ES2652497T3 - Procedimiento para el diagnóstico in vitro del cáncer de colon - Google Patents

Procedimiento para el diagnóstico in vitro del cáncer de colon Download PDF

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Nathalie MUGNIER
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Abstract

Procedimiento para el diagnóstico in vitro específico del cáncer de colon en una muestra biológica recogida de un paciente que comprende una etapa de detección de al menos un producto de expresión de al menos una secuencia de ácido nucleico elegida entre las secuencias identificadas en las ID. SEC. nº: 1, 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17, 19, 22, 24, 25, 27 y 97 o entre las secuencias que presentan una identidad de al menos el 99 % con una de las secuencias identificadas en las ID. SEC. nº: 1, 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17, 19, 22, 24, 25, 27 y 97.

Description

imagen1
Tabla
ID. SEC. nº:
Localización cromosómica Tejido objetivo Proporción de expresión cáncer/normal
1
(-) chr 5: 135904531-135912105 x 43,8
2
(-) chr X: 4468515-4474361 x 34,7
3
(-) chr 20: 19680691-19685420 x 19,4
4
(+) chr 4: 183972457-183977066 x 12,5
5
(+) chr 13: 108715439-108721465 x 10,9
6
(-) chr 1: 204451670-204454441 -8,6
7
(-) chr 7: 26030345-26035880 x 8,4
8
(+) chr 14: 73239795-73245370 x 8,3
9
(-) chr 5: 179775292-179781337 x 7,7
10
(-) chr 14: 30785319-30790095 x 7,6
11
(-) chr 3: 45773285-45774220 x 6,7
12
(+) chr 16: 84869202-84872386 x 6,4
13
(-) chr 11: 130128601-130134242 x 5,9
14
(-) chr 10: 6711545-6717509 5,7
15
(+) chr 8: 86591572-86592049 -5,6
16
(+) chr 12: 25207414-25213718 5,6
17
(+) chr 8: 98256433-98262143 x 4,9
18
(+) chr 1: 201726731-201727141 -4,8
19
(-) chr 8: 80460894-80463081 x 4,8
20
(+) chr 8: 105367316-105373215 4,8
21
(+) chr 17: 11815798-11820989 4,7
22
(-) chr 18: 24526989-24532843 x 4,5
23
(+) chr 22: 15472270-15476039 4,2
24
(-) chr 8: 91171628-91177272 x 4,2
25
(+) chr 1: 176275999-176281686 x 4,2
26
(-) chr 19: 48519503-48525376 4,1
27
(+) chr 9: 25658927-25666384 x 3,7
28
(+) chr 13: 34271392-34275485 3,7
29
(-) chr 11: 60237235-60238528 -3,6
30
(+) chr 8: 116896352-116900252 3,2
31
(+) chr 19: 60146916-60147844 3,2
32
(+) chr 2: 188084458-188084785 -3,1
33
(+) chr 10: 98482752-98486365 2,9
34
(-) chr 8: 99671725-99672015 2,9
35
(-) chr 13: 55586741-55590394 2,8
36
(-) chr X: 93840473-93846744 -2,8
37
(-) chr 4: 93411664-93417822 2,5
38
(+) chr 4: 121134267-121140271 2,5
39
(-) chr 5: 135912105-135915610 2,5
40
(-) chr 6: 82110364-82117596 -2,4
41
(-) chr 6: 123945178-123950851 2,4
42
(-) chr 2: 71238414-71246247 2,4
43
(-) chr 1: 171684177-171684627 -2,3
44
(+) chr 10: 65936583-65936972 2,3
45
(+) chr 14: 50429630-50433350 2,3
46
(+) chr 14: 41054824-41060836 2,3
47
(-) chr 5: 34514678-34514916 2,2
48
(+) chr 8: 115366935-115369140 2,2
49
(-) chr 11: 73926652-73927082 2,2
50
(-) chr 14: 22736836-22737207 2,2
51
(-) chr 1: 79726879-79732396 2,2
52
(+) chr 3: 130161351-130164778 2,1
53
(-) chr 12: 11656097-11659027 -2,1
54
(-) chr 17: 72113663-72119188 2,1
55
(-) chr 11: 123241237-123246982 2,1
56
(-) chr 8: 136848614-136854437 2,1
57
(+) chr 3: 135222763-135223084 -2,1
58
(+) chr 12: 94666771-94672799 2,1
59
(+) chr 6: 63559535-63565316 -2,1
(continuación)
ID. SEC. nº:
Localización cromosómica Tejido objetivo Proporción de expresión cáncer/normal
60
(-) chr 2: 54587807-54590183 -2,0
61
(+) chr 2: 173115073-173117251 2,0
62
(+) chr 5: 755586-759445 2,0
63
(+) chr 8: 129995887-130001750 2,0
64
(+) chr 4: 127503905-127504662 2,0
65
(-) chr 21: 41718929-41719369 2,0
66
(+) chr 20: 40489715-40490155 2,0
67
(+) chr 7: 100274888-100276065 2,0
68
(+) chr 7: 35702274-35703153 2,0
69
(+) chr 6: 131686129-131689771 -2,0
70
(-) chr 1: 226879232-226884835 2,0
71
(-) chr 10: 17712042-17714165 1,9
72
(-) chr 10: 53463521-53469327 1,9
73
(-) chr X: 112238600-112244308 1,9
74
(-) chr 1: 146722974-146723946 1,9
75
(+) chr 1: 53671142-53673436 1,9
76
(-) chr X: 91414738-91420449 -1,9
77
(-) chr 7: 16683220-16684043 1,9
78
(+) chr 10: 100097920-100098685 1,9
79
(+) chr 22: 31228741-31234490 1,8
80
(-) chr 13: 112501931-112502014 1,8
81
(+) chr 1: 146832410-146833382 1,8
82
(-) chr 10: 20449793-20453869 1,8
83
(+) chr 9: 21911892-21921934 1,8
84
(-) chr 3: 186574589-186580188 -1,8
85
(-) chr 10: 62463482-62469677 -1,8
86
(-) chr 15: 97959745-97960384 -1,7
87
(+) chr 17: 75988189-75996283 -1,7
88
(+) chr 2: 88760597-88762729 1,7
89
(+) chr 7: 29791133-29794522 1,7
90
(+) chr 18: 50528195-50528890 -1,7
91
(+) chr 1: 89162808-89170138 -1,7
92
(-) chr 3: 178866314-178871614 -1,7
93
(-) chr 19: 52245264-52250506 1,7
94
(+) chr 17: 30852752-30853047 -1,7
95
(-) chr 11: 69581214-69582655 1,7
96
(+) chr 5: 138886787-138888726 -1,7
97
(-) chr 3: 167701085-167706900 x 1,7
98
(+) chr 1: 101404629-101404696 1,7
99
(+) chr 8: 113277279-113282810 -1,6
100
(-) chr 20: 740491-741481 1,6
101
(-) chr 2: 58194071-58199769 1,6
102
(+) chr 13: 35788462-35794330 -1,6
103
(+) chr 9: 12938344-12944129 1,6
104
(-) chr 9: 116976750-116982362 -1,6
105
(-) chr 4: 11264289-11269976 -1,6
106
(-) chr 1: 223094264-223100407 -1,6
107
(+) chr 7: 92862465-92866875 1,6
108
(-) chr 17: 72296838-72297401 -1,6
109
(+) chr X: 86823336-86830473 1,6
110
(-) chr X: 89718079-89718557 -1,6
111
(-) chr 3: 58397972-58398349 -1,6
112
(-) chr 2: 215413351-215413804 -1,6
113
(+) chr 4: 87614948-87620699 1,6
114
(-) chr 1: 54874382-54875358 -1,6
115
(+) chr 1: 237429952-237430254 1,6
116
(-) chr 7: 79651365-79652053 -1,6
117
(-) chr 4: 180711319-180712287 -1,5
118
(-) chr 5: 146727162-146727562 -1,5
(continuación)
ID. SEC. nº:
Localización cromosómica Tejido objetivo Proporción de expresión cáncer/normal
119
(+) chr 3: 156178559-156179784 -1,5
120
(+) chr 1: 51465235-51468757 -1,5
121
(-) chr 3: 100178327-100178459 1,5
122
(-) chr 4: 67932305-67932737 1,5
123
(-) chr 18: 24532993-24533490 1,5
124
(-) chr 12: 20862483-20866818 1,5
125
(-) chr 12: 8334466-8337953 -1,5
126
(-) chr 13: 94759022-94759378 -1,5
127
(-) chr 1: 144779633-144780605 1,5
128
(+) chr 1: 143314771-143315743 1,5
129
(+) chr 2: 231645891-231645949 1,5
130
(-) chr 7: 65721380-65722348 -1,5
131
(+) chr 2: 188606470-188612115 -1,5
132
(-) chr 3: 176879333-176879730 -1,5
133
(-) chr 3: 186765708-186772209 1,5
134
(-) chr 11: 67377518-67381008 1,5
135
(-) chr 12: 123157590-123158004 1,5
136
(+) chr 7: 134507781-134510522 -1,5
137
(+) chr 12: 112980007-112980079 -1,5
138
(-) chr 10: 101571639-101577563 1,5
139
(+) chr 8: 81814506-81817982 -1,5
140
(-) chr 12: 29178820-29185001 -1,5
141
(-) chr 5: 119558433-119559245 -1,5
142
(-) chr 13: 23891789-23892035 1,5
143
(-) chr 1: 51845967-51846990 -1,5
144
(-) chr 19: 58630272-58630359 1,5
145
(-) chr 3: 193273756-193277341 -1,5
146
(+) chr 6: 149002601-149008339 -1,5
147
(+) chr 3: 186986788-186987217 1,5
148
(-) chr 3: 192866741-192872861 1,5
149
(+) chr 4: 69952306-69955060 -1,4
150
(-) chr 14: 38837505-38837576 1,4
151
(+) chr 2: 57102769-57103266 -1,4
152
(-) chr 3: 130032422-130036475 -1,4
153
(+) chr 4: 54112155-54112817 -1,4
154
(-) chr 3: 146311752-146313676 1,4
155
(-) chr 12: 14769094-14769447 1,4
156
(+) chr 13: 55512386-55518412 1,4
157
(+) chr 15: 72433538-72439180 -1,4
158
(+) chr 3: 40577391-40583175 -1,4
159
(-) chr 4: 120675771-120676048 -1,4
160
(-) chr 8: 12395268-12398823 -1,4
161
(-) chr X: 101106329-101106710 1,4
162
(-) chr 3: 190138663-190139459 -1,4
163
(-) chr 3: 98473995-98479084 -1,4
164
(+) chr 10: 5070454-5070498 -1,4
165
(+) chr 5: 114710170-114711150 1,4
166
(+) chr 3: 128381736-128382403 -1,4
167
(+) chr 9: 22813029-22813838 -1,4
168
(-) chr 2: 231673651-231673769 1,4
169
(+) chr 3: 116946112-116948448 1,4
170
(-) chr 11: 92482373-92482685 1,4
171
(+) chr 4: 167867005-167868159 1,4
172
(-) chr 1: 144779633-144780605 1,4
173
(+) chr 20: 58157372-58158054 1,4
174
(-) chr 4: 138339335-138340015 -1,4
175
(-) chr 12: 71688770-71689742 1,4
176
(+) chr 13: 63310225-63315979 -1,4
177
(-) chr 1: 110201971-110202287 -1,4
178
(+) chr 10: 92557026-92562997 -1,4
(continuación)
ID. SEC. nº:
Localización cromosómica Tejido objetivo Proporción de expresión cáncer/normal
179
(+) chr 1: 38146074-38152175 -1,4
180
(+) chr 6: 153045773-153046224 1,4
181
(-) chr 1: 79934615-79940335 -1,4
182
(+) chr 4: 155197148-155204405 -1,4
183
(+) chr 13: 40927858-40928571 1,4
184
(+) chr 4: 11974611-11980403 -1,3
185
(+) chr 18: 4676671-4682409 -1,3
186
(-) chr 21: 14575132-14576104 -1,3
187
(+) chr 5: 180186875-180187838 -1,3
188
(+) chr 4: 68579259-68585888 -1,3
189
(-) chr 11: 27607193-27613049 -1,3
190
(+) chr 18: 6123610-6123972 -1,3
191
(+) chr 14: 57658752-57662615 -1,3
192
(-) chr 1: 144213068-144214036 -1,3
193
(-) chr 4: 62312529-62318338 -1,3
194
(+) chr 1: 45751770-45752724 -1,3
195
(-) chr 17: 6577008-6581495 -1,3
196
(-) chr 1: 244819996-244820439 -1,3
197
(-) chr 9: 100067414-100073409 1,3
198
(+) chr 3: 196356095-196356926 -1,3
199
(+) chr 12: 31851416-31851846 -1,3
200
(-) chr 5: 118311697-118316179 -1,3
201
(-) chr 1: 94806343-94810970 -1,3
202
(+) chr 2: 185332604-185332980 -1,3
203
(+) chr 4: 107250443-107255274 -1,3
204
(-) chr 18: 31472178-31472680 -1,3
205
(+) chr 6: 38501905-38502660 -1,3
206
(-) chr 15: 49734758-49735530 1,3
207
(-) chr X: 84258326-84258441 -1,3
208
(+) chr 5: 55618832-55619003 -1,3
209
(-) chr 17: 16678919-16679896 1,3
210
(+) chr 2: 193715387-193716358 -1,3
211
(+) chr 5: 115014416-115019003 1,3
212
(+) chr 17: 22039285-22039750 -1,3
213
(+) chr 5: 108685641-108685853 -1,3
214
(+) chr 10: 65474521-65475382 -1,3
215
(-) chr 6: 89180631-89187940 1,3
216
(+) chr 1: 244312610-244313561 1,3
217
(+) chr 5: 76822592-76823033 -1,3
218
(-) chr Y: 4283432-4289271 -1,3
219
(+) chr 5: 71075676-71076376 -1,3
220
(+) chr 2: 24861412-24861769 -1,3
221
(-) chr 1: 110196377-110201971 -1,3
222
(+) chr 3: 177261846-177267467 -1,3
223
(+) chr 7: 6908153-6909119 -1,3
224
(-) chr 12: 33132053-33135058 -1,3
225
(-) chr 7: 146321019-146321687 1,3
226
(+) chr 4: 54581003-54585874 -1,3
227
(+) chr X: 138823266-138823672 -1,3
228
(+) chr 18: 2829330-2829995 -1,3
229
(+) chr 6: 66335631-66336029 -1,3
230
(-) chr 6: 121983265-121989145 -1,3
231
(-) chr 2: 226039745-226040459 -1,3
232
(+) chr 4: 109853300-109855458 1,3
233
(+) chr 19: 20126744-20133095 -1,3
234
(-) chr 11: 14839752-14840420 -1,2
235
(-) chr 3: 20380459-20380671 -1,2
236
(+) chr 4: 53395726-53396112 -1,2
237
(+) chr 19: 9553879-9554314 1,2
238
(-) chr 2: 63928103-63928550 -1,2
(continuación)
ID. SEC. nº:
Localización cromosómica Tejido objetivo Proporción de expresión cáncer/normal
239
(+) chr 3: 187581597-187582311 -1,2
240
(-) chr 5: 76211738-76218598 -1,2
241
(+) chr 17: 18280923-18281897 1,2
242
(-) chr 4: 178566070-178566839 -1,2
243
(+) chr 12: 60267154-60272981 -1,2
244
(+) chr 18: 27623185-27623837 -1,2
245
(-) chr 5: 135094585-135101074 -1,2
246
(+) chr 10: 4962301-4962771 -1,2
247
(-) chr 5: 153996685-154003250 -1,2
248
(-) chr 6: 5981329-5981780 -1,2
249
(-) chr 8: 828875-829287 -1,2
250
(+) chr 18: 38295804-38303710 -1,2
251
(-) chr 3: 54643549-54649271 -1,2
252
(-) chr 18: 68050597-68051144 -1,2
253
(-) chr 3: 46260865-46268560 -1,2
254
(-) chr 21: 40033061-40040223 -1,2
255
(+) chr 1: 148879269-148880889 1,2
256
(-) chr 2: 44343693-44344377 1,2
257
(-) chr 11: 80087903-80088662 -1,2
258
(+) chr 3: 46140179-46140255 -1,2
259
(+) chr 10: 45388242-45391541 -1,2
260
(-) chr 10: 52210114-52210776 1,2
261
(-) chr 3: 163923299-163927462 -1,2
262
(-) chr 18: 22761239-22762201 -1,2
263
(+) chr 5: 64505763-64506756 -1,2
264
(-) chr 16: 18909966-18916124 -1,2
265
(+) chr 5: 119114744-119115548 -1,2
266
(+) chr 1: 69101725-69102525 -1,2
267
(+) chr 1: 161827723-161832945 -1,2
268
(+) chr 1: 223140681-223147414 -1,2
269
(+) chr Y: 26648032-26648192 -1,2
270
(-) chr 2: 195907646-195913044 -1,2
271
(-) chr 7: 54710388-54711318 -1,2
272
(-) chr 8: 34837245-34837699 1,2
273
(+) chr 4: 27585609-27586295 -1,2
274
(+) chr 6: 160569673-160575346 -1,2
275
(-) chr 2: 167330763-167331232 -1,1
276
(-) chr 21: 16686151-16692725 -1,1
277
(-) chr 3: 180722967-180726830 -1,1
278
(+) chr 13: 61603944-61604298 -1,1
279
(-) chr Y: 15720288-15724345 -1,1
280
(-) chr 1: 115355475-115355826 1,1
281
(+) chr Y: 26648032-26648192 -1,1
282
(+) chr 11: 94682231-94690615 -1,1
283
(-) chr 18: 62088302-62089092 1,1
284
(+) chr 19: 49834194-49835177 -1,1
285
(-) chr 11: 69737702-69743910 -1,1
La presente invención tiene por lo tanto por objeto un procedimiento para el diagnóstico, in vitro, del cáncer de colon en una muestra biológica recogida de un paciente, que comprende una etapa de detección de al menos un producto de expresión de al menos una secuencia de ácido nucleico, eligiéndose dicha secuencia de ácido nucleico entre las 5 secuencias identificadas en las ID. SEC. nº: 1, 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17, 19, 22, 24, 25, 27 y 97 o entre las secuencias que presentan una identidad de al menos el 99 %, preferiblemente una identidad de al menos el 99,5 % y ventajosamente una identidad de al menos el 99,6 % o de al menos el 99,7 % con una de las secuencias identificadas en las ID. SEC. nº: 1, 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17, 19, 22, 24, 25, 27 y 97.
El diagnóstico permite establecer si un individuo está enfermo o no. El pronóstico permite establecer un grado de
10 gravedad de la enfermedad (grados y/o estadios), que tiene una incidencia sobre la supervivencia y/o la calidad de vida del individuo. En el marco de la presente invención, el diagnóstico puede ser muy precoz.
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análogo de anticuerpo o un aptámero. El compañero de unión es preferiblemente un anticuerpo, por ejemplo, un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal muy purificado, o un análogo de un anticuerpo, por ejemplo, una proteína de afinidad con propiedades competitivas (nanofitine™).
Los anticuerpos policlonales pueden ser obtenidos mediante la inmunización de un animal con el inmunógeno apropiado, seguida de la recuperación de los anticuerpos buscados en forma purificada, mediante la recogida del suero de dicho animal, y la separación de dichos anticuerpos de otros constituyentes del suero, particularmente mediante una cromatografía de afinidad en una columna en la cual se ha fijado un antígeno que es reconocido específicamente por los anticuerpos.
Los anticuerpos monoclonales pueden ser obtenidos mediante la técnica de los hibridomas, cuyo principio general se recuerda a continuación.
En un primer momento, se inmuniza un animal, generalmente un ratón, con el inmunógeno apropiado, cuyos linfocitos B son entonces capaces de producir anticuerpos contra este antígeno. Estos linfocitos productores de anticuerpos se fusionan a continuación con células mielomatosas "inmortales" (murinas en el ejemplo) para dar lugar a hibridomas. A partir de la mezcla heterogénea de células así obtenida, se efectúa después una selección de las células capaces de producir un anticuerpo en particular y de multiplicarse indefinidamente. Cada hibridoma es multiplicado en forma de un clon, que conduce cada uno a la producción de un anticuerpo monoclonal cuyas propiedades de reconocimiento con respecto a la proteína podrían ensayarse, por ejemplo, en un ELISA, mediante una inmunotransferencia (Wéstern blot) en una o en dos dimensiones, una inmunofluorescencia o con la ayuda de un biocapturador. Los anticuerpos monoclonales así seleccionados son purificados a continuación, particularmente según la técnica de cromatografía de afinidad descrita más arriba.
Los anticuerpos monoclonales pueden ser igualmente anticuerpos recombinantes obtenidos mediante ingeniería genética, a través de técnicas bien conocidas por el experto en la materia.
Las nanofitines™ son pequeñas proteínas que, como los anticuerpos, son capaces de unirse a un objetivo biológico, permitiendo así su detección, su captura o simplemente su direccionamiento en el seno de un organismo. Se presentan, entre otros, como análogos de anticuerpos.
Los aptámeros son oligonucleótidos sintéticos capaces de fijar un ligando específico.
La invención concierne igualmente a la utilización de al menos una secuencia de ácido nucleico aislada como marcador molecular para el diagnóstico in vitro del cáncer de colon, caracterizada porque dicha secuencia de ácido nucleico consiste en:
(i)
al menos una secuencia de ADN elegida entre las secuencias ID. SEC. nº: 1, 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17, 19, 22, 24, 25, 27 y 97, o
(ii)
al menos una secuencia de ADN complementaria de una secuencia elegida entre las secuencias ID. SEC. nº: 1, , 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17, 19, 22, 24, 25, 27 y 97, o
(iii) al menos una secuencia de ADN que presenta una identidad de al menos el 99 %, preferiblemente una identidad de al menos el 99,5 % y ventajosamente una identidad de al menos el 99,6 % o de al menos el 99,7 % con una secuencia tal como la definida en (i) y (ii), o
(iv)
al menos una secuencia de ARN que es el producto de transcripción de una secuencia elegida entre las secuencias tales como las definidas en (i), o
(v)
al menos una secuencia de ARN que es el producto de transcripción de una secuencia elegida entre las secuencias que presentan una identidad de al menos el 99 %, preferiblemente una identidad de al menos el 99,5 % y ventajosamente una identidad de al menos el 99,6 % o de al menos el 99,7 % con una secuencia tal como la definida en (i).
En un modo de realización, se utilizan al menos dos secuencias de ácido nucleico que consisten en:
(i)
al menos dos secuencias de ADN elegidas entre las secuencias identificadas en las ID. SEC. nº: 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17, 19, 22, 24, 25, 27 y 97, y en particular las secuencias ID. SEC nº: 2, 3 y 8, o
(ii)
al menos dos secuencias de ADN respectivamente complementarias de al menos dos secuencias elegidas entre las secuencias identificadas en las ID. SEC. nº: 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17, 19, 22, 24, 25, 27 y 97, y en particular elegidas entre las secuencias ID. SEC nº: 2, 3 y 8, o
(iii) al menos dos secuencias de ADN que presentan respectivamente una identidad de al menos el 99 %, preferiblemente una identidad de al menos el 99,5 % y ventajosamente una identidad de al menos el 99,6 % o de al menos el 99,7 % con dos secuencias tales como las definidas en (i) y (ii), o
(iv) al menos dos secuencias de ARN que son respectivamente el producto de transcripción de dos secuencias
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Claims (1)

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