ES2652500T3 - Procedimiento para el diagnóstico o el pronóstico, in vitro, del cáncer de ovario - Google Patents

Procedimiento para el diagnóstico o el pronóstico, in vitro, del cáncer de ovario Download PDF

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ES2652500T3 ES12816739.2T ES12816739T ES2652500T3 ES 2652500 T3 ES2652500 T3 ES 2652500T3 ES 12816739 T ES12816739 T ES 12816739T ES 2652500 T3 ES2652500 T3 ES 2652500T3
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Abstract

Procedimiento para el diagnóstico, in vitro, específico del cáncer de ovario en una muestra biológica extraída de un paciente, que comprende una etapa de detección de por lo menos un producto de expresión de por lo menos una secuencia de ácido nucleico, siendo dicha secuencia de ácido nucleico seleccionada de entre las secuencias identificadas en las SEC ID nº 2, 3, 6, 9, 10, 11, 20, 23, 24, 25, 26, 30, 34, 59 y 139 o de entre las secuencias que presentan por lo menos el 99% de identidad con una de las secuencias identificadas en las SEC ID nº 2, 3, 6, 9, 10, 11, 20, 23, 24, 25, 26, 30, 34, 59 y 139.

Description

imagen1
309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 377, 378, 379, 380, 381, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 5 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 410, 411, 412, 413, 414, 415, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 431, 432, 433, 434, 435, 436, 437, 438, 439, 440, 441, 442, 443, 444, 445, 446, 447, 448, 449, 450, 451, 452, 453, 454, 455, 456, 457, 458, 459, 460, 461, 462, 463, 464, 465, 466, 467, 468, 469, 470, 471, 472, 473, 474, 475, 476, 477, 478, 479, 480, 481, 482, 483, 484, 485, 486, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506,
10 507, 508, 509 y 510.
Tabla
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
1
(-) chr 1: 204451670-204454441 23,6
2
(-) chr 5: 31145123-31145616 x 20,6
3
(-) chr 1: 220215255-220218922 x 18,9
4
(+) chr 20: 15876573-15877028 15,3
5
(-) chr 10: 85918238-85921075 13,9
6
(+) chr 4: 69952306-69955060 x 10,7
7
(-) chr 7: 136602660-136602962 9,4
8
(-) chr 19: 21408391-21408433 -9,3
9
(+) chr 5: 138886787-138888726 x 8,7
10
(+) chr 1: 53662597-53668291 x 8,2
11
(-) chr 11: 61892539-61895047 x 6,8
12
(-) chr 6: 31258778-31261514 6,8
13
(-) chr 4: 92495874-92498563 6,2
14
(-) chr 17: 72119645-72120398 6,2
15
(+) chr 13: 108715439-108721465 5,8
16
(-) chr 4: 92408723-92409131 5,3
17
(+) chr 2: 188084458-188084785 -5,1
18
(+) chr 1: 201726731-201727141 -5,1
19
(-) chr 20: 15911118-15913833 4,8
20
(-) chr 2: 34879568-34885219 x 4,5
21
(-) chr 3: 32480101-32483411 4,3
22
(-) chr 1: 20229120-20230095 -4,0
23
(-) chr 3: 32477433-32480101 x 3,9
24
(-) chr X: 135840667-135841473 x 3,7
25
(-) chr 6: 27901601-27902447 x 3,7
26
(-) chr 7: 120206619-120210175 x 3,7
27
(-) chr 2: 54587807-54590183 -3,6
28
(+) chr 11: 302654-302777 -3,6
29
(-) chr 1: 46569499-46569788 3,5
30
(+) chr 13: 79655647-79662117 x 3,5
31
(+) chr 2: 223763483-223764405 -3,2
32
(-) chr 21: 16686151-16692725 -3,2
33
(+) chr 7: 22344951-22345519 3,2
34
(-) chr 1: 77133084-77138660 x 2,9
35
(-) chr 3: 5525407-5525762 2,9
36
(+) chr 19: 5797895-5801213 2,8
37
(+) chr 5: 162693944-162700167 2,8
38
(+) chr 22: 22208249-22219093 2,7
39
(-) chr 11: 123241237-123246982 2,7
40
(+) chr X: 18907929-18908893 2,6
41
(+) chr 8: 116896352-116900252 2,6
42
(+) chr 1: 46568022-46568774 2,5
43
(-) chr 3: 44361156-44367804 2,5
44
(-) chr 12: 123151029-123151568 2,5
45
(-) chr 3: 171872658-171878745 -2,5
46
(-) chr 18: 24526989-24532843 2,4
47
(-) chr 4: 190639686-190643551 2,4
48
(-) chr 3: 172018098-172024244 -2,4
49
(+) chr 5: 109894536-109899114 2,4
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
50
(+) chr 9: 139130635-139131502 2,4
51
(-) chr 17: 59750387-59751101 -2,4
52
(-) chr 2: 63928103-63928550 -2,3
53
(-) chr 1: 23201713-23201784 -2,3
54
(-) chr X: 119100721-119100753 2,3
55
(+) chr 1: 38146074-38152175 -2,3
56
(+) chr 6: 131686129-131689771 -2,3
57
(+) chr 2: 34868390-34874629 2,2
58
(-) chr X: 119100721-119100753 2,2
59
(+) chr 2: 188606470-188612115 x 2,2
60
(-) chr 3: 149764167-149767943 -2,2
61
(-) chr X: 16107244-16112478 2,1
62
(+) chr 16: 20680398-20681069 -2,1
63
(-) chr 17: 16678919-16679896 -2,1
64
(+) chr 4: 53395726-53396112 2,1
65
(-) chr 19: 58630272-58630359 2,1
66
(+) chr 14: 22268133-22268207 -2,0
67
(+) chr 16: 29617077-29617563 2,0
68
(+) chr 7: 93107183-93112802 2,0
69
(-) chr 1: 226879232-226884835 -2,0
70
(-) chr 7: 97418554-97422641 2,0
71
(+) chr 2: 175898117-175899503 -2,0
72
(-) chr X: 153489882-153497212 -2,0
73
(-) chr 12: 10006301-10012556 2,0
74
(+) chr 17: 49777998-49778501 2,0
75
(-) chr 10: 62463482-62469677 2,0
76
(+) chr 7: 63784637-63784717 1,9
77
(-) chr 9: 22648524-22654061 -1,9
78
(-) chr 19: 41338217-41343765 1,9
79
(+) chr 3: 75269085-75276706 -1,9
80
(+) chr 14: 50429630-50433350 1,9
81
(+) chr 3: 113681517-113681938 1,9
82
(+) chr 17: 18280923-18281897 -1,9
83
(+) chr 17: 30852752-30853047 -1,9
84
(-) chr 7: 16683220-16684043 1,9
85
(-) chr 17: 72113663-72119188 1,9
86
(-) chr 6: 66439380-66440579 1,9
87
(+) chr 14: 49582825-49583215 1,9
88
(-) chr 3: 146311752-146313676 1,9
89
(-) chr 6: 82110364-82117596 -1,9
90
(-) chr 16: 8834700-8846815 1,8
91
(-) chr 3: 83646334-83646729 -1,8
92
(+) chr 2: 57102769-57103266 1,8
93
(-) chr 9: 87683968-87685669 1,8
94
(+) chr 17: 7905950-7906340 1,8
95
(-) chr 1: 79726879-79732396 1,8
96
(+) chr X: 154839291-154839392 1,8
97
(-) chr 1: 20240363-20244851 -1,8
98
(-) chr 19: 51297295-51305072 1,8
99
(-) chr 1: 89419377-89419778 -1,8
100
(+) chr 13: 61603944-61604298 1,8
101
(-) chr 5: 81601427-81604174 1,8
102
(-) chr 11: 61899593-61907139 1,8
103
(+) chr 1: 237429952-237430254 -1,8
104
(+) chr 19: 23052386-23053407 1,8
105
(+) chr 4: 149285541-149286218 -1,8
106
(+) chr 13: 78118938-78119911 1,8
107
(+) chr 1: 46558555-46559522 1,8
108
(-) chr X: 107838-108808 1,8
109
(-) chr 6: 5981329-5981780 1,8
110
(+) chr 5: 79443327-79444232 1,7
111
(+) chr 3: 102893427-102902549 1,7
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
112
(+) chr 17: 70760297-70765658 1,7
113
(-) chr 3: 130842785-130843595 1,7
114
(-) chr 14: 45033906-45038685 1,7
115
(+) chr 7: 63778493-63778556 1,7
116
(+) chr 5: 130936343-130941430 1,7
117
(+) chr 15: 88477019-88482534 -1,7
118
(+) chr 2: 30592323-30596634 -1,7
119
(+) chr 3: 100621292-100621816 -1,7
120
(+) chr 3: 28017061-28017725 -1,7
121
(+) chr 4: 121134267-121140271 1,7
122
(-) chr 1: 113164281-113170199 1,7
123
(+) chr 2: 231645891-231645949 1,7
124
(-) chr 20: 23684500-23685884 -1,7
125
(+) chr 21: 41248565-41252290 1,7
126
(-) chr 7: 26030345-26035880 1,7
127
(-) chr 1: 82866215-82866932 1,7
128
(-) chr 19: 36769982-36771248 1,7
129
(-) chr 8: 99671725-99672015 1,7
130
(-) chr 21: 45534498-45534683 -1,7
131
(+) chr 8: 72739454-72745239 1,7
132
(+) chr 1: 171710187-171711158 1,7
133
(-) chr 4: 80695843-80699887 -1,7
134
(-) chr 20: 15076339-15082148 1,7
135
(-) chr 18: 26600808-26601241 -1,6
136
(-) chr 19: 48519503-48525376 1,6
137
(+) chr 4: 184621848-184622846 -1,6
138
(-) chr 5: 118311697-118316179 1,6
139
(+) chr 20: 825581-830240 x 1,6
140
(-) chr X: 73258716-73266192 -1,6
141
(-) chr 6: 137423130-137429951 -1,6
142
(-) chr 19: 43813619-43814569 1,6
143
(-) chr 6: 166679549-166680132 1,6
144
(-) chr 3: 170131404-170133251 -1,6
145
(-) chr 9: 73768007-73768097 -1,6
146
(-) chr 19: 42435136-42435718 1,6
147
(+) chr 3: 127091992-127101129 -1,6
148
(-) chr 3: 70566511-70572260 1,6
149
(+) chr 7: 134507781-134510522 1,6
150
(+) chr 1: 101404629-101404696 -1,6
151
(+) chr 19: 63026807-63027775 1,6
152
(-) chr 20: 740491-741481 1,6
153
(+) chr 10: 100097920-100098685 -1,6
154
(+) chr 4: 87614948-87620699 1,6
155
(-) chr 3: 188666779-188672482 1,6
156
(-) chr 12: 8805277-8812326 -1,6
157
(-) chr 1: 119033717-119034387 1,6
158
(-) chr 2: 194703669-194709523 1,6
159
(-) chr 7: 53274415-53274795 1,6
160
(+) chr 19: 60146916-60147844 1,6
161
(+) chr 9: 21911892-21921934 1,6
162
(+) chr 17: 18280923-18281897 -1,6
163
(+) chr X: 3737016-3737408 -1,6
164
(-) chr 3: 186765708-186772209 1,6
165
(-) chr X: 64265907-64271621 1,6
166
(-) chr 21: 43094024-43099757 1,6
167
(-) chr Y: 4283432-4289271 1,6
168
(+) chr 1: 227127533-227128140 1,6
169
(+) chr 19: 58638840-58639824 1,6
170
(+) chr 1: 55260969-55266632 1,6
171
(-) chr 6: 161967666-161968129 1,5
172
(-) chr 18: 8170226-8170996 -1,5
173
(-) chr 17: 64303192-64305325 -1,5
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
174
(-) chr 4: 139016243-139016901 1,5
175
(-) chr 9: 90136987-90137726 1,5
176
(+) chr 16: 84869202-84872386 1,5
177
(+) chr 18: 69142830-69148577 1,5
178
(-) chr 14: 38837505-38837576 1,5
179
(-) chr 5: 164658658-164659366 1,5
180
(+) chr 4: 16529457-16529865 1,5
181
(+) chr 14: 58981836-58986258 1,5
182
(+) chr 11: 20545997-20550777 1,5
183
(+) chr 7: 24405964-24408131 1,5
184
(+) chr 8: 98282174-98288062 -1,5
185
(-) chr 15: 51506333-51511952 1,5
186
(+) chr 17: 57579448-57580087 1,5
187
(+) chr 2: 173115073-173117251 1,5
188
(-) chr 14: 100841342-100847337 -1,5
189
(-) chr 1: 223094264-223100407 1,5
190
(+) chr 19: 42188901-42189862 -1,5
191
(-) chr 1: 110071319-110071749 1,5
192
(+) chr 11: 71138116-71141391 -1,5
193
(+) chr 17: 11815798-11820989 1,5
194
(-) chr 21: 26522067-26527677 1,5
195
(-) chr 13: 110287593-110288562 -1,5
196
(-) chr 12: 14769094-14769447 -1,5
197
(-) chr 8: 828875-829287 1,5
198
(+) chr 2: 57307944-57315854 -1,5
199
(+) chr 15: 72433538-72439180 -1,5
200
(-) chr 20: 30839204-30839675 1,5
201
(+) chr 6: 121287670-121293704 1,5
202
(-) chr 5: 92818136-92819135 -1,5
203
(-) chr 2: 80956433-80960797 1,5
204
(+) chr 3: 133114616-133115281 1,5
205
(+) chr 15: 93094982-93104611 1,5
206
(-) chr 17: 41716757-41717724 1,5
207
(-) chr 1: 208103713-208104413 1,5
208
(+) chr 7: 20126857-20130993 1,5
209
(-) chr 5: 152811649-152815183 -1,5
210
(+) chr 21: 19397535-19398503 1,5
211
(-) chr 1: 205981124-205981888 1,5
212
(-) chr 13: 63016887-63017674 -1,5
213
(-) chr 2: 40978866-40978933 1,5
214
(-) chr 6: 123945178-123950851 1,5
215
(-) chr 12: 20983776-20984452 1,5
216
(-) chr 4: 41854992-41855740 1,5
217
(+) chr 19: 57816195-57826383 1,5
218
(+) chr 3: 198173309-198174307 1,5
219
(-) chr 4: 5101984-5102366 1,5
220
(-) chr 11: 42988611-42989260 1,5
221
(-) chr 10: 53463521-53469327 -1,5
222
(+) chr 2: 215375861-215376821 1,5
223
(-) chr 1: 39742864-39743840 -1,5
224
(+) chr 2: 49358270-49358629 -1,5
225
(+) chr 3: 37222224-37226355 1,5
226
(-) chr 6: 11215545-11220435 1,5
227
(-) chr 4: 177452380-177455182 1,4
228
(-) chr 3: 193273756-193277341 1,4
229
(+) chr 13: 35788462-35794330 -1,4
230
(+) chr 8: 90837193-90837630 1,4
231
(-) chr 6: 126064685-126070602 1,4
232
(-) chr 9: 92557313-92561369 1,4
233
(+) chr 13: 34271392-34275485 1,4
234
(-) chr 2: 188741658-188747663 -1,4
235
(+) chr 6: 131658190-131664031 1,4
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
236
(-) chr 4: 11264289-11269976 1,4
237
(-) chr 3: 167701085-167706900 1,4
238
(-) chr 8: 34837245-34837699 1,4
239
(-) chr X: 84258326-84258441 1,4
240
(-) chr 1: 230032039-230038017 -1,4
241
(-) chr 1: 1340045-1340674 1,4
242
(-) chr 11: 23865384-23871043 1,4
243
(+) chr 15: 53797305-53798112 1,4
244
(+) chr 8: 105367316-105373215 1,4
245
(+) chr 6: 36585121-36585596 1,4
246
(-) chr 3: 180722967-180726830 -1,4
247
(+) chr 1: 113153812-113159470 1,4
248
(+) chr 6: 123203066-123208413 -1,4
249
(+) chr 13: 40927858-40928571 1,4
250
(+) chr 2: 151518177-151527698 -1,4
251
(+) chr 4: 125955713-125956405 1,4
252
(-) chr 10: 6879049-6884921 -1,4
253
(-) chr 2: 38161446-38167158 1,4
254
(+) chr 5: 115014416-115019003 1,4
255
(-) chr 6: 96115220-96116183 1,4
256
(+) chr 4: 105081874-105087636 1,4
257
(-) chr 4: 77184473-77184590 1,4
258
(+) chr 1: 237331217-237334832 1,4
259
(+) chr 5: 129737615-129737869 1,4
260
(+) chr 10: 72056196-72056562 1,4
261
(+) chr 11: 70894199-70894610 1,4
262
(-) chr 22: 37782215-37788928 -1,4
263
(-) chr 19: 60153464-60154429 1,4
264
(-) chr 20: 25478990-25479969 -1,4
265
(+) chr 12: 101073296-101074047 1,4
266
(+) chr X: 119059748-119060186 -1,4
267
(+) chr 6: 66335631-66336029 -1,4
268
(-) chr X: 48298854-48299852 1,4
269
(-) chr 6: 111714710-111717380 1,4
270
(+) chr 15: 79410960-79411606 -1,4
271
(-) chr 4: 20240490-20246699 1,4
272
(-) chr 8: 7800551-7804236 -1,4
273
(-) chr 12: 84386849-84387812 -1,4
274
(+) chr 1: 237334832-237336987 -1,4
275
(-) chr 13: 22285789-22286759 1,4
276
(+) chr 8: 8677169-8677775 1,4
277
(-) chr 3: 134664420-134665419 1,4
278
(+) chr 2: 88760597-88762729 -1,4
279
(+) chr 18: 71806397-71806963 1,4
280
(+) chr 6: 123199111-123199590 1,4
281
(+) chr 6: 63559535-63565316 1,4
282
(-) chr X: 8364892-8365592 1,4
283
(-) chr 11: 69581214-69582655 1,4
284
(-) chr 16: 57560802-57562053 1,4
285
(-) chr 1: 15334421-15335379 1,4
286
(+) chr 3: 8130557-8130971 -1,4
287
(-) chr 6: 80623291-80623866 1,4
288
(+) chr 14: 42343224-42346079 1,4
289
(-) chr 16: 21140609-21141570 1,4
290
(-) chr 7: 146321019-146321687 -1,4
291
(-) chr 11: 92482373-92482685 1,4
292
(+) chr 19: 20126744-20133095 1,4
293
(+) chr 4: 44685507-44693742 1,4
294
(+) chr 13: 54525767-54533878 -1,4
295
(-) chr 2: 77980822-77981234 -1,4
296
(-) chr 19: 59483969-59484458 1,4
297
(+) chr 18: 13646676-13647837 1,4
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
298
(+) chr 3: 187581597-187582311 1,4
299
(-) chr 18: 65578866-65580015 1,4
300
(+) chr 13: 81344919-81345826 -1,4
301
(+) chr 9: 12938344-12944129 -1,4
302
(+) chr X: 119059748-119060186 -1,4
303
(+) chr 2: 18474209-18474872 -1,4
304
(+) chr 7: 66718910-66719589 1,4
305
(-) chr 21: 27028460-27028873 -1,4
306
(-) chr 2: 101601994-101602661 1,4
307
(-) chr 4: 59057092-59057870 -1,4
308
(+) chr 7: 100353142-100354585 1,4
309
(+) chr 11: 58524024-58529760 1,4
310
(+) chr 3: 46140179-46140255 1,4
311
(-) chr X: 112238600-112244308 1,4
312
(+) chr 9: 34993290-34999332 1,4
313
(-) chr 10: 92051390-92052344 -1,4
314
(+) chr 19: 23528001-23529694 1,4
315
(-) chr 10: 23719462-23720038 1,3
316
(-) chr 9: 15409320-15410036 1,3
317
(+) chr 10: 13383338-13383595 -1,3
318
(+) chr 16: 56798947-56799017 1,3
319
(-) chr 15: 19500293-19500872 1,3
320
(+) chr 17: 19640286-19640712 -1,3
321
(-) chr 4: 135818540-135824157 1,3
322
(+) chr 5: 108685641-108685853 -1,3
323
(+) chr 3: 83648234-83648933 1,3
324
(-) chr 1: 210389154-210391126 1,3
325
(-) chr 1: 36727172-36729315 -1,3
326
(+) chr 3: 133850331-133851314 -1,3
327
(+) chr 2: 71468737-71476455 -1,3
328
(-) chr 2: 69523645-69529977 -1,3
329
(-) chr 19: 20128147-20129118 1,3
330
(+) chr 3: 153797495-153803634 1,3
331
(-) chr X: 107838-108808 1,3
332
(+) chr 1: 65378067-65379033 -1,3
333
(-) chr 4: 138339335-138340015 1,3
334
(-) chr 6: 68639470-68641070 1,3
335
(-) chr 16: 69214387-69217522 1,3
336
(-) chr 1: 205873717-205874167 1,3
337
(-) chr Y: 12999559-12999968 -1,3
338
(-) chr 10: 32280890-32281905 -1,3
339
(-) chr 3: 68563582-68564080 -1,3
340
(+) chr 4: 8472992-8480379 1,3
341
(-) chr 7: 27747804-27748772 -1,3
342
(+) chr 8: 72749726-72755451 1,3
343
(-) chr 9: 116976750-116982362 1,3
344
(-) chr 2: 202508160-202508613 1,3
345
(+) chr 16: 10294212-10296592 1,3
346
(-) chr 2: 105967906-105968229 1,3
347
(-) chr 2: 98027450-98028453 1,3
348
(+) chr 7: 100357831-100363586 1,3
349
(+) chr 8: 98256433-98262143 1,3
350
(+) chr 9: 79145953-79146072 1,3
351
(-) chr 7: 128961001-128961758 1,3
352
(-) chr Y: 14976683-14981289 -1,3
353
(-) chr 13: 88856202-88856780 -1,3
354
(+) chr 1: 204107496-204110550 -1,3
355
(+) chr 2: 170676773-170684540 1,3
356
(-) chr 5: 37820710-37821012 -1,3
357
(+) chr 3: 40577391-40583175 1,3
358
(+) chr 15: 33670273-33670510 1,3
359
(-) chr 1: 194451065-194451430 1,3
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
360
(+) chr 21: 18019170-18019257 1,3
361
(-) chr 6: 24784895-24791307 1,3
362
(+) chr 4: 8486531-8489137 -1,3
363
(+) chr 1: 4781688-4782412 -1,3
364
(-) chr 7: 48049968-48050752 1,3
365
(+) chr 22: 31228741-31234490 1,3
366
(+) chr 6: 149002601-149008339 -1,3
367
(-) chr 11: 67377518-67381008 1,3
368
(+) chr 1: 70826708-70832264 -1,3
369
(-) chr 7: 149362156-149371533 1,3
370
(+) chr 3: 191345083-191348529 1,3
371
(+) chr 4: 157740798-157746638 -1,3
372
(+) chr 2: 199752333-199758641 -1,3
373
(+) chr 6: 130555149-130561062 -1,3
374
(+) chr 8: 7247222-7250906 -1,3
375
(-) chr 2: 58194071-58199769 1,3
376
(+) chr 18: 46153554-46153955 1,3
377
(+) chr 5: 43015565-43018176 1,3
378
(-) chr 1: 20280815-20281721 -1,3
379
(-) chr 7: 52362517-52362663 1,3
380
(+) chr 19: 17565375-17569904 1,3
381
(+) chr 12: 30100281-30106718 -1,3
382
(-) chr 15: 39364817-39365176 -1,3
383
(-) chr 3: 163923299-163927462 1,3
384
(-) chr 3: 48735692-48742987 -1,3
385
(-) chr 3: 9864346-9867038 1,3
386
(+) chr 21: 44461476-44462142 1,3
387
(+) chr 12: 34314239-34318461 1,3
388
(-) chr 5: 18704707-18710464 1,3
389
(-) chr 7: 39726352-39726804 1,3
390
(+) chr 7: 35702274-35703153 1,3
391
(-) chr 8: 136848614-136854437 1,3
392
(-) chr 20: 54220244-54221269 -1,3
393
(+) chr 4: 151308190-151308663 1,3
394
(+) chr 2: 127843921-127850615 -1,3
395
(+) chr 3: 186986788-186987217 1,3
396
(-) chr X: 72941188-72945945 -1,3
397
(-) chr 12: 66446853-66452393 -1,3
398
(+) chr 7: 82926920-82932637 -1,3
399
(-) chr 18: 38386402-38392105 -1,3
400
(+) chr 2: 209475743-209478438 -1,3
401
(+) chr 15: 81168183-81174208 -1,3
402
(-) chr 20: 23789232-23790195 1,3
403
(+) chr 13: 55144122-55144740 -1,3
404
(+) chr X: 138586657-138587350 -1,2
405
(+) chr 1: 227155887-227156667 -1,2
406
(+) chr 4: 68579259-68585888 1,2
407
(-) chr X: 137174181-137180160 -1,2
408
(+) chr X: 30031651-30037293 1,2
409
(+) chr X: 153791448-153792743 -1,2
410
(-) chr 12: 33132053-33135058 -1,2
411
(-) chr 15: 18488924-18489503 1,2
412
(+) chr 2: 179035945-179036517 1,2
413
(+) chr 5: 43093994-43094958 -1,2
414
(-) chr 11: 67365951-67369209 1,2
415
(-) chr 2: 187305381-187306066 -1,2
416
(+) chr 19: 58554156-58559856 1,2
417
(+) chr 2: 36679747-36685410 -1,2
418
(+) chr 3: 143021313-143023045 1,2
419
(-) chr 8: 56851123-56851350 1,2
420
(+) chr 1: 207713890-207714591 1,2
421
(-) chr 1: 201241191-201241627 1,2
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
422
(+) chr 3: 116946112-116948448 -1,2
423
(-) chr 6: 78424455-78432877 -1,2
424
(-) chr 10: 86314943-86315696 1,2
425
(+) chr X: 115379535-115382006 -1,2
426
(+) chr 18: 49536517-49537209 1,2
427
(-) chr Y: 13181166-13187309 -1,2
428
(-) chr 10: 9461231-9461724 1,2
429
(-) chr 13: 83508263-83508914 1,2
430
(-) chr 5: 121980485-121987968 1,2
431
(-) chr 12: 91257229-91258011 1,2
432
(-) chr 3: 170033623-170034359 1,2
433
(-) chr 15: 22481598-22487267 -1,2
434
(+) chr 15: 50517982-50518757 -1,2
435
(+) chr 3: 147554294-147559942 -1,2
436
(+) chr 8: 120998753-120999678 -1,2
437
(+) chr 3: 78353823-78354204 1,2
438
(-) chr 20: 3962724-3963629 -1,2
439
(+) chr 16: 54225830-54226967 -1,2
440
(-) chr 10: 52210114-52210776 -1,2
441
(+) chr 5: 98593423-98593800 -1,2
442
(-) chr 21: 41718929-41719369 1,2
443
(+) chr 4: 146973214-146979106 1,2
444
(-) chr X: 148516015-148516993 1,2
445
(+) chr 1: 161827723-161832945 1,2
446
(-) chr 14: 24964620-24969975 -1,2
447
(+) chr 11: 321893-322552 -1,2
448
(-) chr X: 89718079-89718557 -1,2
449
(+) chr 6: 119115236-119116007 -1,2
450
(-) chr 2: 44099248-44105173 1,2
451
(-) chr 18: 1990815-1991782 1,2
452
(+) chr 10: 65936583-65936972 1,2
453
(-) chr 11: 77247021-77252169 1,2
454
(-) chr 12: 45932745-45933508 1,2
455
(-) chr 12: 17764451-17768938 1,2
456
(+) chr 11: 6343834-6349468 -1,2
457
(+) chr 13: 43180036-43180733 1,2
458
(+) chr 7: 65695119-65695525 1,2
459
(-) chr 5: 146727162-146727562 -1,2
460
(+) chr 14: 46643150-46647720 1,2
461
(-) chr 2: 101341556-101342578 1,2
462
(-) chr 1: 209462097-209463065 1,2
463
(+) chr 14: 25196411-25196706 -1,2
464
(-) chr 13: 19604221-19604442 -1,2
465
(-) chr 1: 71574420-71575497 1,2
466
(-) chr 3: 144273854-144274284 1,2
467
(-) chr 7: 68382377-68383085 -1,2
468
(-) chr 18: 68050597-68051144 1,2
469
(+) chr 11: 67283732-67289415 1,2
470
(+) chr 3: 90214824-90218570 -1,2
471
(-) chr 5: 135094585-135101074 1,2
472
(+) chr 4: 175540733-175541728 -1,2
473
(-) chr 2: 47832401-47832875 -1,2
474
(+) chr 11: 104640788-104641691 -1,2
475
(-) chr 12: 20862483-20866818 1,2
476
(-) chr 9: 138794598-138798686 -1,2
477
(+) chr 1: 45554293-45558755 -1,2
478
(+) chr 12: 122598918-122609265 1,2
479
(-) chr 2: 231220016-231220435 1,2
480
(-) chr 19: 57024203-57024671 1,2
481
(+) chr 21: 14114072-14115040 1,2
482
(+) chr 8: 81814506-81817982 -1,2
483
(+) chr 13: 62685327-62691268 -1,2
5
10
15
20
25
30
35
SEC ID nº
Localización cromosómica Tejido diana Relación de expresión cáncer/normal
484
(+) chr 3: 163912942-163918742 1,1
485
(-) chr 6: 111682993-111683951 -1,1
486
(+) chr 7: 85150987-85151764 1,1
487
(+) chr 6: 131841491-131842465 1,1
488
(-) chr 1: 144213068-144214036 -1,1
489
(+) chr 2: 201439950-201440437 -1,1
490
(+) chr 9: 129215427-129217168 -1,1
491
(+) chr 14: 99217652-99218668 1,1
492
(+) chr 12: 28874497-28874581 1,1
493
(+) chr 3: 95139589-95145594 -1,1
494
(+) chr 8: 91057690-91058157 1,1
495
(+) chr 17: 31491551-31492522 -1,1
496
(-) chr 2: 167330763-167331232 1,1
497
(-) chr 3: 100178327-100178459 -1,1
498
(-) chr 2: 239567148-239569048 -1,1
499
(+) chr 18: 27623185-27623837 -1,1
500
(+) chr 4: 177503741-177503879 1,1
501
(+) chr 15: 52966922-52970766 -1,1
502
(-) chr 4: 8535024-8541336 -1,1
503
(+) chr 3: 38150975-38151716 -1,1
504
(+) chr 10: 104955188-104963400 1,1
505
(+) chr 3: 42827687-42828671 1,1
506
(+) chr 19: 60921086-60922051 1,1
507
(+) chr 12: 60267154-60272981 -1,1
508
(+) chr 18: 23066222-23066669 1,1
509
(-) chr 18: 31472178-31472680 -1,1
510
(-) chr 4: 190637685-190639587 1,1
La presente invención tiene por lo tanto por objeto un procedimiento para el diagnóstico, in vitro, del cáncer de ovario, in vitro, del cáncer de ovario en una muestra biológica extraída de un paciente, que comprende una etapa de detección de por lo menos un producto de expresión de por lo menos una secuencia de ácido nucleico, siendo dicha secuencia de ácido nucleico seleccionada de entre las secuencias identificadas en las SEC ID nº: 2, 3, 6, 9, 10, 11, 20, 23, 24, 25, 26, 30, 34, 59 y 139 o de entre las secuencias que presentan por lo menos el 99% de identidad, preferentemente por lo menos el 99,5% de identidad y ventajosamente por lo menos el 99,6% o por lo menos el 99,7% de identidad con una de las secuencias identificadas en las SEC ID nº 2, 3, 6, 9, 10, 11, 20, 23, 24, 25, 26, 30, 34, 59 y 139.
El diagnóstico permite establecer si un individuo está enfermo o no enfermo. El pronóstico permite establecer un grado de gravedad de la enfermedad (grados y/o fases) que tiene una incidencia sobre la supervivencia y/o la calidad de vida del individuo. En el marco de la presente invención, el diagnóstico puede ser muy precoz.
El porcentaje de identidad descrito anteriormente se ha determinado tomando en consideración la diversidad nucleotídica en el genoma. Se sabe que la diversidad nucleotídica es más elevada en las regiones del genoma ricas en secuencias repetidas que en las regiones que no contienen secuencias repetidas. A título de ejemplo, Nickerson D. A. et al. (1) han mostrado una diversidad de aproximadamente el 0,3% (0,32%) en unas regiones que contienen unas secuencias repetidas. Según la invención, las secuencias que presentan por lo menos 99% de identidad, presentan preferentemente por lo menos 99,5% de identidad, ventajosamente por lo menos 99,6%
o por lo menos 99,7% de identidad.
La capacidad de discriminación de un estado canceroso de cada una de las secuencias identificadas anteriormente se ha demostrado con la ayuda de un análisis estadístico que utiliza el procedimiento SAM (5) seguido de una correlación por el porcentaje de falso positivo (6) y de una sobreexpresión de los valores inferiores a 26. En consecuencia, cada una de las secuencias identificadas anteriormente presenta una diferencia de expresión significativa entre un estado tumoral y un estado normal. Como resultado de esto, una diferencia de expresión observada para una de las secuencias antes citadas constituye una firma de la patología. Por supuesto, es posible combinar las diferencias de expresión mostradas para varias de las secuencias referenciadas anteriormente, por ejemplo por una o más asociaciones de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 y más, incluso hasta 510 de las secuencias enumeradas. En particular, las secuencias identificadas en las SEC ID nº 1, 17 y 29, tomadas en combinación (de 2 en 2 o 3) con las secuencias SEC ID nº 2, 3, 6, 9, 10, 11, 20, 23, 24, 25, 26, 30, 34, 59 y 139 constituyen una o varias firmas privilegiadas.
En un modo de realización del procedimiento según la invención, se detecta el producto de expresión de por lo menos dos secuencias de ácido nucleico, siendo dichas por lo menos dos secuencias de ácido nucleico
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5
15
25
35
45
55
65
vesículas excretadas tales como se han definido anteriormente. Por ejemplo, la detección de un transcrito específico del tejido ovario en un exosoma o una microvesícula, originaria de una célula epitelial, es signo o bien de la presencia de un cáncer primario, o bien de unas metástasis, sin que sea necesario realizar una extracción a nivel del órgano.
Figuras
Las figuras 1 y 2 representan el diferencial de expresión observado en el cáncer de ovario para un conjunto de secuencias HERV. Más precisamente, la figura 1 (clustering) reagrupa de manera exploratoria los elementos HERV que tienen un tropismo de expresión asociado al cáncer de ovario con respecto al conjunto de los tejidos controles, y la figura 2 muestra las diferencias estadísticas de expresión de elementos HERV entre un ovario normal y un ovario tumoral.
Las figuras 3 y 4 muestran la detección de secuencias HERV en dos fluidos biológicos: las orinas y los sueros.
Ejemplos
Ejemplo 1: Identificación de secuencias HERV que presentan un diferencial de expresión en el cáncer de ovario
Método
La identificación de secuencias HERV que presentan un diferencial de expresión en el cáncer de ovario se basa en la concepción y la utilización de un chip de ADN de alta densidad en formato GeneChip, denominado HERV-V2, diseñado por los inventores y cuya fabricación se ha subcontratado a la compañía Affymetrix. Este chip contiene unas sondas que corresponden a unas secuencias HERV distintas dentro del genoma humano. Estas secuencias se han identificado a partir de un conjunto de referencias prototípicas recortadas en regiones funcionales (LTR, gag, pol y env) y después, mediante una búsqueda de similitud a escala del genoma humano entero (NCBI 36/hg18), se han identificado, anotado y finalmente reagrupado 10035 locus distintos en un banco de datos denominado HERVgDB3.
Las sondas que entran en la composición del chip se han definido a partir de HERVgDB3 y seleccionadas aplicando un criterio de especificidad de hibridación, cuyo objetivo es excluir del procedimiento de creación las sondas que presentan un riesgo de hibridación elevado con un objetivo no buscado. Para ello, las secuencias de HERVgDB3 se segmentaron en primer lugar mediante un conjunto de 25 nucleótidos (25-meros) solapantes, que conduce a un conjunto de sondas candidatas. El riesgo de hibridación inespecífica se evaluó después para cada sonda candidata realizando unas alineaciones sobre el conjunto del genoma humano con la ayuda del algoritmo KASH (2). Una puntuación experimental sanciona el resultado de la hibridación, adición del impacto del número, del tipo y de la posición de los errores en la alineación. El valor de esta puntuación se correlaciona con el potencial de hibridación diana/sonda. El conocimiento de todos los potenciales de hibridación de una sonda candidata sobre el conjunto del genoma humano permite evaluar su especificidad de captura. Las sondas candidatas que presentan una buena afinidad de captura se conservan y después se agrupan en “probesets” y finalmente se sintetizan sobre el chip HERV-V2.
Las muestras analizadas con la ayuda del chip de alta densidad HERV-V2 corresponden a unos ARN extraídos de tumores y a los ARN extraídos de los tejidos sanos adyacentes de estos tumores. Los tejidos analizados son el ovario, con controles en el pecho, de colon, el útero, la próstata, el pulmón, el testículo y la placenta. En el caso de la placenta, se utilizaron sólo unos tejidos sanos. Para cada muestra, 50 ng de ARN han servido para la síntesis de ADNc utilizando el protocolo de amplificación conocido bajo el nombre de WTO. El principio de la amplificación WTO es el siguiente: se añaden unos cebadores aleatorios, así como unos cebadores que tienen como diana el extremo 3’ del transcrito ARN, antes de una etapa de transcripción inversa seguida de una amplificación lineal y monocatenaria designada como SPIA. Los ADNc se determinan después, se caracterizan y se purifican, y después se fragmentan 2 μg, y se marcan con biotina en el extremo 3’ por la acción de la enzima terminal transferasa. El producto diana así preparado se mezcla con oligonucleótidos de control, después se realiza la hibridación según el protocolo recomendado por la compañía Affymetrix. Se muestran entonces los chips y se leen para adquirir la imagen de su fluorescencia. Se realiza un control calidad que se basa en los controles estándar, y un conjunto de indicadores (MAD, MAD-Med plots, RLE) sirven para excluir los chips no conformes a un análisis estadístico.
El análisis de los chips consiste en primer lugar en un pretratamiento de los datos por la aplicación de una corrección del ruido de fondo basada sobre la intensidad de las señales de las sondas triptófanos, seguida de una normalización RMA (3) basada en el método de los cuantiles. A continuación, se realiza una doble corrección de los efectos relacionados con los lotes de experimentos aplicando el método COMBAT (4) con el fin de garantizar que las diferencias de expresión observadas son de origen biológico, y no técnico. En esta etapa, se lleva a cabo un análisis exploratorio de los datos con la ayuda de herramientas de reagrupamiento de datos
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Claims (1)

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ES12816739.2T 2011-12-20 2012-12-19 Procedimiento para el diagnóstico o el pronóstico, in vitro, del cáncer de ovario Active ES2652500T3 (es)

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