JP2000316577A - 成人発症ii型シトルリン血症の診断方法 - Google Patents
成人発症ii型シトルリン血症の診断方法Info
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Abstract
責任遺伝子中の変異を明らかにし、それによってCTLN2
を遺伝子検査等により簡便、確実に診断する方法を提
供。 【解決手段】 被検試料中のゲノミックDNA又はmR
NA又はcDNAについて、以下の少なくとも1つを調
べるCTLN2の診断方法。1)配列番号1で示される
SLC25A13 cDNAコード領域の851nt〜854ntの領域が欠失
する変異の存在。2)該コード領域の1177ntと1178ntの
間に対応する位置に存在する、SLC25A13遺伝子の第11
イントロンの5’末端のGがAに置換する変異の存在。
3)該コード領域の1638nt〜1660ntに相当する23 bpの
領域が、該コード領域の1637ntと1638ntの間又は1660nt
と1661ntの間のいずれかの部位に挿入される変異の存
在。4)該コード領域の674ntのCがAに置換する変異
の存在。5)該コード領域の1311ntと1312ntの間に対応
する位置に存在する、第13イントロンの5’末端のG
がAに置換する変異の存在。
Description
ルリン血症の診断方法並びにそれに用いられるプライマ
ー及びタンパク質に関する。
のシトルリン濃度及びアンモニア濃度が上昇し、嘔吐、
意識障害、けいれん等を発症する疾患であり、尿素サイ
クル酵素の1つであるアルギニノコハク酸合成酵素(AS
S)の異常に基づく疾患である。本願発明者らは、これま
でに170症例を超えるCTLNを解析し、酵素異常から3
型に、病因の違いから2病型に分類してきた。そのうち
I型とIII型は、染色体9q34に座位するASS遺伝子の異常
に起因する新生児小児発症の古典型シトルリン血症(CTL
N1)である。
症II型シトルリン血症(CTLN2)は、ASSの肝臓特異的欠損
を特徴とするが、ASS遺伝子には異常がなく、肝細胞中
のASSmRNAにも異常がないという特異な病因に起因する
疾患である。CTLN2は、意識障害及び昏睡を引き起こ
し、多くは発症2〜3年で死に至る。日本におけるCTLN
2の発症頻度は約10万人に1人であり、CTLN1よりも高
い。CTLN2が肝臓特異的疾患であることは、現在までに
9症例で行われた肝臓移植が良好な治療効果をあげてい
ることからも支持される。本願発明者らは、これまでに
118家系のCTLN2を経験し、そのうち23家系が血族
結婚由来であることから、CTLN2が常染色体劣性の遺伝
性疾患であることを報告してきた。しかしながら、その
責任遺伝子は全く不明であった。
析や膵臓分泌トリプシンインヒビター(PSTI)濃度の増加
等の生化学的マーカーを検査し、さらに肝組織における
ASS活性や蛋白の低下を測定することにより行われてい
る。しかしながら、生化学的検査や酵素学的解析は煩雑
で時間がかかるため、多数の検体を短時間で検査しなけ
ればならない臨床検査には必ずしも適してはおらず、ま
た、それだけで確定診断を行うことが困難である。も
し、CTLN2の責任遺伝子を明らかにすることができ、か
つ、CTLN2を引き起こす、責任遺伝子中の変異を明らか
にすることができれば、遺伝子検査により簡便、かつ、
確実にCTLN2を診断することができ、有利である。しか
も、CTLN2の診断のみならず、該遺伝子のキャリアの診
断も可能になる。また、もし、この責任遺伝子がタンパ
ク質をコードする構造遺伝子であり、CTLN2が該タンパ
ク質の異常により引き起こされるものであるならば、該
タンパク質を対象とした免疫測定等により簡便、かつ、
確実にCTLN2を診断することが可能になる。
は、CTLN2の責任遺伝子及びCTLN2を引き起こす、該責任
遺伝子中の変異を明らかにし、それによってCTLN2を遺
伝子検査等により簡便、かつ、確実に診断することがで
きる診断方法を提供することである。
が常染色体劣性の遺伝病であると考え、血族結婚由来の
CTLN2患者及び健常人のゲノミックDNAを用いて、ホ
モザイゴシティ・マッピング法により、CTLN2の遺伝子
座位を7番染色体上に見出し、これを基にゲノミックD
NAのポジショナルクローニングを行うことにより、CT
LN2の責任遺伝子と考えられる、染色体7q21.3に位置す
る新規な遺伝子を同定した。さらに、CTLN2患者及び健
常人の該遺伝子の塩基配列を決定することにより、CTLN
2患者にはホモ接合あるいは複合ヘテロ接合で含まれる
が、健常人にはホモ接合で含まれることがない5種類の
突然変異を見出し、該遺伝子がCTLN2の責任遺伝子であ
るという結論に達した。そして、これらの5種類の突然
変異を遺伝子検査により検出する方法を開発した。さら
に、該責任遺伝子がコードするタンパク質を発現させ、
該タンパク質を抗原とする抗体を作製した。
ックDNA又はmRNA若しくは該mRNAから合成さ
れるcDNAについて、下記(1)〜(5)の少なくとも1つ
を調べることを含む、成人発症II型シトルリン血症の診
断方法を提供する。 (1) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAコー
ド領域の851nt〜854ntの領域が欠失する変異がcDNA
若しくはmRNA中に存在しているか否か、又はゲノミ
ックDNA中に該変異に対応する変異が存在するか否
か。 (2) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の1177ntと1178ntの間に対応する位置に存在す
る、SLC25A13遺伝子の第11イントロンの5’末端のG
がAに置換する変異が存在するか否か。 (3) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の1638nt〜1660ntに相当する23 bpの領域が、
該コード領域の1637ntと1638ntの間又は1660ntと1661nt
の間のいずれかの部位に挿入される変異がcDNA若し
くはmRNA中に存在するか否か、又はゲノミックDN
A中に該変異に対応する変異が存在するか否か。 (4) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の674ntのCがAに置換する変異がcDNA若
しくはmRNA中に存在するか否か、又はゲノミックD
NA中に該変異に対応する変異が存在するか否か。 (5) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の1311ntと1312ntの間に対応する位置に存在す
る、SLC25A13遺伝子の第13イントロンの5’末端のG
がAに置換する変異が存在するか否か。
に用いられるプライマーを提供する。さらに、本発明
は、配列表の配列番号1に示される塩基配列を有するc
DNA若しくは上記(1)ないし(5)のいずれかの変異を含
むその変異体によりコードされるタンパク質、又は該タ
ンパク質の1若しくは複数のアミノ酸残基が欠失し若し
くは置換し、若しくは該タンパク質に1若しくは複数の
アミノ酸残基が付加され若しくは挿入された修飾タンパ
ク質であって、上記タンパク質に対する抗体と免疫反応
する修飾タンパク質並びに該タンパク質又は修飾タンパ
ク質をコードする核酸を提供する。
述するように、CTLN2が常染色体劣性の遺伝病であると
いうことに基づいて、血族結婚由来のCTLN2患者及び健
常人のゲノミックDNAを用いてホモザイゴシティ・マ
ッピング法によりCTLN2遺伝子座位を7番染色体上に見
出し、これを基にゲノミックDNAのポジショナルクロ
ーニングを行うことにより、CTLN2の責任遺伝子と考え
られる、染色体7q21.3に位置する新規な遺伝子を同定
し、そのcDNA配列を決定した。さらに、該cDNA
に対応するゲノミックDNA(イントロン領域を含む)
の塩基配列を決定した。そして、CTLN2患者にはホモ接
合又は複合ヘテロ接合で含まれるが、健常人にはホモ接
合で含まれることがない5種類の突然変異を見出した。
これにより、該遺伝子がCTLN2の責任遺伝子であり、該
5種類の突然変異がCTLN2の病因であることが明らかに
なった。該責任遺伝子を「SLC25A13」と命名し、該遺伝
子がコードするタンパク質を「シトリン」と命名した。
列を、これがコードするタンパク質(シトリン)の推定
アミノ酸配列と共に配列表の配列番号1に示す。以下、
本明細書において、塩基の位置は、他に断りがない限
り、配列番号1に示されるコード領域(配列番号1に示
される配列の第138番目のAから始まる)の第何番目
の塩基であるかにより表す。例えば、コード領域第1番
目の塩基であるAの位置は「1nt」、1000番目のC
の位置は、「1000nt」のように表す。該cDNAが由来
するゲノミックDNA中の遺伝子であるSLC25A13の塩基
配列を解析し、それと配列番号1に示すcDNA配列と
を比較することにより、cDNA配列中のエクソン−エ
クソン境界を決定した。その結果、SLC25A13は18個の
エクソン領域を有することが明らかになった。cDNA
中の各エクソン領域の位置を下記表1に示す。
に示す各エクソンの間に位置する。イントロンの番号
は、そのイントロンの直上流にあるエクソンの番号と同
じである。すなわち、例えば、第11イントロンは、表
1に示す第11エクソンと第12エクソンの間に位置
し、第13イントロンは、第13エクソンと第14エク
ソンの間に位置する。本発明に関連する各イントロンの
配列(又は部分配列)を配列番号2〜13に示す。すな
わち、配列番号2には、第7イントロンの3’末端側の
塩基配列(配列番号2に示される塩基配列の3’末端の
Gの直後に第8エクソンの5’末端のAが来る。以下同
様)を示す。配列番号3には、第8イントロンの塩基配
列を示す。配列番号4には、第9イントロンの5’末端
側の塩基配列(第9エクソンの3’末端のGの直後に配
列番号4に示される塩基配列の5’末端のGが来る。以
下同様)を示す。配列番号5には、第10イントロンの
3’末端側、配列番号6には、第11イントロンの5’
末端側、配列番号7には第15イントロンの3’末端
側、配列番号8には第16イントロン、配列番号9には
第17イントロンの5’末端側、配列番号10には第6
イントロンの3’末端側、配列番号11には第7イント
ロンの5’末端側、配列番号12には第12イントロン
の3’末端側、配列番号13には第13イントロンの
5’末端側の塩基配列をそれぞれ示す。
見出した、SLC25A13中の突然変異は次の5種類である。 (1) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の851nt〜854ntの領域が欠失する変異(以下、
この変異を「[I]851del4」と言うことがある)。 (2) SLC25A13の第11イントロンの5’末端のGがAに
置換する変異(以下、この変異を「[II]IVS11+1G>A」と
言うことがある)。 (3) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の1638nt〜1660ntに相当する23 bpの領域が、
該コード領域の1637ntと1638ntの間又は1660ntと1661nt
の間のいずれかの部位に挿入される変異(以下、この変
異を「[III]1638ins23」と言うことがある)。 (4) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の674ntのCがAに置換する変異(以下、この
変異を「[IV]S225X」と言うことがある)。 (5) SLC25A13の第13イントロンの5’末端のGがAに
置換する変異(以下、この変異を「[V]IVS13+1G>A」と
言うことがある)。
リンは、他のミトコンドリアキャリアファミリーと高い
ホモロジーを示し、ミトコンドリアの脂質二重膜を6回
貫通する構造を有し、ミトコンドリアの膜に存在してい
るものと考えられる。さらに、シトリンは特徴的なEF-h
andモチーフを4個有していることから、カルシウム依
存性のミトコンドリアキャリア蛋白であると推測され
る。シトリンの存在状態を図6に模式的に示す。上記
(1)〜(5)の突然変異のおよその位置も図6に併せて示さ
れている。
配列の第286番目のコドンの位置に停止コドンが導入
されるので、該変異遺伝子によりコードされるタンパク
質は、途中で切断された不完全なタンパク質となる。上
記(2)の変異はイントロン領域内に起きるものである
が、この変異が存在するとmRNA形成時のスプライシ
ングが異常となり、mRNAの第11エクソンが欠失
し、図6に示す膜貫通領域TM1とTM2の間の親水性ループ
内で、配列番号1に示す第340〜392コドンにより
コードされる53個のアミノ酸残基が欠失する。上記
(3)の変異が存在すると、第554コドンでフレームシ
フトが起き、第570コドンが停止コドンとなってこの
間に16個の正常とは異なるアミノ酸配列が存在するこ
ととなる。従って、この突然変異によれば、シトリンの
C末端部分が切断された不完全なタンパク質となる。上
記(4)の変異が存在すると、第225コドンが停止コド
ンとなり、該変異遺伝子によりコードされるタンパク質
は、途中で切断された不完全なタンパク質となる。上記
(5)の変異はイントロン領域内に起きるものであるが、
この変異が存在するとmRNA形成時のスプライシング
が異常となり、図6に示すTM2とTM3の間で27アミノ酸
残基(第411〜437コドン)が欠失する。このよう
に、上記突然変異(1)〜(5)のいずれが存在する場合で
も、変異SLC25A13によりコードされるシトリンは、正常
なシトリンとは構造が大きく異なったものとなる。
(5)の変異の少なくともいずれかを調べる。好ましく
は、被検試料中のSLC25A13が上記(1)〜(5)の変異を全く
有していないか、また、有しているとすれば(1)〜(5)の
どの変異を有しているのかを調べる。これらの変異は、
ゲノミックDNA又はcDNA若しくはmRNAのいず
れを調べることによってもその存在の有無を調べること
が可能である。上記変異(2)及び(5)は、イントロン領域
内の変異であるが、上記のように、該変異によりmRN
A及びそれに由来するcDNAの配列が正常のものとは
大きく異なるので、(2)及び(5)の変異もcDNA又はm
RNAを調べることによりその存在の有無を調べること
ができる。なお、CTLN2は肝臓特異的な疾患であるか
ら、cDNA又はmRNAを対象として検査を行うので
あれば被検試料としては肝細胞が必要となる。これに対
し、ゲノミックDNAを対象として検査を行うのであれ
ば、容易に採取できる末梢血細胞等から抽出されるゲノ
ミックDNAを用いることができるので、肝細胞を採取
する必要がなく、簡便で、患者の負担も小さいので好ま
しい。
及びゲノミックDNA中の、上記突然変異部位近傍のイ
ントロン配列並びに上記各突然変異の位置及び構造が明
らかにされたので、上記各突然変異の有無は、種々の常
法により容易に調べることができる。例えば、上記(1)
又は(3)の変異の有無を調べる場合には、変異を含むゲ
ノミックDNA又はcDNAの領域をPCRのような核
酸増幅法により増幅し、増幅断片を電気泳動にかけてバ
ンドのサイズを測定することにより行うことができる。
変異が存在すると、欠失又は挿入に起因して増幅核酸断
片のサイズが正常遺伝子の場合と比較して増減するの
で、増幅断片のサイズを調べることによりこれらの変異
の有無を調べることができる。また、cDNAについて
調べる場合には、この方法により上記(2)及び(5)の変異
の有無も調べることができる。また、ゲノミックDNA
について調べる場合、上記(2)、(4)又は(5)の変異は、
塩基の置換なので増幅断片の大きさは正常型も変異型も
同じであるが、いわゆる制限断片長多型(RFLP)の手法を
用いることにより容易に調べることができる。例えば、
上記(4)の変異の有無を調べる場合には、塩基の置換に
よりAluI部位(AGCT)が導入されるので、(4)の変異を含
む断片を核酸増幅法により増幅し、制限酵素AluIで消化
し、消化断片を電気泳動にかけてそのサイズを測定する
ことにより該変異の有無を調べることができる。正常型
の場合には、増幅断片は切断されず、変異型の場合には
増幅断片は、変異が存在する部位でAluIにより切断され
るので、正常型の増幅断片よりも小さな断片が2つ現れ
る。また、変異によって適当な制限酵素部位が導入され
ない場合には、増幅断片中にこのような制限酵素部位が
導入されるように、増幅プライマーの配列を意図的に変
えることができる。例えば、上記(2)の変異を検出する
場合に、リバース側のプライマーの3’末端を、鋳型D
NAと相補的なAではなく、Gとすることにより、変異
部位に正常型ではGGTC、変異型ではGATCの配列が導入さ
れる。GATCは、制限酵素Sau3AIにより切断されるので、
RFLPにより上記(4)と同様にして変異の有無を調べるこ
とができる。また、上記(5)の変異の有無は、リバース
側プライマーの3’末端を、鋳型DNAと相補的なAで
はなくCとすることにより、変異部位に正常型ではCTGC
GG、変異型ではCTGCAGの配列が導入されるので、制限酵
素PstIを用いたRFLPにより変異(5)の有無を容易に調べ
ることができる。さらに、正常型又は変異型のいずれか
一方とはハイブリダイズしない、又はハイブリダイズし
ても増幅が起きないプライマーを用いて、核酸増幅法を
行い、増幅が起きるか否かを指標として変異の有無を調
べることも可能である。例えば、ゲノミックDNAにつ
いて調べる場合、上記の(1)又は(3)の変異のように、欠
失又は挿入が起きる変異の場合には、変異の箇所とハイ
ブリダイズするプライマーを用いることができる。ま
た、変異の部分にハイブリダイズするプローブを用いた
サザンブロットやノーザンブロットにより変異の有無を
調べることも可能である。また、増幅断片の塩基配列を
直接決定することによって変異の有無を調べることも可
能である。
マーは、配列番号1に示すcDNA配列又は配列番号2
〜13のいずれかに示されるイントロン配列と相補的な
ものであり(イントロンとエクソンにまたがる領域と相
補的なものでもよい)、増幅すべき領域の両端にそれぞ
れハイブリダイズするものである。もっとも、完全な相
補性は必ずしも必要ではなく、配列特異的なハイブリダ
イズが可能であれば非相補的な塩基を含んでいてもよ
い。プライマーのサイズは、通常15塩基〜50塩基程
度、好ましくは20塩基〜40塩基程度であるがこれら
に限定されるものではない。
よりコードされるシトリンは、その構造が正常型シトリ
ンと大きく異なるので、シトリンを調べることにより、
上記変異の有無を調べることもできる。シトリンが変異
型であるか正常型であるかは、例えば免疫測定により簡
便かつ正確に調べることができる。変異型のシトリンと
のみ特異的に反応し、正常型のシトリンとは反応しない
モノクローナル抗体を用いることにより、変異型のシト
リンを特異的に検出することができる。このようなモノ
クローナル抗体は、変異型のシトリンを免疫原として用
いて常法によりモノクローナル抗体を作製し、正常型の
シトリンとは反応しないが変異型のシトリンとは反応す
るモノクローナル抗体を選択することにより得ることが
できる。免疫原として又はモノクローナル抗体のスクリ
ーニングに用いる変異型又は正常型シトリンは、本発明
により、そのcDNAの全塩基配列が明らかになってい
るので、常法に基づき、遺伝子工学的手法により、大量
に作製することが可能である。この具体的な一例が下記
実施例3に記載されている。なお、免疫原又はスクリー
ニング用のシトリンは、配列表の配列番号1に示される
塩基配列を有するcDNA若しくは上記(1)ないし(5)の
いずれかの変異を含むその変異体によりコードされるシ
トリンのみならず、該シトリンの1若しくは複数のアミ
ノ酸残基が欠失し若しくは置換し、若しくは該タンパク
質に1若しくは複数のアミノ酸残基が付加され若しくは
挿入された修飾シトリンであって、上記シトリンに対す
る抗体と免疫反応する修飾シトリンであってもよい。
説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定される
ものではない。
は、互いに関連していない血族結婚家族の18人の成人
発症患者(19〜48歳)から採集した(図2のa)。
なお、シトルリン血症の診断は確立された方法により行
った。127人の18〜55歳の無関係な健常者を対照
として用いた。
al., Science 236, 1567-1570(1987))によるゲノムス
クリーニング Research Genetics, Inc.から市販されているCHLC Huma
n Screening Set/Weber version 6からの391種のマ
イクロサテライトマーカーパネルを用いてスクリーニン
グを行った。高解像度ジェノタイピングのために、0.2
μMの蛍光標識[R110]-又は[R6G]-dUTPを含む混合物中
でPCRを行い、それぞれのPCR産物のサイズは、サ
イズ標準としてGeneScan-500[TAMRA]を用い、ABI310 Ge
netic Analyzer上でGeneScan 672を用いて解像した。PO
N1-192, PON2-148及びPDK4プロモーター領域は、確立さ
れた方法(Humbert, R., et al., Nature Genetics 3, 7
3-76(1993); Hegele, R.A. et al., J. Clin. Endocrin
ol. Metab. 82, 3373-3377(1997); Rowles, J. et al.,
J. Biol. Chem. 271, 22376-22382(1996))に従い、P
CRと制限酵素消化の組合せにより解析した。関係の統
計学的有意差を評価するために、2×2分割表χ2テス
トを用い、患者におけるホモ接合の百分率を無関係な対
照と比較した。P値はイェーツの修正により調整した。
nk Acc. #R55737)(以下、単にAcc #のみを記載したもの
は全てBenBankのAccession No.を意味する)を図3に示
すYACクローンにマッピングすることにより同定され
た。続いて常法によりcDNAライブラリースクリーニ
ング、RT-PCR及び5'-RACE実験を行うことにより、この
遺伝子の全長を単離した。遺伝子構造は、BACクローン
であるH GS025M02(Acc. #AC002540)及びH GS244B22 (Ac
c. #AC002450)からcDNA配列をゲノム配列と比べる
こと及びゲノミックDNAの逆PCRにより決定した。
これまでにこの遺伝子の18のエクソンが同定されてい
る。
〜-34nt(SLC25A13 mRNAのヌクレオチドは、開始コドン
のAを+1として示す))とプライマー10B(5'-tctgggcctc
agccaagtta-3', 928nt〜909nt)を用いてPCRにより増
幅された981 bpの断片(cDNAの5’側)をプローブ
として、ヒト多組織ノーザンブロット(Clontech #7760-
1)とハイブリダイズさせることによりSLC25A13 mRNAを
調べた。さらに、プライマー3'-F (5'-taggaagatcagccc
tggga-3')とプライマーEnd-B (5'-gcgcctctgaccattatgc
a-3')を用いたPCRにより増幅された934bpの断
片(SLC25A13の3'-非翻訳領域、2026nt〜2959nt)をプ
ローブとして用いて同じブロットにハイブリダイズさせ
た。aralar mRNA(del Arco, A. et al., J. Biol.Chem.
273, 23327-23334(1998))を検出するために、プライマ
ー5'F (5'-gagcacagcatggcggtca-3')とプライマー5'B
(5'-ctggagccagataggcctg-3')を用いて975bpの断
片(cDNAの5’側、15nt〜989nt)を増幅し、クロ
ーニング及び配列決定の後、これをプローブとして用い
た。
に際して、オリゴ(dT) 12-18及びM-MuLV逆転写酵素を用
いて肝臓RNAから1本鎖cDNAを合成した。増幅さ
れたcDNA断片をアガロースゲル上で分離し、抽出
し、TA-vector (Invitrogen社)を用いてクローニング
し、塩基配列を決定した。SLC25A13 mRNAのためには、
オリゴヌクレオチドプライマー5'-F、10B及びMF (5'-ga
acggattgctcctctgga-3', 871nt〜890nt)及び3'-B (5'-g
acagcactatcccagggct-3', 2055nt〜2036nt)を用いた。T
FPI-2 (Acc. #L27624), PON1 (Acc. #M63012), PON2 (A
cc. #AF001601), PDK4 (Rowles, J. et al., J. biol.
Chem. 271, 22376-22382(1996))及びDNCI1 mRNAの全コ
ード領域は、それぞれ適当なプライマーセットを用いて
増幅した。用いたプライマーセットは、それぞれ、5'-g
gacgccttgcccagcgggc-3'と5'-ccaatgatttgtttcctcatgct
g-3'、5'-cccccgaccatggcgaagct-3'と5'-tggcatgggtgca
aatcggt-3'、5'-cggagcgaggcagcgcgccc-3'と5'-agggccg
ttccttactggaa-3'、5'-atgaaggcggcccgcttcgt-3'と5'-a
gacccactttgatcccgtaaa-3'、及び5'-gagagaggaagtgatcg
ctc-3'と5'-acgctgagctctaggacaca-3'であった。
クソンに隣接するイントロンの配列に基づき、以下のオ
リゴヌクレオチドを合成した。IVS-6F (5'-ggagagtacaa
gttctggtc-3'), IVS-7B (5'-actagttgccttcttcaccc-
3'), IVS-7F (5'-tcactcattccagtgccttg-3'), IVS-9B
(5'-caatgccgcaaaggcaactg-3'), IVS-10F (5'-ttgggctg
tagcaatgtgcc-3'), IVS-11B (5'-ctagatgcctccagcctact
-3'), IVS-12F (5'-ctcctgaaacatcagtgatgc-3'), IVS-1
3B (5'-cctagtagactctgcccttg-3'), IVS-15F (5'-ggagc
agacatcttgcacac-3')及びIVS-17B (5'-ggagttgatacattc
tcatca-3')。それぞれの増幅されたゲノミックDNA断
片の塩基配列を直接決定し、又はTA-vectorにクローニ
ング後、塩基配列を決定した。
て、ホモ接合マッピングアプローチ(Lander, E.S., et
al.,上掲)を用いてCTLN2座をゲノム全体に渡って検索し
た。先ず、常染色体に沿って分散された合計332個の
遺伝マーカーを15人のCTLN2患者と15人の対照に対
して分析した(図1)。染色体7q21-q22上の2つのマー
カー(D7S821とD7S1799)が、それぞれ、15人の患者の
うち12人(80%)及び9人(60%)においてホモ
接合であり、これらのχ2値(P値)は、それぞれ13.4
(0.0004)及び12.2(0.0007)であった。
ホモ接合マッピングの結果を図1に示す。それぞれの多
型DNAマーカーについてのホモ接合の頻度のχ2解析
は、血族結婚家族(図2参照)からの18人のCTLN2患
者のうち、AP-9、AP-69及びAP-80を除いた15人と、1
5人の無関係な対照との間で行った。対照と比較して高
い患者のホモ接合百分率は、各染色体を示す線の右側に
χ2値をプロットした。用いたマーカーの相対位置は、
センチモルガン(cM)単位で各遺伝的距離を示した。染色
体7q21-q22上の2つのマーカー(D7S821及びD7S1799)
は、15人の患者のうち、それぞれ12人(80%)及
び9人(60%)がホモ接合であり、それらのχ2値
(P値)は、それぞれ13.4 (0.0004)及び12.2 (0.0007)
であった。患者と対照との間の観察された差異により、
CTLN2遺伝子は、D7S2212 (χ2=2.78,P=0.039)の先端部
領域及びD7S22847(χ2=1.29, P=0.45)の忌憚部領域内に
存在するかもしれないことが示唆された。18人のCTLN
2患者と118人の対照とを調べると、他の常染色体上
では、D19S586もまた非常に有意であった(χ2=11.8, P=
0.0017)。しかしながら、D19S586に1cM以内の距離で隣
接する3つのさらなるマーカー、すなわち、D19S413(χ
2=0.50, P=0.57)、D19S204(χ2=1.65, P=0.26)及びD19S
583(χ2=4.04, P=0.062)では、有意な結果は検出されな
かった。
のCTLN2遺伝子座をより正確に特定するために、16個
のマイクロサテライトマーカー及び3個の遺伝子(PON1,
PON2及びPDK4)(Humbert et al., 上掲;Hegele,R.A. e
t al.,上掲;Rowles J. et al.,上掲)中の多型を用い
て、18人の患者及び120人の対照全部を解析した。
3つのマーカー(D7S527, D7S1812及びD7S821)のホモ接
合の割合がχ2及びP値の両者とも、有意に高かった
(図2)。さらに、D7S1812は、18人の全てのCTLN2患
者においてホモ接合であった。これらの18人のCTLN2
患者のうち、13人(72%)において290bpのD7
S1812対立遺伝子のホモ接合が観察され、これは116
人の対照のうちの24人(21%)と比較して有意に高
かった(χ2=20.7, P<0.0001)。281bpのD7S1812対
立遺伝子のホモ接合は、18人の患者のうち5人(28
%)、116人の対照のうち11人(9.5%)で観察さ
れ、これの有意性はより低かった(χ2=4.96、P=0.04
2)。全てのCTLN2患者のハプロタイプを比較すること及
び対照と比較した対立遺伝子頻度に基づき、CTLN2遺伝
子座の最も可能性の高い部位は、D7S527とD7S821の間で
D7S1812に近い、7q21.3であると推定した(各マーカー
の位置については図3参照)。さらに、ハプロタイプの
解析により、5種類の異なる疾患遺伝子担持染色体が存
在する可能性が示された(図2のb)。
N2患者及び対応するハプロタイプ(b)のリストを示す。
図2のaにおいて、「いとこ」は、両親の血縁の程度を
示す。「Cit」及び「Arg」は、それぞれ血清中のシトル
リン及びアルギニン濃度を示し、Thr/Serは血清中のス
レオニン/セリンの比率を示す。sPSTI及びhPSTIは、そ
れぞれ血清中及び肝臓中のPSTI濃度を示す。肝臓ASS(hA
SS)は、対照に対する%で示されている。括弧内の各数
字は「平均±標準偏差」を示す(Kobayashi, K.,et al.,
Hepatology 25, 1160-1165(1997))。「n.t.」は測定し
なかったことを意味する。図2のbにおいて、D7S2212な
いしD7S1799からの各マーカーが、図の左側に、染色体7
q21-q22領域を含むジェノミックインターバルの動原体
側末端(上)からテロメア側末端(下)に向かう物理マ
ッピングの順に示されている。括弧内の数字は、対照の
ホモ接合(ホモ接合/測定した人数)を示す。各患者がホ
モ接合であったマーカーのストレッチを淡灰色のシェー
ディングで示す。また、図2のbにおいて、PON1の行の
RとQ、PON2の行のAとGは、それぞれにPON1の192
番目、PON2の148番目のアミノ酸であり、PDK4の行の
CC, CTやTTは、それぞれにPDK4遺伝子の5’上流の-154
番目(C又はT)と-209番目(C又はT)の塩基に相当
するものである。患者では、3つのマーカーが、χ2及
びP値の両者ともにおいて、ホモ接合の割合が有意に高
かった。すなわち、χ2及びP値がそれぞれ42.1及び8.7
x 10-11であるD7S527、25.8及び3.9x10-7であるD7S181
2、並びに25.7及び3.9x10-7であるD7S821である。共通
のハプロタイプに基づき5つの異なるグループ(I/I, II
/II, III/III, I/IV及びI/V)に分けることが可能であ
り、このことは、図6に示すように5つの異なる疾患遺
伝子担持染色体の存在を示している。
うとする努力において、7q21.3領域から少なくとも17
個の遺伝子が同定された(図3)。PDK4、TFPI-2及びPO
N遺伝子がCTLN2の位置的(及び機能的)候補であった
が、これらのコード領域の塩基配列を決定したところ、
突然変異は見つからなかった。D7S1812を包含する直近
領域における遺伝子同定実験により、中間鎖ダイニン遺
伝子(DNCI1) 及びこれまでに特徴づけられていない遺伝
子の存在が示された。DNA配列決定及び解析、ESTマ
ッピング、並びにcDNAライブラリースクリーニング
及び特徴付けを組み合わせることにより、後者の遺伝子
(SLC25A13と命名)が18個のエクソンを有し、約200
kbのDNAから成ることを決定した。この遺伝子はま
た、D7S1812マーカーを包含し(図3)、突然変異スク
リーニングにより究極的にこれがCTLN2遺伝子であるこ
とが同定された。
理的地図を示す。7q21.3をカバーするYACコンティグ及
びこの染色体バンド内の公知の遺伝子が示されている。
既知の場合には、5’から3’への遺伝子の転写方向が
矢印で示されている。この研究に用いた遺伝マーカー
を、YACコンティグ内での位置により決定された順に、
黒丸を付して示す。3つのさらなる遺伝マーカー(D7S15
13, D7S2430及びD7S1849)も白丸を付して示す。CTLN2の
責任遺伝子をSLC25A13として示す。分析した全ての患者
においてホモ接合であったD7S1812は、SLC25A13のエク
ソン15及び16の間に位置する。YACクローンは、公
知の染色体7−特異的YACライブラリーからのものであ
る。
長は3135bpであり、予想されるオープンリーディ
ングフレーム(ORF)は2025bpであることがわかっ
た。推定的ATG翻訳開始部位の近傍のDNA(ggcgaatcat
gcg)は、Kozakコンセンサス配列(Kozak, M., Mamm. Gen
ome 7, 563-574(1996))にとって必須的な-3プリンと+4
グアニン残基を有する。
ン」と命名した推定タンパク質は、675個のアミノ酸
残基から成り、約74 kDaの分子量を有する(図4)。C
末端領域は、ミトコンドリア溶質キャリアファミリー(K
uan, J. Crit. Rev. Biochem.Mol. Biol. 28, 209-233
(1993))と相同性(20〜30%のアミノ酸が一致)を
有する。N末端領域は、カルシウム結合タンパク質にお
いて保存されている4つの推定的EF-hand領域(Kawasak
i, H. et al., Protein Profile 1, 343-517(1994))を
有する。シトリンの全体的な構造は、カルシウムに結合
するミトコンドリアキャリアスーパーファミリー(del A
rco, A. et al.,上掲)のメンバーであるアララー、及び
C. elegansタンパク質(Q21153)とそれぞれ77.8%及び53.
7%の相同性を有する。シトリンをアララー及びQ21153タ
ンパク質と整列させることにより、N末端及びC末端の
各末端近傍の領域を除き、配列が高度に保存されている
ことが明らかになった(図4)。これらの配列特徴は、
アララーと同様、シトリンもまたミトコンドリアの膜中
に位置し、カルシウム依存性ミトコンドリア溶質キャリ
ア(del Arco, A. et al.,上掲)として機能しているかも
しれないことを示唆している。
較を示す。シトリン(SLC25A13タンパク質)と、アララー
(SLC25A12タンパク質)と、C. elegans Q21153タンパク
質の推定アミノ酸配列を比較を示す。アミノ酸の同一及
び保存を、それぞれ黒又は斑点で強調してある。シトリ
ンは、4つの推定的EF-hand領域を有し(第28〜3
9、66〜77、100〜111、171〜182残
基)、これらはカルシウム−結合タンパク質において保
存されている(Kawasaki, H. et al., Protein Profile
1, 343-517(1994))。典型的なミトコンドリアキャリア
シグネチャーであるGX3GX8PX(D/E)X(I/L/V)(K/R)X(R/K)
XQX20-30GX4(Y/W)(R/K)GX9PがシトリンのC末端側半分
の領域中に観察され(第335〜403、435〜49
5及び527〜591残基)、米印で記す。他のミトコ
ンドリア溶質キャリアファミリーの他のメンバーと同様
に、シトリンは、約100残基の長さの繰り返し配列を
含む。それぞれの繰り返し領域は、2つの膜貫通領域(T
M)を含む。第1の領域は、より疎水性で、保存されたグ
リシン及びプロリン残基を有し、第2の領域は、より親
水性で、非常に保存された親水性残基を規定された位置
(Kuan, J. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 28, 209-2
33(1993))に有する。機能領域は、EF-hand及びTMらせん
をそれぞれ示す、黒塗り及び白抜きの箱で示す。C末端
側の3領域構造のそれぞれの3つの繰り返し領域内のTM
らせんのそれぞれの対は、それらを結ぶ線で示す。
ロット解析により、SLC25A13 cDNAの異なる領域からの
プローブが、調べたほとんどの組織において約3.4 kbの
主なハイブリダイゼーションバンドを検出することが示
された(図5のa)。肝臓内での発現レベルが最も高い
という観察は、この遺伝子が肝臓特異的CTLN2に関係し
ていることと一貫している。比較的普遍的なSLC25A13の
発現とは対照的に、3.3kbと2.8 kbに2つの主なバンド
を有し、6.6 kbに弱いバンドを有するアララーのmRN
Aは、心臓、脳及び骨格筋においてよく発現されるが、
肝臓においては発現されない(図5のb)。
す。図5に示すヒト組織からのpoly(A)+RNA(2μg)を
含むノーザンブロットを、SLC25A13-特異的プローブ
(コード領域の5’側)(a)、アララー−特異的プロー
ブ(コード領域の5’側)(b)、及びβ−アクチン−特
異的プローブ(c)と連続的にハイブリダイズさせた。H
は心臓、Bは脳、Plは胎盤、Luは肺、Liは肝臓、
Skは骨格筋、Kは腎臓、Paは膵臓を意味する。β−
アクチンmRNAは、内部対照として検出した。SLC25A
13 mRNA(3.4 kb)とは対照的に、アララー(SLC25A12)の
発現は肝臓では観察されず、心臓、脳及び骨格筋におい
て、3.3 kbと2.8 kbのサイズの2つの主なバンドが観察
された。これらより弱いが、明らかに特異的なハイブリ
ダイズを示す、約6.6 kbのサイズのバンドも観察され
た。
族結婚CTLN2患者のSLC25A13中に、5つの異なる突然変
異(最初に図2のbに示すハプロタイプによって定義さ
れた[I]〜[V]と命名)が同定され、これらがCTLN2の病
因であることが確認された。このように、個々の突然変
異は、上記CTLN2患者からのゲノミックDNA中に検出
された。発見された突然変異は、[I]フレームシフト及
び停止コドンの導入をもたらす4bpの欠失、[II]TM1
及びTM2領域の間のループを欠失させる置換、[III]停止
突然変異をもたらす23bpの挿入、[IV]ナンセンス変
異をもたらす置換、[V]エクソン13の欠失を引き起こ
す置換を包含する(図6)。
び突然変異の推定トポロジカルモデルを示す。これはア
ミノ酸配列(図4)に基づいて推定される、ヒトシトリ
ンの模式図であり、SLC25A13の突然変異[I-V]により引
き起こされる変異のおよその位置が示されている。
イプ(図2のb)を説明する独立した突然変異の同定に
より、CTLN2が単一の遺伝子により引き起こされること
が強く示唆される。血族結婚の両親から生まれた18人
の患者のうち、15人までがそれぞれの突然変異につい
てホモ接合であった。驚くべきことに、3人の患者は、
血族結婚の両親から生まれたにも関わらず、複合ヘテロ
接合であった。このことは、日本人の間でこの疾患の発
生率が高いこと及び/又は表現率が低いことを示唆して
いる。非血族結婚の患者10人全員にも、上記したのと
同じ突然変異が観察された。さらに、127人の無関係
な対照の中では、ただ一人のみがS225X配列変異を有し
ており、このヒトはおそらくこの疾患のキャリアである
(この観察は、日本人の中でCTLN2のキャリアの頻度が1
/150ないし1/200であるとの予想と一致する)。
用いた突然変異の検出 健常人又はCTLN2患者の末梢血リンパ球より、常法によ
りゲノミックDNAを抽出した。これを鋳型として、以
下の各変異検出用のプライマーセットを用い、常法に基
づきPCRにより核酸断片を増幅した。
3')(配列番号3の5’末端から166番目〜188番目の塩基
配列) リバース側:Ex-9B (5'-tcttccagaggagcaatccg-3')(配
列番号1のコード領域の874nt〜893ntとハイブリダイ
ズ)
3')(配列番号1のコード領域の1137nt〜1157nt) リバース側:IVS-11Bm2 (5'-aggtattgagcatgtggcactg-
3')(配列番号6の5’末端から3番目〜24番目の塩基
配列とハイブリダイズ(ただし、該プライマーの3’末
端は非相補的))
3')(配列番号7の5’末端から160番目〜配列番号1の
cDNAのコード領域の1592ntの塩基配列) リバース側:Ex-16B (5'-gcagtctatcactccgctgt-3')
(配列番号1のcDNAのコード領域の1676nt〜1695nt
とハイブリダイズ)
(配列番号10の5’末端から72番目〜91番目の塩
基配列) リバース側:ISV-7B (5'-actagttgccttcttcaccc-3')
(配列番号11の5’末端から57番目〜76番目の塩
基配列とハイブリダイズ)
(配列番号1のコード領域の1231nt〜1250ntの塩基配列) リバース側:IVS-13Bm (5'-gaagagagcttcaaaaggtacttc-
3')(配列番号13の5’末端から2番目〜26番目の
塩基配列とハイブリダイズ(ただし、該プライマーの
3’末端は非相補的)
マーセットを用いたPCRにより増幅後、増幅産物を直
接アガロースゲル電気泳動にかけた。その結果、正常型
遺伝子の場合には、82bpの増幅断片が検出され、
(1)の変異を有する変異型遺伝子の場合には、78bp
の増幅断片が検出された。
マーセットを用いたPCRにより増幅後、Sau3AIで消化
し、消化産物をアガロースゲル電気泳動にかけた。その
結果、正常型遺伝子の場合には、65bpの増幅断片が
検出され、(2)の変異を有する変異型遺伝子の場合に
は、42bpと23bpの2つの増幅断片が検出され
た。
マーセットを用いたPCRにより増幅後、増幅産物を直
接アガロースゲル電気泳動にかけた。その結果、正常型
遺伝子の場合には、123bpの増幅断片が検出され、
(3)の変異を有する変異型遺伝子の場合には、146b
pの増幅断片が検出された。
マーセットを用いたPCRにより増幅後、AluIで消化
し、消化産物をアガロースゲル電気泳動にかけた。その
結果、正常型遺伝子の場合には、57bpと369bp
の2つの増幅断片が検出され、(4)の変異を有する変異
型遺伝子の場合には、57bp、214bpと155b
pの3つの増幅断片が検出された。
マーセットを用いたPCRにより増幅後、PstIで消化
し、消化産物をアガロースゲル電気泳動にかけた。その
結果、正常型遺伝子の場合には、106bpの増幅断片
が検出され、(2)の変異を有する変異型遺伝子の場合に
は、80bpと26bpの2つの増幅断片が検出され
た。
p)、C-half(1188 bp)、Full-length(2044 bp)、C
末端膜外部(201 bp)の4種類を作成した。ヒト肝細胞
より抽出したmRNAを用いて、First Strand cDNA Synthe
sis Kit(Pharmacia Biotech社)により、cDNAを合成し
た。そのcDNAを鋳型にして、以下のprimerを用いて RT
-PCRを行なった。プライマーの組み合わせは、N-half:
ORF-1FN(5'-taggatccgatggcggccgccaaggtg-3')とORF-1B
(5'-tcggatccaatgtctgctaaggtcgtc-3')、C-half:ORF-
2F (5'-tgcatatgaccttagcagacattgaa-3')とORF-2B (5'-
tcggatcctatgggcctccaccaa-3') 、Full-length:ORF-1F
NとORF-2B、C末端膜外部:Ex17F (5'-caagcttcatatggga
tcagagccagttcc-3')とORF-2Bであり、下線部分はCitrin
cDNAの塩基配列を示す。PCRの条件 は、すべて1cycl
e(94℃、5分)、30 cycle(94℃、1分; 58℃、1
分; 72℃、 4分)、1cycle(72℃、20分)で行なっ
た。PCR-productは1%agarose S gel(ニッポンジーン
社)を用いて電気泳動を行ない、目的のバンドを切りだ
し、QIAEX II(QIAGEN社)によりDNAをゲルから抽出し
た。目的DNAはTA vector(Invitrogen社)に組み込み、
クローニングした。Positive cloneの選別後、それぞれ
のプラスミドを適切な制限酵素で切断した。得られたイ
ンサートDNAをそれぞれ対応する制限酵素で切断したpET
-15b vector(Novagen社)に組み込んで、クローン化し
た。N-halfおよびFull-lengthにはBamHI、C-halfならび
にC末端膜外部にはNdeIとBamHIが用いられた。目的DNA
をpET-15bに挿入したplasmidをBL21(DE3)細胞にtransfo
rmし、培養菌液のOD600nmが0.5-0.6付近になった時点
で、終濃度0.4 mM のIPTGを添加後、さらに4時間培養
することにより蛋白発現を行なった。得られた菌体を5,
000g、20分、4℃の遠心で集めた。その沈殿を20 mM Tri
s-HCl(pH8.0)、1 mM DTT、1% Triton X-100溶液に懸
濁し、凍結融解を3回行ない、5,000g、20分、4℃で遠
心した。その沈殿を8M Urea存在下0.1 M Tris-HCl(pH
8.0)に溶解し、His-Tag SystemのNi-columnにアプライ
後、8 M Urea存在下0.1 M Imidazole、0.5 M NaCl、20
mM Tris-HCl(pH8.0)溶液を用いて目的蛋白を溶出し、
精製を行なった。目的蛋白を含む画分は終濃度10%のト
リクロロ酢酸により濃縮し、その最終沈殿は100%エタノ
ールで2回洗浄した後、-20℃で保存した。
μlの8M Urea存在下20mM Tris-HCl(pH8.0)で溶解
し、同量のTiterMax Gold(CytRx社)を加えて超音波処
理により混合し、その混液をウサギに注射した。1回目
の免疫から3週間後、同様の方法で2回目の免疫を行な
い、ELISA法により抗体の力価を測定した。最初の免疫
から4週間後に3回目の免疫を実施し、その1週間後に
全採血を行ない、抗血清を得た。
査又は免疫測定により、簡便、かつ確実に診断できるよ
うになった。
図である。
対応するハプロタイプ(b)のリストを示す図である。
地図を示す図である。
である。
ある。
の推定トポロジカルモデルを示す図である。
Claims (10)
- 【請求項1】 被検試料中のゲノミックDNA又はmR
NA若しくは該mRNAから合成されるcDNAについ
て、下記(1)〜(5)の少なくとも1つを調べることを含
む、成人発症II型シトルリン血症の診断方法。 (1) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAコー
ド領域の851nt〜854ntの領域が欠失する変異がcDNA
若しくはmRNA中に存在しているか否か、又はゲノミ
ックDNA中に該変異に対応する変異が存在するか否
か。 (2) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の1177ntと1178ntの間に対応する位置に存在す
る、SLC25A13遺伝子の第11イントロンの5’末端のG
がAに置換する変異が存在するか否か。 (3) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の1638nt〜1660ntに相当する23 bpの領域が、
該コード領域の1637ntと1638ntの間又は1660ntと1661nt
の間のいずれかの部位に挿入される変異がcDNA若し
くはmRNA中に存在するか否か、又はゲノミックDN
A中に該変異に対応する変異が存在するか否か。 (4) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の674ntのCがAに置換する変異がcDNA若
しくはmRNA中に存在するか否か、又はゲノミックD
NA中に該変異に対応する変異が存在するか否か。 (5) 配列表の配列番号1で示されるSLC25A13 cDNAのコ
ード領域の1311ntと1312ntの間に対応する位置に存在す
る、SLC25A13遺伝子の第13イントロンの5’末端のG
がAに置換する変異が存在するか否か。 - 【請求項2】 上記(1)又は(3)に記載の変異の有無は、
これらのいずれかの変異を含む核酸領域を増幅し、増幅
された核酸断片のサイズから該変異の有無を調べること
により行われる請求項1記載の方法。 - 【請求項3】 上記(2)、(4)又は(5)に記載の変異の有
無は、これらのいずれかの変異を含む核酸領域を増幅
し、増幅された核酸断片を、該変異の有無により異なる
サイズの消化核酸断片を生じる制限酵素で消化し、消化
により生じた消化核酸断片のサイズから該変異の有無を
調べることにより行われる請求項1又は2記載の方法。 - 【請求項4】 上記(1)〜(5)に記載の変異が、ゲノミッ
クDNA中に存在するか否かを調べる請求項1ないし3
のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項5】 上記(1)〜(5)に記載の変異の有無は、上
記cDNAによりコードされるタンパク質を調べること
により行われる請求項1ないし4のいずれか1項に記載
の方法。 - 【請求項6】 免疫測定法により行う請求項5記載の方
法。 - 【請求項7】 上記(1)〜(5)に記載の全ての変異の有無
を調べる請求項1ないし6のいずれか1項に記載の方
法。 - 【請求項8】 請求項2又は3記載の方法に用いられ
る、核酸増幅用プライマー。 - 【請求項9】 配列表の配列番号1に示される塩基配列
を有するcDNA若しくは上記(1)ないし(5)のいずれか
の変異を含むその変異体によりコードされるタンパク
質、又は該タンパク質の1若しくは複数のアミノ酸残基
が欠失し若しくは置換し、若しくは該タンパク質に1若
しくは複数のアミノ酸残基が付加され若しくは挿入され
た修飾タンパク質であって、上記タンパク質に対する抗
体と免疫反応する修飾タンパク質。 - 【請求項10】 請求項9記載のタンパク質又は修飾タ
ンパク質をコードする核酸。
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