JP2936111B2 - 核酸の単離装置 - Google Patents
核酸の単離装置Info
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- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
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-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
- C07H1/06—Separation; Purification
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Description
置、該装置の製造方法および該装置を用いて核酸を単離
する方法に関する。
近、核酸により疾病をきわめて特異的に診断することが
可能であるので、核酸は化学的な検出方法における分析
物として受け入れられるようになってきている。たとえ
ば、核酸配列の分析により、ウイルスもしくは細菌感染
の高度に特殊化された検出、あるいは遺伝的病的素因の
決定が可能になる。これはとりわけ核酸に対する増幅方
法の導入によって可能になっている。それにもかかわら
ず、利用できるサンプル中の酸の量はサンプル液のほか
の成分に比べてひじょうに少ない。これらの成分の多く
は核酸の測定を妨げる可能性がある。このため、実際の
検出方法を実施する前に、サンプルに含まれる大多数の
成分から核酸を単離することが好都合であることが立証
されている。
酸の固体相への吸着がすでに提案されている。たとえ
ば、カオトロピック塩の存在下でガラス表面に結合する
核酸の特性が、プロシーディング・オブ・ナショナル・
アカデミー・オブ・サイエンス・オブ・ザ・ユーエスエ
イ、第76巻、615〜619頁(1979年)(Pr
oc.Natl.Acad.Sci.USA76、61
5−619(1979))に記載されている。このばあ
い、アガロースマトリックスを溶解するためのNaIの
飽和溶液と共同して、アガロースゲルから核酸フラグメ
ントを単離するために研磨フリントガラスが使用され
た。この方法では、核酸の95%以上が25℃で2時間
後に結合され、それによって約1μgのDNA/mgガ
ラス粒子が結合された。引き続いてガラス粒子は数回洗
浄され、そののち核酸が溶離された。この一連の工程の
ために必要な時間は少なくとも3時間であった。
発され、処理が改良され、必要な時間が短縮された。国
際公開第91/07648号公報には、底にプラスチッ
ク膜を含む円筒形のプラスチック容器が記載されてお
り、その容器もガラス繊維を含むことができる。やはり
このばあいも数回の洗浄と溶離ステップが必要である。
同様の方法がドイツ特許出願公開第4127276号明
細書に記載されており、核酸を含有する溶液が短期間の
うちにガラス繊維とのみ接触する。前記特許出願人から
該当する生成物を入手できる。前者のばあい、100〜
23,000bpの長さの分布で、50ng〜30μg
が結合容量として記載されている。収率は60〜85%
と記載されている。最大の効率を達成するために、製造
業者はサンプルを少なくとも2度通過させることを推奨
している。そうでなければ収率が少なくとも25%低下
するからである。23,000bp以上の長さを有する
フラグメントに対する収率はせいぜい40%である。
鋭い円錐形をした容器において必要とされる結合容量に
応じて、数層のガラス繊維フリース(fleece)を
含んでいる。小さな出口開口が底に配置される。遠心分
離管はまずガラス繊維フリースを上から容器内に導入
し、該フリースを底に押し付けることによって製造され
る。引き続いて、リングが同じ開口を通して容器内に挿
入され、その開口を通したのちに核酸溶液が加えられ、
それが容器の内壁と接触することによってガラス繊維フ
リースをしっかりと底の上に押し付け、こうして核酸含
有サンプルとインキュベートするあいだにフリースが浮
上するのを防止する。このタイプの遠心分離管の構成
は、今では確立されているように、多くの干渉サンプル
成分がそのなかに保持されるので、それらを完全に除去
するために数回の洗浄工程が必要であるという欠点を有
している。このことがつぎに核酸の収率減少を招いた
り、あるいは引き続く酵素反応の妨害を招く。市販され
ている製品のために、100bpの長さのフラグメント
に対して、90%の収率で5μgの結合容量が記載され
ている。ほかの製品では、20μgの結合容量で75〜
90%の収率が達成される。
RNAの単離ではなく、DNAの単離のみが記載されて
いる。
の製品およびその製造方法を改善することである。
の開口およびこれらの開口のあいだに置かれる核酸を結
合するためのマテリアルを備えた、液体サンプルから核
酸を単離する装置によって達成され、出口開口はマテリ
アルを挿入したのち狭められる。本発明による容器は所
望の外形であってよいが、本質的に円筒形もしくは少な
くとも部分的に円錐形であることが好ましい。この容器
のとくに好ましい態様は、たとえば従来の遠心分離管の
管の形状をしている。かかる遠心分離管は約25mmの
長さと約8.5mmの直径を有している。この管は好ま
しくは核酸含有サンプルを受け入れるように形成された
入口開口と面する構成部材を有している。とくに、この
空間の体積はサンプルを完全に保持するのに充分な大き
さである。付加的な構造要素を入口開口に設けることが
でき、それは入口開口をキャップで閉じることを可能に
する。かかる構成はエッペンドルフ・キャップ(Epp
endorf cap)として知られている。
口の近くにある装置領域に置かれることが好ましい。こ
のことは、液体小滴を保持する危険性を減少させ、それ
によって汚染の危険性をも減少させるために、マテリア
ルと出口開口とのあいだに置かれる管内の空間を好まし
くは小さく保持すべきであることを意味している。核酸
を結合するためのマテリアルは装置に固定される。この
目的のために、装置を破壊せずには除去できない保持デ
バイスが入口開口の方向に設けられる。この保持デバイ
スも容器と同じ材料で作られることが好ましい。この態
様では、保持デバイスを具備する本発明による容器を射
出成形で製造できるので、この装置はとくに好都合であ
る。保持デバイスは容器の内壁から内部空間へと突出
し、入口開口の方向に傾斜することが好ましい。これら
の要件は、たとえば内部空間内の円周リムもしくは突起
によって達成されうる。入口開口に向かって傾斜するこ
とで、鈍角のみが内部空間に生じることが保証される。
公知の容器の主な欠点は液体サンプル等の液体が直角も
しくはより鋭角に保持されること、またリングが容器の
内壁に対して完全に配置されていないばあい、洗浄工程
の効率を低下させることであることが立証されている。
さらに、比較的に重大な工程、主としてリングの挿入が
この容器の製造段階で省かれる。さらに、容器の製造中
に保持デバイスを設けられることは、保持デバイスを幅
広く選択できるようにし、したがって、構造部材が鋭角
でぶつかることを避けることができる。
い構造部材、たとえば比較できるレベルで規則的もしく
は不規則に配置される突起であってもよい。核酸を結合
するためのマテリアルは公知である。ガラス製の表面を
具備するマテリアルがとくに好ましい。このマテリアル
は、核酸を単離するために使用されるあいだに外形に主
要な変更を生じさせることなく、本発明による装置の内
壁の形状にフリースを容易に嵌合させることができるの
で、フリースの形態でとくに好ましく使用される。加え
て、フリースは液体を透過しやすい。40〜100mg
/ccm(g/cdm)の厚さのフリースがとくに好ま
しいことが立証されている。
マテリアルは液体透過性の多孔性マトリックス(以下、
支持フリースという)によって出口開口に向かってその
全領域にわたって支持される。かかる液体透過性マトリ
ックスは、たとえば液体成分に対して比較的不活性であ
り、可及的にそれら成分と結合しないマテリアル、ある
いは核酸を結合するマテリアルで作られるフリースであ
る。このばあい、ポリエステルまたはポリプロピレンが
とくに好ましいことがわかっている。このマトリックス
は出口開口から好ましくはほぼ完全に(つまり、90%
以上)核酸を結合するためのマテリアルを単離するの
で、いかなる液体も核酸を結合するためのマテリアルか
ら直接出口開口に流れることはない。このマトリックス
は2つの機能を有している。まず、しっかりと固定され
ない核酸を結合するためのマテリアルの繊維を保持する
働きをし(収率の改善)、つぎに、このマトリックスは
容器の出口開口を、核酸を結合するためのマテリアルが
該開口を通って容器内へと挿入されうる程度に充分広く
保持できるようにし、引き続いて出口開口が狭められる
ようにする。核酸を結合するためのマテリアルが粒子状
マトリックスでできているばあい、このマテリアルのサ
ンプル保持空間への巻き込みを避けるために、このマテ
リアルは入口開口の側でも液体透過性の多孔性マトリッ
クスによって支持される。
るためのマテリアルを導入したのち出口開口が狭められ
ることである。出口開口は好ましくは核酸を結合するた
めのマテリアルと支持マトリックスが出口開口から漏れ
ない程度に狭められる。マテリアルもしくはマトリック
スが硬質であればあるほど、それほど著しくくびれる必
要がなくなる。好ましくは、くびれは管壁の周囲まわり
を内向きに延びるリムであり、たとえば管の直径が8m
mのばあい、リムはそれぞれの側から少なくとも0.5
mm、好ましくは0.75mmから1.5mmの間で管
内部へと突出する。突起の下限はマテリアルとマトリッ
クスの保持力によって制限される一方、上限は出口開口
を通るフリースの吸引によって可及的に完全に制限され
る。
た、液体サンプルから核酸を単離する容器およびこれら
の開口のあいだに置かれる核酸を結合するマテリアルの
製造方法に関し、該方法は出口開口を通り入口開口に向
かって容器に装着された保持デバイスまでマテリアルを
挿入し、出口開口を狭めることにより、マテリアルを保
持デバイスとくびれ部分のあいだで保持する。くびれ
は、たとえば、熱的にフランジを作ることによって、あ
るいは熱的に固定することによって達成される。この製
造方法はマテリアルの固定に関してとくに簡単で、とく
に信頼できるものである。
可能な材料で作られ、たとえば、ポリエチレン、ポリプ
ロピレン、ポリカーボネート、もしくはポリウレタン、
ポリプロピレンがとくに好ましい。
めに、本発明によるマテリアルを使用することであり、
とくに、入口開口を通して発明の容器にサンプルを導入
することにより液体サンプルから核酸を単離する方法、
マテリアルを通るサンプルの通路、および核酸のマテリ
アルへの結合の廃止である。
が容器内にピペッティングにより導入される。そのの
ち、サンプルがマテリアルを通過する。これは、たとえ
ば、遠心単離機にかけることによって達成され、そのば
あい、液体がマテリアルと出口開口を通って容器から回
転しながら放出される。この方法では、核酸がマトリッ
クス上に固定化される一方、残りの液体サンプルは放出
される。引き続いてマトリックスを中(medium)
塩濃度洗浄緩衝液で1度洗浄することが好ましく、この
手段によって、単離されない残留液体サンプルおよび成
分がマテリアルから取り除かれる。
酸は低(low)塩濃度緩衝液によって溶離される。か
かる緩衝液はドイツ特許出願第3724442号明細書
およびアナリティカル・バイオケミストリー(Anal
ytical Biochem.)175、196〜2
01頁(1988)から知られている。200mM以下
の塩化ナトリウムである低塩濃度緩衝液は、たとえば、
10mM トリス−HCl、1mM EDTA、pH
8.0またはH2Oが使用されることが好ましい。本発
明によるマトリックスで比較的高い収率が達成される。
な容器の横断面が示されている。
ャップ3によって閉じることができる入口開口2を有す
る本質的に円筒状部材1で構成される。出口開口4に向
かって、保持デバイス5があり、その傾き6を明らかに
見ることができる。好ましい態様では、保持デバイスは
円筒形本体1と同じ材質で作られる円周リムである。核
酸を結合するためのマテリアル7は保持デバイスと接し
ている。マテリアルは支持フリース8によって出口開口
4と分離される。支持フリースはリム9によって容器内
に固定される。
なるであろう。
の縦断面で示した円筒状部材1たる遠心分離管の本体
は、ポリプロピレンPPN1060“natur”から
射出成形によって製造される。核酸を結合するためのマ
テリアル7たる1つのガラス繊維フリース(WF264
ワットマン(Whatman)、面積重量60g/m
2)と支持フリース8は射出成形器に挿入され、パンチ
で孔があけられる。所望の結合容量に応じて、いくつか
のガラスフリース7が、たとえば7個のガラスフリース
が使用される。パンチで孔があけられたフリースは図3
のAおよび図3のBに示すように、出口開口側から遠心
分離管に挿入される。そののち、出口開口4は、なお約
60℃の温度の温プラスチック(warm plast
ic)をダイによって再成形することによって、両方の
フリースが図4に示されるようにしっかりと固定される
程度にまで狭められる。
アンピシリン(150μg/ml)に1つのコロニーを
播種し、振とうしながら37℃で一晩インキュベートし
た。OD600測定で2.0(約2×109細胞/mlに相
当する)の値を生じた。様々な大腸菌株を使用した。
菌培養をエッペンドルフ反応容器に移し、エッペンドル
フベンチ遠心分離機タイプ5415Cにおいて、最大速
度で約30秒間遠心分離した。上清を除去し、沈澱物を
250μlの緩衝液I(50mMトリス−HCl、10
mM EDTA、100mg/mlのRNase A、
pH8.0)に完全に再懸濁し、250μlの緩衝液I
I(0.2M NaOH、1%ドデシル硫酸ナトリウ
ム)と注意深く混合した。細胞は完全に溶解し、澄んだ
溶液となる。こうしてえられた混合物を350μlの緩
衝液III(2.9M塩酸グアジニン、0.65M酢酸
カリウム、pH4.15)と混合し、約3分間氷上にイ
ンキュベートする。遠心分離によって白色の沈澱物が形
成され、フィルターチューブを受け入れ容器に挿入し、
上清をフィルターチューブに注ぐ。液体を遠心分離によ
ってガラスフリースを通して移動させる。溶離液を捨
て、500μlの洗浄用緩衝液I(5Mのグアニジニウ
ムHCl、20mMトリス、37%エタノール、pH
6.65)を加え、遠心分離に付す。洗浄用緩衝液Iの
使用は、とくにヌクレアーゼ・リッチの大腸菌株に対し
ては任意である。引き続いて、500μlの洗浄用緩衝
液II(20mMNaCl、2mMトリス、80%エタ
ノール、pH7.5)をフィルターチューブに加え、前
述したように遠心分離に付す。つぎにフィルターチュー
ブをエッペンドルフ反応容器に移し、プラスミドDNA
を100mlのTE(10mMトリス−HCl、0.1
mMのEDTA、pH8.5)内で溶離する。
と純度を示す。
成物の精製 フィルターチューブの分離特性:100μlのTE中1
0μgの分子量スタンダードVIII(ベーリンガー・
マンハイム(Boehringer Mannhei
m)社製、フラグメントの長さ(bp):1114、9
00、692、501、489、404、320、24
2、190、147、124、110、67、37、3
4、26、19)をウシ血清アルブミン(以下、BSA
という)(20mg/ml)と混合する。500μlの
NA結合用緩衝液(3Mグアニジンチオシアネート、1
0mMトリス−HCl、5%エタノール(v/v)、p
H6.6、25℃)をこの混合物に加え、注意深く混合
する。溶液をフィルターチューブに加え、エッペンドル
フベンチ遠心分離機タイプ5415Cにおいて約30秒
間遠心分離に付す。濾液を集め、のちの分析のために保
管することができる。フリースを500μlの洗浄用緩
衝液IIで洗浄し、引き続いて短い遠心分離によって乾
燥させる。結合された核酸を50μlのTEで溶離す
る。
hast)・システム(ファルマシア(Pharmac
ia)社製)を用いてポリアクリルアミドゲル電気泳動
を行い、モデルタンパク質BSAと小さなDNAフラグ
メントの分離を調べる。
緩衝液と混合する。1μlの5xサンプル用緩衝液と混
合した4μlの長さスタンダードVIIIとTE緩衝液
中1:100希釈のBSA溶液4μlを対照として使用
する。
短に遠心分離し、サンプル3μlを6/4comb(フ
ァルマシア社製)に加え、未変性(native)の緩
衝液ストリップ(ファルマシア社製)を用いるファスト
ゲル(勾配8〜25%(ファルマシア社製))内で分離
する。
ム・ディベロプメント・ユニット(Phast sys
tem development unit、ファルマ
シア社製)を用いて銀染色により検出する。
トを対照の長さ(control length st
andard)スタンダードVIIIしたがって単離す
る溶離液中の100bpより小さいフラグメントをフィ
ルターチューブを用いて精製することにより単離する。
加えて、BSA対照レーンに対応するタンパク質バンド
は見られない。 ファストゲル分離プログラム:
中で5分間インキュベートする。 ファストゲル展開プログラム:
50bp、1500p、3000bpの長さのPCR生
成物の製造用マトリックスとしてラムダファージのDN
Aを使用する。以下のPCR用調製物を一緒にピペット
で取り、混合し、パーキン・エルマー型9600サーモ
サイクラーでインキュベートする。
ハイム社製 PCRコアキット(Boehringer
Mannheim PCR Core Kit(カタ
ログ番号1 578 553))を用いた。
ストゲル・システムで分析した。それと並行して、精製
する前にそれぞれのケースの反応生成物の1つのアリコ
ートを分析した。
生成物において過剰のプライマーを取り除いた。1.4
〜4μgのPCR生成物の単離が可能であった。
17(3632bp、ベーリンガー・マンハイム社製)
を制限酵素DraIIで線状にし、以下のPCR混合物
で増幅した: PCR混合物: PCRプログラム(PE 9600) pUCIQ17 10ng 18サイクル: プライマー1 2μM 10秒 94℃ プライマー2 2μM 30秒 57℃ 10x緩衝液 50μl 4分 72℃ dNTP 0.2mM Taqポリメラーゼ 2.5U H2O 500μlまで
社製 PCRコアキットからのものを用いた。
3632で結合し、3493bpのPCR生成物を生じ
る。それらは制限酵素ClaI用の開裂部位を含み、こ
の開裂部位はプラスミドpUKIQ17には存在しな
い。 プライマー1:5′-AGCTTATCGATGGCACTTTTCGGGGAAATGTGCG-3′(配列番号1) プライマー2:5′-AGCTTATCGATAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGC-3′(配列番号2)
記の方法に従って精製する。比較において精製はポリエ
チレングリコール沈澱(PEG)(バーンズ ダブリ
ュ.エム.(Barnes W.M.)(1992)ジ
ーン(Gene)112、29頁)を伴う沈澱によって
実施される。引き続く再結合反応を妨害する成分をこの
手段によって除去する。両サンプルを制限酵素ClaI
で開裂し、アガロースゲルに単離する。DNAフラグメ
ントをアガロースゲルから溶離する。このために使用す
る方法は標準の方法であって、たとえば、サムブロッ
ク、ジェイ.フリッシュ、イー.エフ.およびマニティ
ス、ティー(Sambrook,J.Fritsch,
E.F. & Maniatis,T.)(1989)
モレキュラークローニング(Molecular Cl
oning)ア ラボラトリー マニュアル(A La
boratory Manual)第2版、CSH ラ
ボラトリー プレス、コールド スプリング ハーバー
(CSH Laboratory Press,Col
d Spring Harbor)、ニューヨーク州
(New York)に記載されているものである。
(Rapid DNA Ligation Kit)
(ベーリンガー・マンハイム社 カタログ番号1 63
5 379)を使用し、キットの指示に従ってサンプル
(最大30ng)を再結合させ、コンピテントな大腸菌
DH5α細胞に変質転換させる。細胞をTN Ap 1
00 X−Galプレート上に縦状に付け、37℃で一
晩インキュベートする。つぎの日にコロニーを数える。
その結果を表6に示す。
いのコロニーの数はPEGによって精製した時のものと
同じ桁の大きさである。このように、はるかに簡単なフ
ィルターチューブを用いる方法は、かなり多くの時間を
消費するPEG方法のものに対してかなりの純度の核酸
を生じさせる。
を具備する態様本発明による遠心分離管のさらなる態様
では、図5に示すように、出口開口はさらに制限され
る。この態様では、出口開口のフランジリムが(図6に
示すように)スリットを有している。この配置を用い
て、遠心分離ののち装置内に多量の残留液を残すことな
く、とくに粘度の高い溶液を遠心分離することが可能で
ある。
置の選ばれた態様は、遠心分離ののち液体が装置のデッ
ドスペースに残留するのを防止する。不完全な遠心分離
は収率の低下を招き、単離される核酸の純度の低下を招
く。
き6000×gで2分間遠心分離に付したばあいに残留
する液体について調べる。結果を表7に示す。
がきわめて少ないことがわかる。これはとくに保持デバ
イスの傾斜をつけること(buelling)に起因す
るものである。
を結合するためのマテリアルが好適に保持されるため、
核酸の単離収率が顕著に改善される。
オキシリボヌクレオチド ハイポセティカル:NO 配 列 AGCTTATCGA TGGCACTTTT CGGGGAAATG TGCG 34 配列番号2: 配列の長さ:36 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 DESCRIPTION/desc=オリゴデ
オキシリボヌクレオチド ハイポセティカル:NO 配 列 AGCTTATCGA TAAGCGGATG CCGGGAGCAG ACAAGC 36
示す図である。
スを備えた管の装着を示す図である。
図である。
類似した図5の管を示す図である。スリットは点線で示
されている。
Claims (7)
- 【請求項1】 入口開口(2)および出口開口(4)
と、当該入口開口(2)および出口開口(4)のあいだ
に設けられた核酸を結合するためのマテリアル(7)と
を有する、液体サンプルからの核酸の単離のための装置
であって、前記出口開口(4)が、前記マテリアル
(7)の導入ののちに狭められ、前記出口開口(4)が
スリットを有する円周リム(5)からなることを特徴と
する装置。 - 【請求項2】 入口開口(2)および出口開口(4)を
備えた円筒形本体(1)と、核酸を結合するためのマテ
リアル(7)とを有する、液体サンプルから核酸を単離
するための装置であって、 前記マテリアル(7)が入口開口(2)および出口開口
(4)とのあいだに設けられ、 前記出口開口(4)がマテリアル(7)の導入ののちに
狭められ、当該マテリアル(7)が円周リム(5)によ
って入口開口(2)の方向にしっかりと固定され、前記
円筒形本体(1)を別の形に作り変えることによって形
成されたリム(9)によって出口開口(4)の方向にし
っかりと固定されてなる装置。 - 【請求項3】 入口開口(2)および出口開口(4)
と、当該入口開口(2)および出口開口(4)のあいだ
に設けられた核酸を結合するためのマテリアル(7)と
を有する、液体サンプルからの核酸の単離のための容器
として機能する装置であって、 前記出口開口(4)が、前記マテリアル(7)の導入の
のちに狭められ、 前記マテリアル(7)が円周リム(5)によって入口開
口(2)の方向に保持され、 該円周リム(5)は当該装置を破壊しない限り取り除く
ことができず、 該円周リム(5)が容器の内壁から容器の内部に延び、
かつ入口開口(2)に向かって傾斜してなることを特徴
とする装置。 - 【請求項4】 前記円周リム(5)が前記装置と同じ材
料から一体的に製造されてなる請求項3記載の装置。 - 【請求項5】 前記マテリアル(7)が、全領域にわた
って液体透過性の多孔性マトリックスによって前記出口
開口(4)に支持されてなる請求項3記載の装置。 - 【請求項6】 入口開口(2)および出口開口(4)
と、核酸を結合するための、該入口開口(2)および出
口開口(4)のあいだにしっかしりと固定されたマテリ
アル(7)とを有し、液体サンプルから核酸を単離する
装置の製法であって、 前記マテリアル(7)を出口開口(4)から入口開口
(2)の方に向かって円周リム(5)まで挿入する工
程、および前記マテリアル(7)が円周リム(5)とく
びれ部の位置とのあいだに保持されるようにフランジま
たは熱的固定によって出口開口を狭くする工程からなる
製法。 - 【請求項7】 液体サンプルから核酸を単離する方法で
あって、 該サンプルを、入口開口(2)から請求項1、2または
3記載の装置に導入する工程、マテリアル(7)に該液
体サンプルを通過する工程、および核酸のマテリアル
(7)との結合を廃止する工程からなる方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE19512369A DE19512369A1 (de) | 1995-04-01 | 1995-04-01 | Vorrichtung zur Isolierung von Nukleinsäuren |
| DE19512369.7 | 1995-04-01 |
Publications (2)
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