FR2807446A1

FR2807446A1 - Genomes de lactococcus lactis, polypeptides et utilisations

Info

Publication number: FR2807446A1
Application number: FR0004630A
Authority: FR
Inventors: Alexandre Bolotine; Alexei Sorokine; Pierre Renault; Stanislav Dusko Ehrlich
Original assignee: Institut National de la Recherche Agronomique INRA
Current assignee: Institut National de la Recherche Agronomique INRA
Priority date: 2000-04-11
Filing date: 2000-04-11
Publication date: 2001-10-12
Anticipated expiration: 2020-04-11
Also published as: WO2001077334A2; AU2001254856A1; WO2001077334A3; FR2807446B1; WO2001077334A9

Abstract

La présente invention concerne la séquence génomique et des séquences nucléotidiques de Lactococcus lactis IL1403. L'invention a également pour objet les polypeptides de cet organisme, en particulier les polypeptides d'enveloppe cellulaire, ou impliqués dans les différents cycles de métabolisme, la résistance aux phages ou au stress, ou encore sécrétés. L'invention concerne aussi les utilisations des séquences décrites, ainsi que différents outils permettant l'identification de L. lactis ou espèces associés. L'invention concerne aussi des souches de L. lactis modifiées afin d'en augmenter les capacités industrielles.

Description

La présente invention a pour objet la séquence génomique et des séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides de Lactococcus lactis IL1403. Les polypeptides décrits dans la présente invention sont, de façon non limitative, des polypeptides d'enveloppe cellulaire, des polypeptides impliqués dans les différents cycles du métabolisme de Lactococcus lactis ou dans les processus de réplication et de sensibilité ou de résistance aux phages, ou sécrétés.

L'invention concerne également l'utilisation de la séquence génomique et/ou des séquences nucléotidiques et/ou polypeptidiques décrites dans la présente invention pour l'analyse de l'expression de gènes, et l'identification de gènes homologues chez des espèces proches de Lactococcus lactis.

L'invention concerne également différents outils qui permettent d'identifier la présence de Lactococcus lactis ou d'espèces avoisinantes dans des échantillons biologiques.

Par ailleurs, l'invention concerne également des souches de Lactococcus lactis ou d'espèces proches de Lactococcus lactis, modifiées par mutagenèse et/ou introduction de gènes spécifiques de L. lactis, afin d'augmenter les propriétés industrielles desdites souches.

Lactococcus lactis est une bactérie gram positive à bas GC%, catalase négative, asporogène et anaérobie facultative. Elle est membre du groupe des Streptococceae auquel appartient aussi entre autre les bactéries des genres Enterococcus, Streptococcus, Leuconostoc, Pediococcus. De nombreuses souches de ces genres sont utilisées dans l'industrie alimentaire, mais aussi dans des fabrications spécialisées. Lactococcus est l'une des bactéries les mieux caractérisées de ce groupe, tant au niveau métabolique que génétique. Ces bactéries produisent

principalement du lactate à partir des sucres lors des fermentation alimentaires et sont donc couramment nommées "bactéries lactiques". Les bactéries lactiques sont en général non pathogènes et sont ajoutées comme ferments pour la production d'aliments fermentés. En particulier, L. lactis est utilisé comme ferment pour la production de fromages, de beurre et de nombreux autres produits laitiers. Les souches de L. lactis sont en général capables de pousser rapidement dans le lait.

Cette propriété est conférée entre autre par leur capacité à utiliser le lactose comme source de sucre et les protéines du lait comme source d'acides aminés. Ces gènes sont portés par des plasmides dont la perte provoque un chute de la vitesse de croissance des souches dans le lait.

L'importance de L. lactis pour l'industrie a suscité de nombreuses études en particulier durant ces 15 dernières années. Cela a conduit à la construction de nombreux outils d'étude et de modification génétique pour cette bactérie. Ces études ont aussi permis d'accumuler de nombreuses connaissances sur sa génétique et sa physiologie. La plupart de ces études furent conduites sur deux groupes de souches dont les représentants de laboratoire les plus connus sont les souches IL1403 et MG1363. Ces deux souches sont génétiquement représentatives des deux principales sous espèces utilisées dans l'industrie, L. lactis subsp. lactis et subsp. cremoris.

Une étude décrivant la variabilité génétique au sein de l'espèce L. lactis a été publiée (Tailliez et al, System. Appl. Microbiol., 21 : 530-538,1998). Elle révèle que les souches industrielles peuvent être réparties en 3 groupes. La souche IL1403 (déposée à la CNCM sous le numéro 1-2438) dont la séquence est un objet de la présente invention appartient au groupe de souches le plus représenté.

De nombreuses études ont été réalisées pour comprendre le métabolisme et la physiologie des lactocoques dans le but d'améliorer leur utilisation dans l'industrie et de développer de nouvelles applications. Ces études ont permis, entre autre de développer des applications permettant l'accélération de l'affinage, la production

d'arôme ou la résistance aux phages. Il a été aussi mis au point des procédés biotechnologiques permettant de produire avantageusement des produits tel la Lalanine.

La recherche actuelle cherche donc à maîtriser et améliorer les performances des bactéries lactiques pour optimiser les transformations agroalimentaires, en particulier la fabrication des yaourts et des fromages.

A titre d'exemple, le goût de noisette du beurre, le goût frais des fromages blancs est apporté par le diacétyle, molécule produite par les bactéries lactiques. Or, l'addition de diacétyle est interdite en France. Il serait par conséquent intéressant d'utiliser des souches naturellement ou artificiellement surproductrices de diacétyle pour obtenir des produits ayant un goût plus typé.

Les bactéries lactiques sécrètent des enzymes et autres protéines qui contribuent aux qualités organoleptiques (texture et arôme) des fromages. La connaissance des mécanismes facilitant la sécrétion devrait permettre d'accélérer l'affinage ou de faire produire par les bactéries des molécules intéressantes : enzymes digestives, antigènes pour la fabrication de vaccins...

On estime que 10% de la fabrication fromagère est perdue ou fortement déclassée du fait de l'attaque par des phages. Si on comprenait les raisons de la résistance de certaines bactéries, on pourrait améliorer la survie des ferments utilisés par l'industrie.

L'ensemble des études menées sur L. lactis a conduit à la publication de 420 séquences dans GenBank correspondant à 1317 peptides traduits. Ces séquences sont largement redondantes par le fait que de nombreux gènes ont été séquences plusieurs fois dans des souches différentes. De plus, de nombreuses séquences correspondent à une information plasmidique. Il en découle que ces séquences correspondent à environ 500 gènes chromosomiques chez L. lactis, ce qui représente entre un cinquième et un quart du génome.

Un certain nombre d'approches a été utilisé pour identifier des gènes de L. lactis. Une première approche consiste à isoler dans un premier temps des mutants

affectés dans une fonction, et de rechercher par la suite des fragments d'ADN qui permettent de restaurer cette fonction (Renault, P et al. 1989. Product of the Lactococcus lactis gène required for malolactic fermentation is homologous to a family of positive regulators. J. Bacteriol. , no. 171 : 3108-14). Une deuxième approche est de complémenter des mutants d'autres bactéries comme E. coli ou B. subtilis pour un gène de fonction connue (Bardowski, J., S. D. Ehrlich, and A.

Chopin. 1992. Tryptophan biosynthesis gènes in Lactococcus lactis subsp. lactis.

J. Bacteriol, 174 : 6563-70.). Une troisième approche est de rechercher des mutants obtenus par insertion de transposons ou de plasmides portant des courtes séquences homologues, ce qui permet ensuite de caractériser le ou les gènes inactivés en clonant des fragments adjacents (Rallu, F., A. Gruss, and E. Maguin. 1996.

Lactococcus lactis and stress. Antonie Van Leeuwenhoek 70, no. 2-4 : 243-51). Des approches génomiques permettent aussi de définir des segments de gènes qui sont conservés dans différents organismes, et d'en déduire des amorces dont l'utilisation en PCR permet d'amplifier et d'isoler un fragment d'un gène connu par ailleurs (Duwat, P., S. D. Ehrlich, and A. Gruss. 1995. The recA gène of Lactococcus lactis: characterization and involvement in oxidative and thermal stress. Molecular Microbiology 17 : 1121-31). Différentes variantes de ces techniques existent et peuvent être utilisées avantageusement.

L'étude de Lactococcus lactis demande de nouvelles approches, en particulier génétiques, afin d'améliorer la compréhension des différentes voies métaboliques de cet organisme.

Ainsi, c'est un objet de la présente invention que de divulguer la séquence complète du génome de Lactococcus lactis IL1403 ainsi que de tous les gènes contenus dans cedit génome.

En effet, la connaissance du génome de cet organisme permet de mieux définir les interactions entre les différents gènes, les différentes protéines, et par là-même, les différentes voies métaboliques. En effet, et contrairement à la divulgation de séquences isolées, la séquence génomique complète d'un organisme forme un tout, permettant d'obtenir immédiatement toutes les

informations nécessaires à cet organisme pour croître et fonctionner.

La présente invention concerne donc une séquence nucléotidique de Lactococcus lactis caractérisée en ce qu'elle correspond à SEQ ID N 1.

La présente invention concerne également une séquence nucléotidique de Lactococcus lactis caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi : a) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec SEQ ID N 1 ; b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec SEQ ID N 1 ; c) une séquence nucléotidique complémentaire de SEQ ID
N 1 ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), ou b), ou une séquence nucléotidique de l'ARN correspondant ; d) une séquence nucléotidique de fragment représentatif de SEQ ID N
1, ou de fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c); e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; etf) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e).

De façon plus particulière, la présente invention a également pour objet les séquences nucléotidiques caractérisées en ce qu'elles sont issues de SEQ ID
N 1 et en ce qu'elles codent pour un polypeptide choisi parmi les séquences
SEQ ID N 2 à SEQ ID N 2323.

De plus, les séquences nucléotidiques caractérisées en ce qu'elles comprennent une séquence nucléotidique choisie parmi : a) une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID N 2 à SEQ ID N 2323 ; b) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 %, 85 %, 90 %,

95 % ou 98 % d'identité avec une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID N 2 à SEQ
ID N 2323 ; c) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique codant pour un polypetide choisi parmi les séquences SEQ ID N 2 à SEQ ID N
2323 ; d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique de fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; etf) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e), sont également des objets de l'invention.

Par acide nucléique, séquence nucléique ou d'acide nucléique, polynucléotide, oligonucléotide, séquence de polynucléotide, séquence nucléotidique, termes qui seront employés indifféremment dans la présente description, on entend désigner un enchaînement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir un fragment ou une région d'un acide nucléique, comportant ou non des nucléotides non naturels, et pouvant correspondre aussi bien à un ADN double brin, un ADN simple brin que des produits de transcription desdits ADNs. Ainsi, les séquences nucléiques selon l'invention englobent également les PNA (Peptid Nucleic Acid), ou analogues.

II doit être compris que la présente invention ne concerne pas les séquences nucléotidiques dans leur environnement chromosomique naturel, c'est-à-dire à l'état naturel. Il s'agit de séquences qui ont été isolées et/ou purifiées, c'est-à-dire qu'elles ont été prélevées directement ou indirectement, par exemple par copie, leur environnement ayant été au moins partiellement modifié. On entend ainsi également désigner les acides nucléiques obtenus par synthèse chimique.

Par pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés au sens de la présente invention, on entend désigner un pourcentage de nucléotides ou de résidus d'acides aminés identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après le meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties au hasard et sur toute leur longueur. On entend désigner par "meilleur alignement" ou "alignement optimal", l'alignement pour lequel le pourcentage d'identité déterminé comme ci- après est le plus élevé. Les comparaisons de séquences entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés sont traditionnellement réalisées en comparant ces séquences après les avoir alignées de manière optimale, ladite comparaison étant réalisée par segment ou par fenêtre de comparaison pour identifier et comparer les régions locales de similarité de séquence. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé, outre manuellement, au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Smith et Waterman (1981, Ad. App.

Math. 2 : au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Neddleman et Wunsch (1970, J. Mol. Biol. 48 : au moyen de la méthode de recherche de similarité de Pearson et Lipman (1988, Proc Natl. Acad. Sci. USA 85 : au moyen de logiciels informatiques utilisant ces algorithmes (GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA et TFASTA dans le Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI). Afin d'obtenir l'alignement optimal, on utilise de préférence le programme BLAST, avec la matrice BLOSUM 62. On peut également utiliser les matrices PAM ou PAM250.

Le pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés est déterminé en comparant ces deux séquences alignées de manière optimale dans laquelle la séquence d'acides nucléiques ou d'acides aminés à comparer peut comprendre des additions ou des délétions par rapport à la séquence de référence pour un alignement optimal entre ces deux séquences. Le pourcentage d'identité est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour lesquelles le nucléotide ou le résidu d'acide aminé est identique entre les deux

séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions comparées et en multipliant le résultat obtenu par 100 pour obtenir le pourcentage d'identité entre ces deux séquences.

Par séquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence 85 % ou 90 %, de façon plus préférée 95 % voire 98 %, après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les séquences nucléiques présentant, par rapport à la séquence nucléique de référence, certaines modifications comme en particulier une délétion, une troncation, un allongement, une fusion chimérique et/ou une substitution, notamment ponctuelle, et dont la séquence nucléique présente au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % ou 98 %, d'identité après alignement optimal avec la séquence nucléique de référence. Il s'agit de préférence de séquences dont les séquences complémentaires sont susceptibles de s'hybrider spécifiquement avec les séquences de référence. De préférence, les conditions d'hybridation spécifiques ou de forte stringence seront telles qu'elles assurent au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité après alignement optimal entre l'une des deux séquences et la séquence complémentaire de l'autre.

Une hybridation dans des conditions de forte stringence signifie que les conditions de température et de force ionique sont choisies de telle manière qu'elles permettent le maintien de l'hybridation entre deux fragments d'ADN complémentaires. A titre illustratif, des conditions de forte stringence de l'étape d'hybridation aux fins de définir les fragments polynucléotidiques décrits ci-dessus, sont avantageusement les suivantes.

L'hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN est réalisée en deux étapes : (1) préhybridation à 42 C pendant 3 heures en tampon phosphate (20 mM, pH 7,5) contenant 5 x SSC (1 x SSC correspond à une solution 0,15 M NaCl + 0,015 M citrate de sodium), 50 % de formamide, 7 % de sodium dodécyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt's, 5 % de dextran sulfate et 1 % d'ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation proprement dite pendant 20 heures à une température dépendant de la

taille de la sonde (i.e. : 42 C, pour une sonde de taille > 100 nucléotides) suivie de 2 lavages de 20 minutes à 20 C en 2 x SSC + 2 % SDS, 1 lavage de 20 minutes à 20 C en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0,1 x SSC + 0,1% SDS pendant 30 minutes à 60 C pour une sonde de taille > 100 nucléotides.

Les conditions d'hybridation de forte stringence décrites ci-dessus pour un polynucléotide de taille définie, peuvent être adaptées par l'homme du métier pour des oligonucléotides de taille plus grande ou plus petite, selon l'enseignement de Sambrook et al., (1989, Molecular cloning : laboratory manual. 2nd Ed. Cold Spring Harbor).

De plus, par fragment représentatif de séquences selon l'invention, on entend désigner tout fragment nucléotidique présentant au moins 15 nucléotides, de préférence au moins 30,75, 150,300 et 450 nucléotides consécutifs de la séquence dont il est issu.

Par fragment représentatif, on entend en particulier une séquence nucléique codant pour un fragment biologiquement actif d'un polypeptide, tel que défini plus loin.

Par fragment représentatif, on entend également les séquences intergéniques, et en particulier les séquences nucléotidiques portant les signaux de régulation (promoteurs, terminateurs, voire enhancers...).

Parmi lesdits fragments représentatifs, on préfère ceux ayant des séquences nucléotidiques correspondant à des cadres ouverts de lecture, dénommés séquences ORFs (ORF pour Open Reading Frame ), compris en général entre un codon d'initiation et un codon stop, ou entre deux codons stop, et codant pour des polypeptides, de préférence d'au moins 100 acides aminés, tel que par exemple, sans s'y limiter, les séquences ORFs qui seront décrites par la suite.

La numérotation des séquences nucléotidiques ORFs qui sera utilisée par la suite dans la présente description correspond à la numérotation des séquences d'acides aminés des protéines codées par lesdites ORFs.

Ainsi, les séquences nucléotidiques ORF2, ORF3..., ORF2322 et ORF2323 codent respectivement pour les protéines de séquences d'acides aminés SEQ ID N 2, SEQ ID N 3..., SEQ ID N 2322 et SEQ ID N 2323 figurant dans la liste de séquences de la présente invention. Les séquences nucléotidiques détaillées des séquences ORF2, ORF3..., ORF2322 et ORF2323 sont déterminées par leur position respective sur la séquence génomique SEQ ID N 1. Le tableau I fournit les coordonnées des différentes ORFs par rapport à la séquence nucléotidique SEQ ID N 1, en donnant le nucléotide de départ, le nucléotide de fin d'ORF, ainsi que le nucléotide estimé pour lequel la protéine débute.

Ainsi, ORF N 2 s'étend du nucléotide 349 au nucléotide 1722, la protéine SEQ ID N 2 s'étendant quant à elle du nucléotide 358 au nucléotide 1722. De même, OFR N 6 s'étend du nucléotide 10283 au nucléotide 10846, la protéine débutant au nucléotide 10837, car elle est située sur le brin complémentaire. Ainsi, à la lecture du Tableau I, on voit bien que ORF N 6 est la séquence complémentaire s'étendant entre les nucléotides 10283 et 10846, extrémités comprises, de la séquence SEQ ID N 1.

Les fragments représentatifs selon l'invention peuvent être obtenus par exemple par amplification spécifique telle que la PCR ou après digestion par des enzymes de restriction appropriés de séquences nucléotidiques selon l'invention, cette méthode étant décrite en particulier dans l'ouvrage de Sambrook et al..

Lesdits fragments représentatifs peuvent également être obtenus par synthèse chimique lors que leur taille n'est pas trop importante, selon des méthodes bien connues de l'homme du métier.

Parmi les séquences contenant des séquences de l'invention, ou des fragments représentatifs, on entend également les séquences qui sont naturellement encadrées par des séquences qui présentent au moins 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec les séquences selon l'invention.

Par séquence nucléotidique modifiée, on entend toute séquence

nucléotidique obtenue par mutagénèse selon des techniques bien connues de l'homme du métier, et comportant des modifications par rapport aux séquences normales, par exemple des mutations dans les séquences régulatrices et/ou promotrices de l'expression du polypeptide, notamment conduisant à une modification du taux d'expression ou de l'activité dudit polypeptide.

Par séquence nucléotidique modifiée, on entend également toute séquence nucléotidique codant pour un polypeptide modifié tel que définit ciaprès.

Les fragments représentatifs selon l'invention peuvent également être des sondes ou amorces, qui peuvent être utilisées dans des procédés de détection, d'identification, de dosage ou d'amplification de séquences nucléiques.

Une sonde ou amorce se définit, au sens de l'invention, comme étant un fragment d'acides nucléiques simple brin ou un fragment double brin dénaturé comprenant par exemple de 12 bases à quelques kb, notamment de 15 à quelques centaines de bases, de préférence de 15 à 50 ou 100 bases, et possédant une spécificité d'hybridation dans des conditions déterminées pour former un complexe d'hybridation avec un acide nucléique cible.

Les sondes et amorces selon l'invention peuvent être marquées directement ou indirectement par un composé radioactif ou non radioactif par des méthodes bien connues de l'homme du métier, afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.

Les séquences de polynucléotides selon l'invention non marquées peuvent être utilisées directement comme sonde ou amorce.

Les séquences sont généralement marquées pour obtenir des séquences utilisables pour de nombreuses applications. Le marquage des amorces ou des sondes selon l'invention est réalisé par des éléments radioactifs ou par des molécules non radioactives.

Parmi les isotopes radioactifs utilisés, on peut citer le 32P, le 33P, le 35S, le 3H ou le 125I. Les entités non radioactives sont sélectionnées parmi les ligands tels la

biotine, l'avidine, la streptavidine, la dioxygénine, les haptènes, les colorants, les agents luminescents tels que les agents radioluminescents, chémoluminescents, bioluminescents, fluorescents, phosphorescents.

Les polynucléotides selon l'invention peuvent ainsi être utilisés comme amorce et/ou sonde dans des procédés mettant en oeuvre notamment la technique de PCR (amplification en chaîne par polymérase) (Rolfs et al., 1991, Berlin : Springer-Verlag). Cette technique nécessite le choix de paires d'amorces oligonucléotidiques encadrant le fragment qui doit être amplifié. On peut, par exemple, se référer à la technique décrite dans le brevet américain U.S. N 4,683,202. Les fragments amplifiés peuvent être identifiés, par exemple après une électrophorèse en gel d'agarose ou de polyacrylamide, ou après une technique chromatographique comme la filtration sur gel ou la chromatographie échangeuse d'ions, puis séquences. La spécificité de l'amplification peut être contrôlée en utilisant comme amorce les séquences nucléotidiques de polynucléotides de l'invention comme matrice, des plasmides contenant ces séquences ou encore les produits d'amplification dérivés. Les fragments nucléotidiques amplifiés peuvent être utilisés comme réactifs dans des réactions d'hybridation afin de mettre en évidence la présence, dans un échantillon biologique, d'un acide nucléique cible de séquence complémentaire à celle desdits fragments nucléotidiques amplifiés.

L'invention vise également les acides nucléiques susceptibles d'être obtenus par amplification à l'aide d'amorces selon l'invention.

D'autres techniques d'amplification de l'acide nucléique cible peuvent être avantageusement employées comme alternative à la PCR (PCR-like) à l'aide de couple d'amorces de séquences nucléotidiques selon l'invention. Par PCR-like on entend désigner toutes les méthodes mettant en #uvre des reproductions directes ou indirectes des séquences d'acides nucléiques, ou bien dans lesquelles les systèmes de marquage ont été amplifiés, ces techniques sont bien entendu connues, en général il s'agit de l'amplification de l'ADN par une polymérase ; lorsque l'échantillon d'origine est un ARN il convient préalablement d'effectuer une transcription reverse.

Il existe actuellement de très nombreux procédés permettant cette amplification, comme par exemple la technique SDA (Strand Displacement Amplification) ou technique d'amplification à déplacement de brin (Walker et al., 1992, Nucleic Acids Res. 20 : la technique TAS (Transcription-based Amplification System) décrite par Kwoh et al. (1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86,1173), la technique 3SR (Self-Sustained Sequence Replication) décrite par Guatelli et al. (1990, Proc.

Natl. Acad. Sci. USA 87 : 1874),la technique NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amplification) décrite par Kievitis et al. (1991, J. Virol. Methods, 35,273), la technique TMA (Transcription Mediated Amplification), la technique LCR (Ligase Chain Reaction) décrite par Landegren et al. (1988, Science 241,1077), la technique de RCR (Repair Chain Reaction) décrite par Segev (1992, Kessler C.

Springer Verlag, Berlin, New-York, 197-205), la technique CPR (Cycling Probe Reaction) décrite par Duck et al. (1990, Biotechniques, 9,142), la technique d'amplification à la Q-béta-réplicase décrite par Miele et al. (1983, J. Mol. Biol., 171,281). Certaines de ces techniques ont depuis été perfectionnées.

Dans le cas où le polynucléotide cible à détecter est un ARNm, on utilise avantageusement, préalablement à la mise en oeuvre d'une réaction d'amplification à l'aide des amorces selon l'invention ou à la mise en #uvre d'un procédé de détection à l'aide des sondes de l'invention, une enzyme de type transcriptase inverse afin d'obtenir un ADNc à partir de l'ARNm contenu dans l' échantillon biologique. L'ADNc obtenu servira alors de cible pour les amorces ou les sondes mises en oeuvre dans le procédé d'amplification ou de détection selon l'invention.

La technique d'hybridation de sondes peut être réalisée de manières diverses (Matthews et al., 1988, Anal. Biochem., 169,1-25). La méthode la plus générale consiste à immobiliser l'acide nucléique extrait des cellules de différents tissus ou de cellules en culture sur un support (tels que la nitrocellulose, le nylon, le polystyrène) et à incuber, dans des conditions bien définies, l'acide nucléique cible immobilisé avec la sonde. Après l'hybridation, l'excès de sonde est éliminé et les molécules hybrides formées sont détectées par la méthode appropriée (mesure de la

radioactivité, de la fluorescence ou de l'activité enzymatique liée à la sonde).

Selon un autre mode de mise en #uvre des sondes nucléiques selon l'invention, ces dernières peuvent être utilisées comme sondes de capture. Dans ce cas, une sonde, dite sonde de capture , est immobilisée sur un support et sert à capturer par hybridation spécifique l'acide nucléique cible obtenu à partir de l'échantillon biologique à tester et l'acide nucléique cible est ensuite détecté grâce à une seconde sonde, dite sonde de détection , marquée par un élément facilement détectable.

Parmi les fragments d'acides nucléiques intéressants, il faut ainsi citer en particulier les oligonucléotides anti-sens, c'est-à-dire dont la structure assure, par hybridation avec la séquence cible, une inhibition de l'expression du produit correspondant. Il faut également citer les oligonucléotides sens qui, par interaction avec des protéines impliquées dans la régulation de l'expression du produit correspondant, induiront soit une inhibition, soit une activation de cette expression.

De façon préférée, les sondes ou amorces selon l'invention sont immobilisées sur un support, de manière covalente ou non covalente. En particulier, le support peut être une puce à ADN ou un filtre à haute densité, également objets de la présente invention.

On entend désigner par puce à ADN ou filtre haute densité, un support sur lequel sont fixées des séquences d'ADN, chacune d'entre elles pouvant être repérée par sa localisation géographique. Ces puces ou filtres diffèrent principalement par leur taille, le matériau du support, et éventuellement le nombre de séquences d'ADN qui y sont fixées.

On peut fixer les sondes ou amorces selon la première invention sur des supports solides, en particulier les puces à ADN, par différents procédés de fabrication. En particulier, on peut effectuer une synthèse in situ par adressage photochimique ou par jet d'encre. D'autres techniques consistent à effectuer une synthèse ex situ et à fixer les sondes sur le support de la puce à ADN par adressage mécanique, électronique ou par jet d'encre. Ces différents procédés

sont bien connus de l'homme du métier.

Une séquence nucléotidique (sonde ou amorce) selon l'invention permet donc la détection et/ou l'amplification de séquences nucléiques spécifiques. En particulier, la détection de cesdites séquences est facilitée lorsque la sonde est fixée sur une puce à ADN, ou à un filtre haute densité.

L'utilisation de puces à ADN ou de filtres à haute densité permet en effet de déterminer l'expression de gènes dans un organisme présentant une séquence génomique proche de L. lactis IL1403.

La séquence génomique de L. lactis IL1403, complétée par l'identification de tous les gènes de cet organisme, telle que présentée dans la présente invention, sert de base à la construction de ces puces à ADN ou filtre.

La préparation de ces filtres ou puces consiste à synthétiser des oligonucléotides, correspondant aux extrémités 5' et 3' des gènes. Ces oligonucléotides sont choisis en utilisant la séquence génomique et ses annotations divulguées par la présente invention. La température d'appariement des ces oligonucléotides aux places correspondantes sur l'ADN doit être approximativement la même pour chaque oligonucleotide. Ceci permet de préparer des fragments d'ADN correspondants à chaque gène par l'utilisation de condition de PCR appropriées dans un environnement hautement automatisée. Les fragments amplifiés sont ensuite immobilisés sur des filtres ou des supports en verre, silicium ou polymères synthétiques et ces milieux sont utilisés pour l'hybridation.

La disponibilité de tels filtres et/ou puces et de la séquence génomique correspondante annotée permet d'étudier l'expression de grands ensembles, voire de la totalité des gènes dans les micro-organismes associés à Lactococcus lactis, en préparant les ADN complémentaires, et en les hybridant à l'ADN ou aux oligonucléotides immobilisés sur les filtres ou les puces. Egalement, les filtres et/ou les puces permettent d'étudier la variabilité des souches ou des espèces, en préparant l'ADN de ces organismes et en les hybridant à l'ADN ou aux oligonucléotides immobilisés sur les filtres ou les puces.

Les différences entre les séquences génomiques des différentes souches ou espèces peuvent grandement affecter l'intensité de l'hybridation et, par conséquent, perturber l'interprétation des résultats. Il peut donc être nécessaire d'avoir la séquence précise des gènes de la souche que l'on souhaite étudier. La méthode de détection des gènes décrite plus loin en détail, impliquant la détermination de la séquence de fragments aléatoires d'un génome, et les organisant d'après la séquence du génome complet de Lactococcus lactis IL 1403 divulgué dans la présente invention, peut être très utile.

L'utilisation des filtres à haute densité et/ou des puces permet ainsi d'obtenir des connaissances nouvelles sur la régulation des gènes dans les organismes d'importance industrielle, et en particulier les bactéries lactiques propagées dans diverses conditions. Elle permet aussi une identification rapide des différences entre les génomes des souches utilisées dans de multiples applications industrielles.

En outre, une puce à ADN ou un filtre peut être un outil extrêmement intéressant pour la détermination, la détection et/ou l'identification d'un microorganisme. Ainsi, on préfère également les puces à ADN selon l'invention qui contiennent en outre au moins une séquence nucléotidique d'un microorganisme autre de Lactococcus lactis, immobilisée sur le support de ladite puce. De préférence, le microorganisme choisi l'est parmi les microorganismes associés à Lactococcus lactis, les bactéries du genre Lactococcus, ou les variants de Lactococcus lactis. Par bactérie associée à Lactococcus lactis, on entend, comme ceci a déjà été défini plus haut, les bactéries membres du groupe des Streptocoques.

Une puce à ADN ou un filtre selon l'invention est un élément très utile de certains kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de microorganismes, en particulier les bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou les microorganismes associés, également objets de l'invention.

Par ailleurs, les puces à ADN ou les filtres selon l'invention, contenant

des sondes ou amorces spécifiques de Lactococcus lactis, sont des éléments très avantageux de kits ou nécessaires pour la détection et/ou la quantification de l'expression de gènes de Lactococcus lactis (ou de microorganismes associés).

En effet, le contrôle de l'expression des gènes est un point critique pour optimiser la croissance et le rendement d'une souche, soit en permettant l'expression d'un ou plusieurs gènes nouveaux, soit en modifiant l'expression de gènes déjà présents dans la cellule. La présente invention fournit l'ensemble des séquences naturellement actives chez L. lactis permettant l'expression des gènes. Elle permet ainsi la détermination de l'ensemble des séquences exprimées chez L. lactis. Elle fournit également un outil permettant de repérer les gènes dont l'expression suit un schéma donné. Pour réaliser cela, l'ADN de tout ou partie des gènes de L. lactis peut être amplifié grâce à des amorces selon l'invention, puis fixé à un support comme par exemple le verre ou le nylon ou une puce à ADN, afin de construire un outil permettant de suivre le profil d'expression de ces gènes. Cet outil, constitué de ce support contenant les séquences codantes sert de matrice d'hybridation à un mélange de molécules marquées reflétant les ARN messagers exprimés dans la cellule (en particulier les sondes marquées selon l'invention). En répétant cette expérience à différents instants et en combinant l'ensemble de ces données par un traitement approprié, on obtient alors les profils d'expression de l'ensemble de ces gènes. La connaissance des séquences qui suivent un schéma de régulation donnée peut aussi être mise à profit pour rechercher de manière dirigée, par exemple par homologie, d'autres séquences suivant globalement, mais de manière légèrement différente le même schéma de régulation. En complément, il est possible d'isoler chaque séquence de contrôle présente en amont des segments servant de sondes et d'en suivre l'activité à l'aide de moyen approprié comme un gène raporteur (luciférase, ss-galactosidase, GFP). Ces séquences isolées peuvent ensuite être modifiées et assemblées par ingénierie métabolique avec des séquences d'intérêt en vue de leur expression optimale.

La présente invention donne la liste de nombreux gènes codant pour des

protéines régulant la transcription des gènes de L. lactis (Tableau Et). Modifier la structure ou l'intégrité de ces gènes pourra permettre de modifier l'expression des gènes cibles contrôlés par des promoteurs cibles de ces régulateurs. Les indications données par le Tableau II permettent de plus à l'homme du métier de choisir le ou les régulateurs pertinents pour l'application recherchée ainsi que leur cible, ce qui permet l'optimisation de l'expression de gènes d'intérêt. Par exemple l'inactivation du gène kdgR augmente la transcription des gènes de la voie d'Entner Dodouroff, codés par les gènes qui lui sont contigus, et transcrits dans le sens opposé (ORF 1674 et
1675). L'utilisation des outils précédemment décrits tels les puces à ADN, permet aussi de repérer l'ensemble des gènes dont la régulation est modifiée par cette inactivation. Il est ainsi possible de sélectionner un ensemble de séquence de contrôle répondant, à des nuances près, à un même type de régulation. Ces séquences peuvent être alors utilisées pour contrôler l'expression de gènes d'intérêt.

L'invention concerne également les polypeptides codés par une séquence nucléotidique selon l'invention, de préférence, par un fragment représentatif de la séquence SEQ ID N 1 et correspondant à une séquence ORF. En particulier, les polypeptides de Lactococcus lactis caractérisés en ce qu'ils sont choisis parmi les séquences SEQ ID N 2 à SEQ ID N 2323 sont objet de l'invention.

L'invention comprend également les polypeptides caractérisés en ce qu'ils comprennent un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide selon l'invention ; b) un polypeptide présentant au moins 80 % de préférence 85 %, 90 %,
95 % et 98 % d'identité avec un polypeptide selon l'invention ; c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ; d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ou c) ; e) un polypeptide modifié d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b), c) ou d).

Les séquences nucléotidiques codant pour les polypeptides décrits précédemment sont également objet de l'invention.

Dans la présente description, les termes polypeptides, séquences polypeptidiques, peptides et protéines sont interchangeables.

Il doit être compris que l'invention ne concerne pas les polypeptides sous forme naturelle, c'est-à-dire qu'ils ne sont pas pris dans leur environnement naturel mais qu'ils ont pu être isolés ou obtenus par purification à partir de sources naturelles, ou bien obtenus par recombinaison génétique, ou par synthèse chimique, et qu'ils peuvent alors comporter des acides aminés non naturels comme cela sera décrit plus loin.

Par polypeptide présentant un certain pourcentage d'identité avec un autre, que l'on désignera également par polypeptide homologue, on entend désigner les polypeptides présentant par rapport aux polypeptides naturels, certaines modifications, en particulier une délétion, addition ou substitution d'au moins un acide aminé, une troncation, un allongement, une solution chimérique et/ou une mutation, ou les polypeptides présentant des modifications posttraductionnelles. Parmi les polypeptides homologues, on préfère ceux dont la séquence d'acides aminés présentent au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % et 98 % d'homologie avec les séquences d'acides aminés des polypeptides selon l'invention. Dans le cas d'une substitution, un ou plusieurs acide(s) aminé (s) consécutifs) ou non consécutif(s) sont remplacés par des acides aminés équivalents . L'expression acides aminés équivalents vise ici à désigner tout acide aminé susceptible d'être substitué à l'un des acides aminés de la structure de base sans cependant modifier essentiellement les activités biologiques des peptides correspondant et telles qu'elles seront définies par la suite.

Ces acides aminés équivalents peuvent être déterminés soit en s'appuyant sur leur homologie de structure avec les acides aminés auxquels ils se substituent, soit sur des résultats d'essais comparatifs d'activité biologique

entre les différents polypeptides susceptibles d'être effectués.

A titre d'exemple, on mentionne les possibilités de substitution susceptibles d'être effectuées sans qu'il résulte en une modification approfondie de l'activité biologique du polypeptide modifié correspondant. On peut remplacer ainsi la leucine par la valine ou l'isoleucine, l'acide aspartique par l'acide glutamine, la glutamine par l'asparagine, l'arginine par la lysine, etc... les substitutions inverses étant naturellement envisageables dans les mêmes conditions.

Les polypeptides homologues correspondent également aux polypeptides codés par les séquences nucléotidiques homologues ou identiques, telles que définies précédemment et comprennent ainsi dans la présente définition des polypeptides mutés ou correspondant à des variations inter ou intra espèces, pouvant exister chez Lactococcus, et qui correspondent notamment à des troncatures, substitutions, délétions et/ou additions, d'au moins un résidu d'acides aminés.

Il est entendu que l'on calcule le pourcentage d'identité entre deux polypeptides de la même façon qu'entre deux séquences d'acides nucléiques.

Ainsi, le pourcentage d'identité entre deux polypeptides est calculé après alignement optimal de ces deux séquences, sur une fenêtre d'homologie maximale. Pour définir ladite fenêtre d'homologie maximale, on peut utiliser les mêmes algorithmes que pour les séquences d'acide nucléique.

Par fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'invention, on entend désigner en particulier un fragment de polypeptide, tel que défini ciaprès, présentant au moins une des caractéristiques biologiques des polypeptides selon l'invention, notamment en ce qu'il est capable d'exercer de manière générale une activité même partielle, tel que par exemple : une activité enzymatique (métabolique) ou une activité pouvant être impliquée dans la biosynthèse ou la biodégradation de composés organiques ou inorganiques ;

- une activité structurelle (enveloppe cellulaire, molécule chaperonne, ribosome) ; - une activité de transport (d'énergie, d'ion) ; dans la sécrétion de protéine ; - une activité dans le processus de réplication, amplification, préparation, transcription, traduction ou maturation, notamment de l' ADN, de l'ARN ou des protéines.

Par fragment de polypeptides selon l'invention, on entend désigner un polypeptide comportant au minimum 5 acides aminés, de préférence 10,15, 25, 50,100 et 150 acides aminés.

Les fragments de polypeptides peuvent correspondre à des fragments isolés ou purifiés naturellement présents dans les souches de Lactococcus, ou à des fragments qui peuvent être obtenus par clivage dudit polypeptide par une enzyme protéolitique telle que la trypsine ou la chymotrypsine ou la collagénase, par un réactif chimique (bromure de cyanogène, CNBr) ou en plaçant ledit polypeptide dans un environnement très acide (par exemple à pH = 2,5). Des fragments polypeptidiques peuvent également être préparés par synthèse chimique, à partir d'hôtes transformés par un vecteur d'expression selon l'invention qui contiennent un acide nucléique permettant l'expression dudit fragment, et placé sous le contrôle des éléments de régulation et/ou d'expression appropriés.

Par polypeptide modifié d'un polypeptide selon l'invention, on entend désigner un polypeptide obtenu par recombinaison génétique ou par synthèse chimique comme décrit plus loin, qui présente au moins une modification par rapport à la séquence normale. Ces modifications peuvent être notamment portées sur des acides aminés nécessaires pour la spécificité ou l'efficacité de l'activité, ou à l'origine de la conformation structurale, de la charge, ou de l'hydrophobicité du polypeptide selon l'invention. On peut ainsi créer des polypeptides d'activité équivalente, augmentée ou diminuée, ou de

spécificité équivalente, plus étroite ou plus large. Parmi les polypeptides modifiés, il faut citer les polypeptides dans lesquels jusqu'à cinq acides aminés peuvent être modifiés, tronqués à l'extrémité N ou C-terminale, ou bien délétés, ou ajoutés.

Comme cela est indiqué, les modifications d'un polypeptide ont pour objectifnotamment : - de permettre sa mise en #uvre dans des procédés de biosynthèse ou de biodégradation de composés organiques ou inorganiques, - de permettre sa mise en oeuvre dans des procédés de réplication, d'amplification, de réparation et règle de transcription, de traduction, ou de maturation notamment de l'ADN, l'ARN, ou de protéines, - de permettre sa sécrétion améliorée, - de modifier sa solubilité, l'efficacité ou la spécificité de son activité, ou encore de faciliter sa purification.

La synthèse chimique présente également l'avantage de pouvoir utiliser des acides aminés non naturels ou des liaisons non peptidiques. Ainsi, il peut être intéressant d'utiliser des acides aminés non naturels, par exemple sous forme D, ou des analogues d'acides aminés, notamment des formes soutirées.

La présente invention fournit toutes les séquences nucléotidiques et polypeptidiques du génome de Lactococcus lactis IL 1403. Par ailleurs, il est un objet de la présente invention que de divulguer les fonctions de ces gènes et protéines (Tableau II).

Ainsi, à chaque cadre ouvert de lecture présenté dans le Tableau 1 est assigné un descriptif sur son rôle (Tableau II). Les gènes ont ensuite été classés en catégories selon une classification adaptée des gènes de E coli (Riley, Functions of the gene products of Escherichia coli, Microbiology Reviews 57: 862,1993). Cela permet à l'homme du métier de repérer les gènes utilisés dans une fonction métabolique donnée, puis d'isoler ce ou ces gènes dans des buts d'application en relation avec sa problématique, en y incluant des applications

industrielles directes (modification des souches) ou indirectes (outil de diagnostique et ses applications). Les gènes décrits dans l'invention ont été isolés sur des fragment d'ADN grâce à des amorces déduites de la séquence de L. lactis IL 1403. Le Tableau III donne les noms des gènes correspondants aux ORF, ainsi que les protéines correspondantes d'autres organismes après comparaison avec la banque de données Swiss prot.

Les enzymes de biosynthèses d'acides aminés
Dans cette partie sont groupés les cadres ouverts de lecture correspondant aux protéines impliquées dans les réactions catalytiques des voies du métabolisme primaire, intermédiaire, secondaire, la fabrication de molécules complexes ou plus simples. Les voies identifiées ont été déterminées d'après les connaissances relatives aux besoins nutritionnels de ces bactéries et leurs possibilités métaboliques. L'ensemble des gènes impliqués dans les voies de biosynthèse des acides aminés est divulgué. Certaines de ces voies ont été identifiées auparavant tel que les voies de biosynthèse de l'histidine, du tryptophane, des acides aminés branchés ainsi que quelques gènes impliqués dans différentes autrés voies.

La synthèse de vitamines
La synthèse de vitamines peut avoir un intérêt certain pour une bactérie alimentaire comme L. lactis. Cette bactérie est capable de synthétiser naturellement un certain nombre de vitamines, et la connaissance des gènes menant à leur synthèse permet à l'homme du métier d'optimiser l'expression de ces gènes ou de les modifier en vue d'augmenter la production de ces vitamines. Les bactéries ainsi modifiées peuvent être utilisées soit dans des procédés de fabrication de concentré de vitamines, soit directement dans l'alimentation afin d'obtenir un produit enrichi en vitamine. Comme il est indiqué au Tableau II, les gènes nécessaires à la synthèse de quatre cofacteurs, l'acide folique, la ménaquinone, la riboflavine et la thiorédoxine ont été identifiés.

Les gènes à activité peptidolytique
Les gènes codant pour des enzymes protéolytiques ont été systématiquement recherchés. Un certains nombre d'entre eux avaient déjà été caractérisés et leur fonction décrite tel pepN, pepC, pepF, pepO, pepA, pepP, pep V, pepX clpP and clpY et d'autres étaient encore inconnus du public tels pepQ, pepM, pepDAI, pepDA2, ycjE, htrA. Ces enzymes ont un rôle crucial dans la nutrition azotée des bactéries lactiques et participent à la dégradation des peptides dans les produits fermentés, en particulier les fromages. Cet enzyme participe aussi à d'autres processus cellulaires comme la dégradation de protéines permettant le renouvellement des protéines ou même de protéines héterologues limitant ainsi leur production. D'autres protéines participent à la formation de la paroi comme vanY ou à des processus plus généraux comme la dégradation de protéines entrant dans divers processus cellulaires pour pi136, yudC, yudDyujB and yufD.

Les gènes de laglycolyse
Les enzymes impliqués dans la glycolyse ont été plus particulièrement étudiés. Les gènes impliqués dans la glycolyse ont été détectés dans différentes parties du chromosome de la souche IL1403. Ce sont enoA (633 kb) et enoB (274 kb) codant pour l'énolase, pgk (242 kb) codant pour la phosphoglycérate kinase, pgm (332 kb) codant pour la phosphoglycérate mutase, pgmB (442 kb) codant pour la betta-phosphoglycomutase, gapA (554 kb) et gapB (2315 kb) codant pour la glycéraldéhyde 3-phosphate déhydrogénase, tpiA (1148 kb) codant pour la trioséphosphate isomérase, pyk (1370 kb) codant pour la pyruvate kinase, fbaA (1963 kb) codant pour la fructose-bisphosphate aldolase, pgiA (2228 kb) codant pour la glucose-6-phosphate isomérase. En synthétisant des oligonucléotides homologues aux séquences de contigs proches des zones où ces gènes ont été détectés dans IL1403, et en effectuant des amplifications de type LR PCR sur l'ADN chromosomique de MG1363, des produits

d'amplification contenant les gènes de la glycolyse ont été obtenus. Ces gènes représentent l'ensemble complet des gènes de la glycolyse ayant pu être trouvés chez L. lactis. Cette méthode peut être appliquées aux autres souches de L.

Lactis pour la détection des gènes de la glycolyse dans l'environnement génétique le plus adéquat pour l'industrie. La modification des ces gènes par mutagénèse a permis la construction de nouvelles souches dites food-grade , qui ont de nombreuses applications dans l'industrie alimentaire et l'agriculture.

En particulier, il a montré qu'il existait 2 copies des gènes gap codant pour la glyceraldehyde 3 phosphate dehydrogénase et eno codant pour l'énolase. Il a été aussi montré que le gène gap précédemment isolé n'était pas exprimé de manière significative lors de croissances dans différents milieux, et ne codait donc pas pour le gène réellement impliqué dans la glycolyse. Une analyse détaillée de la séquence montre que le second gène gap identifié possède des propriétés qui suggèrent fortement qu'il s'agit du gène réellement actif lors de la glycolyse. Premièrement, son biais de codon est très fort et semblable aux autres gènes de la glycolyse tels ceux de l'opéron las, pgi, fdp et tpi. Deuxièmement, il possède une séquence de régulation (boîte CRE) en amont de la boîte -35 de son promoteur, permettant son activation lors de l'assimilation du sucre rapide. Enfin, il a été démontré expérimentalement que ce gène était fortement exprimé lors de croissance exponentielle, et qu'il était indispensable à la croissance cellulaire (son inactivation est létale). Le gène gap de la glycolyse a été isolé sur un plasmide de E. coli (pGEM) et son expression dans E. coli restaure la croissance de mutants gap dans les milieux appropriés. Ce gène pourrait donc être utilisé pour augmenter l'activité GAPDH dans des souches où cette activité est limitante pour la vitesse d'acidification. Une telle construction mènera à l'obtention d'une souche acidifiant plus vite le lait, une propriété recherchée dans certains procédés industriels. Un travail comparable peut être réalisé sur les autres enzymes de cette voie.

Les voies d'assimilation secondaire des sucres
L. lactis est capable d'utiliser un grand nombre de carbohydrates (de manière non limitative: L-arabinose, ribose, D-xylose, galactose, glucose, fiuctose, mannose, mannitol, N-acetyl glucoseamine, amygdaline, arbutine, esculine, salicine, cellobiose, maltose, lactose, melibiose, saccharose, trehalose, raffinose, amidon, gentiobiose, gluconate). Les gènes impliqués dans l'entrée de ces sucres et leur transformation pour rejoindre une des étapes de la glycolyse sont présentés au Tableau II. Pour illustrer, deux gènes impliqués dans la voie des pentoses phosphates ont été identifiés : la transkétolase (YqgF) et la phosphokétolase (YpdE). Un fragment interne a été utilisé pour inactiver l'un ou l'autre de ces gènes dans la souche de L. lactis NCD02118. Les mutants ainsi obtenus sont affectés dans le métabolisme des sucres et accusent des retards de croissance, en particulier en présence de xylose pour la souche ypdE. L'activité de ces gènes peut également être amplifiée en plaçant l'un ou l'autre de ces gènes sous contrôle d'un promoteur régulé différemment. Un travail similaire avec les autres gènes de ces voies permettra de construire des souches de L. lactis avec des capacités fermentaires nouvelles. En particulier, la modification additionnelle de l'expression des gènes codant (i) pour la glucose 6-phosphate déhydrogénase (zwf), la gluconate déshydrogénase (gnd), la ribulose phosphate isomérase (rpiA) ou pour (ii) des gènes de la voie d'Entner- Dodouroff (kdg, uxu et yqhA présent en amont de la transkétolase) et la gluconate phosphate déshydrogénase devrait permettre de produire des souches de L. lactis hétérofermentaires vraies à partir de sucre métabolisé en glucose 6-phosphate.

Les gènes impliqués dans la formation et la régulation de l 'ensemble des produits defermentation
Les produits de fermentation sont ce qu'il y a de plus important pour la formation de l'arôme du fromage par Lactococcus lactis. Dans les conditions habituellement appliquées pour la production fromagère, 95 % du sucre utilisé est converti en acide lactique. D'autres produits importants pour la fermentation sont

l'éthanol, le fumarate et l'acétate. Une petite partie, habituellement moins de 1 %, du pyruvate produit durant la glycolyse est convertie en alpha-acétolactate, qui est distribué entre les acides aminés branchés et les produits de la branche de formation des acétoïnes : diacétyl, acétoïne ou 2,3-butanediol. L'interaction de ces gènes et leur régulation sont importantes pour la formation de l'ensemble des produits de fermentation. La présente invention fournie les outils pour détecter tous les gènes chromosomiques des bactéries du genre lactococci, impliquées dans la formation de produits de fermentation. Ces produits sont importants pour l'arôme du produit fromager final. Plusieurs gènes ont déjà été détectés auparavant. Ceux-ci incluent la lactate déhydrogénase, la pyruvate formate lyase, a-acétolactate synthase, aacétolactate décarboxylase. De nouveaux gènes potentiels impliqués dans cette voie, sont fournis par cette invention, détectés durant l'annotation. Ce sont d'autres putatives alpha-acétolactate décarboxylase (aldC gene), diacétyl réductase (butB), acétoïne réductase (butA), pyruvate déhydrogénase (pdhABCD), acétate kinase (acdAl, acdA2), alcool déhydrogénase (adhA, adhE). En manipulant ces gènes par des méthodes de génie génétique ou de génétique, l'homme du métier peut influencer l'arôme du produit final fromager de la façon désirée. D'autres enzymes, qui peuvent être utilisées pour changer l'emsemble des produits de fermentation, sont les NADH oxidases. Ces gènes sont codés par ndhA, yieA, yieB, yphA, ydjE, yhjd, yrfB, nox. La présente invention fournit les outils pour détecter ces gènes dans les différentes souches de L. lactis et pour créer des bactéries food-grade capables de produire ces métabolites importants pour les arômes comme le diacétyl.

Les gènes liés à l'activité des bactériophages
Les bactériophages constituent l'un des problèmes majeurs de l'industrie laitière. Ils sont à l'origine de perturbations importantes de les fermentations et par ce biais, de pertes économiques. De nombreux efforts ont été consacrés au développement de méthodes permettant de contrôler leur développement au cours des procédés de fabrication fromagère. On peut

envisager en particulier de cloner sur un plasmide ou dans le chromosome de souches à utilisation industrielle, des gènes bactériens et/ou de bactériophages dont les produits limitent le développement de phages infectants On peut également développer des systèmes artificiels de résistance mimant les mécanismes naturels dits d'infection abortive, dans lesquels les cellules infectées meurent sans multiplier les phages. Dans ce but, un gène toxique pour la bactérie, placé sous le contrôle d'un promoteur de phage dont l'expression est induite après infection par un phage similaire est cloné sur un plasmide (Djordjevic, G. M., and Klaenhammer, T. R. (1997) Bacteriophage-triggered defense systems : phage adaptation and design improvements. Appl Environ Microbiol 63 :4370-4376 ; Walker, S. A., and Klaenhammer, T. R. (1998) Molecular characterization of a phage-inducible middle promoter and its transcriptional activator from the lactococcal bacteriophage #31. J Bacteriol
180 : 921-931) ou sur le chromosome bactérien. La présente invention, décrit les gènes de la souche IL 1403 et de six prophages identifiés sur son chromosome. Cinq de ces prophages ont été identifiés expérimentalement par induction de leur cycle de croissance lytique après exposition à un agent endommageant l'ADN (Ultra-Violets ou Mitomycine C). La présente invention apporte donc la possibilité d'identifier des gènes de bactérie ou de phage répondant à l'une ou l'autre des propriétés citées ci-dessus. A savoir : des gènes qui perturbent le développement d'un phage infectant, des gènes toxiques pour la bactérie, des circuits de régulation induits après infection par un phage.

Il est à noter que les signaux de transcription et traduction des phages ainsi que leurs circuits de régulation peuvent aussi être utilisés pour développer des systèmes d'expression conditionnelle (W095/31563) ou de surexpression (O'Sullivan, D. J., Walker, S. A., West, G., and Klaenhammer, T. R. (1996)
Development of an expression strategy using a lytic phage to trigger explosive plasmid amplification and gene expression. Biotechnology 14: 82-87) de protéines d'intérêt. La présente invention peut donc aussi être utilisée dans ce

but.

Les gènes impliqués dans les systèmes de régulation correspondent aux ORF 38,41, 448,452, 518,1461 et 1472.

Les gènes de réponse au stress
Les lactocoques sont soumis à de nombreux changements environnementaux dans les procédés industriels on peut citer parmi d'autres, des changements de température (chaleur, froid), d'osmolarité (salinité, activité en eau), de pH, d'oxygénation, de conditions redox etc. Une survie optimale de L. lactis à ces changements environnementaux, parfois brusques, est recherchée afin d'améliorer la reproductibilité et le rendement des procédés de fabrication et d'utilisation de ces ferments lactiques. Les lactocoques possèdent des réponses inductibles aux stress notamment aux UV, à la chaleur, au froid, au NaCl, à la présence d'H202, à la carence en sucre, à la bile, à l'acidité. Il faut noter que certains résultats (Kim et al., 1999, FEMS Microbiol Lett., 171,57) soulignent des différences dans les capacités de résistance et d'adaptation aux stress de 2 sous-espèces de lactocoques : L. lactis ssp. lactis et L. lactis ssp. cremoris. Des études protéomiques montrent qu'un certain nombre de protéines sont induites dans plusieurs conditions de stress. Cependant, les protéines impliquées dans la résistance à un ou plusieurs stress ont été, à ce jour rarement identifiées en particulier du fait de l'absence de l'invention qui limitait les possibilités d'identification des spots protéiques. Il est important de souligner néanmoins, que certaines conditions de stress semblent modifier l'expression d'enzymes métaboliques notamment impliqués dans la glycolyse. D'autres études biochimiques, moins globales, corrèlent l'augmentation de certaines activités enzymatiques à une meilleure survie et/ou à l'adaptation des lactocoques à certains stress. Ainsi, la H±ATPase, la désimination de l'arginine, le transport du citrate dans la sous espèce diacetylactis, le transport de solutés compatibles, les NADH-peroxidase et NADH-oxidase sont probablement

impliquées dans des mécanismes d'adaptation aux stress et pour certains, dans la survie en fin de fermentation.

Des études génétiques (recherche de gènes conservés ou mutagenèse) ont permis la caractérisation de certains gènes impliqués dans les résistances aux stress.

Ceux-ci restent néanmoins peu nombreux et le lien avec les études biochimiques a rarement été établi. Parmi les gènes identifiés on peut notamment citer : - stress oxydatif : recA,fpg, sodA, nox, pox (NADH peroxidase),flpA et flpB, - stress mutagène : recA, polA, hexB, deoB, gerC, dltD, arcD, bglA, gidA, hgrP, metB, proA et sept orf non identifiées par recherche d'homologie avec les banques de données, - stress thermique, dénaturation protéique : recA, groES, groEL, dnaK, dnaJ, ftsH, grpE, hrcA, ctsR, clpP, clpB, clpE, htrA, - stress froid : cspABCDE, - stress osmotique : busA, gadBCR, - stress acide : gadBCR, clpP, groES, groEL, dnaK.

De plus, deux études génétiques (Duwat et al., 1999, Mol Microbiol.,
31,845 ; Rallu et al., 2000, Mol Microbiol., 35, 517; FR27 53201) ont permis d'isoler des mutants plus résistants que la souche initiale (MG1363) à une ou plusieurs conditions de stress et suggèrent fortement que des pools intracellulaires notamment de composés puriques et de phosphate constituent des détecteurs intracellulaires de stress.

La séquence annotée de L. lactis IL1403 apporte une base moléculaire pour l'étude systématique des réponses aux stress des lactocoques. Les gènes détectés pendant l'annotation du génome de 111403 sont fournis dans les
Tableaux II et III de la présente demande. La méthode de détection des gènes équivalents dans d'autres bactéries proches de L. lactis IL 1403 est fournie dans la présente invention et permet d'exploiter les résultats obtenus durant l'étude

des réponses aux stress d'autres souches de L. lactis. En effet, les réponses aux stress ont préférentiellement été étudiées avec L. lactis MG1363 qui contrairement à IL 1403 ne contient pas de prophage inductible en condition de stress.

Les gènes desprotéines sécrétés ou dont l'activité est liée à la sécrétion des protéines
L. lactis est capable de sécréter un certain nombre de protéines dans le milieu extérieur et à la surface de la cellule. Cette capacité peut être mise à profit pour sécréter des molécules d'intérêt comme des enzymes d'intérêt technologique ou des molécules d 'intérêt médical ou pharmaceutique. L'invention présente permet d'isoler rapidement différents signaux d'exportation de L. lactis afin de tester celui ou ceux qui donnent les meilleurs résultats avec le gène d'intérêt à exporter. La liste des protéines et des gènes susceptibles de fournir de tels signaux est fournie Tableau II. Ces protéines ont été extraites par une méthode informatique avec le logiciel PSORT (Nakai & Horton, PSORT : aprogram for detecting sorting signais in proteins and predicting their subcellular localization, Trends Biochem Sci, 24 : 34-6,
1999). D'autres méthodes pourraient être employées pour compléter ce tableau en utilisant une partie des données de l'invention, comme la liste des protéines potentiellement traduites chez L. lactis ou directement la séquence nucléotidique traduite dans toutes les phases.

De plus, l'outil fourni dans l'invention donne toutes les informations de base sur les gènes qui peuvent limiter certaines étapes de la sécrétion. Une liste de ces gènes est présentée Tableau IV. Par exemple, l'intégralité du gène codant pour une lipoprotéine qui permet d'accélérer le repliement correct des protéines sécrétées a été isolé grâce aux enseignements de l'invention. Des homologues de cette protéine ont été caractérisés précédemment chez d'autre organismes comme B. subtilis.

Cependant, il peut exister plusieurs gènes de ce type dans un organisme, ce qui complique la tache de l'expérimentateur confronté soit à une recherche exhaustive

de toutes les protéines homologues afin de réaliser le choix le plus judicieux, soit à développer une expérimentation lourde afin d'isoler le facteur pertinent dans son procédé. La présente invention permet donc à l'homme du métier de choisir en fonction de son expertise le ou les gènes nécessaires à l'accomplissement de son travail. Dans le cas de L. lactis, il a été possible d'isoler le gène codant pour l'homologue vrai de prsA de B. subtilis et de l'exprimer plus fortement dans des cellules surproduisant un enzyme d'intérêt industriel à partir du gène lip de Staphylococcus hyicus. En condition normale, une grande partie de la lipase est dégradée par limitation de la protéine type prsA. Sa surproduction préserve la lipase de toute dégradation de cet enzyme lors ou après son exportation.

Les gènes impliqués dans la compétence des transformations génétiques
La compétence génétique naturelle est la capacité des bactéries à transporter de l'ADN étranger dans la cellule, le processer et à l'intégrer dans le chromosome ou à établire des éléments à réplication autonome. Les gènes, qui permettent à la bactérie de développer cette capacité, sont divisés en ce qu'on appelle des gènes précoces, qui sont des gènes de régulation, et en gènes tardifs, représentant le système de compétence lui-même. L'étude des séquences des gènes tardifs de compétence montre qu'ils sont fortement similaires dans les différentes bactéries AT- riches gram positifs, comme B.subtilis ou Streptococci. Une grande différence existe dans les méchanismes moléculaires qui régulent le développement de ce processus dans Streptococci et Bacilli.

Dans B. subtilis, le régulateur ComK existe, qui assemble les signaux des étapes précoces du développement de compétence. Un pendant fonctionnel de ce régulateur a été trouvé chez Streptococci. Il code pour le facteur sigma de l'ARN polymérase. Les conditions de compétence naturelle ne sont pas connues pour l'espèce L. lactis. Cependant, des recherches d'homologies dans le génome de L. lactis révellent 4 opérons (comE, comF, comC et comG) contenant 8 gènes ayant une forte similarité avec les gènes tardifs de

compétence de B. subtilis en S. pneumoniae. Comme L. lactis semble pouvoir posséder un ensemble complet des gènes tardifs de compétence, il peut acquérir une compétence naturelle. Une manière de découvrir les conditions pour acquérir la compétence peut être l'étude de la régulation des gènes tardifs. Le gène, correspondant au régulateur de la compétence, ywcA, existe aussi dans L.lactis IL 1403. La surproduction de cette protéine dans L. lactis permettra l'induction des gènes tardifs de compétence dans ces cellules. La présente invention fournit la manière de détecter le système complet des gènes de compétence dans les plusieurs souches de L. lactis différentes de d'IL1403. La connaissance des structures des régions de régulation dans ces bactéries et des régulateurs correspondants donnera la possibilité d'induire la compétence dans ces souches. Cette méthode peut être utilisée pour les souches ne pouvant pas être manipulées par les autres méthodes de génie génétique.

D'une manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisées en ce qu'elle pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des acides aminés et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes: ORF 1507 1508 1511 1512 1513 1514 1515 796 1178 1179 1275 1881 1251 1252 1254 1255 1257 1258 1259 1260 1261 683 1238 1240 1241 1243 1245 1246 1247 1248 1249 860 797, de préférence 500 120 1291 1690 1793 1794 1795 1796 1803 1807 1808 166 361 755 1292 1293 1323 1609 1668 1670 1972 1973 2159 2285 128 129 575 812 813 814 815 1324 1325 1656 1657 1935 2257 75 551 613 615 616 617 1904 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs et en ce qu'elle est choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1169 1383 398 1405, de

préférence 871 953 1172 1173 1174 1176 1353 1354 610 1157 1615 187 743 744 745 746 747 875 584 585 1362 1487 1011 1012 1013 1014 1123 1145 1871 862 958 1692 1695 497 1130 1300 1301 1302 1526 1120 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide d'enveloppe cellulaire de Lactococcus lactis ou un de ses fragments, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 328 329 2288 2320 1296, de préférence 326 327 631 978 1105 1193 1481 2025 2185 280 320 348 350 351 395 552 554 560 885 886 968 1181 1321 1406 1637 1638 1857 1934 1960 2096 2164 2283 2287 153 206 207 212 213 217 218 219 220 221 222 223 224 693 695 697 754 894 930 936 937 939 940 942 944 945 973 1297 1298 1299 1304 1380 1499 1500 1618 1845 2218 2279 2280 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 20 22 681 1898 1920 1921 402 403 972 417 1015 2134 1779 2206, de préférence 100 818 828 902 914 990 991 1267 1384 1636 1704 2207 508 126 119 562 959 1664 2161 2315 1107 1108 1265 1823 1824 1859 2084 2120 2176 2177 2178 2179 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes: ORF 728 155, de préférence 434 1024 1162 1376 1537 1621 291 716 1289 1538 1539 1728

1729 1732 2005 1663 215 586 712 713 714 715 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes: ORF 1785 2042 59 1329 1814 1815 1816 1817 1818 1819 1820 994 995 677 918 1205 1262 2211 284 345 439 570 656 682 1152 1372 1373 1374 634 1552 1553 1554 2034 2035 2036 2037 2038 2039 684, de préférence 76 136 151 186 242 273 276 342 347 400 643 768 801 843 844 1281 1348 1572 1574 1583 1596 1601 1604 1746 1784 1925 2100 2182 2307 290 502 548 742 751 816 845 846 974 1327 1343 1747 1751 1971 1985 2088 2089 2090 2092 2093 254 256 257 1127 1283 1379 431 609 620 719 720 732 1756 2167 1674 1675 915 916 1125 1142 1207 1290 1707 1858 1864 2068 2069 265 253 385 967 1146 1792 1962 2224 2303 1673 1723 1979 2277 2290 61 62 63 64 26 181 426 440 711 784 834 976 1326 1504 1532 1533 1534 1543 1546 1549 1550 1676 1679 1680 1687 1721 1730 1731 2079 2241 2242 685 1212 1213 1214 1215 1216 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 65 72 118 390 413 414 415 576 577 675 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 859 1284 1834 1837 1955 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le

métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 2066 1531 1556 1557 1558 1569 1573 1575 1576 1578 501 1386 1387 1404 1586 1599 21 281 282 947 949 1969 2133 200, de préférence 182 506 992 993 1159 1177 311 1112 1754 226 1164 1563 1564 1568 1689 2007 407 1086 1087 1388 1649 1650 295 605 645 829 854 1165 1482 1483 1485 1708 1908 1950 202 204 205 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1263 1331 1559 2041 2316 405 406 908 909 1022 1478 1641 1725 1696 1726 890 1555 1506 7, de préférence 6 8 110 131 137 154 167 243 245 261 324 335 421 424 429 445 541 565 622 674 771 832 847 877 905 929 946 982 1084 1151 1186 1197 1233 1294 1310 1349 1490 1494 1521 1524 1566 1624 1639 1652 1654 1717 1745 1753 1766 1830 1831 1846 1852 1853 1928 1956 2001 2032 2043 2059 2095 2216 2243 2258 2262 2270 2291 2296 2306 1020 1477 1642 1724 1752 1797 1798 740 1545 1688 2200 2205 24 340 383 386 1274 1345 1603 1927 543 435 1480 1498 1681 804 975 1211 1336 117 603 723 757 785 926 1344 1517 1527 1585 2172 227 229 360 770 1171 1333 1635 2071 2299 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 4 5 2 3 362 363 563 600 663 664 665 2030 2180 2198 2265 2281, de préférence 573 644 806 856 872 873 1089
1360 1361 1869 101 102 240 349 401 408 428 507 513 542 572 657 761 766

767 857 878 898 923 997 1000 1002 1025 1088 1129 1138 1139 1140 1266 1270 1693 1791 1883 1948 2098 2247 2251 2263 2264 2267 2301 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1237 1332 564, de préférence 817 960 1906 2314 14 619 646 648 709 779 1314 1367 1368 1607 1612 1623 1850 1851 2124 2160 2222 2297 359 419 1613 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1239 313 396 706 858 1778 1854 1861 1929 2105 571 1776 97 98 680 2127 782 783 2128, de préférence 68 382 394 807 831 1113 1114 1763 1775 1879 1902 1914 1964 1983 1984 2020 2022 2094 2109 2183 2229 260 303 624 1606 1697 2027 2028 2045 2047 2192 374 911 1600 2062 107 135 198 246 292 301 302 748 760 781 805 853 892 906 1097 1099 1307 1308 1617 1644 1790 1893 1894 1937 2056 2057 2123 2125 2126 2135 2136 2137 2138 2139 2140 2142 2143 2144 2145 2146 2147 2148 2149 2150 2151 2152 2153 2154 2155 2156 2162 2209 2246 2248 2310 2311 2318 2319 13 132 158 168 169 171 496 638 705 852 1144 1923 1944 358 607 707 989 1126 1895 1912 2065 2208 2317 et un de leurs fragments représentatifs.

processus de transport et de liaison des protéines, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1256 1787 330 550 699 717 1330 1496 1497 1810 1888 1889 1890 1891 1892 2091 1771 566 919 1551 2040 2104 635 676 1970 121 122 437 81 82 726 927 2221, de préférence 11 74 104 262 263 269 270 271 285 286 287 318 319 333 334 544 545 579 580 672 673 729 855 881 888 889 917 983 984 1080 1121 1122 1203 1311 1312 1366 1567 1602 1667 1800 1801 1825 1826 1844 1926 2051 2052 2074 2157 2260 2261 2313 2321 70 115 331 352 353 354 355 356 357 364 365 375 574 698 824 863 864 955 956 957 1128 1182 1183 1184 1185 1750 1811 1847 1848 1873 2087 2107 2250 52 308 309 310 1767 1768 1769 1770 1772 208 209 259 430 933 934 1282 1369 1370 1371 1530 1540 1541 1542 1548 1671 1678 1683 1684 1685 1686 1733 1734 1735 2239 99 193 194 316 336 337 338 339 341 392 587 636 691 848 849 869 932 1194 1195 1295 1341 1355 1356 1357 1407 1528 1640 1655 2058 2169 2170 2171 2305 896 1166 1651 23 25 180 422 423 425 630 833 977 1149 1150 1505 1757 1758 1759 127 130 160 244 314 389 621 679 721 722 1389 1561 1584 1682 2220 2292 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 174 540 568 654 686 970 1570, de préférence 69 173 195 312 346 418 653 912 971 1102 1170 1414 2085 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues, et en ce qu'elle comprend une séquence

nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1244, de préférence 1860 2249 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux phages et prophages, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 448 449 452 455 465 471 493 494 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1046 1051 1075 1076 1077 1420 1422 1423 1424 1425 1426 1448 1450 1455 1456 1458 1465 1466 1467 1468 1470 1720, de préférence 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 446 447 450 451 453 454 456 457 458 459 460 461 462 463 464 466 467 468 469 470 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 531 532 533 534 1042 1043 1044 1045 1047 1048 1049 1050 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1200 1217 1416 1417 1418 1419 1421 1427 1428 1429 1430 1431 1432 1433 1434 1435 1436 1437 1438 1439 1440 1441 1442 1443 1444 1445 1446 1447 1449 1451 1452 1453 1454 1457 1459 1460 1461 1462 1463 1464 1469 1471 1472 1473 1474 1475 1647 1998 2003 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 53 54 55 56 90 91 93 94 141 142 143 144 145 146 378 379 380 381 649 650 651 652 662 670 737 738 837 838 839 841 842 1224 1225 1231 1232 1236 1286 1287 1591 1741 1742 2082 2083 2129 2130 2131 2132 2201 2202 2203 2204, de préférence

614 694 718 950 1268 1342 1400 1560 1749 1936 1961 1986 1992 2060 2118 2191 2240 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide spécifique de Lactococcus lactis ou un de ses fragments, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 416 1727 1822 87 88 279 332 569 671 700 701 727 840 850 884 891 900 1204 1242 1277 1382 1592 1605 1718 1719 1762 1777 1780 1907 1917 1918 1919 1930 1938 1939 1940 2102 2106 2174 2210 1250 1328 2199 666 948 1381 1990, de préférence 591 618 710 835 1153 1910 1931 1953 2031 17 18 50 57 58 60 78 79 80 84 92 113 114 116 124 125 133 134 139 140 148 149 150 157 159 161 162 170 172 175 176 179 183 184 185 188 189 196 197 214 230 231 232 233 234 235 236 238 247 255 258 264 266 267 268 274 277 283 288 289 293 294 298 299 300 315 317 321 323 325 343 344 366 367 369 370 371 372 373 376 377 384 387 388 399 404 409 410 411 420 433 436 438 443 444 498 499 503 510 512 546 549 553 555 556 557 558 582 583 588 589 592 594 597 599 611 625 637 655 678 688 703 704 708 725 730 735 741 749 756 759 762 763 764 765 769 774 780 798 799 800 803 809 810 811 819 827 830 861 865 880 882 883 899 913 920 924 951 963 964 965 986 987 999 1001 1004 1016 1019 1023 1078 1079 1090 1091 1094 1098 1100 1103 1104 1106 1109 1110 1115 1116 1117 1119 1124 1131 1137 1141 1147 1148 1155 1156 1160 1161 1168 1175 1187 1188 1201 1202 1208 1209 1223 1276 1278 1280 1303 1313 1315 1316 1318 1319 1322 1340 1352 1358 1359 1363 1391 1392 1393 1408 1409 1411 1412 1476 1486 1489 1491 1492 1493 1501 1518 1519 1520 1522 1523 1525 1529 1544 1547 1565 1577 1579 1581 1595 1597 1614 1619 1620 1622 1648 1658 1661 1662 1666 1669 1677 1694 1699 1701 1702 1709 1710 1711 1712 1722 1748 1760 1761 1764 1765 1773 1774 1781 1782 1786 1788 1789 1802 1805 1809 1827 1828 1829 1832 1833 1838 1839 1840 1842 1843 1849 1855 1856 1863 1865 1866 1867 1868 1872

1874 1875 1876 1885 1886 1887 1900 1901 1903 1915 1916 1924 1933 1941 1946 1951 1952 1954 1958 1959 1963 1966 1967 1968 1976 1977 1978 1981 1982 2004 2006 2008 2011 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2026 2029 2033 2044 2049 2050 2054 2061 2063 2070 2080 2081 2101 2108 2110 2115 2158 2163 2165 2168 2173 2175 2184 2186 2190 2193 2194 2197 2217 2219 2226 2227 2232 2235 2238 2245 2253 2254 2259 2272 2275 2278 2282 2284 2286 2289 2294 2295 2298 2302 2304 2308 2312 2322 2323 16 66 67 73 77 108 109 111 112 252 391 432 505 509 511 559 581 593 598 604 612 640 642 647 702 733 734 736 739 750 752 758 776 777 778 802 820 826 874 876 897 901 910 922 952 954 961 979 980 981 996 1017 1093 1111 1118 1135 1196 1199 1273 1320 1377 1413 1562 1610 1705 1783 1804 1884 1897 1909 1922 2117 2293 9 10 12 15 19 51 71 83 85 86 89 95 96 103 105 106 123 138 147 152 156 163 164 165 177 178 190 191 192 199 201 203 210 211 216 225 228 237 239 241 248 249 250 251 272 275 278 296 297 304 305 306 307 322 368 393 397 412 427 441 442 495 504 530 535 536 537 538 539 547 561 567 578 590 595 596 601 602 606 608 623 626 627 628 629 632 633 639 641 658 659 660 661 667 668 669 687 689 690 692 696 724 731 753 772 773 775 808 821 822 823 825 836 851 866 867 868 870 879 887 893 895 903 904 907 921 925 928 931 935 938 941 943 962 966 969 985 988 998 1003 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1018 1021 1081 1082 1083 1085 1092 1095 1096 1101 1132 1133 1134 1136 1143 1154 1158 1163 1167 1180 1189 1190 1191 1192 1198 1206 1210 1218 1219 1220 1221 1222 1226 1227 1228 1229 1230 1234 1235 1253 1264 1269 1271 1272 1279 1285 1288 1305 1306 1309 1317 1334 1335 1337 1338 1339 1346 1347 1350 1351 1364 1365 1375 1378 1385 1390 1394 1395 1396 1397 1398 1399 1401 1402 1403 1410 1415 1479 1484 1488 1495 1502 1503 1509 1510 1516 1535 1536 1571 1580 1582 1587 1588 1589 1590 1593 1594 1598 1608 1611 1616 1625 1626 1627 1628 1629 1630 1631 1632 1633
1634 1643 1645 1646 1653 1659 1660 1665 1672 1691 1698 1700 1703 1706
1713 1714 1715 1716 1736 1737 1738 1739 1740 1743 1744 1755 1799 1806

1812 1813 1821 1835 1836 1841 1862 1870 1877 1878 1880 1882 1896 1899 1905 1911 1913 1932 1942 1943 1945 1947 1949 1957 1965 1974 1975 1980 1987 1988 1989 1991 1993 1994 1995 1996 1997 1999 2000 2002 2009 2010 2012 2013 2021 2023 2024 2046 2048 2053 2055 2064 2067 2072 2073 2075 2076 2077 2078 2086 2097 2099 2103 2111 2112 2113 2114 2116 2119 2121 2122 2141 2166 2181 2187 2188 2189 2195 2196 2212 2213 2214 2215 2223 2225 2228 2230 2231 2233 2234 2236 2237 2244 2252 2255 2256 2266 2268 2269 2271 2273 2274 et un de leurs fragments représentatifs.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des acides aminés, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes: SEQ ID N 1507 1508 1511 1512 1513 1514 1515 796 1178 1179 1275 1881 1251 1252 1254 1255 1257 1258 1259 1260 1261 683 1238 1240 1241 1243 1245 1246 1247 1248 1249 860 797, de préférence 500 120 1291 1690 1793 1794 1795 1796 1803 1807 1808 166 361 755 1292 1293 1323 1609 1668 1670 1972 1973 2159 2285 128 129 575 812 813 814 815 1324 1325 1656 1657 1935 2257 75 551 613 615 616 617 1904 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 1169 1383 398
1405, de préférence 871 953 1172 1173 1174 1176 1353 1354 610 1157 1615
187 743 744 745 746 747 875 584 585 1362 1487 1011 1012 1013 1014 1123
1145 1871 862 958 1692 1695 497 1130 1300 1301 1302 1526 1120 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un

polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide d'enveloppe cellulaire de Lactococcus lactis ou un de ses fragments, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 328 329 2288 2320 1296, de préférence 326 327 631 978 1105 1193 1481 2025 2185 280 320 348 350 351 395 552 554 560 885 886 968 1181 1321 1406 1637 1638 1857 1934 1960 2096 2164 2283 2287 153 206 207 212 213 217 218 219 220 221 222 223 224 693 695 697 754 894 930 936 937 939 940 942 944 945 973 1297 1298 1299 1304 1380 1499 1500 1618 1845 2218 2279 2280 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 20 22 681 1898 1920 1921 402 403 972 417 1015 2134 1779 2206, de préférence 100 818 828 902 914 990 991 1267 1384 1636 1704 2207 508 126 119 562 959 1664 2161 2315 1107 1108 1265 1823 1824 1859 2084 2120 2176 2177 2178 2179 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 728 155, de préférence 434 1024 1162 1376 1537 1621 291 716 1289 1538 1539 1728 1729 1732 2005 1663 215 586 712 713 714 715 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 1785 2042 59 1329 1814 1815 1816 1817 1818 1819

1820 994 995 677 918 1205 1262 2211 284 345 439 570 656 682 1152 1372 1373 1374 634 1552 1553 1554 2034 2035 2036 2037 2038 2039 684, de préférence 76 136 151 186 242 273 276 342 347 400 643 768 801 843 844 1281 1348 1572 1574 1583 1596 1601 1604 1746 1784 1925 2100 2182 2307 290 502 548 742 751 816 845 846 974 1327 1343 1747 1751 1971 1985 2088 2089 2090 2092 2093 254 256 257 1127 1283 1379 431 609 620 719 720 732 1756 2167 1674 1675 915 916 1125 1142 1207 1290 1707 1858 1864 2068 2069 265 253 385 967 1146 1792 1962 2224 2303 1673 1723 1979 2277 2290 61 62 63 64 26 181 426 440 711 784 834 976 1326 1504 1532 1533 1534 1543 1546 1549 1550 1676 1679 1680 1687 1721 1730 1731 2079 2241 2242 685 1212 1213 1214 1215 1216 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 65 72 118 390 413 414 415 576 577 675 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 859 1284 1834 1837 1955 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 2066 1531 1556 1557 1558 1569 1573 1575 1576 1578 501 1386 1387 1404 1586 1599 21 281 282 947 949 1969 2133 200, de préférence 182 506 992 993 1159 1177 311 1112 1754 226 1164 1563 1564 1568 1689 2007 407 1086 1087 1388 1649 1650 295 605 645 829 854 1165 1482 1483 1485 1708 1908 1950 202 204 205 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un

polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 1263 1331 1559 2041 2316 405 406 908 909 1022 1478 1641 1725 1696 1726 890 1555 1506 7, de préférence 6 8 110 131 137 154 167 243 245 261 324 335 421 424 429 445 541 565 622 674 771 832 847 877 905 929 946 982 1084 1151 1186 1197 1233 1294 1310 1349 1490 1494 1521 1524 1566 1624 1639 1652 1654 1717 1745 1753 1766 1830 1831 1846 1852 1853 1928 1956 2001 2032 2043 2059 2095 2216 2243 2258 2262 2270 2291 2296 2306 1020 1477 1642 1724 1752 1797 1798 740 1545 1688 2200 2205 24 340 383 386 1274 1345 1603 1927 543 435 1480 1498 1681 804 975 1211 1336 117 603 723 757 785 926 1344 1517 1527 1585 2172 227 229 360 770 1171 1333 1635 2071 2299 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 4 5 2 3 362 363 563 600 663 664 665 2030 2180 2198 2265 2281, de préférence 573 644 806 856 872 873 1089 1360 1361 1869 101 102 240 349 401 408 428 507 513 542 572 657 761 766 767 857 878 898 923 997 1000 1002 1025 1088 1129 1138 1139 1140 1266 1270 1693 1791 1883
1948 2098 2247 2251 2263 2264 2267 2301 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 1237 1332 564, de préférence 817 960 1906 2314 14 619 646 648 709 779 1314 1367 1368 1607 1612 1623 1850 1851 2124 2160 2222 2297 359 419 1613 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 1239 313 396 706 858 1778 1854 1861 1929 2105 571 1776 97 98 680 2127 782 783 2128, de préférence 68 382 394 807 831 1113 1114 1763 1775 1879 1902 1914 1964 1983 1984 2020 2022 2094 2109 2183 2229 260 303 624 1606 1697 2027 2028 2045 2047 2192 374 911 1600 2062 107 135 198 246 292 301 302 748 760 781 805 853 892 906 1097 1099 1307 1308 1617 1644 1790 1893 1894 1937 2056 2057 2123 2125 2126 2135 2136 213721382139214021422143 21442145214621472148214921502151 2152 2153 2154 2155 2156 2162 2209 2246 2248 2310 2311 2318 2319 13
132 158 168 169 171 496 638 705 852 1144 1923 1944 358 607 707 989 1126 1895 1912 2065 2208 2317 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 1256 1787 330 550 699 717
1330 1496 1497 1810 1888 1889 1890 1891 1892 2091 1771 566 919 1551 2040 2104 635676 1970 121 122 437 81 82 726 927 2221, de préférence 11 74 104 262 263 269 270 271 285 286 287 318 319 333 334 544 545 579 580 672 673 729 855 881 888 889 917 983 984 1080 1121 1122 1203 1311 1312
1366 1567 1602 1667 1800 1801 1825 1826 1844 1926 2051 2052 2074 2157 2260 2261 2313 2321 70 115 331 352 353 354 355 356 357 364 365 375 574 698 824 863 864 955 956 957 1128 1182 1183 1184 1185 1750 1811 1847
1848 1873 2087 2107 2250 52 308 309 310 1767 1768 1769 1770 1772 208 209 259 430 933 934 1282 1369 1370 1371 1530 1540 1541 1542 1548 1671
1678 1683 1684 1685 1686 1733 1734 1735 2239 99 193 194 316 336 337 338

339 341 392 587 636 691 848 849 869 932 1194 1195 1295 1341 1355 1356 1357 1407 1528 1640 1655 2058 2169 2170 2171 2305 896 1166 1651 23 25 180 422 423 425 630 833 977 1149 1150 1505 1757 1758 1759 127 130 160 244 314 389 621 679 721 722 1389 1561 1584 1682 2220 2292 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 174 540 568 654 686 970 1570, de préférence 69 173 195 312 346 418 653 912 971 1102 1170 1414 2085 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 1244, de préférence 1860 2249 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux phages et prophages, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 448 449 452 455 465 471 493 494 1026 1027
1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041
1046 1051 1075 1076 1077 1420 1422 1423 1424 1425 1426 1448 1450 1455
1456 1458 1465 1466 1467 1468 1470 1720, de préférence 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 446 447 450 451 453 454 456 457 458 459 460 461 462 463 464 466 467 468 469 470 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 531 532 533

534 1042 1043 1044 1045 1047 1048 1049 1050 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1200 1217 1416 1417 1418 1419 1421 1427 1428 1429 1430 1431 1432 1433 1434 1435 1436 1437 1438 1439 1440 1441 1442 1443 1444 1445 1446 1447 1449 1451 1452 1453 1454 1457 1459 1460 1461 1462 1463 1464 1469 1471 1472 1473 1474 1475 1647 1998 2003 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 53 54 55 56 90 91 93 94 141 142 143 144 145 146 378 379 380 381 649 650 651 652 662 670 737 738 837 838 839 841 842 1224 1225 1231 1232 1236 1286 1287 1591 1741 1742 2082 2083 2129 2130 2131 2132 2201 2202 2203 2204, de préférence 614 694 718 950 1268 1342 1400 1560 1749 1936 1961 1986 1992 2060 2118 2191 2240 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide spécifique de Lactococcus lactis ou un de ses fragments, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N 416 1727 1822 87 88 279 332 569 671 700 701 727 840 850 884 891 900 1204 1242 1277 1382 1592 1605 1718 1719 1762 1777 1780 1907 1917 1918 1919 1930 1938 1939 1940 2102 2106 2174 2210 1250 1328 2199 666 948 1381 1990, de préférence 591 618 710 835 1153 1910 1931 1953 2031 17 18 50 57 58 60 78 79 80 84 92 113 114 116 124 125 133 134 139 140 148 149 150 157 159 161 162 170 172 175 176 179 183 184 185 188 189 196 197 214 230 231 232 233 234 235 236 238 247 255 258 264 266 267 268 274 277 283 288 289 293 294 298 299 300 315 317 321 323 325 343 344 366 367 369 370 371 372 373 376 377 384

387 388 399 404 409 410 411 420 433 436 438 443 444 498 499 503 510 512 546 549 553 555 556 557 558 582 583 588 589 592 594 597 599 611 625 637 655 678 688 703 704 708 725 730 735 741 749 756 759 762 763 764 765 769 774 780 798 799 800 803 809 810 811 819 827 830 861 865 880 882 883 899 913 920 924 951 963 964 965 986 987 999 1001 1004 1016 1019 1023 1078 1079 1090 1091 1094 1098 1100 1103 1104 1106 1109 1110 1115 1116 1117 1119 1124 1131 1137 1141 1147 1148 1155 1156 1160 1161 1168 1175 1187 1188 1201 1202 1208 1209 1223 1276 1278 1280 1303 1313 1315 1316 1318 1319 1322 1340 1352 1358 1359 1363 1391 1392 1393 1408 1409 1411 1412 1476 1486 1489 1491 1492 1493 1501 1518 1519 1520 1522 1523 1525 1529 1544 1547 1565 1577 1579 1581 1595 1597 1614 1619 1620 1622 1648 1658 1661 1662 1666 1669 1677 1694 1699 1701 1702 1709 1710 1711 1712 1722 1748 1760 1761 1764 1765 1773 1774 1781 1782 1786 1788 1789 1802 1805 1809 1827 1828 1829 1832 1833 1838 1839 1840 1842 1843 1849 1855 1856 1863 1865 1866 1867 1868 1872 1874 1875 1876 1885 1886 1887 1900 1901 1903 1915 1916 1924 1933 1941 1946 1951 1952 1954 1958 1959 1963 1966 1967 1968 1976 1977 1978 1981 1982 2004 2006 2008 2011 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2026 2029 2033 2044 2049 2050 2054 2061 2063 2070 2080 2081 2101 2108 2110 2115 2158 2163 2165 2168 2173 2175 2184 2186 2190 2193 2194 2197 2217 2219 2226 2227 2232 2235 2238 2245 2253 2254 2259 2272 2275 2278 2282 2284 2286 2289 2294 2295 2298 2302 2304 2308 2312 2322 2323 16 66 67 73 77 108 109 111 112 252 391 432 505 509 511 559 581 593 598 604 612 640 642 647 702 733 734 736 739 750 752 758 776 777 778 802 820 826 874 876 897 901 910 922 952 954 961 979 980 981 996 1017 1093 1111 1118 1135 1196 1199 1273 1320 1377 1413 1562 1610 1705 1783 1804 1884 1897 1909 1922 2117 2293 9 10 12 15 19 51 71 83 85 86 89 95 96 103 105 106 123 138 147 152 156 163 164 165 177 178 190 191 192 199 201 203 210 211 216 225 228 237 239 241 248 249 250 251 272 275 278 296 297 304 305 306 307 322 368 393 397 412 427 441 442 495 504 530 535 536 537

538 539 547 561 567 578 590 595 596 601 602 606 608 623 626 627 628 629 632 633 639 641 658 659 660 661 667 668 669 687 689 690 692 696 724 731 753 772 773 775 808 821 822 823 825 836 851 866 867 868 870 879 887 893 895 903 904 907 921 925 928 931 935 938 941 943 962 966 969 985 988 998 1003 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1018 1021 1081 1082 1083 1085 1092 1095 1096 1101 1132 1133 1134 1136 1143 1154 1158 1163 1167 1180 1189 1190 1191 1192 1198 1206 1210 1218 1219 1220 1221 1222 1226 1227 1228 1229 1230 1234 1235 1253 1264 1269 1271 1272 1279 1285 1288 1305 1306 1309 1317 1334 1335 1337 1338 1339 1346 1347 1350 1351 1364 1365 1375 1378 1385 1390 1394 1395 1396 1397 1398 1399 1401 1402 1403 1410 1415 1479 1484 1488 1495 1502 1503 1509 1510 1516 1535 1536 1571 1580 1582 1587 1588 1589 1590 1593 1594 1598 1608 1611 1616 1625 1626 1627 1628 1629 1630 1631 1632 1633 1634 1643 1645 1646 1653 1659 1660 1665 1672 1691 1698 1700 1703 1706 1713 1714 1715 1716 1736 1737 1738 1739 1740 1743 1744 1755 1799 1806 1812 1813 1821 1835 1836 1841 1862 1870 1877 1878 1880 1882 1896 1899 1905 1911 1913 1932 1942 1943 1945 1947 1949 1957 1965 1974 1975 1980 1987 1988 1989 1991 1993 1994 1995 1996 1997 1999 2000 2002 2009 2010 2012 2013 2021 2023 2024 2046 2048 2053 2055 2064 2067 2072 2073 2075 2076 2077 2078 2086 2097 2099 2103 2111 2112 2113 2114 2116 2119 2121 2122 2141 2166 2181 2187 2188 2189 2195 2196 2212 2213 2214 2215 2223 2225 2228 2230 2231 2233 2234 2236 2237 2244 2252 2255 2256 2266 2268 2269 2271 2273 2274 et un de leurs fragments.

Il est important de noter toutefois qu'un organisme vivant est un tout et doit être pris comme tel. Ainsi, afin de pouvoir se développer et d'exhiber ses propriétés, tout organisme a besoin d'interactions entre les différentes voies métaboliques. Ainsi, la classification énoncée ci-dessus ne doit pas être considérée comme limitative, un gène pouvant être impliqué dans deux voies métaboliques distinctes.

La présente invention a également pour objet les séquences

nucléotidiques et/ou de polypeptides selon l'invention, caractérisées en ce que lesdites séquences sont enregistrées sur un support d'enregistrement dont la forme et la nature facilitent la lecture, l'analyse et/ou l'exploitation de ladite ou desdites séquence (s). supports peuvent également contenir d'autres informations extraites de la présente invention, notamment les analogies avec des séquences déjà connues, comme mentionné dans le Tableau III et/ou des informations concernant les séquences nucléotidiques et/ou de polypeptides d'autres microorganismes afin de faciliter l'analyse comparative et l'exploitation des résultats obtenus.

Parmi cesdits supports d'enregistrement, on préfère en particulier les supports lisibles par un ordinateur, tels les supports magnétiques, optiques, électriques ou hybrides, en particulier les disquettes informatiques, les CDROM, les serveurs informatiques. De tels supports d'enregistrement sont également objet de l'invention.

Les supports d'enregistrement selon l'invention, avec les informations apportées, sont très utiles pour le choix d'amorces ou de sondes nucléotidiques pour la détermination de gènes dans Lactococcus lactis ou souches proches de cet organisme. De même, l'utilisation de ces supports pour l'étude du polymorphisme génétique de souche proche de Lactococcus lactis, en particulier par la détermination des régions de colinéarité, est très utile dans la mesure où ces supports fournissent non seulement la séquence nucléotidique du génome de Lactococcus lactis IL 1403, mais également l'organisation génomique dans ladite séquence. Ainsi, les utilisations de supports d'enregistrement selon l'invention sont également des objets de l'invention.

Un procédé d'étude du polymorphisme génétique entre les souches proches de Lactococcus lactis, par détermination des régions de colinéarité, peut comprendre les étapes de fragmentation de l'ADN chromosomal de ladite autre souche (sonication, digestion),

séquence des fragments d'ADN, - analyse d'homologie avec le génome de Lactococcus lactis IL 1043 (SEQ ID N 1).

Ce procédé qui comprend une étape d'analyse d'homologie avec le génome de Lactococcus lactis IL1403, en particulier grâce à l'aide d'un support d'enregistrement, est également l'objet de l'invention.

L'analyse d'homologie entre différentes séquences s'effectue en effet avantageusement à l'aide de logiciels de comparaisons de séquences, tels le logiciel Blast, ou les logiciels de la trousse GCG, décrits précédemment.

L'invention vise également les vecteurs de clonage et/ou d'expression, qui contiennent une séquence nucléotidique selon l'invention. On préfère en particulier, les séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides impliqués dans la machinerie cellulaire, en particulier la sécrétion, le métabolisme intermédiaire central, en particulier la production de sucre, le métabolisme énergétique, les processus de synthèse des acides aminés, de transcription et de traduction, de synthèse de polypeptides, ou les séquences nucléiques impliquées dans les fonctions relatives aux phages et prophages.

Les vecteurs selon l'invention sont avantageusement utilisés pour la génération de souches bactériennes qui présentent des propriétés de fermentation améliorée et/ou une stabilité accrue. En particulier, on recherche les souches bactériennes, de préférence de Lactococcus lactis, qui présentent une résistance accrue aux phages, ou des capacités de sécrétion améliorées.

Les vecteurs selon l'invention comportent de préférence des éléments qui permettent l'expression et/ou la sécrétion des séquences nucléotidiques dans une cellule hôte déterminée.

Le vecteur doit alors comporter un promoteur, des signaux d'initiation et de terminaison de la traduction, ainsi que des régions appropriées de régulation de la transcription. Il doit pouvoir être maintenu de façon stable dans la cellule hôte et peut éventuellement posséder des signaux particuliers qui

spécifient la sécrétion de la protéine traduite. Ces différents éléments sont choisis et optimisés par l'homme du métier en fonction de l'hôte cellulaire utilisé. A cet effet, les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent être insérées dans des vecteurs à réplication autonome au sein de l'hôte choisi, ou être des vecteurs intégratifs de l'hôte choisi.

De tels vecteurs sont préparés par des méthodes couramment utilisées par l'homme du métier, et les clones résultant peuvent être introduits dans un hôte approprié par des méthodes standards, telle que la lipofection, l'électroporation, le choc thermique, ou des méthodes chimiques.

Les vecteurs selon l'invention sont par exemple des vecteurs d'origine plasmidique ou virale. Ils sont utiles pour transformer des cellules hôtes afin de cloner ou d'exprimer les séquences nucléotidiques selon l'invention.

L'invention comprend également les cellules hôtes transformées par un vecteur selon l'invention.

L'hôte cellulaire peut être choisi parmi des systèmes procaryotes ou eucaryotes, par exemple les cellules bactériennes mais également les cellules de levure ou les cellules animales, en particulier les cellules de mammifères. On peut également utiliser des cellules d'insectes ou des cellules de plantes. Les cellules hôtes préférées selon l'invention sont en particulier les cellules procaryotes, de préférence les bactéries appartenant au genre Lactococcus, à l'espèce Lactococcus lactis, ou les microorganismes associés à l'espèce Lactococcus lactis. L'invention concerne également les animaux et végétaux, excepté l'homme, qui comprennent une cellule transformée selon l'invention.

Les cellules transformées selon l'invention sont utilisables dans des procédés de préparation de polypeptides recombinants selon l'invention. Les procédés de préparation d'un polypeptide selon l'invention sous forme recombinante, caractérisés en ce qu'ils mettent en #uvre un vecteur et/ou une cellule transformée par un vecteur selon l'invention sont eux-mêmes compris dans la présente invention. De préférence, on cultive une cellule transformée par un

vecteur selon l'invention dans des conditions qui permettent l'expression dudit polypeptide et on récupère ledit peptide recombinant. Les cellules hôtes selon l'invention peuvent également être utilisées pour la préparation de compositions alimentaires, qui sont elles-mêmes objet de la présente invention.

Ainsi qu'il a été dit, l'hôte cellulaire peut être choisi parmi des systèmes procaryotes ou eucaryotes. En particulier, il est possible d'identifier des séquences nucléotidiques selon l'invention, facilitant la sécrétion dans un tel système procaryote ou eucaryote. Un vecteur selon l'invention portant une telle séquence peut donc être avantageusement utilisé pour la production de protéines recombinantes, destinées à être sécrétées. En effet, la purification de ces protéines recombinantes d'intérêt sera facilité par le fait qu'elles sont présentent dans le surnageant de la culture cellulaire plutôt qu'à l'intérieur des cellules hôtes.

On peut également préparer les polypeptides selon l'invention par synthèse chimique. Un tel procédé de préparation est également un objet de l'invention. L'homme du métier connaît les procédés de synthèse chimique, par exemple les techniques mettant en #uvre des phases solides (voir notamment Steward et al., 1984, Solid phase peptides synthesis, Pierce Chem. Company, Rockford, 111,2ème éd., (1984)) ou des techniques utilisant des phases solides partielles, par condensation de fragments ou par une synthèse en solution classique. Les polypeptides obtenus par synthèse chimique et pouvant comporter des acides aminés non naturels correspondant sont également compris dans l'invention.

L'invention comprend également les polypeptides hybrides qui comprennent au moins la séquence d'un polypeptide selon l'invention, et la séquence d'un polypeptide susceptible d'induire une réponse immunitaire chez l'homme ou l'animal. L'invention comprend également les séquences nucléotidiques qui codent pour de tels polypeptides hybrides, ou les vecteurs qui contiennent ces séquences nucléotidiques. Ce couplage entre un polypeptide

selon l'invention et un polypeptide immunogène, peut être effectué par voie chimique, ou par voie biologique. Ainsi, selon l'invention, il est possible d'introduire un ou plusieurs élément(s) de liaison, notamment des acides aminés pour faciliter les réactions de couplage entre le polypeptide selon l'invention, et le polypeptide immunostimulateur, le couplage covalent de l'antigène immunostimulateur pouvant être réalisé à l'extrémité N ou C-terminale du polypeptide selon l'invention. Les réactifs bifonctionnels permettant ce couplage sont déterminés en fonction de l'extrémité choisie pour réaliser ce couplage, et les techniques de couplage sont bien connues de l'homme du métier.

Les conjugués issus d'un couplage de peptides peuvent être également préparés par recombinaison génétique. Le peptide hybride (conjugué) peut en effet être produit par des techniques d'ADN recombinant, par insertion ou addition à la séquence d'ADN codant pour le polypeptide selon l'invention, d'une séquence codant pour le ou les peptide (s) antigène (s), immunogène (s) ou haptène (s). Ces techniques de préparation de peptides hybrides par recombinaison génétique sont bien connues de l'homme du métier (voir par exemple Makrides, 1996, Microbiological Reviews 60, 512-538).

De préférence, ledit polypeptide immunitaire est choisi dans le groupe des peptides contenant les anatoxines, notamment le toxoïde diphtérique ou le toxoïde tétanique, les protéines dérivées du Streptocoque (comme la protéine de liaison à la séralbumine humaine), les protéines membranaires OMPA et les complexes de protéines de membranes externes, les vésicules de membranes externes ou les protéines de chocs thermiques.

Les séquences nucléotidiques et vecteurs, codant pour un polypeptide hybride selon l'invention sont également objet de l'invention.

Les polypeptides hybrides selon l'invention sont très utiles pour obtenir des anticorps monoclonaux ou polyclonaux, capables de reconnaître spécifiquement les polypeptides selon l'invention. En effet, un polypeptide hybride selon l'invention permet la potentiation de la réponse immunitaire,

contre le polypeptide selon l'invention couplé à la molécule immunogène. De tels anticorps monoclonaux ou polyclonaux, leurs fragments, ou les anticorps chimériques, reconnaissant les polypeptides selon l'invention, sont également objets de l'invention.

Les anticorps monoclonaux spécifiques peuvent être obtenus selon la méthode classique de culture d'hybridome décrite par Kôhler et Milstein (1975, Nature 256, 495).

Les anticorps selon l'invention sont par exemple des anticorps chimériques, des anticorps humanisés, des fragments Fab, ou F(ab')2. Il peut également se présenter sous forme d'immunoconjugué ou d'anticorps marqué afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.

Ainsi, les anticorps selon l'invention peuvent être employés dans un procédé pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un microorganisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'invention ; b) mise en évidence du complexe antigène-anticorps éventuellement formé.

Les anticorps selon la présente invention sont également utilisables afin de détecter une expression d'un gène de Lactococcus lactis ou de microorganismes associés. En effet, la présence du produit d'expression d'un gène reconnu par un anticorps spécifique dudit produit expression peut être détectée par la présence d'un complexe antigène-anticorps formé après la mise en contact de la souche de Lactococcus lactis ou du microorganisme associé avec un anticorps selon l'invention. La souche bactérienne utilisée peut avoir été préparée , c'est-à-dire centrifugée, lysée, placée dans un réactif approprié pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique. En particulier, on préfère un procédé de détection de l'expression dans le gène,

correspondant à un Western blot, pouvant être effectué après une électrophorèse sur gel de polyacrylamide d'un lysat de la souche bactérienne, en présence ou en l'absence de conditions réductrices (SDS-PAGE). Après migration et séparation des protéines sur le gel de polyacrylamide, on transfère lesdites protéines sur une membrane appropriée (par exemple en nylon) et on détecte la présence de la protéine ou du polypeptide d'intérêt, par mise en contact de ladite membrane avec un anticorps selon l'invention.

Ainsi, la présente invention comprend également les kits ou nécessaires pour la mise en #uvre d'un procédé tel que décrit (de détection de l'expression d'un gène de Lactococcus lactis ou d'un microorganisme associé, ou pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou un microorganisme associé), comprenant les éléments suivants : a) un anticorps polyclonal ou monoclonal selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique ; c) éventuellement, les réactifs permettant la mise en évidence des complexes antigène-anticorps produits par la réaction immunologique.

Les polypeptides et les anticorps selon l'invention peuvent avantageusement être immobilisés sur un support, notamment une puce à protéines. Une telle puce à protéines est un objet de l'invention, et peut également contenir au moins un polypeptide d'un microorganisme autre que Lactococcus lactis ou un anticorps dirigé contre un composé d'un microorganisme autre que Lactococcus lactis.

Les puces à protéines ou filtres à haute densité contenant des protéines selon l'invention peuvent être construits de la même manière que les puces à ADN selon l'invention. En pratique, on peut effectuer la synthèse des polypeptides fixés directement sur la puce à protéines, ou effectuer une synthèse ex situ suivie d'une étape de fixation du polypeptide synthétisé sur ladite puce.

Cette dernière méthode est préférable, lorsque l'on désire fixer des protéines de

taille importante sur le support, qui sont avantageusement préparées par génie génétique. Toutefois, si l'on ne désire fixer que des peptides sur le support de ladite puce, il peut être plus intéressant de procéder à la synthèse desdits peptides directement in situ.

Les puces à protéines selon l'invention peuvent être avantageusement utilisées dans des kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries associées à l'espèce Lactococcus lactis ou à un microorganisme, ou de façon plus générale dans des kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de microorganismes. Lorsque l'on fixe les polypeptides selon l'invention sur les puces à ADN, on recherche la présence d'anticorps dans les échantillons testés, la fixation d'un anticorps selon l'invention sur le support de la puce à protéines permettant l'identification de la protéine dont ledit anticorps est spécifique.

De préférence, on fixe un anticorps selon l'invention sur le support de la puce à protéines, et on détecte la présence de l'antigène correspondant, spécifique de Lactococcus lactis ou d'un microorganisme associé.

Une puce à protéines ci-dessus décrite peut être utilisée pour la détection de produits de gènes, pour établir un profil d'expression desdits gènes, en complément d'une puce à ADN selon l'invention.

Les puces à protéines selon l'invention sont également extrêmement utiles pour les expériences de protéomique, qui étudie les interactions entre les différentes protéines d'un microorganisme donné. De façon simplifiée, on fixe des peptides représentatifs des différentes protéines d'un organisme sur un support. Puis, on met ledit support en contact avec des protéines marquées, et après une étape optionnelle de rinçage, on détecte des interactions entre lesdites protéines marquées et les peptides fixés sur la puce à protéines.

Ainsi, les puces à protéines comprenant une séquence polypeptidique selon l'invention ou un anticorps selon l'invention sont objet de l'invention, ainsi que les kits ou nécessaires les contenant.

La présente invention couvre également un procédé de détection et/ou d'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un microorganisme associé dans un échantillon biologique, qui met en #uvre une séquence nucléotidique selon l'invention.

Il doit être entendu que le terme échantillon biologique concerne dans la présente invention les échantillons prélevés à partir d'un organisme vivant (en particulier sang, tissus, organes ou autres prélevés à partir d'un mammifère) ou un échantillon contenant du matériel biologique, c'est-à-dire de l'ADN. Un tel échantillon biologique englobe donc les compositions alimentaires contenant des bactéries (par exemple les fromages, les produits laitiers), mais également des compositions alimentaires contenant des levures (bières, pains) ou autres.

* Le procédé de détection et/ou d'identification mettant en #uvre les séquences nucléotidiques selon l'invention peut être de diverse nature.

On préfère un procédé comportant les étapes suivantes : a) éventuellement, isolement de l'ADN à partir de l'échantillon biologique à analyser, ou obtention d'un ADNc à partir de l'ARN de l'échantillon biologique ; b) amplification spécifique de l'ADN de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé à l'aide d'au moins une amorce selon l'invention ; c) mise en évidence des produits d'amplification.

Ce procédé est basé sur l'amplification spécifique de l'ADN, en particulier par une réaction d'amplification en chaîne.

On préfère également un procédé comprenant les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique selon l'invention avec un échantillon biologique, l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique ayant, le cas échéant, préalablement été rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie

appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro- organisme associé ; b) mise en évidence de l'hybride éventuellement formé entre la sonde nucléotidique et l'ADN de l'échantillon biologique.

Un tel procédé ne doit pas être limité à la détection de la présence de l'ADN contenu dans l'échantillon biologique attesté, il peut être également mis en #uvre pour détecter l'ARN contenu dans ledit échantillon. Ce procédé englobe en particulier les Southern et Northern blot.

Un autre procédé préféré selon l'invention comprend les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique immobilisée sur un support selon l'invention avec un échantillon biologique, l'acide nucléique de l'échantillon, ayant, le cas échéant, été préalablement rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé ; b) mise en contact de l'hybride formé entre la sonde nucléotidique immobilisée sur un support et l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique, le cas échéant après élimination de l'ADN de l'échantillon biologique n'ayant pas hybridé avec la sonde, avec une sonde nucléotidique marquée selon l'invention ; c) mise en évidence du nouvel hybride formé à l'étape b).

Ce procédé est avantageusement utilisé avec une puce à ADN selon l'invention, l'acide nucléique recherché s'hybridant avec une sonde présente à la surface de ladite puce, et étant détecté par l'utilisation d'une sonde marquée. Ce procédé est avantageusement mis en #uvre en combinant une étape préalable d'amplification de l'ADN ou de l'ADN complémentaire obtenu éventuellement par transcription inverse, à l'aide d'amorces selon l'invention.

Ainsi, la présente invention englobe également les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs nécessaires à la mise en #uvre d'une réaction d'hybridation ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'invention ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.

De même, la présente invention englobe également les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique, dite sonde de capture, selon l'invention; b) une sonde oligonucléotidique, dite sonde de révélation, selon l'invention ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'invention ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.

Enfin, les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) au moins une amorce selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs nécessaires pour effectuer une réaction d'amplification d'ADN ; c) éventuellement, un composant permettant de vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement une sonde oligonucléotidique selon l'invention. sont également objets de la présente invention.

De préférence, lesdites amorces et/ou sondes et/ou polypeptides et/ou

anticorps selon la présente invention utilisés dans les procédés et/ou kits ou nécessaires selon la présente invention sont choisis parmi les amorces et/ou sondes et/ou polypeptides et/ou anticorps spécifiques de l'espèce Lactococcus lactis. De manière préférée, ces éléments sont choisis parmi les séquences nucléotidiques condant pour une protéine sécrétée, parmi les polypeptides sécrétés, ou parmi les anticorps dirigés contre des polypeptides sécrétés de Lactococcus lactis.

La présente invention a également pour objet les souches de Lactococcus lactis et/ou de microorganismes associés contenant une ou plusieurs mutation (s) une séquence nucléotidique selon l'invention, en particulier une séquence ORF, ou leurs éléments régulateurs (en particulier promoteurs).

On préfère, selon la présente invention, les souches de Lactococcus lactis présentant une ou plusieurs mutation (s) dansles séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides impliqués dans la machine cellulaire, en particulier la sécrétion, le métabolisme intermédiaire central, en particulier la production de sucres, le métabolisme énergétique, les processus de synthèse des acides aminés, de transcription et de traduction, de synthèse des polypeptides, ou dans la résistance et/ou l'adaptation au stress ou les séquences nucléiques impliquées dans les fonctions relatives aux phages et prophages.

Lesdites mutations peuvent mener à une inactivation du gène, ou en particulier lorsqu'elles sont situées dans les éléments régulateurs dudit gène, à une surexpression de celui-ci.

Ainsi, on recherche en particulier des souches de Lactococcus lactis présentant une résistance accrue à l'infection et/ou la propagation des phages, sur-exprimant ou sous-exprimant (en particulier n'exprimant plus du tout) un polypeptide selon l'invention, impliquées dans les fonctions relatives aux phages et prophages. Une souche de Lactococcus lactis qui présente une résistance accrue à l'infection et/ou la propagation des phages, contenant un gène toxique sous le contrôle d'un agent régulateur de l'expression des gènes codant pour les

fonctions relatives aux phages et prophages, est également un objet de l'invention.

De telles souches de Lactococcus lactis modifiées sont très utiles pour augmenter la biosynthèse ou la biodégradation de composés d'intérêt. En particulier, on recherche une amélioration de la biosynthèse du diacétyle, lorsque l'on désire fabriquer du beurre ou du fromage blanc. Il peut également être intéressant d'améliorer la biodégradation des sucres en particulier les lactoses, présents dans les compositions alimentaires dans lesquelles on rajoute les souches selon l'invention.

On peut également utiliser un polypeptide selon l'invention, une cellule transformée selon l'invention, et/ou un animal selon l'invention dans un procédé de biosynthèse ou de biodégradation d'un composé d'intérêt, lui-même également objet de la présente invention.

Enfin, une méthode de diagnostic de la présence de phages dans les levains lactiques et dans les produits laitiers, par l'étude de la présence de l'acide nucléique qui code pour un polypeptide impliqué dans les fonctions relatives aux phages et prophages, est également un objet de l'invention.

MATERIELS ET METHODES
1. Le séquencage du génome L. lactis IL1403.

La stratégie de séquençage du génome de L. lactis IL1403 comportait deux étapes principales. Premièrement, la séquence diagnostique a été établie, avec une redondance de séquençage de seulement 2. Deuxièmement, la qualité de la séquence a été améliorée par séquençage de matrices aléatoires jusqu'à obtenir une redondance de 6. Toute partie du génome qui n'a été séquence que sur un brin a été re-séquencé, en utilisant des matrices générées par PCR à longue distance (Long Range ou LR PCR), afin d'obtenir un taux d'erreur

inférieur à 0,01% (moins d'une erreur pour 10. 000 bases).

La stratégie de séquençage avec une faible redondance, du génome de L.lactis, est présentée dans le Tableau 2. Cette stratégie est un compromis entre une approche de séquençage direct et une approche de séquençage au hasard. L'objectif étant de réduire le temps et l'effort nécessaire pour obtenir l'organisation du génome et connaître les gènes qui le compose. Dans un premier temps, un nombre limité de clones choisis au hasard est séquence, ainsi le taux d'accumulation de nouvelles séquences reste approximativement constant. Cette condition s'arrête quand le génome a été couvert à peu près une fois. Dans un second temps, des clones choisis au hasard, et portant un grand insert, sont séquences par primer walking . On peut garder alors une redondance faible en choisissant les oligonucléotides correspondant aux extrémités des contigs prolongés, pour l'étape suivante de primer walking .

Cette étape est poursuivie jusqu'à ce que l'obtention d'une nouvelle séquence soit supérieure à l'obtention d'@ nouvelle base pour 3 bases séquencées. L'étape finale du séquençage s'achève par l'utilisation d'une autre méthode directe, qui est appelée multiplex long accurate PCR (MLA PCR) (Sorokin et al, 1996, A new approach using multiplex long accurate PCR and yeast artificial chromosomes for bacterial chromosome mapping and sequencing, Genome Res, 6 : 448-53). Celle-ci implique le mélange d'un grand nombre d'oligonucléotides correspondant aux extrémités des contigs. Un produit sera obtenu chaque fois que la distance entre 2 sites sur le génome, correspondant aux extrémités de deux contigs, est inférieure à la taille maximale pouvant être synthétisée par LR PCR. Pour la taille du génome de L. lactis, la probabilité d'obtenir ce type de produit est entre 0,5 et 1, si 20 oligonucléotides sont mélangés (au moins la moitié des réactions de PCR contenant 20 oligonucléotides choisis au hasard, donneront un produit d'amplification). Les données statistiques de l'application de cette stratégie pour le séquençage de L. lactis sont présentées dans le tableau 3. Une banque contenant 2854 clones avec des inserts d'une taille comprise

entre 1 et 2 Kb, a été construite en utilisant les vecteurs pBluescript II KS+ (Stratagène) ou pSGMU2 (Errington J, 1986, A general method for fusion of the Escherichia coli lacZ gene to chromosomal genes in Bacillus subtilis, J Gen Microbiol, 132 : 2953-66). 2625 clones ont été séquences avec l'oligonucléotide direct (M13-21) et 2168 avec l'oligonucléotide réverse (M13RP1), avec un taux de séquences réussies d'environ 90 %. Après l'obtention d'environ 2100 kb de séquences, 2357 oligonucléotides ont été synthétisés pour fermer les espaces entres les séquences directes et réverses. Un total d'environ 3,3 Mb de séquences a ainsi été obtenu.

Le vecteur #-FIXII (Stratagène) a été utilisé pour construire une banque de grands inserts. Le chromosome de L. lactis a été partiellement digéré avec Sau3A, fractionné par centrifugation en gradient de sucrose, traité avec la Klenow polymérase en présence de dGTP et de dATP, et ligaturé avec le vecteur #-FIXII lui-même digéré par XhoI et traité avec la Klenow polymérase en présence de dCTP et de dTTP. 262 phages ont été choisis au hasard et les extrémités des inserts ont été séquencées avec l'oligonucléotide T7 (Stratagène). Parmis ces 262 phages séquences, 122 phages ayant permis d'obtenir une séquence unique avec l'oligonucléotide T7, ont alors été séquences avec l'oligonucléotide T3 (Stratagène). Environ 250 kb de séquences ont ainsi été obtenues de cette façon.

La MLA PCR a été utilisée pour obtenir des produits pour de nouvelles séquences. L'étape critique de la méthode a été de déterminer quels mélanges de 2 oligonucléotides donnaient un produit utilisable pour le séquençage. Le protocole développé précédemment et qui requérait deux étapes pour l'identification (Sorokin et al, 1996, A new approach using multiplex long accurate PCR and yeast artificial chromosomes for bacterial chromosome mapping and sequencing, Genome Res, 6: 448-53), a été modifié ici de façon à ce qu'une seule étape soit requise. Au total, 1641 réactions de séquençage sur des produits de tailles variant entre 1 et 20 kb ont été obtenues, et environ 0,77 Mb de séquences ont été lues. Cette étape a permis de

finir l'assemblage complet du chromosome, donnant un contig de 2,34 Mb. La redondance totale est proche de 2. Pour vérifier que l'assemblage est correct, les Inventeurs ont effectué des amplifications de type LR PCR sur le génome entier, en utilisant 266 oligonucléotides, séparés par des distances prédites entre 10 et 20 kb.

Les produits espérés ont été obtenus, indiquant que l'assemblage est correct.

Pour améliorer la qualité de la séquence finale, et ainsi faciliter l'étape suivante d'annotation, une autre banque de plasmides contenant des petits inserts (1-2 kb) du génome de L. lactis IL1403, a été construite et les inserts obtenus séquences avec les oligonucléotides directs (M13-21) et réverses (M13RP1). Au total 7665 plasmides ont été séquences avec succès, ce qui a permis d'obtenir 15310 gels lus, contenant 9671085 caractères. Ces séquences couvrent 93 % de la séquence contiguë obtenue lors de l'étape de séquençage basse-redondance, et sont distribuées dans 358 groupes le long de la séquence contiguë. 978 oligonucléotides ont alors été synthétisés pour séquencer les produits de LR PCR générés en utilisant la séquence connue d'IL1403. La base de données de la séquence finale contient 26036 gels lus, contenant 14842630 caractères. La taille moyenne des gels lus est donc de 570 bases. La longueur de la séquence génomique d'IL1403 est de 2365589 bases, la redondance de la séquence finale est 6,27.

2. L'annotation du génome d'IL1403
2. 1. Prédiction des gènes codant pour les protéines dans L. lactis
IL1403.

Les fenêtres ouvertes de lecture prédites ont d'abord été identifiées en utilisant TGA, TAA et TAG comme codons stops et en utilisant le code génétique bactérien standard. La région codante pouvant coder pour une protéine a été considérée comme ayant une taille de plus de 60 acides aminés.

Les séquences homologues à l'extrémité 3' de l'ARNr 16S de L.lactis (3' UCUUUCCUCCA...5') en amont des codons potentiels d'initation, qui sont

ATG, GTG, ou TTG, ont été systématiquement recherchées pour assurer la fonctionnalité du gène putatif trouvé. Plusieurs gènes dans L. lactis IL1403 ont ainsi été trouvés, ils ont été appelés ARNm leaderless et démarrent au codon ATG de l'extrémité 5'. Ceci est applicable en particulier aux gènes impliqués dans le processus de transformation génétique. Ceci peut expliquer que L. lactis est protégé de cette façon de l'expression de gènes occasionnels due à une mutation ou à une insertion d'une séquence ayant une activité promotrice.

Les protéines prédites sont ensuite systématiquement testées au niveau de leur homologie avec les protéines connues contenues dans les bases de données. Finalement, ceci a révélé 2323 gènes avec ou sans fonctions assignées, présentés dans le tableau 1. Les gènes sont classés selon un schéma de classification proposé par M. Riley (Riley M, 1993, Functions of the gene products of Escherichia coli, Microbiol Rev, 57 : Plusieurs catégories de gènes de L. lactis IL1403 sont décrits ci-dessous.

2. 2 Les éléments IS et les prophages chez L. lactis IL1403.

Trois éléments IS étaient déjà connus dans le génome de L. lactis IL1403, désignés IS981, IS982 et IS1076. Leur nombre de copies (respectivement dix, une et sept) et leur localisation approximative sont rapportés. Les données de séquençage des Inventeurs révèlent que dans toutes les localisations chromosomiques où IS1076 a été cartographié, la séquence nucléotidique identique à IS904 est présente. Le dernier nom est gardé sur la carte. Un autre élément, appelé IS1077, était présent dans chacun de ces sept sites. Quinze copies d'un élément, qui n'avait pas été décrit précédemment pour l'espèce Lactococcus et appelé IS983, ont été détectées dans le génome de IL1403. L'élément le plus proche relativement d'une autre bactérie lactique, qui est IS1070, a été découvert dans le plasmide pNZ63 de Leuconostoc lactis NZ6009.

Pour identifier les prophages potentiels présents dans le chromosome, les Inventeurs ont utilisé la recherche d'homologies dans les bases de données

contenant des séquences protéiques de phages connus. La base de données est composée de 1219 séquences protéiques, comprenant l'ensemble complet des 50 protéines putatives dérivées de la séquence du phage tempéré rit de L. lactis (Van Sinderen, D., Karsens, H., Kok, J., Terpstra, P., Ruiters, M. H., Venema, G., & Nauta, A., 1996, Sequence analysis and molecular characterization of the temperate lactococcal bacteriophage rit, Mol Microbiol 19: 1343-1355). Une distribution des homologies non redondantes lancées sur le génome de L. lactis a été générée. Cette distribution indique la présence de trois régions, autour de 470,1060 et 1430 Kb, qui contiennent les prophages identifiés précédemment par des tests biologiques. Deux sites, autour de 45 et 2020 Kb, indiquent un quatrième et un cinquième prophages.

2. 3. Le biais GC, l'origine de réplication et le terminus.

Pour prédire les sites de l'origine de la réplication et le terminus, les Inventeurs ont utilisé les biais GC et AT dans des schémas similaires (Lobry, J. R., 1996, Asymmetric substitution patterns in the two DNA strands of bacteria, Mol Biol Evol, 13 : 660-665). Les distributions des valeurs (CG)/ (C+G) et (A-T)/(A+T) le long de la région chromosomique montre une transition bien franche entre les valeurs positives et négatives, et indique la présence de l'origine de réplication dans le voisinage de gène dnaA. Cette région contient quatre boites DnaA, qui indiquent aussi la présence de l'origine de réplication. Les Inventeurs ont choisi le point de départ de la présentation circulaire du génome de L. lactis au milieu du site HindIII près de l'origine de réplication et la carte est orientée de façon avec la direction de transcription des gènes dnaA et dnaN.

Les biais GC et AT indiquent aussi la localisation du terminus de réplication. La transition entre les valeurs positives et négatives se produit près de la position 1260 K. Ceci est en corrélation avec la localisation du terminus de réplication basée sur l'orientation des gènes potentiels de transcription et la distribution des sites chi le long du génome.

3 Description des catégories de gènes
3. 1. Biosynthèses d'acides aminés de vitamines et de nucléotides.

Les analyses des Inventeurs ont montré que L. lactis a un potentiel génétique pour synthétiser les 20 acides aminés standards et au moins 4 co-facteurs (l'acide folique, la ménaquinone, la riboflavine et la thiorédoxine). Cependant, cette bactérie est délicate d'un point de vue nutritionnel et nécessite de nombreux métabolites qu'il faut ajouter au milieu synthétique (Jensen & Hammer, 1993, Minimal requirements for exponential growth of lactococcus lactis, Appl Env Microbiol, 59 :4363-4366). Le problème des exigences nutritionnelles délicates des souches L. lactis a récemment été abordé par l'application de la techique de simple omission (Cocaign-Bousquet, M., Garrigues, C., Novak, L., Lindley, N. D., & Loubiere, P., 1995, Rational development of a simple synthetic medium for the sustained growth of Lactococcus lactis, J Appl Bacteriol, 79- 108-116) et des approches génétiques. Il a également été montré que l'auxotrophie de IL1403, utilisée comme une souche laitière, pour l'histidine et les acides aminés à chaine ramifiée est dûe à des mutations récemment acquises. La mise à disposition du complément complet des gènes biosynthétiques présents dans L. lactis fournira de nombreux éléments pour la compréhension et l'utilisation efficace du métabolisme biosynthétique dans ces bactéries.

Les Inventeurs ont détecté 60 gènes impliqués dans la biosynthèse et la préservation des nucléotides et nucléosides. La plupart des gènes pour la biosynthèse des purines sont regroupés près de l'opéron purDEK, qui a été récemment caractérisé. Une copie de IS983 a été détectée entre l'opéron purDEK et d'autres gènes de la biosynthèse des purines.

3. 2. Métabolisme énergétique et transporteurs.

Le potentiel génétique de L. lactis à croître sur différentes sources carbonées peut être estimé à partir de la présence des gènes de biodégradation et des transporteurs adéquats. IL1403 a des gènes qui peuvent être utilisés pour la

croissance sur différentes sources de carbone : le glucose (les gènes de glycolyse), le fructose (positions 1519 et 2230 kb, fructokinase and glucoso-6P-isomérase, scrK et pgiA), la N-acétyl glucosamine (1032 kb, gène codant pour la glucosaminefructoso-6P aminotransférase, glmS), le xylose (1550 kb, opéron xyl), le ribose (1685 kb, opéron rbs), le mannose (779 kb, mannose-6P isomérase, pmi), le gluconate (608,2254 et 2254 kb, 6P gluconate déshydrogénases et gluconate kinase, gnd, gntZ and gntK), maltose (692,700 et 1526 kb, maltodextrine glucosidases and 4-[alpha]-glucanotransférase, malQ), le lactose (2041 kb, p- galactosidase, lacZ), le galactose (2045 kb, opéron gal), le mannitol (33 kb, mannitol-lP 5-déshydrogénase, mtlD), les différents p-glucosides (186,419, 830, 1490 et 1520 kb, glucosidases, 6P p-glucosidases, bglS, bglA, yidC, bglH, dexB).

L'opéron catabolique du glucuronate ou du galacturonate (1670 kb, opéron uxu- kdg) peut être utilisé pour l'utilisation des produits de dégradation de la pectine comme une source supplémentaire d'énergie et de carbone. Les composants des systèmes de transports dépendant de l'enzyme II sucre-spécifique du phosphoénolpyruvate ont été trouvés pour le mannitol (30 kb, mtlAF), le sucrose ou le tréhalose (435 kb, yedF), le fructose (984, fruA), le mannose (1748 kb, opéron ptn) et des p- glucosides (175,416, 830,1144 et 1489 kb, celB, opéron ptc, yidB, yleDE, ptbA).

L'analyse de la séquence du chromosome de IL 1403 a révélé que les gènes codant pour la voie PTS-dépendante de l'utilisation du lactose étaient absents dans cette souche. Le chromosome contient cependant un autre système pour l'utilisation du lactose dépendant du transport par le produit du gène lacS, codant pour un symporteur H+ ou un anti-porteur galactose-lactose. L'analyse des Inventeurs a détecté 19 gènes impliqués dans la glycolyse, complétant la description de ce système et a révélé un second gène de déshydrogénase glyceraldéhyde-phosphate.

Ceci a également confirmé l'absence d'un cycle complet de l'acide citrique. Un gène impliqué dans la gluconéogenèse a été identifié ; il s'agit du gène codant pour la fructose 1,6 bisphosphatase. Aucun gène codant pour la phosphoénolpyruvate carboxykinase ou la phosphoénolpyruvate synthétase n'a été trouvé.

Les importeurs et exporteurs de différents métabolites sont largement représentés dans les bactéries par les transporteurs ABC. Les importeurs sont impliqués dans le transport vers l'intérieur de la cellule de différents sucres ainsi que d'oligosacharides, oligopeptides et acides aminés, anions et cations. Les exporteurs sont impliqués dans l'excrétion des métabolites dangereux pour la cellule et sont donc souvent impliqués dans la résistance de la cellule à différents antibiotiques ou autres drogues. L'inventaire complet de tels transporteurs a été réalisé à partir du séquençage complet de plusieurs microorganismes, y compris de levures telles que Sacharomyces cerevisiae, Escherichia coli et Bacillus subtilis.

Dans L. lactis plusieurs systèmes codant pour les transporteurs ABC ont été caractérisés. L'un d'entre eux, oppDFBCA, code pour un transporteur d'oligopeptides et semble être important pour la croissance dans un milieu contenant des oligopeptides. Le système codé par l'opéron lcnCD est impliqué dans la sécrétion et la maturation de lactococcine A et est important dans le développement de la résistance à cet antibiotique. II a été montré que le gène lmrA, impliqué dans la résistance multi-drogues, est capable de complémenter le gène humain MDR1, responsable de la résistance à la chimiothérapie dans plusieurs formes de cancers. Il a été montré que les gènes busAA et busAB responsables du transport de la bétaïne sont importants pour la résistance aux chocs osmotiques. L'inventaire complet des transporteur ABC dans le chromosome de L. lactis IL1403 est présenté dans le Tableau ABC. La présente invention fournit les moyens pour détecter les gènes correspondants dans différentes souches de L. lactis et apparentés de façon étroite aux Streptocoques. Dans ces derniers, les transporteurs correspondants peuvent être impliqués dans le développement de la pathogénicité.

3. 4. Enveloppe cellulaire.

L'analyse des Inventeurs a révélé 81 gènes impliqués dans les fonctions de l'enveloppe cellulaire, y compris 10 protéines de membrane, 28 gènes de la biosynthèse des peptidoglycanes et muréine succulus et 43 gènes de la biosynthèse des polysaccharides de surface.

3. 5. Machinerie cellulaire.

Parmi les gènes impliqués dans le fonctionnement de la machinerie cellulaire, listés dans le Tableau 1, les plus importants pour les applications portentielles sont ceux impliqués dans la sécrétion protéique et le développement de la compétence génétique. La liste complète des gènes détectés pertinents est présentée dans le Tableau 1. Leur présentation est détaillée en partie ci-dessus.

L'exemple correspondant d'isolement de tels gènes par la mise en #uvre de la présente invention est fourni ci-après.

3. 6. Fonctions de régulation.

L'analyse a révélé 126 gènes potentiellement impliqués dans la régulation, qui représentent à peu près 5,6 % du nombre total des ORFs identifiés.

3.7. Réplication, transcription et traduction.

65,27 et 128 gènes ont été attribués aux catégories fonctionnelles de réplication, transcription et traduction respectivement. Il apparaît que le système de réplication de L. lactis est très similaire à celui de B. subtilis. La contrepartie des gènes de dnaB et dnaD, essentiels pour la réplication de l'ADN chez B. subtilis et non présents dans les bactéries gram négatives, ont été détectés. Deux gènes d'ADN-polymérase III de chaîne a, l'un correspondant à polC et un autre à dnaE de B. subtilis, ont également été détectés chez L. lactis. E. coli possède seulement ce dernier gène. La machinerie transcriptionnelle et traductionnelle ne semble pas présenter de différence remarquable avec celle de B. subtilis. Il semble que B. subtilis, avec ses outils génétiques bien développés, puisse être un organisme hôte convenable pour étudier la régulation des gènes dans les systèmes de L. lactis.

EXEMPLES
1. Détection des régions de longue colinéarité et établissement de l'organisation correspondante des gènes dans la souche L. lactis

MG1363 étroitement apparentée à L lactis IL1403.

Comme base pour la détection de gènes chez une bactérie qui est proche de L. lactis IL1403, la présente invention propose le séquençage d'un nombre limité de fragments d'ADN pris au hasard. Leur nombre doit être défini de façon à permettre une densité suffisamment élevée de distribution de leur site d'homologie par rapport au génome de L. lactis IL1403. Dans cet exemple, pour la souche L. lactis MG1363, il y a 513 séquences qui ont en moyenne un site sur chaque 5 kb.

Les séquences des fragments d'ADN correspondant à 2 sites les plus proches du gène d'intérêt sur le génome de IL1403 sont utilisées pour choisir les oligonucléotides pour l'amplification par PCR de la zone correspondante à partir du génome de MG1363 Dans les régions des génomes considérées comme colinéaires, le fragment amplifié devra contenir le gène d'intérêt de MG1363, du fait de la colinéarité des génomes.

L'ADN chromosomique de la souche MG1363 est digéré par l'enzyme de restriction AluI ou par sonication randomisée. Après séparation dans un gel d'agarose à 0,8 %, une fraction contenant des fragments ayant une taille de 500 bp à 1 kb est isolée. Cet ADN est ligaturé au plasmide pSGMU2, digéré par SmaI et déphosphorylé par la phosphatase alkaline de E. coli. La déphosphorylation du vecteur d'ADN était nécessaire pour empêcher une auto-ligature et ainsi augmenter le nombre de colonies qui portent l'ADN chromosomique de MG1363 inséré dans le vecteur. L'ADN ligaturé a été transformé dans des cellules TG1 de E. coli, qui ont été rendues compétentes par un traitement avec une solution de CaCl2 à 50 mM Les cellules ont été étalées sur un milieu d'agar, qui contenait 50 g/ml d'ampicilline, 20 g/ml de X-gal et 20 g/ml d'IPTG. Les colonies blanches ont été prises pour le séquençage des inserts par des amorces sens (M13-21) et reverses (M13RP1). 665 plasmides au total ont été séquences et ils ont donnés 882 gels lus contenant 258919 caractères. Ces séquences ont été réparties dans 539 groupes de liaison, chacun correspondant à une unique séquence de l'ADN génomique de MG1363 avec une taille moyenne de 348 bp et une longueur totale de 185292 bp.

L'analyse de l'homologie avec le génome de L. lactis IL1403 a été réalisée en utilisant les algorithmes de FASTA et de BLASTx. Les résultats de cette analyse ont été utilisés pour détecter les zones de forte homologie entre les deux génomes et pour détecter les régions de colinéarité potentielle dans les organisations de génome.

L'estimation d'un niveau d'homologie statistiquement significatifa été donnée par le calcul de la distribution des contigs (tags ou étiquettes) séquences avec un pourcentage donné d'homologie par rapport au génome de la souche IL1403. Le niveau d'homologie entre les différentes parties des génomes de MG1363 et IL1403 qui peuvent être considérées comme des contreparties est compris entre 65 et 100 %, avec un nombre maximum de régions homologues proche de 85 %.

240 oligonucléotides (SEQ ID N 2324 à 2563) ont été synthétisés et utilisés dans des réactions de Long Range PCR, dans le but de confirmer la colinéarité des régions détectées. Les zones correspondant aux zones de colinéarité peuvent être facilement amplifiées par LR PCR en utilisant les oligonucléotides correspondants comme amorces. L'organisation des gènes dans ces zones de colinéarité est conservée dans ces deux souches. Ce fait peut donc être utilisé pour amplifier les gènes désirés à partir d'autres souches de Lactocoques et les utiliser pour des manipulations génétiques. Certains systèmes génétiques particuliers, amplifiés à partir de la souche MG1363 par utilisation de l'information génomique pour IL1403 et l'approche décrite dans cet exemple, sont décrits dans les exemples 2 et 3.

La présente invention fournit donc les séquences pour le génome de L. lactis MG1363, qui permet la détection d'un gène quelconque existant dans les deux souches : IL1403 et MG1363. Puisque l'homologie et la colinéarité des deux génomes sont estimées à 65 %, il y a 65 % de tous les gènes listés dans les Tableaux 1 et II, représentant une annotation fonctionnelle du génome de IL1403.

L'invention concerne une méthode pour l'estimation de la colinéarité entre l'organisation chromosomique de deux génomes. Les parties de deux génomes sont colinéaires si les régions homologues sont situées à égale distance dans les deux

génomes. Ceci signifie en premier lieu que dans les régions colinéaires pour deux génomes donnés, l'organisation des gènes est conservée. Ceci signifie en second lieu que les oligonucléotides homologues des régions colinéaires devraient donner, par amplification PCR, des fragments de taille similaire pour les deux génomes. Ainsi, pour les régions colinéaires, la similarité de l'amplification PCR devrait indiquer la similarité de l'organisation des gènes. Dans les parties des génomes considérées comme colinéaires, estimées par amplification PCR, les fragments amplifiés devraient contenir des gènes similaires pour les deux génomes, du fait de la colinéarité des génomes.

La présente invention fournit donc les moyens de déterminer les séquences du génome de L. lactis MG1363 et permet la détection d'un gène quelconque qui existe dans les deux souches : IL1403 et MG1363. L'homologie des deux génomes est estimée à 85 %. Les Inventeurs ont estimé que les régions de non-colinéarité, qui sont une partie du génome et dont la densité de distribution de tags séquences inférieure à celle attendue à partir d'une distribution randomisée, est d'environ 800 kb. Ces régions ne peuvent pas être amplifiées par PCR utilisant la méthode basée sur l'estimation de la colinéarité entre les deux génomes, fournis par la présente invention. D'autres régions peuvent être amplifiées en utilisant cette méthode. Ainsi, en utilisant cette méthode, 65 % de tous les gènes L. lactis peuvent être détectés dans une autre souche de L. lactis que IL1403. Ceci signifie également que la préparation de tous les fragments représentatifs à partir de l'ADN de la souche IL,1403, ou à partir d'une quelconque autre souche d'intérêt, en utilisant les méthodes décrites ci-dessus, donnera au minimum 65 % de tous les gènes d'une quelconque souche de L. lactis. Cet ensemble représentatif de fragments peut être utilisé pour détecter des différences entre les génomes entiers de souches de L. lactis ou pour étudier l'expression de gènes par hybridation à de l'ARN extrait. Cette détection de 65 % des gènes ou de leur expression dans L. lactis est également basée sur la séquence génomique de IL 1403 présentée à la Figure 1, sur l'annotation fonctionnelle de ce génome fournie au Tableau 1 et sur la méthode de la détection

de gènes selon la présente invention.

2. Détection des gènes impliqués dans la biosynthèse de l'arginine dans la souche L lactis MG1363.

Un opéron codant pour cinq gènes nécessaires à la biosynthèse de l'arginine a été détecté aux environs de 805 kb du génome de L. lactis IL1403. Bien que le séquençage généré à partir de l'ADN génomique de L. lactis MG1363 n'a pas révélé un tag séquence homologue à un quelconque gène de la biosynthèse de l'arginine, on peut s'attendre à ce que de tels gènes soient localisés dans le génome de MG1363 dans la région à partir de 800 à 850 kb, qui est colinéaire entre les deux souches. Les Inventeurs ont choisi deux tags séquences, les plus proches de la zone, qui doivent contenir des gènes de la biosynthèse de l'arginine dans le génome de MG1363. Il s'agit de contigs séquences qui ont révélé une homologie avec les gènes yhjD et yibC. En synthétisant les homologues oligonucléotides des séquences à partir de ces deux contigs, ma86 (SEQ ID N 2564) et ma87 (SEQ ID N 2565), et en réalisant une amplification par LR PCR sur l'ADN chromosomique de MG1363, un produit d'amplification d'une taille de 19 kb, ou proche de cela, contenant des gènes de la biosynthèse de l'arginine était attendu. L'amplification a donné lieu à un fragment de la taille de 19 kb. Le séquençage des extrémités de ce fragment a montré que le fragment correspondait effectivement à la zone attendue et que les gènes de la biosynthèse de l'arginine étaient contenus dans cette zone du génome de MG1363. Cette méthode peut être appliquée à d'autres souches de L. lactis pour détecter les gènes de l'arginine dans la plupart des environnements génétiques recherchés. Les gènes argG et argH, codant pour la synthase arginosuccinate et la lyase respectivement, peuvent également être détectés de la même façon. Ils ont été détectés dans le génome de la souche IL,1403 proche de 130 kb. Des manipulations génétiques avec ces gènes peuvent être mises en #uvre pour augmenter ou diminuer le niveau de production de l'arginine, ce qui a de nombreuses applications dans l'industrie alimentaire, l'agriculture ou la médecine.

3. Détection des gènes de la déshydrogénase pyruvate dans la souche de
L. lactis MG1363.

La déshydrogénase pyruvate est l'une des enzymes importantes dans la régulation des flux du métabolisme du pyruvate dans les microorganismes. En manipulant les niveaux d'activité de cette enzyme dans la cellule, il est possible de faire passer une bactérie de fermentation homolactique en fermentation acide mixte et ainsi influencer les rendements les différents produits de fermentation, ce qui peut influencer la saveur du produit final alimentaire. Un opéron codant pour quatre gènes nécessaires à la biosynthèse de la déshydrogénase pyruvate a été détecté aux environs de 60 kb dans le génome de L. lactis IL1403. Le séquençage généré à partir de l'ADN génomique de L. lactis MG1363 a révélé un contig, homologue du gène pdhD, codant pour une sous-unité de la désydrogénase pyruvate. Un autre tag séquence qui peut être utilisé pour amplifier ces gènes a été détecté comme homologue du gène yahG dans le génome annoté de IL1403. Par synthèse des oligonucléotides homologues aux séquences à partir de ces deux contigs, ma08 (SEQ ID N 2566) et ma09 (SEQ ID N 2567), et par la mise en #uvre d'une amplification par LR PCR sur l'ADN chromosomique de MG1363, un produit d'amplification de la taille de 15 kb, ou proche de cela, contenant les gènes de la biosynthèse de la déshydrogénase pyruvate était attentdu. L'amplification a effectivement donné un fragment de la taille de 15 kb. Le séquençage des extrémités de ce fragment a montré que ce fragment correspondait bien à la zone attendue et que les gènes de la biosynthèse de la déshydrogénase pyruvate étaient contenus dans cette zone du génome de MG1363. Cette méthode peut être appliquée à d'autres souches de L. lactis pour la détection des gènes de la déshydrogénase de pyruvate dans les environnements génétiques les plus recherchés. D'autres gènes également impliqués dans la glycolyse ont été détectés dans différentes parties du chromosome de la souche IL1403. Il s'agit de enoA (633 kb) et enoB (274 kb), tous deux codant pour une énolase, de pgk (242 kb) codant pour une phosphoglycératekinase, de pgm

(332 kb) codant pour une phosphoglycérate mutase, de pgmB (442 kb) codant pour une betta-phosphoglycomutase, de gapA (554 kb) et de gapB (2315 kb) les deux codant pour une déshydrogénase de glycéraldéhyde 3-phosphate, de tpiA (1148 kb) codant pour une isomérase triosephosphate, de pyk (1370 kb) codant pour une pyruvate kinase, de fbaA (1963 kb) codant pour une aldolase fiuctose-bisphosphate, depgiA (2228 kb) codant pour une glucose-6-phosphate isomérase. Par la synthèse des oligonucléotides homologues des séquences à partir des contigs proches des zones où ces gènes étaient détectés dans IL1403, et la mise en #uvre d'une amplification par LR PCR sur l'ADN chromosomique de MG1363, un produit d'amplification contenant les gènes de la glycolyse était attendu. Ces gènes représentent l'ensemble complet des gènes de la glycolyse et peuvent être trouvés dans Lactococcus lactis.

Cette méthode peut être appliquée à d'autres souches de L. lactis pour la détection des gènes de la glycolyse dans la plupart des environnements génétiques recherchés. La modification de ces gènes par mutagénèse pourrait donner lieu à la construction de nouvelles souches de niveau alimentaire qui auraient de nombreuses applications dans l'industrie alimentaire et l'agriculture.

4. Isolement et surproduction d'une chaperone extracytoplasmique
Les protéines sécrétées sont souvent dégradées au cours ou après leur sécrétion par des protéases présentes à la surface des cellules. Cette dégradation est souvent d'autant plus importante que la protéine sécrétée est d'origine étrangère, et ceci probablement parce que leur repliement est soit trop lent, soit mal synchronisé avec la synthèse et/ou la sécrétion. L'expression amplifiée de certains enzymes dont le rôle est de faciliter leur repliement permet parfois de protéger ces protéines de cette dégradation. Dans l'exemple suivant, les Inventeurs ont isolé la séquence complète d'un gène dont le meilleur homologue dans les bases de donnée est prsA de B. subtilis et dont l'activité semble être celle d'aider les protéines sécrétées à mieux se replier.

Deux amorces PCR (SEQ ID N 2568 et SEQ ID N 2569) ont été déduites de la séquence de L. lactis IL1403 et ont permis d'amplifier le gène correspondant à prsA chez L. lactis. Ce gène a été cloné dans le vecteur pGEMT (Promega) et sa séquence vérifiée. Le plasmide obtenu a ensuite été fusionné au site Ncol au plasmide pNZ8037 contenant le promoteur de l'opéron nisine de L. lactis. La partie pGEMT de cet hybride a ensuite été délétée par coupure PstI et recircularisation avec la T4-ligase. Ce plasmide a ensuite été transformé dans la souche NZ9000, un dérivé de L. lactis subsp. cremoris MG1363 contenant le système permettant d'induire le promoteur placé en amont du gène homologue de prsA de L. lactis.

Cette souche a ensuite été testée pour la production de la lipase de Staphylococcus hyicus qui est dégradée en plusieurs formes tronquées lors de sa sécrétion chez L. lactis (Drouault et al. 2000, Appl Environ Microbiol., 66, 588). Dans cette souche, aucune forme dégradée de la lipase n'a pu être visualisée montrant que la production sur plasmide de l'homologue de prsA de L. lactis IL 1403 permet d'éviter l'accumulation de forme dégradée d'un enzyme hétérologue sécrété par une souche de L. lactis subsp. cremoris
5. Contrôle du métabolisme des sucres
La majeure partie du galactose métabolisé par L. lactis et en général les bactéries lactiques est transformé dans la voie de la glycolyse via la voie de Leloir.

En effet, du fait du métabolisme fermentaire des bactéries lactiques, ces réactions sont plus actives que celles ayant trait à la synthèse de sucres nucléotides, precurseur du glycogène, d'acide lipotechoique et d'exopolysaccharides. Une des étapes limitant la synthèse d*EPS, en particulier chez Streptococcus thermophilus, bactéries du yaourt, est la réaction glucose-6-phosphate vers le glucose 1-phosphate par la phosphoglucomutase (aPGM). Son amplification est donc souhaitable pour permettre d'augmenter la production des EPS.

Le gène codant pour [alpha]PGM, pgm, a été caractérisé pour en obtenir une

surexpression. Aucun gène [alpha]PGM de bactérie gram positive, et en particulier de bactérie lactique, n'avait été encore caractérisé génétiquement. Les Inventeurs ont donc recherché des séquences potentielles codant pour de tels gènes chez L. lactis sur la base de motifs court du site actifdes protéines de cette famille comprenant des phosphoglucomutases, des phosphomannomutases, des phosphoNacetylglucosamine-mutases et des gènes de fonction inconnue dont mrsA de E coli (Swissprot p31120). Les Inventeurs ont ensuite réalisé des alignements multiples des protéines homologues aux gènes homologues chez L. lactis et défini pour chacun des régions conservées afin de faire la synthèse d'oligonucléotides dégénérés permettant d'amplifier les régions correspondantes du génome de différente bactéries comme par exemple Streptococcus thermophilus. Une PCR dégénérée a été réalisée avec ces oligonucléotides SEQ ID N 2570 et SEQ ID N 2571 sur l'ADN total d'une souche de Streptococcus thermophilus. Il ont permis d'amplifier un fragment de 1. 2 kb dont la séquence a montré qu'il contenait un gène homologue à celui de L. lactis.

Le reste du gène a ensuite été obtenu par PCR inverse (Ochman et al., 1990, Biotechnology, 8,759). L'ADN chromosomique est digérée avec des enzymes de restriction puis les produits de coupure sont circularisés par ligation avec la ligase puis amplifiés par PCR "Long Range" en utilisant des primers complémentaires au brin opposé. Les bandes obtenues sont extraites du gel et séquencées. La taille du gène pgm de Streptococcus thermophilus est de 1350 pb.

Les Inventeurs ont montré par la suite que ce gène correspond bien à l'a-PGM de S. thermophilus bien qu'il ait été isolé à partir de séquence supposée être codante pour les mannomutases.

Pour montrer que ce gène codait pour l'a-PGM, les Inventeurs ont adopté une stratégie d'inactivation par insertion d'un vecteur dans le gène par recombinaison homologue. Dans un premier temps, des plasmides dont la réplication est thermosensible contenant des fragments internes au gène pgm (Biswas et al., 1993, J Bacteriol., 175,3628) ont été construits. Une souche de Streptococcus

thermophilus contenant le plasmide pG+host contenant l'insert interne a pgm a été mise à pousser à 42 C sur boites M17 lactose contenant l'erythromycine pour détecter les événements d'intégration. L'ADN chromosomique préparée à partir d'une souches ainsi obtenue a été digéré par KpnI puis analysé par Southern en utilisant une sonde PCR couvrant le gène pgm. La bande correspondant à l'hybridation avec le gène pgm du chromosome est transformée en deux bandes correspondant à l'intégration du vecteur dans le gène pgm. Ce plasmide est donc bien intégré par recombinaison homologue. II est attendu qu'une souche contenant une mutation dans le gène pgm pousse normalement sur milieu contenant du glucose et du galactose mais pas sur milieu contenant du galactose ou glucose seul.

Le clone obtenu après intégration ne pousse pas sur glucose ou galactose seul, mais normalement en lactose ou sur un mélange glucose et galactose. Ceci montre que le métabolisme du glucose et du galactose a bien été découplé dans cette souche et que le gène dont l'activité a été affectée est bien pgm. Le travail réalisé dans la présente invention permet de montrer que le gène inactivé code bien pour l'enzyme connectant la voie des EPS et la glycolyse. II code donc probablement pour l'a-PGM dont la séquence n'était pas encore caractérisée expérimentalement chez les bactéries lactiques. Ces expériences montrent aussi que l'on peut, en s'appuyant sur les séquences du génome de L. lactis, isoler des gènes d'autres bactéries et notamment des Streptococcus.

6. Résistance au stress
L'annotation de IL1403 par comparaison avec d'autres bactéries telles que B. subtilis ou E. coli, permet d'identifier les gènes codant pour des activités répertoriées comme importantes en conditions de stress à la suite d'études biochimiques. Ainsi, l'invention permet l'identification de protéines mises en évidence par analyse protéomique quelle que soit la souche de L. lactis étudiée.
Par exemple, la comparaison de certaines séquences N-terminales rapportées par Kilstrup et al. (1997, Appl Environ Microbiol., 63,1826, souche MG1363)

et Frees et Ingmer (1999, Mol Microbiol., 31,79, souche MG1363) avec les orfs détectées dans la séquence de IL1403 permet de confirmer les fonctions assignées ou d'en attribuer. Ce type d'analyse devrait permettre d'identifier des gènes appartenant aux différents régulons de stress. Il deviendra possible de rechercher des séquences régulatrices communes entre les gènes d'un régulon puis dans l'ensemble de la séquence génomique afin d'en identifier tous les éléments. Les gènes codant pour la H±ATPase ou la désimination de l'arginine dont les activités augmentent en condition de stress, sont désormais identifiés chez IL 1403. On peut envisager de les modifier pour renforcer ou réduire la résistance des souches aux conditions acides.

Cette annotation comparée permet aussi de bénéficier des connaissances acquises chez d'autres micro-organismes sur les réponses aux stress. En exemple, il peut être mentionné l'identification chez IL1403 d'un homologue du gène pexB de B. subtilis aussi appelé dps chez B. subtilis et E. coli. Ce gène a chez ces deux bactéries un rôle majeur dans la protection contre des dommages oxydatifs de l'ADN. Il est extrêmement probable, au vu de sa conservation, qu'il remplisse la même fonction chez L. lactis et soit important pour la survie au stress oxydatif et en phase stationnaire. Cette annotation révèle aussi des gènes de métabolisme du glycogène, de polyphosphate et de tréhalose dont il est bien établi qu'ils ont des rôles importants dans la survie en condition de phase stationnaire et de carence. Mais l'annotation révèle aussi des différences majeures entre IL1403 et B. subtilis : le facteur sigma-B contrôle chez B. subtilis une centaine de gènes de stress, la séquence de IL 1403 ne révèle aucun homologue de ce facteur sigma.

L'identification des régulateurs de stress doit donc reposer sur d'autres voies que la stricte comparaison. Là encore, la séquence permet d'envisager plusieurs solutions d'une part, elle révèle un certains nombre de régulateurs dont on peut désormais déterminer l'implication dans les phénomènes de résistance aux stress, d'autre part, elle permet le développement d'outils

(notamment des puces à ADN) qui faciliteront cette étude. L'identification des régulateurs est très importante pour le développement d'applications puisque la modification d'un seul gène (le régulateur) affectera l'expression de l'ensemble des gènes appartenant à 1 régulon de stress.

La présente invention permet d'identifier les réseaux de gènes de résistance aux stress de L. lactis, leur régulateurs et leurs interactions. Des applications potentielles sont i) de trouver des marqueurs de stress pertinents, ii) de modifier ces gènes et/ou leur expression pour changer la capacité de résistance/sensibilité aux stress des Lactocoques et iii) de complémenter de façon pertinente l'absence de certains systèmes chez les Lactocoques éventuellement en implémentant de nouvelles fonctions.

Enfin, cette invention constitue un outil de diagnostic i) des stress réellement perçus par les Lactocoques au cours d'un procédé donné, ii) du potentiel de résistance/sensibilité d'une nouvelle souche et de son adéquation à un procédé, iii) pour choisir entre l'utilisation d'OGM ou de mutants naturels ou chimiques plus résistants aux stress et le cas échéant, identifier et contrôler la(es) mutation(s).

7. Cycle des phases
L'analyse de la séquence du chromosome de la souche IL 1403 a permis d'identifier 6 prophages et de caractériser les régions du génome dans lesquelles ils sont insérés. Au total, 256 orfs ont été identifiées, ainsi que les régions putatives de régulation de leur expression. Sur les 256 protéines codées par ces orfs, 186 sont homologues à des protéines de bactériophages ou de bactéries présentes dans les banques de données, mais 70 sont nouvelles, sans homologie avec des protéines déjà décrites. De plus, l'analyse des Inventeurs a permis d'établir que certaines protéines ont une structure modulaire. Ceci implique que ces protéines, bien qu'homologues sur une partie de leur longueur à des protéines déjà décrites, puissent néanmoins présenter des spécificités

d'action différentes. C'est le cas en particulier des protéines d'initiation de la réplication de l'ADN (Orfl6, Orfl5 et Orfl4 respectivement pour les phages bIL285, bIL286 et bIL309) qui, bien qu'ayant des domaines homologues, reconnaissent vraisemblablement des origines de réplication différentes sur l' ADN.

L'analyse de la séquence du chromosome de la souche IL1403 a permis d'identifier des gènes codant pour des protéines impliquées dans des étapes clé de la multiplication des phages telles que la régulation du choix entre cycle lytique et cycle tempéré, la réplication de l'ADN, la recombinaison, la morphogenèse et la lyse cellulaire. En perturbant l'expression ou la fonction de certaines de ces protéines, il serait possible de développer des systèmes de résistance aux phages. Deux stratégies seraient utilisables :
1) le développement de phages infectants pourrait être gravement perturbé en changeant la concentration de l'une ou plusieurs des ces protéines ; ceci pourrait être fait en surproduisant, ou au contraire en titrant ces protéines et/ou leurs régulateurs ;
2) les systèmes de contrôle temporel d'expression des gènes de phages pourraient être utilisés ; en plaçant des gènes toxiques sous le contrôle de tels systèmes d'expression, il serait possible de développer des systèmes suicides dans lesquels l'infection par un phage entraînerait la mort des cellules infectées avant qu'elles ne puissent libérer de nouveaux phages.

La présente invention a également permis de mieux décrire la variété des génomes existant parmi les phages du groupe P335. Cette connaissance pourrait être utilisée pour développer de meilleurs systèmes de diagnostic des phages présents dans les levains lactiques et les produits laitiers.

8. Expression des gènes et milieu d'identification des souches.

L'une des applications directes de l'information découlant de la séquence

génomique est la construction de filtres à haute densité ou de puces, qui peuvent être utilisés pour étudier l'expression des gènes de la cellule entière ou pour comparer des génomes de souches différentes. La base pour la construction d'une telle expression de gènes et les milieux d'identification de souches est la séquence génomique et son annotation. Ainsi, l'information nécessaire pour la construction de filtres à haute densité et de puces pour L. lactis IL1403 est la séquence génomique (SEQ ID N 1) et son annotation présentée dans le Tableau II. La préparation de tels filtres ou puces consiste à synthétiser des oligonucléotides qui correspondent aux parties terminales 5' et 3' des gènes. Ces oligonucléotides sont sélectionnés en utilisant la séquence génomique et son annotation telle que fournie par la présente invention. La température d'annelage des oligonucléotides aux endroits correspondants sur l'ADN doit être approximativement la même pour chaque nucléotide. Ceci permet de préparer les fragments correspondants d'ADN pour chaque gène en utilisant des conditions standards de PCR dans des expérimentations par PCR automatisée à haut débit. Les fragments amplifiés sont ensuite immobilisés sur les filtres ou des supports de verre et ces milieux sont utilisés pour l'hybridation.

La disponibilité de tels filtres et la séquence annotée correspondante permet d'étudier l'expression de l'ensemble des gènes dans le microorganisme en préparant l'ADNc correspondant et en l'hybridant à de l'ADN immobilisé sur le filtre. L'hybridation de l'ADN immobilisé sur le filtre avec l'ADN total de différentes souches permet également d'étudier la divergence de l'organisation génomique chez différentes souches.

Les différences des séquences de gènes chez différentes souches peuvent largement influencer l'intensité de l'hybridation et ainsi influencer la précision de l'interprétation des données. Il est donc nécessaire d'avoir exactement l'ADN de la souche qui est étudiée pour l'immobiliser sur le filtre. Dans ce but, la méthode de la détection des gènes telle que fournie par la présente invention est utile. La procédure consiste dans ce cas à amplifier l'ADN de la souche d'intérêt en utilisant l'information sur la cartographie des régions colinéaires et la méthode de détection

des gènes conformément à l'invention.

L'utilisation de l'expression des gènes et le milieu d'identification de la souche fournira un ensemble de nouvelles connaissances sur la régulation des gènes des souches de L. lactis présentant un intérêt industriel et dans différentes conditions de croissance. Ceci permettra également l'identification rapide des différences génomiques dans les souches utilisées pour des applications industrielles multiples.

La souche de Lactococcus lactis IL 1403 a été déposée le 7 avril 2000 à la Collection National de Cultures de Microorganismes, Institut Pasteur, 25 rue du Dr Roux, 75724 PARIS Cedex 15, France, selon les provisions du traité de Budapest, et a été enregistrée sous le numéro d'ordre 1-2438.

TABLEAU I Coordonnées des ORF par rapport à SEQ ID N 1

<tb>
<tb> ORF <SEP> Début <SEP> Fin <SEP> Début <SEP> de
<tb> protéine
<tb> 2 <SEP> 349 <SEP> 1722 <SEP> 358
<tb> 3 <SEP> 1873 <SEP> 3021 <SEP> 1882
<tb> 4 <SEP> 3109 <SEP> 6426 <SEP> 3130
<tb> 5 <SEP> 6407 <SEP> 10030 <SEP> 6422
<tb> 6 <SEP> 10283 <SEP> 10846 <SEP> 10837
<tb> 7 <SEP> 11116 <SEP> 12231 <SEP> 11119
<tb> 8 <SEP> 12334 <SEP> 12666 <SEP> 12346
<tb> 9 <SEP> 12912 <SEP> 13265 <SEP> 12924
<tb> 10 <SEP> 13272 <SEP> 15269 <SEP> 13281
<tb> 11 <SEP> 15262 <SEP> 15906 <SEP> 15274
<tb> 12 <SEP> 16101 <SEP> 16577 <SEP> 16110
<tb> 13 <SEP> 16595 <SEP> 17161 <SEP> 16598
<tb> 14 <SEP> 17165 <SEP> 20647 <SEP> 17165
<tb> 15 <SEP> 20795 <SEP> 21277 <SEP> 20810
<tb> 16 <SEP> 21336 <SEP> 21665 <SEP> 21351
<tb> 17 <SEP> 21634 <SEP> 22068 <SEP> 21697
<tb> 18 <SEP> 22059 <SEP> 22391 <SEP> 22071
<tb> 19 <SEP> 22496 <SEP> 23878 <SEP> 22532
<tb> 20 <SEP> 23839 <SEP> 25146 <SEP> 23878
<tb> 21 <SEP> 25115 <SEP> 25678 <SEP> 25130
<tb> 22 <SEP> 25869 <SEP> 27971 <SEP> 25887
<tb> 23 <SEP> 28996 <SEP> 30860 <SEP> 29041
<tb> 24 <SEP> 30901 <SEP> 32856 <SEP> 30922
<tb> 25 <SEP> 32907 <SEP> 33335 <SEP> 32907
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<tb>
<tb> TABLEAU <SEP> II. <SEP> Classification <SEP> des <SEP> protéines <SEP> de <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> (SEQ <SEP> IDs) <SEP> en
<tb> groupes <SEP> fonctionnels
<tb> BIOSYNTHESE <SEP> DES <SEP> ACIDES <SEP> AMINES
<tb> Général
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<tb> Famille <SEP> acides <SEP> aminés <SEP> Aromatiques
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<tb> Famille <SEP> Chaîne <SEP> ramifiée
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<tb> Famille <SEP> Histidine
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<tb> Famille <SEP> Pyruvate
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<tb> Famille <SEP> Sérine
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<tb> BIOSYNTHESE <SEP> de <SEP> COFACTEURS, <SEP> GROUPES <SEP> PROSTHETIQUES, <SEP> et <SEP> TRANSPORTEURS
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<tb> Hème <SEP> et <SEP> porphyrine
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<tb> Ménaquinone <SEP> et <SEP> ubiquinone
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<tb> Pantothénate
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<tb> Thiorédoxine, <SEP> glutarédoxine, <SEP> et <SEP> glutathione
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<tb> Thiamine
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<tb> Nucléotides <SEP> Pyridine
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<tb>

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<tb> ENVELOPPE <SEP> CELLULAIRE
<tb> Membranes, <SEP> lipoprotéines, <SEP> et <SEP> porines
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<tb> Muréine <SEP> sacculus <SEP> et <SEP> peptidoglycane
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<tb> Polysaccharides <SEP> de <SEP> Surface, <SEP> lipopolysaccharides <SEP> et
<tb> antigènes
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<tb> MACHINERIE <SEP> CELLULAIRE
<tb> Division <SEP> cellulaire
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<tb> Mort <SEP> cellulaire
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<tb> Chaperones
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<tb> Détoxification
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<tb> Sécrétion <SEP> des <SEP> Protéines <SEP> et <SEP> peptides
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<tb> Transformation
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<tb> METABOLISME <SEP> INTERMEDIAIRE <SEP> CENTRAL
<tb> Sucres <SEP> aminés
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<tb> Dégradation <SEP> des <SEP> polysaccharides
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<tb> Composés <SEP> phosphorés
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<tb> Biosynthèse <SEP> de <SEP> la <SEP> Polyamine
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<tb> Autres
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<tb>

<tb>
<tb> METABOLISME <SEP> ENERGETIQUE
<tb> Aérobique
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<tb> Acides <SEP> aminés <SEP> et <SEP> amines
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<tb> Anaérobique
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<tb> Interconversion <SEP> force <SEP> motrice <SEP> ATP-proton
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<tb> Transport <SEP> d'Electron
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<tb> Entner-Doudoroff
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<tb> Fermentation
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<tb> Gluconéogenèse
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<tb> Glycolyse
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<tb> Voie <SEP> Pentose <SEP> phosphate
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<tb> Pyruvate <SEP> déhydrogénase
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<tb> Sucres
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<tb> Cycle <SEP> TCA
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<tb> METABOLISME <SEP> DES <SEP> ACIDES <SEP> GRAS <SEP> ET <SEP> PHOSPHOLIPIDES
<tb> Général
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<tb>

<tb>
<tb> PURINES, <SEP> PYRIMIDINES, <SEP> NUCLEOSIDES <SEP> ET <SEP> NUCLEOTIDES
<tb> métabolisme <SEP> 2'-deoxyribonucleotide
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<tb> Interconversions <SEP> Nucléotide <SEP> et <SEP> nucléoside
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<tb> Biosynthèse <SEP> des <SEP> ribonucléotides <SEP> Purine
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<tb> biosynthèse <SEP> des <SEP> ribonucléotides <SEP> Pyrimidine
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<tb> Récupération <SEP> des <SEP> nucléosides <SEP> et <SEP> nucléotides
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<tb> biosynthèse <SEP> Sucre-nucléotide <SEP> et <SEP> interconversions
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<tb> FONCTIONS <SEP> DE <SEP> REGULATION
<tb> Général
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<tb> Systèmes <SEP> deux-composants
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<tb> Régulateurs <SEP> de <SEP> la <SEP> famille <SEP> LacI
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<tb> Régulateurs <SEP> de <SEP> la <SEP> famille <SEP> LysR
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<tb> Régulateurs <SEP> de <SEP> la <SEP> famille <SEP> AraC
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<tb> Régulateurs <SEP> de <SEP> la <SEP> famille <SEP> GntR
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<tb> Régulateurs <SEP> de <SEP> la <SEP> famille <SEP> DeoR
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<tb> Régulateurs <SEP> de <SEP> la <SEP> famille <SEP> MarR
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<tb> Régulateurs <SEP> de <SEP> la <SEP> famille <SEP> BglG
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<tb>

<tb>
<tb> Protéines <SEP> liant <SEP> le <SEP> GTP
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<tb> REPLICATION
<tb> Dégradation <SEP> de <SEP> l'ADN
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<tb> Réplication, <SEP> Restriction, <SEP> modification, <SEP> recombination,
<tb> et <SEP> réparation <SEP> de <SEP> l'ADN
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<tb> TRANSCRIPTION
<tb> Dégradation <SEP> de <SEP> l'ARN
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<tb> Synthèse, <SEP> modification <SEP> de <SEP> l'ARN, <SEP> et <SEP> transcription <SEP> de
<tb> l'ADN
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<tb> Maturation <SEP> moléculaire <SEP> de <SEP> l'ARN
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<tb> TRADUCTION
<tb> synthétases <SEP> d'ARNt <SEP> amino <SEP> acyl
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<tb> SEQ <SEP> IDs: <SEP> 2183 <SEP> 2229
<tb> Dégradation <SEP> des <SEP> protéines, <SEP> peptides, <SEP> et <SEP> glycopeptides
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<tb> Modification <SEP> des <SEP> protéines
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<tb> Protéines <SEP> Ribosomales <SEP> : <SEP> et <SEP> modification
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<tb> Modification <SEP> de <SEP> l'ARNt
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<tb>

<tb>
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<tb> Facteurs <SEP> de <SEP> traduction
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<tb> SEQ <SEP> IDs: <SEP> 2128 <SEP> 2208 <SEP> 2317
<tb> TRANSPORT <SEP> ET <SEP> LIAISON <SEP> DES <SEP> PROTEINES
<tb> Général
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<tb> Acides <SEP> aminés, <SEP> peptides <SEP> et <SEP> amines
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<tb> Anions
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<tb> Hydrates <SEP> de <SEP> Carbone, <SEP> alcools <SEP> organiques <SEP> et <SEP> acides
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<tb> Cations
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<tb> Nucléosides, <SEP> purines <SEP> et <SEP> pyrimidines
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<tb> Système <SEP> PTS
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<tb> Résistance <SEP> Multidrogue
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<tb> SEQ <SEP> IDs: <SEP> 2292
<tb> AUTRES <SEP> CATEGORIES
<tb> Adaptations <SEP> aux <SEP> conditions <SEP> atypiques
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<tb> Sensibilité <SEP> aux <SEP> médicaments <SEP> et <SEP> analogues
<tb>

<tb>
<tb> SEQ <SEP> IDs: <SEP> 1244 <SEP> 1860 <SEP> 2249
<tb> Fonctions <SEP> relatives <SEP> aux <SEP> phages <SEP> et <SEP> prophages
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<tb> Autres
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<tb>
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<tb> INCONNUES
<tb> Général
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<tb>

<tb>
<tb> TABLEAU <SEP> III. <SEP> Homologies <SEP> des <SEP> protéines <SEP> de <SEP> L.lactis <SEP> IL1403 <SEP> avec <SEP> des <SEP> protéines <SEP> connues
<tb> SEQID <SEP> Nom <SEP> Identité <SEP> Numéro <SEP> Meilleur <SEP> homologue
<tb> d'accession
<tb> 2 <SEP> dnaA <SEP> 95% <SEP> 054375 <SEP> dnaa; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 3 <SEP> dnaN <SEP> 97% <SEP> 054376 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> iii, <SEP> beta <SEP> chain; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 4 <SEP> rexB <SEP> 87% <SEP> 054377 <SEP> exonuclease <SEP> rexb; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 5 <SEP> rexA <SEP> 88% <SEP> 054378 <SEP> exonuclease <SEP> rexa <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 6 <SEP> yabA <SEP> 68% <SEP> 054379 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 7 <SEP> yyaL <SEP> 99% <SEP> 054380 <SEP> putative <SEP> gtp <SEP> binding <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 8 <SEP> yabB <SEP> 39% <SEP> Q46240 <SEP> nanh <SEP> gene <SEP> & <SEP> orfl,2,3 <SEP> & <SEP> 4; <SEP> Clostridium
<tb> perfringens
<tb> 9 <SEP> yabC <SEP> putative
<tb> 10 <SEP> yabD <SEP> putative
<tb> 11 <SEP> yabE <SEP> 36% <SEP> Q9ZHB1 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 12 <SEP> yabF <SEP> 31% <SEP> Q47838 <SEP> copa, <SEP> copy <SEP> and <SEP> copz <SEP> gènes; <SEP> Enterococcus <SEP> hirae
<tb> 13 <SEP> pth <SEP> 52% <SEP> 085235 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactobacillus
<tb> sake
<tb> 14 <SEP> mfd <SEP> 47% <SEP> P37474 <SEP> transcription-repair <SEP> coupling <SEP> factor; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 15 <SEP> yacI <SEP> putative
<tb> 16 <SEP> yacB <SEP> 62% <SEP> P37557 <SEP> hypothetical <SEP> 9.7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> mfd-divic
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 17 <SEP> yacC <SEP> 30% <SEP> P37471 <SEP> cell <SEP> division <SEP> protein <SEP> divic <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 18 <SEP> yacD <SEP> putative
<tb> 19 <SEP> yacG <SEP> 21% <SEP> 087489 <SEP> beta-lactamase <SEP> cef-1 <SEP> precursor; <SEP> Pseudomonas
<tb> aeruginosa, <SEP> and <SEP> escherichia <SEP> coli
<tb> 20 <SEP> mesJ <SEP> 99% <SEP> Q48646 <SEP> partial <SEP> orf; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 21 <SEP> hpt <SEP> 87% <SEP> Q02522 <SEP> hypoxanthine-guanine <SEP> phosphoribosyltransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 22 <SEP> ftsH <SEP> 92% <SEP> P46469 <SEP> cell <SEP> division <SEP> protein <SEP> ftsh <SEP> homolog <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 23 <SEP> mtlA <SEP> 49% <SEP> P50852 <SEP> pts <SEP> system, <SEP> mannitol-specific <SEP> iibc <SEP> component <SEP> (ec
<tb> 2. <SEP> 7.1.6. <SEP> Bacillus <SEP> stearothermophilus
<tb> 24 <SEP> mtlR <SEP> 36% <SEP> Q02425 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> mtlf <SEP> 5'région;
<tb> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 25 <SEP> mtlF <SEP> 71% <SEP> Q02420 <SEP> pts <SEP> system, <SEP> mannitol-specific <SEP> iia <SEP> component
<tb> (eiii-mt. <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 26 <SEP> mtlD <SEP> 61% <SEP> Q02418 <SEP> mannitol-1-phosphate <SEP> 5-dehydrogenase;
<tb> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 27 <SEP> ps101 <SEP> putative
<tb> 28 <SEP> psl02 <SEP> 49% <SEP> 053060 <SEP> hypothetical <SEP> 16. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 29 <SEP> psl03 <SEP> 45% <SEP> 003926 <SEP> lactobacillus <SEP> bacteriophage <SEP> phigle <SEP> complete
<tb> genomic <SEP> dna; <SEP> Bacteriophage <SEP> phigle
<tb> 30 <SEP> psl04 <SEP> putative
<tb> 31 <SEP> ps105 <SEP> 45% <SEP> Q9XJC9 <SEP> putative <SEP> primase; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> bacteriophage <SEP> dtl
<tb> 32 <SEP> psl06 <SEP> 25% <SEP> Q38605 <SEP> orfl; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus <SEP> bacteriophage
<tb> sfil8, <SEP> and <SEP> streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> bacteriophage <SEP> sfil9
<tb> 33 <SEP> ps107 <SEP> putative
<tb> 34 <SEP> ps108 <SEP> putative
<tb> 35 <SEP> ps109 <SEP> putative
<tb> 36 <SEP> ps110 <SEP> putative
<tb> 37 <SEP> pslll <SEP> putative
<tb> 38 <SEP> psll2 <SEP> 25% <SEP> P33537 <SEP> probable <SEP> dna <SEP> polymerase; <SEP> Neurospora <SEP> crassa
<tb>

<tb>
<tb> 39 <SEP> psll3 <SEP> putative
<tb> 40 <SEP> psll4 <SEP> 27% <SEP> 034449 <SEP> yoqd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 41 <SEP> psll5 <SEP> 31% <SEP> AAF12710 <SEP> repressor <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage <SEP> tpw22
<tb> 42 <SEP> psll6 <SEP> 37% <SEP> AAF12709 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tpw22
<tb> 43 <SEP> psll7 <SEP> putative
<tb> 44 <SEP> psll8 <SEP> putative
<tb> 45 <SEP> psll9 <SEP> putative
<tb> 46 <SEP> psl20 <SEP> putative
<tb> 47 <SEP> psl21 <SEP> putative
<tb> 48 <SEP> psl22 <SEP> 33% <SEP> Q00561 <SEP> lactococcin <SEP> a <SEP> immunity <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis <SEP> , <SEP> and <SEP> lactococcus <SEP> lactis
<tb> 49 <SEP> psl23 <SEP> 27% <SEP> Q38159 <SEP> integrase; <SEP> Bacteriophage <SEP> t2
<tb> 50 <SEP> yafE <SEP> 34% <SEP> BAA77903 <SEP> hypothetical <SEP> 15. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> dinp-rrfh
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> ; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 51 <SEP> yafF <SEP> putative
<tb> 52 <SEP> yafB <SEP> 25% <SEP> P40877 <SEP> hypothetical <SEP> 58. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> pth-prsa
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 53 <SEP> yafG <SEP> 100% <SEP> 032786 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 54 <SEP> tra1077A <SEP> 96% <SEP> 032787 <SEP> transposase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 55 <SEP> tra904A <SEP> 99% <SEP> CAA55220 <SEP> isl069 <SEP> gene; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 56 <SEP> yafI <SEP> 100% <SEP> Q48713 <SEP> dna <SEP> for <SEP> the <SEP> transposon-like <SEP> element <SEP> on <SEP> the
<tb> lactose <SEP> plasmid; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 57 <SEP> yafJ <SEP> putative
<tb> 58 <SEP> yafC <SEP> 34% <SEP> CAB62759 <SEP> putative <SEP> acetyltransferase <SEP> ;
<tb> coelicolor
<tb> 59 <SEP> araT <SEP> 97% <SEP> AAF06954 <SEP> aromatic <SEP> amino <SEP> acid <SEP> aminotransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 60 <SEP> yafD <SEP> 29% <SEP> P42095 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> bex-dnag/dnae
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 61 <SEP> pdhD <SEP> 50% <SEP> P11959 <SEP> dihydrolipoamide <SEP> dehydrogenase <SEP> ;
<tb> stearothermophilus
<tb> 62 <SEP> pdhC <SEP> 39% <SEP> P11961 <SEP> dihydrolipoamide <SEP> acetyltransferase <SEP> component <SEP> of
<tb> pyruvate <SEP> dehydrogenase <SEP> complex <SEP> ;
<tb> stearothermophilus
<tb> 63 <SEP> pdhB <SEP> 58% <SEP> P21874 <SEP> pyruvate <SEP> dehydrogenase <SEP> el <SEP> component, <SEP> beta
<tb> subunit <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> stearothermophilus
<tb> 64 <SEP> pdhA <SEP> 51% <SEP> P21881 <SEP> pyruvate <SEP> dehydrogenase <SEP> el <SEP> component, <SEP> alpha
<tb> subunit; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 65 <SEP> lplL <SEP> 38% <SEP> 007608 <SEP> hypothetical <SEP> 38. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 66 <SEP> yagA <SEP> 34% <SEP> 007592 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 67 <SEP> yagB <SEP> 32% <SEP> P54168 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> bsaa-ilvd
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 68 <SEP> trpS <SEP> 66% <SEP> Q46127 <SEP> tryptophanyl-trna <SEP> synthetase <SEP> ;
<tb> longisporum
<tb> 69 <SEP> osmC <SEP> 49% <SEP> P23929 <SEP> osmotically <SEP> inducible <SEP> protein <SEP> c <SEP> ;
<tb> Escherichiacoli
<tb> 70 <SEP> yagE <SEP> 24% <SEP> 026646 <SEP> cationic <SEP> amino <SEP> acid <SEP> transporter <SEP> related <SEP> protein;
<tb> Methanobacterium <SEP> thermoautotrophicum
<tb> 71 <SEP> yahC <SEP> putative
<tb> 72 <SEP> plsX <SEP> 42% <SEP> P71018 <SEP> fatty <SEP> acid/phospholipid <SEP> synthesis <SEP> protein <SEP> plsx
<tb> homolog; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 73 <SEP> yahA <SEP> 30% <SEP> P75792 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> 1; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 74 <SEP> yahG <SEP> 61% <SEP> 031716 <SEP> ykpa <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 75 <SEP> cysD <SEP> 55% <SEP> Q9WZY4 <SEP> o-acetylhomoserine <SEP> sulfhydrylase; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb> 76 <SEP> yahI <SEP> 33% <SEP> Q9ZKW1 <SEP> putative <SEP> ; <SEP> Helicobacterpylori <SEP> j99
<tb> 77 <SEP> yahB <SEP> 32% <SEP> 026984 <SEP> conserved <SEP> protein; <SEP> Methanobacterium
<tb> thermoautotrophicum
<tb> 78 <SEP> yahD <SEP> 32% <SEP> 034842 <SEP> yolf <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 79 <SEP> yaiA <SEP> 32% <SEP> 034689 <SEP> ykca <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 80 <SEP> yaiB <SEP> 43% <SEP> 005220 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ywrf <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 81 <SEP> lcnC <SEP> 89% <SEP> Q00564 <SEP> lactococcin <SEP> a <SEP> transport <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> lcnc; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 82 <SEP> lcnD <SEP> 93% <SEP> Q00565 <SEP> lactococcin <SEP> a <SEP> sécrétion <SEP> protein <SEP> lcnd;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> , <SEP> and <SEP> lactococcus <SEP> lactis
<tb> 83 <SEP> yaiE <SEP> putative
<tb> 84 <SEP> yaiF <SEP> 37% <SEP> Q48724 <SEP> abortive <SEP> infection <SEP> proteins <SEP> genes, <SEP> complete <SEP> cds;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 85 <SEP> yaiI <SEP> putative
<tb> 86 <SEP> yaiJ <SEP> putative
<tb> 87 <SEP> yaiG <SEP> 92% <SEP> Q00565 <SEP> lactococcin <SEP> a <SEP> sécrétion <SEP> protein <SEP> lcnd;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> , <SEP> and <SEP> lactococcus <SEP> lactis
<tb> 88 <SEP> yaiH <SEP> 76% <SEP> Q48724 <SEP> abortive <SEP> infection <SEP> proteins <SEP> genes, <SEP> complete <SEP> cds;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 89 <SEP> yajA <SEP> putative
<tb> 90 <SEP> tra981A <SEP> 92% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 91 <SEP> yajE <SEP> 100% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 92 <SEP> yajF <SEP> 28% <SEP> Q48724 <SEP> abortive <SEP> infection <SEP> proteins <SEP> genes, <SEP> complete <SEP> cds;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 93 <SEP> tra981B <SEP> 92% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 94 <SEP> yajG <SEP> 97% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 95 <SEP> yajB <SEP> putative
<tb> 96 <SEP> yajH <SEP> putative
<tb> 97 <SEP> rpmGB <SEP> 100% <SEP> 034102 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 133; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 98 <SEP> rpmF <SEP> 100% <SEP> 034101 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 132; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 99 <SEP> cadA <SEP> 36% <SEP> CAB53131 <SEP> putative <SEP> cation-transporting <SEP> atpase;
<tb> Streptomyces <SEP> coelicolor
<tb> 100 <SEP> parA <SEP> 50% <SEP> 006671 <SEP> spspoj; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 101 <SEP> cshA <SEP> 59% <SEP> 034528 <SEP> yrvn <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 102 <SEP> ybaH <SEP> 44% <SEP> CAB51273 <SEP> putative <SEP> acetyltransferase; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 103 <SEP> ybaA <SEP> putative
<tb> 104 <SEP> ybaB <SEP> 58% <SEP> 034512 <SEP> yfmm <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 105 <SEP> ybaC <SEP> putative
<tb> 106 <SEP> ybaD <SEP> putative
<tb> 107 <SEP> prmA <SEP> 44% <SEP> BAA82791 <SEP> orf35 <SEP> protein; <SEP> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 108 <SEP> ybaF <SEP> 42% <SEP> P54461 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> dnaj-rpsu
<tb> interegenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 109 <SEP> ybaG <SEP> 37% <SEP> P94361 <SEP> homologous <SEP> to <SEP> swissprot:yade~ecoli; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 110 <SEP> relA <SEP> 67% <SEP> Q54089 <SEP> putative <SEP> gtp <SEP> pyrophosphokinase; <SEP> Streptococcus
<tb> equisimilis
<tb> 111 <SEP> ybaI <SEP> 37% <SEP> Q45539 <SEP> csbb <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 112 <SEP> ybbA <SEP> 71% <SEP> Q54088 <SEP> dexb, <SEP> abc, <SEP> lrp, <SEP> skc, <SEP> rel <SEP> genes <SEP> and <SEP> orfl;
<tb> Streptococcus <SEP> equisimilis
<tb> 113 <SEP> ybbB <SEP> putative
<tb> 114 <SEP> ybbC <SEP> 27% <SEP> Q9WZA8 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> maritima
<tb> 115 <SEP> ctrA <SEP> 29% <SEP> 007576 <SEP> hypothetical <SEP> 49.7 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 116 <SEP> ybbE <SEP> 35% <SEP> 007584 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 117 <SEP> rmaD <SEP> 26% <SEP> 034692 <SEP> yvna; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 118 <SEP> acpD <SEP> 42% <SEP> Q9X4K2 <SEP> nadh <SEP> dehydrogenase; <SEP> Bacillus <SEP> stearothermophilus
<tb> 119 <SEP> secA <SEP> 56% <SEP> P28366 <SEP> preprotein <SEP> translocase <SEP> seca <SEP> subunit; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 120 <SEP> aroF <SEP> 41% <SEP> 054459 <SEP> phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate <SEP> aldolase,
<tb> trp-sensitive <SEP> (3-deoxy-d-arabino-he. <SEP> Erwinia
<tb> herbicola
<tb> 121 <SEP> ptsH <SEP> 96% <SEP> Q9ZAD9 <SEP> histidine <SEP> containing <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 122 <SEP> ptsI <SEP> 96% <SEP> Q9zad8 <SEP> phosphoenolpyruvate-protein <SEP> phosphotransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 123 <SEP> ybcC <SEP> putative
<tb> 124 <SEP> ybcG <SEP> 38% <SEP> Q9XAI3 <SEP> hypothetical <SEP> 11.7 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 125 <SEP> ybcH <SEP> 27% <SEP> CAB49187 <SEP> hypothetical <SEP> 2-acetyl-1-alkylglycerophosph
<tb> ocholine <SEP> esterase; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 126 <SEP> sugE <SEP> 46% <SEP> P30743 <SEP> suge <SEP> protein <SEP> ; <SEP> coli
<tb> 127 <SEP> bit <SEP> 40% <SEP> P39843 <SEP> multidrug <SEP> resistance <SEP> protein <SEP> 2; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 128 <SEP> argG <SEP> 64% <SEP> 034347 <SEP> argininosuccinate <SEP> synthase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 129 <SEP> argH <SEP> 59% <SEP> 034858 <SEP> arginine <SEP> succinate <SEP> lyase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 130 <SEP> pmrB <SEP> 43% <SEP> BAA35851 <SEP> probable <SEP> integral <SEP> membrane <SEP> protein; <SEP> ; <SEP>
<tb> Escherichia <SEP> coli
<tb> 131 <SEP> ybdA <SEP> 35% <SEP> P03039 <SEP> tetracycline <SEP> repressor <SEP> protein <SEP> class <SEP> c;
<tb> Escherichia <SEP> coli
<tb> 132 <SEP> rnpA <SEP> 48% <SEP> BAA82683 <SEP> rnpa <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> sp
<tb> 133 <SEP> ybdC <SEP> 40% <SEP> 032298 <SEP> spoiiij <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 134 <SEP> ybdD <SEP> 31% <SEP> Q9X1H1 <SEP> jag <SEP> protein, <SEP> putative <SEP> ; <SEP> maritima
<tb> 135 <SEP> rpmH <SEP> 77% <SEP> P45647 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 134; <SEP> Coxiella <SEP> burnetii
<tb> 136 <SEP> ybdE <SEP> 36% <SEP> P42972 <SEP> hypothetical <SEP> oxidoreductase <SEP> in <SEP> pbpc-lrpc
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 137 <SEP> ybdG <SEP> 35% <SEP> 028481 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> afl793;
<tb> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 138 <SEP> ybdH <SEP> putative
<tb> 139 <SEP> ybdI <SEP> 31% <SEP> Q48724 <SEP> abortive <SEP> infection <SEP> proteins <SEP> genes, <SEP> complete <SEP> cds;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 140 <SEP> ybdJ <SEP> 33% <SEP> Q48724 <SEP> abortive <SEP> infection <SEP> proteins <SEP> genes, <SEP> complete <SEP> cds;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 141 <SEP> ybdK <SEP> 100% <SEP> Q48710 <SEP> span <SEP> gene <SEP> encoding <SEP> nisin <SEP> and <SEP> insertion <SEP> sequence
<tb> is904; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 142 <SEP> tra904B <SEP> 100% <SEP> CAA55220 <SEP> isl069 <SEP> gène; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 143 <SEP> ybdL <SEP> 99% <SEP> 032786 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 144 <SEP> tral077B <SEP> 97% <SEP> 032787 <SEP> transposase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 145 <SEP> tra904C <SEP> 100% <SEP> CAA55220 <SEP> isl069 <SEP> gène; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 146 <SEP> ybeG <SEP> 100% <SEP> Q48710 <SEP> span <SEP> gene <SEP> encoding <SEP> nisin <SEP> and <SEP> insertion <SEP> sequence
<tb> is904; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 147 <SEP> ybeA <SEP> putative
<tb> 148 <SEP> ybeB <SEP> 53% <SEP> 034634 <SEP> hypothetical <SEP> 15. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> udk-alas
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 149 <SEP> ybeC <SEP> 46% <SEP> 034828 <SEP> yrzb <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 150 <SEP> ybeH <SEP> 17% <SEP> AAF10767 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 151 <SEP> cbr <SEP> 28% <SEP> P48758 <SEP> carbonyl <SEP> reductase <SEP> [nadph]; <SEP> Mus <SEP> musculus
<tb> 152 <SEP> ybeI <SEP> putative
<tb> 153 <SEP> ybeE <SEP> 32% <SEP> CAB53277 <SEP> putative <SEP> oxidoreductase; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 154 <SEP> ybeD <SEP> 43% <SEP> 067157 <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> ; <SEP> aeolicus
<tb> 155 <SEP> glgB <SEP> 47% <SEP> P30924 <SEP> 1,4-alpha-glucan <SEP> branching <SEP> enzyme <SEP> ;
<tb> tuberosum
<tb> 156 <SEP> ybeM <SEP> putative
<tb> 157 <SEP> ybeF <SEP> 21% <SEP> Q9X3M7 <SEP> fibronectin-binding <SEP> protein <SEP> i <SEP> ;
<tb> pyogenes
<tb> 158 <SEP> tgt <SEP> 71% <SEP> 032053 <SEP> queuine <SEP> trna-ribosyltransferase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 159 <SEP> ybfA <SEP> 29% <SEP> Q06073 <SEP> hypothetical <SEP> 25. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> cytochrome
<tb> p450meg <SEP> gene <SEP> 5'région; <SEP> Bacillus <SEP> megaterium
<tb> 160 <SEP> ybfD <SEP> 30% <SEP> P94577 <SEP> hypothetical <SEP> 43. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 161 <SEP> ybfE <SEP> 47% <SEP> Q45065 <SEP> ynet; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 162 <SEP> ybfB <SEP> 25% <SEP> 033735 <SEP> streptodornase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 163 <SEP> ybfC <SEP> putative
<tb> 164 <SEP> ybgA <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 165 <SEP> ybgB <SEP> putative
<tb> 166 <SEP> aspC <SEP> 63% <SEP> P71348 <SEP> probable <SEP> aminotransferase <SEP> hi0286; <SEP> Haemophilus
<tb> influenzae
<tb> 167 <SEP> codY <SEP> 48% <SEP> P39779 <SEP> cody <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 168 <SEP> gatC <SEP> 45% <SEP> 006492 <SEP> glutamyl-trna <SEP> amidotransferase <SEP> subunit <SEP> c;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 169 <SEP> gatA <SEP> 58% <SEP> 006491 <SEP> glutamyl-trna <SEP> amidotransferase <SEP> subunit <SEP> a;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 170 <SEP> ybgD <SEP> 43% <SEP> Q9ZHC2 <SEP> mutt <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 171 <SEP> gatB <SEP> 62% <SEP> Q45486 <SEP> petll2-like <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 172 <SEP> ybgE <SEP> 28% <SEP> AAF09821 <SEP> 6-aminohexanoate-cyclic-dimer <SEP> hydrolase;
<tb> Deinococcus <SEP> radiodurans
<tb> 173 <SEP> dinF <SEP> 34% <SEP> 033729 <SEP> dinf <SEP> protein <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 174 <SEP> cspE <SEP> 98% <SEP> Q9ZAG9 <SEP> cold <SEP> shock <SEP> protein <SEP> e <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 175 <SEP> ybhA <SEP> 41% <SEP> 066124 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 176 <SEP> ybhB <SEP> 32% <SEP> 059166 <SEP> 197aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> horikoshii
<tb> 177 <SEP> ybhC <SEP> putative
<tb> 178 <SEP> ybhD <SEP> putative
<tb> 179 <SEP> ybhE <SEP> 40% <SEP> 050983 <SEP> outer <SEP> surface <SEP> protein, <SEP> putative <SEP> ;
<tb> burgdorferi
<tb> 180 <SEP> celB <SEP> 30% <SEP> P17334 <SEP> pts <SEP> system, <SEP> cellobiose-specific <SEP> iic <SEP> component;
<tb> Escherichia <SEP> coli
<tb> 181 <SEP> bglS <SEP> 59% <SEP> P42403 <SEP> probable <SEP> beta-glucosidase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 182 <SEP> dut <SEP> 52% <SEP> Q38106 <SEP> dutpase <SEP> ; <SEP> Bacteriophagerlt
<tb> 183 <SEP> ybiB <SEP> 33% <SEP> 032133 <SEP> yund <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 184 <SEP> ybiC <SEP> 53% <SEP> 032127 <SEP> yutd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 185 <SEP> ybiD <SEP> 54% <SEP> 034617 <SEP> hypothetical <SEP> 41. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> fmt-spovm
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 186 <SEP> ybiE <SEP> 32% <SEP> Q50261 <SEP> this <SEP> orf <SEP> is <SEP> homologous <SEP> to <SEP> nitroreductase <SEP> from
<tb> enterobacter <SEP> cloacae <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 187 <SEP> preA <SEP> 30% <SEP> P31114 <SEP> probable <SEP> heptaprenyl <SEP> diphosphate <SEP> synthase
<tb> component <SEP> ii <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 188 <SEP> ybiG <SEP> 21% <SEP> P39582 <SEP> probable <SEP> 1,4-dihydroxy-2-naphthoate
<tb> octaprenyltransferase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 189 <SEP> ybiH <SEP> 46% <SEP> P71468 <SEP> plni; <SEP> Lactobacillus <SEP> plantarum
<tb> 190 <SEP> ybiI <SEP> putative
<tb> 191 <SEP> ybiJ <SEP> putative
<tb> 192 <SEP> ybiK <SEP> putative
<tb> 193 <SEP> feoB <SEP> 36% <SEP> 027414 <SEP> ferrous <SEP> iron <SEP> transport <SEP> protein <SEP> b;
<tb> Methanobacterium <SEP> thermoautotrophicum
<tb> 194 <SEP> feoA <SEP> 42% <SEP> 027415 <SEP> hypothetical <SEP> 8. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> thermoautotrophicum
<tb> 195 <SEP> ybjA <SEP> 65% <SEP> Q9XB39 <SEP> csrl4 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Enterococcus <SEP> faecalis
<tb> 196 <SEP> ybjj <SEP> 43% <SEP> 034751 <SEP> ylov <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 197 <SEP> ybjK <SEP> 41% <SEP> 034318 <SEP> ylou <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 198 <SEP> rpmB <SEP> 56% <SEP> P37807 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 128 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 199 <SEP> ybjB <SEP> putative
<tb> 200 <SEP> rmlA <SEP> 90% <SEP> 054574 <SEP> glucose-1-phosphate <SEP> thymidyl <SEP> transferase;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 201 <SEP> ybjD <SEP> putative
<tb> 202 <SEP> cpsM <SEP> 88% <SEP> P97005 <SEP> dtdp-4-keto-6-deoxyglucose-3,5-epimerase;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 203 <SEP> ybjF <SEP> putative
<tb> 204 <SEP> rmlB <SEP> 75% <SEP> AAC78676 <SEP> dtdp-glucose-4,6-dehydratase <SEP> cpsl9an <SEP> ;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 205 <SEP> rmlC <SEP> 72% <SEP> AAC78677 <SEP> dtdp-1-rhamnose <SEP> synthase <SEP> cpsl9ao; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 206 <SEP> rgpA <SEP> 54% <SEP> 082873 <SEP> rgpac <SEP> protein <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 207 <SEP> rgpB <SEP> 53% <SEP> 082874 <SEP> rhamnosyltransferase; <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 208 <SEP> rgpC <SEP> 46% <SEP> 082875 <SEP> abc-transporter; <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb>

<tb>
<tb> 209 <SEP> rgpD <SEP> 70% <SEP> 082876 <SEP> abc-transporter <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 210 <SEP> ycaF <SEP> putative
<tb> 211 <SEP> ycaG <SEP> putative
<tb> 212 <SEP> rgpE <SEP> 34% <SEP> 006035 <SEP> epsg <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 213 <SEP> rgpF <SEP> 52% <SEP> 082878 <SEP> rgpfc <SEP> protein <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 214 <SEP> ycbA <SEP> 23% <SEP> 005375 <SEP> unnamed <SEP> protein <SEP> product <SEP> ;
<tb> actinomycetemcomitans
<tb> 215 <SEP> ycbB <SEP> 52% <SEP> 088085 <SEP> putative <SEP> glycosyl <SEP> transferase; <SEP> Enterococcus
<tb> faecalis
<tb> 216 <SEP> ycbC <SEP> putative
<tb> 217 <SEP> ycbD <SEP> 40% <SEP> CAB49227 <SEP> udp-glucose <SEP> 4-epimerase; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 218 <SEP> ycbK <SEP> 18% <SEP> 032273 <SEP> tuab <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 219 <SEP> ycbF <SEP> 25% <SEP> Q08918 <SEP> chromosome <SEP> xvi <SEP> reading <SEP> frame <SEP> orf <SEP> ypll75w;
<tb> Saccharomyces <SEP> cerevisiae
<tb> 220 <SEP> ycbG <SEP> 32% <SEP> Q9X4D4 <SEP> licdl; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 221 <SEP> ycbH <SEP> 34% <SEP> 085000 <SEP> galactosyl <SEP> transferase <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 222 <SEP> ycbI <SEP> 30% <SEP> Q57022 <SEP> putative <SEP> glycosyl <SEP> transferase <SEP> hi0868;
<tb> Haemophilus <SEP> influenzae
<tb> 223 <SEP> ycbJ <SEP> 30% <SEP> P37965 <SEP> glycerophosphoryl <SEP> diester <SEP> phosphodiesterase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 224 <SEP> tagDl <SEP> 55% <SEP> 005155 <SEP> tagd <SEP> ; <SEP> aureus
<tb> 225 <SEP> yccB <SEP> 40% <SEP> 066077 <SEP> putative <SEP> extracellular <SEP> protein <SEP> exp3 <SEP> precursor;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 226 <SEP> guaB <SEP> 83% <SEP> P50099 <SEP> inosine-5'-monophosphate <SEP> dehydrogenase <SEP> ;
<tb> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 227 <SEP> yqeL <SEP> 51% <SEP> P54453 <SEP> hypothetical <SEP> 41. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> nucb-arod
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 228 <SEP> yccE <SEP> putative
<tb> 229 <SEP> hflX <SEP> 54% <SEP> P94478 <SEP> ynba <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 230 <SEP> yccF <SEP> 44% <SEP> P54454 <SEP> hypothetical <SEP> 10. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> arod-comer
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 231 <SEP> yccG <SEP> 34% <SEP> P54455 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> arod-comer
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 232 <SEP> yccH <SEP> 37% <SEP> P54456 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> arod-comer
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 233 <SEP> yccI <SEP> 29% <SEP> P16691 <SEP> phno <SEP> protein <SEP> ; <SEP> coli
<tb> 234 <SEP> yccJ <SEP> 41% <SEP> P54457 <SEP> hypothetical <SEP> 13. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> arod-comer
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 235 <SEP> yccK <SEP> 40% <SEP> P54458 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> arod-comer
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 236 <SEP> yccL <SEP> 41% <SEP> Q58361 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mj0951; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 237 <SEP> ycdA <SEP> putative
<tb> 238 <SEP> ycdB <SEP> 94% <SEP> P76351 <SEP> hypothetical <SEP> 25. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> amn-cbl
<tb> intergenic <SEP> regiion <SEP> ; <SEP> coli
<tb> 239 <SEP> ycdC <SEP> putative
<tb> 240 <SEP> ung <SEP> 54% <SEP> Q9XDS8 <SEP> uracil <SEP> dna <SEP> glycosylase <SEP> ;
<tb> agalactiae
<tb> 241 <SEP> ycdE <SEP> putative
<tb> 242 <SEP> ycdG <SEP> putative
<tb> 243 <SEP> ycdF <SEP> 36% <SEP> CAB58281 <SEP> putative <SEP> tetr <SEP> family <SEP> transcriptional <SEP> regulator;
<tb> Streptomyces <SEP> coelicolor
<tb> 244 <SEP> ycdH <SEP> 27% <SEP> 032182 <SEP> yusp <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 245 <SEP> ycdI <SEP> 38% <SEP> P44617 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> hi0293;
<tb> Haemophilus <SEP> influenzae
<tb> 246 <SEP> rpsU <SEP> 83% <SEP> BAA82793 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> s21; <SEP> Listeria
<tb> monocytogenes
<tb> 247 <SEP> ycdJ <SEP> putative
<tb> 248 <SEP> yceA <SEP> putative
<tb> 249 <SEP> yceB <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 250 <SEP> yceC <SEP> putative
<tb> 251 <SEP> yceD <SEP> putative
<tb> 252 <SEP> yceE <SEP> 29% <SEP> Q9WZB9 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> maritima
<tb> 253 <SEP> pgk <SEP> 57% <SEP> Q9Z5C4 <SEP> phosphoglycerate <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> aureus
<tb> 254 <SEP> dhaK <SEP> 37% <SEP> 004059 <SEP> putative <SEP> 3,4-dihydroxy-2-butanone <SEP> kinase <SEP> ;
<tb> Lycopersicon <SEP> esculentum
<tb> 255 <SEP> yceG <SEP> 41% <SEP> 053054 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> in <SEP> inlc
<tb> 3'region; <SEP> Listeria <SEP> ivanovii
<tb> 256 <SEP> dhaL <SEP> 41% <SEP> P76015 <SEP> hypothetical <SEP> 24.0k <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 257 <SEP> dhaM <SEP> 37% <SEP> P76014 <SEP> orf <SEP> o246#1; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 258 <SEP> yceJ <SEP> 32% <SEP> AAF12590 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> radiodurans
<tb> 259 <SEP> glpF1 <SEP> 47% <SEP> P52281 <SEP> glycerol <SEP> uptake <SEP> facilitator <SEP> protein;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 260 <SEP> pepDA <SEP> 55% <SEP> Q48558 <SEP> dipeptidase <SEP> ; <SEP> Lactobacillus <SEP> helveticus
<tb> 261 <SEP> ycfA <SEP> 45% <SEP> 008306 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> s21; <SEP> Nocardioides <SEP> simplex
<tb> 262 <SEP> ycfB <SEP> 39% <SEP> 029256 <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 263 <SEP> ycfC <SEP> 36% <SEP> 033188 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 264 <SEP> ycfD <SEP> 44% <SEP> P39587 <SEP> hypothetical <SEP> 44. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> epr-galk
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 265 <SEP> fbp <SEP> 52% <SEP> Q45597 <SEP> function <SEP> unknown <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 266 <SEP> ycfF <SEP> 50% <SEP> 030505 <SEP> ytfp <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 267 <SEP> ycfG <SEP> 43% <SEP> P96051 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> fold-pbp2b
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> 268 <SEP> ycfH <SEP> 48% <SEP> Q10845 <SEP> hypothetical <SEP> 18. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> cy39.05c;
<tb> Mycobacterium <SEP> tuberculosis
<tb> 269 <SEP> ycfI <SEP> 34% <SEP> Q11046 <SEP> hypothetical <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> rvl273c; <SEP> Mycobacterium <SEP> tuberculosis
<tb> 270 <SEP> ycgA <SEP> 26% <SEP> Q9WYC4 <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 271 <SEP> ycgB <SEP> 50% <SEP> Q11047 <SEP> hypothetical <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> cy50.10; <SEP> Mycobacterium <SEP> tuberculosis
<tb> 272 <SEP> ycgC <SEP> 30% <SEP> Q9ZL99 <SEP> putative <SEP> ; <SEP> Helicobacterpylori <SEP> j99
<tb> 273 <SEP> ycgD <SEP> 43% <SEP> P46853 <SEP> hypothetical <SEP> oxidoreductase <SEP> in <SEP> gntr-ggt
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 274 <SEP> ycgE <SEP> 47% <SEP> AAF11932 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> radiodurans
<tb> 275 <SEP> ycgF <SEP> putative
<tb> 276 <SEP> ycgG <SEP> 49% <SEP> P22045 <SEP> probable <SEP> reductase <SEP> ; <SEP> major
<tb> 277 <SEP> ycgH <SEP> 31% <SEP> Q9ZF59 <SEP> nicotinamidase/pyrazinamidase <SEP> ;
<tb> smegmatis
<tb> 278 <SEP> ycgI <SEP> 25% <SEP> 053298 <SEP> hypothetical <SEP> 45.8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 279 <SEP> ycgJ <SEP> 90% <SEP> Q48604 <SEP> hypothetical <SEP> 11.3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 280 <SEP> acmA <SEP> 65% <SEP> Q48603 <SEP> n-acetylmuramidase <SEP> precursor <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 281 <SEP> nrdD <SEP> 95% <SEP> Q9ZAX6 <SEP> anaerobic <SEP> ribonucleotide <SEP> reductase <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 282 <SEP> nrdG <SEP> 87% <SEP> Q9ZAX5 <SEP> anaerobic <SEP> ribonucleotide <SEP> reductase <SEP> activator
<tb> protein <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 283 <SEP> ychC <SEP> 45% <SEP> Q9ZAX4 <SEP> hypothetical <SEP> 7.3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 284 <SEP> enoB <SEP> 91% <SEP> 052191 <SEP> enolase <SEP> ; <SEP> thermophilus
<tb> 285 <SEP> ychD <SEP> 57% <SEP> 087533 <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 286 <SEP> ychE <SEP> 53% <SEP> P70970 <SEP> hypothetical <SEP> 30. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 287 <SEP> ychF <SEP> 44% <SEP> P70972 <SEP> ybaf <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 288 <SEP> ychG <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 289 <SEP> ychH <SEP> 43% <SEP> Q9X1K7 <SEP> 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate <SEP> nsuccinyltransferase-related <SEP> protein; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb> 290 <SEP> yciA <SEP> 44% <SEP> 034916 <SEP> ykur <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 291 <SEP> xynD <SEP> 40% <SEP> P04339 <SEP> chitooligosaccharide <SEP> deacetylase; <SEP> Rhizobium
<tb> leguminosarum
<tb> 292 <SEP> rpsD <SEP> 66% <SEP> P21466 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> s4; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 293 <SEP> yciC <SEP> 44% <SEP> Q51152 <SEP> hypothetical <SEP> 83. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> region <SEP> e <SEP> ;
<tb> Neisseria <SEP> meningitidis
<tb> 294 <SEP> yciD <SEP> 42% <SEP> P96628 <SEP> ydck <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 295 <SEP> add <SEP> 31% <SEP> Q9X7T2 <SEP> putative <SEP> adenosine <SEP> deaminase; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 296 <SEP> yciF <SEP> putative
<tb> 297 <SEP> yciG <SEP> putative
<tb> 298 <SEP> yciH <SEP> 60% <SEP> Q45493 <SEP> hypothetical <SEP> 61. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> adec-pdha
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 299 <SEP> ycjA <SEP> 32% <SEP> 031718 <SEP> ykzg <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 300 <SEP> ycjB <SEP> 32% <SEP> 005516 <SEP> h. <SEP> influenzae <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 301 <SEP> ycjC <SEP> 36% <SEP> 005517 <SEP> h. <SEP> influenzae; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 302 <SEP> ycjD <SEP> 37% <SEP> 005517 <SEP> h. <SEP> influenzae; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 303 <SEP> gcp <SEP> 54% <SEP> 005518 <SEP> hypothetical <SEP> 36. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> phob-groes
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 304 <SEP> ycjF <SEP> putative
<tb> 305 <SEP> ycjG <SEP> putative
<tb> 306 <SEP> ycjH <SEP> putative
<tb> 307 <SEP> ycjI <SEP> putative
<tb> 308 <SEP> phnC <SEP> 40% <SEP> 069063 <SEP> atpase <SEP> component <SEP> htxd; <SEP> Pseudomonas <SEP> stutzeri
<tb> 309 <SEP> phnB <SEP> 33% <SEP> 069053 <SEP> ptxc <SEP> ; <SEP> stutzeri
<tb> 310 <SEP> phnE <SEP> 37% <SEP> 069053 <SEP> ptxc; <SEP> Pseudomonas <SEP> stutzeri
<tb> 311 <SEP> ycjM <SEP> 26% <SEP> P44764 <SEP> 2',3'-cyclic-nucleotide <SEP> 2'-phosphodiesterase
<tb> precursor; <SEP> Haemophilus <SEP> influenzae
<tb> 312 <SEP> tpx <SEP> 40% <SEP> P80864 <SEP> probable <SEP> thiol <SEP> peroxidase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 313 <SEP> pepN <SEP> 96% <SEP> P37897 <SEP> aminopeptidase <SEP> n; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 314 <SEP> napC <SEP> 49% <SEP> 032603 <SEP> napc <SEP> protein; <SEP> Enterococcus <SEP> hirae
<tb> 315 <SEP> napB <SEP> 39% <SEP> 032602 <SEP> napb <SEP> protein; <SEP> Enterococcus <SEP> hirae
<tb> 316 <SEP> ydaE <SEP> 43% <SEP> P46348 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> gabp-guaa
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 317 <SEP> ydaF <SEP> 36% <SEP> P39044 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> sl4 <SEP> homolog; <SEP> Bacillus
<tb> sphaericus
<tb> 318 <SEP> ydaG <SEP> 38% <SEP> Q9WYC3 <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 319 <SEP> ydbA <SEP> 58% <SEP> Q9ZIC7 <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> homolog <SEP> z; <SEP> Listeria
<tb> monocytogenes
<tb> 320 <SEP> murAl <SEP> 55% <SEP> P19670 <SEP> probable <SEP> udp-n-acetylglucosamine <SEP> 1carboxyvinyltransferase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 321 <SEP> ydbC <SEP> 46% <SEP> 083371 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> tp0352; <SEP> Treponema <SEP> pallidum
<tb> 322 <SEP> ydbD <SEP> putative
<tb> 323 <SEP> ydbE <SEP> 34% <SEP> 057898 <SEP> 162aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Pyrococcus
<tb> horikoshii
<tb> 324 <SEP> ydbF <SEP> 37% <SEP> P36922 <SEP> ebsc <SEP> protein; <SEP> Enterococcus <SEP> faecalis
<tb> 325 <SEP> ydbH <SEP> 34% <SEP> 032074 <SEP> yuaj <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 326 <SEP> plpA <SEP> 56% <SEP> CAB59827 <SEP> hypothetical <SEP> 32. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 327 <SEP> plpB <SEP> 61% <SEP> CAB59827 <SEP> hypothetical <SEP> 32. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 328 <SEP> plpC <SEP> 89% <SEP> CAB59825 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 329 <SEP> plpD <SEP> 94% <SEP> CAB59827 <SEP> hypothetical <SEP> 32. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 330 <SEP> ydcB <SEP> 95% <SEP> CAB59828 <SEP> hypothetical <SEP> 41. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 331 <SEP> ydcC <SEP> 65% <SEP> CAB59829 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 332 <SEP> ydcD <SEP> 90% <SEP> CAB59830 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 333 <SEP> ydcE <SEP> 37% <SEP> 059479 <SEP> 284aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> cobalt <SEP> transport <SEP> atpbinding <SEP> protein; <SEP> Pyrococcus <SEP> horikoshii
<tb> 334 <SEP> ydcF <SEP> 24% <SEP> Q50292 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mgl81 <SEP> homolog; <SEP> Mycoplasma
<tb> pneumoniae
<tb> 335 <SEP> ydcG <SEP> 50% <SEP> Q57720 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> mj0272;
<tb> Methanococcus <SEP> jannaschii
<tb> 336 <SEP> fhuC <SEP> 43% <SEP> Q9X665 <SEP> fhua; <SEP> Staphylococcus <SEP> aureus
<tb> 337 <SEP> fhuB <SEP> 25% <SEP> P49936 <SEP> ferrichrome <SEP> transport <SEP> permease <SEP> protein <SEP> fhub;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 338 <SEP> fhuG <SEP> 32% <SEP> P49937 <SEP> ferrichrome <SEP> transport <SEP> permease <SEP> protein <SEP> fhug;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 339 <SEP> fhuD <SEP> 32% <SEP> P54941 <SEP> probable <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> binding <SEP> protein <SEP> in <SEP> idhdeor <SEP> intergenic <SEP> region <SEP> precursor; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 340 <SEP> fhuR <SEP> 31% <SEP> CAB36982 <SEP> cpsy <SEP> protein; <SEP> Streptococcus <SEP> agalactiae
<tb> 341 <SEP> yddA <SEP> 45% <SEP> 034367 <SEP> ytbd <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 342 <SEP> yddB <SEP> 54% <SEP> 032210 <SEP> yvgn <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 343 <SEP> yddC <SEP> 61% <SEP> 034533 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> gapb-mutm
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 344 <SEP> yddD <SEP> 50% <SEP> P45871 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> tdk-prfa
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 345 <SEP> pmg <SEP> 86% <SEP> Q9X9S2 <SEP> phosphoglyceromutase; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 346 <SEP> aphC <SEP> 70% <SEP> P80239 <SEP> alkyl <SEP> hydroperoxide <SEP> reductase <SEP> c22 <SEP> protein;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 347 <SEP> ahpF <SEP> 61% <SEP> P42974 <SEP> nadh <SEP> dehydrogenase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 348 <SEP> pbp2B <SEP> 45% <SEP> P10524 <SEP> penicillin-binding <SEP> protein <SEP> 2b; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 349 <SEP> recM <SEP> 78% <SEP> Q9ZHC4 <SEP> recm; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 350 <SEP> ddl <SEP> 63% <SEP> 054631 <SEP> d-ala-d-ala <SEP> ligase; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 351 <SEP> murF <SEP> 59% <SEP> Q9ZHC3 <SEP> d-ala-d-ala <SEP> adding <SEP> enzyme <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 352 <SEP> optS <SEP> 42% <SEP> Q9Z692 <SEP> hyaluronate-associated <SEP> protein <SEP> precursor;
<tb> Streptococcus <SEP> equi
<tb> 353 <SEP> optA <SEP> 45% <SEP> Q9Z692 <SEP> hyaluronate-associated <SEP> protein <SEP> precursor;
<tb> Streptococcus <SEP> equi
<tb> 354 <SEP> optB <SEP> 41% <SEP> 031598 <SEP> oligopeptide <SEP> abc <SEP> transporter; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 355 <SEP> optC <SEP> 39% <SEP> P94895 <SEP> transport <SEP> system <SEP> permease <SEP> homolog; <SEP> Listeria
<tb> monocytogenes
<tb> 356 <SEP> optD <SEP> 62% <SEP> P24136 <SEP> oligopeptide <SEP> transport <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> oppd;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 357 <SEP> optF <SEP> 57% <SEP> 031599 <SEP> oligopeptide <SEP> abc <SEP> transporter; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 358 <SEP> prfC <SEP> 57% <SEP> 086490 <SEP> peptide <SEP> chain <SEP> release <SEP> factor <SEP> 3 <SEP> ;
<tb> aureus
<tb> 359 <SEP> rheA <SEP> 59% <SEP> Q9Z6C9 <SEP> autoaggregation-mediating <SEP> protein;
<tb> Lactobacillus <SEP> reuteri
<tb> 360 <SEP> eraL <SEP> 77% <SEP> Q9XDG9 <SEP> gtpase <SEP> era <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 361 <SEP> asnB <SEP> 38% <SEP> Q61024 <SEP> asparagine <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> musculus
<tb> 362 <SEP> mutM <SEP> 89% <SEP> P42371 <SEP> formamidopyrimidine-dna <SEP> glycosylase <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 363 <SEP> recA <SEP> 93% <SEP> Q01840 <SEP> reca <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 364 <SEP> ydgB <SEP> 39% <SEP> P96704 <SEP> hypothetical <SEP> transport <SEP> protein <SEP> in <SEP> expz-dinb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 365 <SEP> ydgC <SEP> 40% <SEP> 006005 <SEP> amino <SEP> acid <SEP> permease <SEP> aapa <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 366 <SEP> ydgD <SEP> 25% <SEP> 034412 <SEP> ylbf <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 367 <SEP> ydgE <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 368 <SEP> ydgG <SEP> putative
<tb> 369 <SEP> ydgF <SEP> 29% <SEP> 031609 <SEP> yjbk <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 370 <SEP> ydgH <SEP> 32% <SEP> 034535 <SEP> yoat; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 371 <SEP> ydgI <SEP> 53% <SEP> 031611 <SEP> yjbm <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 372 <SEP> ydgJ <SEP> 43% <SEP> 031612 <SEP> yjbn <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 373 <SEP> ydgK <SEP> 42% <SEP> 031613 <SEP> hypothetical <SEP> 31.5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> meca-tena
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 374 <SEP> ppiA <SEP> 39% <SEP> 074942 <SEP> peptidyl <SEP> prolyl <SEP> cis/trans <SEP> isomerase;
<tb> Schizosaccharomyces <SEP> pombe
<tb> 375 <SEP> lysQ <SEP> 47% <SEP> P25737 <SEP> lysine-specific <SEP> permease <SEP> ; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 376 <SEP> ydhB <SEP> 31% <SEP> P31465 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> tnab-bglb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 377 <SEP> ydhC <SEP> 30% <SEP> 083774 <SEP> thiamine <SEP> biosynthesis <SEP> lipoprotein <SEP> apbe
<tb> precursor <SEP> ; <SEP> Treponema <SEP> pallidum
<tb> 378 <SEP> ydhD <SEP> 100% <SEP> Q48713 <SEP> dna <SEP> for <SEP> the <SEP> transposon-like <SEP> element <SEP> on <SEP> the
<tb> lactose <SEP> plasmid <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 379 <SEP> tra904D <SEP> 99% <SEP> CAA55220 <SEP> isl069 <SEP> gène; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 380 <SEP> ydhE <SEP> 99% <SEP> 032786 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 381 <SEP> tral077C <SEP> 98% <SEP> 032787 <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 382 <SEP> lysS <SEP> 65% <SEP> P37477 <SEP> lysyl-trna <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 383 <SEP> rlrG <SEP> 29% <SEP> 067145 <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> ; <SEP> aeolicus
<tb> 384 <SEP> ydhF <SEP> 27% <SEP> P33019 <SEP> hypothetical <SEP> 36. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> lysp-nfo
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 385 <SEP> ldhB <SEP> 53% <SEP> P13714 <SEP> 1-lactate <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 386 <SEP> rlrD <SEP> 29% <SEP> 067145 <SEP> transcriptional <SEP> regulator; <SEP> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 387 <SEP> ydiA <SEP> 23% <SEP> Q58172 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mj0762; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 388 <SEP> ydiB <SEP> 49% <SEP> 034595 <SEP> probable <SEP> thiamine <SEP> biosynthesis <SEP> protein <SEP> thii;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 389 <SEP> ydiC <SEP> 27% <SEP> Q00538 <SEP> methylenomycin <SEP> a <SEP> resistance <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 390 <SEP> ydiD <SEP> 39% <SEP> Q9X4K2 <SEP> nadh <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> stearothermophilus
<tb> 391 <SEP> ydiE <SEP> 56% <SEP> 031790 <SEP> ymad <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 392 <SEP> ydiF <SEP> 29% <SEP> P32703 <SEP> putative <SEP> na/h <SEP> exchanger <SEP> yjce; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 393 <SEP> ydiG <SEP> putative
<tb> 394 <SEP> tyrS <SEP> 53% <SEP> P22326 <SEP> tyrosyl-trna <SEP> synthetase <SEP> 1 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 395 <SEP> pbplB <SEP> 48% <SEP> 070038 <SEP> penicillin-binding <SEP> protein <SEP> 1b; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 396 <SEP> pepA <SEP> 93% <SEP> Q48677 <SEP> glutamyl-aminopeptidase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 397 <SEP> ydjB <SEP> putative
<tb> 398 <SEP> trxH <SEP> 95% <SEP> Q48676 <SEP> pepa <SEP> gène; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 399 <SEP> ydjD <SEP> 45% <SEP> 034943 <SEP> ytpr; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 400 <SEP> noxE <SEP> 51% <SEP> 083891 <SEP> nadh <SEP> oxidase; <SEP> Treponema <SEP> pallidum
<tb> 401 <SEP> ssbA <SEP> 49% <SEP> Q9XJE5 <SEP> putative <SEP> single <SEP> stranded <SEP> binding <SEP> protein;
<tb> Bacteriophage <SEP> tuc2009
<tb> 402 <SEP> groES <SEP> 84% <SEP> P37283 <SEP> 10 <SEP> kd <SEP> chaperonin <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 403 <SEP> groEL <SEP> 94% <SEP> P37282 <SEP> 60 <SEP> kd <SEP> chaperonin <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 404 <SEP> yeaA <SEP> 50% <SEP> Q45611 <SEP> function <SEP> unknown <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 405 <SEP> kinC <SEP> 88% <SEP> 007384 <SEP> histidine <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 406 <SEP> lrrC <SEP> 87% <SEP> 086269 <SEP> arca <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 407 <SEP> yeaB <SEP> 49% <SEP> P37537 <SEP> thymidylate <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 408 <SEP> holB <SEP> 34% <SEP> 067707 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> iii <SEP> gamma <SEP> subunit <SEP> ;
<tb> aeolicus
<tb> 409 <SEP> yeaC <SEP> 37% <SEP> P37541 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> xpac-abrb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 410 <SEP> yeaD <SEP> 29% <SEP> P37542 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> xpac-abrb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 411 <SEP> yeaE <SEP> 48% <SEP> P37544 <SEP> hypothetical <SEP> 33. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> xpac-abrb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 412 <SEP> yeaF <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 413 <SEP> yeaG <SEP> 32% <SEP> 059291 <SEP> 335aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> horikoshii
<tb> 414 <SEP> yeaH <SEP> 28% <SEP> P32377 <SEP> diphosphomevalonate <SEP> decarboxylase <SEP> ;
<tb> cerevisiae
<tb> 415 <SEP> yebA <SEP> 26% <SEP> 027995 <SEP> mevalonate <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> fulgidus
<tb> 416 <SEP> yebB <SEP> 84% <SEP> Q48601 <SEP> hypothetical <SEP> 15. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 417 <SEP> sodA <SEP> 92% <SEP> P50911 <SEP> superoxide <SEP> dismutase <SEP> [mn]; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 418 <SEP> cstA <SEP> 47% <SEP> P95095 <SEP> carbon <SEP> starvation <SEP> protein <SEP> a <SEP> homolog;
<tb> Mycobacterium <SEP> tuberculosis
<tb> 419 <SEP> rheB <SEP> 48% <SEP> P54475 <SEP> probable <SEP> rna <SEP> helicase <SEP> in <SEP> ccca-soda <SEP> intergenic
<tb> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 420 <SEP> yebE <SEP> 32% <SEP> 007474 <SEP> gdmh <SEP> ; <SEP> Staphylococcus <SEP> gallinarum
<tb> 421 <SEP> yebF <SEP> 29% <SEP> Q9XOV5 <SEP> transcriptional <SEP> regulator, <SEP> rpir <SEP> family;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 422 <SEP> ptcB <SEP> 52% <SEP> P46318 <SEP> pts <SEP> system, <SEP> cellobiose-specific <SEP> iib <SEP> component;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 423 <SEP> ptcA <SEP> 43% <SEP> P46319 <SEP> pts <SEP> system, <SEP> cellobiose-specific <SEP> iia <SEP> component
<tb> (eiii-c. <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 424 <SEP> yecA <SEP> 25% <SEP> Q9ZB19 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 425 <SEP> ptcC <SEP> 34% <SEP> P39584 <SEP> hypothetical <SEP> 47.6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> epr-galk
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 426 <SEP> bglA <SEP> 63% <SEP> P42973 <SEP> 6-phospho-beta-glucosidase <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 427 <SEP> yecD <SEP> putative
<tb> 428 <SEP> ligA <SEP> 52% <SEP> 031498 <SEP> yerg <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 429 <SEP> yecE <SEP> 50% <SEP> 031502 <SEP> yerq <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 430 <SEP> msmK <SEP> 73% <SEP> Q00752 <SEP> multiple <SEP> sugar-binding <SEP> transport <SEP> atp-binding
<tb> protein <SEP> msmk <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 431 <SEP> nifj <SEP> 55% <SEP> Q9X716 <SEP> pyruvate <SEP> ferredoxin <SEP> oxidoreductase <SEP> ;
<tb> pasteurianum
<tb> 432 <SEP> yedA <SEP> 48% <SEP> P47351 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mgl05; <SEP> Mycoplasma
<tb> genitalium
<tb> 433 <SEP> yedB <SEP> 28% <SEP> Q9ZAI5 <SEP> hypothetical <SEP> 34. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> aureus
<tb> 434 <SEP> femD <SEP> 59% <SEP> 034824 <SEP> ybbt <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 435 <SEP> rgrA <SEP> 40% <SEP> P39796 <SEP> trehalose <SEP> operon <SEP> transcriptional <SEP> repressor;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 436 <SEP> yedE <SEP> 43% <SEP> P12655 <SEP> pts <SEP> system, <SEP> sucrose-specific <SEP> iiabc <SEP> component <SEP> (e.
<tb>

Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 437 <SEP> yedF <SEP> 90% <SEP> Q9ZAG2 <SEP> hypothetical <SEP> 35. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 438 <SEP> yeeA <SEP> 99% <SEP> Q9ZAGO <SEP> hypothetical <SEP> 87.3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 439 <SEP> pgmB <SEP> 99% <SEP> P71447 <SEP> beta-phosphoglucomutase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 440 <SEP> yeeB <SEP> 27% <SEP> P26223 <SEP> endo-1,4-beta-xylanase <SEP> b; <SEP> Butyrivibrio
<tb> fibrisolvens
<tb> 441 <SEP> yeeC <SEP> putative
<tb> 442 <SEP> yeeD <SEP> putative
<tb> 443 <SEP> yeeE <SEP> 43% <SEP> 005515 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> phob-groes
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 444 <SEP> yeeF <SEP> 31% <SEP> Q9WZ46 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> maritima
<tb> 445 <SEP> yeeG <SEP> 27% <SEP> P96499 <SEP> putative <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 446 <SEP> pi101 <SEP> 39% <SEP> Q38325 <SEP> integrase <SEP> ; <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 447 <SEP> pil02 <SEP> 66% <SEP> Q38183 <SEP> orf <SEP> 3 <SEP> ; <SEP> Bacteriophagetp901-l
<tb> 448 <SEP> pil03 <SEP> 97% <SEP> Q38089 <SEP> repressor <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacteriophagerlt
<tb> 449 <SEP> pil04 <SEP> 94% <SEP> Q38328 <SEP> cro <SEP> repressor <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis <SEP> phage
<tb> bk5-t
<tb> 450 <SEP> pil05 <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 451 <SEP> pil06 <SEP> putative
<tb> 452 <SEP> pil07 <SEP> 100% <SEP> Q38090 <SEP> integrase, <SEP> repressor <SEP> protein <SEP> , <SEP> dutpase, <SEP> holin
<tb> and <SEP> lysin <SEP> genes, <SEP> complete <SEP> cds <SEP> ; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb> 453 <SEP> pil08 <SEP> 40% <SEP> P44189 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> hil418; <SEP> Haemophilus
<tb> influenzae
<tb> 454 <SEP> pil09 <SEP> 75% <SEP> Q38092 <SEP> orf6 <SEP> ; <SEP> Bacteriophagerlt
<tb> 455 <SEP> pillO <SEP> 96% <SEP> Q38094 <SEP> orf8 <SEP> ; <SEP> Bacteriophagerlt
<tb> 456 <SEP> pilll <SEP> 45% <SEP> CAB53838 <SEP> putative <SEP> recombinase <SEP> ; <SEP> Bacteriophageall8
<tb> 457 <SEP> pill2 <SEP> putative
<tb> 458 <SEP> pill3 <SEP> 52% <SEP> Q9XJE6 <SEP> putative <SEP> replisome <SEP> organiser <SEP> protein;
<tb> Bacteriophage <SEP> tuc2009
<tb> 459 <SEP> pill4 <SEP> 36% <SEP> 003914 <SEP> zinc <SEP> finger <SEP> protein <SEP> ; <SEP> phigle
<tb> 460 <SEP> pill5 <SEP> putative
<tb> 461 <SEP> pill6 <SEP> 43% <SEP> Q9XJF1 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuc2009
<tb> 462 <SEP> pill7 <SEP> putative
<tb> 463 <SEP> pill8 <SEP> putative
<tb> 464 <SEP> pill9 <SEP> 72% <SEP> Q9XJF3 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuc2009
<tb> 465 <SEP> pil20 <SEP> 97% <SEP> Q38106 <SEP> dutpase <SEP> ; <SEP> Bacteriophagerlt
<tb> 466 <SEP> pil21 <SEP> putative
<tb> 467 <SEP> pil22 <SEP> putative
<tb> 468 <SEP> pil23 <SEP> putative
<tb> 469 <SEP> pil24 <SEP> putative
<tb> 470 <SEP> pil25 <SEP> putative
<tb> 471 <SEP> pil26 <SEP> 85% <SEP> 053058 <SEP> hypothetical <SEP> 11. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 472 <SEP> pil27 <SEP> 41% <SEP> 034051 <SEP> orf20 <SEP> ; <SEP> thermophilus
<tb> 473 <SEP> pil28 <SEP> 32% <SEP> 053058 <SEP> hypothetical <SEP> 11. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 474 <SEP> pil29 <SEP> 40% <SEP> Q05277 <SEP> gene <SEP> 64 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> 15
<tb> 475 <SEP> pil30 <SEP> putative
<tb> 476 <SEP> pil31 <SEP> 68% <SEP> 053060 <SEP> hypothetical <SEP> 16. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 477 <SEP> pil32 <SEP> putative
<tb> 478 <SEP> pil33 <SEP> 45% <SEP> Q9XJ95 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> dtl
<tb> 479 <SEP> pil34 <SEP> 37% <SEP> Q9XJ75 <SEP> orf623 <SEP> gp <SEP> ; <SEP> thermophilus
<tb> bacteriophage <SEP> sfi21
<tb> 480 <SEP> pil35 <SEP> 31% <SEP> CAB52519 <SEP> hypothetical <SEP> 43. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> bacteriophage <SEP> phi <SEP> adh
<tb> 481 <SEP> pil36 <SEP> 36% <SEP> Q9ZXF7 <SEP> orf26 <SEP> ; <SEP> Bacteriophagephi-105
<tb> 482 <SEP> pil37 <SEP> 24% <SEP> 080046 <SEP> capsid <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacteriophage <SEP> phi <SEP> pvl
<tb> 483 <SEP> pil38 <SEP> putative
<tb> 484 <SEP> pil39 <SEP> 33% <SEP> 064288 <SEP> hypothetical <SEP> 13. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> sfil9
<tb> 485 <SEP> pil40 <SEP> 42% <SEP> Q38219 <SEP> orfa <SEP> ; <SEP> 110
<tb> 486 <SEP> pil41 <SEP> 31% <SEP> Q38220 <SEP> orfi <SEP> ; <SEP> 110
<tb> 487 <SEP> pil42 <SEP> 46% <SEP> 036159 <SEP> small <SEP> major <SEP> structural <SEP> protein <SEP> ;
<tb> phage <SEP> phi7201
<tb> 488 <SEP> pil43 <SEP> putative
<tb> 489 <SEP> pil44 <SEP> 40% <SEP> P45931 <SEP> hypothetical <SEP> 171. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> spoiiic-cwla
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 490 <SEP> pil45 <SEP> 38% <SEP> Q38318 <SEP> orf'410 <SEP> ; <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 491 <SEP> pil46 <SEP> 51% <SEP> Q38319 <SEP> orfl904; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 492 <SEP> pil47 <SEP> putative
<tb> 493 <SEP> pil48 <SEP> 98% <SEP> Q38322 <SEP> orf95 <SEP> ; <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 494 <SEP> pil49 <SEP> 97% <SEP> Q38323 <SEP> orf259 <SEP> ; <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 495 <SEP> yeiD <SEP> putative
<tb> 496 <SEP> truA <SEP> 43% <SEP> Q9Z9JO <SEP> trua <SEP> protein <SEP> ; <SEP> sp
<tb>

<tb>
<tb> 497 <SEP> thiD2 <SEP> 37% <SEP> 023128 <SEP> probable <SEP> thiamin <SEP> biosynthetic <SEP> enzyme;
<tb> Arabidopsis <SEP> thaliana
<tb> 498 <SEP> yeiE <SEP> 33% <SEP> P20298 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> gapdh <SEP> 3'region;
<tb> Pyrococcus <SEP> woesei
<tb> 499 <SEP> yeiF <SEP> 44% <SEP> P39157 <SEP> hypothetical <SEP> 19.4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> spoiir-glyc
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 500 <SEP> yeiG <SEP> 35% <SEP> Q59569 <SEP> aspartate <SEP> aminotransferase; <SEP> Methanobacterium
<tb> thermoformicicum
<tb> 501 <SEP> pyrG <SEP> 94% <SEP> 087761 <SEP> ctp <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 502 <SEP> hicD <SEP> 38% <SEP> P14295 <SEP> 1-2-hydroxyisocaproate <SEP> dehydrogenase <SEP> ;
<tb> Lactobacillus <SEP> confusus
<tb> 503 <SEP> yejC <SEP> 36% <SEP> 086314 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Mycobacterium
<tb> tuberculosis
<tb> 504 <SEP> yejD <SEP> 27% <SEP> G1017854 <SEP> nucleoside <SEP> 2-deoxyribosyltransferase=ntd <SEP> product
<tb> [ec <SEP> 2.4.2.6}; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 505 <SEP> yejE <SEP> 29% <SEP> 006986 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 506 <SEP> dgk <SEP> 62% <SEP> Q59484 <SEP> bifunctional <SEP> deoxy-adenosine/guanosine <SEP> kinase
<tb> subunit <SEP> 2 <SEP> [includes: <SEP> deoxyguanosine <SEP> kinase <SEP> ; <SEP>
<tb> deoxyadenosine <SEP> kinase <SEP> ]; <SEP> Lactobacillus
<tb> acidophilus
<tb> 507 <SEP> dnaE <SEP> 33% <SEP> 034623 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> iii, <SEP> alpha <SEP> chain; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 508 <SEP> hly <SEP> 38% <SEP> P54176 <SEP> hemolysin <SEP> iii; <SEP> Bacillus <SEP> cereus
<tb> 509 <SEP> yejH <SEP> 39% <SEP> Q53667 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Staphylococcus
<tb> aureus
<tb> 510 <SEP> yejI <SEP> 44% <SEP> P96043 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> thermophilus
<tb> 511 <SEP> yejJ <SEP> 31% <SEP> 082840 <SEP> beta-n-acetylglucosaminidase <SEP> precursor;
<tb> Streptomyces <SEP> thermoviolaceus
<tb> 512 <SEP> yfaA <SEP> 34% <SEP> P54179 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> ilva <SEP> 3'region;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 513 <SEP> hslA <SEP> 78% <SEP> Q9XB20 <SEP> histone-like <SEP> dna-binding <SEP> protein <SEP> ;
<tb> gordonii
<tb> 514 <SEP> ps201 <SEP> 33% <SEP> 054477 <SEP> integrase <SEP> ; <SEP> Staphylococcus <SEP> aureus
<tb> 515 <SEP> ps202 <SEP> putative
<tb> 516 <SEP> ps203 <SEP> putative
<tb> 517 <SEP> ps204 <SEP> 36% <SEP> AAF12709 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tpw22
<tb> 518 <SEP> ps205 <SEP> 53% <SEP> AAF12710 <SEP> repressor <SEP> protein <SEP> ; <SEP> tpw22
<tb> 519 <SEP> ps206 <SEP> 40% <SEP> CAB52490 <SEP> hypothetical <SEP> 7. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> bacteriophage <SEP> phi <SEP> adh
<tb> 520 <SEP> ps207 <SEP> 50% <SEP> Q54879 <SEP> excisionase <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 521 <SEP> ps208 <SEP> putative
<tb> 522 <SEP> ps209 <SEP> putative
<tb> 523 <SEP> ps210 <SEP> putative
<tb> 524 <SEP> ps211 <SEP> putative
<tb> 525 <SEP> ps212 <SEP> putative
<tb> 526 <SEP> ps213 <SEP> putative
<tb> 527 <SEP> ps214 <SEP> putative
<tb> 528 <SEP> ps215 <SEP> 32% <SEP> 054471 <SEP> orfll; <SEP> Staphylococcus <SEP> aureus
<tb> 529 <SEP> ps216 <SEP> putative
<tb> 530 <SEP> yfbB <SEP> putative
<tb> 531 <SEP> ps218 <SEP> putative
<tb> 532 <SEP> ps219 <SEP> 37% <SEP> Q9ZXB1 <SEP> gp35 <SEP> ; <SEP> Bacteriophage <SEP> phi-c31
<tb> 533 <SEP> ps220 <SEP> putative
<tb> 534 <SEP> ps221 <SEP> putative
<tb> 535 <SEP> yfbG <SEP> putative
<tb> 536 <SEP> yfbH <SEP> putative
<tb> 537 <SEP> yfbI <SEP> putative
<tb> 538 <SEP> yfbJ <SEP> putative
<tb> 539 <SEP> yfbK <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 540 <SEP> cspD <SEP> 93% <SEP> Q9ZAHO <SEP> cold <SEP> shock <SEP> protein <SEP> d; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 541 <SEP> yfbM <SEP> 29% <SEP> 032075 <SEP> yuai <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 542 <SEP> ogt <SEP> 48% <SEP> Q9ZBT7 <SEP> putative <SEP> methylated-dna-protein-cysteine
<tb> methyltransferase <SEP> ; <SEP> Streptomyces <SEP> coelicolor
<tb> 543 <SEP> adaA <SEP> 42% <SEP> P19219 <SEP> methylphosphotriester-dna <SEP> alkyltransferase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 544 <SEP> yfcA <SEP> 37% <SEP> P08720 <SEP> nodulation <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> i; <SEP> Rhizobium
<tb> leguminosarum
<tb> 545 <SEP> yfcB <SEP> putative
<tb> 546 <SEP> yfcC <SEP> 27% <SEP> Q9WWI2 <SEP> alginate <SEP> biosynthesis <SEP> regulatory <SEP> protein;
<tb> Pseudomonas <SEP> syringae
<tb> 547 <SEP> yfcD <SEP> putative
<tb> 548 <SEP> yfcE <SEP> 53% <SEP> P31672 <SEP> nifs <SEP> protein <SEP> homolog <SEP> ; <SEP> delbrueckii
<tb> 549 <SEP> yfcF <SEP> 38% <SEP> 006969 <SEP> hypothetical <SEP> 51. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 550 <SEP> yfcG <SEP> 93% <SEP> CAB61245 <SEP> lipoprotein <SEP> precursor <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 551 <SEP> cysM <SEP> 66% <SEP> BAA88310 <SEP> o-acetylserine <SEP> lyase; <SEP> Streptococcus <SEP> suis
<tb> 552 <SEP> yfcH <SEP> 35% <SEP> P37710 <SEP> autolysin <SEP> ; <SEP> faecalis
<tb> 553 <SEP> yfcI <SEP> 45% <SEP> P54501 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> soda-comga
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 554 <SEP> ponA <SEP> 53% <SEP> Q00573 <SEP> penicillin-binding <SEP> protein <SEP> la <SEP> ;
<tb> oralis
<tb> 555 <SEP> yfdA <SEP> 72% <SEP> Q00579 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> pona <SEP> 5'region;
<tb> Streptococcus <SEP> oralis
<tb> 556 <SEP> yfdB <SEP> 40% <SEP> P50838 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> cotd-kdud
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 557 <SEP> yfdC <SEP> 57% <SEP> 031602 <SEP> yjbd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 558 <SEP> yfdD <SEP> 44% <SEP> Q45497 <SEP> hypothetical <SEP> 10. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 559 <SEP> yfdE <SEP> 37% <SEP> Q45499 <SEP> extragenic <SEP> suppressor <SEP> protein <SEP> suhb <SEP> homolog;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 560 <SEP> murA2 <SEP> 55% <SEP> P70965 <SEP> udp-n-acetylglucosamine <SEP> 1carboxyvinyltransferase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 561 <SEP> yfdG <SEP> putative
<tb> 562 <SEP> tig <SEP> 63% <SEP> 085730 <SEP> ropa <SEP> ; <SEP> pyogenes
<tb> 563 <SEP> dnaG <SEP> 96% <SEP> Q04505 <SEP> dna <SEP> primase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 564 <SEP> rpoD <SEP> 96% <SEP> Q04506 <SEP> rna <SEP> polymerase <SEP> sigma <SEP> factor <SEP> rpod <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 565 <SEP> yfeA <SEP> 35% <SEP> Q9ZB19 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 566 <SEP> glpT <SEP> 91% <SEP> Q48705 <SEP> hexose <SEP> phosphate <SEP> transport; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 567 <SEP> yffA <SEP> putative
<tb> 568 <SEP> clpE <SEP> 94% <SEP> AAD01782 <SEP> clpe <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 569 <SEP> yffB <SEP> 96% <SEP> Q48660 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> clpa-gap
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 570 <SEP> gapA <SEP> 97% <SEP> P52987 <SEP> glyceraldehyde <SEP> 3-phosphate <SEP> dehydrogenase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 571 <SEP> def <SEP> 99% <SEP> Q48661 <SEP> orf211; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 572 <SEP> yffD <SEP> 45% <SEP> Q9ZJZ8 <SEP> putative <SEP> dgtp <SEP> pyrophosphohydrolase;
<tb> Helicobacter <SEP> pylori <SEP> j99
<tb> 573 <SEP> uvrB <SEP> 80% <SEP> Q54986 <SEP> excinuclease <SEP> abc <SEP> subunit <SEP> b; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 574 <SEP> gltS <SEP> 39% <SEP> P54535 <SEP> probable <SEP> amino-acid <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> binding
<tb> protein <SEP> in <SEP> bmru-ansr <SEP> intergenic <SEP> region
<tb> precursor <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 575 <SEP> argE <SEP> 25% <SEP> Q9ZEYO <SEP> succinyl-diaminopimelate <SEP> desuccinylase;
<tb> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 576 <SEP> fabZl <SEP> 48% <SEP> P94584 <SEP> similar <SEP> to <SEP> hydroxymyristoyl- <SEP> dehydratase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 577 <SEP> fabI <SEP> 44% <SEP> 031621 <SEP> yjbw <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 578 <SEP> yfgC <SEP> 31% <SEP> AAD45617 <SEP> la a; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 579 <SEP> yfgE <SEP> 36% <SEP> AAD45618 <SEP> lacf; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 580 <SEP> yfgF <SEP> 28% <SEP> AAD45621 <SEP> lacg <SEP> ; <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 581 <SEP> yfgG <SEP> 39% <SEP> AAF03934 <SEP> membrane <SEP> protein <SEP> homolog <SEP> ; <SEP> monocytogenes
<tb> 582 <SEP> yfgH <SEP> 25% <SEP> Q9Z2M7 <SEP> phosphomannomutase <SEP> ; <SEP> musculus
<tb> 583 <SEP> yfgL <SEP> 30% <SEP> Q44655 <SEP> membrane <SEP> protein <SEP> ; <SEP> acidopullulyticus
<tb> 584 <SEP> dfpA <SEP> 64% <SEP> Q54433 <SEP> dna/pantothenate <SEP> metabolism <SEP> flavoprotein
<tb> homolog <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 585 <SEP> dfpB <SEP> 28% <SEP> 027284 <SEP> pantothenate <SEP> metabolism <SEP> flavoprotein;
<tb> Methanobacterium <SEP> thermoautotrophicum
<tb> 586 <SEP> xylH <SEP> 35% <SEP> Q9ZI54 <SEP> 4-oxalocrotonate <SEP> isomerase <SEP> ; <SEP> stutzeri
<tb> 587 <SEP> yfgQ <SEP> 35% <SEP> Q9Z4W5 <SEP> putative <SEP> integral <SEP> membrane <SEP> atpase <SEP> ;
<tb> coelicolor
<tb> 588 <SEP> yfhA <SEP> 39% <SEP> P09163 <SEP> hypothetical <SEP> 16. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> rrfe-meta
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 589 <SEP> yfhB <SEP> 35% <SEP> 007859 <SEP> putative <SEP> membrane <SEP> protein <SEP> ;
<tb> epidermidis
<tb> 590 <SEP> yfhC <SEP> putative
<tb> 591 <SEP> crtK <SEP> 33% <SEP> AAF01195 <SEP> tspo <SEP> ; <SEP> Rhizobium <SEP> meliloti
<tb> 592 <SEP> yfhF <SEP> 28% <SEP> 041106 <SEP> a624r <SEP> protein <SEP> ; <SEP> bursaria <SEP> chlorella
<tb> virus <SEP> 1
<tb> 593 <SEP> yfhG <SEP> 30% <SEP> AAF09965 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> radiodurans
<tb> 594 <SEP> yfhH <SEP> 30% <SEP> 053731 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 595 <SEP> yfhI <SEP> putative
<tb> 596 <SEP> yfhJ <SEP> putative
<tb> 597 <SEP> yfhK <SEP> 34% <SEP> P94425 <SEP> hypothetical <SEP> 10. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> phrc-gdh
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 598 <SEP> yfhL <SEP> 30% <SEP> CAB49143 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 599 <SEP> yfiA <SEP> 75% <SEP> 087254 <SEP> hypothetical <SEP> 11. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 600 <SEP> umuC <SEP> 89% <SEP> 087253 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein, <SEP> orfu;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 601 <SEP> yfiC <SEP> 32% <SEP> P13018 <SEP> streptothricin <SEP> acetyltransferase; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 602 <SEP> yfiD <SEP> 20% <SEP> 002244 <SEP> unc-54 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> elegans
<tb> 603 <SEP> yfiB <SEP> 45% <SEP> 034777 <SEP> ykma <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 604 <SEP> yfiE <SEP> 37% <SEP> 034762 <SEP> ykla; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 605 <SEP> yfiG <SEP> 78% <SEP> P47848 <SEP> thymidine <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> gordonii <SEP> challis
<tb> 606 <SEP> yfiH <SEP> putative
<tb> 607 <SEP> prfA <SEP> 56% <SEP> P45872 <SEP> peptide <SEP> chain <SEP> release <SEP> factor <SEP> 1 <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 608 <SEP> yfiI <SEP> putative
<tb> 609 <SEP> yfiJ <SEP> 40% <SEP> P39605 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> qoxd-vpr
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 610 <SEP> hemK <SEP> 37% <SEP> P45873 <SEP> hemk <SEP> protein <SEP> homolog <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 611 <SEP> yfiL <SEP> 29% <SEP> 032248 <SEP> yvbk <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 612 <SEP> yfjA <SEP> 36% <SEP> 073972 <SEP> 340aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> Pyrococcushorikoshii
<tb> 613 <SEP> glyA <SEP> 61% <SEP> P39148 <SEP> serine <SEP> hydroxymethyltransferase <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 614 <SEP> yfjB <SEP> 39% <SEP> AAF13613 <SEP> pxo2-08 <SEP> ; <SEP> anthracis
<tb> 615 <SEP> serC <SEP> 50% <SEP> AAD47359 <SEP> 3-phosphoserine <SEP> aminotransferase; <SEP> Pseudomonas
<tb> stutzeri
<tb> 616 <SEP> serA <SEP> 35% <SEP> AAD51415 <SEP> 3-phosphoglycerate <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> sapiens
<tb> 617 <SEP> serB <SEP> 46% <SEP> CAB50876 <SEP> putative <SEP> phosphoserine <SEP> phosphatase;
<tb> Streptomyces <SEP> coelicolor
<tb> 618 <SEP> yfjC <SEP> 47% <SEP> 035031 <SEP> putative <SEP> acylphosphatase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 619 <SEP> yfjD <SEP> 42% <SEP> P94538 <SEP> hypothetical <SEP> 26. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 620 <SEP> yfjE <SEP> 43% <SEP> 034589 <SEP> probable <SEP> flavodoxin <SEP> 2 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 621 <SEP> yfjF <SEP> 31% <SEP> CAB61606 <SEP> putative <SEP> export <SEP> protein; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb>

<tb>
<tb> 622 <SEP> yfjG <SEP> 36% <SEP> 050423 <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 623 <SEP> yfjH <SEP> putative
<tb> 624 <SEP> pepM <SEP> 51% <SEP> 088076 <SEP> methionine <SEP> aminopeptidase <SEP> a <SEP> ;
<tb> Enterococcusfaecalis
<tb> 625 <SEP> ygaB <SEP> 35% <SEP> 088169 <SEP> orfde2 <SEP> ; <SEP> faecalis
<tb> 626 <SEP> ygaC <SEP> 27% <SEP> AAD54224 <SEP> mesh; <SEP> Leuconostoc <SEP> mesenteroides
<tb> 627 <SEP> ygaD <SEP> putative
<tb> 628 <SEP> ygaE <SEP> putative
<tb> 629 <SEP> ygaF <SEP> putative
<tb> 630 <SEP> ptsK <SEP> 65% <SEP> Q9ZA56 <SEP> putative <SEP> hpr <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 631 <SEP> lgt <SEP> 65% <SEP> P72482 <SEP> prolipoprotein <SEP> diacylglyceryl <SEP> transferase;
<tb> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 632 <SEP> ygaI <SEP> 44% <SEP> Q9ZA55 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> mutans
<tb> 633 <SEP> ygaJ <SEP> 76% <SEP> P96788 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 634 <SEP> gnd <SEP> 98% <SEP> P96789 <SEP> 6-phosphogluconate <SEP> dehydrogenase; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 635 <SEP> kupl <SEP> 80% <SEP> P96790 <SEP> potassium <SEP> transporter <SEP> homolog; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 636 <SEP> kup2 <SEP> 31% <SEP> P76748 <SEP> from <SEP> bases <SEP> 3920310 <SEP> to <SEP> 3930455 <SEP> of <SEP> the <SEP> complete
<tb> genome; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 637 <SEP> ygbB <SEP> 30% <SEP> P54478 <SEP> hypothetical <SEP> 32. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> ccca-soda
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 638 <SEP> miaA <SEP> 45% <SEP> 031795 <SEP> trna <SEP> delta-isopentenylpyrophosphate <SEP> transferase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 639 <SEP> ygbD <SEP> putative
<tb> 640 <SEP> ygbE <SEP> 44% <SEP> AAF03497 <SEP> t22n4.8 <SEP> protein; <SEP> Arabidopsis <SEP> thaliana
<tb> 641 <SEP> ygbF <SEP> putative
<tb> 642 <SEP> ygbG <SEP> 50% <SEP> P54548 <SEP> hypothetical <SEP> 34. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> glnq-ansr
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 643 <SEP> ygcA <SEP> 33% <SEP> P54554 <SEP> hypothetical <SEP> oxidoreductase <SEP> in <SEP> ansr-bmru
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 644 <SEP> recJ <SEP> 36% <SEP> 032044 <SEP> yrve <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 645 <SEP> apt <SEP> 67% <SEP> 034443 <SEP> adenine <SEP> phosphoribosyltransferase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 646 <SEP> rpoE <SEP> 36% <SEP> P12464 <SEP> dna-directed <SEP> rna <SEP> polymerase <SEP> delta <SEP> subunit;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 647 <SEP> ygcC <SEP> 36% <SEP> 034758 <SEP> yrrl <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 648 <SEP> greA <SEP> 58% <SEP> P80240 <SEP> transcription <SEP> elongation <SEP> factor <SEP> gr a; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 649 <SEP> tra904E <SEP> 100% <SEP> CAA55220 <SEP> is1069 <SEP> g ne; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 650 <SEP> ygcD <SEP> 100% <SEP> Q48713 <SEP> dna <SEP> for <SEP> the <SEP> transposon-like <SEP> element <SEP> on <SEP> the
<tb> lactose <SEP> plasmid; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 651 <SEP> tral077D <SEP> 98% <SEP> 032787 <SEP> transposase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 652 <SEP> ygcE <SEP> 100% <SEP> 032786 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 653 <SEP> ctsR <SEP> 46% <SEP> Q48757 <SEP> clpc <SEP> atpase; <SEP> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 654 <SEP> clpC <SEP> 90% <SEP> Q9ZIL9 <SEP> clpc; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 655 <SEP> ygdA <SEP> 51% <SEP> P28368 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> flit-seca
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 656 <SEP> enoA <SEP> 87% <SEP> Q9XDS7 <SEP> enolase; <SEP> Streptococcus <SEP> intermedius
<tb> 657 <SEP> xerD <SEP> 29% <SEP> 026979 <SEP> integrase-recombinase <SEP> protein <SEP> ;
<tb> thermoautotrophicum
<tb> 658 <SEP> ygdC <SEP> putative
<tb> 659 <SEP> ygdD <SEP> putative
<tb> 660 <SEP> ygdF <SEP> putative
<tb> 661 <SEP> ygdE <SEP> putative
<tb> 662 <SEP> tra982 <SEP> 92% <SEP> 087349 <SEP> putative <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 663 <SEP> hsdR <SEP> 98% <SEP> 068167 <SEP> hsdr; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 664 <SEP> hsdM <SEP> 100% <SEP> 068168 <SEP> hsdm <SEP> ; <SEP> Lactococcuslactis
<tb> 665 <SEP> hsdS <SEP> 100% <SEP> 068169 <SEP> hsds <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 666 <SEP> ygeA <SEP> 90% <SEP> 068170 <SEP> is982 <SEP> transposase <SEP> homolog <SEP> ; <SEP> Lactococcuslactis
<tb> 667 <SEP> ygeB <SEP> putative
<tb> 668 <SEP> ygeC <SEP> putative
<tb> 669 <SEP> ygeD <SEP> 27% <SEP> Q9YVT6 <SEP> orf <SEP> msvl56 <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Melanoplus
<tb> sanguinipes <SEP> entomopoxvirus
<tb> 670 <SEP> tra981C <SEP> 86% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> s quence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 671 <SEP> ygfF <SEP> 96% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> s quence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 672 <SEP> ygfA <SEP> 39% <SEP> Q9WZG4 <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 673 <SEP> ygfB <SEP> 23% <SEP> AAF12525 <SEP> hypothetical <SEP> 37. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 674 <SEP> ygfC <SEP> 30% <SEP> P96701 <SEP> ydgc <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 675 <SEP> fadD <SEP> 25% <SEP> P29212 <SEP> long-chain-fatty-acid--coa <SEP> ligase; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 676 <SEP> ygfE <SEP> 96% <SEP> 032796 <SEP> orfa <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 677 <SEP> pfl <SEP> 100% <SEP> 032797 <SEP> formate <SEP> acetyltransferase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 678 <SEP> yggA <SEP> 43% <SEP> 034932 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> gapb-mutm
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 679 <SEP> pmrA <SEP> 48% <SEP> Q9ZEX9 <SEP> multi-drug <SEP> resistance <SEP> efflux <SEP> pump;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 680 <SEP> rpmGA <SEP> 100% <SEP> P27167 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 133 <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 681 <SEP> ftsWl <SEP> 95% <SEP> P27174 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> rpmg <SEP> 3'region;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 682 <SEP> pycA <SEP> 96% <SEP> AAF09095 <SEP> pyruvate <SEP> carboxylase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 683 <SEP> gltA <SEP> 90% <SEP> AAF09126 <SEP> citrate <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 684 <SEP> citB <SEP> 86% <SEP> AAF09127 <SEP> aconitate <SEP> hydratase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 685 <SEP> icd <SEP> 56% <SEP> 006893 <SEP> isocitrate <SEP> dehyrogenase <SEP> ; <SEP> israeli
<tb> 686 <SEP> clpP <SEP> 92% <SEP> Q9ZABO <SEP> protease <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 687 <SEP> yghB <SEP> putative
<tb> 688 <SEP> yghC <SEP> 54% <SEP> 031602 <SEP> yjbd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 689 <SEP> yghD <SEP> putative
<tb> 690 <SEP> yghE <SEP> putative
<tb> 691 <SEP> yghF <SEP> 39% <SEP> 034431 <SEP> ylob <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 692 <SEP> yghG <SEP> putative
<tb> 693 <SEP> icaA <SEP> 38% <SEP> Q54066 <SEP> icaa <SEP> ; <SEP> epidermidis
<tb> 694 <SEP> tra983A <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> pyogenes
<tb> 695 <SEP> icaB <SEP> 32% <SEP> Q54067 <SEP> icab <SEP> ; <SEP> epidermidis
<tb> 696 <SEP> ygiC <SEP> putative
<tb> 697 <SEP> icaC <SEP> 35% <SEP> Q53971 <SEP> fibronectin <SEP> binding <SEP> protein <SEP> ;
<tb> dysgalactiae
<tb> 698 <SEP> ygiE <SEP> 38% <SEP> P54104 <SEP> branched-chain <SEP> amino <SEP> acid <SEP> transport <SEP> system
<tb> carrier <SEP> protein <SEP> ; <SEP> delbrueckii
<tb> 699 <SEP> brnQ <SEP> 99% <SEP> 069437 <SEP> homologous <SEP> to <SEP> branched <SEP> chain <SEP> amino <SEP> acid
<tb> transporters <SEP> of <SEP> liv-ii <SEP> class <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 700 <SEP> ygiG <SEP> 94% <SEP> 069438 <SEP> yjdj-like <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 701 <SEP> ygiH <SEP> 96% <SEP> 069439 <SEP> yjdi-like <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 702 <SEP> ygiI <SEP> 42% <SEP> P37545 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> mets-ksga
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 703 <SEP> ygiJ <SEP> 40% <SEP> Q47838 <SEP> copa, <SEP> copy <SEP> and <SEP> copz <SEP> genes; <SEP> Enterococcus <SEP> hirae
<tb> 704 <SEP> ygiK <SEP> 42% <SEP> P37547 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> mets-ksga
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 705 <SEP> ksgA <SEP> 52% <SEP> P37468 <SEP> dimethyladenosine <SEP> transferase <SEP> (sadenosylmethionine-6-n', <SEP> n'-adenosyl <SEP> (high <SEP> level
<tb> kasugamycin <SEP> re. <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 706 <SEP> pepP <SEP> 91% <SEP> 008316 <SEP> aminopeptidase <SEP> p <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 707 <SEP> efp <SEP> 40% <SEP> P49778 <SEP> elongation <SEP> factor <SEP> p <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 708 <SEP> ygjB <SEP> 39% <SEP> P54519 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> accc-fold
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 709 <SEP> nusB <SEP> 45% <SEP> P54520 <SEP> n <SEP> utilization <SEP> substance <SEP> protein <SEP> b <SEP> homolog;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 710 <SEP> ygjD <SEP> 58% <SEP> 022198 <SEP> putative <SEP> 4-alpha-glucanotransferase; <SEP> Arabidopsis
<tb> thaliana
<tb> 711 <SEP> malQ <SEP> 40% <SEP> 022198 <SEP> putative <SEP> 4-alpha-glucanotransferase; <SEP> Arabidopsis
<tb> thaliana
<tb> 712 <SEP> glgC <SEP> 51% <SEP> 008326 <SEP> glucose-1-phosphate <SEP> adenylyltransferase;
<tb> Bacillus <SEP> stearothermophilus
<tb> 713 <SEP> glgD <SEP> 29% <SEP> 008327 <SEP> glycogen <SEP> biosynthesis <SEP> protein <SEP> glgd; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 714 <SEP> glgA <SEP> 46% <SEP> P39125 <SEP> glycogen <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 715 <SEP> glgP <SEP> 50% <SEP> P39123 <SEP> glycogen <SEP> phosphorylase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 716 <SEP> amyX <SEP> 34% <SEP> P36905 <SEP> T <SEP> amylopullulanase <SEP> precursor <SEP> [includes: <SEP> alphaamylase <SEP> ; <SEP> pullulanase <SEP> (1,4-alpha-d-glucan...
<tb>

717 <SEP> dtpT <SEP> 90% <SEP> P36574 <SEP> di-/tripeptide <SEP> transporter <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 718 <SEP> tra983B <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> pyogenes
<tb> 719 <SEP> cydA <SEP> 46% <SEP> P94364 <SEP> cytochrome <SEP> d <SEP> ubiquinol <SEP> oxidase <SEP> subunit <SEP> i;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 720 <SEP> cydB <SEP> 36% <SEP> Q9ZBY6 <SEP> putative <SEP> cytochrome <SEP> oxidase <SEP> subunit <SEP> ii;
<tb> Streptomyces <SEP> coelicolor
<tb> 721 <SEP> cydC <SEP> 45% <SEP> P94366 <SEP> transport <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> cydc <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 722 <SEP> cydD <SEP> 41% <SEP> P94367 <SEP> transport <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> cydd <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 723 <SEP> rmaB <SEP> 35% <SEP> 050574 <SEP> hypothetical <SEP> 16. <SEP> 1 <SEP> kda <SEP> transcriptional <SEP> regulator;
<tb> Bacillus <SEP> firmus
<tb> 724 <SEP> yhbE <SEP> putative
<tb> 725 <SEP> yhbF <SEP> 22% <SEP> 035264 <SEP> R <SEP> platelet-activating <SEP> factor <SEP> acetylhydrolase <SEP> ib
<tb> beta <SEP> subunit <SEP> (pl...
<tb>

726 <SEP> lmrA <SEP> 88% <SEP> P97046 <SEP> multidrug <SEP> resistance <SEP> protein <SEP> lmra; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 727 <SEP> yhbH <SEP> 90% <SEP> Q48631 <SEP> hypothetical <SEP> 13. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 728 <SEP> apl <SEP> 83% <SEP> Q48630 <SEP> alkaline <SEP> phosphatase <SEP> like <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 729 <SEP> yhcA <SEP> 38% <SEP> Q9ZAX8 <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp <SEP> binding <SEP> subunit;
<tb> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 730 <SEP> yhcC <SEP> 41% <SEP> Q58627 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mjl230; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 731 <SEP> yhcB <SEP> putative
<tb> 732 <SEP> qor <SEP> 45% <SEP> Q9Z3U5 <SEP> w7. <SEP> alginate <SEP> lyase; <SEP> Pseudomonas <SEP> sp
<tb> 733 <SEP> yhcE <SEP> 41% <SEP> P42319 <SEP> hypothetical <SEP> 38. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> pept-katb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 734 <SEP> yhcG <SEP> 43% <SEP> 007607 <SEP> hypothetical <SEP> 26. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 735 <SEP> yhcH <SEP> 25% <SEP> 054390 <SEP> serine/threonine <SEP> protein <SEP> phosphatase <SEP> 1;
<tb> Microcystis <SEP> aeruginosa
<tb> 736 <SEP> yhcI <SEP> 49% <SEP> P21335 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> sers-dnah
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 737 <SEP> tra981D <SEP> 92% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 738 <SEP> yhcJ <SEP> 100% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 739 <SEP> yhcK <SEP> 26% <SEP> 059645 <SEP> alpha-glucosidase; <SEP> Sulfolobus <SEP> solfataricus
<tb> 740 <SEP> rliC <SEP> 28% <SEP> Q56201 <SEP> maltose <SEP> operon <SEP> transcriptional <SEP> repressor;
<tb> Staphylococcus <SEP> xylosus
<tb> 741 <SEP> yhdA <SEP> 45% <SEP> P14205 <SEP> coma <SEP> operon <SEP> protein <SEP> 2 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 742 <SEP> yhdB <SEP> 34% <SEP> 034514 <SEP> ytfd; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 743 <SEP> menE <SEP> 35% <SEP> 034837 <SEP> osb-coa <SEP> synthase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 744 <SEP> menB <SEP> 76% <SEP> 034567 <SEP> dihydroxynaphthoate <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 745 <SEP> menX <SEP> 34% <SEP> 034312 <SEP> ytxm <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 746 <SEP> menD <SEP> 40% <SEP> P23970 <SEP> B <SEP> menaquinone <SEP> biosynthesis <SEP> protein <SEP> mend
<tb> [includes: <SEP> 2-succinyl-6-hydroxy- <SEP> 2,4-
<tb>

<tb>
<tb> cyclohexadiene-1-carboxylate <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> 2oxoglutarate <SEP> decarboxylase <SEP> (ec...
<tb>

747 <SEP> menF <SEP> 35% <SEP> P74053 <SEP> isochorismate <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> Synechocystis <SEP> sp
<tb> 748 <SEP> yhdC <SEP> 31% <SEP> P94482 <SEP> ynad; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 749 <SEP> yheA <SEP> 35% <SEP> 034921 <SEP> ytoi; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 750 <SEP> yheB <SEP> 48% <SEP> 034600 <SEP> ytqi; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 751 <SEP> ansB <SEP> 38% <SEP> AAF11899 <SEP> 1-asparaginase; <SEP> Deinococcus <SEP> radiodurans
<tb> 752 <SEP> yheD <SEP> 32% <SEP> Q45494 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 753 <SEP> yheE <SEP> putative
<tb> 754 <SEP> floL <SEP> 33% <SEP> 032076 <SEP> hypothetical <SEP> 56. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> glgb-gbsb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 755 <SEP> thrA <SEP> 50% <SEP> P94417 <SEP> probable <SEP> aspartokinase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 756 <SEP> yheG <SEP> 33% <SEP> 053410 <SEP> hypothetical <SEP> 29.3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Mycobacterium
<tb> tuberculosis
<tb> 757 <SEP> rmaA <SEP> 33% <SEP> P96708 <SEP> ydgj <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 758 <SEP> yhfA <SEP> 30% <SEP> Q9XOY1 <SEP> beta-phosphoglucomutase, <SEP> putative; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb> 759 <SEP> yhfB <SEP> 31% <SEP> P37484 <SEP> hypothetical <SEP> 74. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> rpli-cotf
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 760 <SEP> rplI <SEP> 44% <SEP> P02417 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 19; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 761 <SEP> dnaC <SEP> 52% <SEP> P37469 <SEP> replicative <SEP> dna <SEP> helicase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 762 <SEP> yhfC <SEP> putative
<tb> 763 <SEP> yhfD <SEP> 33% <SEP> 034935 <SEP> ytmp; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 764 <SEP> yhfE <SEP> 54% <SEP> 034522 <SEP> ytmq; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 765 <SEP> yhfF <SEP> 51% <SEP> P33661 <SEP> hypothetical <SEP> 15. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> sigg <SEP> 3'région;
<tb> Clostridium <SEP> acetobutylicum
<tb> 766 <SEP> dnaB <SEP> 20% <SEP> P07908 <SEP> replication <SEP> initiation <SEP> and <SEP> membrane <SEP> attachment
<tb> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 767 <SEP> dnaI <SEP> 37% <SEP> P06567 <SEP> primosomal <SEP> protein <SEP> dnai; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 768 <SEP> yhgA <SEP> 33% <SEP> P94424 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> phrc-gdh
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 769 <SEP> yhgB <SEP> 31% <SEP> 006733 <SEP> yisx <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 770 <SEP> yphL <SEP> 65% <SEP> P50743 <SEP> hypothetical <SEP> 48. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> gtp-binding <SEP> protein <SEP> in <SEP> cmkgpsa <SEP> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 771 <SEP> yhgC <SEP> 27% <SEP> 030416 <SEP> positive <SEP> regulator <SEP> gadr; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 772 <SEP> yhgD <SEP> 20% <SEP> P28968 <SEP> glycoprotein <SEP> x <SEP> precursor; <SEP> Equine <SEP> herpesvirus
<tb> type <SEP> 1
<tb> 773 <SEP> yhgE <SEP> 27% <SEP> Q48707 <SEP> dna <SEP> for <SEP> orfl <SEP> and <SEP> orf2; <SEP> Lactobacillus
<tb> leichmannii
<tb> 774 <SEP> yhhA <SEP> 34% <SEP> 068213 <SEP> putative <SEP> fimbria-associated <SEP> protein;
<tb> Actinomyces <SEP> naeslundii
<tb> 775 <SEP> yhhB <SEP> putative
<tb> 776 <SEP> yhhC <SEP> 29% <SEP> P39590 <SEP> hypothetical <SEP> 25. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> epr-galk
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 777 <SEP> yhhD <SEP> 50% <SEP> 059465 <SEP> 109aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Pyrococcus
<tb> horikoshii
<tb> 778 <SEP> yhhE <SEP> 36% <SEP> P32726 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> nusa <SEP> 5'région;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 779 <SEP> nusA <SEP> 50% <SEP> 031756 <SEP> nusa <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 780 <SEP> yhhG <SEP> 47% <SEP> P32728 <SEP> hypothetical <SEP> 10. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> nusa-infb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 781 <SEP> yhhH <SEP> 51% <SEP> P55768 <SEP> probable <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> in <SEP> infb <SEP> 5'region;
<tb> Enterococcus <SEP> faecium
<tb> 782 <SEP> infB <SEP> 79% <SEP> Q9X764 <SEP> initiation <SEP> factor <SEP> 2; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 783 <SEP> rbfA <SEP> 86% <SEP> Q9X765 <SEP> ribosome <SEP> binding <SEP> factor <SEP> a <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 784 <SEP> pmi <SEP> 65% <SEP> Q59935 <SEP> mannose-6-phosphate <SEP> isomerase; <SEP> Streptococcus
<tb> mutans
<tb> 785 <SEP> yhiA <SEP> 34% <SEP> P70993 <SEP> hypothetical <SEP> 15. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 786 <SEP> fabH <SEP> 45% <SEP> 067185 <SEP> 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] <SEP> synthase <SEP> iii;
<tb> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb>

<tb>
<tb> 787 <SEP> acpA <SEP> 47% <SEP> P80643 <SEP> acyl <SEP> carrier <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 788 <SEP> fabD <SEP> 46% <SEP> 034463 <SEP> malonyl <SEP> coa-acyl <SEP> carrier <SEP> protein <SEP> transacylase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 789 <SEP> fabGl <SEP> 47% <SEP> P51831 <SEP> 3-oxoacyl-[acyl-carrier <SEP> protein] <SEP> reductase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 790 <SEP> fabF <SEP> 43% <SEP> 034340 <SEP> yjay <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 791 <SEP> accB <SEP> 50% <SEP> Q06881 <SEP> biotin <SEP> carboxyl <SEP> carrier <SEP> protein <SEP> of <SEP> acetyl-coa
<tb> carboxylase; <SEP> Anabaena <SEP> sp
<tb> 792 <SEP> fabZ2 <SEP> 58% <SEP> P94584 <SEP> similar <SEP> to <SEP> hydroxymyristoyl- <SEP> dehydratase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 793 <SEP> accC <SEP> 57% <SEP> P49787 <SEP> biotin <SEP> carboxylase <SEP> (a <SEP> subunit <SEP> of <SEP> acetyl-coa
<tb> carboxylase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 794 <SEP> accD <SEP> 57% <SEP> 034571 <SEP> acetyl-coa <SEP> carboxylase <SEP> subunit; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 795 <SEP> accA <SEP> 54% <SEP> 034847 <SEP> acetyl-coenzyme <SEP> a <SEP> carboxylase <SEP> carboxyl
<tb> transferase <SEP> subunit <SEP> alpha; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 796 <SEP> metB2 <SEP> 100% <SEP> AAF14693 <SEP> cystathionine <SEP> beta-lyase <SEP> metc; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 797 <SEP> cysK <SEP> 89% <SEP> AAF14694 <SEP> o-acetylserine <SEP> sulfhydrylase <SEP> cysk <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 798 <SEP> yhjA <SEP> 32% <SEP> 016527 <SEP> ce-lea <SEP> ; <SEP> elegans
<tb> 799 <SEP> yhjB <SEP> 42% <SEP> P54510 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> gcvt-spoiiiaa
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 800 <SEP> yhjC <SEP> 41% <SEP> P54510 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> gcvt-spoiiiaa
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 801 <SEP> noxC <SEP> 36% <SEP> 029847 <SEP> nadh <SEP> oxidase <SEP> ; <SEP> fulgidus
<tb> 802 <SEP> yhjE <SEP> 48% <SEP> BAA86632 <SEP> hypothetical <SEP> 9.9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Staphylococcus
<tb> aureus
<tb> 803 <SEP> yhjF <SEP> 51% <SEP> 032175 <SEP> yusi <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 804 <SEP> rdrA <SEP> 38% <SEP> P76034 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> in <SEP> osmbrnb <SEP> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 805 <SEP> yhjG <SEP> 32% <SEP> P05332 <SEP> hypothetical <SEP> p20 <SEP> protein <SEP> ;
<tb> licheniformis
<tb> 806 <SEP> exoA <SEP> 61% <SEP> P21998 <SEP> exodeoxyribonuclease; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 807 <SEP> metS <SEP> 61% <SEP> P37465 <SEP> methionyl-trna <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 808 <SEP> yiaA <SEP> putative
<tb> 809 <SEP> yiaB <SEP> 36% <SEP> Q9X248 <SEP> 3-oxoacyl- <SEP> reductase; <SEP> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 810 <SEP> yiaC <SEP> 31% <SEP> 005109 <SEP> cara <SEP> & <SEP> orf8 <SEP> partial <SEP> cds, <SEP> argc,j,b,d,f <SEP> & <SEP> orf7
<tb> citrulline <SEP> biosynthetic <SEP> operon <SEP> ;
<tb> plantarum
<tb> 811 <SEP> yiaD <SEP> 42% <SEP> P71037 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 812 <SEP> argC <SEP> 41% <SEP> 008318 <SEP> n-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate <SEP> reductase;
<tb> Lactobacillus <SEP> plantarum
<tb> 813 <SEP> argj <SEP> 48% <SEP> Q9ZJ14 <SEP> ornithine <SEP> acetyltransferase; <SEP> Bacillus
<tb> amyloliquefaciens
<tb> 814 <SEP> argD <SEP> 42% <SEP> 066442 <SEP> acetylornithine <SEP> aminotransferase; <SEP> Aquifex
<tb> aeolicus
<tb> 815 <SEP> argB <SEP> 40% <SEP> 028988 <SEP> acetylglutamate <SEP> kinase; <SEP> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 816 <SEP> argF <SEP> 62% <SEP> 053089 <SEP> ornithine <SEP> transcarbamoylase; <SEP> Lactobacillus <SEP> sake
<tb> 817 <SEP> rnc <SEP> 45% <SEP> 031734 <SEP> ribonuclease <SEP> iii; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 818 <SEP> smc <SEP> 32% <SEP> 031735 <SEP> chromosome <SEP> ségrégation <SEP> smc <SEP> protein <SEP> homolg;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 819 <SEP> yibB <SEP> 49% <SEP> 031735 <SEP> chromosome <SEP> ségrégation <SEP> smc <SEP> protein <SEP> homolg;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 820 <SEP> yibC <SEP> 39% <SEP> 006487 <SEP> yfni; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 821 <SEP> yibD <SEP> putative
<tb> 822 <SEP> yibE <SEP> putative
<tb> 823 <SEP> yibF <SEP> putative
<tb> 824 <SEP> yibG <SEP> 40% <SEP> 032257 <SEP> yvbw <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 825 <SEP> yicA <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 826 <SEP> yicB <SEP> 35% <SEP> P09997 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> ibpa-gyrb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 827 <SEP> yicC <SEP> 32% <SEP> Q9WX02 <SEP> putative <SEP> membrane <SEP> protein <SEP> ;
<tb> coelicolor
<tb> 828 <SEP> ftsY <SEP> 55% <SEP> P51835 <SEP> cell <SEP> division <SEP> protein <SEP> ftsy <SEP> homolog <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 829 <SEP> prsA <SEP> 66% <SEP> Q48793 <SEP> tms <SEP> and <SEP> prs <SEP> genes, <SEP> partial <SEP> cds <SEP> ;
<tb> monocytogenes
<tb> 830 <SEP> yicE <SEP> 32% <SEP> 087552 <SEP> leucine-rich <SEP> protein <SEP> transcriptional <SEP> regulator;
<tb> Bacillus <SEP> firmus
<tb> 831 <SEP> leuS <SEP> 67% <SEP> P36430 <SEP> leucyl-trna <SEP> synthetase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 832 <SEP> yidA <SEP> 26% <SEP> Q9XOV5 <SEP> transcriptional <SEP> regulator, <SEP> rpir <SEP> family;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 833 <SEP> yidB <SEP> 25% <SEP> P39584 <SEP> hypothetical <SEP> 47. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> epr-galk
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 834 <SEP> yidC <SEP> 39% <SEP> P42973 <SEP> 6-phospho-beta-glucosidase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 835 <SEP> cpo <SEP> 33% <SEP> CAB60045 <SEP> citr <SEP> protein; <SEP> Weissella <SEP> paramesenteroides
<tb> 836 <SEP> yidE <SEP> putative
<tb> 837 <SEP> tra904F <SEP> 100% <SEP> CAA55220 <SEP> isl069 <SEP> gene; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 838 <SEP> yidF <SEP> 98% <SEP> Q48710 <SEP> span <SEP> gene <SEP> encoding <SEP> nisin <SEP> and <SEP> insertion <SEP> sequence
<tb> is904 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 839 <SEP> tral077E <SEP> 98% <SEP> 032787 <SEP> transposase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 840 <SEP> yidG <SEP> 99% <SEP> 032786 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 841 <SEP> yidH <SEP> 100% <SEP> Q48710 <SEP> span <SEP> gene <SEP> encoding <SEP> nisin <SEP> and <SEP> insertion <SEP> sequence
<tb> is904 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 842 <SEP> tra904G <SEP> 99% <SEP> CAA55220 <SEP> isl069 <SEP> gene; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 843 <SEP> noxA <SEP> 33% <SEP> 005267 <SEP> hypothetical <SEP> 44. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 844 <SEP> noxB <SEP> 33% <SEP> P32340 <SEP> rotenone-insensitive <SEP> nadh-ubiquinone
<tb> oxidoreductase <SEP> precursor <SEP> ;
<tb> cerevisiae
<tb> 845 <SEP> sdhB <SEP> 47% <SEP> 034635 <SEP> probable <SEP> 1-serine <SEP> dehydratase, <SEP> beta <SEP> chain;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 846 <SEP> sdhA <SEP> 55% <SEP> 034607 <SEP> probable <SEP> 1-serine <SEP> dehydratase, <SEP> alpha <SEP> chain;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 847 <SEP> copR <SEP> 40% <SEP> Q47839 <SEP> copab <SEP> atpases <SEP> metal-fist <SEP> type <SEP> repressor;
<tb> Enterococcus <SEP> hirae
<tb> 848 <SEP> yieF <SEP> 45% <SEP> AAC33905 <SEP> mera, <SEP> mercuric <SEP> ion <SEP> reductase <SEP> ; <SEP> coli
<tb> 849 <SEP> copA <SEP> 45% <SEP> P32113 <SEP> copper/potassium-transporting <SEP> atpase <SEP> a;
<tb> Enterococcus <SEP> hirae
<tb> 850 <SEP> yieH <SEP> 91% <SEP> 066090 <SEP> transmembrane <SEP> protein <SEP> tmp5 <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 851 <SEP> yifA <SEP> putative
<tb> 852 <SEP> trmU <SEP> 64% <SEP> 035020 <SEP> probable <SEP> trna-methyltransferase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 853 <SEP> rpsA <SEP> 49% <SEP> P50889 <SEP> 40s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> si; <SEP> Leuconostoc <SEP> lactis
<tb> 854 <SEP> udp <SEP> 35% <SEP> 083990 <SEP> uridine <SEP> phosphorylase <SEP> ; <SEP> pallidum
<tb> 855 <SEP> yifD <SEP> 29% <SEP> Q9ZJT8 <SEP> nicotinamide <SEP> mononucleotide <SEP> transporter;
<tb> Helicobacter <SEP> pylori <SEP> j99
<tb> 856 <SEP> uvrC <SEP> 50% <SEP> Q9ZEH3 <SEP> excinuclease <SEP> abc, <SEP> subunit <SEP> c <SEP> ;
<tb> aureus
<tb> 857 <SEP> mutY <SEP> 43% <SEP> 031584 <SEP> yfhq <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 858 <SEP> pepV <SEP> 96% <SEP> 007121 <SEP> dipeptidase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 859 <SEP> acpS <SEP> 54% <SEP> 007122 <SEP> hypothetical <SEP> 8. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> plantarum
<tb> 860 <SEP> dal <SEP> 97% <SEP> CAB56755 <SEP> alanine <SEP> racemase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 861 <SEP> yigC <SEP> 50% <SEP> 031602 <SEP> yjbd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 862 <SEP> gshR <SEP> 30% <SEP> 054279 <SEP> orf454 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Staphylococcus <SEP> sciuri
<tb> 863 <SEP> choQ <SEP> 60% <SEP> Q9XBN6 <SEP> choline <SEP> transporter <SEP> ; <SEP> Streptococcuspneumoniae
<tb> 864 <SEP> choS <SEP> 42% <SEP> Q9XBN5 <SEP> choline <SEP> transporter <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 865 <SEP> yigE <SEP> 16% <SEP> AAB82017 <SEP> microfilarial <SEP> sheath <SEP> protein <SEP> shp3; <SEP> Litomosoides
<tb> sigmodontis
<tb>

<tb>
<tb> 866 <SEP> yigF <SEP> putative
<tb> 867 <SEP> yihA <SEP> putative
<tb> 868 <SEP> yihB <SEP> putative
<tb> 869 <SEP> yihC <SEP> 46% <SEP> P05425 <SEP> copper/potassium-transporting <SEP> atpase <SEP> b;
<tb> Enterococcus <SEP> hirae
<tb> 870 <SEP> yihD <SEP> 21% <SEP> 080179 <SEP> putative <SEP> minor <SEP> tail <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Streptococcus
<tb> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> sfill
<tb> 871 <SEP> folD <SEP> 65% <SEP> P96050 <SEP> fold <SEP> bifunctional <SEP> protein <SEP> [includes:
<tb> methylenetetrahydrofolate <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP>
<tb> methenyltetrahydrofolate <SEP> cyclohydrolase <SEP> ];
<tb> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> 872 <SEP> xseA <SEP> 37% <SEP> P54521 <SEP> putative <SEP> exodeoxyribonuclease <SEP> large <SEP> subunit;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 873 <SEP> xseB <SEP> 38% <SEP> Q9ZDH8 <SEP> exodeoxyribonuclease <SEP> small <SEP> subunit; <SEP> Rickettsia
<tb> prowazekii
<tb> 874 <SEP> yihF <SEP> 47% <SEP> P44507 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> hi0091 <SEP> ;
<tb> Haemophilusinfluenzae
<tb> 875 <SEP> ispA <SEP> 49% <SEP> 066126 <SEP> geranyltranstransferase; <SEP> Micrococcus <SEP> luteus
<tb> 876 <SEP> yiiB <SEP> 59% <SEP> P19672 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> fold-ahrc
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 877 <SEP> ahrC <SEP> 38% <SEP> 086130 <SEP> arginine <SEP> repressor <SEP> ; <SEP> licheniformis
<tb> 878 <SEP> recN <SEP> 40% <SEP> P17894 <SEP> dna <SEP> repair <SEP> protein <SEP> recn; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 879 <SEP> yiiD <SEP> putative
<tb> 880 <SEP> yiiE <SEP> 33% <SEP> 027534 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> thermoautotrophicum
<tb> 881 <SEP> yiiF <SEP> 35% <SEP> Q56116 <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> 882 <SEP> yiiG <SEP> 35% <SEP> Q9ZI22 <SEP> membrane <SEP> protein <SEP> ; <SEP> salivarius
<tb> 883 <SEP> yiiH <SEP> 71% <SEP> AAC95454 <SEP> yllc <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 884 <SEP> yiiI <SEP> 85% <SEP> 066083 <SEP> putative <SEP> transmembrane <SEP> protein <SEP> tmp2 <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 885 <SEP> pbpX <SEP> 41% <SEP> P14677 <SEP> penicillin-binding <SEP> protein <SEP> 2x <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 886 <SEP> mraY <SEP> 50% <SEP> Q9zha5 <SEP> phospho-n-acetylmuramoyl-pentapeptidetransferase <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 887 <SEP> yijB <SEP> putative
<tb> 888 <SEP> yijC <SEP> 29% <SEP> P94412 <SEP> homologue <SEP> of <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> a <SEP> rapamycin
<tb> synthesis <SEP> gene <SEP> cluster <SEP> of <SEP> streptomyces
<tb> hygroscopicus; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 889 <SEP> yijD <SEP> 48% <SEP> P94411 <SEP> homologue <SEP> of <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> a <SEP> rapamycin
<tb> synthesis <SEP> gene <SEP> cluster <SEP> of <SEP> streptomyces
<tb> hygroscopicus <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 890 <SEP> mleR <SEP> 93% <SEP> P16400 <SEP> malolactic <SEP> fermentation <SEP> system <SEP> transcriptional
<tb> activator <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 891 <SEP> yijE <SEP> 85% <SEP> Q48663 <SEP> positive <SEP> regulator <SEP> gene; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 892 <SEP> rplS <SEP> 77% <SEP> 034031 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 119 <SEP> ;
<tb> thermophilus
<tb> 893 <SEP> yijF <SEP> putative
<tb> 894 <SEP> yijG <SEP> 33% <SEP> P75905 <SEP> hypothetical <SEP> 50. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> phoh-csgg
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 895 <SEP> yijH <SEP> putative
<tb> 896 <SEP> pnuC <SEP> 26% <SEP> 025877 <SEP> nicotinamide <SEP> mononucleotide <SEP> transporter;
<tb> Helicobacter <SEP> pylori
<tb> 897 <SEP> yjaB <SEP> 35% <SEP> Q57951 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mj0531; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 898 <SEP> hslB <SEP> 45% <SEP> Q9XB21 <SEP> histone-like <SEP> dna-binding <SEP> protein <SEP> ;
<tb> mutans
<tb> 899 <SEP> yjaD <SEP> 36% <SEP> CAB55667 <SEP> putative <SEP> tetr-family <SEP> transcriptional <SEP> regulator;
<tb> Streptomyces <SEP> coelicolor
<tb> 900 <SEP> yjaE <SEP> 82% <SEP> 066092 <SEP> transmembrane <SEP> protein <SEP> tmp7 <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 901 <SEP> yjaF <SEP> 79% <SEP> 033663 <SEP> dna <SEP> for <SEP> sigma <SEP> 42 <SEP> protein, <SEP> dtdp-4-keto-l-rhamnose
<tb> reductase, <SEP> complete <SEP> cds <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb>

<tb>
<tb> 902 <SEP> ftsW2 <SEP> 45% <SEP> P27174 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> rpmg <SEP> 3'region;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 903 <SEP> yjaH <SEP> putative
<tb> 904 <SEP> yjaI <SEP> putative
<tb> 905 <SEP> yjaJ <SEP> 38% <SEP> Q56038 <SEP> epsa <SEP> ; <SEP> thermophilus
<tb> 906 <SEP> rpsN2 <SEP> 63% <SEP> 031587 <SEP> yhza <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 907 <SEP> yjbB <SEP> putative
<tb> 908 <SEP> kinD <SEP> 92% <SEP> 007385 <SEP> histidine <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 909 <SEP> lrrD <SEP> 57% <SEP> CAB54571 <SEP> response <SEP> regulator <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 910 <SEP> yjbC <SEP> 41% <SEP> P21878 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> pdha <SEP> 5'region; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 911 <SEP> ppiB <SEP> 41% <SEP> P87051 <SEP> probable <SEP> peptidyl-prolyl <SEP> cis-trans <SEP> isomerase
<tb> c57al0.03; <SEP> Schizosaccharomyces <SEP> pombe
<tb> 912 <SEP> yjbE <SEP> 37% <SEP> CAB49760 <SEP> translation <SEP> initiation <SEP> factor <SEP> aif-2, <SEP> subun <SEP> it
<tb> alpha <SEP> ; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 913 <SEP> yjbF <SEP> 26% <SEP> 007559 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 914 <SEP> rodA <SEP> 28% <SEP> P39604 <SEP> hypothetical <SEP> 43. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> qoxd-vpr
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 915 <SEP> butB <SEP> 42% <SEP> 034788 <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 916 <SEP> butA <SEP> 67% <SEP> 002715 <SEP> acetoin <SEP> reductase <SEP> ; <SEP> taurus
<tb> 917 <SEP> yjcA <SEP> 26% <SEP> Q9ZE86 <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> ;
<tb> prowazekii
<tb> 918 <SEP> mleS <SEP> 95% <SEP> Q48662 <SEP> malolactic <SEP> enzyme <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 919 <SEP> mleP <SEP> 92% <SEP> 007032 <SEP> citrate-sodium <SEP> symport <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 920 <SEP> yjcD <SEP> 32% <SEP> Q9ZF46 <SEP> hypothetical <SEP> 32. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> megaterium
<tb> 921 <SEP> yjcE <SEP> putative
<tb> 922 <SEP> yjcF <SEP> 46% <SEP> Q57064 <SEP> unidentified; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 923 <SEP> gyrB <SEP> 78% <SEP> Q59957 <SEP> dna <SEP> gyrase <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 924 <SEP> yjdA <SEP> 35% <SEP> P44074 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> hi0912; <SEP> Haemophilus
<tb> influenzae
<tb> 925 <SEP> yjdB <SEP> putative
<tb> 926 <SEP> yjdD <SEP> 37% <SEP> P25150 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> in <SEP> gspatyrz <SEP> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 927 <SEP> yjdE <SEP> 33% <SEP> P94422 <SEP> homologue <SEP> of <SEP> multidrug <SEP> resistance <SEP> protein <SEP> b,
<tb> emrb, <SEP> of <SEP> e. <SEP> coli <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 928 <SEP> yjdF <SEP> putative
<tb> 929 <SEP> tagR <SEP> 38% <SEP> 006027 <SEP> epsr <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 930 <SEP> tagL <SEP> 49% <SEP> CAB52231 <SEP> epsl <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> 931 <SEP> yjdI <SEP> putative
<tb> 932 <SEP> yjdJ <SEP> 26% <SEP> Q58752 <SEP> putative <SEP> potassium <SEP> channel <SEP> protein <SEP> mjl357;
<tb> Methanococcus <SEP> jannaschii
<tb> 933 <SEP> tagH <SEP> 48% <SEP> P42954 <SEP> teichoic <SEP> acid <SEP> translocation <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> tagh <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 934 <SEP> tagG <SEP> 30% <SEP> P42953 <SEP> teichoic <SEP> acid <SEP> translocation <SEP> permease <SEP> protein
<tb> tagg <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 935 <SEP> yjeA <SEP> putative
<tb> 936 <SEP> tagZ <SEP> 33% <SEP> 006035 <SEP> epsg <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 937 <SEP> tagY <SEP> 31% <SEP> AAD56434 <SEP> tagf <SEP> ; <SEP> epidermidis
<tb> 938 <SEP> yjeD <SEP> putative
<tb> 939 <SEP> tagX <SEP> 30% <SEP> AAD56434 <SEP> tagf <SEP> ; <SEP> epidermidis
<tb> 940 <SEP> yjeF <SEP> 30% <SEP> P26388 <SEP> putative <SEP> colanic <SEP> acid <SEP> biosynthesis <SEP> glycosyl
<tb> transferase <SEP> wcal <SEP> ; <SEP> typhimurium
<tb> 941 <SEP> yjeG <SEP> putative
<tb> 942 <SEP> tagD2 <SEP> 50% <SEP> 067380 <SEP> glycerol-3-phosphate <SEP> cytidyltransferase;
<tb> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 943 <SEP> yjfB <SEP> putative
<tb> 944 <SEP> tagF <SEP> 41% <SEP> AAD56434 <SEP> tagf <SEP> ; <SEP> epidermidis
<tb> 945 <SEP> tagB <SEP> 28% <SEP> P27621 <SEP> teichoic <SEP> acid <SEP> biosynthesis <SEP> protein <SEP> b <SEP> precursor;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 946 <SEP> yjfE <SEP> 34% <SEP> Q9X485 <SEP> hypothetical <SEP> 33. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 947 <SEP> deoB <SEP> 97% <SEP> 032808 <SEP> phosphopentomutase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 948 <SEP> yjfG <SEP> 91% <SEP> 032809 <SEP> hypothetical <SEP> 10. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 949 <SEP> deoD <SEP> 93% <SEP> 032810 <SEP> purine <SEP> nucleoside <SEP> phosphorylase <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 950 <SEP> tra983C <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> pyogenes
<tb> 951 <SEP> yjfI <SEP> 39% <SEP> 086782 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> coelicolor
<tb> 952 <SEP> yjfJ <SEP> 48% <SEP> Q9X8J2 <SEP> hypothetical <SEP> 11.3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> coelicolor
<tb> 953 <SEP> fhs <SEP> 65% <SEP> Q59925 <SEP> formate--tetrahydrofolate <SEP> ligase <SEP> ; <SEP> Streptococcus
<tb> mutans
<tb> 954 <SEP> yjgB <SEP> 44% <SEP> Q9X7Z4 <SEP> putative <SEP> secreted <SEP> protein <SEP> ;
<tb> coelicolor
<tb> 955 <SEP> yjgC <SEP> 29% <SEP> P54952 <SEP> probable <SEP> amino-acid <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> binding
<tb> protein <SEP> in <SEP> idh-deor <SEP> intergenic <SEP> region <SEP> precursor <SEP> ;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 956 <SEP> yjgD <SEP> 40% <SEP> P54953 <SEP> probable <SEP> amino-acid <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> permease
<tb> protein <SEP> in <SEP> idh-deor <SEP> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 957 <SEP> yjgE <SEP> 55% <SEP> 034900 <SEP> putative <SEP> amino <SEP> acid <SEP> transporter <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 958 <SEP> trxBl <SEP> 58% <SEP> 032823 <SEP> thioredoxin <SEP> reductase <SEP> ; <SEP> monocytogenes
<tb> 959 <SEP> secG <SEP> 32% <SEP> 032233 <SEP> probable <SEP> protein-export <SEP> membrane <SEP> protein <SEP> secg;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 960 <SEP> vacB <SEP> 43% <SEP> 032231 <SEP> yvaj <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 961 <SEP> yjgF <SEP> 48% <SEP> P94573 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 962 <SEP> yjhA <SEP> putative
<tb> 963 <SEP> yjhB <SEP> 23% <SEP> P39582 <SEP> probable <SEP> 1,4-dihydroxy-2-naphthoate
<tb> octaprenyltransferase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 964 <SEP> yjhC <SEP> 48% <SEP> Q58953 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mjl558; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 965 <SEP> yjhD <SEP> 59% <SEP> Q59059 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mjl665; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 966 <SEP> yjhE <SEP> putative
<tb> 967 <SEP> yjhF <SEP> 34% <SEP> P96121 <SEP> phosphoglycerate <SEP> mutase <SEP> ; <SEP> pallidum
<tb> 968 <SEP> dacB <SEP> 64% <SEP> Q9ZAT6 <SEP> putative <SEP> d,d-carboxypeptidase; <SEP> Streptococcus
<tb> mutans
<tb> 969 <SEP> yjhH <SEP> putative
<tb> 970 <SEP> hrcA <SEP> 97% <SEP> P42370 <SEP> heat-inducible <SEP> transcription <SEP> repressor <SEP> hrca;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 971 <SEP> grpE <SEP> 81% <SEP> Q9X4R3 <SEP> heat <SEP> shock <SEP> protein <SEP> grpe <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 972 <SEP> dnaK <SEP> 87% <SEP> P42368 <SEP> dnak <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 973 <SEP> mycA <SEP> 61% <SEP> Q54525 <SEP> 67 <SEP> kda <SEP> myosin-crossreactive <SEP> streptococcal
<tb> antigen <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 974 <SEP> yjiB <SEP> 44% <SEP> 034980 <SEP> putative <SEP> hippurate <SEP> hydrolase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 975 <SEP> lacR <SEP> 42% <SEP> 031713 <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 976 <SEP> lacC <SEP> 47% <SEP> 031714 <SEP> fructose-1-phosphate <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 977 <SEP> fruA <SEP> 43% <SEP> P71012 <SEP> phosphotransferase <SEP> system <SEP> fructose-specific
<tb> enzyme <SEP> iibc <SEP> component <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 978 <SEP> clsA <SEP> 47% <SEP> P71040 <SEP> hypothetical <SEP> 55. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> spoiiq-mta
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 979 <SEP> yjiE <SEP> 54% <SEP> 006973 <SEP> hypothetical <SEP> 33. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> crh-trxb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 980 <SEP> yjiF <SEP> 42% <SEP> 006974 <SEP> hypothetical <SEP> 34. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> crh-trxb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 981 <SEP> yjjA <SEP> 42% <SEP> 006975 <SEP> hypothetical <SEP> 36. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 982 <SEP> yjjB <SEP> 31% <SEP> P96222 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 983 <SEP> yjjC <SEP> 54% <SEP> Q9Z9N6 <SEP> yhaq <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 984 <SEP> yjjD <SEP> 26% <SEP> Q9Z9N5 <SEP> tnrb3protein <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> sp
<tb>

<tb>
<tb> 985 <SEP> yjjE <SEP> putative
<tb> 986 <SEP> yjjF <SEP> 59% <SEP> AAF04741 <SEP> hypothetical <SEP> 18. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> monocytogenes
<tb> 987 <SEP> yjjG <SEP> 60% <SEP> P71081 <SEP> hypothetical <SEP> 12. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 988 <SEP> yjjH <SEP> 25% <SEP> CAB48940 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> abyssi
<tb> 989 <SEP> prfB <SEP> 52% <SEP> P28367 <SEP> peptide <SEP> chain <SEP> release <SEP> factor <SEP> 2 <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 990 <SEP> ftsE <SEP> 63% <SEP> 034814 <SEP> cell <SEP> division <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 991 <SEP> ftsX <SEP> 38% <SEP> 034876 <SEP> cell <SEP> division <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 992 <SEP> nrdF <SEP> 47% <SEP> 069274 <SEP> ribonucleotide <SEP> reductase <SEP> subunit <SEP> r2f;
<tb> Corynebacterium <SEP> ammoniagenes
<tb> 993 <SEP> nrdE <SEP> 51% <SEP> Q9XD63 <SEP> ribonucleotide <SEP> reductase <SEP> alpha-chain;
<tb> Corynebacterium <SEP> glutamicum
<tb> 994 <SEP> ndrI <SEP> 93% <SEP> Q48709 <SEP> nrdi <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 995 <SEP> ndrH <SEP> 98% <SEP> Q48708 <SEP> glutaredoxin-like <SEP> protein <SEP> nrdh <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 996 <SEP> ykaC <SEP> 58% <SEP> Q9X972 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> gordonii
<tb> 997 <SEP> parE <SEP> 79% <SEP> Q59961 <SEP> topoisomerase <SEP> iv <SEP> subunit <SEP> b <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 998 <SEP> ykaE <SEP> putative
<tb> 999 <SEP> ykaF <SEP> 37% <SEP> CAB60666 <SEP> hypothetical <SEP> 25. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> japonicum
<tb> 1000 <SEP> dnaQ <SEP> 42% <SEP> Q9zhf6 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> iii, <SEP> alpha <SEP> chain <SEP> polc-type;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 1001 <SEP> ykbA <SEP> 39% <SEP> P52077 <SEP> elaa <SEP> protein; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1002 <SEP> parC <SEP> 71% <SEP> Q9X5Y7 <SEP> parc; <SEP> Streptococcus <SEP> mitis
<tb> 1003 <SEP> ykbB <SEP> 23% <SEP> Q9WW83 <SEP> hypothetical <SEP> 34. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1004 <SEP> ykbC <SEP> 23% <SEP> P40889 <SEP> hypothetical <SEP> 197. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> fsp2 <SEP> 5'region;
<tb> Saccharomyces <SEP> cerevisiae
<tb> 1005 <SEP> ykbD <SEP> putative
<tb> 1006 <SEP> ykbE <SEP> putative
<tb> 1007 <SEP> ykbF <SEP> putative
<tb> 1008 <SEP> ykcA <SEP> putative
<tb> 1009 <SEP> ykcB <SEP> putative
<tb> 1010 <SEP> ykcC <SEP> putative
<tb> 1011 <SEP> ribG <SEP> 45% <SEP> P50853 <SEP> riboflavin-specific <SEP> deaminase <SEP> ; <SEP> Actinobacillus
<tb> pleuropneumoniae
<tb> 1012 <SEP> ribB <SEP> 58% <SEP> P50854 <SEP> riboflavin <SEP> synthase <SEP> alpha <SEP> chain <SEP> ;
<tb> pleuropneumoniae
<tb> 1013 <SEP> ribA <SEP> 60% <SEP> P50855 <SEP> riboflavin <SEP> biosynthesis <SEP> protein <SEP> riba <SEP> [includes:
<tb> gtp <SEP> cyclohydrolase <SEP> ii <SEP> ; <SEP> 3,4-dihydroxy-2-butanone
<tb> 4-ph. <SEP> Actinobacillus <SEP> pleuropneumoniae
<tb> 1014 <SEP> ribH <SEP> 67% <SEP> P50856 <SEP> 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine <SEP> synthase
<tb> (riboflavin <SEP> synthase <SEP> beta. <SEP> Actinobacillus
<tb> pleuropneumoniae
<tb> 1015 <SEP> lspA <SEP> 78% <SEP> Q48729 <SEP> signal <SEP> peptidase <SEP> type <SEP> ii <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1016 <SEP> ykcD <SEP> 59% <SEP> Q45480 <SEP> hypothetical <SEP> 33. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> lsp-pyrr
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1017 <SEP> ykcE <SEP> 47% <SEP> P73185 <SEP> hypothetical <SEP> 16. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Synechocystis <SEP> sp
<tb> 1018 <SEP> ykcF <SEP> putative
<tb> 1019 <SEP> ykcG <SEP> 50% <SEP> 034755 <SEP> hypothetical <SEP> 38. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> tnra-sspd
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1020 <SEP> lrrE <SEP> 41% <SEP> 034903 <SEP> ykog <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1021 <SEP> ykdA <SEP> putative
<tb> 1022 <SEP> kinE <SEP> 73% <SEP> 007386 <SEP> histidine <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1023 <SEP> ykdB <SEP> 66% <SEP> 007387 <SEP> histidine <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1024 <SEP> glmS <SEP> 59% <SEP> P39754 <SEP> B <SEP> glucosamine--fructose-6-phosphate
<tb> aminotransferase <SEP> [isomerizing] <SEP> (1-glutamine...
<tb>

1025 <SEP> radC <SEP> 40% <SEP> Q02170 <SEP> dna <SEP> repair <SEP> protein <SEP> radc <SEP> homolog; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1026 <SEP> pi201 <SEP> 99% <SEP> Q38325 <SEP> integrase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1027 <SEP> pi202 <SEP> 91% <SEP> Q38183 <SEP> orf <SEP> 3; <SEP> Bacteriophage <SEP> tp901-l
<tb> 1028 <SEP> pi203 <SEP> 95% <SEP> Q38182 <SEP> orf2; <SEP> Bacteriophage <SEP> tp901-l
<tb> 1029 <SEP> pi204 <SEP> 98% <SEP> 048503 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tp901-l
<tb> 1030 <SEP> pi205 <SEP> 100% <SEP> 048504 <SEP> hypothetical <SEP> 8. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tp901-l
<tb> 1031 <SEP> pi206 <SEP> 100% <SEP> 048505 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tp901-l
<tb> 1032 <SEP> pi207 <SEP> 100% <SEP> Q38331 <SEP> orflll; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1033 <SEP> pi208 <SEP> 98% <SEP> Q9XJEO <SEP> hypothetical <SEP> 9.9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tuc2009
<tb> 1034 <SEP> pi209 <SEP> 100% <SEP> Q38272 <SEP> orf7l; <SEP> Lactococcus <SEP> bacteriophage
<tb> 1035 <SEP> pi210 <SEP> 100% <SEP> Q9XJE3 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tuc2009
<tb> 1036 <SEP> pi211 <SEP> 94% <SEP> Q9XJE4 <SEP> putative <SEP> topoisomerase <SEP> i; <SEP> Bacteriophage <SEP> tuc2009
<tb> 1037 <SEP> pi212 <SEP> 87% <SEP> Q9XJE5 <SEP> putative <SEP> single <SEP> stranded <SEP> binding <SEP> protein;
<tb> Bacteriophage <SEP> tuc2009
<tb> 1038 <SEP> pi213 <SEP> 94% <SEP> Q9XJE6 <SEP> putative <SEP> replisome <SEP> organiser <SEP> protein;
<tb> Bacteriophage <SEP> tuc2009
<tb> 1039 <SEP> pi214 <SEP> 99% <SEP> Q9XJE7 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tuc2009
<tb> 1040 <SEP> pi215 <SEP> 88% <SEP> Q9XJE9 <SEP> hypothetical <SEP> 15. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tuc2009
<tb> 1041 <SEP> pi216 <SEP> 93% <SEP> Q38101 <SEP> orfl5; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb> 1042 <SEP> pi217 <SEP> putative
<tb> 1043 <SEP> pi218 <SEP> 71% <SEP> Q9XJF1 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tuc2009
<tb> 1044 <SEP> pi219 <SEP> putative
<tb> 1045 <SEP> pi220 <SEP> 72% <SEP> Q9XJF3 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tuc2009
<tb> 1046 <SEP> pi221 <SEP> 99% <SEP> Q38106 <SEP> dutpase; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb> 1047 <SEP> pi222 <SEP> putative
<tb> 1048 <SEP> pi223 <SEP> putative
<tb> 1049 <SEP> pi224 <SEP> putative
<tb> 1050 <SEP> pi225 <SEP> putative
<tb> 1051 <SEP> pi226 <SEP> 84% <SEP> 053058 <SEP> hypothetical <SEP> 11. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1052 <SEP> pi227 <SEP> putative
<tb> 1053 <SEP> pi228 <SEP> 31% <SEP> Q9XJD9 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> dtl
<tb> 1054 <SEP> pi229 <SEP> putative
<tb> 1055 <SEP> pi230 <SEP> 22% <SEP> Q9XJT6 <SEP> putative <SEP> terminase; <SEP> Bacteriophage <SEP> d3
<tb> 1056 <SEP> pi231 <SEP> putative
<tb> 1057 <SEP> pi232 <SEP> 30% <SEP> Q9ZXF7 <SEP> orf26; <SEP> Bacteriophage <SEP> phi-105
<tb> 1058 <SEP> pi233 <SEP> 31% <SEP> P25386 <SEP> intracellular <SEP> protein <SEP> transport <SEP> protein <SEP> usol;
<tb> Saccharomyces <SEP> cerevisiae
<tb> 1059 <SEP> pi234 <SEP> putative
<tb> 1060 <SEP> pi235 <SEP> putative
<tb> 1061 <SEP> pi236 <SEP> putative
<tb> 1062 <SEP> pi237 <SEP> putative
<tb> 1063 <SEP> pi238 <SEP> putative
<tb> 1064 <SEP> pi239 <SEP> 24% <SEP> Q9ZXE9 <SEP> orf34; <SEP> Bacteriophage <SEP> phi-105
<tb> 1065 <SEP> pi240 <SEP> putative
<tb> 1066 <SEP> pi241 <SEP> putative
<tb> 1067 <SEP> pi242 <SEP> 22% <SEP> P26812 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> mcp <SEP> 3' <SEP> r gion;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> bacteriophage <SEP> f4-1
<tb> 1068 <SEP> pi243 <SEP> 26% <SEP> CAB52531 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactobacillus
<tb> bacteriophage <SEP> phi <SEP> adh
<tb>

<tb>
<tb> 1069 <SEP> pi244 <SEP> 41% <SEP> 051277 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Borrelia
<tb> burgdorferi
<tb> 1070 <SEP> pi245 <SEP> putative
<tb> 1071 <SEP> pi246 <SEP> putative
<tb> 1072 <SEP> pi247 <SEP> putative
<tb> 1073 <SEP> pi248 <SEP> putative
<tb> 1074 <SEP> pi249 <SEP> putative
<tb> 1075 <SEP> pi250 <SEP> 95% <SEP> Q38321 <SEP> orf75 <SEP> ; <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1076 <SEP> pi251 <SEP> 91% <SEP> Q38322 <SEP> orf95 <SEP> ; <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1077 <SEP> pi252 <SEP> 98% <SEP> Q38323 <SEP> orf259; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1078 <SEP> ykhD <SEP> 48% <SEP> 005521 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ydih; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1079 <SEP> ykhE <SEP> 45% <SEP> 031602 <SEP> yjbd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1080 <SEP> ykhF <SEP> 51% <SEP> 005519 <SEP> hypothetical <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> ydif; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1081 <SEP> ykhG <SEP> putative
<tb> 1082 <SEP> ykhH <SEP> putative
<tb> 1083 <SEP> ykhJ <SEP> putative
<tb> 1084 <SEP> ykhI <SEP> 27% <SEP> 030416 <SEP> positive <SEP> regulator <SEP> gadr <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1085 <SEP> ykhK <SEP> putative
<tb> 1086 <SEP> pyrE <SEP> 72% <SEP> Q9ZHA6 <SEP> orotate <SEP> phosphoribosyltransferase <SEP> pyre;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1087 <SEP> pyrC <SEP> 42% <SEP> 066990 <SEP> dihydroorotase; <SEP> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1088 <SEP> dnaD <SEP> 41% <SEP> P95775 <SEP> orf2 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 1089 <SEP> nth <SEP> 49% <SEP> P39788 <SEP> probable <SEP> endonuclease <SEP> iii <SEP> (dna-; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1090 <SEP> ykiC <SEP> 49% <SEP> P95776 <SEP> orf3 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 1091 <SEP> ykiD <SEP> 46% <SEP> P95777 <SEP> orf4 <SEP> protein; <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 1092 <SEP> ykiE <SEP> 23% <SEP> Q9X563 <SEP> hypothetical <SEP> 14.2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> faecium
<tb> 1093 <SEP> ykiF <SEP> 41% <SEP> P09997 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> ibpa-gyrb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1094 <SEP> ykiG <SEP> 51% <SEP> P39651 <SEP> hypothetical <SEP> 51. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> pta <SEP> 3'region;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1095 <SEP> ykiH <SEP> putative
<tb> 1096 <SEP> ykiI <SEP> putative
<tb> 1097 <SEP> rplU <SEP> 67% <SEP> P26908 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 121 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1098 <SEP> ykjA <SEP> 35% <SEP> P26942 <SEP> hypothetical <SEP> 12. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> rplu-rpma
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1099 <SEP> rpmA <SEP> 74% <SEP> Q44312 <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 127 <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 1100 <SEP> ykjB <SEP> 41% <SEP> AAD46619 <SEP> nramp <SEP> protein <SEP> mnth2 <SEP> ; <SEP> aeruginosa
<tb> 1101 <SEP> ykjC <SEP> putative
<tb> 1102 <SEP> phoL <SEP> 62% <SEP> P46343 <SEP> phoh-like <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1103 <SEP> ykjE <SEP> 40% <SEP> P46351 <SEP> hypothetical <SEP> 45. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> thiaminase <SEP> i
<tb> 5'r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1104 <SEP> ykjF <SEP> 61% <SEP> 051806 <SEP> diacyglycerol <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 1105 <SEP> dgkA <SEP> 68% <SEP> Q05888 <SEP> diacylglycerol <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 1106 <SEP> ykjH <SEP> 30% <SEP> Q45226 <SEP> signal <SEP> peptidase <SEP> sips; <SEP> Bradyrhizobium <SEP> japonicum
<tb> 1107 <SEP> comFC <SEP> 36% <SEP> P39147 <SEP> comf <SEP> operon <SEP> protein <SEP> 3; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1108 <SEP> comFA <SEP> 36% <SEP> P39145 <SEP> comf <SEP> operon <SEP> protein <SEP> 1 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1109 <SEP> ykjI <SEP> 46% <SEP> P32437 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> degs-tago
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1110 <SEP> ykjJ <SEP> 41% <SEP> CAB61225 <SEP> vayz <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> circulans
<tb> 1111 <SEP> ykjK <SEP> 39% <SEP> 006378 <SEP> hypothetical <SEP> 39. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Mycobacterium
<tb> tuberculosis
<tb> 1112 <SEP> nucA <SEP> 30% <SEP> Q9X6T9 <SEP> 5'-nucleotidase <SEP> nuca <SEP> precursor; <SEP> Haemophilus
<tb> influenzae
<tb> 1113 <SEP> glySa <SEP> 71% <SEP> P54380 <SEP> glycyl-trna <SEP> synthetase <SEP> alpha <SEP> chain; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1114 <SEP> glySb <SEP> 41% <SEP> P54381 <SEP> glycyl-trna <SEP> synthetase <SEP> beta <SEP> chain; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 1115 <SEP> ylaC <SEP> 32% <SEP> 031818 <SEP> ynzc <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1116 <SEP> ylaD <SEP> 30% <SEP> Q9Z9W7 <SEP> transposase <SEP> protein <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 1117 <SEP> ylaE <SEP> 45% <SEP> P54455 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> arod-comer
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1118 <SEP> ylaF <SEP> 61% <SEP> 032090 <SEP> yuek <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacillussubtilis
<tb> 1119 <SEP> ylaG <SEP> 30% <SEP> P46854 <SEP> hypothetical <SEP> 18. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> gntr-ggt
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1120 <SEP> nadE <SEP> 65% <SEP> P18843 <SEP> nh-dependent <SEP> nad <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> coli
<tb> 1121 <SEP> ylbA <SEP> 53% <SEP> 028456 <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 1122 <SEP> ylbB <SEP> 24% <SEP> 028455 <SEP> hypothetical <SEP> 89. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> fulgidus
<tb> 1123 <SEP> cobQ <SEP> 43% <SEP> Q9ZGG8 <SEP> cobyric <SEP> acid <SEP> synthase <SEP> cobq <SEP> ;
<tb> mobilis
<tb> 1124 <SEP> ylbD <SEP> 33% <SEP> Q9ZGG7 <SEP> udp-n-acetylmuramyl <SEP> tripeptide <SEP> synthetase <SEP> mure;
<tb> Heliobacillus <SEP> mobilis
<tb> 1125 <SEP> aldC <SEP> 35% <SEP> P95676 <SEP> alpha-acetolactate <SEP> decarboxylase <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1126 <SEP> lepA <SEP> 74% <SEP> P37949 <SEP> gtp-binding <SEP> protein <SEP> lepa; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1127 <SEP> ylbE <SEP> 36% <SEP> 007609 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1128 <SEP> ylcA <SEP> 53% <SEP> BAA35634 <SEP> hypothetical <SEP> 52. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> ebgc-uxaa
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> ; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1129 <SEP> gyrA <SEP> 71% <SEP> CAA06715 <SEP> dna <SEP> gyrase <SEP> subunit <SEP> a <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 1130 <SEP> apbE <SEP> 30% <SEP> Q9X1N9 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> maritima
<tb> 1131 <SEP> ylcC <SEP> 40% <SEP> P94587 <SEP> mbl, <SEP> flh <SEP> [o,p], <SEP> rapd,ywp[b,c,d,e,f,g,h,i,j] <SEP> and
<tb> ywqa <SEP> genes; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1132 <SEP> ylcD <SEP> putative
<tb> 1133 <SEP> ylcE <SEP> putative
<tb> 1134 <SEP> ylcF <SEP> putative
<tb> 1135 <SEP> ylcG <SEP> 28% <SEP> P94974 <SEP> hypothetical <SEP> 128. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 1136 <SEP> yldA <SEP> putative
<tb> 1137 <SEP> yldB <SEP> 30% <SEP> 006251 <SEP> hypothetical <SEP> 26. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 1138 <SEP> pcrA <SEP> 53% <SEP> P56255 <SEP> atp-dependent <SEP> helicase <SEP> pcra; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 1139 <SEP> mutX <SEP> 32% <SEP> P41354 <SEP> mutator <SEP> mutt <SEP> protein <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 1140 <SEP> tag <SEP> 46% <SEP> Q9X6Y6 <SEP> putative <SEP> dna-3-methyladenine <SEP> glycosydase <SEP> i;
<tb> Bifidobacterium <SEP> longum
<tb> 1141 <SEP> yldC <SEP> 66% <SEP> 032784 <SEP> hypothetical <SEP> 16. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1142 <SEP> frdC <SEP> 43% <SEP> Q9X969 <SEP> fumarate <SEP> reductase <SEP> flavocytochrome <SEP> c3 <SEP> ;
<tb> Shewanella <SEP> frigidimarina
<tb> 1143 <SEP> yldE <SEP> putative
<tb> 1144 <SEP> truB <SEP> 73% <SEP> 032785 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1145 <SEP> ribC <SEP> 48% <SEP> 034127 <SEP> macrolide-efflux <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Streptococcus
<tb> agalactiae
<tb> 1146 <SEP> ldhX <SEP> 35% <SEP> P94885 <SEP> 1-lactate <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1147 <SEP> yleB <SEP> 29% <SEP> 050983 <SEP> outer <SEP> surface <SEP> protein, <SEP> putative <SEP> ;
<tb> burgdorferi
<tb> 1148 <SEP> yleC <SEP> 52% <SEP> 031420 <SEP> ybbi <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1149 <SEP> yleD <SEP> 42% <SEP> Q45579 <SEP> ybbf <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1150 <SEP> yleE <SEP> 52% <SEP> P40739 <SEP> pts <SEP> system, <SEP> beta-glucosides-specific <SEP> iiabc
<tb> component <SEP> (ec. <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1151 <SEP> yleF <SEP> 31% <SEP> Q45581 <SEP> hypothetical <SEP> 33. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1152 <SEP> tpiA <SEP> 99% <SEP> P50918 <SEP> triosephosphate <SEP> isomerase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1153 <SEP> yleG <SEP> 29% <SEP> P12256 <SEP> penicillin <SEP> acylase <SEP> ; <SEP> sphaericus
<tb> 1154 <SEP> ylfA <SEP> putative
<tb> 1155 <SEP> ylfB <SEP> 28% <SEP> BAA35232 <SEP> orf-id:ol66#5; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb>

<tb>
<tb> 1156 <SEP> ylfC <SEP> 47% <SEP> P77174 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> csta-dsbg
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1157 <SEP> hemN <SEP> 45% <SEP> CAB61616 <SEP> hemn <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1158 <SEP> ylfD <SEP> 25% <SEP> P34020 <SEP> autolytic <SEP> lysozyme; <SEP> Clostridium <SEP> acetobutylicum
<tb> 1159 <SEP> ylfE <SEP> 50% <SEP> CAB49495 <SEP> dcmp <SEP> deaminase, <SEP> putative; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 1160 <SEP> ylfF <SEP> 25% <SEP> Q42714 <SEP> oleoyl-acyl <SEP> carrier <SEP> protein <SEP> thioesterase
<tb> precursor <SEP> (s-acyl <SEP> fatty <SEP> acid <SEP> synthase <SEP> thioeste.
<tb>

Carthamus <SEP> tinctorius
<tb> 1161 <SEP> ylfG <SEP> 28% <SEP> 004792 <SEP> acyl-acp <SEP> thioesterase; <SEP> Garcinia <SEP> mangostana
<tb> 1162 <SEP> ylfH <SEP> 45% <SEP> 032125 <SEP> yutf <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1163 <SEP> ylfI <SEP> putative
<tb> 1164 <SEP> guaC <SEP> 74% <SEP> 005269 <SEP> hypothetical <SEP> 35. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1165 <SEP> xpt <SEP> 68% <SEP> CAA13587 <SEP> xanthine <SEP> phosphoribosyltransferase;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1166 <SEP> pbuX <SEP> 48% <SEP> P42086 <SEP> xanthine <SEP> permease <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1167 <SEP> ylgB <SEP> putative
<tb> 1168 <SEP> ylgC <SEP> 57% <SEP> P32813 <SEP> hypothetical <SEP> 18. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> glda <SEP> 3'region;
<tb> Bacillus <SEP> stearothermophilus
<tb> 1169 <SEP> dfrA <SEP> 92% <SEP> Q59487 <SEP> dihydrofolate <SEP> reductase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1170 <SEP> clpX <SEP> 64% <SEP> P50866 <SEP> atp-dependent <SEP> clp <SEP> protease <SEP> atp-binding <SEP> subunit
<tb> clpx; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1171 <SEP> ysxL <SEP> 66% <SEP> P38424 <SEP> hypothetical <SEP> gtp-binding <SEP> protein <SEP> in <SEP> lona-hema
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1172 <SEP> folB <SEP> 32% <SEP> AAF09757 <SEP> dihydroneopterin <SEP> aldolase <SEP> ;
<tb> radiodurans
<tb> 1173 <SEP> folE <SEP> 48% <SEP> AAF09628 <SEP> gtp <SEP> cyclohydrolase <SEP> i <SEP> ; <SEP> radiodurans
<tb> 1174 <SEP> folP <SEP> 36% <SEP> 067448 <SEP> dihydropteroate <SEP> synthase; <SEP> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1175 <SEP> ylgG <SEP> putative
<tb> 1176 <SEP> folC <SEP> 41% <SEP> Q05865 <SEP> folylpolyglutamate <SEP> synthase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1177 <SEP> ylhA <SEP> 76% <SEP> Q9ZB43 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> pyogenes
<tb> 1178 <SEP> hom <SEP> 91% <SEP> P52985 <SEP> homoserine <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1179 <SEP> thrB <SEP> 78% <SEP> P52991 <SEP> homoserine <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1180 <SEP> ylhB <SEP> putative
<tb> 1181 <SEP> murB <SEP> 39% <SEP> AAD53934 <SEP> udp-n-acetylenolpyruvoylglucosamine <SEP> reductase <SEP> ;
<tb> Zymomonas <SEP> mobilis
<tb> 1182 <SEP> potA <SEP> 46% <SEP> 051587 <SEP> spermidine/putrescine <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atpbinding <SEP> protein <SEP> ; <SEP> burgdorferi
<tb> 1183 <SEP> potB <SEP> 32% <SEP> 085819 <SEP> potb; <SEP> Actinobacillus <SEP> actinomycetemcomitans
<tb> 1184 <SEP> potC <SEP> 38% <SEP> 051585 <SEP> spermidine/putrescine <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> permease
<tb> protein; <SEP> Borrelia <SEP> burgdorferi
<tb> 1185 <SEP> potD <SEP> 43% <SEP> P23861 <SEP> spermidine/putrescine-binding <SEP> periplasmic
<tb> protein <SEP> precursor; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1186 <SEP> yliA <SEP> 28% <SEP> P49330 <SEP> rgg <SEP> protein; <SEP> Streptococcus <SEP> gordonii <SEP> challis
<tb> 1187 <SEP> yliB <SEP> 24% <SEP> 058549 <SEP> 459aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> methyltransferase;
<tb> Pyrococcus <SEP> horikoshii
<tb> 1188 <SEP> yliC <SEP> 25% <SEP> CAB49999 <SEP> multidrug <SEP> resistance <SEP> protein; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 1189 <SEP> yliD <SEP> 31% <SEP> Q9WYH7 <SEP> permease, <SEP> putative; <SEP> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 1190 <SEP> yliE <SEP> putative
<tb> 1191 <SEP> yliF <SEP> putative
<tb> 1192 <SEP> yliG <SEP> putative
<tb> 1193 <SEP> clsB <SEP> 41% <SEP> P71040 <SEP> hypothetical <SEP> 55. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> spoiiq-mta
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1194 <SEP> yliI <SEP> 33% <SEP> 008365 <SEP> probable <SEP> cation-transporting <SEP> atpase <SEP> e;
<tb> Mycobacterium <SEP> tuberculosis
<tb> 1195 <SEP> yljA <SEP> 33% <SEP> Q9Z4W5 <SEP> putative <SEP> integral <SEP> membrane <SEP> atpase <SEP> ;
<tb> coelicolor
<tb> 1196 <SEP> yljB <SEP> 47% <SEP> 051589 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> burgdorferi
<tb> 1197 <SEP> yljC <SEP> 32% <SEP> P26833 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> nagh <SEP> 5'region;
<tb> Clostridium <SEP> perfringens
<tb>

<tb>
<tb> 1198 <SEP> yljD <SEP> putative
<tb> 1199 <SEP> yljE <SEP> 43% <SEP> 031503 <SEP> yefa <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1200 <SEP> yljF <SEP> 52% <SEP> Q55555 <SEP> orfl; <SEP> Synechocystis <SEP> sp
<tb> 1201 <SEP> yljG <SEP> 77% <SEP> 032813 <SEP> lactococcus <SEP> lactis <SEP> orfa <SEP> and <SEP> orfb <SEP> genes, <SEP> partial
<tb> cds <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1202 <SEP> yljH <SEP> 60% <SEP> 032814 <SEP> lactococcus <SEP> lactis <SEP> orfa <SEP> and <SEP> orfb <SEP> genes, <SEP> partial
<tb> cds <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1203 <SEP> yljI <SEP> 79% <SEP> 032814 <SEP> lactococcus <SEP> lactis <SEP> orfa <SEP> and <SEP> orfb <SEP> genes, <SEP> partial
<tb> cds <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1204 <SEP> yljJ <SEP> 96% <SEP> Q48633 <SEP> alpha-acetolactate <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1205 <SEP> als <SEP> 97% <SEP> Q48634 <SEP> alpha-acetolactate <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1206 <SEP> ymaB <SEP> putative
<tb> 1207 <SEP> mae <SEP> 62% <SEP> CAB60039 <SEP> putative <SEP> malic <SEP> enzyme; <SEP> Weissella
<tb> paramesenteroides
<tb> 1208 <SEP> ymaE <SEP> 35% <SEP> Q48797 <SEP> malate <SEP> permease <SEP> ; <SEP> Oenococcus <SEP> oeni
<tb> 1209 <SEP> ymaF <SEP> 49% <SEP> CAA57770 <SEP> malate <SEP> permease <SEP> ; <SEP> Oenococcus <SEP> oeni
<tb> 1210 <SEP> ymaG <SEP> putative
<tb> 1211 <SEP> cliR <SEP> 41% <SEP> 086289 <SEP> regulatory <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Leuconostoc <SEP> mesenteroides
<tb> 1212 <SEP> citC <SEP> 48% <SEP> CAB60040 <SEP> putative <SEP> citrate <SEP> lyase <SEP> ligase; <SEP> Weissella
<tb> paramesenteroides
<tb> 1213 <SEP> citD <SEP> 60% <SEP> CAB60041 <SEP> putative <SEP> gamma <SEP> subunit <SEP> of <SEP> citrate <SEP> lyase;
<tb> Weissella <SEP> paramesenteroides
<tb> 1214 <SEP> citE <SEP> 67% <SEP> 053078 <SEP> citrate <SEP> lyase <SEP> beta <SEP> chain <SEP> ; <SEP> Leuconostoc
<tb> mesenteroides
<tb> 1215 <SEP> citF <SEP> 80% <SEP> CAB60043 <SEP> putative <SEP> alfa <SEP> subunit <SEP> of <SEP> citrate <SEP> lyase;
<tb> Weissella <SEP> paramesenteroides
<tb> 1216 <SEP> citG <SEP> 46% <SEP> 053080 <SEP> citg <SEP> protein <SEP> ; <SEP> mesenteroides
<tb> 1217 <SEP> ymbA <SEP> 29% <SEP> Q54877 <SEP> integrase <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 1218 <SEP> ymbC <SEP> putative
<tb> 1219 <SEP> ymbD <SEP> putative
<tb> 1220 <SEP> ymbE <SEP> 26% <SEP> 005949 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> i <SEP> ; <SEP> prowazekii
<tb> 1221 <SEP> ymbF <SEP> putative
<tb> 1222 <SEP> ymbG <SEP> putative
<tb> 1223 <SEP> ymbH <SEP> 23% <SEP> Q58437 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mj1031; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 1224 <SEP> tra981E <SEP> 91% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1225 <SEP> ymbI <SEP> 98% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1226 <SEP> ymbJ <SEP> 32% <SEP> 032802 <SEP> x42 <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1227 <SEP> ymbK <SEP> putative
<tb> 1228 <SEP> ymcA <SEP> putative
<tb> 1229 <SEP> ymcB <SEP> 21% <SEP> Q9X336 <SEP> pxol-66 <SEP> ; <SEP> anthracis
<tb> 1230 <SEP> ymcC <SEP> putative
<tb> 1231 <SEP> ymcD <SEP> 98% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1232 <SEP> tra981F <SEP> 91% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1233 <SEP> ymcE <SEP> 44% <SEP> 006027 <SEP> epsr <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1234 <SEP> ymcF <SEP> 30% <SEP> P32653 <SEP> muramidase-released <SEP> protein <SEP> precursor;
<tb> Streptococcus <SEP> suis
<tb> 1235 <SEP> ymcG <SEP> 31% <SEP> Q9XAS7 <SEP> r5 <SEP> protein <SEP> precursor <SEP> ; <SEP> Streptococcusagalactiae
<tb> 1236 <SEP> tra905 <SEP> 96% <SEP> P35881 <SEP> transposase <SEP> for <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> element
<tb> is905 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1237 <SEP> ymcH <SEP> 93% <SEP> Q02146 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> hisc <SEP> 5'region;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1238 <SEP> hisC <SEP> 98% <SEP> Q02135 <SEP> histidinol-phosphate <SEP> aminotransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1239 <SEP> hisX <SEP> 91% <SEP> Q02147 <SEP> hypothetical <SEP> 38. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> hisc-hisg
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1240 <SEP> hisG <SEP> 98% <SEP> Q02129 <SEP> atp <SEP> phosphoribosyltransferase <SEP> ;
<tb> Lactococcuslactis
<tb> 1241 <SEP> hisD <SEP> 93% <SEP> Q02136 <SEP> histidinol <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1242 <SEP> ymdA <SEP> 87% <SEP> Q02148 <SEP> hypothetical <SEP> 30. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> hisd-hisb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 1243 <SEP> hisB <SEP> 98% <SEP> Q02134 <SEP> imidazoleglycerol-phosphate <SEP> dehydratase <SEP> ;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1244 <SEP> ymdC <SEP> 99% <SEP> Q02149 <SEP> probable <SEP> aminoglycoside <SEP> 3'-phosphotransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1245 <SEP> hisH <SEP> 98% <SEP> Q02132 <SEP> amidotransferase <SEP> hish <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1246 <SEP> hisA <SEP> 96% <SEP> Q02131 <SEP> phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole
<tb> carboxamide <SEP> ribotide <SEP> isomerase <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1247 <SEP> hisF <SEP> 89% <SEP> Q02133 <SEP> hisf <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Lactococcuslactis
<tb> 1248 <SEP> hisI <SEP> 99% <SEP> Q02130 <SEP> histidine <SEP> biosynthesis <SEP> bifunctional <SEP> protein
<tb> hisie <SEP> [includes: <SEP> phosphoribosyl-amp
<tb> cyclohydrolase <SEP> ; <SEP> phosphori. <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1249 <SEP> hisK <SEP> 95% <SEP> Q02150 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> hisie <SEP> 3'region;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1250 <SEP> ymdE <SEP> 99% <SEP> 034131 <SEP> hypothetical <SEP> 36. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> Lactococcuslactis
<tb> 1251 <SEP> leuA <SEP> 93% <SEP> Q02141 <SEP> 2-isopropylmalate <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1252 <SEP> leuB <SEP> 99% <SEP> Q02143 <SEP> 3-isopropylmalate <SEP> dehydrogenase <SEP> ;
<tb> Lactococcuslactis
<tb> 1253 <SEP> ymeA <SEP> putative
<tb> 1254 <SEP> leuC <SEP> 93% <SEP> Q02142 <SEP> 3-isopropylmalate <SEP> dehydratase <SEP> large <SEP> subunit;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1255 <SEP> leuD <SEP> 100% <SEP> Q02144 <SEP> 3-isopropylmalate <SEP> dehydratase <SEP> small <SEP> subunit;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1256 <SEP> ymeB <SEP> 86% <SEP> Q02151 <SEP> hypothetical <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> in <SEP> leud <SEP> 3'region; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1257 <SEP> ilvD <SEP> 95% <SEP> Q02139 <SEP> dihydroxy-acid <SEP> dehydratase <SEP> ; <SEP> Lactococcuslactis
<tb> 1258 <SEP> ilvB <SEP> 92% <SEP> Q02137 <SEP> acetolactate <SEP> synthase <SEP> large <SEP> subunit <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1259 <SEP> ilvN <SEP> 98% <SEP> Q02140 <SEP> acetolactate <SEP> synthase <SEP> small <SEP> subunit; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1260 <SEP> ilvC <SEP> 96% <SEP> Q02138 <SEP> ketol-acid <SEP> reductoisomerase <SEP> (alpha-keto-betahydroxylacil <SEP> reductoiso. <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1261 <SEP> ilvA <SEP> 96% <SEP> 034132 <SEP> ilva; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1262 <SEP> aldB <SEP> 100% <SEP> P95676 <SEP> alpha-acetolactate <SEP> decarboxylase; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1263 <SEP> aldR <SEP> 99% <SEP> 034133 <SEP> putative <SEP> regulator <SEP> aldr; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1264 <SEP> ymfB <SEP> putative
<tb> 1265 <SEP> dprA <SEP> 43% <SEP> P39813 <SEP> smf <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1266 <SEP> topA <SEP> 62% <SEP> P39814 <SEP> dna <SEP> topoisomerase <SEP> i; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1267 <SEP> gidC <SEP> 65% <SEP> P39815 <SEP> gid <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1268 <SEP> ymfD <SEP> 70% <SEP> 069155 <SEP> hypothetical <SEP> 41. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> mutans
<tb> 1269 <SEP> ymfE <SEP> putative
<tb> 1270 <SEP> ymgA <SEP> 46% <SEP> 069155 <SEP> hypothetical <SEP> 41. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> mutans
<tb> 1271 <SEP> ymgB <SEP> putative
<tb> 1272 <SEP> ymgD <SEP> putative
<tb> 1273 <SEP> ymgC <SEP> 30% <SEP> 005316 <SEP> hypothetical <SEP> 62. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 1274 <SEP> rlrA <SEP> 30% <SEP> 068014 <SEP> adpl. <SEP> lysr-type <SEP> transcriptional <SEP> activator;
<tb> Acinetobacter <SEP> sp
<tb> 1275 <SEP> ceo <SEP> 94% <SEP> P15244 <SEP> n5-ornithine <SEP> synthase <SEP> (n5--1-ornithine:nadp;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1276 <SEP> ymgF <SEP> 62% <SEP> Q48607 <SEP> putative <SEP> 37-kda <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Lactococcuslactis
<tb> 1277 <SEP> ymgG <SEP> 92% <SEP> Q48606 <SEP> putative <SEP> 20-kda <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Lactococcuslactis
<tb> 1278 <SEP> ymgH <SEP> 43% <SEP> Q48605 <SEP> putative <SEP> 6-kda <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1279 <SEP> ymgI <SEP> putative
<tb> 1280 <SEP> ymgJ <SEP> 49% <SEP> P96594 <SEP> ydas <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1281 <SEP> ymgK <SEP> 53% <SEP> Q9XBS1 <SEP> 2,5-diketo-d-gluconate <SEP> reductase <SEP> ; <SEP> Zymomonas
<tb> mobilis
<tb>

<tb>
<tb> 1282 <SEP> glpF2 <SEP> 55% <SEP> P52281 <SEP> glycerol <SEP> uptake <SEP> facilitator <SEP> protein;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1283 <SEP> glpD <SEP> 53% <SEP> 087017 <SEP> alpha-glycerophosphate <SEP> oxidase; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 1284 <SEP> glpK <SEP> 74% <SEP> 034154 <SEP> glycerol <SEP> kinase; <SEP> Enterococcus <SEP> faecalis
<tb> 1285 <SEP> ymhA <SEP> putative
<tb> 1286 <SEP> tra981G <SEP> 92% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1287 <SEP> ymhB <SEP> 96% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1288 <SEP> ymhC <SEP> putative
<tb> 1289 <SEP> amyL <SEP> 47% <SEP> 031193 <SEP> alpha <SEP> amylase; <SEP> Bacillus <SEP> stearothermophilus
<tb> 1290 <SEP> lctO <SEP> 45% <SEP> Q44467 <SEP> lactate <SEP> oxidase <SEP> ; <SEP> viridans
<tb> 1291 <SEP> aroH <SEP> 41% <SEP> 054459 <SEP> phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate <SEP> aldolase,
<tb> trp-sensitive <SEP> (3-deoxy-d-arabino-he. <SEP> Erwinia
<tb> herbicola
<tb> 1292 <SEP> metF <SEP> 37% <SEP> 067422 <SEP> 5,10-methylenetetrahydrofolate <SEP> reductase;
<tb> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1293 <SEP> metE <SEP> 45% <SEP> Q42699 <SEP> Catharanthus <SEP> roseus <SEP> 5methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine <SEP> methyltransferase <SEP> (...
<tb>

*1294 <SEP> ymiA <SEP> 44% <SEP> 033330 <SEP> transcriptional <SEP> repressor <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 1295 <SEP> mgtA <SEP> 49% <SEP> P39168 <SEP> mg <SEP> transport <SEP> atpase, <SEP> p-type <SEP> 1; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1296 <SEP> dltD <SEP> 90% <SEP> 032815 <SEP> d-alanine <SEP> carrier <SEP> homolog <SEP> dltd; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1297 <SEP> dite <SEP> 41% <SEP> AAF09203 <SEP> dite; <SEP> Lactobacillus <SEP> rhamnosus
<tb> 1298 <SEP> dltB <SEP> 48% <SEP> CAB51920 <SEP> integral <SEP> membrane <SEP> protein; <SEP> Listeria
<tb> monocytogenes
<tb> 1299 <SEP> dltA <SEP> 41% <SEP> AAF09201 <SEP> dlta; <SEP> Lactobacillus <SEP> rhamnosus
<tb> 1300 <SEP> thiE <SEP> 37% <SEP> P39594 <SEP> thiamine-phosphate <SEP> pyrophosphorylase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1301 <SEP> thiDl <SEP> 43% <SEP> P44697 <SEP> phosphomethylpyrimidine <SEP> kinase; <SEP> Haemophilus
<tb> influenzae
<tb> 1302 <SEP> thiM <SEP> 34% <SEP> Q57233 <SEP> hydroxyethylthiazole <SEP> kinase; <SEP> Haemophilus
<tb> influenzae
<tb> 1303 <SEP> ymjE <SEP> 25% <SEP> Q54066 <SEP> icaa; <SEP> Staphylococcus <SEP> epidermidis
<tb> 1304 <SEP> epsK <SEP> 50% <SEP> P97003 <SEP> udp-n-acetylglucosamine-2-epimerase;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1305 <SEP> ymhG <SEP> putative
<tb> 1306 <SEP> ymhH <SEP> putative
<tb> 1307 <SEP> rplL <SEP> 50% <SEP> P02394 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 17/112 <SEP> ; <SEP> Bacillussubtilis
<tb> 1308 <SEP> rplJ <SEP> 61% <SEP> P42923 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 110; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1309 <SEP> ynaA <SEP> putative
<tb> 1310 <SEP> ynaB <SEP> 34% <SEP> P45902 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> in
<tb> spoiiic-cwla <SEP> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1311 <SEP> ynaC <SEP> 36% <SEP> 007549 <SEP> hypothetical <SEP> 76. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1312 <SEP> ynaD <SEP> 40% <SEP> P77265 <SEP> multidrug <SEP> resistance-like <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> mdla; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1313 <SEP> ynaE <SEP> 24% <SEP> P50726 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> sera-fer
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1314 <SEP> rsuB <SEP> 55% <SEP> P35159 <SEP> ribosomal <SEP> large <SEP> subunit <SEP> pseudouridine <SEP> synthase
<tb> b; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1315 <SEP> ynaG <SEP> 42% <SEP> AAF11414 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 1316 <SEP> ynaH <SEP> 37% <SEP> P35154 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> ribt-dacb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1317 <SEP> ynbA <SEP> putative
<tb> 1318 <SEP> ynbB <SEP> 28% <SEP> 031698 <SEP> ykul <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1319 <SEP> ynbC <SEP> 33% <SEP> P94559 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> rph-ilvb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1320 <SEP> ynbD <SEP> 50% <SEP> P94558 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 1321 <SEP> mûri <SEP> 50% <SEP> 031338 <SEP> glutamate <SEP> racemase; <SEP> Bacillus <SEP> cereus
<tb> 1322 <SEP> ynbE <SEP> 37% <SEP> P45708 <SEP> hypothetical <SEP> 8. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> ttk-ccda
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1323 <SEP> lysA <SEP> 39% <SEP> P31851 <SEP> taba <SEP> protein; <SEP> Pseudomonas <SEP> syringae
<tb> 1324 <SEP> gltD <SEP> 47% <SEP> Q51584 <SEP> small <SEP> subunit <SEP> of <SEP> nadh-dependent <SEP> glutamate
<tb> synthase; <SEP> Plectonema <SEP> boryanum
<tb> 1325 <SEP> gltB <SEP> 48% <SEP> P39812 <SEP> glutamate <SEP> synthase <SEP> [nadph] <SEP> large <SEP> chain; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1326 <SEP> yncA <SEP> 44% <SEP> P40892 <SEP> putative <SEP> acetyltransferase <SEP> in <SEP> hxtll-hxt8
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Saccharomyces <SEP> cerevisiae
<tb> 1327 <SEP> bcaT <SEP> 69% <SEP> P54689 <SEP> branched-chain <SEP> amino <SEP> acid <SEP> aminotransferase;
<tb> Haemophilus <SEP> influenzae
<tb> 1328 <SEP> yncB <SEP> 94% <SEP> 030419 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> gadb <SEP> 3'région;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1329 <SEP> gadB <SEP> 97% <SEP> 030418 <SEP> glutamate <SEP> decarboxylase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1330 <SEP> gadC <SEP> 90% <SEP> 030417 <SEP> amino <SEP> acid <SEP> antiporter <SEP> gadc; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1331 <SEP> gadR <SEP> 94% <SEP> 030416 <SEP> positive <SEP> regulator <SEP> gadr; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1332 <SEP> rnhB <SEP> 88% <SEP> 030415 <SEP> ribonuclease <SEP> hii; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1333 <SEP> ylqL <SEP> 46% <SEP> 031743 <SEP> ylqf <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1334 <SEP> yndA <SEP> putative
<tb> 1335 <SEP> yndB <SEP> 28% <SEP> AAF10898 <SEP> carboxymethylenebutenolidase-related <SEP> protein;
<tb> Deinococcus <SEP> radiodurans
<tb> 1336 <SEP> rdrB <SEP> 41% <SEP> P94591 <SEP> similar <SEP> to <SEP> phosphotransferase <SEP> system <SEP> regulator;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1337 <SEP> yndC <SEP> putative
<tb> 1338 <SEP> yndD <SEP> putative
<tb> 1339 <SEP> yndE <SEP> putative
<tb> 1340 <SEP> yndF <SEP> 34% <SEP> P25146 <SEP> internalin <SEP> a <SEP> precursor; <SEP> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 1341 <SEP> yndG <SEP> 57% <SEP> 005703 <SEP> adca <SEP> protein; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1342 <SEP> tra983D <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1343 <SEP> ipd <SEP> 42% <SEP> P71323 <SEP> indolepyruvate <SEP> decarboxylase; <SEP> Erwinia <SEP> herbicola
<tb> 1344 <SEP> rmaF <SEP> 32% <SEP> P31078 <SEP> petp <SEP> protein; <SEP> Rhodobacter <SEP> capsulatus
<tb> 1345 <SEP> rlrC <SEP> 27% <SEP> P73862 <SEP> rubisco <SEP> operon <SEP> transcriptional <SEP> regulator;
<tb> Synechocystis <SEP> sp
<tb> 1346 <SEP> yneB <SEP> 34% <SEP> AAF10396 <SEP> lipase, <SEP> putative; <SEP> Deinococcus <SEP> radiodurans
<tb> 1347 <SEP> yneC <SEP> putative
<tb> 1348 <SEP> yneD <SEP> 38% <SEP> Q9ZKW1 <SEP> putative; <SEP> Helicobacter <SEP> pylori <SEP> j99
<tb> 1349 <SEP> yneE <SEP> 38% <SEP> Q06861 <SEP> possible <SEP> virulence-regulating <SEP> 38 <SEP> kd <SEP> protein;
<tb> Mycobacterium <SEP> tuberculosis
<tb> 1350 <SEP> yneF <SEP> putative
<tb> 1351 <SEP> yneG <SEP> 36% <SEP> AAD51848 <SEP> as4. <SEP> arsd; <SEP> Sinorhizobium <SEP> sp
<tb> 1352 <SEP> yneH <SEP> 29% <SEP> 031602 <SEP> yjbd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1353 <SEP> pabB <SEP> 38% <SEP> Q9ZV26 <SEP> similar <SEP> to <SEP> streptomyces <SEP> papa; <SEP> Arabidopsis
<tb> thaliana
<tb> 1354 <SEP> pabA <SEP> 50% <SEP> P06193 <SEP> para-aminobenzoate <SEP> synthase <SEP> glutamine
<tb> amidotransferase <SEP> component <SEP> ii; <SEP> Salmonella
<tb> typhimurium
<tb> 1355 <SEP> mtsA <SEP> 74% <SEP> Q53891 <SEP> scba; <SEP> Streptococcus <SEP> cristatus
<tb> 1356 <SEP> mtsC <SEP> 59% <SEP> P42361 <SEP> 29 <SEP> kd <SEP> membrane <SEP> protein <SEP> in <SEP> psaa <SEP> 5'région;
<tb> Streptococcus <SEP> gordonii <SEP> challis
<tb> 1357 <SEP> mtsB <SEP> 61% <SEP> 068832 <SEP> putative <SEP> atp-binding <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 1358 <SEP> ynfC <SEP> 29% <SEP> 086747 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 1359 <SEP> ynfD <SEP> 38% <SEP> 050571 <SEP> hypothetical <SEP> 10. <SEP> 1 <SEP> kda <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> firmus
<tb> 1360 <SEP> sbcC <SEP> 22% <SEP> 067124 <SEP> hypothetical <SEP> 115. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1361 <SEP> sbcD <SEP> 34% <SEP> 083634 <SEP> exonuclease, <SEP> putative; <SEP> Treponema <SEP> pallidum
<tb> 1362 <SEP> panE <SEP> 31% <SEP> CAB49673 <SEP> probable <SEP> 2-dehydropantoate <SEP> 2-reductase;
<tb> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 1363 <SEP> ynfG <SEP> 44% <SEP> 031602 <SEP> yjbd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 1364 <SEP> ynfH <SEP> 28% <SEP> Q9X6M3 <SEP> proline/threonine-rich <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Salmonella
<tb> typhi
<tb> 1365 <SEP> yngA <SEP> putative
<tb> 1366 <SEP> yngB <SEP> 59% <SEP> P95752 <SEP> fibronectin-binding <SEP> protein-like <SEP> protein <SEP> a;
<tb> Streptococcus <SEP> gordonii
<tb> 1367 <SEP> yngC <SEP> 46% <SEP> P36999 <SEP> rrna <SEP> -methyltransferase; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1368 <SEP> yngD <SEP> 27% <SEP> P36999 <SEP> rrna <SEP> -methyltransferase; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1369 <SEP> yngE <SEP> 62% <SEP> 005253 <SEP> hypothetical <SEP> 56. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1370 <SEP> yngF <SEP> 34% <SEP> 005254 <SEP> hypothetical <SEP> 36. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1371 <SEP> yngG <SEP> 47% <SEP> 005255 <SEP> hypothetical <SEP> 33. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1372 <SEP> ldh <SEP> 96% <SEP> P94885 <SEP> 1-lactate <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1373 <SEP> pyk <SEP> 98% <SEP> Q07637 <SEP> pyruvate <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1374 <SEP> pfk <SEP> 90% <SEP> Q07636 <SEP> 6-phosphofructokinase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1375 <SEP> ynhA <SEP> putative
<tb> 1376 <SEP> nagA <SEP> 36% <SEP> P96166 <SEP> n-acetylglucosamine-6-phosphate <SEP> deacetylase;
<tb> Vibrio <SEP> furnissii
<tb> 1377 <SEP> ynhC <SEP> 54% <SEP> P37535 <SEP> hypothetical <SEP> 43. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> xpac-abrb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1378 <SEP> ynhD <SEP> 18% <SEP> P37467 <SEP> xpac <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1379 <SEP> gpdA <SEP> 51% <SEP> P46919 <SEP> glycerol-3-phosphate <SEP> dehydrogenase <SEP> [nad+] <SEP> (nad;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1380 <SEP> hasC <SEP> 73% <SEP> 086882 <SEP> utp-glucose-1-phosphate <SEP> uridylyltransferase;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1381 <SEP> ynhH <SEP> 77% <SEP> Q08009 <SEP> export <SEP> element <SEP> bll; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1382 <SEP> ynhI <SEP> 76% <SEP> 032817 <SEP> gerça; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1383 <SEP> ispB <SEP> 96% <SEP> 032818 <SEP> gerce; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1384 <SEP> gidB <SEP> 55% <SEP> P25813 <SEP> glucose <SEP> inhibited <SEP> division <SEP> protein <SEP> b; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1385 <SEP> yniC <SEP> putative
<tb> 1386 <SEP> pyrF <SEP> 97% <SEP> P50924 <SEP> orotidine <SEP> 5'-phosphate <SEP> decarboxylase <SEP> ;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1387 <SEP> pyrDb <SEP> 88% <SEP> P54322 <SEP> dihydroorotate <SEP> dehydrogenase <SEP> b <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1388 <SEP> pyrZ <SEP> 41% <SEP> P46536 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> pyrab-pyrd
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> caldolyticus
<tb> 1389 <SEP> yniG <SEP> 31% <SEP> CAB61253 <SEP> orfb, <SEP> orfc <SEP> and <SEP> hspl8 <SEP> gene; <SEP> Oenococcus <SEP> oeni
<tb> 1390 <SEP> yniH <SEP> 68% <SEP> CAA76860 <SEP> hypothetical <SEP> 44. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> faecalis
<tb> 1391 <SEP> yniI <SEP> 51% <SEP> 086211 <SEP> hypothetical <SEP> 43. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> faecalis
<tb> 1392 <SEP> yniJ <SEP> 33% <SEP> 086210 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> faecalis
<tb> 1393 <SEP> ynjA <SEP> 58% <SEP> BAA35957 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> hi0694; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1394 <SEP> ynjB <SEP> putative
<tb> 1395 <SEP> ynjC <SEP> 23% <SEP> Q9X336 <SEP> pxol-66; <SEP> Bacillus <SEP> anthracis
<tb> 1396 <SEP> ynjD <SEP> 22% <SEP> 017893 <SEP> f55bll.3 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Caenorhabditis <SEP> elegans
<tb> 1397 <SEP> ynjE <SEP> putative
<tb> 1398 <SEP> ynjF <SEP> putative
<tb> 1399 <SEP> ynjG <SEP> 22% <SEP> Q22579 <SEP> similar <SEP> to <SEP> a. <SEP> faecalis <SEP> poly <SEP> depolymerase;
<tb> Caenorhabditis <SEP> elegans
<tb> 1400 <SEP> tra983E <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> pyogenes
<tb> 1401 <SEP> ynjH <SEP> putative
<tb> 1402 <SEP> ynjI <SEP> putative
<tb> 1403 <SEP> ynjJ <SEP> 20% <SEP> 094317 <SEP> serine-rich <SEP> protein <SEP> ; <SEP> pombe
<tb> 1404 <SEP> carB <SEP> 93% <SEP> 032771 <SEP> carbamoylphosphate <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1405 <SEP> gpo <SEP> 93% <SEP> 032770 <SEP> glutathione <SEP> peroxidase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1406 <SEP> acmC <SEP> 48% <SEP> 032083 <SEP> yube <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1407 <SEP> yoaB <SEP> 41% <SEP> 034431 <SEP> ylob <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1408 <SEP> yoaD <SEP> 39% <SEP> Q9ZCA9 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> prowazekii
<tb>

<tb>
<tb> 1409 <SEP> yoaF <SEP> 30% <SEP> 006531 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactobacillus
<tb> fermentum
<tb> 1410 <SEP> yoaG <SEP> putative
<tb> 1411 <SEP> yoaH <SEP> 33% <SEP> 027534 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Methanobacterium
<tb> thermoautotrophicum
<tb> 1412 <SEP> yoaI <SEP> 27% <SEP> P17419 <SEP> possible <SEP> fimbrial <SEP> assembly <SEP> protein <SEP> fimc;
<tb> Bacteroides <SEP> nodosus
<tb> 1413 <SEP> yobA <SEP> 34% <SEP> Q57951 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mj0531; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 1414 <SEP> arsC <SEP> 58% <SEP> P45947 <SEP> putative <SEP> arsenate <SEP> reductase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1415 <SEP> yobC <SEP> putative
<tb> 1416 <SEP> pi301 <SEP> 41% <SEP> Q38326 <SEP> orf258; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1417 <SEP> pi302 <SEP> putative
<tb> 1418 <SEP> pi303 <SEP> putative
<tb> 1419 <SEP> pi304 <SEP> putative
<tb> 1420 <SEP> pi305 <SEP> 97% <SEP> Q38323 <SEP> orf259; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1421 <SEP> pi306 <SEP> 65% <SEP> Q38322 <SEP> orf95; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1422 <SEP> pi307 <SEP> 83% <SEP> Q38133 <SEP> orf47; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb> 1423 <SEP> pi308 <SEP> 97% <SEP> Q38321 <SEP> orf75; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1424 <SEP> pi309 <SEP> 78% <SEP> Q38319 <SEP> orfl904; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1425 <SEP> pi310 <SEP> 78% <SEP> 080183 <SEP> gp57; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus <SEP> bacteriophage
<tb> sfill
<tb> 1426 <SEP> pi311 <SEP> 78% <SEP> 080182 <SEP> gp373; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus <SEP> bacteriophage
<tb> sfill
<tb> 1427 <SEP> pi312 <SEP> 52% <SEP> Q38319 <SEP> orfl904; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1428 <SEP> pi313 <SEP> 38% <SEP> Q38318 <SEP> orf'410; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1429 <SEP> pi314 <SEP> 34% <SEP> 003937 <SEP> minor <SEP> capsid <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage <SEP> phigle
<tb> 1430 <SEP> pi315 <SEP> putative
<tb> 1431 <SEP> pi316 <SEP> putative
<tb> 1432 <SEP> pi317 <SEP> 48% <SEP> 064291 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> sfil9
<tb> 1433 <SEP> pi318 <SEP> 36% <SEP> Q38220 <SEP> orfi; <SEP> Bacteriophage <SEP> 110
<tb> 1434 <SEP> pi319 <SEP> 36% <SEP> Q38219 <SEP> orfa; <SEP> Bacteriophage <SEP> 110
<tb> 1435 <SEP> pi320 <SEP> 29% <SEP> Q9XJA3 <SEP> putative <SEP> head-tail <SEP> joining <SEP> protein;
<tb> Streptococcus <SEP> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> dtl
<tb> 1436 <SEP> pi321 <SEP> 32% <SEP> 064276 <SEP> hypothetical <SEP> 11.8 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> sfi21
<tb> 1437 <SEP> pi322 <SEP> 60% <SEP> Q9XJV7 <SEP> orf397 <SEP> gp; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> bacteriophage <SEP> sfil9
<tb> 1438 <SEP> pi323 <SEP> 49% <SEP> Q9XJAO <SEP> putative <SEP> scaffolding <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> dtl
<tb> 1439 <SEP> pi324 <SEP> 52% <SEP> Q9XJ81 <SEP> orf384 <SEP> gp; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> bacteriophage <SEP> sfi21
<tb> 1440 <SEP> pi325 <SEP> 46% <SEP> Q9XJ98 <SEP> putative <SEP> head-tail <SEP> joining <SEP> protein;
<tb> Streptococcus <SEP> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> dtl
<tb> 1441 <SEP> pi326 <SEP> 62% <SEP> Q9XJWO <SEP> orf623 <SEP> gp; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> bacteriophage <SEP> sfil9
<tb> 1442 <SEP> pi327 <SEP> 44% <SEP> Q9XJ95 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> thermophilus <SEP> bacteriophage <SEP> dtl
<tb> 1443 <SEP> pi328 <SEP> 42% <SEP> CAB52516 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactobacillus
<tb> bacteriophage <SEP> phi <SEP> adh
<tb> 1444 <SEP> pi329 <SEP> putative
<tb> 1445 <SEP> pi330 <SEP> 69% <SEP> 053060 <SEP> hypothetical <SEP> 16. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1446 <SEP> pi331 <SEP> putative
<tb> 1447 <SEP> pi332 <SEP> putative
<tb> 1448 <SEP> pi333 <SEP> 86% <SEP> 021897 <SEP> hypothetical <SEP> 12. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage <SEP> skl
<tb> 1449 <SEP> pi334 <SEP> 46% <SEP> Q38107 <SEP> orf21; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb> 1450 <SEP> pi335 <SEP> 97% <SEP> Q38106 <SEP> dutpase; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb> 1451 <SEP> pi336 <SEP> putative
<tb> 1452 <SEP> pi337 <SEP> 37% <SEP> Q38105 <SEP> orfl9; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb>

<tb>
<tb> 1453 <SEP> pi338 <SEP> 46% <SEP> Q38444 <SEP> orf2; <SEP> Bacteriophage <SEP> t5
<tb> 1454 <SEP> pi339 <SEP> 25% <SEP> Q90767 <SEP> atrial-specific <SEP> myosin <SEP> heavy-chain <SEP> ;
<tb> gallus
<tb> 1455 <SEP> pi340 <SEP> 80% <SEP> Q9XJF1 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuc2009
<tb> 1456 <SEP> pi341 <SEP> 93% <SEP> Q38103 <SEP> orfl7; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt, <SEP> and <SEP> bacteriophage
<tb> tuc2009
<tb> 1457 <SEP> pi342 <SEP> putative
<tb> 1458 <SEP> pi343 <SEP> 88% <SEP> Q38102 <SEP> orfl6; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb> 1459 <SEP> pi344 <SEP> 70% <SEP> Q38101 <SEP> orfl5; <SEP> Bacteriophage <SEP> rlt
<tb> 1460 <SEP> pi345 <SEP> putative
<tb> 1461 <SEP> pi346 <SEP> 37% <SEP> 003914 <SEP> zinc <SEP> finger <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacteriophagephigle
<tb> 1462 <SEP> pi347 <SEP> 35% <SEP> Q9XJE6 <SEP> putative <SEP> replisome <SEP> organiser <SEP> protein;
<tb> Bacteriophage <SEP> tuc2009
<tb> 1463 <SEP> pi348 <SEP> 66% <SEP> Q9XJE5 <SEP> putative <SEP> single <SEP> stranded <SEP> binding <SEP> protein;
<tb> Bacteriophage <SEP> tuc2009
<tb> 1464 <SEP> pi349 <SEP> 31% <SEP> AAF10011 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> radiodurans
<tb> 1465 <SEP> pi350 <SEP> 78% <SEP> 048508 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> Bacteriophagetp901-l
<tb> 1466 <SEP> pi351 <SEP> 100% <SEP> Q38272 <SEP> orf71; <SEP> Lactococcus <SEP> bacteriophage
<tb> 1467 <SEP> pi352 <SEP> 98% <SEP> Q9XJEO <SEP> hypothetical <SEP> 9. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuc2009
<tb> 1468 <SEP> pi353 <SEP> 95% <SEP> Q38333 <SEP> orfll3; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1469 <SEP> pi354 <SEP> putative
<tb> 1470 <SEP> pi355 <SEP> 95% <SEP> 048505 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> Bacteriophagetp901-l
<tb> 1471 <SEP> pi356 <SEP> 59% <SEP> 064369 <SEP> hypothetical <SEP> 9. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> casei <SEP> bacteriophage <SEP> a2
<tb> 1472 <SEP> pi357 <SEP> 56% <SEP> 064370 <SEP> repressor <SEP> ; <SEP> casei <SEP> bacteriophage <SEP> a2
<tb> 1473 <SEP> pi358 <SEP> 37% <SEP> AAF12709 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tpw22
<tb> 1474 <SEP> pi359 <SEP> 33% <SEP> 021991 <SEP> orf203 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> thermophilus
<tb> bacteriophage <SEP> sfi21
<tb> 1475 <SEP> pi360 <SEP> 54% <SEP> Q38159 <SEP> integrase <SEP> ; <SEP> t2
<tb> 1476 <SEP> yofM <SEP> 71% <SEP> P96468 <SEP> ylxm <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 1477 <SEP> lrrB <SEP> 37% <SEP> Q9ZI97 <SEP> putative <SEP> response <SEP> regulator <SEP> ; <SEP> Lactobacillussake
<tb> 1478 <SEP> kinB <SEP> 87% <SEP> 007383 <SEP> histidine <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1479 <SEP> yogA <SEP> putative
<tb> 1480 <SEP> rgrB <SEP> 34% <SEP> 034817 <SEP> yvoa <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1481 <SEP> bmpA <SEP> 48% <SEP> 005252 <SEP> hypothetical <SEP> lipoprotein <SEP> yufn <SEP> precursor;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1482 <SEP> cdd <SEP> 55% <SEP> CAB51906 <SEP> cytidine <SEP> deaminase <SEP> ; <SEP> psychrophilus
<tb> 1483 <SEP> deoC <SEP> 61% <SEP> P39121 <SEP> deoxyribose-phosphate <SEP> aldolase <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 1484 <SEP> yogE <SEP> putative
<tb> 1485 <SEP> pdp <SEP> 55% <SEP> P77836 <SEP> pyrimidine-nucleoside <SEP> phosphorylase <SEP> ;
<tb> Bacillusstearothermophilus
<tb> 1486 <SEP> yogG <SEP> 44% <SEP> Q53753 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> aureus
<tb> 1487 <SEP> coaA <SEP> 43% <SEP> P44793 <SEP> pantothenate <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> influenzae
<tb> 1488 <SEP> yogi <SEP> putative
<tb> 1489 <SEP> yogJ <SEP> 30% <SEP> 085699 <SEP> hypothetical <SEP> 35. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lividans
<tb> 1490 <SEP> yogL <SEP> 51% <SEP> 006027 <SEP> epsr <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1491 <SEP> yogM <SEP> 48% <SEP> P77174 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> csta-dsbg
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1492 <SEP> yohA <SEP> 27% <SEP> BAA35232 <SEP> orf~id:o166#5; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1493 <SEP> yohB <SEP> 30% <SEP> BAA35232 <SEP> orf~id:o166#5; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1494 <SEP> yohC <SEP> 24% <SEP> 067157 <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> ; <SEP> aeolicus
<tb> 1495 <SEP> yohD <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 1496 <SEP> busAB <SEP> 90% <SEP> AAF04259 <SEP> glycine-betaine <SEP> binding <SEP> permease <SEP> protein;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1497 <SEP> busAA <SEP> 96% <SEP> AAF04258 <SEP> busaa; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1498 <SEP> busR <SEP> 36% <SEP> P13669 <SEP> fatty <SEP> acyl <SEP> responsive <SEP> regulator; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 1499 <SEP> yohH <SEP> 27% <SEP> Q56916 <SEP> trsd; <SEP> Yersinia <SEP> enterocolitica
<tb> 1500 <SEP> yohJ <SEP> 28% <SEP> Q9WZ90 <SEP> lipopolysaccharide <SEP> biosynthesis <SEP> protein,
<tb> putative; <SEP> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 1501 <SEP> yoiA <SEP> 20% <SEP> 096133 <SEP> hypothetical <SEP> 237. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Plasmodium
<tb> falciparum
<tb> 1502 <SEP> yoiB <SEP> 40% <SEP> Q9X4V4 <SEP> cps2j; <SEP> Streptococcus <SEP> suis
<tb> 1503 <SEP> yoiC <SEP> 27% <SEP> Q02290 <SEP> xylanase <SEP> b; <SEP> Neocallimastix <SEP> patriciarum
<tb> 1504 <SEP> bglH <SEP> 64% <SEP> 086291 <SEP> beta-glucosidase <SEP> ; <SEP> plantarum
<tb> 1505 <SEP> ptbA <SEP> 49% <SEP> Q46129 <SEP> pts-dependent <SEP> enzyme <SEP> ii <SEP> ;
<tb> longisporum
<tb> 1506 <SEP> bglR <SEP> 98% <SEP> Q48639 <SEP> bglr; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1507 <SEP> trpA <SEP> 94% <SEP> Q01997 <SEP> tryptophan <SEP> synthase <SEP> alpha <SEP> chain <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1508 <SEP> trpB <SEP> 100% <SEP> Q01998 <SEP> tryptophan <SEP> synthase <SEP> beta <SEP> chain; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1509 <SEP> yojB <SEP> 39% <SEP> AAF10375 <SEP> acetyltransferase, <SEP> putative; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 1510 <SEP> yojC <SEP> putative
<tb> 1511 <SEP> trpF <SEP> 100% <SEP> Q02002 <SEP> n-anthranilate <SEP> isomerase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1512 <SEP> trpC <SEP> 100% <SEP> Q01999 <SEP> indole-3-glycerol <SEP> phosphate <SEP> synthase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1513 <SEP> trpD <SEP> 100% <SEP> Q02000 <SEP> anthranilate <SEP> phosphoribosyltransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1514 <SEP> trpG <SEP> 99% <SEP> Q02003 <SEP> anthranilate <SEP> synthase <SEP> component <SEP> ii; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1515 <SEP> trpE <SEP> 95% <SEP> Q02001 <SEP> anthranilate <SEP> synthase <SEP> component <SEP> i; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1516 <SEP> ypaA <SEP> 70% <SEP> Q02009 <SEP> hypothetical <SEP> 13. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> trpe <SEP> 5'region;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1517 <SEP> rmaC <SEP> 53% <SEP> P96707 <SEP> putative <SEP> nadh <SEP> nitroreductase <SEP> ydgi <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 1518 <SEP> ypaC <SEP> 29% <SEP> 087832 <SEP> methyltransferase; <SEP> Streptomyces <SEP> antibioticus
<tb> 1519 <SEP> ypaD <SEP> 31% <SEP> AAF13747 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Zymomonas <SEP> mobilis
<tb> 1520 <SEP> ypaE <SEP> 31% <SEP> AAF13747 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Zymomonas <SEP> mobilis
<tb> 1521 <SEP> fur <SEP> 35% <SEP> AAF00079 <SEP> ferric <SEP> uptake <SEP> regulator <SEP> homolog; <SEP> Staphylococcus
<tb> aureus
<tb> 1522 <SEP> ypaG <SEP> 37% <SEP> P54940 <SEP> hypothetical <SEP> 13. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> idh-deor
<tb> intergenic <SEP> region <SEP> precursor; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1523 <SEP> ypaH <SEP> 32% <SEP> P96661 <SEP> hypothetical <SEP> 35. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> cspc-nap
<tb> intergenic <SEP> r gion; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1524 <SEP> rmeB <SEP> 36% <SEP> P44558 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> hi0186;
<tb> Haemophilus <SEP> influenzae
<tb> 1525 <SEP> ypaI <SEP> 35% <SEP> 054197 <SEP> clavulanate-9-aldehyde <SEP> reducatase; <SEP> Streptomyces
<tb> clavuligerus
<tb> 1526 <SEP> dxs <SEP> 35% <SEP> P26242 <SEP> probable <SEP> 1-deoxyxylulose-5-phosphate <SEP> synthase <SEP> ;
<tb> Rhodobacter <SEP> capsulatus
<tb> 1527 <SEP> rmaE <SEP> 30% <SEP> 085850 <SEP> marr <SEP> family <SEP> regulator; <SEP> Sphingomonas
<tb> aromaticivorans
<tb> 1528 <SEP> ypbB <SEP> 26% <SEP> AAF12002 <SEP> transport <SEP> protein, <SEP> putative; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 1529 <SEP> ypbC <SEP> 23% <SEP> CAB50319 <SEP> dinf <SEP> related; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 1530 <SEP> ypbD <SEP> 23% <SEP> P70939 <SEP> orf <SEP> protein; <SEP> Bacteroides <SEP> ovatus
<tb> 1531 <SEP> guaA <SEP> 94% <SEP> Q9Z6H4 <SEP> gmp <SEP> synthase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1532 <SEP> scrK <SEP> 61% <SEP> CAB09691 <SEP> fructokinase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1533 <SEP> ypbG <SEP> 29% <SEP> 051771 <SEP> xylose <SEP> operon <SEP> regulatory <SEP> protein; <SEP> Borrelia
<tb> burgdorferi
<tb>

<tb>
<tb> 1534 <SEP> ypcA <SEP> 50% <SEP> 005508 <SEP> c. <SEP> thermocellum <SEP> beta-glucosidase <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 1535 <SEP> ypcB <SEP> putative
<tb> 1536 <SEP> ypcC <SEP> 32% <SEP> Q9XBW4 <SEP> immunoreactive <SEP> 92 <SEP> kda <SEP> antigen <SEP> pg21;
<tb> Porphyromonas <SEP> gingivalis
<tb> 1537 <SEP> ypcD <SEP> 38% <SEP> Q9ZB22 <SEP> endo-beta-n-acetylglucosaminidase; <SEP> Arthrobacter
<tb> protophormiae
<tb> 1538 <SEP> dexB <SEP> 55% <SEP> 084995 <SEP> alpha, <SEP> 1-6-glucosidase <SEP> ;
<tb> Streptococcuspneumoniae
<tb> 1539 <SEP> lnbA <SEP> 28% <SEP> Q9Z4I7 <SEP> lacto-n-biosidase <SEP> precursor <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 1540 <SEP> ypcG <SEP> 27% <SEP> Q9WYP9 <SEP> sugar <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> periplasmic <SEP> sugar-binding
<tb> protein, <SEP> putative <SEP> ; <SEP> maritima
<tb> 1541 <SEP> ypcH <SEP> 41% <SEP> Q44421 <SEP> sugar-binding <SEP> transport <SEP> protein <SEP> ;
<tb> thermophilum
<tb> 1542 <SEP> ypdA <SEP> 44% <SEP> Q44420 <SEP> sugar-binding <SEP> transport <SEP> protein; <SEP> Anaerocellum
<tb> thermophilum
<tb> 1543 <SEP> ypdB <SEP> 26% <SEP> BAA35398 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> hrsa <SEP> 3'region; <SEP> ; <SEP>
<tb> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1544 <SEP> ypdC <SEP> 42% <SEP> CAB52976 <SEP> hypothetical <SEP> 47. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> coelicolor
<tb> 1545 <SEP> rliB <SEP> 31% <SEP> Q45831 <SEP> transcription <SEP> regulatory <SEP> protein <SEP> rega;
<tb> Clostridium <SEP> acetobutylicum
<tb> 1546 <SEP> ypdD <SEP> 33% <SEP> AAD51075 <SEP> immunoreactive <SEP> 89kd <SEP> antigen <SEP> pg87; <SEP> Porphyromonas
<tb> gingivalis
<tb> 1547 <SEP> ypdE <SEP> 41% <SEP> P74690 <SEP> hypothetical <SEP> 92. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 1548 <SEP> xylT <SEP> 60% <SEP> 052733 <SEP> d-xylose-proton <SEP> symporter <SEP> ; <SEP> brevis
<tb> 1549 <SEP> xyaX <SEP> 26% <SEP> P77862 <SEP> galactoside <SEP> o-acetyltransferase; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 1550 <SEP> xynB <SEP> 51% <SEP> 052575 <SEP> xylosidase/arabinosidase; <SEP> Selenomonas
<tb> ruminantium
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<tb> 1552 <SEP> xylM <SEP> 99% <SEP> Q9X417 <SEP> mutarotase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1553 <SEP> xylB <SEP> 95% <SEP> Q9X419 <SEP> xylulokinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1554 <SEP> xylA <SEP> 93% <SEP> Q9X416 <SEP> xylose <SEP> isomerase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1555 <SEP> xylR <SEP> 94% <SEP> AAD20248 <SEP> xylose <SEP> regulatory <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1556 <SEP> purK <SEP> 100% <SEP> Q9ZF42 <SEP> purk <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1557 <SEP> purE <SEP> 91% <SEP> Q9ZF43 <SEP> pure <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1558 <SEP> purD <SEP> 99% <SEP> Q9ZF44 <SEP> purd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1559 <SEP> ypfD <SEP> 90% <SEP> Q9ZF45 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1560 <SEP> tra983F <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1561 <SEP> ypfE <SEP> 26% <SEP> 035018 <SEP> lmrb; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1562 <SEP> ypfF <SEP> 32% <SEP> 006480 <SEP> yfnb; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1563 <SEP> purH <SEP> 56% <SEP> P12048 <SEP> B <SEP> bifunctional <SEP> purine <SEP> biosynthesis <SEP> protein <SEP> purh
<tb> [includes:
<tb> phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide
<tb> formyltransferase <SEP> ; <SEP> imp <SEP> cyclohydrolase <SEP> (ec <SEP> 3...
<tb>

1564 <SEP> hprT <SEP> 59% <SEP> P94303 <SEP> hypoxanthine-guanine <SEP> phosphoribosyltransferase;
<tb> Bacillus <SEP> firmus
<tb> 1565 <SEP> ypgB <SEP> 29% <SEP> Q19391 <SEP> similar <SEP> to <SEP> dihydroflavonol-4-reductase;
<tb> Caenorhabditis <SEP> elegans
<tb> 1566 <SEP> ypgC <SEP> putative
<tb> 1567 <SEP> ypgD <SEP> 28% <SEP> Q48569 <SEP> abc <SEP> transporter; <SEP> Lactobacillus <SEP> helveticus
<tb> 1568 <SEP> purN <SEP> 47% <SEP> AAF08602 <SEP> phosphoribosylglycinamide <SEP> formyltransferase
<tb> homolog <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1569 <SEP> purM <SEP> 90% <SEP> 068186 <SEP> phosphoribosylformylglycinamide <SEP> cyclo-ligase <SEP> ;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1570 <SEP> clpB <SEP> 94% <SEP> 068185 <SEP> clpb <SEP> chaperone <SEP> homolog; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1571 <SEP> ypgH <SEP> putative
<tb> 1572 <SEP> yphA <SEP> putative
<tb> 1573 <SEP> purF <SEP> 94% <SEP> Q9ZB05 <SEP> phosphoribosylpyrophosphate <SEP> amidotransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 1574 <SEP> yphC <SEP> 41% <SEP> CAB53269 <SEP> putative <SEP> oxidoreductase; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 1575 <SEP> purL <SEP> 94% <SEP> Q9ZB06 <SEP> phosphoribosylformylglycinamidine <SEP> synthetase <SEP> ii;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1576 <SEP> purQ <SEP> 95% <SEP> Q9ZB07 <SEP> phosphoribosylformylglycinamidine <SEP> synthetase <SEP> i;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1577 <SEP> yphF <SEP> 71% <SEP> Q9ZB08 <SEP> hypothetical <SEP> 9. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1578 <SEP> purC <SEP> 92% <SEP> AAD12623 <SEP> phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide
<tb> synthetase <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1579 <SEP> yphH <SEP> 41% <SEP> Q9XOA3 <SEP> hypothetical <SEP> 15. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> maritima
<tb> 1580 <SEP> yphI <SEP> putative
<tb> 1581 <SEP> yphJ <SEP> 37% <SEP> Q9XD79 <SEP> 2065.4-carboxymuconolactone <SEP> decarboxylase/3oxoadipate <SEP> enol-lactone <SEP> hydrolase; <SEP> Streptomyces
<tb> sp
<tb> 1582 <SEP> yphK <SEP> putative
<tb> 1583 <SEP> ypiA <SEP> 73% <SEP> P25145 <SEP> hypothetical <SEP> oxidoreductase <SEP> in <SEP> inla <SEP> 5'région;
<tb> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 1584 <SEP> ypiB <SEP> 31% <SEP> CAB61253 <SEP> orfb, <SEP> orfc <SEP> and <SEP> hspl8 <SEP> gene; <SEP> Oenococcus <SEP> oeni
<tb> 1585 <SEP> ypiC <SEP> 35% <SEP> P97247 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1586 <SEP> thyA <SEP> 96% <SEP> P19368 <SEP> thymidylate <SEP> synthase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1587 <SEP> ypiE <SEP> putative
<tb> 1588 <SEP> ypiF <SEP> putative
<tb> 1589 <SEP> ypiG <SEP> putative
<tb> 1590 <SEP> ypiH <SEP> putative
<tb> 1591 <SEP> tra981H <SEP> 92% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1592 <SEP> ypiI <SEP> 100% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1593 <SEP> ypiJ <SEP> putative
<tb> 1594 <SEP> ypiK <SEP> putative
<tb> 1595 <SEP> ypiL <SEP> 18% <SEP> 039307 <SEP> positional <SEP> counterpart <SEP> of <SEP> hsv-1 <SEP> gene <SEP> us5 <SEP> ;
<tb> Equine <SEP> herpesvirus <SEP> 4
<tb> 1596 <SEP> ypjA <SEP> 40% <SEP> 034179 <SEP> dehydrogenase <SEP> ; <SEP> volcanii
<tb> 1597 <SEP> ypjB <SEP> putative
<tb> 1598 <SEP> ypjC <SEP> putative
<tb> 1599 <SEP> pyrDa <SEP> 92% <SEP> P54321 <SEP> dihydroorotate <SEP> dehydrogenase <SEP> a; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1600 <SEP> ypjE <SEP> 54% <SEP> P54154 <SEP> putative <SEP> peptide <SEP> methionine <SEP> sulfoxide <SEP> reductase
<tb> (peptide <SEP> met; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1601 <SEP> ypjF <SEP> 28% <SEP> CAB61731 <SEP> putative <SEP> oxidoreductase; <SEP> ; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 1602 <SEP> ypjG <SEP> 41% <SEP> 006476 <SEP> yfmr; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1603 <SEP> rlrE <SEP> 51% <SEP> CAB36982 <SEP> cpsy <SEP> protein; <SEP> Streptococcus <SEP> agalactiae
<tb> 1604 <SEP> ypjH <SEP> 32% <SEP> BAA35229 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> csta <SEP> 3 <SEP> 'région; <SEP> ; <SEP>
<tb> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1605 <SEP> ypjI <SEP> 80% <SEP> Q48644 <SEP> cremoris <SEP> partial <SEP> putative <SEP> open <SEP> reading <SEP> frame;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
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<tb> 1607 <SEP> papL <SEP> 39% <SEP> P42977 <SEP> poly <SEP> polymerase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1608 <SEP> yqaB <SEP> 29% <SEP> AAF10345 <SEP> hypothetical <SEP> 18. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 1609 <SEP> dapB <SEP> 50% <SEP> P42976 <SEP> dihydrodipicolinate <SEP> reductase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1610 <SEP> yqaC <SEP> 33% <SEP> P32436 <SEP> degv <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1611 <SEP> yqaD <SEP> putative
<tb> 1612 <SEP> trmD <SEP> 57% <SEP> 031741 <SEP> trna <SEP> -methyltransferase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1613 <SEP> rimM <SEP> 46% <SEP> 031740 <SEP> probable <SEP> 16s <SEP> rrna <SEP> processing <SEP> protein <SEP> rimm;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1614 <SEP> yqaG <SEP> 30% <SEP> 028521 <SEP> lysophospholipase <SEP> ; <SEP> fulgidus
<tb> 1615 <SEP> hemH <SEP> 37% <SEP> P43413 <SEP> ferrochelatase <SEP> ; <SEP> Yersinia <SEP> enterocolitica
<tb> 1616 <SEP> yqbA <SEP> putative
<tb> 1617 <SEP> rpsP <SEP> 65% <SEP> P21474 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> sl6; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 1618 <SEP> mvaA <SEP> 38% <SEP> 028538 <SEP> 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme <SEP> a <SEP> reductase;
<tb> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 1619 <SEP> yqbC <SEP> 47% <SEP> AAF11511 <SEP> acetyl-coa <SEP> acetyltransferase; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 1620 <SEP> yqbD <SEP> 55% <SEP> Q9ZB67 <SEP> similar <SEP> to <SEP> condensing-enzymes; <SEP> Staphylococcus
<tb> carnosus
<tb> 1621 <SEP> nagB <SEP> 49% <SEP> 031458 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> gltp-cwlj
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1622 <SEP> yqbF <SEP> 26% <SEP> P54567 <SEP> hypothetical <SEP> 34.6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> glnq-ansr
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1623 <SEP> queA <SEP> 63% <SEP> 032054 <SEP> s-adenosylmethionine:trna <SEP> ribosyltransferaseisomerase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1624 <SEP> yqbH <SEP> 55% <SEP> 006027 <SEP> epsr <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1625 <SEP> yqbI <SEP> putative
<tb> 1626 <SEP> yqbJ <SEP> 29% <SEP> Q9X336 <SEP> pxol-66; <SEP> Bacillus <SEP> anthracis
<tb> 1627 <SEP> yqbK <SEP> 21% <SEP> 076602 <SEP> h02f09.3 <SEP> protein; <SEP> Caenorhabditis <SEP> elegans
<tb> 1628 <SEP> yqcA <SEP> 36% <SEP> Q54942 <SEP> orf <SEP> iota; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1629 <SEP> yqcB <SEP> putative
<tb> 1630 <SEP> yqcC <SEP> putative
<tb> 1631 <SEP> yqcD <SEP> putative
<tb> 1632 <SEP> yqcE <SEP> putative
<tb> 1633 <SEP> yqcF <SEP> putative
<tb> 1634 <SEP> yqcG <SEP> putative
<tb> 1635 <SEP> obgL <SEP> 59% <SEP> P20964 <SEP> spoOb-associated <SEP> gtp-binding <SEP> protein; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1636 <SEP> ftsQ <SEP> 30% <SEP> P16655 <SEP> division <SEP> initiation <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1637 <SEP> murG <SEP> 50% <SEP> 007109 <SEP> undecaprenyl-pp-n-acetylmuramic <SEP> acidpentapeptide <SEP> n-acetylglucosamine <SEP> transferase;
<tb> Enterococcus <SEP> faecalis
<tb> 1638 <SEP> murD <SEP> 58% <SEP> Q9ZHBO <SEP> d-glutamic <SEP> acid <SEP> adding <SEP> enzyme <SEP> murd;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1639 <SEP> glnB <SEP> 57% <SEP> 030794 <SEP> nitrogen <SEP> regulatory <SEP> protein <SEP> p-ii; <SEP> Nostoc
<tb> punctiforme
<tb> 1640 <SEP> amtB <SEP> 38% <SEP> 026759 <SEP> putative <SEP> ammonium <SEP> transporter <SEP> mth663;
<tb> Methanobacterium <SEP> thermoautotrophicum
<tb> 1641 <SEP> kinA <SEP> 87% <SEP> 007382 <SEP> histidine <SEP> kinase <SEP> llkina; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1642 <SEP> lrrA <SEP> 61% <SEP> 087527 <SEP> csrr; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1643 <SEP> yqdA <SEP> 28% <SEP> 034445 <SEP> ylbn <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1644 <SEP> rpmE <SEP> 67% <SEP> Q9ZH28 <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 131; <SEP> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 1645 <SEP> yqeA <SEP> putative
<tb> 1646 <SEP> yqeB <SEP> putative
<tb> 1647 <SEP> yqeC <SEP> 68% <SEP> Q38326 <SEP> orf258; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> phage <SEP> bk5-t
<tb> 1648 <SEP> yqeD <SEP> 36% <SEP> 034870 <SEP> ykue <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1649 <SEP> pyrAA <SEP> 66% <SEP> P77885 <SEP> L <SEP> glutaminase <SEP> of <SEP> carbamoyl-phosphate <SEP> synthase
<tb> (carbamoyl-phosphate <SEP> synthase <SEP> (carbamoylphosphate <SEP> synthetase <SEP> (gluta...
<tb>

1650 <SEP> pyrB <SEP> 55% <SEP> P77883 <SEP> aspartate <SEP> carbamoyltransferase; <SEP> Lactobacillus
<tb> plantarum
<tb> 1651 <SEP> pyrP <SEP> 51% <SEP> 052708 <SEP> putative <SEP> uracil <SEP> permease; <SEP> Enterococcus <SEP> faecalis
<tb> 1652 <SEP> pyrR <SEP> 60% <SEP> 052707 <SEP> atténuation <SEP> regulatory <SEP> protein; <SEP> Enterococcus
<tb> faecalis
<tb> 1653 <SEP> yqeH <SEP> putative
<tb> 1654 <SEP> rarA <SEP> 26% <SEP> Q55940 <SEP> transcriptional <SEP> repressor <SEP> smtb <SEP> homolog;
<tb> Synechocystis <SEP> sp
<tb> 1655 <SEP> yqeI <SEP> 29% <SEP> 007084 <SEP> cation <SEP> transport <SEP> protein <SEP> yrdo; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1656 <SEP> proA <SEP> 66% <SEP> P96489 <SEP> gamma-glutamyl <SEP> phosphate <SEP> reductase;
<tb> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> 1657 <SEP> proB <SEP> 54% <SEP> P96488 <SEP> glutamate <SEP> 5-kinase; <SEP> Streptococcus <SEP> thermophilus
<tb> 1658 <SEP> yqfA <SEP> 32% <SEP> CAB49904 <SEP> hypothetical <SEP> 52. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 1659 <SEP> yqfB <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 1660 <SEP> yqfC <SEP> putative
<tb> 1661 <SEP> yqfD <SEP> 25% <SEP> 025889 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> hpl331; <SEP> Helicobacter <SEP> pylori
<tb> 1662 <SEP> yqfE <SEP> 34% <SEP> CAB61933 <SEP> putative <SEP> reductase; <SEP> Streptomyces <SEP> coelicolor
<tb> 1663 <SEP> yqfF <SEP> 48% <SEP> P37354 <SEP> spermidine <SEP> nl-acetyltransferase; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 1664 <SEP> ffh <SEP> 65% <SEP> Q54431 <SEP> signal <SEP> récognition <SEP> particle <SEP> protein;
<tb> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 1665 <SEP> yqfG <SEP> 29% <SEP> 068831 <SEP> surface <SEP> antigen <SEP> bspa; <SEP> Bacteroides <SEP> forsythus
<tb> 1666 <SEP> yqgA <SEP> 37% <SEP> Q45493 <SEP> hypothetical <SEP> 61. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> adec-pdha
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1667 <SEP> yqgG <SEP> 53% <SEP> P26606 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> slp-hdeb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1668 <SEP> dapA <SEP> 47% <SEP> Q04796 <SEP> dihydrodipicolinate <SEP> synthase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1669 <SEP> yqgC <SEP> 34% <SEP> AAF10361 <SEP> mutt/nudix <SEP> family <SEP> protein; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 1670 <SEP> asd <SEP> 69% <SEP> P10539 <SEP> aspartate-semialdehyde <SEP> dehydrogenase;
<tb> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 1671 <SEP> yqgE <SEP> 49% <SEP> P22094 <SEP> hypothetical <SEP> 30. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> pepx <SEP> 5'region.
<tb>

Lactococcus <SEP> lactis <SEP> , <SEP> and <SEP> lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1672 <SEP> yqgF <SEP> putative
<tb> 1673 <SEP> tkt <SEP> 55% <SEP> P45694 <SEP> transketolase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1674 <SEP> kdgA <SEP> 42% <SEP> Q9WXS1 <SEP> 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate <SEP> aldolase/4hydroxy-2-oxoglutarate <SEP> aldolase; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb> 1675 <SEP> kdgK <SEP> 45% <SEP> P50845 <SEP> 2-dehydro-3-deoxygluconokinase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1676 <SEP> uxaC <SEP> 47% <SEP> P42607 <SEP> uronate <SEP> isomerase; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1677 <SEP> yqhA <SEP> 40% <SEP> P73504 <SEP> hypothetical <SEP> 33. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Synechocystis <SEP> sp
<tb> 1678 <SEP> uxuT <SEP> 22% <SEP> AAD20246 <SEP> xyloside <SEP> transporter; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1679 <SEP> uxuA <SEP> 57% <SEP> Q9WXS4 <SEP> d-mannonate <SEP> hydrolase; <SEP> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 1680 <SEP> uxuB <SEP> 49% <SEP> Q9WXS3 <SEP> d-mannonate <SEP> oxidoreductase, <SEP> putative;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 1681 <SEP> kdgR <SEP> 36% <SEP> Q9ZFL9 <SEP> regulatory <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> stearothermophilus
<tb> 1682 <SEP> yqiA <SEP> 22% <SEP> Q54806 <SEP> integral <SEP> membrane <SEP> protein; <SEP> Streptomyces
<tb> pristinaespiralis
<tb> 1683 <SEP> rbsB <SEP> 44% <SEP> P36949 <SEP> d-ribose-binding <SEP> protein <SEP> precursor; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1684 <SEP> rbsC <SEP> 53% <SEP> P96731 <SEP> membrane <SEP> transport <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1685 <SEP> rbsA <SEP> 59% <SEP> P96732 <SEP> atp-binding <SEP> transport <SEP> protein; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1686 <SEP> rbsD <SEP> 56% <SEP> P36946 <SEP> high <SEP> affinity <SEP> ribose <SEP> transport <SEP> protein <SEP> rbsd;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1687 <SEP> rbsK <SEP> 46% <SEP> P36945 <SEP> ribokinase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1688 <SEP> rbsR <SEP> 41% <SEP> P36944 <SEP> ribose <SEP> operon <SEP> repressor; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1689 <SEP> purB <SEP> 74% <SEP> P12047 <SEP> adenylosuccinate <SEP> lyase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1690 <SEP> aroD <SEP> 36% <SEP> P35146 <SEP> 3-dehydroquinate <SEP> dehydratase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1691 <SEP> yqjA <SEP> putative
<tb> 1692 <SEP> trxA <SEP> 59% <SEP> CAB40815 <SEP> thioredoxin; <SEP> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 1693 <SEP> mutS <SEP> 41% <SEP> P94545 <SEP> muts2 <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1694 <SEP> yqjB <SEP> 30% <SEP> P94543 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1695 <SEP> trxB2 <SEP> 39% <SEP> 005268 <SEP> thioredoxine <SEP> reductase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1696 <SEP> ccpA <SEP> 98% <SEP> Q9ZFC9 <SEP> catabolite <SEP> control <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1697 <SEP> pepQ <SEP> 53% <SEP> 030666 <SEP> pepq; <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 1698 <SEP> yqjD <SEP> 25% <SEP> Q23915 <SEP> protein <SEP> kinase; <SEP> Dictyostelium <SEP> discoideum
<tb> 1699 <SEP> yqjE <SEP> 48% <SEP> P50840 <SEP> hypothetical <SEP> 43. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> cotd-kdud
<tb> intergenic <SEP> region <SEP> precursor; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1700 <SEP> yraA <SEP> putative
<tb> 1701 <SEP> yraB <SEP> 32% <SEP> P50839 <SEP> hypothetical <SEP> 11.6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> cotd-kdud
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1702 <SEP> yraC <SEP> 36% <SEP> 054085 <SEP> hypothetical <SEP> 39. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> agalactiae
<tb>

<tb>
<tb> 1703 <SEP> yraD <SEP> putative
<tb> 1704 <SEP> ftsK <SEP> 44% <SEP> P21458 <SEP> stage <SEP> iii <SEP> sporulation <SEP> protein <SEP> e; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1705 <SEP> yraE <SEP> 30% <SEP> Q45494 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1706 <SEP> yraF <SEP> putative
<tb> 1707 <SEP> pta <SEP> 62% <SEP> P39646 <SEP> probable <SEP> phosphate <SEP> acetyltransferase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1708 <SEP> udk <SEP> 57% <SEP> 032033 <SEP> uridine <SEP> kinase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1709 <SEP> yrbA <SEP> 34% <SEP> P42599 <SEP> hypothetical <SEP> 36. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> ebgc-uxaa
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1710 <SEP> yrbB <SEP> 46% <SEP> P19385 <SEP> lysozyme <SEP> ; <SEP> cp-7
<tb> 1711 <SEP> yrbC <SEP> 20% <SEP> P39582 <SEP> probable <SEP> 1,4-dihydroxy-2-naphthoate
<tb> octaprenyltransferase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1712 <SEP> yrbD <SEP> 28% <SEP> P73745 <SEP> hypothetical <SEP> 48. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Synechocystis <SEP> sp
<tb> 1713 <SEP> yrbE <SEP> putative
<tb> 1714 <SEP> yrbF <SEP> putative
<tb> 1715 <SEP> yrbG <SEP> putative
<tb> 1716 <SEP> yrbH <SEP> putative
<tb> 1717 <SEP> yrbI <SEP> 37% <SEP> 030416 <SEP> positive <SEP> regulator <SEP> gadr; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1718 <SEP> yrbJ <SEP> 97% <SEP> P49016 <SEP> probable <SEP> menaquinone <SEP> biosynthesis
<tb> methyltransferase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1719 <SEP> yrbK <SEP> 84% <SEP> P49016 <SEP> probable <SEP> menaquinone <SEP> biosynthesis
<tb> methyltransferase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1720 <SEP> pip <SEP> 92% <SEP> P49022 <SEP> phage <SEP> infection <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1721 <SEP> yrcA <SEP> 58% <SEP> P24240 <SEP> 6-phospho-beta-glucosidase <SEP> ascb; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 1722 <SEP> yrcB <SEP> 55% <SEP> Q9X1H3 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb> 1723 <SEP> tktB <SEP> 34% <SEP> 067036 <SEP> hypothetical <SEP> 69. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1724 <SEP> kinF <SEP> 42% <SEP> CAB54565 <SEP> histidine <SEP> kinase; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1725 <SEP> lrrF <SEP> 99% <SEP> Q9ZI77 <SEP> putative <SEP> response <SEP> regulator; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1726 <SEP> rliA <SEP> 95% <SEP> Q9ZI78 <SEP> hypothetical <SEP> 36. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1727 <SEP> mapA <SEP> 91% <SEP> Q9ZI79 <SEP> hypothetical <SEP> 68. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1728 <SEP> agl <SEP> 42% <SEP> P94451 <SEP> exo-alpha-1, <SEP> 4-glucosidase; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 1729 <SEP> amyY <SEP> 38% <SEP> P20845 <SEP> alpha-amylase <SEP> precursor; <SEP> Bacillus <SEP> megaterium
<tb> 1730 <SEP> maa <SEP> 40% <SEP> P77862 <SEP> galactoside <SEP> o-acetyltransferase; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 1731 <SEP> malA <SEP> 64% <SEP> 084995 <SEP> alpha, <SEP> 1-6-glucosidase; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 1732 <SEP> dexC <SEP> 49% <SEP> P38940 <SEP> neopullulanase; <SEP> Bacillus <SEP> stearothermophilus
<tb> 1733 <SEP> malE <SEP> 27% <SEP> 007009 <SEP> hypothetical <SEP> 45. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1734 <SEP> malF <SEP> 34% <SEP> Q48396 <SEP> cym <SEP> a,b,c,d,e,f,g,h,i,j <SEP> gènes; <SEP> Klebsiella
<tb> oxytoca
<tb> 1735 <SEP> malG <SEP> 38% <SEP> Q48397 <SEP> cym <SEP> a,b,c,d,e,f,g,h,i,j <SEP> gènes; <SEP> Klebsiella
<tb> oxytoca
<tb> 1736 <SEP> yreA <SEP> putative
<tb> 1737 <SEP> yreB <SEP> putative
<tb> 1738 <SEP> yreC <SEP> putative
<tb> 1739 <SEP> yreD <SEP> 26% <SEP> P77262 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> intf-eaeh
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1740 <SEP> yreE <SEP> putative
<tb> 1741 <SEP> tra981I <SEP> 92% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1742 <SEP> yrdA <SEP> 100% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1743 <SEP> yrdB <SEP> putative
<tb> 1744 <SEP> yreF <SEP> 27% <SEP> Q9XAS7 <SEP> r5 <SEP> protein <SEP> precursor; <SEP> Streptococcus <SEP> agalactiae
<tb> 1745 <SEP> yrfA <SEP> 36% <SEP> 031245 <SEP> orfl <SEP> protein; <SEP> Agrobacterium <SEP> radiobacter
<tb> 1746 <SEP> yrfB <SEP> 40% <SEP> P54524 <SEP> probable <SEP> nadh-dependent <SEP> flavin <SEP> oxidoreductase
<tb> yqig; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1747 <SEP> arcC3 <SEP> 54% <SEP> 053090 <SEP> carbamate <SEP> kinase; <SEP> Lactobacillus <SEP> sake
<tb>

<tb>
<tb> 1748 <SEP> yrfC <SEP> 49% <SEP> AAD47622 <SEP> bg33r. <SEP> hypothetical <SEP> 41. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein;
<tb> Pseudomonas <SEP> sp
<tb> 1749 <SEP> tra983G <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> pyogenes
<tb> 1750 <SEP> yrfD <SEP> 19% <SEP> BAA84897 <SEP> orf62 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> coli
<tb> 1751 <SEP> otcA <SEP> 45% <SEP> 058457 <SEP> 317aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> ornithine
<tb> carbamoyltransferase; <SEP> Pyrococcus <SEP> horikoshii
<tb> 1752 <SEP> lrrH <SEP> 45% <SEP> 087395 <SEP> two-component <SEP> response <SEP> regulator <SEP> orra <SEP> ;
<tb> sp
<tb> 1753 <SEP> yrfE <SEP> 31% <SEP> Q47828 <SEP> psr <SEP> ; <SEP> hirae
<tb> 1754 <SEP> cmk <SEP> 50% <SEP> 005386 <SEP> cytidylate <SEP> kinase-like <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> cereus
<tb> 1755 <SEP> yrgA <SEP> putative
<tb> 1756 <SEP> fer <SEP> 36% <SEP> P29604 <SEP> ferredoxin <SEP> ; <SEP> litoralis
<tb> 1757 <SEP> ptnAB <SEP> 74% <SEP> AAD46485 <SEP> mannose-specific <SEP> phosphotransferase <SEP> system
<tb> component <SEP> iiab <SEP> ; <SEP> salivarius
<tb> 1758 <SEP> ptnC <SEP> 46% <SEP> AAD46486 <SEP> mannose-specific <SEP> phosphotransferase <SEP> system
<tb> component <SEP> iic <SEP> ; <SEP> salivarius
<tb> 1759 <SEP> ptnD <SEP> 70% <SEP> AAD46487 <SEP> mannose-specific <SEP> phosphotransferase <SEP> system
<tb> component <SEP> iid <SEP> ; <SEP> salivarius
<tb> 1760 <SEP> yrgE <SEP> 43% <SEP> AAD46488 <SEP> hypothetical <SEP> 13. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> salivarius
<tb> 1761 <SEP> yrgF <SEP> 28% <SEP> 051049 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> integral <SEP> membrane
<tb> protein <SEP> ; <SEP> Borrelia <SEP> burgdorferi
<tb> 1762 <SEP> yrgG <SEP> 85% <SEP> Q48643 <SEP> cremoris <SEP> putative <SEP> partial <SEP> open <SEP> reading <SEP> frame;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1763 <SEP> serS <SEP> 60% <SEP> P37464 <SEP> seryl-trna <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1764 <SEP> yrgH <SEP> 38% <SEP> 035046 <SEP> yocd <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1765 <SEP> yrgI <SEP> 26% <SEP> P36942 <SEP> probable <SEP> phosphoglycerate <SEP> mutase <SEP> 2 <SEP> ;
<tb> Escherichiacoli
<tb> 1766 <SEP> phoU <SEP> 35% <SEP> Q9X4T4 <SEP> phou <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1767 <SEP> pstA <SEP> 63% <SEP> Q58418 <SEP> probable <SEP> phosphate <SEP> transport <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> pstb <SEP> ; <SEP> Methanococcus <SEP> jannaschii
<tb> 1768 <SEP> pstB <SEP> 58% <SEP> P46341 <SEP> hypothetical <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> in <SEP> soda-comga <SEP> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1769 <SEP> pstC <SEP> 51% <SEP> P46340 <SEP> probable <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> permease <SEP> protein <SEP> in
<tb> soda-comga <SEP> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1770 <SEP> pstD <SEP> 47% <SEP> P46339 <SEP> probable <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> permease <SEP> protein <SEP> in
<tb> soda-comga <SEP> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1771 <SEP> pstE <SEP> 97% <SEP> 066079 <SEP> lipoprotein <SEP> nlpl <SEP> precursor <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1772 <SEP> pstF <SEP> 56% <SEP> 066079 <SEP> lipoprotein <SEP> nlpl <SEP> precursor <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1773 <SEP> yrhG <SEP> 70% <SEP> 085201 <SEP> vacb <SEP> homolog <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 1774 <SEP> yrhH <SEP> 29% <SEP> 080443 <SEP> fl6ml4.11 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Arabidopsis <SEP> thaliana
<tb> 1775 <SEP> alaS <SEP> 51% <SEP> 034526 <SEP> alanyl-trna <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1776 <SEP> pmpA <SEP> 84% <SEP> 066088 <SEP> lipoprotein <SEP> nlp4 <SEP> precursor <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1777 <SEP> yriA <SEP> 88% <SEP> P94877 <SEP> methyltransferase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1778 <SEP> pepF <SEP> 96% <SEP> P54124 <SEP> oligoendopeptidase <SEP> f, <SEP> plasmid <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1779 <SEP> coiA <SEP> 74% <SEP> P94875 <SEP> transcription <SEP> factor <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1780 <SEP> yriB <SEP> 82% <SEP> P94874 <SEP> orf, <SEP> genes <SEP> homologous <SEP> to <SEP> vsf-1 <SEP> and <SEP> pepf2 <SEP> and
<tb> gene <SEP> encoding <SEP> protein <SEP> homologous <SEP> to
<tb> methyltransferase <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1781 <SEP> yriC <SEP> 41% <SEP> Q9ZB16 <SEP> hypothetical <SEP> 34. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1782 <SEP> yriD <SEP> 38% <SEP> AAF12190 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> radiodurans
<tb> 1783 <SEP> yrjA <SEP> 31% <SEP> P70947 <SEP> hypothetical <SEP> 30. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1784 <SEP> yrjB <SEP> 57% <SEP> 007020 <SEP> hypothetical <SEP> 26. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1785 <SEP> yrjC <SEP> 97% <SEP> 069147 <SEP> putative <SEP> iron-binding <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 1786 <SEP> yrjD <SEP> 77% <SEP> 069148 <SEP> hypothetical <SEP> 25. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 1787 <SEP> yrjE <SEP> 93% <SEP> 069149 <SEP> putative <SEP> membrane <SEP> spanning <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1788 <SEP> yrjF <SEP> 28% <SEP> P39074 <SEP> bmru <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1789 <SEP> yrjG <SEP> 31% <SEP> 067622 <SEP> hypothetical <SEP> 64. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1790 <SEP> rpsT <SEP> 40% <SEP> BAA01302 <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> s20; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1791 <SEP> recD <SEP> 40% <SEP> 034481 <SEP> yrrc <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1792 <SEP> yrjI <SEP> 28% <SEP> Q9X194 <SEP> phosphoglycerate <SEP> mutase; <SEP> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 1793 <SEP> pheA <SEP> 86% <SEP> P43909 <SEP> prephenate <SEP> dehydratase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1794 <SEP> aroK <SEP> 85% <SEP> P43906 <SEP> shikimate <SEP> kinase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1795 <SEP> aroA <SEP> 89% <SEP> P43905 <SEP> 3-phosphoshikimate <SEP> 1-carboxyvinyltransferase
<tb> (epsp <SEP> synthas. <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1796 <SEP> tyrA <SEP> 77% <SEP> P43901 <SEP> prephenate <SEP> dehydrogenase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1797 <SEP> kinG <SEP> 41% <SEP> CAB54567 <SEP> histidine <SEP> kinase; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1798 <SEP> lrrG <SEP> 45% <SEP> CAB54566 <SEP> response <SEP> regulator; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1799 <SEP> ysaA <SEP> putative
<tb> 1800 <SEP> ysaB <SEP> 20% <SEP> P42424 <SEP> hypothetical <SEP> 70. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> idh <SEP> 3'région;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1801 <SEP> ysaC <SEP> 49% <SEP> P42423 <SEP> hypothetical <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein
<tb> in <SEP> idh <SEP> 3'région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1802 <SEP> ysaD <SEP> 37% <SEP> P54940 <SEP> hypothetical <SEP> 13. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> idh-deor
<tb> intergenic <SEP> region <SEP> precursor; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1803 <SEP> aroC <SEP> 58% <SEP> P31104 <SEP> chorismate <SEP> synthase; <SEP> Bacillus <SEP> subt-ilis
<tb> 1804 <SEP> ysbA <SEP> 32% <SEP> Q57064 <SEP> unidentified; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1805 <SEP> ysbB <SEP> 32% <SEP> Q45498 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1806 <SEP> ysbC <SEP> 33% <SEP> AAF10690 <SEP> hypothetical <SEP> 16. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 1807 <SEP> aroB <SEP> 42% <SEP> P73997 <SEP> 3-dehydroquinate <SEP> synthase; <SEP> Synechocystis <SEP> sp
<tb> 1808 <SEP> aroE <SEP> 37% <SEP> CAB49372 <SEP> shikimate <SEP> 5-dehydrogenase; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 1809 <SEP> ysbD <SEP> 42% <SEP> 069601 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Mycobacterium
<tb> leprae
<tb> 1810 <SEP> glnP <SEP> 98% <SEP> AAF16724 <SEP> putative <SEP> integral <SEP> membrane <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1811 <SEP> glnQ <SEP> 62% <SEP> 029577 <SEP> glutamine <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 1812 <SEP> yscA <SEP> 21% <SEP> 076602 <SEP> h02f09.3 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Caenorhabditis <SEP> elegans
<tb> 1813 <SEP> yscB <SEP> putative
<tb> 1814 <SEP> atpE <SEP> 80% <SEP> AAF02208 <SEP> h±atpase <SEP> cytoplasmic <SEP> fl-part <SEP> epsilon-subunit;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1815 <SEP> atpD <SEP> 91% <SEP> AAF02210 <SEP> h±atpase <SEP> cytoplasmic <SEP> fl-part <SEP> beta-subunit <SEP> ;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1816 <SEP> atpG <SEP> 89% <SEP> AAF02207 <SEP> h±atpase <SEP> cytoplasmic <SEP> fl-part <SEP> gamma-subunit;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1817 <SEP> atpA <SEP> 97% <SEP> AAF02206 <SEP> h±atpase <SEP> cytoplasmic <SEP> fl-part <SEP> alpha-subunit;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1818 <SEP> atpH <SEP> 92% <SEP> AAF02205 <SEP> h±atpase <SEP> cytoplasmic <SEP> fl-part <SEP> delta-subunit <SEP> ;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1819 <SEP> atpF <SEP> 99% <SEP> AAF02204 <SEP> h±atpase <SEP> fO-part <SEP> b-subunit <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1820 <SEP> atpB <SEP> 94% <SEP> AAF02203 <SEP> h±atpase <SEP> fO-part <SEP> a-subunit; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1821 <SEP> yscD <SEP> putative
<tb> 1822 <SEP> yscE <SEP> 94% <SEP> AAF02201 <SEP> lipase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1823 <SEP> comEC <SEP> 40% <SEP> 085198 <SEP> compétence <SEP> protein; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1824 <SEP> comEA <SEP> 41% <SEP> P39694 <SEP> corne <SEP> operon <SEP> protein <SEP> 1 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1825 <SEP> ysdA <SEP> 25% <SEP> Q48856 <SEP> hypothetical <SEP> 46. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> Lactobacillussake
<tb> 1826 <SEP> ysdB <SEP> 43% <SEP> 087564 <SEP> nata <SEP> ; <SEP> firmus
<tb> 1827 <SEP> ysdC <SEP> putative
<tb> 1828 <SEP> ysdD <SEP> 30% <SEP> 068850 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> cholerae
<tb> 1829 <SEP> ysdE <SEP> 23% <SEP> Q57898 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mj0456; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 1830 <SEP> tenA <SEP> 37% <SEP> P25052 <SEP> transcriptional <SEP> activator <SEP> tena <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 1831 <SEP> birAl <SEP> 31% <SEP> 030162 <SEP> biotin <SEP> operon <SEP> repressor/biotin--[acetyl <SEP> coa
<tb> carboxylase] <SEP> ligase <SEP> ; <SEP> fulgidus
<tb> 1832 <SEP> yseA <SEP> 30% <SEP> 057898 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ph0159; <SEP> Pyrococcus
<tb> horikoshii
<tb> 1833 <SEP> yseB <SEP> 27% <SEP> 007619 <SEP> hypothetical <SEP> 52. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1834 <SEP> fadA <SEP> 35% <SEP> P44873 <SEP> acetyl-coa <SEP> acetyltransferase <SEP> ;
<tb> Haemophilusinfluenzae
<tb> 1835 <SEP> yseC <SEP> putative
<tb> 1836 <SEP> yseD <SEP> putative
<tb> 1837 <SEP> fabG2 <SEP> 40% <SEP> 067610 <SEP> 3-oxoacyl-[acyl-carrier <SEP> protein] <SEP> reductase;
<tb> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1838 <SEP> yseE <SEP> 37% <SEP> Q9WZQ7 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> maritima
<tb> 1839 <SEP> yseF <SEP> 65% <SEP> 032162 <SEP> yuru <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1840 <SEP> yseG <SEP> 52% <SEP> 032163 <SEP> yurv <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1841 <SEP> yseH <SEP> putative
<tb> 1842 <SEP> yscI <SEP> 58% <SEP> 032164 <SEP> yurw <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1843 <SEP> ysfA <SEP> 39% <SEP> 032165 <SEP> yurx <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1844 <SEP> ysfB <SEP> 73% <SEP> P80866 <SEP> végétative <SEP> protein <SEP> 296 <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1845 <SEP> ysfC <SEP> 57% <SEP> Q9XDW8 <SEP> rgpg <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 1846 <SEP> ysfD <SEP> 27% <SEP> Q9XDW9 <SEP> negative <SEP> regulator <SEP> of <SEP> genetic <SEP> compétence;
<tb> Streptococcusmutans
<tb> 1847 <SEP> gltQ <SEP> 60% <SEP> 029577 <SEP> glutamine <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 1848 <SEP> gltP <SEP> 42% <SEP> Q9WZ61 <SEP> amino <SEP> acid <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> permease <SEP> protein;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 1849 <SEP> ysfG <SEP> 28% <SEP> 034799 <SEP> ytlr; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1850 <SEP> rpoC <SEP> 70% <SEP> Q9Z9M1 <SEP> rpoc <SEP> protein <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 1851 <SEP> rpoB <SEP> 69% <SEP> CAB56706 <SEP> dna-dependent <SEP> rna <SEP> polymerase <SEP> subunit <SEP> beta;
<tb> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 1852 <SEP> codZ <SEP> 26% <SEP> P39779 <SEP> cody <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1853 <SEP> ysgA <SEP> 48% <SEP> 006027 <SEP> epsr <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1854 <SEP> pepO <SEP> 99% <SEP> Q09145 <SEP> neutral <SEP> endopeptidase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1855 <SEP> ysgB <SEP> 39% <SEP> Q50855 <SEP> putative <SEP> methylguanine-dna <SEP> methyltransferase;
<tb> Myxococcus <SEP> xanthus
<tb> 1856 <SEP> ysgC <SEP> 31% <SEP> 034674 <SEP> ytgp <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1857 <SEP> murE <SEP> 28% <SEP> 067631 <SEP> udp-murnac-tripeptide <SEP> synthetase <SEP> ;
<tb> aeolicus
<tb> 1858 <SEP> adhA <SEP> 63% <SEP> P20368 <SEP> alcohol <SEP> dehydrogenase <SEP> i <SEP> ; <SEP> mobilis
<tb> 1859 <SEP> recQ <SEP> 49% <SEP> 034748 <SEP> recq <SEP> homolog <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1860 <SEP> yshA <SEP> 53% <SEP> Q9ZJ11 <SEP> yjem <SEP> ; <SEP> Salmonella <SEP> typhimurium
<tb> 1861 <SEP> pepT <SEP> 94% <SEP> P42020 <SEP> peptidase <SEP> t <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 1862 <SEP> yshB <SEP> 43% <SEP> 068580 <SEP> hypothetical <SEP> 11.4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> Streptococcusmutans
<tb> 1863 <SEP> yshC <SEP> 70% <SEP> P95765 <SEP> intrageneric <SEP> coaggregation-relevant <SEP> adhesin;
<tb> Streptococcus <SEP> gordonii
<tb> 1864 <SEP> pflA <SEP> 67% <SEP> 068575 <SEP> pyruvate <SEP> formate-lyase <SEP> activating <SEP> enzyme;
<tb> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 1865 <SEP> ysiA <SEP> 55% <SEP> 068574 <SEP> putative <SEP> hemolysin <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 1866 <SEP> ysiB <SEP> 43% <SEP> 068573 <SEP> putative <SEP> permease <SEP> ; <SEP> mutans
<tb> 1867 <SEP> ysiC <SEP> 36% <SEP> Q9X244 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> maritima
<tb> 1868 <SEP> ysiD <SEP> 54% <SEP> 086222 <SEP> hypothetical <SEP> 25. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> influenzae <SEP> rd
<tb> 1869 <SEP> uvrA <SEP> 63% <SEP> 034863 <SEP> excinuclease <SEP> abc <SEP> subunit <SEP> a <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1870 <SEP> ysiE <SEP> 24% <SEP> Q12263 <SEP> serine/threonine-protein <SEP> kinase <SEP> gin4;
<tb> Saccharomyces <SEP> cerevisiae
<tb> 1871 <SEP> cobC <SEP> 33% <SEP> P77109 <SEP> putative <SEP> cobalamin <SEP> synthesis <SEP> protein;
<tb> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1872 <SEP> ysiG <SEP> 52% <SEP> Q51440 <SEP> d-lactate <SEP> dehydrogenase <SEP> ;
<tb> acidilactici
<tb>

<tb>
<tb> 1873 <SEP> ysjA <SEP> 35% <SEP> 032257 <SEP> yvbw <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1874 <SEP> ysjB <SEP> 28% <SEP> BAA35876 <SEP> mvim <SEP> protein <SEP> ; <SEP> coli
<tb> 1875 <SEP> ysjC <SEP> 35% <SEP> 034664 <SEP> ylos <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1876 <SEP> ysjD <SEP> 47% <SEP> Q05247 <SEP> gene <SEP> 37 <SEP> protein; <SEP> Mycobacteriophage <SEP> 15
<tb> 1877 <SEP> ysjE <SEP> putative
<tb> 1878 <SEP> ysjF <SEP> putative
<tb> 1879 <SEP> asnS <SEP> 57% <SEP> P39772 <SEP> asparaginyl-trna <SEP> synthetase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1880 <SEP> ysjG <SEP> putative
<tb> 1881 <SEP> aspB <SEP> 87% <SEP> AAF12702 <SEP> aspartate <SEP> aminotransferase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1882 <SEP> ysjH <SEP> putative
<tb> 1883 <SEP> dinG <SEP> 31% <SEP> 066684 <SEP> atp-dependent <SEP> helicase; <SEP> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1884 <SEP> ytaA <SEP> 33% <SEP> Q57951 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mj0531; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 1885 <SEP> ytaB <SEP> 41% <SEP> 005241 <SEP> hypothetical <SEP> 49. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> tgl-pgi
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1886 <SEP> ytaC <SEP> 43% <SEP> P12256 <SEP> penicillin <SEP> acylase; <SEP> Bacillus <SEP> sphaericus
<tb> 1887 <SEP> ytaD <SEP> 27% <SEP> Q9X7W7 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 1888 <SEP> oppA <SEP> 87% <SEP> Q07741 <SEP> oligopeptide-binding <SEP> protein <SEP> oppa <SEP> precursor;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1889 <SEP> oppC <SEP> 94% <SEP> Q07743 <SEP> oligopeptide <SEP> transport <SEP> system <SEP> permease <SEP> protein
<tb> oppc; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> , <SEP> and <SEP> lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1890 <SEP> oppB <SEP> 95% <SEP> P50989 <SEP> oligopeptide <SEP> transport <SEP> system <SEP> permease <SEP> protein
<tb> oppb; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1891 <SEP> oppF <SEP> 99% <SEP> Q07734 <SEP> oligopeptide <SEP> transport <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> oppf;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis <SEP> , <SEP> and <SEP> lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1892 <SEP> oppD <SEP> 99% <SEP> P50980 <SEP> oligopeptide <SEP> transport <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> oppd;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1893 <SEP> rplT <SEP> 54% <SEP> P55873 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 120 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1894 <SEP> rpmI <SEP> 64% <SEP> P55874 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 135 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1895 <SEP> infC <SEP> 55% <SEP> 053084 <SEP> translation <SEP> initiation <SEP> factor <SEP> if-3; <SEP> Listeria
<tb> monocytogenes
<tb> 1896 <SEP> ytbA <SEP> putative
<tb> 1897 <SEP> ytbB <SEP> 28% <SEP> 006480 <SEP> yfnb; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1898 <SEP> gidA <SEP> 96% <SEP> 032806 <SEP> glucose <SEP> inhibited <SEP> division <SEP> protein <SEP> a;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1899 <SEP> ytbC <SEP> putative
<tb> 1900 <SEP> ytbD <SEP> 49% <SEP> 006665 <SEP> putative <SEP> dna <SEP> binding <SEP> protein <SEP> ;
<tb> gordonii
<tb> 1901 <SEP> ytbE <SEP> 54% <SEP> 031418 <SEP> yazc <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1902 <SEP> cysS <SEP> 47% <SEP> Q06752 <SEP> cysteinyl-trna <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1903 <SEP> ytcA <SEP> putative
<tb> 1904 <SEP> cysE <SEP> 50% <SEP> Q06750 <SEP> serine <SEP> acetyltransferase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1905 <SEP> ytcB <SEP> putative
<tb> 1906 <SEP> pnpA <SEP> 60% <SEP> P50849 <SEP> polyribonucleotide <SEP> nucleotidyltransferase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1907 <SEP> ytcC <SEP> 78% <SEP> 030413 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1908 <SEP> prsB <SEP> 51% <SEP> 033924 <SEP> prpp <SEP> synthetase; <SEP> Corynebacterium <SEP> ammoniagenes
<tb> 1909 <SEP> ytcD <SEP> 32% <SEP> 026984 <SEP> conserved <SEP> protein; <SEP> Methanobacterium
<tb> thermoautotrophicum
<tb> 1910 <SEP> nifS <SEP> 45% <SEP> 034599 <SEP> yrvo <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1911 <SEP> ytcE <SEP> putative
<tb> 1912 <SEP> tuf <SEP> 78% <SEP> P33170 <SEP> elongation <SEP> factor <SEP> tu; <SEP> Streptococcus <SEP> oralis
<tb> 1913 <SEP> ytdA <SEP> putative
<tb> 1914 <SEP> ileS <SEP> 62% <SEP> Q9ZHB3 <SEP> isoleucine-trna <SEP> synthetase <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 1915 <SEP> ytdB <SEP> 36% <SEP> Q9ZHB4 <SEP> cell <SEP> division <SEP> protein <SEP> diviva; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 1916 <SEP> ytdC <SEP> 35% <SEP> Q9ZHB5 <SEP> ylmh; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 1917 <SEP> ytdD <SEP> 81% <SEP> Q9ZAI8 <SEP> hypothetical <SEP> 10. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 1918 <SEP> ytdE <SEP> 85% <SEP> Q9ZAI9 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1919 <SEP> ytdF <SEP> 92% <SEP> Q9ZAJO <SEP> hypothetical <SEP> 25. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1920 <SEP> ftsZ <SEP> 83% <SEP> Q9ZAJ1 <SEP> cell <SEP> division <SEP> protein <SEP> ftsz; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1921 <SEP> ftsA <SEP> 92% <SEP> Q9ZAJ2 <SEP> cell <SEP> division <SEP> protein <SEP> ftsa; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1922 <SEP> yteA <SEP> 33% <SEP> P70945 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1923 <SEP> trmH <SEP> 45% <SEP> Q06753 <SEP> hypothetical <SEP> trna/rrna <SEP> methyltransferase <SEP> yaco;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1924 <SEP> yteB <SEP> 32% <SEP> 032159 <SEP> hypothetical <SEP> 39.4 <SEP> kd <SEP> oxidoreductase <SEP> in <SEP> hom-mrga
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1925 <SEP> yteC <SEP> 41% <SEP> P22045 <SEP> probable <SEP> reductase; <SEP> Leishmania <SEP> major
<tb> 1926 <SEP> yteD <SEP> 26% <SEP> 069986 <SEP> transmembrane <SEP> efflux <SEP> protein; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 1927 <SEP> rlrB <SEP> 26% <SEP> 066882 <SEP> transcriptional <SEP> regulator; <SEP> Aquifex <SEP> aeolicus
<tb> 1928 <SEP> rmeA <SEP> 37% <SEP> 006008 <SEP> mercuric <SEP> resistance <SEP> operon <SEP> regulatory <SEP> protein;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1929 <SEP> pepC <SEP> 95% <SEP> Q04723 <SEP> aminopeptidase <SEP> c; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1930 <SEP> yteE <SEP> 87% <SEP> Q04731 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> in <SEP> pepc <SEP> 5'région;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1931 <SEP> pfs <SEP> 38% <SEP> P24247 <SEP> mta/sah <SEP> nucleosidase <SEP> [includes: <SEP> 5'methylthioadenosine <SEP> nucleosidase <SEP> ; <SEP> sadenosylhomocysteine <SEP> nucleosidase <SEP> ]; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 1932 <SEP> ytfA <SEP> putative
<tb> 1933 <SEP> ytfB <SEP> 49% <SEP> P54570 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> glnq-ansr
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1934 <SEP> glmU <SEP> 54% <SEP> P14192 <SEP> udp-n-acetylglucosamine <SEP> pyrophosphorylase;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1935 <SEP> proC <SEP> 37% <SEP> Q04708 <SEP> pyrroline-5-carboxylate <SEP> reductase; <SEP> Pisum <SEP> sativum
<tb> 1936 <SEP> tra983H <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1937 <SEP> rpsO <SEP> 61% <SEP> P05766 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> sl5; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 1938 <SEP> ytfC <SEP> 86% <SEP> Q9ZEK3 <SEP> hypothetical <SEP> 41. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1939 <SEP> ytfD <SEP> 93% <SEP> Q9ZEK4 <SEP> pppl <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1940 <SEP> sunL <SEP> 92% <SEP> Q9ZEK5 <SEP> sunl <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1941 <SEP> ytgH <SEP> 74% <SEP> Q48606 <SEP> putative <SEP> 20-kda <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1942 <SEP> ytgA <SEP> putative
<tb> 1943 <SEP> ytgB <SEP> 52% <SEP> P96594 <SEP> ydas <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1944 <SEP> fmt <SEP> 46% <SEP> P94463 <SEP> methionyl-trna <SEP> formyltransferase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1945 <SEP> yteG <SEP> 42% <SEP> Q9X7R8 <SEP> hypothetical <SEP> 17. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 1946 <SEP> ytgC <SEP> 31% <SEP> Q58549 <SEP> adp-ribose <SEP> pyrophosphatase; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 1947 <SEP> ytgD <SEP> putative
<tb> 1948 <SEP> priA <SEP> 47% <SEP> P94461 <SEP> primosomal <SEP> protein <SEP> n'; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1949 <SEP> ytgE <SEP> 43% <SEP> 035011 <SEP> yloh <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1950 <SEP> gmk <SEP> 60% <SEP> 034328 <SEP> ylod <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1951 <SEP> ytgF <SEP> 54% <SEP> 031774 <SEP> ymda <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1952 <SEP> ytgG <SEP> 39% <SEP> P31470 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> tnab-bglb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1953 <SEP> metK <SEP> 65% <SEP> P50307 <SEP> s-adenosylmethionine <SEP> synthetase; <SEP> Staphylococcus
<tb> aureus
<tb> 1954 <SEP> ythD <SEP> 43% <SEP> Q9ZKG8 <SEP> cyclopocyclopropane <SEP> fatty <SEP> acid <SEP> synthase;
<tb> Helicobacter <SEP> pylori <SEP> j99
<tb> 1955 <SEP> cfa <SEP> 43% <SEP> 025171 <SEP> cyclopropane <SEP> fatty <SEP> acid <SEP> synthase; <SEP> Helicobacter
<tb> pylori
<tb> 1956 <SEP> birA2 <SEP> 33% <SEP> 027938 <SEP> biotin <SEP> acetyl-coa <SEP> carboxylase <SEP> ligase/ <SEP> biotin
<tb> operon <SEP> repressor <SEP> bifunctional <SEP> protein;
<tb> Methanobacterium <SEP> thermoautotrophicum
<tb> 1957 <SEP> ythA <SEP> 38% <SEP> Q9XOPO <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb>

<tb>
<tb> 1958 <SEP> ythB <SEP> 46% <SEP> Q9XOPO <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb> 1959 <SEP> ythC <SEP> 23% <SEP> 034628 <SEP> yvlb <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1960 <SEP> acmB <SEP> 42% <SEP> 052362 <SEP> n-acetylmuramidase <SEP> precursor; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1961 <SEP> tra983I <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1962 <SEP> fbaA <SEP> 74% <SEP> 065944 <SEP> fructose-bisphosphate <SEP> aldolase; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 1963 <SEP> ytiA <SEP> 32% <SEP> P37027 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> heml-pfs
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1964 <SEP> thrS <SEP> 59% <SEP> P18255 <SEP> threonyl-trna <SEP> synthetase <SEP> 1 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1965 <SEP> ytjA <SEP> putative
<tb> 1966 <SEP> ytjB <SEP> 25% <SEP> P96593 <SEP> hypothetical <SEP> 45. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> mutt-gsib
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1967 <SEP> ytjC <SEP> 36% <SEP> AAD46617 <SEP> nramp <SEP> manganèse <SEP> transport <SEP> protein <SEP> mnth;
<tb> Escherichia <SEP> coli
<tb> 1968 <SEP> ytjD <SEP> 34% <SEP> P37261 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> fusl-agpl
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Saccharomyces <SEP> cerevisiae
<tb> 1969 <SEP> upp <SEP> 99% <SEP> P50926 <SEP> uracil <SEP> phosphoribosyltransferase; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 1970 <SEP> nah <SEP> 88% <SEP> Q48731 <SEP> na/h <SEP> antiporter <SEP> homolog; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1971 <SEP> ytjE <SEP> 37% <SEP> Q08432 <SEP> putative <SEP> aminotransferase <SEP> b <SEP> ; <SEP> Bacillussubtilis
<tb> 1972 <SEP> metBl <SEP> 50% <SEP> 031631 <SEP> yjci <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 1973 <SEP> metA <SEP> 53% <SEP> Q9WZY3 <SEP> homoserine <SEP> o-succinyltransferase; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb> 1974 <SEP> ytjF <SEP> putative
<tb> 1975 <SEP> ytjG <SEP> 26% <SEP> Q9WY71 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Thermotoga
<tb> maritima
<tb> 1976 <SEP> ytjH <SEP> 37% <SEP> P42096 <SEP> lacx <SEP> protein, <SEP> chromosomal; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1977 <SEP> yuaA <SEP> 38% <SEP> Q53606 <SEP> cmp-binding-factor <SEP> 1; <SEP> Staphylococcus <SEP> aureus
<tb> 1978 <SEP> yuaB <SEP> 23% <SEP> Q9Z6S7 <SEP> yign <SEP> family <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Chlamydia
<tb> pneumoniae
<tb> 1979 <SEP> rpe <SEP> 55% <SEP> P51012 <SEP> ribulose-phosphate <SEP> 3-epimerase <SEP> ;
<tb> capsulatus
<tb> 1980 <SEP> yuaC <SEP> putative
<tb> 1981 <SEP> yuaD <SEP> 45% <SEP> 034530 <SEP> yloq <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1982 <SEP> yuaE <SEP> 61% <SEP> 066078 <SEP> putative <SEP> extracellular <SEP> protein <SEP> expl <SEP> precursor <SEP> ;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 1983 <SEP> pheT <SEP> 44% <SEP> P17922 <SEP> phenylalanyl-trna <SEP> synthetase <SEP> beta <SEP> chain <SEP> ;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1984 <SEP> pheS <SEP> 60% <SEP> P17921 <SEP> phenylalanyl-trna <SEP> synthetase <SEP> alpha <SEP> chain;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 1985 <SEP> pdc <SEP> 78% <SEP> P94900 <SEP> p-coumaric <SEP> acid <SEP> decarboxylase; <SEP> Lactobacillus
<tb> plantarum
<tb> 1986 <SEP> tra983J <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1987 <SEP> yubA <SEP> 25% <SEP> P71160 <SEP> intb, <SEP> rega, <SEP> gepa, <SEP> gepb, <SEP> and <SEP> gepc <SEP> genes;
<tb> Bacteroides <SEP> nodosus
<tb> 1988 <SEP> yubB <SEP> putative
<tb> 1989 <SEP> yubK <SEP> putative
<tb> 1990 <SEP> yubD <SEP> 92% <SEP> AAF12712 <SEP> hypothetical <SEP> 9.1 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacteriophage
<tb> tpw22
<tb> 1991 <SEP> yubE <SEP> 35% <SEP> P39909 <SEP> spermine/spermidine <SEP> acetyltransferase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 1992 <SEP> tra983K <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 1993 <SEP> yubF <SEP> 32% <SEP> P53352 <SEP> inner <SEP> centromere <SEP> protein <SEP> ; <SEP> gallus
<tb> 1994 <SEP> yubG <SEP> 27% <SEP> CAB49281 <SEP> chromosome <SEP> ségrégation <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Pyrococcus
<tb> abyssi
<tb> 1995 <SEP> yubH <SEP> putative
<tb> 1996 <SEP> yubI <SEP> putative
<tb> 1997 <SEP> yubJ <SEP> putative
<tb> 1998 <SEP> yucA <SEP> 49% <SEP> Q00370 <SEP> hypothetical <SEP> 26. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> 50
<tb>

<tb>
<tb> 1999 <SEP> yucB <SEP> putative
<tb> 2000 <SEP> yucC <SEP> 30% <SEP> P45197 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> hil412; <SEP> Haemophilus
<tb> influenzae
<tb> 2001 <SEP> yucD <SEP> putative
<tb> 2002 <SEP> yucE <SEP> 30% <SEP> P03035 <SEP> repressor <SEP> protein <SEP> c2 <SEP> ; <SEP> p22, <SEP> and
<tb> bacteriophage <SEP> p21
<tb> 2003 <SEP> int5 <SEP> 26% <SEP> P97010 <SEP> integrase <SEP> ; <SEP> Bacteriophagetl2
<tb> 2004 <SEP> yucF <SEP> 38% <SEP> P94443 <SEP> yfio <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2005 <SEP> chiA <SEP> 49% <SEP> Q9WXD3 <SEP> chitinase <SEP> cl; <SEP> Serratia <SEP> marcescens
<tb> 2006 <SEP> yucG <SEP> 46% <SEP> 083009 <SEP> cbp21 <SEP> precursor <SEP> ; <SEP> Serratia <SEP> marcescens
<tb> 2007 <SEP> purA <SEP> 67% <SEP> P29726 <SEP> adenylosuccinate <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2008 <SEP> yudA <SEP> 30% <SEP> P95773 <SEP> cadb <SEP> ; <SEP> Staphylococcus <SEP> lugdunensis
<tb> 2009 <SEP> yudB <SEP> putative
<tb> 2010 <SEP> yudC <SEP> putative
<tb> 2011 <SEP> yudD <SEP> 30% <SEP> Q45146 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> isll68 <SEP> and <SEP> nimb <SEP> gene <SEP> for <SEP> 5nitroimidazole <SEP> antibiotic <SEP> resistance <SEP> protein <SEP> ;
<tb> Bacteroides <SEP> fragilis
<tb> 2012 <SEP> yudE <SEP> putative
<tb> 2013 <SEP> yudF <SEP> putative
<tb> 2014 <SEP> yudG <SEP> 57% <SEP> Q9ZB45 <SEP> hypothetical <SEP> 30. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> pyogenes
<tb> 2015 <SEP> yudH <SEP> 40% <SEP> P45862 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> acda <SEP> 5 <SEP> 'région; <SEP>
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2016 <SEP> yudI <SEP> 59% <SEP> P37567 <SEP> hypothetical <SEP> 37. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> folk-lyss
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2017 <SEP> yudJ <SEP> 43% <SEP> P42978 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> qcrc-dapb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2018 <SEP> yudK <SEP> 43% <SEP> P42978 <SEP> hypothetical <SEP> 23. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> qcrc-dapb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2019 <SEP> yudL <SEP> 39% <SEP> Q48842 <SEP> gene <SEP> cluster <SEP> ; <SEP> Lactobacillus <SEP> sake
<tb> 2020 <SEP> aspS <SEP> 53% <SEP> 032038 <SEP> aspartyl-trna <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2021 <SEP> yueA <SEP> 42% <SEP> CAB49889 <SEP> hit-like <SEP> protein <SEP> ; <SEP> abyssi
<tb> 2022 <SEP> hisS <SEP> 63% <SEP> P30053 <SEP> histidyl-trna <SEP> synthetase <SEP> ;
<tb> equisimilis
<tb> 2023 <SEP> yueB <SEP> 23% <SEP> 030416 <SEP> positive <SEP> regulator <SEP> gadr <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2024 <SEP> yueC <SEP> putative
<tb> 2025 <SEP> pgsA <SEP> 58% <SEP> 087532 <SEP> phosphotidylglycerophosphate <SEP> synthase <SEP> ;
<tb> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 2026 <SEP> yueD <SEP> 35% <SEP> P94510 <SEP> hypothetical <SEP> 34. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2027 <SEP> yueE <SEP> 43% <SEP> 031766 <SEP> ymfh <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2028 <SEP> yueF <SEP> 36% <SEP> 087529 <SEP> hypothetical <SEP> 48.2 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> pyogenes
<tb> 2029 <SEP> yufA <SEP> 71% <SEP> Q48692 <SEP> dna <SEP> for <SEP> orfl21 <SEP> and <SEP> recf <SEP> genes; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 2030 <SEP> recF <SEP> 99% <SEP> P50925 <SEP> recf <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2031 <SEP> pcaC <SEP> 40% <SEP> 026336 <SEP> gamma-carboxymuconolactone <SEP> decarboxylase;
<tb> Methanobacterium <SEP> thermoautotrophicum
<tb> 2032 <SEP> yufB <SEP> 42% <SEP> AAF11850 <SEP> transcriptional <SEP> regulator, <SEP> merr <SEP> family;
<tb> Deinococcus <SEP> radiodurans
<tb> 2033 <SEP> yufC <SEP> 69% <SEP> Q9ZB16 <SEP> hypothetical <SEP> 34. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 2034 <SEP> galE <SEP> 99% <SEP> 087524 <SEP> udp-galactose-4-epimerase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2035 <SEP> lacZ <SEP> 98% <SEP> 087523 <SEP> beta-galactosidase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2036 <SEP> thgA <SEP> 99% <SEP> AAC63019 <SEP> putative <SEP> galactoside <SEP> o-acetyltransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2037 <SEP> galT <SEP> 99% <SEP> 087522 <SEP> galactose-1-phosphate <SEP> uridylyltransferase;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2038 <SEP> galK <SEP> 93% <SEP> AAD11510 <SEP> galactokinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2039 <SEP> galM <SEP> 99% <SEP> Q9ZB17 <SEP> aldose <SEP> 1-epimerase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2040 <SEP> lacS <SEP> 91% <SEP> Q9ZB18 <SEP> lactose <SEP> permease <SEP> ; <SEP> lactis
<tb>

<tb>
<tb> 2041 <SEP> yugA <SEP> 94% <SEP> Q9ZB19 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 2042 <SEP> yugB <SEP> 93% <SEP> Q9ZB20 <SEP> hypothetical <SEP> 37. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 2043 <SEP> nadR <SEP> 28% <SEP> P27278 <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> nadr; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 2044 <SEP> yugC <SEP> 32% <SEP> Q9X4A4 <SEP> hypothetical <SEP> 35. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Staphylococcus
<tb> aureus
<tb> 2045 <SEP> yugD <SEP> 48% <SEP> 032034 <SEP> yrro <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2046 <SEP> yuhA <SEP> putative
<tb> 2047 <SEP> yuhB <SEP> 32% <SEP> 032035 <SEP> yrrn <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2048 <SEP> yuhC <SEP> putative
<tb> 2049 <SEP> yuhD <SEP> 36% <SEP> P42313 <SEP> hypothetical <SEP> 31. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> katb <SEP> 3'région;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2050 <SEP> yuhE <SEP> 32% <SEP> Q9Y321 <SEP> cgi-32 <SEP> protein; <SEP> Homo <SEP> sapiens
<tb> 2051 <SEP> ecsB <SEP> 26% <SEP> P55340 <SEP> protein <SEP> ecsb; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2052 <SEP> ecsA <SEP> 60% <SEP> P55339 <SEP> abc-type <SEP> transporter <SEP> atp-binding <SEP> protein <SEP> ecsa;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2053 <SEP> yuhH <SEP> 25% <SEP> 007592 <SEP> hypothetical <SEP> 27. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2054 <SEP> yuhI <SEP> 54% <SEP> 007513 <SEP> hit <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2055 <SEP> yuhJ <SEP> putative
<tb> 2056 <SEP> rplA <SEP> 58% <SEP> Q06797 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 11; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2057 <SEP> rplK <SEP> 80% <SEP> P36254 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 111; <SEP> Staphylococcus
<tb> carnosus
<tb> 2058 <SEP> yuiA <SEP> 38% <SEP> Q60048 <SEP> probable <SEP> cadmium-transporting <SEP> atpase; <SEP> Listeria
<tb> monocytogenes
<tb> 2059 <SEP> rcfA <SEP> 49% <SEP> CAB53581 <SEP> fnr-like <SEP> protein; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2060 <SEP> tra983L <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 2061 <SEP> yuiB <SEP> 41% <SEP> 031864 <SEP> yoze <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2062 <SEP> yuiF <SEP> 52% <SEP> P54154 <SEP> putative <SEP> peptide <SEP> methionine <SEP> sulfoxide <SEP> reductase
<tb> (peptide <SEP> met; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2063 <SEP> yuiC <SEP> 35% <SEP> 006747 <SEP> yitl <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2064 <SEP> yuiD <SEP> putative
<tb> 2065 <SEP> frr <SEP> 53% <SEP> P81101 <SEP> ribosome <SEP> recycling <SEP> factor; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2066 <SEP> pyrH <SEP> 94% <SEP> Q9Z5K8 <SEP> ump-kinase; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2067 <SEP> yuiE <SEP> putative
<tb> 2068 <SEP> ackA2 <SEP> 53% <SEP> P37877 <SEP> acetate <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2069 <SEP> ackAl <SEP> 50% <SEP> P37877 <SEP> acetate <SEP> kinase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2070 <SEP> yujA <SEP> 32% <SEP> P37876 <SEP> hypothetical <SEP> 37.4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> acka-sspa
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2071 <SEP> typA <SEP> 70% <SEP> 007631 <SEP> gtp-binding <SEP> protein <SEP> typa/bipa <SEP> homolog; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 2072 <SEP> yujB <SEP> putative
<tb> 2073 <SEP> yujC <SEP> putative
<tb> 2074 <SEP> yujD <SEP> 54% <SEP> Q9ZHB1 <SEP> hypothetical <SEP> 24. <SEP> 0 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 2075 <SEP> yujE <SEP> 23% <SEP> Q9ZHB2 <SEP> hypothetical <SEP> 55. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 2076 <SEP> yujF <SEP> putative
<tb> 2077 <SEP> yujG <SEP> 24% <SEP> Q9X474 <SEP> entr; <SEP> Enterococcus <SEP> faecium
<tb> 2078 <SEP> yvaA <SEP> 35% <SEP> 031391 <SEP> orfl <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> megaterium
<tb> 2079 <SEP> glk <SEP> 43% <SEP> 031392 <SEP> glucose <SEP> kinase; <SEP> Bacillus <SEP> megaterium
<tb> 2080 <SEP> yvaB <SEP> 35% <SEP> P54510 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 6 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> gcvt-spoiiiaa
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2081 <SEP> yvaC <SEP> 48% <SEP> 085254 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 2082 <SEP> tra981J <SEP> 92% <SEP> Q48668 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2083 <SEP> yuiI <SEP> 100% <SEP> Q48667 <SEP> insertion <SEP> séquence <SEP> is981; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2084 <SEP> comC <SEP> 26% <SEP> P15378 <SEP> type <SEP> 4 <SEP> prepilin-like <SEP> protein <SEP> specific <SEP> leader
<tb> peptidase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 2085 <SEP> dinP <SEP> 42% <SEP> Q47155 <SEP> dna-damage-inducible <SEP> protein <SEP> p; <SEP> Escherichia
<tb> coli
<tb> 2086 <SEP> yvaD <SEP> 24% <SEP> 060155 <SEP> putative <SEP> prolyl-trna <SEP> synthetase;
<tb> Schizosaccharomyces <SEP> pombe
<tb> 2087 <SEP> arcD2 <SEP> 62% <SEP> 032816 <SEP> arginine/ornithine <SEP> antiporter <SEP> homolog <SEP> arcd;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2088 <SEP> arcT <SEP> 52% <SEP> 053091 <SEP> orft; <SEP> Lactobacillus <SEP> sake
<tb> 2089 <SEP> arcC2 <SEP> 50% <SEP> 053090 <SEP> carbamate <SEP> kinase; <SEP> Lactobacillus <SEP> sake
<tb> 2090 <SEP> arcCl <SEP> 51% <SEP> 053090 <SEP> carbamate <SEP> kinase; <SEP> Lactobacillus <SEP> sake
<tb> 2091 <SEP> arcDl <SEP> 86% <SEP> 032816 <SEP> arginine/ornithine <SEP> antiporter <SEP> homolog <SEP> arcd;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2092 <SEP> arcB <SEP> 72% <SEP> 053089 <SEP> ornithine <SEP> transcarbamoylase; <SEP> Lactobacillus <SEP> sake
<tb> 2093 <SEP> arcA <SEP> 60% <SEP> 053088 <SEP> arginine <SEP> deiminase; <SEP> Lactobacillus <SEP> sake
<tb> 2094 <SEP> argS <SEP> 37% <SEP> 074781 <SEP> putative <SEP> arginyl-trna <SEP> synthetase, <SEP> cytoplasmic;
<tb> Schizosaccharomyces <SEP> pombe
<tb> 2095 <SEP> argR <SEP> 37% <SEP> Q54870 <SEP> probable <SEP> arginine <SEP> repressor; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 2096 <SEP> murC <SEP> 56% <SEP> P40778 <SEP> udp-n-acetylmuramate--alanine <SEP> ligase; <SEP> Bacillus
<tb> subtilis
<tb> 2097 <SEP> yvcA <SEP> putative
<tb> 2098 <SEP> yvcB <SEP> 38% <SEP> P94295 <SEP> orfl <SEP> and <SEP> snf2 <SEP> gène; <SEP> Bacillus <SEP> cereus
<tb> 2099 <SEP> yvcC <SEP> 28% <SEP> Q9ZV10 <SEP> retrotransposon-like <SEP> protein; <SEP> Arabidopsis
<tb> thaliana
<tb> 2100 <SEP> poxL <SEP> 43% <SEP> P37063 <SEP> pyruvate <SEP> oxidase; <SEP> Lactobacillus <SEP> plantarum
<tb> 2101 <SEP> yvdA <SEP> 27% <SEP> CAB61729 <SEP> possible <SEP> secreted <SEP> esterase; <SEP> Streptomyces
<tb> coelicolor
<tb> 2102 <SEP> yvdB <SEP> 94% <SEP> 068177 <SEP> cypl; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2103 <SEP> yvdC <SEP> 31% <SEP> Q47774 <SEP> orf8; <SEP> Enterococcus <SEP> faecalis
<tb> 2104 <SEP> yvdD <SEP> 92% <SEP> P22094 <SEP> hypothetical <SEP> 30. <SEP> 9 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> pepx <SEP> 5'region.
<tb>

Lactococcus <SEP> lactis <SEP> , <SEP> and <SEP> lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2105 <SEP> pepXP <SEP> 89% <SEP> P22093 <SEP> xaa-pro <SEP> dipeptidyl-peptidase <SEP> (x-p. <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 2106 <SEP> yvdE <SEP> 90% <SEP> P22347 <SEP> hypothetical <SEP> 18. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> pepx <SEP> 3'région;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2107 <SEP> yvdF <SEP> 29% <SEP> P54952 <SEP> probable <SEP> amino-acid <SEP> abc <SEP> transporter <SEP> binding
<tb> protein <SEP> in <SEP> idh-deor <SEP> intergenic <SEP> region <SEP> precursor;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2108 <SEP> yvdG <SEP> 48% <SEP> P77212 <SEP> probable <SEP> pyridine <SEP> nucleotide-disulfide
<tb> oxidoreductase <SEP> in <SEP> eaeh-beta <SEP> intergenic <SEP> région;
<tb> Escherichia <SEP> coli
<tb> 2109 <SEP> gltX <SEP> 56% <SEP> 086083 <SEP> glutamyl-trna <SEP> synthetase; <SEP> Lactobacillus
<tb> delbrueckii
<tb> 2110 <SEP> yveA <SEP> 32% <SEP> 028131 <SEP> isochorismatase; <SEP> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 2111 <SEP> yveB <SEP> putative
<tb> 2112 <SEP> yveC <SEP> 27% <SEP> CAB57420 <SEP> putative <SEP> arylalkylamine <SEP> n-acetyltransferase;
<tb> Schizosaccharomyces <SEP> pombe
<tb> 2113 <SEP> yveD <SEP> putative
<tb> 2114 <SEP> yveE <SEP> putative
<tb> 2115 <SEP> yveF <SEP> 38% <SEP> 087247 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 2116 <SEP> yveG <SEP> putative
<tb> 2117 <SEP> yveH <SEP> 43% <SEP> AAF10688 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 2118 <SEP> tra983M <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 2119 <SEP> yveI <SEP> putative
<tb> 2120 <SEP> radA <SEP> 58% <SEP> 086063 <SEP> rada <SEP> homolog; <SEP> Listeria <SEP> monocytogenes
<tb> 2121 <SEP> yvfA <SEP> 36% <SEP> 067432 <SEP> cation <SEP> transporting <SEP> atpase <SEP> ; <SEP> aeolicus
<tb> 2122 <SEP> yvfB <SEP> putative
<tb> 2123 <SEP> rplQ <SEP> 72% <SEP> P20277 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 117; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2124 <SEP> rpoA <SEP> 58% <SEP> BAA75298 <SEP> rpoa <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> sp
<tb> 2125 <SEP> rpsK <SEP> 73% <SEP> P04969 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> sll; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 2126 <SEP> rpsM <SEP> 70% <SEP> P20282 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> sl3; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2127 <SEP> rpmJ <SEP> 100% <SEP> P27146 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 136 <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2128 <SEP> infA <SEP> 100% <SEP> P27149 <SEP> translation <SEP> initiation <SEP> factor <SEP> if-1; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 2129 <SEP> tra904H <SEP> 99% <SEP> CAA55220 <SEP> isl069 <SEP> gene; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2130 <SEP> yvfD <SEP> 98% <SEP> Q48710 <SEP> span <SEP> gene <SEP> encoding <SEP> nisin <SEP> and <SEP> insertion <SEP> sequence
<tb> is904 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2131 <SEP> tra1077F <SEP> 98% <SEP> 032787 <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2132 <SEP> yvfC <SEP> 99% <SEP> 032786 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 2133 <SEP> adk <SEP> 98% <SEP> P27143 <SEP> adenylate <SEP> kinase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2134 <SEP> secY <SEP> 96% <SEP> P27148 <SEP> preprotein <SEP> translocase <SEP> secy <SEP> subunit <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 2135 <SEP> rplO <SEP> 58% <SEP> 006445 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 115 <SEP> ;
<tb> aureus
<tb> 2136 <SEP> rpmD <SEP> 62% <SEP> 006444 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 130 <SEP> ;
<tb> aureus
<tb> 2137 <SEP> rpsE <SEP> 58% <SEP> Q9Z9J7 <SEP> rpse <SEP> protein <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 2138 <SEP> rplR <SEP> 49% <SEP> P46899 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 118 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2139 <SEP> rplF <SEP> 63% <SEP> P02391 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 16 <SEP> ;
<tb> stearothermophilus
<tb> 2140 <SEP> rpsH <SEP> 71% <SEP> P12879 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> s8; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2141 <SEP> yvgA <SEP> putative
<tb> 2142 <SEP> rpsN <SEP> 81% <SEP> P54798 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> sl4; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 2143 <SEP> rplE <SEP> 80% <SEP> P08895 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 15; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 2144 <SEP> rplX <SEP> 75% <SEP> Q9WVW6 <SEP> rpl24; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2145 <SEP> rplN <SEP> 74% <SEP> Q9WVZ2 <SEP> rpll4; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2146 <SEP> rpsQ <SEP> 88% <SEP> Q9WW03 <SEP> rpsl7; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2147 <SEP> rpmC <SEP> 69% <SEP> Q9WVW8 <SEP> rpl29; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2148 <SEP> rplP <SEP> 89% <SEP> Q9X5K1 <SEP> rpll6; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2149 <SEP> rpsC <SEP> 87% <SEP> Q9WW37 <SEP> rps3 <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 2150 <SEP> rplV <SEP> 84% <SEP> Q9WVU5 <SEP> rpl22; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2151 <SEP> rpsS <SEP> 90% <SEP> Q9WW12 <SEP> rpsl9; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2152 <SEP> rplB <SEP> 76% <SEP> P42919 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 12; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2153 <SEP> rplW <SEP> 54% <SEP> P04454 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 123 <SEP> ;
<tb> stearothermophilus
<tb> 2154 <SEP> rplD <SEP> 61% <SEP> P42921 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 14 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2155 <SEP> rplC <SEP> 69% <SEP> Q9Z9L4 <SEP> rplc <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> sp
<tb> 2156 <SEP> rpsJ <SEP> 86% <SEP> P48853 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> slO; <SEP> Streptococcus <SEP> mutans
<tb> 2157 <SEP> mscL <SEP> 44% <SEP> P94585 <SEP> large-conductance <SEP> mechanosensitive <SEP> channel;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2158 <SEP> yvhA <SEP> 27% <SEP> Q58119 <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> mj0709; <SEP> Methanococcus
<tb> jannaschii
<tb> 2159 <SEP> thrC <SEP> 38% <SEP> Q42598 <SEP> threonine <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> pombe
<tb> 2160 <SEP> nusG <SEP> 49% <SEP> Q06795 <SEP> transcription <SEP> antitermination <SEP> protein <SEP> nusg;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2161 <SEP> secE <SEP> putative
<tb> 2162 <SEP> rpmGC <SEP> 57% <SEP> P51415 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 133 <SEP> ;
<tb> capricolum
<tb> 2163 <SEP> yvhB <SEP> 29% <SEP> 005402 <SEP> hypothetical <SEP> 72. <SEP> 2 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2164 <SEP> pbp2A <SEP> 50% <SEP> 070039 <SEP> penicillin-binding <SEP> protein <SEP> 2a <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 2165 <SEP> yviA <SEP> 33% <SEP> 032050 <SEP> yrbg <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2166 <SEP> yviB <SEP> putative
<tb> 2167 <SEP> yviC <SEP> 39% <SEP> Q46604 <SEP> fmn-binding <SEP> protein; <SEP> Desulfovibrio <SEP> vulgaris
<tb> 2168 <SEP> yviD <SEP> 37% <SEP> P54604 <SEP> hypothetical <SEP> 33. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> cspb-glpp
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2169 <SEP> zitP <SEP> 57% <SEP> 033704 <SEP> adcb <SEP> protein <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 2170 <SEP> zitQ <SEP> 65% <SEP> 087862 <SEP> adcc <SEP> protein <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb>

<tb>
<tb> 2171 <SEP> zitS <SEP> 43% <SEP> 034966 <SEP> ycdh <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2172 <SEP> zitR <SEP> 48% <SEP> 033703 <SEP> adcr <SEP> protein <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 2173 <SEP> yviH <SEP> 57% <SEP> 086274 <SEP> hypothetical <SEP> 9. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2174 <SEP> yviI <SEP> 76% <SEP> 086275 <SEP> orfl50 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2175 <SEP> yviJ <SEP> 52% <SEP> 086276 <SEP> hypothetical <SEP> 14. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2176 <SEP> comGD <SEP> 31% <SEP> 085196 <SEP> compétence <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2177 <SEP> comGC <SEP> 74% <SEP> 086277 <SEP> orfl25 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2178 <SEP> comGB <SEP> 70% <SEP> 086278 <SEP> orf348 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2179 <SEP> comGA <SEP> 76% <SEP> 086279 <SEP> orf248 <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2180 <SEP> polC <SEP> 98% <SEP> 086280 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> iii <SEP> alpha <SEP> chain-like <SEP> protein;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2181 <SEP> yvjA <SEP> putative
<tb> 2182 <SEP> noxD <SEP> 33% <SEP> P37061 <SEP> nadh <SEP> oxidase <SEP> ; <SEP> faecalis
<tb> 2183 <SEP> proS <SEP> 50% <SEP> 031755 <SEP> prolyl-trna <SEP> synthetase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2184 <SEP> yvjB <SEP> 52% <SEP> AAD47948 <SEP> eep <SEP> ; <SEP> faecalis
<tb> 2185 <SEP> cdsA <SEP> 37% <SEP> Q9ZML7 <SEP> cdp-diacylglycerol <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> Helicobacter
<tb> pylori <SEP> j99
<tb> 2186 <SEP> ywaA <SEP> 49% <SEP> 031751 <SEP> undecaprenyl <SEP> pyrophosphate <SEP> synthetase <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 2187 <SEP> ywaB <SEP> 50% <SEP> Q47777 <SEP> orfll; <SEP> Enterococcus <SEP> faecalis
<tb> 2188 <SEP> ywaC <SEP> 40% <SEP> Q9XBL3 <SEP> dna <SEP> alkylation <SEP> repair <SEP> enzyme <SEP> ; <SEP> cereus
<tb> 2189 <SEP> ywaD <SEP> 45% <SEP> Q9XBL3 <SEP> dna <SEP> alkylation <SEP> repair <SEP> enzyme <SEP> ; <SEP> cereus
<tb> 2190 <SEP> ywaE <SEP> 54% <SEP> Q45601 <SEP> yyda <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2191 <SEP> tra983N <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> pyogenes
<tb> 2192 <SEP> htrA <SEP> 58% <SEP> 006670 <SEP> putative <SEP> serine <SEP> protease <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 2193 <SEP> ywaF <SEP> 26% <SEP> 006452 <SEP> dnag, <SEP> rpod, <SEP> cpoa <SEP> genes <SEP> and <SEP> orf3 <SEP> and <SEP> orf5;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2194 <SEP> ywaG <SEP> 55% <SEP> 006453 <SEP> dnag, <SEP> rpod, <SEP> cpoa <SEP> genes <SEP> and <SEP> orf3 <SEP> and <SEP> orf5;
<tb> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2195 <SEP> ywaH <SEP> putative
<tb> 2196 <SEP> ywaI <SEP> 23% <SEP> Q26223 <SEP> rhoptry <SEP> protein <SEP> ; <SEP> berghei <SEP> yoelii
<tb> 2197 <SEP> ywbA <SEP> 46% <SEP> P37543 <SEP> hypothetical <SEP> 28. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> xpac-abrb
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2198 <SEP> polA <SEP> 93% <SEP> 032801 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> i <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2199 <SEP> ywbB <SEP> 90% <SEP> 032800 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> i <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2200 <SEP> rliD <SEP> 43% <SEP> P37517 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> in <SEP> tetlexoa <SEP> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2201 <SEP> tra904I <SEP> 100% <SEP> CAA55220 <SEP> is1069 <SEP> gene; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2202 <SEP> yvjF <SEP> 98% <SEP> Q48710 <SEP> span <SEP> gene <SEP> encoding <SEP> nisin <SEP> and <SEP> insertion <SEP> sequence
<tb> is904 <SEP> ; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2203 <SEP> tral077G <SEP> 98% <SEP> 032787 <SEP> transposase <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2204 <SEP> ywbC <SEP> 99% <SEP> 032786 <SEP> hypothetical <SEP> 21. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 2205 <SEP> ywbD <SEP> 27% <SEP> P37517 <SEP> hypothetical <SEP> transcriptional <SEP> regulator <SEP> in <SEP> tetlexoa <SEP> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2206 <SEP> ywcA <SEP> 76% <SEP> Q48591 <SEP> n <SEP> of <SEP> 16s <SEP> rrna <SEP> gene; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2207 <SEP> ezrA <SEP> 21% <SEP> 034894 <SEP> ytwp <SEP> ; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2208 <SEP> tsf <SEP> 39% <SEP> Q9ZJ71 <SEP> elongation <SEP> factor <SEP> ts <SEP> ; <SEP> Helicobacterpylori <SEP> j99
<tb> 2209 <SEP> rpsB <SEP> 71% <SEP> P49668 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> s2 <SEP> ;
<tb> acidilactici
<tb> 2210 <SEP> ywcC <SEP> 100% <SEP> 086271 <SEP> orfb <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2211 <SEP> adhE <SEP> 98% <SEP> 086272 <SEP> alcohol-acetaldehyde <SEP> dehydrogenase <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 2212 <SEP> ywdA <SEP> 23% <SEP> CAB49813 <SEP> hypothetical <SEP> 22. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Pyrococcus <SEP> abyssi
<tb> 2213 <SEP> ywdB <SEP> putative
<tb> 2214 <SEP> ywdC <SEP> 26% <SEP> 058557 <SEP> 552aa <SEP> long <SEP> hypothetical <SEP> nitrite <SEP> reductase <SEP> ;
<tb> Pyrococcus <SEP> horikoshii
<tb> 2215 <SEP> ywdD <SEP> 29% <SEP> P07782 <SEP> coenzyme <SEP> pqq <SEP> synthesis <SEP> protein <SEP> e <SEP> ;
<tb> calcoaceticus
<tb> 2216 <SEP> ywdE <SEP> 30% <SEP> P49330 <SEP> rgg <SEP> protein <SEP> ; <SEP> gordonii <SEP> challis
<tb>

<tb>
<tb> 2217 <SEP> ywdF <SEP> 34% <SEP> 034470 <SEP> ylbl <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2218 <SEP> kdtB <SEP> 39% <SEP> Q9WZKO <SEP> lipopolysaccharide <SEP> core <SEP> biosynthesis <SEP> protein
<tb> kdtb; <SEP> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 2219 <SEP> ywdG <SEP> 49% <SEP> 034331 <SEP> ylbh <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2220 <SEP> yweA <SEP> 35% <SEP> Q48658 <SEP> lmrp <SEP> integral <SEP> membrane <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 2221 <SEP> lmrP <SEP> 91% <SEP> Q48658 <SEP> lmrp <SEP> integral <SEP> membrane <SEP> protein; <SEP> Lactococcus
<tb> lactis
<tb> 2222 <SEP> sigX <SEP> 30% <SEP> 007627 <SEP> putative <SEP> rna <SEP> polymerase <SEP> sigma <SEP> factor <SEP> ylac;
<tb> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2223 <SEP> yweB <SEP> putative
<tb> 2224 <SEP> pgiA <SEP> 79% <SEP> Q9X670 <SEP> glucose-6-phosphate <SEP> isomerase; <SEP> Streptococcus
<tb> mutans
<tb> 2225 <SEP> yweC <SEP> 32% <SEP> 029764 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein; <SEP> Archaeoglobus
<tb> fulgidus
<tb> 2226 <SEP> yweD <SEP> 36% <SEP> P39315 <SEP> hypothetical <SEP> 29. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> rpli-cpdb
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 2227 <SEP> yweE <SEP> 53% <SEP> P70885 <SEP> orfl08; <SEP> Butyrivibrio <SEP> fibrisolvens
<tb> 2228 <SEP> yweF <SEP> putative
<tb> 2229 <SEP> vals <SEP> 60% <SEP> Q05873 <SEP> valyl-trna <SEP> synthetase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2230 <SEP> ywfA <SEP> putative
<tb> 2231 <SEP> ywfB <SEP> putative
<tb> 2232 <SEP> ywfC <SEP> 40% <SEP> P32699 <SEP> hypothetical <SEP> 13. <SEP> 5 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> apha-uvra
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 2233 <SEP> ywfD <SEP> putative
<tb> 2234 <SEP> ywfE <SEP> 30% <SEP> CAB57644 <SEP> hypothetical <SEP> 25. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein; <SEP> Sulfolobus
<tb> solfataricus
<tb> 2235 <SEP> ywfF <SEP> 43% <SEP> 031545 <SEP> yfjo <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2236 <SEP> ywfG <SEP> 27% <SEP> Q15333 <SEP> hr44 <SEP> protein; <SEP> Homo <SEP> sapiens
<tb> 2237 <SEP> ywfH <SEP> 36% <SEP> CAB61244 <SEP> secreted <SEP> protein <SEP> precursor; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2238 <SEP> ywgA <SEP> 31% <SEP> 031575 <SEP> yfhg <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2239 <SEP> gntP <SEP> 50% <SEP> P46832 <SEP> gluconate <SEP> permease; <SEP> Bacillus <SEP> licheniformis
<tb> 2240 <SEP> tra9830 <SEP> 50% <SEP> 087534 <SEP> putative <SEP> transposase; <SEP> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 2241 <SEP> gntK <SEP> 48% <SEP> P12011 <SEP> gluconokinase; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2242 <SEP> gntZ <SEP> 56% <SEP> P54448 <SEP> hypothetical <SEP> 32. <SEP> 8 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> nucb-arod
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2243 <SEP> gntR <SEP> 29% <SEP> Q9WYG1 <SEP> transcriptional <SEP> regulator, <SEP> rpir <SEP> family;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 2244 <SEP> ywhA <SEP> putative
<tb> 2245 <SEP> ywhB <SEP> 31% <SEP> 034870 <SEP> ykue <SEP> protein; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2246 <SEP> rpsR <SEP> 70% <SEP> P10806 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> sl8; <SEP> Bacillus
<tb> stearothermophilus
<tb> 2247 <SEP> ssbD <SEP> 65% <SEP> Q9XJE5 <SEP> putative <SEP> single <SEP> stranded <SEP> binding <SEP> protein;
<tb> Bacteriophage <SEP> tuc2009
<tb> 2248 <SEP> rpsF <SEP> 59% <SEP> P21468 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> s6 <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2249 <SEP> bacA <SEP> 39% <SEP> AAD50462 <SEP> baca; <SEP> Cytophaga <SEP> johnsonae
<tb> 2250 <SEP> lysP <SEP> 45% <SEP> P25737 <SEP> lysine-specific <SEP> permease; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 2251 <SEP> dnaH <SEP> 50% <SEP> Q9WZF2 <SEP> dna <SEP> polymerase <SEP> iii, <SEP> gamma <SEP> and <SEP> tau <SEP> subunit;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 2252 <SEP> ywiA <SEP> 33% <SEP> 005841 <SEP> hypothetical <SEP> 51. <SEP> 3 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> tuberculosis
<tb> 2253 <SEP> ywiB <SEP> 43% <SEP> P36088 <SEP> hypothetical <SEP> 19. <SEP> 7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> lhsl-nuplOO
<tb> intergenic <SEP> région; <SEP> Saccharomyces <SEP> cerevisiae
<tb> 2254 <SEP> ywiC <SEP> 31% <SEP> P39912 <SEP> B <SEP> aroa <SEP> protein <SEP> [includes: <SEP> phospho-2-dehydro-3deoxyheptonate <SEP> aldolase <SEP> (3-deoxy-d-arabinoheptulosona...
<tb>

2255 <SEP> ywiD <SEP> putative
<tb> 2256 <SEP> ywiE <SEP> putative
<tb> 2257 <SEP> glnA <SEP> 66% <SEP> P95692 <SEP> glutamine <SEP> synthetase <SEP> type <SEP> 1 <SEP> ;
<tb> agalactiae
<tb> 2258 <SEP> glnR <SEP> 45% <SEP> P37582 <SEP> regulatory <SEP> protein <SEP> glnr; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb>

<tb>
<tb> 2259 <SEP> ywiF <SEP> 45% <SEP> 035016 <SEP> yfkj <SEP> protein <SEP> ; <SEP> Bacillussubtilis
<tb> 2260 <SEP> ywiG <SEP> 29% <SEP> Q9WZM4 <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Thermotoga <SEP> maritima
<tb> 2261 <SEP> ywiH <SEP> putative
<tb> 2262 <SEP> ywiI <SEP> 23% <SEP> 030416 <SEP> positive <SEP> regulator <SEP> gadr <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2263 <SEP> ruvB <SEP> 63% <SEP> 032055 <SEP> holliday <SEP> junction <SEP> dna <SEP> helicase <SEP> ruvb <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 2264 <SEP> ruvA <SEP> 42% <SEP> 084509 <SEP> holliday <SEP> junction <SEP> helicase; <SEP> Chlamydia
<tb> trachomatis
<tb> 2265 <SEP> hexB <SEP> 86% <SEP> 032819 <SEP> mismatch <SEP> repair <SEP> protein <SEP> homolog <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 2266 <SEP> ywjA <SEP> 30% <SEP> Q17113 <SEP> 80 <SEP> kda <SEP> protein <SEP> ; <SEP> bovis
<tb> 2267 <SEP> hexA <SEP> 64% <SEP> P10564 <SEP> dna <SEP> mismatch <SEP> repair <SEP> protein <SEP> hexa <SEP> ;
<tb> pneumoniae
<tb> 2268 <SEP> ywjB <SEP> 24% <SEP> 031779 <SEP> ymca <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2269 <SEP> ywjC <SEP> putative
<tb> 2270 <SEP> ywjD <SEP> 43% <SEP> 034647 <SEP> transcription <SEP> regulator <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2271 <SEP> ywjE <SEP> putative
<tb> 2272 <SEP> ywjF <SEP> 52% <SEP> 034948 <SEP> hypothetical <SEP> 30.7 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> mcpc-kina
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2273 <SEP> ywjG <SEP> putative
<tb> 2274 <SEP> ywjH <SEP> putative
<tb> 2275 <SEP> yxaA <SEP> 25% <SEP> 028711 <SEP> conserved <SEP> hypothetical <SEP> protein <SEP> ;
<tb> fulgidus
<tb> 2276 <SEP> yxaB <SEP> putative
<tb> 2277 <SEP> zwf <SEP> 49% <SEP> P54547 <SEP> glucose-6-phosphate <SEP> 1-dehydrogenase <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 2278 <SEP> yxaC <SEP> 38% <SEP> P54452 <SEP> hypothetical <SEP> 20. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> nucb-arod
<tb> intergenic <SEP> region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2279 <SEP> pspA <SEP> 40% <SEP> 005166 <SEP> pcpa <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 2280 <SEP> pspB <SEP> 40% <SEP> 005166 <SEP> pcpa <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 2281 <SEP> dnaJ <SEP> 86% <SEP> P35514 <SEP> dnaj <SEP> protein <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2282 <SEP> yxaF <SEP> putative
<tb> 2283 <SEP> racD <SEP> 53% <SEP> P29079 <SEP> aspartate <SEP> racemase <SEP> ; <SEP> thermophilus
<tb> 2284 <SEP> yxbA <SEP> putative
<tb> 2285 <SEP> asnH <SEP> 40% <SEP> 034902 <SEP> asparagine <SEP> synthase <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2286 <SEP> usp45 <SEP> 63% <SEP> P22865 <SEP> secreted <SEP> 45 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> precursor <SEP> ;
<tb> lactis
<tb> 2287 <SEP> mreD <SEP> 25% <SEP> Q01467 <SEP> rod <SEP> shape-determining <SEP> protein <SEP> mred <SEP> ;
<tb> subtilis
<tb> 2288 <SEP> mreC <SEP> 95% <SEP> Q99223 <SEP> beta-lactamase <SEP> precursor <SEP> ; <SEP> lactis
<tb> 2289 <SEP> yxbC <SEP> 40% <SEP> P46351 <SEP> hypothetical <SEP> 45. <SEP> 4 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> in <SEP> thiaminase <SEP> i
<tb> 5'region; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2290 <SEP> rpiA <SEP> 45% <SEP> P72012 <SEP> probable <SEP> ribose <SEP> 5-phosphate <SEP> isomerase;
<tb> Methanobacterium <SEP> thermoautotrophicum
<tb> 2291 <SEP> rcfB <SEP> 27% <SEP> 086128 <SEP> fnr <SEP> protein <SEP> ; <SEP> licheniformis
<tb> 2292 <SEP> yxbD <SEP> 23% <SEP> P94577 <SEP> hypothetical <SEP> 43. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2293 <SEP> yxbE <SEP> 33% <SEP> 027074 <SEP> conserved <SEP> protein <SEP> ;
<tb> thermoautotrophicum
<tb> 2294 <SEP> yxbF <SEP> putative
<tb> 2295 <SEP> yxcA <SEP> 29% <SEP> P11568 <SEP> activator <SEP> of-2-hydroxyglutaryl-coa <SEP> dehydratase <SEP> ;
<tb> Acidaminococcus <SEP> fermentans
<tb> 2296 <SEP> yxcB <SEP> 27% <SEP> CAB55667 <SEP> putative <SEP> tetr-family <SEP> transcriptional <SEP> regulator;
<tb> Streptomyces <SEP> coelicolor
<tb> 2297 <SEP> rsuA <SEP> 42% <SEP> Q9WYA2 <SEP> 16s <SEP> pseudouridylate <SEP> synthase <SEP> ;
<tb> maritima
<tb> 2298 <SEP> yxcD <SEP> putative
<tb> 2299 <SEP> thdF <SEP> 66% <SEP> CAB61255 <SEP> thiophene <SEP> dégradation <SEP> protein <SEP> f <SEP> ;
<tb> agalactiae
<tb> 2300 <SEP> yxcE <SEP> putative
<tb>

<tb>
<tb> 2301 <SEP> recG <SEP> 66% <SEP> Q54900 <SEP> atp-dependent <SEP> dna <SEP> helicase <SEP> recg; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 2302 <SEP> yxdA <SEP> 44% <SEP> P16680 <SEP> phna <SEP> protein; <SEP> Escherichia <SEP> coli
<tb> 2303 <SEP> gapB <SEP> 78% <SEP> P50467 <SEP> glyceraldehyde <SEP> 3-phosphate <SEP> dehydrogenase;
<tb> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 2304 <SEP> yxdB <SEP> 24% <SEP> 015738 <SEP> zipa; <SEP> Dictyostelium <SEP> discoideum
<tb> 2305 <SEP> yxdC <SEP> 37% <SEP> P37278 <SEP> cation-transporting <SEP> atpase <SEP> pacl; <SEP> Synechococcus
<tb> sp
<tb> 2306 <SEP> yxdD <SEP> putative
<tb> 2307 <SEP> yxdE <SEP> 34% <SEP> AAF12130 <SEP> oxidoreductase, <SEP> short-chain
<tb> dehydrogenase/reductase <SEP> family; <SEP> Deinococcus
<tb> radiodurans
<tb> 2308 <SEP> yxdF <SEP> 30% <SEP> Q48724 <SEP> abortive <SEP> infection <SEP> proteins <SEP> genes, <SEP> complete <SEP> cds <SEP> ;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2309 <SEP> yxdG <SEP> putative
<tb> 2310 <SEP> rpsI <SEP> 70% <SEP> P21470 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> s9; <SEP> Bacillus <SEP> subtilis
<tb> 2311 <SEP> rplM <SEP> 63% <SEP> Q00990 <SEP> 50s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> 113; <SEP> Staphylococcus
<tb> carnosus
<tb> 2312 <SEP> yxeA <SEP> 29% <SEP> AAF12525 <SEP> hypothetical <SEP> 37. <SEP> 1 <SEP> kd <SEP> protein <SEP> ;
<tb> radiodurans
<tb> 2313 <SEP> yxeB <SEP> 40% <SEP> 028803 <SEP> abc <SEP> transporter, <SEP> atp-binding <SEP> protein;
<tb> Archaeoglobus <SEP> fulgidus
<tb> 2314 <SEP> rnhA <SEP> 55% <SEP> 007874 <SEP> ribonuclease <SEP> hii; <SEP> Streptococcus <SEP> pneumoniae
<tb> 2315 <SEP> sipL <SEP> 53% <SEP> CAA13401 <SEP> signal <SEP> peptidase <SEP> 1 <SEP> ; <SEP> pneumoniae
<tb> 2316 <SEP> purR <SEP> 100% <SEP> 053065 <SEP> purr; <SEP> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2317 <SEP> fusA <SEP> 73% <SEP> P80868 <SEP> elongation <SEP> factor <SEP> g <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2318 <SEP> rpsG <SEP> 72% <SEP> Q9Z9L8 <SEP> rpsg <SEP> protein <SEP> ; <SEP> sp
<tb> 2319 <SEP> rpsL <SEP> 89% <SEP> P30891 <SEP> 30s <SEP> ribosomal <SEP> protein <SEP> sl2; <SEP> Streptococcus
<tb> pneumoniae
<tb> 2320 <SEP> dacA <SEP> 84% <SEP> 066081 <SEP> extracellular <SEP> protein <SEP> exp2 <SEP> precursor;
<tb> Lactococcus <SEP> lactis
<tb> 2321 <SEP> yxfA <SEP> 55% <SEP> Q54615 <SEP> putative <SEP> multiple <SEP> membrane <SEP> domain <SEP> protein;
<tb> Streptococcus <SEP> pyogenes
<tb> 2322 <SEP> yxfB <SEP> 37% <SEP> 034614 <SEP> ytqb <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb> 2323 <SEP> yxfC <SEP> 59% <SEP> 035008 <SEP> ytqa <SEP> ; <SEP> subtilis
<tb>

Tableau IV. Gènes impliqués dans les phénomènes de sécrétion

<tb>
<tb> 1402 <SEP> ynjI
<tb> 1403 <SEP> ynjJ
<tb> 1416 <SEP> pi301
<tb> 1444 <SEP> pi329
<tb> 1454 <SEP> pi339
<tb> 1495 <SEP> yohD
<tb> 1522 <SEP> ypaG
<tb> 1626 <SEP> yqbJ
<tb> 1627 <SEP> yqbK
<tb> 1628 <SEP> yqcA
<tb> 1629 <SEP> yqcB
<tb> 1631 <SEP> yqcD
<tb> 1638 <SEP> murD
<tb> 1647 <SEP> yqeC
<tb> 1648 <SEP> yqeD
<tb> 1710 <SEP> yrbB
<tb> 1736 <SEP> yreA
<tb> 1802 <SEP> ysaD
<tb> 1870 <SEP> ysiE
<tb> 1978 <SEP> yuaB
<tb> 1980 <SEP> yuaC
<tb> 2005 <SEP> chiA
<tb> 2024 <SEP> yueC
<tb> 2033 <SEP> yufC
<tb> 2073 <SEP> yujC
<tb> 2076 <SEP> yujF
<tb> 2175 <SEP> yviJ
<tb> 2176 <SEP> comGD
<tb> 2207 <SEP> ezrA
<tb> 2217 <SEP> ywdF
<tb> 2272 <SEP> ywjF
<tb> 2279 <SEP> pspA
<tb> 2280 <SEP> pspB
<tb>

Claims

REVENDICATIONS 1. Séquence nucléotidique de Lactococcus lactis caractérisée en ce qu'elle correspond à SEQ ID N 1.
2. Séquence nucléotidique de Lactococcus lactis, caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi : a) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 % d'identité avec SEQ ID N 1 ; b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec SEQ ID N 1 ; c) une séquence nucléotidique complémentaire de SEQ ID

N 1 ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), ou b), ou une séquence nucléotidique de l'ARN correspondant ; d) une séquence nucléotidique de fragment représentatif de SEQ ID

N 1, ou de fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c); e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e).
3. Séquence nucléotidique selon la revendication 2, caractérisée en ce qu'elle code pour une séquence choisie issue de SEQ ID N 1 et en ce qu'elle code pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID

N 2 à SEQ ID N 2323.

<Desc/Clms Page number 199>
4. Séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi a) une séquence nucléotidique selon la revendication 3 ; b) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 % d'identité avec une séquence nucléotidique selon la revendication 3 ; c) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique selon la revendication 3 ; d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique de fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e).
5. Polypeptide codé par une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4.
6. Polypeptide selon la revendication 5, caractérisé en ce qu'il est choisi parmi les séquences SEQ ID N 2 à SEQ ID N 2323
7. Polypeptide caractérisé en ce qu'il comprend un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6 ; b) un polypeptide présentant au moins 80 % d'identité avec un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6 ; c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6, ou tel que défini en b) ; d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6, ou tel que défini en b) ou c) ; et

<Desc/Clms Page number 200>

e) un polypeptide modifié d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 et 6 ou tel que défini en b), c) ou d).
8. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide selon la revendication 7.
9. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans la biosynthèse des acides aminés ou l'un de ses fragments.
10. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4 et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs ou l'un de ses fragments.
11. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide d'enveloppe cellulaire de Lactococcus lactis ou l'un de ses fragments.
12. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans la machinerie cellulaire ou l'un de ses fragments.
13. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le métabolisme intermédiaire central ou l'un de ses fragments.

<Desc/Clms Page number 201>
14. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le métabolisme énergénique ou l'un de ses fragments.
15. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides ou l'un de ses fragments.
16. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides ou l'un de ses fragments.
17. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans les fonctions de régulation ou l'un de ses fragments.
18. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le processus de réplication ou l'un de ses fragment.
19. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le processus de transcription ou l'un de ses fragments.

<Desc/Clms Page number 202>
20. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le processus de traduction ou l'un de ses fragments.
21. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines ou l'un de ses fragments.
22. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques ou l'un de ses fragments.
23. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans la sensibilité aux médicaments et analogues ou l'un de ses fragments.
24. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans les fonctions relatives aux phages et prophages ou l'un de ses fragments.
25. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans les fonctions relatives aux transposons ou l'un de ses fragments.

<Desc/Clms Page number 203>
26. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4, et 8, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide spécifique de

Lactococcus lactis ou l'un de ses fragments.
27. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans la biosynthèse des acides aminés ou l'un de ses fragments.
28. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs ou l'un de ses fragment.
29. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide d'enveloppe cellulaire de Lactococcus lactis ou l'un de ses fragments.
30. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans la machinerie cellulaire ou l'un de ses fragments.
31. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le métabolisme intermédiaire central ou l'un de ses fragements.
32. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le métabolisme énergétique ou l'un de ses fragments.

<Desc/Clms Page number 204>
33. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides ou l'un de ses fragments.
34. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides ou l'un de ses fragments.
35. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans les fonctions de régulation ou l'un de ses fragments.
36. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le processus de réplication ou l'un de ses fragments.
37. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le processus de transcription ou l'un de ses fragments.
38. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le processus de traduction ou l'un de ses fragments.
39. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines ou l'un de ses fragments.

<Desc/Clms Page number 205>
40. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques ou l'un de ses fragments.
41. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans la sensibilité aux médicaments et analogues ou l'un de ses fragments.
42. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans les fonctions relatives aux phages et prophages ou l'un de ses fragments.
43. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis impliqué dans les fonctions relatives aux transposons ou l'un de ses fragments.
44. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide spécifique de Lactococcus lactis ou l'un de ses fragments.
45. Procédé pour estimer la colinéarité entre les génomes de Lactococcus lactis IL 1403 et d'une autre souche de Lactococcus lactis, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes : - de fragmentation de l'ADN chromosomal de ladite autre souche (sonication, digestion), - de séquence des fragments d'ADN, d'analyse d'homologie avec le génome de Lactococcus lactis IL

1043 (SEQ ID N 1) en comparant avec un support d'enregistrement

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dont la forme et la nature facilitent la lecture, l'analyse et/ou l'exploitation d'une séquence enregistrée sur ledit support, sur lequel est enregistré au moins une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 1 à 4,8 à 26 et/ou une séquence de polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7 et 27 à 44.
46. Séquence nucléotidique utilisable comme amorce ou comme sonde, caractérisée en ce que ladite séquence est choisie parmi les séquences nucléotidiques selon l'une des revendications 2 à 4, et, 8 à 26.
47. Séquence nucléotidique selon la revendication 46, caractérisée en ce qu'elle est marquée par un composé radioactif ou par un composé non radioactif.
48. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 46 et 47, caractérisée en ce qu'elle est immobilisée sur un support, de manière covalente ou non- covalente.
49. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 47 à 48, caractérisée en ce qu'elle est immobilisée sur un support tel qu'un filtre à haute densité ou une puce à ADN.
50. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 47 à 49 pour la détection et/ou l'amplification de séquences nucléiques.
51. Puce à ADN ou filtre, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 49.
52. Puce à ADN ou filtre selon la revendication 51, caractérisée en ce qu'elle contient en outre au moins une séquence nucléotidique d'un micro- organisme autre que Lactococcus lactis, immobilisée sur le support de ladite puce.

<Desc/Clms Page number 207>
53. Puce à ADN ou filtre selon la revendication 52, caractérisée en ce que le micro-organisme autre est choisi parmi un micro-organisme associé à

Lactococcus lactis, une bactérie du genre Lactococcus, et un variant de

Lactococcus lactis.
54. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon la revendication 51.
55. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification d'un micro- organisme, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon l'une des revendications 52 et 53.
56. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou la quantification de l'expression d'au moins un gène de Lactococcus lactis, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon l'une des revendications 51 à 53.
57. Vecteur de clonage, et/ou d'expression, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4 et 8 à 26.
58. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 57, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 13.
59. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 57, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 14.

<Desc/Clms Page number 208>
60. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 57, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 9,19 ou 20.
61. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 57, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 24.
62. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 57, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 12, en particulier codant pour une protéine impliquée dans les mécanismes de sécrétion.
63. Vecteur de clonage, et/ou d'expression selon la revendication 57, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique codant pour une protéine impliquée dans la résistance et/ou l'adaptation au stress.
64. Utilisation d'un vecteur selon l'une des revendications 57 à 63 pour la génération d'une souche bactérienne présentant des propriétés de fermentation améliorées, et/ou une stabilité accrue.
65. Cellule hôte, caractérisée en ce qu'elle est transformée par un vecteur selon l'une des revendications 57 à 63.
66. Cellule hôte selon la revendication 65, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une bactérie appartenant au genre Lactococcus.
67. Cellule hôte selon la revendication 66, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une bactérie appartenant à l'espèce Lactococcus lactis.

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68. Cellule hôte selon la revendication 65, caractérisée en ce qu'il s'agit d'un micro-organisme associé à l'espèce Lactococcus lactis.
69. Composition alimentaire comprenant une cellule transformée selon l'une des revendications 65 à 68.
70. Végétal ou animal, excepté l'Homme, comprenant une cellule transformée selon l'une des revendications 65 à 68.
71. Procédé de préparation d'un polypeptide, caractérisé en ce que l'on cultive une cellule transformée par un vecteur selon la revendication 57 dans des conditions permettant l'expression dudit polypeptide et que l'on récupère ledit polypeptide recombinant.
72. Polypeptide recombinant susceptible d'être obtenu par un procédé selon la revendication 71.
73. Procédé de préparation d'un polypeptide synthétique selon l'une des revendications 5 à 7,27 à 44, caractérisé en ce que l'on effectue une synthèse chimique dudit polypeptide.
74. Polypeptide hybride, caractérisé en ce qu'il comprend au moins la séquence d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7,27 à 44 et 72, et une séquence d'un polypeptide susceptible d'induire une réponse immunitaire chez l'homme ou l'animal.
75. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide hybride selon la revendication 74.

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76. Vecteur caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 75.
77. Anticorps monoclonal ou polyclonal, ses fragments, ou anticorps chimérique, caractérisé en ce qu'il est capable de reconnaître spécifiquement un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7,27 à

44,72 ou 74.
78. Anticorps selon la revendication 77, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un anticorps marqué.
79. Procédé pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un microorganisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'une des revendications 77 et 78; b) mise en évidence du complexe antigène-anticorps éventuellement formé.
80. Procédé pour la détection de l'expression d'un gène de Lactococcus lactis caractérisé en ce que l'on met en contact une souche de Lactococcus lactis, avec un anticorps selon la revendication 77 ou 78 et que l'on détecte le complexe antigène/anticorps éventuellement formé.
81. Kit ou nécessaire pour la mise en #uvre d'un procédé selon la revendication 79 ou 80, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) un anticorps polyclonal ou monoclonal selon l'une des

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revendications 77 et 78; b) éventuellement, les réactifs pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique ; c) éventuellement, les réactifs permettant la mise en évidence des complexes antigène-anticorps produits par la réaction immunologique.
82. Polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7,27 à 44,72 et 74, ou anticorps selon l'une des revendications 77 et 78, caractérisé en ce qu'il est immobilisé sur un support, notamment une puce à protéine.
83. Puce à protéine, caractérisée en ce qu'elle contient au moins un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7,27 à 44,72 et 74, ou au moins un anticorps selon l'une des revendications 77 et 78, immobilisé sur le support de ladite puce.
84. Puce à protéine selon la revendication 83, caractérisée en ce qu'elle contient en outre au moins un polypeptide de micro-organisme autre que

Lactococcus lactis ou au moins un anticorps dirigé contre un composé de micro-organisme autre que Lactococcus lactis, immobilisé sur le support de ladite puce.
85. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à protéine selon l'une des revendications 83 et 84.
86. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification d'un micro- organisme, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à protéine selon la

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revendication 84.
87. Procédé de détection et/ou d'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il met en #uvre une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 1 à 4,8 à 26,46 à

50 et 75.
88. Procédé selon la revendication 87, caractérisé en ce qu'il comporte les étapes suivantes : a) éventuellement, isolement de l'ADN à partir de l'échantillon biologique à analyser, ou obtention d'un ADNc à partir de l'ARN de l'échantillon biologique ; b) amplification spécifique de l'ADN de bactéries appartenant à l'espèce

Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé à l'aide d'au moins une amorce selon l'une des revendications 46 à 50 ; c) mise en évidence des produits d'amplification.
89. Procédé selon la revendication 87, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique selon l'une des revendications 46 à 50, avec un échantillon biologique, l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique ayant, le cas échéant, préalablement été rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé ; b) mise en évidence de l'hybride éventuellement formé entre la sonde nucléotidique et l'acide nucléique de l'échantillon biologique.

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90. Procédé selon la revendication 87, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique immobilisée sur un support selon la revendication 48 avec un échantillon biologique, l'acide nucléique de l'échantillon ayant, le cas échéant, été préalablement rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro- organisme associé ; b) mise en contact de l'hybride formé entre la sonde nucléotidique immobilisée sur un support et l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique, le cas échéant après élimination de l'acide nucléique de l'échantillon biologique n'ayant pas hybridé avec la sonde, avec une sonde nucléotidique marquée selon la revendication

47 ; c) mise en évidence du nouvel hybride formé à l'étape b).
91. Procédé selon la revendication 90, caractérisé en ce que, préalablement à l'étape a), l'ADN de l'échantillon biologique ou l'ADNc obtenu éventuellement par transcription inverse de l'ARN de l'échantillon, est amplifié à l'aide d'au moins une amorce selon l'une des revendications

46 à 50.
92. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique selon l'une des revendications 46 à 50; b) éventuellement, les réactifs nécessaires à la mise en #uvre d'une

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46 à 50 ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.

réaction d'hybridation ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'une des revendications
93. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique, dite sonde de capture, selon la revendication 48 ; b) une sonde oligonucléotidique, dite sonde de révélation, selon la revendication 47; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'une des revendications

46 à 50 ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.
94. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) au moins une amorce selon l'une des revendications 46 à 50; b) éventuellement, les réactifs nécessaires pour effectuer une réaction d'amplification d'ADN ; c) éventuellement, un composant permettant de vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement une sonde oligonucléotidique selon l'une des revendications 46 à 50.
95. Procédé selon les revendications 87 à 91 ou kit ou nécessaire selon les revendications 92 à 94 pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis, caractérisé en ce que ladite

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74 spécifiques de l'espèce Lactococcus lactis et en ce que lesdits anticorps sont choisis parmi les anticorps selon l'une des revendications 77 et 78 dirigés contre les polypeptides choisis parmi les polypeptides selon l'une des revendications 5 à 7,27 à 44,72 et 74 spécifiques de l'espèce Lactococcus lactis.

amorce et/ou ladite sonde sont choisies parmi les séquences nucléotidiques selon l'une des revendications 2 à 4,8 à 26,46 à 50 et 75 spécifiques de l'espèce Lactococcus lactis, en ce que lesdits polypeptides sont choisis parmi les polypeptides selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44 et 72 et
96. Procédé ou kit ou nécessaire selon la revendication 95, caractérisé en ce que ladite amorce et/ou ladite sonde sont choisies parmi les séquences nucléotidiques codant pour une protéine sécrétée, en ce que lesdits polypeptides sont choisis parmi les polypeptides sécrétés et en ce que lesdits anticorps sont choisis parmi les anticorps selon l'une des revendications 77 et 78 dirigés contre des polypeptides sécrétés de Lactococcus lactis .
97. Souche de Lactococcus lactis, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 2 à 4 ou 8 à 26.
98. Souche de Lactococcus lactis selon la revendication 97, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 13.
99. Souche de Lactococcus lactis selon la revendication 97, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 14.

<Desc/Clms Page number 216>
100. Souche de Lactococcus lactis selon la revendication 97, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 9, 19 ou 20.
101. Souche de Lactococcus lactis selon la revendication 97, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 24.
102. Souche de Lactococcus lactis selon la revendication 97, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 12, en particulier codant pour une protéine impliquée dans les mécanismes de sécrétion.
103. Souche de Lactococcus lactis selon la revendication 97, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique codant pour une protéine impliquée dans la résistance et/ou l'adaptation au stress.
104. Souche de Lactococcus lactis selon l'une des revendications 97 à 103, caractérisée en ce que la mutation mène à une inactivation du gène.
105. Souche de Lactococcus lactis selon l'une des revendications 97 à 103, caractérisée en ce que la mutation mène à une surexpression du gène.
106. Souche de Lactococcus lactis présentant une résistance accrue à l'infection et/ou la propagation des phages, caractérisée en ce qu'elle surexprime ou sous-exprime un polypeptide selon la revendication 42.

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107. Souche de Lactococcus lactis présentant une résistance accrue à l'infection et/ou la propagation des phages, caractérisée en ce qu'elle contient un gène toxique sous le contrôle d'un agent régulateur de l'expression des gènes des phages, codant pour les polypeptides selon la revendication 42.
108. Méthode de diagnostic de la présence de phages dans les levains lactiques et produits laitiers, caractérisée en ce que l'on étudie la présence d'acide nucléique codant pour un polypeptide selon la revendication 42.
109. Utilisation d'un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7, 27 à 44,72 et 74 d'une cellule transformée selon l'une des revendications 65 à 68 d'une souche selon la revendication 97 à 105 et/ou d'un animal selon la revendication 70, pour la biosynthèse ou la biodégradation d'un composé d'intérêt.
110. Procédé de biosynthèse ou de biodégradation d'un composé d'intérêt, caractérisé en ce qu'il met en #uvre un polypeptide selon l'une des revendications 5 à 7,27 à 44,72 et 74, une cellule transformée selon l'une des revendications 65 à 68 une souche selon l'une des revendications 97 à

105 et/ou un animal selon la revendication 70.