JP2000515362A - トランス―スプライスにより生成される治療用分子 - Google Patents

トランス―スプライスにより生成される治療用分子

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Abstract

(57)【要約】 本発明の分子および方法は、細胞の選択されたサブセットにおける治療用分子のインビボ産生の手段を提供する。本発明のプレ−治療用分子は、プレ−治療用分子と、特定の標的細胞中でユニークに発現されるプレ−mRNAとの間のトランス−スプライス反応の基質である。インビボトランス−スプライス反応は、RNAとして機能するかまたは標的細胞中で発現されるタンパク質をコードする活性のある治療用RNAを提供する。このmRNAの発現産物は、細胞にとって治療的価値のあるタンパク質であるか、または特定の細胞の死滅を引き起こす毒素である。

Description

【発明の詳細な説明】 トランス−スプライスにより生成される治療用分子発明の背景 発明の分野 本発明の分子および方法は、細胞の選択されたサブセットにおける異種遺伝子 を発現する手段を提供する。本発明の前駆体−治療用分子(PTM)は、前駆体 治療用分子とプレ−mRNA分子(これは、特定の標的細胞でユニークに発現さ れる)との間の標的であるかまたは規定されたトランス−スプライス反応の基質 である。PTMは、RNA、DNA、またはペプチド核酸(PNA)のような他 の分子であってよい。インビボのトランス−スプライス反応は、標的細胞で発現 される活性のある治療用分子を提供する。mRNAの発現生成物は、細胞に対し て治療用価値を有するタンパク質、または特定の細胞を死滅させる毒素でもよい 。あるいは、治療用RNA(th−RNA)または他の分子は、それ自身が治療 的機能を果たしてもよい。本発明の別の実施態様において、治療効果を達成する ために、複数のPTMが組合せて使用される。 関連技術の説明 癌やAIDSのような多くの生命に関わる疾患の治療における最も大きな問題 の1つは、生命体の他の細胞に治療用分子を投与することなく、この分子を特異 的な標的細胞に投与することである。この問題を解決するための従来の試みには 、ウイルスベクターを用いる遺伝子治療、薬物送達、またはモノクローナル抗体 に結合した毒素などがある。今日までこれらの方法は、必ずしも成功していない 。 本発明の方法は、標的細胞のみへの送達を必要としない。治療用分子の前駆体 分子は、生命体のすべての細胞に送達され、生命体のすべての細胞に摂取される が、治療用mRNAは、インビボで特異的な標的細胞でのみ作成される。この治 療法の特異性は、標的細胞中の標的プレ−mRNAのユニークな(限定された) 転写に依存する。正常細胞(標的ではない)は、標的遺伝子を転写しない(また は、ほんのわずかに転写する)。従って、そのような正常細胞では治療用分子の 選択的な生成は起きない(または、ほんのわずかに起きる)。 遺伝子含量が実質的に同一であるにもかかわらず、同じ生物の真核細胞が互い に異なる1つの重要な方法は、これらが異なる遺伝子または遺伝子の異なる部分 を発現するためである。遺伝子発現の制御は、多くのレベルで起き、遺伝子発現 に関する古典的な研究は、転写および翻訳のレベルで制御されることを証明して いる。さらに最近の研究は、細胞は、遺伝子コピー数およびスプライスの制御に より、遺伝子発現を制御する能力を有することを、示している。 染色体内でDNA配列として保存されている遺伝子は、コード領域(エキソン )とまた一般的に介在する非コード領域(イントロン)とを含有するプレ−mR NA中に転写される。プレ−mRNAは核内でプロセシングされ、イントロンが 不要なエキソンとともに除去される。残りのエキソンは一緒にスプライスされ、 mRNAを生成し、これが核から細胞質に出て、リボゾームによりタンパク質に 翻訳される。例えば、エム・ジェイ・ムーア(Moore,M.J.)、シー・シー・ク エリー(C.C.Query)、およびピー・エー・シャープ(P.A.Sharp)、Cell 、77:805−815(1994);エム・ジェイ・ムーア(Moore,M.J.) 、シー・シー・クエリー(C.C.Query)、およびピー・エー・シャープ(P.A.S harp)、The RNA World、コールドスプリングハーバーラボラトリ ープレス(Cold Spring Harbor Laboratory Press)、303−358(199 3)を参照されたい。 イントロンは、スプライスと呼ばれる正確なプロセスによりプレ−mRNAか ら除去される。エル・ティー・チョウ(Chow,L.T.)、アール・イー・ゲリナス (R.E.Gelinas)、ティー・アール・ブローカー(T.R.Broker)、アール・ジ ェイ・ロバーツ(R.J.Roberts)、(1977) Cell,12:1−8;お よびエス・エム・ベルゲット(Berget,S.M.)、シー・ムーア(C.Moore)およ びピー・エー・シャープ(P.A.Sharp)、(1977)、Proc.Natl. Acad.Sci.USA 74:3171−3175。プレ−mRNAスプラ イスは、2工程の機構で進行する。第1の工程では、5’スプライス部位が切断 され、「遊離」の5’エキソンとラリアット中間体が放出される(エム・ジェイ ・ムーア(Moore,M.J.)とピー・エー・シャープ(P.A.Sharp)、Natur e,365:364−368,1993)。イントロンの5’ヌクレオチド(通 常グアニン)は、イントロン中の分岐点ヌクレオチド(通常アデノシン)と2’ ,5’−ホスホジエステル結合を介して、ラリアット中間体を形成する。第2の 工程では、5’エキソンは、ラリアット生成物としてイントロンを放出しながら 3’エキソンに結合する。これらの工程は、小さな核リボヌクレオタンパク質と スプライソソーム(spliceosome)と呼ばれるタンパク質との複合体中で触媒さ れる(ムーア(Moore)ら、The RNA World)。 エステル交換スプライス反応部位は、5’および3’スプライス部位の周りの 共通配列(consensus sequences)により規定される。5’スプライス部位共通 配列は、AG/GURAGUである(ここで、N=任意のヌクレオチド、A=ア デノシン、U=ウラシル、G=グアニン、C=シトシン、R=プリン、Y=ピリ ミジン、および/=スプライス部位である)。ムーア(Moore)ら、The R NA World。下線を引いたヌクレオチド配列は、ほとんどすべてのプレ− mRNAイントロンに対して共通であり、まれに例外的にGUの代わりにGCが 存在することがある。3’スプライス部位は、3つの異なる配列成分からなる: 分岐点または分岐部位、ポリピリミジン領域、および3’共通配列。これらの成 分は、3’スプライス部位領域をゆるく規定し、これは3’スプライス部位の上 流の100ヌクレオチドのイントロンを含むこともある。哺乳動物の分岐点共通 配列は、YNCUGACである。下線を引いたAは、分岐形成の部位である(B PA=分岐点アデノシン)。3’スプライス共通配列は、YAG/Gである。分 岐点とスプライス部位の間に、通常ポリピリミジン領域があり、これは、効率的 な分岐点利用と3’スプライス部位認識のために哺乳動物系において重要である (アール・ロスシグノ(Roscigno,R.)、エム・ウェイナー(M.Weiner)およ びエム・エー・ガルシア−ブランコ(M.A.Garcia-Blanco)、J.Biol.C hem.268、14:11222−11229,1993)。分岐点とポリピ リミジン領域の下流の最初のYAGジヌクレオチドは、最も一般的に使用される 3’スプライス部位である。シー・ダブリュー・ジェイ・スミス(Smith,C.W.J .)、イー・ビー・ポッロ(E.B.Porro)、ジェイ・ジー・パットン(J.G.Pat ton)およびビー・ナダール−ギナンド(B.Nadal-Ginand)(1989)Nat ure 342:243−247。 シス対トランス−スプライス 通常エキソンは、同じプレ−mRNA中の他のエキソンに結合し(シス−スプ ライス)、他のプレ−mRNA中のエキソンには結合(トランス−スプライス) しない。しかし、相補的配列を使用して、プレ−mRNAの半分ずつをつなぐこ とによりインビトロで効率的なトランス−スプライスを観察することが可能であ る。これらは、「ワトソン−クリック」様の塩基対合により安定な2本鎖の幹を 形成する。エム・エム・コナルスカ(Konarsk,M.M.)、アール・エー・パジェ ット(R.A.Padgett)、およびピー・エー・シャープ(P.A.Sharp)(1985 )、Cell 42:165−171。このタイプのトランス−スプライスは、 インビボでは明確には観察されていない。 「スペース」を介するスプライス部位の接近の機構は、例えば、トリパノソー マや線虫中に一般的に観察されるトランス−スプライスの、スプライス部位間の イントロンには依存しない。アール・イー・スットン(Sutton,R.E.)とジェイ ・シー・ブースロイド(J.C.Boothroyd)、Cell 47:527−535( 1986);ダブリュー・ジェイ・マーフィー(W.J.Murphy)ら、Cell 47:517−525(1986);エム・クラウセ(Krause,M.)とディー・ ハーシュ(D.Hirsh)、Cell 49:753−761(1987)。これら の非常に特殊な場合に、ショートリーダー(SL)RNAを含有する5’スプラ イス部位は、小さな核リボヌクレオタンパク質粒子(snRNP)を形成し、こ れは大きなプレ−mRNA中のイントロンの3’末端と相互作用する(ジェイ・ ピー・ブルジック(Bruzik,J.P.)とジェイ・エー・ステイツ(J.A.Steitz) 、Cell 62:889−899(1990);ジェイ・ピー・ブルジック( Bruzik,J.P.)とティー・マニアティス(T.Maniatis)、Nature 36 0:692−695(1992))。このタイプのスプライスは、哺乳動物細胞 で自然に起きることは観察されていない。 コナルスカ(Konarska)ら(1985)、ディー・ソルニク(D.Solnik)(1 985)Cell 42:157−164は、SL RNAに似ていないRNA を使用して、インビトロでトランス−スプライスを検出した。前駆体をつないで いるRNA−RNA二次構造は、トランス−スプライス反応の効率を大きく上 昇させた(野生型のシス−スプライス効率の<1%から15〜30%まで)。 相補的RNAまたはDNA配列は、RNAまたはDNAのユニークな標的配列 と特異的に塩基対合することができる。結合の特異性は、結合部位の配列、相補 的領域、および二次構造により影響を受ける。結合特異性を得るために、ユニー クな配列が標的として選択される。結合特異性を達成するのに17ヌクレオチド の鎖の長さが、充分であることが計算されている(すなわち、ヒトのハプロイド ゲノム中でのユニークなポリヌクレオチド標的は、統計的には3×109塩基対 に1回起きる)。エム・スミス(M Smith)、Methods of DNA and RNA Sequencing、エス・エム・ワイズマン(S.M.weiss man)編、プレーガー(Praeger)、ニューヨーク、ニューヨーク州、米国、39 頁(1983)。2本鎖の安定性は、200ヌクレオチド以上の相補的配列につ いては長さに依存しない[アール・エフ・スタイナー(Steiner,R.F.)とアー ル・ジェイ・ビアーズ・ジュニア(Beers,R.J.Jr.)(1986)]。Pol ynucleotides(エルセビア(Elsevier)、アムステルダム)。長い 相補的配列は、2本鎖の安定性を上昇させるが、非常に長い領域は、わずかに5 10の連続的な塩基を介して複数のmRNAと相互作用し、こうしてその特異性 を低下させることがある。相補的配列は、その5’末端および/または3’末端 に、非結合性RNAまたはDNA配列または他の核酸類似体または化学基を有す ることがある。結合はまた、他の機構、例えば3本鎖らせん形成、およびタンパ ク質−核酸相互作用(例えば、遺伝子プロモーターとDNAの間の相互作用)に よっても行われる。組織特異的プロモーターの例には、ブリンスター(Brinster )ら、Nature 306:332−336(1983)が記載した免疫グロ ブリンプロモーターや、ブッチーニ(Bucchini)ら、PNAS 83:2511 −2515(1986)が記載したインスリンプロモーターがある。当業者に公 知の結合の他の手段を使用してもよい。 ジフテリア毒素(DT)、リシン、シュードモナス(Pseudomonas)毒素、シ ガ毒素、およびコレラ毒素のような毒素は、極めて強力である。1つのDTの分 子が、細胞質内で酵素的に作用して、細胞を死滅させることができる。エム・ヤ マイズミ(Yamaizumi,M.)、イー・メカダ(E.Mekada)、ティー・ウチダ( T.Uchida)およびワイ・オカダ(Y.Okada)、Cell 15:245−25 0(1978)。これらの毒素は、AサブユニットおよびBサブユニットからな る同様の基本構造を有しているようであり、ここで、Bサブユニットは細胞表面 に結合し、細胞へのAサブユニットの移動を促進し、Aサブユニットは酵素的毒 素活性を有する。アール・コリア(Collier,R.)とジェイ・コンデル(J.Kon del)、J.Biol.Chem.246:1496−1503(1971); およびディー・ギル(Gill,D.)とエー・パッペンハイマー(A.Pappenheimer )、J.Biol.Chem.246:1492−1495(1971)。DT のAサブユニット(DT−A)は、伸長因子2中のNADから通常のアミノ酸( ジプタミド(dipthamide))へのADP−リボゾームの移動を触媒する。ティー ・ホンジョー(Honjo,T.)、ワイ・ニシズカ(Y.Nishizuka)およびオー・ハ ヤイシ(O.Hayaishi)、J.Biol.Chem.243:3553−355 5(1968);およびディー・ギル(Gill,D.)、エー・パッペンハイマー( A.Pappenheimer)、アール・ブラウン(R.Brown)およびジェイ・クルニック (J.Krunick)、J.of Experimental Medicine 1 29:1−21(1969)。そのような結合は、細胞のタンパク質合成を停止 させ、細胞にとって致死的である。選択された細胞内にDT−Aを送達するかこ の発現を試みる多くの治療上の方策があり、例えばDT−Aの遺伝子発現の転写 制御がある。(ディー・エフ・ロビンソン(Robinson,D.F.)、ティー・エィチ ・マクスウェル(T.H.Maxwell)、Hum.Gene Ther.(6)2:1 37−145,1995;ディー・アール・クック(Cook D.R.)ら、Canc er Biother.9(2):131−141、1994;ティー・ジェイ ・クリエル(Curiel,T.J.)ら、Hum.Gene Ther.4(6):74 1−747,1993)。発明の要約 本発明は、トランス−スプライス機構を介してユニークなth−mRNAを作 成することによる、目的の標的細胞中の異種遺伝子産物の制御発現のための新規 方法を提供する。このユニークmRNAは、以下の機能の1つを有する:治療効 果のあるタンパク質をコードする、標的細胞を選択的に死滅させる、マーカーと して機能する、または通常は標的細胞中には存在しない新規遺伝子産物を提供す る。 トランス−スプライスに使用されるRNA、DNA、またはヌクレオチド類似 体は、トランス−スプライス後のその発現産物が細胞の死を引き起こすものであ る(例えば、ジフテリア毒素サブユニットAの1つの分子の発現は、ヒトの細胞 を死滅させるであろう)。別の実施態様において、発現産物は、細胞により分泌 される。さらなる実施態様において、治療用RNA自身が、細胞内で目的の機能 を果たす。図面の簡単な説明 図1A、1B、および1Cは、本発明のプレ−治療用分子の構造を示す。 これらの構造は、5つの主要な特徴を有する: 1)標的結合領域: 選択されたプレ−mRNAの標的領域に対して相補的であるかまたはアンチセ ンス配向にある、少なくとも15〜30(数百まで)ヌクレオチドの1つまたは 2つの結合ドメイン(第2の標的結合領域は、分子の3’末端に位置してもよい )。他の結合ドメインは、PTMに取り込まれることができる。結合ドメインは 、標的mRNA中の下流のエキソンをスプライスするのに必要な部位(例えば、 分岐点アデノシン、スプライソソーム結合部位、ポリピリミジン領域、またはス プライス部位)を覆うかまたは阻止する能力のような特徴により増強される。 2)スペーサー領域: 治療用RNAスプライス部位を標的結合ドメインから分離するためのスペーサ ー領域。スペーサー領域は、スプライスされていない治療用RNAの翻訳を阻止 する停止コドン、および標的へのスプライスを増強する配列のような特徴を有し てもよい。 プレ−治療用分子(PTM)のための「安全装置」を、スペーサー、結合ドメ イン、またはPTM内のいずれかに取り込んでもよい(図1−B)。これは、比 較的弱い相補性によりPTMの3’スプライス部位および/または5’スプライ ス部位の成分を覆って、非特異的トランス−スプライスを防ぐ、PTMの領域で ある。PTMの結合/標的部分のハイブリダイゼーションにより、3’スプライ ス部位が露出し、充分に活性になる(図1−Cを参照)。 「安全装置」は、シス−配列の1つまたはそれ以上の相補的区間(または、第 2の異なる核酸鎖)からなり、PTMの分岐点片側または両側、ピリミジン領域 、および/または3’スプライス部位(スプライス成分)に弱く結合するか、ま たはスプライス成分自身の一部に結合できる。この「安全装置」結合は、スプラ イス成分が活性になるのを防止するであろう(すなわち、U2 snRNPまた は他のスプライス成分が、PTMスプライス部位認識成分に結合するのを阻止す る)。「安全装置」の結合は、PTMの標的結合領域が標的プレ−mRNAに結 合し、こうしてPTMスプライス成分を露出させ活性化(これらが、標的プレ− mRNAにトランス−スプライスされることを可能にする)することにより、破 壊される。 3)3’スプライス部位および/または5’スプライス部位 これは、分岐点、ピリミジン領域および3’スプライス部位を含有する。 4)治療用遺伝子: 標的mRNA内でスプライスされ次に発現されて、細胞の死滅のような治療効 果を現す、1つまたはそれ以上の例えばジフテリア毒素のような治療用遺伝子( 治療用遺伝子は、例えば、欠失している機能の回復、マーカーとして作用、また は不要な細胞の死滅、のような臨床的に有用な機能を与えるものであり得る)。 5)スプライスおよび翻訳を調節する配列 スプライスを増強するためのポリアデニル化シグナルまたは5’スプライス配 列、追加の結合領域、「安全装置」−自己相補的領域、追加のスプライス部位、 または分子の安定性を調節する(分解を防ぐ)保護基のような、追加の特徴を、 毒素遺伝子の後(または前)に付加することができる。 図2は、プレ−治療用RNAの結合とトランス−スプライスを示す。 2a)細胞が次にA−Bタンパク質を発現するための正常な経路である、A−B プレ−mRNAからA−B mRNAへのシス−スプライス産物。 2b)相補的塩基対合によりA−B プレ−mRNAに結合したプレ−th−R NA分子。この例では、結合領域はシス−分岐点アデノシンを阻止し、5’オー バーハングはシス−ピリミジン領域を部分的に妨害する。これは、エキソンBの シス−スプライスを破壊し、トランス−スプライスの候補としてプレ−th−R NA毒素遺伝子を、エキソンAに提示する。 2c)A−B プレ−mRNAとプレ−th−RNAのトランス−スプライス産 物。エキソンAは毒素遺伝子に結合し、これは充分に機能する異種治療用RNA 分子(th−mRNA)中で発現される。このmRNAの翻訳は、発現する細胞 を死滅させる。 図3は、ジフテリア毒素の地図と配列を示す。サブユニットAのコード領域は 、ヌクレオチド312〜890である。 図4は、本発明のプレ−治療用分子の作製を示す。 図5は、ベータHCGの地図と配列を示す。 図6AとBは、トランス−スプライス反応の結果を示す。図6Aは、RT−P CR産物のアガロースゲルを示し、図6Bは、トランス−スプライスされた生成 物のヌクレオチド配列を示す。 図7は、例5のトランスフェクション毒性測定法の結果を示す。発明の詳細な説明 前述のように、本発明は、細胞内で治療用分子を産生する手段としての、標的 とされたプレ−メッセンジャーRNA(プレ−mRNA)トランス−スプライス の使用に関する。治療用分子自身は、目的の機能を提供するか、または特定の型 の細胞で遺伝子産物を産生する。遺伝子産物は、臨床的有用性を有する遺伝子( 例えば、治療用遺伝子またはマーカー遺伝子、および毒素)を含む任意の遺伝子 である。本発明の1つの実施態様において、送達される遺伝子は、毒素遺伝子で あり、ここで1つの分子の発現は、標的とされたプレ−mRNAを含有する細胞 に対して致死的である。 1つの実施態様において、本発明は、特異的mRNAを作成して、選択された 細胞集団内で治療用毒素遺伝子を発現させ、その結果その特定の細胞を破壊する 方法に関する。標的とされる細胞には、ウイルスまたは他の感染性物質に感染し たもの、良性または悪性新生物、または自己免疫疾患もしくは組織拒絶に関与す る免疫系の成分があるが、これらに限定されない。特異性は、標的に結合するよ うにPTMの結合ドメインを修飾することにより達成される。 本発明の方法の1つの実施態様を含む工程は: i)当業者により使用される任意の型の前駆体分子、治療用RNA分子(または 、RNAに転写されるDNAベクター、または合成類似体)を、細胞の核に送達 する工程であって、ここで前駆体治療用RNA(プレ−thRNA)は、異なる 機構により、標的プレ−mRNA、スプライス部位、治療用遺伝子に結合する結 合領域を含有し、かつポリアデニル化シグナル、エンハンサー、または他の調節 配列成分を含有してもよい[図1のパートA、B、およびCを参照]; ii)標的とされたプレ−mRNAにより前駆体治療用RNA分子をトランス−ス プライスして、治療用翻訳可能なmRNAを作成する工程[図2bを参照];そ して iii)標的細胞内でトランス−スプライスされた治療用mRNAを発現(翻訳) する工程[図2cを参照]。 標的細胞は、プレ−mRNAのユニークな集団を発現することが知られている 任意の細胞であり、プレ−mRNAはトランス−スプライス反応の基質として使 用することができる。このユニークな集団は、1つのユニークな型のRNAであ るか、または、他の型のいかなる細胞中でも、群として一緒には発現されないい くつかのものである。前駆体治療用RNAは、標的とされたプレ−mRNAに特 異的な結合領域を含有するであろう。 プレ−治療用分子は、任意の送達方法、例えば、ウイルス介在、電気穿孔法、 微量注入法、リン酸カルシウム介在トランスフェクション、リポソーム、サイト フェクチンにより、または直接、細胞に投与される。プレ−治療用分子は、治療 用分子自身の目的の量を産生するのに有効な量で投与されるであろう。投与され る正確な量は、送達システムの詳細に依存して変化してもよい。有効量はまた、 欠失している機能(例えば、遺伝的疾患の治療における)、細胞死滅(例えば、 癌の治療における)、または細胞制御(異なるタイプの疾患とともに使用されて もよい)を提供する。有効量は、患者の体重1kg当たり0.001ピコグラムま たはそれ以下から1.0g核酸の範囲でもよい。 治療用分子は、臨床的に有用な何らかの機能(例えば、欠失している機能の回 復、マーカーとしての作用、または不要な細胞の死滅)を提供するものであり得 る。 1つの実施態様において、プレ−治療用RNA分子は、4つの主要な特徴を有 する翻訳不可能な1本鎖RNAである:1)ユニークなプレ−mRNAの標的と された領域に対して相補的であり、かつアンチセンス配向にある少なくとも15 〜30ヌクレオチド(および、最高数百ヌクレオチドまたはそれ以上)の1つま たは2つの結合ドメイン。これは、結合の特異性を与え、プレ−治療用RNAを スペース内に密接に固定して、核のスプライソソームのプロセシング機構が、こ れを標的プレ−mRNAにトランス−スプライスすることができるようにする。 結合ドメインは、標的プレ−mRNA中の下流のエキソンをシス−スプライスす るのに必要な部位(例えば、分岐点アデノシン、スプライソソーム結合部位、ポ リピリミジン領域、または真正3’もしくは5’スプライス部位)を被覆するか または阻止する能力のような特徴により増強し得る。2)プレ−治療用RNAス プライス部位を、標的と並ばせるためのスペーサー領域。このスペーサー領域は 、スプライスされていないプレ−治療用RNAの翻訳を阻止する停止コドン、お よび標的へのスプライスを増強する配列のような特徴を有することができる。こ のスペーサーはまた、スプライス部位から結合ドメインを分離する作用を有する (および、「安全装置」ドメインを含有してもよい)。3)3’スプライス部位 。4)ジフテリア毒素のような1つまたはそれ以上の治療用遺伝子であり、これ は、スプライスされて標的mRNAになり、次に発現されて、治療効果(例えば 、悪性腫瘍を治療している時に好ましい細胞死滅)を示す。必要に応じて毒素遺 伝子(読みとり枠)の後に、分子に追加の特徴(例えば、スプライス、翻訳およ び発現につながる工程を増強するためのポリアデニル化シグナルまたは5’スプ ライス配列)があってよい。スプライスされたRNA自身が治療用分子である本 発明の実施態様において、治療用遺伝子はないかも知れないが、目的の効果を有 するRNAはある。トランス−スプライスは、任意の公知の機構により仲介され る(群I、群II、またはスプライソソーム)。 本発明の方法は、癌、HIV/AIDS、および他の重篤なウイルス感染症、 自己免疫疾患、ならびに特定の型の細胞の変更または排除が有効である他の病状 の治療において、大きな臨床的用途を有する。この例としては、良性の前立腺肥 大、および他の前癌症状がある。さらに、本方法はまた、遺伝的疾患(例えば、 少量の欠失しているかまたは突然変異遺伝子産物の発現が正常の表現型を示すゴ ーシェ病)の治療に使用することもできる。 別の実施態様において、PTMは、前述の特徴を有する翻訳不可能な1本鎖R NAである:1)1つまたは2つの結合ドメイン;2)スペーサー領域;3)5 ’スプライス部位、および4)1つまたはそれ以上の治療用遺伝子、および追加 の特徴(他の例で記載したように)を与える追加の配列がある。トランス−スプ ライスは任意の公知の機構(例えば、群I、群II、またはスプライソソーム)に より仲介される。 トランス−スプライスの最大化 1.プレ−th−RNAは、BPAから5’および3’を補足し結合するよう に作製され、分岐点アデノシン(これを阻止する)を含有してもしなくてもよい 。これは、最適化アンチセンス結合ドメインを見つけることを可能にする。 2.PTMを、プレ−thRNA中の分岐点アデノシンを含有させてまたは含 有させずに作成し、BPAを含有させることにより(非標的mRNA内に)非選 択性スプライスが起きるかどうかを決定する。 3.PTMを、結合ドメインとスプライス部位の間の領域に停止コドンまたは 他の成分を含有させてまたは含有させなくて作成し、そのような成分がスプライ スされていないプレ−thRNA発現を必ず防止するかどうかを決定する。 4.PTMを、毒素遺伝子の強いポリアデニル化シグナルまたは下流のエンハ ンサーまたは下流の5’スプライス配列を含有させてまたは含有させなくて作成 し、これらの成分がトランス−スプライスを促進するかどうかを決定する。 5.PTMを、毒素遺伝子の下流に第2のアンチセンス結合ドメインを含有さ せてまたは含有させなくて作成し、このような成分が3’標的エキソンへの結合 を促進し、かつ伸長を促進して真正シス−3’スプライス部位(U5および/ま たはU1結合部位)を阻止するかどうかを決定する。PTMはまた、トランス− スプライスされた産物の発現のための第2のトランス−スプライスを必要とする ように作成してもよい。 6.さらなる成分(例えば、3’ヘアピン構造、環状化RNA、ヌクレオチド 塩基修飾、または合成類似体)を作製体中に取り込んで、核局在化やスプライソ ソーム取り込み、および細胞内安定性を促進させる。 7.最終治療用作製体は、外部の細胞膜から送達されて、核に移動して標的プ レ−mRNAのスプライソソームに取り込まれる必要があるか、またはこれらは 、前駆体分子(DNAベクター、RNAウイルスなど)から細胞自身により産生 されてもよい。 送達システム 本発明は、他の遺伝子治療またはアンチセンス法のために開発された任意の公 知の送達システムを使用することができる。プレ−治療用RNAは、作成し、パ ッケージングし、細胞への取り込みのために試験する必要がある。化学合成は約 100ヌクレオチドに限定されているように、現在完全長プレ−th−RNAの 化学合成は現実的ではないが、可能であろう。完全長プレ−th−RNAは、P CR増幅した鋳型から(高忠実度酵素を使用して)、または適切なプロモーター が取り込まれたクローン化したDNAから転写される。また使用可能なQ−β増 幅法のようなRNA増幅法がある。スプライスされたth−RNAは精製して、 配列決定するか、または標的をトランス−スプライスし、インビトロ系で毒素ま たはマーカーを産生する能力により試験する。 リポソーム、電気穿孔法。およびサイトフェクチンは、RNAを細胞に直接導 入する方法である。これらは、アンチセンスRNA送達プロトコルで広く使用さ れている。裸のまたはパッケージングされたDNAは、送達の別の可能な手段で ある。ウイルス送達システムも使用される。ただし、これらは、増殖および操作 することがより高価であり、一般には容易に利用できないかも知れない。一過性 発現を有するウイルスベクター(例えば、ゲノム内に組み込まれないアデノウイ ルスやアデノ関連ウイルス)は、問題がより少ないかも知れない。核酸ポリマー はまた、これらを複製が不可能なウイルスの空の殻に結合させて送達することが できる。ディー・アール・クック(Cook,D.R.)ら、Cancer Bioth er.9(2):131−141(1994)。 例1:治療用遺伝子の選択 治療用遺伝子は、いくつかの新規機能(例えば、欠失している機能の回復、マ ーカーとして作用、または不要な細胞の死滅)を提供する任意の遺伝子である。 欠失している機能の回復のための遺伝子は、既知の遺伝疾患で欠失しているかま たは変更されている遺伝子産物を、コードする遺伝子であってよい。マーカー遺 伝子は、細胞を同定またはイメージングするために使用される特異的な異種タン パク質またはペプチドの発現を引き起こす遺伝子であってよい。細胞を死滅させ る遺伝子は、以後の治療(例えば、放射線照射または化学療法)に対する細胞の 感受性を増強する機能を提供する、単純な毒素または他の遺伝子であってよい。 ジフテリア毒素は、単純な毒素の良い例である。未変性のDTは、Aサブユニ ットとBサブユニットから構成される。ジフテリア毒素のサブユニットAは、酵 素的毒素活性を含有し、発現されるかヒト細胞に送達されるなら機能する。Bサ ブユニットは、ヒト細胞への経膜的移動のために必要である。サブユニットAは 、単独で完全な細胞に入ることができない。サブユニットAは、Bサブユニット 無しで細胞膜の脂質二重層を通過することができないため、単独では非常に毒性 が低い。ジェイ・エム・シモン・ドノバン(Donovan,J.M.Simon)とエム・モ ンタル(M.Montal)、J.Bio1.Chem.260:8817−8823 (1985)。Aサブユニットは、いくつかのコンフォメーションで存在するこ とができる。ジフテリア毒素のサブユニットAのための遺伝子は、長さが600 nt未満である。エル・グリーンフィールド(Greenfield,L.)、エム・ビョン (M.Bjorn)、ジー・ホーン(G.Horn)、ディー・フォング(D.Fong)、ジー ・バック(G.Buck)、アール・コリア(R.Collier)、およびディー・カプラ ン(D.Kaplan)、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80:6 853−6857(1983)。図3を参照されたい。DT−Aペプチドは、異 種ペプチド配列が結合しており活性である。ビー・レケット(Leckett,B)、お よびアール・ジェイ・ゲルミナリオ(R.J.Germinario)、Cytotechn ology 10(2):125−136(1992)。追加の安全策として、 細胞外の環境に放出されたDT−Aに対する免疫化が可能である。ジェイ・ティ ー・バルビエリ(Barbieri,J.T.)、ディー・アルメリニ(D.Armellini)、ジ ェイ・モルケンチン(J.Molkentin)、およびアール・ラプオリ(R.Rappuoli )、Infect.Immun.60(12):5071−5077(1992 )。本発明で使用できる、多くの他の公知の毒素がある。 例2:プレ−治療用分子の作製 インビトロのモデル系を使用して、最も効率的なトランス−スプライスのため のプレ−治療用分子と標的mRNAのパラメータを決定する。 1.トランス−スプライスの証明:プレ−mRNA(これは、標的の分岐点アデ ノシン(BPA)を含有し、従ってシス下流のエキソンのスプライスを阻止する )に対して相補的なアンチセンス結合ドメインを含有する実験的プレ−thRN A分子(PTM)(図4と凡例を参照)、露出したBPAを含有する種々のスペ ーサー領域、3’スプライス部位およびマーカー遺伝子(ジフテリア毒素サブユ ニットA−(DTA))は、すべての核スプライス成分と標的とされたプレ−m RNA(ベータHCG)を含有するインビトロ系に添加される。図5を参照され たい。トランス−スプライスは、ベータHCGの5’エキソン1に相補的な1つ のプライマーとマーカー遺伝子(DTA)に相補的な第2の(逆)プライマーを 使用する、逆転写酵素ポリメラーゼチェイン反応(RT−PCR)により証明さ れる。PCR産物は配列決定して、上流の5’エキソンとマーカー遺伝子の正し いトランス−スプライス産物を証明した。 図6−Aは、HeLa核抽出物スプライス反応で60分目に、PTM+スペー サー(PTM2)は、PTM1(PTM+)またはPTM4(TB+スペーサー )より実質的に多いトランス−スプライスされたHCG/DTA産物を産生し、 90分の反応後にPTM1またはPTM4より5倍多いトランス−スプライスさ れたHCG/DTAを産生したことを示す。PTM1とPTM4は、90分のイ ンキュベーション後に、ほぼ等量のトランス−スプライス産物を産生した。この 実験は、18ntの結合領域は、結合ドメインと分岐部位の間のスペーサー領域 と一緒に使用される時、トランス−スプライスの特異性を顕著に上昇させること を証明している。PTM1がPTM3(データは示していない)またはPTM4 に対してトランス−スプライスが上昇していないのは、結合ドメインがPTM1 中の分岐点に近いためであり、これらの部位を分離するのはわずかに6ntであ るため、スプライス因子が、隣接する分岐点に近づくのを、標的遺伝子への結合 が阻止するためである。比較的弱い哺乳動物のコンセンサスであるYNYURA C(ここで、Aは分岐形成部位であり、Y=ピリミジン、N=任意のヌクレオチ ド、およびR=プリン)より活性の強い、酵母コンセンサス分岐部位を使用して PTM作製体1〜4が産生されたため、ベータHCGのプレ−mRNAとPTM 3またはPTM4の間で少量の非標的トランス−スプライスが観察されることは 、予測できないことではなかった。さらに、PTM作製体1〜4は、非常に強い ピリミジン領域を含有する。この分岐部位−ピリミジン領域の組合せは、スプラ イス因子(例えば、U2 AFおよびU2 snRNP)への結合傾向、および 非常に効率的にスプライスする傾向の強いPTMを与える。さらに、標的ベータ HCGプレ−mRNAとプレ−治療用分子の濃度は、この実験では生理的濃度以 上であり、これは非標的(つながった)トランス−スプライスの確率を上げる。 PTMとベータHCGのエキソン1との結合はトランス−スプライスの結果で あることを証明するために、PTM5とPTM6は、ピリミジン領域と3’スプ ライス部位を排除するように設計されている。PTM7は、3’AGスプライス 部位のみを除去するために作成した。ビー・パッターソン(Patterson B)とシ ー・ガスリー(Guthrie C)、Cell 64:181−7(1991)。完全 な細胞内の特異性は治療への応用により関係があるため、PTM5〜7は、トラ ンスフェクションされた組織培養実験で試験されている。 この実験モデルのイントロンは、5’スプライス部位、分岐点、ピリミジン領 域、および3’スプライス部位を含有する、アデノウイルス2主要後期プロモー ターリーダー1およびリーダー2スプライスユニットの部分にクローン化する。 この配列は、上流にT7 RNAプロモータ-を有するpcDNA3,1(イン ビトロゲン社(Invitrogen Corp.)のような発現ベクター内にクローン化し、そ の結果、スプライスユニットのRNAは、T7 RNAポリメラーゼ(ストラタ ジーン(Stratagene))を使用して転写できる。このような挿入体の1つのヌク レオチド(DNA)配列は次の通りである: pcDNAII−T7プロモーター 5'-3’マーカー配列 記号: *=5’スプライス部位;CATACT..=結合の標的領域;BPA=分岐点アデノシ ン;#=Py領域;**=3’スプライス部位 モデルイントロンの3’末端は、マーカー配列(例えば、Sp6プロモーター または発現可能なペプチド選択マーカー)を含有し、その結果正しくスプライス された生成物は、スプライスされていないT7転写体より短いmRNA配列とし て電気泳動分離により検出できる。スプライスされた生成物はまた、T7および Sp6配列に対するプライマー(または、使用されるマーカーに対する適切なプ ライマー)を使用してPCR増幅により検出できる。 プレ−治療用RNA分子のいくつかの領域は変化しており、特異的にトランス −スプライスする能力について試験し、トランス−スプライスの頻度を測定する 。 a)結合ドメイン−ピリミジン領域と分岐点の標的化: プロモーターの標的配列 モデルプレ−thRNA分子記号: AAAAGG..=結合の標的領域;+++++=スペーサー領域;BPA=分岐点アデノ シン;#=Py領域;**=3’スプライス部位;ACCCAG=HSVタンパク質マー カー;CACCAC...=ヒスチジンタンパク質マーカー;!=停止コドン。 ヒスチジンタンパク質マーカーを含有させると、金属キレートクロマトグラフ ィーを使用して検出が可能になり、HSVタンパク質マーカーは、モノクローナ ル抗体を使用する検出を可能にする。これらの試薬はノバゲン社(Novagen,Inc .)から入手できる。 b)上記と類似であり、異なる相補的結合領域を有する、標的/阻止に対する最 適化領域を確認するためにかつトランス−スプライス反応を増強するために、標 的分子内でより5’または3’にハイブリダイズするようにシフトしている、追 加のモデルプレ−治療用RNA分子が作成される。トランス−スプライスの効率 を上げたり下げたりするために、スプライスを調節する他の配列成分が加えられ る。 例3:インビトロスプライス反応 これらのDNA配列は、発現プラスミドと宿主にクローン化した。配列は、サ ンガー(Sanger)のジデオキシDNA配列決定により証明した。RNAはプラス ミドDNAまたはPCR増幅した鋳型から作成し、T7 RNAポリメラーゼを 使用して転写した。標的またはプレ−th−RNAを[SYMBOL97\f「 symbol」32P]UTPの存在下で合成される。完全長プレ−mRNAと 標的は、ゲル電気泳動により精製される。エス・エフ・ジャミソン(Jamison,S .F.)、エー・クロウ(A.Crow)、およびエム・エー・ガルシア−ブランコ(M .A.Garcia-Blanco)、Mol.Cell Biol.12:4279−428 7(1992) ジェイ・ディー・ディグナム(Dignam,J.D.)ら(Nuc1.Acids R es.11:1475−1489、1983)の方法を使用して核抽出物を作成 した。インビトロスプライス測定法は、エム・エー・ガルシア−ブランコ(M.A. Garcia-Blanco)、エス・エフ・ジャミソン(Jamison,S.F.)、ピー・エー・ シャープ(P.A.Sharp)(Genes and Dev.3:1874−188 6、1989)のように行った。スプライス反応物は、種々の時間インキュベー トする。終了後、反応生成物をポリアクリルアミドゲルの電気泳動で分離する。 スプライス複合体は、非変性アクリルアミドゲルで電気泳動し、オートラジオグ ラフィーで視覚化する。インビトロのスプライス産物は、変性アクリルアミドゲ ルで解析する。ジャミソン(Jamison)ら、Mol.Ce1l Biol.12 :4279−4287(1992)。 スプライスした生成物は、未変性のシス−スプライスした生成物に対して特異 的であるか、またはハイブリッドトランス−スプライスした生成物に対して特異 的なプライマーを使用して、別の反応中で逆転写PCR(RT−PCR)により 、標的mRNA5’エキソンに相補的な5’プライマー、およびトランス−スプ ライスしたマーカーまたは治療用遺伝子に対して相補的な3’プライマーを用い て解析した。同じ5’プライマーを使用して、シスおよびトランス−スプライス した生成物を検出した。結合ドメインの特異性により提供されるトランス−スプ ライスが上昇している(ゲル、図6Aを参照)。 スプライスした生成物はまた、無細胞翻訳系で発現され、トランス−スプライ スした生成物は、ある条件下で(すなわち、もしトランス−スプライスの速度が 、検出のためのマーカータンパク質の充分な濃度を産生するのに充分なだけ高い なら)ウェスタンブロットとタンパク質配列決定により検出される。 例4:競合的インビトロスプライス反応 本例は例3と同じであるが、ほんのわずかの限定された量の標的とされたプレ −mRNAを有するプレ−mRNA分子の混合物を含有する。これは、おそらく 好適なシス−スプライス反応の存在下でトランス−スプライス反応の証明を可能 にする。RT−PCRは、競合する標的ではないプレ−mRNAの存在下で、標 的プレ−mRNAとプレ−thRNAとの間のトランス−スプライスの特異性を 測定するのに使用される。可能なランダムトランス−スプライスを検出するため に、マーカー配列に対するプライマーおよび標的ではないプレ−mRNAに対し て特異的なプライマーを使用して、追加のRT−PCR増幅が行われる。 例5:ヒト肺癌培養細胞中のトランス−スプライス反応 ユニークな遺伝子(プレ−mRNA)を発現する標的細胞の治療的除去(死滅 )は、本発明のプレ−治療的毒素分子を使用して行われることを証明するために 、ヒト肺癌の細胞培養モデルを使用した。図7を参照されたい。混合細胞実験を 使用して、標的細胞のみが排除されることを証明する。インビトロ実験で同定さ れるうまくいったプレ−thRNA作製体は、細胞培養実験で使用するために適 当に修飾された。細胞死滅の特異性を改良(例えば、「安全装置」の追加)する ための実験が、現在進行中である。 予備的実験は、第1世代のPTMは、標的ではない(無差別の)トランス−ス プライスが高率に有することを示唆する。第1世代PTMはスプライス効率を最 大にするように設計されているため、これは予測しなかった結果ではない。特異 性を改良するためのいくつかの修飾が試験されている。これらには、以下のもの がある: 1.PTMのスプライス成分の一部またはすべてを被覆するための「安全装置」 の追加。 2.効率がより低いスプライス成分になるように、分岐点とピリミジン領域の配 列を変化させる。 3.ベータHCGの末端抽出物の3’スプライス部位に対する5’ドナースプラ イス部位として作用して、細胞質への排出および治療用キメラタンパク質の翻訳 に必要なポリアデニル化シグナルが得て、ポリアデニル化シグナルを含まないよ うに、しかし第2のトランス−スプライス反応を受けることができるように、P TMの3’末端を変化させる。 4.誘導性発現ベクターへのPTMのクローニング、ここで転写されるPTMの 量は制御可能である(おそらく、トランス−スプライスは普通に起きることであ る)。 例6:ヒト子宮頚癌細胞株でのトランス−スプライス反応 安定性と、特異的部位に結合し、スプライスが好ましい細胞の部位でプレー治 療用分子が産生、そこに移送、および/または送達されることを確保する能力に ついて、作製体は最適化される。核内でプレ−th−RNA作製体を産生する、 真核生物発現プラスミドを使用して予備試験を行い、従って特異的結合、標的と されたトランス−スプライス、および安定性は、最初のプレ−治療用分子の設計 目標である。誘導性プロモーターを含有するベクターは、便利性について、また は細胞中のPTMの濃度を制御するために使用される。プレ−治療用RNAの誘 導は、培地への単純な非毒素化学物質の導入により達成される。例えば、IPT Gは、pOP13 CAT(ストラタジーン(Stratagene))中の挿入体の転写 を誘導する。追加の第2の選択マーカー(例えば、ネオマイシン耐性)もまた取 り込まれる;このようなマーカーにより、ベクターを摂取した細胞のみが、選択 増殖条件下で生存するであろう。 ユニークな遺伝子標的を有する他の可能な疾患モデルは以下のものがある:パ ピローマウイルスウイルスE6またはE7タンパク質を発現するヒト子宮頚癌細 胞株、前立腺特異的抗原を発現する前立腺癌細胞株、CEAタンパク質を発現す るヒト肝臓癌細胞、または組織特異的遺伝子産物(膵臓、肝臓、乳房、大腸、黒 色腫)を発現するか、悪性腫瘍関連タンパク質(例えば、HCG(絨毛性性腺刺 激ホルモン))を産生するか、bcrabl融合遺伝子産物t(9a34;22 q11)を有する白血病、または他の染色体転座融合遺伝子を産生する他の細胞 株。 次にパピローマウイルスモデル系を試験する。子宮頚部異形成および子宮頚癌 の治療は、大きな臨床的な問題である。このモデルは、癌およびウイルス感染症 の両方に対する有効性を証明する能力を提供する。E6およびE7遺伝子を発現 するパピローマウイルスの血清型16または18で感染した女性は、子宮頚癌を 発症するリスクが高い。 最初の研究は、選択可能な発現プラスミドでトランスフェクションされる細胞 株で行われる(E6とE7を含有するパピローマウイルス18型の連続的領域お よび5’スプライス部位、BP、ピリミジン領域および標的の3’スプライス部 位を含有するスプライス領域がクローン化されている、プラスミドpREP4( ストラタジーン(Stratagene)から入手できる(プラスミド1))により与えら れるヒグロマイシン耐性のような、通常は毒性のある抗生物質の存在下で増殖す る能力)。 トランス−スプライスの証明:上記細胞株は、異なる選択マーカー(例えば、 pcDNA I Neo(ストラタジーン(Stratagene))により提供されるG 418(ネオマイシン)耐性)、および発現プラスミド1により作成されるプレ −治療用RNAをコードする発現カセットを有する、第2の発現プラスミド(プ ラスミド2)でトランスフェクションされる。前述のように、プレ−thRNA 分子は、アンチセンス結合ドメイン(標的プレ−mRNAのBPAを阻止する) 、スペーサー領域、分岐点、ピリミジン領域、3’スプライス部位およびマーカ ーもしくは毒素遺伝子、およびスプライス調節配列を有する。トランス−スプラ イスされる遺伝子が毒素遺伝子である場合、これらの細胞はあまり長く生存でき ないと予測される。トランス−スプライスは、マーカータンパク質(マーカー遺 伝子の場合)または毒素の発現により証明される。毒素は、抗体により検出でき るか、またはハイブリッドmRNAの存在はRT−PCRにより検出される。 トランスフェクションされた細胞は、エル−デイリー(El-Deiry)ら(Cel l 75:817−825、1993)の方法に従う増殖阻害測定法により測定 した。細胞を発現プラスミドでトランスフェクションした。コロニーは、G41 8の存在下での増殖に基づいて選択される。細胞を拡張し、3つの群に分け、以 下を含有するプラスミドでトランスフェクションした:a)真正毒素遺伝子を有 するプレ−thRNAに結合する標的(PTM2)、b)突然変異したまたはア ンチセンス配向毒素遺伝子を有するプレ−thRNA(PTM8)、c)挿入体 無し(pc3.1ベクター対照)、またはd)非標的結合(非均一)PTMであ るPTM4。増殖阻害は、作成される抗生物質耐性コロニーの数の減少として測 定される。CMV(サイトメガロウイルス)ベースのベクターは、標的細胞での トランスフェクション遺伝子の構成的高レベルの発現を可能にする。結果を図7 に示す。まずプラスミド2でそして完全なまたは突然変異した標的プラスミド( プラスミド1)でトランスフェクションした細胞で始めて、逆実験を行うことが できる。 2重トランスフェクション実験の簡単な説明:細胞をシャーレに入れ、一定量 のプラスミド1(ヒグロマイシン耐性を有する標的)、通常2μgのDNA、お よび種々の濃度のプラスミド2(プレ−th−RNAとG418耐性を含有する )でトランスフェクションする。G418および/またはヒグロマイシンで2〜 3週間インキュベートして耐性コロニーの選択。コロニーをメチレンブルーで染 色し、計測する。 測定結果−理論値: 1.対照(トランスフェクション無し)−コロニー無し 2.対照(2μgのプラスミド1)−200〜500コロニー 3.対照(毒素遺伝子[欠失しているかまたは突然変異している]の無い2μg のプラスミド2、および2μgのプラスミド1)−200〜500コロニー 4.2μgのプラスミド1および2μgのプラスミド2−20〜50コロニー 5.2μgのプラスミド1および20μgのプラスミド2−2〜5コロニー 結論:プラスミド2(プレ−thRNA分子中に機能性毒素遺伝子を含有する )は、これらの細胞の増殖を阻害する。 交互トランスフェクション実験の簡単な説明:細胞をシャーレに入れ、種々の 濃度のプラスミド2(プレ−th−RNAとG418耐性を含有する)でトラン スフェクションする。G418および/またはヒグロマイシンで2〜3週間イン キュベートして耐性コロニーの選択。コロニーをメチレンブルーで染色し、計測 する。 測定結果−理論値: 1.対照(トランスフェクション無し)−コロニー無し 2.対照(4μgのプラスミド1)−200〜500コロニー 3.対照(毒素遺伝子[欠失しているかまたは突然変異している]の無い4μg のプラスミド2、および4μgのプラスミド1)−200〜500コロニー 4.4μgのプラスミド1および4μgのプラスミド2−20〜50コロニー 5.4μgのプラスミド1および20μgのプラスミド2−2〜5コロニー 結論:プラスミド2(プレ−thRNA分子中に機能性毒素遺伝子を含有する )は、これらの細胞の増殖を阻害する。 細胞増殖阻害は、毒素の発現の結果であり、2本鎖RNAが細胞内に存在する 時に予測されるようなサイトカイン(例えばインターフェロン)産生の結果では ないことを証明するために、対照実験を行う。これらの実験において、結合性が なくなるように結合ドメインを変化させるか、フレームシフトナンセンス点突然 変異の挿入、もしくはアンチセンス配向の毒素遺伝子の挿入により発現できなく なるように、毒素遺伝子を突然変異させる(しかし、残りの作製体は変化がない )。プラスミド1と結合ドメインの無いまたは発現できない毒素遺伝子を有する プラスミド2でトランスフェクションした細胞は、プレ−thRNA作製体の無 い細胞と同様に増殖する。 混合細胞実験を行う。これらには、プラスミド1の無い細胞を、プラスミド1 を有する細胞とともにプラスミド2でトランスフェクションする研究を含む。最 終集団は、G418(プラスミド2が与える耐性)の存在下で充分増殖するが、 選択的物質1の存在下では増殖しない(両方のプラスミドを含有する細胞は、ト ランス−スプライスされた毒素により排除される)。隣接する細胞内での毒素の 発現は、標的ではない細胞の生存に影響を与えないことを証明するために、追加 の混合培養を行ってもよい。 例7:動物実験 第1相(マウス) 誘導性プレ−thRNAプラスミドで形質転換した細胞をマウスに投与する。 これらの細胞は、上記の細胞培養モデルで成長させ、トランス−スプライス可能 な作製体の前で誘導性プロモーターを有する、病気になった動物を得る。次にベ クターを誘導し、毒素を発現させて疾患細胞を死滅させると動物は健康なままで ある。この後者の点は、毒素遺伝子の誘導は全身的な副作用を有さないことを証 明するのに重要である。疾患細胞の一部はまた誘導後まもなく調べて、毒素遺伝 子発現の証拠について抗体で検索し、逆転写PCRを行ってトランス−スプライ スが起きたことを証明する。長期の生存と可能な毒性についてマウスを追跡する 。無胸腺マウスを使用して、ヒト細胞を増殖させる。あるいは、電気穿孔法また はリポソームによりPTMを投与することもできる。 第2相−治療用概念の証明 この相では、形質転換していない疾患細胞を有する動物を使用する(好ましく は、無胸腺マウス中のヒト細胞)。ベータHCGを発現するヒト膵臓または肺癌 細胞を、前述の実験について開発したPTMとともに使用する。上記細胞モデル で使用したパピローマウイルス18型の標的領域を含有するヒト子宮頚癌細胞を 使用することができる。ヒト膵臓癌または子宮頚癌を有する無胸腺マウスに、送 達可能な型のプレ−治療用RNA作製体を注入する化または電気穿孔を行う。対 照動物には、発現不可能な毒素遺伝子を有するプレ−th−RNAすなわちシャ ム(非標的結合)プレ−th−RNAを投与する。前述のように長期生存と毒性 について動物を調べる。
【手続補正書】特許法第184条の8第1項 【提出日】平成9年7月15日(1997.7.15) 【補正内容】 (1) 第2の 工程では、5’エキソンは、ラリアット生成物としてイントロンを放出しながら 3’エキソンに結合する。これらの工程は、小さな核リボヌクレオタンパク質と スプライソソーム(spliceosome)と呼ばれるタンパク質との複合体中で触媒さ れる(ムーア(Moore)ら、The RNA World)。 エステル交換スプライス反応部位は、5’および3’スプライス部位の周りの 共通配列(consensus sequences)により規定される。5’スプライス部位共通 配列は、AG/GURAGUである(ここで、N=任意のヌクレオチド、A=ア デノシン、U=ウラシル、G=グアニン、C=シトシン、R=プリン、Y=ピリ ミジン、および/=スプライス部位である)。ムーア(Moore)ら、The R NA World。下線を引いたヌクレオチド配列は、ほとんどすべてのプレ− mRNAイントロンに対して共通であり、まれに例外的にGUの代わりにGCが 存在することがある。3’スプライス部位は、3つの異なる配列成分からなる: 分岐点または分岐部位、ポリピリミジン領域、および3’共通配列。これらの成 分は、3’スプライス部位領域をゆるく規定し、これは3’スプライス部位の上 流の100ヌクレオチドのイントロンを含むこともある。哺乳動物の分岐点共通 配列は、YNCUGCである。下線を引いたAは、分岐形成の部位である(B PA=分岐点アデノシン)。3’スプライス共通配列は、YAG/Gである。分 岐点とスプライス部位の間に、通常ポリピリミジン領域があり、これは、効率的 な分岐点利用と3’スプライス部位認識のために哺乳動物系において重要である (アール・ロスシグノ(Roscigno,R.)、エム・ウェイナー(M.Weiner)およ びエム・エー・ガルシアーブランコ(M.A.Garcia-Blanco)、J.Biol.C hem.268、14:11222−11229,1993)。分岐点とポリピ リミジン領域の下流の最初のYAGジヌクレオチドは、最も一般的に使用される 3’スプライス部位である。シー・ダブリュー・ジェイ・スミス(Smith,C.W.J .)、イー・ビー・ポッロ(E.B.Porro)、ジェイ・ジー・パットン(J.G.Pat ton)およびビー・ナダール−ギナンド(B.Nadal-Ginand)(1989)Nat ure 342:243−247。 シス対トランス−スプライス 通業エキソンは、同じプレ−mRNA中の他のエキソンに結合し(シス−スプ ライス)、他のプレ−mRNA中のエキソンには結合(トランス−スプライス) しない。しかし、相補的配列を使用して、プレ−mRNAの半分ずつをつなぐこ とによりインビトロで効率的なトランス−スプライスを観察することが可能であ る。 (2) (1986)]。Po lynucleotides(エルセビア(Elsevier)、アムステルダム)。長 い相補的配列は、2本鎖の安定性を上昇させるが、非常に長い領域は、わずかに 5〜10の連続的な塩基を介して複数のmRNAと相互作用し、こうしてその特 異性を低下させることがある。相補前配列は、その5’末端および/または3’ 末端に、非結合性RNAまたはDNA配列または他の核酸類似体または化学基を 有することがある。結合はまた、他の機構、例えば3本鎖らせん形成、およびタ ンパク質−核酸相互作用(例えば、遺伝子プロモーターとDNAの間の相互作用 )によっても行われる。組織特異的プロモーターの例には、ブリンスター(Brin ster)ら、Nature 306:332−336(1983)が記載した免疫 グロブリンプロモーターや、ブッチーニ(Bucchini)ら、PNAS 83:25 11−2545(1986)が記載したインスリンプロモーターがある。当業者 に公知の結合の他の手段を使用してもよい。 ジフテリア毒素(DT)、リシン、シュードモナス(Pseudomonas)毒素、シ ガ毒素、およびコレラ毒素のような毒素は、極めて強力である。1つのDTの分 子が、細胞質内で酵素的に作用して、細胞を死滅させることができる。エム・ヤ マイズミ(Yamaizumi.M.)、イー・メカダ(E.Mekada)、ティー・ウチダ( T.Uchida)およびワイ・オカダ(Y.Okada)、Cell 15:245−25 0(1978)。これらの毒素は、AサブユニットおよびBサブユニットからな る同様の基本構造を有しているようであり、ここで、Bサブユニットは細胞表面 に結合し、細胞へのAサブユニットの移動を促進し、Aサブユニットは酵素的毒 素活性を有する。アール・コリア(Collier,R.)とジェイ・コンデル(J.Kon del)、J.Biol.Chem.246:1496−1503(1971); およびディー・ギル(Gill.D.)とエー・パッペンハイマー(A.Pappenheimer )、J.Biol.Chem.246:1492−1495(1971)。DT のAサブユニット(DT−A)は、伸長因子2中のNADから通常のアミノ酸( ジプタミド(dipthamide))へのADP−リボゾームの移動を触媒する。テイー ・ホンジョー(Honjo,T.)、ワイ・ニシズカ(Y.Nishizuka)およびオー・ハ ヤイシ(O.Hayaishi)、J.Biol.Chem.243:3553−355 5(1968);およびディー・ギル(Gill.D.)、エー・パッペンハイマー( A.Pappenheimer)、アール・ブラウン(R.Brown)およびジェイ・クルニック (J.Krunick)、J.of Experimental Medicine 1 29:1−21(1969)。そのような結合は、細胞のタンパク質合成を停止 させ、細胞にとって致死的である。選択された細胞内にDT−Aを送達するかこ の発現を試みる多くの治療上の方策があり、例えばDT−Aの遺伝子発現の転写 制御がある。(ディー・エフ・ロビンソン(Robinson,D.F.)、ティー・エィチ ・マクスウェル(T.H.Maxwell)、Hum.Gene Ther.(6)2:1 37−145.1995:ディー・アール・クック(Cook D.R.) (3) 分岐点アデノシン、スプライソソーム結合部位、ポリピリミジン領域、またはス プライス部位)を覆うかまたは阻止する能力のような特徴により増強される。 2)スペーサー領域: 治療用RNAスプライス部位を標的結合ドメインから分離するためのスペーサ ー領域。スペーサー領域は、スプライスされていない治療用RNAの翻訳を阻止 する停止コドン、および標的へのスプライスを増強する配列のような特徴を有し てもよい。 プレ−治療用分子(PTM)のための「安全装置」を、スペーサー、結合ドメ イン、またはPTM内のいずれかに取り込んでもよい(図1−B)。これは、比 較的弱い相補性によりPTMの3’スプライス部位および/または5’スプライ ス部位の成分を覆って、非特異的トランス−スプライスを防ぐ、PTMの領域で ある。PTMの結合/標的部分のハイブリダイゼーションにより、3’スプライ ス部位が露出し、充分に活性になる(図1−Cを参照)。 「安全装置」は、シス−配列の1つまたはそれ以上の相補的区間(または、第 2の異なる核酸鎖)からなり、PTMの分岐点片側または両側、ピリミジン領域 、および/または3’スプライス部位(スプライス成分)に弱く結合するか、ま たはスプライス成分自身の一部に結合できる。この「安全装置」結合は、スプラ イス成分が活性になるのを防止するであろう(すなわち、U2 snRNPまた は他のスプライス成分が、PTMスプライス部位認識成分に結合するのを阻止す る)。「安全装置」の結合は、PTMの標的結合領域が標的プレ−mRNAに結 合し、こうしてPTMスプライス成分を露出させ活性化(これらが、標的プレ− mRNAにトランス−スプライスされることを可能にする)することにより、破 壊される。 3)3’スプライス部位および/または5’スプライス部位 これは、分岐点、ピリミジン領域および3’または5’スプライス部位を含有 する。 4)治療用遺伝子: 標的mRNA内でスプライスされ次に発現されて、細胞の死滅のような治療効 果を現す、1つまたはそれ以上の例えばジフテリア毒素のような治療用遺伝子 (4) マーカー;!=停止コドン。 ヒスチジンタンパク質マーカーを含有させると、金属キレートクロマトグラフ ィーを使用して検出が可能になり、HSVタンパク質マーカーは、モノクローナ ル抗体を使用する検出を可能にする。これらの試薬はノバゲン社(Novagen,Inc .)から入手できる。 b)上記と類似であり、異なる相補的結合領域を有する、標的/阻止に対する最 適化領域を確認するためにかつトランス−スプライス反応を増強するために、標 的分子内でより5’または3’にハイブリダイズするようにシフトしている、追 加のモデルプレ−治療用RNA分子が作成される。トランス−スプライスの効率 を上げたり下げたりするために、スプライスを調節する他の配列成分が加えられ る。 例3:インビトロスプライス反応 これらのDNA配列は、発現プラスミドと宿主にクローン化した。配列は、サ ンガー(Sanger)のジデオキシDNA配列決定により証明した。RNAはプラス ミドDNAまたはPCR増幅した鋳型から作成し、T7 RNAポリメラーゼを 使用して転写した。標的またはプレ−th−RNAを[α32P]UTPの存在下 で合成される。完全長プレ−mRNAと標的は、ゲル電気泳動により精製される 。エス・エフ・ジャミソン(Jamison,S.F.)、エー・クロウ(A.Crow)、お よびエム・エー・ガルシアーブランコ(M.A.Garcia-Blanco)、Mol.Cel l Biol.12:4279−4287(1992) ジェイ・ディー・ディグナム(Dignam,J.D.)ら(Nucl.Acids R es.11:1475−1489、1983)の方法を使用して核抽出物を作成 した。インビトロスプライス測定法は、エム・エー・ガルシア−ブランコ(M.A. Garcia-Blanco)、エス・エフ・ジャミソン(Jamison,S.F.)、ピー・エー・ シャープ(P.A.Sharp)(Genes and Dev.3:1874−188 6、1989)のように行った。スプライス反応物は、種々の時間インキュベー トする。終了後、反応生成物をポリアクリルアミドゲルの電気泳動で分離する。 スプライス複合体は、非変性アクリルアミドゲルで電気泳動し、オートラジオグ ラフィーで視覚化する。インビトロのスプライス産物は、変性アクリルアミドゲ ルで解析する。ジャミソン(Jamison)ら、Mol.Cell Biol.12 :4279−4287(1992)。 【図2】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61P 35/00 A61P 35/00 37/06 37/06 43/00 105 43/00 105 C12N 5/10 C12N 5/00 B C (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF ,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE, SN,TD,TG),AP(KE,LS,MW,SD,S Z,UG),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD ,RU,TJ,TM),AL,AM,AT,AU,AZ ,BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH,CN, CU,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,GB,G E,HU,IL,IS,JP,KE,KG,KP,KR ,KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV, MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ,P L,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI,SK ,TJ,TM,TR,TT,UA,UG,US,UZ, VN

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.プレ−治療用分子であって、 a)標的プレ−mRNAに対する結合領域、 b)3’スプライス部位、5’スプライス部位、または3’および5’スプライ ス部位、 c)RNAとして機能する配列、または治療用タンパク質、有用なタンパク質、 もしくは遺伝子産物をコードする配列、 d)スプライス調節配列、および e)治療用RNAのスプライスと産生に必要な配列成分、を含む上記分子。 2.結合は相補性または他の手段により仲介される、請求の範囲第1項記載の分 子。 3.治療用または有用なタンパク質をコードする配列を含む、請求の範囲第1項 記載の分子。 4.特定の標的細胞中の機能性の治療用RNAまたは核酸類似体の産生方法であ って、請求の範囲第1項記載のプレ−治療用分子を投与するか、またはプレ−治 療用分子のin situ発現を起こさせて、ユニークなプレ−mRNAまたは プレ−mRNAの集団を発現する細胞を標的とし、ここでユニークなプレ−mR NAは、プレ−治療用RNAによるトランス−スプライスの基質であり、トラン ス−スプライスは機能性の治療用RNAを産生する、上記方法。 5.治療用RNAは、治療用または有用なタンパク質をコードする配列を含む、 請求の範囲第3項記載の方法。 6.動物、植物、および下等真核生物よりなる群から選択される被験体に、特定 の標的細胞中の治療用RNAを提供する方法であって、被験体(被験体は、ユニ ークなプレ−mRNAまたはプレ−mRNAの集団を発現する細胞を有し、この ユニークなプレ−mRNAは、プレ−治療用分子によるトランス−スプライスの 基質であり、トランス−スプライスは機能性の治療用RNAを産生する)に請求 の範囲第1項のプレ−治療用分子を投与することからなる、上記方法。 7.動物はヒトである、請求の範囲第6項記載の方法。 8.治療用RNAは、治療用または有用なタンパク質をコードする配列を含む、 請求の範囲第6項記載の方法。 9.分子は、RNA、DNA、ペプチド核酸、および他の核酸類似体よりなる群 から選択される、請求の範囲第1項記載の分子。 10.請求の範囲第1項記載の分子と分子を投与するための手段を含むキット。
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