ES2313962T3 - Antigenos de cryptoosporidium parvun, anticuerpos dirigidos contra ellos y composiciones terapeuticas y de diagnostico basadas en los mismos. - Google Patents

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Abstract

Un polipéptido inmunogénico aislado de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido que contiene la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO:2, o un fragmento inmunogénico del mismo que contiene por lo menos 15 aminoácidos y (b) un polipéptido que tiene por lo menos un 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO:2.

Description

Antígenos de Cryptosporidium parvum, anticuerpos dirigidos contra ellos y composiciones terapéuticas y de diagnóstico basadas en los mismos.
Ámbito técnico
La presente invención se refiere en general a antígenos protozoicos y a genes que los codifican. Más en particular, la presente invención se refiere a la clonación, la expresión y la caracterización de polipéptidos del Cryptosporidium parvum (C. parvum) y anticuerpos dirigidos contra estos polipéptidos. La invención se refiere también al uso de polipéptidos antigénicos y de anticuerpos en composiciones terapéuticas y de diagnóstico.
Antecedentes
El Cryptosporidium parvum (C. parvum) es un protozoo coccidio que infecta una gran variedad de vertebrados, incluidos los humanos. El C. parvum puede adquirirse directamente por contacto entre animal y humano, contacto entre humano y humano o indirectamente por contacto con fómitos (objetos que contienen el patógeno y actúan como vectores pasivos), agua y algunas veces el alimento; ver Current y col., N. Engl. J. Med. 308, 1252-1257, 1983; Centros de control de enfermedades, "Cryptosporidiosis among children attending daycare centers - Georgia, Pennsylvania, Michigan, California, New Mexico" 33, 599-601, 1984; Wolfson y col., N. Engl. J. Med. 312, 1278-1281, 1995. La adquisición de la infección tiene lugar por ingestión de oocistos, que se exquistan en la parte superior del intestino delgado, liberando cuatro esporozoítos infecciosos. Los esporozoítos penetran en el enterocito de revestimiento y efectúan la reproducción sexual o asexual, gametogonia y merogonia, respectivamente. Los productos de ambas formas de reproducción son capaces de provocar una infección persistente en el hombre, ver Navin y col., Rev. Infect. Dis. 6, 313-327, 1984.
Las reservas de C. parvum se hallan en animales salvajes y domésticos, en especial en el ganado bovino (Tzipori, Microbiol. Rev. 47, 84-96, 1983) y este patógeno provoca pérdidas económicas importantes en las explotaciones ganaderas. Las manifestaciones clínicas de la infección del C. parvum pueden incluir la diarrea acuosa, dolor convulsivo abdominal epigástrico, absorción deficiente de nutrientes y pérdida de peso, anorexia y malestar. La enfermedad normalmente se autolimita en el hospedante inmunocompetente, pero puede ser letal en un hospedante inmunodeficiente, en especial en pacientes humanos de una infección avanzada del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), ver Current y col., (1983), lugar citado; Wolfson y col., N. Engl. J. Med. 312, 1278-1281, 1985; Soave, Infect. Dis. Clin. N. Amer. 2, 485, 1988.
La ausencia de un sistema adecuado de cultivo "in vitro" ha limitado en gran manera la investigación del C. parvum. Además, el uso de modelos animales, en particular con ratones, tiene una validez limitada, porque los ratones adultos normalmente no son susceptibles de infectarse con el C. parvum.
Diversos grupos han publicado la clonación y caracterización de antígenos y genes de C. parvum aplicando una gran variedad de técnicas, véase, p.ej., Jerkins y col., Infect. Immun. 61, 2377-2382, 1993; Jenkins y col., Mol. Biochem. Parasitol. 71, 149-152, 1995; Peterson y col., Infect. Immun. 60, 2343-2348, 1992; Ranucci y col., Infect. Immun. 61, 2347-2356, 1993.
Después de la infección natural se ha reconocido una amplia variedad de proteínas criptosporidianas en sueros humanos y animales inmunes, ver Ortega-Mora y col., Infect. Immun. 60, 3442-3445, 1992; Campbell y col., J. Clin. Microbiol. 18, 165-169, 1983; Whitmire y col., Infect. Immun. 59, 990-995, 1991; Nina y col., Infect. Immun. 60, 1509-1513, 1992; Peeters y col., Infect. Immun. 60, 2309-2316, 1992. Los componentes que constituyen la inmunidad protectora son desconocidos, aunque, al igual que la mayoría de los protozoos coccidianos intracelulares obligados, es probable que los brazos tanto celular como humoral de la respuesta inmune desempeñen papeles importantes en la génesis de la inmunidad protectora, ver Lillehoj y col., Parasit. Today 10, 10-16, 1994. Se ha descrito también el uso de proteínas recombinantes de C. parvum en composiciones de vacuna, véase p.ej. la patente US-5,591,434. Sin embargo, no existe como consecuencia una terapia de vacunación eficaz, debido tal vez a que los antígenos empleados en las vacunas proceden de fuentes no humanas.
Se han efectuado también varios intentos de identificación de anticuerpos que neutralicen la infección del C. parvum. En estudio realizados con humanos, se ha observado que el calostro bovino hiperinmune administrado por vía oral altera la historia natural del C. parvum disminuyendo la excreción de oocistos, reduciendo el nivel de diarrea y, en un número menor de casos, eliminando el parásito de las heces, ver Tzipori y col., Br. Med. J. 293, 1276-1277, 1986; Nord y col., (1989), "Treatment of AIDS associated cryptosporidiosis with hyperimmune colostrum from cows vaccinated with Cryptosporidium", Quinta Conferencia Internacional del SIDA, Montreal, Quebec, mayo de 1989; Ungar y col., Gastroenterology 98, 486-489, 1990. Se han caracterizado varios antígenos reconocidos por los sueros después de la infección natural y se ha demostrado que son dianas de los anticuerpos neutralizadores del sistema murino, ver Arrowood y col., Infect. Immun. 57, 2283-2288, 1989; Bjomeby y col., Infect. Immun. 59, 1172-1176, 1991; Doyle y col., Infect. Immun. 61, 4079-4084, 1993; Riggs y col., J. Immunol. 143, 1340-1345, 1989; Peterson y col., Infect. Immun. 60, 2343-2348, 1992. Sin embargo, los estudios animales del modelo murino de infección indican solamente un rol protector parcial, cuando estos anticuerpos se administran por vía oral.
Por lo tanto continúa habiendo necesidad de identificar anticuerpos útiles para composiciones terapéuticas y de diagnóstico y de identificar antígenos del C. parvum que reaccionen con sueros humanos y de composiciones terapéuticas y de diagnóstico y de métodos para utilizar estos antígenos.
Descripción de la invención
La presente invención se basa en el descubrimiento de genes que codifican a polipéptidos antigénicos de C. parvum, la caracterización de estos polipéptidos y de anticuerpos que reconocen epítopes de estos polipéptidos. Se han producido por métodos recombinantes las proteínas codificadas por los genes y estos polipéptidos, fragmentos inmunogénicos y análogos de los mismos y/o proteínas quiméricas que los incluyen, pueden utilizarse, solos o en combinación con otros antígenos de C. parvum, en nuevas vacunas subunitarias para proporcionar protección contra la infección criptosporidiana en sujetos mamíferos. Los anticuerpos generados contra estas proteínas y/o fragmentos de las mismas, solos o en combinación con otros agentes terapéuticos, pueden emplearse en los nuevos agentes terapéuticos para sujetos mamíferos. Además, los antígenos y anticuerpos pueden utilizarse para el diagnóstico.
Por consiguiente, en una forma de ejecución, la presente invención se refiere a una molécula aislada de ácido nucleico, que contiene una secuencia codificadora de un polipéptido antigénico inmunogénico de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido antigénico de C. parvum AG1 y (b) un polipéptido antigénico de C. parvum AG2 o un fragmento de la molécula de ácido nucleico que contiene por lo menos 15 nucleótidos.
En formas de ejecución adicionales, la invención se refiere a vectores recombinantes, incluidas las moléculas de ácido nucleico, a células hospedantes transformadas con estos vectores y métodos recombinantes de producción de polipéptidos antigénicos de C. parvum.
En otras formas de ejecución adicionales, la presente invención se refiere a composiciones de vacuna que contienen un vehículo farmacéuticamente aceptable y un polipéptido antigénico inmunogénico de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido antigénico de C. parvum AG1, (b) un polipéptido antigénico de C. parvum AG2 y (c) un fragmento inmunogénico de (a) o (b) que contiene por lo menos 5 aminoácidos, así como a métodos para la fabricación de las composiciones de vacuna.
En otras formas de ejecución, la invención se refiere a composiciones terapéuticas que contienen un vehículo farmacéuticamente aceptable y un anticuerpo (p.ej. el anticuerpo monoclonal 1101 ó 222) que reconoce a un polipéptido antigénico inmunogénico de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido antigénico de C. parvum AG1, (b) un polipéptido antigénico de C. parvum AG2 y (c) un fragmento inmunogénico de (a) o (b) que contiene por lo menos 5 aminoácidos, así como a métodos de fabricación de las composiciones terapéuticas.
En otras formas de ejecución adicionales, la presente invención se refiere a métodos de tratamiento o prevención de infecciones de C. parvum en un sujeto mamífero. El método consiste en administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de la vacuna o composiciones terapéuticas recién nombradas.
En formas de ejecución adicionales, la invención se refiere a métodos de detección de anticuerpos de C. parvum en una muestra biológica que consiste en:
(a) aportar una muestra biológica;
(b) hacer reaccionar la muestra biológica con un polipéptido antigénico de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido antigénico de C. parvum AG1, (b) un polipéptido antigénico de C. parvum AG2 y (c) un fragmento inmunogénico de (a) o (b) que contiene por lo menos 5 aminoácidos, en condiciones tales que permitan a los anticuerpos de C. parvum, si están presentes en la muestra biológica, fijarse sobre el polipéptido antigénico de C. parvum para formar un complejo de antígeno/anticuerpo; y
(c) detectar la presencia o ausencia del complejo,
detectando para ello la presencia o ausencia de anticuerpos de C. parvum en la muestra.
En formas de ejecución adicionales, la invención se refiere a métodos de detección de antígenos de C. parvum en una muestra biológica que consisten en:
(a) aportar una muestra biológica;
(b) hacer reaccionar la muestra biológica con un anticuerpo que reconoce a un polipéptido antigénico de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido antigénico de C. parvum AG1, (b) un polipéptido antigénico de C. parvum AG2 y (c) un fragmento inmunogénico de (a) o (b) que contiene por lo menos 5 aminoácidos, en condiciones tales que permitan que los antígenos de C. parvum, si están presentes en la muestra biológica, se fijen sobre el anticuerpo de C. parvum para formar un complejo de antígeno/anticuerpo; y
(c) detectar la presencia o ausencia del complejo,
detectando para ello la presencia o ausencia de antígenos de C. parvum en la muestra.
En otras formas de ejecución adicionales, la invención se refiere a un kit de ensayo de inmunodiagnóstico para detectar la infección de C. parvum. El kit de ensayo consta de un polipéptido antigénico de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido antigénico de C. parvum AG1, (b) un polipéptido antigénico de C. parvum AG2 y (c) un fragmento inmunogénico de (a) o (b) que contiene por lo menos 5 aminoácidos, e instrucciones para la realización del ensayo de inmunodiagnóstico. La invención se refiere además a kits de ensayo de inmunodiagnóstico que contienen un anticuerpo que reconoce a un polipéptido antigénico de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido antigénico de C. parvum AG1, (b) un polipéptido antigénico de C. parvum AG2 y (c) un fragmento inmunogénico de (a) o (b) que contiene por lo menos 5 aminoácidos, e instrucciones para la realización de este ensayo de inmunodiagnóstico.
Estas y otras formas de ejecución de la presente invención resultarán palmarias para los expertos en la materia a la vista de la presente descripción.
Breve descripción de las figuras
En las figuras 1A-1B se representan la secuencia de nucleótidos (SEQ ID NO:1) y la correspondiente secuencia de aminoácidos (SEQ ID NO:2) del C. parvum AG1.
En las figuras 2A-2B se representa la secuencia de nucleótidos (SEQ ID NO:3) y la correspondiente secuencia de aminoácidos (SEQ ID NO:4) del C. parvum AG2.
En las figuras 3A y 3B se representan gráficas "immunoblots" de anticuerpos humanos purificados por afinidad y del anticuerpo monoclonal 1101 dirigido contra proteínas criptosporidianas totales, solubles e insolubles. En la figura 3A se representa que los anticuerpos humanos reconocen una banda débil de proteína total de aproximadamente 22 kDa. El anticuerpo monoclonal 1101 reconoce una banda de 22 kd (figura 3B, pista 1) de proteína criptosporidiana insoluble y en la figura 3B, pista 2, se representa que el 1101 reconoce tres bandas (22, 32 y 96 kDa) de la proteína criptosporidiana soluble.
En las figuras 4A y 4B se representan gráficas "immunoblots" de anticuerpos humanos purificados por afinidad y del anticuerpo monoclonal 222 dirigido contra proteínas criptosporidianas totales, solubles e insolubles. En la figura 4A se representa que los anticuerpos humanos reconocen tres bandas de proteína total de aproximadamente 17, 34 y 84 kDa. El anticuerpo monoclonal 222 no reconoce bandas (figura 4B, pista 1) en la proteína criptosporidiana insoluble y cinco bandas de aproximadamente 6, 10, 22, 34 y 84 kDa en la proteína criptosporidiana soluble (figura 4B, pista 2).
En las figuras 5A-5F se representa la inmunolocalización en oocistos y esporozoítos de C. parvum de antígenos reconocidos por los anticuerpos monoclonales (mAbs) 1101, 222 y JB1. En la figura 5A se representa que el JB1 (dirigido contra la integrina humana) no marca específicamente las preparaciones del portaobjetos. En la figura 5B se representa que el mAb 1101 (dirigido contra el AG1) tiñe intensamente un modelo difuso de oocistos individuales y de pares de oocistos. En la figura 5C se representa que el mAb 222 (dirigido contra el AG2) tiñen los oocistos individuales y aglomerados en un modelo de tipo circular. En la figura 5D se representa que los esporozoítos no son visualizable cuando e tiñen con el JB 1. En la figura 5E se representa que el mAb 1101 tiñe esporozoítos en un modelo de tinción uniforme y en la figura 5F se representa que el mAb 222 detecta esporozoítos en un modelo intenso.
En la figura 6 se representa el efecto de aumentar las concentraciones de los mAbs 1101 y 222 frente a un control de mAb 2F12 en la invasión de esporozoítos de las células HT-29.
En la figura 7 se representa el efecto de combinaciones de mAbs 1101 y 222 en la invasión de esporozoítos de las células HT-29.
Descripción detallada
Para la práctica de la presente invención se emplearán, si no se indica lo contrario, técnicas convencionales de biología molecular, microbiología, tecnología de DNA recombinante e inmunología, que pertenecen a los conocimientos técnicos estándar. Estas técnicas se describen ampliamente en la bibliografía técnica, véase, p.ej. Sambrook, Fritsch & Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, vol. I, II y III, segunda edición (1989); Perbal, B., A Practical Guide to Molecular Cloning (1984); Harlow, E., y col., Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY (1988); la serie: Methods in Enzymology (S. Colowick y N. Kaplan, coordinadores, Academic Press, Inc.); y Handbook of Experimental Immunology, vol. I-IV (D.M. Weir y C.C. Blackwell, coordinadores., 1986, Blackwell Scientific Publications).
A lo largo del texto se emplean las siguientes abreviaturas de aminoácidos:
alanina: Ala (A)
arginina: Arg (R)
asparagina: Asn (N)
ácido aspártico: Asp (D)
cisteína: Cys (C)
glutamina: Gln (Q)
ácido glutámico: Glu (E)
glicina: Gly (G)
histidina: His (H)
isoleucina: Ile (I)
leucina: Leu (L)
lisina: Lys (K)
metionina: Met (M)
fenilalanina: Phe (F)
prolina: Pro (P)
serina: Ser (S)
treonina: Thr (T)
triptófano: Trp (W)
tirosina: Tyr (Y)
valina: Val (V)
A. Definiciones
Para describir la presente invención se emplearán los términos siguientes, cuyo significado se define a continuación.
Conviene hacer notar que, tal como se emplean en esta descripción y en las reivindicaciones anexas, las formas singulares "un", "una" y "el" o "la" incluyen a los referentes plurales, a menos que el contexto dicte claramente lo contrario. Por ejemplo, la referencia "un polipéptido de C. parvum" incluye las mezclas de dos o más proteínas de este tipo y similares. Además, las secuencias de polipéptidos o nucleótidos derivados no tienen que derivarse físicamente del organismo o gen de interés, sino que pueden generarse por otros métodos, incluida por ejemplo la síntesis química, el aislamiento (p.ej. de C. parvum) o por producción recombinante, basándose en la información aquí facilitada. Además, el término abarca también a proteínas que tienen secuencias de aminoácidos sustancialmente homólogas (que se definen a continuación) a las secuencias contiguas de aminoácidos codificados por los genes, que despliegan actividad inmunológica y/o se reconocen en una muestra biológica obtenida de un sujeto infectado.
Por tanto, los términos "polipéptido" y "proteína" se emplean indistintamente para indicar secuencias de longitud completa, así como secuencias inmunogénicas truncadas y parciales y análogos y formas precursoras activos de los polipéptidos. De igual manera, los términos "polinucleótido" y "secuencia de nucleótidos" se emplean indistintamente para indicar fragmentos de nucleótido del gen, que incluyen por lo menos unos 8 pares de bases contiguos, con mayor preferencia por lo menos unos 10-20 pares de bases contiguos (o cualquier valor intermedio), y con preferencia especial por lo menos de 25 a 50 (o cualquier valor intermedio) o más pares de bases contiguos del gen. Tales fragmentos son útiles como sondas y en métodos de diagnóstico, que se describen a continuación con mayor detalle.
Los términos incluyen también a los polipéptidos en forma neutra o en forma de sales de adición de base o de ácido, en función del modo de obtención. Tales sales de adición de ácido pueden contener grupos amino libres y las sales de bases pueden formarse con grupos carboxilo libres. Las sales de adición de base o de ácido farmacéuticamente aceptables se describen a continuación con más detalle. Además, las proteínas pueden modificarse por combinación con otros materiales biológicos, tales como lípidos (tanto los que tienen su origen natural en la molécula, como otros lípidos que no destruyen su actividad inmunológica) y sacáridos, o por modificación de la cadena lateral, por ejemplo por acetilación de grupos amino, fosforilación de cadenas laterales hidroxilo, oxidación de grupos sulfhidrilo, glucosilación de restos aminoácido, así como otras modificaciones de la secuencia primaria
codificada.
Los polipéptidos y polinucleótidos de la invención abarcan, por tanto, deleciones, adiciones y sustituciones de la secuencia, en el supuesto de que el producto polipéptido funciones para producir una respuesta inmunológica, tal como se define aquí. En este sentido, las sustituciones especialmente preferidas serán de naturaleza conservadora, es decir, aquellas sustituciones que tienen lugar dentro de una familia de aminoácidos. Por ejemplo, los aminoácidos se dividen por lo general en cuatro familias: (1) ácidos: aspartato y glutamato; (2) básicos: lisina, arginina, histidina; (3) no polares: alanina, valina, leucina, isoleucina, prolina, fenilalanina, metionina, triptófano; y (4) polares sin carga: glicina, asparagina, glutamina, cisteína, serina, treonina, tirosina. Algunas veces, la fenilalanina, triptófano y tirosina se clasifican como aminoácidos aromáticos. Por ejemplo, es razonablemente previsible que una sustitución aislada de leucina por isoleucina o valina, o viceversa; de aspartato por glutamato, o viceversa; de treonina por serina, o viceversa; o una sustitución conservadora similar de un aminoácido por un aminoácido estructuralmente afín, no tenga consecuencias importantes en la actividad biológica. Las proteínas que tienen sustancialmente la misma secuencia de aminoácidos que la molécula de referencia, pero presentan sustituciones menores de aminoácidos que no afectan sustancialmente a la inmunogenicidad de la proteína, están incluidas, por tanto, dentro de la definición del polipéptido de referencia. Por ejemplo, las moléculas que tienen de 20 a 15 sustituciones por 100 aminoácidos, o menos de 10 sustituciones por 100 aminoácidos, o entre 5 y 3 sustituciones por 100 aminoácidos y que conservan su actividad biológica (p.ej. la inmunogenicidad) están incluidas dentro de esta definición.
Una molécula "aislada" de ácido nucleico es una molécula de ácido nucleico separada y discreta del conjunto del organismo, con el que la molécula se halla en la naturaleza; o una molécula de ácido nucleico carente de todas o de una parte de las secuencias normalmente asociadas con ella en la naturaleza; o una secuencia, tal como existe en la naturaleza, pero que tiene secuencias heterólogas (que se definen a continuación) asociadas con ella.
Se entiende por "composición de vacuna subunitaria" una composición que contiene por lo menos un polipéptido inmunogénico, aunque no todos los antígenos, derivados de u homólogos a un antígeno de un patógeno de interés. Dicha composición está sustancialmente libre de células o partículas intactas de patógeno, o de lisado de tales células o partículas. Por consiguiente, una "composición de vacuna subunitaria" se fabrica con polipéptidos inmunogénicos del patógeno, por lo menos parcialmente purificados (con preferencia sustancialmente purificados) o con análogos recombinantes de los mismos. Una composición de vacuna subunitaria puede contener el antígeno o los antígenos subunitarios de interés sustancialmente libres de otros antígenos o polipéptidos del patógeno.
El término "epítope" indica el sitio de un antígeno o hapteno, al que responden las células B y/o las células T específicas. El término se emplea también indistintamente con "determinante antigénico" o "sitio determinante antigénico". Los anticuerpos que reconocen al mismo epítope pueden identificarse en un inmunoensayo simple que desvele la capacidad de un anticuerpo de bloquear la fijación de otro anticuerpo sobre un antígeno diana.
Una "respuesta inmunológica" a una composición o vacuna es el desarrollo en el hospedante de una respuesta inmune celular y/o mediada por el anticuerpo a la composición o vacuna de interés. Normalmente, una "respuesta inmunológica" incluye, pero no se limita a uno o más de los efectos siguientes: la producción de anticuerpos, células B, células helper T, células supresoras T y/o células citotóxicas y/o células T \alpha\delta, dirigidas específicamente a un antígeno o antígenos incluidos en la composición o vacuna de interés. Con preferencia, el hospedante desplegará una respuesta inmunológica terapéutica o protectora, de modo que se amplíe su resistencia a la nueva infección y/o se reduzca la severidad clínica de la enfermedad. Dicha protección se demostrará con una reducción o desaparición de los síntomas presentados normalmente por un hospedante infectado y/o por un tiempo de recuperación más corto.
Los términos proteína o polipéptido "inmunogénicos" indican una secuencia de aminoácidos que genera una respuesta inmunológica recién descrita. Una proteína o polipéptido "inmunogénicos", tal como se emplea aquí, incluye la secuencia de longitud completa de los polipéptidos del C. parvum en cuestión, con o sin secuencias de señal, dominios de anclaje a membrana, análogos de la misma, o fragmentos inmunogénicos de la misma. Se entiende por "fragmento inmunogénico" un fragmento que incluye uno o más epítopes y de este modo genera una respuesta inmunológica, ya descrita antes. Tales fragmentos pueden identificarse aplicando un gran número de métodos de mapeo de epítopes, bien conocidos en la técnica, véase p.ej. Epitope Mapping Protocols, en: Methods in Molecular Biology, vol. 66, (Glenn E. Morris, coord., 1996), Humana Press, Totowa, Nueva Jersey. Por ejemplo, los epítopes lineales pueden determinarse por síntesis concurrente de un gran número de péptidos en soportes sólidos, los péptidos correspondientes a porciones de la molécula de proteína y por reacción de los péptidos con anticuerpos, cuando los péptidos están todavía fijados sobre los soportes. Estos métodos son conocidos en la técnica y se han descrito p.ej. en la patente US-4,708,871; Geysen y col., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 3998-4002, 1984; Geysen y col., Molec. Immunol. 23, 709-715, 1986. De manera similar, los epítopes conformacionales se identifican con facilidad determinando la conformación espacial de los aminoácidos, p.ej. por cristalografía de rayos X y por resonancia magnética nuclear bidimensional, véase p.ej. Epitope Mapping Protocols, lugar citado. También pueden identificarse las regiones antigénicas de las mediante gráficas estándar de antigenicidad e hidropatía, por ejemplo las calculadas con el programa informático Omiga, versión 1.0 desarrollado por el Oxford Molecular Group. Este programa informático se basa en el método de Hopp/Woods, Hopp y col., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 3824-3828, 1981, para determinar los perfiles de antigenicidad y en la técnica Kyte-Doolittle, Kyte y col., J. Mol. Biol. 157, 105-132, 1982, para las gráficas de
hidropatía.
Para los fines de la presente invención, los fragmentos inmunogénicos incluirán normalmente por lo menos unos 3 aminoácidos, con preferencia por lo menos unos 5 aminoácidos, con mayor preferencia por lo menos unos 10-15 aminoácidos y con preferencia especial 25 ó más aminoácidos de la molécula antigénica original de C. parvum. No hay un límite superior crítico para la longitud del fragmento, que puede situarse entre casi la longitud total de la secuencia de la proteína e incluso una proteína de fusión que tenga dos o más epítopes de AG1 y/o AG2.
Las proteínas o polipéptidos "nativos" indican proteínas o polipéptidos aislados de la fuente, de la que proceden las proteínas de origen natural. Los polipéptidos "recombinantes" indican polipéptidos producidas por técnicas de DNA recombinante; es decir, producidas a partir de células transformadas mediante un constructo exógeno de DNA que codifica al polipéptido deseado. Polipéptidos "sintéticos" son los obtenidos por síntesis química.
Un "vector" es un replicón, por ejemplo un plásmido, un fago o un cósmido, al que puede unirse otro segmento de DNA de modo que se pueda realizar la replicación del segmento unido.
Una "secuencia codificadora" de DNA o una "secuencia de nucleótidos que codifica" a una proteína concreta es una secuencia de DNA, que se transcribe y traduce al polipéptido "in vitro" o "in vivo", cuando se coloca bajo el control de elementos reguladores apropiados. Los límites de la secuencia codificadora vienen determinados por el codón de inicio del extremo 5' (amino) y un codón de paro de la traducción en el extremo 3' (carboxi). Una secuencia codificadora puede incluir, aunque no se limita a ello: secuencias procariotas, el cDNA del mRNA eucariota, secuencias de DNA genómico de DNA eucariota (p.ej. de mamífero) e incluso secuencias de DNA sintético. Una secuencia de terminación de transcripción estará situada normalmente en la posición 3' de la secuencia codificadora.
Los "elementos de control" del DNA indican colectivamente los promotores, sitios de fijación de ribosoma, señales de poliadenilación, secuencias de terminación de transcripción, dominios reguladores en posición ascendente (up-stream), ampliadores y similares, que colaboran colectivamente en la transcripción y traducción de una secuencia codificadora a una célula hospedante. No todas estas secuencias de control necesitan siempre estar presentes en un vector recombinante, en el supuesto de que el gen deseado sea capaz de transcribirse y traducirse.
"Unido operativamente" significa una disposición de elementos, en la que los componentes así descritos están configurados de manera que puedan realizar su función habitual. Por ejemplo, los elementos de control unidos operativamente a una secuencia codificadora son capaces de efectuar la expresión de la secuencia codificadora. Los elementos de control no tienen que ser contiguos a la secuencia codificadora, en el supuesto de que funcionen para dirigir la expresión de la misma. Por tanto, por ejemplo, las secuencias intervinientes transcritas todavía sin traducir pueden estar presentes entre un promotor y la secuencia codificadora y el promotor puede seguir considerándose "unido operativamente" a la secuencia codificadora.
Un elemento de control, por ejemplo un promotor, "dirige la transcripción" de una secuencia codificadora en una célula cuando la RNA-polimerasa se fija al promotor y transcribe la secuencia codificadora al mRNA, que entonces se traduce al polipéptido codificado por la secuencia codificadora.
Una "célula hospedante" es una célula que puede transformarse o es capaz de transformación por acción de una molécula de ácido nucleico exógeno.
Una célula se ha "transformado" por acción del DNA exógeno cuando tal DNA exógeno se ha introducido dentro de la membrana celular. El DNA exógeno puede integrarse o no (enlace covalente) en el DNA cromosómico, formando el genoma de la célula. En los procariotas y las levaduras, por ejemplo, el DNA exógeno puede mantenerse en un elemento episómico, por ejemplo un plásmido. En lo que respecta a las células eucariotas, una célula transformada de modo estable es aquella, en la que el DNA exogéno se ha integrado en el cromosoma, de modo que se hereda en las células hijas por replicación del cromosoma. Esta estabilidad se demuestra con la capacidad de la célula eucariota de establecer líneas celulares o clones comprendidos en una población de células hijas que contienen el DNA exógeno.
"Homología" indica la identidad porcentual entre dos polinucleótidos o dos restos polipéptidos. Todas secuencias de nucleótidos o dos secuencias de polipéptidos, son "sustancialmente homólogas" entre sí cuando las secuencias presentan una identidad de secuencia por lo menos del 80-85%, con preferencia por lo menos del 90% y con preferencia especial por lo menos del 95%-98% a lo largo de una longitud definida de las moléculas. Tal como se emplea aquí, sustancialmente homólogo indica además secuencias que poseen una identidad completa en el DNA especificado o en la secuencia de polipéptido.
Se conocen en la técnica los métodos para determinar la "identidad de secuencias" o la "homología de secuencias" de aminoácidos y de ácidos nucleicos. Por ejemplo, dichos métodos consisten en la determinación de la secuencia de nucleótidos del mRNA de un gen y/o en la determinación de la secuencia de aminoácidos codificados por ella y en la comparación de estas secuencias con una segunda secuencia de nucleótidos o de aminoácidos. En general, "identidad" indica la correspondencia exacta entre nucleótido y nucleótido o entre aminoácido y aminoácido de dos secuencias de polinucleótidos o de polipéptidos, respectivamente. Dos o más secuencias (polinucleótido o aminoácidos) pueden compararse determinando su "identidad porcentual". La identidad porcentual de dos secuencias, ya sean secuencias de ácido nucleico o secuencias de aminoácidos, es el número exacto de coincidencias entre las dos secuencias alineadas dividido por las secuencias más cortas y multiplicado por 100. Un alineamiento aproximado de secuencias de ácido nucleico se puede obtener con el algoritmo de homología local de Smith y Waterman, Advances in Applied Mathematics 2, 482-489, 1981. Este algoritmo puede aplicarse a secuencias de aminoácidos empleando la matriz de puntuación desarrollada por Dayhoff, Atlas of Protein Sequences and Structure, M.O. Dayhoff, coord., 5 supl. 3, 353-358, National Biomedical Research Foundation, Washington, D.C., EE.UU., y normalizada por Gribskov, Nucl. Acids Res. 14(6), 6745-6763, 1986.
Un complemento ilustrativo de este algoritmo para determinar la identidad porcentual de una secuencia es el aportado por el Genetics Computer Group (Madison, WI) en la aplicación de utilidad llamada "BestFit". Los parámetros por defecto de este método se describen en el manual del programa llamado Wisconsin Sequence Analysis Package Program, versión 8 (1995) (suministrado por el Genetics Computer Group, Madison, WI). Otro método para establecer la identidad porcentual consiste en el uso del paquete de programas informáticos MPSRCH, es propiedad de la Unidad de Edimburgo, y ha sido desarrollado por John F. Collins y Shane S. Sturrok y se distribuye a través de IntelliGenetics, Inc. (Mountain View, CA). Con este conjunto de paquetes puede emplearse el algoritmo de Smith-Waterman cuando se emplean los parámetros por defecto para la tabla de puntuación (por ejemplo, penalización de laguna abierta: 12, penalización de extensión de laguna: uno; y una laguna: seis). A partir de los datos generados, el valor "coincidencia" (match) refleja la "identidad de secuencias". En la técnica se conocen también otros programas idóneos para calcular la identidad o similitud porcentual entre secuencias, por ejemplo, otro programa de alineamiento es el BLAST, empleado con parámetros por defecto. Por ejemplo el BLASTN y el BLASTP pueden emplearse para determinar la identidad porcentual tomando los siguientes parámetros por defecto: código genético = estándar; filtro = ninguno; cepa = las dos; corte = 60; esperado = 10; matriz = BLOSUM62; descripciones = 50 secuencias; clasificación por = puntuación alta (HIGH SCORE); bases de datos = no redundantes, GenBank + EMBL + DDBJ + PDB + GenBank CDS translations + Swiss protein + Spupdate + PIR. Los detalles acerca de estos programas podrán encontrarse en la siguiente dirección de internet: http//www.ncbi.nlm.gov/cgi-bin/BLAST. Otro ejemplo de determinación de la identidad porcentual consiste en emplear el algoritmo de búsqueda de Smith-Waterman (Time Logic, Incline Village, NV), con los parámetros ilustrativos siguientes: matriz ponderada = nuc4x4hb; penalización de abertura de laguna = 20, penalización de extensión de laguna = 5.
Como alternativa, para los nucleótidos, la homología puede determinarse por hibridación de polinucleótidos en condiciones tales que formen dúplex estables entre regiones homólogas y posterior digestión con nucleasa(s) específi-
ca(s) de hebras simples y determinación de los fragmentos digeridos. Las secuencias de DNA, que son sustancialmente homólogas, pueden identificarse con un ensayo de hibridación de Southern, por ejemplo en condiciones restrictivas, del modo definido para este sistema particular. Por ejemplo, las condiciones restrictivas de hibridación pueden incluir 50% formamida, 5x solución de Denhardt, 5x SSC, 0,1% SDS y 100 \mug/ml de DNA de esperma de salmón desnaturalizado y las condiciones de lavado pueden incluir 2x SSC, 0,1% SDS a 37ºC y después 1x SSC, 0,1% SDS a 68ºC. Los expertos en la materia podrán definir las condiciones apropiadas para la hibridación, véase p.ej. Sambrook y col., lugar citado; DNA Cloning, lugar citado; Nucleic Acid Hybridization, lugar citado. Para los aminoácidos, la homología puede determinarse por alineamiento de dos o más secuencias de aminoácidos (ya descrito antes) y determinación del número de sustituciones y/o deleciones. Por ejemplo, las secuencias de aminoácidos son sustancialmente homólogas cuando se han realizado de 20 a 15 sustituciones o deleciones de aminoácidos por 100 aminoácidos, con mayor preferencia entorno a 10 sustituciones o deleciones de aminoácidos y con mayor preferencia todavía entre 5 y 3 sustituciones o deleciones de aminoácidos. Tal como se emplea aquí, sustancialmente homólogo indica también secuencias que presentan una identidad completa con el DNA o secuencia de polipéptido especificados.
Con el término "variante degenerada" se indica un polinucleótido que contiene cambios en la secuencia del ácido nucleico, que codifica a un polipéptido que tiene la misma secuencia de aminoácidos que el polipéptido codificado por el polinucleótido del que se deriva la variante degenerada.
El término "funcionalmente equivalente" indica que la secuencia de aminoácidos de un polipéptido antigénico de C. parvum es tal que generará una respuesta inmunológica sustancialmente equivalente o mejorada, del como se ha definido antes, si se compara con la respuesta generada por un polipéptido antigénico que tenga identidad con los polipéptidos AG1 y AG2, o porciones inmunogénicas de los mismos. El término incluye además a los anticuerpos o fragmentos de los mismos, que generarán una respuesta neutralizadora sustancialmente equivalente o ampliada u otras respuestas terapéuticas, si se compara con la de los anticuerpos monoclonales 1101 y 222. "1101" indica un anticuerpo monoclonal concreto, ideado contra el polipéptido antigénico de C. parvum denominado AG1. La generación y caracterización del 1101 se describe en los ejemplos. De manera similar, "222" indica un anticuerpo monoclonal concreto, ideado contra el polipéptido antigénico de C. parvum denominado AG2. La generación y caracterización del 222 se describe en los ejemplos.
Una región "heteróloga" de un constructo de DNA es un segmento identificable de DNA dentro o unido a otra molécula de DNA, que no está en asociación con la otra molécula en la naturaleza. Por tanto, si la región heteróloga codifica a un gen bacteriano, el gen estará flanqueado normalmente por un DNA que no blanquea al gen bacteriano en el genoma de la bacteria original. Otro ejemplo de secuencia de codificación heteróloga es un constructo, en el que la secuencia codificadora propiamente dicha no se encuentra en la naturaleza (p.ej. secuencias sintéticas que tienen codones diferentes de los del gen nativo). La variación alélica o los acontecimientos mutacionales de origen natural no dan lugar a una región heteróloga de DNA, tal como se emplea aquí.
Los términos "tratamiento" y "terapéutico" se emplean aquí para indicar (i) la prevención de una infección o reinfección (profilaxis), incluidas, por ejemplo, las vacunas o (ii) la reducción o eliminación de los síntomas de la enfermedad de interés (terapia).
Tal como se emplea aquí, una "muestra biológica" indica una muestra de tejido o de líquido aislada de un sujeto, incluyendo, pero sin limitarse a ellos, por ejemplo la sangre, el plasma, el suero, la materia fecal, la orina, la médula ósea, el líquido espinal, el líquido linfático, las muestras de piel, las secreciones externas de la piel, los tractos respiratorio, intestinal y genitourinario, las lágrimas, la saliva, la leche, los glóbulos sanguíneos, los órganos, las biopsias y también las muestras de constituyentes de cultivos celulares "in vitro", incluyendo, pero sin limitarse a ello, los medios de acondicionamiento resultantes del crecimientos de células y de tejidos en el medio de cultivo, p.ej. las células recombinantes y los componentes celulares.
Tal como se emplean aquí, los términos "marcador" y "marcador detectable" indican una molécula capaz de detectarse, incluyendo, pero sin limitarse a ellos, los isótopos radiactivos, los compuestos fluorescentes, quimioluminiscentes, las enzimas, los sustratos enzimáticos, los co-factores enzimáticos, los inhibidores enzimáticos, los cromóforos, los colorantes, los iones metálicos, los soles metálicos, los ligandos (p.ej. biotina o haptenos) y similares. El término "compuesto fluorescente" indica una sustancia o porción de la misma que es capaz de emitir fluorescencia en un intervalo detectable. Los ejemplos concretos de marcadores que pueden utilizarse en la invención incluyen a la fluoresceína, la rodamina, el dansilo, la umbeliferona, el rojo Texas, el luminol, el NADPH y la \alpha-\beta-galactosidasa.
Los términos "individuo" y "sujeto" se emplean indistintamente para indicar cualquier miembro del subfilo cordados, incluyendo, pero sin limitación, a los humanos y otros primates, incluidos los primates no humanos, tales como chimpancés y otras especies monos y simios; los animales domésticos, por ejemplo vacas, ovejas, cerdos, cabras y caballos; los mamíferos domésticos tales como perros y gatos; los animales de laboratorio, incluidos los roedores del tipo ratones, ratas y cobayas; las aves, incluidas las domésticas, salvajes y de cacería, por ejemplo las gallinas, las perdices y otras aves gallináceas, patos, ocas y similares. Los términos no indican una edad concreta. Por tanto, se incluyen tanto los adultos como los individuos recién nacidos. Los métodos aquí descritos se destinan al uso en cualquiera de las especies mencionadas de vertebrados.
B. Métodos generales
Para la presente invención es fundamental el descubrimiento de genes que codifican a dos polipéptidos antigénicos de C. parvum (llamados "AG1" y "AG2", respectivamente) y de anticuerpos dirigidos contra estos polipéptidos, que se ha demostrado que poseen efectos neutralizadores de la infección de C. parvum en sujetos mamíferos. Se han aislado, secuenciado y caracterizado en particular los genes del polipéptido antigénico de C. parvum 1 ("ag1") y del polipéptido antigénico de C. parvum 2 ("ag2") y de ellos se han deducido las secuencias de proteína del AG1 y AG2. Se han generado anticuerpos monoclonales contra las proteínas producidas por métodos recombinantes y se ha demostrado que tienen actividad neutralizadora contra los esporozoítos infecciosos de C. parvum.
Las secuencias de cDNA y las previstas de los aminoácidos de AG1 y AG2 se representan en las figuras 1A-1B y 2A-2B, respectivamente. Se subrayan las señales de poliadenilación de consenso, perfecta e imperfecta, y se marcan con negrita los sitios de N-glucosilación. La secuencia de DNA del AG1 se representa también en la SEQ ID NO:1, mientras que en la SEQ ID NO:3 se representa la secuencia completa del DNA del AG2. Las secuencias previstas de aminoácidos del AG1 y del AG2 se representan en las SEQ ID NO:1 y 2 y en las SEQ ID NO:3 y 4, respectivamente.
Tal como se describe en los ejemplos, el ag1 de longitud completa, representado en las posiciones de nucleótido 8-394, inclusive, de la figura 1A, codifica una proteína AG1 de longitud completa de aproximadamente 129 aminoácidos, representada en los aminoácidos 1-129, inclusive, de la figura 1A (SEQ ID NO:2). La región 3' sin traducir tiene una longitud de 945 nucleótidos, de la posición 395 a la 1338 de la figura 1A (SEQ ID NO:1). Las señales de poliadenilación imperfecta se producen en las posiciones 1241-1245 y 1307-1311. A la secuencia se le ha asignado el número de registro del GenBank Accession Number AF178459. La proteína codificada por el marco de lectura abierto (ORF) previsto tiene un peso molecular previsto de unos 15 kDa. El punto isoeléctrico previsto es pH 9,6 y el 44% de los restos aminoácido previstos con hidrófobos. Se han identificado dos sitios de glucosilación unida a N en los restos aminoácido 36-38 y 71-73.
El ag2 de longitud completa, representado en las posiciones de nucleótido 9-587, inclusive, de la figura 1B, codifica a una proteína AG2 de longitud completa, de aproximadamente 193 aminoácidos, representada en los aminoácidos 1-193, inclusive, de la figura 1B (SEQ ID NO:4). La región 3' sin traducir tiene una longitud de 712 nucleótidos, va de la posición 588 a la 1298 de la figura 1B (SEQ ID NO:2). Las señales de poliadenilación imperfecta se producen en las posiciones 945-949 y 1141-1145. A esta secuencia se le ha asignado el número de registro GenBank Accession Number AF178460. La proteína codificada por el marco de lectura abierto (ORF) previsto tiene un peso molecular previsto de aprox. 21,8 kDa. El punto isoeléctrico previsto es de pH 6,3 y un 36% de los restos aminoácido previstos son hidrófobos. Se han identificado dos sitios de glucosilación unidos a N en los restos aminoácidos 36-38 y 51-53.
Los polinucleótidos, péptidos antigénicos, fragmentos inmunogénicos de los mismos o proteínas quiméricas de C. parvum, incluidos uno o más epítopes de AG1 y AG2, pueden integrarse, solos o en combinación, en composiciones de vacuna subunitaria o en otras composiciones terapéuticas para tratar o prevenir infecciones causadas por el C. parvum. De modo similar, los anticuerpos generados contra el AG1 o el AG2, por ejemplo los anticuerpos monoclonales 1101 y 222 y los anticuerpos de reacción cruzada con ellos, pueden integrarse, solos o en combinación, en composiciones para prevenir, tratar o neutralizar infecciones causadas por el C. parvum.
Además del uso en composiciones terapéuticas, las proteínas y fragmentos de las mismas, los anticuerpos contra ellas y los polinucleótidos que las codifican pueden utilizarse como reactivos de diagnóstico para detectar la presencia de la infección en un sujeto mamífero. De igual manera, los polinucleótidos que codifican a las proteínas pueden clonarse y utilizarse para diseñar sondas para detectar y aislar genes homólogos en otros protozoos. Por ejemplo, los fragmentos que contienen por lo menos 15-20 nucleótidos, con mayor preferencia por lo menos 20-50 nucleótidos y con preferencia especial unos 60-100 nucleótidos o más se emplearán en estas formas de ejecución. Los polipéptidos antigénicos de C. parvum pueden utilizarse también para purificar anticuerpos destinados a diagnóstico y fines terapéuticos.
Los polipéptidos antigénicos de C. parvum pueden utilizarse en composiciones de vacuna, solos o en combinación antígenos bacterianos, fúngicos, víricos o de otros protozoos. Estos antígenos pueden aportarse por separado o incluso como proteínas de fusión que contienen uno o más epítopes de los polipéptidos antigénicos fusionados juntos y/o con uno o más de los antígenos recién nombrados. Pueden utilizarse, por ejemplo, otras proteínas inmunogénicas del C. parvum en las composiciones terapéuticas en cuestión.
Los anticuerpos dirigidos contra estos polipéptidos pueden utilizarse como agentes terapéuticos.
Se ha demostrado que los anticuerpos 1101 y 222 tienen en cada caso un efecto neutralizador de la infección de C. parvum.
Producción de polipéptidos antigénicos
Los polipéptidos antigénicos antes descritos y los fragmentos activos, análogos y proteínas quiméricas derivadas de los mismos, pueden producirse por un gran número de métodos. En concreto, los polipéptidos pueden aislarse directamente de protozoos (oocistos, esporozoítos o adultos) que expresen los mismos, aplicando técnicas estándar de purificación, véase, p.ej. Tilley y col., Infect. Immun. 59, 1002-1007, 1991. Después pueden purificarse las proteínas deseadas, p.ej. por cromatografía de columna, HPLC, técnicas inmunoadsorbentes u otros métodos convencionales ya conocidos de la técnica.
Como alternativa, las proteínas pueden producirse por métodos recombinantes del modo aquí descrito. Tal como se ha mencionado antes, los productos recombinantes toman la forma de secuencias parciales de proteína, secuencias de longitud completa, formas precursoras que incluyen secuencias de señal, formas maduras sin señales o incluso proteínas de fusión (p.ej. con un guía apropiado para el hospedante recombinante, o con otra secuencia subunitaria de antígeno del C. parvum o de otro patógeno). Las secuencias que codifican a la ag1 y ag2 de la presente invención pueden aislarse en base a la capacidad de los productos proteicos de fijarse sobre los anticuerpos presentes en una muestra infectada, aplicando ensayos de detección que se describen a continuación. De este modo pueden construirse bibliotecas de genes y los clones resultantes pueden utilizarse para transformar una célula hospedante apropiada. Se recogen las colonias y se exploran en busca de clones que tengan la capacidad de fijarse sobre anticuerpos del C. parvum. Las colonias pueden explorarse empleando sueros policlonales o anticuerpos monoclonales dirigidos contra las proteínas del C. parvum.
Como alternativa, una vez se han determinado las secuencias de aminoácidos, se pueden preparar las sondas de oligonucleótido que contienen los codones para una porción de determinadas secuencias de aminoácidos y emplearse para explorar las bibliotecas genómicas y de cDNA en busca de genes que codifiquen a las proteínas de interés. Las estrategias básicas para obtener sondas de oligonucleótido y bibliotecas de DNA así como para explorarlas mediante la hibridación de ácido nucleico son bien conocidas de los expertos en la materia, véase, p.ej., DNA Cloning: vol. I, lugar citado; Nucleic Acid Hybridization, lugar citado; Oligonucleotide Synthesis, lugar citado; Sambrook y col., lugar citado.
Una vez se ha identificado un clon de la biblioteca explorada por hibridación positiva, entonces puede confirmarse por análisis con enzimas de restricción y secuenciación de DNA que el inserto de la biblioteca concreta contiene una secuencia de codifica a un polipéptido antigénico de C. parvum o a un homólogo del mismo. Después pueden aislarse las secuencias aplicando técnicas estándar y, si se desea, pueden emplearse reacciones de PCR o enzimas de restricción para eliminar porciones de la secuencia de longitud completa.
De modo similar pueden aislarse genes directamente de protozoos aplicando técnicas conocidas, por ejemplo la extracción con fenol y después puede manipularse la secuencia para producir las alteraciones deseadas, véase, p.ej., Sambrook y col., lugar citado, para la descripción de las técnicas que permiten obtener y aislar el DNA.
Como alternativa, en lugar de clonarse pueden obtenerse sintéticamente las secuencias de DNA que codifican a las proteínas de interés. Las secuencias de DNA pueden diseñarse con los codones apropiados para una secuencia concreta de aminoácidos. En general se elegirán codones preferidos para el hospedante deseado, si la secuencia tiene que emplearse para la expresión. Se ensambla la secuencia completa de oligonucleótidos solapados, obtenida por métodos estándar y se ensambla para obtener la secuencia codificadora completa, véase, p.ej., Edge, Nature 292, 756, 1981; Nambair y col., Science 223, 1299, 1984; Jay y col., J. Biol. Chem. 259, 6311, 1984.
Una vez se han obtenido y aislado las secuencias codificadoras de las proteínas deseadas, se podrán clonar en cualquier vector o replicón adecuado. Los expertos en la materia conocen numerosos vectores de clonación y la elección del vector apropiado para la clonación es un tema de opción. Los ejemplos de vectores de DNA recombinantes para la clonación y las células hospedantes que pueden transformarse con ellos incluye al bacteriófago \lambda (E. coli), pBR322 (E. coli), pACYC177 (E. coli), pKT230 (bacterias gram-negativas), pGV1106 (bacterias gram-negativas), pLAFR1 (bacterias gram-negativas), pME290 (bacterias gram-negativas diferentes de la E. coli), pHV14 (E. coli y Bacillus subtilis), pBD9 (Bacillus), pIJ61 (Streptomyces), pUC6 (Streptomyces), YIp5 (Saccharomyces), YCp19 (Saccharomyces) y virus del papiloma bovino (células de mamíferos), véase, Sambrook y col., lugar citado; DNA Cloning, lugar citado; B. Perbal, lugar citado.
Los genes pueden colocarse bajo el control de un promotor, sitio de fijación de ribosoma (para la expresión bacteriana) y, opcionalmente, un operador (aquí llamados colectivamente elementos de "control"), de modo que la secuencia de DNA que codifica a la proteína deseada se transcriba en el RNA de la células hospedante transformada con un vector que contiene este constructo de expresión.
La secuencia codificadora puede contener o no un péptido de señal o una secuencia guía. Si se incluye una secuencia de señal, esta podrá ser una secuencia homóloga nativa o una secuencia heteróloga. Por ejemplo, la secuencia de señal para el polipéptido antigénico concreto de C. parvum, puede utilizarse para la secreción del mismo, al igual de muchas otras secuencias de señal, bien conocidas en la técnica. Las secuencias guía pueden eliminarse del hospedante por procesado post-traduccional, véase, p.ej., las patentes US-4,431,739; 4,425,437; 4,338,397.
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Otras secuencias reguladoras pueden ser también deseables, que permitan la regulación de la expresión de las secuencias proteicas relativas al crecimiento de la célula hospedante. Los expertos en la materia ya conocen las secuencias reguladoras y sus ejemplos incluyen aquellas que provocan la expresión de un gen que deberá activarse o desactivarse en respuesta a un estímulo químico o físico, incluida la presencia de un compuesto regulador. En el vector pueden estar presentes además otros tipos de elementos reguladores, por ejemplo secuencias de ampliador.
Las secuencias de control y otras secuencias reguladoras pueden ligarse a la secuencia codificadora antes de la inserción en el vector, por ejemplo en los vectores de clonación mencionados antes. Como alternativa, la secuencia codificadora puede clonarse directamente en un vector de expresión, que ya contenga las secuencias de control y un sitio de restricción apropiado.
En algunos casos puede ser necesario modificar la secuencia codificadora de modo que pueda unirse a las secuencias de control con una orientación apropiada, es decir, para mantener el marco de lectura correcto. Puede ser también deseable producir mutantes o análogos de los polipéptidos antigénicos. Los mutantes y los análogos pueden obtenerse por deleción de una porción de la secuencia codificadora de la proteína, por inserción de una secuencia y/o por sustitución de uno o más nucleótidos dentro de la secuencia. Las técnicas para modificar secuencias de nucleótidos, por ejemplo la mutagénesis dirigida a un sitio, se han descrito, p.ej., en Sambrook y col., lugar citado; DNA Cloning; lugar citado; Nucleic Acid Hybridization, lugar citado.
Después se emplea el vector de expresión para transformar una célula hospedante apropiada. Se conoce en la técnica un gran número de líneas celulares de mamíferos y están disponibles incluso líneas celulares inmortalizadas de la American Type Culture Collection (ATCC), por ejemplo, pero sin limitarse a ellas: las células de ovario de hámster chino (CHO), las células HeLa, las células de riñón de hámster bebé (BHK), las células de riñón de simio (COS), las células de carcinoma hepatocelular humano (p.ej. Hep G2), las células de riñón bovino de Madin-Darby ("MDBK"), y otras. De modo similar, en los presentes constructos de expresión pueden utilizarse hospedantes bacterianos, por ejemplo E. coli, Bacillus subtilis y Streptococcus spp. Los hospedantes levadura útiles para la presente invención incluyen, entre otros, el Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Candida maltosa, Hansenula polymorpha, Kluyveromyces fragilis, Kluyveromyces lactis, Pichia guillerimondii, Pichia pastoris, Schizosaccharomyces pombe e Yarrowia lipolytica. Las células de insectos para usar como vectores de expresión de baculovirus incluyen, entre otras, al Aedes aegypti, Autographa californica, Bombyx mori, Drosophila melanogaster, Spodoptera frugiperda y Trichoplusia ni.
En función del sistema de expresión y del hospedante elegido, las proteínas de la presente invención se producen por cultivo de células hospedantes transformadas con un vector de expresión, ya descrito, en condiciones, en las que se exprese la proteína de interés. Después puede aislarse la proteína de las células hospedantes y purificarse. Si el sistema de expresión secreta la proteína al medio de crecimiento, entonces la proteína puede purificarse directamente del medio. Si la proteína no se secreta, entonces se aislará de los lisados celulares. La selección de las condiciones apropiadas para el crecimientos y los métodos de recuperación ya es conocida de los expertos en la materia.
Las proteínas de la presente invención pueden producirse también por síntesis química, por ejemplo la síntesis de péptidos en fase sólida, empleando secuencias conocidas de aminoácidos o secuencias de aminoácidos derivadas de la secuencia de DNA de los genes de interés. Los expertos ya conocen estas técnicas, véase, p.ej., J.M. Stewart y J.D. Young, Solid Phase Peptide Synthesis, 2ª ed., Pierce Chemical Co., Rockford, IL (1984) y G. Barany y R.B. Merrifield, The Peptides: Analysis, Synthesis, Biology, coordinadores: E. Gross y J. Meienhofer, vol. 2, Academic Press, Nueva York, (1980), pp. 3-254, para las técnicas de síntesis de péptidos en fase sólida; y M. Bodansky, Principles of Peptide Synthesis, editorial Springer, Berlín (1984) y E. Gross y J. Meienhofer, coord., The Peptides: Analysis, Synthesis, Biology, lugar citado, vol. 1, para la síntesis clásica en solución. La síntesis química de péptidos puede ser preferible si un pequeño fragmento del antígeno en cuestión es capaz de generar una respuesta inmunológica en el sujeto de interés.
Producción de anticuerpos
Los polipéptidos antigénicos de la presente invención, o sus fragmentos, pueden utilizarse para producir anticuerpos, tanto policlonales como monoclonales. Para la práctica de la presente invención, además de las moléculas de anticuerpo completo, pueden utilizarse también fragmentos de anticuerpo que conserven la especificidad inmunológica del anticuerpo entero (p.ej. los fragmentos Fab y F(ab')2 de la IgG (Pierce)). Los anticuerpos pueden purificarse mediante métodos estándar para obtener preparaciones de anticuerpo que estén sustancialmente libres de proteínas del suero, que puedan afectar la reactividad (p.ej. mediante purificación de afinidad (Harlow y col.)). Si se desean anticuerpos policlonales, se inmuniza un mamífero seleccionado (p.ej. ratón, conejo, cabra, caballo, etc.) con un antígeno de la presente invención, o su fragmento, o un antígeno mutado. Se recoge el suero del animal inmunizado y se trata con arreglo a procedimientos ya conocidos, véase, p.ej., Jurgens y col., J. Chrom. 348, 363-370, 1985. Si se emplea suero que contiene anticuerpos policlonales, entonces los anticuerpos policlonales pueden purificarse por cromatografía de inmunoafinidad, aplicando procedimientos conocidos.
Los expertos pueden obtener también fácilmente anticuerpos monoclonales contra los polipéptidos antigénicos y contra los fragmentos de los mismos. Ya es conocida la metodología general para obtener anticuerpos monoclonales por la tecnología del hibridoma. Por fusión celular pueden crearse líneas celulares inmortales productoras de anticuerpos y también por otras técnicas, como son la transformación directa de linfocitos B con DNA oncogénico o la transfección con virus de Epstein-Barr, véase, p.ej., M. Schreier y col., Hybridoma Techniques (1980); Hammerling y col., Monoclonal Antibodies and T-cell Hybridomas (1981); Kennett y col., Monoclonal Antibodies (1980); véanse también las patentes US-4,341,761; 4,399,121; 4,427,783; 4,444,887; 4,452,570; 4,466,917; 4,472,500, 4,491,632; y 4,493,890. Pueden explorarse los paneles de anticuerpos monoclonales producidos contra los polipéptidos antigénicos, o fragmentos de los mismos, en busca de varias propiedades; es decir, según isotipos, epítopes, afinidad, etc. Los anticuerpos monoclonales son útiles para la purificación, empleando técnicas de inmunoafinidad, de los antígenos individuales, contra los que van dirigidos. Los anticuerpos tanto policlonales como monoclonales pueden utilizarse también para la inmunización pasiva o pueden combinarse con preparaciones de vacuna subunitaria para mejorar la respuesta inmune. Los anticuerpos que poseen efecto neutralizador del C. parvum, por ejemplo los anticuerpos monoclonales 1101 y 222 que se describen a continuación, y otros anticuerpos funcionalmente equivalentes a ellos, son también útiles para las composiciones terapéuticas. Los anticuerpos monoclonales y policlonales son también útiles para fines de diagnóstico.
Formulaciones terapéuticas y administración
Los polinucleótidos, polipéptidos antigénicos de C. parvum y los anticuerpos dirigidos contra ellos de la presente invención pueden formularse en composiciones para el uso en diagnóstico, solos o en combinación con otros polinucleótidos, antígenos y/o anticuerpos, y/o para el uso en inmunización o tratamiento de sujetos, tal como se describe a continuación. Los métodos para fabricar tales formulaciones se describen p.ej., en: Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, Pennsylvania, 18ª edición, 1990. Por ejemplo, las composiciones terapéuticas (p.ej. vacunas) de la presente invención se fabrican en forma de inyectables, ya se como soluciones líquidas, ya sea como suspensiones. Pueden prepararse también las formas sólidas idóneas para la solución o suspensión en vehículos líquidos inmediatamente antes de la inyección. La preparación puede también emulsionarse o el ingrediente activo encapsularse en vehículos de tipo liposoma. El ingrediente activo (p.ej. inmunogénico) se mezcla por lo general con un vehículo farmacéuticamente compatible, por ejemplo, agua, solución salina, dextrosa, glicerina, etanol o similares, y combinaciones de los mismos. Además, si se desea, el vehículo puede contener cantidades menores de sustancias adyuvantes, por ejemplo agentes humectantes o emulsionantes y agentes tampones de pH.
Pueden añadirse también a la formulación adyuvantes que mejoren la eficacia de la vacuna o de otras composiciones terapéuticas. Los adyuvantes pueden incluir, por ejemplo dipéptidos de muramilo, avidina, hidróxido de aluminio, bromuro de dimetildioctadecil-amonio (DDA), aceites, emulsiones de aceite en agua, saponinas, citoquinas y otras sustancias ya conocidas en la técnica.
Los polipéptidos antigénicos pueden estar unidos a un vehículo con el fin de aumentar su inmunogenicidad. Los vehículos idóneos incluyen macromoléculas grandes, metabolizadas lentamente, por ejemplo proteínas, incluidas las albúminas del suero, la hemocianina de lapa de ojo de cerradura, las moléculas de inmunoglobulina, la tiroglobulina, la ovalbúmina y otras proteínas bien conocidas por los expertos; los polisacáridos, por ejemplo la sefarosa, la agarosa, la celulosa, las bolas de celulosa y similares; los aminoácidos poliméricos, por ejemplo el ácido poliglutámico, la polilisina y similares; los copolímeros de aminoácidos; y las partículas inactivas de virus. Los anticuerpos y polinucleótidos pueden unirse también a tales vehículos inmediatamente antes de la administración.
Los polinucleótidos, polipéptidos antigénicos o los anticuerpos dirigidos contra ellos pueden utilizarse en su forma nativa o bien su contenido de grupos funcionales puede modificarse, por ejemplo por succinilación de los restos lisina o por la reacción de la cis-tiolactona. Puede incorporarse también un grupo sulfhidrilo al vehículo (o al antígeno) por ejemplo, por reacción de los grupos funcionales amino con 2-iminotiolano o con el éster 3-(4-ditiopiridil)-propionato de la N-hidroxisuccinimida. Los vehículos idóneos pueden modificarse además para que incorporen brazos espaciadores (por ejemplo hexametilenodiamina u otras moléculas bifuncionales de tamaño similar) de unión a péptidos.
Otros vehículos idóneos incluyen a las células, por ejemplo linfocitos, ya que la presentación en esta forma imita el modo natural de presentación en el sujeto, que da origen al estado inmunizado. Como alternativa, las moléculas de la presente invención pueden unirse a los eritrocitos, con preferencia a los eritrocitos propios del sujeto. Los expertos ya conocen los métodos para unir péptidos a proteínas o células.
Además, los polipéptidos antigénicos (o complejos de los mismos) pueden formularse en composiciones de vacuna ya sea en forma neutra, ya sea en forma de sal. Las sales farmacéuticamente aceptables incluyen las sales de adición de ácido (formadas con los grupos amino libres de los polipéptidos activos), que se forman con ácidos inorgánicos, por ejemplo, los ácidos clorhídrico o fosfórico, o con ácidos orgánicos, por ejemplo los ácidos acético, oxálico, tartárico, mandélico y similares. Las sales formadas con los grupos carboxilo libres pueden derivarse también por reacción con bases inorgánicas, por ejemplo, los hidróxidos sódico, potásico, amónico, cálcico o férrico y con bases orgánicas, por ejemplo la isopropilamina, trimetilamina, 2-etilamino-etanol, histidina, procaína y similares.
Estas formulaciones contendrán típicamente una "cantidad terapéuticamente eficaz" del ingrediente activo, es decir, una cantidad de generar una respuesta inmune o capaz de generar una respuesta neutralizadora, en un sujeto al que se administra la composición. En el tratamiento y prevención de la infección de C. parvum, por ejemplo, una "cantidad terapéuticamente eficaz" será con preferencia una cantidad que aumenta la resistencia del mamífero en cuestión a una nueva infección y/o reduce la severidad clínica de la enfermedad. Tal protección se demostrará por una reducción o ausencia de síntomas, que normalmente manifiesta un hospedante infectado y/o por un tiempo más corto de recuperación.
Los expertos pueden determinar fácilmente la cantidad exacta realizando pruebas estándar y guiándose por las enseñanzas de esta descripción. La concentración de polipéptido antigénico, de anticuerpo o de polinucleótido variará por ejemplo en el intervalo comprendido entre el 1% y el 95% (p/p) de la composición o incluso mayor o menos, si se considera indicado. Por ejemplo, las formulaciones de vacuna contendrán de 1 \mug a 1 mg por dosis de vacuna, aunque puede utilizarse una cantidad mayor o menor, si fuera necesario. La vacunación repetida (p.ej. de refuerzo) puede administrarse si se considera necesaria, por ejemplo después de evaluar las células T reactivas.
Para inmunizar un sujeto se administra la vacuna por lo general por vía parenteral, normalmente por inyección intramuscular. Pueden emplearse también los modos de administración intradérmica y transdérmica. Sin embargo, son también aceptables otros modos de administración, por ejemplo la inyección subcutánea, intraperitoneal e intravenosa. La cantidad a administrar dependerá del animal a tratar, la capacidad del sistema inmune del animal de sintetizar anticuerpos y el grado de protección deseado. Los expertos podrán determinar fácilmente las dosis eficaces mediante ensayos de rutina, trazando las curvas de dosis-respuesta. El sujeto se inmuniza por administración de la vacuna por lo menos en una dosis y, con preferencia, en dos dosis. Además se podrán administrar al animal cuantas dosis sean necesarias para mantener el estado de inmunidad a la infección. De manera similar, para otras composiciones terapéuticas se pueden administrar los polipéptidos y/o anticuerpos por inyección (intramuscular, intradérmica, intraperitoneal, intravenosa, etc.).
Las formulaciones terapéuticas adicionales, indicadas para otros modos de administración, incluyen los supositorios y, en algunos casos, las formulaciones de aerosol, transdérmicas, intranasales, orales y las de liberación sostenida. En el caso de los supositorios, la composición del vehículo contendrá los aglutinantes y vehículos tradicionales, por ejemplo los polialquilenglicoles o los triglicéridos. Tales supositorios pueden formarse con mezclas que contengan el ingrediente activo en una cantidad comprendida entre el 0,5 y el 10% (p/p), con preferencia entre el 1 y el 2%. Los vehículos orales incluyen excipientes empleados normalmente, por ejemplo las calidades farmacéuticas de la manita, lactosa, almidón, estearato magnésico, sacarina sódica, celulosa, carbonato magnésico y similares. Estas composiciones orales de la vacuna pueden tomarse en forma de soluciones, suspensiones, tabletas, píldoras, cápsulas, formulaciones de liberación sostenida o polvos y pueden contener del 10 al 95% de ingrediente activo, con preferencia del 25 al 70%.
Las formulaciones intranasales incluirán normalmente vehículos que no causen irritación a la mucosa nasal ni interfieran de modo significativo en la función ciliar. En la presente invención pueden emplearse diluyentes del tipo agua, solución salina u otras sustancias conocidas. Las formulaciones nasales pueden contener además conservantes, por ejemplo, aunque sin limitarse a ellos: clorobutanol y cloruro de benzalconio. Puede estar presente un tensioactivo para mejorar la absorción de las proteínas en cuestión en la mucosa nasal.
Las formulaciones de liberación controlada o sostenida se fabrican incorporando el polinucleótido y/o la proteína (p.ej. un polipéptido antigénico o un anticuerpo) a vehículos tales como liposomas, polímeros impermeables no resorbibles, por ejemplo los copolímeros de etileno/acetato de vinilo y los copolímeros Hytrel®, los polímeros hinchables, por ejemplo los hidrogeles, o los polímeros resorbibles, tales como el colágeno, y ciertos poliácidos y poliésteres, como los empleados para hacer resorbibles las suturas. Los polipéptidos antigénicos pueden entregarse también mediante mini-bombas implantadas, bien conocidas en la técnica.
Los polinucleótidos, polipéptidos antigénicos y/o anticuerpos de la presente invención pueden administrarse también mediante un virus portador que los exprese. Los virus portadores que pueden utilizarse en la presente invención incluyen, pero no se limitan a las vacunas y otros poxvirus, adenovirus y herpesvirus. A título ilustrativo, los virus recombinantes de vacuna, que expresan las nuevas proteínas, pueden construirse del modo siguiente. En primer lugar se inserta el DNA que codifica la proteína particular en un vector apropiado, de modo que sea adyacente al promotor de la vacuna y flanqueando las secuencias de DNA de la vacuna, por ejemplo la secuencia que codifica a la timidina-quinasa (TK). Después se emplea este vector para transfectar células, que están simultáneamente infectadas con la vacuna. La recombinación homóloga sirve para insertar el promotor de la vacuna más el gen que codifica a la proteína presente en el genoma vírico. La TK recombinante resultante puede seleccionarse cultivando las células en presencia de la 5-bromodesoxiuridina y las placas víricas resistentes a la misma.
Por lo tanto, una vía de administración implica la inmunización del ácido nucleico. De este modo pueden administrarse directamente a un sujeto las secuencias de nucleótidos (y los elementos reguladores acompañantes) que codifican a los polipéptidos en cuestión y/o anticuerpos o fragmentos de los mismos para que se realice una traducción "in vivo" de los mismos. Como alternativa, la transferencia genética puede realizarse transfectando las células o los tejidos del sujeto vivo y reintroduciendo el material transformado al mismo hospedante. Los ácidos nucleicos (p.ej. DNA y RNA) pueden introducirse directamente en el organismo hospedante, p.ej. mediante inyección (véanse las patentes US-5,580,859 y 5,589,466; la publicación internacional WO/90/11092; y Wolff y col., Science 247, 1465-1468, 1990). También puede efectuarse por métodos conocidos la transferencia genética mediada por liposomas, véase p.ej. la patente US-5,703,055; Hazinski y col., Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 4, 206-209, 1991; Brigham y col., Am. J. Med. Sci. 298, 278-281, 1989; Canonico y col., Clin. Res. 39, 219A, 1991; y Nabel y col., Science 249, 1285-1288, 1990. Los agentes terapéuticos, por ejemplo los anticuerpos dirigidos contra antígenos de superficie expresados en tipos específicos de células, pueden conjugarse con enlace covalente con la superficie liposómica de modo que el ácido nucleico puede liberarse a los tejidos y células específicos, susceptibles de infección. Tal como se ha indicado antes, las formulaciones de ácidos nucleicos pueden administrarse por cualquier modo apropiado, por ejemplo, intramuscular, intradérmico o transdérmico.
Ensayos de diagnóstico
Tal como se ha explicado antes, los polinucleótidos y/o polipéptidos antigénicos de la presente invención pueden utilizarse también en el diagnóstico para detectar la presencia de anticuerpos reactivos de C. parvum en una muestra biológica con el fin de determinar la existencia de una infección de C. parvum. Por ejemplo, la presencia de anticuerpos reactivos con polipéptidos antigénicos puede detectarse aplicando técnica electroforéticas y de inmunodiagnóstico estándar, por ejemplo los ensayos de competición, de reacción directa o los de tipo sandwich. Tales ensayos incluyen, pero no se limitan a: Western blots; ensayos de aglutinación; inmunoensayos marcados y mediados con enzimas, por ejemplo los ensayos ELISA; los ensayos de tipo biotina/avidina; los radioinmunoensayos; la inmunoelectroforesis; la inmunoprecipitación; etc. Las reacciones incluyen por lo general marcadores de revelado, por ejemplo marcadores fluorescentes, quimioluminiscentes, radiactivos, enzimáticos o moléculas colorantes, así como otros métodos para detectar la formación de un complejo entre el antígeno y el anticuerpo o anticuerpos que reaccionan con él.
Los ensayos recién mencionados implican por lo general la separación del anticuerpo no fijado en una fase líquida del soporte de fase sólida, al que se han fijado los complejos de antígeno-anticuerpo. Los soportes sólidos que pueden utilizarse en la práctica de la invención incluyen sustratos del tipo nitrocelulosa (p.ej. en forma de membrana o de hoyo de microvaloración); poli(cloruro de vinilo) (p.ej. láminas u hoyos de microvaloración); látex de poliestireno (p.ej. bolas o placas de microvaloración); poli(fluoruro de vinilideno); papel diazotizado; membranas de poliamida (Nylon); bolas activadas, bolas con respuesta magnética y similares.
De forma típica, el soporte sólido se hace reaccionar en primer lugar con un componente de la fase sólida (p.ej. uno o más polipéptidos antigénicos) en condiciones apropiadas para la unión, de modo que el componente quede suficientemente inmovilizado sobre el soporte. Algunas veces, la inmovilización del antígeno sobre el soporte puede reforzarse uniendo en primer lugar el antígeno a una proteína que tenga mejores propiedades de unión. Las proteínas idóneas para tal unión incluyen, pero no se limitan a: macromoléculas, por ejemplo las albúminas de suero, que incluyen la albúmina de suero bovino (BSA), la hemocianina de lapa de ojo de cerradura, las moléculas de inmunoglobulina, la tiroglobulina, la ovalbúmina y otras proteínas que los expertos conocen bien. Otras moléculas que pueden utilizarse para fijar los antígenos sobre el soporte incluyen a los polisacáridos, los ácidos polilácticos, los ácidos poliglicólicos, los aminoácidos poliméricos, los copolímeros de aminoácidos y similares. Tales moléculas y métodos de fijación de estas moléculas a los antígenos ya son conocidos de los expertos en la materia, véase, p.ej., Brinkley, M.A., Bioconjugate Chem. 3, 2-13, 1992); Hashida y col., J. Appl. Biochem. 6, 56-63, 1984; y Anjaneyulu y Staros, International J. of Peptide and Protein Res. 30, 117-124, 1987.
Después de la reacción del soporte sólido con el componente de fase sólida, cualquier componente de fase sólida no inmovilizado se eliminará del soporte por lavado y entonces se pondrá en contacto el componente unido al soporte con una muestra biológica, de la que se sospecha que contiene restos de ligandos (p.ej. anticuerpos dirigidos contra los antígenos inmovilizados) en condiciones idóneas para la unión. Después del lavado para eliminar los ligandos no fijados, se añade el resto ligante secundario en condiciones idóneas para la unión, dicho ligante secundario es capaz de asociarse selectivamente con el ligante fijado. La presencia del ligante secundario puede detectarse seguidamente aplicando métodos ya conocidos en la técnica.
Más en particular puede utilizarse el método ELISA, en el que los hoyos de una placa de microvaloración están recubiertos con un polipéptido antigénico. Se introduce en los hoyos recubiertos una muestra biológica que contiene o se sospecha que puede contener moléculas de inmunoglobulina anti(péptido antigénico). Después de un período de incubación suficiente para que el anticuerpo pueda unirse al antígeno inmovilizado, la o las placa(s) se lavan para eliminar los restos no fijados y se añade una molécula ligante secundaria marcada de modo detectable. Se deja que la molécula ligante secundaria reaccione con los anticuerpos capturados de la muestra, se lava la placa y se detecta la presencia de la molécula ligante secundaria aplicando métodos bien conocidos de la técnica.
De este modo, en una forma especial de ejecución, se pueden detectar fácilmente la presencia de ligandos dirigidos contra el antígeno de C. parvum en una muestra biológica empleando un ligando secundario que contenga un anticuerpo dirigido contra los ligandos del anticuerpo. Se conoce en la técnica un gran número de moléculas de inmunoglobulina (Ig) anti-mamífero, que pueden conjugarse fácilmente con un marcador detectable de tipo enzima, por ejemplo la peroxidasa de rábano rusticano, la fosfatasa alcalina o la ureasa, aplicando métodos ya conocidos de los expertos en la materia. Entonces se emplea un sustrato enzimático apropiado para generar una señal detectable. En otras formas de ejecución afines pueden practicarse los métodos ELISA de tipo competitivo, aplicando métodos que los expertos ya conocen.
Los ensayos pueden realizarse también en solución, de tal manera que los polipéptidos antigénicos y anticuerpos específicos de estas proteínas formen complejos en condiciones de precipitación. En una forma especial de ejecución, los polipéptidos antigénicos pueden unirse a una partícula de la fase sólida (p.ej. una esferilla de agarosa o similar) aplicando métodos de unión ya conocidos en la técnica, por ejemplo la unión química o la indirecta. La partícula recubierta con el antígeno se pone seguidamente en contacto en condiciones idóneas para la unión con una muestra biológica de la que se sospecha que contiene anticuerpos dirigidos contra los polipéptidos antigénicos. La unión cruzada con los anticuerpos fijados provoca la formación de agregados de complejos de partícula-antígeno-anticuerpo, que pueden precipitarse y separarse de la muestra realizando lavado y/o centrifugación. La mezcla reaccionante puede analizarse para determinar la presencia o ausencia de complejos de anticuerpo-antígeno aplicando cualquiera de los muchos métodos estándar, por ejemplo los métodos de inmunodiagnóstico mencionados anteriormente.
En otra forma de ejecución se proporciona una matriz de inmunoafinidad, en la que se inmoviliza sobre un sustrato una población policlonal de anticuerpos de una muestra biológica de la que se sospecha que contiene moléculas anti-C. parvum. Respecto a ello, la purificación inicial por afinidad de la muestra puede llevarse a cabo empleando antígenos inmovilizados. La preparación resultante de la muestra contendrá entonces únicamente restos anti-C. parvum, evitando las potenciales propiedades de fijación inespecífica al soporte de afinidad. En la técnica se conoce un gran número de métodos para inmovilizar inmunoglobulinas (ya sea intactas, ya sea fragmentos específicos de las mismas) en buen rendimiento y con buena retención de la actividad de fijación del antígeno. No estando limitadas a ningún método particular, la proteína A o la proteína G inmovilizadas pueden utilizarse para inmovilizar las inmunoglobulinas.
Por consiguiente, una vez las moléculas de inmunoglobulina han quedado inmovilizadas para proporcionar una matriz de inmunoafinidad, se ponen en contacto los polipéptidos antigénicos marcados con los anticuerpos fijados en condiciones idóneas para la unión. Después de haber eliminado por lavado cualquier antígeno fijado de modo no específico del soporte de inmunoafinidad, podrá determinarse la presencia de antígeno fijado ensayando para detectar el marcado aplicando métodos ya conocidos de la técnica.
Además, los anticuerpos dirigidos contra los polipéptidos antigénicos, antes que los polipéptidos antigénicos propiamente dichos, pueden emplearse en los ensayos recién descritos con el fin de detectar la presencia de anticuerpos dirigidos contra las proteínas en una muestra dada. Estos ensayos se realizan esencialmente del modo antes descrito y los expertos los conocen perfectamente.
Los ensayos en los que intervienen específicamente los polinucleótidos de la presente invención incluyen también, pero sin limitarse a ellos: ensayos para alterar los niveles de mRNA y/o la presencia de polinucleótidos que se hibridan selectivamente con las secuencias aquí descritas. En el ensayo para la alteración de los niveles de mRNA se extrae en primer lugar el ácido nucleico contenido en las muestras (p.ej. células o tejidos obtenidos del sujeto) con arreglo a métodos estándar, por ejemplo empleando enzimas líticas o soluciones químicas según los procedimientos descritos en Sambrook y col., lugar citado, o se extraen con resinas de fijación de ácidos nucleicos con arreglo a las instrucciones del fabricante. Después se detecta el mRNA extraído por hibridación (p.ej. mediante un análisis Northern blot) y/o por amplificación (p.ej. PCR). Como sondas de hibridación pueden utilizarse ácidos nucleicos que tengan por lo menos 10 nucleótidos, con preferencia entre 20 y 25 nucleótidos, incluso con mayor preferencia entre 50 y 100 nucleótidos, y posean una complementariedad u homología de secuencias con los polinucleótidos aquí descritos. Es obvio que las sondas no es necesario que sean idénticas, pero de modo típico serán idénticas por lo menos en un 80% en lo que respecta a la región homóloga de tamaño comparable, con mayor preferencia serán idénticas en un 85% e incluso con mayor preferencia serán idénticas en un 90-95%. En ciertas formas de ejecución será ventajoso el uso de ácido nucleicos en combinación con medios apropiados, por ejemplo un marcador detectable, para detectar la hibridación. En la técnica se conoce una gran variedad de indicadores apropiados, incluidos los ligandos fluorescentes, radiactivos, enzimáticos y de otros tipos (p.ej. avidina/biotina). Además, los ácidos nucleicos pueden estar unidos a un soporte sólido (p.ej. vidrio o pastilla) para utilizarse en ensayos de exploración de alto rendimiento aplicando los métodos descritos, por ejemplo, en las patentes US-5,405,783, 5,578,832 y 5,445,934. Los resultados de los ensayos de alto rendimiento pueden analizarse empleando programas informáticos suministrados por los fabricantes.
Los reactivos de ensayo mencionados antes, incluidos los polipéptidos antigénicos o los anticuerpos dirigidos contra ellos, pueden presentarse en forma de kits, con las oportunas instrucciones y otros reactivos necesarios, con el fin de realizar los inmunoensayos del modo antes descrito. En función del inmunoensayo concreto que se quiera realizar, el kit puede contener además marcadores idóneos y otros reactivos y materiales envasados (p.ej. tampones de lavado y similares). Empleando estos kits se pueden realizar los inmunoensayos estándar, por ejemplo los descritos antes.
C. Parte experimental
Ejemplo 1
Aislamiento y clonación de ag1 y ag2 de C. parvum A. Recogida de oocistos
Se infectan terneros recién nacidos con material aislado humano de C. parvum obtenido de los Laboratorios Provinciales Cadham (Winnipeg, MB, Canadá), se recogen las heces y se almacenan a 4ºC con igual volumen de dicromato potásico del 2,5%. Se aíslan los oocistos de las heces por centrifugación de flotación con sucrosa y posterior ultracentrifugación en gradientes progresivos de cloruro de cesio del modo descrito previamente por Taghi-Kilani y col., J. Immunol. 145, 1571-1576, 1990. Después se almacenan a 4ºC los oocistos purificados hasta el futuro uso.
B. Construcción de la biblioteca de expresión de cDNA
Se extrae el RNA de los oocistos empleando el procedimiento de aislamiento con isotiocianato de guanidio descrito previamente por Rajkovic y col., PNAS USA 86, 8217-8221, 1989 y se aísla el RNA poliadenililado (poli-A+) por selección con oligo-dT. Con cinco ml de oocistos altamente purificados se obtienen aproximadamente 4,8 mg de RNA total y unos 20 \mug de RNA poliadenililado (poli-A+ RNA)(mRNA) aislando realizando la selección con oligo-dT (0,4%).
Después se convierten cinco \mug de RNA poli-A+ en los cDNA con arreglo a las instrucciones del fabricante (Stratagene, La Jolla, Ca). Para construir la biblioteca se emplea el vector de clonación Lambda ZAP IIXROD® (Stratagene), un derivado de Lambda gtll que contiene el gen lacz (11-galactosidasa) y el promotor lac. Se ligan los cDNA a los brazos lambda, se empaquetan "in vitro" y se extienden en placas sobre una cepa SURE® de E. coli. Se determina la eficacia de la ligación por selección de color azul/blanco de las placas en presencia de 5-bromo-4-cloro-3-indoil-11D-galactosidasa (X-gal) y 2-isopropil-b-D-tiogalactopiranósido (IPTG). Con este procedimiento se obtienen 2x10^{6} fagos primarios, el 95% de los cuales se demuestra que son recombinantes con la selección de color azul/blanco en presencia de IPTG/X-gal.
C. Preparación de suero inmune humano
Se obtiene suero humano inmune de un paciente que ha sufrido una infección parasitológicamente documentada. Se eliminan los anticuerpos dirigidos contra las proteínas de E. coli por preabsorción con un lisado de E. coli X-BLUE®-solución salina tamponada (20 mM TRIS, pH = 7,5). Se diluye el suero 1:200 con 0,1% de BSA en Tris 500 mM NaCl) y se incuba a 4ºC durante una noche, con agitación, en la presencia de 5 mg/ml de la proteína de la cepa hospedante de E. coli. Se centrifugan los escombros celulares, formándose un culote y se separa el líquido sobrenadante. Se realizan las gráficas Immunoblots de C. parvum y E. coli para tener la seguridad de que se han eliminado los anticuerpos de E. coli y de que siguen estando presentes los anticuerpos de C. parvum (tal como se describe a continuación). Los sueros inmunes así preparados se emplean en la siguiente exploración de la biblioteca de cDNA.
D. Immunoblotting de proteínas
Después de la electroforesis a través de un SDS-PAGE del 10% se transfieren las proteínas criptosporidianas de C. parvum, E. coli o recombinantes (Transblot SD Semi-dry Electrophoretic Transfer Cell/Bio-Rad, Mississauga, Ontario) a membranas del tipo Immobilon-P transfer (Millipore, Bedford, Ma) con arreglo a las instrucciones del fabricante. Se emplea leche desnatada al cinco por ciento (5%) en solución salina tamponada con TRIS (TBS) para bloquear los immunoblots a 37ºC durante 2 horas y después se incuba con sueros inmunes diluidos 1:200 o anticuerpos monoclonales diluidos 1:2000 en albúmina de suero bovino del 0,1% (BSA)/TBS a 37ºC durante 2 horas. Se lavan las membranas 3 veces durante 5 minutos cada vez en Tween-20 al 0,05% en TBS (TBST). Se detectan los anticuerpos IgG empleando IgG de cabra anti-humana o IgG de cabra anti-ratón, conjugada con peroxidasa de rábano rusticano (Jackson Immunoresearch Laboratories, West Grove, PA) diluida 1:3000 con BSA al 0,1% en TBS a 37ºC durante 2 horas. Después de otro lavado se revelan las manchas (blots) con diaminobencidina 1,4 mM, cloruro de cobalto 8,8 mM y peróxido de hidrógeno 0,85 mM.
Se efectúan los ensayos Immunoblots de proteínas de C. parvum y E. coli con suero inmune preabsorbido. Las bandas predominantes están situadas en 23, 33, 45 y >66 kilodaltones, de modo similar al espectro de antígenos publicado por otros investigadores.
Los anticuerpos contra las proteínas de E. coli están presentes en los sueros no absorbidos, pero se eliminan eficazmente por el procedimiento de absorción, quedan intactos los anticuerpos criptosporidianos específicos.
E. Exploración de la biblioteca de expresión
Se explora la biblioteca de expresión del cDNA del modo siguiente: se incuban a 37ºC durante cuatro horas en agar Luria-Brunelli (LB) aproximadamente 2000 plaquitas primarias por placa y se recubren las placas con filtros de nitrocelulosa (Millipore, Bedford, MA) preimpregnados con IPTG 10 mM y se incuban a 37ºC durante cuatro horas más. Se quitan los filtros, se colocan filtros duplicados y se mantienen en incubación durante cuatro horas más. Se bloquean los filtros con leche desnatada al 5% en TBST y se revelan del modo descrito antes para el immunoblotting. Los clones positivos se purifican en placa.
Después de la amplificación de la biblioteca se exploran aproximadamente 650.000 placas primarias y se identifican ocho clones positivos. Estos se purifican en placa y se rescatan por escisión "in vivo" en el fagémido de secuenciación pbluescript SK+.
F. Escisión "in vivo" y secuenciación del cDNA del C. parvum
Se prepara el pBluescript SK+ recombinante que contiene el cDNA del C. parvum por un método de escisión "in vivo" suministrado por el fabricante (Stratagene, La Jolla, CA). Se prepara el DNA plásmido por métodos ya establecidos. El cDNA insertado se secuencia por el método didesoxi (Sequenase^{TM}, U.S. Biochemical, Cleveland, Ohio).
Se secuencian por completo los insertos de cDNA de los clones positivos. Los ocho clones positivos codifican a dos antígenos distintos, el AG1 y el AG2. La secuencia de cDNA compuesta de los insertos y los marcos de lectura abierta previstos de los dos antígenos se presentan en la figura 1.
El marco de lectura abierto incompleto del AG1 deducido de un cDNA simple y dos clones de cDNA solapados se extiende desde el nucleótido 8 al 394. La región 3' sin traducir tiene una longitud de 945 nucleótidos y se extiende desde la posición 395 a la 1338. Las señales de poliadenililación de consenso están situadas en los nucleótidos 1233-1238 y 1273-1278. Las señales de poliadenililación imperfecta están identificadas también en los nucleótidos 1241-1245 y 1307-1311. El marco de lectura abierto previsto codifica a un péptido de 129 aminoácidos de un peso molecular previsto de 15 Kd. El punto isoeléctrico previsto se sitúa en pH 9,6, siendo hidrófobos el 44% de los aminoácidos. Se identifican dos sitios de glucosilación unidos a N en los restos 36-38 y 71-73.
El marco de lectura abierto compuesto incompleto del AG2 deducido de cinco clones cDNA solapados se extiende desde el nucleótido 9 al 587. La región 3' sin traducir tiene una longitud de 712 nucleótidos y se extiende desde el nucleótido 588 al 1298. Se identifica un gran número de señales de poliadenililación de consenso imperfectas, por ejemplo en los nucleótidos 945-949 y 1141-1145. El marco de lectura abierto previsto codifica a un péptido de 193 aminoácidos de longitud con un peso molecular previsto de 21,8 Kd. El punto isoeléctrico previsto se sitúa en pH 6,23 y el 36% de los aminoácidos son hidrófobos. Se identifican dos sitios de glucosilación unidos a N en los restos 36-38 y 51-53.
Se realiza una búsqueda en la base de datos del GenBank empleando el programa informático BLAST (véase, p.ej. Altschul y col., 25, 3389-3402, 1997), empleando por ejemplo las siguientes penalizaciones de laguna: existencia: 11 ó 5, extensión: 1 ó 2. Pueden utilizarse también los parámetros por defecto. Con las búsquedas no se identifican proteínas que presenten identidad de secuencia con AG1 o AG2.
Ejemplo 2
Expresión de los cDNA del C. parvum en E. coli y análisis por immunoblotting
Para generar la proteína recombinante se emplean dos sistemas de vectores de expresión procariotas diferentes, el pGEX-2TTM (Pharmacia Biotech, Montreal, Canadá) y el pET-11ATM (Novagen, Madison, Wisconsin). Los insertos de cDNA de los dos antígenos (AG1 y AG2) se subclonan en forma de fragmento de extremo relleno SmaI/XhoI en el sito SmaI del vector pGEX-2T y se transforman en la cepa DH5-\alpha de E. coli. Se inducen las proteínas de fusión en presencia de IPTG 0,5 mM y se recolectan las células bacterianas para el análisis posterior con arreglo a métodos estándar, por ejemplo el descrito por Smith y col., Gene 67, 31-40, 1988.
Con el fin de subclonar el inserto de cDNA del AG1 en el pET-11A, se sintetizan por amplificación directa de DNA los cebadores oligonucleótidos correspondientes al extremo 5' (AG1 5'-PCR, 5'-GTCATATGGCACGAGAAT
TACCATCTGAT-3') (SEQ ID NO:5) y complementarios del extremo 3' (AG1 3'-PCR, 5'-GACATATGTTAATTTCT
CATTTGTACTTG-3') (SEQ ID NO:6) del cDNA, que contienen los sitios NdeI de ingeniería. La amplificación se lleva a cabo en presencia de la Taq-polimerasa (Perkin Elmer Cetus, Rexdale, Ontario) en una mezcla reaccionante PCR patrón de 100 ml que contiene 1,0 \mug de molde, 100 mM de cada cebador y 0,2 mM de los dNTP a lo largo de 30 ciclos a 94ºC (1 min), 50ºC (1 min) y 72ºC (1 min) con arreglo a las instrucciones del fabricante (Perkin Elmer Cetus, Rexdale, Ontario). Se digiere el cDNA amplificado con Nde1. Se subclona el inserto aislado en el sitio NdeI del pET-11A y se transforma en la DH5-\alpha de E. coli. Se electroporan los plásmidos que contienen los insertos en la cepa de expresión BL21/IDE3/plyS (Novagen, Madison, WI) de la E. coli, se inducen las proteínas de fusión en presencia de IPTG 0,5 mM y se recolectan las células bacterias para el análisis de proteínas empleando métodos estándar, por ejemplo los descritos en Studier y col., Methods Enzymol. 185, 60-89, 1990.
Se evalúa la expresión de la proteína recombinante de C. parvum con los vectores PGEX y pET mediante electroforesis a través de gel de poliacrilamida y tinción Coomaissie seguida por un immunoblotting en membranas de transferencia Immobilon-P aplicando métodos estándar, por ejemplo los descritos en Sambrook y col., lugar citado. Se bloquean las manchas Immunoblots que contienen proteínas inducidas y no inducidas con leche desnatada al 5% en TBST a 4ºC durante una noche. Se detecta la proteína recombinante empleando suero humano inmune preabsorbido, del modo descrito antes.
El tamaño previsto de la proteína de fusión AG1 con glutationa-S-transferasa empleando el vector pGEX-2T es de 43 Kd. El análisis SDS-PAGE de proteínas inducidas frente a las no inducidas produce una banda insoluble prevista de aproximadamente 43 Kd y una banda insoluble adicional de menor intensidad de aproximadamente 66 Kd. Las dos bandas se reconocen en el immunoblot por los sueros inmunes humanos y los anticuerpos monoclonales generados contra la banda de 43 Kd purificados por electroforesis a través de gel y por electroelución. Cuando el AG1 se expresa en el vector pET-11A se forma una banda insoluble del tamaño previsto de aprox. 20 Kd, que se reconoce por los sueros inmunes humanos y por el anticuerpo monoclonal.
El tamaño previsto de las proteínas de fusión AG2 con la glutationa-S-transferasa empleando el vector pGEX-2T es de aproximadamente 46 Kd. En el análisis SDS-PAGE de la proteína inducida frente a la no inducida no consigue producir una banda de proteína de fusión recombinante en el peso molecular esperado, sino que produce una banda insoluble fácilmente visualizada de 98 Kd. El análisis por immunoblot con suero inmune humano y con anticuerpo monoclonal generado contra la banda purificada de 98 Kd revela la presencia de una banda débil de aproximadamente 44 Kd y una banda intensa de 98 Kd. Estas bandas no aparecen en las pistas de control no inducidas. La secuenciación del vector de expresión confirma el tamaño del marco de lectura abierto previsto.
Ejemplo 3 Producción y purificación de anticuerpos de suero humano
Se purifican proteínas criptosporidianas recombinantes, expresadas en forma de proteínas de fusión GST, por electroforesis preparativa a través de gel y por electroelución y se emplean para inmunizar ratones BalbC. Se inmunizan los ratones por vía intraperitoneal tres veces a intervalos de cuatro semanas con 50 mg de antígeno recombinante purificado en adyuvante RIBI^{TM} (RIBI ImmunoChem Research Inc., Hamilton, MT). Se administra por inyección intravenosa un refuerzo final de 50 mg de antígeno recombinante purificado en solución salina tamponada con fosfato. Tres días después se sacrifican los animales y se recogen sus bazos. Se fusionan los esplenocitos con NS-1 empleando PEG (Gibco) y se cultivan en placas de 96 hoyos del modo descrito por Studier y col., lugar citado. Se seleccionan los hibridomas positivos mediante inmunoensayo enzimático (EIA), en el que los hoyos se han recubierto con antígeno recombinante purificado expresado en el vector pET 11A (AG1), o se someten a exploración doble con proteína de fusión GST recombinante purificada y GST (AG2) para identificar los hibridomas criptosporidianos específicos con arreglo a métodos estándar, p.ej., Wilkins y col., J. Biol. Chem. 271, 3046-3051,
1996.
Se resuelven por electroforesis los antígenos criptosporidianos recombinantes purificados, se transfieren a membranas Immobilon-P y se analizan por immunoblotting con sueros inmunes humanos diluidos 1:200 en PBS. Se eluyen en medio ácido los anticuerpos del modo descrito previamente (véase, p.ej. Peterson y col., Infect. Immun. 60, 2343-2348, 1990), se concentran por centrifugación en un aparato Centricon-10 (Amicon Inc., Beverly, MA) hasta un volumen final de 0,5 ml en PBS con arreglo a las instrucciones del fabricante, y se emplean para el análisis immunoblotting de las proteínas criptosporidianas del modo descrito antes.
Se aísla un total de 12 anticuerpos monoclonales individuales, que reaccionan específicamente en un ensayo EIA con la proteína de fusión recombinante purificada PETII de AG1. Se identifican cuatro anticuerpos monoclonales que reaccionan específicamente con la porción de fusión criptosporidiana de la proteína de fusión GST del AG2. Se seleccionan dos anticuerpos monoclonales, el 1101 dirigido contra el Agl y el 222 dirigido contra el AG2, para el estudio posterior en base a su reactividad en el Immonoblot con proteínas nativas y en el EIA contra proteínas recombinantes.
En las figuras 3A y 3B se presentan los análisis immunoblotting de anticuerpos humanos purificados por afinidad y el anticuerpo monoclonal 1101 (AG1) dirigido contra las proteínas criptosporidianas solubles e insolubles, respectivamente. Los anticuerpos humanos eluidos de la proteína de fusión GST del AG1 reconocen una débil banda en la proteína criptosporidiana total en aproximadamente 22 Kd (figura 3A), mientras que el anticuerpo monoclonal 1101 generado contra la proteína de fusión GST del AG1 reconocen una débil banda en 22 Kd de proteína criptosporidiana insoluble (figura 3B, pista 1) y tres bandas de aproximadamente 22, 32, y 96 Kd de proteína criptosporidiana soluble (figura 3B, pista 2).
Los análisis immunoblotting de anticuerpos humanos purificados por afinidad y del anticuerpo monoclonal 222 (AG2) dirigidos contra las proteínas criptosporidianas soluble y insoluble se presentan en las figuras 4A y 4B, respectivamente. Los anticuerpos humanos eluidos de la proteína de fusión GST del AG2 reconocen tres bandas de la proteína criptosporidiana total, en aproximadamente 17, 34, y 84 Kd (figura 4A), mientras que el anticuerpo monoclonal 222 generado contra la proteína de fusión GST del AG2 no reconoce bandas de proteína criptosporidiana insoluble (figura 4B, pista 1) y cinco bandas en aproximadamente 6, 10, 22, 34 y 84 Kd de la proteína criptosporidiana soluble (figura 4B, pista 2). La banda intensa de 55 Kd de la figura 4B, pistas 1 y 2, es artificial.
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Ejemplo 4
Localización "in situ"
Se lavan tres veces en PBS los oocistos purificados previamente, se suspenden de nuevo con una densidad de 5 x 10^{7} oocistos/ml y se emplean directamente o se escinden para generar esporozoítos del modo descrito en el siguiente ejemplo 5A. Se cuantifican los esporozoítos hemocitometría antes del uso. Se reparten aproximadamente 0,5 x 10^{6} oocistos o esporozoítos en partes alícuotas en portaobjetos y se dejan secar en el aire a 37ºC. Se fijan los portaobjetos durante 10 min en metanol del 100%, se secan y se lavan tres veces con PBS.
Se bloquean los portaobjetos 3x con PBS y se incuban con anticuerpo monoclonal primario a razón de 5 mg/ml en PBS/1% BSA/0,1% azida sódica, a 40ºC durante 1 h. Después de lavar 3x con PBS se añade una dilución 1:100 del anticuerpo secundario (1,4 mg/ml - rodamina, antisuero de cabra anti-ratón (Jackson Immunoresearch Laboratories, West Grove, PA) en el mismo tampón y se incuba en la oscuridad a 40ºC durante 1 h. Se lavan los portaobjetos 3x con PBS y se detecta la fluorescencia en el microscopio (Olympus BH5, modelo BH2 PM-10ADS) y se documenta con fotografías (Kodak Provia 1600).
Los resultados de la inmunolocalización de anticuerpos monoclonales 1101 (AG1) y 222 (AG2) contra oocistos y esporozoítos se presentan en las figuras 5A, B, C y 5D, E y F, respectivamente. El anticuerpo monoclonal JB1 dirigido contra la integrina humana no marca específicamente restos en el portaobjetos (figura 5A). El anticuerpo monoclonal 1101 dirigido contra el AG1 tiñe intensamente en un modelo difuso los oocistos individuales y los pares de oocistos (figura 5B). El anticuerpo monoclonal 222 dirigido contra el AG2 tiñe los oocistos individuales y los aglomerados en un modelo de tipo circular (figura 5C). Los esporozoítos no son visualizables con el anticuerpo monoclonal JB1 (figura 5D). El anticuerpo monoclonal 1101 detecta esporozoítos generando un modelo de tinción uniforme (figura 5E), mientras que el anticuerpo monoclonal 222 detecta esporozoítos generando un modelo intenso
(figura 5F).
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Ejemplo 5
Efecto neutralizador de los anticuerpos monoclonales A. Purificación de esporozoítos de C. parvum
Se suspenden los oocistos a razón de 5,0 x 10^{7} por ml en solución salina equilibrada de Hank y se incuban a 37ºC durante 1,5 horas para que liberen esporozoítos. Se purifican los esporozoítos en una columna de DEAE-celulosa equilibrada a 4ºC durante una noche con tampón de columna (80 mM Na_{2}HPO_{2}, 58 mM NaCl, 55 mM glucosa). Se lavan los esporozoítos escindidos dos veces con el tampón de columna, se centrifugan para formar un culote a 3500 x g y se suspenden de nuevo en 20 ml de tampón de columna. Se introducen los esporozoítos del culote en un cm de matriz suspendida en una columna de tipo Econo (BioRad). Se emplean 50 ml de tampón de columna para eluir los esporozoítos, que se centrifugan para formar un culote y se lavan dos veces son solución salina equilibrada de Hank. Se cuantifican los esporozoítos por hemocitometría y se ajusta la concentración, obteniéndose una concentración final de 0,5 x 10^{6} por ml.
B. Ensayo de invasión "in vitro"
Se obtienen las células HT-29 de la American Tissue Culture Collection. Se cultivan las células originalmente en medio Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) más glutamina (Gibco-BRL) suplementado con suero fetal bovino del 10% (Intergen) en una atmósfera con un 5% de CO_{2}. Antes de utilizarse en el ensayo de invasión "in vitro" se trasvasan las células del DMEM a un medio Leibovitz's L-15 (Gibco-BRL), suero fetal bovino del 10% y 5 \mug/mi de penicilina/estreptomicina (Gibco-BRL)) en una atmósfera con un 5% de CO_{2} y se someten a pasaje 30 veces para permitir la diferenciación en el medio sin glucosa, del modo descrito previamente por ejemplo por Flanigan y col., Infect. Immun. 59, 234-239, 1991.
En estos ensayos se emplean tres anticuerpos monoclonales. El anticuerpo monoclonal 1101 es una IgG dirigida contra el antígeno criptosporidiano 1 (AG1) y el anticuerpo monoclonal 222 es una IgG dirigida contra el antígeno criptosporidial 2 (AG2). Tal como se ha descrito antes, ambos anticuerpos monoclonales detectan a la proteína nativa en un ensayo immunoblot, reaccionan con la proteína recombinante en el ensayo EIA y localizan los oocistos y esporozoítos en los estudios de inmunofluorescencia. El anticuerpo monoclonal 2F12 es un anticuerpo IgG de control negativo, dirigido contra la superficie de lipooligosacárido de la bacteria Hemophilus ducreyi (facilitada por el Dr. Ian McClean). Para este ensayo se cultivan las células en tiras de cubierta hasta aproximadamente una confluencia del 80% y se exponen a 5 x 10^{5} esporozoítos además de dosis de valoración de anticuerpos monoclonales del modo siguiente: los anticuerpos monoclonales 1101, 222 y 2F12 en concentraciones de 0, 1, 4, 8, 10, 20, 40, 80 \mug/ml de medio de cultivo. Para determinar si los efectos de neutralización son aditivos o sinergéticos se añaden los anticuerpos en combinación en una concentración final de 4 \mug/ml de cada anticuerpo monoclonal del modo siguiente: 1101, 222, 2F12; 1101+222; 2F12+222; 2F12+1101.
Se cultivan las células expuestas durante 48-72 horas, se fijan en metanol del 100% y para la evaluación se tiñen con hematoxilina y eosina del modo descrito previamente por ejemplo por Cotran y col., "Pathological Basis of Disease" (1998), W.B. Saunders Co. Se efectúa cada ensayo por triplicado y el número de células infectadas por 25 casillas de cada portaobjetos se determina por observación en microscopio de luz. Se determina si las diferencias son significativas aplicando el test T del programa estadístico del Paquete Estadístico de Ciencias Sociales (SPSS), que puede obtenerse por ejemplo a través de internet.
El efecto de concentraciones crecientes de anticuerpos monoclonales 1101 y 222 si se compara con el anticuerpo monoclonal 2F12 de control en la invasión de esporozoítos de células HT-29 se recoge en la tabla 1 y se representa gráficamente en la figura 6.
TABLA 1 Comparación de la actividad neutralizadora de los anticuerpos monoclonales 1101 y 222 frente al 2F12 en un ensayo de invasión de células HT-29
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1
La reducción de infectividad del AG1 por acción del anticuerpo monoclonal 1101 se hace significativa en 2 \mug/ml, a pesar de que no se consigue significancia estadística en 10 ni en 80 \mug/ml. En todo el intervalo de concentraciones ensayadas, el anticuerpo monoclonal 1101 produce una reducción del 53% de la infectividad, que es muy significativa (p < 0,001). El anticuerpo monoclonal 222 dirigido contra el AG2 tiene una actividad neutralizadora más acusada y sostenida, si se compara con el anticuerpo monoclonal 1101. La neutralización se observa lo largo del intervalo de 1 a 80 \mug/ml. La reducción media de la infectividad, resultante de la presencia del anticuerpo monoclonal 222, es del 80%, lo cual es altamente significativo (p > 0,0001).
Para determinar si los efectos neutralizadores de los anticuerpos monoclonales son aditivos, sinergéticos o competitivos, se ensayan manteniendo la concentración de cada anticuerpo monoclonal añadido en 4 \mug/ml, un nivel en el que las diferencias son muy significativas. Los resultados de estos estudios se representan gráficamente en la figura 7.
La adición de los anticuerpos monoclonales 1101 y 222 a los cultivos no tiene efecto aditivo ni sinergético en la reducción de la infectividad, si se comparan por separado o en combinación con el anticuerpo no específico 2F12. Aunque las reducción de infectividad son significativas si se comparan con el control negativo (p<0,001) y con el anticuerpo no específico 2F12 (p<0,002), no hay una interacción discernible entre las combinaciones de anticuerpos en cuanto a infectividad. En ningún caso, la neutralización alcanza el 100%. Esto sugiere que el mecanismo de infectividad se satura por esta vía y tal vez existen vías secundarias que pueden utilizarse para realizar la invasión. También es posible que los anticuerpos no bloqueen por completo la invasión a pesar de que cabría prever que el bloqueo de dos antígenos diferentes pudiera tener un efecto aditivo, a menos que los dos anticuerpos compitan por un sitio similar en el proceso de invasión.
Por consiguiente, se han descrito la clonación, expresión y caracterización de polipéptidos antigénicos de C. parvum y anticuerpos que reconocen los epítopes de estos polipéptidos así como los métodos para la utilización de los mismos. Aunque se han descrito con detalle las formas de ejecución preferidas de la presente invención, se da por supuesto que pueden introducirse variaciones obvias sin apartarse del espíritu ni del alcance de la invención, que se define en las reivindicaciones adjuntas.
Se ha efectuado el depósito de hibridomas útiles para la puesta en práctica de la invención en la American Type Culture Collection, 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia (los depósitos se han recibido en la ATCC con fecha 16 de mayo de 2000, con las designaciones de depósito de patente ATCC PTA-1879 y PTA-1880).
<110> UNIVERSIDAD DE MANITOBA
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<120> Antígenos de Cryptosporidium parvum, anticuerpos dirigidos contra los mismos y composiciones terapéuticas y de diagnóstico que los contienen
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<130> 08891854WO
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<140> PCT/CA01/00856
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<141> 2001-06-15
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<150> 60/212,083
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<151> 2000-06-15
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<160> 6
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<170> PatentIn Ver. 2.0
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<210> 1
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<211> 1380
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<212> DNA
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<213> Cryptosporidium parvum
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<220>
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<221> CDS
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<222> (8)..(397)
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<400> 1
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3
4
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<210> 2
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<211> 129
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<212> PRT
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<213> Cryptosporidium parvum
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<400> 2
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5
6
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<210> 3
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<211> 1323
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<212> DNA
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<213> Cryptosporidium parvum
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<220>
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<221> CDS
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<222> (9)..(590)
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<400> 3
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7
8
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<210> 4
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<211> 193
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<212> PRT
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<213> Cryptosporidium parvum
\newpage
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<400> 4
9
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<210> 5
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<211> 29
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<212> DNA
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<213> secuencia artificial
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<220>
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<223> descripción de la secuencia artificial: cebador oligonucleótido
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<400> 5
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\hskip-.1em\dddseqskip
gtcatatggc acgagaatta ccatctgat
\hfill
29
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<210> 6
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<211> 29
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<212> DNA
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<213> secuencia artificial
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<220>
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<223> descripción de la secuencia artificial: cebador oligonucleótido
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<400> 6
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\hskip-.1em\dddseqskip
gacatatgtt aatttctcat ttgtacttg
\hfill
29

Claims (23)

1. Un polipéptido inmunogénico aislado de C. parvum elegido entre el grupo formado por (a) un polipéptido que contiene la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO:2, o un fragmento inmunogénico del mismo que contiene por lo menos 15 aminoácidos y (b) un polipéptido que tiene por lo menos un 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO:2.
2. El polipéptido aislado de la reivindicación 1, dicho polipéptido contiene la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO:2, o un polipéptido que tiene por lo menos un 90% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO:2.
3. El polipéptido aislado de la reivindicación 2, dicho polipéptido tiene la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO:2.
4. Una molécula de ácido nucleico que tiene una secuencia codificadora de un polipéptido inmunogénico de C. parvum según la reivindicación 3.
5. Un vector recombinante que contiene:
(a) una molécula de ácido nucleico según la reivindicación 4; y
(b) elementos de control que están unidos operativamente con dicha molécula de ácido nucleico, dicha secuencia codificadora puede transcribirse y traducirse a una célula hospedante, y por lo menos uno de dichos elementos de control es heterólogo con respecto a dicha secuencia codificadora.
6. Una célula hospedante transformada con el vector recombinante de la reivindicación 5.
7. Un método para producir un polipéptido recombinante de C. parvum que consiste en:
(a) proporciona una población de células hospedantes según la reivindicación 6; y
(b) cultivar dicha población de células en condiciones, en las que se exprese el polipéptido codificado por la secuencia codificadora presente en dicho vector recombinante.
8. Una composición que contiene un vehículo farmacéuticamente aceptable y un polipéptido inmunogénico de C. parvum según la reivindicación 3.
9. La composición de la reivindicación 8, que contiene además un polipéptido antigénico 2 de C. parvum (AG2).
10. La composición según una cualquiera de las reivindicaciones 8 y 9, que contiene además un adyuvante.
11. Una composición que contiene un vehículo farmacéuticamente aceptable y un anticuerpo, o fragmento del mismo, que reconoce al polipéptido inmunogénico de C. parvum según la reivindicación 3.
12. La composición de la reivindicación 11, que contiene el anticuerpo monoclonal 1101 producido por el hibridoma de ATCC Accession No. PTA-1879.
13. La composición de la reivindicación 11, que contiene los anticuerpos monoclonales 1101 y 222, producidos por los hibridomas de ATTC Accession Nos. PTA-1879 y PTA-1880, respectivamente.
14. Una composición según una cualquiera de las reivindicaciones 8-10 para el uso como vacuna.
15. Uso de una composición según una cualquiera de las reivindicaciones 8-13 para la fabricación de un medicamento destinado al tratamiento o prevención de la infección de C. parvum en un sujeto mamífero.
16. Un método para producir una composición que consiste en:
(a) proporcionar un polipéptido antigénico de C. parvum según una cualquiera de las reivindicaciones 1-3; y
(b) combinar dicho polipéptido con un vehículo farmacéuticamente aceptable.
17. Un método para producir una composición que consiste en:
(a) proporcionar un anticuerpo que reconoce a un polipéptido inmunogénico de C. parvum según la reivindicación 3; y
(b) combinar dicho anticuerpo con un vehículo farmacéuticamente aceptable.
18. El método de la reivindicación 17, en el que dicho anticuerpo es el anticuerpo monoclonal 1101 producido por el hibridoma de ATCC Accession No. PTA-1879.
19. Un método para detectar anticuerpos de C. parvum en una muestra biológica que consiste en:
(a) aportar una muestra biológica;
(b) hacer reaccionar dicha muestra biológica con un polipéptido inmunogénico de C. parvum según la reivindicación 3, en condiciones que permitan a los anticuerpos de C. parvum, si están presentes en la muestra biológica, fijarse sobre dicho polipéptido de C. parvum para formar un complejo de antígeno/anticuerpo; y
(c) detectar la presencia o ausencia de dicho complejo,
detectando para ello la presencia o ausencia de anticuerpos de C. parvum en dicha muestra.
20. Un método para detectar antígenos de C. parvum en una muestra biológica que consiste en:
(a) aportar una muestra biológica;
(b) hacer reaccionar dicha muestra biológica con un anticuerpo que reconozca a un polipéptido inmunogénico de C. parvum según la reivindicación 3, en condiciones que permitan a los antígenos de C. parvum, si están presentes en la muestra biológica, fijarse sobre dichos anticuerpos de C. parvum para formar un complejo de antígeno/anticuerpo; y
(c) detectar la presencia o ausencia de dicho complejo,
detectando para ello la presencia o ausencia de antígenos de C. parvum en dicha muestra.
21. El método de la reivindicación 20, en el que el anticuerpo es el anticuerpo monoclonal 1101 producido por el hibridoma de ATCC Accession No. PTA-1879.
22. Un kit de ensayo inmunodiagnóstico para detectar la infección de C. parvum, dicho kit de ensayo contiene un polipéptido inmunogénico de C. parvum según la reivindicación 3 e instrucciones para realizar dicho ensayo de inmunodiagnóstico.
23. Un kit de ensayo inmunodiagnóstico para detectar la infección de C. parvum, dicho kit de ensayo contiene un anticuerpo que reconoce a un polipéptido inmunogénico de C. parvum según la reivindicación 3 e instrucciones para realizar dicho ensayo de inmunodiagnóstico.
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