JP2003159057A - ハイブリダイゼーション高速化方法およびその方法を用いた生体高分子測定装置 - Google Patents
ハイブリダイゼーション高速化方法およびその方法を用いた生体高分子測定装置Info
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Abstract
ット生体高分子とプローブ生体高分子とのハイブリダイ
ゼーションの高速化を可能にし、高速、高感度、高再現
性を図ったハイブリダイゼーション高速化方法を提供す
る。 【解決手段】生体高分子に磁性体を貼付してこれに磁気
吸引力を作用させ、溶液中のターゲット生体高分子とプ
ローブ生体高分子の相補的結合を高速化する。
Description
蛋白、糖鎖などの生体高分子の相補的結合を行なうハイ
ブリダイゼーションに関し、特にハイブリダイゼーショ
ンの高速化、高感度化、高再現性を図るための改良に関
するものである。
ブリダイゼーション機器は、遺伝子発現解析を網羅的に
行うことができる画期的なツールとして広く使われ出し
た。
ハイブリダイゼーション機器では、次のような理由によ
り、結果を得るまでに数時間あるいは半日以上待たなけ
ればならないという課題があった。
ット生体高分子と言う)は溶液中の3次元空間を相補的
結合相手のプローブとしての生体高分子(以下プローブ
生体高分子と言う)を探し求めて自らのブラウン運動の
みにより動き回る。たまたま相補的結合相手の近傍に到
達すると、そのときはじめてハイブリダイゼーション可
能となる。なお、ここでは、DNAを例にとって説明す
る。したがって、以下ターゲット生体高分子はターゲッ
トDNA、プローブ生体高分子はプローブDNAと言
う。
結合関係にあるプローブDNAに出会うことになるが、
ナノオーダの大きさのターゲットDNAが相対的に粘性
の大きな液中を動き回るために多大な時間がかかってし
まう。
の非特異的な吸着は、感度および再現性低下の最大の要
因といわれており、現在のDNAチップをはじめとする
ハイブリダイゼーション機器全体の性能低下を招来して
いる。
NA上の一塩基の違いを測定できてはじめて可能となる
SNPs検出用に適したDNAチップは、世界数百社あ
るDNAチップメーカといえどもまだほとんど姿を現わ
していないという問題もある。
ので、磁性体を用い、磁気吸引力を作用させてターゲッ
ト生体高分子とプローブ生体高分子とのハイブリダイゼ
ーションの高速化を可能にし、高速、高感度、高再現性
を図ったハイブリダイゼーション高速化方法を提供する
ことにある。本発明の他の目的は、上記方法を用いた生
体高分子測定装置を提供することにある。
るために、請求項1のハイブリダイゼーション高速化方
法の発明は、生体高分子に磁性体を貼付してこれに磁気
吸引力を作用させ、溶液中のターゲット生体高分子とプ
ローブ生体高分子の相補的結合を高速化するようにした
ことを特徴とする。このような方法によれば、ターゲッ
ト生体高分子とプローブ生体高分子とを強制的に近付け
てハイブリダイゼーションの時間を短縮することができ
る。従来は溶液中を自らのブラウン運動のみにより動き
回り、たまたま相補的結合相手のプローブ生体高分子に
到達したときにはじめてハイブリダイゼーションが行わ
れていたため、半日以上の長時間を要したが、本発明に
よれば格段に短い時間でハイブリダイゼーションを行な
うことができる。
NAに磁性体を貼付する。またその磁性体としては、請
求項3のように、蛍光標識付き磁気ビーズ、または蛍光
標識と磁気イオンの付加したインターカレータである。
ハイブリダイズを剥がす効果がある。請求項4のように
磁気吸引力の向きを変化させるとハイブリダイゼーショ
ンの促進とミスハイブリダイズの除去が行われ、磁気吸
引力の向きを交互に複数回繰り返すとハイブリダイゼー
ションの促進効果とミスハイブリダイズの除去効果は一
層高まる。
って、プローブ生体高分子と磁性体の貼付されたターゲ
ット生体高分子を含む容器と、この容器の外側であって
プローブ生体高分子側、またはそのプローブ生体高分子
側とその対向側に配置された磁気吸引力発生体と、この
磁気吸引力発生体を励磁する駆動回路を備え、前記磁気
吸引力発生体の磁力により磁性体を吸引して前記ターゲ
ット生体高分子をプローブ生体高分子側に引っ張り、ハ
イブリダイゼーションを高速化するように構成したこと
を特徴とする。このような構成によれば、浮遊している
ターゲット生体高分子は電磁石側に引っ張られ、ハイブ
リダイゼーションが容易に高速化できる。
体をチップに対して相対的に移動させるように構成する
こともできる。この場合、磁気吸引力発生体として永久
磁石を用いることができる。
用いることができ、請求項8のように2組の電磁石を交
互に励磁すると、ハイブリダイゼーションの促進とミス
ハイブリダイズの除去を進めることができ、高速、高感
度、高再現性ハイブリダイゼーションを容易に実現する
ことができる。
体高分子側に配置された電磁石を複数の電磁石により形
成された2次元状配列の電磁石アレーとし、前記電磁石
駆動回路により複数の電磁石を全て同時に、または順番
に励磁できるように構成する。このような構成によれ
ば、浮遊中のターゲット生体高分子を一斉にプローブ生
体高分子側に集めた後、次に電磁石アレーをX方向およ
びY方向に順序正しく走査して励磁して行くと、プロー
ブDNA側に集められたターゲットDNAは各スポット
間を引き回されるので、相補結合のプローブDNAに遭
遇する確率は高くなる。
の電磁石を試料面の2次元面内で独立に極性変更するこ
とによっても、磁性体を容器内で移動させることができ
る。
説明する。図1は本発明に係るハイブリダイゼーション
高速化方法を実現するための装置の一実施例を示す構成
図である。なお、本実施例ではDNAを対象として説明
してある。
2はガラスなどで形成されたカバー、3はDNAが混入
された溶液、4はプローブDNA、5はターゲットDN
A、8a,8bは電磁石、9は電磁石駆動回路である。
付けられていて、その中にDNAを含む溶液3が充填さ
れている。プローブDNA4は既知のDNAであり、基
板1のサイトの表面に固定化されている。ターゲットD
NA5には磁性体(例えば、磁気ビーズ等)が貼付され
ると共に蛍光標識7が付着されており、初期状態ではこ
のターゲットDNA5は溶液3中に浮遊している。
方の電磁石8bは電磁石8aに対向してカバー2の上端
面側に着脱自在に配置されている。電磁石8a,8bは
電磁石駆動回路9により個別に励磁され、磁力が制御さ
れるように構成されている。電磁石が励磁されると、溶
液中に浮遊しているターゲットDNA5の磁性体6に磁
性吸引力が作用し、ターゲットDNA5は当該励磁電磁
石側へ引っ張られる。
る。電磁石駆動回路9により電磁石8aを励磁して磁力
を発生させる。これにより磁性体6に磁気吸引力が働
き、溶液3に浮遊中のターゲットDNA5は図中に矢印
で示す移動方向に引っ張られて、図2に示すようにプロ
ーブDNA4側に移動する。
A濃度が上昇すると、相補的結合関係にあるプローブD
NA4とターゲットDNA5の出会う機会が増える。こ
のようにターゲットDNA5を磁性によりプローブDN
A4側に強制的に引っ張ることにより、ハイブリダイゼ
ーションの時間短縮が可能となる。
を切り換えて電磁石8bの方を励磁する。磁気吸引力の
向きは逆転する。これにより、ターゲットDNA5は電
磁石8bの方へ引っ張られる。このとき、既にプローブ
DNA4とハイブリダイズしているターゲットDNAは
相補的結合力が強くプローブDNAからは剥がれず結合
したままである。
したDNAの中には、完全に相補的な関係にある部位だ
けでなく、一部分ハイブリダイズできない部分(ミスハ
イブリダイズの部分)が存在する場合がある。そのよう
なミスハイブリダイズしたターゲットDNAは、結合力
が弱く、結合を引き剥がそうとする磁力に打ち勝つこと
ができず、引き剥がされてしまう。
吸引方向を交互に複数回切り換えれば、ハイブリダイゼ
ーションの促進とミスハイブリダイズの除去を進めるこ
とができ、高速、高感度、高再現性のDNAチップを容
易に得ることができる。ハイブリダイゼーション後に
は、電磁石を取り外し、周知の技法により蛍光を検出し
て、未知のターゲットDNAの遺伝子配列を、ハイブリ
ダイズした既知のプローブDNAから求めることができ
る。
例示を目的として特定の好適な実施例を示したに過ぎな
い。したがって本発明は、上記実施例に限定されること
なく、その本質から逸脱しない範囲で更に多くの変更、
変形をも含むものである。
トにプローブDNAがそれぞれ固定化されている場合
に、図3の平面図に示すように、サイトに対応して複数
の電磁石が配列された電磁石アレー10を電磁石8aと
して使用しても構わない。なお、複数の電磁石は例えば
N極(またはS極)面が揃うように配列されている。こ
の場合、電磁石駆動回路9を、電磁石アレー全体の同時
励磁または電磁石1個ずつの順次励磁のいずれでも選択
的に実行することができるように構成しておく。
レー全体を同時に励磁して浮遊中のターゲットDNAを
基板1側に引き寄せる。次に、電磁石アレーをX方向、
Y方向(紙面に平行な方向)に1個ずつ順序良く励起し
てゆく。基板1に近づいているターゲットDNA5は各
サイト(スポット)間を引き回されるため、相補結合の
プローブDNAに遭遇する機会が多くなる。したがっ
て、このような構成においても、確実にハイブリダイゼ
ーション時間は短縮される。
bの方を励磁すると、ミスハイブリダイズしている部分
は強制的に引き剥がされる。上記の電磁石8aと電磁石
8bの励磁を繰り返すことにより、ミスハイブリダイズ
のDNAおよび浮遊ターゲットDNAはプローブDNA
からはより完全に分離される。その後、分離したプロー
ブDNAを洗浄工程で洗い流せば、ハイブリダイズした
DNAのみが残り、S/N比の向上した、高感度、高再
現性のDNAチップを容易に得ることができる。
性体6としては、実施例に示す蛍光標識付きの磁気ビー
ズに限らず、図4に示すように、DNA5に結合し、か
つ鉄などの磁性体イオンを含むインターカレータ20を
使用することもできる。
磁石を用いてもよい。この場合、上記実施例のような励
磁のオン・オフの代わりに、永久磁石を試料に対してX
YZの3次元方向に機械的に移動すれば、磁界の強弱や
方向の変化を実現することができる。
ような効果がある。 (1)DNAに貼付の磁性体に、外部より磁力を与えて
磁気吸引力を作用させ、溶液中のターゲットDNAとプ
ローブDNAの相補的結合を強制的に高速化するため、
ハイブリダイゼーションの高速化を容易に実現すること
ができる。
イブリダイゼーションの促進効果とミスハイブリダイズ
の除去効果の両方が発揮でき、磁気吸引力の向きを交互
に複数回繰り返すとハイブリダイゼーションの促進効果
とミスハイブリダイズの除去効果は一層高められ、高
速、高感度、高再現性ハイブリダイゼーションを容易に
実現することができる。
DNA側に集められたターゲットDNAがさらにスポッ
ト間を引き回されるため、ターゲットDNAは相補結合
のプローブDNAに一層遭遇し易くなる。
法を実現するための装置の一実施例を示す構成図であ
る。
の図である。
る。
せた場合の概念図である。
Claims (10)
- 【請求項1】生体高分子に磁性体を貼付してこれに磁気
吸引力を作用させ、溶液中のターゲット生体高分子とプ
ローブ生体高分子の相補的結合を高速化するようにした
ハイブリダイゼーション高速化方法。 - 【請求項2】前記ターゲット生体高分子に磁性体を貼付
したことを特徴とする請求項1記載のハイブリダイゼー
ション高速化方法。 - 【請求項3】前記磁性体は、蛍光標識付き磁気ビーズ、
または蛍光標識と磁気イオンが付加されたインターカレ
ータであることを特徴とする請求項2記載のハイブリダ
イゼーション高速化方法。 - 【請求項4】前記磁気吸引力の向きを反対方向に変化さ
せ、ハイブリダイゼーションの促進とミスハイブリダイ
ズの除去を進めるようにしたことを特徴とする請求項1
ないし3記載のハイブリダイゼーション高速化方法。 - 【請求項5】ターゲットとする特定の生体高分子の断片
の有無をハイブリダイゼーションを用いて確認する生体
高分子測定装置であって、 プローブ生体高分子と磁性体の貼付されたターゲット生
体高分子を含む容器と、 この容器の外側であってプローブ生体高分子側、または
そのプローブ生体高分子側とその対向側に配置された磁
気吸引力発生体と、 この磁気吸引力発生体を励磁する駆動回路を備え、前記
磁気吸引力発生体の磁力により磁性体を吸引して前記タ
ーゲット生体高分子をプローブ生体高分子側に引っ張
り、ハイブリダイゼーションを高速化するように構成し
たことを特徴とする生体高分子測定装置。 - 【請求項6】前記磁気吸引力発生体を試料面に対して相
対的に移動させる手段を備えたことを特徴とする請求項
5記載の生体高分子測定装置。 - 【請求項7】前記磁気吸引力発生体として電磁石を用い
たことを特徴とする請求項5または6記載の生体高分子
測定装置。 - 【請求項8】前記プローブ生体高分子側とその対向側に
配置された電磁石は交互に励磁されるように構成された
ことを特徴とする請求項7記載の生体高分子測定装置。 - 【請求項9】前記プローブ生体高分子側に配置された電
磁石は複数の電磁石から形成された2次元状配列の電磁
石アレーであり、前記電磁石駆動回路は複数の電磁石を
全て同時または順番に励磁するようにしたことを特徴と
する請求項7記載の生体高分子測定装置。 - 【請求項10】前記プローブ生体高分子側に配置された
電磁石は複数の電磁石から形成された2次元状配列の電
磁石アレーであり、前記電磁石駆動回路は複数の電磁石
を試料面の2次元面内で独立に極性変更するようにした
ことを特徴とする請求項7記載の生体高分子測定装置。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2001357298A JP2003159057A (ja) | 2001-11-22 | 2001-11-22 | ハイブリダイゼーション高速化方法およびその方法を用いた生体高分子測定装置 |
Applications Claiming Priority (1)
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| JP2001357298A JP2003159057A (ja) | 2001-11-22 | 2001-11-22 | ハイブリダイゼーション高速化方法およびその方法を用いた生体高分子測定装置 |
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| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2003159057A true JP2003159057A (ja) | 2003-06-03 |
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ID=19168661
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2001357298A Pending JP2003159057A (ja) | 2001-11-22 | 2001-11-22 | ハイブリダイゼーション高速化方法およびその方法を用いた生体高分子測定装置 |
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| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP2003159057A (ja) |
Cited By (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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| JP2010512752A (ja) * | 2006-12-13 | 2010-04-30 | ルミネックス・コーポレーション | Pcrのリアルタイムでの多重分析のためのシステムおよび方法 |
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-
2001
- 2001-11-22 JP JP2001357298A patent/JP2003159057A/ja active Pending
Cited By (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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