JP2006262829A - 生体試料前処理方法、解析システム及び生体試料前処理要素 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】試料中に含まれている各種分子を解析するためのサンプル前処理技術として必要な複数の各種酵素を固相上に酵素ごとに分離して固定化し、それらを一括して酵素反応させることを特徴とする。すなわち、ある生体試料と複数種類の酵素とをそれぞれ同一の条件で反応させて、酵素反応によるコンタミネーションを防止し、試料に一定の前処理を施す。
【選択図】図1
Description
(実験例)
本実験例では、タンパク質をペプチドに分解する酵素であるトリプシン並びにタンパク質またはペプチドから糖鎖を遊離する酵素であるグリコペプチダーゼを支持体1、1’上に固定化し、ヒト免疫グロブリンを基質としてペプチドへの分解および糖鎖の遊離を行った。
[支持体への酵素の固定化]
本実験では支持体(1)としてProteoChip(Type A, Proteogen Inc.製)を用いた。ProteoChip上には、予め縦25mm×横65mmの疎水性シート29上に縦3mm×横10mmの酵素固定化用ウェル30を縦2列に1mm間隔で配置した固定化用シール29を貼付した。一方の酵素固定化用ウェル30をトリプシン固定化用、もう一方の酵素固定化用ウェル30をグリコペプチダーゼ固定化用とした。
[酵素反応に用いる基質の変性および還元アルキル化処理]
基質としてヒト免疫グロブリン(I4506,Sigma社製)を用いた。同基質をエッペンチューブに1mg秤量し、1mlの変性溶液<6M塩酸グアニジンおよび2.5mMエチレンジアミン四酢酸を含む0.2mM Tris−HClバッファー(pH8.5)>に希釈した。1μlの還元溶液(60mg/mlジチオスレイトールを含む滅菌水)を添加し、溶液表面を30秒間静かに窒素ガスを吹き付けた後、エッペンチューブのフタをパラフィルムで覆い37℃で3時間静置してヒト免疫グロブリンを変性および還元処理した。
[固定化酵素によるヒト免疫グロブリンの酵素処理]
トリプシンおよびグリコペプチダーゼの固定化用に2つの酵素固定化用ウェル30として分割した疎水性シート29の一部分(縦1mm×横10mm)をカッターナイフで切除した。これにより、トリプシン固定化領域およびグリコペプチダーゼ固定化領域がつながった反応用ウェル(縦7mm×横10mm)34を形成した。
[固定化トリプシン消化で得られたペプチドのHPLC解析]
反応産物365μlを高速液体クロマトグラフィー(HPLC)15に供試して、固定化トリプシン消化で得られた基質由来のペプチドの存在を検証した。
[固定化グリコペプチダーゼ処理で得られた遊離糖鎖のABOE標識]
ペプチド分析に用いた5μlを除いた反応産物36の残り全量に対して遊離糖鎖の標識を行った。ABOE糖鎖標識化キット(J−オイルミルズ)を用い、4−アミノ安息香酸オクチルエステル(ABOE)で遊離糖鎖の還元末端を標識した。
[ABOE標識糖鎖のHPLC解析]
得られたABOE標識糖鎖のうち1/40量をHPLC解析に供試し、固定化グリコペプチダーゼ処理で得られた基質由来の遊離糖鎖の存在を検証した。
[実験結果]
図8にHPLC15によるペプチドの検出結果として、ペプチドクロマトグラム37と紫外部吸収のベースライン38を示した。固定化トリプシン消化により得られたペプチドの各フラグメントが溶出時間5分から80分の間で認められることから、本実施例により基質であるヒト免疫グロブリンがペプチドに消化されることが示された。
Claims (13)
- 生体試料中に含まれる複数の解析対象分子と、酵素を固相上に固定した酵素固定化基体とを接触して生体試料を前処理して解析する方法であって、上記酵素固定化基体は全体として複数種類の酵素を担持することを特徴とする生体試料の前処理方法。
- 上記酵素固定化基体は、固相上に複数種類の酵素を種類毎に分離して固定したものである請求項1記載の生体試料の前処理方法。
- 上記酵素固定化基体は、1つの固相上に複数種類の酵素を種類毎に分離して固定したものである請求項1記載の生体試料の前処理方法。
- 1つの固相上に1種類の酵素を固定した複数種類の酵素固定基体を同時に上記生体試料と接触させる請求項1記載の生体試料の前処理方法。
- 反応槽内で一括して反応させることにより目的とする反応産物を得ることを特徴とする請求項1記載の生体試料の前処理方法。
- 反応槽内で一括して反応させることにより反応産物より各種酵素を取り除く請求項1記載の生体試料の前処理方法。
- 上記酵素固定化基体を反復して上記前処理に使用する請求項1記載の生体試料の前処理方法。
- 酵素反応装置および分離検出装置と備え、上記酵素反応装置は生体試料中に含まれる複数の解析対象分子と、酵素を固相上に固定した酵素固定化基体とを接触して生体試料を前処理して解析する手段を含み、上記酵素固定化基体は全体として複数種類の酵素を担持することを特徴とする生体試料の解析システム。
- 上記酵素固定化基体は、固相上に複数種類の酵素を種類毎に分離して固定したものである請求項8記載の生体試料の解析システム。
- 上記酵素固定化基体は、1つの固相上に複数種類の酵素を種類毎に分離して固定したものである請求項8記載の生体試料の解析システム。
- 1つの固相上に1種類の酵素を固定した複数種類の酵素固定体を同時に上記生体試料と接触させる請求項8記載の生体試料の解析システム。
- 固相と、該固相面に固定された酵素とを有する酵素固定化基体の複数種類を1セットとしたことを特徴とする生体試料前処理要素。
- 1つの固相と、該固相面に相互に分離して固定された複数種類の酵素を備えたことを特徴とする生体試料前処理酵素固定化基体。
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| US7211414B2 (en) * | 2000-12-01 | 2007-05-01 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity |
| US20020150968A1 (en) * | 2001-01-10 | 2002-10-17 | Wang Peng G. | Glycoconjugate and sugar nucleotide synthesis using solid supports |
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|---|---|---|---|---|
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