ES2905536T3 - Procedimientos terapéuticos y de diagnóstico para enfermedades autoinmunes y/o inflamación - Google Patents

Abstract

Procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un paciente a un tratamiento con anti-TNFa, comprendiendo dicho procedimiento: (a) identificar a un paciente que tiene inflamación o una enfermedad autoinmune; (b) determinar la presencia del FcγRIIc en una muestra biológica de dicho paciente, y (c) seleccionar al paciente para tratamiento con un agente anti-TNFa si el paciente carece de la variante rs61801826 de FcγRIIc.

Description

DESCRIPCIÓN

Procedimientos terapéuticos y de diagnóstico para enfermedades autoinmunes y/o inflamación

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

[0001] Los agentes anti-factor de necrosis tumoral-alfa (TNF-a) son una terapia biológica de primera línea en varias enfermedades autoinmunes. Sin embargo, un tercio o más de los pacientes que inician la terapia anti-TNFa por primera vez no responden. Existe la necesidad de procedimientos de tratamiento para pacientes con enfermedades autoinmunes e inflamaciones, así como de diagnóstico para predecir la capacidad de respuesta y la falta de respuesta de los pacientes a las terapias anti-TNFa.

[0002] Tomita, et al. (Hepato-Gastroenterology, 57:535-539, 2010) describen una asociación entre los polimorfismos de TNFa y FcyRIIIB con infliximab en el tratamiento de la enfermedad de Crohn. Gilles, et al. (Frontiers in Immunology, vol 5, artículo 254, 2014) describen asociaciones entre polimorfismos de FcyR y patologías humanas.

CARACTERÍSTICAS DE LA INVENCIÓN

[0003] La presente divulgación se refiere en general a procedimientos de tratamiento de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o que tiene inflamación, por ejemplo, inflamación relacionada con neutrófilos activados. Estos procedimientos incluyen las etapas de (a) determinar uno o más de: (i) el genotipo del gen que codifica el receptor Fcy (FcyR) IIIb (FcYRIIIb), (ii) el glicofenotipo de FcYRIIIb, (iii) el genotipo del gen que codifica FcYRIIa, y/o (iv) el genotipo del gen que codifica FcyRllc, en una muestra biológica del sujeto, y (b) administrar al sujeto un agente que no sea un agente anti-TNFa (por ejemplo, un agente que modula la actividad de Fc, un agente anti-CTLA4, un agente anti-CD20 o un agente anti-IL6) si al menos (i) uno o dos alelos de FcyRlllb NA1 están presentes en la muestra biológica, (ii) el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 está presente en la muestra biológica, (iii) uno o dos alelos de FcYRIIa H131 están presentes en la muestra biológica, y/o (iv) uno o dos alelos de variante rs61801826 de FcyRIIc (genotipo FCGR2C Chr1:161569198 registrado en el NCBI dbSNP como ID rs61801826) están presentes en la muestra biológica. En algunos casos de la presente divulgación, el sujeto no recibe un agente anti-TNFa además del agente modulador de la actividad de Fc. En otros casos, al sujeto se le administra un agente anti-TNFa en combinación con el agente modulador de la actividad de Fc. La divulgación también se refiere a procedimientos para determinar la capacidad de respuesta o la falta de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa en función del genotipo del gen que codifica uno o más de FcYRIIIb, FcYRIIa, FcyRllc y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb.

[0004] En particular, la presente invención proporciona un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un paciente a un tratamiento con anti-TNFa, comprendiendo dicho procedimiento: (a) identificar un paciente que tiene inflamación o una enfermedad autoinmune; (b) determinar la presencia del FcyRllc en una muestra biológica de dicho paciente, y (c) seleccionar el paciente para tratamiento con un agente anti-TNFa si el paciente carece de la variante rs61801826 de FcyRllc. Las siguientes realizaciones relacionadas con la administración de un agente anti-TNFalfa y con los procedimientos de tratamiento con tales agentes no son de acuerdo con la presente invención y se presentan únicamente con fines ilustrativos. En una realización, el agente administrado es un agente anti-CTLA (por ejemplo, abatacept), un agente anti-IL6 (por ejemplo, tocilizumab) o un agente anti-CD20 (por ejemplo, rituximab).

[0005] En una realización, el agente administrado es un agente modulador de la actividad de Fc (por ejemplo, un inmunomodulador selectivo del receptor de Fc (SIF), inmunoglobulinas intravenosas (IVIg) o un estradómero).

[0006] En un aspecto, en el presente documento se describe un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación que incluye las etapas de: (a) determinar el genotipo del gen que codifica el receptor de Fcy IIIb (FcyRIIIb) y/o el glicofenotipo de FcyRIIIb en una muestra biológica del sujeto; y (b) administrar un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si uno o dos alelos de FcyRllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRllb NA1 están presentes en la muestra biológica del sujeto. En algunos casos, la etapa (a) incluye la etapa de determinar tanto el genotipo del gen que codifica FcYRIIIb como el glicofenotipo de FcyRlllb en una muestra biológica del sujeto. En algunos casos, al sujeto se le administra el agente modulador de la actividad de Fc si dos alelos de FcyRllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRllb NA1 están presentes en la muestra biológica del sujeto.

[0007] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante la administración de un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene al menos un alelo de FcyRlllb NA1, el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 y/o uno o dos alelos de la variante rs61801826 de FcyRllc.

[0008] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante la administración de un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene al menos un alelo de FcyRlllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1.

[0009] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante la administración de un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene dos alelos de FcyRlllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1.

[0010] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante la administración de un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene al menos un alelo de FcyRlllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 y al menos un alelo de FcYRIIa H131.

[0011] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante la administración de un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene (a) uno o dos alelos de FcyRlllb NA1, el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 y/o uno o dos alelos de la variante rs61801826 de FcyRllb; y (b) uno o dos alelos de FcyRlla H131.

[0012] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene dos alelos de FcyRllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 y al menos un alelo de FcyRlla H131.

[0013] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene al menos un alelo de FcyRllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 y dos alelos de FcyRlla H131.

[0014] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene el glicofenotipo de FcyRlllb NA1, al menos un alelo de FcyRlla H131 y la variante rs61801826 de FcyRllc.

[0015] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene al menos un alelo de FcYRIIIb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1, dos alelos de FcyRlla H131 y la variante rs61801826 de FcyRllc.

[0016] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene dos alelos de FcyRllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 y dos alelos de FcyRlla H131.

[0017] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente modulador de la actividad de Fc al sujeto si se identifica que el sujeto tiene dos alelos de FcyRlllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1, dos alelos de FcyRllb NA1 y la variante rs61801826 de FcyRllc.

[0018] En otro aspecto, se divulga un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación que incluye las etapas de: (a) determinar el genotipo del gen de FcyRIIc en una muestra biológica del sujeto y (b) administrar un agente modulador de la actividad de Fc si uno o dos alelos de la variante rs61801826 de FcyRIIc están presentes en la muestra biológica del sujeto. En un caso, la variante rs61801826 de FcyRIIc es homocigota. En algunos casos, se administra un agente modulador de la actividad de Fc si el sujeto tiene una o más variantes de FcyRIIc que se muestran en la Tabla 8 asociadas con la falta de respuesta, además de, o en lugar de, la variante rs61801826 de FcyRIIc.

[0019] En algunos casos de cualquiera de los aspectos anteriores, la etapa de determinación (a) incluye además determinar el genotipo del gen que codifica FcyRlla en una muestra biológica del sujeto. Al sujeto se le administra el agente modulador de la actividad de Fc si uno o dos alelos de FcyRlla H131 también están presentes en la muestra biológica del sujeto además de uno o dos alelos de FcyRlllb NA1, el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 y/o uno o dos alelos de la variante rs61801826 de FcyRIIc.

[0020] En algunos casos, al sujeto se le administra el agente modulador de la actividad de Fc si también están presentes dos alelos de FcyRlla H131 en la muestra biológica del sujeto, además de uno o dos alelos de FcyRlllb NA1, el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 y/o uno o dos alelos de la variante rs61801826 de FcyRIIc.

[0021] En algunos casos, la etapa de determinación (a) incluye determinar la presencia o ausencia del genotipo o glicofenotipo de FcYRIIIb y el genotipo de FcyRIIc en una muestra biológica del sujeto. Al sujeto se le administra el agente modulador de la actividad de Fc si uno o dos alelos de la variante rs61801826 de FcyRIIc están presentes en la muestra biológica del sujeto, además de uno o dos alelos de FcyRlllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1.

[0022] En algunos casos, el sujeto, en cualquiera de los procedimientos mencionados anteriormente de la divulgación, ha sido tratado previamente con un agente anti-TNFa para la enfermedad autoinmune y/o inflamación. En algunos casos, el sujeto, en cualquiera de los procedimientos mencionados anteriormente de la divulgación, no ha sido tratado previamente con un agente anti-TNFa para la enfermedad autoinmune y/o inflamación.

En algunos casos, el procedimiento incluye además administrar al sujeto una terapia biológica que no es un agente anti-TNFa en combinación con el agente modulador de la actividad de Fc. En algunos casos, la terapia biológica se selecciona del grupo que consiste en un agente anti-CTLA (por ejemplo, abatacept), un agente anti-IL6 (por ejemplo, tocilizumab) y un agente anti-CD20 (por ejemplo, rituximab).

[0023] En algunos casos, al sujeto también se le administra un agente anti-TNFa en combinación con el agente modulador de la actividad de Fc. En algunos casos, al sujeto no se le administra tampoco un agente anti-TNFa.

[0024] En algunos casos de cualquiera de los procedimientos mencionados anteriormente, el agente modulador de la actividad de Fc puede ser un polipéptido que contiene Fc o un anticuerpo que reconoce específicamente un receptor de Fc (por ejemplo, FcyRllb o FcyRIIc). Los agentes moduladores de la actividad de Fc excluyen específicamente los agentes anti-TNFa. Un polipéptido que contiene Fc se puede seleccionar del grupo que consiste en: inmunomoduladores selectivos de receptores de Fc (SIF), inmunoglobulinas intravenosas (IVIg) y estradómeros. Los polipéptidos que contienen Fc excluyen específicamente los agentes anti-TNFa.

[0025] En algunos casos, el SIF es SIF3. SIF3 contiene tres dominios de Fc construidos a partir de cuatro polipéptidos. El primer polipéptido tiene la fórmula A-L-B, en la que A incluye un monómero del primer dominio de Fc, L es un enlazador y B incluye un monómero del segundo dominio Fc. El segundo polipéptido tiene la fórmula A'-L'-B', en la que A' incluye un monómero del tercer dominio Fc, L' es un enlazador y B' incluye un monómero del cuarto dominio de Fc. El tercer polipéptido incluye un monómero del quinto dominio de Fc, mientras que el cuarto polipéptido incluye un monómero del sexto dominio de Fc. A del primer polipéptido y A' del segundo polipéptido se combinan para formar un primer dominio de Fc, B del primer polipéptido y el monómero del quinto dominio de Fc se combinan para formar un segundo dominio de Fc, y B' del segundo polipéptido y el monómero del sexto dominio de Fc se combinan para formar un tercer dominio de Fc.

[0026] En algunos casos, la IglV es una IglV hipersialilada. En algunos casos, al menos el 50 % (por ejemplo, 60 %, 70 %, 80 %, 82 %, 85 %, 87 %, 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 97 %, 98 % hasta e incluyendo el 100 % de los glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG se disialilan mediante enlaces terminales NeuAc-a2,6-Gal. En algunos casos, menos del 50 % (por ejemplo, menos del 40 %, 30 %, 20 %, 15 %, 10 %, 5 %, 4 %, 3 %, 2 %, 1 %) de glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están monosialilados (por ejemplo, en el brazo a1,3 o el brazo a1,6) mediante un enlace terminal NeuAc-a2,6-Gal. En otros casos, al menos el 50 % (por ejemplo, 60 %, 70 %, 80 %, 82 %, 85 %, 87 %, 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 97 %, 98 % hasta e incluyendo el 100 % de los glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están disialilados mediante enlaces terminales NeuAc-a2,6-Gal y menos del 50 % (por ejemplo, menos del 40 %, 30 %, 20 %, 10 %, 15%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%) de los glicanos ramificados en el dominio Fc están monosialilados en el brazo a1,3 mediante un enlace terminal NeuAc-a2,6-Gal. En otros casos, al menos el 50 % (por ejemplo, 60 %, 70 %, 80 %, 82 %, 85 %, 87 %, 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 97 %, 98 % hasta e incluyendo el 100 %) de los glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están disialilados mediante enlaces terminales NeuAc-a2,6-Gal y menos del 50 % (por ejemplo, menos del 40 %, 30 %, 20 %, 10 % , 5%, 4%, 3%, 2%, 1%) de glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están monosialilados en el brazo a1,6 mediante un enlace terminal NeuAc-a2,6-Gal.

[0027] En algunos casos de cualquiera de los procedimientos mencionados anteriormente, al sujeto también se le administra una terapia biológica que no es un agente anti-TNFa. En algunos casos, la terapia biológica consiste en un agente anti-CTLA (por ejemplo, abatacept), un agente anti-IL6 (por ejemplo, tocilizumab) o un agente anti-CD20.

[0028] En otro aspecto, se divulga en el presente documento un procedimiento para predecir la falta de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa, que incluye determinar (i) el genotipo del gen que codifica FcYRIIIb en una muestra biológica del sujeto y/o (ii) el glicofenotipo del FcYRIIIb de una muestra biológica del sujeto, en el que la presencia de al menos un alelo de FcYRIIIb NA1 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 en una muestra biológica es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa. Las siguientes realizaciones relacionadas con la predicción de la respuesta a un tratamiento con anti-TNFalfa que no implican la detección de rs61801826 no están de acuerdo con la invención y están presentes únicamente con fines ilustrativos.

[0029] En algunos casos, la presencia de dos alelos de FcYRIIIb NA1 es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa. En algunos casos, el procedimiento incluye además la determinación del genotipo del gen que codifica FcYRIIa, en el que la presencia adicional de al menos un alelo de FcyRlla H131 es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa. En algunos casos, la presencia adicional de dos alelos de FcYRIIa H131 es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0030] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene uno o más de artritis reumatoide (RA), RA juvenil, RA juvenil de curso poliarticular, artritis idiopática juvenil, psoriasis, artritis psoriásica, enfermedad de Crohn, colitis ulcerosa, espondilitis anquilosante y psoriasis en placas, incluyendo: (a) determinar (i) el genotipo del gen que codifica FcYRIIIb en una muestra biológica del sujeto y (ii) el glicofenotipo de FcYRIIIb de una muestra biológica del sujeto, y (b) administrar al sujeto un agente modulador de la actividad de Fc si al menos un alelo de FcYRIIIb NA1 y el glicofenotipo de FcyRllb NA1 está presente en la muestra biológica.

[0031] En algunos casos, el procedimiento incluye además administrar al sujeto una terapia biológica que no es un agente anti-TNFa si al menos un alelo de FcYRIIIb NA1 y el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 está presente en la muestra biológica. En algunos casos, la terapia biológica es un agente anti-CTLA (por ejemplo, abatacept), un agente anti-IL6 (por ejemplo, tocilizumab) o un agente anti-CD20.

[0032] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un paciente a un tratamiento con anti-TNFa. El procedimiento incluye las etapas de: (a) identificar a un paciente que tiene inflamación o una enfermedad autoinmune; (b) determinar (i) el genotipo del gen que codifica FcYRIIIb en una muestra biológica del paciente y/o (ii) el glicofenotipo del FcYRIIIb de una muestra biológica del sujeto, y (c) seleccionar al paciente para el tratamiento con un agente modulador de la actividad de Fc si el paciente tiene al menos un alelo de FcyRlllb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1.

[0033] La presente invención presenta un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un paciente a un tratamiento con anti-TNFa. El procedimiento incluye las etapas de: (a) identificar a un paciente que tiene inflamación o una enfermedad autoinmune; (b) determinar el genotipo FcyRIIc en una muestra biológica del sujeto, y (c) seleccionar al paciente para tratamiento con un agente anti-TNFa si el paciente carece de la variante rs61801826 de FcyRllc.

[0034] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para aprobar el pago del tratamiento de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación antes de que se realice el tratamiento. Este procedimiento incluye (a) recibir de un proveedor de servicios un informe que identifique el genotipo y/o glicofenotipo de FcyRlllb del sujeto; y (b) aprobar el pago del tratamiento del sujeto con un agente modulador de la actividad de Fc solo si el sujeto tiene al menos un alelo de FcYRIIIb NA1 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA1.

[0035] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para aprobar el pago del tratamiento de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación. Este procedimiento incluye las etapas de: (a) recibir de un proveedor de servicios (i) un informe que identifica el genotipo y/o el glicofenotipo de FcyRlllb del sujeto; y (ii) opcionalmente una propuesta para tratar al sujeto con un agente modulador de la actividad de Fc; y (b) aprobar el pago del tratamiento del sujeto (por ejemplo, transmitir la aprobación del pago del tratamiento a un proveedor de atención médica para el sujeto) con un agente modulador de la actividad de Fc solo si el sujeto tiene al menos un alelo de FcYRIIIb NA1 y/ o el glicofenotipo de FcyRllb NA1.

[0036] En algunos casos, las etapas (a) y (b) se realizan antes de tratar al sujeto.

[0037] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, que incluye: (a) determinar uno o más de: (i) el genotipo del gen que codifica el receptor de Fcy IIIb (FcyRIIIb), (ii) el glicofenotipo de FcYRIIIb, (iii) el genotipo del gen que codifica FcyRlla, y/o (iv) el genotipo del gen que codifica FcyRllc, en una muestra biológica del sujeto, y (b) administrar al sujeto un agente que no sea un agente anti-TNFa (por ejemplo, un agente modulador de la actividad de Fc, un agente anti-CTLA4, un agente anti-CD20 o un agente anti-IL6) si uno o más de: (i) uno o dos alelos de FcyRlllb NA1 está presente en la muestra biológica, (ii) el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 está presente en la muestra biológica, (iii) uno o dos alelos de FcyRlla H131 están presentes en la muestra biológica, o (iv) uno o dos alelos de la variante rs61801826 de FcyRllc están presentes en la muestra biológica.

[0038] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para autorizar el tratamiento de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación antes de que se realice el tratamiento, que incluye (a) recibir en un medio impreso o digital de un proveedor de servicios un informe que identifica a uno o más de: (i) el genotipo del gen que codifica el receptor de Fcy (FcyR) IIIb (FcyRIIIb), (ii) el glicofenotipo de FcYRIIIb, (iii) el genotipo del gen que codifica FcYRIIa, o (iv) el genotipo del gen que codifica FcyRllc, en una muestra biológica del sujeto, y (b) transmitir en un medio impreso o digital la aprobación del tratamiento a un proveedor de atención médica para el sujeto si uno o más de: (i) uno o dos alelos de FcyRlllb NA1 están presentes en la muestra biológica, (ii) el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 está presente en la muestra biológica,(iii) uno o dos alelos de FcyRlla H131 están presentes en la muestra biológica, o (iv) uno o dos alelos de la variante rs61801826 de FcyRllc están presentes en la muestra biológica.

[0039] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, el procedimiento incluye: (a) determinar el genotipo del gen de un sujeto que codifica un receptor de Fcy indicado en la Tabla 8, (b) determinar la respuesta o la falta de respuesta prevista del sujeto a un agente anti-TNFa en función del genotipo determinado, según la Tabla 8, y (c) administrar al sujeto un agente anti-TNF si el genotipo determinado se correlaciona con la respuesta según a la Tabla 8 O administrar al sujeto un agente que no sea un agente anti-TNF si el genotipo determinado se correlaciona con la falta de respuesta de acuerdo con la Tabla 8.

[0040] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa utilizando un anticuerpo específico para N162 sialilado biantenario o un anticuerpo específico para N45 aglicosilado en FcyRlllb para detectar la presencia de N162 sialilado biantenario o N45 aglicosilado en una muestra biológica de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, en el que la presencia de N162 sialilado biantenario o N45 aglicosilado en la muestra biológica es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0041] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa usando un anticuerpo específico para N162 sialilado triantenario o un anticuerpo específico para un glicano con alto contenido de manosa en N45 para detectar la presencia de N162 sialilado triantenario o un glicano con alto contenido de manosa en N45 en una muestra biológica de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, en el que la presencia de N162 sialilado triantenario o un glicano con alto contenido de manosa en N45 en la muestra biológica es indicativa de que el sujeto puede responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0042] En algunos casos, el procedimiento de usar un anticuerpo para predecir la capacidad de respuesta o la capacidad de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa incluye además usar una composición de reactivo que incluye un anticuerpo marcado específico para el anticuerpo de glicano, en el que la composición de reactivo es capaz de proporcionar una señal detectable en presencia del anticuerpo marcado.

[0043] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante (a) determinar el genotipo del gen que codifica FcYRIIIb y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb en una muestra biológica del sujeto; y (b) administrar un agente anti-TNFa al sujeto si al menos un alelo de FcYRIIIb NA2 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2 está presente en la muestra biológica del sujeto.

[0044] En algunos casos, al sujeto se le administra el agente anti-TNFa si dos alelos de FcyRllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcyRllb NA2 están presentes en la muestra biológica del sujeto.

[0045] En algunos casos, la etapa de determinación (a) incluye además determinar el genotipo del gen que codifica FcyRlla en una muestra biológica del sujeto, en la que al sujeto se le administra el agente anti-TNFa si también está presente un alelo de FcyRlla R131 en la muestra biológica del sujeto además de uno o dos alelos de FcyRlllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA2.

[0046] En algunos casos, al sujeto se le administra el agente anti-TNFa si también están presentes dos alelos de FcyRlla R131 en la muestra biológica del sujeto, además de uno o dos alelos de FcyRlllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA2.

[0047] En algunas realizaciones, la etapa de determinación (a) incluye además determinar la presencia o ausencia de la variante rs61801826 de FcyRllc en una muestra biológica del sujeto, en la que al sujeto se le administra el agente anti-TNFa si la variante rs61801826 de FcyRllc está ausente en la muestra biológica, además de estar presentes uno o dos alelos de FcyRlllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA2.

[0048] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación (a) determinando el genotipo de FcyRllc en una muestra biológica del sujeto; y (b) administrar un agente anti-TNFa al sujeto si la variante rs61801826 de FcyRIIc está ausente en la muestra biológica del sujeto. En algunos casos, al sujeto se le administra el agente anti-TNFa si también están presentes dos alelos de FcyRlla R131 en la muestra biológica del sujeto, además de la ausencia de la variante rs61801826 de FcyRllc. En ciertos casos, se administra un agente anti-TNFa si el sujeto tiene una o más variantes de FcyRllc que se muestran en la Tabla 8 asociadas con la respuesta, además de, o en lugar de, una variante rs61801826 de FcyRllc ausente.

[0049] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante la administración de un agente anti-TNFa al sujeto, en el que el sujeto se identifica como (a) que tiene al menos un alelo de FcYRIIIb NA2 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2 y/o (b) que carece de la variante rs6l801826 de FcyRIIc.

[0050] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante la administración de un agente anti-TNFa al sujeto, en el que se identifica el sujeto que tiene dos alelos de FcyRlllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2.

[0051] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación mediante la administración de un agente anti-TNFa al sujeto si se identifica que el sujeto tiene al menos un alelo de FcyRlllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcyRlllb NA2 y al menos un alelo de FcyRlla R131.

[0052] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente anti-TNFa al sujeto si se identifica que el sujeto tiene dos alelos de FcyRllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2 y al menos un alelo de FcyRlla R131.

[0053] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente anti-TNFa al sujeto si se identifica que el sujeto tiene al menos un alelo de FcyRllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcyRllb NA2 y dos alelos de FcYRIIa R131.

[0054] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente anti-TNFa al sujeto si se identifica que el sujeto tiene dos alelos de FcyRllb NA2 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2 y dos alelos de FcyRlla R131.

[0055] En algunos casos, el procedimiento incluye administrar un agente anti-TNFa al sujeto si se identifica que el sujeto carece del hapalotipo FcyRIIc.

[0056] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un paciente a un tratamiento con anti-TNFa. El procedimiento incluye las etapas de: (a) identificar a un paciente que tiene inflamación o una enfermedad autoinmune; (b) determinar (i) el genotipo del gen que codifica FcyRlllb en una muestra biológica del paciente y/o (ii) el glicofenotipo del FcYRIIIb de una muestra biológica del sujeto, y (c) seleccionar al paciente para el tratamiento con un agente anti-TNFa si el paciente tiene al menos un alelo de FcYRIIIb NA2 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2.

[0057] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para aprobar el pago del tratamiento de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, que incluye (a) recibir de un proveedor de servicios un informe que identifica el genotipo y/o el glicofenotipo de FcyRlllb del sujeto; y (b) aprobar el pago del tratamiento del sujeto con un agente anti-TNFa solo si el sujeto tiene al menos un alelo de FcYRIIIb NA2 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2.

[0058] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para aprobar el pago del tratamiento de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación. Este procedimiento incluye las etapas de: (a) recibir de un proveedor de servicios (i) un informe que identifica el genotipo y/o glicofenotipo de FcYRIIIb del sujeto; y (ii) opcionalmente una propuesta para tratar al sujeto con un agente modulador de la actividad de Fc; y (b) aprobar el pago del tratamiento del sujeto (por ejemplo, transmitir la aprobación del pago del tratamiento a un proveedor de atención médica para el sujeto) con un agente anti-TNFa solo si el sujeto tiene al menos un alelo de FcYRIIIb NA2 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2.

[0059] En algunos casos, las etapas (a) y (b) se realizan antes de tratar al sujeto.

[0060] En algunas realizaciones o casos de cualquiera de los procedimientos mencionados anteriormente, la enfermedad autoinmune es una enfermedad mediada por el factor de necrosis tumoral alfa (TNF-a). En algunas realizaciones o casos de cualquiera de los procedimientos mencionados anteriormente, la enfermedad autoinmune es artritis reumatoide (RA), RA juvenil, RA juvenil de curso poliarticular, artritis idiopática juvenil, psoriasis, artritis psoriásica, enfermedad de Crohn, colitis ulcerosa, espondilitis anquilosante, psoriasis en placas, esclerosis múltiple, lupus eritematoso sistémico, miastenia gravis, diabetes de aparición juvenil, glomerulonefritis, tiroiditis autoinmune, enfermedad de Behcet, rechazo de injertos, enfermedad de injerto contra huésped, enfermedad de Kawasaki, sarcoidosis, pioderma gangrenoso, depresión, asma bronquial, diabetes mellitus, neoplasias malignas, shock séptico, dermatitis ampollosa, dermatitis neutrofílica, necrólisis epidérmica tóxica, vasculitis sistémica, pioderma gangrenoso, dermatitis pustulosa, hepatitis alcohólica, paludismo cerebral, síndrome urémico hemolítico, preeclampsia, rechazo de aloinjertos, uveítis, otitis media, mordedura de serpiente, eritema nodoso, síndromes mielodisplásicos, dermatomiositis, polimiositis, síndrome inflamatorio de reconstitución inmunitaria de pacientes con SIDA, esclerosis sistémica, enfermedad relacionada con IgG4 o alopecia areata. En algunas realizaciones o casos de cualquiera de los procedimientos mencionados anteriormente, la inflamación es miocarditis.

[0061] En algunas realizaciones o casos de cualquiera de los procedimientos mencionados anteriormente, el agente anti-TNFa se selecciona del grupo que consiste en adalimumab, infliximab, etanercept, certolizumab pegol y golimumab. En algunas realizaciones o casos de los procedimientos, el sujeto se trata con Orencia®, tociluzimab, Rituxan® o anakinra.

[0062] En algunas realizaciones o casos de los procedimientos, el sujeto se trata con metotrexato, prednisona, hidroxicloroquina, leflunomida, azatioprina, ciclosporina, tofacitinib, cuprimina, auranofina o minociclina en combinación con el agente modulador de la actividad de Fc y/o agente anti-TNFa.

[0063] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa. El procedimiento incluye determinar (i) el genotipo del gen que codifica FcYRIIIb en una muestra biológica del sujeto y/o (ii) el glicofenotipo del FcYRIIIb de una muestra biológica del sujeto, en el que la presencia de al menos un alelo de FcYRIIIb NA1 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 en una muestra biológica es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0064] En algunos casos, la presencia de dos alelos de FcYRIIIb NA1 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0065] En algunos casos, el procedimiento incluye además la determinación del genotipo del gen que codifica FcYRIIa, en la que la presencia adicional de al menos un alelo de FcyRlla H131 en la muestra biológica del sujeto además de uno o dos alelos de FcYRIIIb NA1 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0066] En algunos casos, el procedimiento incluye además la determinación del genotipo del gen que codifica FcYRIIa, en la que la presencia adicional de dos alelos de FcyRlla H131 en la muestra biológica del sujeto, además de uno o dos alelos de FcYRIIIb NA1 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0067] En algunos casos, el procedimiento incluye además la determinación de la presencia o ausencia de la variante rs61801826 de FcyRllc, en el que la presencia de la variante rs61801826 de FcyRllc en la muestra biológica del sujeto además de uno o dos alelos de FcYRIIIb NA1 y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb NAl es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0068] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para tratar a un sujeto que tiene uno o más de artritis reumatoide (RA), RA juvenil, RA juvenil de curso poliarticular, artritis idiopática juvenil, psoriasis, artritis psoriásica, enfermedad de Crohn, colitis ulcerosa, espondilitis anquilosante y psoriasis en placas, que incluye: (a) determinar la presencia de la variante rs61801826 de FcyRllc en una muestra biológica del sujeto, y (b) administrar al sujeto un agente modulador de la actividad de Fc si la variante rs61801826 de FcyRllc está presente en la muestra biológica.

[0069] En algunos casos, el procedimiento incluye además administrar al sujeto una terapia biológica que no es un agente anti-TNFa si la variante rs61801826 de FcyRllc está presente en la muestra biológica. En algunos casos, la terapia biológica es un agente anti-CTLA (por ejemplo, abatacept), un agente anti-IL6 (por ejemplo, tocilizumab) o un agente anti-CD20.

[0070] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa. El procedimiento incluye la etapa de detectar la presencia de una secuencia de nucleótidos que codifica FcYRIIIb NA1, o un fragmento de la misma, en una muestra biológica de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, en el que la presencia de la secuencia de nucleótidos en la muestra biológica es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0071] En otro aspecto, la divulgación presenta un procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa. El procedimiento incluye la etapa de detectar la presencia de una secuencia de nucleótidos que codifica FcYRIIIb NA2, o un fragmento de la misma, en una muestra biológica de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, en el que la presencia de la secuencia de nucleótidos en la muestra biológica es indicativa de que el sujeto puede responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0072] En algunas realizaciones o casos de cualquiera de los aspectos anteriores, la presencia de un genotipo se determina mediante un procedimiento que utiliza oligonucleótidos específicos de alelo, extensión con cebadores, ligadura específica de alelo, secuenciación, separación electroforética, un ensayo con 5'-nucleasa, un ensayo de terminador con colorante dirigido al molde, ensayo de oligonucleótido específico de alelo de baliza molecular o un ensayo de extensión de base única. En algunas realizaciones o casos, el ensayo se realiza primero mediante la transcripción inversa del ARN diana y a continuación amplificando el ADNc resultante o mediante el uso de una reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR) combinada a alta temperatura.

[0073] En algunas realizaciones o casos, la muestra biológica es un fluido corporal (por ejemplo, sangre completa), un tejido corporal (por ejemplo, una muestra de pulmón), una muestra nasal (por ejemplo, un hisopo nasal o pólipos nasales) o esputo. Los fluidos corporales incluyen, por ejemplo, sangre completa fresca, sangre completa congelada, plasma, células mononucleares de sangre periférica, orina, saliva, linfa, suero, semen, líquido sinovial y líquido cefalorraquídeo.

[0074] En algunas realizaciones o casos de cualquiera de los aspectos anteriores, la presencia de un glicofenotipo se determina mediante un procedimiento que utiliza clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS), inmunoprecipitación o movilidad diferencial en SDS-PAGE. En algunos casos, se usa un ensayo ELISA tipo sándwich para capturar FcYRIIIb de un lisado celular usando un anticuerpo anti-FcYRIIIb, seguido de la detección con otro anticuerpo anti-CD16 (FcyRIII) (por ejemplo, marcado con flúor o detectado con un anticuerpo secundario marcado). Alternativamente, podría emplearse un ELISA de sándwich inverso, capturando con el anticuerpo anti-CD16 que no interfiere y detectando con un anticuerpo específico para FcRllb.

[0075] En algunos casos, el glicofenotipo de FcyRlllb NA1 y/o NA2 se determina mediante un ELISA de microtitulación de lectina. En algunos casos, el glicofenotipo se determina mediante un procedimiento que emplea procedimientos enzimáticos, cromatográficos, de espectrometría de masas (MS), cromatográficos seguidos de MS, procedimientos electroforéticos, procedimientos electroforéticos seguidos de MS o resonancia magnética nuclear (RMN).

[0076] En algunas realizaciones o casos de cualquiera de los aspectos o realizaciones anteriores, la inflamación es una inflamación relacionada con los neutrófilos activados.

Definiciones

[0077] Tal como se usa en el presente documento, el término "genotipo" se refiere a la secuencia de ADN que constituye un conjunto de alelos en un locus genético particular. Un genotipo puede ser una descripción de todo o una parte (por ejemplo, la presencia o ausencia de un SNP) de la secuencia de ADN de uno o ambos alelos de un gen contenido en un sujeto o una muestra (por ejemplo, una muestra biológica de un sujeto). El genotipo de dos o más loci estrechamente unidos en un cromosoma puede describir un haplotipo: un conjunto de variaciones de ADN, o polimorfismos, que tienden a heredarse juntos, por ejemplo, una combinación de alelos o un conjunto de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) que se encuentran en el mismo cromosoma. En el contexto de esta invención, no se hace distinción entre el genotipo de un sujeto y el genotipo de una muestra (por ejemplo, una muestra biológica) del sujeto.

Aunque habitualmente un genotipo se determina a partir de muestras de células diploides, se puede determinar un genotipo a partir de una muestra de células haploides, tal como una célula de esperma.

[0078] Tal como se usa en el presente documento, el término "polimorfismo" se refiere a la aparición de dos o más secuencias alternativas determinadas genéticamente de un gen en una población. Los polimorfismos a menudo aparecen como resultado de cambios en uno o más nucleótidos específicos en una secuencia genética de un gen, lo que conduce a secuencias alternativas de un gen. Habitualmente, la primera forma alélica identificada se designa arbitrariamente como la forma de referencia y otras formas alélicas se designan como alelos alternativos o variantes. Un alelo "común" es un alelo que prevalece en una población determinada (por ejemplo, más del 2 % de la población porta el alelo). Por ejemplo, FcYRIIa tiene dos variantes polimórficas, FcYRIIa R131 y FcYRIIa H131, cada una codificada por uno de los dos alelos de FcYRIIa. El residuo de aminoácido en la posición 131 es R o H dependiendo de un nucleótido específico (C o T) en la secuencia genética de FcYRIIa.

[0079] Tal como se usa en el presente documento, el término "polimorfismo de un solo nucleótido" o "SNP" se refiere a un sitio de un nucleótido que varía entre los alelos. Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) pueden ocurrir en cualquier región del gen. En algunos casos, el polimorfismo puede dar como resultado un cambio en la secuencia de la proteína. El cambio en la secuencia de la proteína puede afectar en la función de la proteína. Algunas variantes polimórficas de proteínas difieren como resultado de uno o más SNP. Por ejemplo, un SNP, nucleótido C o T, en la secuencia genética de FcYRIIa conduce a dos variantes polimórficas de FcYRIIa: FcYRIIa R131 y FcYRIIa H131.

[0080] Tal como se usa en el presente documento, el término "glicofenotipo" se refiere al perfil de glicosilación de una proteína. El perfil de glicosilación es el estado colectivo o patrón de glicosilación en ciertos residuos de aminoácidos, por ejemplo, asparagina, en una proteína. El estado o patrón de glicosilación en un residuo de aminoácido específico en una proteína puede afectar el plegamiento, la función y/o la interacción de la proteína con otra proteína. El glicofenotipo de una proteína a veces depende de la variante polimórfica de la proteína. Por ejemplo, las variantes polimórficas FcyRIIIb NA1 y NA2 muestran diferentes glicofenotipos. Es más probable que FcYRIIIb NA2 tenga un glicano con alto contenido de manosa en la posición N45 y un glicano sialilado triantenario en la posición N162. Este perfil de glicosilación de NA2 también se denomina glicofenotipo de FcYRIIIb NA2. Es más probable que FcYRIIIb NA1 tenga un N45 aglicosilado y un glicano sialilado biantenario en la posición N162. Este patrón de glicosilación de NA1 también se denomina glicofenotipo de FcYRIIIb NA1.

[0081] Tal como se usa en el presente documento, el término "glicano" se refiere a un azúcar, que puede ser un monómero o polímero de residuos de azúcar, tal como al menos tres azúcares, y puede ser lineal o ramificado. Un glicano puede incluir residuos de azúcares naturales (por ejemplo, glucosa, N-acetilglucosamina, ácido N-acetilneuramínico, galactosa, manosa, fucosa, hexosa, arabinosa, ribosa, xilosa, etc.) y/o azúcares modificados (por ejemplo, 2'-fluororibosa, 2'-desoxirribosa, fosfomanosa, 6'-sulfo N-acetilglucosamina, etc.). El término "glicano" incluye homo y heteropolímeros de residuos de azúcar. El término "glicano" también abarca un componente de glicano de un glicoconjugado (por ejemplo, de un polipéptido, glicolípido, proteoglicano, etc.). El término también abarca los glicanos libres, incluidos los glicanos que se han escindido o, en cualquier caso, liberados de un glicoconjugado.

[0082] Tal como se usa en el presente documento, el término "glicano con alto contenido de manosa" se refiere a un oligosacárido que contiene 5-9 residuos de manosa unidos a un núcleo de quitobiosa.

[0083] Tal como se usa en el presente documento, el término "sialilado biantenario" o "sialilación biantenaria" se refiere a la sialilación de composiciones de glicanos (es decir, el nivel de glicanos ramificados que están sialilados en un brazo a1,3 y/o un brazo a1,6), en el que dos ramas de los glicanos están sialiladas en un brazo a1,3 y/o un brazo a1,6.

[0084] Tal como se usa en el presente documento, el término "sialilado triantenario" o "sialilación triantenaria" se refiere a la sialilación de composiciones de glicanos (es decir, el nivel de glicanos ramificados que están sialilados en un brazo a1,3 y/o un brazo a1,6), en el que tres ramas de los glicanos están sialiladas en un brazo a1,3 y/o un brazo a1,6.

[0085] Tal como se usa en el presente documento, el término "agente modulador de la actividad de Fc" se refiere a una molécula, por ejemplo, una molécula pequeña o una macromolécula, tal como un polipéptido (tal como un polipéptido que contiene Fc o un anticuerpo), que es capaz de interferir o modular la actividad de una proteína o polipéptido que contiene un dominio Fc no sintético de tipo salvaje (que no es el polipéptido que contiene Fc definido en el presente documento) o un receptor del mismo. Por ejemplo, el agente modulador de la actividad de Fc puede unirse al mismo receptor de Fc diana (por ejemplo, FcYRIIIb) que el de la proteína o polipéptido que contiene el dominio

Fc no sintético de tipo salvaje y, por lo tanto, inhibir la actividad del receptor de la proteína o polipéptido que contiene el dominio Fc no sintético de tipo salvaje. Los agentes anti-TNFa se excluyen específicamente de la definición de “agente modulador de la actividad de Fc”.

[0086] Tal como se usa en el presente documento, el término "polipéptido que contiene Fc" se refiere a cadenas polipeptídicas asociadas que forman al menos un dominio Fc (por ejemplo, 1-10), tal como se describe en el presente documento. Los polipéptidos que contienen Fc pueden incluir monómeros de dominio Fc que tienen secuencias iguales o diferentes. Por ejemplo, un polipéptido que contiene Fc puede tener dos dominios Fc, uno de los cuales incluye monómeros de dominio Fc derivados de IgG1 o de IgG1, y un segundo que incluye monómeros de dominio Fc derivados de IgG2 o de IgG2. En la presente invención, un dominio Fc no incluye ninguna región variable de un anticuerpo, por ejemplo, V^h , V^l, CDR o HVR. Un dominio Fc forma la estructura mínima que se une a un receptor de Fc, por ejemplo, FcyRI, FcYRIIa, FcYRIIb, FcyRIIc, FcYRIIIa, FcYRIIIb o FcyRIV. En la presente invención, un polipéptido que contiene Fc se selecciona del grupo que consiste en inmunomoduladores selectivos de receptores de Fc (SIF), inmunoglobulinas intravenosas (IVIg) y stradomers. Los agentes anti-TNFa se excluyen específicamente de la definición de "polipéptido que contiene Fc".

[0087] Tal como se usa en el presente documento, el término "inmunomoduladores selectivos de los receptores Fc" o "SIF" se refiere a construcciones de Fc de IgG modificadas genéticamente descritas en la publicación de patente de Estados Unidos No. 20160229913.

[0088] Tal como se usa en el presente documento, el término "IVIg" se refiere a inmunoglobulina intravenosa (por ejemplo, Gammagard®, Privigen® u Octagam®), así como inmunoglobulina IgG recombinante.

[0089] Un "stradomer" es un compuesto biomimético capaz de unirse a dos o más receptores de Fcy y que tiene una de cuatro conformaciones físicas diferentes: serie, grupo, núcleo o fragmento Fc, tal como se describe en la Patente de Estados Unidos. No. 8,680,237 en la columna 18, línea 1, a la columna 19, línea 6.

[0090] Tal como se usa en el presente documento, el término "terapia biológica" se refiere a una terapia con proteínas que no es un agente anti-TNFa. Las terapias biológicas incluyen anticuerpos tales como abatacept, tocilizumab y rituximab.

[0091] Tal como se usa en el presente documento, el término "enfermedad mediada por el factor de necrosis tumoral alfa (TNF-a)" se refiere a una enfermedad o trastorno que implica la citoquina TNF-a. Las enfermedades mediadas por TNF-a incluyen, pero sin limitación, artritis reumatoide (RA), RA juvenil, RA de curso poliarticular, artritis idiopática juvenil, psoriasis, artritis psoriásica, enfermedad de Crohn, colitis ulcerosa, espondilitis anquilosante, psoriasis en placas, esclerosis múltiple, lupus eritematoso sistémico, miastenia gravis, diabetes de aparición juvenil, glomerulonefritis, tiroiditis autoinmune, enfermedad de Behcet, rechazo de injertos, enfermedad de injerto contra huésped, enfermedad de Kawasaki, sarcoidosis, pioderma gangrenoso, depresión, asma bronquial, diabetes mellitus, neoplasias malignas, shock séptico, dermatitis ampollosa, dermatitis neutrofílica, necrólisis epidérmica tóxica, vasculitis sistémica, pioderma gangrenoso, dermatitis pustulosa, hepatitis alcohólica, paludismo cerebral, síndrome urémico hemolítico, preeclampsia, rechazo de aloinjertos, uveítis, otitis media, mordedura de serpiente, eritema nodoso, síndromes mielodisplásicos, dermatomiositis, polimiositis, síndrome inflamatorio de reconstitución inmunitaria de pacientes con SIDA, esclerosis sistémica, enfermedad relacionada con IgG4 o alopecia areata. Estas enfermedades y trastornos a veces se tratan usando un agente anti-TNFa, que se dirige al TNF-a y/o uno o ambos de sus receptores TNFR1 y TNFR2.

[0092] Tal como se usa en el presente documento, el término "agente anti-TNFa" se refiere a un agente, por ejemplo, una proteína o un fármaco de molécula pequeña, que suprime la respuesta fisiológica (por ejemplo, una respuesta inflamatoria) causada por TNF-a en una enfermedad mediada por TNF-a mediante la unión e inhibición de TNF-a o mediante la unión e inhibición de uno o ambos receptores de TNF-a, por ejemplo, TNFR1 y/o TNFR2. Los agentes anti-TNFa incluyen, pero no se limitan a, adalimumab, infliximab, etanercept, certolizumab pegol y golimumab.

[0093] Tal como se usa en el presente documento, el término "capacidad de respuesta" se refiere a la capacidad de respuesta al tratamiento o terapia, por ejemplo, un tratamiento con anti-TNFa, de un sujeto, según se determina por un estándar de medición reconocido. Por ejemplo, en la artritis reumatoide, la capacidad de respuesta a un tratamiento puede analizarse y medirse utilizando la puntuación de actividad de la enfermedad de 28 articulaciones (DAS28), la puntuación de actividad de la enfermedad de 28 articulaciones utilizando el valor de la proteína C reactiva (puntuación CRP DAS28), la evaluación de las articulaciones (por ejemplo, recuento de articulaciones dolorosas, recuento de articulaciones inflamadas), medidas del dolor (por ejemplo, escala analógica visual (VAS) de 10 cm, escala categórica de 5 puntos, índice de dolor del cuestionario de evaluación de la salud (HAQ) y escalas de medición del impacto de la artritis (AIMS)), y medidas de calidad de vida (por ejemplo, Problem Elicitation Technique (PET)) (véase, por ejemplo, Buchbinder et al. Arthritis Rheum. 38:1568-80, 1995), así como las directrices publicadas por la European League Against Rheumatism (EULAR) and/or American College of Rheumatology (ACR) (véase, por ejemplo, Felson et al. Arthritis & Rheu. 63:573-586, 2011; Felson et al. Arthritis & Rheu. 38:727-35, 1995).

[0094] Tal como se usa en el presente documento, el término "sujeto" es un ser humano, tal como un paciente humano.

[0095] Tal como se usa en el presente documento, el término "muestra biológica" se refiere a cualquier muestra biológica obtenida de un sujeto que incluye fluidos corporales, tejido corporal (por ejemplo, muestras de pulmón), muestras nasales (incluidos hisopos nasales o pólipos nasales), esputo, células, u otras fuentes. Los fluidos corporales incluyen, por ejemplo, sangre completa nueva, sangre completa congelada, plasma (incluyendo nueva o congelada), células mononucleares de sangre periférica, orina, saliva, linfa, suero, semen, líquido sinovial y líquido cefalorraquídeo. Los procedimientos para obtener biopsias de tejidos y fluidos corporales de mamíferos son bien conocidos en la técnica.

[0096] Tal como se usa en el presente documento, el término "polinucleótido" (o "secuencia de nucleótidos" o "molécula de ácido nucleico") se refiere a un oligonucleótido, nucleótido o polinucleótido, y fragmentos o porciones del mismo, y a ADN o ARN de origen genómico o sintético, que puede ser de cadena simple o doble, y representan la cadena sentido o antisentido.

[0097] Tal como se usa en este documento, el término "polipéptido" describe un único polímero en el que los monómeros son residuos de aminoácidos que se unen mediante enlaces amida. Se pretende que un polipéptido abarque cualquier secuencia de aminoácidos, ya sea natural, recombinante o producida sintéticamente.

[0098] Tal como se usa en el presente documento, el término "composición farmacéutica" se refiere a una formulación médica o farmacéutica que contiene un ingrediente activo, así como excipientes y diluyentes para permitir que el ingrediente activo sea adecuado para el procedimiento de administración.

[0099] Tal como se usa en el presente documento, el término "portador farmacéuticamente aceptable" se refiere a un excipiente o diluyente en una composición farmacéutica. El portador farmacéuticamente aceptable debe ser compatible con los demás ingredientes de la formulación y que no sea perjudicial para el receptor. La naturaleza del portador difiere con el modo de administración. Por ejemplo, para la administración oral, se prefiere un portador sólido; para la administración intravenosa, generalmente se usa un portador de solución acuosa.

[0102] Tal como se usa en el presente documento, el término "cantidad terapéuticamente eficaz" se refiere a una cantidad, por ejemplo, una dosis farmacéutica, eficaz para inducir un efecto biológico deseado en un sujeto o paciente o en el tratamiento de un paciente que tiene una enfermedad o trastorno descrito en el presente documento. También debe entenderse en el presente documento que una "cantidad terapéuticamente eficaz" puede interpretarse como una cantidad que proporciona un efecto terapéutico deseado, ya sea tomada en una dosis o en cualquier dosis o vía, tomada sola o en combinación con otros agentes terapéuticos.

[0101] Tal como se usa en el presente documento, el término "kit" es cualquier fabricación (por ejemplo, un paquete o contenedor) que incluye al menos una composición (por ejemplo, una composición que incluye un agente modulador de la actividad de Fc), y las instrucciones para administrar la composición en combinación con uno o más agentes terapéuticos adicionales (por ejemplo, un agente anti-TNFa o una terapia biológica que no sea un agente anti-TNFa).

DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS

[0102] La figura 1 es una alineación de secuencias de aminoácidos de las secuencias de FcYRIIIb NA2, FcYRIIIb NA1, FcYRIIIb SH y FcYRIIIa.

La figura 2 es un esquema que muestra la glicosilación específica de haploptipo en N45 y N162 de FcYRIIIb NA2 y FcYRIIIb NA1.

La figura 3 son tres gráficos que muestran las correlaciones entre respondedores/no respondedores y la abundancia relativa de glicosilación en N162 de FcYRIIIb soluble (sFcYRIIIb) (izquierda), las correlaciones entre el haplotipo de sFcYRIIIb de sujetos con RAy la abundancia relativa de glicosilación en N162 de sFcYRIIIb (centro) y las correlaciones entre el haplotipo de sFcYRIIIb de los donantes sanos y la abundancia relativa de glicosilación en N162 de sFcYRIIIb (derecha).

La figura 4 es un gráfico que muestra el cambio en la gravedad de la enfermedad con el tratamiento (medido por el cambio en la puntuación de DAS28CRP) en sujetos que son homocigotos de FcYRIIIb NA2/NA2 u homocigotos de NA1/NA1.

La figura 5 es un gráfico que muestra las correlaciones entre respondedores/no respondedores que son heterocigotos de FcYRIIIb NA1/NA2 (NA1/NA2) y la abundancia relativa de aglicosilación en N45 de FcYRIIIb.

La figura 6 es un gráfico que muestra el cambio en la gravedad de la enfermedad con el tratamiento (medido por el cambio en la puntuación de DAS28CRP) en sujetos clasificados por el genotipo de FcYRIIIb y FcYRIIa.

La figura 7 es un gráfico que muestra el cambio en la gravedad de la enfermedad con el tratamiento (medido por el cambio en la puntuación de DAS28CRP) en sujetos clasificados por el genotipo de FcYRIIIb, FcYRIIa y FcyRIIc. La figura 8 es un gráfico que muestra el cambio en la gravedad de la enfermedad con el tratamiento (medido por el cambio en la puntuación de DAS28CRP) en sujetos que son homocigotos de FcYRIIIb NA2/NA2 u homocigotos de NA1/NA1.

La figura 9 es un gráfico que muestra el cambio en la gravedad de la enfermedad con el tratamiento (medido por el cambio en la puntuación de DAS28CRP) en sujetos clasificados por el genotipo de FcYRIIIb y FcYRIIa.

DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN

I. Procedimientos Terapéuticos

[0103] La presente divulgación generalmente incluye procedimientos para diagnosticar y tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune (por ejemplo, una enfermedad mediada por TNF-a) y/o inflamación. El tratamiento o aprobación del tratamiento del sujeto está informado por el genotipo del sujeto del gen que codifica uno o más de FcyRIMb, FcYRIIa y FcyRllc y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb. Se ha encontrado que ciertos genotipos o glicofenotipos de receptores de Fc, tal como se describe en el presente documento, se asocian con la capacidad de respuesta o falta de respuesta del paciente a los agentes anti-TNF. Por lo tanto, los pacientes que tienen los genotipos o glicofenotipos descritos en el presente documento asociados con la respuesta se identifican como candidatos para el tratamiento con un agente anti-TNFa (por ejemplo, adalimumab, infliximab, etanercept, certolizumab pegol y golimumab). Los pacientes que tienen los genotipos o glicofenotipos descritos en este documento asociados con la falta de respuesta a los agentes anti-TNF se identifican como candidatos para el tratamiento con (a) agentes moduladores de la actividad de Fc, tales como: inmunomoduladores selectivos de los receptores de Fc (SIF), inmunoglobulinas intravenosas (IVIg), estradómeros, (b) un polipéptido o anticuerpo que contiene Fc que específicamente se dirige a un receptor de Fc (por ejemplo, se dirige a FcYRIIIb), o (c) otro agente no anti-TNFa (por ejemplo, un agente biológico no anti-TNFa) para el tratamiento de una enfermedad autoinmune o inflamación, tal como un agente anti-CTLA (por ejemplo, abatacept), un agente anti-IL6 (por ejemplo, tocilizumab) o un agente anti-CD20 (por ejemplo, rituximab).

[0104] En algunos casos, el sujeto paciente ha sido tratado previamente con un agente anti-TNFa para la enfermedad autoinmune y/o inflamación antes de que se le administre un agente modulador de la actividad de Fc u otro agente no anti-TNFa para el tratamiento de la enfermedad. En algunos casos, el paciente sujeto no ha sido tratado previamente con un agente anti-TNFa antes de que se le administre un agente modulador de la actividad de Fc u otro agente no anti-TNFa para el tratamiento de la enfermedad. En algunos casos, el procedimiento incluye además administrar al sujeto una terapia biológica que no es un agente anti-TNFa en combinación con el agente modulador de la actividad de Fc. En algunos casos, la terapia biológica es un agente anti-CTLA (por ejemplo, abatacept), un agente anti-IL6 (por ejemplo, tocilizumab) o un agente anti-CD20.

[0105] En algunos casos, al sujeto también se le administra un agente anti-TNFa en combinación con el agente modulador de la actividad de Fc. En algunos casos, al sujeto no se le administra un agente anti-TNFa en combinación con el agente modulador de la actividad de Fc.

[0106] En algunos casos de cualquiera de los procedimientos descritos, el agente modulador de la actividad de Fc es un polipéptido que contiene Fc o un anticuerpo que se dirige específicamente a un receptor de Fc (por ejemplo, FcYRIIIb). Ejemplos de polipéptidos que contienen Fc son inmunomoduladores selectivos de receptores de Fc (SIF), inmunoglobulinas intravenosas (IVIg) y stradomers.

[0107] En cualquiera de los procedimientos descritos de la invención o divulgación, la enfermedad autoinmune es una enfermedad mediada por el factor de necrosis tumoral alfa (TNF-a). Las enfermedades mediadas por TNF-a incluyen artritis reumatoide (RA), RA juvenil, RA de curso poliarticular, artritis idiopática juvenil, psoriasis, artritis psoriásica, enfermedad de Crohn, colitis ulcerosa, espondilitis anquilosante, psoriasis en placas, esclerosis múltiple, lupus eritematoso sistémico, miastenia gravis, diabetes de aparición juvenil, glomerulonefritis, tiroiditis autoinmune, enfermedad de Behcet, rechazo de injertos, enfermedad de injerto contra huésped, enfermedad de Kawasaki, sarcoidosis, pioderma gangrenoso, depresión, asma bronquial, diabetes mellitus, neoplasias malignas, shock séptico, dermatitis ampollosa, dermatitis neutrofílica, necrólisis epidérmica tóxica, vasculitis sistémica, pioderma gangrenoso, dermatitis pustulosa, hepatitis alcohólica, paludismo cerebral, síndrome urémico hemolítico, preeclampsia, rechazo de aloinjertos, uveítis, otitis media, mordedura de serpiente, eritema nodoso, síndromes mielodisplásicos, dermatomiositis, polimiositis, síndrome inflamatorio de reconstitución inmunitaria de pacientes con SIDA, esclerosis sistémica, enfermedad relacionada con IgG4 o alopecia areata.

[0108] En cualquiera de los procedimientos descritos de la invención o divulgación, la inflamación puede ser miocarditis.

[0109] En cualquiera de los procedimientos descritos de la invención o divulgación, el agente anti-TNFa puede seleccionarse, por ejemplo, del grupo que consiste en adalimumab, infliximab, etanercept, certolizumab pegol y golimumab. En algunas realizaciones o casos, el sujeto se trata con metotrexato, prednisona, hidroxicloroquina, leflunomida, azatioprina, ciclosporina, tofacitinib, cuprimina, auranofina o minociclina en combinación con el agente modulador de la actividad de Fc y/o el agente anti-TNFa.

[0110] Los genotipos de los genes que codifican FcYRIIIb y FcyRlla pueden determinarse utilizando cualquiera de los procedimientos o ensayos descritos en el presente documento (por ejemplo, en la Sección IV de la Descripción detallada de la invención) o que se conocen en la técnica. Los glicofenotipos de FcYRIIIb NA1 y NA2 también se pueden determinar usando los procedimientos descritos en el presente documento (por ejemplo, en la Sección VII de la Descripción detallada de la invención) o que se conocen en la técnica. Los procedimientos de tratamiento de la divulgación se administran por cualquier medio adecuado. Las composiciones farmacéuticas, las rutas y las dosis de administración adecuadas para los procedimientos de la divulgación se describen en detalle más adelante en el presente documento.

II. Procedimientos de diagnóstico

[0111] Algunos procedimientos de la divulgación incluyen determinar el genotipo o el glicofenotipo de un sujeto para predecir la capacidad de respuesta o la falta de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa. Los procedimientos son útiles para evaluar, elegir e implementar los procedimientos de tratamiento y terapias apropiados para un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación. Por ejemplo, un sujeto identificado con una enfermedad autoinmune y/o inflamación proporciona una muestra biológica (por ejemplo, una muestra de sangre) antes del tratamiento y la muestra se examina para determinar el genotipo de los genes que codifican FcYRIIIb, FcyRlla y/o FcyRIIc, y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb, para determinar si es probable que el sujeto responda o no a un tratamiento con anti-TNFa.

[0112] Tal como se describe en el presente documento, el genotipo o glicofenotipo de FcYRIIIb NA1, el genotipo de FcyRlla H131 y la variante rs61801826 de FcyRllc están asociados con una respuesta negativa a la terapia con anti-TNF. Tal como se describe en el presente documento, el genotipo o glicofenotipo de FcYRIIIb NA2, el genotipo de FcYRIIa R131 y la ausencia de la variante rs61801826 de FcyRllc están asociados con una respuesta positiva a la terapia con anti-TNF.

[0113] Los procedimientos de genotipado útiles en los procedimientos de diagnóstico detectarán variantes y polimorfismos heterocigóticos u homocigóticos. En los procedimientos descritos en el presente documento, se puede determinar el genotipo de uno, dos o tres de los genes que codifican FcYRIIIb, FcyRlla y/o FcyRllc.

[0114] El genotipo de una muestra o sujeto para un gen particular se puede determinar de varias maneras (ver también la Sección IV a continuación). Por lo general, los procedimientos de genotipado incluyen la identificación de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (RFLPI) de ADN genómico, la detección polimórfica amplificada aleatoria (RAPD) de ADN genómico, la detección de polimorfismos de longitud de fragmentos amplificados (AFLPD), la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la secuenciación de ADN, sondas de oligonucleótidos específicas de alelos (ASO) e hibridación con micromatrices o esferas de ADN.

[0115] Los glicofenotipos de un sujeto o muestra se pueden determinar de varias formas, por ejemplo, mediante procedimientos que utilizan anticuerpos. Por ejemplo, se puede usar un anticuerpo específico para N162 sialilado biantenario o un anticuerpo específico para N45 aglicosilado en FcyRlllb para detectar la presencia de N162 sialilado biantenario o N45 aglicosilado en una muestra biológica de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, en donde la presencia de N162 sialilado biantenario o N45 aglicosilado en la muestra biológica es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa. Se puede usar un anticuerpo específico para N162 sialilado triantenario o un anticuerpo específico para glicano con alto contenido de manosa en N45 para detectar la presencia de N162 sialilado triantenario o glicano con alto contenido de manosa en N45 en una muestra biológica de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, en donde la presencia de N162 sialilado triantenario o glicano con alto contenido de manosa en N45 en la muestra biológica es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0116] En algunos procedimientos, se puede usar una composición de reactivo que incluye un anticuerpo marcado específico para el anticuerpo de detección, donde la composición de reactivo es capaz de proporcionar una señal detectable en presencia del anticuerpo marcado.

III. Agentes moduladores de la actividad de Fc

[0117] El agente modulador de la actividad de Fc usado en los procedimientos de la divulgación puede ser un polipéptido que contiene Fc o un anticuerpo que se dirige específicamente a un receptor de Fc (por ejemplo, FcYRIIIb). Un polipéptido que contiene Fc se refiere a cadenas polipeptídicas asociadas que forman al menos un dominio Fc (por ejemplo, 1-10), tal como se describe en el presente documento. Los polipéptidos que contienen Fc pueden incluir monómeros de dominio Fc que tienen secuencias iguales o diferentes. Por ejemplo, un polipéptido que contiene Fc puede tener dos dominios Fc, uno de los cuales incluye monómeros de dominio Fc derivados de IgG1 o de IgG1, y un segundo que incluye monómeros de dominio Fc derivados de IgG2 o de IgG2. En la presente divulgación, un dominio Fc no incluye ninguna región variable de un anticuerpo, por ejemplo, V^h, V^l, CDR o HVR. Un dominio Fc forma la estructura mínima que se une a un receptor de Fc, por ejemplo, FcyRI, FcYRIIa, FcyRIIb, FcYRIIIa, FcYRIIIb, FcyRIV. Los ejemplos de polipéptidos que contienen Fc son inmunomoduladores selectivos de receptores de Fc (SIF), inmunoglobulinas intravenosas (IVIg) y estradómeros.

Inmunomoduladores selectivos de los receptores Fc (SIFs)

[0118] Los SIF se refieren a construcciones Fc de IgG modificadas genéticamente descritas en el documento US 20160229913. Los SIF incluyen, como mínimo, un dominio Fc funcional formado a partir de un dímero de dos monómeros de dominio Fc. Los SIF pueden incluir de 2 a 10 dominios Fc, por ejemplo, construcciones de Fc modificadas genéticamente que tienen 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 dominios Fc. Los SIF tienen mayor afinidad de unión y/o avidez que un solo dominio Fc de tipo salvaje para un receptor de Fc, por ejemplo, FcYRIIIb.

[0119] Un SIF incluye monómeros de dominio Fc, con pares de monómeros de dominio Fc que forman dominios Fc. En algunos casos, un monómero de dominio Fc incluye un dominio bisagra de IgG, un dominio constante de anticuerpo Ch2 IgG y un dominio constante de anticuerpo Ch3 IgG. Un SIF puede incluir de 2 a 6 (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6) polipéptidos asociados, incluyendo cada polipéptido al menos un monómero de dominio Fc, en el que cada monómero de dominio Fc del SIF es igual o difiere en no más de 10 aminoácidos, por ejemplo, no más de 8, 6, 4 o 2 aminoácidos. Los SIF no incluyen un dominio de unión a antígeno, tal como un Fab que se encuentra en un anticuerpo.

[0120] En algunos casos, el SIF es SIF3. SIF3 contiene tres dominios Fc construidos a partir de cuatro polipéptidos. El primer polipéptido tiene la fórmula A-L-B, en la que A incluye un monómero del primer dominio de Fc, L es un enlazador y B incluye un monómero del segundo dominio Fc. El segundo polipéptido tiene la fórmula A'-L'-B', en la que A' incluye un monómero del tercer dominio Fc, L' es un enlazador y B' incluye un monómero del cuarto dominio de Fc. El tercer polipéptido incluye un monómero del quinto dominio de Fc, mientras que el cuarto polipéptido incluye un monómero del sexto dominio de Fc. A del primer polipéptido y A' del segundo polipéptido se combinan para formar un primer dominio de Fc, B del primer polipéptido y el monómero del quinto dominio de Fc se combinan para formar un segundo dominio de Fc, y B' del segundo polipéptido y el monómero del sexto dominio de Fc se combinan para formar un tercer dominio de Fc.

[0121] Un monómero de dominio Fc de un SIF puede incluir sustituciones de aminoácidos modificados genéticamente en la interfaz de dos dominios constantes de anticuerpo Ch3 que interactúan de tal manera que dos monómeros de dominio Fc de un dominio Fc forman selectivamente un dímero entre sí, evitando así la formación de multímeros no controlados. Las sustituciones de aminoácidos modificados genéticamente favorecen la dimerización de los dos dominios constantes de anticuerpo Ch3 como resultado de la compatibilidad de los aminoácidos elegidos para esas sustituciones. La formación final del dominio Fc favorecido es selectiva sobre otros dominios Fc que se forman a partir de monómeros del dominio Fc que carecen de las sustituciones de aminoácidos modificados genéticamente o con sustituciones de aminoácidos incompatibles. Tal como se describe en la publicación de patente de Estados Unidos No. 20160229913, los SIF pueden incluir cavidades modificadas genéticamente, protuberancias modificadas genéticamente y aminoácidos con carga positiva o negativa.

Inmunoglobulinas intravenosas (IVIg)

[0122] Los polipéptidos que contienen Fc que se usan en los procedimientos de la divulgación también incluyen IVIg. IgIV incluye inmunoglobulina intravenosa e IgG recombinante. Tal como es bien sabido en la técnica, la inmunoglobulina intravenosa es un producto sanguíneo que contiene las inmunoglobulinas IgG polivalentes agrupadas del plasma de un gran número de donantes de sangre (típicamente >1000). La inmunoglobulina intravenosa normalmente contiene sustancialmente (es decir, más del 95 %) de IgG no modificada, que tiene funciones efectoras dependientes de Fc. Los productos de IgIV comercialmente disponibles incluyen Gamimune N®, Gammagard®, Gammar® y Sandoglobulin®.

[0123] La IgG recombinante se refiere a las inmunoglobulinas IgG que se fabrican mediante ingeniería genética utilizando técnicas, tales como la tecnología de ADN recombinante y el empalme de genes. La IgG recombinante se puede producir in vitro a partir de una línea celular (por ejemplo, una línea celular de mamífero, por ejemplo, una línea celular humana) y purificarse usando técnicas de purificación de proteínas convencionales en la técnica (por ejemplo, cromatografía en columna de afinidad con proteína A/G, cromatografía en columna de exclusión por tamaño y cromatografía en columna de intercambio iónico). Por ejemplo, se puede construir una IgG humana recombinante a partir de la secuencia de IgG de un organismo no humano (por ejemplo, un ratón) mediante optimización de codones. En algunos casos, la IgG recombinante puede incluir sustituciones, adiciones y/o eliminaciones de aminoácidos en el dominio Fc de la IgG que, por ejemplo, conducen a un cambio en la función efectora, por ejemplo, disminución de la citólisis dependiente del complemento (CDC), la citólisis mediada por células dependiente de anticuerpo (ADCC) y/o fagocitosis mediada por células dependiente de anticuerpo (ADCP) y/o disminución de la destrucción de células B.

[0124] En algunos casos, la IVIg es IVIg hipersialilada (por ejemplo, tal como se describe en la publicación de la patente de Estados Unidos No. 20160257754. En algunos casos, al menos el 50 % (por ejemplo, 60 %, 70 %, 80 %, 82 %, 85 %, 87 %, 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 97 %, 98 % hasta el 100 %, inclusive) de los glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están disialiladas mediante enlaces terminales NeuAc-a2,6-Gal. En algunos casos, menos del 50 % (por ejemplo, menos del 40 %, 30 %, 20 %, 15 %, 10 %, 5 %, 4 %, 3 %, 2 %, 1 % de los glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están monosialilados (por ejemplo, en el brazo a1,3 o el brazo a1,6) mediante un enlace terminal NeuAca2,6-Gal. En otros casos, al menos el 50 % (por ejemplo, el 60 %, 70 %, 80 %, 82 %, 85 %, 87 %, 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 97 %, 98 % hasta el 100 %, inclusive) de los glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están disialilados mediante enlaces terminales NeuAc-a2,6-Gal y menos del 50 % (por ejemplo, menos del 40 %, 30 %, 20 %, 10 %, 15 %, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%) de los glicanos ramificados en el dominio Fc están monosialilados en el brazo a1,3 mediante un enlace terminal NeuAc-a2,6-Gal. En otros casos, al menos el 50 % (por ejemplo, 60 %, 70 %, 80 %, 82 %, 85 %, 87 %, 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 97 %, 98 % hasta el 100 %, inclusive) de los glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están disialiladas mediante enlaces terminales NeuAc-a2,6-Gal y menos del 50 % (por ejemplo, menos del 40 %, 30 %, 20 %, 10 %, 5 %, 4 %, 3 %, 2 %, 1 %) de glicanos ramificados en el dominio Fc de las IgG están monosialiladas en el brazo a1,6 mediante un enlace terminal NeuAc-a2,6-Gal.

Stradomers

[0125] Los stradomers se refieren a compuestos biomiméticos capaces de unirse a dos o más receptores Fcy. Los stradomers se describen, por ejemplo, en la Patente de Estados Unidos No: 8,680,237. Un stradomer puede tener cuatro conformaciones físicas diferentes: serie, grupo, núcleo o fragmento Fc.

IV. Detección de polimorfism os de ácidos nucleicos

[0126] El genotipo de un gen (por ejemplo, el gen que codifica FcYRIIIb en un sujeto que padece una enfermedad autoinmune y/o inflamación) puede determinarse utilizando procedimientos de detección que se conocen en la técnica. La mayoría de los ensayos implican uno de varios protocolos generales: hibridación con oligonucleótidos específicos de alelo, extensión con cebadores, ligadura específica de alelo, secuenciación o técnicas de separación electroforética, por ejemplo, polimorfismo conformacional monocatenario (SSCP) y análisis heterodúplex. Ejemplos de ensayos incluyen ensayos de 5'-nucleasa, incorporación de terminador con colorante dirigido al molde, ensayos de oligonucleótidos específicos de alelo de baliza molecular, ensayos de extensión de base única y puntuación de SNP mediante secuencias de pirofosfato en tiempo real. El análisis de secuencias amplificadas se puede realizar utilizando diversas tecnologías, tales como microchips, ensayos de polarización de fluorescencia y espectrometría de masas MALDI-TOF (ionización y desorción por láser asistida por matriz con detección de masas por tiempo de vuelo).

[0127] La determinación de la presencia o ausencia de un alelo particular generalmente se realiza analizando una muestra de ácido nucleico que se obtiene del sujeto a analizar. A menudo, la muestra de ácido nucleico incluye ADN genómico. El ADN genómico normalmente se obtiene de muestras de sangre, pero también se puede obtener de otras células o tejidos. También es posible analizar muestras de ARN para detectar la presencia de alelos polimórficos. Por ejemplo, se puede usar ARNm para determinar el genotipo de un gen en uno o más sitios polimórficos. En este caso, la muestra de ácido nucleico se obtiene de células en las que se expresa el ácido nucleico diana. Tal análisis se puede realizar primero mediante la transcripción inversa del ARN diana usando, por ejemplo, una transcriptasa inversa viral y a continuación amplificando el ADNc resultante; o usando una reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR) combinada a alta temperatura.

Para la determinación de genotipos, en los procedimientos de la presente divulgación, pueden usarse muestras de sujeto, tales como las que contienen células o ácidos nucleicos producidos por estas células. Puede tomarse una muestra biológica de un sujeto que tenga una enfermedad autoinmune (por ejemplo, una enfermedad mediada por TNF-a) y/o inflamación. Las muestras biológicas útiles como muestras en la presente divulgación incluyen, por ejemplo, fluidos corporales (por ejemplo, sangre completa), tejido corporal (por ejemplo, muestras de pulmón), muestras nasales (incluyendo hisopos nasales o pólipos nasales), esputo, células u otras fuentes. Los fluidos corporales incluyen, por ejemplo, sangre completa fresca, sangre completa congelada, plasma (incluyendo nueva o congelada), células mononucleares de sangre periférica, orina, saliva, linfa, suero, semen, líquido sinovial y líquido cefalorraquídeo. Los procedimientos para obtener biopsias de tejidos y fluidos corporales de mamíferos son bien conocidos en la técnica.

[0128] A continuación se describe un procedimiento de análisis de muestras biológicas para determinar los genotipos de los genes que codifican FcYRIIIb y FcyRlla. En este procedimiento, la resecuenciación dirigida se usa para aislar y secuenciar regiones genómicas de interés dentro de una biblioteca de muestras de ADN. La resecuenciación dirigida permite la identificación de variantes genéticas en los receptores de Fc, incluyendo el polimorfismo FcRlllb NA1/NA2. En una realización o caso, para realizar la resecuenciación dirigida, el ADN genómico se extrae de células aisladas de muestras de sangre completa humana usando el kit QIAmp DNA Mini (Qiagen). Este ADN se utiliza para construir una biblioteca de muestras. A continuación, se utiliza el software Illumina DesignStudio para diseñar sondas de oligómeros personalizadas dirigidas a las regiones codificantes y las regiones no traducidas 3' y 5' de uno o más genes del receptor de Fc (FCGR1A, FCGR2A, FCGR2B, FCGR2C, FCGR3A, y FCGR3B). Cada par de sondas es específico de una secuencia de 450 pares de bases, conocida como amplicón, del gen del receptor de Fc. Cada amplicón se superpone a su amplicón vecino en aproximadamente 25 pares de bases en ambos extremos, lo que permite una cobertura máxima de la región diana. El kit de amplicones personalizados Illumina TruSeq se utiliza para crear la biblioteca de muestras mediante la hibridación de las sondas con el ADN genómico de cada muestra. Una vez que las sondas se ligan al ADN genómico, creando el amplicón, se utiliza el kit de índice de amplicón TruSeq para unir los índices específicos de muestra y cebadores de secuenciación mediante PCR a cada amplicón. A continuación, los múltiples amplicones de cada muestra se normalizan, se agrupan y se secuencian en el sistema Illumina HiSeq. A continuación, se exportan los datos de secuenciación de lectura de extremos apareados y se realiza el análisis de datos. Los índices específicos de muestra agregados a cada amplicón permiten la identificación de la muestra durante el análisis de datos. Esta técnica de resecuenciación dirigida se puede utilizar para aislar, secuenciar e identificar las regiones de interés de los genes del receptor de Fc, incluido el polimorfismo FcRlllb NA1/NA2.

V. G licofenotipos de FcYRIIIb NA1 y NA2

[0129] FcYRIIIb NA1 y NA2 muestran diferentes perfiles de glicosilación ligados a N en los residuos de aminoácidos N63 y N180 (figura 1), que se denominan N45 y N162 por convención en la literatura y, por lo tanto, se denominan como tales en la presente divulgación. FcYRIIIb NA2 se define por la presencia de un tipo alto de manosa en N45 y >biantenario en N162, mientras que FcYRIIIb NA1 se define por la ausencia de glicanos en N45 (a través de una mutación S47N) y glicanos más pequeños en N162. El patrón de glicosilación de FcYRIIIb NA2 también se denomina glicofenotipo de FcYRIIIb NA2, y el patrón de glicosilación de FcYRIIIb NA1 también se denomina glicofenotipo de FcYRIIIb NA1.

[0130] En la presente divulgación, se descubrió sorprendentemente que los diferentes glicofenotipos de FcYRIIIb están asociados con la capacidad de respuesta o la falta de respuesta a la terapia con anti-TNF. Por lo tanto, los procedimientos para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación incluyen determinar el glicofenotipo de FcyRllb en una muestra biológica de un sujeto. Si el glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 está presente en la muestra biológica, se administra al sujeto un agente modulador de la actividad de Fc u otro agente no anti-TNF para tratar la enfermedad. Si el glicofenotipo de FcYRIIIb NA2 está presente en la muestra biológica, se administra al sujeto un agente anti-TNFa. La divulgación también proporciona procedimientos para predecir la capacidad de respuesta de un sujeto a un tratamiento con anti-TNFa, en los que la presencia del glicofenotipo de FcYRIIIb NA1 en una muestra biológica de un sujeto es indicativa de que el sujeto puede no responder al tratamiento con anti-TNFa.

[0131] Los ejemplos y las figuras de la divulgación demuestran además la asociación entre los glicofenotipos de FcYRIIIb y la capacidad de respuesta de los sujetos que tienen artritis reumatoide a un tratamiento con anti-TNFa.

VI. Detección de Glicopéptidos

[0132] Los glicanos de polipéptidos pueden evaluarse utilizando cualquier procedimiento conocido en la técnica. Los parámetros de glicanos que pueden evaluarse incluyen, pero no se limitan a, detección de glucano unido a N, identificación y caracterización de glicanos, detección de glicoformas, porcentaje de glicosilación y/o aglucosilo. Un procedimiento para detectar y evaluar los glicanos es utilizar la clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) (ver, por ejemplo, Nagarajan et al 1995 J. Biol. Chem. 270:25762), inmunoprecipitación o movilidad diferencial en SDS-PAGE (ver, por ejemplo, Huizinga et al 1990 Blood 75:213). Por ejemplo, se puede usar un ensayo ELISA tipo sándwich para capturar FcRlllb de un lisado celular usando un anticuerpo anti-Fclllb, seguido de la detección con otro anticuerpo anti-CD16 (FcRIII) (por ejemplo, marcado con flúor o detectado con un anticuerpo secundario marcado). De manera alternativa, se podría emplear un ELISA de sandwich inverso, capturando el anticuerpo anti-CD16 que no interfiere y detectando un anticuerpo específico de FcRIIIb.

[0133] Los niveles de FcyRIIlb NA1 y NA2 también se pueden medir mediante un ELISA de microtitulación de lectina, tal como se describe en Srinivasan et al. 2015 (Journal of Biomolecular Screening Apr7 epub. PMID: 25851037). Este ELISA "personalizable" yuxtapone lecturas de múltiples lectinas, explotando la especificidad de diferentes interacciones lectina-glicano para obtener información cuantitativa sobre la glicosilación de proteínas usando lecturas yuxtapuestas de un par de lectinas, proporcionando así un enfoque fácil para unir proteínas de interés, en este caso el receptor de Fc, en placas de microtitulación, y glicofenotipar mediante una sola lectina o combinación de lectinas centrándose en los subconjuntos de glicoformas específicos. El formato de ELISA mencionado implica bloquear la presentación espacial de las lectinas de forma multimérica mediante la precomplejación de lectinas biotiniladas con neutravidina para superar la débil interacción lectina-glicano. El uso de neutravidina también impide el acoplamiento de las lectinas con los epítopos en el estado complejado, permitendo una señal no sesgada generada exclusivamente debido al reconocimiento de glicano en el analito de proteína.

[0134] En base a la literatura predominante sobre los epítopos estructurales reconocidos por las lectinas y sus especificidades de unión, se puede elegir un panel de lectinas. En un ejemplo, las lectinas lectina de Erythrina cristagalli (ECL), aglutinina de Ricinus communis (RCA), Canavalia ensiformis (ConA) y lectina de Galanthus navali (GNA) se usan para reconocer motivos de glicano. La aglutinina de Sambucus nigra (SNA) y la lectina de Maackia amurensis (MAL) pueden usarse para discriminar entre los enlaces glucosídicos 2,6 y 2,3, respectivamente. Los resultados de ELISA ECL/RCA cuando se yuxtaponen con las lecturas de ELISA SNA/MAL se pueden utilizar para informar de los niveles de sialilación biantenaria y triantenaria. Las lectinas de ConA y GNA pueden detectar y cuantificar la manosilación para poder distinguir entre NA1 y NA2 en función del alto contenido de manosa.

[0135] La inmunoprecipitación de FcYRIIIb del suero usando anticuerpos policlonales de cabra comerciales (disponibles comercialmente de R&D Biosystems) puede ir seguida del recubrimiento de la proteína en placas de microtitulación Maxisorp Nunc de 384 pocillos. Como alternativa, las placas recubiertas con Abs policlonales de cabra se pueden incubar primero con un tampón de bloqueo no específico, a continuación con plasma o lisados celulares para capturar el FcyRllb. Las placas recubiertas de proteína se lavan para eliminar la proteína no unida y se bloquean con PBSAT, albúmina de suero bovino (BSA) al 1 % y Tween-20 al 0,5 % en PBS. Las lectinas biotiniladas elegidas se precomplejan con neutravidina-HRP en hielo durante 20 min y se añaden 50 |jl del complejo lectina-neutravidina-HRP a cada pocillo; seguido de incubación a temperatura ambiente durante 2 horas. A continuación, las placas se lavan con PBSAT para eliminar las lectinas no unidas o débilmente unidas. Después de separar por lavado las lectinas no unidas, se visualiza la unión a la placa después de la adición de Amplex Red. Los valores de unidad de fluorescencia relativa (UFR) obtenidos también se pueden representar gráficamente frente a la concentración de lectina para comparar muestras con diferentes niveles de glicosilación.

[0136] Otros procedimientos que pueden usarse para evaluar estos parámetros de glicano se describen, por ejemplo, en Chen y Flynn, J. Am. Soc. Mass Spectrom., 20:1821-1833, 2009; Dick et al. Biotecnol. Bioeng., 100:1132-1143, 2008; Goetze et al. Glycobiol., 21:949-959, 2011; y Xie et al. mAbs, 2:379-394, 2010. Por ejemplo, la sialilación de composiciones de glicanos (por ejemplo, el nivel de glicanos ramificados que están sialilados en un brazo a1,3 y/o un brazo a1,6) se puede caracterizar mediante cromatografía de intercambio de aniones, que se describe, por ejemplo, en Ahn et al. J. cromo. 878:403-408, 2010.

[0137] En algunos casos, la estructura y la composición de los glicanos, tal como se describen en el presente documento, se analizan, por ejemplo, mediante uno o más procedimientos enzimáticos, cromatográficos, de espectrometría de masas (MS), cromatográficos seguidos de MS, procedimientos electroforéticos, procedimientos electroforéticos seguidos de MS, procedimientos de resonancia magnética nuclear (RMN), y combinaciones de los mismos. Entre los ejemplos de procedimientos enzimáticos se incluyen poner en contacto una preparación polipeptídica con una o más enzimas en condiciones y durante un tiempo suficiente para liberar uno o más glicanos (por ejemplo, uno o más glicanos expuestos). En algunos casos, las enzimas incluyen PNGasa F. Entre los ejemplos de procedimientos cromatográficos se incluyen, pero no se limitan a, cromatografía de intercambio aniónico fuerte usando detección amperométrica pulsada (SAX-PAD), cromatografía líquida (LC), cromatografía líquida de alto rendimiento (HPLC), cromatografía líquida de ultra rendimiento (UPLC), cromatografía en capa fina (TLC), cromatografía en columna de amida y combinaciones de los mismos. Las técnicas de ejemplo de espectrometría de masas (MS) incluyen, pero sin limitación, MS en tándem, LC-MS, LC-MS/MS, espectrometría de masas de ionización y desorción por láser asistida por matriz (MALDI-MS), espectrometría de masas por transformada de Fourier (FTMS), separación por movilidad de iones con espectrometría de masas (IMS-MS), disociación por transferencia de electrones (ETD-MS) y combinaciones de los mismos. Entre los ejemplos de procedimientos electroforéticos se incluyen, pero sin limitación, electroforesis capilar (CE), CE-MS, electroforesis en gel, electroforesis en gel de agarosa, electroforesis en gel de acrilamida, electroforesis en gel de poliacrilamida-SDS (SDS-PAGE) seguida de transferencia Western utilizando anticuerpos que reconocen estructuras específicas de glicanos y combinaciones de los mismos. Entre los ejemplos de resonancia magnética nuclear (RMN) se incluyen, pero sin limitación, RMN unidimensional (1D-RMN), RMN bidimensional (2D-RMN), espectroscopia de correlación de RMN de giro al ángulo magnético (COSY-RMN), RMN de espectroscopía correlacionada total (TOCSY-RMN), RMN de coherencia heteronuclear de un único quantum (HSQC-RMN), coherencia heteronuclear de múltiples quantums (HMQC-RMN), RMN de espectroscopia de efecto overhauser nuclear rotacional (ROESY-RMN), espectroscopia de efecto overhauser nuclear (NOESY-RMN) y combinaciones de los mismos.

VIII. Composiciones y preparaciones farmacéuticas

[0138] Las composiciones farmacéuticas utilizadas en los procedimientos de la divulgación pueden incluir un agente modulador de la actividad de Fc, un agente anti-TNFa (por ejemplo, adalimumab, infliximab, etanercept, certolizumab pegol o golimumab), una terapia biológica que no es un agente anti-TNFa (por ejemplo, abatacept, tocilizumab o rituximab) y/o un DMARD (por ejemplo, metotrexato, prednisona, hidroxicloroquina, leflunomida, azatioprina, ciclosporina, tofacitinib, cuprimina, auranofina o minociclina). Dependiendo de los genotipos de los genes que codifican FcyRMib, FcYRNa,FcyRllc y/o el glicofenotipo de FcYRIIIb identificados en una muestra biológica de un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación, al sujeto se le puede administrar un agente modulador de la actividad de Fc apropiado. En algunos casos, al sujeto se le puede administrar un agente anti-TNFa. En ciertos casos, al sujeto se le puede administrar un agente anti-TNFa en combinación con un agente modulador de la actividad de Fc. En algunos casos, al sujeto se le puede administrar una terapia biológica que no es un agente anti-TNFa (por ejemplo, abatacept, tocilizumab y rituximab) en combinación con un agente modulador de la actividad de Fc. En algunos casos, al sujeto se le puede administrar un DMARD (por ejemplo, metotrexato, prednisona) en combinación con un agente modulador de la actividad de Fc y/o un agente anti-TNFa.

[0139] Además, las composiciones farmacéuticas pueden contener uno o más portadores o excipientes farmacéuticamente aceptables, que pueden formularse mediante procedimientos conocidos por los expertos en la técnica. Los portadores y excipientes aceptables en las composiciones farmacéuticas no son tóxicos para los receptores en las dosis y concentraciones empleadas. Los portadores y excipientes aceptables pueden incluir tampones, antioxidantes, conservantes, polímeros, aminoácidos y carbohidratos. Las composiciones farmacéuticas de la divulgación se pueden administrar por vía parenteral en forma de una formulación inyectable. Las composiciones farmacéuticas para inyección (es decir, inyección intravenosa) se pueden formular usando una solución estéril o cualquier líquido farmacéuticamente aceptable como vehículo.

VIII. Vías, dosificación y administración

[0140] Las composiciones farmacéuticas utilizadas en los procedimientos de la divulgación pueden formularse para administración intravenosa, administración parenteral, administración subcutánea, administración intramuscular, administración intraarterial, administración intratecal o administración intraperitoneal. La composición farmacéutica también puede formularse o administrarse mediante administración oral, nasal, en pulverizador, en aerosol, rectal o vaginal. Para formulaciones inyectables, se conocen en la técnica diversos portadores farmacéuticos eficaces.

[0141] La dosificación de las composiciones farmacéuticas de la divulgación depende de factores que incluyen la vía de administración, la enfermedad a tratar y las características físicas, por ejemplo, edad, peso, salud general del sujeto. Normalmente, la cantidad de un ingrediente activo contenido en una sola dosis puede ser una cantidad que prevenga, retrase o trate eficazmente la enfermedad sin inducir una toxicidad significativa. El médico puede adaptar la dosificación de acuerdo con factores convencionales, tales como la extensión de la enfermedad y diferentes parámetros del sujeto.

[0142] Las composiciones farmacéuticas se administran de una manera compatible con la formulación de dosificación y en una cantidad tal que sea terapéuticamente eficaz para dar como resultado una mejora o remediación de los síntomas. Las composiciones farmacéuticas se administran en una variedad de formas de dosificación, por ejemplo, formas de dosificación intravenosa, formas de dosificación subcutánea y formas de dosificación oral (por ejemplo, soluciones ingeribles, cápsulas de liberación de fármacos). Generalmente, las proteínas terapéuticas (por ejemplo, un agente modulador de la actividad de Fc) se dosifican a 1-100 mg/kg, por ejemplo, 1-50 mg/kg. Las composiciones farmacéuticas utilizadas en los procedimientos de la divulgación pueden administrarse a un sujeto que lo necesite, por ejemplo, una o más veces (por ejemplo, 1-10 veces o más) de manera diaria, semanal, mensual, semestral, anual o según sea médicamente necesario. Las dosificaciones se pueden proporcionar en regímenes de dosificación única o múltiple. El tiempo entre administraciones puede disminuir a medida que mejora la afección médica o aumentar si disminuye la salud del paciente.

IX. Indicaciones

[0143] Los procedimientos de la divulgación descritos en el presente documento se usan para tratar a un sujeto que tiene una enfermedad autoinmune y/o inflamación. En algunas realizaciones, una enfermedad autoinmune es una enfermedad mediada por TNF-a, que se refiere a una enfermedad o trastorno que implica la citocina TNF-a. Las enfermedades mediadas por TNF-a incluyen, pero sin limitación, artritis reumatoide (RA), RA juvenil, RA juvenil de curso poliarticular, artritis idiopática juvenil, psoriasis, artritis psoriásica, enfermedad de Crohn, colitis ulcerosa, espondilitis anquilosante, psoriasis en placas, múltiples esclerosis, lupus eritematoso sistémico, miastenia grave, diabetes de aparición juvenil, glomerulonefritis, tiroiditis autoinmune, enfermedad de Behcet, rechazo de injertos, enfermedad de injerto contra huésped, enfermedad de Kawasaki, sarcoidosis, pioderma gangrenoso, depresión, asma bronquial, diabetes mellitus, neoplasias malignas, shock séptico, dermatitis ampollosa, dermatitis neutrofílica, necrólisis epidérmica tóxica, vasculitis sistémica, pioderma gangrenoso, dermatitis pustulosa, hepatitis alcohólica, paludismo cerebral, síndrome urémico hemolítico, preeclampsia, rechazo de aloinjertos, uveítis, otitis media, mordedura de serpiente, eritema nodoso, síndromes mielodisplásicos, dermatomiositis, polimiositis, síndrome inflamatorio de reconstitución inmunitaria de pacientes con SIDA, esclerosis sistémica, enfermedad relacionada con IgG4 y alopecia areata. En algunas realizaciones de cualquiera de los procedimientos descritos de la divulgación, la inflamación es miocarditis.

EJEMPLOS

Ejemplo 1 - Diseño del estudio

[0144] Sesenta sujetos fueron seleccionados del ensayo clínico CERTAIN para el análisis del polimorfismo del receptor de Fcy IIIb (FcYRIIIb), Ila (FcYRIIa) e Ilc (FcyRIIc). Este estudio reclutó a pacientes con artritis reumatoide (RA) de múltiples centros clínicos académicos y comunitarios en América del Norte. Aproximadamente la mitad de los sujetos del estudio respondieron y la mitad no respondieron a un tratamiento con anti-TNFa según los criterios de la Liga Europea contra el Reumatismo (EULAR) y el Colegio Americano de Reumatología (ACR) tres meses después del tratamiento. El tratamiento con anti-TNFa incluye adalimumab metotrexato (MTX) o infliximab MTX. Solo se seleccionaron sujetos sin otros DMARD (aparte de MTX) o con dosis bajas de prednisona estables. Los respondedores y los no respondedores estaban bien emparejados por características demográficas y clínicas. Los que no respondieron también fueron preseleccionados para los niveles de fármaco en plasma tres meses después del tratamiento con anti-TNFa para asegurar que los sujetos seleccionados para este estudio mantuvieran una exposición adecuada al tratamiento con anti-TNFa. Por lo tanto, la falta de respuesta de los no respondedores a los tres meses no se debió a una mala exposición al fármaco, un cumplimiento deficiente o anticuerpos antifármaco. La Tabla 1 a continuación resume los números y tratamientos de los respondedores y no respondedores en el estudio.

Tabla 1. Diseño del estudio

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Ejemplo 2 - Procedimientos de análisis de polimorfismo y g licofenotipo de FcYRIIIb y FcYRIIa

[0145] Las muestras de plasma de cada sujeto se sometieron a proteómica dirigida y análisis de glicopéptidos. Se aplicó el análisis de expresión génica mediante secuenciación de próxima generación (NGS) al ARN de sangre completa. El análisis de glicopéptidos se centró en las formas solubles circulantes de FcYRIIIb y FcYRIIa, que se desprenden de la superficie celular de los neutrófilos y los neutrófilos/monocitos, respectivamente.

[0146] Los N-glicopéptidos y los cambios de aminoácidos se cuantificaron después de la inmunoprecipitación de FcYRIIIb y FcYRIIa del suero usando anticuerpos policlonales de cabra comerciales contra estas proteínas (anti-FcyRII R&D Systems BAF1330, anti-FcvRMI R&D Systems BAF1597). Después de la inmunoprecipitación, las proteínas se digirieron con quimotripsina o GluC, seguido de quimotripsina (GluC/quimotripsina) para generar péptidos y glicopéptidos. La digestión enzimática específica utilizada se adaptó para el análisis de diferentes atributos. La N-glicosilación en N162 de FcYRIIIb se caracterizó a partir de la digestión con GluC/quimotripsina, mientras que la N-glicosilación en N45 de FcYRIIIb y las variantes polimórficas se caracterizaron a partir de la digestión con quimotripsina. La mezcla de péptidos se analizó mediante nLC-MS/MS dirigida en un espectrómetro de masas Thermo QExactive. La anchura de aislamiento del cuadrupolo para la masa mostrada en las tablas 2-4 se fijaron a ± 1,5 Da.

T l 2. M iv r l r riz i n l N- li il i n n N1 2 F RIII

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[0147] En las Tablas 2 y 3, Ax indica el número de ácidos siálicos terminales (en el núcleo de trimanosilo; A2 indica disialilado; F fucosa ligada en la antena; Gx indica el número (x) de galasosa ligada en b1-4 en la antena; HM indica alto contenido de manosa y HMx indica el número (x) de manosa en las GlcNAc centrales. En la Tabla 2, Ax se refiere al número de ácidos siálicos terminales (es decir, A2 tiene dos ácidos siálicos terminales), a2-x se refiere al enlace de ácido siálico, F se refiere a la fucosa central (es decir, en el núcleo de la quitobiosa), Fuc se refiere a la fucosa antenaria que se sabía que se clasificaba además como Lex/a o sLex/a para diferenciar estructuras con Fucosa en la antena sialilada de estructuras con Fucosa en la antena no sialilada, las estructuras con LacNAc son especies con más de 2 antenas, -LacNAc se refiere a estructuras con menos de 2 antenas. Gx se refiere a estructuras no sialiladas. En la tabla 3, HMx se refiere al número de residuos de manosa en el núcleo de GlcNAc, la numeración de las especies híbridas es la siguiente (HexNAc, Hexosa, Fucosa, NeuAc, NeuGc) y, como en la tabla 2, a2-x se refiere al enlace del ácido siálico.

T l 4. M iv r l r riz i n v ri n lim rfi n i r F RII F RIII

[0148] Las posiciones de aminoácidos 45, 47, 61, 65 y 89 en la Tabla 4 corresponden a las posiciones de aminoácidos 63, 65, 78, 82 y 106 en la figura 1, respectivamente.

[0149] Las variantes de secuencia en FcyRIIIb a nivel de proteína, se detectaron y cuantificaron usando proteómica dirigida. Específicamente, las variantes R36 y S36 asociadas con los haplotipos FcyRIIIb NA1 y NA2, respectivamente, fueron controladas mediante este procedimiento. En la Tabla 5 se proporciona una lista de péptidos controlados por proteómica dirigida. También se controlaron los péptidos no variantes de FcyRIIIa y FcyRIIIb. Las muestras de plasma estaban agotadas en las 14 proteínas más abundantes y se digirieron con tripsina. La proteómica dirigida se realizó en las digestiones usando un espectrómetro de masas Orbitrap-Velos que operaba en modo de monitoreo de reacción pseudo-múltiple (MRM). Cada ion precursor de péptido se aisló utilizando una ventana de aislamiento de 3 Th. Se obtuvieron cromatogramas de iones extraídos para 5-6 iones de producto para todos los precursores. El área sumada de estos iones producto se usó para proporcionar una estimación cuantitativa relativa de cada péptido. Las áreas se normalizaron a una proteína de mantenimiento, el factor H del complemento (CFH), que se había determinado previamente que tenía una variabilidad mínima entre las muestras de plasma.

Ejemplo 3 - Resultados del análisis de polimorfismo y glicofenotipo de FcYRIIIb y FcYRIIa

[0150] Usando los procedimientos analíticos descritos en el Ejemplo 2, pudimos identificar todos los sitios de variación alélica en estos dos receptores de Fcy, así como la glicosilación en N45 y N162 de FcyRIIIb. FcyRIIIb tiene dos variantes polimórficas denominadas NA1 y NA2, que difieren en cuatro posiciones de aminoácidos: NA1 (R36 N65D82V106) y NA2 (S36 S65 Ns21106) (figura 1). Encontramos que el perfil de glicosilación en N63 y N180 en FcyRIIIb difería en las variantes NA1 y NA2 tanto en FcyRIII soluble (sFcyRIII) aislado del plasma del paciente como en FcyRIIIb soluble (sFcyRIIIb) de neutrófilos de donantes sanos (figura 3). Estos glicanos, que se encuentran en las posiciones N63 y N180 numeradas en el alineamiento de secuencias que se muestra en la figura 1, se denominan N45 y N162 por convención en la literatura y, por lo tanto, se denominan como tales en la presente divulgación.

Ejemplo 4 - G licosilación específica de haplotipo

[0151] Los glicofenotipos de FcyRIIIb NA2 y NA1 en N45 y N162 son específicos de haplotipo. La figura 2 muestra la glicosilación específica de haplotipo en N45 y N162 de FcyRIIIb NA2 y NA1 en modelos moleculares. Para FcyRIIIb NA2, N162 parece estar sialilado triantenariamente y N45 parece estar glicosilado con alto contenido de manosa. Este perfil de glicosilación de FcyRIIIb NA2 también se denomina glicofenotipo de FcyRIIIb NA2. Para FcyRIIIb NA1, N162 parece estar sialilado biantenariamente y N45 parece estar aglicosilado. Este perfil de glicosilación de FcyRIIIb NA1 también se denomina glicofenotipo de FcyRIIIb NA1. La figura 3 muestra además la influencia del haplotipo en la glicosilación de N162. La figura 3 (izquierda) muestra que los respondedores al tratamiento con agente anti-TNFa MTX tienen una mayor abundancia relativa de N-glicanos altamente ramificados (> biantenario (es decir, triantenario)) en N162 que los no respondedores. Además, los sujetos con RA que son homocigotos de FcyRIIIb NA2 (NA2/NA2) parecían tener una mayor abundancia relativa de N-glicanos altamente ramificados (> biantenario (es decir, triantenario)) en N162 que los sujetos que son homocigotos de NA1 (NA1/NA1) (figura 3 (centro)). La abundancia relativa de N162 glicosilado también difirió entre FcyRIIIb NA1 y NA2 de neutrófilos de donantes sanos. La glicosilación en N162 de FcYRIIIb aislado de los neutrófilos de donantes sanos muestra la misma asociación entre la glicosilación de N162 y los haplotipos. Además, los donantes sanos que son heterocigotos de FcYRIIIb (NA1/NA2) mostraron una abundancia relativa intermedia de N-glicanos altamente ramificados (> biantenario (es decir, triantenario)) en N162 en comparación con los donantes sanos que son NA1/NA1 y NA2/NA2 (figura 3 (derecha)). Estos resultados apuntan a un efecto del haplotipo de FcYRIIIb sobre la glicosilación. Este efecto puede ser importante en la afinidad o cinética de la interacción entre anticuerpos y receptores de Fcy.

Ejemplo 5 - Asociación entre la capacidad de respuesta al tratamiento, el genotipo de FcYRIIIb y el g licofenotipo de FcYRIIIb

[0152] Nuestros resultados mostraron que las secuencias de glicosilación y proteína de FcYRIIIb NA2 y NA1 no cambiaron entre el inicio y tres meses después del tratamiento con agente anti-TNFa MTX, lo que sugiere que el tratamiento con agente anti-TNFa MTX o la variación en la puntuación de la enfermedad no alteró el fenotipo glicoproteico de estos receptores. Sin embargo, observamos una fuerte asociación entre la respuesta al tratamiento con agente anti-TNFa MTX a los tres meses, el genotipo de FcYRIIIb y el glicofenotipo de FcYRIIIb (tabla 6A y figura 4). La Tabla 6A muestra el número de respondedores y no respondedores por su glicofenotipo de FcYRIIIb y el fuerte sesgo estadísticamente significativo hacia una buena respuesta en sujetos homocigotos de FcYRIIIb NA2/NA2 y falta de respuesta en sujetos homocigotos de FcYRIIIb NA1/NA1. Este hallazgo también se ilustra en la figura 4, que muestra que el cambio en la gravedad de la enfermedad (que se mide por el cambio en la puntuación de actividad de la enfermedad de 28 articulaciones utilizando el valor de proteína C reactiva (puntuación de DAS28 CRP)) después del tratamiento con agente anti-TNFa MTX en sujetos que son homocigotos de FcYRIIIb NA1 (NA1/NAl) o NA2 (NA2/NA2). La mayoría de los sujetos homocigotos de NA2/NA2 parecían tener una buena respuesta al tratamiento con agente anti-TNFa MTX, como lo demuestra la puntuación negativa de DAS38 CRP8.

Tabla 6A

[0153] Después del estudio inicial, ampliamos aún más el número total de sujetos con artritis reumatoide (RA) analizados por nuestra metodología hasta un total de aproximadamente 145. En base a los resultados de este análisis, obtuvimos los datos que se muestran en la Tabla 6B a continuación:

Tabla 6B

Estos resultados amplían nuestro número de sujetos de RA NA1/NA1 del estudio inicial descrito en el Ejemplo 1. Continuamos observando que un mayor número de sujetos NA1/NA1 tienden a no responder al tratamiento con agente anti-TNFa MTX (FIG. 8). (Nota: estos resultados también incluyen sujetos con niveles bajos de fármaco).

Ejemplo 6 - Glicofenotipos en sujetos heterocigotos NA1/NA2

[0154] Como era de esperar por la frecuencia de los haplotipos NA1 y NA2 en la población general, los heterocigotos de NA1/NA2 son el subgrupo más numeroso. Los no respondedores y los respondedores están igualmente representados en estos heterocigotos. Sin embargo, la figura 5 muestra que la expresión relativa de glicopéptidos en este grupo está sesgada hacia los glicofenotipos similares a NA1 o NA2 dependiendo de la respuesta del sujeto individual tres meses después del tratamiento con agente anti-TNFa MTX. En la figura 5, el aumento de la aglicosilación en N45 en los no respondedores heterocigotos de NA1/NA2 indica que la glicosilación en N45 en estos sujetos es más similar al glicofenotipo de NA1 (véase la figura 2). De manera similar, la aglicosilación en N45 en respondedores heterocigotos de NA1/NA2 indica que la glicosilación en N45 en estos sujetos es más similar al glicofenotipo de NA2. Por tanto, tal como se muestra en la figura 5, aunque los heterocigotos de NA1/NA2 comparten ambas variantes polimórficas, los glicofenotipos de su FcyRIIIb circulante parecen más similares a NA1 o NA2 dependiendo de su estado de respuesta al tratamiento.

Ejemplo 7 - Asociación entre la capacidad de respuesta al tratamiento, el genotipo FcYRIIIb y el polimorfismo de FcYRIIa H/R131

[0155] Aunque el genotipo de FcYRIIIb mostró una asociación significativa con el estado de respuesta al tratamiento con agente anti-TNFa MTX, encontramos una asociación aún más fuerte cuando el polimorfismo de FcYRIIa H/R131 se consideró en combinación con el polimorfismo de FcYRIIIb NA1/NA2 (FIG. 6). La combinación de FcYRIIIb NA1 homocigoto (NA1/NA1) y FcYRIIa H131 homocigoto (HH) se asoció significativamente con la falta de respuesta. La combinación de los haplotipos mixtos FcYRIIIb NA1/NA2 (NA1/NA2) y FcYRIIa R/H131 (H/R) mostró una distribución intermedia de respondedores y no respondedores.

[0156] Además, incluimos sujetos adicionales para el análisis. La combinación de FcYRIIIb NA1 homocigoto (NA1/NA1) y FcYRIIa H131 homocigoto (H/H) continúa mostrando una tendencia hacia la falta de respuesta (Figura 9). Sin embargo, la combinación de FcYRIIIb NA2 homocigoto (NA2/NA2) y FcYRIIa R131 homocigoto (R/R) no muestra una fuerte asociación con una buena respuesta al tratamiento con agente anti-TNFa MTX (Figura 9).

Ejemplo 8 - Asociación entre la capacidad de respuesta al tratam iento y el genotipo de FcyRIIc

[0157] Se aplicó el análisis de expresión génica mediante secuenciación de próxima generación (NGS) al ARN de sangre completa de cada sujeto. El ARN total se aisló de muestras de sangre completa almacenadas en tubos PaxGene utilizando el kit PAXgene Blood miRNA. Se realizó un control de calidad utilizando el kit Bioanalyzer RNA en las muestras para determinar la concentración de ARN total y el número de integridad de ARN (RIN). La concentración de ARN total para todas las muestras se normalizó y se envió al laboratorio central de tecnología del genoma del Instituto Whitehead. Se generó una biblioteca para cada muestra con el kit de preparación de bibliotecas de ARNm de cadena TruSeq. Se realizó un control de calidad utilizando el Bioanalizer en la biblioteca para determinar la longitud y la uniformidad de los fragmentos. Esto fue seguido por la cuantificación por qPCR. Once muestras con puntuaciones de RIN bajas y/o propiedades de biblioteca deficientes se excluyen del análisis adicional. La secuenciación de las muestras se realizó en el sistema Illumima HiSeq 2500 generando longitudes de lectura de 40 bases de entre 15 y 110 millones de lecturas de 40 bases por muestra. Se realizaron cinco ejecuciones para secuenciar todas las muestras. Este sistema genera dos archivos FASTQ para cada muestra, uno para la lectura de extremos apareados directos y otro para la lectura de extremos apareados inversos de la versión 1.4 del proyecto Illumina solexa, donde se registran las llamadas base y las puntuaciones de calidad de secuenciación por lectura base. Se generan informes de control de calidad posteriores a las ejecuciones para monitorear los parámetros generales de la ejecución de secuenciación.

[0158] Los archivos FASTQ se alinearon con la construcción humana de referencia GRCh37.p13 y se anotaron con los genes USCS utilizando el procedimiento Two-Pass con el algoritmo de alineación de secuencias STAR. El algoritmo de alineación de secuencias STAR genera un único archivo de mapa de alineación de secuencias binarias (BAM) que contiene una divulgación binaria de las lecturas alineadas. La calidad de las alineaciones se probó con la herramienta RNA-SeQC del Broad Institute. Los niveles de expresión génica se obtuvieron a partir de los recuentos de las lecturas extraídas para cada archivo BAM de muestra utilizando el algoritmo featureCounts. Los datos SNP se extrajeron de los archivos BAM para cada gen anotado y posición cromosómica utilizando samtools y algoritmos VarScan que cuentan el número de lecturas de la base de referencia y la base variante y generan un valor p para la asignación de referencia homocigótica, variante homocigótica o heterocigótica a cada muestra.

[0159] Uno de los genotipos identificados en el análisis es FCGR2C Chr1:161569198 (registrado en el NCBI dbSNP como ID rs61801826). Este SNP (denominado en el presente documento como variante rs61801826 de FcyRIIc) tras un análisis posterior mostró asociación con la respuesta al tratamiento con anti-TNFa. La Tabla 7 muestra el número de respondedores y no respondedores por su genotipo de FcyRIIc y el fuerte sesgo estadísticamente significativo hacia una buena respuesta en sujetos de referencia homocigotos de FcyRIIc y la falta de respuesta en sujetos con variante homocigótica de FcyRIIc (véase también la figura 7).

Tabla 7

Ejemplo 9 - SNPS de FcR asociados con capacidad de respuesta o falta de respuesta al tratam iento con anti-TNFa

[0160] La Tabla 8 contiene una lista de SNP de FcyR adicionales que muestran asociación con la capacidad de respuesta o falta de respuesta al tratamiento con anti-TNFa y el genotipo del paciente. La tabla tiene el nombre del gen, el número de cromosoma, la posición del cromosoma y el dbSNP rs id para identificar adicionalmente el SNP. La posición del cromosoma se basa en la construcción del genoma humano de referencia GRCh37.p13. Además, las columnas "Predictor de referencia de homocigotos", "Predictor de variantes de homocigotos" y "Predictor de heterocigotos" identifican para ese genotipo si es un predictor de respuesta o no respuesta. Cualquiera de los procedimientos descritos en este documento también se puede utilizar con los SNP y la respuesta asociada indicada en la Tabla 8.

Tabla 8

Claims (1)

REIVINDICACIONES

1. Procedimiento para predecir la capacidad de respuesta de un paciente a un tratamiento con anti-TNFa, comprendiendo dicho procedimiento:

(a) identificar a un paciente que tiene inflamación o una enfermedad autoinmune;

(b) determinar la presencia del FcyRIIc en una muestra biológica de dicho paciente, y

(c) seleccionar al paciente para tratamiento con un agente anti-TNFa si el paciente carece de la variante rs61801826 de FcyRIIc.