proporcionando así un total de ciento cuarenta cepas diferentes. Los pares de alelos de ospC que se encontraron en especimenes de biopsias de eritema migrans con infecciones múltiples eran (OC1, OC12), (OC1, DC14), 2x(OC2, OC3), 2x(OC2, OC12), y (OC8, OC18). La muestra de LCR NY940657 contenía los alelos de ospC OC1 y OC12. Para la muestra de LCR 297, que se aisló en Connecticut, había dos secuencias de ospC publicadas en GenBank: L42893, que es análoga a OC10 y U08284, que es análoga a OC12. La diferencia entre los pares de las secuencias de ospC de ambas cepas es del 16,4%, lo que sugiere una infección del SNC por dos cepas SNC en esta muestra. En total, el 5,5% de todas las cepas aisladas que se describen en la presente memoria contenían dos cepas. Debido a que hasta el 50% de las garrapatas aisladas en la naturaleza están infectadas con múltiples cepas, la exposición a múltiples cepas en una única picadura de garrapata es habitual, lo que suscita la posibilidad de que las diferentes cepas sean diferencialmente patógenas.
A estas ciento cuarenta cepas para las que se determinó el alelo de ospC en la presente memoria, se añadieron veintidós cepas de secuencia ospC conocida de GenBank dando un total de ciento sesenta y dos. Cincuenta y una de estas cepas se obtuvieron en el este de Long Island; setenta y siete se obtuvieron en Westchester County, Nueva York, y el resto de otras áreas endémicas de los Estados Unidos (veintidós cepas) y Europa (doce cepas). Las cepas aisladas se dividieron en: las de las zonas de infección, las de las lesiones de piel de eritema migrans (ciento dieciocho cepas aisladas), y las de zonas secundarias, en las que la infección se había diseminado (cuarenta y cuatro cepas aisladas). Este último grupo incluía, por ejemplo, veinte de líquido cefalorraquídeo (LCR), veintitrés de sangre y una de líquido sinovial.
Grupos de ospC principales en cepas de B. burgdorferi aisladas en seres humanos
Sorprendentemente, tal como se describe en la presente memoria, las diferencias entre las secuencias de ospC entre las familias de B. burgdorferi en sentido estricto se podían clasificar en dos grupos. Los pares de genes ospC de la misma familia diferían en las secuencias de ácidos nucleicos en menos del dos por ciento mientras que los pares de genes ospC de familias distintas diferían en la secuencia de ácidos nucleicos en más del ocho por ciento. Wang y cols., definieron diecinueve grupos de ospC principales, denominados A a S (Wang, I-N. y cols., Genetics 151:15-30 (1999)). Tal como se describe en la presente memoria, se proporcionan dos grupos de ospC adicionales, denominados T y U. OC16 representa el grupo principal T y OC17 representa el grupo principal U (Tabla I). Las diferencias más bajas entre pares del grupo T y U con cualquier otro grupo de ospC principal son del 16,1% y 20,5% respectiva-
mente.
Los clones de B. burgdorferi son patógenos de forma diferencial
Tal como se describe en la presente memoria, los clones que representan grupos diferentes de ospC de Borrelia burgdorferi son patógenos de forma diferencial. Esto se demuestra por las distintas frecuencias entre los diversos grupos de ospC principales en las garrapatas, en la infección inicial de la piel, y en las infecciones diseminadas.
Las cepas de GenBank y de la bibliografía para las que se han determinado las secuencias de ospC se muestrearon ampliamente por todo el abanico geográfico de las especies y se eligieron independientemente de si eran de garrapatas o de seres humanos. Estas cepas proporcionaron una muestra pequeña pero aleatoria de las frecuencias de los grupos de ospC principales en las garrapatas y los seres humanos. Tal como se demuestra en la presente memoria, se encontró que la frecuencia de los grupos de ospC principales de las cepas aisladas en seres humanos era significativamente diferente de la frecuencia que se encontró en las garrapatas de Long Island. La Tabla III muestra que la distribución de la frecuencia de las cepas de piel del este de Long Island difiere significativamente de la de las cepas de las garrapatas que se recogieron en la misma zona.
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TABLA III
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El análisis que se proporciona en la presente memoria de todos los grupos de ospC que se presentan en este estudio demostró que la mayoría de los grupos se encuentran tanto en las garrapatas como en los seres humanos (Tabla II). Sin embargo, los grupos principales A, B, I y K predominaban en los seres humanos, y los grupos A y K eran los que más frecuentemente se encontraban. (Figura 1).
El patrón de la capacidad patógena de los diversos clones tal como se demuestra mediante la frecuencia en la zona primaria de infección, la piel, comparada con la frecuencia en las zonas secundarias reveló que sólo se encontraban cuatro grupos principales (A, B, I y K) tanto en la piel como en las zonas secundarias (compárense las Tablas III y IV). Todos los otros grupos principales se encontraban solo en la piel. Cuando todos los grupos con tres o menos cepas aisladas se combinan formando el grupo combinado de la Tabla IV, una prueba de contingencia de 2 por 8 que compara la distribución de la frecuencia en la piel con las zonas secundarias da una significación de p<0,005. Cuando no se combinan los grupos, una prueba de contingencia de 2 por 15 todavía es significativa (X^{2} = 24,07 con 14 grados de libertad, p<0,05). La distribución de las cepas de zonas primarias y secundarias indicaba que sólo algunos de los grupos principales, A. B, I y K provocan la enfermedad diseminada. Tal como se describe en la presente memoria, éstos se denominan clones invasivos, mientras que los otros clones se denominan clones no
invasivos.
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TABLA IV
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Tal como se describe en la presente memoria, los diferentes clones de B. burgdorferi en sentido estricto, definidos por los grupos de ospC, son patógenos de forma diferencial. Algunos grupos, muy raramente, o nunca, provocan enfermedad en los seres humanos por ejemplo los grupos de ospC D, E, F y L. Algunos grupos provocan una infección local en la zona de picadura de la garrapata, pero no enfermedad sistémica, por ejemplo los grupos de ospC G, H, J y T. Finalmente, existen algunos grupos que son responsables de la enfermedad sistémica; estos son los grupos de ospC A, B, I y K. Los hallazgos de los presentes inventores indican que todas las infecciones sistémicas por B. burgdorferi en sentido estricto en seres humanos son provocadas por cepas de estos cuatro grupos de ospC.
La Figura 1 muestra la distribución de las frecuencias de los grupos de ospC principales entre las cepas aisladas de B. burgdorferi en garrapatas Ixodes scapularis del este de Long Island, n = 72, (A); en lesiones de eritema migrans, n = 118, (B); y en zonas secundarias de infección, n = 44, (C). El porcentaje de grupo A más K aumentó del 23% en las cepas aisladas en garrapata, al 47% en las cepas aisladas en la piel y al 84% en las zonas secundarias. La longitud de la barras de la Figura 1 reflejan este aumento, manteniendo constante la longitud de los grupos A y K combinados. En la piel, se han combinado los grupos C, D, E, M, N, O, T y U dado que sus frecuencias individuales son de 0,025 o menores. Esta combinación de grupos, cuando se concentra forma el 12,7% del número total de
cepas.
Se realizó un análisis similar para Borrelia afzelii. Elanálisis incluía los alelos de ospC de 21 cepas de GenBank y 12 cepas secuenciadas para este estudio. Estas secuencias podían clasificarse en 20 grupos principales donde un grupo se define por una diversidad entre las secuencias inferior al 1% dentro del grupo y una diferencia entre las secuencias de al menos el 7,7% entre grupos diferentes. Hay dos excepciones a esta regla que fueron provocadas por una deleción en un gen ospC y una transferencia entre especies de una pequeña parte de ADN en otro gen ospC. Cuando se eliminaron estas secciones anómalas, todos los alelos de ospC se podían clasificar en 20 grupos. Sólo dos grupos contenían cepas con infecciones crónicas - los grupos A y B. Por analogía con el estudio de B. burgdorferi, parece que sólo dos grupos son patógenos en B. afzelii.
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Ejemplo 2
Expresión de proteínas e inmunotransferencia Expresión de proteínas
Escherichia coli (cepa BL21 (pLysS) o cepa B834 (DE3)) fueron transformadas con el plásmido que codificaba las proteínas recombinantes quiméricas de Borrelia (RCBP) y se cultivaron en 10 ml de medio LB (5 g/l de NaCl, 10 g/l de triptona, 5 g/l de extracto de levadura, 25 mg/l de cloramfenicol y 50 mg/l de ampicilina) a 37ºC, agitando. Cuando se alcanzó una densidad óptica a 600\lambda de 0,3-0,4 unidades, se indujo la expresión de recombinantes proteínas añadiendo IPTG (B-D-tiogalactopiranosida isopropílico) hasta una concentración final de 0,5 mM y las células se cultivaron durante tres horas más. Los cultivos se recolectaron por centrifugación a 3800 x g durante cinco minutos. Las células se volvieron a suspender en NaPO_{4} 20 mM, a pH 7,7 y se almacenaron a -20ºC hasta la mañana siguiente. Una vez descongelados, los extractos en bruto se incubaron con ADNasa (2 \mug/ml)en presencia de MgCl_{2} 2,5 mM a temperatura ambiente durante treinta minutos, se centrifugaron a 14000 rpm (Eppendorf 5417C) durante cinco minutos y 5 \mul de la muestra de proteína se pasó por SDS-PAGE que o se tiñó con azul de Commassie o se usó para la inmunotransferencia. Las muestras de proteína se solubilizaron, habitualmente con un tampón que contenía dodecilsulfato sódico (SDS) y en casos seleccionados con agentes reductores tales como ditiotreitol (DTT) o 2-mercaptoetanol (2-ME). Tras la solubilización, el material se separó por SDS-PAGE. Las proteínas después se transfirieron por electroforesis a una membrana de difluoruro de polivinilideno (PVDF, Immobilon-P®, Millipore). La transferencia de proteínas se controló mediante un procedimiento de tinción reversible, Ponceau S. Se preparó la membrana teñida y la membrana se destiñó empapando en agua durante 10 minutos. Todos los sitios de unión no específicos de las proteínas y de la membrana se bloquearon sumergiendo la membrana en una solución que contiene un agente de bloqueo de proteína o detergente (leche al 5% en solución salina tamponada con Tris (TBS) Tween-20® al 0,1 %). Después, las membranas se incubaron con anticuerpo primario (o un anticuerpo monoclonal o suero humano de eritema migrans por enfermedad de Lyme). La membrana se lavó y los complejos de anticuerpo y antígeno se identificaron usando la enzima fosfatasa alcalina (AP) acoplada a anticuerpos secundarios, bien contra inmunoglobulina G (contra IgG de ratón) para detectar el anticuerpo monoclonal o contra IgA+IgG+lgM humanas para detectar los anticuerpos en suero. Después se usó un sustrato cromógeno para la fosfatasa alcalina para visualizar la actividad.
Ejemplo 3
Caracterización serológica - ELISA (Ensayo de inmunoabsorción ligado a enzimas) Inmovilización de RCBP sobre placas de ELISA, determinación de la unión óptima de RCBP
Se usó una solución de RCBP purificadas en tampón de fosfato sódico, a pH 9,0 para recubrir placas de micropocillos comerciales (MaxiSorp®, Nunc). Las proteínas recombinantes OspC de Borrelia se describen en la Tabla V. El procedimiento de recubrimiento fue el siguiente: se añadieron 100 \mul de una solución que contenía la concentración apropiada de cada RCBP a cada pocillo y la placa de micropocillos se incubó durante una hora a temperatura ambiente o 4ºC hasta la mañana siguiente. La solución de antígeno se eliminó de los pocillos, la placa se lavó tres veces con solución salina tamponada con fosfato (PBS) a pH 9,0, y se añadieron 200 \mul de solución de bloqueo (fracción V BSA al 2% (Sigma) en PBS). Tras una incubación de 30 minutos a 37ºC, las placas se lavaron tres veces con PBS, se envolvieron en plástico y se almacenaron a 4ºC hasta su uso. Se midió la unión de las RCBP individuales usando anticuerpos monoclonales específicos para OspA u OspC seguido (después de lavar) de un anticuerpo secundario de cabra contra anticuerpo de ratón conjugado con fosfatasa alcalina. Se encontró que el límite superior de la unión a proteínas superaba el intervalo de operación del anticuerpo monoclonal que se usó para medirlo, y se encontró que el protocolo de bloqueo estándar saturaba con éxito esta elevada capacidad de unión a proteínas, arrojando lecturas de ruido de fondo bajas en los pocillos de control. Los resultados de estos experimentos indicaron que una concentración de proteína de 0,5 \mug/ml en el tampón de recubrimiento era óptima para cada una de las RCBP analizadas. No se encontró que fuera necesario inmovilizar las proteínas quiméricas en una relación molar específica entre unas y otras; sólo que debía haber suficiente de cada proteína unida de forma que los epítopos de esa proteína quimérica no fueran limitantes en los ensayos de ELISA subsiguientes usando suero de pacientes. Con fines prácticos, se encontró que estas condiciones se cumplían cuando el ensayo de captura con anticuerpos monoclonales alcanzaba una absorbancia de aproximadamente 1,5 unidades o más para cada anticuerpo monoclonal de ratón, con un epítopo específico representado en una de las proteínas quiméricas sobre la superficie del pocillo. Si fuera necesario, sin embargo, pueden ajustarse las concentraciones de las proteínas individuales de la mezcla para lograr los niveles deseados de proteína inmovilizada usando optimización rutinaria. Aunque la cantidad de cada RCBP unida a la superficie del pocillo y la cantidad de cualquier epítopo expuesto a la solución varía algo de una proteína a otra, se encontró que la cantidad de epítopo unido no era limitante dentro del intervalo operativo del ELISA.
Pruebas ELISA
El procedimiento estándar para las pruebas de ELISA era el siguiente: se diluyeron muestras de suero humano 1:100 en diluyente de especimenes (suero bovino fetal al 10% en PBS a pH 9,0) y se añadieron 100 \mul de cada muestra a los micropocillos de una placa ELISA que había sido recubierta con antígeno tal como se describe anteriormente. Tras la incubación durante 1 hora a 37ºC, las muestras se retiraron y las placas se lavaron tres veces en TBS-Tween™ (Tris 0,5 M a pH 7,2; NaCl 1,5 M; Tween™ al 0,5%). Antisuero de cabra contra Ig humanas conjugadas con fosfatasa alcalina específico para IgM (Fc) o IgG (Fab), (Jackson Immuno Research Laboratories) se diluyó 1:1000 en PBS, a pH 7,4 y se añadieron 100 \mul de la solución a cada pocillo. Tras la incubación durante treinta minutos a 37ºC, las placas se lavaron tres veces con TBS-Tween™ y se añadieron 100 \mul de la solución sustrato (5 mg de comprimidos de p-nitrofenilfosfato disueltos en 1 X tampón de sustrato dietanolamina proporcionando una solución de 2 mg/ml - Kirkegaard Perry Laboratory) a cada pocillo pocillo. Las placas se incubaron durante treinta minutos a 37ºC y se añadieron 100 \mul de solución de terminación (EDTA al 5%) a cada pocillo. Se leyó la absorbancia a 410 nm en un lector de microplacas (Dynatech). Una muestra se consideraba positiva si producía una absorbancia media superior a la media de los controles negativos más tres desviaciones típicas. Se midió la reactividad cruzada contra suero de pacientes con sífilis, lupus eritematoso sistémico, artritis reumatoide así como trabajadores de campo de zonas endémicas y trabajadores de campo de zonas no endémicas.
Usando la prueba ELISA que se describe anteriormente, se analizó el suero de diversos pacientes. Los pacientes con eritema migrans agudo (EMA) tenían infecciones tempranas, localizadas, tipificadas por la presencia de eritema migrans (EM) bien definido en pacientes de un área endémica. Los pacientes con infecciones diseminadas tempranas (AD), y diseminadas agudas (AgD) se tipificaron en base al EM y uno de los siguientes: lesiones de EM adicionales, bloqueo de AV, anormalidades neurológicas (por ejemplo, parálisis del VII par craneal) o meningitis. Los pacientes agudos convalecientes (AgC) se obtuvieron de los mismos pacientes que los AD y AgD, 2-4 semanas después. También se analizó el suero de los CDC de pacientes con sífilis bien documentada (S), también se obtuvo suero de SUNY en Stony Brook, División de Reumatología de pacientes con Lupus eritematoso sistémico (LES) bien documentado o de pacientes con artritis reumatoide (AR) bien documentada. Los sueros de trabajadores del campo de zonas endémicas (End), se obtuvieron de trabajadores que trabajaban en el campo de Long Island, que es endémico para la enfermedad de Lyme. Se obtuvieron sueros de zonas no endémicas (NEnd), de trabajadores que trabajaban en el campo de Arizona, que no es endémico para la enfermedad de Lyme. Además, se analizó el suero de trabajadores del campo de zonas endémicas (End) y de trabajadores del campo de zonas no endémicas (NEnd). Los polipéptidos de la presente invención se usaron para analizar estos diversos sueros tal como se resume en la Figura 8.
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TABLA V
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Ejemplo 4
Inmunización de ratones con proteínas quiméricas OspC como inmunógeno
Ratones BALB/c hembra, de cuatro a cinco semanas de edad, se inmunizaron con 5 \mug de proteínas quiméricas OspC en 100 \mul de adyuvante de hidróxido de aluminio por inyección SC (subcutánea). Se usaron cinco ratones para cada grupo. Para el control negativo, se inmunizaron cinco ratones BALB/c hembra con 100 \mul de hidróxido de aluminio solo. Dos semanas después de la inmunización, los ratones recibieron un refuerzo con el mismo antígeno y dos semanas después de eso se administró un refuerzo igual. Una semana después de cada refuerzo, se extrajo sangre de cada ratón (incluidos los controles negativos) y se analizó el suero, usando el procedimiento de ELISA que se describe anteriormente, para determinar la presencia de los anticuerpos contra las respectivas proteínas quiméricas OspC.
Los Ratones se inmunizaron con proteínas quiméricas según la Tabla VI siguiente.
TABLA VI
11
Se usaron varios tipos de OspC únicas de B. burgdorferi en sentido estricto, OspCB31, OspC2, OspC5, OspC7, OspC10, OspC12 y una única OspC de B. afzelii, Ctro, como antígenos en un ELISA para analizar el suero extraído a los ratones inmunizados. Tal como se muestra en las Figuras 2 y 3, unlipC2C10 y unlipC2C12 provocaron una respuesta inmunitaria en forma de anticuerpos, (una respuesta humoral) contra un amplio abanico de familias de OspC, después de la primera y segunda extracciones de sangre, respectivamente. Después, se usó el suero de ratones inmunizados con unlipC2C10, unlipC2C12, LipCB31 y LipC12 para analizar polipéptidos de OspC únicos de varias cepas de las tres especies génicas de Borrelia: Borrelia burgdorferi, Borrelia afzelii y Borrelia garinii.
Tal como se muestra en la Figura 4, se analizaron 13 cepas diferentes de B. burgdorferi en sentido estricto (B.b.s.s.) para determinar la reactividad con los sueros que se describen anteriormente. Los sueros de los ratones inmunizados con LipCB31 y LipC12, que era el tratamiento de referencia de este experimento, detectaron 12/13 de las cepas B.b.s.s analizadas. Los sueros de ratones inmunizados con C2C12 no lipidada detectaron 8/13de las cepas analizadas. El uso de las formas no lipidadas de estas proteínas como inmunógenos de vacunación o como antígenos de diagnóstico es deseable porque el rendimiento del producto por vector de expresión es mucho mayor y las proteínas son mucho más fáciles de purificar. Estas dos razones por sí solas hacen la producción de estas proteínas menos costosa.
Tal como se muestra en la Figura 5, las proteínas quiméricas unlipC2C10 y unlipC2C12 de la presente invención provocaron una respuesta inmunitaria que detectó 5/6, y 6/6 de las cepas analizadas, comparadas con las proteínas lipidadas LipC12 y LipCB31 del tratamiento de referencia, que detectaron 5/6 y 3/6de las cepas, respectivamente. Cuando se comparan con la OspC2 parental no lipidada (rOspC2), las proteínas quiméricas unlipC2C10 y unlipC2C12 provocaron una respuesta inmunitaria y detectaron más cepas que el tratamiento de referencia ((0/6) comparado con (5/6)y (6/6) respectivamente). Este resultado no estaba previsto ni era de esperar.
En otro experimento, tal como se muestra en las Figuras 6 y 7, las proteínas quiméricas de la presente invención provocaron una respuesta inmunitaria significativa en todas las 18 cepas diferentes de B. afzelii (Fig. 6) y todas las 21 cepas diferentes de B. garinii (Fig. 7). Por ejemplo, las quimeras unlipC2C10 y unlipC2C12 detectaron 12 y 18 de las 18 cepas de B. afzelii, respectivamente, comparado con 0/18 detectadas por la C2 parental no lipidada. Las mismas quimeras detectaron 14 y 20 de las 21 cepas de B. garinii, respectivamente, comparadas con 0/21 detectadas por la C2 parental no lipidada. Además, los tratamientos de referencia LipCB31 y LipC12 detectaron 2 y 17 de las 18 cepas de B. afzelii, respectivamente y 2 y 15 de las 21 cepas de B. garinii. Estos resultados indican que, al contrario que LipOspCB31, LipOspC12 y unlipOspC2, la C2C10 no lipidada y la C2C12 no lipidada que se usaron como inmunógenos provocaron una respuesta inmunitaria significativa en todas las diferentes cepas de B. burgdorferi, B. afzelii y B. garinii que se analizaron.
Se construyeron quimeras adicionales que se recogen en la Tabla VII.
TABLA VII Polipéptidos OspC y polipéptidos quiméricos de la presente invención
13
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\vskip0.400000\baselineskip
<110> Research Foundation of the State University of New York Brook Biotechnologies, Inc.
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\vskip0.400000\baselineskip
<110> Dattwyler, Raymond J.
\hskip1cm Seinost, Gerald
\hskip1cm Dykhuizen, Danial
\hskip1cm Luft, Benjamin J.
\hskip1cm Maria J.C. Gomes-Solecki
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Grupos de Borrelia burgdorferi y Borrelia afzelii que provocan la enfermedad de Lyme en los seres humanos
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<130> 2631.1002-003
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/140.042
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 18-06-1999
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 84
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<170> FastSEQ para Windows Versión 4.0
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 1
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
aaagaataca ttaagtgcga tatt
\hfill
24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 2
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
caatccactt aatttttgtg ttattag
\hfill
27
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 26
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ttgttagcag gagcttatgc aatatc
\hfill
26
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 4
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gggcttgtaa gctctttaac tg
\hfill
22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 573
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(573)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 5
14
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 190
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 6
15
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 557
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(557)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 7
16
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 184
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 8
17
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 579
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(579)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 9
18
19
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 192
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 10
20
21
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 582
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(582)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 11
22
23
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 193
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 12
24
25
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 576
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(576)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 13
26
27
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 191
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 14
28
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 576
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(576)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 15
29
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 16
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 191
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 16
30
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 573
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(573)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 17
31
32
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 190
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 18
\vskip1.000000\baselineskip
33
34
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 553
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(553)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 19
35
36
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 183
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 20
37
38
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 582
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(582)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 21
39
40
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 193
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Borrelia burgdorferi
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 22
41
42
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 23
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1128
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(1128)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 23
43
44
45
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 374
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 24
46
47
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 25
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1124
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(1124)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 25
48
49
50
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 26
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 373
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 26
51
52
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1137
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(1137)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 27
53
54
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 28
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 378
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 28
55
56
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 29
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1133
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(1133)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 29
57
58
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 30
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 377
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 30
59
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 31
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1112
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Quimera de OspC
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\vskip0.400000\baselineskip
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<210> 71
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1179
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Quimera de ospC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(1179)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 71
135
136
137
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 72
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 392
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Quimera de ospC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 72
138
139
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 73
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1178
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Quimera de ospC
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
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<221> SC
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)...(1178)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 73
140
141
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 74
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 391
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<212> PRT
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<213> Quimera de ospC
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 74
142
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<210> 75
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<211> 1178
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<212> ADN
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<213> Quimera de ospC
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
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<221> SC
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<222> (1)...(1178)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 75
143
144
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<210> 76
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 391
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<212> PRT
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<213> Quimera de ospC
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 76
145
146
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<210> 77
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<211> 1230
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Quimera de ospC
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> SC
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<222> (1)...(1230)
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 77
147
148
149
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 78
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 408
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Quimera de ospC
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<400> 78
150
151
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<210> 79
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<211> 1209
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Quimera de ospC
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<220>
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<221> SC
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<222> (1)...(1209)
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<400> 79
152
153
154
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 80
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<211> 401
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
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<213> Quimera de ospC
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 80
155
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 81
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<211> 1205
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Quimera de ospC
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
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<221> SC
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<222> (1)...(1205)
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<400> 81
156
157
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<210> 82
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<211> 400
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<212> PRT
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<213> Quimera de ospC
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<400> 82
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 83
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<211> 1236
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<212> ADN
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<213> Quimera de ospC
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<220>
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<221> SC
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<222> (1)...(1236)
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<400> 83
159
160
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<210> 84
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<211> 410
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<212> PRT
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<213> Quimera de ospC
\newpage
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<400> 84
161
162

Claims (17)

1. Una composición de vacuna que comprende uno o más excipientes, adyuvantes, tampones, proteínas portadoras o conservantes o una combinación de los mismos y un agente inmunógeno, en la que el agente inmunógeno está constituido por uno o más polipéptidos OspC de cada una de las familias de OspC de Borrelia burgdorferi que se seleccionan del grupo formado por: A, B, I y K, en la que la familia A de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029860 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029860, la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029861 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029861, la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029869 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029869 y la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank U08284 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank U08284.
2. La composición de reivindicación 1:
(a) en la que dicho polipéptido OspC comprende la región variable de la proteína OspC codificada por los nucleótidos 150-519 de un gen ospC; o
(b) en la que dicho polipéptido OspC está codificado por un ácido nucleico que comprende desde el nucleótido 26 hasta aproximadamente el nucleótido 621 de un gen ospC; o
(c) en la que dicho polipéptido OspC está codificado por un ácido nucleico que comprende desde el nucleótido 53 hasta el nucleótido 570 de un gen ospC; o
(d) en la que al menos dos de dichos polipéptidos OspC están fusionados en una única proteína, codificada por un único ácido nucleico, en la que los polipéptidos de dicha proteína de fusión no se encuentran en la misma configuración en una proteína OspC natural.
3. La composición de reivindicación 2, en la que
(a) la familia A de OspC de Borrelia burgdorferi comprende las cepas B31, CA4, HII, IPI, IP2, IP3, L5, PIF, Pka, Txgw y las cepas que contienen alelo de ospC OC1; o
(b) la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi comprende las cepas 35B808, 61BV3, BUR, DK7, PB3, ZS7 y las cepas que contienen los genes ospC OC2 y OC3; o
(c) la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi comprende la cepa HB19, las cepas que contienen gen ospC OC10 y el número de acceso de GenBank L42893, o
(d) la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi comprende las cepas 272, 28354, KIPP, MUL, las cepas que contienen el gen ospC OC12 y OC13 y el número de acceso de GenBank U08284.
4. Uso de una composición para la fabricación de un medicamento para inmunizar un animal contra la enfermedad de Lyme diseminada, en el que dicha composición comprende uno o más excipientes, adyuvantes, tampones, proteínas portadoras o conservantes o una combinación de los mismos y un agente inmunógeno en el que el agente inmunógeno está formado por uno o más polipéptidos OspC de cada una de las familias de OspC de Borrelia burgdorferi que se seleccionan del grupo formado por: A, B, I y K, en la que el familia A de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029860 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029860, la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029861 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029861, la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029869 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029869 y la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank U08284 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank U08284 de tal forma que el animal genera una respuesta inmunitaria contra los polipéptidos OspC.
5. El uso de la reivindicación 4, en el que
(a) uno o más de dichos polipéptidos OspC comprende la región variable de la proteína OspC codificada por los nucleótidos 150-519 de un gen ospC; o
(b) uno o más de dichos polipéptidos OspC está codificado por un ácido nucleico que comprende desde el nucleótido 26 hasta el nucleótido 621 de un gen ospC; o
\newpage
(c) uno o más de dichos polipéptidos OspC o un fragmento del mismo está codificado por un ácido nucleico que comprende desde el nucleótido 53 hasta el nucleótido 570 de un gen ospC; o
(d) al menos dos de dichos polipéptidos OspC están fusionados en una única proteína, codificada por un único ácido nucleico, en la que los polipéptidos de dicha proteína de fusión no se encuentran en la misma configuración en una proteína OspC natural.
6. El uso de una cualquiera de las reivindicaciones 4-5, en el que
(a) la familia A de OspC de Borrelia burgdorferi comprende las cepas B31, CA4, HII, IPI, IP2, IP3, L5, PIF, Pka, Txgw y las cepas que contienen alelo de ospC OC1; o
(b) la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi comprende cepas 35B808, 61BV3, BUR, DK7, PB3, ZS7 y las cepas que contienen los genes ospC OC2 y OC3; o
(c) la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi comprende la cepa HB19, las cepas que contienen gen ospC OC10 y el número de acceso de GenBank L42893; o
(d) la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi comprende las cepas 272, 28354, KIPP, MUL, las cepas que contienen el gen ospC OC12 y OC13 y el número de acceso de GenBank U08284.
7. Un procedimiento para detectar, en una muestra de un huésped, una respuesta inmunitaria contra Borrelia asociada a la enfermedad de Lyme diseminada que comprende:
a) poner en contacto la muestra del huésped con una composición que comprende los polipéptidos OspC de cepas de Borrelia asociadas a la enfermedad de Lyme diseminada, de tal forma que los anticuerpos contra OspC, si estuvieran presentes en dicha muestra, se unen a dichos polipéptidos OspC, en el que dicha composición está formada por uno o más polipéptidos OspC de cada una de las familias de OspC de Borrelia burgdorferi que se seleccionan del grupo formado por A, B, I y K, en el que la familia A de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029860 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029860, la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029861 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029861, la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029869 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029869 y la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank U08284 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank U08284, y
b) detectar los anticuerpos que se han unido a dichos péptidos OspC; detectando así una respuesta inmunitaria contra Borrelia asociada a la enfermedad de Lyme diseminada.
8. El procedimiento de reivindicación 7, en el que
(a) uno o más de dichos polipéptidos OspC comprenden la región variable de la proteína OspC codificada por los nucleótidos 150-519 de un gen ospC; o
(b) uno o más de dichos polipéptidos OspC están codificados por un ácido nucleico que comprende desde el nucleótido 26 hasta el nucleótido 621 de un gen ospC; o
(c) uno o más de dichos polipéptidos OspC o un fragmento de los mismos están codificados por un ácido nucleico que comprende desde el nucleótido 53 hasta el nucleótido 570 de un gen ospC; o
(d) al menos dos de dichos polipéptidos OspC están fusionados en una única proteína, codificada por un único ácido nucleico, en la que los polipéptidos de dicha proteína de fusión no se encuentran en la misma configuración en una proteína OspC natural.
9. El procedimiento de reivindicación 8, en la que
(a) la familia A de OspC de Borrelia burgdorferi comprende las cepas B31, CA4, HII, IPI, IP2, IP3, L5, PIF, Pka, Txgw y las cepas que contienen alelo de ospC OC 1; o
(b) la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi comprende cepas 358808, 61BV3, BUR, DK7, PB3, ZS7 y las cepas que contienen los genes ospC OC2 y OC3; o
(c) la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi comprende la cepa HB19, las cepas que contienen gen ospC OC10 y el número de acceso de GenBank L42893, o
(d) la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi comprende las cepas 272, 28354, KIPP, MUL, las cepas que contienen el gen ospC OC12 y OC13 y el número de acceso de GenBank U08284.
10. Una proteína quimérica formada por los polipéptidos OspC de cada una de las familias de OspC que se seleccionan del grupo formado por A, B, I y K, en la que la familia A de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029860 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029860, la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029861 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029861, la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029869 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029891 y la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank U08284 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank U08284.
11. La proteína quimérica de la reivindicación 10, que comprende:
a) un primer polipéptido OspC codificado por un ácido nucleico que comprende una secuencia desde el nucleótido 26 hasta el nucleótido 621 de un gen ospC de una primera familia de OspC y un segundo polipéptido OspC codificado por un ácido nucleico que comprende una secuencia desde el nucleótido 28 hasta el nucleótido 570 de un gen ospC de una segunda familia de OspC; o
b) un primer polipéptido OspC codificado por un ácido nucleico que comprende una secuencia desde el nucleótido 53 hasta el nucleótido 570 de un gen ospC de una primera familia de OspC y un segundo polipéptido OspC codificado por un ácido nucleico que comprende una secuencia desde el nucleótido 28 hasta el nucleótido 570 de un gen ospC de una segunda familia de OspC.
12. La proteína quimérica de la reivindicación 10 u 11, en la que dicha proteína no está lipidada.
13. Una proteína quimérica OspC que se selecciona del grupo formado por: SEC. ID N.º: 24, 26, 28, 30, 34, 36, 42, 52, 54, 58, 60, 64, 66, 70, 72, 78, 80, 82, 84 y 86.
14. Un ácido nucleico aislado que codifica una proteína quimérica en la que dicha proteína está formada por: polipéptidos OspC de cada una de las familias de OspC que se seleccionan del grupo formado por las familias A, B, I y K de OspC de Borrelia burgdorferi, en el que la familia A de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029860 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029860, la familia B de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029861 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029861, la familia I de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank AF029869 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank AF029869 y la familia K de OspC de Borrelia burgdorferi se caracteriza por el número de acceso de GenBank U08284 y genes ospC que tienen una identidad de al menos el 98% con el número de acceso de GenBank U08284.
15. El ácido nucleico aislado de la reivindicación 14, en el que:
a) dicho ácido nucleico comprende una secuencia desde el nucleótido 26 hasta el nucleótido 621 de un gen ospC de una primera familia de ospC y una secuencia desde el nucleótido 28 hasta el nucleótido 570 de un gen OspC de una segunda familia de OspC; o
b) dicho ácido nucleico comprende una secuencia desde el nucleótido 53 hasta el nucleótido 570 de un gen ospC de una primera familia de OspC y un ácido nucleico que comprende una secuencia desde el nucleótido 28 hasta el nucleótido 570 de un gen ospC de una segunda familia de OspC.
16. Un ácido nucleico aislado que se selecciona del grupo formado por: SEC. ID. N.º: 23, 25, 27, 29, 33, 35, 51, 53, 59, 63, 65, 69, 77, 79, 81, 83 y 85.
17. Una composición de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 y 3 para usar en terapia, por ejemplo la terapia de la enfermedad de Lyme diseminada.
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