JP2017512304A - バイオマーカーシグネチャー法ならびにそのための装置およびキット - Google Patents

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Abstract

本発明は、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または生物学的対象における少なくとも１つの状態の予後において使用するための指標を導出するための方法、キット、および装置、ならびにそれに関連する試薬および組成物を開示する。また、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または生物学的対象における少なくとも１つの状態の予後において使用するためのバイオマーカーシグネチャーも開示される。本発明はさらに、バイオマーカーシグネチャーにおいて使用するためのバイオマーカーを同定するための、方法、キットおよび装置、ならびにそれに関連する試薬および組成物を開示する。

Description

発明の背景
本出願は、２０１４年２月６日に出願された「バイオマーカーシグネチャー法ならびにそのための装置およびキット」という名称のオーストリア仮出願第２０１４９００３６３号に対する優先権を主張するものであり、その全内容は引用することにより本明細書の開示の範囲とされる。
背景技術
本発明は、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または生物学的対象における少なくとも１つの状態の予後において使用するための指標を導出するための方法、キット、および装置、ならびにそれに関連する試薬および組成物、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または生物学的対象における少なくとも１つの状態の予後において使用するためのバイオマーカーシグネチャー、ならびにバイオマーカーシグネチャーにおいて使用するためのバイオマーカーを同定するための、方法、キットおよび装置、ならびにそれに関連する試薬および組成物に関する。
従来技術の説明
本明細書におけるいずれの事前掲載（もしくはそれから導き出される情報）、または既知の事項に対する参照も、事前掲載（もしくはそれから導き出される情報）または既知の事項が、本明細書が関連する努力分野における共通の一般知識の一部を形成することの承認または容認または何らかの形の示唆とは見なされず、または見なされるべきでない。
診断目的での遺伝子発現産物の分析は公知である。このような分析は、異なる条件間の識別において使用するためのシグネチャーの作成に使用可能な１以上の遺伝子の同定を必要とする。しかしながら、このような同定は多くの遺伝子発現産物の分析を必要とする場合があり、それらは数学的に複雑で、計算コストが高く、従って、困難であり得る。バイオマーカー発見プロセスの大部分は適切な重要性を持ち得るデータのサブセットを同定することに費やされ、それから、診断的または予後的使用のためのモデルを作るためにこれらの値の組合せを用いてシグネチャーが導き出される。
ＷＯ２００４／０４４２３６には、対象の現状を決定する方法が記載されている。特に、これは、いくつかのパラメーターのそれぞれに対する個々の値を含む対象データを得ることによって達成され、これらのパラメーター値は、対象のその時の生物学的現状を示す。これらの対象のデータが、パラメーターの少なくとも一部に関する値およびその状態の兆候を含む所定のデータと比較される。その後、対象の現状、特に、１以上の状態の存在および／または不在が比較の結果に従って決定され得る。
ＵＳ２０１０／００２８８７６には、癌細胞種を含む細胞種間の識別を行うことにより、癌細胞または組織サンプルなどの細胞または組織サンプルからの遺伝子発現データの比に基づいて生物学的現状または状態を診断するための方法が記載されている。本発明は、正常および癌性の肺細胞および組織で示差的に発現されてこれらの細胞および組織の識別を可能とする遺伝子のセットを提供する。このような細胞分化は、癌および癌のタイプを診断する上で重要である。これらの遺伝子セットは、アップレギュレーションまたはダウンレギュレーションの程度（変化倍率）によって同定される。これらの遺伝子セットは、正常細胞または組織と悪性細胞または組織、および悪性細胞または組織の種別間を識別するために使用することができる。よって、腫瘍の分類、腫瘍転帰の予測、処置計画の選択および監視、ならびに腫瘍進行／退縮の監視のための診断アッセイも提供される。
しかしながら、バイオマーカー同定のための従来の方法およびバイオマーカーの従来の組合せは、比較的多数のバイオマーカーを用い、このため検査の実施には費用が高くつき、実施上のそれらの使用は限定される。加えて、従来技術には免疫系バイオマーカー比の使用も、免疫系により媒介される医学的状態の存在、不在、程度または予後を決定する上で有用な免疫系バイオマーカー比の最小セットを同定する方法も記載されていない。
１つの広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在(presence)、不在(absence)、程度(degree)または予後(prognosis)を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）バイオマーカー値のペアを決定すること、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す；
ｂ）前記バイオマーカー値を用いて導出バイオマーカー値を決定すること、導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカー対の濃度比を示す；および
ｃ）前記導出バイオマーカー値を用いて指標を決定すること
を含む方法を提供しようとするものである。
典型的には、本方法は、
ａ）バイオマーカー値の第１のペアを用いて第１の導出バイオマーカー値を決定すること、第１の導出バイオマーカー値は第１の免疫系バイオマーカーと第２の免疫系バイオマーカーの濃度比を示す；
ｂ）バイオマーカー値の第２のペアを用いて第２の導出バイオマーカー値を決定すること、第２の導出バイオマーカー値は第３の免疫系バイオマーカーと第４の免疫系バイオマーカーの濃度比を示す；および
ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を組み合わせることにより指標を決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、連結関数を用いて導出バイオマーカー値を組み合わせることを含み、前記連結関数は、
ａ）加法モデル；
ｂ）線形モデル；
ｃ）サポートベクターマシン；
ｄ）ニューラルネットワークモデル；
ｅ）ランダムフォレストモデル；
ｆ）回帰モデル；
ｇ）遺伝的アルゴリズム；
ｈ）アニーリングアルゴリズム；
ｉ）加重和；
ｊ）最近傍モデル；および
ｋ）確率モデル
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、本方法は、少なくとも部分的に電子プロセッシングデバイスを用いて実行される。
典型的には、本方法は、少なくとも１つの電子プロセッシングデバイスにおいて：
ａ）測定バイオマーカー値の少なくとも２つのペアを得ること、各測定バイオマーカー値は、生物学的対象の対応する免疫系バイオマーカーの測定値である；
ｂ）第１の免疫系バイオマーカーと第２の免疫系バイオマーカーの濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｃ）バイオマーカーと第４の免疫系バイオマーカーの比を示す第２の導出バイオマーカー値を決定すること；および
ｄ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を組み合わせることにより指標を決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、少なくとも１つのプロセッシングデバイスにおいて前記指標の表現を作成することを含む。
典型的には、前記表現は、
ａ）前記指標の英数表示；
ｂ）前記指標と１以上の指標参照の比較のグラフ表示；
ｃ）対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度の英数表示
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）前記指標と指標参照を比較すること；および
ｂ）比較の結果に従って尤度を決定すること
を含む。
典型的には、前記指標参照は、
ａ）指標閾値範囲；
ｂ）指標閾値；および
ｃ）指標分布
のうちの少なくとも１つに基づく。
典型的には、前記指標参照は、参照集団中の多数の個体に関して決定された指標から導出される。
典型的には、前記指標参照は、その医学的状態を有するまたはその医学的状態を欠いていると診断された個体からなる参照集団の群に関して決定された指標の分布に基づく。
典型的には、前記参照集団は、
ａ）性別の異なる複数の個体；
ｂ）人種の異なる複数の個体；
ｃ）複数の健常個体；
ｄ）少なくとも１つの診断された医学的状態に罹患している複数の個体；
ｅ）少なくとも１つの診断された医学的状態を欠いている複数の個体；
ｆ）少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を示す複数の個体；
ｇ）各個体群が各診断された医学的状態に罹患している、第１の群と第２の群；および
ｈ）第１の個体群が診断された医学的状態に罹患しており、第２の群が診断された医学的状態を欠いている、第１の群と第２の個体群
を含む。
典型的には、前記指標は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する上で使用するためのものであり、前記参照集団は、
ａ）少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を呈する個体；
ｂ）少なくとも１つの医学的状態を有すると診断された個体；
ｃ）少なくとも１つの医学的状態を欠いている診断された個体；および
ｄ）健常個体
を含む。
典型的には、前記指標参照はデータベースから検索される。
典型的には、前記尤度は比較の結果を用いて生成された確率に基づく。
典型的には、前記指標は、対象が第１または第２の状態を有する尤度を決定するためのものであり、本方法は、
ａ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、第１および第２の指標参照は第１および第２の状態を示す；および
ｂ）比較の結果に従って尤度を決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）前記比較の結果を用いて第１および第２の指標確率を決定すること；および
ｂ）第１の指標確率と第２の指標確率を組み合わせて尤度を示す状態確率を決定すること
を含む。
典型的には、第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群に関して決定された指標の分布であり、前記第１および第２の群は、それぞれ第１または第２の状態を有すると診断された個体からなる。
典型的には、本方法は、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；および
ｂ）前記サンプル内のポリヌクレオチド発現産物の少なくとも一部を定量してバイオマーカー値のペアを決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、前記ポリヌクレオチド発現産物の濃度比を少なくとも部分的に用いて指標を決定することを含む。
典型的には、本方法は、
ａ）以下によりポリヌクレオチド発現産物を定量すること；
ｂ）サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；および
ｃ）ポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定することによる；および
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること
を含む。
典型的には、前記増幅量は、
ａ）サイクル時間；
ｂ）サイクル数；
ｃ）サイクル閾値；
ｄ）増幅時間；および
ｅ）別の増幅産物の増幅量との比較
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、本方法は、
ａ）ポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｂ）ポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第２の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
を含む。
典型的には、前記免疫系バイオマーカーは、損傷または病原体傷害に対する炎症性応答の一部として変更される、またはその発現レベルが変更される、生物学的対象の免疫系のバイオマーカーである。
典型的には、
ａ）少なくとも２つの免疫系バイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；および
ｂ）指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す。
典型的には、前記相互相関範囲は
ａ）±０．８；
ｂ）±０．７；
ｃ）±０．６；
ｄ）±０．５；
ｅ）±０．４；
ｆ）±０．３；
ｇ）±０．２；および
ｈ）±０．１
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、各免疫系バイオマーカーは、状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後との状態相関を有し、その状態相関範囲は±０．３間である。
典型的には、前記状態相関範囲は
ａ）±０．９；
ｂ）±０．８；
ｃ）±０．７；
ｄ）±０．６；
ｅ）±０．５；および
ｆ）±０．４
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、前記性能閾値は
ａ）０．４；
ｂ）０．５；
ｃ）０．６；
ｄ）０．７；
ｅ）０．８；および
ｆ）０．９
のうちの少なくとも１つの説明分散を示す。
典型的には、前記免疫系バイオマーカー値は核酸分子およびタンパク質性分子の１以上から選択される分子のレベルまたは存在量を示す。
いくつかの実施態様では、前記指標はｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する対象の尤度を決定するためのものであり、本方法は、
ａ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペアを決定すること；
ｂ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペアを決定すること；および
ｃ）第１およびバイオマーカー値の第２のペアを用いて指標を決定すること
を含む。
いくつかの実施態様では、前記指標は、対象がｉｎＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値は、第１および第２の炎症反応症候群（ＩＲＳ）免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ａ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ａ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｂ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｂ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
いくつかの実施態様では、前記指標は、対象がｉｐＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値は、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｃ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｃ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｄ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｄ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
いくつかの実施態様では、前記指標は、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、バイオマーカー値は、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｅ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｅ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｆ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｆ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
いくつかの実施態様では、前記指標は、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、バイオマーカー値は、第１、第２、第３および第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｇ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｇ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｈ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｈ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；
ｃ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｉ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｉ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｄ）第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｊ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｊ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子と呼ばれる」）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
特定の実施態様では、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカーはＰＬＡ２Ｇ７発現産物であり、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーはＰＬＡＣ８発現産物であり、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカーはＣＥＡＣＡＭ４発現産物であり、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカーはＬＡＭＰ１発現産物である。
いくつかの実施態様では、前記指標は、対象が軽度敗血症または重度敗血症を有する尤度を決定するためのものであり、バイオマーカー値は、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｋ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｋ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子と呼ばれる」）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｌ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｌ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
いくつかの実施態様では、前記指標は、対象が軽度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定するためのものであり、バイオマーカー値は、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｍ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｍ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｎ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｎ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子と呼ばれる」）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
いくつかの実施態様では、前記指標は、対象が重度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定するためのものであり、バイオマーカー値は、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｏ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｏ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、以下のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子：
（以下、本明細書では、互換的に「Ｐ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」または「Ｐ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳ、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための装置であって、
ａ）バイオマーカー値のペアを決定し、ここで、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定された無修正の値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示し；
ｂ）前記バイオマーカー値のペアを用いて導出バイオマーカー値を決定し、ここで、導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーのペアの濃度比を示し、および前記医学的状態のうち少なくとも２つの間を識別すること、ここで、前記比は自己正規化型である；ならびに；かつ
ｃ）前記導出バイオマーカー値を用いて指標を決定する
少なくとも１つの電子プロセッシングデバイスを含む装置を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは逆転写ｍＲＮＡの第１および第２のペアを含んでなり、第１のペアはＰＬＡＣ８逆転写ｍＲＮＡとＰＬＡ２Ｇ７逆転写ｍＲＮＡとを含んでなり、かつ、第２のペアはＣＥＡＣＡＭ４逆転写ｍＲＮＡとＬＡＭＰ１逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、Ａ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、Ｂ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、Ｃ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、Ｄ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、Ｅ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、Ｆ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、逆転写ｍＲＮＡの少なくとも２つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも２つのペアは、逆転写ｍＲＮＡの第１のペアと第２のペアとを含んでなり、第１のペアは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなり、第２のペアは第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子はＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子はＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子はＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子はＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、組成物を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、Ｋ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、Ｌ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、Ｍ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、Ｎ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、Ｏ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、Ｐ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物を提供しようとするものである。
前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブは、逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズし得る。
前記逆転写ｍＲＮＡは免疫系の成分に由来し得る。
前記逆転写ｍＲＮＡは白血球に由来し得る。
前記逆転写ｍＲＮＡは血液細胞に由来し得る。
前記逆転写ｍＲＮＡは末梢血細胞に由来し得る。
前記組成物は、逆転写ｍＲＮＡを検出するための標識された試薬をさらに含んでなり得る。
標識された試薬は、標識された前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブであり得る。
標識された試薬は、標識された前記逆転写ｍＲＮＡであり得る。
標識された試薬は、前記逆転写ｍＲＮＡを標識するための標識されたオリゴヌクレオチドリンカーまたはタグであり得る。
別の広い形態で、本発明は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、試薬の第１のペアと試薬の第２のペアとを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、試薬の第１のペアは、（ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）ＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなり、試薬の第２のペアは、（ｉｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｖ）ＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる、キットを提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、ｉｎＳＩＲＳおよび健常状態からなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ａ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｂ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キットを提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、ｉｐＳＩＲＳおよび健常状態からなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｃ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｄ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キットを提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｅ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｆ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キットを提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、試薬の第１のペアと試薬の第２のペアとを含んでなる試薬の少なくとも２つのペアを含んでなり、試薬の第１のペアは、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなり、試薬の第２のペアは、（ｉ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｇ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｈ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｉ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｊ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キットを提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、軽度敗血症および重度敗血症からなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｋ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｌ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キットを提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、軽度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｍ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｎ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キット。
別の広い形態で、本発明は、重度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｏ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｐ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キットを提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の対象における発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すこと、前記指標は対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つのペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づいて指標を決定することを含んでなり、ここで、前記バイオマーカー値のペアは、
ａ）第１および第２のバイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなるバイオマーカー値の第１のペア、ここで、第１の免疫系バイオマーカーはＰＬＡ２Ｇ７遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーはＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当する、および
ｂ）それぞれ第３および第４の免疫系バイオマーカーに対応する第３および第４のバイオマーカー値を含んでなるバイオマーカー値の第２のペア、ここで、第３の免疫系バイオマーカーはＣＥＡＣＡＭ４遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第４の免疫系バイオマーカーはＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当する、
のうち少なくとも１つを含んでなる、方法を提供しようとするものである。
典型的には、指標決定法は、バイオマーカー値の第１のペアおよび第２のペアを決定すること、およびバイオマーカー値の第１のペアを用いて計算される第１の導出バイオマーカー値およびバイオマーカー値の第２のペアを用いて計算される第２の導出バイオマーカー値を決定すること、ならびに第１の導出バイオマーカーと第２の導出バイオマーカー値の組合せに基づき指標を決定することを含んでなる。
別の広い形態で、本発明は、対象においてｉｎＳＩＲＳの発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づきｉｎＳＩＲＳを処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象におけるｉｎＳＩＲＳの存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーのペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ａ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｂ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、対象においてｉｐＳＩＲＳの発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づきｉｐＳＩＲＳを処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象におけるｉｐＳＩＲＳの存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｃ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｄ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、対象においてｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｅ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｆ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、対象においてｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも２つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも２つのペアを用いて少なくとも２つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの各ペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも２つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなるバイオマーカー値の第１のペア（第１の免疫系バイオマーカーは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当する）と、それぞれ第３および第４の免疫系バイオマーカーに対応する第３および第４のバイオマーカー値を含んでなるバイオマーカー値の第２のペア（第３の免疫系バイオマーカーは、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第４の免疫系バイオマーカーは、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当する）とを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｇ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｈ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｉ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｊ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、対象において軽度敗血症および重度敗血症からなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｋ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｌ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、対象において軽度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｍ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｎ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、対象において重度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｏ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｐ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法を提供しようとするものである。
いくつかの実施態様では、本方法は、対象からサンプルを採取すること、および指標決定法に従って指標を得ることを含んでなる。
いくつかの実施態様では、本方法は、対象から採取したサンプルを検査室に送ることを含んでなり、そこで指標が決定される。
典型的には、前記サンプルは、対象から得られた細胞またはその核酸サンプルを含んでなる。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、
ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペア；
ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペア
からなる群から選択される；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；および
ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを示す；および
ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳと健常状態を識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ａ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｂ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；および
ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよび健常状態を示す；および
ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｎＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｐＳＩＲＳと健常状態を識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｃ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｄ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；および
ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｐＳＩＲＳおよび健常状態を示す；および
ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｐＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｅ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｆ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；および
ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを示す；および
ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、
ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子がＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子がＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、バイオマーカー値の第１のペア；
ｉｉ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子がＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子がＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、バイオマーカー値の第２のペア
からなる群から選択される；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；および
ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを示す；および
ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象において軽度敗血症と重度敗血症を識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｋ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｌ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；および
ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれ軽度敗血症および重度敗血症を示す；および
ｅ）比較の結果に従って、対象が軽度敗血症または重度敗血症を有する尤度を決定すること
を含む方法提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象において軽度敗血症と敗血性ショックを識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｍ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｎ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；および
ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれ軽度敗血症および敗血性ショックを示す；および
ｅ）比較の結果に従って、対象が軽度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象において重度敗血症と敗血性ショックを識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｏ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｐ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；および
ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれ重度敗血症および敗血性ショックを示す；および
ｅ）比較の結果に従って、対象が重度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定すること
を含む方法を提供しようとするものである。
典型的には、本方法は、
ａ）バイオマーカー値の第１のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｂ）バイオマーカー値の第１のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す第２の導出バイオマーカー値を決定すること；および
ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を組み合わせることにより指標を決定すること
を含む。
典型的には、第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群に関して決定された指標の分布であり、第１および第２の群はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを有すると診断された個体からなる。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｃ）ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第１のペア；
ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第２のペア
からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを取得するために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること；および
ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物（第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ａ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｂ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される）からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること；および
ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物（第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｃ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｄ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される）からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること；および
ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物（第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｅ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｆ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される）からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること；および
ｅ）前記指標を用いて医学的状態を有する生物学的対象の尤度を評価すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｃ）ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第１のペア、ここで、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｇ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｈ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される；
ｉｉ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第２のペア、ここで、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｉ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｊ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される
からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること；および
ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物（第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｋ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｌ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される）からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること；および
ｅ）前記指標を用いて医学的状態を有する生物学的対象の尤度を評価すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物（第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｍ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｎ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される）からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること；および
ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物（第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｏ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、Ｐ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される）からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること；および
ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
を含む方法を提供しようとするものである。
典型的には、本方法は、
ａ）ポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｂ）ポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第２の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、第１および第２の指標参照は第１および第２の参照集団群に関して決定された指標の分布であり、第１および第２の群の一方はその医学的状態を有すると診断された個体からなる；および
ｂ）比較の結果に従って、対象がその医学的状態を有する尤度を決定すること
を含む。
典型的には、前記増幅量は、
ａ）サイクル時間；
ｂ）サイクル数；
ｃ）サイクル閾値；
ｄ）増幅時間；および
ｅ）別の増幅産物の増幅量との比較
のうちの少なくとも１つである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象がある医学的状態を有する尤度を評価する上で使用するための方法であって、１以上のプロセッシングデバイスにおいて、
ａ）バイオマーカー値のペアを決定すること、前記バイオマーカー値のペアは、
ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペア；
ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペア
からなる群から選択される；
ｂ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；
ｃ）予め決定された第１および第２の指標参照をデータベースから検索すること、前記第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群から決定された指標に基づいて決定され、これらの群のうち一方はその医学的状態を有すると診断された個体からなる；
ｄ）前記指標を第１および第２の指標参照と比較すること；
ｅ）比較の結果を用いて対象がその医学的状態を有することを示す確率を決定すること；および
ｆ）前記確率の表現を作成すること、前記表現は、ユーザーが、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価することができるようにディスプレーに表示される、
を含む方法を提供しようとするものである。
典型的には、本方法は、
ａ）バイオマーカー値の第１のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｂ）バイオマーカー値の第１のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す第２の導出バイオマーカー値を決定すること；および
ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を組み合わせることにより指標を決定すること
を含む。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する上で使用される指標を決定するための装置であって、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得するサンプル採取デバイス、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量する測定デバイス、前記バイオマーカー値のペアは、
ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペア；
ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペア
からなる群から選択される；
ｃ）ｉ）前記測定デバイスからバイオマーカー値のペアの提示を受け取る；
ｉｉ）前記バイオマーカー値を用い、第１および第２のポリヌクレオチド発現産物の濃度比を用いて指標を決定する；
ｉｉｉ）前記指標を少なくとも１つの指標参照と比較する；
ｉｖ）比較の結果を用いて、対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する；および
ｖ）ユーザーへのディスプレー表示のために指標および尤度の表現を作成する
少なくとも１つのプロセッシングデバイス
を含む装置を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別するための方法であって、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）測定デバイスにおいて、
ｉ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｉｉ）（１）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第１のペアに関する増幅量；
（２）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第２のペアに関する増幅量
を含む、ポリヌクレオチド発現産物の定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｃ）プロセッシングシステムにおいて、
ｉ）前記増幅量を検索すること；
ｉｉ）（１）第１のペアに関して増幅量の間の違いを決定することによりポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
（２）第２のペアに関して増幅量の間の違いを決定することによりポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
（３）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
により指標を決定すること；
ｉｉｉ）予め決定された第１および第２の指標参照をデータベースから検索すること、前記第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群から決定された指標の分布であり、第１および第２の群はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを有すると診断された個体からなる；
ｉｖ）前記指標を第１および第２の指標参照と比較すること；
ｖ）比較の結果を用いて対象が第１の群または第２の群に分類される確率を決定すること；
ｖｉ）前記指標および前記確率を少なくとも部分的に示す表現を作成すること；および
ｖｉｉ）ユーザーが、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価できるように、ユーザーに前記表現を提供すること
を含む方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）複数のバイオマーカー値を決定すること、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値を示し、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す；
ｂ）複数のバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、ここで、
ｉ）少なくとも２つのバイオマーカーが、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；および
ｉｉ）指標が、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
ことを含む方法を提供しようとするものである。
典型的には、本方法は、
ｃ）複数の測定バイオマーカー値を決定すること、各測定バイオマーカー値は生物学的対象の対応するバイオマーカーの測定値である；および
ｄ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するために、測定バイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用することにより指標を決定すること、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は対応する導出バイオマーカーの値を示す、
を含む。
典型的には、前記関数は、
ａ）２つのバイオマーカー値の掛け算；
ｂ）２つのバイオマーカー値の割り算；
ｃ）２つのバイオマーカー値の足し算；
ｄ）２つのバイオマーカー値の引き算；
ｅ）２つのバイオマーカー値の比；
ｆ）少なくとも２つのバイオマーカー値の加重合計；
ｇ）少なくとも２つのバイオマーカー値の対数和；および
ｈ）少なくとも２つのバイオマーカー値のシグモイド関数
のうちの少なくとも１つを含む。
典型的には、本方法は、２つの測定バイオマーカー値の比に対応する少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定することを含む。
典型的には、本方法は、指標を表す指標値を決定するために、少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせることを含む。
典型的には、本方法は、連結関数を用いて少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせることを含み、連結関数は
ａ）加法モデル；
ｂ）線形モデル；
ｃ）サポートベクターマシン；
ｄ）ニューラルネットワークモデル；
ｅ）ランダムフォレストモデル；
ｆ）回帰モデル；
ｇ）遺伝的アルゴリズム；
ｈ）アニーリングアルゴリズム；
ｉ）加重和；
ｊ）最近傍モデル；および
ｋ）確率モデル
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、少なくとも２つのバイオマーカーのうちの少なくとも１つは導出バイオマーカーである。
典型的には、本方法は、
ａ）第１の導出バイオマーカー値を決定すること、前記第１の導出バイオマーカー値は第１および第２の免疫系バイオマーカーの濃度比を示す；
ｂ）第２の導出バイオマーカー値を決定すること、前記第２の導出バイオマーカー値は第３および第４の測定免疫系バイオマーカーの濃度比を示す；および
ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を足し合わせて指標値を生成すること
を含む。
典型的には、本方法は、少なくとも部分的に電子プロセッシングデバイスを用いて実行される。
典型的には、本方法は、電子プロセッシングデバイスにおいて、
ａ）複数の測定バイオマーカー値を受け取ること、各測定バイオマーカー値は対応する免疫系バイオマーカーの測定値である；および
ｂ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するために、測定バイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は対応する導出バイオマーカーの値を示す；および
ｃ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値と少なくとも１つの他のバイオマーカー値を組み合わせて指標を決定すること
を含む。
典型的には、前記相互相関範囲は
ａ）±０．８；
ｂ）±０．７；
ｃ）±０．６；
ｄ）±０．５；
ｅ）±０．４；
ｆ）±０．３；
ｇ）±０．２；および
ｈ）±０．１
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、各バイオマーカーは、状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後との状態相関を有し、その状態相関範囲が±０．３間である。
典型的には、前記状態相関範囲は
ａ）±０．９；
ｂ）±０．８；
ｃ）±０．７；
ｄ）±０．６；
ｅ）±０．５；および
ｆ）±０．４
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、前記性能閾値は
ａ）０．４；
ｂ）０．５；
ｃ）０．６；
ｄ）０．７；
ｅ）０．８；および
ｆ）０．９
のうちの少なくとも１つの説明分散を示す。
典型的には、前記バイオマーカー値は、核酸分子およびタンパク質性分子の１以上から選択される分子のレベルまたは存在量を示す。
典型的には、本方法は、前記指標の表現を作成することを含む。
典型的には、前記表現は
ａ）前記指標の英数表示；
ｂ）前記指標と１以上の指標参照の比較のグラフ表示；
ｃ）対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度の英数表示
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）前記指標と指標参照を比較すること；および
ｂ）比較の結果に従って尤度を決定すること
を含む。
典型的には、前記指標参照は、
ａ）指標閾値範囲；
ｂ）指標閾値；および
ｃ）指標分布
のうちの少なくとも１つに基づく。
典型的には、前記指標参照は、参照集団中の多数の個体に関して決定された指標から導出される。
典型的には、前記指標参照は、その医学的状態を有すると診断された個体からなる参照集団の群に関して決定された指標の分布に基づく。
典型的には、前記参照集団は、
ａ）性別の異なる複数の個体；
ｂ）人種の異なる複数の個体；
ｃ）複数の健常個体；
ｄ）少なくとも１つの診断された医学的状態に罹患している複数の個体；
ｅ）少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を示す複数の個体；および
ｆ）各個体群が各診断された医学的状態に罹患している、第１の群と第２の群
を含む。
典型的には、前記指標は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する上で使用するためのものであり、前記参照集団が、
ａ）少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を呈する個体；
ｂ）少なくとも１つの医学的状態を有すると診断された個体；および
ｃ）健常個体
を含む。
典型的には、前記指標参照は、データベースから検索される。
典型的には、前記尤度は、比較の結果を用いて生成された確率に基づく。
典型的には、前記指標は、対象が第１または第２の状態を有する尤度を決定するためのものであり、
ａ）前記指標と第１および第２の指標参照を比較すること、第１および第２の指標参照は第１および第２の状態を示す；および
ｂ）比較の結果に従って尤度を決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）前記比較の結果を用いて第１および第２の指標確率を決定すること；および
ｂ）第１の指標確率と第２の指標確率を組み合わせて尤度を示す状態確率を決定すること
を含む。
典型的には、第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群に関して決定された指標の分布であり、前記第１および第２の群は、それぞれ第１または第２の状態を有すると診断された個体からなる。
典型的には、本方法は、
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；および
ｂ）前記サンプル内のポリヌクレオチド発現産物の少なくとも一部を定量してバイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること；
ｃ）前記バイオマーカー値のペアを少なくとも部分的に用いて指標を決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、ポリヌクレオチド発現産物の濃度比を少なくとも部分的に用いて指標を決定することを含む。
典型的には、本方法は、
ａ）ポリヌクレオチド発現産物を定量すること；
ｂ）前記は、サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；および
ｃ）ポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定することによる；および
ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること
を含む。
典型的には、前記増幅量は、
ａ）サイクル時間；
ｂ）サイクル数；
ｃ）サイクル閾値；
ｄ）増幅時間；および
ｅ）別の増幅産物の増幅量との比較
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、本方法は、
ａ）ポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｂ）ポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第２の導出バイオマーカー値を決定すること；
ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
を含む。
典型的には、前記免疫系バイオマーカーは、損傷または病原体傷害に対する炎症性応答の一部として変更される、またはその発現レベルが変更される、生物学的対象の免疫系のＩＲＳバイオマーカーである。
典型的には、前記指標は、対象がｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳのうちの少なくとも１つを有する尤度を決定するためのものであり、
ａ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペアを決定すること；
ｂ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペアを決定すること；および
ｃ）前記バイオマーカー値の第１および第２のペアを用いて指標を決定すること
を含む。
典型的には、前記指標は、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、
ａ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペアを決定すること；
ｂ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペアを決定すること；および
ｃ）前記バイオマーカー値の第１および第２のペアを用いて指標を決定すること
を含む。
典型的には、前記指標は、対象がｉｎＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ａ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｂ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
典型的には、前記指標は、対象がｉｐＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｃ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｄ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
典型的には、前記指標は、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｅ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｆ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
典型的には、前記指標は、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１、第２、第３、および第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｇ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｈ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；
ｃ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｉ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｄ）第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｊ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
典型的には、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカーはＰＬＡ２Ｇ７発現産物であり、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーはＰＬＡＣ８発現産物であり、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカーはＣＥＡＣＡＭ４発現産物であり、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカーはＬＡＭＰ１発現産物である。
典型的には、前記指標は、対象が軽度敗血症または重度敗血症を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｋ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｌ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
典型的には、前記指標は、対象が軽度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｍ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｎ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
典型的には、前記指標は、対象が重度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つのＩＲＳ免疫系バイオマーカーから決定され、
ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｏ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり；かつ
ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、Ｐ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための装置であって、
ａ）複数のバイオマーカー値を決定し、ここで、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値を示し、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す；
ｂ）複数のバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定する、ここで、
ｉ）少なくとも２つのバイオマーカーが、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；および
ｉｉ）指標が、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
プロセッシングデバイスを含む装置を提供しようとするものである。
１つの広い形態で、本発明は、生物学的対象において少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を診断する上で使用される指標を決定するための方法であって、
ａ）複数のバイオマーカー値を決定すること、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応するバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；
ｂ）複数のバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、
ｉ）少なくとも２つのマーカーが、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；および
ｉｉ）指標が、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
ことを含む方法を提供しようとするものである。
典型的には、本方法は、
ａ）複数の測定バイオマーカー値を決定すること、各測定バイオマーカー値は生物学的対象の対応するバイオマーカーの測定値である；および
ｂ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するために、測定バイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は対応する導出バイオマーカーの値を示す、
を含む。
典型的には、前記関数は、
ａ）２つのバイオマーカー値の掛け算；
ｂ）２つのバイオマーカー値の割り算；
ｃ）２つのバイオマーカー値の足し算；
ｄ）２つのバイオマーカー値の引き算；
ｅ）少なくとも２つのバイオマーカー値の加重合計；
ｆ）少なくとも２つのバイオマーカー値の対数和；および
ｇ）少なくとも２つのバイオマーカー値のシグモイド関数
のうちの少なくとも１つを含む。
典型的には、本方法は、２つの測定バイオマーカー値の比に対応する少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定することを含む。
典型的には、本方法は、指標を表す指標値を決定するために、少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせることを含む。
典型的には、本方法は、連結関数を用いて少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせることを含み、連結関数は
ａ）加法モデル；
ｂ）線形モデル；
ｃ）サポートベクターマシン；
ｄ）ニューラルネットワークモデル；
ｅ）ランダムフォレストモデル；
ｆ）回帰モデル；
ｇ）遺伝的アルゴリズム；
ｈ）アニーリングアルゴリズム；
ｉ）加重和；
ｊ）最近傍モデル；および
ｋ）確率モデル
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、少なくとも２つのバイオマーカーのうちの少なくとも１つが導出バイオマーカーである。
典型的には、本方法は、
ａ）第１の導出バイオマーカー値を決定すること、前記第１の導出バイオマーカー値は第１および第２の測定バイオマーカー値の比である；
ｂ）第２の導出バイオマーカー値を決定すること、前記第２の導出バイオマーカー値は第３および第４の測定バイオマーカー値の比である；および
ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を足し合わせて指標値を生成すること
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）指標値を決定すること；
ｂ）前記指標値を少なくとも１つの指標値範囲と比較すること；および
ｃ）少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する上で比較の結果を使用すること
を含む。
典型的には、本方法は、少なくとも部分的に電子プロセッシングデバイスを用いて実行される。
典型的には、本方法は、電子プロセッシングデバイスにおいて、
ａ）複数の測定バイオマーカー値を受け取ること、各測定バイオマーカー値は、生物学的対象の対応するバイオマーカーの測定値である；および
ｂ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するために、測定バイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は対応する導出バイオマーカーの値を示す；および
ｃ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値と少なくとも１つの他のバイオマーカー値を組み合わせて指標値を決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、少なくとも１つの指標値に従って表現を作成することを含む。
典型的には、本方法は、
ａ）前記指標値を少なくとも１つの指標値範囲と比較すること；および
ｂ）比較の結果をディスプレーに表示すること
を含む。
典型的には、前記相互相関範囲は、
ａ）±０．８；
ｂ）±０．７；
ｃ）±０．６；
ｄ）±０．５；
ｅ）±０．４；
ｆ）±０．３；
ｇ）±０．２；および
ｈ）±０．１
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、各バイオマーカーが、状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後との状態相関を有し、その状態相関範囲が±０．３間である。
典型的には、前記状態相関範囲は
ａ）±０．９；
ｂ）±０．８；
ｃ）±０．７；
ｄ）±０．６；
ｅ）±０．５；および
ｆ）±０．４
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、前記性能閾値は
ａ）０．４；
ｂ）０．５；
ｃ）０．６；
ｄ）０．７；
ｅ）０．８；および
ｆ）０．９
のうちの少なくとも１つの説明分散を示す。
典型的には、前記バイオマーカー値は、
ａ）核酸分子；
ｂ）タンパク質性分子；
ｃ）アミノ酸；
ｄ）炭水化物；
ｅ）脂質；
ｆ）ステロイド；
ｇ）無機分子；
ｈ）イオン；
ｉ）薬物；
ｊ）化学物質；
ｋ）代謝産物；
ｌ）毒素；
ｍ）栄養素；
ｎ）ガス；
ｏ）細胞；
ｐ）病原性生物；および
ｑ）非病原性生物
の１以上から選択される分子または実体のレベルまたは存在量を示す。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象において少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する上で使用するための指標を決定するための装置であって、
ａ）複数のバイオマーカー値を決定し、ここで、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応するバイオマーカーに関して測定または導出された値を示し；
ｂ）複数のバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定する、ここで、前記少なくとも１つの指標は、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示し、ここで、
ｉ）少なくとも２つのバイオマーカーが、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；および
ｉｉ）指標が、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
電子プロセッシングデバイスを含む装置を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象において少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する上で使用するための診断シグネチャーを提供しようとするものであり、前記診断シグネチャーは生物学的対象から測定または導出可能なバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せを定義し、
ａ）少なくとも２つのバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に対してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；および
ｂ）少なくとも２つのバイオマーカーの組合せの、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散である。
典型的には、診断シグネチャーは、少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するための少なくとも１つの測定バイオマーカー値に適用される関数を定義し、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は、対応する導出バイオマーカーの値を示す。
典型的には、前記関数は、
ａ）２つのバイオマーカー値の掛け算；
ｂ）２つのバイオマーカー値の割り算；
ｃ）２つのバイオマーカー値の足し算；
ｄ）２つのバイオマーカー値の引き算；
ｅ）少なくとも２つのバイオマーカー値の加重合計；
ｆ）少なくとも２つのバイオマーカー値の対数和；および
ｇ）少なくとも２つのバイオマーカー値のシグモイド関数
のうちの少なくとも１つを含む。
典型的には、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は、２つの測定バイオマーカー値の比に相当する。
典型的には、前記診断シグネチャーは、指標を表す指標値を決定するための少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せを定義する。
典型的には、診断シグネチャーは、少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせるための連結関数を定義し、前記連結関数は、
ａ）加法モデル；
ｂ）線形モデル；
ｃ）サポートベクターマシン；
ｄ）ニューラルネットワークモデル；
ｅ）ランダムフォレストモデル；
ｆ）回帰モデル；
ｇ）遺伝的アルゴリズム；
ｈ）アニーリングアルゴリズム；および
ｉ）加重和；
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、少なくとも２つのバイオマーカーのうちの少なくとも１つは、導出バイオマーカーである。
典型的には、診断シグネチャーは、
ａ）第１の導出バイオマーカー値、前記第１の導出バイオマーカー値は、第１測定のバイオマーカー値と第２の測定バイオマーカー値の比である；
ｂ）第２の導出バイオマーカー値、前記第２の導出バイオマーカー値は、第３の測定バイオマーカー値と第４の測定バイオマーカー値の比である；および
ｃ）指標値を作成するための第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値の組合せ
を定義する。
典型的には、診断シグネチャーは少なくとも１つの指標値範囲を定義し、少なくとも１つの指標値と少なくとも１つの指標値範囲の比較が、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する上で使用される。
典型的には、前記相互相関範囲は、
ａ）±０．８；
ｂ）±０．７；
ｃ）±０．６；
ｄ）±０．５；
ｅ）±０．４；
ｆ）±０．３；
ｇ）±０．２；および
ｈ）±０．１
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、各バイオマーカーが、状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後との状態相関を有し、その状態相関範囲が±０．３間である。
典型的には、前記状態相関範囲は
ａ）±０．９；
ｂ）±０．８；
ｃ）±０．７；
ｄ）±０．６；
ｅ）±０．５；および
ｆ）±０．４
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、前記性能閾値は
ａ）０．４；
ｂ）０．５；
ｃ）０．６；
ｄ）０．７；
ｅ）０．８；および
ｆ）０．９
のうちの少なくとも１つの説明分散を示す。
典型的には、前記バイオマーカー値は、
ａ）核酸分子；
ｂ）タンパク質性分子；
ｃ）アミノ酸；
ｄ）炭水化物；
ｅ）脂質；
ｆ）ステロイド；
ｇ）無機分子；
ｈ）イオン；
ｉ）薬物；
ｊ）化学物質；
ｋ）代謝産物；
ｌ）毒素；
ｍ）栄養素；
ｎ）ガス；
ｏ）細胞；
ｐ）病原性生物；および
ｑ）非病原性生物
の１以上から選択される分子または実体のレベルまたは存在量を示す。
別の広い形態で、本発明は、診断シグネチャーにおいて使用するためのバイオマーカーを同定する方法であって、前記診断シグネチャーは生物学的対象において少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する上で使用するためのものであり、
ａ）複数の候補バイオマーカーに関して、各バイオマーカーの、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後の間を識別する能力に従って、候補バイオマーカーをランク付けすること；
ｂ）前記のランク付けに従って少なくとも２つの候補バイオマーカーを選択すること、前記少なくとも２つのバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に対してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間である；
ｃ）前記少なくとも２つの候補バイオマーカーの組合せの性能値を決定すること；および
ｄ）前記性能値が前記指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上である場合に、少なくとも２つのバイオマーカーの組合せに従って診断シグネチャーを定義すること、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
を含む方法を提供しようとするものである。
典型的には、本方法は、連結関数を用いて少なくとも２つの候補バイオマーカーの組合せを決定することを含み、前記連結関数は、
ａ）加法モデル；
ｂ）線形モデル；
ｃ）サポートベクターマシン；
ｄ）ニューラルネットワークモデル；
ｅ）ランダムフォレストモデル；
ｆ）回帰モデル；
ｇ）遺伝的アルゴリズム；
ｈ）アニーリングアルゴリズム；および
ｉ）加重和；
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、本方法は、
ａ）次の連結関数を選択すること；
ｂ）次の連結関数により決定される少なくとも２つの候補バイオマーカーの組合せの性能値が性能閾値以上であるかどうかを決定すること；および
ｃ）前記性能値が性能閾値以上でなければ、連続連結関数に対してステップａ）およびｂ）を繰り返すこと
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）２つの候補バイオマーカーを選択すること；
ｂ）前記２つの候補バイオマーカーの組合せの性能値が性能閾値以上であるかどうかを決定すること；および
ｃ）前記性能値が性能閾値以上でなければ、
ｉ）選択された候補バイオマーカーを少なくとも１つの付加的候補バイオマーカーを組み合わせること；および
ｉｉ）少なくとも１つの付加的候補バイオマーカーを用いてステップａ）およびｂ）を繰り返すこと
を含む。
典型的には、本方法は、複数の候補バイオマーカーを限界まで組み合わせることを含む。
典型的には、本方法は、
ａ）最高ランクの候補バイオマーカーを選択すること；
ｂ）次に高いランクの候補バイオマーカーを選択すること；
ｃ）選択された候補マーカーに関して、候補バイオマーカーの相互相関がある相互相関範囲内にあるかどうかを決定すること；および
ｄ）範囲内になければ、前記相互相関範囲内に相互相関を有する２つの候補バイオマーカーが選択されるまでステップｂ）およびｃ）を繰り返すこと
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）候補バイオマーカーの少なくとも２つの群を定義すること、異なる群の候補バイオマーカーは前記相互相関範囲内に相互相関を有する；
ｂ）各群の候補バイオマーカーのランク付けを行うこと；および
ｃ）異なる群から候補バイオマーカーを選択すること
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）少なくとも１つの個体に関する参照データを用いて、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を示す複数の群を定義すること；および
ｂ）少なくとも１つの分析技術を用いて、群を識別するために潜在的に有用な複数の候補バイオマーカーを同定すること
を含む。
典型的には、本方法は、少なくとも１個体の参照バイオマーカーに関して測定された参照値を用いて候補バイオマーカーを同定することを含む。
典型的には、本方法は、参照バイオマーカーをフィルタリングするための参照値を用いて候補バイオマーカーを決定することを含む。
典型的には、候補バイオマーカーのうちの少なくとも１つは、参照バイオマーカーのうちの少なくとも１つから関数を用いて導出された導出バイオマーカーである。
典型的には、導出バイオマーカーは、フィルタリグされたバイオマーカーから導出される。
典型的には、本方法は、
ａ）少なくとも１つの導出参照バイオマーカー値を決定するために参照値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出参照バイオマーカー値は、対応する導出参照バイオマーカーの値を示す；および
ｂ）少なくとも１つの導出参照バイオマーカー値を用いて少なくとも１つの候補バイオマーカーを決定すること
を含む。
典型的には、本方法は、
ａ）少なくとも１個体の参照データを用いて、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を示す複数の群を定義すること；および
ｂ）各群に関して、少なくとも２つの参照バイオマーカー値の範囲を組み合わせて、その群の指標値範囲を決定すること
を含む。
典型的には、前記相互相関範囲は、
ａ）±０．８；
ｂ）±０．７；
ｃ）±０．６；
ｄ）±０．５；
ｅ）±０．４；
ｆ）±０．３；
ｇ）±０．２；および
ｈ）±０．１
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、各バイオマーカーは、状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後との状態相関を有し、前記状態相関範囲は±０．３の間である。
典型的には、前記状態相関範囲は
ａ）±０．９；
ｂ）±０．８；
ｃ）±０．７；
ｄ）±０．６；
ｅ）±０．５；および
ｆ）±０．４
のうちの少なくとも１つである。
典型的には、前記性能閾値は
ａ）０．４；
ｂ）０．５；
ｃ）０．６；
ｄ）０．７；
ｅ）０．８；および
ｆ）０．９
のうちの少なくとも１つの説明分散を示す。
別の広い形態で、本発明は、診断シグネチャーにおいて使用するためのマーカーを同定するための装置であって、前記診断シグネチャーは生物学的対象において少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する上で使用するためのものであり、
ａ）複数の候補バイオマーカーに関して、各バイオマーカーの、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後の間を識別する能力に従って、候補バイオマーカーをランク付けし；
ｂ）前記のランク付けに従って少なくとも２つの候補バイオマーカーを選択し、前記少なくとも２つのバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に対してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間である；
ｃ）前記少なくとも２つの候補バイオマーカーの組合せの性能値を決定し；および
ｄ）前記性能値が前記指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上である場合に、少なくとも２つのバイオマーカーの組合せに従って診断シグネチャーを定義する、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
電子プロセッシングデバイスを含む装置を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳまたは健常状態の存在または不在を診断するための方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、ｉｎＳＩＲＳおよび健常状態から選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、を含んでなり、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、その指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、ここで、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ａ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｂ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｐＳＩＲＳまたは健常状態の存在または不在を診断するための方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、ｉｐＳＩＲＳおよび健常状態から選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、を含んでなり、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、その指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、ここで、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｃ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｄ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの存在または不在を診断するための方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、を含んでなり、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、その指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、ここで、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｅ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｆ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの存在または不在を診断するための方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、を含んでなり、ここで、（ｉ）少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、その指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、ここで、少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第３のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第４のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｇ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｈ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第３のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｉ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第４のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｊ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、方法を提供しようとするものである。
適切には、第１のＩＲＳバイオマーカーはＰＬＡ２Ｇ７発現産物であり、第２のＩＲＳバイオマーカーはＰＬＡＣ８発現産物であり、第３のＩＲＳバイオマーカーはＣＥＡＣＡＭ４発現産物であり、かつ、第４のＩＲＳバイオマーカーはＬＡＭＰ１発現産物である。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象において軽度敗血症または重度敗血症の存在または不在を診断するための方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、軽度敗血症および重度敗血症から選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、を含んでなり、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、その指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、ここで、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｋ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｌ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、方法を提供しようとするものである。
別の形態で、本発明は、生物学的対象において軽度敗血症または敗血性ショックの存在または不在を診断するための方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、軽度敗血症および敗血性ショックから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、を含んでなり、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、その指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、ここで、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｍ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｎ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、方法を提供しようとするものである。
別の形態で、本発明は、生物学的対象において重度敗血症または敗血性ショックの存在または不在を診断するための方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、重度敗血症および敗血性ショックから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、を含んでなり、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、その指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、ここで、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｏ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｐ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、（ｉ）第１のＩＲＳバイオマーカーの定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳバイオマーカーの定量を可能とする試薬とを含んでなり、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカーと第２のＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳから選択される少なくとも１つの状態、または軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショックから選択されるｉｐＳＩＲＳのステージに関して相互相関を有し、少なくとも１つの状態は±０．９間の相互相関範囲内にあり、かつ、生物学的対象に関して測定されたまたは生物学的対象から導出された第１および第２のＩＲＳバイオマーカーの個々のバイオマーカー値の組合せは、第１および第２のＩＲＳバイオマーカーの組合せの、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、性能閾値は少なくとも０．３の説明分散である、キットを提供しようとするものである。
適切には、本キットは、（ｉｉｉ）第３のＩＲＳバイオマーカーの定量を可能とする試薬；および（ｉｖ）第４のＩＲＳバイオマーカーの定量を可能とする試薬をさらに含んでなり、ここで、第３および第４のＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関して、±０．９の間の相互相関範囲内にある相互相関を有し、生物学的対象に関して測定されたまたは生物学的対象から導出された第３および第４のＩＲＳバイオマーカーの個々のバイオマーカー値の組合せは、第３のＩＲＳバイオマーカーと第４のＩＲＳバイオマーカーの組合せの、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散である。
適切には、本キットは、ｉｎＳＩＲＳまたは健常状態の存在または不在を診断するためのものであり、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカーは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第２のＩＲＳバイオマーカーは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ａ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｂ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
適切には、本キットはｉｐＳＩＲＳまたは健常状態の存在または不在を診断するためのものであり、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカーは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第２のＩＲＳバイオマーカーは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｃ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｄ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
適切には、本キットは、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの存在または不在を診断するためのものであり、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカーは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第２のＩＲＳバイオマーカーは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｅ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｆ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
適切には、本キットは、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの存在または不在を診断するためのものであり、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカーは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第２のＩＲＳバイオマーカーは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第３のＩＲＳバイオマーカーは第３のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第４のＩＲＳバイオマーカーは第４のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｇ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｈ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第３のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｉ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第４のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｊ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
適切には、第１のＩＲＳバイオマーカーはＰＬＡ２Ｇ７発現産物であり、第２のＩＲＳバイオマーカーはＰＬＡＣ８発現産物であり、第３のＩＲＳバイオマーカーはＣＥＡＣＡＭ４発現産物であり、第４のＩＲＳバイオマーカーはＬＡＭＰ１発現産物である。
適切には、本キットは、軽度敗血症または重度敗血症の存在または不在を診断するためのものであり、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカーは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第２のＩＲＳバイオマーカーは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｋ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｌ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
適切には、本キットは、軽度敗血症または敗血性ショックの存在または不在を診断するためのものであり、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカーは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第２のＩＲＳバイオマーカーは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｍ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｎ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
適切には、本キットは、重度敗血症または敗血性ショックの存在または不在を診断するためのものであり、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカーは第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第２のＩＲＳバイオマーカーは第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｏ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、Ｐ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる。
別の広い形態で、本発明は、対象においてｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症または敗血性ショック）から選択される少なくとも１つの状態の発生を治療、予防または阻害するための方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記指標は少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を少なくとも部分的に示す、：（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、前記指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す；および（ｃ）前記指標がｉｎＳＩＲＳの存在を示すことに基づいて、症状を治療もしくは改善する、またはｉｎＳＩＲＳの発生を逆転もしくは阻害する薬剤の有効量を前記対象に投与すること、あるいは、前記指標がｉｐＳＩＲＳの存在もしくはｉｐＳＩＲＳの特定のステージを示すことに基づいて、症状を治療もしくは改善する、またはｉｐＳＩＲＳもしくはｉｐＳＩＲＳの特定のステージの発生を逆転もしくは阻害する薬剤の有効量を前記対象に投与することを含む方法を提供しようとするものである。
適切には、本方法は、（１）複数の測定ＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各測定ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象のＩＲＳバイオマーカーの測定値である；および（２）少なくとも１つの導出ＩＲＳバイオマーカー値を決定するために、前記測定ＩＲＳバイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出ＩＲＳバイオマーカー値は、対応する導出ＩＲＳバイオマーカーの値を示す、をさらに含んでなる。
適切には、前記関数は、（ａ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の掛け算；（ｂ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の割り算；（ｃ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の足し算；（ｄ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の引き算；（ｅ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の加重合計；（ｆ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の対数和；および（ｇ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値のシグモイド関数のうちの少なくとも１つを含む。
別の広い形態で、本発明は、所望の健康状態に対して対象における特定の処置計画の有効性を監視する方法であって、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、処置計画による処置後に生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記指標は、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、および（ｃ）前記処置計画が前記対象の健康状態を所望の健康状態に変化させるのに有効であることを、前記指標が健常状態の存在またはその処置計画による処置の前の対象の状態の程度に比べて低い程度の状態の存在を示すことに基づいて決定することを含んでなる方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、バイオマーカーシグネチャーを、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）から選択される状態に対する有効な処置計画と相関させる方法であって、（ａ）前記状態を有しかつ有効な処置が特定された生物学的対象から測定または導出され得る少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義するバイオマーカーシグネチャーを決定すること、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、前記状態の存在、不在または程度を診断する能力、または前記状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す；および（ｂ）このようにして決定されたバイオマーカーシグネチャーを前記状態に対する有効な処置計画と相関させることを含んでなる方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、ある処置計画が、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）から選択される状態を有する対象を処置するために有効であるかどうかを決定する方法であって、（ａ）複数の処置後ＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各処置後ＩＲＳバイオマーカー値は、前記処置計画による処置後に生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数の処置後ＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて処置後指標を決定すること、前記処置後指標は、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記処置後指標は、処置後指標の、前記少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記処置後指標は、処置後指標が健常状態の存在またはその処置計画による処置の前の対象の状態の程度に比べて低い程度の状態の存在を示すことに基づいて、前記処置計画が前記対象においてその状態を処置するのに有効であるかどうか示す、を含んでなる方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、バイオマーカーシグネチャーを正もしくは負の応答または処置計画に対する副作用と相関させる方法であって、（ａ）前記処置計画の開始後に生物学的対象から測定または導出され得る少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義するバイオマーカーシグネチャーを決定すること、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）から選択される少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、前記少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断性能値する能力、または前記少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す；および（ｂ）このようにして決定されたバイオマーカーシグネチャーを前記処置計画に対する正または負の応答と相関させることを含んでなる方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）から選択される状態を有する対象による、処置計画に対する正もしくは負の応答および／または処置計画の副作用を決定する方法であって、（ａ）参照バイオマーカーシグネチャーを前記処置計画に対する正もしくは負の応答または副作用と相関させること、ここで、前記バイオマーカーシグネチャーは、対照生物学的対象または対照群から測定または導出される少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義する、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）から選択される少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、少なくとも１つの状態の、存在、不在または程度を診断する能力、または前記少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す；（ｂ）前記処置計画の開始後に生物学的対象から測定または導出される少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーに値に対応する少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義するサンプルバイオマーカーシグネチャーを決定すること、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、前記少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力、または前記少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し；ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、参照バイオマーカーシグネチャーと前記処置計画に対する正もしくは負の応答または副作用との相関に基づき、前記対象が前記処置計画に正の応答を示すか負の応答を示すか、および／または前記処置計画から副作用を起こすかどうかを示す、を含んでなる方法を提供しようとするものである。
別の広い形態で、本発明は、生物学的対象による処置計画に対する正もしくは負の応答および／または処置計画に対する副作用を決定する方法であって、（ａ）前記処置計画の開始後に生物学的対象から測定または導出される少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義するサンプルバイオマーカーシグネチャーを決定すること、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）から選択される少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、前記少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または前記少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、前記処置計画に対する正もしくは負の応答および／または前記処置計画に対する副作用との相関が見出される、；および（ｂ）前記対象が前記処置計画に正の応答を示すか負の応答を示すか、および／または前記処置計画から副作用を起こすかどうかを、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーに基づいて決定することを含んでなる方法を提供しようとするものである。
以下、本発明の例を添付の図面を参照して説明する。
図１Ａは、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または少なくとも１つの状態の予後の提供において使用するための指標を導出するための方法の一例のフローチャートである。図１Ｂは、バイオマーカーシグネチャーにおいて使用するためのバイオマーカーを同定するための方法の一例のフローチャートである。 図２は、分散コンピューターアーキテクチャーの一例の概略図である。 図３は、図２のプロセッシングシステムの一例の概略図である。 図４は、図２のコンピューターシステム一例の概略図である。 図５は、バイオマーカーシグネチャーにおいて使用するためのバイオマーカーを同定するための方法の具体例のフローチャートである。 図６Ａは、候補バイオマーカーを選択するための方法の第１の例のフローチャートである。図６Ｂは、候補バイオマーカーを選択するための方法の第２の例のフローチャートである。 図７は、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または少なくとも１つの状態の予後の提供において使用するための方法の第２の例のフローチャートである。 図８Ａは、０．７より大きいＡＵＣを有する個々のバイオマーカーに関する、健常状態と術後炎症（ＰＳ）（本明細書では「感染陰性ＳＩＲＳ」（ｉｎＳＩＲＳ）とも呼ばれる）とを識別するためのＡＵＣに対する９４１のｍＲＮＡバイオマーカーのプロットである。図８Ｂは、健常状態とＰＳを分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカーを示す箱ひげ図である。図８Ｃは、１．０のＡＵＣを有する総ての導出バイオマーカーを用いて健常状態とＰＳを分離する際の１０００の導出バイオマーカーの診断能に関するＡＵＣのプロットである。図８Ｄは、健常状態とＰＳを分離するための、ＡＵＣに基づく最良の性能を示す導出バイオマーカーの箱ひげ図である。図８Ｅおよび８Ｆは、各群においてバイオマーカーの互いに相関を示す２つのプロットである。図８Ｇおよび８Ｈは、各群（群１および２）においてバイオマーカーのＡＵＣを示す２つのプロットである。図８Ｉは、バイオマーカーが群１および群２から導出される際により大きい総合ＡＵＣが得られることを示す箱ひげ図である。 図９Ａは、０．７より大きいＡＵＣを有する個々のバイオマーカーの総てを用いて健常状態と敗血症（本明細書では「感染陽性ＳＩＲＳ」（ｉｐＳＩＲＳ）とも呼ばれる）を識別するためのＡＵＣに対する９４１のｍＲＮＡバイオマーカーのプロットである。図９Ｂは、健常状態と敗血症を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカーを示す箱ひげ図である。図９Ｃは、１．０のＡＵＣを有する総ての導出バイオマーカーを用いて健常状態と敗血症を分離する際の１０００の導出バイオマーカーの診断能に関するＡＵＣのプロットである。図９Ｄは、健常状態と敗血症を分離するための、ＡＵＣに基づく、最良の性能を示す導出バイオマーカーの箱ひげ図である。図９Ｅおよび９Ｆは、各群に相関を示すバイオマーカー群の互いに対する相関を示す。図９Ｇおよび９Ｈは、各群（バケット群１および２）におけるバイオマーカーのＡＵＣを示す２つのプロットである。図９Ｉは、バイオマーカーがバケット群１およびバケット群２から導出される際により大きい総合ＡＵＣが得られることを示す箱ひげ図である。 図１０Ａは、０．７より大きいＡＵＣを持っていた個々のバイオマーカーの総てを用いてＰＳと敗血症を識別するためのＡＵＣに対する５９のｍＲＮＡバイオマーカーのプロットである。図１０Ｂは、ＰＳと敗血症を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカーを示す箱ひげ図である。図１０Ｃは、０．９のＡＵＣを有する総ての導出バイオマーカーを用いてＰＳと敗血症を分離する際の１０００の導出バイオマーカーの診断能に関するＡＵＣのプロットである。図１０Ｄは、ＰＳと敗血症を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカーを示す箱ひげ図である。図１０Ｅは、各バケット群のバイオマーカーの、状態との相関を示すプロットである。図１０Ｆは、バイオマーカーがバケット群１およびバケット群２から導出される際により大きい総合ＡＵＣが得られることを示す箱ひげ図である。図１０Ｇは、４つのバケット群のそれぞれにおいてバイオマーカーのＡＵＣを示すプロットである。図１０Ｈは、バイオマーカーが４つのバケット群のそれぞれから導出される際により大きい総合ＡＵＣが得られることを示す箱ひげ図である。 図１１Ａは、０．７を超えるＡＵＣを有する、選択された個々のバイオマーカーの総てを用いて軽度敗血症と重度敗血症を識別するためのＡＵＣに対する６６のｍＲＮＡバイオマーカーのプロットである。図１１Ｂは、軽度敗血症と重度敗血症を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカーを示す箱ひげ図である。図１１Ｃは、少なくとも０．８７のＡＵＣを有する総ての導出バイオマーカーを用いて軽度敗血症と重度敗血症を分離する際の１０００の導出バイオマーカーの診断能に関するＡＵＣのプロットである。図１１Ｄは、軽度敗血症と重度敗血症を分離するための、ＡＵＣに基づく、最良の性能を示す導出バイオマーカーの箱ひげ図である。図１１Ｅおよび１１Ｆは、各群におけるバイオマーカーの互いに対する相関を示すプロットである。図１１Ｇおよび１１Ｈは、各群におけるバイオマーカーのＡＵＣを示すプロットである。図１１Ｉは、バイオマーカーが群１および群２から導出される際により大きい総合ＡＵＣが得られることを示す箱ひげ図である。 図１２Ａは、０．７を超えるＡＵＣを有する個々のバイオマーカーの総てを用いて軽度敗血症と敗血性ショック（本明細書では「感染陽性ＳＩＲＳ−ショック」（ｉｐＳＩＲＳ−ショック）とも呼ばれる）を識別するためのＡＵＣに対する４８のｍＲＮＡバイオマーカーのプロットである。図１２Ｂは、軽度敗血症と敗血性ショックを分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカーを示す箱ひげ図である。図１２Ｃは、少なくとも０．７９３のＡＵＣを有する総ての導出バイオマーカーを用いて軽度敗血症と敗血性ショックを分離する際の１０００の導出バイオマーカーの診断能に関するＡＵＣのプロットである。図１２Ｄは、軽度敗血症と敗血性ショックを分離するための、ＡＵＣに基づく、最良の性能を示す導出バイオマーカーの箱ひげ図である。図１２Ｅおよび１２Ｆは、各群におけるバイオマーカーの互いに対する相関を示すプロットである。図１２Ｇおよび１２Ｈは、各群におけるバイオマーカーのＡＵＣを示すプロットである。図１２Ｉは、バイオマーカーが群１および群２から導出される際により大きい総合ＡＵＣが得られることを示す箱ひげ図である。 図１３Ａは、０．７より大きいＡＵＣを有する、選択された個々のバイオマーカーの総てを用いて重度敗血症と敗血性ショックを識別するためのＡＵＣに対する６１のｍＲＮＡバイオマーカーのプロットである。図１３Ｂは、重度敗血症と敗血性ショックを分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカーを示す箱ひげ図である。図１３Ｃは、少なくとも０．８２１のＡＵＣを有する総ての導出バイオマーカーを用いて重度敗血症と敗血性ショックを分離する際の１０００の導出バイオマーカーの診断能に関するＡＵＣのプロットである。図１３Ｄは、重度敗血症と敗血性ショックを分離するための、ＡＵＣに基づく、最良の性能を示す導出バイオマーカーの箱ひげ図である。図１３Ｅおよび１３Ｆは、各群におけるバイオマーカーの互いに対する相関を示すプロットである。図１３Ｇおよび１３Ｈは、各群におけるバイオマーカーのＡＵＣを示すプロットである。図１３Ｉは、バイオマーカーが群１および群２から導出される際により大きい総合ＡＵＣが得られることを示す箱ひげ図である。 図１４は、サーマルサイクラープロトコールの一例を示すユーザーインターフェースである。 図１５は、レポートの一例の図表である。 図１６Ａ〜１６Ｌは、健常状態とＰＳを識別するための上位１２のバイオマーカー組合せに関する箱ひげ図である。 図１７Ａ〜１７Ｌは、健常状態と敗血症を識別するための上位１２のバイオマーカー組合せに関する箱ひげ図である。 図１８Ａ〜１８Ｌは、ＰＳと敗血症を識別するための上位１２のバイオマーカー組合せに関する箱ひげ図である。 図１９Ａ〜１９Ｌは、敗血症と重度敗血症を識別するための上位１２のバイオマーカー組合せに関する箱ひげ図である。 図２０Ａ〜２０Ｌは、重度敗血症と敗血性ショックを識別するための上位１２のバイオマーカー組合せに関する箱ひげ図である。 図２１Ａ〜２１Ｌは、敗血症と敗血性ショックを識別するための上位１２のバイオマーカー組合せに関する箱ひげ図である。 図２２は、ＡＵＣに対しての、バイオマーカーシグネチャーにバイオマーカーを付加することの効果のグラフである。 図２３は、２つの患者集団に関する、バイオマーカーシグネチャーの、ＰＳと敗血症を識別する能力の一例を示すグラフである。 図２４は、指標参照を決定するための方法の一例のフローチャートである。 図２５Ａおよび２５Ｂは、バイオマーカーの測定から導出された指標のバリデーションを行うための方法の一例のフローチャートである。 図２６は、指標値と指標参照の比較を示す一例である。 図２７Ａおよび２７Ｂは、指標値の表現の一例である。
発明の具体的説明
生物学的対象におけるもしくは生物学的対象の少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または前記対象におけるもしくは対象の少なくとも１つの状態の進行の監視、または前記対象におけるもしくは対象の少なくとも１つの状態の予後において使用するための指標を決定する方法の一例を以下、図１Ａを参照して説明する。
説明のため、いくつかの異なる用語を使用する。例えば、用語「バイオマーカー」は、生物学的状態の指標として使用され得る測定可能なパラメーターまたはパラメーターの組合せを意味し、限定されるものではないが、タンパク質、核酸、炭水化物、脂質、代謝産物、ガス、ステロイド、イオン、栄養素、毒素、細胞、病原生物、非病原生物、有機化合物および無機化合物を含む。バイオマーカーはまた、非血液由来因子、健康状態の非分析質生理学的マーカー、またはサンプル（例えば、体液などの生物学的サンプル）から測定されない他の因子もしくはバイオマーカー、例えば、限定されるものではないが、年齢、人種、性別、種、品種、遺伝情報、白血球総数、拡張期圧および収縮期圧、骨密度、身長、体重、胴囲および腰囲、肥満度指数、ならびにＩ型またはＩＩ型真性糖尿病または妊娠性真性糖尿病（本明細書では糖尿病と総称される）、安静時心拍数、恒常性モデル評価（ＨＯＭＡ）、ＨＯＭＡインスリン抵抗性（ＨＯＭＡ−ＩＲ）、静脈内糖耐性（ＳＩ（ＩＶＧＴ））、安静時心拍数、β細胞機能、大血管機能、微小血管機能、アテローム指数、低密度リポタンパク質／高密度リポタンパク質比、内膜中膜厚、体温、およびｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ ｏｒｇａｎ ｆａｉｌｕｒｅ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ（ＳＯＦＡ）などといった他のものを含む「臨床」または「表現型」パラメーターを包含する。「バイオマーカー」はまた、以下にさらに詳細に記載される「免疫応答バイオマーカー」も含み得る。
用語「バイオマーカー値」は、生物学的対象の少なくとも１つの対応するバイオマーカーに関して測定または導出された値を意味し、これは典型的には、対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す。よって、バイオマーカー値は、対象に関して測定されたバイオマーカーの値である測定バイオマーカー値であり得、あるいはまた、例えば、１以上の測定バイオマーカー値に関数を適用することにより、１以上の測定バイオマーカー値から導出された値である導出バイオマーカー値であり得る。
バイオマーカー値は、それらの値が決定される様式に応じていずれの適当な形態であってもよい。例えば、バイオマーカー値は、質量分析、シーケンシングプラットフォーム、アレイおよびハイブリダイゼーションプラットフォーム、イムノアッセイ、フローサイトメトリー、またはこのような技術の任意の組合せなどのハイスループット技術を用いて決定することができ、１つの好ましい例では、バイオマーカー値は、ＰＣＲまたはシーケンシングなどの技術を用いて定量される、発現産物または他の測定可能な分子の活性レベルまたは存在量に関する。この場合、バイオマーカー値は、当業者により認識されるように、また、以下にさらに詳細に記載されるように、サンプル内のバイオマーカーの濃度の対数表示である、増幅量、またはサイクル時間の形態であり得る。
用語「参照バイオマーカー」は、その活性が１以上の状態、１以上の状態のステージ、１以上の状態のサブタイプまたは異なる進行を有する１以上の個体のサンプル集団に関して定量されたバイオマーカーを意味して使用される。用語「参照データ」は、サンプル集団中の１以上の個体に関して測定されたデータを意味し、各個体に関して測定されたバイオマーカーのレベルまたは活性の定量、それらの個体のいずれかの状態に関する情報、および場合により対象とする他のいずれかの情報を含み得る。
用語「候補バイオマーカー」は、異なる状態を受けている、または異なるステージもしくは予後を有する個体などの異なる個体群間を識別するのに潜在的に結うウイルス様として同定された参照バイオマーカーのサブセットを意味する。候補バイオマーカーの数は様々であるが、典型的には約２００である。
用語「シグネチャーバイオマーカー」は、特定の状態、異なるステージもしくは状態の重篤度、異なる状態のサブタイプまたは異なる予後を包含または除外するためなどの臨床評価を実行する上で使用可能なバイオマーカーシグネチャーにおいて使用するための同定された候補バイオマーカーのサブセットを意味して使用される。シグネチャーバイオマーカーの数は様々であるが、典型的には１０以下の程度である。
用語「バイオマーカーシグネチャー」は、１以上の生物学的対象から測定または導出され得るバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せを意味し、その組合せは別個の状態、状態のステージ、状態のサブタイプ、または別個の状態、状態のステージ、状態のサブタイプの予後に特徴的である。
用語「生物学的対象」、「対象」、「個体」および「患者」は、本明細書では、動物対象、特に、脊椎動物対象、いっそうより詳しくは、哺乳類対象を意味して互換的に使用される。本発明の範囲内にある好適な脊椎動物としては、限定されるものではないが、霊長類、齧歯類（例えば、マウス、ラット、モルモット）、ウサギ目（例えば、ウサギ、ノウサギ）、ウシ類（例えば、ウシ）、ヒツジ類（例えば、ヒツジ）、ヤギ類（例えば、ヤギ）、ブタ類（例えば、ブタ）、ウマ類（例えば、ウマ）、イヌ類（例えば、イヌ）、ネコ類（例えば、ネコ）、鳥類（例えば、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ、随伴鳥類（例えば、カナリヤ、セキセイインコなど）、海洋哺乳類（例えば、イルカ、クジラ）、爬虫類（ヘビ、カエル、トカゲなど）、および魚類を含む脊索動物門、脊椎動物亜門のいずれのメンバーも含まれる。好ましい対象は霊長類（例えば、ヒト、無尾猿、サル、チンパンジー）である。
本明細書で使用する場合、用語ＳＩＲＳ（「全身性炎症反応症候群」）は、以下の測定可能な臨床的特徴の２つ以上による非特異的傷害から起こる臨床応答を意味する：３８℃より高いまたは３６℃より低い体温、９０拍／分を超える心拍数、２０回／分を超える呼吸数、１２，０００／ｍｍ３より多いまたは４，０００／ｍｍ３より少ない白血球総数（総白血球）、または１０％を超える桿状核球パーセンテージ。免疫学的観点からは、ＳＩＲＳは、傷害（例えば、大手術）に対する全身性応答または全身性炎症を表すと見ることができる。本明細書で使用する場合、「ｉｎＳＩＲＳ」（その範囲内に「術後」（ＰＳ）炎症を含む）は、全身性感染プロセスが存在しない限り上記に示される臨床応答を含む。これに対して、「ｉｐＳＩＲＳ」（本明細書では「敗血症」とも呼ばれる）は、推定されるまたは確定される感染が存在しない限り上記に示される臨床応答を含む。感染の確定は感染性病原体の微生物学的培養または単離を用いて決定され得る。免疫学的観点からは、ｉｐＳＩＲＳは、局部感染、末梢感染、または全身感染を問わず、微生物に対する全身性応答と見ることができる。
本明細書で使用する場合、状態の「程度（degree）」という用語は、状態の重症度、重篤度、ステージまたは現状を意味する。例えば、状態は軽度、中等度または重度として特徴付けることができる。当業者ならば、特定の状態の程度を決定または評価することができるであろう。例えば、状態の程度は、ある状態を有する対象の生存の尤度または長さを、同じ状態を有する他の対象の生存の尤度または長さと比較することにより決定され得る。他の実施態様では、ある状態を有する対象の臨床徴候を同じ状態を有する他の対象の生存の臨床徴候の程度と比較することにより決定され得る。
上記に記載される用語および関連の定義は単に説明のために使用されるものであって、限定を意図しないと認識される。
この例では、本方法は、ステップ１００で複数のバイオマーカー値を決定することを含み、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す。
バイオマーカー値およびバイオマーカー値に対応するバイオマーカーはいずれの適当な形態であってもよく、特に、値が定量され得る対象のいずれの属性にも関連し得る。この技術は特に質量分析、シーケンシングプラットフォーム、アレイおよびハイブリダイゼーションプラットフォームなどのハイスループット技術、またはそのような技術の任意の組合せに適し、１つの好ましい例では、バイオマーカー値は、発現産物または他の測定可能な分子の活性レベルまたは存在量に関連する。
バイオマーカー値は測定バイオマーカー値であり得、これらは対象に関して測定バイオマーカーの値であり、あるいはまた導出バイオマーカー値でもあり得、これらは、例えば、１以上の測定バイオマーカー値に関数を適用することにより１以上の測定バイオマーカー値から導出された値である。本明細書で使用する場合、関数が適用されたバイオマーカーは「導出マーカー(derived marker)」と呼ばれる。
バイオマーカー値は、いくつかの方法のうちいずれか１つにおいて決定され得る。一例では、バイオマーカー値を決定するプロセスは、例えば、生物学的対象に検査を行うことによってバイオマーカー値を測定することを含み得る。しかしながら、より典型的には、バイオマーカー値を決定するステップは、電子プロセッシングデバイスに、予め測定または導出されたバイオマーカー値を受容またはそうでなければ取得させることを含む。これは、例えば、遠隔データベースなどのデータストアからバイオマーカー値を検索すること、または入力デバイスを用いて手で入力されたバイオマーカー値を取得することなどを含む。
ステップ１１０で、複数のバイオマーカー値の組合せを用いて指標が決定され、前記指標は、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す。
バイオマーカー値は、いくつかの方法のうちのいずれか１つで組み合わせることができ、これは、例えば、バイオマーカー値の足し算、掛け算、引き算、または割り算により指標値を決定することを含み得る。このステップは、複数のバイオマーカー値が単一の指標値に組み合わせて、指標の解釈、従って、対象における少なくとも１つの状態の存在、不在または程度の師団または対象における少なくとも１つの状態予後に使用を可能とするためのより有用かつ直接的な機構を提供し得るように実行される。
方法が電子プロセッシングデバイスを用いて実行されると想定すれば、テップ１２０で、指標の提示は場合により、ユーザーにディスプレー表示またはそれ以外の方法で提供される。これに関して、提示は、指標値のグラフ表示または英数表示であり得る。しかしながら、あるいは、提示は、所定の閾値または範囲の指標値の比較の結果であってもよいし、あるいはまた、指標を用いて導出された少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後の提示であってもよい。
決定されうる有効な診断または予後を確保するためには、バイオマーカーのうちの少なくとも２つは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間である。この要件は、それらの２つのバイオマーカーは、診断または予後が行われた１または複数の状態に関して検討した場合に互いに対して完全な相関があるわけではないことを意味する。言い換えれば、その組合せにおけるバイオマーカーのうち少なくとも２つは、状態が変化するにつれ異なる応答を示し、それは少なくとも２つの状態を識別するため、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断するため、および／または少なくとも生物学的対象における、または生物学的対象に対する予後を提供するために組み合わせた場合に、それらの能力に有意に加わる。本明細書で使用する場合、「および／または」は、列挙されている関連の項目のうちの１以上のいずれかのおよび総てのあり得る組合せ、ならびに択一的に（または）解釈される場合の組合せの欠如を意味し、包含する。
典型的には、バイオマーカーが低い相互相関を有するという要件は、前記バイオマーカーが、限定されるものではないが、異なる分子機能、異なる生物学的プロセスおよび異なる細胞成分などの異なる生物学的属性またはドメインに関し得ることを意味する。分子機能の実例としては、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ）などへの、または前記のものからの、以下の部分：直鎖、分岐、飽和または不飽和アルキル（例えば、Ｃ１−Ｃ２４アルキル）；リン酸基；ユビキチン；アシル；脂肪酸、脂質、リン脂質；ヌクレオチド塩基；およびヒドロキシルのうちの１以上(one of more)の付加または除去を含む。分子機能はまた、限定されるものではないが、受容体シグナル伝達経路および核シグナル伝達経路を含むシグナル伝達経路も含む。分子機能の限定されない例としては、また、核酸、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の１以上の部位での切断；核酸、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の重合；細胞膜を経た移送（例えば、細胞膜；核膜の外部）；細胞オルガネラ内または外への移送（例えば、ゴルジ体、リソソーム、小胞体、核、ミトコンドリア）；受容体結合、受容体シグナル伝達、膜チャネル結合、および膜チャネル流入または流出なども含む。
生物学的プロセスの実例としては、減数分裂、有糸分裂、細胞分裂、前期、中期、後期、終期および間期などの細胞周期、細胞分化のステージ；アポトーシス；壊死；走化性；適応および自然免疫応答、炎症誘発性免疫応答、自己免疫応答、および寛容原性応答などを含む免疫応答などのステージを含む。生物学的プロセスの他の実例としては、アデノシン三リン酸（ＡＴＰ）、糖類、多糖、脂肪酸、脂質、リン脂質、スフィンゴ脂質、糖脂質、コレステロール、ヌクレオチド、核酸、膜（例えば、細胞原形質膜、核膜）、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、およびタンパク質などを生成または分解することを含む。
細胞成分の代表例としては、例えば上記に述べたようなオルガネラ、膜、その他を含む。
生物学的属性またはドメインの異なるバイオマーカーの使用により、それらのバイオマーカーが同じまたは共通の生物学的属性またはドメインに関連していた場合以上の情報が得られると認識される。
これに関して、少なくとも２つのバイオマーカーがより高い相関を示す場合、両方のバイオマーカーを使用しても、それらのバイオマーカーの単一のものを使用する場合に比べて診断／予後の改善にほとんど加わらないと認識される。よって、本方法は、互いにあまり相関のないバイオマーカーを使用し、それにより、本方法に各バイオマーカーを包含することが指標の識別能に有意に加わるということが保証される。
これにも関わらず、指標が、少なくとも２つの状態の識別、または少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または少なくとも１つの状態の予後を実行する際に正確に使用できることを保証するためには、その指標は、性能閾値以の性能値を有する。性能閾値はいずれの好適な形態であってもよいが、典型的には、少なくとも０．３の説明分散、または別の性能尺度の等価値を示すべきである。
±０．９の間の相互相関を有するバイオマーカーの組合せを用い、かつ、これらを少なくとも０．３の説明分散を与える組合せで使用すると、これにより、必要とされるバイオマーカーの数を最小としつつ正確な識別、診断または予後が取得できることを保証するために好適な指標が定義できることが見出された。
これに関して、上記の方法内で使用されるバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関するバイオマーカーシグネチャーを定義し得ると認識され、これには、前記バイオマーカーシグネチャーが臨床的に関連のある診断、予後、または識別を行う際に使用できるように十分な性能を維持しつつ、最小数のバイオマーカーが含まれる。使用するバイオマーカーの数を最小化すれば、診断または予後検査の実施に伴うコストが最小化され、核酸発現産物の場合には、核酸アレイ、およびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プロセスなどの比較的直接的な技術を用いて検査が実施可能となり、その検査は臨床状況で迅速に実施可能となる。
さらに、単一の指標値を作成すれば、検査の結果が臨床医または他の医師により容易に解釈可能となり、従って、その検査は臨床状況で信頼性のある診断のために使用できる。
以下、図１Ａの方法において使用するための好適なバイオマーカーシグネチャーを作成するためのプロセスの一例を、図１Ｂを参照して説明する。
特に、多数のバイオマーカーを分析し、次いで、上記の基準を満たすバイオマーカーの組合せを選択することによりバイオマーカーシグネチャーを作成するのが典型的である。
この例では、ステップ１５０で、このプロセスは、各バイオマーカーの、生物学的対象において少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後の間を識別する能力に従って、複数の候補バイオマーカーをランク付けすることを含む。
候補バイオマーカーは、いずれの適当な事項で得てもよいが、典型的には、これは、対象とする１以上の状態の異なる存在、不在、程度または予後を有する１以上の参照個体に関して測定または導出された複数の参照バイオマーカーに関する参照バイオマーカー値を含む参照データを含むデータを取得することを含むと考えられる。よって、候補バイオマーカーは、以下にさらに詳細に記載されるように、測定および／または導出バイオマーカーを含み得ると認識される。
参照データは、典型的には、複数の参照バイオマーカーの測定値を含み、前記測定値は、以下にさらに詳細に記載されるように、任意の発現産物または測定可能な分子のレベル、存在量または機能活性などの、活性に関する情報を含む。参照データはまた、各個体が曝されている１以上の状態に関する臨床データなどの情報も含み得る。これは、ある状態の存在、不在、程度または進行に関する情報、表現形質の詳細などの表現型情報、遺伝情報または遺伝学的に調節された情報、アミノ酸またはヌクレオチド関連のゲノム情報、イメージング、生化学的および血液学的アッセイ、またはＳＯＦＡ（Ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ Ｏｒｇａｎ Ｆａｉｌｕｒｅ Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ）スコアなどの他の生理学的スコアなどを含む他の検査の結果を含むことができ、下記から明らかなように、これに限定されるものではない。
候補バイオマーカーは、好ましい実施によって前記参照バイオマーカーの一部または全部を含み得る。従って、例えば、参照バイオマーカー値は、参照バイオマーカーおよび少なくとも１つの状態と、相関の低いもの、例えば、その状態と０．３未満の相関のものを除去するために大まかにフィルタリングされた参照バイオマーカーとの相関を決定するために分析することができる
ステップ１６０で、少なくとも２つの候補バイオマーカーがランク付けおよび相互相関に基づいて選択される。特に、少なくとも２つの候補バイオマーカーは、±０．９の相互相関範囲内に相互相関を有するものが選択される。よって、このプロセスは、１以上の状態に関して考慮する場合に相互に高い相関を示す、従って、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後の間を識別する能力に有意に加わると思われないバイオマーカーを排除する。
ステップ１７０で、選択された候補バイオマーカーの組合せの性能値が決定される。前述のように、この組合せは、候補バイオマーカー値の足し算、引き算、掛け算または割り算などの候補バイオマーカー値のいずれの組合せであってもよく、従って、これについてはこれ以上詳しく記載しない。
ステップ１８０で、組合せの性能値が性能閾値を超えるかどうかが決定され、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散に相当する。超えるならば、その候補バイオマーカーの組合せはバイオマーカーシグネチャーを定義するために使用可能である。そうでなければ、以下にさらに詳細に記載されるように、候補バイオマーカーの別の組合せを決定するか異なる候補バイオマーカーを選択するか、またはさらなる候補バイオマーカーを追加することによって従前のステップを繰り返すことができる。これに関して、他の尺度を使用することができると認識され、少なくとも０．３の説明分散という言及は例示目的での特定の例として意図される。
従って、上記の方法は、例えば、上記図１Ａの方法を用い、生物学的対象において少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断するためのバイオマーカーシグネチャーのシグネチャーバイオマーカーとして使用するために好適な候補バイオマーカーの組合せを選択するために使用され得る。
一例では、これは、使用されるバイオマーカーのうちの少なくとも２つが相互に高い相関を示さないようにすることにより達成され、それにより、これらのバイオマーカーのそれぞれが結果として得られるシグネチャーの性能に寄与することが確実となる。
以下、いくつかのさらなる特徴を説明する。
一例では、本方法は、複数の測定バイオマーカー値を決定すること、各測定バイオマーカー値は、生物学的対象の対応するバイオマーカーの測定値である、および少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するために、測定バイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は、対応する導出バイオマーカーの値を示す、を含む。
従って、使用される関数は、好ましい実施によって異なる。一例では、関数は、２つのバイオマーカー値の掛け算；２つのバイオマーカー値の割り算；２つのバイオマーカー値の足し算；２つのバイオマーカー値の引き算；少なくとも２つのバイオマーカー値の加重合計；（ｆ）少なくとも２つのバイオマーカー値の対数和；および少なくとも２つのバイオマーカー値のシグモイド関数のうちの少なくとも１つを含む。
より典型的には、関数は２つのバイオマーカー値の割り算であり、従って、導出バイオマーカー値は２つの測定バイオマーカー値の比に相当する。なぜ比が好ましいと考えられるかという理由はいくつかある。例えば、比の使用は自己正規化型であり、これは測定技術の変動が自動的に適合されることを意味する。例えば、サンプルの入力濃度が二倍となっても、バイオマーカーの相対的割合は同じままである。従って、結果として、このタイプの関数は一定範囲の入力濃度で安定なプロファイルを持ち、このことは、入力濃度が発現データの既知の変数であることから重要である。加えて、多くのバイオマーカーは生化学的経路上のノードであり、従って、バイオマーカーの比は、系内の生物学的変化の自然の表現である、ある生物学的経路の、別の経路に対する相対的活性化に関する情報を与える。最後に、比は典型的には容易に解釈される。
本方法は典型的には、指標を表す指標値を決定するために少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせることを含む。これは通常、加法モデル；線形モデル；サポートベクターマシン；ニューラルネットワークモデル；ランダムフォレストモデル；回帰モデル；遺伝的アルゴリズム；アニーリングアルゴリズム；および加重和などの連結関数を用いて、少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせることにより達成される。
一例では、少なくとも２つのバイオマーカーのうちの少なくとも１つは導出バイオマーカーであり、好ましい例では、連結関数は、比としての導出バイオマーカー値の足し算であり、この場合、本方法は、第１および第２および第３および第４の測定バイオマーカー値の比から第１および第２の導出バイオマーカー値を決定すること、および次に、第１および第２の導出バイオマーカー値を足し合わせて指標値を作成することを含む。
一例では、本方法は、指標値を決定すること、前記指標値を少なくとも１つの指標値範囲と比較すること、および比較の結果を用いて、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断することを含む。
上記のプロセスは典型的には、コンピューターシステムなどのプロセッシングシステムの一部を形成する電子プロセッシングデバイスを用いて実行される。この場合、本方法は典型的には、電子プロセッシングデバイスに複数の測定バイオマーカー値を受容させること、少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するために前記測定バイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、および少なくとも１つの導出バイオマーカー値と少なくとも１つの他のバイオマーカー値を組み合わせて指標値を決定することを含む。
次に、電子プロセッシングデバイスは、例えば、指標値の数値表示をディスプレーに表示することにより、少なくとも１つの指標値に従った表現を作成することができる。しかしながら、より典型的には、電子プロセッシングデバイスは、指標値と少なくとも１つの指標値範囲を比較し、比較の結果をディスプレーに表示する。これは、指標を、１以上の状態の特定のステージ、進行または予後を表す定義された範囲と比較するために使用することができ、これにより、個々のステージ、進行または予後の提示のディスプレー表示が可能となる。
相互相関範囲は典型的には、±０．８；±０．７；±０．６；±０．５；±０．４；±０．３；±０．２；および±０．１のうちの少なくとも１つである。これに関して、使用する相互相関範囲が小さいほど、それらのバイオマーカーの相関が低くなり、従って、１以上の状態の特定のステージ、進行または予後の間の識別においてこれらがより有用となると認識される。
また、使用するバイオマーカーはその状態と少なくとも最小の相関を有することが典型的である。一例では、各バイオマーカーは、ある状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後と状態相関を有し、前記状態相関範囲は±０．３の間である。しかしながら、この範囲が大きいほどバイオマーカーと状態の間の相関が大きく、従って、診断の実行におけるその使用度が増すと認識される。従って、状態相関は、より典型的には、±０．９；±０．８；±０．７；±０．６；±０．５；および±０．４のうちの１つである。
さらに、指標の性能が高いほど、診断の実行におけるその指標の使用度が増すと認識される。よって、性能閾値は典型的には、０．４；０．５；０．６；０．７；０．８；および０．９のうちの少なくとも１つの説明分散を示す。
上記のように、バイオマーカー値は、いずれの好適な形態であってもよい。しかしながら、この技術は、特に、核酸分子；タンパク質性分子；アミノ酸；炭水化物；脂質；ステロイド；無機分子；イオン；薬物；化学物質；代謝産物；毒素；栄養素；ガス；細胞；病原性生物；および非病原性生物のうち１以上から選択される分子のレベルまたは存在量を示すバイオマーカー値に特に適している。
バイオマーカーシグネチャーにおいて使用するためのバイオマーカーを決定する際には、本方法は典型的には、連結関数を選択すること、その連結関数により決定された少なくとも２つの候補バイオマーカーの組合せの性能値が性能閾値以上であるかどうかを決定すること、およびその性能値が性能閾値以上でなければ、連続連結関数に対してこれらのステップを繰り返すことを含む。従って、これにより、複数の異なる連結関数が連続的に試行可能となり、最良の連結関数が同定できる。
本方法は典型的には、２つの候補バイオマーカーを選択すること、前記２つの候補バイオマーカーの組合せの性能値が性能閾値以上であるかどうかを決定すること、およびそうでなければ、選択された候補バイオマーカーを少なくとも１つの付加的候補バイオマーカーと組み合わせた後に、少なくとも１つの付加的候補バイオマーカーを用いて前記ステップを繰り返すことをさらに含む。これにより、２つのバイオマーカーで不十分な場合に、多数のバイオマーカーを使用することが可能となり、必要な性能が達成されるまで、または候補バイオマーカーの定義された限界数に達するまで、組み合わせて使用する候補バイオマーカーの数を増しながらこれを繰り返し、性能閾値と比較することができる。
候補バイオマーカーを選択する際に必要な相互相関が満たされることを保証するために、本方法は典型的には、選択された候補バイオマーカーに関して最高および次に高いランクの候補バイオマーカーを選択すること、候補バイオマーカーに関する相互相関が相互相関範囲内にあるかどうかを決定すること、およびそうでなければ、相互相関範囲内に相互相関を有する２つの候補バイオマーカーが選択されるまでこれらのステップを繰り返すことを含む。しかしながら、あるいは、これは、候補バイオマーカーの少なくとも２つの群を定義すること、異なる群の候補バイオマーカーは、相互相関範囲内に相互相関を有する；各群において候補バイオマーカーをランク付けすること；および前記の異なる群から候補バイオマーカーを選択することによって達成することもできる。
一般に、候補バイオマーカーは、少なくとも１個体の参照データを用いて、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を示す複数の群を定義すること、次いで、少なくとも１つの分析技術を用いて、群を識別するために潜在的に有用な複数の候補バイオマーカーを同定することにより決定される。これらの群はまた、その群の指標値範囲を決定するために少なくとも２つの参照バイオマーカー値の範囲を確定するために使用することもできる。
一例では、その後、少なくとも１個体に対する参照バイオマーカーに関して測定された参照値を用い、例えば、各バイオマーカーとその状態との相関に基づいて候補バイオマーカーを決定するための参照バイオマーカーのフィルタリングを行うことによって、候補バイオマーカーを同定することができる。
一例では、本プロセスは、分散アーキテクチャーの一部として作動する１以上のプロセッシングシステムにより実行され、以下、その一例を図２を参照して説明する。
この例では、この配置は、インターネット２０２、および／または複数のローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）２０４などの１以上のコミュニケーションネットワークを介して相互接続された複数のプロセッシングシステム２０１およびコンピューターシステム２０３を含む。ネットワーク２０２、２０４の構成は単に例示目的であり、実際には、プロセッシングシステムおよびコンピューターシステム２０１、２０３は、限定されるものではないが、モバイルネットワーク、プライベートネットワーク（例えば、８０２．１１ネットワーク）、インターネット、ＬＡＮ、またはＷＡＮなどを含む有線または無線接続を介するもの、ならびに直接接続またはＢｌｕｅｔｏｏｔｈなどのポイント・ツー・ポイント接続などを介するものといったいずれかの適当な機構を介して通信し得ると認識される。
「プロセッシングシステム」および「コンピューターシステム」という別個の用語を使用したのは、例示のため、また、場合により、異なる機能性を有する異なるデバイス間で区別を可能とするためである。例えば、プロセッシングシステムおよびコンピューターシステム２０１、２０３は、以下の説明から明らかとなるように、それぞれサーバーおよびクライエントを表し得る。しかしながら、これは限定を意図するものではなく、実際には、いずれの好適なコンピューターネットワークアーキテクチャーも使用可能である。
好適なプロセッシングシステム２０１の一例を図３に示す。この例では、プロセッシングシステム２０１は、示されているようにバス３０４を介して相互接続された、少なくとも１つのマイクロプロセッサー３００などの電子プロセッシングデバイス、メモリー３０１、任意選択の入力／出力デバイス３０２（例えば、キーボードおよび／またはディスプレー）、および外部インターフェース３０３を含む。この例では、外部インターフェース３０３は、プロセッシングシステム２０１をコミュニケーションネットワーク２０２、２０４、データベース２１１、または他の保存デバイスなどの周辺デバイスに接続するために利用され得る。単一の外部インターフェース３０３が示されるが、これは単に例示のためであり、実際には、様々な方法（例えば、イーサネット、シリアル、ＵＳＢ、または無線など）を用いて複数のインターフェースが提供され得る。
使用上、マイクロプロセッサー３００は、他のプロセッシングシステムまたはコンピューターシステム２０１、２０３と通信するなどの、必要とされるプロセスを実行するためにメモリー３０１に保存されているアプリケーションソフトウエアの形態で命令を実行する。よって、プロセッシングシステム２０１によって実行されるアクションは、メモリー３０１内にアプリケーションソフトウエアとして保存されている命令、および／またはＩ／Ｏデバイス３０２を介して受け取られた入力コマンド、または他のプロセッシングシステムまたはコンピューターシステム２０１、２０３から受け取られたコマンドに従って、プロセッサー３００により実行される。アプリケーションソフトウエアは１以上のソフトウエアモジュールを含んでよく、オペレーティングシステム環境などの好適な実行環境で実行され得る。
よって、プロセッシングシステム２０１は、適切にプログラムされたコンピューターシステム、ＰＣ、ｗｅｂサーバー、またはネットワークサーバーなどの任意の好適なプロセッシングシステムから形成され得ると認識される。１つの特定の例では、プロセッシングシステム２０１は、不揮発性（例えば、ハードディスク）記憶域に保存されているソフトウエアアプリケーションを実行する３２ビットまたは６４ビットインテルアーキテクチャーに基づくプロセッシングシステムなどの標準的なプロセッシングシステムであるが、これは必須ではない。しかしながら、プロセッシングシステムは、場合によりＦＰＧＡ（フィールド・プログラマブル・ゲート・アレイ(Field Programmable Gate Array)）などの実装ロジックと関連したマイクロプロセッサー、マイクロチッププロセッサー、論理ゲート構成、ファームウェアなどの任意の電子プロセッシングデバイス、または他の任意の電子デバイス、システムまたは構成であり得るか、またはそれらを含み得るということも理解される。
図４に示されるように、一例では、コンピューターシステム２０３は、示されているようにバス４０４を介して相互接続された、少なくとも１つのマイクロプロセッサー４００などの電子プロセッシングデバイス、メモリー４０１、入力／出力デバイス４０２（例えば、キーボードおよび／またはディスプレー）、および外部インターフェース４０３を含む。この例では、外部インターフェース４０３は、コンピューターシステム２０３を、コミュニケーションネットワーク２０２、２０４、データベース、または他の保存貯蔵デバイスなどの周辺デバイスに接続するために利用され得る。単一の外部インターフェース４０３が示されるが、これは単に例示のためであり、実際には、様々な方法（例えば、イーサネット、シリアル、ＵＳＢ、または無線など）を用いて複数のインターフェースが提供され得る。
使用上、マイクロプロセッサー４００は、例えば、他のプロセッシングシステムまたはコンピューターシステム２０１、２０３と通信させるために、必要とされるプロセスを実行するためにメモリー４０１に保存されているアプリケーションソフトウエアの形態で命令を実行する。よって、プロセッシングシステム２０３によって実行されるアクションは、メモリー４０１内にアプリケーションソフトウエアとして保存されている命令、および／またはＩ／Ｏデバイス４０２を介してユーザーから受け取られた入力コマンドに従って、プロセッサー４００により実行される。アプリケーションソフトウエアは１以上のソフトウエアモジュールを含んでよく、オペレーティングシステム環境などの好適な実行環境で実行され得る。
よって、コンピューターシステム２０３は、適切にプログラムされたＰＣ、インターネット端子、ラップトップ、ハンドヘルドＰＣ、スマートホン、ＰＤＡ、またはタブレットなどの任意の好適なプロセッシングシステムから形成され得ると認識される。よって、一例では、プロセッシングシステム３００は、不揮発性（例えば、ハードディスク）記憶域に保存されているソフトウエアアプリケーションを実行する３２ビットまたは６４ビットインテルアーキテクチャーに基づくプロセッシングシステムなどの標準的なプロセッシングシステムであるが、これは必須ではない。しかしながら、プロセッシングシステム２０３は、場合によりＦＰＧＡ（フィールド・プログラマブル・ゲート・アレイ(Field Programmable Gate Array)）などの実装ロジックと関連したマイクロプロセッサー、マイクロチッププロセッサー、論理ゲート構成、ファームウェアなどの任意の電子プロセッシングデバイス、または他の任意の電子デバイス、システムまたは構成であり得る。
また、プロセッシングシステムおよびコンピューターシステム２０１、２０３は単一の実体として示されているが、これは必須ではなく、代わりに、プロセッシングシステムおよび／またはコンピューターシステム２０１、２０３のうちの１以上が、例えば、クラウドに基づく環境の一部として提供されたプロセッシングシステムを使用することにより、地理学的に分離した場所に分散されていてもよいと認識されることに留意されたい。
以下、上記の１または複数の方法の例をさらに詳細に説明する。これらの例の目的では、本プロセスは診断サーバーとして働くプロセッシングシステム２０１のうちの１以上によって実行されると想定される。ユーザーによる相互作用はユーザーコンピューターシステム２０３を介するものであり、これはユーザーが、例えば、対象での測定から得られたものなどの生データを提出することを可能とするために使用され、このプロセッシングシステム２０１は指標を作成し、これをコンピューターシステム２０３上にディスプレー表示させることを可能とする。
しかしながら、上記の構成は以下の例の目的では必須ではないと想定され、他の多くの構成が使用可能であると認識される。また、プロセッシングシステムとコンピューターシステム２０１、２０３の間の機能の区分は特定の実施によって可変であるということも認識される。
以下、バイオマーカーシグネチャーを使用するためのバイオマーカーを同定するための具体的方法の一例を、図５を参照して説明する。
この例では、ステップ５００で、参照データが少なくとも１個体から取得される。この参照データは典型的には、少なくとも１個体の、少なくとも１つの状態の異なるステージに関して得られる測定バイオマーカー値の形態である。
参照データは、適当ないずれの方法で取得してもよいが、典型的には、これは対象とする１以上の状態を有すると診断された個体ならびに健常個体を含むように選択された複数の個体から遺伝子発現産物データを取得することを含む。本明細書に記載の方法のいずれかの使用におけるどのタイプの遺伝子発現の検出であれ本発明により包含される。用語「発現」または「遺伝子発現」は、ＲＮＡの産生のみまたはＲＮＡの産生とびＲＮＡのタンパク質またはポリペプチドへの翻訳を意味する。よって、用語「発現産物」は、（ｉ）ＲＮＡ転写産物および対応する核酸（ＲＮＡ転写産物の相補的ｃＤＮＡコピーを含む）を含むポリヌクレオチド、ならびに（ｉｉ）ＲＮＡ転写産物によりコードされるポリペプチドを包含する。前記の状態は典型的には、医学的状態、獣医学的状態または他の健康状態であり、いずれの体調不良、疾患、疾患のステージ、疾患のサブタイプ、疾患の重篤度、または予後の異なる疾患なども含み得る。用語「健常個体」、および「健常対象」などは、本明細書において、疾患、障害、虚弱、または病気が診断されていない対象、特に、哺乳類を意味して使用される。このような個体または対象の状態は、本明細書では「健常状態」と呼ばれ、従って、一例では、状態は健常を含み得る。特定の実施態様では、健常対象はＳＩＲＳ（例えば、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳ）を欠いている。
これを達成するために、遺伝子発現産物データは、例えば、末梢血サンプルなどの生物学的サンプルを取得すること、および次いで複数の参照バイオマーカーの活性、特に、レベルまたは存在量を評価するために、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）などを含む核酸増幅プロセスなどの定量プロセスを実行することによって収集される。相対的活性を示す定量値は、その後、参照データの一部として保存される。
参照バイオマーカー例としては、核酸またはタンパク質性分子などの発現産物、ならびに臨床評価の作成に関連する他の分子を含み得る。参照バイオマーカーとして使用するために測定されるバイオマーカーの数は好ましい実施によって異なり、典型的には、１０００、５０００、１００００またはそれを超えるような多数を含むが、これに限定されない。
個体はまた典型的にはいずれの状態も臨床的に同定可能とする臨床評価を受け、いずれの評価または状態の表示も参照データの一部を形成する。いずれの状態も評価され得るが、一例では、このプロセスは具体的には、ＳＩＲＳ（全身性炎症反応症候群）(M S Rangel-Frausto, D Pittet, M Costigan, T Hwang, C S Davis, and R P Wenzel, "The Natural History of the Systemic Inflammatory Response Syndrome (SIRS). a Prospective Study.",JAMA : the Journal of the American Medical Association 273, no. 2 (January 11, 1995): 117-123.)などの状態を同定するために使用される。ＳＩＲＳは感染性または非感染性病因を持ち得る圧倒的な全身反応であり、一方、敗血症は、感染中に起こるＳＩＲＳである。双方とも心拍数、呼吸数、体温および白血球総数における変化を含むいくつかの非特異的宿主応答パラメーターによって定義される(Mitchell M Levy et al., “2001 SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS International Sepsis Definitions Conference”,Critical Care Medicine 31, no. 4 (April 2003): 1250-1256.; K Reinhart, M Bauer, N C Riedemann, and C S Hartog, “New Approaches to Sepsis: Molecular Diagnostics and Biomarkers”,Clinical Microbiology Reviews 25, no. 4 (October 3, 2012): 609-634)。これらの状態を区別するために、それらは本明細書ではＳＩＲＳ（両状態）、感染陰性ＳＩＲＳ（感染のないＳＩＲＳ、以下、本明細書では、互換的に「ｉｎＳＩＲＳ」と呼ばれる）および感染陽性ＳＩＲＳ（敗血症、既知の感染があるまたは感染が疑われるＳＩＲＳ、以下、本明細書では、互換的に「ｉｐＳＩＲＳ」と呼ばれる）と呼ばれる。ＳＩＲＳの原因は複数あり、様々であり、限定されるものではないが、外傷、火傷、膵炎、内毒素血症、手術、有害薬物反応、および感染（局部および全身）を含み得る。しかしながら、以下から、これはある範囲の異なる状態に当てはまり得、ＳＩＲＳまたは敗血症に対する言及は限定されるものでないと認識される。
加えて、参照データは、個体および／またはそれらの関連個体の１以上の表現型パラメーターまたは臨床パラメーターなどの付加的バイオマーカーを含み得る。表現型パラメーターは、性別、人種、年齢、毛の色、眼の色、身長、体重、または胴囲および腰囲などの情報を含み得る。また、ヒト以外の個体に適用される技術の場合、これはまた、種、または品種などの呼称のような情報も含み得る。臨床形質は、遺伝情報、白血球総数、拡張期血圧および収縮期血圧、骨密度、肥満度指数、糖尿病、安静時心拍数、ＨＯＭＡ、ＨＯＭＡ−ＩＲ、ＩＶＧＴ、安静時心拍数、β細胞機能、大血管機能、微小血管機能、アテローム指数、低密度リポタンパク質／高密度リポタンパク質比、内膜中膜厚、体温、およびＳＯＦＡなどを含み得る。
よって、一例では、参照データは、参照個体のそれぞれに関して、少なくとも１つのおよび望ましくは複数の参照バイオマーカー、およびある状態の存在、不在、程度または進行に関連する情報を含み得る。
参照データは、医療施設において、対象とするいずれかの関連のある状態に関して臨床徴候を呈する個体から収集可能であり、臨床評価を確認するため、ならびに一定期間にわたるバイオマーカー、および／または臨床徴候、および／または臨床徴候の重篤度の変化を特定するための継続的診察を含み得る。この後者の場合、参照データは、状態の進行、および／または参照バイオマーカーの活性を示す経時的データを含むことができ、従って、ある個体の参照データを用いれば、その個体の状態が改善しているか、悪化しているかまたは安定であるかを決定することができる。また、参照バイオマーカーは好ましくはサンプル集団内の個体に関するものと実質的に類似しており、従って、個体間で測定された活性の比較を行い得るということも認識される。
この参照データはまた、１個体から経時的に、例えば、その個体内の状態が進行するとともに採集することもできるが、より典型的には、参照データは、それぞれが対象とする１以上の状態の異なるステージを有する複数の個体から得られると考えられる。
ひと度収集されれば、参照データはデータベース２１１に保存することができ、これは以降、続いての分析のためにプロセッシングシステム２０１により検索可能となると認識される。プロセッシングシステム２０１はまた典型的には、参照バイオマーカーのそれぞれの特性(identity)の表示も保存する。
一例では、測定値は生データとして受容され、その後、前処理を受ける。このような生データは、ＰＣＲ装置、アレイ（例えば、マイクロアレイ）スキャナ、シーケンシング装置などの機器からの出力、臨床記録または他の任意の生化学的、生物学的観察データなどの情報源から無修正で得られた情報に相当する。このステップは、生データを分析により良く適合された形式に変換するために使用できる。一例では、これは、生データを正規化し、それにより、異なる技術、または異なる装置などを用いて測定された場合でもバイオマーカー値が一貫性を示すように補助するために行われる。よって、正規化の目的は、検討下の特定の分析に直接帰属し得ないサンプル内の変動を除去することである。例えば、異なる部位におけるサンプル処理の違いによって起こった変動を除去するため。正規化の古典的な例としては、全般的データに関するｚ−スコア変換、またはマイクロアレイのためのＲＭＡ正規化などのポピュラー・ドメイン・スペシフィック・ノーマライゼーション(popular domain specific normalization)が含まれる。
しかしながら、また、単一のデータ取得装置で実施される単一サンプル試験などの一部の適用では、このステップは厳密には必要ではなく、この場合、関数は、入力と同一の出力を生じる零関数であり得ることも認識される。
一例では、好ましいアプローチは、対数正規化データに対する対関数アプローチである。対数正規化は、装置から出力する際にデータが対数正規分布に従うことから、マイクロアレイデータに対する標準的なデータ変換である。対数変換を適用すると、データはプロセスに適した標準データとなる。
ステップ５０５で、異なる群が参照データを用いて定義される。
これが生じる前に、プロセッシングシステム２０１は場合により、プロセッシングシステム２０１にバリデーションサブグループを含まない参照データを用いて候補バイオマーカーを決定させるために、参照データから個体のバリデーションサブグループを除去し、これにより、バリデーションサブグループはその後、複数の候補バイオマーカーを含む候補バイオマーカーまたはシグネチャーをバリデートするために使用することができる。よって、バリデーションサブグループからのデータは、潜在的バイオマーカーまたはシグネチャーバイオマーカーが有効であることを保証するためにこれらの状態のうちのいずれか１以上の存在、不在、程度、ステージ、重篤度、予後または進行を特定する上で、候補バイオマーカーまたはシグネチャーバイオマーカーの有効性をバリデートするために使用される。
一例では、これは、バリデーションサブグループ内にプロセッシングシステム２０１フラッグ個体を有するか、あるいはまた、データベース２１１内の別の場所か参照データとは別のデータベースかのいずれかにこれらを保存することによって達成される。個体のバリデーションサブグループは典型的には無作為に選択され、場合により、異なる表現形質を有する個体を含むように選択され得る。個体のバリデーションサブグループが除去される場合、残った個体は、残りの説明中で簡単にするために、単に参照データと呼ばれる。
参照データ（すなわち、バリデーションサブグループを排除）は群に分類される。これらの群はいずれの適当な方法で定義されてもよく、ある状態の存在、不在、程度、ステージ、重篤度、予後または進行の表示、他の検査もしくはアッセイ、またはそれらの個体に関連する測定バイオマーカーのうちのいずれか１以上に基づいて定義され得る。
例えば、群の第１の選択は、ＳＩＲＳに罹患している個体の１以上の群、ｉｐＳＩＲＳに罹患している個体の１以上の群、ｉｎＳＩＲＳに罹患している個体の１以上の群、および健常個体の１以上の群を同定するためであり得る。さらなる群はまた、他の状態に罹患している個体に関して定義されてもよい。これらの群は重複する群を含んでもよく、従って例えば、健常個体およびＳＩＲＳを有する個体の群を定義することが望ましい場合があり、さらに、ｉｎＳＩＲＳ患者をｉｐＳＩＲＳ患者から識別する、ならびにｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの異なる程度（これらの群は共通にＳＩＲＳを有するが、患者の各群は臨床医が感染の存在を決定したかどうかで異なる）を識別するために定義される。加えて、表現形質に基づいてさらなる再分が実行されてもよく、従って、群は性別または人種などに基づいて定義可能であり、それにより、ある状態を受けている個体の複数の群が定義され、各群は異なる表現形質に関連する。
しかしながら、また、異なる群の同定は、例えば、参照個体の生物学的サンプル内のバイオマーカーの特定の活性に基づくなどの他の方法で行ってもよく、従って、状態に対する言及は限定されるものではなく、必要に応じて他の情報も使用可能であるということも認識される。
群への分類が実施される方法は、好ましい実施によって異なり得る。一例では、これは、プロセッシングシステム２０１により、例えば、主成分分析（ＰＣＡ）などの教師なしの方法(unsupervised methods)、ｋ−平均法(k-means)または自己組織化マップ(Self Organizing Map)（ＳＯＭ）などの教師ありの方法(supervised methods)を用いて自動的に実行され得る。あるいは、これは、オペレーターに、グラフィックユーザーインターフェース（ＧＵＩ）に提供される参照データを再検討させ、適当な入力コマンドを用いて各群を定義させることによって、オペレーターにより手動で実行されてもよい。
ステップ５１０で、バイオマーカーは、群間を識別するそれらの能力に基づいてフィルタリングされる。このプロセスは典型的には、その活性が群間で異なり、従って群を識別することができる参照バイオマーカーを同定するために、群間および群間の個体に関して参照バイオマーカーの活性を検討する。例えば、回帰または相関分析技術を含む、ある範囲の異なる分析技術が利用可能である。使用される技術の例としては、通常、シグネチャーにおいて使用されるバイオマーカーの特定のサブセットの選択のためのフィーチャーレダクション技術(feature reduction technique)と組み合わせた、部分最小二乗、ランダムフォレストまたはサポートベクターマシンなどのパラメーター化モデル構築のために確立された方法を含み得る。
このような技術は既知であり、いくつかの刊行物に記載されている。例えば、部分最小二乗の使用は、Bioinformatics 2007 vol 8. no. 1, pg 32-44のブリーフィングからのBoulesteix, Anne-Laure and Strimmer, Korbinianによる“Partial least squares: a versatile tool for the analysis of high-dimensional genomic data”に記載されている。サポートベクターマシンは、ACM Transactions on Intelligent Systems and Technology (TIST), 2011 vol 2, no. 3,pg 27からのChang, C.C. and Lin, C.J.による“LIBSVM: a library for support vector machines”に記載されている。Ｒ言語の標準的なランダムフォレストは、R news 2002, vol2, no. 3, pg 18-22におけるLiaw, A. and Wiener, M.による“Classification and Regression by random Forest”に記載されている。
分析技術は、プロセッシングシステム２０１により、プロセッシングシステム２０１に一連の分析技術のうちの複数のものを実行させるアプリケーションソフトウエアを用いて実施される。異なる分析技術は典型的には異なるバイアスを有し、従って、群を識別し得る異なる潜在的バイオマーカーを同定するために使用でき、それにより、臨床的に関連のあるバイオマーカーが見落とされるリスクを軽減することができるので、これは有利である。
一例では、本プロセスは、それらの群と、ゆえに、その状態と相関（それは０．３などの特定の相関閾値未満である）を示すいずれのバイオマーカーもふるい落とすことを含む。
ステップ５１５で、導出バイオマーカーが、フィルタリングされた参照バイオマーカーから１以上の関数を用いて作成される。導出バイオマーカーおよび使用する関数の性質は、好ましい実施によって異なる。例えば、関数は、２つのマーカーの割り算、引き算、掛け算、足し算、２つのバイオマーカーの産物に適用されるシグモイド関数、２つのバイオマーカーの割り算の負の対数、関数（方程式）出力を生成するためにマーカーの２つのベクターに適用される最小二乗回帰、またはカテゴリーバイオマーカーの２つのベクターの一致相関係数などを含み得る。
一般に、関数は複数の規則に基づいて選択される。これらの規則としては、有用性、最良の結果をもたらす関数；説明力、生物学的機能に関して理解され得る関数；出力、情報を与える出力をもたらす関数；簡易性；性能評価；最良の性能に対して最小数のバイオマーカー；または統計的過剰適合閾値におけるバイオマーカーの数などを含み得る。
一例では、好ましい関数は割り算であり、得られるバイオマーカーは種々の比である。割り算は、３つのバイオマーカーに対して９つの異なる導出バイオマーカーが決定され得るように、複数の異なる方法で実行され得ると認識される。
ステップ５２０で、性能尺度は、フィルタリングされた参照バイオマーカーおよび任意の導出マーカーを含む候補バイオマーカーのそれぞれに関して決定される。性能尺度はいずれの好適な形態であってもよく、典型的には、対応するバイオマーカーとその群間識別能の相関を示す、相関または性能により説明される尺度を含む。一例では、性能尺度を決定するために使用される性能関数は、総ての候補バイオマーカーにわたる標準的な単変量統計検定である。しかしながら、他の例にはｔ検定、ノンパラメトリックな等価法(non-parametric equivalent)また受信者動作曲線下面積(area under receiver operator curve)、カイ二乗または回帰分析またはそれらの等価法、拡張法または派生法が使用可能である。
候補選択ステップにおいてそれぞれに性能関数を適用した結果は、ランク付けされたバイオマーカーリストであり、上位Ｎランクのバイオマーカーが次の段階へ進む。この閾値より下に入るバイオマーカーはもはや考慮されない。適用される閾値は、総てのバイオマーカー絶対数または割合であり得、またはｐ値≦０．０５などの性能により決定される。閾値は、十分に独立したバイオマーカー（すなわち、低い相互相関）を含む方向に傾かせるのに十分多数のバイオマーカーを含むように選択されるべきである。
ステップ５２５で、プロセッシングシステム２０１は、性能尺度および相互相関に基づき、次点の２つの候補バイオマーカーを選択する。これに関して、その状態に関して互いに高い相関を示す２つのマーカーは、それらのマーカーの単一のものよりも必ずしもその状態の特定の存在、不在、程度または予後を識別する能力を改善しない。従って、その状態に関して高い性能尺度を有するが、相互相関閾値未満に入る相互相関を有するバイオマーカーを選択することが典型的である。使用される相互相関閾値は好ましい実施によって異なり、典型的には、上記のようにできる限り低くなるように選択される。バイオマーカーが選択される方法の例を、図６Ａおよび６Ｂに関して以下にさらに詳細に説明する。
ステップ５３０で、プロセッシングシステム２０１は、次の候補バイオマーカー組合せの性能を決定する。これに関して、プロセッシングシステム２０１は、選択された候補バイオマーカーのバイオマーカー値を組み合わせるために足し算などの連結関数を使用し、これを用いてバイオマーカー値の組合せに基づく指標値を決定する。性能は、統計的測定、相関測定、一致率測定または平均値などの集約性能測定を使用するなど、いずれかの好適な方法で決定され得る。１つの特定の例では、性能尺度は、「説明分散(variance explained)」（ＶＥ）である。ＶＥ「１」は、それらのバイオマーカーを用いて、その疾患を完全に分類／予測できることを意味する。ＶＥ「０．８」は、それらのマーカーが実際に８０％の結果を説明することを意味する。
よって、ステップ５３５で、プロセッシングシステム２０１は、指標の性能を性能閾値と比較し、ステップ５４０で、これが超えられるかどうかを決定する。閾値が超えられれば、これは選択されたマーカーの組合せが必要とされる識別の適度を提供し、その状態の存在、不在、程度または予後の決定を可能とすることを示す。
ステップ５４０で閾値が超えられない場合には、ステップ５４５で、総ての組合せが検討されたかどうかが決定される。これに関して、２つの選択バイオマーカーの複数の異なる組合せの試行が可能であり、従って、あり得る各組合せが検討されなかった場合には、プロセッシングシステム２０１は、次の候補バイオマーカー組合せの性能を決定するためにステップ５３０に戻る。これに関して、使用される組合せは典型的には優先性の順序で並び、従って、好ましい組合せが最初に試行され、好ましさの低い組合せは、好ましい組合せで上手くいかないことが分かった場合にのみ試行される。
選択された２つの候補バイオマーカーに関して総ての候補バイオマーカー組合せが検討されたところで、性能閾値がなお超えられなかった場合には、そのプロセスは、限界値まで考慮される候補バイオマーカーの現行数を比較するためにステップ５５０に移行する。これに関して、この限界値は、バイオマーカーシグネチャーにおけるバイオマーカーの総数を制御するために使用され、それにより、シグネチャーサイズ、従って、関連の測定および診断を実施するコストを最小とする。
その限界値が超えられていなければ、ステップ５６０で、相関および性能に基づき付加的なバイオマーカーが追加され、プロセスは、次の候補バイオマーカー組合せの性能を決定するためにステップ５３０に移行する。そうではなく限界値が達成されていれば、ステップ５２５で、別の次の２つの候補バイオマーカーが選択される。よって、このプロセスにより、付加的な候補バイオマーカーが段階的に包含されることが可能となり、必要な性能が満たされるかどうかを決定するために、複数の候補バイオマーカーの組合せが性能閾値と比較される。候補バイオマーカーの数が限界値に達する前にこれが達成されなければ、２つの異なる候補バイオマーカーを用いるプロセスが推奨される。
ステップ５４０で、ひと度、性能閾値が超えられれば、選択された候補バイオマーカーは、ステップ５６５で、１以上の状態に関するバイオマーカーシグネチャーに含めるためのシグネチャーバイオマーカーとして定義され得る。
ステップ５６５でバイオマーカーシグネチャーが最終決定される前に、シグネチャーに含まれる候補バイオマーカーがいずれの理由でも排除されるべきではないことを確認するために付加的なチェックを行ってもよいことに留意すべきである。例えば、候補バイオマーカーは、候補バイオマーカーのいくつかの組合せは他のものよりもコストがかかる可能性があるので、コストの観点で排除される場合がある。例えば、多数のバイオマーカーは少数よりもコストがかかる可能性があり、追加コストは性能の小さな改善によっては正当でない場合がある。あるいは、必要とされるバイオマーカー値を測定するために複数の異なる検査が必要とされる場合もコストが増し得る。
バイオマーカーはまた、法的理由で、例えば、それらの使用が承認または知的財産の理由で制限される場合には、使用から排除されることがある。一部のバイオマーカーは、例えばｉｎ ｖｉｖｏで発現が極めて低い（変動が大きくなり、従ってロバスト性が低下する）など、技術的観点から測定が困難な場合がある。
各バイオマーカー組合せパネルの性能はまた、典型的には報告される性能の前後の信頼区間として表されるいくらかの変動を含み得る。あるパネルの点推定値が別のものよりも高い場合があるが、その違いにより与えられる変動が有意でなければ、それらの組合せは等価と見なされ得る。
シグネチャーバイオマーカーの特定の組合せがひと度適宜されれば、ステップ５７０で、プロセッシングシステム２０１は各群に関連する指標値範囲を決定することができる。特に、各群内のシグネチャーバイオマーカーの参照バイオマーカー値の範囲を用いて、各群の指標値範囲が計算される。次に、これらを、少なくとも１つの状態の未知の存在、不在、程度または進行を有する生物学的対象に関して計算された指標値と比較し、その対象が属すであろう群、従ってその状態の存在、不在、程度または進行を同定するために使用でできる。
よって、上記プロセスはバイオマーカーを反復評価し、まず、２つのバイオマーカーを選択し、これらがある状態の存在、不在、程度または進行を診断する上で使用するために必要とされる性能を有するかどうかを決定するために、これらの種々の組合せが検討される。必要とされる性能が提供されない場合には、付加的バイオマーカーが追加され、さらなる組合せが試行される。よって、本プロセスは、３つのバイオマーカー、４つのバイオマーカー、５つのバイオマーカー、６つのバイオマーカー、７つのバイオマーカー、８つのバイオマーカー、９つのバイオマーカーまたはそれを超えるものを考慮し得る。典型的には、これは、例えば、所与のコスまたはプロセスパラメーター内で実際に測定され得るバイオマーカーの数に基づいて定義され得る限界まで行われる。必要とされる性能が得られない場合には、そのプロセスは別候補バイオマーカーを選択することに移行し、これが繰り返される。
よって、上記プロセスはまず、好適な性能を有し、かつ、これらが最大性能を提供するということに基づいて高い相関を示さないバイオマーカーを選択すると認識される。次に、これらのバイオマーカーの識別能を試験し、これが不十分である場合には、さらなるバイオマーカーが限界まで付加され得る。これが必要とされる識別性能なお提供しなければ、別のバイオマーカーが選択され得る。
ステップ５２５で、２つの候補バイオマーカーを選択するプロセスは、好ましい実施によって任意の数の方法で達成することができ、以下、この例を図６Ａおよび６Ｂを参照して説明する。
図６Ａの例では、ステップ６００で、バイオマーカーがそれら相互の類似性に従って分類される。よって、高い相関を示すバイオマーカーは一緒に共通の群に置かれる。群内のバイオマーカーは、それらのその状態との相関に関するそれらの性能尺度に基づき、ステップ６１０でランク付けされ、ステップ６２０でそれらの群の２つから最高ランクのバイオマーカーが選択されて、次の２つの候補バイオマーカーを定義する。付加的な候補バイオマーカーが必要とされる場合には、これらは第１の２つの候補バイオマーカーとは異なる群から選択され得ると認識される。
別のプロセスを図６Ｂに示す。この例では、ステップ６５０で、バイオマーカーが状態の識別におけるそれらの性能に基づいてランク付けされる。ステップ６６０で、次に高いバイオマーカーが選択され、残りのバイオマーカーが、それらの、選択されたバイオマーカーとの類似性の組合せに対して、例えば、相互情報、ならびにそれらの性能を用いて再ランク付けされる。次いで、ステップ６８０で、次に高いバイオマーカーが選択され、必要に応じてこのプロセスが繰り返される。
よって、上記プロセスは、次に少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断または少なくとも１つの状態の予後の提供に使用できるバイオマーカーシグネチャーを形成するために使用可能なバイオマーカー、より典型的には、導出バイオマーカーの組合せを選択するための機構を提供すると認識される。これに関して、バイオマーカーシグネチャーは、測定されるべきバイオマーカー（すなわち、シグネチャーバイオマーカー）、測定バイオマーカー値に関して導出バイオマーカー値がどのように決定されるべきか、および次いで、指標値を作成するために続いてバイオマーカー値がどのように組み合わされるべきかを定義する。バイオマーカーシグネチャーはまた、１以上の状態の特定の存在、不在、程度または予後を示す、定義された指標値範囲を指定することもできる。
以下、上記のバイオマーカーシグネチャーを使用する方法の一例を図７を参照して説明する。
この例では、ステップ７００で、複数の測定バイオマーカー値が、状態が未知である生物学的対象に関して測定され、これらは典型的には、例えば測定装置からのダウンロードによってプロセッシングシステム２０１に提供される。
正規化などの必要とされる処理の後、ステップ７１０で、プロセッシングシステム２０１は、必要とされる導出バイオマーカー値を決定するために測定バイオマーカー値に１以上の関数を適用する。導出バイオマーカー値および別のバイオマーカー値（すなわち、別の導出バイオマーカー値または測定バイオマーカー値）を組み合わせて指標値が作成され、次に、これはディスプレーに表示することができ、またはそうでなければ１以上の状態の存在、不在、程度もしくは予後の決定において使用することができる。よって、これは単に指標値をディスプレーに表示することを含むことができ、これにより医師が評価を行うことが可能となり、あるいはまた、その指標を、１以上の状態の特定の存在、不在、程度もしくは予後を示す、定義された指標値範囲と比較するなどのさらなる処理を含んでもよく、比較の結果がディスプレーに表示される。
よって、上記方法では、バイオマーカーシグネチャーは、測定および／または導出される必要のあるバイオマーカー値を定義し、プロセッシングシステム２０１に受け取った測定バイオマーカー値に基づき指標値を自動的に作成させる。これがひと度完了すれば、プロセッシングシステム２０１は、指標値を指標値範囲と比較し、比較の結果をディスプレーに表示するか、あるいはまた比較の結果を解釈し、ある状態の存在、不在、程度または予後を示す指標のディスプレー表示を可能にする。これは次に、生物学的対象の医学的診断を行う上で必要に応じて医師により使用され得る。
上記方法を用い、「免疫系バイオマーカー」の比の使用は、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する際に特に有用であることが確認されている。
本明細書で使用する場合、用語「免疫系バイオマーカー」は、代謝性傷害、毒性傷害、神経毒性傷害、医原性傷害、熱傷害または化学傷害（その実例としては、外傷、手術、化学療法薬を含む薬物、放射線、病原体感染、代謝性疾患および虚血を含む疾患、ならびに外来物質またはインプラント物質が含まれる）を含む損傷または病原体傷害に対する炎症性応答の一部として変更される、またその発現レベルが変更される宿主の免疫系のバイオマーカーを意味する。
用語「免疫系」は、本明細書で使用する場合、損傷および傷害および物質（後者は、限定されるものではないが、腫瘍、病原体、および自己反応性細胞を含む抗原分子から構成される）に対して防御を提供する、それぞれ適応免疫系および自然免疫系の抗原特異的および非特異的カテゴリーを含む細胞、分子成分および機構を意味する。
用語「自然免疫系」は、傷害に対する宿主の非特異的反応を意味し、ほとんどいずれもの傷害または抗原に曝された後、即時にまたは数時間以内に作用に加わる抗原非特異的防御細胞、分子成分および機構を含む。自然免疫の要素には、例えば、貪食細胞（単球、マクロファージ、樹状細胞、好中球などの多形核白血球、クッパー細胞などの細網内皮細胞、および小膠細胞）、炎症性メディエーターを放出する細胞（好塩基球、肥満細胞および好酸球）、ナチュラルキラー細胞（ＮＫ細胞）、ならびにケラチン、粘液、分泌物などの物理的障壁および分子、補体タンパク質、免疫グロブリンＭ（ＩｇＭ）、急性期タンパク質、凝固カスケードのフィブリノゲンおよび分子、ならびにサイトカインが含まれる。自然免疫系のエフェクター化合物には、リゾチーム、ＩｇＭ、粘液および化学遊走物質（例えば、サイトカインまたはヒスタミン）、補体および凝固タンパク質などの化学物質が含まれる。
用語「適応免疫系」は、数日かけて出現し特異的抗原と反応してそれを除去する抗原特異的細胞、分子成分および機構を意味する。適応免疫系は宿主の一生を通して発達する。適応免疫系は白血球に基づき、主としてＢ細胞によって産生される免疫グロブリンを介して作用する体液性免疫機構と、主としてＴ細胞を介して機能する細胞媒介免疫系の２つの主要な区分に分けられる。
よって、一例では、免疫系バイオマーカーの比に相関する指標が決定され、これは生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する上で使用できる。
この例では、本方法は、１対のバイオマーカー値を決定することを含み、各バイオマーカー値は生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す。
このバイオマーカー値は、バイオマーカー値のペアを用いて導出バイオマーカー値を決定するために使用され、導出バイオマーカー値は、免疫系バイオマーカーのペアの濃度比を示す。
よって、バイオマーカー値がバイオマーカーの濃度である場合には、導出バイオマーカー値はバイオマーカー値の比に基づくであろう。しかしながら、バイオマーカー値がバイオマーカーの濃度に関連する場合、例えば、それらが、バイオマーカー値がＰＣＲサイクル時間に基づくために対数により関連付けられるなどの場合には、それらのバイオマーカー値は、サイクル時間を差し引いて濃度比を示す導出バイオマーカー値を決定することによるなどの他の何らかの方法で組み合わせてもよい。
次に、導出バイオマーカーは、以下にさらに詳細に記載されるように、指標値として導出バイオマーカー値を使用することによるか、または導出バイオマーカー値を参照と比較するなどの付加的処理を行うことにより指標を決定するために使用される。
いずれにしても、上記のプロセスを用いて実施され得ると認識されるように、選択された免疫系バイオマーカーに応じて、バイオマーカー値を組み合わせて免疫系バイオマーカーの濃度比を決定すること、および次いでこれを使用して指標を決定することにより、対象がある範囲の異なる状態を受けている尤度を決定する上で使用するための指標が決定され得る。
以下、いくつかのさらなる特徴を説明する。
一例では、本プロセスは、バイオマーカー値の第１のペアを用いて第１の導出バイオマーカー値を決定すること、前記第１の導出バイオマーカー値は、第１の免疫系バイオマーカーと第２の免疫系バイオマーカーの濃度比を示す、バイオマーカー値の第２のペアを用いて第２の導出バイオマーカー値を決定すること、前記第２の導出バイオマーカー値は、第３の免疫系バイオマーカーと第４の免疫系バイオマーカーの濃度比を示す、および第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を組み合わせることにより指標を決定することを含む。よって、この例では、導出バイオマーカー値の２つのペアが使用可能であり、これは指標の、対象がある状態を有する尤度を信頼性をもって検出する能力を高める助けとなり得る。
導出バイオマーカー値は、加法モデル；線形モデル；サポートベクターマシン；ニューラルネットワークモデル；ランダムフォレストモデル；回帰モデル；遺伝的アルゴリズム；アニーリングアルゴリズム；加重和；最近傍モデル；および確率モデル．などの連結関数を用いて組み合わせることができる。
一例では、指標は指標参照と比較され、比較の結果に従って尤度が決定される。指標参照は典型的には、参照集団中の多数の個体に関して決定された指標から導出される。参照集団は典型的には、性別；および／または人種の異なる複数の個体などの異なる特徴を有する個体を含み、異なる群は異なる特徴に基づいて定義され、対象の指標は、類似の特徴を有する個体から導出された指標参照と比較される。参照集団はまた、複数の健常個体、少なくとも１つの診断された医学的状態に罹患している複数の個体、少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を示す複数の個体および／または個体の各群が個々の診断された医学的状態に罹患している、第１および第２の群の個体も含み得る。
選択された個体は、指標の意図される使用によって異なると認識される。特に、指標が生物学的対象が特定の医学的状態を有する尤度を決定する上で使用するためのものである場合、サンプル集団は、特定の医学的状態の臨床徴候を呈する個体、特定の医学的状態を有すると診断された個体および健常個体を含む。これは、指標妥当性の評価がその個体が特定の状態を有するかどうかに関わらず当てはまることを保証する。
また、サンプル集団はまた性別、人種、または年齢などの異なる複数の個体も含み得、対照値範囲は集団間で共通となり得ることも認識される。しかしながら、これは必須ではなく、代わりに、集団の特定のサブセットに特異的な対照値閾値を確立することもできる。この場合、使用される対照値閾値範囲が検討下の対象に適当であることを保証することは必要であろう。
指標はまた、対象が第１または第２の状態を有する尤度を決定するため、言い換えれば、それらの状態間を識別するために使用することもできる。この場合、これは典型的には、指標を第１および第２の指標参照と比較すること、前記第１および第２の指標参照は第１および第２の状態を示す、および比較の結果に従って尤度を決定することにより達成され得る。特に、これは、前記比較の結果を用いて第１および第２の指標確率を決定すること、および例えばベイズ法を用いて第１の指標確率と第２の指標確率を組み合わせて、対象がそれらの状態のうちの１つを有する尤度に相当する状態確率を決定することを含み得る。この状況では、第１の状態と第２の状態は、２つの医学的状態、または１つの医学的状態と健常状態を含み得る。
この場合、第１および第２の指標参照は、参照集団の第１の群と第２の群に関して決定された指標の分布であり、第１および第２の群は、それぞれ第１の状態または第２の状態を有すると診断された個体からなる。これに関して、これは、個体の各群が診断された医学的状態の存在または不在を有する個体の第１群および第２の群を決定すること、およびそれぞれ第１の群および第２の群に関する第１の指標参照および第２の指標参照を決定することにより達成され得る。これは指標を、異なる医学的状態、ならびに健常状態を含み得る第１の状態と第２の状態とを識別するために使用可能とする。また、２つの群が記載されるが、これは必須ではなく、３以上の群も定義可能であることも認識される。
本プロセスは通常、少なくとも１つの電子プロセッシングデバイス、例えば適切には、プログラムされたコンピューターシステムなどを用いて実行される。
この場合、電子プロセッシングデバイスは典型的には、測定バイオマーカー値の少なくとも２つのペアを、測定デバイスもしくは他の定量デバイスからこれらを受け取ることによるか、またはデータベースなどからこれらを検索することにより取得する。プロセッシングデバイスは次に、第１の免疫系バイオマーカーと第２の免疫系バイオマーカーの濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値、および第３の免疫系バイオマーカーと第４の免疫系バイオマーカーの比を示す第２の導出バイオマーカー値を決定する。プロセッシングデバイスは次に、第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を組み合わせることにより指標を決定する。
プロセッシングデバイスは次に、例えば、指標の英数表示、指標と１以上の指標参照の比較のグラフ表示、または対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度の英数表示を作成することにより、指標の表現を作成することができる。
本方法はまた典型的には、生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、および前記サンプル内のポリヌクレオチド発現産物の少なくとも一部を定量してバイオマーカー値のペアを決定することを含むであろう。これは、好適ないずれかの技術を用いて達成することができ、免疫系バイオマーカーの性質によって異なる。
例えば、指標がポリヌクレオチド発現産物の濃度比に基づく場合、このプロセスは典型的には、サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させることによりポリヌクレオチド発現産物を定量すること、ポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、およびそれらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定することを含むであろう。これに関して、増幅量は一般にサイクル時間、サイクル数、サイクル閾値および増幅時間である。
この場合、本方法は、ポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第１の導出バイオマーカー値を決定すること、ポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの増幅量の間の違いを決定することのより第２の導出バイオマーカー値を決定すること、および第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定することを含む。
従前に述べたように、少なくとも２つの免疫系バイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり、かつ、前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す。
典型的には、相互相関範囲は、±０．８；±０．７；±０．６；±０．５；±０．４；±０．３；±０．２；および、±０．１のうちの１つである。
典型的には、各免疫系バイオマーカーは、ある状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後と状態相関を有し、前記状態相関範囲は、±０．３、より典型的には±０．９；±０．８；±０．７；±０．６；±０．５；および±０．４の間である。典型的には、性能閾値は、０．４；０．５；０．６；０．７；０．８；および０．９のうちの少なくとも１つの説明分散を示す。
上記方法は、（１）ＳＩＲＳ罹患対象（すなわち、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する対象）と健常対象またはＳＩＲＳに罹患していない対象の間；（２）ｉｎＳＩＲＳを有する対象とｉｐＳＩＲＳを有する対象の間；および／または（３）異なるステージのｉｐＳＩＲＳを有する対象（例えば、敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）の間の識別を助けるのに有用な炎症反応症候群の１６５０のバイオマーカー（本明細書で互換的に「ＩＲＳバイオマーカー」または「ＩＲＳ免疫系バイオマーカー」とも呼ばれる）を同定するために使用された。この同定に基づき、本発明者らは、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または少なくとも１つの状態の予後において使用するための指標を提供するためにこれらのバイオマーカーを活用する種々の方法、組成物、装置およびキットを開発し、前記少なくとも１つの状態は、健常状態（例えば、正常状態または）、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳ、またはｉｐＳＩＲＳのステージ（例えば、特定の重篤度を有するｉｐＳＩＲＳのステージ、その実例として軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショックを含む）から選択される。有利な実施態様では、本方法およびキットは、血液細胞（例えば、白血球などの免疫細胞）を含む免疫系の細胞においてＩＲＳバイオマーカー遺伝子の発現をモニタリングすることを含み、それは例えば活動性疾患の存在または疾患に対する応答と相関するＲＮＡレベルまたはタンパク質生産の変化パターンに反映され得る。
ＩＲＳバイオマーカーは、ポリヌクレオチドおよびポリペプチド発現産物を含む、遺伝子（本明細書で互換的に「ＩＲＳバイオマーカー遺伝子」またはＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子」とも呼ばれる）の発現産物である。本明細書で使用する場合、ＩＲＳバイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物は、本明細書では、「ＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチド」と呼ばれる。ＩＲＳバイオマーカー遺伝子のポリペプチド発現産物は、本明細書では、「ＩＲＳバイオマーカーポリペプチド」と呼ばれる。用語「遺伝子」、は本明細書で使用する場合、ある機能を有するポリペプチドまたはＲＮＡ鎖をコードする核酸のストレッチを意味する。遺伝子は転写されてＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を形成する遺伝子のエキソン領域であるが、用語「遺伝子」にはまた、エキソン領域の発現を制御するプロモーターおよびエンハンサーなどの調節領域も含む。
適切には、ＩＲＳバイオマーカー遺伝子は、
（以下、本明細書では、互換的に「ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子の全リスト」または「全リストＩＲＳバイオマーカー遺伝子」と呼ばれる）からなる群から選択される。
本発明の方法、組成物、装置およびキットは、健常状態（例えば、正常状態またはｉｎＳＩＲＳおよびｉｎＳＩＲＳが不在であるもの）、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳのステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショックなどの特定の重篤度を有するｉｐＳＩＲＳのステージ）から選択される少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度の診断、または少なくとも１つの状態の予後の提供において使用するための指標を提供するために上記および本明細書の他所に広く記載されたＩＲＳバイオマーカーを利用し、それは、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値（本明細書では、「バイオマーカーシグネチャー」とも呼ばれる）の組合せを用いて指標を決定すること、前記指標は、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態の予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、を含み得る。
有利な実施態様では、本発明の診断または予後法、組成物、装置およびキットは、（１）複数の測定ＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各測定ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象のＩＲＳバイオマーカーの測定値であり；および（２）少なくとも１つの導出ＩＲＳバイオマーカー値を決定するために、測定ＩＲＳバイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出ＩＲＳバイオマーカー値は、 対応する導出ＩＲＳバイオマーカーの値を示す、を含む。関数は適切には、（ａ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の掛け算；（ｂ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の割り算；（ｃ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の足し算；（ｄ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の引き算；（ｅ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の加重和；（ｆ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の対数和；および（ｇ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値のシグモイド関数のうちの少なくとも１つを含む。
いくつかの実施態様では、本診断または予後法、組成物、装置およびキットは、２つの測定ＩＲＳバイオマーカー値の比に相当する少なくとも１つの導出ＩＲＳバイオマーカー値を決定することを含む。これらの例では、本診断または予後法、装置およびキットは適切には、指標を表す指標値を決定するために少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値を組み合わせることを含み、このタイプの実例では、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値は、連結関数（例えば、加法モデル；線形モデル；サポートベクターマシン；ニューラルネットワークモデル；ランダムフォレストモデル；回帰モデル；遺伝的アルゴリズム；アニーリングアルゴリズム；加重和；最近傍モデル；および確率モデルのうちのいずれか１以上）を用いて組み合わされる。適切には、本診断または予後法、装置およびキットは、（ａ）第１の導出ＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、前記第１の導出ＩＲＳバイオマーカー値は、第１の測定ＩＲＳバイオマーカー値と第２の測定ＩＲＳバイオマーカー値の比である；（ｂ）第２の導出ＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、前記第２の導出ＩＲＳバイオマーカー値は、第３の測定ＩＲＳバイオマーカー値と第４の測定ＩＲＳバイオマーカー値の比である；および（ｃ）第１の導出ＩＲＳバイオマーカー値と第２の導出ＩＲＳバイオマーカー値を足し合わせて指標値を生成することを含む。
いくつかの実施態様では、本発明の方法、組成物、キットおよび装置は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳまたは健常状態が存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、ｉｎＳＩＲＳおよび健常状態から選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは、第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、かつ、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは、第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書に定義されるＡ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＢ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、を含む。
他の実施態様では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象においてｉｐＳＩＲＳまたは健常状態が存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、ｉｐＳＩＲＳおよび健常状態から選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは、第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、かつ、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは、第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＣ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＤ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、を含む。
さらに他の実施態様では、本方法、装置およびキットは、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳが生物学的対象において存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは、第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、かつ、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは、第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＥ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＦ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、を含む。
他の実施態様では、本方法、装置およびキットは、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳ生物学的対象において存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは、第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、前記少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは、第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、ここで、前記少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーのうちの他の少なくとも１つは、第３のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、かつ、前記少なくとも４つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは、第４のＩＲＳバイオマーカー群から選択される、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＧ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＨ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、第３のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＩ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ、第４のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＪ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、を含む。
さらに他の実施態様では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象において軽度敗血症または重度敗血症が存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、軽度敗血症および重度敗血症から選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは、第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、かつ、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは、第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＫ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＬ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、を含む。
さらに他の実施態様では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象において軽度敗血症または敗血性ショックが存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、軽度敗血症および敗血性ショックから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは、第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、かつ、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは、第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＭ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＮ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、を含む。
さらに他の実施態様では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象において重度敗血症または敗血性ショックが存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記少なくとも１つの指標は、重度敗血症および敗血性ショックから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうちの少なくとも１つは、第１のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、かつ、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーのうち他の少なくとも１つは、第２のＩＲＳバイオマーカー群から選択され、ここで、第１のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＯ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ、第２のＩＲＳバイオマーカー群は、本明細書で定義されるＰ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、を含む。
本明細書で使用する場合、用語「診断」、「診断する」などは、本明細書では、対象がある状態を発生する尤度、または対象のけるある状態の存在もしくは性質を決定することを包含するために互換的に使用される。これらの用語はまた、疾病の重篤度または疾病のエピソードを決定すること、ならびに療法の初期選択を含め、診断が療法を導く合理療法という点では、療法の修正（例えば、用量または投与計画の調整）などを包含する。「尤度」は、与えられた数学モデルに基づき、特定の測定または導出バイオマーカー値を有する生物学的対象が実際にある状態を有する（または有さない）尺度を意味する。例えば、尤度の増大は相対的であっても絶対的であってもよく、定性または定量的に表現され得る。例えば、尤度の増大は、単に、少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーに関して対象の測定または導出バイオマーカー値を決定すること、および従前の集団研究に基づいて対象を「尤度の増大」のカテゴリーに入れることによって決定され得る。用語「尤度」はまた、本明細書では用語「確率」と互換的に使用される。
いくつかの実施態様では、ＩＲＳバイオマーカーを含むバイオマーカーは、生物学的サンプルから取得される。用語「生物学的サンプル」は、本明細書で使用する場合、動物から抽出、無処理、処理、希釈または濃縮され得るサンプルを意味する。生物学的サンプルは適切には、全血、血清、血漿、唾液、尿、汗、腹水、腹腔液、滑液、羊水、脳脊髄液、および組織生検などのような体液である。特定の実施態様では、生物学的サンプルは、血液、特に末梢血、またはその画分もしくは抽出物を含む。典型的には、生物学的サンプルは、リンパ球、多形核白血球、好中球、単球、網状赤血球、好塩基球、体腔球、血球、好酸球、巨核球、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、またはこのような細胞の画分（例えば、核酸またはタンパク質画分）を含む、成熟、未熟または発達中の白血球などの血液細胞を含んでなる。特定の実施態様では、生物学的サンプルは、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む白血球を含んでなる。「から取得される」とは、入手を意味する。このようにして取得される生物学的サンプルまたは参照サンプルとしては、例えば、特定の供給源から単離または誘導された核酸抽出物またはポリペプチド抽出物が含まれる。例えば、前記抽出物は、体液または対象の組織から直接単離され得る。
用語「核酸」または「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｃＤＮＡ ｍｔＤＮＡ、またはＤＮＡを含む。この用語は典型的には、リボヌクレオチドもしくはデオキシヌクレオチドのいずれかまたはいずれかのタイプのヌクレオチドの修飾形態の、少なくとも１０塩基長のヌクレオチドポリマー形態を意味する。この用語はＤＮＡまたはＲＮＡの一本鎖および二本鎖形態を含む。
「タンパク質」、「ポリペプチド」および「ペプチド」は、本明細書では、アミノ酸残基のポリマーおよびその変異体および合成類似体を意味して互換的に使用される。
いくつかの実施態様では、バイオマーカーシグネチャーは、ある状態を有するまたは有さない１以上の対照対象のＩＲＳバイオマーカーに関する測定または導出ＩＲＳバイオマーカー値の分析によって決定される。これらのバイオマーカーは、本明細書では、「参照ＩＲＳバイオマーカー」と呼ばれる。具体例では、個々の対照対象は、「健常対照対象」、「非健常対照対象」、「ＳＩＲＳ対照対象」、「ｉｎＳＩＲＳ対照対象」。「ｉｐＳＩＲＳ対照対象」、「ｉｐＳＩＲＳの特定のステージを有する対照対象」から選択される、その実例としては、「軽度敗血症対照対象」、「重度敗血症対照対象」および「敗血性ショック対照対象」などが含まれ、これらはまた本明細書では、対照群（例えば、「健常対照群」、「非健常対照群」、「ＳＩＲＳ対照群」、「ｉｎＳＩＲＳ対照群」、「ｉｐＳＩＲＳ対照群」、「ｉｐＳＩＲＳステージ群」、これらの実例としては、「軽度敗血症対照群」、「重度敗血症対照群」、および「敗血性ショック対照群」などが含まれる）とも呼ばれる。
適切には、個々の測定または導出ＩＲＳバイオマーカー値は、各ＩＲＳバイオマーカーのレベルもしくは量またはそのレベルもしくは量に適用される関数に相当する。本明細書で使用する場合、用語「レベル」および「量」は、本明細書では、定量的量（例えば、重量またはモル）、半定量的量、相対量（例えば、クラス内の重量％またはモル％）、および濃度などを意味して互換的に使用される。よって、これらの用語は、サンプル中のＩＲＳバイオマーカーの絶対的または相対的量または濃度を包含する。
いくつかの実施態様では、生物学的対象における少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後は、複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定することによって画定され、ここで、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象から取得された生物学的サンプルにおける少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す。これらのバイオマーカーは、本明細書では、「サンプルＩＲＳバイオマーカー」と呼ばれる。本発明では、サンプルＩＲＳバイオマーカーは、参照ＩＲＳバイオマーカー（本明細書では、「対応するＩＲＳバイオマーカー」とも呼ばれる）に相当する。「対応するＩＲＳバイオマーカー」とは、参照ＩＲＳバイオマーカーと構造的および／または機能的に類似のＩＲＳバイオマーカーを意味する。代表的な対応するＩＲＳバイオマーカーとしては、参照ＩＲＳバイオマーカー遺伝子の対立遺伝子変異体（同じ遺伝子座）、ホモログ（異なる遺伝子座）、およびオーソログ（異なる生物）の発現産物が含まれる。参照ＩＲＳバイオマーカー遺伝子の核酸変異体およびコードされるＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチド発現産物は、ヌクレオチド置換、欠失、逆位および／または挿入を含み得る。バリエーションはコード領域および非コード領域の一方または両方で見られ得る。これらのバリエーションは、保存的および非保存的アミノ酸置換（コードされる産物において比較する場合）の両方をもたらし得る。ヌクレオチド配列に関して、保存的変異体は、遺伝コードの縮重のために、参照ＩＲＳポリペプチドのアミノ酸配列をコードする配列を含む。
一般に、特定のＩＲＳバイオマーカー遺伝子またはポリヌクレオチドの変異体は、フォルトパラメーターを用い、当技術分野で公知の配列アラインメントプログラムで決定した場合に、特定のヌクレオチド配列と少なくとも約４０％、４５％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有する。いくつかの実施態様では、ＩＲＳバイオマーカー遺伝子またはポリヌクレオチドは、表１にまとめるように、配列番号１〜１６５０からいずれか１つ選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約４０％、４５％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％ ６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％ ７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を示す。
対応するＩＲＳバイオマーカーはまた、参照ＩＲＳバイオマーカーポリペプチドのアミノ酸配列と実質的な配列類似性または同一性を示すアミノ酸配列も含む。典型的には、参照アミノ酸配列に対応するアミノ酸配列は、表２にまとめるように、配列番号１６５１〜３２８４からいずれか１つ選択される参照アミノ酸配列と少なくとも約５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、９７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％またはさらには最大１００％の配列類似性または同一性を示す。
いくつかの実施態様では、配列間の配列類似性または配列同一性の計算は以下のように実行される。
２つのアミノ酸配列、または２つの核酸配列の同一性パーセンテージを決定するためには、それらの配列を、最適に比較するためにアラインする（例えば、最適なアラインメントのために第１および第２のアミノ酸または核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができ、非相同配列は比較目的で無視することができる）。いくつかの実施態様では、比較目的でアラインされる参照配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、通常には少なくとも４０％、より通常には少なくとも５０％、６０％、いっそうより通常には少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である。次に、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列のある位置が第２の配列の対応する位置において同じアミノ酸残基またはヌクレオチドにより占められていれば、それらの分子はその位置で同一である。アミノ酸配列比較に関しては、第１の配列のある位置が第２の配列の対応する位置において同じまたは類似のアミノ酸残基（すなわち、保存的置換）により占められていれば、それらの分子はその位置で類似である。
２配列間の同一性パーセンテージは、それら２配列の最適なアラインメントのために導入する必要のあるギャップの数および各ギャップの長さを考慮した、各位置においてそれらの配列により共有される同一のアミノ酸残基の数の関数である。これに対して、２配列間の類似性パーセンテージは、それら２配列の最適なアラインメントのために導入する必要のあるギャップの数および各ギャップの長さを考慮した、各位置においてそれらの配列により共有される同一および類似のアミノ酸残基の数の関数である。
配列の比較および配列間の同一性またはパーセンテージ類似性パーセンテージの決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。特定の実施態様では、アミノ酸配列間の同一性または類似性パーセンテージは、ＧＣＧソフトウエアパッケージ（http://www.gcg.comで利用可能）中のＧＡＰプログラムに組み込まれているNeedleman and Wunsch (1970, J. Mol. Biol. 48: 444-453)アルゴリズムを使用し、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、ならびにギャップウェイト１６、１４、１２、１０、８、６、またはおよびレングスウェイト１、２、３、４、５、または６を用いて決定される。特定の実施態様では、ヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウエアパッケージ（http://www.gcg.comで利用可能）中のＧＡＰプログラムを使用し、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスならびにギャップウェイト４０、５０、６０、７０、または８０およびレングスウェイト１、２、３、４、５、または６を用いて決定される。パラメーターの非限定セット（特に断りのない限り使用されるべきもの）は、ギャップペナルティー１２、ギャップエクステンドペナルティー４、およびフレームシフトギャップペナルティー５を有するＢｌｏｓｓｕｍ ６２スコアリングマトリックスを含む。
いくつかの実施態様では、アミノ酸またはヌクレオチド配列間のパーセンテージ同一性または類似性は、ＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているE. Meyers and W. Miller (1989, Cabios, 4: 11-17)のアルゴリズムを使用し、ＰＡＭ１２０ウエイト・レシジュ・テーブル、ギャップレングスペナルティー１２およびギャップペナルティー４を用いて決定することができる。
本明細書に記載の核酸およびタンパク質配列は、例えば他のファミリーメンバーまたは関連配列を同定するために公開データベースに対して検索を実行するための「クエリー配列」として使用され得る。このような検索は、Altschul, et al., (1990, JMol Biol., 215: 403-10)のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて実行され得る。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、本発明の５３０１０の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワードレングス＝１２を用いて実行され得る。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、本発明のＹＹＹＹＹタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を得るために、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワードレングス＝３を用いて実行され得る。比較目的でギャップ付きアラインメントを得るためには、Altschul et al., (1997, Nucleic Acids Res, 25: 3389-3402)に記載のとおりＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴが使用され得る。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを使用する場合、各プログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメーターが使用され得る。
対応するＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチドはまた、下記のストリンジェンシー条件下で参照ＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチド、またはそれらの相補物とハイブリダイズする核酸配列を含む。本明細書で使用する場合、用語「低ストリンジェンシー、中ストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、または超高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする」とは、ハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件を表す。「ハイブリダイゼーション」は本明細書で、相補的ヌクレオチド配列の対合によるＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドまたはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドの生成を意味して使用される。相補的塩基配列は、塩基対合規則により関連付けられる配列である。ＤＮＡでは、ＡはＴと対合し、ＣはＧと対合する。ＲＮＡでは、ＵはＡと対合し、ＣはＧと対合する。これに関して、用語「マッチ」および「ミスマッチ」は、本明細書で使用する場合、相補的核酸鎖中の対となるヌクレオチドのハイブリダイゼーション能を意味する。上述の古典的Ａ−ＴおよびＧ−Ｃ塩基対などのマッチするヌクレオチドは有効にハイブリダイズする。有効にハイブリダイズしないヌクレオチドの他の組合せである。
ハイブリダイゼーション反応を行うための指針は、Ausubel et al., (1998, 前掲), 第6.3.1-6.3.6節に見出すことができる。その参照文献には水性法および非水性法が記載され、いずれも使用可能である。本発明で低ストリンジェンシー条件という場合には、４２℃でのハイブリダイゼーションに、少なくとも約１％ｖ／ｖ〜少なくとも約１５％ｖ／ｖホルムアミドと少なくとも約１Ｍ〜少なくとも約２Ｍの塩を、４２℃での洗浄に、少なくとも約１Ｍ〜少なくとも約２Ｍの塩を含み、包含する。低ストリンジェンシー条件はまた、６５℃でのハイブリダイゼーションに、１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．５Ｍ ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳ、室温での洗浄に、（ｉ）２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ；または（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、４０ｍＭ ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、５％ＳＤＳも含み得る。低ストリンジェンシー条件の一実施態様は、約４５℃、６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中でのハイブリダイゼーションと、その後の少なくとも５０℃（この洗浄の温度は低ストリンジェンシー条件では５５℃に引き上げることができる）、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での２回の洗浄を含む。中ストリンジェンシー条件は、４２℃でのハイブリダイゼーションに、少なくとも約１６％ｖ／ｖ〜少なくとも約３０％ｖ／ｖのホルムアミドと少なくとも約０．５Ｍ〜少なくとも約０．９Ｍの塩を、５５での洗浄に、少なくとも約０．１Ｍ〜少なくとも約０．２Ｍの塩を含み、包含する。中ストリンジェンシー条件はまた、６５℃でのハイブリダイゼーションに、１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．５Ｍ ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳ、６０〜６５℃での洗浄に、（ｉ）２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ；または（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、４０ｍＭ ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、５％ＳＤＳも含み得る。中ストリンジェンシー条件の１つの実施態様には、約４５℃、６×ＳＳＣ中でのハイブリダイズと、その後の６０℃、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄を含み、包含する。高ストリンジェンシー条件は、４２℃でのハイブリダイゼーションに、少なくとも約３１％ｖ／ｖ〜少なくとも約５０％ｖ／ｖホルムアミド、約０．０１Ｍ〜約０．１５Ｍの塩を、５５℃での洗浄には約０．０１Ｍ〜約０．０２Ｍの塩を含み、包含する。高ストリンジェンシー条件はまた、６５℃でのハイブリダイゼーションに、１％ＢＳＡ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．５Ｍ ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳ、６５℃を超える温度での洗浄に、（ｉ）０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ；または（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、４０ｍＭ ＮａＨＰＯ４（ｐＨ７．２）、１％ＳＤＳも含み得る。高ストリンジェンシー条件の一実施態様は、約４５℃、６×ＳＳＣ中でのハイブリダイズと、その後の６５℃、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄を含む。
特定の実施態様では、対応するＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチドは、超高ストリンジェンシー条件下で開示されたヌクレオチド配列ハイブリダイズするものである。超高ストリンジェンシー条件の一実施態様は、６５℃、０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳ中でのハイブリダイズと、その後の６５℃、０．２×ＳＳＣ、１％ＳＤＳにおける１回以上の洗浄を含む。
他のストリンジェンシー条件も当技術分野で周知であり、当業者ならば、ハイブリダイゼーションの特異性を最適化するために操作可能な種々の因子を認識するであろう。最終洗浄のストリンジェンシーの最適化は、高い程度のハイブリダイゼーションを保証する働きをし得る。詳細な例としては、Ausubel et al., 前掲の第2.10.1〜2.10.16頁およびSambrook et al. (1989, 前掲)第1.101〜1.104節を参照。
本明細書に開示されるＩＲＳバイオマーカーはそれぞれ、健常状態（例えば、正常状態またはｉｎＳＩＲＳおよびｉｎＳＩＲＳが不在であるもの）、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳのステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショックなどの特定の重篤度を有するｉｐＳＩＲＳのステージ）から少なくとも選択される状態の存在、不在または程度を診断するために有意な感受性および特異性を有する。よって、少なくとも状態の存在、不在または程度を診断するためにバイオマーカー間の低い相互相関の使用に頼らない方法、装置およびキットにおいて個々のＩＲＳバイオマーカーを使用することが実現可能である。このタイプの実例では、本発明は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳまたは健常状態が存在することまたは不在であることを診断するために有用な方法、キットおよび装置を企図し、適切には、（１）参照バイオマーカーシグネチャーをｉｎＳＩＲＳおよび健常状態から選択される状態の存在または不在と相関させること、ここで、前記参照バイオマーカーシグネチャーは少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーを評価する；（２）対象からサンプルのバイオマーカーシグネチャーを取得すること、ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、参照バイオマーカーシグネチャー中の個々のＩＲＳバイオマーカーに関して対応するＩＲＳバイオマーカーを評価する；および（３）サンプルバイオマーカーシグネチャーおよび参照バイオマーカーシグネチャーに基づき、対象における前記状態の存在または不在を診断すること、ここで、前記個々のＩＲＳバイオマーカーは、本明細書で定義される群ＡおよびＢ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子から選択されるＩＲＳバイオマーカー遺伝子の発現産物である。
他の限定されない例では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象においてｉｐＳＩＲＳまたは健常状態が存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（１）参照バイオマーカーシグネチャーを、ｉｐＳＩＲＳおよび健常状態から選択される状態の存在または不在と相関させること、ここで、前記参照バイオマーカーシグネチャーは、少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーを評価する；（２）対象由来のサンプルのｏバイオマーカーシグネチャーを取得すること、ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、参照バイオマーカーシグネチャー中の個々のＩＲＳバイオマーカーに関して対応するＩＲＳバイオマーカーを評価する；および（３）サンプルバイオマーカーシグネチャーおよび参照バイオマーカーシグネチャーに基づき、対象のおける前記状態の存在または不在を診断すること、ここで、個々のＩＲＳバイオマーカーは、本明細書で定義されるＣ群およびＤ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子から選択されるＩＲＳバイオマーカー遺伝子の発現産物である。
さらに他の限定されない例では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳが存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（１）参照バイオマーカーシグネチャーをｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳから選択される状態の存在または不在と相関させること、ここで、前記参照バイオマーカーシグネチャーは、少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーを評価する；（２）対象由来のサンプルのバイオマーカーシグネチャーを取得すること、ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、参照バイオマーカーシグネチャー中の個々のＩＲＳバイオマーカーに関して対応するＩＲＳバイオマーカーを評価する；および（３）サンプルバイオマーカーシグネチャーおよび参照バイオマーカーシグネチャーに基づき、対象における前記状態の存在または不在を診断すること、ここで、個々のＩＲＳバイオマーカーは、本明細書で定義されるＥ群およびＦ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子から選択されるＩＲＳバイオマーカー遺伝子の発現産物である。
さらに他の実例では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象において軽度敗血症または重度敗血症が存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（１）参照バイオマーカーシグネチャーを軽度敗血症および重度敗血症から選択される状態の存在または不在と相関させること、ここで、参照バイオマーカーシグネチャーは少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーを評価する；（２）対象由来のサンプルのバイオマーカーシグネチャーを取得すること、ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、参照バイオマーカーシグネチャー中の個々のＩＲＳバイオマーカーに関して対応するＩＲＳバイオマーカーを評価する；および（３）対象サンプルバイオマーカーシグネチャーおよび参照バイオマーカーシグネチャーに基づき、前記状態の存在または不在を診断すること、ここで、個々のＩＲＳバイオマーカーは、本明細書で定義されるＫ群およびＬ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子から選択されるＩＲＳバイオマーカー遺伝子の発現産物である。
さらに他の実例では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象において軽度敗血症または敗血性ショックが存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（１）参照バイオマーカーシグネチャーを軽度敗血症および敗血性ショックから選択される状態の存在または不在と相関させること、ここで、参照バイオマーカーシグネチャーは少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーを評価する；（２）対象由来のサンプルのバイオマーカーシグネチャーを取得すること、ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、参照バイオマーカーシグネチャー中の個々のＩＲＳバイオマーカーに関して対応するＩＲＳバイオマーカーを評価する；および（３）サンプルバイオマーカーシグネチャーおよび参照バイオマーカーシグネチャーに基づき、対象における前記状態の存在または不在を診断すること、ここで、個々のＩＲＳバイオマーカーは、本明細書で定義されるＭ群およびＮ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子から選択されるＩＲＳバイオマーカー遺伝子の発現産物である。
他の限定されない例では、本方法、装置およびキットは、生物学的対象において重度敗血症または敗血性ショックが存在するまたは不在であることを診断するために有用であり、適切には、（１）参照バイオマーカーシグネチャーを重度敗血症および敗血性ショックから選択される状態の存在または不在と相関させること、ここで、参照バイオマーカーシグネチャーは少なくとも１つのＩＲＳバイオマーカーを評価する；（２）対象由来のサンプルのバイオマーカーシグネチャーを取得すること、ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、参照バイオマーカーシグネチャー中の個々のＩＲＳバイオマーカーに関して対応するＩＲＳバイオマーカーを評価する；および（３）サンプルバイオマーカーシグネチャーおよび参照バイオマーカーシグネチャーに基づき、対象において前記状態の存在または不在を診断すること、個々のＩＲＳバイオマーカーは、本明細書で定義されるＯ群およびＰ群ＩＲＳバイオマーカー遺伝子から選択されるＩＲＳバイオマーカー遺伝子の発現産物である。
バイオマーカーは、いずれの好適な技術を用いて定量または検出されてもよい。特定の実施態様では、ＩＲＳバイオマーカーを含むバイオマーカーは、個々のバイオマーカーのレベルまたは存在量を決定する試薬を用いて定量される。このタイプの非限定試薬には、核酸およびタンパク質に基づくアッセイで使用するための試薬が含まれる。
例示的な核酸に基づくアッセイでは、核酸は、標準的な方法(Sambrook, et al., 1989, 前掲;およびAusubel et al., 1994, 前掲)に従って、生物学的サンプル中に含まれる細胞から単離される。核酸は典型的には、分画されるか（例えば、ポリＡ＋ ＲＮＡ）または全細胞ＲＮＡである。ＲＮＡが検出の対象として使用される場合、ＲＮＡを相補的ＤＮＡに変換することが望ましい場合がある。いくつかの実施態様では、核酸は、鋳型依存性核酸増幅技術によって増幅される。いくつかの鋳型依存性プロセスは、所与の鋳型サンプル中に存在するＩＲＳバイオマーカー配列を増幅するために利用可能である。例示的核酸増幅技術は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲと呼ばれる）、これは米国特許第４，６８３，１９５号、第４，６８３，２０２号および第４，８００，１５９号、Ausubel et al. (前記)、およびInnis et al., (“PCR Protocols”, Academic Press, Inc., San Diego Calif., 1990)に詳細に記載されている。簡単に述べれば、ＰＣＲでは、バイオマーカー配列の反対の相補鎖上の領域と相補的な２つのプライマー配列が調製される。過剰量のデオキシヌクレオチド三リン酸を、ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、Ｔａｑポリメラーゼとともに反応混合物に加える。コグネイトＩＲＳバイオマーカー配列がサンプル中に存在する場合、プライマーはバイオマーカーに結合し、ポリメラーゼは、前記プライマーを、ヌクレオチドを付加することによりバイオマーカー配列に沿って伸長させる。反応混合物の温度を上げるおよび下げることによって、伸長したプライマーはバイオマーカーから解離して反応産物を形成し、過剰なプライマーがバイオマーカーおよび反応産物に結合し、このプロセスが繰り返される。増幅されたｍＲＮＡの量を定量するために、逆転写酵素ＰＣＲ増幅手順が実施され得る。ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する方法は周知であり、Sambrook et al., 1989, 前掲に記載されている。逆転写の別法は、耐熱性ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを用いる。これらの方法は、ＷＯ９０／０７６４１に記載されている。ポリメラーゼ連鎖反応の方法論は当技術分野で周知である。
ある特定の有利な実施態様では、鋳型依存性増幅は、リアルタイムでの転写産物の定量を含む。例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡは、リアルタイムＰＣＲ技術(Higuchi, 1992, et al., Biotechnology10: 413-417)を用いて定量され得る。同じサイクル数を終え、それらの直線範囲にある、ＰＣＲ反応における標的ＤＮＡの増幅産物の濃度を決定することにより、元のＤＮＡ混合物中の特定の標的配列の相対的濃度を決定することが可能である。ＤＮＡ単離された混合物が異なる組織または細胞からＲＮＡから合成されるｃＤＮＡである場合には、標的配列が由来する特定のｍＲＮＡの相対的存在量が個々の組織または細胞に関して決定できる。このＰＣＲ産物の濃度と相対的ｍＲＮＡ存在量の間の正比例性は、ＰＣＲ反応の直線範囲でのみそうである。曲線のプラトー部分の標的ＤＮＡの終濃度は、反応混合物中の試薬のアベイラビリティによって決定され、標的ＤＮＡの元の濃度に依存する。特定の実施態様では、マルチプレックスタンデムＰＣＲ（ＭＴ−ＰＣＲ）が使用され、これは、例えば、米国特許出願公開第２００７０１９０５４０号に記載されているように、少量のＲＮＡまたはＤＮＡからの遺伝子発現プロフィールのために二工程プロセスを使用する。第１工程では、ＲＮＡはがｃＤＮＡに変換され、マルチプレックス遺伝子特異的プライマーを用いて増幅される。第２工程では、各個の遺伝子がリアルタイムＰＣＲにより定量される。
特定の実施態様では、標的核酸は、当業者に周知のブロッティング技術を用いて定量される。サザンブロット法は、標的としてＤＮＡの使用を含み、ノーザンブロット法は、標的としてＲＮＡの使用を含む。それぞれは異なるタイプの情報を提供するが、ｃＤＮＡブロッティングは、多くの態様では、ブロッティングまたはＲＮＡ種と類似する。簡単に述べれば、プローブは、好適なマトリックス、多くの場合にはニトロセルロースのフィルター上に固定化されているＤＮＡまたはＲＮＡ種を標的とするために使用される。異なる種は、分析を容易にするために空間的に分離されるべきである。これは多くの場合、核酸のゲル電気泳動と、その後のフィルターへのブロッティングによって達成される。続いて、ブロットされた標的がプローブ（通常、標識される）とともに、変性および再ハイブリダイゼーションを促進する条件下でインキュベートされる。プローブは標的と塩基対を形成するように設計されるので、プローブは再生条件下で標的配列の一部と結合する。次に、非結合プローブを除去し、上記のように検出が達成される。検出／定量後、所与の対象で見られた結果を本明細書で定義される対照反応または統計的に有意な参照群または対照対象の集団と比較することができる。このようにして、検出されたＩＲＳバイオマーカー核酸の量を疾患の進行または重篤度と相関させることができる。本明細書で使用する場合、用語「プローブ」は、特定の配列または部分配列または別の分子の他の部分と結合する分子を意味する。特に断りのない限り、用語「プローブ」は典型的には、相補的塩基対形成によって、本明細書において「標的ポリヌクレオチド」とも呼ばれる別の核酸と結合する核酸プローブを意味する。プローブは、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーによって、プローブとの完全な配列相補性のない標的ポリヌクレオチドと結合することができる。プローブは直接的または間接的に標識することができ、それらの範囲内にプライマーを含む。「プライマー」とは、ＤＮＡ鎖と対合した際に好適な重合剤の存在下でプライマー伸長産物の合成を開始することができるオリゴヌクレオチドを意味する。プライマーは好ましくは、増幅の最大効率のためには一本鎖であるが、別法としては二本鎖であり得る。プライマーは、重合剤の存在下で伸長産物の合成をプライムするのに十分な長さでなければならない。プライマーの長さは、適用、使用される温度、鋳型反応条件、他の試薬、およびプライマーの供給源を含む多くの因子によって異なる。例えば、標的配列の複雑性によって、プライマーは少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、５０、７５、１００、１５０、２００、３００、４００、５００から、核酸鎖の伸長を可能とするためには、プライマーの３’末端において鋳型配列よりも１塩基長さが短いものまでであり得るが、プライマーの５’末端は、鋳型配列の３’末端を超える長さで伸長し得る。特定の実施態様では、プライマーは、約３５から数キロベースまたはそれを超えるヌクレオチドなどの大きなポリヌクレオチドであり得る。プライマーは、それがハイブリダイズするように設計され、かつ、合成の開始のための部位として働く、鋳型上の配列と「実質的に相補的」となるように選択され得る。「実質的に相補的」とは、プライマーが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズするのに十分相補的であることを意味する。望ましくは、プライマーは、それがハイブリダイズするように設計された鋳型とのミスマッチを含まないが、これは必須ではない。例えば、非相補的ヌクレオチド残基はプライマーの５’末端に結合させることができ、そのプライマー配列の残りは鋳型と相補的である。あるいは、プライマー配列が鋳型配列と、それとハイブリダイズするのに十分な相補性を有し、それによりプライマーの伸長産物の合成のための鋳型を形成する限り、非相補的ヌクレオチド残基または非相補的ヌクレオチド残基のストレッチがプライマー中に散在させることもできる。
また、Haciaet al. (1996, Nature Genetics 14: 441-447)およびShoemaker et al. (1996, Nature Genetics 14: 450-456)により記載されているものなどのバイオチップに基づく技術も企図される。簡単に述べれば、これらの技術は、迅速かつ正確に多数の遺伝子を分析するための定量的方法を含む。遺伝子にオリゴヌクレオチドタグを付けるかまたは固定された核酸プローブアレイを使用することで、標的分子を高密度アレイとして分離し、これらの分子をハイブリダイゼーションに基づきスクリーニングするためにバイオチップ技術を使用することができるPease et al. (1994, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 5022-5026); Fodor et al. (1991, Science 251: 767-773)。簡単に述べれば、ＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチドに対する核酸プローブは、本明細書で概略を示すように、スクリーニング法および診断法で使用されるように作製され、バイオチップに結合される。バイオチップに結合された核酸プローブは、標的配列と本発明のプローブのハイブリダイゼーションが起こるように、特異的発現ＩＲＳバイオマーカー核酸、すなわち、標的配列（サンプルのまたは他のプローブ配列に対する、例えば、サンドイッチアッセイにおける標的配列）と実質的に相補的であるように設計される。この相補性は完全である必要は無く、任意の数の塩基対ミスマッチが存在してもよく、これらは標的配列と本発明の核酸プローブの間のハイブリダイゼーションを妨げることになる。しかしながら、そのミスマッチの数が、最小のストリンジェントのハイブリダイゼーション条件下であってもハイブリダイゼーションが全く起こることのできないほど多ければ、その配列は相補的標的配列ではない。特定の実施態様では、配列当たり２つ以上のプローブが使用され、その標的の異なるセクションとオーバーラップするプローブまたはプローブのいずれかが使用される。すなわち、特定の標的に対して冗長性をもって構築するためには、２つ、３つ、４つまたはそれを超えるプローブ（３つが望ましい）が使用される。これらのプローブは、オーバーラップしていても（すなわち、一部の配列を共通に持つ）、または分離されていてもよい。
例示的バイオチップ分析では、バイオチップ上のオリゴヌクレオチドプローブは、特異的ハイブリダイゼーションに好都合な条件下で、１以上のＲＳバイオマーカーポリヌクレオチドを含有することが疑われる核酸サンプルに曝すか、または接触させる。一本鎖または二本鎖いずれかのＤＮＡまたはＲＮＡのサンプル抽出液は、生物学的材料の流体懸濁液から、または生物学的材料を摩砕することにより、または限定されるものではないが、ＳＤＳ（または他の洗剤）、浸透圧ショック、グアニジウムイソチオシアネートおよびリゾチームでの処理によって達成される溶解を含む細胞溶解工程後に調製され得る。本発明の方法で使用され得る好適なＤＮＡとしてはｃＤＮＡが含まれる。このようなＤＮＡは、例えば、Ausubel, et al., 1994, 前掲、およびSambrook, et al., 1989, 前掲で記載されているようないくつかの慣用プロトコールのうちのいずれか１つによって調製され得る。
本発明の方法で使用され得る好適なＲＮＡとしては、メッセンジャーＲＮＡ、ＤＮＡから転写された相補的ＲＮＡ（ｃＲＮＡ）またはゲノムまたはサブゲノムＲＮＡが含まれる。このようなＲＮＡは、例えば、Ausubel, et al., 1994, 前掲、およびSambrook, et al., 1989, 前掲の関連の節に記載されているような標準プロトコールを用いて調製され得る。
ｃＤＮＡは、例えば、音波処理または制限エンドヌクレアーゼでの処理により断片化され得る。適切には、ｃＤＮＡは、生じるＤＮＡ断片が固定化された１または複数のオリゴヌクレオチドプローブの長さよりも長いが、好適なハイブリダイゼーション条件下でそれらへの迅速な接近を可能とするのに十分短いものとなるように断片化される。あるいは、ｃＤＮＡの断片を選択し、適当なランダムプライマーまたは特異的プライマーを含む、例えば上記のような、好適なヌクレオチド増幅技術を用いて増幅してもよい。
通常、標的ＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチドは、それらの、個々のプローブとのハイブリダイゼーションが決定され得るように、検出可能なように標識される。標的ポリヌクレオチドは典型的にはリポーター分子で検出可能なように標識され、その実例としては、色素原、触媒、酵素、蛍光色素、化学発光分子、生物発光分子、ランタニドイオン（例えば、Ｅｕ３４）、放射性同位元素および直接的可視標識が含まれる。直接的可視標識の場合には、コロイド状金属または非金属粒子、色素粒子、酵素または基質、有機ポリマー、ラテックス粒子、リポソーム、またはシグナル産生物質を含有する他の小胞などが使用され得る。このタイプの例示的標識には、大コロイド、例えば、金、セレン、銀、スズおよび酸化チタンに由来するものなどの金属コロイドが含まれる。酵素が直接的可視標識として使用されるいくつかの例では、ビオチン化塩基が標的ポリヌクレオチドに組み込まれる。
ハイブリッド形成工程は、オリゴヌクレオチドプローブを、ＤＮＡまたはＲＮＡを含む試験核酸とハイブリダイズさせるための好適な条件下で行うことができる。これに関しては、例えば、NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION, A PRACTICAL APPROACH (Homes and Higgins編) (IRL press, Washington D.C., 1985)が参照できる。典型的には、ハイブリダイゼーションが起こるかどうかは、オリゴヌクレオチドプローブおよび試験下のポリヌクレオチド配列の長さ、ｐＨ、温度、一価および二価陽イオンの濃度、ハイブリッド形成領域のＧおよびＣヌクレオチドの割合、媒体の粘度ならびに変性剤の存在の可能性によって影響を受ける。このような変数はまた、ハイブリダイゼーションに必要な時間にも影響を及ぼす。従って、好ましい条件は、特定の適用によって異なる。しかしながら、このような実験条件は、過度な実験を行わずに規定通りに決定可能である。
ハイブリッド形成工程の後、結合していない核酸をハイブリダイゼーションバッファーとともに除去するためにプローブを洗浄する。この洗浄工程により、結合している標的ポリヌクレオチドのみが残る。次に、どのプローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしたかを特定するためにこれらのプローブを調べる。
次に、どのプローブが対応する標的配列とハイブリダイズしたかを決定するために、ハイブリダイゼーション反応を検出する。標的ポリヌクレオチドと会合したリポーター分子の性質によって、シグナルは、蛍光標識に光を照射し蛍光計で蛍光を検出することにより；分光光度計を用いて検出可能な色素を生成するよう酵素系を提供することにより；または反射計を用いた色素粒子または有色コロイド金属もしくは非金属粒子の検出；放射性標識または化学発光分子を使用する場合には、放射線計数管またはオートラジオグラフィーを使用することにより機器的に検出され得る。よって、検出手段は、どの光が蛍光、発光、集束ビームまたはレーザー光を含み得るか、標識に関連した光を検出またはスキャンするように適合させ得る。このような場合、マイクロアレイ中の各場所からのプローブ：標的ポリヌクレオチドハイブリッド形成に由来する光の放出をスキャンし、そのデータを直接デジタルコンピューターで記録するために、電荷結合素子（ＣＣＤ）またはフォトセルを使用することができる。いくつかの場合では、シグナルの電子検出は必要でないことがある。例えば、核酸アレイ形式に関連する酵素的に生成されたカラースポットを用いれば、アレイの目視検査によりそのアレイのパターンの解釈が可能となる。核酸アレイの場合、検出手段は、適切には、アレイからのシグナルのパターンをプレーンランゲージ遺伝子プロファイルに変換するために、パターン認識ソフトウエアに接続する。特定の実施態様では、異なるＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチドに特異的なオリゴヌクレオチドプローブは核酸アレイの形態であり、アレイ上のリポーター分子から生じたシグナルの検出は、「チップリーダー」を用いて実行される。「チップリーダー」により使用可能な検出系は、例えば、Ｐｉｒｒｕｎｇ ｅｔ ａｌ．（米国特許第５，１４３，８５４号）により記載されている。チップリーダーはまた典型的には、特定のアレイ位置でのシグナルまたは特徴が真の陽性であるかまたはおそらく偽のシグナルであるかを決定するために。いくつかのシグナルプロセッシングを組み込んでいる。例示的チップリーダーは、例えば、Ｆｏｄｏｒ ｅｔ ａｌ．（米国特許第５，９２５，５２５号）に記載されている。あるいは、個々にアドレス可能な種の標識マイクロビーズの混合物を用いてアレイが作製される場合には、その反応はフローサイトメトリーを用いて検出され得る。
特定の実施態様では、ＩＲＳバイオマーカーは、標的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）または標的ＲＮＡのＤＮＡコピーであり、そのレベルは少なくとも低、中、または高ストリンジェンシー条件下で標的ＲＮＡまたはＤＮＡコピーとハイブリダイズする少なくとも１つの核酸プローブを用いて測定され、ここで、核酸プローブは、ＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチドの少なくとも１５（例えば、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０またはそれを超える）の連続するヌクレオチドを含んでなる。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡまたはそのＤＮＡコピーの測定されたレベルまたは存在量は、参照ＲＮＡまたは参照ＲＮＡのＤＮＡコピーのレベルまたは存在量に対して正規化される。適切には、核酸プローブは、固相または半固相支持体上に固定化されている。このタイプの実例では、核酸プローブは、核酸プローブの空間的アレイの一部を形成する。いくつかの実施態様では、標的ＲＮＡにまたはＤＮＡコピーに結合された核酸プローブのレベルは、ハイブリダイゼーション（例えば、核酸アレイを使用）により測定される。他の実施態様では、標的ＲＮＡまたはＤＮＡコピーに結合された核酸プローブのレベルは、核酸増幅（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用）により測定される。さらに他の実施態様では、標的ＲＮＡにまたはＤＮＡコピーに結合された核酸プローブのレベルは、ヌクレアーゼ保護アッセイにより測定される。
他の実施態様では、ＩＲＳバイオマーカータンパク質レベルは、当技術分野で公知のタンパク質に基づくアッセイを用いてアッセイされる。例えば、ＩＲＳバイオマーカータンパク質が酵素である場合には、そのタンパク質は、その触媒活性に基づいて、またはサンプル中に含まれるタンパク質の分子の数に基づいて定量され得る。例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）およびラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）などのイムノアッセイを含む、抗体に基づく技術が使用され得る。
特定の実施態様では、多数のタンパク質の同時検出および／または定量を許容するタンパク質捕捉アレイが使用される。例えば、ユニバーサルタンパク質アレイシステム(Ge, 2000 Nucleic Acids Res. 28(2):e3)などのフィルターメンブラン上での低密度タンパク質アレイは、標準的ＥＬＩＳＡ技術および走査型電荷結合素子（ＣＣＤ）検出器を用いてアレイ抗原のイメージングを可能とする。また、臨床分析物の同時検出を可能とするイムノセンサーアレイもまた開発されている。今や、タンパク質アレイを使用して、健常または疾患対象の血漿で、ならびに薬物処置前と後の対象においてといったように、体液中のタンパク質発現をプロファイルすることが可能である。
例示的タンパク質捕捉アレイには、プロテオームまたはサブプロテオームを定義する多くのタンパク質の包括的並行分析を容易にすることができる、典型的には抗体アレイと呼ばれる、空間的にアドレスされた抗原結合分子を含んでなるアレイが含まれる。抗体アレイは、特異性および許容可能なバックグラウンドの必要とされる特性を備えていることが示されており、いくつかが市販されている（例えば、BD Biosciences, Clontech, Bio-Rad and Sigma）。抗体アレイの作製のための様々な方法が報告されている（例えばLopez et al., 2003 J.Chromatogram. B 787:19-27; Cahill, 2000 Trends in Biotechnology 7:47-51；米国特許出願公開第２００２／００５５１８６号；米国特許出願公開第２００３／０００３５９９号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０３／０６２４４４号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０３／０７７８５１号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０２／５９６０１号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０２／３９１２０号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０１／７９８４９号；ＰＣＴ公開第ＷＯ９９／３９２１０号参照）。このようなアレイの抗原結合分子は、細胞または細胞集団により発現されるタンパク質の少なくともサブセットを認識することができ、その実例としては、増殖因子受容体、ホルモン受容体、神経伝達物質受容体、カテコールアミン受容体、アミノ酸誘導体受容体、サイトカイン受容体、細胞外マトリックス受容体、抗体、レクチン、サイトカイン、セルピン、プロテアーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ｒａｓ様ＧＴＰアーゼ、ヒドロラーゼ、ステロイドホルモン受容体、転写因子、熱ショック転写因子、ＤＮＡ結合タンパク質、ジンクフィンガータンパク質、ロイシンジッパータンパク質、ホメオドメインタンパク質、細胞内シグナル伝達モジュレーターおよびエフェクター、アポトーシス関連因子、ＤＮＡ合成因子、ＤＮＡ修復因子、ＤＮＡ組換え因子および細胞表面抗原が含まれる。
個々の空間的に異なるタンパク質捕捉剤は典型的には、通常、平面または輪郭のある支持体表面に結合されている。一般的な物理的支持体としては、スライドガラス、シリコン、マイクロウェル、ニトロセルロースまたはＰＶＤＦメンブラン、および磁気および他のマイクロビーズが含まれる。
また、懸濁液中の粒子も、それらが同定のためにコードされている限り、アレイの基礎として使用でき、システムは、マイクロビーズ用のカラーコード（例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ、Ｂｉｏ−ＲａｄおよびＮａｎｏｍｉｃｓ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから入手可能）および半導体ナノ結晶（例えば、ＱＤｏｔｓ（商標）、Ｑｕａｎｔｕｍ Ｄｏｔｓから入手可能）、およびビーズ用バーコード（ＵｌｔｒａＰｌｅｘ（商標）、Ｓｍａｒｔｂｅａｄｓから入手可能）およびｍｕｌｔｉｍｅｔａｌ ｍｉｃｒｏｒｏｄｓ （Ｎａｎｏｂａｒｃｏｄｅｓ（商標）粒子、Ｓｕｒｒｏｍｅｄから入手可能）を含む。ビーズはまた、平面アレイ中の半導体チップ上に構築してもよい（例えば、ＬＥＡＰＳ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙおよびＢｉｏＡｒｒａｙ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓから入手可能）。粒子が使用される場合、個々のタンパク質捕捉剤は典型的には、アレイの空間的定義または分離を提供するために個々の粒子と結合されている。これらの粒子は次に、区各化様式で、例えば、マイクロタイタープレートのウェルまたは個別の試験管にて個別に、並行してアッセイされ得る。
実施中、タンパク質サンプル（場合により断片化してペプチド断片としてもよい）（例えば、米国特許出願公開第２００２／００５５１８６号参照）をタンパク質またはペプチド結合に好適な条件下でタンパク質捕捉アレイに送達し、そのアレイを、非結合または非特異的に結合したサンプルの成分をアレイから除去するために洗浄する。次に、アレイの各フィーチャーに結合したタンパク質またはペプチドの存在または量を、好適な検出系を用いて検出する。アレイのあるフィーチャーに結合したタンパク質の量は、アレイの第２のフィーチャーに結合した第２のタンパク質と相対的に決定され得る。特定の実施態様では、サンプル中の第２のタンパク質の量は既知であるか、または不変であることが知られている。
特定の実施態様では、ＩＲＳバイオマーカーは、そのレベルが、標的ポリペプチドと免疫相互作用のある少なくとも１つの抗原結合分子を用いて測定される、標的ポリペプチドである。これらの実施態様では、標的ポリペプチドの測定レベルは、参照ポリペプチドのレベルに対して正規化される。適切には、抗原結合分子は、固相または半固相支持体上に固定化されている。このタイプの実例では、抗原結合分子は、抗原結合分子の空間的アレイの一部を形成する。いくつかの実施態様では、標的ポリペプチドに結合された抗原結合分子のレベルは、イムノアッセイにより測定される（例えば、ＥＬＩＳＡを使用）。本明細書で「免疫相互作用」という場合には、いずれの相互作用、反応、または分子間の会合の他の形態、および特に、それらの分子の一方が免疫系の成分であるか、または免疫系の成分を模倣する場合に対する言及を含む。
ＩＲＳバイオマーカーを含む本発明のバイオマーカーの検出および定量に必要とされる必須の試薬は総て、キット内に一緒に組み合わせることができる。いくつかの実施態様では、キットは、（ｉ）第１のバイオマーカーの定量（例えば、レベルまたは存在量の決定）を可能とする試薬と、および（ｉｉ）第２のバイオマーカーの定量（例えば、レベルまたは存在量の決定）を可能とする試薬とを含んでなり、ここで、第１および第２のバイオマーカーは、少なくとも１つの状態（例えば、健常状態、ならびに限定されるものではないが、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳのステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショックなどの特定の重篤度を有するｉｐＳＩＲＳのステージ）などの１以上の疾患のうちの少なくとも１つ）に関して、±０．９の間の相互相関範囲内にある相互相関を有し、かつ、生物学的対象から測定または導出される第１および第２のバイオマーカーに関する各バイオマーカー値の組合せは、第１および第２のバイオマーカーの、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力の組合せを表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散である。いくつかの実施態様では、本キットはさらに、（ｉｉｉ）第３のバイオマーカーの定量（例えば、レベルまたは存在量の決定）を可能とする試薬；および（ｉｖ）第４のバイオマーカーの定量（例えば、レベルまたは存在量の決定）を可能とする試薬を含んでなり、ここで、第３および第４のバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関して、±０．９の間の相互相関範囲内にある相互相関を有し、かつ、生物学的対象から測定または導出される第３および第４のバイオマーカーに関する各バイオマーカー値の組合せは、第３および第４のバイオマーカーの組合せの、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散である。
有利な実施態様では、本発明のキットは、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断するため、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供するために有用であり、ここで、少なくとも１つの状態は、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳのステージから選択される。これらの実施態様では、ＩＲＳバイオマーカーは適切には、上記および本明細書の他所に広く記載された群から選択される。
本発明に関して、「キット」は、輸送および貯蔵を可能とするように包装された、本発明の方法の実施に必要な種々の試薬を含有する製品を意味するものと理解される。キットの成分の包装に好適な材料としては、石英、プラスチック（ポリエチレン、ポリプロピレン、およびポリカーボネートなど）、ボトル、バイアル、紙、および封筒などが含まれる。加えて、本発明のキットは、キット内に含まれる種々の成分の同時、逐次または個別の使用のための説明書を含み得る。これらの説明書は、印刷物の形態または電子保存媒体（磁気ディスク、およびテープなど）、光学媒体（ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ）などといった、対象により読み取りが可能なように説明を保存可能な電子支援の形態であり得る。代わりに、または加えて、この媒体は、説明を提供するインターネットを含み得る。
「バイオマーカーの定量を可能とする試薬」とは、バイオマーカーの定量を可能とする化合物もしくは材料、または化合物もしくは材料のサブセットを意味する。特定の実施態様では、これらの化合物、材料または化合物もしくは材料のサブセットは、限定されるものではないが、ＲＮＡ材料の抽出、対応するＲＮＡなど、対応するｃＤＮＡの合成のためのプライマー、ＤＮＡの増幅のためのプライマー、および／または遺伝子によりコードされるＲＮＡ（または対応するｃＤＮＡ）と特異的にハイブリダイズし得るプローブ、ＴａｑＭａｎプローブなどのレベルの決定などを含む、遺伝子（例えば、ＩＲＳバイオマーカー遺伝子）の発現レベルの決定を可能とする。
本キットはまた、場合により、標識の検出のための適当な試薬、陽性および陰性対照、洗浄溶液、ブロッティングメンブラン、マイクロタイタープレート、および希釈溶液バッファーなども含み得る。例えば、核酸に基づく検出キットは、（ｉ）バイオマーカーポリヌクレオチド（例えば、ＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチド）（陽性対照として使用され得る）、（ｉｉ）バイオマーカーポリヌクレオチド（例えば、ＩＲＳバイオマーカーポリヌクレオチド）と特異的にハイブリダイズするプライマーまたはプローブを含み得る。また、種々のポリメラーゼ（使用する核酸増幅技術に応じて逆転写酵素、Ｔａｑ、Ｓｅｑｕｅｎａｓｅ（商標）、ＤＮＡリガーゼなど）を含む核酸の増幅に好適な酵素、デオキシヌクレオチドおよび増幅用の必要な反応混合物を提供するためのバッファーも含み得る。このようなキットはまた典型的には、好適な手段において、各個の試薬および酵素ならびに各プライマーまたはプローブのための異なる容器を含んでなる。あるいは、タンパク質に基づく検出キットは、（ｉ）バイオマーカーポリペプチド（例えば、ＩＲＳバイオマーカーポリペプチド）（陽性対照として使用され得る）、（ｉｉ）バイオマーカーポリペプチド（例えば、ＩＲＳバイオマーカーポリペプチド）と特異的に結合する抗体を含み得る。本キットはまた、本明細書に記載のアッセイの１つを実施するための種々のデバイス（例えば、１以上）および試薬（例えば、１以上）；および／またはバイオマーカー遺伝子（例えば、ＩＲＳバイオマーカー遺伝子）の発現を定量するためのキットを使用するための印刷された説明書も特徴とし得る。
本明細書に記載の試薬（場合により検出可能な標識と会合させてもよい）は、実施例または以下に記載されるアッセイ、例えば、本明細書に記載のＲＴ−ＰＣＲまたはＱ ＰＣＲ技術とともに使用するために適合されたマイクロ流体カード、チップまたはチャンバー、マイクロアレイまたはキットの形式で提供され得る。用語「マイクロアレイ」は、ハイブリダイズ可能なアレイ素子、例えば、基板上のプローブ（プライマーを含む）、リガンド、バイオマーカー核酸配列またはタンパク質配列の配置を意味する。
試薬はまた、本発明のバイオマーカーを検出および定量するための組成物において有用性を有する。例えば、逆転写酵素は、核酸サンプル中の、ｍＲＮＡを含むＲＮＡ転写産物を逆転写して、逆転写ｍＲＮＡ（「ｃＤＮＡ」とも呼ばれる）を含む逆転写転写産物を生成するために使用され得る。核酸サンプルは適切には免疫系の成分に由来し、その代表例としては、例えば上記で広く述べたように、自然免疫系および適応免疫系の成分が含まれる。特定の実施態様では、逆転写ＲＮＡは血液細胞（例えば、末梢血細胞）に由来する。適切には、逆転写ＲＮＡは白血球に由来する。
試薬は適切には、逆転写転写産物を定量するために使用される。例えば、逆転写転写産物とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーは、本明細書に記載の好適な核酸増幅技術、例えば、ＲＴ−ＰＣＲまたはＱ ＰＣＲ技術によって逆転写転写産物の少なくとも一部を増幅するために使用され得る。あるいは、オリゴヌクレオチドプローブは、例えば上記のような核酸ハイブリダイゼーション分析技術（例えば、マイクロアレイ分析）を用い、定量のために逆転写転写産物とハイブリダイズさせるために使用され得る。よって、いくつかの実施態様では、各オリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブは、本発明の組成物中の逆転写転写産物の相補的核酸配列とハイブリダイズされる。これらの組成物は典型的には、逆転写転写産物を検出および／または定量するための標識試薬を含んでなる。このタイプの代表的試薬には、ＲＮＡ転写産物または逆転写ＲＮＡとハイブリダイズする標識されたオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブ、標識されたＲＮＡ、標識された逆転写ＲＮＡ、ならびにＲＮＡまたは逆転写ＲＮＡを標識する（例えば、３’末端標識など末端標識する）ための標識されたオリゴヌクレオチドリンカーまたはタグ（例えば、標識されたＲＮＡまたはＤＮＡリンカーまたはタグ）が含まれる。プライマー、プローブ、ＲＮＡまたは逆転写ＲＮＡ（すなわち、ｃＤＮＡ）（標識または非標識を問わない）は固定化されてもよいし、または溶液で自由であってもよい。このタイプの代表的試薬としては、逆転写された、および転写産物、ならびに標識された逆転写転写産物とハイブリダイズする標識されたオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブが含まれる。標識は当技術分野で公知のいずれのリポーター分子であってもよく、その実例は上記および本明細書の他所に記載されている。
本発明はまた、ｃＤＮＡが作製されず、ＲＮＡ転写産物が直接分析の対象となる非逆転写ＲＮＡ実施態様も包含する。よって、他の実施態様では、試薬は適切には、直接ＲＮＡ転写産物を定量するために使用される。例えば、オリゴヌクレオチドプローブは、例えば上記で述べたように、核酸ハイブリダイゼーション分析技術（例えば、マイクロアレイ分析）を用い、本発明の免疫系バイオマーカーの定量のために転写産物とハイブリダイズさせるために使用され得る。よって、いくつかの実施態様では、各オリゴヌクレオチドプローブは、本発明の組成物中の免疫系バイオマーカー転写産物の相補的核酸配列とハイブリダイズされる。このタイプの実例では、組成物は、転写産物を検出および／または定量するための、転写産物とハイブリダイズする標識された試薬を含んでなり得る。このタイプの代表的試薬には、転写産物とハイブリダイズする標識されたオリゴヌクレオチドプローブならびに標識された転写産物が含まれる。プライマーまたはプローブは固定化されてもよいし、または溶液で自由であってもよい。
用語「固定化された」は、対象とする分子種が、適切には共有結合によって固相支持体に固定されることを意味する。この共有結合は、分子種の分子特性に応じて異なる手段により達成され得る。さらにこれらの分子種はまた、静電気力、疎水性もしくは親水性相互作用またはファンデルワールス力により固相支持体に固定されてもよい。上記の物理化学的相互作用は典型的には分子間の相互作用において生じる。特定の実施態様では、必要とされるのは、支持体を使用することが意図される状況下、例えば、核酸増幅および／もしくは配列決定を必要とする適用または抗体結合アッセイで、分子（例えば、核酸またはポリペプチド）が支持体に固定または結合されたままとなることだけである。例えば、オリゴヌクレオチドまたはプライマーは、酵素的伸長のために３’末端が利用でき、かつ／または配列の少なくとも一部が相補配列とのハイブリダイズ能を有するように固定化される。いくつかの実施態様では、固定化は、表面に固定されたプライマーへのハイブリダイゼーションによって起こり得、この場合、固定されたプライマーまたはオリゴヌクレオチドは３’−５’配向であり得る。他の実施態様では、固定化は、共有結合などの塩基対合ハイブリダイゼーション以外の手段によって起こり得る。
用語「固相支持体」は、本明細書で使用する場合、核酸およびポリペプチドなどの分子種が固定され得る固体の不活性表面または本体を意味する。固相支持体の限定されない例としては、ガラス表面、プラスチック表面、ラテックス、デキストラン、ポリスチレン表面、ポリプロピレン表面、ポリアクリルアミドゲル、金表面、およびシリコンウエハーが含まれる。いくつかの実施態様では、固相支持体は、膜、チップまたは粒子の形態である。例えば、固相支持体は、ガラス表面（例えば、フローセルチャネルの平坦表面）であり得る。いくつかの実施態様では、固相支持体は、ポリヌクレオチドなどの分子との共有結合を可能とする反応性基を含んでなる中間材料の層またはコーティングを適用することによるなど、「官能基化」された不活性支基板またはマトリックスを含んでなり得る。限定されない例として、このような支持体は、ガラスなどの不活性基板上に支持されたポリアクリルアミドヒドロゲルを含み得る。これらの分子（例えば、ポリヌクレオチド）は、中間材料（例えば、ヒドロゲル）と直接共有結合させることができるが、この中間材料はそれ自体、基板またはマトリックス（例えば、ガラス基板）と非共有結合的に結合させることもできる。この支持体は、それぞれ異なる結合分子種を有する複数の粒子またはビーズを含み得る。
本発明はまた、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージの管理、またはｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）のさらなる進行の予防、または対象におけるｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）の存在に関する陽性診断後に対象における有効性の評価に拡張する。ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳ状態の管理は、典型的には、極めて集約的であり、基礎にある原因の同定および改善、ならびに血管作用性化合物、抗生物質、ステロイド、内毒素に対する抗体、抗腫瘍壊死因子薬、組換えタンパク質Ｃなどの治療用化合物の積極的使用を含み得る。加えて、静脈内流体および酸素および厳格な血糖管理など、臓器機能の回復および保護を目的とする、例えば、Cohen and Glauser (1991, Lancet 338: 736-739)に記載されるような待期的療法が使用され得る。ｉｐＳＩＲＳの療法は、Healy (2002, AnnPharmacother. 36(4): 648-54)およびBrindley (2005, CJEM. 7(4): 227) and Jenkins (2006, J Hosp Med. 1(5): 285-295)に総説されている。
典型的には、治療薬は、薬学上許容可能な担体とともに、それらの意図される目的を達成するために有効な量で医薬（または獣医学）組成物として投与される。対象に投与される活性化合物の用量は、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージの症状の軽減または緩和などの、対象における有益な応答を経時的に達成するために十分なものであるべきである。投与される１または複数の薬学上有効な化合物の量は、の年齢、性別、体重および健康状態を含め、治療される対象によって異なり得る。これに関して、投与のための１または複数の活性化合物の厳密な量は、医師の判断によって異なる。ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージの治療または予防において投与される１または複数の活性化合物の有効量を決定する上で、医師または獣医は、炎症、血圧異常、頻脈、頻呼吸 発熱、悪寒、嘔吐、下痢、皮膚発疹、頭痛、錯乱、筋肉痛、発作を含む、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージの存在に関連するいずれの症状の重篤度も評価し得る。いずれにしても、当業者ならば、過度な実験を行わずに、治療薬および好適な処置計画の好適な用量を容易に決定し得る。
治療薬は、主要器官への酸素供給を増し、主要機関への血流を増し、かつ／または炎症性応答を軽減するために、補助（待期的）療法と協調して投与され得る。このような補助療法の実例としては、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、静脈内生理食塩水および酸素が含まれる。
本発明の特定の実施態様では、上記および本明細書の他所に記載される方法、装置およびキットは、対象におけるｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症または敗血性ショック）から選択される少なくとも１つの状態の発生を治療、予防または阻害する方法において使用するために企図される。これらの方法（本明細書では、「処置方法」とも呼ばれる）は典型的には、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記指標は、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す；および（ｃ）前記対象に、前記指標がｉｎＳＩＲＳの存在を示すことに基づいて、症状を治療もしくは改善する、またはｉｎＳＩＲＳの発症を逆転もしくは阻害する有効量の薬剤を投与すること、あるいは前記対象に、前記指標がｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージの存在を示すことに基づいて、症状を治療もしくは改善する、またはｉｐＳＩＲＳもしくはｉｐＳＩＲＳの特定のステージの発症を逆転もしくは阻害する有効量の薬剤を投与することを含んでなる。
有利な実施態様では、本処置方法は、（１）複数の測定ＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各測定ＩＲＳバイオマーカー値は、生物学的対象のＩＲＳバイオマーカーの測定値である；および（２）少なくとも１つの導出ＩＲＳバイオマーカー値を決定するために測定ＩＲＳバイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出ＩＲＳバイオマーカー値は、対応する導出ＩＲＳバイオマーカーの値を示す、を含んでなる。この関数は適切には、（ａ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の掛け算；（ｂ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の割り算；（ｃ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の足し算；（ｄ）２つのＩＲＳバイオマーカー値の引き算；（ｅ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の加重和；（ｆ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値の対数和；および（ｇ）少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカー値のシグモイド関数のうちの少なくとも１つを含む。
いくつかの実施態様では、本発明の方法、装置およびキットは、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳに至り得る状態の監視、処置および管理のために使用され、その実例には、遺残胎盤、髄膜炎、子宮内膜症、ショック、毒性ショック（すなわち、タンポン使用に対する後遺症）、胃腸炎、虫垂炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、炎症性腸疾患、酸消化管症候群、肝不全および肝硬変、新生児における初乳移行不全、虚血（任意の器官の）、菌血症、腹腔、心膜周辺、包膜、および胸腔などの体腔内の感染、火傷、重度創傷、過度の運動またはストレス、血液透析、耐えられない疼痛を含む状態（例えば、膵炎、腎臓結石）、手術、および非治癒損傷が含まれる。これらの実施態様では、本発明の方法またはキットは典型的には、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージの初期発生を監視するため、それにより、その状態の初期治療介入および処置を可能とするために有効な頻度で使用される。実例では、診断方法またはキットは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３もしくは２４時間間隔、または少なくとも１、２、３、４、５もしくは６日間隔、または少なくとも１週間毎、２週間毎もしくは毎月使用される。
本発明は、予測医療の分野で、対象におけるｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される状態の存在もしくは発生を診断もしくは監視し、かつ／または療法の有効性に対する応答を監視する目的で実施され得る。
本発明のバイオマーカーシグネチャーおよび対応する指標はさらに、薬理学的橋渡し研究のエンドポイントの決定を可能とする。例えば、臨床試験では、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）を治療または予防する上で使用される薬剤に対する薬理学的パラメーターを確立するために何年もまたはさらには何年もかかる場合がある。しかしながら、これらのパラメーターは、健康状態（例えば、健常状態）のバイオマーカーシグネチャーおよび対応する指標に関連してもよい。従って、臨床試験は、処置計画（例えば、薬剤および薬学的パラメーター）を選択することにより促進することができ、所望の健康状態（例えば、健常状態）に関連するバイオマーカーシグネチャーが得られる。これは例えば、（ａ）複数のＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各ＩＲＳバイオマーカー値は、処置計画による処置後に、生物学的対象の少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値を示す；（ｂ）複数のＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、前記指標は、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記指標は、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、および（ｃ）前記指標が健常状態の存在または処置計画による処置前の対象におけるその状態の程度よりも低い程度の状態の存在を示すことに基づいて、その処置計画が、対象の健康状態の所望の健康状態（例えば、健常状態）への変化に有効であることを決定することにより決定され得る。本明細書で使用する場合、用語「程度」は、状態の範囲またはステージを意味する。よって、例えば、軽度敗血症は、重度敗血症よりも低いステージまたは程度の敗血症である。同様に、重度敗血症は、敗血性ショックよりも低いステージまたは程度の敗血症である。従って、本発明のこの態様は有利には、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される状態を有するとすでに診断された対象（例えば、臨床試験に関しての）において特定の処置計画の有効性を監視する方法を提供する。これらの方法は、処置下の対象の測定または導出ＩＲＳバイオマーカー値が療法の過程または療法後に部分的または完全に正規化するかどうかを決定するために処置の有効性と相関する、あるいはそうでなければ、その療法に対する応答性に関連する変化を示す測定または導出ＩＲＳバイオマーカー値を利用する。
本明細書で使用する場合、用語「処置計画」は、文脈がそうではないことを具体的に示さない限り、予防的および／または治療的（すなわち、指定の状態の発生後）処置を意味する。用語「処置計画」は、天然物質および薬学的薬剤（すなわち「薬物」）ならびに限定されるものではないが、食事処置、理学療法または運動計画、外科的介入、およびそれらの組合せを含む、他のいずれかの処置計画を包含する。
よって、本発明は、バイオマーカーシグネチャーと、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）から選択される状態に対する有効な処置計画を相関させる方法を提供し、前記方法は典型的には、（ａ）その状態を有し、かつ、有効な処置が特定された生物学的対象から測定または導出され得る少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義するバイオマーカーシグネチャーを決定すること、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、その状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、その状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、またはその状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す；および（ｂ）このようにして決定されたバイオマーカーシグネチャーをその状態に対する有効な処置計画と相関させることを含んでなる。用語「相関させる」は、典型的には、ある種のデータと別のものまたはある状態との関係を決定することを意味する。特定の実施態様では、指標またはバイオマーカーシグネチャーが、受信者動作特性(receiver operating characteristic)（ＲＯＣ）曲線を用いて全体確率または特定の転帰と相関される。
本発明はさらに、ある処置計画がｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージ（例えば、軽度敗血症、重度敗血症および敗血性ショック）から選択される状態を有する対象を処置するために有効であるかどうかを決定する方法を提供する。これらの方法は典型的には、（ａ）複数の処置後ＩＲＳバイオマーカー値を決定すること、各処置後ＩＲＳバイオマーカー値は、前記処置計画による処置後に、生物学的対象の少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカーに関して測定または導出された値である；（ｂ）複数の処置後ＩＲＳバイオマーカー値の組合せを用いて処置後指標を決定すること、前記処置後指標は、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を少なくとも部分的に示す、ここで、（ｉ）少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカーは、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記処置後指標は、処置後指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在または程度を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記処置後指標は、処置後指標が健常状態の存在または処置計画による処置前の対象におけるその状態の程度よりも低い程度の状態の存在を示すことに基づいて、その処置計画がその対象の状態を処置するために有効であるかどうかを示す、を含んでなる。
本発明はまた、対象がある処置計画に応答する（すなわち、陽性応答）か応答しない（すなわち、陰性応答）か、またはある処置計画に対して副作用を有するかどうかを評価するために実施され得る。本発明のこの態様は、バイオマーカーシグネチャーをある処置計画に対する陽性もしくは陰性応答または副作用と相関させる方法を提供し、その方法は典型的には、（ａ）前記処置計画の開始後に生物学的対象から測定または導出され得る少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義するバイオマーカーシグネチャーを決定すること、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態に関して、ある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す；および（ｂ）このようにして決定されたバイオマーカーシグネチャーをその処置計画に対する正または負の応答と相関させることを含んでなる。本明細書で使用する場合、用語「正の応答」は、処置計画の結果が、症状の予防または重篤度の軽減、またはその状態の進行の緩徐化などの、なんらかの臨床上有意な利益を含むことを意味する。これに対して、用語「負の応答」は、処置計画が症状の予防または重篤度の軽減、またはその状態の進行速度の増大などの臨床上有意な利益をもたらさないことを意味する。
本発明はまた、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される状態を有する対象による、ある処置計画に対する正もしくは負の応答および／または処置計画の副作用を決定する方法を包含する。これらの方法は典型的には、（ａ）参照バイオマーカーシグネチャーをその処置計画に対する正もしくは負の応答または副作用と相関させること、ここで、前記バイオマーカーシグネチャーは、対照生物学的対象または対照群から測定または導出された少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義する、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態に関して、ある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す；（ｂ）前記処置計画の開始後に生物学的対象から測定または導出される少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義するサンプルバイオマーカーシグネチャーを決定すること、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態に関して、ある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し；ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、参照バイオマーカーシグネチャーとその処置計画に対する正もしくは負の応答または副作用との相関に基づいて、前記対象がその処置計画に正に応答するか負に応答するか、および／またはその処置計画から副作用を生じるかどうかを示す、を含んでなる。
関連の実施態様では、本発明はさらに、生物学的対象によるある処置計画に対する正または負の応答および／またはある処置計画に対する副作用を決定すること方法を企図する。これらの方法は一般に、（ａ）前記処置計画の開始後に生物学的対象から測定または導出される少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーの値に対応する少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える）ＩＲＳバイオマーカー値の組合せを定義するサンプルバイオマーカーシグネチャーを決定すること、ここで、（ｉ）前記少なくとも２つのＩＲＳバイオマーカーは、健常状態、ｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの特定のステージから選択される少なくとも１つの状態に関して、ある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；かつ（ｉｉ）前記少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せは、少なくとも２つのバイオマーカー値の組合せの、少なくとも１つの状態の存在、不在もしくは程度を診断する能力、または少なくとも１つの状態に対する予後を提供する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、前記性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示し、ここで、前記サンプルバイオマーカーシグネチャーは、その処置計画に対する正もしくは負の応答および／またはその処置計画からの副作用と相関され；および（ｂ）前記サンプルバイオマーカーシグネチャーに基づいて、前記対象がその処置計画に正に応答するか負に応答するか、および／またはその処置計画から副作用を生じるかどうかを決定することを含んでなる。
この上記の方法は、処置プロセスの比較的初期、すなわち、有効性の臨床発現の前に、応答者または非応答者を特定するために実施され得る。このようにして、処置計画は場合により中止することができ、異なる処置プロトコールを実施することができ、かつ／または補助療法を投与することができる。よって、いくつかの実施態様では、サンプルＩＲＳバイオマーカーシグネチャーは、療法開始の約２時間、４時間、６時間、１２時間、１日、２日、３日、４日、５日、１週間、２週間、３週間、４週間、６週間、８週間、１０週間、１２週間、４か月、６か月以内またはそれを超えて得られる。
以下、各状態を診断する上で使用するためのシグネチャーの限定されない例をいくつか説明する。例示のために、測定および／または導出バイオマーカーを含む組合せから選択される理論的最良診断バイオマーカーがもたらされるバイオマーカーを選択するために上記プロセスを使用した。これに従い、前記最良診断バイオマーカーとのそれらの相関に基づいて、他の測定および／または導出バイオマーカーが分類され、その後、これらの群内のバイオマーカーの、診断シグネチャーとして働く能力が評価された。
以下に詳細に示す結果は、上記基準が満たされる限り、結果として得られるシグネチャーは、生物学的対象において少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する上で使用するために必要とされる識別能を提供することを強調する。
シグネチャーの導出
以下、診断アルゴリズムにおいて使用するためのｍＲＮＡバイオマーカーの同定のための例示的プロセスを説明する。
概要
健常対照および医師パネルによりｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳ（血液培養陽性）のいずれかを有すると後向き（retrospectively）診断された患者から末梢血サンプルを得た。ｉｐＳＩＲＳ患者を、臨床パラメーターに基づいて「軽度」、「重度」または「ショック」に後向きにさらに分類した。次に、患者サンプルからの全ＲＮＡを遺伝子発現分析（ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）および／または定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ））で使用した。遺伝子発現データを様々な統計的アプローチを用いて解析し、個々のマーカーおよび導出マーカーを同定した。導出マーカーを、それらがどのように上位性能比（ＡＵＣに基づく）のマーカーのそれぞれに相関したかに基づいて群に分けた。この比率アプローチは、健常と術後（ＰＳ）（本明細書では「ｉｎＳＩＲＳ」とも呼ばれる）状態；健常と敗血症（本明細書では「ｉｐＳＩＲＳ」とも呼ばれる）；ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ；軽度ｉｐＳＩＲＳと重度ｉｐＳＩＲＳ；軽度ｉｐＳＩＲＳと敗血性ショック；および重度ｉｐＳＩＲＳと敗血性ショックを分離するためのＡＵＣに関して最良の診断力を提供する。
臨床試験
特定のｍＲＮＡ転写産物が健常対照と種々の患者群の間および患者群間を識別できたかどうかを決定するために臨床試験を行った。集中治療敗血症患者、術後患者およびｉｎＳＩＲＳ患者、ならびに健常対照を後向きに組み入れ、１回受診させ、その際にＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘエキソンアレイおよび／または定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を用いて遺伝子発現およびｍＲＮＡ分析のために採血を行った。患者が組み入れられた時点で感染陽性ＳＩＲＳ（軽度、重度もしくはショック）またはｉｎＳＩＲＳの明確な診断が既知であるとは考えにくく、従って、診断の確定およびこれらのコホートへの患者の割り当ては後向きに行った。
ｉｐＳＩＲＳまたはｉｎＳＩＲＳ臨床徴候および／または症状を有していた患者は、それらが同定された後にできる限り速やかに、ほとんどの場合では入院２４時間以内に、同意を得て試験に組み入れた。参加者がｉｎＳＩＲＳ、ｉｐＳＩＲＳ（軽度、重度、またはショック）を有していたかどうかの最終評価は、臨床情報および血液培養結果が利用可能となった際に後向きに行った。
試験参加者は総て１８歳を超え、本人または本人の代理意思決定者が、臨床試験情報シートおよびコンセント書式に署名し、日付を記した。対照参加者は総て、組み入れの時点での簡単な身体検査およびその病歴に基づいて良好な健康状態であると見なされた。
ＩＣＵに収容した時点で（米国内科医師会(American College of Physicians)および米国集中治療学会(Society of Critical Care Medicine)の標準定義に基づく判定基準を使用）、患者がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの徴候および症状を呈した場合には、その患者または患者の代理意思決定者に本試験への参加の機会を提供した。すなわち、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳ参加者は、最近２４時間以内に以下のうちの２つ以上を含む臨床状態の種々の組合せを必要とした：体温＞３８℃または＜３６℃；心拍数＞９０回／分；呼吸数＞２０回／分またはＰａＣＯ２＜４．３ｋＰａ（＜３２ｍｍＨｇ）；および白血球総数＜４，０００細胞／ｍｍ３（＜４×１０９細胞／Ｌ）または＞１２，０００細胞／ｍｍ３（＞１２×１０９細胞／Ｌ）または＞１０％未熟好中球（桿状）のエビデンス。参加者は、ＳＬＥ、クローン病、インスリン依存性真性糖尿病（ＩＤＤＭ）を含むいずれかの慢性全身性免疫不全障害を示したか、移植レシピエントであったか、または癌に対する化学療法処置をその時に受けていた場合には除外した。ほとんどの患者が他の基礎的併存症を有していた。総ての試験参加者は１８歳以上で、体格指数は４０未満であった。
人口統計学、バイタルサイン測定（血圧、心拍数、呼吸数、酸素飽和度、体温）、血液学（総血球数）、臨床検査値（尿素、電解質、肝機能、酵素、血糖）ならびに微生物の状態を記録した。
高品質ＲＮＡを抽出する目的で、血液をＰＡＸｇｅｎｅ（商標）チューブ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ Ｉｎｃ．、バレンシア、ＣＡ、ＵＳＡ）中へ採取した。細菌培養用の血液は、それぞれ好気性および嫌気性細菌増殖の検出のためのＢａｃＴｅｃ Ｐｌｕｓ Ａｅｒｏｂｉｃチューブ（１０ｍｌ）およびＢａｃＴｅｃ Ｐｌｕｓ Ａｎａｅｒｏｂｉｃ（１０ｍＬ）チューブ（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）中に採取した。
Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ．（バレンシア、ＣＡ、ＵＳＡ）から入手可能なＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡキットを用いて、ＰＡＸｇｅｎｅチューブから全ＲＮＡを単離した。単離はＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡチューブ中で核酸をペレット化するための遠心分離工程で始める。このペレットを洗浄し、再懸濁させ、最適化したバッファー中で、プロテイナーゼＫとともにインキュベートしてタンパク質消化を行う。さらなる遠心分離を行って細胞残渣を除去し、上清を新しいマイクロ遠沈管に移す。エタノールを加えて結合状態を調整し、この溶解液をＰＡＸｇｅｎｅ ＲＮＡスピンカラムに適用する。軽い遠心分離中に、夾雑物が通過する際に、ＲＮＡはシリカゲル膜に選択的に結合される。残った夾雑物は３回の効率的洗浄工程で除去され、次に、バッファーＢＲ５でＲＮＡを溶出させる。ＲＮＡ量および品質の決定は、分光光度計を用い、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒおよび吸光度２６０／２８０比を用いて行った。
サンプル処理
組織サンプル中の特定のｍＲＮＡレベルの測定は、様々な技術を用いて達成され得る。既知のヒトｍＲＮＡのほとんどをカバーする一般的かつ容易に利用できる技術が、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ技術を用いたＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）分析である。この技術および方法論に関する詳細は、www.affymetrix.com.に見出すことができる。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）分析は、一度に何千ものＲＮＡ転写産物を分析できるという利点を持つ。もう１つの一般的かつ容易に利用できる技術がｑＰＣＲ（定量的ポリメラーゼ連鎖反応）であり、これは、一度に何百のＲＮＡ転写産物をリアルタイムで定量的に分析できるという利点を持つ。これらの技術の１つ（ＴａｑＭａｎ（商標））、化学および方法論に関する詳細は、「Protocol: Introduction to TaqMan SYBR Green Chemistries for Real-Time PCR」および「TaqMan Gene Expression Assays Protocol」という名称の公開プロトコールを含むＬｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓウェブサイトに見出すことができる。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）およびｑＰＣＲとも、バイオマーカー同定のための発見および概念実証段階で使用した。ｑＰＣＲは、もっぱらバイオマーカー実現可能性試験に用いた。
バイオマーカーおよび導出バイオマーカーの分析、データ解釈および選択
健常対照とｉｎＳＩＲＳ
健常とｉｎＳＩＲＳの２つの状態を分離するための、少なくとも０．７のＡＵＣを有する９４１のｍＲＮＡ各マーカーのリストを作成した。図８Ａは、これらのマーカーをＡＵＣに対してプロットしたものであり、図８Ｂは、２つの状態を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカー（ＡＧＦＧ１−ArfGAP with FG repeats 1）の箱ひげ図である。健常とｉｎＳＩＲＳの状態は、このｍＲＮＡバイオマーカーを単独で用いた場合に完全に分離される。
９４１の各マーカーから、１．０のＡＵＣを有した少なくとも１０００の導出マーカー（比）を作成した。健常とｉｎＳＩＲＳの状態を分離するためのこれら導出マーカーのＡＵＣのプロットを図８Ｃに示し、上位性能比を図８Ｄに箱ひげ図として示す。ＡＧＦＧ１およびＰＶＲＩＧ（ポリオウイルス受容体関連免疫グロブリンドメイン含有）のＡＵＣは、１．０の比を有する。
次に、９４１の各マーカーの総てを、ＡＧＦＧ１に相関するものとＰＶＲＩＧに相関するものの２群に分けた。図８Ｅおよび８Ｆは、ＡＧＦＧ１またはＰＶＲＩＧのいずれかとのそれらの類似性に基づく２群間の相関を示す。これらのプロットでは、群は、群１（ＡＧＦＧ１）または群２（ＰＶＲＩＧ）のいずれかとして呼ばれる。各「群」は、互いに最も高い相関を示すマーカーを含むことが見て取れる。
図８Ｇおよび８Ｈに示されるように、各「群」のマーカーもまた、被験状態（この場合、健常とｉｎＳＩＲＳ（ＰＳ））に強い相関を示す（総てのマーカーに関して０．７より大きいＡＵＣにより示される）。
これらの２つの群からｍＲＮＡを選択して導出マーカーを作出することにより、図８Ｉに示されるように、マーカーが群内から選択される場合よりも、健常とｉｎＳＩＲＳを分離するためのより良いＡＵＣが得られ（ｐ＜２．５５８ｅ−１３）、これは群１または群２のいずれか単独からのマーカーを用いる場合に比べてより大きい総合ＡＵＣが得られることを示す。群１および２から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．９７を超えるが、群１または２のいずれか単独から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．９未満である。
健常対照とｉｐＳＩＲＳ
健常とｉｐＳＩＲＳの２つの状態を分離するための、少なくとも０．７のＡＵＣを有する９４１のｍＲＮＡ各マーカーのリストを作成した。図９Ａは、これらのマーカーをＡＵＣに対してプロットしたものであり、図９Ｂは、２つの状態を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカー（ＬＴＢＰ３−ラテントトランスフォーミング増殖因子β結合タンパク質３(latent transforming growth factor beta binding protein 3)）の箱ひげ図である。健常とｉｐＳＩＲＳの状態は、このｍＲＮＡバイオマーカーを単独で用いた場合に完全に分離される。
９４１の各マーカーから、１．０のＡＵＣを有した少なくとも１０００の導出マーカー（比）を作成した。健常とｉｐＳＩＲＳの状態を分離するためのこれら導出マーカーのＡＵＣのプロットを図９Ｃに示し、上位性能比を図９Ｄに箱ひげ図として示す。ＬＴＢＰ３およびＬＰＨＮ１（ラトロフィリン１）のＡＵＣは、１．０の比を有する。
次に、９４１の各マーカーの総てを、ＬＴＢＰ３に相関するものとＬＰＨＮ１に相関するものの２群に分けた。図９Ｅおよび９Ｆの両プロットは、ＬＴＢＰ３またはＬＰＨＮ１のいずれかとのそれらの類似性に基づく２群間の相関を示す。各「群」は、互いに最も高い相関を示すマーカーを含むことが見て取れる。
図９Ｇおよび９Ｈに示されるように、各「群」のマーカーもまた、被験状態（この場合、健常とｉｐＳＩＲＳ（敗血症））に強い相関を示す（総てのマーカーに関して０．７より大きいＡＵＣにより示される）。
これらの２つの群からｍＲＮＡを選択して導出マーカーを作出することにより、図９Ｉに示されるように、マーカーが群内から選択される場合よりも、健常とｉｐＳＩＲＳを分離するためのより良いＡＵＣが得られ（ｐ＜２．２ｅ−１６）、これは群１または群２のいずれか単独からのマーカーを用いる場合に比べてＡＵＣの改善を示すことを示す。群１および２から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．９７を超えるが、群１または２のいずれか単独から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．８未満である。
ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ
ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳの２つの状態を分離するための、少なくとも０．７のＡＵＣを有する３５９のｍＲＮＡ各マーカーのリストを作成した。図１０Ａは、これらのマーカーをＡＵＣに対してプロットしたものであり、図１０Ｂは、２つの状態を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカー（ＰＩＷＩＬ４−ｐｉｗｉ様ＲＮＡ介在遺伝子サイレンシング４(piwi-like RNA mediated gene silencing 4)）の箱ひげ図である。ｉｎＳＩＲＳ（ＰＳ）とｉｐＳＩＲＳ（敗血症）の状態は、このｍＲＮＡバイオマーカーを単独で用いた場合に良好に分離される。
３５９の各マーカーから、０．９より大きいＡＵＣを有した１０００の導出マーカー（比）を作成した。ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳの状態を分離するためのこれら導出マーカーのＡＵＣのプロットを図１０Ｃに示し、ＰＬＡ２Ｇ７（ホスホリパーゼＡ２、群ＶＩＩ(phospholipase A2, Group VII)、（血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ、血漿））およびＰＬＡＣ８（胎盤特異的８(placenta-specific 8)）の上位性能比を図１０Ｄに箱ひげ図として示す。
次に、３５９の各マーカーの総てを、ＰＬＡ２Ｇ７に相関するものとＰＬＡＣ８に相関するものの２群に分けた。図１０Ｅのプロットは、各「群」のマーカーが被験状態（この場合、ｉｎＳＩＲＳ（ＰＳ）とｉｐＳＩＲＳ（敗血症）に強い相関を示す（総てのマーカーに関して０．７より大きいＡＵＣにより示される）ことを示す。
これらの２つの群からｍＲＮＡを選択して導出マーカーを作出することにより、図１０Ｆに示されるように、マーカーが群内から選択される場合よりも、群１または群２のいずれか単独からのマーカーを用いる場合に比べて、ｉｎＳＩＲＳ（ＰＳ）とｉｐＳＩＲＳ（敗血症）を分離するためのより良いＡＵＣが得られる（ｐ＜５．７８ｅ−５）。群１および２から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．８０を超えるが、群１または２のいずれか単独から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．８未満である。
別の実施態様では、マーカーをＣＥＡＣＡＭ４に相関するもの（バケット３）、ＬＡＭＰ１に相関するもの（バケット４）、ＰＬＡ２Ｇ７に相関するもの（バケット１）およびＰＬＡＣ８に相関するもの（バケット２）の４群に分けた。図１０Ｇのプロットは、各群のマーカーが被験状態（すなわち、ｉｎＳＩＲＳ（ＰＳ）とｉｐＳＩＲＳ（敗血症）に強い相関を示す（総てのマーカーに関して０．７より大きいＡＵＣにより示される）ことを示す。上述の２バケットの実施態様と同様に、４つの群からｍＲＮＡを選択して導出マーカーを作出することにより、図１０Ｈに示されるように、マーカーが群内から選択される場合に比べ、群１〜４のいずれか１つからのマーカーを使用する場合よりも、ｉｎＳＩＲＳ（ＰＳ）とｉｐＳＩＲＳ（敗血症）を分離するための全体としてより良いＡＵＣが得られる（ｐ＜０．２５６４）。群１〜４から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．８０を超えるが、群１〜４のいずれか１つから導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．８未満である。
軽度ｉｐＳＩＲＳと重度ｉｐＳＩＲＳ
ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳの２つの状態を分離するための、少なくとも０．７のＡＵＣを有する６６のｍＲＮＡ各マーカーのリストを作成した。図１１Ａは、これらのマーカーをＡＵＣに対してプロットしたものであり、図１１Ｂは、２つの状態を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカー（Ｎ４ＢＰ２Ｌ２−ＮＥＤＤ４結合タンパク質２様２(NEDD4 binding protein 2-like 2)）の箱ひげ図である。軽度ｉｐＳＩＲＳと重度ｉｐＳＩＲＳの状態は、このｍＲＮＡバイオマーカーを単独で用いた場合に良好に分離される。
６６の各マーカーから、０．８７より大きいＡＵＣを有した少なくとも１０００の導出マーカー（比）を作成した。軽度ｉｐＳＩＲＳと重度ｉｐＳＩＲＳの状態を分離するためのこれら導出マーカーのＡＵＣのプロットを図１１Ｃに示し、上位性能比を図１１Ｄに箱ひげ図として示す。Ｎ４ＢＰ２Ｌ２およびＺＣ３Ｈ１１Ａ（ジンクフィンガーＣＣＣＨ型含有１１Ａ(zinc finger CCCH-type containing 11A)）のＡＵＣは比として０．９８３である。
次に、６６の各マーカーの総てを、Ｎ４ＢＰ２Ｌ２に相関するものとＺＣ３Ｈ１１Ａに相関するものの２群に分けた。図１１Ｅおよび１１Ｆの両プロットは、Ｎ４ＢＰ２Ｌ２またはＺＣ３Ｈ１１Ａのいずれかとのそれらの類似性に基づく２群間の相関を示す。これらのプロットでは、これらの群は群１（Ｎ４ＢＰ２Ｌ２）または群２（ＺＣ３Ｈ１１Ａ）のいずれかとして呼ばれる。各「群」は、互いに最も高い相関を示すマーカーを含むことが見て取れる。各「群」のマーカーもまた、被験状態（この場合、軽度ｉｐＳＩＲＳと重度ｉｐＳＩＲＳ）に強い相関を示す（総てのマーカーに関して０．７より大きいＡＵＣにより示される）。
これらの２つの群からｍＲＮＡを選択して導出マーカーを作出することにより、図１１Ｉに示されるように、群１または群２のいずれか単独からのマーカーを用いる場合に比べて、軽度ｉｐＳＩＲＳと重度ｉｐＳＩＲＳを分離するためのより良いＡＵＣが得られる（ｐ＜２．２ｅ−１６）。群１および２から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．８９を超えるが、群１または２のいずれか単独から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．６未満である。
軽度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ−ショック
軽度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ−ショックの２つの状態を分離するための、少なくとも０．７のＡＵＣを有する４８のｍＲＮＡ各マーカーのリストを作成した。図１２Ａは、これらのマーカーをＡＵＣに対してプロットしたものであり、図１２Ｂは、２つの状態を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカー（ＣＤ６−ＣＤ６分子）の箱ひげ図である。軽度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳショックの状態は、このｍＲＮＡバイオマーカーを単独で用いた場合に良好に分離される。
４８の各マーカーから、０．７９３より大きいＡＵＣを有した少なくとも１０００の導出マーカー（比）を作成した。軽度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳショックの状態を分離するためのこれら導出マーカーのＡＵＣのプロットを図１２Ｃに示し、上位性能比を図１２Ｄに箱ひげ図として示す。ＶＡＭＰ２およびＵＢＡＰ１（ユビキチン関連タンパク質１(ubiquitin associated protein 1)）のＡＵＣは比として０．９７８である。
次に、４８の各マーカーの総てを、ＶＡＭＰ２に相関するものとＵＢＡＰ１に相関するものの２群に分けた。図１２Ｅおよび１２Ｆの両プロットは、ＶＡＭＰ２またはＵＢＡＰ１のいずれかとのそれらの類似性に基づく２群間の相関を示す。これらのプロットでは、これらの群は群１（ＶＡＭＰ２）または群２（ＵＢＡＰ１）のいずれかとして呼ばれる。各「群」は、互いに最も高い相関を示すマーカーを含むことが見て取れる。各「群」のマーカーもまた、被験状態（この場合、軽度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ−ショック）に強い相関を示す（総てのマーカーに関して０．７より大きいＡＵＣにより示される）。
これらの２つの群からｍＲＮＡを選択して導出マーカーを作出することにより、図１２Ｉに示されるように、群１または群２のいずれか単独からのマーカーを用いる場合に比べて、軽度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ−ショックを分離するためのより良いＡＵＣが得られる（ｐ＜２．２ｅ−１６）。群１および２から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．８７を超えるが、群１または２のいずれか単独から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．６５未満である。
重度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ−ショック
重度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ−ショックの２つの状態を分離するための、少なくとも０．７のＡＵＣを有する６１のｍＲＮＡ各マーカーのリストを作成した。図１３Ａは、これらのマーカーをＡＵＣに対してプロットしたものであり、図１３Ｂは、２つの状態を分離するための最良のｍＲＮＡバイオマーカー（ＳＩＲＰＧ−シグナル調節タンパク質γ(signal regulatory protein gamma)）の箱ひげ図である。重度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳショックの状態は、このｍＲＮＡバイオマーカーを単独で用いた場合に良好に分離される。
６１の各マーカーから、０．８２１より大きいＡＵＣを有した少なくとも１０００の導出マーカー（比）を作成した。重度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳショックの状態を分離するためのこれら導出マーカーのＡＵＣのプロットを図１３Ｃに示し、上位性能比を図１３Ｄに箱ひげ図として示す。ＧＡＴＡ３（ＧＡＴＡ結合タンパク質３(GATA binding protein 3)）とＭＥＣＯＭ（ＭＤＳ１およびＥＶＩ１複合体遺伝子座(MDS1 and EVI1 complex locus)）のＡＵＣは比として０．９３６である。
次に、６１の各マーカーの総てを、ＧＡＴＡ３に相関するものとＭＥＣＯＭに相関するものの２群に分けた。図１３Ｅおよび１３Ｆの両プロットは、ＧＡＴＡ３またはＭＥＣＯＭのいずれかとのそれらの類似性に基づく２群間の相関を示す。これらのプロットでは、これらの群は群１（ＧＡＴＡ３）または群２（ＭＥＣＯＭ）のいずれかとして呼ばれる。各「群」は、互いに最も高い相関を示すマーカーを含むことが見て取れる。各「群」のマーカーもまた、被験状態（この場合、重度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ−ショック）に強い相関を示す（総てのマーカーに関して０．７より大きいＡＵＣにより示される）。
これらの２つの群からｍＲＮＡを選択して導出マーカーを作出することにより、図１３Ｉに示されるように、群１または群２のいずれか単独からのマーカーを用いる場合に比べて、重度ｉｐＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳ−ショックを分離するためのより良いＡＵＣが得られる（ｐ＜２．２ｅ−１６）。群１および２から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．８２を超えるが、群１または２のいずれか単独から導出されたマーカーの平均ＡＵＣは０．７未満である。
シグネチャー用法
以下、患者集団における上記のマーカーおよび得られたシグネチャーの使用ならびにｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳの識別に関する利益を説明する。
ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを有する患者を識別可能なアッセイは、
１）集中治療室（内科および外科ＩＣＵ）
２）術後および内科
３）救急部
４）内科診療所
を含む複数の患者集団で使用することができる。
集中治療室（ＩＣＵ）に収容された患者はｉｐＳＩＲＳを有するか、ＩＣＵ滞在中にｉｐＳＩＲＳを発症することが多い。集中治療の最終目的は患者の生存を確保することであり、最短時間で一般病棟へ解放される。ｉｐＳＩＲＳと診断された集中治療中の患者には、通常、複数の治療用化合物が投与されるが、その多くが免疫系に対抗する作用を持ち、その多くがｉｐＳＩＲＳの重篤度（軽度敗血症、重度敗血症、敗血性ショック）によっては逆効果となり得る。本発明のバイオマーカーで集中治療患者を定期的に監視すれば、医師はｉｐＳＩＲＳからｉｎＳＩＲＳを識別でき、ｉｐＳＩＲＳのステージを決定でき、従って、治療法、治療をいつ始めいつ終わるか、および患者の管理法、最終的には療法に対する応答を選択することができる。従って、これらのバイオマーカーによって提供される情報により、集中治療医は患者の生存を確保し、かつ、集中治療室での滞在時間を短縮するために治療を調整および修正することができる。集中治療室での滞在時間の短縮は、占有時間の短縮および投薬の適当な使用および時機によるものを含め、医療費の相当の節約につながる。
外科および一般内科患者は、しばしば、術後にまたは患者の病態もしくは施術の結果としてｉｎＳＩＲＳを発症し、ｉｐＳＩＲＳを発症する高いリスクを有する。従って、このような患者における術後および内科診療は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳの徴候を監視することおよびこれら２つの状態を識別することを含む。術後のおよび一般病棟でのｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳ患者の処置および管理は異なり、ｉｎＳＩＲＳ患者は軽い抗炎症薬または解熱剤を投与でき、ｉｐＳＩＲＳ患者は、最良の転帰のためにはできるだけ早く抗生物質を開始しなければならない。術後および内科患者を本発明のバイオマーカーで定期的に監視すると、看護師および医師は初期段階でｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別することができ、従って、治療法および患者の管理法の、ならびに最終的には治療法に対する応答に対して十分な情報に基づいた決定ができる。従って、これらのバイオマーカーにより提供される情報により、医師は、患者が手術または他の状態から早く回復し、ｉｐＳＩＲＳを発症しないことを保証するために治療法を調整および修正することができる。入院時間の短縮および合併症の低減は、占有時間の短縮および投薬の適当な使用および時機によるものを含め、医療費の相当の節約につながる。
さらに、救急部に来ている患者は発熱している場合が多く、これはｉｎＳＩＲＳの臨床徴候の１つ（４つのうちの）である。このような患者は、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳのいずれかを有するか決定するために評価する必要がある。前述のように、発熱患者、ｉｎＳＩＲＳ患者および敗血症患者の処置および管理は異なる。例として、発熱しているが他のｉｎＳＩＲＳ臨床徴候が無く、明らかな感染源の無い患者は家へ帰すか、それ以上の病院処置を行わずに他の非病院サービスを提供してもよい。しかしながら、発熱している患者が初期のｉｐＳＩＲＳを有していることもあり、このような患者を入院させなければ生命の危険に曝す場合がある。これらのバイオマーカーはｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別できるので、医師は救急患者を迅速かつ効果的にトリアージュすることができる。緊急トリアージュ決定は、病院処置を必要とする患者にそれを与え、必要としない患者には他の適当なサービスを提供することを保証する。
なおさらに、内科診療所に来ている患者も、ｉｎＳＩＲＳの４つの臨床徴候（心拍数の増加、呼吸数の増加、異常な白血球総数、発熱または低体温）のうちのいずれか１つを示す場合が多い。ｉｎＳＩＲＳの４つの臨床徴候の１つとともに多くの異なる臨床状態が存在する場合があり、このような患者は、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳのいずれかを有するかどうかを決定し、他の異なる診断を排除するために評価する必要がある。例として、腹痛を有する患者は心拍数増加の臨床徴候も呈する場合がある。異なる診断は（限定されるものではないが）、虫垂炎、尿石症、胆嚢炎、膵炎、全腸炎であり得る。これらの状態のそれぞれにおいて、全身性炎症性応答が存在していたかどうか（ｉｎＳＩＲＳ）、またはその状態に対する全身応答に感染が寄与していたかどうか（ｉｐＳＩＲＳ）を決定することが重要であると思われた。全身性炎症および／または感染を有する患者と有さない患者の処置および管理は異なる。これらのバイオマーカーは感染の無い全身性炎症性応答を有する患者（ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳ）から感染に対する全身性炎症性応答を有する患者を識別し、全身関与の程度を決定することができるので、それらを使用すれば、医師は患者の問題に満足のいく解決を講じるために次の医療行為を決定することができる。
疾患患者ならびにｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを有する患者における全身性炎症の範囲の決定
前述のように、内科診療所に来ている患者は、ｉｎＳＩＲＳの４つの臨床徴候のうちのいずれか１つを有する場合が多い。しかしながら、ｉｎＳＩＲＳの４つの臨床徴候のうちの１つとともに多くの異なる臨床状態が存在する場合があり、このような患者は、ｉｎＳＩＲＳを有するかどうか、そうであればｉｎＳＩＲＳの範囲、またはｉｐＳＩＲＳを有するかどうか、そうであればｉｐＳＩＲＳの範囲を決定し、他の異なる診断を排除するために評価する必要がある。
例として、呼吸困難を有する患者は、おそらく呼吸数増大の臨床徴候も呈する。異なる診断は（限定されるものではないが）、喘息、肺炎、鬱血性心不全、気道の物理的閉塞、アレルギー反応、虚脱肺、気胸であり得る。これらの状態のそれぞれにおいて、全身性炎症性応答が存在していたかどうか（ｉｎＳＩＲＳ）、またはその状態に感染が寄与していたかどうか（ｉｐＳＩＲＳ）を決定することが重要であると思われた。全身性炎症および／または感染を有する患者と有さない患者の処置および管理は異なる。これらのバイオマーカーは感染の無い全身性炎症性応答を有する患者（ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳ）から感染に対する全身性炎症性応答を有する患者を識別し、全身関与の程度を決定することができるので、それらを使用すれば、医師は患者の問題に満足のいく解決を講じるために次の医療行為を決定することができる。虚脱肺、気胸または物理的閉塞を有する患者は大きな全身性炎症性応答を有するとは考えにくく、鬱血血性心不全、アレルギー反応または喘息を有する患者は、感染による大きな全身性炎症性応答を有するとは考えにくい。本特許で提供されるバイオマーカーにより示されるようなｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳの両方の範囲は、臨床医に次の処置および管理工程に関する情報も提供する。例えば、呼吸困難とｉｐＳＩＲＳを示す強いバイオマーカー応答を有する患者は、おそらく、即入院させられ、抗生物質を投与され、胸部Ｘ線を実施される。呼吸困難と、ｉｎＳＩＲＳを示すが、ｉｐＳＩＲＳを示さない強いバイオマーカー応答を有する患者は、おそらく、入院させられ、ＭＲＩ、ＥＣＧ、および血管造影などの他の検査診断法とともに胸部Ｘ線撮影を受ける。短期の呼吸困難を有し、ｉｎＳＩＲＳもｉｐＳＩＲＳも持たない患者はおそらく、入院を要するのではなく、地域の診療所でさらなる検査を受ける。
この場合にもまた、前述のように、救急部に来ている患者は、発熱している場合が多く、それはｉｎＳＩＲＳの臨床徴候のうちの１つ（４つのうち）である。このような患者は、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有するかどうかを決定するために評価する必要がある。さらに、患者を入院させるかどうかの判定を下せるように、それらの患者がどれだけ病的であるかを決定することが重要である。緊急トリアージュ決定は、病院処置を必要とする患者にそれを与え、必要としない患者には他の適当なサービスを提供することを保証する。
ＩＣＵの患者は、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを有する場合が多く、処置計画が異なるのでこれらの２つの状態を識別することが重要である。ｉｎＳＩＲＳを有する患者では、適当な処置および管理計画が導入できるように炎症性応答の範囲を決定することが重要である。例えば、広範囲でないｉｎＳＩＲＳを有すると新たに決定された患者は、非ステロイド系抗炎症薬などの軽い投薬を受けることができるであろう。広範囲のｉｎＳＩＲＳ（例えば、外傷）を有すると新たに決定された患者は、炎症の副作用（腫脹）の潜在的影響を軽減するためにステロイドなどのより強い抗炎症投薬が必要であり得る。ｉｐＳＩＲＳを有する患者では、適当な処置および管理計画が導入または停止できるように、感染に対する炎症性応答の範囲を決定することも重要である。例えば、持続的な強いｉｐＳＩＲＳ応答を有する患者に対しては、臨床医は、従来の細菌培養および感受性結果が無くとも、抗生物質処置計画の変更またはそれに対する付加のいずれかを考慮してよい。さらに、ｉｐＳＩＲＳを有していたことがあり、長期間、抗微生物療法を施されたことがあることが分かっている患者は、もはやｉｎＳＩＲＳもｉｐＳＩＲＳも持たないことが証明されてからは（バイオマーカーを用いた検査による）、静脈内抗生物質を安全に取り去ることができる。
ｉｐＳＩＲＳの重篤度の決定
集中治療室（ＩＣＵ）に収容された患者は、ｉｐＳＩＲＳを有するか、またはＩＣＵ滞在中にｉｐＳＩＲＳを発症する場合が多い。敗血症の重篤度は低重度、すなわち敗血症から、より重度、すなわち重度敗血症、最高重度、すなわち敗血性ショックまで連続的であると考えることができることが知られている。重度の高い敗血症（ｉｐＳＩＲＳ）ほど、敗血症に比べて（総て急性状態であるが）、より積極的、早急かつ状況に併せた介入を必要とする。ｉｐＳＩＲＳと診断された集中治療中の患者には、通常、複数の治療用化合物が投与されるが、その多くが免疫系に対抗する作用を持ち、その多くがｉｐＳＩＲＳの重篤度（敗血症、重度敗血症、敗血性ショック）によっては逆効果となり得る。本発明のバイオマーカーで集中治療患者を定期的に監視すれば、医師はｉｐＳＩＲＳの重篤度（軽度、重度、ショック）を決定でき、従って、治療法および患者の管理法、最終的には療法に対する応答を選択することができる。従って、本明細書で開示されるこれらのバイオマーカーによって提供される情報により、医師は患者の生存を確保し、かつ、集中治療室での滞在時間を短縮するために治療および／またはケアを調整、修正、または中断することができる。集中治療室での滞在時間の短縮は、占有時間の短縮および投薬の適当な使用および時機によるものを含め、医療費の相当の節約につながる。
第１の例のワークフロー
以下、第１の例のワークフローを説明する。このワークフローは、自動プラットフォームの利用可能性によって最大７工程を含む。このアッセイは、ｑＲＴ−ＰＣＲ装置（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７５００ Ｆａｓｔ ＤｘリアルタイムＰＣＲ装置、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、フォスターシティ、ＣＡ、カタログ番号４４０６８５；Ｋ０８２５６２）での蛍光検出に基づく、サンプル中の各転写産物の量の定量的でリアルタイムの決定を用いる。転写産物をそれぞれ別の反応ウェルで、ＦＡＭチャネル（例えば）で可視化されるプローブを用い、増幅させ、検出し、定量する。報告されるスコアは、キットとは別に提供されるが、ＲＴ−ＰＣＲ装置に統合するように設計された解釈ソフトウエアを用いて計算される。
下記のワークフローは、手動処理および予め調製されたキットの使用を記載する。
分析前
採血
全ＲＮＡ単離
分析
逆転写（ｃＤＮＡの作製）
ｑＰＣＲ調製
ｑＰＣＲ
ソフトウエア、結果の解釈および品質管理
出力
キット内容
希釈剤
ＲＴバッファー
ＲＴ酵素ミックス
ｑＰＣＲバッファー
プライマー／プローブミックス
ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ（商標）（または類似品）
高陽性対照
低陽性対照
陰性対照
採血
使用検体は、ＰＡＸｇｅｎｅ（商標）Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡシステム（Ｑｉａｇｅｎ、キット カタログ＃７６２１６４；Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、採取チューブ カタログ番号７６２１６５；Ｋ０４２６１３）内のＰＡＸｇｅｎｅ（商標）採取チューブを用いた静脈穿刺により採取した血液の２．５ｍＬサンプルである。別の採取チューブとしてＴｅｍｐｕｓ（商標）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）がある。
全ＲＮＡの単離
ＰＡＸｇｅｎｅ ＲＮＡチューブに採取した血液（２．５ｍＬ）を、製造者の説明に従って処理する。簡単に述べれば、血液の２．５ｍＬサンプルを、ＰＡＸｇｅｎｅ（商標）Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡシステム（Ｑｉａｇｅｎ、キット カタログ＃ ７６２１６４；Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、採取チューブ カタログ番号７６２１６５；Ｋ０４２６１３）内のＰＡＸｇｅｎｅ（商標）採取チューブを用いて静脈穿刺により採取する。全ＲＮＡ単離は、ＰＡＸｇｅｎｅ（商標）Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡキット（ＰＡＸｇｅｎｅ（商標）Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡシステムの成分）に明示されている手順を用いて行う。次に、抽出されたＲＮＡの純度および収量を調べ（例えば、Ｎａｎｏｄｒｏｐ（商標）（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いてＡ２６０／２８０比を求めることによる）、最小品質は（比＞１．６）でなければならない。ＲＮＡは逆転写反応（下記）に対して一定の投入容量を見込むように濃度を調節すべきである。ＲＮＡは即処理するか、またはその後の処理のために１回使用容量でまたは−７０℃より低い温度で保存すべきである。
逆転写
プレートマップおよび以下に直接提供される情報に基づき、調製すべき適当な反応当量数（マスターミックスフォーミュレーション）を決定する。各臨床検体はシングルトンで測定する。
ａ）各バッチは以下の検体を含まなければならない：
ｂ）それぞれシングルトンで高対照、低対照、陰性対照、および鋳型無しの対照（サンプルの代わりに試験希釈液）
プログラムは、以下に詳述されるＡＢＩ ７５００ Ｆａｓｔ Ｄｘ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ。
ｃ）ソフトウエアを起動
ｄ）Create New Documentをクリック
ｅ）New Document Wizardで以下のオプションを選択
ｉ）Assay: Standard Curve (Absolute Quantitation)
ｉｉ）Container: 96-Well Clear
ｉｉｉ）Template: Blank Document (or select a laboratory-defined template)
ｉｖ）Run Mode: Standard 7500
ｖ）Operator: 作業者のイニシャルを入力
ｖｉ）Plate name: [デフォルト]
ｆ）Finishをクリック
ｇ）左上のInstrumentタブを選択
ｈ）Thermal Cycler Protocol区分のThermal Profileで以下の時間を入力する
ｉ）２５℃１０分
ｉｉ）４５℃４５分
ｉｉｉ）９３℃１０分
ｉｖ）２５℃で６０分維持
鋳型無しの区分では、試験希釈液およびＲＴ−ｑＰＣＲ試験ＲＴバッファーを室温に取り出して解凍する。ＲＴ−ｑＰＣＲ Ｔｅｓｔ ＲＴ酵素ミックスを冷凍庫内および／またはコールドブロック上に放置する。
鋳型無しの区分では、以下に挙げた順序でマスターミックスを構成する。
マスターミックスを穏やかにボルテックスにかけ、パルススピンを行う。適当な容量（５μＬ）のＲＴマスターミックスを各ウェルに室温で加える。
臨床検体および対照ＲＮＡを取り出して解凍する。（検体が通常、解凍に時間がかかる場合、このステップはバリデート後の方法では上流に移してもよい。）
臨床検体および対照ＲＮＡをボルテックスにかけた後、パルススピンを行う。１０μＬの対照ＲＮＡまたはＲＴ−ｑＰＣＲ Ｔｅｓｔ希釈液を各個の対照または陰性ウェルに加える。
１０μＬのサンプルＲＮＡを各個のサンプルウェルに加える（ＲＴ当たり総投入量１５０ｎｇ；ＯＤ２６０／ＯＤ２８０比は１．６より大きい）。１０μＬのＲＴ−ｑＰＣＲ Ｔｅｓｔ希釈液を各ＮＴＣウェルに加える。
注：ウェル当たりの最終反応容量は１５μＬである。
穏やかなピペット操作により混合する。ウェル内の気泡形成を避ける。
ウェルにシールを用いて蓋をする。
このプレートを回転させて気泡を除去する（４００ｘｇで１分）。
上記で詳説するように予めプログラムされたＡＢＩ ７５００ Ｆａｓｔ Ｄｘ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔに素早く移す。
Startをクリックする。SaveおよびContinueをクリックする。装置を放置する前に、Estimated Time Remaining下で時間を表示することによって実行が問題無く開始されることを確認することが奨励される。
ｑＰＣＲマスターミックスは、ＲＴ反応の終了とだいたい同時となるように調製され得る。例えば、この時間の約１５分前に開始する。下記参照。
ＲＴが完了したところで（すなわち、２５℃で休止；６０分までの任意の時点で保持の停止が完了する）、プレートを回転させて濃縮物を回収する（４００ｘｇで１分）。
ｑＰＣＲ調製
プレートマップおよび上記のＲＴ調製で提供される情報に基づき、調製すべき適当な反応当量数（マスターミックスフォーミュレーション）を決定する。
ＡＢＩ ７５００ Ｆａｓｔ Ｄｘを下記の設定でプログラムする。
ａ）ソフトウエアを起動
ｂ）Create New Documentをクリック
ｃ）New Document Wizardで以下のオプションを選択
ｉ）Assay: Standard Curve (Absolute Quantitation)
ｉｉ）Container: 96-Well Clear
ｉｉｉ）Template: Blank Document (or select a laboratory-defined template)
ｉｖ）Run Mode: Standard 7500
ｖ）Operator: 作業者のイニシャルを入力
ｖｉ）Plate name: 所望のファイル名を入力
ｄ）Nextをクリック
ｅ）Select Detectorsダイアログボックスで、
ｉ）第１のバイオマーカーのデテクターを選択した後、Add>>をクリック
ｉｉ）第２のバイオマーカーのデテクターを選択した後、Add>>をクリック
ｉｉｉ）受動的参照：ＲＯＸ
ｆ）Nextをクリック
ｇ）プレートマップに従って適当なウェルにデテクターを割り当てる
ｉ）第１のバイオマーカーアッセイが割り当てられるハイライトウェル
ｉｉ）第１のバイオマーカーデテクターの使用をクリック
ｉｉｉ）他のバイオマーカーに対して前２工程を繰り返す
ｉｖ）Finishをクリック
ｈ）SetupタブとPlateタブが確実に選択されているようにする
ｉ）左上のInstrumentタブを選択
ｊ）Thermal Cycler Protocol区分のThermal Profileタブで、以下の動作を実行する、結果を図１４に示す。
ｉ）ステージ１を削除する（実験室で定義された鋳型でこれが完了していない場合）
ｉｉ）サンプル容量２５μＬを入力
ｉｉｉ）９５℃１０分
ｉｖ）９５℃１５秒、６３℃１分の４０サイクル
ｖ）Run Mode: Standard 7500
ｖｉ）“stage 2, step 2 (63.0@1:00)”を用いてデータを収集する
ｋ）このプロセスを用いて下記のようにウェルを標識する：プレートマップ上でRightをクリックした後、Well Inspectorを選択する。Well Inspectorが開くとともに、１または複数のウェルを選択する。クリックしてWell Inspectorに戻り、サンプル名を入力する。完了したらWell Inspectorを閉じる。
ｉ）高対照ではＣＯＮＨ
ｉｉ）低対照ではＣＯＮＬ
ｉｉｉ）陰性対照ではＣＯＮＮ
ｉｖ）鋳型無しの対照ではＮＴＣ
ｖ）臨床検体の［アクセッションＩＤ］
ｌ）以下に挙げられるようなデテクターとクエンチャーが確実に選択されるようにする
ｉ）ＣＥＡＣＡＭバイオマーカー１ではＦＡＭ；クエンチャー＝無し
ｉｉ）ＬＡＭＰ１バイオマーカー２ではＦＡＭ；クエンチャー＝無しなど
ｉｉｉ）ＰＬＡ２Ｇ７ではＦＡＭ；クエンチャー＝無し
ｉｖ）ＰＬＡＣ８ではＦＡＭ；クエンチャー＝無し
ｖ）受動的参照では「ＲＯＸ」を選択
ｑＰＣＲ
鋳型無しの区分では、各標的用のアッセイｑＰＣＲバッファーおよびアッセイプライマー／プローブミックスを室温に取り出して解凍する。アッセイＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄを冷凍庫内および／またはコールドブロック上に放置する。
なお、鋳型無しの区分で、各標的用のｑＰＣＲマスターミックスを室温にて、挙げられた順序で調製する。
マスターミックスを軽くたたくか、ボルテックスにかけることにより穏やかに混合した後、パルススピンを行う。１５μＬのｑＰＣＲマスターミックスを室温で各ウェルに加える。
鋳型区分では、１３０μＬのSeptiCyte Lab Test DiluentをＲＴ反応からの各ｃＤＮＡ産物に加える。プレートをしっかり再封止し、このプレートをボルテックスにかけて十分に混合する。
１０μＬの希釈ｃＤＮＡ産物をプレートレイアウトに従って各ウェルに加える。
穏やかなピペット操作により混合する。ウェル内の気泡形成を避ける。
ウェルに光学的シールで蓋をする。
このプレートを回転させて気泡を除去する（４００ｘｇで１分）。
上記の設定予めプログラムされたリアルタイムサーマルサイクラーに入れる。
Startをクリックする。SaveおよびContinueをクリックする。装置を放置する前に、Estimated Time Remaining下で時間を表示することによって実行が問題無く開始されることを確認することが奨励される。
注：増幅が始まった後はどの時点でもｑＰＣＲプレートを開放しない。増幅が完了したら、未開封プレートは排気する。
ソフトウエア、結果の解釈および品質管理
ソフトウエアは特に、ＰＣＲ装置の出力に統合し、複数のバイオマーカーの使用に基づくアルゴリズムを適用するように設計される。このソフトウエアは、所望の形式での適当な対照およびレポート結果を考慮する。
ＡＢＩ ７５００ Ｆａｓｔ Ｄｘ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔで実行が完了したら、アプリケーション７５００ Ｆａｓｔ Ｓｙｓｔｅｍにて２１ ＣＦＲ Ｐａｒｔ １１ソフトウエア、ＡＢＩソフトウエアＳＤＳ ｖ１．４を用いて以下の工程を完了する。
左上のコーナーのResultsタブをクリックする。
左上のコーナーのAmplification Plotタブをクリックする。
Analysis Settings区分で、総ての標的に関して自動ベースラインおよび手動閾値を選択する。閾値として０．０１を入力する。
Analysis Settings区分の右のAnalyze buttonをクリックする。
左上のメニューバーからFile、次いでCloseを選択する。
変更の理由を要求するダイアログボックスで書式を完成させる。OKをクリックする。
データファイル(.sds)を、特定のアッセイＲＴ−ｑＰＣＲ Ｔｅｓｔソフトウエアを実行する分離したコンピューターに移す。
アッセイＲＴ−ｑＰＣＲ Ｔｅｓｔソフトウエアを起動する。ログイン。
左上のメニューバーから、File、次いでCloseを選択する。
移行したデータファイル(.sds)の場所を検索する。OKをクリックする。
次に、データファイルを、結果の解釈のためにアッセイのソフトウエアアプリケーションを用いて解析する。
結果の解釈および品質管理
結果
解釈ソフトウエアを起動する。ソフトウエアアプリケーションの解説は別に提供される。
.sdsファイルの更新後、ソフトウエアは対照および臨床検体の分類子スコアを自動生成する。
対照
このソフトウエアは各ＣＯＮ（対照）検体（ＣＯＮＨ、ＣＯＮＬ、ＣＯＮＮ）とその予想される結果を比較する。対照はシングルトンで実行される。
ＣＯＮＨ、ＣＯＮＬ、および／またはＣＯＮＮが不適格であれば、そのバッチランは無効となり、臨床検体に関してデータは報告されない。この決定は解釈ソフトウエアにより自動的に行われる。バッチランは新たなＲＮＡ調製物で始めるか、またはＲＴ反応工程で始めて繰り返されるべきである。
ＮＴＣが不適格（総ての標的でＣｔ無し）以外の結果を生じれば、そのバッチランは無効となり、臨床検体に関してデータは報告されない。この決定はランデータの目視検査により行われる。バッチランは新たなＲＮＡ調製物で始めるか、またはＲＴ反応工程で始めて繰り返されるべきである。
第２のバッチランが不適格であれば、技術サービスに問合せをされたい。較正および全対照の両方が妥当であれば、バッチランは妥当であり、検体結果が報告される。
検体
妥当なバッチランは妥当および無効の両方の検体結果を含み得ることに留意されたい。
各検体を適格または不適格として（所定のデータを使用）限定する分析基準（例えば、Ｃｔ値）はソフトウエアによって自動的に呼び出される。
範囲外のスコア−報告される。
品質管理
陰性対照、低陽性対照、および高陽性対照はそれぞれ１つが各バッチランに含まれなければならない。これらの対照のいずれにもフラッグが見られなければそのバッチは妥当である。
鋳型無しの対照のシングルトンが各バッチランに含まれ、不適合（総ての標的でＣｔ無し）は、そのウェル内で増幅可能な材料は検出可能でなかったことを示す妥当な結果である。
陰性対照は、陰性結果を生じなければならない。陰性対照が無効としてフラッグが付けられれば、そのバッチラン全体が無効である。
低陽性および高陽性対照は、割り当て範囲内になければならない。陽性対照のうちの一方または両方に無効としてフラッグが付けられれば、そのバッチラン全体が無効である。
出力例
ソフトウエアからの可能性のある出力例は図１５の下に示されている。このようなレポートの形式は、品質管理、規制当局、カットオフ値、使用されるアルゴリズム、検査室および臨床要件、誤解釈の尤度を含む多くの因子によって決まる。
この場合、アッセイは「ＳｅｐｔｉＣｙｔｅ Ｌａｂ Ｔｅｓｔ」と呼ばれる。結果は、数値（５．８）、判定（「敗血症陽性」）、０〜１２スケールの位置、および履歴結果に基づく、敗血症を有する患者の確率および所定のカットオフの使用（臨床試験からの結果の使用）として報告される。アッセイ内の対照の結果も報告される。報告され得る他の情報は、従前の結果、ならびにそのような結果の日付および時間、重度敗血症または敗血性ショックの確率、高いスコアを有する患者ほどより重度のｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳと見なされるように、健常、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳ（軽度、重度およびショック）の状態を分離する、履歴検査結果のカットオフ値を提供するスケールを含み得る。
第２のワークフロー例
以下、第２のワークフロー例を説明する。ポイント・オブ・ケアで、またはポイント・オブ・ケアに近い状態で患者サンプルを処理し得る装置が開発され、また、開発中である。このような装置は実行に分子生物学的技量をほとんど要さず、非技術ユーザーを狙いとしている。この概念は、サンプルをピペットで使い捨てカートリッジに直接入れ、装置に挿入するというものである。ユーザーは「Ｓｔａｒｔ」を押し、２〜３時間以内に結果が生成される。カートリッジは、上記ワークフロー例の工程２〜５を実行するために必要とされる試薬を総て収容し、この装置には工程６および７を実行可能とするために適当なソフトウエアが組み込まれている。
新鮮な、抗凝固処理済みの全血をＩｄｙｌｌａカートリッジ（Ｂｉｏｃａｒｔｉｓ ＮＶ）または類似品（Ｕｎｙｖｅｒｏ、Ｃｕｒｅｔｉｓ ＡＧ；Ｅｎｉｇｍａ ＭＬ、Ｅｎｉｇｍａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；ＤｉａｇＣｏｒｅ、ＳＴＡＴ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ；Ｓａｖａｎｎａｈ、Ｑｕｉｄｅｌ Ｃｏｒｐ；ｅＰｌｅｘ、ＧｅｎＭａｒｋ Ｄｘ）にピペットで移すことができ、ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳ（例として）を識別するための検査を行うために、Ｉｄｙｌｌａ装置の画面上の指示に従った。Ｉｄｙｌｌａ装置内で、まず、全血からＲＮＡが抽出され、その後、ｃＤＮＡに変換される。次に、ｃＤＮＡはｑＲＴ−ＰＣＲ反応で使用される。反応はリアルタイムで追跡され、Ｃｔ値が計算される。搭載ソフトウエアが結果の出力を作成する（図ＸＸ参照）。ＲＮＡ品質、鋳型無しの対照、高および低鋳型対照および予想されるＣｔ範囲に対する適当な品質管理手段が、誤って報告されないことを保証する。
バイオマーカー比の例
異なる状態を分離することができるバイオマーカー比の例（ＡＵＣに基づき上位１２）は、下記に挙げるように箱ひげ図に示され、それぞれ完全な分離を示す。
・図１６Ａ〜１６Ｌは、健常とｉｎＳＩＲＳ（術後）を示す
・図１７Ａ〜１７Ｌは、健常とｉｐＳＩＲＳ（敗血症）を示す
・図１８Ａ〜１８Ｌは、ｉｎＳＩＲＳ（術後）とｉｐＳＩＲＳ（敗血症）を示す
・図１９Ａ〜１９Ｌは、敗血症と重度敗血症を示す
・図２０Ａ〜２０Ｌは、重度敗血症と敗血性ショックを示す
・図２１Ａ〜２１Ｌは、敗血症と敗血性ショックを示す
バイオマーカー比を組み合わせるアルゴリズムの例
バイオマーカー比（導出マーカー）は、種々の状態を分離するための診断力を高めるために組み合わせて使用することができる。種々の状態を分離するためにどのマーカーをどれだけ使用するかの決定は、曲線下面積（ＡＵＣ）を計算することによって達成され得る。
図２２は、ＵＣ（この場合、ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを分離するための）に及ぼす、診断シグネチャーにバイオマーカーを付加することの影響を示す。診断力は、単一のｍＲＮＡバイオマーカー（この場合、ＰＬＡ２Ｇ７、ＡＵＣ０．８８、９５％ＣＩ０．７９〜０．９７）と２つの最良性能マーカーの組合せ（この場合、ＰＬＡ２Ｇ７とＰＬＡＣ８、ＡＵＣ０．９６、９５％ＣＩ０．９１〜１．０）の診断力の間で有意に増加する（調整ｐ値＝０．０１７５）。２つ、３つ、４つおよび５つのバイオマーカーの組合せは、有意な差がなく、ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳの良好な分化を等しくもたらした。導出マーカーの商業的開発のためには、コスト効果、アッセイの複雑性およびｑＲＴ−ＰＣＲプラットフォームの容量などの他の因子が影響する。
この例では、３または４を超えるマーカーの付加は性能を有意に改善せず、逆に、５以上の遺伝子のシグネチャーではＡＵＣの低下が見られるが、これは統計モデルが付加的な情報データをほとんど付加しないバイオマーカーを含まざるを得ない場合、過剰適合およびノイズの付加が起こるからである。
従って、例として、４遺伝子シグネチャー（０．９８６、９５％ＣＩ０．９６４〜１．００）が、ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳの分離に関して、簡便性、実用性および商業的リスクの間の適当なバランスを与える。さらに、４マーカーを使用した方程式は各バイオマーカーに等しく重みをかけ、これがまた、分析的または臨床的変動の場合にさらなるロバスト性を提供する。
ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを分離するために良好な診断力を提供する一例の方程式（他の中でも）は
診断スコア＝（ＰＬＡ２Ｇ７−ＰＬＡＣ８）＋（ＣＥＡＣＡＭ４−ＬＡＭＰ１）
である。
各バイオマーカーの値はＰＣＲからのＣｔ値である。ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳ患者由来の臨床サンプルをＰＣＲにて、これら４つのマーカーを用いて試験したところ、これらのマーカーのそれぞれのＣｔ値は２６〜３４の間に入ることが分かった。この患者集団では、各括弧のペア内の第１のバイオマーカーは、各括弧のペア内の第２のバイオマーカーよりも高い値を有する。よって、「診断スコア」は、０〜１２の間の値を有することが判明した。しかしながら、理論上、診断スコアは可能性として最高Ｃｔ値＋／−最高Ｃｔ値であり得る。
図２３では、ＰＣＲおよび上記アルゴリズムの使用の結果が２つの患者集団に関して計算されたことを示す（「発見」Ｎ＝６３および「実現可能性」Ｎ＝７０）。各患者を臨床的かつ後向きに（注、サンプルが採取された時点ではない）ｉｎＳＩＲＳ（黒い点）またはｉｐＳＩＲＳ（赤い点）のいずれかを有していること確認した。各患者サンプルはまた、計算されたＳｅｐｔｉＣｙｔｅスコアも含んでいた（左側のＹ軸）。０〜１２のスケールで、ｉｐＳＩＲＳと確認された患者（赤い点）は、ｉｎＳＩＲＳと確認された患者に比べて高い診断スコアを得ることが見て取れる。さらに、所望の偽陰性率または偽陽性率（臨床データを用いたｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの後向き診断と比較）によって、２つの状態を多少とも分離する任意のカットオフラインを引くことができることが見て取れる。この場合、このラインは、発見データセットにおける偽陰性ｉｐＳＩＲＳ判定の数がゼロとなり、かつ、実現可能性データデットにおける偽陰性ｉｐＳＩＲＳ判定の数が２となるよう、４の「ＳｅｐｔｉＣｙｔｅ Ｓｃｏｒｅ」に引かれる。逆に、発見データセットにおける偽陽性ｉｐＳＩＲＳ判定の数は４であり、実現可能性データセットにおける偽陽性ｉｐＳＩＲＳの数は９である。明らかにこの場合、患者サンプルが偽陽性または偽陰性であるかどうかは、ｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの後向き臨床判定の人為的規準に依存する。
よって、一例では、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するために使用される場合、その方法は、ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペアを決定すること、ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペアを決定すること、およびバイオマーカー値の第１のペアと第２のペアを用いて指標を決定することを含み得る。
従前に述べたように、指標は次に、ｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳの間を識別するために特異的に確立された指標参照と比較することができる。
以下、指標参照を確立するためのプロセスのプロセス例を、図２４を参照してさらに詳細に説明する。
この例では、ステップ２４００で、プロセッシングシステム２０１は、参照集団に関して得られた測定バイオマーカー値の形態で参照データを決定する。参照データは適当ないずれの様式で取得してもよいが、典型的にはこれは複数の個体から遺伝子発現産物データを取得することを含む。
これを達成するために、遺伝子発現産物データを、例えば、末梢血サンプルなどの生物学的サンプルを取得すること、および次に複数の参照バイオマーカーの活性、特に、レベルまたは存在量を評価するために、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）などを含む核酸増幅プロセスといった定量プロセスを実施することによって収集する。相対的活性を示す定量値を、その後、参照データの一部として保存する。
一例では、測定値は生データとして受容され、その後、前処理を受ける。このような生データは、ＰＣＲ装置、アレイ（例えば、マイクロアレイ）スキャナ、シーケンシング装置などの機器からの出力、臨床記録または他の任意の生化学的、生物学的観察データなどの情報源から無修正で得られた情報に相当する。このステップは、生データを分析により良く適合された形式に変換するために使用できる。一例では、これは、生データを正規化し、それにより、異なる技術、または異なる装置などを用いて測定された場合でもバイオマーカー値が一貫性を示すように補助するために行われる。よって、正規化の目的は、検討下の特定の分析に直接帰属し得ないサンプル内の変動を除去することである。例えば、異なる部位におけるサンプル処理の違いによって起こった変動を除去するため。正規化の古典的な例としては、全般的データに関するｚ−スコア変換、またはマイクロアレイのためのＲＭＡ正規化などのポピュラー・ドメイン・スペシフィック・ノーマライゼーション(popular domain specific normalization)が含まれる。
しかしながら、また、単一のデータ取得装置で実施される単一サンプル試験などの一部の適用では、このステップは厳密には必要ではなく、この場合、関数は、入力と同一の出力を生じる零関数であり得ることも認識される。
一例では、好ましいアプローチは、対数正規化データに対する対関数アプローチである。対数正規化は、装置から出力する際にデータが対数正規分布に従うことから、マイクロアレイデータに対する標準的なデータ変換である。対数変換を適用すると、データはプロセスに適した標準データとなる。
個体は、対象とする１以上の状態を有すると診断された個体、ならびに健常個体を含むように選択される。状態は典型的には、医学的状態、獣医学的状態または他の健康状態であり、いずれの体調不良、疾患、疾患のステージ、疾患のサブタイプ、疾患の重篤度、または予後の異なる疾患なども含み得、本例では、ｉｎＳＩＲＳを有する少なくともいくらかの個体およびｉｐＳＩＲＳを有する少なくともいくらかの個体を含む。これに関して、個体はまた一般に臨床評価も受け、それにより、状態が臨床的に同定可能となり、いずれかの評価または状態の表示は参照データの一部を形成する。
測定されたバイオマーカー値は、そのようにして評価される優勢な状態に依存し、例えば、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定する場合では、使用されるバイオマーカーは上述のようなＬＡＭＰ１、ＣＥＡＣＡＭ４、ＰＬＡＣ８およびＰＬＡ２Ｇ７であろう。
ひと度収集されれば、参照データはデータベース２１１に保存することができ、これは以降、続いての分析のためにプロセッシングシステム２０１により検索可能となるか、または分析のためにプロセッシングシステム２０１に直接提供され得る。
上記プロセスの一部として、ステップ２４１０で、それらの測定値が首尾良く性能を示し、従って、妥当であることを保証するために、測定値が従来技術を用いてバリデートされる。
ステップ２４２０で、各個体は参照集団とともに典型的には群に割り当てられる。これらの群は任意の適当な様式で定義されてよく、かつ、ある状態の存在、不在、程度、ステージ、重篤度、予後もしくは進行、他の検査もしくはアッセイ、または個体に関連する測定バイオマーカーの表示のうちいずれか１以上に基づいて定義されてよい。
例えば、群の第１の選択は、ＳＩＲＳに罹患している個体の１以上の群、ｉｐＳＩＲＳに罹患している個体の１以上の群、およびｉｎＳＩＲＳに罹患している個体の１以上の群を同定するためであり得る。さらなる群はまた、他の状態に罹患している個体に関して定義されてもよい。これらの群は重複する群を含んでもよく、従って例えば、健常個体およびＳＩＲＳを有する個体の群を定義することが望ましい場合があり、さらに、ｉｎＳＩＲＳ患者をｉｐＳＩＲＳ患者から識別する、ならびにｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳの異なる程度（これらの群は共通にＳＩＲＳを有するが、患者の各群は臨床医が感染の存在を決定したかどうかで異なる）を識別するために定義される。加えて、個体の特徴、表現形質、または測定プロトコールなどに基づいてさらなる再分が実行されてもよく、従って、群はこれらのパラメーターに基づいて定義可能であり、それにより、ある状態を受けている個体の複数の群が定義され、各群は異なる表現形質または測定プロトコールなどに関連する。
しかしながら、また、異なる群の同定は、例えば、参照個体の生物学的サンプル内のバイオマーカーの特定の活性に基づくなどの他の方法で行ってもよく、従って、状態に対する言及は限定されるものではなく、必要に応じて他の情報も使用可能であるということも認識される。
群への分類が実施される方法は、好ましい実施によって異なり得る。一例では、これは、プロセッシングシステム２０１により、例えば、主成分分析（ＰＣＡ）などの教師なしの方法(unsupervised methods)、ｋ−平均法(k-means)または自己組織化マップ(Self Organizing Map)（ＳＯＭ）などの教師ありの方法(supervised methods)を用いて自動的に実行され得る。あるいは、これは、オペレーターに、グラフィックユーザーインターフェース（ＧＵＩ）に提供される参照データを再検討させ、適当な入力コマンドを用いて各群を定義させることによって、オペレーターにより手動で実行されてもよい。
ステップ２４３０で、各指標値を表す第１および第２の導出バイオマーカー値が決定される。第１および第２の指標値Ｉｎ１、Ｉｎ２は、それぞれ第１のバイオマーカーと第２のバイオマーカーの濃度の比、および第３のバイオマーカーと第４のバイオマーカーの濃度の比に基づいて決定される。
Ｉｎ１＝（ＰＬＡ２Ｇ７／ＰＬＡＣ８）
Ｉｎ２＝（ＣＥＡＣＡＭ４／ＬＡＭＰ１）
次に、ステップ２４４０で、指標値を用いて指標参照が確立され、次にこれは、その対象がある状態を有する尤度を確立するために対象に関する測定指標値を分析する際に使用される。
特に、各群を示す指標値の範囲または分布を確立するために各参照群に関する指標値が統計的に分析され、以下にさらに詳細に述べるように、分布の例を図２６に示す。
以下、さらなる例を、図２５Ａおよび２５Ｂを参照して説明する。
この例では、ステップ２５００で、サンプルを対象から取得する。サンプルは、決定されるバイオマーカー値の性質によって末梢血サンプルなどの好適ないずれのサンプルであってもよい。ステップ２５０５で、サンプルは調製を受け、これにより、これは測定デバイスに提供可能となり、かつ、ステップ２５１０の定量プロセスで使用可能となる。この例の目的では、定量プロセスはＰＣＲ増幅を含み、測定デバイスはＰＣＲ装置であるが、他の好適な技術も使用可能である。この場合、増幅時間Ａｔ（ＰＬＡ２Ｇ７）、Ａｔ（ＰＬＡＣ８）、Ａｔ（ＣＥＡＣＡＭ４）、Ａｔ（ＬＡＭＰ１）が、ステップ２５１５で４つのバイオマーカーのそれぞれに関して決定され、測定デバイスからプロセッシングシステム２０１へ移行される増幅時間は、プロセッシングシステム２０１が対応するバイオマーカー値の分析を実行することを可能とする。
よって、ステップ２５２０で、プロセッシングシステム２０１は、増幅時間を用いて比を計算する。これに関して、増幅時間はｌｏｇ値を表すので、当業者により認識されるように、増幅時間を差し引くことで比が求められる。
よって、この例では、指標値は次のように決定される。
Ｉｎ１＝Ａｔ（ＰＬＡ２Ｇ７）−Ａｔ（ＰＬＡＣ８）
Ｉｎ２＝Ａｔ（ＣＥＡＣＡＭ４）−Ａｔ（ＬＡＭＰ１）
ステップ２５２５で、プロセッシングシステム２０１は、次のように指標値の比を組み合わせることにより指標値を決定する。
Ｉｎ＝Ｉｎ１＋Ｉｎ２
次に、プロセッシングシステム２０１は、ステップ２５３０で、前記指標値を１以上の各指標参照と比較する。
従前に記載したように、指標参照は、参照集団に関して導出され、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳに罹患している尤度を示すために使用される。これを達成するために、参照集団は、臨床評価に基づいて、それらの状態を有する／有さないまたはその状態の重篤度、リスクもしくは進行ステージの尺度の群に分類され、次いで、これは群間の識別または重篤度、リスクもしくは進行ステージの尺度の提供を可能とする閾値指標値を評価するために使用される。
比較は、前記指標を参照集団注の各群に関して決定された指標分布と比較することにより行われる。本例では、２つの参照群があり、一方はｉｎＳＩＲＳを有すると診断された個体に対応し、他方はするｉｐＳＩＲＳを有すると診断された個体に対応する。この場合、比較の結果は、個体がｉｎＳＩＲＳではなくｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するために使用できる。これは好ましい実施によっていくつかの異なる方法を用いて達成され得る。
参照分布の例は図２６に示され、これはｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳの両サンプルを含有する参照集団に関する指標値の分布を示す。密度（ｙ軸）は、参照集団中にどれだけ共通のスコアがあるかを表す。図２６では、ｉｎＳＩＲＳ集団に関してほとんどの共通値は範囲１〜８にあり、ｉｐＳＩＲＳ集団ではほとんどが範囲５〜１３にある。例として、新たなサンプルに関して計算された指標値が４であるとする。ｉｎＳＩＲＳ集団中で４という値はこの値（Ａ）で高密度を有し、一方、ｉｐＳＩＲＳ集団はこの値（Ｂ）で低密度を有し、このことは、このサンプルがｉｎＳＩＲＳである可能性がより高いことを意味する。逆に、サンプルが１０という指標スコアを有すれば、ｉｐＳＩＲＳ参照集団中でのこの値は高密度を有し（Ｃ）、一方、ｉｎＳＩＲＳ集団は低密度を有し（Ｄ）、このことは、指標値が１０のこのサンプルはｉｐＳＩＲＳ集団に属する可能性がより高いことを意味する。
実際に、このプロセスは、スコア帯域に基づいて基本確率を決定することにより行うことができる。スコア帯域（すなわち、４〜６）が与えられている場合、ＳＩＲＳまたは敗血症を有する個体の割合が計算される。例えば、４〜６の間のスコアの４０％が敗血症であったとすれば、ある対象が４〜６の間の指標値を有する場合、それらの対象は確率４０％の敗血症を有する。よって、参照分布内に範囲が与えられている場合、ある群または別の群（ＳＩＲＳ／敗血症）に属する確率は、単に、その範囲内のその群の割合であり得る。
もう１つの技術として標準ベイズ法がある。この場合、この技術は、ｉｎＳＩＲＳスコアの分布、ｉｐＳＩＲＳスコアの分布および対象に関する指標値を使用する。この例では、ｉｎＳＩＲＳ分布：ｐｒ（ｉｎＳＩＲＳ）に属する、および別にｉｐＳＩＲＳ分布：ｐｒ（ｉｐＳＩＲＳ）に属する指標値の確率を生成するために標準スコアまたは等価物が使用される。ベイズ法は、個体分布が与えられた場合にｉｐＳＩＲＳの確率を生成するために使用される。
よって、２以上の群（すなわち、ｉｎＳＩＲＳ／ｉｐＳＩＲＳ）に関して導出バイオマーカー分布が与えられた場合、単一の未知サンプルの、各分布への帰属関係の確率が例えば、標準スコア（ｚ−スコア）を用いて計算され得る（ｐ値）。次に、各分布に関するｐ値は、例えば、ベイズルールまたは他のいずれかの確率計算法（頻度論者または経験もしくは機械学習法を含む）を用いて組み合わせ、各クラス（すなわち、ｉｎＳＩＲＳ／ｉｐＳＩＲＳ）に関する全体確率とすることができる。
よって、ひと度、指標値が導出され、指標分布と比較されれば、この比較の結果が、ステップ２５３５で対象がｉｐＳＩＲＳを有する尤度を計算するためにプロセッシングシステム２０１により使用され、これがステップ２５４０でこれらの結果の表現を作成するために使用され、ステップ２５４５で、例えば、臨床医または医師に対してディスプレー表示が提供される。これはｅ−メールの一部、またはダッシュボード表示など、クライエントデバイス上に表現をディスプレー表示することによって達成され得る。
表現の一例を図２７Ａおよび２７Ｂに示す。
この例では、表現２７００は、直線スケール２７２０に対して移動するポインター２７１０を含む。この直線スケールは、対象がレベル１、２、３または４に罹患しているかどうかを示す領域２７２１、２７２２、２７２３、２７２４に分割される。対応する指標数値はステップ２７３０でディスプレー表示され、対応する値がＳＩＲＳ（ｉｎＳＩＲＳ）または敗血症（ｉｐＳＩＲＳ）の尤度を表すかどうかの表示がステップ２７４０で示される。スコアの英数表示は、ステップ２７５１で、ステップ２７５２の敗血症を有する生物学的対象の関連確率とともに示される。
この例に示されるように、ポインターが位置する直線スケールの領域は強調され、対象がそのスケール状に位置する場所を絶対的に明らかにするために最も可能性の低い診断はグレーアウトされる。この表現における結果は、ステップ２５４５でディスプレーに表示された場合、臨床医が直ちに理解し、迅速な診断を行うことが容易である。
上記から生物学的対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を評価する上で使用するための方法が提供されると認識され、その方法は、１以上のプロセッシングデバイスにおいて、
ａ）バイオマーカー値のペアを決定すること、前記バイオマーカー値のペアは、
ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペア；
ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペア
からなる群から選択される；
ｂ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること；
ｃ）予め決定された第１および第２の指標参照をデータベースから検索すること、前記第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群から決定された指標に基づいて決定され、これらの群のうち一方はその医学的状態を有すると診断された個体からなる；
ｄ）前記指標を第１および第２の指標参照と比較すること；
ｅ）比較の結果を用いて対象がその医学的状態を有することを示す確率を決定すること；および
ｆ）前記確率の表現を作成すること、前記表現は、ユーザーが、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価することができるようにディスプレーに表示される、
を含む。
同様に、生物学的対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するための装置が提供され得、その装置は
ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得するサンプル採取デバイス、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量する測定デバイス、前記バイオマーカー値のペアは、
ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペア；
ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペア
からなる群から選択される；
ｃ）ｉ）前記測定デバイスからバイオマーカー値のペアの提示を受け取る；
ｉｉ）前記バイオマーカー値を用い、第１および第２のポリヌクレオチド発現産物の濃度比を用いて指標を決定する；
ｉｉｉ）前記指標を少なくとも１つの指標参照と比較する；
ｉｖ）比較の結果を用いて、対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する；および
ｖ）ユーザーへのディスプレー表示のために指標および尤度の表現を作成する
少なくとも１つのプロセッシングデバイス
を含む。
提供され得るさらなる方法は、生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳとを識別することを含み、その方法は、
ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む；
ｂ）測定デバイスにおいて、
ｉ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること；
ｉｉ）（１）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第１のペアに関する増幅量；
（２）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第２のペアに関する増幅量
を含む、ポリヌクレオチド発現産物の定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること；
ｃ）プロセッシングシステムにおいて、
ｉ）前記増幅量を検索すること；
ｉｉ）（１）第１のペアに関して増幅量の間の違いを決定することによりポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
（２）第２のペアに関して増幅量の間の違いを決定することによりポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること；
（３）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
により指標を決定すること；
ｉｉｉ）予め決定された第１および第２の指標参照をデータベースから検索すること、前記第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群から決定された指標の分布であり、第１および第２の群はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを有すると診断された個体からなる；
ｉｖ）前記指標を第１および第２の指標参照と比較すること；
ｖ）比較の結果を用いて対象が第１の群または第２の群に分類される確率を決定すること；
ｖｉ）前記指標および前記確率を少なくとも部分的に示す表現を作成すること；および
ｖｉｉ）ユーザーが、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価できるように、ユーザーに前記表現を提供すること
を含む。
加えて、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法が提供され得、その方法は、
ａ）複数のバイオマーカー値を決定すること、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値を示し、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す；
ｂ）複数のバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、ここで、
ｉ）少なくとも２つのバイオマーカーが、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり；および
ｉｉ）指標が、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
ことを含む。
本明細書および以下の特許請求の範囲を通じ、文脈がそうではないことを必要としない限り、「含んでなる(comprise)」および「含んでなる(comprises)」または「含んでなる(comprising)」などの変形は、示された整数または整数もしくは工程の群を包含するが、他の任意の整数または整数の群を排除しないことを暗に示すと理解される。
当業者ならば、多くの変形および改変が明らかとなることを認識するであろう。当業者に明らかとなるこのような変形および改変は、本発明が記載に広く出てくる趣旨および範囲内にあると見なされるべきである。

Claims (145)

  1. 少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する生物学的対象の尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）バイオマーカー値のペアを決定すること、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、
    ｂ）前記バイオマーカー値のペアを用いて導出バイオマーカー値を決定すること、導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーのペアの濃度比を示す、および
    ｃ）前記導出バイオマーカー値を用いて指標を決定すること
    を含む、方法。
  2. ａ）バイオマーカー値の第１のペアを用いて第１の導出バイオマーカー値を決定すること、第１の導出バイオマーカー値は第１の免疫系バイオマーカーと第２の免疫系バイオマーカーとの濃度比を示す、
    ｂ）バイオマーカー値の第２のペアを用いて第２の導出バイオマーカー値を決定すること、第２の導出バイオマーカー値は第３の免疫系バイオマーカーと第４の免疫系バイオマーカーとの濃度比を示す、および
    ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値とを組み合わせることにより指標を決定すること
    を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 連結関数を用いて導出バイオマーカー値を組み合わせることを含み、前記連結関数は、
    ａ）加法モデル、
    ｂ）線形モデル、
    ｃ）サポートベクターマシン、
    ｄ）ニューラルネットワークモデル、
    ｅ）ランダムフォレストモデル、
    ｆ）回帰モデル、
    ｇ）遺伝的アルゴリズム、
    ｈ）アニーリングアルゴリズム、
    ｉ）加重和、
    ｊ）最近傍モデル、および
    ｋ）確率モデル
    のうちの少なくとも１つである、請求項２に記載の方法。
  4. 少なくとも部分的に電子プロセッシングデバイスを用いて実行される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 少なくとも１つの電子プロセッシングデバイスにおいて、以下のを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法：
    ａ）バイオマーカー値の複数のペアを取得すること、
    ｂ）第１の導出バイオマーカー値を決定すること、
    ｃ）第２の導出バイオマーカー値を決定すること、および
    ｄ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値とを加算することにより指標を決定すること。
  6. 少なくとも１つのプロセッシングデバイスにおいて、前記指標の表現を作成することを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記表現が
    ａ）前記指標の英数表示、
    ｂ）前記指標と１以上の指標参照との比較のグラフ表示、
    ｃ）対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度の英数表示
    を含む、請求項６に記載の方法。
  8. ａ）前記指標と指標参照とを比較すること、および
    ｂ）比較の結果に従って尤度を決定すること
    を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記指標参照が
    ａ）指標閾値範囲、
    ｂ）指標閾値、および
    ｃ）指標分布
    のうちの少なくとも１つに基づく、請求項８に記載の方法。
  10. 前記指標参照が、参照集団中の多数の個体に関して決定された指標から導出される、請求項８または９に記載の方法。
  11. 前記指標参照が、その医学的状態を有するまたはその医学的状態を欠いていると診断された個体からなる参照集団の群に関して決定された指標の分布に基づく、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記参照集団が、
    ａ）性別の異なる複数の個体、
    ｂ）人種の異なる複数の個体、
    ｃ）複数の健常個体、
    ｄ）少なくとも１つの診断された医学的状態に罹患している複数の個体、
    ｅ）少なくとも１つの診断された医学的状態を欠いている複数の個体、
    ｆ）少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を示す複数の個体、
    ｇ）各個体群が各診断された医学的状態に罹患している、第１の群および第２の群、並びに
    ｈ）第１の個体群が診断された医学的状態に罹患しており、第２の群が診断された医学的状態を欠いている、第１の群および第２の個体群
    を含む、請求項１０または１１に記載の方法。
  13. 前記指標が、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する上で使用するためのものであり、前記参照集団が、
    ａ）少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を呈する個体、
    ｂ）少なくとも１つの医学的状態を有すると診断された個体、
    ｃ）少なくとも１つの医学的状態を欠いている診断された個体、および
    ｄ）健常個体
    を含む、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記指標参照がデータベースから検索される、請求項８〜１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記尤度が比較の結果を用いて生成された確率に基づく、請求項８〜１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記指標が、対象が第１または第２の状態を有する尤度を決定するためのものであり、
    ａ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、第１および第２の指標参照は第１および第２の状態を示す、および
    ｂ）比較の結果に従って尤度を決定すること
    を含む、請求項８〜１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. ａ）前記比較の結果を用いて第１および第２の指標確率を決定すること、および
    ｂ）第１の指標確率と第２の指標確率を組み合わせて尤度を示す状態確率を決定すること
    を含む、請求項１６に記載の方法。
  18. 第１および第２の指標参照が、参照集団の第１および第２の群に関して決定された指標の分布であり、前記第１および第２の群は、それぞれ第１または第２の状態を有すると診断された個体からなる、請求項１６または１７に記載の方法。
  19. ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、および
    ｂ）前記サンプル内のポリヌクレオチド発現産物の少なくとも一部を定量して、バイオマーカー値のペアを決定すること
    を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記ポリヌクレオチド発現産物の濃度比を少なくとも部分的に用いて指標を決定することを含む、請求項１９に記載の方法。
  21. ａ）以下にによりポリヌクレオチド発現産物を定量すること：
    ｉ）サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、および
    ｉｉ）ポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、および
    ｂ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること
    を含む、請求項１９または２０に記載の方法。
  22. 前記増幅量が、
    ａ）サイクル時間、
    ｂ）サイクル数、
    ｃ）サイクル閾値、
    ｄ）増幅時間、および
    ｅ）別の増幅産物の増幅量との比較
    のうちの少なくとも１つである、請求項２１に記載の方法。
  23. ａ）ポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第１の導出バイオマーカー値を決定すること、
    ｂ）ポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第２の導出バイオマーカー値を決定すること、
    ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
    を含む、請求項２１または２２に記載の方法。
  24. 前記免疫系バイオマーカーが、損傷または病原体傷害に対する炎症性応答の一部として変更される、またはその発現レベルが変更される、生物学的対象の免疫系のバイオマーカーである、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. ａ）少なくとも２つの免疫系バイオマーカーが、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり、および
    ｂ）指標が、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
    請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記相互相関範囲が
    ａ）±０．８、
    ｂ）±０．７、
    ｃ）±０．６、
    ｄ）±０．５、
    ｅ）±０．４、
    ｆ）±０．３、
    ｇ）±０．２、および
    ｈ）±０．１
    のうちの少なくとも１つである、請求項２５に記載の方法。
  27. 各免疫系バイオマーカーが、状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後との状態相関を有し、その状態相関範囲が±０．３間である、請求項２５または２６に記載の方法。
  28. 前記状態相関範囲が
    ａ）±０．９、
    ｂ）±０．８、
    ｃ）±０．７、
    ｄ）±０．６、
    ｅ）±０．５、および
    ｆ）±０．４
    のうちの少なくとも１つである、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記性能閾値が
    ａ）０．４、
    ｂ）０．５、
    ｃ）０．６、
    ｄ）０．７、
    ｅ）０．８、および
    ｆ）０．９
    のうちの少なくとも１つの説明分散を示す、請求項２５〜２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記免疫系バイオマーカー値が、核酸分子およびタンパク質性分子の１以上から選択される分子のレベルまたは存在量を示す、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、
    ａ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペアを決定すること、
    ｂ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペアを決定すること、および
    ｃ）バイオマーカー値の第１および第２のペアを用いて指標を決定すること
    を含む、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＡ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＢ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記指標が、対象がｉｐＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＣ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＤ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＥ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＦ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  35. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、バイオマーカー値が、第１、第２、第３および第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、
    ｃ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  36. 第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカーがＰＬＡ２Ｇ７発現産物であり、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーがＰＬＡＣ８発現産物であり、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカーがＣＥＡＣＡＭ４発現産物であり、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカーがＬＡＭＰ１発現産物である、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記指標が、対象が軽度敗血症または重度敗血症を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＫ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＬ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  38. 前記指標が、対象が軽度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＭ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＮ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  39. 前記指標が、対象が重度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が、第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＯ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群は、本明細書で定義されるＰ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  40. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための装置であって、
    ａ）バイオマーカー値のペアを決定し、ここで、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示し、
    ｂ）前記バイオマーカー値のペアを用いて導出バイオマーカー値を決定し、ここで、導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーのペアの濃度比を示し、かつ
    ｃ）前記導出バイオマーカー値を用いて指標を決定する
    少なくとも１つの電子プロセッシングデバイスを含む、装置。
  41. 逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは逆転写ｍＲＮＡの第１および第２のペアを含んでなり、第１のペアはＰＬＡＣ８逆転写ｍＲＮＡとＰＬＡ２Ｇ７逆転写ｍＲＮＡとを含んでなり、かつ、第２のペアはＣＥＡＣＡＭ４逆転写ｍＲＮＡとＬＡＭＰ１逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物。
  42. 逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、本明細書で定義されるＡ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、本明細書で定義されるＢ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物。
  43. 逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、本明細書で定義されるＣ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、本明細書で定義されるＤ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物。
  44. 逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、本明細書で定義されるＥ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、本明細書で定義されるＦ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物。
  45. 逆転写ｍＲＮＡの少なくとも２つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも２つのペアは、逆転写ｍＲＮＡの第１のペアと第２のペアとを含んでなり、第１のペアは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなり、第２のペアは第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は本明細書で定義されるＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は本明細書で定義されるＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は本明細書で定義されるＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は本明細書で定義されるＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、組成物。
  46. 逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、本明細書で定義されるＫ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、本明細書で定義されるＬ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物。
  47. 逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、本明細書で定義されるＭ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、本明細書で定義されるＮ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物。
  48. 逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアと、前記逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとを含んでなり、前記逆転写ｍＲＮＡの少なくとも１つのペアは、本明細書で定義されるＯ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡと、本明細書で定義されるＰ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子からの逆転写ｍＲＮＡとを含んでなる、組成物。
  49. 前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブが逆転写ｍＲＮＡの個々のものにハイブリダイズされる、請求項４１〜４８のいずれか一項に記載の組成物。
  50. 前記逆転写ｍＲＮＡが免疫系の成分に由来する、請求項４１〜４８のいずれか一項に記載の組成物。
  51. 前記逆転写ｍＲＮＡが白血球に由来する、請求項４１〜４８のいずれか一項に記載の組成物。
  52. 前記逆転写ｍＲＮＡが血液細胞に由来する、請求項４１〜４８のいずれか一項に記載の組成物。
  53. 前記逆転写ｍＲＮＡが末梢血細胞に由来する、請求項４１〜４８のいずれか一項に記載の組成物。
  54. 逆転写ｍＲＮＡを検出するための標識された試薬をさらに含んでなる、請求項４１〜４８のいずれか一項に記載の組成物。
  55. 前記標識された試薬が、標識された前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブである、請求項５４に記載の組成物。
  56. 前記標識された試薬が、標識された前記逆転写ｍＲＮＡである、請求項５４に記載の組成物。
  57. ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、試薬の第１のペアと試薬の第２のペアとを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、試薬の第１のペアは、（ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）ＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなり、試薬の第２のペアは、（ｉｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｖ）ＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる、キット。
  58. ｉｎＳＩＲＳおよび健常状態からなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＡ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＢ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キット。
  59. ｉｐＳＩＲＳおよび健常状態からなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＣ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＤ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キット。
  60. ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＥ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＦ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キット。
  61. ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、試薬の第１のペアと試薬の第２のペアとを含んでなる試薬の少なくとも２つのペアを含んでなり、試薬の第１のペアは、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなり、試薬の第２のペアは、（ｉ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キット。
  62. 軽度敗血症および重度敗血症からなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＫ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＬ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キット。
  63. 軽度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＭ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＮ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キット。
  64. 重度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの状態の存在または不在の尤度を示す指標を決定するためのキットであって、（ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬と、（ｉｉ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の定量を可能とする試薬とを含んでなる試薬の少なくとも１つのペアを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＯ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＰ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、キット。
  65. ｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の対象における発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すこと、前記指標は対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つのペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づいて指標を決定することを含んでなり、ここで、前記バイオマーカー値のペアは、
    ａ）第１および第２のバイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなるバイオマーカー値の第１のペア、ここで、第１の免疫系バイオマーカーはＰＬＡ２Ｇ７遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーはＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当する、および
    ｂ）それぞれ第３および第４の免疫系バイオマーカーに対応する第３および第４のバイオマーカー値を含んでなるバイオマーカー値の第２のペア、ここで、第３の免疫系バイオマーカーはＣＥＡＣＡＭ４遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第４の免疫系バイオマーカーはＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当する、
    のうち少なくとも１つを含んでなる、方法。
  66. 指標決定法が、バイオマーカー値の第１のペアおよび第２のペアを決定すること、並びにバイオマーカー値の第１のペアを用いて計算される第１の導出バイオマーカー値およびバイオマーカー値の第２のペアを用いて計算される第２の導出バイオマーカー値を決定すること、ならびに第１の導出バイオマーカーと第２の導出バイオマーカー値の組合せに基づき指標を決定することを含んでなる、請求項６５に記載の方法。
  67. 対象においてｉｎＳＩＲＳの発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づきｉｎＳＩＲＳを処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象におけるｉｎＳＩＲＳの存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーのペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＡ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーは、本明細書で定義されるＢ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法。
  68. 対象においてｉｐＳＩＲＳの発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づきｉｐＳＩＲＳを処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象におけるｉｐＳＩＲＳの存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＣ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーは、本明細書で定義されるＤ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法。
  69. 対象においてｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＥ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーは、本明細書で定義されるＦ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法。
  70. 対象においてｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳからなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも２つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも２つのペアを用いて少なくとも２つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの各ペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも２つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなるバイオマーカー値の第１のペア（第１の免疫系バイオマーカーは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当する）と、それぞれ第３および第４の免疫系バイオマーカーに対応する第３および第４のバイオマーカー値を含んでなるバイオマーカー値の第２のペア（第３の免疫系バイオマーカーは、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第４の免疫系バイオマーカーは、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当する）とを含んでなり、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法。
  71. 対象において軽度敗血症および重度敗血症からなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＫ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーは、本明細書で定義されるＬ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法。
  72. 対象において軽度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＭ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーは、本明細書で定義されるＮ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法。
  73. 対象において重度敗血症および敗血性ショックからなる群から選択される少なくとも１つの状態の発生または進行を阻害するための方法であって、前記対象を、指標決定法から得られた指標に基づき少なくとも１つの状態を処置するための処置計画に曝すことを含んでなり、ここで、前記指標は前記対象における少なくとも１つの状態の存在を示し、前記指標決定法は、（ａ）バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、各バイオマーカー値は、生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値であり、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、（ｂ）前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアを用いて少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定すること、前記導出バイオマーカー値は前記免疫系バイオマーカーの少なくとも１つもペアの濃度比を示す、および（ｃ）前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値に基づき指標を決定すること、前記バイオマーカー値の少なくとも１つのペアは、それぞれ第１および第２の免疫系バイオマーカーに対応する第１および第２のバイオマーカー値を含んでなり、第１の免疫系バイオマーカーは第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、かつ、第２の免疫系バイオマーカーは第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物に相当し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＯ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーは、本明細書で定義されるＰ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、方法。
  74. 対象からサンプルを採取すること、および指標決定法に従って指標を得ることを含んでなる、請求項６５〜７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 対象から採取したサンプルを検査室に送ることを含んでなり、そこで指標が決定される、請求項６５〜７３のいずれか一項に記載の方法。
  76. 生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、
    ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペア、
    ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペア
    からなる群から選択される、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、および
    ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを示す、および
    ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定すること
    を含む、方法。
  77. 生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳと健常状態とを識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＡ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＢ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、および
    ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよび健常状態を示す、および
    ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｎＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定すること
    を含む、方法。
  78. 生物学的対象においてｉｐＳＩＲＳと健常状態とを識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＣ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＤ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、および
    ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｐＳＩＲＳおよび健常状態を示す、および
    ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｐＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定すること
    を含む、方法。
  79. 生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＥ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＦ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、および
    ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを示す、および
    ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定すること
    を含む、方法。
  80. 生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、
    ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子が本明細書で定義されるＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子が本明細書で定義されるＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、バイオマーカー値の第１のペア、
    ｉｉ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子が本明細書で定義されるＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子が本明細書で定義されるＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、バイオマーカー値の第２のペア
    からなる群から選択される、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、および
    ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを示す、および
    ｅ）比較の結果に従って、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定すること
    を含む、方法。
  81. 生物学的対象において軽度敗血症と重度敗血症を識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＫ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＬ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、および
    ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれ軽度敗血症および重度敗血症を示す、および
    ｅ）比較の結果に従って、対象が軽度敗血症または重度敗血症を有する尤度を決定すること
    を含む、方法。
  82. 生物学的対象において軽度敗血症と敗血性ショックを識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＭ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＮ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、および
    ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれ軽度敗血症および敗血性ショックを示す、および
    ｅ）比較の結果に従って、対象が軽度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定すること
    を含む、方法。
  83. 生物学的対象において重度敗血症と敗血性ショックを識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量すること、前記バイオマーカー値のペアは、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子と第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示し、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＯ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＰ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、および
    ｄ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、前記第１および第２の指標参照はそれぞれ重度敗血症および敗血性ショックを示す、および
    ｅ）比較の結果に従って、対象が重度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定すること
    を含む、方法。
  84. ａ）バイオマーカー値の第１のペアを用いて第１の導出バイオマーカーを決定すること、
    ｂ）バイオマーカー値の第２のペアを用いて第２の導出バイオマーカー値を決定すること、および
    ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を組み合わせることにより指標を決定すること
    を含む、請求項７６または８０に記載の方法。
  85. 第１および第２の指標参照が、参照集団の第１および第２の群に関して決定された指標の分布であり、第１および第２の群がそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを有すると診断された個体からなる、請求項７６〜８４のいずれか一項に記載の方法。
  86. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｃ）ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第１のペア、
    ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第２のペア
    からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを取得するために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、
    ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること、および
    ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
    を含む、方法。
  87. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、ここで、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＡ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＢ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること、および
    ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
    を含む、方法。
  88. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、ここで、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＣ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＤ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される
    ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること、および
    ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
    を含む、方法。
  89. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、ここで、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＥ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＦ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること、および
    ｅ）前記指標を用いて医学的状態を有する生物学的対象の尤度を評価すること
    を含む、方法。
  90. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｃ）ｉ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第１のペア、ここで、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｉｉ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子および第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第２のペア、ここで、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される
    からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを取得するために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、
    ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること、および
    ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
    を含む、方法。
  91. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、ここで、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＫ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＬ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること、および
    ｅ）前記指標を用いて医学的状態を有する生物学的対象の尤度を評価すること
    を含む、方法。
  92. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、ここで、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＭ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＮ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること、および
    ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
    を含む、方法。
  93. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｃ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物からなる群から選択されるポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、ここで、第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＯ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択され、かつ、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子は、本明細書で定義されるＰ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子から選択される、
    ｄ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること、および
    ｅ）前記指標を用いて、生物学的対象が医学的状態を有する尤度を評価すること
    を含む、方法。
  94. ａ）ポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第１の導出バイオマーカー値を決定すること、
    ｂ）ポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第２の導出バイオマーカー値を決定すること、
    ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
    を含む、請求項８６〜９３のいずれか一項に記載の方法。
  95. ａ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、第１および第２の指標参照は第１および第２の参照集団群に関して決定された指標の分布であり、第１および第２の群の一方はその医学的状態を有すると診断された個体からなる、および
    ｂ）比較の結果に従って、対象がその医学的状態を有する尤度を決定すること
    を含む、請求項８６〜９４のいずれか一項に記載の方法。
  96. 前記増幅量が、
    ａ）サイクル時間、
    ｂ）サイクル数、
    ｃ）サイクル閾値、
    ｄ）増幅時間、および
    ｅ）別の増幅産物の増幅量との比較
    のうちの少なくとも１つである、請求項７６〜９５のいずれか一項に記載の方法。
  97. 生物学的対象がある医学的状態を有する尤度を評価する上で使用するための方法であって、１以上のプロセッシングデバイスにおいて、
    ａ）バイオマーカー値のペアを決定すること、前記バイオマーカー値のペアは、
    ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペア、
    ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペア
    からなる群から選択される、
    ｂ）前記バイオマーカー値のペアを用いてポリヌクレオチド発現産物の濃度比を示す指標を決定すること、
    ｃ）予め決定された第１および第２の指標参照をデータベースから検索すること、前記第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群から決定された指標に基づいて決定され、これらの群のうち一方はその医学的状態を有すると診断された個体からなる、
    ｄ）前記指標を第１および第２の指標参照と比較すること、
    ｅ）比較の結果を用いて対象がその医学的状態を有することを示す確率を決定すること、および
    ｆ）前記確率の表現を作成すること、前記表現は、ユーザーが、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価することができるようにディスプレーに表示される、
    を含む、方法。
  98. ａ）バイオマーカー値の第１のペアを用いて第１の導出バイオマーカーを決定すること、
    ｂ）バイオマーカー値の第２のペアを用いて第２の導出バイオマーカー値を決定すること、および
    ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を組み合わせることにより指標を決定すること
    を含む、請求項９７に記載の方法。
  99. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する上で使用される指標を決定するための装置であって、
    ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得するサンプル採取デバイス、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）バイオマーカー値のペアを決定するためにサンプル内のポリヌクレオチド発現産物を定量する測定デバイス、前記バイオマーカー値のペアは、
    ｉ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペア、
    ｉｉ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペア
    からなる群から選択される、
    ｃ）ｉ）前記測定デバイスからバイオマーカー値のペアの提示を受け取る、
    ｉｉ）前記バイオマーカー値を用い、第１および第２のポリヌクレオチド発現産物の濃度比を用いて指標を決定する、
    ｉｉｉ）前記指標を少なくとも１つの指標参照と比較する、
    ｉｖ）比較の結果を用いて、対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する、および
    ｖ）ユーザーへのディスプレー表示のために指標および尤度の表現を作成する
    少なくとも１つのプロセッシングデバイス
    を含む、装置。
  100. 生物学的対象においてｉｎＳＩＲＳとｉｐＳＩＲＳを識別するための方法であって、
    ａ）ＳＩＲＳの臨床徴候を示す生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、
    ｂ）測定デバイスにおいて、
    ｉ）前記サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、
    ｉｉ）（１）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第１のペアに関する増幅量、
    （２）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の第２のペアに関する増幅量
    を含む、ポリヌクレオチド発現産物の定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること、
    ｃ）プロセッシングシステムにおいて、
    ｉ）前記増幅量を検索すること、
    ｉｉ）（１）第１のペアに関して増幅量の間の違いを決定することによりポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること、
    （２）第２のペアに関して増幅量の間の違いを決定することによりポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの濃度比を示す第１の導出バイオマーカー値を決定すること、
    （３）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
    により指標を決定すること、
    ｉｉｉ）予め決定された第１および第２の指標参照をデータベースから検索すること、前記第１および第２の指標参照は、参照集団の第１および第２の群から決定された指標の分布であり、第１および第２の群はそれぞれｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳを有すると診断された個体からなる、
    ｉｖ）前記指標を第１および第２の指標参照と比較すること、
    ｖ）比較の結果を用いて対象が第１の群または第２の群に分類される確率を決定すること、
    ｖｉ）前記指標および前記確率を少なくとも部分的に示す表現を作成すること、および
    ｖｉｉ）ユーザーが、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を評価できるように、ユーザーに前記表現を提供すること
    を含む、方法。
  101. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための方法であって、
    ａ）複数のバイオマーカー値を決定すること、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値を示し、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、
    ｂ）複数のバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定すること、ここで、
    ｉ）少なくとも２つのバイオマーカーが、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり、および
    ｉｉ）指標が、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
    ことを含む、方法。
  102. ａ）複数の測定バイオマーカー値を決定すること、各測定バイオマーカー値は生物学的対象の対応するバイオマーカーの測定値である、および
    ｂ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するために、測定バイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用することにより指標を決定すること、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は対応する導出バイオマーカーの値を示す、
    を含む、請求項１０１に記載の方法。
  103. 前記関数が、
    ａ）２つのバイオマーカー値の掛け算、
    ｂ）２つのバイオマーカー値の割り算、
    ｃ）２つのバイオマーカー値の足し算、
    ｄ）２つのバイオマーカー値の引き算、
    ｅ）２つのバイオマーカー値の比、
    ｆ）少なくとも２つのバイオマーカー値の加重合計、
    ｇ）少なくとも２つのバイオマーカー値の対数和、および
    ｈ）少なくとも２つのバイオマーカー値のシグモイド関数
    のうちの少なくとも１つを含む、請求項１０２に記載の方法。
  104. ２つの測定バイオマーカー値の比に対応する少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定することを含む、請求項１０２に記載の方法。
  105. 指標を表す指標値を決定するために、少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせることを含む、請求項１０１〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
  106. 連結関数を用いて少なくとも２つのバイオマーカー値を組み合わせることを含み、連結関数が
    ａ）加法モデル、
    ｂ）線形モデル、
    ｃ）サポートベクターマシン、
    ｄ）ニューラルネットワークモデル、
    ｅ）ランダムフォレストモデル、
    ｆ）回帰モデル、
    ｇ）遺伝的アルゴリズム、
    ｈ）アニーリングアルゴリズム、
    ｉ）加重和、
    ｊ）最近傍モデル、および
    ｋ）確率モデル
    のうちの少なくとも１つである、請求項１０５に記載の方法。
  107. 少なくとも２つのバイオマーカーのうちの少なくとも１つが導出バイオマーカーである、請求項１０５または１０６に記載の方法。
  108. ａ）第１の導出バイオマーカー値を決定すること、前記第１の導出バイオマーカー値は第１および第２の免疫系バイオマーカーの濃度比を示す、
    ｂ）第２の導出バイオマーカー値を決定すること、前記第２の導出バイオマーカー値は第３および第４の測定免疫系バイオマーカーの濃度比を示す、および
    ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を足し合わせて指標値を生成すること
    を含む、請求項１０１〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
  109. 少なくとも部分的に電子プロセッシングデバイスを用いて実行される、請求項１０１〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
  110. 電子プロセッシングデバイスにおいて、
    ａ）複数の測定バイオマーカー値を受け取ること、各測定バイオマーカー値は対応する免疫系バイオマーカーの測定値である、および
    ｂ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値を決定するために、測定バイオマーカー値のうちの少なくとも１つに関数を適用すること、前記少なくとも１つの導出バイオマーカー値は対応する導出バイオマーカーの値を示す、および
    ｃ）少なくとも１つの導出バイオマーカー値と少なくとも１つの他のバイオマーカー値を組み合わせて指標を決定すること
    を含む、請求項１０１〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
  111. 前記相互相関範囲が
    ａ）±０．８、
    ｂ）±０．７、
    ｃ）±０．６、
    ｄ）±０．５、
    ｅ）±０．４、
    ｆ）±０．３、
    ｇ）±０．２、および
    ｈ）±０．１
    のうちの少なくとも１つである、請求項１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
  112. 各バイオマーカーが、状態相関範囲の外側にある少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後との状態相関を有し、その状態相関範囲が±０．３間である、請求項１０１〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
  113. 前記状態相関範囲が
    ａ）±０．９、
    ｂ）±０．８、
    ｃ）±０．７、
    ｄ）±０．６、
    ｅ）±０．５、および
    ｆ）±０．４
    のうちの少なくとも１つである、請求項１１２に記載の方法。
  114. 前記性能閾値が
    ａ）０．４、
    ｂ）０．５、
    ｃ）０．６、
    ｄ）０．７、
    ｅ）０．８、および
    ｆ）０．９
    のうちの少なくとも１つの説明分散を示す、請求項１０１〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
  115. 前記バイオマーカー値が、核酸分子およびタンパク質性分子の１以上から選択される分子のレベルまたは存在量を示す、請求項１０１〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
  116. 前記指標の表現を作成することを含む、請求項１０１〜１１５のいずれか一項に記載の方法。
  117. 前記表現が
    ａ）前記指標の英数表示、
    ｂ）前記指標と１以上の指標参照との比較のグラフ表示、
    ｃ）対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度の英数表示
    を含む、請求項１１６に記載の方法。
  118. ａ）前記指標と指標参照とを比較すること、および
    ｂ）比較の結果に従って尤度を決定すること
    を含む、請求項１０１〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
  119. 前記指標参照が
    ａ）指標閾値範囲、
    ｂ）指標閾値、および
    ｃ）指標分布
    のうちの少なくとも１つに基づく、請求項１１８に記載の方法。
  120. 前記指標参照が、参照集団中の多数の個体に関して決定された指標から導出される、請求項１１８または１１９に記載の方法。
  121. 前記指標参照が、医学的状態を有するまたは医学的状態を欠いていると診断された個体からなる参照集団の群に関して決定された指標の分布に基づく、請求項１２０に記載の方法。
  122. 前記参照集団が、
    ａ）性別の異なる複数の個体、
    ｂ）人種の異なる複数の個体、
    ｃ）複数の健常個体、
    ｄ）少なくとも１つの診断された医学的状態に罹患している複数の個体、
    ｅ）少なくとも１つの診断された医学的状態を欠いている複数の個体、
    ｆ）少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を示す複数の個体、
    ｇ）各個体群が各診断された医学的状態に罹患している、第１の群と第２の群、および
    ｈ）第１の個体群が診断された医学的状態に罹患しており、第２の群が診断された医学的状態を欠いている、第１の群と第２の個体群
    を含む、請求項１２０または１２１に記載の方法。
  123. 前記指標が、生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態を有する尤度を決定する上で使用するためのものであり、前記参照集団が、
    ａ）少なくとも１つの医学的状態の臨床徴候を呈する個体、
    ｂ）少なくとも１つの医学的状態を有すると診断された個体、
    ｃ）少なくとも１つの医学的状態を欠いている診断された個体、および
    ｄ）健常個体
    を含む、請求項１２０〜１２２のいずれか一項に記載の方法。
  124. 前記指標参照がデータベースから検索される、請求項１１８〜１２３のいずれか一項に記載の方法。
  125. 前記尤度が比較の結果を用いて生成された確率に基づく、請求項１１８〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
  126. 前記指標が、対象が第１または第２の状態を有する尤度を決定するためのものであり、
    ａ）前記指標と第１および第２の指標参照とを比較すること、第１および第２の指標参照は第１および第２の状態を示す、および
    ｂ）比較の結果に従って尤度を決定すること
    を含む、請求項１１８〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
  127. ａ）前記比較の結果を用いて第１および第２の指標確率を決定すること、および
    ｂ）第１の指標確率と第２の指標確率を組み合わせて尤度を示す状態確率を決定すること
    を含む、請求項１２６に記載の方法。
  128. 第１および第２の指標参照が、参照集団の第１および第２の群に関して決定された指標の分布であり、前記第１および第２の群は、それぞれ第１または第２の状態を有すると診断された個体からなる、請求項１２６または１２７に記載の方法。
  129. ａ）生物学的対象から採取されたサンプルを取得すること、前記サンプルはポリヌクレオチド発現産物を含む、および
    ｂ）前記サンプル内のポリヌクレオチド発現産物の少なくとも一部を定量してバイオマーカー値の少なくとも１つのペアを決定すること、
    ｃ）前記バイオマーカー値のペアを少なくとも部分的に用いて指標を決定すること
    を含む、請求項１０１〜１２８のいずれか一項に記載の方法。
  130. ポリヌクレオチド発現産物の濃度比を少なくとも部分的に用いて指標を決定することを含む、請求項１２９に記載の方法。
  131. ａ）ｉ）サンプル中の少なくとも一部のポリヌクレオチド発現産物を増幅させること、および
    ｉｉ）ポリヌクレオチド発現産物のペアのそれぞれの定義されたレベルを得るために必要な増幅程度を表す増幅量を決定すること
    によりポリヌクレオチド発現産物を定量すること、および
    ｂ）それらの増幅量の間の違いを決定することにより指標を決定すること
    を含む、請求項１２９または１３０に記載の方法。
  132. 前記増幅量が、
    ａ）サイクル時間、
    ｂ）サイクル数、
    ｃ）サイクル閾値、
    ｄ）増幅時間、および
    ｅ）別の増幅産物の増幅量との比較
    のうちの少なくとも１つである、請求項１３１に記載の方法。
  133. ａ）ポリヌクレオチド発現産物の第１のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第１の導出バイオマーカー値を決定すること、
    ｂ）ポリヌクレオチド発現産物の第２のペアの増幅量の間の違いを決定することにより第２の導出バイオマーカー値を決定すること、
    ｃ）第１の導出バイオマーカー値と第２の導出バイオマーカー値を加算することにより指標を決定すること
    を含む、請求項１３１または１３２に記載の方法。
  134. 前記免疫系バイオマーカーが、損傷または病原体傷害に対する炎症性応答の一部として変更される、またはその発現レベルが変更される、生物学的対象の免疫系のバイオマーカーである、請求項１０１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
  135. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳおよびｉｐＳＩＲＳのうちの少なくとも１つを有する尤度を決定するためのものであり、
    ａ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペアを決定すること、
    ｂ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペアを決定すること、および
    ｃ）前記バイオマーカー値の第１および第２のペアを用いて指標を決定すること
    を含む、請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  136. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、
    ａ）ＰＬＡ２Ｇ７遺伝子およびＰＬＡＣ８遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第１のペアを決定すること、
    ｂ）ＣＥＡＣＡＭ４遺伝子およびＬＡＭＰ１遺伝子のポリヌクレオチド発現産物の濃度を示すバイオマーカー値の第２のペアを決定すること、および
    ｃ）前記バイオマーカー値の第１および第２のペアを用いて指標を決定すること
    を含む、請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  137. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＡ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＢ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  138. 前記指標が、対象がｉｐＳＩＲＳまたは健常状態を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＣ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＤ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  139. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＥ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＦ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  140. 前記指標が、対象がｉｎＳＩＲＳまたはｉｐＳＩＲＳを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１、第２、第３、および第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＧ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＨ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、
    ｃ）第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＩ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｄ）第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＪ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  141. 第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカーがＰＬＡ２Ｇ７発現産物であり、第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカーがＰＬＡＣ８発現産物であり、第３のＩＲＳ免疫系バイオマーカーがＣＥＡＣＡＭ４発現産物であり、かつ、第４のＩＲＳ免疫系バイオマーカーがＬＡＭＰ１発現産物である、請求項１３１に記載の方法。
  142. 前記指標が、対象が軽度敗血症または重度敗血症を有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＫ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＬ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  143. 前記指標が、対象が軽度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＭ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＮ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  144. 前記指標が、対象が重度敗血症または敗血性ショックを有する尤度を決定するためのものであり、かつ、バイオマーカー値が第１および第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群のそれぞれにおいて少なくとも１つの免疫系バイオマーカーから決定され、
    ａ）第１のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＯ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなり、かつ
    ｂ）第２のＩＲＳ免疫系バイオマーカー群が、本明細書で定義されるＰ群ＩＲＳ免疫系バイオマーカー遺伝子に由来するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド発現産物からなる、
    請求項１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  145. 生物学的対象が少なくとも１つの医学的状態の存在、不在、程度または予後を有する尤度を評価する上で使用される指標を決定するための装置であって、
    ａ）複数のバイオマーカー値を決定し、ここで、各バイオマーカー値は、前記生物学的対象の少なくとも１つの対応する免疫系バイオマーカーに関して測定または導出された値を示し、かつ、前記対象から採取されたサンプル中の免疫系バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、
    ｂ）複数のバイオマーカー値の組合せを用いて指標を決定する、ここで、
    ｉ）少なくとも２つのバイオマーカーが、少なくとも１つの状態に関してある相互相関範囲内にある相互相関を有し、前記相互相関範囲は±０．９の間であり、および
    ｉｉ）指標が、指標の、少なくとも１つの状態の存在、不在、程度または予後を診断する能力を表す性能閾値以上の性能値を有し、その性能閾値は少なくとも０．３の説明分散を示す、
    プロセッシングデバイスを含む、装置。
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