JP2015528443A - 新規マイナー組織適合抗原を同定するための方法 - Google Patents

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Abstract

ヒトマイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）発見のための新規方法、本方法を用いて同定される新規ＭｉＨＡ、および新規ＭｉＨＡの使用について記載する。新規方法の特徴の１つは、個別化した翻訳されたトランスクリプトームおよび／またはエクソームの、質量分光測定法（ＭＳ）によるペプチド同定に使用されるデータベースへの組み込みである。候補ＭｉＨＡは、個別化したトランスクリプトームおよび／またはエクソームを、参照ゲノムならびに／またはＨＬＡが適合する対象のおよび／もしくはトランスクリプトームおよび／またはエクソームと比較することによって同定される。

Description

本発明は、概して組織適合性抗原に関し、より具体的には、マイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）、その同定および使用に関する。
関連出願の相互参照
本出願は、２０１２年８月１５日に出願された米国仮特許出願第６１／６８３，３６１号、および２０１３年５月１日に出願された米国仮特許出願第６１／８１８，０４０号の利益を主張するものであり、これらは、参照により全体が本明細書に組み込まれる。
組織適合性抗原は、Ｔリンパ球によって認識され、それによって、移植後に移植片拒絶反応または移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を引き起こす細胞膜同種抗原の群である（１）。免疫遺伝学の初期には、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）抗原の同定は、マウスのコンジェニック系統と耐性系統との間の皮膚移植実験における、抗原の強力な免疫原性に基づいていた。他のあまり強力でない抗原は、マイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）と称される。ＭＨＣ抗原の中には弱い免疫原であるものもあり、また中には「弱くも小さくもない」と考えられるＭｉＨＡもあるため、免疫原性のみに基づく主要抗原とマイナー抗原との識別は不正確であることがすぐに明らかになった（２；３）。現在では、ＭＨＣ抗原（ＨＬＡ抗原とも称される）は、ヒトの第６染色体に位置する密接に関連した多型遺伝子座によってコードされる膜貫通型糖タンパク質であることが分かっている。これらの主な役割は、内在性ペプチドおよびＴ細胞によって精査される外来性ペプチドに結合することである。ＭＨＣ（またはＨＬＡ）分子は、ヒト細胞の表面に何千というペプチドを提示する（４；５）。これらのＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）は、免疫ペプチドームと称され、プロテアソームプロセシングおよび内在性タンパク質のさらなるプロセシングから生じる（６−８）。双生児（同系対象とも称される）の免疫ペプチドームは同一である。対照的に、ＨＬＡが同一な非同系対象の細胞に存在するＭＡＰは、２つのカテゴリーに分類される：ｉ）所与のＨＬＡ型を有する全ての対象に存在する不変ＭＡＰ、およびｉｉ）ある対象には存在するが、他の対象には存在しないＭＡＰであるＭｉＨＡ（９）。ＭＨＣが同一である宿主にＴ細胞を移植すると、それらは、非自己であると認識した宿主特異的ＭｉＨＡに対して素早くかつ特異的に反応する。ＭｉＨＡは、本質的に、Ｔ細胞に対して免疫原性を示す遺伝的多型である。ＭｉＨＡは、差次的ＭＡＰディスプレイへと移行する任意の形態の遺伝的変異の蓄積の結果である（３；９−１３）。
癌免疫療法にはワクチン接種およびＴ細胞養子免疫療法（ＡＴＣＩ）の２つの主要な戦略を用いることができる。「ＡＴＣＩ」という用語は、患者（自家）、遺伝学的に同一である双生児（同系）、非同一ドナー（同種）といった異なる種類のドナーに由来し得るＴリンパ球の輸血を指す。これまで、ＡＴＣＩは、ワクチンよりもはるかに高い癌の寛解率および治癒率をもたらしてきており、最も広く使用されている形態の癌のＡＴＣＩは、同種造血幹細胞移植（ＡＨＣＴ）（１７−２２）である。同種ＡＨＣＴによって誘導される移植片対腫瘍（ＧＶＴ）効果は、主として宿主ＭｉＨＡに対するＴ細胞応答に起因する：ドナーが一卵性双生児（レシピエントにＭｉＨＡの相違が認められない）である場合、またはＴ細胞を枯渇させた移植片の場合、ＧＶＴは無効となる（２０；２３）。血液系腫瘍の治療を受ける２００，０００人を超える個体の生命が、ＭｉＨＡに依存するＧＶＴ効果の恩恵を受けており、このことは、ヒト免疫系が新形成を根絶させる能力の最も顕著な証拠を示している（１８；２４−２８）。同種ＧＶＴ効果は、本質的に血液系腫瘍に罹患する患者を治療するために用いられるが、予備的証拠は、該効果が固形腫瘍の治療にも効果的であり得ることを示唆している（２９−３３）。それにもかかわらず、ＭｉＨＡを標的とする癌免疫療法の非常に高い潜在性は、医学において適切に活用されてこなかった。最新医療では、ＭｉＨＡに基づくＡＴＣＩは、「従来の」ＡＨＣＴ、すなわち、同種ＨＬＡが適合するドナー由来の造血細胞の注入に限定されている。そのような同種リンパ球の非選択的注入は、ＭｉＨＡを標的とする治療の非常に原子的な形態である。第一に、該注入は特異性が欠落しており、したがって毒性が高い：非選択の同種Ｔ細胞は、多数の宿主ＭｉＨＡに対して反応し、したがってレシピエントの６０％にＧＶＨＤを誘導する。ＧＶＨＤは、常に身体の自由を奪うものであり、また致死性であることが多い（３４−３８）。第二に、ドナーＴ細胞が、患者への注入前に、癌細胞上に発現される特異的ＭｉＨＡに対して初回刺激（予備活性化）されないため、従来のＡＨＣＴは、減弱型のＧＶＴ反応しか誘導しない。初回刺激されたＴ細胞は耐性誘導に抵抗性を示すため、ナイーブＴ細胞を腫瘍細胞によって寛容化することができる（３９−４２）。
ＡＨＣＴのマウスモデルにおいて、非選択のドナーリンパ球を、単一ＭｉＨＡに対して初回刺激したＣＤ８ Ｔ細胞に置き換えることによって、ＧＶＨＤまたはいずれかの有害作用を引き起こすことなく、白血病および固形腫瘍を治癒することが可能であることが実証されている（３３；４３；４４）。成功は２つの主要な点に依存する：新生細胞上に発現される免疫優性（免疫原性が高い）ＭｉＨＡの選択、およびＡＨＣＴ前の、標的ＭｉＨＡに対するドナーＣＤ８ Ｔ細胞の初回刺激。最近の論文（２０）が、ＭｉＨＡを標的とするＡＴＣＩがなぜそんなに効果的なのか、および臨床におけるこのアプローチへの転換が、癌免疫療法にいかに大きな影響を与えるかについて記載している。ヒトにおけるＭｉＨＡを標的とするＡＴＣＩの実施は、主に分子的に定義されたヒトＭｉＨＡの不足によって制限されてきた。そのため、白血病に罹患する患者のわずか３３％のみが、ＭｉＨＡに基づくＡＴＣＩに適格とされていた（１５）。
ヒトＭｉＨＡは、還元主義的なＴ細胞に基づく方法を用いて発見された。ＨＬＡが同一である別の対象の細胞に反応性を示す個体の細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）から出発して、研究者は、これらのＴ細胞によって認識されるＭｉＨＡを試験して同定した。それを行うために異なる方法が用いられた。最初に、ＭｉＨＡ陽性細胞から溶出したＭＡＰで被覆したＭｉＨＡ陰性細胞上でＣＴＬをテストした。ＭＡＰ溶出液を分取し、最終的に、ＣＴＬによって認識されたＭｉＨＡを質量分析（ＭＳ）により配列決定した（４８−５３）。次に、ＣＴＬを用いて、ｃＤＮＡライブラリーで形質転換したＭｉＨＡ陰性細胞をスクリーニングし、ＭｉＨＡをコードする転写物を同定した（１６；５４−５９）。最後に、多くの対象からのリンパ芽球様細胞株上でＣＴＬをテストし、ＣＴＬによって認識された株または認識されなかった株に対する連鎖解析（例えば、全ゲノム関連スキャンまたはＨａｐＭａｐリソースに基づく）を行った（６０−６７）。
ＭｉＨＡを発見するために用いられた種々の方法は、重要な警告を提示する。第一に、これらは、ハイスループットなＭｉＨＡの発見にはあまり適していない：ＭｉＨＡの発見は、１つ１つ行われ、ＣＴＬ株の利用可能性に依存する。第二に、生細胞から溶出し、ＭＳによって同定されたＭｉＨＡのみを、有効であると見なすことができる（直接同定）。他の場合（間接同定）には、細胞表面上に自然に提示されるＭｉＨＡの正確な構造に関して不確実性が残る（ＭｉＨＡを標的とする免疫療法の重要な基準）。曖昧性は、主として２つの要因に起因する：ｉ）Ｔ細胞は著しく交差反応性であり、１つより多くのペプチドを認識することができる（６８）、ｉｉ）一般的にＭＡＰ、特にＭｉＨＡの同定に使用される生物情報学ツールは、直接的なプロテオミクス同定に取って代わるだけの十分な信頼性を有しない（６９−７１）。
したがって、ＭｉＨＡを同定するための新規アプローチの必要性が存在する。
本明細書は、多数の文書に言及するが、それらの内容全体が、参照により本明細書に組み込まれる。
TYKODI, S. et al. "C19orf48 encodes a minor histocompatibility antigen recognized by CD8 cytotoxic T cells from renal cell carcinoma patients". Clin. Cancer Res. 2008. vol. 14, pp 5260-5269 ISSN: 1078-0432
第１の態様において、本発明は、マイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）候補を同定する方法を提供し、該方法は、（ａ）第１の対象由来の第１の細胞試料中のＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）を単離および配列決定することと、（ｂ）前記第１の対象から得られた第２の細胞試料に対して全トランスクリプトームおよび／またはエクソーム配列決定を行うことと、（ｃ）配列決定された全トランスクリプトームおよび／またはエクソームを参照ゲノムと比較し、前記第１の対象のトランスクリプトームおよび／またはエクソームと参照ゲノムとの間の単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）を同定することと（ｄ）同定されたＳＮＶを含有する配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳し、前記ＳＮＶによって引き起こされる少なくとも１つの非同義変異を含むペプチド配列を同定することと、（ｅ）（ａ）で単離されたＭＡＰの配列を（ｄ）で同定されたペプチド配列と比較することと、（ｆ）前記比較に基づいてＭｉＨＡ候補を同定することと、を含む。
別の態様において、本発明は、マイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）候補を同定する方法を提供し、該方法は、（ａ）第１および第２の対象由来の第１の細胞試料中のＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）を単離および配列決定することであって、前記第１および第２の対象は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）適合性である、単離および配列決定することと、（ｂ）前記第１および第２の対象から得られた第２の細胞試料に対して全トランスクリプトームおよび／またはエクソーム配列決定を行うことと、（ｃ）配列決定された全トランスクリプトームおよび／またはエクソームを比較し、前記第１および第２の対象のトランスクリプトームおよび／またはエクソーム間の単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）を同定することと、（ｄ）同定されたＳＮＶを含有する配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳し、前記ＳＮＶによって引き起こされる少なくとも１つの非同義変異を含むペプチド配列を同定することと、（ｅ）（ａ）で単離されたＭＡＰの配列を（ｄ）で同定されたペプチド配列と比較することと、（ｆ）前記比較に基づいてＭｉＨＡ候補を同定することと、を含む。
一実施形態において、上記ＭｉＨＡ候補は、その配列が、参照ゲノムから翻訳された対応する配列と比較して少なくとも１つの変異を含むＭＡＰである。
一実施形態において、上記ＭｉＨＡ候補は、前記第１の対象由来の第１の細胞試料中には存在するが、前記第２の対象由来の第１の細胞試料中には存在しないＭＡＰである。
一実施形態において、上記参照ゲノムは、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ Ｈｕｍａｎ Ｂｕｉｌｄ ３７（ＧＲＣｈ３７）である。
一実施形態において、上記第１および／または第２の細胞試料は、末梢血細胞試料である。さらなる実施形態において、上記末梢血細胞試料は、不死化末梢血細胞試料である。さらなる実施形態において、上記不死化末梢血細胞試料は、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）で形質転換したＢリンパ芽球様細胞株である。
一実施形態において、上記ＭＡＰを単離することは、（ｉ）弱酸処理により前記細胞試料から前記ＭＡＰを放出させることと、（ｉｉ）放出させたＭＡＰをクロマトグラフィーに供することと、を含む。
一実施形態において、上記方法は、前記クロマトグラフィーの前に、サイズ排除カラムを用いて放出させたペプチドを濾過することをさらに含む。さらなる実施形態において、上記サイズ排除カラムは、約３０００Ｄａのカットオフを有する。一実施形態において、上記クロマトグラフィーは、陽イオン交換クロマトグラフィーである。
一実施形態において、（ｄ）の上記ペプチド配列は、１２アミノ酸以下の長さを有する。さらなる実施形態において、（ｄ）の上記ペプチド配列は、８〜１１アミノ酸の長さを有する。
一実施形態において、上記比較することは、（ａ）で単離されたＭＡＰを質量分析に供することと、（ｄ）で同定されたペプチド配列から得られたＭＳスペクトルを比較することと、を含む。
一実施形態において、上記方法は、（ｆ）で同定されたＭｉＨＡ候補の主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子への結合を決定することをさらに含む。
別の態様において、本発明は、配列（Ｉ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ１は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ２は、ＬまたはＳであり、Ｘ３は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチドを提供する。一実施形態において、Ｘ１は、酸性アミノ酸であり、さらなる実施形態においてグルタミン酸（Ｅ）である。一実施形態において、Ｘ３は、アミノ酸であり、さらなる実施形態において疎水性アミノ酸であり、より具体的にはロイシン（Ｌ）である。一実施形態において、Ｘ２はＬである。別の実施形態において、Ｘ２はＳである。一実施形態において、ペプチドは配列ＥＬＱＥＫＦＬＳＬ（配列番号１５）を含み、さらなる実施形態において、ペプチドはＥＬＱＥＫＦＬＳＬ（配列番号１５）である。別の実施形態において、ペプチドは配列ＥＬＱＥＫＦＳＳＬ（配列番号１６）を含み、さらなる実施形態において、ペプチドはＥＬＱＥＫＦＳＳＬ（配列番号１６）である。
別の態様において、本発明は、癌を治療する方法を提供し、前記方法は、上記ペプチド（Ｉ）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む。一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列（図１Ａ〜１Ｄ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６３４３．３）中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴもしくはＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列（図１Ｅ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７４２７．３）中の残基１４１２に対応する位置にロイシンもしくはセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にロイシン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２はＬであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２はＳである。
一実施形態において、上記決定することは、ＣＥＮＰＦ核酸を配列決定することを含む。一実施形態において、上記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である。
一実施形態において、上記方法は、（ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｉ）（前記ペプチド中のＸ２はＬである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＣ、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
（ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｉ）（前記ペプチド中のＸ２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴ、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にロイシン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、をさらに含む。
一実施形態において、上記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖させる方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列（図１Ａ〜１Ｄ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６３４３．３）中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴもしくはＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列（図１Ｅ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７４２７．３）中の残基１４１２に対応する位置にロイシンもしくはセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にロイシン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｉ）（前記ペプチド中のＸ２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｉ）（前記ペプチド中のＸ２はＬである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、配列（ＩＩ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ５は、ＧまたはＲであり、Ｘ６は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ７は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチドを提供する。
一実施形態において、Ｘ４は、グルタミン（Ｑ）である。一実施形態において、Ｘ６は、アミノ酸であり、さらなる実施形態において塩基性アミノ酸であり、より具体的にはリジン（Ｋ）である。一実施形態において、Ｘ７は、アミノ酸であり、さらなる実施形態においてロイシン（Ｌ）である。一実施形態において、Ｘ５は、Ｇである。別の実施形態において、Ｘ５は、Ｒである。一実施形態において、ペプチドは配列ＱＥＬＤＧＶＦＱＫＬ（配列番号１７）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＱＥＬＤＧＶＦＱＫＬ（配列番号１７）である。別の実施形態において、ペプチドは配列ＱＥＬＤＲＶＦＱＫＬ（配列番号１８）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＱＥＬＤＲＶＦＱＫＬ（配列番号１８）である。
別の態様において、本発明は、癌を治療する方法を提供し、前記方法は、上記ペプチド（ＩＩ）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列（図２Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００７０５７．３）中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡもしくはＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列（図２Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００８９８８．２）中の残基１８７に対応する位置にアルギニンもしくはグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にアルギニン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ５は、Ｒであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ５は、Ｇである。
一実施形態において、上記決定することは、ヒトＺＷＩＮＴを配列決定することを含む。一実施形態において、上記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である。
一実施形態において、上記方法は、（ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩ）（前記ペプチド中のＸ５はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＧ、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩ）（前記ペプチド中のＸ５はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡ、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にアルギニン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することをさらに含む。一実施形態において、上記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列（図２Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００７０５７．３）中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡもしくはＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列（図２Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００８９８８．２）中の残基１８７に対応する位置にアルギニンもしくはグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にアルギニン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩ）（前記ペプチド中のＸ５はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩ）（前記ペプチド中のＸ５はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、配列（ＩＩＩ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ８は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ９は、ＰまたはＡであり、Ｘ１０は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチドを提供する。一実施形態において、Ｘ８はセリン（Ｓ）である。一実施形態において、Ｘ１０は、アミノ酸であり、さらなる実施形態において芳香族アミノ酸であり、より具体的にはフェニルアラニン（Ｆ）である。一実施形態において、Ｘ９はＰである。別の実施形態において、Ｘ９はＡである。一実施形態において、ペプチドは配列ＳＬＦＦＲＫＶＰＦ（配列番号１９）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＳＬＦＦＲＫＶＰＦ（配列番号１９）である。別の実施形態において、ペプチドは配列ＳＬＦＦＲＫＶＡＦ（配列番号２０）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＳＬＦＦＲＫＶＡＦ（配列番号２０）である。
別の態様において、本発明は、癌を治療する方法を提供し、前記方法は、上記ペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列（図３Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１４３４２．３）中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣもしくはＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列（図３Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５５１５７．１）中の２９０残基に対応する位置にプロリンもしくはアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にプロリン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ペプチド中のＸ９はＰであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ペプチド中のＸ５はＡである。
一実施形態において、上記決定することは、ヒトＭＴＣＨ２核酸を配列決定することを含む。一実施形態において、上記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である。
一実施形態において、上記方法は、（ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩＩ）（前記ペプチド中のＸ９はＰである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＧ、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、（ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩＩ）（前記ペプチド中のＸ９はＡである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣ、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にプロリン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することをさらに含む。
一実施形態において、上記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列（図３Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１４３４２．３）中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣもしくはＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列（図３Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５５１５７．１）中の残基２９０に対応する位置にプロリンもしくはアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にプロリン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩＩ）（前記ペプチド中のＸ９はＡである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩＩ）（前記ペプチド中のＸ９はＰである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、配列（ＩＶ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ１１は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ１２は、ＳまたはＴであり、Ｘ１３は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ１４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチドを提供する。一実施形態において、Ｘ１１は存在しない。一実施形態において、上記Ｘ１３は、アミノ酸であり、さらなる実施形態においてセリン（Ｓ）である。一実施形態において、Ｘ１４は、アミノ酸であり、さらなる実施形態において塩基性アミノ酸であり、より具体的にはリジン（Ｋ）である。一実施形態において、Ｘ１２はＳである。別の実施形態において、Ｘ１２はＴである。一実施形態において、上記ペプチドは配列ＳＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２１）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＳＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２１）である。別の実施形態において、上記ペプチドは配列ＴＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２２）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＴＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２２）である。
別の態様において、本発明は、癌を治療する方法を提供し、前記方法は、上記ペプチド（ＩＶ）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＥＬＦ１の核酸配列（図４Ａおよび４Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿１７２３７３．３）中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡもしくはＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列（図４Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿７５８９６１．１）中の残基３４３に対応する位置にスレオニンもしくはセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡを含むＥＬＦ１核酸、および／またはヒトＥＬＦ１のタンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にスレオニン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１２はＴであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはヒトＥＬＦ１のタンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にセリン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１２はＳである。
一実施形態において、上記決定することは、ヒトＥＬＦ１核酸を配列決定することを含む。一実施形態において、上記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である。
一実施形態において、上記方法は、（ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１２はＴである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＴ、および／またはヒトＥＬＦ１のタンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にセリン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡ、および／またはヒトＥＬＦ１のタンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にスレオニン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することをさらに含む。
一実施形態において、上記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の核酸配列（図４Ａおよび４Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿１７２３７３．３）中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡもしくはＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列（図４Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿７５８９６１．１）中の残基３４３に対応する位置にスレオニンもしくはセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にスレオニンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＶ）（前記ペプチド中のＸ１２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＶ）（前記ペプチド中のＸ１２はＴである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、配列Ｖ
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ１５は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ１６は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ１７は、ＲまたはＷであり、Ｘ１８は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ１９は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチドを提供する。一実施形態において、上記Ｘ１６は、アミノ酸であり、さらなる実施形態においてメチオニン（Ｍ）である。一実施形態において、Ｘ１５は、アミノ酸であり、さらなる実施形態においてアラニン（Ａ）である。一実施形態において、Ｘ１８は、アミノ酸であり、さらなる実施形態においてセリン（Ｓ）である。一実施形態において、Ｘ１９は、アミノ酸であり、さらなる実施形態において塩基性アミノ酸であり、より具体的にはリジン（Ｋ）である。一実施形態において、Ｘ１７はＲである。別の実施形態において、Ｘ１７はＷである。一実施形態において、上記ペプチドは配列ＡＭＹＤＫＧＰＦＲＳＫ（配列番号２３）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＡＭＹＤＫＧＰＦＲＳＫ（配列番号２３）である。別の実施形態において、上記ペプチドは配列ＡＭＹＤＫＧＰＦＷＳＫ（配列番号２４）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＡＭＹＤＫＧＰＦＷＳＫ（配列番号２４）である。
別の態様において、本発明は、癌を治療する方法を提供し、前記方法は、上記ペプチド（Ｖ）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列（図５Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０００９０３．２）中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣもしくはＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはＮＱ０１タンパク質配列（図５Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００８９４．１）中の残基１３９に対応する位置にアルギニンもしくはトリプトファンを有するＮＱ０１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、ａ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にアルギニン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１７はＲであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にトリプトファン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１７はＷである。
一実施形態において、上記決定することは、ヒトＮＱ０１核酸を配列決定することを含む。一実施形態において、上記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である。
一実施形態において、上記方法は、（ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｖ）（前記ペプチド中のＸ１７はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＴ、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にトリプトファン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｖ）（前記ペプチド中のＸ１７はＷである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣ、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にアルギニン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、をさらに含む。
一実施形態において、上記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列（図５Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０００９０３．２）中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣもしくはＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはＮＱ０１タンパク質配列（図５Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００８９４．１）中の残基１３９に対応する位置にアルギニンもしくはトリプトファンを有するＮＱ０１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にアルギニン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｖ）（前記ペプチド中のＸ１７はＷである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にトリプトファン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｖ）（前記ペプチド中のＸ１７はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、配列ＶＩ
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ２０は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ２１は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ２２は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ２３は、ＧまたはＲであり、Ｘ２４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチドを提供する。一実施形態において、ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する。一実施形態において、Ｘ２２は、アミノ酸であり、さらなる実施形態においてバリン（Ｖ）である。一実施形態において、Ｘ２１は、アミノ酸であり、さらなる実施形態においてアルギニン（Ｒ）である。一実施形態において、Ｘ２３は、グリシン（Ｇ）であり、別の実施形態において、Ｘ２３は、アルギニン（Ｒ）である。一実施形態において、上記ペプチドは配列ＲＶＳＬＰＴＳＰＧ（配列番号２５）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＲＶＳＬＰＴＳＰＧ（配列番号２５）である。別の実施形態において、上記ペプチドは配列ＲＶＳＬＰＴＳＰＲ（配列番号２６）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＲＶＳＬＰＴＳＰＲ（配列番号２６）である。
別の態様において、本発明は、癌を治療する方法を提供し、前記方法は、上記配列ＶＩペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列（図６Ａおよび６Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２５１１３．２）中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧもしくはＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質配列（図６Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７９３８９．２）中の残基１５２に対応する位置にグリシンもしくはアルギニンを有するＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌのタンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にグリシン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、配列ＶＩの前記ペプチド中のＸ２３は、Ｇであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌのタンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、配列ＶＩの前記ペプチド中のＸ２３は、Ｒである。
別の実施形態において、前記決定することは、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸を配列決定することを含む。一実施形態において、上記ＣＤ８Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である。
一実施形態において、上記方法は、（ｉ）前記対象が上記（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、配列ＶＩのペプチド（前記ペプチド中のＸ２３はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列中のヌクレオチドヌクレオチド１０５９に対応する位置にＡ、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌのタンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｉｉ）前記対象が上記（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、配列ＶＩのペプチド（前記ペプチド中のＸ２３はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧ、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌのタンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にグリシン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、をさらに含む。
一実施形態において、上記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列（図６Ａおよび６Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２５１１３．２）中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧもしくはＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質配列（図６Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７９３８９．２）中の残基１５２に対応する位置にグリシンもしくはアルギニンを有するＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌのタンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にグリシン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、配列ＶＩのペプチド（前記ペプチド中のＸ２３はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌのタンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、配列ＶＩのペプチド（前記ペプチド中のＸ２３はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、配列ＶＩＩ
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ２５は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ２６は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ２７は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ２８は、ＫまたはＮであり、Ｘ２９は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチドを提供する。一実施形態において、ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する。一実施形態において、Ｘ２７は、アミノ酸であり、より具体的にはメチオニン（Ｍ）である。一実施形態において、Ｘ２６は、アミノ酸であり、より具体的にはバリン（Ｖ）である。一実施形態において、Ｘ２８はＫである。別の実施形態において、Ｘ２８はＮである。一実施形態において、ペプチドは配列ＶＭＧＮＰＧＴＦＫ（配列番号２７）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＶＭＧＮＰＧＴＦＫ（配列番号２７）である。別の実施形態において、ペプチドは配列ＶＭＧＮＰＧＴＦＮ（配列番号２８）である。一実施形態において、ペプチドはＶＭＧＮＰＧＴＦＮ（配列番号２８）である。
別の態様において、本発明は、癌を治療する方法を提供し、前記方法は、上記配列ＶＩＩペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列（図７Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６０３３．２）中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡもしくはＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはＲＭＤＮ１タンパク質配列（図７Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７１１７．２）中の残基５２に対応する位置にリジンもしくはアスパラギンを有するＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡを含むＲＭＤＮ１核酸、および／または／ヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にリジン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、配列ＶＩＩの前記ペプチド中のＸ２８は、Ｋであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／または／ヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にアスパラギン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、配列ＶＩＩの前記ペプチド中のＸ２８は、Ｎである。
別の実施形態において、決定することは、ヒトＲＭＤＮ１核酸を配列決定することを含む。一実施形態において、上記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である。
一実施形態において、上記方法は、（ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、配列ＶＩＩのペプチド（前記ペプチド中のＸ２８はＫである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＣ、および／またはヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にアスパラギン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｉｉ）前記対象が上記（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、配列ＶＩＩのペプチド（前記ペプチド中のＸ２８はＮである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡ、および／またはヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にリジン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することをさらに含む。
一実施形態において、上記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列（図７Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６０３３．２）中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡもしくはＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはＲＭＤＮ１タンパク質配列（図７Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７１１７．２）中の残基５２に対応する位置にリジンもしくはアスパラギンを有するＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にリジン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、配列ＶＩＩのペプチド（前記ペプチド中のＸ２８はＮである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にアスパラギン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、配列ＶＩＩのペプチド（前記ペプチド中のＸ２８はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
一実施形態において、上記ペプチド（Ｉ）〜（ＶＩＩ）中のＺ１は、存在しない。一実施形態において、上記ペプチド（Ｉ）〜（ＶＩＩ）中のＺ２は、存在しない。
別の態様において、本発明は、上記方法によって同定されるＭｉＨＡを提供する。一実施形態において、ＭｉＨＡは、本明細書に定義される配列（Ｉ）〜（ＶＩＩ）のペプチドである。
別の態様において、本発明は、上記ペプチド（Ｉ）〜（ＶＩＩ）をコードする核酸を提供する。
別の態様において、本発明は、ペプチド（Ｉ）〜（ＶＩＩ）を負荷した、単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を提供する。別の態様において、本発明は、その表面に、上記ペプチド（Ｉ）〜（ＶＩＩ）を負荷したＭＨＣクラスＩ分子を発現する単離された細胞を提供する。
一実施形態において、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊０３０１、ＨＬＡ−Ｂ＊０８０１、またはＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子の分子である。さらなる実施形態において、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子の分子である。別の実施形態において、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子の分子である。別の実施形態において、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子の分子である。
本発明の他の目標、利点、および特徴は、添付の図面を参照して例としてのみ提供される、以下に記載するその特定の実施形態の非限定的な説明を読むことで、より明白になるであろう。
ヒトセントロメアタンパク質Ｆ、３５０／４００ｋＤａ（マイトシン）（ＣＥＮＰＦ）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトセントロメアタンパク質Ｆ、３５０／４００ｋＤａ（マイトシン）（ＣＥＮＰＦ）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトセントロメアタンパク質Ｆ、３５０／４００ｋＤａ（マイトシン）（ＣＥＮＰＦ）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＣＥＮＰＦポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号２）を示す。 ヒトＺＷ１０相互作用物質（ＺＷＩＮＴ）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号３）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＺＷＩＮＴポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号４）を示す。 ヒトミトコンドリア輸送体相同体２（ＭＴＣＨ２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号５）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＭＴＣＨ２ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号６）を示す。 ＥＬＦ１［Ｅ７４様因子１（ｅｔｓドメイン転写因子）］ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号７）を示す。コード領域を斜体で示す。 ＥＬＦ１［Ｅ７４様因子１（ｅｔｓドメイン転写因子）］ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号７）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＥＬＦ１ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号８）を示す。 ヒトＮＱ０１［ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ脱水素酵素、キノリン１］ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号９）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＮＱ０１［ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ脱水素酵素、キノリン１］ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号９）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＮＱ０１ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号１０）を示す。 ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌ ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１１）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌ ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１１）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号１２）を示す。 ヒトＲＭＤＮ１ ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１３）を示す。コード領域を斜体で示す。 ヒトＲＭＤＮ１ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号１４）を示す。
発明の開示
本明細書で使用される遺伝学、分子生物学、生化学、および核酸の用語および記号は、当該技術分野の標準的な論文およびテキスト、例えば、Ｋｏｒｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｂａｋｅｒ，ＤＮＡ Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９２）；Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９７５）；Ｓｔｒａｃｈａｎ ａｎｄ Ｒｅａｄ，Ｈｕｍａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９９）；Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，ｅｄｉｔｏｒ，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ （Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１）；Ｇａｉｔ，ｅｄｉｔｏｒ，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８４）等のものに従う。全ての用語は、関連技術において確立されたそれらの典型的な意味を有するものと理解されたい。
冠詞「ａ」および「ａｎ」は、本明細書において、その冠詞の文法上の対象のうちの１つまたは１つより多く（すなわち、少なくとも１つ）を指すために使用される。例として、「要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つの要素または１つより多くの要素を意味する。本明細書を通して、内容上別途要求されない限り、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という語は、記載されるステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の包含を暗示するが、いずれか他のステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群を除外は暗示しないと理解されたい。
ヒトＭｉＨＡ発見のための新規方法、本方法を用いて同定される新規ＭｉＨＡ、および新規ＭｉＨＡの使用が、本明細書に記載される。本方法の特徴の１つは、個別化した翻訳されたトランスクリプトームおよび／またはエクソームの、質量分光測定法（ＭＳ）によるペプチド同定に使用されるデータベースへの組み込みである。候補ＭｉＨＡは、個別化したトランスクリプトームおよび／またはエクソームを、参照ゲノムならびに／またはＨＬＡが適合する対象（例えば、ＨＬＡが同一である同胞）の参照ゲノムおよび／もしくはトランスクリプトームおよび／またはエクソームと比較することによって同定される。
したがって、第１の態様において、本発明は、マイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）候補を同定する方法を提供し、該方法は、（ａ）第１の対象由来の第１の細胞試料中のＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）の配列を単離および配列決定することと、（ｂ）前記第１の対象から得られた第２の細胞試料に対して全トランスクリプトームおよび／またはエクソーム配列決定を行うことと、（ｃ）配列決定された全トランスクリプトームおよび／またはエクソームを参照ゲノムと比較し、前記第１の対象のトランスクリプトームおよび／またはエクソームと参照ゲノムとの間の単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）を同定することと、（ｄ）同定されたＳＮＶを含有する配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳し、前記ＳＮＶによって引き起こされる少なくとも１つの非同義変異を含むペプチド配列を同定することと、（ｅ）（ａ）で単離されたＭＡＰの配列を（ｄ）で同定されたペプチド配列と比較することと、（ｆ）前記比較に基づいてＭｉＨＡ候補を同定することと、を含む。
一実施形態において、ＭｉＨＡ候補は、その配列が、参照ゲノムから翻訳された対応する配列と比較して少なくとも１つの変異を含むＭＡＰである。
別の態様において、本発明は、マイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）候補を同定する方法を提供し、該方法は、（ａ）第１および第２の対象由来の第１の細胞試料中のＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）を単離することであって、前記第１および第２の対象は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）適合性である、単離することと、（ｂ）前記第１および第２の対象から得られた第２の細胞試料に対して全トランスクリプトームおよび／またはエクソーム配列決定を行うことと、（ｃ）配列決定された全トランスクリプトームおよび／またはエクソームを比較し、前記第１および第２の対象のトランスクリプトームおよび／またはエクソーム間の単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）を同定することと、（ｄ）同定されたＳＮＶを含有する配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳し、前記ＳＮＶによって引き起こされる少なくとも１つの非同義変異を含むペプチド配列を同定することと、（ｅ）（ａ）で単離されたＭＡＰの配列を（ｄ）で同定されたペプチド配列と比較することと、（ｆ）前記比較に基づいてＭｉＨＡ候補を同定することと、を含む。一実施形態において、ＭｉＨＡ候補は、前記第１の対象由来の第１の細胞試料中には存在するが、前記第２の対象由来の第１の細胞試料中には存在しないＭＡＰである。
本明細書で使用される「参照ゲノム」という用語は、文献において報告されるヒトゲノムアセンブリを指し、例えば、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ Ｈｕｍａｎ Ｂｕｉｌｄ ３７（ＧＲＣｈ３７、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ；Ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ．Ｎａｔｕｒｅ．２００４；４３１：９３１−９４５），Ｈｓ＿Ｃｅｌｅｒａ＿ＷＧＳＡ（Ｃｅｌｅｒａ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ；Ｉｓｔｒａｉｌ Ｓ．ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．２００４ Ｆｅｂ １７；１０１（７）：１９１６−２１）．Ｅｐｕｂ ２００４ Ｆｅｂ ９），ＨｕＲｅｆ ａｎｄ ＨｕＲｅｆＰｒｉｍｅ（Ｊ．Ｃｒａｉｇ Ｖｅｎｔｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ；Ｌｅｖｙ Ｓ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ Ｂｉｏｌｏｇｙ．２００７；５：２１１３−２１４４），ＹＨ１ ａｎｄ ＢＧＩＡＦ（Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ；Ｌｉ Ｒ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．２０１０；２０：２６５−２７２）、およびＨｓａｐＡＬＬＰＡＴＨＳＩ（Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）を含む。一実施形態において、参照ゲノムはＧＲＣｈ３７である。
種々の実施形態において、上述の第１の試料は、対象由来の組織または体液、例えば、血液、血清、免疫細胞（例えば、リンパ球）、血液細胞（例えば、ＰＢＭＣもしくはそのサブセット）、組織、または初代細胞に由来する細胞株等を含む、ＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞を含有するいずれの源に由来してもよい。一実施形態において、第１の試料は、血液細胞試料、例えば、ＰＢＭＣ試料、またはＰＢＭＣ等の血液細胞に由来する細胞株（例えば、不死化細胞株）である。初代細胞から細胞株を作製するための方法、または初代細胞を不死化する方法は、当該技術分野で既知であり、例えば、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ＴＥＲＴ）の組換え発現による初代細胞の不死化（Ｂａｒｓｏｖ ＥＶ，Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１１ Ｎｏｖ；Ｃｈａｐｔｅｒ ７：Ｕｎｉｔ７．２１Ｂ）、サルウイルス４０（ＳＶ４０）Ｔ抗原、アデノウイルスＥ１ＡおよびＥ１Ｂ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）Ｅ６およびＥ７、ならびにエプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）等のウイルス遺伝子の組換え発現による不死化、さらにはｐ５３またはＲｂ等の腫瘍抑制遺伝子の不活性化を含む。ＥＢＶによるＢリンパ球の不死化のための方法は、Ｔｏｓａｔｏ Ｇ ａｎｄ Ｃｏｈｅｎ Ｊｌ．Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２００７ Ｆｅｂ；Ｃｈａｐｔｅｒ ７：Ｕｎｉｔ７．２２に記載されている。哺乳動物細胞を不死化するための製品／試薬は、例えば、ＡＴＣＣ（商標）から市販されている。一実施形態において、第１の試料は、対象から得られた初代細胞由来の不死化細胞株であり、さらなる実施形態において、ＥＢＶで形質転換したＢリンパ芽球様細胞株（Ｂ−ＬＣＬ）等の不死化Ｂ細胞株である。
細胞試料からＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）を単離するための方法は、当該技術分野で周知である。最も一般的に使用される技術は、Ｆｏｒｔｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２０５（３）：５９５−６１０，２００８）に記載されるように、生細胞からのＭＨＣ関連ペプチドの弱酸溶出（ＭＡＥ）である。別の技術は、ペプチド−ＭＨＣクラスＩ複合体の免疫沈降または親和性精製に続くペプチド溶出である（例えば、Ｇｅｂｒｅｓｅｌａｓｓｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００６ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ；６７（１１）：８９４−９０６を参照のこと）。後者に基づく２つのハイスループット戦略が実施されてきた。第１の戦略は、可溶性の分泌されたＭＨＣ（機能的膜貫通ドメインを欠く）をコードする発現ベクターによる細胞株のトランスフェクション、および分泌されたＭＨＣに関連するペプチドの溶出に基づいている（Ｂａｒｎｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００２ Ｊａｎ；３２（１）：２１３−２２；ａｎｄ Ｈｉｃｋｍａｎ ＨＤ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００４ Ｍａｒ １；１７２（５）：２９４４−５２）。第２のアプローチは、ＭＨＣ関連ペプチドの定量的プロファイルを提供するための化学標識および代謝標識に依存する（Ｗｅｉｎｚｉｅｒｌ ＡＯ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００７ Ｊａｎ；６（１）：１０２−１３．Ｅｐｕｂ ２００６ Ｏｃｔ ２９；Ｌｅｍｍｅｌ Ｃ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００４ Ａｐｒ；２２（４）：４５０−４．Ｅｐｕｂ ２００４ Ｍａｒ７；Ｍｉｌｎｅｒ Ｅ，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２００６ Ｆｅｂ；５（２）：３５７−６５．Ｅｐｕｂ ２００５ Ｎｏｖ４）。
溶出されたＭＡＰは、さらなる分析の前に、サイズ排除クロマトグラフィーもしくは限外濾過（約５０００Ｄａ、例えば約３０００Ｄａのカットオフを有するフィルタを使用）、および／またはイオン交換クロマトグラフィー（例えば、陽イオン交換クロマトグラフィー）を含む任意の精製／濃縮ステップに供されてもよい。溶出されたＭＡＰの配列は、質量分光測定法（後に記載されるような）およびエドマン分解反応等のペプチド／タンパク質を配列決定するための当該技術分野で既知の任意の方法を用いて決定することができる。
種々の実施形態において、上述の第２の試料は、ゲノムのＤＮＡ、ＲＮＡ、および／またはタンパク質を含有するいずれの源に由来してもよく、例えば、対象由来の組織または体液、例えば、血液、血清、免疫細胞（例えば、リンパ球）、血液細胞（例えば、ＰＢＭＣ）、組織、または初代細胞に由来する細胞株（後に記載されるような）等に由来してもよい。一実施形態において、第２の試料は、対象から得られた初代細胞由来の不死化細胞株であり、さらなる実施形態において、ＥＢＶで形質転換したＢリンパ芽球様細胞株（Ｂ−ＬＣＬ）等の不死化Ｂ細胞株である。細胞試料は、核酸（ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ）および／またはタンパク質における濃縮のために一般的に使用される単離および／または精製技術に供されてもよい。
一実施形態において、トランスクリプトームライブラリーは、試料から得られたＲＮＡから作製／構築される。トランスクリプトームライブラリーの構築は、以下のステップのうちの１つ以上を含み得る：ポリＡ ｍＲＮＡの濃縮／精製；ＲＮＡ断片化およびｃＤＮＡ合成のための初回刺激；逆転写（ＲＴ）（ランダムプライマーを使用）；二本鎖ｃＤＮＡを作製するための第２ラウンドのＲＴ、ｃＤＮＡ精製；断片化ｃＤＮＡの末端修復、３’末端のアデニル化、アダプターのライゲーション、およびアダプター分子を含有するＤＮＡ断片の濃縮。トランスクリプトームライブラリー構築に適したキットは、例えば、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ａｍｂｉｏｎ（登録商標）ＲＮＡ−Ｓｅｑ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ）、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（ＡＢ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｂｕｉｌｄｅｒ（商標）Ｗｈｏｌｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ Ｃｏｒｅ Ｋｉｔ）、Ｑｉａｇｅｎ（ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔ（商標）Ｗｈｏｌｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ Ｋｉｔ）、およびＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（ＴｒａｎｓＰｌｅｘ（登録商標）Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ｗｈｏｌｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ）から市販されている。
一実施形態において、ゲノムライブラリーは、試料から得られたゲノムＤＮＡから作製／構築される。ゲノムライブラリーの構築は、以下のステップのうちの１つ以上を含み得る：ＤＮＡ剪断、ＤＮＡ末端修復、３’末端アデニル化、アダプターのライゲーション、アダプター分子を含有するＤＮＡ断片を濃縮するためのライゲーション産物の精製および増幅（例えば、ＰＣＲ）。ゲノムライブラリー構築に適したキットは、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（ＴｒｕＳｅｑ（商標）ＤＮＡ Ｓａｍｐｌｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ｖ２）（カタログ番号ＦＣ−９３０−１０２１）、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ （ＳＯＬｉＤ（登録商標）Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ）、およびＮｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ（ＮＥＢＮｅｘｔ（登録商標）ＤＮＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ）から市販されている。
別の実施形態において、ゲノム（ＤＮＡ−Ｓｅｑ）ライブラリーは、ヒトゲノムのコード部分（エクソーム）のみを配列決定するために濃縮ステップに供される。エクソーム濃縮に適したキットは、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（ＴｒｕＳｅｑ（商標）ｅｘｏｍｅ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ｋｉｔ、ＦＣ−９３０−１０１２）、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ＴａｒｇｅｔＳｅｑ（商標）Ｅｘｏｍｅ ａｎｄ Ｃｕｓｔｏｍ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍ、Ａ１４０６０−Ａ１４０６３）、ＦｌｅｘＧｅｎ（ＦｌｅＸｏｍｅ ｗｈｏｌｅ ｅｘｏｍｅ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ｋｉｔ ｖ２）、Ｒｏｃｈｅ ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ（ＳｅｑＣａｐ ＥＺ Ｈｕｍａｎ Ｅｘｏｍｅ Ｌｉｂｒａｒｙ ｖ２．０）、およびＡｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ＳｕｒｅＳｅｌｅｃｔ Ａｌｌ Ｅｘｏｎ ｋｉｔｓ）から市販されている。
全トランスクリプトームまたはエクソーム配列決定（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）を行うための方法は、当該技術分野で既知である（例えば、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １０，５７−６３，Ｊａｎｕａｒｙ ２００９；Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２０１１，１２（９），Ｅｘｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｓｐｅｃｉａｌ ｉｓｓｕｅを参照）。Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒプラットフォーム、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（ＡＢＩ）のＳｏｌｉｄ（商標）配列決定プラットフォーム、またはＬｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅの４５４配列決定プラットフォーム（Ｒｏｃｈｅ）等の全トランスクリプトーム／エクソーム配列決定を行うための種々のプラットフォームが存在する。
２つ以上の配列の間の、例えば、（ｉ）１人の対象と１つの参照ゲノムとの間のトランスクリプトームおよび／もしくはエクソーム、ならびに／または（ｉｉ）２つの異なる対象の間のトランスクリプトームおよび／またはエクソームにおける単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）または単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の同定は、ＩｌｌｕｍｉｎａのＳＮＰ呼び出しプログラムＣａｓａｖａ（商標）、ＳＮＰｄｅｔｅｃｔｏｒ（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｃｏｍｐｕｔ Ｂｉｏｌ．２００５ Ｏｃｔｏｂｅｒ；１（５）：ｅ５３）、Ｇｏｌｄｅｎ ＨｅｌｉｘのＳＮＰ＆Ｖａｒｉａｔｉｏｎ Ｓｕｉｔｅ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのゲノムワイドなヒトＳＮＰアレイ、ＭａｓｓＧｅｎｏｍｉｃｓのＳＡＭｔｏｏｌｓ ｍｐｉｌｅｕｐ等を含む、いずれの配列比較／ＳＮＰ同定方法またはツールを用いて行われてもよい。
核酸配列のタンパク質配列へのｉｎ ｓｉｌｉｃｏ翻訳は、ＥｘＰＡＳｙ Ｔｒａｎｓｌａｔｅ ｔｏｏｌ、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩ（商標）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ｐｙＧｅｎｏ（Ｇｒａｎａｄｏｓ ｅｔ ａｌ．，２０１２）、Ｖｉｒｔｕａｌ Ｒｉｂｏｓｏｍｅ（ＣＢＳ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｄｅｎｍａｒｋ）等を含むいずれの適切なソフトウェアまたはツールを使用して行われてもよい。トランスクリプトームおよび／またはエクソームのｉｎ ｓｉｌｉｃｏ翻訳は、ＳＮＶによって引き起こされる少なくとも１つの非同義変異を含むペプチド配列の同定を可能にする。一実施形態において、少なくとも１つの非同義変異を含む１５アミノ酸以下（実施形態において、１４、１３、１２、１１アミノ酸以下）の全ての可能なアミノ酸（ａａ）配列変異体を算出し、リストし、比較ステップ（ｅ）において使用する。したがって、ＳＮＶによって引き起こされる各非同義変異の場合、多型位置の各１つの周囲の９０ｂｐ（８４、７８、７２、または６６ｂｐ）のウィンドウを算出し、これらの９０ｂｐ（８４、７８、７２、または６６ｂｐ）（３０、２８、２６、２４、または２２ａａ）のウィンドウによって定義されるあらゆる可能なアミノ酸（ａａ）配列変異体のリストを得る。このようにして、非同義多型による影響を受ける多くても１５ａａ（実施形態において、１４、１３、１２、１１ａａ）の最も可能なａａ配列のリストを得ることができる。ＭＨＣクラスＩＩ関連ＭＡＰ（より長い場合がある、最大約３０アミノ酸）の同定の場合、少なくとも１つの非同義変異を含む、例えば３０アミノ酸以下（実施形態において、２５、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２アミノ酸以下）の全ての可能なアミノ酸（ａａ）配列変異体を算出し、リストし、比較ステップ（ｅ）において使用する。したがって、ＳＮＶによって引き起こされる各非同義変異の場合、多型位置の各１つの周囲の１８０ｂｐのウィンドウを算出し、これらの１８０ｂｐ（６０ａａ）のウィンドウによって定義されるあらゆる可能なアミノ酸（ａａ）配列変異体のリストを得る。このようにして、非同義多型による影響を受ける多くても３０ａａの最も可能なａａ配列のリストを得ることができる。
一実施形態において、少なくとも１つの非同義変異を含む１２または１１アミノ酸以下の全ての可能なアミノ酸（ａａ）配列変異体を算出し、リストし、比較ステップ（ｅ）において使用する。したがって、ＳＮＶによって引き起こされる各非同義変異の場合、多型位置の各１つの周囲の７２または６６ｂｐのウィンドウを算出し、これらの７２または６６ｂｐ（２４または２２ａａ）のウィンドウによって定義されるあらゆる可能なアミノ酸（ａａ）配列変異体のリストを得る。このようにして、非同義多型による影響を受ける多くても１２または１１の最も可能なａａ配列のリストを得ることができる。
実施形態において、上述のペプチド配列は、約７〜約１５アミノ酸（例えば、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５）の長さを有し、さらなる実施形態において、約８または９〜約１１または１２アミノ酸（例えば、８、９、１０、１１、または１２）の長さを有する。
一実施形態において、第１の試料から単離されたＭＡＰの配列と、上記同定されたトランスクリプトームおよび／またはエクソームに由来するペプチド配列（すなわち、ＳＮＶによって引き起こされる少なくとも１つの非同義変異を含む）との比較は、単離されたＭＡＰを質量分析に供することと、得られたＭＳスペクトルをトランスクリプトームおよび／またはエクソームに由来するペプチド配列と比較することとを含む。一実施形態において、質量分析は、液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣ−ＭＳ）であり、さらなる実施形態において、ペプチドマスフィンガープリンティングと併せたＬＣ−ＭＳ（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）である。
一実施形態において、方法は、同定されたＭｉＨＡ候補のＭＨＣクラスＩ分子への結合を決定することをさらに含む。結合は、ペプチドの対立遺伝子産物に対する予測結合親和性（ＩＣ５０）であってもよく、ＮｅｔＭＨＣｃｏｎｓソフトウェアバージョン１．０（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣｃｏｎｓ／）等のツールを使用して得ることができる（Ｋａｒｏｓｉｅｎｅ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。種々の利用可能なＭＨＣクラスＩペプチド結合ツールの概要は、Ｐｅｔｅｒｓ Ｂ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｃｏｍｐｕｔ Ｂｉｏｌ ２００６，２（６）：ｅ６５；Ｔｒｏｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｍｅ Ｒｅｓ ２００７，３（１）：５；Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２００８，９：８）に提供される。
一実施形態において、５０ｎＭ未満の予測ＩＣ５０を有するペプチドは、強い結合剤と見なされ、約５０〜約５００ｎＭのＩＣ５０を有するペプチドは、弱い結合剤と見なされる。
同定されたＭｉＨＡ候補のＭＨＣクラスＩ分子への結合は、他の既知の方法、例えばＴ２ペプチド結合アッセイを用いて決定してもよい。Ｔ２細胞株は、ＴＡＰが不足しているが、それでもなお少量のＭＨＣクラスＩを細胞表面上に発現する。Ｔ２結合アッセイは、Ｔ２細胞株の表面上でＭＨＣクラスＩ複合体を安定化するペプチドの能力に基づいている。Ｔ２細胞を特定のペプチド（例えば、候補ＭｉＨＡ）とともにインキュベートし、汎用ＨＬＡクラスＩ抗体を用いて安定化したＭＨＣクラスＩ複合体を検出し、（例えば、フローサイトメトリーにより）分析を実行し、未結合の陰性対照と関連させて結合を評価する。表面における安定化したペプチド／ＭＨＣクラスＩ複合体の存在が、そのペプチド（例えば、候補ＭｉＨＡ）がＭＨＣクラスＩ分子に結合することの指標となる。
また、対象となるペプチド（例えば、候補ＭｉＨＡ）のＭＨＣへの結合は、放射標識プローブペプチドがＭＨＣ分子への結合を阻害する能力に基づいてアッセイすることもできる。ＭＨＣ分子を界面活性剤で可溶化し、親和性クロマトグラフィーで精製する。次いで、プロテアーゼ阻害剤カクテルの存在下、それらを阻害剤ペプチド（例えば、候補ＭｉＨＡ）および過剰な放射標識プローブペプチドとともに、２日間室温でインキュベートする。インキュベーション期間の終了時に、サイズ排除ゲル濾過クロマトグラフィーによりＭＨＣペプチド複合体を未結合放射標識ペプチドから分離し、結合放射活性のパーセントを決定する。特定のペプチドのＭＨＣ分子に対する結合親和性は、種々の用量の非標識競合ペプチドのＭＨＣ分子および標識プローブペプチドとの共インキュベーションにより決定してもよい。標識ペプチドの結合を５０％阻害するために必要な非標識ペプチドの濃度（ＩＣ５０）は、用量対阻害％をプロットすることにより決定することができる（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（１９９８）１８．３．１−１８．３．１９，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．を参照のこと）。
同定されたＭｉＨＡ候補のＭＨＣクラスＩ分子への結合は、Ｐｒｏｌｍｍｕｎｅ ＲＥＶＥＡＬ＆ＰｒｏＶＥ（登録商標）エピトープ探索システム等のエピトープ探索システムを使用して決定してもよい。
別の態様において、本発明は、本明細書に記載される配列（Ｉ）〜（ＶＩＩ）を含む５０アミノ酸以下のペプチド（例えば、単離されたまたは合成されたペプチド）を提供する。
別の態様において、本発明は、配列（Ｉ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ１は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ２は、ＬまたはＳであり、Ｘ３は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド（例えば、単離されたまたは合成されたペプチド）を提供する。
別の態様において、本発明は、配列（ＩＩ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ５は、ＧまたはＲであり、Ｘ６は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ７は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド（例えば、単離されたまたは合成されたペプチド）を提供する。
別の態様において、本発明は、配列（ＩＩＩ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ８は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ９は、ＰまたはＡであり、Ｘ１０は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド（例えば、単離されたまたは合成されたペプチド）を提供する。
別の態様において、本発明は、配列（ＩＶ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ１１は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ１２は、ＳまたはＴであり、Ｘ１３は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ１４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド（例えば、単離されたまたは合成されたペプチド）を提供する。
別の態様において、本発明は、配列（Ｖ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ１５は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ１６は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ１７は、ＲまたはＷであり、Ｘ１８は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ１９は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド（例えば、単離されたまたは合成されたペプチド）を提供する。
別の態様において、本発明は、配列（ＶＩ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ２０は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ２１は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ２２は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ２３は、ＧまたはＲであり、Ｘ２４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド（例えば、単離されたまたは合成されたペプチド）を提供する。
別の態様において、本発明は、配列（ＶＩＩ）
Figure 2015528443
 （式中、Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、Ｘ２５は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｘ２６は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ２７は、アミノ酸であるか、または存在せず、Ｘ２８は、ＫまたはＮであり、Ｘ２９は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド（例えば、単離されたまたは合成されたペプチド）を提供する。
別の態様において、本発明は、本明細書に定義される配列（Ｉ）〜（ＶＩＩ）のいずれか１つを含む５０アミノ酸以下のペプチドを提供する。
一般に、ＨＬＡクラスＩに関連して提示されるペプチドは、約７〜約１５アミノ酸残基の様々な長さであり、より長いペプチド（例えば、５０アミノ酸以下）は、酵素的に処理してそのような長さのペプチドにすることができる。実施形態において、ペプチドは、４５、４０、３５、３０、２５、２０、または１５アミノ酸以下である。本発明によって提供される上述の配列／モチーフを含むペプチドは、典型的には、少なくとも７アミノ酸長であるが、好ましくは少なくとも８または９アミノ酸である。本発明によって提供されるペプチドの長さの上限は、１５アミノ酸以下であるが、好ましくは約１３、１２、または１１アミノ酸長以下である。実施形態において、上記ペプチドは、約８〜１２アミノ酸長（例えば、８、９、１０、１１、または１２アミノ酸長）であり、ＨＬＡクラスＩ分子に直接適合するのに十分に小さいが、１２〜約２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０アミノ酸とそれより大きくてもよく、細胞取り込み、およびプロテアソームによる細胞内プロセシングの後にのみＨＬＡ分子によって提示され、ＭＨＣ分子の溝内に提示される前に輸送される。
本明細書で使用される「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸のＬ異性体およびＤ異性体と、ペプチドの合成類似体を調製するためにペプチド化学において使用される他のアミノ酸（例えば、天然に存在するアミノ酸、天然には存在しないアミノ酸、核酸配列によってコードされないアミノ酸等）の両方を含む。天然に存在するアミノ酸の例は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、スレオニン等である。
他のアミノ酸は、例えば、遺伝的にコードされていない形態のアミノ酸だけではなく、Ｌ−アミノ酸の保存的置換も含む。天然の遺伝的にコードされていないアミノ酸は、例えば、β−アラニン、３−アミノ−プロピオン酸、２，３−ジアミノプロピオン酸、α−アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）、４−アミノ−酪酸、Ｎ−メチルグリシン（サルコシン）、ヒドロキシプロリン、オルニチン（例えば、Ｌ−オルニチン）、シトルリン、ｔ−ブチルアラニン、ｔ−ブチルグリシン、Ｎ−メチルイソロイシン、フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、ノルロイシン（Ｎｌｅ）、ノルバリン、２−ナプチルアラニン、ピリジルアラニン、３−ベンゾチエニルアラニン、４−クロロフェニルアラニン、２−フルオロフェニルアラニン、３−フルオロフェニルアラニン、４−フルオロフェニルアラニン、ペニシラミン、１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−３−カルボキシリキス酸、β−２−チエニルアラニン、メチオニンスルホキシド、Ｌ−ホモアルギニン（Ｈｏａｒｇ）、Ｎ−アセチルリジン、２−アミノ酪酸、２−アミノ酪酸、２，４，−ジアミノ酪酸（Ｄ−もしくはＬ−）、ｐ−アミノフェニルアラニン、Ｎ−メチルバリン、ホモシステイン、ホモセリン（ＨｏＳｅｒ）、システイン酸、ε−アミノヘキサン酸、δ−アミノ吉草酸、または２，３−ジアミノ酪酸（Ｄ−もしくはＬ−）等を含む。これらのアミノ酸は、生化学／ペプチド化学の技術分野で周知である。
実施形態において、本発明のペプチドは、上記配列と比較して機能的に同等である、アミノ酸残基の置換を含有する改変配列を有するペプチドを含む。例えば、配列内の１つ以上のアミノ酸残基を、機能的均等物として作用する同様の極性の（同様の物理化学的特性を有する）別のアミノ酸で置換して、サイレント改変をもたらすことができる。配列内におけるアミノ酸の置換は、そのアミノ酸が属するクラスの他のメンバーから選択することができる。例えば、正に荷電した（塩基性）アミノ酸は、アルギニン、リジン、およびヒスチジン（ならびにホモアルギニンおよびオルニチン）を含む。非極性（疎水性）アミノ酸は、ロイシン、イソロイシン、アラニン、フェニルアラニン、バリン、プロリン、トリプトファン、およびメチオニンを含む。非荷電極性アミノ酸は、セリン、スレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、およびグルタミンを含む。負に荷電した（酸性）アミノ酸は、グルタミン酸およびアスパラギン酸を含む。アミノ酸グリシンは、非極性アミノ酸ファミリーまたは非荷電（中性）極性アミノ酸ファミリーのいずれに含まれてもよい。アミノ酸のファミリー内で行われる置換は、概して保存置換であると理解されたい。
上記ペプチドは、全てのＬ−アミノ酸、全てのＤ−アミノ酸、またはＬ−およびＤ−アミノ酸の混合物を含み得る。一実施形態において、上記ペプチドは、全てのＬ−アミノ酸を含む。
また、分解を防止し、安定性または取り込みを増加させるために、ペプチドのＮ末端および／またはＣ末端をキャッピングするかまたは修飾することもできる。一実施形態において、ペプチドのアミノ末端残基（すなわち、Ｎ末端の遊離アミノ基）が、例えば、部分／化学基（Ｚ１）の共有結合的付着によって（例えば、分解から保護するために）修飾される。Ｚ１は、１〜８個の炭素の直鎖もしくは分岐のアルキル基、またはアシル基（Ｒ−ＣＯ−）（式中、Ｒは疎水性部分（例えば、アセチル、プロピオニル、ブタニル、イソ−プロピオニル、もしくはイソ−ブタニル）である）、またはアリール基（Ａｒ−ＣＯ−）（式中、Ａｒはアリール基である）であり得る。一実施形態において、アシル基は、Ｃ１−Ｃ１６もしくはＣ３−Ｃ１６アシル基（直鎖もしくは分岐、飽和もしくは不飽和）であり、さらなる実施形態において、飽和Ｃ１−Ｃ６アシル基（直鎖もしくは分岐）または不飽和Ｃ３−Ｃ６アシル基（直鎖もしくは分岐）、例えば、アセチル基（ＣＨ３−ＣＯ−、Ａｃ）である。一実施形態において、Ｚ１は存在しない。
ペプチドのカルボキシ末端残基（すなわち、ペプチドのＣ末端の遊離カルボキシル基）を、例えばアミド化（ＯＨ基のＮＨ２基による置換）によって（例えば、分解から保護するために）修飾してもよく、そのような場合、Ｚ２はＮＨ２基である。一実施形態において、Ｚ２は、ヒドロキサメート基、ニトリル基、アミド（一級、二級、または三級）基、１〜１０個の炭素の脂肪族アミン、例えば、メチルアミン、イソ−ブチルアミン、イソ−バレリルアミンもしくはシクロヘキシルアミン等、芳香族アミンまたはアリールアルキルアミン、例えば、アニリン、ナプチルアミン、ベンジルアミン、シンナミルアミン、またはフェニルエチルアミン、アルコールもしくはＣＨ２ＯＨ等であり得る。一実施形態において、Ｚ２は存在しない。
一実施形態において、ペプチドは配列ＥＬＱＥＫＦＬＳＬ（配列番号１５）を含み、さらなる実施形態において、ペプチドはＥＬＱＥＫＦＬＳＬ（配列番号１５）である。別の実施形態において、ペプチドは配列ＥＬＱＥＫＦＳＳＬ（配列番号１６）を含み、さらなる実施形態において、ペプチドはＥＬＱＥＫＦＳＳＬ（配列番号１６）である。
一実施形態において、ペプチドは配列ＱＥＬＤＧＶＦＱＫＬ（配列番号１７）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＱＥＬＤＧＶＦＱＫＬ（配列番号１７）である。別の実施形態において、ペプチドは配列ＱＥＬＤＲＶＦＱＫＬ（配列番号１８）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＱＥＬＤＲＶＦＱＫＬ（配列番号１８）である。
一実施形態において、ペプチドは配列ＳＬＦＦＲＫＶＰＦ（配列番号１９）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＳＬＦＦＲＫＶＰＦ（配列番号１９）である。別の実施形態において、ペプチドは配列ＳＬＦＦＲＫＶＡＦ（配列番号２０）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＳＬＦＦＲＫＶＡＦ（配列番号２０）である。
一実施形態において、上記ペプチドは配列ＳＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２１）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＳＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２１）である。別の実施形態において、上記ペプチドは配列ＴＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２２）を含む。さらなる実施形態において、ペプチドはＴＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２２）である。
一実施形態において、上記ペプチドは配列ＡＭＹＤＫＧＰＦＲＳＫ（配列番号２３）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＡＭＹＤＫＧＰＦＲＳＫ（配列番号２３）である。別の実施形態において、上記ペプチドは配列ＡＭＹＤＫＧＰＦＷＳＫ（配列番号２４）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＡＭＹＤＫＧＰＦＷＳＫ（配列番号２４）である。
一実施形態において、上記ペプチドは配列ＲＶＳＬＰＴＳＰＧ（配列番号２５）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＲＶＳＬＰＴＳＰＧ（配列番号２５）である。別の実施形態において、上記ペプチドは配列ＲＶＳＬＰＴＳＰＲ（配列番号２６）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＲＶＳＬＰＴＳＰＲ（配列番号２６）である。
一実施形態において、上記ペプチドは配列ＶＭＧＮＰＧＴＦＫ（配列番号２７）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＶＭＧＮＰＧＴＦＫ（配列番号２７）である。別の実施形態において、上記ペプチドは配列ＶＭＧＮＰＧＴＦＮ（配列番号２８）を含む。一実施形態において、上記ペプチドはＶＭＧＮＰＧＴＦＮ（配列番号２８）である。
本発明のペプチドは、ペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞における発現（組換え発現）によって、または化学合成（例えば、固相ペプチド合成）によって生成することができる。ペプチドは、手動でおよび／または当該技術分野で周知の自動固相手順によって容易に合成することができる。適切な合成は、例えば、「Ｔ−ｂｏｃ」または「Ｆｍｏｃ」手順を利用して実行することができる。固相合成のための技術および手順は、例えば、Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｂｙ Ｅ．Ａｔｈｅｒｔｏｎ ａｎｄ Ｒ．Ｃ．Ｓｈｅｐｐａｒｄ、ＩＲＬ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ出版（１９８９）に記載されている。代替として、ペプチドは、例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３７：９３３−９３６，１９９６；Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１７：１８８１−１８８７，１９９５；Ｔａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．４５：２０９−２１６，１９９５；Ｓｃｈｎｏｌｚｅｒ ａｎｄ Ｋｅｎｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：２２１−２２５，１９９２；Ｌｉｕ ａｎｄ Ｔａｍ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１６：４１４９−４１５３，１９９４；Ｌｉｕ ａｎｄ Ｔａｍ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：６５８４−６５８８，１９９４；およびＹａｍａｓｈｉｒｏ ａｎｄ Ｌｉ，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．３１：３２２−３３４，１９８８）に記載されるようなセグメント縮合によって調製されてもよい。ペプチドを合成するために有用な他の方法は、Ｎａｋａｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０７：７０８７−７０９２，１９８５に記載される。
遺伝暗号によってコードされる天然に存在するアミノ酸を含むペプチドも、標準的な方法を用いる組換えＤＮＡ技術を使用して調製することができる。
したがって、別の態様において、本発明はさらに、配列Ｉ〜ＶＩＩの上記ペプチドをコードする（単離された）核酸を提供する。一実施形態において、核酸は、全長ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１ポリペプチドをコードしない。一実施形態において、核酸は、１５０ヌクレオチド以下の長さを有し、さらなる実施形態において、１３５、１２０、１０５、９０、７５、６０、４５、４２、または３９ヌクレオチド以下の長さを有する。他の実施形態において、核酸は、約２１ヌクレオチド〜約４５ヌクレオチド、約２４〜約３６ヌクレオチド、例えば、２４、２７、３０、３３、または３６ヌクレオチドを含む。
「単離された」は、本明細書で使用される場合、巨大分子（他の核酸、タンパク質、脂質、糖類等）の天然の源に存在する他の構成要素から分離されたペプチドまたは核酸分子を指す。「合成の」は、本明細書で使用される場合、例えば、組換え技術によって、または化学合成を用いて生成される、その天然の源から単離されていないペプチドまたは核酸分子を指す。
一実施形態において、上記ペプチドは本質的に純粋である。化合物は、天然の状態でそれに付随する構成要素から分離された場合に「本質的に純粋」である。典型的には、化合物は、試料中の全材料の少なくとも６０重量％、より一般的には、７５重量％、８０重量％、または８５重量％、好ましくは９０重量％超、より好ましくは９５重量％超である場合に本質的に純粋である。よって、例えば、組換え技術によって化学的に合成または生成されたポリペプチドは、一般的に、その天然の状態で関連している構成要素を本質的に含まない。核酸分子は、その核酸が由来する生物に天然に存在するゲノム内で通常は近接しているコード配列と、直接的に近接していない（すなわち、共有結合的に連結している）場合に本質的に純粋である。本質的に純粋な化合物は、例えば、天然の源からの抽出によって、ペプチド化合物をコードする組換え核酸分子の発現によって、または化学合成によって得ることができる。純度は、カラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、ＨＰＬＣ等の任意の適切な方法を用いて測定することができる。
核酸は、宿主細胞にトランスフェクトされ得るクローニングベクターまたは発現ベクター等のベクター中に存在してもよい。代替として、核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれてもよい。いずれの場合も、宿主細胞は、核酸を発現し、一方で、コードされたペプチドを発現する。本発明はまた、上記核酸を含むベクターまたはプラスミドも提供する。ベクターまたはプラスミドは、挿入されたコード配列の転写および翻訳に必要な要素を含有し、また、耐性遺伝子、クローニング部位等の他の構成要素を含有し得る。当業者に周知の方法を用いて、ペプチドまたはポリペプチドをコードする配列と、そこに作動的に連結された適切な転写および翻訳制御／調節因子とを含有する発現ベクターを構築することができる。これらの方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ組換えＤＮＡ技術、合成技術、およびｉｎ ｖｉｖｏ遺伝子組換えを含む。そのような技術は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ．ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎ．Ｙ．、およびＡｕｓｕｂｅｌ，Ｆ． Ｍ．ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。
「作動的に連結された」とは、構成要素の正常な機能が行われ得るような、構成要素、特にヌクレオチド配列の並置を指す。したがって、調節配列に作動的に連結されたコード配列は、コード配列を調節制御下、すなわち、転写および／または翻訳制御下で発現させることができる、ヌクレオチド配列の構成を指す。「調節／制御領域」または「調節／制御配列」は、本明細書で使用される場合、コード核酸の発現の調節に関与する非コードヌクレオチド配列を指す。したがって、調節領域という用語は、プロモーター配列、調節タンパク質結合部位、上流アクチベーター配列等を含む。
別の態様において、本発明は、上記ペプチドを負荷したＭＨＣクラスＩ分子を提供する。一実施形態において、ＭＨＣ分子はＨＬＡ−Ｂ８分子であり、さらなる実施形態において、ＨＬＡ−Ｂ＊０８０１分子である。一実施形態において、ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子に非共有結合している（すなわち、ペプチドは、ペプチド結合溝／ポケット内に負荷されが、ＭＨＣクラスＩ分子には共有結合的に付着しない）。別の実施形態において、ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子に共有結合的に付着／結合している。そのような構築物において、ペプチドとＭＨＣクラスＩ分子は、典型的には短い（例えば、５〜２０残基、好ましくは約１０）可動性リンカーまたはスペーサー（例えば、ポリグリシンリンカー）を有する融合タンパク質として生成される。別の態様において、本発明は、ペプチド−ＭＨＣクラスＩ融合タンパク質をコードする核酸を提供する。一実施形態において、ＭＨＣクラスＩ分子−ペプチド複合体は、多量体化される。したがって、別の態様において、本発明は、上記ペプチドを（共有結合的にまたはそうではなく）負荷したＭＨＣクラスＩ分子の多量体を提供する。ＭＨＣの二量体、三量体、五量体、八量体を含むＭＨＣ多量体の生成のために多数の戦略が開発されている（Ｂａｋｋｅｒ ａｎｄ Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２００５，１７：４２８−４３３に概説される）。ＭＨＣ多量体は、例えば、抗原特異的Ｔ細胞の検出および精製に有用である。
さらに別の態様において、本発明は、細胞（例えば、宿主細胞）を提供し、一実施形態において、上記核酸またはベクターを含む単離された細胞を提供する。別の態様において、本発明は、その細胞表面に上記ペプチドを負荷したＭＨＣ分子（例えば、ＨＬＡ−Ｂ＊０８０１分子等のＨＬＡ−Ｂ８分子、および／またはＨＬＡ−Ａ＊０３０１分子等のＨＬＡ−Ａ３分子、および／またはＨＬＡ−Ｂ＊４４０３等のＨＬＡ−Ｂ４４対立遺伝子）を発現する細胞を提供する。一実施形態において、宿主細胞は、初代細胞、細胞株、または不死化細胞である。別の実施形態において、細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。
核酸およびベクターは、従来の形質転換またはトランスフェクション技術によって細胞に導入することができる。「形質転換」および「トランスフェクション」という用語は、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介性トランスフェクション、リポフェクション、電気穿孔、マイクロインジェクション、およびウイルス媒介性トランスフェクションを含む、外来性核酸を宿主細胞に導入するための技術を指す。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするための適切な方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（上記参照）および他の実験マニュアルに見出すことができる。核酸を哺乳動物細胞にｉｎ ｖｉｖｏで導入するための方法が知られており、遺伝子療法のために本発明のベクターＤＮＡを対象に送達するために用いられてもよい。
別の実施形態において、本発明は、上記ＭＨＣ分子／ペプチド（ＭｉＨＡ）複合体と相互作用することが可能なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）分子と、そのようなＴＣＲ分子をコードする核酸分子とを提供する。本発明によるＴＣＲは、好ましくは、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏの生細胞表面において、ＭＨＣ分子上に負荷された本発明のＭｉＨＡと特異的に相互作用することが可能であることが好ましい。Ｔ細胞受容体と、具体的には本発明によるＴＣＲをコードする核酸とは、例えば、あるＴ細胞から別のＴ細胞にＴＣＲを移動させ、ＭｉＨＡを特異的に認識することが可能な新しいＴ細胞クローンを作製するために適用されてもよい。このＴＣＲクローニング法によって、本質的に同種ドナー、例えばリンパ球のドナーの遺伝子構造であるＴ細胞クローンを提供することができる。本発明によるＭｉＨＡを認識することが可能なＴ細胞クローンを提供するための方法は、移植片のレシピエント、好ましくはＡＳＣＴおよび／またはドナーリンパ球輸注（ＤＬＩ）のレシピエント対象においてＭｉＨＡを発現する腫瘍細胞のために作成されてもよく、またそれを特異的に標的とすることができる。したがって、本発明は、上記ペプチド／ＭＨＣ分子複合体と相互作用することが可能なＴ細胞受容体をコードするおよび発現するＣＤ８ Ｔリンパ球を提供する。前記Ｔリンパ球は、組換え型または天然に選択されたＴリンパ球であり得る。本発明のＣＤ８ Ｔリンパ球はまた、方法および薬学的組成物に使用することもできる（下記参照）。よって、本明細書は、免疫応答を引き起こす助けとなる条件下で、未分化リンパ球をペプチド／ＭＨＣ分子複合体（典型的には、ＡＰＣ等の細胞の表面に発現される）と接触させるステップを含む、本発明のＣＤ８ Ｔリンパ球を生成するための少なくとも２つの方法を提供し、該ステップは、例えば、移植片を受ける患者において、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで行われ得る。代替として、これは、前の方法から得られた細胞からまたはペプチド／ＭＨＣ分子複合体に対する免疫応答を示す対象から採取され得る、ペプチド／ＭＨＣ分子複合体との相互作用に特異的なＴＣＲをコードする遺伝子を、移植片のレシピエントまたは移植片のドナーから得られた宿主細胞および／または宿主リンパ球にクローニングし、任意選択的に細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）に分化させることによって実行されてもよい。
ＭｉＨＡに基づく癌免疫療法の潜在的な影響は重大である。血液癌（例えば、白血病）の場合、抗ＭｉＨＡ Ｔ細胞の使用は、ＧＶＨＤを引き起こすことなく非常に優れた抗白血病活性を提供し得るため、従来のＡＨＣＴに取って代わることができる。当然の帰結として、これは、リスク／利益（ＧＶＨＤ／ＧＶＴ）比が高すぎるために従来のＡＨＣＴによる治療を受けることができない血液系腫瘍に罹患する多くの患者に有益であり得る。最後に、マウスにおける実験において、ＭｉＨＡに基づく免疫療法が固形腫瘍の治療に有効であり得ることが示されているため、ＭｉＨＡに基づく癌免疫療法は、固形腫瘍等の非血液癌のＭｉＨＡを標的とする治療に使用され得る。
腫瘍を根絶することが可能な結合活性の高いＴ細胞応答は、同種設定において作製することができる。血液系腫瘍において、同種ＨＬＡが適合する造血幹細胞移植（ＡＳＣＴ）は、Ｔ細胞によって媒介される移植片対腫瘍（ＧＶＴ）免疫応答の誘導に起因する同種免疫療法のためのプラットフォームを提供する。ドナー起源のＴ細胞は、レシピエントの自己抗原に対する低い反応性のために選択されないという事実に基づいて、同種設定における免疫療法は、効率的なＴ細胞応答の誘導を可能にする。したがって、腫瘍特異的抗原またはレシピエント特異的抗原に対する親和性が高いＴ細胞は、ＡＳＣＴの間または後に患者に投与されるＴ細胞接種材料中に見出すことができる。腫瘍反応性Ｔ細胞応答の主な標的は、ドナーとレシピエントが異なる多型タンパク質、すなわちＭｉＨＡである。本明細書において特定されるＭｉＨＡペプチド配列は、ｉ）ｉｎ ｖｉｔｒｏ初回刺激、および移植片（ＡＨＣＴ）のレシピエントに注入されるＭｉＨＡ特異的Ｔ細胞の増殖のために使用される、および／またはｉｉ）移植後に、ＭｉＨＡ特異的Ｔ細胞のレシピエントにおける移植片対腫瘍効果（ＧＶＴＥ）を促進するためのワクチンとして使用される、合成ペプチドの生成に使用することができる。
別の態様において、本発明は、癌の免疫療法における配列（Ｉ）〜（ＶＩＩ）の上記ペプチドの使用を提供する。
したがって、別の態様において、本発明は、癌を治療する方法を提供し、前記方法は、上記ペプチドを負荷したＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む。
別の態様において、本発明は、対象における癌を治療するための、上記ペプチドを負荷したＭＨＣクラスＩ分子を認識するＣＤ８ Ｔリンパ球の使用を提供する。別の態様において、本発明は、対象における癌を治療するための薬物の調製／製造のために、上記ペプチドを負荷したＭＨＣクラスＩ分子を認識するＣＤ８ Ｔリンパ球の使用を提供する。一実施形態において、対象は、移植片（例えば、ＡＨＣＴ）のレシピエントである。
一実施形態において、上記方法または使用は、前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列（図１Ａ〜１Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６３４３．３）中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴもしくはＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列（図１Ｄ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７４２７．３）中の残基１４１２に対応する位置にロイシンもしくはセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にロイシン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、ペプチド中のＸ２はＬであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、ペプチド中のＸ２はＳである。
一実施形態において、上記方法または使用は、前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列（図２Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００７０５７．３）中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡもしくはＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列（図２Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００８９８８．２）中の残基１８７に対応する位置にアルギニンもしくはグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にアルギニン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ５は、Ｒであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ５は、Ｇである。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列（図３Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１４３４２．３）中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣもしくはＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列（図３Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５５１５７．１）中の２９０残基に対応する位置にプロリンもしくはアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にプロリン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ペプチド中のＸ９はＰであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ペプチド中のＸ５はＡである。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＥＬＦ１の核酸配列（図４Ａおよび４Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿１７２３７３．３）中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡもしくはＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列（図４Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿７５８９６１．１）中の残基３４３に対応する位置にスレオニンもしくはセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡを含むＥＬＦ１核酸、および／またはヒトＥＬＦ１のタンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にスレオニン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１２はＴであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはヒトＥＬＦ１のタンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にセリン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１２はＳである。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列（図５Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０００９０３．２）中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣもしくはＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはＮＱ０１タンパク質配列（図５Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００８９４．１）中の残基１３９に対応する位置にアルギニンもしくはトリプトファンを有するＮＱ０１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、ａ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にアルギニン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１７はＲであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にトリプトファン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１７はＷである。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列（図６Ａおよび６Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２５１１３．２）中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧもしくはＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質配列（図６Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７９３８９．２）中の残基１５２に対応する位置にグリシンもしくはアルギニンを有するＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記タンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にグリシン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２３は、Ｇであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記タンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２３は、Ｒである。
一実施形態において、上記方法は、前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列（図７Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６０３３．２）中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡもしくはＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはＲＭＤＮ１タンパク質配列（図７Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７１１７．２）中の残基５２に対応する位置にリジンもしくはアスパラギンを有するＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、（ａ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡを含むＲＭＤＮ１核酸、および／または／ヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にリジン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２８は、Ｋであり、（ｂ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／または／ヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にアスパラギン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２８は、Ｎである。
対象となる核酸および／またはタンパク質（例えば、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１）における上述の多型（ヌクレオチド変異）は、当該技術分野で既知の多数の方法によって検出することができる。核酸レベルの改変を検出するのに適した方法の例として、対象となる核酸（例えば、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１）の核酸配列の配列決定；多型（第１の対立遺伝子）を含む対象となる核酸（例えば、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１）には特異的にハイブリダイズすることができるが、多型（第２の対立遺伝子）を含まない対応する核酸にはハイブリダイズできない（またはより少ない程度でハイブリダイズする）核酸プローブのハイブリダイゼーション（ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件等の同等のハイブリダイゼーション条件下で）、またはその逆；制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）；増幅断片長多型ＰＣＲ（ＡＦＬＰ−ＰＣＲ）；対立遺伝子のうちの１つに特異的なプライマーを使用した核酸断片の増幅（対立遺伝子が存在する場合はプライマーが増幅産物を産生し、他の対立遺伝子が増幅の鋳型として使用される場合（例えば、対立遺伝子特異的ＰＣＲ）は同じ増幅産物を産生しない）が挙げられる。他の方法として、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション分析および一本鎖高次構造多型分析が挙げられる。さらに、対象となる核酸（例えば、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１核酸）は、本明細書に記載される検出法の前にまたはそれと同時に、既知の方法（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応［ＰＣＲ］）を用いて増幅してもよい。そのような増幅のための種々のプライマーは、当該技術分野において既知である。核酸（ｍＲＮＡ）はまた、分析前にｃＤＮＡに逆転写することもできる。
ポリペプチドレベルの改変／多型を検出するのに適した方法の例として、対象となるポリペプチド（例えば、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１）の配列決定；ポリペプチドの消化に続くペプチド断片の質量分析またはＨＰＬＣ分析（対象となるポリペプチド（例えば、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１）の改変／多型は、対象となる天然のポリペプチド（例えば、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１）と比較して改変された質量分析またはＨＰＬＣスペクトルをもたらす；および、例えば、アミノ酸変化を含むエピトープを標的とすることによる、改変（第２の対立遺伝子）を含まない対応する天然のポリペプチドと比べて改変（第１の対立遺伝子）を含むポリペプチドに改変された免疫反応性を示す免疫学的測定用試薬（例えば、抗体、リガンド）を使用した免疫検出が挙げられる。免疫検出は、抗タンパク質抗体または抗タンパク質抗体に結合する二次抗体のいずれかに付着させた酵素標識、色力学的（ｃｈｒｏｍｏｄｙｎａｍｉｃ）標識、放射性標識、磁性標識、または発光標識の使用により、ポリペプチド分子と抗タンパク質抗体との間の結合の量を測定することができる。さらに、他の高親和性リガンドが使用されてもよい。使用することのできる免疫測定法は、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット、および当業者に既知の他の技術を含む（Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９９９ ａｎｄ Ｅｄｗａｒｄｓ Ｒ，Ｉｍｍｕｎｏｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ；Ｅｎｇｌａｎｄ，１９９９を参照のこと）。
これらの検出技術は全て、マイクロアッセイ、タンパク質アレイ、抗体マイクロアレイ、組織マイクロアレイ、電子バイオチップ、またはタンパク質チップに基づく技術の形式にも利用することもできる（Ｓｃｈｅｎａ Ｍ．，Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｂｉｏｃｈｉｐ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｅａｔｏｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎａｔｉｃｋ，Ｍａｓｓ．，２０００を参照のこと）。
さらに、対象となる核酸（例えば、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、またはＲＭＤＮ１核酸）は、本明細書に記載される検出法の前にまたはそれと同時に、既知の方法（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応［ＰＣＲ］）を用いて増幅してもよい。そのような増幅のための種々のプライマーは、当該技術分野において既知である。
一実施形態において、上記決定することは、対象由来の生物試料中で、（ｉ）ヒトＣＥＮＰＦ核酸のヌクレオチド４４０９（配列番号１）、（ｉｉ）ヒトＺＷＩＮＴ核酸の核酸中のヌクレオチド５９６（配列番号３）、（ｉｉｉ）ヒトＭＴＣＨ２核酸の核酸中のヌクレオチド１０５７（配列番号５）、（ｉｖ）ヒトＥＬＦ１核酸の核酸中のヌクレオチド１４００（配列番号７）、（ｖ）ヒトＮＱ０１核酸の核酸中のヌクレオチド６１５（配列番号９）、（ｖｉ）ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸の核酸中のヌクレオチド１０５９（配列番号１１）、および／または（ｖｉｉ）ヒトＲＭＤＮ１核酸の核酸中のヌクレオチド３１６（配列番号１３）を包含する領域に対応する核酸の領域を配列決定することを含む。
一実施形態において、上記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である。増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球は、ＣＤ８ Ｔリンパ球の増殖および／または分化を許容する条件下で初代ＣＤ８ Ｔリンパ球（ドナー由来）を培養することによって得ることができる。そのような条件は、典型的には、成長因子ならびに／またはサイトカイン、例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−７、および／もしくはＩＬ−１５等の存在下で、ＣＤ８ Ｔリンパ球を、表面にペプチド／ＭＨＣ複合体を発現しているＡＰＣ等の細胞と接触させることを含む（例えば、Ｍｏｎｔｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２００５ Ｎｏｖ；１４２（２）：２９２−３０２を参照のこと）。そのような増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球は、次いで、例えば、点滴静注によってレシピエントに投与される。
一実施形態において、対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）またはドナーリンパ球輸注（ＤＬＩ）のレシピエントである。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列（図１Ａ〜１Ｄ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６３４３．３）中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴもしくはＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列（図１Ｅ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７４２７．３）中の残基１４１２に対応する位置にロイシンもしくはセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にロイシン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（前記ペプチド中のＸ２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（前記ペプチド中のＸ２はＬである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列（図２Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００７０５７．３）中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡもしくはＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列（図２Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００８９８８．２）中の残基１８７に対応する位置にアルギニンもしくはグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にアルギニン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩ）（前記ペプチド中のＸ５はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＩ）（前記ペプチド中のＸ５はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列（図３Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１４３４２．３）中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣもしくはＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列（図３Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５５１５７．１）中の残基２９０に対応する位置にプロリンもしくはアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にプロリン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ９はＡである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ９はＰである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の核酸配列（図４Ａおよび４Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿１７２３７３．３）中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡもしくはＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列（図４Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿７５８９６１．１）中の残基３４３に対応する位置にスレオニンもしくはセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にスレオニンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＶ）（前記ペプチド中のＸ１２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＩＶ）（前記ペプチド中のＸ１２はＴである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列（図５Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０００９０３．２）中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣもしくはＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはＮＱ０１タンパク質配列（図５Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００８９４．１）中の残基１３９に対応する位置にアルギニンもしくはトリプトファンを有するＮＱ０１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にアルギニン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｖ）（前記ペプチド中のＸ１７はＷである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＮＱ０１の核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１のタンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にトリプトファン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（Ｖ）（前記ペプチド中のＸ１７はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列（図６Ａおよび６Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２５１１３．２）中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧもしくはＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質配列（図６Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７９３８９．２）中の残基１５２に対応する位置にグリシンもしくはアルギニンを有するＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌのタンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にグリシン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＶＩ）（前記ペプチド中のＸ２３はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌのタンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＶＩ）（前記ペプチド中のＸ２３はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
別の態様において、本発明は、Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法を提供し、前記方法は、（ａ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列（図７Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６０３３．２）中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡもしくはＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはＲＭＤＮ１タンパク質配列（図７Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７１１７．２）中の残基５２に対応する位置にリジンもしくはアスパラギンを有するＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、（ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にリジン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＶＩＩ）（前記ペプチド中のＸ２８はＮである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または、（ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはヒトＲＭＤＮ１のタンパク質配列中の残基５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、上記ペプチド（ＶＩＩ）（前記ペプチド中のＸ２８はＫである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む。
一実施形態において、上記癌は、ＣＥＮＰＦ、ＺＷＩＮＴ、ＭＴＣＨ２、ＥＬＦ１、ＮＱ０１、ＫＩＡＡ０２２６Ｌ、および／またはＲＭＤＮ１を発現する腫瘍細胞を含む。
一実施形態において、上記癌は、ＣＥＮＰＦを発現する腫瘍細胞を含み、白血病、リンパ腫、もしくは骨髄腫等の血液癌であるか、または頭頸部扁平上皮癌、乳癌、非ホジキンリンパ腫、または消化器癌等の固形腫瘍である。
別の実施形態において、上記癌は、ＺＷＩＮＴを発現する腫瘍細胞を含み、乳癌、前立腺癌、または膀胱癌である。
別の実施形態において、上記癌は、ＭＴＣＨ２を発現する腫瘍細胞を含み、固形腫瘍／癌であり、さらなる実施形態において、肺癌、甲状腺癌、肝癌、食道癌、結腸癌、もしくは乳癌、または骨肉腫である。
別の実施形態において、上記癌は、ＥＬＦ１を発現する腫瘍細胞を含み、白血病、肺癌（例えば、非小細胞肺癌）、乳癌、または卵巣癌である。
別の実施形態において、上記癌は、ＮＱ０１を発現する腫瘍細胞を含み、肺癌（例えば、非小細胞肺癌）、皮膚癌、乳癌、肝癌（例えば、肝内胆管癌）消化管癌、例えば、結腸直腸癌、または膵癌等である。
別の実施形態において、上記癌は、ＫＩＡＡ０２２６Ｌを発現する腫瘍細胞を含み、リンパ腫（例えば、バーキットリンパ腫）、皮膚癌、乳癌、肝癌（例えば、肝内胆管癌）、消化管癌、例えば、結腸直腸癌、または膵癌等である。
これまで、本発明をその特定の実施形態によって説明してきたが、添付の特許請求の範囲に定義されるような主題の発明の主旨および性質から逸脱することなく、これを変更することができる。特許請求の範囲において、「〜を含むが、これらに限定されない」という句と実質的に同等である「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という語が、非限定的な用語として用いられる。単数形の「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈上、別途明らかに指示のない限り、対応する複数の指示対象を含む。
発明を実施するための最良の形態
本発明は、以下の非限定的な実施例によってさらに詳細に例示される。
実施例１：材料および方法
細胞培養 ２つのＨＬＡが同一である同胞の血液試料から末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を単離した。記載されるように（Ｔｏｓａｔｏ ａｎｄ Ｃｏｈｅｎ，２００７）、Ｆｉｃｏｌｌ−Ｐａｑｕｅ（商標）Ｐｌｕｓ（Ａｍｅｒｓｈａｍ）を用いて、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）で形質転換したＢリンパ芽球様細胞株（Ｂ−ＬＣＬ）をＰＢＭＣから誘導した。確立されたＢ−ＬＣＬを、１０％ウシ胎仔血清、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ、２ｍＭ Ｌ−グルタミン、およびペニシリン−ストレプトマイシン（全てＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎから）を補充したＲＰＭＩ １６４０培地中に維持した。
ＨＬＡタイピング Ｍａｉｓｏｎｎｅｕｖｅ−Ｒｏｓｅｍｏｎｔ Ｈｏｓｐｉｔａｌで高解像度ＨＬＡ遺伝子型解析を行った。対象のＨＬＡ遺伝子型は、ＨＬＡ−Ａ＊０３０１／２９０２、ＨＬＡ−Ｂ＊０８０１／＊４４０３、ＨＬＡ−Ｃ＊０７０１／＊１６０１、およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０３０１／＊０７０１であった。
ＲＮＡ抽出 製造者の指示に従ってＤＮａｓｅ Ｉ処理を含むＲＮｅａｓｙ（商標）Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、５００万個のＢ−ＬＣＬから全ＲＮＡを単離した。ＮａｎｏＤｒｏｐ（商標）２０００（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して全ＲＮＡを定量化し、２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（商標）（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いてＲＮＡの品質を評価した。
トランスクリプトームライブラリーの調製 製造者のプロトコルに従ってＴｒｕＳｅｑ（商標）ＲＮＡ Ｓａｍｐｌｅ Ｐｒｅｐ Ｋｉｔ（ｖ２）（ＲＳ−９３０−１０２１、Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用して、１μｇの全ＲＮＡからトランスクリプトームライブラリーを作製した。端的に述べると、２ラウンドの精製を用いて、ポリＴオリゴを付着させた磁気ビーズを使用してポリＡ ｍＲＮＡを精製した。ポリＡ ＲＮＡの２回目の溶出中に、ＲＮＡを断片化し、ｃＤＮＡ合成のために初回刺激した。ランダムプライマーおよびＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（商標）ＩＩ（ＩｎｖｉｔｒｏＧｅｎｅ）を使用して第１の鎖の逆転写（ＲＴ）を行った。二本鎖ｃＤＮＡを作製するために第２ラウンドのＲＴも行い、次いで、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ ＡＭｐｕｒｅ（商標）ＸＰ ＰＣＲ精製システム（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して精製した。製造者のプロトコルに従って、断片化ｃＤＮＡの末端修復、３’末端のアデニル化、およびアダプターのライゲーションを行った。１５サイクルのＰＣＲ増幅、ならびにＩｌｌｕｍｉｎａ（商標）ＰＣＲミックスおよびプライマーカクテルを使用して、両端にアダプター分子を含有するＤＮＡ断片の濃縮を行った。
ＤＮＡ抽出 製造者の指示に従ってＰｕｒｅＬｉｎｋ（商標）Ｇｅｎｏｍｉｃ ＤＮＡ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、５００万個のＢ−ＬＣＬからゲノムＤＮＡを抽出した。ＮａｎｏＤｒｏｐ（商標）２０００（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用してＤＮＡを定量化し、品質を評価した。
ゲノムＤＮＡライブラリーの調製およびエクソームの濃縮 製造者のプロトコルに従ってＴｒｕＳｅｑ（商標）ＤＮＡ Ｓａｍｐｌｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ｖ２）（ＦＣ−９３０−１０２１、Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用して、１μｇのゲノムＤＮＡからゲノムライブラリーを構築した。これは、以下のステップを含んでいた：Ｃｏｖａｒｉｓ（商標）Ｓ２機器を使用したＤＮＡ剪断、ＤＮＡ末端修復、３’末端アデニル化、アダプターのライゲーション、アダプター分子を有するＤＮＡ断片を濃縮するためのライゲーション産物の精製およびＰＣＲ増幅。
ＤＮＡ−Ｓｅｑライブラリーを濃縮ステップに供し、ヒトゲノムのコード部分（エクソーム）のみを配列決定した。製造者の指示に従ってＴｒｕＳｅｑ（商標）Ｅｘｏｍｅ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ Ｋｉｔ（ＦＣ−９３０−１０１２、Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を用いたハイブリッド選択に基づくエクソームの濃縮には、５００ｎｇのＤＮＡ−Ｓｅｑライブラリーを使用した。
全トランスクリプトーム配列決定（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）およびエクソーム配列決定 ＴｒｕＳｅｑ（商標）ｖ３化学物質を流したＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ２０００（商標）機を使用してペアエンド（２×１００ｂｐ）シーケンスを行った。クラスター密度は、約６００〜８００ｋクラスター／ｍｍ２を標的とした。２つのＲＮＡ−Ｓｅｑライブラリーまたは４つのエクソームライブラリーをレーンごとに配列決定した（スライド当たり８レーン）。Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンス技術の詳細は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｌｌｕｍｉｎａ．ｃｏｍ／ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ／ｄｅｔａｉｌ／ｓｅｇｕｅｎｃｉｎｑ／ｄｎａ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ｉｌｍｎに見出すことができる。端的に述べると、ＤＮＡまたはＲＮＡライブラリーを８個の個別レーンを有する流体フローセル設計に組み込む。フローセルの表面には捕捉オリゴヌクレオチドアンカーが密集しており、シーケンスライブラリーの適切に修飾されたＤＮＡセグメントにハイブリダイズする。「ブリッジ増幅」と称されるプロセスにより、捕捉されたＤＮＡテンプレートが、フローセル内で「弧を描いて」曲り、近傍のアンカーオリゴヌクレオチドプライマーとハイブリダイズすることにより増幅される。アダプター配列に相補的なプライマーとハイブリダイズさせ、次いで、ＤＮＡポリメラーゼ、および４つの異なる色の蛍光可逆色素ターミネーターの混合物をフローセル内の捕捉されたＤＮＡに周期的に加えることによってシーケンス反応を行う。このアプローチを用いることにより、未修飾のＤＮＡ断片および組み込まれていないヌクレオチドが洗い流される一方で、捕捉されたＤＮＡ断片が、１度にヌクレオチド１つ分伸長される。各ヌクレオチド結合周期が起こった後、フローセルを走査してデジタル画像を取得し、蛍光標識されたヌクレオチド組み込みの位置を記録する。撮像後、次のヌクレオチド結合周期の前に、蛍光色素および３’末端ブロッカーをＤＮＡから化学的に除去する。
リードマッピング ｌｌｕｍｉｎａ Ｃａｓａｖａ（商標）１．８．１およびＥｌａｎｄ（商標）ｖ２マッピングソフトウェアを使用して、ヒト参照ゲノム（ｈｇ１９）に配列データをマッピングした。最初に、＊．ｂｃｌファイルを圧縮ＦＡＳＴＱファイルに変換した後、別個の多重化シーケンスランをインデックスごとに逆多重化した。次いで、マルチシード（ｍｕｌｔｉｓｅｅｄ）およびギャップアライメント法を用いて単一リードをヒト参照ゲノムにアラインした。マルチシードアライメントは、３２塩基の最初のシードと連続的なシードを別個にアラインすることによって機能する。ギャップアライメントは、各候補アライメントをリードの全長まで伸長させ、最大１０塩基のギャップを許容する。以下の基準が適用される：ｉ）リードは、多くても２つのミスマッチと一致する少なくとも１つのシードを有しなければならず、そのシードにはギャップが許容されない、ｉｉ）少なくとも５つの下流のミスマッチを補正する限り、全リードには任意の数のギャップが許容される。各候補アライメントについて、確率スコアを算出した。このスコアは、配列決定する塩基の品質値およびミスマッチの位置に基づいている。Ｐｈｒｅｄスケールで表されるリードのアライメントスコアは、候補アライメントの確率スコアから計算した。所与のリードの最良のアライメントは、最も高い確率スコアを有する候補アライメントと一致しており、アライメントスコアが閾値を超えた場合に選択された。２ヶ所以上の位置でマッピングしたリード（マルチリード）は、さらなる分析には含めなかった。スプライスジャンクションおよび混入物（ミトコンドリアおよびリボソームＲＮＡ）に対してさらなるアライメントを行った。
単一ヌクレオチド変異の同定 このプロセスの最初のステップは、参照ゲノム（ＧＲＣｈ３７．ｐ２，ＮＣＢＩ）と、各々の対象の配列決定されたトランスクリプトームとの間に観察される全ての単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）のリストを検索することからなる。これは、ＩｌｌｕｍｉｎａのＳＮＰ呼び出しプログラムＣａｓａｖａ（商標）ｖ１．８．２を使用して行われた（ｈｔｔｐ：／／ｓｕｐｐｏｒｔ．ｉｌｌｕｍｉｎａ．ｃｏｍ／ｓｅａｕｅｎｃｉｎｑ／ｓｅｇｕｅｎｃｉｎｑ ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｃａｓａｖａ．ｉｌｍｎ）。Ｃａｓａｖａは、位置、参照塩基、各塩基の生カウント値、最も可能性の高い遺伝子型（ｍａｘ＿ｇｔ）、および最も可能性の高い遺伝子型の確率（Ｑｍａｘ＿ｇｔ）を含む、観察されるあらゆるＳＮＶに関する統計値を算出して検索する。Ｃａｓａｖａ（商標）によって呼び出されたＳＮＶの中で、高い信頼度（Ｑｍａｘ＿ｇｔ値＞２０）を有するもののみが検討される。この閾値未満のＱｍａｘ＿ｇｔ値を有するＳＮＶには、代わりに参照塩基が割り当てられる。この戦略は、各々の対象と参照ゲノムとの間で、ＳＮＶを転写レベルで同定するために使用された。
Ｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳されたトランスクリプトーム 各個体の同定されたＳＮＶを含有する配列をさらに処理した。各配列について、Ｅｎｓｅｍｂｌに報告されている全ての転写物（ｈｔｔｐ：／／ｕｓｅａｓｔ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／ｉｎｆｏ／ｄａｔａ／ｆｔｐ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ，Ｆｌｉｃｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｓｅｍｂｌ ２０１２，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１２ ４０ Ｄａｔａｂａｓｅ ｉｓｓｕｅ：Ｄ８４−Ｄ９０）を検索し、自社内ソフトウェアｐｙＧｅｎｏを使用して、それらの各々をタンパク質にｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳した（Ｇｒａｎａｄｏｓ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。ｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳したトランスクリプトームは、所与の位置に１つより多くの非同義対立遺伝子が見られる例を含んでいた。多型位置が上流または下流の１１ｍｅｒ以下のペプチドに影響を及ぼし得ると仮定して、これらの多型位置の各１つの周囲の６６ｂｐのウィンドウを検討し、これらの６６ｂｐ（または２２ａａ）ウィンドウによって定義されるあらゆる可能なアミノ酸（ａａ）配列変異体を算出した。このようにして、非同義多型による影響を受ける多くても１１ａａの最も可能性の高いａａ配列のリストを得た。ファイルのサイズを制限するために、１つの非同義多型によって影響を受けるａａ配列の数を１０２４０までに限定した。翻訳した全ての配列を単一ＦＡＳＴＡファイルにコンパイルし、ＭＨＣクラスＩ関連ペプチドの同定のためのデータベースとして使用した（「ＭＳ／ＭＳ配列決定およびペプチドクラスター形成」の項目を参照のこと）。
質量分析およびペプチド配列決定 ４×１０８の指数関数的に増殖するＢ−ＬＣＬの３つの生物学的複製物を各対象から調製した。弱酸処理によりＭＨＣクラスＩ関連ペプチドを放出させ、ＨＬＢカートリッジで脱塩することにより前処理し、３０００Ｄａカットオフカラムで濾過し、依然に記載されたように（Ｆｏｒｔｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００８）オフライン１１００シリーズのバイナリＬＣシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して陽イオン交換クロマトグラフィー（ＳＣＸ）により分離した。ＳＣＸバルク材料（Ｐｏｌｙｓｕｌｆｏｅｔｈｙｌ Ａ（商標）、ＰｏｌｙＬＣ）を充填した自家製の強陽イオン交換（ＳＣＸ）カラム（内径０．３ｍｍ×長さ５０ｍｍ）にペプチドを８ｕＬ／分で負荷した。２５分で０〜２５％Ｂの線形勾配（溶媒Ａ：５ｍＭギ酸アンモニウム、１５％アセトニトリル、ＡＣＮｐＨ３．０）；溶媒Ｂ：２Ｍギ酸アンモニウム、１５％ＡＣＮｐＨ３．０）を用いてペプチドを５つの画分に分画し、Ｓｐｅｅｄｖａｃを使用して乾燥させた。
ＭＨＣクラスＩ関連ペプチドの画分を２％水性ＡＣＮ（０．２％ギ酸）に再懸濁し、ＬＴＱ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ（商標）質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｅｌｅｃｔｒｏｎ）に連結したＥｋｓｉｇｅｎｔ（商標）ＬＣシステムを使用してＬＣ−ＭＳ／ＭＳにより分析した（Ｆｏｒｔｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００８；ｄｅ Ｖｅｒｔｅｕｉｌ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｃａｒｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。６９分で３〜６０％の水性ＡＣＮ（０．２％ギ酸）の線形勾配を用いて、特別仕様のＣｉ８逆相カラム（内径１５０μｍ×１００ｍｍ、Ｊｕｐｉｔｅｒ Ｐｒｏｔｅｏ（商標）４μｍ、Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ）内で、６００ｎＬ／分の流速でペプチドを分離した。６０ ０００（ｍ／ｚ４００）の分解能で動作するＯｒｂｉｔｒａｐ（商標）分析器を用いて完全な質量スペクトルを取得し、衝突活性化解離によるタンデム質量スペクトルは、線形イオントラップ型分析器を用いてデータ依存モードで取得した。質量キャリブレーションには内部ロックマス（プロトン化（Ｓｉ（ＣＨ３）２Ｏ））６；ｍ／ｚ４４５．１２００２９）を用い、ペプチド測定値の質量精度は５ｐｐｍ未満であった。
ＭＳ／ＭＳ配列決定およびペプチドクラスター形成 Ｘｃａｌｉｂｕｒ（商標）ソフトウェアを使用して質量スペクトルを分析し、Ｍａｓｃｏｔ（商標）蒸留器バージョン２．１．１（Ｍａｔｒｉｘ Ｓｃｉｅｎｃｅ、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍａｔｒｉｘｓｃｉｅｎｃｅ．ｃｏｍ）を使用してピークリストを作成した。ヒトの非冗長Ｕｎｉｐｒｏｔデータベース（１１０，３６１個の配列を含有、２０１１年７月２８日公開）（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ（ＵＫ）近隣のＨｉｎｘｔｏｎに所在のＷｅｌｌｃｏｍｅ Ｔｒｕｓｔ Ｇｅｎｏｍｅ Ｃａｍｐｕｓ内の教育研究施設Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＥＢＩ）（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙの一部）から入手可能なＵｎｉＰｒｏｔ Ｇｅｎｅ Ｏｎｔｏｌｏｇｙ Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎのバージョン１０１；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｌｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ／；Ｍａｇｒａｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｄａｔａｂａｓｅ Ｖｏｌ．２０１１，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ｂａｒ００９；Ｔｈｅ ＵｎｉＰｒｏｔ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０１１ Ｊａｎｕａｒｙ；３９（Ｄａｔａｂａｓｅ ｉｓｓｕｅ）：Ｄ２１４−Ｄ２１９）に対して、およびＭａｓｃｏｔ（バージョン２．３、Ｍａｔｒｉｘ Ｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して各個体に特異的なデータベースに対して、データベース検索を行った（「ｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳されたトランスクリプトーム」の項目を参照）。Ｅｎｓｅｍｂｌヒト参照ゲノムデータベースのフォワードおよびリバースバージョンの組み合わせ、ならびに各対象特異的データベースからなる、連鎖状の標的／デコイデータベースに対するＭａｓｃｏｔ検索。１５を超えるカットオフスコア閾値を有する非冗長ペプチド配列を選択した。前駆体および断片の質量値の許容誤差は、それぞれ０．０２および０．０５ダルトンに設定した。酵素特異性、ならびに酸化（Ｍｅｔ）および脱アミド（Ａｓｎ、Ｇlｎ）について可変修正なしで検索を行った。自社製ソフトウェア（Ｐｒｏｔｅｏｐｒｏｆｉｌｅ）を使用して、生データファイルをｍ／ｚ値、荷電状態、保持時間、および８０００カウントの閾値を超える検出された全てのイオンの強度を含むペプチドマップに変換した（Ｆｏｒｔｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００８；ｄｅ Ｖｅｒｔｅｕｉｌ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｃａｒｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。ペプチドマップを一緒にアラインし、各マップのペプチドイオン（配列決定されていないイオンを含む）をそれらの対応するＭａｓｃｏｔによる同定物質に集約させ、ペプチドの存在量プロファイルを作成する。Ｍａｓｃｏｔによる複数の同定物質が同じイオンと関連している場合、最も高いスコアを有するもののみを維持した。次いで、同一のペプチド配列について強度カウントを合計し、同定されたペプチド配列の非冗長存在量プロファイルをもたらした。
ＭｉＨＡ候補の選択とＭｉＨＡのタンパク質源の同定 ペプチドを長さによってふるいにかけ、古典的なＭＨＣ Ｉ関連ペプチドの長さ（典型的には８〜１１ｍｅｒ）を有するペプチドを維持した。ペプチドは、対象当たり３つの複製物中に存在しない場合に、検出されない／発現されないと見なし、対象当たり少なくとも２つの複製物中に同定された場合に、検出された／発現されたと見なした。ＮｅｔＭＨＣｃｏｎｓバージョン１．０（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣｃｏｎｓ／）を使用してペプチドの対立遺伝子産物に対する予測結合親和性（ＩＣ５０）を得て（Ｋａｒｏｓｉｅｎｅ ｅｔ ａｌ．，２０１１）、ＭＨＣ Ｉペプチドを分類するために用いた。５０ｎＭ未満のＩＣ５０を有するペプチドを強い結合剤と見なし、５０〜約５００ｎＭのＩＣ５０を有するペプチドを弱い結合剤と見なした。
以下の基準に従ってＭｉＨＡペプチドを選択した：
ｉ）２人の対象のうちの１人において対応するペプチド（複数可）の排他的表面発現を生じさせる、ペプチドコード領域内における２人の対象間の非同義ＳＮＶの存在。これらは、対象間のＭｉＨＡの違いを構成する。
ｉｉ）ペプチド（複数可）の表面発現を生じさせる、対象のペプチドコード領域内における報告された非同義ＳＮＰの存在。これらは、対象と、報告されたＳＮＰに対する代替の対立遺伝子を内部に有する他の個体との間のＭｉＨＡの違いを構成する。
Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｖｉｅｗｅｒ ｖ２．０（Ｔｈｅ Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）を使用して、ＭｉＨＡ候補をコードするＲＮＡ（ｃＤＮＡ）およびＤＮＡ配列を手動で検査した。ＵＣＳＣのＲｅｐｅａｔ Ｍａｓｋｅｒによる追跡を含めることにより反復領域に対応する候補を破棄した。報告されたＳＮＰに対応するＭｉＨＡ−ｅｎコード領域内でこれらのＳＮＶを同定するために、ｄｂＳＮＰ（ビルド１３５）による追跡も用いた。ＭｉＨＡ候補を質量精度についてさらに検査し、Ｘｃａｌｉｂｕｒ（商標）ソフトウェア（Ｔｈｅｒｍｏ Ｘｃａｌｉｂｕｒ ２．２ ＳＰ１．４８バージョン）を使用してＭＳ／ＭＳスペクトルを手動で確認した。
実施例２：ヒトＭｉＨＡの発見のための新規ハイスループット法
ＭｉＨＡは、その存在が遺伝的多型に依存するｉ）ペプチドｉｉ）であるため、ハイスループットＭｉＨＡの発見は、ＭＳと、個別化した全トランスクリプトームおよび／またはエクソーム配列決定との組み合わせに関与するであろうと判断した。遺伝子内で遺伝的多型が同定されたとしても、ｉ）発現されたペプチドのわずか０．１％しか細胞表面でＭＡＰとして提示されず、ｉｉ）トランスの多型の影響は予測することができないため、ゲノムデータ単独ではＭｉＨＡの発見には不十分である（５；６）。ＭＳ分析では、Ｍａｓｃｏｔ等のソフトウェアを用いたデータベース検索を介してペプチドが同定される。これらのデータベースは、参照となる翻訳されたゲノムを含有しており、遺伝的多型は含まない。ＭｉＨＡは、遺伝的多型の結果であるため、標準的なＭＳのみによってそれらを発見することはできない。
ヒトＭｉＨＡ発見のための新規方法を開発した。この方法の重要な要素の１つは、個別化した翻訳されたトランスクリプトームの、ＭＳによるペプチド同定に使用されるデータベースへの組み込みである。
２つのＨＬＡが同一である同胞（ＨＬＡ−Ａ＊０３０１／２９０２、ＨＬＡ−Ｂ＊０８０１／＊４４０３、ＨＬＡ−Ｃ＊０７０１／＊１６０１）の血液試料からＰＢＭＣを単離した。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｐａｑｕｅ（商標）Ｐｌｕｓ（Ａｍｅｒｓｈａｍ）を用いて、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）で形質転換したＢリンパ芽球様細胞株（Ｂ−ＬＣＬ）をＰＢＭＣから誘導した。４×１０８の指数関数的に増殖するＢ−ＬＣＬの３つの生物学的複製物を各対象から調製した。弱酸処理によりＭＡＰを放出させ、陽イオン交換クロマトグラフィーによって分離し、ＭＡＰ画分をＬＣ−ＭＳ／ＭＳにより分析した。
各対象に対して全エクソームおよびトランスクリプトーム配列決定を行い、変異体を同定した。各対象ごとの変異体のリストおよびヒト転写物アノテーションに基づいて、アノテートされた転写物を翻訳することによって、対象特異的タンパク質配列の完全なレパートリーを生成した。全エクソーム配列決定が、コード領域における多型の包括的同定を提供する一方で、ＲＮＡ−ｓｅｑは、ｉ）２人の対象間の違いを転写レベルで強調することが可能であり（例えば、プロモーター領域内の多型によって）、かつｉｉ）アノテートされない遺伝子またはエクソーム捕捉プロトコルによってカバーされない偽遺伝子をカバーするため、最も有用な補完的データセットを提供した。後者の遺伝子は、ＭＡＰの源となることができ、ＭｉＨＡの展望に大きく寄与し得る。翻訳されたエクソーム−トランスクリプトームは、次いで、個別化したＭａｓｃｏｔタンパク質配列データベースとして使用され、変異体位置と重複するＭＡＰを検索するのに役立ち、最も重要なことに、ＨＬＡが同一である同胞のＭＡＰレパートリーにおける違いを立証する：２つのＨＬＡが同一である同胞のうちの１つのみ存在するＭＡＰが、ＭｉＨＡである。
実施例３：同定された新規ＭｉＨＡ
アミノ酸配列ＥＬＱＥＫＦＬＳＬ対ＥＬＱＥＫＦＳＳＬを含む対立遺伝子ＭｉＨＡが同定されている。これらのＭｉＨＡは、ＭＨＣクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ−Ｂ＊０８０１によって細胞表面に提示される。これらのペプチドは、ＭＨＣ分子（ヒトにおけるＨＬＡ）によって提示される十分に特徴付けられた全ペプチドのレパートリーを含むＩｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（Ｖｉｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１０）には記載されていない。これらのＭｉＨＡは、セントロメアタンパク質Ｆ、３５０／４００ｋＤａ（マイトシン）（ＣＥＮＰＦ）遺伝子中の単一ヌクレオチド多型に由来する。この単一ヌクレオチド多型は、ｄｂＳＮＰデータベースにはｒｓ３７９５５１７として記載されている（Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００１）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｒｏｉｅｃｔｓ／ＳＮＰ／）。２つの対立遺伝子が、この遺伝子座に見られる：一方は、ＥＬＱＥＫＦＬＳＬ配列を含有するＣＥＮＰＦタンパク質をコードし、他方は、ＥＬＱＥＫＦＳＳＬ配列を有するＣＥＮＰＦタンパク質をコードする。単一ヌクレオチド多型は、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列（図１Ａ〜１Ｄ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６３４３．３）中のヌクレオチド４４０９に対応する位置におけるＴからＣへの置換に対応し、ＣＥＮＰＦタンパク質配列（図１Ｅ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７４２７．３）中の残基１４１２に対応する位置においてロイシンからセリンへの置換をもたらす。ＣＥＮＰＦは、細胞分化において複数の役割を果たす一過性の動原体タンパク質である。ＣＥＮＰＦの発現はＧ２相で増加するが、有糸分裂の終了時に急速にタンパク質分解される。頭頸部扁平上皮癌（ｄｅ ｌａ Ｇｕａｒｄｉａ ｅｔ ａｌ．，２００１）、乳癌（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００７）、非ホジキンリンパ腫（Ｂｅｎｃｉｍｏｎ ｅｔ ａｌ．，２００５）、および消化器癌（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１）を含む種々の血液癌および固形腫瘍においてＣＥＮＰＦの過剰発現が認められている。また、ＥＭＢＬ−ＥＢＩ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｔｌａｓ（Ｋａｐｕｓｈｅｓｋｙ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１２）４０ （Ｄ１）：Ｄ１０７７−Ｄ１０８１）によれば、肉腫（平滑筋肉腫）、神経膠芽腫、肺腺癌、結腸直腸癌／結腸癌、前立腺癌、膀胱癌、リンパ腫（末梢性Ｔ細胞リンパ腫）、および白血病（急性リンパ性白血病、Ｔ細胞生急性リンパ芽球性白血病白血病）においてＣＥＮＰＦの過剰発現が検出されている。したがって、一実施形態において、本明細書に記載される配列（Ｉ）のペプチドは、これらの癌のうちの１つ以上の免疫療法に使用され得る。
本明細書で同定された別の対のＭｉＨＡのアミノ酸配列は、ＱＥＬＤＧＶＦＱＫＬ対ＱＥＬＤＲＶＦＱＫＬである。これらのＭｉＨＡは、ＨＬＡ−Ｂ＊４４０３分子によって細胞表面に提示される。これらのペプチドは、Ｉｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（Ｖｉｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１０）には記載されていない。これらのＭｉＨＡは、ＺＷＩＮＴ（ＺＷ１０相互作用物質）遺伝子中の単一ヌクレオチド多型に由来する。この単一ヌクレオチド多型は、ｄｂＳＮＰデータベースにはｒｓ２２４１６６６として記載されている（Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００１）。２つの対立遺伝子が、この遺伝子座に見られる：一方は、ＱＥＬＤＧＶＦＱＫＬ配列を含有するＺＷＩＮＴタンパク質をコードし、他方は、ＱＥＬＤＲＶＦＱＫＬ配列を有するＺＷＩＮＴタンパク質をコードする。単一ヌクレオチド多型は、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列（図２Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００７０５７．３）中のヌクレオチド５９６に対応する位置におけるＡからＧへの置換に対応し、ＺＷＩＮＴタンパク質配列（図２Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００８９８８．２）中の残基１８７に対応する位置においてアルギニンからグリシン置換への置換をもたらす。ＺＷＩＮＴは、有糸分裂紡錘体チェックポイントに必要とされる動原体複合体の既知の構成要素である。ＺＷＩＮＴの過剰発現は、数種類の癌（特に、乳癌、前立腺癌、および膀胱癌）において観察されており、癌細胞増殖の増加と相関している（Ｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｕｒｂａｎｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。また、ＥＭＢＬ−ＥＢＩ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｔｌａｓ（Ｋａｐｕｓｈｅｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１２）４０（Ｄ１）：Ｄ１０７７−Ｄ１０８１）によれば、肺癌（腺癌）、頭頸部扁平上皮癌、結腸直腸癌／結腸癌、腎癌、およびリンパ腫（粘膜関連リンパ組織リンパ腫、末梢性Ｔ細胞リンパ腫）においてＺＷＩＮＴの過剰発現が検出されている。したがって、一実施形態において、本明細書に記載される配列（ＩＩ）のペプチドは、これらの癌のうちの１つ以上の免疫療法に使用され得る。
本明細書で同定された３番目の対のＭｉＨＡのアミノ酸配列は、ＳＬＦＦＲＫＶＰＦ対ＳＬＦＦＲＫＶＡＦである。これらのＭｉＨＡは、ＨＬＡ−Ｂ＊０８０１分子によって細胞表面に提示される。これらのペプチドは、Ｉｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（Ｖｉｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１０）には記載されていない。これらのＭｉＨＡは、ＭＴＣＨ２（ミトコンドリア輸送体相同体２）遺伝子中の単一ヌクレオチド多型に由来する。この単一ヌクレオチド多型は、ｄｂＳＮＰデータベースにはｒｓ１０６４６０８として記載されている（Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００１）。２つの対立遺伝子が、この遺伝子座に見られる：一方は、ＳＬＦＦＲＫＶＡＦ配列を含有するＭＴＣＨ２タンパク質をコードし、他方は、ＳＬＦＦＲＫＶＰＦ配列を有するＭＴＣＨ２タンパク質をコードする。単一ヌクレオチド多型は、ＭＴＣＨ２の核酸配列（図３Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１４３４２．３）中のヌクレオチド１０５７に対応する位置におけるＣからＧへの置換に対応し、ＭＴＣＨ２タンパク質配列（図３Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５５１５７．１）中の残基２９０に対応する位置においてプロリンからアラニンへの置換をもたらす。ＭＴＣＨ２は、アポトーシス促進性の切断されたＢＩＤと相互作用し、それによってアポトーシスを調節し、特に固形腫瘍（肺、甲状腺、肝臓、食道、結腸、乳癌）および骨肉腫といった数種類の癌において上方制御される／関与している（Ｙｕ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｇｒｉｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，２００５；Ｋａｔｚ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。また、ＥＭＢＬ−ＥＢＩ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｔｌａｓ（Ｋａｐｕｓｈｅｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１２）４０（Ｄ１）：Ｄ１０７７−Ｄ１０８１）によれば、リンパ腫、白血病、および骨髄腫においてＭＴＣＨ２の過剰発現が検出されている。したがって、一実施形態において、本明細書に記載される配列（ＩＩＩ）のペプチドは、これらの癌のうちの１つ以上の免疫療法に使用され得る。
本明細書で同定された４番目の対のＭｉＨＡのアミノ酸配列は、ＳＶＬＫＰＧＮＳＫ対ＴＶＬＫＰＧＮＳＫである。これらのＭｉＨＡは、ＨＬＡ−Ａ＊０３０１分子によって細胞表面に提示される。これらのペプチドは、Ｉｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（Ｖｉｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１０）には記載されていない。これらのＭｉＨＡは、ＥＬＦ１［Ｅ７４様因子１（ｅｔｓドメイン転写因子）］遺伝子中の単一ヌクレオチド多型に由来する。この単一ヌクレオチド多型は、ｄｂＳＮＰデータベースにはｒｓ１０５６８２０として記載されている（Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００１）。２つの対立遺伝子が、この遺伝子座に見られる：一方は、ＳＶＬＫＰＧＮＳＫ配列を含有するＥＬＦ１タンパク質をコードし、他方は、ＴＶＬＫＰＧＮＳＫ配列を有するＥＬＦ１タンパク質をコードする。単一ヌクレオチド多型は、ヒトＥＬＦ１の核酸配列（図４Ａおよび４Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿１７２３７３．３）中のヌクレオチド１４００に対応する位置におけるＡからＴへの置換に対応し、ＥＬＦ１タンパク質配列（図４Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿７５８９６１．１）中の残基３４３に対応する位置においてスレオニンからセリンへの置換をもたらす。ＥＬＦ１は、白血病、非小細胞肺癌、乳癌および卵巣癌等の癌細胞における発癌経路の転写活性化に関与する転写因子である（Ａｎｄｒｅｗｓ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｘｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。また、ＥＭＢＬ−ＥＢＩ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｔｌａｓ（Ｋａｐｕｓｈｅｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１２）４０（Ｄ１）：Ｄ１０７７−Ｄ１０８１）によれば、肉腫（例えば、骨肉腫）、神経膠芽腫、膵癌、および白血病（急性骨髄性白血病）、リンパ腫（バーキットリンパ腫）においてＥＬＦ１の過剰発現が検出されている。したがって、一実施形態において、本明細書に記載される配列（ＩＶ）のペプチドは、これらの癌のうちの１つ以上の免疫療法に使用され得る。
別の対のＭｉＨＡのアミノ酸配列は、ＡＭＹＤＫＧＰＦＲＳＫ対ＡＭＹＤＫＧＰＦＷＳＫである。これらのＭｉＨＡは、ＨＬＡ−Ａ＊０３０１によって細胞表面に提示される。これらのペプチドは、Ｉｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（Ｖｉｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１０）には記載されていない。これらのＭｉＨＡは、ＮＱ０１［ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ脱水素酵素、キノリン１］遺伝子中の単一ヌクレオチド多型に由来する。この単一ヌクレオチド多型は、ｄｂＳＮＰデータベースにはｒｓ１１３１３４１として記載されている（Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００１）。２つの対立遺伝子が、この遺伝子座に見られる：一方は、ＡＭＹＤＫＧＰＦＲＳＫ配列を含有するＮＱ０１タンパク質をコードし、他方は、ＡＭＹＤＫＧＰＦＷＳＫ配列を有するＮＱ０１タンパク質をコードする。単一ヌクレオチド多型は、ヒトＮＱ０１の核酸配列（図５Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０００９０３．２）中のヌクレオチド６１５に対応する位置におけるＣからＴへの置換に対応し、ＮＱ０１タンパク質配列（図５Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００８９４．１）中の残基１３９に対応する位置においてアルギニンからトリプトファンへの置換をもたらす。ＮＱ０１は、フラビンアデニンジヌクレオチド（ＦＡＤ）を補因子として用いて、種々のキノンの還元を触媒する細胞質酵素である。このタンパク質の酵素活性は、ラジカル種の産生をもたらすキノンの１つの電子の還元を防止する。このＮＱ０１における突然変異は、種々の形態の癌に対する感受性と関連付けられており、非小細胞肺癌、皮膚癌（例えば、黒色腫）、乳癌、肝癌（例えば、肝内胆管癌）、および結腸直腸癌等の消化管癌を含む多くの腫瘍において、このＮＱ０１タンパク質の発現変化が認められている（Ｋｏｌｅｓａｒ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｗａｋａｉ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｊａｍｉｅｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｐａｔｒｉｃｋ ａｎｄ Ｊａｉｓｗａｌ，２０１２）。最近、ＮＱ０１基質は、膵癌細胞および肺癌細胞等の幅広い癌細胞に対する強力な抗腫瘍活性を有することが示された（Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。また、ＥＭＢＬ−ＥＢＩ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｔｌａｓ（Ｋａｐｕｓｈｅｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１２）４０（Ｄ１）：Ｄ１０７７−Ｄ１０８１）によれば、リンパ腫（ホジキンリンパ腫、未分化大細胞リンパ腫）および脳癌（神経膠芽腫、上衣下巨細胞性星状細胞腫）においてＮＱ０１の過剰発現が検出されている。一実施形態において、本明細書に記載される配列（Ｖ）のペプチドは、これらの癌のうちの１つ以上の免疫療法に使用され得る。
別の対のＭｉＨＡのアミノ酸配列は、ＲＶＳＬＰＴＳＰＧ対ＲＶＳＬＰＴＳＰＲである。これらのＭｉＨＡは、ＨＬＡ−Ａ＊０３０１によって細胞表面に提示される。これらのペプチドは、ＭＨＣ分子（ヒトにおけるＨＬＡ）によって提示される十分に特徴付けられた全ペプチドのレパートリーを含むＩｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ （Ｖｉｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１０）には記載されていない。
これらのＭｉＨＡは、ＫＩＡＡ０２２６様遺伝子（Ｃ１３ｏｒｆ１８としても知られる）中の単一ヌクレオチド多型に由来する。この単一ヌクレオチド多型は、ｄｂＳＮＰデータベースにはｒｓ１４０８１８４として記載されている（Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００１）。２つの対立遺伝子が、この遺伝子座に見られる：一方は、ＲＶＳＬＰＴＳＰＧ配列を含有するＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質をコードし、他方は、ＲＶＳＬＰＴＳＰＲ配列を有するＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質をコードする。単一ヌクレオチド多型は、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列（図６Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２５１１３．２）中のヌクレオチド１０５９に対応する位置におけるＧからＡへの置換に対応し、ＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質配列（図６Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７９３８９．２）中の残基１５２に対応する位置においてグリシンからアルギニンへの置換をもたらす。ＫＩＡＡ０２２６Ｌの機能の大部分は未知であり、ＢｉｏＧＰＳデータベースによれば、ＫＩＡＡ０２２６Ｌは、Ｂリンパ球およびバーキットリンパ腫細胞において上方制御される。また、ＥＭＢＬ−ＥＢＩ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｔｌａｓ（Ｋａｐｕｓｈｅｓｋｙ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１２）４０（Ｄ１）：Ｄ１０７７−Ｄ１０８１）によれば、結腸癌（細胞腫）、神経膠芽腫、および未分化大細胞リンパ腫において、ＫＩＡＡ０２２６Ｌの過剰発現が検出されている（Ｃｈｏｗｄａｒｙ Ｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｄｉａｇｎ．２００６ Ｆｅｂ；８（１）：３１−９；Ａｎｃｏｎａ Ｎ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２００６ Ａｕｇ１９；７：３８７；Ｆｒｅｉｊｅ ＷＡ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００４ Ｓｅｐ１５；６４（１８）：６５０３−１０；Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ．２００６ Ａｐｒ；９（４）：２８７−３００；Ｐｉｃｃａｌｕｇａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２００７ Ｍａｒ；１１７（３）：８２３−３４．Ｅｐｕｂ ２００７ Ｆｅｂ１５）。一実施形態において、本明細書に記載される配列（ＶＩ）のペプチドは、これらの癌のうちの１つ以上の免疫療法に使用され得る。
別の対のＭｉＨＡのアミノ酸配列は、ＶＭＧＮＰＧＴＦＫ対ＶＭＧＮＰＧＴＦＮである。これらのＭｉＨＡは、ＨＬＡ−Ａ＊０３０１によって細胞表面に提示される。これらのペプチドは、ＭＨＣ分子（ヒトにおけるＨＬＡ）によって提示される十分に特徴付けられた全ペプチドのレパートリーを含むＩｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（Ｖｉｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１０）には記載されていない。
これらのＭｉＨＡは、ＲＭＤＮ１（微小管動態の調節因子１）遺伝子（ＦＡＭ８２Ｂとしても知られる）中の単一ヌクレオチド多型に由来する。この単一ヌクレオチド多型は、ｄｂＳＮＰデータベース中にｒｓ６９８０４７６としてリストされている（Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００１）。この遺伝子座には、ＶＭＧＮＰＧＴＦＫ配列を含有するＲＭＤＮ１タンパク質をコードするもの、およびＶＭＧＮＰＧＴＦＮ配列を有するＲＭＤＮ１タンパク質をコードするものの２つの対立遺伝子が見られる。単一ヌクレオチド多型は、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列（図７Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６０３３．２）中のヌクレオチド３１６に対応する位置におけるＡからＣへの置換に対応し、タンパク質配列（図７Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７１１７．２）中のＲＭＤＮ１中の残基５２に対応する位置にいおいてリジンからアスパラギンへの置換をもたらす。ＲＭＤＮ１は、エレガンス線虫の染色体分離に関与する微小管関連タンパク質である（Ｏｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１７９，１１４９−１１６２，２００７）。ＢｉｏＧＰＳデータベースによれば、ＲＭＤＮ１は、Ｂリンパ芽球およびバーキットリンパ腫細胞中で上方制御される。また、ＥＭＢＬ−ＥＢＩ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｔｌａｓ（Ｋａｐｕｓｈｅｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１２）４０（Ｄ１）：Ｄ１０７７−Ｄ１０８１）によれば、平滑筋肉腫（Ｐｅｒｏｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００９ Ｍａｒ１５；６９（６）：２２６９−７８；Ｃｈｉｂｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｄ．２０１０ Ｊｕｌ；１６（７）：７８１−７）、乳癌／侵襲性腺管癌等の細胞腫（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ Ｔｒｅａｔ．２０１０ Ｊａｎ；１１９（２）：３３５−４６；Ｃｈｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００８ Ｍａｒ１５；６８（６）：１７８６−９６）、神経膠芽腫および星状細胞腫等の脳癌（上衣下巨細胞性星状細胞腫（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ．２００６ Ａｐｒ；９（４）：２８７−３００；Ｔｙｂｕｒｃｚｙ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ．２０１０ Ａｐｒ；１７６（４）：１８７８−９０）においてＲＭＤＮ１の過剰発現が検出される。したがって、一実施形態において、本明細書に記載される配列（ＶＩＩ）のペプチドは、これらの癌のうちの１つ以上の免疫療法に使用され得る。
これまで、本発明をその特定の実施形態によって説明してきたが、添付の特許請求の範囲に定義されるような主題の発明の主旨および性質から逸脱することなく、これを修正することができる。特許請求の範囲において、「〜を含むが、これらに限定されない」という句と実質的に同等である「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という語が、非限定的な用語として用いられる。単数形の「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈上、別途明らかに指示のない限り、対応する複数の指示対象を含む。
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Claims (180)

  1. マイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）候補を同定する方法であって、
    （ａ）第１の対象由来の第１の細胞試料中のＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）を単離および配列決定することと、
    （ｂ）前記第１の対象から得られた第２の細胞試料に対して全トランスクリプトームおよび／またはエクソーム配列決定を行うことと、
    （ｃ）前記配列決定された全トランスクリプトームおよび／またはエクソームを参照ゲノムと比較し、前記第１の対象の前記トランスクリプトームおよび／またはエクソームと前記参照ゲノムとの間の単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）を同定することと、
    （ｄ）前記同定されたＳＮＶを含有する配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳し、前記ＳＮＶによって引き起こされる少なくとも１つの非同義変異を含むペプチド配列を同定することと、
    （ｅ）（ａ）で単離された前記ＭＡＰの配列を（ｄ）で同定された前記ペプチド配列と比較することと、
    （ｆ）前記比較に基づいてＭｉＨＡ候補を同定することと、を含む、方法。
  2. マイナー組織適合抗原（ＭｉＨＡ）候補を同定する方法であって、
    （ａ）第１および第２の対象由来の第１の細胞試料中のＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）を単離および配列決定することであって、前記第１および第２の対象は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）適合性である、単離および配列決定することと、
    （ｂ）前記第１および第２の対象から得られた第２の細胞試料に対して全トランスクリプトームおよび／またはエクソーム配列決定を行うことと、
    （ｃ）前記配列決定された全トランスクリプトームおよび／またはエクソームを比較し、前記第１および第２の対象の前記トランスクリプトームおよび／またはエクソーム間の単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）を同定することと、
    （ｄ）前記同定されたＳＮＶを含有する配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳し、前記ＳＮＶによって引き起こされる少なくとも１つの非同義変異を含むペプチド配列を同定することと、
    （ｅ）（ａ）で単離された前記ＭＡＰの配列を（ｄ）で同定された前記ペプチド配列と比較することと、
    （ｆ）前記比較に基づいてＭｉＨＡ候補を同定することと、を含む、方法。
  3. 前記ＭｉＨＡ候補は、その配列が、前記参照ゲノムから翻訳された対応する配列と比較して少なくとも１つの変異を含むＭＡＰである、請求項１に記載の方法。
  4. 前記ＭｉＨＡ候補は、前記第１の対象由来の前記第１の細胞試料中には存在するが、前記第２の対象由来の前記第１の細胞試料中には存在しないＭＡＰである、請求項２に記載の方法。
  5. 前記参照ゲノムは、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ Ｈｕｍａｎ Ｂｕｉｌｄ ３７（ＧＲＣｈ３７）である、請求項１または３に記載の方法。
  6. 前記第１および／または第２の細胞試料は、末梢血細胞試料である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
  7. 前記末梢血細胞試料は、不死化末梢血細胞試料である、請求項６に記載の方法。
  8. 前記不死化末梢血細胞試料は、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）で形質転換したＢリンパ芽球様細胞株である、請求項７に記載の方法。
  9. 前記ＭＡＰを単離することは、（ｉ）弱酸処理により前記細胞試料から前記ＭＡＰを放出させることと、（ｉｉ）前記放出させたＭＡＰをクロマトグラフィーに供することと、を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
  10. 前記方法は、前記クロマトグラフィーの前に、サイズ排除カラムを用いて前記放出させたペプチドを濾過することをさらに含む、請求項９に記載の方法。
  11. 前記サイズ排除カラムは、約３０００Ｄａのカットオフを有する、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記クロマトグラフィーは、陽イオン交換クロマトグラフィーである、請求項９〜１１のいずれか１項に記載の方法。
  13. （ｄ）の前記ペプチド配列は、１２アミノ酸以下の長さを有する、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
  14. （ｄ）の前記ペプチド配列は、８〜１１アミノ酸の長さを有する、請求項１３に記載の方法。
  15. 前記比較することは、（ａ）で単離された前記ＭＡＰを質量分析に供することと、（ｄ）で同定された前記ペプチド配列から得られたＭＳスペクトルを比較することと、を含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  16. （ｆ）で同定された前記ＭｉＨＡ候補の主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子への結合を決定することをさらに含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
  17. 配列
    Figure 2015528443
     （式中、
    Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、
    Ｘ１は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｘ２は、ＬまたはＳであり、
    Ｘ３は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド。
  18. 前記ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する、請求項１７に記載のペプチド。
  19. Ｘ１は、酸性アミノ酸である、請求項１７または１８に記載のペプチド。
  20. Ｘ１は、グルタミン酸（Ｅ）である、請求項１９に記載のペプチド。
  21. Ｘ３は、アミノ酸である、請求項１７〜２０のいずれか１項に記載のペプチド。
  22. Ｘ３は、疎水性アミノ酸である、請求項２１に記載のペプチド。
  23. Ｘ３は、ロイシン（Ｌ）である、請求項２２に記載のペプチド。
  24. Ｚ１は、存在しない、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載のペプチド。
  25. Ｚ２は、存在しない、請求項１７〜２４のいずれか１項に記載のペプチド。
  26. Ｘ２は、Ｌである、請求項１７〜２５のいずれか１項に記載のペプチド。
  27. Ｘ２は、Ｓである、請求項１７〜２５のいずれか１項に記載のペプチド。
  28. 前記ペプチドは、ＥＬＱＥＫＦＬＳＬ（配列番号１５）である、請求項２６に記載のペプチド。
  29. 前記ペプチドは、ＥＬＱＥＫＦＳＳＬ（配列番号１６）である、請求項２７に記載のペプチド。
  30. 請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のペプチドをコードする、核酸。
  31. 請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子の、単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
  32. その表面に、請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する、単離された細胞。
  33. 癌を治療する方法であって、請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  34. 前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列（図１Ａ〜１Ｄ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６３４３．３）中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴもしくはＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列（図１Ｅ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７４２７．３）中の残基１４１２に対応する位置にロイシンもしくはセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、
    （ａ）前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの前記核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦの前記タンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にロイシン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２はＬであり、
    （ｂ）前記対象が、ヒトＣＥＮＰＦの前記核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦの前記タンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２はＳである、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記決定することは、ＣＥＮＰＦ核酸を配列決定することを含む、請求項３４に記載の方法。
  36. 前記ＣＤ８Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である、請求項３４に記載の方法。
  37. （ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２はＬである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＣＥＮＰＦの前記核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＣ、および／またはヒトＣＥＮＰＦの前記タンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＣＥＮＰＦの前記核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴ、および／またはヒトＣＥＮＰＦの前記タンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にロイシン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、をさらに含む、請求項３４〜３６のいずれか１項に記載の方法。
  38. 前記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである、請求項３３〜３７のいずれか１項に記載の方法。
  39. Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖させる方法であって、
    （ａ）候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの核酸配列（図１Ａ〜１Ｄ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６３４３．３）中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴもしくはＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦのタンパク質配列（図１Ｅ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７４２７．３）中の残基１４１２に対応する位置にロイシンもしくはセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、
    （ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの前記核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＴを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦの前記タンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にロイシン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＣＥＮＰＦの前記核酸配列中のヌクレオチド４４０９に対応する位置にＣを含むＣＥＮＰＦ核酸、および／またはヒトＣＥＮＰＦの前記タンパク質配列中の残基１４１２に対応する位置にセリン残基を含むＣＥＮＰＦポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１７〜２９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２はＬである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む、方法。
  40. 配列
    Figure 2015528443
     （式中、
    Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、
    Ｘ４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｘ５は、ＧまたはＲであり、
    Ｘ６は、アミノ酸であるか、または存在せず、
    Ｘ７は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド。
  41. 前記ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する、請求項４０に記載のペプチド。
  42. Ｘ４は、グルタミン（Ｑ）である、請求項４０または４１に記載のペプチド。
  43. Ｘ６は、アミノ酸である、請求項４０〜４２のいずれか１項に記載のペプチド。
  44. Ｘ６は、塩基性アミノ酸である、請求項４３に記載のペプチド。
  45. Ｘ６は、リジン（Ｋ）である、請求項４４に記載のペプチド。
  46. Ｘ７は、アミノ酸である、請求項４０〜４５のいずれか１項に記載のペプチド。
  47. Ｘ７は、ロイシン（Ｌ）である、請求項４６に記載のペプチド。
  48. Ｚ１は、存在しない、請求項４０〜４７のいずれか１項に記載のペプチド。
  49. Ｚ２は、存在しない、請求項４０〜４８のいずれか１項に記載のペプチド。
  50. Ｘ５は、Ｇである、請求項４０〜４９のいずれか１項に記載のペプチド。
  51. Ｘ５は、Ｒである、請求項４０〜４９のいずれか１項に記載のペプチド。
  52. 前記ペプチドは、ＱＥＬＤＧＶＦＱＫＬ（配列番号１７）である、請求項５０に記載のペプチド。
  53. 前記ペプチドは、ＱＥＬＤＲＶＦＱＫＬ（配列番号１８）である、請求項５１に記載のペプチド。
  54. 請求項４０〜５３のいずれか１項に記載のペプチドをコードする、核酸。
  55. 請求項４０〜５３のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子の、単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
  56. その表面に、請求項４０〜５３のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する、単離された細胞。
  57. 癌を治療する方法であって、請求項４０〜５３のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  58. 前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列（図２Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００７０５７．３）中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡもしくはＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列（図２Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００８９８８．２）中の残基１８７に対応する位置にアルギニンもしくはグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、
    （ａ）前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの前記核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴの前記タンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にアルギニン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ５は、Ｒであり、
    （ｂ）前記対象が、ヒトＺＷＩＮＴの前記核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴの前記タンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ５は、Ｇである、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記決定することは、ヒトＺＷＩＮＴを配列決定することを含む、請求項５８に記載の方法。
  60. 前記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である、請求項５７〜５９のいずれか１項に記載の方法。
  61. （ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項４０〜５３のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ５はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＺＷＩＮＴの前記核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＧ、および／またはヒトＺＷＩＮＴの前記タンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項４０〜５３のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ５はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＺＷＩＮＴの前記核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡ、および／またはヒトＺＷＩＮＴの前記タンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にアルギニン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することをさらに含む、請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の方法。
  62. 前記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである、請求項５７〜６１のいずれか１項に記載の方法。
  63. Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法であって、
    （ａ）候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの核酸配列（図２Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００７０５７．３）中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡもしくはＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴのタンパク質配列（図２Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００８９８８．２）中の残基１８７に対応する位置にアルギニンもしくはグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、
    （ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの前記核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＡを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴの前記タンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にアルギニン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項４０〜５３のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ５はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＺＷＩＮＴの前記核酸配列中のヌクレオチド５９６に対応する位置にＧを含むＺＷＩＮＴ核酸、および／またはヒトＺＷＩＮＴの前記タンパク質配列中の残基１８７に対応する位置にグリシン残基を含むＺＷＩＮＴポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項４０〜５３のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ５はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊４４０３対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む、方法。
  64. 配列
    Figure 2015528443
     （式中、
    Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、
    Ｘ８は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｘ９は、ＰまたはＡであり、
    Ｘ１０は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド。
  65. 前記ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する、請求項６４に記載のペプチド。
  66. Ｘ８は、セリン（Ｓ）である、請求項６４または６５に記載のペプチド。
  67. Ｘ１０は、アミノ酸である、請求項６４〜６６のいずれか１項に記載のペプチド。
  68. Ｘ１０は、芳香族アミノ酸である、請求項６７に記載のペプチド。
  69. Ｘ１０は、フェニルアラニン（Ｆ）である、請求項６８に記載のペプチド。
  70. Ｚ１は、存在しない、請求項６４〜６９のいずれか１項に記載のペプチド。
  71. Ｚ２は、存在しない、請求項６４〜７０のいずれか１項に記載のペプチド。
  72. Ｘ９は、Ｐである、請求項６４〜７１のいずれか１項に記載のペプチド。
  73. Ｘ９は、Ａである、請求項６４〜７１のいずれか１項に記載のペプチド。
  74. 前記ペプチドは、ＳＬＦＦＲＫＶＰＦ（配列番号１９）である、請求項５０に記載のペプチド。
  75. 前記ペプチドは、ＳＬＦＦＲＫＶＡＦ（配列番号２０）である、請求項５１に記載のペプチド。
  76. 請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチドをコードする、核酸。
  77. 請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子の、単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
  78. その表面に、請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する、単離された細胞。
  79. 癌を治療する方法であって、請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  80. 前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列（図３Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１４３４２．３）中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣもしくはＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列（図３Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５５１５７．１）中の２９０残基に対応する位置にプロリンもしくはアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、
    （ａ）前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の前記核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にプロリン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ９はＰであり、
    （ｂ）前記対象が、ヒトＭＴＣＨ２の前記核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ５はＡである、請求項７９に記載の方法。
  81. 前記決定することは、ヒトＭＴＣＨ２核酸を配列決定することを含む、請求項８０に記載の方法。
  82. 前記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である、請求項７９に記載の方法。
  83. （ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ９はＰである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＭＴＣＨ２の前記核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＧ、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ９はＡである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＭＴＣＨ２の前記核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣ、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にプロリン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することをさらに含む、請求項８０〜８２のいずれか１項に記載の方法。
  84. 前記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである、請求項７９〜８３のいずれか１項に記載の方法。
  85. Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法であって、
    （ａ）候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の核酸配列（図３Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１４３４２．３）中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣもしくはＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２のタンパク質配列（図３Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５５１５７．１）中の残基２９０に対応する位置にプロリンもしくはアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、
    （ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の前記核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＣを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にプロリン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ９はＡである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＭＴＣＨ２の前記核酸配列中のヌクレオチド１０５７に対応する位置にＧを含むＭＴＣＨ２核酸、および／またはヒトＭＴＣＨ２の前記タンパク質配列中の残基２９０に対応する位置にアラニン残基を含むＭＴＣＨ２ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項６４〜７５のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ９はＰである）を負荷したＨＬＡ−Ｂ＊０８０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む、方法。
  86. 配列
    Figure 2015528443
     （式中、
    Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、
    Ｘ１１は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｘ１２は、ＳまたはＴであり、
    Ｘ１３は、アミノ酸であるか、または存在せず、
    Ｘ１４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド。
  87. 前記ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する、請求項８６に記載のペプチド。
  88. Ｘ１１は、存在しない、請求項８６または８７に記載のペプチド。
  89. Ｘ１３は、アミノ酸である、請求項８６〜８８のいずれか１項に記載のペプチド。
  90. Ｘ１３は、セリンである、請求項８９に記載のペプチド。
  91. Ｘ１４は、アミノ酸である、請求項８６〜９０のいずれか１項に記載のペプチド。
  92. Ｘ１４は、塩基性アミノ酸である、請求項９１に記載のペプチド。
  93. Ｘ１４は、リジン（Ｋ）である、請求項９２に記載のペプチド。
  94. Ｚ１は、存在しない、請求項８６〜９３のいずれか１項に記載のペプチド。
  95. Ｚ２は、存在しない、請求項８６〜９４のいずれか１項に記載のペプチド。
  96. Ｘ１２は、Ｓである、請求項８６〜９５のいずれか１項に記載のペプチド。
  97. Ｘ１２は、Ｔである、請求項８６〜９５のいずれか１項に記載のペプチド。
  98. 前記ペプチドは、ＳＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２１）である、請求項９６に記載のペプチド。
  99. 前記ペプチドは、ＴＶＬＫＰＧＮＳＫ（配列番号２２）である、請求項９７に記載のペプチド。
  100. 請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチドをコードする、核酸。
  101. 請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子の、単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
  102. その表面に、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する、単離された細胞。
  103. 癌を治療する方法であって、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  104. 前記対象が、ヒトＥＬＦ１の核酸配列（図４Ａおよび４Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿１７２３７３．３）中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡもしくはＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列（図４Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿７５８９６１．１）中の残基３４３に対応する位置にスレオニンもしくはセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、
    （ａ）前記対象が、ヒトＥＬＦ１の前記核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡを含むＥＬＦ１核酸、および／またはヒトＥＬＦ１の前記タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にスレオニン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１２はＴであり、
    （ｂ）前記対象が、ヒトＥＬＦ１の前記核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはヒトＥＬＦ１の前記タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にセリン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１２はＳである、請求項１０３に記載の方法。
  105. 前記決定することは、ヒトＥＬＦ１核酸の配列決定を含む、請求項１０４に記載の方法。
  106. 前記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である、請求項１０３に記載の方法。
  107. （ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１２はＴである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＥＬＦ１の前記核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＴ、および／またはヒトＥＬＦ１の前記タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にセリン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＥＬＦ１の前記核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡ、および／またはヒトＥＬＦ１の前記タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にスレオニン残基を含むＥＬＦ１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することをさらに含む、請求項１０４〜１０６のいずれか１項に記載の方法。
  108. 前記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである、請求項１０３〜１０７のいずれか１項に記載の方法。
  109. Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法であって、
    （ａ）候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の核酸配列（図４Ａおよび４Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿１７２３７３．３）中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡもしくはＴを含むＥＬＦ１核酸、および／またはＥＬＦ１タンパク質配列（図４Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿７５８９６１．１）中の残基３４３に対応する位置にスレオニンもしくはセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、
    （ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の前記核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＡを含むＥＬＦ１核酸、および／または前記ＥＬＦ１タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にスレオニンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１２はＳである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＥＬＦ１の前記核酸配列中のヌクレオチド１４００に対応する位置にＴを含むＥＬＦ１核酸、および／または前記ＥＬＦ１タンパク質配列中の残基３４３に対応する位置にセリンを有するＥＬＦ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項８６〜９９のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１２はＴである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む、方法。
  110. 配列（Ｖ）
    Figure 2015528443
     （式中、
    Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、
    Ｘ１５は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｘ１６は、アミノ酸であるか、または存在せず、
    Ｘ１７は、ＲまたはＷであり、
    Ｘ１８は、アミノ酸であるか、または存在せず、
    Ｘ１９は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド。
  111. 前記ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する、請求項１１０に記載のペプチド。
  112. Ｘ１６は、アミノ酸である、請求項１１０または１１１に記載のペプチド。
  113. Ｘ１６は、メチオニン（Ｍ）である、請求項１１２に記載の方法。
  114. Ｘ１５は、アミノ酸である、請求項１１０〜１１３のいずれか１項に記載のペプチド。
  115. Ｘ１５は、アラニンである、請求項１１４に記載のペプチド。
  116. Ｘ１８は、アミノ酸である、請求項１１０〜１１５のいずれか１項に記載のペプチド。
  117. Ｘ１８は、セリン（Ｓ）である、請求項１１６に記載のペプチド。
  118. Ｘ１９は、アミノ酸である、請求項１１０〜１１７のいずれか１項に記載のペプチド。
  119. Ｘ１９は、塩基性アミノ酸である、請求項１１８に記載のペプチド。
  120. Ｘ１９は、リジン（Ｋ）である、請求項１１９に記載のペプチド。
  121. Ｚ１は、存在しない、請求項１１０〜１２０のいずれか１項に記載のペプチド。
  122. Ｚ２は、存在しない、請求項１１０〜１２１のいずれか１項に記載のペプチド。
  123. Ｘ１７は、Ｒである、請求項１１０〜１２２のいずれか１項に記載のペプチド。
  124. Ｘ１７は、Ｗである、８６〜９５のいずれか１項に記載のペプチド。
  125. 前記ペプチドは、ＡＭＹＤＫＧＰＦＲＳＫ（配列番号２３）である、請求項１２３に記載のペプチド。
  126. 前記ペプチドは、ＡＭＹＤＫＧＰＦＷＳＫ（配列番号２４）である、請求項１２４に記載のペプチド。
  127. 請求項１１０〜１２６のいずれか１項に記載のペプチドをコードする、核酸。
  128. 請求項１１０〜１２６のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子の、単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
  129. その表面に、請求項１１０〜１２６のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する、単離された細胞。
  130. 癌を治療する方法であって、請求項１１０〜１２６のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  131. 前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列（図５Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０００９０３．２）中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣもしくはＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはＮＱ０１タンパク質配列（図５Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００８９４．１）中の残基１３９に対応する位置にアルギニンもしくはトリプトファンを有するＮＱ０１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、
    （ａ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の前記核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１の前記タンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にアルギニン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１７はＲであり、
    （ｂ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の前記核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１の前記タンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にトリプトファン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ１７はＷである、請求項１３０に記載の方法。
  132. 前記決定することは、ヒトＮＱ０１核酸を配列決定することを含む、請求項１３１に記載の方法。
  133. 前記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である、請求項１３１または１３２に記載の方法。
  134. （ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１１０〜１２６のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１７はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＮＱ０１の前記核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＴ、および／またはヒトＮＱ０１の前記タンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にトリプトファン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１１０〜１２６のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１７はＷである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＮＱ０１の前記核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣ、および／またはヒトＮＱ０１の前記タンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にアルギニン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、をさらに含む、請求項１３１〜１３３のいずれか１項に記載の方法。
  135. 前記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである、請求項１３０〜１３４のいずれか１項に記載の方法。
  136. Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法であって、
    （ａ）前記対象が、ヒトＮＱ０１の核酸配列（図５Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０００９０３．２）中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣもしくはＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはＮＱ０１タンパク質配列（図５Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００８９４．１）中の残基１３９に対応する位置にアルギニンもしくはトリプトファンを有するＮＱ０１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、
    （ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＮＱ０１の前記核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＣを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１の前記タンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にアルギニン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１１０〜１２６のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１７はＷである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｂ）（ｉｉ）前記候補ドナーが、ヒトＮＱ０１の前記核酸配列中のヌクレオチド６１５に対応する位置にＴを含むＮＱ０１核酸、および／またはヒトＮＱ０１の前記タンパク質配列中の残基１３９に対応する位置にトリプトファン残基を含むＮＱ０１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１１０〜１２６のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ１７はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む、方法。
  137. 配列（ＶＩ）
    Figure 2015528443
     （式中、
    Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、
    Ｘ２０は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｘ２１は、アミノ酸であるか、または存在せず、
    Ｘ２２は、アミノ酸であるか、または存在せず、
    Ｘ２３は、ＧまたはＲであり、
    Ｘ２４は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド。
  138. 前記ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する、請求項１３７に記載のペプチド。
  139. Ｘ２２は、アミノ酸である、請求項１３７または１３８に記載のペプチド。
  140. Ｘ２２は、バリン（Ｖ）である、請求項１３９に記載のペプチド。
  141. Ｘ２１は、アミノ酸である、請求項１３７〜１４０のいずれか１項に記載のペプチド。
  142. Ｘ２１は、アルギニン（Ｒ）である、請求項１４１に記載のペプチド。
  143. Ｚ１は、存在しない、請求項１３７〜１４２のいずれか１項に記載のペプチド。
  144. Ｚ２は、存在しない、請求項１３７〜１４３のいずれか１項に記載のペプチド。
  145. Ｘ２３は、Ｇである、請求項１３７〜１４４のいずれか１項に記載のペプチド。
  146. Ｘ２３は、Ｒである、請求項１３７〜１４４のいずれか１項に記載のペプチド。
  147. 前記ペプチドは、ＲＶＳＬＰＴＳＰＧ（配列番号２５）である、請求項１４５に記載のペプチド。
  148. 前記ペプチドは、ＲＶＳＬＰＴＳＰＲ（配列番号２６）である、請求項１４６に記載のペプチド。
  149. 請求項１３７〜１４８のいずれか１項に記載のペプチドをコードする、核酸。
  150. 請求項１３７〜１４８のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子の、単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
  151. その表面に、請求項１３７〜１４８のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する、単離された細胞。
  152. 癌を治療する方法，であって、請求項１３７〜１４８のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  153. 前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列（図６Ａおよび６Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２５１１３．２）中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧもしくはＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質配列（図６Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７９３８９．２）中の残基１５２に対応する位置にグリシンもしくはアルギニンを有するＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、
    （ａ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記タンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にグリシン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２３は、Ｇであり、
    （ｂ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記タンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２３は、Ｒである、請求項１５２に記載の方法。
  154. 前記決定することは、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸を配列決定することを含む、請求項１５３に記載の方法。
  155. 前記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である、請求項１５３または１５４に記載の方法。
  156. （ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１３７〜１４８のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２３はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記核酸配列中のヌクレオチドヌクレオチド１０５９に対応する位置にＡ、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記タンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１３７〜１４８のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２３はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧ、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記タンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にグリシン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、をさらに含む、請求項１５３〜１５５のいずれか１項に記載の方法。
  157. 前記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである、請求項１５２〜１５６のいずれか１項に記載の方法。
  158. Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法であって、
    （ａ）候補ドナーが、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの核酸配列（図６Ａおよび６Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２５１１３．２）中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧもしくはＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはＫＩＡＡ０２２６Ｌタンパク質配列（図６Ｃ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７９３８９．２）中の残基１５２に対応する位置にグリシンもしくはアルギニンを有するＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、
    （ｂ）（ｉ）前記候補ドナーが、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＧを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記タンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にグリシン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１３７〜１４８のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２３はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｂ）（ｉｉ）前記対象が、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記核酸配列中のヌクレオチド１０５９に対応する位置にＡを含むＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸、および／またはヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌの前記タンパク質配列中の残基１５２に対応する位置にアルギニン残基を含むＫＩＡＡ０２２６Ｌポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１３７〜１４８のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２３はＧである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む、方法。
  159. 配列（ＶＩＩ）
    Figure 2015528443
     （式中、
    Ｚ１は、アミノ末端修飾基であるか、または存在せず、
    Ｘ２５は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｘ２６は、アミノ酸であるか、または存在せず、
    Ｘ２７は、アミノ酸であるか、または存在せず、
    Ｘ２８は、ＫまたはＮであり、
    Ｘ２９は、１〜４３アミノ酸の配列であるか、または存在せず、
    Ｚ２は、カルボキシ末端修飾基であるか、または存在しない）を含む、５０アミノ酸以下のペプチド。
  160. 前記ペプチドは、８〜１２アミノ酸の長さを有する、請求項１５９に記載のペプチド。
  161. Ｘ２７は、アミノ酸である、請求項１５９または１６０に記載のペプチド。
  162. Ｘ２７は、メチオニン（Ｍ）である、請求項１６１に記載のペプチド。
  163. Ｘ２６は、アミノ酸である、請求項１５９〜１６２のいずれか１項に記載のペプチド。
  164. Ｘ２６は、バリン（Ｖ）である、請求項１４１に記載のペプチド。
  165. Ｚ１は、存在しない、請求項１５９〜１６３のいずれか１項に記載のペプチド。
  166. Ｚ２は、存在しない、請求項１５９〜１６４のいずれか１項に記載のペプチド。
  167. Ｘ２８は、Ｋである、請求項１５９〜１６６のいずれか１項に記載のペプチド。
  168. Ｘ２８は、Ｎである、請求項１５９〜１６６のいずれか１項に記載のペプチド。
  169. 前記ペプチドは、ＶＭＧＮＰＧＴＦＫ（配列番号２７）である、請求項１６７に記載のペプチド。
  170. 前記ペプチドは、ＶＭＧＮＰＧＴＦＮ（配列番号２８）である、請求項１６８に記載のペプチド。
  171. 請求項１５９〜１７０のいずれか１項に記載のペプチドをコードする、核酸。
  172. 請求項１５９〜１７０のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子の、単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
  173. その表面に、請求項１５９〜１７０のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する、単離された細胞。
  174. 癌を治療する方法であって、請求項１５９〜１７０のいずれか１項に記載のペプチドを負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を認識する有効量のＣＤ８ Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  175. ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列（図７Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６０３３．２）中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡもしくはＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはＲＭＤＮ１タンパク質配列（図７Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７１１７．２）中の残基５２に対応する位置にリジンもしくはアスパラギンを有するＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することをさらに含み、
    （ａ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の前記核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡを含むＲＭＤＮ１核酸、および／または／ヒトＲＭＤＮ１の前記タンパク質配列中の残基５２に対応する位置にリジン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２８は、Ｋであり、
    （ｂ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の前記核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／または／ヒトＲＭＤＮ１の前記タンパク質配列中の残基５２に対応する位置にアスパラギン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、前記ペプチド中のＸ２８は、Ｎである、請求項１７４に記載の方法。
  176. 前記決定することは、ヒトＫＩＡＡ０２２６Ｌ核酸を配列決定することを含む、請求項１７５に記載の方法。
  177. 前記ＣＤ８ Ｔリンパ球は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増殖させたＣＤ８ Ｔリンパ球である、請求項１７４〜１７６のいずれか１項に記載の方法。
  178. （ｉ）前記対象が（ａ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１５９〜１７０のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２８はＫである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＲＭＤＮ１の前記核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＣ、および／またはヒトＲＭＤＮ１の前記タンパク質配列中の残基５２に対応する位置にアスパラギン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｉｉ）前記対象が（ｂ）の対象である場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１５９〜１７０のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２８はＮである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、ヒトＲＭＤＮ１の前記核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡ、および／またはヒトＲＭＤＮ１の前記タンパク質配列中の残基５２に対応する位置にリジン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを含む第２の対象からＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することをさらに含む、請求項１７５〜１７７のいずれか１項に記載の方法。
  179. 前記対象は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）のレシピエントである、請求項１７４〜１７８のいずれか１項に記載の方法。
  180. Ｔ細胞養子免疫療法のためにＣＤ８ Ｔリンパ球を増殖する方法であって、
    （ａ）候補ドナーが、ヒトＲＭＤＮ１の核酸配列（図７Ａ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１６０３３．２）中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡもしくはＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはＲＭＤＮ１タンパク質配列（図７Ｂ、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７１１７．２）中の残基５２に対応する位置にリジンもしくはアスパラギンを有するＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現するかどうかを決定することと、
    （ｂ）（ｉ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の前記核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＡを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはヒトＲＭＤＮ１の前記タンパク質配列中の残基５２に対応する位置にリジン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１５９〜１７０のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２８はＮである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養すること、または
    （ｂ）（ｉｉ）前記対象が、ヒトＲＭＤＮ１の前記核酸配列中のヌクレオチド３１６に対応する位置にＣを含むＲＭＤＮ１核酸、および／またはヒトＲＭＤＮ１の前記タンパク質配列中の残基５２に対応する位置にアスパラギン残基を含むＲＭＤＮ１ポリペプチドを発現する場合、ＣＤ８ Ｔリンパ球増殖に適した条件下において、請求項１５９〜１７０のいずれか１項に記載のペプチド（前記ペプチド中のＸ２８はＲである）を負荷したＨＬＡ−Ａ＊０３０１対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、前記候補ドナーからのＣＤ８ Ｔリンパ球を培養することと、を含む、方法。
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