JP2000505418A - オリゴヌクレオチド類縁体 - Google Patents
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Abstract
(57)【要約】
置換基が明細書中で定義される構造式(1)を含む巨大分子を開示するものでる。さらに、上記化合物の合成において有用な化合物並びに上記化合物を活性成分として含有する医薬組成物を開示する。
Description
【発明の詳細な説明】
オリゴヌクレオチド類縁体
発明の背景 1.本発明の分野
本発明は一群のオリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、または
オリゴヌクレオシド(すなわち、ホスフェート不含オリゴヌクレオチド)に関す
る。これらは要すれば末端が修飾されていてもよく、またその構造には、DNA
結合部位またはDNA相互作用基またはキャリアーまたは標的リガンドが結合す
るためのアキラル性部位として(アザ)窒素を少なくとも1個含有する非ヌクレ
オシド性の性質を持つリンカーを少なくとも1個有する。2.関連技術に関する記載
オリゴヌクレオチドには種々の疾患の処置に使用する治療剤として価値のある
可能性がある。一般に古典的な治療剤は蛋白質との相互作用に焦点を当てられて
きたが、それは直接的に作用するか、またはその酵素作用を介して作用して動物
およびヒトにおける多数の病状に対して主に寄与するものである。古典的治療剤
と比較してオリゴヌクレオチドにはそのワトソン−クリックまたはフーグステー
ンの様式で相補的核酸ストランドへの塩基対合をする性能によって効率の高度な
特異性が与えられる可能性がある。この意味でオリゴヌクレオチドは遺伝子治療
または翻訳または転写の制御について独特な機会を提供する。
遺伝子の機能は、その情報のメッセンジャーRNA(mRNA)への転写から
出発し、リボソーム複合体との相互作用によってその配列がコードする蛋白質の
合成に向かう。この合成過程は翻訳と呼ばれている。翻訳の過程には種々な補助
的因子およびビルディングブロック、アミノ酸およびそのトランスファーRNA
(tRNA)の存在が必要であって、これらは正常な細胞には全て存在する。
転写の開始にはRNA合成酵素であるRNAポリメラーゼによるプロモーター
DNA配列の特異的な認識が必要である。原核生物細胞では多くの場合に、真核
生物細胞では多分全ての場合に、この認識はプロモーターへの蛋白質転写因子の
配列特異的な結合に起因する。プロモーターに結合はするが、その結合がRNA
ポリメラーゼの作用を阻止する別の蛋白質はリプレッサーと呼ばれる。
たとえばワトソン−クリック塩基対合相互作用のような配列特異的様式でトラ
ンスセルラーRNAへの結合に関与する合成的オリゴヌクレオチドは「アンチセ
ンス」プローブとして使用できるかもしれない。そこで、合成DNAは生体内で
翻訳を抑制する可能性もある。また、例えば、オリゴヌクレオチドまたはその他
のDNA認識試薬を使用する三重ヘリックス形成によってゲノムに影響を与える
可能性もある。
しかしながら、天然オリゴヌクレオチドは細胞内への浸透性が低いため、また
細胞内部にある酵素による急速な分解のために治療剤としては相対的に効果が乏
しい。従って天然オリゴヌクレオチドが治療的効果を発揮するには相対的に高い
濃度が必要である。
半減期ならびに膜浸透性を改善するためにポリヌクレオチド骨格における多数
の変化が行われたが、今までに期待された結果は得られていない。これらの変化
にはメチルホスホネート、モノチオホスフェート、ジチオホスフェート、ホスホ
ルアミデート、ホスフェートエステル、架橋ホスホルアミデート、架橋ホスホロ
チオエート、架橋メチレンホスホネート、シロキサン架橋、カーボネート架橋、
カルボキシメチルエステル架橋、アセトアミド架橋、カルバメート架橋、チオエ
ーテル、スルホキシ、スルホノ架橋、種々の「プラスチック」DNA、アルファ
ーアノマー性架橋、およびボラン誘導体を有するデホスホヌクレオチド間類縁体
の使用を含む。
例えば米国特許第5216141号はサブユニット間を結合する基として天然
オリゴヌクレオチドと結合を形成することのできるスルフィド、スルホキシドお
よびスルホンを含むDNA類縁体に関する。
米国特許第5034506号はアキラル結合によって相互に結合するモルホリ
ノサブユニットを含むポリマー性組成物に関する。各サブユニットはプリンまた
はピリミジン塩基が対合する基を含むとしている。
米国特許第5405938号および米国特許第5166315号は非荷電性の
5−員環または6−員環の環状骨格を含み、その骨格には選択された塩基が結合
しているポリマーに関する。このポリマーは配列特異的様式で二本鎖ポリヌクレ
オチドの標的配列に結合することができるとしている。
国際特許出願WO92/20702、WO92/20703およびWO94/
25477はすべていわゆるペプチド核酸(PNA)に関するもので、これらは
相補性単一ストランドのDNAおよびRNAストランドに対応するDNAよりも
強く結合するとしている。このPNAはアザ窒素を介してペプチドの骨格または
ポリアミドの骨格に結合するリガンドを含むとしている。
米国特許第5378825号はオリゴヌクレオチド類縁体であって、その正常
なホスホロジエステル糖間結合が4原子結合基で置換されたものに関する。
国際特許出願WO95/14706はPNA−DNA−PNAキメラ性マクロ
分子に関するものであって、そのPNAおよびDNA部分はアミド結合、アミン
結合またはエステル結合によって結合している。
今日ではヌクレアーゼ抵抗性、結合性能およびアンチセンスまたは抗原オリゴ
ヌクレオチドの標的RNAストランドまたは二重ストランドDNAに対する結合
効率が重要であることが認識されている。同時に高度なヌクレアーゼ耐性および
膜浸透性を与え、ハイブリッド形成能を改善する方法および材料が必要なことは
以前から感じられてきた。本発明の化合物および組成物はこの必要性を充たすも
のである。
発明の要約
本発明は態様の一つはマクロ分子であって、その少なくとも一部が次の構造:
式I
[式中、
各Bは独立に水素、ヒドロキシ、天然起源ヌクレオベース、非天然起源ヌクレ
オベース、DNAインターカレーター、共有結合性または非共有結合性のDNA
結合基、ヘテロ環基、または芳香族基である。
各B1は独立に水素、ヒドロキシ、アミノ、メルカプト、天然起源ヌクレオベ
ース、非天然起源ヌクレオベース、DNAインターカレーター、共有結合性また
は非共有結合性のDNA結合基、ヘテロ環基、芳香族基、標的基、キャリアー、
レポーター基、または溶解性または非溶解性のポリマーである。
nは1から50までの整数である。
各Xは独立に一重結合、メチレン、メチレンカルボニル、C7〜C12−アラル
キレンまたは置換アラルキレン、C7〜C12−アラルキレンカルボニルまたは置
換アラルキレンカルボニル、または式:
[式中、
各Zは独立に一重結合、O、S、NR6、C(=O)NR6、またはC(=O)
NR6である。
各Z1は独立にO、S、NR5、メチレン、またはC(CH3)2である。
p、q、r、およびsは各々独立に0から20までの整数である。
R1、R2、R3およびR4は各々独立に水素;ヒドロキシ−またはアルコキシま
たはアルキルチオ−で置換されていてもよいC1〜C8−アルキル;ヒドロキシ;
アルコキシ;アルキルチオ;アミノ;またはハロゲンである。
R5およびR6は各々独立に水素;ヒドロキシ−またはアルコキシ−またはアル
キルチオ−で置換されていてもよいC1〜C8−アルキル;ヒドロキシ;アルコキ
シ;アルキルチオ;またはアミノである]
で示される基である。
Q1またはQ2は各々独立に少なくとも3個の原子を含み、その中の少なくとも
1個は炭素である。
各Vは独立に酸素、硫黄、NR8、またはメチレンである。
各Jは独立に水素、アジド、ハロゲン、−OR7、−R7、または−NR7R8で
あって、ここに各R7は独立に−NR8R9またはR8であり、ここにR8およびR9
は各々独立に水素、C3〜C10−分枝アルキルまたは置換アルキル、C1〜C10−
非分枝アルキルまたは置換アルキル、C1〜C10−非分枝オキサアルキルまたは
置換オキサアルキル、C6〜C10−アリールまたは置換アリール、C7〜C12−ア
ラルキルまたは置換アラルキル、C1〜C10−非分枝アミノアルキルまたは置換
非分枝アミノアルキル、C1〜C10−非分枝アミノオキサアルキルまたは置換非
分枝アミノオキサアルキル、C3〜C10−およびN1〜N4−の分枝(ポリアミノ
−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ)アル
キル、C1〜C10−およびN1〜N4−の非分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−
)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキル、C1〜C10
−およびN1〜N4−の非分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサアルキル
または置換非分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサアルキル、天然アミ
ノ酸または非天然アミノ酸の側鎖基、または保護基である]
を有するマクロ分子に関する。
別の態様では、本発明は前記化合物の有効量および医薬的に適する担体を含有
する医薬的組成物に関する。
他の態様では、本発明は病原性生物に起因する疾患の処置法に関し、処置を要
する宿主生物に前記化合物または医薬的組成物の有効量を投与することを包含す
る。この宿主生物はこのような処置を必要とするいかなる生物であってもよく、
哺乳類およびヒトを含む。
さらに別の態様では、本発明は処置を要する生物に前記の化合物または医薬的
組成物の有効量を投与することを包含する腫瘍の処置法に関する。この生物はこ
のような処置を必要とするいかなるものであってもよく、哺乳類およびヒトを含
む。
別の態様の一つでは、本発明は式:
式II
[式中、
各Bは独立に天然起源ヌクレオベース、非天然起源ヌクレオベース、ヘテロ環
基、または芳香族基であって、いずれも要すれば保護基を有していてもよい。
各B1は独立に水素、ヒドロキシ、アミノ、メルカプト、天然起源ヌクレオベ
ース、非天然起源ヌクレオベース、DNAインターカレーター、共有結合性また
は非共有結合性のDNA結合基、ヘテロ環基、または芳香族基であって、いずれ
も要すれば保護基を有していてもよい。
nは1から50までの整数である。
各Xは独立に要すれば保護されていてもよい基であって、一重結合、メチレン
基、メチレンカルボニル、C7〜C12−アラルキレンまたは置換アラルキレン、
C7〜C12−アラルキレンカルボニルまたは置換アラルキレンカルボニル、また
は式:
[式中、
各Zは独立に一重結合、O、S、NR6、C(=O)NR6、C(=S)NR6
、S(=O)NR6、またはS(=O)2NR6である。
各Z1は独立にO、S、Se、NR5、メチレン、またはC(CH3)2である。
p、q、r、およびsは各々独立に0から20までの整数である。
R1、R2、R3およびR4は各々独立に水素;ヒドロキシ−またはアルコキシ−
またはアルキルチオ−基で置換されていてもよいC1〜C8−アルキル;ヒドロキ
シ;アルコキシ;アルキルチオ;アミノ;またはハロゲンである。
R5およびR6は各々独立に水素;ヒドロキシ−またはアルコキシ−またはアル
キルチオ−基で置換されていてもよいC1〜C8−アルキル;ヒドロキシ;アルコ
キシ;アルキルチオ;またはアミノである]
で示される基から選択された要すれば保護された基である。
Q1またはQ2は各々独立に少なくとも3個の原子を含み、その中の少なくとも
1個は炭素である。
各Vは独立に酸素、硫黄、NR8、またはメチレンである。ここにR8は独立に
水素、C3〜C10−分枝アルキルまたは置換アルキル、C1〜C10−非分枝アルキ
ルまたは置換アルキル、C1〜C10−非分枝オキサアルキルまたは置換オキサア
ルキル、C6〜C10−アリールまたは置換アリール、C7〜C12−アラルキルまた
は置換アラルキル、C1〜C10−非分枝アミノアルキルまたは置換非分枝アミノ
アルキル、C1〜C10−非分枝アミノオキサアルキルまたは置換非分枝アミノオ
キサアルキル、C3〜C10−およびN1〜N4−の分枝(ポリアミノ−またはポリ
アザ−)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ)アルキル、C1〜
C10−およびN1〜N4−の非分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキルま
たは置換(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキル、C1〜C10−およびN1〜
N4−の非分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサアルキルまたは置換非
分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサアルキル、天然アミノ酸または非
天然アミノ酸の側鎖基、または保護基である。
各Jは独立に水素、−OR7、ハロゲン、アジドまたはR7であって、いずれも
要すれば置換されている。ここに各R7は独立に−NR8R9またはR8であって、
ここにR9は独立に水素、C3〜C10−分枝アルキルまたは置換アルキル、C1〜
C10−非分枝アルキルまたは置換アルキル、C1〜C10−非分枝オキサアルキル
または置換オキサアルキル、C6〜C10−アリールまたは置換アリール、C7〜C12
−アラルキルまたは置換アラルキル、C1〜C10−非分枝アミノアルキルまた
は置換非分枝アミノアルキル、C1〜C10−非分枝アミノオキサアルキルまたは
置換非分枝アミノオキサアルキル、C3〜C10−およびN1〜N4−の分枝(ポリ
アミノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ
)アルキル、C1〜C10−およびN1〜N4−の非分枝(ポリアミノ−またはポリ
アザ−)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキル、C1
〜C10−およびN1〜N4−の非分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサア
ルキルまたは置換非分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサアルキル、天
然アミノ酸または非天然アミノ酸の側鎖基、または保護基である。
各Q3は独立に−OX−、−SX−、または−NR8X−であって、いずれも要
すれば保護されていてもよい。
各Q4は独立に酸素、硫黄、またはNR8であって、いずれも要すれば保護され
ていてもよい。
Yは保護基である。
Y1は固体の支持体に結合しているスペーサー基である]
を持つ化合物に関する。
さらに別の態様では、本発明は式:
または[式中、
各Bは独立に天然起源ヌクレオベース、非天然起源ヌクレオベース、ヘテロ環
基、または芳香族基であって、いずれも要すれば保護基を有していてもよい。
各B1は独立に水素、ヒドロキシ、アミノ、メルカプト、天然起源ヌクレオベ
ース、非天然起源ヌクレオベース、DNAインターカレーター、共有結合性また
は非共有結合性のDNA結合基、ヘテロ環基、または芳香族基であって、いずれ
も要すれば保護基を有していてもよい。
nは1から50までの整数である。
各Xは独立に要すれば保護されていてもよい次の基の中の1個である:一重結
合、メチレン、メチレンカルボニル、C7〜C12−アラルキレンまたは置換アラ
ルキレン、C7〜C12−アラルキレンカルボニルまたは置換アラルキレンカルボ
ニル、または式:
[式中、
各Zは独立に一重結合、O、S、NR6、C(=O)NR6、C(=S)NR6
、S(=O)NR6、またはS(=O)2NR6である。
各Z1は独立にO、S、Se、NR5、メチレン、またはC(CH3)2である。
p、q、r、およびsは各々独立に0から20までの整数である。
R1、R2、R3およびR4は各々独立に水素;ヒドロキシ−またはアルコキシ−
またはアルキルチオ−で置換されていてもよいC1〜C8−アルキル;ヒ ドロキ
シ;アルコキシ;アルキルチオ;アミノ;またはハロゲンである。
R5およびR6は各々独立に水素;ヒドロキシ−またはアルコキシ−またはアル
キルチオ−で置換されていてもよいC1〜C8−アルキル;ヒドロキシ;アルコキ
シ;アルキルチオ;またはアミノである。
Q1またはQ2は各々少なくとも3個の原子を含み、その中の少なくとも1個は
炭素である。
各Vは独立に酸素、硫黄、NR8、またはメチレンである。
各Jは独立に、要すれば保護されていてもよい次の基:水素、OR7、ハロゲ
ン、アジド、または−R7であって、ここに各R7は独立に−NR8R9またはR8
であり、ここにR8およびR9は各々独立に水素、C3〜C10−分枝アルキルまた
は置換アルキル、C1〜C10−非分枝アルキルまたは置換アルキル、C1〜C10−
非分枝オキサアルキルまたは置換オキサアルキル、C6〜C10−アリールまたは
置換アリール、C7〜C12−アラルキルまたは置換アラルキル、C1〜C10−非分
枝アミノアルキルまたは置換非分枝アミノアルキル、C1〜C10−非分枝アミノ
オキサアルキルまたは置換非分枝アミノオキサアルキル、C3〜C10−およびN1
〜N4−の分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリア
ミノ−またはポリアザ)アルキル、C1〜C10−およびN1〜N4−の非分枝(ポ
リアミノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリア
ザ−)アルキル、C1〜C10−およびN1〜N4−の非分枝(ポリアミノ−または
ポリアザ−)オキサアルキルまたは置換非分枝(ポリアミノ−またはポリアザ−
)オキサアルキル、天然アミノ酸または非天然アミノ酸の側鎖基、または保護基
、の中の1基である。
Q1 xおよびQ2 xは各々原子を少なくとも1個含み、Q1またはQ2で示される、
要すれば保護されていてもよいまたは活性化されていてもよい断片から独立に選
択される]
で示される化合物に関する。
図面の簡単な説明
図1〜8は各々(B−1)から(B−24)および(C−1)から(C−6)
の番号を付けた様々な本発明の化合物と先行技術化合物(各図で(A)と記載)
との比較を図示する。
図9〜11は各々本発明の化合物を図示する。
図12〜14は各々(E−1)から(E−13)の番号を付けた様々な本発明
の化合物と先行技術化合物(各図で(A)と記載)との比較を図示する。
図15は本発明の化合物を図示する。
本発明の詳細な記載
本発明はオリゴヌクレオチドの様に機能することができ、またその他に有用な
性質を有するマクロ分子に関する。この明細書の実施例および反応式に例示する
ように、このマクロ分子は塩基性のヌクレオシドユニットおよび特有なリンカー
ユニットから構築され、ヌクレオベースまたはその他の核酸−結合性の要素を有
している。本発明のリンカー(すなわち、式IのQ1−N−Q2セグメント)を有
するヌクレオベースによって結合している本ヌクレオシドユニットはトリマー性
のユニットを形成する。このトリマーユニットはさらにヌクレオシドの追加によ
ってペンタマー、ヘプタマー、その他の延長した高度なマクロ分子にまでさらに
伸長することができる。このトリマーユニット(および/またはさらに高級なユ
ニッ
ト)は、例えば正常なホスホジエステル結合、ホスホチオエート結合、ホスホジ
チオエート結合、ホスホロアミデート結合、ホスホトリエステル結合、メチルそ
の他のアルキルホスホネート結合またはその他の結合など、本発明の結合基以外
のもので結合されていてもよい。本発明の結合はアザ窒素原子を隔てて2個の部
分(またはサブ結合、すなわち式IにおけるQ1およびQ2)を含む。このアザー
窒素原子はヌクレオベースまたはその他の核酸結合基のいずれかのアキラル性の
結合部位である。ある種の態様では単一な型のサブ結合基を使用してヌクレオシ
ドおよびアザー窒素原子を結合する。他の態様では異なるサブ結合基を2個使用
してトリマー性ユニットを形成するか、または異なるサブ結合基を2個またはそ
れ以上使用してさらに高級なユニットを形成する。本発明の同じマクロ分子内に
ある異なるユニット(トリマー性またはより大きいユニット)のサブ結合基は同
一なまたは相異なるこの明細書に記載する型のものであってもよい。以下に詳記
するように、トリマーユニット(および/またはさらに高級なユニット)のある
ものはヌクレオシド間結合内のアキラル性アザ窒素原子に結合している天然起源
または非天然起源の核酸塩基を有し、他のユニットはヌクレオベース以外のヌク
レオベース結合性リガンドを有する。
本明細書に示す天然起源のヌクレオベースには主たる天然起源ヌクレオベース
4種、すなわちチミン、シトシン、アデニンまたはグアニン、または、その他の
天然起源ヌクレオベース、たとえばヒポキサンチン、ウラシル、チオウラシル、
5−メチルシトシン、などを含む。
本明細書に示す非天然起源のヌクレオベースには、例えばフルオロウラシル、
ブロモビニルウラシル、トリアゾールカルボキサミド、ベンズイミダゾールなど
を含む。
本明細書に示すヘテロ環基には、例えばニトロインドール誘導体、ニトロイミ
ダゾール誘導体、ニトロトリアゾール誘導体などの少なくとも1個のヘテロ原子
を含む融合または非融合の環系のいずれのヘテロ環も包含する。
本明細書に示すDNA結合基には次のものを含む:すなわち1)化学的修飾に
よってDNAと相互作用する共有結合性DNA結合基(例えば、マスタードガス
誘導体、ソラーレン(psoralen)およびその誘導体、マイトマイシンC
、など)、2)水素結合形成、インターカレーション、静電的な力、などによっ
てDNAと相互作用する非共有結合性のDNA結合基。DNA(またはRNA)
の官能基と核酸結合リガンドの官能基との間の水素結合形成は、抗生物質(たと
えば、ジスタマイシン、ネトロプシン、エチノマイシンなど)または蛋白質(た
とえば、レプレッサー、レストリクターゼなど)またはオリゴヌクレオチド(た
とえば、DNA二重ストランド形成、またはDNA三重ストランド形成など)に
よる核酸(特に二重鎖核酸)の特異的な認識に重要な役割を果たす。インターカ
レーションは、インターカレーターと呼ばれている平面的な芳香族性(ヘテロ)
環性基の挿入を可能にするために隣接する塩基対2個を隔離することに関する、
核酸で観察される特別な種類のスタッキングである。本明細書に示す二重ストラ
ンド核酸に結合することのできるインターカレーターには、例えばアクリジンま
たはその誘導体、フェナントリジンまたはその誘導体などを包含する。本明細書
に示す核酸の三重ストランドクラスターに優先的に結合することのできる(二重
鎖と比較して)インターカレーターには、例えばコラリーン(プロトベルベリン
族アルカロイドcoralyne)、プロピジウムブロミドなどを含む。
本明細書に示すキャリアーには、例えばポリアミン基(たとえば、ポリエチレ
ンイミン、スペルミン、スペルミジン、ポリ−L−リジン、スターバーストデン
ドリマーなど)、または脂肪親和性基(たとえば、コレステロール、アルキル鎖
など)または可溶性ポリマー(たとえば、ポリエチレングリコール、ポリサッカ
ライド、蛋白質など)または非溶解性ポリマー(たとえば、デキストラン、ポリ
アクリルアミド誘導体、ポリビニル誘導体など)によるものまたは標的リガンド
(たとえば、標的細胞、抗体、免疫グロブリンの表面で受容体に結合する部位と
して作用する糖または糖ホスフェート残基、など)を含む。
本明細書で使用する「ヌクレオシド」はヘテロ環塩基および糖から構成される
単位を示し、たとえばKornbergとBaker著、「DNA・Repli
cation(DNA複製)」、第2版、(Freeman社、サンフランシス
コ、1992年)に記載されているような2’−デオキシおよび2’−ヒドロキ
シ型を含む天然起源ヌクレオシドを含む。天然起源のヌクレオシドでは、ヘテロ
環塩基は典型的にはアデニン、シトジン、グアニン、チミン、またはウラシルで
ある。その糖は正常にはデオキシリボース、すなわちエリスロ−ペントフラノシ
ルであるか、またはリボース、すなわちリボーぺントフラノシルである。ヌレオ
シドに関連する「類縁体」はたとえばScheit著、「Nucleotide
.Analogues(ヌクレオチド類縁体)」、(John・Wiley社、
ニューヨーク、1980年)などのように、修飾された塩基部分(例えば、5(
6)ーニトロインドール、4−ニトロトリアゾール、3(4)−ニトロベンズイ
ミダゾール、2−アミノプリン、ベンズイミダゾール、5−フルオロウラシル、
その他)および/または修飾された糖部分(例えば、アラビノ、キシロ、または
リキソ−ペンタフラノシルの糖、または置換されたアラビノ、エリスロ、リボ、
キシロまたはリキソ−ペンタフラノシルの糖、または糖類似性非環状部分、また
はヘキソース糖、その他)を有する合成ヌクレオシドを含む。このような類縁体
には合成のために適当な保護基を有しているかまたは有していない天然および合
成ヌクレオシドを含む。
本明細書で使用する「ヌクレオチド」は糖のヒドロキシル基の少なくとも1個
にエステル化されたホスフェート基を有するヌクレオシドを示す。
本明細書で使用する用語「オリゴヌクレオチド」にはデオキシリボヌクレオシ
ド、リボヌクレオシド、そのアルファ−アノマー型、などを含む天然のまたは修
飾されたヌクレオシドの直線状オリゴマーであって、通常はホスホジエステル結
合またはその類縁体によって結合しており、たとえば2個〜3個と少数なモノマ
ー単位から数百個におよぶモノマーユニットを有するサイズまでを包含する。オ
リゴヌクレオチドに関する「類縁体」は、たとえば修飾された糖部分、修飾され
た塩基部分または修飾された糖結合部分のように修飾された部分を含む構造を示
す。これらの中で例示的なものはホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、
ホスホロアミデート、ホスホロアニリデート、ホスホジエステル性のヌクレオシ
ド間結合がホスホジエステル性ヌクレオシド間結合の代りに使用される、デアザ
またはアザ体のプリンおよびピリミジンを天然のプリンまたはピリミジンの代わ
りに用いてもよい。例えば4−、5−または6−位に置換基を有するピリミジン
塩基、例えば2−、6−または8−位に変化または置換基を有するプリン塩基、
または2’一位に置換基を有する糖、糖の水素原子1個またはそれ以上について
の置換、または炭素環性の糖がある。好ましくは、本発明のオリゴヌクレオチド
はモノマーユニット2個から50個までの範囲の長さを有する天然ヌクレオシド
、より好ましくはモノマーユニット2個から20個までの範囲の長さを有するオ
リゴマーである。
前記の通り、本発明の化合物はオリゴヌクレオチドまたは修飾されたオリゴヌ
クレオチドまたは要すれば末端が修飾されていてもよい所謂「オリゴヌクレオシ
ド」(すなわち、ホスフェート不含オリゴヌクレオチド)によって表され、少な
くともその一部が式Ia:
式Ia
で示される構造を有するものである。
式Iaにおいて、置換基WおよびW1は本マクロ分子の残余の部分を示す。W
およびW1は本化合物の有用性を損なうことのない置換基であってもよい。好ま
しくはWおよびW1は各々が独立に−H;−OH;要すれば修飾されていてもよ
いホスフェートまたはホスフェート類縁体;ヌクレオシドまたはその類縁体;ヌ
クレオチドまたはその類縁体;オリゴヌクレオチドまたはその類縁体;アミノ;
メルカプト;DNAインターカレーター;共有結合または非共有結合性のDNA
結合基;ヘテロ環基;または芳香族性基であっていずれも要すれば保護基を含ん
でいてもよいもの;ペプチドまたはその類縁体;キレート形成基(たとえば、E
DTA);ポリマー(たとえば、ポリアミド、ポリカチオン、ポリアニオンその
他);糖;配糖体;ポリサッカライド;または脂溶性基である。
好ましくは、各Bは独立に天然起源ヌクレオベース、非天然起源ヌクレオベー
ス、ヘテロ環基、芳香族性基、DNAインターカレーター、共有結合性または非
共有結合性のDNA−結合基を含み、さらに好ましくは各Bは天然起源ヌクレオ
ベースまたは非天然起源ヌクレオベースである。各Bについてのもっとも好適な
選択は天然起源ヌクレオベースである。
ある種の好適な態様では、B1の少なくとも1個が天然起源ヌクレオベースで
ある。別の好適な態様では、B1の少なくとも1個が非天然起源ヌクレオベース
である。他の好適な態様では、B1の少なくとも1個がDNAのインターカレー
ター(たとえば、アクリジン誘導体、フェナジン誘導体などのようなもの)であ
る。これとは別の好適な態様では、B1の少なくとも1個が共有結合性DNA結
合基(たとえば、マスタードガス誘導体、ソラーレン誘導体などのようなもの)
である。その他の好適な態様では、B1の少なくとも1個がDNA結合性抗生物
質(たとえば、ダウノマイシン、アクチノマイシンDまたはアクチノマイシン族
のその他の代表例、ネトロプシンおよびその誘導体、ジスタマイシンおよびその
誘導体、その他のようなもの)である。その他の好適な態様では、B1の少なく
とも1個がレポーター基(たとえば、螢光性または化学発光性標識、ビオチン、
その他のようなもの)である。その他の好適な態様では、B1の少なくとも1個
が特定の細胞を認識するための標的基(たとえば、抗体または配糖体のようなも
の)である。その他の好適な態様では、B1の少なくとも1個が可溶性または非
可溶性のポリマーである。その他の好適な態様では、B1の少なくとも1個がオ
リゴヌクレオチドの合成後修飾に適する反応性官能基(たとえば、アミノ、メル
カプト、アルデヒド、カルボキシ、その他のようなもの)である。
好適な態様において、nは1から20までであり、最も好ましくは、n=1で
ある。
ある種の好適な態様では、B1が天然起源ヌクレオベースまたは非天然起源ヌ
クレオベースであり、Xが原子を1個から4個まで含む。他の好適な態様では、
B1をDNAインターカレーター、共有結合性または非共有結合性のDNA結合
基、またはDNA結合性抗生物質から選択する時には、X1は原子1個から12
個を含む。最も好適な態様では、B1がヌクレオベースであって、X1がメチレン
カルボニルである。
好適な態様ではQ1およびQ2の各々は独立に少なくとも1個の以下の基を含有
する:すなわち、酸素、硫黄、置換炭素、カルボニル、チオカルボニル、スルホ
ン、スルホキシド、C1〜C8−アルキレン、C2〜C8−アルケニレン、C2〜C8
−アルキニレン、C1〜C8−オキサアルキレンまたはチアアルキレンまたはアザ
アルキレンであって、各々異なるヘテロ原子または同じ型のヘテロ原子を1個ま
たは2個含むもの、またはいずれかの向きにあるNR7またはNR8R9またはN
R7C(=O)−またはNR7C(=S)−または−NR7S(=O)−または−
NR7S(=O)2−であって、ここにR7、R8およびR9は前記定義のもの、ま
たはXであって、ここにXは前記定義のもの、または式:
[式中、
Z4またはZ5は各々独立に一重結合、O、S、およびNR7から構成される群
から選択されるが、このR7は前記定義のものである。
各Z3は独立に水素、R8、OR7、SR7、およびNR7R8から構成される群か
ら選択されるが、このR7およびR8は前記定義のものである。
各Z2は独立にO、S、およびNR7から構成される群から選択されるが、この
R7は前記定義のものである]
で示される基。
ある種の好適な態様ではQ1およびQ2の各々は独立に2個から8個までの原子
を含む。より好適な態様ではQ1およびQ2の各々は独立に3個から6個までの原
子、もっとも好適な態様では4個または6個の原子を含む。もっとも好適には、
各Q1は独立に次の基から選択される:いずれかの向きにおける−O−CH2−C
H2−CH2−、−O−CH2−C(=O)−NH−、−NH−NH−C(=O)
−CH2−、−NH−N=CH−CH2−、−NH−NH−CH2−CH2−、−O
−NH−C(=O)−CH2−、−O−N=CH−CH2−、−O−NH−CH2
−CH2−、−CH2−NH−C(=O)−CH2−、−NH−NH−C(=O)
−NH−、−O−C(=O)−NH−CH2−CH2−、−O−P(=Z2)Z3−
NH−CH2−CH2−、または−CH2−NH−CH2−CH2−。および
各Q2は独立に次の基から選択される:すなわちQ1、−CH2−O−CH2−C
H2−CH2−、−CH2−O−CH2−C(=O)−NH−、−CH2−NH−N
H−C(=O)−CH2−、−CH2−NH−N=CH−CH2−、−CH2−NH
−NH−CH2−CH2−、−CH2−O−NH−C(=O)−CH2−、−CH2
−O−N=CH−CH2−、−CH2−O−NH−CH2−CH2−、−CH2−N
H−C(=O)−CH2−、−CH2−NH−NH−C(=O)−NH−、−O−
C(=O)−NH−CH2−CH2−、−O−P(=Z2)Z3−NH−CH2−C
H2−、または−CH2−CH2−NH−CH2−CH2−。
好ましくはVの少なくとも1個は酸素である。各Vについて最も好適な選択は
酸素である。
最も好適な態様では、Jの少なくとも1個は水素、フッ素、またはOCH3の
群から独立に選択される。Jについての最も好適な選択は水素である。
本発明の化合物は標準的なオリゴヌクレオチド合成操作法または標準的なペプ
チド合成操作法を適用して、またはこれらの操作法を組合せて、液相または固相
で合成される。
標準的なオリゴヌクレオチド合成操作法を使用して、式II:
式II
で示される伸長するオリゴヌクレオチドまたは修飾されたオリゴヌクレオチド鎖
の5’−末端に式Iで示される断片を導入することによって本発明の化合物を製
造することもある。
[式中、
B、B1、Q1、Q2、VおよびJは前記定義のものであっていずれも要すれば
適切な保護基(たとえば、アセチル、イソブチリル、フェノキシアセチル、ベン
ゾイル、シアノエチル、4−ニトロフェニルエチルオキシカルボニル、4−ニト
ロフェニルエチル、ベンジルオキシカルボニル、p−アニシルジフェニルメチル
、ジ−p−アニシルフェニルメチル、ピクシル、t−ブチルオキシカルボニル、
ジフェニルカルバモイル、ホルムアミジノ、アセトアミジノ、炭素原子3個から
14個を有するトリアルキルシリル、9−フルオレニルメチルカルバメート、そ
の他;GreeneとWuts著、「Protective・Groups・i
n・Organic・Synthesis(有機合成における保護基)」、第2
版(John・Wiley社、ニューヨーク、1991年)参照)で閉鎖してあ
ってもよい。
各Q3は独立に一重結合、酸素、硫黄、−NR8−、−OX−、−SX−、−X
−または−NR8Xを含み、ここにXおよびR8は式Iに関して前記定義のもので
あり、好ましくは各Q3は独立に一重結合、−OCH2−、−SCH2−、−CH2
−、−NR8CH2−、−CH2CH2−、および−OCH2−CH2−を含む。Q3
についての最も好適な選択は−OCH2−である。
各Q4は独立に一重結合、酸素、硫黄およびNR8を含むが、ここにR8は式I
に関して前記定義したものである。
Yは、たとえばトリフェニルメチル、p−アニシルジフェニルメチル、ジ−p
−アニシルフェニルメチル、ピクシル、炭素原子3個から14個を有するトリア
ルキルシリル、9−フルオレニルメチルカルバメート、トリフルオロアセチル、
その他のような保護基である。さらに好ましくは、Yはp−アニシルジフェニル
メチル、ジ−p−アニシルフェニルメチル、またはピクシルである。
Y1は固体の支持体に結合するスペーサー基であって、このスペーサーはカル
ボニル、エステル、カルバメート、ウレタン、ヒドラジド、C1〜C14−アルキ
レンまたは修飾されたアルキレン、C6〜C14−アラルキレンまたは修飾された
アラルキレン、C6〜C14−アルキルアリーレンまたは修飾されたアルキルアレ
ーン、C1〜C100−オキサアルキレンまたはチアアルキレンまたはアザアルキレ
ンであって各々1個から50個の異なるヘテロ原子または同じ型のヘテロ原子を
含むがこのアザ基は要すればアミノ保護基、C1〜C14−アルキレンカルボニル
または修飾されたアルキレンカルボニルまたはアルキレンスルホンまたはアルキ
レンスルホキシドで保護されていてもよく、C1〜C100−オキサアルキレンカル
ボニルまたはチアアルキレンカルボニルまたはアザアルキレンカルボニル(また
はそのチオカルボニルまたはスルホンまたはスルホキシド類縁体)であって、各
々1個から50個の異なるヘテロ原子または同じ型のヘテロ原子を含むがこのア
ザ基は要すればアミノ保護基で保護されていてもよい、または式(III):
式III
[式中、
各R10またはR11は独立にC3〜C10−分枝アルキル、C1〜C10−非分枝アル
キルまたはオキサアルキル、C6〜C10−アリール、C7〜C12−アラルキルを含
む。R10またはR11の各々のより好適な選択はC3〜C10−分枝アルキルまたは
C1〜C4−非分枝アルキルであり、R10またはR11の各々の最も好適な選択はイ
ソプロピルである。
R12はC2〜C8−アルキレン、C2〜C8−アルケニレン、またはC2〜C8−オ
キサアルキレンであって、ヘテロ原子1個または2個を含む。最も好適なR12は
モルホリノ基である。
Z5はいずれかのホスフェート保護基であって、好ましくは4−Cl−C6H4
−O−、2−Cl−C6H4−O−、4−NO2−C6H4CH2CH2−O−、2,
4−NO2−C6H3CH2CH2−O−、2,4−Cl−C6H3−O−、2,3−
Cl−C6H3−O−、NCCH2CH2−O−、NCCH2−C(CH3)2−O−
、CH3O−、(Z)3CCH2−O−、R10S−、R10S−CH2CH2−O−、
またはR10SO2−CH2CH2−O−であるが、このZはハロゲンであり、R10
は独立に前記の意味の中から選択される。
Z6は−F、−Cl、−Br、−I、イミダゾール−1−イル、テトラゾール−
1−イル、1,2,4−トリアゾール−1−イル、および1−ヒドロキシベンゾ
トリアゾール−O−イルである。ある種の好適な態様では、Y1は本質がCPG
またはポリスチレンである官能化固体支持体である。他の好適な態様ではY1は
−HP(=O)OHまたはその塩である。別の好適な態様ではY1は−P−(O
CH2CH2CN)(N(i−Pr)2)であるか、または−P(OCH3)−(N
(i−Pr)2)である]
で示される基、またはその塩である。
式(III)で示される化合物は通常(活性燐酸基Y1に関して)ホスホロア
ミダイト(III−1およびIII−2)、燐酸(III−3)、H−ホスホネ
ート(III−4)および活性ホスホジエステル(III−5)として知られて
いる。構造(III−3)および(III−4)は中庸に強力な酸を代表し、こ
れらの構造で表される試薬は一般にはその有機的に可溶性の塩として分離され、
使用される。
伸長する修飾されたオリゴヌクレオチド鎖の5’−末端に式Iで示される断片
を導入するための新規化合物は式IV:
または 式IV
[式中、
B、B1、Q1、Q2、V、XおよびJは前記定義のものであっていずれも要す
れば適切な保護基で閉鎖してあってもよい。
Q1 xおよびQ2 xは各々Q1またはQ2の要すれば保護されたまたは活性化された
断片を含む。より好ましくはQ1 xおよびQ2 xは各々原子1個から3個を含み、い
ずれも要すれば保護基を含む。最も好適な態様では各Q1 xは独立にY2−NH−
CH2−、Y2−NH−O−、Y2−NH−NH−、Y2−NH−、Y2−NH−C
H2−CH2−、Y2−NH−NH−CH2−、Y2−NH−C(=O)−CH2−、
Y2−NH−C(=O)−NH−、Y2−NH−NH−C(=O)−、を含み、こ
のY2は保護基または水素である。より好ましくはY2はp−アニシルジフェニル
メチル、ジ−p−アニシルフェニルメチル、ピクシル、9−フルオレニルメチル
カルバメート、またはトリフルオロアセチルである。各Q2 xは独立にE−CH2
−CH2−、E−CH2−、E−NH−、E−O−を含むが、このEは独立にハロ
ゲン、アルデヒド、アセタール、−S(=O)2R13、または−COR13であっ
て、このR13はヒドロキシルまたは活性化基である。より好ましくはR13はハロ
ゲン、ヒドロキシル、ペンタフルオロフェノキシ、テトラフルオロフェノキシ、
p−ニトロフェノキシ、またはN−サクシンイミドオキシから選択される]
で表される。
本発明の化合物を5群に分類することもある。
(1)オリゴヌクレオチド類縁体であって、その非ヌクレオシド性結合が核酸
の塩基を有するもの。
(2)オリゴヌクレオチド類縁体であって、その非ヌクレオシド性結合が共有
結合性DNA結合基または非共有結合性DNA結合基またはDNAインターカレ
ーターまたはDNA結合性抗生物質を有するもの。
(3)オリゴヌクレオチド類縁体であって、その非ヌクレオシド性の好適には
非ホフェート含有性の結合基がオリゴヌクレオチドまたは修飾オリゴヌクレオチ
ドのクラスターを結合する新規な型のリンカーとして使用されるもの。
(4)オリゴヌクレオチド類縁体であって、その非ヌクレオシド性結合基がキ
ャリアーまたはポリマーまたは標的リガンドまたは脂肪溶解性基を有するもの。
および
(5)オリゴヌクレオチド類縁体であって、その非ヌクレオシド性結合が、た
とえばビオチンのようなレポーター基を有するもの。
これらのオリゴヌクレオチド類縁体(1)〜(5)は一本鎖または二本鎖の核
酸の両方を認識することができる。式Iで示される断片を3’−および/または
5’−末端に、またはオリゴヌクレオチド鎖内に有するオリゴヌクレオチド類縁
体(1)はDNA断片に結合する性能を示すと同時に酵素安定性の増加を示す。
オリゴヌクレオチド鎖の特定の位置に式Iで示される断片を有するオリゴヌクレ
オチド類縁体(2)は二重ストランドのDNAまたはRNAに効率的に結合し、
共有結合性DNA結合基または非共有結合性DNA結合基またはDNAインター
カレーターまたはDNA結合性抗生物質の結合はトリプレックスを形成するオリ
ゴヌクレオチド(TFO)によってポリピリミジントラクトを認識する問題を克
服する新しい機会を提供する。オリゴヌクレオチド類縁体(3)は新型のTFO
として使用することができる。オリゴヌクレオチド類縁体(4)および(5)は
オリゴヌクレオチド抱合体の合成に有用である。
本発明化合物の改良された酵素的安定性および結合性能および細胞膜透過性は
アンチセンス(RNAへの結合)または抗原(DNAへの結合)試薬として効率
的にする。
また、本発明は特定の遺伝子の転写および/または複製を阻害するための試薬
および方法を提供する。また、前記定義の本発明化合物をある生物に投与するこ
とによってその生物の細胞内における二本鎖DNAの特定領域を分解するための
薬剤および方法を提供する。
さらに本発明は細胞(たとえば腫瘍細胞のようなもの)または病原性生物(た
とえば、ウイルス、細菌、真菌、その他)を殺すかまたは変異させる試薬および
方法を提供する。これはその細胞または生物をその細胞または生物に特異性を有
する本発明の化合物または組成物と接触させることによるものである。
この本発明の処置法に感受性のあるウイルスは通常の熟練者には容易に決定で
きるものとなろう。これにはヘルペス・シンプレックスウイルス(HSV)、ヒ
トパピローマウイルス(HPV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)などを含む
であろう。
治療的または予防的処置のためには本発明の化合物は医薬的組成物として製剤
化してもよい。これには有効量の活性成分に加えて、医薬的に許容される担体、
増粘剤、希釈剤、緩衝液、保存剤、界面活性剤、その他を含有していてもよい。
医薬的組成物はまた、たとえば抗微生物剤、抗炎症剤、その他のような他の活性
成分を1種またはそれ以上含有していてもよい。
本発明の医薬的組成物は通常の熟練者に知られているような多数の方法で投与
してもよい。投与は、例えば局所的に、経口的に、吸入により、または非経口的
に行ってもよい。
局所的製剤には軟膏剤、ローション剤、クリーム剤、ゲル剤、ドロップ剤、坐
剤、スプレー剤、液剤、および粉剤を包含することもある。経口用製剤には例え
ば粉末剤、顆粒剤、懸濁剤、または水溶液剤または非水性媒体剤、カプセル剤、
または錠剤を包含する。必要ならば、増粘剤、矯味剤、希釈剤、乳化剤、分散補
助剤、または結合剤も使用することがある。
非経口用製剤は緩衝液、希釈剤、およびその他の適当な添加剤を含有している
こともある無菌水溶液を包含することもある。
用量計画は、たとえば処置すべき病状の重症度および応答性のような容易に決
定できる多数の因子に依存するものであるが、しかし正常には数日から数月にわ
たる処置の過程で毎日1回またはそれ以上となるか、または治療が効果を現すま
で、または病状の減退を見るまでとなる。通常の熟練者は至適な用量、投与方策
および反復のレートを容易に決定することができよう。一般的に、本発明の単位
用量剤型の組成物が約0.01mgから約100mgの活性成分、好ましくは約
0.1mgから約10mgの活性成分を含有するものである。局所用製剤(たと
えばクリーム剤、ローション剤、液剤、その他のようなもの)は活性成分の濃度
として約0.01%から約50%まで、好ましくは約0.1%から約10%まで
を有してもよい。
以下の図および反応式は限定的なものではなく、本発明の化合物および有用性
を例示するものである。図I〜IVは結合基Q1およびQ2の構造が異なる本発明
の三量体断片をいくつか示す(本明細書記載の式Iを参照)。B−1(図1)か
らB−24(図6)までに記載した構造は全て結合基の異なる本発明のオリゴヌ
クレオシドの三量体断片を代表するが、ここではBαは好ましくは核酸塩基であ
る。構造C−1(図7)からC−9(図9)まではQ1−N−Q2にあるアザ窒素
原子がインターカレーター部分が結合する部位の役目をする例を代表する。式C
−1(図7)はアクリジン残基がアシル型スペーサーを経て結合する場合を例示
する。式C−2でアクリジン残基はアルキル型スペーサーを経て結合している。
両構造において、インターカレーターはプロピルイミノプロピルであるヌクレオ
シド間結合基にあるN−原子に結合している。C−3からC−6までの構造(図
8)は比較的長い(20から30原子)ホスフェート不含ヌクレオシド間結合基
にあるアザ原子へのインターカレーターの結合の例を示す。図9はコラリーン残
基が結合している本発明の構造を示す。報告されているように(J.S.Lee
、Biochemistry、1993年、32巻:5591〜5597頁)、
コラリーンは二本鎖との結合(結合定数は約103〜104M-1である)と比較し
てトリプレックス結合(結合定数は約106M-1である)にはかなりの優先性を
示す。三重ヘリックスを形成するオリゴヌクレオチドに抱合しているコラリーン
は形成されたトリプレックスの自己安定化に望ましいこともあろう。
図10および図11はDNA共有結合基(すなわちソラーレン)が本発明のヌ
クレオシド間リンカーに抱合する場合を代表する。ソラーレンは二重ストランド
DNA分子に優先的に結合し、オリゴヌクレオチドを形成するトリプレックス内
にある非塩基性部位へのソラーレンの結合はDNA2本鎖の部位修飾の正確さを
かなり増加することになろう。
図12〜図14はアザ−窒素に結合する官能基を有する本発明トリマーユニッ
トの例を示す。これら官能基はDNA活性物質(たとえばインターカレーター、
アルキレーター、DNA結合性抗生物質、またはその他の前記核酸結合基のいず
れか)によるオリゴヌクレオチドの合成後修飾の部位として使用される。
本発明の化合物を合成するための様々な方法を以下の反応式に要約するが、こ
れは以下に詳記する。
式I式II式III式IV式V式VI式VII式VIII 式IX
式X 式XI
式XII式XIII
式XIV式XV
式XVI 反応式Iは糖間結合基−OCH2CH2CH2N[X−B1]−CH2CH2CH2O
CH2−(3’→4’)を有する式B−1(図1)で示される断片を含むトリヌ
クレオシド単位の合成を例示する。保護された塩基および部分的に保護された糖
基を有するヌクレオシド(化合物I)の3’−位をシアノエチル化し(下記の実
施例2)、アミノプロピル誘導体にまで還元し(化合物5、実施例5)、次にト
リフルオロアセチル化する(化合物6、実施例6)。この変換のもう一つの経路
はヌクレオシドの5’−位をアリル化し、続いて3−ブロモプロピル誘導体に変
換する(化合物9)。この反応は実施例7、8および9に例示する。化合物6を
化合物9でアルキル化して化合物10を得る。このオリゴヌクレオシド骨格の塩
基およびアザ−窒素を脱保護して化合物12を得る(実施例5)。化合物12は
本発明の種々の化合物を合成するための鍵となる物質である。例えば、化合物1
2を様々なヘテロ環塩基(たとえば、チミン、シトジン、アデニンおよびグアニ
ン)のカルボキシメチル誘導体の活性化エステルでアシル化すると、各々トリヌ
クレオシド14a、14b、14c、および14dが得られる(下記の実施例1
6〜18)。化合物12をN−保護−ω−アミノ酸誘導体(たとえば、N−Fm
oc−4−アミノ酪酸)でアシル化して、このトリマー性のユニットをオリゴヌ
クレオチド鎖に導入すると、脱保護した後に、その構造にアミノで修飾された(
非塩基性)部位(モチーフE−2、図12)を有するオリゴヌクレオチドが得ら
れる。ここでは脂肪族性のアミノ基は種々のDNA−活性基の結合部位として役
立つ。化合物12をS−保護−ω−メルカプト酸誘導体(たとえば、3−Tr−
4−メルカプト酪酸)でアシル化してこのトリマー性ユニットをオリゴヌクレオ
チド鎖に導入すると、脱保護の後に、その構造にメルカプトで修飾された(非塩
基性)部位(モチーフE−3、図12)を有するオリゴヌクレオチドが得られる
。ここでは脂肪族性のメルカプト基は種々のDNA−活性基の結合部位として役
立つ。化合物12を2,3−ジ−O−Fmoc−1−O−カルボキシメチルグリ
セリンの活性化誘導体でアシル化してこのトリマー性ユニットをオリゴヌクレオ
チド鎖に導入すると、脱保護の後に、その構造にシス−ジオールで修飾された(
非塩基性)部位(モチーフE−4、図12)を有するオリゴヌクレオチドが得
られる。このシス−ジオール基は過沃素酸酸化の後に種々のDNA−活性基の結
合部位として役立つアルデヒド基を与える。化合物12をジカルボン酸(たとえ
ば、アジピン酸、ピメリン酸、スベリン酸、その他)のN−Fmoc−保護モノ
ヒドラジド誘導体の活性化誘導体でアシル化してこのトリマー性ユニットをオリ
ゴヌクレオチド鎖に導入すると、脱保護後に、その構造にヒドラジドで修飾され
た(非塩基性)部位(モチーフE−5、図12)を有するオリゴヌクレオチドが
得られる。このヒドラジド基は脱保護の後に種々のDNA−活性基の結合部位と
して役立つ。
反応式IIは糖間結合基−OCH2CH2CH2N[X−B1]−CH2−C(=
O)NHQ3−CH2−(3’→4’)を有する断片を含むオリゴヌクレオシドを
製造するための中間体の合成を例示する。このオリゴヌクレオチド類縁体には式
B−2、B−3、またはB−4(図1)を有する化合物を包含する。化合物6(
反応式Iおよび実施例6を参照)はこの中間体を合成するための出発物質である
。化合物6をDMF中、水素化ナトリウムの存在下にブロモ酢酸のt−ブチルエ
ステルでアルキル化して化合物19を得る(実施例23)。これは水素化すると
化合物20に変換される(実施例24)。トリフルオロアセチル保護基を化合物
20からアンモノリシスによって脱離させて化合物21が得られる(実施例25
)。化合物21を核酸塩基の活性化カルボキシメチル誘導体でアシル化して化合
物22を得(実施例26、27、28)、これを脱保護し、5’−O−保護基を
テトラヒドロピラニルからモノメトキシトリチルに交換した後、カルボン酸誘導
体23に変換する(実施例29、30、31)。化合物23は直接的な縮合のた
めに使用でき、また、例えば、活性化エステル24に変換できる(実施例32、
33、34)。
反応式IIIは糖間結合基−Q3NHC(=O)CH2N[X−B1]CH2−C
H2CH2OCH2−(3’→4’)を有する断片を含むオリゴヌクレオシドの製
造用の中間体の合成を例示する。このオリゴヌクレオシドには式B−5、B−6
、またはB−7(図2)を有する化合物を包含する。化合物7(反応式I、実施
例7を参照)はこの中間体を合成するための出発物質である。化合物7をシアノ
エ
チル化して化合物25を得る(実施例35)。これは還元の後にトリフルオロア
セチル化して化合物26を得る(実施例36)。化合物26をDMF中、水素化
ナトリウムの存在下にブロモ酢酸のt−ブチルエステルでアルキル化して化合物
27を得る(実施例37)。これは酸性で脱保護した後にカルボン酸誘導体28
に変換する(実施例38)。化合物28を飽和アンモニア性エタノール溶液で処
理し、核酸塩基の活性化カルボキシメチル誘導体でアシル化して化合物29を得
る(実施例39、40、および41)。化合物29をジメトキシトリチル化して
3’−ヒドロキシル基を保護して化合物30を得る(実施例42)。これは直接
的な縮合のために使用でき、また、例えば、活性化エステル31に変換できる(
実施例43)。
反応式IVは一般式24の化合物から出発して、式B−2、B−3、またはB
−4(図1)のモチーフを含むトリヌクレオシド33の合成を例示する。また、
反応式IVは部分的に保護されたトリヌクレオシド32からホスホロアミダイト
34およびCPG誘導体35への変換経路を示す。
反応式Vは一般式31の化合物から出発して式B−5、B−6、またはB−7
(図2)のモチーフを含むトリヌクレオシド37を合成する実例を例示する。ま
た、反応式Vは部分的に保護されたトリヌクレオシド36からホスホロアミダイ
ト38およびCPG誘導体39への変換を示す。
反応式VIは糖間結合基−OCH2CH2CH2N[X−B1]CH2C(=O)
NHCH2CH2−(3’→4’)を含むペプチド様オリゴヌクレオシド54の合
成を例示する。合成の方策は反応式Iに記載したものと同様である。保護された
塩基および部分的に保護された糖部分を有するホモヌクレオシド(化合物40、
実施例43)の3’−位をシアノエチル化すると化合物41が得られる(実施例
44)。これの5’−O−保護基をモノメトキシトリチルからテトラヒドロピラ
ニルに交換した後に化合物42に変換する(実施例45)。化合物42を還元し
てアミノプロピル誘導体とする(化合物43、実施例46)。アミノ基をトリフ
ルオロアセチル保護基で閉鎖して化合物44を得る(実施例47)。化合物44
を水素化ナトリウムの存在下にブロモ酢酸のt−ブチルエステルでアルキル化す
る(化合物45、実施例48)。6’−O−THP基をTHF中でCBr4/P(
Ph)3で処理してブロモ誘導体に変換する(化合物46、実施例49)。化合
物46をDMF中でジ−t−ブチルイミノジカルボン酸のナトリウム塩で処理し
て化合物47を得る(実施例50)。これは加水素分解およびアンモニア処理で
化合物48に変換される。化合物48を核酸塩基の活性化カルボキシメチル誘導
体でアシル化すると修飾されたジヌクレオシド49が得られる(実施例52およ
び53)。酸活性保護基(Boc−およびtert−ブチル保護基)は50%T
FA/DCMで除去され、6’−アミノ官能基をモノメトキシトリチル保護基で
閉鎖して化合物50を得る(実施例54および55)。化合物50は化合物54
の式の中の角括弧内に示す規則的な反復エレメントを有するオリゴヌクレオシド
を固相ペプチド合成様に合成するためのビルディングブロックとして使用できる
。化合物50はまた反応式VIに示すように溶液中でのペプチド様オリゴヌクレ
オシドの合成のためのビルディングブロックとして使用できる(化合物53およ
び化合物54、実施例59〜実施例64)。
反応式VIIは糖間結合基−OCH2CH2CH2N[X−B1]CH2C(=O
)NHN(CH3)CH2−(3’→4’)を含むペプチド様オリゴヌクレオシド
69の合成を例示する。合成の方策は反応式VIに記載したものと同様である。
反応式VIIIは一般式13で示される物質(反応式I参照)から出発して、
式B−1(図1)で示されるモチーフを含むトリヌクレオシドのホスホロアミダ
イト18およびトリヌクレオシドのCPG誘導体17の合成を例示する。
反応式IXはアミノアルキルリンカーを含む非塩基性部位を有する5’−モノ
メトキシトリチル保護トリヌクレオシド(化合物71)の合成およびこの化合物
のホスホロアミダイト72への変換を例示する。オリゴヌクレオチド鎖にホスホ
ロアミダイト72を導入した後に脱保護すると、その構造にアミノ修飾(非塩基
性)部位(モチーフE−2、図12)を有するオリゴヌクレオチドを得る。その
脂肪族性アミノ基は種々のDNA活性基、たとえばアクリジン基(構造C−1、
図7)、コラリーン基(構造C−8、図9)またはソラーレン基(構造D−1、
図10)、などのための選択的結合部位として役立つ。
反応式Xは脂肪族性メルカプト基を含む非塩基性部位を有する5’−モノメト
キシトリチル保護トリヌクレオシド(化合物74)の合成およびこの化合物のホ
スホロアミダイト75への変換を例示する。オリゴヌクレオチド鎖へのホスホロ
アミダイト75の導入は、脱保護の後、その構造にメルカプト修飾(非塩基性)
部位(モチーフE−3、図12)を有するオリゴヌクレオチドを得る。その脂肪
族性アミノ基は種々のDNA活性基、たとえばソラーレン基(構造D−2、図1
0)、などのための選択的結合部位として役立つ。
反応式XIはFmoc−保護ヒドラジド修飾非塩基性部位(モチーフE−5、
図13)を含むトリヌクレオシドのホスホロアミダイト75の合成を例示する。
反応式XIIは2,3−ジ−O−Ac−1−O−カルボキシメチルグリセリン
修飾非塩基性部位(モチーフE−4、図12)を有するトリヌクレオシドのホス
ホロアミダイト81の合成を例示する。この三量体ユニットをオリゴヌクレオチ
ド鎖に導入すると、脱保護した後に、その構造にシス−ジオール修飾非塩基性部
位(モチーフE−3、図12)を有するオリゴヌクレオチドを得る。このシス−
ジオール基は、過ヨード酸酸化すると、様々なDNA活性基の結合部位としての
アルデヒド基を与える。
反応式XIIIはトリヌクレオシド骨格にトリフルオロアセチル保護アザ−窒
素を含む非塩基性部位(モチーフE−1、図12)を有するホスホロアミダイト
83の合成を例示する。この三量体ユニットをオリゴヌクレオチド鎖に導入する
と、脱保護した後に、その構造にトリヌクレオシド骨格中のアザ−窒素に置換基
を含まない非塩基性部位(モチーフE−1、図12)を有するオリゴヌクレオチ
ドを得る。
反応式XIVはコラリーンのカルボキシル誘導体における活性化エステル88
の合成を例示する。化合物88はコラリーン部分を有するアミノアルキル型リン
カーを含むオリゴヌクレオチドの合成後修飾に使用される。
反応式XVはソラーレンのカルボキシル誘導体における活性化エステル93の
合成を例示する。化合物93はソラーレン部分を有するアミノアルキル型リンカ
ーを含むオリゴヌクレオチドの合成後修飾に使用される。
反応式XVIはオリゴヌクレオシド骨格にトリフルオロアセチルで保護された
アザ−窒素を含む非塩基性部位(モチーフE−9、図14)を数個有するホスホ
ロアミダイト101の合成を例示する。このユニットをオリゴヌクレオチド鎖に
導入すると、脱保護した後に、その構造にマイナス荷電燐酸基をその断片の骨格
に含まない非塩基性ポリオキサアザアルキレン断片で結合している規則的なホス
ホジエステルオリゴヌクレオチドのクラスター(モチーフE−9、図14)を有
するオリゴヌクレオチドを得る。
以下の実施例は本発明の化合物および利用を例示するが、それを限定するもの
ではない。
温度は全て摂氏で表す(25℃は常温または室温を示す)。別段の記載がなけ
れば部は全て重量部であるが液体混合物については例外的に容積で表す。以下の
略号を使用した:AcOEtは酢酸エチル;DCEは1,2−ジクロロエタン;
DCMはジクロロメタン;DIPFAはジイソプロピルエチルアミン;DMFは
ジメチルホルムアミド;DMSOはジメチルスルホキシド;EtOHはエタノー
ル;MeOHはメタノール;THFはテトラヒドロフラン;Pyはピリジン;P
heはフェニル基;PPTSはp−トルエンスルホン酸ピリジン塩;TFAはト
リフルオロ酢酸;Thyはチミン−1−基;Meはメチル基;Etはエチル基;
Glyはアミノ酸であるグリシンの残基;dTはデオキシチミジン;DMTはジ
メトキシトリチル保護基;MMTはモノメトキシトリチル(p−アニシルジフェ
ニルメチル)保護基;BOMはベンジルホキシメチレン保護基;CEはシアノエ
チル保護基;Bzlはベンジル保護基;Bocはtert−ブトキシカルボニル
保護基;t−Buはtert−ブチル保護基;THPはテトラヒドロピラニル保
護基;NMRは核磁気共鳴スペクトル;MSは質量スペクトル;TLCはシリカ
ゲル上の薄層クロマトグラフィー;HPLCは高速液体クロマトグラフィー;m
pは融点;mp dは分解を伴う融点;bpは沸点。NMRデータの記載には、
化学シフトをppmで、および結合定数(J)をヘルツ(Hz)で示す。融点は
全て未補正である。実施例1
3−N−ベンジルオキシメチル−5'−O−(p−アニシルジフェニルメチル)チミ
ジン、1
5'−O−(p−アニシルジフェニルメチル)チミジン(25.75g、50ミリ
モル)の無水DMF(350ml)溶液に攪拌下60%水素化ナトリウム(2.00
g、50ミリモル)の懸濁液を加える。混合物を室温で1時間攪拌し、BOM−
Cl(7.67g、49ミリモル)を加える。混合物を室温で2時間攪拌し、DM
Fを留去する。残渣を1リットルの酢酸エチル−水混合液に溶解する。有機層を
水(250ml)で2回および食塩水(250ml)で2回、順次洗浄し、硫酸マグ
ネシウムで乾燥、真空乾固する。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(
8x35cm)に供し、トルエン/酢酸エチルで溶出(酢酸エチルが10%から4
0%で勾配溶出)して、白色泡状の3−N−3'−O−(ジ−ベンジルオキシメチ
ル)−5'−O−(p−アニシルジフェニルメチル)チミジン(4.15g、11%)
実施例2
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(2−シアノエチル)−5'−O−(p−
アニシルジフェニルメチル)チミジン、2
化合物1(12.70g、20ミリモル)の無水THF(150ml)溶液に攪拌
下60%水素化ナトリウム(60mg、50ミリモル)懸濁液を1度に加え、無水
アクリロニトリル(5ml)を5分間かけて滴下する。得られた混合物を周囲温度
でさらに1時間攪拌する。混合物を真空乾固する。残渣を酢酸エチル(500m
l)に溶解する。有機層を食塩水(250ml)で2回洗浄し、硫酸マグネシウム
で乾燥し、真空乾固する。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(4.5
x30cm)に供し、トルエン/酢酸エチルで溶出(酢酸エチルが10%から15
%で勾配溶出)して、無色油状の化合物2(12.66g、92%)を得る。
実施例3
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(2−シアノエチル)チミジン、3化
合物2(12.04g、17.5ミリモル)の3%TFA/DCE溶液を15
分間周囲温度に保つ。反応混合物を5%炭酸水素ナトリウム(150ml)で3回
および水(150ml)で2回、順次洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥、真空乾固
する。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(4.5x20cm)に供し、
3%メタノール/クロロホルムで溶出して、無色油状の化合物3(6.90g、9
5%)を得る。
実施例4
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(2−シアノエチル)−5'−O−(テ
トラヒドロピラン−2−イル)チミジン、4
化合物3(6.90g、16.6ミリモル)の無水DCM(150ml)溶液に攪拌
下PPTS(100mg、0.4ミリモル)を加え、DHP(5ml)を15分間か
けて滴下する。得られた混合物を周囲温度で更に3時間攪拌する。反応混合物を
真空乾固し、トルエン(100ml)で2回共沸し、酢酸エチル(250ml)に溶
解、ついで5%炭酸水素ナトリウム(100ml)で3回、および食塩水(100
ml)で2回、順次洗浄する。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(4.
5x30cm)に供し、トルエン/酢酸エチル(1:1)で溶出して、無色油状の
化合物4(7.62g、92%)を得る。 実施例5
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(3−アミノプロピル)−5'−O−(
テトラヒドロピラン−2−イル)チミジン、5
化合物4(7.0g、14ミリモル)と塩化コバルト6水和物(6.66g、28ミ
リモル)のメタノール(150ml)溶液に攪拌下水素化ホウ素ナトリウム(4.4
8g、140ミリモル)を4回に分けて15分間かけて加える。得られた混合物
を周囲温度で更に1時間攪拌し、28%水酸化アンモニウム(70ml)を加え、周
囲温度で15分間攪拌する。混合物を遠心分離し、上清を集め、沈澱物をメタノ
ールで2回洗浄する。集めた上清を留去し、残渣をクロロホルムに懸濁し、不溶
物を濾別し、濾液を真空乾固する。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー
(4.5x25cm)に供し、クロロホルム/メタノール/28%水酸化アンモニ
ウム(100:3:0.25)で溶出して、黄色油状の化合物5(4.37g、62
%)を得る。 実施例6
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(3−トリフルオロアセタミドプロピ
ル)−5'−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)チミジン、6
化合物5(4.00g、8.0ミリモル)、DIPEA(0.5ml)およびトリフ
ルオロ酢酸エチル(7ml)の無水エタノール溶液を周囲温度に一晩保つ。反応混
合物を真空乾固し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(4.5x25c
m)に供し、トルエン/酢酸エチル(7:3)で溶出して、無色油状の化合物6(4
.46g、93%)を得る。 実施例7
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(ベンジル)チミジン、7
化合物1(33.25g、50ミリモル)の無水DMF(150ml)溶液に攪拌
下60%水素化ナトリウム(2.4g、60ミリモル)の懸濁液を加え、1時間後
、さらに臭化ベンジル(12.0g、8.4ml、70ミリモル)を5分間かけて滴
下する。得られた混合物を周囲温度で一晩攪拌し、DMFを真空乾固して除く。
残渣を酢酸エチル(600ml)に溶解し、水(200ml)で1回、および食塩水
(200ml)で2回順次洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥、ついで真空乾固する
。残渣をトルエン(300ml)で2回共沸し、3%TFA/DCE(700ml)
に溶解し、15分間周囲温度に保つ。反応混合物を5%炭酸水素ナトリウム(2
50ml)で3回、および水(250ml)で2回順次洗浄し、硫酸マグネシウム
で乾燥し、真空乾固する。残渣をトルエン/ヘキサンで結晶化して白色結晶の化
合物7(17.42g、77%)を得る。母液をシリカゲルカラムクロマトグラフ
ィー(2.5x25cm)に供し、トルエン/酢酸エチル(7:3)で溶出して、化
合物7のさらに2.15g(9.5%)が単離できる。
実施例8
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(ベンジル)−5'−O−(アリル)チミ
ジン、8
化合物7(6.75g、15ミリモル)の無水DMF(75ml)溶液に攪拌下6
0%水素化ナトリウム(0.80g、20ミリモル)の懸濁液を加え、1時間後、
さらに臭化アリル(3.02g、2.16ml、25ミリモル)を5分間かけて滴
下
する。得られた混合物を周囲温度で2時間攪拌し、DMFを真空乾固して除く。
残渣を酢酸エチル(300ml)に溶解し、水(100ml)で1回および食塩水(
100ml)で2回順次洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥、ついで真空乾固する
。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(2.5x25cm)に供し、トル
エン/酢酸エチル(9:1)で溶出して無色油状の化合物8(7.05g、95%)
実施例9
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(ベンジル)−5'−O−(3−ブロモ
プロピル)チミジン、9
隔壁口温度計口、および磁石攪拌機を備えた、乾燥した50ml容量のフラス
コにアルゴンガスを浴びせ、アルゴン加圧下に保つ。フラスコに化合物8(4.
5g、9.1ミリモル)の無水THF(10ml)溶液を入れ、0℃まで冷却する。
水素化ホウ素の1M THF溶液(3.1ml、9.3ミリモル)を5分間かけて滴
下する。得られた混合物を0℃で30分間攪拌し、ついで周囲温度で30分間攪
拌する。さらにメタノール(60μl)を加えて過剰の水素化物を分解する。溶液
を−10℃に冷却し、食塩水(1.94g、0.62ml)12.1ミリモル)を10
分間かけて滴下する。さらに、ナトリウムメトキシドの4.34M溶液(3.5m
l、15.2ミリモル)を0℃で45分間かけて滴下する。反応混合物を酢酸エチ
ル(150ml)で希釈し、飽和炭酸水素ナトリウム(50ml)で3回および食塩
水(50ml)で2回、順次洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空乾固する。
残渣をトルエン100mlで2回共沸する。残渣をシリカゲルカラムクロマトグ
ラフィー(4.5x25cm)に供し、トルエン/酢酸エチルで溶出(酢酸エチルが
0%から10%の勾配溶出)して無色油状の化合物9(2.10g、40%)を得
実施例10
3−N−ベンジルオキシメチル−5'−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)
−3'−O−[(4−N−トリフルオロアセチル)−1,7−ヘプトアザ−4−ンジ
イル]チミジリル−(3'→5’)−3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−(
ベンジル)チミジン,10
無水DMF(10ml)中の化合物6(2.00g、3.3ミリモル)の撹拌溶液に、
60%NaH(140mg、3.5ミリモル)の懸濁液を加え、1時間後、無水D
MF(5ml)中の化合物9(2.00g、3.5ミリモル)の溶液を加える。得られる
混合物を50℃で一夜撹拌し、周囲温度に冷却する。60%NaH(40mg、1
ミリモル)をさらに加え、1時間後無水DMF(2ml)中の化合物9(600mg、1
.0ミリモル)の溶液を加える。得られる混合物を50℃で一夜撹拌し、周囲温
度に冷却し、DMFを乾固するまで減圧蒸発する。残渣をEtOAc(100ml)
に溶解し、水(1×30ml)および食塩水(2×30ml)で連続的に洗浄し、乾燥(
MgSO4)し、乾固するまで減圧蒸発する。残渣を、溶離液としてトルエン/
EtOAc(10〜50%のEtOAc勾配)を用いるシリカゲルカラムクロマ
トグラフィー(2.5×25cm)に付し、化合物10(2.99g、収率83%)を白
色泡
実施例11
5'−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)−3'−O−[(4−N−トリフルオ
ロアセチル)−1,7−ヘプトアザ−4−ンジイル]チミジリル−(3'→5')−チ
ミジン,11
EtOAc/MeOH(1/1)混合液中の化合物10(2.18g、2.0ミ
リモル)の撹拌溶液に、10%Pd/C(Degussaタイプ、アルドリッチ)(1.1g)
を加える。フラスコを脱気し、次いで水素で3回フラッシュし、最後に40〜5
0psiの水素を充填する。得られる懸濁液を23℃で14時間激しく撹拌する。
懸濁物質をブフナーロートに置いたセライトパッドで濾去し、次いでロートを少
量のEtOAcおよびMeOHで数回すすぐ。濾液と洗液を合わせ、乾固するま
で減圧蒸発する。残渣を、溶離液としてMeOH/CHCl3を用いるシリカゲ
ルカラムクロマトグラフィー(2.5×25cm)に付し、化合物11(1.32g、収率
87%)を白色泡状物で得る。 実施例12
5'−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)−3'−O−(1,7−ヘプトアザ−
4−ンジイル)チミジリルー(3'→5')−チミジン,12
12%NH3/EtOH−28%NH4OHの3:1混合液(20ml)中の化合物
11(1.14g、1.5ミリモル)の溶液を65℃にて一夜維持する。反応混合物
を冷却し、乾固するまで減圧蒸発し、残渣を、溶離液としてCHCl3/MeO
H/28%NH4OH(95/5/0.5)を用いるシリカゲルカラムクロマトグ
ラフィー(4.5×25cm)に付し、化合物12(0.96g、収率96%)を白色固
体で得る。
実施例13
5'−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)−3'−O−{4−N−[(チミジン
−1−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−4−ンジイル}チミジリル−(3'→
5')−チミジン,13a
無水DMF(3.0ml)中の化合物12(333mg、0.50ミリモル)、チミジ
ン−1−イル酢酸ペンタフルオロフェニルエステル(210mg、0.60ミリモ
ル)およびDIPEA(0.6ミリモル)の溶液を周囲温度で2時間維持し、DMF
を蒸発する。残渣を、溶離液としてCHCl3/MeOH/28%NH4OH(9
7/3/0.1)を用いるシリカゲルカラムクロマトグラフィー(2.5×25cm)
に付し、化合物13a(407mg、収率98%)を白色固体で得る。
実施例14
5'−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)−3'−O−{4−N−[(4−N−(
イソブチリル)シチジン−1−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−4−ンジイ
ル}チミジリル−(3'→5')−チミジン,13b
無水DMF(3.0ml)中の化合物12(333mg、0.50ミリモル)、[4−N
−(イソブチリル)シチジン−1−イル]酢酸ペンタフルオロフェニルエステル(2
43mg、0.60ミリモル)およびDIPEA(0.6ミリモル)の溶液を周囲温度
で2時間維持し、DMFを蒸発する。残渣を、溶離液としてCHCl3/MeO
H(0〜7%のメタノール勾配)を用いるシリカゲルカラムクロマトグラフィー
(2.5×20cm)に付し、化合物13b(422mg、収率95%)を白色固体で得
る。1H−および13C−NMRにて構造を確認する。
実施例15
5'−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)−3'−O−{4−N−[(6−N−(
フェノキシアセチル)アデニン−9−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−4−
ンジイル}チミジリル−(3'→5')−チミジン,13c
無水DMF(3.0ml)中の化合物12(333mg、0.50ミリモル)、[6−N
−(フェノキシアセチル)アデニン−7−イル]酢酸ペンタフルオロフェニルエス
テル(296mg、0.60ミリモル)およびDIPEA(0.6ミリモル)の溶液を周
囲温度で2時間維持し、DMFを蒸発する。残渣を、溶離液としてCHCl3/
MeOH(0〜7%のメタノール勾配)を用いるシリカゲルカラムクロマトグラ
フィー(2.5×20cm)に付し、化合物13c(412mg、収率87%)を白色固体
で得る。1H−および13C−NMRにて構造を確認する。
実施例16
3'−O−{4−N−(チミジン−1−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−4
−ンジイル}チミジリル−(3'→5')−チミジン,14a
無水EtOH(6ml)中の化合物13a(300mg、0.40ミリモル)およびP
PTS(300mg、0.4ミリモル)の溶液を35℃で一夜維持する。反応混合物
を、溶離液としてMeOHを流速10ml/hにて用いるセファデックスLH−2
0カラムクロマトグラフィー(3.0×120cm)に付し、化合物14a(287mg
、収率96%)を白体固体で得る。
実施例17
3'−O−{[4−N−(シチジン−1−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−
4−ンジイル}チミジリル−(3'→5')−チミジン,14b
NH3で飽和したEtOH(5ml)中の化合物13b(355mg、0.40ミリモ
ル)の溶液を周囲温度で一夜維持する。反応混合物を乾固するまで減圧蒸発する
。
無水EtOH(6ml)中の残渣およびPPTS(300mg、0.4ミリモル)を35
℃にて一夜維持する。反応混合物を、溶離液としてMeOHを流速10ml/hに
て用いるセファデックスLH−20カラム(3.0×120cm)クロマトグラフ
ィーに付し、化合物14b(280mg、収率87%)を得る。
実施例18
3'−O−{4−N−[(アデニン−9−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−
4−ンジイル}チミジリル−(3'→5')−チミジン,14c
化合物13c(380mg、0.40ミリモル)を実施例17と同様に処理して化
合物14c(240mg、収率82%)を得る。1H−NMRにて構造を確認する。
実施例19
5'−O−(p−アニシルジフェニルメチル)−3'−O−{[4−N−(チミジン
−1−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−4−ンジイル}チミジリル−(3'→
5')−チミジン,15
無水EtOH(6ml)中の化合物13a(225mg、0.30ミリモル)およびP
PTS(300mg、0.40ミリモル)の溶液を35同様で一夜維持する。無水P
y(20ml)を反応混合物に加える。反応混合物を減圧蒸発し、次いで無水Py(
3×10ml)と共沸し、無水Py(5ml)に溶解し、MMT−Cl(110mg、0.3
6ミリモル)を加える。反応混合物を周囲温度で一夜維持し、次いでMeOH(1
00μl)を加え、30分後、反応混合物をCHCl3(50ml)に注ぎ入れる。有
機層をNaHCO3(3×15ml)、食塩水(2×15ml)で洗浄し、乾燥(MgSO4
)し、乾固するまで減圧蒸発し、残渣を、溶離液としてCHCl3/MeOH/
28%NH4OH(97/2/0.1)を用いるシリカゲルカラムクロマトグラフ
ィー(2.5×10cm)に付し、化合物5(279mg、収率91%)を白色泡状物で
得る。
実施例20
5'−O−(p−アニシルジフェニルメチル)−3'−O−{[4−N−(チミジン
−1−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−4−ンジイル}チミジリル−(3'→
5')−3'−O−(スクシノイル)チミジン,16
化合物15(252mg、0.25ミリモル)を無水Py(3×5ml)と共沸し、P
y(3ml)に溶解する。スクシン酸無水物(100mg、1ミリモル)およびDMAP
(30mg、0.25)を加え、反応混合物を周囲温度で一夜維持する。水/Pyの
1:3混合物(4ml)を加え、周囲温度で一夜維持する。反応混合物を蒸発し、残
渣をCHCl3(25ml)に溶解し、0.5Mクエン酸(3×10ml)および食塩水(
2×10ml)で連続的に線上し、乾燥(MgSO4)し、乾固するまで減圧蒸発する
。残渣を、無水ジオキサン(2×5ml)と共沸し、無水ジオキサン(3ml)から凍結
乾燥して化合物16(270mg、収率97%)を得る。
実施例21
CPG結合トリヌクレオシド 16、17
トリヌクレオシド16をスクシンイミドエステルに変換し、長鎖アルキルアミ
ンCPG(500オングストローム、シグマ)で処理する。15〜20μM/g
のローディングをもつ、得られるCPG17を用いて、標準的プロトコルにした
がって固相オリゴヌクレオチド合成を行う。
実施例22
5'−O−(p−アニシルジフェニルメチル)−3'−O−{[4−N−(チミジン
−1−イル)アセチル]−1,7−ヘプトアザ−4−ンジイル}チミジリル−(3'→
5')−3'−[(β-シアノエトキシ)−N−(ジイソプロピル)ホスフィリル]チミ
ジン,18
化合物15(504mg、0.5ミリモル)をアルゴン雰囲気下、無水ジクロロメ
タン(7ml)に溶解する。ジイソプロピルエチルアミン(0.22ml、1.23ミリモ
ル)を加え、反応混合物を−30℃に冷却する。反応混合物にクロロ(ジイソプロ
ピルアミノ)−β−シアノエトキシホスフィン(0.75ミリモル)を加え、反応混合
物を20℃まで暖め、4時間撹拌する。酢酸エチル(40ml)およびトリエチルア
ミン(0.5ml)を加え、溶液を食塩水(3×20ml)で洗浄する。有機相を分離し
、乾燥(Na2SO4)する。固体を濾過後、溶媒を20℃にて減圧蒸発し、次いで
得られた油状物を、溶離液としてトルエン−酢酸エチル−トリエチルアミン(2
0:80:1)を用いるシリカゲルクロマトグラフィーに付して精製する。次い
で、画分を20℃で減圧蒸発(1トール)し、残渣を無水ピリジンで蒸発し、残
分をベンゼン−アセトニトリル(1:1)から凍結乾燥して標記化合物18を得
る。
実施例23
3−N−ベンジルオキシメチル−3'−O−[3−N−(トリフルオロアセチル)
−3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル]−5'−O
−(テトラヒドロピラン−2−イル)チミジン,19
無水DMF(10ml)中の化合物6(2.00g、3.3ミリモル)の撹拌溶液に、
60%NaH懸濁液(140mg、3.5ミリモル)を加え、1時間後、ブロモ酢酸
tert−ブチルエステル(FW195.06、d1.321)(0.68g、0.52ml
3.5ミリモル)を加える。得られる混合物を50℃で一夜撹拌し、周囲温度に冷
却する。さらに60%NaH(40mg、1ミリモル)を加え、1時間後ブロモ酢酸
tert−ブチルエステル(0.20mg、0.15ml、1ミリモル)を加える。得られる混
合物を50℃で一夜撹拌し、周囲温度に冷却し、DMFを乾固するまで減圧蒸発
する。残渣をEtOAc(100ml)に溶解し、水(1×30ml)および食塩水(2
×30ml)で連続的に洗浄し、乾燥(MgSO4)し、乾固するまで減圧蒸発する。
残渣を、溶離液としてトルエン/EtOAc(10〜50%のEtOAc勾配)
を用いるシリカゲルカラムクロマトグラフィー(2.5×25cm)に付して化合
物19(2.10g、収率89%)を白色泡状物で得る。
実施例24
3'−O−[3−N−(トリフルオロアセチル)−3−N−(tert−ブトキシカル
ボニルメチル)−3−アミノプロピル]−5'−O−(テトラヒドロピラン−2−イ
ル)チミジン,20
EtOAc(50ml)中の化合物19(2.14g、3.0ミリモル)の撹拌溶液に
、10%Pd/C(Degussaタイプ、アルドリッチ)(1.1g)を加える。フラスコ
を脱気し、次いで水素で3回フラッシュし、最後に40〜50psiの水素を充填
する。得られる懸濁液を23℃で14時間激しく撹拌する。懸濁物質をブフナー
ロートに置いたセライトパッドで濾去し、次いでロートを少量のEtOAcおよ
びMeOHで数回すすぐ。濾液と洗液を合わせ、乾固するまで減圧蒸発する。残
渣を、溶離液としてトルエン/EtOAc(10〜70%のEtOAc勾配)を
用いるシリカゲルカラムクロマトグラフィー(2.5×25cm)に付し、化合物2
0(1.59g、収率87%)を白色泡状物で得る。
実施例25
3’−O−[3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプ
ロピル]−5’−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)チミジン,21
化合物20(1.82g、3.0mmol)の12%NH3/エタノール−2
8%NH4OHの3:1混液中溶液を一晩65℃にて放置する。この反応混合物
を冷却し、減圧下に蒸発乾固し、得られた残留物に対しCHCl3/28%NH4
OH(99.5/0.5)(メタノール0から70%のグラジエント)を溶出液
として用いるシリカゲルカラム(4.5x25cm)のクロマトグラフィーにか
け、化合物21(1.47g(96%))を油状物として得た。
実施例26
3’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(tert
−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル}−5’−O−(テトラヒ
ドロピラン−2−イル)チミジン,22a
化合物21(1.02g、2.00mmol)、チミン−1−イル酢酸のペン
タフルオロフェニルエステル(0.77g、2.10mmol)およびDIPE
A(2.10mmol)の無水DMF(10.0ml)溶液を環境温度にて4時間
放置し、DMFを留去する。得られた残留物に対しCHCl3/メタノール/2
8%NH4OH(97/3/0.1)を溶出液として用いるシリカゲルカラム(
2.5x25cm)のクロマトグラフィーにかけ、化合物22(1.33g(9
8%))を白色固形物として得た。
実施例27
3’−O−{3−N−[((4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)ア
セチル]−3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロ
ピル}−5’−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)チミジン,22b
化合物21(1.02g、2.00mmol)、[4−N−(イソブチリル)
シチジン−1−イル]酢酸のペンタフルオロフェニルエステル(0.85g、2
.10mmol)およびDIPEA(2.10mmol)の無水DMF(10.
0ml)溶液を環境温度にて4時間放置し、DMFを留去する。得られた残留物
に対しCHCl3/メタノール/(メタノール0から7%のグラジエント)を溶
出液として用いるシリカゲルカラム(2.5x25cm)のクロマトグラフィー
にかけ、化合物22b(1.42g(97%))を白色固形物として得た。実施例28
3’−O−{3−N−[((6−N−(フェノキシアセチル)アデニン−9−イ
ル)アセチル]−3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミ
ノプロピル}−5’−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)チミジン,22c
化合物21(1.02g、2.00mmol)、[6−N−(フェノキシアセ
チル)アデニン−9−イル]酢酸のペンタフルオロフェニルエステル(1.04
g、2.10mmol)およびDIPEA(2.10mmol)の無水DMF(
10.0ml)溶液を環境温度にて4時間放置し、DMFを留去する。得られた
残留物に対しCHCl3/メタノール/(メタノール0から7%のグラジエント
)を溶出液として用いるシリカゲルカラム(2.5x25cm)のクロマトグ
ラフィーにかけ、化合物22c(1.51g(92%))を白色固形物として得
た。
実施例29
3’−O−{3−N−[((チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(カルボ
キシメチル)−3−アミノプロピル}−5’−O−(p−アニシルジフェニルメ
チル)チミジン,23a
化合物22a(1.69g、2.5mmol)の50%TFA/DCM(50
ml)溶液を環境温度に30分放置した。この反応混合物を減圧下に留去し、得
られた残留物をトルエン(2x50ml)、Py(3x50ml)と共沸させ、
無水Py(25ml)に溶解し、MMT−Cl(0.93g、3.0mmol)
を加える。この反応混合物を環境温度に一晩放置し、留去する。得られた残留物
をCHCl3(150ml)に懸濁し、水(2x50ml)、冷クエン酸(3x
30ml)および塩水(ブライン)(2x50ml)で連続して洗浄し、硫酸マ
グネシウムで乾燥し、減圧下に留去する。得られた残留物をCHCl3/ヘキサ
ンから再沈殿する。この沈殿物を捕集し、減圧下に乾燥し、化合物23a(1. 実施例30
3’−O−{3−N−[((4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)ア
セチル]−3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル}−5’−O−
(p−アニシルジフェニルメチル)チミジン,23b
化合物22b(1.46g、2.00mmol)を実施例29に記載のように
して処理し、標題化合物23b(1.47g、85%)を得た。
実施例31
3’−O−{3−N−[(6−N−(フェノキシアセチル)アデニン−1−イル
)アセチル]−3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル}−5’−
O−(p−アニシルジフェニルメチル)チミジン,23c
化合物22c(1.64g、2.00mmol)を実施例29に記載のように
して処理し、標題化合物23c(1.49g、78%)を得た。
実施例32
3’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(ペンタフ
ルオロフェノキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル}−5’−O−(p
−アニシルジフェニルメチル)チミジン,24a
化合物23a(1.00mmol)、ペンタフルオロフェノール(1.1mm
ol)およびN,N'−ジシクロヘキシルカルボジイミド(1.1mmol)の
DMF(7ml)中溶液を環境温度に1時間放置する。N,N'−ジシクロヘキ
シル尿素を濾別し、得られた化合物24aの溶液を精製せずに使用する。
実施例33
3’−O−{3−N−[(4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)アセ
チル]−3−N−(ペンタフルオロフェノキシカルボニルメチル)−3−アミノ
プロピル}−5’−O−(p−アニシルジフェニルメチル)チミジン,24b
化合物23b(1.00mmol)を実施例32に記載のようにして処理し、
標題化合物24bの溶液を得た。
実施例34
3’−O−{3−N−[(6−N−(フェノキシアセチル)アデニン−1−イル
)アセチル]−3−N−(ペンタフルオロフェノキシカルボニルメチル)−3−
アミノプロピル}−5’−O−(p−アニシルジフェニルメチル)チミジン,2
4c
化合物23c(1.00mmol)を実施例32に記載のようにして処理し、
標題化合物24cの溶液を得た。
実施例35
3−N−ベンジルオキシメチル−5’−O−(2−シアノエチル)−3’−O−
(ベンジル)チミジン,25
化合物7(2.0mmol)の無水THF(150ml)溶液に60%NaH
(60mg、1.5mmol)の懸濁液を一度に加え、5分かけて正味のアクリ
ロニトリル(5ml)を滴加する。得られた混合物を環境温度にてさらに1時間
攪拌する。この混合物を減圧下に蒸発乾固する。得られた残留物を酢酸エチル(
500ml)に溶解する。有機層を塩水(2x250ml)で洗浄し、硫酸マグ
ネシウムで乾燥し、減圧下に蒸発乾固し、得られた残留物に対しトルエン/酢酸
エチル(酢酸エチル10から15%のグラジエント)を溶出液として用いるシリ
カゲルカラム(4.5x30cm)のクロマトグラフィーにかけ、化合物25 実施例36
3−N−ベンジルオキシメチル−5’−O−(3−トリフルオロアセトアミドプ
ロピル)−3’−O−(ベンジル)チミジン,26
化合物25を実施例5に記載のようにして処理し、3−N−ベンジルオキシメ
チル−5’−O−(3−アミノプロピル)−3’−O−(ベンジル)チミジン 3−N−ベンジルオキシメチル−5’−O−(3−アミノプロピル)−3’−
O−(ベンジル)チミジンを実施例6に記載のようして処理し、標題化合物26
実施例37
3−N−ベンジルオキシメチル−5’−O−[3−N−(トリフルオロアセチル
)−3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル]
−3’−O−(ベンジル)チミジン,27
化合物26(2.00mmol)を実施例23に記載のようにして処理し、標
題化合物27(85%)を得た。
実施例38
5’−O−[3−N−(トリフルオロアセチル)−3−N−(カルボキシメチル
)−3−アミノプロピル]チミジン,28
化合物27(2.00mmol)を実施例24に記載のようにして処理し、5
’−O−[3−N−(トリフルオロアセチル)−3−N−(tert−ブトキシ
カルボニルメチル)−3−アミノプロピル]チミジン(82%)を得る。次いで
、5’−O−[3−N−(トリフルオロアセチル)−3−N−(tert−ブト
キシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル]チミジンを実施例29に記載の
ようにして処理することでそのカルボキシ部からtert−ブチル保護基を取り
除き、標題化合物28(95%)を得た。
実施例39
5’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(カルボキ
シメチル)−3−アミノプロピル]チミジン,29a
化合物28を実施例25に記載のようにして処理し、5’−O−[3−N−(
カルボキシメチル)−3−アミノプロピル]チミジン(97%)を得る。次いで
、5’−O−[3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル]チミジン
を実施例26に記載のようにして処理し、標題化合物29aを白色固形物とし
て得た(92%)。
実施例40
5’−O−{3−N−[(4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)アセ
チル]−3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル]チミジン,29
b
5’−O−[3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル]チミジン
を実施例27に記載のようにして処理し、標題化合物29bを白色固形物として
得た(91%)。
実施例41
5’−O−{3−N−[(6−N−(フェノキシアセチル)アデニン−1−イル
)アセチル]−3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル]チミジン
,29c
5’−O−[3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル]チミジン
を実施例28に記載のようにして処理し、標題化合物29cを白色固形物として
得た(93%)。
実施例42
5’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(カルボキ
シメチル)−3−アミノプロピル}−3’−O−(ジ−p−アニシルジフェニル
メチル)チミジン,30a;
5’−O−{3−N−[(4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)アセ
チル]−3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル}−3’−O−(
ジ−p−アニシルジフェニルメチル)チミジン,30b;
5’−O−{3−N−[(6−N−(フェノキシアセチル)アデニン−1−イル
)アセチル]−3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル}−3’−
O−(ジ−p−アニシルジフェニルメチル)チミジン,30c
化合物29を実施例29に記載の方法と同じくDMT−Clで処理し、標題化
合物30a−cを得た。
実施例43
5’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(スクシン
イミドオキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル}−3’−O−(ジ−p
−アニシルジフェニルメチル)チミジン,31a;
5’−O−{3−N−[(4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)アセ
チル]−3−N−(スクシンイミドオキシカルボニルメチル)−3−アミノプロ
ピル}−3’−O−(ジ−p−アニシルジフェニルメチル)チミジン,31b;
5’−O−{3−N−[(6−N−(フェノキシアセチル)アデニン−1−イル
)アセチル]−3−N−(スクシンイミドオキシカルボニルメチル)−3−アミ
ノプロピル}−3’−O−(ジ−p−アニシルジフェニルメチル)チミジン,3
1c
化合物30(1.00mmol)、N−ヒドロキシスクシンイミド(1.1m
mol)およびN,N'−ジシクロヘキシルカルボジイミド(1.1mmol)
のDMF(7ml)中溶液を環境温度に1時間放置する。N,N'−ジシクロヘ
キシル尿素を濾別し、得られた化合物31の溶液を精製せずに使用する。
実施例43a
3−N−ベンジルオキシメチル−6’−O−(p−アニシルジフェニルメチル)
−5’−ホモチミジン,40
5’−ホモチミジン(5.12g、20mmol)[Etzold,G.ら、
Chemical Communications,(1968),p.422]を実施例19の操作に従ってモノメ
トキシトリチル化し、次いで実施例1の操作に従い、ベンジルオキシメチル化し
精製し、標題化合物40を得た(87%)。
実施例44
3−N−ベンジルオキシメチル−6−3’−O−(2−シアノエチル)’−O−
(p−アニシルジフェニルメチル)−5’−ホモチミジン,41
実施例2の操作に従って、化合物40をシアノエチル化し、化合物41を得た
。
実施例45
3−N−ベンジルオキシメチル−3’−O−(2−シアノエチル)−6’−O−
(テトラヒドロピラン−2−イル)−5’−ホモチミジン,42
実施例3の操作に従って、化合物41を脱保護し、次いで実施例4の操作に従
って処理し、化合物42を得た。実施例46
3−N−ベンジルオキシメチル−3’−O−(3−アミノプロピル)−6’−O
−(テトラヒドロピラン−2−イル)−5’−ホモチミジン,43
実施例5の操作に従って、化合物42を還元して精製し、化合物43を得た。
実施例47
3−N−ベンジルオキシメチル−3’−O−(3−トリフルオロアセトアミドプ
ロピル)−6’−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)−5’−ホモチミジン
,44
実施例6の操作に従って、化合物43をトリフルオロアセチル化して精製し、
化合物44を得た。
実施例48
3−N−ベンジルオキシメチル−3’−O−[3−N−(トリフルオロアセチル
)−3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル)
−6’−O−(テトラヒドロピラン−2−イル)−5’−ホモチミジン,45
実施例23の操作に従って、化合物44をブロモ酢酸のtert−ブチルエス
テルでアルキル化して精製し、化合物45を得た。
実施例49
3−N−ベンジルオキシメチル−3’−O−[3−N−(トリフルオロアセチル
)−3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル)
−6’−ブロモ−5’−ホモチミジン,46
化合物45(5mmol)、CBr4(7mmol)およびP(Ph)3(14m
mol)の無水THF(40ml)溶液を環境温度にて24時間攪拌する。この
反応混合物を減圧下に蒸発乾固し、得られた残留物をトルエン(2x100ml
)とともに共沸させ、トルエン/酢酸エチル(7:3c1:1)を溶出液として
用いるシリカゲルカラム(4.5x25cm)のクロマトグラフィーにかけ、化
合物46(95%)を得た。
実施例50
3−N−ベンジルオキシメチル−3’−O−[3−N−(トリフルオロアセチ
ル)−3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル
]−6’−N−(ジ−tert−ブチルオキシカルボニル)−6’−アミノ−5
’−ホモチミジン,47
ジ−tert−ブチルイミノジカルボキシレート(1.09g、5.0mmo
l)の無水DMF(20ml)溶液を攪拌し、それに60%NaH(200mg
、5.0mmol)の懸濁液を、次いで1時間後化合物46(4.0mmol)
を加える。得られた混合物を50℃にて一晩攪拌し、環境温度に冷却し、DMF
を減圧下に蒸発乾固する。得られた残留物を酢酸エチル(150ml)に溶解し
、水(1x30ml)および塩水(2x30ml)で連続して洗浄し、硫酸マグ
ネシウムで乾燥し、減圧下に蒸発乾固する。得られた残留物に対しトルエン/酢
酸エチル(酢酸エチル10から15%のグラジエント)を溶出液として用いるシ
リカゲルカラム(2.5x25cm)のクロマトグラフィーにかけ、化合物35
を得た。
実施例51
3’−O−[3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプ
ロピル]−6’−N−(tert−ブチルオキシカルボニル)−6’−アミノ−
5’−ホモチミジン,48
実施例11の操作に従って、化合物47(2.0mmol)を水素添加反応に
付し、精製する。この反応の生成物を環境温度にて一晩、12%NH3/エタノ
ール−28%NH4OHの3:1混液で処理する。この反応混合物を冷却し、蒸
発乾固し、得られた残留物に対しCHCl3/メタノール/28%NH4OH(9
5/1/0.5)を溶出液として用いるシリカゲルカラム(2.5x25cm)
のクロマトグラフィーにかけ、化合物48を得た。
実施例52
3’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(tert
−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル}−6’−N−(tert
−ブチルオキシカルボニル)−6’−アミノ−5’−ホモチミジン,49a
実施例26に記載しているようにして化合物48を処理し、標題化合物49a
を白色固形物として得た(95%)。実施例53
3’−O−{3−N−[(4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)アセ
チル]−3−N−(tert−ブトキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピ
ル}−6’−N−(tert−ブチルオキシカルボニル)−6’−アミノ−5’
−ホモチミジン,49b
実施例27に記載しているようにして化合物48を処理し、標題化合物49b
を白色固形物として得た(95%)。
実施例54
3’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(カルボキ
シメチル)−3−アミノプロピル}−6’−N−(p−アニシルジフェニルメチ
ル)−6’−アミノ−5’−ホモチミジン,50a
実施例29に記載しているようにして化合物49aを処理し、標題化合物50
aを白色固形物として得た(93%)。
実施例55
3’−O−{3−N−[(4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)アセ
チル]−3−N−(カルボキシメチル)−3−アミノプロピル}−6’−N−(
p−アニシルジフェニルメチル)−6’−アミノ−5’−ホモチミジン,50b
実施例30に記載しているようにして化合物49bを処理し、標題化合物50
bを白色固形物として得た(95%)。
実施例56
3’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(ペンタフ
ルオロフェノキシカルボニルメチル)−3−アミノプロピル}−6’−N−(p
−アニシルジフェニルメチル)−6’−アミノ−5’−ホモチミジン,51a
実施例32に記載しているようにして化合物50aを処理し、標題化合物51
aの溶液を得た(93%)。
実施例57
3’−O−{3−N−[(4−N−(イソブチリル)シチジン−1−イル)アセ
チル]−3−N−(ペンタフルオロフェノキシカルボニルメチル)−3−アミノ
プロピル}−6’−N−(p−アニシルジフェニルメチル)−6’−アミノ−5
’−ホモチミジン,51b
実施例33に記載しているようにして化合物50bを処理し、標題化合物51
bの溶液を得た。
実施例58
3’−O−{3−N−[(チミン−1−イル)アセチル]−3−N−(N−(3
−N−(ジエチルアミノ)プロピル)カルボキシアミドメチル)−3−アミノプ
ロピル}−6’−N−(p−アニシルジフェニルメチル)−6’−アミノ−5’
−ホモチミジン,52a
化合物51a(1mmol)のDMF(5ml)溶液を環境温度にて2時間、
3−N−(ジエチルアミノ)プロピルアミン(1.5mmol)で処理する。こ
の反応混合物を減圧下に蒸発乾固し、得られた残留物に対しCHCl3/28%
NH4OH(99.9/0.1)(メタノール0から9%のグラジエント)を溶
出液として用いるシリカゲルカラム(2.5x25cm)のクロマトグラフィー
にかけ、化合物52a(85%)を油状物として得た。
実施例59
オリゴヌクレオシド53(n=1)
化合物52(1mmol)の80%AcOH(100ml)溶液を環境温度に
一晩放置する。その反応混合物を減圧下に蒸発乾固し、得られた残留物をPy(
3x50ml)および無水DMF(3x25ml)とともに共沸する。その残留
物を無水DMF(5ml)に溶解し、化合物51(1.2mmol)およびDI
PEA(1.1っもl)の無水DMF(5ml)溶液を加える。その反応混合物
を環境温度に2時間放置する。得られた反応混合物を減圧下に蒸発乾固し、残留
物に対しCHCl3/28%NH4OH(99.9/0.1)(メタノール0から
10%のグラジエント)を溶出液として用いるシリカゲルカラム(2.5x25
cm)のクロマトグラフィーにかけ、化合物53(n=1)(89%)を得た。実施例60
オリゴヌクレオチド53(n=2)
実施例59に記載のようにして化合物53(n=1)を処理し、標題化合物5
3(n=2)を白色固形物として得た(95%)。
実施例61
オリゴヌクレオチド53(n=3)
実施例59に記載のようにして化合物53(n=2)を処理し、標題化合物5
3(n=3)を白色固形物として得た(94%)。
実施例62
オリゴヌクレオチド53(n=4)
実施例59に記載のようにして化合物53(n=3)を処理し、標題化合物5
3(n=4)を白色固形物として得た(90%)。
実施例63
オリゴヌクレオチド53(n=5)
実施例59に記載のようにして化合物53(n=4)を処理し、標題化合物5
3(n=5)を白色固形物として得た(91%)。
実施例64
オリゴヌクレオシド54
化合物53(1mmol)の80%AcOH(100ml)溶液を環境温度に
一晩放置する。その反応混合物を減圧下に蒸発乾固し、得られた残留物を水に溶
解し、エーテルで2回抽出する。水層を減圧下に蒸発乾固し、得られた残留物を
水から2回凍結乾燥する。
実施例65
修飾ヌクレオシドおよびオリゴヌクレオシド合成ブロックのホスホルアミダイ
トを調製したなら、それらを、アプライド・バイオシステムズ,Inc.モデル
392などの自動核酸合成装置を使用して標準的な固相法で合成したオリゴヌク
レオチド同族体に導入すればよい。これらの合成装置により標準的なホスホルア
ミダイトカップリング化学(例えば、M.J.Gait,Oligonucleotide Synthesis.A
practical approach.,pp35-81)を使用し、所望のオリゴヌクレオチドを得る。
テトラエチルチウラムジスルフィド(アプライド・バイオシステムズ,Inc.
)の溶液を使用すれば、ホスホルチオエートオリゴヌクレオチドを得ること
ができる。
実施例66
ハイブリダイゼーション分析
本発明の巨大分子が相補的核酸と結合する能力は、特定の二本鎖(ds)また
は三本鎖(ts)複合体の融解温度を測定することによって比較することができ
る。2つの一本鎖からdsDNAが形成される場合、塩基の積み重ねのために吸
光係数が減少する(吸光度低下(hypochromicity))。結局、DNAの変性は、吸
光度の変化を測定することによって、二重鎖の50%が消失して一本鎖となる温
度である融解温度(Tm)の関数として追跡できる。Tmが高くなれば、鎖の結
合強度も強くなる。
二重鎖は一本鎖オリゴデオキシリボヌクレオチドおよび本発明の巨大分子から
形成される。本発明の巨大分子は本明細書に示す説明または実施例に従って合成
される。オリゴデオキシリボヌクレオチドはアプライド・バイオシステムズ,I
nc.モデル392DNA/RNA合成装置によって固相合成する。得られたオ
リゴヌクレオチド種をジメトキシトリチル誘導体としてHPLCを用いる逆相ク
ロマトグラフィー(Gilson)によって精製する。通常、0.3−0.50
D260オリゴヌクレオチド同族体を1当量の他の鎖とハイブリダイズさせ、ラン
ダムコイル転移に対する二重鎖の吸光度(260nm)上昇をGilford応
答II分光器によってモニターする。使用する緩衝液はリン酸10mM、EDT
A0.1mMおよびNaCl0.1Mまたは1Mのいずれかである。以下の吸光
係数を使用する;通常のオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド同族体と
もに、dA:15.4ml/μmol・cm、dT8.8、dG:11.7およ
びdC:7.3。融解曲線は0.5℃/分の工程で記録する。Tmは、温度に対
する第1誘導体のA260プロットの最大値から測定する。このデータは1/Tm
対ln[Coligo](ここに、Coligoはオリゴヌクレオチドの全濃度)のグラフ
の値に基づいて分析できる。熱力学パラメーターはこの分析によって測定される
。ヌクレアーゼ耐性
A.血清および細胞質ヌクレアーゼに対する本発明巨大分子の耐性評価
本発明のオリゴヌクレオチド同族体について、種々の濃度のウシ胎児血清また
は成人ヒト血清を含有する培地中におけるその安定性を評価した。オリゴヌクレ
オチド同族体を種々の時間、インキュベートし、プロテアーゼKで処理し、次い
で逆相もしくはイオン交換HPLCまたは20%ポリアクリルアミド−尿素で変
性させたゲルによるゲル電気泳動によって、次いでオートラジオグラフィーによ
って分析する。修飾された連鎖の位置およびオリゴヌクレオチドの既知の長さに
基づき、ヌクレアーゼ分解に対する効果を連鎖の個々の修飾に応じて測定できる
。細胞質ヌクレアーゼでは、HL60細胞系を使用すればよい。
インキュベートの後、オリゴヌクレオチド同族体の分解を、血清ヌクレオチド
分解について先に記述したようにして評価する。オートラジオグラフィーの結果
は通常のオリゴヌクレオチドおよび本発明の巨大分子を比較して数量化する。
B.特異的エンド−およびエキソ−ヌクレーゼに対する本発明の巨大分子の耐
性評価
特異的ヌクレーゼ(即ち、エンドヌクレアーゼ、3’,5’−エキソ−および
5’,3’−エキソヌクレアーゼ)に対する本発明の巨大分子の耐性評価を行う
ことで、分解条件下での安定性に対する特定の連鎖の効果が正確に評価できる。
オリゴヌクレオチド同族体を、種々の選択したヌクレアーゼに特異的な規定した
反応緩衝液中でインキュベートし、プロテイナーゼKで処理し、次いで逆相もし
くはイオン交換HPLCまたは20%ポリアクリルアミド−尿素で変性させたゲ
ルによるゲル電気泳動によって、次いでオートラジオグラフィーによって分析す
る。
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(51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考)
A61K 31/7088 A61K 31/70 623
48/00 48/00
(81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE,
DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L
U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF
,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE,
SN,TD,TG),AP(KE,LS,MW,SD,S
Z,UG),UA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD
,RU,TJ,TM),AL,AM,AU,BB,BG
,BR,CA,CN,CZ,EE,FI,GE,HU,
IL,IS,JP,KG,KP,KR,LK,LR,L
T,LV,MD,MG,MK,MN,MX,NO,NZ
,PL,RO,SG,SI,SK,TR,TT,UA,
UZ,VN
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1. 少なくとも一部分が以下の構造からなる巨大分子。 構造: [式中、各Bは独立して水素、ヒドロキシ、天然の核塩基(ヌクレオベース)、非 天然の核塩基、DNAインターカレーター(挿入物)、共有または非共有DNA結 合基、複素環部分、または芳香族部分であり、 各B1は独立して水素、ヒドロキシ、アミノ、メルカプト、天然の核塩基、非天 然の核塩基、DNAインターカレーター、共有または非共有DNA結合基、複素 環部分、芳香族部分、標的(ターゲッティング)基、キャリアー、レポーター基、 または可溶性もしくは不溶性ポリマーであり、 nは1から50までの整数であり、 各Xは独立して単結合、メチレン、メチレンカルボニル、C7−C12アラルキレ ンもしくは置換アラルキレン、C7−C12アラルキレンカルボニルもしくは置換 アラルキレンカルボニル、または式: [式中、各Zは独立して単結合、O、S、NR6、C(=O)NR6またはC(=O) NR6であり、各Z1は独立してO、S、NR5、メチレン、またはC(CH3)2で あり、 p、q、r、およびsは、それぞれ独立して0から20までの整数であり、 R1、R2、R3、およびR4はそれぞれ独立して水素;ヒドロキシ、アルコキシ、もし くはアルキルチオで置換されていてもよいC1−C8アルキル;ヒドロキシ:アルコ シキ;アルキルチオ;アミノ;またはハロゲンであり、 R5およびR6は、それぞれ独立して水素;ヒドロキシ、アルコキシ、もしくはアル キルチオで置換されていてもよいC1−C8アルキル;ヒドロキシ;アルコシキ:ア ルキルチオ;またはアミノである]で示される基であり、 Q1およびQ2は、それぞれ独立して、少なくとも原子3個を含み(そのうちの少 なくとも1つは炭素である)、 各Vは独立して酸素、硫黄、NR8またはメチレンであり、 各Jは独立して、水素、アジド、ハロゲン、−OR7、−R7、または−NR7R8 である(ここで、各R7は独立して−NR8R9またはR9である(ここで、R8また はR9はそれぞれ独立して水素、C3−C10分枝状アルキルまたは置換アルキル、 C1−C10非分枝状アルキルまたは置換アルキル、C1−C10非分枝状オキサアル キルまたは置換オキサアルキル、C6−C10アリールまたは置換アリール、C7− C12アラルキルまたは置換アラルキル、C1−C10非分枝状アミノアルキルまた は置換非分枝状アミノアルキル、C1−C10非分枝状アミノオキサアルキルまた は置換非分枝状アミノオキサアルキル、C3−C10およびN1−N4分枝状(ポリア ミノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ−) アルキル、C1−C10およびN1−N4非分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ−) アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキル、C1−C10およ びN1−N4非分枝状(ポリアミノ−またはボリアザ−)オキサアルキルまたは置換 非分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサアルキル、天然または非天然の アミノ酸側鎖基、または保護基である)。] 2.Q1およびQ2がそれぞれ独立して少なくとも以下のひとつである請求項1に 記載の巨大分子。 酸素;硫黄;置換炭素;カルボニル;チオカルボニル;スルホン;スルホンオキ シド;C1−C8アルキレン;C2−C8アルケニレン;C2−C8アルキニレン;それぞ れ1または2個の異なる異種原子もしくは同じタイプの異種原子を含むC1−C8 オキサアルキレンもしくはチアアルキレンもしくはアザアルキレン;いずれかの 方向のNR7、+NR8R9、NR7C(=O)−、−NR7C(=S)−、−NR7S(= O)−もしくは−NR7S(=O)2−(ここでR7、R8およびR9は前記と同意義で ある);X(ここで、Xは前記と同意義である);または [ここで、Z4またはZ5は、それぞれ独立して単結合、O、S、およびNR7に こで、R7は請求項1の記載と同意義である)であり、 各Z3は独立して水素、R8、OR7、SR7およびNR7R8(ここで、R7および R8は請求項1の記載と同意義である)であり、 各Z2は独立してO、SまたはNR7ここで、R7は請求項1の記載と同意義であ る)である]で示される基。 3.各Q1が独立していずれかの方向の−O−CH2−CH2−CH2−、−O−C H2−C(=O)−NH−、−NH−NH−C(=O)−CH2−、−NH−N=CH −CH2−、−NH−NH−CH2−CH2−、−O−NH−C(=O)−CH2−、 −O−N=CH−CH2−、−O−NH−CH2−CH2−、−CH2−NH−C( =O)−CH2−、−NH−NH−C(=O)NH−、−O−C(=O)−NH−CH2 −CH2−、−O−P(=Z2)Z3−NH−CH2−CH2−、または−CH2−N H−CH2−CH2−;および各Q2が独立していずれかの方向の−CH2−O−C H2−CH2−CH2−、−CH2−O−CH2−C(=O)−NH−、−CH2−NH −NH−C(=O)−CH2−、−CH2−NH−N=CH−CH2−、−CH2−N H−NH−CH2−CH2−、−CH2−O−NH−C(=O)−CH2−、−CH2 −O−N=CH−CH2−、−CH2−O−NH−CH2−CH2−、−CH2−N H−C(=O)−CH2−、−CH2−NH−NH−C(=O)−NH−、−O−C( =O)−NH−CH2−CH2−、 −O−P(=Z2)Z3−NH−CH2−CH2−、または、−CH2−CH2−NH− CH2−CH2−である請求項2に記載の巨大分子。 4.nが1である請求項3に記載の巨大分子。 5.少なくともVの1つが酸素である請求項2に記載の巨大分子。 6.少なくともVの1つが酸素である請求項3に記載の巨大分子。 7.少なくともVの1つが酸素である請求項4に記載の巨大分子。 8.少なくともJの1つがHである請求項2に記載の巨大分子。 9.少なくともJの1つがHである請求項3に記載の巨大分子。 10.少なくともJの1つがHである請求項6に記載の巨大分子。 11.少なくともJの1つがHである請求項7に記載の巨大分子。 12.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基である請求項2に記載の 巨大分子。 13.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基である請求項3に記載の 巨大分子。 14.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基である請求項10に記載の 巨大分子。 15.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基である請求項11に記載の 巨大分子。 16.少なくともB1の1つがDNAインターカレーター、共有DNA結合基、ま たは非共有DNA結合基を含む請求項12に記載の巨大分子。 17.少なくともB1の1つがDNAインターカレーター、共有DNA結合基、ま たは非共有DNA結合基を含む請求項13に記載の巨大分子。 18.少なくともB1の1つがDNAインターカレーター、共有DNA結合基、ま たは非共有DNA結合基を含む請求項14に記載の巨大分子。 19.少なくともB1の1つがDNAインターカレーター、共有DNA結合基、ま たは非共有DNA結合基を含む請求項15に記載の巨大分子。 20.少なくともB1の1つが天然または非天然の核塩基である請求項12に記載の 巨大分子。 21.少なくともB1の1つが天然または非天然の核塩基である請求項13に記載の 巨大分子。 22.少なくともB1の1つが天然または非天然の核塩基である請求項14に記載の 巨大分子。 23.少なくともB1の1つが天然または非天然の核塩基である請求項15に記載の 巨大分子。 24.少なくともXの1つが独立してC1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、ポリ アミド、C7−C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12ア ラルキレンカルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニルである請求項16に記 載の巨大分子。 25.少なくともXの1つが独立してC1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、ポリ アミド、またはC7−C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7− C12アラルキレンカルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニルを含む請求項 17に記載の巨大分子。 26.少なくともXの1つが独立してC1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、ポリ アミド、またはC7−C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7− C12アラルキレンカルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニルを含む請求項 18に記載の巨大分子。 27.少なくともXの1つが独立してC1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、ポリ アミド、またはC7−C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7− C12アラルキレンカルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニルを含む請求項 19に記載の巨大分子。 28.少なくともXの1つが独立してC1−C4アルキレンもしくは置換アルキレ ン、またはC1−C4アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニルを 含む請求項20に記載の巨大分子。 29.少なくともXの1つが独立してC1−C4アルキレンもしくは置換アルキレ ン、またはC1−C4アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニルを 含む請求項21に記載の巨大分子。 30.少なくともXの1つがメチレンカルボニルである請求項22に記載の巨大分 子。 31.少なくともXの1つがメチレンカルボニルである請求項23に記載の巨大分 子。 32.以下の式を有する化合物。 [式中、各Bは独立して天然の核塩基、非天然の核塩基、複素環部分、または芳 香族部分(これらはいずれも所望により保護基を含む)であり、 各B1は独立して水素、ヒドロキシ、アミノ、メルカプト、天然の核塩基、非天 然の核塩基、DNAインターカレーター、共有または非共有DNA結合基、複素 環部分、または芳香族部分(これらはいずれも所望により保護基を含む)であり、 nは1から50までの整数であり、 各Xは独立して、単結合、メチレン基、メチレンカルボニル、C7−C12アラル キレンもしくは置換アラルキレン、C7−C12アラルキレンカルボニルもしくは 置換アラルキレンカルボニル、または式:[式中、Zは独立して単結合、O、S、NR6、C(=O)NR6、C(=S)NR6、 S(=O)NR6 、またはS(=O)2NR6であり、 各Z1は独立してO、S、Se、NR5、メチレン、またはC(CH3)2であり、 p、q、r、およびsは、それぞれ独立して0から20までの整数であり、 R1、R2、R3、およびR4はそれぞれ独立して水素;ヒドロキシ、アルコキシも しくはアルキルチオで置換されていてもよいC1−C8アルキル;ヒドロキシ;アル コシキ;アルキルチオ;アミノ;またはハロゲンであり、 R5およびR6は、それぞれ独立して水素;ヒドロキシ、アルコキシもしくはアル キルチオで置換されていてもよいC1−C8アルキル;ヒドロキシ;アルコシキ;ア ルキルチオ;またはアミノである]で示される基から選ばれる所望により保護され た基であり、 Q1およびQ2は、それぞれ独立して、少なくとも原子3個を含み(そのうちの少 なくとも1つは炭素である)、 各Vは独立して酸素、硫黄、NR8またはメチレンであり(ここでR8は独立して 水素、C3−C10分枝状アルキルまたは置換アルキル、C1−C10非分枝状アルキ ルまたは置換アルキル、C1−C10非分枝状オキサアルキルまたは置換オキサア ルキル、C6−C10アリールまたは置換アリール、C7−C12アラルキルまたは置 換アラルキル、C1−C10非分枝状アミノアルキルまたは置換非分枝状アミノア ルキル、C1−C10非分枝状アミノオキサアルキルまたは置換非分枝状アミノオ キサアルキル、C3−C10およびN1−N4分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ− )アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキル、C1−C10およ びN1−N4非分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリ アミノ−またはポリアザ−)アルキル、C1−C10およびN1−N4非分枝状(ポリ アミノ−またはポリアザ−)オキサアルキルまたは置換非分枝状(ポリアミノ−ま たはポリアザ−)オキサアルキル、天然または非天然のアミノ酸側鎖基、または 保護基である)、 各Jは独立して、水素、OR7、ハロゲン、アジド、−R7、またはR7であり(こ れらはいずれも所望により保護される)(ここで、各R7は独立して−NR8R9ま たはR8(ここで、R9は独立して水素、C3−C10分枝状アルキルまたは置換アル キル、C1−C10非分枝状アルキルまたは置換アルキル、C1−C10非分枝状オキ サアルキルまたは置換オキサアルキル、C6−C10アリールまたは置換アリール 、C7−C12アラルキルまたは置換アラルキル、C1−C10非分枝状アミノアルキ ルまたは置換非分枝状アミノアルキル、C1−C10非分枝状アミ ノオキサアルキルまたは置換非分枝状アミノオキサアルキル、C3−C10および N1−N4分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリアミ ノ−またはポリアザ−)アルキル、C1−C10およびN1−N4非分枝状(ポリアミ ノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ−)ア ルキル、C1−C10およびN1−N4非分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ−)オ キサアルキルまたは置換非分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサアルキ ル、天然または非天然のアミノ酸側鎖基、または保護基であり、 各Q3は独立して−OX−、−SX−、または−NR8X−(これらはいずれも所 望により保護される)であり、 各Q4は独立して酸素、硫黄またはNR8(これらはいずれも所望により保護され る)であり、 Yは保護基であり、 Y1は固体支持体と結合したスペーサー基である。] 33.Q1およびQ2がそれぞれ独立して、所望により保護されている以下の基の 少なくとも1つを含む請求項32に記載の化合物。 酸素;硫黄;置換炭素;カルボニル;チオカルボニル;スルホン;スルホキシド;C1 −C8アルキレン;C2−C8アルケニレン;C2−C8アルキニレン;それぞれが1ま たは2個の異なる異種原子もしくは同じタイプの異種原子を含むC1−C8オキサ アルキレンもしくはチアアルキレンもしくはアザアルキレン;いずれかの方向の NR7、+NR8R9、NR7C(=O)−、−NR7C(=S)−、−NR7S(=O)− 、または−NR7S(=O)2−(ここで、R7、R8およびR9は前記と同意義である );またはX(ここで、Xは前記と同意義である);または [式中、Z1またはZ4は、それぞれ独立して単結合、O、SまたはNR7であり、 各Z3は独立して水素、R8、OR7、SR7またはNR7R8であり、 各Z2は独立して水素、O、S、またはNR7である]で示される基。 34.各Q1が、所望により保護基を含み、いずれかの方向の−O−CH2−CH2 −CH2−、−O−CH2−C(=O)−NH−、−NH−NH−C(=O)−CH2 −、−NH−N=CH−CH2−、−NH−NH−CH2−CH2−、−O−NH −C(=O)−CH2−、−O−N=CH−CH2−、−O−NH−CH2−CH2 −、−CH2−NH−C(=O)−CH2−、−NH−NH−C(=O)NH−、−O −C(=O)−NH−CH2−CH2−、−O−P(=Z2)Z3−NH−CH2−CH2 −、または−CH2−NH−CH2−CH2−の1つを含み、Q2が、所望により保 護基を含み、いずれかの方向の−CH2−O−CH2−CH2−CH2−、−CH2 −O−CH2−C(=O)−NH−、−CH2−NH−NH−C(=O)CH2−、− CH2−NH−N=CH−CH2−、−CH2−NH−NH−CH2−CH2−、− CH2−O−NH−C(=O)−CH2−、−CH2−O−N=CH−CH2−、−C H2−O−NH−CH2−CH2−、−CH2−NH−C(=O)−CH2−、−CH2 −NH−NH−C(=O)−NH−、または−CH2−CH2−NH−CH2−CH2 −を含む請求項33に記載の化合物。 35.Yがp−アニシルジフェニルメチル、ジ−p−アニシルフェニルメチル、 またはピキシルである請求項33に記載の化合物。 36.Yがp−アニシルジフェニルメチル、ジ−p−アニシルフェニルメチル、 またはピキシルである請求項34に記載の化合物。 37.スペーサー基が、カルボニル、エステル、カルバメート、ウレタン、ヒド ラジド、C1−C14アルキレンもしくは修飾アルキレン、C6−C14アラルキレン もしくは修飾アラルキレン、C6−C14アルキラレンもしくは修飾アルキラレン 、それぞれ1〜50個の異なる異種原子もしくは同じタイプの異種原子を含むC1− C100オキサアルキレンもしくはチアアルキレンもしくはアザアルキレン(ここで 、アザ基は所望によりアミノ保護基により保護される)、C1−C14アルキレンカ ルボニルもしくはアルキレンチオカルボニルもしくはアルキレンスルホンもしく はアルキレンスルホキシド、それぞれ1〜50個の異なる異種原子もしくは同じタ イプの異種原子を含むC1−C100オキサアルキレンカルボニルもしくはチアアル キレンカルボニルもしくはアザアルキレンカルボニル(またはそのチオカルボニ ルもしく はスルホンもしくはスルホキシド同族体)(ここで、アザ基は所望によりアミノ保 護基により保護される)、または式: で示される基およびその塩[式中、R10またはR11は、それぞれ独立して、C3− C10分枝状アルキル、C1−C10非分枝状アルキルもしくはオキサアルキル、C6 −C10アリール、C7−C12アラルキルからなる群から選ばれ、 R12は1または2個の異種原子を含むC2−C8アルキレン、C2−C8アルケニレ ンまたは−C2−C8オキサアルキレンであり、 Z5はホスフェート保護基であり、 Z6は水素、イミダゾール−1−イル、テトラゾール−1−イル、1,2,4−ト リアゾール−1−イル、および1−ヒドロキシ−ベンゾトリアゾール−O−イル である]を含む請求項35に記載の化合物。 38.Y1が−HP(=O)OHもしくはその塩、−P(OCH2CH2CN)(N(i− Pr)2)、または−P(PCH3)(N(i−Pr)2)である請求項35に記載の化合物 。 39.Y1が−HP(=O)OHもしくはその塩、−P(OCH2CH2CN)(N(i− Pr)2)、または−P(PCH3)(N(i−Pr)2)である請求項36に記載の化合物 。 40.nが1である請求項37に記載の化合物。 41.nが1である請求項38に記載の化合物。 42.nが1である請求項39に記載の化合物。 43.少なくともVの1つが酸素である請求項33に記載の化合物。 44.少なくともVの1つが酸素である請求項37に記載の化合物。 45.少なくともVの1つが酸素である請求項39に記載の化合物。 46.少なくともVの1つが酸素である請求項41に記載の化合物。 47.少なくともVの1つが酸素である請求項42に記載の化合物。 48.少なくともQ3またはQ4の1つが酸素である請求項33に記載の化合物。 49.少なくともQ3またはQ4の1つが酸素である請求項36に記載の化合物。 50.少なくともQ3またはQ4の1つが酸素である請求項44に記載の化合物。 51.少なくともQ3またはQ4の1つが酸素である請求項45に記載の化合物。 52.少なくともQ3またはQ4の1つが酸素である請求項46に記載の化合物。 53.各Jが独立して水素、OR7、またはフッ素である請求項33に記載の化合物 (ここで、いずれのOR7も所望により保護基を含む)。 54.少なくともJの1つが水素である請求項36に記載の化合物。 55.少なくともJの1つが水素である請求項37に記載の化合物。 56.少なくともJの1つが水素である請求項43に記載の化合物。 57.少なくともJの1つが水素である請求項45に記載の化合物。 58.少なくともJの1つが水素である請求項47に記載の化合物。 59.少なくともJの1つが水素である請求項51に記載の化合物。 60.少なくともJの1つが水素である請求項52に記載の化合物。 61.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基(これらはいずれも所望に より保護基を含む)である請求項33に記載の化合物。 62.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基(これらはいずれも所望に より保護基を含む)である請求項36に記載の化合物。 63.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基(これらはいずれも所望に より保護基を含む)である請求項44に記載の化合物。 64.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基(これらはいずれも所望に より保護基を含む)である請求項45に記載の化合物。 65.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基に(これらはいずれも所望 により保護基を含む)である請求項47に記載の化合物。 66.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基(これらはいずれも所望に より保護基を含む)である請求項59に記載の化合物。 67.少なくともBの1つが天然または非天然の核塩基(これらはいずれも所望に より保護基を含む)である請求項60に記載の化合物。 68.各B1が天然または非天然の核塩基(これらはいずれも所望により保護基を 含む)である請求項61に記載の化合物。 69.各B1が天然のまたは非天然の核塩基(これらはいずれも所望により保護基 を含む)である請求項62に記載の化合物。 70.各B1が天然のまたは非天然の核塩基(これらはいずれも所望により保護基 を含む)である請求項63に記載の化合物。 71.各B1が天然のまたは非天然の核塩基(これらはいずれも所望により保護基 を含む)である請求項64に記載の化合物。 72.各B1が天然のまたは非天然の核塩基(これらはいずれも所望により保護基 を含む)である請求項65に記載の化合物。 73.各B1が天然のまたは非天然の核塩基(これらはいずれも所望により保護基 を含む)である請求項66に記載の化合物。 74.各B1が天然のまたは非天然の核塩基(これらはいずれも所望により保護基 を含む)である請求項67に記載の化合物。 75.少なくともXの1つがC1−C4アルキレンもしくは置換アルキレン、また はC1−C4アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル(これらは いずれも所望により保護基を含む)である請求項68に記載の化合物。 76.少なくともXの1つがC1−C4アルキレンもしくは置換アルキレン、また はC1−C4アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル(これらは いずれも所望により保護基を含む)である請求項69に記載の化合物。 77.少なくともXの1つがC1−C4アルキレンもしくは置換アルキレン、また はC1−C4アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル(これらは いずれも所望により保護基を含む)である請求項70に記載の化合物。 78.少なくともXの1つがC1−C4アルキレンもしくは置換アルキレン、また はC1−C4アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル(これらは いずれも所望により保護基を含む)である請求項71に記載の化合物。 79.少なくともXの1つがメチレンカルボニルである請求項72に記載の化合物 。 80.少なくともXの1つがメチレンカルボニルである請求項73に記載の化合物 。 81.少なくともXの1つがメチレンカルボニルである請求項74に記載の化合物 。 82.B1がそれぞれ独立して水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレー ター、DNA結合基、ポリマー基または標的基(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項61に記載の化合物。 83.B1がそれぞれ独立して水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレー ター、DNA結合基、ポリマー基または標的基(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項62に記載の化合物。 84.B1がそれぞれ独立して水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレー ター、DNA結合基、ポリマー基または標的基(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項63に記載の化合物。 85.B1がそれぞれ独立して水素、アミオ、メルカプト、DNAインターカレー ター、DNA結合基、ポリマー基または標的基(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項64に記載の化合物。 86.B1がそれぞれ独立して水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレー ター、DNA結合基、ポリマー基または標的基(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項65に記載の化合物。 87.B1がそれぞれ独立して水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレー ター、DNA結合基、ポリマー基または標的基(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項66に記載の化合物。 88.B1がそれぞれ独立して水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレー ター、DNA結合基、ポリマー基または標的基(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項67に記載の化合物。 89.少なくともXの1つが単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、C1− C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサアルキ レンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7− C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレンカ ルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項82に記載の化合物。 90.少なくともXの1つが単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、C1− C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサアルキ レンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7− C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC2−C12アラルキレンカ ルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項83に記載の化合物。 91.少なくともXの1つが単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、C1− C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサアルキ レンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7− C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレンカ ルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項84に記載の化合物。 92.少なくともXの1つが単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、C1− C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサアルキ レンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7− C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレンカ ルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項85に記載の化合物。 93.少なくともXの1つが単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、C1− C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサアルキ レンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7− C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレンカ ルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項86に記載の化合物。 94.少なくともXの1つが単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、C1− C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサアルキ レンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7− C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、 またはC7−C12アラルキレンカルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル( これらはいずれも所望により保護基を含む)である請求項87に記載の化合物。 95.少なくともXの1つが単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アルキレ ン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、C1− C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサアルキ レンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7− C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレンカ ルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(これらはいずれも所望により保 護基を含む)である請求項88に記載の化合物。 96.下記式で表される化合物。 または [式中、各Bは独立して天然の核塩基、非天然の核塩基、複素環部分、または芳 香族部分(これらはいずれも所望により保護基を含む)であり、 各B1は独立して水素、ヒドロキシ、アミノ、メルカプト、天然の核塩基、非天 然の核塩基、DNAインターカレーター、共有または非共有DNA結合基、複素 環部分、または芳香族部分(これらはいずれも所望により保護基を含む)であり、 nは1から50までの整数であり、 各Xは独立して以下の所望により保護された基: 単結合、メチレン、メチレンカルボニル、C7−C12アラルキレンもしくは置換 アラルキレン、C7−C12アラルキレンカルボニルもしくは置換アラルキレンカ ルボニル、または式:[式中、Zは独立して単結合、O、S、NR6、C(=O)NR6、C(=S)NR6、 S(=O)NR6、またはS(=O)2NR6であり、 各Z1は独立してO、S、Se、NR5、メチレン、またはC(CH3)2であり、 p、q、r、およびsは、それぞれ独立して0から20までの整数であり、 R1、R2、R3、およびR4はそれぞれ独立して水素;ヒドロキシ、アルコキシ、 もしくはアルキルチオで置換されていてもよいC1−C8アルキル;ヒドロキシ;ア ルコシキ;アルキルチオ;アミノ;またはハロゲンであり、 R5およびR6は、それぞれ独立して水素;ヒドロキシ、アルコキシ、もしくはア ルキルチオで置換されていてもよいC1−C8アルキル;ヒドロキシ;アルコシキ; アルキルチオ;またはアミノである]で示される基であり、 Q1およびQ2は、それぞれ少なくとも原子3個を含み(そのうちの少なくとも1 つは炭素である)、 各Vは独立して酸素、硫黄、NR8またはメチレンであり、 各Jは独立して以下の所望により保護された基: 水素、OR7、ハロゲン、アジド、、またはR7(ここで、R7は独立して−NR8 R9またはR8にこで、R8またはR9は、それぞれ独立して水素、C3−C10分枝 状アルキルまたは置換アルキル、C1−C10非分枝状アルキルまたは置換アルキ ル、C1−C10非分枝状オキサアルキルまたは置換オキサアルキル、C6−C10ア リールまたは置換アリール、C7−C12アラルキルまたは置換アラルキル、C1− C10非分枝状アミノアルキルまたは置換非分枝状アミノアルキル、C1−C10非 分枝状アミノオキサアルキルまたは置換非分枝状アミノオキサアルキル、C3− C10およびN1−N4分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換 (ポリアミノ−またはポリアザ−)アルキル、C1−C10およびN1−N4分枝状(ポ リアミノ−またはポリアザ−)アルキルまたは置換(ポリアミノ−またはポリアザ −)アルキル、C1−C10およびN1−N4非分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ −)オキサアルキルまたは置換非分枝状(ポリアミノ−またはポリアザ−)オキサ アルキル、天然または非天然のアミノ酸側鎖基、または保護基である)であり、 少なくとも原子1個を含むQ1 xおよびQ2 x'は、それぞれ独立して所望により保 護されるかまたは活性化されたQ1またはQ2のフラグメントから選ばれる。] 97.Q1およびQ2がそれぞれ独立して、下記の、所望により保護された基の少 なくとも1つを含む請求項96に記載の化合物。 酸素;硫黄;置換炭素;カルボニル;チオカルボニル;スルホン;スルホキシド;ま たはC1−C8アルキレン;C2−C8アルケニレン;C2−C8アルキニレン;それぞ れ1または2個の異種原子もしくは同じタイプの異種原子を含むC1−C8オキサ アルキレンもしくはチオアルキレンもしくはアザアルキレン;いずれかの方向の NR7、+NR8R9、NR7C(=O)−、−NR7C(=S)−、−NR7S(=O)− 、または−NR7S(=O)。−(ここで、R7、R8およびR9は前記と同意義);ま たはX(ここで、Xは前記と同意義);または [式中、Z4またはZ5は、それぞれ独立して単結合、O、S、またはNR7であり 、 Z3はそれぞれ独立して水素、R8、OR7、SR7、またはNR7R8であり、 各Z2は独立してO、S、またはNR7である] で示される基。 98.各Q1が独立して、所望により保護基を含み、いずれかの方向の−O−CH2 −CH2−CH2−、−O−CH2−C(=O)−NH−、−NH−NH−C(=O) −CH2−、−NH−N=CH−CH2−、−NH−NH−CH2−CH2−、−O −NH−C(=O)−CH2−、−O−N=CH−CH2−、−O−NH−CH2− CH2−、−CH2−NH−C(=O)−CH2−、−NH−NH−C(=O)NH− 、−O−C(=O)−NH−CH2−CH2−、−O−P(=Z2)Z3−NH−CH2 −CH2−、または−CH2−NH−CH2−CH2−を含み、Q2が独立して、所 望により保護基を含み、いずれかの方向のQ1、−CH2−O−CH2−CH2−C H2−、−CH2−O−CH2−C(=O)−NH−、−CH2−NH−NH−C(= O)−CH2−、−CH2−NH−N=CH−CH2−、−CH2−NH−NH−C H2−CH2−、−CH2−O−NH−C(=O)−CH2−、−CH2−O−N=C H−CH2−、−CH2−O−NH−CH2−CH2−、−CH2−NH−C(=O) −CH2−、−CH2−NH−NH−C(=O)−NH−、または−CH2−CH2− NH−CH2−CH2−を含む請求項97に記載の化合物。 99.nが1である請求項97に記載の化合物。 100.nが1である請求項98に記載の化合物。 101.Q1 xおよびQ2 xがそれぞれ原子1〜3個を含む(それらはいずれも所望によ り保護基を含む)請求項98に記載の化合物。 102.Q1 xおよびQ2 xがそれぞれ原子1〜3個を含む(それらはいずれも所望によ り保護基を含む)請求項100に記載の化合物。 103.Q1 xが独立してY2−NH−CH2−、Y2−NH−O−、Y2−NH−NH −、Y2−NH−、Y2−NH−CH2−CH2−、Y2−NH−NH−CH2−、Y2 −NH−C(=O)−CH2−、Y2−NH−C(=O)−NH−、またはY2−NH −NH−C(=O)−でありにこで、Y2は保護基または水素である)、 Q2 xが独立してE−CH2−CH2−、E−CH2−、E−NH−、E−O−(ここ で、Eは独立 してハロゲン、アルデヒド、アセタール、−S(=O)2R8である)、または−C OR13である(ここで、R13はヒドロキシルまたは活性化基である)請求項101に 記載の化合物。 104.Q1 xが独立してY2−NH−CH2−、Y2−NH−O−、Y2−NH−NH −、Y2−NH−、Y2−NH−CH2−CH2−、Y2−NH−NH−CH2−、Y2 −NH−C(=O)−CH2−、Y2−NH−C(=O)−NH−、またはY2−NH −NH−C(=O)−でありにこで、Y2は保護基または水素である)、 Q2 xが独立してE−CH2−CH2−、E−CH2−、E−NH−、E−O−にこ で、Eは独立してハロゲン、アルデヒド、アセタール、−S(=O)2R8である) 、または−COR13である(ここで、R13はヒドロキシルまたは活性化基である) 請求項102に記載の化合物。 105.Y2がp−アニシルジフェニルメチル、ジ−p−アニシルフェニルメチル 、ピキシル、フルオレニルメトキシカルボニル、またはトリフルオロアセチルで あり、 R13が水素、ペンタフルオロフェニル、テトラフルオロフェニル、p−ニトロフ ェニル、またはN−スクシニミジルである請求項103に記載の化合物。 106.Y2がp−アニシルジフェニルメチル、ジ−p−アニシルフェニルメチル 、ピキシル、フルオレニルメトキシカルボニル、またはトリフルオロアセチルで あり、 R13が水素、ペンタフルオロフェニル、テトラフルオロフェニル、p−ニトロフ ェニル、またはN−スクシニミジルである請求項104に記載の化合物。 107.少なくともVの1つが酸素である請求項99に記載の化合物。 108.少なくともVの1つが酸素である請求項101に記載の化合物。 109.少なくともVの1つが酸素である請求項104に記載の化合物。 110.少なくともVの1つが酸素である請求項106に記載の化合物。 111.少なくともJの1つが水素である請求項97に記載の化合物。 112.少なくともJの1つが水素である請求項101に記載の化合物。 113.少なくともJの1つが水素である請求項104に記載の化合物。 114.少なくともJの1つが水素である請求項110に記載の化合物。 115.少なくともBの1つが所望により保護基を含む天然または非天然の核塩基 である請求項97に記載の化合物。 116.少なくともBの1つが所望により保護基を含む天然または非天然の核塩基 であ る請求項101に記載の化合物。 117.少なくともBの1つが所望により保護基を含む天然または非天然の核塩基 である請求項113に記載の化合物。 118.少なくともBの1つが所望により保護基を含む天然または非天然の核塩基 である請求項114に記載の化合物。 119.各B1が所望により保護基を含む天然または非天然の核塩基である請求項1 15に記載の化合物。 120.各B1が所望により保護基を含む天然または非天然の核塩基である請求項1 16記載の化合物。 121.各B1が所望により保護基を含む天然または非天然の核塩基である請求項1 17に記載の化合物。 122.各B1が所望により保護基を含む天然または非天然の核塩基である請求項1 18に記載の化合物。 123.少なくともXの1つがC1−C4アルキレンもしくは置換アルキレン、また はC1−C4アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニルである(こ こで、これらはいずれも所望により保護基を含む)請求項119に記載の化合物。 124.少なくともXの1つがC1−C4アルキレンもしくは置換アルキレン、また はC1−C4アルキレンカルボニルまたは置換アルキレンカルボニルである(ここ で、これらはいずれも所望により保護基を含む)請求項120に記載の化合物。 125.少なくともXの1つがメチレンカルボニルである請求項121に記載の化合 物。 126.少なくともXの1つがメチレンカルボニルである請求項122に記載の化合 物。 127.各B1が独立して、水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレータ ー、DNA結合基、ポリマー基、または標的基(ここで、これらはいずれも所望 により保護基を含む)である請求項115に記載の化合物。 128.各B1が独立して、水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレータ ー、DNA結合基、ポリマー基、または標的基(ここで、これらはいずれも所望 により保護基を含む)である請求項116に記載の化合物。 129.各B1が独立して、水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレータ ー、DNA結 合基、ポリマー基、または標的基(ここで、これらはいずれも所望により保護基 を含む)である請求項117に記載の化合物。 130.各B1が独立して、水素、アミノ、メルカプト、DNAインターカレータ ー、DNA結合基、ポリマー基、または標的基(ここで、これらはいずれも所望 により保護基を含む)である請求項118に記載の化合物。 131.少なくともXの1つが、単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アル キレン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、 C1−C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサア ルキレンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7 −C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレン カルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(ここで、これらはいずれも所 望により保護基を含む)である請求項127に記載の化合物。 132.少なくともXの1つが、単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アル キレン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、 C1−C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサア ルキレンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7 −C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレン カルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(ここで、これらはいずれも所 望により保護基を含む)である請求項128に記載の化合物。 133.少なくともXの1つが、単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アル キレン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、 C1−C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサア ルキレンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7 −C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレン カルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(ここで、これらはいずれも所 望により保護基を含む)である請求項129に記載の化合物。 134.少なくともXの1つが、単結合、C1−C10アルキレンもしくは置換アル キレン、C1−C10アルキレンカルボニルもしくは置換アルキレンカルボニル、 C1−C10オキサアルキレンもしくは置換オキサアルキレン、C1−C10オキサア ルキレンカルボニルもしくは置換オキサアルキレンカルボニル、ポリアミド、C7 −C12アラルキレンもしくは置換アラルキレン、またはC7−C12アラルキレン カルボニルもしくは置換アラルキレンカルボニル(ここ で、これらはいずれも所望により保護基を含む)である請求項130に記載の化合物 。 135.有効量の請求項1に記載の巨大分子と医薬的に許容される担体を含む医薬 組成物。 136.有効量の請求項6に記載の巨大分子と医薬的に許容される担体を含む医薬 組成物。 137.有効量の請求項11に記載の巨大分子と医薬的に許容される担体を含む医薬 組成物。 138.有効量の請求項16に記載の巨大分子と医薬的に許容される担体を含む医薬 組成物。 139.有効量の請求項19に記載の巨大分子と医薬的に許容される担体を含む医薬 組成物。 140.有効量の請求項20に記載の巨大分子と医薬的に許容される担体を含む医薬 組成物。 141.有効量の請求項23に記載の巨大分子と医薬的に許容される担体を含む医薬 組成物。 142.病原性生物に起因する病気の処置を要する宿主生物に対して有効量の請求 項1に記載の化合物を投与することを含む該処置方法。 143.病原性生物に起因する病気の処置を要する宿主生物に対して有効量の請求 項6に記載の化合物を投与することを含む該処置方法。 144.病原性生物に起因する病気の処置を要する宿主生物に対して有効量の請求 項11に記載の化合物を投与することを含む該処置方法。 145.癌の処置を要する生物に対して有効量の請求項1に記載の化合物を投与す ることを含む該処置方法。 146.癌の処置を要する生物に対して有効量の請求項6に記載の化合物を投与す ることを含む該処置方法。 147.癌の処置を要する生物に対して有効量の請求項11に記載の化合物を投与す ることを含む該処置方法。 148.病原性生物に起因する病気の処置を要する宿主生物に対して有効量の請求 項135に記載の医薬組成物を投与することを含む該処置方法。 149.病原性生物に起因する病気の処置を要する宿主生物に対して有効量の請求 項136に記載の医薬組成物を投与することを含む該処置方法。 150.病原性生物に起因する病気の処置を要する宿主生物に対して有効量の請求 項137に記載の医薬組成物を投与することを含む該処置方法。 151.癌の処置を要する生物に対して有効量の請求項135に記載の医薬組成物を 投与することを含む該処置方法。 152.癌の処置を要する生物に対して有効量の請求項136に記載の医薬組成物を 投与することを含む該処置方法。 153.癌の処置を要する生物に対して有効量の請求項137に記載の医薬組成物を 投与することを含む該処置方法。
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