ES2320529T3

ES2320529T3 - Mejoras relacionadas con el analisis de muestras de adn.

Info

Publication number: ES2320529T3
Application number: ES01921573T
Authority: ES
Inventors: Peter The Forensic Science Service GILL; Jonathon The Forensic Science Service WHITAKER; John The Forensic Science Service BUCKLETON
Original assignee: Forensic Science Service Ltd
Current assignee: Forensic Science Service Ltd
Priority date: 2000-04-15
Filing date: 2001-04-12
Publication date: 2009-05-25
Anticipated expiration: 2021-04-12
Also published as: GB0009294D0; WO2001079541A8; EP1280933A2; US20120123687A1; US20050064500A1; US20080286782A1; US20140162253A1; EP1280933B1; DE60137322D1; WO2001079541A3; US20100216144A1; AU2001248547A1; ATE420206T1; US20020007248A1; WO2001079541A2; US10007754B2

Abstract

Un procedimiento para comparar una o más muestras de ADN de referencia con al menos parte de una muestra de ADN de ensayo, incluyendo el procedimiento la determinación de la identidad de los alelos presentes en un locus del ADN en la muestra de ensayo, definiendo la determinación un resultado de ensayo individual, llevándose a cabo la determinación para una pluralidad de loci para dar una pluralidad de resultados de ensayo individuales, la consideración de uno de los resultados de la pluralidad de resultados de ensayo individuales frente al resultado de referencia individual de una de las muestras de referencia de los loci respectivos. caracterizado porque la consideración implica una expresión de la probabilidad de que el resultado de referencia individual para este locus pudiera obtener, mediante diversas rutas posibles, hacia el resultado de ensayo individual para este locus, incluyendo las rutas posibles hacia el resultado de ensayo individual las rutas en las que la información falsa contribuye al resultado de ensayo individual, teniendo en cuenta la consideración más de un tipo de información falsa, incluyendo los tipos de información falsa los efectos de la contaminación, los efectos de la pérdida del alelo, los efectos de la pérdida del locus, los efectos de incertidumbre y los efectos del artefacto: cuando la contaminación es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando la contaminación es necesaria para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición del alelo falso; cuando la contaminación es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir contaminación para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición del alelo falso; cuando la incertidumbre es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando es necesaria la incertidumbre para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de la incertidumbre; cuando la incertidumbre es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir incertidumbre para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de la incertidumbre; cuando la pérdida del alelo es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando la pérdida del alelo es necesaria para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de pérdida del alelo; cuando la pérdida del alelo es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir la pérdida del alelo para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de la pérdida del alelo; cuando la información del artefacto es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando es necesaria la información del artefacto para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de información del artefacto; cuando la información del artefacto es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir información del artefacto para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de información del artefacto. repitiéndose la consideración para una pluralidad de loci, combinándose las expresiones de probabilidad de que el resultado de referencia individual pudiera llevar al resultado de ensayo individual para la pluralidad de loci para dar una expresión de la probabilidad de que la muestra de ensayo se corresponda con la muestra de referencia calculando una relación de probabilidad.

Description

Mejoras relacionadas con el análisis de muestras de ADN.

Esta invención se refiere a mejoras relacionadas con el análisis de muestras de ADN, concreta, pero no exclusivamente, en relación con el análisis de muestras de ADN formadas únicamente por unas pocas células.

Una variedad de situaciones, incluyendo la investigación forense, hacen deseable ser capaz de obtener información acerca del ADN de una muestra y expresar cuán fiable es esa información. Existen problemas concretos en el análisis de pequeñas muestras de ADN y cómo dichas técnicas actuales tienden a implicar un nivel sustancial de amplificación del ADN seguido por el examen de los resultados por un experto en la interpretación de dichas investigaciones. Dichos exámenes son extremadamente complejos. Los expertos desarrollan generalmente su conocimiento para determinar cuáles de los resultados individuales pueden ser fiables y cuáles deberían descartarse cuando se alcanza el resultado total. Esta solución, por su propia naturaleza, es subjetiva y sólo hace uso de alguno de los resultados individuales reales obtenidos cuando se toma una determinación. Adicionalmente, la necesidad de un análisis experto introduce una restricción sobre cómo llevar a cabo la revisión, y por tanto, sobre el coste y tiempo necesarios para llevar a cabo la revisión.

Gill y col., (Forensic Science International, Vol. 95, p. 213-224, 1998) proporcionan un procedimiento para interpretar mezclas cuando están presentes artefactos en forma de incertidumbres.

La presente invención tiene entre sus objetivos proporcionar una técnica en la cual toda la información del resultado de un análisis de una muestra de ADN se compara con los resultados de las muestras de referencia con vistas a determinar una probabilidad de correspondencia entre la muestra de ensayo y cada una de las muestras de referencia calculando las relaciones de probabilidad. La presente invención tiene entre sus objetivos proporcionar una técnica en la cual toda la información obtenida del análisis de la muestra de ADN se usa en la determinación de los resultados. La presente invención tiene entre sus objetivos proporcionar una técnica mediante la que se pueda cuantificar todo el impacto de los falsos resultados potenciales. La presente invención tiene entre sus objetivos una técnica para validar las aproximaciones que se pueden llevar a cabo en el análisis de la muestra de ADN. La presente invención tiene entre sus objetivos la provisión de un sistema que se pueda operar satisfactoriamente mediante personas competentes pero no expertas. La presente invención tiene entre sus objetivos la provisión de una técnica mediante la que se pueden analizar muestras complejas que comprenden mezclas.

De acuerdo con la invención, los inventores proporcionan un procedimiento para comparar una o más muestras de ADN de referencia con al menos parte de una muestra de ADN de ensayo, incluyendo el procedimiento:

\quad: la determinación de la identidad de los alelos presentes en un locus del ADN en la muestra de ensayo, definiendo la determinación un resultado de ensayo individual, llevándose a cabo la determinación para una pluralidad de loci para proporcionar una pluralidad de resultados de ensayo individuales.

\quad: la consideración de un resultado de la pluralidad de resultados de ensayo individuales frente al resultado de referencia individual de una de las muestras de referencia de los loci respectivos, implicando la consideración una expresión de la probabilidad de que el resultado de referencia individual para dicho locus pudiera llevar a diversas rutas posibles en el resultado de ensayo individual para este locus, incluyendo las rutas posibles del resultado de ensayo individual las rutas en las que la información falsa contribuye al resultado de ensayo individual, teniendo en cuenta la consideración más de un tipo de información falsa, incluyendo los tipos de información falsa los efectos de la contaminación, los efectos de pérdida de los alelos, los efectos de pérdida del locus, los efectos de incertidumbre y los efectos de los artefactos:

\quad: cuando la contaminación es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando la contaminación es necesaria para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición del alelo falso;

\quad: cuando la contaminación es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir contaminación para obtener a partir del resultado de referencia al resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición del alelo falso;

\quad: cuando la incertidumbre es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no es necesaria la incertidumbre para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de la incertidumbre;

\quad: cuando la incertidumbre es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir incertidumbre para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de la incertidumbre;

\quad: cuando la pérdida del alelo es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando la pérdida del alelo es necesaria para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de pérdida del alelo;

\quad: cuando la pérdida del alelo es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir la pérdida del alelo para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de la pérdida del alelo;

\quad: cuando la información del artefacto es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando es necesaria la información del artefacto para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de información del artefacto;

\quad: cuando la información del artefacto es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir información del artefacto para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de información del artefacto.

\quad: repitiéndose la consideración para una pluralidad de loci, combinándose las expresiones de probabilidad de que el resultado de referencia individual pudiera llevar al resultado de ensayo individual para la pluralidad de loci para dar una expresión de la probabilidad de que la muestra de ensayo se corresponda con la muestra de referencia calculando una relación de probabilidad.

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Las muestras conocidas pueden ser de individuos conocidos y/o asociados con otros factores conocidos, tales como localizaciones, objetos o eventos. Cada muestra de referencia se representa preferiblemente mediante uno o más resultados individuales almacenados. Cada muestra de referencia se representa preferiblemente por 8 o más resultados individuales almacenados. Cada muestra de referencia se representa preferiblemente por resultados individuales almacenados que representan la identidad del alelo o las identidades de los alelos para un locus dado.

Las muestras de referencia se pueden almacenar en una base de datos. Se puede actualizar periódicamente la base de datos. Se pueden añadir nuevas muestras de referencia a la base de datos. Se pueden añadir resultados individuales adicionales a las muestras de referencia existentes.

La muestra de ensayo puede ser de un individuo conocido y/o asociado con uno o más de factores conocidos diferentes, tales como que la muestra se recuperó a partir de una localización, objeto o evento. La muestra de ensayo puede ser de una o más fuentes. Una o más de las fuentes de la muestra pueden ser conocidas o predichas.

Se puede determinar la identidad de los alelos en uno o más de los loci de la muestra de referencia y/o la muestra de ensayo mediante una repetición en tándem corto basada en la investigación.

Aunque la técnica es aplicable a todos los loci, se pueden seleccionar particularmente los loci para los cuales se determina la identidad alélica para incluir uno o más de HUMVWFA31, HUMTH01, D21S11, D18S51, HUMFIBRA, D8S1179, HUMAMGXA, HUMAMGY, D3S1358; HUMVWA, D16S539,D2S1338, Amelogenin, D8S1179, D21S11, D18S51, D19S433, HUMTH01, HUMFIBRA/FGA. Los loci seleccionados pueden ser cada uno particularmente de D3S1358, HUMVWA, D16S539, D2S1338, Amelogenin, D8S1179, D21S11, D18S51, D19S433, HUMTH01, HUMFIBRA/FGA.

Un resultado de ensayo individual es preferiblemente el alelo o alelos detectados para este locus dado y/o los alelos aparentes detectados cuando se considera este locus. El resultado de ensayo individual puede comprender 0 a 50 alelos, pero más usualmente comprende 0 a 32 alelos. El resultado de ensayo individual puede incluir por tanto los alelos homocigóticos o heterocigóticos de la fuente de la muestra de ensayo, los alelos homocigóticos y/o heterocigóticos de la contaminación del ADN de la muestra de ensayo y/o las incertidumbres de estos y/u otros artefactos de amplificación.

Se proporciona preferiblemente la consideración para entre 1 y 25 loci y más, preferiblemente para entre 1 y 16 loci. Se proporciona preferiblemente un procedimiento de consideración equivalente para cada locus.

La consideración implica preferiblemente la determinación de una relación de probabilidad. La relación de probabilidad representa preferiblemente la probabilidad de que del resultado de la muestra individual proceda del resultado de referencia individual frente la probabilidad de que el resultado de muestra individual proceda de un resultado diferente de la referencia individual.

La consideración puede implicar la probabilidad de que el resultado de ensayo individual proceda de este resultado individual dado, incluyendo la aparición de información falsa, dividido por la probabilidad de que el resultado de ensayo individual proceda de otro resultado diferente del resultado de referencia individual, incluyendo la aparición de información falsa. Preferiblemente la consideración puede implicar la probabilidad de que el resultado de ensayo individual proceda de este resultado de referencia individual dado, incluyendo la aparición de información falsa, dividido por el producto de la probabilidad de que el resultado de ensayo individual proceda de otro resultado diferente del resultado de referencia individual, incluyendo la aparición de información falsa, y la frecuencia de este resultado individual almacenado en una población. Más preferiblemente, la consideración puede implicar la probabilidad de que el resultado de ensayo individual proceda de este resultado de ensayo de referencia individual, incluyendo la aparición de información falsa, para cada resultado de ensayo individual, dividido por el producto de la probabilidad de que el resultado de ensayo individual proceda de otro resultado diferente del resultado de referencia individual, incluyendo la aparición de información falsa, y la frecuencia de este resultado de referencia individual en una población, para cada resultado de ensayo individual.

Se pueden formular relaciones de probabilidad complejas con el fin de evaluar una mezcla. En dicho caso, para un escenario contribuyente conocido y desconocido, la relación de probabilidad puede ser la probabilidad que el resultado de ensayo individual proceda de un resultado individual almacenado, y de otro resultado diferente del resultado individual almacenado dividido por la probabilidad de que el resultado de ensayo individual proceda de otro resultado diferente del resultado individual almacenado y de otro resultado diferente del resultado individual almacenado.

La consideración puede incorporar una evaluación de los alelos falsos (cualquiera de las incertidumbres de los contaminantes u otros artefactos), que se tienen en cuenta en los cálculos de probabilidad. Además, se puede calcular la probabilidad de observación de los alelos a partir de la frecuencia de aparición en poblaciones relevantes y usarse en la consideración. Se puede derivar la frecuencia de aparición a partir de una población afro-caribeña, asiática y caucásica blanca. La consideración puede incluir un ajuste de las probabilidades para tener en cuenta la
endogamia.

La consideración tiene en cuenta más de una ruta que implica información falsa y/o más de un tipo de información falsa.

Cuando es necesaria la contaminación para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición del alelo falso.

Cuando no se debe producir la contaminación para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición del alelo falso.

Cuando es necesaria la incertidumbre para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de incertidumbre.

Cuando no se debe producir incertidumbre para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de incertidumbre.

Cuando es necesaria la retirada de los alelos para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de la retirada de los alelos.

Cuando no se debe producir la retirada de los alelos para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de retirada de los alelos.

Cuando es necesaria la información del artefacto para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de información del artefacto.

Cuando no se debe producir información del artefacto para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición de información del artefacto.

En las siguientes definiciones de las funciones de probabilidad, la función de probabilidad puede incluir, e idealmente es un múltiplo de, la probabilidad de que se produzca la identidad posible en una población.

La referencia a una población puede incluir la población mundial, una muestra representativa de la misma, una población seleccionada arbitrariamente, una población pseudoaleatorizada, el contenido de una base de datos u otra población.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto a ambos alelos, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - un término de probabilidad de que no se produzca la retirada de uno o ambos alelos; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de que no se produzca incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de que no se produzcan alelos falsos, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de que no se produzcan artefactos.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, teniendo uno una unidad de repetición menos (o 4 bases menos para un locus tetramérico) que el otro, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo superior del resultado de ensayo individual, pero no al alelo inferior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: -un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente, un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tenga incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, teniendo uno una unidad de repetición menos (4 bases menos para un locus tetramérico) que el otro, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo inferior, pero no al alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tenga incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de referencia individual con respecto al alelo inferior del resultado de ensayo individual, pero no al alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual uno o más de: - cuando el alelo no correspondiente tiene una unidad de repetición más (o 4 bases más de un locus tetramérico) que el alelo superior del resultado de ensayo individual: un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto: y cuando el alelo no correspondiente no tiene una unidad de repetición más (o 4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo superior del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente, un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual no es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo inferior o superior del resultado de ensayo individual, entonces, la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: -cuando uno del alelo no correspondiente tiene una unidad de repetición más (o 4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo superior del resultado de ensayo individual: un término de probabilidad de que no se produzca la retirada de ambos alelos no correspondientes; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre de uno de los alelos no correspondientes que tiene incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto: y cuando ninguno de los alelos no correspondientes tiene una unidad de repetición más (o 4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo superior del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que se produzca la retirada de ambos alelos no correspondientes; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre de los alelos no correspondientes que tienen incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, teniendo uno una unidad de repetición menos (4 bases menos para un locus tetramérico), el resultado de referencia individual tiene un alelo y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: -un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tiene incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población), un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, no teniendo uno una unidad de repetición menos (4 bases menos para un locus tetramérico) que el otro, el resultado de referencia individual tiene un alelo y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tiene incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene un alelo y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo inferior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tiene incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población), un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene un alelo y el resultado de referencia individual no es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto a cualquier alelo, entonces, la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - cuando el alelo no correspondiente tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que uno de los alelos del resultado de ensayo individual; un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto; y cuando el alelo no correspondiente no tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que uno de los alelos de resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente, un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene un alelo, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el alelo inferior del resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - cuando el alelo superior del resultado de referencia individual no tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual; un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, una probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un artefacto: y cuando el alelo superior del resultado de referencia individual no tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente; una probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene un alelo, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y ninguno de los resultados de referencia individuales es una correspondencia del resultado de ensayo individual, entonces, la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: cuando uno del resultado de referencia individual tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual: un término de probabilidad para uno o ambos de que se produzca la retirada de los alelos no correspondientes; una probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el resultado de ensayo individual que tiene incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto: y cuando ninguno de los alelos del resultado de referencia individual tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que se produzca la retirada de los alelos no correspondientes; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

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Cuando el resultado de ensayo individual tiene un alelo, el resultado de referencia individual tiene un alelo y los alelos correspondencia, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tiene incertidumbre, un término de probabilidad para el alelo de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para el alelo de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un
artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene un alelo, el resultado de referencia individual tiene un alelo y los alelos no tienen correspondencia, entonces, la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - cuando el alelo no correspondiente del resultado de referencia individual tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual; un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tenga incertidumbre; un término de probabilidad para el alelo de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para el alelo de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Las diversas rutas posibles del resultado individual almacenado que proporcionan el resultado de la muestra individual pueden incluir la contaminación que proporciona uno o más alelos en el resultado de la muestra individual no presentes en el resultado individual almacenado.

Las diversas rutas posibles del resultado individual almacenado que proporcionan el resultado de la muestra individual pueden incluir incertidumbre, que proporciona uno o más alelos en el resultado de la muestra individual no presentes en el resultado individual almacenado.

Las diversas rutas posibles del resultado individual almacenado que proporciona el resultado de la muestra individual pueden incluir la amplificación de artefactos que proporciona uno o más alelos en el resultado de la muestra individual no presentes en el resultado individual almacenado.

Las diversas rutas posibles del resultado individual almacenado que proporcionan el resultado de la muestra individual pueden incluir la pérdida del alelo que proporciona uno o más alelos desaparecidos en el resultado de la muestra individual presentes en el resultado individual almacenado.

La función de probabilidad puede incluir una probabilidad de que se pueda producir contaminación. Se puede determinar la probabilidad de que se pueda producir contaminación mediante una o más determinaciones de control. Se pueden hacer determinaciones de control en paralelo con la determinación de la identidad de los alelos de la muestra de ensayo. Se pueden hacer las determinaciones de control separadamente, por ejemplo, como investigación de referencia usada posteriormente en dos o más determinaciones de la muestra de ensayo. Se puede proporcionar la probabilidad de que se pueda producir contaminación mediante predicciones teóricas.

La función de probabilidad puede incluir una probabilidad de que se pueda producir incertidumbre. Se puede determinar la probabilidad de que se pueda producir incertidumbre mediante una o más determinaciones de control. Se pueden hacer las determinaciones de control en paralelo con la determinación de la identidad de los alelos de la muestra de ensayo. Se pueden hacer las determinaciones de control separadamente, por ejemplo, como investigación de referencia usada posteriormente en dos o más determinaciones de la muestra de ensayo. Se puede proporcionar la probabilidad de que se pueda producir incertidumbre mediante predicciones teóricas.

La función de probabilidad puede incluir una probabilidad de que se pueda producir la pérdida del alelo. Se puede determinar la probabilidad de que se pueda producir la pérdida del alelo mediante una o más determinaciones de control. Se pueden hacer las determinaciones de control en paralelo con la determinación de la identidad de los alelos de la muestra de ensayo. Se pueden hacer las determinaciones de control separadamente, por ejemplo, como investigación de referencia usada posteriormente en dos o más determinaciones de la muestra de ensayo. Se puede proporcionar la probabilidad de que se pueda producir la pérdida del alelo mediante predicciones teóricas.

La función de probabilidad puede incluir una probabilidad de que se pueda producir la información del artefacto. Se puede determinar la probabilidad de que se pueda producir la información del artefacto mediante una o más determinaciones de control. Se puede hacer las determinaciones de control en paralelo con la determinación de la identidad de los alelos de la muestra de ensayo. Se pueden hacer las determinaciones de control separadamente, por ejemplo, como investigación de referencia usada posteriormente en dos o más determinaciones de la muestra de ensayo. Se puede proporcionar la probabilidad de que se puede producir la información del artefacto mediante predicciones
teóricas.

Se puede deber la información falsa a los efectos de la contaminación, los efectos de pérdida del alelo, los efectos de pérdida del locus, los efectos de incertidumbre, los efectos del artefacto u otras causas.

\newpage

La contribución de la información falsa puede llevar a que esté presente un alelo que no sea parte del ADN de la muestra de ensayo, la ausencia de alelos que deberían estar presentes procedentes del ADN de la muestra de ensayo, la presencia de alelos aparentes en posiciones con una unidad de repetición (4 bases inferiores para un locus tetramérico) que los alelos en el ADN de la muestra de ensayo.

Preferiblemente, se aplica la consideración a una pluralidad de loci, idealmente a todos los loci para los cuales existen resultados individuales almacenados y/o resultados de ensayo individuales.

La combinación de probabilidades producida por las consideraciones respectivas se obtiene preferiblemente multiplicando las probabilidades entre sí.

Se pueden llevar a cabo dos o más determinaciones diferentes de las identidades de los alelos en la muestra de ensayo. Se puede aplicar el procedimiento a cada conjunto de resultados de ensayo individuales obtenidos de ese modo. Se puede considerar la expresión de una relación de probabilidad para los respectivos conjuntos de resultados de ensayo individuales entre sí y/o combinados.

Se puede generar la expresión de una relación de probabilidad y/o una expresión combinada de una relación de probabilidad de una muestra de referencia dada y la correspondencia de la muestra de ensayo para una pluralidad, idealmente todas, las muestras de referencia disponibles. Se pueden clasificar en categorías las muestras de referencia con el fin de distribuir las relaciones de probabilidad de una correspondencia de la muestra de ensayo, idealmente en orden descendente.

Los inventores proporcionan un procedimiento de acuerdo con la invención para indicar una relación de probabilidad que evalúa que al menos una parte de una muestra de ADN de ensayo proviene de una fuente conocida, implicando el procedimiento:

\quad: una o más determinaciones de la identidad de los alelos presentes en un locus del ADN en la muestra de ensayo, definiendo cada determinación un resultado de ensayo individual;

\quad: la determinación de al menos alguna de las identidades teóricas de alelo que podrían haber producido un resultado de ensayo individual dado, formando estas identidades los resultados de referencia individuales;

\quad: la determinación de la identidad de los alelos presentes en el locus del ADN procedente de la fuente conocida;

\quad: una de las identidades alélicas teórica determinándose la identidad para este locus de la fuente conocida;

\quad: la provisión de una función de probabilidad para cada resultado de referencia individual que se considera representativa de al menos alguna de las diversas rutas posibles, para las cuales el resultado de referencia individual dado puede llevar al resultado de ensayo individual dado, siendo además la función de probabilidad representativa de la probabilidad de la aparición del resultado de referencia individual y las posibles rutas del resultado de ensayo individual que incluyen las rutas en las que contribuye la información falsa, formando esta función de probabilidad la definición de las funciones de probabilidad teóricas;

\quad: combinándose las funciones de probabilidad teóricas para diferentes resultados de referencia individual para proporcionar una indicación de las diferentes rutas mediante las cuales se podría conseguir el resultado de ensayo individual dado, formando esta combinación la función de probabilidad teórica combinada;

\quad: la provisión de una función de probabilidad de la correspondencia del resultado de referencia individual con la identidad de fuente conocida, que es representativa de la ruta mediante la cual el resultado de referencia individual conduce al resultado de ensayo individual, formando éste la función teórica de la fuente conocida;

\quad: considerándose la función teórica de la fuente conocida y la función teórica combinada conjuntamente para calcular la relación de probabilidad.

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Al menos parte de una muestra de ADN se puede referir a una fuente de una multifuente o muestra mezclada. El procedimiento puede indicar el cálculo de una relación de probabilidad que relacione una o más fuentes de una naturaleza definida, por ejemplo, la relación de probabilidad puede evaluar la proposición de dos contribuyentes definidos a la muestra.

Se puede referir la fuente conocida a un individuo conocido y/o asociado con uno o más factores conocidos diferentes, tales como una localización, objeto o evento a partir del cual se recuperó la muestra.

Se puede determinar la identidad de los alelos en uno o más de los loci de la muestra de ensayo mediante investigación basada en repetición en tándem corto.

Un resultado de ensayo individual es preferiblemente el alelo o alelos detectados para un locus dado y/o los alelos aparentes detectados cuando se considera este locus. El resultado de la muestra individual puede comprender 0 a 50 alelos, pero más usualmente comprende 0 a 32 alelos. El resultado de la muestra individual puede incluir por tanto los alelos homocigóticos o heterocigóticos de la fuente de la muestra de ensayo, los alelos homocigóticos y/o heterocigóticos de la contaminación del ADN de la muestra de ensayo y/o las incertidumbres de estos y/u otros artefactos de la amplificación.

Se proporciona preferiblemente la consideración para entre 1 y 25 loci y más preferiblemente entre 1 y 16 loci. Se proporciona preferiblemente un procedimiento de consideración equivalente para cada loci.

Aunque la técnica es aplicable a todos los loci, se pueden seleccionar particularmente los loci para los cuales se determina la identidad del alelo para incluir uno o más de HUMVWFA31, HUMTH01, D21S11, D18S51, HUMFIBRA, D8S1179, HUMAMGXA, HUMAMGY, D3S1358, HUMVWA, D16S539, D2S1338, Amelogenin, D8S1179, D21S11, D18S51, D19S433, HUMTH01, HUMFIBRA/FGA, Se pueden seleccionar particularmente los loci para cada uno de D3S1358, HUMVWA, D16S539, D2S1338, Amelogenin, D8S1179, D21S11, D18S51, D19S433, HUMTH01; HUMFIBRA/FGA.

Se pueden determinar las identidades teóricas a partir de los alelos indicados en el resultado de ensayo individual. Se pueden determinar todas las posibles identidades teóricas, pero más preferiblemente aquellas identidades teóricas que razonablemente llevarían al resultado de ensayo individual. Aquellas identidades teóricas definidas como razonables pueden ser todas las identidades en las que un alelo de la muestra de ensayo está en común con la muestra de referencia. La determinación puede implicar proporcionar las identidades teóricas que corresponden a cada permutación de dos alelos, en la que al menos uno de aquellos alelos corresponde a un alelo en el resultado de ensayo individual.

La provisión de una función de probabilidad teórica puede implicar la probabilidad de obtener este resultado de ensayo individual de cualquier modo, incluyendo la aparición de información falsa. Preferiblemente la provisión de una función de probabilidad puede implicar la probabilidad de obtener el resultado de ensayo individual de cualquier modo, incluyendo la aparición de información falsa, y la frecuencia de esta identidad teórica dada en una población. Más preferiblemente, la provisión de una función de probabilidad puede implicar la probabilidad de obtener el resultado de ensayo individual de cualquier modo, incluyendo la aparición de información falsa, y la frecuencia de esta identidad teórica en una población, para cada resultado de ensayo individual.

La función de probabilidad teórica de la identidad teórica para cada resultado de referencia individual se define preferiblemente en parte por la probabilidad de la aparición de la identidad de estos resultados de referencia individuales en una población. La función de probabilidad teórica para cada resultado de referencia individual se define preferiblemente en parte mediante una probabilidad de las diversas apariciones que darían como resultado este resultado de referencia individual dado el resultado de ensayo individual.

Se pueden proporcionar funciones de probabilidad teóricas para representar cada uno de los resultados de ensayo individuales determinados para un locus de la manera anteriormente mencionada. Preferiblemente, las funciones de probabilidad teóricas para cada resultado de ensayo individual dado se combinan en un resultado de referencia individual, idealmente antes de que se combinen las funciones de probabilidad teóricas s para diferentes resultados de referencia individuales. Preferiblemente, las funciones de probabilidad teóricas para diferentes resultados de ensayo individuales se combinan mediante multiplicación. Preferiblemente, las funciones de probabilidad teóricas para diferentes resultados de referencia individuales se combinan mediante adición.

Cuando es necesaria la contaminación para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de un alelo falso.

Cuando no se debe producir contaminación para obtener el resultado de ensayo individual la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición del alelo falso.

Cuando es necesaria la pérdida del alelo para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de la pérdida del alelo.

Cuando no se debe producir la pérdida del alelo para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad par la no aparición de la pérdida del alelo.

Cuando es necesaria la información del artefacto para obtener el resultado de ensayo individual, la probabilidad incluye un término d probabilidad para la aparición de información del artefacto.

En las siguientes definiciones de las funciones de probabilidad, la función de probabilidad puede incluir, e idealmente es un múltiplo de, la probabilidad de que se produzca esta identidad posible en una población.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto a ambos alelos, entonces, la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - un término de probabilidad para uno o ambos alelos de que no se produzca la retirada; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de que no se produzca incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de que no se produzcan alelos falsos, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de que no se produzcan artefactos.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, teniendo uno una unidad de repetición menos (4 bases menos para un locus tetramérico) que el otro, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo inferior del resultado de ensayo individual, pero no al alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual uno o más de: - un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tiene incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de referencia individual con respecto al alelo inferior del resultado de ensayo individual, pero no al alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual uno o más de: - cuando el alelo no correspondiente tiene una unidad de repetición más (o 4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo superior del resultado de ensayo individual, un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto: y cuando el alelo correspondiente no tiene una unidad de repetición más (o 4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo superior del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente, un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de referencia individual con respecto al alelo inferior o al alelo superior del resultado de ensayo individual, pero no del alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual uno o más de: - cuando el alelo no correspondiente tiene una unidad de repetición más (o 4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo superior del resultado de ensayo individual, un término de probabilidad de que no se produzca la retirada de ambos alelos no correspondientes, un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre de uno de los alelos no correspondientes que tenga incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto: y cuando ninguno de los alelos no correspondientes tiene una unidad de repetición más (o 4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo superior del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que se produzca la retirada de ambos alelos no correspondientes; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre de los alelos no correspondientes que tienen incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, teniendo uno una unidad de repetición menos (4 bases menos para un locus tetramérico) que el otro, el resultado de referencia individual tiene un alelo y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tenga incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, no teniendo uno una unidad de repetición menos (4 bases menos para un locus tetramérico) que el otro, el resultado de referencia individual tiene un alelo y el resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo superior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: -un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tenga incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene un alelo y el resultado de ensayo individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al alelo inferior, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tenga incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene dos alelos, el resultado de referencia individual tiene un alelo y el resultado de ensayo individual no es una correspondencia del resultado de ensayo individual con respecto al cualquier alelo, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - cuando el alelo no correspondiente no tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que uno de los alelos del resultado de ensayo individual, un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente, un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tenga incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto: y cuando el alelo no correspondiente no tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que uno de los alelos del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tenga incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene un alelo, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y el alelo inferior del resultado de referencia individual es una correspondencia del resultado de ensayo individual, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - cuando el alelo superior del resultado de referencia individual tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual, un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente, un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tenga incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un artefacto: y cuando el alelo superior del resultado de referencia individual no tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tenga incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene un alelo, el resultado de referencia individual tiene dos alelos y ninguno de los resultados de referencia individuales es una correspondencia del resultado de ensayo individual, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - cuando uno del resultado de referencia individual tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual: un término de probabilidad de que se produzca la retirada de uno o ambos alelos no correspondientes, una probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el resultado de ensayo individual que tenga incertidumbre, un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto: y cuando ninguno de los alelos del resultado de referencia individual tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual, uno o más de: un término de probabilidad de que se produzca la retirada de ambos alelos no correspondientes; un término de probabilidad de que se produzca la retirada de los alelos no correspondientes; un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tenga incertidumbre; un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para uno o ambos alelos de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene un alelo, el resultado de referencia individual tiene un alelo y los alelos correspondencia, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - un término de probabilidad de que no se produzca la pérdida del alelo correspondiente, un término de probabilidad de que no se produzca incertidumbre del alelo correspondiente que tenga incertidumbre, un término de probabilidad para el alelo de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población); un término de probabilidad para el alelo de la muestra de ensayo individual de que no se produzca un artefacto.

Cuando el resultado de ensayo individual tiene un alelo, el resultado de referencia individual tiene un alelo y los alelos no tienen correspondencia, entonces la función de probabilidad puede implicar, con respecto a los alelos del resultado de referencia individual, uno o más de: - cuando el alelo no correspondiente del resultado de referencia individual tiene una unidad de repetición más (4 bases más para un locus tetramérico) que el alelo del resultado de ensayo individual: un término de probabilidad de que se produzca la pérdida del alelo no correspondiente; un término de probabilidad de que se produzca incertidumbre del alelo no correspondiente que tenga incertidumbre; un término de probabilidad para el alelo de la muestra de ensayo individual de que se produzca un alelo falso (preferiblemente con un término que relacione la frecuencia de aparición de este alelo en una población), un término de probabilidad para el alelo de la muestra de ensayo individual de que se produzca un artefacto.

Las diversas rutas posibles del resultado de referencia individual dado el resultado de ensayo individual pueden incluir la contaminación, que proporciona uno o más alelos en el resultado de ensayo individual no presentes en el resultado de referencia individual.

Las diversas rutas posibles del resultado de referencia individual dado el resultado de ensayo individual pueden incluir la incertidumbre, que proporciona uno o más alelos en el resultado de ensayo individual no presentes en el resultado de referencia individual.

Las diversas rutas posibles del resultado de referencia individual dado el resultado de ensayo individual pueden incluir la amplificación de los artefactos, que proporciona uno o más alelos en el resultado de ensayo individual no presentes en el resultado de referencia individual.

Las diversas rutas posibles del resultado de referencia individual dado el resultado de ensayo individual pueden incluir la pérdida del alelo, que proporciona uno o más alelos desaparecidos en el resultado de ensayo individual presentes en el resultado de referencia individual.

La información falsa se puede deber a los efectos de la contaminación, los efectos de pérdida del alelo, los efectos de pérdida del locus, los efectos de incertidumbre, los efectos del artefacto u otras causas.

La contribución de la información falsa puede llevar a que esté presente un alelo que no es parte del ADN de la muestra de ensayo, la ausencia de alelos que deberían estar presentes procedentes del ADN de la muestra de ensayo, la presencia de alelos aparentes en posiciones con una unidad de repetición (4 bases inferiores para un locus tetramérico) que los alelos en el ADN de la muestra de ensayo.

Se pueden combinar las funciones de probabilidad teóricas para dar la función de probabilidad teórica combinada total sumando las funciones de probabilidad teóricas entre sí.

La provisión de una función de probabilidad que da como resultado la identidad de la fuente conocida puede implicar la probabilidad de obtener este resultado de ensayo individual proporcionando este resultado de referencia individual, incluyendo la aparición de información falsa. Preferiblemente la provisión de una función de probabilidad puede implicar la probabilidad de obtener el resultado de ensayo individual proporcionando este resultado de referencia individual, para cada resultado de ensayo individual.

Se pueden combinar la función teórica de la fuente conocida y la función teórica combinada en forma de una relación, preferiblemente en forma de una relación de probabilidad. La relación de probabilidad representa preferiblemente la probabilidad de que un resultado de referencia individual/identidad teórica dado conduzca al resultado de ensayo individual frente a la probabilidad de que se llegara al resultado de ensayo individual de otra manera. La relación de probabilidad puede ser la función teórica de la fuente conocida dividida por la función teórica combinada.

Preferiblemente, el procedimiento se repite para una pluralidad de loci, idealmente todos los loci para los cuales existen los resultados de ensayos individuales. Se puede multiplicar entre sí la relación de probabilidad obtenida de cada loci para dar una relación de probabilidad combinada de loci.

Se pueden llevar a cabo dos o más determinaciones diferentes de las identidades de los alelos en la muestra de ensayo. Se puede aplicar el procedimiento a cada conjunto de resultados de ensayo individuales obtenidos de ese modo. Se puede considerar la expresión de la relación de probabilidad para los conjuntos respectivos de resultados de ensayo individuales entre sí y/o combinados.

Los inventores proporcionan un procedimiento para investigar los valores aceptables de una o más variables relacionadas con el análisis de una muestra de ADN, implicando el procedimiento

\quad: la consideración de una o más funciones de probabilidad usadas en un procedimiento para indicar la relación de probabilidad de que al menos una parte de una muestra de ADN provenga de una fuente conocida, definiéndose al menos una de las funciones de probabilidad mediante una función de aproximación y un factor de escalado, incluyendo el factor de escalado una de las variables como un término;

\quad: asignando al valor de una o más de las variables en el factor de escalado una pluralidad de valores diferentes y considerando el valor del factor de escalado en cada uno de aquellos valores diferentes;

\quad: considerando el valor o valores de una o más variables aceptables cuando el valor del factor de escalado está comprendido dentro de un intervalo predeterminado o aceptable.

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Este procedimiento puede incluir cualquiera de las características, opciones o posibilidades que se muestran en otra parte de este documento, que incluye la invención.

El análisis de la muestra de ADN es preferiblemente una consideración de la relación de probabilidad de que una muestra proviene de uno o más escenarios en comparación con la muestra que proviene de los otros posibles escenarios.

Se pueden proporcionar particularmente las funciones de probabilidad de acuerdo con las definiciones del primer y/o segundo aspectos de la invención. Las funciones de probabilidad tienen en cuenta preferiblemente la probabilidad de que la información falsa contribuya potencialmente a los resultados obtenidos tras el análisis de la muestra.

La función de aproximación puede proporcionar una indicación de la probabilidad comprendida dentro de algunos intervalos aceptables para las variables potenciales del procedimiento de análisis. La función de aproximación puede ser una suposición precisa de la probabilidad comprendida dentro de estos intervalos aceptables. La función de aproximación puede ser una suposición imprecisa de la probabilidad fuera de estos intervalos aceptables.

El factor de escalado puede tener en cuenta una o más variables en el análisis. La una o más variables pueden ser fuentes de error, la una o más variables pueden ser probabilidades de información falsa que contribuyen a los resultados del análisis de la muestra. Las fuentes de información falsa pueden ser una o más de retirada de alelo/locus, incertidumbre, contaminación o información del artefacto.

El valor variable está preferiblemente entre 0 y 1 inclusive. Se pueden asignar al valor variable valores en incrementos de 0,1 o menos, para la investigación. Preferiblemente, se considera cada combinación de los valores incrementales de las variables que contribuyen a un factor de escalado dado. Un factor de escalado puede implicar una, dos, tres, cuatro o más variables dependiendo del factor de escalado. Preferiblemente, se determinan los valores del factor de escalado para todas las combinaciones posibles de los valores de la variable.

El intervalo aceptable es preferiblemente un intervalo en el que el factor de escalado tiene un efecto mínimo sobre la función de probabilidad si se incluye ésta en comparación a si se excluye. El intervalo del factor de escalado puede estar entre 0,9 y 1,1 en algunos casos. En otros casos, el factor de escalado puede estar entre 0,9 y 1.

Los autores proporcionan un procedimiento para indicar una relación de probabilidad en la que al menos una parte de una muestra de ADN proviene de una fuente o fuentes conocidas, implicando el procedimiento:

\quad: la determinación de la identidad de los alelos presentes en un locus para el ADN en la muestra, definiendo la determinación un resultado de ensayo individual;

\quad: la determinación de la identidad de los alelos presentes en el locus de la fuente conocida;

\quad: la consideración de una relación de probabilidad de que la fuente conocida conduzca al resultado de ensayo individual en comparación con otras posibles rutas para el resultado de ensayo individual, basándose la relación de probabilidad en una o más funciones de probabilidad, definiéndose al menos una de las funciones de probabilidad mediante una función de aproximación y un factor de escalado, incluyendo el factor de escalado al menos un término variable que relaciona la probabilidad de que la información falsa contribuya potencialmente al resultado individual;

\quad: determinándose el valor de una o más de las variables para el procedimiento;

\quad: considerándose el valor determinado de una o más variables frente a un intervalo aceptable para esta variable y/o considerándose el valor de uno o más de los factores de escalado frente a su intervalo aceptable dado este valor determinado para ésta variable.

\quad: Incluyendo una o más de las funciones de probabilidad definidas por un factor de escalado que se considere la variable definida por la función de aproximación cuando esta variable tenga un valor comprendido dentro de su intervalo aceptable y/o cuando el factor de escalado tenga un valor comprendido dentro de su intervalo predeterminado o aceptable, definiéndose de esta manera una o más funciones de probabilidad que se usan como base para la relación de probabilidad.

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Se puede determinar el valor de una o más variables del procedimiento de una manera diferente a la de la determinación de una o más del resto de variables. Se puede llevar a cabo la determinación para el laboratorio en el que se lleva a cabo el análisis de la muestra de ADN. Se puede llevar a cabo la determinación al mismo tiempo que el análisis. Se puede llevar a cabo la determinación en forma separada del análisis, incluyendo las determinaciones periódicas e incluso una de las determinaciones. Se puede hacer la determinación usando análisis de control, que incluyen controles negativos y/o positivos. Se prefiere el deterioro experimental para el valor de contaminación, por ejemplo. Se puede hacer la determinación teóricamente.

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El intervalo aceptable es preferiblemente un intervalo en el que el factor de escalado tiene un mínimo efecto sobre la función de probabilidad si se incluye ésta en comparación a si se excluye. El intervalo para el factor de escalado puede estar entre 0,9 y 1,1 en algunos casos. En otros casos, el factor de escalado puede estar entre 0,9 y
1.

Se pueden definir las funciones de probabilidad mediante la función de aproximación y el factor de escalado cuando los valores de la variable para esta función de probabilidad y/o el valor del factor de escalado para esta función de probabilidad están fuera de los intervalos aceptables. Se pueden usar una o más funciones de probabilidad definidas por la función de aproximación, pero en general, todas las funciones de probabilidad se definirán mediante cualquiera de la función de aproximación y el factor de escalado o mediante sólo el factor de aproximación.

Se describirá ahora la invención sólo mediante ejemplos, y con referencia a los dibujos que lo acompañan en los que:

La Figura 1 ilustra la consideración de los resultados de un análisis de ADN en una técnica no de acuerdo con la presente invención:

La Figura 2 ilustra la consideración de los resultados del análisis de ADN en una técnica de acuerdo con una forma de realización de la presente invención;

La Figura 3 proporciona la Tabla 1 que ilustra el cálculo de los componentes de la relación de probabilidad para un ejemplo en el que tres resultados individuales muestran evidencia de bandas falsas y retirada de alelo;

La Figura 4 ilustra la Tabla 2 y el cálculo de los componentes de la relación de probabilidad para un ejemplo que implica incertidumbre;

La Figura 5 ilustra gráficamente el ensayo de la robustez del diseño F del ejemplo 1a;

La Figura 6a ilustra gráficamente la evaluación del factor de escalado en el ejemplo 1c;

La Figura 6b ilustra gráficamente la evaluación del factor de escalado del ejemplo 1c tridimensionalmente;

La Figura 7a ilustra gráficamente la evaluación de la función de escalado del ejemplo 2a;

La Figura 7b ilustra gráficamente la evaluación del factor de escalado del ejemplo 2a tridimensionalmente;

La Figura 8a ilustra gráficamente la evaluación del factor de escalado del ejemplo 2b;

La Figura 8b ilustra gráficamente la evaluación del factor de escalado del ejemplo 2b tridimensionalmente;

La Figura 9 ilustra gráficamente la evaluación de la función de escalado del ejemplo 3a; y

La Figura 10 representa la Tabla 3, un análisis de los parámetros p(D) derivados de la observación experimental.

En cualquier técnica de análisis del ADN, los resultados individuales pueden incluir información que no provenga del ADN realmente bajo investigación y/o no represente fiablemente las variaciones en el ADN en cuestión que se están considerando realmente. Esto es particularmente verdadero para las técnicas de análisis en las que se produce la amplificación, tales como el análisis basado en la PCR. Los problemas se vuelven crecientemente significativos a medida que disminuye el tamaño de la muestra inicial de ADN que se va a investigar. En este momento de la investigación, se considera que un número pequeño de células son 10 o menos por ejemplo. Por tanto existe un potencial sustancial de tales características. En concreto, incluso a los niveles más bajos de contaminación del ADN debido a la recogida de muestras, la manipulación en laboratorio o el equipo por sí mismo pueden tener un marcado efecto sobre los resultados individuales obtenidos. Además, se puede producir la pérdida del locus o el alelo y los productos amplificados pueden no reflejar completamente el ADN de la muestra. Existe también la posibilidad de incertidumbres en los resultados que serán indistinguibles de los resultados de los alelos genuinos.

El resultado de estos y otros factores es que el potencial para analizar muestras pequeñas de ADN está limitado actualmente y cuando se lleva a cabo el análisis, éste ha de ser manipulado por expertos. Basándose en el conocimiento y la experiencia, dichos individuos expertos son capaces de considerar los resultados individuales y descartar un resultado individual de consideraciones adicionales cuando existe un interrogante sobre éste. Esto puede llevar a un número sustancial de ocasiones en las que ha de descartarse el resultado individual debido a que un control negativo proporciona una respuesta, con los costes y las implicaciones temporales consiguientes. Además, dichos procedimientos son por su propia naturaleza subjetivos y se pueden manipular conjuntos equivalentes de resultados individuales por expertos diferentes de diferentes maneras. El descarte de muchos resultados individuales del conjunto inicial de resultados a partir de la consideración adicional significa también que una elevada proporción de resultados individuales no contribuye en ninguna manera a los hallazgos globales.

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Las técnicas de la presente invención, a la vez que particularmente útiles en relación con la consideración de las muestras pequeñas de ADN, son útiles en todas las técnicas de análisis del ADN basadas alrededor de consideraciones similares.

La presente invención, en una forma de realización siguiente, tiene como objetivo proporcionar un sistema que tiene en cuenta toda la información obtenida de una muestra de fuente desconocida y expresa una relación de probabilidad que se corresponde con cada una de las diversas muestras de referencia conocidas, más bien que indicar una correspondencia o no correspondencia frente a cada una. La presente invención reivindica por tanto reducir los expertos necesarios para llevar a cabo un análisis pero mejorar la fiabilidad y/o el nivel de información proporcionados mediante el análisis.

La presente invención, en una forma de realización siguiente, tiene como objetivo proporcionar un sistema que tenga en cuenta las diferentes fuentes de información efectivamente y de una manera estandarizada. La presente invención, tal como se realiza a continuación, reivindica proporcionar resultados que se basen en todos los resultados individuales iniciales obtenidos, más bien que en los resultados tras un procedimiento de selección.

En otra forma de realización, descrita a continuación, la presente invención tiene como objetivo investigar y determinar el impacto de diferentes fuentes de información y concretamente su probabilidad de aparición en un procedimiento de investigación de las muestras de ADN.

En otra forma de realización de la presente invención, descrita a continuación, la invención tiene como objetivo proporcionar un sistema que proporcione resultados para una técnica de análisis del ADN basada en algunas aproximaciones tales como cómo se calculan los resultados, pero con la validez de que aquellas aproximaciones se
comprueban.

La invención, tal como se realiza a continuación, tiene como objetivo proporcionar un procedimiento efectivo que no requiere de expertos humanos para la interpretación.

Fuentes de información falsa

Para comprender la mecánica de la invención es útil entender la naturaleza de alguno de los errores posibles y las diferentes fuentes de información que deben tenerse en cuenta para usar la presente invención. Las formas predominantes que pueden tenerse en cuenta son la contaminación con otro ADN no originalmente en la muestra; la pérdida del locus o el alelo de la información de la muestra, pero que no se informan en los resultados obtenidos; y la incertidumbre cuando los productos amplificados incluyen identidades que no tienen unidad de repetición (o cuatro bases menos para un locus tetramérico) menos que el alelo asociado y pueden ser también un alelo o un producto falso de la amplificación.

La contaminación de la muestra de ADN por ADN que no fue originalmente parte de la muestra es una característica significativa cuando se amplifican muestras pequeñas de ADN. La contaminación inducida en laboratorio es probable que suceda en ocasiones en que el equipo y la manipulación no son totalmente limpios. Los resultados de la contaminación de fragmentos de células en dichos procedimientos de amplificación podrían ser suficientes para dar resultados falsos. Descartar meramente un ensayo individual cuando el control negativo produce un resultado, no es una opción viable para el análisis de una muestra pequeña de ADN ya que una proporción de los ensayos puede dar dicho resultado de control negativo.

La pérdida del locus/alelo es también un problema potencial, concretamente con la amplificación de muestras pequeñas de ADN. Una muestra heterocigótica produciría dos alelos del locus tras la amplificación. Sin embargo, debido a que la amplificación es un procedimiento esencialmente aleatorio, el hecho de que la amplificación comience a partir sólo de unas pocas moléculas puede significar que los problemas con la amplificación de uno de aquellos alelos en una etapa inicial conduzcan a que éste se presente en un grado detectable en el producto de la amplificación. Esto puede implicar una identidad homocigótica cuando en realidad la identidad es heterocigótica.

Las incertidumbres son artefactos procedentes de sistemas de repetición en tándem corto y generalmente representan resultados de una unidad de repetición (o cuatro bases menos para un locus tetramérico) que el alelo asociado. Mientras que las incertidumbres son predecibles cuando se amplifican muestras grandes (forman generalmente un pico del 15% en comparación con el pico del alelo asociado). Este no es el caso en la amplificación de una muestra pequeña. Como consecuencia, las incertidumbres pueden aparecer cercanas a e incluso exceder el tamaño de los picos del alelo real. Esto puede ser una característica significativa, particularmente si la muestra puede ser heterocigótica teniendo uno de los alelos cuatro bases menos que el otro, y podría confundirse consecuentemente con el homocigótico y el resultado de la incertidumbre.

Expresión de una probabilidad de correspondencia entre la muestra de ensayo y las muestras de referencia

En los sistemas de análisis actuales, el resultado del análisis experto es cualquiera en el que un resultado individual para la muestra desconocida se descarte de consideración adicional o se incluya en los resultados para consideración adicional. Por tanto, de los resultados individuales no tratados, el conjunto A puede ser reducido por el experto, excluyendo los resultados individuales sobre los que se argumenta, para dar los resultados individuales incluidos para consideración adicional, el conjunto B en la Figura 1. Este conjunto seleccionado, el conjunto B, se compara a continuación con los resultados almacenados para diversas muestras de origen conocido, tal como se ejemplifica mediante los conjuntos C y D en la Figura 1. Una correspondencia es tanto un concierto entre los alelos dando lugar a los resultados individuales, como entre el conjunto B y el conjunto C en la Figura 1, o una correspondencia no es un concierto, como entre el conjunto B y el conjunto D en la Figura 1. Por tanto, sólo se continúa con alguno de los resultados individuales iniciales y el resultado global es una correspondencia o no. La extensión de los interrogantes sobre los resultados individuales no tratados puede llevar a que un número sustancial queden inconclusos y por tanto, se puede tomar la decisión de la correspondencia/no correspondencia basándose en unos pocos puntos y por tanto ser tener escasa significancia estadística.

La técnica en esta forma de realización de la presente invención usa una hipótesis muy diferente. Una vez de nuevo, la Figura 2, los resultados no tratados se generan mediante el procedimiento de análisis, el conjunto A. No se lleva a cabo procedimiento de selección, sin embargo, y por tanto no se requiere entrada experta. En vez de esto todos los resultados se llevan al conjunto B que se usa con objetivos de comparación con los resultados almacenados.

Con objetivos de explicación, sólo se considera un resultado único para la comparación, pero en realidad podrían considerarse muchos de dichos resultados almacenados de una manera equivalente. En términos básicos, se consideran la oportunidad de que cada resultado individual en la muestra de ensayo pudiera haberse producido dado el resultado de la muestra almacenado para el mismo locus y las diversas posibilidades por las cuales pudieran haberse producido diferencias entre las dos. Por tanto, en el caso del resultado E de los alelos 16, 20 del conjunto B se observó que no se producía una correspondencia directa con la muestra almacenada como la que tiene el alelo 20 sólo. Sin embargo, la técnica considera la posibilidad de que el 16 podría haberse producido debido a la contaminación de la muestra de ensayo con ADN que tuviera el alelo 16 y/o la posibilidad de que el 16 pudiera ser una incertidumbre del alelo 20 presente en el ADN. De una manera similar para el resultado F del conjunto B, sólo el alelo 22, no se produce correspondencia ya que la muestra almacenada tiene los alelos 20 y 22. En lugar de declarar una no correspondencia, sin embargo, la técnica considera la posibilidad de que no se informara del alelo 20 debido a la pérdida del alelo durante la amplificación.

En general se prefiere que se informe del resultado en términos de una relación de probabilidad, basándose en el formato, la relación de probabilidad, LR, viene dada por:

1

Siguiendo dicha hipótesis para cada uno de los resultados individuales de la muestra de ensayo frente a los resultados individuales de la muestra almacenada, se puede obtener una probabilidad total de que la muestra de ensayo sea una correspondencia respecto de esta muestra almacenada concreta. Mientras que la LR considera que se podría conseguir el resultado de la muestra de ensayo mediante cualquier ruta, esto se puede restringir en la práctica a las rutas razonables para simplificar los cálculos, pero sin pérdida de precisión ya que las restantes rutas son estadísticamente muy improbables. A partir de dichas relaciones de probabilidad totales para un gran número de listas de muestras almacenadas se pueden obtener relaciones de probabilidad descendentes a realizar entre las muestras almacenadas y la muestra de ensayo. Dicho listado es más informativo que la declaración de una correspondencia o no correspondencia, es menos subjetivo y no implica un procedimiento inicial de selección subjetivo y es potencialmente más significativo estadísticamente ya que se consideran un mayor número de resultados individuales.

La técnica anteriormente mencionada significa que todos los resultados individuales se incluyen para consideración; no se necesita excluir resultados posibles por contaminación, resultados por incertidumbre u otros resultados por artefactos de la consideración. Estos eventos se pueden tener en cuenta completamente para la consideración estadística de la materia. No existe tampoco necesidad de preocuparse de que la pérdida del alelo conduzca a una no correspondencia inconclusa o conclusa ya que la posibilidad de que esto se produzca puede ser incorporada en la consideración.

Mientras que las consideraciones anteriormente mencionadas son particularmente significativas en el análisis de una muestra pequeña de ADN, son características potenciales en todos los mencionados análisis y los beneficios procedentes del uso de la técnica se aplican por tanto en todos los niveles de consideración del ADN. Las ventajas en términos de eliminar las decisiones subjetivas se aplican también sea cual sea la cantidad de ADN de
partida.

Este tipo de técnica puede simplificar significativamente la interpretación de las muestras de ADN mezcladas. Dichas situaciones se producen, por ejemplo cuando un sospechoso puede haber contribuido o no a la mezcla junto con otra persona conocida y/u otra persona desconocida ya que en contraste, la muestra proviene de una persona desconocida y otra persona conocida y/o persona desconocida. En contraste con la metodología anterior en que la interpretación era a menudo imposible, la presente invención permite siempre presentar una relación de probabilidad. Por tanto, se puede expresar una relación de probabilidad como:

2

En dicho caso, el análisis puede considerar cada muestra almacenada en la base de datos por turnos durante la realización de dicho análisis.

Llevar a cabo dichas consideraciones de una manera automatizada permite la consideración rápida de un gran número de muestras almacenadas frente a una muestra de ensayo y/o permite considerar una variedad de escenarios (la mezcla es del sospechoso A y el sospechoso B; la mezcla es del sospechoso A y el sospechoso C; la mezcla es del sospechoso A y un desconocido; etc.) muy rápidamente. Se consigue esta mejora reduciendo a la vez el coste y reduciendo las habilidades necesarias en el procedimiento.

Se muestra con más detalle a continuación la manera en la que la probabilidad de los resultados almacenados individuales conduce al resultado de ensayo individual, en una situación diferente, pero para la que se aplican los mismos principios generales.

Consideración de todos los resultados

La técnica de la invención se dirige en general a proporcionar una relación de probabilidad, LR, para el evento que se considera. En muchos casos esto puede ser la probabilidad de que un sospechoso sea la fuente del ADN que se está analizando en comparación con la probabilidad de que la fuente de ADN sea de cualquier otra persona.

Dado el impacto potencial del resto de fuentes de información, se tienen en cuenta una o más de éstas usando la técnica de la presente invención para proporcionar una apreciación más completa de las circunstancias que pueden haber generado la muestra de ADN. En el primer ejemplo descrito se consideran el impacto potencial de la contaminación y la pérdida del alelo, pero es posible aplicar también la técnica a fuentes de información y características diferentes.

Cualquiera que sea el análisis de la relación de probabilidad, se deben obtener los resultados iniciales. Para conseguir esto, la muestra recogida se somete a un procedimiento de amplificación tal como la PCR, para preparar muchas copias múltiples del ADN presente en la muestra inicial. Cuando la muestra inicial está formada por sólo unas pocas células, el número de ciclos usados puede estar entre 30 y 34 ciclos para conseguir el número necesario de copias. El procedimiento de amplificación se dirige generalmente a la producción de suficiente material para la investigación efectiva de la identidad del alelo en un gran número de localizaciones. Se conocen las técnicas para analizar mezclas basadas alrededor del uso de repeticiones en tándem corto (STR) tal como describen Clayton y col., (1998) Analysis and Interpretation of Mixed Forensic Stains Using DNA STR Profiling, Int. J. Forensic Sci. 91, 55-70.

Ejemplo

Impacto por contaminación y pérdida del alelo

En términos generales, la relación de probabilidad en dichos casos considera el producto de:

\quad: la probabilidad de que surja un resultado individual dado para un locus bajo ensayo, dada la identidad del sospechoso (homocigótica) o las identidades (heterocigóticas) para el locus, mediante las diversas rutas posibles, incluyendo la contribución potencial de los sospechosos y la contribución potencial de la fuente de información diferente para cada uno de los resultados individuales dados; como numerador en relación al producto de:

\quad: la probabilidad de que surja un resultado individual dado para un locus bajo ensayo dada una de todas las posibles combinaciones de identidad para este locus, mediante las diversas rutas posibles, incluyendo las contribuciones potenciales de la fuente de información diferente para cada uno de los resultados individuales dados y cada una de las posibles combinaciones de identidad; y la probabilidad de que se produzca la combinación de la identidad; como denominador.

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Para ejemplificar esta hipótesis con más detalle se consideró un cálculo de la muestra basado en tres resultados individuales que se obtuvieron para un locus dado frente a identidades sospechosas para este locus. Los tres resultados individuales son:

\quad: R_{1} =12

\quad: R_{2} = 16

\quad: R_{3} = 12, 16

siendo las identidades sospechosas 12, 16.

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Si H_{1} es la probabilidad de la evidencia si es perfil es el del sospechoso y H_{2} es la probabilidad de la evidencia si el perfil es el de alguien diferente del sospechoso, entonces el procedimiento comienza considerando todas las identidades razonables que se pueden haber producido para los alelos en cuestión. Es posible tener en cuenta todas las identidades posibles que se pueden haber producido para los alelos, pero muchas de éstas son tan poco posibles que no se necesita tenerlas en cuenta en la práctica. La primera columna de la Tabla 1 (Figura 3) tiene en cuenta tres identidades probables en este caso, 12, 12; 12, 16; 16, 16.

En la siguiente etapa se define la probabilidad de que se produzca la identidad del alelo, columna 2, dando f_{12}^{2}; 2f_{12}f_{16}; f_{16}^{2}; respectivamente, 2f_{12}f_{16} refleja el hecho de que la identidad podría haber sido 12, 16; ó 16, 12. Esto proporciona el equilibrio relativo entre las diversas identidades siendo lo único a tener en cuenta para una o más de aquellas identidades alélicas que son relativamente raras, por ejemplo.

En la siguiente etapa, columna 3, se evaluó la manera en la que el primer resultado individual, 12, podría conseguirse dado cada una de las tres identidades alélicas. Por tanto, si la identidad alélica fuera 12, 12, pudiera ser que en el medio en el que se produjo el resultado 12 no hubiera contaminación de la muestra y que no hubiera pérdida del alelo de la muestra en este ensayo. Por tanto, la probabilidad de que este resultado individual provenga de esta identidad es la probabilidad no haya pérdida del alelo, designado p(\upbar{D}) multiplicado por la probabilidad de que no haya contaminación de resultados falsos, designado p(\upbar{C}). Para este resultado con identidad alélica 12, 16, la probabilidad es la probabilidad de la pérdida del alelo (para no tener en cuenta la información de 16) multiplicado por la probabilidad de que no haya pérdida del alelo (para tener en cuenta la información de 12) para tener en cuenta la probabilidad de que no haya información falsa (para no tener en cuenta la aparición de 16 falso). El procedimiento equivalente para el resultado 12 con la posible identidad alélica 16, 16 podría ser el producto de la probabilidad de la pérdida del alelo (para tener en cuenta que no se informa de 16), la probabilidad de informes falsos (para tener en cuenta que se informa de 12) y la probabilidad de que se produzca 12 como un alelo (para tener en cuenta que se produzcan las probabilidades de este alelo falso concreto).

Se repite este procedimiento en las columnas 4 y 5 de la Tabla 1 para los diversos resultados individuales y las combinaciones de las identidades posibles.

En la práctica, el procedimiento se repetiría para un gran número de resultados individuales

La columna 6 de la Tabla 1 representa el producto de las columnas 2, 3, 4 y 5 y se refiere a la probabilidad total de que la identidad alélica de esta fila represente el conjunto de resultados individuales reales. La suma de la columna 6 proporciona el denominador total de la relación de probabilidad.

El numerador de la relación de probabilidad es el producto de las columnas 3, 4 y 5 de la fila que tiene la identidad que corresponde a la identidad/alelos sospechosos, en este caso la fila 3.

En total, esto corresponde a la fórmula:

3

Pero ésta se puede reducir, mediante sustitución con p(C), la probabilidad de que se haya producido esta contaminación, y por p(\upbar{C}), la probabilidad de no se haya producido la contaminación para dar:

4

Se puede estimar p(C) a partir de un historial de observaciones y/o se puede determinar para un laboratorio, por ejemplo, mediante una serie de ensayos de control negativos y una consideración de las bandas falsas que provienen de aquellos.

Se puede estimar también p(D) a partir de un historial de observaciones y/o se puede determinar mediante experimentación.

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Ejemplo

Evaluación del impacto de la incertidumbre

Como un ejemplo adicional para la consideración de la posible contaminación y la pérdida del locus/alelo descritas anteriormente, este ejemplo considera los impactos de la incertidumbre.

En el cálculo de ejemplo que se muestra en la Tabla 2 (Figura 4), la posición en la que el primer resultado individual da a,b,c y el segundo resultado individual da a, c se considera relativa a un sospechoso que es c y en el que b es una posición de incertidumbre.

Por tanto, en la Tabla 2, la columna 1 da las tres identidades posibles razonables que podrían haber dado los resultados individuales y la columna 2 es la probabilidad de que se produzcan aquellas identidades posibles.

Las expresiones en la columna 3 se derivan como sigue. Cuando el resultado es a, b, c y la identidad que se considera es a, b, entonces se podría haber producido el resultado p(C)^{2} cuando a y b no desaparecen (por tanto
p(\upbar{D})^{2}, en el que se produce un informe falso para proporcionar c (por tanto p(C)f_{c}) y en el que no se informa de incertidumbres para cualquiera de a ó b (por tanto). En la siguiente fila el procedimiento genera p(\upbar{D})^{2} (como a y c informan); p(\upbar{St}) (ya que no hay incertidumbre para a); y la combinación de p(St).p(C) y p(\upbar{St}).p(C)f_{b} (para tener en cuenta que b surge como una incertidumbre en lugar de como falso y b surge como falso y no como incertidumbre respectivamente).

De nuevo, los productos de las columnas 2, 3 y 4 de la columna 5 y el denominador en la relación de probabilidad es la suma de la columna 5, siendo el denominador el producto de las columnas 3 y 4 de la línea 3. Esto da:

5

De nuevo, se puede reducir ésta mediante sustitución a:

6

Los tipos de función usados para conseguir la relación de probabilidad pueden, por supuesto, combinar la consideración de la contaminación, el efecto de la pérdida del locus/alelo y la incertidumbre en un único caso. Son también posibles otras fuentes de información potenciales mencionadas, tales como los efectos de la subpoblación. Esto es deseable debido tanto a que es más consistente con las hipótesis empleadas en otras áreas de interpretación del ADN pero más importante debido a que esto se deriva lógicamente a partir de la consideración correcta de la naturaleza condicional de la probabilidad de un genotipo de posibles transgresores DADO el genotipo del sospechoso. Todo lo que se necesita es sustituir p(M_{j}) por la probabilidad condicional p(M_{j} | M_{s})

Las relaciones de probabilidad calculadas por este medio tienen en cuenta todos los resultados individuales obtenidos mediante el procedimiento de análisis.

Determinación del impacto de las variaciones en la probabilidad de otras fuentes que contribuyen a la información

Así como posibilitando el cálculo de relaciones de probabilidad fiables en el análisis del ADN, las ecuaciones posibilitan también el impacto de la probabilidad de que se produzca contaminación, se producirá la desaparición o se producirá incertidumbre tras el procedimiento de análisis que se va a considerar. Se puede usar dicha investigación para determinar los umbrales apropiados de aquellas probabilidades antes de que se pueda considerar mantener como verdaderas algunas aproximaciones y más allá de que se pueda considerar mantener como no verdaderas algunas aproximaciones. Esto que es potencialmente, información precalculada, podría almacenarse y usarse en una técnica de análisis del ADN para determinar si se pueden procesar los resultados obtenidos usando un procedimiento de análisis en cuyas aproximaciones se usan relaciones de probabilidad u otra presentación de los resultados. Se discute este concepto con más detalle a continuación junto con detalles adicionales de las aproximaciones concretas que se pueden usar en circunstancias o escenarios concretos.

Uso de aproximaciones en el análisis y los resultados; con comprobación de la validez de las condiciones para la aproximación

Aunque la forma de realización inicial de la invención muestra los índices de cálculo detallados para las relaciones de probabilidad que tienen en cuenta cada y cada uno de los resultados completamente, en algunos casos se pueden simplificar las funciones usadas en los mismos. Por ejemplo, las fórmulas que tienen en cuenta la contaminación potencial y la pérdida del alelo potencial:

7

que proporciona un factor de escalado de 1 con la condición de que p(C) < 0,3 y por tanto, la relación de probabilidad se aproxima a:

8

Con la condición por tanto de que no se cruce éste umbral, se puede calcular la relación de probabilidad con validez basándose en una simplificación sustancial.

Usando este procedimiento se consideraron una serie de situaciones prácticas y se consideraron el impacto de la contaminación y/o la pérdida del locus/alelo y/o la incertidumbre con vistas a determinar las aproximaciones apropiadas para dichas situaciones y las consideraciones de umbral para la aplicabilidad de dichas aproximaciones.

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Ejemplo 1A Perfiles en banda única aparente

Cuando se encuentran homocigóticos de una banda aparente en una mancha del crimen (R_{1} = a) y el área del pico es pequeña, esto puede significar que se ha producido la pérdida del alelo, es decir, el genotipo puede, de hecho, ser heterocigótico. Esto se considera una posibilidad siempre que el pico se aproxime al fondo. Con áreas de pico bajas, la observación experimental de los inventores confirma que la probabilidad de pérdida del alelo p(D) es elevada. Si el alelo en la mancha del crimen es de tipo a y el sospechoso es de tipo ab, entonces parecería razonable limitar M_{j} a aa, ab o aF en el que F representa cualquier otro alelo diferente del tipo a o el tipo b. Esto proporciona b, habiéndose descrito anteriormente el procedimiento general:

9

Con la condición de que p(D) > 0,5, la función de escalado 10 tal como se ilustra en la Figura 5 que es siempre razonable cuando el pico está cerca del fondo, entonces se demuestra que la aproximación es conservativa y 100.

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Ejemplo 1B Perfiles de una banda aparente - efecto de una réplica adicional

Tomando el ejemplo anterior, los inventores consideran ahora las ventajas de la replicación, en la que una alícuota adicional (R_{2}) del mismo extracto de ADN se amplifica por separado. Los inventores suponen que la segunda réplica da como resultado un heterocigótico ab que corresponde al perfil del sospechoso.

(Sospechoso = ab; R_{1} = a-; R_{2} = ab)

Teniendo en cuenta las tres posibles explicaciones de la evidencia - cualquiera M_{1} = homocigótico aa, entonces M_{2} = heterocigótico ab. Si la primera explicación es verdadera, entonces el alelo b debe ser una banda falsa. En este ejemplo, la LR se informaría como LR = 1/2fa debido a que sólo se duplicó el alelo. La fórmula que describe este modelo es:

11

Esta expresión es siempre inferior a 1/2f_{a}f_{b} pero la evaluación de 1/2f_{a} es una aproximación conservativa siempre que 12 y esto es verdadero par todas las estimaciones razonables de p(C) y p(D).

Si un locus parece ser homocigótico con el alelo a, pero pudiera haberse producido la pérdida del alelo, de tal manera que el locus era realmente heterocigótico, entonces se proporciona una interpretación razonable usando 1/2f_{a} de que la contaminación es baja y el área del pico del alelo es por sí misma pequeña o cercana a la línea base.

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Ejemplo 1C Las réplicas adicionales incrementan la LR

Continuando con el ejemplo anterior, los inventores consideran el efecto de que se hayan analizado réplicas adicionales (n) y demuestran que todas corresponden al genotipo del sospechoso (ab en este ejemplo). El sospechoso es ab; R; R_{2..n} = ab (es decir, se analizaron un total de n+1 réplicas. La fórmula general que describe R1 = a- y n = el número de réplicas del genotipo ab es:

13

Con la condición que n sea mayor que o igual a 2, la directriz permitirá informar de LR = 1/2f_{a}f_{b} debido a que ambos alelos están duplicados. La LR calculada a partir de esta ecuación será siempre inferior que ésta, pero sin embargo es una aproximación muy cercana (véase la Figura 6a) para la mayor parte de los valores intermedios de
p(D). Debe señalarse que la diferencia entre n = 2 y n = 3 es menor en estas simulaciones. También que los valores reales de p(D) y p(C) tienen un efecto muy pequeño sobre la estimación final (véase la Figura 6a y 6b) con la condición de que el último sea inferior a 0,6 (lo que debería ser siempre): Si n = 1 entonces la LR es conservativa en relación a 1/2f_{a}.

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Ejemplo 2a Un ejemplo en el que se observa una banda supuestamente contaminante junto con la pérdida del alelo

El siguiente ejemplo es más extremo que los discutidos anteriormente. Los inventores suponen que una réplica (R_{1}) corresponde al sospechoso en un alelo (b), pero tiene un alelo adicional (c) que no se encuentra en el sospechoso bajo la hipótesis perseguida (H_{1}). Además, los inventores suponen que no existe traza del alelo a. Los inventores evalúan la condición en la que el sospechoso es ab; R_{1} es bc; R_{2} es ab mediante la consideración de los genotipos (M_{j}) ab, ac, bc y bb:

14

La directriz de información permitiría únicamente informar del alelo b duplicado, por tanto, la relación de probabilidad informada sería LR = 1/2f_{b}. Hubo un efecto muy pequeño al que contribuyó p(D) debido a que la función de escalado fue siempre mayor que 1,0 cuando p(C) era moderadamente elevado (véase Figura 7a, 7b) demostrando la naturaleza conservativa de la directriz de información.

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Ejemplo 2b Ejemplo en el que se observó una banda supuestamente contaminante

Los inventores suponen que el sospechoso es ab; R_{1} = abc (en el que c es supuestamente un alelo contaminante bajo _{1}) y R_{2} = ab. Los inventores limitan los genotipos (M_{j}) posibles a ab, ac, o bc y los evalúan frente a la directriz LR \approx 1/2f_{a}f_{b} (véanse las Figuras 8a, 8b). Evaluada frente a p(C) = 0,3, la aproximación es razonable con la condición que f_{a} sea inferior a 0,10 y p(D) sea inferior a 0,50.

15

Ejemplo 3a

En el caso del recuento de la incertidumbre por la fórmula descrita anteriormente:

16

La función de escalado es siempre inferior a 1 (tal como se demuestra mediante la Figura 9) y LR se aproxima a 1/2f_{a}f_{c}. La investigación de lo anterior establece que ésta es una buena aproximación con la condición que p(St) > 0,5 y p(C) < 0,3.

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Ejemplo 3b Extensión de la definición de desaparición y evaluación de un ejemplo real

Se analizaron 50 PCR réplicas de una muestra que tenía 4 STR homocigóticos y 6 loci heterocigóticos. Los inventores amplían la definición de p(D) como sigue:

p(D_{Ho}) - la probabilidad de pérdida dado que el locus es homocigótico.

p(D_{He}) - la probabilidad de que un alelo dado se pierda dado que el locus es heterocigótico

p(D_{He2}) - la probabilidad de que se pierdan ambos alelos dado que el locus es heterocigótico

En los siguientes cálculos se asignaron cualquiera de los parámetros p(D) de los valores observados reales de la Tabla 3 (Figura 10) o, si no estaban disponibles, por ejemplo (pD_{He}) para el locus D8S51179, se usó en vez de éste el promedio a través de los loci disponibles. Por observación, p(C) no excedió de 0,2 para ningún locus y se adoptó este valor de principio a fin. Se usaron las frecuencias alélicas de una base de datos de blancos caucásicos.

De dos de las réplicas, los autores consideran una observación extrema en la Tabla 5 para el locus D3S1358. El sospechoso 18,18; R_{1} = 15, 18 y R_{2} = 15,18. El análisis convencional puede indicar que los resultados son cualquiera de inconcluso o una exclusión debido a que un alelo falso está duplicado en las réplicas. Usando la fórmula siguiente, los inventores limitan las consideraciones de los genotipos M_{j} a 15,15, 15,18 y 18,18; la LR = 0,068. La evidencia apoya la exclusión, pero, de manera importante, la RL es mayor que cero.

17

En el locus D8 el sospechoso es 15,15; R1 = R2 = 15 F- Los genotipos M_{j} se limitan a 15,15 y 15 F:

18

En HUMTH01, se analizó R_{1} como 7 F mientras que R_{2} fracasó en dar un resultado. El sospechoso es 7 9,3. La evaluación de los inventores de la LR se limita a 7 F; los genotipos 7 7 y 7 9,3. Sin embargo, la observación de que dos alelos se han retirado en R_{2} se incorpora también en el cálculo de la LR siguiente tal como se muestra en la Tabla 3.

19

Similarmente para VWA, R_{1} fracasó en dar un resultado y sólo se observó un alelo en R_{2}. Las consideraciones de los inventores sobre el genotipo M_{j} se limitan a 19 19 y 19 F. El sospechoso es 19 19:

20

Para D16S539, R_{1} es 9 12 y R_{2} fracasó en dar un resultado. Los inventores se limitan a la evaluación de los genotipos M_{j} 9 9, 9 12 y 12 12 considerando la posibilidad de alelos falsos. El sospechoso es 9 12. De nuevo, los inventores incorporan la observación de R_{2} en la LR siguiente:

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D18S51 es directo debido a que se observa el genotipo 12 16 en ambas réplicas. Sigue el análisis de D2S 133 después de la ecuación aplicada al HUMTH01 anterior.

El examen de las LR individuales calculadas usando estas ecuaciones que todas son o bien conservativas o muy cercanas a las estimaciones derivadas calculando LR = 2f_{a} para los homocigóticos o LR = 2f_{a}f_{b} para el D16S539 heterocigótico (Tabla 3). Cuando se observa la retirada completa del locus en una réplica, ésta tiene muy poco efecto, es decir, la función de escalado \approx 1,0. La LR combinada a través de todos los loci = 68.000 (usando una base de datos de blancos caucásicos) y esto sirve para demostrar que el emparejamiento erróneo aparente del alelo producido por la contaminación no conduce necesariamente a exclusiones.

Tal como se demuestra mediante estos diversos ejemplos, por tanto, la presente invención proporciona en general una técnica que se puede usar para evaluar el impacto de las variaciones en las probabilidades de aparición de diversas fuentes de información diferentes y extiende esta información a la verificación de la fiabilidad de aplicar algunos supuestos a las técnicas de análisis del ADN.

Claims

1. Un procedimiento para comparar una o más muestras de ADN de referencia con al menos parte de una muestra de ADN de ensayo, incluyendo el procedimiento

\quad: la determinación de la identidad de los alelos presentes en un locus del ADN en la muestra de ensayo, definiendo la determinación un resultado de ensayo individual, llevándose a cabo la determinación para una pluralidad de loci para dar una pluralidad de resultados de ensayo individuales,

\quad: la consideración de uno de los resultados de la pluralidad de resultados de ensayo individuales frente al resultado de referencia individual de una de las muestras de referencia de los loci respectivos.

caracterizado porque

la consideración implica una expresión de la probabilidad de que el resultado de referencia individual para este locus pudiera obtener, mediante diversas rutas posibles, hacia el resultado de ensayo individual para este locus, incluyendo las rutas posibles hacia el resultado de ensayo individual las rutas en las que la información falsa contribuye al resultado de ensayo individual, teniendo en cuenta la consideración más de un tipo de información falsa, incluyendo los tipos de información falsa los efectos de la contaminación, los efectos de la pérdida del alelo, los efectos de la pérdida del locus, los efectos de incertidumbre y los efectos del artefacto:

\quad: cuando la contaminación es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando no se debe producir contaminación para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la no aparición del alelo falso;

\quad: cuando la incertidumbre es uno de los tipos de información falsa considerada y cuando es necesaria la incertidumbre para obtener el resultado de ensayo individual a partir del resultado de referencia individual, la probabilidad incluye un término de probabilidad para la aparición de la incertidumbre;

repitiéndose la consideración para una pluralidad de loci, combinándose las expresiones de probabilidad de que el resultado de referencia individual pudiera llevar al resultado de ensayo individual para la pluralidad de loci para dar una expresión de la probabilidad de que la muestra de ensayo se corresponda con la muestra de referencia calculando una relación de probabilidad.

2. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1 en el que las muestras de referencia proceden de individuos conocidos y/o asociados con otros factores conocidos, tales como localizaciones, objetos o eventos.

3. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1 o la reivindicación 2 en el que la muestra de ensayo procede de un individuo conocido y/o asociado con uno o más de otros factores conocidos, tales como una localización, objeto o evento a partir del cual se recuperó la muestra.

4. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que la consideración implica la determinación de una relación de probabilidad, dicha relación de probabilidad calculando la probabilidad de que el resultado de la muestra individual proceda del resultado de referencia individual frente a la probabilidad de que el resultado de la muestra individual proceda de otro resultado diferente al de la referencia individual.

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5. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que la consideración implica la probabilidad de que el resultado de ensayo individual se obtenga según dicho resultado de referencia individual, incluyendo la aparición de información falsa, para cada resultado de ensayo individual, dividido por el producto de la probabilidad de que el resultado de ensayo individual se obtenga de un resultado diferente del resultado de referencia individual, incluyendo la aparición de información falsa, y la frecuencia de dicho resultado de referencia individual en una población, para cada resultado de ensayo individual.

6. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior con el fin de evaluar una mezcla de un escenario contribuyente conocido y desconocido, la relación de probabilidad es la probabilidad de que el resultado de ensayo individual se obtenga a partir de un resultado individual almacenado, y de otro resultado diferente del resultado individual almacenado dividido por la probabilidad de que se obtenga el resultado de ensayo individual a partir un resultado diferente del resultado individual almacenado y de otro resultado diferente del resultado individual almacenado.

7. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que la probabilidad de observación de los alelos se calcula a partir de la frecuencia de aparición en poblaciones relevantes y se usa en la consideración.

8. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que la función de probabilidad incluye una probabilidad de que se pueda producir contaminación, determinándose la probabilidad de que se pueda producir contaminación mediante una o más determinaciones de control.

9. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que la función de probabilidad incluye una probabilidad de que se pueda producir incertidumbre, determinándose la probabilidad de que se pueda producir incertidumbre mediante una o más determinaciones de control.

10. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que la función de probabilidad incluye una probabilidad de que se pueda producir pérdida del alelo mediante una o más determinaciones de control.

11. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que, la función de probabilidad incluye una probabilidad de que se pueda producir información del artefacto, determinándose la probabilidad de que se pueda producir información del artefacto mediante una o más determinaciones de control.

12. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que la consideración se aplica a todos los loci para los cuales existen resultados individuales almacenados y resultados de ensayo individuales.

13. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que la combinación de probabilidades producida por las respectivas consideraciones se obtiene multiplicando las probabilidades entre sí.

14. Un procedimiento de acuerdo con cualquier reivindicación anterior en el que se llevan a cabo dos o más determinaciones diferentes de las identidades de los alelos en la muestra de ensayo, aplicándose el procedimiento de la reivindicación 1 a cada conjunto de resultados de ensayos individuales obtenidos de ese modo, considerándose la expresión de una relación de probabilidad para los respectivos conjuntos de resultados de ensayo individuales frente a un resultado diferente y/o combinado.

15. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1 de indicar una relación de probabilidad que evalúe que al menos una parte de una muestra de ADN de ensayo surge de una fuente conocida, implicando el procedimiento: una o más determinaciones de la identidad de los alelos presentes en un locus del ADN en la muestra de ensayo, definiendo cada determinación un resultado de ensayo individual;

la determinación de al menos algunas de las identidades teóricas de los alelos que podrían haber producido un resultado de ensayo individual dado, formando estas identidades los resultados de referencia individuales;

la determinación de la identidad de los alelos presentes en el locus del ADN procedente de la fuente conocida; siendo una de las identidades teórica del alelo la identidad determinada para este locus de la fuente conocida;

la provisión de una función de probabilidad para cada resultado de referencia individual considerado que es representativa de al menos alguna de las diversas rutas posibles mediante las cuales el resultado de referencia individual dado puede dar lugar al resultado de ensayo individual dado, siendo esta función de probabilidad además representativa de la probabilidad de la aparición de este resultado de referencia individual y de las posibles rutas del resultado de ensayo individual que incluyen las rutas a las que contribuye la información falsa, definiendo esta probabilidad las funciones de probabilidad teóricas;

combinándose las funciones de probabilidad teóricas de los diferentes resultados de referencia individuales para dar una indicación de las diversas rutas mediante las cuales se podría conseguir el resultado de ensayo individual dado, formando esta combinación la función de probabilidad teórica combinada;

la provisión de una función de probabilidad para el resultado de referencia individual correspondiente a la identidad de la fuente conocida, que es representativa de la manera en la que el resultado de referencia individual conduce al resultado de ensayo individual, formando ésta la función teórica de la fuente conocida;

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considerándose la función teórica de la fuente conocida y la función teórica combinada conjuntamente para calcular la relación de probabilidad.

16. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 15 en el que al menos parte de una muestra de ADN se refiere a una fuente de una muestra multifuente o mezclada.

17. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 15 o la reivindicación 16 en el que la fuente conocida se refiere a un individuo conocido y/o asociado con uno o más de otros factores conocidos, tales como una localización, objeto o evento a partir del cual se recuperó la muestra.

18. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 17 en el que las identidades teóricas se determinan a partir de los alelos indicados en el resultado de ensayo individual, determinándose aquellas identidades teóricas que podrían llevar razonablemente al resultado de ensayo individual.

19. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 18 en el que la provisión de una función de probabilidad implica la probabilidad de obtener este resultado de ensayo individual de cualquier modo, incluyendo mediante la aparición de información falsa, y la frecuencia de esta identidad teórica en una población, para cada resultado de ensayo individual.

20. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 19 en el que la función de probabilidad teórica para cada identidad teórica del resultado de referencia individual se define en parte mediante una probabilidad de la aparición de esta identidad de resultados de referencia individuales en una población.

21. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 20 en el que la función de probabilidad teórica para cada resultado de referencia individual se define en parte mediante una probabilidad para las diversas apariciones que darían lugar a este resultado de referencia individual según el resultado de ensayo individual.

22. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 21 en el que se proporcionan funciones de probabilidad teóricas para representar cada uno de los resultados de ensayo individuales determinados para un locus de la manera anteriormente mencionada.

23. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 22 en el que las funciones de probabilidad teóricas para cada resultado de ensayo individual se combinan para dar un resultado de referencia individual.

24. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 23 en el que las diversas rutas posibles para el resultado de referencia individual según el resultado de ensayo individual incluyen la contaminación proporcionada por uno o más alelos en el resultado de ensayo individual no presentes en el resultado de referencia individual.

25. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 24 en el que las diversas rutas posibles para el resultado de referencia individual según el resultado de ensayo individual incluyen la incertidumbre proporcionada por uno o más alelos en el resultado de ensayo individual no presentes en el resultado de referencia individual.

26. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 25 en el que las diversas rutas posibles para el resultado de referencia individual según el resultado de ensayo individual incluyen la amplificación de artefactos proporcionada por uno o más alelos en el resultado de ensayo individual no presentes en el resultado de referencia individual.

27. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 26 en el que las diversas rutas posibles para el resultado de referencia individual según el resultado de ensayo individual incluyen la pérdida del alelo que proporcionada por uno o más alelos desaparecidos en el resultado de ensayo individual presentes en el resultado de referencia individual.

28. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 27 en el que las funciones de probabilidad teóricas se combinan para dar la función de probabilidad teórica combinada total sumando entre sí las funciones de probabilidad teóricas.

29. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 28 en el que la provisión de la función de probabilidad para el individuo de referencia implican la probabilidad de obtener que el resultado de ensayo individual proporcione el resultado de referencia individual, incluyendo la aparición de información falsa, para cada resultado de ensayo individual.

30. Un procedimiento de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 29 en el que la relación de probabilidad tiene en cuenta que la probabilidad de que un resultado de referencia individual/identidad teórica dados conduzca al resultado de ensayo individual frente a la probabilidad de que el resultado de ensayo individual se produzca de otro modo.