JP2019526257A5 - - Google Patents

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いくつかの実施形態において、複数のアダプタの各アダプタのアンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される。請求項７５の１セットのアダプタにおいて、複数のアダプタの各アダプタの増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、各アダプタの試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって１セットのアダプタの試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、複数のアダプタのそれぞれは、試料タグ領域に隣接する、または試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、複数のアダプタの各アダプタのＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、ＵＭＩ増倍管は、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含み、それぞれの６４個の可能なヌクレオチド配列のＵＭＩ増倍管は、複数のアダプタの試料タグ領域のそれぞれに対合され、複数のアダプタの各アダプタのアンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ＤＮＡ標的領域上で試験試料から遺伝子解析を実施する方法であって、
（ａ）複数のＤＮＡライブラリ断片を含むゲノムＤＮＡライブラリを生成することであって、そこで各前記ＤＮＡライブラリ断片は前記試験試料からのゲノムＤＮＡ断片、及びアダプタを含む、前記生成すること、
（ｂ）ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと前記ゲノムＤＮＡライブラリを接触させることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成すること、ならびに
（ｃ）前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ゲノムＤＮＡ断片の定量的遺伝子解析を実施すること、
を備え、
そこで前記アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
そこで前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
そこで前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の一致度を符号化し、前記試験試料の一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
そこで前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、そこで前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能であり、
そこで前記遺伝子解析は疾患状態を示す遺伝的変化を検出するために実施される、
前記方法。
（項目２）
疾患状態を示す前記遺伝的変化は、一塩基多様体（ＳＮＶ）、４０ヌクレオチド長未満の挿入、４０ヌクレオチド長未満のＤＮＡ領域の欠失、及び／またはコピー数における変化から選択される、項目１に記載の前記方法。
（項目３）
疾患状態を示す前記遺伝的変化は、コピー数における変化である、項目１に記載の前記方法。
（項目４）
前記試験試料は、組織診である、項目１から３のいずれかに記載の前記方法。
（項目５）
前記組織診は、腫瘍、または腫瘍であると疑われる組織から採取される、項目４に記載の前記方法。
（項目６）
前記ゲノムＤＮＡは、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）または細胞ＤＮＡである、項目１から３のいずれかに記載の前記方法。
（項目７）
前記ゲノムＤＮＡは、前記試験試料から単離されるｃｆＤＮＡであり、前記試験試料は、羊水、血液、血漿、血清、精液、リンパ液、脳脊髄液、眼液、尿、唾液、便、粘液、及び汗からなる群から選択される生体試料である、項目６に記載の前記方法。
（項目８）
前記ゲノムＤＮＡ断片は、
（ｉ）前記試験試料から細胞ＤＮＡを単離すること、
（ｉｉ）前記細胞ＤＮＡを断片化し、前記ゲノムＤＮＡ断片を取得すること、
を備えるステップによって取得される、項目１から５のいずれかに記載の前記方法。
（項目９）
ステップ（ｉｉ）は、前記細胞ＤＮＡを少なくとも１個の消化酵素と接触させることによって実施される、項目８に記載の前記方法。
（項目１０）
ステップ（ｉｉ）は、機械的応力を前記細胞ＤＮＡへ加えることによって実施される、項目８に記載の前記方法。
（項目１１）
前記機械的応力は、前記細胞ＤＮＡを超音波処理することによって加えられる、項目１０に記載の前記方法。
（項目１２）
前記試料タグは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にするユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含む、先行項目のいずれかに記載の前記方法。
（項目１３）
前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目１４）
前記増幅領域は、２０から３０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項のいずれかに記載の前記方法。
（項目１５）
前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項のいずれかに記載の前記方法。
（項目１６）
前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目１７）
前記試料タグは、５から１５の間のヌクレオチド長にある、項目１６に記載の前記方法。
（項目１８）
前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、項目１６に記載の前記方法。
（項目１９）
前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、項目１２から１８のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目２０）
前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、項目１９に記載の前記方法。
（項目２１）
前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目１９に記載の前記方法。
（項目２２）
前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目２３）
前記アンカー領域は、５から２５の間のヌクレオチド長にある、項目２２に記載の前記方法。
（項目２４）
前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、項目２２または２３に記載の前記方法。
（項目２５）
ステップ（ａ）は、前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタへ付着させることを備える、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目２６）
前記ゲノムＤＮＡ断片は、前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタと付着させる前に、末端修復される、項目２５に記載の前記方法。
（項目２７）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、項目２５に記載の前記方法。
（項目２８）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、２から１，０００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目２６または２７に記載の前記方法。
（項目２９）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、５０から５００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目２８に記載の前記方法。
（項目３０）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、１００から４００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目２８に記載の前記方法。
（項目３１）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、２００から３００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目２８に記載の前記方法。
（項目３２）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にある、項目２８に記載の前記方法。
（項目３３）
前記ヌクレオチド配列の各配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記２４０個のヌクレオチド配列のいずれかの他の配列から分離する、項目２８から３２のいずれかに記載の前記方法。
（項目３４）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、項目２６から３３のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目３５）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、項目２６から３４のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目３６）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、項目３４または３５に記載の前記方法。
（項目３７）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にある、項目３６に記載の前記方法。
（項目３８）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、項目２６から３７に記載の前記方法。
（項目３９）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、各試料タグの前記ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記複数のアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、それぞれの前記可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの各試料タグ領域に対合され、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
項目２５または２６に記載の前記方法。
（項目４０）
前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタと付着させる前記ステップは、
（ｉ）アンカー領域の少なくとも一部を含むオリゴヌクレオチドを各ゲノムＤＮＡ断片へ付着させることであって、そこでアンカー領域の少なくとも一部を含む前記オリゴヌクレオチドはパートナー鎖によって二本鎖にされる５’リン酸化付着鎖を含むＤＮＡ二本鎖であり、そこで前記パートナー鎖は化学修飾による付着からその３’末端で遮断され、そこで前記付着鎖は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着する、前記付着させること、
（ｉｉ）前記複数のアダプタの各アダプタのヌクレオチド配列についてアダプタ配列の全長を符号化するＤＮＡオリゴヌクレオチドと、前記アンカー領域の少なくとも一部を含む前記オリゴヌクレオチドに付着する前記ゲノムＤＮＡ断片を接触させること、ならびに
（ｉｉｉ）ＤＮＡライゲーションに適切な条件下でＴ４ポリヌクレオチドキナーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡリガーゼ、及びＢｓｔポリメラーゼ全長と、前記ゲノムＤＮＡ断片、及び前記アダプタ配列の全長を符号化する前記ＤＮＡオリゴヌクレオチドを接触させること、
を備え、
それらにより、前記複数のアダプタを前記ゲノムＤＮＡ断片に付着させる、項目２５から３９のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４１）
前記ゲノムＤＮＡ断片は、ｃｆＤＮＡである、項目２５から４０のいずれかに記載の前記方法。
（項目４２）
前記ＤＮＡ標的領域は、コピー数における変化について解析される、項目２５から４１のいずれかに記載の前記方法。
（項目４３）
ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備える、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４４）
ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備え、前記ゲノムＤＮＡライブラリから前記関心領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のプライマー伸長及び／または増幅を実施する、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４５）
ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備え、前記ゲノムＤＮＡライブラリから前記関心領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のプライマー伸長及び増幅を実施する、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４６）
ステップ（ｃ）は、複数のシーケンシングリードを生成するために、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のＤＮＡシーケンシングを備える、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４７）
前記ゲノム解析は、ＤＮＡ関心領域におけるコピー数の変化を測定することを備え、ステップ（ｃ）は、
（ｉ）前記試験試料に由来する前記ゲノムＤＮＡライブラリ中に存在する前記関心領域のコピー数を測定すること、及び
（ｉｉ）ステップ（ｉ）において測定された前記コピー数を標準試料に由来する前記ゲノムＤＮＡライブラリ中に存在する前記関心領域のコピー数と比較すること、
を備え、
前記標準試料は、前記ＤＮＡ標的領域の既知のコピー数を有する、
先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４８）
前記関心領域における前記コピー数を測定することは、複数のシーケンシングリードを生成するために前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のＤＮＡシーケンシングを備え、各シーケンシングリードは、ユニーク分子識別素子（ＵＭＩＥ）を含む、項目４７に記載の前記方法。
（項目４９）
前記ＵＭＩＥは、前記アダプタからのシーケンシング情報、及び前記ゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一部を含む、項目４８に記載の前記方法。
（項目５０）
同一ＵＭＩＥを含むシーケンシングリードは、ユニークゲノム配列（ＵＧＳ）として識別される、項目４９に記載の前記方法。
（項目５１）
前記ゲノムＤＮＡライブラリと接触する前記キャプチャプローブのそれぞれについて生のゲノム深度（ＲＧＤ）を測定することをさらに備える、項目４７から５０のいずれかに記載の前記方法。
（項目５２）
前記ＲＧＤは、試料複製物群内の各キャプチャプローブ配列と関連するＵＧＳの前記平均数を測定することを備える、項目５１に記載の前記方法。
（項目５３）
非常にばらつきのある数のＵＧＳと関連するキャプチャプローブは、ノイズの多いプローブとして識別され、さらなる計算から除外される、項目５２に記載の前記方法。
（項目５４）
試料についてＲＧＤを計算することをさらに備え、前記試料中のすべてのキャプチャプローブについてすべてのＲＧＤの数値平均を計算することを備える、項目５２に記載の前記方法。
（項目５５）
ノイズの多いプローブについての前記ＲＧＤ値は、試料についてＲＧＤを計算する際に含まれない、項目５２に記載の前記方法。
（項目５６）
前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤは、各キャプチャプローブについての前記ＲＧＤをプローブ特異的な正規化されたリードカウントに変換することによって実験群中のすべての試料にわたり正規化され、
前記プローブ特異的な正規化されたリードカウントは、
（ｉ）試料中の各キャプチャプローブＲＧＤに正規化定数を乗算することであって、そこで前記正規化定数はいずれかの実数を含む、前記乗算すること、及び
（ｉｉ）前記対応する試料について計算される前記ＲＧＤで（ｉ）の前記積を除算すること、または
（ｉｉｉ）１サブセットのプローブから計算される平均ＲＧＤで（ｉ）の前記積を除算すること、
を備える、項目５１から５５のいずれかに記載の前記方法。
（項目５７）
前記１サブセットのプローブは、１セットの対照プローブである、項目５６に記載の前記方法。
（項目５８）
前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントは、コピー数値に変換され、
前記コピー数値は、
（ｉ）．女性に由来する試料において、常染色体及び／またはＸ連鎖領域を対象とするプローブの前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントに２を乗算すること、
（ｉｉ）．男性に由来する試料において、Ｙ連鎖領域及び／またはＸ連鎖領域を対象とするプローブの前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントに１を乗算すること、
（ｉｉｉ）．実験中に、すべての試料にわたり（ｉ）及び／または（ｉｉ）の前記積を平均すること、ならびに
（ｉｖ）．（ｉｉｉ）の前記平均値で（ｉ）及び／または（ｉｉ）の前記積を除算すること、
を備える、項目５７に記載の前記方法。
（項目５９）
特異的な遺伝子を標的にするすべてのプローブについて前記近似したコピー数値は、平均される、項目５８に記載の前記方法。
（項目６０）
コピー数増加及びコピー数減少の高感度検出方法であって、
（ｉ）キャプチャプローブについてＲＧＤを測定すること、
（ｉｉ）前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤをプローブ特異的な、正規化されたリードカウントに変換することによって、実験群中にすべての試料にわたり前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤを正規化すること、
（ｉｉｉ）各プローブ特異的な、正規化されたリードカウントについて近似したコピー数値を計算すること、及び
（ｉｖ）特異的な遺伝子を標的にするすべてのプローブについて前記近似したコピー数値を平均すること、
を備える、前記方法。
（項目６１）
染色体安定性を測定する方法であって、
（ｉ）１セットの１つ以上の染色体安定性プローブを設計し、妥当性確認することであって、前記染色体安定性プローブはヒト染色体にわたり均一に分布する、前記妥当性確認すること、
（ｉｉ）前記１つ以上の染色体安定性プローブを使用して患者試料上で標的シーケンシングを実施すること、
（ｉｉｉ）各染色体プローブについて近似したコピー数値を決定すること、
（ｉｖ）患者試料のゲノム表現型を決定することであって、そこで前記患者試料中の１つ以上の染色体プローブについて前記コピー数値における増減はゲノム不安定性を示すこと、
を備える、前記方法。
（項目６２）
それを必要とする被験体中の癌を処置する方法であって、
前記被験体は項目６１の前記方法に従い、不安定化されたゲノムを含むと識別され、
前記癌を処置する前記方法は薬学的に有効量のＰＡＲＰ阻害剤を投与する、
ことを備える、前記方法。
（項目６３）
前記関心領域は、遺伝子、または前記遺伝子の一部である、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目６４）
前記遺伝子は、疾患と関連する、項目６３に記載の前記方法。
（項目６５）
前記疾患は、癌である、項目６４に記載の前記方法。
（項目６６）
前記遺伝子は、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＩＰ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＨＤＡＣ２、及び／またはＰＡＬＢ２である、項目６３に記載の前記方法。
（項目６７）
複数のＤＮＡライブラリ断片を含むゲノムＤＮＡライブラリであって、
前記ＤＮＡライブラリ断片のそれぞれはアダプタ及びゲノムＤＮＡ断片を含み、
前記アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の一致度を符号化し、前記試験試料の一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能である、
前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目６８）
前記試料タグは、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含み、前記ＵＭＩは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にする、項目６７に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目６９）
前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、項目６７または６８に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７０）
前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、項目６９に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７１）
前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７２）
前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、項目７１に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７３）
前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、項目６７から７２のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７４）
前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、項目７３に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７５）
前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７６）
前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、項目７５に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７７）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、項目６７から７６のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７８）
前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記試料の前記ヌクレオチド配列のいずれかの他の配列から分離する、項目６７から７７のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７９）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、項目６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８０）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、項目６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８１）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、項目６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８２）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、少なくとも２のハミング距離によって前記複数のアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、それぞれの前記可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの前記試料タグ領域のそれぞれに対合され、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、
所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
項目６７に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８３）
前記ゲノムＤＮＡ断片は、ｃｆＤＮＡである、項目６７から８２のいずれかに記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８４）
項目６７から８３のいずれか１項に従い、１個より多いゲノムライブラリを含む、複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８５）
前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する１個のゲノムＤＮＡライブラリの前記試料タグ領域の前記核酸配列は、前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する他のゲノムＤＮＡライブラリの前記試料タグ領域の前記核酸配列と異なる、項目８４に記載の前記複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８６）
前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する１個のゲノムＤＮＡライブラリの前記増幅領域の前記核酸配列は、前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する他のゲノムＤＮＡライブラリの前記増幅領域の前記核酸配列に同一である、項目８４または８５に記載の前記複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８７）
無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）のＤＮＡ標的領域の遺伝子解析方法であって、
（ａ）項目６７から８６のいずれかに記載の前記ＤＮＡライブラリを生成すること、
（ｂ）ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと前記ｃｆＤＮＡライブラリを接触させることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成すること、及び
（ｃ）前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ｃｆＤＮＡ断片の定量的遺伝子解析を実施すること、
を備え
それらにより、前記ＤＮＡ標的領域の遺伝子解析を実施する、
前記遺伝子解析方法。
（項目８８）
被験体における遺伝性疾患を予測する、診断する、または監視する方法であって、
（ａ）前記被験体から試験試料を得ることと、
（ｂ）前記試験試料からゲノムＤＮＡを単離することと、
（ｃ）複数のＤＮＡライブラリ断片を含むＤＮＡライブラリを生成することであって、前記ＤＮＡライブラリ断片のそれぞれは前記試験試料からのゲノムＤＮＡ断片、及びアダプタを含む、前記生成することと、
（ｄ）ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと前記ｃｆＤＮＡライブラリを接触させることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成することと、
（ｅ）前記ｃｆＤＮＡクローンライブラリにおける前記遺伝性疾患に関連する１つ以上の標的遺伝子座の定量的遺伝子解析を実施することであって、前記１つ以上の標的遺伝子座における１つ以上の遺伝子損傷の前記同定または検出は前記遺伝性疾患の前記進行の予後判定、診断、または監視である、前記実施することと、
を含む前記方法。
（項目８９）
前記定量的遺伝子解析は、複数のシーケンシングリードを生成するためのＤＮＡシーケンシングを含む、項目８７または８８に記載の前記方法。
（項目９０）
ユニークゲノムＤＮＡ断片の一致度、及び試験試料の一致度を符号化する１セットのアダプタであって、ゲノムＤＮＡライブラリを生成する際の使用のために、
前記１セットのアダプタ中の各アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の前記一致度を符号化し、前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能である、
前記１セットのアダプタ。
（項目９１）
前記試料タグは、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含み、前記ＵＭＩは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にする、項目９０に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９２）
前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、項目９０または９１に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９３）
前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、項目９０から９２のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９４）
前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９５）
前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、項目９４に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９６）
前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、項目９０から９５のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９７）
前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、項目９６に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９８）
前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、項目９０から９７に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９９）
前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、項目９８に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１００）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、項目９０から９９のいずれかに記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０１）
前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記１セットのアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離する、項目１００に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０２）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、項目９０から１０１のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０３）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、項目９０から１０１のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０４）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、項目１０３に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０５）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記１セットのアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、前記ＵＭＩ増倍管は、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含み、それぞれの前記６４個の可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの前記試料タグ領域のそれぞれに対合され、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、
所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
項目９０から１０４のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。

Claims (105)

  1. ＤＮＡ標的領域上での試験試料から遺伝子解析により検出される遺伝的変化を、疾患状態の指標とする方法であって、
    （ａ）複数のＤＮＡライブラリ断片を含むゲノムＤＮＡライブラリが生成されることであって、そこで各前記ＤＮＡライブラリ断片は前記試験試料からのゲノムＤＮＡ断片、及びアダプタを含む、前記生成されること、
    （ｂ）前記ゲノムＤＮＡライブラリが、ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと接触されることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成すること、ならびに
    （ｃ）前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ゲノムＤＮＡ断片の定量的遺伝子解析が実施されること、
    を備え、
    そこで前記アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
    そこで前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
    そこで前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の一致度を符号化し、前記試験試料の一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
    そこで前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、そこで前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能であり、
    そこで前記遺伝子解析は疾患状態を示す遺伝的変化を検出するために実施される、
    前記方法。
  2. 疾患状態を示す前記遺伝的変化は、一塩基多様体（ＳＮＶ）、４０ヌクレオチド長未満の挿入、４０ヌクレオチド長未満のＤＮＡ領域の欠失、及び／またはコピー数における変化から選択される、請求項１に記載の前記方法。
  3. 疾患状態を示す前記遺伝的変化は、コピー数における変化である、請求項１に記載の前記方法。
  4. 前記試験試料は、組織診である、請求項１から３のいずれかに記載の前記方法。
  5. 前記組織診は、腫瘍、または腫瘍であると疑われる組織から採取される、請求項４に記載の前記方法。
  6. 前記ゲノムＤＮＡは、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）または細胞ＤＮＡである、請求項１から３のいずれかに記載の前記方法。
  7. 前記ゲノムＤＮＡは、前記試験試料から単離されるｃｆＤＮＡであり、前記試験試料は、羊水、血液、血漿、血清、精液、リンパ液、脳脊髄液、眼液、尿、唾液、便、粘液、及び汗からなる群から選択される生体試料である、請求項６に記載の前記方法。
  8. 前記ゲノムＤＮＡ断片は、
    （ｉ）前記試験試料から細胞ＤＮＡを単離すること、
    （ｉｉ）前記細胞ＤＮＡを断片化し、前記ゲノムＤＮＡ断片を取得すること、
    を備えるステップによって取得される、請求項１から５のいずれかに記載の前記方法。
  9. ステップ（ｉｉ）は、前記細胞ＤＮＡを少なくとも１個の消化酵素と接触させることによって実施される、請求項８に記載の前記方法。
  10. ステップ（ｉｉ）は、機械的応力を前記細胞ＤＮＡへ加えることによって実施される、請求項８に記載の前記方法。
  11. 前記機械的応力は、前記細胞ＤＮＡを超音波処理することによって加えられる、請求項１０に記載の前記方法。
  12. 前記試料タグは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にするユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含む、請求項１から１１のいずれかに記載の前記方法。
  13. 前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項１から１２のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  14. 前記増幅領域は、２０から３０の間のヌクレオチド長にある、請求項１から１３のうちのいずれか１項のいずれかに記載の前記方法。
  15. 前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、請求項１から１４のうちのいずれか１項のいずれかに記載の前記方法。
  16. 前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項１から１５のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  17. 前記試料タグは、５から１５の間のヌクレオチド長にある、請求項１６に記載の前記方法。
  18. 前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、請求項１６に記載の前記方法。
  19. 前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、請求項１２から１８のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  20. 前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、請求項１９に記載の前記方法。
  21. 前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項１９に記載の前記方法。
  22. 前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項１から２１のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  23. 前記アンカー領域は、５から２５の間のヌクレオチド長にある、請求項２２に記載の前記方法。
  24. 前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、請求項２２または２３に記載の前記方法。
  25. ステップ（ａ）は、前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタへ付着させることを備える、請求項１から２４のいずれか１項に記載の前記方法。
  26. 前記ゲノムＤＮＡ断片は、前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタと付着させる前に、末端修復される、請求項２５に記載の前記方法。
  27. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、請求項２５に記載の前記方法。
  28. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、２から１，０００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項２６または２７に記載の前記方法。
  29. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、５０から５００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項２８に記載の前記方法。
  30. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、１００から４００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項２８に記載の前記方法。
  31. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、２００から３００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項２８に記載の前記方法。
  32. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にある、請求項２８に記載の前記方法。
  33. 前記ヌクレオチド配列の各配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記２４０個のヌクレオチド配列のいずれかの他の配列から分離する、請求項２８から３２のいずれかに記載の前記方法。
  34. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、請求項２６から３３のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  35. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、請求項２６から３４のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  36. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、請求項３４または３５に記載の前記方法。
  37. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にある、請求項３６に記載の前記方法。
  38. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、請求項２６から３７に記載の前記方法。
  39. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、各試料タグの前記ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記複数のアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
    前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、それぞれの前記可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの各試料タグ領域に対合され、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
    請求項２５または２６に記載の前記方法。
  40. 前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタと付着させる前記ステップは、
    （ｉ）アンカー領域の少なくとも一部を含むオリゴヌクレオチドを各ゲノムＤＮＡ断片へ付着させることであって、そこでアンカー領域の少なくとも一部を含む前記オリゴヌクレオチドはパートナー鎖によって二本鎖にされる５’リン酸化付着鎖を含むＤＮＡ二本鎖であり、そこで前記パートナー鎖は化学修飾による付着からその３’末端で遮断され、そこで前記付着鎖は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着する、前記付着させること、
    （ｉｉ）前記複数のアダプタの各アダプタのヌクレオチド配列についてアダプタ配列の全長を符号化するＤＮＡオリゴヌクレオチドと、前記アンカー領域の少なくとも一部を含む前記オリゴヌクレオチドに付着する前記ゲノムＤＮＡ断片を接触させること、ならびに
    （ｉｉｉ）ＤＮＡライゲーションに適切な条件下でＴ４ポリヌクレオチドキナーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡリガーゼ、及びＢｓｔポリメラーゼ全長と、前記ゲノムＤＮＡ断片、及び前記アダプタ配列の全長を符号化する前記ＤＮＡオリゴヌクレオチドを接触させること、
    を備え、
    それらにより、前記複数のアダプタを前記ゲノムＤＮＡ断片に付着させる、請求項２５から３９のいずれか１項に記載の前記方法。
  41. 前記ゲノムＤＮＡ断片は、ｃｆＤＮＡである、請求項２５から４０のいずれかに記載の前記方法。
  42. 前記ＤＮＡ標的領域は、コピー数における変化について解析される、請求項２５から４１のいずれかに記載の前記方法。
  43. ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備える、請求項１から４２のいずれか１項に記載の前記方法。
  44. ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備え、前記ゲノムＤＮＡライブラリから前記関心領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のプライマー伸長及び／または増幅を実施する、請求項１から４３のいずれか１項に記載の前記方法。
  45. ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備え、前記ゲノムＤＮＡライブラリから前記関心領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のプライマー伸長及び増幅を実施する、請求項１から４４のいずれか１項に記載の前記方法。
  46. ステップ（ｃ）は、複数のシーケンシングリードを生成するために、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のＤＮＡシーケンシングを備える、請求項１から４５のいずれか１項に記載の前記方法。
  47. 前記ゲノム解析は、ＤＮＡ関心領域におけるコピー数の変化を測定することを備え、ステップ（ｃ）は、
    （ｉ）前記試験試料に由来する前記ゲノムＤＮＡライブラリ中に存在する前記関心領域のコピー数を測定すること、及び
    （ｉｉ）ステップ（ｉ）において測定された前記コピー数を標準試料に由来する前記ゲノムＤＮＡライブラリ中に存在する前記関心領域のコピー数と比較すること、
    を備え、
    前記標準試料は、前記ＤＮＡ標的領域の既知のコピー数を有する、
    請求項１から４６のいずれか１項に記載の前記方法。
  48. 前記関心領域における前記コピー数を測定することは、複数のシーケンシングリードを生成するために前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のＤＮＡシーケンシングを備え、各シーケンシングリードは、ユニーク分子識別素子（ＵＭＩＥ）を含む、請求項４７に記載の前記方法。
  49. 前記ＵＭＩＥは、前記アダプタからのシーケンシング情報、及び前記ゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一部を含む、請求項４８に記載の前記方法。
  50. 同一ＵＭＩＥを含むシーケンシングリードは、ユニークゲノム配列（ＵＧＳ）として識別される、請求項４９に記載の前記方法。
  51. 前記ゲノムＤＮＡライブラリと接触する前記キャプチャプローブのそれぞれについて生のゲノム深度（ＲＧＤ）を測定することをさらに備える、請求項４７から５０のいずれかに記載の前記方法。
  52. 前記ＲＧＤは、試料複製物群内の各キャプチャプローブ配列と関連するＵＧＳの前記平均数を測定することを備える、請求項５１に記載の前記方法。
  53. 非常にばらつきのある数のＵＧＳと関連するキャプチャプローブは、ノイズの多いプローブとして識別され、さらなる計算から除外される、請求項５２に記載の前記方法。
  54. 試料についてＲＧＤを計算することをさらに備え、前記試料中のすべてのキャプチャプローブについてすべてのＲＧＤの数値平均を計算することを備える、請求項５２に記載の前記方法。
  55. ノイズの多いプローブについての前記ＲＧＤ値は、試料についてＲＧＤを計算する際に含まれない、請求項５２に記載の前記方法。
  56. 前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤは、各キャプチャプローブについての前記ＲＧＤをプローブ特異的な正規化されたリードカウントに変換することによって実験群中のすべての試料にわたり正規化され、
    前記プローブ特異的な正規化されたリードカウントは、
    （ｉ）試料中の各キャプチャプローブＲＧＤに正規化定数を乗算することであって、そこで前記正規化定数はいずれかの実数を含む、前記乗算すること、及び
    （ｉｉ）前記対応する試料について計算される前記ＲＧＤで（ｉ）の前記積を除算すること、または
    （ｉｉｉ）１サブセットのプローブから計算される平均ＲＧＤで（ｉ）の前記積を除算すること、
    を備える、請求項５１から５５のいずれかに記載の前記方法。
  57. 前記１サブセットのプローブは、１セットの対照プローブである、請求項５６に記載の前記方法。
  58. 前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントは、コピー数値に変換され、
    前記コピー数値は、
    （ｉ）．女性に由来する試料において、常染色体及び／またはＸ連鎖領域を対象とするプローブの前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントに２を乗算すること、
    （ｉｉ）．男性に由来する試料において、Ｙ連鎖領域及び／またはＸ連鎖領域を対象とするプローブの前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントに１を乗算すること、
    （ｉｉｉ）．実験中に、すべての試料にわたり（ｉ）及び／または（ｉｉ）の前記積を平均すること、ならびに
    （ｉｖ）．（ｉｉｉ）の前記平均値で（ｉ）及び／または（ｉｉ）の前記積を除算すること、
    を備える、請求項５７に記載の前記方法。
  59. 特異的な遺伝子を標的にするすべてのプローブについて前記近似したコピー数値は、平均される、請求項５８に記載の前記方法。
  60. コピー数増加及びコピー数減少の高感度検出方法であって、
    （ｉ）キャプチャプローブについてＲＧＤを測定すること、
    （ｉｉ）前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤをプローブ特異的な、正規化されたリードカウントに変換することによって、実験群中にすべての試料にわたり前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤを正規化すること、
    （ｉｉｉ）各プローブ特異的な、正規化されたリードカウントについて近似したコピー数値を計算すること、及び
    （ｉｖ）特異的な遺伝子を標的にするすべてのプローブについて前記近似したコピー数値を平均すること、
    を備える、前記方法。
  61. 染色体安定性を測定する方法であって、
    （ｉ）１セットの１つ以上の染色体安定性プローブを設計し、妥当性確認することであって、前記染色体安定性プローブはヒト染色体にわたり均一に分布する、前記妥当性確認すること、
    （ｉｉ）前記１つ以上の染色体安定性プローブを使用して患者試料上で標的シーケンシングを実施すること、
    （ｉｉｉ）各染色体プローブについて近似したコピー数値を決定すること、
    （ｉｖ）患者試料のゲノム表現型を決定することであって、そこで前記患者試料中の１つ以上の染色体プローブについて前記コピー数値における増減はゲノム不安定性を示すこと、
    を備える、前記方法。
  62. それを必要とする被験体中の癌を処置するための、ＰＡＲＰ阻害剤を含む組成物であって、
    前記被験体は請求項６１の前記方法に従い、不安定化されたゲノムを含むと識別される、前記組成物。
  63. 前記ＤＮＡ標的領域は、遺伝子、または前記遺伝子の一部である、請求項１から５９のいずれか１項に記載の前記方法。
  64. 前記遺伝子は、疾患と関連する、請求項６３に記載の前記方法。
  65. 前記疾患は、癌である、請求項６４に記載の前記方法。
  66. 前記遺伝子は、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＩＰ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＨＤＡＣ２、及び／またはＰＡＬＢ２である、請求項６３に記載の前記方法。
  67. 複数のＤＮＡライブラリ断片を含むゲノムＤＮＡライブラリであって、
    前記ＤＮＡライブラリ断片のそれぞれはアダプタ及びゲノムＤＮＡ断片を含み、
    前記アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
    前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
    前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の一致度を符号化し、前記試験試料の一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
    前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能である、
    前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  68. 前記試料タグは、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含み、前記ＵＭＩは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にする、請求項６７に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  69. 前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項６７または６８に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  70. 前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、請求項６９に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  71. 前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項６７から７０のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  72. 前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、請求項７１に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  73. 前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、請求項６７から７２のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  74. 前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、請求項７３に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  75. 前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項６７から７４のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  76. 前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、請求項７５に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  77. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、請求項６７から７６のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  78. 前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記試料の前記ヌクレオチド配列のいずれかの他の配列から分離する、請求項６７から７７のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  79. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、請求項６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  80. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、請求項６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  81. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、請求項６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  82. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、少なくとも２のハミング距離によって前記複数のアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
    前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、それぞれの前記可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの前記試料タグ領域のそれぞれに対合され、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、
    所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
    請求項６７に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  83. 前記ゲノムＤＮＡ断片は、ｃｆＤＮＡである、請求項６７から８２のいずれかに記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  84. 請求項６７から８３のいずれか１項に従い、１個より多いゲノムライブラリを含む、複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
  85. 前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する１個のゲノムＤＮＡライブラリの前記試料タグ領域の前記核酸配列は、前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する他のゲノムＤＮＡライブラリの前記試料タグ領域の前記核酸配列と異なる、請求項８４に記載の前記複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
  86. 前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する１個のゲノムＤＮＡライブラリの前記増幅領域の前記核酸配列は、前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する他のゲノムＤＮＡライブラリの前記増幅領域の前記核酸配列に同一である、請求項８４または８５に記載の前記複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
  87. 無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）のＤＮＡ標的領域の遺伝子解析方法であって、
    （ａ）請求項６７から８６のいずれかに記載の前記ＤＮＡライブラリを生成すること、
    （ｂ）ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと前記ｃｆＤＮＡライブラリを接触させることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成すること、及び
    （ｃ）前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ｃｆＤＮＡ断片の定量的遺伝子解析を実施すること、
    を備え
    それらにより、前記ＤＮＡ標的領域の遺伝子解析を実施する、
    前記遺伝子解析方法。
  88. 被験体から得られた試験試料における１つ以上の標的遺伝子座における１つ以上の遺伝子損傷を、前記被験体の遺伝性疾患の進行の指標とする方法であって、
    （ａ）ゲノムＤＮＡが前記試験試料から単離されることと、
    （ｂ）複数のＤＮＡライブラリ断片を含むＤＮＡライブラリが生成されることであって、前記ＤＮＡライブラリ断片のそれぞれは前記試験試料からのゲノムＤＮＡ断片、及びアダプタを含む、前記生成されることと、
    （ｃ）前記ｃｆＤＮＡライブラリが、ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと接触されることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成することと、
    （ｄ）前記ｃｆＤＮＡクローンライブラリにおける前記遺伝性疾患に関連する前記１つ以上の標的遺伝子座の定量的遺伝子解析が実施されることであって、前記１つ以上の標的遺伝子座における１つ以上の遺伝子損傷は前記遺伝性疾患の前記進行を示す、前記実施されることと、
    を含む前記方法。
  89. 前記定量的遺伝子解析は、複数のシーケンシングリードを生成するためのＤＮＡシーケンシングを含む、請求項８７または８８に記載の前記方法。
  90. ゲノムＤＮＡライブラリを生成するための、ユニークゲノムＤＮＡ断片の一致度、及び試験試料の一致度を符号化する１セットのアダプタを含む組成物であって、
    前記組成物中の各アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
    前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
    前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の前記一致度を符号化し、前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
    前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能である、
    前記組成物。
  91. 前記試料タグは、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含み、前記ＵＭＩは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にする、請求項９０に記載の前記組成物。
  92. 前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項９０または９１に記載の前記組成物。
  93. 前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、請求項９０から９２のいずれか１項に記載の前記組成物。
  94. 前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項９０から９３のいずれか１項に記載の前記組成物。
  95. 前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、請求項９４に記載の前記組成物。
  96. 前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、請求項９０から９５のいずれか１項に記載の前記組成物。
  97. 前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、請求項９６に記載の前記組成物。
  98. 前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項９０から９７に記載の前記組成物。
  99. 前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、請求項９８に記載の前記組成物。
  100. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、請求項９０から９９のいずれかに記載の前記組成物。
  101. 前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記組成物の前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離する、請求項１００に記載の前記組成物。
  102. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、請求項９０から１０１のいずれか１項に記載の前記組成物。
  103. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、請求項９０から１０１のいずれか１項に記載の前記組成物。
  104. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、請求項１０３に記載の前記組成物。
  105. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
    各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記組成物の前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
    前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、前記ＵＭＩ増倍管は、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含み、それぞれの前記６４個の可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの前記試料タグ領域のそれぞれに対合され、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、
    所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
    請求項９０から１０４のいずれか１項に記載の前記組成物。
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