PREPARATION MULTI-ENZYMATIQUE CONTENANT LE SECRETOME D'UNE SOUCHE D'ASPERGILLUS JAPONICUS. La présente invention est relative à l'amélioration 5 de la saccharification de la biomasse lignocellulosique. La lignocellulose est un constituant majeur de la biomasse végétale, et fait l'objet d'un grand intérêt en tant que matière première pour la production de divers produits chimiques, notamment des sucres simples fermentescibles 10 résultant de l'hydrolyse (généralement dénommée saccharification) de ses constituants polysaccharidiques. A l'heure actuelle, le principal produit de saccharification de la biomasse lignocellulosique est le glucose, qui peut être converti par fermentation éthanolique en éthanol utilisable 15 comme biocarburant. La lignocellulose est constituée principalement de trois types de polymères, en proportions variable selon les espèces de plantes : la cellulose, l'hémicellulose, et la lignine. Ces constituants sont reliés entre eux par différents 20 types de liaisons, covalentes et non-covalentes. La cellulose représente jusqu'à 45% du poids sec de la lignocellulose. Elle est composée de chaines linéaires d'unités D-glucose reliées par des liaisons 13- 1,4-glucosidiques, ces chaines étant liées entre elles par des 25 liaisons hydrogène ou des forces de van der Waals. Les hémicelluloses sont des hétéropolymères représentant 15 à 35% de la biomasse végétale, et contenant des pentoses (p-D-xylose, a-L-arabinose), des hexoses (p-Dmannose, P-D-glucose, a-D-galactose) et des acides uroniques. 30 La lignine est un hétéropolymère complexe, constituée d'unités phénylpropane reliées entre elles par différents types de liaisons. La lignine est liée à la fois à l'hémicellulose et à la cellulose, les enrobant dans une structure tri-dimensionnelle complexe qui les rend peu 35 accessibles à l'hydrolyse. Aujourd'hui, la voie considérée comme la plus prometteuse pour la saccharification de la lignocellulose est l'hydrolyse enzymatique, à l'aide d'enzymes produites par des micro-organismes cellulolytiques, notamment des champignons filamenteux. Cette hydrolyse est précédée d'un prétraitement de la biomasse, ayant pour but de diminuer la complexité du réseau lignocellulosique, notamment en solubilisant la lignine et/ou l'hémicellulose, en diminuant la cristallinité de la cellulose ou en augmentant sa surface accessible a peut être l'hydrolyse. Ce prétraitement effectué par différentes techniques, telles que le broyage mécanique, la thermolyse, le traitement par un acide dilué, par une base, ou par un peroxyde, l'explosion à la vapeur, etc. (pour revue Hendriks A.T., Zeeman G.; Pretreatments to enhance the digestibility of lignocellulosic biomass; Bioresource Technology 2009 - 1:10-8.). Le champignon filamenteux actuellement le plus utilisé comme source d'enzymes cellulolytiques est l'ascomycète Trichoderma reesei. Son sécrétome (c'est-à-dire l'ensemble des enzymes excrétées par le champignon dans le milieu de culture) contient principalement trois types d'enzymes, dont l'activité complémentaire permet l'hydrolyse de la cellulose en glucose : des endoglucanases (E.G ; EC 3.2.1.4); des exoglucanases, comprenant notamment des cellobiohydrolases I et II (CBH ; EC 3.2.1.91); des glucosidases (BGL ; EC 3.2.1.21). Pour la saccharification de la lignocellulose, on utilise généralement la totalité du sécrétome, sous forme de cocktail enzymatique. La saccharification s'effectue par simple mise en contact du matériau lignocellulosique prétraité avec ce cocktail enzymatique, et incubation, dans les conditions de température et de pH optimales pour les enzymes concernées pendant une durée variable selon la nature du matériau lignocellulosique concerné et la quantité d'enzymes utilisée. Le principal intérêt de Trichoderma reesei réside dans sa capacité à sécréter des quantités très importantes d'enzymes. Des souches de T. reesei hypersécrétrices d'enzymes lignocellulolytiques ont été produites par mutagénèse, et leur sécrétome est actuellement utilisé pour la saccharification de la lignocellulose. Parmi ces souches, on citera notamment les 80 (ALLEN &ANDREOTTI, RUT 030 (Montenecourt & 34, 777-782, 1977) et Bioeng. 25, 3005-3011, souches MCG77 (US 4275 167), MCG Biotechnol Bioeng. 12, 451-459, 1982), Eveleigh, Appl. Environ. Microbiol., CL847 (Warzywoda et al., Biotechnol 1983). Cependant, le séquençage et l'analyse du génome de T. reesei (Martinez et al., Nat Biotechnol. 26, 553-60, 2008) ont montré que celui-ci présentait en fait un certain nombre de lacunes, notamment dans le nombre et la diversité des gènes codant pour des cellulases, des hémicellulases et des pectinases, qui étaient moindres que ceux rapportés pour d'autres champignons filamenteux. Il apparait donc envisageable d'améliorer le cocktail enzymatique issu de T. reesei en le complétant avec 15 des activités enzymatiques qui permettraient de combler ces lacunes. Il est souvent considéré que l'une de ces lacunes, dans le cadre d'une utilisation pour la saccharification in vitro, est le faible taux de P-glucosidases de T. reesei. Pour 20 cette raison, il a été proposé d'utiliser des souches de T. reesei recombinantes dont l'activité P-glucosidase était augmentée, par exemple par insertion de plusieurs copies du gène de la P-glucosidase (POT W0/92/010581), par modification du peptide signal pour augmenter la quantité de P-glucosidase 25 sécrétée (PCT W0/99/46362), ou par mutation du gène de la p- glucosidase pour produire une protéine plus active (POT W0/2010/029259). Une autre approche proposée consiste à rechercher d'autres champignons cellulolytiques, dont le sécrétome 30 contiendrait des activités enzymatiques capables de complémenter celles qui apparaissent insuffisantes chez T. reesei, et de permettre d'obtenir une saccharification plus efficace. Dans ce cadre, les Inventeurs ont identifié une 35 souche d'Aspergillus japonicus répondant à ces critères, et permettant notamment, lorsque son sécrétome est utilisé en combinaison avec celui de T. reesei, d'augmenter significativement la production de glucose notamment à partir d'une biomasse prétraitée, par rapport au sécrétome de T. reesei utilisé seul. Cette souche, dénommée CIRM-BRFM 405, a été déposée selon le traité de Budapest le 6 juin 2012, auprès de la CNCM (Collection Nationale de Cultures de Micro-organismes), 25 rue du Docteur Roux, Paris, sous le numéro CNCM 1-4639. La présente invention a en conséquence pour objet l'utilisation de la souche CNCM 1-4639 pour l'obtention d'une préparation multi-enzymatique contenant des cellulases et des 10 hémicellulases. Plus spécifiquement la présente invention a pour objet une préparation multi-enzymatique contenant des cellulases et des hémicellulases, caractérisée en ce qu'elle contient le sécrétome de la souche CNCM 1-4639 d'Aspergillus 15 japonicus. Selon un mode de réalisation préféré de la présente invention, ledit sécrétome est susceptible d'être obtenu à partir d'une culture de la souche CNCM 1-4639 effectuée en présence d'une source de carbone inductrice de la production 20 d'enzymes lignocellulolytiques, contenant des arabinoxylanes. Des sources de carbone inductrices préférées sont choisies parmi les sons de céréales, et/ou leurs fractions autoclavé(e)s ou non. On peut par exemple utiliser du son de maïs, de blé, d'orge, etc., ou un mélange de son de 25 différentes céréales et ou de leurs fractions. Généralement, une telle source de carbone inductrice contient entre 14 et 18 % en poids d'arabinose, entre 26 et 30 % en poids de xylose, entre 0 et 1 % en poids de mannose, entre 5 et 6 % en poids de galactose, entre 20 et 24 % en poids de glucose, et 30 le cas échéant entre 2 et 4 % en poids d'acide férulique. Les autres constituants du milieu de culture sont les constituants usuels des milieux pour la culture d'Aspergillus japonicus, qui sont connus en eux-mêmes de l'homme de l'art. Classiquement, ces constituants comprennent 35 outre la source de carbone, une source d'azote, des sels minéraux, des oligo-éléments, des vitamines, et généralement, de l'extrait de levure.
Le sécrétome de la souche CNCM 1-4639 peut être obtenu à partir d'une culture de cette souche par simple séparation des cellules et du surnageant de culture, qui contient les protéines sécrétées. Ce surnageant peut être 5 utilisé tel quel, ou après simple filtration pour le débarrasser des débris cellulaires. Toutefois, généralement, il sera préférable de le concentrer par exemple par diafiltration. Les protéines constituant le sécrétome peuvent également être récupérées par précipitation au sulfate 10 d'ammonium. Le sécrétome de la souche CNCM 1-4639 peut être utilisé pour la saccharification de la biomasse lignocellulosique, et notamment en combinaison avec le sécrétome d'une souche de T. reesei. 15 En conséquence selon un mode de réalisation particulièrement préféré d'une préparation multienzymatique conforme à l'invention, elle contient le sécrétome de la souche CNCM 1-4639 en mélange avec le sécrétome d'une souche de T. reesei. 20 Ladite souche de T. reesei peut être par exemple une souche hypersécrétrice d'enzymes lignocellulolytiques telle que l'une des souches MCG77, MCG 80, RUT 030, et 0L847 mentionnée ci-dessus. Il peut s'agir également d'une souche recombinante telle que celles décrites dans les Demandes POT 25 W0/92/010581, POT WO/99/46362 ou POT W0/2010/029259. Des méthodes de productions du sécrétome de T. reesei sont bien connues en elles-mêmes de l'homme de l'art. A titre d'exemple, on citera le procédé décrit dans la Demande FR 2 555 603. 30 Le sécrétome de la souche CNCM 1-4639 peut être mélangé avec celui d'une souche de T. reesei dans des proportions (en poids) : protéines du sécrétome de CNCM I4639/protéines du sécrétome de T. reesei allant de 25/75 jusqu'à 5/95 Avantageusement ces proportions seront de 10/90 à 35 5/95. La présente invention a également pour objet un procédé de production de sucres fermentescibles, et notamment de glucose, à partir d'un substrat lignocellulosique, caractérisé en ce qu'il comprend l'hydrolyse dudit substrat à l'aide d'une préparation multienzymatique conforme a l'invention, avantageusement à l'aide d'une préparation contenant le sécrétome de la souche CNCM 1-4639 en mélange avec le sécrétome d'une souche de T. reesei. Le substrat lignocellulosique peut être issu de n'importe quel matériau riche en lignocellulose, par exemple des résidus d'exploitation agricoles tels que les pailles de céréales, des résidus d'exploitation du bois, des matériaux issus de cultures dédiées telles que le miscanthus et le peuplier, des résidus de l'industrie papetière ou de toute autre industrie de transformation des matériaux cellulosiques et lignocellulosiques. Préalablement à l'hydrolyse, ce matériau est prétraité, comme décrit ci-dessus, pour obtenir le substrat lignocellulosique sur lequel sera effectuée l'hydrolyse. Le prétraitement est effectué de manière connue en elle-même de l'homme du métier, par exemple selon une des méthodes indiquées plus haut. Une méthode de prétraitement particulièrement préférées est l'explosion à la vapeur en conditions acides. Les conditions de ce prétraitement (quantité d'acide, pression, et durée) sont des conditions classiques, connues en elles-mêmes de l'homme de l'art. L'hydrolyse enzymatique sera généralement effectuée à une température de 30°C à 50°C, de préférence entre 37 et 45°C, et à un pH généralement compris entre 4,5 et 5,5. Généralement le mélange réactionnel contient de 1 à 20% en poids de matière sèche de substrat lignocellulosique, et la préparation enzymatique conforme à l'invention est utilisée à raison de 5 à 30 mg par gramme de substrat (en poids de matière sèche). La durée de l'hydrolyse enzymatique peut varier notamment selon la nature du substrat et la quantité de préparation enzymatique utilisée, et la température à laquelle est effectuée la réaction. Elle est généralement de 24 à 120h, de préférence 72h à 96h. Le suivi de l'hydrolyse peut être effectué par dosage des sucres réducteurs libérés et des sucres simples glucose et xylose.
Les sucres simples obtenus par le procédé conforme à l'invention peuvent être récupérés à partir de l'hydrolysat, en vue d'une utilisation ultérieure. Alternativement, l'hydrolysat peut être utilisé 5 directement pour la production d'alcool, notamment d'éthanol, par fermentation en présence d'un micro-organisme alcooligène. La présente invention a donc également pour objet un procédé de production d'alcool, notamment d'éthanol, caractérisé en ce qu'il comprend la production, conformément à 10 l'invention, d'un hydrolysat contenant des sucres fermentescibles à partir d'un substrat lignocellulosique, et la fermentation alcoolique de cet hydrolysat par un microorganisme alcooligène. La fermentation alcoolique peut être effectuée, à 15 la suite de l'hydrolyse enzymatique, dans des conditions classiques bien connues de l'homme du métier. Généralement on utilise un microorganisme alcooligène tel que la levure Saccharomyces cerevisiae ou la bactérie Zymomonas mobilis, et la fermentation est effectuée à 20 une température comprise de préférence entre 30 et 35°C. Alternativement, la fermentation alcoolique peut être effectuée simultanément à l'hydrolyse enzymatique, selon un procédé de saccharification et fermentation simultanées dit procédé SSF. Les conditions opératoires mises en oeuvre dans ce 25 cas pour l'hydrolyse enzymatique et la fermentation alcoolique diffèrent principalement de celles indiquées ci-dessus par la température et la durée de la réaction. La température est généralement de 28 à 40°C, et la durée de la réaction est généralement de 50 h à 300 h. 30 La présente Invention sera mieux comprise à l'aide du complément de description qui va suivre, qui se réfère à des exemples non limitatifs illustrant les propriétés du sécrétome de la souche CNCM 1-4639. EXEMPLE 1: RECHERCHE DE MICROORGANISMES SUSCEPTIBLES 35 D'AMELIORER LES CAPACITES DE SACCHARIFICATION DE TRICHODERMA RESEII. Les sécrétomes de diverses souches fongiques des classes ascomycètes, basidiomycètes, et zygomycètes, issues de la collection du Centre International de Ressources Microbiennes (CIRM-CF; http://www.inra.fr/crb-cirm/), à l'INRA de Marseille ont été testés pour leur capacité de saccharification d'un substrat lignocellulosique, seuls ou en combinaison avec le sécrétome de Trichoderma reesei. Les espèces auxquelles appartiennent ces souches, ainsi que le nombre de souches pour chaque espèce sont listées dans le Tableau I ci-après. Tableau I Classe Genre et espèce Nombre de souches testées Ascomycètes Aspergillus figer 5 Aspergillus japonicus 2 Aspergillus wentii 1 Aspergillus violaceofuscus 1 Penicillium variabilis 1 Nectria haematococca 3 Haematonectria haematococca 3 Trichoderma harzanium 1 Chaetomium globosum 1 Zygomycètes Rhizopus otyzae 1 Basidiomycètes Phellinus sp. 4 Gloeoporus pannocinctus 1 Ustilago maydis 1 Grammothele fuligo 2 Polyporus ciliatus 1 Trametes sp. 6 Trametes gibbosa 5 Daedaleopsis con fragosa 5 Tinctoporellus epimiltinus 2 Perenniporia subacida 1 Dichomitus squalens 1 Les souches sont maintenues en culture sur gélose maltée en tubes inclinés, en utilisant le milieu MA2 (extrait de malt à 2 % p/v) pour les basidiomycètes, et le milieu MYA2 (extrait de malt à 2% p/v et extrait de levure à 0.1 % p/v) pour les ascomycètes et les zygomycètes.
Préparation des sécrétomes : Les souches ont été cultivées dans des plaques de 16 puits bafflées, en milieu liquide contenant 15 g/1 (basé sur la matière sèche) de fraction autoclavée de son de maïs (fournie par ARD, Pomacle, France) en tant que source de carbone inductrice de la production d'enzymes cellulolytiques, 2,5 g/1 de maltose pour le démarrage de la culture, 1,842 g/1 de tartrate de diammonium comme source d'azote, 0,5 g/1 d'extrait de levure, 0,2 g/1 de KH2PO4, 0,0132 g/1 de CaC12.2H20 and 0,5 g/1 de MgSO4.7H20. Les cultures ont été inoculées avec 2 x 105 spores/mi pour les champignons sporulants, ou avec des fragments de mycélium obtenus par broyage pendant 40 s avec un Fastprep0-24 (HP Biomedicals) réglé à 5 m/s pour les champignons non-sporulants. Elles ont ensuite été incubées à 30°C sous agitation orbitale à 140 rpm (Infors HT, Switzerland) pendant 7 jours pour les ascomycètes et 10 jours pour les basidiomycètes. Le milieu de culture a été récolté, filtré sur membrane de polyéthersulfone de 0,2 pin de taille de pores (VivaspinD, Sartorius), puis concentré par diafiltration sur membrane de polyéthersulfone de seuil de coupure de 10 kDa (Vivaspin®, Sartorius) dans un tampon acétate 50 mM, pH 5, à un volume final de 3 ml et conservé à -20°C jusqu'à utilisation Chaque sécrétome diafiltré et concentré a été testé pour sa capacité à saccharifier de la paille de blé (Triticum aestivum, variété Apache, France) micronisée. Le sécrétome de la souche CL847 de T. reesei (également dénommé ci-après cocktail enzymatique E508), fourni par IFPEN (Rueil-Malmaison, France) a été utilisé comme référence. Les particules de paille de blé micronisé ont un diamètre moyen de 100 pin. Ces particules ont été mises en suspension à 1% (p/v) dans 50 mM de tampon acétate, pH 5, supplémenté avec 40 pg/ml de tétracycline, et 30 pg/ml de cycloheximide. La suspension a été répartie dans des plaques à 96 puits, qui ont été conservées à -20°C jusqu'à utilisation.
Les mesures de saccharification ont été effectuées selon la méthode décrite par Navarro et al. (Navarro et al., Microbial Cell Factories, 9:58, 2010), à l'aide d'un robot TECAN GENESIS EVO 200 (Tecan). 15 pl de chaque sécrétome concentré (5 à 30 ug de 35 protéines totales) ont été ajoutés dans les puits de la plaque. Chaque sécrétome a été testé seul, ou additionné de 30 pg du cocktail enzymatique de T. reesei CL847. Les sucres réducteurs libérés par la saccharification ont été quantifiés au plateau de saccharification (24h dans le cas de la paille de blé micronisée) par dosage au DNS. Toutes les réactions ont été effectuées indépendamment, au moins en triplicat. Les sécrétomes de 21 des souches testées, utilisés en combinaison avec celui de T. reesei, produisaient une quantité de sucres réducteurs supérieure d'au moins 30% à celle produite par le sécrétome de T. reesei seul. Ces souches, qui sont listées dans le Tableau II ci-dessous, ont été sélectionnées pour la suite de l'étude. Tableau II Classe Genre et espèce Numéro CIRM-BRFM Ascomycètes Aspergillus niger 1,31 4,34 Aspergillus japonicus 405 Aspergillus wentii 279 Aspergillus violaceofuscus 414 Penicillium variabilis 110 Nectria haematococca 1096 Haematonectria haematococca 1286 Trichoderma harzanium 866 Chaetomium globosum 1103 Zygomycètes Rhizopus oryzae 1095 Basidiomycètes Phellinus sp. 907 Gloeoporus pannocinctus 626 Ustilago maydis 1093 Grammothele fuligo 1072 Polyporus ciliatus 1067 Trametes sp. 1120 Trametes gibbosa 952 Daedaleopsis confragosa 1131 Tinctoporellus epirniltinus 1077 Perenniporia subacida 750 Dichomitus squalens 998 EXEMPLE 2 : PROFILS D'ACTIVITES GLYCOSIDASES DES MICROORGANISMES SELECTIONNES. Afin d'obtenir les sécrétomes en quantité suffisante pour poursuivre leur caractérisation, Les souches 15 sélectionnées ont été cultivées en flasques bafflées dans le milieu inducteur décrit ci-dessus. Des cultures de 100 ml ont été effectuées dans des flasques de 250 ml et 500 ml respectivement pour les ascomycètes et les basidiomycètes. Chaque culture a été 20 inoculée avec 2 x 105 spores/m1 pour les champignons sporulants, ou avec 5 ml de fragments de mycélium pour 100 ml de milieu pour les champignons non-sporulants. Elles ont ensuite été incubées à 30°C sous agitation orbitale à 105 ou10 120 rpm (Infors HT, Switzerland) pendant 7 jours ou 10 jours pour les ascomycètes et les basidiomycètes respectivement. Chaque sécrétome a été récolté et filtré comme décrit à l'Exemple 1 ci-dessus. Deux étapes successives de 5 précipitation au sulfate d'ammonium à 20% (p/p) et 95 % (p/p) ont été effectuées. Après la deuxième précipitation le culot a été remis en suspension dans du tampon acétate 50 mM, pH 5, concentré par diafiltration sur membrane de polyéthersulfone de seuil de coupure de 10 kDa (Vivaspin, Sartorius), et 10 conservé à -20°C jusqu'à utilisation. Les protéines ont été dosées dans chaque sécrétome, avant et après concentration, par dosage de Bradford (Bio-Rad Protein Assay Dye Reagent Concentrate, Ivry, France) en utilisant une gamme étalon de SAB à des concentrations de 0,2 15 à 1 mg/ml. Les rendements en protéines pour chacune des souches sont indiqués dans le Tableau III ci-dessous.
Tableau III Sécrétome Sécrétome concentré BRFM (mg/mL) (mL) CIRM-ProtéinesVolumeProtéinesProte,inesVolume (mg/mL) (mL) Facteur de concentrati.on totales Prote, inesRendement totales (mg) en (mg) protéines (/0) Aspergillus niger 131 0.17 1250 215 9.5 22 57 210 98 Penicillium variabilis 110 0.35 1295 453 13.1 20 65 262 58 Aspergillus japonicus 405 0.08 1290 103 3.8 20 65 76 74 Nectria haematococca 1096 0.29 1400 406 7.6 20 70 152 37 Phellinus sp. 907 0.29 1300 377 9.2 31 42 285 76 Gloeoporus pannocinctus 626 0.22 1350 297 14.3 20 68 285 96 Trichoderma harzanium 866 0.18 1330 234 6.9 31 43 215 92 Ustilago maydis 1093 0.18 1370 247 6.3 36 38 229 93 Rhizopus olyzae 1095 nd 280 nd 2.3 27.5 10 nn nd us) Aspergillus wentii 279 0.09 1215 111 3.5 21.5 57 74 67 Aspergillus violaceofuscus 414 0.16 1310 212 5.4 27.5 48 148 70 Grammothele fuligo 1072 nd 1165 nd 4.7 30 39 140 nd Haematonectria haematococca 1286 0.23 1390 318 5.1 32 43 163 51 Chaetomium globosum 1103 0.16 1315 210 6.1 36 37 219 100 Polyporus ciliatus 1067 0.20 1300 260 6.7 22 59 147 56 Trametes sp. 1120 0.23 1200 276 5.5 20 60 110 40 Daedaleopsis confragosa 1131 0.21 1100 230 1.7 76 14 126 55 Tinctoporellus epimiltinus 1077 0.19 1320 244 1.7 66 20 115 47 Perenniporia subacida 750 0.25 1335 330 3.0 100 13 303 92 Dichomitus squalens 998 0.25 1340 335 6.2 39 34 242 72 Trametes gibbosa 952 0.11 1235 135 2.4 50 25 122 91 Les sécrétomes concentrés ont été testés pour leurs activités glycoside hydrolase sur différents substrats. La dégradation de la cellulose a été estimée en quantifiant les activités endo-glucanase (carboxy-methyl cellulose, CMC), Avicelase (Avicel, AVI), FPase (Filter paper, FP), cellobiohydrolase (pNP-P-D-cellobioside, pCel et pNP- P-D-lactobioside, pLac) et P-glucosidase (pNP-P- D-glucopyranoside, pG1c). La dégradation de l'hémicellulose a été évaluée par quantification des xylanases et mannanases en utilisant différents xylanes and mannanes comme substrats. Les principales activités exoglycosidases ont été évaluées en quantifiant l'hydrolyse du pNP-a-L-arabinofuranoside (pAra), du pNP-a-D-galactopyranoside (pGal), du pNP-P-D-xylopyranoside (pXyl), et du pNP-P-D-mannopyranoside (pMan). La dégradation des pectines a été déterminée en utilisant comme substrats l'arabinogalactane et l'arabinane, et l'activité estérase globale a été déterminée sur pNP-acetate (pAc). Pour les pNPs pG1c, pLac, pCel, pXyl, pAra, pGal, et pMan (Sigma), une solution 1 mM de pNP dans du tampon acétate 50 mM, pH 5, a été distribuée dans les puits d'une plaque de polystyrène à 96 puits, à raison de 100 pl par puits, et une colonne par substrat. Une gamme de 0 à 0,2 mM de pNP utilisée comme étalon a été ajoutée à chaque plaque. Les plaques ont été congelées à -20°C jusqu'à utilisation.
Le dosage a été effectué en ajoutant 20 pl de chaque sécrétome aux plaques de pNP, préincubées à 37°C. Les plaques ont ensuite été scellées à l'aide d'un dispositif PlateLoc (Velocity 11, Agilent) pour prévenir l'évaporation, et incubées à 37°C sous agitation à 1000 rpm (Mixmate, Eppendorf). Au bout de 30 minutes la réaction a été stoppée par addition de 130 pl d'une solution 1 M de Na2CO3, pH 11.5. La quantité de pNP libéré a été mesurée à 410 nm et quantifiée par rapport à la gamme étalon de pNP. Dans le cas du pAc (Sigma), une solution de stockage à 20 mM in DMSO a été diluée à 1 mM dans du phosphate de sodium 50 mM, pH 6.5, immédiatement avant l'utilisation. 15 pl de chaque sécrétome ont été ajoutés, et la cinétique d'hydrolyse a été suivie par mesure de l'absorbance à 410 nm pendant une minute. Une unité d'enzyme a été définie comme 1 pmole de 25 p-nitrophényl libérée par mg de protéine et par minute dans les conditions expérimentales utilisées. Les substrats complexes utilisés sont la carboxyméthyl cellulose (CMC, Sigma), l'Avicel PH101 (Fluka), xylane de bouleau (BirchX, Sigma), le xylane de blé à faible 30 viscosité (WheatX, Megazyme, Wicklow, Ireland), l'arabinoxylane insoluble de blé (WheatXI, Megazyme), le mannane insoluble de graine de palmier à ivoire (MAN, Megazyme), le galactomannane de caroube (GalMan, Megazyme), l'arabinogalactane de mélèze (AraGal, Megazyme) et l'arabinane 35 de betterave à sucre (Megazyme). Une solution ou suspension à 1% p/v de chacun de ces substrats dans du tampon acétate 50 mM, pH 5, a été distribuée dans les puits d'une plaque de polystyrène à 96 puits, à raison de 100 pl par puits, et une colonne par substrat. Une gamme de 0 à 20 mM de glucose utilisée comme étalon a été ajoutée à chaque plaque. Les plaques ont été congelées à -20°C jusqu'à utilisation. Le dosage a été effectué en ajoutant 20 pl de chaque sécrétome aux plaques préincubées à 37°C. Les plaques ont ensuite été incubées à 37°C sous agitation dans l'incubateur robotisé Tecan Genesis Evo 200 (Tecan France, Lyon, France) pendant 1 heure. Les sucres réducteurs ont été quantifiés par dosage au DNS, en utilisant la méthode automatisée décrite par Navarro et al. (2010, précité). Une unité d'enzyme a été définie comme 1 pmole d'équivalent glucose libérée par mg de protéine et par minute dans les conditions expérimentales utilisées. L'activité cellulase globale a été déterminée sur des disques de papier filtre (Whatmann n°1) de 6 mm de diamètre. Des flacons contenant chacun un disque de papier filtre dans 100 pl tampon acétate 50 mM, pH 5, et 50 pl du sécrétome testé ont été incubés pendant 2 heures à 50°C. Tous les tests ont été effectués en triplicat. Après incubation, les sucres réducteurs ont été quantifiés par dosage au DNS comme décrit ci-dessus. Une unité d'enzyme a été définie comme 1 pmole d'équivalent glucose libérée par mg de protéine et par minute dans les conditions expérimentales utilisées. Les résultats pour l'ensemble des souches testées 25 sont résumés dans le Tableau IV ci-après. Tableau IV E508 131 110 405 1096 907 626 866 1093 1095 279 414 1072 1286 1103 1067 1120 1131 1077 750 998 952 T. ree A. nig P. var A. jap N. hae P. sp. G. pan T. har U.may R. ory A. wen A. vio G. ful H. hae C. glo P. cil T. sp. D. con T. epi P. sub D. squ T. gib CMC 0.33 0.35 0.09 0.69 0.07 0.14 0.08 0.08 0.03 0.01 0.14 0.08 0.03 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.16 0.21 0.04 Avicel 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 Papier filtre 0.12 0.15 0.02 0.16 0.05 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.16 0.06 0.08 0.07 0.04 0.07 0.03 0.11 0.06 0.07 0.08 0.24 Pectine 0.12 2.36 0.19 0.23 0.17 0.19 0.18 0.27 0.38 0.78 0.26 0.17 0.69 0.17 0.14 0.24 0.12 0.76 0.74 0.38 0.25 0.28 BirchX 0.94 41.90 2.14 4.10 0.25 0.77 0.25 0.87 3.93 0.09 9.09 0.08 0.33 0.11 0.04 0.18 0.06 0.60 0.35 0.87 0.53 0.18 VVheatX 1.59 103.60 3.86 7.25 0.53 1.38 0.33 1.67 3.75 0.20 13.04 0.12 0.71 0.10 0.06 0.39 0.10 1.06 0.92 1.35 0.93 0.29 WheatX1 0.37 22.49 0.97 1.93 0.09 0.15 0.07 0.50 1.29 0.01 4.27 0.02 0.10 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.11 0.21 0.13 0.10 Man 0.01 0.25 0.07 0.01 0.00 0.18 0.53 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 1.04 0.53 0.06 GalMan 0.02 0.75 0.22 0.02 0.01 0.45 0.95 0.04 0.00 0.16 0.03 0.04 0.08 0.02 0.01 0.19 0.04 0.04 0.08 1.72 0.96 0.10 Arabinane 0.01 0.41 0.28 0.09 0.07 0.07 0.04 0.08 0.02 0.03 0.06 0.01 0.27 0.07 0.01 0.17 0.09 0.14 1.26 0.42 0.17 0.08 AraGal 0.01 0.10 0.08 0.20 0.12 0.16 0.13 0.11 0.18 0.16 0.08 0.27 0.39 0.21 0.18 0.12 0.15 0.24 0.15 0.17 0.16 0.47 pNP-Glc 0.19 0.58 3.73 1.95 0.03 1.43 0.03 0.18 0.01 0.01 0.20 0.13 0.02 0.07 0.10 0.05 0.05 0.05 0.25 0.07 0.14 0.03 pNP-Lac 0.04 0.02 0.20 0.21 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 pNP-Cel 0.05 0.15 0.14 0.25 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 pNP-Xyl 0.01 0.07 0.51 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 pNP-Ara 0.02 0.42 0.68 0.05 0.00 0.05 0.03 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.65 0.02 0.00 0.17 0.01 0.01 1.18 0.28 0.03 0.02 pNP-Gal 0.01 0.53 38.8 0.50 0.00 0.46 0.04 0.19 0.93 0.01 0.13 0.00 1.58 0.00 0.00 0.49 0.12 0.09 1.05 1.32 0.46 0.00 pNP-Man 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 pNP-Ac 0.00 2.09 1.31 0.65 0.19 0.27 0.00 0.08 0.01 0.06 0.42 0.02 0.18 0.17 0.00 0.34 0.00 0.00 0.36 0.41 0.43 0.00 EXEMPLE 3 : CAPACITE DES SECRETOMES DES MICRO-ORGANISMES SELECTIONNES A COMPLEMENTER LE SECRETOME DE TRICHODERMA RESEII POUR LA PRODUCTION DE GLUCOSE ET DE XYLOSE Les sécrétomes des 24 souches sélectionnées ont été testés pour leur capacité à libérer du glucose et du xylose à partir d'un substrat lignocellulosique, seuls ou en combinaison avec le sécrétome de Trichoderma reseii (cocktail enzymatique E508 de la souche CL847). Les essais de saccharification et le dosage des 10 sucres réducteurs libérés ont été effectués sur paille de blé micronisée, comme décrit à l'Exemple 1 ci-dessus. Le glucose et le xylose ont été quantifiés par chromatographie d'échange d'anions à haute performance sur colonne CarboPac PA-1 (Dionex, Voisins-le-Bretonneux, France). 15 Les résultats sont représentés dans le Tableau V ci-après. Ils sont exprimés en % de ceux obtenus avec le cocktail enzymatique E508, utilisé comme référence. Tableau V E508 131 110 405 1096 907 626 866 1093 1095 279 414 1072 1286 1103 1067 1120 1131 1077 750 998 952 T. ree A. nig P. varA. jap N. hae P. sp. G. pan T. harU.mayR. ory A. wen A. vio G. ful H. hae C. glo P. cil T. sp. D. con T. epi P. sub D. squ T. gib Sécrétome seul Sucres Totaux 100 115 65 92 95 64 111 73 131 56 80 89 96 84 60 52 52 28 44 37 45 37 Glucose 100 84 34 45 17 28 27 21 51 28 31 41 23 28 27 31 26 23 26 26 29 16 Xylose 100 80 42 84 35 27 49 43 79 60 99 22 25 69 26 37 21 18 25 23 25 36 En mélange avec le sécrétome de Trichoderma reesei Sucres Totaux 100 142 135 158 148 175 192 158 195 144 155 169 174 206 102 112 111 108 124 110 106 108 Glucose 100 104 91 110 85 85 82 86 118 92 108 85 98 109 109 88 96 104 109 99 78 108 Xylose 100 93 77 101 82 84 106 80 123 109 104 70 94 164 123 76 108 89 95 96 59 149 Ces résultats montrent notamment que les sécrétomes des souches d'Aspergillus nidulans, Aspergilus wentii et Aspergillus japonicus CIRM-BRFM 405 (CNCM 1-4639) sont parmi les meilleures pour complémenter le sécrétome de T. reesei afin de libérer des quantités importantes de glucose. EXEMPLE 4 : COMPLEMENTATION D'UN SECRETOME DE T. REESEI PAR DES SECRETOMES DE PLUSIEURS SOUCHES FONGIQUES POUR LA LIBERATION DE GLUCOSE A PARTIR DE PAILLE DE BLE PRETRAITEE. Plusieurs sécrétomes montrent un effet de complémentation du sécrétome de Tri choderma reesei pour l'hydrolyse de paille native. Parmi ceux-ci, plusieurs ont été préparés comme décrit à l'Exemple 2 ci-dessus et ont été testés pour leurs capacités à complémenter le sécrétome de T. reesei pour la libération du glucose à partir d'un substrat de type industriel (paille de blé prétraitée). Les sécrétomes étudiés dans l'exemple 4 sont ceux produits par les souches d'Aspergillus nidulans, d'Aspergillus wentii et d'Aspergilus japonicus CIRM-BRFM 405. Le prétraitement de la paille de blé a été effectué par explosion à la vapeur en conditions acides. La paille brute a été mise à tremper dans une solution 0,04 M de H2SO4 pendant 16 heures, puis soumise à un traitement d'explosion à la vapeur dans un réacteur à autohydrolyse discontinu, pendant 150 s à 20 bars et 210 °C. Après 2 lavages à l'eau, la paille a été soumise à une pression de 100 bars pendant 3 mn pour obtenir un contenu en matière sèche d'environ 30%. Le cocktail de T. reesei utilisé dans cet exemple est le lot K616 produit par la souche T. reesei 0L847 iP. Il possède comme particularité d'avoir un meilleur niveau d'activité P-glucosidase que le lot E508 produit par T. reesei CL847, car la souche T. reesei iP intègre un vecteur surexprimant la P-glucosidase native (Activités spécifiques de K616 : Activité FPU (Filter paper unit) : 0,67 IU/mg ; activité PNPGU (hydrolyse du para-nitrophenyl-P-D-glucose) : 4,6 IU/mg). Les essais d'hydrolyse ont été effectués dans des flacons en verre de 10 ml. 250 mg de substrat tamisé et lyophilisé ont été suspendus dans un volume total de 5 ml contenant 50 mM de tampon citrate pH 4.8 (Merck, Prolabo) et 50 pl de Chloramphenicol (30 g 1-1) (Sigma-Aldrich). Les flacons ont été incubés à 45°C pendant 30 min avant l'addition des sécrétomes. Le sécrétome de T. reesei a été utilisé à une concentration de 10 mg de protéine par gramme de substrat. La supplémentation par le sécrétome des souches d'Aspergilli a été effectuée à raison de 7% en poids des protéines de T. reesei ajoutées. Les flacons ont été remis à incuber à 45°C sous agitation à 175 rpm et des échantillons ont été prélevés à entre 0 et 72h. Après inactivation des enzymes dans l'eau bouillante pendant 5 min, et centrifugation, les surnageants ont été filtrés et la production de glucose mesurée par chromatographie d'échange d'anions à haute performance sur colonne CarboPac PA-1 (Dionex). Les résultats sont illustrés par la Figure 1. Ces résultats montrent que seul le sécrétome de la souche d'A. japonicus CIRM-BRFM 405 permet d'améliorer les capacités de libération du glucose.
EXEMPLE 5 : COMPLEMENTATION DE SECRETOMES DE T. REESEI PAR LA SOUCHE D'A. JAPONICUS CIRM-BRFM 405 (CNCM 1-4639) POUR LA LIBERATION DE GLUCOSE A PARTIR DE PAILLE DE BLE PRETRAITEE. Afin de déterminer si les propriétés du sécrétome de la souche CIRM-BRFM 405 pouvaient être attribuées à un 25 effet de supplémentation en activité P-glucosidase du sécrétome de T. reesei, les sécrétomes de 2 souches de T. reesei ont été utilisés. Le premier sécrétome est le cocktail K616 utilisé dans l'exemple 4. Le second sécrétome, dénommé cocktail enzymatique K667, a été produit par une souche transformée de 30 T. reesei contenant une P-glucosidase améliorée à forte activité, comme décrit dans la Demande PCT WO 2010/029259 (Activités spécifiques de K667 : FPU 0,68 IU/mg ; PNPGU 12,5 IU/mg). Les essais d'hydrolyse ont été effectués comme 35 décrit dans l'exemple 4. Le sécrétome de T. reesei a été utilisé à une concentration de 10 mg de protéine par gramme de substrat. La supplémentation par le sécrétome de la souche d'A. japonicus a été effectuée à raison de 7% en poids des protéines de T. reesei ajoutées. Les flacons ont été remis à incuber à 45°C sous agitation à 175 rpm et des échantillons ont été prélevés à 0, 4, 24, 48 et 72h. Après inactivation des enzymes dans l'eau bouillante pendant 5 min, et centrifugation, les surnageants ont été filtrés et la production de glucose mesurée par chromatographie d'échange d'anions à haute performance sur colonne CarboPac PA-1 (Dionex).
Les résultats sont illustrés par la Figure 2. Ces résultats montrent que, quel que soit le sécrétome de T. reesei utilisé, le sécrétome de la souche d'A. japonicus CIRMBRFM 405 permet d'améliorer les capacités de libération du glucose, et que cette amélioration apparait indépendante d'un effet de supplémentation en activité P-glucosidase.