JP2000270896A - プローブ結合基板、プローブ結合基板の製造方法、プローブアレイ、標的物質の検出方法、サンプル中の一本鎖核酸の塩基配列を特定する方法、及びサンプル中の標的物質の定量方法 - Google Patents
プローブ結合基板、プローブ結合基板の製造方法、プローブアレイ、標的物質の検出方法、サンプル中の一本鎖核酸の塩基配列を特定する方法、及びサンプル中の標的物質の定量方法Info
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 標的物質の検出や定量、標的核酸の塩基配列
の特定等を迅速且つ安価に行なうことのできるプローブ
結合基板の提供。 【解決手段】 標的物質に対して特異的に結合可能なプ
ローブが基板表面の第１の位置に結合されているプロー
ブ結合基板において、該第１の位置を特定可能な第２の
位置にマーカー物質が結合されていることを特徴とする
プローブ結合基板。
の特定等を迅速且つ安価に行なうことのできるプローブ
結合基板の提供。 【解決手段】 標的物質に対して特異的に結合可能なプ
ローブが基板表面の第１の位置に結合されているプロー
ブ結合基板において、該第１の位置を特定可能な第２の
位置にマーカー物質が結合されていることを特徴とする
プローブ結合基板。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明はプローブ結合基板の
製造方法、プローブアレイ、標的物質の検出方法、及び
サンプル中の一本鎖核酸の塩基配列を特定する方法、更
にはサンプル中の標的物質の定量方法に関する。
製造方法、プローブアレイ、標的物質の検出方法、及び
サンプル中の一本鎖核酸の塩基配列を特定する方法、更
にはサンプル中の標的物質の定量方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】近年、固相プローブアレイを用いた標的
物質の検出、定量に関する研究、開発が精力的に行われ
てきている。例えば、米国特許公報5,445,936にはフォ
トリソグラフィーを用いて作製された固相オリゴヌクレ
オチドアレイが示されている。一方、PCT公開公報WO 95
/25116、米国特許公報5,688,642にはインクジェット法
を用いた固相DNAプローブアレイの作製方法が示されて
いる。ところでプローブアレイを用いて標的物質の検出
や定量を行なう場合、該アレイを構成するプローブの
内、どのプローブが標的物質と反応したのかを知ること
が重要である。
物質の検出、定量に関する研究、開発が精力的に行われ
てきている。例えば、米国特許公報5,445,936にはフォ
トリソグラフィーを用いて作製された固相オリゴヌクレ
オチドアレイが示されている。一方、PCT公開公報WO 95
/25116、米国特許公報5,688,642にはインクジェット法
を用いた固相DNAプローブアレイの作製方法が示されて
いる。ところでプローブアレイを用いて標的物質の検出
や定量を行なう場合、該アレイを構成するプローブの
内、どのプローブが標的物質と反応したのかを知ること
が重要である。
【０００３】
【発明が解決しようとする課題】本発明者らは、各種方
法によって作成されたプローブアレイを用いて標的物質
の検出、定量等を行なう技術について検討を重ねてきた
結果、以下のようなこれまでには認識されてこなかった
新たな技術課題を見出すに至った。即ちプローブアレイ
がフォトリソグラフィーで作製されている場合には、基
板の特定の位置に対する各プローブが占める位置を定め
るのは比較的容易である。しかしインクジェット法によ
る固相プローブアレイの作製においては、使用している
装置（フォトリソグラフィーではマスクアライナーを用
いる）の違いで、基板の特定の位置に対する各プローブ
が占める位置を定めるのは上記フォトリソグラフィーに
よる方法に比較すると困難な場合がある。即ち、蛍光法
により標的物質の検出、定量を行う場合、各プローブが
結合されたサイトのうちの全て、または十分の数のサイ
トが蛍光が発する状況であれば基板上での各プローブの
相対位置を把握でき、それによって基板上の各サイトの
位置の特定は比較的容易である。しかし、このような状
況はどちらかといえばまれで、基板上のサイトのうち比
較的少ない数のサイトからしか蛍光が観察されない場合
が多い。この場合には各プローブの相対位置を知ること
が困難で、どのプローブを結合したサイトが蛍光を発し
ているのかを特定することができない状況があり得る。
このような問題は、例えば予めマトリクス状のパターン
を基板上に形成しておくことである程度は解決できる
が、このような基板の使用は、安価にプローブアレイを
形成できるというインクジェット法を用いたプローブア
レイの製法のメリットを相殺してしまうものであった。
法によって作成されたプローブアレイを用いて標的物質
の検出、定量等を行なう技術について検討を重ねてきた
結果、以下のようなこれまでには認識されてこなかった
新たな技術課題を見出すに至った。即ちプローブアレイ
がフォトリソグラフィーで作製されている場合には、基
板の特定の位置に対する各プローブが占める位置を定め
るのは比較的容易である。しかしインクジェット法によ
る固相プローブアレイの作製においては、使用している
装置（フォトリソグラフィーではマスクアライナーを用
いる）の違いで、基板の特定の位置に対する各プローブ
が占める位置を定めるのは上記フォトリソグラフィーに
よる方法に比較すると困難な場合がある。即ち、蛍光法
により標的物質の検出、定量を行う場合、各プローブが
結合されたサイトのうちの全て、または十分の数のサイ
トが蛍光が発する状況であれば基板上での各プローブの
相対位置を把握でき、それによって基板上の各サイトの
位置の特定は比較的容易である。しかし、このような状
況はどちらかといえばまれで、基板上のサイトのうち比
較的少ない数のサイトからしか蛍光が観察されない場合
が多い。この場合には各プローブの相対位置を知ること
が困難で、どのプローブを結合したサイトが蛍光を発し
ているのかを特定することができない状況があり得る。
このような問題は、例えば予めマトリクス状のパターン
を基板上に形成しておくことである程度は解決できる
が、このような基板の使用は、安価にプローブアレイを
形成できるというインクジェット法を用いたプローブア
レイの製法のメリットを相殺してしまうものであった。
【０００４】本発明はかかる新たな技術課題の認定に基
づきなされたものであって、その目的は標的物質の検出
や定量、標的核酸の塩基配列の特定等を迅速且つ安価に
行なうことのできるプローブ結合基板及びその製造方法
を提供する点にある。
づきなされたものであって、その目的は標的物質の検出
や定量、標的核酸の塩基配列の特定等を迅速且つ安価に
行なうことのできるプローブ結合基板及びその製造方法
を提供する点にある。
【０００５】また本発明は、標的物質の検出や定量、標
的核酸の塩基配列の特定等を迅速且つ安価に行なうこと
のできるプローブアレイを提供することを他の目的とす
る。
的核酸の塩基配列の特定等を迅速且つ安価に行なうこと
のできるプローブアレイを提供することを他の目的とす
る。
【０００６】また本発明はサンプル中の標的物質を有無
を迅速且つ安価に検出する方法を提供することを他の目
的とする。
を迅速且つ安価に検出する方法を提供することを他の目
的とする。
【０００７】更に本発明はサンプル中に含まれる一本鎖
核酸の塩基配列を迅速且つ安価に検出する方法を提供す
ることを他の目的とする。
核酸の塩基配列を迅速且つ安価に検出する方法を提供す
ることを他の目的とする。
【０００８】更にまた本発明は、サンプル中の標的物質
を迅速かつ安価に定量する方法を提供することを目的と
する。
を迅速かつ安価に定量する方法を提供することを目的と
する。
【０００９】
【課題を解決するための手段】上記目的を達成すること
のできるプローブ結合基板は、標的物質に対して特異的
に結合可能なプローブが基板表面の第１の位置に結合さ
れているプローブ結合基板において、該第１の位置を特
定可能な第２の位置にマーカー物質が結合されているこ
とを特徴とする。
のできるプローブ結合基板は、標的物質に対して特異的
に結合可能なプローブが基板表面の第１の位置に結合さ
れているプローブ結合基板において、該第１の位置を特
定可能な第２の位置にマーカー物質が結合されているこ
とを特徴とする。
【００１０】上記目的を達成することのできるプローブ
結合基板の製造方法は、標的物質に対して特異的に結合
可能であり、且つ基板表面が担持している第１の官能基
に対して結合可能な第２の官能基を有するプローブを含
む液を該基板表面の第１の位置に供給し、該プローブを
該基板表面の第１の位置に結合させる工程を有するプロ
ーブ結合基板の製造方法において、該第１の官能基と直
接若しくは間接的に結合可能な第３の官能基を有するマ
ーカー物質を含む液を該基板表面の第２の位置に供給
し、該マーカー物質を該基板表面の該第２の位置に結合
させる工程を有し、該第２の位置が該第１の位置を特定
可能な位置であることを特徴とする。
結合基板の製造方法は、標的物質に対して特異的に結合
可能であり、且つ基板表面が担持している第１の官能基
に対して結合可能な第２の官能基を有するプローブを含
む液を該基板表面の第１の位置に供給し、該プローブを
該基板表面の第１の位置に結合させる工程を有するプロ
ーブ結合基板の製造方法において、該第１の官能基と直
接若しくは間接的に結合可能な第３の官能基を有するマ
ーカー物質を含む液を該基板表面の第２の位置に供給
し、該マーカー物質を該基板表面の該第２の位置に結合
させる工程を有し、該第２の位置が該第１の位置を特定
可能な位置であることを特徴とする。
【００１１】上記目的を達成することのできるプローブ
アレイは、基板表面の複数の位置に互いに独立している
プローブのスポットを有し、且つ該基板表面に該スポッ
トの位置を特定可能な様ににマーカー物質が付与されて
いることを特徴とする。
アレイは、基板表面の複数の位置に互いに独立している
プローブのスポットを有し、且つ該基板表面に該スポッ
トの位置を特定可能な様ににマーカー物質が付与されて
いることを特徴とする。
【００１２】上記目的を達成することのできる標的物質
の検出方法は、サンプル中に含まれている可能性のある
標的物質に対して特異的に結合するプローブを基板上に
互いに独立した複数のスポットとして有し、且つ該基板
表面に該スポットの位置を特定可能な様にマーカー物質
が付与されているプローブアレイの各々のスポットと該
サンプルとを接触させ、何れかのスポットにおける該プ
ローブと該標的物質との反応物の有無を検出して該サン
プル中の該標的物質の有無を検出する方法であって、該
反応物の存在が検出された場合に、その反応物が存在す
るスポットの位置の、該基板表面の該マーカー物質の位
置に基づいて特定する工程を有することを特徴とする。
の検出方法は、サンプル中に含まれている可能性のある
標的物質に対して特異的に結合するプローブを基板上に
互いに独立した複数のスポットとして有し、且つ該基板
表面に該スポットの位置を特定可能な様にマーカー物質
が付与されているプローブアレイの各々のスポットと該
サンプルとを接触させ、何れかのスポットにおける該プ
ローブと該標的物質との反応物の有無を検出して該サン
プル中の該標的物質の有無を検出する方法であって、該
反応物の存在が検出された場合に、その反応物が存在す
るスポットの位置の、該基板表面の該マーカー物質の位
置に基づいて特定する工程を有することを特徴とする。
【００１３】上記目的を達成することのできるサンプル
中の一本鎖核酸の塩基配列の特定方法は、サンプル中に
含まれている一本鎖核酸の塩基配列を特定する方法であ
って、該一本鎖核酸の予想される複数の塩基配列の各々
に対して相補的な塩基配列を有するプローブを基板上に
互いに独立した複数のスポットとして有し、且つ該基板
表面に該スポットの位置を特定可能な様にマーカー物質
が付与されているプローブアレイの各々のスポットと該
サンプルとを接触させる工程、及び該プローブと該標的
物質との反応物が形成されたスポットの位置を該基板上
のマーカー物質の位置に基づき特定する工程、を有する
ことを特徴とする。
中の一本鎖核酸の塩基配列の特定方法は、サンプル中に
含まれている一本鎖核酸の塩基配列を特定する方法であ
って、該一本鎖核酸の予想される複数の塩基配列の各々
に対して相補的な塩基配列を有するプローブを基板上に
互いに独立した複数のスポットとして有し、且つ該基板
表面に該スポットの位置を特定可能な様にマーカー物質
が付与されているプローブアレイの各々のスポットと該
サンプルとを接触させる工程、及び該プローブと該標的
物質との反応物が形成されたスポットの位置を該基板上
のマーカー物質の位置に基づき特定する工程、を有する
ことを特徴とする。
【００１４】また上記目的を達成することのできる標的
物質の定量方法は、基板表面の複数の位置に互いに独立
しているプローブのスポットを有し、且つ該基板表面に
該スポットの位置を特定可能な様にマーカー物質が付与
されているプローブアレイを用いた、これらプローブに
特異的に結合可能な標的物質の検出、定量方法を蛍光法
により行うに際し、マーカー物質から発生する蛍光を標
準の蛍光量とすることを特徴とする。
物質の定量方法は、基板表面の複数の位置に互いに独立
しているプローブのスポットを有し、且つ該基板表面に
該スポットの位置を特定可能な様にマーカー物質が付与
されているプローブアレイを用いた、これらプローブに
特異的に結合可能な標的物質の検出、定量方法を蛍光法
により行うに際し、マーカー物質から発生する蛍光を標
準の蛍光量とすることを特徴とする。
【００１５】この様な発明によれば、ウェル等を表面に
有しない、平坦な基板上にインクジェット法を用いてプ
ローブをスポット状に高密度に配置した場合であって
も、各プローブのスポットの位置の特定を迅速、且つ正
確に行なうことができる。
有しない、平坦な基板上にインクジェット法を用いてプ
ローブをスポット状に高密度に配置した場合であって
も、各プローブのスポットの位置の特定を迅速、且つ正
確に行なうことができる。
【００１６】
【発明の実施の形態】以下に本発明を図面を用いて詳細
に説明する。
に説明する。
【００１７】図１は基板上に複数個の互いに塩基配列の
異なるプローブをスポット状に結合させたプローブアレ
イの平面図である。１０１はプローブのスポット、そし
て１０３はマーカー物質のスポットであって、該プロー
ブのスポット１０１の位置を特定可能な位置に配置され
ている。具体的には、マトリクス状に配置されているプ
ローブのスポット１０１の各行及び各列に対応する位置
に配置されており、それによってスポット１０１の位置
の特定を可能としているものである（なお各プローブの
スポット内部の数字は、後述する実施例の説明に用いる
為の便宜的なものである）。
異なるプローブをスポット状に結合させたプローブアレ
イの平面図である。１０１はプローブのスポット、そし
て１０３はマーカー物質のスポットであって、該プロー
ブのスポット１０１の位置を特定可能な位置に配置され
ている。具体的には、マトリクス状に配置されているプ
ローブのスポット１０１の各行及び各列に対応する位置
に配置されており、それによってスポット１０１の位置
の特定を可能としているものである（なお各プローブの
スポット内部の数字は、後述する実施例の説明に用いる
為の便宜的なものである）。
【００１８】そしてマーカー物質のスポット１０３は、
例えばマーカー物質を含む液体を該基板上に、例えばイ
ンクジェット法を用いて付与することによって形成可能
である。またプローブのスポット１０１もまた同様にプ
ローブを含む液体をインクジェット法を用いて付与する
ことによって形成可能である。そしてマーカー物質のス
ポット１０３のインクジェット法による形成を、プロー
ブのスポット１０１のインクジェット法による形成と同
一の工程で行なうことで、プローブのスポットの行また
は列とマーカー物質のスポット１０３との間での位置ず
れが生じることを防ぐことができ好ましい。
例えばマーカー物質を含む液体を該基板上に、例えばイ
ンクジェット法を用いて付与することによって形成可能
である。またプローブのスポット１０１もまた同様にプ
ローブを含む液体をインクジェット法を用いて付与する
ことによって形成可能である。そしてマーカー物質のス
ポット１０３のインクジェット法による形成を、プロー
ブのスポット１０１のインクジェット法による形成と同
一の工程で行なうことで、プローブのスポットの行また
は列とマーカー物質のスポット１０３との間での位置ず
れが生じることを防ぐことができ好ましい。
【００１９】（マーカー物質について）マーカー物質と
して用い得る物質としては、基板上に付与せしめた状態
で検出可能な情報（例えば蛍光等）を発するものであれ
ば特に限定されるものでないが、例えば色素を用いた場
合、該マーカー物質のスポットは光学顕微鏡で検出可能
であり、好適である。また、固相プローブアレイでの標
的物質の検出は蛍光標識物質により行うことが多く、そ
うした意味でいえば、マーカー物質が蛍光性物質であれ
ば、標的物質の検出と同時に、同じ装置によりマーカー
物質が検出できて都合がよい。蛍光色素は蛍光物質とし
ては一般的で、例えば、標的物質の検出時に用いられる
標識物質と、同じ骨格を有する蛍光色素をマーカー物質
として用いれば、例えば、蛍光顕微鏡を用いて、同時に
観察できるという利点もある。逆に異なる色素を用いれ
ば、標的物質の検出の際の妨げになる可能性を防止でき
る。具体的に本発明に用いることのできるマーカー化合
物としては例えばフルオロセイン、ローダミンＢ、テト
ラメチルローダミン、ローダミンＸ、テキサスレッド、
ＣＹ５等が挙げられる。
して用い得る物質としては、基板上に付与せしめた状態
で検出可能な情報（例えば蛍光等）を発するものであれ
ば特に限定されるものでないが、例えば色素を用いた場
合、該マーカー物質のスポットは光学顕微鏡で検出可能
であり、好適である。また、固相プローブアレイでの標
的物質の検出は蛍光標識物質により行うことが多く、そ
うした意味でいえば、マーカー物質が蛍光性物質であれ
ば、標的物質の検出と同時に、同じ装置によりマーカー
物質が検出できて都合がよい。蛍光色素は蛍光物質とし
ては一般的で、例えば、標的物質の検出時に用いられる
標識物質と、同じ骨格を有する蛍光色素をマーカー物質
として用いれば、例えば、蛍光顕微鏡を用いて、同時に
観察できるという利点もある。逆に異なる色素を用いれ
ば、標的物質の検出の際の妨げになる可能性を防止でき
る。具体的に本発明に用いることのできるマーカー化合
物としては例えばフルオロセイン、ローダミンＢ、テト
ラメチルローダミン、ローダミンＸ、テキサスレッド、
ＣＹ５等が挙げられる。
【００２０】ところでマーカー物質は、単に基板上に付
着させただけでも良いが、プローブアレイを標的物質と
反応させた後に洗浄等を施す場合があることを考慮する
と、洗浄等でマーカー物質が除去されることがないよう
にマーカー物質を基板上に化学的に結合させておくこと
が好ましい。基板にマーカー物質を結合させる方法に関
しては特に限定はなく、どのような手法でも用いること
ができる。そして上記したようにマーカ物質をインクジ
ェット法で基板に付与する場合、該マーカー物質を含む
液体が基板に付与された時点で速やかに基板とマーカー
物質との間で化学的な結合が形成される様にマーカ物質
と基板表面との各々に互いに反応性の高い官能基を導入
しておくことは好ましい態様である。以下に基板の官能
基とマーカー物質の官能基の組み合わせの例をあげる。
着させただけでも良いが、プローブアレイを標的物質と
反応させた後に洗浄等を施す場合があることを考慮する
と、洗浄等でマーカー物質が除去されることがないよう
にマーカー物質を基板上に化学的に結合させておくこと
が好ましい。基板にマーカー物質を結合させる方法に関
しては特に限定はなく、どのような手法でも用いること
ができる。そして上記したようにマーカ物質をインクジ
ェット法で基板に付与する場合、該マーカー物質を含む
液体が基板に付与された時点で速やかに基板とマーカー
物質との間で化学的な結合が形成される様にマーカ物質
と基板表面との各々に互いに反応性の高い官能基を導入
しておくことは好ましい態様である。以下に基板の官能
基とマーカー物質の官能基の組み合わせの例をあげる。
【００２１】（１）基板の表面の官能基がマレイミド基
であり、マーカー物質の有する官能基がチオール基。 （２）基板の表面の官能基がチオール基であり、マーカ
ー物質の有する官能基がマレイミド基。 （３）基板の表面の官能基がスクシイミド基であり、マ
ーカー物質の有する官能基がアミノ基。 （４）基板の表面の官能基がアミノ基であり、マーカー
物質の有する官能基がスクシイミド基。 （５）基板の表面の官能基がイソシアネート基であり、
マーカー物質の有する官能基がアミノ基。 （６）基板の表面の官能基がアミノ基であり、マーカー
物質の有する官能基がイソシアネート基。 （７）基板の表面の官能基がクロライド基であり、マー
カー物質の有する官能基が水酸基。 （８）基板の表面の官能基がエポキシ基であり、マーカ
ー物質の有する官能基がアミノ基。 （９）基板の表面の官能基がカルボキシ基であり、マー
カー物質の有する官能基が水酸基。 （１０）基板の表面の官能基が水酸基であり、マーカー
物質の有する官能基がカルボキシ基。
であり、マーカー物質の有する官能基がチオール基。 （２）基板の表面の官能基がチオール基であり、マーカ
ー物質の有する官能基がマレイミド基。 （３）基板の表面の官能基がスクシイミド基であり、マ
ーカー物質の有する官能基がアミノ基。 （４）基板の表面の官能基がアミノ基であり、マーカー
物質の有する官能基がスクシイミド基。 （５）基板の表面の官能基がイソシアネート基であり、
マーカー物質の有する官能基がアミノ基。 （６）基板の表面の官能基がアミノ基であり、マーカー
物質の有する官能基がイソシアネート基。 （７）基板の表面の官能基がクロライド基であり、マー
カー物質の有する官能基が水酸基。 （８）基板の表面の官能基がエポキシ基であり、マーカ
ー物質の有する官能基がアミノ基。 （９）基板の表面の官能基がカルボキシ基であり、マー
カー物質の有する官能基が水酸基。 （１０）基板の表面の官能基が水酸基であり、マーカー
物質の有する官能基がカルボキシ基。
【００２２】これらの組合わせの中から、マーカー物質
に用いる具体的な化合物の構造、及び基板材質等を考慮
して適宜選択すればよい。
に用いる具体的な化合物の構造、及び基板材質等を考慮
して適宜選択すればよい。
【００２３】（固相基板）基板は、プローブとマーカー
物質が結合可能で、かつ、標的物質の検出を妨げるもの
でなければ特に限定されるものではないが、ひとつの例
としてガラス基板があげられる。その他、シリコン基
板、金属基板、樹脂基板等、また、適当な表面処理をし
たそれぞれの基板でも構わない。ガラス基板を基板とし
て使用する場合には、洗浄方法、表面処理等の方法が各
種知られているし、また、基板自体が入手しやすい等の
利点があり好適である。ガラス基板の表面に官能基を導
入する方法として、例えば、各種表面処理により水酸
基、カルボキシル基等を導入して、それらの官能基をそ
のまま使用する方法がある。また、ガラス基板を各種の
官能基が結合したシランカップリング剤で処理して、そ
の官能基を利用してもよい。市販されているシランカッ
プリング剤の官能基としては、チオール（ＳＨ）基、ア
ミノ基、イソシアネート基、クロライド基、エポキシ基
等があり、プローブ、マーカー物質の基板に結合に関与
する官能基として上記シランカップリング剤の官能基と
結合可能なものを適宜選択して利用することができる。
シランカップリング剤による処理法は一般的に良く知ら
れているので、詳しくは触れないが、上記官能基を有す
るシランカップリング剤は、信越化学工業株式会社、日
本ユニカー株式会社から市販されているのでそれらを利
用すれば良い。
物質が結合可能で、かつ、標的物質の検出を妨げるもの
でなければ特に限定されるものではないが、ひとつの例
としてガラス基板があげられる。その他、シリコン基
板、金属基板、樹脂基板等、また、適当な表面処理をし
たそれぞれの基板でも構わない。ガラス基板を基板とし
て使用する場合には、洗浄方法、表面処理等の方法が各
種知られているし、また、基板自体が入手しやすい等の
利点があり好適である。ガラス基板の表面に官能基を導
入する方法として、例えば、各種表面処理により水酸
基、カルボキシル基等を導入して、それらの官能基をそ
のまま使用する方法がある。また、ガラス基板を各種の
官能基が結合したシランカップリング剤で処理して、そ
の官能基を利用してもよい。市販されているシランカッ
プリング剤の官能基としては、チオール（ＳＨ）基、ア
ミノ基、イソシアネート基、クロライド基、エポキシ基
等があり、プローブ、マーカー物質の基板に結合に関与
する官能基として上記シランカップリング剤の官能基と
結合可能なものを適宜選択して利用することができる。
シランカップリング剤による処理法は一般的に良く知ら
れているので、詳しくは触れないが、上記官能基を有す
るシランカップリング剤は、信越化学工業株式会社、日
本ユニカー株式会社から市販されているのでそれらを利
用すれば良い。
【００２４】（インクジェット液組成）ところで、上記
したような基板にマーカー物質を付与する手段として
は、上述の用に様々な方法を例にあげることができる
が、微量液滴（数ｐｌ〜数１０ｎｌ）を吐出することが
可能なインクジェット法が適している。現在、実用化さ
れているインクジェット法には、ピエゾ素子を用いたピ
エゾジェット法、また、サーマル素子を用いたサーマル
ジェット法があるが、本発明にはいずれの方法を用いて
も良い。ところで、上記した様な基板上にインクジェッ
ト法によってマーカー物質を付与する場合、基板上で不
必要に液滴が広がることなく、所定の箇所にとどまる様
に液組成を調製することが好ましい。そしてその液組成
は、該マーカー物質本来の性能を損なわず、また該マー
カー物質に導入した、基板表面の官能基との反応性を損
なうようなものでないことが好ましい。
したような基板にマーカー物質を付与する手段として
は、上述の用に様々な方法を例にあげることができる
が、微量液滴（数ｐｌ〜数１０ｎｌ）を吐出することが
可能なインクジェット法が適している。現在、実用化さ
れているインクジェット法には、ピエゾ素子を用いたピ
エゾジェット法、また、サーマル素子を用いたサーマル
ジェット法があるが、本発明にはいずれの方法を用いて
も良い。ところで、上記した様な基板上にインクジェッ
ト法によってマーカー物質を付与する場合、基板上で不
必要に液滴が広がることなく、所定の箇所にとどまる様
に液組成を調製することが好ましい。そしてその液組成
は、該マーカー物質本来の性能を損なわず、また該マー
カー物質に導入した、基板表面の官能基との反応性を損
なうようなものでないことが好ましい。
【００２５】またインクジェット法を用いる場合、基板
表面に供給される液滴が微小であるので、供給後蒸発乾
燥してしまうことを防ぐ為に、反応中には保湿容器のよ
うな反応容器に基板を保存しておくことは好ましい方法
であるが、吐出する液体に保湿剤を含ませておく方法も
有効である。特にサーマルジェット法においては、吐出
時に温度上昇をともなうので、保湿成分、表面張力調製
成分の存在は重要である。そのようなマーカー物質、あ
るいは、プローブを基板表面に供給する溶媒としては、
尿素を５〜１０ｗｔ％、グリセリンを５〜１０ｗｔ％、
チオジグリコールを５〜１０ｗｔ％、及び、アセチレン
アルコールを１ｗｔ％を含んでいるものを好適に用いる
ことができる。アセチレンアルコールは一般式Ｉで示さ
れる構造を有するものである。
表面に供給される液滴が微小であるので、供給後蒸発乾
燥してしまうことを防ぐ為に、反応中には保湿容器のよ
うな反応容器に基板を保存しておくことは好ましい方法
であるが、吐出する液体に保湿剤を含ませておく方法も
有効である。特にサーマルジェット法においては、吐出
時に温度上昇をともなうので、保湿成分、表面張力調製
成分の存在は重要である。そのようなマーカー物質、あ
るいは、プローブを基板表面に供給する溶媒としては、
尿素を５〜１０ｗｔ％、グリセリンを５〜１０ｗｔ％、
チオジグリコールを５〜１０ｗｔ％、及び、アセチレン
アルコールを１ｗｔ％を含んでいるものを好適に用いる
ことができる。アセチレンアルコールは一般式Ｉで示さ
れる構造を有するものである。
【００２６】
【外３】
【００２７】上記式（Ｉ）中、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は
各々アルキル基、具体的には例えば炭素数１〜４の直鎖
状若しくは分岐鎖状のアルキル基を表わし、ｍ及びｎは
各々整数を表わし、ｍ＝ｎ＝０、もしくは１≦ｍ＋ｎ≦
３０であって、ｍ＋ｎ＝１の場合はｍまたはｎが０であ
る。
各々アルキル基、具体的には例えば炭素数１〜４の直鎖
状若しくは分岐鎖状のアルキル基を表わし、ｍ及びｎは
各々整数を表わし、ｍ＝ｎ＝０、もしくは１≦ｍ＋ｎ≦
３０であって、ｍ＋ｎ＝１の場合はｍまたはｎが０であ
る。
【００２８】（プローブ）本発明で用いられるプローブ
は標的物質と特異的に結合するものであって、必要に応
じて標的物質との結合したことを検出するための標識が
結合されていてもよい。そしてプローブとして用いられ
る代表的なものの一つとしては例えば、一本鎖核酸を挙
げることができ、一本鎖核酸としては例えば一本鎖DN
A、一本鎖RNA、一本鎖PNA（ペプチド核酸）を例にあげ
ることができる。そしてこのようなプローブは従来公知
のものを標識物質の種類に応じて適宜選択して用いれば
よい。ところでこのプローブは、前記したマーカー物質
の場合と同様に、プローブと基板との双方に互いに反応
する官能基を導入し、基板に確実に結合されるような構
成とすることもまた本発明の範囲内のものである。そし
てプローブと基板とに導入可能な官能基の組合わせとし
ては、例えばアミノ基（プローブ側）とエポキシ基（基
板側）、チオール基（プローブ側）とマレイミド基（基
板側）等が挙げられる。
は標的物質と特異的に結合するものであって、必要に応
じて標的物質との結合したことを検出するための標識が
結合されていてもよい。そしてプローブとして用いられ
る代表的なものの一つとしては例えば、一本鎖核酸を挙
げることができ、一本鎖核酸としては例えば一本鎖DN
A、一本鎖RNA、一本鎖PNA（ペプチド核酸）を例にあげ
ることができる。そしてこのようなプローブは従来公知
のものを標識物質の種類に応じて適宜選択して用いれば
よい。ところでこのプローブは、前記したマーカー物質
の場合と同様に、プローブと基板との双方に互いに反応
する官能基を導入し、基板に確実に結合されるような構
成とすることもまた本発明の範囲内のものである。そし
てプローブと基板とに導入可能な官能基の組合わせとし
ては、例えばアミノ基（プローブ側）とエポキシ基（基
板側）、チオール基（プローブ側）とマレイミド基（基
板側）等が挙げられる。
【００２９】（ＳＨ基とマレイミド基）好ましい例とし
ては例えば、マレイミド基とチオール（−ＳＨ）基との
組合わせを用いる例が挙げられる。即ち核酸プローブの
末端にチオール（−ＳＨ）基を結合させておき、固相表
面がマレイミド基を有するように処理しておくことで、
固相表面に供給された核酸プローブのチオール基と固相
表面のマレイミド基とが反応して核酸プローブを固定化
し、その結果核酸プローブのスポットを固相上の所定の
位置に形成することができる。特に末端にチオール基を
有する核酸プローブを上記した組成の液体に溶解させた
ものをバブルジェットヘッドを用いてマレイミド基を導
入した固相表面に付与した場合、核酸プローブ溶液は固
相上に極めて小さなスポットを形成する。その結果、核
酸プローブの小さなスポットを固相表面の所定の位置に
形成することができる。この場合、固相表面に例えば親
水性及び疎水性のマトリクスからなるウェルを形成し、
スポット間の連結を防止する様な構成を予め設けておく
必要性は認められない。
ては例えば、マレイミド基とチオール（−ＳＨ）基との
組合わせを用いる例が挙げられる。即ち核酸プローブの
末端にチオール（−ＳＨ）基を結合させておき、固相表
面がマレイミド基を有するように処理しておくことで、
固相表面に供給された核酸プローブのチオール基と固相
表面のマレイミド基とが反応して核酸プローブを固定化
し、その結果核酸プローブのスポットを固相上の所定の
位置に形成することができる。特に末端にチオール基を
有する核酸プローブを上記した組成の液体に溶解させた
ものをバブルジェットヘッドを用いてマレイミド基を導
入した固相表面に付与した場合、核酸プローブ溶液は固
相上に極めて小さなスポットを形成する。その結果、核
酸プローブの小さなスポットを固相表面の所定の位置に
形成することができる。この場合、固相表面に例えば親
水性及び疎水性のマトリクスからなるウェルを形成し、
スポット間の連結を防止する様な構成を予め設けておく
必要性は認められない。
【００３０】例えば塩基長１８ｍｅｒの核酸プローブを
濃度８μＭで含む、粘度や表面張力が前記した範囲内と
なるように調整した液体を、バブルジェットプリンタ
（商品名：ＢＪＣ６２０；キヤノン（株）社製、但し平
板に印字可能に改造したもの）を用いて、固相とバブル
ジェットヘッドのノズルの間隔を１．２〜１．５ｍｍ程
度に設定し、該ノズルから吐出させた場合（吐出量は約
２４ピコリットル）、固相上には直径約７０〜１００μ
ｍ程度のスポットを形成することができ、また液体が固
相表面に着弾したときの飛沫に由来するスポット（以降
「サテライトスポット」と称する）は目視では全く認め
られなかった。該固相上のマレイミド基と核酸プローブ
末端のＳＨ基との反応は、吐出される液体の条件にもよ
るが、室温（２５℃）下で３０分程度で完了する。なお
この時間は液体の吐出にピエゾジェットヘッドを用いた
場合と比較して短い。その理由は明らかでないが、バブ
ルジェット法ではその原理によりヘッド内の核酸プロー
ブを含む液体の温度が上昇し、その結果マレイミド基と
チオール基の反応効率が上昇して反応時間が短縮される
ものと考えられる。
濃度８μＭで含む、粘度や表面張力が前記した範囲内と
なるように調整した液体を、バブルジェットプリンタ
（商品名：ＢＪＣ６２０；キヤノン（株）社製、但し平
板に印字可能に改造したもの）を用いて、固相とバブル
ジェットヘッドのノズルの間隔を１．２〜１．５ｍｍ程
度に設定し、該ノズルから吐出させた場合（吐出量は約
２４ピコリットル）、固相上には直径約７０〜１００μ
ｍ程度のスポットを形成することができ、また液体が固
相表面に着弾したときの飛沫に由来するスポット（以降
「サテライトスポット」と称する）は目視では全く認め
られなかった。該固相上のマレイミド基と核酸プローブ
末端のＳＨ基との反応は、吐出される液体の条件にもよ
るが、室温（２５℃）下で３０分程度で完了する。なお
この時間は液体の吐出にピエゾジェットヘッドを用いた
場合と比較して短い。その理由は明らかでないが、バブ
ルジェット法ではその原理によりヘッド内の核酸プロー
ブを含む液体の温度が上昇し、その結果マレイミド基と
チオール基の反応効率が上昇して反応時間が短縮される
ものと考えられる。
【００３１】なお、マレイミド基とチオール基との組合
せを用いる場合、核酸プローブを含む溶液にチオジグリ
コールを含有させることが好ましい。チオール基は中性
及び弱アルカリ性条件下ではジスルフィド結合（−Ｓ−
Ｓ−）を形成し、二量体をなることがある。しかし、チ
オジグリコールを加えることで、二量体形成によるチオ
ール基とマレイミド基との反応性の低下を防ぐことがで
きる。
せを用いる場合、核酸プローブを含む溶液にチオジグリ
コールを含有させることが好ましい。チオール基は中性
及び弱アルカリ性条件下ではジスルフィド結合（−Ｓ−
Ｓ−）を形成し、二量体をなることがある。しかし、チ
オジグリコールを加えることで、二量体形成によるチオ
ール基とマレイミド基との反応性の低下を防ぐことがで
きる。
【００３２】固相表面へのマレイミド基の導入方法とし
ては、種々の方法が利用できるが、例えばガラス基板に
アミノシランカップリング剤を反応させ、次にそのアミ
ノ基と下記構造式で示されるＮ−（６−マレイミドカプ
ロイロキシ）スクシイミド（N-(6-Maleimidocaproylox
y）succinimide）を含む試薬（ＥＭＣＳ試薬：Ｄｏｊｉ
ｎ社製）とを反応させることで可能である。
ては、種々の方法が利用できるが、例えばガラス基板に
アミノシランカップリング剤を反応させ、次にそのアミ
ノ基と下記構造式で示されるＮ−（６−マレイミドカプ
ロイロキシ）スクシイミド（N-(6-Maleimidocaproylox
y）succinimide）を含む試薬（ＥＭＣＳ試薬：Ｄｏｊｉ
ｎ社製）とを反応させることで可能である。
【００３３】
【外４】
【００３４】またチオール基が結合した核酸プローブ
は、例えばＤＮＡ自動合成機を用いてＤＮＡを自動合成
する際に５’末端の試薬として５’−Ｔｈｉｏｌ−Ｍｏ
ｄｉｆｉｅｒＣ６（Glen Research社製）を用いる事に
より合成することができ、通常の脱保護反応の後、高速
液体クロマトグラフィーにより精製することで得られ
る。
は、例えばＤＮＡ自動合成機を用いてＤＮＡを自動合成
する際に５’末端の試薬として５’−Ｔｈｉｏｌ−Ｍｏ
ｄｉｆｉｅｒＣ６（Glen Research社製）を用いる事に
より合成することができ、通常の脱保護反応の後、高速
液体クロマトグラフィーにより精製することで得られ
る。
【００３５】（アミノ基とエポキシ基）固定化に利用す
る官能基の組合わせとしては、上記したチオール基とマ
レイミド基の組合わせ以外にも、例えばエポキシ基（固
相上）とアミノ基（核酸プローブ末端）の組合わせ等が
挙げられる。固相表面へのエポキシ基の導入は、例えば
エポキシ基を有するポリグリシジルメタクリレートを樹
脂からなる固相表面に塗布したり、エポキシ基を有する
シランカップリング剤をガラス製の固相表面に塗布して
ガラスと反応させる方法等が挙げられる。
る官能基の組合わせとしては、上記したチオール基とマ
レイミド基の組合わせ以外にも、例えばエポキシ基（固
相上）とアミノ基（核酸プローブ末端）の組合わせ等が
挙げられる。固相表面へのエポキシ基の導入は、例えば
エポキシ基を有するポリグリシジルメタクリレートを樹
脂からなる固相表面に塗布したり、エポキシ基を有する
シランカップリング剤をガラス製の固相表面に塗布して
ガラスと反応させる方法等が挙げられる。
【００３６】上記したように固相表面と一本鎖核酸プロ
ーブの末端とに互いに反応して共有結合を形成するよう
な官能基を導入した場合、該核酸プローブと固相とがよ
り強固に結合される。また該核酸プローブの固相との結
合部位を常に末端とすることができる為、各々のスポッ
トでの核酸プローブの状態を均一にすることができる。
その結果各々のスポットにおける核酸プローブと標的核
酸とのハイブリダイゼーションの条件が揃うこととな
り、より一層精度の向上した標的核酸の検出や塩基配列
の特定が可能となるものと考えられる。更に末端に官能
基のついた核酸プローブと固相とを共有結合させる事
は、非共有結合（例えば静電的な結合等）によって固相
上に固定した核酸プローブに比べ、配列や長さの違いに
よるプローブＤＮＡの結合量の差を生じることなく定量
的にプローブアレイを作製できる。更にまた核酸の塩基
配列部分が全てハイブリダイゼーション反応に寄与する
為、ハイブリダイゼーション反応の効率を著しく上昇さ
せる事ができる。また一本鎖核酸プローブの標的核酸と
のハイブリダイゼーションに関与する部分と固相との反
応に関与する官能基との間にリンカー部分として例えば
炭素数１〜７程度のアルキレン基を導入しておいても良
い。これによって固相に核酸プローブを結合させたとき
に該固相表面と該核酸プローブとの間に所定の距離を設
けることができ、核酸プローブと標的核酸との反応効率
のより一層の向上が期待できる。
ーブの末端とに互いに反応して共有結合を形成するよう
な官能基を導入した場合、該核酸プローブと固相とがよ
り強固に結合される。また該核酸プローブの固相との結
合部位を常に末端とすることができる為、各々のスポッ
トでの核酸プローブの状態を均一にすることができる。
その結果各々のスポットにおける核酸プローブと標的核
酸とのハイブリダイゼーションの条件が揃うこととな
り、より一層精度の向上した標的核酸の検出や塩基配列
の特定が可能となるものと考えられる。更に末端に官能
基のついた核酸プローブと固相とを共有結合させる事
は、非共有結合（例えば静電的な結合等）によって固相
上に固定した核酸プローブに比べ、配列や長さの違いに
よるプローブＤＮＡの結合量の差を生じることなく定量
的にプローブアレイを作製できる。更にまた核酸の塩基
配列部分が全てハイブリダイゼーション反応に寄与する
為、ハイブリダイゼーション反応の効率を著しく上昇さ
せる事ができる。また一本鎖核酸プローブの標的核酸と
のハイブリダイゼーションに関与する部分と固相との反
応に関与する官能基との間にリンカー部分として例えば
炭素数１〜７程度のアルキレン基を導入しておいても良
い。これによって固相に核酸プローブを結合させたとき
に該固相表面と該核酸プローブとの間に所定の距離を設
けることができ、核酸プローブと標的核酸との反応効率
のより一層の向上が期待できる。
【００３７】（リンカー）また、標的物質の検出を効果
的にする等の目的のために、基板とプローブの距離を変
化させるため、また、基板とプローブの官能基の選択肢
を広げるために、基板とプローブの間に適当なリンカー
物質を挿入しても良く、その際には当然のことながら、
基板とマーカー物質の間にもリンカー物質が挿入される
ことになる。そのような方法の代表例は、シランカップ
リング剤のリンカー物質と結合する官能基がアミノ基で
あり、リンカー物質の第一の末端の官能基がスクシイミ
ド基であり、第二の末端の官能基がマレイミド基であ
り、マーカー物質の官能基がチオール基である場合、ま
た、シランカップリング剤のリンカー物質と結合する官
能基がチオール基であり、リンカー物質の第一の末端の
官能基がマレイミド基であり、第二の末端の官能基がス
クシイミド基であり、マーカー物質の官能基がアミノ基
である場合をあげることができる。このような場合には
当然のことながら、シランカップリング剤の官能基とリ
ンカー物質の第一の末端の官能基が反応して結合し、ま
た、マーカー物質の官能基とリンカー物質の第二の末端
の官能基が反応して結合することになる。
的にする等の目的のために、基板とプローブの距離を変
化させるため、また、基板とプローブの官能基の選択肢
を広げるために、基板とプローブの間に適当なリンカー
物質を挿入しても良く、その際には当然のことながら、
基板とマーカー物質の間にもリンカー物質が挿入される
ことになる。そのような方法の代表例は、シランカップ
リング剤のリンカー物質と結合する官能基がアミノ基で
あり、リンカー物質の第一の末端の官能基がスクシイミ
ド基であり、第二の末端の官能基がマレイミド基であ
り、マーカー物質の官能基がチオール基である場合、ま
た、シランカップリング剤のリンカー物質と結合する官
能基がチオール基であり、リンカー物質の第一の末端の
官能基がマレイミド基であり、第二の末端の官能基がス
クシイミド基であり、マーカー物質の官能基がアミノ基
である場合をあげることができる。このような場合には
当然のことながら、シランカップリング剤の官能基とリ
ンカー物質の第一の末端の官能基が反応して結合し、ま
た、マーカー物質の官能基とリンカー物質の第二の末端
の官能基が反応して結合することになる。
【００３８】上記二例に用いられるリンカー物質として
は、片方の末端としてアミノ基と結合可能なスクシイミ
ド基、他方の末端としてチオール基と結合可能なマレイ
ミド基を有している物質を例としてあげることができ
る。そのような物質は、シグマアルドリッチジャパン
社、同仁化学株式会社から複数市販されているので、そ
れらを使用すればよいが、スクシイミド基、マレイミド
基共に加水分解されやすい官能基であるので、可能な限
り、分解速度が遅い物質が望ましく、市販されているも
ののなかでは、N-(6-マレイミドカプロキシ)スクシイミ
ド（EMCS 化合物ＩＩ）が望ましい例としてあげること
ができる。
は、片方の末端としてアミノ基と結合可能なスクシイミ
ド基、他方の末端としてチオール基と結合可能なマレイ
ミド基を有している物質を例としてあげることができ
る。そのような物質は、シグマアルドリッチジャパン
社、同仁化学株式会社から複数市販されているので、そ
れらを使用すればよいが、スクシイミド基、マレイミド
基共に加水分解されやすい官能基であるので、可能な限
り、分解速度が遅い物質が望ましく、市販されているも
ののなかでは、N-(6-マレイミドカプロキシ)スクシイミ
ド（EMCS 化合物ＩＩ）が望ましい例としてあげること
ができる。
【００３９】
【外５】
【００４０】本発明では固相基板のプローブ、あるい
は、マーカー物質に結合可能な官能基としてチオール基
と選択的に反応するマレイミド基をひとつの例としてあ
げているが、マーカー物質として、例えば、蛍光色素を
用いる場合、チオール基を有している蛍光色素で市販さ
れているものは皆無である。そのような場合には市販さ
れている蛍光色素を適宜化学修飾して用いることができ
る。例えば、アミノ基を結合した蛍光色素は数多く知ら
れており、市販されている。このアミノ基にN-スクシイ
ミジル-３-（２ピリジルジチオ）プロピオネート（SPDP
化合物ＩＩＩ）を結合し、その後、形成されたジスル
フィド（−ＳＳ−）結合を、例えば、ジチオスレイトー
ルで切断しチオール化して用いることができる。アミノ
基を結合した蛍光色素の例としては、5（and6）-〔｛N-
（5-アミノペンチル）アミノ｝カルボニル〕テトラメチ
ルローダミン（テトラメチルローダミン カダベリン
化学式ＩＶ）をあげることができる。
は、マーカー物質に結合可能な官能基としてチオール基
と選択的に反応するマレイミド基をひとつの例としてあ
げているが、マーカー物質として、例えば、蛍光色素を
用いる場合、チオール基を有している蛍光色素で市販さ
れているものは皆無である。そのような場合には市販さ
れている蛍光色素を適宜化学修飾して用いることができ
る。例えば、アミノ基を結合した蛍光色素は数多く知ら
れており、市販されている。このアミノ基にN-スクシイ
ミジル-３-（２ピリジルジチオ）プロピオネート（SPDP
化合物ＩＩＩ）を結合し、その後、形成されたジスル
フィド（−ＳＳ−）結合を、例えば、ジチオスレイトー
ルで切断しチオール化して用いることができる。アミノ
基を結合した蛍光色素の例としては、5（and6）-〔｛N-
（5-アミノペンチル）アミノ｝カルボニル〕テトラメチ
ルローダミン（テトラメチルローダミン カダベリン
化学式ＩＶ）をあげることができる。
【００４１】
【外６】
【００４２】一般的にプローブアレイにより標的物質を
検出、特には定量する際には、アレイの中に対照領域を
設けておき、そこに既知の濃度の標識モデルターゲット
を作用させて、その標識物質からの信号を対照として、
濃度未知の標的物質を定量する方法がしばしば用いられ
る。これと同様の目的で、あるいは絶対的なシグナル強
度の標準として、本発明のマーキング方法によりマーキ
ングした領域を用いることも可能である。
検出、特には定量する際には、アレイの中に対照領域を
設けておき、そこに既知の濃度の標識モデルターゲット
を作用させて、その標識物質からの信号を対照として、
濃度未知の標的物質を定量する方法がしばしば用いられ
る。これと同様の目的で、あるいは絶対的なシグナル強
度の標準として、本発明のマーキング方法によりマーキ
ングした領域を用いることも可能である。
【００４３】
【実施例】以下に実施例をあげて本発明を具体的に説明
する。
する。
【００４４】（実施例１） チオール基を有するマーカー物質の合成 反応容器に5（and 6）-〔｛N-（5-アミノペンチル）ア
ミノ｝カルボニル〕テトラメチルローダミン（テトラメ
チルローダミン カダベリン 化合物ＩＶ フナコシ薬
品株式会社） １ｍｇ（１．９５μｍｏｌｅ）を採り、
エタノール０．５ｍｌに溶解させた。ここに、別に０．
５ｍｌのエタノールに溶解させたN-スクシイミジル-3-
（2ピリジルジチオ）プロピオネート（SPDP 化合物Ｉ
ＩＩ 株式会社同仁化学研究所）を１．２ｍｇ（３．８
５μｍｏｌｅ）加え、室温下、撹拌しながら２時間反応
させた。薄層クロマトグラフィーで反応を確認した後、
シリカゲルクロマトグラフィー固相抽出管（SUPELCO LC
-SI シグマアルドリッチジャパン）により目的化合物
（化学式Ｖ）を精製した。このものはこれ以上の精製を
行うことなく次の反応に用いた。
ミノ｝カルボニル〕テトラメチルローダミン（テトラメ
チルローダミン カダベリン 化合物ＩＶ フナコシ薬
品株式会社） １ｍｇ（１．９５μｍｏｌｅ）を採り、
エタノール０．５ｍｌに溶解させた。ここに、別に０．
５ｍｌのエタノールに溶解させたN-スクシイミジル-3-
（2ピリジルジチオ）プロピオネート（SPDP 化合物Ｉ
ＩＩ 株式会社同仁化学研究所）を１．２ｍｇ（３．８
５μｍｏｌｅ）加え、室温下、撹拌しながら２時間反応
させた。薄層クロマトグラフィーで反応を確認した後、
シリカゲルクロマトグラフィー固相抽出管（SUPELCO LC
-SI シグマアルドリッチジャパン）により目的化合物
（化学式Ｖ）を精製した。このものはこれ以上の精製を
行うことなく次の反応に用いた。
【００４５】
【外７】
【００４６】化合物Ｖ全量をエタノール０．５ｍｌに溶
解させ、ここに、０．５ｍｌのエタノールに溶解したジ
チオスレイトール２ｍｇ（過剰量）を加え、室温下、撹
拌しながら２時間反応させた。薄層クロマトグラフィー
で反応を確認した後、上記シリカゲルクロマトグラフィ
ー固相抽出管により目的化合物（化合物ＶＩ）を精製し
た。原料が高価であること、収量、必要量共に少量であ
ることから、化合物ＶＩの合成の成否は実施例２におけ
る固相基板への結合の有無によって判断した。
解させ、ここに、０．５ｍｌのエタノールに溶解したジ
チオスレイトール２ｍｇ（過剰量）を加え、室温下、撹
拌しながら２時間反応させた。薄層クロマトグラフィー
で反応を確認した後、上記シリカゲルクロマトグラフィ
ー固相抽出管により目的化合物（化合物ＶＩ）を精製し
た。原料が高価であること、収量、必要量共に少量であ
ることから、化合物ＶＩの合成の成否は実施例２におけ
る固相基板への結合の有無によって判断した。
【００４７】
【外８】
【００４８】（実施例２） 化合物ＶＩの固相基板への結合 ２５．４ｍｍ×２５．４ｍｍ×０．５tの溶融石英基板
を１％の超音波洗浄専用洗剤ＧＰ-ＩＩ（ブランソン）
中で２０分間超音波洗浄した後、水道水で超音波洗浄、
流水洗浄を適宜行った。次に８０℃の１Ｎ ＮａＣｌ中
に２０分間浸漬し、流水（水道水）洗浄、超純水超音波
洗浄、流水（超純水）洗浄した。
を１％の超音波洗浄専用洗剤ＧＰ-ＩＩ（ブランソン）
中で２０分間超音波洗浄した後、水道水で超音波洗浄、
流水洗浄を適宜行った。次に８０℃の１Ｎ ＮａＣｌ中
に２０分間浸漬し、流水（水道水）洗浄、超純水超音波
洗浄、流水（超純水）洗浄した。
【００４９】減圧蒸留して精製したアミノシランカップ
リング剤（KBM-６０３ 化合物ＶＩＩ 信越化学工業株
式会社）を１％の濃度で含む水溶液を室温下、１時間撹
拌し、メトキシ基部分を加水分解させた。これはメーカ
ーの指示する方法であって、シランカップリング剤の取
り扱いにおいては一般的な方法である。次に上記基板を
洗浄後速やかに上記シランカップリング剤水溶液に室温
下、１時間浸漬し、流水（超純水）洗浄後、窒素ガスを
吹きつけて乾燥させ、次いで、１２０℃のオーブン中で
１時間加熱定着させた。
リング剤（KBM-６０３ 化合物ＶＩＩ 信越化学工業株
式会社）を１％の濃度で含む水溶液を室温下、１時間撹
拌し、メトキシ基部分を加水分解させた。これはメーカ
ーの指示する方法であって、シランカップリング剤の取
り扱いにおいては一般的な方法である。次に上記基板を
洗浄後速やかに上記シランカップリング剤水溶液に室温
下、１時間浸漬し、流水（超純水）洗浄後、窒素ガスを
吹きつけて乾燥させ、次いで、１２０℃のオーブン中で
１時間加熱定着させた。
【００５０】 （ＣＨ3Ｏ）3Ｓｉ（ＣＨ2）3ＮＨ（ＣＨ2）2ＮＨ2 （ＶＩＩ）
【００５１】冷却後、N-(6-マレイミドカプロキシ)スク
シイミド（EMCS 化合物ＩＩ）の０．３％溶液（エタノ
ール：ジメチルスルホキシド=１：１）に基板を室温
下、２時間浸漬し、反応させたのち、エタノール：ジメ
チルスルホキシド=１：１で１回、エタノールで３回洗
浄し、窒素ガスを吹きつけて乾燥させた。
シイミド（EMCS 化合物ＩＩ）の０．３％溶液（エタノ
ール：ジメチルスルホキシド=１：１）に基板を室温
下、２時間浸漬し、反応させたのち、エタノール：ジメ
チルスルホキシド=１：１で１回、エタノールで３回洗
浄し、窒素ガスを吹きつけて乾燥させた。
【００５２】実施例１の化合物ＶＩをサーマルジェット
プリンターで吐出するための溶媒、すなわち、グリセリ
ン７．５ｗｔ％、尿素７．５ｗｔ％、チオジグリコール
７．５ｗｔ％、一般式Ｉで示されるアセチレンアルコー
ル（例えば、商品名：アセチレノールＥＨ 川研ファイ
ンケミカル株式会社）１ｗｔ％を含む水溶液に、吸光度
が１．０になるように溶解させ、２ｍｌをサーマルジェ
ットプリンター（ＢＪＣ-６００Ｊ キヤノン株式会
社）のインクタンクに充填し、上記の基板上に吐出し
た。なお、使用したＢＪＣ-６００Ｊはガラス基板等に
吐出可能なように改造を施したものである。装置の仕様
上からは、吐出される液滴１滴の量は２４ｐｌで、この
条件では液滴１滴のしめるドットの直径は７０〜１００
μｍである。吐出密度は１２０ｄｐｉ（ドット／イン
チ）で、吐出した液滴の数は、５０×５０=２５００個
である。このように化合物ＶＩの溶液を吐出した基板
を、湿度１００％の保湿チャンバー内に室温下で１時間
反応させた後、流水（超純水）中で約３０秒洗浄した。
プリンターで吐出するための溶媒、すなわち、グリセリ
ン７．５ｗｔ％、尿素７．５ｗｔ％、チオジグリコール
７．５ｗｔ％、一般式Ｉで示されるアセチレンアルコー
ル（例えば、商品名：アセチレノールＥＨ 川研ファイ
ンケミカル株式会社）１ｗｔ％を含む水溶液に、吸光度
が１．０になるように溶解させ、２ｍｌをサーマルジェ
ットプリンター（ＢＪＣ-６００Ｊ キヤノン株式会
社）のインクタンクに充填し、上記の基板上に吐出し
た。なお、使用したＢＪＣ-６００Ｊはガラス基板等に
吐出可能なように改造を施したものである。装置の仕様
上からは、吐出される液滴１滴の量は２４ｐｌで、この
条件では液滴１滴のしめるドットの直径は７０〜１００
μｍである。吐出密度は１２０ｄｐｉ（ドット／イン
チ）で、吐出した液滴の数は、５０×５０=２５００個
である。このように化合物ＶＩの溶液を吐出した基板
を、湿度１００％の保湿チャンバー内に室温下で１時間
反応させた後、流水（超純水）中で約３０秒洗浄した。
【００５３】次に、後に示すDNAアレイの検出と条件を
同一とするために、上記基板をBSA（牛血清アルブミン
シグマアルドリッチジャパン）を２％の濃度で含む５
０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ=７．０、１Ｍ ＮａＣｌを
含む）に１時間浸漬した後、上記緩衝液で適宜洗浄し、
この状態でスライドグラス上に基板を置き、カバーガラ
スで覆って蛍光を観察した。使用した蛍光顕微鏡はECLI
PSE E800（株式会社ニコン）に２０倍対物レンズ（プ
ランアポクロマート）と蛍光フィルタ（Y-2E／C）をセ
ットしたものである。また、画像の取得はイメージイン
テンシファイヤー付きCCDカメラ（C2400-87浜松ホトニ
クス株式会社）と画像処理装置（Argus50浜松ホトニク
ス株式会社）を用いて行った。
同一とするために、上記基板をBSA（牛血清アルブミン
シグマアルドリッチジャパン）を２％の濃度で含む５
０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ=７．０、１Ｍ ＮａＣｌを
含む）に１時間浸漬した後、上記緩衝液で適宜洗浄し、
この状態でスライドグラス上に基板を置き、カバーガラ
スで覆って蛍光を観察した。使用した蛍光顕微鏡はECLI
PSE E800（株式会社ニコン）に２０倍対物レンズ（プ
ランアポクロマート）と蛍光フィルタ（Y-2E／C）をセ
ットしたものである。また、画像の取得はイメージイン
テンシファイヤー付きCCDカメラ（C2400-87浜松ホトニ
クス株式会社）と画像処理装置（Argus50浜松ホトニク
ス株式会社）を用いて行った。
【００５４】結果：サーマルヘッドで吐出した全てのド
ットから蛍光が観察された。蛍光強度の平均値はArgus5
0の感度設定HV=5.0 積算回数６４回で１６００であっ
た。また、ドットの直径は平均で約７０μｍであった。
対照実験として化合物ＶＩの代わりに同じ基本骨格でチ
オール基をもたない化合物ＩＶを用いて同様の実験を行
ったところ、その蛍光強度の平均値は１３０であった。
これによりチオール基を付与した蛍光色素をガラス基板
表面に結合できることが確認された。
ットから蛍光が観察された。蛍光強度の平均値はArgus5
0の感度設定HV=5.0 積算回数６４回で１６００であっ
た。また、ドットの直径は平均で約７０μｍであった。
対照実験として化合物ＶＩの代わりに同じ基本骨格でチ
オール基をもたない化合物ＩＶを用いて同様の実験を行
ったところ、その蛍光強度の平均値は１３０であった。
これによりチオール基を付与した蛍光色素をガラス基板
表面に結合できることが確認された。
【００５５】実施例３ マーキングを施したDNAアレイ基板の作製とハイブリダ
イゼーション 実施例２の方法を用いてマーキングを施したDNAアレイ
基板を作製した。DNAプローブの塩基配列と基板の作製
方法を以下に述べる。
イゼーション 実施例２の方法を用いてマーキングを施したDNAアレイ
基板を作製した。DNAプローブの塩基配列と基板の作製
方法を以下に述べる。
【００５６】図１は本実施例で作製したDNAアレイ上のD
NAプローブの塩基配列とその配置の概略を示したもので
ある。即ち配列番号１の塩基配列を有する一本酸核酸を
標的物質とし、該標的物質の塩基配列に対して完全相補
鎖を有するプローブ、該標的物質の塩基配列に対し、１
塩基ミスマッチ、２塩基ミスマッチ及び３塩基ミスマッ
チのプローブが各々基板上に配置されている。
NAプローブの塩基配列とその配置の概略を示したもので
ある。即ち配列番号１の塩基配列を有する一本酸核酸を
標的物質とし、該標的物質の塩基配列に対して完全相補
鎖を有するプローブ、該標的物質の塩基配列に対し、１
塩基ミスマッチ、２塩基ミスマッチ及び３塩基ミスマッ
チのプローブが各々基板上に配置されている。
【００５７】配列番号１：5'ＡＴＧＡＡＣＣＧＧＡＧＧ
ＣＣＣＡＴＣ3'
ＣＣＣＡＴＣ3'
【００５８】そして各番号のプローブスポットには各々
下記表１に示した様に各々の配列番号の塩基配列を有す
るプローブが配置されている。
下記表１に示した様に各々の配列番号の塩基配列を有す
るプローブが配置されている。
【００５９】
【表１】
【００６０】配列番号１は標的DNAの塩基配列、他の配
列は配列番号１の塩基配列に対して相補的であるが、各
配列番号に示した塩基配列の下線部を付した３つ塩基に
ついては、A、G、C、及びTのすべての組み合わせをもっ
たもの、すなわち、４3=６４通りの配列である。なお、
上記プローブの３塩基は、上記配列番号１の塩基配列に
付した下線部分に対応している。また図１に示した各プ
ローブアレイの塩基配列のNの部分はそれぞれプローブ
アレイの上辺外側に記載したようにＡ、Ｇ、ＣまたはＴ
に対応している。結果として、図１に示した基板上のス
ポットの内、No．４２が標的DNA配列に対して完全に相
補的なプローブで構成され、またNo．１０、２６、３
４、３８、４１、４３、４４、４６及び５８のスポット
が標的ＤＮＡ配列に対して１塩基ミスマッチのプローブ
で構成され、No．２、６、９、１１、１２、１４、１
８、２２、２５、２７、２８、３０、３３、３５、３
６、３７、３９、４０、４５、４７、４８、５０、５
４、５７、５９、６０、及び６２のスポットが標的ＤＮ
Ａ配列に対して２塩基ミスマッチのプローブで構成さ
れ、残りのスポットは標的ＤＮＡ配列に対して３塩基ミ
スマッチのプローブで構成されるものとなる。
列は配列番号１の塩基配列に対して相補的であるが、各
配列番号に示した塩基配列の下線部を付した３つ塩基に
ついては、A、G、C、及びTのすべての組み合わせをもっ
たもの、すなわち、４3=６４通りの配列である。なお、
上記プローブの３塩基は、上記配列番号１の塩基配列に
付した下線部分に対応している。また図１に示した各プ
ローブアレイの塩基配列のNの部分はそれぞれプローブ
アレイの上辺外側に記載したようにＡ、Ｇ、ＣまたはＴ
に対応している。結果として、図１に示した基板上のス
ポットの内、No．４２が標的DNA配列に対して完全に相
補的なプローブで構成され、またNo．１０、２６、３
４、３８、４１、４３、４４、４６及び５８のスポット
が標的ＤＮＡ配列に対して１塩基ミスマッチのプローブ
で構成され、No．２、６、９、１１、１２、１４、１
８、２２、２５、２７、２８、３０、３３、３５、３
６、３７、３９、４０、４５、４７、４８、５０、５
４、５７、５９、６０、及び６２のスポットが標的ＤＮ
Ａ配列に対して２塩基ミスマッチのプローブで構成さ
れ、残りのスポットは標的ＤＮＡ配列に対して３塩基ミ
スマッチのプローブで構成されるものとなる。
【００６１】これらローダミン標識モデル標的DNAを含
む６５種のDNAはすべて、ベックス株式会社から購入し
た。なお、プローブDNAに関しては基板に結合するため
に５’端にチオールリンカーを坦持させてある。チオー
ルリンカーを有するDNAの例を化合物ＶＩＩＩとしてあ
げた。ちなみに化合物ＶＩＩＩはモデル標的DNAに対し
て完全に相補的な塩基配列（No.42）を有するものであ
る。
む６５種のDNAはすべて、ベックス株式会社から購入し
た。なお、プローブDNAに関しては基板に結合するため
に５’端にチオールリンカーを坦持させてある。チオー
ルリンカーを有するDNAの例を化合物ＶＩＩＩとしてあ
げた。ちなみに化合物ＶＩＩＩはモデル標的DNAに対し
て完全に相補的な塩基配列（No.42）を有するものであ
る。
【００６２】
【外９】
【００６３】これら６４種類のDNAプローブと化合物Ｖ
Ｉを実施例２と同様な方法により、ガラス基板上に吐出
し反応させた。DNAプローブを吐出した際の濃度は１．
５ＯＤ／２ｍｌである。なお本実施例においては実際に
は、１種類のDNAプローブからなるスポットは８×８=６
４個のドットから形成される様に構成し、６４種のDNA
プローブが形成する四角形の外周部に化合物ＶＩのドッ
ト１０１（１個所８個×３２個所）を配置した（図２参
照）。ドットの径、ピッチ等は実施例２に準ずる。基板
は実施例２と同様に洗浄し、DNA等の表面への非特異的
吸着を防止するためにＢＳＡによるブロッキング処理を
行い、ハイブリダイゼーションに用いるリン酸緩衝液
（１０ｍＭ リン酸緩衝液 ｐＨ=７．０、５０ｍＭの
ＮａＣｌを含む）で洗浄し、その後ハイブリダイゼーシ
ョンを行った。
Ｉを実施例２と同様な方法により、ガラス基板上に吐出
し反応させた。DNAプローブを吐出した際の濃度は１．
５ＯＤ／２ｍｌである。なお本実施例においては実際に
は、１種類のDNAプローブからなるスポットは８×８=６
４個のドットから形成される様に構成し、６４種のDNA
プローブが形成する四角形の外周部に化合物ＶＩのドッ
ト１０１（１個所８個×３２個所）を配置した（図２参
照）。ドットの径、ピッチ等は実施例２に準ずる。基板
は実施例２と同様に洗浄し、DNA等の表面への非特異的
吸着を防止するためにＢＳＡによるブロッキング処理を
行い、ハイブリダイゼーションに用いるリン酸緩衝液
（１０ｍＭ リン酸緩衝液 ｐＨ=７．０、５０ｍＭの
ＮａＣｌを含む）で洗浄し、その後ハイブリダイゼーシ
ョンを行った。
【００６４】ハイブリダイゼーションは標的DNA（No.6
5）を５ｎＭの濃度で含む上記緩衝液２ｍｌを用い、ハ
イブリパック中で行った。基板を標的ＤＮＡ溶液と共に
ハイブリパック中に封じ、恒温槽内で75℃まで加熱し、
その後、45℃まで冷却し、その状態で１０時間放置し
た。
5）を５ｎＭの濃度で含む上記緩衝液２ｍｌを用い、ハ
イブリパック中で行った。基板を標的ＤＮＡ溶液と共に
ハイブリパック中に封じ、恒温槽内で75℃まで加熱し、
その後、45℃まで冷却し、その状態で１０時間放置し
た。
【００６５】次に、基板をハイブリパックから取り出
し、ハイブリダイゼーション用の緩衝液で洗浄し、実施
例２と同様の方法により蛍光を観察した。
し、ハイブリダイゼーション用の緩衝液で洗浄し、実施
例２と同様の方法により蛍光を観察した。
【００６６】結果：基板上の化合物ＶＩによるドットか
らは全ての位置において蛍光が観察された。その蛍光強
度の平均値は３９００（条件実施例２と同様、ただし、
Argus50の感度設定 HV=2.0）であった。また、DNAプロ
ーブのドットの占める部分からは１種類のDNAプローブ
が形成する６４個のドットから蛍光が観察された。その
位置は上記の化合物ＶＩによるドットからDNAプローブN
0.42であることが特定された。蛍光強度の平均値は１８
００（Argus50の感度設定 HV=５.0）であった。この結
果から本発明によるマーキング方法がDNAプローブアレ
イを用いた標的DNAの検出、定量に有効であることが示
された。また、本発明のマーキング方法によって得られ
るマーキング部位から得られる蛍光強度等の情報は、装
置等の条件が一定であればほぼ一定であるので、これを
標準の信号量として、サンプルからの信号量を補正する
ことが可能であることも示された。
らは全ての位置において蛍光が観察された。その蛍光強
度の平均値は３９００（条件実施例２と同様、ただし、
Argus50の感度設定 HV=2.0）であった。また、DNAプロ
ーブのドットの占める部分からは１種類のDNAプローブ
が形成する６４個のドットから蛍光が観察された。その
位置は上記の化合物ＶＩによるドットからDNAプローブN
0.42であることが特定された。蛍光強度の平均値は１８
００（Argus50の感度設定 HV=５.0）であった。この結
果から本発明によるマーキング方法がDNAプローブアレ
イを用いた標的DNAの検出、定量に有効であることが示
された。また、本発明のマーキング方法によって得られ
るマーキング部位から得られる蛍光強度等の情報は、装
置等の条件が一定であればほぼ一定であるので、これを
標準の信号量として、サンプルからの信号量を補正する
ことが可能であることも示された。
【００６７】
【発明の効果】本発明により固相基板のマーキングが可
能となった。また、本発明のマーキングを利用して、固
相プローブアレイを用いての標的物質を、簡便に、信頼
性良く検出することが可能となった。
能となった。また、本発明のマーキングを利用して、固
相プローブアレイを用いての標的物質を、簡便に、信頼
性良く検出することが可能となった。
【００６８】（配列表） 配列番号：１ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＡＴＧＡＡＣＣＧＧＡＧＧＣＣＣＡＴＣ
【００６９】配列番号：２ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＡＡＧＴＴＣＡＴ
【００７０】配列番号：３ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＡＧＧＴＴＣＡＴ
【００７１】配列番号：４ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＡＣＧＴＴＣＡＴ
【００７２】配列番号：５ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＡＴＧＴＴＣＡＴ
【００７３】配列番号：６ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＧＡＧＴＴＣＡＴ
【００７４】配列番号：７ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＧＧＧＴＴＣＡＴ
【００７５】配列番号：８ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＧＣＧＴＴＣＡＴ
【００７６】配列番号：９ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＧＴＧＴＴＣＡＴ
【００７７】配列番号：１０ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＣＡＧＴＴＣＡＴ
【００７８】配列番号：１１ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＣＧＧＴＴＣＡＴ
【００７９】配列番号：１２ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＣＣＧＴＴＣＡＴ
【００８０】配列番号：１３ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＣＴＧＴＴＣＡＴ
【００８１】配列番号：１４ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＴＡＧＴＴＣＡＴ
【００８２】配列番号：１５ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＴＧＧＴＴＣＡＴ
【００８３】配列番号：１６ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＴＣＧＴＴＣＡＴ
【００８４】配列番号：１７ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＡＣＴＣＴＴＧＴＴＣＡＴ
【００８５】配列番号：１８ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＡＡＧＴＴＣＡＴ
【００８６】配列番号：１９ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＡＧＧＴＴＣＡＴ
【００８７】配列番号：２０ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＡＣＧＴＴＣＡＴ
【００８８】配列番号：２１ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＡＴＧＴＴＣＡＴ
【００８９】配列番号：２２ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＧＡＧＴＴＣＡＴ
【００９０】配列番号：２３ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＧＣＧＧＴＴＣＡＴ
【００９１】配列番号：２４ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＧＣＧＴＴＣＡＴ
【００９２】配列番号：２５ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＧＴＧＴＴＣＡＴ
【００９３】配列番号：２６ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＣＡＧＴＴＣＡＴ
【００９４】配列番号：２７ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＧＣＣＧＴＴＣＡＴ
【００９５】配列番号：２８ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＣＣＧＴＴＣＡＴ
【００９６】配列番号：２９ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＣＴＧＴＴＣＡＴ
【００９７】配列番号：３０ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＴＡＧＴＴＣＡＴ
【００９８】配列番号：３１ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＴＧＧＴＴＣＡＴ
【００９９】配列番号：３２ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＴＣＧＴＴＣＡＴ
【０１００】配列番号：３３ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＧＣＴＣＴＴＧＴＴＣＡＴ
【０１０１】配列番号：３４ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＡＡＧＴＴＣＡＴ
【０１０２】配列番号：３５ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＡＧＧＴＴＣＡＴ
【０１０３】配列番号：３６ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＡＣＧＴＴＣＡＴ
【０１０４】配列番号：３７ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＡＴＧＴＴＣＡＴ
【０１０５】配列番号：３８ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＧＡＧＴＴＣＡＴ
【０１０６】配列番号：３９ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＧＧＧＴＴＣＡＴ
【０１０７】配列番号：４０ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＧＣＧＴＴＣＡＴ
【０１０８】配列番号：４１ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＧＴＧＴＴＣＡＴ
【０１０９】配列番号：４２ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＣＡＧＴＴＣＡＴ
【０１１０】配列番号：４３ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＣＧＧＴＴＣＡＴ
【０１１１】配列番号：４４ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＣＣＧＴＴＣＡＴ
【０１１２】配列番号：４５ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＣＴＧＴＴＣＡＴ
【０１１３】配列番号：４６ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＴＡＧＴＴＣＡＴ
【０１１４】配列番号：４７ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＴＧＧＴＴＣＡＴ
【０１１５】配列番号：４８ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＴＣＧＴＴＣＡＴ
【０１１６】配列番号：４９ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＣＣＴＣＴＴＧＴＴＣＡＴ
【０１１７】配列番号：５０ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＡＡＧＴＴＣＡＴ
【０１１８】配列番号：５１ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＡＧＧＴＴＣＡＴ
【０１１９】配列番号：５２ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＡＣＧＴＴＣＡＴ
【０１２０】配列番号：５３ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＡＴＧＴＴＣＡＴ
【０１２１】配列番号：５４ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＧＡＧＴＴＣＡＴ
【０１２２】配列番号：５５ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＧＧＧＴＴＣＡＴ
【０１２３】配列番号：５６ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＧＣＧＴＴＣＡＴ
【０１２４】配列番号：５７ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＧＴＧＴＴＣＡＴ
【０１２５】配列番号：５８ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＣＡＧＴＴＣＡＴ
【０１２６】配列番号：５９ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＣＧＧＴＴＣＡＴ
【０１２７】配列番号：６０ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＣＣＧＴＴＣＡＴ
【０１２８】配列番号：６１ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＣＴＧＴＴＣＡＴ
【０１２９】配列番号：６２ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＴＡＧＴＴＣＡＴ
【０１３０】配列番号：６３ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＴＧＧＴＴＣＡＴ
【０１３１】配列番号：６４ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＴＣＧＴＴＣＡＴ
【０１３２】配列番号：６５ 配列の長さ：１８ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成ＤＮＡ 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 ＧＡＴＧＧＧＴＣＴＣＴＴＧＴＴＣＡＴ
【図１】実施例２における標的DNA塩基配列とプローブ
塩基配列およびアレイ基板上での配置
塩基配列およびアレイ基板上での配置
【図２】実施例２における各DNAプローブ、もしくは、
マーキング物質のドットパターン図
マーキング物質のドットパターン図
１０１ プローブスポット １０３ マーカー化合物スポット
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成１２年４月２０日（２０００．４．２
０）
０）
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９０
【補正方法】変更
【補正内容】
【００９０】配列番号：23 配列の長さ：18 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成DNA 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 GATGGGGCTCGGGTTCAT
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９４
【補正方法】変更
【補正内容】
【００９４】配列番号：27 配列の長さ：18 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：他の核酸、合成DNA 配列の特徴：標的核酸検出用プローブ配列 配列 GATGGGGCTCCGGTTCAT
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 鈴木 智博 東京都大田区下丸子３丁目30番２号キヤノ ン株式会社内 Ｆターム(参考） 4B024 AA11 AA20 CA01 CA09 CA11 CA20 HA14 HA19 4B029 AA07 BB20 FA12 4B063 QA01 QA13 QQ42 QR32 QR35 QR41 QR46 QR48 QR51 QR56 QR63 QR66 QR84 QS02 QS34 QX02
Claims (59)
- 【請求項１】 標的物質に対して特異的に結合可能なプ
ローブが基板表面の第１の位置に結合されているプロー
ブ結合基板において、該第１の位置を特定可能な第２の
位置にマーカー物質が結合されていることを特徴とする
プローブ結合基板。 - 【請求項２】 該マーカー物質が色素である請求項１に
記載のプローブ結合基板。 - 【請求項３】 該マーカー物質が蛍光性物質である請求
項１に記載のプローブ結合基板。 - 【請求項４】 該マーカー物質が蛍光色素である請求項
２に記載のプローブ結合基板。 - 【請求項５】 該プローブが一本鎖核酸である請求項１
に記載のプローブ結合基板。 - 【請求項６】 該プローブが一本鎖DNAである請求項５
に記載のプローブ結合基板。 - 【請求項７】 該プローブが一本鎖RNAである請求項５
に記載のプローブ結合基板。 - 【請求項８】 該プローブが一本鎖PNA（ペプチド核
酸）である請求項５に記載のプローブ結合基板。 - 【請求項９】 標的物質に対して特異的に結合可能であ
り、且つ基板表面が担持している第１の官能基に対して
結合可能な第２の官能基を有するプローブを含む液を該
基板表面の第１の位置に供給し、該プローブを該基板表
面の第１の位置に結合させる工程を有するプローブ結合
基板の製造方法において、該第１の官能基と直接若しく
は間接的に結合可能な第３の官能基を有するマーカー物
質を含む液を該基板表面の第２の位置に供給し、該マー
カー物質を該基板表面の該第２の位置に結合させる工程
を有し、該第２の位置が該第１の位置を特定可能な位置
であることを特徴とするプローブ結合基板の製造方法。 - 【請求項１０】 該マーカー物質が色素である請求項９
に記載の製造方法。 - 【請求項１１】 該マーカー物質が蛍光性物質である請
求項９に記載の製造方法。 - 【請求項１２】 該マーカー物質が蛍光色素である請求
項１０に記載の製造方法。 - 【請求項１３】 該第１の官能基がマレイミド基であ
り、該第３の官能基がチオール基である請求項９記載の
製造方法。 - 【請求項１４】 該第１の官能基がチオール基であり、
該第３の官能基がマレイミド基である請求項９記載の製
造方法。 - 【請求項１５】 該第１の官能基がスクシイミド基であ
り、該第３の官能基がアミノ基である請求項９に記載の
製造方法。 - 【請求項１６】 該第１の官能基がアミノ基であり、該
第３の官能基がスクシイミド基である請求項９に記載の
製造方法。 - 【請求項１７】 該第１の官能基がイソシアネート基で
あり、該第３の官能基がアミノ基である請求項９に記載
の製造方法。 - 【請求項１８】 該第１の官能基がアミノ基であり、該
第３の官能基がイソシアネート基である請求項９記載の
製造方法。 - 【請求項１９】 該第１の官能基がクロライド基であ
り、該第３の官能基が水酸基である請求項９記載の製造
方法。 - 【請求項２０】 該第１の官能基がエポキシ基であり、
該第３の官能基がアミノ基である請求項９に記載の製造
方法。 - 【請求項２１】 該第１の官能基がカルボキシ基であ
り、該第３の官能基が水酸基である請求項９に記載の製
造方法。 - 【請求項２２】 該第１の官能基が水酸基であり、該第
３の官能基がカルボキシ基である請求項９に記載の製造
方法。 - 【請求項２３】 該プローブが一本鎖核酸である請求項
９に記載の製造方法。 - 【請求項２４】 該プローブが一本鎖DNAである請求項
２３に記載の製造方法。 - 【請求項２５】 該プローブが一本鎖RNAである請求項
２３に記載の製造方法。 - 【請求項２６】 該プローブが一本鎖PNA（ペプチド核
酸）である請求項２３に記載の製造方法。 - 【請求項２７】 該基板がガラス基板である請求項９に
記載の製造方法。 - 【請求項２８】 該基板が、該第１の官能基を一方の末
端に有するシランカップリング剤を他方の末端で結合し
たガラス基板である請求項２７に記載の製造方法。 - 【請求項２９】 該第１の官能基がチオール基である請
求項２８に記載の製造方法。 - 【請求項３０】 該第１の官能基がアミノ基である請求
項２８に記載の製造方法。 - 【請求項３１】 該第１の官能基がイソシアネート基で
ある請求項２８に記載の製造方法。 - 【請求項３２】 該第１の官能基がクロライド基である
請求項２８に記載の製造方法。 - 【請求項３３】 該第１の官能基がエポキシ基である請
求項２８に記載の製造方法。 - 【請求項３４】 該基板が、該第１の官能基を一方の末
端に有するシランカップリング剤を他方の末端で結合し
たガラス基板であり、且つ該マーカー物質は、該第１の
官能基と結合可能な第４の官能基を一端に有し、他端に
該第３の官能基と結合可能な第５の官能基を有するリン
カー物質を介在して該基板の表面に結合している請求項
２７に記載の製造方法。 - 【請求項３５】 該第１の官能基がアミノ基であり、該
第４の官能基がスクシイミド基であり、該第５の官能基
がマレイミド基であり、更に該第３の官能基がチオール
基である請求項３４に記載の製造方法。 - 【請求項３６】 該第３の官能基としてのチオール基
が、該マーカー物質前駆体のアミノ基に、N-スクシイミ
ジル-３-（２-ピリジルジチオ）プロピオネートを結合
し、その後、形成されたジスルフィド（−ＳＳ−）を切
断しチオール化することによって該マーカー物質に導入
されたものである請求項３５に記載の製造方法。 - 【請求項３７】 該第１の官能基がチオール基であり、
該第４の官能基がマレイミド基であり、該第５の官能基
がスクシイミド基であり、該第３の官能基がアミノ基で
ある請求項３４に記載の製造方法。 - 【請求項３８】 該リンカー物質が、N-(6-マレイミド
カプロキシ)スクシイミドである請求項３４に記載の製
造方法。 - 【請求項３９】 該リンカー物質を、一端に該第１の官
能基を有する基板の、該マーカー物質が供給されるべき
第２の位置に供給する工程；及び該リンカー物質が供給
された位置に該マーカー物質を供給する工程、を有する
請求項３４記載の製造法方法。 - 【請求項４０】 該マーカー物質の該基板表面への供給
が該マーカー物質を含む液体をインクジェット法によっ
て吐出させることによってなされる請求項９または３９
記載の製造方法。 - 【請求項４１】 該インクジェット法がサーマルジェッ
ト法である請求項４０に記載の製造方法。 - 【請求項４２】 該インクジェット法がピエゾジェット
法である請求項４０に記載の製造方法。 - 【請求項４３】 該マーカー物質を含む液体が、該液体
全量に対して尿素を５〜１０ｗｔ％、グリセリンを５〜
１０ｗｔ％、チオジグリコールを５〜１０ｗｔ％、及び
アセチレンアルコールを１ｗｔ％含んでいる請求項４０
に記載の製造方法。 - 【請求項４４】 該アセチレンアルコールが下記一般式
Ｉで示される構造を有するものである請求項４３に記載
の製造方法。 【外１】 （上記式（Ｉ）中Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は各々アルキル
基を表わし、ｍ及びｎは各々整数を表わし、ｍ＝ｎ＝
０、もしくは１≦ｍ＋ｎ≦３０であって、ｍ＋ｎ＝１の
場合はｍまたはｎが０である。） - 【請求項４５】 該第１の官能基がマレイミド基であっ
て、該第２の官能基がチオール基である請求項９記載の
製造方法。 - 【請求項４６】 該第１の官能基がエポキシ基であっ
て、該第２の官能基がアミノ基である請求項９記載の製
造方法。 - 【請求項４７】 該プローブを含む液を基板表面への供
給が該プローブを含む液体をインクジェット法によって
吐出させることによってなされる請求項９記載の製造方
法。 - 【請求項４８】 該インクジェット法がサーマルジェッ
ト法である請求項４７に記載の製造方法。 - 【請求項４９】 該インクジェット法がピエゾジェット
法である請求項４７に記載の製造方法。 - 【請求項５０】 該プローブを含む液体が、該液体に対
し尿素を５〜１０ｗｔ％、グリセリンを５〜１０ｗｔ
％、チオジグリコール５〜１０ｗｔ％、及びアセチレン
アルコールを１ｗｔ％含んでいる請求項４７記載の製造
方法。 - 【請求項５１】 該アセチレンアルコールが下記式
（Ｉ）で示される構造を有するものである請求項５０記
載の製造方法。 【外２】 （上記式（Ｉ）中 Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は各々アルキ
ル基を表わし、ｍ及びｎは各々整数を表わし、ｍ＝ｎ＝
０、もしくは１≦ｍ＋ｎ≦３０であって、ｍ＋ｎ＝１の
場合はｍまたはｎが０である。） - 【請求項５２】 基板表面の複数の位置に互いに独立し
ているプローブのスポットを有し、且つ該基板表面に該
スポットの位置を特定可能な様ににマーカー物質が付与
されていることを特徴とするプローブアレイ。 - 【請求項５３】 該マーカー物質が色素である請求項５
２に記載のプローブアレイ。 - 【請求項５４】 該マーカー物質が蛍光性物質である請
求項５２に記載のプローブアレイ。 - 【請求項５５】 該マーカー物質が蛍光色素である請求
項５３載のプローブアレイ。 - 【請求項５６】 該スポットがマトリックス状の配置さ
れており、該マーカー物質は該マトリックスの各行、及
び各列を特定可能な位置に付与されている請求項５２記
載のプローブアレイ。 - 【請求項５７】 サンプル中に含まれている可能性のあ
る標的物質に対して特異的に結合するプローブを基板上
に互いに独立した複数のスポットとして有し、且つ該基
板表面に該スポットの位置を特定可能な様にマーカー物
質が付与されているプローブアレイの各々のスポットと
該サンプルとを接触させ、何れかのスポットにおける該
プローブと該標的物質との反応物の有無を検出して該サ
ンプル中の該標的物質の有無を検出する方法であって、
該反応物の存在が検出された場合に、その反応物が存在
するスポットの位置の、該基板表面の該マーカー物質の
位置に基づいて特定する工程を有することを特徴とする
標的物質の検出方法。 - 【請求項５８】 サンプル中に含まれている一本鎖核酸
の塩基配列を特定する方法であって、該一本鎖核酸の予
想される複数の塩基配列の各々に対して相補的な塩基配
列を有するプローブを基板上に互いに独立した複数のス
ポットとして有し、且つ該基板表面に該スポットの位置
を特定可能な様にマーカー物質が付与されているプロー
ブアレイの各々のスポットと該サンプルとを接触させる
工程、及び該プローブと該標的物質との反応物が形成さ
れたスポットの位置を該基板上のマーカー物質の位置に
基づき特定する工程、を有することを特徴とするサンプ
ル中の一本鎖核酸の塩基配列の特定方法。 - 【請求項５９】 請求項５３に記載のプローブアレイを
用いた、これらプローブに特異的に結合可能な標的物質
の検出、定量方法を蛍光法により行うに際し、マーカー
物質から発生する蛍光を標準の蛍光量とする標的物質の
定量方法。
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