JP2018531908A - 癌の再発のリスクを検出するための方法及び組成物 - Google Patents

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Abstract

本発明は、癌治療を受けた対象における癌の再発のリスクを低減するための方法及び組成物に関する。これは、Streptococcus anginosus、Parvimonas micra、Acidaminococcus intestini、Eubacterium limosum、Clostridium glycyrrhizinilyticum、Desulfosporosinus lacus、Eubacterium biforme、Anaerofustis stercorihominis、Pseudoramibacter alactolyticus、Peptococcus niger、Armatimonas rosea、Saccharofermentans acetigenes、Finegoldia magna、Levyella massiliensis、Gallicola barnesae、Murdochiella asaccharolytica、及びEubacterium brachyの細菌を含む腸内細菌叢の割合を制限することが癌の再発のリスクを低減することに関連するという発見に少なくとも部分的に基づく。本発明は、癌の再発のリスクが大きいまたは低減すると対象を診断するための組成物及び方法、ならびに該対象を治療するための組成物及び方法に関する。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１５年９月４日に出願された米国仮出願第６２／２１４，６０４号、２０１５年１２月９日に出願された米国仮出願第６２／２６５，３２７号、及び２０１６年２月２２日に出願された米国仮出願第６２／２９８，２５８号に対する優先権を主張し、これらの各々に対する優先権が主張され、これらの各々の内容はそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
１．技術分野
本発明は、癌の再発のリスクが大きいまたは低減すると対象を診断するための組成物及び方法、ならびに該対象を治療するための組成物及び方法に関する。
２．背景技術
哺乳動物の胃腸管は、それらの宿主と共生により共存する数百の微生物種により密にコロニーが形成される。集合的に微生物叢と称される微生物は、栄養代謝、腸管組織の恒常性、自然及び適応免疫応答の発達、ならびにより一般的には、腸管感染に対する防御を含む、多くの宿主の健康の態様に寄与する。細菌は、接触依存及び可溶性因子媒介阻害により直接、ならびに宿主の免疫応答を調節及び誘導することにより間接的に腸管病原体を拮抗するが、個々の細菌の特定の病原体に対するコロニー形成抵抗性への寄与はよく理解されていない。
腸管フローラにおける変化が移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）に影響を及ぼす可能性があり、同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）後の菌血症及び全体的な生存に関連することが報告された。ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後の死亡の主な原因は、再発、ＧＶＨＤ、及び感染である。ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後の再発に関連する腸管フローラの構成要素を特定することにより、再発のリスクにある特定の患者集団における治療介入が可能となるだろう。
３．発明の概要
出願者は、意外にも、ＨＳＣＴ後の癌の再発のリスクが特定の細菌群の存在及び／または不在に関連することを発見した。したがって、本発明は、対象の癌の再発の可能性を判定するための方法及び組成物、ならびにリスクにある患者における再発のリスクを減少させるための方法及び組成物に関する。ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌の再発のリスクが大きい、または低減すると判定された対象を治療する方法をさらに提供する。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌と診断された、または癌を有するリスクにある対象からの試料中の細菌またはその芽胞の存在を判定する方法を提供する。ある特定の非限定的な実施形態では、対象は、試料中の細菌の存在の判定前または判定後に、癌治療、例えば、同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）などの造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けた。
ある特定の非限定的な実施形態では、対象の試料における、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの検出は、癌の再発のリスクが低減することを示す。
ある特定の非限定的な実施形態では、検出された細菌またはその芽胞は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターである。
ある特定の非限定的な実施形態では、検出された細菌またはその芽胞は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍまたはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含むクラスターである。
ある特定の非限定的な実施形態では、検出された細菌は、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターである。
ある特定の非限定的な実施形態では、細菌またはその芽胞は、配列番号１〜１２または配列番号１〜１７のうちのいずれか１つによって記載される核酸配列と約８５〜１００％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、対象の試料は、便試料または腸管微生物叢試料である。ある特定の非限定的な実施形態では、第１の対象からの試料中の細菌の存在量は、細菌の存在量が癌の再発があった第２の対象からの試料中の該細菌のレベルよりも大きい、または参照レベルよりも大きいとき、癌の再発のリスクが低減することを示し、例えば、それを上回る、腸管微生物叢に存在する細菌レベルは、癌の再発のリスクの低減の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌の再発がなかった第２の対象からの試料中の細菌の存在量よりも低い、第１の対象からの試料中のＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量の検出は、第１の対象の癌の再発のリスクが大きいことの指標である。ある特定の非限定的な実施形態では、参照レベルよりも低い、第１の対象からの試料中の存在量は、第１の対象の癌の再発のリスクが大きいことの指標であり、例えば、それを下回る、腸管微生物叢に存在する細菌のレベルは、癌の再発のリスクが大きいことの指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、対象の試料におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの検出は、癌の再発のリスクが大きいことを示す。ある特定の非限定的な実施形態では、対象の試料は、便試料または腸管微生物叢試料である。ある特定の非限定的な実施形態では、第１の対象からの試料中の細菌の存在量は、細菌の存在量が癌の再発がなかった第２の対象からの試料中の該細菌の存在量よりも大きい、または参照レベルよりも大きいとき、癌の再発のリスクが大きいことを示し、例えば、それを上回る、腸管微生物叢に存在する細菌のレベルは、癌の再発のリスクが大きいことの指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌の再発があった第２の対象からの試料中の細菌の存在量よりも低い、第１の対象からの試料中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量の検出は、第１の対象の癌の再発のリスクが低減することの指標である。ある特定の非限定的な実施形態では、参照レベルよりも低い、第１の対象からの試料中の存在量は、第１の対象の癌の再発のリスクが低減することの指標であり、例えば、それを下回る、腸管微生物叢に存在する細菌のレベルは、癌の再発のリスクの低減の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、便試料または腸管微生物叢試料中の１つ以上の細菌の存在量を検出する方法は、インビトロの試料で行われる。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、対象が癌の再発のリスクが大きいと判定されたとき、対象に癌療法を施すことをさらに含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、療法は、対象にプロバイオティックを投与することを含み、このプロバイオティックは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、療法は、対象にプレバイオティックを投与することを含み、このプレバイオティックは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの成長及び生存を増加させる１つ以上の薬剤、例えば、栄養補助剤を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、プレバイオティックは、吸収されにくい複合糖質、オリゴ糖、インスリン型フルクタン、またはアラビノキシランのうちの１つ以上を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、療法は、対象にポストバイオティックを投与することを含み、このポストバイオティックは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターにより発現される、タンパク質などの１つ以上の薬剤を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、ポストバイオティックは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの培養からの培地を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、ポストバイオティックは、酪酸もしくは類似する酸などの単鎖脂肪酸、または二次胆汁酸を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、療法は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍに特異的である抗生物質を投与することを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、抗生物質は、ペニシリン、バンコマイシン、及び／またはリネゾリド抗生物質を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、抗生物質は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを選択的に温存する。
ある特定の非限定的な実施形態では、療法は、対象に、組換えＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、もしくは前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスター、またはこれらの子孫を投与することを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、組換え細菌は、抗生物質抵抗性遺伝子を発現する。
ある特定の非限定的な実施形態では、療法は、手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、幹細胞療法、またはキメラ抗原受容体修飾Ｔ細胞（ＣＡＲ修飾Ｔ細胞）及び／もしくは抗原特異的Ｔ細胞の投与などの他の細胞療法、またはこれらの組み合わせを含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターからなる群から選択される、１つ以上の単離された細菌またはその芽胞を含む、本明細書に記載される組成物及びその治療的使用を提供する。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌は、対象に投与するための製剤で存在する。ある特定の非限定的な実施形態では、細菌は、薬学的製剤で存在する。ある特定の非限定的な実施形態では、細菌は、組換え細菌、例えば、抗生物質抵抗性遺伝子を発現する組換え細菌である。
ある特定の非限定的な実施形態では、本組成物は、経口、鼻腔胃、または直腸投与用に製剤化される。ある特定の非限定的な実施形態では、本組成物は、プロバイオティック細菌及び／もしくは酵母、プレバイオティック、ポストバイオティック、または抗生物質をさらに含む。ある特定の非限定的な実施形態では、本組成物は、液体、懸濁液、乾燥粉末、錠剤、カプセル、または食物製品として製剤化される。ある特定の非限定的な実施形態では、細菌またはそのクラスターは、組換え細菌に抗生物質感受性または抵抗性を付与するタンパク質をコードする１つ以上の外因性核酸を含み得る、組換え細菌またはその子孫である。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌の再発のリスクを低減するため、または癌の再発を有する対象の生存率を増加させるための方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを含む、有効量の組成物を投与することを含む。
本発明の種々の非限定的な実施形態では、細菌は、植物もしくは休止状態で、芽胞として、またはこれらの混合物として投与され得る。
いくつかの非限定的な実施形態では、本開示は、癌の再発の１つ以上の症状及び／または臨床徴候の重症度を減少させるための方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に、本明細書に記載される、有効量の組換え細胞のうちの１つ以上もしくはその子孫；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを含む組成物；本明細書に記載されるプロバイオティック、プレバイオティック、ポストバイオティック、及び／もしくは抗生物質；手術；放射線療法；化学療法；免疫療法；幹細胞療法；細胞療法、ならびにこれらの組み合わせを投与することを含み、この症状及び／または臨床徴候は、癌細胞の存在、癌細胞増殖、腫瘍成長、腫瘍の存在、腫瘍体積、検出可能な量の微小残存病変、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される。
本発明は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、細菌、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを含むキットをさらに提供する。ある特定の非限定的な実施形態では、キットは、癌の再発を治療または阻止するための細胞または組成物の使用についての情報を含む指示書をさらに含む。ある特定の非限定的な実施形態では、指示書は、治療薬の説明；癌の再発またはその症状を治療または阻止するための投薬スケジュール及び投与；注意；警告；適応症；禁忌、過量情報；有害反応；動物薬理学；臨床研究；ならびに／または参照のうちの少なくとも１つを含む。指示書は、容器（存在するとき）上に直接、または容器に適用されるラベルとして、または容器に、もしくは容器と共に供給される別個のシート、パンフレット、カード、もしくはホルダーとして印刷され得る。
本発明は、癌の再発のリスクが増加すると対象を診断するためのキットをさらに提供し、本キットは、腸管微生物叢の試料中の１つ以上の細菌の存在量を検出するための１つ以上の薬剤を含み、１つ以上の細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、細菌、及び前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターからなる群から選択される。
本開示は、対象における癌の再発のリスクの低減及び／または癌の再発からの生存の可能性の増加に使用するための、本明細書に記載される１つ以上の単離された細菌もしくはその芽胞、または該１つ以上の細菌を含むクラスターを含む組成物をさらに提供する。ある特定の非限定的な実施形態では、対象は、試料中の細菌の存在の判定前または判定後に、癌治療、例えば、同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）などの造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けた。同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）は、Ｔ細胞豊富なａｌｌｏ−ＨＳＣＴであり得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、組成物は、対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在を減少させる、及び／または対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させるのに有効な量で投与可能である。
ある特定の非限定的な実施形態では、対象からの腸管微生物叢の試料が、細菌参照レベルよりも低い、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターのうちの１つ以上のレベルを有する場合、対象は、癌の再発のリスクが増加する。代替的に、または加えて、対象からの腸管微生物叢の試料は、細菌参照レベルよりも大きいＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを有する。
ある特定の非限定的な実施形態では、対象における癌の再発のリスクの低減及び／または癌の再発からの生存の可能性の増加に使用するための組成物は、対象からの腸管微生物叢の試料をアッセイし、腸管微生物叢の試料中に存在するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターのうちの１つ以上のレベルを判定することと、試料中の１つ以上の細菌のレベルが細菌参照レベルよりも低い場合、対象に治療有効量の組成物を投与することとをさらに含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、対象における癌の再発のリスクの低減及び／または癌の再発からの生存の可能性の増加に使用するための組成物は、対象からの腸管微生物叢の試料をアッセイし、腸管微生物叢の試料中に存在するＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを判定することと、試料中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルが細菌参照レベルよりも大きい場合、対象に治療有効量の組成物を投与することとをさらに含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本開示は、癌の再発のリスクが増加すると診断された対象の癌療法に使用するための組成物を提供し、対象からの腸管微生物叢の試料は、細菌参照レベルよりも低い、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターのうちの１つ以上のレベルを有する。加えて、または代替的に、対象からの腸管微生物叢の試料は、細菌参照レベルよりも大きいＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを有する。癌療法は、手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、幹細胞療法、及び／もしくは細胞療法を含み得るか、またはプロバイオティック細菌及び／もしくは酵母、プレバイオティック、ポストバイオティック、または抗生物質を対象に投与することを伴い得る。
４．図面の簡単な説明
１６Ｓ遺伝子配列決定により行われた３０９人の患者からの便試料の組成分析後の、逆シンプソン指数を使用した１年の期間にわたる細菌の多様性の定量化を示す。 １年の観察期間にわたる、再発または再発のリスクとの細菌属の関連を示す。細菌の関連は、コックス単変量回帰により定量化された。縦軸に沿った位置は、統計的有意性を示す。 リスク因子の多変量調整後の細菌の存在量と再発との間の関連を示す。コックス回帰モデルは、前処置強度、移植片源（臍帯対未修飾／Ｔ細胞豊富成人）、及び疾患リスク指数に関して調整された。 （Ａ）Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの存在量が再発の低リスクに関連する、（Ｂ）ログランクによるマンホイットニー生存による散布図を示し、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａが再発からの保護の候補バイオマーカーであることを示す。 Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの存在量と再発との間の関連を示し、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓの最良の識別能力は従来（Ｔ細胞豊富）の非臍帯移植片後であることを示す。 Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの存在量と再発との間の関連を示し、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓの最良の識別能力は高強度前処置レジメン後であることを示す。 Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ｓｔｒｅｐｔｉｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量と再発との間の関連を示す。 １年での細菌分類群とＧＶＨＤ関連の死亡との間の関連を示す。細菌分類群のＧＶＨＤ関連の死亡との関連は、コックス単変量回帰により判定された。 ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後３６ヶ月にわたる、実施例２に記載される４６６人の対象のコホートの再発率を示す。 実施例２に記載される再発または再発の欠如との関連の分析に関して考慮されたＯＴＵの＞１０％において、存在量閾値が＞０．０１％であることを示す。考慮されたＯＴＵの合計数は１９４であった。 ４６６人の患者コホートのうち２３４人の患者の発見サブセットにおいて、コックス回帰モデリングを使用して、考慮された１９４のＯＴＵと再発のレベルとの間の関連を示す。 ４６６人の患者コホートの発見及び検証サブセットの両方におけるＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓの腸管存在量と再発との間の関連を示し、細菌存在量のカットオフ閾値は回帰モデルにおいて３．４×１０−５であった。このカットオフにより、約８５％が低存在量の細菌を有し（再発と相関した）、１５％が高存在量を有する（再発の欠如と相関した）結果となった。 多変量調整後のＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓの腸管存在量と再発との間の関連を示す。 Ｔ細胞豊富移植片を受けた患者におけるＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓの腸管存在量と再発との間の関連を示す。図１４Ａは、いくつかの因子に対する関連を示し、図１４Ｂは、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓの腸管存在量と再発との間の逆の関連を示す。 Ｔ細胞豊富移植片を受けた患者におけるＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓの腸管存在量と再発との間の関連を示す。図１４Ａは、いくつかの因子に対する関連を示し、図１４Ｂは、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓの腸管存在量と再発との間の逆の関連を示す。 種々の腸管微生物叢、ならびに再発及びＧＶＨＤ関連の死亡とのそれらの関連の散布図を示す。 Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、及びＢｌａｕｔｉａを含む種々の腸管微生物叢の、再発及びＧＶＨＤ関連の死亡の欠如との関連を示す。 Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓの存在量と、全体的な生存、ＧＶＨＤ関連の死亡、及び再発の欠如との間の関連を示す。 時間加重平均存在量の計算の概略図である。図１８Ａは、試料採取期間前の週及び／またはその後の週から試料が入手できなかった患者のものであり、図１８Ｂは、試料採取期間前の週及び／またはその後の週から少なくとも１つの追加の試料が入手できた患者のものである。 実施例３のコホートにおける腸管微生物叢の多様性と再発／ＰＯＤまでの時間との間の関連を示す。 再発／ＰＯＤのハザード比に対するｃｒＯＴＵの多変量ｐ値の火山型プロットを示す。図２０Ｂは、再発／ＰＯＤのハザード比に対してプロットされたｃｒＯＴＵの単変量ｐ値を示す。図２０Ｃは、再発／ＰＯＤのハザード比に対するＯＴＵの多変量ｐ値の火山型プロットを提供する。図２０Ｄは、再発／ＰＯＤのハザード比に対してプロットされたＯＴＵの単変量ｐ値を示す（図２０Ａ）。 再発／ＰＯＤのハザード比に対するｃｒＯＴＵの多変量ｐ値の火山型プロットを示す。図２０Ｂは、再発／ＰＯＤのハザード比に対してプロットされたｃｒＯＴＵの単変量ｐ値を示す。図２０Ｃは、再発／ＰＯＤのハザード比に対するＯＴＵの多変量ｐ値の火山型プロットを提供する。図２０Ｄは、再発／ＰＯＤのハザード比に対してプロットされたＯＴＵの単変量ｐ値を示す（図２０Ａ）。 再発／ＰＯＤのハザード比に対するｃｒＯＴＵの多変量ｐ値の火山型プロットを示す。図２０Ｂは、再発／ＰＯＤのハザード比に対してプロットされたｃｒＯＴＵの単変量ｐ値を示す。図２０Ｃは、再発／ＰＯＤのハザード比に対するＯＴＵの多変量ｐ値の火山型プロットを提供する。図２０Ｄは、再発／ＰＯＤのハザード比に対してプロットされたＯＴＵの単変量ｐ値を示す（図２０Ａ）。 再発／ＰＯＤのハザード比に対するｃｒＯＴＵの多変量ｐ値の火山型プロットを示す。図２０Ｂは、再発／ＰＯＤのハザード比に対してプロットされたｃｒＯＴＵの単変量ｐ値を示す。図２０Ｃは、再発／ＰＯＤのハザード比に対するＯＴＵの多変量ｐ値の火山型プロットを提供する。図２０Ｄは、再発／ＰＯＤのハザード比に対してプロットされたＯＴＵの単変量ｐ値を示す（図２０Ａ）。 発見セット（ｎ＝２７１）における、コックスモデルによる微生物叢特徴の存在量と再発／ＰＯＤとの関連を提供する。 全コホート（図２２Ａ、ｎ＝５４１）、発見コホート（図２２Ｂ、ｎ＝２７１）、及び検証コホート（図２２Ｃ、ｎ＝２７０）における原因別コックス比例ハザード回帰を使用して、ａｌｌｏ−ＨＣＴ後のｃｒＯＴＵ１６１４の再発／ＰＯＤのリスクとの単変量及び多変量の関連を提供する。ｃｒＯＴＵ１６１４は、ログ変換連続変数（多変量Ｉ）として、存在対不在の２値変数として（多変量ＩＩ）、または存在量ビンの順序カテゴリー変数（多変量ＩＩＩ）としてのいずれかで考慮される。 全コホート（図２２Ａ、ｎ＝５４１）、発見コホート（図２２Ｂ、ｎ＝２７１）、及び検証コホート（図２２Ｃ、ｎ＝２７０）における原因別コックス比例ハザード回帰を使用して、ａｌｌｏ−ＨＣＴ後のｃｒＯＴＵ１６１４の再発／ＰＯＤのリスクとの単変量及び多変量の関連を提供する。ｃｒＯＴＵ１６１４は、ログ変換連続変数（多変量Ｉ）として、存在対不在の２値変数として（多変量ＩＩ）、または存在量ビンの順序カテゴリー変数（多変量ＩＩＩ）としてのいずれかで考慮される。 全コホート（図２２Ａ、ｎ＝５４１）、発見コホート（図２２Ｂ、ｎ＝２７１）、及び検証コホート（図２２Ｃ、ｎ＝２７０）における原因別コックス比例ハザード回帰を使用して、ａｌｌｏ−ＨＣＴ後のｃｒＯＴＵ１６１４の再発／ＰＯＤのリスクとの単変量及び多変量の関連を提供する。ｃｒＯＴＵ１６１４は、ログ変換連続変数（多変量Ｉ）として、存在対不在の２値変数として（多変量ＩＩ）、または存在量ビンの順序カテゴリー変数（多変量ＩＩＩ）としてのいずれかで考慮される。 発見及び検証セットにおける再発／ＰＯＤの累積発生率がｃｒＯＴＵ１６１４の不在においてより大きいことを示す。 ｃｒＯＴＵ（青い数字）及びＯＴＵを表すｃｒＯＴＵ１６１４の分岐図を提供する。ＮＣＢＩ １６Ｓ参照配列及びその受入番号に対する同一パーセントが列記される。右側の棒は、分類学的な科のメンバーシップを示す。下の小さい表は、ｃｒＯＴＵ１６１４における４つの主な種の分類学的分類を列記する。 ｃｒＯＴＵ（青い数字）及びＯＴＵを表すｃｒＯＴＵ１６１４の分岐図を提供する。ＮＣＢＩ １６Ｓ参照配列及びその受入番号に対する同一パーセントが列記される。右側の棒は、分類学的な科のメンバーシップを示す。下の小さい表は、ｃｒＯＴＵ１６１４における４つの主な種の分類学的分類を列記する。 全患者のｃｒＯＴＵ１６１４の全体的な存在量への４つの主な種の相対的寄与（平均存在量）の円グラフを提供する。 実施例３の患者コホートにおいて、ｃｒＯＴＵ１６１４存在量により層別化されたとき、ｃｒＯＴＵが、再発／ＰＯＤのより少ない累積リスクに関連したことを示す。図２６Ｂは、４つの階層におけるｃｒＯＴＵ１６１４の平均存在量（上）及び２年での再発／ＰＯＤの累積発生率（下）を提供する（図２６Ａ）。 ＲＤＲＩが実施例３のコホートの患者の再発／ＰＯＤリスクを層別化することを示す。 ｃｒＯＴＵ１６１４の腸管の存在と再発／ＰＯＤの臨床リスク因子（すなわち、ＲＤＲＩ、移植片源、及び前処置強度）との組み合わせの競合リスクの存在下の原因別一致指数を提供する。 ａｌｌｏ−ＨＣＴ３週間後の便試料中のｃｒＯＴＵ１６１４の存在と全体的な生存との間の関連、再発／ＰＯＤの累積発生率、急性ＧＶＨＤグレード２〜４の累積発生率、及び移植関連の死亡（ＴＲＭ）を示す。１７人の患者が指定日の２１日目前にＧＶＨＤグレード２〜４を発症し、このパネルから除外された。 移植片源、前処置強度、ＨＬＡ一致度、ＲＤＲＩ、及び疾患の種類による患者サブセットにおける、ｃｒＯＴＵ１６１４の、存在の再発／ＰＯＤとの関連を表し、灰色のボックスのサイズは、亜群の患者の数に比例する。 ｃｒＯＴＵ１６１４の存在及び移植片源による再発／ＰＯＤの累積発生率を表す。図３１Ａは全コホートのものであり、図３１ＢはＴ細胞豊富移植片のものであり、図３１Ｃは未修飾ＰＢＳＣ／ＢＭ（Ｔ細胞豊富）移植片のものであり、図３１Ｄは臍帯（Ｔ細胞豊富）移植片のものであり、図３１ＥはＴ細胞除去移植片のものである。 ａｌｌｏ−ＨＣＴ前（Ｐｒｅ−ＨＣＴ）の患者１人当たり収集された単一試料に基づく未修飾ＰＢＳＣ／ＢＭ移植片のレシピエント（ｎ＝１４３）のｃｒＯＴＵの存在量と再発／ＰＯＤとの間の関連を示す。 ａｌｌｏ−ＨＣＴ前（Ｐｒｅ−ＨＣＴ）の患者１人当たり収集された単一試料に基づく全移植片源のレシピエント（ｎ＝４６９）のｃｒＯＴＵの存在量と再発／ＰＯＤとの間の関連を示す。 図２６Ｂ、２６Ｃ、３２、及び３３によって表されるように、研究全体を通して使用された存在量ビンのカテゴリー境界を示す。
５．発明を実施するための形態
本発明は、癌を有する対象が治療後、例えば、ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後に癌の再発をきたすリスクを判定するための方法、ならびに癌の再発のリスクを低減するための方法及び組成物、ならびに対象が癌の再発を免れる可能性を増加させるための組成物及び方法にも関する。説明の明確化のためであり、制限するためではなく、本節は以下の小区分に分けられる：
（ｉ）癌の再発のリスクを判定する方法、
（ｉｉ）治療用細菌、
（ｉｉｉ）組換え細胞、
（ｉｖ）薬学的組成物、
（ｖ）治療方法、及び
（ｖｉ）キット。
以下は、本発明に関連する用語である。
本明細書において、「個体」、または「対象」、または「患者」は、ヒトまたは非ヒト動物、例えば、哺乳類などの脊椎動物である。哺乳類は、ヒト、霊長類、家畜、スポーツ動物、ゲッ歯類、及びペットであるが、これらに限定されない。非ヒト動物対象の非限定的な例としては、マウス、ラット、ハムスター、及びモルモットなどのゲッ歯類；ウサギ；イヌ；ネコ；ヒツジ；ブタ；ヤギ；ウシ；ウマ；ならびに類人猿及びサルなどの非ヒト霊長類が挙げられる。
物質の「有効量」は、本用語が本明細書で使用される場合、臨床結果を含む有益なまたは所望の結果をもたらすのに十分なその量であり、そのため、「有効量」は、それが適用される文脈に依存する。癌の再発のリスクを低減する組成物を投与する、及び／または癌の再発の少なくとも１つの徴候もしくは症状を低減する組成物を投与する文脈では、本明細書に記載される組成物の有効量は、癌の再発を治療及び／または改善する、ならびに癌の再発の症状を減少させる、及び／またはその可能性を低減するのに十分な量である。減少は、癌の再発の症状の重症度または癌の再発の可能性において、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、または９９％の減少であり得る。有効量は、１回以上の投与において投与される。
本明細書で使用される場合、及び当該技術分野において十分に理解されているように、「治療」は、臨床結果を含む、有益なまたは所望の結果を得るためのアプローチである。本主題の目的のため、有益なまたは所望の臨床結果は、１つ以上の徴候もしくは症状の軽減もしくは改善、疾患の程度の縮小、疾患の安定した（すなわち、悪化しない）状態、疾患の予防、疾患の進行の遅延もしくは緩徐、疾患の寛解（例えば、癌の寛解）、及び／または疾患状態の改善もしくは緩和を含むが、これらに限定されない。減少は、合併症、徴候、または症状の重症度において、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、または９９％の減少であり得る。「治療」は、治療を受けない場合の予測される生存と比較した生存の延長も意味し得る。治療」は、癌の再発の可能性の減少も指し得る。
「発現ベクター」という用語は、適切な大きさの別の核酸配列断片が組み込まれる、直鎖または環状のいずれかである核酸分子を表すように使用される。かかる核酸断片（複数可）は、核酸配列断片によりコードされる遺伝子の転写を提供する追加のセグメントを含み得る。追加のセグメントとしては、当該技術分野に既知である、プロモーター、転写終結因子、エンハンサー、内部リボソーム進入部位、未翻訳領域、ポリアデニル化シグナル、選択可能マーカー、複製起点などを挙げることができるが、これらに限定されない。発現ベクターは、プラスミド、コスミド、ウイルスベクター、及び酵母人工染色体に由来することが多く、ベクターは、いくつかの源からの核酸配列を含有する組換え分子であることが多い。
核酸配列に適用されるとき、例えば、発現ベクターにおいて、「作動可能に連結される」という用語は、配列がそれらの意図される目的を達成する、すなわち、プロモーター配列が終結シグナルまで連結されたコード配列を通して進む転写の開始を可能にするために協同的に機能するように配列されることを示す。
「核酸分子」は、各ヌクレオチドの３’及び５’端がホスホジエステル結合により接合されるヌクレオチドの１本鎖または２本鎖の共有結合された配列である。ポリヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド塩基またはリボヌクレオチド塩基から構成され得る。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ及びＲＮＡを含み、インビトロで合成により製造されるか、または天然源から単離され得る。
本明細書で使用される場合、「プロモーター」という用語は、転写因子及び／またはＲＮＡポリメラーゼが会合したコード配列の発現を制御するように結合することができる遺伝子内の領域を表す。プロモーターは、常にではないが一般的に、翻訳開始コドンの上流の遺伝子の５’非コード領域に位置する。遺伝子のプロモーター領域は、核酸結合タンパク質の配列特異的核酸結合ドメインの認識可能な結合部位として機能する１つ以上のコンセンサス配列を含み得る。それにもかかわらず、かかる結合部位は、プロモーターの外側の領域、例えば、イントロンまたはコード配列の下流に位置するエンハンサー領域にも位置し得る。
「調節遺伝子」は、１つ以上の他の遺伝子の発現の制御に関与する遺伝子である。
「クラスター」または「関連細菌のクラスター」は、ｒＲｎａ配列、例えば、１６Ｓ ｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域、例えば、Ｖ１、Ｖ２、Ｖ３、Ｖ４、またはＶ５）、類似性、及び／または進化距離により関連する２つ以上の細菌種または株を含み得る。例えば、節（分岐点）がクラスターとして定義される系統樹において、所与の節に従属する木の先端のＯＴＵは、かかるクラスターのメンバーを定義する。代替的に、かかるクラスターは、「関連する操作的分類単位のクラスター」または「ｃｒＯＴＵ」と称され得る。ある特定の非限定的な実施形態では、ｃｒＯＴＵの細菌種は、７０％以下、７５％以下、８０％以下、８５％以下、９０％以下、９５％以下、９７％以下、９９％以下、または１００％の１６Ｓ ｒＲＮＡ同一性を呈する。ある特定の非限定的な実施形態では、ｃｒＯＴＵの細菌種は、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％、または１００％の１６Ｓ ｒＲＮＡ同一性を呈する。
ある特定の非限定的な実施形態では、ｃｒＯＴＵの細菌種は、配列番号１〜１２または配列番号１〜１７のうちのいずれか１つによって記載される１つ以上の核酸配列に対して同一性を有し、同一性のレベルは、約８０〜１００％、８５〜１００％、９０〜１００％、９５〜１００％、９７〜１００％、８０〜９７％、８０〜９５％、８０〜９０％、８０〜８５％、及びそれらの間の値、例えば、約８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％である。いくつかの実施形態では、同一性のレベルは、８０〜１００％、８５〜１００％、９０〜１００％、９５〜１００％、９７〜１００％、８０〜９７％、８０〜９５％、８０〜９０％、８０〜８５％、及びそれらの間の値、例えば、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％（包括的）である。ある特定の非限定的な実施形態では、同一性パーセントは、配列番号１〜１２または配列番号１〜１７のうちのいずれか１つのＶ４〜Ｖ５可変領域に対応する。
ある特定の非限定的な実施形態では、ｃｒＯＴＵの細菌種は、Ｐｒｉｃｅ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．２０１０；５（３）：ｅ９４９０（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）によって記載される、最小進化部分木切断及び再接続（ｍｉｎｉｍｕｍ−ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｓｕｂｔｒｅｅ−ｐｒｕｎｉｎｇ−ｒｅｇｒａｆｔｉｎｇ）（ＳＰＲ）及び最尤最近隣枝交換（ＮＮＩ）に基づくＯＴＵ配列の近縁性により判定される。
「プロバイオティック」は、摂食、消化、またはさもなければ対象に投与されたとき、対象に健康利益を提供する、もしくは非病原性である、例えば、癌治療後の再発の可能性を低減する、微生物または微生物群である。本明細書で使用される場合、プロバイオティックという用語は、例えば、プロバイオティック細菌及び／またはプロバイオティック酵母を説明するために使用され得、本明細書に記載される細菌ならびに他の細菌を含み得る。
「プレバイオティック」は、１つ以上の細菌または酵母の成長、増殖、及び／または生存を促進する物質である。本明細書で使用される場合、プレバイオティックという用語は、例えば、植物繊維、または吸収されにくい複合糖質、オリゴ糖、インスリン型フルクタン、またはアラビノキシランのうちの１つ以上を含む栄養補助剤を説明するために使用され得る。
「ポストバイオティック」は、プロバイオティック生物に由来する物質である。本明細書で使用される場合、ポストバイオティックという用語は、例えば、１つ以上の細菌もしくは酵母、１つ以上の細菌もしくは酵母の代謝産物、または細菌もしくは酵母の１つ以上の株のクラスターからの媒体により発現されたタンパク質を説明するために使用され得る。
本明細書で使用される場合、「癌の再発」という用語は、改善の期間後、例えば、治療後の癌の存在、またはその兆候及び症状の低減期間後の癌もしくは癌の徴候及び症状の復帰または再発生を指す。ある特定の非限定的な実施形態では、「癌の再発」は、少なくとも１、２、３、４、５，６、７、８、９，１０週間以上、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１２ヶ月以上、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０年以上の改善の期間後の、癌またはその兆候及び症状の復帰または再発生を指す。ある特定の実施形態では、改善の期間は、約３週間〜２年である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌の再発は、疾患特異的基準による疾患の再発または進行（ＰＯＤ）までの時間を測定することにより判定される。微小残存病変の検出は、フローサイトメトリー、Ｘ線検査、または分子結果が療法の開始、ドナーリンパ球の注入、または免疫抑制療法からの離脱により臨床的に作用するとき、再発／ＰＯＤ事象としてスコア化される。
５．１癌の再発のリスクを判定する方法
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌と診断された対象が癌の治療後に癌の再発を有するリスクが大きいか、または低減するかを判定する方法を提供する。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌の再発のリスクが大きいと判定された対象は、治療後の再発に関してより頻繁にかつ長期間監視され、本明細書にさらに記載される造血幹細胞移植に加えて、またはその代替えとして治療レジメンを施されてもよい。
癌の非限定的な例としては、急性白血病、慢性白血病、リンパ性悪性疾患、形質細胞障害、及び骨髄増殖性腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌治療は、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、造血幹細胞移植は、治療される患者とは異なるドナーからの同種幹細胞を含む（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）。ある特定の非限定的な実施形態では、造血幹細胞移植は、治療される患者からの自家幹細胞を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌治療は、同種臍帯血移植または同種臍帯幹細胞移植を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌治療は、Ｔ細胞豊富移植またはＴ細胞除去移植を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌治療は、骨髄移植を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本方法は、癌の再発のリスクの低減の指標である、対象の腸管微生物叢の試料中の細菌、ＯＴＵ、またはクラスター（本明細書において「細菌」とも称される）の種の存在量を決定することを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターからなる群から選択される。
ある特定の非限定的な実施形態では、検出された細菌は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターである。
ある特定の非限定的な実施形態では、検出された細菌は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍまたはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含むクラスターである。
ある特定の非限定的な実施形態では、検出された細菌は、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターである。
ある特定の非限定的な実施形態では、細菌は、対象を治療する前、例えば、ＨＳＣＴ前に検出される。
ある特定の非限定的な実施形態では、細菌は、対象を治療した後、例えば、ＨＳＣＴ後に検出される。ある特定の非限定的な実施形態では、細菌が治療後に検出されるとき、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターのうちの１つ以上の任意のレベルの検出は、癌の再発のリスクの低減の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌療法後に癌の再発があった第２の対象の腸管微生物叢の試料中のＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量よりも大きい対象における該細菌の存在量の検出は、癌の再発のリスクの低減の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌療法後に癌の再発がなかった第２の対象の腸管微生物叢の試料中のＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量よりも大きい対象における該細菌の存在量の検出は、癌の再発のリスクの低減の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌療法後に癌の再発があった第２の対象の腸管微生物叢の試料中のＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量よりも低い対象における該細菌の存在量の検出は、癌の再発のリスクが大きいことの指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌療法後に癌の再発がなった第２の対象の腸管微生物叢の試料中のＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量よりも低い対象における該細菌の存在量の検出は、癌の再発のリスクが大きいことの指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、対象の腸管微生物叢の試料中に存在する１つ以上の細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量を判定することを含み、この対象は、対象の微生物叢中の１つ以上の細菌の存在量または量が細菌参照レベルよりも大きいとき、癌の再発のリスクが低減すると診断または特定される。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌参照レベルは、腸管微生物叢中に存在する細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量であり、それを上回るレベルは、医師または当業者により判定される、癌の再発のリスクの低減の指標である。
１つの非限定的な例では、かかる参照レベルは、癌の再発がなかった、またはそのリスクが低減する、癌を有する対象の微生物叢中の該細菌の存在量である。
ある特定の非限定的な実施形態では、かかる参照レベルは、癌と診断されなかった、または癌を有するリスクが低減する健康な対象の微生物叢中の該細菌の存在量である。
ある特定の非限定的な実施形態では、かかる参照レベルは、本明細書に記載される１つ以上の細菌、または該１つ以上の細菌を含むクラスターを含む、対象の腸管微生物叢の試料中の細菌の総存在量のパーセントである。ある特定の非限定的な実施形態では、参照細菌レベルは、約０．１０〜５０％、約０．１５〜４５％、約０．５〜４０％、約１〜３５％、約１．５〜３０％、約２〜３０％、約２．５〜２５％、約３〜２０％、約３．５〜１５％、約４〜１０％、約４．５〜８％、約５〜６％、及び間の値である。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、対象の腸管微生物叢の試料中に存在する１つ以上の細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量を判定することを含み、この対象は、対象の微生物叢中の１つ以上の細菌の存在量または量が細菌参照レベルよりも低いとき、癌の再発のリスクが大きいと診断または特定される。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌参照レベルは、腸管微生物叢中に存在する細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量であり、それを下回るレベルは、医師または当業者により判定される、癌の再発のリスクが大きいことの指標である。
１つの非限定的な例では、かかる参照レベルは、癌の再発があった、またはそのリスクが大きい、癌を有する対象の微生物叢中の該細菌の存在量であり得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、癌の再発のリスクの増加の指標である対象の腸管微生物叢の試料中の細菌の存在量を判定することを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、細菌は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍである。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌療法後に癌の再発があった第２の対象の腸管微生物叢の試料中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量よりも大きい対象の該細菌の存在量の検出は、癌の再発のリスクの増加の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌療法後に癌の再発がなかった第２の対象の腸管微生物叢の試料中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量よりも大きい対象における該細菌の存在量の検出は、癌の再発のリスクの増加の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌療法後に癌の再発があった第２の対象の腸管微生物叢の試料中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量よりも低い対象における該細菌の存在量の検出は、癌の再発のリスクの低減の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌療法後に癌の再発がなかった第２の対象の腸管微生物叢の試料中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量よりも低い対象における該細菌の存在量の検出は、癌の再発のリスクの低減の指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、対象の腸管微生物叢の試料中に存在するＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌の存在量を判定することを含み、この対象は、対象の微生物叢中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量または量が細菌参照レベルよりも大きいとき、癌の再発のリスクが増加すると診断または特定される。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌参照レベルは、腸管微生物叢に存在するＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌の存在量であり、それを上回るレベルは、医師または当業者により判定される、癌の再発のリスクが大きいことの指標である。
１つの非限定的な例では、かかる参照レベルは、癌の再発があった、またはそのリスクが増加する、癌を有する対象の微生物叢中の該細菌の存在量であり得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、対象の腸管微生物叢の試料中に存在するＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌の存在量を判定することを含み、この対象は、対象の微生物叢中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量または量が細菌参照レベルよりも少ないとき、癌の再発のリスクが低減すると診断または特定される。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌参照レベルは、腸管微生物叢に存在するＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌の存在量であり、それを下回るレベルは、医師または当業者により判定される、癌の再発のリスクが低減することの指標である。
１つの非限定的な例では、かかる参照レベルは、癌の再発がなかった、またはそのリスクが低減する、癌を有する対象の微生物叢中の該細菌の存在量であり得る。
１つの非限定的な例では、かかる参照レベルは、癌と診断されなかった、または癌を有するリスクが低減する健康な対象の微生物叢中の該細菌の存在量であり得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、細菌は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含む細菌のクラスターである。かかる細菌のクラスターは、限定されないが、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、及びＰｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒを含む、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ及びＰｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科からの種を含み得る。ある特定の非限定的な実施形態では、クラスターは、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ及び／またはＳａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓをさらに含み得る。ある特定の非限定的な実施形態では、クラスターは、約４０％超、約５０％超、約６０％超、または約６５％超のＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含み得る。ある特定の非限定的な実施形態では、クラスターは、約１０％〜約２０％のＡｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ及びＰｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒの各々を含み得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、対象の腸管微生物叢の試料中に存在するＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含む細菌のクラスターの存在量を判定することを含み、この対象は、対象の微生物叢中にＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含む細菌のクラスターの存在量または量が細菌参照レベルよりも大きいとき、癌の再発のリスクが減少すると診断または特定される。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌参照レベルは、腸管微生物叢中に存在するＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含む細菌のクラスターの存在量であり、それを上回るレベルは、医師または当業者により判定される、癌の再発のリスクがより少ないことの指標である。１つの非限定的な例では、かかる参照レベルは、癌の再発があった、またはそのリスクが減少する、癌を有する対象の微生物叢中の該細菌の存在量であり得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、対象の腸管微生物叢の試料中に存在するＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含む細菌のクラスターの存在量を判定することを含み、この対象は、対象の微生物叢中にＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含む細菌のクラスターの存在量または量が細菌参照レベルよりも少ないとき、癌の再発のリスクが増加すると診断または特定される。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌参照レベルは、腸管微生物叢中に存在するＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含む細菌のクラスターの存在量であり、それを下回るレベルは、医師または当業者により判定される、癌の再発のリスクが増加することの指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、微生物叢の試料は、便試料または腸管内容物試料、例えば、直腸スワブである。
ある特定の非限定的な実施形態では、試料中に存在する細菌の存在量または量は、試料中に存在する細菌核酸、例えば、１６Ｓ ｒＲＮＡの存在量または量を測定することにより判定される。
ある特定の非限定的な実施形態では、試料中に存在する細菌の存在量または量は、細菌ＤＮＡのショットガン配列決定、細菌により保有される特定の遺伝子のＰＣＲ増幅、具体的に細菌により発現された転写物の定量的ＰＣＲ、細菌検出、細菌代謝物の代謝検出、細菌タンパク質のプロテオミクス検出の抗体に基づく方法により、及び／または微生物叢の試料を培養する方法により判定される。
ある特定の非限定的な実施形態では、微生物叢の試料は、対象が癌治療、例えば、ａｌｌｏ−ＨＳＣＴを受けた、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１日以上後に対象から収集される。ある特定の非限定的な実施形態では、微生物叢の試料は、対象が癌治療を受けた、最大１、２、３、４週間以上後、または最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月以上後に対象から収集される。ある特定の非限定的な実施形態では、微生物叢の試料は、対象が癌治療を受けた、最大１、２、３、４、５、６、７日以上前、または最大１、２、３、４週間以上前、または最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月以上前に対象から収集される。
５．２治療用細菌
ある特定の非限定的な実施形態では、本明細書に記載される組成物は、１つ以上の治療用細菌またはその芽胞、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ（例えば、３３３９７）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ（例えば、ＡＴＣＣ ３３２７０）、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ（例えば、ＤＳＭ ２１５０５）、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ（例えば、ＡＴＣＣ ８４８６）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ（例えば、ＪＣＭ １３３６９）、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ（例えば、ＤＳＭ １５４４９）、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ（例えば、ＤＳＭ ３９８９）、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ（例えば、ＤＳＭ １７２４４）、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ（例えば、ＡＴＣＣ ２３２６３）、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ（例えば、ＤＳＭ ２０４７５）、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ（例えば、ＤＳＭ ２３５６２）、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ（例えば、ＪＣＭ １４００６）、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ（例えば、ＡＴＣＣ ２９３２８）、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ（例えば、ＡＴＣＣ ４９７９５）、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ（例えば、ＡＴＣＣ ＢＡＡ−１６３１）、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ（例えば、ＡＴＣＣ ３３０８９）、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）Ｎｏ．３３３９７を有するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１８２８９．１（配列番号１３）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ Ｎｏ．３３２７０を有するＰａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１４３３８．１（配列番号１２）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ Ｎｏ．８４８６、５１９７６、もしくは１０８２５を有するＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１３２４８．１（配列番号１）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ Ｎｏ．２７８０６を有するＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿０４４７３１．２（配列番号１４）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＤＳＭＺ（Ｌｅｉｂｎｉｚ−Ｉｎｓｔｉｔｕｔ ＤＳＭＺ−Ｄｅｕｔｓｃｈｅ Ｓａｍｍｌｕｎｇ ｖｏｎ Ｍｉｋｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｅｎ ｕｎｄ Ｚｅｌｌｋｕｌｔｕｒｅｎ ＧｍｂＨ）寄託番号ＤＳＭ Ｎｏ．２１５０５を有するＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿０４１８９４．１（配列番号１５）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＤＳＭＺ寄託番号ＤＳＭ Ｎｏ．１７５９３を有するＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１２５５３．１（配列番号１６）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＤＳＭＺ寄託番号ＤＳＭ Ｎｏ．１５４４９を有するＤｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿０４２２０２．１（配列番号１７）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＤＳＭＺ寄託番号ＤＳＭ Ｎｏ．１７２４４を有するＡｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿０２７５６２．１（配列番号３）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ Ｎｏ．２３２６３を有するＰｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１２０９７．１（配列番号６）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＤＳＭＺ寄託番号ＤＳＭ Ｎｏ．２０４７５を有するＰｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿０２９２２１．１（配列番号２）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＤＳＭＺ寄託番号ＤＳＭ Ｎｏ．２３５６２を有するＡｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１３００９．１（配列番号５）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、Ｊａｐａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ （ＪＣＭ）Ｎｏ．１４００６を有するＳａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１５３４０．１（配列番号４）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ Ｎｏ．２９３２８を有するＦｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１３３８３．１（配列番号７）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１３３０３９．１（配列番号９）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ Ｎｏ．４９７９５を有するＧａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿０４０８４３．１（配列番号１０）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ Ｎｏ．ＢＡＡ−１６３１を有するＭｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１６３３１．１（配列番号８）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、１つ以上の治療用細菌は、例えば、ＡＴＣＣ Ｎｏ．３３０８９を有するＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、または例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＲ＿１１８７７９．１（配列番号１１）によって記載される、１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性、または該Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙからのＶ４領域などの１つ以上の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の可変領域を有する細菌を含む。
本発明の種々の非限定的な実施形態では、細菌は、植物もしくは休止状態で、芽胞として、またはこれらの混合物として投与され得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、本明細書に記載される治療用細菌は、例えば、１つ以上の外因性核酸を細菌に導入し、それにより、組換え細菌を産生することにより修飾され得る。かかる核酸は、例えば、抗生物質抵抗性遺伝子及び／または抗生物質感受性遺伝子を含み得る。本明細書に記載されるように、かかる組換え細菌が好ましい場合がある。
ある特定の非限定的な実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ， Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターは、精製された細菌、またはその芽胞もしくはその他の前駆体の形態で投与され得るか、ないしは別の方法で、任意選択で、１つ以上の種または追加の細菌のクラスター、例えば、プロバイオティック細菌、プロバイオティック酵母、プレバイオティック、ポストバイオティック、及び／もしくは抗生物質を含む、細菌の種類の混合物の成分として投与され得る。
非限定的な実施形態では、本発明は、本明細書に記載される薬学的組成物及びその治療的使用を提供し、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターのかかる形態を含み、任意選択で、１つ以上の種または追加の細菌のクラスター、例えば、プロバイオティック細菌、プロバイオティック酵母、プレバイオティック、ポストバイオティック、及び／もしくは抗生物質を含む。細菌は、液体、懸濁液、乾燥（例えば、凍結乾燥）粉末、錠剤、カプセル、または坐剤の形態で投与され得、経口、鼻腔胃、または直腸投与され得る。ある特定の非限定的な実施形態では、細菌は、食物製品、例えば、ヨーグルト食物製品で投与される。ある特定の非限定的な実施形態では、「食物製品」は、ヒトまたは非ヒト動物による摂取が意図される製品または組成物を意味する。かかる食物製品は、任意の食物、飼料、スナック、栄養補助剤、液体、飲料、おやつ、おもちゃ（咀嚼及び／または摂取可能おもちゃ）、代用食、または代替食を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、単離されたＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを含む組成物を提供する。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌は、対象に投与するための製剤で存在する。
他の非限定的な実施形態では、本組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、及びＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、からなる群から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、単離されたＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ細菌、単離されたＰａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ細菌、単離されたＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ細菌、単離されたＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ細菌、単離されたＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ細菌、単離されたＤｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ細菌、単離されたＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ細菌、単離されたＡｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ細菌、単離されたＰｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ細菌、単離されたＰｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ細菌、単離されたＡｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ細菌、単離されたＳａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ細菌、単離されたＦｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ細菌、単離されたＬｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ細菌、単離されたＧａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ細菌、単離されたＭｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ細菌、及び／または単離されたＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌を含む組成物を提供する。
いくつかの非限定的な実施形態では、該細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、及びＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙのうちの１つ以上であるが、代替えまたは追加の細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、またはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙのうちの任意の１つ以上を含むクラスターに存在する天然に生じ得る細菌、またはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、及び／またはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙタンパク質を発現するように操作された細菌が、本明細書に記載される組成物に含まれてもよい。
５．３組換え細胞
本発明は、本明細書に記載される、治療用組成物及びその治療的使用を提供し、これは、対象における癌の再発のリスクを低減する、及び／または癌の再発からの生存の可能性を増加させる。かかる治療用組成物は、例えば、治療用細菌、小分子、ポリペプチド、または核酸分子を含み得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、治療用組成物は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を低減し、かつ／または対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの増殖及び／もしくは成長を阻害する。
いくつかの非限定的な実施形態では、治療用組成物は、組換えＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスター、またはこれらの子孫を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、治療用組成物は、組換え細胞、またはその子孫、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターにより内因的に発現される、１つ以上のタンパク質を発現する組換え細胞を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、組換え細胞またはその子孫による抗生物質抵抗性遺伝子の発現は、限定されないが、β−ラクタム系抗生物質、クリンダマイシン、セファロスポリン、キノロン系抗生物質、レボフロキサシン、フルオロキノロン、マクロライド系抗生物質、トリペトプリム、及びスルホンアミド系抗生物質からなる群から選択される抗生物質などの該抗生物質に曝露することによって生じる組換え細胞の成長または生存の阻害を低減する。他の非限定的な実施形態では、組換え細胞は、前述の抗生物質以外の抗生物質に抵抗性である。
ある特定の非限定的な実施形態では、組換え細胞による抗生物質感受性遺伝子の発現は、該抗生物質に曝露することによって生じる組換え細胞の成長または生存の阻害を増加させる。ある特定の非限定的な実施形態では、かかる抗生物質は、β−ラクタム系抗生物質、クリンダマイシン、セファロスポリン、キノロン系抗生物質、レボフロキサシン、フルオロキノロン、マクロライド系抗生物質、トリペトプリム、及びスルホンアミド系抗生物質からなる群から選択される抗生物質を含み得るが、これらに限定されない。他の非限定的な実施形態では、組換え細胞は、前述の抗生物質以外の抗生物質に感受性である。
ある特定の非限定的な実施形態では、本明細書に記載される組換え細胞は、対象の再発のリスクを調節する代謝物、例えば、対象の癌の再発のリスクを低減するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、またはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙタンパク質の合成及び分泌を増加させる１つ以上の組換え遺伝子を発現する。
核酸の対象または細胞、例えば、腸管微生物叢の細菌細胞への送達は、直接的（この場合、対象または細胞、例えば、対象の腸管微生物叢の細菌細胞が核酸または核酸保有ベクターに直接曝露される）、または間接的（この場合、細胞、例えば、腸管微生物叢の単離された細菌細胞などの宿主細胞がインビトロで最初に核酸で形質転換され、その後対象に移植される）のいずれかであり得る。これらの２つのアプローチは、それぞれ、インシツまたはエクスビボ遺伝子療法として既知である。
遺伝子療法の方法の一般的な概説に関しては、Ｋｒｏｎ ａｎｄ Ｋｒｅｐｐｅｌ，Ｃｕｒｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ １２（５）：３６２−７３（２０１２）、Ｙｉ ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ １１（３）：２１８−２８（２０１１）、Ｇｏｌｄｓｐｉｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｙ １２：４８８−５０５（１９９３）、Ｗｕ ａｎｄ Ｗｕ，Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ ３：８７−９５（１９９１）、Ｔｏｌｓｔｏｓｈｅｖ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｏｘｉｃｏｌ．３２：５７３−５９６（１９９３）、Ｍｕｌｌｉｇａｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６０：９２６−９３２（１９９３）、Ｍｏｒｇａｎ ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６２：１９１−２１７（１９９３）、及びＭａｙ，ＴＩＢＴＥＣＨ １１（５）：１５５−２１５（１９９３）を参照されたい。使用され得る組換えＤＮＡ技術の分野において一般的に既知である方法は、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＮＹ（１９９３）及びＫｒｉｅｇｌｅｒ，Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ（１９９０）に記載されている。
ある特定の非限定的な実施形態では、核酸は、トランスフェクション、電気穿孔、マイクロ注入、リポフェクション、リン酸カルシウム媒介トランスフェクション、核酸配列を含有するウイルスもしくはバクテリオファージベクターを用いた感染、細胞融合、染色体媒介遺伝子移入、微小核媒介遺伝子移入、スフェロプラスト融合などを含むが、これらに限定されない、当該技術分野において既知の任意の方法により、得られた組換え細胞のインビボ投与前に、細胞、例えば、細菌宿主細胞に導入され得る。外来遺伝子の細胞への導入のための多くの技法が当該技術分野において既知であり（例えば、Ｌｏｅｆｆｌｅｒ ａｎｄ Ｂｅｈｒ，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：５９９−６１８（１９９３）、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：６１８−６４４（１９９３）、Ｃｌｉｎｅ，Ｐｈａｒｍａｃ．Ｔｈｅｒ．２９：６９−９２ｍ（１９８５）を参照されたい）、本開示により使用され得るが、但し、レシピエント細胞の必要な発達及び生理学的機能が破壊されないことを条件とする。通常、移入の方法は、選択可能マーカーの宿主細胞への移入を含む。次に、細胞は、取り込まれ、移入した遺伝子を発現しているそれらの宿主細胞を単離するために、選択下に置かれる。次に、それらの宿主細胞は、患者に送達される。
得られた組換え細胞またはその子孫は、当該技術分野において既知の種々の方法によって患者に送達され得る。使用に想定される細胞の量は、所望の作用、患者の状態などに依存し、当業者により決定され得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、「ベクター」及び「発現ベクター」という用語は、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列（例えば、外来遺伝子）が、宿主を形質転換し、導入された配列の発現（例えば、転写及び翻訳）を促進するように宿主細胞に導入され得るビヒクルを意味する。ベクターは、プラスミド、ファージ、ウイルスなどを含む。本明細書で使用される場合、「治療用ベクター」は、動物、具体的にはヒトへの投与に許容可能であるベクターを指す。
ベクターは、典型的には、外来ＤＮＡが挿入される伝染性物質のＤＮＡを含む。ＤＮＡの１つのセグメントを別のＤＮＡのセグメントに挿入するための一般的な方法は、制限部位と呼ばれる特定の部位（ヌクレオチドの特定の基）でＤＮＡを切断する制限酵素と呼ばれる酵素の使用を伴う。一般的に、外来ＤＮＡは、ベクターＤＮＡの１つ以上の制限部位で挿入され、次に、伝染性ベクターＤＮＡと共にベクターにより宿主細胞に運ばれる。発現ベクターなどの挿入または付加されたＤＮＡを有する、ＤＮＡのセグメントまたは配列は、「ＤＮＡ構築物」と呼ばれる場合もある。ベクターの一般的な種類は、「プラスミド」であり、これは、一般的に、追加（外来）のＤＮＡを受け入れることができ、また好適な宿主細胞に導入され得る、通常細菌起源の２本鎖ＤＮＡの自蔵分子（ｓｅｌｆ−ｃｏｎｔａｉｎｅｄ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）である。プラスミドベクターは、コードＤＮＡ及びプロモーターＤＮＡも含有し得、外来ＤＮＡを挿入するのに好適な１つ以上の制限部位を有する。コードＤＮＡは、特定のタンパク質または酵素のための特定のアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列である。プロモーターＤＮＡは、コードＤＮＡの発現を開始、調節、またはさもなければ媒介もしくは制御するＤＮＡ配列である。プロモーターＤＮＡ及びコードＤＮＡは、同じ遺伝子から、または異なる遺伝子からのものであってもよく、同じまたは異なる生物からのものであってもよい。プラスミド及び真菌ベクターを含む多数のベクターが様々な真核及び原核宿主における複製及び／または発現に関して記載されている。非限定的な例としては、本明細書に開示もしくは引用される、またはさもなければ関連技術分野の当業者に既知の方法を使用した、ｐＫＫプラスミド（Ｃｌｏｎｅｔｅｃｈ）、ｐＵＣプラスミド、ｐＥＴプラスミド（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、ｐＲＳＥＴプラスミド（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、ｐＣＤＮＡ３プラスミド（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐＲＥＰプラスミド（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、またはｐＭＡＬプラスミド（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，Ｍａｓｓ．）、及び多くの適切な宿主細胞が挙げられる。組換えクローニングベクターは、多くの場合、クローニングまたは発現のための１つ以上の複製系、宿主における選択のための１つ以上のマーカー（例えば、抗生物質抵抗性）、及び１つ以上の発現カセットを含む。
好適なベクターは、例えば、様々な真核及び原核宿主における発現に関して記載されている、当該技術分野において典型的に使用される、バクテリオファージ、コスミド、プラスミド、裸ＤＮＡ、ＤＮＡ脂質複合体、及び他の組換えビヒクルを含み、遺伝子療法ならびに単純なタンパク質発現に使用され得る。
５．４薬学的組成物
ある特定の非限定的な実施形態では、本開示は、例えば、本明細書に記載される治療用細菌など、本明細書に記載される治療用組成物を含む、本明細書に記載される薬学的組成物及びその治療的使用を提供する。かかる薬学的組成物は、安定化化合物または追加の治療薬などの少なくとも１つの他の薬剤、例えば、プロバイオティック、プレバイオティック、ポストバイオティック、及び／または抗生物質をさらに含み得、生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、グリセロール、ポリエチレングリコール、及び水を含むが、これらに限定されない任意の減菌された生体適合性薬学的担体で投与され得る。本組成物は、液体、または凍結乾燥もしくはフリーズドライ形態であり得る。いくつかの非限定的な実施形態では、製剤は、好適なｐＨ値及びイオン強度を有する希釈剤（例えば、トリス、クエン酸、酢酸またはリン酸緩衝剤などの緩衝剤）、ポリソルベート（例えば、Ｔｗｅｅｎ（登録商標））などの溶解剤、ヒト血清アルブミンなどの担体、またはゼラチンを含む。場合によって、組成物中の生物の生存能に影響を及ぼさない保存剤が含まれてもよい。保存剤の例としては、チメローサル、パラベン、塩化ベンジルアルコニウム、またはベンジルアルコール、酸化防止剤（アスコルビン酸または二亜硫酸ナトリウムなど）、及び他の成分（リジンまたはグリシンなど）が挙げられる。特定の組成物の選択は、治療される状態、投与経路、及び所望の薬物動態パラメータを含む、いくつかの因子に依存する。薬学的組成物に好適な成分のより広範な調査は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ ｅｄ．Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ，ｅｄ．Ｍａｃｋ，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ（１９８０）に見出される。
ある特定の非限定的な実施形態では、本開示の方法及び組成物は、対象における癌の再発のリスクの低減、及び／または癌の再発を有する対象における生存の可能性の増加に用途を見出す。かかる治療用細菌は、薬学的に許容される担体で患者に投与される。最終的に選択される投与経路は、いくつかの因子に依存し、当業者によって確認され得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、本開示の薬学的組成物は、経口、鼻腔胃、または直腸投与に好適な投薬量で、当該技術分野において周知の薬学的に許容される担体を使用して製剤化され得る。かかる担体は、薬学的組成物を、治療される患者による経口、直腸、または経鼻摂取用に、錠剤、ピル、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして製剤化することを可能にする。いくつかの非限定的な実施形態では、製剤は、胃腸送達用に製剤化されたカプセルまたは錠剤、例えば、腸溶コーティングされたカプセルまたはピルを含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本開示の使用に好適な薬学的組成物は、活性成分が意図される目的を達成するように有効量で含有される組成物を含む。量は、個体によって変動し、患者の全体的な身体状態、例えば、癌の再発の重症度及び程度、癌細胞成長、ならびに／または腫瘍成長を含む、いくつかの因子に依存する。
ある特定の非限定的な実施形態では、本開示の組成物は、予防的及び／または治療処置のために投与され得る。例えば、代替えの非限定的な実施形態では、本開示の薬学的組成物は、癌の再発、例えば、癌細胞成長及び／もしくは癌細胞の存在、ならびに／または腫瘍成長及び／もしくは腫瘍の存在及び／または腫瘍体積を治療、予防、及び／または改善するのに十分な量で投与される。医療分野において周知であるように、任意の１人の患者の投薬量は、疾患または状態の段階、疾患または状態の重症度、患者の大きさ、身体表面積、年齢、投与される特定の化合物、性別、投与時間及び経路、一般的な健康、ならびに同時に投与される他の薬物を含む、多くの因子に依存する。
したがって、ある特定の非限定的な実施形態では、治療用細菌は、単独で、または癌の再発もしくはその症状の治療または予防、あるいは賦形剤（複数可）または他の薬学的に許容される担体と混合される薬学的組成物において使用される、１つ以上の他の薬物、ヌクレオチド配列、生活様式の変更などと組み合わせて患者に投与され得る。
製剤の単一または複数投与が、必要に応じて、及び患者によって忍容される投薬量及び頻度により与えられてもよい。ある特定の非限定的な実施形態では、製剤は、本明細書に記載される、癌の再発、またはその症状もしくは合併症を効果的に治療、予防、または改善する十分な量の活性剤を提供するべきである。
５．５治療方法
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、対象における癌の再発のリスクを低減する、ならびに／またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させる、ならびに／またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの増殖及び／もしくは成長を阻害する方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に、本明細書に記載される有効量の組成物、例えば、組換え細胞及び／または１つ以上の治療用細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを含む組成物を投与することを含む。
かかる治療または組成物を必要とする対象は、本明細書に記載される、癌の再発があった対象、及び／または癌の再発のリスクが大きいと判定された癌患者を含む。
癌の再発のリスクが大きい対象は、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）（例えば、同種または自家ＨＳＣＴ）、骨髄移植、及び／または臍帯血もしくは臍帯幹細胞移植を受けた個体を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、移植は、Ｔ細胞豊富である。ある特定の非限定的な実施形態では、移植は、Ｔ細胞除去される。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌の再発のリスクを低減するため、及び／または癌の再発からの生存の可能性を向上させるための方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に、本明細書に記載される有効量の組成物または治療用細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを投与することを含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本明細書に記載される組成物または治療用細菌の有効量は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を低減する、及び／または対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの増殖及び／もしくは成長を阻害する量である。
癌の再発からの生存の可能性の増加は、癌細胞成長及び／もしくは癌細胞増殖、ならびに／または腫瘍成長、及び／もしくは腫瘍体積、及び／もしくは腫瘍の存在、ならびに／または微小残存病変の検出可能な量の減少を指す。癌の再発の重症度の低減、または癌の再発からの生存の可能性の増加は、癌の症状または徴候、例えば、限定されないが、体重減少、熱、疲労、及び／または疼痛の改善をもたらし得る。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌の再発のリスクを低減する、ならびに／または癌の再発からの生存の可能性を増加させる、ならびに／またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させる、ならびに／または対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの増殖及び／もしくは成長を阻害する方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に有効量のプロバイオティックを投与することを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、プロバイオティックは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ細菌、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、プロバイオティックは、対象に再導入される内因性フローラ（例えば、自家便微生物叢移植片）を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌の再発のリスクを低減する、ならびに／または癌の再発からの生存の可能性を増加させる、ならびに／またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させる、ならびに／または対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの増殖及び／もしくは成長を阻害する方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に有効量のプレバイオティックを投与することを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、プレバイオティックは、対象におけるＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの成長、増殖、及び／または生存を促進する。
ある特定の非限定的な実施形態では、療法は、対象にプレバイオティックを投与することを含み、このプレバイオティックは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの成長及び生存を増加させる１つ以上の薬剤、例えば、栄養補助剤を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、プレバイオティックは、吸収されにくい複合糖質、オリゴ糖、インスリン型フルクタン、またはアラビノキシランのうちの１つ以上を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌の再発のリスクを低減する、ならびに／または癌の再発からの生存の可能性を増加させる、ならびに／またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させる、ならびに／または対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの増殖及び／もしくは成長を阻害する方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に有効量のポストバイオティックを投与することを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、ポストバイオティックは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターにより発現される、タンパク質などの１つ以上の薬剤を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、ポストバイオティックは、細菌代謝物、例えば、抗炎症作用を促進する代謝物を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、ポストバイオティックは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの培養からの培地を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、ポストバイオティックは、酪酸もしくは類似する酸などの単鎖脂肪酸、または二次胆汁酸を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌の再発のリスクを低減する、ならびに／または癌の再発からの生存の可能性を増加させる、ならびに／またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させる、ならびに／または対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの増殖及び／もしくは成長を阻害する方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に有効量の抗生物質を投与することを含む。ある特定の実施形態では、抗生物質は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍに選択的である。ある特定の非限定的な実施形態では、抗生物質は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターを標的としない。例えば、ある特定の非限定的な実施形態では、本発明の方法は、組換えＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターと共に、対象に抗生物質を投与することを含み、この組換え細胞は、細胞が組換え細胞と共に投与された抗生物質に抵抗性であるように抗生物質抵抗性遺伝子を発現する。ある特定の非限定的な実施形態では、抗生物質は、ペニシリン、バンコマイシン、及び／またはリネゾリド抗生物質を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、本発明は、癌の再発のリスクを低減する、ならびに／または癌の再発からの生存の可能性を増加させる、ならびに／またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させる、ならびに／または対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの増殖及び／もしくは成長を阻害する方法を提供し、本方法は、かかる治療を必要とする対象に、有効量の癌療法、例えば、癌性細胞もしくは組織を除去するための手術、放射線療法、化学療法、免疫療法（例えば、限定されないが、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＣＤ５２及び／またはＣＤ２０に対して指向される抗体、ならびにインターフェロン及びインターロイキンなどのサイトカイン）、幹細胞療法、及び／または細胞療法（例えば、限定されないが、ＣＡＲ修飾Ｔ細胞及び他の抗原特異的Ｔ細胞）を施すことを含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、かかる方法は、癌と診断された対象の腸管微生物叢の試料中に存在する１つ以上の細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、もしくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、細菌、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量を判定することを含み、この対象は、対象の微生物叢中の１つ以上の細菌の存在量または量が細菌参照レベルよりも低いとき、癌の再発のリスクが大きいと診断または特定される。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌参照レベルは、腸管微生物叢中に存在する細菌、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在量であり、それを下回るレベルは、医師または当業者により判定される、癌の再発のリスクが大きいことの指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、かかる方法は、癌と診断された対象の腸管微生物叢の試料中に存在するＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌の存在量を判定することを含み、この対象は、対象の微生物叢中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量または量が細菌参照レベルよりも大きいとき、癌の再発のリスクが大きいと診断または特定される。いくつかの非限定的な実施形態では、細菌参照レベルは、腸管微生物叢中に存在する細菌、例えば、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在量であり、それを上回るレベルは、医師または当業者により判定される、癌の再発のリスクが大きいことの指標である。
ある特定の非限定的な実施形態では、癌の再発のリスクが大きいと判定された対象は、治療後の再発に関してより頻繁にかつ／または長期間監視されてもよく、造血幹細胞移植、例えば、限定されないが、癌性細胞もしくは組織を除去するための手術、放射線療法、化学療法、免疫療法（例えば、限定されないが、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＣＤ５２及び／またはＣＤ２０に対して指向される抗体、ならびにインターフェロン及びインターロイキンなどのサイトカイン）、幹細胞療法、及び／または細胞療法（例えば、限定されないが、ＣＡＲ修飾Ｔ細胞及び他の抗原特異的Ｔ細胞）に加えて、またはその代替えとして治療レジメンを施されてもよい。
５．６キット
ここに開示される主題は、対象を、癌の再発のリスクが大きいまたは低減すると診断するためのキットを提供し、このキットは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターの存在を検出するための１つ以上の薬剤を含む。ある特定の非限定的な実施形態では、薬剤は、該細菌に特異的な核酸プライマーを含む。ある特定の非限定的な実施形態では、核酸プライマーは、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列決定に特異的である。
ここに開示される主題は、癌の再発のリスクが大きい対象、または癌が再発した対象を治療するためのキットを提供する。ある特定の非限定的な実施形態では、キットは、本明細書に記載される１つ以上の治療用組成物または細胞、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、これらの組み合わせ、または前述の細菌のうちのいずれか１つ以上を含むクラスターからなる群から選択される治療用細菌を含む。
ある特定の非限定的な実施形態では、キットは、治療用組成物または細胞を投与するための指示書を含む。指示書は、癌の再発のリスクを低減するための、または癌の再発を免れる可能性を増加させるための組成物または細胞の使用についての情報を含み得る。ある特定の非限定的な実施形態では、指示書は、治療用組成物もしくは細胞の説明；投薬スケジュール及び投与；注意；警告；適応症；禁忌；過量情報；有害反応；動物薬理学；臨床研究；ならびに／または参照のうちの少なくとも１つを含む。指示書は、細胞を含む容器（存在するとき）上に直接、または容器に適用されるラベルとして、または容器に、もしくは容器と共に供給される別個のシート、パンフレット、カード、もしくはホルダーとして印刷され得る。
ここに開示される主題は、本発明の例として提供されるが、制限するものではない、以下の実施例を参照することによってより良く理解される。実施例１〜３は、癌患者の重複集団における癌の再発のリスクの低減に関連する腸管フローラの特定を記載する。
実施例１：ある特定の腸管フローラは、癌患者における癌の再発のリスクに関連する。
方法
本実施例では、バイオマーカー発見アプローチが適用され、未修飾（Ｔ細胞豊富）同種移植片を受けた１６０人の成人の後向き観察分析が行われた。患者は、便生体試料収集プロトコルに予め登録された。この分析に関して、我々は、ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後の最初の３週間の間に少なくとも１つの検体を提供した患者を選んだ。このコホートにおける原因疾患は、ＡＭＬ（３７％）、非ホジキンリンパ腫（３３％）、ＡＬＬ（８％）、ＭＤＳ（７％）、ＣＬＬ（６％）、ホジキンリンパ腫（６％）、ＣＭＬ（２％）、及び骨髄増殖性腫瘍（２％）であった。患者の平均年齢は、５２歳であった（２１〜７５の範囲）。彼らは、切除（１７％）、強度低減（６４％）、及び非骨髄破壊（１９％）レジメンで前処置された。彼らは、臍帯血（４６％）、血縁関係がない成人（３３％）、または血縁関係にある成人（２２％）から移植片を受けた。成人移植片の中で、９２％が末梢血からであり、８％が骨髄からであった。この患者群は、「患者フローラコホート」である。
３０９人の成人患者の第２群も分析した。表１は、このコホートの原因疾患、ならびに受けた同種移植片の種類、及び前処置レジメンを記載する。
各便試料における細菌種の調査は、前述のように（Ｊｅｎｑ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｌ Ｂｏｎｅ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２１：１３７３−１３８３ ２０１５）、１６Ｓ ｒＲＮＡディープシーケンシングのｑＰＣＲにより生成された。簡潔に、各便検体に関して、前述のプロトコルに基づき、機械的な破壊（ビーズ破砕）によるフェノール−クロロホルム抽出技法を使用してＤＮＡを精製した。４５４ ＧＳ ＦＬＸ Ｔｉｔａｎｉｕｍプラットホーム（４５４ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｂｒａｎｆｏｒｄ，ＣＴ）を使用して、細菌１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１〜Ｖ３領域を配列決定することにより、患者フローラコホートからの試料を分析した。
配列データを収集し、ｍｏｔｈｕｒバージョン１．３４を使用して処理し、品質のためにスクリーニング及び選定し、その後、Ｇｒｅｅｎｇｅｎｅｓ参照データベースの修飾形態を使用して種レベルに分類した。９７％の類似性を有する操作的分類単位の逆シンプソン指数及びシャノン多様性指数を使用して、細菌の多様性を定量化した。開発者による原著に記載されるように、２．０の対数線形判別分析カットオフを使用して、線形判別分析効果量分析を使用して、分類学的存在量比較を行い、同種造血幹細胞移植後の癌の再発のバイオマーカーを特定した。
経時的な細菌存在量の曲線下面積が各細菌分類群に対する各患者の累積曝露の基準として使用された。効果量の線形判別分析（ＬＥｆＳｅ；例えば、Ｓｅｇａｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１１）を使用して、ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後１年以内の疾患の再発または進行の転帰の関連に関して、頻度＞１％で存在する各患者の細菌分類群を評価した。
結果
再発のリスクとの細菌の関連は、コックス単変量回帰により定量化された。分類群の中で、再発のリスクと最も顕著に関連したのはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、及びＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓを含むヒト口腔フローラのメンバーであった（図２）。中央存在量による患者の層別化後、我々は、この細菌の存在量が高いものは移植後の再発がより少ないことを見出した（ｐ＝０．００１４）。細菌Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの存在量が高い患者も移植後の再発がより少なかった（図２、４Ａ、４Ｂ、及び７）。Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａは、歯垢において一般的に見出される口腔種である、グラム陽性の嫌気性球菌の「ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ」であり、ＴＮＦ−α、ＩＬ−６、及びＩＬ８のマクロファージ産生を刺激し、ＮＦ−ｋＢの上流であるＮＯＤ２受容体を刺激し得る（Ｍａｒｃｈｅｓａｎ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｏｒａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ２０１５ Ｖｏｌｕｍｅ ３１，Ｉｓｓｕｅ ３，Ｊｕｎｅ ２０１６，Ｐａｇｅｓ ２４３−２５８）。Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａもＦｃ結合タンパク質を作製する。Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａは、Ｔ細胞豊富な非臍帯移植片を受けた（図５及び７）、及び骨髄破壊前処置後（図６）の患者において再発の欠如と最も良く相関した。加えて、それぞれ、細菌Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｉｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ及びＳｔｒｅｐｔｉｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓの存在量が高い患者（図７）も再発率が低かった。我々は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍなどの再発のリスクの増加に関連する細菌（ｐ＝０．０１０３）も特定した（図２及び７）。加えて、ある特定の細菌は、コックス単変量回帰により判定される、ＧＶＨＤ関連の死亡のリスクの低減に関連した（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）か、またはＧＶＨＤ関連の死亡のリスクの増加に関連した（例えば、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ及びＤｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ）（図８）。
これらの細菌は、このコホートにおいて再発に関連した３つの因子：洗練された疾患リスク指数（ＲＤＲＩまたはＤＲＩ、Ａｒｍａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ．２０１４ Ｊｕｎ ５；１２３（２３）：３６６４−７１）、前処置強度、及び移植片源（臍帯血対成人ドナー）を調整した多変量コックスモデルにおいて、バイオマーカーとして評価され、図３は、細菌存在量がこれらの調整がなされた後の再発を予測することを示す。
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓは、３つ全ての因子を調整した多変量モデルにおいて再発を予測した（ＨＲ ０．３９、９５％ＣＩ ０．１６〜０．９６、ｐ＝０．０４１）。Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍは、ＲＤＲＩ及び前処置強度を調整したモデルにおいて再発を予測したが、追加で移植片源を調整したモデルにおいて予測することができなかった。
出願者は、以前、細菌の多様性の低さがａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後の全体的な生存の減少に関連すると報告した（Ｔａｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ．２０１４ Ａｕｇ １４；１２４（７）：１１７４−８２）。上述の１６Ｓ遺伝子配列決定により行われた３０９人の患者からの便試料の組成分析後の相互シンプソン多様性指数（ｐ＞０．１）を使用して、細菌の多様性が定量化された。意外にも、本研究において、出願者は細菌の多様性と癌の再発との間に関連を見出さなかった。（図１）。
よって、この後向き分析の結果は、ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後の再発と腸管フローラにおけるある特定の細菌種の存在量またはＯＴＵとの間の関連を特定した。したがって、これらのデータは、かかる種またはＯＴＵの検出が、癌、例えば、ＨＳＣＴの治療を受けた患者が癌の再発のリスクが増加するかを評価するために使用され得る。
実施例２：癌患者の腸管フローラにおけるＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉの存在量は癌の再発のリスクの低減に関連する
方法
同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）を受けた６１３人の成人癌患者の２，３９１の毎週の便試料を３週間にわたって収集し、実施例１によって記載されるように分析し、試料中に存在する細菌のレベルを判定した。この実施例では、細菌１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のＶ４〜Ｖ５領域が配列決定された。ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後０〜２１日目から試料を収集した。１４７人の患者が本試験から除外されたため、４６６人の患者の最終コホートが分析された。４６６人の患者コホートの特徴は表２に提供される。コホートは、ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後３６ヶ月以内に２６％の癌の再発率を呈した（図９）。
結果
これらの実験からのデータは、腸管フローラの多様性がａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後の全体的な生存を予測するが、再発を予測しないという発見をさらに支持する。経時的な細菌存在量の曲線下面積が各細菌分類群に対する各患者の累積曝露の基準として使用された。２，０１８の操作的分類単位（ＯＴＵ）が全試料にわたって特定された。患者の＞１０％において、＞０．０１％の存在量で存在するＯＴＵのみが考慮された（図１０）。患者は、再発事象が等しい分布で発見及び検証組（ｎ＝２３２及びｎ＝２３４）に分けられた。コックス回帰モデルを使用して、発見組における再発との関連に関して、１９４ＯＴＵの存在量−ＡＵＣを評価した（図１１）。３．４×１０−５のカットオフ閾値は、ｐ値を最小にするために、発見組において系統的に選択され（Ｃａｍｐ，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００４）、これは、次いで、検証組に適用された。このカットオフにより、約８５％が細菌の存在量が低く（再発と相関した）、１５％が存在量が高い（再発の欠如と相関した）結果となった。Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉの存在量は、発見及び検証組の両方においてより少ない再発に関連すると特定された（図１２Ａ及び１２Ｂ）。
Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉは、このコホートにおいて、再発と関連した３つの因子：洗練された疾患リスク指数（ＲＤＲＩ、Ａｒｍａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ ２０１４）、前処置強度、及び移植片源を調整した多変量コックスモデルにおいて、バイオマーカーとして評価された。Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉは、ＲＤＲＩを調整した多変量モデルにおいて再発を予測した（図１３）。さらに、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉのより少ない再発との関連は、主に、Ｔ細胞豊富移植に関連した（図１４Ａ及び１４Ｂ）。したがって、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉの存在は、患者に適切な治療の選択に使用され得る。例えば、腸管フローラに存在するＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉのレベルが高い患者は、Ｔ細胞豊富移植で治療されるとき、再発のリスクが低減する。そのため、腸管フローラに存在するＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉのレベルが増加した患者は、Ｔ細胞豊富移植での治療の候補である（Ｔ細胞除去移植など、他の移植形態とは対照的に）。
加えて、種々の腸管細菌は再発及びＧＶＨＤ関連の死亡にも関連した（図１５Ａ及び１５Ｂ）。特に、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓは、ＧＶＨＤ関連の死亡及び再発に関連した（図１６）。Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓは、ＧＶＨＤ関連の死亡及び再発の欠如に関連し（図１６及び１７）、Ｂｌａｕｔｉａは、再発及びＧＶＨＤ関連の死亡の欠如に関連した（図１６）。
実施例３：癌患者の腸管フローラにＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを含む細菌のクラスターの存在量は疾患の進行及び癌の再発のリスクの低減に関連する
方法
同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）を受けた５４１人の成人癌患者の便試料を収集し、１６Ｓリボソームシーケンシングを使用して配列決定した。患者は、便生体試料収集プロトコルに予め登録された。各患者は、ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ後の最初の２１日以内に収集された、配列決定された試料を有した。５４１人の患者コホートの特徴は表３に提供される。２年の分析期間の間に、１３８の再発／ＰＯＤ事象（発生率２５．５％）があった。
以前に自家幹細胞移植を受けた患者が含まれた。非悪性適応症を有する患者及び洗練された疾患リスク指数（Ａｒｍａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ ２０１４；１２３：３６６４−７１）により分類されなかった稀な疾患を有するものは除外された。除外された患者は表４に詳述される。前処置レジメンは、骨髄破壊の強度により分類された（Ｂａｃｉｇａｌｕｐｏ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｌ Ｂｌｏｏｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２００９；１５：１６２８−３３）。
最初の便試料は、２００９年８月２９日に収集された。２０１５年５月１４日までに収集した評価可能な試料を有する継続患者がこの研究に考慮された。臨床データは、施設内臨床研究データベースから得た。主要な転帰は、手作業での電子医療記録の審査により、２０１５年６月〜２０１５年１０月に分析された。フォローアップの２年以内に移植センター外に看護を移した患者に関しては、転帰は患者の治療医師との電話でのインタビューにより評価された。本明細書に報告される変数に関して、データの欠落はなかった。
研究期間の間、８７７人の成人が最初のａｌｌｏ−ＨＣＴのために移植センターに入院した。これらのうち、５６２人の患者（６４．１％）が、ａｌｌｏ−ＨＣＴ後３週間と定義された試料採取期間中に収集された評価可能な便微生物叢の試料を有した。移植片が微生物叢に曝露された時間期間がＧＶＴに関連する因子の検出を容易にするだろうと考えられたため、移植後試料はこの実施例の焦点であった。試料採取期間の期間は、利用可能な試料の相対的な均一性が移植後３週間までのため、選択された。これらの５６２人の患者は適格性に関して評価された。表４に詳述されるように、２１人の患者が除外された。したがって、分析コホートは、５４１人の患者からなった。
便試料は、添加物を加えずに凍結貯蔵された。ＤＮＡは、５４１人の患者からの２，３０３の便試料から抽出された（患者当たり平均４．３）。ゲノム１６Ｓリボソーム−ＲＮＡ Ｖ４〜Ｖ５可変領域を増幅し、前述のようにＩｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑプラットホームで配列決定した。（Ｊｅｎｑ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｌ Ｂｌｏｏｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２０１５；２１：１３７３−８３、Ｔａｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ ２０１４；１２４：１１７４−８２）。２，３０３の便試料のうち、１，１８６の試料はａｌｌｏ−ＨＣＴ直後の３週間の試料採取期間中に収集され、追加の６４８の試料は、試料採取期間前の週またはその後の週の間に収集された（「隣接」期間）。これらの１，８３４の試料（患者当たり平均３．４）からの配列データを使用して、時間加重平均細菌存在量を計算した（図１８Ａ及び１８Ｂ）。各時間期間中に収集された試料の数は表５に詳述される。
＞９７％の同一性を有する品質に関して選定された配列を、ＮＣＢＩ １６ＳリボソームＲＮＡ配列データベース（２０１５年１２月４日公開版）に対して種レベルに分類されたＯＴＵにクラスター化した（Ｅｄｇａｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０１３；１０：９９６−８を参照されたい）。（Ｔａｔｕｓｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ａｂｏｕｔ Ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ Ｔｏｏｌｓ．Ｔｈｅ ＮＣＢＩ Ｈａｎｄｂｏｏｋ［Ｉｎｔｅｒｎｅｔ］．２ｎｄ ｅｄ：Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ （ＵＳ）；２０１４を参照されたい）。各患者のＯＴＵの時間加重平均存在量は、前述のもの（Ｆａｌｃａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｏｎｃｏｌ ２００５；９７：５２９−３４、Ｏｕｄａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００４；２２：９５７９）に類似する測定基準を使用して、台形法（図１８Ａ）を使用して計算された。患者のうちの４２０人（７７．６％）に関して、少なくとも１つの追加の試料が試料採取期間前の週及び／またはその後の週から入手可能であった（すなわち、６４７の隣接試料）。これらの患者に関して、隣接試料は、試料採取期間の境界に存在量ベクターを補間するために使用された（図１８Ｂ）。単一試料の移植前分析では、患者当たり２つ以上の試料が入手可能であった場合、−１０日目に最も近くに収集された試料が分析に選択された。研究を通して、存在量は、単一移植前試料の分析において示される場合を除き、３週間の移植後試料採取期間にわたるログ変換時間加重平均を指す。微生物叢の特徴の存在または不在は２値変数として分析され、任意の存在量のカットオフは＞０であった。
系統樹は、関連ＯＴＵ（ｃｒＯＴＵ）のクラスターを導くために構築された。系統樹は、首尾よく整合されたデータセットの３，９５２（合計４，１００の９６．４％）のＯＴＵの配列整合から、Ｑｕａｎｔｉｔｉａｔｉｖｅ Ｉｎｓｉｇｈｔｓ Ｉｎｔｏ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｅｃｏｌｏｇｙ （ＱＩＩＭＥ）ソフトウェアパッケージ（Ｃａｐｏｒａｓｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０１０；７：３３５−６を参照されたい）のＦａｓｔＴｒｅｅアルゴリズム（Ｐｒｉｃｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｅｖｏｌ ２００９；２６：１６４１−５０）を使用して構築された。同じ門のメンバーは一緒に群化され、木が標準的な分類学と広く一致したことを示す。
得られた木は、３，９５１の節を含有し、その各々は、関連するＯＴＵ（すなわち、ｃｒＯＴＵ）のクラスターを表す。各ｃｒＯＴＵの存在量は、そのメンバーＯＴＵの存在量の合計として計算された。標準的な分類学に対するこのアプローチの潜在的な利点は以下を含み得る：（１）１６Ｓ ｒＲＮＡ配列類似性が表現型の形質よりも進化的近接のより良い基準であり得る、及び（２）目、科、及び属などの標準的な分類学的レベルよりも細菌群化の分解能がより微細である。
統計分析
研究された主要な転帰は、疾患特異的基準による疾患の再発または進行（ＰＯＤ）までの時間であった。微小残存病変の検出は、フローサイトメトリー、Ｘ線検査、または分子結果が療法の開始、ドナーリンパ球の注入、または免疫抑制療法からの離脱により臨床的に作用したとき、再発／ＰＯＤ事象としてスコア化された。
ａｌｌｏ−ＨＣＴ後の死亡原因は、統一基準により割り当てられた。（Ｃｏｐｅｌａｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｌ Ｂｌｏｏｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２００７；１３：１４６９−７６を参照されたい）。研究を通して、ランドマーク分析は、微生物叢の試料採取期間の終了から事象開始までの時間を考慮するために適用され、指定日の２１日目前に転帰を有する患者は、その転帰の分析から除外された。統計分析はＲソフトウェアを使用して行われた。（Ｒ Ｃｏｒｅ Ｔｅａｍ，Ｒ：Ａ Ｌａｎｇｕａｇｅ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ．Ｖｉｅｎｎａ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ：Ｒ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ；２０１５を参照されたい）。
５４１人の患者コホートは、一時的に発見（ｎ＝２７１）組に、そして経時的に移植の中央日である２０１３年２月１３日に検証（ｎ＝２７０）組に分けられた。一時的な検証は、バイオマーカー分析用の単一施設データセットを分けるための最も厳密な方法と見なされた。（Ａｌｔｍａｎ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＪ ２００９；３３８：ｂ６０５を参照されたい）。発見組において、８５の再発／ＰＯＤ事象（３１．３％）があり、検証組において、６３の再発／ＰＯＤ事象（発生率２３．３％）があった。患者の＞１０％において＞０．０１％の存在量選定基準を満たした微生物叢の特徴は、原因別コックス比例ハザード多変量回帰モデルを使用して、再発／ＰＯＤとの関連に関して、発見組において評価された。多変量モデルは、ＲＤＲＩ、前処置強度、及び移植片源に関して調整された。原因別コックス比例ハザード多変量回帰モデルを使用して、微生物叢と転帰との間の関連を評価した。
原因別一致の確率は、Ｒパッケージ「ｐｅｃ」を使用して、競合リスクの存在下で計算された。（Ｗｏｌｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ（Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ）２０１４；１５：５２６−３９）。再発／ＰＯＤ、移植関連の死亡、及びＧＶＨＤの累積発生率は、競合−リスク方法を使用して判定された。再発／ＰＯＤを考慮した競合リスクは、再発／ＰＯＤを伴わない死亡であった。移植関連の死亡の競合リスクは再発であった。ＧＶＨＤの競合リスクは、ＧＶＨＤを伴わない再発及び死亡であった。２年のフォローアップ後に生存している患者を検閲した。時間対事象曲線は、競合−リスク累積−発生率関数を使用して描かれた。統計的有意性は、別途指示される場合を除き、原因別比例ハザードを使用して評価された。多重検定に関して調整は行われなかった。３つの試験（最良のｃｒＯＴＵ、次に最良のｃｒＯＴＵ、及び最良の個々のＯＴＵ）が検証組において行われた。
結果
経験的に定義された関連する細菌（ｃｒＯＴＵ）群は、個々の種を表す操作的分類単位（ＯＴＵ）よりも臨床転帰と強い関連を有した。主にＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍから構成されたｃｒＯＴＵの存在は、多変量モデルにおいてより少ない再発に関連した（ＨＲ ０．５４、ＣＩ ０．３８〜０．７８、ｐ＝０．００１）。この関連は、Ｔ細胞豊富同種移植片のレシピエントの間で最も明らかであった。
これらのデータは、ｃｒＯＴＵの存在がＨＳＣＴを受けた対象において癌の再発のリスクを評価するために使用され得ることを示し、対象からの微生物叢の試料における高レベルのｃｒＯＴＵ１６１４及び／または１７９０の存在は、対象の再発のリスクを低減することを示す。さらに、この情報は、対象に適切なＨＳＣＴ療法を選択するための方法の一部として使用することができる。例えば、Ｅ．ｌｉｍｏｓｕｍまたはＥ．ｌｉｍｏｓｕｍを含むｃｒＯＴＵ（例えば、ｃｒＯＴＵ１６１４）の存在は、ＨＳＣＴを受けるまたは受ける予定の患者が、Ｔ細胞豊富同種移植片を受ける場合、癌の再発のリスクが低いだろうことを示す。
微生物叢の特徴
逆シンプソン指数により評価される腸管微生物叢の多様性は、前の観察を踏まえて、再発／ＰＯＤまでの時間に関連しなかった（ｐ＝０．１６）（図１９を参照されたい）。（Ｔａｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ ２０１４；１２４：１１７４−８２を参照されたい）。
特定の細菌のサブセットが再発／ＰＯＤまでの時間に関連し得るかを評価するために、ｃｒＯＴＵは、臨床転帰との関連を評価するために定義された。進化距離によりＯＴＵを群化するために、系統樹を、上述の全コホートにおいて特定された全ＯＴＵの配列整合から経験的に構築した。分析は、患者の≧１０％において≧０．０１％の存在量閾値を超えた分類群に限定された。
発見組における微生物叢の再発／ＰＯＤまでの時間との関連
発見組における存在量と再発／ＰＯＤまでの時間との間の関連は、２０８のＯＴＵ及び１，３４３のｃｒＯＴＵに関して評価された。図２１は、最低の多変量ｐ値を有する１０のｃｒＯＴＵを提供する。各ｃｒＯＴＵに関して、最存在量の種、ならびに隣接するｃｒＯＴＵからｃｒＯＴＵを区別する希少種を列記する。括弧付きの数字は特定のｃｒＯＴＵと関連する、指名される種のＯＴＵの数を示す。次に、多変量モデルは、ＲＤＲＩ、前処置強度、及び移植片源に関して調整された。単変量（図２０Ａ及び２０Ｃ）または多変量（図２０Ｂ及び２０Ｄ）のいずれかのコックスモデルにおけるｐ≦０．０１の基準は、再発／ＰＯＤまでの時間に関連する有力な候補を特定するために使用された。発見組において再発／ＰＯＤリスクに最も密接に関連する候補は、主にＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍならびに他の関連種から構成されたクラスターであるｃｒＯＴＵ１６１４（多変量ＨＲ ０．８４、ＣＩ ０．７３〜０．９６、ｐ＝０．０１）であった（図２１）。
したがって、いくつかの非限定的な実施形態では、ｃｒＯＴＵ１６１４の１つ以上のメンバー、例えば、Ｅ．ｌｉｍｏｓｕｍが評価される。
検証
発見組において特定された最良の候補ｃｒＯＴＵは、検証組において、転帰とのその関連の再現性に関して評価された。ｃｒＯＴＵ１６１４の存在量は、検証組において、再発／ＰＯＤのリスクの低減に有意に関連した（ＨＲ＝０．８２、ＣＩ ０．７１〜０．９５、ｐ＝０．００９、図２２Ｃ）。この関連は、前処置強度、移植片源、及びＲＤＲＩを多変量調整した後、有意なままであった（ＨＲ＝０．８２、ＣＩ＝０．７０〜０．９６、ｐ＝０．０１、図２２Ｃ）。
発見及び検証組の患者は、ｃｒＯＴＵ１６１４の存在または不在により階層化された。存在は、任意の検出可能な量（すなわち、任意の存在量＞０）と定義された。ｃｒＯＴＵ１６１４の腸管の存在は、発見（ＨＲ＝０．４９、ＣＩ＝０．３０〜０．８２、ｐ＝０．００６）及び検証組（ＨＲ＝０．５２、ＣＩ＝０．３１〜０．８７、ｐ＝０．０１）の両方において、再発／ＰＯＤのリスクの低減に関連した（図２３）。この細菌群を有する、または有しない患者の間での再発／進行の２年の累積発生率は、それぞれ、３３．８％及び１９．８％であった。この関連は、発見組（ＨＲ＝０．４６、ＣＩ＝０．２７〜０．７８、ｐ＝０．００４、図２２Ｂ）及び検証組（ＨＲ＝０．５４、ＣＩ＝０．３１〜０．９２、ｐ＝０、図２２Ｃ）の両方において、ＲＤＲＩ、移植片源、及び前処置強度を調整した後、有意なままであった。
ｃｒＯＴＵ１６１４の組成（図２４）は、３０のＯＴＵを含み（各アンプリコンは約２５０ｂｐを含む）、そのうち、５、７、及び１は、それぞれ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、及びＰｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓと特定され、それらの全ては科Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのメンバーである。追加の１５のＯＴＵは、関連する科ＰｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅのメンバーであるＰｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒと特定された。全コホートにおいて、ｃｒＯＴＵ１６１４の存在量の大部分（６７％）は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍに起因し、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ及びＰｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒからの寄与は少ない（各々１５％）（図２５）。よって、主にＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ及び他の関連する細菌（すなわち、ｃｒＯＴＵメンバー）から構成される種のクラスターは、再発／ＰＯＤのリスクの減少と関連する。
識別能
発見及び検証組は、さらなる探索的分析のために統合された。ｃｒＯＴＵ１６１４は、５４１人の患者のうち４２２人（７８％）に存在し、平均存在量は０．１６％であり、最大存在量は８％であった。再発／ＰＯＤの漸進的なリスクの低下は、コホートが４つの存在量ビンに階層化されたとき、コホートにわたって観察され（ｐ＝０．００１、図２６Ａ及び２６Ｂ）、この関連は、多変量調整後、有意なままであった（ｐ＝０．００４、図２２Ｂ）。存在量は、用量依存様式でより少ない再発／ＰＯＤに関連した（図２６Ａ）。
表６に示されるように、ｃｒＯＴＵ１６１４の存在または不在による患者の臨床特徴の検査は、疾患の種類、前処置強度、または移植片源において有意な相違を示さなかった。
腸管ｃｒＯＴＵ１６１４が不在の患者において高リスクＲＤＲＩスコアが適度に優位であり（ｐ＝０．０２）、関連は、多変量モデルにおいてＲＤＲＩを調整する一方で、有意なままであった（ＨＲ＝０．５４、ＣＩ＝０．３８〜０．７８、ｐ＜０．００１、図２２Ａ〜Ｃ）。ｃｒＯＴＵ１６１４が存在する患者は、わずかに高齢であった（５１．７歳と比較して平均５４．４年、ｐ＝０．０４）。ｃｒＯＴＵ１６１４と再発／ＰＯＤリスクとの間の関連は、３つのＲＤＲＩカテゴリーの各々内で評価された。ｃｒＯＴＵ１６１４の腸管の存在は、高ＲＤＲＩ患者（ＨＲ＝０．４５、ＣＩ＝０．２５〜０．８１、ｐ＝０．００８）及び中程度のＲＤＲＩ患者（ＨＲ＝０．５２、ＣＩ＝０．３３〜０．８３、ｐ＝０．００６）の間で、より少ない再発／ＰＯＤリスクに関連した（図２７）。しかしながら、低ＲＤＲＩ患者の間で、関連はなかった（ＨＲ＝２．１６、ＣＩ＝０．２８〜１６．９５、ｐ＝０．４６）。
再発／ＰＯＤの既知の臨床リスク因子に関してｃｒＯＴＵ１６１４の識別能を評価するために、１に近い値がより高い精度を示す、一致指数（Ｃ指数）を使用した（図２８）。（Ｗｏｌｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ，２０１４；１５：５２６−３９）。ｃｒＯＴＵ１６１４の識別能（Ｃ指数＝０．５７２）は、ＲＤＲＩと比較可能であった（Ｃ指数＝０．５６９）。ｃｒＯＴＵ１６１４、ＲＤＲＩ、移植片源、及び前処置強度の組み合わせは、３つの臨床因子のみ（Ｃ指数＝０．６１９）よりも適度に強い識別力（Ｃ指数＝０．６５０）をもたらした。この予測力の程度は、ａｌｌｏ−ＨＣＴ後の他の転帰に関して確立されたモデルと比較可能であり（Ｓｏｒｒｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１４；３２：３２４９−５６を参照されたい）、腸管微生物叢のバイオマーカーが現在既知の再発／ＰＯＤの臨床リスク評価に加えることができることを示す。
移植パラメータ及び他の転帰
ｃｒＯＴＵ１６１４の腸管の存在は、全体的な生存の増加（ＨＲ＝０．６５、ＣＩ＝０．４７〜０．９０、ｐ＝０．００８、図２９）、及び再発／ＰＯＤの累積発生率の減少に関連した（図２９）。ｃｒＯＴＵは、急性ＧＶＨＤ（グレード２〜４、ＨＲ＝０．８１、ＣＩ＝０．５６〜１．１７、ｐ＝０．２７）、または移植関連の死亡（ＨＲ＝１．０、ＣＩ＝０．６３〜１．５９、ｐ＝０．９９、図２９）に有意に関連しなかった。研究中の集団の不均一性を考慮して、患者におけるｃｒＯＴＵ１６１４の再発／ＰＯＤとの関連を、移植源、前処置強度、ＨＬＡ適合の程度、ＲＤＲＩ、及び疾患の種類により細分する（図３０）。
疾患の種類に関して、ｃｒＯＴＵ１６１４の再発／ＰＯＤのリスクの低減との関連は、ＡＭＬ（ＨＲ＝０．５６、ＣＩ＝０．３２〜０．９６、ｐ＝０．０４）及び多発性骨髄腫（ＨＲ＝０．２９、ＣＩ＝０．１２〜０．６７、ｐ＝０．００４）を有する患者の間で有意であり、他の疾患の種類に関しては、統計的に有意ではなかった。移植片源に関して（図２９及び３０）、ｃｒＯＴＵ１６１４の再発／ＰＯＤのリスクの低減との関連は、Ｔ細胞豊富移植のレシピエント（ＨＲ＝０．４０、ＣＩ＝０．２４〜０．６５、ｐ＜０．００１）、特に、未修飾ＰＢＳＣ／ＢＭ移植片のレシピエント（ＨＲ＝０．４０、ＣＩ＝０．２３〜０．６９、ｐ＝０．００１）の間で有意であった。有意な関連は、Ｔ細胞除去移植片のレシピエント（ＨＲ＝０．６６、ＣＩ＝０．３９〜１．１１、ｐ＝０．１２）または臍帯移植片のレシピエント（ＨＲ＝０．３８、ＣＩ＝０．１１〜１．３２、ｐ＝０．１３、図２９）のいずれにおいても観察されなかった。
移植前の試料
上記に示すように、再発のリスクのバイオマーカーは、ＨＳＣＴで治療された患者の評価及び治療に有用である。かかるバイオマーカーは、移植前に再発のリスクに対する情報を提供する場合、例えば、何の治療レジメンを患者に使用するかの決定過程の一部としての追加の有用性を有する。ｃｒＯＴＵ１６１４の関連が最も明らかである未修飾ＰＢＳＣ／ＢＭ（Ｔ細胞豊富）移植片の１７２人のレシピエント中、１４３人の患者（８３％）も幹細胞注入３週間前に試料を収集した。これらの患者は、ａｌｌｏ−ＨＣＴ前の３週間の間に収集された単一便試料中のｃｒＯＴＵ１６１４の存在量に基づき、４つのビンに階層化された。２つ以上の試料がａｌｌｏ−ＨＣＴの３週間前に入手可能であった場合、−１０日目に最も近くに収集された試料が分析に選択された。最も高い存在量ビンの患者は、統合した３つの低存在量群と比較して、再発／ＰＯＤのリスクが低かった（ＨＲ＝０．２８、ＣＩ＝０．１０〜０．８０、ｐ＝０．０２、図３２）。移植前試料における再発／ＰＯＤのリスクの減少とｃｒＯＴＵ１６１４との間で類似するが、あまり統計的に有意ではない関連も、移植前試料が入手可能であった全ての種類の移植源の４６９人のレシピエントにおいて観察された（図３３、ＨＲ＝０．６３、ＣＩ＝０．４０〜１．０９、ｐ＝０．０６）。よって、ａｌｌｏ−ＨＣＴの前またはその後のいずれかのｃｒＯＴＵ１６１４またはｃｒＯＴＵ１６１４生物のサブセットの腸管の存在は、移植後の再発／ＰＯＤリスクのバイオマーカーとして使用することができる。図３４は、図２６Ｂ、２６Ｃ、３２、及び３３に描写されるように、試験全体を通して使用された存在量ビンのカテゴリーの境界を示す。
考察
この後向き観察の単一施設研究において、現時点までのこの種類の分析のために集められた最大規模のａｌｌｏ−ＨＣＴ患者のコホートに関して、腸管微生物叢の組成が研究された。発見−検証アプローチを使用して、腸管細菌の特定のサブセットの存在量とａｌｌｏ−ＨＣＴ後の再発／ＰＯＤのリスクの減少との間の関連を特定した（図２３）。
このバイオマーカーの再発／ＰＯＤのリスクの低下との関連は、Ｔ細胞及び他の成熟リンパ球を含有する移植片のレシピエントの間で最も強かった（図３０）。これらの患者において、Ｔ細胞除去移植片のレシピエントと比較して、ドナー−細胞媒介ＧＶＴ活性に大きな役割がある可能性があり、これは、腸管微生物叢の組成がＧＶＴ活性を調節している可能性があることを示唆する。
ＧＶＴ活性に関連する腸管細菌群は、主に、ヒトの腸管微生物叢の一般的なメンバーである嫌気性の非芽球形成グラム陽性桿菌であるＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍから構成される。 （Ｒａｊｉｌｉｃ−Ｓｔｏｊａｎｏｖｉｃ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｒｅｖ ２０１４；３８：９９６−１０４７を参照されたい）。
さらに、存在量の時間加重平均として累積微生物曝露を考慮することにより、単一時間点のみの試料採取により生じ得た偏りを潜在的に低減するために、患者当たりさらに多くの試料が含まれることを可能にする。加えて、ｃｒＯＴＵの経験的誘導は、１６Ｓ配列類似性により判定される進化的に関連するＯＴＵの存在量を統合した。（表５）。従来のＯＴＵレベル分析の制限の１つは、単一種の関連強度が時折複数のＯＴＵ間に分配されることである。一方、属または科などの高次分類レベルの分析において、数十または数百のＯＴＵが一緒に群化される場合、潜在的な関連が失われる可能性がある。この実施例において特定されたｃｒＯＴＵは、主に、科Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃａｅのメンバーを含有し（図２４）、他の科からの寄与は少ないが、データセットに存在した科Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅの１５の他の種のいずれも含まなかった。実際、ＯＴＵが標準的な分類学的分類に群化される場合、全体としての属Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍまたは科Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのいずれも再発／ＰＯＤと有意な関連がなかった。注目すべきは、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍを表す主なＯＴＵは、より少ない再発のリスクに関連した。これは、微生物叢と臨床転帰との間の関連の研究において、ＯＴＵを経験的に導かれた系統群に群化する有用性を図示する。さらに、これらのデータは、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列類似性が表現型の形質よりも進化的近接のより良い基準であり得ることを示す。
実施例４：治療用細菌を含む組成物を投与することにより動物モデルにおいて癌の再発を低減する方法
腸管微生物叢のある特定のメンバーと同種造血幹細胞移植（例えば、Ｔ細胞が移植源に存在するとき）後の再発のリスクの減少との間の関係は、実施例１〜３によって記載される。本実施例は、腸管フローラ中の該細菌が移植片対腫瘍（ＧＶＴ）及び移植片対白血病（ＧＶＬ）活性を増強し得ることを判定する方法を記載する。かかるモデルにおいて、ＧＶＴまたはＧＶＬは、抗生物質によって、ならびに該細菌、例えば、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ及び／またはＰａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの腸管微生物叢内への再導入によっても増強される。
方法
１．マウスモデルにおけるＧＶＴ活性に対する抗生物質治療の作用
ＧＶＴの１つのモデルにおいて、シフェラーゼ発現腫瘍細胞、及びＴ細胞を伴う、または伴わないＴ細胞除去不適合骨髄（ＢＭ）をマウスに注射した後、腫瘍負荷が生物発光撮像により系列的に監視され得る。２〜４週間で動物の５０％に致死である用量を定義するために、ルシフェラーゼ発現構築物を保有するマウスＢ細胞リンパ腫Ａ２０及びマウスＴ細胞リンパ腫ＥＬ４の誘導体を、限界段階希釈でマウスに静脈注射する。次に、Ｔ細胞を伴う、または伴わないＴ細胞除去不適合骨髄（ＢＭ）と共に、この細胞濃度でマウスに注射し、次に、２つの異なるレジメン（広域スペクトル腸内除染または規定スペクトル）のうちの１つに従い抗生物質で治療した。抗生物質での治療後、ＧＶＴを、インビボ生体発光撮像、生存分析、及び組織学により評価する。マウスの腸内フローラは２つの異なる方法で操作される。１つ目は、経口バンコマイシン及びアンピシリンでの腸内広域スペクトル除染である。２つ目は、規定スペクトルを有する薬物を用いることにより、フローラの組成を変更することである。Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ及びＰａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの両方は嫌気性であるため、アズトレオナム（嫌気活性を欠く）の作用がイミペネル（強力な嫌気活性を有する）と比較される。
したがって、本実験は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ及びＰａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの存在がＧＶＴのマウスモデルにおいて腫瘍の存在を低減し得るかを判定する。
２．ＧＶＴ活性に対する腸管Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ及びＰａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの作用
標準的な実験モデルの欠点の１つは、腫瘍細胞系の臨床的相関が患者におけるそれらとＧＶＴ反応との間の重要な相違により限定されることである。代替えとして、移植片対白血病（ＧＶＬ）の実験モデルは、混合系列白血病（ＭＬＬ）関連急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）のために開発された。ＭＬＬ遺伝子を伴う再配列は、それらが療法関連ＡＭＬに非常に関係があり、臨床予後不良をもち、同種移植の適応であるため、移植研究に特に関連がある。（ＤｉＭａｒｔｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｙ １０６，６１４−６２６（１９９９））。腸内除染抗生物質での治療後、ＡＭＬは、一般的なＭＬＬ転座を繰り返すＭＬＬ−ＡＦ９融合構築物でレトロウイルスによりトランスフェクトされたＧＦＰ発現骨髄細胞をマウスに注射し（Ｓｔｕｂｂｓ ｅｔ ａｌ．，Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２２，６６−７７（２００７）及びＫｒｉｖｔｓｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４４２，８１８−８２２（２００６））、続いてＴ細胞を伴う、または伴わないＴ細胞除去ＢＭを不適合移植することによって誘導される。高リスク二次性白血病のこのモデルは、規定された遺伝的欠損により新しく発生させた白血病を利用し、インビトロ継代腫瘍細胞系よりも近い臨床疾患を反映する。腫瘍の進行は、移植の転帰、ならびに末梢血、脾臓、及び骨髄における白血病を示すＧＦＰ蛍光により監視される。
次に、細胞系由来リンパ腫（ＧＶＴ分析用）またはＭＬＬ−ＡＦ９誘導ＡＭＬ（ＧＶＬ分析用）を保有するＣ５７ＢＬ／６マウスは、経口バンコマイシン及びアンピシリンで処置され、次に、経口胃管栄養法により細菌をコロニー形成し、後にＭＨＣ異種Ｂ１０．ＢＲ骨髄及びＴ細胞を移植された。市販のＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ及びＰａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの株を最初に使用する。マウスにおいて評価される転帰は、ルシフェラーゼ発現腫瘍のための生物発光による腫瘍負荷、またはＧＦＰ発現白血病のためのフローサイトメトリー、生存、ならびに１４日目及び２１日目の組織の組織学を含む。
したがって、本実験は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ及びＰａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａの存在がＧＶＴ及びＧＶＬのマウスモデルにおいて腫瘍の存在を低減し得るかを判定する。
本実施例の前述のマウス研究の全てにおいて、実験は、１群当たり１０匹のマウスを含み、少なくとも２回繰り返される。カプラン・マイヤー方法は、マウス移植研究における全体的な生存を推定するために使用され、並べ替えに基づくログランク試験は、治療群にわたって生存を比較する。各実験に関して、１群当たり合計１０匹のマウスは、５のオッズパラメータを検出するために８０％の検出力を提供する。
＊ ＊ ＊
ここに開示される主題及びその利点が詳細に記載されてきたが、種々の変更、置換、及び変形が添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなく行われ得ることを理解するべきである。さらに、本出願の範囲は、本明細書に記載されるプロセス、機械、製造、物質組成、手段、方法、及びステップの特定の実施形態に限定されることを意図しない。全ての技術的特徴は、かかる特徴の全ての可能な組み合わせで個々に統合することができる。当業者がここに開示される主題から容易に理解するように、本明細書に記載される対応する実施形態と実質的に同じ機能を行うか、または実質的に同じ結果を達成する現在存在する、もしくは後に開発されるプロセス、機械、製造、物質組成、手段、方法、またはステップは、ここに開示される主題に従い利用することができる。したがって、添付の特許請求の範囲は、かかるプロセス、機械、製造、物質組成、手段、方法、またはステップをそれらの範囲内に含むことが意図される。
特許、特許出願公開製品説明、及びプロトコルが全体を通して引用され、それらの開示は、全ての目的のために、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。

Claims (26)

  1. １つ以上の単離された細菌またはその芽胞を含む薬学的組成物であって、前記単離された細菌またはその芽胞が、配列番号１〜１７のうちのいずれか１つによって記載される核酸配列と約８５〜１００％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含み、生体適合性薬学的担体をさらに含む、薬学的組成物。
  2. 前記単離された細菌またはその芽胞が、配列番号１〜１７のうちの１つ以上によって記載される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むか、または配列番号１〜１７のうちの１つ以上と約９７％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の薬学的組成物。
  3. 前記単離された細菌またはその芽胞が、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ ｍｉｃｒａ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｌａｃｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｓ ｒｏｓｅａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｌｅｖｙｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｇａｌｌｉｃｏｌａ ｂａｒｎｅｓａｅ、Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒａｃｈｙ、及び前述の細菌のいずれか１つ以上を含むクラスターからなる群から選択される、請求項１または２のいずれかに記載の薬学的組成物。
  4. 前記組成物が、経口、鼻腔胃、または直腸投与用に製剤化され、
    前記組成物が、任意選択で、プロバイオティック細菌、プロバイオティック酵母、もしくはこれらの組み合わせ；プレバイオティック；ポストバイオティック；抗生物質；またはこれらの組み合わせを含み、
    前記組成物が、任意選択で、液体、懸濁液、乾燥粉末、錠剤、カプセル、または食物製品である、請求項１に記載の薬学的組成物。
  5. 前記１つ以上の単離された細菌またはその芽胞が、組換え細菌またはその子孫であり、前記組換え細菌または芽胞が、任意選択で、組換え細菌もしくは芽胞に抗生物質感受性または抵抗性を付与するタンパク質をコードする、１つ以上の外因性核酸を含む、請求項１に記載の薬学的組成物。
  6. 前記１つ以上の単離された細菌またはその芽胞が、前記組成物を投与された対象において癌の再発のリスクを低減することができる量で存在する、請求項１に記載の薬学的組成物。
  7. 対象における癌の再発のリスクを低減する、及び／または癌の再発からの生存の可能性を増加させるための方法であって、かかる治療を必要とする対象に、請求項１〜６のいずれか１項に記載の薬学的組成物の有効量を投与することを含む、方法。
  8. 前記対象が、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けたことがあり、前記ＨＳＣＴが、任意選択で、同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）であり、前記ａｌｌｏ−ＨＳＣＴが、任意選択で、Ｔ細胞豊富なａｌｌｏ−ＨＳＣＴである、請求項７に記載の方法。
  9. 前記組成物が、前記対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在を減少させる、及び／または前記対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させるのに有効な量で投与される、請求項７または８のいずれか１項に記載の方法。
  10. 癌の再発のリスクにある対象を特定することをさらに含み、
    対象から腸管微生物叢の試料を得、前記腸管微生物叢の試料中に存在する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルを判定することと、
    前記試料中の前記１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルを参照細菌レベルと比較することと、
    前記試料中の前記１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルが前記細菌参照レベルよりも低いとき、前記対象に前記組成物を投与することと、を含む、請求項７〜９のいずれか１項に記載の方法。
  11. 癌の再発のリスクにある対象を特定することをさらに含み、
    対象から腸管微生物叢の試料を得、前記腸管微生物叢の試料中に存在する、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを判定することと、
    前記試料中の前記細菌のレベルを参照細菌レベルと比較することと、
    前記試料中の前記細菌のレベルが前記細菌参照レベルよりも大きいとき、前記対象に前記組成物を投与することと、を含む、請求項７〜９のいずれか１項に記載の方法。
  12. 癌の再発のリスクを有する対象を診断する方法であって、
    対象から腸管微生物叢の試料を得、前記腸管微生物叢の試料中に存在する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルを判定することと、
    前記試料中の前記１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルを参照細菌レベルと比較することと、
    前記試料中の前記１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルが前記細菌参照レベルよりも低いとき、癌の再発のリスクを有すると前記対象を診断することと、を含む、方法。
  13. 癌の再発のリスクを有する対象を診断する方法であって、
    対象から腸管微生物叢の試料を得、前記腸管微生物叢の試料中に存在する、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを判定することと、
    前記試料中の前記細菌のレベルを参照細菌レベルと比較することと、
    前記試料中の前記細菌のレベルが前記細菌参照レベルよりも大きいとき、癌の再発のリスクを有すると前記対象を診断することと、を含む、方法。
  14. 前記対象が、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けたことがあり、前記造血幹細胞移植が、任意選択で、同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）であり、前記ａｌｌｏ−ＨＳＣＴが、任意選択で、Ｔ細胞豊富なａｌｌｏ−ＨＳＣＴである、請求項１２または１３に記載の方法。
  15. 癌の再発のリスクを有すると診断された前記対象に、癌療法を施すことをさらに含み、
    前記癌療法が、任意選択で、手術；放射線療法；化学療法；免疫療法；幹細胞療法；細胞療法；プロバイオティック細菌、プロバイオティック酵母、もしくはこれらの組み合わせ；プレバイオティック；ポストバイオティック；抗生物質；またはこれらの組み合わせを含む、請求項１２〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  16. 前記プロバイオティック細菌が、請求項１〜３のいずれか１項に記載の１つ以上の細菌またはその芽胞を含む、請求項１５に記載の方法。
  17. 請求項１〜６のいずれか１項に記載の組成物を含む、キット。
  18. 癌の再発のリスクを有すると対象を診断するためのキットであって、腸管微生物叢の試料中の、請求項１〜３のいずれか１項に記載の１つ以上の細菌またはその芽胞の存在量を検出するための、１つ以上の薬剤を含む、キット。
  19. 対象における癌の再発のリスクの低減、及び／または癌の再発からの生存の可能性の増加に使用するためのものであり、前記対象が、任意選択で、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けたことがあり、前記造血幹細胞移植が、任意選択で、同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）であり、前記ａｌｌｏ−ＨＳＣＴが、任意選択で、Ｔ細胞豊富なａｌｌｏ−ＨＳＣＴである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の組成物。
  20. 前記組成物が、前記対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍの存在を減少させる、及び／または前記対象におけるＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ毒素の量を減少させるのに有効な量で投与可能である、請求項１９に記載の使用のための組成物。
  21. 前記対象が、癌の再発のリスクにあり、前記対象からの腸管微生物叢の試料が、細菌参照レベルよりも低い、請求項１〜３のいずれか１項に記載の１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルを有するか、または
    前記対象からの腸管微生物叢の試料が、細菌参照レベルよりも大きいＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを有する、請求項１９に記載の使用のための組成物。
  22. 対象からの腸管微生物叢の試料をアッセイし、前記腸管微生物叢の試料中に存在する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルを判定することと、
    前記試料中の前記１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルが前記細菌参照レベルよりも低い場合、前記対象に治療有効量の前記組成物を投与することと、を含む、請求項１９に記載の使用のための組成物。
  23. 対象からの腸管微生物叢の試料をアッセイし、前記腸管微生物叢の試料中に存在する、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを判定することと、
    前記試料中のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルが前記細菌参照レベルよりも大きい場合、前記対象に治療有効量の前記組成物を投与することと、を含む、請求項１９に記載の使用のための組成物。
  24. 癌の再発のリスクを有する対象を診断するインビトロ方法であって、前記対象からの腸管微生物叢の試料において、細菌参照レベルよりも低い、請求項１〜３のいずれか１項に記載の１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルを検出することを含むか、または
    前記対象からの腸管微生物叢の試料において、細菌参照レベルよりも大きいＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを検出することを含む、インビトロ方法。
  25. 前記対象が、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けたことがあり、前記造血幹細胞移植が、任意選択で、同種造血幹細胞移植（ａｌｌｏ−ＨＳＣＴ）であり、前記ａｌｌｏ−ＨＳＣＴが、任意選択で、Ｔ細胞豊富なａｌｌｏ−ＨＳＣＴである、請求項２４に記載の方法。
  26. 対象における癌療法に使用するための組成物であって、前記癌療法が、手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、幹細胞療法、及び／または細胞療法からなる群から選択され、
    前記組成物が、任意選択で、プロバイオティック細菌、プロバイオティック酵母、もしくはこれらの組み合わせ；プレバイオティック；ポストバイオティック；抗生物質；またはこれらの組み合わせを含み、
    前記対象が、癌の再発のリスクにあり、前記対象からの腸管微生物叢の試料が、細菌参照レベルよりも低い、請求項１〜３のいずれか１項に記載の１つ以上の細菌またはその芽胞のレベルを有するか、または
    前記対象が、癌の再発のリスクにあり、前記対象からの腸管微生物叢の試料が、細菌参照レベルよりも大きいＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ細菌のレベルを有する、癌療法に使用するための組成物。

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