ES2928793T3 - Un método de diagnóstico o pronóstico de un trastorno neurológico - Google Patents
Un método de diagnóstico o pronóstico de un trastorno neurológico Download PDFInfo
- Publication number
- ES2928793T3 ES2928793T3 ES19722071T ES19722071T ES2928793T3 ES 2928793 T3 ES2928793 T3 ES 2928793T3 ES 19722071 T ES19722071 T ES 19722071T ES 19722071 T ES19722071 T ES 19722071T ES 2928793 T3 ES2928793 T3 ES 2928793T3
- Authority
- ES
- Spain
- Prior art keywords
- biomarker
- als
- quantitative
- optionally
- biological sample
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 19
- 208000012902 Nervous system disease Diseases 0.000 title abstract description 12
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title description 6
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 title description 2
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 claims abstract description 86
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims abstract description 32
- 206010002026 amyotrophic lateral sclerosis Diseases 0.000 claims description 97
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 51
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 36
- 102100025682 Dystroglycan 1 Human genes 0.000 claims description 23
- 101000855983 Homo sapiens Dystroglycan 1 Proteins 0.000 claims description 21
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 17
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 14
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 8
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 8
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000003567 ascitic fluid Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000005013 brain tissue Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000003722 extracellular fluid Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 2
- 101150109411 DAG1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 210000003679 cervix uteri Anatomy 0.000 claims 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 abstract description 6
- 210000001808 exosome Anatomy 0.000 description 67
- 208000005264 motor neuron disease Diseases 0.000 description 32
- 208000002320 spinal muscular atrophy Diseases 0.000 description 20
- 102100037097 Protein disulfide-isomerase A3 Human genes 0.000 description 19
- 102100027421 Heat shock cognate 71 kDa protein Human genes 0.000 description 18
- 101001080568 Homo sapiens Heat shock cognate 71 kDa protein Proteins 0.000 description 18
- 101001098802 Homo sapiens Protein disulfide-isomerase A3 Proteins 0.000 description 18
- 102100023708 Coiled-coil domain-containing protein 80 Human genes 0.000 description 17
- 102100033299 Glia-derived nexin Human genes 0.000 description 17
- 101000978383 Homo sapiens Coiled-coil domain-containing protein 80 Proteins 0.000 description 17
- 208000026072 Motor neurone disease Diseases 0.000 description 17
- 102100030477 Plectin Human genes 0.000 description 17
- 101000997803 Homo sapiens Glia-derived nexin Proteins 0.000 description 16
- 101001126471 Homo sapiens Plectin Proteins 0.000 description 16
- 201000010901 lateral sclerosis Diseases 0.000 description 15
- 102100032187 Androgen receptor Human genes 0.000 description 14
- 102100029949 Caprin-1 Human genes 0.000 description 14
- 101000775732 Homo sapiens Androgen receptor Proteins 0.000 description 14
- 101000793727 Homo sapiens Caprin-1 Proteins 0.000 description 14
- 208000032319 Primary lateral sclerosis Diseases 0.000 description 14
- 206010046298 Upper motor neurone lesion Diseases 0.000 description 14
- 208000006269 X-Linked Bulbo-Spinal Atrophy Diseases 0.000 description 14
- 208000008675 hereditary spastic paraplegia Diseases 0.000 description 14
- 210000000663 muscle cell Anatomy 0.000 description 14
- 201000002241 progressive bulbar palsy Diseases 0.000 description 14
- UJCHIZDEQZMODR-BYPYZUCNSA-N (2r)-2-acetamido-3-sulfanylpropanamide Chemical compound CC(=O)N[C@@H](CS)C(N)=O UJCHIZDEQZMODR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 13
- 102100038222 60 kDa heat shock protein, mitochondrial Human genes 0.000 description 13
- 102100032959 Alpha-actinin-4 Human genes 0.000 description 13
- 102100021633 Cathepsin B Human genes 0.000 description 13
- 102100031457 Collagen alpha-1(V) chain Human genes 0.000 description 13
- 241001669680 Dormitator maculatus Species 0.000 description 13
- 101000883686 Homo sapiens 60 kDa heat shock protein, mitochondrial Proteins 0.000 description 13
- 101000797282 Homo sapiens Alpha-actinin-4 Proteins 0.000 description 13
- 101000898449 Homo sapiens Cathepsin B Proteins 0.000 description 13
- 101000941708 Homo sapiens Collagen alpha-1(V) chain Proteins 0.000 description 13
- 101001008394 Homo sapiens Nucleobindin-1 Proteins 0.000 description 13
- 101001072202 Homo sapiens Protein disulfide-isomerase Proteins 0.000 description 13
- 101001098824 Homo sapiens Protein disulfide-isomerase A4 Proteins 0.000 description 13
- 101000801701 Homo sapiens Tropomyosin alpha-1 chain Proteins 0.000 description 13
- 102100027439 Nucleobindin-1 Human genes 0.000 description 13
- 102100036352 Protein disulfide-isomerase Human genes 0.000 description 13
- 102100037089 Protein disulfide-isomerase A4 Human genes 0.000 description 13
- 102100033632 Tropomyosin alpha-1 chain Human genes 0.000 description 13
- 229920002791 poly-4-hydroxybutyrate Polymers 0.000 description 13
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 13
- 201000008752 progressive muscular atrophy Diseases 0.000 description 13
- 102100026750 60S ribosomal protein L5 Human genes 0.000 description 12
- 102100032528 C-type lectin domain family 11 member A Human genes 0.000 description 12
- 102100032230 Caveolae-associated protein 1 Human genes 0.000 description 12
- 108700041152 Endoplasmic Reticulum Chaperone BiP Proteins 0.000 description 12
- 102100021451 Endoplasmic reticulum chaperone BiP Human genes 0.000 description 12
- 101150112743 HSPA5 gene Proteins 0.000 description 12
- 101000691083 Homo sapiens 60S ribosomal protein L5 Proteins 0.000 description 12
- 101000942297 Homo sapiens C-type lectin domain family 11 member A Proteins 0.000 description 12
- 101000869049 Homo sapiens Caveolae-associated protein 1 Proteins 0.000 description 12
- 101001044927 Homo sapiens Insulin-like growth factor-binding protein 3 Proteins 0.000 description 12
- 101001128460 Homo sapiens Myosin light polypeptide 6 Proteins 0.000 description 12
- 101000610781 Homo sapiens Proteasome subunit alpha type-2 Proteins 0.000 description 12
- 102100022708 Insulin-like growth factor-binding protein 3 Human genes 0.000 description 12
- 108090001040 Microtubule-associated protein 1B Proteins 0.000 description 12
- 102000004866 Microtubule-associated protein 1B Human genes 0.000 description 12
- 102100031829 Myosin light polypeptide 6 Human genes 0.000 description 12
- 102100040364 Proteasome subunit alpha type-2 Human genes 0.000 description 12
- 208000015122 neurodegenerative disease Diseases 0.000 description 12
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 10
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 10
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 10
- 210000001665 muscle stem cell Anatomy 0.000 description 10
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 9
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 8
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 8
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 8
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 8
- 102100025222 CD63 antigen Human genes 0.000 description 7
- 101000934368 Homo sapiens CD63 antigen Proteins 0.000 description 7
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 7
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 7
- 201000000196 pseudobulbar palsy Diseases 0.000 description 7
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 7
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 6
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 description 6
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 6
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 6
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 5
- 102100040685 14-3-3 protein zeta/delta Human genes 0.000 description 5
- 102100039980 40S ribosomal protein S18 Human genes 0.000 description 5
- 102100037663 40S ribosomal protein S8 Human genes 0.000 description 5
- 102100037685 60S ribosomal protein L22 Human genes 0.000 description 5
- 102100025601 60S ribosomal protein L27 Human genes 0.000 description 5
- 102100021671 60S ribosomal protein L29 Human genes 0.000 description 5
- 102100040924 60S ribosomal protein L6 Human genes 0.000 description 5
- 102100036630 60S ribosomal protein L7a Human genes 0.000 description 5
- 102100035931 60S ribosomal protein L8 Human genes 0.000 description 5
- 101100339431 Arabidopsis thaliana HMGB2 gene Proteins 0.000 description 5
- 102100031629 COP9 signalosome complex subunit 1 Human genes 0.000 description 5
- 102100023473 Cell growth-regulating nucleolar protein Human genes 0.000 description 5
- 102100030298 Chitinase domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 5
- 108010066813 Chitinase-3-Like Protein 1 Proteins 0.000 description 5
- 102100038196 Chitinase-3-like protein 1 Human genes 0.000 description 5
- 102000004360 Cofilin 1 Human genes 0.000 description 5
- 108090000996 Cofilin 1 Proteins 0.000 description 5
- 102100033781 Collagen alpha-2(IV) chain Human genes 0.000 description 5
- 102100038493 Cytokine receptor-like factor 1 Human genes 0.000 description 5
- 102100037373 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease Human genes 0.000 description 5
- 102100033582 Dermokine Human genes 0.000 description 5
- 102100024426 Dihydropyrimidinase-related protein 2 Human genes 0.000 description 5
- 102100031814 EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1 Human genes 0.000 description 5
- 102100021977 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 Human genes 0.000 description 5
- 102100030808 Elongation factor 1-delta Human genes 0.000 description 5
- 102100040015 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 Human genes 0.000 description 5
- 102100028166 FACT complex subunit SSRP1 Human genes 0.000 description 5
- 102100026546 Fibronectin type III domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 5
- 102100031249 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1 Human genes 0.000 description 5
- 108700010013 HMGB1 Proteins 0.000 description 5
- 101150021904 HMGB1 gene Proteins 0.000 description 5
- 102100027685 Hemoglobin subunit alpha Human genes 0.000 description 5
- 102100037907 High mobility group protein B1 Human genes 0.000 description 5
- 101000964898 Homo sapiens 14-3-3 protein zeta/delta Proteins 0.000 description 5
- 101000811259 Homo sapiens 40S ribosomal protein S18 Proteins 0.000 description 5
- 101001097439 Homo sapiens 40S ribosomal protein S8 Proteins 0.000 description 5
- 101001097555 Homo sapiens 60S ribosomal protein L22 Proteins 0.000 description 5
- 101000719728 Homo sapiens 60S ribosomal protein L27 Proteins 0.000 description 5
- 101000673524 Homo sapiens 60S ribosomal protein L6 Proteins 0.000 description 5
- 101000853243 Homo sapiens 60S ribosomal protein L7a Proteins 0.000 description 5
- 101000853659 Homo sapiens 60S ribosomal protein L8 Proteins 0.000 description 5
- 101000940485 Homo sapiens COP9 signalosome complex subunit 1 Proteins 0.000 description 5
- 101000622133 Homo sapiens Cell growth-regulating nucleolar protein Proteins 0.000 description 5
- 101000991102 Homo sapiens Chitinase domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 5
- 101000710876 Homo sapiens Collagen alpha-2(IV) chain Proteins 0.000 description 5
- 101000956431 Homo sapiens Cytokine receptor-like factor 1 Proteins 0.000 description 5
- 101000806846 Homo sapiens DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease Proteins 0.000 description 5
- 101000872044 Homo sapiens Dermokine Proteins 0.000 description 5
- 101001053503 Homo sapiens Dihydropyrimidinase-related protein 2 Proteins 0.000 description 5
- 101001065272 Homo sapiens EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1 Proteins 0.000 description 5
- 101000897035 Homo sapiens Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 Proteins 0.000 description 5
- 101000920062 Homo sapiens Elongation factor 1-delta Proteins 0.000 description 5
- 101000959829 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 Proteins 0.000 description 5
- 101000697353 Homo sapiens FACT complex subunit SSRP1 Proteins 0.000 description 5
- 101000913643 Homo sapiens Fibronectin type III domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 5
- 101000844866 Homo sapiens H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1 Proteins 0.000 description 5
- 101001009007 Homo sapiens Hemoglobin subunit alpha Proteins 0.000 description 5
- 101001013150 Homo sapiens Interstitial collagenase Proteins 0.000 description 5
- 101001090172 Homo sapiens Kinectin Proteins 0.000 description 5
- 101001051207 Homo sapiens L-lactate dehydrogenase B chain Proteins 0.000 description 5
- 101000598160 Homo sapiens Nuclear mitotic apparatus protein 1 Proteins 0.000 description 5
- 101000979629 Homo sapiens Nucleoside diphosphate kinase A Proteins 0.000 description 5
- 101000891031 Homo sapiens Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP10 Proteins 0.000 description 5
- 101001124867 Homo sapiens Peroxiredoxin-1 Proteins 0.000 description 5
- 101001064282 Homo sapiens Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta Proteins 0.000 description 5
- 101001090813 Homo sapiens Proteasome subunit alpha type-6 Proteins 0.000 description 5
- 101001136986 Homo sapiens Proteasome subunit beta type-8 Proteins 0.000 description 5
- 101000653788 Homo sapiens Protein S100-A11 Proteins 0.000 description 5
- 101000693054 Homo sapiens Protein S100-A13 Proteins 0.000 description 5
- 101000664381 Homo sapiens SKI family transcriptional corepressor 1 Proteins 0.000 description 5
- 101000632319 Homo sapiens Septin-7 Proteins 0.000 description 5
- 101000587455 Homo sapiens Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial Proteins 0.000 description 5
- 101000740523 Homo sapiens Syntenin-1 Proteins 0.000 description 5
- 101000598025 Homo sapiens Talin-1 Proteins 0.000 description 5
- 101000635938 Homo sapiens Transforming growth factor beta-1 proprotein Proteins 0.000 description 5
- 102100034751 Kinectin Human genes 0.000 description 5
- 102100024580 L-lactate dehydrogenase B chain Human genes 0.000 description 5
- 102000000380 Matrix Metalloproteinase 1 Human genes 0.000 description 5
- 102100036961 Nuclear mitotic apparatus protein 1 Human genes 0.000 description 5
- 102100023252 Nucleoside diphosphate kinase A Human genes 0.000 description 5
- 102100040349 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP10 Human genes 0.000 description 5
- 102100029139 Peroxiredoxin-1 Human genes 0.000 description 5
- 108010022233 Plasminogen Activator Inhibitor 1 Proteins 0.000 description 5
- 102100039418 Plasminogen activator inhibitor 1 Human genes 0.000 description 5
- 102100030655 Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta Human genes 0.000 description 5
- 102100034664 Proteasome subunit alpha type-6 Human genes 0.000 description 5
- 102100035760 Proteasome subunit beta type-8 Human genes 0.000 description 5
- 102100029811 Protein S100-A11 Human genes 0.000 description 5
- 102100025670 Protein S100-A13 Human genes 0.000 description 5
- 108010007100 Pulmonary Surfactant-Associated Protein A Proteins 0.000 description 5
- 102100027773 Pulmonary surfactant-associated protein A2 Human genes 0.000 description 5
- 102100038524 SKI family transcriptional corepressor 1 Human genes 0.000 description 5
- 102100027981 Septin-7 Human genes 0.000 description 5
- 102100029719 Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial Human genes 0.000 description 5
- 102100037219 Syntenin-1 Human genes 0.000 description 5
- 102100036977 Talin-1 Human genes 0.000 description 5
- 102100030742 Transforming growth factor beta-1 proprotein Human genes 0.000 description 5
- 238000000540 analysis of variance Methods 0.000 description 5
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 5
- 210000002161 motor neuron Anatomy 0.000 description 5
- 239000000047 product Substances 0.000 description 5
- 108090000850 ribosomal protein S14 Proteins 0.000 description 5
- 102000004314 ribosomal protein S14 Human genes 0.000 description 5
- 102100022108 Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase Human genes 0.000 description 4
- 102100023045 Band 4.1-like protein 2 Human genes 0.000 description 4
- 102100032219 Cathepsin D Human genes 0.000 description 4
- 102100024330 Collectin-12 Human genes 0.000 description 4
- 102100038114 Cyclin-dependent kinase 13 Human genes 0.000 description 4
- 102100022692 Density-regulated protein Human genes 0.000 description 4
- 102100028410 Endophilin-A1 Human genes 0.000 description 4
- 102100026671 F-actin-capping protein subunit alpha-1 Human genes 0.000 description 4
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 4
- 101000676246 Homo sapiens 60S ribosomal protein L29 Proteins 0.000 description 4
- 101000901030 Homo sapiens Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase Proteins 0.000 description 4
- 101001049977 Homo sapiens Band 4.1-like protein 2 Proteins 0.000 description 4
- 101000869010 Homo sapiens Cathepsin D Proteins 0.000 description 4
- 101000909528 Homo sapiens Collectin-12 Proteins 0.000 description 4
- 101000884348 Homo sapiens Cyclin-dependent kinase 13 Proteins 0.000 description 4
- 101001044612 Homo sapiens Density-regulated protein Proteins 0.000 description 4
- 101000632565 Homo sapiens Endophilin-A1 Proteins 0.000 description 4
- 101000910965 Homo sapiens F-actin-capping protein subunit alpha-1 Proteins 0.000 description 4
- 101000636823 Homo sapiens Neogenin Proteins 0.000 description 4
- 101000775053 Homo sapiens Neuroblast differentiation-associated protein AHNAK Proteins 0.000 description 4
- 101000598100 Homo sapiens Nuclear migration protein nudC Proteins 0.000 description 4
- 101001008429 Homo sapiens Nucleobindin-2 Proteins 0.000 description 4
- 101000595182 Homo sapiens Podocan Proteins 0.000 description 4
- 101000735881 Homo sapiens Proteasome subunit beta type-5 Proteins 0.000 description 4
- 101001136954 Homo sapiens Proteasome subunit beta type-7 Proteins 0.000 description 4
- 101001136981 Homo sapiens Proteasome subunit beta type-9 Proteins 0.000 description 4
- 101000687720 Homo sapiens SWI/SNF complex subunit SMARCC2 Proteins 0.000 description 4
- 101000587430 Homo sapiens Serine/arginine-rich splicing factor 2 Proteins 0.000 description 4
- 101000616167 Homo sapiens Splicing factor 3B subunit 4 Proteins 0.000 description 4
- 101000716721 Homo sapiens Suprabasin Proteins 0.000 description 4
- 101000653567 Homo sapiens T-complex protein 1 subunit delta Proteins 0.000 description 4
- 101000652726 Homo sapiens Transgelin-2 Proteins 0.000 description 4
- 102100031900 Neogenin Human genes 0.000 description 4
- 102100031837 Neuroblast differentiation-associated protein AHNAK Human genes 0.000 description 4
- 102100036965 Nuclear migration protein nudC Human genes 0.000 description 4
- 102100027441 Nucleobindin-2 Human genes 0.000 description 4
- 102100036036 Podocan Human genes 0.000 description 4
- 102100036127 Proteasome subunit beta type-5 Human genes 0.000 description 4
- 102100035763 Proteasome subunit beta type-7 Human genes 0.000 description 4
- 102100035764 Proteasome subunit beta type-9 Human genes 0.000 description 4
- 102100024790 SWI/SNF complex subunit SMARCC2 Human genes 0.000 description 4
- 102100029666 Serine/arginine-rich splicing factor 2 Human genes 0.000 description 4
- 102100021815 Splicing factor 3B subunit 4 Human genes 0.000 description 4
- 102100020889 Suprabasin Human genes 0.000 description 4
- 102100029958 T-complex protein 1 subunit delta Human genes 0.000 description 4
- 102100031016 Transgelin-2 Human genes 0.000 description 4
- 101100509394 Ustilago maydis ITP1 gene Proteins 0.000 description 4
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 4
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 4
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 4
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 4
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 4
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 4
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 4
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 4
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 4
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 4
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 3
- 108091030146 MiRBase Proteins 0.000 description 3
- 208000033526 Proximal spinal muscular atrophy type 3 Diseases 0.000 description 3
- 238000010162 Tukey test Methods 0.000 description 3
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000003491 array Methods 0.000 description 3
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 3
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 3
- 210000000852 deltoid muscle Anatomy 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 3
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 3
- 210000002487 multivesicular body Anatomy 0.000 description 3
- 238000001964 muscle biopsy Methods 0.000 description 3
- 208000032527 type III spinal muscular atrophy Diseases 0.000 description 3
- 206010003694 Atrophy Diseases 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100036912 Desmin Human genes 0.000 description 2
- 108010044052 Desmin Proteins 0.000 description 2
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 2
- 108010071885 Dystroglycans Proteins 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710088172 HTH-type transcriptional regulator RipA Proteins 0.000 description 2
- 102000005604 Myosin Heavy Chains Human genes 0.000 description 2
- 108010084498 Myosin Heavy Chains Proteins 0.000 description 2
- 208000018737 Parkinson disease Diseases 0.000 description 2
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229930185229 antidesmin Natural products 0.000 description 2
- 230000037444 atrophy Effects 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 230000004637 cellular stress Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 210000005045 desmin Anatomy 0.000 description 2
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 2
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 2
- 201000000585 muscular atrophy Diseases 0.000 description 2
- 230000001114 myogenic effect Effects 0.000 description 2
- 230000000626 neurodegenerative effect Effects 0.000 description 2
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 2
- 238000001543 one-way ANOVA Methods 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- 238000010814 radioimmunoprecipitation assay Methods 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 210000002027 skeletal muscle Anatomy 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- IGRCWJPBLWGNPX-UHFFFAOYSA-N 3-(2-chlorophenyl)-n-(4-chlorophenyl)-n,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-carboxamide Chemical compound C=1C=C(Cl)C=CC=1N(C)C(=O)C1=C(C)ON=C1C1=CC=CC=C1Cl IGRCWJPBLWGNPX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100032047 Alsin Human genes 0.000 description 1
- 101710187109 Alsin Proteins 0.000 description 1
- 208000024827 Alzheimer disease Diseases 0.000 description 1
- ATRRKUHOCOJYRX-UHFFFAOYSA-N Ammonium bicarbonate Chemical compound [NH4+].OC([O-])=O ATRRKUHOCOJYRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910000013 Ammonium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 208000037259 Amyloid Plaque Diseases 0.000 description 1
- 101710137189 Amyloid-beta A4 protein Proteins 0.000 description 1
- 102100022704 Amyloid-beta precursor protein Human genes 0.000 description 1
- 101710151993 Amyloid-beta precursor protein Proteins 0.000 description 1
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 description 1
- 101001057320 Arabidopsis thaliana Methionine aminopeptidase 1B, chloroplastic Proteins 0.000 description 1
- 238000000035 BCA protein assay Methods 0.000 description 1
- 102100027217 CD82 antigen Human genes 0.000 description 1
- 101150108055 CHMP2B gene Proteins 0.000 description 1
- 102100038279 Charged multivesicular body protein 2b Human genes 0.000 description 1
- 206010053567 Coagulopathies Diseases 0.000 description 1
- 101710137943 Complement control protein C3 Proteins 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 101000914469 Homo sapiens CD82 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000581981 Homo sapiens Neural cell adhesion molecule 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000801742 Homo sapiens Triosephosphate isomerase Proteins 0.000 description 1
- 101000613251 Homo sapiens Tumor susceptibility gene 101 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000775932 Homo sapiens Vesicle-associated membrane protein-associated protein B/C Proteins 0.000 description 1
- 108091070510 Homo sapiens let-7f-1 stem-loop Proteins 0.000 description 1
- 108091070526 Homo sapiens let-7f-2 stem-loop Proteins 0.000 description 1
- 108091056640 Homo sapiens miR-3663 stem-loop Proteins 0.000 description 1
- 238000001276 Kolmogorov–Smirnov test Methods 0.000 description 1
- -1 Merck-Millipore®) Proteins 0.000 description 1
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 description 1
- 206010028289 Muscle atrophy Diseases 0.000 description 1
- 206010056677 Nerve degeneration Diseases 0.000 description 1
- 102100027347 Neural cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 description 1
- 206010029240 Neuritis Diseases 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 101150039088 PDIA3 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000002033 PVDF binder Substances 0.000 description 1
- 206010033799 Paralysis Diseases 0.000 description 1
- 238000010220 Pearson correlation analysis Methods 0.000 description 1
- 108010054050 Plectin Proteins 0.000 description 1
- 108091036407 Polyadenylation Proteins 0.000 description 1
- 206010036105 Polyneuropathy Diseases 0.000 description 1
- 102000003890 RNA-binding protein FUS Human genes 0.000 description 1
- 108090000292 RNA-binding protein FUS Proteins 0.000 description 1
- 208000004756 Respiratory Insufficiency Diseases 0.000 description 1
- 108010005113 Serpin E2 Proteins 0.000 description 1
- 102000042773 Small Nucleolar RNA Human genes 0.000 description 1
- 108020003224 Small Nucleolar RNA Proteins 0.000 description 1
- 108010021188 Superoxide Dismutase-1 Proteins 0.000 description 1
- 102100038836 Superoxide dismutase [Cu-Zn] Human genes 0.000 description 1
- 102100040347 TAR DNA-binding protein 43 Human genes 0.000 description 1
- 101710150875 TAR DNA-binding protein 43 Proteins 0.000 description 1
- 102100026145 Transitional endoplasmic reticulum ATPase Human genes 0.000 description 1
- 101710132062 Transitional endoplasmic reticulum ATPase Proteins 0.000 description 1
- 102100033598 Triosephosphate isomerase Human genes 0.000 description 1
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 1
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 1
- 102100040879 Tumor susceptibility gene 101 protein Human genes 0.000 description 1
- 102100032026 Vesicle-associated membrane protein-associated protein B/C Human genes 0.000 description 1
- QPMSXSBEVQLBIL-CZRHPSIPSA-N ac1mix0p Chemical compound C1=CC=C2N(C[C@H](C)CN(C)C)C3=CC(OC)=CC=C3SC2=C1.O([C@H]1[C@]2(OC)C=CC34C[C@@H]2[C@](C)(O)CCC)C2=C5[C@]41CCN(C)[C@@H]3CC5=CC=C2O QPMSXSBEVQLBIL-CZRHPSIPSA-N 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 1
- 235000012538 ammonium bicarbonate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001099 ammonium carbonate Substances 0.000 description 1
- DZHSAHHDTRWUTF-SIQRNXPUSA-N amyloid-beta polypeptide 42 Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)[C@@H](C)CC)C(C)C)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC=1N=CNC=1)NC(=O)[C@H](CC=1N=CNC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1N=CNC=1)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O)C(C)C)C(C)C)C1=CC=CC=C1 DZHSAHHDTRWUTF-SIQRNXPUSA-N 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 230000003305 autocrine Effects 0.000 description 1
- 230000004642 autophagic pathway Effects 0.000 description 1
- 101150027040 axl-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 230000008436 biogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 208000002352 blister Diseases 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 230000035602 clotting Effects 0.000 description 1
- 239000003636 conditioned culture medium Substances 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 230000007850 degeneration Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 238000000635 electron micrograph Methods 0.000 description 1
- 238000001493 electron microscopy Methods 0.000 description 1
- 210000001163 endosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000028023 exocytosis Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000025563 intercellular transport Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 210000003712 lysosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000001868 lysosomic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002826 magnetic-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 1
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 1
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 230000020763 muscle atrophy Effects 0.000 description 1
- 230000037257 muscle growth Effects 0.000 description 1
- 230000009756 muscle regeneration Effects 0.000 description 1
- 201000006938 muscular dystrophy Diseases 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 210000003098 myoblast Anatomy 0.000 description 1
- 230000004770 neurodegeneration Effects 0.000 description 1
- 210000004498 neuroglial cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000926 neurological effect Effects 0.000 description 1
- 210000000715 neuromuscular junction Anatomy 0.000 description 1
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 230000003076 paracrine Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 208000019629 polyneuritis Diseases 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 229920002981 polyvinylidene fluoride Polymers 0.000 description 1
- 230000001242 postsynaptic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000004845 protein aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000000164 protein isolation Methods 0.000 description 1
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 201000004193 respiratory failure Diseases 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 239000003001 serine protease inhibitor Substances 0.000 description 1
- 230000009131 signaling function Effects 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 238000001374 small-angle light scattering Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 238000004885 tandem mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000003260 vortexing Methods 0.000 description 1
- 230000010294 whole body metabolism Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
- G01N33/6896—Neurological disorders, e.g. Alzheimer's disease
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/28—Neurological disorders
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/28—Neurological disorders
- G01N2800/2835—Movement disorders, e.g. Parkinson, Huntington, Tourette
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/28—Neurological disorders
- G01N2800/285—Demyelinating diseases; Multipel sclerosis
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Neurosurgery (AREA)
- Neurology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
La presente invención se refiere a un método para diagnosticar o pronosticar un trastorno neurológico en un sujeto. El método comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de uno o más biomarcadores en una muestra biológica del sujeto; y diagnosticar o pronosticar el trastorno neurológico en el sujeto basándose en el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador en la muestra biológica. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)
Description
DESCRIPCIÓN
Un método de diagnóstico o pronóstico de un trastorno neurológico
Campo de la invención
La presente invención se refiere a un método para diagnosticar o pronosticar la esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto. El método comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de DAG1 en una muestra biológica del sujeto; y diagnosticar o pronosticar la esclerosis lateral amiotrófica en el sujeto basándose en el nivel cuantitativo o cualitativo de DAG1 en la muestra biológica.
Antecedentes de la invención
La esclerosis lateral amiotrófica (ALS), también conocida como enfermedad de la neurona motora (MND), es un trastorno mortal de la neurona motora que provoca la degeneración progresiva y la muerte de las neuronas motoras superiores e inferiores, agregación de proteínas, atrofia muscular grave e insuficiencia respiratoria. La mediana de supervivencia es entre 2 y 5 años desde el inicio de los síntomas. La ALS se manifiesta como ALS familiar (FALS; -10 % de los casos) o ALS esporádica (SALS; -90 % de los casos). La tasa de incidencia de la ALS se ha estimado entre 0.3 y 2.6 casos por 100000 (2.16 por 100000 personas-año en Europa, 2.0 por 100 000 personas-año en Irlanda).
Los estudios en modelos animales y pacientes con ALS muestran que la degeneración de las neuronas motoras comienza en la unión neuromuscular y que los cambios en los músculos postsinápticos pueden desempeñar un papel activo. Los estudios han mostrado que el músculo esquelético tiene una actividad secretora funcional. El secretoma muscular contiene exosomas, vesículas que llevan a cabo el transporte intercelular de proteínas funcionales, ARNm y miARN. Los exosomas pueden actuar en una forma autocrina/paracrina en las células musculares u otros tipos de células y contribuyen al crecimiento y regeneración muscular, al metabolismo de todo el cuerpo y a otras funciones. Los agregados patológicos de proteínas mal plegadas, tales como las proteínas SOD1, TDP-43 o FUS en las neuronas afectadas y también en la glía cercana, pueden considerarse características de la ALS. Varios estudios recientes han mostrado que estas proteínas intracelulares pueden ser liberadas a través de la exocitosis mediada por vesículas y luego ser fagocitadas por las células vecinas, lo que permite una transmisión que se autoperpetua a las neuronas motoras adyacentes. Además, en la ALS familiar, se han identificado mutaciones de genes implicados en las rutas de autofagia y en la biogénesis multivesicular (tales como ALSIN, VAPB, CHMP2B y VCP). Juntos, estos datos sugieren fuertemente una alteración de las rutas del endosoma y del lisosoma en pacientes con ALS esporádica y familiar; estas rutas están ambas involucradas en la génesis de exosomas. El diagnóstico es lento, a menudo requiere que el paciente consulte a varios especialistas durante un período de meses: el tiempo medio desde el inicio de los síntomas hasta la confirmación del diagnóstico es de 13-18 meses. Por lo tanto, el problema/necesidad es diagnosticar la ALS más rápidamente.
Compendio de la invención
La invención se define en las reivindicaciones adjuntas.
Aquí se proporciona un método para diagnosticar o pronosticar un trastorno neurológico en un sujeto, comprendiendo el método las etapas de:
(a) determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de uno o más biomarcadores en una muestra biológica del sujeto; y
(b) diagnosticar o pronosticar el trastorno neurológico en el sujeto basándose en el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador en la muestra biológica;
en donde el o cada biomarcador se selecciona de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; EEF1D; TPI1; SSBP1; PSMB8; PSAP; PSMB7; CAPZA1; PRDX1; PODN; MMP1; NUCB2; HMGB1; AHNAK; FNDC1; DENR; PENK; S100A11; RPL29; RPL27; RPL8; SRSF2; SF3B4; SBSN; LYAR; NUDC; CRLF1; TGFB1; CAT; CTSD; DLD; EPB41L2; PSMB9; RPS14; RPL7A; COLEC12; SMARCC2; TAGLN2; CCT4; ASPH; GPS1; CDK13; SH3GL2; HBA1; APEX1; PSMB5; TXN; AXL; RPS8; SET; RPS18; CFL1; DMKN; RPL22; RPL6; FKBP10; PAFAH1B1; S100A13; PSMA6; SERPINE1; CAPRIN1; SEPT7; VTN; ENPP2; NEO1; DKC1; CHI3L1; SKOR1; SSRP1; COL4A2; NME1; CFB; EIF2S3; DPYSL2; NUMA1; KTN1; CHID1; EFEMP1; YWHAZ; LDHB; SDCBP; TLN1; DES; APP; y DAG1.
Preferiblemente, el o cada biomarcador se selecciona de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; y CAPRIN1.
Preferiblemente además, el o cada biomarcador se selecciona de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; CAPRIN1; DES; APP; y DAG1. Preferiblemente además, el o cada biomarcador se selecciona de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; DES; APP; y DAG1.
Opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de dos o más biomarcadores en la muestra biológica del sujeto.
Además, opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de tres, cuatro, cinco, ocho, diez, veinte, veinticinco, veintiocho, treinta, cuarenta, cincuenta, sesenta, setenta, ochenta, noventa, cien o más biomarcadores en la muestra biológica del sujeto.
Opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de todos los biomarcadores en la muestra biológica del sujeto.
Opcional o adicionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de cada uno de los biomarcadores en la muestra biológica del sujeto.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es un gen. Además, opcionalmente, el o cada biomarcador es un ácido nucleico. Además también opcionalmente, el o cada biomarcador es un ácido desoxirribonucleico.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es un producto de traducción de un gen.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es un producto de traducción de un gen seleccionado de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; EEF1D; TPI1; SSBP1; PSMB8; PSAP; PSMB7; CAPZA1; PRDX1; PODN; MMP1; NUCB2; HMGB1; AHNAK; FNDC1; DENR; PENK; S100A11; RPL29; RPL27; RPL8; SRSF2; SF3B4; SBSN; LYAR; NUDC; CRLF1; TGFB1; CAT; CTSD; DLD; EPB41L2; PSMB9; RPS14; RPL7A; COLEC12; SMARCC2; TAGLN2; CCT4; ASPH; GPS1; CDK13; SH3GL2; HBA1; APEX1; PSMB5; TXN; AXL; RPS8; SET; RPS18; CFL1; DMKN; RPL22; RPL6; FKBP10; PAFAH1B1; S100A13; PSMA6; SERPINE1; CAPRIN1; SEPT7; VTN; ENPP2; NEO1; DKC1; CHI3L1; SKOR1; SSRP1; COL4A2; NME1; CFB; EIF2S3; DPYSL2; NUMA1; KTN1; CHID1; EFEMP1; YWHAZ; LDHB; SDCBP; TLN1; DES; APP; y DAG1.
Preferiblemente, el o cada biomarcador es un producto de traducción de un gen seleccionado de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; y CAPRIN1.
Preferiblemente además, el o cada biomarcador es un producto de traducción de un gen seleccionado de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; CAPRIN1; DES; APP; y DAG1.
Preferiblemente además, el o cada biomarcador es un producto de traducción de un gen seleccionado de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; DES; APP; y DAG1.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es un ácido ribonucleico.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es un ácido ribonucleico que tiene un Número de Acceso de miRBase seleccionado de MIMAT0000244; ENSG00000239126; MIMAT0016865; MIMAT0002813; MIMAT0004697; MIMAT0000245; MIMAT0000737; MIMAT0000088; MIMAT0000414; MIMAT0004955; MIMAT0000076; MIMAT0000067; MIMAT0018084; y MIMAT0004813.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es un ácido ribonucleico que tiene una secuencia de ácido nucleico seleccionada de una cualquiera o más de SEQ ID NOs 109 - 122.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es una proteína. Además, opcionalmente, el o cada biomarcador es un péptido. Además, opcionalmente todavía, el o cada biomarcador es un polipéptido.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es una proteína codificada por un gen seleccionado de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; EEF1D; TPI1; SSBP1; PSMB8; PSAP; PSMB7; CAPZA1; PRDX1; PODN; MMP1; NUCB2; HMGB1; AHNAK; FNDC1; DENR; PENK; S100A11; RPL29; RPL27; RPL8; SRSF2; SF3B4; SBSN; LYAR; NUDC; CRLF1; TGFB1; CAT; CTSD; DLD; EPB41L2; PSMB9; RPS14; RPL7A; COLEC12; SMARCC2; TAGLN2; CCT4; ASPH; GPS1; CDK13; SH3GL2; HBA1; APEX1;
PSMB5; TXN; AXL; RPS8; SET; RPS18; CFL1; DMKN; RPL22; RPL6; FKBP10; PAFAH1B1; S100A13; PSMA6; SERPINE1; CAPRIN1; SEPT7; VTN; ENPP2; NEO1; DKC1; CHI3L1; SKOR1; SSRP1; COL4A2; NME1; CFB; EIF2S3; DPYSL2; NUMA1; KTN1; CHID1; EFEMP1; YWHAZ; LDHB; SDCBP; TLN1; DES; APP; y DAG1.
Preferiblemente, el o cada biomarcador es una proteína codificada por un gen seleccionado de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; y CAPRIN1.
Preferiblemente además, el o cada biomarcador es una proteína codificada por un gen seleccionado de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; CAPRIN1; DES; APP; y DAG1.
Preferiblemente además, el o cada biomarcador es una proteína codificada por un gen seleccionado de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; DES; APP; y DAG1.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es una proteína que tiene un número de acceso de UniProtKB/Swiss-Prot seleccionado de: P30101; Q76M96; P11142; P07093; Q15149; P11021; P19338; P09493; P24821; P17936; P20908; Q9Y240; P46821; Q13765; P25787; P46777; P60660; P07858; P10809; Q6NZI2; Q02818; P13667; P07237; O43707; P29692; P60174; Q04837; P28062; P07602; Q99436; P52907; Q06830; Q7Z5L7; P03956; P80303; P09429; Q09666; Q4ZHG4; O43583; P01210; P31949; P47914; P61353; P62917; Q01130; Q15427; Q6UWP8; Q9NX58; Q9Y266; O75462; P01137; P04040; P07339; P09622; O43491; P28065; P62263; P62424; Q5KU26; Q8TAQ2; P37802; P50991; Q12797; Q13098; Q14004; Q99962; P69905; P27695; P28074; P10599; P30530; P62241; Q01105; P62269; P23528; Q6E0U4; P35268; Q02878; Q96AY3; P43034; Q99584; P60900; P05121; Q14444; Q16181; P04004; Q13822; Q92859; O60832; P36222; P84550; Q08945; P08572; P15531; P00751; P41091; Q16555; Q14980; Q86UP2; Q9BWS9; Q12805; P63104; P07195; 000560; Q9Y490; P17661; P05067; y Q14118.
Preferiblemente, el o cada biomarcador es una proteína que tiene un número de acceso de UniProtKB/Swiss-Prot seleccionado de: P30101; Q76M96; P11142; P07093; Q15149; P11021; P19338; P09493; P24821; P17936; P20908; Q9Y240; P46821; Q13765; P25787; P46777; P60660; P07858; P10809; Q6NZI2; Q02818; P13667; P07237; O43707; and Q14444.
Preferiblemente además, el o cada biomarcador es una proteína que tiene un número de acceso de UniProtKB/Swiss-Prot seleccionado de: P30101; Q76M96; P11142; P07093; Q15149; P11021; P19338; P09493; P24821; P17936; P20908; Q9Y240; P46821; Q13765; P25787; P46777; P60660; P07858; P10809; Q6NZI2; Q02818; P13667; P07237; O43707; Q14444; P17661; P05067; y Q14118.
Más preferiblemente, el o cada biomarcador es una proteína que tiene un número de acceso de UniProtKB/Swiss-Prot seleccionado de: P30101; Q76M96; P11142; P07093; Q15149; P17661; P05067; and Q14118.
Opcionalmente, el o cada biomarcador es una proteína que tiene una secuencia de aminoácidos seleccionada de una cualquiera o más de SEQ ID NOs 1 - 108.
Opcionalmente, el trastorno neurológico es un trastorno neurodegenerativo.
Opcionalmente, el trastorno neurodegenerativo se selecciona de esclerosis lateral amiotrófica (ALS; enfermedad de Lou Gehrig; enfermedad de la neurona motora; MND), paraplejia espástica hereditaria (HSP), esclerosis lateral primaria (PLS), atrofia muscular progresiva (PMA), parálisis bulbar progresiva (PBP), parálisis pseudobulbar, atrofia muscular espinal y bulbar (SBMA) y atrofia muscular espinal.
Opcionalmente, la etapa de diagnóstico o pronóstico (b) comprende comparar el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador en la muestra biológica del sujeto con el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador respectivo en una muestra normal.
Opcionalmente, la muestra normal es una muestra biológica de un sujeto que no padece un trastorno neurológico, opcionalmente un trastorno neurodegenerativo, además opcionalmente un trastorno neurodegenerativo seleccionado de esclerosis lateral amiotrófica (ALS; enfermedad de Lou Gehrig; enfermedad de la neurona motora; MND), paraplejia espástica hereditaria (HSP), esclerosis lateral primaria (PLS), atrofia muscular progresiva (PMA), parálisis bulbar progresiva (PBP), parálisis pseudobulbar, atrofia muscular espinal y bulbar (SBMA) y atrofia muscular espinal.
Opcionalmente, un nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador en la muestra biológica del sujeto mayor que el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador respectivo en una muestra normal es indicativo del nivel cuantitativo o cualitativo del trastorno neurológico, opcionalmente el trastorno neurodegenerativo, además opcionalmente el trastorno neurodegenerativo seleccionado de esclerosis lateral
amiotrófica (ALS; enfermedad de Lou Gehrig; enfermedad de la neurona motora; MND), paraplejia espástica hereditaria (HSP), esclerosis lateral primaria (PLS), atrofia muscular progresiva (PMA), parálisis bulbar progresiva (PBP), parálisis pseudobulbar, atrofia muscular espinal y bulbar (SBMA) y atrofia muscular espinal. Opcionalmente, un nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador en la muestra biológica del sujeto mayor que el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador respectivo en una muestra normal es indicativo de la presencia cuantitativa o cualitativa del trastorno neurológico, opcionalmente el trastorno neurodegenerativo, además opcionalmente el trastorno neurodegenerativo seleccionado de esclerosis lateral amiotrófica (ALS; enfermedad de Lou Gehrig; enfermedad de la neurona motora; MND), paraplejia espástica hereditaria (HSP), esclerosis lateral primaria (PLS), atrofia muscular progresiva (PMA), parálisis bulbar progresiva (PBP), parálisis pseudobulbar, atrofia muscular espinal y bulbar (SBMA) y atrofia muscular espinal. Opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de uno o más subconjuntos de uno o más biomarcadores en la muestra biológica del sujeto.
Opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de dos o más subconjuntos de uno o más biomarcadores en la muestra biológica del sujeto.
Opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, once, doce, trece o catorce subconjuntos de uno o más biomarcadores en la muestra biológica del sujeto
Opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de uno o más de un subconjunto primero, segundo, tercero, cuarto, quinto, sexto, séptimo, octavo, noveno, décimo, undécimo, duodécimo, decimotercero o decimocuarto de uno o más biomarcadores en la muestra biológica del sujeto.
Opcionalmente, el primer subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: PDIA3; y CCDC80.
Opcionalmente, el segundo subconjunto comprende HSPA8.
Opcionalmente, el tercer subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: SERPINE2; y PLEC.
Opcionalmente, el cuarto subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: HSPA5; y NCL. Opcionalmente, el quinto subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: TPM1; y TNC. Opcionalmente, el sexto subconjunto comprende IGFBP3.
Opcionalmente, el séptimo subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; y PSMA2.
Opcionalmente, el octavo subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; y ACTN4.
Opcionalmente, el noveno subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: EEF1D; TPI1; SSBP1; PSMB8; PSAP; PSMB7; CAPZA1; PRDX1; PODN; MMP1; NUCB2; HMGB1; AHNAK; y FNDC1. Opcionalmente, el décimo subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: DENR; PENK; S100A11; RPL29; RPL27; RPL8; SRSF2; SF3B4; SBSN; LYAR; NUDC; CRLF1; TGFB1; CAT; CTSD; DLD; EPB41L2; PSMB9; RPS14; RPL7A; COLEC12; SMARCC2; TAGLN2; CCT4; ASPH; GPS1; CDK13; SH3GL2; HBA1; APEX1; PSMB5; TXN; AXL; RPS8; SET; RPS18; CFL1; DMKN; RPL22; RPL6; FKBP10; PAFAH1B1; S100A13; PSMA6; SERPINE1; CAPRIN1; SEPT7; VTN; ENPP2; NEO1; DKC1; CHI3L1; SKOR1; SSRP1; COL4A2; NME1; CFB; EIF2S3; DPYSL2; NUMA1; KTN1; CHID1; EFEMP1; YWHAZ; LDHB; SDCBP; y TLN1. Opcionalmente, el undécimo subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: DES; APP; y DAG1.
Opcionalmente, el duodécimo subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA; PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; y CAPRIN1.
Opcionalmente, el decimotercer subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; HSPA5; NCL; TPM1; TNC; IGFBP3; COL5A1; CLEC11A; MAP1B; NACA;
PSMA2; RPL5; MYL6; CTSB; HSPD1; PTRF; NUCB1; PDIA4; P4HB; ACTN4; CAPRIN1; DES; APP; y DAG1.
Opcionalmente, el decimocuarto subconjunto comprende uno o más biomarcadores seleccionados de: PDIA3; CCDC80; HSPA8; SERPINE2; PLEC; DES; APP; y DAG1.
Opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de todos los biomarcadores en uno o más de los subconjuntos primero, segundo, tercero, cuarto, quinto, sexto, séptimo, octavo, noveno, décimo, undécimo, duodécimo, decimotercero o decimocuarto.
Opcionalmente, la etapa de determinación (a) comprende determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de cada uno de los biomarcadores en uno o más de los subconjuntos primero, segundo, tercero, cuarto, quinto, sexto, séptimo, octavo, noveno, décimo, undécimo, duodécimo, decimotercero o decimocuarto.
Opcionalmente, la etapa de diagnóstico o pronóstico (b) comprende comparar el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador en el o en cada subconjunto en la muestra biológica del sujeto con el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador respectivo en una muestra normal.
Opcionalmente, la muestra normal es una muestra biológica de un sujeto que no padece un trastorno neurológico, opcionalmente un trastorno neurodegenerativo, además opcionalmente un trastorno neurodegenerativo seleccionado de esclerosis lateral amiotrófica (ALS; enfermedad de Lou Gehrig; enfermedad de la neurona motora; MND), paraplejia espástica hereditaria (HSP), esclerosis lateral primaria (PLS), atrofia muscular progresiva (PMA), parálisis bulbar progresiva (PBP), parálisis pseudobulbar, atrofia muscular espinal y bulbar (SBMA) y atrofia muscular espinal.
Opcionalmente, un nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador en el o en cada subconjunto en la muestra biológica del sujeto mayor que el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador respectivo en una muestra normal es indicativo del nivel cuantitativo o cualitativo del trastorno neurológico, opcionalmente el trastorno neurodegenerativo, además opcionalmente el trastorno neurodegenerativo seleccionado de esclerosis lateral amiotrófica (ALS; enfermedad de Lou Gehrig; enfermedad de la neurona motora; MND), paraplejia espástica hereditaria (HSP), esclerosis lateral primaria (PLS), atrofia muscular progresiva (PMA), parálisis bulbar progresiva (PBP), parálisis pseudobulbar, atrofia muscular espinal y bulbar (SBMA) y atrofia muscular espinal.
Opcionalmente, un nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador en la muestra biológica del sujeto mayor que el nivel cuantitativo o cualitativo del o de cada biomarcador respectivo en una muestra normal es indicativo de la presencia cuantitativa o cualitativa del trastorno neurológico, opcionalmente el trastorno neurodegenerativo, además opcionalmente el trastorno neurodegenerativo seleccionado de esclerosis lateral amiotrófica (ALS; enfermedad de Lou Gehrig; enfermedad de la neurona motora; MND), paraplejia espástica hereditaria (HSP), esclerosis lateral primaria (PLS), atrofia muscular progresiva (PMA), parálisis bulbar progresiva (PBP), parálisis pseudobulbar, atrofia muscular espinal y bulbar (SBMA) y atrofia muscular espinal.
Opcional o adicionalmente, la etapa de determinación (a) comprende además la etapa adicional de determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de uno o más biomarcadores en una muestra biológica del sujeto; en donde el o cada biomarcador es un ácido ribonucleico que tiene un número de acceso de miRBase seleccionado de MIMAT0000244; ENSG00000239126; MIMAT0016865; MIMAT0002813; MIMAT0004697; MIMAT0000245; MIMAT0000737; MIMAT0000088; MIMAT0000414; MIMAT0004955; MIMAT0000076; MIMAT0000067; MIMAT0018084; y MIMAT0004813.
Opcionalmente, la muestra biológica se selecciona de sangre completa, suero, plasma, orina, líquido intersticial, líquido peritoneal, hisopo de cuello uterino, lágrimas, saliva, hisopo bucal, piel, tejido cerebral y líquido cefalorraquídeo.
Además opcionalmente, la muestra biológica se selecciona de sangre completa, suero y plasma.
Además también opcionalmente, la muestra biológica es sangre completa.
PDIA3 es sinónimo de Erp57.
Breve descripción de los dibujos
Los presentes métodos ahora se describirán con referencia a los siguientes ejemplos no limitantes y a los dibujos adjuntos, en los cuales:
La Figura 1 es una ilustración esquemática de la firma de la ALS en células madre musculares;
La Figura 2 (A) ilustra la inmunotinción para marcadores de exosomas de células madre musculares
diferenciadas, (B) la secreción de exosomas por células musculares y (C) los cuerpos multivesiculares de las células musculares de la ALS contienen más exosomas que los controles;
La figura 3 ilustra imágenes representativas de miotubos sanos tratados con exosomas de ALS o de control, en donde los exosomas de ALS inducen estrés celular;
La figura 4 ilustra diagramas de caja que muestran valores de expresión de micromatrices de ARN no codificante (sin procesar: panel izquierdo; valor base corregido: panel central; valor base corregido y normalizado: panel derecho);
La figura 5 ilustra diagramas de caja que muestran valores de RLE para micromatrices de ARN no codificante (los valores promedio cercanos a 0 pasan el control de calidad);
La figura 6 ilustra diagramas de caja que muestran valores de NUSE para micromatrices de ARN no codificante (los valores promedio <1.05 pasan el control de calidad);
La Figura 7 ilustra el nivel de expresión de DAG1 en los exosomas circulantes del suero, utilizando anticuerpos anti-DAG. Los valores son media ± SD. Suero de 8 pacientes con ALS (1 mes después del diagnóstico), 11 sujetos sanos y 9 pacientes con Parkinson. Se realizó un ANOVA de 1 factor seguido de una prueba post-hoc de Tukey. **, significativamente diferente de los valores de sujetos sanos, P < 0.01;
La figura 8 ilustra el nivel de expresión de HSPA8 en exosomas circulantes del suero. Los valores son media ± SD. Suero de 5 pacientes con ALS (1 mes después del diagnóstico), 9 sujetos sanos y 7 pacientes con Parkinson. Se realizó un ANOVA de 1 factor seguido de una prueba post-hoc de Tukey. *.,**, significativamente diferente de los valores para ALS, P<0.05 y P<0.01;
La figura 9 ilustra los niveles de cada biomarcador en exosomas aislados del suero sanguíneo de pacientes con ALS, normalizados frente a la cantidad de exosomas en el suero sanguíneos totales (CD63) y representados frente a la tasa de progresión de la patología (delta ALSFRS-R).
Ejemplos
Materiales y Métodos
Participantes y aprobación ética
Se realizó una biopsia abierta en el músculo deltoides a 18 pacientes con ALS que acudieron al centro de Enfermedades de la Neurona Motora (Pitié Salpétriére, París). Veintiuna biopsias del músculo deltoides de sujetos sanos de edad y sexo correspondientes se obtuvieron del BTR (Banco de Tejidos para la Investigación, socio de la red europea EuroBioBank) de acuerdo con las recomendaciones europeas y la legislación francesa. El protocolo (NCT01984957) fue aprobado por el comité de ética local y todos los sujetos completaron el consentimiento informado de acuerdo con las pautas institucionales.
Extracción y cultivo de células madre musculares
Las biopsias musculares se disociaron mecánicamente y se colocaron en placas en medio de proliferación como se ha descrito anteriormente (Mamchaoui et al, Skeletal muscle, 2011, PMID: 22040608). Se usó el sistema de separación de perlas magnéticas CD56 (MACS, Miltenyl Biotech) para separar la población de células miogénicas de acuerdo con las instrucciones del fabricante. La miogenicidad de los cultivos celulares se comprobó antes y después de separar las células mediante inmunomarcaje utilizando anticuerpos antidesmina, y las células se diferenciaron durante 3 días en medio de Eagle modificado por Dulbecco (DMEM). Un mínimo de 80% de la población celular fue positiva para desmina.
Extracción de exosomas del medio de cultivo
Brevemente, 10 millones de células madre musculares (ALS y sujetos sanos, n=3 por grupo) se diferenciaron en DMEM durante 3 días. Después de 3 días, los medios condicionados se recolectaron, se centrifugaron a 300 x g durante 5 min a temperatura ambiente (TA) y luego a 4000 g durante 20 min a 4°C con el fin de eliminar cualquier célula muerta y los restos celulares. Los líquidos sobrenadantes se filtraron a través de un filtro de 0.22 |jm para eliminar las micropartículas. Las muestras se utilizaron para la extracción de proteínas y miARN y se almacenaron a -80°C.
Extracción de proteínas de exosomas
Se mezcló un volumen de medio de cultivo celular con 0.5 volúmenes de reactivo de aislamiento de exosomas total de medios de cultivo celular (lifeTechnologies®) y se incubó durante la noche a 4°C. A continuación, las
muestras se centrifugaron a 10000 * g durante 1 hora a 4°C. Los sedimentos de exosomas se resuspendieron en 25 |jl de urea 8 M, bicarbonato de amonio 50 mM, pH 8.5, y se redujeron con ditiotreitol (DTT) durante 1 h a 4°C. La concentración de proteínas se cuantificó usando el kit de ensayo de proteínas Pierce BCA (ThermoFisher®). Las proteínas exosomales se mantuvieron a -80°C.
Perfil del proteoma determinado por espectrometría de masas
Aproximadamente 20 jg de proteínas de exosoma se digirieron con tripsina utilizando una columna SmartDigest (Thermo) durante 2 horas a 70°C y 1400 rpm de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Después, los péptidos se fraccionaron en 8 fracciones usando una columna de centrifugación de fase inversa de pH alto (Thermo) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Los péptidos fraccionados se secaron al vacío, se resuspendieron y se analizaron mediante espectrometría de masas dependiente de los datos en un Q Exactive HF (Thermo) con los siguientes parámetros: polaridad positiva, m/z 400-2000 MS Resolución 70 000, AGC 3e6, 100 ms TI, MS/MS Resolución 17500, AGC 5e5, 50 ms IT, ancho de aislamiento 3 m/z, y NCE 30, número de ciclos 15.
Búsqueda en bases de datos y cuantificación
Se exploraron los archivos de espectros de masas resultantes para la identificación de proteínas utilizando ProteomeDiscoverer (Thermo) frente a la base de datos humana Uniprot para péptidos semi-trípticos y se filtraron en función de una tasa de descubrimiento falso de< 1%.
Análisis del perfil del proteoma
Las proteínas se seleccionaron como candidatas si el intervalo de abundancia observado de las 3 repeticiones de ALS no se superponía con el intervalo de las 3 repeticiones de control sanos. Los candidatos se clasificaron en función de la diferencia en el valor medio de las 3 repeticiones de ALS con respecto a las repeticiones de los sanos.
Extracción de miARN de exosomas
Se mezcló un volumen de medio de cultivo celular con 0.5 volúmenes de reactivo de aislamiento de exosomas total de medios de cultivo celular (lifeTechnologies®) y se incubó durante la noche a 4°C. A continuación, las muestras se centrifugaron a 10 000 * g durante 1 h a 4°C. Los sedimentos de exosomas se volvieron a suspender con 1 ml de trizol. Después de añadir 0.2 ml de cloroformo, las muestras se incubaron durante 3 minutos a temperatura ambiente y luego se centrifugaron durante 15 minutos a 12000 * g a 4°C. A continuación, la fase superior acuosa se mezcló con 1/3 de volumen de etanol al 100% y se mezcló completamente. A continuación, las muestras se pusieron en un cartucho de filtro en un tubo de recogida de ARN total y un kit de aislamiento de proteínas de Invitrogen™ (LifeTechnologies™). La extracción de miARN se realizó siguiendo las instrucciones del fabricante. La calidad del ARN se determinó utilizando el bioanalizador Eukaryote Total RNA Nano 2.6 (Agilent) y 2100. La cantidad de ARN se determinó usando Nanodrop, cada uno de acuerdo con las instrucciones del fabricante.
Perfil y análisis de miARN
Se añadió una cola de poli(A) al ARN total (150 ng) y se marcó con biotina utilizando un kit de marcaje de ARN FlashTag Biotin HSR y se hibridó con matrices Affymetrix GeneChip miRNA 4.0 durante 16 horas (48°C), siguiendo las instrucciones del fabricante (ThermoFisher Scientific, Waltham, MA). A continuación, se retiraron los cócteles de hibridación y las matrices se lavaron y tiñeron en una Fluidics Station 450 con el script de fluídica para matrices miRNA 4.0. Finalmente, las matrices se escanearon en un escáner Affymetrix GCS3000 7G y los datos de control de calidad iniciales se evaluaron usando el software Affymetrix Expression Console (ambos de ThermoFisher Scientific).
Análisis del perfil del miRNoma
Se llevó a cabo un control de calidad adicional de los datos sin procesar utilizando los paquetes de R/Bioconductor oligo y pd.mirna.4.0. Estos paquetes se usaron para evaluar la distribución de los valores de expresión de cada muestra, los valores de expresión logarítmicos relativos (RLE) y los errores estándar normalizados sin escalar (NUSE), todos los cuales fueron coherentes con una buena calidad. A continuación, las matrices de expresión se normalizaron mediante la normalización de cuantiles y la detección por encima del valor base utilizando Affymetrix Expression Console v 1.4.1.46. Los miRNA expresados diferencialmente (ALS frente a sanos) se identificaron luego como aquellos que tenían un cambio absoluto > 2 y valor p para ANOVA de una vía, de datos no emparejados < 0.05.
Muestras de suero de pacientes
Las muestras de sangre se recogieron usando tubos Vacutainer de sílice, luego se invirtieron suavemente 8 10 veces. Después de 2 h de incubación en hielo para permitir la coagulación, las muestras se centrifugaron a 1 500 g durante 15 min. Se transfirieron partes alícuotas de 100 pl de suero a crioviales y se almacenaron a -80°C. Se incluyeron ocho pacientes con ALS, 11 sujetos sanos y 9 pacientes con Parkinson de la misma edad y género (NCT01302600 y NCT02305147).
Extracción de exosomas del suero
Los exosomas precipitaron añadiendo 6 pl de reactivo de aislamiento de exosomas total, agitando con vórtice e incubando durante 30 min en hielo. A continuación, las muestras se centrifugaron durante 10 min a 10000 g a TA. Los sedimentos se resuspendieron en 13.5 pl de Urea 4 M/RIPA y se mantuvieron en hielo. Paralelamente, se añadieron 6.3 pl de reactivo de aislamiento de exosomas total a los líquidos sobrenadantes restantes, se agitaron con vórtice y se incubaron durante 30 min en hielo. A continuación, esta segunda mezcla se centrifugó durante 10 min a 10000 g a TA. Los segundos sedimentos de exosoma se resuspendieron en 13.5 pl de urea 4 M/RIPA. Los dos extractos de proteínas de exosomas luego se mezclaron entre sí y se usaron para el análisis de transferencia de puntos. Los extractos de proteínas de exosomas se almacenaron a -80°C.
Preparación de muestras para la transferencia de puntos
A 5 pl de extracto de proteínas de exosomas se añadió 1xNuPAGE (Invitrogen™). Estas muestras no reducidas se usaron para el análisis de CD63. A los 22 pl restantes del extracto de proteínas de exosomas se añadió 1xNuPAGE (Invitrogen™) complementado con 1x reactivo reductor (Invitrogen™). A continuación, todas las muestras se calentaron a 70°C durante 10 min.
Análisis de transferencia de puntos
Se cargó 1 pl de muestra reducida o no reducida en el PVDF de 0.2 pm preactivado con metanol (Immobilon®, Sigma-Aldrich®). Después de secar durante 5 min a TA, las membranas se reactivaron rápidamente en metanol y se tiñeron con Ponceau S (Sigma-Aldrich®) para controlar la carga. Luego, las membranas se bloquearon durante la noche a 4°C en TBS-Tween al 0.01% (TBS-T) complementado con leche al 5%. Los anticuerpos primarios para CD63 (TS63, Invitrogen™), para beta-distroglicano (MANDAG2, 7D11, DSHB) y para Hs Pa 8 (Millipore®) se acoplaron de manera extemporánea con biotina utilizando el kit de marcaje de IgG1 de ratón Zenon™ BiotinXX siguiendo las instrucciones del fabricante. Brevemente, a 1 pg de anticuerpo se añadieron primero 5 pl de complejo, luego 5 pl de tampón de bloqueo. Los anticuerpos anti-CD63, anti-betadistroglicano y anti-HSPA8 se diluyeron a 1/1000, 1/133 y 1/500 respectivamente en TBS-T-leche al 5%.
Los anticuerpos primarios para Serpin E2 (TS63, Invitrogen™), ERP57 (PDIA3, Merck-Millipore®), Desmina (Y66, Invitrogen™), proteína precursora de amiloide (abcam), CCDC80 (Invitrogen™) y Plectina (invitrogen™) se acoplaron de manera extemporánea con biotina utilizando el kit de marcaje de IgG de conejo Zenon™ BiotinXX siguiendo las instrucciones del fabricante. Brevemente, a 1 pg de anticuerpo se añadieron primero 5 pl de complejo, luego 5 pl de tampón de bloqueo. Los anticuerpos anti-Serpin E2 anti-ERP57, anti-Desmina, antiproteína precursora de amiloide, anti-CCDC80 y anti-Plectina se diluyeron a 1/1000 en TBS-T-leche al 5%.
Las membranas se incubaron con anticuerpos acoplados a biotina primarios diluidos durante 45 minutos a TA. A continuación, las membranas se enjuagaron 3 veces en TBS-T durante 5 min. A continuación, las membranas se incubaron durante 45 min a TA con estreptavidina-HRP (Invitrogen™) diluida a 1/250 en TBS-T-leche al 5%. A continuación, las membranas se enjuagaron 3 veces en TBS-T durante 5 min. Las membranas se revelaron utilizando el sustrato quimioluminiscente SuperSignal™ West Pico PLUS (Thermo Scientific™). Las imágenes se adquirieron cada 15 s durante 15 min utilizando el generador de imágenes UVP/ChemiDoc-It®2. Luego se analizaron las imágenes utilizando el software FIJI.
Análisis estadístico
Los valores son la media±SD. Se realizó un ANOVA de 1 factor seguido de una prueba posthoc de Tukey para evaluar las diferencias en los niveles de biomarcadores entre sujetos con ALS, sanos y con Parkinson. La correlación entre los niveles de biomarcadores y la progresión de ALSFRS se probó mediante un análisis de correlación de Pearson. El valor discriminante para las diferencias significativas se estableció en P < 0.05.
Ejemplo 1 - Identificación de la firma de ALS en células madre musculares
Las células madre musculares se extrajeron de biopsias musculares de pacientes y sujetos sanos (todos varones, de 30-67 años, n=5/6 por grupo), se purificaron (>80% de células miogénicas) y se diferenciaron durante 3 días en miotubos, en donde las muestras se analizaron utilizando la matriz GeneChip Human Exon 1.0ST (Affymetrix, Inc., Cleveland, OH); y (A) ilustra un gráfico de PCA que muestra una separación clara de los pacientes con ALS en el 2° componente (eje y), ALS: azul, SBMA: rosa, SMA-III/IV: rojo, Control: verde; (B) ilustra, de los 30 genes que tienen las firmas de expresión más fuertemente específicas de la ALS, muchos se
han observado en localizaciones subcelulares exosomalmente relevantes, según el análisis realizado por la herramienta CellWhere.
Ejemplo 2 - Las células madre musculares de ALS se acumulan y secretan más exosomas que los controles
Haciendo referencia a la Figura 2(A), se muestra la inmunotinción para marcadores de exosomas de células madre musculares diferenciadas. Panel izquierdo: Imágenes representativas de células madre musculares cultivadas de pacientes con ALS y SMA-III/IV, y de controles sanos o sujetos denervados marcados para marcadores exosómicos (TSG101, CD63). Panel derecho: cuantificación de la señal de fluorescencia de CD63 normalizada por mionúcleo. (n=8, 4, 2, 5 cultivos celulares de diferentes sujetos con ALS, SMA-III/IV, polineuritis y control). ***, P < 0.001.
La Figura 2(B) ilustra que los exosomas son secretados en exceso por las células musculares de ALS. Panel izquierdo: imagen representativa de los sedimentos de exosomas del medio de cultivo. Los exosomas se extrajeron del medio de cultivo de 800000 células de ALS y sujetos de control. El experimento se ha repetido 8 veces en diferentes cultivos de células musculares de pacientes con ALS y sujetos de control. Panel derecho: microscopía electrónica que confirma la presencia de exosomas (vesículas en forma de copa) en los sedimentos. Los exosomas eran más numerosos en los sedimentos de ALS. Cabe destacar que la inmunotinción realizada en estas vesículas confirmó que son exosomas, ya que son positivas para CD63 y CD82.
La figura 2(C) muestra que los cuerpos multivesiculares de las células musculares de la ALS contienen más exosomas que los controles. Panel izquierdo: imágenes representativas de microscopía electrónica que muestran una acumulación de exosomas en cuerpos multivesiculares (MVB, resaltados en verde y naranja) de células musculares de ALS en comparación con los controles. Barra de escala = 1 pm. Panel derecho: cuantificación del número de vesículas similares a exosomas en los MVB. La prueba de Kolmogorov-Smirnov de dos muestras confirmó la impresión visual de que los MVB de las células musculares de ALS contienen un mayor número de vesículas similares a exosomas en comparación con el control (P < 0.05).
Ejemplo 3 - Los exosomas de las células musculares de ALS son tóxicos para miotubos y neuronas motoras sanas
Con referencia a la Figura 3(A), se muestra que los exosomas de ALS inducen la atrofia de las células musculares. Panel izquierdo: imágenes representativas de miotubos sanos tratados con exosomas de ALS o de control. Los miotubos se tiñen con cadena pesada de miosina (verde). Panel derecho: cuantificación del tamaño del dominio mionuclear (área de tinción de cadena pesada de miosina dividida por el número de núcleos). Los miotubos tratados con exosomas de ALS tienen un dominio mionuclear más pequeño (* P < 0.05; n=6/grupo).
La figura 3(B) ilustra los exosomas de ALS que inducen estrés celular. Cuantificación del número de ampollas por miotubos sanos a lo largo del tiempo tratados con ALS o exosomas de control (n=6/grupo). ANOVA de 2 factores con interacción, tiempo y tratamiento P < 0.001.
La Figura 3(C) ilustra que los exosomas de ALS inducen la muerte celular. Panel izquierdo: inmunotinción representativa de la inmunotinción H2-Ax de miotubos sanos tratados con exosomas de ALS o de control. Panel central: cuantificación de la señal H2-Ax por núcleo. Panel derecho: cuantificación de la pérdida de núcleos de neuronas motoras en cultivo.
Ejemplo 4 - Identificación de contenidos exosomales específicos como biomarcadores de ALS
Los contenidos exosomales incluyen varios tipos de biomoléculas, de las cuales aquellas potencialmente involucradas en funciones de señalización incluyen proteínas y sus péptidos, y ARN no codificantes. Se obtuvieron células madre musculares (mioblastos primarios) de los músculos deltoides de pacientes con ALS y controles sanos y se cultivaron para formar miotubos diferenciados. Los exosomas se purificaron del medio de cultivo de 10 millones de células musculares después de 3 días de cultivo, usando un reactivo de aislamiento de exosomas total (Invitrogen™ Life technologies™). Para identificar el contenido de los exosomas, se llevaron a cabo perfiles de ARN proteómico y no codificante de exosomas purificados.
Biomarcadores de proteínas
Los datos protómicos de espectrometría de masas identificaron péptidos de 105 proteínas (Tabla 1) que tenían niveles que aumentaban constantemente en los exosomas musculares de ALS (n=3) en comparación con exosomas musculares de control sanos (n=3).
Dado que las muestras proteómicas se normalizaron respecto a la concentración de proteínas, también se observó que las proteínas con niveles constantemente altos tanto en exosomas de músculos de ALS como
sanos también pueden ser buenos biomarcadores, ya que estas aún pueden estar elevadas en la sangre de ALS por volumen debido a la observación de que los exosomas musculares son secretados en mayor abundancia de los miotubos de ALS que de los controles sanos. De esta manera, se identificaron otros 3 candidatos que tenían niveles constantemente altos en exosomas tanto de músculos de ALS como sanos, y tenían otras características de mecanismo de interés. En concreto, estos fueron DES, APP y DAG1. APP es el componente principal de las placas amiloides en la enfermedad de Alzheimer. DES se observa en niveles altos en todos los tipos de tejidos musculares, pero está completamente ausente en otros tejidos. DAG1 es un componente principal del complejo distroglicano, que está implicado en varias distrofias musculares.
Tabla 1. Lista de 108 proteínas de las cuales por espectrometría de masas se identificó que los péptidos eran constantemente elevados en exosomas de células musculares de ALS en comparación con controles sanos, o que tenían constantemente niveles altos en exosomas tanto de músculo de ALS como sano, y tenían otras características del mecanismos de interés para la patología. La primera columna da las ID de proteína estándar usadas por Uniprot (http://www.uniprot.org/) y los nombres de los genes correspondientes en la columna 2. Las columnas 3-5 y 6-8 muestran los niveles de péptidos en las muestras de ALS y de controles sanos, respectivamente. La columna 9 indica la diferencia en las cantidades medianas de los péptidos de proteínas en la ALS en comparación con el control y la columna 10 clasifica las proteínas basado en los valores de la columna 9.
043707 ACTN4 0 3 62 0 0 0 3 16 P29692 EEF1D 3 1 3 1 1 1 2 25 P60174 TPI1 3 2 6 1 1 1 2 25 Q04837 SSBP1 2 1 2 1 0 0 2 25 P28062 PSMB8 2 2 1 1 0 0 2 25 P07602 PSAP 2 0 2 0 0 0 2 25
Q 99436 P S M B 7 2 1 3 1 0 0 2 25 P52907 C AP 2A1 2 0 3 0 0 0 2 25
Q 06830 PRDX1 2 0 3 0 0 0 2 25
Q 7Z5L7 PO D N 2 1 4 0 1 0 2 25 P03956 MMP1 2 4 0 0 0 0 2 25 P80303 N U C B 2 3 3 7 1 0 2 2 25 P09429 HMGB1 7 2 0 0 0 0 2 25
Q 09666 A H N A K 2 0 8 0 0 0 2 25
Q 4ZH G 4 FNDC1 2 3 9 1 0 2 2 25
043583 D EN R 1 1 0 0 0 0 1 39 P01210 PEN K 1 1 0 0 0 0 1 39 P31949 S100A11 1 1 0 0 0 0 1 39 P47914 R P L29 1 1 0 0 0 0 1 39 P61353 R P L27 1 1 0 0 0 0 1 39 P62917 RPL8 1 1 0 0 0 0 1 39
Q 01130 S R S F2 1 1 0 0 0 0 1 39
Q 15427 S F 3B 4 1 1 0 0 0 0 1 39
Q 6U W P 8 S B SN 1 1 0 0 0 0 1 39
Q 9N X 58 LYAR 1 1 0 0 0 0 1 39
Q 9Y266 N U D C 1 1 0 0 0 0 1 39
075462 CRLF1 1 0 1 0 0 0 1 39 P01137 TGFB1 1 0 1 0 0 0 1 39 P04040 C A T 1 0 1 0 0 0 1 39 P07339 C T S D 1 0 1 0 0 0 1 39
P 09622 DLD 1 0 1 0 0 0 1 39
043491 E P B 41L2 1 0 1 0 0 0 1 39 P28065 P S M B 9 1 0 1 0 0 0 1 39 P62263 RPS14 1 0 1 0 0 0 1 39 P62424 R P L7A 1 0 1 0 0 0 1 39
Q 5K U 26 C 0 L E C 12 1 0 1 0 0 0 1 39
Q 8TA Q 2 S M A R C C 2 1 0 1 0 0 0 1 39 P37802 T A G LN 2 0 1 1 0 0 0 1 39 P50991 C C T4 0 1 1 0 0 0 1 39
Q 12797 A S P H 0 1 1 0 0 0 1 39
Q 13098 GPS1 0 1 1 0 0 0 1 39
Q 14004 C D K 13 0 1 1 0 0 0 1 39
Q 99962 S H 3G L2 0 1 1 0 0 0 1 39 P69905 HBA1 1 1 2 0 0 1 1 39 P27695 APEX1 1 2 1 1 0 0 1 39 P28074 P S M B 5 1 2 0 0 0 0 1 39 P10599 TXN 1 0 2 0 0 0 1 39
P30530 AXL 1 0 2 0 0 0 1 39
P62241 RPS8 1 0 2 0 0 0 1 39
Q01105 SET 1 0 2 0 0 0 1 39
P62269 RPS18 2 1 1 0 0 1 1 39
P23528 CFL1 2 1 2 1 0 1 1 39
Q6E0U4 DMKN 2 1 0 0 0 0 1 39
P35268 RPL22 2 0 1 0 0 0 1 39
Q02878 RPL6 2 0 1 0 0 0 1 39
Q96AY3 FKBP10 2 0 1 0 0 0 1 39
P43034 PAFAH1B1 0 1 2 0 0 0 1 39
Q99584 S100A13 0 1 2 0 0 0 1 39
P60900 PSMA6 0 2 1 0 0 0 1 39
P05121 SERPINE1 1 1 3 0 0 0 1 39
Q14444 CAPRIN1 1 1 3 0 0 0 1 39
Q16181 SEPT7 1 3 1 1 0 0 1 39
P04004 VTN 1 0 3 0 0 0 1 39
Q13822 ENPP2 1 0 3 0 0 0 1 39
Q92859 NE01 1 0 3 0 0 0 1 39
060832 DKC1 3 1 0 0 0 0 1 39
P36222 CHI3L1 3 1 0 0 0 0 1 39
P84550 SKOR1 3 1 0 0 0 0 1 39
Q08945 SSRP1 3 1 0 0 0 0 1 39
P08572 COL4A2 1 1 4 0 0 0 1 39
P15531 NME1 2 2 4 1 0 1 1 39
P00751 CFB 1 0 4 0 0 0 1 39
P41091 EIF2S3 0 1 4 0 0 0 1 39
Q16555 DPYSL2 1 1 5 0 0 0 1 39
Q14980 NUMA1 1 0 5 0 0 0 1 39
Q86UP2 KTN1 0 1 5 0 0 0 1 39
Q9BWS9 CHID1 1 0 7 0 0 0 1 39
Q12805 EFEMP1 1 0 8 0 0 0 1 39
P63104 YWHAZ 1 1 9 0 0 0 1 39
P07195 LDHB 0 1 10 0 0 0 1 39
000560 SDCBP 2 1 12 1 1 0 1 39
Q9Y490 TLN1 0 1 18 0 0 0 1 39
P17661 DES 35 4 34 37 40 4 Solapamiento 40
P05067 APP 13 5 11 7 6 3 Solapamiento 40
Q14118 DAG1 6 2 1 6 4 2 Solapamiento 40
Tabla 2. Lista de 25 proteínas de las cuales por espectrometría de masas se identificó que los péptidos eran constantemente elevados en exosomas de células musculares de ALS en comparación con controles sanos, o que tenían constantemente niveles altos en exosomas tanto de músculo de ALS como sano, y tenían otras características del mecanismos de interés para la patología. La primera columna da las ID de proteína estándar usadas por Uniprot (http://www.uniprot.org/) y los nombres de los genes correspondientes en la columna 2. Las columnas 3-5 y 6-8 muestran los niveles de péptidos en las muestras de ALS y de controles sanos, respectivamente. La columna 9 indica la diferencia en las cantidades medianas de los péptidos de proteínas en la ALS en comparación con el control.
Q 76M 96 C C D C 80 19 3 57 2 2 0 17
P 11142 H SPA8 8 11 21 0 0 0 11
P07093 S E R P IN E 2 11 5 16 1 3 0 10
Q 15149 P LEC 25 24 52 15 23 3 10
P11021 H SPA5 11 9 27 2 4 1 9
P19338 N CL 9 2 9 1 0 0 9
P09493 TPM1 8 0 11 0 0 0 8
P24821 TNC 9 2 35 1 1 0 8
P17936 IG FB P 3 9 3 8 3 1 2 6
P20908 COL5A1 34 11 12 9 4 8 4
Q 9Y 240 C LE C 11A 8 5 7 3 4 1 4
P46821 M A P 1B 4 0 6 0 0 0 4
Q 13765 N A C A 6 1 4 0 1 0 4
P25787 P SM A2 4 2 7 1 0 0 4
P46777 R PL5 4 3 4 1 1 1 3
P60660 M Y L6 3 3 2 1 0 0 3
P07858 CTSB 4 0 3 0 0 0 3
P10809 HSPD1 5 0 3 0 0 0 3
Q 6N Z I2 P TR F 3 0 9 0 0 0 3
Q 02818 NUCB1 4 1 12 0 1 1 3
P13667 PDIA4 3 3 16 1 0 0 3
P07237 P4HB 3 2 29 0 0 0 3
043707 A C T N 4 0 3 62 0 0 0 3
Q 14444 CAPRIN1 1 1 3 0 0 0 1
P17661 DES 35 4 34 37 40 4 Solapamiento
P05067 APP 13 5 11 7 6 3 Solapamiento
Q14118 DAG1 6 2 1 6 4 2 Solapamiento
Biomarcadores de ARN no codificante
El perfil de las especies de ARN no codificantes se llevó a cabo mediante micromatrices (usando Affymetrix GeneChip® miRNA 4.0 Array) en exosomas de ALS (n=5) en comparación con controles sanos (n=5). Después del control de calidad y la normalización (véase las Fig. 4-6), el ANOVA de una vía de datos no emparejados identificó 14 ARN no codificantes que estaban significativamente desregulados en la ALS frente a controles
sanos (Tabla 3: 12 regulados por aumento en ALS, 2 regulados por disminución en ALS). De estos, 13 son microARN (indicados por sus ID de miRBase hsa-*** y números de acceso de MIMAT***), y 1 es el ARN nucleolar pequeño snoU13 (ENSG00000239126).
Tabla 3. Lista de 14 ARN no codificantes que se identificó que estaban significativamente desregulados en exosomas de células musculares de ALS en comparación con controles sanos. Se indica el cambio y los valores p para ANOVA en las columnas de más a la derecha.
2 0 5 3 3 7 3 5 E N S G 0 0 0 0 0 2 3 9 1 2 6 E N S G 0 0 0 0 0 2 3 9 1 2 6 1 1 . 8 9 3 . 0 6 - 2 . 2 4 0 . 0 0 5 7 0 2
2 0 5 1 7 6 9 3 h s a - m ¡ R - 4 3 1 3 M I M A T 0 0 1 6 8 6 5 3 . 4 5 2 . 0 9 2 . 5 7 0 . 0 0 6 7 3 9
2 0 5 0 3 7 9 8 h s a - m ¡ R - 4 9 3 - 5 p M I M A T 0 0 0 2 8 1 3 4 . 9 9 2 . 2 8 6 . 5 0 . 0 1 3 5 0 2
2 0 5 0 1 2 8 6 h s a - m i R - 1 5 1 a - 5 p M I M A T 0 0 0 4 6 9 7 1 0 . 9 6 9 . 9 2 . 0 8 0 . 0 1 6 7 3
2 0 5 0 0 4 2 4 h s a - m ¡ R - 3 0 d - 5 p M I M A T 0 0 0 0 2 4 5 8 . 6 4 7 . 1 3 2 . 8 5 0 . 0 2 3 0 6 7
2 0 5 0 1 2 5 0 h s a - m ¡ R - 3 8 2 - 5 p M I M A T 0 0 0 0 7 3 7 1 0 . 0 9 8 . 9 2 . 2 8 0 . 0 2 3 9 0 2
2 0 5 0 0 1 6 3 h s a - m ¡ R - 3 0 a - 3 p M I M A T 0 0 0 0 0 8 8 7 . 9 3 6 . 7 9 2 . 2 0 . 0 2 8 0 5 3
2 0 5 0 0 7 1 3 h s a - l e t - 7 g - 5 p M I M A T 0 0 0 0 4 1 4 8 . 9 1 7 . 4 5 2 . 7 4 0 . 0 2 8 4 4 2
2 0 5 0 5 7 9 9 h s a - m ¡ R - 3 7 4 b - 5 p M I M A T 0 0 0 4 9 5 5 2 . 8 7 1 . 7 2 . 2 5 0 . 0 3 0 7 4 8
20500141 hsa-m¡R-21-5p MIMAT0000076 9.31 7.892.68 0.033918
20500123 hsa-let-7f-5p MIMAT0000067 6.99 4.944.13 0.040776
20517915 hsa-miR-3663-5p MIMAT0018084 2 3.06-2.080.044248
20504419 hsa-m¡R-411-3p MIMAT0004813 3.68 2.1 2.97 0.046014
Ejemplo 6 - Comparación de diferentes biomarcadores frente a diferentes grupos de enfermedades
Se recogieron muestras de sangre de 8 pacientes con ALS, 11 sujetos sanos y 9 pacientes con Parkinson. Las características de los pacientes seleccionados se presentan en la Tabla 4. Los exosomas se extrajeron del suero y se usaron para el análisis de transferencia de puntos. Los niveles de DAG1 en exosomas aislados del suero sanguíneo de pacientes con enfermedad de ALS, enfermedad de Parkinson (control de enfermedad) o de sujetos sanos se presentan en la Figura 7, y los niveles de HSPA8 en exosomas aislados del suero sanguíneo de pacientes con enfermedad de ALS, enfermedad de Parkinson (control de enfermedad) o de sujetos sanos se presentan en la Figura 8. Los niveles de cada biomarcador en exosomas aislados del suero sanguíneo de pacientes con ALS, normalizados frente a la cantidad de exosomas del suero sanguíneos totales (CD63) se representaron gráficamente frente a la tasa de progresión de la patología (delta ALSFRS-R) y se presentan en la Figura 9.
Tabla 4. Lista de características de los pacientes
Claims (8)
1. Un método para diagnosticar o pronosticar la esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto, comprendiendo el método las etapas de:
(a) determinar el nivel cuantitativo o cualitativo de uno o más biomarcadores en una muestra biológica del sujeto; y
(b) diagnosticar o pronosticar la esclerosis lateral amiotrófica en el sujeto basándose en el nivel cuantitativo o cualitativo del biomarcador en la muestra biológica; en donde el biomarcador es DAG1.
2. Un método según la reivindicación 1, en donde el biomarcador es un gen.
3. Un método según la reivindicación 1, en donde el biomarcador es una proteína codificada por el gen DAG1.
4. Un método según la reivindicación 3, en donde el biomarcador es una proteína que tiene un número de acceso de UniProtKB/Swiss-Prot Q14118.
5. Un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-4, en donde la etapa de diagnóstico o pronóstico (b) comprende comparar el nivel cuantitativo o cualitativo del biomarcador en la muestra biológica del sujeto con el nivel cuantitativo o cualitativo del respectivo biomarcador en una muestra normal.
6. Un método según la reivindicación 5, en donde un nivel cuantitativo o cualitativo del biomarcador en la muestra biológica del sujeto mayor que el nivel cuantitativo o cualitativo del respectivo biomarcador en una muestra normal es indicativo de la presencia cuantitativa o cualitativa de esclerosis lateral amiotrófica.
7. Un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en donde la muestra biológica se selecciona de sangre entera, suero, plasma, orina, líquido intersticial, líquido peritoneal, hisopo de cuello uterino, lágrimas, saliva, hisopo bucal, piel, tejido cerebral y líquido cefalorraquídeo.
8. Un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-7, en donde la muestra biológica es sangre completa.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| GBGB1807178.7A GB201807178D0 (en) | 2018-05-01 | 2018-05-01 | A method of diagnosing or prognosing a neurological disorder |
| PCT/EP2019/061169 WO2019211343A1 (en) | 2018-05-01 | 2019-05-01 | A method of diagnosing or prognosing a neurological disorder |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| ES2928793T3 true ES2928793T3 (es) | 2022-11-22 |
Family
ID=62495150
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| ES19722071T Active ES2928793T3 (es) | 2018-05-01 | 2019-05-01 | Un método de diagnóstico o pronóstico de un trastorno neurológico |
Country Status (7)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20210239716A1 (es) |
| EP (1) | EP3788379B1 (es) |
| JP (2) | JP2021521876A (es) |
| CN (1) | CN112740044B (es) |
| ES (1) | ES2928793T3 (es) |
| GB (1) | GB201807178D0 (es) |
| WO (1) | WO2019211343A1 (es) |
Families Citing this family (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| SG10201802979VA (en) * | 2018-04-10 | 2019-11-28 | Kah Meng Lim | Immunological extract and method of production |
| GB201917698D0 (en) * | 2019-12-04 | 2020-01-15 | Univ Ulster | A method of isolating exosomes |
| CN112480233B (zh) * | 2020-12-14 | 2022-05-27 | 上海交通大学 | 一种生物活性肽iahpklgkrir及其制备方法和应用 |
| CA3202255A1 (en) | 2020-12-21 | 2022-06-30 | Hayley WARSINSKE | Markers for the early detection of colon cell proliferative disorders |
| WO2024161163A2 (en) * | 2023-02-01 | 2024-08-08 | Eötvös Loránd Tudományegyetem | Diagnosis of vascular dementia |
| CN116829956A (zh) * | 2023-02-28 | 2023-09-29 | 湖南乾康科技有限公司 | 用于检测蛋白生物标志物组的抗体在制备诊断ad、mci和其它类型老年痴呆的试剂盒中的用途 |
| CN117069806B (zh) * | 2023-08-17 | 2024-10-11 | 湖南中晟全肽生物科技股份有限公司 | 一种肿瘤细胞靶向多肽及应用 |
| CN117694546B (zh) * | 2023-11-24 | 2025-09-19 | 西北农林科技大学 | Fndc1蛋白促进骨骼肌再生和治疗肌肉发育相关疾病的应用 |
| CN117700488B (zh) * | 2023-12-16 | 2026-02-06 | 中南大学 | 一种靶向trib3/ssrp1互作的订书肽及其在制备抗多发性骨髓瘤药物中的应用 |
| CN119470928B (zh) * | 2025-01-16 | 2025-10-31 | 中国人民解放军总医院第一医学中心 | 生物标志物在制备sALS相关诊断产品中的应用及诊断sALS的产品 |
Family Cites Families (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2007525211A (ja) * | 2004-01-19 | 2007-09-06 | テクニオン リサーチ アンド ディベロップメント ファウンデーション リミテッド | パーキンソン病の診断検査 |
| ITTO20111241A1 (it) * | 2011-12-30 | 2013-07-01 | Uni Degli Studi Dell Insubr Ia | Metodo per la diagnosi in vitro della malattia di parkinson |
| WO2013155330A1 (en) * | 2012-04-11 | 2013-10-17 | University Of Massachusetts | Compositions and methods for characterizing and treating muscular dystrophy |
| CA3112130A1 (en) * | 2013-07-11 | 2015-01-15 | University Of North Texas Health Science Center At Fort Worth | Blood-based screen for detecting neurological diseases in primary care settings |
| EP3183582B1 (en) * | 2014-08-18 | 2020-02-12 | The United States of America, as represented by The Secretary, Department of Health and Human Services | Biomarkers for diagnosis and management of neuro-immunological diseases |
| WO2016109449A1 (en) * | 2014-12-29 | 2016-07-07 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods of diagnosing autism spectrum disorders |
| WO2016210123A1 (en) * | 2015-06-26 | 2016-12-29 | Genervon Biopharmaceuticals, LLC | Methods of using gm604 in modulating als disease biomarkers leading to prognosis and therapeutic treatment for als disease |
-
2018
- 2018-05-01 GB GBGB1807178.7A patent/GB201807178D0/en not_active Ceased
-
2019
- 2019-05-01 CN CN201980044315.7A patent/CN112740044B/zh active Active
- 2019-05-01 ES ES19722071T patent/ES2928793T3/es active Active
- 2019-05-01 US US17/052,074 patent/US20210239716A1/en active Pending
- 2019-05-01 JP JP2020561746A patent/JP2021521876A/ja active Pending
- 2019-05-01 WO PCT/EP2019/061169 patent/WO2019211343A1/en not_active Ceased
- 2019-05-01 EP EP19722071.8A patent/EP3788379B1/en active Active
-
2023
- 2023-10-04 JP JP2023172563A patent/JP7605930B2/ja active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| GB201807178D0 (en) | 2018-06-13 |
| JP7605930B2 (ja) | 2024-12-24 |
| EP3788379A1 (en) | 2021-03-10 |
| CN112740044A (zh) | 2021-04-30 |
| CN112740044B (zh) | 2025-04-11 |
| EP3788379B1 (en) | 2022-06-22 |
| WO2019211343A1 (en) | 2019-11-07 |
| JP2024009871A (ja) | 2024-01-23 |
| JP2021521876A (ja) | 2021-08-30 |
| US20210239716A1 (en) | 2021-08-05 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| ES2928793T3 (es) | Un método de diagnóstico o pronóstico de un trastorno neurológico | |
| Li et al. | Profile of pathogenic proteins and microRNAs in plasma-derived extracellular vesicles in Alzheimer’s disease: a pilot study | |
| Yang et al. | Detection of tumor cell-specific mRNA and protein in exosome-like microvesicles from blood and saliva | |
| KR20130041962A (ko) | 식작용 세포를 사용하여 질환 또는 상태를 검출하는 방법 | |
| JP6908785B2 (ja) | Ｇｃｃ２遺伝子又はタンパク質を過発現するエクソソーム基盤肺癌診断又は予後予測用マーカー組成物 | |
| JP7012768B2 (ja) | 対象物質を単離するためのデバイス及び方法 | |
| US20110207120A1 (en) | Wnt1 as a renal damage biomarker | |
| WO2011093927A1 (en) | Biomarkers for circulating tumor cells | |
| US20210116459A1 (en) | Biomarkers and uses thereof | |
| WO2024240079A1 (zh) | 检测标志物、诊断标志物及其用途、试剂盒 | |
| Nafar et al. | Expression levels of lncRNAs in the patients with the renal transplant rejection | |
| KR102328932B1 (ko) | 신장이식 후 항체 매개성 거부반응의 진단 또는 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 | |
| ES2905144T3 (es) | Método para el diagnóstico y el pronóstico de enfermedades neurodegenerativas y neuroinflamatorias | |
| US20150338412A1 (en) | Composition for diagnosis of lung cancer and diagnosis kit for lung cancer | |
| Ponnusamy et al. | Membrane proteins of human fetal primitive nucleated red blood cells | |
| KR101995189B1 (ko) | 비침습적 체외진단을 위한 간암 진단용 바이오마커 조성물 및 이를 포함하는 키트 | |
| WO2018228875A1 (en) | Micro-rna biomarkers of blood-brain barrier dysfunction | |
| US11408886B2 (en) | Method of screening for novel therapeutic targets to develop therapeutic agents for colon cancer and prognostic biomarkers for colon cancer treatment screened using the same | |
| EP2772759B1 (en) | Composition for diagnosis of lung cancer | |
| CN120129756A (zh) | 使用细胞类型特异性和/或器官特异性细胞外囊泡(ev)标志物的分离和诊断方法 | |
| CN116179676A (zh) | 一种诊断阿尔茨海默病的试剂盒及其用途 | |
| KR102350228B1 (ko) | 신장이식 후 t세포 매개성 거부반응의 진단 또는 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 | |
| US20260103757A1 (en) | Using the contents of salivary extracellular vesicles as biomarkers for alzheimer's disease and alzheimer's disease-related diseases | |
| CN113495029A (zh) | 用于分离欲求物质的装置和方法 | |
| CN117778558A (zh) | Igfbp3基因在制备筛查宫腔粘连的相关产品的应用 |