ES2572912T3 - Resolución de fracciones de genoma mediante recuento de polimorfismos - Google Patents

Resolución de fracciones de genoma mediante recuento de polimorfismos Download PDF

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Abstract

Método de estimación de la fracción de ADN fetal en el ADN obtenido a partir de un fluido corporal de una embarazada, comprendiendo el método: (a) recibir una muestra del fluido corporal; (b) extraer ADN de la muestra en condiciones que extraen el ADN tanto de un genoma materno como de un genoma fetal presente en el fluido corporal; (c) secuenciar el ADN extraído con un secuenciador de ácidos nucleicos en condiciones que producen secuencias de segmentos de ADN que contienen uno o más polimorfismos; (d) mapear las secuencias de segmentos de ADN derivadas de la secuenciación del ADN en el fluido corporal contra uno o más polimorfismos designados en una secuencia de referencia, en el que el mapeo se realiza utilizando un aparato computacional programado para mapear secuencias de ácidos nucleicos contra el uno o más polimorfismos designados; (e) determinar las frecuencias alélicas de las secuencias de segmentos de ADN mapeadas para al menos uno de los polimorfismos designados; (f) clasificar el al menos un polimorfismo designado basándose en una combinación de la cigosidad de la embarazada y la cigosidad del feto; y (g) estimar la fracción de ADN fetal en el ADN obtenido de la embarazada utilizando las frecuencias alélicas determinadas en (e), junto con la clasificación de cigosidades de (f), en el que (e)-(g) se realizan en uno o más procesadores que ejecutan las instrucciones de un programa para la determinación, la clasificación y la estimación, en el que la secuenciación de la etapa (c) produce secuencias de segmentos de ADN que contienen una pluralidad de polimorfismos y las etapas (d)-(f) se realizan basándose en la pluralidad de polimorfismos; y en el que la clasificación en (f) clasifica cada una de la pluralidad de polimorfismos en una de las siguientes combinaciones: (i) la embarazada es homocigoto y el feto es homocigoto, (ii) la embarazada es homocigoto y el feto es heterocigoto, (iii) la embarazada es heterocigoto y el feto es homocigoto, y (iv) la embarazada es heterocigoto y el feto es heterocigoto.

Description

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Etapa 3: Establecer un umbral DT para reducir la contaminación debida a los datos del caso 1. Ignorar todos los puntos de datos por debajo de T2(D,A) una función real.
15 Etapa 4: Realizar la estimación de la regresión para los restantes datos transformados del caso 2 y 3. Aplicar la regresión por el origen hasta los puntos restantes. La estimación de la fracción fetal es dos veces la pendiente de la línea de regresión.
Adviértase que hay muchas clases de transformaciones que pueden construirse para lograr la misma coincidencia de los datos del caso 2 y 3. Los ejemplos incluyen la trigonométrica, la transformación o el uso de matrices de rotación. Se entiende que estas desviaciones quedan incluidas en el alcance de la presente descripción. Además, pueden utilizarse muchas clases de regresión (L2, L1,…) u optimización. Intercambiar el algoritmo de optimización es un cambio trivial y queda dentro del alcance de la presente descripción.
25 La Figura 6 presenta los datos después de la rotación, seleccionando D1 de manera que el caso 1 y los casos 2 y 3 no se solapen. E1 representa un límite superior del intervalo de confianza superior del 99 por ciento de los datos del caso 1.
Método EM3: mínimos cuadrados ponderados
El método de regresión de EM2.3 supone que todos los puntos de datos traducidos tienen igual varianza.
Es más adecuado tener en cuenta la heterocedasticidad de las diferentes fuentes de datos e incluso de los puntos
de un mismo patrón de heterocigosidad.
35 Las etapas 1 a 3 son idénticas a EM2.3.
Etapa 4: Regresión
En la regresión a partir de EM2.3, los puntos de los datos del caso 2 tendrán una varianza v2(f,D) = [0,5*Df
0,25*Df^2] y los puntos de los datos del caso 3 tendrán una varianza v3(f,D)=[0,25D(1 -f^2)]. Suponiendo que se da
a cada punto una ponderación diferente, w, como en EM2.3, se busca minimizar
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Ajuste de las primeras derivadas a cero y cálculo del valor de s:
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Este método se pondera con la inversa de la varianza de cada punto, que se estima como v2(2A/D,D), o v3(2A/D,D), según corresponda. La estimación de la fracción fetal es 2*s.
En determinadas formas de realización, puede emplearse un modelo de mezcla para clasificar un grupo de polimorfismos en dos o más de los casos de cigosidad y, al mismo tiempo, estimar la fracción de ADN fetal a partir de las frecuencias alélicas medias para cada uno de estos casos. En general, un modelo de mezcla supone que un conjunto de datos particular se compone de una mezcla de diferentes tipos de datos, cada uno de los cuales tiene su propia distribución esperada (por ejemplo, una distribución normal). El proceso intenta encontrar la media y, posiblemente, otras características para cada tipo de datos. En las formas de realización descritas en el presente documento, hay hasta cuatro tipos de datos diferentes (los casos de cigosidad) que constituyen los datos de frecuencia del alelo minoritario para los polimorfismos en cuestión.
En la siguiente sección se presenta una implementación de un modelo de mezcla. En esta forma de realización, la frecuencia del alelo minoritario A es una suma de cuatro términos como se muestra en la ecuación 3. Cada uno de los términos corresponde a uno de los cuatro casos de cigosidad. Cada término es el producto de una fracción de polimorfismo α y una distribución binomial de la frecuencia del alelo minoritario. Los α son las fracciones de los polimorfismos que se encuentran en cada uno de los cuatro casos. Cada distribución binomial tiene una probabilidad asociada, p, y una cobertura, d. La probabilidad del alelo minoritario para el caso 2, por ejemplo, viene dada por f/2.
Las formas de realización descritas se valen de "momentos factoriales" para los datos de frecuencia alélica en cuestión. Como es bien sabido, la media de la distribución es el primer momento. Es el valor esperado de la frecuencia del alelo minoritario. La varianza es el segundo momento. Se calcula a partir del valor esperado de la frecuencia alélica al cuadrado.
Los datos de frecuencia alélica en todos los polimorfismos pueden utilizarse para calcular los momentos factoriales (un primer momento factorial, un segundo momento factorial, etc.) como se muestra en la ecuación 4. Como indican estas ecuaciones, los momentos factoriales son los sumatorios de términos sobre i, los polimorfismos individuales en el conjunto de datos, en los que hay n de tales polimorfismos en el conjunto de datos. Los términos que se suman son funciones de los recuentos de alelos minoritarios, αi, y las coberturas di.
De manera provechosa, los momentos factoriales tienen relaciones con los valores de αi y pi como se ilustra en la ecuación 5. A partir de las probabilidades, pi, puede determinarse la fracción fetal, f. Por ejemplo, p2 = f/2 y p3 es 1-f/2. Por lo tanto, la lógica responsable puede resolver un sistema de ecuaciones que relacionan los αsy ps desconocidos con las expresiones de momento factorial para las fracciones del alelo minoritario en los polimorfismos múltiples en cuestión. Por supuesto, hay otras técnicas para resolver los modelos de mezcla dentro del alcance de la presente invención.
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una posible herramienta de diagnóstico y de pronóstico. En una forma de realización, el método de la invención evalúa la CNV de una secuencia de interés en una muestra que comprende una mezcla de ácidos nucleicos procedente de un sujeto que se sospecha o se sabe tiene cáncer, por ejemplo, un carcinoma, sarcoma, linfoma, leucemia, tumores de células germinales y un blastoma. En una forma de realización, la muestra es una muestra de plasma derivada (procesada) de la sangre periférica y que comprende una mezcla de cfADN derivado de células normales y cancerosas. En otra forma de realización, la muestra biológica que se necesita para determinar si una CNV está presente se deriva de una mezcla de células cancerosas y no cancerosas de otros fluidos biológicos, incluidos pero no limitados a suero, sudor, lágrimas, esputo, orina, secreción del oído, linfa, saliva, líquido cefalorraquídeo, lavados, suspensión de médula ósea, flujo vaginal, lavado transcervical, líquido cerebral, líquido ascítico, leche, secreciones de los tractos respiratorio, intestinal y genitourinario, y muestras de leucoforesis, o en biopsias de tejido, hisopos o frotis.
La secuencia de interés es una secuencia de ácido nucleico que se sabe o se sospecha es importante para el desarrollo y/o la evolución del cáncer. Los ejemplos de una secuencia de interés incluyen secuencias de ácidos nucleicos que están amplificadas o delecionadas en las células cancerosas como se describe a continuación.
Los genes que actúan de manera dominante asociados con tumores sólidos humanos ejercen por lo general su efecto mediante la sobreexpresión o la expresión modificada. La amplificación génica es un mecanismo común que conduce a la regulación positiva de la expresión génica. Hay estudios citogenéticos que indican que se produce una amplificación significativa en más del 50% de los cánceres de mama humanos. Muy en particular, la amplificación del protooncogén receptor del factor de crecimiento epidérmico 2 (HER2) humano que se encuentra en el cromosoma 17 (17(17q21-q22)), da como resultado la sobreexpresión de los receptores HER2 en la superficie celular que conduce a una señalización excesiva y mal regulada en el cáncer de mama y otros tumores malignos (Park et al., Clinical Breast Cancer 8:392-401 [2008]). Se ha descubierto que diversos oncogenes están amplificados en otros tumores malignos humanos. Los ejemplos de la amplificación de oncogenes celulares en tumores humanos incluyen amplificaciones de: c-myc en la estirpe celular de leucemia promielocítica HL60, y estirpes celulares de carcinoma pulmonar de células pequeñas, N-myc en neuroblastomas primarios (fases III y IV), estirpes celulares de neuroblastoma, tumores primarios y estirpe celular de retinoblastoma, y tumores y estirpes celulares de carcinoma pulmonar de células pequeñas, L-myc en tumores y estirpes celulares de carcinoma pulmonar de células pequeñas, c-myb en la leucemia mieloide aguda y en estirpes celulares de carcinoma de colon, c-erbb en estirpes celulares de carcinoma epidermoide, y gliomas primarios, c-K-ras-2 en carcinomas primarios de pulmón, colon, vejiga y recto, Nras en la estirpe celular de carcinoma de mama (Varmus H., Ann. Rev. Genetics 18:553-612 (1984) [citado en Watson et al., Molecular Biology of the Gene (4ª ed.; Benjamin/Cummings Publishing Co. 1987)].
Las deleciones cromosómicas que implican genes supresores de tumores pueden desempeñar un papel importante en el desarrollo y la progresión de los tumores sólidos. El gen supresor del tumor retinoblastoma (Rb-1), que se encuentra en el cromosoma 13q14, es el gen supresor de tumores más ampliamente caracterizado. El producto del gen Rb-1, una fosfoproteína nuclear de 105 kDa, desempeña al parecer un papel importante en la regulación del ciclo celular (Howe et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (EE.UU.) 87:5883-5887 [1990]). La expresión modificada o perdida de la proteína Rb se debe a la inactivación de ambos alelos del gen, ya sea por una mutación puntual o una deleción cromosómica. Se ha descubierto que hay modificaciones del gen Rb-1 no sólo en los retinoblastomas, sino también en otros tumores malignos tales como los osteosarcomas, el cáncer de pulmón de células pequeñas (Rygaard et al., Cancer Res. 50: 5312-5317 [1990)]) y el cáncer de mama. Los estudios de polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP) han indicado que tales tipos de tumores han perdido con frecuencia heterocigosidad en 13q, lo que sugiere que uno de los alelos del gen Rb-1 se ha perdido debido a una gran deleción cromosómica (Bowcock et al., Am. J. Hum. Genet., 46: 12 [1990]). Las anomalías en el cromosoma 1, incluidas las duplicaciones, deleciones y translocaciones desequilibradas que implican al cromosoma 6 y otros cromosomas compañeros (“partner”) indican que las regiones del cromosoma 1, en particular 1q21-1q32 y 1p11-13, podrían albergar oncogenes o genes supresores de tumores que son patogenéticamente pertinentes para las fases crónica y avanzada de las neoplasias mieloproliferativas (Caramazza et al., Eur. J. Hemato. 184:191-200 [2010]). Las neoplasias mieloproliferativas también están asociadas con deleciones del cromosoma 5. La pérdida completa o las deleciones intersticiales del cromosoma 5 son la anomalía del cariotipo más común en los síndromes mielodisplásicos (MDSs). Los pacientes con MDS con del(5q) aislada/5q-tienen un pronóstico más favorable que aquellos con defectos del cariotipo adicionales, que tienden a desarrollar neoplasias mieloproliferativas (MPNs) y leucemia mieloide aguda. La frecuencia de deleciones del cromosoma 5 desequilibradas ha llevado a la idea de que 5q alberga uno o más genes supresores de tumores que tienen funciones fundamentales en el control del crecimiento de las células madre/progenitoras hematopoyéticas (HSCs/HPC). El mapeo citogenético de las regiones comúnmente delecionadas (CDRs) centrado en 5q31 y 5q32 identificó genes supresores de tumores candidatos, incluida la subunidad ribosómica RPS14, el factor de transcripción Egr1/Krox20 y la proteína remodeladora del citoesqueleto, alfa-catenina (Eisenmann et al., Oncogene 28:3429-3441 [2009]). Los estudios citogenéticos y de alelotipado de tumores frescos y estirpes celulares de tumor han demostrado que la pérdida alélica de varias regiones distintas en el cromosoma 3p, incluidas 3p25, 3p21-22, 3p21.3, 3p12-13 y 3p14, son las anomalías genómicas más precoces y frecuentes implicadas en un amplio espectro de los principales cánceres epiteliales de pulmón, mama, riñón, cabeza y cuello, ovario, cuello del útero, colon, páncreas, esófago, vejiga y otros órganos. Se han mapeado varios genes supresores de tumores en la región del cromosoma 3p, y se cree que las deleciones
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las perlas se capturan en pocillos (del tamaño del picolitro). Se realiza la pirosecuenciación en cada fragmento de ADN en paralelo. La adición de uno o más nucleótidos genera una señal luminosa que es registrada por una cámara CCD en un instrumento de secuenciación. La intensidad de la señal es proporcional al número de nucleótidos incorporados. La pirosecuenciación se vale de pirofosfato (PPi) que se libera tras la adición de nucleótidos. El PPi es convertido en ATP por la ATP sulfurilasa en presencia de adenosina 5’ fosfosulfato. La luciferasa utiliza ATP para convertir la luciferina en oxiluciferina, y esta reacción genera luz que se distingue y se analiza.
En una forma de realización, la tecnología de secuenciación de ADN que se utiliza en los métodos descritos es la tecnología SOLiD™ (Applied Biosystems). En la secuenciación por ligación SOLiD™, el ADN genómico se corta en fragmentos, y se fijan adaptadores a los extremos 5’ y 3' de los fragmentos para generar una biblioteca de fragmentos. Como alternativa, pueden introducirse adaptadores internos ligando los adaptadores a los extremos 5’ y 3' de los fragmentos, circularizando los fragmentos, digiriendo el fragmento circularizado para generar un adaptador interno, y fijando los adaptadores a los extremos 5’ y 3' de los fragmentos resultantes para generar una biblioteca de pares emparejados. A continuación, se preparan poblaciones de perlas clonales en microrreactores que contienen las perlas, los cebadores, el molde y los componentes de la PCR. Después de la PCR, los moldes se desnaturalizan y las perlas se enriquecen para separar las perlas con moldes extendidos. Los moldes en las perlas seleccionadas se someten a una modificación 3’ que permite la unión a un portaobjetos de vidrio. La secuencia puede determinarse mediante hibridación y ligación secuencial de oligonucleótidos parcialmente aleatorios con una base (o un par de bases) determinada central que se identifica mediante un fluoróforo específico. Después de registrarse un color, el oligonucleótido ligado se escinde y elimina y, a continuación, se repite el proceso.
En una forma de realización, la tecnología de secuenciación de ADN que se utiliza en los métodos descritos es la tecnología de secuenciación de una sola molécula en tiempo real (SMRT™) de Pacific Biosciences. En la secuenciación SMRT, se forman imágenes de la continua incorporación de nucleótidos marcados con colorante durante la síntesis de ADN. Se fijan moléculas de ADN polimerasa individuales a la superficie inferior de identificadores de guía de ondas en modo cero (identificadores ZMW) individuales que obtienen información de secuencias, mientras se están incorporando nucleótidos marcados en la cadena de cebador en crecimiento. Un ZMW es una estructura de confinamiento que permite observar la incorporación de un solo nucleótido por la ADN polimerasa contra el fondo de nucleótidos fluorescentes que se difunden rápidamente dentro y fuera del ZMW (en microsegundos). Se necesitan varios milisegundos para incorporar un nucleótido en una cadena en crecimiento. Durante este tiempo, el marcador fluorescente es excitado y produce una señal fluorescente, y el marcador fluorescente se escinde. La identificación de la correspondiente fluorescencia del colorante indica qué base se incorporó. El proceso se repite.
En una forma de realización, la tecnología de secuenciación de ADN que se utiliza en los métodos descritos es la secuenciación por nanoporos (por ejemplo, como se describe en Soni GV y Meller A. Clin. Chem. 53: 19962001 [2007]). Varias compañías, incluida Oxford Nanopore Technologies (Oxford, Reino Unido), están desarrollando industrialmente técnicas de análisis de ADN de secuenciación por nanoporos. La secuenciación por nanoporos es una tecnología de secuenciación de una sola molécula mediante la que una sola molécula de ADN se secuencia directamente a medida que pasa por un nanoporo. Un nanoporo es un pequeño agujero, del orden de 1 nanómetro de diámetro. La inmersión de un nanoporo en un fluido conductor y la aplicación de un potencial (voltaje) a través del mismo dan como resultado una ligera corriente eléctrica debida a la conducción de iones a través del nanoporo. La cantidad de corriente que fluye es sensible al tamaño y la forma del nanoporo. A medida que una molécula de ADN pasa por un nanoporo, cada nucleótido de la molécula de ADN obstruye el nanoporo en un grado diferente, cambiando la magnitud de la corriente a través del nanoporo en diferentes grados. Por lo tanto, este cambio en la corriente a medida que la molécula de ADN pasa por el nanoporo representa una lectura de la secuencia de ADN.
En una forma de realización, la tecnología de secuenciación de ADN que se utiliza en los métodos descritos es la matriz de transistor de efecto de campo sensible a químicos (chemFET) (por ejemplo, como se describe en la publicación de patente de EE.UU. nº 2009/0026082 presentada el 17 de diciembre de 2007). En un ejemplo de la técnica, las moléculas de ADN pueden colocarse en cámaras de reacción, y las moléculas de molde pueden hibridarse con un cebador de secuenciación unido a una polimerasa. La incorporación de uno o más trifosfatos en una nueva cadena de ácido nucleico en el extremo 3’ del cebador de secuenciación puede distinguirse por un cambio en la corriente mediante un chemFET. Una matriz puede tener múltiples sensores chemFET. En otro ejemplo, pueden fijarse ácidos nucleicos individuales a perlas, y los ácidos nucleicos pueden amplificarse en la perla, y las perlas individuales pueden transferirse a cámaras de reacción individuales en una matriz e chemFET, teniendo cada cámara un sensor chemFET, y pueden secuenciarse los ácidos nucleicos.
En una forma de realización, la tecnología de secuenciación de ADN que se utiliza en los métodos descritos es el método de Halcyon Molecular que utiliza microscopía electrónica de transmisión (TEM). El método, denominado Individual Molecule Placement Rapid Nano Transfer (IMPRNT), comprende utilizar la formación de imágenes de microscopio electrónico de transmisión de resolución de un solo átomo de ADN de alto peso molecular (150 kb o superior) marcado selectivamente con marcadores de átomos pesados y disponer estas moléculas en películas ultrafinas en matrices paralelas ultradensas (3 nm entre las cadenas) con una separación constante entre las bases. Se utiliza el microscopio electrónico para formar imágenes de las moléculas en las películas para determinar la posición de los marcadores de átomos pesados y para extraer información de secuencias de bases del
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Fracción fetal predicha a partir de las variaciones secuenciadas: Caso 2
Para demostrar que el método de la presente invención puede utilizarse para estimar con fiabilidad la fracción fetal en una muestra materna, se creó una muestra “materna” artificial, y se identificaron las variaciones de bases en todos los loci de los cromosomas 1 y 7 para predecir la fracción de genoma de contribución minoritaria.
El cfADN que se aísla de una mujer embarazada es una mezcla de cfADN materno y fetal, correspondiendo el nivel de cfADN fetal a una mediana de ~ 10% del cfADN total (Lo et al., 2010, "Maternal Plasma DNA sequencing reveals the genome-wide genetic and mutational profile of the fetus", Prenatal Diagnosis, 2, 1-12). Para crear la muestra materna artificial, se utilizó ADN genómico (ADNg) obtenido de una madre y su hijo (ADNs de madre e hijo NA10924 y NA10925; The Coriell Institute for Medical Research, Camden, NJ) para crear la muestra de genomas mixtos. Se cortaron cinco microgramos del ADNg de la madre y del ADNg del hijo, en fragmentos de aproximadamente 200 pb, y se determinó la concentración de cada uno. Se creó una muestra artificial que contenía un 10% de ADN del hijo y un 90% de ADN de la madre para imitar una muestra de sangre materna, que se cree contiene por lo general del 2%-40% de cfADN fetal, dependiendo de la edad gestacional [Lun et al., 2008 "Microfluidics digital PCR reveals a higher than expected fraction of fetal DNA in maternal plasma", Clinical Chemistry, 54, 1664-1672]. Se preparó una biblioteca de secuenciación a partir del ADN de la muestra artificial, y se sometió a 50 ciclos de secuenciación en 4 calles de la célula de flujo utilizando el IlluminaHiSeq 2000. Se generaron aproximadamente 800 millones de lecturas de secuencias 49-mero.
Los ~ 800 millones de lecturas se alinearon contra el Genoma de Referencia Humano con Enmascaramiento de Repeticiones (construcción hg19) utilizando el algoritmo GSNAP (http://researchpub.gene.com/gmap/), lo que permite un desapareamiento y ninguna inserción y ninguna deleción. Se ignoraron las secuencias que se mapearon contra múltiples ubicaciones en el genoma. Todas las demás lecturas mapeadas se contaron como marcadores de secuencia, y sólo los loci contra los que se mapearon 40 y 100 marcadores de secuencia se tuvieron en cuenta para su posterior análisis, es decir, sólo se tuvieron en cuenta las bases con una cobertura de 40 y 100 marcadores.
Para cada locus de bases, se hizo el recuento del número de marcadores que se mapearon contra cada una de las cuatro bases. Se eliminaron los loci con más de dos bases posibles, y sólo los marcadores que se mapearon contra loci monoalélicos y bialélicos se utilizaron para predecir la fracción fetal artificial. El número total de marcadores que se mapearon en cada locus de bases representó la cobertura (D) en ese locus. En esta muestra materna simulada, se espera que la contribución del alelo mayoritario de la madre (B) refleje la porción del 90% de los marcadores, y la contribución del alelo minoritario del hijo (A) refleje la porción del 10% de los marcadores.
Las Figuras 11A y B muestran los histogramas del número de observaciones de bases variantes (Frecuencia) en los cromosomas 1 y 7, respectivamente para los porcentajes de alelos minoritarios (A/D) para los cromosomas 1 y 7. El porcentaje del alelo minoritario es el porcentaje del número total de alelos en un determinado locus. Por ejemplo, para un determinado locus en el que hay 8 apariciones del alelo minoritario A y 56 apariciones del alelo mayoritario B, el porcentaje del alelo minoritario es 8%. Los datos muestran que el mayor número de apariciones (Frecuencia) para el alelo minoritario se observa cuando el alelo minoritario está presente en un 5%, lo que representa la mitad de la fracción fetal. Por consiguiente, los datos predijeron que la muestra contenía una fracción fetal del 10%, que se corresponde con la utilizada para crear la muestra materna artificial.
Las Figuras 12A y B muestran la distribución de la frecuencia alélica en los cromosomas 1 y 7, respectivamente. Ambos gráficos muestran que el número máximo de alelos variantes en los cromosomas se producen a una frecuencia del alelo minoritario del 5% y una frecuencia del alelo mayoritario del 95%. Algunos de los puntos de datos restantes representan loci bialélicos presentes en el genoma de la madre, mientras que otros representan el ruido de la metodología de secuenciación. La porción central de cada gráfico donde los alelos variantes no están representados coincide con los centrómeros del cromosoma, que se sabe son regiones ricas en repeticiones de los cromosomas, contra las que se mapean los marcadores en más de un locus y que, por lo tanto, se excluyen del análisis. En otras regiones, por ejemplo las regiones que flanquean el centrómero y las regiones correspondientes a los telómeros, los alelos variantes están sobrerrepresentados. La sobrerrepresentación de estas regiones puede atribuirse a la metodología de secuenciación por la cual algunas regiones se secuencian a mayores niveles que otras.
Por lo tanto, el método de la presente invención puede utilizarse para predecir la fracción fetal. El método es particularmente útil, ya que no requiere la identificación de secuencias diana, por ejemplo, SNPs, y cualquier variación en cualquier posición de cualquier cromosoma pueden servir para predecir el porcentaje de fracción fetal.
Otras formas de realización
Aunque lo anteriormente indicado ha descrito en general la presente invención según procesos y aparatos específicos, la presente descripción tiene un abanico de aplicabilidad mucho más amplio. En particular, la presente descripción se ha descrito en términos de detección de la fracción de ADN fetal en una muestra de ADN obtenida de una embarazada, pero no se limita a ello, ya que los conceptos y métodos presentados en el presente documento
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