JP2003284559A - 細菌種同定方法 - Google Patents
細菌種同定方法Info
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Landscapes
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 本発明の課題は、細菌の１６ＳｒＲＮＡを対
象とし、細菌種の同定のためいくつかの特異的なプロー
ブを組合せ、擬陽性及び偽陰性を回避しながら、高精度
に細菌種を同定する方法を提供すること。 【解決手段】 食中毒検出用チップとして有用な試薬の
提供のため、各菌種に特異的なプローブと、系統解析で
の各細菌種もしくは細菌群への分岐点に位置するプロー
ブを組合わせることで、擬陽性及び偽陰性を回避しなが
ら、高精度に細菌種を同定する方法を提供することに成
功し本発明を完成した。
象とし、細菌種の同定のためいくつかの特異的なプロー
ブを組合せ、擬陽性及び偽陰性を回避しながら、高精度
に細菌種を同定する方法を提供すること。 【解決手段】 食中毒検出用チップとして有用な試薬の
提供のため、各菌種に特異的なプローブと、系統解析で
の各細菌種もしくは細菌群への分岐点に位置するプロー
ブを組合わせることで、擬陽性及び偽陰性を回避しなが
ら、高精度に細菌種を同定する方法を提供することに成
功し本発明を完成した。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、ある細菌種の同定
をいくつかの特異的なプローブの組合せにより、擬陽性
及び偽陰性を回避しながら、高精度に細菌種を同定する
ための細菌検出用チップ、菌種同定方法 およびこれに
利用する塩基配列に関する。
をいくつかの特異的なプローブの組合せにより、擬陽性
及び偽陰性を回避しながら、高精度に細菌種を同定する
ための細菌検出用チップ、菌種同定方法 およびこれに
利用する塩基配列に関する。
【０００２】
【従来の技術】菌種同定方法としては、１６ＳｒＲＮＡ
の特定領域について、２段階のＰＣＲ（Nested PCR）
を行い、生成する増幅産物を検出・遺伝子配列を決定す
ることにより、マイコプラズマ属、ウレアプラズマ属の
菌種同定を行う方法がある。しかし、これはあくまで、
特異的な領域を増幅して検出し、塩基配列を決定の上系
統解析にあてはめて菌種を同定するにすぎないものであ
った。
の特定領域について、２段階のＰＣＲ（Nested PCR）
を行い、生成する増幅産物を検出・遺伝子配列を決定す
ることにより、マイコプラズマ属、ウレアプラズマ属の
菌種同定を行う方法がある。しかし、これはあくまで、
特異的な領域を増幅して検出し、塩基配列を決定の上系
統解析にあてはめて菌種を同定するにすぎないものであ
った。
【０００３】
【発明が解決しようとする課題】本発明の課題は、細菌
の１６ＳｒＲＮＡを対象とし、細菌種の同定のためいく
つかの特異的なプローブを組合せ、擬陽性及び偽陰性を
回避しながら、高精度に細菌種を同定する方法を提供す
ることである。
の１６ＳｒＲＮＡを対象とし、細菌種の同定のためいく
つかの特異的なプローブを組合せ、擬陽性及び偽陰性を
回避しながら、高精度に細菌種を同定する方法を提供す
ることである。
【０００４】
【課題を解決するための手段】本発明は、食中毒検出用
チップとして有用な試薬の提供のため、各菌種に特異的
なプローブと、系統解析での各細菌種もしくは細菌群へ
の分岐点に位置するプローブを組合わせることで、擬陽
性及び偽陰性を回避しながら、高精度に細菌種を同定す
る方法を提供することに成功し本発明を完成した。
チップとして有用な試薬の提供のため、各菌種に特異的
なプローブと、系統解析での各細菌種もしくは細菌群へ
の分岐点に位置するプローブを組合わせることで、擬陽
性及び偽陰性を回避しながら、高精度に細菌種を同定す
る方法を提供することに成功し本発明を完成した。
【０００５】すなわち、本発明は、
１．細菌の16SrRNAを対象とする細菌種同定方法であっ
て、系統解析での各細菌種もしくは細菌群への分岐点に
位置するプローブ、及び各細菌種に特異的なプローブを
少なくとも組合わせて用いることを特徴とする細菌検出
用チップ。 ２．配列番号59〜68の塩基配列、これら塩基配列にスト
リンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列、
またはこれら塩基配列の相補鎖から選択されるプローブ
の少なくとも１の配列を組み合わせてなる前項１の細菌
検出用チップ。 ３．配列番号1〜58の塩基配列、これら塩基配列にスト
リンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列、
またはこれら塩基配列の相補鎖から選択されるプローブ
の少なくとも１の配列との併用で利用される前項２の細
菌検出用チップ。 ４．前項１〜３の何れか一に記載の細菌検出用チップに
よる菌種同定方法。 ５．食中毒細菌検出用である前項４の菌種同定方法。 ６．以下から選択される塩基配列； １）配列表の配列番号１〜１６、１９〜２３、２７〜６
８において特定される塩基配列、 ２）１）の各配列にストリンジェントな条件下でハイブ
リダイズする塩基配列、 ３）１）又は２）の各配列への相補鎖。からなる。
て、系統解析での各細菌種もしくは細菌群への分岐点に
位置するプローブ、及び各細菌種に特異的なプローブを
少なくとも組合わせて用いることを特徴とする細菌検出
用チップ。 ２．配列番号59〜68の塩基配列、これら塩基配列にスト
リンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列、
またはこれら塩基配列の相補鎖から選択されるプローブ
の少なくとも１の配列を組み合わせてなる前項１の細菌
検出用チップ。 ３．配列番号1〜58の塩基配列、これら塩基配列にスト
リンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列、
またはこれら塩基配列の相補鎖から選択されるプローブ
の少なくとも１の配列との併用で利用される前項２の細
菌検出用チップ。 ４．前項１〜３の何れか一に記載の細菌検出用チップに
よる菌種同定方法。 ５．食中毒細菌検出用である前項４の菌種同定方法。 ６．以下から選択される塩基配列； １）配列表の配列番号１〜１６、１９〜２３、２７〜６
８において特定される塩基配列、 ２）１）の各配列にストリンジェントな条件下でハイブ
リダイズする塩基配列、 ３）１）又は２）の各配列への相補鎖。からなる。
【０００６】
【発明の実施の形態】本発明は、細菌の16SrRNAを対象
とする細菌種同定方法である。菌体RNAの抽出は、自体
公知の方法でおこない、自体公知の方法で増幅して同定
に用いうる。検体の調製は、臨床検査法提要（金原出版
株式会社）に記載の方法で行いうる。調製された検体に
本発明のプローブに標識化した試薬を反応させ、目的遺
伝子の検出を行う。プローブの標識は、通常化学合成す
る場合、ビオチン、ジゴキシゲニン、DNP等である。ま
た、RI標識法によってもよい。
とする細菌種同定方法である。菌体RNAの抽出は、自体
公知の方法でおこない、自体公知の方法で増幅して同定
に用いうる。検体の調製は、臨床検査法提要（金原出版
株式会社）に記載の方法で行いうる。調製された検体に
本発明のプローブに標識化した試薬を反応させ、目的遺
伝子の検出を行う。プローブの標識は、通常化学合成す
る場合、ビオチン、ジゴキシゲニン、DNP等である。ま
た、RI標識法によってもよい。
【０００７】図１は、害微生物の16S rRNAに基づく系統
解析と検出用プローブの位置付けを示す。図は、微生物
名を記載し、その次に当該微生物検出用のプローブ番号
を記す。例えば、最上部のS.shomron（微生物名）はAE0
01のプローブ（図４：配列番号１）と27のプローブ（図
５：配列番号６８）が有用であることを示す。図中カッ
コ内の数字は塩基のミスマッチ数を示す。
解析と検出用プローブの位置付けを示す。図は、微生物
名を記載し、その次に当該微生物検出用のプローブ番号
を記す。例えば、最上部のS.shomron（微生物名）はAE0
01のプローブ（図４：配列番号１）と27のプローブ（図
５：配列番号６８）が有用であることを示す。図中カッ
コ内の数字は塩基のミスマッチ数を示す。
【０００８】本発明の各細菌種に特異的なプローブと
は、細菌の特異的配列部分を同定しそれをプローブにす
ればよい。本発明では、配列表の配列番号１〜５８がこ
れに該当する。なお、配列番号１（プローブ名：AE00
1）は、全てeubacteriaに共通である。本発明の特徴で
ある系統解析での各細菌種もしくは細菌群への分岐点に
位置するプローブとは、図１の分枝部が該当する。この
具体例は配列表の配列番号５９〜６８（図５）が該当す
る。この２種類を少なくとも組合わせたプローブを用い
ることで従来にない有用な細菌検出用チップが提供され
る。
は、細菌の特異的配列部分を同定しそれをプローブにす
ればよい。本発明では、配列表の配列番号１〜５８がこ
れに該当する。なお、配列番号１（プローブ名：AE00
1）は、全てeubacteriaに共通である。本発明の特徴で
ある系統解析での各細菌種もしくは細菌群への分岐点に
位置するプローブとは、図１の分枝部が該当する。この
具体例は配列表の配列番号５９〜６８（図５）が該当す
る。この２種類を少なくとも組合わせたプローブを用い
ることで従来にない有用な細菌検出用チップが提供され
る。
【０００９】細菌の系統発生学上（系統解析）のグルー
プに特異的なプローブとしては、例えばプロテオバクテ
リアのα-、β-、γ-、ε-の各サブクラスに特異的なプ
ローブが好適に利用できる（図１）
プに特異的なプローブとしては、例えばプロテオバクテ
リアのα-、β-、γ-、ε-の各サブクラスに特異的なプ
ローブが好適に利用できる（図１）
【００１０】本発明の各細菌種もしくは細菌群への分岐
点に位置するプローブに相当する具体的な配列は、配列
番号５９〜６８の塩基配列が例示される（図５）。また
これら塩基配列にストリンジェントな条件下でハイブリ
ダイズする塩基配列も好適に用いられる。ハイブリダイ
ゼーションの条件は、例えば、Molecular Cloning;ALab
oratory Manual、第２版、Sambrookら編、コールド・ス
プリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド
・スプリング・ハーバー、ニューヨーク、1989年等に従
うことができる。ストリンジェントなハイブリダイゼー
ション条件は一般に知られたものであるが、その一例と
しては、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭ
ＮａＣｌ、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍ
Ｍ リン酸ナトリウム，ｐＨ７．６、５×デンハーツ溶
液、１０％デキストラン硫酸、および２０μｇ／ｍｌの
変性剪断サケ・精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一
晩、次いで、約６５℃において０．１×ＳＳＣ中での洗
浄といった条件であってもよい。これらのポリヌクレオ
チドは目的のポリヌクレオチド、特に配列表の配列番号
５９〜６８の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは
その相補鎖にハイブリダイズするものであれば必ずしも
相補的配列でなくとも良い。例えば、配列表の配列番号
５９〜６８の塩基配列またはその相補的配列に対する相
同性において、少なくとも約４０％、例えば、約７０％
以上、好ましくは約８０％以上、より好ましくは約９０
％以上、さらに好ましくは約９５％以上である。または
これら塩基配列の相補鎖も当然に利用できる。その相補
鎖は、本発明に係る配列表の配列番号５９〜６８に記載
の配列に対する相補鎖を意味する。
点に位置するプローブに相当する具体的な配列は、配列
番号５９〜６８の塩基配列が例示される（図５）。また
これら塩基配列にストリンジェントな条件下でハイブリ
ダイズする塩基配列も好適に用いられる。ハイブリダイ
ゼーションの条件は、例えば、Molecular Cloning;ALab
oratory Manual、第２版、Sambrookら編、コールド・ス
プリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド
・スプリング・ハーバー、ニューヨーク、1989年等に従
うことができる。ストリンジェントなハイブリダイゼー
ション条件は一般に知られたものであるが、その一例と
しては、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭ
ＮａＣｌ、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍ
Ｍ リン酸ナトリウム，ｐＨ７．６、５×デンハーツ溶
液、１０％デキストラン硫酸、および２０μｇ／ｍｌの
変性剪断サケ・精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一
晩、次いで、約６５℃において０．１×ＳＳＣ中での洗
浄といった条件であってもよい。これらのポリヌクレオ
チドは目的のポリヌクレオチド、特に配列表の配列番号
５９〜６８の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは
その相補鎖にハイブリダイズするものであれば必ずしも
相補的配列でなくとも良い。例えば、配列表の配列番号
５９〜６８の塩基配列またはその相補的配列に対する相
同性において、少なくとも約４０％、例えば、約７０％
以上、好ましくは約８０％以上、より好ましくは約９０
％以上、さらに好ましくは約９５％以上である。または
これら塩基配列の相補鎖も当然に利用できる。その相補
鎖は、本発明に係る配列表の配列番号５９〜６８に記載
の配列に対する相補鎖を意味する。
【００１１】本発明の細菌検出用チップは、上記記載の
配列から選択されるプローブの少なくとも１の配列を組
み合わせることによって構成される。
配列から選択されるプローブの少なくとも１の配列を組
み合わせることによって構成される。
【００１２】本発明の各細菌種に特異的なプローブと
は、具体的には配列番号１〜５８の塩基配列が該当する
（図４）。これら塩基配列にストリンジェントな条件下
でハイブリダイズする塩基配列も該当し、さらにこれら
塩基配列の相補鎖を該当する。これらから選択されるプ
ローブの少なくとも１の配列と前記分枝部に該当する配
列の併用によって、本発明の目的とする細菌検出用チッ
プが提供される。
は、具体的には配列番号１〜５８の塩基配列が該当する
（図４）。これら塩基配列にストリンジェントな条件下
でハイブリダイズする塩基配列も該当し、さらにこれら
塩基配列の相補鎖を該当する。これらから選択されるプ
ローブの少なくとも１の配列と前記分枝部に該当する配
列の併用によって、本発明の目的とする細菌検出用チッ
プが提供される。
【００１３】かくして、上記に記載したような配列（プ
ローブ）を使い、擬陽性、偽陰性を回避しながら細菌検
出用チップによる菌種同定方法が可能となる。そして、
この方法は、より正確な食中毒細菌検出のための菌種同
定方法を提供する。
ローブ）を使い、擬陽性、偽陰性を回避しながら細菌検
出用チップによる菌種同定方法が可能となる。そして、
この方法は、より正確な食中毒細菌検出のための菌種同
定方法を提供する。
【００１４】本発明で新規な配列は、以下から選択され
る塩基配列である。 １）配列表の配列番号１〜１６、１９〜２３、２７〜６
８において特定される塩基配列、 ２）１）の各配列にストリンジェントな条件下でハイブ
リダイズする塩基配列、 ３）１）又は２）の各配列への相補鎖。
る塩基配列である。 １）配列表の配列番号１〜１６、１９〜２３、２７〜６
８において特定される塩基配列、 ２）１）の各配列にストリンジェントな条件下でハイブ
リダイズする塩基配列、 ３）１）又は２）の各配列への相補鎖。
【００１５】図３、図３−２、図３−３は、危害微生物
の系統解析に用いた16S rRNA配列リスト（一部環境菌も
含む）であり、左から微生物名、Strain、Accesion N
o.を表示する。DNA Data Bank of Japan(DDBJ）のSRS
（Sequence Retrieval System）からDDBJおよびDDBJ N
EWを検索データベースとして用い、各種の細菌のシーク
エンスを抽出後、太字の該当物のシークエンスを系統解
析に用いた。AccesionNo.はDDBJおよびDDBJ NEWの検索
番号を示す。
の系統解析に用いた16S rRNA配列リスト（一部環境菌も
含む）であり、左から微生物名、Strain、Accesion N
o.を表示する。DNA Data Bank of Japan(DDBJ）のSRS
（Sequence Retrieval System）からDDBJおよびDDBJ N
EWを検索データベースとして用い、各種の細菌のシーク
エンスを抽出後、太字の該当物のシークエンスを系統解
析に用いた。AccesionNo.はDDBJおよびDDBJ NEWの検索
番号を示す。
【００１６】図４、図４−２は、16SrRNAに基づく危害
微生物（標準株）検出用DNAプローブリストであり、左
から配列番号、微生物名、プローブ名、配列、長さ及び
Tm（℃）を示す。Tmは、Breslauer et al., Proc. Nat.
Acad. Sci. 83, 3746-50, 1986 に基づき、プローブ濃
度50nM,、塩濃度50nMで算出した。図５は、16SrRNAに基
づく危害微生物（標準株）検出用DNAプローブ（分岐
部）リストであり、配列番号、空欄、プローブ名、配
列、長さ及びTm（℃）を示す。Tmは、Breslauer et a
l., Proc. Nat. Acad. Sci. 83, 3746-50, 1986 に基づ
き、プローブ濃度50nM,、塩濃度50nMで算出した。
微生物（標準株）検出用DNAプローブリストであり、左
から配列番号、微生物名、プローブ名、配列、長さ及び
Tm（℃）を示す。Tmは、Breslauer et al., Proc. Nat.
Acad. Sci. 83, 3746-50, 1986 に基づき、プローブ濃
度50nM,、塩濃度50nMで算出した。図５は、16SrRNAに基
づく危害微生物（標準株）検出用DNAプローブ（分岐
部）リストであり、配列番号、空欄、プローブ名、配
列、長さ及びTm（℃）を示す。Tmは、Breslauer et a
l., Proc. Nat. Acad. Sci. 83, 3746-50, 1986 に基づ
き、プローブ濃度50nM,、塩濃度50nMで算出した。
【００１７】
【実施例】以下に実施例で本発明を説明するが、本発明
はこれに限定されるものではない。
はこれに限定されるものではない。
【実施例１】（プローブDNAのFASTA解析による特異性の
確認）図２は、各微生物とプローブとの関係を示す概念
図である。黒塗り部分が、FASTA解析の結果、各微生物
の核酸と各プローブが反応（ハイブリダイズ）すると考
えられる関係を示す。図２−１〜図２−１５は、その詳
細を示し、各数字は、プローブDNAがターゲットとハイ
ブリダイズする１６S rRNA上の位置を示す。プローブAE
001（配列番号１）は、全てのeubacteriaの共通プロー
ブであり、殆どの微生物との反応がある。プローブShSP
002（配列番号２）は、微生物Shigellasppとハイブリダ
イズし、その位置は56-76である。以下、図は図２−１
から図２−３が各微生物名を標記し、図２−１は図２−
４、図２−７、図２−１０、図２−１３と続き、図２−
２は図２−５、図２−８、図２−１１、図２−１４と続
き、図２−３は図２−６、図２−９、図２−１２、図２
−１５へと続く。また、図２−１と図２−４と図２−７
と図２−１０と図２−１３に横欄に各プローブ名を表示
し、ShSP002（図２−１）〜Hin001（図２−１３）が各
微生物特異的プローブであり、プローブ1（図２−１
３）〜プローブ27（図２−１３）が分枝部に相当するプ
ローブである。
確認）図２は、各微生物とプローブとの関係を示す概念
図である。黒塗り部分が、FASTA解析の結果、各微生物
の核酸と各プローブが反応（ハイブリダイズ）すると考
えられる関係を示す。図２−１〜図２−１５は、その詳
細を示し、各数字は、プローブDNAがターゲットとハイ
ブリダイズする１６S rRNA上の位置を示す。プローブAE
001（配列番号１）は、全てのeubacteriaの共通プロー
ブであり、殆どの微生物との反応がある。プローブShSP
002（配列番号２）は、微生物Shigellasppとハイブリダ
イズし、その位置は56-76である。以下、図は図２−１
から図２−３が各微生物名を標記し、図２−１は図２−
４、図２−７、図２−１０、図２−１３と続き、図２−
２は図２−５、図２−８、図２−１１、図２−１４と続
き、図２−３は図２−６、図２−９、図２−１２、図２
−１５へと続く。また、図２−１と図２−４と図２−７
と図２−１０と図２−１３に横欄に各プローブ名を表示
し、ShSP002（図２−１）〜Hin001（図２−１３）が各
微生物特異的プローブであり、プローブ1（図２−１
３）〜プローブ27（図２−１３）が分枝部に相当するプ
ローブである。
【００１８】
【発明の効果】本発明は、細菌種の同定のために細菌の
系統発生学上のグループに特異的なプローブ又は細菌群
への分岐点に位置するプローブを使う手段を提供し、擬
陽性、偽陰性を回避しながら高精度に細菌種を同定する
ことに成功した。
系統発生学上のグループに特異的なプローブ又は細菌群
への分岐点に位置するプローブを使う手段を提供し、擬
陽性、偽陰性を回避しながら高精度に細菌種を同定する
ことに成功した。
【図１】危害微生物の16S rRNAに基づく系統解析であ
る。
る。
【図２】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確認の
概略図である。
概略図である。
【図２−１】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の１図である。
認の１図である。
【図２−２】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の２図である。
認の２図である。
【図２−３】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の３図である。
認の３図である。
【図２−４】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の１図の続き４図である。
認の１図の続き４図である。
【図２−５】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の２図の続き５図である。
認の２図の続き５図である。
【図２−６】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の３図の続き６図である。
認の３図の続き６図である。
【図２−７】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の４図の続き７図である。
認の４図の続き７図である。
【図２−８】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の５図の続き８図である。
認の５図の続き８図である。
【図２−９】プローブDNAのFASTA解析による特異性の確
認の６図の続き９図である。
認の６図の続き９図である。
【図２−１０】プローブDNAのFASTA解析による特異性の
確認の７図の続き１０図である。
確認の７図の続き１０図である。
【図２−１１】プローブDNAのFASTA解析による特異性の
確認の８図の続き１１図である。
確認の８図の続き１１図である。
【図２−１２】プローブDNAのFASTA解析による特異性の
確認の９図の続き１２図である。
確認の９図の続き１２図である。
【図２−１３】プローブDNAのFASTA解析による特異性の
確認の１０図の続き１３図である。
確認の１０図の続き１３図である。
【図２−１４】プローブDNAのFASTA解析による特異性の
確認の１１図の続き１４図である。
確認の１１図の続き１４図である。
【図２−１５】プローブDNAのFASTA解析による特異性の
確認の１２図の続き１５図である。
確認の１２図の続き１５図である。
【図３】危害微生物の系統解析に用いた１６SrRNA配列
リストである。DNA DataBank of Japan(DDBJ）のSRS（S
equence Retrieval System）からDDBJおよびDDBJNEWを
検索データベースとして用い、各種の細菌のシークエン
スを抽出後、太字のシークエンスを系統解析に用いた。
Accesion No.はDDBJおよびDDBJ NEWの検索番号を示す。
リストである。DNA DataBank of Japan(DDBJ）のSRS（S
equence Retrieval System）からDDBJおよびDDBJNEWを
検索データベースとして用い、各種の細菌のシークエン
スを抽出後、太字のシークエンスを系統解析に用いた。
Accesion No.はDDBJおよびDDBJ NEWの検索番号を示す。
【図３−２】図３の続きである。
【図３−３】図３−２の続きである。
【図４】16S rRNAに基づく危害微生物（標準株）検出
用DNAプローブリストを示す。図中、Tmは、Breslauer e
t al., Proc. Nat. Acad. Sci. 83, 3746-50, 1986 に
基づき、プローブ濃度50nM,、塩濃度50nMで算出した。
用DNAプローブリストを示す。図中、Tmは、Breslauer e
t al., Proc. Nat. Acad. Sci. 83, 3746-50, 1986 に
基づき、プローブ濃度50nM,、塩濃度50nMで算出した。
【図４−２】図４の続きである。
【図５】16S rRNAに基づく危害微生物（標準株）検出
用DNAプローブ（分枝部）リストを示す。図中、Tmは、B
reslauer et al., Proc. Nat. Acad. Sci. 83, 3746-5
0, 1986 に基づき、プローブ濃度50nM,、塩濃度50nMで
算出した。
用DNAプローブ（分枝部）リストを示す。図中、Tmは、B
reslauer et al., Proc. Nat. Acad. Sci. 83, 3746-5
0, 1986 に基づき、プローブ濃度50nM,、塩濃度50nMで
算出した。
【配列表】
SEQUENCE LISTING
<110> IRC
<120> BACTERIA PROBE
<130> NP01-1147
<140>
<141>
<160> 68
<170> PatentIn Ver. 2.1
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 1
tgctgcctcc cgtaggagtc 20
<210> 2
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 2
atgcagctat taactacact accttcctca c 31
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 3
cactccagcg tctccgctag a 21
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 4
cgtctccgct ggcttctctg 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 5
tgctttgctc ttgcgaggtt 20
<210> 6
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 6
aaaagatacc gctattaacg atacctcctt 30
<210> 7
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 7
caacattatg cggtattaat cttcctttc 29
<210> 8
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 8
accttgtccc cgaaggattt cc 22
<210> 9
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 9
aatccaacaa cgtattaagt tattggcctt 30
<210> 10
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 10
aatcacaaag gttattaacc tttatgcctt 30
<210> 11
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 11
tggcatgcgc cacacttt 18
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 12
gcgaaacagc aagctgcttc c 21
<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 13
tctttcaaaa gcgtggcatg c 21
<210> 14
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 14
gggtaacgtc aatgccacta ggtattaact agt 33
<210> 15
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 15
taacttatcc aaccgcctgc gtg 23
<210> 16
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 16
gccagcagat attagctact gacctt 26
<210> 17
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 17
agagaagcaa gcttctcgtc cg 22
<210> 18
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 18
ggctatcccc cactttgagg c 21
<210> 19
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 19
ccccgaaggg cttcacctat ct 22
<210> 20
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 20
aacttcataa gagcaagctc ttaatccatt 30
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 21
tctccactaa ccgcgaccgg 20
<210> 22
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 22
gacgcaggct aatcttaaag cgc 23
<210> 23
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 23
gagcaaaggt attaacttta ctcccttcct 30
<210> 24
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 24
aattgatgaa cgtattaagc tcaccacct 29
<210> 25
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 25
aatcgccaag gttattaacc ttaacg 26
<210> 26
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 26
caattgacaa gggtattaac cttatcacc 29
<210> 27
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 27
cagcaaggta ttaacttact gcccttc 27
<210> 28
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 28
ctcatcttag gtattaacta agagagcctc ctc 33
<210> 29
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 29
tcatgactca gggttattaa ccctaagct 29
<210> 30
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 30
gaacaaccag gtattaaccg gct 23
<210> 31
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 31
cagaacaacc gagtattaat cgattgc 27
<210> 32
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 32
acctctcagc aggattccga c 21
<210> 33
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 33
caaatctctt cggctttcca gac 23
<210> 34
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 34
tctaagttct agcaagctag caccctct 28
<210> 35
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 35
tcctctatct ctaaaggatt ccgtacatg 29
<210> 36
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 36
tccatctctg gaaacttcct gcc 23
<210> 37
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 37
acaatgtctc cactgcccaa ac 22
<210> 38
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 38
tcagatgcaa tttaagcccg g 21
<210> 39
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 39
ccagcttatt cgtagtacat ttaagtcttg g 31
<210> 40
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 40
aaatcaaaac catgcggttt cgat 24
<210> 41
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 41
actcttatgc catgcggcat aaac 24
<210> 42
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 42
attctgtccc cgaagaacag ct 22
<210> 43
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 43
gtctccgatg taccgaagta aaactcta 28
<210> 44
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 44
cagaggagca agctcctcgt ct 22
<210> 45
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 45
ccctactcaa cttgtgttaa gcaggag 27
<210> 46
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 46
ggatgcatag ttacttacat cct 23
<210> 47
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 47
tgcaggtcca ttgctggaag agat 24
<210> 48
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 48
cccgaactca agatcttcag tatca 25
<210> 49
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 49
tctgccatac tcaagacttc cagtatca 28
<210> 50
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 50
tccggtctca agccaaccag ta 22
<210> 51
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 51
ccgatgttca agcaatccag tc 22
<210> 52
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 52
tgcagcccga caactagcaa t 21
<210> 53
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 53
aaccgaagtt tcatcccccc tg 22
<210> 54
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 54
gtgccagagt taaaccccaa ccc 23
<210> 55
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
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tttgtcaccg gcagtcacct taga 24
<210> 56
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
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tgctgcggtt attaaccaca aca 23
<210> 57
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 57
accgtagcat gctgatctac gatt 24
<210> 58
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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based on 16SrRNA
<400> 58
cacgtgttac tcacccgtcc gc 22
<210> 59
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<212> DNA
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<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 59
acgtagttag ccgtcccttt ctggt 25
<210> 60
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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based on 16SrRNA
<400> 60
gaatatctac gaatttcacc tctacactcg 30
<210> 61
<211> 24
<212> DNA
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<220>
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based on 16SrRNA
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ggtgagccct tacctcacca acta 24
<210> 62
<211> 27
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<220>
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based on 16SrRNA
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cgaaggcact aaagcatctc tgctaaa 27
<210> 63
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<220>
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based on 16SrRNA
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ccctttaaac ccaataaatc cggata 26
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ccccaggcgg tcaacttcac 20
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<220>
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based on 16SrRNA
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gcacctgagc gtcagtcttt gtc 23
<210> 66
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based on 16SrRNA
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tctcatctct gaaaacttcc cgtg 24
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<220>
<223> Description of Artificial Sequence:designed DNA
based on 16SrRNA
<400> 67
ccctctacag tactctagtc tgccagtttc 30
<210> 68
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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based on 16SrRNA
<400> 68
gcaccaatcc atctctggaa ag 22
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(72)発明者 池田 昌郁
神戸市西区室谷１丁目１−２ 国際試薬株
式会社研究開発センター内
(72)発明者 佐守 友博
京都府久世郡久御山町大橋辺16−10 株式
会社日本医学臨床検査研究所内
(72)発明者 藤原 由美
兵庫県高砂市米田町米田1149−１ 株式会
社日本食品エコロジー研究所分析センター
検査部検査課内
Ｆターム(参考） 4B024 AA11 BA80 CA04 CA09 CA11
HA12
4B063 QA01 QA18 QQ06 QQ54 QR32
QR55 QR66 QR75 QS34 QX02
Claims (6)
- 【請求項１】細菌の16SrRNAを対象とする細菌種同定方
法であって、細菌の系統解析での各細菌種もしくは細菌
群への分岐点に位置するプローブ、及び各細菌種に特異
的なプローブを少なくとも組合わせて用いることを特徴
とする細菌検出用チップ。 - 【請求項２】配列番号59〜68の塩基配列、これら塩基配
列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩
基配列、またはこれら塩基配列の相補鎖から選択される
プローブの少なくとも１の配列を組み合わせてなる請求
項１の細菌検出用チップ。 - 【請求項３】配列番号1〜58の塩基配列、これら塩基配
列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩
基配列、またはこれら塩基配列の相補鎖から選択される
プローブの少なくとも１の配列との併用で利用される請
求項２の細菌検出用チップ。 - 【請求項４】請求項１〜３の何れか一に記載の細菌検出
用チップによる菌種同定方法。 - 【請求項５】食中毒細菌検出用である請求項４の菌種同
定方法。 - 【請求項６】以下から選択される塩基配列； １）配列表の配列番号１〜１６、１９〜２３、２７〜６
８において特定される塩基配列、 ２）１）の各配列にストリンジェントな条件下でハイブ
リダイズする塩基配列、 ３）１）又は２）の各配列への相補鎖。
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|---|---|---|---|
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Applications Claiming Priority (1)
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|---|---|---|---|
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| Publication Number | Publication Date |
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ID=29235564
Family Applications (1)
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Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP1788093A4 (en) * | 2004-08-04 | 2009-02-11 | Suntory Ltd | DEVICE, METHOD AND KIT FOR DETECTION OF BACTERIA |
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| JP2015231362A (ja) * | 2014-05-12 | 2015-12-24 | 三菱レイヨン株式会社 | 菌叢解析方法と菌叢解析用デバイス |
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-
2002
- 2002-03-28 JP JP2002090214A patent/JP2003284559A/ja not_active Withdrawn
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| US11739389B2 (en) | 2017-05-17 | 2023-08-29 | Microbio Pty Ltd | Biomarkers and uses thereof |
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