JP5241012B2 - Ｐａｍｐｓ、病原体関連分子パターン - Google Patents

Description

本明細書中で引用される全ての文書は、その全体として参考文献に組み込まれる。

（技術的分野）
本発明は、ワクチンアジュバントの分野である。

（背景技術）
サブユニットワクチンは、多くの場合免疫活性を増強するのを助けるために、アジュバントの助けを必要とする。アルミニウム塩およびＭＦ５９^ＴＭのような化学的アジュバントが、ヒトへの使用のために認可されてきた。しかし、アルミニウム塩は安全性の問題があり、そしていくつかの抗原と適合性でない。さらに、それはＴｈ２型のヘルパーＴ細胞反応を生じ、それは多くの場合防御免疫のために不適当または不十分である。

研究室で使用される最もよく知られたアジュバントは、完全フロイントアジュバントであり、それは油中に懸濁した死滅Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓから成る。このアジュバントは、その毒性のためにヒトへの使用には適当でないが、より安全なアジュバントが他の病原性生物から得られた。

病原体から得られた材料の免疫刺激活性は、自然の宿主−病原体相互作用を反映すると考えられる。抗原特異的免疫反応が進化した時、アジュバント活性細菌成分を含む環境でそれが起こったのであろう。アジュバント活性細菌成分なしで注射された、純粋な細菌抗原に対する反応は、従って宿主が反応するよう順応しない人工的な状況である。

従って、細菌の成分は「危険信号」として作用すると考えられ、それは免疫系を警戒させる。このカテゴリーにおけるアジュバントの例は、細菌莢膜の成分、グラム陰性細菌由来のＬＰＳ（リポ多糖）、マイコバクテリアの糖脂質およびアラビノガラクタン、およびスピロヘータのペプチドグリカンである。他の公知のアジュバントは、細菌ＤＮＡと比較して脊椎動物ＤＮＡにおいて比較的まれである、メチル化されていないＣｐＧジヌクレオチドモチーフを含むＤＮＡ、および感染ウイルスの存在を模倣する２本鎖ＲＮＡを含む。

病原体由来のポリペプチドは、可能性のあるアジュバントとしてあまり注目されてこなかった。病原体由来のアジュバント活性ポリペプチド配列を同定するための１つの手段は、ハイスループットスクリーニングによるが、このアプローチは本質的に無作為および方向性の無いものであり、アジュバントとして機能する可能性が低いポリペプチドをスクリーニングするために努力が無駄になる。

最も広く使用されるワクチンの多くは、生物全体から成る。これらは、弱毒化変異によって安全にされた生きた生物（例えば結核および風疹）、および化学的処理によって殺菌または不活性化された生物（例えばインフルエンザおよびＡ型肝炎ウイルス）を含む。これらの型のワクチンが生物全体に基づくことは、利点および欠点の両方を示す。病原体の全ての成分をワクチンに含んでいることは、感染病原体に見出されるものと構造的に類似の、複数の抗原に対する免疫反応を誘発するために有用であるが、生物全体のワクチンのいくつかの成分は、望ましくない副作用を引き起こし得る。さらに、生きた生物のワクチンは、弱毒化されているが、免疫が抑制された個体において問題を引き起こすことがあり得、そして病原性のある状態に復帰する可能性を有する。これらの欠点が、防御免疫反応の標的であることが公知である、部分的に精製されたサブユニットから成る（例えば破傷風トキソイドおよびインフルエンザヘマグルチニン）、潜在的により安全で、より限定されたワクチンへの動きを刺激した。組み換えＤＮＡ技術の出現によって、異種の発現システムにおいてタンパク質抗原を産生することが可能になった（例えばＢ型肝炎表面抗原）。この方法で、病原体の毒性成分の混入を避けながら、高レベルのタンパク質を製造し得る。生きた弱毒化生物に基づくワクチンは、ＰＡＭＰの形式で組み込まれたアジュバントを含むので、生物全体からサブユニットワクチンへの進歩は、これらのより精製されたワクチン成分をアジュバントで増強する必要性を強調した。対照的に、サブユニットワクチンは多くの場合これらの成分を欠き、従ってそれらを戻し加えることが必要である。

従って、特にヒトワクチンのための新規アジュバント、およびそれらを同定する方法に対する必要性が存在する。ワクチンにおいて使用するためのさらなる、および改善されたアジュバント、およびまたそのようなアジュバントを同定する指向性の方法も提供することが本発明の目的である。

本発明の開示
本発明は、様々な病原体関連分子パターン（ＰＡＭＰ［参考文献１−６］）の同定およびアジュバント活性ポリペプチドの同定におけるこれらパターンの使用に基づく。ポリペプチドＰＡＭＰは、病原性ポリペプチドに存在するが、宿主生物自身のポリペプチドにはまれであるか、または存在しないモチーフである。そのようなモチーフは、微生物においてよく見出されるが、脊椎動物では見いだされない。従って、それらは宿主によって外来性であると認識され、適当な免疫反応を引き起こし、それはこれらのポリペプチドＰＡＭＰを、ワクチンにおけるアジュバントの理想的な候補にする。さらに、それらは性質においてタンパク質性であるので、そのアミノ酸配列を直接タンパク質抗原のアミノ酸配列に組み入れて、効力を増加させ得る。

アジュバント活性ポリペプチドを同定する方法
従って本発明は、以下の工程を含む、宿主生物においてアジュバントとして作用するポリペプチドを同定する方法を提供する：
ａ）少なくともａ種の異なる病原性生物由来のアミノ酸配列をグループ化することによって、タンパク質ファミリーを産生し、その配列は１Ｅ^−０５より低い（すなわち、１Ｅ^−０６、１Ｅ^−０７、１Ｅ^−０８、１Ｅ^−０９、１Ｅ^−１０、１Ｅ^−１５、１Ｅ^−２０またはそれより低い）ＥスコアでＢＬＡＳＴアライメントを共有する；
ｂ）工程ａ）のタンパク質ファミリーを選択する、ここで：
（ｉ）そのファミリーは、少なくともｂ個の異なる病原性生物由来の配列を含む、および
（ｉｉ）そのファミリーのタンパク質のうち少なくとも１つは、選択された非病源性生物由来のアミノ酸配列と、１Ｅ^−０５より低い（すなわち、１Ｅ^−０６、１Ｅ^−０７、１Ｅ^−０８、１Ｅ^−０９、１Ｅ^−１０、１Ｅ^−１５、１Ｅ^−２０またはそれより低い）ＥスコアでＢＬＡＳＴアライメントを共有しない；
ｃ）工程ｂ）のできたファミリーから、ファミリー内で保存されている配列モチーフを決定する；そして
ｄ）工程ｃ）のモチーフを含むポリペプチド配列を選択する、
ここで：ａは少なくとも６０（例えば６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、９９またはそれ以上）である；そしてｂは少なくとも３０（例えば３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０またはそれ以上）であり、ここでｂ≦ａである。

無作為なハイスループットスクリーニング方法と比較して、本発明の方法は、宿主の免疫反応は、自己であると判断される化合物ではなく外来性であると判断される化合物に対して誘発されるということを考慮するので、ポリペプチドアジュバントを同定するためのより指向性のアプローチである。従って本方法は、病原体に存在するが宿主生物には存在しないポリペプチドモチーフを選択する。

「ＢＬＡＳＴ Ｅスコア」によって、我々はＷｉｓｃｏｎｓｉｎ ＧＣＧ ｐａｃｋａｇｅ ｖｅｒｓｉｏｎ１０．３［７］のＢＬＡＳＴ Ｐ２．２．１を用いてアミノ酸配列を整列させた場合に得られるＥスコアを意味する。

本発明の文脈における「病原性」または「病原体」は、疾患を引き起こし得る生物、例えばウイルスおよび細菌を指す。ほとんどの公知の病原体由来アジュバントは細菌由来であるので、好ましくは、病原性生物は細菌である。

本発明の文脈における「非病原性」は、宿主生物において直接疾患を引き起こし得ない生物を指す。例えば、ラットはノミを有し得、それが今度はヒト宿主において腺ペストを引き起こし得る病原体Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓを有するとしても、ラットはヒトに対して非病原性であると判断される。

本発明の文脈における「宿主生物」は、病原体の標的となる生物を指す。好ましくは、宿主生物はヒトである。

工程ａ）−タンパク質ファミリーの産生
工程ａ）は、ポリペプチドアジュバントが由来するタンパク質ファミリーを提供する。しかし、ただの無作為な配列ではなく、病原性生物由来のアミノ酸配列から始めることによって、本方法は、ハイスループットスクリーニングのような無作為な方法と比較して、スクリーニングする必要がある配列の総数を最小限にする。この工程において同定されたタンパク質ファミリーのいくつかは病原体ゲノムに限定されるものではなく、そして本方法において後で除外される。好ましくは、工程ａ）のタンパク質ファミリーを産生するために使用するアミノ酸配列は、ゲノムデータベースから、より好ましくはｃＤＮＡまたは発現配列データベースから入手可能である。

アジュバントによって産生される最も望ましい免疫反応は、「広域スペクトル」メカニズムに基づく反応である、宿主の自然免疫反応である。第２経路による補体の活性化を含むがこれに限らない、そのような「広域スペクトル」メカニズムは、共通の細菌（すなわち病原性）成分によって引き起こされることが公知である。そのような共通の細菌成分は、共通のアミノ酸配列を有する。従って、工程ａ）は、タンパク質ファミリーを産生するために使用する生物は病原性であることを特定する。そのファミリーを産生するために少なくともａ種の異なる病原性生物を使用し、そしてより高いａの値は、そのタンパク質ファミリーが、多数の病原体に存在する共通の細菌成分をコードする確率をより高くする。

工程ｂ）−タンパク質ファミリーの選択
多くのタンパク質ファミリーを産生したら、本方法は少なくともｂ個の異なる病原性生物由来の配列を含むファミリーのみを選択し、ここでｂはａと同じか、またはより少ない。本発明の方法の目的は、いくつかの病原体に存在する共通または保存された細菌成分をコードするポリペプチドを同定することなので、この工程は、多数の病原性生物由来の配列を含まないタンパク質ファミリーを除外する。ｂの値がａに近いほど、この工程の厳密さが増す。

工程ｂ）の２番目の部分は、病原性および非病原性生物に共通の配列モチーフを除外するためのフィルターである。従って、選択された非病原性生物と１Ｅ^−０５を超える（すなわち、１Ｅ^−０５、１Ｅ^−０６、１Ｅ^−０７、１Ｅ^−０８、１Ｅ^−０９、１Ｅ^−１０、１Ｅ^−１５、１Ｅ^−２０またはそれより低い）Ｅスコアで、その全長に対するＢＬＡＳＴアラインメントを有さない少なくとも１つの配列を含むファミリーのみを、次の工程のために選択する。ほとんどの場合、これは、選択されたファミリーの全てのメンバーが、選択された非病原性生物に存在しないドメインを共有することを保証する。病原体および非病原体の両方に共通の配列を含むタンパク質ファミリーを除外することによって、選択されたタンパク質ファミリーがＰＡＭＰを含む確率が増加し、そして従ってアジュバントとして作用するポリペプチドを同定する確率が増加する。

工程ｂ）で使用する非病原性生物は、宿主生物（例えばヒト）であり得る。しかし、特にその方法がヒトゲノムに存在しないポリペプチド配列を選択するさらなる工程を含む場合には、それは好ましくはヒトではない（下記を参照のこと）。好ましい非病原性ゲノムは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒのもののような、ハエのゲノムである。

工程ｃ）−選択されたタンパク質ファミリーからのポリペプチド配列の選択
多くの病原性生物に共通であるが、非病原性生物とは共通でない配列を含むタンパク質ファミリーを選択したら、工程ｃ）は、選択されたタンパク質ファミリー内の保存されたサブ配列またはモチーフを同定する。これらのサブ配列を、その統計学的関連性によって試験する。

好ましくは、工程ｃ）のためにコンピュータープログラムを使用する。タンパク質配列における保存されたパターンを、通常の表現のセット、すなわち、各配列位置に関して、そのような位置に存在し得るアミノ酸またはアミノ酸のリストを特定する記号の連なりとして、簡便に示し得る。関連する配列のセットから通常の表現の形式で保存されたモチーフを抽出するために、および配列のセットにおける所定のパターンの出現率を試験するために、効率的なアルゴリズムが存在し、そして当業者に周知である。より好ましくは、工程ｃ）のためにＰＲＡＴＴプログラムを使用する［８］。ＰＲＡＴＴプログラムは、整列していないタンパク質配列のセットにおいて保存されたパターンを発見することができ、そしてｈｔｔｐ：／／ｕｓ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｔｏｏｌｓ／ｐｒａｔｔ／においてオンラインで見出すことができる。

本方法のさらなる実施態様
好ましくは、工程ａ）の配列は、発現またはオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列由来である。これは、本発明のアジュバントが病原体の発現したペプチド配列に基づくためである。

好ましくは、宿主生物は脊椎動物、より好ましくは哺乳類、最も好ましくはヒトである。

上記で記載した工程に加えて、本方法は、病原性細胞の表面に見出される、または見出されることが予測される、またはそれによって分泌されるポリペプチド配列を選択する工程を含み得る。これは、性質において、宿主免疫系は、いかなる細胞内成分よりも、病原体の分泌タンパク質または表面タンパク質に最初に直面する可能性が高いためである。

好ましい実施態様において、この工程を、本方法の工程ｂ）およびｃ）の間に行う。より好ましくは、表面または分泌タンパク質として予測または注釈をつけられたアミノ酸配列を少なくとも１つ含むタンパク質ファミリーのみを、工程ｃ）で使用するために選択する。

好ましくは、この工程は、公表されたアノテーションデータを用いることによって、そのポリペプチド配列が表面に発現しているか、または病原性細胞によって分泌されるのか推測することを含む。そのようなアノテーションデータは一般的に、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｉｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖで利用可能なＮＣＢＩデータベースを含む、当業者に公知である公共のデータベースで入手可能である。

あるいは、この工程は、正確な機能の予測を提供するアルゴリズムまたはプログラムを用いることによって、そのポリペプチド配列が表面に発現しているか、または病原性細胞によって分泌されるのか予測することを含む。そのようなプログラムは、局在化シグナルのような、表面または分泌ペプチドが共有することが公知である、ある特徴を利用し得る。通常、局在化シグナルは、短いペプチド配列の形式をとる。多くの場合、これがシグナル配列（またはリーダー配列）を構成するが、いつもそうではない。細菌の分泌タンパク質の場合、ほとんどが、多くの場合長さが１５−４０アミノ酸（最も普通には約２０）であり、アミノ末端に荷電部分を有し、１つまたは２つの塩基性アミノ酸（例えばリシン）に続く通常２つのグリシンまたはプロリンを含む一連の疎水性アミノ酸を有し、疎水性配列に続く、鎖内で逆向ターンを作ると考えられる一連の約６個のアミノ酸を有するリーダー配列を含み得る。

そのようなプログラムの例は、ＳｉｇｎａｌＰ、シグナルペプチドおよびその切断部位を検出するための強力なツールであり［９］、そしてｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＳｉｇｎａｌＰ／においてオンラインで入手可能である。別の例はＰＳＯＲＴであり、それは配列を表面露出または表面、膜または周辺質関連として注釈を付け、そしてｈｔｔｐ：／／ｐｓｏｒｔ．ｎｉｂｂ．ａｃ．ｊｐ／で利用可能である。好ましくは、ＰＳＯＲＴプログラムを使用して、そのポリペプチド配列が表面に発現しているか、または病原性細胞によって分泌されるか予測する。

本方法はさらに、工程ｂ）または工程ｃ）から、内因性ヒトアミノ酸配列と同一でないポリペプチド配列を選択する工程を含み得る。工程ｂ）ｉｉ）と同様に、これは病原性生物に限定的でない、タンパク質ファミリーまたはタンパク質ファミリー内のアミノ酸配列を除去するためのフィルタリング工程を提供する。従ってこの工程は、好ましくはヒトゲノムに存在する少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする全てのパターンを除外する。

上記で記載した工程に加えて、本方法はさらに、本発明の方法によって同定された配列を含む、またはそれから成るポリペプチドを産生するさらなる工程を含み得る。そのようなポリペプチドを産生する方法は、当業者に周知であり、そして下記でより詳細に記載する。

アジュバントポリペプチド
本発明の方法は、アジュバントとして使用／試験するために適当なアミノ酸配列を明らかにする。したがって、本発明は、上記で記載した方法によって得られるアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。その病原体特異的な性質のために、そのようなポリペプチドはワクチンアジュバントの理想的な候補である。ポリペプチドの免疫刺激性質は周知である［例えば参考文献１０を参照のこと］。多くの公知のポリペプチドアジュバントが脂質またはグリカン（特に細菌由来、例えばＭＤＰ）で修飾されるが、未修飾のペプチドアジュバントも開示された［１７］。

本発明は、本発明の方法によって同定されたポリペプチドを提供する。例えば、本発明は、表３で列挙されたアミノ酸配列のいずれか１つを含むポリペプチドを提供する。表３のアミノ酸配列は、ＰＲＯＳＩＴＥ表示法で示され、アミノ酸をその１文字コードで示す［１１］。簡単には、以下の式：
Ａ（１）−ｘ（ｉ１，ｊ１）−Ａ（２）−ｘ（ｉ２，ｊ２）−…Ａ｛ｐ−１｝−ｘ（ｉ｛ｐ−１｝，ｊ｛ｐ−１｝）−Ａｐ
を含むペプチドは、以下の方式で解釈される：Ａ（ｋ）は成分であり、１つのアミノ酸、例えばＣ、またはアミノ酸のセット、例えば［ＩＬＶＦ］を特定する。成分Ａ（ｋ）は、もしそれが正確に１つのアミノ酸（例えばＣまたはＬ）を特定するならアイデンティティー成分であり、またはもしそれが１つ以上（例えば［ＩＬＶＦ］または［ＦＷＹ］）を特定するなら多義成分である。ｉ（ｋ）、ｊ（ｋ）は整数であり、全てのｋに関してｉ（ｋ）＜＝ｊ（ｋ）である。ｘ（ｉｋ，ｊｋ）の部分は、ｉｋおよびｊｋの任意のアミノ酸間のパターンマッチングのワイルドカード領域を特定する。もしｊｋがｉｋよりも大きいなら（例えばｘ（２，３））、ワイルドカード領域ｘ（ｉｋ，ｊｋ）は「柔軟」である。そのような領域の柔軟性は、ｊｋ−ｉｋである。例えばｘ（２，３）の柔軟性は１である。もしｊ（ｋ）がｉ（ｋ）と等しいならば、例えばｘ（２，２）なら、ワイルドカード領域は固定され、ｘ（２）と書き得る。パターンに関する柔軟性の産物（ｐｒｏｄｕｃｔ ｏｆ ｆｌｅｘｉｂｉｌｉｔｙ）は、もしあるなら、パターン内の柔軟なワイルドカード領域の柔軟性の産物であり、そうでなければ１（ｏｎｅ）であるよう定義される。

例えば、Ｃ−ｘ（２）−Ｈは、２つの成分（ＣおよびＨ）および１つの固定されたワイルドカード領域を有するパターンである。それは、Ｃに続くあらゆる２つの任意のアミノ酸、それに続くＨを含むあらゆる配列に一致する。アミノ酸配列ＣｈｇＨｙｗ（配列番号第１番）およびｌｉＣｈｇＨｌｙｗ（配列番号第２番）は、その式に含まれる。Ｃ−ｘ（２，３）−Ｈは、２つの成分（ＣおよびＨ）および１つの柔軟なワイルドカード領域を有するパターンである。それは、ａａＣｈｇＨｙｗｋ（配列番号第３番）およびｌｉＣｈｇａＨｌｙｗ（配列番号第４番）のような、Ｃに続くあらゆる２つまたは３つの任意のアミノ酸、それに続くＨを含むあらゆる配列に一致する。Ｃ−ｘ（２，３）−［ＩＬＶ］は、２つの成分（Ｃおよび［ＩＬＶ］）および１つの柔軟なワイルドカード領域を有するパターンである。それは、Ｃに続くあらゆる２つまたは３つの任意のアミノ酸、それに続くＩ、ＬまたはＶを含むあらゆる配列に一致する。

本発明はまた、表３のアミノ酸配列と少なくともｃ％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、および／または表３のアミノ酸配列由来の少なくともｘ個の連続的なアミノ酸の断片からなるアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。好ましくは、そのポリペプチドは、例えばヒトにおいてアジュバント活性を有する。ｃの値は、少なくとも８５、例えば８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、９９．５またはそれ以上である。ｘの値は、少なくとも５、例えば６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０である。その断片は、好ましくはアジュバント活性を保持する。アジュバント活性を、試験アジュバントの存在下または非存在下で、抗原の同時投与後に誘発される免疫反応を測定することによって評価し得る。アジュバントは、同時投与された抗原に対する免疫反応を増強する。そのような方法の例が、参考文献１２および１３に記載されている。

本発明はまた、アミノ酸配列が１つまたはそれ以上の変異を含む以外は、表３に列挙されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。その変異はそれぞれ独立に置換、挿入、または欠失であり得る。好ましくは、アミノ酸配列は２０より少ない（例えば１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１）変異を含む。各変異は、好ましくは単一のアミノ酸が関与する。置換は保存的、すなわち１つのアミノ酸の、関連する側鎖を有する別のものとの置換であることが好ましい。遺伝的にコードされたアミノ酸は、一般的に４つのファミリーに分けられる：（１）酸性、すなわち、アスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性、すなわち、リシン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性、すなわちアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；および（４）無電荷極性、すなわちグリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは、あわせて芳香族アミノ酸と分類されることもある。一般的に、単一のアミノ酸のこれらファミリー内での置換は、生物学的活性に大きな影響を与えない。

本発明のポリペプチドは、少なくとも３（例えば４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０またはそれ以上）アミノ酸の長さである。３アミノ酸の短さのポリペプチドが、以前の技術で免疫反応を刺激することが示された［１４、２５、１６］。細菌線毛タンパク質由来の５マーのペプチド（ＡＬＴＴＥ）（配列番号第５番）も、インビトロで細胞からのサイトカイン産生を誘発することが示された［１７］。ポリペプチドの長さを決定する最も重要な因子は、アジュバント活性を有することであるが、他の因子も、ポリペプチドの最終的な長さを決定するために寄与し得る。そのような因子は、当該ポリペプチドを製造することに関わる費用を含み、より短いポリペプチドは、一般的に合成するのがより安価である。

本発明のポリペプチドは、１００より少ない（例えば９０、８０、７０、６０、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４）アミノ酸を含み得る。

式ＮＨ_２−Ａ−（Ｂ−Ｃ）_ｎ−Ｄ−ＣＯＯＨを含むポリペプチドも本発明において提供され、ここでＡは任意のＮ末端アミノ酸配列である；Ｂは本発明の方法によって得られるアジュバントポリペプチド配列（例えば表３の配列）である；Ｃは任意のアミノ酸リンカー配列である；Ｄは任意のＣ末端アミノ酸配列である；そしてｎ≧１である。ｎ＞１の場合、Ｂ−Ｃのｎ回反復において、Ｂおよび／またはＣはそれぞれ同じまたは異なり得る。従って、Ｂ_１≠Ｂ_２およびＣ_１≠Ｃ_２であるポリペプチド配列Ａ−（Ｂ_１−Ｃ_１）−（Ｂ_２−Ｃ_２）−Ｄは、依然として式Ａ−（Ｂ−Ｃ）_ｎ−Ｄを満たす。

その／各配列−Ｂ−は、１００より少ない（例えば９０、８０、７０、６０、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４）アミノ酸から成り得る。

配列−Ａ−、−Ｃ−および−Ｄ−は、精製を助けるためのタグ配列、より高いタンパク質安定性を与える配列等を含み得る。配列−Ｃ−は、リンカー配列（例えばポリグリシンリンカー）を含み得る。任意のＮ末端−Ａ−は、タンパク質の輸送を指示するための分泌またはリーダー配列を含み得る。その／各配列−Ａ−、−Ｃ−および／または−Ｄ−は、１００より少ない（例えば９０、８０、７０、６０、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４）アミノ酸から成り得る。

Ａおよび／またはＤ配列が存在する場合、これらは短く（例えばそれぞれ≦３０アミノ酸）または長く（例えばそれぞれ３０アミノ酸より長い）あり得る。長い形式において、Ａおよび／またはＤは、好ましくは免疫原性ポリペプチド配列を含み、それによってアジュバント配列Ｂを利用する抗原を含む融合ポリペプチドを生じる。抗原およびアジュバントを同じポリペプチド分子の中に有することは、産生および精製を簡単にし、そしてこの方法における免疫原性の増強が、ＨＳＰのアジュバント部分を用いて示された［１８］。

本発明のポリペプチドを、あらゆる適当な方式で、例えば化学合成（少なくとも部分的に）によって、プロテアーゼを用いてより長いポリペプチドを消化することによって、ＲＮＡからの翻訳によって、細胞培養から（例えば組み換え発現から）の精製によって、等で調製し得る。ポリペプチドをどのように調製するかの選択は、様々な因子に依存する。短いポリペプチドに関しては、通常インビトロにおける化学合成が選択される［１９、２０］。ｔ−ＢｏｃまたはＦｍｏｃ［２１］化学に基づく方法のような、固相ペプチド合成が特に好ましい。酵素的合成［２２］も、部分的にまたは全部で使用し得る。

より長いポリペプチド、特に抗原およびアジュバントを単一の融合ポリペプチド鎖に含むものに関しては、生物学的合成が通常選択され、例えばそのポリペプチドを翻訳によって産生し得る。翻訳をインビトロまたはインビボで行い得る。

アミノ酸のポリマーとしての本質的な性質に加えて、本発明のポリペプチドは、ペプチドバックボーン、アミノ酸側鎖およびアミノまたはカルボキシル末端を含む様々な位置で修飾を含み得る。共有結合的な修飾によるポリペプチドのアミノおよび／またはカルボキシル末端の封鎖は、天然に存在する、および合成ポリペプチドにおいて普通であり、そしてそのような修飾は本発明のポリペプチドに存在し得る。同様に、修飾アミノ酸（例えばヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、Ｏ−ホスホセリン、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウム、Ｎ−ホルミル−メチオニン）が存在し得る。

本発明のポリペプチドは、一般的に、実質的に純粋な形式で提供され、例えば５０％より少ない、通常６０％より少ない、そしてより通常には９０％より少ない組成物が、他のポリペプチドで構成される。

本発明のポリペプチドを、様々な形式（例えば天然、融合物、糖鎖付加、非糖鎖付加等）で調製し得る。本発明のポリペプチドを、固体支持体に結合し得る。本発明のポリペプチドは、検出可能な標識（例えば放射活性または蛍光標識、またはビオチン標識）を含み得る。

本発明のポリペプチドは、好ましくは全長野生型ポリペプチドではない。それは好ましくは非修飾ＮＨ_２−ＡＬＴＴＥ−ＣＯＯＨペンタペプチド（配列番号第５番）ではない。

ペプチド模倣物
本発明のポリペプチドは、本来的に有用なアジュバントである。しかし、アジュバント活性を改善するために（一般的または特異的のいずれか）、または生物学的利用能、毒性、代謝、薬物動態等のような、薬理学的に重要な特徴を改善するために、それらを改良し得る。従って、そのポリペプチドを、さらなる研究および改良のためのリード化合物として使用し得る。

本発明のポリペプチドを、アジュバント活性を有するペプチド模倣分子［例えば参考文献２３から２８］を設計するために使用し得る。これらは、典型的には本発明のポリペプチドに関して等配電子であるが、１つまたはそれ以上のそのペプチド結合を欠く。例えば、重要なアミノ酸側鎖を維持しながら、ペプチドバックボーンが非ペプチドバックボーンに置換され得る。

従って、本発明は、表３で列挙された配列のいずれか１つの含むポリマーを提供し、ここで（ａ）そのポリマーはＬ−アミノ酸；Ｄ−アミノ酸；およびアミノ酸模倣物（参考文献２９において議論されたもののような）から成る（しかしそれに限らない）グループから選択されるモノマーを含む、および／または（ｂ）モノマー間の結合は、ペプチド結合ではない。このポリマーは、直鎖状の枝分かれの無いポリペプチド鎖を形成するための、ペプチド結合によって結合したＬ−アミノ酸の鎖で構成されない。

異なる型のモノマー（例えばＬ−およびＤ−アミノ酸）を同じポリマーに含み得る、またはそのポリマーは単一の型のモノマーを含み得る（例えば全てＤ−アミノ酸）。

そのポリマーは、「ペプトイド」残基を含み得る。「ペプトイド」は、Ｎ−置換グリシンのオリゴマー集合から生じる［３０］。ペプチド模倣化合物は、酵素的に切断されやすいペプチド結合のような、古典的なペプチドの特徴を取り除くので、有利である。そのポリマーは、糖アミノ酸を含み得る［３１］。

生物学的方法は一般的に、Ｌ−アミノ酸に基づくポリペプチドの産生に限られるので、本発明のペプチド模倣化合物を、一般的に化学的合成経路によって調製する。しかし、翻訳機構（例えばアミノアシル−ｔＲＮＡ分子）の操作を使用して、Ｄ−アミノ酸（またはヨードチロシンまたはメチルフェニルアラニン、アジドホモアラニン等のような、他の非天然アミノ酸）の導入を可能にし得る［３２］。

アジュバントポリペプチド配列および関連する産物をコードする核酸分子
本発明は、本発明のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。

本発明はまた、本発明のポリペプチドをコードする核酸に、高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズする核酸を提供する。

本発明はまた、本発明のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも７５％の同一性（例えば７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、１００％の同一性）を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。

さらに、本発明は、プラスミドＤＮＡおよび組み換えウイルスおよび細菌配列のような核酸を含む、発現ベクターのようなベクターを提供する。

本発明はさらに、本発明のベクターで形質転換した宿主細胞を提供する。

薬物および免疫原性組成物
本発明は、本発明のポリペプチドまたはポリマー、および薬剤学的に許容可能な担体を含む組成物を提供する。

「薬剤学的に許容可能な担体」という用語は、抗体またはポリペプチド、遺伝子、および他の治療薬のような治療薬を投与するための担体を指す。その用語は、それ自身がその組成物を投与される個体に有害な抗体の産生を引き起こさず、そして過度の毒性無しに投与し得るあらゆる薬剤学的担体を指す。適当な担体は、タンパク質、多糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマー性アミノ酸、アミノ酸コポリマー、および不活性なウイルス粒子のような、大きく、ゆっくり代謝される高分子であり得る。そのような担体は当業者に周知である。治療的組成物中の薬剤学的に許容可能な担体は、水、生理食塩水、グリセロールおよびエタノールのような液体を含み得る。湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝化物質等のような補助物質も、そのような媒体中に存在し得る。典型的には、治療的組成物を、液体溶液または懸濁液いずれかの注射剤として調製する；注射の前に、液体媒体中の溶液、または懸濁液のために適当な固体形式も調製し得る。薬剤学的に許容可能な塩、例えば塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩等のような鉱酸塩；および酢酸塩、プロピオン酸塩、マロン酸塩、安息香酸塩等のような有機酸塩も医薬品組成物中に存在し得る。薬剤学的に許容可能な賦形剤の徹底的な議論は、参考文献３３において入手可能である。好ましい薬物は水性であり、ｐＨ７．０±０．５に緩衝化され、発熱物質を含まず、そして滅菌である。

１つの実施態様において、本発明は、微粒子および／またはマイクロエマルションおよび本発明のポリペプチドまたはポリマーを含む組成物を提供する。そのような微粒子およびエマルションは、他の公知のアジュバントのアジュバント活性を増強することが示された［３４−３６］。

本発明の組成物は、好ましくは免疫原性、例えばワクチンである。本発明によるワクチンは、予防的（すなわち、感染を防ぐ）または治療的（すなわち、発症の後に疾患を治療する）のいずれかであり得るが、典型的には予防的である。治療的ワクチンも、癌、アレルギー、および喘息のような非感染性疾患を治療するために使用し得る。

ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的に有効な量の抗原、および必要に応じて他の上記で述べた成分のいずれかを含む。「免疫学的に有効な量」によって、単回投与または一連の投与の一部としてのいずれかにおいて、個体に対してその量を投与することは、治療または予防のために有効であることを意味する。治療される個体の健康および身体的状態、年齢、治療される個体の分類学的グループ（例えば、非ヒト霊長類、霊長類等）、抗体を合成する個体の免疫系の能力、望ましい保護の程度、ワクチンの処方、治療医師の臨床状況の診断、および他の関連する因子に依存して、この量は変動する。その量は、日常的な試験によって決定し得る、比較的広い範囲に入ることが予期される。

本発明の組成物を、本発明の治療的、予防的、または診断的方法において使用するために、１つまたはそれ以上の抗原と組み合わせて投与し得る。好ましい抗原は、下記に列挙するものを含む。さらに、本発明の組成物を使用して、下記に列挙する微生物のいずれかによって引き起こされる感染を治療または予防し得る。

下記で記載する抗原との組み合わせに加えて、本発明の組成物をまた、本明細書中で記載されたアジュバントと組み合わせ得る。本発明で使用するための抗原は、１つまたはそれ以上の下記で述べる以下の抗原、または１つまたはそれ以上の下記で述べる病原体由来の抗原を含むがこれに限らない。

Ａ．細菌抗原
本発明において使用するために適当な細菌抗原は、タンパク質、多糖、リポ多糖、および外膜小胞を含み、それは細菌から単離、精製、または得ることができる。それに加えて、細菌抗原は、細菌溶解物および不活性化細菌処方を含み得る。細菌抗原を、組み換え発現によって産生し得る。細菌抗原は、好ましくは、そのライフサイクルの少なくとも１つの段階中に、細菌の表面に露出しているエピトープを含む。細菌抗原は、好ましくは複数の血清型を通じて保存されている。細菌抗原は、１つまたはそれ以上の下記で述べる細菌由来の抗原、および下記で同定される特定の抗原の例を含む。

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ：Ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ抗原は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ血清型Ａ、Ｃ、Ｗ１３５、Ｙ、および／またはＢから精製された、またはそれ由来の、タンパク質（参考文献Ａ−Ｇにおいて同定されたもののような）、糖類（多糖、オリゴ糖、またはリポ多糖を含む）、または外膜小胞（参考文献Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ）を含み得る。髄膜炎タンパク質抗原を、接着、オートトランスポーター、毒素、Ｆｅ獲得タンパク質、および膜結合タンパク質（好ましくは内在性外膜タンパク質）から選択し得る。

Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、糖類（多糖またはオリゴ糖を含む）またはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のタンパク質を含み得る。糖類抗原を、血清型１、２、３、４、５、６Ｂ、７Ｆ、８、９Ｎ、９Ｖ、１０Ａ、１１Ａ、１２Ｆ、１４、１５Ｂ、１７Ｆ、１８Ｃ、１９Ａ、１９Ｆ、２０、２２Ｆ、２３Ｆ、および３３Ｆから選択し得る。タンパク質抗原を、ＷＯ９８／１８９３１、ＷＯ９８／１８９３０、米国特許第６，６９９，７０３号、米国特許第６，８００，７４４号、ＷＯ９７／４３３０３、およびＷＯ９７／３７０２６において同定されたタンパク質から選択し得る。肺炎球菌タンパク質は、ポリヒスチジン三連構造（Ｐｏｌｙ Ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ Ｔｒｉａｄ）ファミリー（ＰｈｔＸ）、コリン結合タンパク質ファミリー（ＣｂｐＸ）、ＣｂｐＸ切断物、ＬｙｔＸファミリー、ＬｙｔＸ切断物、ＣｂｐＸ切断物−ＬｙｔＸ切断物キメラタンパク質、ニューモリシン（Ｐｌｙ）、ＰｓｐＡ、ＰｓａＡ、Ｓｐ１２８、Ｓｐ１０１、Ｓｐ１３０、Ｓｐ１２５、またはＳｐ１３３から選択し得る。

Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ（Ｇｒｏｕｐ Ａ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）：Ａ群連鎖球菌抗原は、ＷＯ０２／３４７７１またはＷＯ２００５／０３２５８２において同定されたタンパク質（ＧＡＳ４０を含む）、ＧＡＳ Ｍタンパク質の断片の融合物（ＷＯ０２／０９４８５１、およびＤａｌｅ、Ｖａｃｃｉｎｅ（１９９９）１７：１９３−２００、およびＤａｌｅ、Ｖａｃｃｉｎｅ １４（１０）：９４４−９４８において記載されたものを含む）、フィブロネクチン結合タンパク質（Ｓｆｂ１）、連鎖球菌ヘム結合タンパク質（Ｓｈｐ）、およびストレプトリシンＳ（ＳａｇＡ）を含み得る。

Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ：モラクセラ抗原は、ＷＯ０２／１８５９５およびＷＯ９９／５８５６２において同定された抗原、外膜タンパク質抗原（ＨＭＷ−ＯＭＰ）、Ｃ−抗原、および／またはＬＰＳを含む。

Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ：百日咳抗原は、百日咳ホロ毒素、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ由来の線維状ヘマグルチニン（ＦＨＡ）、任意でまたパータクチンおよび／または凝集原２および３抗原との組み合わせを含む。

Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ：黄色ブドウ球菌抗原は、ＳｔａｐｈＶＡＸ^ＴＭのような、任意で非毒性組換え体Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ外毒素Ａと結合した、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ５および８型莢膜多糖、または表面タンパク質、インベイシン（ロイコシジン、キナーゼ、ヒアルロニダーゼ）、食細胞の貪食を阻害する表面因子（莢膜、プロテインＡ）、カロテノイド、カタラーゼ産生、プロテインＡ、凝固酵素、凝固因子、および／または真核生物の細胞膜を溶解する、膜障害毒素（溶血素、ロイコトキシン、ロイコシジン）（任意で解毒された）由来の抗原を含む。

Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ：Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ抗原は、粘液関連抗原（ＳＡＡ）を含む。

Ｔｅｔａｎｕｓ：破傷風抗原は、好ましくは本発明の組成物と組み合わせて／結合して担体タンパク質として使用する、破傷風毒素（ＴＴ）を含む。

Ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ：ジフテリア抗原は、好ましくは解毒された、ＣＲＭ_１９７のような、ジフテリア毒素を含み、さらにＡＤＰリボシル化を調節、阻害、または関連し得る抗原が、本発明の組成物との組み合わせ／同時投与／結合のために企図され、ジフテリア毒素を好ましくは担体タンパク質として使用する。

Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ Ｂ（Ｈｉｂ）：Ｈｉｂ抗原は、Ｈｉｂ糖類抗原を含む。

Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ：シュードモナス抗原は、エンドトキシンＡ、Ｗｚｚタンパク質、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＬＰＳ、より具体的にはＰＡＯ１（Ｏ５血清型）から単離されたＬＰＳ、および／または外膜タンパク質Ｆ（ＯｐｒＦ）を含む外膜タンパク質（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００１ Ｍａｙ；６９（５）：３５１０−３５１５）を含む。

Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ（レジオネラ症）：Ｌ．ニューモフィラ抗原は、任意で分裂したａｓｄ遺伝子を有する細胞系統から得ることができる（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．１９９８ Ｍａｙ；６６（５）：１８９８）。

Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ（Ｇｒｏｕｐ Ｂ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）：Ｂ群連鎖球菌抗原は、ＷＯ０２／３４７７１、ＷＯ０３／０９３３０６、ＷＯ０４／０４１１５７、またはＷＯ２００５／００２６１９において同定されたタンパク質または糖類抗原を含む（タンパク質ＧＢＳ８０、ＧＢＳ１０４、ＧＢＳ２７６およびＧＢＳ３２２を含む、および血清型Ｉａ、Ｉｂ、Ｉａ／ｃ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＶＩＩＩから得られた糖類抗原を含む）。

Ｎｅｉｓｅｒｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ：ゴノレア抗原は、ＰｏｒＢ（Ｚｈｕら、Ｖａｃｃｉｎｅ（２００４）２２：６６０−６６９を参照のこと）のようなＰｏｒ（またはポリン）タンパク質、ＴｂｐＡおよびＴｂｐＢのようなｔｒａｎｓｆｅｒｒｉｎｇ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（Ｐｒｉｃｅ ら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７１（１）：２７７−２８３を参照のこと）、ｏｐａｃｉｔｙ ｐｒｏｔｅｉｎ（Ｏｐａのような）、ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ−ｍｏｄｉｆｉａｂｌｅ ｐｒｏｔｅｉｎ（Ｒｍｐ）、および外膜小胞（ＯＭＶ）調製物（Ｐｌａｎｔｅら、Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ（２０００）１８２：８４８−８５５を参照のこと）を含む、また、例えばＷＯ９９／２４５７８、ＷＯ９９／３６５４４、ＷＯ９９／５７２８０、ＷＯ０２／０７９２４３を参照のこと。

Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ：トラコーマクラミジア抗原は、血清型Ａ、Ｂ、ＢａおよびＣ（トラコーマの病原体、失明の原因）、血清型Ｌ_１、Ｌ_２およびＬ_３（鼠径リンパ肉芽腫と関連する）、および血清型Ｄ−Ｋ由来の抗原を含む。トラコーマクラミジア抗原はまた、ＷＯ００／３７４９４、ＷＯ０３／０４９７６２、ＷＯ０３／０６８８１１、またはＷＯ０５／００２６１９において同定された抗原を含み得る。

Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ（梅毒）：梅毒抗原は、ＴｍｐＡ抗原を含む。

Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ（軟性下疳を引き起こす）：デュクレイ抗原は、外膜タンパク質（ＤｓｒＡ）を含む。

Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓまたはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ：抗原は、三糖リピートまたは米国特許第６，７５６，３６１号において提供された他のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ由来抗原を含む。

Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ：Ｈ．ピロリ抗原は、Ｃａｇ、Ｖａｃ、Ｎａｐ、ＨｏｐＸ、ＨｏｐＹ、および／またはウレアーゼ抗原を含む。

Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ：抗原は、Ｓ．ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ抗原の１６０ｋＤａのヘマグルチニンを含む。

Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ抗原は、ＬＰＳを含む（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００２ Ａｕｇｕｓｔ；７０（８）：４４１４）。

Ｅ．ｃｏｌｉ：大腸菌抗原は、毒素原性大腸菌（ＥＴＥＣ）、腸管凝集性大腸菌（ＥＡｇｇＥＣ）、散在付着性大腸菌（ＤＡＥＣ）、腸管病原性大腸菌（ＥＰＥＣ）、および／または腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）由来であり得る。

Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ（炭疽）：Ｂ．ａｎｔｈｒａｃｉｓ抗原は、任意で解毒され、そしてＡ−成分（致死因子（ＬＦ）および浮腫因子（ＥＦ））から選択し得、それらはどちらも防御抗原（ＰＡ）として知られる共通のＢ−成分を共有し得る。

Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ（ペスト）：ペスト抗原は、Ｆ１莢膜抗原（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００３ Ｊａｎ；７１（１）：３７４−３８３）、ＬＰＳ（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．１９９９ Ｏｃｔ；６７（１０）：５３９５）、ペスト菌Ｖ抗原（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．１９９７ Ｎｏｖ；６５（１１）：４４７６−４４８２）を含む。

Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ：結核抗原は、リポタンパク質、ＬＰＳ、ＢＣＧ抗原、任意で陽イオン性脂質小胞に処方された抗原８５Ｂ（Ａｇ８５Ｂ）および／またはＥＳＡＴ−６の融合タンパク質（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００４ Ｏｃｔｏｂｅｒ；７２（１０）：６１４８）、結核菌（Ｍｔｂ）イソクエン酸デヒドロゲナーゼ関連抗原（Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．２００４ Ａｕｇ ２４；１０１（３４）：１２６５２）、および／またはＭＰＴ５１抗原（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００４ Ｊｕｌｙ；７２（７）：３８２９）を含む。

Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ：抗原は、外膜タンパク質Ａおよび／またはＢ（ＯｍｐＢ）（Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ．２００４ Ｎｏｖ １；１７０２（２）：１４５）、ＬＰＳ、および表面タンパク質抗原（ＳＰＡ）（Ｊ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．１９８９ Ｊｕｎ；２ Ｓｕｐｐｌ：８１）を含む、外膜タンパク質を含む。

Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ：Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ由来の抗原を、好ましくは本発明の結合／会合組成物の細胞質内伝達のための担体／ベクターとして使用する。

Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ：抗原は、ＷＯ０２／０２６０６において同定されたものを含む。

Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ：抗原は、プロテイナーゼ抗原、ＬＰＳ、特にコレラ菌ＩＩのリポ多糖、Ｏ１ Ｉｎａｂａ Ｏ−特異的多糖、コレラ菌Ｏ１３９、ＩＥＭ１０８ワクチンの抗原（Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００３ Ｏｃｔ；７１（１０）：５４９８−５０４）、および／または密着結合毒素（Ｚｏｔ）を含む。

Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ（腸チフス）：抗原は、莢膜多糖、好ましくは結合物（Ｖｉ、すなわちｖａｘ−ＴｙＶｉ）を含む。

Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ（ライム病）：抗原は、リポタンパク質（ＯｓｐＡ、ＯｓｐＢ、ＯｓｐＣおよびＯｓｐＤのような）、ＯｓｐＥ−関連タンパク質（Ｅｒｐｓ）のような他の表面タンパク質、デコリン結合タンパク質（ＤｂｐＡのような）、およびＰ３９およびＰ１３（内在性膜タンパク質、Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００１ Ｍａｙ；６９（５）：３３２３−３３３４）と会合した抗原のような、抗原可変性のＶＩタンパク質、ＶＩｓＥ抗原変異タンパク質（Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１９９９ Ｄｅｃ；３７（１２）：３９９７）を含む。

Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ：抗原は、Ｐ．ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ外膜タンパク質（ＯＭＰ）を含む。

Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ：抗原は、ＯＭＰ Ａを含むＯＭＰ、または任意で破傷風毒素と結合した多糖を含む。

特に言及しなければ、本発明のさらなる細菌抗原は、上記のいずれかの莢膜抗原、多糖抗原、またはタンパク質抗原であり得る。さらなる細菌抗原はまた、外膜小胞（ＯＭＶ）調製物を含み得る。さらに、抗原は、上述の細菌のいずれかの生きた、弱毒化した、分割した、および／または精製したバージョンを含む。本発明の細菌または微生物由来抗原は、グラム陰性またはグラム陽性および好気性または嫌気性であり得る。

さらに、上記の細菌由来糖類（多糖、ＬＰＳ、ＬＯＳ、またはオリゴ糖）のいずれかを、担体タンパク質（例えばＣＲＭ_１９７）のような、別の薬剤または抗原に結合し得る。そのような結合は、米国特許第５，３６０，８９７号およびＣａｎ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１９８４ Ｍａｙ；６２（５）：２７０−５において提供されるような、タンパク質のアミノ基に対する、糖のカルボニル部分の還元的アミノ化によって行われる直接的な結合であり得る。あるいは、糖類を、サクシナミドまたはＢｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、１９９６およびＣＲＣ、Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｒｏｓｓ−Ｌｉｎｋｉｎｇ、１９９３において提供される他の結合によるような、リンカーによって結合し得る。

Ｂ．ウイルス抗原
本発明において使用するために適当なウイルス抗原は、不活性化（または死滅させた）ウイルス、弱毒化ウイルス、分断ウイルス処方、精製サブユニット処方、ウイルスから単離、精製、または得ることができるウイルスタンパク質、およびウイルス様粒子（ＶＬＰ）を含む。ウイルス抗原を、細胞培養で増殖したウイルスから得ることができる、または組換え的に発現させ得る。ウイルス抗原は、好ましくは、そのライフサイクルの少なくとも１つの段階中、ウイルスの表面に露出しているエピトープを含む。ウイルス抗原は、好ましくは複数の血清型を通じて保存されている。ウイルス抗原は、下記で述べる１つまたはそれ以上のウイルス由来の抗原、および下記で同定する特定の抗原の例を含む。

オルソミクソウイルス：ウイルス抗原を、インフルエンザＡ、Ｂ、およびＣのようなオルソミクソウイルスから得ることができる。オルソミクソウイルス抗原を、ヘマグルチニン（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、核タンパク質（ＮＰ）、基質タンパク質（Ｍ１）、膜タンパク質（Ｍ２）、１つまたはそれ以上の転写酵素の構成要素（ＰＢ１、ＰＢ２、およびＰＡ）を含む、１つまたはそれ以上のウイルスタンパク質から選択し得る。好ましい抗原は、ＨＡおよびＮＡを含む。

インフルエンザ抗原を、流行間期（例年の）インフルエンザ株から得ることができる。あるいは、インフルエンザ抗原を、汎発性大流行を引き起こす可能性を有する株（すなわち、現在広まっている株のヘマグルチニンと比較して新しいヘマグルチニンを有するインフルエンザ株、または鳥類の対象において病原性であり、そしてヒト集団において水平方向に伝達される可能性を有するインフルエンザ株、またはヒトに対して病原性のインフルエンザ株）から得ることができる。

パラミクソウイルス科のウイルス：ウイルス抗原を、ニューモウイルス（ＲＳＶ）、パラミクソウイルス（ＰＩＶ）およびモルビリウイルス（麻疹）のような、パラミクソウイルス科のウイルスから得ることができる。

ニューモウイルス：ウイルス抗原を、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、ウシＲＳウイルス、マウス肺炎ウイルス、および七面鳥鼻気管炎ウイルスのような、ニューモウイルスから得ることができる。好ましくは、ニューモウイルスはＲＳＶである。ニューモウイルス抗原は、表面タンパク質融合物（Ｆ）、糖タンパク質（Ｇ）および小さい疎水性タンパク質（ＳＨ）、基質タンパク質ＭおよびＭ２、ヌクレオカプシドタンパク質Ｎ、Ｐ、およびＬ、および非構造タンパク質ＮＳ１およびＮＳ２を含む、１つまたはそれ以上のタンパク質から選択し得る。好ましいニューモウイルス抗原は、Ｆ、Ｇ、およびＭを含む。例えばＪ Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ．２００４ Ｎｏｖ；８５（Ｐｔ１１）：３２２９を参照のこと。ニューモウイルス抗原はまた、キメラウイルスに処方し得る、またはそれから得ることができる。例えば、キメラＲＳＶ／ＰＩＶウイルスは、ＲＳＶおよびＰＩＶ両方の成分を含み得る。

パラミクソウイルス：ウイルス抗原は、パラインフルエンザウイルス１−４型（ＰＩＶ）、流行性耳下腺炎、センダイウイルス、サルウイルス５、ウシパラインフルエンザウイルスおよびニューカッスル病ウイルスのような、パラミクソウイルスから得ることができる。好ましくは、パラミクソウイルスはＰＩＶまたは流行性耳下腺炎である。パラミクソウイルス抗原は、１つまたはそれ以上の以下のタンパク質から選択し得る：ヘマグルチニン−ノイラミニダーゼ（ＨＮ）、融合タンパク質Ｆ１およびＦ２、核タンパク質（ＮＰ）、リン酸化タンパク質（Ｐ）、大きなタンパク質（Ｌ）、および基質タンパク質（Ｍ）。
好ましいパラミクソウイルスタンパク質は、ＨＮ、Ｆ１およびＦ２を含む。パラミクソウイルス抗原はまた、キメラウイルスに処方し得る、またはそれから得ることができる。例えば、キメラＲＳＶ／ＰＩＶウイルスは、ＲＳＶおよびＰＩＶ両方の成分を含み得る。市販で入手可能な流行性耳下腺炎ワクチンは、一価の形式か、または麻疹および風疹ワクチンと組み合わせて（ＮＭＲ）、生きた弱毒化流行性耳下腺炎ウイルスを含む。

モルビリウイルス：ウイルス抗原を、麻疹のようなモルビリウイルスから得ることができる。モルビリウイルス抗原を、１つまたはそれ以上の以下のタンパク質から選択し得る：ヘマグルチニン（Ｈ）、糖タンパク質（Ｇ）、融合因子（Ｆ）、大きなタンパク質（Ｌ）、核タンパク質（ＮＰ）、ポリメラーゼリン酸化タンパク質（Ｐ）、および基質（Ｍ）。市販で入手可能な麻疹ワクチンは、典型的には流行性耳下腺炎および風疹と組み合わせて（ＮＭＲ）、生きた弱毒化麻疹ウイルスを含む。

ピコルナウイルス：ウイルス抗原を、エンテロウイルス、ライノウイルス、Ｈｅｐａｒｎａｖｉｒｕｓ、カルジオウイルス、およびアフトウイルスのようなピコルナウイルスから得ることができる。ポリオウイルスのようなエンテロウイルス由来の抗原が好ましい。

エンテロウイルス：ウイルス抗原を、ポリオウイルス１、２または３型、コクサッキーＡウイルス１から２２および２４型、コクサッキーＢウイルス１から６型、エコーウイルス（ＥＣＨＯウイルス）１から９、１１から２７、および２９から３４型、およびエンテロウイルス６８から７１のような、エンテロウイルスから得ることができる。好ましくは、エンテロウイルスはポリオウイルスである。エンテロウイルス抗原を、好ましくは１つまたはそれ以上の以下のカプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４から選択する。市販で入手可能なポリオワクチンは、不活性化ポリオワクチン（ＩＰＶ）および経口ポリオウイルスワクチン（ＯＰＶ）を含む。

Ｈｅｐａｒｎａｖｉｒｕｓ：ウイルス抗原を、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）のような、Ｈｅｐａｒｎａｖｉｒｕｓから得ることができる。市販で入手可能なＨＡＶワクチンは、不活性化ＨＡＶワクチンを含む。

トガウイルス：ウイルス抗原を、ルビウイルス、アルファウイルス、またはアルテリウイルスのような、トガウイルスから得ることができる。風疹ウイルスのようなルビウイルス由来の抗原が好ましい。トガウイルス抗原を、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ３、Ｃ、ＮＳＰ−１、ＮＳＰＯ−２、ＮＳＰ−３、またはＮＳＰ−４から選択し得る。トガウイルス抗原を、好ましくはＥ１、Ｅ２、またはＥ３から選択する。市販で入手可能な風疹ワクチンは、典型的には流行性耳下腺炎および麻疹ワクチンと組み合わせた（ＮＭＲ）、生きた低温適応ウイルスを含む。

フラビウイルス：ウイルス抗原を、ダニ媒介脳炎（ＴＢＥ）、デング熱（１、２、３、または４型）、黄熱病、日本脳炎、ウェストナイル脳炎、セントルイス脳炎、ロシア春夏脳炎、ポワッサン脳炎のような、フラビウイルスから得ることができる。フラビウイルス抗原を、ＰｒＭ、Ｍ、Ｃ、Ｅ、ＮＳ−１、ＮＳ−２ａ、ＮＳ２ｂ、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、およびＮＳ５から選択し得る。フラビウイルス抗原を、好ましくはＰｒＭ、Ｍ、およびＥから選択する。市販で入手可能なＴＢＥワクチンは、不活性化ウイルスワクチンを含む。

ペスチウイルス：ウイルス抗原を、ウシウイルス性下痢症（ＢＶＤＶ）、ブタコレラ（ＣＳＦＶ）、またはボーダー病（ＢＤＶ）のような、ペスチウイルスから得ることができる。

ヘパドナウイルス：ウイルス抗原を、Ｂ型肝炎ウイルスのような、ヘパドナウイルスから得ることができる。ヘパドナウイルス抗原を、表面抗原（Ｌ、ＭおよびＳ）、コア抗原（ＨＢｃ、ＨＢｅ）から選択し得る。市販で入手可能なＨＢＶワクチンは、表面抗原Ｓタンパク質を含むサブユニットワクチンを含む。

Ｃ型肝炎ウイルス：ウイルス抗原を、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）から得ることができる。ＨＣＶ抗原を、１つまたはそれ以上のＥ１、Ｅ２、Ｅ１／Ｅ２、ＮＳ３４５ポリタンパク質、ＮＳ３４５−コアポリタンパク質、コア、および／または非構造性領域由来のペプチドから選択し得る（Ｈｏｕｇｈｔｏｎら、Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ（１９９１）１４：３８１；ＷＯ９２／０８７３４も参照のこと）。

ラブドウイルス：ウイルス抗原を、リッサウイルス（狂犬病ウイルス）およびベシクロウイルス（ＶＳＶ）のような、ラブドウイルスから得ることができる。ラブドウイルス抗原を、糖タンパク質（Ｇ）、核タンパク質（Ｎ）、大きなタンパク質（Ｌ）、非構造性タンパク質（ＮＳ）から選択し得る。市販で入手可能な狂犬病ウイルスワクチンは、ヒト二倍体細胞またはアカゲザル胎仔肺細胞で増殖させた、死滅ウイルスを含む。

カリシウイルス科：ウイルス抗原を、ノーウォークウイルスのような、カリシウイルス科から得ることができる。

コロナウイルス：ウイルス抗原を、コロナウイルス、ＳＡＲＳ、ヒト呼吸器コロナウイルス、トリ伝染性気管支炎（ＩＢＶ）、マウス肝炎ウイルス（ＭＨＶ）およびブタ伝染性胃腸炎ウイルス（ＴＧＥＶ）から得ることができる。コロナウイルス抗原を、スパイク（ｓ）、外被（Ｅ）、基質（Ｍ）、ヌクレオカプシド（Ｎ）、およびヘマグルチニン−エステラーゼ糖タンパク質（ＨＥ）から選択し得る。好ましくは、コロナウイルス抗原は、ＳＡＲＳウイルス由来である。ＳＡＲＳウイルス抗原は、ＷＯ０４／９２３６０において記載されている。

レトロウイルス：ウイルス抗原を、オンコウイルス、レンチウイルス、またはスプーマウイルスのような、レトロウイルスから得ることができる。オンコウイルス抗原を、ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２、またはＨＴＬＶ−５から得ることができる。レンチウイルス抗原を、ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２から得ることができる。レトロウイルス抗原を、ｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ、ｔａｘ、ｔａｔ、ｒｅｘ、ｒｅｖ、ｎｅｆ、ｖｉｆ、ｖｐｕ、およびｖｐｒから選択し得る。ＨＩＶ抗原を、ｇａｇ（ｐ２４ｇａｇおよびｐ５５ｇａｇ）、ｅｎｖ（ｇｐ１６０およびｇｐ４１）、ｐｏｌ、ｔａｔ、ｎｅｆ、ｒｅｖ、ｖｐｕ、ミニプロテイン、（好ましくはｐ５５ｇａｇおよびｇｐ１４０ｖ欠失）から選択し得る。ＨＩＶ抗原を、１つまたはそれ以上の以下の株から得ることができる：ＨＩＶ_ＩＩＩｂ、ＨＩＶ_ＳＦ２、ＨＩＶ_ＬＡＶ、ＨＩＶ_ＬＡＩ、ＨＩＶ_ＭＮ、ＨＩＶ−１_{ＣＭ２３５}、ＨＩＶ−１_ＵＳ４。

レオウイルス：ウイルス抗原を、オルトレオウイルス、ロタウイルス、オルビウイルス、またはコルティウイルスのような、レオウイルスから得ることができる。レオウイルス抗原を、構造タンパク質λ１、λ２、λ３、μ１、μ２、σ１、σ２、またはσ３、または非構造性タンパク質σＮＳ、μＮＳ、またはσ１ｓから選択し得る。好ましいレオウイルス抗原を、ロタウイルスから得ることができる。ロタウイルス抗原を、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４（または切断産物ＶＰ５およびＶＰ８）、ＮＳＰ１、ＶＰ６、ＮＳＰ３、ＮＳＰ２、ＶＰ７、ＮＳＰ４、またはＮＳＰ５から選択し得る。好ましいロタウイルス抗原は、ＶＰ４（または切断産物ＶＰ５およびＶＰ８）およびＶＰ７を含む。

パルボウイルス：ウイルス抗原を、パルボウイルスＢ１９のような、パルボウイルスから得ることができる。パルボウイルス抗原を、ＶＰ−１、ＶＰ−２、ＶＰ−３、ＮＳ−１、およびＮＳ−２から選択し得る。好ましくは、パルボウイルス抗原は、カプシドタンパク質ＶＰ−２である。

デルタ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）：ウイルス抗原を、ＨＤＶ、特にＨＤＶ由来のδ抗原から得ることができる（例えば米国特許第５，３７８，８１４号を参照のこと）。

Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）：ウイルス抗原を、ＨＥＶから得ることができる。

Ｇ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）：ウイルス抗原を、ＨＧＶから得ることができる。

ヒトヘルペスウイルス：ウイルス抗原を、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ヒトヘルペスウイルス６（ＨＨＶ６）、ヒトヘルペスウイルス７（ＨＨＶ７）、およびヒトヘルペスウイルス８（ＨＨＶ８）のような、ヒトヘルペスウイルスから得ることができる。ヒトヘルペスウイルス抗原を、最初期タンパク質（α）、初期タンパク質（β）、および後期タンパク質（γ）から選択し得る。ＨＳＶ抗原を、ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２株から得ることができる。ＨＳＶ抗原を、糖タンパク質ｇＢ、ｇＣ、ｇＤ、およびｇＨ、融合タンパク質（ｇＢ）、または免疫回避タンパク質（ｇＣ、ｇＥ、またはｇＩ）から選択し得る。ＶＺＶ抗原を、コア、ヌクレオカプシド、テグメントまたはエンベロープタンパク質から選択し得る。生きた弱毒化ＶＺＶワクチンが市販で入手可能である。ＥＢＶ抗原を、初期抗原（ＥＡ）タンパク質、ウイルスカプシド抗原（ＶＣＡ）、および膜抗原（ＭＡ）の糖タンパク質から選択し得る。ＣＭＶ抗原を、カプシドタンパク質、エンベロープ糖タンパク質（ｇＢおよびｇＨのような）、およびテグメントタンパク質から選択し得る。

パポーバウイルス：抗原を、パピローマウイルスおよびポリオーマウイルスのような、パポーバウイルスから得ることができる。パピローマウイルスは、ＨＰＶ血清型１、２、４、５、６、８、１１、１３、１６、１８、３１、３３、３５、３９、４１、４２、４７、５１、５７、５８、６３、および６５を含む。好ましくは、ＨＰＶ抗原は、血清型６、１１、１６、または１８由来である。ＨＰＶ抗原を、カプシドタンパク質（Ｌ１）および（Ｌ２）、またはＥ１−Ｅ７、またはその融合物から選択し得る。ＨＰＶ抗原は、好ましくはウイルス様粒子（ＶＬＰ）に処方される。ポリオーマウイルスは、ＢＫウイルスおよびＪＫウイルスを含む。ポリオーマウイルス抗原を、ＶＰ１、ＶＰ２、またはＶＰ３から選択し得る。

Ｖａｃｃｉｎｅｓ、第４版（ＰｌｏｔｋｉｎおよびＯｒｅｎｓｔｅｉｎ編、２００４）；Ｍｅｄｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ第４版（Ｍｕｒｒａｙら編、２００２）；Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、第３版（Ｗ．Ｋ．Ｊｏｋｌｉｋ編、１９８８）；Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、第２版（Ｂ．Ｎ．ＦｉｅｌｄｓおよびＤ．Ｍ．Ｋｎｉｐｅ編、１９９１）に含まれる抗原、組成物、方法、および微生物がさらに提供され、それらは本発明の組成物と組み合わせて企図される。

真菌抗原
いくつかの実施態様において、真菌症の治療または予防を含む、本発明の方法において使用するために、本発明の組成物を真菌抗原と組み合わせる。ワクチンと関連して、本明細書中で使用するための真菌抗原は、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓによって引き起こされる白癬症の予防および治療に関する、米国特許第４，２２９，４３４および４，３６８，１９１号；モルモット、ネコ、ウサギ、ウマおよび子ヒツジのような動物における皮膚糸状菌感染の予防のための広域皮膚糸状菌ワクチンに関する、米国特許第５，２７７，９０４および５，２８４，６５２号、これらの抗原は死滅したＴ．ｅｑｕｉｎｕｍ、Ｔ．ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓ（ｖａｒ．ｇｒａｎｕｌａｒｅ）、Ｍ．ｃａｎｉｓおよび／またはＭ．ｇｙｐｓｅｕｍの懸濁液を有効な量で、任意でアジュバントと組み合わせて含む；有効な量のホモジナイズした、ホルムアルデヒドで死滅させた真菌、すなわちＭｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ ｃａｎｉｓ培養物を担体中に含む白癬ワクチンに関する、米国特許第５，４５３，２７３および６，１３２，７３３号；ピシウム感染症（ｐｙｔｈｉｏｓｉｓ）の細胞外および細胞内タンパク質に関わる米国特許第５，９４８，４１３号において記載されたものを含む。抗真菌ワクチン中で同定されたさらなる抗原は、Ｒｉｎｇｖａｃ ｂｏｖｉｓ ＬＴＦ−１３０およびＢｉｏｖｅｔａを含む。

さらに、本明細書中で使用するための真菌抗原は、Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ ｆｌｏｃｃｕｓｕｍ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ ａｕｄｏｕｉｎｉ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ ｃａｎｉｓ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ ｄｉｓｔｏｒｔｕｍ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ ｅｑｕｉｎｕｍ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ ｇｙｐｓｕｍ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ ｎａｎｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｃｏｎｃｅｎｔｒｉｃｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｅｑｕｉｎｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｇａｌｌｉｎａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｇｙｐｓｅｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｍｅｇｎｉｎｉ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｑｕｉｎｃｋｅａｎｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｒｕｂｒｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｓｃｈｏｅｎｌｅｉｎｉ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｔｏｎｓｕｒａｎｓ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｖｅｒｒｕｃｏｓｕｍ、Ｔ．ｖｅｒｒｕｃｏｓｕｍ ｖａｒ．ａｌｂｕｍ、ｖａｒ．ｄｉｓｃｏｉｄｅｓ、ｖａｒ．ｏｃｈｒａｃｅｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｖｉｏｌａｃｅｕｍ、および／またはＴｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｆａｖｉｆｏｒｍｅを含む、皮膚糸状菌から得ることができる。

抗原として、または本発明の組成物と組み合わせた抗原の派生物で使用するための真菌病原体は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｔｅｒｒｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｙｄｏｗｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｌａｖａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｇｌａｕｃｕｓ、Ｂｌａｓｔｏｓｃｈｉｚｏｍｙｃｅｓ ｃａｐｉｔａｔｕｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ｅｎｏｌａｓｅ、Ｃａｎｄｉｄａ ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ｇｌａｂｒａｔａ、Ｃａｎｄｉｄａ ｋｒｕｓｅｉ、Ｃａｎｄｉｄａ ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ｓｔｅｌｌａｔｏｉｄｅａ、Ｃａｎｄｉｄａ ｋｕｓｅｉ、Ｃａｎｄｉｄａ ｐａｒａｋｗｓｅｉ、Ｃａｎｄｉｄａ ｌｕｓｉｔａｎｉａｅ、Ｃａｎｄｉｄａ ｐｓｅｕｄｏｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉ、Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ ｃａｒｒｉｏｎｉｉ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｄｉｓ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ ｃｌａｖａｔｕｍ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｃａｒｉｎｉｉ、Ｐｙｔｈｉｕｍｎ ｉｎｓｉｄｉｏｓｕｍ、Ｐｉｔｙｒｏｓｐｏｒｕｍ ｏｖａｌｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｂｏｕｌａｒｄｉｉ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｓｃｅｄｏｓｐｏｒｉｕｍ ａｐｉｏｓｐｅｒｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ、Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ ｂｅｉｇｅｌｉｉ、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｍａｒｎｅｆｆｅｉ、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｓｐｐ．、Ｆｏｎｓｅｃａｅａ ｓｐｐ．、Ｗａｎｇｉｅｌｌａ ｓｐｐ．、Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｐｐ．、Ｂａｓｉｄｉｏｂｏｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｃｏｎｉｄｉｏｂｏｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ａｂｓｉｄｉａ ｓｐｐ．、Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ ｓｐｐ．、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍｅｌｌａ ｓｐｐ．、およびＳａｋｓｅｎａｅａ ｓｐｐ．を含む。

抗原を得る他の真菌は、Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ ｓｐｐ．、Ｃｕｒｖｕｌａｒｉａ ｓｐｐ．、Ｈｅｌｍｉｎｔｈｏｓｐｏｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｍｏｎｏｌｉｎｉａ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ ｓｐｐ．、Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｐｉｔｈｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、およびＣｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ ｓｐｐ．を含む。

真菌抗原を産生する過程は、当該分野で周知である（米国特許第６，３３３，１６４号を参照のこと）。好ましい方法において、細胞壁を実質的に除去した、または少なくとも部分的に除去した真菌細胞から得ることができる不溶性の画分から抽出および分離された可溶化画分 ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ
ここでその過程は、以下の工程を含む：生きた真菌細胞を得ること；細胞壁を実質的に除去した、または少なくとも部分的に除去した真菌細胞を得ること；細胞壁を実質的に除去した、または少なくとも部分的に除去した真菌細胞を破裂させること；不溶性画分を得ること；および不溶性画分から可溶化画分を抽出および分離すること。

ＳＴＤ抗原
本発明の実施態様は、細胞の感染前に中和し得る微生物の予防的および治療的処理に関連する組成物および方法を含む。特定の実施態様において、本組成物および方法がそれに対する手段であり得る微生物（細菌、ウイルス、および／または真菌）は、性行為感染症（ＳＴＤ）を引き起こすもの、および／またはその表面に標的であり得る抗原または本発明の抗原組成物をディスプレイするものを含む。本発明の好ましい実施態様において、組成物をウイルスまたは細菌ＳＴＤ由来の抗原と組み合わせる。細菌またはウイルス由来の抗原を、本発明の組成物と組み合わせて投与して、少なくとも特に以下のＳＴＤの１つに対する保護を提供し得る：クラミジア、性器ヘルペス、肝炎（特にＨＣＶ）、性器疣贅、淋病、梅毒および／または軟性下疳（ＷＯ００／１５２５５を参照のこと）。

別の実施態様において、本発明の組成物を、ＳＴＤの予防または治療のために抗原と同時投与する。

上記でより詳細に記載された、ＳＴＤに関連する以下のウイルス由来の抗原が、本発明の組成物と同時投与するために好ましい：肝炎（特にＨＣＶ）、ＨＰＶ、ＨＩＶ、またはＨＳＶ。

さらに、上記でより詳細に記載された、ＳＴＤに関連する以下の細菌由来の抗原が、本発明の組成物と同時投与するために好ましい：Ｎｅｉｓｅｒｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｄｕｃｒｅｙｉ。

呼吸器抗原
本発明は、特に呼吸器ウイルスの感染および／または１つまたはそれ以上の症状を抑制または予防することによって、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、ＰＩＶ、ＳＡＲＳウイルス、インフルエンザ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓのような、ウイルス、細菌、または真菌を含む呼吸器病原体による感染を予防および／または治療する方法を提供する。呼吸器ウイルス、細菌、または真菌由来のもののような、本明細書中で記載された抗原を含む組成物を、その特定の呼吸器微生物にさらされる危険のある、呼吸器微生物にさらされた、または呼吸器ウイルス、細菌、または真菌に感染した個体に、本発明の組成物と組み合わせて投与する。本発明の組成物を、好ましくは呼吸器病原体の抗原と同時に、または同じ処方中で同時投与する。組成物の投与は、呼吸器感染の１つまたはそれ以上の症状の発生率および／または重症度の抑制を引き起こす。

腫瘍抗原
本発明の１つの実施態様は、本発明の組成物と組み合わせた腫瘍抗原または癌抗原に関与する。腫瘍抗原は、例えばポリペプチド腫瘍抗原または糖タンパク質腫瘍抗原のような、ペプチドを含む腫瘍抗原であり得る。腫瘍抗原はまた、例えば糖脂質腫瘍抗原またはガングリオシド腫瘍抗原のような、糖類を含む腫瘍抗原であり得る。腫瘍抗原はさらに、例えばポリペプチドを含む腫瘍抗原を発現するポリヌクレオチドを含む腫瘍抗原、たとえばＲＮＡベクター構築物またはプラスミドＤＮＡのようなＤＮＡベクター構築物であり得る。

本発明の実施のために適当な腫瘍抗原は、（ａ）ポリペプチド（それは例えば長さが８−２０アミノ酸の範囲であり得るが、この範囲外の長さも普通である）、リポポリペプチド、および糖タンパク質を含む、ポリペプチドを含む腫瘍抗原、（ｂ）多糖、ムチン、ガングリオシド、糖脂質、および糖タンパク質を含む、糖類を含む腫瘍抗原、および（ｃ）抗原性ポリペプチドを発現するポリヌクレオチドのような、広く様々な分子を含む。

腫瘍抗原は、例えば（ａ）癌細胞に関連する全長分子、（ｂ）欠失、追加、および／または置換した部分を有する分子を含む、同じもののホモログおよび修飾した形式、および（ｃ）同じものの断片であり得る。腫瘍抗原を、組み換え形式で提供し得る。腫瘍抗原は、例えばＣＤ８＋リンパ球によって認識されるクラスＩ拘束性抗原またはＣＤ４＋リンパ球によって認識されるクラスＩＩ拘束性抗原を含む。

以下のものを含む多数の腫瘍抗原が当該分野で公知である：（ａ）ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ２、ＳＣＰ１のような癌−精巣抗原、およびＲＡＧＥ、ＢＡＧＥ、ＧＡＧＥ、およびＭＡＧＥファミリーポリペプチド、例えばＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−２、ＭＡＧＥ−３、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、およびＭＡＧＥ−１２（それらを、例えば黒色腫、肺、頭部および頚部、ＮＳＣＬＣ、乳房、胃腸、および膀胱腫瘍に取り組むために使用し得る）、（ｂ）変異抗原、例えばｐ５３（様々な固形腫瘍、例えば結腸直腸、肺、頭部および頚部癌に関連する）、ｐ２１／Ｒａｓ（例えば黒色腫、膵臓癌、および結腸直腸癌に関連する）、ＣＤＫ４（例えば黒色腫に関連する）、ＭＵＭ１（例えば黒色腫に関連する）、カスパーゼ−８（例えば頭部および頚部癌に関連する）、ＣＩＡ０２０５（例えば膀胱癌に関連する）、ＨＬＡ−Ａ２−Ｒ１７０１、ベータカテニン（例えば黒色腫に関連する）、ＴＣＲ（例えばＴ細胞非ホジキンリンパ腫に関連する）、ＢＣＲ−ａｂｌ（例えば慢性骨髄性白血病に関連する）、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＫＩＡ０２０５、ＣＤＣ−２７、およびＬＤＬＲ−ＦＵＴ、（ｃ）過剰発現した抗原、例えばガレクチン４（例えば結腸直腸癌に関連する）、ガレクチン９（例えばホジキン病に関連する）、プロテイナーゼ３（例えば慢性骨髄性白血病に関連する）、ＷＴ１（例えば様々な白血病に関連する）、炭酸脱水素酵素（例えば腎臓癌に関連する）、アルドラーゼＡ（例えば肺癌に関連する）、ＰＲＡＭＥ（例えば黒色腫に関連する）、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ（例えば乳房、大腸、肺、および卵巣癌に関連する）、アルファフェトプロテイン（例えば肝癌に関連する）、ＫＳＡ（例えば結腸直腸癌に関連する）、ガストリン（例えば膵臓および胃癌に関連する）、テロメラーゼ触媒タンパク質、ＭＵＣ−１（例えば乳房および卵巣癌に関連する）、Ｇ−２５０（例えば腎細胞癌に関連する）、ｐ５３（例えば乳房、大腸癌に関連する）、および癌胎児性抗原（例えば乳癌、肺癌、および結腸直腸癌のような胃腸管の癌に関連する）、（ｄ）共通抗原、例えばＭＡＲＴ−１／ＭｅｌａｎＡ、ｇｐ１００、ＭＣ１Ｒ、メラニン細胞刺激ホルモン受容体、チロシナーゼ、チロシナーゼ関連タンパク質−１／ＴＲＰ１およびチロシナーゼ関連タンパク質−２／ＴＲＰ２のような黒色腫−メラニン細胞分化抗原（例えば黒色腫に関連する）、（ｅ）例えば前立腺癌に関連する、ＰＡＰ、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＳＨ−Ｐ１、ＰＳＭ−Ｐ１、ＰＳＭ−Ｐ２のような、前立腺関連抗原、（ｆ）免疫グロブリンイディオタイプ（例えば骨髄腫およびＢ細胞リンパ腫に関連する）、および（ｇ）（ｉ）シアリルＴｎおよびシアリルＬｅ^Ｘ（例えば乳房および結腸直腸癌に関連する）および様々なムチンのような糖タンパク質；糖タンパク質は担体タンパク質と結合し得る（例えばＭＵＣ−１はＫＬＨと結合し得る）；（ｉｉ）リポポリペプチド（例えば脂質部分と結合したＭＵＣ−１）；（ｉｉｉ）担体タンパク質（例えばＫＬＨ）に結合し得る多糖類（例えばＧｌｏｂｏＨ合成六糖類）、（ｉｖ）これも担体タンパク質（例えばＫＬＨ）に結合し得る、ＧＭ２、ＧＭ１２、ＧＤ２、ＧＤ３のようなガングリオシド（例えば脳、肺癌、黒色腫に関連する）を含む、ポリペプチドおよび糖類を含む抗原のような、他の腫瘍抗原。

当該分野において公知であるさらなる腫瘍抗原は、ｐ１５、Ｈｏｍ／Ｍｅｌ−４０、Ｈ−Ｒａｓ、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、エプスタインバーウイルス抗原、ＥＢＮＡ、Ｅ６およびＥ７を含むヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原、ＢおよびＣ型肝炎ウイルス抗原、ヒトＴリンパ球向性ウイルス抗原、ＴＳＰ−１８０、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｍｎ−２３Ｈ１、ＴＡＧ−７２−４、ＣＡ１９−９、ＣＡ７２−４、ＣＡＭ１７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、ｐ１６、ＴＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＣＴ７、４３−９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、ベータ−ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ１２５、ＣＡ１５−３（ＣＡ２７．２９＼ＢＣＡＡ）、ＣＡ１９５、ＣＡ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８＼ＫＰ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇａ７３３（ＥｐＣＡＭ）、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ／７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０（Ｍａｃ−２結合タンパク質＼シクロフィリンＣ−関連タンパク質）、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ、ＴＰＳ等を含む。これらおよび他の細胞構成成分は、例えば米国特許出願２００２０００７１７３およびそこで引用された参考文献において記載されている。

本発明によるポリヌクレオチドを含む抗原は、典型的には上記で列挙したようなポリペプチド癌抗原をコードするポリヌクレオチドを含む。好ましいポリヌクレオチドを含む抗原は、インビボでポリペプチド癌抗原を発現し得る、プラスミドベクター（例えばｐＣＭＶ）のような、ＤＮＡまたはＲＮＡベクター構築物を含む。

腫瘍抗原を、例えば変異した、または変化した細胞構成成分から得ることができる。変化の後、その細胞構成成分はもはやその調節機能を果たさず、そして従って細胞は制御されない増殖を経験し得る。変化した細胞構成成分の代表的な例は、ｒａｓ、ｐ５３、Ｒｂ、ウィルムス腫瘍遺伝子によってコードされる変化したタンパク質、ユビキチン、ムチン、ＤＣＣ、ＡＰＣ、およびＭＣＣ遺伝子によってコードされるタンパク質、およびｎｅｕ、甲状腺ホルモン受容体、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）受容体、インスリン受容体、上皮成長因子（ＥＧＦ）受容体、およびコロニー刺激因子（ＣＳＦ）受容体のような、受容体または受容様構造を含む。これらおよび他の細胞構成成分は、例えば米国特許第５，６９３，５２２号およびそこで引用された参考文献におい記載されている。

さらに、細菌およびウイルス抗原を、癌の治療のために、本発明の組成物と組み合わせて使用し得る。特に、ＣＲＭ_１９７、破傷風トキソイド、またはＳａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ抗原のような担体タンパク質を、癌の治療のために、本発明の組成物と組み合わせて／結合させて使用し得る。癌抗原コンビネーション治療は、既存の治療と比較して、有効性および生物学的利用能の増加を示す。

癌または腫瘍抗原についてのさらなる情報は、例えばＭｏｉｎｇｅｏｎ Ｐ、「Ｃａｎｃｅｒ ｖａｃｃｉｎｅｓ」、Ｖａｃｃｉｎｅ、２００１、１９：１３０５−１３２６；Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ、「Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｔｕｍｏｒ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ」、Ｎａｔｕｒｅ、２００１、４１１：３８０−３８４；Ｄｅｒｍｉｎｅ，Ｓ．ら、「Ｃａｎｃｅｒ Ｖａｃｃｉｎｅｓ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ」、Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｂｕｌｌｅｔｉｎ、２００２、６２、１４９−１６２；Ｅｓｐｉｎｏｚａ−Ｄｅｌｇａｄｏ Ｉ．、「Ｃａｎｃｅｒ Ｖａｃｃｉｎｅｓ」、Ｔｈｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ、２００２、７（ｓｕｐｐｌｅ３）：２０−３３；Ｄａｖｉｓ，Ｉ．Ｄ．ら、「Ｒａｔｉｏｎａｌ ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ ｔｏ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ」、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２００３、２３：３−２９；Ｖａｎ ｄｅｎ Ｅｙｎｄｅ Ｂ．ら、「Ｎｅｗ ｔｕｍｏｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ」、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１９９５、７：６７４−８１；Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ、「Ｃａｎｃｅｒ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅｓ ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｔｉｇｅｎｓ」、Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ、１９９７、１８：１７５−８２；Ｏｆｆｒｉｎｇａ Ｒら、「Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ａｇａｉｎｓｔ ｃａｎｃｅｒ」、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０００、２：５７６−５８２；Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ、「Ａ ｎｅｗ ｅｒａ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｇｅｎｅｓ ｔｈａｔ ｅｎｃｏｄｅ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ」、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ、１９９９、１０：２８１−７；Ｓａｈｉｎ Ｕら、「Ｓｅｒｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｔｕｍｏｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ」Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１９９７、９：７０９−１６；Ｏｌｄ ＬＪら、「Ｎｅｗ ｐａｔｈｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ ｓｅｒｏｌｏｇｙ」、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．、１９９８、１８７：１１６３−７；Ｃｈａｕｘ Ｐ．ら、「Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＭＡＧＥ−３ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ｂｙ ＨＬＡ−ＤＲ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ｔｏ ＣＤ４（＋） Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ」、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．、１９９９、１８９：７６７−７８；Ｇｏｌｄ Ｐ．ら、「Ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｅｍｂｒｙｏｎｉｃ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｄｉｇｅｓｔｉｖｅ ｓｙｓｔｅｍ」、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９６５、１２２：４６７−８；Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ ＰＯ．ら、「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｔｈａｔ ｉｎｄｕｃｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｇａｉｎｓｔ ｃａｎｃｅｒ： Ｒａｔｉｏｎａｌｅ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．、１９９７、４５：１−６；Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ ＰＯ．ら、「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｔｈａｔ ｉｎｄｕｃｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｇａｉｎｓｔ ｃａｎｃｅｒ：Ｐｒｅｖｉｏｕｓ ｅｘｐｅｒｉｅｎｃｅ ａｎｄ ｆｕｔｕｒｅ ｐｌａｎｓ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．、１９９７、４５：１０−９；Ｔａｙｌｏｒ−Ｐａｐａｄｉｍｉｔｒｉｏｕ Ｊ．、「Ｂｉｏｌｏｇｙ， ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ｏｆ ｃａｒｃｉｎｏｍａ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｍｕｃｉｎｓ」、Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ、１９９７、１８：１０５−７：Ｘｈａｏ Ｘ−Ｊら、「ＧＤ２ ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ： ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ」、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．、１９９５、１８２：６７−７４；Ｔｈｅｏｂａｌｄ Ｍ．ら、「Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｐ５３ ａｓ ａ ｇｅｎｅｒａｌ ｔｕｍｏｒ ａｎｔｉｇｅｎ」、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１９９５、９２：１１９９３−７；Ｇａｕｄｅｍａｃｋ Ｇ．、「Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ａｇａｉｎｓｔ ｍｕｔａｎｔ ｒａｓ： ａ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｎｏｖｅｌ ｃａｎｃｅｒ ｖａｃｃｉｎｅｓ」、Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１９９６、２：３−９；ＷＯ９１／０２０６２；米国特許第６，０１５，５６７号；ＷＯ０１／０８６３６；ＷＯ９６／３０５１４；米国特許第５，８４６，５３８号；および米国特許第５，８６９，４４５号において見出し得る。

小児／老人性抗原
１つの実施態様において、本発明の組成物を、小児抗原（ｐｅｄｉａｔｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ）におけるような、小児集団の治療のための抗原と組み合わせて使用する。より具体的な実施態様において、小児集団は、約３歳より小さく、または約２歳より小さく、または約１歳より小さい。別の実施態様において、小児抗原を（本発明の組成物と組み合わせて）、少なくとも１、２、または３年にわたって複数回投与する。

別の実施態様において、本発明の組成物を、老人性抗原におけるような、老人集団の治療のための抗原と組み合わせて使用する。

他の抗原
本発明の組成物と組み合わせて使用するための他の抗原は、院内（ｈｏｓｐｉｔａｌ ａｃｑｕｉｒｅｄ）（院内（ｎｏｓｏｃｏｍｏａｌ））関連抗原を含む。

別の実施態様において、寄生虫抗原が、本発明の組成物と組み合わせて企図される。寄生虫抗原の例は、マラリアおよび／またはライム病を引き起こす生物由来のものを含む。

別の実施態様において、本発明の組成物と組み合わせた抗原は、蚊が媒介する病気に関連する、またはそれに対して有効である。別の実施態様において、本発明の組成物と組み合わせた抗原は、脳炎に関連する、またはそれに対して有効である。別の実施態様において、本発明の組成物と組み合わせた抗原は、神経系の感染に関連する、またはそれに対して有効である。

別の実施態様において、本発明の組成物と組み合わせた抗原は、血液または体液を通じて伝染性の抗原を含む。

抗原処方
本発明の他の局面において、抗原を吸着させた微粒子を産生する方法が提供される。その方法は、以下を含む：（ａ）（ｉ）水、（ｉｉ）界面活性剤、（ｉｉｉ）有機溶媒、および（ｉｖ）ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシブタン酸、ポリカプロラクトン、ポリオルトエステル、ポリ無水物、およびポリシアノアクリル酸から成るグループから選択される、生物分解性のポリマーを含む混合物を分散させることによって、エマルションを提供すること。そのポリマーは、典型的には有機溶媒と相対的に約１％から約３０％の濃度で混合物中に存在し、一方界面活性剤は、典型的には約０．００００１：１から約０．１：１（より典型的には約０．０００１：１から約０．１：１、約０．００１：１から約０．１：１、または約０．００５：１から約０．１：１）の重量対重量の界面活性剤対ポリマー比で、混合物中に存在する；（ｂ）エマルションから有機溶媒を除去すること；および（ｃ）抗原を微粒子の表面に吸着させること。ある実施態様において、生物分解性のポリマーは、有効溶媒と相対的に約３％から約１０％の濃度で存在する。

本明細書中で使用するための微粒子は、滅菌、無毒性、および生物分解性である材料から形成される。そのような材料は、制限なしに、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシブタン酸、ポリカプロラクトン、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ＰＡＣＡ、およびポリシアノアクリル酸を含む。好ましくは、本発明で使用するための微粒子は、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、特にポリ（ラクチド）（「ＰＬＡ」）またはポリ（Ｄ，Ｌ−ラクチド−コ−グリコリド）（「ＰＬＧ」または「ＰＬＧＡ」）のような、Ｄ，Ｌ−ラクチドおよびグリコリドまたはグリコール酸のコポリマー、またはＤ，Ｌ−ラクチドおよびカプロラクトンのコポリマー由来である。微粒子を、様々な分子量、そしてＰＬＧのようなコポリマーの場合には、様々なラクチド：グリコリド比を有する様々なポリマー性開始材料のいずれかから得ることができ、その選択は、部分的には同時投与される高分子に依存して、大部分は選択の問題（ａ ｍａｔｔｅｒ ｏｆ ｃｈｏｉｃｅ）である。これらのパラメーターは下記でより十分に議論する。

さらなる抗原は、外膜小胞（ＯＭＶ）調製物も含む。

さらなる処方方法および抗原（特に腫瘍抗原）は、米国特許連続番号第０９／５８１，７７２号において提供される。

抗原の参考文献
以下の参考文献は、本発明の組成物と組み合わせて有用な抗原を含む：

本発明の組成物は、静脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、経皮、気道（エアロゾル）、経口、鼻腔内、直腸内、膣内、および局所（頬側および舌下を含む）投与を含む、粘膜または非経口経路によって投与するために処方し得る。従って組成物を注射可能な形式で調製し得る。

治療方法
本発明は、患者に本発明の組成物を投与することを含む、患者において免疫反応を引き起こす方法を提供する。その組成物を、静脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、経皮、経口、鼻腔内、直腸内、膣内、および局所に投与し得る。免疫反応は、好ましくは保護的である。

本発明はまた、患者を免疫する薬物の製造における、本発明のポリペプチドまたはポリマーの使用を提供する。本発明はまた、医学において使用するための本発明のポリペプチドまたはポリマーを提供する。

薬物を、静脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、経皮、気道（エアロゾル）、経口、鼻腔内、直腸内、膣内、および局所（頬側および舌下を含む）投与を含む、粘膜または非経口経路によって投与し得る。大腿または上腕への筋肉内投与が好ましい。注射は針（皮下針）により得るが、無針注射を代わりに使用し得る。

投与は、単回投与スケジュールまたは複数回投与スケジュールであり得る。第一次の投与スケジュールの後に、追加投与スケジュールが続き得る。初回刺激および追加免疫の間の適当なタイミングは、日常的に決定し得る。

投与は、一般的に動物に対してであり、そして特にヒト患者を治療し得る。組成物は、子供およびティーンエイジャーにワクチン接種するために特に有用である。

ある細菌タンパク質（例えばフラゲリン、線毛、ＨＳＰ）は、トール様受容体（ＴＬＲ）を通じて自然免疫系にシグナルを送ることが公知である、またはそう考えられ［３７、３８］、そしてこれは直鎖状のペプチド配列（例えば線毛においてはＡＬＴＴＥ）によって媒介され得る。従って、本発明の別の局面は、自然免疫系のトール様受容体または関連する受容体のアゴニストまたはアンタゴニストとしての、本発明のポリペプチドの使用である。「アゴニスト」という用語は、通常天然に存在する物質によって刺激される細胞受容体に親和性を有し、そして生理学的活性を刺激して、従って生化学的反応を引き起こす物質を指す。ＴＬＲアゴニズムに関するアッセイは公知である［例えば３９］。ＴＬＲアゴニストの活性の１つの指標は、抗原提示細胞、リンパ球、またはマクロファージのような、免疫系の１つまたはそれ以上の細胞からのサイトカインの産生である。「アンタゴニスト」という用語は、生物学的反応を引き起こすことなく細胞受容体に結合する薬物のような、別のものの作用を無効にする物質を指す。アンタゴニストは、阻害剤と呼ばれることもある。ＴＬＲアンタゴニズムに関するアッセイは公知である［例えば４０］。

定義
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「から成る」を意味し、例えばＸを「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｇ）」組成物は、Ｘのみから成り得る、またはさらなる何か、例えばＸ＋Ｙを含み（ｉｎｃｌｕｄｅ）得る。

アジュバントであると同様、本発明のポリペプチドはまた、癌または感染性疾患の免疫に基づく治療、およびアレルギーおよび喘息のような自己免疫疾患のための免疫調節薬においても有用であり得ることが、当業者によって理解される。

２つのアミノ酸配列間の配列同一性パーセンテージに対する言及は、整列させた場合に、２つの配列を比較してそのパーセンテージのアミノ酸が同じであることを意味する。この整列および相同性または配列同一性パーセントを、当該分野で公知のソフトウェアプログラム、例えば参考文献４１の７．７．１８項において記載されているものを用いて決定し得る。好ましい整列を、ギャップ開始ペナルティが１２、およびギャップ伸長ペナルティが２、ＢＬＯＳＵＭマトリックスが６２のアフィンギャップ検索を用いた、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定し得る。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参考文献４２において教授される。

２つの核酸配列間の配列同一性パーセンテージに対する言及は、整列させた場合に、２つの配列を比較してそのパーセンテージの塩基が同じであることを意味する。この整列および相同性または配列同一性パーセントを、当該分野で公知のソフトウェアプログラム、例えば参考文献４１の７．７．１８項において記載されているものを用いて決定し得る。好ましい整列プログラムは、好ましくは以下のようなデフォルトパラメーターを用いたＧＣＧギャップ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、Ｓｕｉｔｅ Ｖｅｒｓｉｏｎ１０．１）である：開始ギャップ＝３；伸長ギャップ＝１。

本発明を実施するための方法
１．タンパク質ファミリーの産生
６０個の完全な細菌ゲノム（下記の表１を参照のこと）から成るデータベースは、１４８２５１個のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含むことが見出された。これらの１４８２５１個のＯＲＦによってコードされるポリペプチドを、その配列同一性によってタンパク質ファミリーにグループ分けする。１．０Ｅ^−０５より低いＥ−スコアでアラインメントを共有するタンパク質の全てのペアを同定するために、ＢＬＯＳＵＭ６２置換マトリックスおよびデフォルトパラメーターを用いて、ＧＣＧプログラムスイートのＢＬＡＳＴプログラムを使用した。ＢＬＡＳＴ Ｅ−スコアは、アラインメントスコアによって測定されるような、よりよい質のアラインメントが、同じデータセット中で偶然見つかる確率である。タンパク質データセットを、次いで重複しないファミリーへ分割し、それは同じファミリーの他の全てのメンバーと、１．０Ｅ^−０５より低いＥ−スコアでアラインメントを共有するタンパク質のみを含む。

２．ＰＡＭＰを含むタンパク質ファミリーの選択
定義によって病原体に限定的な（そして宿主ヒトに存在しない）モチーフであるＰＡＭＰを含むタンパク質ファミリーのみを同定するために、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａゲノム由来のタンパク質を含まないタンパク質ファミリーのみを選択した。これは、ファミリーのタンパク質の少なくとも１つが、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａゲノムのいかなるタンパク質とも、１．０Ｅ^−０５の閾値よりも低いＥ−スコアでＢＬＡＳＴアラインメントを有さないことを意味する。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａは本実施例の宿主生物ではないが、ショウジョウバエ（すなわち、非病原性）タンパク質配列と高い同一性を共有する病原性タンパク質ファンリー配列は、ヒト配列と高い同一性を共有する可能性が高い。

３．タンパク質ファミリーの細胞局在化の予測
病原体の分泌タンパク質または表面タンパク質をコードするタンパク質ファミリーが好ましい。既に表面関連タンパク質をコードすると注釈をつけられたか、またはＰＳＯＲＴによって細胞表面に局在化するタンパク質であると予測された、少なくとも１つのアミノ酸配列を含むタンパク質ファミリーのみを残した。この段階で、２５１個のタンパク質ファミリーが同定された。

４．タンパク質ファミリー内から保存されたポリペプチド配列を同定する
前の選択を通過したファミリーのうち、タンパク質ファミリー内からの保存されたポリペプチド配列のリストを同定した。そのリストは、ＰＲＡＴＴアルゴリズムの助けを借りて編集された。以下のデフォルトパラメーターを使用した、すなわちｉ）１００％の配列で保存されたパターン、ｉｉ）最長：５０、ｉｉｉ）連続するｘの最大数は５、ｉｖ）柔軟なスペーサーの最大数は２、ｖ）最大の柔軟性は２、およびｖｉ）最大の柔軟な産物は１０。［８］で明細に記されたように、ＰＲＡＴＴを用いてパターンをランク付けした。各タンパク質ファミリーに関して、点数上位１０個のパターンのみを残した。２５１ファミリーのＰＲＡＴＴ分析は、２５００以上のポリペプチド配列のリストを生じた。

５．ヒトゲノムにも存在する病原性ポリペプチド配列を除去する
ＥＭＢＯＳＳ［４３］ソフトウェアスイートにおいて２５００以上のポリペプチド配列のリストを用いて、公開されたヒトゲノム配列に対してパターン検索を行った。ＥＭＢＯＳＳは、２５００以上のポリペプチド配列のいずれかが、ヒトポリペプチド配列のいずれかと高い同一性を共有するかを試験し得た。ＥＭＢＯＳＳスイートの一部であるｆｕｚｚｐｒｏを用いて、ヒトタンパク質の完全なセットに対して各パターンに関して検索を行った。ヒトゲノムで少なくとも１つのヒットを有するパターンは廃棄した。この最後の選択工程は、３１２個のポリペプチド配列のリストを生じ、それを表３に列挙する。

６．アジュバント活性の確認
表３に列挙した推定ペプチドＰＡＭＰのアジュバント活性を評価するために、細菌のサイン（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）配列ＰＤＣＧ−［ＬＭ］−［ＫＲ］（配列番号５８４）に関連するペプチドのセットを合成、精製、およびエンドトキシンを含まないことを示した。可能性のある配列の組み合わせは、ＰＤＣＧＬＲ（配列番号６）、ＰＤＣＧＬＫ（配列番号７）、ＰＤＣＧＭＲ（配列番号８）、およびＰＤＣＧＭＫ（配列番号９）を含んでいた。ヒト単球細胞系統ＴＨＰ−１を各ペプチドとインキュベートし、そしてアジュバント活性を、サイトカイン（ＩＬ１−β、ＩＬ−８、およびＴＮＦα）の特異的産生によって測定されるように、ペプチドＰＤＣＧＬＲに関して観察した。このペプチドをさらに、一次ヒト末梢血単核球（ｈＰＢＭＣ）において評価し、ここでもサイトカイン産生（ＩＬ−６およびＴＮＦα）が示された。従って、細菌タンパク質において通常見出されるがショウジョウバエにはない細菌のサインとして同定された、特定のペプチド配列ＰＤＣＧＬＲ（配列番号６）は、ヒト免疫系によってＰＡＭＰとして認識される。

アッセイのために、使用するヒト細胞を９６穴プレートにおいて１００万細胞／ｍｌで、５％ＦＢＳを含む完全ＲＰＭＩ培地中で、ペプチドと培養した。３７℃および５％ＣＯ_２で１８時間培養した後、培養上清を、Ｕｐｓｔａｔｅ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ｃｙｔｏｋｉｎｅキットを用いて、細胞によって産生されたサイトカインに関して測定した。ＰＢＳ緩衝液中で作成したペプチド溶液は、＜０．０１Ｕ／ｍｌのエンドトキシンを有することが見出され、そしてこのレベルのエンドトキシンは、使用した免疫細胞が検出可能なサイトカインを分泌するよう刺激し得ない。

本発明は、例としてのみ説明され、そして本発明の範囲および意図内に留まりながら修飾をし得ることが理解される。

表１

表２ ペプチド刺激後のヒト細胞によるサイトカイン産生（ｐｇ／ｍｌ）

注記：ＮＤ、調べていない。

表３ 本発明の方法を使用して同定された３１２種の病原性のアジュバントポリペプチド配列

参考文献（これらの内容は、その全体が参考として本明細書に援用される）

Claims (4)

1. 宿主生物においてアジュバントとして作用するポリペプチドを同定するための方法であって、
   ａ）少なくともａ種の異なる病原性生物に由来するアミノ酸配列を一緒にグループ化することによってタンパク質ファミリーを生成する工程であって、該アミノ酸配列のうちの任意の２つを、ＢＬＯＳＵＭ６２置換マトリックスを用い、ＧＣＧプログラムスイートのＢＬＡＳＴプログラムを用いてアラインメントを行った場合に、１Ｅ−０５未満のＥスコアが達成される、工程
   ｂ）工程ａ）において生成されたタンパク質ファミリーから、タンパク質ファミリーを選択する工程であって、ここで、
   （ｉ）該ファミリーは、少なくともｂ種の異なる病原性生物に由来する配列を含み、
   （ｉｉ）該ファミリー内の少なくとも１種のタンパク質は、該少なくとも１種のタンパク質のアミノ酸配列を、選択された非病原性生物に由来するアミノ酸配列と、ＢＬＯＳＵＭ６２置換マトリックスを用い、ＧＣＧプログラムスイートのＢＬＡＳＴプログラムを用いてアラインメントを行った場合に、１Ｅ−０５未満のＥスコアを達成せず、
   （ｉｉｉ）該タンパク質ファミリーは、表面タンパク質または分泌タンパク質として予測されるか、または注釈をつけられたアミノ酸配列を少なくとも１つ含む、工程
   ｃ）ＰＲＡＴＴアルゴリズムを用いて、工程ｂ）で生じたファミリーから、該ファミリー内で保存される配列モチーフを決定する工程であって、該配列モチーフは、内因性ヒトアミノ酸配列と同一ではない、工程、ならびに
   ｄ）工程ｃ）のモチーフを含むポリペプチド配列を選択する工程を包含し、ここでａは少なくとも６０であり、かつｂは少なくとも３０であり、ｂ＜ａである、方法。
2. 工程ａ）で使用されるアミノ酸配列が、ゲノムデータベースから利用可能である、請求項１に記載の方法。
3. 前記宿主生物が脊椎動物である、請求項１に記載の方法。
4. 前記宿主生物がヒトである、請求項３に記載の方法。