ES2988845T3 - Procedimientos predictivos y diagnósticos para cáncer de próstata - Google Patents

Procedimientos predictivos y diagnósticos para cáncer de próstata Download PDF

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Abstract

La presente invención se refiere en general a un método de diagnóstico, pronóstico y tratamiento de pacientes con cáncer de próstata. En particular, la presente invención se refiere a un método de selección de pacientes con cáncer de próstata resistente a la castración (CrPC) para una terapia de combinación que comprende un inhibidor selectivo de la dipeptidil peptidasa y un antagonista del eje PD-1. La presente invención proporciona un enfoque computacional para identificar pacientes potenciales para CrPC. La presente invención también se refiere a un método de tratamiento de pacientes con cáncer de próstata resistente a la castración (CrPC) con dicha terapia de combinación. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN
Procedimientos predictivos y diagnósticos para cáncer de próstata
Campo de la invención
La presente invención se refiere en general a un procedimiento para diagnosticar y pronosticar pacientes con cáncer de próstata. Particularmente, la presente invención se refiere a un procedimiento para seleccionar pacientes con cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) para una terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1.
Antecedentes de la invención
Actualmente nuestro sistema de asistencia sanitaria adolece de ineficacia y despilfarro, siendo un ejemplo de ello que la tasa de eficacia de muchos productos terapéuticos oncológicos funciona solo aproximadamente el 25% del tiempo. Muchos de esos pacientes con cáncer están experimentando efectos secundarios no deseados debidos a terapias costosas que pueden no estar dando resultado. Este desequilibrio entre los altos costes de tratamiento y la baja eficacia terapéutica es a menudo el resultado de tratar un diagnóstico específico de una sola forma a lo largo de una población diversa de pacientes. Sin embargo, con la llegada de herramientas de obtención de perfiles génicos, pruebas genómicas y diagnósticos avanzados, esto está empezando a cambiar.
La práctica actual del descubrimiento de fármacos en el cáncer se basa en la suposición de que los mismos procesos moleculares y celulares que construyen un cáncer, cuando se abordan, destruirán el cáncer. Esto se ha demostrado de hecho para varios cánceres seleccionados dependientes de un único oncogén. Este enfoque se basa invariablemente en el análisis de estudios de expresión génica que se han centrado normalmente en la identificación de genes expresados diferencialmente o de rutas. Sin embargo, este enfoque es limitado, dado que los genes no actúan de forma aislada, sino que operan conjuntamente.
Así, actualmente se está utilizando un tipo diferente de enfoque, que comprende el uso del análisis de datos genómicos, proteómicos, exómicos o transcriptómicos de pacientes, para estudiar el nivel de amplificación y/o expresión de varias dianas y sus patrones génicos para identificar el segmento de pacientes y las opciones de tratamiento.
Durante los últimos 30 años, la tasa de mortalidad por cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) ha permanecido elevada y sin cambios, a pesar de los considerables esfuerzos dirigidos a esta enfermedad. Así, el CrPC frecuentemente muestra una heterogeneidad tumoral, una inestabilidad del genoma y una expresión génica alterada muy altas, lo que hace que la identificación del subtipo y el descubrimiento de la firma apropiados de CrPC sean unas tareas esenciales para facilitar el desarrollo de regímenes terapéuticos más eficaces. Actualmente solo hay unas pocas medicinas registradas para el tratamiento de CrPC: docetaxel (Taxotere®) y cabazitaxel (Jevtana®- ambos citostáticos, más abiraterona (Zytiga®), Enzalutamida (Xtandi®) y radio-223 (Xofigo®). La abiraterona y la enzalutamida son hormonalmente activas (alteran/bloquean), mientras que el radio-223 se une a la zona del esqueleto en la que se localizan los tumores subsidiarios (metástasis) y libera en la misma un efecto radiactivo local. Se ha demostrado que estos cinco fármacos reducen la enfermedad tumoral en la mayor parte de los pacientes, y prolongan la supervivencia en aproximadamente 2,5-5 meses. Todos tienen efectos secundarios hasta un determinado grado, y el estado individual del paciente determinará la terapia que puede usarse. Cada una de estas medicinas tiene un tiempo de eficacia relativamente corto, ya que la enfermedad se vuelve resistente al fármaco después de un corto periodo, lo que significa que debe ser reemplazada por otra. Actualmente no se vislumbran medicinas curativas.
Por lo tanto, debido a la alta incidencia y la complejidad grave del cáncer de próstata resistente a castración (CrPC), existe una necesidad continua en la técnica de marcadores diagnósticos y/o predictivos de respuesta y de opción de tratamiento para dicho cáncer. Los presentes inventores investigaron el uso de amplificación génica y/o análisis de red de expresión y determinaron que los genes de dipeptidil peptidasas selectivas (DPP-8/DPP-9/FAP) y PDL-1 pueden actuar como marcadores predictivos potenciales para el cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) para mejorar su proceso diagnóstico/pronóstico y que, por lo tanto, proporcionan una combinación única de inhibidor de dipeptidil peptidasas selectivas, más específicamente inhibidor de DPP-8/DPP-9/FAP junto con un antagonista de muerte programada-1 (PD-1) para tratar dichos pacientes con CrPC.
Goltz et al. Oncotarget, 7: 3, páginas 533-53320 (2013) describe el análisis del estado (nivel de expresión) de PD-L1 en cáncer de próstata. Fearon., Cancer Immunol. Res., 2:3, páginas 187-193 (2014) describe el uso combinado del estado de expresión de FAP y de PD-L1 en cáncer como marcador y diana de tratamiento. Feig C et al., Proceedings of the National Academy of Sciences, 110:50, páginas 20212-20217 (2013) se refiere al estado de FAP y al estado de PD-L1 como marcadores para cáncer. Okondo et al., Nat. Chem. Biol.,13: 1, páginas 46-53 (2016) demuestra que la inhibición de dos serina proteasas, DPP8 y DPP9, activa la forma pro-proteica de la caspasa-1 independiente del adaptador de inflamasoma ASC.
Sumario de la invención
La invención se define por las reivindicaciones adjuntas. Cualquier otro caso, aspecto o configuración que se exponga en el presente documento que no se encuentre dentro del alcance de las reivindicaciones se presenta solo con fines informativos. Cualquier referencia a procedimientos de tratamiento debe interpretarse como referencia a la divulgación para su uso en dicho procedimiento de tratamiento.
Los inventores han descubierto que el alto nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasas selectivas y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 es un factor predictivo de la respuesta a terapias de combinación en pacientes con cáncer de próstata resistente a castración (CrPC), tal como se demuestra correlacionando el nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasas selectivas y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 en la muestra biológica antes del inicio de la terapia con el riesgo de progresión temprana. Por lo tanto, un alto nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasas selectivas y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 puede predecir la probabilidad de una respuesta clínica positiva en pacientes después de recibir la terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1.
Estos hallazgos apoyan el uso de un alto nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasas selectivas y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 como marcador predictivo para la detección, el diagnóstico, el seguimiento de enfermedades y la predicción de la respuesta en pacientes con cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) que son susceptibles de responder a la terapia de combinación (el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y el antagonista del eje PD-1).
En un aspecto principal, la presente invención proporciona un procedimiento diagnóstico y pronóstico, tal como se expone en las reivindicaciones, para predecir la eficacia del tratamiento de un paciente con cáncer de próstata resistente a castración con un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1. Más particularmente, la presente invención proporciona un procedimiento diagnóstico y pronóstico para predecir la eficacia del tratamiento de pacientes con CrPC que han progresado a la forma neuroendocrina de cáncer de próstata (NEPC) con el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y el antagonista del eje PD-1.
En un aspecto, la presente invención incluye un procedimiento de estratificación de pacientes con cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) basado en la determinación de amplificación elevada o sobreamplificación y/o expresión elevada o sobreexpresión de dipeptidil peptidasas selectivas y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 en la muestra biológica del paciente, y que sirve como un procedimiento pronóstico o predictivo eficaz o sensible.
En otro aspecto relacionado proporcionado con fines ilustrativos, la presente divulgación es un enfoque computacional para identificar un segmento de pacientes con cáncer en un conjunto de datos que comprende:
a) recibir un conjunto de datos de una muestra biológica del paciente con cáncer;
b) determinar/analizar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP, y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 en el conjunto de datos de la muestra biológica del paciente con cáncer; y
c) identificar el segmento de pacientes con cáncer en el conjunto de datos, en el que el nivel de amplificación y/o expresión de las dipeptidil peptidasas selectivas que comprenden DPP-8, DPP-9 o FAP y el ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 supera un nivel umbral predeterminado.
En algún aspecto, el nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasas selectivas y ligando-1 de muerte programada (PDL-1) o CD274 se determina usando un ensayo de amplificación o un ensayo de hibridación. En algunos casos, el ensayo de amplificación es un ensayo de amplificación cuantitativa basado en sondas, tal como un ensayo TaqMan®. En algunas formas de realización, el nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasas selectivas y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o ligando CD274 se determina usando un inmunoensayo, inmunohistoquímica, inmunotransferencia Northern, inmunotransferencia Western, reacción en cadena de la polimerasa (PCR), hibridación in situ (ISH/FISH), una secuenciación genómica completa, una secuenciación proteómica completa, reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real cuantitativa (q-RT-PCR) y secuenciación de ARN o espectrometría de masas.
En un aspecto relacionado específico proporcionado con fines ilustrativos, la presente divulgación proporciona un procedimiento para pronosticar cáncer de próstata resistente a castración en un sujeto; comprendiendo dicho procedimiento:
(a) determinar en un sujeto el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 en un panel de pronóstico;
(b) comparar el nivel de amplificación y/o expresión determinado de los genes que incluyen dipeptidil peptidasa que consiste en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 con un nivel umbral predeterminado; y,
pronosticar un caso de cáncer de próstata resistente a castración si el nivel de amplificación y/o expresión determinado excede o es superior al nivel umbral predeterminado.
En un aspecto específico, la presente invención proporciona un procedimiento para seleccionar un sujeto con cáncer de próstata resistente a castración para una terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1, comprendiendo dicho procedimiento:
(a) obtener una muestra biológica del sujeto con cáncer de próstata resistente a castración;
(b) determinar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 en la muestra biológica obtenida del sujeto; y
(c) seleccionar al sujeto como candidato adecuado para dicha terapia basándose en una evaluación de que el nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 excede o es superior a un nivel umbral predeterminado. En otro aspecto, la presente invención proporciona un procedimiento para determinar la probabilidad de que una terapia que implica la administración de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1 a un sujeto afectado por cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) proporcione un beneficio terapéutico al sujeto que comprende:
(a) determinar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 en una muestra biológica obtenida del sujeto que está recibiendo dicha terapia;
(b) comparar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o fA p y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 así obtenidos del sujeto después de recibir dicha terapia con un nivel umbral predeterminado de expresión de genes respectivos en la muestra biológica de sujetos que no obtuvieron un beneficio terapéutico de dicha terapia; en el que existe una probabilidad de que la terapia proporcione beneficio terapéutico al sujeto si el nivel de amplificación y/o expresión determinado en la etapa a) es inferior al nivel umbral predeterminado de amplificación y/o expresión.
Breve descripción del dibujo
Figura 1: Resumen de Oncoprint que muestra distintas alteraciones genéticas en genes candidatos de firma genómica (DPP-8/DPP-9/FAP) y PDL-1 en el estudio "Neuroendocrine Prostate Cancer (Trento/Cornell/Broad 2016)" de cBioPortal. Cada paciente está representado por una barra y frecuencia de alteraciones genéticas como porcentaje. cBioPortal versión 1.4.3.
Descripción detallada de la invención
I. Abreviatura(s):
Tal como se utilizan en el presente documento, las abreviaturas siguientes tienen los significados siguientes:
ALK: Cinasa de linfoma anaplásico
CCD: Dispositivo de acoplamiento de carga
CrPC: Cáncer de próstata resistente a castración
CNV: Variación del número de copias
CNA: Alteración del número de copias
ADNct: ADN tumoral circulante
CrPC-NE: Cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración
DAPI: 4',6-Diamidino-2-fenilindol
ADN: Ácido desoxirribonucleico
DPP: Dipeptidil peptidasa
DPP-8: Dipeptidil peptidasa 8
DPP-9: Dipeptidil peptidasa 9
FACS: Clasificación de células activadas por fluorescencia
FAP: Proteína de activación de fibroblastos
FFPE: Recién congelado o fijado en formalina embebido en parafina FPKM: Fragmentos por kilobase de exón por millón de lecturas
FISH: Hibridación fluorescente in situ
GCSF: Factor estimulante de colonias de granulocitos
GM-CSF: Factor estimulante de colonias de granulocitos-macrófagos
IFN: Interferón
IL: Interleucina
i.p.: Intraperitoneal
ISH: Hibridación in situ
IHC: Inmunohistoquímica
KLH: Hemocianina de lapa californiana
MDSC: Células supresoras derivadas de mieloides
NK: Citolítico natural
NEPC: Cáncer de próstata neuroendocrino
PBS: Solución salina tamponada con fosfato
PBMC: Células mononucleares de sangre periférica
PCR: Reacción en cadena de la polimerasa
PD-1: Muerte celular programada 1
PDL-1: Ligando de muerte celular programada 1
PDL-2: Ligando de muerte celular programada 2
p.o.: Por vía oral
PTEN: Homólogo de fosfatasa y tensina
QD: Una vez al día
q-RT-PCR: Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real TIL: Linfocitos infiltrantes de tumores
TNF: Factor de necrosis tisular
II. Definiciones:
El término "cáncer de próstata" incluye, pero sin limitación, cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC), cáncer de próstata resistente a castración (CrPC), cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración (CrPC-NE), cáncer de próstata hormono-refractario, adenocarcinoma acinar, adenocarcinoma ductal, cáncer de próstata no hormonorefractario, cáncer de células transicionales (o urotelial), cáncer de células escamosas o carcinoide de próstata y/o sarcomas y similares.
La expresión "cáncer de próstata resistente a castración" o "CrPC" incluye, pero sin limitación, cáncer de próstata resistente a castración, cáncer de células pequeñas, cáncer de células grandes, cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC), cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración (CrPC-NE) y cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) tratado con abiraterona y/o enzalutamida.
El término "sujeto" incluye un ser humano o paciente y se usa indistintamente, y significa cualquier animal, incluidos mamíferos, tales como ratones, ratas, otros roedores, conejos, perros, gatos, cerdos, ganado vacuno, ovejas, caballos o primates. En determinadas formas de realización, el sujeto es un ser humano, por ejemplo, un ser humano que padece, está en riesgo de padecer o es potencialmente capaz de padecer cánceres.
Los términos "tratar", "prevenir", "reducir" o "tratamiento", tal como se utilizan en el presente documento, se refieren a terapia curativa, terapia profiláctica y terapia preventiva.
La expresión "detectar cáncer de próstata" y los términos "diagnóstico" o "pronóstico" incluyen el juicio, el diagnóstico o el diagnóstico preliminar de si un sujeto de ensayo tiene cáncer de próstata, e incluyen el juicio, el diagnóstico o el diagnóstico preliminar de si un sujeto de ensayo que actualmente no padece un cáncer de próstata tiene riesgo de padecer cáncer de próstata en el futuro. El término "diagnóstico" también incluye el uso de los resultados de un ensayo de nivel de amplificación y/o expresión que incluye, pero sin limitación, reacción en cadena de la polimerasa (PCR), hibridación in situ (ISH/FISH), inmunotransferencia Northern y inmunotransferencia Western, una secuenciación genómica completa, una secuenciación proteómica completa o secuenciación de ARN.
El término "cantidad terapéuticamente eficaz" se puede usar indistintamente con "dosis terapéuticamente eficaz" o "cantidad eficaz" y se refiere a una cantidad suficiente para producir el efecto deseado. La cantidad terapéuticamente eficaz es suficiente para provocar una mejora en una afección clínicamente significativa del sujeto.
"Dipeptidil peptidasa (DPP)" se refiere a una clase de enzimas codificadas por el gen DPP (clasificadas bajo EC 3.4.14). Hasta la fecha se conocen 9 tipos de genes DPP. Estos incluyen catepsina C (DPP-1), DPP-2, DPP-3, DPP-4, D<p>P-6, DPP-7, DPP-8, DPP-9 y D<p>P-10. La DPP también incluye proteína de activación de fibroblastos (FAP).
Los términos dipeptidil peptidasas selectivas y DPP-8/DPP-9/FAP se refieren a un subconjunto de enzimas o genes DPP que contienen uno o más de DPP-8, DPp-9 y FAP.
El término "inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva" también denominado inhibidor de DPP8/DPP9/FAP es una molécula pequeña o anticuerpo que inhibe una o más de DPP8, DPP9 y FAP. Este término se refiere a inhibidores de dipeptidil peptidasa 8, inhibidores de dipeptidil peptidasa 9, inhibidores de dipeptidil peptidasa 8 y dipeptidil peptidasa 9, inhibidores de FAP, inhibidor de dipeptidil peptidasa 8 y dipeptidil peptidasa 9 y FAP.
En algunos aspectos, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva es talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo. Tal como se utiliza en el presente documento, "sal farmacéuticamente aceptable" se refiere a una sal que se sabe que no es tóxica y se usa de forma común en la literatura farmacéutica. Los ácidos inorgánicos típicos usados para formar dicha sal incluyen clorhídrico, bromhídrico, yodhídrico, nítrico, sulfúrico, fosfórico, hipofosfórico y similares. También se pueden usar sales derivadas de ácidos orgánicos, tales como ácidos monocarboxílicos y dicarboxílicos alifáticos, ácidos alcanoicos sustituidos con fenilo, ácidos hidroxialcanoicos e hidroxilalcanodioicos, ácidos aromáticos, ácidos sulfónicos alifáticos (mesilato) y aromáticos. Una sal preferida es la sal mesilato.
Tal como se utiliza en el presente documento, "nivel de expresión" en un sujeto, por ejemplo, del transcrito de dipeptidil peptidasa selectiva o de ligando de muerte celular programada 1 (PDL-1), se refiere a una cantidad de transcrito, tal como ARN de DPP-8, DPP-9, FAP o PDL-1, en la muestra biológica no diagnosticada del sujeto. El nivel de expresión puede compararse con un nivel de expresión umbral para determinar un estado de la muestra. El nivel de expresión de un sujeto puede ser un valor absoluto (por ejemplo, número de copias/ml, nanogramo/ml o microgramo/ml), un valor relativo (por ejemplo, intensidad relativa de señales; un aumento de porcentaje o "veces" o "veces de cambio"), un valor que tiene un límite superior o inferior, un intervalo de valores, un valor promedio, un valor mediano, un valor medio o un valor en comparación con un control particular o valor de referencia.
Tal como se utiliza en el presente documento, "aproximadamente" significa aproximadamente más o menos el 10% del valor indicado.
Tal como se utiliza en el presente documento, "nivel de amplificación" en un sujeto, por ejemplo, del transcrito de dipeptidil peptidasa selectiva o de ligando de muerte celular programada 1 (PDL-1), se refiere a una cantidad de transcrito, tal como proteína de DPP-8, DPP-9, FAP o PDL-1, en la muestra biológica no diagnosticada del sujeto. El nivel de amplificación puede compararse con un nivel de amplificación umbral para determinar un estado de la muestra. El nivel de amplificación de un sujeto puede ser un valor absoluto (por ejemplo, número de copias/ml, nanogramo/ml o microgramo/ml), un valor relativo (por ejemplo, intensidad relativa de señales; un aumento de porcentaje o "veces" o "veces de cambio"), un valor que tiene un límite superior o inferior, un intervalo de valores, un valor promedio, un valor mediano, un valor medio o un valor en comparación con un control particular o valor de referencia.
Tal como se utiliza en el presente documento, "valor umbral predeterminado" puede usarse indistintamente con "nivel umbral predeterminado". El valor umbral predeterminado se refiere al nivel de amplificación y/o expresión de los genes de dipeptidil peptidasa selectiva o ligando de muerte celular programada 1 (PDL-1) o CD274 en las muestras biológicas obtenidas mediante exámenes de sujetos o de muestras recogidas de sujetos. El valor umbral predeterminado puede ser un valor absoluto (por ejemplo, número de copias/ml, nanogramo/ml o microgramo/ml), un valor relativo (por ejemplo, intensidad relativa de señales; un aumento de porcentaje o "veces" o "veces de cambio"), un valor que tiene un límite superior o inferior, un intervalo de valores, un valor promedio, un valor mediano, un valor medio o un valor en comparación con un control particular o valor de referencia. Puede ser un valor umbral o un intervalo. Puede basarse en un gran número de muestras biológicas, tales como de población de sujetos del grupo cronológico de la misma edad, o basarse en un conjunto de muestras que incluye o excluye la muestra que va a analizarse o el sujeto que responde a la terapia de combinación o que no responde a la terapia de combinación. El que el valor de amplificación y/o expresión sea superior al valor umbral predeterminado en una muestra biológica es indicativo de la probabilidad de dicho sujeto de obtener una respuesta clínica positiva de dicha terapia de combinación del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y el antagonista del eje PD-1.
III. Gen(es): Los genes relacionados con la presente invención se describen a continuación:
Gen de dipeptidil peptidasa (DPP) selectiva
La DPP selectiva de la presente invención incluye específicamente DPP-8, DPP-9 o FAP. El término genes de DPP selectiva incluye DPP-8/DPP-9/FAP individualmente o combinadas.
Gen de muerte celular programada 1 (PD-1)
La PD-1 es un miembro de la familia de genes de inmunoglobulina y varios estudios han demostrado cómo se expresa en la superficie de células T activadas, células B activadas, células T reguladoras y citolíticos naturales (NK).
Tiene dos ligandos, PDL-1 y PDL-2 y cuando el receptor de células T PD-1 se une a sus ligandos en células presentadoras de antígeno (APC), se activa la ruta inhibidora, lo que da lugar a la supresión de la respuesta de células T efectoras.
La PDL-1 (B7-H1 o CD274) es una glucoproteína de la superficie celular y se ha demostrado cómo se expresa básicamente en sitios tales como la amígdala placentaria y la retina, todos implicados en el mecanismo de tolerancia inmunitaria; la proteína también puede expresarse en células hematopoyéticas (células dendríticas, mieloides, T y B), células no hematopoyéticas y en células tumorales.
La expresión de PDL-2 (B7-DC o CD273) se induce más fuertemente por interleucina 4 (IL-4) que por IFN (interferón) gamma y se expresa principalmente en células dendríticas activadas y algunos macrófagos.
IV. Muestra biológica:
La muestra biológica incluye células tumorales y células estromales asociadas/fibroblastos/macrófagos y otras células relacionadas con el sistema inmunitario (por ejemplo, linfocitos infiltrantes de tumores, habitualmente células T CD8+, MDSC, Treg), células NK, ADN tumoral circulante (ADNct) y células tumorales circulantes (etc.).
V. Terapia de combinación
A continuación se describe la terapia de combinación relacionada con la presente invención. La combinación comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1.
a) Inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (DPP)
La familia de genes de tipo dipeptidil peptidasa (DPP) es una familia de moléculas que tienen una estructura y una función de proteína relacionada. La familia de genes incluye las siguientes moléculas: DPPIV (CD26), proteína 6 de tipo dipeptidil aminopeptidasa (DPP-6), proteína 8 de tipo dipeptidil aminopeptidasa (DPP-8), proteína 9 de tipo dipeptidil aminopeptidasa (DPP-9) y proteína de activación de fibroblastos (FAP). El inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva incluye inhibidores de FAP y DPP-8/DPP-9 individualmente o en combinación. Con respecto a la oncología, la noción actual para las DPP (particularmente FAP y DPP-8/DPP-9) es de importancia para el mecanismo de acción de talabostat.
El inhibidor de DPP-8, DPP-9 y FAP conocido en el mercado es talabostat (PT-100, Val-boropro) El anticuerpo monoclonal FAP conocido en el mercado es sibrotuzumab.
El talabostat tiene un número de registro CAS de 149682-77-9. En algún aspecto, se puede usar la base libre. La forma de sal puede ser mesilato de talabostat. El mesilato de talabostat tiene un número de registro CAS de 150080 09-4. El talabostat se encuentra en forma racémica o en forma de un enantiómero que tiene configuración R o S. El talabostat puede existir como formas tanto lineales como cíclicas.
Los inhibidores de FAP incluyen, pero sin limitación, ARI-3099 (N-(piridin-4-carbonil)-d-Ala-boroPro) tal como se divulga por Sarah E. Poplawski et al., 2013, Vol. 56(9), páginas N° 3467-3477; ARI-3996 tal como se divulga en la publicación de patente de Estados Unidos N° 20140255300; MIP-1231 (MIP-1232 o MIP-1233) tal como se divulga en la publicación de patente de Estados Unidos N° 20100098633; (4-quinolinoil)glicil-2-cianopiroilidinas tal como se divulgan por Koen Jansen et al., 2013, Vol. 4 (5), páginas N° 491-496; (2S)-1-(2-(1-naftoilamino)acetil)pirrolina-2-carbonitrilo tal como se divulga en la patente de Estados Unidos N° 8.183.280; (S)-A-(2-(2-ciano-4,4-difluoropirrolidin-1-il)-2-oxoetil)-1-naftamida y otros derivados relacionados tal como se divulgan en el documento WO2013107820; (2S)-1-((2S)-2-(2-metoxibenzoilamino)-3-metilpentanoil)pirrolidina-2-carbonitrilo y otros derivados relacionados tal como se divulgan en la publicación de patente de Estados Unidos N° 20120053222; Ac-Gly-BoroPro tal como se divulga por Conrad Yap Edosada et al. 2006, Vol. 281 (11) páginas N° 7437-7444; diamidas de ácido 4-carboxilmetil piroglutámico sustituidas tal como se divulgan por Ting-yueh Tsai et al., 2010, Vol. 53(18), 6572-6583; GEH200200 tal como se divulga por P Iveson et al., 2014, Vol. 41(7), 620; UAMC-1110 tal como se divulga en la patente de Estados Unidos N° 9.346.814; algunos inhibidores de FAP también divulgados en el documento WO2002038590, la patente de Estados Unidos N° 7.399.869; la patente de Estados Unidos N° 7.998.997.
Otras patentes que divulgan el anticuerpo FAP-a son la patente de Estados Unidos N° 8.568.727 (asignada a Boehringer Ingelheim. International Gmbh), la patente E.P N° 1.268.550 (asignada a Boehringer Ingelheim. International Gmbh), la patente de Estados Unidos N° 8.999.342 (asignada a Ludwig Institute for Cancer Research Ltd), la patente de Estados Unidos N° 9.011.847 (asignada a Roche Glycart). Se divulgan anticuerpos biespecíficos de FAP con DR-5 en las publicaciones de patente de Estados Unidos N° 20140370019 y 20120184718; la combinación de receptor de antígeno quimérico y FAP se divulga en la publicación de patente de Estados Unidos N° 20140099340.
El anticuerpo F11-24 es un anticuerpo monoclonal de ratón dirigido contra FAP El anticuerpo anti-FAP-a incluye anticuerpos que se producen en ratón contra el epítopo del péptido sintético conjugado con hemocianina de lapa californiana (KLH) entre los aminoácidos 15-41 de la región N-terminal; los aminoácidos Leu26-Asp760; y los aminoácidos 525-625.
(PPQFDRSKK YPLLIQ VYGGPC SQ SVRS W AVNWIS YLASKEGMVIALVDGRGTAFQ
GDKLLYAVYRKLGVYEVEDQITAVRKFTEMGFTDEKRIAIWGWS - (SEQ ID NO: I)).
De forma similar, el anticuerpo anti-FAP incluye anticuerpos que se producen en conejo contra el epítopo del extremo N-terminal de la proteína de activación de fibroblastos humana, alfa de aminoácidos 57-73 con la secuencia FFPNWISGQEYLHQSAD (SEQ ID NO: 2); aminoácidos 26-280; aminoácidos 95-337; aminoácidos 300-380; aminoácidos 331-380 de la región interna de FAP-1 humana; aminoácidos 350-400; péptido sintético conjugado con KLH de aminoácidos 396-426, aminoácido Lys366; aminoácidos Ile523-Asp760 de seprasa humana expresada en E. coli; aminoácidos 525-625; aminoácidos 544-599; aminoácidos Gly542-Asp761; aminoácidos 652-701; región C-terminal de FAP humana de secuencia inmunógena.
SWEYYASVYTERFMGLPTKDDNLEHYKNSTVMARAEYFRNVDYLLIHGTA (SEQ ID NO: 3);
ERCQYYTASFSDYAKYYALVCYGPGIPISTLHDGRTDQETKTLEENKELENALKNIQL
PKEEIKKLEVDEITLWYKM (SEQ ID NO: 4).
En otros aspectos, el anticuerpo anti-FAP puede ser un nanocuerpo. La tecnología de nanocuerpos se desarrolló a partir del descubrimiento de que los anticuerpos de camellos y llamas (Camelidae, camélidos) tienen cadenas pesadas pero no cadenas ligeras. El sitio de unión a antígeno de tales anticuerpos es un dominio único, y puede denominarse VHH. Véanse, por ejemplo, los documentos de patente N° 5.800.988 y 6.005.079 y las publicaciones internacionales N° WO 94/04678, WO 94/25591 y EP 2673297.
Los inhibidores específicos de DPP-8/DPP-9 son (2S,3R)-2-amino-1-(isoindolin-2-il)-3-metilpentan-1-ona (alo-Ileisoindolina (UAMC00132); (S)-2,6-diamino-1-(isoindolin-2-il)hexan-1-ona (Lys-isoindolina (UAMC00071); 1G244 (PTX-1210; (S)-2-amino-4-{4-[bis-(4-fluorofenil)-metil]piperazin-1-il}-1-(1,3-dihidro-isoindol-2-il)-butano-1,4-diona); PTX-1200 (ciclohexil-glicina-isoindolina); bis-(2,2,2-tri-fluoroacetato) de (2S)-2-amino-4-(4-((4clorofenil)(fenil)metil)piperazin-1 -il)-1 -(5-fluoroisoindon-lin-2-il)butano-1,4-diona; bis(2,2,2-trifluoroacetato) de (2S)-2-amino-4-(4-((4-clorofenil)(fenil)metil)piperazin-1 -il)-1 -(isoindolin-2-il)butano-1,4-diona; bis(2,2,2-tri-fluoroacetato) de (S)-2-amino-4-((S)-4-(bis(4-fluorofenil)metil)-3-metil-piperazin-1 -il)-1 -(isoindolin-2-il)butano-1,4-diona; bis(2,2,2-trifluoroacetato de (2S)-2-amino-4-((3R)-4-((3-fluorofenil)(4-fluorofenil)-metil)-3-metilpiperazin-1 -il)-1 -(isoindolin-2-il)butano-1,4-diona, SUMO1 EII, péptido (tal como se divulga en la publicación de patente de Estados Unidos N° 20150266922). b) Antagonista del eje PD-1:
El antagonista del eje PD-1 incluye antagonista de PD-1 (por ejemplo anticuerpo anti-PD-1), antagonista de PDL-1 (por ejemplo anticuerpo anti-PDL-1) y antagonista de PDL-2 (por ejemplo anticuerpo anti-PDL-2).
Tal como se utilizan en el presente documento, los términos "muerte programada 1", "muerte celular programada 1", "proteína PD-1", "PD-1", PD1", "PDCD1", "hPD-1" y "hPD-I" se usan indistintamente, e incluyen variantes, isoformas, homólogos de especies de PD-1 humana, y análogos que tienen al menos un epítopo común con PD-1 humana. La secuencia de PD-1 humana completa puede encontrarse bajo el número de acceso de GenBank U64863. En aspectos particulares, el antagonista de PD-1 se une a la proteína PD-1 de SEQ ID NO: 5 (ID de uniprot Q15116).
Tal como se utilizan en el presente documento, los términos "ligando de muerte celular 1 programada 1", "PDL-1", "PDL1", "PDCD1L1", "PDCD1 LG1""CD274", "homólogo 1 de B7, "B7-H1", "B7-H" y "B7H1" se usan indistintamente e incluyen variantes, isoformas, homólogos de especies de PDL-1 humana y análogos que tienen al menos un epítopo común con PDL-1 humana.
La proteína de muerte programada 1 (PD-1) es un miembro inhibidor de la familia de receptores CD28, que también incluye CD28, CTLA-4, ICOS y BTLA.
Se han identificado dos ligandos para PD-1, PD-L1 y PD-L2, que se ha demostrado que regulan a la baja la activación de células T tras la unión a PD-1 (Freeman et al. (2000) J Exp. Med. 192: 1027-34; Latchman et al. (2001) Nat Immunol.
2:261 -8; Carter et al. (2002) Eur. J Immunol 32:634-43). Tanto PD-L1 como PD-L2 son homólogos de B7 que se unen a PD-1, pero no se unen a otros miembros de la familia de CD28.
El antagonista de PD-1 de la invención se une a ligandos de PD-1 e interfiere con, reduce o inhibe la unión de uno o más ligandos al receptor de PD-1, o se une directamente al receptor de PD-1, sin participar en la transducción de señales a través del receptor de PD-1. El antagonista de PD-1 se une a uno o más ligandos de PD-1 (por ejemplo, PD-L1 y PD-L2) y reduce o inhibe que el o los ligandos desencadenen la transducción de señales inhibidoras a través de PD-1. En una forma de realización, el antagonista de PD-1 se une directamente a PDL-1, inhibiendo o evitando que PDL-1 se una a PD-1, bloqueando así la transducción de señales inhibidoras de PD-1.
En alguna forma de realización, los anticuerpos que interfieren con PD-1 son un anticuerpo anti-PD-1 o antagonista de PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado o un anticuerpo quimérico).
El nivolumab (también conocido como Opdivo®, MDX-1106, MDX-1106-04, ONO-4538 o BMS-936558), es un antagonista de PD-1 descrito en la patente de Estados Unidos N° 8.008.449 y el documento WO2006/121168. El pembrolizumab (también conocido como Merck 3475, MK-3475, Lambrolizumab, Keytruda® y SCH-900475) es un antagonista de PD-1 descrito en la patente de Estados Unidos. N° 8.345.509 y el documento WO2009/114335. Otro antagonista de PD-1 se divulga en la patente de Estados Unidos N° 8,609,089, el documento US 20100028330 y/o el documento US 20120114649.
El atezolimumab (MDPL3280A o YW243.55.S70) es un antagonista de PDL-1 descrito en la patente de Estados Unidos N° 8.217.149. El MDX-1105 (también conocido como BMS-936559) es un antagonista de PDL-1 descrito en el documento WO2007/005874. El durvalumab (MEDI4736) es un antagonista de PDL-1 descrito en el documento WO2011/066389 y el documento US2013/0034559. El avelumab (MSB0010718C) es un antagonista de PDL-1 descrito en el documento US 20140341917. El CA-170 es un antagonista de PDL-1 descrito en los documentos WO2015033301 y WO2015033299.
El AMP-224 (también conocido como B7-DCIg) es un receptor soluble de fusión PD-L2-Fc descrito en los documentos WO2010/027827 y WO2011/066342.
El anticuerpo o fragmento de unión a antígeno del mismo puede producirse usando procedimientos conocidos en la técnica, por ejemplo, mediante un procedimiento que comprende cultivar una célula huésped que contiene ácido nucleico que codifica cualquiera de los antagonistas de PD-1, PDL-1 o PDL-2 descritos anteriormente o un fragmento de unión a antígeno en una forma adecuada para la expresión, en condiciones adecuadas para producir dicho anticuerpo o fragmento, y recuperar el anticuerpo o fragmento.
En una forma de realización, el antagonista de PD-1 se selecciona del grupo que consiste en ANA011, AUNP-12, BGB-A317, KD033, pembrolizumab, MCLA-134, mDX400, MEDI00680, MUDX400, nivolumab, PDR001, PF-06801591, REGN-2810, SHR-1210, STI-A1110, TSR-042, ANB011, 244C8, 388D4, TSR042 y XCE853 y combinaciones de los mismos. Preferentemente, el antagonista de PD-1 es el anticuerpo anti-PD-1 pembrolizumab y nivolumab, que pueden obtenerse de BPS Biosciences y Bio X cell.
En una forma de realización, el antagonista de PDL-1 se selecciona del grupo que consiste en avelumab, BMS-936559, CA-170, durvalumab, MCLA-145, SP142, STI-A1011, STIA1012, STI-A1010, STI-A1014, A110, KY1003 y atezolimumab y combinaciones de los mismos. Preferentemente, el antagonista de PDL-1 es avelumab, durvalumab y atezolimumab.
En una forma de realización, el antagonista de PDL-2 se selecciona del grupo que consiste en AMP-224 y rHIgM12B7 y combinaciones de los mismos.
VI. Cáncer de próstata resistente a castración (CrPC):
La privación de andrógenos es el pilar principal de la terapia contra el cáncer de próstata avanzado, y con este tratamiento se obtienen como resultado respuestas antigénicas específicas de la próstata (PSA) y mejoras clínicas en más del 90% de los pacientes; sin embargo, este tratamiento no es curativo, y la mayor parte de los pacientes finalmente se vuelven resistentes al castrado. El término "cáncer de próstata resistente a castración" (CrPC) identifica un grupo heterogéneo de pacientes tanto sintomáticos como asintomáticos con o sin metástasis clínicas.
El cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) de la presente invención incluye, pero sin limitación, cáncer de células pequeñas, cáncer de células grandes, cáncer de próstata resistente a castración, cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC), cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración (CrPC-NE) y cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) pretratado con abiraterona y/o enzalutamida.
En algunas formas de realización, el paciente con CrPC padece preferentemente cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC).
En otra forma de realización, el paciente con CrPC es un paciente con CrPC pretratado con abiraterona y/o enzalutamida.
VII. Detección del nivel de dipeptidil peptidasas selectivas (DPP-8/DPP-9/FAP) y ligando de muerte programada 1 (PDL-1)
El nivel de amplificación y/o expresión de los genes se determina mediante la evaluación del nivel cuantitativo de marcadores predictivos {(expresión de ARNm/proteína) o CNV/CNA (ADN/gen)}. La determinación puede realizarse usando cualquier procedimiento bien establecido. Estos procedimientos incluyen bioensayos que comprenden un ensayo de amplificación, un ensayo de hibridación, un inmunoensayo, una inmunohistoquímica, una inmunotransferencia Western, una inmunotransferencia Northern, una secuenciación genómica completa, una secuenciación proteómica completa, secuenciación de ARN, espectrometría de masas, un ensayo de amplificación cuantitativa basado en sondas, una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y una reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR).
En una forma de realización de la presente invención, la amplificación y/o expresión de genes se determina para el diagnóstico o pronóstico de pacientes con CrPC e incluye detectar el nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasa selectiva que consiste en DPP-8, DPP-9 o<f>A<p>y el ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274.
En una forma de realización de la presente invención, el nivel de amplificación y/o expresión génica se determina para el diagnóstico o pronóstico de pacientes con CrPC pretratados con abiraterona y/o enzalutamida e incluye detectar el nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasa selectiva que consiste en DPP-8, DPP-9 o FAP y el ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274.
En una forma de realización de la presente invención, el nivel de amplificación y/o expresión de genes se determina para el diagnóstico o pronóstico de pacientes con CrPC no tratados con abiraterona y/o enzalutamida e incluye detectar el nivel de amplificación y/o expresión de dipeptidil peptidasa selectiva que consiste en DPP-8, DPP-9 o FAp.
VIII. Establecimiento de un nivel umbral predeterminado
A fin de establecer un nivel umbral predeterminado para poner en práctica el procedimiento de la presente invención, se puede usar una población de sujetos de referencia, en la que se selecciona la población de referencia, normalmente una población normal, es decir, una población de los sujetos a los que no se ha diagnosticado cáncer o la población de los sujetos a los que se ha diagnosticado cáncer, y se determinan y se pueden usar características estadísticas útiles de la población de referencia. En algunas formas de realización, se puede usar una población de pacientes con cáncer de próstata que reciben una terapia distinta de un inhibidor de DPP selectiva y un antagonista del eje PD-1 u otra terapia dirigida molecular. En algunas formas de realización, los pacientes con cáncer de próstata del grupo de referencia pueden recibir una terapia distinta del inhibidor de DPP selectiva y antagonista del eje PD-1 u otra terapia dirigida molecular, en combinación con quimioterapia, radioterapia y/o resección quirúrgica del tumor. En otras formas de realización, la población de referencia incluye sujetos que no tienen cáncer de próstata. En otras formas de realización más, la población de referencia incluye sujetos que tienen cáncer de próstata y no están recibiendo terapia dirigida. En otras formas de realización más, la población de referencia incluye sujetos que tienen cáncer de próstata y están recibiendo terapia de combinación de inhibidor de DPP selectiva y antagonista del eje PD-1. Estos pacientes se encuentran dentro de los parámetros apropiados, si procede, con el propósito de cribar y/o realizar un seguimiento del cáncer usando los procedimientos de la presente invención. Opcionalmente, los pacientes son del mismo sexo, una edad similar o unos antecedentes étnicos similares.
En otra forma de realización más, la población de referencia es el mismo sujeto que padece el cáncer de próstata resistente a castración y el tejido normal se toma de este paciente con CrPC para establecer un nivel umbral predeterminado.
El estado de los pacientes seleccionados se confirma mediante procedimientos bien establecidos, empleados rutinariamente, que incluyen, pero sin limitación, examen físico general de los individuos y revisión general de su historial médico.
Además, el grupo seleccionado de pacientes debe ser de un tamaño razonable, de forma que el nivel/cantidad/concentración promedio de DPP-8, DPP-9 o FAP y polinucleótido (ARNm) de PDL-1 o DPP-8, DPP-9 o FAP y proteína PDL-1 o amplificación de DPP-8, DPP-9 o FAP y PDL-1 humanas de un gen en la muestra obtenida del grupo se puede considerar razonablemente como representativo del nivel normal o promedio entre esta población de pacientes.
Una vez que se establece un valor umbral para el polinucleótido (ARNm) de DPP-8, DPP-9 o FAP y PDL-1 o la proteína DPP-8, DPP-9 o FAP y PDL-1 basándose en los valores individuales encontrados en cada sujeto del grupo seleccionado, en el que el grupo seleccionado puede basarse en un gran número de muestras biológicas, tal como de la población de sujetos del grupo cronológico de la misma edad, o basándose en un conjunto de muestras que incluye o excluye la muestra que se va a analizar o el sujeto que responde a la terapia de combinación o que no responde a la terapia de combinación, este valor umbral puede considerarse como nivel umbral predeterminado. También se determina una desviación estándar durante el mismo proceso. En algunos casos, se puede establecer un nivel umbral separado para grupos definidos por separado que tienen características distintas tales como edad, sexo o fondo étnico.
El nivel umbral predeterminado para la presente invención incluye el nivel umbral predeterminado de amplificación y/o expresión. Para la amplificación, el nivel umbral predeterminado es 2 (según experimentos in silico del ejemplo 2-5), mientras que, en caso de expresión de ARNm, el nivel umbral predeterminado es un promedio o una mediana establecidos basándose en los valores individuales encontrados en cada sujeto. Además, el nivel umbral predeterminado puede variar dependiendo de la pureza y la ploidía de la muestra biológica.
IX. Selección de un sujeto para terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y antagonista del eje PD-1
Según los procedimientos descritos en el presente documento, el nivel de amplificación y/o expresión de DPP-8/DPP-9/FAP y PDL-1 en la muestra biológica del paciente se compara con el nivel umbral predeterminado. En algunas formas de realización, el nivel de amplificación y/o expresión de DPP-8/DPP-9/FAP y PDL-1 se considera "alto" si es al menos 1,2, 3, 4, 5, 10, 15, 20 o más desviaciones estándar superior al de los sujetos con valor de referencia (nivel umbral). En otras formas de realización, el nivel de amplificación y/o expresión de DPP-8/DPP-9/FAP y PDL-1 es "bajo" si es al menos 1,2, 3, 4, 5, 10, 15, 20 o más desviaciones estándar inferior al nivel de referencia o umbral.
Si el nivel de amplificación y/o expresión en una muestra biológica del sujeto de ensayo es significativamente superior {por ejemplo, 1,01 veces, 1,05 veces, 1,10 veces, 1,2 veces, 1,3 veces, 1,4 veces, 1,5 veces, 1,6 veces, 1,7 veces, 1,8 veces, 1,9 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 100 veces o más) al nivel umbral predeterminado, esto indicaría, por ejemplo, que el sujeto de ensayo se selecciona para una terapia de combinación que comprende inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y antagonista del eje PD-1. Si el nivel de amplificación y/o expresión en una muestra del sujeto de ensayo es significativamente inferior (por ejemplo, 1,01 veces, 1,05 veces, 1,10 veces, 1,2 veces, 1,3 veces, 1,4 veces, 1,5 veces, 1,6 veces, 1,7 veces, 1,8 veces, 1,9 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 100 veces o más) al nivel umbral predeterminado, esto indicaría, por ejemplo, que el sujeto de ensayo no se selecciona para una terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1.
Tal como se describe en el presente documento, la presente invención incluye un procedimiento para seleccionar un sujeto para terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1, comprendiendo el procedimiento: obtener una muestra biológica del sujeto con CrPC; determinar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 en la muestra biológica obtenida del sujeto; y seleccionar la terapia de combinación para el tratamiento si el nivel de amplificación y/o expresión en la muestra biológica supera un nivel umbral predeterminado.
En otra forma de realización, la presente invención incluye un procedimiento para seleccionar un sujeto para terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1, comprendiendo el procedimiento: obtener una muestra biológica del sujeto con cáncer de próstata; determinar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 en la muestra biológica obtenida del sujeto; y seleccionar la terapia de combinación para el tratamiento si el nivel de amplificación y/o expresión en la muestra biológica supera un nivel umbral predeterminado.
En otra forma de realización más, la presente invención incluye un procedimiento para seleccionar un sujeto para terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva, abiraterona y/o enzalutamida, comprendiendo el procedimiento: obtener una muestra biológica del sujeto con CrPC; determinar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP8, DPP 9 o FAP en la muestra biológica obtenida del sujeto; y seleccionar dicha terapia de combinación para el tratamiento si el nivel de amplificación y/o expresión en la muestra de tejidos supera un nivel umbral predeterminado.
X. Población de pacientes:
La presente invención puede usarse para el diagnóstico o el pronóstico de un sujeto que tiene CrPC. Adicionalmente, la presente invención también puede usarse para seleccionar un paciente que tiene CrPC, preferentemente CrPC-NE y dicho paciente posee la probabilidad de un buen pronóstico o una respuesta clínica positiva a una combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1. Además, la presente invención también puede usarse para tratar a un sujeto que tiene CrPC. El sujeto puede incluir, pero sin limitación, un sujeto que padece CrPC que comprende cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC), cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración (CrPC-NE), cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) previamente tratado con abiraterona y/o enzalutamida o similares. El sujeto también puede incluir un sujeto que padece cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) que incluye, pero sin limitación, cáncer de células pequeñas, cáncer de células grandes, cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC) que se tratan o no se tratan con abiraterona y/o enzalutamida. Preferentemente, los pacientes que padecen cáncer de próstata neuroendocrino se seleccionan para la terapia de combinación.
Además, la presente invención también puede usarse para el diagnóstico o el pronóstico de un sujeto que tiene cáncer de próstata. Adicionalmente, la presente invención también puede usarse para seleccionar un sujeto que tiene cáncer de próstata y dicho paciente posee la probabilidad de un buen pronóstico o una respuesta clínica positiva a una combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1. Además, la presente invención también puede usarse para tratar a un sujeto que tiene cáncer de próstata. El sujeto puede incluir, pero sin limitación, un sujeto que padece cáncer de próstata que comprende cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC), cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración (CRPC-NE), cáncer de próstata resistente a castración (CRPC), cáncer de próstata hormono-refractario, adenocarcinoma acinar, adenocarcinoma ductal, cáncer de próstata no hormono-refractario, cáncer de células transicionales (o urotelial), cáncer de células escamosas o carcinoide de próstata y/o sarcomas y similares. El sujeto también puede incluir un sujeto que padece cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) que incluye, pero sin limitación, cáncer de células pequeñas, cáncer de células grandes, cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC) que se tratan o no se tratan con abiraterona y/o enzalutamida.
Además de lo anterior, la presente invención también puede usarse para el diagnóstico o el pronóstico de un sujeto que tiene CrPC resistente a abiraterona y/o enzalutamida. La presente invención también se puede usar para seleccionar un sujeto que tiene CrPC resistente a abiraterona y/o enzalutamida y dicho paciente posee la probabilidad de un buen pronóstico o una respuesta clínica positiva a una combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1. Además, la presente invención también puede usarse para tratar a un sujeto que tiene CrPC resistente a abiraterona y/o enzalutamida. El sujeto también puede incluir un sujeto que padece CrPC resistente a abiraterona y/o enzalutamida que incluye, pero sin limitación, cáncer de células pequeñas resistente a abiraterona y/o enzalutamida, cáncer de células grandes y cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC). Además de lo anterior, la presente invención también puede usarse para el diagnóstico o el pronóstico de un sujeto que tiene CrPC, pero no tratado con abiraterona y/o enzalutamida. La presente invención también se puede usar para seleccionar un sujeto que tiene CrPC y dicho paciente posee la probabilidad de un buen pronóstico o una respuesta clínica positiva a una combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva, abiraterona y/o enzalutamida. Además, la presente invención también se puede usar para tratar a un sujeto con terapia triple que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva con abiraterona y/o enzalutamida.
XI. Procedimiento de pronóstico del cáncer de próstata (no reivindicado)
Tal como se describe en el presente documento, la presente divulgación incluye un procedimiento para pronosticar CrPC en un sujeto; el procedimiento incluye determinar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274; comparar el nivel de amplificación y/o expresión determinado de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 con un nivel umbral predeterminado; y pronosticar un caso de CrPC si el nivel de amplificación y/o expresión determinado supera el nivel umbral predeterminado.
En otra forma de realización, la presente divulgación también divulga un procedimiento para pronosticar cáncer de próstata en un sujeto; el procedimiento incluye determinar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274; comparar el nivel de amplificación y/o expresión determinado de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 con un nivel umbral predeterminado; y pronosticar un caso de cáncer de próstata si el nivel de amplificación y/o expresión determinado supera el nivel umbral predeterminado.
En otra forma de realización más, la presente divulgación incluye un procedimiento de pronóstico de CrPC no tratado con abiraterona y/o enzalutamida en un sujeto; el procedimiento incluye determinar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP; comparar el nivel de amplificación y/o expresión determinado de los genes que incluyen dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP con un nivel umbral predeterminado; y pronosticar un caso de CrPC no tratada con abiraterona y/o enzalutamida si el nivel de amplificación y/o expresión determinado supera el nivel umbral predeterminado.
XII. Procedimiento de tratamiento (no reivindicado):
La presente divulgación proporciona un procedimiento para tratar a un sujeto con CrPC mediante la administración al sujeto de una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1.
En una forma de realización, el antagonista del eje PD-1 se administra a una dosis de aproximadamente 0,01 a 30 mg/kg, preferentemente de 0,1 a 20 mg/kg, más preferentemente de 1 a 10 mg/kg. En una forma de realización específica, el antagonista del eje PD-1 es nivolumab y pembrolizumab.
En determinadas formas de realización, el antagonista del eje PD-1 se administra en una dosis de aproximadamente 0,01 mg/kg, aproximadamente 0,05 mg/kg, aproximadamente 0,1 mg/kg, aproximadamente 0,2 mg/kg, aproximadamente 0,3 mg/kg, aproximadamente 0,5 mg/kg, aproximadamente 0,7 mg/kg, aproximadamente 1 mg/kg, aproximadamente 2 mg/kg, aproximadamente 3 mg/kg, aproximadamente 4 mg/kg, aproximadamente 5 mg/kg, aproximadamente 6 mg/kg, aproximadamente 7 mg/kg, aproximadamente 8 mg/kg, aproximadamente 9 mg/kg, aproximadamente 10 mg/kg, aproximadamente 11 mg/kg, aproximadamente 12 mg/kg, aproximadamente 13 mg/kg, aproximadamente 14 mg/kg, aproximadamente 15 mg/kg, aproximadamente 15 mg/kg, aproximadamente 16 mg/kg, aproximadamente 17 mg/kg, aproximadamente 18 mg/kg, aproximadamente 19 mg/kg, aproximadamente 20 mg/kg, aproximadamente 21 mg/kg, aproximadamente 22 mg/kg, aproximadamente 23 mg/kg, aproximadamente 24 mg/kg, aproximadamente 25 mg/kg, aproximadamente 26 mg/kg, aproximadamente 27 mg/kg, aproximadamente 28 mg/kg, aproximadamente 29 mg/kg o aproximadamente 30 mg/kg. En determinadas formas de realización, el antagonista del eje PD-1 se administra mediante inyección (por ejemplo, por vía subcutánea o intravenosa) a una dosis de aproximadamente 0,01 mg/kg a 30 mg/kg, por ejemplo, de aproximadamente 0,1 mg/kg a 20 mg/kg, de aproximadamente 1 mg/kg a 10 mg/kg, de aproximadamente 1 mg/kg a 5 mg/kg, o de aproximadamente 1 a 3 mg/kg.
En otras formas de realización, cada dosis del antagonista del eje PD-1 se administra a 0,1, 0,3, 1,3, 6, 10, 15 o 20 mg/kg de peso corporal. En formas de realización preferidas, cada dosis del antagonista del eje PD-1 se administra a 0,3, 1,2, 3 o 10 mg/kg. En formas de realización más preferidas, el antagonista del eje PD-1 se administra a una dosis de 2 mg/kg cada tres semanas (Keytruda®) o 3 mg/kg cada dos semanas (Opdivo®) o 1200 mg cada tres semanas (Tecentriq®).
En una forma de realización, la dosis de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva puede variar de aproximadamente 0,001 mg/kg a 10 mg/kg, preferentemente de 0,001 mg/kg a 3 mg/kg, más preferentemente de aproximadamente 0,001 mg/kg a 2 mg/kg. La dosis de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo puede variar de aproximadamente 0,001 mg/kg a 1 mg/kg, preferentemente de 0,001 mg/kg a 0,05 mg/kg, más preferentemente de aproximadamente 0,001 mg/kg a 0,035 mg/kg. En una forma de realización específica, el inhibidor de dipeptidil peptidasa es talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo, preferentemente mesilato de talabostat.
En determinadas formas de realización, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo) se administra en una dosis de 0,001 mg/kg, 0,002 mg/kg, 0,003 mg/kg, 0,004 mg/kg, 0,005 mg/kg, 0,006 mg/kg, 0,007 mg/kg, 0,008 mg/kg, 0,009 mg/kg, 0,010 mg/kg, 0,012 mg/kg, 0,013 mg/kg, 0,014 mg/kg, 0,020 mg/kg, 0,025 mg/kg, 0,030 mg/kg y 0,035 mg/kg. En formas de realización preferidas, cada dosis del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se administra a 0,002 mg/kg, 0,003 mg/kg, 0,004 mg/kg, 0,005 mg/kg, 0,006 mg/kg, 0,007 mg/kg, 0,009 mg/kg, 0,01 mg/kg, 0,013 mg/kg y 0,014 mg/kg. En otra forma de realización, la dosificación del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva de la invención administrado para prevenir y/o tratar un cáncer asociado con niveles aumentados de DPP-8/DPP-9/FAP en un paciente es una dosis unitaria de aproximadamente 0,001 mg/kg a aproximadamente 10 mg/kg, 0,001 mg/kg a aproximadamente 1 mg/kg, aproximadamente 0,001 mg/kg a 0,05 mg/kg, aproximadamente 0,001 mg/kg a 0,035 mg/kg, aproximadamente 0,002 mg/kg a aproximadamente 5 mg/kg, aproximadamente 0,002 mg/kg a aproximadamente 3 mg/kg, aproximadamente 0,002 mg/kg a aproximadamente 2 mg/kg, aproximadamente 0,002 mg/kg a aproximadamente 0,05 mg/kg, aproximadamente 0,002 mg/kg a aproximadamente 0,035 mg/kg, aproximadamente 0,003 mg/kg a aproximadamente 2,0 mg/kg, aproximadamente 0,003 mg/kg a aproximadamente 2,0 mg/kg, aproximadamente 0,004 mg/kg a aproximadamente 2,5 mg/kg, aproximadamente 0,005 mg/kg a aproximadamente 2,5 mg/kg, aproximadamente 0,006 mg/kg a aproximadamente 2,5 mg/kg, aproximadamente 0,007 mg/kg a aproximadamente 2,5 mg/kg, aproximadamente 0,008 mg/kg a aproximadamente 2,5 mg/kg, aproximadamente 0,009 mg/kg a aproximadamente 2,5 mg/kg, aproximadamente 0,010 mg/kg a aproximadamente 1,5 mg/kg, aproximadamente 0,011 mg/kg a aproximadamente 1,5 mg/kg, aproximadamente 0,012 mg/kg a aproximadamente 1 mg/kg, aproximadamente 0,013 mg/kg a aproximadamente 1 mg/kg, La dosis diaria total de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva puede variar de aproximadamente 100 mcg a 200 mg, preferentemente de aproximadamente 100 mcg a 50 mg, de la forma más preferida de aproximadamente 100 mcg a 10 mg. La dosis diaria total de talabostat puede variar de aproximadamente 50 mcg a 3 mg, preferentemente de aproximadamente 100 mcg a 2,5 mg, de la forma más preferida de aproximadamente 100 mcg a 2,0 mg.
En determinadas formas de realización, cada dosis del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se administra a aproximadamente 0,001 mg/kg, aproximadamente 0,003 mg/kg, aproximadamente 0,005 mg/kg, aproximadamente 0,006 mg/kg, aproximadamente 0,007 mg/kg, aproximadamente 0,008 mg/kg, aproximadamente 0,009 mg/kg, aproximadamente 0,01 mg/kg, aproximadamente 0,012 mg/kg, aproximadamente 0,013 mg/kg, aproximadamente 0,014 mg/kg, aproximadamente 0,015 mg/kg, aproximadamente 0,016 mg/kg, aproximadamente 0,017 mg/kg, aproximadamente 0,018 mg/kg, aproximadamente 0,019 mg/kg, aproximadamente 0,020 mg/kg, aproximadamente 0,025 mg/kg, aproximadamente 0,030 mg/kg y aproximadamente 0,035 mg/kg de peso corporal. En formas de realización preferidas, cada dosis del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo, inhibidor de FAP o inhibidor de DPP-8/DPP-9 o inhibidor de DPP-8/DPP-9/FAP) se administra a aproximadamente 0,003 mg/kg, aproximadamente 0,004 mg/kg, aproximadamente 0,005 mg/kg, aproximadamente 0,006 mg/kg, aproximadamente 0,007 mg/kg, aproximadamente 0,009 mg/kg, aproximadamente 0,01 mg/kg, aproximadamente 0,013 mg/kg y aproximadamente 0,014 mg/kg.
En una forma de realización, la presente divulgación proporciona un procedimiento para tratar a un sujeto con cáncer de próstata mediante la administración al sujeto de una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1.
En una forma de realización, la presente divulgación proporciona un procedimiento para tratar a un sujeto con CrPC mediante la administración al sujeto de una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1.
En otra forma de realización más, la presente divulgación proporciona un procedimiento para tratar a un sujeto con CrPC resistente a abiraterona y/o enzalutamida mediante la administración al sujeto de una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1.
En otra forma de realización más, la presente divulgación proporciona un procedimiento para tratar a un sujeto con CrPC no tratado con abiraterona y/o enzalutamida mediante la administración al sujeto de una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva con abiraterona y/o enzalutamida.
En una forma de realización, la abiraterona se administra a una dosis de aproximadamente 2 mg/kg a aproximadamente 15 mg/kg, de aproximadamente 2 mg/kg a aproximadamente 14 mg/kg, de aproximadamente 2 mg/kg a aproximadamente 10 mg/kg, de aproximadamente 2 mg/kg a aproximadamente 5 mg/kg, preferentemente de aproximadamente 3 mg/kg a aproximadamente 4 mg/kg, de forma más preferida de aproximadamente 3,5 mg/kg.
En una forma de realización, la enzalutamida se administra a una dosis de aproximadamente 0,5 mg/kg a aproximadamente 2,8 mg/kg, de aproximadamente 1,2 mg/kg a aproximadamente 2,8 mg/kg, preferentemente de aproximadamente 1,6 mg/kg a aproximadamente 2,4 mg/kg, de forma más preferida de aproximadamente 2,0 mg/kg a aproximadamente 2,4 mg/kg.
XIII. Administración
Los protocolos de administración/tratamiento adecuados para tratar el cáncer o tumor de próstata en un sujeto incluyen, por ejemplo, administrar al paciente una cantidad eficaz de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo, talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo) y un antagonista del eje PD-1.
En algunas formas de realización, la terapia de combinación de la invención comprende la administración de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo, talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo) y un antagonista del eje PD-1. El inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y el antagonista del eje PD-1 pueden administrarse de cualquier forma adecuada conocida en la técnica. Por ejemplo, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y el antagonista del eje PD-1 pueden administrarse secuencialmente (en diferentes puntos temporales) o simultáneamente (en el mismo punto temporal).
En algunas formas de realización, el antagonista del eje PD-1 y el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se coadministran, por ejemplo, se realiza la administración de dicho antagonista del eje PD-1 y el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo) como dos formulaciones separadas. La coadministración puede ser simultánea o secuencial en cualquier orden o se realiza intermitentemente o continuamente. En una forma de realización adicional, hay un periodo de tiempo en el que ambos (o todos) los agentes terapéuticos ejercen simultáneamente sus actividades biológicas. Dicho antagonista del eje PD-1 y el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo) se coadministran simultáneamente o secuencialmente, por ejemplo, por vía oral o intravenosa (i.v.) a través de una infusión continua. Cuando ambos agentes terapéuticos se coadministran secuencialmente, los agentes terapéuticos se administran en dos administraciones separadas que están separadas por un "periodo de tiempo específico". Por la expresión periodo de tiempo específico se entiende cualquier intervalo de 1 hora a 30 días. Por ejemplo, uno de los agentes puede administrarse en aproximadamente 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, o 1 día, o 24, 23,22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 hora a partir de la administración del otro agente terapéutico, y, en una forma de realización, el periodo de tiempo específico es 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, o 1 día, o 24, 23, 22, 21,20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5,4, 3, 2 o 1 hora. En algunas formas de realización, la administración simultánea significa al mismo tiempo o dentro de un corto periodo de tiempo, normalmente menos de 1 hora.
Por un periodo de dosificación, tal como se utiliza en el presente documento, se entiende un periodo de tiempo durante el cual cada agente terapéutico se ha administrado al menos una vez. Un periodo de dosificación es normalmente de aproximadamente 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, o 30 días, y, en una forma de realización, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 16 o 24 días, por ejemplo, 8 o 16 o 24 días.
En determinadas formas de realización, se administran múltiples (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más) dosis de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo) y múltiples (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más) dosis de un antagonista del eje PD-1 a un sujeto que necesita tratamiento.
En determinadas formas de realización, el antagonista del eje PD-1 se administra a una dosis al día, una dosis cada 2 días, una dosis cada 3 días, una dosis cada 4 días, una dosis cada 5 días, una vez a la semana, una vez cada dos semanas, una vez cada tres semanas o una vez cada cuatro semanas, preferentemente una vez a la semana. En determinadas formas de realización, el antagonista del eje PD-1 se administra como una dosis única, en dos dosis, en tres dosis, en cuatro dosis, en cinco dosis, o en 6 o más dosis. El programa de dosificación puede variar desde, por ejemplo, una vez a la semana a una vez cada 2, 3 o 4 semanas. En una forma de realización, el antagonista del eje PD-1 se administra a una dosis de aproximadamente 1 mg/kg a 10 mg/kg una vez a la semana.
En determinadas formas de realización, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se administra dos veces al día, una dosis al día, una dosis cada 2 días, una dosis cada 3 días, una dosis cada 4 días, una dosis cada 5 días, una vez a la semana, una vez cada dos semanas, o una vez cada cuatro semanas, preferentemente una dosis al día. En determinadas formas de realización, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se administra como una dosis única, en dos dosis, en tres dosis, en cuatro dosis, en cinco dosis, o en 6 o más dosis. El programa de dosificación puede variar de, por ejemplo, de una vez al día a una vez cada 2, 3 o 4 semanas. En una forma de realización, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se administra a una dosis de aproximadamente 0,001 mg/kg a 3 mg/kg una vez al día. En determinadas formas de realización, la frecuencia de la dosis puede variar de dos veces al día a una vez al mes.
Los protocolos de tratamiento adecuados para tratar a un paciente humano que padece cáncer incluyen, por ejemplo, administrar al paciente una cantidad eficaz de cada uno de:
(i) talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo,
(ii) un antagonista del eje PD-1
en el que el procedimiento comprende al menos un ciclo de administración, en el que el ciclo es un periodo de 24 días, en el que para cada uno de los, al menos un ciclo, se administra talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo continuamente durante siete días a una dosis de aproximadamente 0,001 mg/kg a 0,035 mg/kg de peso corporal y se administra el antagonista del eje PD-1 a una dosis de 0,1-20 mg/kg de peso corporal cada octavo día, después de este ciclo de 24 días se recomienda un periodo de reposo de 7 días y después se inicia el siguiente ciclo de administración hasta que se produzca un alivio en el estado de enfermedad o según indicación del médico. Esto incluía la administración de antagonista del eje PD-1 a un intervalo regular (por ejemplo, una vez a la semana) después de la dosificación de inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo, talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo).
En otra forma de realización, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se formula para administración oral y/o el antagonista del eje PD-1 se formula para administración intravenosa. En una forma de realización, el antagonista del eje PD-1 se administra los días 8, 16, 24 de cada ciclo. En otra forma de realización, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se administra diariamente. En la forma de realización preferida, el ciclo de administración comprende la administración una vez al día de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo los días 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 21, 22 y 23; y la administración una vez al día de antagonista del eje<p>D-1 los días 8, 16 y 24 y viene seguido de un periodo de reposo de 1 semana.
En otra forma de realización, se administran 21 dosis del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva en el ciclo de 24 días. En otra forma de realización, se administran 3 dosis del antagonista del eje PD-1 cada octavo día durante el ciclo de 24 días.
En otra forma de realización, un ciclo de administración es de 24 días, que se puede repetir, según sea necesario. En otra forma de realización, el tratamiento consiste en hasta 12 ciclos.
En una forma de realización, el talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y el antagonista del eje PD-1 se administran a las siguientes dosis:
a) aproximadamente 0,002 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
b) aproximadamente 0,003 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
c) aproximadamente 0,004 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
d) aproximadamente 0,005 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
e) aproximadamente 0,006 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
f) aproximadamente 0,007 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
g) aproximadamente 0,008 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
h) aproximadamente 0,009 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
i) aproximadamente 0,010 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
j) aproximadamente 0,012 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
k) aproximadamente 0,013 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje PD-1;
l) aproximadamente 0,014 mg/kg de talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo y 2 mg/kg o 3 mg/kg o 1200 mg de antagonista del eje de PD-1;
En consecuencia, en una forma de realización, la dosis del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y del antagonista del eje PD-1 se calcula como mg/kg de peso corporal. Sin embargo, en otra forma de realización, la dosis del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y/o antagonista del eje PD-1 es una dosis fija plana que se fija independientemente del peso del paciente.
El inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo, talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo) y el antagonista del eje PD-1 pueden administrarse por la misma vía de administración o por diferentes vías de administración. En algunas formas de realización, el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se administra por vía oral, intravenosa, intramuscular, subcutánea, tópica, rectal, transdérmica, intratraqueal, vaginal, intraperitoneal, intraorbitaria, mediante implante, mediante inhalación, intratecal, intraventricular o intranasal. La vía de administración preferida es la oral. El inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se puede administrar a un sujeto por cualquier vía que administre el inhibidor al sitio afectado, directamente o indirectamente. La administración puede ser local (por ejemplo, mucosa) o sistémica. El inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva se administra por vía oral, y un antagonista del eje PD-1 se administra por una vía no oral.
En algunas formas de realización, el antagonista del eje PD-1 (por ejemplo, anticuerpo anti-PD-Ll) se administra por vía intravenosa, intramuscular, subcutánea, tópica, oral, transdérmica, intraperitoneal, intraorbitaria, mediante implante, mediante inhalación, intratecal, intraventricular o intranasal, preferentemente por vía intravenosa. En algunas formas de realización, el anticuerpo anti-PD-Ll se administra con un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva (por ejemplo, talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo).
XIV. Kits, sondas y cebadores:
La presente invención contempla el uso de kits, sondas y/o cebadores que pueden usarse para estratificar pacientes entre pacientes respondedores y no respondedores. Dichos kits pueden incluir reactivos que detectan la presencia cuantitativa de dipeptidil peptidasas selectivas que consisten en DPP-8, DPP-9 o FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 (ADN o ARNm o proteína). Por ejemplo, el kit puede incluir sondas y/o cebadores que se hibridan selectivamente con ADN o ARNm de DPP-8/DPP-9/FAP y PD-L1. El kit puede incluir además reactivos tales como sondas, cebadores y/o anticuerpos para detectar la presencia y la cantidad de DPP-8/DPP-9/FAP y ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274. Un kit en el presente documento puede incluir además reactivos útiles para detectar la presencia y/o la cantidad de uno cualquiera o más de los siguientes marcadores DPP-8/DPP-9/FAP y ligando de muerte programada 1 (PD-L1) o CD274.
XV. Procedimientos de detección: El nivel de amplificación y/o expresión de los genes DPP-8, DPP-9 o FAP y PDL-1 se detecta utilizando los siguientes procedimientos:
(i) Localización cromosómica de DPP-8 y PDL-1 por análisis de hibridación fluorescente in situ (FISH)
(ii) Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (RT-QPCR) para medir la expresión de DPP-8 y DPP-9
(iii) Inmunohistoquímica (IHC)
(iv) También se pueden usar otros procedimientos tales como inmunotransferencia Northern, inmunotransferencia Western, secuenciación de exoma completo, secuenciación de genoma completo o secuenciación de ARN para detectar el nivel de amplificación y/o expresión de los genes DPP-8, DPP-9, FAP y PDL-1.
Ejemplos:
Ejemplo 1.
Estudio de eficacia de mesilato de talabostat y antagonista de PD-1 en modelo de ratón transgénico de NEPC (ratón TRAMP)
Material y procedimientos:
Reactivos y anticuerpos: medio RPMI-1640 (N° de catálogo: A1049101), Glutamax (N° de catálogo: 35050061), tripsina-EDTA (0,25%) (N° de catálogo: 25200-056), penicilina-estreptomicina (N° de catálogo: 15070-063), HBSS (N° de catálogo: 14175-095) se obtienen de Gibco, mientras que el suero bovino fetal (FBS) (N° de catálogo: 004-001-1A) se adquiere de Biological Industries. El anticuerpo anti-PD-1 (antagonista de PD-1 (clon: RMP1-14, N° de catálogo: BE0146)) se suministra por Bioxcell a 6,61 mg/ml. Se preparan soluciones madre de antagonista de PD-1 a concentraciones de 1 mg/ml y se mantienen a 4°C antes de su uso. Se preparan soluciones de dosificación de antagonista de PD-1 a una concentración de 1 mg/ml justo antes de cada administración en solución salina tamponada con fosfato (PBS) estéril, pH 7,0 y se administra una dosis de 10 mg/kg, por vía intraperitoneal (i.p.) en ratones de 20 g. El artículo de ensayo (mesilato de talabostat) se adquiere de una fuente comercial y se prepara a una concentración de trabajo de 0,1 mg/ml justo antes de cada administración en solución salina tamponada con fosfato estéril (pH 7,0), se mantiene a 4°C y se administra por vía oral (p.o.) una dosis total de 20 gg por 20 g de ratón. Para el análisis de citoquinas y quimioquinas se usa el panel Luminex de Millipore.
Animales y modelo tumoral: se retrocruzan ratones TRAMP (BL6x129) (Greenberg NM, et al., Proc Natl Acad Sci USA, 92(8):3439-3443) con ratones FVB/N del Jackson Laboratory durante seis generaciones. Los ratones FVB/NTac se obtienen de Taconic (Germantown, NY). Los tratamientos comienzan cuando el tamaño medio del tumor alcanza aproximadamente 100-200 mm3. La administración del artículo de ensayo y el número de animales presentes en cada grupo de estudio se muestran en la tabla 1 de diseño experimental. La fecha de inoculación de células tumorales se denota como día 0. Los animales se crían, se alojan y se usan de acuerdo con la Política sobre el cuidado y uso humanitario de animales de laboratorio (Oficina de Bienestar de Animales de Laboratorio, Institutos Nacionales de Salud, Bethesda, MD).
La fecha de inoculación de células tumorales se denota como día 0. Seis días después del implante del tumor, los ratones se clasifican en grupos de 12 ratones con un volumen tumoral medio de ~140 mm3 y el artículo de ensayo y el anticuerpo se administran según los programas de dosificación descritos en la tabla 1, a continuación:
Tabla 1: Grupos de tratamiento, vía de dosificación y programa
El tamaño del tumor y los pesos corporales se miden dos veces por semana. Los volúmenes tumorales se miden dos veces por semana en dos dimensiones usando un calibrador, y el volumen se expresa en mm3 usando la fórmula: V = 0,5 a * b2 en la que a y b son la longitud y la anchura del tumor, respectivamente. Los procedimientos completos de dosificación, así como de medición del peso corporal y tumoral, se llevan a cabo en una cabina de flujo laminar. El volumen tumoral se expresa en mm3, se mide con un calibre los días 5, 8, 12, 15, 19, 22, 26 y el día 29
Expresión de DPP-8, DPP-9, FAP y CD274: Las muestras tumorales se analizan a través de micromatrices para la expresión de DPP-8, DPP-9, FAP y CD274 antes y después de la terapia. Se usan q-RT-PCR y FACS para el perfilado inmunitario para evaluar la eficacia del mesilato de talabostat y la combinación (mesilato de talabostat y antagonista de PD-1) en la expresión de su gen diana, tal como se describe a continuación. Las muestras de sangre, así como las citocinas/quimiocinas, se analizan mediante el ensayo Luminex, tal como se menciona más adelante. La sangre y el tejido de control de vehículo también se someten al mismo análisis para comparar la eficacia del mesilato de talabostat y la combinación con respecto a la expresión de los genes diana y el perfil de citocinas e inmunitario.
Aislamiento de ARN: Los tumores se estabilizan en RNA Later (Life Technologies, Australia) y se almacenan a -80°C. Los tumores se rompen en TRIzol (Life Technologies, Australia) empleando un homogeneizador rotor-estator Tissue Ruptor (QIAgen, Australia). Después de la adición de cloroformo y la separación de fases acuosas, las muestras se purifican en columnas RNeasy MinElute (Qiagen, Australia). La integridad de las muestras de ARN se confirma en el bioanalizador (Agilent Technologies, Estados Unidos.
Micromatrices: Las muestras de ARN total de los 4 grupos de 10 tumores/ratones se marcan y se hibridan cada una con micromatrices Mouse Gene 1.0 ST (Affymetrix Estados Unidos). Los datos de la micromatriz son de alta calidad; se mide la intensidad bruta media de las sondas PM; también se incluye la discriminación de sondas de control positivas frente a negativas cuando la desviación absoluta mediana de la media residual se considera con respecto a la media de expresión logarítmica.
Extracción de ADN, pureza tumoral y secuenciación de exomas: Se cortan láminas de bloques de tejido congelados o recién congelados embebidos en parafina (FFPE) y se examinan por los patólogos del estudio para seleccionar focos de cáncer de alta densidad y asegurar una alta pureza del ADN del cáncer. Todos los casos también se cuantifican para determinar la pureza tumoral usando un algoritmo denominado CLONET tal como se describe en Beltran et al. (2016, Nature Medicine, 22(3):298-305). Los valores de pureza tumoral resultantes se usan para ajustar los datos genómicos para procesamiento y análisis posterior. La extracción y secuenciación se realizan usando la extracción por Promega Maxwell 16 MDx, y se almacenan a -20°C. Las bibliotecas de captura de exoma completo se construyen a partir de tejido tumoral y normal después del cizallamiento de la muestra, la reparación de los extremos, y la fosforilación y la ligadura a adaptadores de secuenciación con código de barras. El ADN ligado se selecciona por tamaño para longitudes entre 200 y 350 pb y se somete a híbrido exónico y se captura usando cebo SureSelect v2/v4 Exome (Agilent) o HaloPlex Exome (Agilent) tal como se describe por Beltran et al. (2016, Nature Medicine, 22(3):298-305). Las muestras se someten adicionalmente a multiplexación y se secuencian usando Illumina HiSeq para una cobertura de exoma media-diana prevista de 100* para las muestras tumorales y de línea germinal.
Análisis de citocinas de la muestra de sangre: Para ello, se recogen 100 pl de sangre cuando se asignan aleatoriamente los ratones, 3 días después de la primera dosificación según el estudio. Se recogen muestras de sangre para obtener suero y se almacenan a -80°C hasta el análisis y se usa el análisis Luminex para la detección de citocinas y los datos se normalizan.
Inmunofenotipificación de muestras de sangre: Las muestras de sangre se recogen de la vena de la pierna en tubos recubiertos con anticoagulante. Se mezclan 5 pl de sangre con tampón de tinción y los anticuerpos respectivos, y se tiñen en hielo durante 20 min, lo que viene seguido de lisis de RBC. La reacción de lisis de RBC se termina mediante la adición de PBS. Los datos se recogen y analizan en un ATTUNE Acoustic Nxt. En este estudio se usan los anticuerpos de BD Pharmingen para macrófagos. Las muestras se ejecutan (>20.000 eventos) por duplicado en un citómetro de flujo BD LSRII usando el programa informático FACSDiva (BD) para la adquisición y la compensación y se analizan usando el programa informático FlowJo (FlowJo).
Inmunofenotipificación de muestras tumorales por RT-PCR: Se extraen muestras de ARN tumoral de los tejidos tumorales congelados usando el reactivo Trizol. La transcripción inversa se lleva a cabo usando un kit de Takara (N° de Catálogo # RR047A). Se realizan PCR cuantitativas usando una mezcla maestra de Invitrogen (N° de catálogo # 4309155) en un sistema de PCR en tiempo real rápido ABI 7900HT. Los resultados se analizan usando un procedimiento de Delta Ct. El gen marcador y la oligosecuencia respectiva usados en este estudio son de la base de datos de cebadores de q-RT-PCR de NIH (mouseqprimerdepot.nih.gov), estando estos asociados con el Ncr1 y Pfr1 (receptor de células NK), un marcador característico para la célula NK y su activación respectivamente, mientras que el Gmbz está destinado a cuantificar la liberación de granzima B y el FoxP3 asociado con Treg CD25+CD4+. Análisis estadístico: También se usa un ANOVA de una vía para evaluar la diferencia estadística entre el grupo de vehículo y todos los demás grupos en la muestra de sangre, el inmunofenotipado y el ensayo de q-RT-PCR, así como en las muestras de micromatrices el día indicado. Todos los datos se analizan usando GraphPad Prism 5. p < 0,05 es estadísticamente significativo (*, p<0,05; **, p<0,01; ***, p<0,001).
Resultado:
En los ratones TRAMP, los grupos tratados con mesilato de talabostat 20 pg qd, en combinación con antagonista de PD-1 (10 mg/kg; dos veces a la semana) muestran una reducción tumoral significativa en comparación con el antagonista de PD-1 así como el control de vehículo. Mientras que el mesilato de talabostat solo mostró un efecto significativo, la combinación dio como resultado la regresión completa del tumor, confirmando que el mesilato de talabostat potencia sustancialmente el efecto de otras inmunoterapias.
Tal como se ha indicado anteriormente, los inventores identificaron varios genes o patrones en el módulo de cáncer que están implicados en la sobreexpresión de DPP-8, DPP-9 o FAP, así como CD274 y no se encontró expresión de receptor de andrógenos (AR) en ratones TRAMP antes de la terapia de combinación, mientras que genes implicados en la característica neuroendocrina que incluyen la expresión del neuropéptido Y, así como sinaptofisina, se observan en los ratones TRAMP.
Estos datos sugieren que dirigiendo farmacéuticamente varios genes/genes Hub dentro del módulo de cáncer, los inventores podrían mejorar de hecho la tasa de respuesta al antagonista de PD-1. Los inventores identificaron que las DPP-8/DPP-9/FAP se coexpresan con CD274, el gen para el ligando de PD-1 mientras que después del tratamiento con dicha combinación estos genes notificados muestran una disminución en su patrón de expresión tal como se comprueba mediante micromatriz. La robustez de este enfoque se ejemplifica por la expresión génica asociada con la activación inmunitaria como IFN gamma, IL1 beta y TNF alfa, así como GM-CSF, que está regulada al alza en los ratones TRAMP tratados con mesilato de talabostat y antagonista de PD-1, a diferencia de la observada en los grupos de control de vehículo. Estos datos confirman que los genes diana (dipeptidil peptidasas selectivas) del mesilato de talabostat junto con el gen PDL-1 determinan la respuesta al fármaco.
Se confirma una corroboración de los datos antitumorales mediante el inmunofenotipado de las muestras tumorales en los ratones TRAMP. Además, la inmunomodulación provocada por el mesilato de talabostat muestra un efecto sinérgico en la combinación con antagonista de PD-1, tal como se observa en la regulación al alza de citocinas proinflamatorias que incluyen IL-2, IL-6, IL-12p40, así como en los perfiles de quimiocinas que restringen el microentorno inmunosupresor que incluye GM-CSF y G-CSF.
Se observa además que la inmunofenotipificación de las muestras tumorales el día 3 después de la primera dosificación reveló que la combinación de mesilato de talabostat con antagonista de PD-1 aumentó el porcentaje de células NK citotóxicas y macrófagos en el tumor, mientras que disminuyó en las células T reguladoras inmunosupresoras en comparación con el agente individual y el control de vehículo. Se observa que el nivel del transcrito de ARNm para el marcador de células NK denominado receptores de citotoxicidad natural está regulado al alza adicionalmente en los animales a los que se administra mesilato de talabostat así como antagonista de PD-1, en comparación con los grupos tratados con un único agente. Con respecto a los macrófagos que son del fenotipo tumoricida caracterizados con el marcador CD68 se observa que están potenciados sinérgicamente en los tumores tratados con la combinación en comparación con los animales tratados con un único agente. La presencia de este tipo de población de macrófagos en la muestra tumoral después del tratamiento indicó, por lo tanto, que la combinación de mesilato de talabostat con inhibidor de PD-1 promovió la infiltración al tumor de macrófagos tumoricidas. Además, se observa que en las muestras tumorales de los grupos de combinación se muestra una disminución apreciable en las Treg inmunosupresoras.
La observación de la reducción en la población de FoxP3 en las muestras tumorales de grupos tratados con mesilato de talabostat solo a diferencia de la del grupo tratado con antagonista de PD-1 demostró el potencial inmunorregulador, al alza del mesilato de talabostat. Por lo tanto, la combinación de mesilato de talabostat con antagonista de PD-1 puede inducir una reducción significativa en la población de FoxP3 Treg (p<0,05 en comparación con antagonista de PD-1) tal como se mide en términos de la expresión de ARNm relativa de FoxP3.
Por lo tanto, se deduce que la combinación de mesilato de talabostat con antagonista de PD-1 puede provocar el efecto antitumoral a través de inmunomodulación. La reducción en el volumen tumoral se observa en el modelo de ratón TRAMP de NEPC junto con la reducción en la expresión génica de los genes diana y la de CD274 mientras se observa un aumento en las citocinas inmunoestimuladoras y la combinación mostró un aumento apreciable en las células NK tumoricidas y macrófagos CD68 y a la vez una disminución significativa en las Treg inmunosupresoras.
Validación de las combinaciones de fármacos para mejorar la tasa de respuesta al bloqueo del punto de control inmunitario en el cáncer, que posteriormente puede llevarse a la clínica:
Apoyando adicionalmente el potencial terapéutico de la combinación entre talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo e inhibidor del punto de control inmunitario, un análisis de alteraciones genómicas en FAP, DPP-8 y DPP-9 a través de un amplio abanico de tumores señaló que el cáncer de próstata resistente a castración presentaba un alto nivel de amplificación de DPP-9 (14%). El análisis adicional reveló una correlación muy alta de amplificación y sobreexpresión de PDL-1 junto con la sobreexpresión y amplificación de las dianas de talabostat, DPP-8 y DPP-9, en el 50% de los pacientes, lo que podría hacer a esta población de pacientes especialmente sensible a la combinación tal como se muestra mediante experimentos in vitro e in vivo.
Tal como se comprueba en los experimentos in silico mencionados a continuación:
Ejemplo 2:
Evaluación de la firma de respuesta de talabostat en perfiles genómicos publicados de tumores de 30 tipos de órganos diferentes.
Para la evaluación de la respuesta a talabostat en diferentes tipos de cáncer, se realizó una consulta sobre la amplificación de DPP-8, DPP-9 y FAP (firma de respuesta de talabostat) en 39.525 muestras de alteración del número de copias (CNA) a lo largo de 30 tipos de órganos diferentes. La consulta sobre perfiles genómicos para CNA se realiza en la interfaz de servicio de Internet de cBioPortal para genómica del cáncer versión 1.10.2 [1,2]. La consulta se escribió en el Lenguaje de Consulta Onco (OQL) como 'FAP: AMP; DPP8: AMP; DPP9: AMP;' para identificar tipos de cáncer que tienen la mayor amplificación de los genes implicados en la firma de respuesta talabostat a lo largo de las 39.525 muestras de 168 estudios publicados. Los detalles de los estudios de cáncer se han compartido en la tabla 2.1. (fuente de datos: http://www.cbioportal.org/data_sets.jsp)
Resultados: La firma de amplificación se mapeó en 50 de 168 estudios con una frecuencia de alteración de la amplificación que variaba entre el 16,8% y el 0,7%. El mapeo de la firma de amplificación a lo largo de 168 estudios de cáncer proporcionó una oportunidad para identificar tipos de cáncer con mayor probabilidad de respuesta a talabostat. La magnitud de la frecuencia de alteración fue pequeña para la mayor parte de los estudios de cáncer. Por lo tanto, con el umbral de la frecuencia de alteración de la amplificación como el 10% y el número mínimo de casos totales en un estudio de cáncer como 100 casos, dos estudios de cáncer tuvieron una firma de amplificación positiva para la respuesta a talabostat. La frecuencia de alteración de amplificación más alta de la firma de respuesta se observó el 16,8% de 107 casos, es decir, 18 casos en el estudio NEPC: Trento/Cornell/Broad 2015 (Beltran et al. Nat Med, 2016), seguido del 11,01% de 109, es decir, 12 casos en el estudio del páncreas (UTSW) (tabla 2.2).
Tabla 2.1: Listas de estudios genómicos y transcriptómicos del cáncer de dominio público con número de muestras disponibles por estudio de cáncer y tipo de datos para alteraciones del número de copias, o micromatriz según una consulta realizada en cBioPortal versión 1.10.2
Tabla 2.2: Estudios con frecuencia de alteración de la firma de respuesta
Beltran et al. (Nature Medicine, 8 de febrero de 2016, 22(3):298-305) divulga además que las alteraciones de CrPC-NE podrían detectarse de forma temprana durante la progresión de la adenopatía por CrPC, por ejemplo, entonces dichos individuos podrían seleccionarse potencialmente para terapias sistémicas dirigidas a CrPC-NE (tales como quimioterapia con platino) en lugar de dirigidas a receptor de andrógenos (AR) o para enfoques terapéuticos potencialmente dirigidos conjuntamente. Por lo tanto, sigue existiendo una alta probabilidad de desdiferenciación de un adenocarcinoma a un estado celular más similar al progenitor con algunas células que adoptan posteriormente características neuroendocrinas debido a efectos locales. Los presentes inventores han analizado los conjuntos de datos enormes e indefinidos proporcionados en este artículo que contiene un conjunto de datos para 107 pacientes con tumor metastásico y su par de tejido normal. Los inventores, aplicando análisis computacional, descubrieron sorprendentemente una correlación muy alta de la amplificación y sobreexpresión del ligando de muerte programada 1 (PDL-1) o CD274 junto con la sobreexpresión y amplificación de las dipeptidil peptidasas selectivas (DPP-8/DPP-9/o FAP) que son las dianas del talabostat, en el 50% de los pacientes. Este hallazgo podría hacer que esta población de pacientes fuera exclusivamente sensible a la combinación del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y antagonista del eje PD-1. Así, estos datos revelan la etapa de ensayo dinámico de la reversibilidad del estado CrPC-NE con intervención temprana con inhibidores de dipeptidil peptidasa selectiva y antagonista del eje PD-1.
Ejemplo 3:
Identificación del segmento de pacientes con la firma del gen de respuesta a talabostat en combinación con la diana de PDL-1 en el cBioPortal para genómica de cáncer
Muestras: Con la frecuencia de alteración máxima para una firma de respuesta de genes de talabostat o de sal farmacéuticamente aceptable del mismo, se examinó el estudio "Neuroendocrine Prostate Cancer (Trento/Cornell/Broad 2016)" para genes candidatos de firma de respuesta junto con PDL-1 (CD274). Los pacientes de este estudio se anotaron clínicamente como adenocarcinoma de próstata resistente a castración o cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración. Las muestras eran bloques de tejido congelados o recién congelados embebidos en parafina (FFPE) y se examinaron para asegurar una alta pureza del ADN del cáncer para muestras de cáncer. El ADN de línea germinal de referencia/normal (normal) se obtuvo a partir de células mononucleares de sangre periférica (PBMC) o tejido benigno (número de sujetos: 81; muestras: 114). Se usaron tecnologías de exoma completo y RNASeq para generar datos genómicos y transcriptómicos respectivamente.
Datos genómicos para CNA: La secuenciación de exoma completo usó Illumina HiSeq para una cobertura media diana de 100x para muestras tumorales y de línea germinal. Los datos segmentados se usaron por CLONET para estimar la pureza y la ploidía para cada tumor. Cada segmento se representó por log2 de la relación entre valores proporcionales al tumor y la cobertura local normal dentro del segmento genómico. El segmento purificado con una relación log2 media inferior a -0,4 se comunicó como pérdida del número de copias y una relación log2 media superior a 0,4 como ganancia del número de copias. Además, los datos se procesaron mediante el algoritmo GISTIC (Identificación Genómica de Dianas Segmentadas) o RAE en cBioPortal para indicar el nivel putativo de número de copias por gen. En el presente documento "-2" indica una pérdida profunda (posiblemente una deleción homocigota), "-1" indica una pérdida poco profunda (posiblemente deleción heterocigota), "0" indica diploide, "1" indica una ganancia de bajo nivel y "2" indica una amplificación de alto nivel.
Datos de expresión de ARNm: Para RNAseq, el material de muestra congelado se usó para extraer ARN y después se preparó la biblioteca de ADNc. Se usó HiSeq 2500 para generar lecturas de extremos emparejados de 2x75 pb. Además, para el procesamiento de datos, las lecturas se mapearon a la secuencia de referencia del genoma humano (hg19/GRC37), seguido de la cuantificación de los valores de expresión a nivel génico como FPKM (fragmentos por kilobase de exón por millón de lecturas). Los valores de FPKM se estiman contando todos los nucleótidos mapeados para cada gen y se normalizaron por el número total de nucleótidos mapeados (por millón) y la longitud del gen (por kb). Después de transformar la FPKM mediante log2 (FPKM+1), se realizó el ensayo de Mann-Whitney Wilcoxon para el análisis de expresión diferencial. Finalmente, se realizaron análisis de hipótesis múltiples usando corrección de Benjamini Hochberg. Como se accedió a los datos para este ejemplo a partir de cBioPortal, el nivel umbral para un gen que está regulado al alza o a la baja con respecto a las muestras normales o todas las otras muestras tumorales es la puntuación Z con desviación típica de 2,0 (número de desviaciones típicas con respecto a la media de expresión en la población de referencia o EXP>=2 EXP<=-2). Para los datos de expresión de ARNm, la expresión relativa de un gen individual en la muestra tumoral es la distribución de la expresión de genes en una población de referencia en la que la población de referencia se refiere a todas las muestras que son diploides para el gen en cuestión (por defecto para ARNm), o muestras normales (cuando se especifica), o todas las muestras perfiladas.
Resultados: Para evaluar el patrón de los genes candidatos de la firma de respuesta junto con PDL-1, se analizó el estudio 'Neuroendocrine Prostate Cancer (Trento/Cornell/Broad 2016)' de cBioPortal. Este estudio de cáncer tenía la frecuencia de alteración más alta de la firma de respuesta tal como se describe en el ejemplo 2. La firma de respuesta como nivel de amplificación y/o expresión de uno o más de los genes candidatos de DPP-8, DPP-9, FAP junto con CD274 (PDL-1) se observó en 45 pacientes en muestras de ambos grupos, es decir, adenocarcinoma de próstata resistente a castración y cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración. Adicionalmente, estas muestras se originaron de sitios tumorales de diferente origen (tabla 3, figura 1). La puntuación Z máxima observada para el nivel de expresión para DPP-8 fue 10,5, para DPP-9 fue 3,5 y para CD274 fue 98,1. Para la llamada putativa de CNA, el nivel de amplificación fue positivo para DPP-8 en 2 muestras, DPP-9 en 15 muestras, FAP en 4 muestras y CD274 en 13 muestras.
Ejemplo 4:
Exclusión mutua y análisis de aparición conjunta para genes candidatos (DPP-8, DPP-9 o FAP) de firma de respuesta junto con PDL-1.
La exclusividad mutua y la aparición conjunta de alteraciones genómicas en cada uno de los tres genes candidatos (DPP-8, DPP-9 o FAP) de firma de respuesta junto con la incidencia de alteraciones de CD274 (PDL-1) en el estudio 'Neuroendocrine Prostate Cancer (Trento/Cornell/Broad 2016)' se evaluó usando el cBioPortal para genómica de cáncer. Este análisis se basó en módulos de exclusividad mutua para conjuntos de datos oncológicos (Criello, et al., Genome Research, Feb 2012, 22(2):398-406). A este respecto, para cada combinación génica se implementó una "permutación de conmutación" para calcular un valor p mediante una prueba exacta de Fisher y la relación logarítmica de probabilidades cuantificó la fuerza de asociación de alteraciones en el gen A con una alteración encontrada en el gen B. El valor positivo de la relación logarítmica de probabilidades sugiere la aparición conjunta de alteraciones en estos genes en las mismas muestras, mientras que el valor negativo sugiere que las alteraciones en estos genes son mutuamente excluyentes y aparecen en diferentes muestras.
Resultados: Toda combinación por pares de genes de consulta se analizó para detectar la aparición conjunta por cBioPortal de genómica de cáncer (tabla 4). De las seis combinaciones de los genes candidatos, observamos que hay una fuerte tendencia estadística hacia la aparición conjunta para CD274 con DPP-9 en una relación logarítmica de probabilidades de 1,2 y CD274 con DPP-8 en una relación logarítmica de probabilidades de 5,68. Esto sugiere la posibilidad de una mayor probabilidad de respuesta, para el potencial terapéutico del talabostat en combinación con antagonista de PD-1, en segmento de pacientes con cáncer de próstata resistente a castración.
Tabla 4: Resultados del análisis de aparición conjunta de alteraciones en genes de firma de respuesta a talabostat junto con alteraciones de CD274 (<p>D<l>-1) en el estudio "Neuroendocrine Prostate Cancer (Trento/Cornell/Broad 2016)" de cBioPortal de genómica de cáncer. (donde las combinaciones significativas son con valor de p < 0,05 y se destacan con negrita)
Las evidencias literarias y clínicas señalan que la característica atípica del cáncer de próstata tal como se observa por la ausencia de un aumento proporcional en el nivel de antígeno específico de próstata en suero, masas tumorales sintomáticas voluminosas, metástasis visceral exclusiva o un predominio de metástasis óseas líticas, es una indicación de una variante agresiva del cáncer de próstata. El rasgo característico de tales variantes agresivas del cáncer de próstata distingue carcinomas neuroendocrinos o de células pequeñas que frecuentemente carecen de expresión del receptor de andrógenos y responden mal a terapias hormonales.
Este presente estudio proporciona evidencias de los datos de expresión diferencial para DPP-8 y DPP-9 y su asociación con la expresión del gen PDL-1 con respecto al cáncer de próstata y en particular la variante neuroendocrina del patrón de expresión diferencial del mismo. Este hallazgo permite por lo tanto categorizar el régimen terapéutico del paciente del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva en combinación con el antagonista de PD-1.
Ejemplo 5:
Se realiza lo siguiente en las muestras clínicas para confirmar los hallazgos para la respuesta de mesilato de talabostat en combinación con antagonista de PD-1:
A. Inmunohistoquímica (IHC):
Se embeben tumores NEPC humanos y/o de ratón en compuesto OCT (temperatura de corte óptima) (Tissue-Tek) y se congelan a -80°C antes de seccionarlos para dar láminas cargadas positivamente. Se preparan láminas de tumores de próstata humana congelados tal como se describe en Beltran et al., Cancer Discov. 2011 noviembre; 1(6):487-95. Brevemente, las láminas se secan al aire durante 20 min y después se fijan con acetona fría durante 10 min a 4°C. A continuación, las secciones se secan al aire (20 min), se lavan con solución salina tamponada con fosfato (PBS) (tres veces) y se incuban con peróxido de hidrógeno al 0,3% durante 10 min para bloquear la peroxidasa endógena. Después de la ISH con PBS (dos veces), las secciones se bloquean con solución de bloqueo de proteína (Dako), se lavan con PBS (dos veces), y después se bloquean adicionalmente con reactivo de bloqueo de biotina/avidina (Invitrogen). Después de la ISH con PBS (tres veces), las secciones se incuban con anticuerpo primario o anticuerpo de control de isotipo durante 45 min a temperatura ambiente en una cámara humidificada. Para tejidos humanos, se usan el anticuerpo específico de FAP FAP5 (Ostermann et al., Clinical cancer research, 2008 Jul 15, 14(14):4584-4592) o anticuerpo de control de isotipo IgG2a de ratón (BioLegend) a 0,625 pg/ml, y se desarrollan con el kit de ratón Dako EnVision+ System-HRP (DAB) tal como se recomienda. La FAP se detecta en secciones embebidas en parafina fijadas por inmersión de carcinoma de células escamosas humano usando anticuerpo policlonal purificado por afinidad de antígeno de FAP/proteína de activación de fibroblastos alfa antihumano de oveja (N° de catálogo # AF3715) a 15 gg/ml durante la noche a 4°C. El tejido se tiñe usando el kit de tinción de tejidos y células HRP-DAB anti-oveja (marrón; N° de catálogo # CTS019) y se contratiñió con hematoxilina (azul). La tinción específica se localiza en el tejido conectivo. Para tejidos de ratón, los anticuerpos de control de isotipo FAP5 o IgG2a de ratón se biotinilan (EZ-Link NHS PEG4-biotin; Thermo Fisher Scientific) y se usan a 2 □g/ml. Las secciones se desarrollan con reactivo ABC (Vector Laboratories) y sustrato DAB (Dako). Todas las láminas se contratiñeron con hematoxilina, se lavaron, se deshidrataron a través de alcohol graduado y xileno, y después se montaron. Las secciones de tejido humano teñidas se evalúan por un patólogo para determinar: % de estroma (de sección tumoral), % de células estromales positivas para FAP (> 50% o < 50%), e intensidad de tinción de FAP (0 = sin tinción, 3+ = tinción fuerte). Además, para la detección de PDL-1 y DPP-8 y DPP-9 en los tejidos humanos se usan los siguientes anticuerpos y diluciones: anti-PDL-1 (policlonal de conejo, Novis Biologicals, NBP1-76769), dominio catalítico anti-DPP-8 (Ab42077as así como Ab42076, Abcam Inc, dilución 1:2000), dominio catalítico anti-DPP-9 (Ab42089, Abcam Inc, dilución 1:2000) por Chowdury S et al., World J Gastroenterol. 21 de mayo de 2013; 19(19): 2883-2893 y Beltran H. et al.,8 de febrero de 2016; Nature medicine, 22(3):298-305. Además, como controles se usa anti-sinaptofisina (RM-9111-S, clon SP11, Thermo Scientific; dilución 1:100), anti-cromogranina A (MU126-UC, clon LK2H10, BioGenex, CA, Estados Unidos; dilución 1:400) y para determinar la expresión positiva >20% de células para sinaptofisina y cromogranina A usadas como el corte.
B. Localización cromosómica de DPP-8 y PDL-1 por análisis de hibridación fluorescentein s itu(FISH)
La DPP-8 se localiza usando dos sondas diferentes, la DPP-8 EST (ESTAA417787) y el clon T8 según los detalles disponibles en la patente US20040191826 A1, mientras que PDL-1 se detecta usando la sonda FISH CD274 (PDL-1)/CEN9q disponible de Abnova (N° de catálogo FG0160). Las sondas se someten a traslado de corte con biotina-C14-dATP y se hibridan in situ a una concentración final de 10 ng/gl a metafases de dos machos normales. El procedimiento FISH se modifica con respecto al descrito anteriormente mediante McCaughan, G. W. et al., J. Gastroenterol. Hepatol., 1993, 8 (2), 142-145. Brevemente, los cromosomas se tiñen antes del análisis tanto con yoduro de propidio (como contratinción) como con DAPI (para identificación cromosómica). Las imágenes de las preparaciones en metafase se capturan mediante una cámara CCD enfriada usando el sistema de mejora y recogida de imágenes CytoVision Ultra (Applied Imaging International Ltd). Las señales FISH y el patrón de bandas DAPI se mezclan para la preparación de la figura.
C. Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real para medir la expresión de DPP-8 y DPP-9
El ARN de las células se extrae tal como se describe por Chowdury S. et al (World J Gastroenterol. 21 de mayo de 2013; 19(19): 2883-2893). Brevemente, se usa el kit RNAqueous-Micro™ (Ambion, TX, Estados Unidos) siguiendo las instrucciones del fabricante. El ARN total (1 gg) se transcribe a continuación de forma inversa a ADNc usando 10 pmol de cebador oligo(dT)12-18 (Invitrogen, Carlsbad, CA, Estados Unidos), desoxirribonucleótido trifosfatos 10 mmol/l y transcriptasa inversa SuperScript III (Invitrogen). Los ensayos de expresión génica por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) cuantitativa en tiempo real por Taqman® se realizan usando el sistema Stratagene® Mx3000P™ (La Jolla, CA, Estados Unidos) de acuerdo con las recomendaciones del fabricante. Los cebadores Taqman usados para los ensayos son DPP-8 (Mm00547049_mL) y DPP-9 (Mm00841122_mL) de ratón. Las muestras se ejecutan por duplicado. El nivel de expresión génica se analiza usando una curva patrón de números conocidos diluidos en serie de moléculas del mismo gen y después se normaliza con respecto a 18S (Hs99999901_s 1). La PCR cuantitativa en muestras humanas se realiza usando un detector de secuencia (Prism, modelo 7700; Life Technologies, NY, Estados Unidos) y se analiza usando un programa informático detector de secuencia (Prism, Versión 1.6.3; Applied Biosystems Inc.). Los cebadores usados para la DPP8 humana son directo: 5' CCAGATGGACCTCATTCAGACAG-3' e inverso: 5'GGTTGTTGCGTAAATCCTTGTGG-3' y para la DPP9 humana son directo: 5'AGAAGCACCCCACCGTCCTCTTTG-3' e inverso: 5'AGGACCAGCCATGGATGGCAACTC-3'. Mientras que para PDL1 los cebadores directo e inverso son 5'-TATGGTGGTGCCGACTACAA-3', y 5'-TGGCTCCCAGAATTa Cc Aa G-3' se usan respectivamente (Metabion, Martinsried, Alemania) como por Samuel T Haile S.T. et al., descrito en J Immunol. 15 de junio de 2011; 186(12): 6822-6829. El número de moléculas se normaliza con la aldolasa B humana (directo: 5'-CCTCGCTATCCAGGAAAAC-3' e inverso: 5' TTGTAGACAGCAGCCAGGAC-3').
La muestra tumoral que muestra sobreexpresión y amplificación de DPP-8/DPP-9/FAP junto con CD274 corresponde al segmento de pacientes de CrPC elegibles para su tratamiento con la combinación del inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y el antagonista de PD-1.

Claims (9)

REIVINDICACIONES
1. Un procedimiento para seleccionar un sujeto humano con cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) para una terapia de combinación que comprende un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1. en el que el antagonista del eje PD-1 se selecciona del grupo que consiste en antagonista de PD-1, antagonista de PD-L1 y antagonista de PD-L2, comprendiendo dicho procedimiento:
(a) determinar el nivel de amplificación y/o expresión de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en DPP-8 y DPP-9, y de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en ligando de muerte programada 1 (PD-L1) y CD274, en una muestra biológica obtenida del sujeto; y
(b) seleccionar al sujeto como un candidato adecuado para dicha terapia si, basándose en una evaluación, el nivel de amplificación y/o expresión de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en DPP-8 y DPP-9 y de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en ligando de muerte programada 1 (PD-L1) y CD274, supera un nivel umbral predeterminado.
2. Un procedimiento para determinar la probabilidad de que una terapia que implique la administración de un inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva y un antagonista del eje PD-1, en el que el antagonista del eje PD-1 se selecciona del grupo que consiste en antagonista de PD-1, antagonista de PD-L1 y antagonista de PD-L2, a un sujeto humano afectado por cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) proporcionará un beneficio terapéutico al sujeto que comprende:
(a) determinar el nivel de amplificación y/o expresión de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en DPP-8 y DPP-9, y de uno o más genes seleccionados del grupo que consiste en ligando de muerte programada 1 (PD-L1) y CD274, en una muestra biológica obtenida del sujeto que está recibiendo dicha terapia;
(b) comparar el nivel de amplificación y/o expresión de los, uno o más, genes seleccionados del grupo que consiste en DPP-8 y DPP-9, y de los, uno o más, genes seleccionados del grupo que consiste en ligando de muerte programada 1 (PD-L1) y CD274, así obtenidos del sujeto después de recibir dicha terapia con un nivel umbral predeterminado de genes respectivos de la muestra biológica de sujetos que no obtuvieron un beneficio terapéutico de dicha terapia; en el que existe la probabilidad de que la terapia proporcione el beneficio terapéutico al sujeto si el nivel de amplificación y/o expresión determinado en la etapa a) es inferior al nivel umbral predeterminado.
3. El procedimiento de la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que la determinación del nivel de expresión o de amplificación de los genes comprende un ensayo de amplificación, un ensayo de hibridación, un inmunoensayo, inmunohistoquímica, una inmunotransferencia Western, una inmunotransferencia Northern, una secuenciación genómica completa, una secuenciación proteómica completa, secuenciación de ARN, un ensayo de amplificación cuantitativa basado en sondas, una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) o una reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR).
4. El procedimiento de la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que el cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) comprende cáncer de células pequeñas, cáncer de células grandes, cáncer de próstata neuroendocrino (NEPC), cáncer de próstata neuroendocrino resistente a castración (CrPC-NE) o cáncer de próstata resistente a castración (CrPC) pretratado con abiraterona y/o enzalutamida.
5. El procedimiento de la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que la muestra biológica comprende células tumorales; células estromales asociadas a tumores; fibroblastos asociados a tumores; macrófagos asociados a tumores; otras células relacionadas con el sistema inmunitario seleccionadas de linfocitos infiltrantes de tumores que incluyen células T CD8+, MDSC o Treg; células NK, ADN tumoral circulante (ADNct); células tumorales circulantes y combinaciones de los mismos.
6. El procedimiento de la reivindicación 1 o 2, en el que el inhibidor de dipeptidil peptidasa selectiva es talabostat o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo.
7. El procedimiento de la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que el antagonista de PD-1 se selecciona del grupo que consiste en ANA011, AUNP-12, BGB-A317, KD033, pembrolizumab, MCLA-134, mDX400, MEDI0680, muDX400, nivolumab, PDR001, PF-06801591, REGN-2810, SHR-1210, STI-A1110, TSR-042 y XCE853 y una combinación de los mismos.
8. El procedimiento de la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que el antagonista de PD-L1 se selecciona del grupo que consiste en avelumab, BMS-936559, CA-170, durvalumab, MCLA-145, SP142, STI-A1011, STI-A1012, STI-A1010, STI-A1014 y atezolizumab y una combinación de los mismos.
9. El procedimiento de la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que el antagonista de PD-L2 se selecciona de AMP-224 y rHIgM12B7 y una combinación de los mismos.
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Families Citing this family (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116059219A (zh) 2015-07-16 2023-05-05 比奥克斯塞尔医疗股份有限公司 一种使用免疫调节治疗癌症的新颖方法
US11613785B2 (en) 2017-01-09 2023-03-28 Onkosxcel Therapeutics, Llc Predictive and diagnostic methods for prostate cancer
US20220089733A1 (en) * 2018-12-10 2022-03-24 Bioxcel Therapeutics, Inc. Novel approach for treatment of cancer using immunomodulation
EP3893888A4 (en) * 2018-12-10 2022-08-31 Bioxcel Therapeutics, Inc. COMBINATION THERAPIES FOR TREATING DISEASES USING AN INNATE IMMUNITY MODIFIER AND AN OX40 AGONIST
KR20230125672A (ko) * 2022-02-21 2023-08-29 사회복지법인 삼성생명공익재단 암 환자에 대한 면역관문억제제의 반응성 예측용 조성물
WO2024097856A1 (en) * 2022-11-03 2024-05-10 Onkosxcel Therapeutics, Llc Predictive biomarkers for responsiveness to dpp inhibitors in cancers

Family Cites Families (36)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6005079A (en) 1992-08-21 1999-12-21 Vrije Universiteit Brussels Immunoglobulins devoid of light chains
EP1498427B1 (en) 1992-08-21 2009-12-16 Vrije Universiteit Brussel Immunoglobulins devoid of light chains
DK0698097T3 (da) 1993-04-29 2001-10-08 Unilever Nv Produktion af antistoffer eller (funktionaliserede) fragmenter deraf afledt af Camelidae-immunoglobuliner med tung kæde
WO2001019866A1 (en) 1999-09-10 2001-03-22 The University Of Sydney Dipeptidyl peptidases
EP1268550A2 (en) 2000-03-17 2003-01-02 Boehringer Ingelheim Pharma KG Human fap-alpha-specific antibodies
GB0027552D0 (en) 2000-11-10 2000-12-27 Boehringer Ingelheim Pharma Anti-tumor compounds
CN1753912B (zh) 2002-12-23 2011-11-02 惠氏公司 抗pd-1抗体及其用途
ES2720160T3 (es) 2005-05-09 2019-07-18 Ono Pharmaceutical Co Anticuerpos monoclonales humanos contra muerte programada 1(PD-1) y métodos para tratar el cáncer usando anticuerpos dirigidos contra PD-1 solos o junto con otras sustancias inmunoterapéuticas
AU2006246719A1 (en) 2005-05-19 2006-11-23 Genentech, Inc. Fibroblast activation protein inhibitor compounds and methods
EA019344B1 (ru) 2005-07-01 2014-03-31 МЕДАРЕКС, Эл.Эл.Си. Человеческие моноклональные антитела против лиганда-1 запрограммированной гибели клеток (pd-l1) и их применения
AU2006264305B2 (en) 2005-07-05 2012-07-05 Trustees Of Tufts College Inhibitors of fibroblast activation protein alpha
EP1760076A1 (en) 2005-09-02 2007-03-07 Ferring B.V. FAP Inhibitors
EP1806365A1 (en) 2006-01-05 2007-07-11 Boehringer Ingelheim International GmbH Antibody molecules specific for fibroblast activation protein and immunoconjugates containing them
EP2262837A4 (en) 2008-03-12 2011-04-06 Merck Sharp & Dohme PD-1 BINDING PROTEINS
EP2328920A2 (en) 2008-08-25 2011-06-08 Amplimmune, Inc. Targeted costimulatory polypeptides and methods of use to treat cancer
RS54233B1 (sr) 2008-08-25 2015-12-31 Amplimmune Inc. Kompozicije pd-1 antagonista i postupci za njihovu primenu
BRPI0919818A2 (pt) 2008-09-25 2019-09-24 Molecular Insight Pharm Inc inibidores de seprase seletivos
HUE065752T2 (hu) 2008-12-09 2024-06-28 Hoffmann La Roche Anti-PD-L1 antitestek és felhasználásuk T-sejt funkció elõsegítésére
US20120053222A1 (en) 2009-01-23 2012-03-01 Mark Gorrell Novel Metabolic Disease Therapy
US8345509B2 (en) 2009-04-16 2013-01-01 Chevron U.S.A., Inc. System and method to create three-dimensional images of non-linear acoustic properties in a region remote from a borehole
CA2773515C (en) 2009-09-29 2015-04-28 Roche Glycart Ag Bispecific death receptor agonistic antibodies
JP2013506664A (ja) 2009-10-02 2013-02-28 ルードヴィッヒ インスティテュート フォー キャンサー リサーチ リミテッド 抗線維芽細胞活性化タンパク質抗体並びにその方法及び使用
EP2504028A4 (en) 2009-11-24 2014-04-09 Amplimmune Inc SIMULTANEOUS INHIBITION OF PD-L1 / PD-L2
PT2504364T (pt) 2009-11-24 2017-11-14 Medimmune Ltd Agentes de ligação direcionados contra b7-h1
SG187746A1 (en) 2010-08-13 2013-03-28 Roche Glycart Ag Anti-fap antibodies and methods of use
US20120213781A1 (en) 2011-02-11 2012-08-23 Zyngenia, Inc. Monovalent and Multivalent Multispecific Complexes and Uses Thereof
JP6207509B2 (ja) 2011-08-30 2017-10-04 トラスティーズ オブ タフツ カレッジ 固形腫瘍を治療するためのｆａｐ活性化プロテアソーム阻害剤
KR101981873B1 (ko) 2011-11-28 2019-05-23 메르크 파텐트 게엠베하 항-ｐｄ-ｌ1 항체 및 그의 용도
EP2804859B1 (en) 2012-01-17 2019-06-12 Universiteit Antwerpen Novel fap inhibitors
AR092745A1 (es) 2012-10-01 2015-04-29 Univ Pennsylvania Composiciones que comprenden un dominio de union anti-fap y metodos para hacer blanco en celulas estromales para el tratamiento del cancer
US9593148B2 (en) 2012-11-02 2017-03-14 Georg-August-Universitat Gottingen Stiftung Offentlichen Rechts DPP8 and DPP9 peptide inhibitors
UA118028C2 (uk) 2013-04-03 2018-11-12 Рош Глікарт Аг Біспецифічне антитіло, специфічне щодо fap і dr5, антитіло, специфічне щодо dr5, і спосіб їх застосування
HRP20181251T1 (hr) 2013-09-06 2018-10-05 Aurigene Discovery Technologies Limited Derivati 1,3,4-oksadiazola i 1,3,4-tiadiazola kao imunomodulatori
CU24362B1 (es) 2013-09-06 2018-10-04 Aurigene Discovery Tech Ltd Derivados de 1,2,4-oxadiazol como inmunomoduladores
CN116059219A (zh) * 2015-07-16 2023-05-05 比奥克斯塞尔医疗股份有限公司 一种使用免疫调节治疗癌症的新颖方法
US11613785B2 (en) 2017-01-09 2023-03-28 Onkosxcel Therapeutics, Llc Predictive and diagnostic methods for prostate cancer

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