ES2471444T3 - Métodos y composiciones para detectar trastornos autoinmunitarios - Google Patents

Abstract

Un método para detectar lupus eritematoso sistémico en un sujeto, que comprende determinar si un sujeto contiene una célula que expresa una combinación de genes a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en donde dicha combinación de genes incluye EPSTI1, HERC5 y TYKI y no incluye ningún otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3, en donde la presencia de dicha célula indica que el sujeto tiene lupus eritematoso sistémico y en donde la expresión de dicha combinación de genes se detecta al nivel de ARNm

Description

M�todos y composiciones para detectar trastornos autoinmunitarios

Campo técnico

La presente invención se refiere en general a los campos de la determinación molecular de enfermedades autoinmunitarias. Más específicamente, la invención se refiere a métodos y composiciones basados en identificaciones moleculares asociadas con diversos aspectos de trastornos autoinmunitarios.

Antecedentes

Se cree ahora que varios trastornos autoinmunitarios se caracterizan por la introducción de autoanticuerpos contra diversos autoant�genos. Por ejemplo, el lupus eritematoso sist�mico (SLE) es una enfermedad autoinmunitaria en la que autoanticuerpos provocan daño orgánico uniéndose con células y tejidos hospedadores y formando complejos inmunitarios que se depositan en tejidos vasculares y activan células inmunitarias. El síndrome de Sjogren es una enfermedad autoinmunitaria caracterizada por inflamación en las glándulas del cuerpo. También se encuentran habitualmente otros trastornos autoinmunitarios, incluyendo pero sin limitación nefropat�a de IgA, psoriasis, artritis reumatoide, esclerosis múltiple, espondilitis anquilosante, etc.

El interfer�n alfa (IFN-!) es un interfer�n de Tipo I fuertemente implicado en la etiolog�a de varios trastornos inmunitarios, tales como SLE. Se cree que los enfoques de tratamiento que implican alteración de la se�alizaci�n de IFN-! pueden ser un tratamiento eficaz para dichos trastornos. Se sabe que los niveles de IFN-! est�n elevados en SLE, y se ha observado que el tratamiento de pacientes con IFN-! provoca de forma reversible síntomas similares al SLE en receptores. Otras numerosas líneas de pruebas han ligado IFN-! y SLE.

Los mecanismos por los que el IFN-! ejerce sus efectos sobre la transcripción de genes en células diana se han investigado exhaustivamente. Se ha determinado la cascada del segundo mensajero, se han definido los sitios de unión reguladores en cis para factores de transcripción activados, y varios estudios han explorado la expresión de qué genes se modula. Los más exhaustivos de estos estudios se han realizado con micromatrices de oligonucle�tidos, pero las definiciones de los perfiles de expresión g�nica de respuesta a interfer�n aún no est�n completas, al menos en parte debido a que hasta recientemente las micromatrices no contenían un conjunto muy completo de indicadores para los genes del genoma humano, y también debido a que diversas dificultades técnicas evitaron la identificación de conjuntos de genes marcadores ampliamente aplicables pero sencillos que se correlacionaran de forma fiable con las afecciones patológicas de interés.

Uno de los retos más difíciles en el tratamiento cl�nico de enfermedades autoinmunitarias es la identificación precisa y temprana de las enfermedades en un paciente. Para este fin, sería altamente ventajoso tener métodos de diagnóstico de base molecular que puedan usarse para identificar de forma objetiva la presencia y/o alcance de la enfermedad en un paciente. La invención descrita en el presente documento proporciona estos métodos y otros beneficios.

El documento WO 2005/051988 describe diversos genes que se expresan diferencialmente en pacientes con SLE.

Divulgaci�n de la invención

La invención proporciona métodos y composiciones como se definen en las reivindicaciones adjuntas para identificar SLE basándose al menos en parte en la identificación del gen o los genes cuya expresión se asocia con la presencia y/o alcance del lupus eritematoso sist�mico (SLE), en el que el SLE es a su vez una enfermedad autoinmunitaria protot�pica cuyas identificaciones de genes asociados con la enfermedad también pueden ser aplicables en otras enfermedades autoinmunitarias. Por ejemplo, como se describe en el presente documento, en una realización, se identificaron genes modulados en respuesta a se�alizaci�n por IFN-!. Después se ensay� la información generada por este enfoque y se modificó para desarrollar una medida concisa y cuantitativa del grado en el que las muestras celulares o tisulares muestran respuestas características de trastornos autoinmunitarios. Como se muestra en el presente documento, la detección de tres genes específicos desvelados en el presente documento puede ser un indicador útil e informativo de la presencia y/o alcance de trastornos autoinmunitarios en un paciente. Además, la métrica o cocientes equivalentes que son indicativos de presencia y/o gravedad de enfermedad asociada a interfer�n pueden generarse por transformación apropiada de información de la expresión g�nica de biomarcadores. Se desvelan en el presente documento transformaciones ejemplares y la métrica resultante, generados basándose en los datos de expresión g�nica que también se desvelan en el presente documento.

Se desvela en el presente documento un método que comprende determinar si un sujeto comprende una célula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la presencia de dicha célula indica que el

sujeto tiene un trastorno autoinmunitario.

Se desvela en el presente documento un método para predecir la sensibilidad de un sujeto a terapia de enfermedad autoinmunitaria, comprendiendo dicho método determinar si el sujeto comprende una célula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la presencia de dicha célula indica que el sujeto sería sensible a la terapia de enfermedad autoinmunitaria.

Se desvela en el presente documento un método para controlar la enfermedad residual mínima en un sujeto tratado para una enfermedad autoinmunitaria, comprendiendo dicho método determinar si el sujeto comprende una célula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detección de dicha célula es indicativa de la presencia de enfermedad autoinmunitaria residual mínima.

Se desvela en el presente documento un método para detectar una patología autoinmunitaria en un sujeto, comprendiendo dicho método determinar si el sujeto comprende una célula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detección de dicha célula es indicativa de la presencia de una patología autoinmunitaria en el sujeto.

Se desvela en el presente documento un método para evaluar la predisposición de un sujeto a desarrollar un trastorno autoinmunitario, comprendiendo dicho método determinar si el sujeto comprende una célula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detección de dicha célula es indicativa de una predisposición del sujeto a desarrollar el trastorno autoinmunitario.

Se desvela en el presente documento un método para diagnosticar un trastorno autoinmunitario en un sujeto, comprendiendo dicho método determinar si el sujeto comprende una célula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detección de dicha célula indica que el sujeto tiene un trastorno autoinmunitario.

Se desvela en el presente documento un método para distinguir entre patologías activas e inactivas (por ejemplo, SLE activo e inactivo) en un sujeto, comprendiendo dicho método determinar si el sujeto comprende una célula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detección de dicha célula indica que el sujeto tiene el trastorno autoinmunitario en un estado activo.

Se desvela en el presente documento un método para determinar la presencia y/o elevación de anticuerpos anti ADNbc en un sujeto, comprendiendo dicho método determinar si el sujeto comprende una célula que expresa al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en el que la detección de dicha célula indica la presencia y/o elevación de anticuerpos anti ADNbc en el sujeto.

Los métodos desvelados en el presente documento proporcionan información útil para determinar las etapas de intervención clónica apropiadas, si son y cuando sean apropiadas. Por lo tanto, como se desvela en el presente documento el método comprende además una etapa de intervención clónica basada en resultados de la evaluación de la expresión de uno o más de los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 (incluyendo, por ejemplo, cualquier combinación de genes (por ejemplo, los enumerados en la Tabla 4)). Por ejemplo, la intervención apropiada puede implicar etapas profilácticas y de tratamiento, o ajuste o ajustes de cualquier etapa profiláctica o de tratamiento actual basándose en información de expresión g�nica obtenida por un método de la invención.

Como resultar� evidente para un experto en la materia, en cualquier método de la invención, aunque la detección de la expresión aumentada de un gen indicaría de forma concluyente una característica de una enfermedad (por ejemplo, presencia, estadio o alcance de una enfermedad), la no detección de expresión aumentada de un gen también sería informativa proporcionando la caracterización recíproca de la enfermedad.

Se desvela en el presente documento una composición que comprende polinucle�tidos capaces de hibridar específicamente con al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3, o complementos de dichos

genes. Los polinucle�tidos pueden proporcionarse como una matriz, microplaca g�nica o conjunto g�nico (por ejemplo, un conjunto de genes o fragmentos de los mismos, proporcionados por separado o como una mezcla).

Se desvela en el presente documento un kit que comprende una composición de la invención, e instrucciones para usar la composición para detectar un trastorno autoinmunitario determinando si la expresión de al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3 est� a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal. La composición puede comprender una matriz/microplaca g�nica/conjunto de genes capaz de hibridar específicamente con al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 o cualquier número hasta todos los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3. La composición puede comprender moléculas de ácido nucleico que codifican al menos una parte de un polip�ptido codificado por un gen enumerado en la Tabla 1, 2 y/o 3. La composición puede comprender cebadores de ácido nucleico capaces de unirse con y efectuar la polimerizaci�n (por ejemplo, amplificación) de al menos una parte de un gen enumerado en la Tabla 1, 2 y/o 3. La composición puede comprender un agente de unión (por ejemplo, cebador, sonda) que detecta específicamente un gen (o complemento del mismo) (o producto g�nico correspondiente) enumerado en la Tabla 1, 2 y/o 3. La composición puede comprender un agente de unión que se une específicamente con al menos una parte de un polip�ptido codificado por un gen enumerado en la Tabla 1, 2 y/o 3.

Los métodos y composiciones desvelados en el presente documento pueden comprender uno o más de los genes enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3. Si se utiliza o se incluye más de un gen en un método o composición de la invención, los más de un gen pueden ser cualquier combinación de cualquier número de los genes enumerados (sin ningún orden particular) en la Tabla 1, 2 y/o 3. La combinación de 3 genes comprende EPSTI1, HERC5 y TYKI.

En cualquiera de las realizaciones de la invención descrita en el presente documento, pueden incluirse uno o más genes de referencia (es decir, genes que, cuando se evalúan por s� solos, no se sabe que sean indicativos de la enfermedad y/o afección de interés). Dichos genes de referencia pueden incluir genes constitutivos. Por ejemplo, los genes de referencia adecuados pueden ser genes constitutivos que pueden actuar como genes de referencia/control indicativos de los niveles de expresión g�nica de línea basal en una muestra. Por lo tanto, por ejemplo, en una realización se usan uno o más genes enumerados en las Tablas 1, 2, 3 y/o 4 en combinación con uno o más genes constitutivos tales como proteína ribos�mica L19 (RPL19; NP_000972), gliceraldeh�do-3-fosfato deshidrogenasa (GAPDH), actinas (por ejemplo, ∀-actina), tubulinas, hipoxantina fosforribosiltransferasa (HRPT) y otras proteínas/genes ribos�micos (por ejemplo, 28S, 18S).

Se desvela en el presente documento un método para identificar un valor métrico correlacionado con la presencia y/o alcance de un trastorno autoinmunitario en un sujeto o muestra, comprendiendo dicho método:

(a)

estimar un grupo de conjuntos de sondas que se asocie colectivamente con un patrón en el que la expresión de genes representados por los conjuntos de sondas se asocie con una característica de enfermedad;

(b)

generar un factor de ponderaci�n que pondere los conjuntos de sondas de acuerdo con una escala que refleje el alcance de la coincidencia de cada conjunto de sondas individual con la tendencia del grupo de los conjuntos de sondas, y calcular el coeficiente de correlación de cada perfil de conjunto de sondas con el perfil medio calculado;

(c)

determinar un factor de escala, en el que el factor de escala es el valor requerido para cambiar la escala de los conjuntos de sonda individuales a 1;

(d)

multiplicar el factor de escala por el factor de ponderaci�n para generar un factor compuesto;

(e)

multiplicar las identificaciones de una muestra de sangre normal con el factor compuesto, y promediar los valores resultantes tanto entre conjuntos de sondas como entre muestras para generar un valor medio, e invertir el valor medio para producir un factor de escala global;

(f)

multiplicar cada factor de ponderaci�n por el factor de escala global para obtener un vector de valores escalares, y multiplicar los valores escalares por una identificación de expresión de una muestra de interés, y promediar los valores resultantes para producir una única métrica que sea indicativa del grado de expresión g�nica asociada con interferones de Tipo I en la muestra.

En un ejemplo del método del párrafo precedente, en la etapa (a), el grupo de conjuntos de sondas comprende conjuntos de sondas que incluyen, o se agrupan en torno al par de conjuntos de sondas más estrechamente correlacionado central en el subgrupo asociado con una característica de enfermedad.

En un ejemplo del método del párrafo precedentes, en la etapa (b), el factor se genera transformando los datos de expresión del grupo de conjuntos de sondas en puntuaciones z que comprenden cambios de escala medio a 1, transformación logarítmica en base 2, después cambio de escala a una desviación típica de la media de 1.

En uno de los métodos de los párrafos precedentes, en la etapa (e), el factor de escala global es útil para transformar el resultado de la media de los conjuntos de sondas de una muestra de interés en una métrica, en el que la métrica es 1 si la muestra es de un sujeto normal, sano.

En un ejemplo del método de cualquiera de los párrafos precedentes, el grupo de conjuntos de sondas comprende al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 o cualquier número hasta todos los enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3. En un ejemplo, el grupo de conjuntos de sondas comprende todos los enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3.

Se desvela en el presente documento un método que comprende comparar una primera métrica obtenida por un método descrito en el presente documento para una muestra obtenida de un sujeto de interés con una métrica de referencia obtenida de una muestra de referencia (por ejemplo, normal, sana, no enferma), en el que una primera métrica que es superior a una métrica de referencia indica la presencia de un trastorno autoinmunitario en el sujeto de interés.

Se desvela en el presente documento un método para predecir la sensibilidad de un sujeto a la terapia de enfermedad autoinmunitaria, comprendiendo dicho método comparar una primera métrica obtenida por un método descrito en el presente documento para una muestra obtenida del sujeto con una métrica de referencia obtenida de una muestra de referencia (por ejemplo, normal, sana, no enferma), en el que una primera métrica que es superior a una métrica de referencia indica que el sujeto sería sensible a la terapia de enfermedad autoinmunitaria.

Se desvela en el presente documento un método para controlar la enfermedad residual mínima en un sujeto tratado para una enfermedad autoinmunitaria, comprendiendo dicho método comparar una primera métrica obtenida por un método descrito en el presente documento para una muestra obtenida del sujeto con una métrica de referencia obtenida de una muestra de referencia (por ejemplo, normal, sana, no enferma y/o no tratada), en el que una primera métrica que es superior a una métrica de referencia es indicativa de la presencia de enfermedad autoinmunitaria residual mínima.

Se desvela en el presente documento un método para detectar una patología autoinmunitaria, comprendiendo dicho método comparar una primera métrica obtenida por un método descrito en el presente documento para una muestra de un sujeto que se sospecha que tiene la patología autoinmunitaria con una métrica de referencia obtenida de una muestra de referencia (por ejemplo, normal, sana, no enferma), en el que una primera métrica que es superior a una métrica de referencia es indicativa de la presencia de la patología autoinmunitaria en el sujeto.

Se desvela en el presente documento un método para evaluar la predisposición de un sujeto a desarrollar un trastorno autoinmunitario, comprendiendo dicho método comparar una primera métrica obtenida por un método descrito en el presente documento para una muestra obtenida del sujeto con una métrica de referencia obtenida de una muestra de referencia (por ejemplo, normal, sana, no enferma), en el que una primera métrica que es superior a una métrica de referencia es indicativa de una predisposición del sujeto a desarrollar el trastorno autoinmunitario.

Se desvela en el presente documento un método para diagnosticar un trastorno autoinmunitario en un sujeto, comprendiendo dicho método comparar una primera métrica obtenida por un método descrito en el presente documento para una muestra obtenida del sujeto con una métrica de referencia obtenida de una muestra de referencia (por ejemplo, normal, sana, no enferma), en el que una primera métrica que es superior a una métrica de referencia indica que el sujeto tiene dicho trastorno autoinmunitario.

Se desvela en el presente documento un método para distinguir entre las patologías activas e inactivas (por ejemplo, SLE activo e inactivo) en un sujeto, comprendiendo dicho método comparar una primera métrica obtenida por un método descrito en el presente documento para una muestra obtenida del sujeto con una métrica de referencia obtenida de una muestra de referencia (por ejemplo, normal, sana, no enferma), en el que una primera métrica que es superior a una métrica de referencia indica que el sujeto tiene el trastorno autoinmunitario en un estado activo.

Se desvela en el presente documento un método para determinar la presencia y/o elevación de anticuerpos anti ADNbc en un sujeto, comprendiendo dicho método comparar una primera métrica obtenida por un método descrito en el presente documento para una muestra obtenida del sujeto con una métrica de referencia obtenida de una muestra de referencia (por ejemplo, normal, sana, no enferma), en el que una primera métrica que es superior a una métrica de referencia indica la presencia y/o elevación de anticuerpos anti ADNbc en el sujeto.

Como se desvela en el presente documento, se obtiene una métrica de referencia usando un método descrito en el presente documento para una muestra de una muestra de control (por ejemplo, como se obtiene de un tejido, célula y/o sujeto sano, no enfermo y/o no tratado).

Las etapas en los métodos para examinar la expresión de uno o más biomarcadores pueden realizarse en diversos formatos de ensayo, incluyendo ensayos que detectan la expresión de ARNm (incluyendo pero sin limitación convertir ARNm a ADNc, opcionalmente seguido de amplificación de ácidos nucleicos), ensayos enzim�ticos que detectan la presencia de actividad enzim�tica, y ensayos inmunohistoqu�micos. Opcionalmente, la muestra tisular o celular comprende tejido o células enfermos.

Se desvelan en el presente documento métodos para tratar un trastorno en un mamífero, tal como un trastorno relacionado con el sistema inmunitario, que comprenden las etapas de obtener una muestra tisular o celular del

mam�fero, examinar el tejido o las células con respecto a expresión (por ejemplo, cantidad de expresión) de uno o más biomarcadores, y después de determinar que dicha muestra tisular o celular expresa dicho o dichos biomarcadores (por ejemplo, en los que los biomarcadores se expresan en cantidades superiores a una muestra de referencia (control)), administrar una cantidad eficaz de un agente terapéutico a dicho mamífero. Las etapas en los métodos para examinar la expresión de uno o más biomarcadores pueden realizarse en diversos formatos de ensayo, incluyendo ensayos que detectan la expresión de ARNm, ensayos enzim�ticos que detectan la presencia de actividad enzim�tica, y ensayos inmunohistoqu�micos. Opcionalmente, los métodos comprenden tratar un trastorno autoinmunitario en un mamífero. Opcionalmente, los métodos comprenden administrar una cantidad eficaz de un agente terapéutico dirigido (por ejemplo, un anticuerpo que se une con y/o bloquea la actividad de interferones de Tipo 1 y/o su receptor o sus receptores correspondientes), y, opcionalmente, un segundo agente terapéutico (por ejemplo, esteroides, etc.) a dicho mamífero.

En algunos ejemplos, se seleccionan biomarcadores de los enumerados en las Tablas 1, 2 y/o 3.

Breve descripción de los dibujos

Figura 1. El alineamiento de una representación de densidad de genes inducidos por interfer�n con un mapa de calor de grupos jerárquicos bidimensional de las muestras de pacientes de control y con SLE muestra una única región altamente enriquecida en genes inducidos por interfer�n. Figura 2. Las puntuaciones de IRGM de pacientes con SLE Activo son significativamente superiores a los controles normales. Figura 3. Ejemplos de pacientes con SLE cuyos niveles de IRGM y anti ADNbc est�n bien correlacionados. Figura 4. Los valores de Rho de la correlación de Spearman de sondas con la identificación de IRG revelan el alcance de la región que contiene señal de IRG. Figura 5. Correlación de Pearson de la combinación de tres genes frente a la combinación de 24 genes ilustrada como un histograma.

Modos para llevar a cabo la invención

T�cnicas generales

La práctica de la presente invención emplear�, a no ser que se indique de otro modo, técnicas convencionales de biología molecular (incluyendo técnicas recombinantes), microbiología, biología celular, bioquímica e inmunolog�a, que est�n dentro de la experiencia de la técnica. Dichas técnicas se explican completamente en la bibliografía, tal como “Molecular Cloning: A Laboratory Manual”, segunda edición (Sambrook et al., 1989); “Oligonucleotide Synthesis” (M. J. Gait, ed., 1984); “Animal Cell Culture” (R. I. Freshney, ed., 1987); “Methods in Enzymology” (Academic Press, Inc.); “Current Protocols in Molecular Biology” (F. M. Ausubel et al., eds., 1987, y actualizaciones periódicas); “PCR: The Polymerase Chain Reaction”, (Mullis et al., eds., 1994).

Los cebadores, oligonucle�tidos y polinucle�tidos empleados en la presente invención pueden generarse usando técnicas convencionales conocidas en este campo.

A no ser que se definan de otro modo, los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el mismo significado que se entiende habitualmente por un experto habitual en la materia a la que pertenece la presente invención. Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2� ed., J. Wiley & Sons (Nueva York, N. Y. 1994), y March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4� ed., John Wiley & Sons (Nueva York, N. Y. 1992), proporcionan a un experto en la materia una guía general para muchos de los términos usados en la presente solicitud.

Definiciones

El término “matriz” o “micromatriz”, como se usa en el presente documento se refiere a una disposición ordenada de elementos de matriz hibridables, preferentemente sondas polinucleot�dicas (por ejemplo, oligonucle�tidos), en un sustrato. El sustrato puede ser un sustrato sólido, tal como un portaobjetos de vidrio, o un sustrato semis�lido, tal como membrana de nitrocelulosa. Las secuencias de nucleótidos pueden ser de ADN, ARN o cualquier permutación de los mismos.

Una “secuencia diana”, “ácido nucleico diana” o “proteína diana”, como se usa en el presente documento, es una secuencia polinucleot�dica de interés, en la que se sabe o se sospecha que reside una mutación de la invención, cuya detección se desea. Generalmente, un “molde”, como se usa en el presente documento, es un polinucle�tido que contiene la secuencia de nucleótidos diana. En algunos casos, las expresiones “secuencia diana”, “ADN molde”, “polinucle�tido molde”, “ácido nucleico diana”, “polinucle�tido diana” y variaciones de los mismos, se usan de forma intercambiable.

“Amplificación”, como se usa en el presente documento, generalmente se refiere al proceso de producir múltiples copias de una secuencia deseada. “Múltiples copias” significa al menos 2 copias. Una “copia” no significa

necesariamente complementariedad o identidad de secuencia perfecta con la secuencia molde. Por ejemplo, las copias pueden incluir análogos de nucleótidos tales como desoxiinosina, alteraciones de secuencia intencionadas (tales como alteraciones de secuencia introducidas mediante un cebador que comprende una secuencia que es hibridable, pero no complementaria, con el molde) y/o errores de secuencia que aparecen durante la amplificación.

La expresión/cantidad de un gen o biomarcador en una primera muestra est� a un nivel “superior al” nivel en una segunda muestra si el nivel/cantidad de expresión del gen o biomarcador en la primera muestra es de al menos aproximadamente 1,5X, 1,75X, 2X, 3X, 4X, 5X, 6X, 7X, 8X, 9X o 10X el nivel/cantidad de expresión del gen o biomarcador en la segunda muestra. Los niveles/cantidades de expresión pueden determinarse basándose en cualquier criterio adecuado conocido en la técnica, incluyendo pero sin limitación ARNm, ADNc, proteínas, fragmentos de proteína y/o copias g�nicas. Los niveles/cantidades de expresión pueden determinarse de forma cualitativa y/o cuantitativa.

“Polinucle�tido,” o “ácido nucleico”, como se usan de forma intercambiable en el presente documento, se refieren a pol�meros de nucleótidos de cualquier longitud, e incluyen ADN y ARN. Los nucleótidos pueden ser desoxirribonucle�tidos, ribonucle�tidos, nucleótidos o bases modificados, y/o sus análogos, o cualquier sustrato que pueda incorporarse en un pol�mero por ADN o ARN polimerasa. Un polinucle�tido puede comprender nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y sus análogos. Si est� presente, la modificación de la estructura de nucleótidos puede transmitirse antes o después del ensamblaje del pol�mero. La secuencia de nucleótidos puede interrumpirse por componentes no nucleot�dicos. Un polinucle�tido puede modificarse adicionalmente después de la polimerizaci�n, tal como por conjugación con un componente marcador. Otros tipos de modificaciones incluyen, por ejemplo, “recubrimientos de los extremos”, sustitución de uno o más de los nucleótidos de origen natural con un análogo, modificaciones internucleot�dicas tales como, por ejemplo, los que tienen enlaces no cargados (por ejemplo, metil fosfonatos, fosfotri�steres, fosfoamidatos, carbamatos, etc.) y los que tienen enlaces cargados (por ejemplo fosforotioatos, fosforoditioatos, etc.), los que contienen restos colgantes, tales como, por ejemplo, proteínas (por ejemplo, nucleasas, toxinas, anticuerpos, p�ptidos señal, pli-L-lisina, etc.), los que tienen intercaladores (por ejemplo, acridina, psoraleno, etc.), los que contienen quelantes (por ejemplo, metales, metales radiactivos, boro, metales oxidativos, etc.), los que contienen alquilantes, los que tienen enlaces modificados (por ejemplo, ácidos nucleicos alfa anom�ricos, etc.), as� como formas no modificadas del polinucle�tido o los polinucle�tidos. Además, cualquiera de los grupos hidroxilo habitualmente presentes en los azúcares puede reemplazarse, por ejemplo, por grupos fosfonato, grupos fosfato, protegerse por grupos protectores convencionales, o activarse para preparar enlaces adicionales a nucleótidos adicionales, o pueden conjugarse con soportes sólidos. El OH 5’ y 3’ terminal puede fosforilarse o sustituirse con aminas o restos de grupos de recubrimiento terminal orgánicos de 1 a 20 átomos de carbono. Otros hidroxilos también pueden derivatizarse a grupos protectores convencionales. Los polinucle�tidos también pueden contener formas análogas de azúcares ribosa o desoxirribosa que generalmente se conocen en la técnica, incluyendo, por ejemplo, 2’-O-metil-2’-O-alilo, 2’-fluoro-o 2’-azido-ribosa, análogos de azúcares carboc�clicos, azúcares !-anom�ricos, azúcares epim�ricos tales como arabinosa, xilosas o lixosas, azúcares de piranosa, azúcares de furanosa, sedoheptulosas, análogos acíclicos y análogos nucleos�dicos ab�sicos tales como metil rib�sido. Uno más enlaces fosfodi�ster pueden reemplazarse por grupos de enlace alternativos. Estos grupos de enlace alternativos incluyen, pero sin limitación, realizaciones en las que el fosfato se reemplaza por P(O)S (“tioato”), P(S)S (“ditioato”), “(O)NR 2 (“amidato”), P(O)R, P(O)OR’, CO o CH 2 (“formacetal”), en los que cada R o R’ es de forma independiente H o alquilo sustituido o no sustituido (1-20 C) que contiene opcionalmente un enlace éter (--O--), arilo, alquenilo, cicloalquilo, cicloalquenilo o araldilo. No es necesario que todos los enlaces en un polinucle�tido sean idénticos. La descripción precedente se aplica a todos los polinucle�tidos a los que se hace referencia en el presente documento, incluyendo ARN y ADN.

“Oligonucle�tido”, como se usa en el presente documento, generalmente se refiere a polinucle�tidos cortos, generalmente monocatenarios, generalmente sintéticos que son, generalmente, pero no necesariamente, de menos de aproximadamente 200 nucleótidos de longitud. Los términos “oligonucle�tido” y “polinucle�tido” no son mutuamente excluyentes. La descripción anterior para polinucle�tidos es igual y completamente aplicable a oligonucle�tidos.

Un “cebador” es generalmente un polinucle�tido monocatenario corto, generalmente con un grupo 3’-OH libre, que se une con una diana potencialmente presente en una muestra de interés hibridando con una secuencia diana, y a continuación promueve la polimerizaci�n de un polinucle�tido complementario de la diana.

La frase “amplificación g�nica” se refiere a un proceso por el que se forman múltiples copias de un gen o fragmento g�nico en una célula o línea celular particular. La región duplicada (un tramo de ADN amplificado) se denomina con frecuencia “amplic�n”. Habitualmente, la cantidad del ARN mensajero (ARNm) producida, es decir, el nivel de expresión g�nica, también aumenta en proporción del número de copias realizadas del gen particular expresado.

El término “mutación”, como se usa en el presente documento, significa una diferencia en la secuencia de amino�cidos o ácido nucleico de una proteína o ácido nucleico particular (gen, ARN) en relación con la proteína o ácido nucleico de tipo silvestre, respectivamente. Una proteína o ácido nucleico mutado puede expresarse a partir de

o hallarse en un alelo (heterocigoto) o ambos alelos (homocigoto) de un gen, y puede ser somático o de línea germinal.

“Inhibir” es disminuir o reducir una actividad, función y/o cantidad en comparación con una referencia.

El término “3’” generalmente se refiere a una región o posición en un polinucle�tido u oligonucle�tido 3’ (cadena abajo) de otra región o posición en el mismo polinucle�tido u oligonucle�tido. El término “5’” se refiere en general a una región o posición en un polinucle�tido u oligonucle�tido 5’ (cadena arriba) de otra región o posición en el mismo polinucle�tido u oligonucle�tido.

“Detección” incluye cualquier medio para detectar, incluyendo detección directa e indirecta.

El término “diagnóstico” se usa en el presente documento para referirse a la identificación de un estado molecular o patológico, enfermedad o afección, tal como la identificación de un trastorno autoinmunitario. El término “pronóstico” se usa en el presente documento para hacer referencia a la predicción de la probabilidad de síntomas de enfermedad atribuibles a trastorno autoinmunitario, incluyendo, por ejemplo, reaparición, brote y resistencia farmacol�gica, de una enfermedad autoinmunitaria. El término “predicción” se usa en el presente documento para referirse a la probabilidad de que un paciente responda favorable o desfavorablemente a un fármaco o conjunto de fármacos. En una realización, la predicción se refiere al alcance de esas respuestas. En una realización, la predicción se refiere a si y/o a la probabilidad de que un paciente sobreviva o mejore después del tratamiento, por ejemplo tratamiento con un agente terapéutico particular y durante un cierto periodo de tiempo sin reaparición de la enfermedad. Los métodos predictivos de la invención pueden usarse cl�nicamente para tomar decisiones de tratamiento seleccionando las modalidades de tratamiento más apropiadas para cualquier paciente particular. Los métodos predictivos de la presente invención son herramientas valiosas en la predicción de si un paciente probablemente responde favorablemente a un régimen de tratamiento, tal como un régimen terapéutico dado, incluyendo, por ejemplo, la administración de un agente terapéutico dado o combinación, intervención quirúrgica, tratamiento con esteroides, etc., o si es probable la supervivencia a largo plazo del paciente, después de un régimen terapéutico.

La expresión supervivencia “a largo plazo” se usa en el presente documento para referirse a la supervivencia durante al menos 1 año, 5 años, 8 años o 10 años después del tratamiento terapéutico.

La expresión “resistencia aumentada” a un agente terapéutico u opción de tratamiento particular, cuando se usa de acuerdo con la invención, significa respuesta reducida a una dosis convencional del fármaco o a un protocolo de tratamiento convencional.

La expresión “sensibilidad reducida” a un agente terapéutico u opción de tratamiento particular, cuando se usa de acuerdo con la invención, significa respuesta reducida a una dosis convencional del agente o a un protocolo de tratamiento convencional, cuando la respuesta reducida pueda compensarse (al menos parcialmente) aumentando la dosis de agente, o la intensidad del tratamiento.

La “respuesta del paciente” puede evaluarse usando cualquier criterio de valoración que indique un beneficio para el paciente, incluyendo, sin limitación, (1) inhibición, en algún grado, de la progresión de enfermedad, incluyendo ralentizaci�n y detención completa; (2) reducción del número de episodios y/o síntomas de enfermedad, (3) reducción del tamaño de la lesión; (4) inhibición (es decir, reducción, ralentizaci�n o detención completa) de la infiltración de células de la enfermedad en órganos y/o tejidos periféricos adyacentes, (5) inhibición (es decir, reducción, ralentizaci�n o detención completa) de la propagación de la enfermedad; (6) reducción de la respuesta autoinmunitaria, que puede, aunque no es necesario, dar como resultado la regresión o anulación de la lesión de enfermedad; (7) alivio, en algún grado, de uno o más síntomas asociados con el del trastorno; (8) aumento de la longitud de presentación sin enfermedad después de tratamiento; y/o (9) mortalidad reducida en un punto temporal dado después del tratamiento.

La expresión “inhibidor de interfer�n” como se usa en el presente documento se refiere a una molécula que tiene la capacidad de inhibir una función biológica de tipo silvestre o interfer�n de Tipo 1 mutado. En consecuencia, el término “inhibidor” se define en el contexto del papel biológico del interfer�n de Tipo 1. En una realización, un inhibidor de interfer�n al que se hace referencia en el presente documento inhibe específicamente la se�alizaci�n celular mediante la ruta del receptor de interfer�n/interfer�n de Tipo 1. Por ejemplo, un inhibidor de interfer�n puede interaccionar con (por ejemplo unirse con) el receptor de interfer�n alfa o con un interfer�n de Tipo 1 que normalmente se une con el receptor de interfer�n. En una realización, un inhibidor de interfer�n se une con el dominio extracelular del receptor de interfer�n alfa. En una realización, un inhibidor de interfer�n se une con el dominio intracelular del receptor de interfer�n alfa. En una realización, un inhibidor de interfer�n se une con el interfer�n de Tipo 1. En una realización, el interfer�n de Tipo 1 es un subtipo de interfer�n alfa. En una realización, el interfer�n de Tipo 1 no es interfer�n beta. En una realización, el interfer�n de Tipo 1 no es interfer�n omega. En una realización, la actividad biológica del interfer�n inhibida por un inhibidor de interfer�n se asocia con un trastorno inmunitario, tal como un trastorno autoinmunitario. Un inhibidor de interfer�n puede estar en cualquier forma, siempre que sea capaz de inhibir la actividad del interfer�n/receptor; los inhibidores incluyen anticuerpos (por ejemplo, anticuerpos monoclonales como se definen posteriormente en el presente documento), moléculas inorgánicas/orgánicas pequeñas, oligonucle�tidos antisentido, apt�meros, p�ptidos/polip�ptidos inhibidores, ARN inhibidores (por ejemplo, ARN de interferencia pequeños), combinaciones de los mismos, etc.

Los “anticuerpos” (Ab) e “inmunoglobulinas” (Ig) son glucoprote�nas que tienen las mismas características estructurales. Aunque los anticuerpos muestran especificidad de unión por un ant�geno específico, las inmunoglobulinas incluyen tanto anticuerpos como otras moléculas de tipo anticuerpo que generalmente carecen de especificidad antig�nica. Los polip�ptidos de este último tipo se producen, por ejemplo, a niveles bajos por el sistema linfático y a niveles aumentados por mielomas.

Los términos “anticuerpo” e “inmunoglobulina” se usan de forma intercambiable en el sentido más amplio e incluyen anticuerpos monoclonales (por ejemplo, anticuerpos monoclonales intactos o de longitud completa), anticuerpos policlonales, anticuerpos monovalentes, multivalentes, anticuerpos multiespec�ficos (por ejemplo, anticuerpos biespec�ficos siempre que muestren la actividad biológica deseada) y también pueden incluir ciertos fragmentos de anticuerpo (como se describen en mayor detalle en el presente documento). Un anticuerpo puede ser quimérico, humano, humanizado y/o madurado por afinidad.

Los “fragmentos de anticuerpo” comprenden solamente una parte de un anticuerpo intacto, en el que la parte conserva preferentemente al menos una, preferentemente la mayoría o todas, de las funciones normalmente asociadas con esa parte cuando est� presente en un anticuerpo intacto. En una realización, un fragmento de anticuerpo comprende un sitio de unión a ant�geno del anticuerpo intacto y por lo tanto conserva la capacidad para unirse a ant�geno. En otra realización, un fragmento de anticuerpo, por ejemplo uno que comprende la región Fc, conserva al menos una de las funciones biológicas normalmente asociadas con la región Fc cuando est� presente en un anticuerpo intacto; tal como unión con FcRn, modulación de semivida de anticuerpos, función ADCC y unión con el complemento. En una realización, un fragmento de anticuerpo es un anticuerpo monovalente que tiene una semivida in vivo sustancialmente similar a un anticuerpo intacto. Por ejemplo, dicho fragmento de anticuerpo puede comprender una rama de unión a ant�geno unida con una secuencia Fc capaz de conferir estabilidad in vivo al fragmento.

La expresión “anticuerpo monoclonal” como se usa en el presente documento se refiere a un anticuerpo obtenido de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, es decir, los anticuerpos individuales que comprenden la población son idénticos excepto por posibles mutaciones de origen natural que pueden estar presentes en cantidades menores. Los anticuerpos monoclonales son altamente específicos, dirigiéndose contra un único ant�geno. Además, a diferencia de las preparaciones de anticuerpos policlonales que normalmente incluyen diferentes anticuerpos dirigidos contra diferentes determinantes (ep�topos), cada anticuerpo monoclonal se dirige contra un único determinante en el ant�geno.

Los anticuerpos monoclonales en el presente documento incluyen específicamente anticuerpos “quiméricos” en los que una parte de la cadena pesada y/o ligera es idéntica a u homóloga de secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de una especie particular o que pertenecen a una clase o subclase de anticuerpo particular, mientras que el resto de la cadena o las cadenas es idéntico a u homólogo de secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de otra especie o que pertenecen a otra clase o subclase de anticuerpo, as� como fragmentos de dichos anticuerpos, siempre que muestren la actividad biológica deseada (Patente de Estados Unidos N� 4.816.567; y Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81: 6851-6855 (1984)).

Las formas “humanizadas” de anticuerpos no humanos (por ejemplo, murinos) son anticuerpos quiméricos que contienen secuencia mínima derivada de inmunoglobulina no humana. En su mayoría, los anticuerpos humanizados son inmunoglobulinas humanas (anticuerpo receptor) en las que los restos de una región hipervariable del receptor se reemplazan por restos de una región hipervariable de una especie no humana (anticuerpo donante) tal como ratón, rata, conejo o primate no humano que tiene la especificidad, afinidad y capacidad deseadas. En algunos casos, los restos de región marco conservada (FR) de la inmunoglobulina humana se reemplazan por restos no humanos correspondientes. Además, los anticuerpos humanizados pueden comprender restos que no se encuentran en el anticuerpo receptor o en el anticuerpo donante. Estas modificaciones se realizan para refinar adicionalmente el rendimiento del anticuerpo. En general, el anticuerpo humanizado comprender� sustancialmente todos de al menos uno, y típicamente dos, dominios variables, en los que todos o sustancialmente todos los bucles hipervariables corresponden a los de una inmunoglobulina no humana y todas o sustancialmente todas las FR son las de una secuencia de inmunoglobulina humana. El anticuerpo humanizado opcionalmente comprender� también al menos una parte de una región constante de inmunoglobulina (Fc), típicamente la de una inmunoglobulina humana. Para detalles adicionales, véase Jones et al., Nature 321: 522-525 (1986); Riechmann et al., Nature 332: 323-329 (1988); y Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2: 593-596 (1992). Véase también los siguientes artículos de revisión y referencias citadas en los mismos: Vaswani y Hamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1: 105-115 (1998); Harris, Biochem. Soc. Transactions 23: 1035-1038 (1995); Hurle y Gross, Curr. Op. Biotech. 5: 428-433 (1994).

Un “anticuerpo humano” es uno que posee una secuencia de amino�cidos que se corresponde con la de un anticuerpo producido por un ser humano y/o se ha realizado usando cualquiera de las técnicas para realizar anticuerpos humanos como se desvelan en el presente documento. Esta definición de un anticuerpo humano excluye específicamente un anticuerpo humanizado que comprende restos de unión a ant�geno no humanos.

Un anticuerpo “madurado por afinidad” es uno con una o más alteraciones en una o más CDR/RVR del mismo que da como resultado una mejora de la afinidad del anticuerpo por ant�geno, en comparación con un anticuerpo parental que no posee esa alteración o esas alteraciones. Los anticuerpos madurados por afinidad preferidos tendrán afinidades nanomolares o incluso picomolares por el ant�geno diana. Se producen anticuerpos madurados por afinidad por procedimientos conocidos en la técnica. Marks et al. Bio/Technology 10: 779-783 (1992) describe la maduración de afinidad por redistribución de dominio VH y VL. Se describe mutag�nesis aleatoria de restos de CDR/HVR y/o marco conservado en: Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci, USA 91: 3809-3813 (1994); Schier et al. Gene 169: 147-155 (1995); Yelton et al. J. Immunol. 155: 1994-2004 (1995); Jackson et al., J. Immunol. 154(7): 3310-9 (1995); and Hawkins et al, J. Mol. Biol. 226: 889-896 (1992).

La expresión “región Fc” se usa para definir la región C terminal de una cadena pesada de inmunoglobulina que puede generarse por digestión con papa�na de un anticuerpo intacto. La región Fc puede ser una región Fc de secuencia nativa o una región Fc variante. Aunque los límites de la región Fc de una cadena pesada de inmunoglobulina podrían variar, habitualmente se define que la región Fc de cadena pesada de IgG humana se extiende desde un resto de amino�cido aproximadamente en la posición Cys226, o de aproximadamente la posición Pro230, hasta el extremo carboxilo terminal de la región Fc. La región Fc de una inmunoglobulina generalmente comprende dos dominios constantes, un dominio CH2 y un dominio CH3, y opcionalmente comprende un dominio CH4. Por “cadena de región Fc” en el presente documento se entiende una de las dos cadenas polipept�dicas de una región Fc.

La expresión “agente citot�xico” como se usa en el presente documento se refiere a una sustancia que inhibe o evita la función de células y/o provoca destrucción de células. Se pretende que la expresión incluya isótopos radiactivos (por ejemplo At211, I131, I125,Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32 e isótopos radiactivos de Lu), agentes quimioterap�uticos y toxinas tales como toxinas de moléculas pequeñas o toxinas enzim�ticamente activas de origen bacteriano, f�ngico, vegetal o animal, incluyendo fragmentos y/o variantes de las mismas.

Un anticuerpo “de bloqueo” o un anticuerpo “antagonista” es uno que inhibe o reduce la actividad biológica del ant�geno con el que se une. Dicho bloqueo puede producirse por cualquier medio, por ejemplo, interfiriendo con la interacción proteína-proteína tal como unión de ligando con un receptor. En una realización, los anticuerpos de bloqueo o anticuerpos antagonistas inhiben sustancial o completamente la actividad biológica del ant�geno.

Una “enfermedad autoinmunitaria” en el presente documento es una enfermedad o trastorno no maligno que surge de y se dirige contra los propios tejidos de un individuo. Las enfermedades autoinmunitarias en el presente documento excluyen específicamente enfermedades o afecciones malignas o cancerosas, especialmente excluyendo linfoma de linfocitos B, leucemia linfobl�stica aguda (ALL), leucemia linfoc�tica crónica (CLL), leucemia de tricoleucitos y leucemia mielobl�stica crónica. Los ejemplos de enfermedades o trastornos autoinmunitarios incluyen, pero sin limitación, respuestas inflamatorias tales como enfermedades cut�neas inflamatorias incluyendo psoriasis y dermatitis (por ejemplo dermatitis at�pica); esclerodermia sist�mica y esclerosis; respuestas asociadas con enfermedad inflamatoria del intestino (tales como enfermedad de Crohn y colitis ulcerosa); síndrome de dificultad respiratoria (incluyendo síndrome de dificultad respiratoria del adulto; SDRA); dermatitis; meningitis; encefalitis; uve�tis; colitis; glomerulonefritis; afecciones alérgicas tales como eczema y asma y otras afecciones que implican la infiltración de linfocitos T y respuestas inflamatorias crónicas; aterosclerosis; deficiencia de adhesión de leucocitos; artritis reumatoide; lupus eritematoso sist�mico (SLE) (incluyendo pero sin limitación nefritis l�pica, lupus cut�neo), diabetes mellitus (por ejemplo diabetes mellitus de Tipo I o diabetes mellitus insulinodependiente); esclerosis múltiple; síndrome de Reynaud; tiroiditis autoinmunitaria; tiroiditis de Hashimoto; encefalomielitis alérgica; síndrome de Sjogren; diabetes de aparición juvenil; y respuestas inmunitarias asociadas con la hipersensibilidad aguda y retardada mediada por citocinas y linfocitos T típicamente hallados en tuberculosis, sarcoidosis, polimiositis, granulomatosis y vasculitis; anemia perniciosa (enfermedad de Addison); enfermedades que implican diap�desis de leucocitos; trastorno inflamatorio del sistema nervioso central (SNC); síndrome de lesión orgánica múltiple; anemia hemol�tica (incluyendo, pero sin limitación crioglobulinemia o anemia positiva de Coombs); miastenia grave; enfermedades mediadas por complejo ant�geno-anticuerpo; enfermedad de membrana basal antiglomerular; síndrome antifosfolip�dico; neuritis alérgica; enfermedad de Graves; síndrome miast�nico de Lambert-Eaton; penfigoide ampolloso; p�nfigo; poliendocrinopat�as autoinmunitarias; enfermedad de Reiter; síndrome de la persona rígida; enfermedad de Behcet; arteritis de células gigantes; nefritis de complejo inmunitario; nefropat�a de IgA; polineuropat�as de IgM; púrpura trombocitop�nica inmunitaria (ITP) o trombocitopenia autoinmunitaria; etc.

Como se usa en el presente documento, “tratamiento” se refiere a intervención clónica en un intento de alterar la evolución natural del individuo o célula que se trata, y puede realizarse bien para profilaxis o durante el transcurso de la patología clónica. Los efectos deseables del tratamiento incluyen evitar la aparición o reaparición de enfermedad, alivio de los síntomas, reducción de cualquier consecuencia patológica directa o indirecta de la enfermedad, reducir la tasa de progresión de la enfermedad, alivio o paliaci�n de la patología, y remisión o pronóstico mejorado. En algunas realizaciones, los métodos y composiciones de la invención son útiles en intentos de retardar el desarrollo de una enfermedad o trastorno.

Una “cantidad eficaz” se refiere a una cantidad eficaz, a dosificaciones y durante periodos de tiempo necesarios, para conseguir el resultado terapéutico o profiláctico deseado. Una “cantidad terapéuticamente eficaz” de un agente

terap�utico puede variar de acuerdo con factores tales como la patología, edad, sexo y peso del individuo, y la capacidad del anticuerpo para inducir una respuesta deseada en el individuo. Una cantidad terapéuticamente eficaz también es una en la que cualquier efecto tóxico o perjudicial del agente terapéutico se compensa por los efectos terapéuticamente beneficiosos. Una “cantidad profil�cticamente eficaz” se refiere a una cantidad eficaz, a dosificaciones y durante periodos de tiempo necesarios, para conseguir el resultado profiláctico deseado. Típicamente, pero no necesariamente, ya que se usa una dosis profiláctica en sujetos antes de o en un estadio más temprano de la enfermedad, la cantidad profil�cticamente eficaz ser� inferior a la cantidad terapéuticamente eficaz.

Como se usa en el presente documento, las expresiones “interfer�n de tipo I” e “interfer�n de tipo I humano” se definen como todas las especies de interfer�n nativo humano y sintético que quedan dentro de las clases de interfer�n !, interfer�n # e interfer�n ∀ humanas y sintéticas y que se unen con un receptor celular común. El interfer�n ! natural humano comprende 23 o más proteínas estrechamente relacionadas codificadas por distintos genes con un alto grado de homología estructural (Weissmann y Weber, Prog. Nucl. Acid. Res. Mol. Biol., 33: 251 (1986); J. Interferon Res., 13: 443-444 (1993)). El locus de IFN-! humano comprende dos subfamilias. La primera subfamilia consiste en al menos 14 genes no al�licos, funcionales, incluyendo genes que codifican IFN-!A (IFN-!2), IFN-!B (IFN-!8), IFN-!C (IFN-!10), IFN-!D (IFN-!1), IFN-!E (IFN-!22), IFN-!F (IFN-!21), IFN-!G (IFN-!5), IFN!16, IFN-!17, IFN-!4, IFN-!6, IFN-!7 y IFN-!H (IFN-!14), y pseudogenes que tienen al menos 80 % de homología. La segunda subfamilia, !II u #, contiene al menos 5 pseudogenes y 1 gen funcional (indicado en el presente documento como “TFN-!II1” o “IFN-#”) que muestra 70 % de homología con los genes de IFN-! (Weissmann y Weber (1986)). Se cree en general que el IFN-∀ humano est� codificado por un gen de única copia.

Como se usa en el presente documento, las expresiones “primer receptor de interfer�n ! humano (hIFN-!)”, “IFN!R”, “hIFNAR1”, “IFNAR1” y “cadena Uze” se definen como la proteína receptora de 557 amino�cidos clonada por Uze et al., Cell, 60: 225-234 (1990), que incluye un dominio extracelular de 409 restos, un dominio transmembrana de 21 restos, y un dominio intracelular de 100 restos, como se muestra en la Figura 5 en la página 229 de Uze et al. En una realización, los términos anteriores incluyen fragmentos de IFNAR1 que contienen el dominio extracelular (ECD) (o fragmentos del ECD) de IFNAR1.

Como se usan en el presente documento, las expresiones “segundo receptor de interfer�n ! humano (hIFN-!)”, “IFN-!∀R”, “hIFNAR2”, “IFNAR2” y “cadena Novick” se definen como la proteína receptora de 515 amino�cidos clonada por Domanski et al., J. Biol. Chem., 37: 21606-21611 (1995), que incluye un dominio extracelular de 217 restos, un dominio transmembrana de 21 restos y un dominio intracelular de 250 restos, como se muestra en la Figura 1 en la página 21608 de Domanski et al. En una realización, las expresiones anteriores incluyen fragmentos de IFNAR2 que contienen el dominio extracelular (ECD) (o fragmentos del ECD) de IFNAR2, y formas solubles de IFNAR2, tales como ECD de IFNAR2 fusionado con al menos una parte de una secuencia de inmunoglobulina.

La expresión “gen constitutivo” se refiere a un grupo de genes que codifican proteínas cuyas actividades son esenciales para el mantenimiento de la función celular. Estos genes se expresan típicamente de forma similar en todos los tipos celulares. Los genes constitutivos incluyen, sin limitación, la proteína ribos�mica L19 (NP_000972), gliceraldeh�do-3-fosfato deshidrogenasa (GAPDH), Cypl, albúmina, actinas (por ejemplo, ∀-actina), tubulinas, ciclofilina, hipoxantina fosforribosiltransferasa (HRPT), proteína ribos�mica L32 (NP_001007075) y proteína/genes ribos�micos 28S (por ejemplo, Q9Y399) y 18S.

El término “biomarcador” como se usa en el presente documento se refiere generalmente a una molécula, incluyendo un gen, proteína, estructura de carbohidrato o glucol�pido, cuya expresión en o sobre un tejido o célula de mamífero puede detectarse por métodos convencionales (o métodos desvelados en el presente documento) y es predictiva, diagnóstico y/o pronóstico de la sensibilidad de una célula o un tejido de mamífero a regímenes de tratamiento basados en la inhibición de interferones, por ejemplo, interferones de Tipo 1. Opcionalmente, se determina que la expresión de dicho biomarcador es mayor que la observada para una muestra celular o tisular de control/referencia. Opcionalmente, por ejemplo, la expresión de dicho biomarcador se determinar� en un ensayo de PCR o FACS que es al menos aproximadamente 5 veces, al menos aproximadamente 10 veces, al menos aproximadamente 20 veces, al menos aproximadamente 30 veces, al menos aproximadamente 40 veces, al menos aproximadamente 50 veces, o preferentemente al menos aproximadamente 100 veces mayor en la muestra tisular o celular de ensayo que la observada para una muestra tisular o celular de control. Opcionalmente, la expresión de dicho biomarcador se determinar� en un ensayo de IHC que puntúa al menos 2 o más para intensidad de tinción. Opcionalmente, la expresión de dicho biomarcador se determinar� usando un ensayo basado en microplaca g�nica.

Un “IRG” o “gen de respuesta a interfer�n” o “gen sensible a interfer�n”, como se usa en el presente documento, se refiere a uno o más de los genes, y productos g�nicos correspondientes, enumerados en la Tabla 1, 2, 3 y/o 4. Como se muestra en el presente documento, los niveles/cantidades de expresión aberrante de uno o más de estos genes se correlacionan con diversos trastornos autoinmunitarios. Como resultaría evidente para un experto en la materia, dependiendo del contexto, el término IRG puede referirse a ácido nucleico (por ejemplo, genes) o polip�ptidos (por ejemplo, proteínas) que tienen la designación o el identificador único enumerado en la Tabla 1, 2, 3 y/o 4.

El término “muestra”, como se usa en el presente documento, se refiere a una composición que se obtiene o deriva de un sujeto de interés que contiene una entidad celular y/u otra molecular que se va a caracterizar y/o identificar, por ejemplo basándose en las características físicas, bioquímicas, químicas y/o fisiológicas. Por ejemplo, la frase “muestra de enfermedad” y variaciones de la misma se refiere a cualquier muestra obtenida de un sujeto de interés que se esperaría o se sabe que contiene la entidad celular y/o molecular que va a caracterizarse.

Por “muestra tisular o celular” se entiende una colección de células similares obtenidas de un tejido de un sujeto o paciente. La fuente de la muestra tisular o celular puede ser tejido sólido como de una muestra de órgano o tejido fresca, congelada y/o conservada o biopsia o aspirado; sangre o cualquier constituyente de la sangre; fluidos corporales tales como líquido cefalorraqu�deo, líquido amni�tico, líquido peritoneal o líquido intersticial; células de cualquier momento en la gestación o el desarrollo del sujeto. La muestra tisular puede también ser células o líneas celulares primarias o cultivadas. Opcionalmente, la muestra tisular o celular se obtiene de un tejido/órgano con enfermedad. La muestra tisular puede contener compuestos que no se entremezclan de forma natural con el tejido en la naturaleza tales como conservantes, anticoagulantes, tampones, fijadores, nutrientes, antibióticos o similares. Una “muestra de referencia”, “células de referencia” o “tejido de referencia”, como se usa en el presente documento, se refiere a una muestra, célula o tejido obtenido de una fuente que se sabe, o se cree, que no est� aquejado de la enfermedad o afección para cuya identificación se usa un método o composición de la invención. En una realización, se obtiene una muestra de referencia, célula de referencia o tejido de referencia de una parte sana del cuerpo del mismo sujeto o paciente en el que se identifica una enfermedad o afección usando una composición o método de la invención. En una realización, se obtiene una muestra de referencia, célula de referencia o tejido de referencia de una parte sana del cuerpo de un individuo que no es el sujeto o paciente en el que se identifica una enfermedad o afección usando una composición o método de la invención.

Para los fines del presente documento una “sección” de una muestra tisular significa una parte o trozo individual de una muestra tisular, por ejemplo, un corte fino de tejido o células cortadas de una muestra tisular. Se entiende que pueden tomarse múltiples secciones de muestras tisulares y someterse a análisis de acuerdo con la presente invención, siempre que se entienda que la presente invención comprende un método por el que la misma sección de muestra tisular se analiza a niveles tanto morfológico como molecular, o se analiza con respecto tanto a proteína como a ácido nucleico.

Por “correlacionar” o “correlacionando” se entiende comparar, de cualquier manera, el rendimiento y/o resultados de un primer análisis o protocolo con el rendimiento y/o resultados de un segundo análisis o protocolo. Por ejemplo, se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo al llevar a cabo un segundo protocolo y/o se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo para determinar si debería realizarse un segundo análisis o protocolo. Con respecto a la realización del análisis o protocolo de expresión g�nica, se pueden usar los resultados del análisis o protocolo de expresión g�nica para determinar si debería realizarse un régimen terapéutico específico.

La palabra “marcador” cuando se usa en el presente documento se refiere a un compuesto o composición que se conjuga o se fusiona directa o indirectamente con un reactivo tal como una sonda de ácido nucleico o un anticuerpo y facilita la detección del reactivo con el que se conjuga o fusiona. El marcador puede en s� mismo ser detectable (por ejemplo, marcadores radioisot�picos o marcadores fluorescentes) o, en el caso de un marcador enzim�tico, puede catalizar la alteración química de un compuesto o composición sustrato que es detectable.

T�cnicas ilustrativas generales

Puede obtenerse una muestra que comprende una molécula diana por métodos bien conocidos en la técnica, y que son apropiados para el tipo y la localización particulares de la enfermedad de interés. Con frecuencia se usa biopsia tisular para obtener un trozo representativo de tejido enfermo. Como alternativa, las células pueden obtenerse indirectamente en forma de tejidos/fluidos que se sabe o se piensa que contienen las células de enfermedad de interés. Por ejemplo, pueden obtenerse muestras de lesiones de enfermedad por resecci�n, broncoscopia, aspiración de aguja fina, cepillados bronquiales o de esputo, líquido pleural o sangre. Pueden detectarse genes o productos g�nicos de tejido enfermo o de otras muestras corporales tales como orina, esputo o suero. Las mismas técnicas analizadas anteriormente para detección de genes o productos g�nicos diana en muestras de enfermedad pueden aplicarse a otras muestras corporales. Las células de enfermedad se desprenden de lesiones de enfermedad y aparecen en dichas muestras corporales. Explorando dichas muestras corporales, se puede conseguir un diagnóstico temprano sencillo para estas enfermedades. Además, el progreso de la terapia puede controlarse más fácilmente ensayando dichas muestras corporales con respecto a genes o productos g�nicos diana.

En una realización, son útiles los métodos de la invención para detectar cualquier trastorno autoinmunitario con el que se asocia la activación anómala (por ejemplo, sobreexpresi�n), de interferones, en particular interferones de Tipo 1 y/o su ruta de se�alizaci�n asociada. Los métodos de diagnóstico de la presente invención son útiles para especialistas cl�nicos de modo que puedan decidir acerca de un ciclo de tratamiento apropiado. Por ejemplo, una muestra de un sujeto que presente un alto nivel de expresión de los genes o productos g�nicos desvelados en el presente documento podría sugerir un régimen terapéutico más agresivo que una muestra que muestre un nivel de expresión comparativamente menor. Los métodos de la invención pueden utilizarse en diversas situaciones, incluyendo por ejemplo al ayudar en la selección de pacientes durante el transcurso del desarrollo de fármacos, la

predicci�n de la probabilidad de éxito cuando se trata un paciente individual con un régimen de tratamiento particular, al evaluar la progresión de enfermedad, al controlar la eficacia del tratamiento, al determinar el pronóstico para pacientes individuales, al evaluar la predisposición de un individuo a desarrollar un trastorno autoinmunitario particular (por ejemplo, lupus eritematoso sist�mico, síndrome de Sjogren), al diferenciar el estadio de enfermedad, etc.

Se conocen en la técnica medios para enriquecer una preparación tisular con respecto a células de enfermedad. Por ejemplo, el tejido puede aislarse de secciones de parafina o criostato. Las células de enfermedad también pueden separarse de células normales por citometr�a de flujo o microdisecci�n de captura con láser. Estas, as� como otras técnicas para separar células enfermas de normales, se conocen bien en este campo. Si el tejido enfermo est� altamente contaminado con células normales, la detección del perfil de expresión g�nica distintivo puede ser más difícil, aunque se conocen técnicas para minimizar la contaminación y/o resultados de falso positivo/negativo, algunas de las cuales se describen posteriormente en el presente documento. Por ejemplo, también puede evaluarse una muestra con respecto a la presencia de un biomarcador (incluyendo una mutación) que se sabe que est� asociado con una célula enferma de interés pero no una célula normal correspondiente, o viceversa.

La invención también proporciona diversas composiciones adecuadas para su uso en la realización de métodos de la invención. Por ejemplo, la invención proporciona matrices que pueden usarse en dichos métodos. En una realización una matriz de la invención comprende moléculas de ácido nucleico individuales o en colecciones útiles para detectar mutaciones de la invención. Por ejemplo, una matriz de la invención puede comprender una serie de oligonucle�tidos de ácido nucleico individuales situados de forma discreta o conjuntos de combinaciones de oligonucle�tidos de ácido nucleico que pueden hibridar con una muestra que comprende ácidos nucleicos diana, por lo que dicha hibridación es indicativa de la presencia o ausencia de una mutación de la invención.

Se conocen bien en este campo varias técnicas para unir ácidos nucleicos con un sustrato sólido tal como un portaobjetos de vidrio. Un método es incorporar bases o análogos modificados que contienen un resto que es capaz de hundirse con un sustrato sólido, tal como un grupo amina, un derivado de un grupo amina u otro grupo con una carga positiva, en moléculas de ácido nucleico que se sintetizan. El producto sintetizado se pone en contacto después con un sustrato sólido, tal como un portaobjetos de vidrio, que se recubre con un aldeh�do u otro grupo reactivo que formarán un enlace covalente con el grupo reactivo que est� en el producto amplificado y se unir� covalentemente con el portaobjetos de vidrio. También se conocen en la técnica otros métodos, tales como los que usan química de superficie de aminopropilsilicano, como se desvela en http://www.cmt.corning.com y http://cmgm.stanford.edu/pbrown1.

La unión de grupos con oligonucle�tidos que posteriormente se convertirían en grupos reactivos también es posible usando métodos conocidos en la técnica. Cualquier unión con nucleótidos de oligonucle�tidos se convertir� en parte del oligonucle�tido, que podría después unirse con la superficie sólida de la micromatriz.

Los ácidos nucleicos amplificados pueden modificarse adicionalmente, tal como mediante escisión en fragmentos o mediante unión de marcadores detectables, antes de o después de la unión con el sustrato sólido, según se requiera y/o se permita por las técnicas usadas.

M�todos y materiales t�picos de la invención

Los método y ensayos desvelados en el presente documento se dirigen a la examinaci�n de la expresión de uno o más biomarcadores en una muestra tisular o celular de mamífero, en la que la determinación de esa expresión de uno o más de dichos biomarcadores es predictiva o indicativa de si la muestra tisular o celular ser� sensible al tratamiento basándose en el uso de inhibidores de interfer�n. Los métodos y ensayos incluyen los que examinan la expresión de biomarcadores tales como uno o más de los enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3.

Como se ha analizado anteriormente, hay algunas poblaciones de tipos celulares humanos enfermos que se asocian con la expresión anómala de interferones tales como los interferones de Tipo 1 que se asocia con diversos trastornos autoinmunitarios. Se cree por lo tanto que los métodos y ensayos desvelados pueden proporcionar medios convenientes, eficaces y potencialmente rentables para obtener datos e información útiles en la evaluación de terapias apropiadas o eficaces para tratar pacientes. Por ejemplo, podría realizarse una biopsia a un paciente al que se le haya diagnosticado una afección relacionada con el sistema inmunitario para obtener una muestra tisular o celular, y la muestra podría examinarse por medio de diversos ensayos in vitro para determinar si las células del paciente serían sensibles a un agente terapéutico tal como un inhibidor de interfer�n (por ejemplo, un anticuerpo anti interfer�n alfa o un anticuerpo para el receptor de interfer�n alfa).

La invención proporciona métodos para predecir la sensibilidad de una muestra de tejido o células de mamífero (tal como una célula asociada con un trastorno autoinmunitario) a un inhibidor de interfer�n. En los métodos, una muestra tisular o celular de mamífero se obtiene y se examina con respecto a la expresión de uno o más biomarcadores. Los métodos pueden realizarse en diversos formatos de ensayo, incluyendo ensayos que detectan la expresión de ARNm, ensayos enzim�ticos que detectan la presencia de actividad enzim�tica y ensayos inmunohistoqu�micos. La determinación de la expresión de dichos biomarcadores en dichos tejidos o células ser�

predictiva de que dichos tejidos o células sean sensibles a la terapia con inhibidor de interfer�n. Los solicitantes descubrieron sorprendentemente que la expresión de dichos biomarcadores particulares se correlaciona estrechamente con la presencia y/o alcance de diversos trastornos autoinmunitarios.

Como se analiza posteriormente, la expresión de diversos biomarcadores en una muestra puede analizarse por varias metodolog�as, muchas de las cuales se conocen en la técnica y se entienden por el experto en la materia, incluyendo pero sin limitación, análisis inmunohistoqu�mico y/o de Western, ensayos basados en sangre cualitativos (como por ejemplo ELISA de Suero) (para examinar, por ejemplo, los niveles de expresión proteica), ensayos de actividad enzim�tica bioquímica, hibridación in situ, análisis de Northern y/o análisis por PCR de ARNm, as� como uno cualquiera de la amplia diversidad de ensayos que pueden realizarse por análisis de matriz g�nica y/o tisular. Se encuentran protocolos t�picos para evaluar el estado de genes y productos g�nicos, por ejemplo, en Ausubel et al. eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, Unidades 2 (Transferencia de Northern), 4 (Transferencia de Southern), 15 (Inmunotransferencia) y 18 (Análisis de PCR).

Los protocolos posteriores relacionados con la detección de biomarcadores particulares, tales como los enumerados en la Tabla 1, 2 y/o 3, en una muestra se proporcionan para fines ilustrativos.

Los métodos opcionales de la invención incluyen protocolos que examinan o ensayan con respecto a la presencia de IRG en una muestra tisular o celular de mamífero. Pueden emplearse diversos métodos para detectar IRG e incluyen, por ejemplo, análisis inmunohistoqu�mico, inmunoprecipitaci�n, análisis de transferencia de Western, ensayos de unión molecular, ELISA, ELIFA, separación de células activadas por fluorescencia (FACS) y similares. Por ejemplo, un método opcional para detectar la expresión de IRG en un tejido o muestra comprende poner en contacto la muestra con un anticuerpo de IRG, un fragmento sensible a IRG del mismo, o una proteína recombinante que contiene una región de unión a ant�geno de un anticuerpo de IRG; y después detectar la unión de la proteína IRG en la muestra.

En realizaciones particulares de la invención, la expresión de proteínas IRG en una muestra se examina usando protocolos de inmunohistoqu�mica y tinción. Se ha mostrado que la tinción inmunohistoqu�mica de secciones tisulares es un método fiable para evaluar o detectar la presencia de proteínas en una muestra. Las técnicas de inmunohistoqu�mica (“IHC”) utilizan un anticuerpo para explorar y visualizar ant�genos celulares in situ, generalmente por métodos cromog�nicos o fluorescentes.

Para la preparación de muestras, puede usarse una muestra tisular o celular de un mamífero (típicamente un paciente humano). Los ejemplos de muestras incluyen, pero sin limitación, biopsia tisular, sangre, aspirado pulmonar, esputo, líquido linfático, etc. La muestra puede obtenerse por diversos procedimientos conocidos en la técnica incluyendo, pero sin limitación, escisión quirúrgica, aspiración o biopsia. El tejido puede ser fresco o congelado. En una realización, la muestra se fija y se incluye en parafina o similares.

La muestra tisular puede fijarse (es decir conservarse) por metodología convencional (véase por ejemplo, “Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology”, 3� edición (1960) Lee G. Luna, HT (ASCP) Editor, The Blakston Division McGraw-Hill Book Company, Nueva York; The Armed Forces Institute of Pathology Advanced Laboratory Methods in Histology and Pathology (1994) Ulreka V. Mikel, Editor, Armed Forces Institute of Pathology, American Registry of Pathology, Washington, D. C.). Un experto en la materia apreciar� que la elección de un fijador se determina por el fin para el que la muestra va a teñirse histol�gicamente o analizarse de otro modo. Un experto en la materia también apreciar� que la duración de la fijación depende del tamaño de la muestra tisular y el fijador usado. Como ejemplo, puede usarse formalina tamponada neutra, Bouin o paraformaldeh�do, para fijar una muestra.

Generalmente, la muestra se fija en primer lugar y después se deshidrata mediante una serie ascendente de alcoholes, infiltrados e incluidos con parafina u otro medio de seccionamiento de modo que pueda seccionarse la muestra tisular. Como alternativa, se puede seccionar el tejido y fijar las secciones obtenidas. Como ejemplo, la muestra tisular puede incluirse y procesarse en parafina por metodología convencional (véase por ejemplo “Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology”, mencionado anteriormente). Los ejemplos de parafina que pueden usarse incluyen, pero sin limitación, Paraplast, Broloid y Tissuemay. Una vez que la muestra tisular est� incluida, la muestra puede seccionarse por un microtomo o similares (véase, por ejemplo, “Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology”, mencionado anteriormente). Como ejemplo para este procedimiento, las secciones pueden variar de aproximadamente tres micrómetros a aproximadamente cinco micrómetros de grosor. Una vez seccionadas, las secciones pueden unirse a portaobjetos por varios métodos convencionales. Los ejemplos de adhesivos de portaobjetos incluyen, pero sin limitación, silano, gelatina, poli-L-lisina y similares. Como ejemplo, las secciones incluidas en parafina pueden unirse con portaobjetos con carga positiva y/o portaobjetos recubiertos con poli-L-lisina.

Si se ha usado parafina como el material de inclusión, las secciones tisulares generalmente se desparafinan y se rehidratan con agua. Las secciones tisulares pueden desparafinarse por varias metodolog�as convencionales. Por ejemplo, pueden usarse xilenos y una serie gradualmente descendiente de alcoholes (véase, por ejemplo, “Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology”, mencionado anteriormente). Como

alternativa, pueden usarse agentes no orgánicos desparafinantes disponibles en el mercado tales como Hemo-De7 (CMS, Houston, Texas).

Opcionalmente, después de la preparación de muestra, puede analizarse una sección tisular usando IHC. Puede realizarse IHC en combinación con técnicas adicionales tales como tinción morfológica y/o hibridación in situ de fluorescencia. Est�n disponibles dos métodos generales de IHC; ensayos directos e indirectos. De acuerdo con el primer ensayo, la unión del anticuerpo con el ant�geno diana (por ejemplo, un IRG) se determina directamente. Este ensayo directo usa un reactivo marcado, tal como un marcador fluorescente o un anticuerpo primario marcado con enzima, que puede visualizarse sin interacción de anticuerpos adicional. En un ensayo indirecto t�pico, el anticuerpo primario no conjugado se une con el ant�geno y después un anticuerpo secundario marcado se une con el anticuerpo primario. Cuando el anticuerpo secundario est� conjugado con un marcador enzim�tico, se añade un sustrato cromog�nico o fluorog�nico para proporcionar visualización del ant�geno. La amplificación de señal sucede debido a que varios anticuerpos secundarios pueden reaccionar con diferentes ep�topos en el anticuerpo primario.

El anticuerpo primario y/o secundario usado para inmunohistoqu�mica típicamente se marcar� con un resto detectable. Est�n disponibles numerosos marcadores que pueden generalmente agruparse en las siguientes categorías:

(a)

Radiois�topos, tales como 35S, 14C, 125I, 3H y 131I. El anticuerpo puede marcarse con el radiois�topo usando las técnicas descritas en Current Protocols in Immunology, Volúmenes 1 y 2, Coligen et al., Ed. Wiley-Interscience, Nueva York, Nueva York, Pubs. (1991) por ejemplo y la radioactividad puede medirse usando recuento de centelleo.

(b)

Partículas de oro coloidales.

(c)

Marcadores fluorescentes incluyendo, pero sin limitación, quelantes de tierras raras (quelantes de europio), Texas Red, rodamina, fluoresce�na, dansilo, Lisamina, umbeliferona, ficoeritrina, ficocianina o fluor�foros disponibles en el mercado tales como SPECTRUM ORANGE7 y SPECTRUM GREEN7 y/o derivados de uno cualquiera o más de los anteriores. Los marcadores fluorescentes pueden conjugarse con el anticuerpo usando las técnicas desveladas en Current Protocols in Immunology, mencionado anteriormente, por ejemplo. La fluorescencia puede cuantificarse usando un fluor�metro.

(d)

Est�n disponibles diversos marcadores de sustrato de enzima y la Patente de Estados Unidos N� 4.275.149 proporciona una revisión de algunos de estos. La enzima generalmente canaliza una alteración química del sustrato cromog�nico que puede medirse usando diversas técnicas. Por ejemplo, la enzima puede catalizar un cambio de color en un sustrato, que puede medirse de forma espectrofotom�trica. Como alternativa, la enzima puede alterar la fluorescencia o quimioluminiscencia del sustrato. Se han descrito anteriormente técnicas para cuantificar un cambio en la fluorescencia. El sustrato quimioluminiscente se excita electrónicamente mediante una reacción química y puede después emitir luz que puede medirse (usando un quimiolumin�metro, por ejemplo) o dona energía a un aceptor fluorescente. Los ejemplos de marcadores enzim�ticos incluyen luciferasas (por ejemplo, luciferasa de luciérnaga y luciferasa bacteriana; Patente de Estados Unidos N� 4.737.456), luciferina, 2,3-dihidroftalazinedionas, malato deshidrogenasa, ureasa, peroxidasa tal como peroxidasa de rábano rusticano (HRPO), fosfatasa alcalina, ∀-galactosidasa, glucoamilasa, lisozima, sac�rido oxidasas (por ejemplo, glucosa oxidasa, galactosa oxidasa y glucosa-6-fosfato deshidrogenasa), oxidasas heteroc�clicas (tales como uricasa y xantina oxidasa), lactoperoxidasa, microperoxidasa y similares. Se describen técnicas para conjugar enzimas con anticuerpos en O’Sullivan et al., Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, en Methods in Enzym. (ed. J. Langone & H. Van Vunakis), Academic press, Nueva York, 73: 147-166 (1981).

Los ejemplos de combinaciones de enzima-sustrato incluyen, por ejemplo:

(i)

peroxidasa de rábano rusticano (HRPO) con peroxidasa de hidrógeno como un sustrato, en el que la peroxidasa de hidrógeno oxida un precursor de colorante (por ejemplo, ortofenilen diamina (OPD) o clorhidrato de 3,3’,5,5’-tetrametil bencidina (TMB));

(ii)

fosfatasa alcalina (AP) con para-nitrofenil fosfato como sustrato cromog�nico; y

(iii) ∀-D-galactosidasa (∀-D-Gal) con un sustrato cromog�nico (por ejemplo, p-nitrofenil-∀-D-galactosidasa) o sustrato fluorog�nico (por ejemplo, 4-metilumbeliferil-∀-D-galactosidasa).

Est�n disponibles numerosas otras combinaciones de enzima-sustrato para los expertos en la materia. Para una revisión general de estos, véase Patentes de Estados Unidos N� 4.275.149 y 4.318.980. En ocasiones, el marcador se conjuga indirectamente con el anticuerpo. El experto en la materia ser� consciente de diversas técnicas para conseguir esto. Por ejemplo, el anticuerpo puede conjugarse con biotina y cualquiera de las cuatro categorías generales de marcadores mencionadas anteriormente puede conjugarse con avidina, o viceversa. La biotina se une selectivamente con avidina y, por lo tanto, el marcador puede conjugarse con el anticuerpo de esta manera indirecta. Como alternativa, para conseguir conjugación indirecta del marcador con el anticuerpo, el anticuerpo se conjuga con un hapteno pequeño y uno de los diferentes tipos de marcadores mencionados anteriormente se conjuga con un anticuerpo anti hapteno. Por lo tanto, puede conseguirse conjugación indirecta del marcador con el anticuerpo.

Aparte de los procedimientos de preparación de muestras analizados anteriormente, puede desearse el tratamiento adicional de la sección tisular antes de, durante o después de IHC. Por ejemplo, pueden llevarse a cabo métodos de recuperación de ep�topos, tales como calentar la muestra tisular en tampón de citrato (véase, por ejemplo, Leong et al. Appl. Immunohistochem. 4(3): 201 (1996)).

Despu�s de una etapa de bloqueo opcional, la sección tisular se expone a anticuerpo primario durante un periodo de tiempo suficiente y en condiciones adecuadas de modo que el anticuerpo primario se una con el ant�geno proteico diana en la muestra tisular. Las condiciones apropiadas para conseguir esto pueden determinarse por experimentación rutinaria. El alcance de la unión del anticuerpo con la muestra se determina usando uno cualquiera de los marcadores detectables analizados anteriormente. Preferentemente, el marcador es un marcador enzim�tico (por ejemplo HRPO) que cataliza una alteración química del sustrato cromog�nico tal como crom�geno de 3,3’diaminobencidina. Preferentemente el marcador enzim�tico se conjuga con anticuerpo que se une específicamente con el anticuerpo primario (por ejemplo, el anticuerpo primario es anticuerpo policlonal de conejo y el anticuerpo secundario es anticuerpo anti conejo de cabra).

Opcionalmente, los anticuerpos empleados en el análisis de IHC para detectar la expresión de un IRG son anticuerpos generados para unirse principalmente al IRG de interés. Opcionalmente, el anticuerpo anti IRG es un anticuerpo monoclonal. Est�n disponibles en la técnica anticuerpos anti IRG, incluyendo de diversas fuentes comerciales, y también pueden generarse usando habilidades rutinarias conocidas en la técnica.

Las muestras de ensayo preparadas de este modo pueden montarse y taparse con cubreobjetos. La evaluación de portaobjetos se determina después, por ejemplo, usando un microscopio, y pueden emplearse criterios de intensidad de tinción, usados habitualmente en la técnica. Como ejemplo, pueden evaluarse los criterios de intensidad de tinción de la siguiente manera:

TABLA A

Patr�n de Tinción

Puntuación

No se observa tinción en las células.

0

Se detecta tinción leve/apenas perceptible en más del 10 % de las células.

1+

Se observa tinción de débil a moderada en más del 10 % de las células.

2+

Se observa tinción de moderada a fuerte en más del 10 % de las células.

3+

En métodos alternativos, la muestra puede ponerse en contacto con un anticuerpo específico para dicho biomarcador en condiciones suficientes para que se forme un complejo anticuerpo-biomarcador, y después detectar dicho complejo. La presencia del biomarcador puede detectarse de varias maneras, tal como por transferencia de Western y procedimientos de ELISA para ensayar una amplia diversidad de tejidos y muestras, incluyendo plasma o suero. Est� disponible una amplia serie de técnicas de inmunoensayo usando dicho formato de ensayo, véase, por ejemplo, Patentes de Estados Unidos N� 4.016.043, 4.424.279 y 4.018.653. Estas incluyen ensayos tanto de un único sitio como de dos sitios o “de tipo s�ndwich” de los tipos no competitivos, as� como en los ensayos de unión competitiva tradicionales. Estos ensayos también incluyen unión directa de un anticuerpo marcado con un biomarcador diana.

Los ensayos de tipo s�ndwich est�n entre los ensayos más útiles y más habitualmente usados. Existen varias variaciones de la técnica de ensayo de tipo s�ndwich, y se pretende que todas est�n abarcadas por la presente invención. Brevemente, en un ensayo directo t�pico, se inmoviliza un anticuerpo no marcado en un sustrato sólido, y la muestra para ensayar se pone en contacto con la molécula unida. Después de un periodo adecuado de incubaci�n, durante un periodo de tiempo suficiente para permitir la formación de un complejo anticuerpo-ant�geno, se añade después un segundo anticuerpo específico para el ant�geno, marcado con una molécula indicadora capaz de producir una señal detectable y se incuba, permitiendo un tiempo suficiente para la formación de otro complejo de anticuerpo-ant�geno-anticuerpo marcado. Se retira por lavado cualquier material que no ha reaccionado, y la presencia del ant�geno se determina mediante observación de una señal producida por la molécula indicadora. Los resultados pueden ser cualitativos, mediante observación sencilla de la señal visible, o pueden amplificarse comparando con una muestra de control que contiene cantidades conocidas de biomarcador.

Las variaciones del ensayo directo incluyen un ensayo simultáneo, en el que se añaden tanto muestra como anticuerpo marcado simultáneamente al anticuerpo unido. Estas técnicas se conocen bien por los expertos en la materia, incluyendo cualquier variación menor como resultar� fácilmente evidente. En un ensayo de tipo s�ndwich directo t�pico, un primer anticuerpo que tiene especificidad por el biomarcador se une de forma covalente o pasiva a una superficie sólida. La superficie sólida es típicamente vidrio o un pol�mero, siendo los pol�meros más habitualmente usados celulosa, poliacrilamida, nylon, poliestireno, polivinil cloruro o polipropileno. Los soportes sólidos pueden estar en forma de tubos, perlas, discos de microplacas, o cualquier otra superficie adecuada para realizar un inmunoensayo. Los procesos de unión se conocen bien en la técnica y generalmente consisten en

entrecruzar, unir covalentemente o adsorber físicamente, el complejo de pol�mero-anticuerpo se lava en preparación para la muestra de ensayo. Después se añade una alícuota de la muestra para ensayar al complejo de fase sólida y se incuba durante un periodo de tiempo suficiente (por ejemplo 2-40 minutos o durante una noche si es más conveniente) y en condiciones adecuadas (por ejemplo de temperatura ambiente a 40 �C tal como entre 25 �C y 32 �C inclusive) para permitir la unión de cualquier subunidad presente en el anticuerpo. Después del periodo de incubaci�n, la fase sólida de subunidad de anticuerpo se lava y se seca y se incuba con un segundo anticuerpo específico para una parte del biomarcador. El segundo anticuerpo se une con una molécula indicadora que se usa para indicar la unión del segundo anticuerpo con el marcador molecular.

Un método alternativo implica inmovilizar los biomarcadores diana en la muestra y después exponer la diana inmovilizada a anticuerpo específico que puede marcarse o no con una molécula indicadora. Dependiendo de la cantidad de diana y la fuerza de la señal de molécula indicadora, una diana unida puede ser detectable por marcaje directo con el anticuerpo. Como alternativa, se expone un segundo anticuerpo marcado, específico para el primer anticuerpo, al complejo de primer anticuerpo-diana para formar un complejo de diana-primer anticuerpo-segundo anticuerpo terciario. El complejo se detecta por la señal emitida por la molécula indicadora. Por “molécula indicadora”, como se usa en la presente memoria descriptiva, se entiende una molécula que, por su naturaleza química, proporciona una señal identificable de forma analítica que permite la detección de anticuerpo unido a ant�geno. Las moléculas indicadoras más habitualmente usadas en este tipo de ensayos son enzimas, fluor�foros o moléculas que contienen radion�clidos (es decir radiois�topos) y moléculas quimioluminiscentes.

En el caso de un inmunoensayo enzim�tico, se conjuga una enzima con el segundo anticuerpo, generalmente por medio de glutaraldeh�do o peryodato. Como se reconocer� fácilmente, sin embargo, existe una amplia diversidad de técnicas de conjugación diferentes, que est�n fácilmente disponibles para el experto en la materia. Las enzimas habitualmente usadas incluyen peroxidasa de rábano rusticano, glucosa oxidasa, galactosidasa y fosfatasa alcalina, entre otras. Los sustratos para usar con las enzimas específicas generalmente se seleccionan para la producción, tras hidrólisis por la enzima correspondiente, de un cambio de color detectable. Los ejemplos de enzimas adecuadas incluyen fosfatasa alcalina y peroxidasa. También es posible emplear sustratos fluorog�nicos, que producen un producto fluorescente en lugar de los sustratos cromog�nicos observados anteriormente. En todos los casos, el anticuerpo marcado con enzima se añade al complejo de primer anticuerpo-marcador molecular, se permite que se una, y después se retira por lavado el reactivo en exceso. Después se añade una solución que contiene el sustrato apropiado al complejo de anticuerpo-ant�geno-anticuerpo. El sustrato reaccionar� con la enzima unida con el segundo anticuerpo, proporcionando una señal visual cualitativa, que puede cuantificarse adicionalmente, habitualmente de forma espectrofotom�trica, para proporcionar un indicio de la cantidad de biomarcador que estaba presente en la muestra. Como alternativa, pueden acoplarse químicamente compuestos fluorescentes, tales como fluoresce�na y rodamina, con anticuerpos sin alterar su capacidad de unión. Cuando se activa por iluminación con luz de una longitud de onda particular, el anticuerpo marcado con fluorocromo adsorbe la energía lumínica, induciendo un estado de excitabilidad en la molécula, seguido de emisión de la luz en un color característico visualmente detectable con un microscopio óptico. Como en el EIA, se permite que el anticuerpo marcado con fluorescencia se una con el complejo de primer anticuerpo-marcador molecular. Después de retirar por lavado el reactivo no unido, se expone entonces el complejo terciario restante a la luz de la longitud de onda apropiada, la fluorescencia observada indica la presencia del marcador molecular de interés. Las técnicas de inmunofluorescencia y EIA est�n ambas muy bien establecidas en este campo. Sin embargo, también pueden emplearse otras moléculas indicadoras, tales como moléculas de radiois�topo, quimioluminiscentes o bioluminiscentes.

Se contempla que las técnicas anteriormente descritas también pueden emplearse para detectar la expresión de IRG.

Los métodos de la invención incluyen además protocolos que examinan la presencia y/o expresión de ARNm, tales como ARNm de IRG, en una muestra tisular o celular. Se conocen bien métodos para la evaluación de ARNm en células e incluyen, por ejemplo, ensayos de hibridación usando sondas de ADN complementarias (tales como hibridación in situ usando ribosondas de IRG marcadas, técnicas de transferencia de Northern y relacionadas) y diversos ensayos de amplificación de ácidos nucleicos (tales como RT-PCR usando cebadores complementarios específicos para IRG, y otros métodos de detección de tipo amplificación, tales como, por ejemplo, ADN ramificado, SISBA, TMA y similares).

Pueden ensayarse muestras tisulares o celulares de mamíferos con respecto a, por ejemplo, ARNm de IRG usando análisis de Northern, transferencia puntual o PCR. Por ejemplo, se conocen bien en la técnica ensayos de RT-PCR tales como ensayos de PCR cuantitativos. En una realización ilustrativa de la invención, un método para detectar un ARNm de IRG en una muestra biológica comprende producir ADNc de la muestra por transcripción inversa usando al menos un cebador; amplificar el ADNc producido de este modo usando un polinucle�tido de IRG como cebadores con sentido y antisentido para amplificar ADNc de IRG en el mismo; y detectar la presencia del ADNc de IRG amplificado. Además, dichos métodos pueden incluir una o más etapas que permiten determinar los niveles de ARNm de IRG en una muestra biológica (por ejemplo examinando simultáneamente los niveles de una secuencia de ARNm de control comparativa de un gen “constitutivo” tal como un miembro de la familia de actina). Opcionalmente, puede determinarse la secuencia del ADNc de IRG amplificado.

Las realizaciones materiales de este aspecto de la invención incluyen cebadores y pares de cebadores de IRG, que permiten la amplificación específica de los polinucle�tidos de la invención o de cualquier parte específica de los mismos, y sondas que hibridan selectiva o específicamente con moléculas de ácido nucleico de la invención o con cualquier parte de las mismas. Las sondas pueden marcarse con un marcador detectable, tal como, por ejemplo, un radiois�topo, compuesto fluorescente, compuesto bioluminiscente, un compuesto quimioluminiscente, quelante met�lico o enzima. Dichas sondas y cebadores pueden usarse para detectar la presencia de polinucle�tidos de IRG en una muestra y como un medio para detectar una célula que expresa proteínas de IRG. Como se entender� por el experto en la materia, pueden prepararse muchos cebadores y sondas diferentes basándose en las secuencias proporcionadas en el presente documento y usarse eficazmente para amplificar, clonar y/o determinar la presencia y/o niveles de ARNm de IRG.

Los métodos opcionales de la invención incluyen protocolos que examinan o detectan ARNm, tales como ARNm de IRG, en una muestra tisular o celular por tecnologías de micromatriz. Usando micromatrices de ácido nucleico, se transcriben de forma inversa muestras de ARNm de ensayo y control de muestras tisulares de ensayo y control y se marcan para generar sondas de ADNc. Las sondas se hibridan después con una matriz de ácidos nucleicos inmovilizados en un soporte sólido. La matriz se configura de modo que se conozca la secuencia y posición de cada miembro de la matriz. Por ejemplo, puede disponerse una selección de genes que tienen potencial para expresarse en ciertas patologías en un soporte sólido. La hibridación de una sonda marcada con un miembro de la matriz particular indica que la muestra de la que deriv� la sonda expresa ese gen. El análisis de expresión g�nica diferencial de tejido enfermo puede proporcionar información valiosa. La tecnología de micromatriz utiliza técnicas de hibridación de ácido nucleico y tecnología computacional para evaluar el perfil de expresión de ARNm de miles de genes dentro de un único experimento (véase, por ejemplo, documento WO 01/75166 publicado el 11 de octubre de 2001; (véase, por ejemplo, documento U.S. 5.700.637, Patente de Estados Unidos 5.445.934 y Patente de Estados Unidos 5.807.522, Lockart, Nature Biotechnology, 14: 1675-1680 (1996); Cheung, V. G. et al., Nature Genetics 21(Supl):15-19 (1999) para un análisis de la fabricación de matrices). Las micromatrices de ADN son matrices en miniatura que contienen fragmentos g�nicos que se sintetizan directamente en o se aplican puntualmente a vidrio u otros sustratos. Se representan habitualmente miles de genes en una única matriz. Un experimento de micromatriz t�pico implica las siguiente etapas: 1) preparación de diana marcada con fluorescencia de ARN aislado de la muestra, 2) hibridación de la diana marcada con la micromatriz, 3) lavado, tinción y exploración de la matriz, 4) análisis de la imagen explorada y 5) generación de perfiles de expresión g�nica. Actualmente se usan dos tipos principales de micromatrices de ADN: matrices de oligonucle�tidos (habitualmente de 25 a 70 unidades) y matrices de expresión g�nica que contienen productos de PCR preparados a partir de ADNc. Al forma una matriz, los oligonucle�tidos pueden prefabricarse y aplicarse puntualmente a la superficie o sintetizarse directamente en la superficie (in situ).

El sistema Affymetrix GeneChip� es un sistema de micromatriz disponible en el mercado que comprende matrices fabricadas por síntesis directa de oligonucle�tidos en una superficie de vidrio. Matrices de Genes/Sondas: se sintetizan directamente oligonucle�tidos, habitualmente de 25 unidades, en una oblea de vidrio por una combinación de fotolitograf�a basada en semiconductores y tecnologías de síntesis química de fase sólida. Cada matriz contiene hasta 400.000 oligonucle�tidos diferentes y cada oligonucle�tido est� presente en millones de copias. Puesto que las sondas oligonucleot�dicas se sintetizan en localizaciones conocidas de la matriz, los patrones de hibridación y las intensidades de señal pueden interpretarse con respecto a identidad g�nica y niveles de expresión relativos por el software Microarray Suite Affymetrix. Cada gen se representa en la matriz por una serie de sondas oligonucleot�dicas diferentes. Cada par de sondas consiste en un oligonucle�tido de coincidencia perfecta y un oligonucle�tido con falta de coincidencia. La sonda de coincidencia perfecta tiene una secuencia exactamente complementaria del gen particular y de este modo mide la expresión del gen. La sonda con falta de coincidencia difiere de la sonda de coincidencia perfecta en una sustitución de una única base en la posición de base central, alterando la unión del transcrito g�nico diana. Esto ayuda a determinar la hibridación de fondo y no específica que contribuye a la señal medida para el oligonucle�tido de coincidencia perfecta. El software Microarray Suite resta las intensidades de hibridación de las sondas con falta de coincidencia de las sondas de coincidencia perfecta para determinar el valor de intensidad absoluto o específico para cada conjunto de sondas. Las sondas se eligen basándose en la información actual de Genbank y otros depósitos de nucleótidos. Se cree que las secuencias reconocen regiones únicas del extremo 3’ del gen. Se usa un Horno de Hibridación GeneChip (horno “asador”) para llevar a cabo la hibridación de hasta 64 matrices a la vez. La estación de fluidos realiza lavado y tinción de las matrices de sondas. Est� completamente automatizada y contiene cuatro módulos, manteniendo cada módulo una matriz de sonda. Cada módulo se controla independientemente mediante el software Microarray Suite usando protocolos de fluidos preprogramados. El explorador es un explorador de fluorescencia de láser confocal que mide la intensidad de fluorescencia emitida por el ARNc marcado unido a las matrices de sonda. La estación de trabajo informática con software Microarray Suite controla la estación de fluido y el explorador. El software Microarray Suite puede controlar hasta ocho estaciones de fluido usando protocolos de hibridación, lavado y tinción preprogramados para la matriz de sondas. El software también adquiere y convierte datos de intensidad de hibridación en una elección de presencia/ausencia para cada gen usando algoritmos apropiados. Finalmente, el software detecta cambios en la expresión g�nica entre experimento por análisis de comparación y cambia el formato del resultado en archivos.txt, que pueden usarse con otros programas inform�ticos para análisis de datos adicionales.

La expresión de un biomarcador seleccionado también puede evaluarse examinando la deleci�n g�nica o amplificación g�nica. La deleci�n o amplificación g�nica pueden medirse por uno cualquiera de una amplia diversidad de protocolos conocidos en la técnica, por ejemplo, por transferencia de Southern, transferencia de Northern para cuantificar la transcripción de ARNm (Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77: 5201-5205 (1980)), transferencia puntual (análisis de ADN) o hibridación in situ (por ejemplo FISH), usando una sonda marcada de forma apropiada, métodos citogen�ticos o hibridación gen�mica comparativa (CGH) usando una sonda marcada de forma apropiada. Como ejemplo, estos métodos pueden emplearse para detectar la deleci�n o amplificación de genes de IRG.

La expresión de un biomarcador seleccionado en una muestra tisular o celular también puede examinarse por medio de ensayos funcionales o basados en actividad. Por ejemplo, si el biomarcador es una enzima, se pueden realizar ensayos conocidos en la técnica para determinar o detectar la presencia de la actividad enzim�tica dada en la muestra tisular o celular.

En los métodos de la presente invención, se contempla que la muestra tisular o celular también puede examinarse con respecto a la expresión de interferones tales como interferones de Tipo 1 y/o activación de la ruta de se�alizaci�n de interfer�n de Tipo 1, en la muestra. La examinaci�n de la muestra tisular o celular con respecto a la expresión de interferones de Tipo 1 y/o el receptor o los receptores correspondientes, y/o la activación de la ruta de se�alizaci�n del interfer�n de Tipo 1, pueden proporcionar información adicional con respecto a si la muestra tisular

o celular ser� sensible a un inhibidor de interfer�n. Por ejemplo, las técnicas IHC descritas anteriormente pueden emplearse para detectar la presencia de una de más de dichas moléculas en la muestra. Se contempla que en métodos en los que se examina un tejido o muestra no solamente con respecto a la presencia de IRG, sino también con respecto a la presencia de, por ejemplo, interfer�n de Tipo 1, receptor o receptores de interfer�n, pueden prepararse portaobjetos separados del mismo tejido o la misma muestra, y ensayarse cada portaobjetos con un reactivo específico para cada biomarcador o receptor específico. Como alternativa, puede prepararse un único portaobjetos de la muestra tisular o celular, y pueden usarse anticuerpos dirigidos a cada biomarcador o receptor en relación con un protocolo de tinción de color múltiple para permitir la visualización y detección de los biomarcadores

o receptores respectivos.

Despu�s de la determinación de que la muestra tisular o celular expresa uno o más de los biomarcadores que indican que la muestra tisular o celular ser� sensible al tratamiento con inhibidores de interfer�n, se contempla que puede administrarse una cantidad eficaz del inhibidor de interfer�n al mamífero para tratar un trastorno, tal como trastorno autoinmunitario que aqueja al mamífero. Puede realizarse diagnóstico en mamíferos de las diversas afecciones patológicas descritas en el presente documento por el facultativo experto. Est�n disponibles en la materia técnicas de diagnóstico que permiten, por ejemplo, el diagnóstico o detección de enfermedad relacionada con autoinmunidad en un mamífero.

Puede administrarse un inhibidor de interfer�n de acuerdo con métodos conocidos, tal como administración intravenosa como una embolada o por infusión continua durante un periodo de tiempo, por vías intramuscular, intraperitoneal, intracerobroespinal, subcutánea, intraarticular, intrasinovial, intratecal, oral, típica o de inhalaci�n. Opcionalmente, la administración puede realizarse mediante infusión por minibomba usando diversos dispositivos disponibles en el mercado.

Las dosificaciones y programas eficaces para administrar inhibidores de interfer�n pueden determinarse de forma empírica, y realizar dichas determinaciones est� dentro de la experiencia de la técnica. Pueden emplearse dosificaciones individuales o múltiples. Por ejemplo, una dosificación o cantidad eficaz de inhibidor de interfer�n usado en solitario puede variar de aproximadamente 1 ∃g/kg a aproximadamente 100 mg/kg de peso corporal o más por día. Puede realizarse cambio de escala entre especies de las dosificaciones de una manera conocida en la técnica, por ejemplo, como se desvela en Mordenti et al., Pharmaceut. Res., 8: 1351 (1991).

Cuando se emplea administración in vivo de inhibidor de interfer�n, las cantidades de dosificación normales pueden variar de aproximadamente 10 ng/kg hasta 100 mg/kg de peso corporal de mamífero o más por día, preferentemente de aproximadamente 1 ∃g/kg/día a 10 mg/kg/día, dependiendo de la vía de administración. Se proporciona orientación con respecto a dosificaciones y métodos particulares de suministro en la bibliografía; véase, por ejemplo, Patentes de Estados Unidos N� 4.657.760; 5.206.344; o 5.225.212. Se anticipa que diferentes formulaciones ser�n eficaces para diferentes compuestos de tratamiento y diferentes trastornos, que la administración que se dirige a un órgano o tejido, por ejemplo, puede necesitar suministro de una manera diferente a la de otro órgano o tejido.

Se contempla que pueden emplearse más terapias adicionales en los métodos. La o las terapias adicionales pueden incluir pero sin limitación la administración de esteroides y otros regímenes de las normas asistenciales para el trastorno autoinmunitario particular en cuestión. Se contempla que dichas otras terapias pueden emplearse como un agente separado del inhibidor de interfer�n.

Para su uso en las aplicaciones descritas o sugeridas anteriormente, también se proporcionan por la invención kits o artículos de fabricación. Dichos kits pueden comprender un medio vehículo que se compartimentaliza para recibir en confinamiento estrecho uno o más medios recipientes tales como frascos, tubos y similares, comprendiendo cada

uno de los medios recipientes uno de los elementos separados para usar en el método. Por ejemplo, uno de los medios recipientes puede comprender una sonda que se marca o puede marcarse de forma detectable. Dicha sonda puede ser un anticuerpo o polinucle�tido específico para gen o mensaje de IRG, respectivamente. Cuando el kit utiliza hibridación de ácidos nucleicos para detectar el ácido nucleico diana, el kit también puede contener recipientes que contienen un nucleótido o nucleótidos para amplificación de la secuencia de ácido nucleico diana y/o un recipiente que comprende un medio indicador, tal como una proteína de unión a biotina, tal como avidina o estreptavidina, unida con una molécula indicadora, tal como un marcador enzim�tico, fluorescente o radiois�topo.

El kit de la invención comprender� típicamente el recipiente descrito anteriormente y uno o más recipientes adicionales que comprenden materiales deseables desde un punto de vista comercial y de usuario, incluyendo tampones, diluyentes, filtros, agujas, jeringas y prospectos con instrucciones para su uso. Un marcador puede estar presente en el recipiente para indicar que la composición se usa para una terapia específica o aplicación no terapéutica, y también puede indicar instrucciones para su uso in vivo o in vitro, tal como los descritos anteriormente.

Los kits de la invención tienen varias realizaciones. Una realización típica es un kit que comprende un recipiente, una etiqueta en dicho recipiente y una composición contenida dentro de dicho recipiente, en el que la composición incluye un anticuerpo primario que se une con una secuencia polipept�dica de IRG, la etiqueta en dicho recipiente indica que la composición puede usarse para evaluar la presencia de proteínas de IRG en al menos un tipo de célula de mamífero, e instrucciones para usar el anticuerpo de IRG para evaluar la presencia de proteínas IRG en el al menos un tipo de célula de mamífero. El kit puede comprender además un conjunto de instrucciones y materiales para preparar una muestra tisular y aplicar anticuerpo y sonda a la misma sección de una muestra tisular. El kit puede incluir un anticuerpo tanto primario como secundario, en el que el anticuerpo secundario est� conjugado con un marcador, por ejemplo, un marcador enzim�tico.

Otra realización es un kit que comprende un recipiente, una etiqueta en dicho recipiente, y una composición contenida dentro de dicho recipiente; en el que la composición incluye un polinucle�tido que hibrida con un complemento del polinucle�tido de IRG en condiciones rigurosas, la etiqueta en dicho recipiente indica que la composición puede usarse para evaluar la presencia de IRG en al menos un tipo de célula de mamífero, e instrucciones para usar el polinucle�tido de IRG para evaluar la presencia de ARN o ADN de IRG en al menos un tipo de célula de mamífero.

Otros componentes opcionales en el kit incluyen uno o más tampones (por ejemplo, tampón de bloqueo, tampón de lavado, tampón de sustrato, etc.), otros reactivos tales como sustrato (por ejemplo, crom�geno) que se altera químicamente por un marcador enzim�tico, solución de recuperación de ep�topos, muestras de control (controles positivos y/o negativos), uno o varios portaobjetos de control, etc.

Los siguientes son ejemplos de los métodos y composiciones de la invención. Se entiende que pueden practicarse diversas otras realizaciones, dada la descripción general proporcionada anteriormente.

Ejemplos

EJEMPLO 1

Materiales y métodos

Se analizó la expresión de genes sensibles a IFN-alfa (IRG) de sangre-células mononucleares de sangre periférica (PBMC) de pacientes con SLE (con enfermedad activa o inactiva) y donantes normales de la Universidad de Minnesota (Minneapolis, MN).

Se produjeron datos de la siguiente manera: se recogieron 92 muestras de sangre en diferentes fechas de 18 pacientes con SLE activo, se recogieron 19 muestras de sangre en diferentes fechas de 5 pacientes con SLE inactivo, y se recogieron 4 muestras de sangre de 4 donantes sanos. Se aislaron PBMC de sangre completa por centrifugaci�n de gradiente de Ficoll convencional. Se prepar� ARN a partir de muestras de PBMC usando el Kit de Aislamiento de ARN de Qiagen (Valencia, CA) y se hibrid� con microplacas de micromatrices de oligonucle�tidos WHG de Agilent (Palo Alto, CA). Se procesaron los datos en bruto por Extracción de Elementos Agilent Convencional para producir datos de relación logarítmica de Agilent. Se examin� la expresión normal de genes en respuesta a IFN-alfa aislando PBMC de donantes sanos e incub�ndolas en cultivo durante cuatro horas con IFN-alfa recombinante 100 U/ml, tomando después muestras del cultivo celular a las 4, 12, 28 y 52 horas después de la adición de IFN-alfa.

Los datos de micromatrices se agruparon jerárquicamente en dos dimensiones (muestras y sondas) usando el programa de software xcluster (pearson en señal log2) en sondas tanto con señal media en el percentil 70 superior y coeficiente de variabilidad en el percentil 70 superior. Los datos de grupos se visualizaron con el programa de software Java Treeview. Se realizó análisis numérico con R (http://www [insertar punto] r-project [insertar punto]org/), JMP (SAS Institute, Cary, NC) y Excel (Microsoft, Redmond, WA).

Resultados y análisis

El agrupamiento de micromatrices de todas las muestras mostr� agrupamiento significativo tanto de muestras como de genes. El agrupamiento de muestras mostr� agrupamiento de una gran fracción de pacientes con SLE con enfermedad activa. El agrupamiento de genes mostr� varios subgrupos de genes estrechamente agrupados diferentes con patrones biológicos evidentes. Por ejemplo, un subgrupo estaba altamente enriquecido con respecto a genes que se sabía que eran específicos para linfocitos B, otro para neutr�filos, otro para anticuerpos y otro para IRG. El subgrupo de IRG mostr� un patrón interesante con respecto a muestras: las muestras normales mostraron todas expresión baja de IRG, mientras que las muestras de SLE mostraron un amplio intervalo de expresión que vari� de tipo normal a extremadamente alto.

Los perfiles de expresión de sondas dentro de un subgrupo estrecho son muy similares pero no idénticos, y la variación entre perfiles muy similares puede deberse en una parte significativa al ruido de las fuentes biológicas o tecnológicas. Por ejemplo, algunos genes se representan en la micromatriz por más de una sonda, y hay varios pares de sondas en el área del subgrupo de IRG que representan la expresión del mismo gen. En estos casos, las sondas se agruparon cerca unas de otras, en ocasiones inmediatamente adyacentes. Por lo tanto parecía que estaba presente un patrón claro y reflejado en muchas sondas, y que la utilización de los datos de varias sondas para mitigar la interferencia de ruido en los datos podría identificar más claramente el patrón. No obstante, los genes que se identificaron podrían usarse individualmente como identificadores genéticos que se correlacionan con la presencia de enfermedad.

Identificaci�n de genes altamente inducidos por interfer�n alfa

Para identificar genes cuya expresión est� altamente inducida por la presencia de interfer�n alfa, se trataron muestras de PBMC de donantes sanos con interfer�n alfa recombinante y se sometieron muestras de los cultivos celulares a análisis de expresión de WHG Agilent como se ha descrito anteriormente. Se analizaron los datos de relación logarítmica de estas hibridaciones por ANOVA de dos vías (tiempo y tratamiento), y se identificaron 142 sondas por filtración del p valor de tratamiento < 5 x 10-7. Este conjunto de genes es un subconjunto de genes cuya expresión se induce por interfer�n alfa, y constituye una herramienta eficaz para identificar grupos de genes en otros experimentos cuya base común para el agrupamiento conjunto es la inducción por interfer�n alfa.

Desarrollo de una métrica que se correlaciona con enfermedad, e identificación de genes individuales que pueden constituir dicha métrica

El patrón de activación transcripcional en IRG se midió calculando una única métrica proporcional a los niveles de relación de Agilent del subgrupo específico de sondas. Por ejemplo, los inventores describen este enfoque posteriormente con las sondas de IRG. El patrón (el perfil de agregados de IRG) se definió en primer lugar alineando una representación de densidad de sondas inducidas por interfer�n alfa en muestras de PBMC con el mapa de calor de grupos de muestras con SLE y de control (Figura 1). Las sondas se definieron como IRG comenzando a partir de las dos sondas más altamente correlacionadas y expandiendo el conjunto añadiendo la siguiente sonda o rama de sondas más altamente correlacionadas hasta que el conjunto de sondas parecía contener la mayor parte de la identificación de expresión evidente en su centro pero no tanto que contuviera una contribución significativa de una identificación diferente. El conjunto est� comprendido por las treinta y cinco sondas enumeradas en la Tabla 1.

Los datos de expresión de este grupo se transformaron después en puntuaciones z (media cambiada de escala a 1, transformada en base logarítmica 2, después cambiada de escala a una desviación típica de la media de 1), y se calcul� el coeficiente de correlación del perfil de cada sonda con el perfil medio. Estos coeficientes de correlación se usaron como factores de ponderaci�n para ponderar de forma relativamente pesada las sondas que mostraron la coincidencia más fuerte con la tendencia del grupo, y para pesar de forma relativamente ligera las que aparentemente estaban más afectadas por otras aportaciones o ruido.

Los factores requeridos para cambiar la escala de las sondas a 1 se multiplicaron por el factor de ponderaci�n, para producir un factor compuesto que podría producir una métrica ponderada normalizada para una única hibridación. Las identificaciones de las muestras de sangre normales se multiplicaron por ese factor, se promediaron tanto entre sondas como entre muestras, y este número se invirtió para producir un factor de escala global que transformaría la producción de la media de sondas de una muestra en una métrica que se esperaría que fuera 1 para muestras de donantes sanos. Cada factor de normalización/ponderaci�n se multiplicó por este factor. El resultado fue un vector de valores escalares que se multiplicaron por una identificación de expresión de la muestra y se promedi� para producir la Métrica de Gen Respuesta a Interfer�n de Tipo I (IRGM), una única métrica que mide el nivel de respuesta transcripcional a IFN-alfa en una muestra.

Se calcularon las puntuaciones de IRGM y se evaluaron para el conjunto de muestras clónicas usadas para selección de los genes de IRGM. Las puntuaciones de IRGM fueron significativamente superiores para pacientes que padecían SLE activo que para pacientes sanos (Figura 2).

Las medidas clónicas de la actividad y gravedad de enfermedad SLE tales como SLEDAI cuantifican los síntomas de enfermedad del paciente y pueden correlacionares con la expresión de genes que subyacen en la etiolog�a de la enfermedad. Para investigar esta hipótesis, se compararon los datos de IRGM en pacientes individuales con las puntuaciones clónicas de esos pacientes y los resultados de ensayo de laboratorio. No se observ� ninguna correlación significativa entre IRGM y SLEDAI, pero el título de anticuerpos anti ADNbc en el suero se correlacion� bien con IRGM en muchos pacientes con SLE activo (Figura 3). Esta correlación podría ser la base de que un ensayo sea un sustituto del otro. También ilustra una relación biológica que podría actuar como una base para un diseño racional de terapia para SLE.

El ensayo de IRGM, y la expresión de los genes que componen dicho ensayo (como se expone en la Tabla 1), podría ser útil para seleccionar pacientes que se beneficiarían del tratamiento basado en IFN-! para trastornos autoinmunitarios (por ejemplo, SLE) identificando pacientes que tienen una puntuación de IRGM relativamente alta y por lo tanto tienen se�alizaci�n de IFN-! que podría bloquearse. De forma equivalente, se podría usar para predecir que ciertos pacientes no se beneficiarían del tratamiento basado en IFN-! debido a que no muestran una alta puntuación de IRGM y por lo tanto no experimentan simultáneamente se�alizaci�n de IFN-! activa que podría interrumpirse.

El ensayo de IRGM, y la expresión de los genes que componen dicho ensayo (como se expone en la Tabla 1), son indicadores útiles en diversas situaciones de desarrollo de fármacos, diagnóstico, pronóstico y terapéuticas como se ha descrito anteriormente. Por ejemplo, esta información podría usarse para comprobar si los pacientes que han respondido bien al tratamiento anti IFN-! tenían altos niveles de expresión de las dianas de se�alizaci�n de IFN-! antes del tratamiento y posteriormente si el tratamiento anul� esa expresión. Sería un indicador útil del grado en el que un tratamiento particular afecta a la ruta de se�alizaci�n de IFN-!. Sería un marcador fármaco dinámico o biológico útil, que midiera el perfil de los efectos del tratamiento a lo largo del tiempo.

Otros interferones

El enfoque basado en métrica descrito anteriormente podría utilizarse de diversas maneras en la caracterización de rutas de enfermedad, mecanismo de acción y farmacodin�mica del fármaco. Por ejemplo, diferentes moléculas de interfer�n probablemente tengan diferentes propiedades que la IRGM y/o un ensayo realizado de la misma manera basado en datos de micromatrices diferentes y/o análisis podría ayudar a medir y dilucidar. Por ejemplo:

1) Los interferones de Tipo I se�alizan todos a través del mismo receptor heterodim�rico pero pueden diferir en su semivida, afinidad por el receptor, o capacidad de iniciar la se�alizaci�n en una célula diana. Estas diferencias en las magnitudes podrían medirse fácilmente y de forma precisa por IRGM. Este tipo de medición podría llevarse a cabo bien en un experimento de cultivo celular o bien en una situación clónica. De forma similar, el efecto de fármacos candidatos o fármacos usados en situaciones clónicas puede evaluarse usando este enfoque. 2) Podrían construirse diferentes ensayos de tipo IRGM por ensayos de micromatrices de muestras de sangre cultivadas tratadas con diferentes interferones. En la medida en que los ensayos difieren entre s�, podrían aplicarse a muestras clónicas para determinar las actividades relativas de diferentes interferones y/o fármacos.

Otras identificaciones

El método usado para generar el ensayo de IRGM también podría aplicarse a cualquier tipo de identificación de expresión, bien de un estado o una actividad de células o bien de un tipo de célula o células. Por ejemplo, algunos pacientes con SLE muestran modulación positiva notable de la expresión g�nica de inmunoglobulina, un indicador de la producción de anticuerpos por células plasm�ticas. Las sondas de micromatrices que indican expresión de estos genes podrían apoyar colectivamente el cálculo de una medición del nivel global de la actividad de células plasm�ticas y producción de anticuerpos. En otro ejemplo, hay cambios transcripcionales particulares asociados con la replicaci�n de células mit�ticas activas. Estos cambios transcripcionales podrían consolidarse en un ensayo que se aplicaría a diversas muestras biológicas para medir lo activamente que se dividen. O, en otro ejemplo más, los genes cuya expresión es específica de tipos particulares de células inmunitarias podrían clasificarse según el tipo celular que los exprese y después podría realizarse un ensayo para cada tipo celular. Esta colección de ensayos podría después aplicarse a cualquiera de diversas muestras clónicas (sangre de pacientes de SLE, biopsias intestinales de pacientes con Enfermedad de Crohn, etc.) para determinar el equilibrio de tipos celulares inmunitarios.

Tabla 1. Sondas de WHG Agilent que constituyen un conjunto de IRG para análisis de WHG. Se enumeran treinta y cinco sondas, que representan veintinueve genes únicos. También se indican los números de

id de sonda

referencia de Genbank o Refseq, símbolos y nombres de genes. referencia símbolo del descripción del gen

gen

2’-5’-oligoadenilato

A_24_P343929 NM_001032731 OAS2

sintetasa 2

A_24_P395966 NM_030776

ZBP1 proteína de unión Z-D 1

A_23_P259141 NM_030776

ZBP1 proteína de unión Z-D 1

A_23_P139786 NM_003733

OASL tipo 2’-5’-oligoadenilato sintetasa

A_24_P316965 NM_080657

RSAD2 (CIG5) que contiene dominio de radical S-adenosil metionina 2

A_23_P17663

NM_002462 MX1 resistencia a mixovirus 1

A_24_P378019 NM_001572

IRF7 factor regulador de interfer�n 7

A_23_P64828

NM_001032409 OAS1 2’,5’-oligoadenilato sintetasa 1

A_24_P943205 NM_001002264 EPSTI1

interacción de estroma epitelial 1

A_23_P23074

NM_006417 IFI44 proteína inducida por interfer�n 44

A_23_P45871

NM_006820 IFI44L tipo proteína inducida por interfer�n 44

A_23_P819

NM_005101 G1P2 proteína inducible por interfer�n alfa IFI-15K

A_24_P28722

NM_080657 RSAD2 (CIG5) que contiene dominio de radical S-adenosil metionina 2

A_24_P917810 NM_000059

BRCA2 cáncer de mama 2, aparición temprana

A_23_P52266

NM_001001887 IFIT1 proteína inducida tetratricop�ptido 1 por interfer�n con repeticiones de

A_23_P110196 NM_016323

HERC5 dominio hect y RLD 5

A_23_P47955

NM_006187 OAS3 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 3

A_23_P35412

NM_001031683 IFIT3 proteína inducida tetratricop�ptido 3 por interfer�n con repeticiones de

A_24_P557479 NM_017523

HSXIAPAF1 factor asociado con XIAP 1

A_23_P4283

NM_017523 HSXIAPAF1 factor asociado con XIAP 1

A_32_P132206 NM_017414

USP 18 peptidasa específica de ubiquitina 18

A_24_P317762 NM_002346

RIG-E complejo de ant�geno de linfocitos 6, locus E

A_24_P316257 NM_145270

FLJ36208 proteína hipotética FLJ36208

A_23_P105794 NM_001002264 EPSTI1

interacción con estroma epitelial 1

A_23_P166797 NM_022147

TMEM7 proteína sensible a interfer�n de 28kD

A_23_P111804 NM_022750

PARP12 familia de poli (ADP-ribosa) polimerasa, miembro 12

A_23_P250353 NM_001013000 HERC6

dominio hect y RLD 6, variante de transcrito 3

A_24_P334361 NM_017631

SGRA12061 proteína hipotética FLJ20035

A_23_P384355 NM_207315

TYKI familia de timidilato quinasa inducible por LPS

A_24_P30194

NM_012420 IFIT5 proteína inducida tetratricop�ptido 5 por interfer�n con repeticiones de

A_23_P4286

NM_017523 HSXIAPAF1 factor asociado a XIAP 1, variante de transcrito 1

A_32_P227059 AA977193

(sin símbolo) (sin gen conocido)

A_23_P142750 NM_002759

EIF2AK2 factor de inicio de la traducción eucariota 2-alfa quinasa 2

A_24_P161018 NM_017554

PARP14 familia de la poli (ADP-ribosa) polimerasa, miembro 14

A_24_P335305 NM_006187

OAS3 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 3

EJEMPLO 2

Materiales y métodos

Se analizó la expresión de genes sensibles a IFN-alfa (IRG) en datos de glóbulos blancos (WBC) de pacientes con SLE y donantes sanos obtenidos por Gene Logic Inc. (Gaithersburg, MD).

Los datos se produjeron de la siguiente manera: se recogieron 72 muestras de sangre de pacientes con SLE activo, se recogieron 46 muestras de sangre de donantes sanos. Se prepar� ARN de muestras de WBC usando el Kit de Aislamiento de ARN de Qiagen (Valencia, CA) y se hibrid� con microplacas de micromatrices de oligonucle�tidos HGU133 de Affymetrix, Inc. (Santa Clara, CA). Se procesaron los datos en bruto por extracción de elementos MAS5.0 Affymetrix para producir datos de Señal.

Los datos de micromatrices se agruparon jerárquicamente en dos dimensiones (muestras y sondas) usando el programa de software xcluster (pearson en señal log2) en sondas tanto con señal media en el percentil 70 superior como coeficiente de variabilidad en el percentil 70 superior. Los datos de grupos se visualizaron con el programa de software Java Treeview. Se realizó análisis numérico con R (http://www [insertar punto] r-project [insertar punto] org/), JMP (SAS Institute, Cary, NC).

Resultados y análisis

El agrupamiento de micromatrices de todas las muestras mostr� agrupamiento significativo tanto de muestras como de genes. El agrupamiento de muestras mostr� agrupamiento de una gran fracción de pacientes con SLE con enfermedad activa. El agrupamiento de genes mostr� varios subgrupos de genes agrupados estrechamente diferentes con patrones biológicos evidentes. Por ejemplo, un subgrupo estaba altamente enriquecido con respecto a genes que se sabe que son específicos para linfocitos B, otro con neutr�filos, otro para anticuerpos, y otro para IRG. El subgrupo de IRG mostr� un patrón interesante con respecto a las muestras: todas las muestras normales mostraron expresión baja de IRG, mientras que las muestras con SLE mostraron un amplio intervalo de expresión que vari� de tipo normal a extremadamente alto.

Los perfiles de expresión de sondas dentro de un subgrupo estrecho fueron muy similares pero no idénticos, y la variación entre perfiles muy similares pudo deberse en una parte significativa al ruido de las fuentes biológicas o tecnológicas. Por ejemplo, algunos genes se representaron en la micromatriz por más de una sonda, y hubo varios pares de sondas en el área del subgrupo de IRG que representan la expresión del mismo gen. En estos casos, las sondas se agruparon cerca unas de otras, en ocasiones inmediatamente adyacentes. Por lo tanto parecía que estaba presente un patrón claro y se reflej� en muchas sondas, y que la utilización de los datos de varias sondas para mitigar la interferencia de ruido en los datos podría identificar más claramente el patrón. No obstante, los genes que se identificaron podrían usarse individualmente como identificadores genéticos que se correlacionan con la presencia de enfermedad.

Se identificó un conjunto relativamente completo de genes cuya expresión es indicativa de una respuesta a interferones de tipo 1 (IRG). La región de IRG, identificada como una región estrechamente agrupada de los datos agrupados que contienen 80 sondas de micromatrices altamente enriquecidas en IRG conocidos, se us� como la definición de un perfil de respuesta a interfer�n promediando los datos agrupados en este corte de 80 sondas. El promedio se realizó tomando la media aritmética entre las 80 sondas para producir un vector de longitud 118 que describía la respuesta a interfer�n relativa media en las 118 muestras analizadas. La similitud de cada sonda en los datos del grupo se compar� después con este vector de identificación calculando el valor rho de correlación de Spearman de cada comparación por pares. La inspección visual de estos valores de rho con respecto a sondas en su orden agrupado mostr� un máximo evidente en el centro del grupo de IRG (Figura 4), y también revel� límites claros entre la región de correlación localmente elevada y las regiones adyacentes que estaban menos correlacionadas y se veían influidas mucho más intensamente por otras señales y ruido. Las sondas en esta región del IRG completa se enumeran en la Tabla 2. La Tabla 3 muestra sondas (en algunos casos, sondas múltiples) correspondientes a un subconjunto de genes nuevos de la Tabla 2.

Todas las sondas en este conjunto y sus genes correspondientes son marcadores útiles con respecto al nivel de respuesta de células sanguíneas a interferones de tipo I. Son informativas de la respuesta individualmente o cuando se combinan en cualquier número y combinación como se ha descrito previamente para crear una métrica de identificación de interfer�n (ISM). La medición de su nivel de expresión para este fin podría conseguirse eficazmente usando cualquiera de diversas técnicas convencionales, por ejemplo, micromatrices de expresión (por ejemplo, matrices disponibles en el mercado tales como HGU133 de Affymetrix), o PCR en tiempo real (por ejemplo Taqman).

Tabla 2. 201 sondas de micromatrices que constituyen un conjunto de genes sensibles a interfer�n de tipo I, su correlación de Spearman (rho) con la identificación de interfer�n, número de referencia de Genbank o Refseq, símbolo y nombre.

Sonda

Rho Referencia Símbolo Nombre

226603_at

0,9760 NM_152703 SAMD9L tipo que contiene dominio de motivo alfa estéril 9

230036_at

0,9754 NM_152703 SAMD9L tipo que contiene dominio de motivo alfa estéril 9

226702_at

0,9747 NM_207315 TYKI familia de timidilato quinasa inducible por LPS

242625_at

0,9733 NM_080657 RSAD2 que contiene dominio de radical S-adenosil metionina 2

(CIG5)

223220_s_at 0,9725 NM_031458

PARP9 familia de poli ADP-ribosa polimerasa, miembro 9

213797_at

0,9679 NM_080657 RSAD2 que contiene dominio de radical S-adenosil metionina 2

(CIG5)

204747_at

0,9664 NM_001031683 IFIT3 proteína inducida por interfer�n con repeticiones de

tetratricop�ptido 3

203153_at

0,9586 NM_001001887 IFIT1 proteína inducida por interfer�n con repeticiones de

tetratricop�ptido 1

226757_at

0,9582 NM_001547 IFIT2 proteína inducida por interfer�n con repeticiones de

tetratricop�ptido 2

229450_at

0,9572 NM_001031683 IFIT3 proteína inducida por interfer�n con repeticiones de

tetratricop�ptido 3

208436_s_at 0,9568 NM_001572

IRF7 factor regulador de interfer�n 7

219062_s_at 0,9544 NM_017742

ZCCHC2 dedo de cinc, que contiene dominio CCHC 2

224701_at

0,9531 NM_017554 PARP14 familia de poli ADP-ribosa polimerasa, miembro 14

205483_s_at 0,9511 NM_005101

G1P2 clon de proteína inducible por interfer�n alfa IFI-15K

218943_s_at 0,9495 NM_014314

DDX58 polip�ptido de caja DEAD Asp-Glu-Ala-Asp 58

(RIG1)

219863_at

0,9462 NM_016323 HERC5 dominio hect y RLD 5

227609_at

0,9458 NM_001002264 EPSTI1 interacción de estroma epitelial 1 de mama

219356_s_at 0,9456 NM_016410

CHMP5 proteína modificadora de cromatina 5

203596_s_at 0,9456 NM_012420

IFIT5 proteína inducida por interfer�n con repeticiones de

tetratricop�ptido 5

228152_s_at 0,9422 XM_037817

LCGE2279 9 FLJ31033

228531_at

0,9417 NM_017654 SAMD9 que contiene dominio de motivo alfa estéril 9

203595_s_at 0,9406 NM_012420

IFIT5 proteína inducida por interfer�n con repeticiones de

tetratricop�ptido 5

202446_s_at 0,9383 NM_021105

PLSCR2 fosfol�pido escramblasa 2

228617_at

0,9379 NM_017523 HSXIAPAF 1 factor asociado a XIAP 1

232222_at

0,9374 NM_017742 ZCCHC2 dedo de cinc, que contiene dominio CCHC 2

204439_at

0,9356 NM_006820 IFI44L tipo proteína inducida por interfer�n 44

212657_s_at 0,9346 NM_000577

IL1RN antagonista del receptor de interleucina 1

210797_s_at 0,9341 NM_003733

OASL tipo 2’-5’-oligoadenilato sintetasa

213294_at

0,9334 P_ADB12769 PRKR proteína quinasa dependiente de ARNbc

211012_s_at 0,9311 NM_002675

PML leucemia promieloc�tica

202086_at

0,9302 NM_002462 MX1 resistencia a virus de la gripe mixovirus 1

223502_s_at 0,9300 NM_006573

TNFSF13B superfamilia del ligando del factor de necrosis tumoral,

miembro 13b

227807_at

0,9295 NM_031458 PARP9 familia de poli ADP-ribosa polimerasa, miembro 9

214453_s_at 0,9278 NM_006417

IFI44 proteína inducida por interfer�n 44

205660_at

0,9275 NM_003733 OASL tipo 2’-5’-oligoadenilato sintetasa

228230_at

0,9273 NM_033405 PRIC285 receptor activado por proliferador peroxis�mico A

218400_at

0,9253 NM_006187 OAS3 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 3

223501_at

0,9227 NM_006573 TNFSF13B superfamilia del ligando del factor de necrosis tumoral,

miembro 13b

214059_at

0,9186 NM_006417 IFI44 proteína inducida por interfer�n 44

202687_s_at 0,9178 NM_003810

Apo-2L ligando Apo-2

202863_at

0,9176 NM_003113 SP140 proteína de cuerpo nuclear SP 140

217502_at

0,9158 NM_001547 IFIT2 proteína inducida por interfer�n con repeticiones de

tetratricop�ptido 2

218085_at

0,9130 NM_016410 CHMP5 proteína modificadora de cromatina 5

228439_at

0,9123 NM_138456 BATF2 factor de transcripción de cremallera de leucina básica, tipo

ATF 2

209593_s_at 0,9089 NM_014506

TOR1B familia de torsina 1, miembro B torsina B

222793_at

0,9079 NM_014314 DDX58 polip�ptido de caja DEAD Asp-Glu-Ala-Asp 58

(RIG1)

204994_at

0,9061 NM_002463 MX2 resistencia a virus de la gripe mixovirus 2 de ratón

219691_at

0,9029 NM_017654 SAMD9 que contiene dominio de motivo alfa estéril 9

208087_s_at 0,9027 NM_030776

ZBP1 proteína de unión Z-D 1

202270_at

0,9008 NM_002053 GBP1 proteína de unión a guanilato 1, inducible por interfer�n, 67

kDa

231577_s_at 0,9007 NM_002053

GBP1 proteína de unión a guanilato 1, inducible por interfer�n, 67

kDa

219209_at

0,9004 NM_022168 IFIH1 inducida por interfer�n con dominio de helicasa C 1

200986_at

0,8978 NM_000062 SERPING1 inhibidor de serina/ciste�na proteinasa, inhibidor de clado G

C1, 1

204972_at 0,8964 NM_001032731 OAS2 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 2, 69/71 kDa 242020_s_at 0,8948 NM_030776 ZBP1 proteína de unión Z-D 1

209498_at 0,8933 NM_001024912 CEACAM1 molécula de adhesión celular relacionada con ant�geno carcinoembrionario 1

235276_at 0,8931 NM_001002264 EPSTI1 interacción con el estroma epitelial 1 de mama

219211_at 0,8925 NM_017414 USP18 proteasa específica de ubiquitina 41

239277_at 0,8897 NM_001033583 ACOT9 acil-CoA tioesterasa 9

243271_at 0,8892 NM_152703 SAMD9L de tipo que contiene dominio de motivo alfa estéril 9

205098_at 0,8887 NM_001295 CCR1 receptor de motivo C-C de quimiocina

202430_s_at 0,8859 NM_021105 PLSCR2 fosfol�pido escramblasa 2

209417_s_at 0,8837 NM_005533 IFI35 proteína inducida por interfer�n 35

205552_s_at 0,8789 NM_001032409 OAS1 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 40/46kDa

231769_at 0,8783 NM_018438 FBXO6 proteína de caja F 6

241916_at 0,8782 NM_021105 PLSCR2 fosfol�pido escramblasa 2

233425_at 0,8778 NM_017742 ZCCHC2 dedo de cinc, que contiene dominio CCHC 2

218543_s_at 0,8762 NM_022750 PARP12 familia de poli ADP-ribosa polimerasa, miembro 12

202307_s_at 0,8742 NM_000593 TAP1 transportador 1, casete de unión a ATP, subfamilia B

204698_at 0,8735 NM_002201 ISG20 gen estimulado por interfer�n 20 kDa

202269_x_at 0,8730 NM_002053 GBP1 proteína de unión a guanilato 1, inducible por interfer�n, 67 kDa

232666_at 0,8711 NM_006187 OAS3 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 3, 100 kDa

218986_s_at 0,8703 NM_017631 SGRA1206 1 proteína hipotética FLJ20035

205569_at 0,8675 NM_014398 LAMP3 proteína de membrana asociada a lisosoma 3

202145_at 0,8672 NM_002346 LY6E (RIGE) complejo de ant�geno de linfocitos 6, locus E

219352_at 0,8671 NM_001013000 HERC6 dominio hect y RLD 6

239979_at 0,8665 NM_001002264 EPSTI1 interacción con el estroma epitelial 1 de mama

223599_at 0,8664 NM_001003818 TRIMP1 pseudog�n que contiene motivo tripartito 1

230866_at 0,8656 NM_006639 CYSLTR1 receptor de cisteinil leucotrieno 1

216565_x_at 0,8650 XM_497663 LOC391020 similar a proteína transmembrana inducida por interfer�n 3

212659_s_at 0,8635 NM_000577 IL1RN antagonista del receptor de interleucina 1

202869_at 0,8634 NM_001032409 OAS1 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 1, 40/46 kDa

223952_x_at 0,8623 NM_005771 DHRS9 familia de deshidrogenasa/reductasa SDR, miembro 9

205241_at 0,8614 NM_001953 SCO2 homólogo deficiente de SCO citocromo oxidasa 2 de levadura

227458_at 0,8601 NM_014143 PDL1/B7-H1 ligando 1 de muerte celular programada 1

231747_at 0,8600 NM_006639 CYSLTR1 receptor de cisteinil leucotrieno 1

209969_s_at 0,8576 NM_007315 STAT1 transductor de señal y activador de la transcripción 1, 91 kDa

218999_at 0,8561 NM_018295 AGPR4538 proteína hipotética MGC5242

224009_x_at 0,8535 NM_005771 DHRS9 familia de deshidrogenasa/reductasa SDR, miembro 9

228607_at 0,8529 NM_001032731 OAS2 2’-5’-oligoadenilato sintetasa

205099_s at 0,8516 NM_001295 CCR1 receptor de motivo C-C de quimiocina 1

219799_s_at 0,8479 NM_005771 DHRS9 familia de deshidrogenasa/reductasa SDR, miembro 9

206133_at 0,8420 NM_017523 HSXIAPAF 1 factor asociado con XIAP 1

211889_x_at 0,8386 NM_001024912 CEACAM1 molécula de adhesión celular relacionado con ant�geno carcinoembrionario 1

222154_s_at 0,8365 NM_015535 DNAPTP6 proteína transactivada por ADN polimerasa 6

225291_at 0,8350 NM_033109 PNPT1 polirribonucle�tido nucleotidiltransferasa 1

202864_s_at 0,8347 NM_003113 SP140 proteína de cuerpo nuclear SP 140

210705_s_at 0,8341 NM_033034 TRIM5 que contiene motivo tripartito 5

223167_s_at 0,8334 NM_013396 USP25 proteasa específica de ubiquitina 25

229625_at 0,8324 NM_004120 GBP5 proteína de unión a guanilato 5

202837_at 0,8278 NM_006700 TRAFD1 que contiene dominio de dedo de cinc de tipo TRAF 1

216243_s_at 0,8185 NM_000577 IL1RN antagonista del receptor de interleucina 1

223849_s_at 0,8180 NM_020963 MOV10 Mov10, virus de leucemia de Moloney 10, homólogo de ratón

222498_at 0,8175 NM_022461 AZI2 inducido por 5-azacitidina 2

238581_at 0,8173 NM_004120 GBP5 proteína de unión a guanilato 5

217933_s_at 0,8138 NM_015907 LAP3 leucina aminopeptidasa 3

219519_s_at 0,8108 NM_023068 SIGLEC1 sialoadhesina

208392_x_at 0,8084 NM_004509 SP110 proteína de cuerpo nuclear SP 110

239988_at 0,8079 NM_017912 SKKS30637 dominio Hect y RLD 6 230314_at 0,8074 P_ADH28842 CMLM110 marcador de gen de leucemia miel�gena crónica (CML) N� 110 206576_s_at 0,8072 NM_001024912 CEACAM1 molécula de adhesión celular relacionada con ant�geno

carcinoembrionario 1 227347_x_at 0,8047 NM_021170 HES4 hairy and enhancer of split 4 de Drosophila 202411_at 0,8038 NM_005532 IFI27 proteína inducible por interfer�n alfa 27 219684_at 0,7998 NM_022147 TMEM7 proteína transmembrana 7 205003_at 0,7974 NM_014705 DOCK4 dedicador de citocinesis 4 212185_x_at 0,7969 NM_005953 MT2A metalotione�na 2A 235256_s_at 0,7957 NM_138801 GALM galactosa mutarotasa aldosa 1-epimerasa 242234_at 0,7948 NM_017523 HSXIAPAF 1 factor asociado con XIAP 1 211883_x_at 0,7916 NM_001024912 CEACAM1 molécula de adhesión celular relacionado con ant�geno

carcinoembrionario 1 206513_at 0,7891 NM_004833 AIM2 ausente en melanoma 2 44673_at 0,7884 NM_023068 SIGLEC1 sialoadhesina 209546_s_at 0,7869 NM_003661 APOL1 apolipoprote�na L, 1 204415_at 0,7838 NM_002038 G1P3 clon de proteína inducible por interfer�n alfa IFI-6-16 206553_at 0,7821 NM_001032731 OAS2 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 2, 69/71 kDa 206461_x_at 0,7758 NM_005946 MT2A metalotione�na 2A 226169_at 0,7746 NM_030962 SBF2 factor de unión a SET 2 244398_x_at 0,7742 NM_152373 ZNF684 proteína de dedo de cinc 684 238439_at 0,7659 NM_144590 ANKRD22 dominio de repetición de anquirina 22 227649_s_at 0,7646 NM_015326 SRGAP2 proteína activadora de SLIT-ROBO Rho GTPasa 2 220998_s_at 0,7644 NM_030930 UNC93B1 homólogo de unc-93 B1 de C. elegans 204211_x_at 0,7628 NM_002759 EIF2AK2 factor de inicio de la traducción eucariota 2-alfa quinasa 2 224973_at 0,7612 NM_017633 FAM46A familia con similitud de secuencia 46, miembro A 234974_at 0,7601 NM_138801 GALM galactosa mutarotasa aldosa 1-epimerasa 242898_at 0,7588 NM_002759 EIF2AK2 factor de inicio de la traducción eucariota 2-alfa quinasa 2 232034_at 0,7581 BC080605 LOC203274 proteína hipotética LOC203274 231455_at 0,7560 NM_001001695 FLJ42418 FLJ42418 208581_x_at 0,7546 NM_005952 MT1X metalotione�na 1X 224225_s_at 0,7545 NM_016135 ETV7 gen variante de ets 7 (oncog�n TEL2) 205875_s_at 0,7543 NM_016381 TREX1 exonucleasa de reparación tres prima 1 209286_at 0,7522 NM_006449 CDC42EP3 proteína efectora de CDC42 que se une a Rho GTPasa 3 205715_at 0,7472 NM_004334 BST1 ant�geno de célula del estroma de la médula ósea 1 223834_at 0,7465 NM_014143 PDL1/B7-H1 ligando 1 de muerte celular programada 1

212285_s_at 0,7414 NM_198576 AGRN agrina 230695_s_at 0,7381 NM_152732 C6orf206 fase abierta de lectura del cromosoma 6 206 219364_at 0,7381 NM_024119 LGP2 ort�logo probable del D111gp2 de ratón 238455_at 0,7371 NM_032812 PLXDC2 que contiene dominio de plexina 2 201641_at 0,7343 NM_004335 BST2 ant�geno del estroma de la médula ósea 2 219439_at 0,7273 NM_020156 C1GALT1 sintasa de núcleo 1, glic-N-acetilgal 3-beta-galtransferasa, 1 224503_s_at 0,7231 NM_017742 ZCCHC2 dedo de cinc, que contiene dominio CCHC 2 234942_s_at 0,7226 NM_052951 DNTTIP1 proteína que interacciona con desoxinucleotidiltransferasa,

terminal, 1 214933_at 0,7212 NM_000068 CAC1A canal de calcio, dependiente de tensión, tipo P/Q, alfa 1A 219055_at 0,7189 NM_018079 SRBD1 dominio de unión a ARN S I 1 225447_at 0,7179 NM_000408 GPD2 glicerol-3-fosfato deshidrogenasa 2 mitocondrial 236285_at 0,7173 P_AAF17573 SYN22A2 Secuencia codificante de SYN22A2 asociado con cáncer de mama 217165_x_at 0,7168 NM_005946 MT2A metalotione�na 2A 200923_at 0,7164 NM_005567 LGALS3BP proteína de unión a lectina, de unión a galact�sido, soluble, 3 220104_at 0,7159 NM_020119 ZC3HAV1 dedo de cinc de tipo CCCH, antiviral 1 216950_s_at 0,7133 NM_000566 FCGR1A fragmento Fc de IgG, Ia de alta afinidad, receptor CD64 227905_s_at 0,7115 NM_022461 AZI2 inducido por 5-azacitidina 2 230997_at 0,7109 NM_145755 TTC21A dominio de repetición de tetratricop�ptido 21A

210889_s_at 0,7099 NM_001002273 FCGR2B Receptor Fc gamma de inmunoglobulina de baja afinidad ii-b 214511_x_at 0,7050 NM_000566 FCGR1A fragmento Fc de IgG, Ia de alta afinidad, receptor (CD64)

211456_x_at 0,7045 NM_001039954 MT1P2

232563_at 0,7017 NM_152373

ZNF684

235456_at 0,6926 NM_021063

HIST1H2B D

229194_at 0,6917 NM_032373

PCGF5

235157_at 0,6859 NM_017554

PARP14

230333_at 0,6851 NM_002970

SAT

231956_at 0,6813 NM_020954

KIAA1618

235175_at 0,6803 NM_052941

GBP4

232149_s_at 0,6777 NM_003580

NSMAF

235331_x_at 0,6769 NM_032373

PCGF5

221653_x_at 0,6762 NM_030882

APOL2

219716_at 0,6689 NM_030641

APOL6

214909_s_at 0,6669 NM_013974

DDAH2

207500_at 0,6654 NM_004347

CASP5

232081_at 0,6648 NM_004915

ABCG1

241812_at 0,6584 NM_015535

DNAPTP6

230166_at 0,6571 NM_133465

KIAA1958

239143_x_at 0,6554 NM_016271

RNF138

217823_s_at 0,6543 NM_016021

UBE2J1

242109_at 0,6501 NM_006519

TCTEL1

206175_x_at 0,6420 NM_013360

ZNF230

215537_x_at 0,6366 NM_013974

DDAH2

220252_x_at 0,6318 NM_025159

CXorf21

227268_at 0,6213 NM_016125

PLFL4625

216336_x_at 0,6153 NM_153341

IBRDC3

229804_x_at 0,6077 NM_018491

CBWD1

236013_at 0,6011 NM_000721

CAC1E

227004_at 0,5968 NM_003159

CDKL5

226099 at 0,5788 NM_012081

ELL2

227947_at 0,5761 NM_014721

PHACTR2

210985_s_at 0,5722 NM_003113

SP140

204326_x_at 0,5699 NM 005952

MT1X

233264_at 0,5515 AK022088

FLJ12026

212859_x_at 0,5285 NM_005953

MT1X

235348_at 0,5251 NM_032859

C13orf6

225872_at 0,5053 NM_025181

SLC35F5

235681_at 0,4913 NM_021063

HIST1H2B D

207291_at 0,4851 NM_024081

PRRG4

234997_x_at 0,4617 CD684982

EST1502

pseudog�n 2 de metalotione�na 1 proteína de dedo de cinc 684 histona 1, H2bd dedo anular de grupo polycomb 5 familia de poli ADP-ribosa polimerasa, miembro 14 Espermidina/espermina N1-acetiltransferasa KIAA1618 proteína de unión a guanilato 4 factor asociado con la activación de esfingomielinasa N-

SMasa neutra dedo anular de grupo polycomb 5 apolipoprote�na L, 2 apolipoprote�na L, 6 dimetillarginina dimetilaminohidrolasa 2 caspasa 5, ciste�na proteasa relacionada con la apoptosis casete de unión a ATP, sub-G WHITE, miembro 1 proteína transactivada por ADN polimerasa 6 KIAA1958

prote�na de dedo anular 138 enzima que se conjuga con ubiquitina E2, homólogo de J1 UBC6, levadura tipo 1 expresado en testículo asociado con complejo t 1

prote�na de dedo de cinc 230 dimetilarginina dimetilaminohidrolasa 2 fase abierta de lectura del cromosoma X 21 proteína PTD016 que contiene dominio IBR 3 que contiene dominio COBW 1 canal de calcio, dependiente de tensión, subunidad alfa 1E tipo quinasa dependiente de ciclina 5 factor de elongaci�n, R polimerasa II, 2 fosfatasa y regulador de actina 2 proteína de cuerpo nuclear SP140 Metalotione�na 1X HEMBB1001816

metalotione�na 1X

fase abierta de lectura del cromosoma 13 6 familia transportadora de solutos 35, miembro F5 histona 1, H2bd

�cido Gla G-carboxiglut�mico rico en prolina 4 transmembrana espermidina/espermina N1 acetil transferasa humana

Tabla 3. Subconjunto seleccionado de nuevos conjuntos de sondas/genes de la Tabla 2. Cuando sea apropiado, se enumeran múltiples conjuntos de sondas (con sus valores rho respectivos) con su gen correspondiente respectivo.

Sonda

Rho Referencia Símbolo Nombre

228152_s_at 0,9422

XM_037817 LCGE22799 FLJ31033

202446_s_at; 0,9383;

NM_021105 PLSCR2 fosfol�pido escramblasa 2

202430_s_at; 0,8859;

241916_at

0,8782

213294_at

0,9334 P_ADB12769 PRKR proteína quinasa dependiente de ARNbc

211012_s_at 0,9311

NM_002675 PML leucemia promieloc�tica

228230_at

0,9273 NM_033405 PRIC285 receptor activado por proliferador peroxis�mico A

202687_s_at 0,9178

NM_003810 Apo-2L ligando de Apo-2

202863_at; 0,9176; 202864_s_at; 0,8347; 210985_s_at 0,5722

209498_at; 0,8933; 211889_x_at; 0,8386; 206576_s_at; 0,8072; 211883_x_at 0,7916

239277_at 0,8897 231769_at 0,8783 202307_s_at 0,8742 204698_at 0,8735 218986_s_at 0,8703 205569_at 0,8675 223599_at 0,8664 230866_at; 0,8656; 231747_at 0,8600 216565_x_at 0,8650

223952_x_at; 0,8623; 224009_x_at; 0,8535; 219799_s_at 0,8479

205241_at 0,8614

227458_at; 0,8601; 223834_at 0,7465 209969_s_at 0,8576

218999_at 0,8561 210705_s_at 0,8341 223167_s_at 0,8334 229625_at; 0,8324; 238581_at 0,8173 202837_at 0,8278 223849_s_at 0,8180

222498_at; 0,8175; 227905_s_at 0,7115

217933_s_at 0,8138 219519_s_at; 0,8108; 44673_at 0,7884

208392_x_at 0,8084 239988_at 0,8079 230314_at 0,8074

227347_x_at 0,8047 202411_at 0,8038 205003_at 0,7974 212185_x_at; 0,7969; 206461_x_at; 0,7758; 217165_x_at 0,7168

235256_s_at; 0,7957; 234974_at 0,7601

206513_at 0,7891 209546_s_at 0,7869 204415_at 0,7838

NM_003113 SP140 NM_001024912 CEACAM1

NM_001033583 ACOT9 proteína de cuerpo nuclear SP140

NM_018438

FBXO6

NM_000593

TAP1

NM_002201

ISG20

Mol�cula de adhesión a células relacionadas con ant�geno carcinoembrionario 1

acil-CoA tioesterasa 9 proteína de caja F 6 transportador 1, casete de unión a ATP, subfamilia B gen estimulado por interfer�n de 20 kDa

NM_006639

XM_497663

NM_005771

NM_001953

NM_014143

NM_007315

NM_018295 NM_033034 NM_013396 NM_004120

NM_006700 NM_020963

NM_022461

NM_015907 NM_023068

NM_004509 NM_017912 P_ADH28842

NM_021170 NM_005532 NM_014705 NM_005953

NM_138801

NM_004833 NM_003661 NM_002038

NM_017631 SGRA12061 proteína hipotética FLJ20035 NM_014398 LAMP3 proteína de membrana asociada al lisosoma 3 NM_001003818 TRIMP1 pseudog�n que contiene motivo tripartito 1

marcador g�nico de leucemia miel�gena crónica (CML) N� 110 hairy and enhancer of split 4 de Drosophila

prote�na inducible por interfer�n alfa 27 dedicador de citocinesis 4 metalotione�na 2A

galactosa mutarotasa aldosa 1-epimerasa

ausente en melanoma 2 apolipoprote�na L, 1 clon de proteína inducible por interfer�n alfa IFI-6-16

CYSLTR1 receptor de cisteinil leucotrieno 1

LOC391020 similar a proteína transmembrana inducida por interfer�n 3

DHRS9 familia de deshidrogenasa/reductasa SDR miembro 9

SCO2 homólogo deficiente de SCO citocromo oxidasa 2 de levadura

PDL1/B7-H1 ligando 1 de muerte celular programada 1

STAT1

AGPR4538 TRIM5 USP25 GBP5

TRAFD1 MOV10

AZI2

LAP3 SIGLEC1

SP110 Transductor de señal y activador de la transcripción 1, 91 kDa proteína hipotética MGC5242 que contiene motivo tripartito 5 proteasa especifica de ubiquitina 25 proteína de unión a guanilato 5

que contiene dominio de dedo de cinc de tipo TRAF 1 Mov10, virus de leucemia de Moloney 10, homólogo de ratón inducido por 5-azacitidina 2

leucina aminopeptidasa 3 sialoadhesina

prote�na del cuerpo nuclear SP110

SKKS30637 dominio Hect y RLD 6

CMLM110

HES4 IFI27 DOCK4 MT2A

GALM

AIM2 APOL1 G1P3

206553_at 0,7821 NM_001032731 OAS2 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 2, 69/71 kDa 226169_at 0,7746 NM_030962 SBF2 factor de unión a SET 2

244398_x_at; 0,7742; NM_152373 ZNF684 proteína de dedo de cinc 684 232563_at 0,7017

238439_at 0,7659 NM_144590 ANKRD22 dominio de repetición de anquirina 22 227649_s_at 0,7646 NM_015326 SRGAP2 proteína activadora de GTPasa Rho SLIT-ROBO 2 220998_s_at 0,7644 NM_030930 UNC93B1 homólogo de unc-93 B1 de C. elegans 224973_at 0,7612 NM_017633 FAM46A familia con similitud de secuencia 46, miembro A 232034_at 0,7581 LOC203274 231455_at 0,7560 NM_001001695 FLJ42418 FLJ42418 208581_x_at; 0,7546; NM_005952 MT1X metalotione�na 1X

204326_x_at; 0,5699; 212859_x_at 0,5285

224225_s_at 0,7545 NM_016135 ETV7 gen variante de ets 7 (oncog�n TEL2) 205875_s_at 0,7543 NM_016381 TREX1 exonucleasa de reparación tres prima 1 209286_at 0,7522 NM_006449 CDC42EP3 unión a proteína Rho GTPasa efectora CDC42 3 205715_at 0,7472 NM_004334 BST1 ant�geno de célula del estroma de la médula ósea 1 212285_s_at 0,7414 NM_198576 AGRN agrina 230695_s_at 0,7381 NM_152732 C6orf206 lectura abierta del cromosoma 6 206 219364_at 0,7381 NM_024119 LGP2 ort�logo probable de ratón

238455_at 0,7371 NM_032812 PLXDC2 que contiene dominio de plexina 2

201641_at 0,7343 NM_004335 BST2 ant�geno del estroma de la médula ósea 2

219439_at 0,7273 NM_020156 C1GALT1 sintasa 1 del núcleo, glic-N-acetilgal 3-betagaltransferasa, 1 234942_s_at 0,7226 NM_052951 DNTTIP1 proteína que interacciona con desoxinucleotidiltransferasa, terminal, 1 214933_at 0,7212 NM_000068 CAC1A canal de calcio, dependiente de tensión, tipo P/Q, alfa 1A

219055_at 0,7189 NM_018079 SRBD1 dominio de unión a S1 ARN 1

225447_at 0,7179 NM_000408 GPD2 glicerol-3-fosfato deshidrogenasa 2 mitocondrial

236285_at 0,7173 P_AAF17573 SYN22A2 Secuencia codificante de SYN22A2 asociado a cáncer de mama 200923_at 0,7164 NM_005567 LGALS3BP proteína que se une a lectina, que se une a galact�sido,

soluble 3 220104_at 0,7159 NM_020119 ZC3HAV1 dedo de cinc de tipo CCCH, antiviral 1 216950_s_at; 0,7133; NM_000566 FCGR1A fragmento Fc de IgG, Ia de alta afinidad, receptor CD64 214511_ x_at 0,7050

230997_at 0,7109 NM_145755 TTC21A dominio de repetición de tetratricop�ptido 21A 210889_s_at 0,7099 NM_001002273 FCGR2B Receptor fc gamma de inmunoglobulina de baja afinidad

ii-b 211456_x_at 0,7045 NM_001039954 MT1P2 pseudog�n 2 de metalotione�na 1 235456_at; 0,6926; NM_021063 HIST1H2BD histona 1, H2bd 235681_at 0,4913

229194_at;

0,6917; NM_032373 PCGF5 dedo anular de grupo polycomb 5

235331_x_at

0,6769

230333_at

0,6851 NM_002970 SAT Espermidina/espermina N1-acetiltransferasa

231956_at

0,6813 NM_020954 KIAA1618 KIAA 1618

235175_at

0,6803 NM_052941 GBP4 proteína de unión a guanilato 4

232149_s_at 0,6777

NM_003580 NSMAF factor asociado a activación de esfingomielinasa N-SMasa

neutra

221653_x_at 0,6762

NM_030882 APOL2 apolipoprote�na L, 2

219716_at

0,6689 NM_030641 APOL6 apolipoprote�na L, 6

214909_s_at; 0,6669;

NM_013974 DDAH2 dimetillarginina dimetilaminohidrolasa 2

215537_x_at

0,6366

207500_at

0,6654 NM_004347 CASP5 caspasa 5, ciste�na proteasa relacionada con la apoptosis

232081_at

0,6648 NM_004915 ABCG1 casete de unión a ATP, subfamilia G WHITE, miembro 1

230166_at

0,6571 NM_133465 KIAA1958 KIAA1958

239143_x_at 0,6554

NM_016271 RNF138 proteína de dedo anular 138

217823_s_at 0,6543

NM_016021 UBE2J1 enzima que se conjuga con ubiquitina E2, homólogo de J

UBC6, levadura

242109_at

0,6501 NM_006519 TCTEL1 tipo 1 expresado en testículo asociado con complejo t 1

206175_x_at 0,6420

NM_013360 ZNF230 proteína de dedo de cinc 230

220252_x_at 0,6318

NM_025159 CXorf21 fase abierta de lectura 21 del cromosoma X

227268_at

0,6213 NM_016125 PLFL4625 proteína PTD016

216336_x_at 0,6153

NM_153341 IBRDC3 que contiene dominio IBR 3

229804_x_at 0,6077

NM_018491 CBWD1 que contiene dominio COBW 1

236013_at

0,6011 NM_000721 CAC1E canal de calcio, dependiente de tensión, subunidad alfa

1E

227004_at

0,5968 NM_003159 CDKL5 tipo quinasa dependiente de ciclina 5

226099_at

0,5788 NM_012081 ELL2 factor de elongaci�n, R polimerasa II, 2

227947_at

0,5761 NM_014721 PHACTR2 fosfatasa y regulador de actina 2

233264_at

0,5515 AK022088 FLJ12026 HEMBB1001816

235348_at

0,5251 NM_032859 C13orf6 fase abierta de lectura 6 del cromosoma 13

225872_at

0,5053 NM_025181 SLC35F5 familia de vehículos de soluto 35, miembro F5

207291_at

0,4851 NM_024081 PRRG4 ácido G-carboxiglut�mico Gla rico en prolina 4

transmembrana

234997_x_at 0,4617

CD684982 EST1502 espermidina/espermina N1 acetil transferasa humana

EJEMPLO 3

Para evaluar adicionalmente el grado en que dichas combinaciones g�nicas que comprenden uno o más de los genes que se han identificado en el presente documento se correlacionan con una identificación del gen de respuesta a interfer�n, se evalu� la correlación de Pearson de todas las posibles combinaciones de tres genes de 24 genes seleccionados (Tabla 4A). Los datos se muestran en la Tabla AB.

Materiales y métodos

Se usaron tubos PAXgene de Qiagen/PreAnalytix (Valencia, CA) para recoger sangre completa de 35 muestras de SLE y 10 donantes sanos. Se prepar� ARN usando un kit de aislamiento de ARN de sangre de Qiagen/PreAnalytix (Valencia, CA) y se ensay� la expresión de veinticuatro genes sensibles a interfer�n alfa (IFN !) usando métodos rutinarios, por ejemplo, usando cebadores/sondas con reactivos TaqMan de ABI (Foster City, CA). La abundancia relativa se determin� normalizando la expresión a RPL19. Se retir� una muestra de donante “sano” del análisis debido a expresión anormalmente alta de genes sensibles a IFN probablemente debido a una infección viral reciente. Una puntuación de Métrica de Identificación de Interfer�n (ISM) se definió de la siguiente manera:

1.

La expresión media para cada gen se calcul� en las muestras normales (“expresión media normal”).

2.

Se present� en tablas la relación de expresión en relación con la expresión normal media (etapa n� 1).

3.

La puntuación de ISM se define para cada muestra usando un conjunto de genes.

La puntuación de ISM fue la media de las relaciones de expresión (etapa N� 2) para el conjunto de genes en la muestra dada.

De los 24 genes sensibles a IFN!, fue posible generar 2024 subconjuntos de tres genes únicos. Para cada una de las 2024 posibles combinaciones de tres genes, se calcularon correlaciones de Pearson entre la puntuación de ISM de tres genes y la puntuación de ISM de veinticuatro genes. Todos los análisis numéricos se realizaron usando R (http://www [insertar punto] r-project [insertar punto] org/).

Resultado y análisis

Aunque la mayoría de las muestras de donantes sanos tuvieron una puntuación de ISM cercana a uno, una fracción significativa de pacientes con SLE tuvieron puntuaciones de ISM considerablemente superiores. Además, todas las puntuaciones de ISM de combinación de tres genes actuaron como sustitutos de alta calidad para la puntuación de ISM de veinticuatro genes. El histograma para la correlación de puntuación de ISM de tres genes con la puntuación de ISM de veinticuatro genes se muestra en la Figura 5. La correlación de Pearson más baja fue de 0,73 y el 70 % de las correlaciones fue superior a 0,95.

Como resulta evidente a partir de la Tabla 4B, todas las combinaciones mostraron valores de correlación significativos, siendo el valor más bajo aproximadamente 0,73. Esto demostr� la utilidad y flexibilidad de los genes desvelados anteriormente en el presente documento como marcadores de la enfermedad. La mayoría, pero no todos, de los 24 genes seleccionados son de las Tablas 1, 2 y/o 3. La alta correlación observada, incluso para combinaciones que comprenden un gen o genes que no est�n enumerados en las Tablas 1, 2 y/o 3, confirm� adicionalmente la utilidad y amplia aplicabilidad de los genes desvelados anteriormente en el presente documento

como marcadores de enfermedad.

Tabla 4A. Lista de 24 genes seleccionados con RefSeq ID correspondiente.

EPSTI1 NM_001002264

RIG1

(DDX58) NM_014314

OAS3 NM_006187

HERC5 NM_016323

PARP9 NM_031458

SAMD9L NM_152703

TYKI NM_207315

CHMP5 NM_016410

ZBP1 NM_030776

CIG5

(RSAD2) NM_080657

IFI44 NM_006417

IFI44L NM_006820

IFIT1 NM_001548

IFIT4

(IFIT3) NM_001549

IFIT5 NM_012420

IRF7 NM_004029

G1P2 NM_005101

MX1 NM_002462

OAS1 NM_002534

OAS2 NM_002535

OASL NM_003733

SP110 NM_004509

RIGE

(LY6E) NM_002346

XIAP NM_001167

Tabla 4B. Todas las posibles combinaciones de 3 genes de un grupo seleccionado de 24 genes, indicados con sus valores de correlación de Pearson respectivos.

Gen1

Gen2 Gen3 Correlación de Pearson

IFIT4

OAS1 MX1 0,996514

OASL

CHMP5 ZBP1 0,996478

IFI44L

OASL CIG5 0,996391

IFI44L

CIG5 ZBP1 0,995869

EPSTI1

TYKI MX1 0,995702

IFIT4

HERC5 TYKI 0,995611

IFIT4

TYKI XIAP 0,995609

IFI44L

OASL ZBP1 0,995602

IFI44L

IFIT4 OASL 0,995504

IFIT4

OAS1 IFIT1 0,995422

EPSTI1

HERC5 TYKI 0,995392

IFI44L

EPSTI1 OASL 0,995385

IFI44L

EPSTI1 OAS3 0,995345

EPSTI1

TYKI IFIT1 0,99515

G1P2

SAMD9L SP110 0,99489

IRF7

HERC5 TYKI 0,994867

IFIT5

CIG5 ZBP1 0,994863

IFI44L

EPSTI1 ZBP1 0,994776

IFI44L

SP110 ZBP1 0,994649

RIG1

IRF7 HERC5 0,994588

TYKI

IFIT1 XIAP 0,994564

IFIT4

TYKI MX1 0,994522

OASL

IFI44 ZBP1 0,994503

EPSTI1

G1P2 SAMD9L 0,994402

IRF7

SAMD9L MX1 0,99428

IFI44L

OAS2 OASL 0,994232

IFI44L

CIG5 SP110 0,994183

TYKI

MX1 XIAP 0,994176

IFI44L

OASL IRF7 0,994168

IFIT5

IFIT4 OAS3 0,994107

IRF7

HERC5 SAMD9L 0,994056

OASL

CIG5 CHMP5 0,994043

IRF7

TYKI IFIT1 0,993998

TYKI

IFIT1 SP110 0,993932

IFIT4

TYKI IFIT1 0,993875

CIG5

HERC5 TYKI 0,993865

IFIT5

IFIT4 ZBP1 0,993786

OAS2

OASL CHMP5 0,993676

IFI44L

IFIT4 RIGE 0,993594

EPSTI1

OAS3 CHMP5 0,993546

IFI44L

IFIT4 OAS3 0,993513

EPSTI1

G1P2 TYKI 0,993511

EPSTI1

G1P2 HERC5 0,99349

OAS1

IRF7 IFIT1 0,99348

IRF7

TYKI MX1 0,993472

IFIT5

OAS2 ZBP1 0,993459

IRF7

HERC5 IFIT1 0,99345

IFI44L

OASL XIAP 0,993443

OAS1

CIG5 IFIT1 0,993431

IFIT4

IRF7 TYKI 0,993429

HERC5

TYKI SP110 0,993356

IFIT4

RIG1 TYKI 0,993297

OAS1

IRF7 MX1 0,993259

IFIT5

IRF7 ZBP1 0,993164

IFIT4

G1P2 OAS1 0,993068

G1P2

IRF7 HERC5 0,992975

IFI44L

OAS2 CIG5 0,992931

CIG5

SAMD9L TYKI 0,992894

IRF7

HERC5 MX1 0,99289

OAS2

OASL IFI44 0,992876

HERC5

TYKI XIAP 0,992863

OASL

CIG5 IFI44 0,992852

CIG5

IFI44 ZBP1 0,992827

IFIT5

OAS2 IRF7 0,992666

IFI44L

IRF7 CIG5 0,992636

TYKI

MX1 SP110 0,992558

IFI44L

OASL MX1 0,992556

OAS1

CIG5 MX1 0,992546

EPSTI1

IFI44 OAS3 0,992546

G1P2

CIG5 SAMD9L 0,992522

EPSTI1

RIG1 TYKI 0,99252

OASL

SAMD9L IFIT1 0,992509

IFIT5

EPSTI1 ZBP1 0,992466

IFI44L

HERC5 RIGE 0,992413

CIG5

TYKI IFIT1 0,992392

IFI44L

IRF7 ZBP1 0,992374

G1P2

IRF7 SAMD9L 0,992327

IFIT4

SAMD9L TYKI 0,992311

IFI44L

OASL SP110 0,992307

IFIT5

OAS2 CIG5 0,992229

IFI44L

IFIT1 RIGE 0,992209

IFI44L

IFIT4 ZBP1 0,992195

IFI44L

CIG5 XIAP 0,992193

IFIT5

EPSTI1 OAS3 0,99217

IFI44L

OAS2 EPSTI1 0,992154

IFI44L

EPSTI1 CIG5 0,992137

IFI44L

OAS2 SP110 0,99207

EPSTI1

SAMD9L TYKI 0,99207

IFI44L

MX1 RIGE 0,992058

OASL

CHMP5 XIAP 0,992049

G1P2

HERC5 XIAP 0,992014

IFI44L

OASL IFIT1 0,992005

G1P2

SAMD9L ZBP1 0,991994

IFI44L

EPSTI1 RIGE 0,991991

IFIT5

OAS2 MX1 0,991941

IRF7

SAMD9L IFIT1 0,991891

IFI44L

IRF7 OAS3 0,991715

IFIT4

EPSTI1 TYKI 0,991674

EPSTI1

G1P2 OAS1 0,991603

IFI44L

OAS2 ZBP1 0,991594

EPSTI1

OAS1 MX1 0,991562

CIG5

HERC5 SAMD9L 0,99156

IFIT5

OAS3 IFIT1 0,991555

IFIT5

OASL MX1 0,991528

OAS1

IFIT1 MX1 0,991486

IFIT4

G1P2 SAMD9L 0,991439

IFIT5

CIG5 XIAP 0,991397

OAS2

IFI44 ZBP1 0,991331

EPSTI1

OASL CHMP5 0,991303

HERC5

IFIT 1 XIAP 0,991268

G1P2

HERC5 SP110 0,99125

CIG5

TYKI MX1 0,991247

OASL

SAMD9L MX1 0,991199

IFIT5

IFIT4 OAS2 0,991186

IFIT5

IRF7 OAS3 0,991178

IFI44L

OAS2 IRF7 0,991172

IFIT5

IFIT4 OASL 0,991098

IFIT5

IRF7 CIG5 0,991095

IFI44LI

OASL HERC5 0,991094

FI44L

RIGE XIAP 0,99101

OASL

IRF7 CHMP5 0,990968

IFIT4

SAMD9L MX1 0,990947

IFIT5

OAS3 MX1 0,990942

IFIT4

G1P2 HERC5 0,990937

G1P2

OAS1 CIG5 0,990933

G1P2

IFIT 1 XIAP 0,990886

SAMD9L

MX1 XIAP 0,990878

OAS3

CHMP5 SP110 0,990877

G1P2

TYKI SP110 0,990867

EPSTI1

OAS1 IFIT1 0,990838

G1P2

OASL SAMD9L 0,990826

IFI44L

CIG5 RIGE 0,990812

SAMD9L

TYKI SP110 0,990776

IFIT5

CIG5 MX1 0,990775

CHMP5

RIGE XIAP 0,990758

OASL

TYKI IFIT1 0,990748

HERC5

MX1 XIAP 0,990729

EPSTI1

G1P2 IFIT1 0,9907

IRF7

OAS3 CHMP5 0,990687

EPSTI1

OASL IFI44 0,990632

G1P2

OAS1 IFIT1 0,990614

IFIT5

XIAP ZBP1 0,990611

IFIT4

OAS1 HERC5 0,990512

IFIT4

HERC5 SAMD9L 0,990506

EPSTI1

IFI44 ZBP1 0,990464

OASL

CHMP5 SP110 0,990463

IFIT5

OASL IFIT1 0,990412

EPSTI1

TYKI XIAP 0,990325

EPSTI1

IRF7 TYKI 0,990315

G1P2

SAMD9L XIAP 0,990306

IFI44L

CIG5 OAS3 0,990281

IFIT5

OAS2 EPSTI1 0,990115

CIG5

SAMD9L MX1 0,990079

SAMD9L

TYK1 ZBP1 0,989993

OAS2

TYKI IFIT1 0,989986

EPSTI1

SAMD9L MX1 0,989945

IFI44

RIGE ZBP1 0,989942

IFIT5

MX1 RIGE 0,989937

IFI44L

OAS3 SP110 0,989929

IFIT5

MX1 ZBP1 0,98985

IFI44L

SAMD9L RIGE 0,989814

CIG5

IFI44 RIGE 0,989794

OAS2

CIG5 IFI44 0,989763

OASL

HERC5 SAMD9L 0,989717

IFIT4

IRF7 SAMD9L 0,989667

IFIT5

IFIT1 RIGE 0,989587

IFIT4

IRF7 HERC5 0,989574

IFIT5

OASL ZBP1 0,989563

TYKI

IFIT1 ZBP1 0,989561

G1P2

CIG5 HERC5 0,989534

HERC5

TYKI MX1 0,9895

EPSTI1

IFI44 RIGE 0,989498

G1P2

OAS1 MX1 0,989491

IRF7

SAMD9L TYKI 0,989455

CIG5

IFI44 OAS3 0,989384

IFIT5

OASL CIG5 0,989345

IFIT4

G1P2 TYKI 0,989323

IFI44L

OAS3 HERC5 0,989322

IFIT4

TYKI ZBP1 0,989292

IFIT5

SP110 ZBP1 0,98929

IFI44

SP110 ZBP1 0,989289

IFI44L

XIAP ZBP1 0,989258

HERC5

TYKI IFIT1 0,989244

IFIT5

OAS2 IFIT1 0,989239

EPSTI1

G1P2 MX1 0,98921

G1P2

IRF7 IFIT1 0,989159

IFI44L

IFIT4 OAS2 0,989146

OAS3

CHMP5 XIAP 0,989141

OASL

OAS3 CHMP5 0,989136

OASL

IFI44 XIAP 0,989112

IFI44L

EPSTI1 SP110 0,989091

IFI44L

IRF7 SP110 0,989077

IFI44L

IFIT4 CIG5 0,989073

CIG5

OAS3 CHMP5 0,989057

IFI44

RIGE XIAP 0,989037

CIG5

SAMD9L IFIT1 0,989029

IFI44L

CIG5 HERC5 0,989011

IFIT5

OAS3 HERC5 0,988963

IFIT4

HERC5 XIAP 0,988945

IFIT4

HERC5 MX1 0,988925

IFIT5

OAS3 XIAP 0,988891

IFI44L

IFIT4 SP110 0,988869

IFI44L

OAS3 XIAP 0,988845

CHMP5

RIGE ZBP1 0,988767

CIG5

CHMP5 RIGE 0,988756

IFI44L

OAS3 IFIT1 0,988746

RIG1

IRF7 SAMD9L 0,988717

IFI44

MX1 RIGE 0,988705

SAMD9L

IFIT1 XIAP 0,988634

EPSTI1

CHMP5 RIGE 0,988543

IFI44L

CIG5 MX1 0,988509

IFIT5

MX1 SP110 0,988438

HERC5

TYKI ZBP1 0,988437

OAS 1

IFIT1 ZBP1 0,988433

IFIT4

HERC5 IFIT1 0,988422

IRF7

TYKI XIAP 0,988382

IFIT5

IFIT1 ZBP1 0,988359

IFIT5

OAS2 OASL 0,988341

IFIT5

IFIT4 CIG5 0,988316

SAMD9L

IFIT1 ZBP1 0,988312

G1P2

IFIT1 SP110 0,988303

OAS1

IFIT1 XIAP 0,9883

OASL

SAMD9L TYK1 0,988278

HERC5

CHMP5 RIGE 0,988269

IFIT4

OAS1 TYKI 0,988268

OAS2

OAS 1 IFIT1 0,988248

G1P2

MX1 XIAP 0,988232

OAS1

HERC5 MX1 0,988215

OAS 1

CIG5 HERC5 0,988211

HERC5

SAMD9L ZBP1 0,988167

OAS2

HERC5 TYKI 0,988163

IFI44

OAS3 ZBP1 0,988139

CIG5

CHMP5 ZBP1 0,988136

IFI44L

IRF7 RIGE 0,988106

IFIT4

IFI44 OAS3 0,988101

OAS2

SAMD9L TYKI 0,988081

IFIT5

CIG5 IFIT1 0,988073

IFIT5

EPSTI1 CIG5 0,988072

IFIT4

OASL IFI44 0,98801

IFI44

HERC5 RIGE 0,987984

IFIT4

G1P2 XIAP 0,987951

IFI44L

MX1 SP110 0,98795

OAS1

MX1 XIAP 0,987945

RIG 1

IRF7 IFIT1 0,987936

IFIT4

RIG1 HERC5 0,987933

IFIT4

SAMD9L IFIT1 0,987928

IFI44L

EPSTI1 IRF7 0,987927

IFIT4

OAS1 IRF7 0,987914

IFIT5

OASL XIAP 0,987913

IFIT4

IFI44 RIGE 0,987912

IFIT5

CIG5 OAS3 0,987904

IFIT4

SAMD9L XIAP 0,987896

OAS2

G1P2 SAMD9L 0,987775

OASL

HERC5 IFIT1 0,987735

IRF7

IFI44 OAS3 0,987734

IFIT5

CIG5 HERC5 0,98773

EPSTI1

HERC5 MX1 0,987723

G1P2

CIG5 TYKI 0,98772

IFIT5

IFIT4 RIGE 0,987715

IFI44L

RIGE ZBP1 0,987715

IFIT5

OASL IRF7 0,987699

OAS1

HERC5 IFIT1 0,987696

EPSTI1

HERC5 SAMD9L 0,987685

OASL

IRF7 IFI44 0,98768

IFI44L

RIG 1 OASL 0,987635

EPSTI1

RIG1 G1P2 0,987607

IFIT4

CIG5 TYKI 0,987605

OAS2

EPSTI1 IFI44 0,987589

IFIT5

OAS2 XIAP 0,987588

OAS2

TYKI MX1 0,987555

OASL

IFI44 MX1 0,987554

CHMP5

MX1 RIGE 0,987534

IFI44L

OAS3 MX1 0,987521

IFI44

OAS3 SP110 0,987441

EPSTI1

HERC5 IFIT1 0,987435

G1P2

HERC5 IFIT1 0,987431

IFIT4

TYKI SP110 0,9874

OAS2

IFI44 RIGE 0,987335

IRF7

HERC5 XIAP 0,987327

OAS3

CHMP5 ZBP1 0,987314

HERC5

SAMD9L XIAP 0,987305

G1P2

HERC5 SAMD9L 0,987303

OASL

HERC5 TYKI 0,987292

RIG 1

IRF7 TYKI 0,987272

IFI44

OAS3 XIAP 0,987263

OASL

TYKI MX1 0,987226

SAMD9L

MX1 ZBP1 0,987216

G1P2

TYKI XIAP 0,987186

RIG1

IFIT1 XIAP 0,987143

CIG5

HERC5 IFIT1 0,987143

OASL

CHMP5 MX1 0,987113

IFIT5

CIG5 SP110 0,987103

HERC5

SAMD9L MX1 0,987078

EPSTI1

SAMD9L IFIT1 0,987021

IFI44L

EPSTI1 XIAP 0,986996

IFIT4

G1P2 IFIT1 0,986962

IFIT5

OAS2 SP110 0,986961

TYKI

IFIT1 MX1 0,986955

IFI44

IFIT1 RIGE 0,98694

G1P2

OAS1 IRF7 0,986929

RIG1

TYKI XIAP 0,986927

IFI44L

SP110 XIAP 0,986913

IFIT5

EPSTI1 OASL 0,986895

OASL

IFI44 SP110 0,986847

SAMD9L

MX1 SP110 0,986839

IFIT4

IFIT1 XIAP 0,986801

G1P2

SAMD9L MX1 0,986792

SAMD9L

TYKI MX1 0,986776

IFIT1

MX1 XIAP 0,986772

RIG 1

HERC5 XIAP 0,986653

IFIT4

SAMD9L ZBP1 0,986638

CIG5

IFI44 SP110 0,986615

RIG1

TYKI MX1 0,986584

IFI44L

CIG5 IFIT1 0,986574

CIG5

TYKI XIAP 0,986567

SAMD9L

TYKI XIAP 0,986554

IFI44L

RIG1 RIGE 0,986514

IFIT4

OASL CHMP5 0,986483

IFI44L

OAS2 MX1 0,986478

CIG5

IFI44 XIAP 0,98647

IFI44L

G1P2 RIGE 0,986469

IRF7

IFI44 ZBP1 0,986437

EPSTI1

CIG5 IFI44 0,986418

RIG 1

CIG5 TYKI 0,986387

RIG1

TYKI IFIT1 0,986336

IFIT5

EPSTI1 MX1 0,986313

IRF7

IFIT1 XIAP 0,986307

IFIT4

MX1 XIAP 0,98627

IFIT4

OAS3 CHMP5 0,986258

G1P2

IRF7 MX1 0,986258

OAS2

IFI44 SP110 0,986255

IFIT5

G1P2 CIG5 0,986247

IFI44L

HERC5 SP110 0,986229

G1P2

OASL IFIT1 0,986183

G1P2

SAMD9L IFIT1 0,986168

TYKI

MX1 ZBP1 0,986151

CHMP5

IFIT1 RIGE 0,986136

OAS1

IRF7 HERC5 0,986057

IRF7

IFIT1 MX1 0,986039

IFIT5

HERC5 RIGE 0,985983

IFIT5

OAS2 HERC5 0,985946

RIG 1

IRF7 MX1 0,985944

IFI44

XIAP ZBP1 0,985944

IFI44L

G1P2 OASL 0,985941

IFIT5

OASL HERC5 0,98592

G1P2

HERC5 MX1 0,985913

OAS2

OAS1 MX1 0,98591

IFIT5

G1P2 ZBP1 0,985875

OAS1

CIG5 TYKI 0,985852

RIG1

G1P2 HERC5 0,985831

OAS1

OASL IFIT1 0,985827

G1P2

CIG5 IFIT1 0,985799

IFI44L

OAS3 ZBP1 0,985763

IFI44L

OAS2 XIAP 0,985746

IFIT5

HERC5 ZBP1 0,985738

RIG1

HERC5 MX1 0,985734

IRF7

CIG5 TYKI 0,985724

CIG5

HERC5 MX1 0,985709

IFIT4

RIG1 SAMD9L 0,985702

OAS2

SAMD9L MX1 0,985696

OAS3

HERC5 CHMP5 0,985677

OASL

HERC5 CHMP5 0,985675

EPSTI1

G1P2 XIAP 0,985614

IFIT4

G1P2 MX1 0,985575

OAS2

SAMD9L IFIT1 0,985558

IFI44

OAS3 HERC5 0,985493

IFIT4

OASL TYKI 0,985491

IFIT5

OAS2 G1P2 0,985467

CHMP5

SP110 ZBP1 0,985431

RIG1

MX1 XIAP 0,985418

IFI44L

HERC5 ZBP1 0,985411

G1P2

HERC5 ZBP1 0,985399

IFI44L

MX1 ZBP1 0,985399

RIG1

HERC5 IFIT1 0,985388

OASL

IFI44 IFIT1 0,985349

RIG1

OAS1 MX1 0,985314

IFIT4

IFI44 ZBP1 0,985306

IFIT4

OASL SAMD9L 0,985271

OASL

IFI44 HERC5 0,985262

IFIT4

OAS2 TYKI 0,985259

IRF7

CHMP5 RIGE 0,985241

G1P2

IRF7 TYKI 0,98524

RIG1

SAMD9L MX1 0,985203

G1P2

OASL HERC5 0,985184

IFI44L

IFIT4 EPSTI1 0,985167

SAMD9L

IFIT1 SP110 0,985161

HERC5

SAMD9L SP110 0,985136

IFI44L

EPSTI1 MX1 0,985133

IFIT4

CHMP5 RIGE 0,985089

IFI44L

IFIT1 SP110 0,985074

OASL

CHMP5 IFIT1 0,985052

IFI44L

OAS2 RIGE 0,985038

OAS 1

MX1 ZBP 1 0,985036

IFIT5

G1P2 SP110 0,985035

RIG 1

HERC5 TYKI 0,98502

IFI44L

OAS2 HERC5 0,985013

OASL

IFI44 OAS3 0,984994

IFIT5

OAS3 ZBP1 0,984992

IRF7

CIG5 IFI44 0,984947

EPSTI1

CHMP5 ZBP1 0,984947

IFI44L

G1P2 SP110 0,984929

IFIT5

IFIT4 SP110 0,984889

IFI44

OAS3 MX1 0,984882

IFIT5

IFIT4 XIAP 0,984858

G1P2

OAS1 ZBP1 0,984857

IFI44L

OAS2 IFIT1 0,984833

IFIT5

EPSTI1 IRF7 0,984785

IFI44L

IFIT1 ZBP1 0,984771

G1P2

OAS1 HERC5 0,984751

IFI44L

OAS3 SAMD9L 0,984637

IFIT5

EPSTI1 XIAP 0,984622

OAS2

IRF7 IFI44 0,984619

IFIT4

IRF7 IFIT1 0,984565

IFIT5

IFITI SP110 0,984547

SAMD9L

TYKI IFIT1 0,984535

HERC5

SAMD9L IFIT1 0,984528

IFI44L

CIG5 TYKI 0,984518

RIG 1

OAS1 IFIT1 0,984505

IFI44L

OASL SAMD9L 0,984455

IRF7

IFI44 RIGE 0,984421

IFI44L

G1P2 CIG5 0,98441

OAS2

CHMP5 RIGE 0,98438

G1P2

TYKI IFIT1 0,984362

IFIT5

G1P2 OASL 0,98435

SAMD9L

CHMP5 RIGE 0,98435

IFIT4

OAS1 CIG5 0,984347

OAS2

HERC5 SAMD9L 0,98434

IFIT4

G1P2 IRF7 0,984323

G1P2

HERC5 TYKI 0,984302

IRF7

CIG5 SAMD9L 0,984261

EPSTI1

G1P2 IRF7 0,984258

OAS1

TYKI MX1 0,984212

IFI44L

RIG1 CIG5 0,984189

IFI44

OAS3 IFIT1 0,984148

OAS1

CIG5 SAMD9L 0,984088

IRF7

SAMD9L XIAP 0,984046

IFIT4

OAS1 XIAP 0,983986

G1P2

MX1 SP110 0,983965

OAS1

TYKI IFIT1 0,983952

IFIT4

OAS1 SAMD9L 0,983939

IRF7

MX1 XIAP 0,983917

G1P2

IFI44 RIGE 0,983911

EPSTI1

OAS1 TYKI 0,983904

IFI44L

OASL TYKI 0,983891

IFIT5

OAS2 PARP9 0,983888

RIG 1

G1P2 XIAP 0,983881

IFIT5

G1P2 RIGE 0,983874

OAS2

CHMP5 ZBP1 0,983861

IFIT4

RIG1 OAS1 0,983828

G1P2

IFIT1 ZBP 1 0,983828

IFIT4

IRF7 MX1 0,983803

OASL

HERC5 MX1 0,983775

RIG1

CIG5 SAMD9L 0,983728

IFIT5

RIGE XIAP 0,983696

HERC5

IFIT1 SP110 0,983625

IFIT5

CIG5 PARP9 0,983607

OASL

CHMP5 RIGE 0,983598

IFI44L

IFIT4 XIAP 0,983588

IRF7

SAMD9L ZBP1 0,983584

IFIT5

OAS3 SAMD9L 0,983578

G1P2

TYKI ZBP1 0,983567

EPSTI1

OAS1 HERC5 0,983564

HERC5

IFIT1 MX1 0,983432

IFIT4

EPSTI1 G1P2 0,98341

IFIT5

MX1 XIAP 0,983401

SAMD9L

IFIT1 MX1 0,983359

OAS3

CHMP5 MX1 0,983261

OAS2

IFI44 OAS3 0,983253

IFIT4

OAS 1 ZBP1 0,983249

G1P2

IRF7 XIAP 0,983205

OAS3

CHMP5 IFIT1 0,983177

HERC5

IFIT1 ZBP1 0,983163

IFIT5

IFIT4 EPSTI1 0,983135

IFIT5

OAS3 SP110 0,983121

OAS1

IFIT1 SP110 0,983118

OAS2

CIG5 CHMP5 0,983111

IFI44L

OASL OAS3 0,983103

G1P2

OAS1 SP110 0,983094

G1P2

OAS1 XIAP 0,983073

EPSTI1

IRF7 HERC5 0,983059

IFIT5

EPSTI1 G1P2 0,983057

IFIT5

IFIT4 IRF7 0,983047

IFI44L

EPSTI1 HERC5 0,982974

OAS2

G1P2 OAS1 0,982973

IFIT4

RIG 1 G1P2 0,98284

EPSTI1

IRF7 SAMD9L 0,982832

OAS3

SAMD9L IFIT1 0,98283

G1P2

TYKI MX1 0,982823

IFIT5

IRF7 MX1 0,982823

CIG5

IFI44 MX1 0,982815

IFIT5

IRF7 SP110 0,982806

EPSTI1

IFIT1 MX1 0,982804

OAS2

G1P2 HERC5 0,982779

HERC5

SAMD9L TYKI 0,982773

OASL

TYK1 CHMP5 0,98276

OAS1

SAMD9L MX1 0,982709

IFI44L

TYKI RIGE 0,982691

IFI44L

RIG 1 OAS3 0,982688

IFIT4

IFIT1 MX1 0,982616

EPSTI1

CIG5 TYKI 0,982605

G1P2

CIG5 MX1 0,982585

TYKI

CHMP5 RIGE 0,982585

IFI44L

IFIT4 IRF7 0,982564

IFIT5

CIG5 TYKI 0,982489

G1P2

CHMP5 RIGE 0,98248

IFIT5

OAS3 PARP9 0,982456

IFIT4

EPSTI1 OAS1 0,98245

CIG5

CHMP5 XIAP 0,982444

IRF7

CHMP5 ZBP1 0,982443

IFIT5

SAMD9L RIGE 0,982442

CIG5

CHMP5 SP110 0,982432

IFIT5

EPSTI1 IFIT1 0,982364

IFIT5

G1P2 OAS3 0,982346

OAS2

IFI44 XIAP 0,982312

CIG5

IFI44 HERC5 0,982284

OAS2

G1P2 TYKI 0,982279

RIG1

G1P2 IFIT1 0,982209

IFI44L

EPSTI1 G1P2 0,982198

OASL

IFIT1 MX1 0,982165

OAS1

OASL MX1 0,982158

IFIT4

RIG1 MX1 0,982123

IFI44L

TYKI SP110 0,982105

IFIT5

RIG 1 ZBP1 0,982033

IFI44L

SP110 RIGE 0,982032

IFI44L

EPSTI1 IFIT1 0,982017

IFIT4

CIG5 SAMD9L 0,981999

IFIT5

IFIT4 MX1 0,981994

IFIT5

RIG 1 OAS3 0,981987

OAS2

IFI44 MX1 0,981967

OAS2

G1P2 IFIT1 0,981944

IFIT4

OAS2 IFI44 0,981942

IFIT5

CIG5 RIGE 0,981929

RIG 1

G1P2 SAMD9L 0,981924

EPSTI1

TYKI ZBP1 0,981909

IFIT5

RIG1 CIG5 0,9819

IFI44L

G1P2 ZBP1 0,981887

OAS2

HERC5 IFIT1 0,981886

G1P2

OASL IFI44 0,981878

IFI44

SAMD9L RIGE 0,981874

IFIT5

SP110 XIAP 0,981729

CIG5

PARP9 SAMD9L 0,981712

OAS3

HERC5 SAMD9L 0,981703

EPSTI1

RIG 1 HERC5 0,981663

IFIT5

EPSTI1 RIGE 0,981653

RIG1

SAMD9L ZBP1 0,981639

HERC5

MX1 SP110 0,981627

IFIT5

IRF7 XIAP 0,981625

IFIT4

RIG 1 IFIT1 0,981605

IFI44

MX1 ZBP1 0,9816

RIG1

G1P2 IRF7 0,98159

IFI44L

CIG5 PARP9 0,981588

IRF7

TYKI ZBP1 0,981572

IFI44L

OAS1 CIG5 0,981535

OAS1

MX1 SP110 0,981522

IRF7

CIG5 HERC5 0,981504

OASL

IFI44 RIGE 0,98145

IFIT5

HERC5 SP110 0,981389

IFIT4

CIG5 IFI44 0,981344

EPSTI1

PARP9 TYKI 0,981338

IFI44L

IRF7 XIAP 0,981327

G1P2

IFIT1 MX1 0,981177

SAMD9L

IFIT1 RIGE 0,981164

CHMP5

XIAP ZBP1 0,981034

IRF7

CIG5 CHMP5 0,98102

IFI44L

CIG5 SAMD9L 0,980991

G1P2

OASL TYKI 0,980952

IFIT4

EPSTI1 SAMD9L 0,980931

CIG5

SAMD9L XIAP 0,98087

IFI44L

RIG 1 ZBP1 0,980847

G1P2

OASL CHMP5 0,98084

RIG 1

CIG5 HERC5 0,980836

IFI44L

OAS2 G1P2 0,980731

IFI44L

OAS2 TYKI 0,980703

IFIT5

OAS2 RIG1 0,980656

IFI44L

EASTI1 TYKI 0,980647

RIG I

TYKI SP110 0,980579

EPSTI1

IFIT1 XIAP 0,980575

IFI44

SP110 RIGE 0,980565

IFI44

HERC5 ZBP1 0,980564

EPSTI1

CIG5 CHMP5 0,980544

EPSTI1

IFI44 XIAP 0,980516

IFIT5

OAS2 TYKI 0,980487

EPSTI1

IRF7 IFIT1 0,980474

IFI44L

TYKI ZBP1 0,98047

IFI44L

OAS2 OAS3 0,980469

EPSTI1

IFI44 SP110 0,980453

OAS1

OAS3 IFIT1 0,980399

G1P2

OASL MX1 0,980398

OAS1

CHMP5 RIGE 0,980281

IFIT5

EPSTI1 HERC5 0,98028

OAS1

SAMD9L IFIT1 0,980165

OAS3

TYKI CHMP5 0,980145

IFIT4

EPSTI1 HERC5 0,980116

OAS2

EPSTI1 CHMP5 0,980093

IFI44L

OAS3 TYKI 0,980031

EPSTI1

HERC5 XIAP 0,980031

RIG1

SAMD9L IFIT1 0,98002

IFI44L

OAS1 RIGE 0,980003

G1P2

SAMD9L RIGE 0,979981

IFIT5

IFIT1 XIAP 0,979977

IFI44L

OASL PARP9 0,979964

CHMP5

SP110 RIGE 0,979922

OAS2

OAS3 CHMP5 0,979909

IFIT5

EPSTI1 SP110 0,97989

RIG1

HERC5 SAMD9L 0,97989

OAS2

CHMP5 SP110 0,979884

G1P2

SAMD9L TYKI 0,979881

IFIT5

OAS2 OAS3 0,979865

CIG5

IFIT1 MX1 0,97981

IFI44L

G1P2 OAS3 0,979733

IFIT5

TYKI ZBP1 0,97972

CIG5

IFI44 IFIT1 0,979594

OAS2

IFI44 HERC5 0,979577

IFIT4

PARP9 TYKI 0,979539

OAS1

OAS3 CHMP5 0,979509

IFIT5

IRF7 RIGE 0,979509

TYKI

XIAP ZBP1 0,979497

EPSTI1

MX1 XIAP 0,979484

CIG5

HERC5 XIAP 0,979467

IFIT5

RIGE ZBP1 0,979447

OAS3

SAMD9L CHMP5 0,979429

IFIT5

IRF7 IFIT1 0,979416

EPSTI1

IRF7 IFI44 0,979334

G1P2

CIG5 IFI44 0,979329

IFIT4

G1P2 ZBP1 0,979297

IFIT4

OASL IFIT1 0,979261

EPSTI1

IRF7 MX1 0,979237

IF144

IFIT1 ZBP1 0,979214

IFI44L

MX 1 XIAP 0,979195

HERC5

MX 1 ZBP1 0,979186

IFI44L

IRF7 MX1 0,979186

OAS1

PARP9 IFIT1 0,979168

OAS2

IRF7 TYKI 0,979158

EPSTI1

RIG1 IFIT1 0,979136

EPSTI1

RIG1 MX1 0,979132

IFI44L

OAS3 PARP9 0,979131

IFI44

MX1 SP110 0,979127

OAS1

IRF7 CIG5 0,979073

IFIT4

PARP9 SAMD9L 0,979062

IFIT4

HERC5 ZBP1 0,979058

RIG1

CHMP5 RIGE 0,979057

G1P2

CIG5 XIAP 0,979049

OAS1

HERC5 ZBP1 0,979026

IFI44L

OASL RIGE 0,979004

OAS2

IRF7 CHMP5 0,978997

EPSTI1

RIG1 SAMD9L 0,978996

OASL

IRF7 SAMD9L 0,978946

OAS2

HERC5 MX1 0,978889

HERC5

SAMD9L RIGE 0,978849

IFIT4

CIG5 HERC5 0,978822

IFIT4

OASL HERC5 0,978804

RIG1

G1P2 MX1 0,978789

IFIT5

CIG5 SAMD9L 0,978769

IFI44L

OAS1 OAS3 0,978759

OAS3

SAMD9L MX1 0,978718

RIG1

TYKI ZBP1 0,978668

G1P2

IFI44 ZBP1 0,978638

EPSTI1

IFI44 MX1 0,97863

OAS2

IFI44 IFIT1 0,978619

CIG5

PARP9 TYKI 0,978512

EPSTI1

PARP9 SAMD9L 0,978467

EPSTI1

SAMD9L XIAP 0,978424

IFIT5

OAS3 TYKI 0,978409

IFIT5

OASL SP110 0,978403

IFI44

SP110 XIAP 0,978398

IFI44L

IFIT4 MX1 0,978348

IFI44L

OAS2 RIG1 0,978343

CIG5

IFIT1 XIAP 0,978337

RIG1

OASL CHMP5 0,978325

IFI44L

SAMD9L ZBP1 0,978297

IFIT5

IFIT4 IFIT1 0,978296

OAS1

IRF7 TYKI 0,97822

IFIT5

OASL SAMD9L 0,978202

IRF7

TYKI SP110 0,978191

SAMD9L

MX1 RIGE 0,978177

IFIT5

OASL TYKI 0,978163

PARP9

SAMD9L XIAP 0,978139

G1P2

IFI44 OAS3 0,978119

OAS1

HERC5 XIAP 0,97802

IFIT4

OAS2 SAMD9L 0,978019

IFI44L

IRF7 HERC5 0,978014

RIG1

OASL SAMD9L 0,97801

G1P2

MX1 ZBP1 0,977958

IFI44L

OAS2 PARP9 0,977945

OAS3

SAMD9L TYKI 0,977935

PARP9

IFIT1 XIAP 0,977901

G1P2

OAS1 OASL 0,977848

IFIT4

OAS2 OAS1 0,977813

IFI44

OAS3 SAMD9L 0,977801

IFI44

TYKI RIGE 0,97779

IFIT5

SAMD9L ZBP1 0,977734

OAS2

EPSTI1 TYKI 0,977724

PARP9

SAMD9L IFIT1 0,977718

RIG1

SAMD9L XIAP 0,977704

OAS3

TYKI IFIT1 0,977699

IFIT5

RIG 1 OASL 0,977613

TYKI

SP110 XIAP 0,977603

PARP9

TYKI IFIT1 0,977602

G1P2

OAS1 SAMD9L 0,977585

PARP9

TYKI X1AP 0,977542

OASL

IFI44 TYKI 0,977504

IFIT5

IRF7 HERC5 0,977473

IRF7

IFI44 SP110 0,977459

IFIT5

EPSTI1 TYKI 0,977454

IRF7

CIG5 IFIT1 0,977446

OAS2

OAS 1 HERC5 0,977433

CIG5

TYKI CHMP5 0,977361

IFIT5

IFIT4 HERC5 0,977353

IFIT4

EPSTI1 MX1 0,977281

IFI44L

RIG1 SP110 0,977267

IFIT5

OASL PARP9 0,977265

IFIT4

EPSTI1 IFIT1 0,977256

RIG1

IFIT1 MX1 0,977255

IFI44L

IFIT4 HERC5 0,977207

IFIT4

G1P2 CIG5 0,977176

CIG5

IFI44 TYKI 0,9771

OAS1

TYKI ZBP1 0,977098

OAS2

G1P2 IFI44 0,977092

OASL

SAMD9L CHMP5 0,977068

IFIT4

IFI44 SP110 0,977067

G1P2

PARP9 SAMD9L 0,977067

IFIT4

CHMP5 ZBP1 0,977042

CIG5

HERC5 CHMP5 0,976966

IFIT4

G1P2 OASL 0,976916

OAS2

G1P2 MX1 0,976841

G1P2

IRF7 CIG5 0,97684

IFIT4

OAS1 PARP9 0,976808

OAS1

SAMD9L ZBP1 0,976794

IFIT4

OAS3 SAMD9L 0,976791

IFI44L

IFIT1 XIAP 0,97677

IFI44L

IRF7 IFIT1 0,976769

IFIT4

IFIT1 ZBP1 0,976725

G1P2

IFI44 SP110 0,976722

OAS2

OAS1 TYKI 0,976711

IFIT5

OAS2 RIGE 0,976711

EPSTI1

G1P2 PARP9 0,97671

IFIT5

TYKI SP110 0,976687

G1P2

OAS3 SAMD9L 0,976675

RIG1

IFI44 RIGE 0,976614

IFIT4

EPSTI1 IFI44 0,976597

RIG1

OAS3 CHMP5 0,976452

EPSTI1

OAS1 SAMD9L 0,976439

RIG1

G1P2 CIG5 0,976418

CIG5

CHMP5 MX1 0,976409

OAS1

IRF7 SAMD9L 0,976378

OAS3

HERC5 IFIT1 0,976367

OAS2

IRF7 SAMD9L 0,976358

IFIT5

IFIT4 G1P2 0,976294

EPSTI1

OAS 1 IRF7 0,976291

IFI44

HERC5 SP110 0,976272

IFI44

OAS3 RIGE 0,976262

IFIT4

G1P2 SP110 0,976253

EPSTI1

G1P2 IFI44 0,976186

OASL

IFIT1 XIAP 0,976181

IRF7

PARP9 SAMD9L 0,976177

IRF7

HERC5 ZBP1 0,976154

OAS3

CHMP5 RIGE 0,976111

OASL

TYKI X1AP 0,976092

IFI44L

OAS2 SAMD9L 0,976088

IFI44L

OAS1 OASL 0,976054

IFIT1

MX1 SP110 0,976025

IFI44L

HERC5 XIAP 0,975972

IFIT5

G1P2 XIAP 0,975971

IFIT5

OAS2 SAMD9L 0,975959

IFIT5

HERC5 XIAP 0,975949

OASL

IFI44 SAMD9L 0,975842

IFIT5

EPSTI1 PARP9 0,975824

EPSTI1

IFI44 HERC5 0,975738

SAMD9L

TYKI RIGE 0,975714

IFI44

OAS3 TYKI 0,975702

IFIT5

TYKI RIGE 0,97567

RIG1

CIG5 IFIT1 0,975658

HERC5

PARP9 SAMD9L 0,975637

G1P2

OAS3 CHMP5 0,975579

OAS1

HERC5 TYKI 0,975575

IFIT5

OASL OAS3 0,975559

IFI44L

IFIT4 IFIT1 0,975549

SAMD9L

XIAP ZBP1 0,975489

EPSTI1

OASL TYKI 0,975407

IFI44L

EPSTI1 PARP9 0,975398

OASL

IRF7 IFIT1 0,975396

RIG1

OAS 1 CIG5 0,975346

RIG1

OASL IFIT1 0,975344

IFIT4

OAS1 OASL 0,975331

OAS3

HERC5 TYKI 0,975303

OAS1

IFI44 RIGE 0,975295

OAS2

IFIT1 MX1 0,97529

IFIT1

MX1 ZBP1 0,975252

CIG5

MX1 XIAP 0,975204

OAS1

CIG5 PARP9 0,97518

IFIT5

PARP9 ZBP1 0,975163

IFI44L

OAS1 ZBP1 0,97516

IFI44L

EPSTI1 RIG1 0,975122

IFIT4

OASL MX1 0,975118

OASL

IRF7 TYKI 0,975116

OAS2

RIG1 TYKI 0,97509

OAS2

CHMP5 XIAP 0,975079

OASL

SAMD9L XIAP 0,975079

HERC5

PARP9 IFIT1 0,975059

RIG1

G1P2 OAS1 0,975034

RIG1

OASL IFI44 0,974999

IFI44

OAS3 PARP9 0,974929

IFIT4

IFI44 XIAP 0,974925

IRF7

IFIT1 ZBP1 0,974912

PARP9

SAMD9L MX1 0,97489

OAS1

IFIT1 RIGE 0,974859

EPSTI1

SAMD9L ZBP1 0,974825

HERC5

PARP9 XIAP 0,974823

EPSTI1

TYKI SP110 0,974822

IFIT4

CIG5 IFIT1 0,974778

G1P2

OAS1 TYKI 0,974713

IFI44

IFIT1 SP110 0,974708

HERC5

PARP9 TYKI 0,9747

EPSTI1

G1P2 ZBP1 0,974674

IFI44L

OAS2 OAS1 0,974667

IFI44

TYKI ZBP1 0,974642

EPSTI1

CHMP5 XIAP 0,974537

IFIT4

SAMD9L SP110 0,974501

TYKI

CHMP5 ZBP1 0,974475

EPSTI1

G1P2 CIG5 0,974468

OAS1

IFI44 OAS3 0,974458

EPSTI1

IFI44 IFIT1 0,974387

OAS1

OAS3 MX 1 0,974382

OAS2

TYKI XIAP 0,974363

OAS1

OASL HERC5 0,974357

IFIT5

G1P2 IRF7 0,974308

OAS1

OASL CHMP5 0,974297

TYKI

IFIT1 RIGE 0,974282

OAS1

PARP9 MX1 0,974256

OAS2

IF144 TYKI 0,974177

OAS1

CIG5 IFI44 0,974175

RIG1

IFI44 OAS3 0,974125

IFI44L

IFIT4 TYKI 0,974105

OAS1

CIG5 CHMP5 0,974105

OAS2

PARP9 SAMD9L 0,974104

IRF7

CIG5 MX1 0,974084

CHMP5

SP110 XIAP 0,974042

EPSTI1

CHMP5 SP110 0,973988

OAS1

TYKI XIAP 0,973951

HERC5

CHMP5 ZBP1 0,973937

CIG5

TYKI ZBP1 0,973936

IFI44L

SAMD9L SP110 0,973933

IFIT4

HERC5 PARP9 0,973933

IFIT5

OAS1 CIG5 0,97391

G1P2

PARP9 XIAP 0,973887

OAS1

CIG5 XIAP 0,973886

CHMP5

MX1 ZBP1 0,973864

TYKI

CHMP5 SP110 0,973768

EPSTI1

PARP9 IFIT1 0,97373

IRF7

CHMP5 SP110 0,973693

CIG5

IFI44 PARP9 0,973655

G1P2

PARP9 IFIT1 0,973599

EPSTI1

CIG5 SAMD9L 0,973586

G1P2

IRF7 ZBP1 0,97357

EPSTI1

IRF7 CHMP5 0,973555

OASL

IFI44 PARP9 0,973554

OAS2

TYKI CHMP5 0,973542

RIG1

G1P2 TYKI 0,973532

IRF7

IFI44 XIAP 0,973462

IFIT5

RIG1 RIGE 0,973451

IFIT5

IFIT4 TYKI 0,973442

G1P2

HERC5 PARP9 0,97344

OAS2

CHMP5 MX1 0,973422

PARP9

SAMD9L TYKI 0,973386

IFI44

MX1 XIAP 0,973355

RIG1

SAMD9L TYKI 0,973328

CIG5

CHMP5 IFIT1 0,973246

CIG5

HERC5 PARP9 0,973244

IFI44L

IFIT4 G1P2 0,973197

OASL

IRF7 HERC5 0,973112

IFIT4

CIG5 CHMP5 0,973104

OAS2

OAS1 SAMD9L 0,973103

G1P2

CIG5 CHMP5 0,973073

RIG1

G1P2 SP110 0,973048

IFIT4

CIG5 MX1 0,973006

IFI44L

EPSTI1 OAS1 0,973006

IFIT4

OAS3 TYKI 0,973003

G1P2

XIAP ZBP1 0,97295

OASL

PARP9 SAMD9L 0,972938

EPSTI1

HERC5 PARP9 0,972841

IFIT1

XIAP ZBP1 0,972814

IFIT4

PARP9 IFIT1 0,972796

CHMP5

MX1 SP110 0,972719

PARP9

TYKI MX1 0,972707

IFIT4

MX1 ZBP1 0,972638

IFI44L

EPSTI1 SAMD9L 0,972539

IFIT5

IFIT1 MX1 0,972533

IFI44L

G1P2 XIAP 0,972515

EPSTI1

IFI44 TYKI 0,972495

IFIT4

OAS2 HERC5 0,97249

IFIT4

RIG1 XIAP 0,97246

IFIT5

HERC5 MX1 0,972458

OAS1

TYKI SP110 0,972445

EPSTI1

OAS 1 CIG5 0,972368

CIG5

PARP9 IFIT1 0,972329

IFIT4

OAS2 G1P2 0,972297

IFIT4

IRF7 IFI44 0,972137

HERC5

IFIT1 RIGE 0,97204

IFI44L

PARP9 RIGE 0,971994

RIG1

CIG5 MX1 0,971955

CIG5

IFI44 SAMD9L 0,971908

CHMP5

IFIT1 ZBP1 0,971907

CIG5

SAMD9L ZBP1 0,971889

G1P2

OAS1 PARP9 0,971807

IRF7

PARP9 IFIT1 0,97179

OAS3

TYKI MX1 0,971782

OAS2

HERC5 CHMP5 0,97176

IRF7

HERC5 PARP9 0,971671

IFIT4

G1P2 PARP9 0,971625

EPSTI1

TYKI CHMP5 0,971602

IRF7

IFI44 MX1 0,971595

OAS1

OASL SAMD9L 0,971575

IFIT4

OAS2 CHMP5 0,971528

IFI44L

G1P2 IRF7 0,971506

OAS1

HERC5 SP110 0,971466

RIG1

OASL TYKI 0,971392

IRF7

PARP9 TYKI 0,971348

IFIT4

OAS1 OAS3 0,971335

G1P2

CHMP5 ZBP1 0,971335

IFIT4

HERC5 SP110 0,971301

IFI44

TYK1 SP110 0,971298

OAS2

IRF7 HERC5 0,97127

IFIT4

OAS2 IFIT1 0,971233

IF144L

PARP9 SP110 0,971191

IFIT5

OAS1 OAS3 0,971185

OAS2

IRF7 IFIT1 0,971184

OAS2

IFI44 PARP9 0,971174

IFI44L

PARP9 ZBP1 0,971145

G1P2

CHMP5 SP110 0,971088

OAS1

HERC5 SAMD9L 0,971083

G1P2

CIG5 PARP9 0,971042

IFIT5

PARP9 XIAP 0,971027

EPSTI1

CHMP5 MX1 0,970954

G1P2

SP110 XIAP 0,970897

OASL

HERC5 XIAP 0,970881

RIG1

IFIT1 ZBP1 0,97081

G1P2

OASL XIAP 0,970803

OAS2

PARP9 TYKI 0,970766

IFI44L

IFIT4 OAS1 0,970742

IFIT5

G1P2 MX1 0,970738

EPSTI1

CIG5 HERC5 0,970734

EPSTI1

OAS1 PARP9 0,970723

HERC5

TYKI RIGE 0,970716

OAS1

OAS3 HERC5 0,970715

G1P2

IFIT1 RIGE 0,970712

IFIT4

IRF7 XIAP 0,970712

HERC5

CHMP5 SP110 0,970697

IFI44L

OAS3 RIGE 0,970693

RIG1

CIG5 IFI44 0,970657

EPSTI1

OASL SAMD9L 0,970657

RIG1

G1P2 ZBP1 0,970629

RIG1

HERC5 ZBP1 0,970593

IFI44

SAMD9L ZBP1 0,970587

OAS1

IRF7 XIAP 0,970567

IFIT4

IFI44 MX1 0,970564

OAS1

OASL TYKI 0,970536

OAS1

OASL IFI44 0,970435

OAS1

OAS3 SAMD9L 0,970395

OAS1

IRF7 ZBP1 0,970393

IFI44L

TYKI XIAP 0,970382

HERC5

XIAP ZBP1 0,970322

OAS2

CHMP5 IFIT1 0,970286

EPSTI1

OAS1 XIAP 0,970174

IFI44L

IRF7 TYKI 0,970096

IFI44L

HERC5 MX1 0,970092

PARP9

MX1 XIAP 0,970089

IFIT5

EPSTI1 RIG1 0,970015

IFIT5

IFIT4 PARP9 0,97001

G1P2

OAS3 IFIT1 0,96993

OAS3

HERC5 MX1 0,969845

OASL

MX1 XIAP 0,969812

OAS1

IFI44 ZBP1 0,969803

G1P2

HERC5 RIGE 0,969762

IFIT5

PARP9 SP110 0,969753

G1P2

OAS3 HERC5 0,969712

OAS1

MX1 RIGE 0,969615

HERC5

PARP9 MX1 0,969607

IFI44

IFIT1 XIAP 0,969589

RIG

OASL HERC5 0,969589

C1G5

TYKI SP110 0,969581

G1P2

IRF7 SP110 0,969568

IFIT5

IFI44L RIGE 0,969542

IFI44

HERC5 XIAP 0,96949

RIG1

IFI44 ZBP1 0,969468

IFIT5

HERC5 IFIT1 0,969441

IRF7

IFI44 HERC5 0,96943

RIG1

OAS1 HERC5 0,969339

IFIT5

TYKI XIAP 0,969273

EPSTI1

G1P2 OASL 0,969257

IFIT5

G1P2 IFIT1 0,969226

TYKI

MX1 RIGE 0,969116

OAS3

PARP9 CHMP5 0,969112

EPSTI1

G1P2 CHMP5 0,96899

IFIT4

SAMD9L RIGE 0,968926

IFIT4

OAS1 SP110 0,968908

OAS2

CIG5 TYKI 0,968886

EPSTI1

CIG5 IFIT1 0,968832

IFIT4

RIG1 IRF7 0,968749

OASL

IRF7 MX1 0,968693

IFIT4

IFIT1 SP110 0,968688

OAS2

OAS1 IFI44 0,968687

OAS2

RIG1 SAMD9L 0,968678

IFIT5

EPSTI1 SAMD9L 0,968673

OAS1

CHMP5 ZBP1 0,968667

IFI44L

OAS1 SP110 0,968637

EPSTI1

RIG1 OAS1 0,968633

G1P2

OAS1 OAS3 0,968589

IFIT4

IFI44 HERC5 0,968562

IFI44

PARP9 RIGE 0,96854

IRF7

SAMD9L SP110 0,96853

OASL

CIG5 TYKI 0,968523

EPSTI1

HERC5 CHMP5 0,96846

OAS2

G1P2 CHMP5 0,968446

IRF7

OAS3 SAMD9L 0,968439

G1P2

OASL IRF7 0,968413

EPSTI1

OASL IFIT1 0,968391

IFIT4

OAS3 HERC5 0,968353

IFIT5

IRF7 TYKI 0,968333

RIG1

OAS1 IRF7 0,968329

EPSTI1

IFIT1 ZBP1 0,968297

OASL

CIG5 SAMD9L 0,968278

IRF7

MX1 ZBP1 0,968177

OAS1

HERC5 PARP9 0,968172

G1P2

PARP9 TYKI 0,968154

CHMP5

IFIT1 SP110 0,968058

IFIT4

CHMP5 SP110 0,968014

IFI44L

IFIT1 MX1 0,967969

IFIT4

OAS2 MX1 0,967961

IRF7

CHMP5 XIAP 0,967909

IFIT5

OAS1 ZBP1 0,967889

IRF7

IFI44 IFIT1 0,967883

IFI44L

HERC5 IFIT1 0,967852

OAS2

IFI44 SAMD9L 0,967841

OAS2

G1P2 IRF7 0,967815

EPSTI1

PARP9 MX1 0,967795

EPSTI1

HERC5 ZBP1 0,967772

OASL

PARP9 CHMP5 0,967676

G1P2

IFI44 XIAP 0,967671

PARP9

SAMD9L ZBP1 0,967633

IFIT5

TYKI MX1 0,967584

OAS2

EPSTI1 G1P2 0,967581

IFIT4

OAS3 IFIT1 0,967551

IFIT5

OAS2 OAS1 0,967489

IFIT5

IFI44L OAS3 0,967466

OAS3

IFIT1 MX1 0,967409

IFIT5

SAMD9L SP110 0,967392

IFIT4

PARP9 MX1 0,967359

EPSTI1

OAS1 ZBP1 0,967286

IFIT5

PARP9 RIGE 0,967265

OAS1

SAMD9L XIAP 0,967252

PARP9

IFIT1 MX1 0,967202

OASL

PARP9 IFIT1 0,967188

IFIT4

PARP9 XIAP 0,967184

G1P2

OAS1 RIGE 0,967087

IFI44L

PARP9 XIAP 0,967006

IRF7

HERC5 SP110 0,966994

IFIT5

G1P2 HERC5 0,96692

IFI44L

IFIT4 SAMD9L 0,966918

EPSTI1

G1P2 SP110 0,966913

IFIT4

EPSTI1 CHMP5 0,966844

OAS2

OAS1 CHMP5 0,966812

EPSTI1

IFI44 PARP9 0,966774

IFIT4

IFI44 IFIT1 0,966763

CIG5

SAMD9L CHMP5 0,966661

IFI44L

IFIT4 PARP9 0,966617

IFIT5

RIG1 SP110 0,966575

EPSTI1

CIG5 MX1 0,966555

EPSTI1

CHMP5 IFIT1 0,966528

OAS2

IFIT1 XIAP 0,966404

MX1

XIAP ZBP1 0,966334

HERC5

MX1 RIGE 0,966315

IFIT5

OAS RIGE 0,966293

G1P2

PARP9 MX1 0,966277

IFI44L

TYKI MX1 0,96627

IFI44

PARP9 ZBP1 0,966234

OAS1

CIG5 ZBP1 0,966217

IFIT4

G1P2 IFI44 0,966203

IFIT4

MX1 SP110 0,966196

OAS2

OAS1 IRF7 0,966139

IFIT4

CHMP5 XIAP 0,966104

IFIT5

IFIT4 SAMD9L 0,966044

RIG1

OASL MX1 0,966034

IFIT5

IRF7 PARP9 0,96594

G1P2

IRF7 PARP9 0,965876

OAS2

RIG1 IFI44 0,965818

IFI44L

G1P2 MX1 0,96579

IRF7

IFIT1 SP110 0,965745

OAS2

EPSTI1 SAMD9L 0,965666

CHMP5

MX1 XIAP 0,965604

OAS2

PARP9 IFIT1 0,965491

EPSTI1

OAS1 IFI44 0,96548

OAS2

IRF7 MX1 0,965404

OAS1

SAMD9L RIGE 0,965336

IFIT1

SP110 XIAP 0,965321

RIG1

G1P2 OASL 0,965315

IFI44L

OAS1 MX1 0,965307

G1P2

IRF7 IFI44 0,965102

IFIT5

TYKI IFIT1 0,965094

IFI44L

G1P2 HERC5 0,965057

IFI44L

G1P2 IFIT1 0,965022

IFIT5

SP110 RIGE 0,965009

EPSTI1

OASL HERC5 0,964998

OAS2

RIG1 IFIT1 0,964968

IFI44L

IRF7 SAMD9L 0,964937

OAS3

PARP9 SAMD9L 0,964908

IFIT4

IFI44 TYKI 0,964883

PARP9

TYKI SP110 0,964876

IFIT5

IFIT4 RIG 1 0,964868

EPSTI1

OAS3 TYKI 0,964834

IFI44L

IFIT4 RIG 1 0,964794

IFIT1

MX1 RIGE 0,96478

OAS2

SAMD9L XIAP 0,964778

IFIT5

IFIT4 OAS1 0,964745

OASL

PARP9 TYKI 0,96474

OAS1

SAMD9L TYKI 0,964718

EPSTI1

OAS3 SAMD9L 0,964666

CIG5

PARP9 MX1 0,96462

OAS2

G1P2 XIAP 0,964584

G1P2

TYKI RIGE 0,964575

OAS1

OAS3 TYKI 0,964457

SAMD9L

CHMP5 ZBP1 0,964434

IFI44L

TYKI IFIT1 0,964427

G1P2

OAS3 TYKI 0,964415

IFIT4

TYKI RIGE 0,964415

IFIT5

PARP9 IFIT1 0,964404

IFI44

HERC5 MX1 0,964284

IFI44L

OAS1 IRF7 0,964253

OAS1

IRF7 PARP9 0,964194

IFIT5

OASL RIGE 0,964094

IFIT5

PARP9 MX1 0,963954

G1P2

CIG5 ZBP1 0,963938

IFIT5

OAS1 OASL 0,963852

IRF7

CHMP5 MX1 0,963787

IFIT5

EPSTI1 OAS1 0,963774

OAS1

PARP9 XIAP 0,963475

OAS1

HERC5 RIGE 0,963465

EPSTI1

MX1 ZBP1 0,963452

EPSTI1

OASL MX1 0,963447

IRF7

PARP9 MX1 0,963413

IFI44

TYKI XIAP 0,963301

G1P2

MX1 RIGE 0,96322

EPSTI1

IFI44 SAMD9L 0,963203

OAS1

PARP9 SAMD9L 0,963196

IFI44L

OAS1 IFIT1 0,963135

IFI44L

IRF7 PARP9 0,963058

OAS1

SAMD9L SP110 0,963012

IFIT5

IRF7 SAMD9L 0,963

EPSTI1

OAS1 CHMP5 0,962935

IFIT4

IRF7 CHMP5 0,962925

IFIT4

EASTI1 XIAP 0,96284

CIG5

HERC5 ZBP1 0,962817

PARP9

TYKI ZBP1 0,96278

OASL

CIG5 IFIT1 0,962747

OAS1

PARP9 TYKI 0,962615

IFI44L

HERC5 TYKI 0,962603

OAS2

EPSTI1 IFIT1 0,962552

CIG5

PARP9 CHMP5 0,962508

IFI44L

RIG1 IRF7 0,962495

IFI44L

SAMD9L XIAP 0,962462

IFI44L

IFI44 RIGE 0,9624

IRF7

HERC5 CHMP5 0,962383

OASL

SAMD9L ZBP1 0,962363

OAS2

CIG5 SAMD9L 0,962348

OAS2

RIG1 HERC5 0,962318

OAS2

HERC5 XIAP 0,962291

IFIT5

SAMD9L MX1 0,962201

CIG5

IFIT1 ZBP1 0,962115

HERC5

SP110 XIAP 0,962086

RIG1

IFIT1 SP110 0,962019

OAS2

OAS1 PARP9 0,962018

RIG 1

CIG5 CHMP5 0,961991

IFI44

IFIT1 MX1 0,961953

IFIT5

OAS1 MX1 0,961952

HERC5

CHMP5 XIAP 0,961934

RIG1

HERC5 SP110 0,961903

OAS3

SAMD9L XIAP 0,961841

RIG1

SAMD9L SP110 0,961804

CHMP5

IFIT1 XIAP 0,961773

G1P2

OAS3 MX1 0,961665

TYKI

CHMP5 XIAP 0,961658

TYKI

SP110 ZBP1 0,961568

OAS2

HERC5 PARP9 0,961517

G1P2

IFI44 MX1 0,961483

IFIT4

OAS1 IFI44 0,961474

IRF7

IFI44 TYKI 0,961401

IFI44L

RIG1 XIAP 0,961392

SAMD9L

SP110 XIAP 0,961343

PARP9

SAMD9L SP110 0,961334

IFIT5

IFI44L OASL 0,961265

OAS2

G1P2 PARP9 0,961245

OASL

HERC5 PARP9 0,961238

RIG1

MX1 ZBP1 0,96122

OAS2

RIG1 G1P2 0,961201

IRF7

OAS3 IFIT1 0,961186

OAS2

EPSTI1 OAS1 0,96115

IFI44

SAMD9L SP110 0,961138

OAS1

XIAP ZBP1 0,961114

IFIT4

G1P2 OAS3 0,961085

IFIT5

RIG1 XIAP 0,961054

IFIT5

SAMD9L XIAP 0,961053

IFI44

HERC5 IFIT1 0,960963

IFIT5

RIG 1 IRF7 0,96093

IFI44L

CHMP5 RIGE 0,960881

IFIT4

OAS3 MX1 0,960838

IFIT5

OAS3 RIGE 0,960806

OAS2

EPSTI1 HERC5 0,960756

OAS2

MX1 XIAP 0,960748

IFIT4

TYKI CHMP5 0,960741

EPSTII

RIG 1 IFI44 0,960722

IFIT5

HERC5 TYKI 0,960702

OASL

CIG5 HERC5 0,960689

IF144L

SAMD9L MX1 0,960664

IFIT5

IFI44L CIG5 0,960571

IFIT4

EPSTI1 IRF7 0,960461

IRF7

MX1 SP110 0,96046

IFI44L

OAS1 XIAP 0,960455

IFIT5

CHMP5 RIGE 0,960416

IFIT5

IFI44 RIGE 0,960385

IFIT5

RIG1 MX1 0,960368

MX1

SP110 XIAP 0,960338

IRF7

OAS3 HERC5 0,960332

IRF7

OAS3 TYKI 0,960205

IFI44

PARP9 SP110 0,960125

OASL

TYKI ZBP1 0,960125

IRF7

CHMP5 IFIT1 0,960021

OAS2

SAMD9L CHMP5 0,959993

G1P2

IFI44 HERC5 0,959978

IFIT4

CHMP5 MX1 0,959927

IFI44

TYKI MX1 0,959842

G1P2

OASL CIG5 0,959832

IFIT4

CIG5 XIAP 0,959816

IFIT4

OAS1 RIGE 0,959814

OAS2

TYKI ZBP1 0,959811

IRF7

TYKI CHMP5 0,959787

OAS3

IFIT1 XIAP 0,959775

OAS2

OAS1 CIG5 0,959672

G1P2

CHMP5 XIAP 0,959471

G1P2

IFI44 IFIT1 0,959467

IFI44L

PARP9 IFIT1 0,959464

G1P2

OASL PARP9 0,959415

IFIT5

HERC5 PARP9 0,959387

OAS1

OASL IRF7 0,959375

OAS1

IFI44 SP110 0,959304

IFI44

PARP9 XIAP 0,959285

IFIT5

OAS1 IFIT1 0,959283

PARP9

CHMP5 RIGE 0,959251

OAS3

TYKI XIAP 0,959059

IFIT5

IFI44 OAS3 0,959005

IFIT5

OAS3 CHMP5 0,959002

RIG1

CHMP5 ZBP1 0,958994

IFIT4

IFIT1 RIGE 0,958926

EPSTI1

PARP9 XIAP 0,958805

RIG1

OAS1 ZBP1 0,958689

OAS1

IFI44 MX1 0,958663

EPSTI1

OAS3 IFIT1 0,958634

IFIT5

G1P2 PARP9 0,95861

OAS2

EPSTI1 MX1 0,958508

PARP9

IFIT1 ZBP1 0,958503

IFIT4

HERC5 CHMP5 0,958451

G1P2

CIG5 SP110 0,958403

IFI44L

PARP9 MX1 0,958264

OAS1

CHMP5 SP110 0,95826

G1P2

PARP9 SP110 0,958153

OAS1

TYKI RIGE 0,958151

IFIT4

HERC5 RIGE 0,958132

RIG1

OAS1 TYKI 0,958104

IFIT4

IRF7 PARP9 0,958024

IFIT4

EASTI1 PARP9 0,957986

IFIT5

SAMD9L IFIT1 0,957766

RIG1

IRF7 XIAP 0,957764

CIG5

SAMD9L SP110 0,957721

IFI44L

IFI44 OAS3 0,957601

IFIT5

G1P2 TYKI 0,9576

IFI44L

HERC5 PARP9 0,957553

RIG1

OAS3 SAMD9L 0,957356

EPSTI1

OAS1 OASL 0,957294

IFIT4

XIAP ZBP1 0,95721

IFI44L

SAMD9L IFIT1 0,957107

IFI44L

G1P2 TYKI 0,957049

OAS2

RIG1 MX1 0,957032

IFI44

TYKI IFIT1 0,957022

CIG5

PARP9 XIAP 0,957014

IFIT4

IRF7 ZBP1 0,956993

IFI44L

G1P2 OAS1 0,956925

OAS1

OASL CIG5 0,956894

IFIT4

IFI44 PARP9 0,95679

EPSTI1

OAS3 HERC5 0,956754

IFIT4

G1 P2 RIGE 0,956716

IFIT4

IRF7 CIG5 0,956703

IFIT4

OAS1 CHMP5 0,956662

IFI44L

OAS1 HERC5 0,956626

G1P2

IRF7 CHMP5 0,956597

IFIT4

IFI44 SAMD9L 0,956274

IFIT5

IFI44L ZBP1 0,956233

IFI44L

RIG1 MX1 0,956172

IFIT4

CHMP5 IFIT1 0,95615

IFIT5

OAS1 IRF7 0,956078

OASL

CIG5 MX1 0,956076

OASL

IFIT1 ZBP1 0,956072

OAS2

G1P2 CIG5 0,956019

OAS2

PARP9 CHMP5 0,956009

G1P2

PARP9 ZBP1 0,955951

OAS2

OASL TYKI 0,955901

OAS1

IRF7 IFI44 0,955882

IFI44

HERC5 TYKI 0,955752

OAS3

HERC5 XIAP 0,955729

RIG1

PARP9 IFIT1 0,955722

OAS2

CIG5 IFIT1 0,955705

IFIT4

OASL XIAP 0,955698

IFIT4

CIG5 PARP9 0,955687

OASL

PARP9 MX1 0,955668

PARP9

IFIT1 SP110 0,955597

IFIT4

EPSTI1 RIG1 0,95557

EPSTI1

OAS1 OAS3 0,955534

OAS2

TYKI SP110 0,955523

IFIT4

G1P2 CHMP5 0,955509

OAS1

IFI44 IFIT1 0,955489

IFIT5

IFI44L OAS2 0,955474

RIG1

IFI44 SP110 0,955462

IFIT5

G1P2 SAMD9L 0,955415

RIG1

MX1 SP110 0,955384

CIG5

MX1 ZBP1 0,955366

IFI44L

HERC5 SAMD9L 0,955348

EPSTI1

SAMD9L CHMP5 0,955332

RIG1

OAS1 XIAP 0,955331

EPSTI1

IRF7 XIAP 0,95532

IFIT5

RIG1 IFIT1 0,955282

EPSTI1

SAMD9L SP110 0,955279

EPSTI1

G1P2 OAS3 0,955231

OAS2

CIG5 HERC5 0,955226

TYKI

CHMP5 MX1 0,955217

IFI44L

OAS3 CHMP5 0,955174

SAMD9L

RIGE XIAP 0,955126

OAS3

PARP9 IFIT1 0,955055

RIG1

PARP9 SAMD9L 0,955049

HERC5

PARP9 ZBP1 0,954901

OAS2

SAMD9L ZBP1 0,954865

EPSTI1

IFIT1 SP110 0,954814

IFIT5

OAS1 SP110 0,954676

OAS1

PARP9 ZBP1 0,954667

SAMD9L

CHMP5 SP110 0,954657

IFI44L

G1P2 SAMD9L 0,954471

IRF7

PARP9 XIAP 0,954463

CIG5

OAS3 SAMD9L 0,95446

OAS1

IRF7 OAS3 0,954415

HERC5

CHMP5 MX1 0,954364

OAS1

IFI44 XIAP 0,954344

IRF7

IFI44 SAMD9L 0,954318

OAS1

OASL XIAP 0,954263

IFI44L

OASL IFI44 0,954204

IFI44

SAMD9L XIAP 0,954127

OAS2

PARP9 MX1 0,9541

OAS1

CHMP5 MX1 0,95402

OAS2

OASL SAMD9L 0,953851

IRF7

IFI44 PARP9 0,953769

OAS2

OAS1 XIAP 0,953577

IFI44L

G1P2 PARP9 0,953542

EPSTI1

HERC5 SP110 0,953434

IRF7

SAMD9L RIGE 0,953308

EPSTI1

PARP9 CHMP5 0,953256

OAS1

IRF7 CHMP5 0,953118

IFIT5

HERC5 SAMD9L 0,95311

IFIT5

G1P2 OAS1 0,953008

IFI44

SAMD9L MX1 0,952969

IFIT5

OAS1 XIAP 0,952878

IFIT4

MX1 RIGE 0,952876

IFI44L

RIG1 IFIT1 0,952657

CIG5

HERC5 SP110 0,95255

IFIT4

OASL IRF7 0,952437

IFIT5

PARP9 TYKI 0,952387

OAS1

OASL PARP9 0,952351

IFIT5

OASL IFI44 0,952334

TYKI

CHMP5 IFIT1 0,952291

EPSTI1

IRF7 PARP9 0,95219

IRF7

CIG5 XIAP 0,952171

IFIT1

RIGE XIAP 0,952097

CIG5

IFIT1 SP110 0,952015

G1P2

OASL ZBP1 0,951985

EPSTI

RIG 1 IRF7 0,951946

IFI44L

PARP9 TYKI 0,951921

IFI44

PARP9 MX1 0,951919

OAS3

PARP9 TYKI 0,951916

CIG5

OAS3 TYKI 0,951891

G1P2

IFI44 TYKI 0,951838

OAS2

RIG1 CHMP5 0,951825

EPSTI1

TYKI RIGE 0,951667

RIG1

PARP9 TYKI 0,951655

HERC5

PARP9 SP110 0,951639

IFIT4

RIG1 ZBP1 0,951613

RIG1

HERC5 PARP9 0,951503

G1P2

OAS1 IFI44 0,951439

IRF7

OAS3 MX1 0,951423

IFI44

PARP9 IFIT1 0,95141

CHMP5

IFIT1 MX1 0,951388

EPSTI1

MX1 SP110 0,951254

OAS2

RIG1 OAS1 0,951245

IFI44L

RIG1 HERC5 0,951245

IFIT5

CIG5 IFI44 0,951244

TYKI

RIGE XIAP 0,951171

EPSTI1

SAMD9L RIGE 0,951147

HERC5

TYKI CHMP5 0,951145

EPSTI1

OAS3 MX1 0,951138

HERC5

CHMP5 IFIT1 0,951107

IFI44L

CIG5 IFI44 0,951044

IFI44L

OASL CHMP5 0,951043

G1P2

SP110 ZBP1 0,951027

SAMD9L

SP110 ZBP1 0,95089

G1P2

CHMP5 MX1 0,950868

OAS2

OASL IFIT1 0,950862

PARP9

CHMP5 ZBP1 0,950852

OAS3

HERC5 PARP9 0,95078

EPSTI1

RIG1 XIAP 0,950771

OASL

TYKI SP110 0,950742

IFIT4

RIG 1 CIG5 0,950667

OAS1

IRF7 SP110 0,950651

OAS1

CHMP5 IFIT1 0,950645

IFIT5

IFI44L EPSTI1 0,950585

IFIT5

OASL CHMP5 0,950564

OAS1

CHMP5 XIAP 0,950413

OAS3

MX1 XIAP 0,950368

OASL

HERC5 ZBP1 0,950235

IFI44

HERC5 PARP9 0,950187

OAS1

IFI44 HERC5 0,95016

RIG1

OAS1 SAMD9L 0,950071

G1P2

HERC5 CHMP5 0,949965

RIG1

OAS3 IFIT1 1 0,9499

IRF7

CIG5 PARP9 0,949776

IFI44L

SAMD9L TYKI 0,949773

IFI44

CHMP5 RIGE 0,949687

G1P2

OAS3 XIAP 0,949642

OAS1

CIG5 SP110 0,949578

OAS2

CIG5 MX1 0,949555

IFIT5

OAS1 HERC5 0,949513

OAS1

OAS3 PARP9 0,94951

G1P2

IRF7 OAS3 0,949402

G1P2

CHMP5 IFIT1 0,949251

IFIT5

RIG1 HERC5 0,948959

IFIT4

RIG 1 IFI44 0,948886

IFI44L

OAS1 TYKI 0,948871

RIG 1

IFI44 XIAP 0,94863

IFIT5

PARP9 SAMD9L 0,948596

IFI44

SAMD9L IFIT1 0,948585

IFIT4

OASL PARP9 0,948562

IFIT4

EPSTI1 ZBP1 0,948539

IFIT5

RIG1 G1P2 0,948086

OAS1

CIG5 OAS3 0,947983

G1P2

IFI44 PARP9 0,947968

IFIT5

IFI44L SP110 0,947938

EPSTI1

CIG5 PARP9 0,947921

EPSTI1

RIG1 CHMP5 0,947831

IFIT5

IFI44 ZBP1 0,947787

IFI44L

PARP9 SAMD9L 0,947734

G1P2

IFI44 SAMD9L 0,947721

IFI44L

OAS1 PARP9 0,947446

IFI44

HERC5 SAMD9L 0,947347

OAS2

IFIT1 ZBP1 0,947303

IFIT4

EPSTI1 CIG5 0,947143

RIG1

G1P2 PARP9 0,947042

IFIT4

RIG1 OASL 0,946997

OAS2

G1P2 ZBP1 0,946916

CIG5

OAS3 IFIT1 0,946822

G1P2

RIGE XIAP 0,946802

OAS1

OAS3 XIAP 0,946769

IFIT5

SAMD9L TYKI 0,946742

RIG1

CIG5 XIAP 0,946738

CIG5

SAMD9L RIGE 0,946558

IRF7

IFIT1 RIGE 0,946462

IFI44L

IFI44 ZBP1 0,946452

PARP9

MX1 ZBP1 0,946362

IFIT5

OAS2 IFI44 0,946333

EPSTI1

G1P2 RIGE 0,946322

HERC5

RIGE XIAP 0,946188

CIG5

MX1 SP110 0,946153

RIG1

SAMD9L RIGE 0,946083

RIG1

IRF7 IFI44 0,946068

IRF7

SAMD9L CHMP5 0,946026

G1P2

TYKI CHMP5 0,945962

RIG1

OAS3 HERC5 0,945918

RIG1

IRF7 CIG5 0,945803

OASL

MX1 ZBP1 0,945774

G1P2

OAS1 CHMP5 0,945734

IFIT4

OAS2 IRF7 0,945691

CIG5

OAS3 HERC5 0,945585

IFIT4

SAMD9L CHMP5 0,945499

IFIT5

CIG5 CHMP5 0,945489

EPSTI1

OAS1 SP110 0,945479

IRF7

TYKI RIGE 0,945447

RIG 1

TFI44 MX1 0,945413

EPSTI1

IFIT1 RIGE 0,945395

IFIT4

OAS2 PARP9 0,945338

IFI44L

RIG1 G1P2 0,945334

IFI44

OAS3 CHMP5 0,945317

OAS2

OAS1 ZBP1 0,945291

RIG 1

OAS3 TYKI 0,945221

SAMD9L

CHMP5 XIAP 0,945205

PARP9

SAMD9L RIGE 0,945185

OAS2

G1P2 OASL 0,944851

PARP9

CHMP5 XIAP 0,944816

IFIT4

EPSTI1 OASL 0,944671

IFI44L

OAS2 IFI44 0,944632

IFIT4

PARP9 ZBP1 0,944622

EPSTI1

CIG5 XIAP 0,944456

RIG1

OAS1 OASL 0,944438

OAS 1

HERC5 CHMP5 0,94431

IFI44

PARP9 TYKI 0,944208

PARP9

CHMP5 SP110 0,944124

IFIT1

SP110 ZBP1 0,944046

IFI44L

CIG5 CHMP5 0,943778

IFIT5

IFI44L IFIT4 0,943771

PARP9

MX1 SP110 0,943665

RIG1

CHMP5 SP110 0,943533

OAS2

OASL HERC5 0,9435

OAS1

OASL ZBP1 0,9435

IFIT4

OAS2 XIAP 0,943449

MX1

RIGE XIAP 0,943426

CIG5

TYKI RIGE 0,943328

EPSTI1

IRF7 CIG5 0,943287

IRF7

HERC5 RIGE 0,943132

RIG1

PARP9 MX1 0,942814

OAS2

HERC5 ZBP1 0,942715

IFIT4

RIG1 PARP9 0,942684

SAMD9L

CHMP5 MX1 0,942597

OASL

SAMD9L SP110 0,942585

G1P2

OAS3 PARP9 0,942554

OAS1

IFI44 TYKI 0,942437

OASL

IFIT1 SP110 0,942318

IFI44L

EPSTI1 IFI44 0,942267

OAS3

SAMD9L ZBP1 0,942149

OAS1

PARP9 SP 1 10 0,942068

OAS1

SP110 XIAP 0,942012

IFI44L

RIG 1 TYKI 0,94201

IFIT5

OAS1 PARP9 0,94199

G1P2

OASL SP110 0,941717

IFI44

SAMD9L TYKI 0,941631

IFIT4

CIG5 ZBP1 0,941466

EPSTI1

HERC5 RIGE 0,941431

IFIT5

OAS1 TYKI 0,941419

IFIT5

EPSTI1 IFI44 0,941395

IFI44L

OAS1 SAMD9L 0,941117

OAS2

OASL MX1 0,941065

IFIT5

CHMP5 ZBP1 0,940941

OAS2

G1P2 SP110 0,940753

OAS3

PARP9 MX1 0,940695

OASL

IFI44 CHMP5 0,940462

RIG 1

IFI44 IFIT1 0,940444

IRF7

X1AP ZBP1 0,940387

IFIT4

OAS3 XIAP 0,940303

OAS1

TYKI CHMP5 0,940259

HERC5

SP110 ZBP1 0,940142

G1P2

CIG5 OAS3 0,939919

OAS1

IFI44 PARP9 0,939836

IFIT4

PARP9 CHMP5 0,9396

RIG 1

IFI44 HERC5 0,939599

IFIT4

IRF7 OAS3 0,939488

G1P2

IRF7 RIGE 0,939474

IFIT5

IFI44L XIAP 0,939166

EPSTI1

OAS1 RIGE 0,938921

RIG 1

PARP9 XIAP 0,938797

EPSTI1

IRF7 ZBP1 0,938775

IFIT5

OAS2 CHMP5 0,938637

IFIT4

OASL CIG5 0,938552

EPSTI1

MX1 RIGE 0,938432

IFIT5

IFI44L IRF7 0,938421

OASL

PARP9 XIAP 0,938359

IFIT5

IFI44L MX1 0,93825

CIG5

IFIT1 RIGE 0,938229

EPSTI1

RIG1 PARP9 0,938162

IFIT5

RIG1 TYKI 0,938067

IFI44

PARP9 SAMD9L 0,937964

IRF7

PARP9 CHMP5 0,937956

SAMD9L

CHMP5 IFIT1 0,937945

IFI44L

IFI44 SP110 0,937911

OAS3

TYKI ZBP1 0,937748

IFIT4

OAS3 PARP9 0,937712

CIG5

OAS3 MX1 0,937685

IFI44L

CHMP5 ZBP1 0,937606

RIG1

OAS1 PARP9 0,937438

OAS2

SAMD9L SP110 0,937426

IRF7

MX1 RIGE 0,937279

OAS2

OAS1 OASL 0,937248

RJG1

IFIT1 RIGE 0,93718

OAS2

MX1 ZBP1 0,937132

G1P2

SAMD9L CHMP5 0,936982

EPSTI1

XIAP ZBP1 0,936697

RIG 1

G1P2 IFI44 0,936637

OAS1

CIG5 RIGE 0,936614

OASL

IRF7 XIAP 0,936603

PARP9

IFIT1 RIGE 0,936593

HERC5

SAMD9L CHMP5 0,93654

IFIT4

SP110 XIAP 0,936501

IFIT4

OAS2 EPSTI1 0,936231

RIG 1

CIG5 PARP9 0,936225

IFIT4

EPSTI1 OAS3 0,936192

IFIT5

IFI44 SP110 0,936081

PARP9

CHMP5 IFIT1 0,935858

SAMD9L

TYKI CHMP5 0,935842

OAS2

IFIT1 SP110 0,935741

OAS1

IRF7 RIGE 0,935686

OASL

OAS3 SAMD9L 0,935639

CIG5

HERC5 RIGE 0,935444

OAS1

RIGE XIAP 0,935361

G1P2

CIG5 RIGE 0,935304

IFIT5

IFI44L IFIT1 0,935275

PARP9

CHMP5 MX1 0,935232

RIG1

OAS3 MX1 0,935175

IFI44L

OAS2 CHMP5 0,934781

RIG1

OAS1 OAS3 0,934681

OASL

HERC5 SP110 0,934566

PARP9

TYKI CHMP5 0,934504

OAS3

IFIT1 ZBP1 0,934375

SAMD9L

RIGE ZBP1 0,934283

HERC5

PARP9 CHMP5 0,93411

IFIT5

IFIT4 IFI44 0,934012

EPSTI1

OASL PARP9 0,933922

OAS3

TYKI SP110 0,933864

CIG5

IFI44 CHMP5 0,933838

MX1

SP110 ZBP1 0,933692

RIG1

CHMP5 XIAP 0,933629

OAS1

IFI44 SAMD9L 0,933607

IFI44L

IFIT4 IFI44 0,933553

PARP9

TYKI RIGE 0,933515

IFIT4

IRF7 SP110 0,933498

OAS2

EPSTI1 PARP9 0,933446

OAS1

SP110 ZBP1 0,933405

OAS2

PARP9 XIAP 0,933338

IFIT5

EPSTI1 CHMP5 0,933165

EPSTI1

OASL XIAP 0,933115

IFIT4

OASL ZBP1 0,933099

EPSTI1

PARP9 ZBP1 0,932945

IFI44L

EPSTI1 CHMP5 0,932873

OASL

OAS3 IFIT1 0,932774

PARP9

XIAP ZBP1 0,932749

EPSTI1

RIG 1 CIG5 0,93261

IFIT5

OAS1 SAMD9L 0,932602

OASL

MX1 SP110 0,932194

IFIT4

OAS2 RIG 1 0,932084

RIG1

TYKI RIGE 0,932067

RIG1

IRF7 ZBP1 0,931911

EPSTI1

OASL IRF7 0,931811

RIG1

G1P2 OAS3 0,931711

OAS2

IRF7 PARP9 0,931653

IFI44L

RIG1 OAS1 0,931497

G1P2

PARP9 CHMP5 0,931468

IFIT5

RIG1 PARP9 0,931134

IFIT5

IFI44L HERC5 0,931073

RIG1

IRF7 CHMP5 0,930931

IFIT5

IFI44 XIAP 0,930929

OAS3

SAMD9L SP110 0,930851

OASL

OAS3 TYKI 0,930816

IFIT5

IFI44 MX1 0,930811

IRF7

CIG5 ZBP1 0,930782

RIG1

IFI44 TYKI 0,930705

IFI44L

IFI44 XIAP 0,930504

OASL

IRF7 PARP9 0,930323

CIG5

XIAP ZBP1 0,930024

IFIT5

IFI44L G1P2 0,929939

OAS1

OAS3 ZBP1 0,92992

IFIT4

RIG1 CHMP5 0,929849

OAS2

HERC5 SP110 0,929752

CIG5

MX1 RIGE 0,929631

RIG 1

HERC5 RIGE 0,929627

HERC5

PARP9 RIGE 0,929502

IFI44L

RIG1 SAMD9L 0,929277

OAS3

HERC5 ZBP1 0,929262

IFIT4

PARP9 SP110 0,929202

IFI44L

IFI44 MX1 0,929036

OAS1

PARP9 CHMP5 0,928969

IFI44L

IRF7 IFI44 0,928905

TYKI

RIGE ZBP1 0,928873

IFIT5

IRF7 IFI44 0,928864

IFIT4

OAS2 CIG5 0,928862

G1P2

PARP9 RIGE 0,928789

IFI44L

RIG1 PARP9 0,928757

IFI44 OAS2

CHMP5 OAS3 ZBP1 TYKI 0,928586 0,928574

OASL

CIG5 PARP9 0,928457

IFI44L

CHMP5 SP110 0,928425

IFIT5

CHMP5 SP110 0,92804

OAS2

OAS3 SAMD9L 0,928004

RIG1

OAS1 SP110 0,927916

IRF7

PARP9 ZBP1 0,927757

RIG1

CHMP5 MX1 0,927685

OASL

CIG5 XIAP 0,927452

IFIT5

IFI44 IFIT1 0,927301

RIG1

G1P2 RIGE 0,927147

OAS1

PARP9 RIGE 0,926871

CIG5

PARP9 ZBP1 0,926818

OAS2

EPSTI1 IRF7 0,926537

OAS3

IFIT1 SP110 0,926516

OAS2

IRF7 XIAP 0,926247

OAS2

MX1 SP110 0,926135

IFI44L

IFI44 IFIT 1 0,926123

OAS1

SAMD9L CHMP5 0,925906

OAS2

CIG5 PARP9 0,925828

EPSTI1

OAS3 PARP9 0,925671

G1P2

OAS3 ZBP1 0,925573

IFIT1

RIGE ZBP1 0,925539

IFIT4

RIGE XIAP 0,925317

OAS2

IFI44 CHMP5 0,925256

RIG1

XIAP ZBP1 0,925255

OASL

IRF7 CIG5 0,925231

OASL

OAS3 HERC5 0,92508

IFIT5

IFI44L TYKI 0,924932

EPSTI1

RIG1 ZBP1 0,924695

IFIT5

RIG1 SAMD9L 0,924337

OAS2

OAS3 IFIT1 0,924255

IFI44L

IFI44 HERC5 0,924174

RIG1

IRF7 PARP9 0,923945

EPSTI1

CIG5 ZBP1 0,923914

OAS2

OAS1 SP110 0,923858

IFIT5

IFI44 HERC5 0,923703

IFIT5

G1P2 IFI44 0,923603

RIG1

MX1 RIGE 0,923568

IFIT4

CIG5 OAS3 0,92356

IFIT5

IFIT4 CHMP5 0,923303

EPSTI1

IFI44 CHMP5 0,923176

IFIT4

RIG1 OAS3 0,923081

RIG1

OASL XIAP 0,922837

RIG1

CHMP5 IFIT1 0,922695

PARP9

MX1 RIGE 0,922687

OAS2

SAMD9L RIGE 0,922634

IFIT5

IFI44L PARP9 0,92262

IFIT4

EPSTI1 SP110 0,922466

IFI44L

G1P2 IFI44 0,922343

OAS3

PARP9 XIAP 0,921953

OAS2

EPSTI1 XIAP 0,921908

OAS2

TYKI RIGE 0,921747

IFIT4

OAS2 ZBP1 0,921651

RIG1

HERC5 CHMP5 0,92161

IFI44L

IFIT4 CHMP5 0,921594

EPSTI1

IRF7 OAS3 0,921499

RIG1

OASL IRF7 0,921365

G1P2

RIGE ZBP1 0,921333

PARP9

SAMD9L CHMP5 0,92129

IFIT5

CHMP5 XIAP 0,921284

OAS3

MX1 ZBP1 0,921266

RIG1

TYKI CHMP5 0,92113

IFIT4

OAS2 OASL 0,921102

RIG1

OAS1 IFI44 0,921011

OASL

SAMD9L RIGE 0,92072

OAS3

HERC5 SP110 0,920417

EPSTI1

OAS3 XIAP 0,920342

IFIT5

CHMP5 MX1 0,920248

OASL

OAS3 MX1 0,920206

G1P2

OAS3 SP110 0,920122

G1P2

OASL OAS3 0,920062

IFIT4

CIG5 SP110 0,919544

IFI44L

CHMP5 XIAP 0,919301

EPSTI1

OASL CIG5 0,91928

OAS1

OASL SP110 0,919179

IFIT5

IRF7 CHMP5 0,919067

OAS2

OAS1 OAS3 0,918994

IFI44L

IFI44 TYKI 0,918961

OAS1

OASL OAS3 0,918852

HERC5

RIGE ZBP1 0,918551

OASL

IFIT1 RIGE 0,91841

IFIT5

RIG1 OAS1 0,91814

OAS2

IRF7 CIG5 0,918041

IRF7

OAS3 XIAP 0,918037

IFIT5

IFI44 TYKI 0,917786

OAS1

RIGE ZBP1 0,917732

RIG1

G1P2 CHMP5 0,917667

IFI44L

IRF7 CHMP5 0,917628

OAS2

IFIT1 RIGE 0,917465

OAS2

OAS3 HERC5 0,91737

IRF7

OAS3 PARP9 0,917026

IFI44L

CHMP5 MX1 0,916997

IFIT4

IRF7 RIGE 0,916887

IFIT4

RIG1 SP110 0,916864

IFIT5

CHMP5 IFIT1 0,916571

OASL

TYKI RIGE 0,916429

IFIT4

EPSTI1 RIGE 0,916258

EASTI1

RIG1 OASL 0,916184

RIG1

IFI44 PARP9 0,916107

IFIT5

IFI44L OAS1 0,915943

RIG1

IFI44 SAMD9L 0,915918

IFI44

CHMP5 SP110 0,915791

PARP9

SP110 XIAP 0,915523

RIG1

OAS1 RIGE 0,915317

OAS2

CIG5 XIAP 0,915027

IFIT5

IFI44L SAMD9L 0,914239

IFI44L

CHMP5 IFIT1 0,914106

IFIT5

IFI44 PARP9 0,913922

OAS1

OAS3 SP110 0,913805

IFI44L

OAS1 IF144 0,913685

OAS2

G1P2 OAS3 0,913341

OAS3

MX1 SP110 0,913024

MX1

RIGE ZBP1 0,91295

IFI44L

IFI44 PARP9 0,912714

RIG1

CIG5 ZBP1 0,912402

IFIT5

HERC5 CHMP5 0,912293

IFIT4

SP110 ZBP1 0,912203

CIG5

OAS3 PARP9 0,912168

IFIT5

G1P2 CHMP5 0,912138

IFIT4

OAS3 ZBP1 0,912117

IFIT4

IFI44 CHMP5 0,912012

OAS2

RIG1 IRF7 0,911984

IRF7

SP110 XIAP 0,911965

TYKI

SP110 RIGE 0,9118

IFI44L

HERC5 CHMP5 0,911777

OAS2

OAS3 MX1 0,91137

OAS2

G1P2 RIGE 0,911317

IFIT4

PARP9 RIGE 0,911158

IFI44

CHMP5 XIAP 0,910766

OAS2

EPSTI1 CIG5 0,910517

OASL

IRF7 ZBP1 0,910488

OASL

XIAP ZBP1 0,909994

IFI44L

TYKI CHMP5 0,909904

EPSTI1

PARP9 SP110 0,909711

IFI44

CHMP5 MX1 0,909689

IFIT5

TYKI CHMP5 0,90968

G1P2

OASL RIGE 0,90961

IFI44L

G1P2 CHMP5 0,909576

IFIT5

OAS1 IFI44 0,909388

IFIT4

CIG5 RIGE 0,908925

OAS2

OAS1 RIGE 0,908806

OAS2

HERC5 RIGE 0,908751

OASL

HERC5 RIGE 0,908541

CIG5

PARP9 SP110 0,908525

EPSTI1

OASL ZBP1 0,908429

RIG1

OAS1 CHMP5 0,90836

IFI44L

IFI44 SAMD9L 0,907964

IRF7

IFI44 CHMP5 0,907863

CIG5

OAS3 XIAP 0,907513

IRF7

CIG5 OAS3 0,907333

IFIT4

OASL OAS3 0,906832

RIG1

OASL CIG5 0,90659

SAMD9L

SP110 RIGE 0,906569

EPSTI1

SP110 XIAP 0,906534

IFIT5

IFI44 SAMD9L 0,90643

EPSTI1

CIG5 OAS3 0,906354

IFI44

CHMP5 IFIT1 0,906304

OASL

MX1 RIGE 0,906245

IRF7

PARP9 SP110 0,906101

EPSTI1

IRF7 SP110 0,906008

IFIT4

OASL SP110 0,905978

OAS2

MX1 RIGE 0,90518

CIG5

SP 1 10 XIAP 0,90499

IFIT1

SP110 RIGE 0,904324

IFI44

HERC5 CHMP5 0,904282

RIG1

OASL PARP9 0,904259

OAS3

SAMD9L RIGE 0,904065

IFI44L

OAS1 CHMP5 0,903581

IRF7

CIG5 SP110 0,903302

G1P2

IFI44 CHMP5 0,903298

G1P2

SP110 RIGE 0,903287

OAS2

EPSTI1 RIG1 1 0,903249

OASL

PARP9 ZBP1 0,902995

OAS2

OASL PARP9 0,902848

IFI44

TYKI CHMP5 0,902228

OAS1

OASL RIGE 0,901099

OAS2

IRF7 ZBP1 0,900596

OAS2

RIG1 PARP9 0,900166

OAS3

IFIT1 RIGE 0,900065

OASL

CIG5 ZBP1 0,899594

EPSTI1

RIGE XIAP 0,899556

IFIT5

OAS1 CHMP5 0,89953

OAS2

RIG1 XIAP 0,899013

IFIT5

PARP9 CHMP5 0,898064

OAS2

OASL IRF7 0,898064

OAS3

TYKI RIGE 0,897749

OAS2

EPSTI1 ZBP1 0,897534

IFIT4

RIG1 RIGE 0,897168

EPSTI1

RIG1 OAS3 0,896978

OAS2

PARP9 ZBP1 0,896335

IFIT4

RIGE ZBP1 0,896273

OAS1

IFI44 CHMP5 0,896108

IFIT5

IFI44L RIG1 0,895894

IFI44L

PARP9 CHMP5 0,895497

IFIT4

OAS2 OAS3 0,895401

OAS2

EPSTI1 OASL 0,895303

OAS2

OASL XIAP 0,895129

HERC5

SP110 RIGE 0,894807

EPSTI1

CIG5 SP110 0,894768

IFIT4

OAS2 SP110 0,894337

IRF7

RIGE XIAP 0,8943

RIG1

SAMD9L CHMP5 0,89381

IFI44L

SAMD9L CHMP5 0,893745

PARP9

RIGE XIAP 0,89358

OAS2

XIAP ZBP1 0,893376

EPSTI1

IRF7 RIGE 0,893012

EPSTI1

PARP9 RIGE 0,892978

IFIT5

SAMD9L CHMP5 0,892943

RIG1

PARP9 ZBP1 0,892935

CIG5

RIGE XIAP 0,892719

IFIT4

OAS3 SP110 0,891861

MX1

SP110 RIGE 0,891301

OAS3

HERC5 RIGE 0,891101

RIG1

IRF7 OAS3 0,890525

OAS2

RIG1 CIG5 0,890495

EPSTI1

OAS3 ZBP1 0,890069

OAS1

OAS3 RIGE 0,89006

IFI44L

RIG1 IFI44 0,88778

IFIT5

IFI44L IFI44 0,88776

RIG1

OAS3 XIAP 0,887549

IFI44

PARP9 CHMP5 0,887524

G1P2

OAS3 RIGE 0,887416

EPSTI1

CIG5 RIGE 0,887118

OAS2

CIG5 ZBP1 0,886902

OAS1

SP110 RIGE 0,88684

CIG5

PARP9 RIGE 0,886773

OAS2

OASL CIG5 0,886112

IFI44

SAMD9L CHMP5 0,885956

IFIT4

OASL RIGE 0,885918

IFIT5

RIG1 IFI44 0,885817

IRF7

CIG5 RIGE 0,885643

IRF7

OAS3 ZBP1 0,885583

OAS3

MX1 RIGE 0,885561

EPSTI1

OASL OAS3 0,883489

IRF7

SP110 ZBP1 0,883248

OAS3

XIAP ZBP1 0,883087

RIG 1

PARP9 CHMP5 0,882158

IFIT4

OAS2 RIGE 0,881223

SP110

XIAP ZBP1 0,881076

OASL

OAS3 PARP9 0,880696

OAS3

PARP9 ZBP1 0,880421

RIG1

IRF7 SP110 0,880086

EPSTI1

SP110 ZBP1 0,879636

RIG1

OASL ZBP 1 0,879626

IRF7

PARP9 RIGE 0,87949

OASL

OAS3 XIAP 0,879447

RIG1

SP110 XIAP 0,879006

OASL

IRF7 OAS3 0,878692

RIG 1

OAS3 PARP9 0,878538

OASL

SP110 XIAP 0,876723

OASL

PARP9 SP110 0,875724

RIG 1

CIG5 OAS3 0,875511

CIG5

OAS3 ZBP1 0,875241

OASL

IRF7 SP110 0,874351

PARP9

SP110 ZBP1 0,873999

OAS2

OAS3 PARP9 0,873713

CIG5

SP110 ZBP1 0,873581

IFIT5

IFI44L CHMP5 0,873435

EPSTI1

OASL SP110 0,872477

OAS2

EPSTI1 OAS3 0,872405

OAS2

PARP9 SP110 0,87155

EPSTI1

RIG1 SP110 0,871342

OASL

CIG5 OAS3 0,870785

RIG1

CIG5 SP110 0,869263

EPSTI1

RIGE ZBP 1 0,868804

IFIT4

OAS3 RIGE 0,868713

OASL

CIG5 SP110 0,867945

IFI44L

IFI44 CHMP5 0,867675

OAS2

IRF7 OAS3 0,867456

IFIT5

IF144 CHMP5 0,867157

RIGE

XIAP ZBP1 0,866861

IFI44L

RIG1 CHMP5 0,864815

OAS2

IRF7 SP110 0,863904

IFIT5

RIG1 CHMP5 0,863765

OAS2

OAS3 XIAP 0,862892

OAS2

OASL ZBP1 0,862277

EPSTI1

OAS3 SP110 0,861466

IRF7

RIGE ZBP1 0,861372

OAS3

PARP9 SP110 0,861136

EPSTI1

RIG1 RIGE 0,860936

IFIT4

SP110 RIGE 0,860801

RIG1

RIGE XIAP 0,860302

OAS2

EPSTI1 SP110 0,860174

CIG5

RIGE ZBP1 0,859596

OAS2

SP110 XIAP 0,858564

EPSTI1

OASL RIGE 0,857914

OAS2

RIG1 OASL 0,857565

OASL

RIGE XIAP 0,857553

OAS2

CIG5 OAS3 0,857493

IRF7

OAS3 SP110 0,857288

OAS3

SP110 XIAP 0,856743

RIG1

IFI44 CHMP5 0,855689

OAS2

RIG1 ZBP1 0,85545

RIG1

PARP9 SP 110 0,855367

OAS2

CIG5 SP110 0,854157

OAS2

EPSTI1 RIGE 0,852592

PARP9

RIGE ZBP1 0,852095

OASL

CIG5 RIGE 0,850683

RIG1

CIG5 RIGE 0,850622

OASL

IRF7 RIGE 0,849649

CIG5

OAS3 SP110 0,849016

OAS2

RIGE XIAP 0,848472

OASL

PARP9 RIGE 0,847797

RIG 1

IRF7 RIGE 0,847049

OAS2

PARP9 RIGE 0,84672

OAS2

IRF7 RIGE 0,844908

OASL

OAS3 ZBP1 0,843861

OAS2

CIG5 RIGE 0,84326

EPSTI1

OAS3 RIGE 0,843087

OASL

SP110 ZBP1 0,840384

OAS3

RIGE XIAP 0,835809

RIG 1

OAS3 ZBP 1 0,835232

CIG5

OAS3 RIGE 0,830689

IRF7

OAS3 RIGE 0,830055

RIG1

OASL OAS3 0,829875

OAS3

PARP9 RIGE 0,829849

RIG1

PARP9 RIGE 0,827293

RIG1

SP110 ZBP1 0,827103

OAS2

OAS3 ZBP1 0,825923

OAS2

OASL OAS3 0,825647

EPSTI1

SP110 RIGE 0,824627

SP110

RIGE XIAP 0,823548

OASL

RIGE ZBP1 0,821675

OAS2

SP110 ZBP1 0,821066

OAS2

OASL SP110 0,820454

CIG5

SP110 RIGE 0,819918

RIG1

OASL SP110 0,818533

OAS3

SP110 ZBP1 0,814438

IRF7

SP110 RIGE 0,814248

PARP9

SP110 RIGE 0,812561

OAS2

RIGE ZBP1 0,810229

OASL

OAS3 SP110 0,809037

RIG1

RIGE ZBP1 0,806619

OAS2

OASL RIGE 0,804693

OAS2

RIG1 OAS3 0,803515

OAS3

RIGE ZBP1 0,79653

RIG1

OASL RIGE 0,79316

OASL

OAS3 RIGE 0,789533

OAS2

OAS3 SP110 0,789077

OAS2

RIG1 SP110 0,78802

RIG1

OAS3 SP110 0,785883

SP110

RIGE ZBP11 0,781728

OAS2

RIG1 RIGE 0,777652

OAS2

OAS3 RIGE 0,7757

OASL

SP110 RIGE 0,772656

RIG1

OAS3 RIGE 0,761256

OAS2

SP110 RIGE 0,75784

OAS3

SP110 RIGE 0,7529

RIG1

SP110 RIGE 0,72553

Claims (10)

1. REIVINDICACIONES

   1.

   Un método para detectar lupus eritematoso sist�mico en un sujeto, que comprende determinar si un sujeto contiene una célula que expresa una combinación de genes a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en donde dicha combinación de genes incluye EPSTI1, HERC5 y TYKI y no incluye ningún otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3, en donde la presencia de dicha célula indica que el sujeto tiene lupus eritematoso sist�mico y en donde la expresión de dicha combinación de genes se detecta al nivel de ARNm.

2. 2.

   Un método para predecir la sensibilidad de un sujeto a terapia de lupus eritematoso sist�mico, comprendiendo dicho método determinar si el sujeto contiene una célula que expresa una combinación de genes a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal, en donde dicha combinación de genes incluye EPSTI1, HERC5 y TYKI y no incluye ningún otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3, en donde la expresión de dicha combinación de genes se detecta al nivel de ARNm y en donde la presencia de dicha célula indica que el sujeto sería sensible a la terapia de lupus eritematoso sist�mico

3. 3.

   El método de las reivindicaciones 1 o 2, que comprende además el uso de un gen constitutivo.

4. 4.

   El método de la reivindicación 3, en el que el gen constitutivo es RPL19.

5. 5.

   Una composición que comprende polinucle�tidos capaces de hibridar específicamente con los genes EPSTI1, HERC5 y TYKI o complementos de los mismos y que no comprende polinucle�tidos capaces de hibridar específicamente con cualquier otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3 o un complemento del mismo.

6. 6.

   La composición de la reivindicación 5, que comprende además un polinucle�tido capaz de hibridar con un gen constitutivo, o con un complemento del mismo.

7. 7.

   La composición de la reivindicación 6, en la que el gen constitutivo es RPL19.

8. 8.

   Un kit que comprende la composición de una cualquiera de las reivindicaciones 5-7 e instrucciones para usar la composición para detectar lupus eritematoso sist�mico determinando si la expresión de los genes proporcionados al nivel de ARNm es a un nivel superior al nivel de expresión de los genes respectivos en una muestra de referencia normal.

9. 9.

   Un método para identificar un valor métrico correlacionado con la presencia y/o el alcance de lupus eritematoso sist�mico en un sujeto o muestra, comprendiendo dicho método:

   (a)

   estimar un grupo de conjuntos de sondas que se asocia colectivamente con un patrón en el que la expresión de genes representados por los conjuntos de sondas se asocia con una característica de enfermedad, en donde el grupo de conjuntos de sondas incluye los que representan los genes EPSTI1, HERC5 y TYKI y no incluye los que representan cualquier otro gen enumerado en las Tablas 1, 2 y/o 3 y en el que la expresión de dicha combinación de genes se detecta al nivel de ARNm;

   (b)

   generar un factor de ponderaci�n que pondera los conjuntos de sondas de acuerdo con una escala que refleja el alcance de la coincidencia de cada conjunto de sondas individual con la tendencia del grupo de conjuntos de sondas, y calcular el coeficiente de correlación de cada perfil de conjunto de sondas con el perfil medio calculado;

   (c)

   determinar un factor de escala, en el que el factor de escala es el valor requerido para cambiar de escala los conjuntos de sondas individuales a 1;

   (d)

   multiplicar el factor de escala por el factor de ponderaci�n para generar un factor compuesto

   (e)

   multiplicar las identificaciones de una muestra de sangre normal con el factor compuesto, y promediar los valores resultantes tanto entre conjuntos de sondas como entre muestras para generar un valor medio, e invertir el valor medio para producir un factor de escala global;

   (f)

   multiplicar cada factor de ponderaci�n por el factor de escala global para obtener un vector de valores escalares y multiplicar los valores escalares por una identificación de expresión de una muestra de interés, y promediar los valores resultantes para producir una única métrica que sea indicativa del grado de expresión g�nica asociada con interferones de Tipo I en la muestra.

10. 10.

    El método de la reivindicación 9, en el que:

    (i)

    en la etapa (a), el grupo de conjuntos de sondas comprende conjuntos de sondas que incluyen el, o se agrupan en torno al par central más estrechamente correlacionado de conjuntos de sondas en un subgrupo asociado con una característica de enfermedad;

    (ii)

    en la etapa (b), el factor se genera transformando los datos de expresión del grupo de conjuntos de sondas en puntuaciones z que comprenden cambio de escala medio a 1, transformación logarítmica en base 2, después cambio de escala a una desviación típica de la media de 1; y/o

    (iii) en la etapa (e), el factor de escala global es útil para transformar el resultado de la media de los conjuntos de sondas de una muestra de interés en una métrica, en donde la métrica es 1 si la muestra es de un sujeto normal sano.