JP2010508024A5

JP2010508024A5 -

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Publication number: JP2010508024A5
Application number: JP2009534809A
Authority: JP
Filing date: 2007-10-23
Publication date: 2010-12-16

Claims

オリゴヌクレオチド混合物における成分オリゴヌクレオチドの有無を検出する方法であって、
ａ）前記オリゴヌクレオチド混合物の質量スペクトルの測定値を取得し、
ｂ）前記質量スペクトルの測定値を、算出された質量スペクトルと比較する
ステップを含み、ＭＷ₁が前記オリゴヌクレオチド混合物における１つ又はそれ以上のオリゴヌクレオチドの第１の部分集合であり、ＭＷ₂が前記オリゴヌクレオチド混合物における１つ又はそれ以上のオリゴヌクレオチドの第２の部分集合であり、ＭＷ_nが前記オリゴヌクレオチド混合物における付加的な部分集合を表し、強度₁が前記オリゴヌクレオチド混合物における１つ又はそれ以上のオリゴヌクレオチドの前記第１部分集合の強度であり、強度₂が前記オリゴヌクレオチド混合物における１つ又はそれ以上のオリゴヌクレオチドの前記第２部分集合の強度であり、強度_nが、前記オリゴヌクレオチド混合物における付加的な部分集合の強度を表す場合に、前記算出された質量スペクトルは、ＭＷ_new＝（ＭＷ₁＊強度₁＋ＭＷ₂＊強度₂＋．．．ＭＷ_n＊強度_n）／（強度₁＋強度₂＋．．．強度_n）である式１から導出されることを特徴とする方法。
前記質量スペクトルは質量分析法トレースであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
前記質量スペクトルはエレクトロスプレーイオン化質量分析トレースであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
前記質量スペクトルはマトリクス支援レーザ脱離イオン化飛行時間型質量分析法であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
前記質量スペクトルはエレクトロスプレーイオン化四重極イオントラップ型であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
前記質量スペクトルはマトリクス支援レーザ脱離イオン化四重極イオントラップ型であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
前記質量スペクトルはマトリクス支援レーザ脱離イオン化四重極飛行時間型であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
前記質量スペクトルはエレクトロスプレーイオン化四重極飛行時間型であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
前記算出された質量スペクトルはプロセッサによって与えられ、前記のプロセッサは、算出された質量スペクトルを提供するために、前記オリゴヌクレオチド混合物の一組の所与の分子重量を受容することを特徴とする請求項１に記載の方法。
オリゴヌクレオチドの基準セットを使用する分析のためのキットであって、前記のキットはオリゴヌクレオチドの前記基準セットと、請求項１におけるように算出された質量スペクトルを含むことを特徴とするキット。
エレクトロスプレーイオン化質量分析トレースにおいてピーク強度及びピーク質量を分析するための方法であって、
ａ）試料の各オリゴヌクレオチド構成材料に初期強度値１を割り当て、
ｂ）一組のオリゴヌクレオチド構成材料から、等しい分子重量を有するオリゴヌクレオチド構成材料の第１のサブセットを判断し、
ｃ）Ｉ_newが結合されたピーク強度であり、Ｉ₁及びＩ₂が第１のサブセットの前記オリゴヌクレオチド構成材料であり、Ｉ_nがＩ₁及びＩ₂と等しい分子重量を有する前記第１のサブセットに存在することもしないこともできる付加的なオリゴヌクレオチド構成材料を表す、式Ｉ_new＝Ｉ₁＋Ｉ₂＋．．．Ｉ_nを用いて、前記結合されたピーク強度を形成するために、前記第１のサブセットの構成材料を結合し、
ｄ）ピーク分子重量を、前記第１のサブセットの各構成材料の前記分子重量に等しい前記結合されたピークに割り当て、
ｅ）前記一組のオリゴヌクレオチド構成材料から、オリゴヌクレオチド構成材料の第２のサブセットを判断し、
オリゴヌクレオチド構成材料の前記の第２サブセットは、前記第２サブセットの各構成材料がエレクトロスプレーイオン化質量分析トレースにおけるピークとして描かれる場合に、前記第２サブセットの構成材料の前記ピークが５０％より大きいピーク高さで重複する前記第２サブセットの他の構成材料の範囲内の分子重量を有し、
ｆ）Ｉ２_newが結合されたピーク強度であり、Ｉ２₁及びＩ２₂が第２サブセットの前記オリゴヌクレオチド構成材料の強度であり、Ｉ２_nが前記第２サブセットに存在することもしないこともできる付加的なオリゴヌクレオチド構成材料を表す、数式Ｉ２_new＝Ｉ２₁＋Ｉ２₂＋．．．Ｉ２_nを用いて、前記第２の結合されたピーク強度を形成するために、前記第２サブセットの構成材料を結合し、
ｇ）ＭＷ_newが第２の結合されたピーク質量を表し、ＭＷ₁及びＭＷ₂が第２サブセットの構成材料の前記分子重量であり、ＭＷ_nが前記第２サブセットに存在することができる付加的な構成材料を表す、数式ＭＷ_new＝（ＭＷ₁＊Ｉ２₁＋ＭＷ₂＊Ｉ２₂＋．．．ＭＷ_n＊Ｉ２_n）／（Ｉ２₁＋Ｉ２₂＋．．．Ｉ２_n）を用いて、第２の結合したピーク質量に対する前記第２サブセットの前記構成材料を結合する、
ステップを含むことを特徴とする方法。
１以上の質量ピーク測定値を、１以上の質量ピーク計算値と関係付けることにより、サンプルオリゴヌクレオチド混合物中における成分オリゴヌクレオチドの有無を決定する方法であって、
ａ）前記成分オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド混合物中の、既知のオリゴヌクレオチド質量を表す、割り当てられた質量ピーク値からなる、算出された質量スペクトルを取得し、
ｂ）１以上の質量ピーク測定値からなる、測定された質量スペクトルを取得し、
ｃ）前記測定された質量スペクトルが前記成分オリゴヌクレオチドに対する対応する値を含むかどうかを決定するために、１以上の質量ピーク測定値を１以上の質量ピーク計算値と関係付けることにより、前記測定された質量スペクトルと前記算出された質量スペクトルとを比較する
ステップを含む方法。
前記測定された質量スペクトルは質量分析法トレースであることを特徴とする請求項１２に記載の方法。
前記測定された質量スペクトルはエレクトロスプレーイオン化質量分析トレースであることを特徴とする請求項１２に記載の方法。
前記測定された質量スペクトルはマトリクス支援レーザ脱離イオン化飛行時間型質量分析法トレースであることを特徴とする請求項１２に記載の方法。
前記測定された質量スペクトルはエレクトロスプレーイオン化四重極イオントラップ型質量分析法トレースであることを特徴とする請求項１２に記載の方法。
前記測定された質量スペクトルはマトリクス支援レーザ脱離イオン化四重極イオントラップ型質量分析法トレースであることを特徴とする請求項１２に記載の方法。
前記測定された質量スペクトルはマトリクス支援レーザ脱離イオン化四重極飛行時間型質量分析法トレースであることを特徴とする請求項１２に記載の方法。
前記測定された質量スペクトルはエレクトロスプレーイオン化四重極飛行時間型質量分析法トレースであることを特徴とする請求項１２に記載の方法。
前記算出された質量スペクトルはプロセッサによって与えられ、前記のプロセッサは、算出された質量スペクトルを提供するために、前記オリゴヌクレオチド混合物の一組の所与の分子重量を受容することを特徴とする請求項１２に記載の方法。
オリゴヌクレオチドの基準セットを使用する分析のためのキットであって、
各々のオリゴヌクレオチドが既知の分子質量を有する、１組のオリゴヌクレオチドと、
計算された質量スペクトルと
を含み、前記オリゴヌクレオチドの組の各々のオリゴヌクレオチドに値が割り当てられ、等しい質量スペクトルピークを共有するオリゴヌクレオチドには、質量スペクトルの測定についての値に対応する値が割り当てられる、キット。