JP2019509263A - 皮膚の健康増進用組成物及び健康増進方法 - Google Patents

Abstract

本発明の様々な態様は、ざ瘡などの皮膚状態の予防及び治療のための組成物ならびに方法に関する。本明細書では、対象に皮膚状態の危険性があるか否かの判定方法も提供される。
【選択図】なし

Description

関連出願
本出願は、２０１６年２月５日出願の米国仮特許出願第６２／２９１，６６５号の優先権を主張し、該出願は、本記載により、その全体が参照により本明細書に援用される。

政府による支援に関する表示
本発明は、国立衛生研究所により付与された助成金第Ｒ０１ＧＭ０９９５３０号の下で、政府の支援によりなされた。政府は本発明に一定の権利を有する。

アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）はヒトの皮膚に棲みつく主要な共生細菌である。Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓは皮膚の健康の維持に重要な役割を果たしているが、サルコイドーシス、ＳＡＰＨＯ症候群、歯内病変、眼感染症、人工関節感染症、前立腺癌、及び尋常性ざ瘡（一般にはざ瘡と呼ばれる）を含む数種の疾患及び感染症の病因に関与もしている。ざ瘡は、世界中の８０％を超える青少年や青年が罹患する最も一般的な皮膚疾患である。この疾患の臨床上の重要性にもかかわらず、ざ瘡の病因は未だ明らかになっていない。Ｐ．ａｃｎｅｓはざ瘡患者と健常者の両方の皮膚の圧倒的多数に存在し、したがって、ざ瘡の病因におけるその役割は十分に解明されていない。

いくつかの態様において、本発明は、対象の皮膚状態の予防または治療方法であって、上記対象の上記皮膚に、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓのＲＴ１株、ＲＴ２株、ＲＴ３株、ＲＴ６株、ＲＴ８株、ＲＴ１６株、またはＩＩＩ型株を含む組成物を投与することを含む上記方法に関する。いくつかの実施形態において、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓのＲＴ１株、ＲＴ２株、ＲＴ３株、ＲＴ６株、ＲＴ８株、ＲＴ１６株、またはＩＩＩ型株を含む組成物が、皮膚状態の治療または皮膚の健康維持のための経口送達用に製剤化される。いくつかの実施形態において、上記組成物は２種以上の株を含む。Ｐ．ａｃｎｅｓの株は、ＨＬ０４２ＰＡ３、ＨＬ０５０ＰＡ２、ＨＬ０２５ＰＡ１、ＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、ＨＬ１０６ＰＡ１、ＨＬ１１０ＰＡ３、ＨＬ０２５ＰＡ２、ＨＬ０４６ＰＡ１、ＨＬ１１０ＰＡ２、ＨＬ０５３ＰＡ２、ＨＬ０５９ＰＡ１、ＨＬ２０１ＰＡ１、１７Ａ、及び２０Ｃから選択されてもよい。上記疾患はざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症であってよい。

いくつかの態様において、本発明は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓのＲＴ２株を含む、皮膚状態の治療用または皮膚の健康維持用の局所組成物に関する。上記株は、例えば、ＨＬ００１ＰＡ１であってよい。ＨＬ００１ＰＡ１は、Ｂｅｌｆａｓｔ ＭＬＳＴ_８分類法に基づけばクローナルコンプレックス（ｃｌｏｎａｌ ｃｏｍｐｌｅｘ）７２（ＣＣ７２）株であり、ＨＬ００１ＰＡ１は、Ａａｒｈｕｓ ＭＬＳＴ_９分類法に基づけばクローナルコンプレックス６０（ＣＣ６０）株である。

いくつかの態様において、本発明は、対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性の判定方法であって、上記対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓのポルフィリン産生を測定することを含む上記判定方法に関する。

いくつかの態様において、本発明は、対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性の判定方法であって、上記対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの１種または複数種の株を同定することと、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株の１種または複数種がビタミンＢ_１２に感受性である場合に、上記対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断することとを含む上記判定方法に関する。いくつかの態様において、本発明は、本発明は、対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性の判定方法であって、上記対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの１種または複数種の株を同定することと、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株の１種または複数種が高レベルのポルフィリンを産生する場合に、上記対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断することとを含む上記判定方法に関する。

いくつかの態様において、本発明は、ｄｅｏＲをコードする核酸を含む局所組成物に関する。他の態様において、本発明は、ｄｅｏＲをコードする核酸を含む経口送達用に製剤化された組成物に関する。

いくつかの態様において、本発明は、対象の皮膚状態の治療方法であって、上記対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓのポルフィリン産生を測定することと、上記ポルフィリン産生が閾値を上回る場合に、上記対象を光線力学療法で治療することとを含む上記治療方法に関する。いくつかの実施形態において、本発明は、対象の皮膚状態の治療方法であって、上記対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの株のアイデンティティーを判定することと、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株が高レベルのポルフィリンを産生する場合に、上記対象を光線力学療法で治療することとを含む上記治療方法に関する。

いくつかの態様において、本発明は、対象の皮膚状態を治療するための組成物及び方法であって、上記対象に、ｄｅｏＲをコードする核酸を含むＰ．ａｃｎｅｓを含む組成物を投与することを含む、上記組成物及び方法に関する。上記組成物は局所送達用に製剤化してもよい。上記組成物は経口送達用に製剤化してもよい。

いくつかの態様において、本明細書では、対象の皮膚上のポルフィリンの量の低減方法であって、上記対象に、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの１種または複数種の株を含む組成物を投与することによる上記低減方法が提供される。上記対象はざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症を有していてもよい。

いくつかの態様において、本明細書では、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓのＲＴ１株、ＲＴ２株、ＲＴ３株、ＲＴ６株、ＲＴ８株、ＲＴ１６株、またはＩＩＩ型株を含む、皮膚状態の治療または皮膚の健康維持のための経口送達用に製剤化された組成物が提供される。他の態様において、本明細書では、ｄｅｏＲをコードする核酸を含むＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの株を含む、皮膚状態の治療用または皮膚の健康維持用の組成物（例えば、経口もしくは局所組成物）が提供される。Ｐ．ａｃｎｅｓの株は、ＨＬ０４２ＰＡ３、ＨＬ０５０ＰＡ２、ＨＬ０２５ＰＡ１、ＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、ＨＬ１０６ＰＡ１、ＨＬ１１０ＰＡ３、ＨＬ０２５ＰＡ２、ＨＬ０４６ＰＡ１、ＨＬ１１０ＰＡ２、ＨＬ０５３ＰＡ２、ＨＬ０５９ＰＡ１、ＨＬ２０１ＰＡ１、Ｉ７Ａ、または２０Ｃから選択されてもよい。

ざ瘡と関連するＩＡ−２型Ｐ．ａｃｎｅｓ株は健康と関連するＩＩ型株よりも有意により多くのポルフィリンを産生したことを示す図である。それぞれの棒は、細菌培養密度によって規格化された、それぞれの株によって産生されたポルフィリンを表す。それぞれの実験について少なくとも３回の繰り返しを伴う、少なくとも３回の独立した実験から得られたデータの平均値を示す。誤差棒は標準誤差を表す。 ビタミンＢ_１２の追加によって、ざ瘡と関連するＩＡ−２型株においてポルフィリン産生が有意に増加したが、健康と関連するＩＩ型株においては増加がなかったことを示す図である。１０μｇ／ｍＬのビタミンＢ_１２の添加あり（黒棒）または添加なし（白棒）の培地中でＰ．ａｃｎｅｓ株を培養した。それぞれの棒は、細菌培養密度によって規格化された、それぞれの株によって産生されたポルフィリンを表す。それぞれの実験について少なくとも３回の繰り返しを伴う、少なくとも３回の独立した実験から得られたデータの平均値を示す。誤差棒は標準誤差を表す。 ビタミンＢ_１２の追加によって、ビタミンＢ_１２生合成遺伝子ｃｂｉＬの発現が抑制されたことを表す図である。ｑＲＴ−ＰＣＲによって、１０μｇ／ｍＬのビタミンＢ_１２の添加ありまたは添加なしで培養したＰ．ａｃｎｅｓ株のｃｂｉＬの発現レベルを定量した。ＩＡ−２型株及びＩＩ型株ならびにｄｅｏＲをコードするＲＴ１株であるＨＬ０２５ＰＡ１を示す。それぞれの棒は、ビタミンＢ_１２の添加なしの培養物と比較して、ビタミンＢ_１２の追加ありの培養物におけるｃｂｉＬの遺伝子発現の倍率変化を表す。それぞれの実験について３回の繰り返しを伴う、３回の独立した実験から得られたデータの平均値を示す。誤差棒は標準偏差を表す。 ５−ＡＬＡはポルフィリン産生を増加させ、この増加はざ瘡と関連するＩＡ−２型株において、ビタミンＢ_１２の追加によって更に亢進したことを示す図である。基質５−ＡＬＡ（０．１ｍｇ／ｍＬ）あり（灰色棒）もしくはなし（白棒）の、または５−ＡＬＡ及びビタミンＢ_１２（１０μｇ／ｍＬ）の両方を添加した（黒棒）培地中でＰ．ａｃｎｅｓ株を培養した。ざ瘡と関連するＩＡ−２型株（Ｐ＜０．０００１）及び健康と関連するＩＩ型株（Ｐ＜０．０６、ＨＬ００１ＰＡ１を除く）において、５−ＡＬＡによってポルフィリン産生が有意に増加した。ざ瘡と関連するＩＡ−２型株においては、５−ＡＬＡの存在下でのビタミンＢ_１２の追加によって、ポルフィリン産生が更に増加したが、健康と関連するＩＩ型株においては増加しなかった。それぞれの棒は、細菌培養密度によって規格化された、それぞれの株によって産生されたポルフィリンを表す。それぞれの実験について少なくとも３回の繰り返しを伴う、少なくとも３回の独立した実験から得られたデータの平均値を示す。誤差棒は標準誤差を表す。 小分子阻害剤がＰ．ａｃｎｅｓにおけるポルフィリン産生を低減したこと、及びざ瘡と関連するＩＡ−２型株において、ビタミンＢ_１２の追加によってその阻害が妨害されたことを示す図である。阻害剤ＬＡ（０．１ｍｇ／ｍＬ）あり（灰色棒）もしくはなし（白棒）の、またはＬＡ及びビタミンＢ_１２（１０μｇ／ｍＬ）の両方を添加した（黒棒）培地中でＰ．ａｃｎｅｓ株を培養した。ＨＬ００１ＰＡ１を除く全ての株において、ＬＡによってポルフィリン生合成が有意に低下した（Ｐ≦０．０００１）。ざ瘡と関連するＩＡ−２型株においては、ビタミンＢ_１２の追加によって、ＬＡによるポルフィリン生合成の阻害が妨害されたが、健康と関連するＩＩ型株においては妨害がなかった。それぞれの棒は、細菌培養密度によって規格化された、それぞれの株によって産生されたポルフィリンを表す。それぞれの実験について少なくとも３回の繰り返しを伴う、少なくとも３回の独立した実験から得られたデータの平均値を示す。誤差棒は標準誤差を表す。 健康と関連する株が、ポルフィリン生合成オペロン中に、抑制因子遺伝子であるｄｅｏＲをコードし、該オペロン中でこれを発現したことを示す図である。複数の株のｃＤＮＡ及びゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）試料由来のｄｅｏＲの増幅をゲル画像に示す。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を陽性対照として用いた。ざ瘡と関連するＩＡ−２型株であり、ｄｅｏＲをコードしないＨＬ０４５ＰＡ１を陰性対照として示す。 コプロポルフィリンがＰ．ａｃｎｅｓによって生産される主要なポルフィリンアイソフォームであったことを示す図である。Ｐ．ａｃｎｅｓによって分泌されるポルフィリンは、モノアイソトピックなコプロポルフィリンアイソフォームに特徴的な質量スペクトル（［Ｍ＋Ｈ］^＋＝６５５．３）を有する。二重に荷電した親イオン（［Ｍ＋２Ｈ］^２＋＝３２８．２）も観測された。 Ｐ．ａｃｎｅｓ株におけるポルフィリン（ヘム）遺伝子クラスタを示す図である。全ての健康と関連するＩＩ型株は、ポルフィリン遺伝子クラスタ中にｄｅｏＲ転写抑制因子（ＰＰＡ０２９９、緑色）を保有する。各区画の下の数字は、ＫＰＡ１７１２０２における遺伝子アノテーションに基づく遺伝子ＩＤを表す。黒い区画中の文字は、ポルフィリン生合成遺伝子であるヘム遺伝子の名称を示す。ＰＰＡ０３００及びＰＰＡ０３１０にはヘム遺伝子の名称が割り当てられていなかった。 Ｐ．ａｃｎｅｓ系統におけるｄｅｏＲの存在を示す図である。ｄｅｏＲをコードするＰ．ａｃｎｅｓ株は緑色に着色されており、それぞれＩＣ型、ＩＢ−３型、ＩＩ型、及びＩＩＩ型が含まれる。更に、ＩＡ−２型のＰ．ａｃｎｅｓの株ＨＬ０２５ＰＡ１はｄｅｏＲをコードするが、他のＩＡ−１型、ＩＡ−２型、ＩＢ−１型、またはＩＢ−２型の株はｄｅｏＲ遺伝子をコードしないことが判明した。アスタリスクは実施例の項で試験した株を示す。 健康と関連するＩＩ型株と同様に、ＨＬ０２５ＰＡ１は低レベルのポルフィリンを産生し、ビタミンＢ_１２の追加に対して応答がなかったことを示す図である。ビタミンＢ_１２（１０μｇ／ｍＬ）あり（黒棒）またはなし（白棒）の培地中でＨＬ０２５ＰＡ１を培養した。比較のために、健康と関連するＩＩ型株であるＨＬ１０３ＰＡ１及びＨＬ０４２ＰＡ３を示す。それぞれの棒は、細菌培養密度によって規格化された、それぞれの株によって産生されたポルフィリンを表す。それぞれの実験について３回の繰り返しを伴う、３回の独立した実験から得られたデータの平均値を示す。誤差棒は標準誤差を表す。 Ｉ型のＰ．ａｃｎｅｓ株におけるポルフィリン産生を示す図である。ＩＡ−１型株及びＩＡ−２型株は、被験株の中で最も高レベルのポルフィリンを産生した。ＲＴ８株、ＲＴ３株、及びＲＴ１６株はＩＡ−１型株及びＩＡ−２型株よりもポルフィリン産生が少ないが、ＲＴ２株及びＲＴ６株よりも産生が多かった。それぞれの棒は、細菌培養密度によって規格化された、それぞれの株によって産生されたポルフィリンを表す。それぞれの実験について少なくとも３回の繰り返しを伴う、少なくとも２回の独立した実験から得られたデータの平均値を示す。誤差棒は標準誤差を表す。 Ｐ．ａｃｎｅｓ Ｉ型株は、ＩＩ型株及びＩＩＩ型株よりも有意により多くのポルフィリンを産生することを示す図である。それぞれの棒は、細菌培養密度によって規格化された、それぞれの株によって産生されたポルフィリンを表す。Ｉ型株はビタミンＢ_１２の追加に対して応答し、ポルフィリン産生が増加した。ＩＩ型株及びＩＩＩ型株ではこの応答は認められなかった（データ非表示）。それぞれの実験について少なくとも４回の繰り返しを伴う、少なくとも１回の実験から得られたデータの平均値を示す。誤差棒は標準誤差を表す。

本発明のいくつかの態様は、ビタミンＢ_１２を補給することによって、ざ瘡の発症において重要な一群の炎症促進性代謝産物であるポルフィリンの、Ｐ．ａｃｎｅｓによる産生が増加するという知見に基づいている。ざ瘡と関連する系統及び健康と関連する系統由来の複数のＰ．ａｃｎｅｓ株のポルフィリン産生及び調節を比較した。ざ瘡と関連する株は本質的に、有意により高レベルのポルフィリンを産生し、このポルフィリン産生はビタミンＢ_１２の追加によって更に亢進した。一方、健康と関連する株は低レベルのポルフィリンを産生し、ビタミンＢ_１２に対する反応を示さなかった。小分子物質及び阻害剤を使用して、ポルフィリン生合成を代謝レベルで調節することができる。更に、ポルフィリン生合成の抑制因子の遺伝子（ｄｅｏＲ）は全ての健康と関連する株においてコードされていたが、ざ瘡と関連する株においてはコードされていなかった。このｄｅｏＲの発現は、健康と関連する株における転写レベルでのポルフィリン産生の更なる調節を示唆している。これらの知見は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株の皮膚の健康及び疾患に対する異なる寄与に関する分子機序を提示しており、ざ瘡の病因におけるビタミンＢ_１２の役割を更に裏付けている。詳細には、ポルフィリン生合成経路は、ざ瘡及びざ瘡に関係する皮膚状態の薬物標的であり、Ｐ．ａｃｎｅｓの健康と関連する株は、皮膚治療薬におけるプロバイオティクスとして用いることができる可能性がある。

本開示はまた、異なるレベルのポルフィリンを産生するＰ．ａｃｎｅｓを有する対象の健康状態には、異なる処置を行った方がよい可能性があることも示唆している。ビタミンＢ_１２によるポルフィリン産生の調節は株特異的であり、このことは、個体の皮膚微生物叢のＰ．ａｃｎｅｓ株組成がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡の原因となることを示唆している。ざ瘡と関連する株を保有する個体は、当該個体の皮膚細菌の、より多くのポルフィリンを産生する能力に起因する高ビタミンＢ_１２レベルに反応して、ざ瘡を発症する危険性が高い可能性がある。一方、皮膚において健康と関連する株が支配的である個体では、上記細菌によって産生されるポルフィリンが低いレベルであり、ビタミンＢ_１２を補給した場合のざ瘡発症の危険性が低くなる可能性がある。

定義
本出願の明細書において、「ａ」または「ａｎ」は単数または複数を意味する場合がある。本出願の特許請求の範囲（複数可）において、単語「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」と関連して用いられる場合、単語「ａ」または「ａｎ」は、１または２以上を意味する場合がある。本明細書では、「別の」は、少なくとも第２の〜を意味する場合がある。

用語「予防する」は当該技術分野において認知されており、局所再発（例えば傷）などの状態、ざ瘡などの疾患、または瘢痕化などの損傷に関連して用いられる場合には、当該技術分野において十分に理解されており、組成物の投与であって、当該組成物の投与を受けていない対象と比較して、対象における医学的状態の症状の頻度を低下させるか、または該症状の発症を遅延させる上記組成物の投与を含む。したがって、ざ瘡の予防は、例えば、統計学的に及び／または臨床的に有意な量で、例えば、未処置の対照集団と比較して、予防的処置を受けている患者の集団における検出可能な傷（例えば、病変）の数を低減すること、及び／または未処置の対照集団に対して、処置を受けている集団における検出可能な傷の出現を遅延させることを含む。

用語「予防的処置」及び「治療的処置」は当該技術分野で認知されており、対象に１種または複数種の組成物を投与することを含む。組成物が、望ましくない状態（例えば、組成物を受容する動物の疾患または他の望ましくない状態）の臨床上の発症の前に投与される場合には、その処置は予防的であり（すなわち、該処置は、当該の望ましくない状態の発症から当該の対象を保護する）、当該の望ましくない状態の発症の後に当該組成物が投与される場合には、その処置は治療的である（すなわち、該処置は、既存の望ましくない状態またはその副作用を低減する、改善する、または安定させることを意図している）。

用語「対象」とは、ヒトまたは霊長動物、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、イヌ、ウサギ、ネコ、またはげっ歯動物などの非ヒト哺乳動物を含む、但しこれらに限定されない哺乳動物をいう。好ましい実施形態において、上記対象はヒトである。

本主題の治療方法に関する化合物の「治療上の有効量」とは、所望の投与計画の一部として（哺乳動物、好ましくはヒトに対して）投与される場合に、治療を受ける障害または状態に対して臨床的に許容される標準または美容上の目的に従って、例えば、任意の医学的処置に適用可能な妥当な利益／危険比で、症状を緩和し、状態を改善し、または病状の発症を遅延させる、製剤中の上記化合物（複数可）の量をいう。

本明細書では、用語「治療する」または「治療」とは、対象の状態を改善または安定化する形態で、状態の症状、臨床徴候、及び根底にある病理を逆転させる、低減する、または阻止することを含む。

Ｉ．組成物
いくつかの態様において、本発明は、対象の状態を治療または予防するための組成物に関する。いくつかの態様において、本発明は、皮膚の健康を維持するための組成物に関する。本組成物は局所組成物であってもよい。本組成物は経口送達用に製剤化されてもよい。上記状態は皮膚状態であってよい。上記皮膚状態はざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症であってよい。

組成物は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの株を含んでいてもよい。Ｐ．ａｃｎｅｓの株は、例えば、ＲＴ１、ＲＴ２、及びＲＴ６から選択されてもよい。いくつかの実施形態において、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株はＲＴ３、ＲＴ８、ＲＴ１６、またはＩＩＩ型から選択される。上記株はＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、ＨＬ０４２ＰＡ３、ＨＬ１０６ＰＡ１、ＨＬ１１０ＰＡ３、ＨＬ０５０ＰＡ２、またはＨＬ０２５ＰＡ１から選択されてもよい。いくつかの実施形態において、上記株はＨＬ０２５ＰＡ２、ＨＬ０４６ＰＡ１、ＨＬ１１０ＰＡ２、ＨＬ０５３ＰＡ２、ＨＬ０５９ＰＡ１、ＨＬ２０１ＰＡ１、１７Ａ、または２０Ｃから選択されてもよい。上記株はＲＴ２であってもよく、上記ＲＴ２株はＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、またはＨＬ１０６ＰＡ１であってもよい。上記株はＲＴ１であってもよく、上記ＲＴ１株はＨＬ０５０ＰＡ２またはＨＬ０２５ＰＡ１であってもよい。上記株はＲＴ６であってもよく、上記ＲＴ６株はＨＬ０４２ＰＡ３またはＨＬ１１０ＰＡ３であってもよい。上記株はＰ．ａｃｎｅｓのＩＩ型株またはＩＩＩ型株であってもよい。上記株はＨＬ０２５ＰＡ２またはＨＬ０４６ＰＡ１などのＲＴ３株であってもよい。上記株はＨＬ１１０ＰＡ２またはＨＬ０５３ＰＡ２などのＲＴ８であってもよい。上記株はＨＬ０５９ＰＡ１などのＲＴ１６株であってもよい。上記株はＨＬ２０１ＰＡ１、１７Ａ、または２０ＣなどのＩＩＩ型株であってもよい。本組成物は経口送達用に製剤化されていてもよい。本組成物は局所組成物であってもよい。本組成物はＰ．ａｃｎｅｓの２種以上の株を含んでいてもよい。本組成物はＰ．ａｃｎｅｓの少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、または少なくとも７種の株を含んでいてもよい。

好ましい実施形態において、本組成物はＰ．ａｃｎｅｓのＲＴ４株を実質的に含まない。好ましい実施形態において、本組成物はＰ．ａｃｎｅｓのＲＴ５株を実質的に含まない。好ましい実施形態において、本組成物はＨＬ０４５ＰＡ１、ＨＬ０４３ＰＡ１、ＨＬ０４３ＰＡ２、またはＨＬ０５３ＰＡ２を含まない。いくつかの実施形態において、本組成物はＰ．ａｃｎｅｓのＩＡ−１型、ＩＡ−２型、ＩＢ−１型、及び／またはＩＣ型株を実質的に含まない。好ましい実施形態において、本組成物はＰ．ａｃｎｅｓのＩＡ−１型、ＩＡ−２型、及び／またはＩＣ型株を実質的に含まない。いくつかの実施形態において、本組成物は、ｄｅｏＲを発現しない、保有しない、及び／またはコードしない株を実質的に含まない。特定のかかる実施形態において、実質的に含まないとは、本組成物が、本組成物中の有益な株の治療効果を損なう程度には、示された株を含まないことを示す。他のかかる実施形態において、組成物が、ある株を１０％未満、好ましくは５％未満、最も好ましくは１％未満しか含まない場合に、該組成物は当該指定された株を実質的に含まない。

組成物はｄｅｏＲをコードする核酸を含んでいてもよい（すなわち、上記核酸は上記ｄｅｏＲヌクレオチド配列を含んでいてもよい）。例えば、本組成物はベクターを含んでいてもよく、該ベクターは上記核酸を含んでいてもよい。本組成物はＰ．ａｃｎｅｓの株を含み、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株は上記核酸を含んでいてもよい。上記核酸はＤＮＡまたはＲＮＡであってよい。

上記ベクターはファージまたはプラスミドであってよい。上記ベクターはファージであってもよく、上記ファージは、例えば、上記ファージがＰ．ａｃｎｅｓ細胞を上記核酸で形質転換することができるような、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓに対する向性を有してもよい。

上記核酸はプロモーターを含んでいてもよく、上記プロモーター及びｄｅｏＲは、例えば、上記核酸を含む細胞が、上記核酸からＲＮＡを転写できるように、機能的に連結されていてもよい。

上記核酸は組換え核酸であってもよい。例えば、ｄｅｏＲは、天然のｄｅｏＲプロモーター以外のプロモーターに機能的に連結されていてもよい。同様に、ｄｅｏＲは、Ｅ．ｃｏｌｉなどの異なる種の複製起点を含むベクター、またはバクテリオファージのパッケージングシグナルを含むベクターなどの、Ｐ．ａｃｎｅｓに元々存在しないベクター中に存在してもよい。上記核酸はＰ．ａｃｎｅｓゲノムであってもよく、ｄｅｏＲは上記ゲノムにランダムに組み込まれていてもよい。

組成物は、例えば、Ｐ．ａｃｎｅｓゲノムである、プラスミドである、もしくはＲＮＡである核酸を含む、Ｐ．ａｃｎｅｓの１種または複数種の株を含んでいてもよい。組成物は、ｄｅｏＲタンパク質産物（例えば転写抑制因子タンパク質）を含むＰ．ａｃｎｅｓの１種または複数種の株を含んでいてもよい。例えば、かかる株はｄｅｏＲタンパク質産物を発現してもよい。組成物は、ｄｅｏＲ遺伝子をコードするまたは保有するＰ．ａｃｎｅｓの１種または複数種の株を含んでいてもよい。組成物は、ＲＴ１株、ＲＴ２株、もしくはＲＴ６株から選択されるＰ．ａｃｎｅｓの１種または複数種の株、及び／またはｄｅｏＲをコードする組換え核酸を含む株を含んでいてもよい。組成物は、Ｂｅｌｆａｓｔ ＭＬＳＴ_８分類法によって決定されるクローナルコンプレックス７２（ＣＣ７２）株を含んでいてもよい。組成物は、Ａａｒｈｕｓ ＭＬＳＴ_９分類法によって決定されるクローナルコンプレックス６０（ＣＣ６０）株を含んでいてもよい。組成物は、ＲＴ３、ＲＴ８、ＲＴ１６、もしくはＩＩＩ型から選択されるＰ．ａｃｎｅｓの１種または複数種の株、及び／またはｄｅｏＲをコードする組換え核酸を含む株を含んでいてもよい。

組成物は、レブリン酸、４，６−ジオキソヘプタン酸、及び／またはイソニコチン酸ヒドラジドを更に含んでいてもよい。

本明細書に記載の組成物は、消化管への経口投与に用いてもよい。本発明の組成物（例えば、プロバイオティク組成物）の製剤はまた、胞子発芽及び／または細菌増殖を促進する他のプロバイオティック剤または栄養素を含んでいてもよい。例示的な物質としては、有益なプロバイオティック細菌の増殖を促進する、ビフィズス菌の増殖を促進する（ｂｉｆｉｄｏｇｅｎｉｃ）オリゴサッカライドがある。いくつかの実施形態において、上記プロバイオティック細菌組成物は、治療上有効な用量の（好ましくは適用範囲の広い）抗生物質または抗真菌剤と共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の組成物は、腸溶性被覆された、時間放出カプセルまたは錠剤中に封入される。

本組成物は乳製品などの、但しこれに限定されない食品であってもよい。上記乳製品は培養されたまたは培養されていない（例えば乳）乳製品であってもよい。培養された乳製品の非限定的な例としては、ヨーグルト、カッテージチーズ、サワークリーム、ケフィア、バターミルクなどが挙げられる。乳製品は多くの場合、種々の乳特有の成分、例えば、乳清、脱脂粉乳、乳清タンパク質濃縮固形物などを含有する。上記乳製品は、風味、増粘力、栄養、特定の微生物及びカビの増殖制御などの他の特性などの、望ましい品質を得るために、当該技術分野で公知の任意の形態で処理されてもよい。本発明の組成物はまた、公知の抗酸化剤、緩衝剤、及び着色料、香味料、ビタミン、またはミネラルなどの他の薬剤を含んでいてもよい。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、当該組成物が投与される対象（複数可）の消化管組織と生理学的に適合する担体（例えば薬学的に許容される担体）と組み合わされる。担体は、錠剤、カプセル剤または散剤の形態に製剤化するための、固体を基にした液体を含まない物質から構成することができ、または上記担体は、液剤もしくはゲル剤の形態に製剤化するための、液体またはゲルを基にした物質から構成することができる。特定の担体の種類、ならびに最終的な製剤は、一部は選択される投与経路（複数可）に依存する。本発明の治療用組成物はまた、種々の担体及び／または結合剤を含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、上記担体は、総重量１ｇの投与量に仕上げるのに十分な量で添加された微結晶セルロース（ＭＣＣ）である。担体は、錠剤、カプセル剤または散剤の形態に製剤化するための、固体を基にした液体を含まない物質であってよく、または液剤もしくはゲル剤の形態に製剤化するための、液体またはゲルを基にした物質であってもよく、前記形態は、一部は投与経路に依存する。液体を含まない製剤用の一般的な担体としては、トレハロース、マルトデキストリン、米粉、微結晶セルロース（ＭＣＣ）、ステアリン酸マグネシウム、イノシトール、ＦＯＳ、ＧＯＳ、デキストロース、スクロースなどが挙げられるが、これらに限定はされない。好適な液体またはゲルを基にした担体としては、水及び生理学的塩溶液、尿素、アルコール及び誘導体（例えば、メタノール、エタノール、プロパノール、ブタノール）、グリコール（例えば、エチレングリコール、プロピレングリコールなど）が挙げられるが、これらに限定はされない。水性担体は中性のｐＨ値（すなわちｐＨ７．０）を有することが好ましい。本明細書に記載の組成物を投与するための他の担体または薬剤は、当該技術分野、例えば米国特許第６，４６１，６０７号において公知である。

Ａ．ビヒクル、溶媒、及び希釈剤
組成物は、ビヒクル、溶媒、及び／または希釈剤を含んでいてもよい。本発明の製剤と共に用いるのに適した局所用ビヒクル及びビヒクル成分は、化粧品及び医薬品分野において周知であり、水；アルコール（特に、エタノールなどの皮膚から容易に蒸発することができる低級アルコール）、グリコール（プロピレングリコール、ブチレングリコール、及びグリセロール（グリセリン）など）、脂肪族アルコール（ラノリンなど）などの有機溶媒；水と有機溶媒との（水とアルコールなどの）混合物、及びアルコールとグリセロールなどの有機溶媒の混合物（任意選択で水も含む）；脂肪酸、アシルグリセロール（鉱油などの油、及び天然または合成起源の脂肪を含む）、ホスホグリセリド、スフィンゴ脂質及びワックスなどの脂質系物質；コラーゲン及びゼラチンなどのタンパク質系物質；シクロメチコン、ジメチコノール、ジメチコン、及びジメチコンコポリオールなどのシリコーン系物質（不揮発性及び揮発性の両方）；ワセリン及びスクアランなどの炭化水素系物質；及び皮膚への投与に適した他のビヒクル及びビヒクル成分、ならびに上記で特定された、さもなければ当該技術分野で公知の局所用ビヒクル成分の混合物などのビヒクル（またはビヒクル成分）が挙げられる。

一実施形態において、本発明の組成物は水中油型乳剤である。本発明の組成物の製剤化に用いるのに適した液体としては、水、ならびにグリコール（例えば、エチレングリコール、ブチレングリコール、イソプレングリコール、プロピレングリコール）、グリセロール、液体ポリオール、ジメチルスルホキシド、及びイソプロピルアルコールなどの水と混和性の溶媒が挙げられる。１種または複数種の水性ビヒクルが存在してもよい。

一実施形態において、メタノール、エタノール、プロパノール、またはブタノールを含まない製剤が望ましい。

Ｂ．界面活性剤及び乳化剤
組成物は界面活性剤及び／または乳化剤を含んでいてもよい。多くの局所製剤は、特定の溶媒系中に類似性のない化学物質を分散させるために、界面活性成分（乳化剤及び界面活性剤）を使用する化学的乳剤を含有する。例えば、ほとんどの脂質様（油性または脂肪性）のまたは親油性の成分は、最初に乳化剤と組み合わされない限り水性溶媒中に均一に分散せず、乳化剤は親油性の内側部分及び親水性の外側部分を含む微視的な水溶性構造（小滴）を形成し、それによって水中油型乳剤を生じる。分子は、水性媒体に可溶であるためには極性であるかまたは荷電していなければならず、それは、同じく極性である水分子と良好に相互作用するようにするためである。同様に、水溶性の極性または荷電した成分を主として脂質系または油系の溶媒に溶解させるためには、一般的に、安定した構造であって、親油性の溶媒に溶解して油中水型乳剤を形成することができるように、該構造の内側に親水性成分を含有し、外側が親油性である上記構造を形成する乳化剤が用いられる。かかる乳剤は、乳剤の小滴内の乳化剤の極性もしくは荷電部分と相互作用することができる塩または他の荷電した成分の添加によって、不安定化される場合があることは周知である。乳剤の不安定化によって、水性成分及び親油性成分が２層に分離し、局所用製品の商品価値が損なわれる可能性がある。

本発明に用いるのに適した界面活性剤はイオン性または非イオン性であってよい。これらの界面活性剤としては、セチルアルコール、ポリソルベート（ポリソルベート２０、ポリソルベート４０、ポリソルベート６０、ポリソルベート８０）、ステアレス−１０（Ｂｒｉｊ ７６）、ドデシル硫酸ナトリウム（ラウリル硫酸ナトリウム）、ラウリルジメチルアミンオキシド、セチルトリメチルアンモニウムブロミド（ＣＴＡＢ）、ポリエトキシ化アルコール、ポリオキシエチレンソルビタン、オクトキシノール、Ｎ，Ｎ−ジメチルドデシルアミン−Ｎ−オキシド、ヘキサデシルトリメチルアンモニウムブロミド（ＨＴＡＢ）、ポリオキシル１０ラウリルエーテル、胆汁酸塩（デオキシコール酸ナトリウムまたはコール酸ナトリウムなど）、ポリオキシルヒマシ油、ノニルフェノールエトキシラート、シクロデキストリン、レシチン、ジメチコンコポオリオール、ラウラミドＤＥＡ、コカミドＤＥＡ、コカミドＭＥＡ、オレイルベタイン、コカミドプロピルベタイン、コカミドプロピルホスファチジルＰＧ−ジモニウムクロリド、リン酸ジセチル（リン酸ジヘキサデシル）、セテアレス−１０リン酸（ｃｅｔｅａｒｅｔｈ−１０ ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）、メチルベントニウムクロリド、リン酸ジセチル、セテス−１０リン酸（セテス−１０はセチルアルコールのポリエチレングリコールエーテルであり、ｎの平均値は１０であり、セテス−１０リン酸はセテス−１０のリン酸エステルの混合物である）、セテス−２０、Ｂｒｉｊ Ｓ１０（ポリエチレングリコールオクタデシルエーテル、平均Ｍ_ｎ約７１１）、及びポロキサマー（ポロキサマー１８８（ＨＯ（Ｃ_２Ｈ_４Ｏ）_ａ（ＣＨ（ＣＨ_３）ＣＨ_２Ｏ）_ｂ（Ｃ_２Ｈ_４Ｏ）_ａＨ、平均分子量８４００）及びポロキサマー４０７（ＨＯ（Ｃ_２Ｈ_４Ｏ）_ａ（ＣＨ（ＣＨ_３）ＣＨ_２Ｏ）_ｂ（Ｃ_２Ｈ_４Ｏ）_ａＨ、式中、ａは約１０１、ｂは約５６である）を含む、但しこれらに限定はされない）が挙げられるが、これらに限定はされない。かかる界面活性剤の適宜の組み合わせまたは混合物も、本発明に従って用いることができる。

これらの界面活性剤の多くは、本発明の製剤において乳化剤としての役割を果たすこともできる。

本発明の製剤に用いるのに適した他の界面活性剤としては、ベヘントリモニウムメトサルフェート−セテアリルアルコール；乳化用ワックス、ポリオキシエチレンオレイルエーテル、ＰＥＧ−４０ステアラート、セトステアリルアルコール（セテアリルアルコール）、セテアレス−１２、セテアレス−２０、セテアレス−３０、セテアレスアルコール、セテス−２０（セテス−２０はセチルアルコールのポリエチレングリコールエーテルであり、ｎの平均値は２０である）、オレイン酸、オレイルアルコール、ステアリン酸グリセリル、ステアリン酸ＰＥＧ−７５、ステアリン酸ＰＥＧ−１００、及びステアリン酸ＰＥＧ−１００、セラミド２、セラミド３、ステアリン酸、コレステロール、ステアレス−２、及びステアレス−２０、またはこれらの組み合わせ／混合物などの非イオン性乳化剤、ならびにステアラミドプロピルジメチルアミン及びベヘントリモニウムメトサルフェートなどのカチオン性乳化剤、またはそれらの組み合わせ／混合物が挙げられるが、これらに限定はされない。

Ｃ．保湿剤、皮膚軟化剤、及び湿潤剤
組成物は、保湿剤、皮膚軟化剤、及び／または湿潤剤を含んでいてもよい。一般的には局所製品の、特には化粧品の、最も重要な側面の１つは製品の審美的品質に対する消費者の認識である。例えば、白色ワセリンは優れた保湿剤及び皮膚保護剤であるが、油っぽく、ベタベタしており、容易に皮膚にすり込めず、衣類を汚すことがあるため、特に顔面には、単独ではほとんど用いられない。消費者は、審美的に上品で、消費者の皮膚における許容できる触感及び出来栄えを有する製品を高く評価する。

本発明の製剤に用いるのに適した保湿剤としては、乳酸及び他のヒドロキシ酸ならびにそれらの塩、グリセロール、プロピレングリコール、ブチレングリコール、ＰＣＡナトリウム、ヒアルロン酸ナトリウム、カルボワックス２００、カルボワックス４００、及びカルボワックス８００が挙げられるが、これらに限定はされない。

本発明の製剤に用いるのに適した皮膚軟化剤または湿潤剤としては、パンテノール、パルミチン酸セチル、グリセロール（グリセリン）、ＰＰＧ−１５ステアリルエーテル、ラノリンアルコール、ラノリン、ラノリン誘導体、コレステロール、ワセリン、ネオペンタン酸イソステアリル、ステアリン酸オクチル、鉱油、ステアリン酸イソセチル、ミリスチン酸ミリスチル、オクチルドデカノール、パルミチン酸２−エチルヘキシル（パルミチン酸オクチル）、ジメチコン、フェニルトリメチコン、シクロメチコン、安息香酸Ｃ_１２〜Ｃ_１５アルキル、ジメチコノール、プロピレングリコール、Ｔｈｅｏｂｒｏｍａ ｇｒａｎｄｉｆｌｏｒｕｍ種子バター、セラミド（例えば、セラミド２またはセラミド３）、ヒドロキシプロピルビスパルミタミドＭＥＡ、ヒドロキシプロピルビスラウラミドＭＥＡ、ヒドロキシプロピルビスイソステラミドＭＥＡ、１，３−ビス（Ｎ−２−（ヒドロキシエチル）ステアロイルアミノ）−２−ヒドロキシプロパン、ビス−ヒドロキシエチルトコフェリルスクシノイルアミドヒドロキシプロパン、尿素、アロエ、アラントイン、グリチルレチン酸、ベニバナ油、オレイルアルコール、オレイン酸、ステアリン酸、ジカプリル酸エステル／ジカプリン酸エステル、セバシン酸ジエチル、イソステアリルアルコール、ペンチレングリコール、イソノナン酸イソノニル、及び１，３−ビス（Ｎ−２−（ヒドロキシエチル）パルミトイルアミノ）−２−ヒドロキシプロパンが挙げられるが、これらに限定はされない。

更に、これらの保湿剤及び皮膚軟化剤のいずれかの適宜の組み合わせ及び混合物を本発明に従って用いてもよい。

Ｄ．防腐剤及び抗酸化剤
組成物は、防腐剤及び／または酸化防止剤などの、適用された製剤の安定性または有効性を向上させるのに適した成分を含んでいてもよい。本発明に用いるのに適した防腐剤としては、イミダゾリジニル尿素及びジアゾリジニル尿素などの尿素；フェノキシエタノール；メチルパラベンナトリウム、メチルパラベン、エチルパラベン、及びプロピルパラベン；ソルビン酸カリウム；安息香酸ナトリウム；ソルビン酸；安息香酸；ホルムアルデヒド；クエン酸；クエン酸ナトリウム；二酸化塩素；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、セトリミド、塩化デカリニウム、塩化セチルピリジニウムなどの第四級アンモニウム化合物；硝酸フェニル水銀、酢酸フェニル水銀、及びチメロサールなどの水銀剤；ピロクトンオラミン；Ｖｉｔｉｓ ｖｉｎｉｆｅｒａ種子油；及びアルコール剤、例えば、クロロブタノール、ジクロロベンジルアルコール、フェニルエチルアルコール、及びベンジルアルコールが挙げられるが、これらに限定はされない。

好適な抗酸化剤としては、アスコルビン酸及びそのエステル、重亜硫酸ナトリウム、ブチル化ヒドロキシトルエン、ブチル化ヒドロキシアニソール、トコフェロール、酢酸トコフェロール、アスコルビン酸ナトリウム／アスコルビン酸、パルミチン酸アスコルビル、没食子酸プロピル、ならびにＥＤＴＡ（例えばＥＤＴＡ二ナトリウム）、クエン酸、及びクエン酸ナトリウムなどのキレート剤が挙げられるが、これらに限定はされない。

特定の実施形態において、上記抗酸化剤または防腐剤はカルバミン酸（３−（４−クロロフェノキシ）−２−ヒドロキシプロピル）を含む。

特定の実施形態において、本発明の抗酸化剤または防腐剤は、例えば、保湿剤または皮膚軟化剤としても機能する場合がある。

更に、これらの防腐剤もしくは抗酸化剤の組み合わせまたは混合物を本発明の製剤に用いてもよい。

Ｅ．併用薬
組成物はまた、哺乳動物、特にヒトに局所適用された場合に所望の効果を有する他の任意の薬剤も含有することができる。好適な活性薬剤の種類としては、抗生剤、抗菌剤（ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ ａｇｅｎｔｓ）、抗ざ瘡剤、抗菌剤（ａｎｔｉｂａｃｔｅｒｉａｌ ａｇｅｎｔｓ）、抗真菌剤、抗ウイルス剤、ステロイド抗炎症剤、非ステロイド抗炎症剤、麻酔剤、鎮痒剤、抗原虫剤、抗酸化剤、抗ヒスタミン剤、ビタミン、及びホルモンが挙げられるが、これらに限定はされない。これらの活性剤のいずれかの混合物を用いてもよい。更に、これらの薬剤のいずれかの皮膚科学的に許容される塩及びエステルを用いてもよい。

抗生物質などの抗菌剤は殺菌性または静菌性であってよく、ヒトの体内の細菌の量を制限及び低減することが知られている。レチノイドも毛嚢脂腺単位及び微小面疱中の細菌の量を低減する。光による療法は、光熱加熱、細菌の光化学的不活性化、及び種々の光免疫学的反応によって効果を発現し、臨床上の皮膚の転帰を改善する。一般に、上記の療法は、患者の病原性細菌の量を減少させるように直接作用する。したがって、本発明は、病原性生物の数を低減するという同一の目的を達成する任意のかかる療法が、その後の局所的なプロバイオティックな治療と併用される場合に、病的状態に関与する病原性微生物叢が、健康な皮膚または粘膜中に多く存在する本来の微生物叢、または病的状態を引き起こす種類と同様の生態学的地位を占める、病原性がより低い種によって置換されるという結果に繋がることを提案する。

好適な抗菌性化合物としては、カプレオマイシンＩＡ、カプレオマイシンＩＢ、カプレオマイシンΠＡ及びカプレオマイシンＩＩＢを含むカプレオマイシン；カルボマイシンＡを含むカルボマイシン；カルモナム；セファクロル、セファドロキシル、セファマンドール、セファトリジン、セファゼドン、セファゾリン、セフブペラゾン、セフカペンピボキシル、セフクリジン、セフジニル、セフジトレン、ｃｅｆｉｍｅ、セフェタメト、セフメノキシム、セフメタゾール、セフミノックス、セフォジジム、セフォニシド、セフォペラゾン、セフォラニド、セフォタキシム、セフォテタン、セフォチアム、セフォキシチン、セフピミゾール、セフピラミド、セフピロム、セフプロジル、セフロキサジン、セフスロジン、セフタジジム、セフテラム、セフテゾール、セフチブテン、セフチオファー、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフロキシム、セフゾナム、セファレキシン、ｃｅｐｈａｌｏｇｙｃｉｎ、セファロリジン、セファロスポリンＣ、セファロチン、セファピリン、セファマイシンＣなどのセファマイシン、セファラジン、クロルテトラサイクリン；クラリスロマイシン、クリンダマイシン、クロメトシリン、クロモサイクリン、クロキサシリン、シクラシリン、ダノフロキサシン、デメクロサイクリン、デストマイシンＡ、ジクロキサシリン、ジリスロマイシン、ドキシサイクリン、エピシリン、エリスロマイシンＡ、エタンブトール、フェンベニシリン、フロモキセフ、フロルフェニコール、フロキサシリン、フルメキン、ホルチミシンＡ、ホルチミシンＢ、ホスホマイシン、フラルタドン、フシジン酸、ゲンタマイシン、グリコニアジド、グアメシクリン、ヘタシリン、イダルビシン、イミペネム、イセパマイシン、ジョサマイシン、カナマイシン、ロイコマイシンＡ１などのロイコマイシン、リンコマイシン、ロメフロキサシン、ロラカルベフ、リメサイクリン、メロペネム、メタンピシリン、メタサイクリン、メチシリン、メズロシリン、ミクロノマイシン、ミデカマイシンＡ１などのミデカマイシン、ミオカマイシン、ミノサイクリン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、モキサラクタム、ムピロシン、ナフシリン、ネチルミシン、ｎｏｒｃａｒｄｉａｎ Ａなどのｎｏｒｃａｒｄｉａｎ、オレアンドマイシン、オキシテトラサイクリン、パニペネム、パズフロキサシン、ペナメシリン、ペニシリンＧ、ペニシリンＮ及びペニシリンＯなどのペニシリン、ペニル酸、ｐｅｎｔｙｌｐｅｎｉｃｉｌｌｉｎ（ペンチルペニシリン）、ペプロマイシン、フェネチシリン、ピパサイクリン、ピペラシリン、ピルリマイシン、ピバンピシリン、ピバセファレキシン、ポルフィロマイシン、ｐｒｏｐｉａｌｌｉｎ（プロピアリン）、キナシリン、リボスタマイシン、リファブチン、リファミド、リファンピン、リファマイシンＳＶ、リファペンチン、リファキシミン、リチペネム、ロキタマイシン、ロリテトラサイクリン、ロサラミシン、ロキシスロマイシン、サンサイクリン、シソマイシン、スパルフロキサシン、スペクチノマイシン、ストレプトゾシン、スルベニシリン、スルタミシリン、タランピシリン、テイコプラニン、テモシリン、テトラサイクリン、チオストレプトン、チアムリン、チカルシリン、チゲモナム、チルミコシン、トブラマイシン、トロスペクトマイシン、トロバフロキサシン、タイロシン、及びバンコマイシン、ならびにそれらの類似体、誘導体、薬学的に許容される塩、エステル、プロドラッグ、及び保護された形態が挙げられる。

好適な抗真菌性化合物としては、ケトコナゾール、ミコナゾール、フルコナゾール、クロトリマゾール、ウンデシレン酸、セルタコナゾール、テルビナフィン、ブテナフィン、クリオキノール、ハロプロジン、ナイスタチン、ナフチフィン、トルナフテート、シクロピロックス、アンホテリシンＢ、またはチャノキ油ならびにそれらの類似体、誘導体、薬学的に許容される塩、エステル、プロドラッグ、及び保護された形態が挙げられる。

好適な抗ウイルス剤としては、アシクロビル、アジドウリジン、アニソマイシン、アマンタジン、ブロモビニルデオキシウリジン、クロロビニルデオキシウリジン、シタラビン、デラビルジン、ジダノシン、デオキシノジリマイシン、ジデオキシシチジン、ジデオキシイノシン、ジデオキシヌクレオシド、デスシクロビル、デオキシアシクロビル、エファビレンツ、エンビロキシム、フィアシタビン、フォスカルネット、フィアルリジン、フルオロチミジン、フロクスウリジン、ガンシクロビル、ヒペリシン、イドクスリジン、インターフェロン、インターロイキン、イセチオン酸塩、ネビラピン、ペンタミジン、リバビリン、リマンタジン、スタブジン、サルグラモスチム、スラミン、トリコサンチン、トリブロモチミジン、トリクロロチミジン、トリフルオロチミジン、ホスホモノギ酸三ナトリウム（ｔｒｉｓｏｄｉｕｍ ｐｈｏｓｐｈｏｍｏｎｏｆｏｒｍａｔｅ）、ビダラビン、ジドブジン、ザルシタビン及び３−アジド−３−デオキシチミジンならびにそれらの類似体、誘導体、薬学的に許容される塩、エステル、プロドラッグ、及び保護された形態が挙げられる。

他の好適な抗ウイルス剤としては、２’，３’−ジデオキシアデノシン（ｄｄＡ）、２’，３’−ジデオキシグアノシン（ｄｄＧ）、２’，３’−ジデオキシシチジン（ｄｄＣ）、２’，３’−ジデオキシチミジン（ｄｄＴ）、２’，３’−ジデオキシ−ジデオキシチミジン（ｄ４Ｔ）、２’−デオキシ−３’−チア−シトシン（３ＴＣまたはラミブジン）、２’，３’−ジデオキシ−２’−フルオロアデノシン、２’，３’−ジデオキシ−２’−フルオロイノシン、２’，３’−ジデオキシ−２’−フルオロチミジン、２’，３’−ジデオキシ−２’−フルオロシトシン、２’，３’−ジデオキシ−２’，３’−ジデヒドロ−２’−フルオロチミジン（Ｆｄ４Ｔ）、２’，３’−ジデオキシ−２’−ベータ−フルオロアデノシン（Ｆ−ｄｄＡ）、２’，３’−ジデオキシ−２’−ベータ−フルオロ−イノシン（Ｆ−ｄｄＩ）、及び２’，３’−ジデオキシ−２’−ベータ−フロロシトシン（Ｆ−ｄｄＣ）が挙げられる。いくつかの実施形態において、上記抗ウイルス剤は、ホスホモノギ酸三ナトリウム、ガンシクロビル、トリフルオロチミジン、アシクロビル、３’−アジド−３’−チミジン（ＡＺＴ）、ジデオキシイノシン（ｄｄＩ）、及びイドクスリジンならびにそれらの類似体、誘導体、薬学的に許容される塩、エステル、プロドラッグ、及び保護された形態が挙げられる。

Ｆ．緩衝塩
組成物は緩衝剤または塩を含んでいてもよい。好適な緩衝塩は当該技術分野において周知である。好適な緩衝塩の例としては、クエン酸ナトリウム、クエン酸、一塩基性リン酸ナトリウム、二塩基性リン酸ナトリウム、三塩基性リン酸ナトリウム、一塩基性リン酸カリウム、二塩基性リン酸カリウム、及び三塩基性リン酸カリウムが挙げられるが、これらに限定はされない。

Ｇ．粘度調整剤
組成物は粘度調整剤を含んでいてもよい。本発明の製剤に用いるのに適した粘度調節剤（すなわち、増ちょう剤及び低粘ちょう化剤または粘度調整剤）としては、ヒドロキシエチルセルロース、キサンタンガム、及びスクレロチウムガムなどの保護コロイドまたは非イオン性ガム、ならびにケイ酸アルミニウムマグネシウム、シリカ、微結晶ワックス、ミツロウ、パラフィン、及びパルミチン酸セチルが挙げられるが、これらに限定はされない。更に、これらの粘度調節剤の適宜の組合せまたは混合物を、本発明に従って利用してもよい。

Ｈ．更なる構成成分
本発明の乳剤中に配合するのに適した更なる構成成分としては、皮膚保護剤、吸着剤、鎮痛剤、皮膚軟化剤、保湿剤、徐放性材料、可溶化剤、皮膚浸透剤、皮膚無痛化剤、消臭剤、発汗抑制剤、日焼け防止剤、サンレスタンニング剤、ビタミン、ヘアコンディショニング剤、抗刺激剤、老化防止剤、研磨剤、吸収剤、固結防止剤、帯電防止剤、収斂剤（例えば、ウィッチヘーゼル、アルコール、及びカモミールエキスなどのハーブエキス）、結合剤／賦形剤、緩衝剤、キレート剤、膜形成剤、コンディショニング剤、不透明化剤、脂質、免疫調節剤、及びｐＨ調節剤（例えば、クエン酸、水酸化ナトリウム、及びリン酸ナトリウム）が挙げられるが、これらに限定はされない。

例えば、健康な皮膚に通常存在する脂質（またはそれらの機能的等価物）を本発明の乳剤に配合してもよい。特定の実施形態において、上記脂質は、セラミド、コレステロール、及び遊離脂肪酸からなる群より選択される。脂質の例としては、セラミド１、セラミド２、セラミド３、セラミド４、セラミド５、セラミド６、ヒドロキシプロピルビスパルミタミドＭＥＡ、及びヒドロキシプロピルビスラウラミドＭＥＡ、ならびにこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定はされない。

真皮−表皮接合部のタンパク質構造と相互作用するペプチドの例としては、パルミトイルジペプチド−５ジアミノブチロイルヒドロキシルトレオニン及びパルミトイルジペプチド−６ジアミノヒドロキシブチラートが挙げられる。

皮膚無痛化剤の例としては、藻類エキス、ヨモギエキス、グリチルレチン酸ステアリル、ビサボロール、アラントイン、アロエ、アボカド油、緑茶エキス、ホップエキス、カモミールエキス、コロイドオートミール、カラミン、キュウリエキス、及びこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定はされない。

特定の実施形態において、本組成物は、ベルガモットまたはベルガモット油を含む。ベルガモット油は天然のスキントナー且つ解毒剤である。特定の実施形態において、ベルガモット油は皮膚の早期老化を防止し、油性皮膚状態及びざ瘡に優れた効果を有する場合がある。

ビタミンの例としては、ビタミンＡ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、及びそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定はされない。ビタミン類似体、例えば、ビタミンＤ類似体カルシポトリエンまたはカルシポトリオールも企図される。

特定の実施形態において、上記ビタミンはアスコルビン酸テトラヘキシルデシルとして存在してもよい。この化合物は抗酸化活性を示し、脂質の過酸化を阻害する。特定の実施形態において、これを用いると、ＵＶ曝露の有害な影響を軽減することができる。研究により、上記化合物はコラーゲン産生を刺激すると共に、メラニン生成（色素の産生）を阻害することによって皮膚を清澄化且つ明るくし、それにより均一な皮膚の色調を増進することが明らかになっている。

日焼け防止剤の例としては、ｐ−アミノ安息香酸、アボベンゾン、シノキサート、ジオキシベンゾン、ホモサラート、アントラニル酸メンチル、オクトクリレン、メトキシケイ皮酸オクチル、サリチル酸オクチル、オキシベンゾン、パディメートＯ、フェニルベンゾイミダゾールスルホン酸、スリソベンゾン、二酸化チタン、トロラミンサリチル酸、酸化亜鉛、４−メチルベンジリデンカンファー、メチレンビス−ベンゾトリアゾリルテトラメチルブチルフェノール、ビス−エチルヘキシルオキシフェノールメトキシフェニルトリアジン、テレフタリリデンジカンファースルホン酸、ドロメトリゾールトリシロキサン、フェニルジベンゾイミダゾールテトラスルホン酸二ナトリウム、ジエチルアミノヒドロキシベンゾイル安息香酸ヘキシル、オクチルトリアゾン、ジエチルヘキシルブタミドトリアゾン、ポリシリコーン−１５、及びこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定はされない。

本発明の製剤には、適宜の香料及び色素を用いてもよい。局所用製品に用いるのに適した香料及び色素の例は当該技術分野で公知である。

好適な免疫調節剤としては、テトラクロロデカオキシド、デオキシコール酸、タクロリムス、ピメクロリムス、及びベータ−グルカンが挙げられるが、これらに限定はされない。

特定の実施形態において、パルミトイル−リシル−バリル−リシンビストリフルオロアセタートが添加される。このペプチドはヒト線維芽細胞におけるコラーゲン合成を刺激する。

多くの場合、組成物の１種の構成成分がいくつかの機能を果たしてもよい。一実施形態において、本発明は、潤滑剤、皮膚軟化剤、または皮膚浸透剤として作用し得る構成成分に関する。一実施形態において、上記多機能性成分は、ステアリン酸イソセチル、イソステアリン酸イソプロピル、パルミチン酸イソプロピル、またはミリスチン酸イソプロピルである。

ＩＩ．対象の状態の予防または治療方法
いくつかの態様において、本発明は、対象の状態の予防または治療方法であって、上記対象に組成物を投与することを含む上記方法に関する。上記状態は皮膚状態であってよい。上記組成物は、本明細書に記載の任意の組成物であってよい。投与は局所投与を含んでいてもよい。投与は経口投与を含んでいてもよい。例えば、本方法は、上記対象に、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓのＲＴ１株、ＲＴ２株、及び／またはＲＴ６株を含む組成物を投与することを含んでいてもよい。他の実施形態において、本方法は、上記対象に、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓのＲＴ３株、ＲＴ８株、ＲＴ１６株、またはＩＩＩ型株を含む、本明細書に開示の組成物を投与することを含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、本方法は、ｄｅｏＲを発現する、コードする、または保有する株を投与することを含んでいてもよい。

いくつかの実施形態において、上記皮膚状態はざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症である。

上記対象は１日当たり少なくとも２μｇのビタミンＢ_１２、例えば、１日当たり少なくとも３μｇ、４μｇ、５μｇ、６μｇ、７μｇ、８μｇ、９μｇ、または少なくとも１０μｇのビタミンＢ_１２を摂取していてもよい。対象は１日当たり約２μｇ〜約１０ｍｇのビタミンＢ_１２、例えば１日当たり約２μｇ〜約１ｍｇのビタミンＢ_１２、１日当たり約３μｇ〜約１ｍｇ、約４μｇ〜約１ｍｇ、約５μｇ〜約１ｍｇ、約６μｇ〜約１ｍｇ、約７μｇ〜約１ｍｇ、約８μｇ〜約１ｍｇ、約９μｇ〜約１ｍｇ、または約１０μｇ〜約１ｍｇのビタミンＢ_１２を摂取していてもよい。

いくつかの態様において、本発明は、対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性の判定方法に関する。上記方法は、上記対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓを含む細胞懸濁液のポルフィリン濃度を計算することを含んでいてもよい。上記方法は、対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓ株を同定することを含んでいてもよい。上記方法は、上記対象から得られた、特定のリボタイプに属する、ｄｅｏＲをコードする遺伝子を含む、または他の点でざ瘡もしくは健康な皮膚と関連するＰ．ａｃｎｅｓの割合を特定することを含んでいてもよい。

ポルフィリン濃度の計算は、例えば、対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの細胞懸濁液中のコプロポルフィリンＩＩＩまたはコプロポルフィリンＩの濃度を測定することを含んでいてもよい。ポルフィリン濃度の計算は、約３８０ｎｍ〜約４３０ｎｍ、例えば約４００ｎｍ、約４０５ｎｍ、または約４１０ｎｍの波長の光の吸光度を測定することを含んでいてもよい。ポルフィリン濃度の計算は、例えば、ポルフィリン濃度の測定値を正規化するために、細胞懸濁液密度を測定することを含んでいてもよい。細胞懸濁液密度の測定は、約５８０ｎｍ〜約６２０ｎｍの波長、例えば、約５９０ｎｍ、約５９５ｎｍ、約６００ｎｍ、または約６０５ｎｍの波長における、細胞懸濁液を通過する光の透過度を測定することを含んでいてもよい。上記方法は、例えばポルフィリン濃度の計算の前に、対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓを培養することを含んでいてもよく、または含まなくてもよい。

方法は、対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの懸濁液のポルフィリン濃度が約２μＭより高い、例えば約３μＭより高い場合に、当該対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断することを含んでいてもよい。方法は、対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの懸濁液のポルフィリン濃度が約２μＭ未満である場合に、当該対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が低いと診断することを含んでいてもよい。

上記方法は、上記対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの株を同定することと、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がビタミンＢ_１２に感受性である場合に、上記対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断することとを含んでいてもよい。例えば、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＲＴ４またはＲＴ５である場合に、上記対象は、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断されてもよい。上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＲＴ３株のＨＬ０６３ＰＡ２またはＲＴ８株のＨＬ０８２ＰＡ１である場合に、上記対象は、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断されてもよい。上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＲＴ１株のＨＬ００５ＰＡ２またはＨＬ０８３ＰＡ１である場合に、上記対象は、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断されてもよい。

上記方法は、上記の対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの株を同定することと、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がビタミンＢ_１２に感受性でない場合は、上記対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が低いと診断することとを含んでいてもよい。例えば、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＲＴ２またはＲＴ６である場合に、対象はビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が低いと診断されてもよい。同様に、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＲＴ２またはＲＴ６である場合に、対象は、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高くないと診断されてもよい。上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＲＴ３（すなわち、ＨＬ０６３ＰＡ２ではないＲＴ３株）、ＲＴ８（すなわち、ＨＬ０８２ＰＡ１もしくはＨＬ０５３ＰＡ２ではないＲＴ８株）、またはＲＴ１６である場合に、対象は、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高くないと診断されてもよい。上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＩＩ型及びＩＩＩ型である場合に、上記対象は、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高くないと診断されてもよい。いくつかの実施形態において、上記対象がＰ．ａｃｎｅｓの１種または複数種の株を有するが、Ｐ．ａｃｎｅｓの株の大部分がＲＴ２、ＲＴ６、ＲＴ３（すなわち、ＨＬ０６３ＰＡ２ではないＲＴ３株）、ＲＴ８（すなわち、ＨＬ０８２ＰＡ１またはＨＬ０５３ＰＡ２でないＲＴ８株）、ＲＴ１６、またはＩＩＩ型である場合に、上記対象は、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が低いと診断されてもよい。

Ｐ．ａｃｎｅｓの株を同定することは、上記のＰ．ａｃｎｅｓの株の核酸を配列決定することを含んでいてもよい。例えば、Ｐ．ａｃｎｅｓの株を同定することは、当該の株の１６Ｓ ｒＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を配列決定することを含んでいてもよく、またはＰ．ａｃｎｅｓの株を同定することは、当該の株のポルフィリン生合成遺伝子オペロンの全てもしくは一部をコードするヌクレオチド配列を配列決定することを含んでいてもよい。

方法は、対象のビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高い場合に、上記対象を光線力学療法で治療することを含んでいてもよい。方法は、対象のビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が低い場合に、光線力学療法以外の治療法（例えば、局所または経口抗生物質などの抗生物質による）で上記対象を治療することを含んでいてもよい。

方法は、対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高くないと診断される場合に、上記対象にビタミンＢ_１２を投与することを含んでいてもよい。方法は、対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が低いと診断される場合に、上記対象にビタミンＢ_１２を投与することを含んでいてもよい。

いくつかの態様において、本発明は、対象の皮膚状態の治療方法であって、上記対象を光線力学療法で治療することを含む方法に関する。例えば、上記方法は、対象のＰ．ａｃｎｅｓ株がＲＴ４株またはＲＴ５株のいずれかである場合に、上記対象を光線力学療法で治療することを含んでいてもよい。同様に、上記方法は、対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの細胞懸濁液のポルフィリン濃度が閾値を超える、例えば、約１μＭ、約２μＭ、約３μＭ、約４μＭ、約５μＭ、または約６μＭを超える場合に、上記対象を光線力学療法で治療することを含んでいてもよい。

方法は、対象のＰ．ａｃｎｅｓ株がＲＴ４株またはＲＴ５株のいずれでもない場合に、上記対象を光線力学療法以外の治療法で治療することを含んでいてもよい。同様に、上記方法は、対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓの細胞懸濁液のポルフィリン濃度が閾値よりも低い、例えば、約１μＭ、約２μＭ、約３μＭ、約４μＭ、約５μＭ、または約６μＭ未満の場合に、上記対象を光線力学療法以外の治療法で治療することを含んでいてもよい。上記方法は、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＲＴ２またはＲＴ６である場合に、対象を光線力学療法で治療しないことを含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、上記Ｐ．ａｃｎｅｓの株がＩＩＩ型である場合に、上記対象は光線力学療法による治療を受けない。

本方法は、例えば、本明細書に記載の対象から得られたＰ．ａｃｎｅｓを含む細胞懸濁液のポルフィリン濃度を測定する前に、上記Ｐ．ａｃｎｅｓを培養するかまたは培養せずに、上記ポルフィリン濃度を計算することを含んでいてもよい。

いくつかの態様において、本方法は、対象に、１種または複数種のＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの株を含む本明細書に開示の組成物（例えば、本明細書に開示の経口または局所組成物）を投与することによって、上記対象の皮膚上のポルフィリンの量を低減することを含んでいてもよい。

本方法は対象に皮膚状態の危険性があるか否かを判定することを含み、上記方法は、上記対象から皮膚試料を得、任意選択で上記皮膚試料から細菌ＤＮＡを単離し、上記皮膚試料中の上記細菌ＤＮＡを配列決定し、ｄｅｏＲ転写抑制因子が、発現されないか、低レベルで発現されるか、または当該細菌ＤＮＡ中に存在しない場合に、上記対象は皮膚状態の危険性があると見なされる。

ここまで本発明を概説してきたが、以下の実施例を参照することによって、本発明がより容易に理解されることとなろう。但し、以下の実施例は、単に本発明の特定の態様及び実施形態の例証を目的として記載されるものであり、本発明を限定することを意図するものではない。

物質及び方法
Ｐ．ａｃｎｅｓ株及び培養物。この検討で用いたＰ．ａｃｎｅｓ株（表１）は、Ｆｉｔｚ−Ｇｉｂｂｏｎ ｅｔ ａｌ．（Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １３３：２１５２−２１６０（２０１３））に記載のとおりに、ざ瘡患者及び健康な個体の顔の皮膚から単離した。簡単に説明すると、それぞれの株を、ざ瘡患者または健康な個体の鼻の複数の毛嚢から採取した内容物から単離した。ざ瘡患者の試料採取した皮膚部位には視認可能なざ瘡病変がある場合とない場合とがあり、したがって、上記株は必ずしも病的状態または健康な状態に対応するとは限らない。４種のＲＴ４及びＲＴ５ Ｐ．ａｃｎｅｓ株、ＨＬ０５３ＰＡ１、ＨＬ０４５ＰＡ１、ＨＬ０４３ＰＡ１、及びＨＬ０４３ＰＡ２を、１６Ｓメタゲノム研究（Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １３３：２１５２−２１６０（２０１３））に基づいて疾患と関連するとされたＩＡ−２型株を代表して選択した。上記ＲＴ４株及びＲＴ５株のほとんどに共通して、これらの株は、それらの１６Ｓ及び２３Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子において突然変異を有しており、該突然変異は抗生物質耐性を付与する。３種のＲＴ２株及びＲＴ６株、ＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、及びＨＬ０４２ＰＡ３を、健康な皮膚と関連するとされたＩＩ型株を代表して選択した。本知見を確認するために、更に３種のＩＩ型株、ＨＬ１１０ＰＡ３、ＨＬ１０６ＰＡ１、及びＨＬ０５０ＰＡ２も試験した。これら１０種の株のゲノム配列は既報である（Ｆｉｔｚ−Ｇｉｂｂｏｎ，Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １３３：２１５２−２１６０（２０１３）；Ｔｏｍｉｄａ，ＭＢｉｏ ４：ｅ００００３−０００１３（２０１３））。各実験について、５ｍＬの補強クロストリジウム培地（ｒｅｉｎｆｏｒｃｅｄ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌ ｂｒｏｔｈ）に、培養液ｍＬ当たり５×１０^５個のＰ．ａｃｎｅｓ細胞を播種した。培養物を遮光ボックス中、３７℃で嫌気的に定常期まで増殖させた。０日目に培養物に、ビタミンＢ_１２（１０μｇ／ｍＬ）、５−ＡＬＡ（０．１ｍｇ／ｍＬ）、及び／またはＬＡ（０．１ｍｇ／ｍＬ）を追加した。対照として、追加なしでのＰ．ａｃｎｅｓ株の培養も行った。３回の繰り返しを伴う、１回のみの実験で試験したＨＬ１１０ＰＡ３株、ＨＬ１０６ＰＡ１株、及びＨＬ０５０ＰＡ２株を除いて、それぞれの株について、実験当たり少なくとも３回の繰り返しを伴う、３〜５回の独立した実験を行った。

細胞外ポルフィリンの抽出、同定、及び定量。各株について、Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．（Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ ７：２９３ｒａ１０３（２０１５））に記載の方法を用いてポリフィリンを抽出した。簡単に説明すると、５００μＬの細菌培養物を酢酸エチル及び酢酸（４：１、ｖ／ｖ）中で抽出し、１．５ＭのＨＣｌで可溶化した。Ｔｅｃａｎ Ｇｅｎｉｏｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｐｈｏｔｏｍｅｔｅｒ Ｍ１０００（Ｔｅｃａｎ ＵＳ Ｉｎｃ， Ｍｏｒｒｉｓｖｉｌｌｅ，ＮＣ）を用いて、２００μＬの可溶相の４０５ｎｍにおける吸光度を測定した。吸光度を濃度に換算するための検量線を、既知の濃度のコプロポルフィリンＩＩＩ標準溶液（Ｃ６５４−３， Ｆｒｏｎｔｉｅｒ Ｓｃｉ）を用いて作成した。Ｗｏｌｌｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．（ＭＢｉｏ ５：ｅ０１２８６−０１２１４（２０１４））に記載の定量法を用いて、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＫＰＡ１７１２０２においてポルフィリンレベルを測定した。２０６ｐｍｏｌ／ｍｇであった測定値は２２０ｐｍｏｌ／ｍｇのＷｏｌｌｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．による報告値と一致している。このことは、上記方法が以前の研究と同等であることを示している。定常期において培養物からポルフィリンを抽出した。対数期中期（ｍｉｄ−ｌｏｇ ｐｈａｓｅ）の培養物の結果は、定常期における培養物において見られたものと整合する傾向を示した。細菌の培養密度をＯＤ_５９５によって測定し、ポルフィリンレベルを規格化した。質量分析実験については、抽出したポルフィリンをＡｇｉｌｅｎｔ ６４６０トリプル四重極ＬＣ／ＭＳシステムに直接注入し、陰イオンモードでそれぞれの株のｍ／ｚを同定した。

ポルフィリン産生の比較のための統計的解析。各培養条件下でそれぞれの株によって産生されたポルフィリンの平均の量を、それぞれの実験について少なくとも３回の繰り返しを伴う、少なくとも３回の独立した実験からのデータに基づいて計算した。試行の効果を考慮に入れるための試行による、ランダム切片を伴う線形混合効果モデルにおいて、株、群（ざ瘡関連対健康関連）、及び培養条件（処置あり対処置なし）間のポルフィリンレベルを見積もった。群間の特定の比較のためのＰ値は、Ｔｕｋｅｙ法を用いて補正した。全ての統計的解析はＲソフトウェア（バージョン３．１．３）を用いて行った。

ｄｅｏＲ転写抑制因子の同定。８２種のＰ．ａｃｎｅｓゲノム（Ｔｏｍｉｄａ、ＭＢｉｏ ４：ｅ００００３−０００１３（２０１３））由来のポルフィリン遺伝子クラスタの配列を、多重配列アラインメントソフトウェア（ＣｌｕｓｔａｌＷ２）を用いてアラインした。上記ｄｅｏＲ転写抑制因子（ＰＰＡ０２９９）は、全ての健康と関連するＩＩ型株及び少数のＩ型株に存在するゲノム外エレメントとして同定された。

ＲＮＡ抽出及びｃＤＮＡ合成。ｃｂｉＬ遺伝子及びｄｅｏＲ遺伝子の発現分析のために、細胞をビーズビーティングにより溶解した。全ＲＮＡを標準的なフェノール−クロロホルム法を用いて抽出し、ＲＮｅａｓｙキット（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて精製した。Ｔｕｒｂｏ ＤＮＡ−ｆｒｅｅキット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いてＤＮＡを除去した。ゲル電気泳動法を用いてＲＮＡの品質を評価した。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩ Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ＳｕｐｅｒＭｉｘ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて一本鎖相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を合成した。

ｃｂｉＬ遺伝子発現の分析。ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ４８０（Ｒｏｃｈｅ）上でＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ４８０ Ｈｉｇｈ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ Ｍｅｌｔｉｎｇ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｒｏｃｈｅ）を使用し、以下のプライマー、すなわち、ｃｂｉＬ−順方向、５’−ＧＣＧＣＧＡＧＧＣＡＧＡＣＧＴＧＡＴＣＣ−３’、及びｃｂｉＬ−逆方向、５’−ＧＡＣＡＣＣＧＧＡＣＣＴＣＴＣＣＣＧＣＡ−３’を用いてｑＲＴ−ＰＣＲを行った。以下のｑＲＴ−ＰＣＲプロトコールを用いた。すなわち、９５℃での５分間の初期変性、続いて９５℃で１０秒間、６２℃で３０秒間、及び７２℃で３０秒間を５０サイクルであった。ビタミンＢ_１２を追加した培養物と追加していない培養物との間のｃｂｉＬ遺伝子発現の倍率変化（ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ）を計算した。各試料におけるｃｈｉＬの遺伝子発現レベルを、１６Ｓ ｒＲＮＡ転写レベルに対して正規化した。Ｌｉｇｈｔ Ｃｙｃｌｅｒ ４８０ソフトウェア バージョン１．５（Ｒｏｃｈｅ）を用いて融解曲線の解析を行い、増幅産物の特異性を該産物の融解温度に基づいて検証した。全ての反応を３回の繰り返しで実施した。

ｄｅｏＲ遺伝子発現の分析。Ｃ１０００ Ｔｈｅｒｍａｌ Ｃｙｃｌｅｒ（ＢｉｏＲａｄ）を用いて、数種のＰ．ａｃｎｅｓ株のｃＤＮＡ及びゲノムＤＮＡからｄｅｏＲを増幅した。ＰＣＲにおいて以下のプライマー、すなわち、ｄｅｏＲ−順方向、５’−ＣＴＧＧＣＡＣＧＡＧＡＡＧＧＡＡＣＡＡ−３’、及びｄｅｏＲ−逆方向、５’−ＧＡＡＴＣＧＡＧＣＡＧＡＡＣＴＡＧＧＴＣＡＣ−３’を用いた。以下のＰＣＲプロトコールを用いた。すなわち、９５℃での５分間の初期変性、続いて９５℃で１０秒間、６２℃で３０秒間、７２℃で３０秒間を３５サイクル、続いて７２℃で５分間を１サイクルであった。増幅されたｄｅｏＲ産物を２％のアガロースゲル上で可視化した。１６Ｓ ｒＲＮＡの増幅を陽性対照として含めた。ざ瘡と関連する株ＨＬ０４５ＰＡ１をｄｅｏＲ発現の陰性対照として用いた。

結果
ざ瘡と関連するＰ．ａｃｎｅｓ株は健康と関連する株よりも有意により多くのポルフィリンを産生した。異なるＰ．ａｃｎｅｓ株が同一のポルフィリン種を産生するか否かを調べるために、質量分析を用いて、複数のＰ．ａｃｎｅｓ株によって分泌されたポルフィリンの種類をキャラクタライズした。４種のざ瘡と関連するＩＡ−２型株、ＨＬ０５３ＰＡ１（ＲＴ４）、ＨＬ０４５ＰＡ１（ＲＴ４）、ＨＬ０４３ＰＡ１（ＲＴ５）、及びＨＬ０４３ＰＡ２（ＲＴ５）、ならびに３種の健康と関連するＩＩ型株、ＨＬ００１ＰＡ１（ＲＴ２）、ＨＬ１０３ＰＡ１（ＲＴ２）、及びＨＬ０４２ＰＡ３（ＲＴ６）を試験した（表１）。これらのＰ．ａｃｎｅｓ株によって産生されたポルフィリン種に差異は認められなかった。全ての菌株によって産生された主要なポルフィリン異性体はコプロポルフィリンＩＩＩであった（［Ｍ＋Ｈ］^＋＝６５５．３）。少量のコプロポルフィリンＩも検出された。ポルフィリンレベルは以下の方法で測定する。細菌細胞を採取し、ポルフィリンを抽出する。ポルフィリンの濃度を分光光度法によって測定し、光学密度（これも分光光度法によって測定）に対して正規化する。従って、ポルフィリンレベルは細菌単位当たりで測定される。

Ｐ．ａｃｎｅｓ株が異なる量のポルフィリンを産生するか否かを判定するために、７種のＰ．ａｃｎｅｓ株において分泌されたポルフィリンを定量した（図１）。ざ瘡と関連するＩＡ−２型株によって産生された平均のポルフィリンレベルは６．５μＭ（５．６〜８．８μＭ）であり、健康と関連するＩＩ型株によって産生された平均のポルフィリンレベル、１．１μＭ（０〜２．１μＭ）よりも有意に大きかった（ｐ＜０．０００１（図１））。ＲＴ２株ＨＬ００１ＰＡ１は全ての実験において検出可能なポルフィリンを産生しなかったことは注目に値する。この株はＢｅｌｆａｓｔ ＭＬＳＴ８分類法に基づくクローナルコンプレックス７２（ＣＣ７２）に属し（表１）、該株は健康な皮膚から単離された。

ビタミンＢ_１２の追加によって、ざ瘡と関連する株ではポルフィリン産生が有意に増加したが、健康と関連する株では増加しなかった。ビタミンＢ_１２がＰ．ａｃｎｅｓのポルフィリン産生を株特異的な形態で調節するか否かを調べるために、異なるＰ．ａｃｎｅｓ株によって産生されたポルフィリンのレベルを、ビタミンＢ_１２の追加のあり／なしで比較した。試験した全てのざ瘡と関連するＩＡ−２型株において、ビタミンＢ_１２の追加によってポルフィリン産生が増加し（平均ポルフィリンレベルが６．５μＭから９．２μＭに増加）、試験した４種の株の３種において統計学的有意性があった（Ｐ≦０．０２）（図２）。対照的に、健康と関連するＩＩ型株においては、ビタミンＢ_１２の追加によるポルフィリン産生に対する有意な影響はなかった（平均ポルフィリンレベルは１．１μＭのまま、Ｐ≧０．７７）。ＨＬ００１ＰＡ１におけるポルフィリンレベルは検出不可のままであった。これらの結果を確認するために、更に３種のＩＩ型株、ＨＬ１１０ＰＡ３（ＲＴ６）、ＨＬ１０６ＰＡ１（ＲＴ２）、及びＨＬ０５０ＰＡ２（ＲＴ１）において、ビタミンＢ_１２の添加あり／なしでポルフィリン産生を測定した。これらの株は同様に低レベルのポルフィリン（１．４±１．２μＭ）しか産生せず、その産生レベルはビタミンＢ_１２の追加によって有意な影響を受けなかった。このデータは、ビタミンＢ_１２は、ざ瘡と関連するＩＡ−２型株においてはポルフィリン産生を調節するが、健康と関連するＩＩ型株においては調節せず、皮膚微生物叢のＰ．ａｃｎｅｓ株の組成と、個体のある部分集合においてビタミンＢ_１２がざ瘡を誘発するという知見との間の分子的な繋がりを示していることを示唆する。

ビタミンＢ_１２の追加によってビタミンＢ_１２生合成遺伝子発現が抑制された。ビタミンＢ_１２が、Ｐ．ａｃｎｅｓにおけるビタミンＢ_１２自体の生合成の抑制を介してポルフィリン産生に影響を及ぼすか否かを判定するために、ｑＲＴ−ＰＣＲを実施して、ビタミンＢ_１２生合成経路における遺伝子であるｃｂｉＬの発現レベルを測定した。ｃｂｉＬ遺伝子は、ビタミンＢ_１２生合成経路におけるコリン環形成に関与する１つの重要な酵素であるプレコリン−２ Ｃ２０−メチルトランスフェラーゼをコードする。Ｐ．ａｃｎｅｓ培養物にビタミンＢ_１２を添加することによって、ざ瘡と関連するＩＡ−２型株において０．７４、健康と関連するＩＩ型株で０．２４の平均倍率変化で、ｃｂｉＬ遺伝子発現の下方制御が生じた（図３）。上記ｃｂｉＬ遺伝子発現の下方制御は、ビタミンＢ_１２の追加がビタミンＢ_１２生合成経路を抑制し、それがポルフィリン産生の増加に繋がるとの以前の知見と整合する。ＩＩ型株におけるポルフィリン産生がビタミンＢ_１２の追加の影響を受けなかったとの知見にもかかわらず、ＩＡ−２型とＩＩ型株との両方においてｃｂｉＬの発現が下方制御された。このことは、健康と関連するＩＩ型株におけるポルフィリン産生の阻害に、更なる機序が関与していることを示唆している。

５−アミノレブリン酸（５−ＡＬＡ）の添加によりポルフィリン産生が増加し、これはビタミンＢ_１２によって更に亢進した。Ｐ．ａｃｎｅｓにおけるポルフィリン及びビタミンＢ_１２の生合成経路は、同一の初期酵素ステップ及び共通の前駆体であり、律速酵素のポルホビリノーゲン合成酵素の基質である５−ＡＬＡを共有する。５−ＡＬＡの利用能を増加させることによってポルフィリン産生が促進され得るか否かを調べるために、Ｐ．ａｃｎｅｓ株のポルフィリン産生レベルを、上記基質の添加のあり／なしで比較した。更に、ポルフィリン産生に対するビタミンＢ_１２の効果を、５−ＡＬＡとの組み合わせで評価した。基質単独での添加では、ポルフィリン産生は、未処理の対照と比較して、ざ瘡と関連するＩＡ−２型株において平均２．２倍（Ｐ＜０．０００１）、健康と関連するＩＩ型株において３．４倍（Ｐ≦０．０６、ＨＬ００１ＰＡ１を除く）で有意に増加した（図４）。ＨＬ００１ＰＡ１は、５−ＡＬＡを添加しても一貫して検出可能なポルフィリンを産生しなかった。ビタミンＢ_１２との組み合わせにおける５−ＡＬＡの添加によって、ざ瘡と関連するＩＡ−２型株においてポルフィリン産生が更に亢進し（基質のみと比較して２．７倍増加）、試験した４種の株の３種において統計学的有意性があった（Ｐ≦０．０４）が、健康と関連するＩＩ型株においては亢進しなかった（Ｐ≧０．９４）。このことは、健康と関連するＩＩ型株はそれらのポルフィリン産生においてビタミンＢ_１２に応答しないとの上記知見（図２）と整合する。このデータは、基質の代謝流入がＰ．ａｃｎｅｓにおけるポルフィリン産生に影響を及ぼすことを示唆している。上記のビタミンＢ_１２の追加によるポルフィリン産生の調節はざ瘡と関連するＩＡ−２型株に特異的であるが、健康と関連するＩＩ型株には特異的ではない。

小分子阻害剤によってＰ．ａｃｎｅｓにおけるポルフィリン産生が減少し、その阻害はビタミンＢ_１２の追加によって妨害された。ポルフィリン産生が代謝レベルで調節され得ることを更に実証するために、小分子阻害剤であるレブリン酸（ＬＡ）の効果を、Ｐ．ａｃｎｅｓ株におけるポルフィリン生合成に対して評価した。更に、ポルフィリン産生に対するビタミンＢ_１２の追加の影響をＬＡとの組み合わせで評価した。ＬＡは５−ＡＬＡの類似体であり、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａにおいて、ポルホビリノーゲン合成酵素の酵素活性を阻害し、ポイフィリン及びビタミンＢ_１２生合成経路への代謝流入を遮断することが明らかになっている。０．１ｍｇ／ｍＬ〜１．０ｍｇ／ｍＬの範囲の濃度のＬＡを評価したところ、０．１ｍｇ／ｍＬのＬＡが細菌の増殖に有意に影響を与えなかったことから、この濃度とすることでポルフィリン産生の測定を実験的に妥当なものとした。ＬＡ（０．１ｍｇ／ｍＬ）によって、ＨＬ００１ＰＡ１を除く全ての株でポルフィリン産生が有意に低下し、未処理の培養物と比較して平均３０％の低下が見られた（Ｐ≦０．０００１）（図５）。しかし、ざ瘡と関連するＩＡ−２型株においては、１０μｇ／ｍＬのビタミンＢ_１２と組み合わせて追加した場合、ポルフィリンの有意な減少はなかった。ビタミンＢ_１２を追加すると、ざ瘡と関連するＩＡ−２型株では特異的にＬＡによるポルフィリン生合成の阻害が妨害されたが、健康と関連するＩＩ型株では妨害がなかった。このことは上記の本発明者らの知見（図２及び図４）と整合しており、更に、ビタミンＢ_１２がざ瘡と関連するＩＡ−２型株においてポルフィリン産生を調節する、及びポルフィリン産生が代謝レベルで調節され得るとの結論を裏付けている。このデータはまた、ＬＡがＰ．ａｃｎｅｓにおけるポルフィリン生合成の有効な阻害剤であること、及び上記ポルフィリン生合成経路が、新規なざ瘡の治療のための潜在的な治療上の標的となり得ることを示唆している。

健康と関連する株はポルフィリン生合成抑制因子遺伝子ｄｅｏＲを有する。ざ瘡と関連するＰ．ａｃｎｅｓ株と健康と関連するＰ．ａｃｎｅｓ株とによって産生されるポルフィリンのレベルが異なることを説明することができる、可能性のある分子機序を特定するために、本検討で試験した株を含む８２種のＰ．ａｃｎｅｓ株のポルフィリン生合成遺伝子オペロン（ヘム）を比較した。全ての健康と関連するＩＩ型株及び少数のＩ型株（主としてＩＢ−３株及びＩＣ株）は、ポルフィリン生合成オペロン中に、ｄｅｏＲ転写抑制因子としてアノテートされる更なる遺伝子を有する（図８及び９）。上記ｄｅｏＲ遺伝子はポルフィリン生合成遺伝子クラスタの１３ｂｐ上流に位置する。この遺伝子は、全てのざ瘡と関連するＩＡ−２型株には存在しない。ｄｅｏＲが機能的であるか否かを判定するために遺伝子発現分析を実施し、３種の健康と関連するＩＩ型株のうちの２種、ＨＬ００１ＰＡ１及びＨＬ０４２ＰＡ３において発現がなされ、ＨＬ１０３ＰＡ１においては発現されないことを見出した（図６）。複数の他の種におけるｄｅｏＲ様抑制因子のキャラクタリゼーションによって、糖ホスホトランスフェラーゼの活性、ダプトマイシンの産生、及び脂肪酸のベータ酸化などの細胞過程の調節におけるそれらの役割が明らかになった。上記のｄｅｏＲがゲノム中でポルフィリン生合成遺伝子に極めて近接していること及び健康と関連するＩＩ型株にｄｅｏＲが存在し且つ発現することは、ｄｅｏＲがポルフィリン生合成における転写抑制因子として機能する可能性があることを示唆している。このことは、部分的には、健康と関連するＩＩ型株によって産生されるポルフィリンが低レベルであること、及び該株の健康な皮膚との関連を説明することができる。

ざ瘡と関連するＩＡ−２型株及び健康と関連するＩＩ型株は異なるＰ．ａｃｎｅｓの系統に属する。健康と関連するＩＩ型株によって産生されるポルフィリンのレベルが低いことが、可能性として、ｄｅｏＲによる抑制に起因するのであって、他の系統の違いに起因するのではないことを更に調べるために、Ｉ型のＰ．ａｃｎｅｓ株、ＨＬ０２５ＰＡ１によって産生されるポルフィリンのレベルを調べた。ＨＬ０２５ＰＡ１はＩ型内の別個の系統を表し、系統学的にはＩＩ型株よりもＩＡ−２型株により類似している（図９）。ＨＬ０２５ＰＡ１は、ほとんどの他のＩ型株とは異なり、そのポルフィリン生合成オペロン中にｄｅｏＲをコードし、該オペロン中でこれを発現する（図６）。ＨＬ０２５ＰＡ１は、健康と関連するＩＩ型株と同様であり（２．７μＭ、Ｐ＝０．３１）、ざ瘡と関連するＩＡ−２型株よりも有意に低い（Ｐ＝０．０００６）レベルでポルフィリンを産生した（図１０）。ビタミンＢ_１２を追加した場合、健康と関連するＩＩ型株において観測された傾向と一致して、ＨＬ０２５ＰＡ１においては、ＨＬ０２５ＰＡ１自体の転写抑制が生じた（図３）一方で、ポルフィリン産生はビタミンＢ_１２の追加による影響を受けなかった（図１０）。この知見は、ポルフィリンの生合成におけるｄｅｏＲの阻害的な役割を更に裏付け、ＩＩ型株の健康との関連を潜在的には説明できる可能性がある。

参照による援用
本明細書に引用した全ての科学論文、特許、及び公開された特許出願は、本記載により、参照により援用される。

均等物
当業者であれば、本明細書に記載された発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を、認識するかまたは慣用的な実験のみを用いて確認することができよう。かかる均等物は、添付の特許請求の範囲に包含されることが意図される。

Claims (81)

1. 対象の皮膚状態の予防または治療方法であって、前記対象の皮膚に、アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）のＲＴ１株、ＲＴ２株、ＲＴ３株、ＲＴ６株、ＲＴ８株、ＲＴ１６株、またはＩＩＩ型株を含む組成物を投与することを含む前記方法。
2. 前記組成物がアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）のＲＴ１株、ＲＴ２株、またはＲＴ６株を含む、請求項１に記載の方法。
3. 前記組成物がアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）のＲＴ３株、ＲＴ８株、ＲＴ１６株、またはＩＩＩ型株を含む、請求項１に記載の方法。
4. 前記組成物がアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ１株を含み、前記ＲＴ１株がＨＬ０５０ＰＡ２もしくはＨＬ０２５ＰＡ１であるか、
   前記組成物がアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ２株を含み、前記ＲＴ２株がＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、もしくはＨＬ１０６ＰＡ１であるか、または
   前記組成物がアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ６株を含み、前記ＲＴ６株がＨＬ０４２ＰＡ３もしくはＨＬ１１０ＰＡ３である、
   請求項２に記載の方法。
5. 前記組成物がアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ３株を含み、前記ＲＴ３株がＨＬ０２５ＰＡ２、もしくはＨＬ０４６ＰＡ１であるか、
   前記組成物がアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ８株を含み、前記ＲＴ８株がＨＬ１１０ＰＡ２、もしくはＨＬ０５３ＰＡ２であるか、
   前記組成物がアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ１６株を含み、前記ＲＴ１６株がＨＬ０５９ＰＡ１であるか、または
   前記組成物がアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＩＩＩ型株を含み、前記ＩＩＩ型株がＨＬ２０１ＰＡ１、１７Ａ、もしくは２０Ｃである、
   請求項３に記載の方法。
6. 前記皮膚状態がざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
7. 前記対象が１日当たり少なくとも２μｇのビタミンＢ_１２を摂取している、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
8. 前記対象が、１日当たり少なくとも１０μｇのビタミンＢ_１２を摂取している、請求項７に記載の方法。
9. 前記組成物がアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ４株またはＲＴ５株を実質的に含まない、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
10. 前記対象がヒトである、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
11. アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）のＲＴ１株、ＲＴ２株、ＲＴ３株、ＲＴ６株、ＲＴ８株、ＲＴ１６株、またはＩＩＩ型株を含む、皮膚状態の治療用または皮膚の健康維持用の局所組成物。
12. 皮膚状態の治療または皮膚の健康維持のための、アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）のＲＴ１株、ＲＴ２株、またはＲＴ６株を含む、請求項１１に記載の局所組成物。
13. 皮膚状態の治療または皮膚の健康維持のための、アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）のＲＴ３株、ＲＴ８株、ＲＴ１６株、またはＩＩＩ型株を含む、請求項１１に記載の局所組成物。
14. アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ１株を含み、前記ＲＴ１株がＨＬ０５０ＰＡ２もしくはＨＬ０２５ＰＡ１であるか、
    アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ２株を含み、前記ＲＴ２株がＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、もしくはＨＬ１０６ＰＡ１であるか、または
    アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ６株を含み、前記ＲＴ６株がＨＬ０４２ＰＡ３もしくはＨＬ１１０ＰＡ３である、
    請求項１２に記載の組成物。
15. アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ３株を含み、前記ＲＴ３株がＨＬ０２５ＰＡ２、もしくはＨＬ０４６ＰＡ１であるか、
    アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ８株を含み、前記ＲＴ８株がＨＬ１１０ＰＡ２、もしくはＨＬ０５３ＰＡ２であるか、
    アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ１６株を含み、前記ＲＴ１６株がＨＬ０５９ＰＡ１であるか、または
    アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＩＩＩ型株を含み、前記ＩＩＩ型株がＨＬ２０１ＰＡ１、１７Ａ、もしくは２０Ｃである、
    請求項１３に記載の組成物。
16. レブリン酸、４，６−ジオキソヘプタン酸、またはイソニコチン酸ヒドラジドを更に含む、請求項１１〜１５のいずれか１項に記載の組成物。
17. アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のＲＴ４株及びＲＴ５株を実質的に含まない、請求項１１〜１６のいずれか１項に記載の組成物。
18. 対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性の判定方法であって、前記対象から得られたアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）を含む細胞懸濁液のポルフィリン濃度を計算することを含む前記方法。
19. 前記ポルフィリン濃度を計算することが、コプロポルフィリンＩＩＩまたはコプロポルフィリンＩの濃度を測定することを含む、請求項１８に記載の方法。
20. 前記ポルフィリン濃度を計算することが、約３８０ｎｍ〜約４３０ｎｍの波長における吸光度を測定することを含む、請求項１８または１９に記載の方法。
21. 前記計算されたポルフィリン濃度が約３μＭよりも高い場合に、前記対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断することを更に含む、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
22. 前記計算されたポルフィリン濃度が約２μＭよりも高い場合に、前記対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断することを含む、請求項２１に記載の方法。
23. 前記計算されたポルフィリン濃度が約２μＭ未満である場合に、前記対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が低いと診断することを更に含む、請求項１８〜２２のいずれか１項に記載の方法。
24. 前記ポルフィリン濃度を計算する前に、前記対象から得られた前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）を培養することを更に含む、請求項１８〜２３のいずれか１項に記載の方法。
25. 対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性の判定方法であって、前記対象から得られたアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株を同定することと、前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株がビタミンＢ_１２に感受性である場合に、前記対象を、ビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断することとを含む前記方法。
26. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ４またはＲＴ５である場合に、前記対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断される、請求項２５に記載の方法。
27. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ３株ＨＬ０６３ＰＡ２、またはＲＴ８株ＨＬ０８２ＰＡ１である場合に、前記対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高いと診断される、請求項２５または２６に記載の方法。
28. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ２またはＲＴ６である場合に、前記対象はビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高くないと診断される、請求項２５〜２７のいずれか１項に記載の方法。
29. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株がＩＩ型またはＩＩＩ型である場合に、前記対象はビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高くないと診断される、請求項２５〜２８のいずれか１項に記載の方法。
30. 前記対象がビタミンＢ_１２誘発性ざ瘡を発症する危険性が高くないと診断される場合に、前記対象にビタミンＢ_１２を投与することを更に含む、請求項２５〜２９のいずれか１項に記載の方法。
31. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株を同定することが、前記株の１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする核酸を配列決定することを含む、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の方法。
32. 対象に皮膚状態の危険性があるか否かの判定方法であって、
    前記対象から皮膚の試料を得ることと、
    任意選択で前記皮膚の試料から細菌ＤＮＡを単離することと、
    前記皮膚の試料中の前記細菌ＤＮＡを配列決定することと
    を含み、
    前記細菌ＤＮＡ中にｄｅｏＲ転写抑制因子が存在しない場合に、前記対象は皮膚状態の危険性があると見なされる、
    前記方法。
33. 前記皮膚状態がざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症である、請求項３２に記載の方法。
34. ｄｅｏＲをコードする核酸を含む局所組成物。
35. ベクターを含み、前記ベクターが前記核酸を含む、請求項３４に記載の組成物。
36. 前記ベクターがファージであり、前記ファージがアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）に対する向性を有する、請求項３５に記載の組成物。
37. 対象の皮膚状態の予防または治療方法であって、前記対象の前記皮膚に、請求項３４〜３６のいずれか１項に記載の組成物を投与することを含む前記方法。
38. 前記皮膚状態がざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症である、請求項３７に記載の方法。
39. 対象の皮膚状態の治療方法であって、
    前記対象から得られたアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）を含む細胞懸濁液のポルフィリン濃度を計算することと、
    前記計算されたポルフィリン濃度が閾値を上回る場合に、前記対象を光線力学療法で治療することと
    を含む前記方法。
40. 前記ポルフィリン濃度を計算することが、コプロポルフィリンＩＩＩまたはコプロポルフィリンＩの濃度を測定することを含む、請求項３９に記載の方法。
41. 前記ポルフィリン濃度を計算することが、約３８０ｎｍ〜約４３０ｎｍの波長における吸光度を測定することを含む、請求項３９または４０に記載の方法。
42. 前記計算されたポルフィリン濃度が閾値未満である場合に、前記対象を光線力学療法以外の療法で治療することを更に含む、請求項３９〜４１のいずれか１項に記載の方法。
43. 前記光線力学療法以外の療法が前記対象に抗生物質を投与することを含む、請求項４２に記載の方法。
44. 前記閾値が約１μＭ〜約６μＭである、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の方法。
45. 前記閾値が約２μＭ〜約５μＭである、請求項４４に記載の方法。
46. 前記閾値が約３μＭ〜約４μＭである、請求項４５に記載の方法。
47. 前記ポルフィリンの濃度を計算する前に、前記対象から得られた前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）を培養することを更に含む、請求項３９〜４６のいずれか１項に記載の方法。
48. 対象の皮膚状態の治療方法であって、
    前記対象から得られたアクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株のアイデンティティーを判定することと、
    前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株が高レベルのポルフィリンを産生する場合に、前記対象を光線力学療法で治療することと
    を含む前記方法。
49. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ４またはＲＴ５である場合に、前記対象を光線力学療法で治療することを含む、請求項４８に記載の方法。
50. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ２またはＲＴ６である場合には、前記対象が光線力学療法による治療を受けない、請求項４８または４９に記載の方法。
51. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株がＩＩＩ型である場合には、前記対象が光線力学療法による治療を受けない、請求項４８〜５０のいずれか１項に記載の方法。
52. 前記アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の株が高レベルのポルフィリンを産生しない場合に、前記対象を光線力学療法以外の療法で対象を治療することを含む、請求項４８〜５１のいずれか１項に記載の方法。
53. 前記光線力学療法以外の療法が前記対象に抗生物質を投与することを含む、請求項５２に記載の方法。
54. 前記皮膚状態がざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症である、請求項３９〜５３のいずれか１項に記載の方法。
55. 対象の皮膚状態の予防または治療方法であって、前記対象の前記皮膚に、ｄｅｏＲをコードする核酸を含むアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株を含む組成物を投与することを含む前記方法。
56. 前記核酸がｄｅｏＲに機能的に連結されたプロモーターを含む、請求項５５に記載の方法。
57. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がｄｅｏＲ転写抑制因子を発現する、請求項５５または５６に記載の方法。
58. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ１、ＲＴ２、またはＲＴ６である、請求項５５〜５７のいずれか１項に記載の方法。
59. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ３、ＲＴ８、ＲＴ１６、またはＩＩＩ型である、請求項５５〜５７のいずれか１項に記載の方法。
60. 前記組成物が、ＲＴ４株またはＲＴ５株などの、アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のｄｅｏＲを発現しない株を実質的に含まない、請求項５５〜５９のいずれか１項に記載の方法。
61. 前記皮膚状態がざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症である、請求項５５〜６０のいずれか１項に記載の方法。
62. 前記対象が１日当たり少なくとも２μｇのビタミンＢ_１２を摂取している、請求項５５〜６１のいずれか１項に記載の方法。
63. 前記対象が、１日当たり少なくとも１０μｇのビタミンＢ_１２を摂取している、請求項６２に記載の方法。
64. 前記対象がヒトである、請求項５５〜６３のいずれか１項に記載の方法。
65. ｄｅｏＲをコードする核酸を含むアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株を含む、皮膚状態の治療用または皮膚の健康維持用の局所組成物。
66. 前記核酸がｄｅｏＲに機能的に連結されたプロモーターを含む、請求項６５に記載の組成物。
67. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がｄｅｏＲ転写抑制因子を発現する、請求項６５または６６に記載の組成物。
68. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ１、ＲＴ２、またはＲＴ６である、請求項６０〜６２のいずれか１項に記載の組成物。
69. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ３、ＲＴ８、ＲＴ１６、またはＩＩＩ型である、請求項６５〜６８のいずれか１項に記載の組成物。
70. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ１であり、前記ＲＴ１株がＨＬ０５０ＰＡ２もしくはＨＬ０２５ＰＡ１であるか、
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ２であり、前記ＲＴ２株がＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、もしくはＨＬ１０６ＰＡ１であるか、または
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ６であり、前記ＲＴ６株がＨＬ０４２ＰＡ３もしくはＨＬ１１０ＰＡ３である、
    請求項６８に記載の組成物。
71. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ３であり、前記ＲＴ３株がＨＬ０２５ＰＡ２、もしくはＨＬ０４６ＰＡ１であるか、
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ８であり、前記ＲＴ８株がＨＬ１１０ＰＡ２、もしくはＨＬ０５３ＰＡ２であるか、
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ１６であり、前記ＲＴ１６株がＨＬ０５９ＰＡ１であるか、または
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＩＩＩ型であり、前記ＩＩＩ型株がＨＬ２０１ＰＡ１、１７Ａ、もしくは２０Ｃである、
    請求項６９に記載の組成物。
72. レブリン酸、４，６−ジオキソヘプタン酸、またはイソニコチン酸ヒドラジドを更に含む、請求項６５〜７１のいずれか１項に記載の組成物。
73. ＲＴ４株及びＲＴ５株などの、アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）のｄｅｏＲをコードしない、またはｄｅｏＲを有さない株を実質的に含まない、請求項６５〜７２のいずれか１項に記載の組成物。
74. 前記核酸が、ｄｅｏＲに機能的に連結されたプロモーターを含み、前記プロモーターが天然のｄｅｏＲプロモーターではない、請求項６５〜７３のいずれか１項に記載の組成物。
75. 前記核酸が組換え核酸である、請求項６５〜７４のいずれか１項に記載の組成物。
76. 対象の皮膚上のポルフィリンの量の低減方法であって、前記対象に、アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の１種または複数種の株を含む組成物を投与することを含む前記方法。
77. 前記対象がざ瘡、皮膚老化、酒さ、または晩発性皮膚ポルフィリン症を有する、請求項７６に記載の方法。
78. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ６、ＲＴ８、ＲＴ１６、またはＩＩＩ型である、請求項７６または７７に記載の方法。
79. 前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ１であり、前記ＲＴ１株がＨＬ０５０ＰＡ２もしくはＨＬ０２５ＰＡ１であるか、
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ２であり、前記ＲＴ２株がＨＬ００１ＰＡ１、ＨＬ１０３ＰＡ１、もしくはＨＬ１０６ＰＡ１であるか、
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ３であり、前記ＲＴ３株がＨＬ０２５ＰＡ２、もしくはＨＬ０４６ＰＡ１であるか、
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ６であり、前記ＲＴ６株がＨＬ０４２ＰＡ３もしくはＨＬ１１０ＰＡ３であるか、
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ８であり、前記ＲＴ８株がＨＬ１１０ＰＡ２、もしくはＨＬ０５３ＰＡ２であるか、
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＲＴ１６であり、前記ＲＴ１６株がＨＬ０５９ＰＡ１であるか、または
    前記アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）の株がＩＩＩ型であり、前記ＩＩＩ型株がＨＬ２０１ＰＡ１、１７Ａ、もしくは２０Ｃである、
    請求項７６〜７８のいずれか１項に記載の方法。
80. 前記組成物が局所送達用に製剤化されている、請求項７６〜７９のいずれか１項に記載の方法。
81. 前記組成物が、アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）の、ｄｅｏＲをコードしていないまたはｄｅｏＲを有していない株、ならびにＲＴ４株及びＲＴ５株を実質的に含まない、請求項７６〜８０のいずれか１項に記載の方法。

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