JP2000512482A

JP2000512482A - 新規ｐｔｐ２０、ｐｃｐ―２、ｂｄｐ―１、ｃｌｋ、およびｓｉｒｐタンパク質並びに関連する生成物および方法

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Publication number: JP2000512482A
Application number: JP09530440A
Authority: JP
Inventors: ウルルリヒ，アクセル; カリトネンコフ，アレクセイ・イゴーレヴィッチ; アオキ，ナオヒト; ウォン，ホン・ヤン; チェン，チョンジュン; ナイラー，オリヴァー; キム，イェオン・ウーン
Original assignee: マックス―プランク―ゲゼルシャフト・ツア・フェルデルング・デア・ヴィッセンシャフテン・エー・ファオ
Priority date: 1996-06-17
Filing date: 1997-06-17
Publication date: 2000-09-26
Also published as: WO1997048723A2; AU3457497A; CA2259122A1; WO1997048723A3; US20080051556A1; EP0914452A2

Abstract

(57)【要約】完全長PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、およびSIRPポリペプチドをコードする核酸分子、そのような核酸分子の部分、そのような核酸分子を含有する核酸ベクター、そのような核酸ベクターを含有する組換え細胞、そのような組換え細胞から精製したポリペプチド、そのようなポリペプチドに対する抗体、そしてそのような化合物と結合する化合物またはそのような化合物と天然の結合パートナーとの相互作用を排除する化合物を同定する方法。PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、およびSIRP関連分子または化合物を用いた、器官中の異常症状を診断するための方法。PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、そのような核酸を含有する組織および動物、そのようなポリペプチドに対する抗体、そのようなポリペプチドを利用するアッセイ、そして上述のすべてに関連する方法。PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、・CLK4、およびSIRPポリペプチドに関連する疾患、またはそのようなポリペプチドとその結合パートナーとの間の異常な相互作用により特徴づけられる症状に対する、治療方法、診断方法およびスクリーニング方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】新規PTP20、PCP-2、BDP-1、CLK、およびSIRPタンパク質並びに関連する生成物および方法序説本発明は一般的に、タンパク質チロシンホスファターゼ、タンパク質セリン／スレオニンキナーゼ、下流シグナル伝達分子および関連する生成物および方法を含む、細胞シグナル伝達に関与する、新規に同定されたタンパク質に関連する。当該新規タンパク質はPTP20、BDP1、PCP-2、CLKおよびSIRPと称す。発明の背景本発明の背景である以下の記載は、本発明を理解する補助として提供されるが、本発明に対する従来技術を記載しまたは構成する余地はない。細胞シグナル伝達は基本的な機構であり、これによりさまざまな細胞過程を制御する外部刺激が、細胞内部に中継される。シグナル伝達の１つの重要な生化学機構は、タンパク質の可逆的なリン酸化を伴い、これにより成熟タンパク質の構造および機能を変化させることにより、それらタンパク質の活性を制御することができる。細胞エフェクターのリン酸化を介する酵素は、２つの種類に分けられる。タンパク質ホスファターゼはホスホリルタンパク質基質からリン酸部分を加水分解する一方、タンパク質キナーゼはアデノシン三リン酸からタンパク質基質へリン酸部分を転移させる。タンパク質キナーゼおよびタンパク質ホスファターゼの逆の機能は、シグナル伝達過程におけるシグナルの流れの平衡を保ち、そして制御を行う。キナーゼは大きく、２つの群に分けられる。すなわち、セリンおよびスレオニンを特異的にリン酸化するもの(STK)、およびチロシンを特異的にリン酸化するもの（TK）である。タンパク質ホスファターゼもまた、セリン／スレオニンに特異的なもの（STP）またはチロシンに特異的なもの（PTP）に分類することが可能である。既知の酵素は、キナーゼおよびホスファターゼ双方とも、２つの群に分けることが可能である。すなわち受容体型および非受容体型タンパク質である。受容体型タンパク質チロシンホスファターゼ（RPTP）の大部分は、２つの保存された触媒チロシンホスファターゼドメインを含み、そのそれぞれは240アミノ酸残基の部分を含む(Saitoら，Cell Growth and Diff.，2:59，1991)。RPTPはさらに、その細胞外領域のアミノ酸配列多様性に基づいて、下位分類することも可能である(Saitoら、前記；Kruegerら，PNAS 89:7417，1992)。既知のホスファターゼおよびキナーゼの一次アミノ酸配列並列により、その触媒ドメインで、それぞれの種類の他の酵素と共通のアミノ酸配列を有することが示される。この知見により、複数の器官および組織からタンパク質ホスファターゼをクローニングする労力が容易になった。タンパク質ホスファターゼ共通配列をコードするcDNAに対して相補的なポリヌクレオチドを用いてcDNAをプローブすることで、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を行うことにより、タンパク質ホスファターゼまたはキナーゼ配列と類似のcDNAが同定されてきた。これらのcDNAにコードされるいくつかのポリペプチド分子は酵素活性を有する。チロシンホスファターゼは、細胞増殖に関与するタンパク質キナーゼの触媒活性を下方制御でき、そしてしたがって抗癌タンパク質の候補である可能性があると考えられている。細胞増殖における役割に加え、タンパク質ホスファターゼは細胞分化過程にも関与していると考えられる。細胞分化はいくつかの細胞で、神経成長因子（NGF）または上皮増殖因子（EGF）刺激により起こる。細胞分化は、急速な膜の波立ち、細胞の平坦化、および細胞接着の増加により特徴づけられる (Chao，Cell 68:995-997，1992)。上記の観点から、さらに別のタンパク質であって、不適切な活性が癌またはその他の障害を引き起こすものを特定する必要が存在すると見てもよく、それゆえそれらの障害に対する治療のための薬剤組成物も同定された。発明の概要本発明はPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、およびSIRP1およびSIRP 4と称する新規タンパク質の一群、および関連するポリペプチド、こうしたポリペプチドをコードする核酸、こうした核酸分子を含む核酸ベクター、こうした核酸を含む細胞、こうしたポリペプチドに対する抗体、こうしたポリペプチドを利用する検定、こうしたポリペプチドに結合する、またはこれらの天然の結合パートナーと相互作用するのを排除する化合物を同定する方法、および前記全てに関連するさらに別の方法に関連する。こうしたポリペプチドに関連する分子または化合物を用いて、生物における特定の異常症状を診断しそして治療する方法もまた開示する。核酸分子、核酸分子ベクター、組換え細胞、ポリペプチド、および抗体は、周知の、および現在当該分野において用いられている標準的な技術を用いて産生してもよい。新規タンパク質はそれぞれ、以下に簡単に記載される。 PTP20 本発明は一部、PTP20と称する新規タンパク質ホスファターゼをコードする核酸分子の単離および性質決定に基づいている。PTP20は細胞分化の増殖因子刺激を制御する。PTP20は、ラット褐色細胞腫細胞（PC12）で過剰発現すると、分化速度が上昇することから、細胞分化に関与すると考えられている。したがって、神経損傷と同様、神経癌のさまざまな治療法が、PTP20の発見およびこれらの障害におけるその役割に基づいて提供される。全長PTP20核酸分子のオープンリーディングフレームは、予測される分子量がおよそ50kDaである453アミノ酸のタンパク質をコードする。疎水性親水性解析（ KyteおよびDoolittle，1982，J．Mol．Bio．157:105-132を参照されたい）により、PTP20がシグナルペプチドまたは膜貫通領域に適した疎水性部分を含まないことが示され、そしてしたがってPTP20は細胞内タンパク質である可能性が非常に高い。全長cDNAとほぼ同じ大きさに相当する転写物は、脳、肝臓、肺、脾臓、骨格筋、腎臓および精巣を含むラットのいくつかの組織で検出される。触媒ドメインは、予測されるアミノ末端近く、アミノ酸58および283間に位置している。PTP20の触媒ドメインは、ヒトおよびラットPTP-PEST類およびPEP-PTP などのPTP-PESTファミリーホスファターゼと相同である可能性がある(Takekawa ら，1992，Biochem．Biophys．Res．Commun．189:1223-1230;Yangら，1993，J． Biol．Chem．268:6622-6628;Matthewsら，1992，Mol．Cell．Biol．12:2396-240 5)。プロリン、グルタミン酸、セリンおよびスレオニン残基（PEST）はPESTモチーフ配列において濃縮されているが、いかなる特定の共通配列中でも配列されない(RechsteinerおよびRogers，1996，TIBS 21:267-271)。PTP20はアミノ酸285および453間にPEST配列を有する可能性があり、PTP20がPTP-PESTファミリーのメンバーである可能性が示唆される。実験結果は、PTP20が増殖因子により刺激される細胞分化シグナル伝達経路に関与する、必須の剤であることを暗示する。成人において大部分の細胞はすでに分化しているが、PTP20の活性化因子は細胞腫瘍の増殖の代わりに分化を引き起こす可能性があり、そしてしたがって、抗癌治療薬として働く可能性がある。さらに、PTP20の阻害因子は、移植された神経幹細胞が確実に移植されるまで分化を遅らせることにより、神経損傷の治療に有用である可能性がある。 BDP1 本発明の２番目のPTPはBDP-1（脳由来ホスファターゼ1）である。PTP20同様、 BDP-1は膜貫通配列を持たず、そしてしたがって細胞内タンパク質であるようである。BDP-1は元来、ヒト脳cDNAライブラリーで同定されたが、全長BDP1クローンは造血系のMEGO1 cDNAライブラリーから単離された。ヌクレオチド配列は2810 bpであることが見出され、そしてオープンリーディングフレームは459アミノ酸長であった。ノーザンハイブリダイゼーションにより、BDP1クローンの長さに相当する2.8kbのシグナルが示された。5'末端にATG開始コドン、開始コドンの下流にGC含量の高い配列、ポリ（A）+テールが、3'非コード配列のポリアデニル化シグナルおよびＴ含量の高い配列と共にある。 BDP-1はPTP20と配列および構造が同様である(アミノ酸レベルでおよそ85％の相同性)。予測されるアミノ酸配列はPTPase-PESTファミリーと約36から38％の相同性を共有し、相同部分は推定される触媒ドメインのみにわたっている。Ｎ末端配列は、シクラーゼ関連CAPタンパク質のＮ末端と相同であった。Ｃ末端のおよそ20アミノ酸からなる最後の配列は、PTPase-PESTファミリーおよびMHC抗原Ｉタンパク質の細胞質テール配列と相同であった。 BDP1のチロシンホスファターゼ活性およびその発現は、p-ニトロフェニルリン酸および、srcおよびヒト腎臓胚293細胞にBDP1とコトランスフェクションした、いくつかのキメラ受容体タンパク質などの自己リン酸化タンパク質を用いて確認した。BDP1は大部分の組織および細胞株で基底レベルで発現したが、上皮由来細胞株および癌細胞株で高い発現を見せた。 PCP-2 本発明の３番目のPTPは、新規受容体型タンパク質ホスファターゼで、MAMドメインを含んでおり、PCP-2（膵臓癌腫ホスファターゼ2）と称する。MAMドメインは新規に定義された配列モチーフであり、機能的に多様な受容体である、メプリン、A5タンパク質、PTPkおよびPTPmで同定された(Beckman G.およびBork P．Tre nds Biochem．Sci．18:40，1993;Jiangら，J．Biol．Chem．267:9185，1992;Tag akiら，Neuron．7:295，1991)。現時点で、このドメインの機能は知られていないが、細胞−細胞相互作用に関与している可能性がある。 PCP-2は1430アミノ酸の膜貫通タンパク質のようであり、その細胞外領域はマウスPTPkおよびヒトおよびマウスPTPmと構造上のモチーフを共有している。細胞 −細胞認識および接着におけるPCP-2の潜在的役割は、細胞−細胞接触部位で細胞接着分子b-カターニン（b-caternin）およびE-カドヘリンと共に局在することにより裏付けられる。 CLK CLKセリン／スレオニンキナーゼは細胞内でRNAスプライシングを制御し、そしていくつかは精巣と共に癌細胞でも高く発現している。本発明は、タンパク質キナーゼ、mCLK2、mCLK3、およびmCLK4の発見を開示する。コードされるタンパク質の予測される分子量は、59.9kDa(mCLK2)、58.5kDa(mCLK3)、および57.2kDa（m CLK4）である。現在、さまざまなmCLK2、mCLK3、およびmCLK4関連分子および化合物を、癌治療薬または雄性生物の生殖に対する避妊薬として設計することが可能である。図１に例示されるように、mCLK1、mCLK2、mCLK3、およびmCLK4はLAMMERキナーゼとして同定される基本的な特徴を共有している(Yunら，Genes．Dev．8:1160， 1994)。これらは多くのセリンおよびアルギニン残基から構成される著しく塩基性であるアミノ末端と共に、核局在化シグナル（DingwallおよびLaskey，Trends Biochem．Sci．16:478，1991）を含む。これらのセリンおよびアルギニンアミノ酸は、当該タンパク質を核斑（nuclear speckle）に局在させるシグナル配列を含んでいるようである(Hedleyら，PNAS 92:11524，1995;Colwillら，EMBO J．15 :265，1996)。アミノ末端は当該タンパク質で最も多様性を有する部分であり、この領域にそれぞれのタンパク質に特異的な情報が含まれる可能性を示唆する。触媒ドメインは、全ファミリーメンバーで相同であり、わずか数アミノ酸の変化しかない。さらに、CDC2様キナーゼのサブファミリーを定義することが知られるアミノ酸全てが、４つのタンパク質全てに存在している(Ben-Davidら，EMBO J． 10:317，1991)。 mCLK1は、酵母ツーハイブリッド系（two hybrid system）において、ASF/SF2 、SRp20およびhnRNPタンパク質と相互作用することが示されている。hnRNP-Kはプロトオンコジーンp95^vavと結合するため、mCLK1は造血細胞においてプロトオンコジーンmycおよびfosの発現を制御するシグナルの伝達に関係している可能性がある。したがって、CLKセリン／スレオニンキナーゼの役割は、単にRNAスプライシングおよび細胞内移動を維持することに限定されない可能性があり;CLKセリン／スレオニンキナーゼはまた、細胞外シグナルの造血細胞内への流入を制御することに結び付けられる可能性もある。さらに、CLKセリン／スレオニンキナーゼは、プロトオンコジーンp95^vav、myc、およびfosの調節不能な制御に関連する癌を改善しうる化合物の標的である可能性もある。CLKセリン／スレオニンキナーゼ自体の過剰発現が、ある種の癌細胞株に関係しているため、その触媒活性を阻害するまたはそれらの天然結合パートナーとの相互作用を中断する化合物は、抗癌治療薬として働く可能性がある。 mCLK2、mCLK3、およびmCLK4以外のCLKセリン／スレオニンキナーゼは以前記載されているものの、本明細書中に記載された方法は他に記載されていないため、本発明の方法は、一般にCLKセリン／スレオニンキナーゼに関連する。したがって、本発明の方法は、mCLK2、mCLK3、およびmCLK4に特異的な結合親和性を有する抗体および他の化合物、およびその他のCLKタンパク質キナーゼポリペプチドと相互作用する抗体およびその他の化合物をも含む。SIRP タンパク質本発明はまた、PTP活性の制御に関与しているらしいタンパク質ファミリー、S IRP（シグナル制御タンパク質）も含む。このファミリーは、２つのサブタイプに分かれる、少なくとも15のメンバーを含む。全てのSIRPタンパク質は受容体様、または免疫グロブリン（Ig）様細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインを有する。SIRPの２つのサブタイプは、細胞質にSHP-2結合ドメインが存在するかまたはしないかにより区別される。例えば、SIRP4は細胞質ドメインを有する一方、SIR P1は持たない。SIRP4の細胞質ドメインは、それぞれ２つのチロシン残基を有する、２つのSHP-2結合領域を含む。SHP-2はチロシンホスファターゼで、細胞シグナル伝達に関与することが周知である。SHP-2は２つのSH2領域を有し、そしてさまざまなRTKの下流のシグナル伝達に必要とされる。SHP-2は、PDGF受容体、EGF 受容体、およびcKitなどのRTKに対して、それらのリガンドによる刺激に反応し、直接結合することが報告されている。インシュリン受容体基質１（IRS-1）もまた、インシュリンに反応しSHP-2と結合する。 SIRP4は増殖因子およびホルモンが誘導する細胞反応に負の制御効果を有する。この効果は、SIRP4チロシンのリン酸化に依存しており、そしてMAPキナーゼ活性化の減少に関連する。SIRP4は、EGF、インシュリンまたはPDGF刺激に対し、活性化受容体チロシンキナーゼ（RTK）の基質となる。そのチロシンリン酸化型では、SIRP4はホスホチロシンホスファターゼ、SHP-2と、SH2相互作用を通じて結合する。SIRP4が一度SHP-2と結合すると、SHP-2の触媒活性を活性化し、そしてS HP-2の基質となる。このSHP-2の直接的な活性化は、Srcまたは他のSrcファミリーキナーゼの活性化を誘導しうる。上述の相互作用により、SIRP4はSHP-2が関係する主要なシグナル伝達経路に関与することが可能になる。SIRP4はまた、どちらもSH-2領域を含むSHP-1およびGrb2にも結合する。Grb2はアダプター分子であり、そしてその機能の１つは、増殖因子受容体を下流エフェクタータンパク質に結び付けることである。Grb2は、PDGF刺激に反応して、チロシンリン酸化SHP-2 に結合することが知られている。 SIRPファミリータンパク質は、多様な生理学的および病理学的過程を定義するシグナルの制御において、普遍的な役割を果たす。特に、SIRPポリペプチドはさまざまなシグナル伝達経路、例えば、限定される訳ではないが、EGF、インシュリンおよび血小板由来増殖因子（PDGF）の受容体を含む、受容体チロシンキナーゼにより生成されるシグナルの負の制御などに関係する。例えば、SIRP4は癌抑制因子のようにふるまい、DNA合成などの増殖因子およびホルモンに誘導された細胞反応に対して、負の制御効果を及ぼす。発癌は、突然変異体SIRPまたは SIRPが十分でないことに関係する可能性がある。遺伝子治療などにより、SIRPを正常レベルに戻すと、細胞を正常成長パターンに戻せる可能性がある。インシュリン受容体活性もまた、SIRPにより制御されている。SIRPの過剰発現は、十分量のインシュリンが存在するがインシュリンシグナル伝達が不完全であるII型糖尿病に関与している可能性がある。SIRPおよびSHP-2間の相互作用を阻害するなどにより、SIRPによるインシュリンのシグナル伝達の負の制御を阻害する化合物は、インシュリンシグナル伝達の上昇を引き起こす可能性がある。単離された核酸したがって、最初の側面において、本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、m CLK3、mCL4、またはSIRPポリペプチドをコードする、単離され、濃縮され、または精製された核酸分子を特色とする。核酸に関して「単離された(isolated)」とは、天然源から単離された、または合成されたDNAまたはRNAを含む、6（好ましくは21、より好ましくは39、最も好ましくは75）またはそれ以上のヌクレオチドが、互いに結合したポリマーを意味する。本発明のある態様において、より長い核酸が好ましく、例えば300、600、 900またはより長いヌクレオチドの核酸、および／または図1、2、3、4、または５に示された、それぞれPTP20、PCP2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRP ポリペプチドについての全長配列に少なくとも50％、60％、75％、90％、95％、または99％「同一性」を有するものである。「同一性(identity)」により、配列の類似性または関連を測る配列特性を意味する。同一性は同一残基の数を残基総数で割り、そしてその結果に100を乗じることにより測定される。したがって、全く同じ配列の２つのコピーは100％同一性を有するが、保存性がより低くそして欠失、付加、または置換を有する配列は、より低い同一性の度合を有する可能性がある。当業者は配列同一性を決定するためのコンピュータープログラムがいくつか入手可能であることを認識するであろう。本発明の単離された核酸は、天然には純粋なまたは分離された状態で見い出されないという意味で独特である。「単離された」という用語の使用は、天然発生配列がその正常な細胞（染色体などの）環境から除かれたことを示す。したがって、配列は細胞不含溶液内にあってもよいし、または異なる細胞環境に置かれてもよい。当該用語は、当該配列が、存在する唯一のヌクレオチド鎖であるということを意味しないが、ヌクレオチドと天然に関連する非ヌクレオチド成分を基本的に含まず(少なくとも約90-95％純粋)、そしてしたがって単離された染色体とは区別されるということを意味する。核酸に関して「濃縮された(enriched)」という用語は、特定のDNAまたはRNA配列が、正常または病気の細胞または当該配列が採取された細胞中に存在するものと比較して、関心の対象となる細胞または溶液中に存在する全DNAまたはRNAの、有意に高い分画（2-5倍）からなることを意味する。当業者は、存在する他のDNA またはRNA量を選択的に減少させること、または特定のDNAまたはRNA配列の量を選択的に増加させること、またはこの２つを組み合わせることによって、このことを引き起こすことが可能である。しかし、濃縮は他のDNAまたはRNA配列が存在しないということを意味するのではなく、単に関心の対象である配列の相対量が、有用なそして好ましい方法で「有意に増加」したということを意味する。「有意に(significantly)」という用語は「増加した」ことを限定し、増加のレベルが組換えDNA技術を実行する者にとって有用であることを示し、そして一般的に他の核酸に比較して少なくとも約２倍、より好ましくは少なくとも５から10倍、またはそれ以上増加したことを意味する。当該用語はまた、他の産生源からのDN AまたはRNAが存在しないということを意味するものでもない。他の産生源のDNA には、例えば、酵母または細菌ゲノム、またはpUC19などのクローニングベクター由来のDNAを含んでもよい。この用語は、１つのmRNAレベルが他の種類のmRNA に比較して天然に増加しうるという、天然に発生する出来事、例えばウイルス感染、または腫瘍型の増殖とは区別される。すなわち、当該用語は、ヒトが介在し、所望の核酸の比率を上昇させる状況のみに及ぶことを意味する。核酸配列が精製された形であることも、いくつかの目的のためには有益である。核酸に関して「精製された(purified)」という用語は、完全な純度（均質な調製物など）を必要とせず；その代わり、配列が天然環境よりも相対的に純粋であることを示す(天然レベルに比べ、このレベルは、例えばmg/mlで、少なくとも2- 5倍高くなければならない)。cDNAライブラリーから単離された個々のクローンは、電気泳動した場合に均一になるように精製することも可能である。これらクローンから得られる請求DNA分子は、全DNAまたは全RNAから直接得ることも可能である。cDNAクローンは天然発生したものではなく、逆にむしろ、好ましくは部分的に精製された天然発生基質（メッセンジャーRNA）を操作することにより得られる。mRNA由来のcDNAライブラリーの構築は、合成基質（cDNA）の生成を伴い、そして純粋な個々のcDNAクローンは、cDNAライブラリーを含む細胞のクローン選択を行うことにより、合成ライブラリーから単離することが可能である。したがって、mRNA由来のcDNAライブラリーの構築および別個のcDNAクローンの単離を含む過程は、天然メッセージをおよそ106倍に精製する。したがって、少なくとも１桁、好ましくは２または３桁、そしてさらに好ましくは４または５桁増加する精製が、明白に意図される。「PTP20ポリペプチド」という用語は、図１に示された、好ましくは少なくとも400の連続したアミノ酸、より好ましくは少なくとも450の連続したアミノ酸、または最も好ましくは少なくとも453の連続したアミノ酸を有するポリペプチドを指し、またはこうした配列に実質的に類似のものである。実質的に類似の配列は、図１のアミノ酸配列に対し、好ましくは少なくとも90％同一性（より好ましくは少なくとも95％同一性そして最も好ましくは99-100％同一性）を有するであろう。PTP20ポリペプチドは、好ましくはチロシンホスファターゼ活性を有し、そしてこうした活性を有する全長PTP20配列の断片は、当業者に周知の技術、例えば配列比較および本明細書中の実施例に記載される技術などの検定を用いて同定することが可能である。「PCP-2ポリペプチド」または「BDP1ポリペプチド」により、それぞれ図２または３の全長アミノ酸配列に示された、25（好ましくは30、より好ましくは35、最も好ましくは40）の、またはそれ以上の連続したアミノ酸、または本明細書中に記載されるようなその機能的な誘導体を意味する。ある側面において、100、2 00、300またはそれ以上のポリペプチドが好ましい。PCP-2またはBDPIポリペプチドは、ポリペプチドの機能的活性が保持される限り、全長核酸配列または全長核酸配列のいかなる部分によってコードされてもよい。「mCLK2」、「mCLK3」、および「mCLK4」という用語は、図４に示されたものと実質的に類似のアミノ酸配列を有するポリペプチドを指す。実質的に類似の配列は、図４の配列に対し、好ましくは少なくとも95％同一性、より好ましくは少なくとも96-97％同一性、そして最も好ましくは98-100％同一性を有するであろう。C LKタンパク質キナーゼポリペプチドは好ましくはタンパク質キナーゼ活性を有し、そしてこうした活性を有する全長CLKタンパク質キナーゼ配列の断片は当業者に周知の技術、例えば配列比較および本明細書中の実施例に記載される検定などの技術を用いて、同定することが可能である。「SIRPポリペプチド」により、図５の全長アミノ酸配列に示された、９またはそれ以上の連続したアミノ酸を意味する。SIRPポリペプチドは全長核酸配列、またはポリペプチドの機能的活性が保持されている限り、全長核酸配列のいずれかの部分によってコードされてもよい。好ましい機能的活性には、受容体チロシンキナーゼまたはSHP-2、SHP-1またはGrb-2などのSH-2ドメインを持つタンパク質に結合する能力を含む。非全長SIRPポリペプチドは、当業者に知られた技術を用いて、当該ポリペプチドおよび全長ポリペプチドに対する抗体を誘導するのに用いることができる。本発明はまた、１つまたはそれ以上の単離されたSIRPドメイン（例えば、Ig様ドメイン、膜貫通ドメイン、SH2結合ドメイン、およびチロシン残基）を欠損した欠失突然変異体、および厳密なハイブリダイゼーション条件下で、全長SIRPタンパク質にハイブリダイズできる相補配列も含む。好ましい態様は、図１に示されたアミノ酸配列の、少なくとも12の連続するアミノ酸配列をコードするPTP20に関連する単離された核酸分子に関係する。好ましくは少なくとも12、15、20、25、30、35、40、50、100、200または300の連続するアミノ酸またはPTP20配列がコードされる。別の好ましい態様において、単離された核酸分子は、核酸配列を含むか、基本的にそれらからなるか、またはそれらからなるが、それぞれ図２または３の全長アミノ酸配列に示されたPCP-2 またはBDP1ポリペプチド、またはその機能的な誘導体をコードするか、または少なくとも25、30、35、40、50、100、200または300の連続するそのアミノ酸をコードする。本発明の別の好ましい態様は、mCLK2、mCLK3、またはmCLK4ポリペプチドの、少なくとも17アミノ酸をコードする単離された核酸分子に関係する。好ましくは、少なくとも17、20、25、30、35、40、50、100、200、300、400、450 、475、または485の連続するアミノ酸がコードされる。他の好ましい態様において、単離された核酸分子は、核酸配列を含む、本質的にそれらからなる、またはそれらからなるが、図５の全長アミノ酸配列に示されたSIRPポリペプチド、またはその機能的な誘導体、または少なくとも25、30、35、40、50、100、200または 300の連続するそのアミノ酸配列をコードする。本発明のこれら好ましい態様は、当業者に既知のルーチンの組換えDNA技術を利用することにより、達成される。「含む(comprising)」という用語は、「含む」の後に続く単語がどのようなものであっても、それを含むがそれだけに限定されないことを意味する。したがって、「含む」という用語の使用により、記載された要素は必要または必須であるが、その他の要素は随意であり、そして存在してもよいしまたは存在しなくてもよいことが示される。「からなる(consisting of)」という句は、「からなる」の後に続く単語がどのようなものであっても、それを含み、そしてそれだけに限定される。したがって、「からなる」という句の使用により、記載された要素は必要または必須であり、そしてその他の要素は何も存在しえないことが示される。「基本的に、〜からなる(consisting essentially of)」により、この句の後に記載されたいかなる要素も含み、そして記載された要素についての開示に特定された活性や作用を妨げないまたはそれらに貢献しない、その他の要素に限定されることを意味する。したがって、「基本的に、〜からなる」という句は、記載された要素は必要または必須であるが、その他の要素は随意であり、そしてそれらが記載された要素の活性または作用に影響するかどうかに依存して、存在してもよいし、または存在しなくてもよいことを示す。核酸は天然源からcDNAクローニングによって、またはサブトラクトハイブリダイゼーションによって単離してもよく；天然源は、哺乳動物（ヒト）血液、精液、または真核細胞、哺乳動物、鳥、魚、植物、ゴリラ、アカゲザル、チンパンジーおよびヒトを含むさまざまな生物の組織であってもよい。核酸はトリエステル法または自動DNA合成機によって合成してもよい。他の好ましい態様において、単離された核酸は、図1、2、3、4、または５に示された核酸配列に少なくとも95 ％同一であってもよく、そして図1、2、3、4、または５に示された核酸配列に、好ましくは厳密なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることが可能である。さらに他の好ましい態様において、核酸は保存されたまたは特有の領域であって、例えば、さらに別のポリペプチドの同定およびクローニングを容易にするハイブリダイゼーションプローブの設計、さらに別のポリペプチドのクローニングを容易にするPCRプローブの設計、およびポリペプチド領域に対する抗体の取得に有用な前記領域などである。本発明のアミノ酸配列の例には、次のアミノ酸配列が含まれる(これらをコードする単離され、精製されまたは濃縮された核酸もまた、本発明の範囲内である)。「ハイブリダイズ」という用語は、溶液中、またはセルロースまたはニトロセルロースなどの固体支持体上で、核酸プローブをDNAまたはRNA分子と相互作用させる方法を指す。核酸プローブがDNAまたはRNA分子に高い親和性で結合するならば、DNAまたはRNA分子と「ハイブリダイズ」すると言う。上述のように、プローブとその標的との間の相互作用の強さは、ハイブリダイゼーション条件の厳密さを変化させることにより評価することが可能である。望ましい特異性および選択性依存して、さまざまな低いまたは高い厳密性のハイブリダイゼーション条件を使用してもよい。厳密性は、塩または変性剤濃度を変化させることにより調節する。厳密なハイブリダイゼーション条件下では、高い相補性を持つ核酸配列のみがハイブリダイズする。好ましくは、こうした条件は20の連続するヌクレオチド中に１つまたは２つのミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを妨げる。さまざまなハイブリダイゼーション条件の実施例が、以下の実施例に示される。「保存的核酸領域」により、PTP20、PCP-2、BDP1、CLKタンパク質キナーゼ、またはSIRPポリペプチドをコードする２つまたはそれ以上の核酸上に存在する領域であって、その領域に対し、特定の核酸配列がより低い厳密性の条件下でハイブリダイズできる前記領域を意味する。PTP20、PCP-2、BDP1、CLKタンパク質キナーゼ、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸をスクリーニングするのに適したより低い厳密性の条件の例は、Abeら，J．Biol．Chem．19:13361（1992）に提供される(本明細書中に、いかなる図表も含む全体が参考文献として援用される)。好ましくは、保存的領域は20ヌクレオチド中、５または７より多く異ならず、好ましくは20ヌクレオチド中、５より多く異ならず、より好ましくは20ヌクレオチド中、10より多く異ならず、そして最も好ましくは20ヌクレオチド中、15 より多く異ならない。タンパク質キナーゼは、触媒ドメイン中に保存的領域を共有する。「特有の核酸領域」により、PTP20、PCP-2、BDP1、CLKタンパク質キナーゼ、またはSIRPポリペプチドをコードする全長核酸中に存在する配列であって、他のいかなる天然発生ポリペプチドをコードする配列にも存在しない前記配列を意味する。こうした領域は好ましくはPTP20、PCP-2、CLKタンパク質キナーゼ、またはBDP1ポリペプチドをコードする全長核酸に存在する30または45の連続するヌクレオチド、より好ましくは連続する100ヌクレオチド、そして最も好ましくは連続する200ヌクレオチドを含むか、または、SIRPポリペプチドをコードする全長核酸中に存在する12または20の連続するヌクレオチドを含む。特に、特有の核酸領域は好ましくは、哺乳動物起源である。核酸プローブ本発明の別の側面は、試料中のPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子を検出できる核酸プローブを特色とする。「核酸プローブ」という用語は、図1、2、3、4、または５に示されたものと実質的に類似のアミノ酸配列をコードする核酸配列に相補的であり、そして結合可能な核酸分子を指す。したがって、当該核酸プローブは、図1、2、3、4、または５に示された配列、またはその機能的な誘導体にハイブリダイズしうる核酸を含む。好ましい態様において、当該核酸プローブは、図1-3に示された全長配列の、少なくとも12、75、90、105、120、150、200、250、300または350の連続するアミノ酸、図４に示された全長配列の、少なくとも17、20、25、30、35、40、50、 100、200、300、400、450、475、または485の連続するアミノ酸、または図５に示された全長配列の、少なくとも12、27、30、35、40、50、100、200、または30 0の連続するアミノ酸配列、またはその機能的な誘導体をコードする核酸にハイブリダイズする。望ましい特異性および選択性に依存して、さまざまな低いまたは高い厳密性のハイブリダイゼーション条件を使用してもよい。核酸プローブは１つのまたは複数のリポーター分子により標識することが可能である。「リポーター分子」という用語は、核酸プローブに結合する、または核酸プローブ内に含まれる分子を指す。リポーター分子は、当該分野において用いられる方法により、プローブの検出を可能にする。リポーター分子は、例えばペルオキシダーゼなどの酵素、放射活性を有する成分、またはアビジンまたはビオチン分子からなる群から選択されるが、これらに限定される訳ではない。「高い厳密性のハイブリダイゼーション条件」により、（1）洗浄には、低いイオン強度および高い温度、例えば50℃で、0.015 M NaCl／0.0015 Mクエン酸ナトリウム／0.1％SDSを用いる；(2)ハイブリダイゼーション中に、ホルムアミドなどの変性剤、例えば42℃で、0.1％ウシ血清アルブミン／0.1％Ficoll／0.1％ポリビニルピロリドン／750mM NaCl、75mMクエン酸ナトリウムを含むpH6.5の50m Mリン酸ナトリウム緩衝液中に50％（容積／容積）ホルムアミドを用いる；または（3）50％ホルムアミド、5x SSC(0.75M NaCl)、0.075Mピロリン酸ナトリウム、5xデンハート液、超音波処理したサケ精子DNA(50g/ml)、0.1％SDS、および10 ％硫酸デキストランを用い、42℃、0.2x SSCおよび0.1％SDS中で洗浄することを用いる、ハイブリダイゼーション条件を意味する。厳密なハイブリダイゼーション条件下では、高い相補性を有する核酸配列のみがハイブリダイズする。好ましくは、こうした条件は、20の連続するヌクレオチド中に１または２のミスマッチを有する核酸、より好ましくは35の連続するヌクレオチド中に１つのミスマッチを有する核酸、そして最も好ましくは50の連続するヌクレオチド中に１つのミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを妨げる。プローブを用いる方法には、ハイブリダイゼーションが起こる条件下で、試料に核酸プローブを接触させ、そしてこうしたRNAに結合するプローブの存在または量を検出することにより、試料中のPTP20、PCP-2、BDP1、CLKタンパク質キナーゼ、またはSIRP RNAの存在または量を検出することを含む。プローブとPCP-2 、SIRP、CLKタンパク質キナーゼポリペプチドをコードする核酸配列との間に形成された核酸二重鎖は、検出された核酸の配列の同定に使用してもよい(例えば、本明細書中に図表も含み全体が参考文献として援用される、Nelsonら，Noniso topic DNA Probe Techniques，p．275 Academic Press，サンディエゴ(Kricka監修、1992)を参照されたい)。こうした方法を行うためのキットは、核酸プローブを配分した容器手段を含むよう、構成してもよい。核酸ベクターさらに別の側面において、本発明は、プロモーター要素および本発明に記載される核酸分子を含む核酸ベクターに関連する。「核酸ベクター」という用語は、細胞にトランスフェクションまたはトランスフォーメーションすることができ、そして独立してまたは細胞ゲノム内で複製できる一本鎖または二本鎖環状分子に関連する。ベクターは切断することが可能で、そしてしたがって制限酵素処理により線状にすることが可能である。ベクター、制限酵素、および制限酵素が作用するヌクレオチド配列に関する知識の集成は、当業者に容易に入手可能である。PTP20、PCP-2、BDP1、CLKタンパク質キナーゼ、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子は、ベクターを制限酵素で切断し、そして２つの断片を共に連結することにより、ベクターに挿入することが可能である。「プロモーター要素」という用語は、一度適切な細胞中に入れば、転写因子および／またはポリメラーゼ結合、およびそれに続くベクターDNAの一部のmRNAへの転写を容易にしうる、ベクターに組み込まれたヌクレオチド配列を記載する。プロモーター要素は、本発明の最初の側面の核酸分子のSI末端の前に置き、SI末端がmRNAに転写される。その後、組換え細胞装置がmRNAをポリペプチドに翻訳する。原核生物または真核生物への核酸ベクターのトランスフォーメーションまたはトランスフェクションを容易にするために、多くの技術が当業者に入手可能である。「トランスフォーメーション」および「トランスフェクション」という用語は、細胞生物に核酸ベクターを挿入する方法を指す。これらの方法は、細胞を高濃度の塩、電場、または界面活性剤で処理して、細胞外膜または細胞壁に関心の対象である核酸分子が浸透することを可能にすることなどの、さまざまな技術に関係する。組換え細胞本発明はまた、組換え核酸、好ましくは細胞内または生物内のものを特色とする。組換え核酸は、図1-5に示された配列、またはその機能的な誘導体、および宿主細胞内で転写を開始するために有効なベクターまたはプロモーターを含んでもよい。あるいは、組換え核酸は、細胞で機能する転写開始領域、PTP20、PCP-2 、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードするRNA配列に相補的な配列、および細胞で機能する転写終結領域を含んでもよい。「組換え体 (recombinant)」という用語は、遺伝子または核酸分子の、新規の組み合わせを有する生物を指す。遺伝子または核酸分子の新規の組み合わせは、当業者に入手可能な広範囲の核酸操作技術を用いて、生物に導入することが可能である。別の側面において、本発明はPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする精製された核酸を含む組換え細胞または組織を記載する。こうした細胞において、核酸はゲノム制御要素の調節下にあってもよいし、または外因性プロモーターを含む外因性制御要素の調節下にあってもよい。「外因性」により、通常はin vivoで、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3 、mCLK4、またはSIRPポリペプチドのコード配列に転写するようには結び付いていないプロモーターを意味する。組換え細胞は、真核生物または原核生物であってもよい。「真核生物」という用語は、核を含む細胞から成り立つ生物を指す。真核生物は、ゲノムDNAを核内に収めない「原核生物」とは区別される。原核生物は、細菌などの単細胞生物を含む一方、真核生物は酵母、無脊椎動物、および脊椎動物に代表される。組換え細胞はまた、ゲノム外の核酸ベクターを含んでもよい。「ゲノム外」という用語は、細胞ゲノム内に組み込まれていない核酸ベクターを指す。多くの核酸ベクターが、組換え細胞複製装置を利用して複製し、そして核酸ベクターの核酸配列が増殖するのを可能にする、自身の複製起点を有するよう設計されている。これら核酸ベクターは十分に小さく、組換え細胞のゲノム配列に相同な核酸配列を含みそうではない。したがって、これら核酸ベクターは、ゲノムと独立して複製し、そしてゲノムと組換えを起こさず、またはゲノムに組み込まれない。組換え細胞はまた、ゲノム内に核酸ベクターの一部を含んでもよい。「ゲノム内」という用語は、細胞ゲノム内に組み込まれた核酸ベクターを定義する。当業者に入手可能な、複数の核酸ベクターには、特定の生物のゲノムDNAの核酸配列に相同な核酸配列が含まれる。これら相同配列により、核酸配列の一部がゲノム DNAに組み込まれる組換え現象が起こるだろう。当業者は、核酸ベクターのどの核酸配列を細胞ゲノムに組み込むか、核酸ベクター中でゲノムに組み込まれるべき部分に相同配列を隣接させることにより、調節することが可能である。単離されたポリペプチド本発明の別の側面において、単離され、濃縮され、または精製されたPTP20、P CP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドを特色とする。ポリペプチドに関して「単離された」とは、2（好ましくは7、より好ましくは 13、最も好ましくは25）またはそれ以上の、互いに結合するアミノ酸のポリマーを意味し、天然源から単離されたまたは合成されたポリペプチドを含む。ある側面において、たとえば図２に示されたPCP-2の、402、407、413、または425の連続するアミノ酸を有するもの、図４に示されたmCLK2、mCLK3、またはmCLK4の、4 00、450、475、または485の連続するアミノ酸を有するものなどのより長いポリペプチドが好ましい。本発明の単離されたポリペプチドは、天然では純粋なまたは分離された状態で見い出されないという点で独特である。「単離された」という用語を使用することで、天然発生配列がその正常な細胞環境から除かれたことを示す。したがって、配列は細胞不含溶液中にあってもよいし、または異なる細胞環境に置かれてもよい。当該用語は、当該配列が存在する唯一のアミノ酸鎖であるということを意味するものではなく、天然にアミノ酸と結合している非アミノ酸成分を基本的に含まない（少なくとも90-95％純粋）ということを意味する。ポリペプチドに関して「濃縮された」という用語を用いることにより、特定のアミノ酸配列が、正常または病気の細胞または当該配列が採取された細胞中に存在するものと比較して、関心の対象である細胞中または溶液中に存在する総アミノ酸に対して、有意により高い分画（2-5倍）からなることを意味する。当業者は、存在する他のアミノ酸量を選択的に減少させること、または関心の対象である特定のアミノ酸配列の量を選択的に増加させること、またはこの２つの組み合わせにより、このことを引き起こすことが可能である。しかし、濃縮には、他のアミノ酸配列が存在しないということを意味するのではなく、単に関心の対象である配列の相対量が有意に増加したということを意味する。ここで有意という用語は、こうした増加を生じさせた者にとって、増加レベルが有用であることを示し、そして一般的に他のアミノ酸に比較して、少なくとも約２倍、より好ましくは少なくとも５から10倍またはそれ以上の増加を意味する。当該用語はまた、他の産生源由来のアミノ酸が存在しないということを意味するのではない。他の産生源アミノ酸は、例えば、酵母または細菌ゲノム、またはpUC19などのクローニングベクターにコードされるアミノ酸を含んでもよい。当該用語は、人が介入して所望の核酸の比率を上昇させる状況のみに及ぶことを意味する。アミノ酸配列が精製された形であることも、いくつかの目的のためには有益である。ポリペプチドに関して「精製された」という用語は、完全な純度（均質な調製物など）を必要とせず；その代わり、配列が天然環境よりも相対的に純粋であることを示す(天然レベルに比べ、このレベルは、例えばmg/mlで、少なくとも 2-5倍高くなければならない)。少なくとも１桁、好ましくは２または３桁、そしてより好ましくは４または５桁増加する精製が、明白に意図される。物質は好ましくは機能的に有意なレベルに混入物質がなく、例えば90％、95％、または99％純粋である。好ましい態様において、PTP20ポリペプチドは、図１に示されたPTP20全長アミノ酸配列の、少なくとも12、15、20、25、30、35、40、50、100、150、200、250 、300、または350の連続するアミノ酸を含み、PCP-2またはBDP1ポリペプチドは、それぞれ図２および３に示された全長配列の、少なくとも25、30、35、40、50 、100、150、200、250、300、または350の連続するアミノ酸を含み、mCLK2、mCL K3、またはmCLK4ポリペプチドは、図４に示されたmCLK2、mCLK3、またはmCLK4ポリペプチドの、少なくとも17、20、25、30、35、40、50、100、200、300、400、 450、475、または485の連続するアミノ酸を含み、またはSIRPポリペプチドは、図５に示された全長配列の、少なくとも9、10、15、20、または30の連続するアミノ酸、またはその機能的な誘導体を含む。組換えポリペプチド別の側面において、本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチド、またはそれらに特有な断片を含む組換えポリペプチドを記載する。「特有な断片(unique fragment)」により、全長PTP20、PCP-2、BDP 1、またはSIRP、または１つのmCLK分子の最小長アミノ酸中に存在するアミノ酸配列であって、そのアミノ酸配列は他のタンパク質キナーゼの他の部分の配列と異なるもの、または他の天然発生ポリペプチドに存在しないポリペプチドを意味する。こうした配列は、全長配列に存在する、好ましくは６つの連続するアミノ酸、より好ましくは12の連続するアミノ酸、さらにより好ましくは18の連続するアミノ酸を含む。例えば、図４に見い出される最大の同一範囲は17アミノ酸であるため、mCLKタンパク質キナーゼの最小特有断片は17アミノ酸である。「組換えPTP20ポリペプチド」、「組換えPCP-2ポリペプチド」、「組換えBDP1ポリペプチド」、「組換えmCLK2ポリペプチド」、「組換えmCLK3ポリペプチド」、「組換え mCLK4ポリペプチド」、または「組換えSIRPポリペプチド」により、天然発生ポリペプチドとは局在(例えば天然に見い出されるのと異なる細胞または組織に存在) 、純度または構造が異なるように、組換えDNA技術により産生されたポリペプチドを含むことを意味する。一般的に、こうした組換えポリペプチドは、天然に通常観察されるものとは異なる量で、細胞中に存在するであろう。抗体別の側面において、本発明はPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに結合することができる、当該ポリペプチド結合剤を特徴とする。結合剤は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに特異的な結合親和性を有する、好ましくは精製された抗体（例えばモノクローナルまたはポリクローナル抗体）である。当該抗体はPTP20、PCP-2、 BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに存在するエピトープを認識するアミノ酸配列を含む。他の結合剤には、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、m CLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに結合する分子および当該ポリペプチドに結合する類似の分子を含む。こうした結合剤は、PTP20、PCP-2、BDPL mCLK2、 mCLK3、mCLK4、またはSIRP結合パートナー活性を測定する検定を用いることにより同定することが可能である。抗体に関して「精製された」とは、抗体が、精製された形のように、天然発生抗体とは区別されていることを意味する。好ましくは、抗体は標準的技術により均一な調製物として提供される。クローン化されたポリペプチドへの抗体の使用は、治療法、または診断手段として用いられるものを含む。「特異的結合親和性」により、抗体が特定の条件下で、他のポリペプチドに結合するより強い親和性で、PTP20、PCP-2、BDPL mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSI RPポリペプチドに結合することを意味する。本発明はまた、hSIRP1をhSIRP2またはhSIRP3と区別することが可能な、またはそうでなければさまざまなSIRP間で区別できる抗体も含む。「ポリクローナル」という用語は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK 4、またはSIRPポリペプチドに特異的結合親和性を持つ抗体の混合物を指し、一方「モノクローナル」という用語は、こうしたポリペプチドに特異的な結合親和性を持つ１種類の抗体を指す。モノクローナル抗体は、PTP20ポリペプチドの１つの特定の領域に結合するが、抗体のポリクローナル混合物はPTP20、PCP-2、BD P1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドの複数の領域に結合することが可能である。「抗体断片」という用語は、特定の分子に対し特異的結合親和性を示す抗体の一部、しばしば超可変性領域および周辺の重鎖および軽鎖の一部を指す。超可変性領域はポリペプチド標的に物理的に結合する抗体の一部である。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに特異的結合親和性を有する抗体は、免疫複合体が形成される条件下で、試料を抗体に接触させ、そしてPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに結合する抗体の存在および／または量を検出することにより、試料中のポリペプチドの存在および／または量を検出する方法に使用してもよい。こうした方法を行うための診断キットは、抗体を含む第一の容器手段、並びに抗体の結合パートナーと標識との結合体を有する第二の容器手段を含むよう構成されてもよい。ハイブリドーマ本発明の別の側面において、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに特異的結合親和性を有する抗体を産生するハイブリドーマを特色とする。「ハイブリドーマ」により、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCL K3、mCLK4、またはSIRP抗体などの、抗体を分泌できる不死化細胞株を意味する。好ましい態様において、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはS IRP抗体は、前記ポリペプチドに特異的に結合することが可能なアミノ酸配列を含む。欠失突然変異体別の側面において、本発明は、N末端、触媒またはC末端ドメインからなる群より選択される少なくとも１つのドメインを欠損している以外は、図1、2、3、4、または５に示された全長アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を含む核酸分子を提供する。こうした欠失突然変異体は、タンパク質阻害剤検定の設計において有用である。上述の核酸分子は、例えば、cDNAまたはゲノムDNAであってもよく、そして組換えベクターまたは発現ベクター中に置かれていてもよい。こうしたベクター内では、核酸は好ましくは、宿主細胞におけるヌクレオチド配列の発現を調節する転写および翻訳制御情報を含む制御ヌクレオチド配列と、機能可能であるように関連している。「ドメイン」という用語は、特定の機能を含むポリペプチドの領域を指す。例えば、シグナル伝達タンパク質のN末端またはC末端ドメインは、シグナル伝達分子を細胞の異なる領域に局在させる分子に結合させること、または特定の細胞シグナル伝達の直接の原因となる他のシグナル伝達分子に結合させることを含む機能を供給することが可能であるが、これらに限定される訳ではない。いくつかのドメインは、タンパク質の残りの部分から分離して発現し、そしてそれ自体で機能することが可能である一方、他のものは機能を保持するために無処理の（inta ct）タンパク質の一部のままでなければならない。後者はタンパク質の機能的な領域と称され、そしてドメインとも関連する。「N末端ドメイン」という用語は、アミノ末端から触媒ドメインの開始部分に渡る全長アミノ酸配列の一部を指す。「触媒ドメイン」という用語は、N末端ドメインまたはC末端領域を含まず、そして触媒活性を有する全長アミノ酸分子の一部を指す。「C末端領域」という用語は、触媒ドメインの終結部位から始まり、そして核酸配列の終止コドンの前にコードされる最後のアミノ酸であるC末端アミノ酸で終る全長アミノ酸分子の一部を指す。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドの機能的な領域は、そのアミノ酸配列を既知の機能的な領域を持つ他のポリペプチドのアミノ酸配列と並列することにより、同定することも可能である。PTP20、PCP-2 、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドの領域が、既知の機能的な領域のアミノ酸配列と高いアミノ酸同一性を共有する場合には、当業者は、当該ポリペプチドがこれら機能的な領域を含むと決定することができる。機能的な領域は、例えば、当業者に入手可能なコンピュータープログラムおよび配列情報を用いることにより、決定することが可能である。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPに存在する可能性がある、シグナル伝達分子の他の機能的な領域には、プロリン含量が高い領域またはホスホリルチロシン領域が含まれるが、これらに限定される訳ではない。これら領域は他のシグナル伝達分子のSH2またはSH3ドメインなどの天然結合パートナーと相互作用することが可能である。したがって、本発明はまた、本明細書中に記載されたヌクレオチド配列のいずれをも含み、そして当該核酸が、好ましくは宿主細胞でのヌクレオチド配列の発現を調節する転写および翻訳制御情報を含む制御ヌクレオチド配列と、機能可能であるように連結される、遺伝的に操作された宿主細胞を提供する。こうした宿主細胞は明らかに、原核細胞または真核細胞のいずれでもよい。結合パートナーの検出本発明の他の側面は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIR Pポリペプチドに結合可能な化合物の存在または量を検出する方法を特色とする。当該方法は、当該化合物をPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドとインキュベートし、そしてポリペプチドと結合する化合物の存在または量を検出することを含む。「天然結合パートナー」という用語は、PTP20、PCP-2、BDP1、CLKタンパク質キナーゼ、またはSIRPペプチドに結合し、そしてシグナル伝達過程においてシグナルを伝達する役割を果たすポリペプチドを指す。「天然結合パートナー」という用語はまた、細胞環境内で高い親和性をもって、PTP20、PCP-2、BDP1、CLKタンパク質キナーゼ、またはSIRPペプチドに結合するポリペプチドも指す。高い親和性は、10^-1Mの桁での平衡結合定数を表わす。しかし天然結合パートナーはまた、一過性にPTP20、PCP-2、BDP1、CLKタンパク質キナーゼ、またはSIRPペプチドと相互作用し、そして化学的に修飾することが可能である。こうしたペプチドの天然結合パートナーは、src相同２（SH2）または３（SH3）ドメイン、他のホスホリルチロシン結合ドメイン、および受容体および非受容体タンパク質キナーゼまたはタンパク質ホスファターゼからなる群より選択されるが、これらに限定される訳ではない。関心の対象であるポリペプチドの結合パートナーを同定する方法は、当業者に容易に入手可能である。これらの方法は、別の核酸ベクター中の所望のポリペプチドをコードする核酸分子と共に１つの核酸ベクター中に含まれるcDNAライブラリーをスクリーニングすることを含む(Vojtekら，1993，Cell 74:205214)。これら技術はしばしば酵母組換え細胞を利用する。これら技術はまた、転写因子の半分ずつであって、片方はcDNAライブラリーによってコードされたポリペプチドに融合したもの、およびもう一方は関心の対象であるポリペプチドに融合したものを両方とも利用する。cDNAライブラリーによりコードされたポリペプチドと関心の対象であるポリペプチドとの相互作用が検出されると、付随して半分ずつの部分を一緒にして活性のある転写因子とし、その結果相互作用を伝達する遺伝子を活性化する。PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPペプチドをコードするいかなる核の分子も、当該分野の標準的組換えDNA技術を利用することにより、こうしたスクリーニング過程に用いられる核酸ベクター中に、容易に組み込むことが可能である。活性の変化さらに別の側面において、本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mC LK4、またはSIRPリン酸化活性を阻害するまたは活性化することが可能な化合物を同定する方法に関連する。この方法は、次の段階：(a)PTP20、PCP-2、BDP1、m CLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドおよび当該ポリペプチドに対する基質を含む混合物に化合物を添加し；そして（b）前記基質のリン酸化における変化を検出すること、を含む。「化合物」という用語は、オキシンドリノン、キナゾリン、チロホスチン、キノキサリン、および天然源からの抽出物を含む、小有機分子を含むが、これらに限定される訳ではない。「リン酸化における変化」という用語は、本発明の状況において、細胞に化合物を添加したことに反応する基質リン酸化における変化を観察する方法を定義する。リン酸化は、例えば、時間に関して生成物に変換される基質の量を測定することによって検出することが可能である。PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、 mCLK4、またはSIRPポリペプチドを発現する細胞へ化合物を添加することにより、リン酸化を上昇させる（活性化する）かもしれないし、低下させる（阻害する）かもしれない。化合物がリン酸化を低下させるのであれば、化合物はPTP20、PCP -2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに結合し、そしてCLK タンパク質キナーゼが基質に結合しおよび／または基質を代謝する能力を遮断するものと仮定される。化合物がリン酸化を上昇させるのであれば、化合物はPTP2 0、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに結合し、そしてCLKタンパク質キナーゼが基質に結合しおよび／または基質を代謝する能力を促進するものと仮定される。当該方法は、本発明に開示される分子いずれを利用してもよい。これら分子は PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子、本発明の核酸ベクター、組換え細胞、ポリペプチド、または抗体を含む。疾患治療のための作用物質のスクリーニング別の観点において本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナー（NBP）との間の相互作用を含むシグナル伝達経路における異常によって特徴づけられる、疾患あるいは症状の治療に有用な、潜在的な作用物質をスクリーニングする方法を取り上げたものである。この方法は、有用な作用物質の指標として相互作用を促進あるいは妨害することができるものを求めて潜在的な作用物質を分析することを含む。 “NBP”とは、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドと天然に会合するような、これらのペプチドの天然の結合パートナーを意味している。特定の天然の結合パートナーの構造（一次、二次、または三次）は、 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の特定の種類の相互作用に影響するだろう。例えば、天然の結合パートナーがPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドに相補的なアミノ酸配列からなる場合は、共有結合があり得る相互作用だろう。同様に、他の構造上の特徴が、他の対応する相互作用を可能にしうる。相互作用は、特定の残基に限定されず、とりわけリン酸化チロシン、リン酸化セリン、またはリン酸化スレオニン残基に関与し得る。配列のうちの広い範囲が、これらのポリペプチドと相互作用し得る。天然の結合パートナーの一例はSHP-2 であり得る。他の例は、SHP-1およびGrb2を含むが、これらに限定はされない。この技術分野で十分知られている手法を用い、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCL K3、mCLK4またはSIRPポリペプチドの天然の結合パートナーのいくつかを、例えばツーハイブリッドスクリーニングを利用することによって同定し得る。 “スクリーニング”とは、ある生物体に、ある特性が存在するかまたは存在しないか調べることを意味している。その過程には、シグナル伝達の程度および、 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとNBPとの間の相互作用のレベルを含む、様々な特性を測定または検出することが含まれ得る。 “疾患あるいは症状”とは、医学界の一員によって異常として認識される、例えばヒトなどの生物体における状態を意味している。疾患あるいは症状は、シグナル伝達経路の構成要素の一つがPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチド、あるいはNBPのいずれかである場合の、一つまたはそれ以上の細胞内のシグナル伝達経路における異常によって特徴づけられ得る。冒された細胞に基づいて治療または予防することができた、特異的な疾患または傷害には、癌および糖尿病が含まれるが、それらに限定はされない。好ましい態様においては、本明細書中に記載の方法は、治療を要する患者を同定することを含む。様々な手法がそのような患者を同定するのに用いられ得るということを、当業者は理解するだろう。 “異常”とは、そのような疾患あるいは症状に苦しんでいない生物体において観察されるレベルとは統計的に異なるレベルを意味しており、そしてシグナルの過剰な量、強さ、または持続時間、あるいはシグナルの不足した量、強さ、または持続時間のいずれかとして特徴づけられ得る。シグナル伝達における異常は、細胞の機能、生存度、または分化状態における異常として理解しうる。ある経路におけるそのような異常が、その経路内のSHP-2とPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、 mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとの相互作用部位での作用によって緩和され得るということの決定に、本発明は一部基づいている。異常な相互作用量も、正常な量より多いかまたは少ないかのいずれかであり、生物体の正常な性能または機能を損ない得る。従って、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとSHP-2との間の相互作用によって形成される複合体はシグナル伝達経路の一部であるため、そのような相互作用に影響する能力に関して化合物を分析することにより、シグナル伝達経路における異常として特徴づけられる疾患あるいは症状の治療に有用であろう作用物質をスクリーニングすることも可能である。しかし、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとSHP-2との間の相互作用のレベルがたとえ正常であるとしても、その疾患あるいは症状はシグナル伝達経路における異常によって特徴づけられ得る。 “相互作用”とは、ポリペプチド間の、共有結合性あるいは非共有結合性のいずれかに関わらず物理的会合を意味している。この結合には、例えば共有結合、親和性結合、介在、配位結合または複合体形成などの多くの化学的機構が含まれ得る。非共有結合の例には、静電結合、水素結合およびファンデルワールス結合が含まれる。さらに、ポリペプチド間の相互作用は、直接的または間接的のいずれかであり得る。従って、2つのポリペプチド間の会合は、目的とする２つのタンパク質を結び付けるような、媒介物質またはいくつかのそのような作用物質を用いて達成され得る。間接的な相互作用のもう一つの例は、調節物質によるSIRPポリペプチドとSHP- 2両者の独立した産生、刺激、または阻害である。存在する相互作用の種類に依存して、相互作用のレベルを測定するのに様々な方法を用いることができる。例えば、共有結合の強さは、しばしば一定の数の結合を切るのに必要なエネルギーに換算して測定する(すなわち、kcal/mol)。非共有結合性の相互作用は、しばしば上のように説明され、そして相互作用している分子間の距離に換算しても説明される。間接的な相互作用は、関与する媒介物質の数、あるいはSHP-2または別のNBPに及ぼす調節と比較した、SIRPポリペプチドに及ぼす調節の度合を含む、多数の方法によって説明することができる。 “妨害する”とは、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとNBPとの間の相互作用を、ポリペプチドの発現を阻害すること、あるいはNBPの発現を阻害すること、あるいは天然に合成されるタンパク質間の相互作用を特異的に阻害することまたはそのタンパク質間の相互作用を遮ること、のいずれかによって減少させることを意味している。 “促進する”とは、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとNBPとの間の相互作用を、ポリペプチドの発現を増加させること、あるいはNBPの発現を増加させること、あるいは対応する調節PTP（または他のリン酸化シグナリング要素に作用する他のホスファターゼ）の脱リン酸化活性を減少させること、あるいはポリペプチドとNBPとの間の相互作用を促進すること、または相互作用の時間を長くすること、のいずれかによって増加させることを意味している。共有結合は、存在する側鎖の直接的な縮合または外部架橋分子の抱合によって促進することができる。多くの二価あるいは多価の結合剤が、例えば抗体などのポリペプチドを他の分子に共役させるのに有用である。例えば、典型的な共役剤には、チオエステル、カルボジイミド、サクシンイミドエステル、ジイソシアン酸塩、グルタルアルデヒド、ジアゾベンゼン、およびヘキサメチレンジアミンなどの有機化合物が含まれ得る。この列挙は、この技術分野で知られている様々な種類の共役剤の網羅を意図するものではなく、むしろより一般的な共役剤の例示である。(Killen and Llndstrom 1984，J．Immnol．133:1335-2549;J ansen，F.K..，et al.，1982，Immunological Rev．62:185-216;および上記Vite tta et al.参照)。 “シグナル伝達経路”とは、あるメッセージを細胞外タンパク質から細胞質へと細胞膜を介して伝達することに関与する、一連の事象を意味している。シグナルは最終的に、例えば制御不能に増殖させそれゆえ癌の原因となるなど、細胞に特定の機能を実行させることになるだろう。シグナル伝達経路に関する様々な機構（Fry et al.，Protein Science，2:1785-1797，1993）が、特定のシグナルの量または強度を測定する、可能な方法を提供している。シグナル伝達経路における異常と関連する特定の疾患に依存して、様々な症候が検出され得る。当業者は、本明細書中に記載の他の様々な疾患に関連する症候を理解する。さらに、いくつかのアダプター分子は、二次的なシグナル変換タンパク質を膜の方に引き込むため、シグナル伝達の一つの基準は、様々なタンパク質および複合体の濃度および局在である。加えて、シグナルの伝達に関与する高次構造の変化を、円二色性（circular dichroism）および蛍光の研究を用いて観察し得る。疾患の診断および治療別の観点において本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとNBPとの間の相互作用を含むシグナル伝達経路における異常によって特徴づけられる疾患あるいは症状に関して、生物体を診断する方法を取り上げたものである。この方法は、前記疾患あるいは症状の指標として相互作用のレベルを検出することを伴う。 “生物体”とは、あらゆる生きた生物を意味している。この言葉には、哺乳類、および特にヒトが含まれる。マウスを治療または診断する能力はしばしば、例えばヒトなどの他の生物体において機能する能力の予測となるため、好ましい生物体にはマウスが含まれる。 “診断”とは、ある疾患あるいは症状と通常は関連する症候を同定する、あらゆる方法を意味している。従って最初の診断は、例えば他の症候の存在といったさらなる確認の証拠を用いることにより、正しいものとして最終的に定着され得る。様々な疾患および症状の現在の分類は、その疾患あるいは症状の原因となる機構についてより多くのことが学ばれているため、絶えず変化している。従って、例えばPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとN BPとの間の異常なレベルの相互作用の検出といった重要な症候の検出は、新たに名付けられた疾患あるいは症状を定義し、診断するための基礎を形成することができる。例えば従来の癌は、特定の一連の症候の存在に従って分類される。しかし、これらの症候の一部分は、例えばras21経路などの特定のシグナリング経路における異常と関連している可能性があり、将来的にはこれらの疾患は、観察される特定の症候に関らずras21経路の疾患として再分類される可能性がある。本発明のさらに別の観点は、シグナル伝達経路における異常によって特徴づけられる疾患あるいは症状を有する生物体の治療方法を取り上げたものである。このシグナル伝達経路には、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIR PポリペプチドとNBPとの間の相互作用が含まれ、この方法は、ポリペプチド:NBP 相互作用を直接標的とする方法も、この経路に沿った他の部分を標的とする方法も含め、この相互作用を促進または妨害することを伴う。 “ドミナントネガティブ変異体タンパク質”とは、正常なシグナル伝達経路を妨害する変異体タンパク質を意味している。ドミナントネガティブ変異体タンパク質は、目的とするドメイン（例えば、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mC LK4またはSIRPポリペプチド、あるいはNBP）を含むが、例えば同じタンパク質由来の第二のドメインの結合を妨げることにより、適切なシグナリングを妨げるような変異を有する。ドミナントネガティブタンパク質の一例が、Millauer et al .，Nature February 10，1994に記載されている。この作用物質は好ましくは、P TP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとNBPとの間の相互作用を遮るか、あるいは促進するようなペプチドである。このペプチドは、組換え体、精製されたもの、あるいは薬学的に許容可能なキャリアーあるいは希釈剤中に置いたものであり得る。 100μＭより小さいかあるいは等しいEC50またはIC50が好ましく、50μＭより小さいかあるいは等しいのがなおより好ましく、20μＭより小さいかあるいは等しいのが最も好ましい。そのようにより小さいEC50またはIC50は、治療または診断のためにin vivoまたはin vitroで用いられるために、より低い分子濃度を許容するため、都合が良い。そのように低いEC50およびIC50を持つ分子の発見により、同様の効能および有効性を有するさらなる分子の設計および合成が可能となる。加えてこの分子は、副甲状腺細胞、骨の破骨細胞、傍糸球体腎細胞、近位尿細管腎細胞、遠位尿細管腎細胞、ヘンレループ厚上行脚および／または集合管の細胞、中枢神経系細胞、表皮のケラチノサイト、甲状腺の傍濾胞細胞(C細胞)、腸管細胞、胎盤の栄養膜、血小板、血管平滑筋細胞、心房細胞、ガストリン分泌細胞、グルカゴン分泌細胞、腎メサンギウム細胞、乳腺細胞、ベータ細胞、脂肪細胞、免疫細胞および胃腸管細胞からなる集団から選択される、一つまたはそれ以上だがすべてではない細胞において、100μＭより小さいかあるいは等しいEC5 0またはIC50を有し得る。 “治療上有効な量”とは、治療上適切な効果を有する薬剤組成物の量を意味している。治療上適切な効果は、患者においてその疾患あるいは症状の一つまたはそれ以上の症候をある程度軽減する；あるいは、その疾患あるいは症状と関連するかまたは原因であるような、一つまたはそれ以上の生理学的または生化学的要因を、部分的にまたは完全に正常に戻す。一般的に、治療上有効な量は、そのEC 50またはIC50に、および患者の年齢と大きさ、そしてその患者に関係する疾患に依存して、分子にして約１nmoleと１μmoleの間である。本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドあるいは相当する配列を含むヒト細胞を求めて、スクリーニングする方法を取り上げたものである。この方法は、本明細書中でPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、m CLK3、mCLK4またはSIRPの同定に関して記載した手法（例えば、クローニング、サザンまたはノーザンブロット解析、in situハイブリッド形成、PCR増幅など）のような、この技術分野ではルーチンで標準的な手法を用い、ヒト細胞において新規のポリペプチドを同定することを伴う。本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドの結合パートナーを求めてヒト細胞をスクリーニングし、そしてPTP20、PCP-2 、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPあるいは対応する結合パートナーを求めて他の生物体をスクリーニングする方法をも取り上げている。本発明は、上に記載の方法によって同定したペプチドの、精製され、単離され、または濃縮された型をも取り上げている。別の観点において本発明は、本明細書中に記載のあらゆる核酸分子を含む組換え体細胞または組織を含む。異常な症状の診断および治療本発明の別の観点は、生物体における異常な症状の診断または治療に有用な化合物を同定する方法である。この異常な症状は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、m CLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用によって特徴づけられるシグナル伝達経路内の欠陥と関連し得る。この方法は以下の段階、すなわち（a）細胞に化合物を加えること；および（b）PTP20、PCP-2 、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の前記相互作用を、化合物が促進するかまたは妨害するかのいずれであるか検出すること、を含む。 “異常な症状”という言葉は、ある生物体の細胞または組織における、その生物体の細胞または組織の正常な機能から逸脱した機能に適用される。本発明のこの観点の文脈において、異常な症状は細胞増殖またはRNAスプライシングと関連し得る。異常な細胞増殖状態には、繊維性およびメサンギウムの障害といった癌、異常な血管新生（angiogenesis）および血管形成(vasculogenesis)、創傷治癒、乾癬、真性糖尿病、および炎症が含まれる。 RNAスプライシングは、細胞核内で起こる、細胞の必要な機能である。この過程は、DNAからのメッセンジャーRNA合成における最後の段階である。DNAから転写される一分子のRNAは、鎖の交差部分の少なくとも２箇所に切り込みを入れられて投げ縄状につながれ、投げ縄が切り取られ、そして切り取られなかった部分が一緒に連結される。修飾されたRNAはそれから、メッセージRNAになるのに適合され、細胞核から追い出されてポリペプチドに翻訳される。従って、特定の遺伝子のRNAをスプライスできる生物体に存在するあらゆる異常は、細胞の作用物質の欠陥をもたらし、異常な症状を引き起こし得た。従って、RNAスプライシングを調節することは、癌を治療するのに有用であり得た。例えば、Rafまたはsrcのようなタンパク質は、RNAが不正確にスプライスされる場合に起こり得たような、短縮形で作られた場合に発癌性になるということが知られている。この理由のために、本発明のタンパク質は癌を治療する化合物を見出すのに有用であり得た。加えて、RNAプロセッシングに関与する分子は精子形成に結び付けられてきた。従って、RNAプロセッシングを修飾するのは、より多くの精子（不妊症を治療するため）またはより少しの精子を引き起こし得た。これらの方法は、精巣におけるCLK3高発現のために好ましくはCLK3に関与するだろう。異常な症状は、生物体の細胞が生物体内または生物体の外に存在する場合に診断可能である。生物体の外に存在する細胞は、細胞培養皿中で維持または培養することができる。生物体内にある細胞に関しては、経口、非経口、経皮、および注射適用を含む(しかしこれらに限定はされない)、化合物を投与するために多くの手法がこの技術分野に存在する。患者の外にある細胞に関しては、細胞マイクロインジェクション法、形質転換法、およびキャリアー法を含む(しかしこれらに限定はされない)、化合物を投与するために複数の手法がこの技術分野に存在する。 “欠陥(aberration)”という言葉は、シグナル伝達過程に関しては、生物体内で過剰にあるいは不十分に発現するか、その触媒活性が野生型のPTP20、PCP-2、 BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPよりも低いかまたは高いように変異するか、もはや結合パートナーと相互作用しないように変異するか、別のタンパク質キナーゼまたはタンパク質ホスファターゼによってもはや修飾されないか、あるいは結合パートナーともはや相互作用できないような、PTP20、PCP-2、BDP1、mC LK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドに対して適用される。 “相互作用”という言葉は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間で形成される複合体を意味する。化合物はPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチド、あるいは天然の結合パートナーのいずれかと結合し、2つの分子間の相互作用を妨害することができる。この方法は、シグナル伝達過程における欠陥を含む細胞集団を生物体に対して投与すること、および生物体の機能に対する、化合物を投与することの影響をモニターすることによっても実行される。この技術には、細胞集団を生物体に導入する複数の方法、および生物体に化合物を投与する方法も含まれる。生物体は好ましくは、カエル、マウス、ラット、ウサギ、サル、または類人猿といった動物であり、さらにヒトもである。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの問の相互作用を検出する化合物の効果を決定する方法が、この技術分野に存在する。これらの方法には、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3 、mCLK4またはSIRPポリペプチドの触媒活性に対する化合物の影響、ポリペプチドまたは天然の結合パートナーのリン酸化状態、ポリペプチドが、天然の結合パートナーに結合する能力、あるいは細胞形態の違いを決定することが含まれるが、これらに限定はされない。細胞形態の違いには、増殖速度、分化速度、細胞肥大、生存、または細胞死の阻止が含まれる。これらの現象は、この技術分野の方法によって簡単に測定される。これらの方法は、顕微鏡下、時間（日）に関して細胞の数または細胞の様子を観察することを含み得る。本発明の別の観点は、生物体における細胞増殖またはRNAスプライシングに関連した異常な症状の診断方法に関する。この異常な症状は、PTP20、PCP-2、BDP1 、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用によって特徴づけられるシグナル伝達経路における欠陥と関連し得る。この方法は、異常な相互作用を検出する段階を含む。生物体における異常な症状の診断に有用な化合物の同定に関して上に記載した方法によって、この異常な相互作用を評価し得る。別の観点において本発明は、生殖作用に対する避妊薬として作用する化合物を雄の生物体に投与する方法を取り上げたものである。この化合物は、PTP20、PCP -2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドの触媒活性を阻害するか、あるいは天然の結合パートナーがこのポリペプチドに結合するのを阻害することができる。本発明のこの方法の好ましい態様は、哺乳類、好ましくはヒトから単離された PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドに、および哺乳類、好ましくはヒトである生物体に関する。別の観点において本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドとこのポリペプチドの結合パートナーとの間の相互作用を妨害し得る作用物質を同定するアッセイを提供する。そのようなアッセイは、in v itroまたはin vivoで行うことができ、本明細書中に詳細に記載されているかあるいは修飾がある現存のアッセイ、たとえば1995年６月７日出願の、Tangらによる“新規薬剤組成物”と題された、出願第08/487,088号（Lyon & Lyon Docket N o．212/276）(あらゆる図面を含め、本明細書中で参考文献として援用されている)に記載の増殖アッセイまたは、1995年10月13日出願の、Seedorfらによる“TK A-1に関連する障害の診断および治療”と題された、出願第60/005,167(Lyon & L yon Docket No．215/256)（あらゆる図面を含め、本明細書中で参考文献として援用されている）に記載のアッセイといった、によって入手し得る。本発明の遺伝子を用いるために修飾することができた別のアッセイは、1994年10月13 日に公開された国際出願第WO 94/23039号に記載されている。他の可能性には、自己リン酸化アッセイにおけるキナーゼ活性の検出、あるいはヒストン、ミエリン塩基性タンパク質、ガンマチューブリン、または中心体タンパク質といった標準的な基質に対するキナーゼ活性に関する試験が含まれる。結合パターンは、このタンパク質のＮ末端部分をツーハイブリッドスクリーニングに入れること、または二重特異性キナーゼのリン酸化チロシンを検出することによって同定し得る。1994年２月１日に発効され、本明細書中で参考文献として援用されているFiel dsとSong、アメリカ合衆国特許第5,283,173号。上に記載した本発明の概要は限定的なものではなく、本発明の他の特徴および有利点は、以下の好ましい態様の記載、および請求の範囲から明らかになるであろう。図面の簡単な説明図１は、Rat-1細胞から単離されたPTP20核酸配列および、この核酸分子によってコードされる対応するアミノ酸配列を示す。図２は、PCP-2の核酸配列および予想アミノ酸配列を示す。PCP-2ヌクレオチド配列（5581 bp）および推定アミノ酸配列（1430アミノ酸）である。予想される開始メチオニン（Kozak，1984）および推定シグナルペプチド（von Heijne，198 6）を細い一重の下線によって示してある。膜貫通ドメインを太い下線で示してある。直列に並ぶ２つのホスファターゼドメインを囲んである。MAMドメインを影付きの囲みで示し、Ig様ドメインを太字の斜体字で示し、４つのIII型ファイブロネクチン様ドメインを点線の下線で示してある。ポリアデニル化モチーフ（ AATAAA）を太字で示す。図３は、ヒトBDP1 cDNAクローンおよびイントロンのヌクレオチド配列を示す。PCRクローニングによって最初に同定された配列を、矢頭で境界をつけてある。Kozak配列（Kozak，1987）の一部であるGCに富んだ帯を点線で示す。ポリアデニル化に必要な、Tに富んだ配列およびAATAAA配列に下線を引いてある。図４は、マウス細胞からクローン化されたmCLK1、mCLK2、mCLK3およびmCLK4核酸分子によってコードされるアミノ酸配列を比較している。各アミノ酸配列は、それぞれの核酸分子に由来する開始コドンと終止コドンのあいだにコードされる。点は同一のアミノ酸を示し、ハイフンは最適な整列（alignment）に対して導入されている。予想される核局在シグナルに下線を引いてある。CDC2様キナーゼのしるしである不変なアミノ酸を太字で印刷してある。触媒ドメインを矢印で示す。LAMMER記号を星印で示す。図５は、SIRP4およびSIRP1の推定アミノ酸配列を示す。同一のアミノ酸を囲んである。推定シグナル配列および膜貫通領域を、それぞれ細い上線および太い上線で示す。3つのIg様ドメインを点々のついた上線で示してある。可能性のあるチロシンリン酸化部位を太字で示し、C末端のプロリンに富んだ領域に影をつけてある。Ex領域に隣接するオリゴヌクレオチドの位置を星で示す。好ましい態様の説明本発明は、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、そのような核酸を含む細胞、組織および動物、そのようなポリペプチドに対する抗体、そのようなポリペプチドを利用したアッセイ、および前述のすべてに関係する方法に関連する。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドをコードする核酸本発明の範囲内に含まれるのは、本明細書中に記載の単離された核酸分子と機能的に同等のものである。遺伝暗号の縮重性のために、あるコドンを、同じアミノ酸を指定し、それゆえに同じタンパク質を生じるであろう別のコドンで置換することが可能になる。メチオニンおよびトリプトファンを除き、既知のアミノ酸は一つ以上のコドンによってコードされ得るため、この核酸配列は十分に異なったものであり得る。従って、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはS IRP遺伝子の一部分またはすべては、図1-5に示されるものとは有意に異なる核酸配列を与えるように合成することができた。しかし、コードされたそれらのアミノ酸配列は、保存されていただろう。加えて、この核酸配列は、図1-5に示す核酸式またはその誘導体の5'末端および／または3'末端に対する、少なくとも一つのヌクレオチドの付加、欠失、または置換からもたらされるヌクレオチド配列を含み得る。もし、その付加、欠失、または置換が、そのヌクレオチド配列にコードされる図1-5のアミノ酸配列を変えないのであれば、その点ではあらゆるヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを用いることができる。例えば、本発明は、発明の核酸配列またはその誘導体の 5'末端に開始コドンとしてATGが付加されること、あるいは発明の核酸配列またはその誘導体の3'末端に終止コドンとしてTTA、TAG、またはTGAが付加されることからもたらされる、あらゆる核酸配列を含むように意図されている。その上、本発明の核酸分子は、必要なものとして、5'末端および／または3'末端に付加された制限エンドヌクレアーゼ認識部位を有し得る。特定の核酸配列のこのような機能的改変は、それに融合された外来核酸配列によりコードされる、異成分からなる（heterogeneous）タンパク質の分泌および／またはプロセッシングを促進する機会を与える。遺伝暗号に許される、PTP20 、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP遺伝子およびその断片のヌクレオチド配列のすべての変化体はそれゆえ、本発明に含まれる。さらに、コドンを欠失させる、あるいは一つまたはそれ以上のコドンを縮重コドン以外のコドンによって置換して、構造的に修飾されたポリペプチドだが、未修飾の核酸分子によって作り出されるポリペプチドと実質的に同じ有用性または活性を持ったものを作り出すことが可能である。この技術分野で認められているように、たとえ核酸分子間の相違が遺伝暗号の縮重性と関係していないとしても、この２つのポリペプチドは機能的に同等であり、それらの産生をもたらす２つの核酸分子も機能的に同等である。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPの検出のための核酸プローブ本発明の核酸プローブは、本発明の別の核酸分子を得るために、通常のハイブリッド形成方法を用いて適切な染色体またはcDNAライブラリーを探査するのに用いられ得る。染色体DNAまたはcDNAライブラリーを、この技術分野で認められている方法に従って、適切な細胞から調製し得る("Molecular Cloning:A Laboratory Manual"，第２版、Sambrook，Fritsch，& Maniatis編、Cold Spring Habor Laboratory，1989を参照)。別法においては、目的とするポリペプチドのアミノ酸配列のＮ末端およびＣ末端部分に対応するヌクレオチド配列を有する核酸プローブを得るために、化学的な合成を行う。したがって、合成された核酸プローブは、認められたPCR手法にしたがって、基本的にはPCRプロトコール、"A Guide to Methods and Applicati ons"、Michaelら編、Academic Press，1990にしたがい、本発明の断片を得るために適切な染色体またはcDNAライブラリーを用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応（PCR）において、プライマーとして用いることができる。当業者は、この技術分野で知られているコンピューター整列（alignment）および配列解析の方法を用い、本明細書中に開示されている配列に基づいたこのようなプローブを容易に設計できる("Molecular Cloning:A Laboratory Manual"第２版、Sambrook，Fritsch，& Maniatis編、Cold Spring Habor Laboratory，198 9を参照)。本発明のハイブリッド形成プローブを、放射標識、酵素標識、蛍光標識、ビオチン-アビジン標識、化学発光などの標準的な標識法によって標識し得る。ハイブリッド形成後、既知の方法を用いてプローブを可視化し得る。本発明の核酸プローブにはRNAプローブもDNAプローブも含まれ、そのようなプローブはこの技術分野で知られている手法を用いて作り出される。この核酸プローブは固体支持体上に固定できる。そのような固体支持体の例には、ポリカーボネートなどのプラスチック、アガロースおよびセファロースなどの複合炭化水素、およびポリアクリルアミドなどのアクリル樹脂およびラテックスビーズが含まれるが、これらに限定はされない。核酸プローブをこれらの固体支持体に共役させるための手法は、この技術分野では十分知られている。本発明の核酸探査方法に適した分析試料には、例えば、細胞または細胞の核酸抽出物、あるいは生体の液体が含まれる。上に記載の方法に用いられる試料は、アッセイの形式、検出方法およびアッセイするべき組織、細胞または抽出物の性質に基づいて変わるだろう。細胞の核酸抽出物の調製方法は、この技術分野では十分知られており、用いる方法に合う試料を得るために容易に改造され得る。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPを検出するための、プローブに基づいた方法およびキット試料中にPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPが存在することを検出する一つの方法には、（a）ハイブリッド形成が起こるような条件下で前記試料を上に記載の核酸プローブと触れさせること、および（b）前記核酸分子に結合した前記プローブの存在を検出することが含まれる。この技術分野で知られている、上に記載の手法にしたがって、当業者は核酸プローブを選ぶであろう。分析すべき試料には、ヒト組織のRNA試料が含まれるが、これに限定されるべきではない。試料中にPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPが存在することを検出するためのキットには、上に記載の核酸プローブをその中に配分した、少なくとも一つの容器手段が含まれる。このキットはさらに、以下のもの、すなわち洗浄試薬および結合した核酸プローブの存在を検出できる試薬、を一つまたはそれ以上含む他の容器を含み得る。検出試薬の例には、放射標識プローブ、酵素標識プローブ(セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ) 、およびアフィニティー標識プローブ（ビオチン、アビジン、またはストレプトアビジン）が含まれるが、これらに限定はされない。詳しくは、区分されたキットには、試薬が別々の容器に入れられているあらゆるキットが含まれる。そのような容器には、小ガラス容器、プラスチック容器あるいは細長い（strip）プラスチック片または紙片が含まれる。そのような容器により、１つの区分から別の区分への試薬の移動が効果的になり、使用および試薬は互いに汚染せず、そしてそれぞれの容器の物質または溶液を１つの区分から別の区分へ定量的に添加することができるようになる。そのような容器には、分析試料を入れるであろう容器、アッセイで用いるプローブまたはプライマーを含む容器、洗浄試薬（リン酸緩衝生理食塩水、トリス緩衝液など）を含む容器、そしてハイブリッド形成したプローブ、結合した抗体、増幅産物などを検出するのに用いる試薬を含む容器が含まれるだろう。本発明に記載の核酸プローブが、この技術分野で十分知られている確立されたキット形式の一つに容易に組み入れられ得るということを、当業者は容易に理解するだろう。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP核酸分子を含むDNA構築物およびこれらの構築物を含む細胞本発明はまた、5'から3'、宿主細胞内で転写を開始するのに効果的なプロモーターおよび上に記載の核酸分子を含む、組換えDNA分子に関する。加えて、本発明は、ベクターおよび上に記載の核酸分子を含む、組換えDNA分子に関する。本発明は、細胞内で機能する転写領域、上に記載のポリペプチドに対応するアミノ酸配列をコードするRNA配列に相補的な配列、および前記細胞内で機能する転写終結領域を含む、核酸分子にも関する。上に記載の分子は、単離されおよび／または精製されたDNA分子であり得る。本発明は、上に記載の核酸分子を含み、それによりペプチドを発現することができる、細胞または生物体にも関する。このポリペプチドは、ポリペプチドを発現するように変えられた細胞から精製し得る。遺伝子操作によりある細胞が、その細胞が通常は産生しないかあるいは通常は低いレベルで産生するようなタンパク質を産出するように作られる場合、その細胞を、“所望のポリペプチドを発現するように変えられた”と言う。当業者は、染色体、cDNA、または合成配列のいずれかを真核または原核細胞のいずれかに導入し発現させる方法を、容易に改造し得る。 DNAなどの核酸分子は、それが転写および翻訳調節情報を含むヌクレオチド配列を含み、そのような配列がポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に、“ 機能可能に結合されている”場合、ポリペプチドを“発現できる”と言う。機能可能な結合とは、調節DNA配列と発現させようと思うDNA配列が遣伝子配列発現を可能にするような方法で結び付けられているような結合である。遺伝子配列発現に必要な調節領域の正確な性質は、生物体ごとに変わる可能性があるが、一般的には原核生物においてプロモーター（RNA転写の開始を導く）も、RNAに転写されたときに合成開始のシグナルを送るDNA配列も含む、プロモーター領域を含むだろう。そのような領域は通常は、TATA box、キャッピング配列、CAAT配列などといった、転写および翻訳の開始に関る5'非コーディング配列を含むだろう。もし望むなら、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP遺伝子をコードする配列の3'の非コーディング領域を、上に記載の方法によって得ることができる。この領域は、終結およびポリアデニル化といった、その転写終結調節配列を保持し得る。したがって、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK 4またはSIRP遺伝子をコードするDNA配列に天然で続く3'領域を保持することにより、転写終結シグナルを提供し得る。転写終結シグナルが発現宿主細胞内で満足に機能しない場合、その時は宿主細胞内で機能する3'領域を置換し得る。２つのDNA配列(プロモーター領域配列およびPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCL K3、mCLK4またはSIRP配列)は、その２つのDNA間の結合の性質が、(1)フレームシフト変異の導入をもたらさない、（2）プロモーター領域配列がPTP20、PCP-2、B DP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP遺伝子配列の転写を導く能力を妨げない、または（3）PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP遺伝子配列がプロモーター領域配列によって転写される能力を妨げない場合、機能可能に結合していると言う。したがって、あるプロモーター領域は、そのプロモーターがあるDNA配列の転写に影響できた場合、そのDNA配列に機能可能に結合されただろう。したがって、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP遺伝子を発現させるために、適切な宿主に認識される転写および翻訳シグナルが必要である。本発明は、原核または真核細胞のいずれにおけるPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2 、mCLK3、mCLK4またはSIRP遺伝子（またはその機能的な誘導体）の発現も包含する。一般的に、原核宿主は、組換えタンパク質の産生に非常に有効かつ便利であり、したがってPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP遺伝子の好ましい発現系の一つの種類である。原核生物は最も頻繁には、様々な系統の大腸菌によって代表される。しかし、他の細菌系統を含め、他の微生物の系統も用いられる。原核生物の系では、複製部位および宿主と合う種に由来する制御配列を含む、プラスミドベクターを用い得る。適したプラスミドベクターの例には、pBR322、 pUC118、pUC119などが含まれ；適したファージまたはバクテリオファージベクターにはγgt10、γgt11などが含まれ；そして適したウイルスベクターにはpMAM-n eo、pKRCおよび類似のものが含まれ得る。好ましくは、選択された本発明のベクターは、選択された宿主細胞内で複製する能力を有する。認められている原核宿主には、大腸菌、バチルス、ストレプトマイセス、シュードモナス、サルモネラ、セラチアなどといった細菌が含まれる。しかし、そのような条件下では、ペプチドは糖鎖付加を受けないだろう。原核宿主は、発現プラスミド内のレプリコンおよび制御配列と合っていなければならない。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP（またはその機能的な誘導体）を原核宿主内で発現させるためには、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCL K3、mCLK4またはSIRP配列を、機能的な原核細胞プロモーターに機能可能に結合させる必要がある。そのようなプロモーターは、構成的であるか、あるいはより好ましくは調節可能（すなわち、誘導可能または脱抑制可能）であるかいずれでもあり得る。構成的なプロモーターの例には、バクテリオフアージのintプロモーター、pBR322の -ラクタマーゼ遺伝子配列のblaプロモーター、pPR325のクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ遺伝子配列のCATプロモーターなどが含まれる。誘導可能な原核プロモーターの例には、バクテリオファージの主要な右および左のプロモーター(PLおよびPR)、大腸菌のtrp、recA、acZ、acI、およびgalプロモーター、枯草菌(B.subtilis)の -アミラーゼ(Ulmanen et al. ，J.Bacteriol．162:176-182(1985))および-28特異的プロモーター(Gilman et a l.，Gene sequence 32:11-20(1984))、バチルスのバクテリオファージのプロモーター(Gryczan，In:The Molecular Biology of the Bacilli，Academic Press ，Inc.，NY(1982))、およびストレプトマイセスプロモーター（Ward et al.，Mo l．Gen．Genet．203:468-478(1986)）が含まれる。原核プロモーターは、Glick( J．Ind．Microbiot．1:277-282(1987))；Cenatiempo(Biochimie 68:505-516(198 6))；およびGottesman（Ann．Rev．Genet．18:415-442(1984)）に総説されている。原核細胞内における適切な発現には、その遺伝子配列をコードする配列の上流にリボソーム結合部位が存在することも必要である。そのようなリボソーム結合部位は、例えばGold et al．（Ann．Rev．Microbiol．35:365-404(1981)）に開示されている。制御配列、発現ベクター、形質転換方法などの選択は、遺伝子を発現させるのに用いる宿主細胞の種類に依存する。本明細書中で用いる場合、“ 細胞”、“細胞株”、および“細胞培養”は、互いに交換してもちいることができ、そのような名称のすべてに子孫が含まれる。したがって、“形質転換体”または “形質転換された細胞”という言葉には、継代の数に関らず、初代の元の細胞およびそれらに由来する培養が含まれる。意図的なあるいは偶然の変異のために、必ずしもすべての子孫が正確にDNA内容と同一でない可能性があるということも理解される。しかし、定義したように、変異体子孫は元の形質転換された細胞のものと同じ機能性を有している。本発明の発現系に用いられ得る宿主細胞は、もし目的とするPTP20、PCP-2、BD P1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPペプチドの発現で用いるのに適しているならば、厳密には限定されない。適した宿主には、しばしば真核細胞が含まれる。好ましい真核宿主には、例えば、酵母、真菌、昆虫細胞、in vivoまたは組織培養のいずれかの哺乳細胞が含まれる。宿主として有用であり得る哺乳細胞には、 HeLa細胞、VEROまたはCHO-K1といった繊維芽細胞起源の細胞、またはリンパ系由来の細胞およびそれらの誘導体が含まれる。好ましい哺乳類宿主細胞には、SP2/ 0およびJ558Lも、正確な翻訳後プロセッシングに関してよりよい能力を提供する IMR 332といった神経芽腫細胞株も含まれる。加えて、植物細胞も宿主として入手可能であり、カリフラワーモザイクウイルス35Sおよび19S、ノパリン合成酵素プロモーターおよびポリアデニル化シグナル配列などのように、植物細胞に合う制御配列が入手可能である。別の好ましい宿主は、例えばショウジョウバエ幼生などの昆虫細胞である。昆虫細胞を宿主として用い、ショウジョウバエアルコール脱水素酵素プロモーターを用い得る。(Rub in、Science 240:1453-1459(1988))。あるいは、バキュロウイルスベクターを、昆虫細胞内に大量のPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPを発現するように設計することができる(Jasny，Science 238:1653（1987）；Miller et al.，In:Genetic Engineering(1986)，Setlow，J.K..，et al.，eds.，Plen um，Vol．8，pp．277-297)。酵母をグルコースに富んだ培地中で培養した場合に、糖加水分解酵素が大量に産生されるようにコードする、活性をもって発現された遺伝子配列から、プロモーターおよびターミネーターを組み入れる、あらゆる一連の酵母遺伝子配列発現系を利用し得る。既知の糖加水分解遺伝子配列も、非常に効果的な転写制御シグナルを提供し得る。酵母は、翻訳後ペプチド修飾も行える点で、十分な利点を提供する。強力なプロモーター配列および酵母において所望のタンパク質を産生するのに用いられ得る高コピー数のプラスミドを利用する、数々の組換えDNA戦略が存在する。酵母はクローン化された哺乳類遺伝子配列産物上のリーダー配列を認識し、リーダー配列（すなわち前ペプチド）を持ったペプチドを分泌する。哺乳類宿主に関しては、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPの発現のために、いくつかの可能なベクター系が入手可能である。幅広い種類の転写および翻訳調節配列を、宿主の性質に依存して採用し得る。転写および翻訳調節シグナルは、アデノウイルス、ウシパピローマウイルス、サイトメガロウイルス、サルウイルスなどといったウイルス起源に由来することができ、その際、調節シグナルは高いレベルの発現を持つ特定の遺伝子配列と関連している。あるいは、アクチン、コラーゲン、ミオシンなどといった哺乳類発現産物由来のプロモーターを、採用し得る。抑制または活性化させるような転写開始調節シグナルを、遺伝子配列の発現を調節できるように選択し得る。目的のものには、温度を変えることにより発現が抑制または開始されるような温度感受性であるか、あるいは化学的な（代謝産物など）調節に従うような調節シグナルがある。真核宿主におけるPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPの発現には、真核調節領域を用いることが必要である。一般的に、そのような領域にはRNA合成の開始を導くのに十分なプロモーター領域が含まれる。好ましい真核プロモーターには、例えばマウスメタロチオネインＩ遣伝子配列(Hamer et al. ，J．Mol．Appl．Gen．1:273-288(1982))のプロモーター；ヘルペスウイルスのT Kプロモーター（McKnight，Cell 31:355-365(1982))；SV40初期プロモーター(Be noist et al.，Nature（London）290:304-310(1981))；酵母gal4遺伝子配列プロモーター（Johnston et al.，Proc．Natl．Acd．Sci．（USA）79:6971-6975(198 2)；Silver et al.，Proc．Natl．Acad．Scl．（USA）81:5951-5955(1984)）などが含まれる。真核mRNAの翻訳は、最初のメチオニンをコードするコドンから開始される。この理由により、真核プロモーターとPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4 またはSIRP（またはその機能的な誘導体）をコードするDNA配列間の結合には、メチオニンをコードすることができるいかなる介在コドン（すなわちAUG）も含まれないことを保証することが好ましい。そのようなコドンが存在すると、融合タンパク質の形成（そのAUGコドンがPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4 またはSIRPコーディング配列と同じ読み枠である場合）またはフレームシフト変異（そのAUGコドンがPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPコーディング配列と同じ読み枠ではない場合）のいずれかがもたらされる。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP核酸分子および機能可能に結合したプロモーターを、受取り手の原核あるいは真核細胞のいずれにも、直鎖状分子または、より好ましくは閉じた共有結合環状分子のいずれかであり得るような、複製しないDNA（またはRNA）分子として導入し得る。そのような分子は自律複製できないため、その遺伝子の発現は導入された配列の一過的な発現を通して起こり得る。あるいは、永久的な発現は、導入したDNAが宿主染色体内に融合することを通して起こり得る。所望の遺伝子配列を宿主染色体内に融合させることができるベクターを、採用し得る。発現ベクターを含んだ宿主細胞のスクリーニングを可能にするような、一つあるいはそれ以上のマーカーも導入することにより、導入されたDNAをその染色体内に安定に融合させた細胞をスクリーニングすることができる。このマーカーは、栄養要求性の宿主に対して原栄養性、例えば抗生物質、または銅などの重金属などの生物致死剤に対する抵抗性を提供し得る。選択可能なマーカー遺伝子配列は、発現させるべきDNA遺伝子配列に直接結合させるか、あるいはコトランスフェクションによって同じ細胞に導入させるかいずれも可能である。一本鎖結合タンパク質mRNAの最適な合成には、さらなる要素も必要であり得る。これらの要素には、スプライスシグナルも、転写プロモーター、エンハンサー、および終結シグナルも含まれ得る。そのような要素を組み入れるcDNA発現ベクターには、Okayama，Molec．Cell．Biol．3:280(1983)に記載のものが含まれる。導入された核酸分子を、受け取り手の宿主内で自律複製可能なプラスミドまたはウイルスベクターに組み入れることができる。幅広い種類のあらゆるベクターをこの目的のために採用し得る。特定のプラスミドまたはウイルスベクターを選択する際の重要性の要因には、ベクターを含まない受け取り手の細胞から、ベクターを含んだ受け取り手の細胞が認識され選択され得る簡便さ；特定の宿主内において望まれるベクターのコピー数；異なる種の宿主細胞間でベクターを“往復 ”させられることが望ましいかどうかが含まれる。好ましい原核ベクターには、大腸菌内で複製できるもの(例えば、pBR322、Col E1，pSC101、pACYC 184、”VX.といったもの)などのプラスミドが含まれる。そのようなプラスミドは、例えば、Sambrook("Molecular Cloning:A Laboratory M anual",第２版、Sambrook,Fritsch,& Maniatis編、Cold Spring Habor Laborato ry,（1989）参照）によって開示されている。バチルスプラスミドには、pCl94、 pC221、 pT127などが含まれる。そのようなプラスミドは、Gryczan（In:The Mol ecular Biology of the Bacilli，Academic Press，NY（1982）pp．307-329）によって開示されている。適したストレプトマイセスプラスミドには、p1J101(Ken dall et al.，J．Bacteriol．169:4177-4183(1987))、および.C31（Chater et a l.，In: Sixth International Symposium on Actinomycetales Biology，Akad emiai Kaido，Budapest，Hungary(1986)，pp．45-54）といったストレプトマイセスバクテリオファージが含まれる。シュードモナスプラスミドは、John et al ．(Rev．Infect．Dis．8:693-704(1986))、およびIzaki（Jpn．J．Bacteriol．3 3:729-742(1978)）に総説されている。好ましい真核プラスミドには、例えば、BPV、ワクシニア、SV40、2-ミクロン環など、またはそれらの誘導体が含まれる。そのようなプラスミドはこの技術分野では十分に知られている(Bostein et al.，Miami Wntr．Symp．19:265-274(19 82)；Broach，In:“The Molecular Biology of the Yeast Saccharomyces;Life Cycle and Inheritance”，Cold Spring Harbor Laboratory，Cold Spring Harb or，NY，p．445-470(1981);Broach，Cell 28:203-204(1982)；Bollen et al.，J ．Ctin．Hematol.Oncol．10:39-48(1980)；Maniatis，In:Cell Biology:A Compr ehensive Treatise，Vol．3，Gene Sequence Expression，Academic Press，NY ，pp．563-608(1980))。構築物を含んだベクターまたは核酸分子が発現のために一度調製されれば、DN A構築物は適した宿主細胞に、あらゆる様々な適した方法、すなわち形質転換、形質導入、接合、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、微粒子銃技術、リン酸カルシウム沈殿、直接的なマイクロインジェクションなどによって導入し得る。ベクターの導入後、受け取り手の細胞を、ベクターを含んだ細胞の増殖を選択する選択培地中で増殖させる。クローン化された遺伝子分子が発現すると、 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPあるいはその断片の産生がもたらされる。これは形質転換された細胞それ自体の中で、あるいはこれらの細胞の分化の誘導（例えば、神経芽腫細胞などにブロモデオキシウラシルを投与することによって）の後に起こり得る。様々なインキュベーション条件を用いて本発明のペプチドを形成することができる。最も好ましい条件は、生理的な条件を模倣したものである。精製されたPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4または SIRPポリペプチド本分野で知られている種々の方法論が本発明のペプチドを得るために使用できる。本ペプチドを天然に産生する組織または細胞から本ペプチドが精製されるであろう。もしくは、前記の単離された核酸断片がいずれかの器官でPTP20、PCP-2 、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPタンパク質を発現させるために使用できる。本発明の試料には細胞、細胞のタンパク質抽出物または膜抽出物または生体液が含まれる。試料はアッセイ形式、検出方法および試料として使用された細胞または抽出物の性質に基づいて変化するであろう。生物体源がそのようなペプチドを天然に含んでいる限り、いずれの真核生物体も本発明のペプチドの供給源として使用できる。本明細書で使用される場合、” 生物体源”とはサブユニットが発現される、および最終的に単離される生物体かどうかに関わらず、サブユニットのアミノ酸配列が誘導されるもとの生物体を意味している。当業者は天然の夾雑物を含まないペプチドを得るために、タンパク質を単離する既知の方法を容易にたどることができる。これらには、サイズ排除クロマトグラフィー、HPLC、イオン交換クロマトグラフィーおよび免疫アフィニティークロマトグラフィーが含まれるが、これらに限定されるわけではない。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドに対して結合親和性を持つ抗体およびそれらの抗体を含むハイブリドーマ本発明はPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドに対して結合親和性を持つ抗体に関する。ポリペプチドは図1-5に示した配列、またはそれらの機能的な誘導体、またはそれらの少なくとも９の連続したアミノ酸（好ましくはそれらの少なくとも20、30、35または40の連続したアミノ酸）を持っているであろう。本発明はまた、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドに対して特異的結合親和性を持つ抗体に関する。そのような抗体はPTP20 、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドに対するその結合親和性と別のポリペプチドに対するその結合親和性を比較することにより単離されるであろう。PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPへ選択的に結合するものは、PTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPと他のポリペプチドとの間の区別を必要とする方法における使用のために選択されるであろう。そのような方法には他のポリペプチドを含む組織における改変されたPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP発現の分析が含まれるが、それに限定すべきではない。本発明のPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPタンパク質は、抗体の発生、医薬組成物の同定における使用およびDNA／タンパク質相互作用の研究のような種々の手順および方法において使用できる。本発明のPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPペプチドは抗体またはハイブリドーマを生成させるために使用できる。当業者は、もし抗体を望むなら、そのようなペプチドが本明細書に記載されたように発生され、免疫原として使用されることを理解するであろう。本発明の抗体にはモノクローナルおよびポリクローナル抗体、ならびにこれらの抗体の断片、およびヒト化形が含まれる。本発明の抗体のヒト化形はキメラ化またはCDR移植のような本分野で既知の方法の一つを用いて発生されるであろう。本発明はまた、前記のモノクローナル抗体またはそれらの結合断片を産生するハイブリドーマにも関する。ハイブリドーマとは、特定のモノクローナル抗体を分泌できる不死化細胞株である。一般に、モノクローナル抗体およびハイブリドーマを製造するための技術は本分野ではよく知られている(Campbell，"Monoclonal Antibody Technology:Labor atory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology" Elsevier Science Publishers，Amsterdam，The Netherlands(1984);St．Groth et al.，J．Immun ol．Methods 35:1-21 (1980))。抗体を産生することが知られているいずれかの動物（マウス、ウサギなど）が選択されたポリペプチドで免疫できる。免疫化の方法は本分野ではよく知られている。そのような方法にはポリペプチドの皮下または腹腔内注射が含まれる。当業者は、免疫化に使用されるポリペプチドの量が免疫される動物、ポリペプチドの免疫原性および注射の部位に基づいて変化することを理解するであろう。ポリペプチドはペプチド抗原性を増加させるために修飾またはアジュバントとともに投与されるであろう。ポリペプチドの抗原性を増加させる方法は本分野ではよく知られている。そのような方法には、抗原と異種タンパク質（グロブリンまたはガラクトシダーゼのような）との結合、または免疫化の間にアジュバント封入を経ることが含まれる。モノクローナル抗体のためには、免疫された動物から脾臓細胞が取り出され、 SP2/0-Ag14骨髄腫細胞のような骨髄腫細胞と融合され、モノクローナル抗体産生ハイブリドーマ細胞とされる。本分野でよく知られている多くの方法の一つが、所望の特性を持つ抗体を産生するハイブリドーマ細胞を同定するために使用できる。これらの方法には、ELISAアッセイ、ウェスタンブロット分析またはラジオイムノアッセイでのハイブリドーマのスクリーニングが含まれている(Lutz et a l.，Exp．Cell Res．175:109-124(1988))。所望の抗体を分泌しているハイブリドーマは、クローン化され、本分野では既知の方法を用いてクラスおよびサブクラスが決定される(Campbell，"Monoclonal Antibody Technology:Laboratory Te chniques in Biochemistry and Molecular Biology"、前記文献(1984))。ポリクローナル抗体に対しては、抗体含有血清が免疫された動物から単離され、前記の方法の一つを用いて所望の特異性を持つ抗体の存在がスクリーニングされる。前記の抗体は検出可能なように標識されるであろう。抗体は、放射性同位元素、アフィニティー標識（ビオチン、アビジンなどのような）、酵素標識(西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼなどのような)、蛍光標識( FITCまたはローダミンなどのような)、常磁性原子などを使用して検出可能なように標識できる。そのような標識を達成するための方法は本分野ではよく知られており、例えば、Stemberger et al.，J．Histchem．Cytochem．18:315(1970);B ayer et al.，Meth．Enzym．62:308(1979);Engval et al.，Immunot．109:129(1 972);Goding，J．Immunol．Meth．13:215(1976)、を参照されたい。本発明の標識化抗体は特定のペプチドを発現している細胞または組織を同定するためのin v itro，in vivoおよびin situアッセイで使用できる。前記の抗体はまた固体支持体上に固定化もされる。そのような固体支持体の例にはポリカーボネートのようなプラスチック、アガロースおよびセファロースのような複合糖質、ポリアクリルアミドのようなアクリル樹脂およびラテックスビーズが含まれる。抗体をそのような固体支持体に結合させる技術は本分野ではよく知られている（Weir et al.，"Handbook of Experimental Immunology"第4版、Blackwell Scientific Publications，Oxford，England，10章(1986);Jacoby et al.，Meth．Enzym．34，Academlc Press，N.Y．(1974))。固定化された本発明の抗体はin vitro、in vivo、in situアッセイならびに免疫クロマトグラフィーで使用できる。さらに、当業者は現在利用可能な方法、ならびに抗体に関して上に開示してきた技術、方法およびキットを容易に改変して、合理的に設計された抗ペプチドペプチド（例えば、Hurbyらによる"合成ペプチドの応用：アンチセンスペプチド" 、In Synthetic Peptides，A User's Guide，W.H．Freeman，NY，pp.289-307（1 992）およびKaspczaket al.，Biochemistry 28:9230-8(1989)を参照されたい）を発生させるため、特異的ペプチド配列へ結合できるペプチドを発生ことができる。抗ペプチドペプチドはPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP ペプチド配列に観察される塩基性アミノ酸残基を酸性残基に置き換え、一方疎水性および非荷電極性基を保ったままにすることにより発生できる。例えば、リジン、アルギニンおよび／またはヒスチジン残基はアスパラギン酸またはグルタミン酸残基に置き換えられ、およびグルタミン酸残基はリジン、アルギニンまたはヒスチジンに置き換えられる。抗体に基づいたPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4または SIRPを検出するための方法およびキット本発明は試料中のPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドの検出法を包含しており：（ａ）免疫複合体が形成される条件下、試料と上記の抗体を接触させること、および（ｂ）ポリペプチドへ結合された該抗体の存在を検出することを含んでいる。詳細に説明すると、本方法は試験試料を本発明の一つまたはそれ以上の抗体とインキュベートし、抗体が試験試料に結合したかどうかをアッセイすることを含んでいる。正常レベルと比較して、試料中の PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPのレベルが変化していれば疾患を示唆しているであろう。抗体と試験試料をインキュベートする条件は変化する。インキュベーション条件はアッセイに用いられた形式、用いられた検出法、およびアッセイで使用された抗体の型および性質に依存している。当業者は、通常利用可能な免疫学的アッセイ形式（ラジオイムノアッセイ、酵素結合イムノソルベントアッセイ、拡散に基づいたオクタロニーまたはロケット免疫蛍光アッセイのような）のいずれか一つを本発明の抗体を用いるために容易に改変できることを理解するであろう。そのようなアッセイの例は、Chard，"An Introduction to Radioimmunoassay and Related Techniques"(Elsevier Science Publishers，Amsterdam，The Netherla nds (1986));Bullock et al.,"Techniques in Immunocytochemistry"(Academic Press，0rland，FL，Vol.1(1982)，Vol.2(1983)，Vol.3(1985))；Tijssen，"Pra ctice and Theory of Enzyme Immunoassays:Laboratory Techniques in Biochem istry and Molecular Biology"（Elsevier Science Publishers，Amsterdam，Th e Netherlands (1985)）にみることができる。本発明の免疫学的アッセイ試験試料には細胞、細胞のタンパク質または膜抽出物、または血液、血清、血漿または尿のような生物体液が含まれる。前記の方法で使用される試験試料はアッセイ形式、検出法の性質およびアッセイされるべき試料として使用される組織、細胞または抽出物により変化するであろう。細胞のタンパク質抽出物または膜抽出物の調製法は本分野ではよく知られており、利用される系で受け入れ可能な試料を得るために容易に改変できる。キットは前記の検出法を実施するために必要とされるすべての試薬を含んでいる。キットは：（ｉ）上記の抗体を含んでいる第一の容器手段、および（ｉｉ）抗体の結合パートナーおよび標識を含む複合体を含んでいる第二の容器手段から成っている。別の好適な態様において、キットはさらに一つまたはそれ以上の下記のものを含む一つまたはそれ以上の他の容器を含む：洗浄試薬および結合抗体の存在を検出できる試薬。検出試薬の例としては、標識第二抗体、もしくは、もし第一抗体が標識されている場合、標識抗体と反応できる発色、酵素または抗体結合試薬が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。上記のように核酸プローブキットのために区画に分けられたキットでもよい。当業者は本発明に記載されている抗体が本分野でよく知られている確立されたキット形式の一つに容易に組込めることを理解するであろう。 PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPと相互作用する化合物の単離本発明はまたPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドへ結合できる化合物を検出する方法にも関しており、化合物をPTP20、PCP-2 、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPとインキュベートし、PTP20、PCP-2、B DP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPへ結合した化合物の存在を検出することを含む。化合物は複雑な混合物（例えば、血清、体液または細胞抽出物）内に存在しているであろう。本発明はまたPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP活性またはPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP結合パートナー活性の作動薬（アゴニスト）または拮抗薬（アンタゴニスト）を検出するための方法にも関しており、化合物の存在下でPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPを産生する細胞をインキュベートし、そしてPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK 2、mCLK3、mCLK4またはSIRP活性またはPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、 mCLK4またはSIRP結合パートナー活性レベルの変化を検出することを含む。そのように同定された化合物は化合物の存在の指標である活性の変化を生み出すであろう。化合物は複雑な混合物（例えば、血清、体液または細胞抽出物）内に存在しているであろう。一旦化合物が同定されたら、それは本分野でよく知られている技術を用いて単離できる。本発明はまた哺乳動物において、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4 またはSIRPに関連する活性に作動する（刺激する）または拮抗する方法も包含しており、該哺乳動物にPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPに対する作動薬または拮抗薬を該作動性または拮抗性を達成するのに十分な量で投与することを含む。哺乳動物にPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPに関連する機能に作動または拮抗するのに十分な量の作動薬または拮抗薬を投与することを含む、哺乳動物においてPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、 mCLK4またはSIRP関連活性の作動薬または拮抗薬で疾患を処置する方法は、本出願に包含されている。トランスジェニック動物本発明に関連したトランスジェニック動物産生のために種々の方法が利用できる。DNAはオスおよびメス前核の融合前に受精卵の前核内へ注入でき、または細胞分割の開始に続いての胚細胞の核（例えば、二細胞胚の核）内へ注入できる（ Brinster et al.，Proc．Nat．Acad．Sci．USA 82:4438-4442(1985)。胚は本発明の無機イオンレセプターヌクレオチド配列を運ぶように改変したウイルス、特にレトロウイルスに感染させる。胚の内細胞塊から誘導され、培養で安定化された多分化能性幹細胞は本発明のヌクレオチド配列を取り込むように培養中で操作できる。トランスジェニック動物は、そのような細胞を胚盤胞内へ移植し、それを仮親内へ移植して出産させることにより産生できる。トランスジェニック実験に適した動物はCharles River( Wilmington，MA)，Taconic(Germantown，NY)，Harlan Sprague Dawley(Indian apolis，IN)などのような標準的な供給源から得ることができる。齧歯類胚操作のための、および接合体の前核内へのDNAのマイクロインジェクションのための方法は当業者にはよく知られている(Hoganら、上記文献)。魚、両生類の卵、およびトリに対するマイクロインジェクション法は、HoudebineおよびChourrout（Experientia，47:897-905(1991)）動物組織内へのDNAの導入のための他の方法は米国特許第4,945,050号に記載されている(Sandfordら、1990年７月30日)。例示のつもりでのみ示すのであるが、トランスジェニックマウスを作製するには、メスマウスに過排卵を誘導する。メスはオスとともに置かれ、交配したメスはCO₂窒息または頸部脱臼により殺し、切開した卵管から胚を回収する。周囲の卵丘細胞は取り除く。前核胚は洗浄して注入時まで保存する。ランダムな性周期の成熟メスマウスを精管切除したオスと交配させる。受容者であるメスは供与者であるメスと同時に交配する。次に胚は外科的に移植される。トランスジェニックラットを発生させる方法はマウスの方法と同様である(Hammer et.al.，Cell 6 3:1099-1112(1990)を参照されたい)。胚性幹（ES）細胞を培養するための方法、およびエレクトロポレーション、リン酸カルシウム／DNA沈澱および直接注入のような方法を用いたES細胞内へのDNA を導入することにより続いて行うトランスジェニック動物の産生もまた当業者にはよく知られている(例えば、Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cell，A P ractical Approach，E.J．Robertson，ed.，IRL Press(1987)を参照されたい)。ランダム遺伝子組み込みを含んでいる場合、本発明の配列を含んでいるクローンは耐性をコードしている遺伝子とコトランスフェクトされる。もしくは、ネオマイシン耐性をコードしている遺伝子が本発明の配列に物理的に結合される。所望のクローンのトランスフェクションおよび単離は、当業者にはよく知られているいくつかの方法の一つにより実施される(E.J．Robertson、上記文献)。 ES細胞内へ導入されたDNA分子は、相同的組換え法により染色体内へ組み込むこともできる(Capecchi，Science 244:1288-1292(1989))。組換えの陽性選択（即ち、neo耐性）および二重陽性−陰性選択（即ち、neo耐性およびガンシクロビル耐性）および続いてのPCRによる所望のクローンの同定はCapecchi、上記文献およびJoyner et al.，Nature 338:153-156(1989)に記載されており、それらの教えは本明細書において援用される。本方法の最終段階は標的化ES細胞の胚盤胞内への注入および偽妊娠メスへ胚盤胞を導入することである。得られたキメラ動物は交配させ、導入遺伝子を運んでいる個体を同定するため、サザンブロッティングにより子孫を分析する。非齧歯類の哺乳動物および他の動物を製造する方法は、別の人により議論されている(HoudebineおよびChourrout，上記文献;Purselら、Science 244:1281-1288(1989);およびSimmsら、Bio/Technology 6 :179-183(1988)を参照されたい)。このように本発明はPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドをコードしている導入遺伝子またはPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCL K3、mCLK4またはSIRPポリペプチドの発現に影響する遺伝子を含んでいるトランスジェニック非ヒト哺乳動物を提供する。そのようなトランスジェニック非ヒト哺乳動物はPTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドを導入し、PTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドの発現を制御する（即ち、追加の遺伝子、アンチセンス核酸またはリボザイム、の導入を通して）影響の研究のためのin vivo試験系として特に有用である。 ”トランスジェニック動物”とは人工的に細胞内へ挿入されたDNAを含む細胞を持つ動物であり、そのDNAはその細胞から発育する動物のゲノムの一部となる。好ましい動物は霊長類、マウス、ラット、ウシ、ブタ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、イヌおよびネコである。トランスジェニックDNAはヒトPTP20、PCP-2、BDP1、mCL K2、mCLK3、mCLK4またはSIRPポリペプチドをコードしているであろう。レセプターの発現を減少させるのに有効な量のアンチセンスRNAまたはDNAを提供することにより、動物における天然の発現は減少するであろう。遺伝子治療 PTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPまたはその遺伝子配列はまた遺伝子治療（MilleRNAture 357:455-460に概説されている）にも有用であろう。Millerは陽性の最初の結果を示したヒト遺伝子治療に対する実践的なアプローチの進歩を述べている。遺伝子治療の基礎的科学はMilligan(Science 260:926-931 (1993))に記載されている。一つの好ましい態様において、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPコード配列を含んでいる発現ベクターが、細胞内へ挿入され、細胞はin vitroで増殖され、患者に多量で注入された。別の好ましい態様においては、選択されたプロモーター（例えば、強力なプロモーター）を含んでいるDNAセグメントが、内在性PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPを含んでいる細胞内へ、プロモーターセグメントが内在性PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、m CLK3、mCLK4またはSIRP遺伝子の発現を促進するような様式で導入される(例えば、プロモーターセグメントが内在性PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4 またはSIRP遺伝子に直接連結されるように細胞へ導入される)。遺伝子治療には、腫瘍を標的としたPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK 4またはSIRP cDNA含有アデノウイルスの使用、遺伝子組換えした細胞の移植による全身のPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPの増加、PTP20 、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPウイルスの注入、または適当な組織への裸のPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRP DNAの注入に関連する。タンパク質複合体の活性を調節するため、そのような複合体の一つまたはそれ以上の成分の改変形を導入することにより、標的細胞集団が修飾されるであろう。例えば、標的細胞内の複合体成分活性を減少または阻害することにより、症状を引き起こす異常なシグナル伝達が減少、阻害または逆転させられるであろう。タンパク質複合体の他の成分と相互作用する能力は保持しているが、シグナル伝達では機能できない、一つの成分の欠損またはミスセンス突然変異体は、異常で、有害なシグナル伝達を阻害するために使用されるであろう。レトロウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、ヘルペスウイルス、いくつかのRNAウイルスまたはウシパピローマウイルスのようなウイルスから誘導された発現ベクターは、組換え体PTP20、PCP-2、BDP1、 mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPタンパク質をコードしているヌクレオチド配列（例えば、cDNA）を標的細胞集団（例えば、腫瘍細胞）内へ運搬するために使用される。当業者にはよく知られている方法が、コード配列を含んでいる組換え体ウイルスベクターの構築に使用できる(例えば、Maniatis et al.，Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory，N．Y．(1989)およびAusub el et al.，Current Protocols in Molecular Biology,Greene Publishing Asso ciates and Wiley Interscience，N.Y．(1989)を参照されたい)。もしくは、タンパク質配列をコードしている組換え核酸分子は裸のDNAとして、または他の再構築系、例えばリポソームまたは他の脂質系として標的細胞への送達に使用できる(例えば、Felgner et al.，Nature 337:387-8，1989、を参照されたい)。ヒト遺伝子治療に使用するための、細胞内へのプラスミドDNAの直接送達にいくつかの方法が存在し、プラスミドDNAのタンパク質への複合体化による細胞上のレセプターへのDNAの標的化が含まれている(Miller、上記文献を参照されたい)。その最も簡単な形では、遺伝子導入はマイクロインジェクション法により、細胞の核内へ少量のDNAを単に注入することにより実施できる(Capecchi MR，Cell 22:479-88(1980))。組換え遺伝子が細胞内へ一度導入されたら、細胞の転写および翻訳のための通常の機構により認識でき、遺伝子産物が発現されるであろう。より多くの細胞中にDNAを導入するために他の方法もまた試みられた。これらの方法には：DNAがCaPO₄とともに沈殿され、ピノサイトーシスにより細胞内へ取り込まれるトランスフェクション（Chen C．and Okayama H，Mol．Cell Biol．7:2 745-52(1987)）;細胞を高電圧パルスに暴露し、膜内に穴を誘導するエレクトロポレーション（Chu G．et al.，Nucleic Acids Res.，15:1311-26(1987)）;標的細胞と融合する親油性担体中にDNAが包み込まれるリポフェクチン／リポソーム融合(Felgner PL.，et al.，Proc．Natl．Acad．Sci．USA．84:7413-7(1987))；および小さな弾丸に結合されたDNAを用いる粒子ボンバートメント（Yang NS．et al.，Proc．Natl．Acad．Sci．87:9568-72(1990)）が含まれる。細胞内へDNAを導入するための別の方法は、DNAを化学的に修飾したタンパク質へ結合させることである。アデノウイルスタンパク質はエンドソームを不安定化でき、細胞内へのDNAの取り込みを促進できることが示されている。DNA複合体含有溶液へのアデノウイルスの混合、またはタンパク質架橋試薬を用いるアデノウイルスへ共有結合で結合されているポリリジンへのDNAの結合は組換え遺伝子の取り込みおよび発現を大いに改良する(Curiel DT，et al.，Am．J．Respir:Cell．Mol．Biol.，6:247- 52(1992))。本明細書で使用される場合、”遺伝子導入”とは外来核酸分子を細胞内へ導入する過程を意味している。遺伝子導入は遺伝子によりコードされている特定の生成物の発現を可能にするために通常実施される。生成物にはタンパク質、ポリペプチド、アンチセンスDNAまたはRNA、または酵素的に活性なRNAが含まれる。遺伝子導入は培養細胞で、または動物への直接投与により実施できる。一般的に遺伝子導入には、非特異的またはレセプター仲介相互作用による核酸と標的細胞の接触、膜を通したまたはエンドサイトーシスによる細胞内への核酸の取り込み、原形質膜またはエンドソームから細胞質内への核酸の放出の過程が含まれる。発現には、加えて細胞の核内への核酸移動および転写のための適当な核因子への結合が必要とされるであろう。本明細書で使用される場合、”遺伝子治療”とは遺伝子導入の一つの形であり、本明細書で使用されたような遺伝子導入の定義内に含まれているが、特にin v ivoまたはin vitroで、細胞から治療のための生成物が発現するための遺伝子導入を意味している。遺伝子導入は細胞にex vivoで実施でき、それが次に患者へ移植されるか、または核酸または核酸−タンパク質複合体の患者への直接投与により実施できる。別の好ましい態様において、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4またはSIRPをコードしている核酸配列を持つベクターが提供され、ここで核酸配列は特異的組織でのみ発現される。組織特異的遺伝子発現を達成する方法は1992年11 月３日に出願され、1993年５月13日に公開された国際特許出願第WO93/09236号に示されている。上に示したすべての前記ベクターにおける本発明のさらなる特色は、ベクター中に含まれている核酸配列には上記のように核酸配列のいくつかまたはすべてに付加、欠失または修飾が含まれていることである。別の好適な態様において、遺伝子置換の方法が示されている。本明細書で使用する場合、”遺伝子置換”とは動物においてin vivoで発現されることができる核酸を供給することを意味しており、それにより動物で失われている、または不完全である内在性遺伝子の機能を提供するまたは増大させることを意味する。これらの観点および特色のすべてはPCT公開WO96/18738号（本明細書において図面を含んでその全体が援用される）において、タンパク質PYK-2に関して詳細に説明されている。当業者は、そのような記述がPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、m CLK3、mCLK4またはSIRPにも容易に適用でき、等しく本発明に応用できることをただちに理解するであろう。実施例以下の実施例は限定的なものではなく、本発明の種々の観点および特徴を単に示すものである。以下の実施例は、新規なタンパク質PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK 2、mCLK3、mCLK4またはSIRPタンパク質の単離および特性決定を示す。実施例は、それらタンパク質の完全長核酸およびアミノ酸配列を同定しそしてこのようなタンパク質の発現相互作用およびシグナルを与える活性を検討する。ヒトBDP1のヌクレオチド配列は、GenBankデータバンクに受託番号X79568として寄託された。実施例１：新規タンパク質の同定およびクローニング同様の一般的な方法を用いて、本発明の新規PTPおよびPTKを同定しそしてクローン化した。簡単にいうと、既知のPTPおよびPTK中の共通配列に基づく縮重オリゴヌクレオチドプライマーを用いて、特定の細胞種から単離されたRNAを用いるP CRフラグメントを生じた。全RNAを、グアニジニウムチオシアネート／CsCl法（U llrichら，Science 196:1313，1977；Chirgwinら，Biochemistry 18:5294,1979 ）によって単離した。ポリ（A）+RNAを、オリゴ（dT）−セルロースクロマトグラフィーを用いて単離した。PCRフラグメントを単離し、pBluescriptクローニンベクター（Stratagene）中にサブクローン化し、そしてジデオキシヌクレオチド鎖終結法を用いて配列決定した(Sangerら，PNAS 74:5463,1977)。これまでに知られていないタンパク質を示すフラグメントをハイブリッド形成プローブとして用いて、cDNAライブラリー中の完全長クローンを同定した。本発明のタンパク質それぞれに用いられた具体的な手順を以下に詳細に記載する。 PTP20− PTP20を同定するのに用いられた縮重プライマーは、FWXMXW（センス）およびH CSAG(S/I/V)G（アンチセンス）であった。PC12細胞RNAからのランダムプライムドcDNA（最大50ngまで）を鋳型として用いた。センスおよびアンチセンス両方のプライマーを、20mMトリス−HCl(pH8.4)、50mM KCl、2.5mM MgCl₂、0.01％BSA、全４種類のdNTP(各200mM)、１単位のTaqポリメラーゼ（Boehringer Mannheim）および鋳型cDNAを含有する100ml反応混合物に対して加えた。熱サイクラーで35 サイクル行ったが、各サイクルは、94℃で１分間、42℃で１分間および72℃で１分間のインキュベーションを伴った。PCR産物を1.5％アガロースゲル上で分離した。350〜400bpのフラグメントを切取り、サブクローン化し、そして配列決定した。新規PTP20 PCRフラグメントを単離し、ランダムプライミングによって放射性標識し、そして未分化および分化したPC12細胞両方からのポリ（A）+RNAのプールおよびZAPII合成キット（Stratagene）を用いて製造されたPC12 cDNAライブラリーから1×10⁶プラークをスクリーニングするために用いた。ハイブリッド形成は、50％(v/v)ホルムアミド、5×SSC、5×デンハート溶液、0.05Mリン酸ナトリウム、1mM NaH₂PO₄、1mM Na₄P₂O₇、0.1mM ATP、5mgサケ精子DNAを含有する溶液中において42℃で20時間行われた。2×SSC/0.1％SDSを用いる42℃で20分間の洗浄を３回繰返した。陽性のクローンを、二次スクリーニングによってプラーク精製し、製造者の指示にしたがって回収し、そして両方向に配列決定した。PTP20 の2226bp cDNAクローンは、5'−非コード領域の27塩基対および3'−非コード領域の840塩基対が先についた50kDaの推定MWを有する453アミノ酸のタンパク質をコードしている1359bpのオープンリーディングフレームを含んでいた。その3'− 非コード領域は、ポリアデニル化シグナル配列AATAAAを含んでいた。 BDP1− 我々は、配列相同性およびPCR増幅を用いて、ヒト脳組織で発現されたタンパク質チロシンホスファターゼをクローニングした。PCRのための縮重プライマーは、既知のPTPアーゼのアミノ酸配列の整列からの共通配列にしたがって設計された。触媒ドメイン中の最長の共通配列FWXMXWおよびHCSAGXGを選択した。379の増幅cDNAクローンの１列配列決定は、CD45、LAR、MEG1、PTPアーゼ、PTPアーゼ、PTPアーゼ、PTPアーゼ、PTPアーゼ、PTPアーゼおよびPTPアーゼ1Dを含めた1 5種類の異なったcDNAクローンを同定した。一つのクローンは、新規な推定上のタンパク質チロシンホスファターゼをコードしていた。我々は、それがヒト脳cD NAで見出されたので、クローンBDP1と称した。 CRで増幅されたBDP1クローンは、cDNAライブラリーをスクリーニングするのに用いられた。最初にスクリーニングされたのは、胎児脳、扁桃および下垂体などのヒト脳組織に関係したcDNAライブラリーであった。ヒト胎児脳cDNAライブラリーからのBDP1 PCR産物および1.1Kb BDP1のヌクレオチド配列の比較は、胎児脳クローン中のイントロンを示した。23の陽性のクローンの半数を越えるものは、不完全にスプライシングされることが判った。既に知られているように、これらイントロン配列は、GTとして出発しそしてAGとして終結する。我々は、イントロン配列を含む完全なクローンと不完全なクローンとを区別するための、配列比較に基づいて設計された特異的PCRプライマーを試みた。367bp、80bpおよび91bp長の配列の３種類のイントロンは、それぞれ、ヌクレオチド733、799および878の位置で見出された(図1B)。イントロンの位置は、図1Aにおいて矢頭で示されている。 36種類の異なったcDNAライブラリーを、1対の特異的プライマーを用いて調べた。イントロン配列を含むおよび含まないcDNAクローンのPCRは、それぞれ、725 bpおよび358bpのバンドを生じうる。358bp位置付近にバンドを示した６種類の増幅PCR反応物が得られ、そしてサザンブロットハイブリダイゼーションは、³²P標識BDP1 PCRクローンを用いて行われた。MEDO1造血細胞系から構築された一つのc DNAライブラリーだけが、陽性のサザンシグナルを示した(データは示されていない)。８個の陽性のクローンが、MEGO1 cDNAライブラリーから得られ、そしてポリ（A）+テイルを有することが確かめられた。 BDP1を同定するのに用いられた縮重プライマーは、FWXMXW（センス）およびHC SAG(S/I/V)G（アンチセンス）であった。2μｇのヒト脳ポリ（A）+RNAは、オリゴ（dT）プライミングおよびRNアーゼHネガティブ逆転写酵素（GIBCO/BRL）を用いる第一鎖cDNAの合成に用いられた。50ngの合成されたcDNAを、各30ピコモルの縮重プライマーを用いてPCR溶液100μｌ中で30サイクル増幅させた。増幅したPCR産物をBamHIまたはEcoRIで消化し、そして6％アクリルアミドゲル上で分離した。約350bpのフラグメントを切取り、サブクローン化し、そして配列決定した。 BDP1と称される360bp PCR産物は、新規PTPアーゼクローンであることが同定された。特異的センスおよびアンチセンスプライマーを、ヒト胎児脳cDNAライブラリーからのBDP1 PCR産物および1.1kb BDP1のヌクレオチド配列の比較によって合成した。２μｌのcDNAライブラリー溶液を、特異的プライマーを用いるPCRに用いた。20μｌの増幅溶液を1.6％アガロースゲル電気泳動で分析し、そしてサザンハイブリダイゼーションのためにニトロセルロースフィルター上にブロッティングした。BDP1 PCR産物は、ランダムプライミング（USB）で³²P標識され、そしてcDNAライブラリーのサザンブロッティングおよびスクリーニングのプローブとして用いられた。ZapII中のMEGOI cDNAライブラリーからの陽性のクローンを採取し、そして配列決定用に回収した。最長の2.8Kb cDNAクローンのヌクレオチドを両方向に配列決定した。 MEG0I cDNAライブラリーからの最長クローンは2810bp長であり、そして停止コドンを含まない5'−非コード領域が前にある1377bpの単一の長いオープンリーディングフレーム（ORF）を含んでいた。その全G+C含量は57％であった。3'−非コード配列中には長いORFがなかった。このクローンには、他のクローンで検出されたイントロン配列がなかった。5'−および3'−両方の隣接プライマー領域だけが僅かに異なったが、プライマー間の340bp配列は、BDP1 PCR産物に完全に対合した(図1Aの箱形を参照されたい)。 ORFの最初のATGは、GCの多いトラックのような翻訳開始のためのKozak共通配列に一致する配列に隣接していた(Kozak,M.(1987).Nucleic Acids Res.15,8125- 8248)。プリン塩基は、-3位で同定されおよび+4位ではＧの代わりのＡが同定された。3'−非コード領域は、正確でそして有効なポリアデニル化に必要な２種類の明瞭な配列要素を含有する(15)。一つの要素であるＴの多い配列は、ポリ（A ）+テイルから200ヌクレオチド下流に位置し、そしてもう一つのAAATAAAAは、20 ヌクレオチド下流であった。それら二つの要素は、図1Aで下線を施されている。 BDP1のORFは、459アミノ酸を含む残基であり、そしてそれは約50KDaのタンパク質をコードしている。予想されたタンパク質配列の推定上の触媒領域、すなわち、アミノ酸59〜294は、リン酸結合ループ中のCysおよびArgを含めた、大部分のタンパク質チロシンホスファターゼで見出される高度に保存された配列モチーフの全てを含有し、これらは、PTPアーゼ触媒活性に不可欠である(Barford，D .，Flint,A.J.およびTonks,N.K.（1994）Science 263,1397-1404；Stuckey,ら(1 994).Nature 370,571-575；Su,ら（1994）Nature 370,575-578；Zhang,ら（1994 ）Proc Natl.Acad.Sci.USA 91,1624-1627)。高度に保存されたアミノ酸残基は、図2Aにおいて箱形で示される。部位特異的突然変異誘発によってCysがSerに変更された突然変異体BDP1は、pN PPに対するホスファターゼ活性がなかった。この結果は、活性部位のCys残基が、他のPTPアーゼに対するのとほぼ同様に、BDP1活性に対して極めて重要であることを示唆している。BDP1配列のこの領域は、ヒトおよびラットPTPアーゼ−PES T類（Takekawa,ら（1992）Biochem.Biophys.Res.Comm.189,1223-1230；Yang,ら（1993）J.Biol.Chem.268,6622-6628）およびPEP PTPアーゼ（Matthews,ら（199 2）Mol.Cell.Biol.12,2396-2405）などのPTP-PEST−ファミリーホスファターゼと36％〜38％相同性を示した。他の既知のPTPアーゼは、34％未満の相同性を示した。 N末端のaa1〜25であると推定されたアミノ酸配列を、データバンク中の配列と比較した。酵母(Field,ら（1990）Cell 61,319-327)、ラット（Selicof,ら（199 3）J.Biol.Chem.268,13448-13453）およびヒト（Matviw,ら（1992）Mol.Cell.Bi ol.12,5033-5040）の70KDaシクラーゼ関連CAPタンパク質は、図2Bで図示されているように相同であることがわかった。特に、FLERLE配列は、第二Cys共通残基に近い酸性FGF分子中でも見出されうるし、そして細胞表面上のその受容体分子に対する結合に関与していることも報告された(Thomas,ら（1991）Ann.New York .Acad.Sci.9-17)。現在、タンパク質上のSH2、SH3およびPKなどの数種類のドメインは、それらの低細胞内濃度を克服するように、シグナル伝達におけるタンパク質−タンパク質相互作用で不可欠な役割を果たすことが知られている。CAPのN末端部分を、アデニル酸シクラーゼタンパク質と結合した酵母Ras−シグナリングに対して結合させた(25)。CAPタンパク質は、酵母成長に不可欠であることが知られているが、高等真核生物細胞におけるその役割はまだ知られていない。BDP1のCAP相同ドメインは、タンパク質−タンパク質結合においてある役割を果たすと考えられうる。 295番目のアミノ酸残基からの160aa長のテイル配列は、既知のタンパク質とも、PESTモチーフとも相同性を有さない(Rogers,ら(1986).Science 234,364-368) 。PTP-PESTファミリーは、PEP中の核局在化シグナル（Flores,ら，E.，Roy,G.， Patel，D.，Shaw，A.，およびThomas,M.L．(1994)Mol.Cell.Biol.14,4938-4946 ）およびヒトPTPアーゼ-PEST中のセリンリン酸化部位（Farton,A.J.およびTonks ,N.K．(1994)PTP-PEST：セリンリン酸化によって調節されるタンパク質チロシンホスファターゼ(a protein tyrosine phosphatase regulated by serine phosph orylation)．EMBO J.13,3763-3771）を含有する長いテイルを有する。これら配列はいずれも、BDPI PTPアーゼ中に含まれない。テイル配列におけるBDP1のP、E 、SおよびTのアミノ酸組成は、それぞれ、11.4％、4.8％、6.0％および6.6％であった。E、SおよびT含量はずっと低いが、PはPTPアーゼ−PESTファミリーホスファターゼよりも高かった。BDP1の分子量、すなわち、50KDaは、PTPアーゼ−PE STの分子量（88KDa）および造血系PTPアーゼ−PESTの分子量（90KDa）よりはるかに低くかった。PESTモチーフのために、細胞中でのPTPアーゼの短い半減期は、なお研究される必要がある。しかしながら、カルボキシ末端の最後の22アミノ酸のBDP1配列は、図2Cされたように、PESTモチーフを有する２種類のPTPアーゼと類似していた。膜貫通タンパク質の細胞質テイル配列の他にも、MHC-IAおよびHLA-DQは、BDP1 のC末端と相同であった(Malissen,ら(1983).Science 221,750-754；Kappes，ら（1988）Ann.Rev.Biochem.57,991-1028)。最後のC末端配列は、多数のPro残基を含有しているので、SH3ドメインに対して結合するためのProの多い配列であると考えられる。それはまた、進化期間中に置換することが難しいTrp残基を含有する。これは、そのC末端部分が、細胞局在化または更にそれ自体の活性の調節などのタンパク質機能に不可欠であるかもしれないことを示唆している。分子のこの部分の疎水性は、PRPアーゼ1BおよびＴ細胞PTPアーゼほど高くはなく、これは、膜に対して結合する機能、およびそれ自体のPTPアーゼ活性を調節もする機能を有する(Brown-Shimer,S.，Johnson,K.A.，Lawrence,J.B.，Johnson,C. ，Bruskin,A.，Green,N.R.およびHill,D.E．（1990）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 8 7,5148-5152；Cool,ら（1989）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86,5257-5261)。 PTPアーゼは、概して、受容体型および細胞質ゾル型に分類することができる。その型を確認するために、BDPIの疎水性プロフィールを、コンピュータプログラムを用いてウィンドーサイズ７で描いた(KyteおよびDoolittle，J.Mol.Biol.1 57,105,1982)。BDP1には膜貫通部分がないことおよびそれが細胞内PTPアーゼの群に属することが確認された。BDP1の平均疎水性度は、他のPESTファミリーPTP アーゼのそれよりはるかに高かった。 PCP-2− PCR反応は、共通配列RWXMXWおよびHCSAG(S/I/V)Gに対応する縮重オリゴヌクレオチドプライマー、およびGeneAmp^Rキット（Perkin-Elmer/Cetus）および９種類のヒト膵臓癌腫細胞系、すなわち、A590、A818-7、AsPc1、BxPC-2、Capan-1、Ca pan-2、Colo357、DAN-GおよびSW850（ATCC、ロックビル、MD）からのポリ（A）+ RNAのプールを用いて行われた。PCRフラグメントを単離し、サブクローン化し、そして配列決定した。 PCP-2の触媒ドメインの114アミノ酸をコードするPCRフラグメントを、標準的なフィルターハイブリダイゼーション技術を用いてヒト膵臓腺癌およびヒト乳癌 cDNAライブラリーをスクリーニングする場合のプローブとして用いた。50個の陽性のクローンを同定し、単離し、in vivoで切取り、そして分析した。これらクローンの内二つ、すなわち、ポリ（A）+テイルを含有するH44（4.6Kb）およびN 末端開始コドンを含有するH13（3.8Kb）を、T3およびT7プライマーでまたは既存の配列データに基づく合成オリゴヌクレオチドプライマーで配列決定した。PCP- 2配列と種々の配列データベースとの比較は、GCG配列分析ソフトウェアパッケージ（Genetics Computer Group，マディソン，ウィスコンシン）を用いて行われた。PCP-2の複合完全長ヌクレオチド配列は、133位に共通開始コドン（Kozak，N ucleic Acids Res.12:857,1984）を含有し、そしてその後に、シグナルペプチドとして役立ちうる疎水性部分が続く(von Heijne，Nucleic Acids Res.14:4683,1 986)。翻訳開始コドンの後には、1430アミノ酸をコードしている4290bpの単一オープンリーディングフレーム、およびクローンH44のポリ（A）テイルの上流の共通ポリアデニル化シグナル（AATAAA）を含めた1122bpの3'非翻訳領域が続く。単一膜貫通スパンαヘリックスセグメントは、アミノ酸741〜764位で予想される。この特徴は、740残基の推定上の細胞外領域および666残基の細胞内部分を詳細に説明する。その「細胞内」領域は、前に記載されたPTPの触媒ドメイン（Brady-K alnay,ら，Ade.Protein Phosphatases 8:241,1994）に対して有意の類似性を有する２個のタンデム反復ドメインを含有する。 PCP-2の細胞外領域は、マウスPTPκに対して53％相同性およびヒトまたはマウスPTPμに対して47％、そしてMPTPδ、Ｄ型などの他のR-PTPに対して24％未満の類似性を示す(Mizuno,ら，FEBS 355:223,1994)。PCP-2の最初の約160アミノ酸は、アフリカツメガエル（Xenopus）細胞表面タンパク質A5中の領域に対して、およびPTPκおよびPTPμのMAMドメインに対して類似性（21％）を示す。PCP-2のMA Mドメインの後には、１個のIg様反復および４個の推定上のフィブロネクチンIII 型様反復（残基287〜570）が続き、これらは、PTPμ、PTPκおよびLAR中の類似のドメインに対して相同であり、それらの構造モチーフは、細胞接着分子N-CAM などのいくつかの他の細胞表面分子中で以前に同定されてもいる(Cunningham,ら，Science 236:799,1987；Mauro,ら，J.Cell Biol.119:191,1992)。 PCP-2を区別する独特の特徴には、その膜貫通セグメントと最初のホスファターゼ相同ドメインの出発部分との間のより大きい距離、セリンおよびスレオニン残基が多くそして他のR-PTPの場合より約60残基多い領域、その最も近縁のPTP- κおよびPTPμによって共有された特性が含まれる。更に、PCP-2は、細胞外ドメインの331〜333位にトリペプチドHAVを含有し、これは、カドヘリンファミリーのメンバーにおける細胞間接着に関係している(Blaschuk,ら，J.Mol.Biol.211： 679,1990)。更に、PCP-2細胞外ドメイン中で見出された13個の潜在的なＮ結合グリコシル化部位がある。実施例２：PTP類の発現分析本発明の種々のタンパク質の発現を、標準的なノーザンブロット法を用いて評価した。ポリ（A）+RNAを、オリゴ（dT）セファロース（Stratagene）カラムクロマトグラフィーを用いて製造者の指示にしたがって単離した後、ホルムアルデヒド／1.0％アガロースゲル（2〜3ｍｇ／レーン）中で電気泳動させ、ニトロセルロース膜フィルターに対して毛管作用によって一晩ブロッティングした。ブロッティングされたフィルターを真空下において80℃で２時間加熱した。そのフィルターを、評価中のタンパク質に特異的な³²P標識核酸プローブでプローブした。50％（v/v）ホルムアミド含有溶液中において42℃で24時間のハイブリッド形成後、そのブロットを、高緊縮条件下において2×SSCで室温において15分間２回、続いて0.1×SSCで42℃において30分間２回洗浄した後、Ｘ線フィルムに対して −70℃で増感スクリーンを用いて暴露した。 PTP20− PC12細胞の分化過程におけるPTP20の役割を明らかにするために、ノーザンブロット分析を用いて、NGFで３日間または６日間処理されたPC12細胞中のPTP20 m RNAの発現パターンを調べた。完全長PTP20をプローブとして用いた。未処理PC12 細胞は、2.3kb PTP20 mRNA転写物を示した。３日間のNGF処理後、転写物の量にして1.5倍の増加を観察した。更に３日間のNGF処理は、未処理細胞と比較して2. 4倍の増加を引き起こした。支配的な2.3kb転写物の他に、サイズが1.5kbの弱いバンドも検出されたが、これも、NGF処理を続けるにつれて豊富に増加した。PTP 20 mRNAの発現パターンは、PTP20が、NGFで誘導されたPC12分化の際にある役割を果たしているかもしれないことを示唆した。 BDP1− 発現は、ATCCで入手可能な正常ヒト組織および腫瘍細胞株両方で評価された( 正常：脳、胎児肝、膵臓、胃、腎臓、脾臓、肝臓、結腸、胎盤、心臓、Calu6、M EGO1、TF-1、K562、Caki-1、Sw620、RF-1、KatoIII、MDA-MB-231,Mel Gerlach、神経線維腫)。プローブは、完全長BDP1の2kb EcoRI/BamHIフラグメントであった。正常組織では発現が検出されなかった。発現は、Caki-1(腎臓)、Sw620(結腸) 、MDA-MB-231(乳房)、Calu6（肺）およびMel Gerlach（黒色腫）などの上皮細胞株で高かった。基底量の発現は、MEGO1およびTF-1(造血系)、K562（CML）並びに RF-1およびKatoIII（胃）で検出された。この発現パターンは、ある種の癌におけるBDP1の役割を示唆している。 PCP-2− PCRフラグメントの一つ（H44，実施例１を参照されたい）を用いて、各種ヒト組織のブロットをプローブした。PCP-2は、脳および骨格筋において高度に、そして膵臓において若干発現された。子宮では僅かに発現されたが、結腸、腎臓、肝臓、胎盤、脾臓および胃においては発現されなかった。実施例３：組換えPTPの発現 PTP20− PTP20のインサートを、EcoRI消化で切取り、そして同制限酵素で消化された発現ベクターpcDNA3（Invitrogen）中に組入れた。プラスミド中のインサートの方向は、制限地図を作成することによって確認された。Rat-1細胞を、リポフェクチン（GIBCO BRL）を用いることによってプラスミド（2mg/1×10⁶細胞）でトランスフェクションした。48時間の培養後、細胞をPBSで洗浄した後、溶解緩衝液［150mM NaCl，1mM EDTA，10％(v/v)グリセロール，1%（v/v）Triton X-100，1m Mフッ化フェニルメチルスルホニル，1mMオルトバナジン酸ナトリウム，10mg/ml アプロチニンを含有する50mM HEPES，pH7.5］で溶解させた。細胞溶解産物のタンパク質濃度は、ウシ血清アルブミンを標準として用いるタンパク質検定キット（Bio-Rad）で測定された。当量のタンパク質を、ウェスタンブロット分析およびホスファターゼ活性検定に用いた。 229位のシステインのセリンへの変更を含有するPTP20突然変異体を、オリゴヌクレオチドプライマー、CTCTGTGTCCACAGCAGTGCTGGCTGT（Kunkel，PNAS 82:488， 1985）を用いて生じさせた。その突然変異は、DNA塩基配列決定によって確認された。ウェスタンブロット分析のために、細胞を最初に溶解緩衝液中に溶解させた。 PTP20発現を評価するために、細胞溶解産物中の当量のタンパク質を10％SDS-PAG Eによって分離し、そして電気泳動によってニトロセルロース膜に移した。それら膜を、最初にウサギ抗PTP-PEST抗体と一緒にインキュベートした後、ペルオキシダーゼ結合ヤギ抗ウサギ第二抗体（BioRad）を加え、続いて増感された化学発光（ECL）基質（Amersham）反応を行った。基質反応は、Ｘ線フィルム（Amersham ）上で検出された。抗PTP-PEST抗体は、GST融合タンパク質として発現されたヒトPTP-PESTのＣ末端の56アミノ酸に対して生じた(Takekawaら，1992,Biochem.Bi ophys.Res.Commun.189:1223-1230)。 BDP1− 真核生物細胞中でのBDP1の発現のために、我々は、PCP-2の場合と同様に(下記を参照されたい)、サイトメガロウイルスプロモーター（pRK5RS）に基づくBDP1 cDNA発現ベクターを構築した。２μｇのBDP1発現ベクターを、僅かに変更された ChenおよびOkayama（Mol Cell Bio 7:2745,1987）の方法によって、ヒト腎胚293 細胞（ATCCCRL 1573）中にトランスフェクションさせた。293細胞は、10％ウシ胎児血清（FCS）含有DMEM中において5％CO₂で維持された。細胞4×10⁵個／3.5cm 皿を1.5日間成長させた。それら細胞をトランスフェクションのために3％CO₂まで移動させ、そして細胞培地に対してDNAを加えた後、17時間培養した。培地を、10％FCSを含有する新しい通常のDMEMと交換し、そして一晩培養した。 BDP1の組換え体発現は、抗PTP PEST抗体を用いる免疫沈降によっておよびウェスタンブロットによって評価された。PTPアーゼBDP1のＣ末端は、PTPアーゼ-PES Tの同一部位と相同である。細胞溶解産物を調製するために、培養細胞を、50mM HEPES、pH7.5、150mM NaCl、1.5mM MgCl₂、1mM EGTA、1％Triton X-100、10Mm P MSFおよび１μｇ/mlアプロチニン中に可溶化させ、そして13,000rpmでのミクロ遠心分離後にそれらの透明上澄みを集めた。免疫沈降は、³⁵S-Met標識細胞溶解産物と、GST抗体のPTPアーゼ-PEST融合タンパク質の抗Ｃ末端部分との１時間のインキュベーションを行うことを含む。プロテインA−セファロースを加えそしてタンブリングによって１時間混合した。プロテインA−セファロースビーズを回収し、そして150mM NaCl、0.1％Triton X-100、10％グリセロール、0.2mMオルトバナジン酸ナトリウムおよび10mMピロリン酸ナトリウムを含有する20mM Hepes 緩衝液、pH7.5の1mlで３回洗浄した。洗浄されたビーズをSDS-試料緩衝液中に溶解させ、放出されたタンパク質に10％SDS-PAGEを施し、そしてオートラジオグラフィーを行った。ウェスタンブロットハイブリダイゼーションのために、BDP1のトランスフェクションを含むおよび含まない細胞溶解産物10μｌを、SDS-ポリアクリルアミドゲル上で電気泳動させ、ニトロセルロースフィルター上にブロッティングし、抗体とハイブリッド形成させ、そしてECL（Amersham）で表示した。抗src抗体および PTPアーゼ−PESTの抗Ｃ末端抗体を、同ブロットからのsrcおよびBDP1バンドを見るために、ハイブリッド形成用の同溶液中で用いた。両実験とも、10％SDS-PAGE 上で50KDaのBDP1 PTPアーゼを示した。 PCP-2− N末端（クローンH13）およびC末端（クローンH44）フラグメントを含有した２種類のcDNAクローンを用いて、完全長PCP-2 cDNAを組立てた。クローンH44をBam HIおよびHindIIIで消化し、そして修飾ポリリンカーを用いてサイトメガロウイルス（CMV）プロモーターを基礎とする発現ベクターpRK5RS中にクローン化して、プラスミド16/RSを生じた。次に、クローンH13のN末端部分を、16/RSの対応するSacI部位中に適当な配向でクローン化して、完全長PCP-2 cDNAを含有するがpR K5RSのpPML CMV領域を含まない構築物PCP-2/Flを生じた。次に、PCP-2 cDNAをP CP-2/F1から放出させ、そしてXbaIおよびHindIII部位間でpRK5RS発現ベクター中に再クローン化した。ヒト胚腎線維芽細胞293細胞（ATCC CRL 1573）を、当該技術分野において記載された方法（Eaton,ら，Biochemistry 25:8345,1986；Lamme rs,ら，J.Biol.Chem.268:22456,1993）を用いてCsCl精製プラスミドDNA PCP-2/p RK5RSでトランスフェクションした。ウェスタンブロット分析を行って、PCP-2の組換え体発現を確認した。トランスフェクションから12〜15時間後、細胞をリン酸緩衝溶液中で洗浄し、そしてTr iton X-100溶解緩衝液（50mM HEPES;pH7.5，150mM NaCl，1.5mM MgCl₂,1mM EGTA ，10％グリセロール，1％Triton X-100，200μｇ/mlのフッ化フェニルメチルスルホニル，100mM NaF，10μｇ/mlのアプロチニン10μg/mlのロイペプチンおよび 1mMオルトバナジン酸ナトリウム）中において4℃で溶解させた。PCP-2でトランスフェクションされた細胞および対照プラスミドでトランスフェクシヨンされた細胞からの細胞溶解産物を、7％ポリアクリルアミドゲル上で分離し、ニトロセルロースに移し、そして抗PCP-2／H44-5抗体でプローブした(下記を参照されたい)。160kDaの計算寸法を越えた見掛のMr 180kDaのタンパク質は、トランスフェクションされた細胞中で認められた。このバンドは、中空（empty）発現ベクターでトランスフェクションされた細胞では検出されなかった。180kDaバンドの検出は、GST融合タンパク質/H44-5とのプレインキュベーションによって阻止された(下記を参照されたい)。トランスフェクションされた293細胞中で得られたタンパク質産物がＮ結合炭水化物を含むかどうかを確認するために、我々は、SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動およびイムノブロッティグの前に、試料をエンドＦで処理した。PCP cD NAおよび対照プラスミドでトランスフェクションされた細胞培養物を、1％ドデシル硫酸ナトリウム（SDS）含有溶解緩衝液中において100％Cで５分間加熱することによって採集した。全溶解産物をボルテックスさせた後、0.25UのエンドグリコシダーゼF/N-グリコシダーゼF(Boehringer Mannheim)、40mMリン酸カリウム (pH7.0)、20mM EDTA、1％N-オクチルグリコシド、0.1％SDSおよび1％β−メルカプトエタノールの存在下において37％Cで一晩インキュベートした。全溶解産物を7％SDS-ポリアクリルアミドゲル上に直接載せ、そして抗血清PCP-2/H44-5でブロッティングした。グリコシダーゼ処理後、180kDaタンパク質の移動度は160kDa に減少し、その寸法は計算分子量に対合した。実施例４：特異的抗体の生産 PCP-2特異的免疫試薬は、融合発現ベクターpGEX 2T（Pharmacia）中にサブクローン化することによってGST融合タンパク質として発現されたPCP-2のアミノ酸部分である細菌によって発現されたＣ末端の169アミノ酸（残基1070〜1239）でウサギを免疫感作することによって生じた。融合タンパク質は、記載のように精製された(Smith,ら，Gene,67:31-40,1988)。多クローン性抗血清は、ウサギを２週間間隔で繰返し免疫感作することによって生じた。アフィニティー精製抗体は、グルタチオンーセファロース上に固定されたPCP-2-GST融合タンパク質に対して血清IgGを結合させそして低pHおよび高塩で溶離することによって得られた。実施例５：PTP活性の検定 − ホスファターゼ活性を、本発明のPTPそれぞれについて合成基質p−ニトロフェニルリン酸（pNPP）を用いて測定した。簡単にいうと、精製タンパク質を、25 mM MES(2-［N-モルホリノ］エタンスルホン酸)、pH5.5、1.6mM DTT、基質として 10mM p−ニトロフェニルリン酸および細胞溶解産物のタンパク質50mgを含有する溶液中において37℃で30分間インキュベートした。（PCP-2の場合、25mMHEPES[p H7.2］をMESの代わりに用いた。）その反応を、100mlの1N NaOHの添加によって停止させ、そして吸光度を405nmで測定した。 PTP20− Rat-1線維芽細胞を、PTP20かまたはPTP20のCys-Ser突然変異体をコードしている哺乳動物発現構築物で一時的にトランスフェクションした。（実施例３を参照されたい）細胞溶解産物を調製し、そしてタンパク質濃度を測定した。野生型および触媒によって不活性な突然変異体両方のPTP20の発現レベルは、抗PTP-PEST 抗体を用いるウェスタンブロッティングによって確認された。非特異的タンパク質との交差反応性は、対照反応におけるシグナルの欠損によって証明された通り、検出されなかった(wtRat-1細胞)。ほぼ当量の発現されたタンパク質が検出された。検出されたタンパク質の寸法は、PTP20の予想分子量と一致する50kDであった。タンパク質チロシンホスファターゼ活性について、トランスフェクションされたRat-1細胞溶解産物からの当量のタンパク質を、基質としてp-NPPを用いて調べた。トランスフェクションされた細胞からの溶解産物は、対照細胞からのものより約2.5倍高いPTP活性を示したが、触媒によって不活性なPTP20突然変異体をコードしている構築物でトランスフェクションされた細胞からの溶解産物中では、基礎レベルのPTPアーゼ活性だけが検出された。これらの結果は、完全長PTP 20 cDNAが機能的に活性なPTPをコードしていることを示す。 BDP1− 組換え体BDP1で単離されトランスフェクションされた293細胞のpNPPに対するP TPアーゼ活性を、上記のように調べた。pNPPのBDP1ホスホエステラーゼ活性は、他のPTPアーゼの場合とほぼ同様、アルカリ性pHより酸性pHで高かった。 BDP1の機能を明らかにするために、本発明者は、キメラTksと一緒の293細胞中への同時トランスフェクションによって数種類の受容体媒介自己リン酸化に対するBDP1の脱リン酸化活性を研究した(src，EGF(HER)、PDGF(EP)、インスリン（EIR）およびKit(EK))。細胞外EGF受容体を有するキメラ受容体分子は、実験的にそして定量的に実用的であり、しかも全ての受容体自己リン酸化の活性化が同じ濃度のEGF（100ng/ml）によって引き起こされることを可能にするので、このようなものを用いた。8％SDS-PAGE上でタンパク質を分離しそしてニトロセルロースフィルター上にブロッティングした後、キメラ受容体分子を含有するフィルターの上部およびBDP1タンパク質を含有する下部をそれぞれ、PTPアーゼ−PES Tに対する抗ホスホチロシン抗体および多クローン性抗体とハイブリッド形成させて、BDP1発現を確認した。BDP1は、HER-、EP-およびEK-自己リン酸化に対して活発に作用しそしてEIRに対して部分的に作用した。 BDP1 PTPアーゼは、src自体および他の細胞内タンパク質のチロシン残基に対して脱リン酸化活性を示した。srcだけの細胞中へのトランスフェクションは、s rcを含めた多数のタンパク質において高率のチロシンリン酸化を引き起こす。sr cおよびBDP1の同時トランスフェクションで、発現されたBDP1は、srcも他のタンパク質も脱リン酸化しうる。BDP1は、srcタンパク質のチロシン残基上のホスホリル基を全て除去できないと考えられる。BDP1の発現レベルは増加したが、src に対する残りのリン酸化レベルは変化しなかった。これは、srcタンパク質上の若干の自己リン酸化チロシン残基がBDP1の作用に対して耐性であることを意味する。 PTPアーゼBDP1が293細胞中で過発現されたとしても、受容体上の若干のホスホリル基はBDP1に対する作用に耐えうる。その結果は、BDP1 PTPアーゼは、それ自体を維持するハウスキーピングの役割を果たしうるし、しかも細胞内基質に対する酵素的特異性も有しうるということを示唆している。 PCP-2− PCP-2は、一時的にトランスフェクションされた293細胞からコムギ胚芽凝集素（WGA，Sigma）を用いて単離され、そしてその活性を上記のようにpNPPに対して測定した。PCP-2でトランスフェクションされた293細胞は、対照プラストミでトランスフェクションされた細胞より2.5倍高いpNPPホスファターゼ活性を示した。対照およびPCP-2でトランスフェクションされた細胞のPTP活性は両方とも、過バナジン酸塩（既知のPTP阻害剤）処理後に減少した。実施例６：PTP20の生物学的活性細胞分化におけるPTP20の機能を更に明らかにするために、PC12細胞をPTP20 cDNA哺乳動物発現構築物（以下）で安定してトランスフェクションさせた。トランスフェクションされた細胞を、10％熱失活ウマ血清（HS）およびウシ胎児血清（FCS）を補足された高グルコース（4.5g/リットル）含有ダルベッコ修飾イーグル培地（MDED）中で培養した。細胞5×10⁵個／60mm皿を、成長培地4ml中で一晩中インキュベートした。翌日、その皿を血清不含培地で１回洗浄した後、リポフェクチン（5ml）-DNA（2mg）混合物と一緒に６時間インキュベートした。48時間後、500mg/mlのG418（GIBCO BRL）含有成長培地中で選択を開始した。５週間の選択後、分離したコロニーをサブクローン化しそして増殖させた。親PC12細胞において、内因性PTP20タンパク質は、抗体を用いる検出未満であった。ウェスタンブロットによって高レベルのPTP20発現を示した３種類の独立したクローンは、親PC12細胞と形態学的に似ていることが分かった。しかしながら、NGF処理（50ng/ml）後、３種類のクローン全部が促進されたニューライト増殖を示し、20〜40％の細胞は２細胞体長さを越えるニューライトを１日目に発現し、そして70％を越える細胞はこのようなニューライトを３日目に発現した。対照的に、親PC12細胞は、２細胞体長さのニューライトを有する細胞を１日目に5 ％未満および３日目に47％示した。NGF処理後４日目には、70％を越える親PC12 細胞およびPTP-PC12細胞両方がニューライト増殖を発現したが、しかしながら、 PTP-PC12細胞のニューライト長さおよびニューライトの量は、親PC12細胞のものより長くそして多く見えた。更に、PTP-PC12細胞は、親PC12細胞の場合より低い濃度のNGFに対して反応した。これは、NGFに誘導された分化が、PTP20の発現によって促進されたことおよびPTP20がニューロンの成長および生存に重要な役割を果たしうることを示唆している。実施例７：PCP-2の生物学的活性免疫蛍光実験を用いて、細胞：細胞相互作用を調節する場合に考えられるPCP- ２の生物学的役割を調べた。SW850ヒト膵臓腺癌細胞（ATCC）を約50％密集まで成長させ、そしてリン酸緩衝溶液中2％パラホルムアルデヒドで固定した。非特異的抗体結合は、リン酸緩衝ゼラチン（PBG）で阻止された。一次抗体とのインキュベーションは、PBG中において精製多クローン性抗PCP-2抗体は1:100、単クローン性抗β−カテニンは1:200および単クローン性抗E-カドヘリン抗体は1:200 で希釈後に、室温で２時間行われた(Transduction Laboratories，レキシントン，KY)。一次抗体結合は、イソタイプ特異的二次抗体、FITC（DTAF）結合ロバ抗ウサギIgG（1:200）またはCy3結合ヤギ抗マウスIgG（1:300，Jackson Laborator ies，ウェトスグローブ，PA）を用いて検出された。二重標識実験のために、抗体修飾を引続き行った。対照は、50倍過剰の抗原と混合された抗PCP-2/H44-5抗体（GST融合タンパク質）と一緒にかまたは、種特異的非免疫血清と一緒に、またはそれ以外は同一条件において一次抗体を含むことなくインキュベートされた。カバーガラスは、口径1.3の40×油浸対物レンズを用いるLSM410レーザー走査顕微鏡（Carl Zeiss，オーバーコッヘン，FRG）でフルオレセインおよびローダミンに適当なフィルターブロックを用いて視検された。抗体結合の局在化を細胞形態と一緒に同時に可視化するために、グレースケール透過像（偽位相差）および二つの個々のレーザー共焦点像を、AVS（Advanced Visual Systems，ウォルサム，MA）でスーパーインポーズした。播種後、SW850細胞は、フォーカルクラスター中の隣接した細胞間の顕著な細胞間接着を有する半密集単層を速やかに形成した。抗PCP-2抗体結合は、大部分は、これら細胞内接着に沿って検出された。抗β−カテニンかまたは抗E-カドヘリン抗体を用いる二重標識実験において、細胞接着タンパク質と抗PCP-2との同時局在化は、細胞間接着で見られた。バックグラウント標識だけは、これら細胞の細胞質ゾルまたはゴルジ部分において、更には対照においても、抗原／抗体インキュベーション後、非免疫血清インキュベーション後、または一次抗体とのインキュベーション後に検出可能であった。実施例８：CLKの同定およびクローニング触媒サブドメインVI中の標示配列HRDLAARおよびサブドメインIX中のD(V/M)WS( Y/F)Gを用いて、縮重オリゴヌクレオチドを生成した。（Ciossekら，Oncogen e 11:2085,1995.）逆転写酵素PCR反応は、密集したまたは分化した（７日目）マウスC2C12筋芽細胞（Lechnerら，PNAS 93:4355,1996）から製造された2μｇの全 RNAを用いて行われた。（Ciossekら，Oncogene 11:2085,1995.）簡単にいうと、 2μｇのRNAは、1μＭ縮重アンチセンスプライマー、各250μＭのヌクレオチドおよび75単位のStratascript逆転写酵素（Stratagene）の存在下の全容量20μｌ中において42℃で30分間逆転写された。上の反応2μｌを、縮重したセンスおよびアンチセンスオリゴヌクレオチド(各１μＭ)、各25μＭのヌクレオチドおよび2. 5単位のTaqポリメラーゼ（Boehringer）を用いるPCR反応で用いた。94℃、50℃ および72℃でそれぞれ１分間の工程で30サイクルを行った。約25bpのフラグメントをゲル精製し、Bluescript中でクローン化し、そして配列決定した。 mCLK2、mCLK3およびmCLK4は、マウス胚11.5p.c．1ZAP cDNAライブラリー（Cio ssekら，上記）から、単離されたPCRフラグメントをプローブとして用いて製造者の指示にしたがってクローン化された（0.5×SSC/0.1％SDS中において42℃で最終洗浄）(Stratagene)。mCLK1は、逆転写酵素PCRによって1μｇの脳ポリ（A） +RNAから、特異的プライマーmCLK1s-Bam、CGGGATCCCTTCGCCTTGCAGCTTTGTCおよび mCLK1as-EcoRI、CGGAATTCCTAGACTGATACAGTCTGTAAG並びにPwoポリメラーゼ（Doeh ringer）を用いてクローン化された。最初のPCR反応から配列決定された約300フラグメントから、一つが新規であった。それは、CLKキナーゼ（Ben-Davidら，EMBO J.10:317,1991）またはSTY（How ellら，Mol.Cell.Biol.11:568,1991）としても知られる二重特異性キナーゼのLA MMER系列のメンバー（Yunら，Genes.Dev.8::1160,1994）と似ていて、そしてヒトcDNA hCLK2の一部分と高い相同性を共有した。このタンパク質および３種類の関連タンパク質の完全長クローンは、マウス胚cDNAライブラリーから記載のように得られた。同様のライブラリーを、mCLK1、2、3および４フラグメントの混合物を用いて低緊縮で再度スクリーニングして、この系列の更に新規なメンバーを単離した。逆転写酵素PCR反応は、脳、腎および肝ポリ（A）+RNAについて、DLKP ENおよびAMMERIモチーフをコードする縮重プライマーを用いて行われた。これらの研究は、他には遺伝子を同定しなかった。実施例９：CLKの発現分析 RNAを、正常な肝、精巣、肺、脳、腎および甲状腺並びにF9、P19(胎生期癌)、 TT-HD(卵巣奇形腫)、F-MEL(フレンドマウス赤白血病)、NF561（骨髄性白血病）およびWEHI-3B（骨髄性単球）細胞系を含めた凍結成体マウス組織または組織培養細胞から抽出した。（PuissantおよびHoudebine，Biotechniques 8:148,1990. ）次に、10μｇの全RNAを1.2％アガロースホルムアミドゲル（Sambrookら，1989 ,Cold Spring Harbour Laboratory Press）中で電気泳動させ、そしてHybond Ｎ膜（Amersham）に移した。ハイブリッド形成は、50％ホルムアミド、5×SSC(750 mM塩化ナトリウム，75mMクエン酸ナトリウム)、5×デンハート液(0.1％フィコール400，0.1％ポリビニルピロリドン，0.1％BSA)、0.2％SDSおよび100μｇ/mlサケ精子DNA中で一晩中行われた。³²P−ランダムプライムドDNAプローブ（Amersha m Megaprimeキット）1〜3×10⁶cpm/1mlを用い、続いて0.2×SSC/0.1％SDSで42℃ で洗浄した。ブロットを、Hyperfilm-MP（Amersham）と一緒に-80℃で２週間インキュベートした。膜は、再使用のために0.1％SDS／水中で沸騰させることによって剥された。発現パターンの違いは、CLK遺伝子について、特に精巣で見られた。低いmCLK1 発現レベルは、mCLK2、mCLK3およびmCLK4と比較したところ、精巣で見られた。しかしながら、mCLK3メッセージのほとんど全部が触媒活性スプライス型であったので、mCLK4は、主として、切断されたタンパク質をコードしているメッセージとして発現された。mCLK2も、この組織において高度に発現されたが、より多数の転写物としてであった。同様の多数の転写物は、予想のメッセージ寸法に対応していなかったが、mCLK1に類似しているスプライシングされていないまたは部分的にスプライシングされたメッセージであると考えられる全てのmCLK遺伝子について検出された。（Duncanら，J.Biol.Chem.270:21524,1995.）これらより多数のRNA種の比率は、コーディングmRNAと比較した場合、CLKキナーゼの中で異なった。 mCLK1キナーゼは、ある種の癌細胞系において過発現されたということが報告されたので(Ben-Davidら，EMBO J.10:317,1991)、研究は、mCLK1〜4まで広げられた。４種類の遺伝子のメッセージは、試験された全ての細胞系において検出されたが、時々極めて低量であるとしても、一つ一つの遺伝子それぞれについてそれら細胞系間の発現レベルの有意差は見られなかった。しかしながら、一層高レベルのと特定のmCLKメッセージが何等かの細胞で検出されたとしても、形質転換された細胞において、mCLK mRNAの全体の増加は検出されなかった。低い発現レベルはWEHIおよびNF561細胞系で検出され、それらメッセージの大部分は、切断された生成物をコードしているスプライス型であった。mCLK1〜4のmRNA発現レベルは、分化中のC2C12細胞系およびLi脂肪細胞において研究されたが、顕著な発現の変化は検出されなかった。実施例１０：組換え体CLKの発現 GST融合構築物は、完全長mCLK1、mCLK2、mCLK3およびmCLK4 cDNAをPCRによってpGEXベクター（Pharmacia）中にサブクローン化し、次のPCR用プライマー、すなわち、mCLK1s-Bam（上記の通り）;mCLK1as-NotＩ、TATAGCGGCCGCTAGACTGATACA GTCTGT；mCLK2s-SmaI、TCCCCCGGGATGCCCCATCCCCGAAGGTACCA；mCLK2as-NotI、TAT AGCGGCCGCTCACCGACTGATATCCCGACTGGAGTC；mCLK3s-SmaI、TCCCCCGGGGAGACGATGCAT CACTGTAAG；mCLK3as-NotI、TATAGCGGCCGCGCTGGCCTGCACCTGTCATCTGCTGGG；mCLK4s -EcoRI、CGGAATTCATGCGGCATTCCAAACGAACTC、mCLK4as-NotI、TATAGCGGCCGCCCTGAC TCCCACTCATTTCCTTTTTAAを用いてグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（GST）融合構築物をインフレーム生成することによって生成された。次に、融合構築物をコードしているそれらcDNAを、GST上流プライマー、すなわち、GST-EcoRI、CGGA ATTCCGCCACCATGGCCCCTATACTAGGTTAT（mCLK1のために）およびGST-HindIII、GCCA AGCTTGCCACCATGGCCCCTATACTAGGTTAT（mCLK2、mCLK3およびmCLK4のために）を用いるPCRによってｐcDNA3中に再度クローン化した。それらクローンの完全さは、配列決定によって、およびT7 RNAポリメラーゼおよびウサギ網状赤血球溶解産物を製造者のプロトコール（Promega）にしたがって用いる転写−翻訳共役検定によって調べられた。 190位(mCLK1)、192位(mCLK2)、186位（mCLK3）および189位（mCLK4）のリシン（K）のアルギニン（R）への置換を含有するmCLK1〜4突然変異体を、部位特異的突然変異誘発プロトコールを用いて生じさせた。（Kunkel，PNAS 82:488-,198 5.）オリゴヌクレオチドプライマーは、次の通りであった。(mCLK1-K190R)GTAGC AGTAAGAATAGTTAAA；(mCLK2-K192R)GTTGCCCTGAGGATCATTAAGAAT；(mCLK3-K186R)GT TGCCCTGAGGATCATCCGGAAT；(mCLK4-K189R)TACAATTCTCACTGCTACATGTAAGCCATC。ヒト293細胞は、10％ウシ胎児血清を補足したダルベッコ修飾イーグル培地中で維持された。細胞3×10⁵個／6cm皿を播種し、そして24時間後に、CehnおよびO kayama（Mol.Cell.Biol.7:2745,1987）のカルシウム沈降法を用いて0.25〜1μｇのDNAでトランスフェクションさせた(各0.5μｇの上記プラスミドの同時トランスフェクション)。これら細胞を下記の活性検定において用いた。実施例１１：CLK特異的抗体の生産特異的多クローン性抗体を、標準的なプロトコールを用い、スカシガイのヘモシアニンに対して融合した各CLKのC末端アミノ酸を用いて、それぞれのCLKタンパク質に対して生じさせた。実施例１２：CLKの活性の検定グルタチオンS−トランスフェラーゼ(GST)mCLK1〜4融合構築物を生じさせて、これらタンパク質キナーゼの触媒活性を調べた。これらタンパク質キナーゼを、ｐcDNAからクローン化しそしてin vitroで発現させた。発現レベルはほぼ一致し、そして予想の分子量の完全長タンパク質が得られた。上の実施例１０で記載された一時的にトランスフェクションされた293細胞を播種し、そして記載のように成長させた。16時間後、培地を交換し、そして細胞を溶解する前に更に6〜48時間インキュベートした(50μＭオルトバナジン酸ナトリウムと一緒にまたは不含で)。細胞を氷上において、200μｌのHNTG緩衝液（50 0mM HEPES，pH7.5，150mM NaCl，1％Triton X-100，10％グリセロール，1mM EDT A，10mMフッ化ナトリウム，5mM β−グリセロールリン酸，1mMフッ化フェニルメチルスルホニル，1μｇ/mlアプロチニン）中で30分間溶解させた。それら細胞溶解産物を4℃で10分間遠心分離し、そしてその上澄みに対して等量の2×SDS試料緩衝液を加えた。400μｌの1×SDS試料緩衝液を加え、それら試料を５分間沸騰させ、そして20μｌを10％SDS-PAGEゲル上で実験した。電気泳動後、それらタンパク質をニトロセルロース膜に移し、そしてCLKタンパク質に特異的な抗体(上記実施例１１を参照されたい)、更には、抗ホスホチロシン抗体（4G10，Santa C ruz Biotech）を用いてイムノブロッティングを行った。CLK1〜4を、Triton X-1 00に可溶性の部分と不溶性の部分とに分配した。触媒活性キナーゼは、（自己リン酸化によって）チロシンがリン酸化されたが（4G10の結合によって確認される )、触媒不活性な突然変異体はされなかった。これらの結果は、各CLKが触媒活性であることを示唆する。生物学的に適切な基質でありうるSRタンパク質をリン酸化するCLKタンパク質の能力も評価した。³⁵S-メチオニン標識GST-mCLK1〜4融合タンパク質を、製造者の指示（Promega）を用いて50μｌのin vitro転写／翻訳反応において製造した。各2μｌの反応を調べ、そして生産されたタンパク質の量をSDS-PAGEおよびオートラジオグラフィーによって定量した。等量（通常、20〜30μｌの溶解産物）を500μｌのPBS(1mM PMSF，100μｇ/mlアプロチニン)、30μｌのGSH-セファロースビーズ（Pharmacia）に対して加え、そして回転輪上において4℃で２時間インキュベートした。次に、ビーズを500μｌのPBSで３回および500μｌのキナーゼ検定緩衝液（20mM Hepes，10mM MgCl₂，1mM DTT，200μＭオルトバナジン酸ナトリウム，1mM EGTA，pH7.5）中で１回洗浄した。検定は、20μＭ ATP、4μCi γ-³² P-ATP（Amersham，10mCi/ml）および約2.5μｇの脱リン酸化SRタンパク質（下記のように製造された）を含む30μｌのキナーゼ検定緩衝液中において室温で30 分間行われた。反応は、30μｌの2×SDS試料緩衝液を加えることによって停止した。それら試料を５分間沸騰させ、そして15μｌを15％SDS-PAGEゲル上に載せた。電気泳動後、それらゲルを染色し、乾燥させ、そしてHyperfilm-MP（Amersham ）に対して24時間暴露した。³⁵S−メチオニンシグナルは、フィルムとゲルとの間に置かれた3Mワットマン紙で抑制された。 mCLKキナーゼはいずれも、SRp20、SRp30aを、そしてより少ない程度にSRp40およびSRp55をリン酸化することができた。SRp20およびSRp30に相対して低いシグナルのSRp40およびSRp55は、これらタンパク質のより少ない量を反映していると考えられた。SRp75は、自己リン酸化されたmCLKタンパク質が同じ位置に泳動したので、これら実験においては可視化されなかった。mCLK1およびmCLK4 は、SRp30bよりも強くSRp30a（上方バンド）をリン酸化したが、mCLK2およびmCL K3は、両方をほぼ等しい効率でリン酸化した。触媒活性の顕著な差は、それぞれの検定のタンパク質が等量にもかかわらず、mCLK1およびmCLK4間対mCLK2およびm CLK3間で可視化された。 SRタンパク質を、記載されたプロトコール（Zahlerら，Genes Dev 6:837,1992 ）にしたがって5×10⁹のフレンドマウス赤白血病細胞（F-MEL）かから精製し、そして緩衝液中に再懸濁させた(D.Dignamら，Nuleic Acids Res.11:1475,1 1983 )。SRタンパク質（C0.5μｇ/μｌ）30μｌを氷上において0.7mM MnCl₂および5mU タンパク質ホスファターゼ１γ−触媒サブユニット（Boehringer）中で10分間、続いて30℃で60分間インキュベートした。(Mermoudら，EMBO J.13:5679,1994.) 脱リン酸化されたSRタンパク質5μｌを検定ごとに用いた。実施例１３：SIRPの同定およびクローニング材料および方法 − MM5/C1、Rat1-IR、A431またはヒト線維芽細胞の細胞を、密集するまで成長させ、血清不含培地中で１８時間飢餓状態にし、そして未処理のままにするかまたは、P0V-(1mMオルトバナジン酸ナトリウム，3mM H₂O₂)、インスリン−(100nM)、 EGF-（1nM）またはPDGF-（100pM）で種々の時間間隔で処理した。SIRP4、SHP-2 （Vogel,ら，Science 259:1611,1994）またはSHP-2C463A突然変異体（Stein-Ger lach,ら，J.Biol.Chem.270:24635,1995）のcDNAを、カルシウム沈降法（Chen,ら，Mol.Cell.Biol.7:2745,1987）を用いて、BHK-IR、BHK-EGFRまたはBHK-PDGFRの細胞中に一時的に同時トランスフェクションさせた。刺激後、それら細胞を、50 mM HEPES、pH7.5、150mM NaCｌ、1％Triton X-100、10％グリセロール、1mM PO V、1mM EDTA、1mM PMSF、1mg/mlロイペプチン、1mg/mlアプロチニンを含有する緩衝液中で溶解させた。 SHP-2免疫沈降法は、多クローン性抗SHP-2抗体（Vogel,ら，Science 259:1611 ,1994）を用いて行われた。ウェスタンブロットは、単クローン性抗ホスホチロシン抗体5E2（Fendly,ら，Cancer Res.50:1550,1990）で標識され、そしてストリッピング後、単クローン性抗SHP-2抗体（Transduction Laboratories）で再度プローブされた。免疫標識のために、ヤギ抗マウスまたは−ウサギホースラディッシュペルオキシダーゼ結合体（Bio-Rad）およびECL検出システム（Amersham）を用いた。 in vitro脱グリコシル化を行うために、SHP-2免疫複合体または110kDaタンパク質標品を、最初に、１％SDSの存在下において100℃で５分間変性させた。脱グリコシル化は、20mM EDTA、1％ β−メルカプトエタノール、1％Triton X-100 および0.5単位のエンドグリコシダーゼF/N-グリコシダーゼF（Boehringer Mannh eim）を含有するリン酸カリウム緩衝液（40mM，pH7.0）中において37℃で166時間行われた。精製SHP2結合タンパク質を得るために、約10¹⁰個のRat1-IR細胞を用いて、110 kDaタンパク質を精製した。飢餓状態のRat1-IR細胞を10分間インスリンで刺激し (100nM)、20mM HEPES、pH7.5、1mM POV、1mM EDTA、1mM PMSF、1mg/mlロイペプチン、1mg/mlアプロチニンを含有する氷冷低張緩衝液で簡単に洗浄し、同緩衝液中に掻取り、そして均一化した。細胞抽出液を1000rpmで15分間ペレットにし、そして上澄みを48.000gで１時間回転させた。膜は、上記のように溶解緩衝液中に可溶化された。hIRは、プロテインA−セファロースビーズ（Pharmacia）に対して共有結合した単クローン性抗hIR抗体83-14(Redemannら，Mol.Cell.Biol.12: 491,1992)を用いるアフィニティーカラムを用いて膜抽出物から減少した。減少させた抽出物をWGA-アガロース6MBカラム（Sigma）上に加え、そして糖タンパク質を、HNTG（20mM HEPES（pH7.5），150mM NaCl，0.1％Triton X-100，10％グリセロール，1mM POV）中0.3M N-アセチルグルコサミンで溶離した。濃縮後、タンパク質抽出物を抗ホスホチロシン抗体カラム（Sigma）上に加えた。結合したタンパク質を、HNTG中20mMホスホチロシンで溶離した。その溶離液にSDS-PAGEを施し、タンパク質をPVDF膜（Millipore）に移し、そしてクーマシーブルーで染色した。結果 − 抗ホスホチロシン抗体および抗SHP-2抗体を用いる哺乳動物細胞のウェスタンブロットを用いて、チロシンリン酸化SHP-2結合タンパク質を同定した。飢餓状態のまたはPOVで処理されたマウスMM5/Cl乳癌、ラット線維芽細胞Rat1-IRまたはヒト表皮癌A431の細胞からの抗SHP-2免疫沈降物を含有するウェスタンブロットを、抗ホスホチロシン抗体および抗SHP-2抗体と一緒にインキュベートした。試料を、エンドグリコシダーゼF/N-グリコシダーゼF（エンドF/F）を用いて脱グリコシル化しまたは用いることなく処理した。対照として、インスリンで刺激されたRat1-IR細胞溶解産物を、免疫前ウサギ血清（aNS）で免疫沈降させた。それぞれの精製工程からの試料（すなわち、可溶化された粗製膜抽出物、hIR 減少抽出物、WGA-アガロースビーズからの濃縮溶離液および抗ホスホチロシン抗体カラムからの溶離液）を、10％SDS-PAGEによって分析し、そして銀染色によっておよび単クローン性抗ホスホチロシン抗体を用いるウェスタンブロットで可視化した。主なチロシンリン酸化タンパク質は、過バナジン酸塩（POV）および成長因子で刺激された細胞両方からの抗SHP-2免疫沈降物の分析で示された。このリンタンパク質は、マウス乳房腫瘍（MM5/Cl）細胞、ヒトインスリン受容体を過発現したRat1細胞（Rat1-IR）およびヒト類表皮癌（A431）細胞においてそれぞれ、120 kDa、110kDaおよび90kDaの位置に泳動した。 in vitro脱グリコシル化で、この糖タンパク質は、いずれの場合にも65kDaの見掛分子量（MW）まで減少した。これは、65kDaの同様のSHP-2結合タンパク質が、種特異的様式で示差的にグリコシル化されたことを示した。A431などの若干の細胞系において、90〜120kDaの範囲内の他のチロシンリン酸化タンパク質は、脱グリコシル化処理によって影響されないまま残った。これらタンパク質は、Gab1 および／またはキイロショウジョウバエ（Drosophila）DOSタンパク質のヒト同族体でありうる。インスリン処理されたRat1-IRは、標準的なクロマトグラフィー法を用いて、1 10kDaのSHP-2結合糖タンパク質を精製するのに用いられた。SHP-2と一緒に同時精製された糖タンパク質約4mgを得、そしてミクロシークエンス分析を行った。これは、５種類のペプチド配列、すなわち、PIYSFIGGEHFPR、IVEPDTEIK、YGFSPR 、IKEVAHVNLEVR、VAAGDSATを生成した。計算機に助けられたＥＳＴデータベースの探索は、対合および相同配列をそれぞれ含有する305bpラット配列（受託番号：H31804）および次の2kbのヒトcDNAフラグメント（EMBLデータバンク，受託番号： U6701）の同定をもたらした。この配列のちょうど5'部分に隣接した特異的プライマーを用いて、ヒト胎盤cD NAライブラリーをスクリーニングするのに用いられた360bpヒトDNAフラグメントを増幅させた。いくつかの陽性のクローンを単離した。2.4kbの一つのクローンは、57,000の計算質量を有するSIRP4（シグナル調節タンパク質４（SIgnal Regulating Prote in）の代わりに）と称される503アミノ酸のポリペプチドをコードしていた。推論された配列は、SIRP4を、３種類のIg様ドメインと、４個の可能なチロシンリン酸化部位および１個のプロリンの多い領域を含有する細胞質部分を含む膜貫通タンパク質として確認する。次のcDNAクローンSIRP1も確認されている。このタンパク質は、Ig様ドメインの範囲内でSIRP4と極めて相同（Ig-1:83％；Ig-2:88％；Ig-3:83％）であるが、アミノ末端でおよび、膜貫通様部分をなお含有するが細胞質Ｃ末端部分を欠いているより短い部分を生じる膜貫通ドメインの上流で顕著な配列ダイバージェンスを示す。 SIRP4およびSIRP1は、新規タンパク質系列のメンバーである。このタンパク質系列は、15種類のcDNAと最初のIg様ドメインの範囲内のゲノム配列との比較によって証明されるように、種々の異なった配列イソ型を有する。SIRP系列には、細胞質SHP-2結合ドメインの存在または不存在によって区別される二つの主要なクラスが存在する。実施例１４：SIRP特異的抗体の生産多クローン性抗SIRP抗体は、SRIP4アミノ酸配列のフラグメント（aa33〜139）を含有するまたはSIRP4のＣ末端部分（アミノ酸336〜503）を含有するGST融合タンパク質でウサギを免疫感作することによって生じた。実施例１５：SIRPの組換え体発現 SIRP4を安定して発現する293細胞（293/SIRP4）を得るために、カルシウム沈降法を用いて、細胞をpLXSN（Miller,ら，Biotechniques 7:980,1989）中のSIRP 4 cDNAでトランスフェクシヨンした後、G418（1mg/ml）で選択した。SIRP4を、不活発なまたはPOVで刺激された（1mM）293/SIRP4細胞から、多クローン性抗SIR P4抗体（以下、実施例１４を参照されたい）を用いて免疫沈降させた。次に、異なったSH2ドメイン含有タンパク質を発現した［³⁵S］−メチオニン標識293細胞の粗製溶解産物をアフィニティーマトリックスに対して加え、そして4℃で２時間インキュベートした。免疫複合体を洗浄し、SDS-PAGEで分離し、そしてオートラジオグラフィーで分析した。 pLXSN、野生型SIRP4および突然変異SIRP4の構築物を発現するレトロウイルスを生産するために、BOSC23細胞を、記載されたように（Pear,ら，Proc.Natl.Aca d.Sci.90:8392,1993）発現プラスミドによって一時的にトランスフェクションした。野生型SIRP4、SIRP4-4YまたはSIRP4-DCT突然変異体を安定して発現するNIH3 T3細胞を得るために、一部密集したNIH3T3細胞（細胞10¹⁰個／6cm皿）を、トランスフェクションされたBOSC23細胞の上澄みと一緒に、ポリブレン（Polybrene ）（4mg/ml）の存在下で４時間インキュベートした後、G418（1mg/ml）で選択した。フォーカス形成検定を行うために、細胞系3T3/pLXSN、3T3/SIRP4、3T3/SIRP4- 4Yまたは3T3/SIRP4-DCTを、等量のv-fms-ウイルス上澄み（細胞10⁵個／6cm皿）を用いて４時間重感染させた。細胞を、4％FCS中で２日目ごとに培地交換しながら14日間培養した。細胞フォーカスは、クリスタルバイオレット（0.1％クリスタルバイオレット，30％メタノール）で染色された。 SIRP4のSHP-2結合タンパク質および基質としての同定は、BHK細胞中でのSIRP4 cDNAの単独かまたはSHP-2若しくは酵素不活性な突然変異体SHP-2C463Aとの組合わせでの発現によって確認された。BHK細胞は、ヒトEGF-、インスリン−またはP DGF受容体を安定して発現する。抗SIRP4免疫沈降は、SHP-2に関係したリガンド刺激で、85〜90kDaのチロシンリン酸化タンパク質を示した。結果は、SHP-2突然変異体SHP-2C463Aの発現が、（飢餓状態の細胞においても）そのホスホチロシン含量の有意の増加をもたらし、wtSHP-2の同時発現は脱リン酸化を引き起こしたので、SIRP4はSHP-2の直接の基質であることを示唆した。過発現されたSIRP4のMWは、A431細胞からのSHP-2免疫沈降物で検出された内因性タンパク質のものに匹敵する。実施例１６：SIRPの内因性発現内因性SIRP4様タンパク質は、未処理のまたはEGFで剌激されたA431細胞から、不活発なまたはPDGFで処理されたヒト線維芽細胞から、または飢餓状態のまたはインスリンで剌激されたHBL-100細胞から免疫沈降した。対照として、リガンドで剌激された細胞溶解産物を、免疫前ウサギ血清（aNS）で免疫沈降させた。イムノブロットは、単クローン性抗ホスホチロシン抗体および単クローン性抗SHP- 2抗体でプローブされた。多クローン性抗SIRP抗体は、A431、HBL-100腫瘍細胞およびヒト線維芽細胞から85〜90kDaの見掛MWのタンパク質を免疫沈降する。このタンパク質は、EGF、インスリンまたはPDGFの刺激でそれぞれチロシンリン酸化され、そしてリガンド依存様式でSHP-2と共沈降した。これらデータは、SIRP4が、インスリン、EGFおよびPDGFの受容体の基質として役立ち、そのチロシンリン酸化状態でSHP-2を結合し、そしてSHP-2のホスファターゼ活性の基質として役立っているいくつかのヒト細胞系におけるSIRP4の存在を示す。SHP-2とSIRP4との相互作用は、ホスホチロシン残基の必要条件およびSH P-2 SH2ドメイン中の臨界的残基の突然変異による検出可能な結合の破棄によって示唆されたように、SHP-2の一方または両方のSH2ドメインを必要とすると考えられる。 in vitro結合検定は、SIRP4が他のSH2ドメイン含有タンパク質と相互作用できるかどうかを確認するために行われた。SIRP4結合［³⁵S］−メチオニン標識タンパク質をSDS-PAGE上で分割し、そしてオートラジオグラフィーで検出した。結果は、SIRP4が、SHP-1およびGrb2両方と結合するが、p85、Shc、Grb7、PLC-g、c-s rc、Nck、Vav、GAPまたはISGF-3と結合しないことを示す。実施例１７：細胞成長および形質転換に対するSIRP4の作用 SIRP4の生物学的機能を調べるために、NIH3T3細胞の３種類の安定したトランスフェクタントを構築して、野生型SIRP4または、推定上のSHP-2チロシン結合部位の点突然変異（SIRP4-4Y）かまたは大部分の細胞質部分の欠失（SIRP4-DCT ）を有するSIRP4突然変異体を発現させた（上の実施例を参照されたい）。中空ベクター(3T3/pLXSN)、野生型SIRP4(3T3/SIRP4)、SIRP4-4Y（3T3/SIRP4-4 Y）またはSIRP4-DCT（3T3/SIRP4-DCT、アミノ酸402〜503が欠失している）突然変異体を発現するNIH3T3細胞のリガンドで刺激された［³H］−チミジン組込み。細胞を24ウェル皿（Nunc）中で密集するまで成長させ、DMEM/0.5％FCS中で24時間飢餓状態にし、種々の濃度のインスリンまたはEGFで18時間刺激した後、0.5mC i／ウェルの［³H］−チミジンと一緒に４時間インキュベートした。DNA中への組込みは、記載のように確認された(Redemann,ら，Mol.Cell.Biol.12:491,1992)。インスリン、EGFおよびPDGFを用いる細胞の刺激で、対照細胞は、［³H］−チミジン組込みによって測定したところ、成長因子で誘導されたDNA合成を示した。SIRP4の過発現は、［³H］−チミジン組込みの減少をもたらした。対照的に、S IRP4突然変異体は両方とも、DNA合成に対してほとんど作用しなかった。wtSIRP4 はチロシンリン酸化状態になりそしてリガンド刺激でSHP-2に対して結合したが、SIRP4突然変異体はしなかったことから、DNA合成に対する観察された阻害作用は、SIRP4チロシンリン酸化および／またはそのSHP-2との結合に関連しているにちがいない。インスリンまたはEGFの刺激で成長阻害をもたらしたSIRP4は、3T3/SIRP4細胞の低下したMAPキナーゼ活性化と相互関係がある。3T3/pLXSN、3T3/SIRP4または3 T3/SIRP4-4Y細胞を、DMEM/0.5%FCS中で18時間飢餓状態にし、そしてインスリンまたはEGFで指定された時間刺激した。MAPキナーゼは、多クローン性erk1および erk2抗体（Santa Cruz）を用いることによってウェスタンブロットで検出された。対照的に、SHP-2結合に欠陥があるSIRP4突然変異体の発現は、MAPキナーゼ活性に対して作用しなかった。同様の知見は、PDGFでの細胞の刺激で得られた。これらのデターは、SIRP4が、MAPキナーゼ活性化をもたらす経路における新規な調節要素であるということを強く示している。本発明者は、次に、NIH3T3細胞の癌遺伝子に媒介された形質転換に対するSIRP 4過発現の結果を確認した。細胞フォーカスの形成に影響を与えるSIRP4の能力を調べるために、一部密集した3T3/pLXSN、3T3/SIRP4、3T3/SIRP4-4Yまたは3T3/ SIRP4-DCT細胞を、v-fmsウイルス上澄みで感染させた。フォーカス形成によって測定したところ、v-fmsレトロウイルスによる形質転換は、wtSIRP4を過発現した細胞において有意に抑制されたが、突然変異体SIRP4 を発現した細胞では抑制されなかった。前の報告は、マウス、ラットまたはハムスターの細胞における110〜130kDaの見掛MWの若干のSHP-2結合タンパク質を記載してきた。これらタンパク質のチロシン高リン酸化は、酵素不活性なSHP-2突然変異体が過発現された場合に見られた。更に、SHP-2機能の破壊は、成長因子に誘導された細胞シグナルに対する種々の負の作用を引き起こした。本発明者の実験は、これらタンパク質がSIRP系列に属するということおよび前に観察された生物学的作用が、これらSIRPタンパク質の機能のためであるということを強く示している。いずれの理論にも拘束されることなく、出願人は、NIH3T3細胞増殖および形質転換に対するSIRP4の阻害作用が、チロシンのリン酸化に依存することから、SHP -2および／かまたはSHP-1若しくはGrb2などの他のSH2タンパク質にとって、SIRP タンパク質上のチロシン連結部位が重要な役割を果たしていると考える。SHPホスファターゼの一方または両方とも、SIRP4リン酸化状態を厳密に調節することができる。SIRP4は、そのリン酸化状態で、活性化したRTKからSHP-2を隔離する「トラッピング(trapping)」タンパク質としても作用しうる。その隔離は、Grb2 -SOS複合体を活性化受容体に対して補充するアダプターなどの他の正の調節機能に対してSHP-2を利用不能にさせる。このような機能は、SHP-2が、自己リン酸化されたインスリンおよびEGF受容体に対するよりも、SIRP4のチロシンリン酸化状態に対して高い親和性を有するという知見によって支持される(Yamauchi,ら，J. Biol.Chem.270:17716-17722，Yamauchi,ら，J.Biol.Chem.270:14871-14874(1955 ))。第三の可能性は、SIRP4変異体の膜の範囲にわたる構造的特徴に基づく。Ig-ドメインの範囲内の高度の配列ダイバージェンスは、免疫グロブリン可変部を連想させ、そしてSIRP関連シグナル伝達における細胞外決定因子の役割を示唆する。特異的受容体、可溶性リガンド、細胞外マトリックス成分または他の因子とのSI RPの構造的に規定された相互作用は、細胞内シグナルを与える場合に特異的な調節結果をもたらすことができる。若干の実施態様および実施例を用いて本発明を記載してきたが、示された実施態様および実施例に対して、本発明の範囲または精神から逸脱することなく変更を行ってよいということは当業者に明らかであろう。特許および非特許文献を含めた本明細書中に予め援用されていない参考文献は、明らかに、全ての目的にために本明細書中に援用される。他の実施態様は、次の請求の範囲によって包含される。

【手続補正書】特許法第１８４条の８第１項【提出日】平成１０年９月２４日（１９９８．９．２４）【補正内容】３４条補正の訳文請求の範囲の差し替え『１． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする、単離され、濃縮され、または精製された核酸分子であって、PTP2 0ポリペプチドをコードする核酸分子が図１に示す配列と95％以上の同一性を有する、前記核酸分子。２．前記核酸分子が、哺乳動物から単離され、濃縮され、または精製されたものである、請求項１の核酸分子。３．前記分子が、図２、３、４または５の完全長アミノ酸配列の、少なくとも12の隣接するアミノ酸をコードする、請求項１の核酸分子。４．試料中のPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子を検出するための、核酸プローブであって、PTP2 0ポリペプチドをコードする核酸分子が図１に示す配列と95％以上の同一性を有する、前記核酸プローブ。５．前記ポリペプチドが、図２、３、４または５に示すアミノ酸配列の、少なくとも25の隣接するアミノ酸を含む、請求項４のプローブ。６． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子、および宿主細胞中で転写を開始するために有効なプロモーターを含む、核酸ベクター。７． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子を含む、組換え宿主細胞または組織。８．細胞中で機能する転写領域、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK 4、またはSIRPポリペプチドをコードするRNA配列に対して相補的な配列、および細胞中で機能する転写終了領域を含む、組換え核酸分子。９．単離され、濃縮され、または精製されたPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、m CLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドであって、PTP20ポリペプチドが図１に示す配列と95％以上の同一性を有する、前記ポリペプチド。１０．前記ポリペプチドが単一の断片である、請求項９の単離され、濃縮され、または精製されたポリペプチド。１１．前記ポリペプチドが、図２、３、４または５に示す完全長アミノ酸配列中に存在する、少なくとも12の隣接するアミノ酸を含む、請求項１０のポリペプチド。１２．前記ポリペプチドが、哺乳動物から単離され、精製され、または濃縮された、請求項１１のポリペプチド。１３． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに対して特異的な結合親和性を有する、抗体または抗体断片。１４．前記ポリペプチドが、図１、２、３、４または５に示すアミノ酸配列の、少なくとも４の隣接するアミノ酸を含む、請求項１３の抗体。１５． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに対して特異的な結合親和性を有する抗体を産生する、ハイブリドーマ。１６．前記ポリペプチドが、図１、２、３、４または５に示すアミノ酸配列の、少なくとも25の隣接するアミノ酸を含む、請求項１５のハイブリドーマ。１７．前記ポリペプチドが、哺乳動物から単離され、精製され、または濃縮された、請求項１６のハイブリドーマ。１８．単離され、濃縮され、または精製された核酸分子であって： a）図１、２、３、４または５に示す完全長アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列； b） (a)のヌクレオチド配列に相補的なもの； c） (a)の核酸分子に対して、高度に厳しい条件下においてハイブリッド形成し、そして天然に生じるPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはS IRPポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、PTP20をコードする核酸分子が図１に示す配列と95％以上の同一性を有する、ヌクレオチド配列； d）以下のアミノ酸残基の分節、すなわちアミノ酸残基1-58、59-294、295-4 53のうち、１またはそれ以上を欠損すること以外は、図１に示す完全長アミノ酸配列を有するPTP20タンパク質をコードするヌクレオチド配列； e）以下のアミノ酸残基の分節、すなわちmCLK2のアミノ酸残基1-182、183 -470、または471-499、mCLK3のアミノ酸残基1-176、177-473、または474-496、あるいはmCLK4のアミノ酸残基1-183、184-486、または486-489のうち、１またはそれ以上を欠損すること以外は、図４に示す完全長アミノ酸配列を有するmCLK2 、mCLK3またはmCLK4タンパク質をコードするヌクレオチド配列； f）以下のアミノ酸残基の分節、すなわち細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞質ドメイン、および細胞質ドメイン中のチロシン保有SH2結合領域のうち、１つを欠損すること以外は、図５に示す完全長アミノ酸配列を有するSIRPタンパク質をコードするヌクレオチド配列； g）Ｎ末端ドメイン、触媒ドメイン、およびＣ末端領域からなる群から選択される、１またはそれ以上のドメインを欠損すること以外は、図１、２、３、４または５に示す完全長アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列； h）細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、そしてSHP-2結合ドメインからなる群から選択される、少なくとも１の、しかし２より多くないドメインを欠損すること以外は、図５に示す完全長アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列； i） (d)〜(h)のヌクレオチド配列に相補的であり； j）アミノ酸残基1-58、59-294、295-453にしたがって、図１に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列； k） mCLK2のアミノ酸残基1-182、183-470、または471-499にしたがって、図４に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列； l） mCLK3のアミノ酸残基1-176、177-473、または474-496にしたがって、図４に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列； m） mCLK4のアミノ酸残基1-183、184-486、または486-489にしたがって、図４に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；そして n） (j)-(m)のヌクレオチド配列に相補的なものを含む、核酸分子。１９．請求項１８の核酸分子を含む、核酸ベクター。２０．請求項１８の核酸分子を含む、組換え細胞または組織。２１． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに対して結合することができる化合物の検出方法であって、前記化合物を前記ポリペプチドとインキュベーションし、そして前記ポリペプチドに結合する前記化合物の存在を検出する工程を含む、前記方法。２２． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPタンパク質リン酸化活性を活性化しまたは阻害することができる化合物を同定する方法であって、以下の工程： PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPタンパク質ポリペプチドおよび前記タンパク質に対する基質を含む混合物に化合物を添加すること；そして前記基質のリン酸化における変化を検出することを含む、前記方法。２３．器官中の異常症状の診断または治療に有用な化合物を同定する方法であって、前記異常症状がポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用により特徴づけられるシグナル伝達経路における異常と関連し、前記ポリペプチドがPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドであり、以下の工程：細胞に化合物を添加すること；そして化合物がポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の前記相互作用を促進するかまたは中断するかについて検出することを含む、前記方法。２４．シグナル伝達経路における異常により特徴づけられる疾患または症状の診断方法であって、前記シグナル伝達経路がPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCL K3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用を含み、前記相互作用のレベルを前記疾患または症状の指標として検出する工程を含む、前記方法。２５．シグナル伝達経路における異常により特徴づけられる疾患または症状を有する器官の治療方法であって、前記シグナル伝達経路がPTP20、PCP-2、BDP1 、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用を含み、前記相互作用を促進するかまたは中断する工程を含む、前記方法。２６．前記PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドが哺乳動物から単離される、請求項２１〜２５のいずれか１項の方法。２７．前記器官が哺乳動物のものである、請求項２１〜２５のいずれか１項の方法。』

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ｃ１２Ｎ 9/12 Ｃ１２Ｎ 9/16 Ｂ 9/16 Ｃ１２Ｑ 1/02 Ｃ１２Ｑ 1/02 1/68 Ａ 1/68 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ (31)優先権主張番号６０／０３０，８６０ (32)優先日平成８年11月13日(1996．11．13) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号６０／０３０，９６４ (32)優先日平成８年11月15日(1996．11．15) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号６０／０３４，２８６ (32)優先日平成８年12月19日(1996．12．19) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，ＧＨ，ＨＵ，ＩＬ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＷ (72)発明者カリトネンコフ，アレクセイ・イゴーレヴィッチアメリカ合衆国インディアナ州46032，カーメル，アーバー・ドライブ 339 (72)発明者アオキ，ナオヒトドイツ連邦共和国デー―81377 ミュンヘン，ヴァルデスラスト３ (72)発明者ウォン，ホン・ヤン中華人民共和国 200438 シャンハイ，チョン・ユアン・ロード 78，ビルディング・ナンバー３ナンバー 105 (72)発明者チェン，チョンジュンドイツ連邦共和国デー―82116 グラフェルフィング，オルミュラー・シュトラーセ６ (72)発明者ナイラー，オリヴァードイツ連邦共和国デー―82152 マルティーンスリード，パステュールシュトラーセ 18 (72)発明者キム，イェオン・ウーン大韓民国テーグ 706―13，スーサン―グ, ボーメオ３ドン６―５【要約の続き】づけられる症状に対する、治療方法、診断方法およびスクリーニング方法を提供する。

Claims

【特許請求の範囲】１． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする、単離され、濃縮され、または精製された核酸分子。２．前記核酸分子が、哺乳動物から単離され、濃縮され、または精製されたものである、請求項１の核酸分子。３．前記分子が、図１、２、３、４または５の完全長アミノ酸配列の、少なくとも12の隣接するアミノ酸をコードする、請求項１の核酸分子。４．試料中のPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子を検出するための、核酸プローブ。５．前記ポリペプチドが、図１、２、３、４または５に示すアミノ酸配列の、少なくとも25の隣接するアミノ酸を含む、請求項４のプローブ。６． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子、および宿主細胞中で転写を開始するために有効なプロモーターを含む、核酸ベクター。７． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドをコードする核酸分子を含む、組換え宿主細胞または組織。８．細胞中で機能する転写領域、PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK 4、またはSIRPポリペプチドをコードするRNA配列に対して相補的な配列、および細胞中で機能する転写終了領域を含む、組換え核酸分子。９．単離され、濃縮され、または精製されたPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、m CLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチド。１０．前記ポリペプチドが単一の断片である、請求項９の単離され、濃縮され、または精製されたポリペプチド。１１．前記ポリペプチドが、図１、２、３、４または５に示す完全長アミノ酸配列中に存在する、少なくとも12の隣接するアミノ酸を含む、請求項１０のポリペプチド。１２．前記ポリペプチドが、哺乳動物から単離され、精製され、または濃縮された、請求項１１のポリペプチド。１３． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに対して特異的な結合親和性を有する、抗体または抗体断片。１４．前記ポリペプチドが、図１、２、３、４または５に示すアミノ酸配列の、少なくとも４の隣接するアミノ酸を含む、請求項１３の抗体。１５． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに対して特異的な結合親和性を有する抗体を産生する、ハイブリドーマ。１６．前記ポリペプチドが、図１、２、３、４または５に示すアミノ酸配列の、少なくとも25の隣接するアミノ酸を含む、請求項１５のハイブリドーマ。１７．前記ポリペプチドが、哺乳動物から単離され、精製され、または濃縮された、請求項１６のハイブリドーマ。１８．核酸配列を含む、単離され、濃縮され、または精製された核酸分子であって：図１、２、３、４または５に示す完全長アミノ酸配列をコードし； (a)のヌクレオチド配列に相補的であり； (a)の核酸分子に対して、高度に厳しい条件下においてハイブリッド形成し、そして天然に生じるPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIR Pポリペプチドをコードし；以下のアミノ酸残基の分節、すなわちアミノ酸残基1-58、59-294、295-45 3のうち、１またはそれ以上を欠損すること以外は、図１に示す完全長アミノ酸配列を有するPTP20タンパク質をコードし；以下のアミノ酸残基の分節、すなわちmCLK2のアミノ酸残基1-182、183-47 0、または471-499、mCLK3のアミノ酸残基1-176、177-473、または474-496、あるいはmCLK4のアミノ酸残基1-183、184-486、または486-489のうち、１またはそれ以上を欠損すること以外は、図４に示す完全長アミノ酸配列を有するmCLK2、mCL K3またはmCLK4タンパク質をコードし；以下のアミノ酸残基の分節、すなわち細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞質ドメイン、および細胞質ドメイン中のチロシン保有SH2結合領域のうち、１つを欠損すること以外は、図５に示す完全長アミノ酸配列を有するSIRPタンパク質をコードし；Ｎ末端ドメイン、触媒ドメイン、およびＣ末端領域からなる群から選択される、１またはそれ以上のドメインを欠損すること以外は、図１、２、３、４または５に示す完全長アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし；細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、そしてSHP-2結合ドメインからなる群から選択される、少なくとも１の、しかし２より多くないドメインを欠損すること以外は、図５に示す完全長アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし； (d)〜(h)のヌクレオチド配列に相補的であり；アミノ酸残基1-58、59-294、295-453にしたがって、図１に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし； mCLK2のアミノ酸残基1-182、183-470、または471-499にしたがって、図４に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし； mCLK3のアミノ酸残基1-176、177-473、または474-496にしたがって、図４に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし； mCLK4のアミノ酸残基1-183、184-486、または486-489にしたがって、図４に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし；そして (j)-(m)のヌクレオチド配列に相補的である核酸分子。１９．請求項１８の核酸分子を含む、核酸ベクター。２０．請求項１８の核酸分子を含む、組換え細胞または組織。２１． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドに対して結合することができる化合物の検出方法であって、前記化合物を前記ポリペプチドとインキュベーションし、そして前記ポリペプチドに結合する前記化合物の存在を検出する工程を含む、前記方法。２２． PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPタンパク質リン酸化活性を活性化しまたは阻害することができる化合物を同定する方法であって、以下の工程： PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPタンパク質ポリペプチドおよび前記タンパク質に対する基質を含む混合物に化合物を添加すること；そして前記基質のリン酸化における変化を検出することを含む、前記方法。２３．器官中の異常症状の診断または治療に有用な化合物を同定する方法であって、前記異常症状がポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用により特徴づけられるシグナル伝達経路における異常と関連し、前記ポリペプチドがPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドであり、以下の工程：細胞に化合物を添加すること；そして化合物がポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の前記相互作用を促進するかまたは中断するかについて検出することを含む、前記方法。２４．シグナル伝達経路における異常により特徴づけられる疾患または症状の診断方法であって、前記シグナル伝達経路がPTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCL K3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用を含み、前記相互作用のレベルを前記疾患または症状の指標として検出する工程を含む、前記方法。２５．シグナル伝達経路における異常により特徴づけられる疾患または症状を有する器官の治療方法であって、前記シグナル伝達経路がPTP20、PCP-2、BDP1 、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用を含み、前記相互作用を促進するかまたは中断する工程を含む、前記方法。２６．前記PTP20、PCP-2、BDP1、mCLK2、mCLK3、mCLK4、またはSIRPポリペプチドが哺乳動物から単離される、請求項２１〜２５のいずれか１項の方法。２７．前記器官が哺乳動物のものである、請求項２１〜２５のいずれか１項の方法。