FR3146793A1 - Procédé et dispositif d’anatomopathologie avec identification et suivi d’objets - Google Patents

Abstract

Procédé d’anatomopathologie comprenant une étape d’introduction d’un tissu dans un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture, une étape de fermeture du premier contenant après introduction du tissu, une étape de placement sur le premier contenant d’un identifiant du tissu introduit dans le premier contenant, une étape d’ouverture du premier contenant et d’extraction du tissu hors du premier contenant, une étape de déplacement d’au moins une partie du tissu extrait du premier contenant dans un deuxième contenant, le deuxième contenant portant un identifiant de la partie de tissu, le procédé étant caractérisé en ce qu’il comprend une identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, l’ouverture du premier contenant étant détectée lors de cette identification et suivi d’objets, le procédé comprenant une étape de détection et lecture de l’identifiant placé sur le premier contenant et de l’identifiant placé sur le deuxième contenant, un message d’erreur étant généré en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.

Description

Procédé et dispositif d’anatomopathologie avec identification et suivi d’objets

L’invention a trait à l’anatomie et cytologie pathologiques.

Etat de la technique

L’anatomie et cytologie pathologiques, ou anatomo-cytopathologie (ACP) désigne la spécialité médicale qui étudie les tissus, les cellules et leurs anomalies, afin de contribuer au diagnostic des maladies, par exemple les maladies tumorales, ou des maladies de cause inflammatoire, dégénérative, vasculaire, métabolique ou infectieuse. L’anatomo-cytopathologie désigne également l’autopsie et les actes de fœtopathologie.

L’anatomo-cytopathologie (ACP) est une spécialité médicale qui est au croisement de la clinique, de l’imagerie et de la biologie. Elle ne peut être exercée en France que par des médecins qualifiés en ACP, ou par des techniciens de laboratoire médical, sous la responsabilité d’un biologiste médical ou d’un médecin qualifié en ACP (article L4352-1 du code de la santé publique).

L’anatomie et cytologie pathologiques met en œuvre une étude macroscopique, ainsi que diverses méthodes de microscopie, de biologie moléculaire pour l’analyse histologique et cytologique.

Le diagnostic ACP est fondé sur la présence ou l’absence d’anomalies tissulaires ou cellulaires, macroscopiques ou microscopiques, par rapport à la normale. Le diagnostic ACP est essentiel pour le diagnostic des tumeurs et la prise en charge thérapeutique personnalisée et le traitement ciblé des cancers.

L’anatomopathologiste analyse des prélèvements pour examen histopathologique : ce sont des biopsies, des produits de curetage, résections endoscopiques et aspirations, des matériels d’expulsion spontanée, des échantillons de pièce opératoire ou d’amputation, des échantillons d’organes. L’examen peut se dérouler en laboratoire de pathologie, ou lors d’intervention chirurgicale (examen extemporané).

Par « biopsie » on désigne ici un petit fragment de tissu prélevé par voie transcutanée ou par voie endoscopique, par exemple un échantillon de tumeur.

Par « pièce opératoire » on désigne ici des exérèses partielles ou complètes d’un ou plusieurs organes, prélevées au bloc opératoire lors d’une intervention chirurgicale.

L’examen des pièces opératoires comprend un examen macroscopique permettant leur mesure, leur pesée et leur description. Les pièces opératoires doivent être fixées, disséquées, décrites, mesurées et échantillonnées selon des protocoles spécifiques.

La fixation doit intervenir dans un délai court : à défaut, la dessiccation ou l’autolyse du tissu peuvent rendre l’étude difficile, voire impossible. Avant fixation, les organes creux doivent être ouverts et si nécessaire lavés de leur contenu, afin de prévenir l’autolyse des muqueuses. Les organes pleins tels que foie et rate doivent être coupés en tranches, pour faciliter la pénétration homogène et rapide du fixateur.

La macroscopie permet notamment de constater l’aspect, la coloration, la taille et la consistance d’un organe ou d’une muqueuse, évocateurs d’une pathologie, par exemple stéatose hépatique, cholestase, rectocolite ulcéro-hémorragique.

Des images numériques peuvent être acquises lors de la macroscopie ou des étapes ultérieures de microscopie, pour être indexées et sauvegardées dans un système de gestion de laboratoire (SGL). Les images de la pièce opératoire, fraiche ou fixée, qui sera défaite par dissection, sont conservées numériquement, et annexées au dossier du patient.

Les stations de travail de laboratoire de macroscopie comportent classiquement une table en acier inoxydable sur laquelle est placée une planche à dissection. Dans certains cas, la station de travail est pourvue d’un dispositif d’imagerie permettant la prise d’images et l’annotation de ces images lors de la macroscopie.

En phase de macroscopie, le technicien dispose habituellement d’un ou plusieurs flacons étiqueté(s) avec un numéro de dossier propre à l’échantillon, et relié au patient dans le système de gestion du laboratoire. Le technicien extrait le contenu du flacon et le place dans une (ou des) cassette(s) également étiquetée(s).

Des exemples de cassettes sont présentés dans les documents EP2316010B1 (The Univ of Miami, 2022), US8877146 (Biopath, 2014), US7771992 (Leica Biosystems, 2010), DE4306233 (Guenter, 1994), GB2278441 (Cellpath, 1994).

Pour le technicien de laboratoire médical, les opérations manuelles sont répétitives et réalisées en grand nombre, chaque jour. Il en résulte des risques d’erreur, les inversions de flacons et les oublis pouvant survenir.

Le risque d’erreur, d’inversion ou d’oubli est également possible lors des autres phases du pré-analytique, qui débute par le prélèvement sur le patient et se termine par la lecture de la lame par le médecin pathologiste, comme par exemple lors de la cryotomie, de la décalcification, de la déshydratation, de l’enrobage ou l’inclusion, de la microtomie, de l’étalement et la coloration.

Dimenstein(Root cause analysis of specimen misidentification in surgical pathology accession and grossing, 2006, DOI: 10.1309/B7KJB4QDM7YE35CV) présente différentes sources d’erreurs humaines, par exemple confusion entre droite et gauche, erreur d’écriture, choix erroné de flacon ou cassette, ces erreurs étant vues comme liées à la psychologie humaine, et donc inévitables.

Santana et al.(Errors in surgical pathology laboratory, 2018, DOI: 10.5772/intechopen.72919), à partir d’une synthèse d’une quarantaine d’articles, concluent au risque inévitable d’erreurs humaines lors des analyses en laboratoire d’anatomo-pathologie, ces erreurs pouvant avoir des conséquences sérieuses, en générant des faux positifs ou des faux négatifs.

Les laboratoires d’anatomopathologie sont exposés à des erreurs d’identification d’échantillons, en raison des nombreuses étapes de modifications des échantillons.

Plusieurs intervenants différents doivent veiller à préserver l’identification de l’échantillon, lors de différentes étapes de transformation de l’échantillon, notamment lors du prélèvement, de la description macroscopique, de la mise en cassette, de l’inclusion dans un bloc de paraffine, du transfert sur lame après découpe au microtome du bloc de paraffine.

Une erreur d’identification peut survenir à n’importe laquelle de ces étapes, et peut avoir des conséquences graves pour le patient, telles qu’un retard au diagnostic d’une maladie (en cas de faux négatif), ou la réalisation d’opérations chirurgicales non nécessaires (en cas de faux positif).

Divers moyens empiriques sont mis en œuvre pour tenter de prévenir les risques d’erreurs d’identité sur les échantillons. Il est par exemple recommandé d’éviter de procéder à l’enregistrement et à la description consécutive d’échantillons semblables. Il est également recommandé de réduire au minimum les distractions pendant les opérations de transcription ou de vérification de l’identité de l’échantillon.

Pour tenter de réduire les risques d’erreurs, les récipients tels que flacons ou pots contenant les échantillons de tissu remis au laboratoire d’anatomopathologie portent deux identifiants différents, à savoir le nom et prénom du patient d’une part, et un numéro d’identification propre au patient d’autre part. Sur chaque récipient peut figurer également la date du prélèvement.

La norme ISO 15189-12 prévoit que tous les échantillons reçus sont inscrits dans un registre d’admission, dans un système informatique, la date et l’heure de réception des échantillons devant être consignées. Lors de cet enregistrement, un numéro d’identification est attribué à chaque échantillon reçu, et ce numéro d’identification est conservé tout au long du processus de traitement de l’échantillon dans le laboratoire d’anatomopathologie.

Pour tenter de réduire les risques d’erreur d’identification, et d’améliorer la traçabilité, sont commercialisés des systèmes d’impression thermique, sur les cassettes, de caractères alphanumériques et de codes barre bidimensionnels. On peut se référer, par exemple, aux documents US2019324048 (Sakura Finetek, 2019), WO2014018114, (Aperio technologies, 2014), WO2007/07842 (Ventana Medical Systems, 2007). De tels systèmes permettent de réduire les risques liés à l’inscription manuelle, mais ne permettent pas de supprimer les erreurs de saisie dans un système informatique, et les erreurs de manipulation.

Un des objectifs de l’invention est de réduire les risques d’erreur lors des travaux d’anatomie et cytologie pathologiques.

Un des objets de l’invention est de proposer un procédé et un dispositif assurant la traçabilité d’un prélèvement en anatomopathologie, du bloc opératoire à la coupe et l’étalement sur lames.

A ces fins, il est proposé, selon un premier aspect, un procédé d’anatomopathologie comprenant une étape d’introduction d’un tissu dans un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture, une étape de fermeture du premier contenant après introduction du tissu, une étape de placement sur le premier contenant d’un identifiant du tissu introduit dans le premier contenant, une étape d’ouverture du premier contenant et d’extraction du tissu hors du premier contenant, une étape de déplacement d’au moins une partie du tissu extrait du premier contenant dans un deuxième contenant, le deuxième contenant portant un identifiant de la partie de tissu, le procédé comprenant une identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, l’ouverture du premier contenant étant détectée lors de cette identification et suivi d’objets, le procédé comprenant une étape de détection et lecture de l’identifiant placé sur le premier contenant et de l’identifiant placé sur le deuxième contenant, un message d’erreur étant généré en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.

Le procédé permet d’alerter le technicien d’une perte de concordance lors d’une étape de déplacement du tissu biologique depuis un premier contenant tel qu’un flacon ou un pot, vers un deuxième contenant tel qu’une cassette.

Avantageusement, le procédé comprend une étape d’enregistrement de l’instant auquel est détectée l’ouverture du premier contenant. Cet enregistrement améliore la traçabilité du procédé, l’instant de détection de l’ouverture du premier contenant pouvant être comparé avec l’instant auquel le prélèvement a été effectué, par exemple par exérèse ou biopsie. Si une fixation doit être effectuée pour le tissu biologique, il peut ainsi être vérifié que la fixation intervient dans un délai court, évitant la dessiccation ou l’autolyse du tissu.

Avantageusement, le deuxième contenant étant une cassette, la fermeture de la cassette et la fermeture du premier contenant sont détectées par l’identification et suivi d’objets lors de l’analyse du flux vidéo. Il est ainsi possible de générer un message d’erreur si un nouveau contenant est ouvert avant que le premier contenant ne soit fermé.

Avantageusement, un affichage des objets identifiés lors de l’analyse du flux vidéo est réalisé, la forme des objets identifiés étant représentée par exemple par une fenêtre englobante. L’opérateur peut ainsi vérifier que l’identification des objets correspond aux opérations effectuées. L’opérateur peut, le cas échéant, ajouter des commentaires par commande vocale, ou à l’aide d’un clavier ou d’une souris ou bien encore d’un écran tactile.

Il est proposé, selon un deuxième aspect, un dispositif d’anatomopathologie pour la mise en œuvre d’un procédé tel que présenté ci-dessus, le dispositif comportant une station de travail comprenant une planche à dissection (planche à découper) destinée à supporter un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture et un deuxième contenant, le dispositif comprenant des moyens d’identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, ces moyens étant aptes à détecter l’ouverture du premier contenant, le dispositif comprenant des moyens de détection et lecture d’un identifiant placé sur le premier contenant et d’un l’identifiant placé sur le deuxième contenant, le dispositif comprenant des moyens de génération d’un message d’erreur en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.

Avantageusement, dans certaines mises en œuvre, la planche à découper comprend une réservation apte à loger un premier ou un deuxième contenant, le premier contenant étant par exemple un flacon, le deuxième contenant étant par exemple une cassette.

Avantageusement, les moyens de détection et lecture comprennent un lecteur de code barre à une dimension ou deux dimensions, par exemple de type code QR ou Data Matrix.

Par Data Matrix on désigne ici un codage de données dans une matrice de cellules, le code se présentant sous la forme d’un symbole carré ou rectangulaire. Un algorithme d’encodage combine les données utiles avec des codes de correction d’erreur. Le format de codage est avantageusement ECC200 (Error Checking and Correcting).

La mise en place de l’identifiant sur les contenants peut être effectuée par collage d’étiquette, transfert thermique, ou bien encore par gravure, notamment gravure laser.

Avantageusement, la station de travail comprend des moyens de pesée. Il est ainsi possible de comparer le poids du tissu biologique, mesuré lors de la biopsie ou de l’exérèse chirurgicale, avec le poids du tissu parvenant au laboratoire d’anatomopathologie. Il est également possible de vérifier que la quantité de formol (ou autre produit de conservation utilisé) est adaptée au prélèvement à analyser.

Avantageusement, la station de travail comprend des moyens de mesure suivant plusieurs axes.

Avantageusement, le dispositif comprend un poste d’inclusion de tissu biologique pour former un bloc, par exemple de paraffine, un poste de découpe du bloc en tranches minces par microtome, les tranches ayant par exemple une épaisseur de l’ordre de 3 à 5 microns, et un poste d’étalement des tranches sur des lames, le dispositif comprenant des moyens d’impression sur le bloc et sur les lames d’un identifiant du tissu biologique.

Dans certaines mises en œuvre, le poste d’inclusion comprend une ou des caméras et une identification et suivi d’objets est effectuée par analyse d’un flux vidéo, pour les opérations effectuées au poste d’inclusion.

Dans certaines mises en œuvre, le poste de découpe en tranches minces par microtome comprend une ou des caméras et une identification et suivi d’objets est effectuée par analyse d’un flux vidéo, pour les opérations effectuées au poste de découpe.

D’autres objets et avantages de l’invention apparaîtront à la lumière de la description d’un mode de réalisation, faite ci-après en référence aux dessins annexés dans lesquels :

est une vue d’une station de travail de laboratoire de macroscopie, un flacon fermé, une cassette ouverte, une cassette fermée et une pince étant posés sur le plateau de la station de travail;

est une vue analogue à la , après ouverture du flacon, un technicien venant prélever dans le flacon, à l’aide de la pince, un fragment de tissu, par exemple une biopsie;

est une vue analogue à la , le technicien venant placer dans la cassette ouverte le fragment de tissu provenant du flacon;

est une vue analogue à la , après fermeture de la cassette contenant le fragment de tissu.

Sur les figures est représentée une station de travail de laboratoire de macroscopie.

Dans certains modes de réalisation, la station de travail comprend une planche en matériau polymère, tel que polyamide, polyoxyméthylène (POM), ou polyéthylène haute densité (PEHD).

Par exemple, la planche à dissection (planche à découper) est en polyéthylène, coloré dans la masse, la couleur utilisée correspondant à un usage prédéterminé.

Dans certaines mises en œuvre, la planche en matériau polymère comporte une toise, par exemple en acier inoxydable.

Avantageusement, la planche comporte au moins une réservation, dont les dimensions et la forme sont telles qu’un objet tel qu’une cassette ou un flacon, placé dans la réservation, est maintenu en position.

Avantageusement, la planche est en matériau dur, lavable et à usage prolongé. Dans certaines utilisations, la planche est à usage unique et jetable.

Avantageusement, la planche est en matériau polymère et est posée sur une plaque en acier inoxydable, qui lui sert de support.

Des caméras filment la planche à découper et les éléments posés sur la planche. Dans certaines mises en œuvre, les caméras sont de type caméra numérique RGB (Red-Green-Blue).

Les caméras sont reliées à une unité centrale ou un serveur pourvu de moyens permettant d’analyser et de traiter les flux vidéo provenant des caméras.

Avantageusement, un écran permet de visualiser toutes les étapes du traitement.

Un algorithme de traitement d’image détecte la présence des objets sur la planche à découper et identifie ces objets, ainsi qu’il apparait sur les figures.

La forme de l’objet identifié est avantageusement représentée par une fenêtre englobante, ainsi qu’il apparait sur les figures.

Dans d’autres mises en œuvre, la forme de l’objet est représentée par un point, situé au centre de l’objet, ou sous la forme d’un contour, d’une silhouette.

La détection des objets, tels que des flacons, des cassettes, peut être assurée par une détection de points d’intérêt, ou par soustraction de fond, ou segmentation d’images ou bien encore par classification supervisée.

La détection de points d’intérêt est par exemple assurée par un algorithme de Moravec, ou un détecteur de Harris, un détecteur Kanade-Lucas-Tomasi, un détecteur SIFT (Scale Invariant Feature Transform).

Une présentation du détecteur développé en 1977 par Hans P Moravec, et du détecteur développé en 1988 par Harris et Stephen, ainsi qu’une description de la méthode SIFT est donnée parGarcia(Suivi d’objets d’intérêt dans une séquence d’images : des points saillants aux mesures statistiques, thèse 2008).

La détection par soustraction de fond est obtenue par exemple en modélisant l’intensité de la couleur de chaque pixel par une distribution gaussienne.

La détection par segmentation d’images est par exemple obtenue par un algorithme Mean shift.

La détection par apprentissage supervisée est par exemple obtenue par boosting adaptatif (AdaBoost), ou par une machine à vecteurs supports.

Le suivi des objets identifiés est obtenu par exemple par suivi de points, par une méthode probabiliste ou par suivi de noyau. Des méthodes de suivi d’objet par analyse de flux vidéo sont présentées parMaggio et al .(Video tracking, theory and practice, 978-0470749647 , 2011).

Un exemple de traitement du flux vidéo va maintenant être décrit, certaines étapes de ce traitement correspondant aux figures annexées.

Dans une première étape, le technicien crée un nouveau dossier pour le prélèvement.

Cette création de nouveau dossier est avantageusement liée à un identifiant, par exemple un code barre, en particulier un code barre bidimensionnel, notamment de type Data Matrix ou code QR.

L’identifiant est avantageusement un identifiant unique associé à un seul individu.

Dans certaines mises en œuvre, la station de travail comprend un lecteur de code barre relié au serveur. De tels lecteurs sont parfois dénommés douchette ou pistolet. Dans d’autres mises en œuvre, la station de travail comprend une caméra reliée au serveur, une application, par exemple stockée sur le serveur, permettant la lecture de code barre scanné par la caméra.

La communication entre le lecteur de code barre et le serveur peut être filaire ou sans fil, notamment par Wifi, Bluetooth, ou NFC (Near Field Communication).

A l’issue de cette première étape, la station de travail est par exemple telle que représentée en . Un flacon portant le code barre utilisé pour l’ouverture du dossier est posé, fermé, sur la planche à découper. Sur la planche est également posée une pince, une cassette ouverte et une cassette fermée.

Dans une deuxième étape, le technicien ouvre le flacon posé sur la planche à découper, le flacon contenant le prélèvement à analyser.

L’application détecte que le flacon est ouvert, via l’algorithme de traitement de l’image.

Le technicien est notifié par l’application, de l’ouverture du flacon, ainsi qu’il apparait en .

La date d’ouverture du flacon est avantageusement enregistrée en base de données.

Dans une troisième étape, le technicien dépose le bouchon sur la planche à découper. L’algorithme identifie sur le flux vidéo l’emplacement du bouchon et lit le code barre (par exemple de type Data Matrix) associé.

Si le bouchon est absent ou si le code barre associé n’est pas concordant avec celui scanné, une erreur est remontée à l’utilisateur, qui peut alors changer le flacon et mettre le bon. L’utilisateur peut également ignorer l’erreur, dans le cas d’un bug de l’application.

Avantageusement, une photo est automatiquement prise par le dispositif pour tracer l’ouverture du flacon et le numéro du dossier. Cette photographie est avantageusement également enregistrée en base de données.

Dans une quatrième étape, le technicien dépose une cassette dans l’emplacement prévu de la planche à découper.

Dans certaines mises en œuvre, la cassette est en matériau polymère, tel que polymère d’acétate. La cassette comprend des perforations, facilitant la circulation des liquides et le drainage lors d’étapes d’imprégnation. La cassette comprend un couvercle, rapporté ou articulé. Dans d’autres mises en œuvre, notamment lorsque le prélèvement est issu d’une biopsie, la cassette est fermée par un grillage métallique. Avantageusement, la cassette est colorée, la couleur étant associé à un type de prélèvement.

Avantageusement, l’application automatiquement détecte la présence de la cassette et son numéro lisible via code barre (par exemple de type Data Matrix).

Si le numéro de la cassette est différent de celui du flacon, une erreur est remontée à l’utilisateur. Il peut dans ce cas changer la cassette et mettre celle qui a le bon numéro.

Avantageusement, une photo est automatiquement prise par le dispositif, pour tracer le numéro de la cassette. Avantageusement, la photographie est également enregistrée en base de données. La station de travail se trouve dans un état tel que par exemple représenté en .

Dans une cinquième étape, lorsque technicien termine de déverser le contenu du flacon dans la cassette, une photo du contenu de la cassette est avantageusement prise.

La commande de prise de photographie peut être effectuée par le technicien par un clic à l’aide d’une souris d’ordinateur, ou bien encore par une commande vocale ou une commande au pied.

Avantageusement, la photographie est enregistrée en base de données.

Avantageusement, un comptage automatique des biopsies contenues dans la cassette est effectué.

En variante ou en combinaison, une mesure automatique des fragments ou carottes biopsiques contenus dans la cassette est effectuée.

Dans une sixième étape, le technicien ferme la cassette. La station de travail se trouve alors dans un état tel que représenté en .

Avantageusement, si le technicien ne ferme pas la cassette, il ne peut pas créer un nouveau dossier.

Dans une septième étape éventuelle, une nouvelle cassette est déposée sur la planche à découper, un flacon correspondant à plusieurs cassettes. Avantageusement, cette nouvelle cassette est automatiquement détectée avec son numéro, via son code barre (par exemple de type Data Matrix). Avantageusement, les mêmes étapes que celles décrites ci-dessus sont mises en œuvre.

Dans une huitième étape, le technicien doit fermer le flacon. Avantageusement, l’application détecte automatiquement la fermeture du flacon.

Avantageusement, l’heure de fermeture du flacon est enregistrée en base de données.

Avantageusement, si un autre flacon est ouvert en même temps que le premier, une erreur est remontée à l’utilisateur qui est ainsi assuré qu’un seul flacon soit ouvert sur la planche, pour tout instant donné.

Dans une neuvième étape éventuelle, si un nouveau flacon associé au même dossier est ouvert par le technicien, les mêmes étapes que celles décrites ci-dessus sont mises en œuvre.

Avantageusement, si le technicien essaie de traiter automatiquement une cassette, alors que l’ouverture de flacon n’a pas été détectée, une erreur est remontée à l’utilisateur, lui notifiant de bien effectuer l’ouverture du flacon dans la zone couverte par les caméras.

Avantageusement, si le flacon n’a pas été fermé dans le champ de vision des caméras, toute nouvelle ouverture de flacon ne sera pas effective tant que la fermeture de flacon n’a pas été effectuée dans la zone adéquate.

Dans certaines mises en œuvre, l’utilisateur peut ignorer les erreurs remontées par l’application, notamment en cas de bug de l’application. Toute erreur ignorée est avantageusement loguée dans l’application.

L’ensemble des informations enregistrées est avantageusement disponible sur un écran de la station de travail.

Des modifications/suppressions peuvent être apportées manuellement par l’utilisateur, notamment en cas d’informations erronées fournies par l’application. Ceci peut concerner par exemple la présence d’une ligne en trop d’ouverture de flacon, un mauvais numéro de dossier ou encore un mauvais comptage réalisé par le traitement automatique d’analyse des cassettes.

Le traitement des flux vidéo peut être effectué par une application présente sur un ordinateur ou un serveur de la station de travail.

En variante, le traitement des flux vidéo et les algorithmes de traitement de l’image sont exécutés sur un serveur distant.

La gestion des erreurs peut être effectuée par le technicien présent à la station de macroscopie.

En variante, la gestion des erreurs peut être effectuée à distance, par un autre technicien ou un superviseur.

Avantageusement, la station de macroscopie comprend des moyens de pesée, et de mesure suivant plusieurs axes (notamment les trois grands axes d’une pièce opératoire).

Avantageusement, la station de macroscopie comprend des moyens de reconstitution surfacique d’une pièce opératoire posée sur la planche.

Avantageusement, une unité centrale pilote l’ensemble des cartes électroniques de la station de macroscopie.

L’unité centrale peut être celle d’un ordinateur ou d’un serveur. Les données produites par la station de macroscopie peuvent ainsi être communiquées à un terminal de communication mobile ou fixe, appartenant notamment à un système de gestion de laboratoire (SGL). Les données produites par la station de macroscopie peuvent également être accessibles via une plateforme internet.

Les données produites par la station, notamment les photographies, les vidéos, les reconstitutions surfaciques peuvent être partagées en temps réel ou non, pour une assistance à distance, une télé-pathologie, ou pour des besoins de formation. A des fins de formation, des vidéos tutoriels, montrant l’examen macroscopique étape par étape, peuvent avantageusement être diffusées.

Dans certaines mises en œuvre, les mesures, les photographies, les scans sont visualisables sur un écran tactile relié à une unité centrale.

Avantageusement, une application logicielle permet d’annoter les vues photographiques prises, ou les scans effectués. Les images, scans et vidéos annotées, ainsi que les comptes rendus peuvent être stockés dans une base de données.

La station permet la télépathologie et des examens de télédiagnostic extemporané, un technicien étant présent sur site et envoyant au pathologiste des photographies numériques et des vidéos. Le pathologiste peut avantageusement prendre le contrôle à distance de la station, notamment pour visionner l’image macroscopique, indiquer au technicien la zone à prélever.

Les données produites par la station peuvent servir de base pour les comptes rendus de laboratoire.

L’archivage des données produites grâce à la station rend disponibles les données médicales et un matériel utilisable à des fins médicales, scientifiques ou médicolégales.

Avantageusement, la morphométrie précise de la pièce opératoire est conservée, ainsi que la trace des étapes pré analytique.

Les données fournies par la station de macroscopie sont avantageusement couplées aux lames numériques ou lames virtuelles.

Dans certaines mises en œuvre, une application logicielle permet de placer des images macroscopiques ou issues de lames numériques dans le volume délimité par la reconstitution surfacique.

Dans certaines mises en œuvre, les lames numériques sont produites par un scanner de lames. Des scanners de lames sont commercialisés par exemple sous la dénomination Panoramic 1000 par la société 3D Histech. Les manipulations de lames physiques et la perte de temps de recherche de ces lames peuvent ainsi être évitées.

Le procédé et la station de macroscopie selon l’invention permettent avantageusement le suivi (tracking) de toutes les étapes par lesquelles passent les prélèvements opératoires, depuis l’exérèse chirurgicale jusqu’aux lames de microscopie.

Lorsque la pièce opératoire est retirée par un chirurgien et déposée dans un flacon ou un pot, une caméra filme avantageusement la mise en pot ou en flacon du prélèvement, et un algorithme détecte la pièce chirurgicale et suit son mouvement jusque dans le pot ou le flacon.

Avantageusement, l’algorithme permet le contrôle de ce que la quantité de formol contenu dans le pot est suffisante pour assurer une bonne conservation des tissus.

Avantageusement, la pièce opératoire est pesée et cette pesée est comparée à celle effectuée lors du prélèvement chirurgical.

La station de macroscopie met en œuvre au moins un algorithme d’identification et de suivi (tracking) et avantageusement au moins un algorithme de reconnaissance de caractère, permettant d’assurer qu’au flacon ou pot posé sur la planche (associé à un patient, par un identifiant unique) correspond un prélèvement opératoire déposé dans une ou plusieurs cassettes.

Le procédé permet ainsi de détecter d’éventuelles erreurs humaines dans l’analyse d’un prélèvement opératoire pour un patient P. En particulier, le procédé permet de détecter le placement erroné d’un prélèvement dans une cassette,

• soit par ouverture d’un flacon ne provenant pas du patient P et tentative de dépôt de ce prélèvement dans une cassette correspondant au patient P, cette erreur pouvant être dénommée inversion de flacon ;
• soit par dépôt du prélèvement contenu dans un flacon correspondant au patient P dans une cassette ne correspondant pas au patient P, cette erreur pouvant être dénommée inversion de cassette.

Le procédé permet en outre de détecter le placement erroné d’un prélèvement dans un flacon ou un pot, par dépôt d’un prélèvement provenant d’un patient P dans un flacon ou un pot étiqueté (par exemple par Data Matrix) pour un patient autre que la patient P, cette erreur pouvant être dénommée erreur de patient.

Le procédé permet en outre de détecter l’affectation erronée d’une lame mince à un patient.

Ainsi qu’il a été décrit, la mise en place du prélèvement dans une cassette fait l’objet d’une analyse de flux vidéo, et d’une identification et suivi d’objet (tracking), ainsi que d’une reconnaissance d’un identifiant (par exemple un code barre de type Data Matrix).

La cassette est ensuite incluse dans un milieu d’inclusion, notamment paraffine.

Le bloc obtenu est découpé au microtome, les tranches obtenues, de quelques microns d’épaisseur, étant ensuite étalées sur des lames. Les lames sont fixées puis colorées pour être envoyées aux pathologistes pour analyses. Les lames sont déparaffinées avant coloration, à l’aide d’un solvant, par exemple du toluène ou du xylène. Le cas échéant, un immunomarquage est effectué en complément de la coloration, pour mettre en évidence certains antigènes tissulaires, à l’aide d’anticorps marqués.

Ces opérations sont avantageusement filmées et un algorithme de reconnaissance d’objets et de suivi d’objets, ainsi qu’un algorithme de reconnaissance d’un identifiant (par exemple un code barre), permet d’assurer que les lames produites portent l’identifiant présent sur la cassette.

Il est ainsi possible d’assurer que le même identifiant, avantageusement un identifiant unique affecté à un seul patient, se trouve présent sur le flacon ou le pot dans lequel le prélèvement opératoire est placé, lors de l’exérèse chirurgicale ou de la biopsie.

Il est ainsi également possible d’assurer une traçabilité du prélèvement effectué, depuis son placement dans un flacon ou un pot portant l’identifiant, jusqu’à la mise dans une ou plusieurs cassettes, la ou les cassettes portant le même identifiant, et depuis la ou les cassettes jusqu’aux lames minces, chaque lame mince portant le même identifiant.

L’ouverture et la fermeture des flacons, l’ouverture et la fermeture des cassettes font avantageusement l’objet d’une détection et d’une datation, en lien avec une reconnaissance de l’identifiant du tissu biologique. Le procédé alerte le technicien d’une perte de concordance entre le tissu biologique à l’issue d’une étape de traitement (notamment placement dans une cassette, placement sur une lame mince).

Le procédé peut avantageusement être mis en œuvre pour les petites pièces opératoires, telles que les exérèses cutanées, ou les biopsies.

Avantageusement, lors de la mise en œuvre du procédé, l’opérateur peut rester concentré sur la pièce opératoire à analyser, et n’a pas à prendre garde à appuyer avec la main ou le pied sur une commande. Une éventuelle distraction visuelle et l’interruption répétée du travail liée à l’emploi de commandes manuelles ou de commande au pied est source d’erreurs, que le procédé permet d’éviter.

Claims (10)

1. Procédé d’anatomopathologie comprenant une étape d’introduction d’un tissu dans un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture, une étape de fermeture du premier contenant après introduction du tissu, une étape de placement sur le premier contenant d’un identifiant du tissu introduit dans le premier contenant, une étape d’ouverture du premier contenant et d’extraction du tissu hors du premier contenant, une étape de déplacement d’au moins une partie du tissu extrait du premier contenant dans un deuxième contenant, le deuxième contenant portant un identifiant de la partie de tissu, le procédé étant caractérisé en ce qu’il comprend une identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, l’ouverture du premier contenant étant détectée lors de cette identification et suivi d’objets, le procédé comprenant une étape de détection et lecture de l’identifiant placé sur le premier contenant et de l’identifiant placé sur le deuxième contenant, un message d’erreur étant généré en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.
2. Procédé selon la revendication 1, caractérisé en ce qu’il comprend une étape d’enregistrement de l’instant auquel est détectée l’ouverture du premier contenant.
3. Procédé selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce que le deuxième contenant est une cassette, la fermeture de la cassette et la fermeture du premier contenant étant détectées par l’identification et suivi d’objets lors de l’analyse du flux vidéo.
4. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce qu’un affichage des objets identifiés lors de l’analyse du flux vidéo est réalisé, la forme des objets identifiés étant représentée par une fenêtre englobante.
5. Dispositif d’anatomopathologie, pour la mise en œuvre d’un procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 4, le dispositif comportant une station de travail comprenant une planche à découper destinée à supporter un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture et un deuxième contenant, le dispositif comprenant des moyens d’identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, ces moyens étant aptes à détecter l’ouverture du premier contenant, le dispositif comprenant des moyens de détection et lecture d’un identifiant placé sur le premier contenant et d’un l’identifiant placé sur le deuxième contenant, le dispositif comprenant des moyens de génération d’un message d’erreur en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.
6. Dispositif selon la revendication 5, caractérisé en ce que la planche à découper comprend une réservation apte à loger un premier ou un deuxième contenant, le premier contenant étant de préférence un flacon, le deuxième contenant étant de préférence une cassette.
7. Dispositif selon la revendication 5 ou 6, caractérisé en ce que les moyens de détection et lecture comprennent un lecteur de code barre à une dimension ou deux dimensions.
8. Dispositif selon l’une quelconque des revendications 5 à 7, caractérisé en ce que la station de travail comprend des moyens de pesée.
9. Dispositif selon l’une quelconque des revendications 5 à 8, caractérisé en ce que la station de travail comprend des moyens de mesure suivant plusieurs axes.
10. Dispositif selon l’une quelconque des revendications 5 à 9, caractérisé en ce qu’il comprend un poste d’inclusion de tissu biologique pour former un bloc, un poste de découpe du bloc en tranches minces par microtome, et un poste d’étalement des tranches sur des lames, le dispositif comprenant des moyens d’impression sur le bloc et sur les lames d’un identifiant du tissu biologique.