JP2017001987A - ポリペプチド - Google Patents
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Abstract
【課題】医薬組成物、特に腸内疾患の治療または予防剤の有効成分とできる抗体をスクリーニングまたは精製するために有用なポリペプチドの提供。
【解決手段】特定のアミノ酸配列を有するポリペプチド、及び、該ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に、アミノ酸残基またはペプチド残基を介して、ＢＳＡ、ＫＬＨ、ＯＶＡ、ＭＡＰ、ＨＳＡ、およびＴＧからなる群より選択されるポリペプチドが結合してなる、ポリペプチド。該ペプチドを用いた抗体のスクリーニング方法。
【選択図】なし
【解決手段】特定のアミノ酸配列を有するポリペプチド、及び、該ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に、アミノ酸残基またはペプチド残基を介して、ＢＳＡ、ＫＬＨ、ＯＶＡ、ＭＡＰ、ＨＳＡ、およびＴＧからなる群より選択されるポリペプチドが結合してなる、ポリペプチド。該ペプチドを用いた抗体のスクリーニング方法。
【選択図】なし
Description
本発明はポリペプチドに関する。さらに斯かるポリペプチドの用途に関する。
特許文献１には、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの１１〜３３３番目のアミノ酸配列をエピトープとするモノクローナルＩｇＡ抗体が開示されている。特許文献１には、このようなモノクローナルＩｇＡ抗体が２種以上の腸内細菌に特異的に結合し、それらの増殖阻害活性を有することが開示され、医薬組成物、特に腸内疾患の治療または予防剤の有効成分とできることが開示されている。
特許文献１には、このような特定のモノクローナルＩｇＡ抗体が開示されているものの、この抗体を高度に精製することの重要性どころかその具体的な方法については何ら記載されていない。
本発明者らはＩｇＡの精製度が低い場合、ＩｇＡが有する機能が大きく減衰することを確認している。例えば、ＩｇＧ抗体をアフィニティー精製する際に用いられるプロテインＡ、プロテインＧ、プロテインＬなどの抗体結合タンパク質に対するＩｇＡへの親和性は、ＩｇＧほど高くないので、これらの抗体結合タンパク質を用いてＩｇＡを精製することは非常に困難である。
本発明の課題は、医薬組成物、特に腸内疾患の治療または予防剤の有効成分とできる抗体をスクリーニングまたは精製するために有用なポリペプチドを提供することである。
本発明者らは、上述の課題を解決すべく、鋭意検討したところ、特定のアミノ酸配列を有するポリペプチドが、上記課題を解決できることを見出した。
本発明は、この様な知見に基づいて完成したものであり、以下に示す態様の発明を包含するものである。
(I)ポリペプチド
本発明のポリペプチド(I)は、以下の態様を含む。
(I-1) 配列番号１６９〜１８０のいずれかに示すアミノ酸配列を有するポリペプチド。
(I-2) 配列番号１６９〜１８０に示すアミノ酸配列からなるペプチドを表面に露呈した状態で有することを特徴とする、(I-1)に記載のポリペプチド。
(I-3) 配列番号１〜１６８および配列番号１８１〜１９２からなる群より選択されるいずれかのアミノ酸配列からなるポリペプチド。
(I-4) 配列番号１６９〜１８０に示すアミノ酸配列からなるペプチドを表面に露呈した状態で有することを特徴とする、(I-3)に記載のポリペプチド。
(I-5） (I-1)〜(I-4)のいずれか１項に記載のポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に、アミノ酸残基またはペプチド残基を介して、ＢＳＡ、ＫＬＨ、ＯＶＡ、ＭＡＰ、ＨＳＡ、およびＴＧからなる群より選択されるポリペプチドが結合してなる、ポリペプチド。
(I-6) 配列番号１９５に示すアミノ酸配列からなるポリペプチド。
本発明のポリペプチド(I)は、以下の態様を含む。
(I-1) 配列番号１６９〜１８０のいずれかに示すアミノ酸配列を有するポリペプチド。
(I-2) 配列番号１６９〜１８０に示すアミノ酸配列からなるペプチドを表面に露呈した状態で有することを特徴とする、(I-1)に記載のポリペプチド。
(I-3) 配列番号１〜１６８および配列番号１８１〜１９２からなる群より選択されるいずれかのアミノ酸配列からなるポリペプチド。
(I-4) 配列番号１６９〜１８０に示すアミノ酸配列からなるペプチドを表面に露呈した状態で有することを特徴とする、(I-3)に記載のポリペプチド。
(I-5） (I-1)〜(I-4)のいずれか１項に記載のポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に、アミノ酸残基またはペプチド残基を介して、ＢＳＡ、ＫＬＨ、ＯＶＡ、ＭＡＰ、ＨＳＡ、およびＴＧからなる群より選択されるポリペプチドが結合してなる、ポリペプチド。
(I-6) 配列番号１９５に示すアミノ酸配列からなるポリペプチド。
(II)ポリペプチドの用途
本発明のポリペプチド(I)の用途は、以下に示す態様を含む。
(II-1) 抗体のスクリーニングまたは精製のために用いられる、ポリペプチド(I)。
(II-2) 前記抗体が異なる２種類以上の腸内細菌に特異的に結合する、(II-1)に記載のポリペプチド(I)。
(II-3) 前記抗体が異なる２種類以上の腸内細菌の成長を阻害する、(II-1)または(II-2)に記載のポリペプチド(I)。
(II-4) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｂｌａｕｔｉａ属に属する細菌、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属に属する細菌、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属に属する細菌、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する細菌、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する細菌、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属に属する細菌、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ属に属する細菌
からなる群に属する細菌より選択される、(II-2)または(II-3)に記載のポリペプチド(I)。
(II-5) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、
Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｍｕｃｏｓｉｃｏｌａ
からなる群より選択される、(II-3)または(II-4)に記載のポリペプチド(I)。
(II-5) 前記抗体が
配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３；ならびに／あるいは
配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
を含むものである、(II-1)〜(II-4)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-6) 前記抗体が
配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２１３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２１８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２２３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２２８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２３３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２３８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；または
配列番号２４３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２４８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２５０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域を含むものである、(II-1)〜(II-5)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-7) 前記抗体が
配列番号２０２、２１２、２２２、２３２、または２４２の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖可変領域および／または
配列番号２０７、２１７、２２７、２３７、または２４７の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む、(II-1)〜(II-6)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-8) 前記抗体が定常領域を含むものである、(II-1)〜(II-7)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-9) 前記抗体がキメラ抗体である、(II-1)〜(II-8)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-10) 前記抗体がヒト化抗体である、(II-1)〜(II-8)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-11) 前記抗体が配列番号２０１、２１１、２２１、２３１、または２４１の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖および／または配列番号２０６、２１６、２２６、２３６、または２４６の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖を含むものである、(II-1)〜(II-10)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-12) 前記抗体が
配列番号２０１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２１１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２１６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２２１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２２６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２３１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２３６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；または
配列番号２４１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２４６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖
を含むものである、(II-1)〜(II-11)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-13) 抗体がＦｖ、ｓｃＦｖ、トリアボディー（Ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディー（Ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）、免疫グロブリン、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、ミニボディー（Ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ｓｃＦｖ−Ｆｃからなる群より選択される構造である、(II-1)〜(II-12)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-14) 抗体がＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＹ、およびＩｇＷからなる群より選択される、(II-1)〜(II-13)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-15) 抗体がＩｇＡであって、且つ分泌因子を有する、(II-1)〜(II-14)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-16) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼに対して特異的に結合する抗体である、(II-1)〜(II-15)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-17) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの１１番目から３３３番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする、(II-1)〜(II-16)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-18) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２５番目から３７番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする、(II-1)〜(II-17)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-19) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２７番目から３０番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする、(II-1)〜(II-18)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-20) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２５番目〜４５番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする、(II-1)〜(II-19)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-21) 前記抗体が医薬組成物の有効成分である、(II-1)〜(II-20)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-22) 前記医薬組成物が腸内疾患の治療または予防用である、上記(II-21)に記載のポリペプチド(I)。
(II-23) 前記腸内疾患が腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患である、(II-22)に記載のポリペプチド(I)。
(II-24) 前記腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患が炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、アレルギー、喘息、肥満、および自己免疫疾患からなる群より選択される、(II-23)に記載のポリペプチド(I)。
(II-25) 前記抗体が経口または経腸組成物の有効成分である、(II-1)〜(II-20)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-26) 前記経口または経腸組成物が飲食品組成物または飼料組成物である(II-25)記載のポリペプチド(I)。
(II-27) 前記経口または経腸組成物が腸内環境改善用、腸内環境最適化用、または腸内腐敗防止用である、(II-25)または(II-26)に記載のポリペプチド(I)。
本発明のポリペプチド(I)の用途は、以下に示す態様を含む。
(II-1) 抗体のスクリーニングまたは精製のために用いられる、ポリペプチド(I)。
(II-2) 前記抗体が異なる２種類以上の腸内細菌に特異的に結合する、(II-1)に記載のポリペプチド(I)。
(II-3) 前記抗体が異なる２種類以上の腸内細菌の成長を阻害する、(II-1)または(II-2)に記載のポリペプチド(I)。
(II-4) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｂｌａｕｔｉａ属に属する細菌、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属に属する細菌、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属に属する細菌、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する細菌、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する細菌、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属に属する細菌、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ属に属する細菌
からなる群に属する細菌より選択される、(II-2)または(II-3)に記載のポリペプチド(I)。
(II-5) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、
Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｍｕｃｏｓｉｃｏｌａ
からなる群より選択される、(II-3)または(II-4)に記載のポリペプチド(I)。
(II-5) 前記抗体が
配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３；ならびに／あるいは
配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
を含むものである、(II-1)〜(II-4)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-6) 前記抗体が
配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２１３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２１８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２２３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２２８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２３３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２３８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；または
配列番号２４３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２４８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２５０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域を含むものである、(II-1)〜(II-5)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-7) 前記抗体が
配列番号２０２、２１２、２２２、２３２、または２４２の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖可変領域および／または
配列番号２０７、２１７、２２７、２３７、または２４７の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む、(II-1)〜(II-6)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-8) 前記抗体が定常領域を含むものである、(II-1)〜(II-7)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-9) 前記抗体がキメラ抗体である、(II-1)〜(II-8)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-10) 前記抗体がヒト化抗体である、(II-1)〜(II-8)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-11) 前記抗体が配列番号２０１、２１１、２２１、２３１、または２４１の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖および／または配列番号２０６、２１６、２２６、２３６、または２４６の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖を含むものである、(II-1)〜(II-10)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-12) 前記抗体が
配列番号２０１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２１１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２１６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２２１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２２６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２３１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２３６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；または
配列番号２４１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２４６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖
を含むものである、(II-1)〜(II-11)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-13) 抗体がＦｖ、ｓｃＦｖ、トリアボディー（Ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディー（Ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）、免疫グロブリン、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、ミニボディー（Ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ｓｃＦｖ−Ｆｃからなる群より選択される構造である、(II-1)〜(II-12)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-14) 抗体がＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＹ、およびＩｇＷからなる群より選択される、(II-1)〜(II-13)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-15) 抗体がＩｇＡであって、且つ分泌因子を有する、(II-1)〜(II-14)のいずれかに記載のポリペプチド(I)。
(II-16) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼに対して特異的に結合する抗体である、(II-1)〜(II-15)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-17) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの１１番目から３３３番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする、(II-1)〜(II-16)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-18) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２５番目から３７番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする、(II-1)〜(II-17)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-19) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２７番目から３０番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする、(II-1)〜(II-18)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-20) 前記抗体がセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２５番目〜４５番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする、(II-1)〜(II-19)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-21) 前記抗体が医薬組成物の有効成分である、(II-1)〜(II-20)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-22) 前記医薬組成物が腸内疾患の治療または予防用である、上記(II-21)に記載のポリペプチド(I)。
(II-23) 前記腸内疾患が腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患である、(II-22)に記載のポリペプチド(I)。
(II-24) 前記腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患が炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、アレルギー、喘息、肥満、および自己免疫疾患からなる群より選択される、(II-23)に記載のポリペプチド(I)。
(II-25) 前記抗体が経口または経腸組成物の有効成分である、(II-1)〜(II-20)のいずれか１項に記載のポリペプチド(I)。
(II-26) 前記経口または経腸組成物が飲食品組成物または飼料組成物である(II-25)記載のポリペプチド(I)。
(II-27) 前記経口または経腸組成物が腸内環境改善用、腸内環境最適化用、または腸内腐敗防止用である、(II-25)または(II-26)に記載のポリペプチド(I)。
(III)抗体
本発明の抗体(III)は、以下の態様を含む。
(III-1) ポリペプチド(I)に特異的に結合する抗体(III)。
(III-2) 異なる２種類以上の腸内細菌に特異的に結合する、(III-1)に記載の抗体(III)。
(III-3) 異なる２種類以上の腸内細菌の成長を阻害する、(III-1)または(III-2)に記載の抗体(III)。
(III-4) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が、
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｂｌａｕｔｉａ属に属する細菌、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属に属する細菌、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属に属する細菌、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する細菌、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する細菌、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属に属する細菌、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ属に属する細菌
からなる群に属する細菌より選択される、(III-2)または(III-3)に記載の抗体(III)。
（III-５） 前記異なる２種類以上の腸内細菌が、
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、
Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｍｕｃｏｓｉｃｏｌａ
からなる群より選択される、(III-3)または(III-4)に記載の抗体(III)。
（III-５）
配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３；ならびに／あるいは
配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
を含む、(III-1)〜(III-4)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-6)
配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２１３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２１８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２２３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２２８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２３３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２３８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；または
配列番号２４３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２４８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２５０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域を含む、(III-1)〜(III-5)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-7)
配列番号２０２、２１２、２２２、２３２、または２４２の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖可変領域および／または
配列番号２０７、２１７、２２７、２３７、または２４７の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む、(III-1)〜(III-6)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-8) 定常領域を含む、(III-1)〜(III-7)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-9) キメラ抗体である、(III-1)〜(III-8)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-10) ヒト化抗体である、(III-1)〜(III-8)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-11) 配列番号２０１、２１１、２２１、２３１、または２４１の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖および／または配列番号２０６、２１６、２２６、２３６、または２４６の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖を含む、(III-1)〜(III-10)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-12)
配列番号２０１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２１１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２１６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２２１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２２６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２３１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２３６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；または
配列番号２４１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２４６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖
を含む、(III-1)〜(III-11)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-13) Ｆｖ、ｓｃＦｖ、トリアボディー（Ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディー（Ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）、免疫グロブリン、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、ミニボディー（Ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ｓｃＦｖ−Ｆｃからなる群より選択される構造である、(III-1)〜(III-12)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-14) ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＹ、およびＩｇＷからなる群より選択される、(III-1)〜(III-13)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-15) ＩｇＡであって、且つ分泌因子を有する、(II-1)〜(II-14)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-16) 医薬組成物の有効成分である、(III-1)〜(III-15)のいずれか１項に記載の抗体(III)。
(III-17) 前記医薬組成物が、腸内疾患の治療または予防用である、(III-16)に記載の抗体(III)。
(III-18) 前記腸内疾患が、腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患である、(III-17)に記載の抗体(III)。
(III-19) 前記腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患が、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、アレルギー、喘息、肥満、および自己免疫疾患からなる群より選択される、(III-18)に記載の抗体(III)。
(III-20) 経口または経腸組成物の有効成分である、(III-1)〜(III-19)のいずれか１項に記載の抗体(III)。
(III-21) 前記経口または経腸組成物が、飲食品組成物または飼料組成物である(III-20)記載の抗体(III)。
(III-22) 前記経口または経腸組成物が、腸内環境改善用、腸内環境最適化用、または腸内腐敗防止用である、(III-20)または(III-21)に記載の抗体(III)。
本発明の抗体(III)は、以下の態様を含む。
(III-1) ポリペプチド(I)に特異的に結合する抗体(III)。
(III-2) 異なる２種類以上の腸内細菌に特異的に結合する、(III-1)に記載の抗体(III)。
(III-3) 異なる２種類以上の腸内細菌の成長を阻害する、(III-1)または(III-2)に記載の抗体(III)。
(III-4) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が、
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｂｌａｕｔｉａ属に属する細菌、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属に属する細菌、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属に属する細菌、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する細菌、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する細菌、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属に属する細菌、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ属に属する細菌
からなる群に属する細菌より選択される、(III-2)または(III-3)に記載の抗体(III)。
（III-５） 前記異なる２種類以上の腸内細菌が、
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、
Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｍｕｃｏｓｉｃｏｌａ
からなる群より選択される、(III-3)または(III-4)に記載の抗体(III)。
（III-５）
配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３；ならびに／あるいは
配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
を含む、(III-1)〜(III-4)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-6)
配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２１３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２１８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２２３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２２８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２３３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２３８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；または
配列番号２４３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２４８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２５０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域を含む、(III-1)〜(III-5)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-7)
配列番号２０２、２１２、２２２、２３２、または２４２の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖可変領域および／または
配列番号２０７、２１７、２２７、２３７、または２４７の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む、(III-1)〜(III-6)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-8) 定常領域を含む、(III-1)〜(III-7)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-9) キメラ抗体である、(III-1)〜(III-8)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-10) ヒト化抗体である、(III-1)〜(III-8)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-11) 配列番号２０１、２１１、２２１、２３１、または２４１の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖および／または配列番号２０６、２１６、２２６、２３６、または２４６の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖を含む、(III-1)〜(III-10)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-12)
配列番号２０１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２１１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２１６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２２１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２２６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２３１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２３６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；または
配列番号２４１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２４６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖
を含む、(III-1)〜(III-11)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-13) Ｆｖ、ｓｃＦｖ、トリアボディー（Ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディー（Ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）、免疫グロブリン、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、ミニボディー（Ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ｓｃＦｖ−Ｆｃからなる群より選択される構造である、(III-1)〜(III-12)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-14) ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＹ、およびＩｇＷからなる群より選択される、(III-1)〜(III-13)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-15) ＩｇＡであって、且つ分泌因子を有する、(II-1)〜(II-14)のいずれかに記載の抗体(III)。
(III-16) 医薬組成物の有効成分である、(III-1)〜(III-15)のいずれか１項に記載の抗体(III)。
(III-17) 前記医薬組成物が、腸内疾患の治療または予防用である、(III-16)に記載の抗体(III)。
(III-18) 前記腸内疾患が、腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患である、(III-17)に記載の抗体(III)。
(III-19) 前記腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患が、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、アレルギー、喘息、肥満、および自己免疫疾患からなる群より選択される、(III-18)に記載の抗体(III)。
(III-20) 経口または経腸組成物の有効成分である、(III-1)〜(III-19)のいずれか１項に記載の抗体(III)。
(III-21) 前記経口または経腸組成物が、飲食品組成物または飼料組成物である(III-20)記載の抗体(III)。
(III-22) 前記経口または経腸組成物が、腸内環境改善用、腸内環境最適化用、または腸内腐敗防止用である、(III-20)または(III-21)に記載の抗体(III)。
(IV)スクリーニング方法
本発明のスクリーニング方法(IV)は、抗体をスクリーニングする方法であって、以下の態様を含む。
(IV-1) 抗体をスクリーニングする方法であって、ペプチド(I)に結合し、かつ配列番号１９３に示すアミノ酸配列からなるペプチドに結合しないことを基準に選択することを特徴とするスクリーニング方法(IV)。
(IV-2) 前記抗体が異なる２種類以上の腸内細菌に特異的に結合する、(IV-1)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-3) 前記抗体が異なる２種類以上の腸内細菌の成長を阻害する、(IV-1)または（IV-2）に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-4) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｂｌａｕｔｉａ属に属する細菌、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属に属する細菌、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属に属する細菌、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する細菌、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する細菌、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属に属する細菌、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ属に属する細菌
からなる群に属する細菌より選択される、(IV-2)または(IV-3)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-5) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、
Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｍｕｃｏｓｉｃｏｌａ
からなる群より選択される、(IV-3)または(IV-4)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-5)前記抗体が
配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３；ならびに／あるいは
配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
を含むものである、(IV-1)〜(IV-4)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-6)前記抗体が
配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２１３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２１８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２２３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２２８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２３３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２３８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；または
配列番号２４３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２４８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２５０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域を含むものである、(IV-1)〜(IV-5)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-7)前記抗体が
配列番号２０２、２１２、２２２、２３２、または２４２の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖可変領域および／または
配列番号２０７、２１７、２２７、２３７、または２４７の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含むものである、(IV-1)〜(IV-6)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-8) 前記抗体が定常領域を含む、(IV-1)〜(IV-7)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-9) 前記抗体がキメラ抗体である、(IV-1)〜(IV-8)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-10) 前記抗体がヒト化抗体である、(IV-1)〜(IV-8)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-11) 前記抗体が配列番号２０１、２１１、２２１、２３１、または２４１の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖および／または配列番号２０６、２１６、２２６、２３６、または２４６の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖を含むものである、(IV-1)〜(IV-10)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-12)前記抗体が
配列番号２０１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２１１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２１６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２２１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２２６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２３１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２３６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；または
配列番号２４１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２４６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖
を含むものである、(IV-1)〜(IV-11)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-13) 前記抗体がＦｖ、ｓｃＦｖ、トリアボディー（Ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディー（Ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）、免疫グロブリン、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、ミニボディー（Ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ｓｃＦｖ−Ｆｃからなる群より選択される構造である、(IV-1)〜(IV-12)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-14) 前記抗体がＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＹ、およびＩｇＷからなる群より選択される、(IV-1)〜(IV-13)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-15) 前記抗体がＩｇＡであって、且つ分泌因子を有する、(IV-1)〜(IV-14)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-16) 前記抗体が医薬組成物の有効成分である、(IV-1)〜(IV-15)のいずれか１項に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-17) 前記医薬組成物が腸内疾患の治療または予防用である、上記(IV-16)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-18) 前記腸内疾患が腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患である、(IV-17)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-19) 前記腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患が炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、アレルギー、喘息、肥満、および自己免疫疾患からなる群より選択される、(IV-18)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-20) 前記抗体が経口または経腸組成物の有効成分である、(IV-1)〜(IV-19)のいずれか１項に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-21) 前記経口または経腸組成物が飲食品組成物または飼料組成物である(IV-20)記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-22) 前記経口または経腸組成物が腸内環境改善用、腸内環境最適化用、または腸内腐敗防止用である、(IV-20)または(IV-21)に記載のスクリーニング方法(IV)。
本発明のスクリーニング方法(IV)は、抗体をスクリーニングする方法であって、以下の態様を含む。
(IV-1) 抗体をスクリーニングする方法であって、ペプチド(I)に結合し、かつ配列番号１９３に示すアミノ酸配列からなるペプチドに結合しないことを基準に選択することを特徴とするスクリーニング方法(IV)。
(IV-2) 前記抗体が異なる２種類以上の腸内細菌に特異的に結合する、(IV-1)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-3) 前記抗体が異なる２種類以上の腸内細菌の成長を阻害する、(IV-1)または（IV-2）に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-4) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｂｌａｕｔｉａ属に属する細菌、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属に属する細菌、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属に属する細菌、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する細菌、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する細菌、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属に属する細菌、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ属に属する細菌
からなる群に属する細菌より選択される、(IV-2)または(IV-3)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-5) 前記異なる２種類以上の腸内細菌が
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、
Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、および
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｍｕｃｏｓｉｃｏｌａ
からなる群より選択される、(IV-3)または(IV-4)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-5)前記抗体が
配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３；ならびに／あるいは
配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および／または
配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
を含むものである、(IV-1)〜(IV-4)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-6)前記抗体が
配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２１３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２１５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２１８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２１９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２２３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２２５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２２８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２２９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２３３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２３５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２３８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２３９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；または
配列番号２４３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２４５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域、ならびに／あるいは
配列番号２４８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、
配列番号２４９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および
配列番号２５０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３
をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域を含むものである、(IV-1)〜(IV-5)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-7)前記抗体が
配列番号２０２、２１２、２２２、２３２、または２４２の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖可変領域および／または
配列番号２０７、２１７、２２７、２３７、または２４７の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含むものである、(IV-1)〜(IV-6)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-8) 前記抗体が定常領域を含む、(IV-1)〜(IV-7)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-9) 前記抗体がキメラ抗体である、(IV-1)〜(IV-8)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-10) 前記抗体がヒト化抗体である、(IV-1)〜(IV-8)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-11) 前記抗体が配列番号２０１、２１１、２２１、２３１、または２４１の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖および／または配列番号２０６、２１６、２２６、２３６、または２４６の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖を含むものである、(IV-1)〜(IV-10)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-12)前記抗体が
配列番号２０１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２１１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２１６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２２１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２２６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；
配列番号２３１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２３６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖；または
配列番号２４１に示すアミノ酸配列からなる重鎖および配列番号２４６に示すアミノ酸配列からなる軽鎖
を含むものである、(IV-1)〜(IV-11)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-13) 前記抗体がＦｖ、ｓｃＦｖ、トリアボディー（Ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディー（Ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）、免疫グロブリン、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、ミニボディー（Ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ｓｃＦｖ−Ｆｃからなる群より選択される構造である、(IV-1)〜(IV-12)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-14) 前記抗体がＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＹ、およびＩｇＷからなる群より選択される、(IV-1)〜(IV-13)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-15) 前記抗体がＩｇＡであって、且つ分泌因子を有する、(IV-1)〜(IV-14)のいずれかに記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-16) 前記抗体が医薬組成物の有効成分である、(IV-1)〜(IV-15)のいずれか１項に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-17) 前記医薬組成物が腸内疾患の治療または予防用である、上記(IV-16)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-18) 前記腸内疾患が腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患である、(IV-17)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-19) 前記腸内細菌の異常増殖または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患が炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、アレルギー、喘息、肥満、および自己免疫疾患からなる群より選択される、(IV-18)に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-20) 前記抗体が経口または経腸組成物の有効成分である、(IV-1)〜(IV-19)のいずれか１項に記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-21) 前記経口または経腸組成物が飲食品組成物または飼料組成物である(IV-20)記載のスクリーニング方法(IV)。
(IV-22) 前記経口または経腸組成物が腸内環境改善用、腸内環境最適化用、または腸内腐敗防止用である、(IV-20)または(IV-21)に記載のスクリーニング方法(IV)。
本発明のポリペプチドは、医薬組成物または経口組成物の有効成分となる抗体のスクリーニングまたは精製に有用である。
［ポリペプチド］
本発明のポリペプチド(I)は、配列番号１６９〜１８０のいずれかに示すアミノ酸配列を有する。
本発明のポリペプチド(I)は、配列番号１６９〜１８０のいずれかに示すアミノ酸配列を有する。
配列番号１６９〜１８０に示すアミノ酸配列からなるポリペプチドは、全て４アミノ酸からなるペプチド断片に相当する。よって、本発明のポリペプチド(I)は上記の４アミノ酸からなるペプチド断片さえ含んでいればよい。このような４アミノ酸からなるペプチド断片の本発明のポリペプチド(I)中の位置は、特に限定はされない。
例えば、立体構造的な観点から、上記４アミノ酸からなる（配列番号１６９〜１８０のいずれかに示すアミノ酸配列からなる。）ペプチド断片が、本発明のポリペプチド(I)の表面に露呈した状態で配置されていることが好ましい。このように配置されることを確認するには、本発明のポリペプチド(I)を結晶化してＸ線構造解析に供する方法、溶液のままＮＭＲに供するなどといった慣用のポリペプチドの立体構造を解析する方法により、容易に成し得ることができる。
本発明のポリペプチド(I)は、例えば、配列番号１〜１６８のいずれかに示すアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号１８１〜１９２のいずれかに示すアミノ酸配列からなるポリペプチドなどを挙げることができる。更に好ましくは、配列番号１８１〜１９２に示すアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本発明のポリペプチド(I)のＮ末端またはＣ末端には、アミノ酸残基またはペプチド残基を介して、ＢＳＡ（Ｂｏｖｉｎｅ ｓｅｒｕｍ ａｌｂｕｍｉｎ）、ＫＬＨ（Ｋｅｙｈｏｌｅ ｌｉｍｐｅｔ ｈｅｍｏｃｙａｎｉｎ）、ＯＶＡ（Ｏｖａｌｂｕｍｉｎ）、ＭＡＰ（Ｍｕｌｔｉｐｌｅ ａｎｔｉｇｅｎ ｐｅｐｔｉｄｅ）、ＨＳＡ（Ｈｕｍａｎ ｓｅｒｕｍ ａｌｂｕｍｉｎ）、ＴＧ（Ｔｈｒｏｇｌｏｂｕｌｉｎ）などのポリペプチドが更に結合してなるものとすることができる。好ましくはＢＳＡである。
上記のポリペプチド(I)と上述のＢＳＡなどのポリペプチドとの結合は、特に限定はされず、公知のタンパク質修飾用の架橋剤に用いられる基を介して結合する結合態様を挙げることができる。このような基として、マレイイミド基、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジル基、ｍーマレイミドベンゾイルーＮーヒドロキシスクシンイミジル基（ＭＢＳ基）などを挙げることができる。好ましくは、ＭＢＳ基である。
本発明のポリペプチド(I)の最も好ましい態様は、配列番号１９５に示すアミノ酸配列からなるペプチドである。
本発明のポリペプチド(I)には、後述する本発明のポリペプチド(I)が有する機能、効果などを減衰させない範囲に限り、適宜変異が施されてなるものとすることもできる。このような変異は、少なくとも上記４アミノ酸からなるペプチド断片以外のアミノ酸残基に対して施されることが好ましい。
具体的な変異導入の数は、特に限定はされない。通常は変異前のアミノ酸配列と８５％以上、好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上、最も好ましくは９９％以上の同一性を有する変異体となるような変異導入数とすることができる。なお、ここで言う同一性とは、上述の４アミノ酸からなるペプチド断片を除いて比較した結果を示す。
上記用語『同一性』とは、２以上の対比可能なアミノ酸配列または塩基配列の、お互いに対する同一のアミノ酸配列または塩基配列の程度をいう。従って、ある２つのアミノ酸配列または塩基配列の同一性が高いほど、それらの配列の同一性または類似性は高い。アミノ酸配列または塩基配列の同一性のレベルは、通常は、配列分析用ツールであるＦＡＳＴＡを用い、デフォルトパラメーターを用いて決定される。
若しくは、ＫａｒｌｉｎおよびＡｌｔｓｃｈｕｌによるアルゴリズムＢＬＡＳＴ（例えば、Ｋａｒｌｉｎ Ｓ，Ａｌｔｓｃｈｕｌ ＳＦ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．８７：２２６４−２２６８（１９９０）、Ｋａｒｌｉｎ Ｓ，Ａｌｔｓｃｈｕｌ ＳＦ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．９０：５８７３−７（１９９３）など）を用いて決定できる。このようなＢＬＡＳＴのアルゴリズムに基づいたＢＬＡＳＴＰやＢＬＡＳＴＸと呼ばれるプログラムが開発されている（例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ＳＦ，ＧｉｓｈＷ，Ｍｉｌｌｅｒ Ｗ，Ｍｙｅｒｓ ＥＷ，Ｌｉｐｍａｎ ＤＪ．Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−１０（１９９０）など）。これらの解析方法の具体的な手法は公知であり、ＮＣＢＩのウェブサイトなどを参照すればよい。
上述の変異導入とは、置換、欠失、挿入などを挙げることができる。具体的な変異導入については、公知の方法を採用することができ、特に限定はされない。例えば置換であれば保存的な置換技術を採用することができる。
用語『保存的な置換技術』とは、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基に置換される技術を意味する。
例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジンなどといった塩基性側鎖を有するアミノ酸残基同士で置換されることが保存的な置換技術にあたる。その他、アスパラギン酸、グルタミン酸などといった酸性側鎖を有するアミノ酸残基同士；グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システインなどといった非帯電性極性側鎖を有するアミノ酸残基同士；アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファンなどといった非極性側鎖を有するアミノ酸残基同士；スレオニン、バリン、イソロイシンなどといったβ−分枝側鎖を有するアミノ酸残基同士；チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジンなどといった芳香族側鎖を有するアミノ酸残基同士での置換も同様に保存的な置換技術にあたる。
本発明のポリペプチド(I)は、公知のペプチド合成方法によって製造することができる。例えばＦｍｏｃ、Ｂｏｃ保護基などを採用した固相合成法が挙げられる。また、合成する所望のポリペプチドが比較的長いアミノ酸配列からなる場合、インシリコで所望のポリペプチドをコードする塩基配列情報を入手し、これを有する核酸を合成し、斯かる核酸を組み換えタンパク質を製造するのに適した宿主細胞に導入して生合成し、必要に応じて精製工程に供して本発明のポリペプチド(I)を作製することもできる。なお、上記核酸も、公知の方法を用いることで、当業者であれば容易に製造することができる。
更に、本発明のポリペプチド(I)には、変異以外に修飾が施されてなるものとすることもできる。例えば、Ｎ末端の主鎖アミド基のアセチル化、メチル化、またはホルミル化、Ｎ末端の主鎖アミド基とミリスチン酸がエステル結合してなるミリストイル化、Ｎ末端の主鎖アミド基とＮ末端グルタミン酸残基の側鎖カルボキシル基が分子内縮合によりラクタム基を形成してなるピログルタミン酸化；Ｃ末端の主鎖カルボキシル基のアミド化；リジン残基の側鎖グアニジル基のメチル化、アセチル化、アシル化またはヒドロキシル化；システイン残基の側鎖チオール基同士によるジスルフィド結合の形成、プレニル化、またはパルミトイル化；セリン残基またはスレオニン残基の側鎖水酸基のリン酸化またはグリコシル化；チロシン残基の側鎖水酸基の硫酸化（スルホ基の付与）、リン酸化、またはポルフィリン化合物或いはリボフラビンの付与などを挙げることができる。
〔ポリペプチドの用途〕
本発明のポリペプチド(I)は、抗体のスクリーニングまたは精製のために好適に用いることができる。具体的なスクリーニング方法または精製方法は、特に限定はされない。
本発明のポリペプチド(I)は、抗体のスクリーニングまたは精製のために好適に用いることができる。具体的なスクリーニング方法または精製方法は、特に限定はされない。
このようなスクリーニング方法は、例えば、後述の〔スクリーニング方法〕を参照することで、容易に実施することができる。
また精製方法は、本発明のポリペプチド(I)を用いたアフィニティ精製法が挙げることができる。具体的には、本発明のポリペプチド(I)をセルロース、アガロースなどの当該分野で慣用される公知の樹脂に化学的に結合させたものを用いる方法を挙げることができる。目的物となる抗体を溶出する方法は特に限定されず、例えば酸を用いる方法を挙げることができる。
本発明のポリペプチド(I)によってスクリーニングまたは精製される抗体は、特に限定はされない。
具体的な抗体の一つの態様として、例えば、異なる２種類以上の腸内細菌に特異的に結合する抗体を挙げることができる。好ましくは、異なる２種類以上の腸内細菌の成長を阻害する抗体である。このような抗体が発揮する機能は、特許文献１に記載の方法を採用することによって確認することができる。
上記腸内細菌は生体内で腸内細菌叢を形成し、腸内免疫系の恒常性の維持に関与する細菌である限り特に限定はされない。
具体的な腸内細菌として、例えば
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｂｌａｕｔｉａ属に属する細菌、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属に属する細菌、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属に属する細菌、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する細菌、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する細菌、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ属に属する細菌
などを挙げることができ、これらの中の２種以上を適宜選択することができる。
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｂｌａｕｔｉａ属に属する細菌、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属に属する細菌、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属に属する細菌、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属に属する細菌、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する細菌、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する細菌、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属に属する細菌、
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ属に属する細菌
などを挙げることができ、これらの中の２種以上を適宜選択することができる。
より好ましくは、
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、
Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｍｕｃｏｓｉｃｏｌａ
などが挙げることができ、これらの中の２種以上を適宜選択することができる。
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、
Ｍｅｇａｍｏｎａｓ ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ、
Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、
Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、
Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｍｕｃｏｓｉｃｏｌａ
などが挙げることができ、これらの中の２種以上を適宜選択することができる。
上記抗体の具体的な他の態様として、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼに対して特異的に結合する抗体であることを挙げることができる。抗体が特異的に結合するアミノ酸配列またはその領域を、本明細書において、「結合エピトープ」または単に「エピトープ」と呼ぶことがある。
用語「特異的」とは、用語「選択的」とは区別される。すなわち、特異的に結合するとは、２以上の結合する可能性のある対象に対して、ある１つの対象に対して結合しやすい傾向であることを意味し、他の対象には結合しないことを意味するものではない。本発明で特定する「２種類以上の腸内細菌に特異的に結合する」とは、１種のみの腸内細菌に特異的に結合することを排除するものである。
上記抗体の結合エピトープとして、より具体的にはセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの１１番目から３３３番目のアミノ酸配列が挙げることができる。更に好ましくはセリンヒドロキシトランスフェラーゼの１１番目、２５番目、または２７番目のいずれかから、セリンヒドロキシトランスフェラーゼの３０番目、３７番目、４４番目、４５番目、２５０番目、または３３３番目のアミノ酸配列が挙げられる。好ましくは２５番目〜４５番目のアミノ酸配列であり、更に好ましくは２７〜３０番目のアミノ酸配列を結合エピトープとする抗体である。
これらのアミノ酸配列は、配列番号１、１３、２５、３７、４９、６１、７３、８５、９７、１０９、１２１、１３３、１４５、１５７、１６９、または１８１の何れかに示すアミノ酸配列に相当する。
また、ＥＥＨＩの中でも１番目のグルタミン酸残基が、アスパラギン残基、ロイシン残基、セリン残基、グルタミン残基、アルギニン残基、メチオニン残基、またはリジン残基の何れかに；２番目のグルタミン酸残基が、セリン残基、リジン残基、アスパラギン残基、アスパラギン酸残基、またはヒスチジン残基のいずれかに；３番目のヒスチジン残基が、アスパラギン残基、４番目のイソロイシン残基がロイシン残基に置換されたアミノ酸配列も、上記抗体のエピトープとすることができる。
このような置換後のアミノ酸配列は、配列番号２、１４、２６、３８、５０、６２、７４、８６、９８、１１０、１２２、１３４、１４６、１５８、１７０、または１８２番目の何れかに示すアミノ酸配列が相当する。ただし、ＥＥＨＩが、ＥＨＮＩあるいはＮＳＨＩに置換される場合を除く。
更に、上記アミノ酸配列に含まれるＥＥＨＩが、ＮＳＨＩ、ＮＳＮＩ、ＬＫＧＩ、ＳＳＶＩ、ＱＮＮＩ、ＲＤＴＬ、ＮＮＮＬ、ＭＨＳＩ、ＫＨＳＩ、またはＫＥＳＩに挙げられる他のアミノ酸配列に置換された上記アミノ酸配列も、上記抗体のエピトープとすることができる。
このような置換後のアミノ酸配列は、配列番号３〜１２、１５〜２４、２７〜３６、３９〜４８、５１〜６０、６３〜７２、７５〜８４、８７〜９６、９９〜１０８、１１１〜１２０、１２３〜１３２、１３５〜１４４、１４７〜１５６、１５９〜１６８、１７１〜１８０、または１８３〜１９２の何れかに示すアミノ酸配列が相当する。
上記セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼとは、特に限定はされない。
具体的なセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼとして、例えば、大腸菌に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼであれば、ＮＣＢＩのウェブサイトに収載される、ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ Ｎｏ．Ｊ０１６２０ Ｊ０１６２１；ＶＥＲＳＩＯＮ Ｊ０１６２０．１ ＧＩ：１４６２１６に示されるアミノ酸配列などを有するタンパク質を挙げることができる（配列番号１９４）。
このタンパク質は、Ｌ−セリンをＬーグリシンに、そして同時にテトラヒドロ葉酸を５，１０−メチレンテトラヒドロ葉酸に可逆的に変換する触媒作用を有する酵素で、大腸菌から哺乳動物に至るまで、アミノ酸配列が非常に保存された酵素である。
したがって、上記触媒作用を有する範囲において、大腸菌とホモログまたはオルソログと判断できる大腸菌以外の種に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのアミノ酸配列に基づいて、上記抗体の結合エピトープを適宜設定することができる。
このようなホモログまたはオルソログとして、例えば、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ（出芽酵母）、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｐｅ（分裂酵母）、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｕｌｖａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌｉａ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ ｂｖ． ＡｎｔｉｑｕｅＭ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｉｒｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓなどといった、腸内で生息可能な菌種に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼを挙げることができる。これらの菌種に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのアミノ酸配列は、上述のＮＣＢＩのウェブサイトから適宜入手することができる。
以下の表１に上記ホモログを含む各種生物に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのアミノ酸配列の比較を示す。
上記大腸菌由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２５番目〜３７番目のアミノ酸配列は、ＲＱＥＥＨＩＥＬＩＡＳＥＮ（配列番号：９７）である。ここで、出芽酵母に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼを、大腸菌に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのホモログとするのであれば、出芽酵母由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの５０番目〜６２番目のアミノ酸配列が、大腸菌に由来するセリンヒドロキシトランスフェラーゼの２５〜３７番目のアミノ酸配列に相当するので、ＲＱＫＨＳＩＴＬＩＰＳＥＮ（配列番号１９８）を上記抗体の結合エピトープとすることができる。
また、分裂酵母に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼを、大腸菌由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのホモログとするのであれば、分裂酵母由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの５１番目〜６３番目のアミノ酸配列が大腸菌由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２５〜３７番目のアミノ酸配列に相当するので、ＲＱＫＥＳＩＡＬＩＡＳＥＮ（配列番号１９９）を上記抗体の結合エピトープとすることができる。
なお、大腸菌由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのホモログを上記抗体の結合エピトープとする場合、大腸菌由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２７番目〜３０番目に位置する４つのアミノ酸配列を、ＥＥＨＩに置換してなるアミノ酸配列を、上記抗体の結合エピトープとすることもできる。
例えば、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼホモログとして配列番号１９８に示す出芽酵母に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼを選択した場合、出芽酵母由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの５２番目〜５５番目のＫＨＳＩからなる４つのアミノ酸配列が大腸菌に由来するセリンヒドロキシトランスフェラーゼの２７番目〜３０番目のＥＥＨＩに相当するので、ＲＱＥＥＨＩＴＬＩＰＳＥＮ（配列番号２００）を上記抗体の結合エピトープとすることもできる。
上記抗体の他の態様として、重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を有する態様の抗体を挙げることができる。中でも、定常領域を含む、重鎖および／または軽鎖を有する態様の抗体がより好ましい。更に好ましくは、重鎖および軽鎖を有する態様の抗体である。
上述の可変領域の中には、より抗原を認識する部位として特定される、それぞれＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と呼ばれる部位をアミノ末端から順に有する。なお、これらのＣＤＲ１〜３は、より詳細には、それぞれ重鎖ＣＤＲ１、重鎖ＣＤＲ２、および重鎖ＣＤＲ３；ならびに軽鎖ＣＤＲ１、軽鎖ＣＤＲ２、および軽鎖ＣＤＲ３とも呼ばれる。
そして、重鎖および軽鎖のＣＤＲ１〜３以外の領域は、アミノ末端から順に、それぞれ重鎖ＦＲ１、重鎖ＦＲ２、重鎖ＦＲ３、および重鎖ＦＲ４；ならびに軽鎖ＦＲ１、軽鎖ＦＲ２、軽鎖ＦＲ３、軽鎖ＦＲ４と呼ばれる。
上記抗体における可変領域には、上述のような重鎖可変領域および軽鎖可変領域にそれぞれＣＤＲ１〜３の全てを必ずしも含んでいる必要はなく、ＣＤＲ１〜３のうちの少なくとも１つのＣＤＲを含む態様とすることができる。中でもＣＤＲ３を含んでいることが好ましい。
このような、重鎖ＣＤＲ１〜３および軽鎖ＣＤＲ１〜３を構成するポリペプチドのアミノ酸配列は、特に限定はされない。
具体的には、
重鎖ＣＤＲ１として、配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列など；
重鎖ＣＤＲ２として、配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列など；
重鎖ＣＤＲ３として、配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列など；
軽鎖ＣＤＲ１として、配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列など；
軽鎖ＣＤＲ２として、配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列など；
軽鎖ＣＤＲ３として、配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列などが挙げられる。
重鎖ＣＤＲ１として、配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列など；
重鎖ＣＤＲ２として、配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列など；
重鎖ＣＤＲ３として、配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列など；
軽鎖ＣＤＲ１として、配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列など；
軽鎖ＣＤＲ２として、配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列など；
軽鎖ＣＤＲ３として、配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列などが挙げられる。
上記抗体の重鎖可変領域は特に限定はされない。
具体的には、例えば重鎖ＣＤＲ１〜３を含む態様の重鎖可変領域であれば、上述の
配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列からなる、重鎖ＣＤＲ１；
配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列からなる、重鎖ＣＤＲ２；および
配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列からなる、重鎖ＣＤＲ３
が、アミノ末端から順に含まれている重鎖可変領域を挙げることができる。
配列番号２０３、２１３、２２３、２３３、または２４３の何れかに示すアミノ酸配列からなる、重鎖ＣＤＲ１；
配列番号２０４、２１４、２２４、２３４、または２４４の何れかに示すアミノ酸配列からなる、重鎖ＣＤＲ２；および
配列番号２０５、２１５、２２５、２３５、または２４５の何れかに示すアミノ酸配列からなる、重鎖ＣＤＲ３
が、アミノ末端から順に含まれている重鎖可変領域を挙げることができる。
また、上記抗体の軽鎖可変領域も特に限定はされない。
具体的には、例えば軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む態様の軽鎖可変領域であれば、上述の
配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列からなる、軽鎖ＣＤＲ１；
配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列からなる、軽鎖ＣＤＲ２；および
配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列からなる、軽鎖ＣＤＲ３
が、アミノ末端から順に含まれている軽鎖可変領域を挙げることができる。
配列番号２０８、２１８、２２８、２３８、または２４８の何れかに示すアミノ酸配列からなる、軽鎖ＣＤＲ１；
配列番号２０９、２１９、２２９、２３９、または２４９の何れかに示すアミノ酸配列からなる、軽鎖ＣＤＲ２；および
配列番号２１０、２２０、２３０、２４０、または２５０の何れかに示すアミノ酸配列からなる、軽鎖ＣＤＲ３
が、アミノ末端から順に含まれている軽鎖可変領域を挙げることができる。
より好ましい重鎖ＣＤＲ１〜３を含む態様の重鎖可変領域としては、
配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域；
配列番号２１３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２１５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域；
配列番号２２３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２２４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２２５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域；
配列番号２３３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２３４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２３５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域；または
配列番号２４３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２４４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２４５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域
を挙げることができる。
配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域；
配列番号２１３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２１５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域；
配列番号２２３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２２４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２２５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域；
配列番号２３３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２３４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２３５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域；または
配列番号２４３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２４４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２４５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域
を挙げることができる。
さらに好ましくは、配列番号２０３に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０４に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ２、および配列番号２０５に示すアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む重鎖可変領域を挙げることができる。
また、より好ましい軽鎖ＣＤＲ１〜３を含む態様の軽鎖可変領域としては、
配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノＮ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２１８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２１９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２２０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２２８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２２９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２３０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２３８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２３９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２４０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；または
配列番号２４８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２４９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２５０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域
を挙げることができる。
配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノＮ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２１８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２１９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２２０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２２８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２２９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２３０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；
配列番号２３８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２３９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２４０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域；または
配列番号２４８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２４９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２５０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域
を挙げることができる。
さらに好ましくは、配列番号２０８に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２０９に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ２、および配列番号２１０に示すアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ３をアミノ末端から順に含む軽鎖可変領域を挙げることができる。
上述の重鎖可変領域の中でもさらに好ましい態様として、配列番号２０２、２１２、２２２、２３２、または２４２の何れかに示すアミノ酸配列からなる重鎖可変領域であり、最も好ましくは配列番号２０２に示すアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を挙げることができる。
また、上述の軽鎖可変領域の中でもさらに好ましいのは、配列番号２０７、２１７、２２７、２３７、または２４７の何れかに示すアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域であり、最も好ましくは配列番号２０７に示すアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を挙げることができる。
上記抗体は、重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を適宜組み合わせた構造の態様とすることもできる。このような態様の抗体として、例えば、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、トリアボディー（Ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディー（Ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）などと呼ばれる構造を有する抗体が挙げられる。また、ディアボディー（Ｄｉａｂｏｄｙ）、ｓｃＤｂ、タンデムｓｃＦｖ、ｄｓＦｖ−ｄｓＦｖなどと呼ばれる二重特異性を発揮する構造の抗体を挙げることができる。
上記抗体のさらに好ましい態様として、上述のような重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域と、さらに定常領域とを有する重鎖および／または軽鎖を含む態様の抗体を挙げることができる。
定常領域とは、通常イムノグロブリンにて特定されるＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３の各ドメインを含む重鎖定常領域、ＣＬドメインを含む軽鎖定常領域が挙げられる。
しかしながら、上記抗体にて含み得る定常領域とは、イムノグロブリンの場合に詳述した重鎖定常領域または軽鎖定常領域の全てを含む必要はなく、これらのうちの一部のドメインを含む場合も定常領域とすることができる。
具体的な重鎖および／または軽鎖を含む態様の抗体として、例えば、配列番号２０１、２１１、２２１、２３１、または２４１の何れかに示すアミノ酸配列を含む重鎖および／または配列番号２０６、２１６、２２６、２３６、または２４６の何れかに示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体を挙げることができる。
より好ましくは、配列番号２０１、２１１、２２１、２３１、または２４１の何れかに示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２０６、２１６、２２６、２３６、または２４６の何れかに示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体を挙げることができる。
さらに好ましい態様として、
配列番号２０１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体；
配列番号２１１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２１６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体；
配列番号２２１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２２６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体；
配列番号２３１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２３６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体；または
配列番号２４１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２４６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体を挙げることができる。
配列番号２０１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体；
配列番号２１１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２１６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体；
配列番号２２１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２２６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体；
配列番号２３１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２３６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体；または
配列番号２４１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２４６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体を挙げることができる。
より好ましくは、配列番号２０１に示すアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２０６に示すアミノ酸配列を含む軽鎖を有する抗体を挙げることができる。
具体的な上記抗体の構造は特に限定はされない。このような定常領域を有する抗体として、例えば免疫グロブリンのみならず、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、ミニボディー（Ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ｓｃＦｖ−Ｆｃなどの構造を有する抗体を挙げることができる。さらに、ｓｃＦｖ−Ｆｃ、ｓｃＦｖ−Ｆｃ−ｓｃＦｖ、ｓｃＤｂ−Ｆｃといった二重特異性を有する多価化抗体の構造を有する抗体も挙げることができる。好ましくは、免疫グロブリンの構造を有する抗体である。
具体的な免疫グロブリンの種類は特に限定されない。このような免疫グロブリンとして、例えば、ＩｇＡ（ＩｇＡ１またはＩｇＡ２を含む。）、ＩｇＤ、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２〔ＩｇＧ２ａまたはＩｇＧ２ｂ〕、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４を含む。）、ＩｇＭ、ＩｇＹ、ＩｇＷ（ＩｇＷ１またはＩｇＷ２を含む。）などを挙げることができる。好ましくは、ＩｇＡである。
上記抗体がＩｇＡの構造を有する場合、Ｊ鎖とそれぞれの重鎖を介してホモ２量体を形成してなる構造とすることが好ましい。
上記Ｊ鎖とは、抗原認識部位を有さないアミノ酸配列を含むペプチドであり、上記の重鎖とも軽鎖とも異なるアミノ酸配列を有するペプチドである。当該アミノ酸配列として、具体的には、マウス由来であれば、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）ウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）に収載される、ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ Ｎｏ．ＡＡＡ３８６７３；ＶＥＲＳＩＯＮ ＡＡＡ３８６７３．１ ＧＩ：１９６３７９に示されるアミノ酸配列などが挙げられ、ヒト由来であれば、同じくＮＣＢＩウェブサイトに収載される、ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ Ｎｏ．ＮＰ＿６５３２４７；ＶＥＲＳＩＯＮ ＮＰ＿６５３２４７．１ ＧＩ：２１４８９９５９に示されるアミノ酸配列などが挙げられる。
上記抗体がＩｇＡの構造を有し、且つ、Ｊ鎖を介してホモ２量体を形成する場合、更に分泌因子を含んでなるものとすることもできる。分泌因子とは、上述のＪ鎖と同様に抗原認識部位を有さないアミノ酸配列を含むペプチドであり、通常は糖鎖が修飾されてなる、上記の重鎖とも軽鎖とも異なるアミノ酸配列を有するペプチドである。
当該分泌因子のアミノ酸配列として、例えばマウス由来であれば、ＮＣＢＩのウェブサイトに収載される、ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ Ｎｏ．Ｏ７０５７０；ＶＥＲＳＩＯＮ Ｏ７０５７０．１ ＧＩ：６２２５８５６に示されるポリイムノグロブリンレセプターのアミノ酸配列などのうちの、細胞外ドメインに相当するアミノ酸配列などが挙げられる。上記の例であれば、１９〜６３８番目のアミノ酸配列が分泌因子に相当する。
例えばヒト由来であれば、同じくＮＣＢＩウェブサイトに収載される、ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ Ｎｏ．Ｐ０１８３３；ＶＥＲＳＩＯＮ Ｐ０１８３３．４ ＧＩ：１５０４２１６２５に示されるポリイムノグロブリンレセプターのアミノ酸配列のうちの、細胞外ドメインに相当するアミノ酸配列などが挙げられる。上記の例であれば、１９〜６４５番目のアミノ酸配列が分泌因子に相当する。
上述する抗体を定義するアミノ酸配列には、適宜変異が施されてなるものとすることもできる。具体的には、上記の本発明のポリペプチド(I)にて詳述した手段を適宜改変することができる。
上記抗体の具体的な他の態様として、医薬組成物の有効成分となる抗体を挙げることができる。具体的な医薬組成物の対象疾患は特に限定はされない。例えば、対象疾患として腸内疾患を挙げることができる。
具体的な腸内疾患は特に限定されない。例えば、腸内疾患として、腸内細菌の異常増殖および／または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患を挙げることができる。
具体的な腸内細菌の異常増殖とは特に限定はされない。例えば、腸管内に生息する細菌数が異常に増加する状態をを挙げることができる。
具体的に腸内細菌叢の病的変化とは、特に限定はされない。例えば、腸内細菌叢を構成する腸内細菌の種類と、それぞれの腸内細菌の割合が変化することで、腸内細菌と宿主との間の共生関係の恒常性保持に異常をきたす状態となることをを挙げることができる。なお、腸内細菌とは上述の通りとすればよい。
具体的な腸内細菌の異常増殖および／または腸内細菌叢の病的変化により発症する疾患として、例えば、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、アレルギー、喘息、肥満、自己免疫疾患などを挙げることができる。
上記、本発明のポリペプチド(I)によってスクリーニングまたは精製される抗体は、経口または経腸組成物の有効成分とすることもできる。
具体的な経口または経腸組成物は特に限定はされない。例えば、経口または経腸組成物は飲食品組成物または飼料組成物を挙げることができる。
具体的な飲食品組成物または飼料組成物は特に限定はされない。例えば、飲食品組成物または飼料組成物は、腸内環境改善用、腸内環境最適化用、または腸内腐敗防止用に好ましく用いることができる。
〔抗体〕
本発明の抗体は、配列番号１〜１９２または１９５のいずれかに示すアミノ酸配列を有するポリペプチドに特異的に結合する。
本発明の抗体は、配列番号１〜１９２または１９５のいずれかに示すアミノ酸配列を有するポリペプチドに特異的に結合する。
このような抗体は、本発明のポリペプチド(I)による精製方法またはスクリーニング方法の対象とする抗体として詳述したものとすることができる。
〔抗体のスクリーニング方法〕
本発明の抗体のスクリーニング方法は、配列番号１〜１９２のいずれかに示すアミノ酸配列に結合し、配列番号１９３に結合しないことを基準に選択することを特徴とする方法である。
本発明の抗体のスクリーニング方法は、配列番号１〜１９２のいずれかに示すアミノ酸配列に結合し、配列番号１９３に結合しないことを基準に選択することを特徴とする方法である。
具体的なスクリーニング方法は、特に限定はされないが、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、セルソーティングなどといった慣用の免疫学的測定法を採用し、上記基準を基に抗体を選択することによって実施できる。
具体的に、本発明のスクリーニング方法によって得られる抗体は、上述の通りである。
以下に、本発明をさらに説明する。但し、本発明が以下に示す実施例に限定されないのは言うまでもない。
特許文献１に記載の方法によって得られたＩｇＡであるＷ２抗体およびＷ２７抗体を用いた各種実験を行った。
＜実験例１＞
特許文献１には、Ｗ２抗体はマウスに経口投与しても腸内細菌叢の変化を誘導することができないことが実証されているのに対して、Ｗ２７抗体は腸内細菌叢の変化を誘導できることが実証されている。これに基づいて、引用文献１ではＷ２７抗体が腸内疾患の治療のために用いられる医薬組成物の有効成分とできることが示されている。
特許文献１には、Ｗ２抗体はマウスに経口投与しても腸内細菌叢の変化を誘導することができないことが実証されているのに対して、Ｗ２７抗体は腸内細菌叢の変化を誘導できることが実証されている。これに基づいて、引用文献１ではＷ２７抗体が腸内疾患の治療のために用いられる医薬組成物の有効成分とできることが示されている。
なお、Ｗ２７抗体と同様にＷ３０抗体、Ｗ３４抗体、Ｗ４３抗体、およびＷ１１抗体も２種類以上の腸内細菌に結合できることが明らかになっている。このような増殖抑制が期待される腸内細菌として、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｒ．ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｃ．ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓ．ｐｏｍｐｅなどを挙げることができる。
一方で、腸内細菌のなかでも、いわゆる善玉菌として知られるＬ．ｃａｓｅｉには、Ｗ２７をはじめとする各種抗体は非特異的な弱い結合がＥＬＩＳＡやＦＡＣＳで見られるが、ウエスタン解析でＬ． ｃａｓｅｉ由来の蛋白質を特異的に認識しないことが明らかとなっており、斯かる菌体への増殖抑制効果は期待できないことも知られている。
Ｗ２７抗体、Ｗ３０抗体、Ｗ３４抗体、Ｗ４３抗体、およびＷ１１抗体のアミノ酸配列は以下の表２に示すとおりである。
そこで、Ｗ２７をはじめとする腸内疾患の治療のために用いられる医薬組成物の有効成分となり得る抗体のエピトープを検討するために、以下の表３に示すアミノ酸配列を有する３種類のペプチドを合成した。
ＳＨＭＴ−Ｐ１−ＢＳＡ（配列番号１９５）、ＳＨＭＴ−Ｐ２−ＢＳＡ（配列番号１９６）、およびＳＨＭＴ−Ｐ３−ＢＳＡ（配列番号１９７）のＣ末端のシステイン残基側鎖のチオール基は、それぞれＢＳＡ（Ｂｏｖｉｎｅ ｓｅｒｕｍ ａｌｂｕｍｉｎ）とｍーマレイミドベンゾイルーＮーヒドロキシスクシンイミジル基を介して結合している。
ＳＨＭＴ−１−ＢＳＡのＮ末端のアルギニン残基は、大腸菌に由来するセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２５番目のアミノ酸残基に相当し、ＢＳＡに隣接するシステイン残基の隣に位置するグルタミン残基はセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの４５番目のアミノ酸残基に相当する。なお、システイン残基は、ＳＨＭＴ−１にＢＳＡを結合させるために導入したアミノ酸残基である。
＜実験＞
上記の３種類の合成ペプチドをＥＬＩＳＡ測定用プレートの各ウェルに固相化し、上述の本発明のＩｇＡ抗体に相当し大腸菌生育阻害活性を有するＷ２７抗体と、大腸菌の生育阻害活性を有さないＷ２抗体をそれぞれ所定濃度でこれらのウェルに添加した。
上記の３種類の合成ペプチドをＥＬＩＳＡ測定用プレートの各ウェルに固相化し、上述の本発明のＩｇＡ抗体に相当し大腸菌生育阻害活性を有するＷ２７抗体と、大腸菌の生育阻害活性を有さないＷ２抗体をそれぞれ所定濃度でこれらのウェルに添加した。
次いで、これらのウェルを適宜ブロッキングおよび洗浄処理した後に、アルカリホスファターゼ標識（酵素標識）されたＩｇＡ抗体に特異的な抗体をウェルに加え、最後に斯かる酵素の基質をウェルに添加して基質反応後の吸光度を測定した。
＜結果＞
図１に示すように、Ｗ２７抗体はＳＨＭＴ−１−ＢＳＡに結合するものの、Ｗ２抗体はＳＨＭＴ−１−ＢＳＡには結合しないことが明らかとなった。なお、ＳＨＭＴ−２−ＢＳＡおよびＳＨＭＴ−３−ＢＳＡには、Ｗ２抗体もＷ２７抗体も共に結合しないことも明らかとなった。
図１に示すように、Ｗ２７抗体はＳＨＭＴ−１−ＢＳＡに結合するものの、Ｗ２抗体はＳＨＭＴ−１−ＢＳＡには結合しないことが明らかとなった。なお、ＳＨＭＴ−２−ＢＳＡおよびＳＨＭＴ−３−ＢＳＡには、Ｗ２抗体もＷ２７抗体も共に結合しないことも明らかとなった。
ＳＨＭＴ−Ｐ１−ＢＳＡとＳＨＭＴ−Ｐ２−ＢＳＡおよびＳＨＭＴ−Ｐ３−ＢＳＡとのアミノ酸配列の違いは、ＳＨＭＴ−Ｐ１−ＢＳＡが、そのＮ末端領域にアミノ酸配列：ＲＱＥＥＨＩＥＬＩＡＳＥＮ（配列番号９７）を有するところである。また、上述のようにＷ２抗体とＷ２７抗体の違いは、インビボで腸内細菌の増殖を抑制できるかどうかである。
したがって、アミノ酸配列：ＲＱＥＥＨＩＥＬＩＡＳＥＮ（配列番号９７）を有するポリペプチドは、Ｗ２７抗体が有するような生理活性を有する抗体をスクリーニングまたは精製する際に有用であることが示唆される。
＜実験例２＞
上記実験例１にて明らかとなった配列番号９７に示すアミノ酸配列内のＷ２７抗体のエピトープをより詳細に検討するための実験を行った。
上記実験例１にて明らかとなった配列番号９７に示すアミノ酸配列内のＷ２７抗体のエピトープをより詳細に検討するための実験を行った。
上述のように、Ｗ２７抗体はＬ．ｃａｓｅｉには結合しないことが明らかとなっている。上記表１に示すようにＬ．ｃａｓｅｉ由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２２番目〜２５番目のＥＨＮＩは、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２７番目〜３０番目のＥＥＨＩ（配列番号１６９）に相当する。
そこで、Ｌ．ｃａｓｅｉ由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２２番目〜２５番目のＥＨＮＩをＥＥＨＩに置換した変異体（Ｃ末端にはｍｙｃタグを付加した。）を２９３Ｔ細胞を用いて作製し、Ｗ２７抗体を用いてウエスタンブロッティングに供した。また、逆にＥ．ｃｏｌｉ由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２７番目〜３０番目のＥＥＨＩをＥＨＮＩに置換した変異体（Ｃ末端にはｍｙｃタグを付加した。）変異体も作製し、ウェスタンブロッティングに供した。結果を図２に示す。
この結果、Ｗ２７抗体は野生型のＥ．ｃｏｌｉ由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼを認識したにもかかわらず、ＥＥＨＩをＥＨＮＩに置換した変異体は認識しなかった。逆に、Ｗ２７抗体は野生型のＬ．ｃａｓｅｉ由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼを認識しないにもかかわらず、ＥＨＮＩをＥＥＨＩに置換した変異体は認識した。
この結果から、Ｗ２７抗体はＥＥＨＩ（配列番号１６９）に示すアミノ酸配列、すなわちＥ．ｃｏｌｉ由来のセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの２７番目〜３０番目のアミノ酸配列をエピトープとすることが強く示唆された。
＜実験例３＞
Ｗ２７抗体を精製工程に供した。Ｗ２７抗体を産生するハイブリドーマの培養上清を回収し、これに飽和硫酸アンモニウム溶液を等量混和することにより塩析精製に供した。次いで、これによって得られた粗精製物をゲル濾過精製またはアフィニティー精製に供した。
Ｗ２７抗体を精製工程に供した。Ｗ２７抗体を産生するハイブリドーマの培養上清を回収し、これに飽和硫酸アンモニウム溶液を等量混和することにより塩析精製に供した。次いで、これによって得られた粗精製物をゲル濾過精製またはアフィニティー精製に供した。
通常は、ＩｇＧを精製するにプロテインＧ、プロテインＡ、プロテインＬなどの工程の定常領域に親和性を有するタンパク質を用いたアフィニティ精製を採用されるが、Ｗ２７抗体はＩｇＡでありこれらのタンパク質との親和性は極めて低いために、通常に用いられる方法を採用しがたい。
そこで、Ｗ２７抗体は２量体のＩｇＡでありおおよそ３６０ｋＤａの分子量であるため、１６／６０ ＳｅｐｈａｃｒｙｌＴＭ Ｓ−３００ ＨＲ（ＧＥ ヘルスケア）を用いたゲル濾過精製を採用した。なお、アフィニティ精製には、上記ＳＨＭＴ−Ｐ１−ＢＳＡをセファロースレジン（ＨｉＴｒａｐ ＮＨＳ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ ＨＰ Ｃｏｌｕｍｎ：ＧＥ ヘルスケア）に結合させたものを作製して精製を行った。なお、溶出条件はｐＨ２．５の０．１ Ｍ グリシンバッファーを用いた。溶出後のサンプルには、直ちにｐＨ９．０のＴｒｉｓバッファーを加えて処理した。
これらの各種精製法にて得られたサンプルを非還元ＳＤＳ−ＰＡＧＥに供した結果を図３に示す。
硫酸アンモニウムを用いた精製した粗精製物のバンドは幾つかのメジャーバンドが呈されているのに対して、アフィニティー精製後のサンプルおよびゲル濾過後のサンプルでは、ほぼ同様のパターンにて２５０ｋＤａ以上にバンドを確認することができた。
＜実施例４＞
これらの精製後のサンプルを大腸菌の生育抑制実験に供した。比較例として、ＰＢＳおよびマウスＩｇＡ（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）を用いた。なお、マウスＩｇＡの市販品には防腐剤としてアジ化ナトリウムが含まれているため、これを除去するためにゲル濾過カラム（ＰＤー１０）に供した後に使用した。
これらの精製後のサンプルを大腸菌の生育抑制実験に供した。比較例として、ＰＢＳおよびマウスＩｇＡ（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）を用いた。なお、マウスＩｇＡの市販品には防腐剤としてアジ化ナトリウムが含まれているため、これを除去するためにゲル濾過カラム（ＰＤー１０）に供した後に使用した。
Ｂｒａｉｎ Ｈｅａｒｔ Ｉｎｆｕｓｉｏｎ Ｂｒｏｔｈ（Ｆｌｕｋａ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ）を用い、３７℃で一晩培養した大腸菌株（ＤＨ５α）を２００〜３００細胞程度準備し、これを５μＬのＰＢＳに懸濁した。
次いで、上記の精製抗体、ＰＢＳ、および処理後のマウス由来ＩｇＡをそれぞれ２５μＬずつ加え、３７℃で３時間インキュベートした。さらに、Ｂｒａｉｎ Ｈｅａｒｔ Ｉｎｆｕｓｉｏｎ Ｂｒｏｔｈを１５μＬずつ加え、７時間インキュベートした。
その後、菌体を回収し、菌体内のＤＮＡを単離した。単離したＤＮＡを定量ＰＣＲ法に供し、７時間のインキュベーション後の細胞数を測定した。具体的には、ＫＡＰＡ ＳＹＢＲ（登録商標） ＦＡＳＴ ｑＰＣＲ Ｋｉｔ Ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ ｆｏｒ ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）４８０ （ＫＡＰＡＢＩＯＳＹＳＴＥＭＳ）を用いた。ＰＣＲ反応に用いたプライマーの塩基配列は以下のとおりである。
Ｆ：５’−ＡＣＣＴＴＣＧＧＧＣＣＴＣＴＴＧＣＣ−３’（配列番号２５１）
Ｒ：５’−ＴＴＣＣＴＣＣＣＣＧＣＴＧＡＡＡＧＴＡＣ−３’（配列番号２５２）
結果を図４に示す。コントロールのＰＢＳおよびマウスＩｇＡと比べ、アフィニティー精製を行って得られたサンプルは顕著に大腸菌の生育を阻害したものの、ゲル濾過精製を行って得られたサンプルではコントロールとほぼ同数の大腸菌数が測定され、生育阻害は全く示さなかった。
Ｒ：５’−ＴＴＣＣＴＣＣＣＣＧＣＴＧＡＡＡＧＴＡＣ−３’（配列番号２５２）
結果を図４に示す。コントロールのＰＢＳおよびマウスＩｇＡと比べ、アフィニティー精製を行って得られたサンプルは顕著に大腸菌の生育を阻害したものの、ゲル濾過精製を行って得られたサンプルではコントロールとほぼ同数の大腸菌数が測定され、生育阻害は全く示さなかった。
図３に示す結果では、塩析による粗精製物のゲル濾過精製物は、同じく粗精製物を更にアフィニティ―精製に供した後の精製物とほぼ同様のバンドパターンであったにもかかわらず、大腸菌阻害活性を全く示さない結果が明らかとなった。このことは、種々の抗体の精製手段のなかでもアフィニティー精製を行うことが重要であることを示唆している。特に、本実施例にて用いた配列番号１９５番目のアミノ酸配列からなるペプチドが顕著に優れた大腸菌への生育阻害活性を発揮する抗体を精製することに有用であることを示した。
Claims (9)
- 配列番号１６９〜１８０のいずれかに示すアミノ酸配列を有するポリペプチド。
- 配列番号１６９〜１８０のいずれかに示すアミノ酸配列からなるペプチドを表面に露呈した状態で有することを特徴とする、請求項１に記載のポリペプチド。
- 配列番号１〜１６８および配列番号１８１〜１９２からなる群より選択されるいずれかのアミノ酸配列からなる、ポリペプチド。
- 配列番号１６９〜１８０のいずれかに示すアミノ酸配列からなるペプチドを表面に露呈した状態で有することを特徴とする、請求項３に記載のポリペプチド。
- 請求項１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に、アミノ酸残基またはペプチド残基を介して、ＢＳＡ、ＫＬＨ、ＯＶＡ、ＭＡＰ、ＨＳＡ、およびＴＧからなる群より選択されるポリペプチドが結合してなる、ポリペプチド。
- 配列番号１９５に示すアミノ酸配列からなるポリペプチド。
- 抗体のスクリーニングまたは精製のために用いられる、請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリペプチド。
- 請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体。
- 抗体をスクリーニングする方法であって、請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリペプチドに結合し、かつ配列番号１９３に示すアミノ酸配列からなるポリペプチドに結合しないことを基準に選択することを特徴とするスクリーニング方法。
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