ES2909150T3 - Composiciones y colecciones que comprenden receptores de células T recombinantes y procedimientos de uso de receptores de células t recombinantes - Google Patents
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Abstract
Un polinucleótido recombinante que codifica una cadena alfa y una cadena beta de un receptor de células T (TCR) 19305DP, donde la cadena alfa comprende la secuencia SEQ ID NO:1 y la cadena beta comprende la secuencia SEQ ID NO:2.
Description
DESCRIPCIÓN
Composiciones y colecciones que comprenden receptores de células T recombinantes y procedimientos de uso de receptores de células t recombinantes
CAMPO
La presente divulgación se refiere en general a la inmunoterapia y, más específicamente, a los receptores de células T recombinantes que pueden conferir capacidad de reconocimiento tumoral directo a las células T.
ANTECEDENTES
Las células T específicas de antígeno tumoral reconocen y destruyen las células cancerosas mediante el uso de un complejo de cadena alfa y beta de receptor de células T (TCR) único que es específico contra el complejo antígeno tumoral/HLA. La secuencia de TCR de alfa/beta extremadamente diversa por sí sola determina la especificidad del péptido, la restricción de HLA y la fuerza del reconocimiento. La genomanipulación de células T periféricas policlonalmente expandidas con TCR específico de antígeno tumoral genera un gran número de células T específicas de antígeno tumoral que se pueden usar en la terapia de células T adoptivas de pacientes con cáncer que usan células T autólogas genomanipuladas. Actualmente, solo unos pocos productos génicos de TCR terapéuticos se han probado en ensayos clínicos, lo que restringe significativamente la aplicabilidad de esta poderosa estrategia terapéutica a pacientes limitados por sus tipos de HLA, así como por la expresión de antígeno en las células cancerosas. Por tanto, existe una necesidad continua e insatisfecha de composiciones y procedimientos mejorados para su uso en la inmunoterapia adoptiva que implica TCR recombinantes. La presente solicitud satisface esta necesidad.
A.S. CHERVIN et al se refiere al diseño de colecciones de receptores de células T con diversas propiedades de unión para examinar las respuestas de células T adoptivas (GENE THERAPY, vol. 20, N.° 6, páginas 634-644. P. F. ROBBINS et al se refiere a un ensayo piloto que usa linfocitos genomanipulados con un receptor de células T reactivo con NY-ESO-1: seguimiento a largo plazo y correlaciones con la respuesta (CLlNlCAL CANCER RESEARCH, vol. 21, N.° 5, páginas 1019-1027).
AARON P RAPOPORT et al se refiere a la combinación de inmunoterapia con células T CAR+ específicas de NY-ESO-1 con vacuna de células T que mejora el efecto antimieloma (NATURE MEDICINE, vol. 128, N.° 22, página 3366).
BREVE RESUMEN
La presente divulgación comprende una célula T humana modificada que comprende un polinucleótido recombinante que codifica una cadena alfa y una cadena beta de un TCR, donde el TCR es uno de los TCR denominados en el presente documento AL, KQ, PP, 19305CD8, BB, KB , ST, JD, 19305DP, PB-P, PB-T o PB 13.2, como se describe más adelante. La divulgación también comprende un procedimiento para la profilaxis y/o terapia de un individuo diagnosticado con, sospechoso de KB, tener o en riesgo de desarrollo o recurrencia de un cáncer, donde el cáncer comprende células cancerosas que expresan NY-ESO-1 y/o su antígeno LAGE-1 altamente homólogo, comprendiendo el procedimiento administrar al individuo células T humanas modificadas que expresan un TCR recombinante de esta divulgación.
La divulgación comprende un vector de expresión que codifica un TCR, donde el TCR comprende una cadena alfa y una cadena beta que tienen la secuencia de 19305DP AL, KQ, PP, 19305CD8, BB, KB, ST, JD, PB-P, PB-T, o PB13.2 como se describe más adelante.
La divulgación comprende una colección que comprende una pluralidad de vectores de expresión, donde los vectores de expresión codifican al menos una cadena alfa y una cadena beta o una combinación de las mismas seleccionadas del grupo de cadenas alfa y beta de TCR descritas en el presente documento para TCR 19305DP, AL, KQ, PP, 19305CD8, BB, KB, ST, JD, PB-P, PB-T o PB13.2 como se describe más adelante. En un ejemplo, la colección puede comprender además al menos un vector de expresión que codifica la cadena alfa y la cadena beta para los TCR JM, 5B8, SB95 que también se describen más adelante.
La divulgación comprende un procedimiento que comprende seleccionar un vector de expresión de una colección de esta divulgación, donde la selección se basa, al menos en parte, en el tipo de HLA de un individuo con diagnóstico o sospecha de tener un cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, y distribuir el vector de expresión seleccionado a una parte para uso en la introducción del vector de expresión en las células inmunitarias del individuo diagnosticado. La divulgación comprende un procedimiento que comprende seleccionar un vector de expresión de una colección de
vectores de expresión de esta divulgación e introducir el vector de expresión en células inmunitarias obtenidas de un individuo con diagnóstico de un cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, donde el tipo de HLA del TCR codificado por el vector de expresión coincide con el tipo de HLA del individuo, comprendiendo opcionalmente el procedimiento introducir las células inmunitarias que comprenden el vector de expresión en un individuo que lo necesite.
La divulgación comprende un procedimiento que comprende probar una muestra de un individuo para determinar si el individuo tiene o no un cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, y posteriormente a la determinación de que el individuo tiene el cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, seleccionar un vector de expresión de una colección de esta divulgación basándose al menos en parte en el tipo de HLA del individuo, e introducir el vector de expresión en las células inmunitarias del individuo, comprendiendo opcionalmente el procedimiento además introducir las células inmunitarias que comprenden la expresión vector en el individuo.
La divulgación comprende procedimientos informatizados para seleccionar y/o recuperar un TCR de una colección de esta divulgación para su uso en una inmunoterapia. La divulgación puede incluir una base de datos que comprende secuencias de nucleótidos y/o aminoácidos de los TCR u otros distintivos de los TCR. La divulgación puede incluir un sistema que comprenda un procesador programado para hacer coincidir un TCR de una colección de esta divulgación con el tipo de HLA de una muestra.
En un primer aspecto, se proporciona un polinucleótido recombinante que codifica una cadena alfa y una cadena beta de un receptor de células T (TCR) 19305DP como se establece en las reivindicaciones.
En un segundo aspecto, se proporcionan células T humanas modificadas que comprenden un vector de expresión, donde el polinucleótido recombinante del primer aspecto está presente en un vector de expresión para su uso en un procedimiento de profilaxis y/o terapia de un individuo diagnosticado con, sospechoso de tener o en riesgo de desarrollo o recurrencia de un cáncer, donde el cáncer comprende células cancerosas que expresan antígeno NY-ESO-1/LAGE-1, caracterizado por administrar al individuo las células T humanas modificadas que comprenden el vector de expresión.
En un tercer aspecto, se proporciona una colección que comprende una pluralidad de polinucleótidos recombinantes que codifican las cadenas alfa y la cadena beta de los receptores de células T (TCR) del primer aspecto.
En un cuarto aspecto, se proporciona un procedimiento que comprende probar una muestra de un individuo para determinar si el individuo tiene o no un cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, y posteriormente a la determinación de que el individuo tiene el cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, seleccionar un vector de expresión de una colección del tercer aspecto basándose al menos en parte en el tipo de HLA del individuo, y opcionalmente introducir el vector de expresión en células obtenidas del individuo. Algunas realizaciones preferidas se describen en las reivindicaciones dependientes.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS
Las Figuras 1A-1D proporcionan representaciones gráficas de vectores de esta divulgación. Figura 1A. Para la transducción de células T, los vectores derivados del virus de células madre murinas (MSCV) se han usado ampliamente debido a la fuerte actividad promotora de las repeticiones terminales largas (LTR) de MSCV y la estabilidad in vivo de la expresión transgénica en células hematopoyéticas. Como 3'-LTR se copia en 5'-LTR durante la integración en las células hospedadoras (células T) y es responsable de la transcripción de los transgenes, la 3'-LTR en los plásmidos es importante en la expresión. Por otro lado, la 5'-LTR es responsable de la transcripción para la producción de virus. En la Figura 1A se muestra una representación esquemática de los vectores clásicos derivados de MSCV (pMIG-II y pMIG-w). Ambos vectores tienen LTR derivada de MSCV en los sitios 5' y 3', señal de empaquetamiento (y ) y sitios de clonación múltiple (MCS). Se clona un transgén en el sitio de clonación múltiple (MCS), que es seguido por el sitio interno de entrada al ribosoma (IRES) y el gen de la proteína fluorescente verde (g Fp ) para detectar eficientemente las células transducidas. El vector pMIG-w tiene un elemento regulador postranscripcional (WRE) adicional del virus de la hepatitis de la marmota, que potencia la expresión del transgén. Se pueden introducir modificaciones adicionales, tales como las que se encuentran en el vector retrovírico comercial, pDON-5 (Clontech). pDON-5, que deriva de un vector del virus de la leucemia murina (MLV), y reemplaza la 5'-LTR por la LTR de CMV/mLv híbrida para potenciar la producción de virus a través de una fuerte actividad promotora de CMV en líneas celulares de empaquetamiento de virus. Además, se puede introducir un intrón parcial del gen del factor de elongación 1a humano para proporcionar un sitio aceptor de corte y empalme (SA), que junto con un sitio donante de corte y empalme (SD) endógeno induce el corte y empalme y potencia la transcripción.
Figura 1B. Para crear un vector retrovírico que pueda producir retrovirus de título alto que induzcan expresión transgénica de alto nivel (de TCR) en células T, se amplifica un fragmento de ADN de 5'-LTR al intrón que contiene un sitio aceptor de corte y empalme en el plásmido pDON-5. El cebador directo se diseñó para agregar el sitio de reconocimiento de la enzima de restricción SgrAI antes de 5'-LTR y el cebador inverso se diseñó para agregar los sitios Notl y Salí después del intrón. El fragmento amplificado por PCR se trató con SgrAI y Salí y se insertó en los plásmidos pMIG-II y pMIG-w para que se reemplace 5'-LTR por GFP.
Figura 1C. Los plásmidos representados solo tienen sitios de reconocimiento Notl y SalI para la clonación. No se prefiere el uso de SalI, una secuencia de 6 unidades conocida, ya que esta secuencia de reconocimiento corta puede aparecer en el transgén. Para proporcionar un sitio de reconocimiento de enzimas de restricción adicional que se cree que está ausente en la mayoría de los transgenes que son pertinentes para esta divulgación, se amplificó un fragmento de ADN de 1,8 kb (relleno) con un cebador directo con un sitio de restricción NotI y un cebador inverso con sitios PacI-SalI. El fragmento amplificado se trató con las enzimas de restricción NotI y SalI y se insertó en nuevos plásmidos.
Figura 1D. El módulo de expresión de TCR se amplificó con el cebador directo con el sitio de restricción NotI y el cebador inverso con el sitio de la enzima de restricción PacI. El módulo de expresión amplificado se trató con las enzimas de restricción NotI y PacI y se insertó en los nuevos plásmidos.
Figura 2. Expresión de 19305DP-TCR en células T activadas policlonalmente. Las células T policlonalmente activadas de células mononucleares de sangre periférica se transdujeron dos veces con el vector retrovírico que codifica 19305DP-TCR, cuya región variable de la cadena beta era un subtipo Vb8. La expresión se midió mediante tinción con anticuerpo Vb8 anti-TCR junto con anticuerpos anti-CD4 y anti-CD8.
Figura 3. Reconocimiento de células cancerosas por células T transducidas con 19305DP-TCR. Las células T transducidas con 19305DP-TCR se cocultivaron con líneas celulares de melanoma NY-ESO-1+SK-MEL-37 y NY-ESO1-SK'MEL-29 durante 6 horas en presencia de Golgi Stop y la producción de IFN-g se midió mediante tinción intracelular de IFN-g en combinación con tinción de CD8 en la superficie celular.
Figura 4, panel A. Vector de retrovirus usado para expresar TCR. LTR: repetición terminal larga; :^ señal de empaquetamiento; MCS: sitio de clonación múltiple; IRES: sitio interno de entrada al ribosoma; eGFP: proteína fluorescente verde potenciada. Figura 4, panel B. Módulo de expresión de TCR. (I) Las secuencias de ADNc que codifican las cadenas p y a de TCR están conectadas mediante un ligador GSG (Gly-Ser-Gly) y una secuencia de salto ribosómico P2A. (II) Las secuencias de ADNc que codifican las cadenas p y a del TCR están conectadas por un sitio de reconocimiento de furina proteasa (RAKR (Arg-Ala-Lys-Arg) ((SEQ ID NO:59)), un ligador SGs G (Ser-Gly-Ser-Gly) (SEQ ID NO:60), epítopo V5 y una secuencia de salto ribosómico P2A.
Figura 5. Expresión en la superficie celular de moléculas CD4 y CD8 en clones de células T restringidas a HLA-A*02. Se tiñeron el clon de células T doble positivo 19305DP-TCR CD4/CD8 y el clon de células T positivo único AL CD8 con anticuerpos monoclonales anti-CD4 y anti-CD8 y se analizaron mediante citometría de flujo.
Figura 6. Efecto de los anticuerpos bloqueadores sobre el reconocimiento de dianas de cáncer. Se cocultivaron el clon de células T doble positivo 19305DP-TCR CD4/CD8 y el clon de células T positivo único JD CD8 con la línea celular de melanoma MZ-MEL-9 HLA-A*02+NY-ESO-1+ en presencia o ausencia de los anticuerpos indicados. El anticuerpo anti-HLA de clase I (aABC) inhibía el reconocimiento tanto por 19305DP como por JD. Aunque dos anticuerpos anti-CD8 inhibían significativamente el reconocimiento por JD, el reconocimiento por 19305DP no se inhibió, lo que indica un reconocimiento independiente de CD8 de las dianas del cáncer. * indica inhibición significativa (p < 0,05).
Figura 7. Efecto de la sustitución de alanina sobre el reconocimiento del péptido NY-ESO-1. Cada residuo de aminoácido en el péptido NY-ESO-1(157-170) (péptido DP4 SLLMWITQCFLPVF (SEQ ID NO:61) se sustituyó por un residuo de alanina. Las células cancerosas positivas de HLA-A*02 y negativas de NY-ESO-1 se sometieron a pulsos o no (-) con péptido DP4 sustituido con alanina (1-14) o natural (DP4). Se investigó el reconocimiento por el clon de células T doble positivo 19305DP CD4/CD8, el clon de células T positivo único AL CD8 y el clon de células T positivo único JD CD8 midiendo el IFN-g en el sobrenadante. La sustitución de aminoácidos por alanina en las posiciones 2, 3, 4, 5, 6 y 7 (LLMWIT-SEQ ID NO: 62) disminuía significativamente el reconocimiento por 19305DP, lo que indica que estos residuos son importantes para el reconocimiento de células T. El análisis informático mostraba que no hay proteínas conocidas con la secuencia LLMWIT, excepto NY-ESO-1 y LAGE-1.
Figura 8. Actividad antitumoral in vivo de células T transducidas con 19305DP-TCR. Se inyectaron ratones NOD/Scid/deficientes de la cadena IL-2Rg (NSG) por vía subcutánea con 1x106de la línea celular BLA-A2+NY-ESO-1+A375. Se activaron policlonalmente células mononucleares de sangre periférica (PBMC) y se transdujeron con 19305DP-TCR, AL-TCR o TCR irrelevante mediante vectores retrovíricos. El día 11, se inyectaron por vía intravenosa 2,5 x 105 células T transducidas con TCR. El volumen del tumor se midió cada dos días después de la inyección de células T con un calibrador digital. Las células T transducidas con 19305-TCR inhibían significativamente el crecimiento tumoral (Panel A) y prolongaban la supervivencia (Panel B). Cinco de los 6 ratones tratados con células T transducidas con 19305DP-TCR estaban libres de tumores el día 40, mientras que 4 de los 6 ratones inyectados con células T transducidas con AL-TCR tenían tumores en este punto temporal.
Figura 9. Actividad CTL in vitro de células T CD8+ y CD4+ transducidas con 19305DP-TCR. Se agotaron las
células T CD4+ o CD8+ de PBMC usando anticuerpo anti-CD4 o anti-CD8 conjugado con biotina seguido de Dynabeads anti-biotina. Las PBMC empobrecidas en CD4 y CD8 se activaron policlonalmente y se transdujeron con 19305DP-TCR, AL-TCR o TCR irrelevante mediante vectores retrovíricos. (Panel A) Se determinó la pureza de células T CD8+ (células con agotamiento de CD4) y CD4+ (células con agotamiento de CD8) transducidas con TCR mediante citometría de flujo antes del experimento in vivo. (Panel B) Se probó la actividad citotóxica de células T CD8+ o CD4+ transducidas con el TCR indicado contra la línea celular BLA-A2+NY-ESO-1+Mel624.38 mediante el ensayo Calcein-AM después de 4 horas de incubación. (Panel C) Muerte celular apoptótica de células cancerosas después de cocultivar con células T CD4+ o CD8+ transducidas con el TCR indicado. Se cocultivó la línea celular BLA-A2+NY-ESO-1+A375 (2,5 x 105) con 5 x 105 células T durante 20 horas. Se determinó la muerte celular apoptótica mediante tinción con anexina-V y PI. Mientras que las células T CD4 transducidas con 19305DP-TCR mostraban una actividad citotóxica débil en comparación las células T CD8+ por ensayo citotóxico a corto plazo de Panel B), las células T CD4+ inducían la muerte celular apoptótica (Panel C). No se observó muerte de células cancerosas cuando se cocultivaban con células T CD4+ transducidas con AL-TCR.
Figura 10. Actividad antitumoral de células T CD8+ y CD4+ transducidas con 19305DP-TCR. Se agotaron las células T CD4+ o CD8+ de PBMC usando anticuerpo anti-CD4 o anti-CD8 conjugado con biotina seguido de Dynabeads anti-biotina. Las PBMC empobrecidas en CD4 y CD8 se activaron policlonalmente y se transdujeron con 19305DP-TCR, AL-TCR o TCR irrelevante mediante vectores retrovíricos. Se inyectaron ratones NOD/Scid/deficientes de la cadena IL-2Rg (NSG) por vía subcutánea con 1x106 de la línea celular HLA-A2+NY-ESO-1+A375. El día 11, se inyectaron por vía intravenosa 0,6x105 células T CD8+ transducidas con TCR (25 % de las PBMC completas) y 1,9x105 células T CD4+ transducidas con TCR (75 % de las PBMC completas). El volumen del tumor se midió cada dos días después de la inyección de células T con un calibrador digital. Tanto las células T CD8+ transducidas con 19305DP-TCR como AL-TCR controlaban el crecimiento tumoral (izquierda), mientras que solo las células T CD4+ transducidas con 19305DP-TCR mostraban regresión tumoral (derecha).
DESCRIPCIÓN DETALLADA
A menos que se definan de otro modo en el presente documento, todos los términos técnicos y científicos usados en esta divulgación tienen el mismo significado que entiende normalmente un experto en la materia a la que pertenece esta divulgación.
Cada intervalo numérico dado a lo largo de esta memoria descriptiva incluye sus valores superior e inferior, así como cada intervalo numérico más estrecho que entre dentro de él, como si tales intervalos numéricos más estrechos estuvieran todos expresamente escritos en el presente documento.
Cada polinucleótido descrito en el presente documento incluye su secuencia complementaria y su secuencia complementaria inversa, así como equivalentes de ARN de secuencias de ADN donde cada T en una secuencia de ADN se reemplaza por U. Todas las secuencias de polinucleótidos que codifican las secuencias de aminoácidos descritas en el presente documento están incluidas dentro del alcance de esta divulgación.
La presente divulgación proporciona composiciones y procedimientos para la profilaxis y/o terapia de una variedad de cánceres. En general, los cánceres son aquellos que expresan el conocido antígeno NY-ESO-1/LAGE-1.
La divulgación comprende cada uno de los TCR recombinantes descritos en el presente documento, los polinucleótidos que los codifican, los vectores de expresión que comprenden los polinucleótidos, las células en las que se han introducido los polinucleótidos, incluidas, pero sin limitación, células T CD4+, células CD8+, células T citotóxicas naturales, células T y§ y células progenitoras, tales como células madre hematopoyéticas. Como se usa en esta divulgación, un "TCR recombinante" significa un TCR que se expresa a partir de un polinucleótido que se introdujo en la célula, lo que significa que antes de la introducción inicial del polinucleó3tido, el TCR no estaba codificado por una secuencia cromosómica u otro polinucleótido en la célula.
Las células en las que se introducen los polinucleótidos pueden ser células progenitoras linfoides, timocitos inmaduros (células doble negativas CD4-CD8-) o timocitos doble positivos (CD4+CD8+). Las células progenitoras pueden comprender marcadores, tales como CD34, CD117 (c-kit) y CD90 (Thy-1). La divulgación incluye procedimientos para elaborar los TCR, procedimientos para modificar células de modo que expresen los TCR, las células modificadas y procedimientos para usar las células modificadas para enfoques contra el cáncer. También se incluyen colecciones de distintos TCR.
La divulgación incluye un procedimiento para la profilaxis y/o terapia de un individuo diagnosticado con, sospechoso de tener o en riesgo de desarrollo o recurrencia de un cáncer, donde el cáncer comprende células cancerosas que expresan el antígeno NY-ESO-1/LAGE-1. Este enfoque comprende administrar al individuo células humanas modificadas que comprenden un polinucleótido recombinante que codifica un TCR de esta divulgación. Las células humanas modificadas, tales como células T modificadas, están potenciadas en relación con sus equivalentes de células T no modificadas en su capacidad para combatir el cáncer. Por tanto, poner en práctica un procedimiento de
esta divulgación, da como resultado una respuesta terapéutica que puede incluir, pero no necesariamente con limitación, el retardo de la tasa de crecimiento de las células cancerosas y/o tumores, la reducción del volumen del tumor y/o reducción del aumento en la tasa de aumento del volumen del tumor, la destrucción de células cancerosas, la prolongación del tiempo de vida de un individuo al que se le ha diagnosticado un cáncer como se describe con más detalle en el presente documento, y otros parámetros que serán evidentes para los expertos en el tratamiento del cáncer.
El efecto de practicar esta divulgación se puede comparar con cualquier referencia adecuada, tal como un control positivo o negativo. Un efecto se puede comparar con un valor de referencia obtenido, por ejemplo, de células de control que expresan un TCR con efectos conocidos, o un TCR que no es específico del antígeno particular en cuestión, o un TCR que no coincide con respecto al tipo de HLA y/o tipo de linfocito T, o cualquier otro valor de referencia adecuado que será evidente para los expertos en la materia cuando se les proporcione el beneficio de esta divulgación. Una referencia adecuada puede comprender un valor conocido o un intervalo de valores. La referencia puede comprender un valor estadístico, tal como un área bajo la curva, u otra área o trazado en un gráfico, y/o se obtiene a partir de mediciones repetidas.
Se demuestran diversas realizaciones no limitantes de la descripción usando TCR restringidos por HLA-I y HLA-II.
TCR restringidos por HLA-I
La divulgación abarca TCR novedosos que son específicos del antígeno NY-ESO-1 tal como se presenta en un contexto de HLA de clase I. Se describen más adelante ejemplos específicos de la cadena a y la cadena p de los TCR restringidos por HLA-I y las secuencias de polinucleótidos que los codifican como "19305DP", "AL", "KQ", "PP", "19305CD8", "BB", " KB", "ST" y "JD". Estos Tc R son específicos de péptidos derivados de NY-ESO-1/LAGE-1 presentados por diferentes tipos de HLA de clase I, incluyendo HLA-A*02; B*27; B*35; Cw*03; y Cw*15.
TCR restringidos por HLA-II
La divulgación abarca TCR novedosos que son específicos del antígeno NY-ESO-1 tal como se presenta en un contexto de HLA de clase II. Se describen más adelante ejemplos específicos de la cadena a y la cadena p de los TCR restringidos por HLA-II y las secuencias de polinucleótidos que los codifican como “PB-P”, “PB-T” y “PB13.2”. Estos TCR son específicos de péptidos derivados de NY-ESO-1/lAg E-1 presentados por diferentes tipos de HLA de clase II, incluidos HLA-DRB 1*04 y DRB1*07. Estos TCR confieren a las células T que los expresan la capacidad de reconocimiento directo de tumores y/o células cancerosas que expresan el antígeno NY-ESO-1/LAGE-1.
Las células que comprenden un TCR recombinante de esta divulgación que se administran a un individuo pueden ser células alogénicas, singénicas o autólogas. Por tanto, las células pueden obtenerse de un primer individuo, modificarse y administrarse a un segundo individuo que las necesite. Como alternativa, las células se retiran del individuo antes de la modificación, se modifican para expresar el TCR recombinante y se vuelven a administrar al mismo individuo. Las células que se modifican según esta divulgación pueden comprender una población de células inmunitarias que está enriquecida, comprende o consiste en un tipo de célula inmunitaria particular. Las células pueden ser células T CD4+ o pueden ser células T CD8+. Las células en las que se introducen uno o más vectores de expresión de esta divulgación pueden comprender una mezcla de células inmunitarias, tales como células T CD4+ y CD8+, y/o pueden comprender células mononucleares de sangre periférica (PBMC). En un enfoque, uno o más vectores de expresión que solos o juntos codifican 19305DP TCR se introducen en una mezcla de células inmunitarias. Las células T pueden ser capaces de reconocer directamente las células cancerosas que expresan el antígeno NY-ESO-1/LAGE-1. El reconocimiento directo puede comprender la unión restringida por HLA de clase II del TCR al antígeno NY-ESO-1/LAGE-1 expresado por las células cancerosas.
Con respecto a 19305DP TCR, la presente divulgación demuestra ciertas caracterizaciones de su expresión y función. Por ejemplo, las Figuras 5-7 proporcionan las características del clon parental 19305DP. En particular, la Figura 5 proporciona evidencia de las caracteristicas dobles positivas CD4/CD8. La Figura 6 proporciona una demostración del reconocimiento independiente de CD8 que indica un reconocimiento de alta afinidad por parte del TCR. La Figura 7 proporciona una demostración de especificidad de secuencia estricta de NY-ESO-1/LAGE-1 que no admite reactividad cruzada con otros antígenos humanos. Las Figuras 8-10 presentan resultados que demuestran los efectos antitumorales de las células T humanas transducidas por el 19305DP-TCR, en comparación con AL-TCR, que tiene la misma restricción por HLA-A*02:01 y especificidad por NY-ESO-1, pero deriva de un clon de células T positivas únicas de CD8. La Figura 8 proporciona una demostración de la inhibición del crecimiento in vivo de melanoma humano que expresa NY-ESO-1 y HLA-A*02:01 por células mononucleares de sangre periférica humana que contienen células T CD4+ y CD8+, que fueron transducidas por vectores retrovíricos que expresan 19305DP o AL TCR, demostrando un efecto antitumoral superior por PBMC transducidas con 19305d P-tCr . La Figura 9 proporciona una demostración de la capacidad in vitro para destruir tumores de las células T CD4+ y CD8+ que expresan 19305DP y AL TCR, lo que demuestra que tanto las células T CD4+ como las CD8+ destruyen eficazmente la diana cancerosa NY-ESO-1+HLA-A*02:01+ cuando fueron transducidos por 19305DP-TCR, mientras que solo las células T CD8+ destruían la diana cuando fueron transducidas por AL-TCR. La Figura 10 proporciona datos que demuestran la inhibición del crecimiento tumoral in vivo de las células T CD4+ y CD8+ que expresan
19305DP y AL TCR, lo que demuestra que las células T CD4+ y CD8+ atacan los blancos cancerosos NY-ESO-1+HLA-A*02:01+ cuando fueron transducidas por 19305DP-TCR, mientras que solo las células T CD8+ mostraban inhibición del crecimiento tumoral cuando fueron transducidas por AL-TCR. Por tanto, la divulgación puede relacionarse con la capacidad de transducir células T CD4+ o células T CD8+, o las denominadas células T dobles positivas ("DP") usando TCR recombinantes y células modificadas de esta divulgación, tales como células modificadas para expresar el 19305DP TCR. Con respecto a las células T DP, es conocido en la materia que existen en una etapa de desarrollo en el timo. Las células T dobles positivas CD4+/CD8+ se diferencian en el linaje CD4 o el linaje CD8 mediante el proceso conocido como selección tímica positiva, y se cree que las rutas de diferenciación de CD4 y CD8 generalmente son destinos mutuamente excluyentes. Sin embargo, se han descrito células T DP CD4+/CD8+ maduras en la sangre y tejidos linfoides periféricos, y se han observado en ciertos trastornos, incluido el cáncer, aunque con baja frecuencia. Sin pretender estar limitado por ninguna teoría en particular, se cree que la presente divulgación proporciona la primera descripción de un TCR obtenido a partir de una célula T DP, y que produce tal TCR de forma recombinante para demostrar su utilidad en enfoques inmunológicos adoptivos, como se demuestra en los Ejemplos y Cifras de esta divulgación. Se divulgan mezclas de células que expresan TCR, o células que expresan más de un TCR descrito en el presente documento, que son específicas de distintos antígenos cancerosos, proporcionando por tanto poblaciones celulares que pueden considerarse polivalentes con respecto a los TCR.
Los TCR proporcionados por la invención son, en ciertos ejemplos, capaces de reconocer NY-ESO-1; 157-170 que es un antígeno que consiste en la secuencia de aminoácidos SLLMWITQCFLPVF (SEQ ID NO:63), o son capaces de reconocer NY-ESO-1;95-106, que es un antígeno que consiste en la secuencia de aminoácidos PFATPMEAELAR (SEQ ID NO:64).
Las células proporcionadas por la invención pueden ser células T CD8+ genomanipuladas que expresan un TCR de esta divulgación que puede reconocer directamente células cancerosas NY-ESO-1/LAGE-1+ y células T CD4+ que son capaces de reconocer estos antígenos NY-ESO-1/LAGE-1 a través de TCR que interactúan con el antígeno en asociación con moléculas HLA de clase II, donde las células tumorales exponen moléculas HLA de clase II.
La divulgación incluye todas y cada una de las secuencias polinucleotídicas que codifican uno o más polipéptidos TCR de la invención y divulgadas en el presente documento, incluidas las secuencias de ADN y ARN, e incluidas los polinucleótidos aislados y/o recombinantes que comprenden y/o consiste en tales secuencias. La divulgación también incluye células que comprenden los polinucleótidos recombinantes. Las células pueden ser células aisladas, células cultivadas y/o expandidas y/o mantenidas en cultivo, y pueden ser células procariotas o eucariotas. Pueden usarse cultivos de células procariotas y eucariotas, por ejemplo, para propagar o amplificar los vectores de expresión de TCR de la invención. Las células pueden comprender plásmidos de empaquetamiento que, por ejemplo, proporcionan algunas o todas las proteínas usadas para la transcripción y empaquetamiento de una copia de ARN del constructo de expresión en partículas víricas recombinantes, tales como partículas pseudovíricas. Los vectores de expresión se pueden introducir de forma transitoria o estable en las células. Los vectores de expresión pueden integrarse en el cromosoma de las células usadas para su producción. Los polinucleótidos que codifican los TCR que se introducen en las células por medio de un vector de expresión, tal como una partícula vírica, pueden integrarse en uno o más cromosomas de las células. Estas células se pueden usar para la propagación o pueden ser células que se usan con enfoques terapéuticos y/o profilácticos. Las células eucariotas incluyen células T CD4+, células T c D8+, células T citolíticas naturales, células T y§ y sus células progenitoras en las que se ha introducido un constructo de expresión de TCR de la invención. Las células T CD4+ pueden provenir de cualquier fuente, incluida, pero sin limitación, un sujeto humano que puede o no ser el receptor final de las células T CD4+, células T CD8+ o combinaciones de las mismas, una vez que se han gemonanipulado para expresar un TCR novedoso según esta divulgación.
Los vectores de expresión para usar con esta divulgación pueden ser cualquier vector de expresión adecuado. El vector de expresión puede comprender un polinucleótido vírico modificado, tal como un adenovirus, un herpesvirus o un retrovirus, tal como un vector lentivírico. El vector de expresión no está restringido a virus recombinantes e incluye vectores no víricos tales como plásmidos de ADN y ARNm transcrito in vitro.
Con respecto a los polipéptidos que están codificados por los polinucleótidos/vectores de expresión descritos anteriormente, la divulgación comprende TCR funcionales y vectores de expresión que los codifican, donde el TCR funcional que comprende una cadena de TCR a y TCR p, donde las dos cadenas están presentes en una asociación física entre sí (p. ej., en un complejo) y se unen no covalentemente entre sí, o donde las dos cadenas son polipéptidos distintos pero que se unen covalentemente entre sí, tal como por un disulfuro u otro grupo de enlace covalente que es no un enlace peptídico. Otros grupos de enlace adecuados pueden comprender, por ejemplo, polialquilenglicol sustituido o no sustituido y combinaciones de etilenglicol y propilenglicol en forma de, por ejemplo, copolímeros. Los dos polipéptidos que constituyen la cadena TCR a y tCR p pueden incluirse ambos en un solo polipéptido, tal como una proteína de fusión. La proteína de fusión puede comprender una secuencia de aminoácidos de la cadena TCR a y una secuencia de aminoácidos de la cadena TCR p que han sido traducidas desde el mismo marco de lectura abierto (ORF), u ORF distintos, o un ORF que contiene una señal que da como resultado traducción no continua. El ORF puede comprender un sitio de salto de traducción mediado por P2A situado entre la cadena TCR a y TCR p. Los constructos para elaborar proteínas que contienen P2A (también
denominados vectores multicistrónicos ligados a péptido 2A) son conocidos en la materia. (Véase, por ejemplo, Gene Transfer: Delivery and Expression of DNA and RNA, A Laboratory Manual, (2007), Friedman et al., International Standard Book Number (ISBN) 978-087969765-5. Brevemente, las secuencias peptídicas 2A, cuando se incluyen entre las regiones codificantes, permiten la producción estequiométrica de productos proteicos discretos dentro de un solo vector a través de un evento de escisión novedoso que ocurre en la secuencia peptídica 2A. Las secuencias peptídicas 2A son generalmente secuencias cortas que comprenden 18-22 aminoácidos y pueden comprender distintas secuencias aminoterminales. Por tanto, una proteína de fusión puede incluir una secuencia de aminoácidos P2A. Una proteína de fusión puede comprender una secuencia ligadora entre las cadenas TCR a y TCR p. La secuencia ligadora puede comprender un ligador GSG (Gly-Ser-Gly) o un ligador SGSG (Ser-Gly-Ser-Gly) (SEQ ID NO:59). Las cadenas TCR a y TCR p se pueden conectar entre sí mediante una secuencia de aminoácidos que comprende un sitio de reconocimiento de furina proteasa, tal como un sitio RAKR (Arg-Ala-Lys-Arg) (SEQ ID NO:60).
El constructo de expresión que codifica el TCR también puede codificar polinucleótidos adicionales. El polinucleótido adicional puede ser tal que permita la identificación de células que expresan TCR, tal como mediante la codificación de un marcador detectable, tal como una proteína fluorescente o luminiscente. El polinucleótido adicional puede ser tal que codifique un elemento que permita la eliminación selectiva de células que expresan TCR, tal como el gen de la timidina quinasa. Los polinucleótidos adicionales pueden ser tales que faciliten la inhibición de la expresión de los TCR codificados endógenamente. El constructo de expresión que codifica el TCR también puede codificar un polinucleótido que puede facilitar la regulación negativa mediada por ARNi de uno o más TCR endógenos. Por ejemplo, véase Okamoto S, et al. (2009) Cancer Research, 69:9003-9011y Okamoto S, et al. (2012). Molecular Therapy-Nucleic Acids, 1, e63. El constructo de expresión que codifica el TCR puede codificar un ARNhc o un ARNip orientado a un TCR codificado endógenamente. Como alternativa, se puede usar un segundo constructo de expresión distinto que codifica el polinucleótido para su uso en la regulación negativa de la producción de TCR endógeno.
En ciertos enfoques, se pueden expresar distintas cadenas de TCR a partir de un constructo de expresión de tal modo que la cadena p esté orientada N-terminal en relación con la cadena a y, por tanto, los TCR también pueden comprender esta orientación de cadena u otras orientaciones. Como alternativa, las proteínas de cadena a y p de TCR pueden expresarse a partir de distintos vectores de expresión introducidos en la misma célula. Los TCR que codifican ARNm se pueden usar como una alternativa a los vectores de expresión.
Con respecto al uso de células T CD4+, células T CD8+ genomanipuladas y combinaciones de las mismas, el procedimiento generalmente comprende administrar una cantidad eficaz (típicamente 101° células mediante inyecciones intravenosas o intraperitoneales) de una composición que comprende las células T CD4+ a un individuo que lo necesite. Un individuo que lo necesita es un individuo que tiene o se sospecha que tiene, o está en riesgo de desarrollar un cáncer que se caracteriza por células malignas que expresan NY-ESO-1/LAGE-1. Como es bien conocido en la técnica, NY-ESO-1/LAGE-1 se expresa por una variedad de células cancerosas y tipos de tumores. En ejemplos particulares y no limitantes, tales cánceres incluyen cánceres de vejiga, cerebro, mama, ovario, cáncer de pulmón no microcítico, mieloma, próstata, sarcoma y melanoma. Los ejemplos específicos incluyen, pero sin limitación, liposarcomas y colangiocarcinoma intrahepático. El individuo puede tener formas en etapa temprana o avanzada de cualquiera de estos cánceres, o puede estar en remisión de cualquiera de estos cánceres. El individuo al que se administra una composición de la invención puede tener riesgo de recurrencia de cualquier tipo de cáncer que exprese NY-ESO-1. El individuo puede tener o se sospecha que tiene, o está en riesgo de desarrollo o recurrencia de un tumor que comprende células que expresan una proteína que comprende las secuencias de aminoácidos definidas por NY-ESO-1:157-170 y/o NY-ESO-1:95-106. La divulgación incluye TCR recombinantes que son específicos de fragmentos peptídicos de NY-ESO-1 que tienen una longitud de entre 15 y 24 residuos de aminoácidos, donde tales péptidos se presentan en un complejo con HLA-II. La divulgación incluye TCR recombinantes que son específicos de péptidos que están en un complejo con HLA-I o HLA-II, donde los péptidos comprenden o consisten en las secuencias de aminoácidos de NY-ESO-1:157-170 y/o NY-ESO-1:95-106.
Las secuencias de nucleótidos y aminoácidos que se presentan a continuación representan las usadas para demostrar la invención. Como se describió anteriormente, la invención incluye todas y cada una de las secuencias de polinucleótidos que codifican las secuencias de aminoácidos de los constructos de TCR descritos en el presente documento. Además, se contemplan variaciones en las secuencias de aminoácidos en los TCR, siempre que no afecten negativamente a la función del TCR. Un TCR que comprende uno o más cambios de aminoácidos en comparación con las secuencias presentadas en el presente documento puede comprender sustituciones conservativas de aminoácidos u otras sustituciones, adiciones o eliminaciones, siempre que las células que expresan los TCR recombinantes de la invención puedan reconocer directa y específicamente las células tumorales que expresan NY-ESO-1/LAGE-1, donde ese reconocimiento depende de la expresión de NY-ESO-1/LAGE-1 y presentación de péptidos procesados a partir de él de una manera restringida por HLA de clase II por las células tumorales. Un TCR divulgado en el presente documento puede comprender cualquier secuencia de aminoácidos que facilite el reconocimiento directo del antígeno tumoral en las células tumorales, sin la participación de células presentadoras de antígeno. La secuencia de aminoácidos de un TCR proporcionada por esta divulgación puede ser al menos un 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % similar a una secuencia de aminoácidos proporcionada en el listado de secuencias que es parte de esta divulgación. Cualquier TCR de la invención puede tener un valor de Koff para su
epítopo afín como se define en el presente documento que es esencialmente el mismo que la Koff para el epítopo afín exhibido por un TCR de un tCr de origen natural para el mismo epítopo. Las secuencias de aminoácidos de TCR pueden comprender cambios en su región constante. A este respecto, es conocido en la materia que, en general, la región constante de un TCR no contribuye sustancialmente al reconocimiento de antígeno. Por ejemplo, es posible reemplazar una parte de la región constante humana de un TCR por una secuencia murina y conservar la función del TCR. (Véase, por ejemplo, Goff SL et al. (2010) Cancer Immunology, Immunotherapy, 59: 1551-1560). Por lo tanto, se contemplan diversas modificaciones a las secuencias de TCR divulgadas en el presente documento y pueden incluir, pero sin limitación, cambios que mejoran el emparejamiento de cadenas específicas, o facilitan una asociación más fuerte con las proteínas de señalización de células T del complejo CD3, o inhiben la formación de dímeros entre las secuencias endógenas y los TCR introducidos. Los cambios de aminoácidos pueden estar presentes en la región CDR, tal como la región CDR3, incluidas, pero sin limitación, sustituciones de uno, dos, tres o más aminoácidos en la secuencia de CDR3. Los cambios de aminoácidos no tienen efecto sobre la función del TCR. Las proteínas TCR maduras están precedidas por las secuencias de aminoácidos denominadas péptido señal o péptido líder, que dirigen las proteínas TCR recién sintetizadas a la ruta secretora. Se retira un péptido señal de la proteína TCR madura antes de la expresión en la superficie celular. Por lo tanto, el reemplazo del péptido señal por otra secuencia natural o artificial no altera la función del TCR maduro. Por tanto, se contemplan diversas modificaciones a las secuencias del péptido señal divulgadas en el presente documento que incluyen, pero sin limitación, la eliminación o el cambio de algunos o todos los aminoácidos en el péptido señal, o el reemplazo de todos o algunos de los aminoácidos por otros aminoácidos y/o secuencias polipeptídicas, cuyos ejemplos serán evidentes para los expertos en la materia dado el beneficio de la presente divulgación. La divulgación puede incluir vectores de expresión TCR y otros polinucleótidos que codifican una o más regiones hipervariables o determinantes de complementariedad (CDR) de TCR de la cadena alfa, cadena beta o una combinación de las mismas. Opcionalmente, solo se codifica una CDR, o solo se codifican dos CDR, o solo se codifican tres CDR, o se codifica una combinación de solo ciertas CDR de las cadenas alfa y beta de TCR, y todas tales combinaciones de segmentos de CDR de TCR y polinucleótidos que los codifican a partir de las cadenas alfa y beta de TCR descritas en el presente documento están abarcadas por esta divulgación. Los expertos en la materia podrán reconocer los segmentos de CDR de TCR de cada una de las secuencias de aminoácidos de TCR presentadas en el presente documento.
Colecciones
La divulgación incluye una pluralidad de vectores de expresión que codifican TCR, es decir, una colección que comprende una pluralidad de vectores de expresión distintos que codifican TCR distintos, donde al menos un miembro de la colección codifica una cadena a novedosa y una cadena p novedosa de un TCR de esta divulgación. Por tanto, al menos un miembro de la colección se puede seleccionar de los vectores de expresión que codifican la cadena a y la cadena p de al menos uno de los TCR restringidos por HLA-I denominados en el presente documento AL, KQ, PP, 19305CD8, BB, KB, ST, JD y 19305DP, y al menos un miembro de la colección puede seleccionarse de vectores de expresión que codifican la cadena a y la cadena p de al menos uno de los TCR novedosos restringidos por HLA-II descritos en el presente documento PB-P, PB-T, PB13.2. En la divulgación se incluyen combinaciones de distintos vectores de expresión que codifican estos TCR restringidos por HLA-I y HLA-II.
En un ejemplo no limitante, una colección de esta divulgación comprende un vector de expresión que codifica el TCR descrito en el presente documento como 19305DP, que es un TCR restringido por HLA-A*02 y es funcional tanto en células T CD4+ como CD8+. Este TCR se obtuvo inicialmente a partir de células T específicas de antígeno tumoral únicas que eran dobles positivas CD4+CD8+, y se cree que esta es la primera descripción de tal TCR. Los genes de TCR AL, KQ, PP, 19305CD8, BB, KB, ST y JD se obtuvieron inicialmente de células T positivas únicas CD8+, y PB-P, PB-T y PB13.2 eran de células T positivas únicas CD4+.
Además de al menos un TCR/vector de expresión novedoso descrito en el presente documento, una colección divulgada por esta descripción puede comprender además vectores de expresión que codifican TCR restringidos por HLA de clase II seleccionados de los TCR descritos a continuación como "JM", "5B8" que están restringidos por HLA DPB1-04 y " SB95" restringido por DRB1-01. Estos constructos se describen en el documento PCT/US14/25673, publicado como WO/2014/160030, en el que hay una descripción de los TCR, los vectores de expresión que codifican los TCR y los procedimientos para elaborar y usar los TCR y los vectores de expresión. Los TCR JM, 5B8 y SB95 se obtuvieron de individuos positivos de NY-ESO-1, y estos TCR confieren a las células T, incluidas las células T CD4+, la capacidad de reconocer directamente las células cancerosas NY-ESO-1+, como se describe más adelante, incluyendo pero no necesariamente con limitación PB-P, PB-T y PB13.2. Por tanto, estos TCR confieren a las células T la capacidad de reconocer directamente una célula cancerosa que expresa un antígeno NY-ESO-1/LAGE-1, donde el reconocimiento directo de la célula cancerosa comprende la unión del TCR restringido por HLA de clase II de antígeno leucocitario humano al antígeno NY-ESO-1/LAGE-1 expresado por la célula cancerosa.
Una colección de vectores de expresión de esta divulgación puede codificar una diversidad de TCR. En ciertas divulgaciones, los vectores de expresión no comprenden ningún ADN de fago o fagémido, y/o ninguno de los polipéptidos de TCR comprende ninguna proteína de fago o fagémido. En ciertas divulgaciones, los TCR no comprenden ninguna proteína de fago o fagémido y, por tanto, no son componentes de, por ejemplo, una colección de presentación de fagos de TCR.
En ciertos ejemplos, los vectores de expresión en una colección de vectores de expresión de TCR de esta divulgación codifican una pluralidad de TCR de tal manera que las células que expresan los TCR pueden funcionar en una diversidad de pacientes con distintos tipos de HLA de clase I, tipos de HLA de clase II y/o combinaciones de los mismos.
Los TCR restringidos por HLA de clase I codificados por una colección de vectores de expresión de esta divulgación pueden funcionar en pacientes con un tipo de HLA clase I seleccionado de un alelo abarcado por HLA-A, -B, -C y combinaciones de los mismos. La colección puede ser lo suficientemente diversa para ser adecuada para su uso en la terapia del cáncer en al menos el 50 % de la población caucásica de EE. UU. en el momento de la presentación de esta solicitud o patente. Una colección de esta divulgación puede ser adecuada para su uso en la terapia del cáncer sobre la base de TCR restringidos por HLA de clase I (A*02/B*35/C*04) que, sin pretender limitarse a ninguna teoría en particular, se cree que comprenden el 67 % de los tipos de HLA de la población caucásica de EE. UU. en el momento de la presentación de esta solicitud o patente, y TCR restringidos por HLA de clase II (DR*01/DR*04/DR*07/Dp *04) que, también sin pretender limitarse a ninguna teoría en particular, se cree que comprenden el 87 % de los tipos de HLA de la población caucásica de EE. UU. en el momento de la presentación de esta solicitud o patente. Una colección de TCR de esta divulgación puede comprender TCR específicos de los 10 tipos de HLA más frecuentes en la población caucásica de los EE. Uu . en el momento de la presentación de esta solicitud o patente, y por tanto puede ser adecuada para uso en terapia del cáncer de al menos un 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o más de la población humana. La divulgación puede comprender una colección de TCR que está restringida a una pluralidad de TCR específicos de NY-ESO-1 que están restringidos por los tipos de HLA establecidos en la Tabla 1. La colección puede comprender TCR que están restringidos por uno o una combinación de los tipos de HLA subrayados en la Tabla 1. La divulgación puede incluir una colección de 2 3.000 vectores de expresión distintos que codifican TCR distintos.
Los vectores de expresión en una colección de vectores de expresión de TCR de esta divulgación pueden codificar una serie de TCR tal que las células que expresan los TCR pueden funcionar en una diversidad de pacientes con un tipo de HLA de clase II seleccionado de un alelo abarcado por HLA-DP, -DM, - DOA, -d Ob , -DQ, -DR y combinaciones de los mismos.
Una colección de vectores de expresión de esta divulgación puede comprender al menos dos vectores de expresión que codifican al menos dos TCR distintos, al menos uno de los cuales se selecciona de 19305DP, AL, KQ, PP, 19305CD8, BB, KB, ST, JD, PB-P, PB-T y PB13.2. Una colección de vectores de expresión de esta divulgación puede incluir un vector de expresión que codifica tanto cadenas alfa como beta de 19305DP.
La divulgación comprende una colección de distintos vectores de expresión. En un ejemplo, cada vector de expresión puede estar contenido como una preparación de ADN aislado o puede mantenerse, por ejemplo, en un cultivo celular. Tales composiciones se pueden conservar, por ejemplo, en recipientes sellados por separado, tales como viales de vidrio o plástico, tubos Eppendorf, etc., y se pueden mantener a una temperatura reducida, tal como una temperatura de cero grados C, o inferior. Cada recipiente o localización separada donde se guarda un recipiente puede comprender distintivos del vector o vectores de expresión en el recipiente. Tales distintivos pueden incluir, pero sin limitación, material perceptible por seres humanos o máquinas, tal como una etiqueta impresa, un código de barras, un código QR y similares, o cualquier otro distintivo que sea útil para identificar los contenidos/localización del vector de expresión, y que pueda usarse para recuperar un TCR para usar en un procedimiento de esta divulgación. La divulgación puede incluir una pluralidad de recipientes distintos que comprenden TCR distintos, donde cada recipiente está indexado y donde los distintivos de los recipientes se mantienen en una base de datos. La base de datos se puede digitalizar y se puede adaptar de manera que se integre con el software. La divulgación puede comprender un procedimiento informatizado para seleccionar un TCR de una colección de esta divulgación, comprendiendo el procedimiento usar un procesador para hacer coincidir un tipo de HLA de entrada de un individuo o muestra u otra información de HLA con un TCR en la colección que sea compatible con dicho tipo de HLA. En ciertas implementaciones, la divulgación puede excluir enfoques informatizados que incluyan señales, ondas portadoras o señales transitorias.
La divulgación incluye un sistema que comprende una colección de TCR y una base de datos que comprende distintivos de los nucleótidos y/o secuencias y/o tipo de HLA de los TCR, la base de datos en comunicación con un procesador, donde el procesador está programado para seleccionar y/o designar un TCR adecuado en la colección que coincida con el tipo de HLA de una muestra. El sistema puede comprender además un aparato para la recuperación de un recipiente que contiene el TCR coincidente, que incluye, pero no necesariamente, un aparato robotizado que puede, por ejemplo, dirigirse a los distintivos del TCR adecuado y puede seleccionar y/o recuperar el TCR indicado de la colección. La divulgación también comprende un medio legible informáticamente que comprende una base de datos poblada con información sobre una colección de TCR de esta divulgación. La divulgación puede incluir un medio legible informáticamente que comprende un conjunto de instrucciones para que un ordenador seleccione un TCR de una colección de TCR de esta divulgación, donde el TCR es coincidente con el tipo de HLA de una muestra.
La divulgación comprende recibir una indicación del tipo de HLA de un individuo diagnosticado con un cáncer
positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, seleccionar un vector de expresión de una colección de esta divulgación basándose en el tipo de HLA y distribuir el vector de expresión a una parte para su uso en la introducción del vector de expresión en las células inmunitarias del individuo diagnosticado. La distribución del vector de expresión puede comprender el transporte del vector de expresión usando cualquier enfoque adecuado.
La divulgación comprende seleccionar un vector de expresión de una colección de esta divulgación e introducir el vector de expresión en células inmunitarias obtenidas de un individuo diagnosticado con un cáncer positivo de NY-ESO-/LAGE-11, donde el tipo de HLA del TCR codificado por el vector de expresión es coincidente con el tipo de HLA del individuo. La divulgación puede comprender además la introducción de las células inmunitarias en un individuo que las necesite, que puede ser el individuo al que se le diagnosticó el cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1 o puede ser un individuo con el mismo tipo de HLA que el individuo diagnosticado.
La divulgación puede comprender analizar una muestra de un individuo para determinar si el individuo tiene o no un cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, y posteriormente a la determinación de que el individuo tiene el cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, seleccionar un vector de expresión de una colección de esta divulgación basada en el tipo de HLA del individuo, e introducir el vector de expresión en las células inmunitarias del individuo.
Los siguientes ejemplos pretenden ilustrar, pero no limitar, la invención.
Ejemplo 1
En realizaciones específicas e ilustrativas, las secuencias de polinucleótidos que codifican los TCR de la invención y las secuencias de aminoácidos de las cadenas TCR a y TCR p codificadas por los polinucleótidos son las siguientes. Se presentan ejemplos representativos y no limitantes que demuestran la clonación y el uso de los TCR en las Figuras 1-4.
Clon de células T "AL" específico de NY-ESO-I
157-165
restringido por HLA-A*02
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR
ATGATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTAGTGATCCTGTGGCTTCAGTT
GAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAGAATTCTGGACCCCTCAG
TGTTCCAGAGGGAGCCATTGCCTCTCTCAACTGCACTTACAGTGACCGAGGTTCC
CAGTCCTTCTTCTGGTACAGACAATATTCTGGGAAAAGCCCTGAGTTGATAATGT
CCATATACTCCAATGGTGACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGCTCAATA
AAGCCAGCCAGTATGTTTCTCTGCTCATCAGAGACTCCCAGCCCAGTGATTCAGC
CACCTACCTCTGTGCCGTGGGGGGACTTACCTCTAGCAACACAGGCAAACTAATC
TTTGGGCAAGGGACAACTTTACAAGTAAAACCAGATATCCAGAACCCTGACCCT
GCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCA
CCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATAT
CACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGC
TGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGC
ATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGC
TGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAG
TGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGAC
GCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO:65)
Cadena p del TCR
ATGGGAATCAGGCTCCTCTGTCGTGTGGCCTTTTGTTTCCTGGCTGT
AGGCCTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAGCTCGAGATATCTAGTCAAAAGGAC
GGGAGAGAAAGTTTTTCTGGAATGTGTCCAGGATATGGACCATGAAAATATGTTC
TGGTATCGACAAGACCCAGGTCTGGGGCTACGGCTGATCTATTTCTCATATGATG
TTAAAATGAAAGAAAAAGGAGATATTCCTGAGGGGTACAGTGTCTCTAGAGAGA
AGAAGGAGCGCTTCTCCCTGATTCTGGAGTCCGCCAGCACCAACCAGACATCTAT
GTACCTCTGTGCCAGCAGTAACCAGATCTATGGCTACACCTTCGGTTCGGGGACC
AGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGT
TTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCC
TGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGA
AGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCG
CCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTT
CTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCG
GAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGC
GCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAA
GGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGT
ATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTT
CTGA (SEQ ID NO:66)
2. Secuencia de aminoácidos de AL (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
MMKSLRVLL VILWLQLSW VWSQQKEVEQNSGPL S VPEGAIASLNCTY
SDRGSQSFFWYRQYSGKSPELIMSIYSNGDKEDGRFTAQLNKASQYVSLLIRDSQPSD
S AT YLC A V GGLT S SNT GKLIF GQGTTLQ VKPDIQNPDP AVY QLRD SKS SDK S V CLFT
DFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIP
EDTFFPSPES SCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLS VIGFRILLLK VAGFNLLMTLRLWS S *
(SEQ ID NO:5)
Cadena p del TCR
MGIRLLCRVAFCFL AVGLVDVKVTQ S SRYL VKRT GEK VFLEC VQDMD
HENMFWYRQDPGLGLRLIYFS YD VKMKEKGDIPEGY S V SREKKERF SLILES ASTNQ
T SM YLC A S SNQIYG YTF GS GTRLT VVEDLNK VFPPE V A VFEP SE AEISHTQK ATL VCL
AT GFFPDH VEL S W W VN GKE VHS GV S TDPQPLKEQP ALND SR Y CL S SRLRV S ATF W Q
NPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVL
S ATIL YEILLGK ATL Y AVL Y S AL VLMAMYKRKDF * (SEQ ID NO: 6)
Clon de células T "KQ" específico de NY-ESO-1
94-102
restringido por HLA-B*35
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR
ATGATGGCAGGCATTCGAGCTTTATTTATGTACTTGTGGCTGCAGCT
GGACTGGGTGAGCAGAGGAGAGAGTGTGGGGCTGCATCTTCCTACCCTGAGTGT
CCAGGAGGGTGACAACTCTATTATCAACTGTGCTTATTCAAACAGCGCCTCAGAC
TACTTCATTTGGTACAAGCAAGAATCTGGAAAAGGTCCTCAATTCATTATAGACA
TTCGTTCAAATATGGACAAAAGGCAAGGCCAAAGAGTCACCGTTTTATTGAATA
AGACAGTGAAACATCTCTCTCTGCAAATTGCAGCTACTCAACCTGGAGACTCAGC
TGTCTACTTTTGTGCAGAGAATACCGCCCCACATAATGCAGGCAACATGCTCACC
TTTGGAGGGGGAACAAGGTTAATGGTCAAACCCCATATCCAGAACCCTGACCCT
GCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCA
CCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATAT
CACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGC
T GTGGCCTGGAGC A AC AAATCTGACTTT GC ATGT GC AAAC GCCTT C AAC AAC AGC
ATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGC
TGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAG
TGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGAC
GCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO:7)
Cadena p del TCR
ATGGGCCCTGGGCTCCTCTGCTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTGGGAG
CAGGCCCAGTGGACGCTGGAGTCACCCAAAGTCCCACACACCTGATCAAAACGA
GAGGACAGCAAGTGACTCTGAGATGCTCTCCTATCTCTGGGCACAAGAGTGTGTC
CTGGTACCAACAGGTCCTGGGTCAGGGGCCCCAGTTTATCTTTCAGTATTATGAG
AAAGAAGAGAGAGGAAGAGGAAACTTCCCTGATCGATTCTCAGCTCGCCAGTTC
CCTAACTATAGCTCTGAGCTGAATGTGAACGCCTTGTTGCTGGGGGACTCGGCCC
TGTATCTCTGTGCCAGCAGCTACGACAGGGGGATAAACTATGGCTACACCTTCGG
TTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGA
GGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCAC
ACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGG
GTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAG
GAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTC
TCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCT
ACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCC
AGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGT
CCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAA
GGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAG
AGAAAGGATTTCTGA (SEQ ID NO:8)
2. Secuencia de aminoácidos de KQ (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
MMAGIRALFMYLWLQLDWV SRGES VGLHLPTLS VQEGDN SIINC AY S
NSASDYFIWYKQESGKGPQFIIDIRSNMDKRQGQRVTVLLNKTVKHLSLQIAATQPG
D S A VYF C AENT APHN AGNMLTF GGGTRLM VKPHIQNPDP A V Y QLRD SK S SDK S VCL
FTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNS
IIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSYIGFRILLLKYAGFNLLMTLRLWS
S* (SEQ ID NO:9)
Cadena p del TCR MGPGLLCWVLLCLLGAGPVDAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPISGH
KS V S W YQQ VLGQGPQFIFQ YYEKEERGRGNFPDRF S ARQFPNY S SELNVNALLLGD S
ALYLC AS SYDRGINY GYTF GSGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLV
CL AT GFFPDH VEL S W W VN GKE VHS GV S TDPQPLKEQP ALND SR Y CL S SRLRV S ATF
WQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQG
VLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF* (SEQ ID NO: 10)
Clon de células T "PP" específico de NY-ESO-I
94-104
restringido por HLA-B*35
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR ATGGCCTCTGCACCCATCTCGATGCTTGCGATGCTCTTCACATTGAG
TGGGCTGAGAGCTCAGTCAGTGGCTCAGCCGGAAGATCAGGTCAACGTTGCTGA
AGGGAATCCTCTGACTGTGAAATGCACCTATTCAGTCTCTGGAAACCCTTATCTT
TTTTGGTATGTTCAATACCCCAACCGAGGCCTCCAGTTCCTTCTGAAATACATCA
CAGGGGATAACCTGGTTAAAGGCAGCTATGGCTTTGAAGCTGAATTTAACAAGA
GCCAAACCTCCTTCCACCTGAAGAAACCATCTGCCCTTGTGAGCGACTCCGCTTT
GT ACTTC TGT GCTGTGAGAGAT GTT GT GGAGGGGAAATT GC AGTTT GGAGC AGG
GACCCAGGTTGTGGTCACCCCAGATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAG
CTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATT
CTC A A AC A A AT GT GT C AC A A AGT A AGGATTC T GAT GT GT AT AT C AC AG AC A A A A
CTGT GCT AGAC AT G AGGTCT AT GGAC TT C A AGAGC A AC AGT GC T GT GGCC T GGA
GCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGA
AGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAA
AGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCC
GAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTG
GTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 11)
Cadena p del TCR
ATGGGCACCAGCCTCCTCTGCTGGATGGCCCTGTGTCTCCTGGGGG
CAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGGACCCCAGACACAAGATCACAAAGA
GGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGTGATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTA
TTGGTACCGACAGACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAAT
GAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTCTCTGCAGAGAGG
CCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATCCAGCGCACAGAGCAGGGGGACTCG
GCCATGTATCTCTGTGCCAGCAGCACCACAAGCTCCTACGAGCAGTACTTCGGGC
CGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGG
TCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACAC
TGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGT
GA AT GGGA AGGAGGT GC AC AGT GGGGT C AGC AC AGAC C C GC AGC CCC TC A AGG
AGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTC
GGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTAC
GGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAG
ATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTT
ACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGC
CACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGA
AAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO: 12)
2. Secuencia de aminoácidos de PP (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
MASAPISMLAMLFTLSGLRAQSVAQPEDQVNVAEGNPLTVKCTYSVS
GNP YLF W Y V Q YPNRGLQFLLK YIT GDNL VKGS Y GFEAEFNK S QT SFHLKKP S AL V SD
S ALYFC AVRD VVEGKLQF GAGT Q VVVTPDIQNPDP AVY QLRDSKS SDKS VCLFTDF
D SQTNV S Q SKD SD VYITDKT VLDMRSMDFKSN S A V AW SNKSDF AC ANAFNN SIIPED
TFFP SPE S S CD VKL VEK SFETDTNLNF QNL S VIGFRILLLK V AGFNLLMTLRLW S S *
(SEQ ID NO: 13)
Cadena p del TCR
MGT SLLC WM ALCLLGADH ADTGV S QDPRHKITKRGQN VTFRCDPI SE
HNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRFSAERPKGSFSTLEIQRTEQG
D S AM YLC A S S TT S S YEQ YF GPGTRLT VTEDLKN VFPPE V A VFEP SEAEISHT QK ATL V
CLAT GF YPDHVELS WWVN GKEVHSGVSTDPQPLKEQP ALND SRY CLS SRLRV S ATF
WQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQG
VL S ATILYEILLGK ATL Y AVL Y S ALVLMAMVKRKD SRG* (SEQ ID NO: 14)
Clon de células T "19305CD8" específico de NY-ESO-I
51-70
restringido por HLA-B*27
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR
ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTTCAACT
GGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCTCAGGCCTTGAGCATCCA
GGAGGGTGAAAATGCCACCATGAACTGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTT
AC AGT GGT AT AGAC A A A ATTC AGGT AG AGGCC TT GT C C AC CT A ATT TT A AT ACGT
TCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACGCTTGACACTTCC
AAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCTTCCCGGGCAGCAGACACTGCTTCTT
ACTTCTGTGCTACGGACGCCGTCGTGGGTGCTGACGGACTCACCTTTGGCAAAGG
GACTCATCTAATCATCCAGCCCTATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAG
CTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATT
CTC A A AC A A AT GT GT CACA A AGT A AGGATTC T GAT GT GT AT AT C AC AG AC A A A A
CTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGA
GCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGA
AGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAA
AGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCC
GAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTG
GTCCAGCTGA (SEQ ID NO:43)
Cadena p del TCR
ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTTGGTG
CTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAA
GATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAG
TTCCCGAAACAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCC
ACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTG
ACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACA
TCTGCAGTGCTAGAGACCGGGACATAGGACCCTTAGATACGCAGTATTTTGGCCC
AGGCACCCGGCTGACAGTGCTCGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGT
CGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACT
GGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGT
GAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGG
AGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTC
GGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTAC
GGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAG
ATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTT
ACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGC
CACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGA
AAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO:44)
2. Secuencia de aminoácidos de 19305CD8 (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKT
SINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTA
SYFCATDAVVGADGLTFGKGTHLIIQPYIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQ
TNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSN S AVAW SNKSDF AC ANAFNNSIIPEDTFF
P SPES SCD VKL VEKSFETDTNLNFQNL S VIGFRILLLK VAGFNLLMTLRLWS S * (SEQ
ID NO:45)
Cadena p del TCR
[0113] MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHP S W VICK SGT S VKIECRSLDF Q ATTMF
WYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLFNHASLTLSTLTVTSAHPEDSSF
YICSARDRDIGPLDTQYFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCL
ATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQ
NPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLS
ATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG* (SEQ ID NO:46)
Clon de células T "BB" específico de NY-ESO-I
127-135
restringido por HLA-Cw*15
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR
>BBA-2
ATGATGGCAGGCATTCGAGCTTTATTTATGTACTTGTGGCTGCAGCT
GGAC T GGGT GAGC AGAGGAG AGAGT GT GGGGC TGCATCTTCCTACCCT GAGT GT
CCAGGAGGGTGACAACTCTATTATCAACTGTGCTTATTCAAACAGCGCCTCAGAC
TACTTCATTTGGTACAAGCAAGAATCTGGAAAAGGTCCTCAATTCATTATAGACA
TTCGTTCAAATATGGACAAAAGGCAAGGCCAAAGAGTCACCGTTTTATTGAATA
AGACAGTGAAACATCTCTCTCTGCAAATTGCAGCTACTCAACCTGGAGACTCAGC
TGTCTACTTTTGTGCAGAGGCGGGAGGAAGCCAAGGAAATCTCATCTTTGGAAA
AGGCACTAAACTCTCTGTTAAACCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTAC
CAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTG
ATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAA
AACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTG
GAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCA
GAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGA
AAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTT
CCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTG
TGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 15)
Cadena p del TCR
ATGGGCCCCGGGCTCCTCTGCTGGGCACTGCTTTGTCTCCTGGGAG
CAGGCTTAGTGGACGCTGGAGTCACCCAAAGTCCCACACACCTGATCAAAACGA
GAGGACAGCAAGTGACTCTGAGATGCTCTCCTAAGTCTGGGCATGACACTGTGTC
CTGGTACCAACAGGCCCTGGGTCAGGGGCCCCAGTTTATCTTTCAGTATTATGAG
GAGGAAGAGAGACAGAGAGGCAACTTCCCTGATCGATTCTCAGGTCACCAGTTC
CCTAACTATAGCTCTGAGCTGAATGTGAACGCCTTGTTGCTGGGGGACTCGGCCC
TCTATCTCTGTGCCAGCAGCTTTTGGGGTCGTTCTCACCCTTCAAACTATGGCTAC
ACCTTCGGTTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCC
CACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAA
AGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAG
CTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCC
CCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCT
GAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTC
CAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCC
GTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACC
TCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGC
T AGGGAAGGCC ACCCT GTAT GCT GT GCTGGTC AGCGCCCTTGTGTTGAT GGCC AT
GGTCAAGAGAAAGGATTTCTGA (SEQ ID NO: 16)
2. Secuencia de aminoácidos de BB (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
MMAGIRALFMYLWLQLDWVSRGESVGLHLPTLSVQEGDNSIINCAYS
NSASDYFIWYKQESGKGPQFIIDIRSNMDKRQGQRVTVLLNKTVKHLSLQIAATQPG
DS AVYF CAEAGGSQGNLIF GKGTKLS VKPNIQNPDP AVY QLRDSKS SDKS VCLFTDF
D S QTN V S Q SKD SD V YITDKT VLDMRSMDFK SN S A V AW SNK SDF AC ANAFNN SIIPED
TFFP SPE S S CD VKL VEK SFETDTNLNF QNL S VIGFRILLLK V AGFNLLMTLRL W S S *
(SEQ ID NO: 17)
Cadena p del TCR
MGPGLLCWALLCLLGAGLVDAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSG
HDT Y S W Y QQ ALGQGPQFIF Q YYEEEERQRGNFPDRF S GHQFPNY S SELNVNALLLG
D S AL YLC AS SF W GRSHPSNY G YTF GS GTRLT VVEDLNKVFPPE VAVFEP SEAEISHTQ
K ATL V CL AT GFFPDH VEL S WW VN GKEVHS G V S TDPQPLKEQP ALND SRYCL S SRLR
YSATFWQNPRNHFRCQYQFYGLSENDEWTQDRAKPYTQIYSAEAWGRADCGFTSY
S Y QQGVL S ATIL YEILLGK ATL Y AVL V S AL VLMAMVKRKDF * (SEQ ID NO: 18)
Clon de células T "KB" específico de NY-ESO-I
92-100
restringido por HLA-Cw*03
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR
ATGAACATGCTGACTGCCAGCCTGTTGAGGGCAGTCATAGCCTCCA
TCTGTGTTGTATCCAGCATGGCTCAGAAGGTAACTCAAGCGCAGACTGAAATTTC
TGTGGTGGAGAAGGAGGATGTGACCTTGGACTGTGTGTATGAAACCCGTGATAC
TACTTATTACTTATTCTGGTACAAGCAACCACCAAGTGGAGAATTGGTTTTCCTTA
TTCGTCGGAACTCTTTTGATGAGCAAAATGAAATAAGTGGTCGGTATTCTTGGAA
CTTCCAGAAATCCACCAGTTCCTTCAACTTCACCATCACAGCCTCACAAGTCGTG
GACTCAGCAGTATACTTCTGTGCTCTGAGTGAGGCAAGCGGGAGAGATGACAAG
ATCATCTTTGGAAAAGGGACACGACTTCATATTCTCCCCAATATCCAGAACCCTG
ACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCT
ATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTG
T AT AT C AC AGAC A A A ACTGT GC T AGAC AT GAGGTCT AT GGAC TT C A AG AGC A AC
AGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACA
ACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGT
CAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCT
GTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTC
ATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 19)
Cadena p del TCR
ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTTGGTG
CTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAA
GATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAG
TTCCCGAAACAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCC
ACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTG
ACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACA
TCTGCAGTGCTAGAGTCGACTTTGACCGTGACGAGCAGTTCTTCGGGCCAGGGAC
ACGGCTCACCGTGCTAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGT
GTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTG
CCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGG
GAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGC
CCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCAC
CTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTC
TCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTC
AGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAG
CAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCT
TGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGG
ATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO:20)
2. Secuencia de aminoácidos de KB (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
MNMLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLDCVY
ETRD TT YYLF W YKQPP S GEL VFLIRRN SFDEQNEIS GRY S WNF QK ST S SFNF TIT AS Q V
VD S A V YF CAL SE AS GRDDKIIF GKGTRLHILPNIQNPDP A V Y QLRD SK S SDK S V CLF T
DFDSQTN VSQ SKD SD VYITDKTVLDMRSMDFKSNS AVAW SNKSDF AC ANAFNNSIIP
EDTFFPSPES SCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLS VIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWS S *
(SEQ ID NO:21)
Cadena p del TCR
MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDFQATTMF
WYRQFPKQ SLMLM ATSNEGSK AT YEQGYEKDKFLrNH ASLTL STLT VT S AHPED S SF
YICSARVDFDRDEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLA
T GF YPDH VEL S WWVNGKE VHSGVSTDPQPLKEQP ALND SRY CL S SRLRV S ATF W QN
PRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSA
TILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG* (SEQ ID NO:22)
Clon de células T "ST" específico de NY-ESO-1
96-104
restringido por HLA-Cw*03
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTTCAACT
GGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCTCAGGCCTTGAGCATCCA
GGAGGGTGAAAATGCCACCATGAACTGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTT
AC AGTGGT AT AGAC AAAATT C AGGT AGAGGCCTT GTCC ACCT AATTTT AAT ACGT
T C A A AT G A A AGAG AGA A AC AC AGT GGA AGATT A AGAGT C AC GCTT GAC AC TTCC
AAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCTTCCCGGGCAGCAGACACTGCTTCTT
ACTTCTGTGCTACGGACGC AGAGT ATAACAATGCCAGACTCATGTTTGGAGATGG
AACTCAGCTGGTGGTGAAGCCCAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCA
GTTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGAT
TCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAA
AC T GT GC T AGAC AT GAGGT C T AT GGAC TT C A AG AGC A AC AGT GC T GT GGC C T GG
AGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAG
AAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAA
AAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTC
CGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGT
GGTCCAGCTGA (SEQ ID NO:23)
Cadena p del TCR
AT GGGC AC C AGC CTCCTCT GCTGGAT GGCCCTGT GTCTCCT GGGGG
CAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGGACCCCAGACACAAGATCACAAAGA
GGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGTGATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTA
TTGGTACCGACAGACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAAT
GAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTCTCTGCAGAGAGG
CCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATCCAGCGCACAGAGCAGGGGGACTCG
GCCATGTATCTCTGTGCCAGCAGCATGGTAGCTGGGGCCAACGTCCTGACTTTCG
GGGCCGGCAGCAGGCTGACCGTGCTGGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCG
AGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCA
CACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTG
GGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAA
GGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGT
CTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTC
TACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACC
CAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAG
TCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGA
AGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAA
GAGAAAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO:24)
2. Secuencia de aminoácidos de ST (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
METLLGV SL VIL WLQL ARVN SQ QGEEDPQ AL SIQEGENATMNC S YKT
SINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTA
SYFCATDAEYNNARLMFGDGTQLVVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFD
SQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDT
FFPSPESS CD VKL VEK SFETDTNLNF QNL S VIGFRILLLK V AGFNLLMTLRL W S S *
(SEQ ID NO:25)
Cadena p del TCR
MGT SLLC WMALCLLGADH ADT GV S QDPRHKITKRGQN VTFRCDPI SE
HNRL YWYRQTLGQGPEFLTYF QNE AQLEKSRLL SDRF S AERPKGSF S TLEIQRTEQG
DSAMYLCASSMVAGANVLTFGAGSRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKAT
LVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSA
TFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQ
QGVL S ATIL YEILLGK ATL Y A VL V S AL VLMAM VKRKD SRG* (SEQ ID NO:26)
Clon de células T "19305DP" específico de NY-ESO-I157-165 restringido por HLA-A*02
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR
ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTTCAACT
GGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCTCAGGCCTTGAGCATCCA
GGAGGGTGAAAATGCCACCATGAACTGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTT
AC AGT GGT AT AGAC A A A ATT C AGGT AGAGGC C TT GT C C AC C T A ATT TT A AT ACGT
T C A A AT G A A AGAG AGA A AC AC AGT GGA AGAT T A AGAGT C AC GCTT G AC AC TTCC
AAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCTTCCCGGGCAGCAGACACTGCTTCTT
ACTTCTGTGCTACGGACGGGGGGGGCACCCTCACCTTTGGGAAGGGGACTATGC
TTCTAGTCTCTCCAGATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGA
CTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACA
AATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAG
AC ATGAGGTCT AT GGACTTC AAGAGC A AC AGT GCTGTGGCCTGGAGC AAC A AAT
CTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTT
CTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAA
ACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCC
TCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTG
A (SEQ ID NO:3)
Cadena p del TCR
ATGGACTCCTGGACCCTCTGCTGTGTGTCCCTTTGCATCCTGGTAGC
AAAGCACACAGATGCTGGAGTTATCCAGTCACCCCGGCACGAGGTGACAGAGAT
GGGACAAGAAGTGACTCTGAGATGTAAACCAATTTCAGGACACGACTACCTTTT
CTGGTACAGACAGACCATGATGCGGGGACTGGAGTTGCTCATTTACTTTAACAAC
AACGTTCCGATAGATGATTCAGGGATGCCCGAGGATCGATTCTCAGCTAAGATG
CCTAATGCATCATTCTCCACTCTGAAGATCCAGCCCTCAGAACCCAGGGACTCAG
CTGTGTACTTCTGTGCCAGCAAGTGGGGCGGCACTGAAGCTTTCTTTGGACAAGG
CACCAGACTCACAGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGC
TGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGT
GTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAAT
GGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCA
GCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCC
ACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGC
TCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCG
TCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCA
GCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACC
CTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGG
ATTTCTGA (SEQ ID NO:4)
2. Secuencia de aminoácidos de 19305DP (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKT
SINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTA
S YF C ATD GGGTLTF GK GTMLL V SPDIQNPDP A V Y QLRD SK S SDK S VCLF TDFD S QTN
VSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPS
PESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS* (SEQ ID
N O :l)
Cadena p del TCR MDSWTLCCVSLCILVAKHTDAGVIQSPRHEVTEMGQEVTLRCKPISGH
D YLF WYRQTMMRGLELLIYFNNNVPIDD SGMPEDRF S AKMPNASF STLKIQP SEPRD
S A VYF C ASK W GGTE AFF GQ GTRLT VVEDLNK VFPPE V A VFEP SEAEISHT QK ATL V C
L AT GFFPDH VEL S WW VN GKEVHS GV S TDPQPLKEQP ALND SR Y CL S SRLR V S ATF W
QNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGV
L S ATILYEILLGK ATL Y AVL V S ALVLMAMVKRKDF * (SEQ ID NO:2)
Clon de células T "JD" específico de NY-ESO-I
157-165
restringido por HLA-A*02
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR ATGATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTAGTGATCCTGTGGCTTCAGTT
GAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAGAATTCTGGACCCCTCAG
TGTTCCAGAGGGAGCCATTGCCTCTCTCAACTGCACTTACAGTGACCGAGGTTCC
CAGTCCTTCTTCTGGTACAGACAATATTCTGGGAAAAGCCCTGAGTTGATAATGT
T C AT AT AC TC C A AT GGT G AC A A AGA AGAT GG A AGGT TT AC AGC AC AGC TC A AT A
AAGCCAGCCAGTATGTTTCTCTGCTCATCAGAGACTCCCAGCCCAGTGATTCAGC
CACCTACCTCTGTGCCGTGGGTGCTACAAACAAGCTCATCTTTGGAACTGGCACT
CTGCTTGCTGTCCAGCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGA
GAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCA
AACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGT
GCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAA
CAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGAC
ACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCT
TTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAAT
CCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCC
AGCTGA (SEQ ID NO:27)
Cadena p del TCR
ATGGTTTCCAGGCTTCTCAGTTTAGTGTCCCTTTGTCTCCTGGGAGC
AAAGCACATAGAAGCTGGAGTTACTCAGTTCCCCAGCCACAGCGTAATAGAGAA
GGGCCAGACTGTGACTCTGAGATGTGACCCAATTTCTGGACATGATAATCTTTAT
T GGT AT C GAC GT GT T AT GGGA A A AGA A AT A A A AT TT CTGTTACATTTT GT GA A AG
AGTCTAAACAGGATGAGTCCGGTATGCCCAACAATCGATTCTTAGCTGAAAGGA
CTGGAGGGACGTATTCTACTCTGAAGGTGCAGCCTGCAGAACTGGAGGATTCTG
GAGTTTATTTCTGTGCCAGCAGCCAAGCGTACGGCACTGAAGCTTTCTTTGGACA
AGGCACCAGACTCACAGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGT
CGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACT
GGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTG
AATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGA
GCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCG
GCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACG
GGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGA
TCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTA
CCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCC
ACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAA
AGGATTTCTGA (SEQ ID NO:28)
2. Secuencia de aminoácidos de JD (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
MMKSLRVLLVILWLQLSWVWSQQKEVEQNSGPLSVPEGAIASLNCTY
SDRGSQSFFWYRQYSGKSPELIMFIYSNGDKEDGRFTAQLNKASQYVSLLIRDSQPSD
S AT YLC A V G ATNKLIF GT GTLL A V QPNIQNPDP A V Y QLRD SKSSDKSVCLFTDFDSQ
TNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFF
PSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWS S* (SEQ
IDNO:29)
Cadena p del TCR
MVSRLLSLVSLCLLGAKHIEAGVTQFPSHSVIEKGQTVTLRCDPISGHD
NL YW YRRVMGKEIKFLLHF VKE SKQDE S GMPNNRFL AERT GGT Y S TLK V QP AELED
SGVYF C AS SQ AY GTEAFF GQGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLV
CL AT GFFPDH VEL S W W VN GKE VHS GV S TDPQPLKEQP ALND SR Y CL S SRLR V S ATF
WQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQG
VLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF* (SEQ IDNO:30)
Clon "PB-P" de células T específico de NY-ESO-1(139-160) restringido por HLA-DRB1*07
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR
ATGGCCATGCTCCTGGGGGCATCAGTGCTGATTCTGTGGCTTCAGC
C AGACTGGGT A AAC AGT C AAC AGAAGAAT GAT GACC AGC AAGTT AAGC AAA ATT
CACCATCCCTGAGCGTCCAGGAAGGAAGAATTTCTATTCTGAACTGTGACTATAC
TAACAGCATGTTTGATTATTTCCTATGGTACAAAAAATACCCTGCTGAAGGTCCT
AC ATTCC T GAT AT C T AT A AGTTC C ATT A AGG AT A A A A AT GA AGAT GGA AGATT C A
CTGTCTTCTTAAACAAAAGTGCCAAGCACCTCTCTCTGCACATTGTGCCCTCCCA
GCCTGGAGACTCTGCAGTGTACTTCTGTGCAGCAAGCCCCTCTGGCAACACAGGC
AAACTAATCTTTGGGCAAGGGACAACTTTACAAGTAAAACCAGATATCCAGAAG
CCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCT
GCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGA
T GTGT AT ATC AC AGAC AAAACT GT GCT AGAC AT GAGGTCT AT GGACTTC AAGAG
CAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTC
AAC AACAGC ATT ATTCC AGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTG
ATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAA
ACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCT
GCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO:31)
Cadena p del TCR
ATGGGCTCCAGGCTGCTCTGTTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTGGGAG
CAGGCCCAGTAAAGGCTGGAGTCACTCAAACTCCAAGATATCTGATCAAAACGA
GAGGACAGCAAGTGACACTGAGCTGCTCCCCTATCTCTGGGCATAGGAGTGTAT
CCTGGTACCAACAGACCCCAGGACAGGGCCTTCAGTTCCTCTTTGAATACTTCAG
TGAGACACAGAGAAACAAAGGAAACTTCCCTGGTCGATTCTCAGGGCGCCAGTT
CTCTAACTCTCGCTCTGAGATGAATGTGAGCACCTTGGAGCTGGGGGACTCGGCC
CTTTATCTTTGCGCCAGCAGCCCAGACAGGGCCATGAACACTGAAGCTTTCTTTG
GACAAGGCACCAGACTCACAGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCG
AGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCA
CACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTG
GGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAA
GGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGT
CTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTC
TACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACC
CAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTG
TCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGA
AGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAA
GAGAAAGGATTTCTGA (SEQ ID NO:32)
2. Secuencia de aminoácidos de PB-P (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEGRISIL
NCDYTNSMFDYFLWYKKYPAEGPTFLISISSIKDKNEDGRFTVFLNKSAKHLSLHIVP
SQPGDSAVYFCAASPSGNTGKLIFGQGTTLQVKPDIQKPDPAVYQLRDSKSSDKSVC
LFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNN
SIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLW
SS* (SEQ ID NO:33)
Cadena p del TCR
MGSRLLCWVLLCLLGAGP VK AGVTQTPRYLIKTRGQQ VTL S C SPIS GH
RSVSWYQQTPGQGLQFLFEYFSETQRNKGNFPGRFSGRQFSNSRSEMNVSTLELGDS
AL YLC A S SPDRAMNTE AFF GQGTRL T VVEDLNK VFPPE V A VFEP SE AEISHT QK ATL
V CL AT GFFPDHVEL S W W VN GKE VHS GV S TDPQPLKEQP ALND SRY CL S SRLRV S AT
FWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQ
GVL S ATILYEILLGK ATL Y AVL V S AL VLMAMVKRKDF * (SEQ ID NO:34)
Clon de células T "PB-T" específico de NY-ESO-1(111-143) restringido por HLA-DRB1*04
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR ATGGCCTCTGCACCCATCTCGATGCTTGCGATGCTCTTCACATTGAG
TGGGCTGAGAGCTCAGTCAGTGGCTCAGCCGGAAGATCAGGTCAACGTTGCTGA
AGGGAATCCTCTGACTGTGAAATGCACCTATTCAGTCTCTGGAAACCCTTATCTT
TTTTGGTATGTTCAATACCCCAACCGAGGCCTCCAGTTCCTTCTGAAATACATCA
CAGGGGATAACCTGGTTAAAGGCAGCTATGGCTTTGAAGCTGAATTTAACAAGA
GCCAAACCTCCTTCCACCTGAAGAAACCATCTGCCCTTGTGAGCGACTCCGCTTT
GTACTTCTGTGCTGTGAGAGACAGGGAGAGAGATGACAAGATCATCTTTGGAAA
AGGGACACGACTTCATATTCTCCCCAATATCCAGAAGCCTGACCCTGCCGTGTAC
CAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTG
ATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAA
AACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTG
GAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCA
GAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGA
AAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTT
CCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTG
TGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO:35)
Cadena p del TCR
ATGGATACCTGGCTCGTATGCTGGGCAATTTTTAGTCTCTTGAAAG
CAGGACTCACAGAACCTGAAGTCACCCAGACTCCCAGCCATCAGGTCAC ACAGA
TGGGACAGGAAGTGATCTTGCGCTGTGTCCCCATCTCTAATCACTTATACTTCTAT
TGGTACAGACAAATCTTGGGGCAGAAAGTCGAGTTTCTGGTTTCCTTTTATAATA
AT GAAATCT C AGAGAAGTCTGAAAT ATTCGATGAT C A ATTCTC AGTTGAA AGGCC
TGATGGATCAAATTTCACTCTGAAGATCCGGTCCACAAAGCTGGAGGACTCAGC
CATGTACTTCTGTGCCAGCAGAGCGGAGATCACAGATACGCAGTATTTTGGCCCA
GGCACCCGGCTGACAGTGCTCGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTC
GCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTG
GTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTG
AATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGA
GCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCG
GCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACG
GGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGA
TCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTA
CCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCC
ACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAA
AGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO:36)
2. Secuencia de aminoácidos de PB-T (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
MASAPISMLAMLFTLSGLRAQSVAQPEDQVNVAEGNPLTVKCTYSVS
GNPYLFWYVQYPNRGLQFLLKYITGDNLVKGSYGFEAEFNKSQTSFHLKKPSALVSD
S AL YFC AVRDRERDDKIIF GKGTRLHILPNIQKPDP AVY QLRD SKS SDK S V CLFTDFD
SQTN V SQ SKD SD VYITDKT VLDMRSMDFKSN S AV AW SNKSDF AC ANAFNN SIIPEDT
FFP SPE S S CD VKL VEK SFETDTNLNF QNL S VIGFRILLLK V AGFNLLMTLRL W S S *
(SEQ ID NO:37)
Cadena p del TCR
MDTWLVCWAIFSLLKAGLTEPEVTQTPSHQVTQMGQEVILRCVPISNH
LYFYWYRQILGQKVEFLVSFYNNEISEKSEIFDDQFSVERPDGSNFTLKIRSTKLEDSA
MYFC ASRAEITDTQ YFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEV AVFEP SEAEISHT QK ATL V CL A
T GF YPDH VEL S WW VN GKE VHS GV S TDPQPLKEQP ALND SR Y CL S SRLRV S ATF W QN
PRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSA
TIL YEILLGK ATL Y A VL V S AL VLMAM VKRKD SRG* (SEQ ID NO:38)
Clon "PB13.2" de células T específico de NY-ESO-1(139-160) restringido por HLA-DRB1*07
1. Secuencia de nucleótidos
Cadena a del TCR
ATGGCCATGCTCCTGGGGGCATCAGTGCTGATTCTGTGGCTTCAGC
C AGACTGGGT A AAC AGT C AAC AGAAGAAT GAT GACC AGC AAGTT AAGC AAA ATT
CACCATCCCTGAGCGTCCAGGAAGGAAGAATTTCTATTCTGAACTGTGACTATAC
TAACAGCATGTTTGATTATTTCCTATGGTACAAAAAATACCCTGCTGAAGGTCCT
AC ATTCC T GAT AT C T AT A AGTTC C ATT A AGG AT A A A A AT GA AGAT GGA AGATT C A
CTGTCTTCTTAAACAAAAGTGCCAAGCACCTCTCTCTGCACATTGTGCCCTCCCA
GCCTGGAGACTCTGCAGTGTACTTCTGTGCAGCAAGCGCGATAGGAGGTGCTGA
CGGACTCACCTTTGGCAAAGGGACTCATCTAATCATCCAGCCCTATATCCAGAAC
CCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCT
GCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGA
T GTGT AT ATC AC AGAC AAAACT GT GCT AGAC AT GAGGTCT AT GGACTTC AAGAG
CAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTC
AAC AACAGC ATT ATTCC AGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTG
ATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAA
ACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCT
GCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO:39)
Cadena p del TCR
ATGAGCCTCGGGCTCCTGTGCTGTGGGGCCTTTTCTCTCCTGTGGGC
AGGTCCAGTGAATGCTGGTGTCACTCAGACCCCAAAATTCCGGGTCCTGAAGAC
AGGACAGAGCATGACACTGCTGTGTGCCCAGGATATGAACCATGAATACATGTA
CTGGTATCGACAAGACCCAGGCATGGGGCTGAGGCTGATTCATTACTCAGTTGGT
GAGGGTACAACTGCCAAAGGAGAGGTCCCTGATGGCTACAATGTCTCCAGATTA
AAAAAACAGAATTTCCTGCTGGGGTTGGAGTCGGCTGCTCCCTCCCAAACATCTG
TGTACTTCTGTGCCAGCAGTATTCGGGGAAAAAGGTACAATGAGCAGTTCTTCGG
GCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGA
GGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCAC
ACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGG
GTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAG
GAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTC
TCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCT
ACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCC
AGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGT
CTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAA
GGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAG
AGA A AGG ATTCC AGAGGC T AG (SEQ ID NO:40)
2. Secuencia de aminoácidos de PB13.2 (comenzando desde la metionina que codifica el codón de inicio hasta la terminación que codifica el codón de terminación (*))
Cadena a del TCR
MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEGRISIL
NCDYTNSMFDYFLWYKKYPAEGPTFLISISSIKDKNEDGRFTVFLNKSAKHLSLHIVP
SQPGDS A VYF C AAS AIGGADGLTF GKGTHLIIQP YIQNPDP AVY QLRDSKS SDKS VCL
F TDFD S QTN V S Q SKD SD V YITDKT VLDMRSMDFK SN S A V AW SNK SDF AC ANAFNN S
IIPEDTFFP SPES SCD VKLVEKSFETDTNLNFQNLS VIGFRILLLK VAGFNLLMTLRLWS
S* (SEQ ID NO:41)
Cadena p del TCR
MSLGLLCCGAFSLLWAGPVNAGVTQTPKFRVLKTGQSMTLLCAQDM
NHEYMYWYRQDPGMGLRLIHYSVGEGTTAKGEVPDGYNVSRLKKQNFLLGLESAA
P S QT S VYF C A S SIRGKR YNEQFF GPGTRLT VLEDLKNVFPPE V A VFEP SE AEISHT QK A
TL V CL AT GF YPDHVEL S WW VN GKEVHS GV S TDPQPLKEQP ALND SRY CL S SRLRV S
ATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESY
QQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG* (SEQ IDNO:42)
En relación con las secuencias anteriores de este Ejemplo, este Ejemplo proporciona una demostración no limitativa de la generación de un vector retrovírico que expresa TCR específico de NY-ESO-1 (Figura 1). Estas figuras ilustran lo siguiente:
Figura 1A. Para la transducción de células T, los vectores derivados del virus de células madre murinas (MSCV) se han usado ampliamente debido a la fuerte actividad promotora de las repeticiones terminales largas (LTR) de MSCV y la estabilidad in vivo de la expresión transgénica en células hematopoyéticas. Como 3'-LTR se copia en 5'-LTR durante la integración en las células hospedadoras tales como células T y es responsable de la transcripción de los transgenes, la 3'-LTR en los plásmidos es importante en la expresión. Por otro lado, la 5'- LTR es responsable de la transcripción para la producción de virus. La representación esquemática de los vectores clásicos derivados de MSCV (pMIG-II y pMIG-w) se muestra en la Figura 1. Ambos vectores tienen LTR derivada de MSCV en los sitios 5' y 3', señal de empaquetamiento (y ) y sitios de clonación múltiple (MCS). Se clona un transgén en el MCS, que es seguido por el sitio interno de entrada al ribosoma (IRES) y el gen de la proteína fluorescente verde (GFP) para detectar eficientemente las células transducidas. El vector pMIG-w tiene un elemento regulador postranscripcional (WRE) adicional del virus de la hepatitis de la marmota, que potencia la expresión del transgén. En vectores retrovíricos recientes, se introducen modificaciones adicionales como las que se encuentran en el vector retrovírico comercial, pDON-5 (Clontech). pDON-5, que deriva de un vector del virus de la leucemia murina (MLV), reemplaza la 5'- LTR por la LTR de CMV/MLV híbrida para potenciar la producción de virus a través de una fuerte actividad promotora de CMV en líneas celulares de empaquetamiento de virus. Además, el intrón parcial del gen del factor de elongación 1 alfa humano se introduce para proporcionar un sitio aceptor de corte y empalme (SA), que junto con un sitio donante de corte y empalme (SD) endógeno induce el corte empalme y potencia la expresión.
Figura 1B. Para crear un vector retrovírico que pueda producir retrovirus de título alto que induzcan expresión transgénica de alto nivel (de TCR) en células T, se amplifica un fragmento de ADN de 5'-LTR al intrón que contiene un sitio aceptor de corte y empalme en el plásmido pDON-5. El cebador directo se diseñó para agregar el sitio de reconocimiento de la enzima de restricción SgrAI antes de 5'-LTR y el cebador inverso se diseñó para agregar los sitios Notl y Salí después del intrón. El fragmento amplificado por PCR se trató con SgrAI y Salí y se insertó en los plásmidos pMIG-II y pMIG-w para que se reemplace 5'-LTR por GFP.
Figura 1C. Los plásmidos representados en la Figura 1C solo tienen sitios de reconocimiento NotI y SalI para clonación. El uso de SalI que reconoce una secuencia de nucleótidos de 6 unidades específica no es preferible porque puede aparecer con la suficiente frecuencia como para estar presente en el transgén, dando como resultado por tanto su escisión. Para proporcionar sitios de reconocimiento de enzimas de restricción adicionales que se cree que es poco probable que aparezcan en la mayoría de los transgenes de TCR, se amplifica un fragmento de ADN de 1,8 kb (relleno) con el cebador directo con un sitio de restricción NotI y el cebador inverso con sitios PacI-SalI. El fragmento amplificado se trató con las enzimas de restricción NotI y SalI y se insertó en los nuevos plásmidos.
Figura 1D. El módulo de expresión de TCR representado se amplificó con el cebador directo con el sitio de restricción NotI y el cebador inverso con el sitio de la enzima de restricción PacI. El módulo de expresión amplificado se trató con las enzimas de restricción NotI y PacI y se insertó en los nuevos plásmidos.
Transducción del gen 19305DP-TCR en células T activadas policlonalmente (Figura 2). Se preactivaron células T de individuos sanos durante 2 días usando fitohemaglutinina (PHA, obtenida de Remel) en presencia de dosis bajas de IL-2, IL-7 e IL-12. Las partículas retrovíricas se recubrieron en una placa de cultivo sin tejido que se recubrió previamente con retronectina (obtenida de Clontech) y se bloqueó con albúmina de suero bovino (Bs A de Sigma). Las células T activadas se infectaron con retrovirus cultivándolas en una placa recubierta de retrovirus. La infección vírica se repitió 24 horas después. El número total de infecciones fue 2 veces. Las células infectadas se expandieron en presencia de IL-2 e IL-7. Se incluyó IL-12 durante 5 días desde la activación de las células T con PHA. Después de la infección, más del 95 % de las células T transducidas con el gen TCR expresaban el TCR transducido mediante tinción con anticuerpo específico del subtipo Vp de TCR.
Función antitumoral de células T transducidas con 19305DP-TCR (Figuras 3 y 8-10). Las células T transducidas con el gen TCR se cocultivaron con la línea celular de melanoma HLA-A*02+NY-ESO-1+, SK-MEL-37 o la línea celular de melanoma HLA-A*02+NY-ESO-1-, SK-MEL-29 durante 6 horas en presencia de Golgi Stop (BD Biosciences). Las células se tiñeron con anticuerpos anti-CD4 y anti-CD8 conjugados con fluorocromo y se fijaron y permeabilizaron usando el kit BD Cytofix/Cytoperm (BD Biosciences). El IFN-y intracelular se tiñó con anticuerpo anti-IFN-y conjugado con fluorocromo. Ambas células T CD4+ y CD8+ transducidas con el gen TCR producían IFN-y solo cuando se cocultivaron con NY-ESO-1+ SK-MEL-37 pero no con SK-MEL-29. Las células T CD4+ y Cd8+ no transducidas no producían IFN-y contra SK-MEL-37 o SK-MEL-29 (Figura 3). En la Figura 8, se inocularon ratones inmunodeficientes NOD/SCID/deficientes de cadena IL-2Ry (NSG) con 1 millón de SK-MEL-37. Después de que se confirmó el crecimiento del tumor el día 9, se inyectaron 10 millones de células T transducidas con el gen 19305DP-TCR. Se inyectaron ratones portadores de tumores de control con células T transducidas con TCR irrelevantes. Los ratones tratados con células T transducidas con 19305DP-TCR mostraban un retraso significativo en el crecimiento del tumor y la mayoría de los ratones finalmente rechazan el xenoinjerto tumoral. El tumor creció continuamente en ratones de control que recibieron células T transducidas con TCR irrelevantes.
Ejemplo 2
Este ejemplo proporciona una descripción de secuencias de TCR adicionales que se pueden incluir con una cualquiera de las secuencias de TCR descritas en el ejemplo 1 en las colecciones de esta divulgación. Estos TCR confieren la capacidad a las células T CD4+ de reconocer directamente células cancerosas positivas de NY-ESO-1/LAGE-1.
Clon de células T CD4
+
"JM" de reconocimiento tumoral específico de NY-ESO-1
157-170
restringido por HLA-DPB1
*
0401/0402
(a) Secuencias de nucleótidos de ADNc de cadenas a y p de TCR
Cadena a del TCR
ATGAAGTTGGTGACAAGCATTACTGTACTCCTATCTTTGGGTATTA
TGGGTGATGCTAAGACCACACAGCCAAATTCAATGGAGAGTAACGAAGAAGAGC
CTGTTCACTTGCCTTGTAACCACTCCACAATCAGTGGAACTGATTACATACATTG
GTATCGACAGCTTCCCTCCCAGGGTCCAGAGTACGTGATTCATGGTCTTACAAGC
AATGTGAACAACAGAATGGCCTCTCTGGCAATCGCTGAAGACAGAAAGTCCAGT
ACCTTGATCCTGCACCGTGCTACCTTGAGAGATGCTGCTGTGTACTACTGCATCC
CTAATAACAATGACATGCGCTTTGGAGCAGGGACCAGACTGACAGTAAAACCAA
ATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGA
CAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGT
A AGGATTCT GAT GT GT AT AT C AC AGAC A A A AC T GT GC T AG AC AT GAGGTCT AT GG
ACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGC
AAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAA
AGTTC CT GT GAT GT C A AGC T GGT C G AGA A A AGC TTTG A A AC AGAT AC GA AC C T A
AACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCG
GGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO:47)
Cadena p del TCR
ATGGGCTCCAGGCTGCTCTGTTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTGGGAG
CAGGCCCAGTAAAGGCTGGAGTCACTCAAACTCCAAGATATCTGATCAAAACGA
GAGGACAGCAAGTGACACTGAGCTGCTCCCCTATCTCTGGGCATAGGAGTGTAT
CCTGGTACCAACAGACCCCAGGACAGGGCCTTCAGTTCCTCTTTGAATACTTCAG
TGAGACACAGAGAAACAAAGGAAACTTCCCTGGTCGATTCTCAGGGCGCCAGTT
CTCTAACTCTCGCTCTGAGATGAATGTGAGCACCTTGGAGCTGGGGGACTCGGCC
CTTTATCTTTGCGCCAGCAGCTTCCCCAGGGAACCTAACTATGGCTACACCTTCG
GTTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCG
AGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCA
CACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTG
GGT GAAT GGGAAGGAGGTGC AC AGT GGGGT C AGC ACGGACCCGC AGCCCCTC AA
GGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGT
CTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTC
TACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACC
CAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTG
TCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGA
AGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAA
GAGAAAGGATTTCTGA (SEQ ID NO:48)
(b) secuencias de aminoácidos de las cadenas a y p de TCR para JM (las regiones variables de TCR están en cursiva, las regiones de CDR3 están en negrita)
Cadena a del TCR
MKL VTSITVLLSLGIMGDAKTTQPNSMESNEEEP VHLPCNHSTISGTDYIHW
YRQLPSQGPEYVIHGLTSNVNNRMASLAIAEDRKSSTLILHRA TLRDAA VYYCIPNNNDMR
FGAGTRL
7TXPMQNPDP A V Y QLRD SKSSDKSVCLFTDFD S QTN V S Q SKD SD V YITDK
T VLDMRSMDFKSN S AVAW SNK SDF AC ANAFNN SIIPEDTFFP SPES SCD VKL VEKSFE
TDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO:49)
Cadena p del TCR
MGSRLLCWVLLCLLGAGPVKAGVTQTPRYLIKTRGQQVTLSCSPISGHRSV
SWYQQTPGQGLQFLFEYFSETQRNKGNFPGRFSGRQFSNSRSEMNVSTLELGDSALYLCA
SSFPREPNYG
YTFGSGTRL
TyFTsDLNK VFPPE V A VFEP SE AEISHT QK ATL V CL AT GFF
PDHVELS WW VNGKEVHSGV STDPQPLKEQP ALND SRY CL S SRLRV S ATF W QNPRNH
FRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILY
EILLGK ATL Y A VL V S AL VLMAM VKRKDF (SEQ IDNO:50)
Clon de células T CD4
+
"5B8" de reconocimiento tumoral específico de NY-ESO-1
157-170
restringido por HLA-DPB1
*
0401/0402
(a) Secuencias de nucleótidos de ADNc de cadenas a y p de TCR
Cadena a del TCR
ATGGCCC AGAC AGT C ACTC AGTCT C AACC AGAGAT GTCTGT GC AG
GAGGCAGAGACTGTGACCCTGAGTTGCACATATGACACCAGTGAGAATAATTAT
TATTTGTTCTGGTACAAGCAGCCTCCCAGCAGGCAGATGATTCTCGTTATTCGCC
AAGAAGCTTATAAGCAACAGAATGCAACGGAGAATCGTTTCTCTGTGAACTTCC
AGAAAGCAGCCAAATCCTTCAGTCTCAAGATCTCAGACTCACAGCTGGGGGACA
CTGCGATGTATTTCTGTGCTTTCTCGAGAGGGAGTGGAGGTAGCAACTATAAACT
GACATTTGGAAAAGGAACTCTCTTAACCGTGAATCCAAATATCCAGAACCCTGA
CCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTA
TTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGT
ATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACA
GTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAA
CAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTC
AAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTG
TCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCA
TGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO:51)
Cadena p del TCR
ATGGGCACCAGGCTCCTCTTCTGGGTGGCCTTCTGTCTCCTGGGGG
CAGATCACACAGGAGCTGGAGTCTCCCAGTCCCCCAGTAACAAGGTCACAGAGA
AGGGAAAGGATGTAGAGCTCAGGTGTGATCCAATTTCAGGTCATACTGCCCTTTA
CTGGTACCGACAGAGCCTGGGGCAGGGCCTGGAGTTTTTAATTTACTTCCAAGGC
AACAGTGCACCAGACAAATCAGGGCTGCCCAGTGATCGCTTCTCTGCAGAGAGG
ACTGGGGGATCCGTCTCCACTCTGACGATCCAGCGCACACAGCAGGAGGACTCG
GCCGTGTATCTCTGTGCCAGCAGCTTAGTCCCCGACAGTGCCTACGAGCAGTACT
TCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCAC
CCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGG
CCACACTGGTATGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTG
GT GGGT G A AT GGGA AGGAGGT GC AC AGT GGGGT C AGC AC GG ACCC GC AGC CC CT
CAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAG
GGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAG
TTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTC
ACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCC
GAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAG
GGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGT
CAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO:52)
(b) secuencias de aminoácidos de las cadenas a y p de TCR para 5B8 (las regiones variables de TCR están en cursiva, las regiones de CDR3 están en negrita)
Cadena a del TCR
MA<QTVTQSQPEMSV<QEAETVTLSCTYDTSENNYYLFWYK<QPPSRQMILVIR
QEAYKQQNATENRFSVNFQKAAKSFSLK1SDSQLGDTAMYFCAFSRGSGGSNYKLTFGK
GTLL
7NAPMQNPDP A V Y QLRD SK S SDK S YCLF TDFD SQ TN V S Q SKD SD VYITDKT VL
DMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDT
NLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS SEQ IDNO :53)
Cadena p del TCR
MGTRLLFWVAFCLLGADHTGAGVSQSPSNKVTEKGKDVELRCDPISGHTA
LYWYRQSLGQGLEFLIYFQGNSAPDKSGLPSDRFSAERTGGSVSTLTIQRTQQEDSAVYLC
ASSL VPDSA YEQ
YFGPGTRL
jyTEDLKNVFPPE VAVFEP SEAEISHT QK ATL VCL AT GF
YPDHVELSWW VNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRY CLS SRLRV S ATFW QNPRN
HFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATIL
YEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG SEQ ID N O :54)
Clon de células T CD4+ "SB95" con reconocimiento tumoral específico de NY-ESO-I
95-106
restringido por HLA-DRB1*0101
(a) Secuencias de nucleótidos de ADNc de cadenas a y p de TCR
TCR alfa
ATGCTCCTGCTGCTCGTCCCAGTGCTCGAGGTGATTTTTACCCTGG
GAGGAACCAGAGCCCAGTCGGTGACCCAGCTTGGCAGCCACGTCTCTGTCTCTG
AGGGAGCCCTGGTTCTGCTGAGGTGCAACTACTCATCGTCTGTTCCACCATATCT
CTTCTGGTATGTGCAATACCCCAACCAAGGACTCCAGCTTCTCCTGAAGC ACACA
ACAGGGGCCACCCTGGTTAAAGGCATCAACGGTTTTGAGGCTGAATTTAAGAAG
AGTGAAACCTCCTTCCACCTGACGAAACCCTCAGCCCATATGAGCGACGCGGCT
GAGTACTTCTGTGCTGTGAGTGATTCTAGGGCTGCAGGCAACAAGCTAACTTTTG
GAGGAGGAACCAGGGTGCTAGTTAAACCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCG
TGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGA
TTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACA
GAC AAAACTGT GCT AGAC AT GAGGTCT ATGGACTTC A AGAGC AAC AGT GCTGTG
GCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTA
TTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGT
CGAGAAAAGCTTTGAAAC AGAT ACGAACCT AAACTTTC A AAACC TGT C AGT GAT
TGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTG
CGGCTGTGGTCCAGCTGA SEQ ID NO:55)
TCR beta
ATGGGAATCAGGCTCCTCTGTCGTGTGGCCTTTTGTTTCCTGGCTGT
AGGCCTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAGCTCGAGATATCTAGTCAAAAGGAC
GGGAGAGAAAGTTTTTCTGGAATGTGTCCAGGATATGGACCATGAAAATATGTTC
TGGTATCGACAAGACCCAGGTCTGGGGCTACGGCTGATCTATTTCTCATATGATG
TTAAAATGAAAGAAAAAGGAGATATTCCTGAGGGGTACAGTGTCTCTAGAGAGA
AGAAGGAGCGCTTCTCCCTGATTCTGGAGTCCGCCAGCACCAACCAGACATCTAT
GTACCTCTGTGCCAGCAGATTCCCCGGGACAGCCTATAATTCACCCCTCCACTTT
GGGAATGGGACCAGGCTCACTGTGACAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCC
GAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCC
ACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGT
GGGT GA AT GGGA AGG AGGT GC AC AGT GGGGT C AGC AC GGAC C CGC AGCCC CTC A
AGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGG
TCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTT
CTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCAC
CCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGT
GTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGG
AAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCA
AGAGA A AGG ATTTC TGA (SEQ ID NO:56)
(b) secuencia de aminoácidos de las cadenas a y p de TCR para SB95 (las regiones variables de TCR están en cursiva, las regiones de CDR3 están en negrita)
Cadena a del TCR
MLLLLVPVLEVIFTLGGTRAQSVTQLGSHVSVSEGALVLLRCNYSSSVPPYLF
WYVQYPNQGLQLLLKHTTGA TL VKGINGFEAEFKKSETSFHLTKPSAHMSDAAEYFCA VS
DSRA A GNKL TFGGGIR VI, VK/WIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQS
KD SD V YITDKTVLDMRSMDFKSN S A VAW SNKSDF ACANAFNN SIIPEDTFFP SPES SC
DVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO:57)
Cadena p del TCR
MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLECVQDMDHEN
MFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYSVSREKKERFSLILESASTNQTSMYLCA
SRFPGTA YNSPLHI'GNG7RL7777I)LNK VFPPE V A VFEPSEAEISHTQKATLVCLATGF
FPDHVEL S WW VN GKEVHS GV S TDPQPLKEQP ALND SR Y CL S SRLRV S ATF W QNPRN
HFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATIL
YEILLGK ATL Y A VL V S AL VLMAM VKRKDF (SEQ ID NO: 58)
La Figura 4 proporciona un ejemplo no limitante de un vector de expresión que puede usarse para expresar cualquiera de los TCR de este ejemplo. Para la Figura 4: (A) Vector retrovírico usado para expresar TCR LTR: repetición terminal larga; ^: señal de empaquetamiento; mCS: sitio de clonación múltiple; IRES: sitio interno de entrada al ribosoma; eGFP: proteína fluorescente verde potenciada. (B) Módulo de expresión de TCR. (I) Las secuencias de ADNc que codifican las cadenas p y a de tCr están conectadas mediante un ligador GSG (Gly-Ser-Gly) y una secuencia de salto ribosómico P2A. (II) Las secuencias de ADNc que codifican las cadenas p y a del TCR están conectadas por un sitio de reconocimiento de furina proteasa (RAkR (Arg-Ala-Lys-Arg)), un ligador SGSG (Ser-Gly-Ser-Gly), epítopo V5 y una secuencia de salto ribosómico P2A.
Como se describe en el documento PCT PCT/US14/25673, los TCR de este ejemplo son capaces de promover el reconocimiento directo de células cancerosas e inducir la apoptosis de las mismas. Además, se encontró que las células T CD4+ que expresan los TCR de este ejemplo potencian de manera eficiente la actividad citotóxica de las células T CD8+ específicas de antígeno tumoral a través del reconocimiento directo de células cancerosas en ausencia de células presentadoras de antígenos. Además, las células T CD8+ coestimuladas con células T CD4+ que expresan los tCr recombinantes de este ejemplo proliferaban activamente y regulaban positivamente los marcadores de células T de memoria central, y las células T CD4+ que expresan estos TCR mostraban una actividad antitumoral significativa in vivo para inhibir el crecimiento de células cancerosas humanas en ratones inmunodeficientes, y estas células T CD4+ con células T CD8+ específica de antígeno tumoral inhibían cooperativamente el crecimiento tumoral in vivo.
Frecuencias de alelos de HLA para diferentes poblaciones étnicas en los Estados Unidos. (Se muestran los 10 tipos más frecuentes en estadounidenses de origen europeo en la Tabla 1). Los datos de HLA-A,B,C,DR y DQ se obtuvieron y modificaron del Programa Nacional de Donantes de Médula Ósea®(NMDP)/Be The Match® sitio web: bioinformatics.bethematchclinical.org/. Los datos para HLA-DP se obtuvieron de la base de datos The Allele Frequency Net: www.allelefrequencies.net/contact.asp.
Una colección de esta divulgación puede contener una pluralidad de TCR específicos de NY-ESO-1 restringidos por los tipos de HLA subrayados/en negrita en la Tabla 1 a continuación.
Tabla 1.
Si bien la presente divulgación se ha mostrado y descrito de forma particular con referencia a realizaciones específicas, debería entenderse por los expertos en la materia que pueden realizarse diversos cambios en forma y detalle en la misma sin apartarse del alcance de la presente divulgación divulgada en el presente documento.
El alcance de la invención se expone en las reivindicaciones adjuntas.
Claims (10)
1. Un polinucleótido recombinante que codifica una cadena alfa y una cadena beta de un receptor de células T (TCR) 19305DP, donde la cadena alfa comprende la secuencia SEQ ID NO:1 y la cadena beta comprende la secuencia s Eq ID NO:2.
2. El polinucleótido recombinante de la reivindicación 1, donde el polinucleótido recombinante está presente en un vector de expresión.
3. El polinucleótido recombinante de la reivindicación 2, donde el vector de expresión está presente en una célula.
4. El polinucleótido recombinante de la reivindicación 3, donde el vector de expresión está presente en una célula que es una célula T CD4+ o una célula T CD8+.
5. Células T humanas modificadas que comprenden un vector de expresión de la reivindicación 2 para su uso en un procedimiento de profilaxis y/o terapia de un individuo diagnosticado con, sospechoso de tener o en riesgo de desarrollo o recurrencia de un cáncer, donde el cáncer comprende células cancerosas que expresan el antígeno NY-ESO-1/LAGE-1, caracterizado por administrar al individuo las células T humanas modificadas que comprenden el vector de expresión de la reivindicación 2.
6. Las células T humanas modificadas para el uso de la reivindicación 5, donde las células cancerosas se seleccionan de células de cáncer de vejiga, células de cáncer de cerebro, células de cáncer de mama, células de cáncer gástrico, células de cáncer de esófago, células de cáncer de cabeza y cuello, células de cáncer hepatobiliar, células de cáncer de riñón, células de cáncer de ovario, células de cáncer de pulmón no microcítico, mieloma, células de cáncer de próstata, células de sarcoma, células de cáncer testicular, células de melanoma o combinaciones de las mismas.
7. Las células T humanas modificadas para el uso de la reivindicación 5 o la reivindicación 6, que comprenden retirar las células T del individuo antes de la administración y modificar las células T introduciendo en las células T el vector de expresión.
8. Las células T humanas modificadas para el uso de la reivindicación 7, donde las células T modificadas en las que está presente el vector de expresión comprenden células T CD4+, células T CD8+ o una combinación de las mismas.
9. Una colección que comprende una pluralidad de polinucleótidos recombinantes que codifican las cadenas alfa y las cadenas beta de los receptores de células T (TCR) de la reivindicación 1 y que además comprende al menos un polinucleótido recombinante adicional que codifica al menos una cadena alfa de TCR y al menos una cadena beta de TCR de los TCR "AL" que comprende las SEQ ID NO: 65 y 66, "KQ" que comprende las SEQ ID NO:7 y 8, "PP" que comprende las SEQ ID NO: 11 y 12, "BB" que comprende las SEQ ID NO: 15 y 16, "KB" que comprende las S eQ ID NO: 19 y 20, "ST" que comprende las s Eq ID NO: 23 y 24, "JD" que comprende las S eQ ID No : 27 y 28, "PB-P" que comprende las SEQ ID NO: 31 y 32, "PB-T" que comprende las SEQ iD NO: 35 y 36, "PB 13.2" que comprende las S eQ ID NO: 39 y 40, "19305CD8" que comprende las SEQ ID NO: 43 y 44, "JM" que comprende las SEQ ID NO: 47 y 48, "5B8" que comprende las SEQ ID NO: 51 y 52, y "SB95" que comprende las SEQ ID NO: 55 y 56; donde, opcionalmente, los polinucleótidos recombinantes están presentes en vectores de expresión.
10. Un procedimiento que comprende probar una muestra de un individuo para determinar si el individuo tiene o no un cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, y posteriormente a la determinación de que el individuo tiene el cáncer positivo de NY-ESO-1/LAGE-1, seleccionar un vector de expresión de una colección de la reivindicación 9 basándose al menos en parte en el tipo de HLA del individuo, e introducir opcionalmente el vector de expresión en células obtenidas del individuo.
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