JP6870102B2 - プロリン水酸化酵素及びその応用 - Google Patents
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Description
酵素の選択性は、酵素の特異度ともよばれ、酵素が生化学反応を触媒する際に基質に対する選択性を指す。本発明において、プロリン水酸化酵素の選択性とは、プロリン水酸化酵素がL-プロリン誘導体のヒドロキシ化を触媒して、特定の分子構造のL-ヒドロキシプロリン誘導体を得る程度を指す。この説明に係る反応において、反応するジアステレオマー過剰率で当該水酸化酵素の触媒選択性の程度を表すことができる。
Kordia jejudonensisからの仮説タンパク質と注釈されたDNAコーディング配列SEQ ID NO:1にコドン最適化(大腸菌コドン嗜好性(Codon bias)及び縮退性(Codon degeneracy)に応じてコドン改善を行い、蘇州金唯智生物科学技術有限会社によりデザインした。)を行って、最適化後のDNA配列SEQ ID NO:3を得て、コーディングしたプロリン水酸化酵素のポリペプチド配列はSEQ ID NO:4である。SEQ ID NO:3のコーディング配列をpET22b(+)発現ベクター(Novagenから購入、製品番号69744)に接続し、その後、大腸菌BL21(DE3)に変換させ、50μg/mlアンピシリンを含むLB培養皿に塗布し、37℃で一晩培養した。上記培養皿上のモノクローンを選別して試験管で活性化した後、50μg/mlアンピシリンを含有する500mlのLB液体培地に接種し、37℃でOD600=0.6になるまで振動培養し、濃度が1mMまでIPTGを添加し、25℃で誘導発現を行った。16h誘導した後、6000g遠心10minして菌体を収集する。菌体を超音波ブレーカ(JY92-2D、寧波新芝生物科学技術株式会社)で細胞を粉砕し、4℃、10000gで20min遠心して上澄み液を得て、野生型プロリン水酸化酵素活性の検出に利用し、突然変異体の活性を選別する対照とした。
SEQ ID NO:3配列を含むpET22b(+)発現ベクターをテンプレートとして、突然変異部位付きのプライマーで、全プラスミドのPCRによって完璧な線形セグメントを得て、上記PCR産物をDPnI消化によって母体テンプレートを除去し、その後、大腸菌BL21(DE3)に変換させ、50μg/mlアンピシリンを含有するLB培養皿に塗布し、37℃で一晩培養した。プロリン水酸化酵素変異体アミノ酸配列を含むモノクローンを得て、さらに誘導試験と遺伝子順番測定を介して、突然変異部位を確定した。最終的に単一突然変異部位を有する突然変異体を得て、その後、単一突然変異部位の突然変異を突然変異母体として、さらに他の部位での突然変異のあるプライマーで全プラスミドのPCRを再度行って、突然変異部位を再び確定する。
SEQ ID NO:2に比べ一つのアミノ酸残基の差異のあるプロリン水酸化酵素変異体の活性選別に以下のような10mLの反応液を利用して選別した。10mLの反応液は、L-ピペリジン酸30g/L、5〜10wt(1wtは、1gの主原料の変換に1gのプロリン水酸化酵素変異体組換えウェット細胞が必要であることを指す。)の組換え粗酵素、37.3g/L α-ケトグルタル酸、6.1g/LのL-アスコルビン酸、5mM硫酸第一鉄アンモニウムを含み、反応pHが6.5で、反応温度が10℃で、反応時間が40hである。反応が終了した後、200μLの反応体系を取り、200μLのアセトニトリルを添加して、均一に混合して、3000μL精製水を添加し、10000rpmで5min遠心して上澄み液を収集してHPLCによる変換率の検出に利用し、活性選別結果は、表1に示す(表1は、すべての変換率データを比較して得た活性選別結果である)。
水酸化酵素突然変異体の発現及び鑑定の便宜を図るため、その遺伝子の5’と3’末端に互換性のある制限酵素切断部位を設置した。NdeIとXhoIでそれぞれ、目標遺伝子とpET-22b(+)(他の大腸菌でタンパク質を発現できる発現プラスミドも使用可能である)に同時に酵素切断を行うことができ、酵素切断後の目標遺伝子とプラスミドの大きいフラグメントについてはT4DNA接続酵素で接続反応を行わせ、接続産物を大腸菌DH5α菌株の受容性細胞に変換し、その後、変換後の受容性細胞を50μg/mlのアンピシリンを含有するLB培養板に塗布し、37℃で一晩培養した。
図1に示す、水酸化酵素で触媒して(2S,5S)-5-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸(シス-5-ヒドロキシピペリジン酸とも呼ばれる)を合成する化学反応過程に従って以下の実験を行う。
発明者が自己設計して構成したアミノ酸配列PH1(配列表中のSEQ ID NO:289を参照)は、SEQ ID NO:2と78%の相同性を有し、該タンパク質はL-ピペリジン酸を触媒して(2S,5S)-5-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸を調製するに使用される。以下の20mLの反応液を使用する。20mLの反応液は、L-ピペリジン酸50g/L、9wtの組換え酵素、62.2g/L α-ケトグルタル酸、10.2g/LのL-アスコルビン酸、5mM硫酸第一鉄アンモニウムを含み、反応pHが6.5で、反応温度が10℃で、反応時間が40hである。反応が終了した後、100μLの反応体系を取り、200μLのアセトニトリルを添加し、均一に混合した後、3000μL精製水を添加し、10000rpmで5min遠心して上澄み液を収集して、HPLCによる変換率の検出に使用した。40hの際、変換率は98.56%で、(2S,5S)-5-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸のジアステレオマー過剰率は98.45%であった。
1)SEQ ID NO:2アミノ酸配列においてI39K+S33Nアミノ酸残基が突然変異した後、SEQ ID NO:2と99%の相同性を有し、それのアミノ酸配列は配列表中の290号を参照できる。該配列でコーディングした突然変異酵素は、L-ピペリジン酸を触媒して(2S,5S)-5-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸を調製するに使用される。以下の20mLの反応液を使用する。20mLの反応液は、L-ピペリジン酸50g/L、8wt/6wtの組換え酵素、62.2g/L α-ケトグルタル酸、10.2g/LのL-アスコルビン酸、5mM硫酸第一鉄アンモニウムを含み、反応pHが6.5で、反応温度が10℃で、反応時間が40hである。反応が終了した後、100μLの反応体系を取り、200μLのアセトニトリルを添加し、均一に混合した後、3000μL精製水を添加し、10000rpmで5min遠心して上澄み液を収集して、HPLCによる変換率の検出に使用した。組換え酵素使用量がそれぞれ8wt、6wtである反応体系において、40hの際、変換率はそれぞれ100%、91.62%であって、(2S,5S)-5-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸のジアステレオマー過剰率は98.89%であった。
既存技術において、Sinorhizobium meliloti菌からの組換えプロリン水酸化酵素で(2S,5S)-5-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸を調製する過程において、(2S,5S)-5-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸の最高ジアステレオマー過剰率は90.7%で、位置変異体である(2S,3R)-3-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸が9.3%発生した(WO2013169725A2)。
表1と表2における水酸化酵素のシス-4-ヒドロキシ-L-プロリン調製中の応用、その反応過程を図2に示す。
Claims (16)
- SEQ ID NO:2に示すアミノ酸配列の一つまたは複数のアミノ酸が突然変異され、且つプロリン水酸化酵素活性を有するタンパク質、を含み、
前記突然変異のアミノ酸部位が、Y35W、Y35K、I39K、I39R、H119R、K123D、E27K+Y35W/K(「/」は「または」を表す)、E27K+I39K/R、E27K+K123D/I/Q/S、E27K+N165H、I39K/R+Y35W/K、I39K/R+K123D/1/Q/S、I39K/R+N165H、K123D+W40F、K123D+Y35W/K、E27K+I39K/R+K123D/I/Q/S、K123D/I/Q/S+N165H、S37C/E/F/N/W/T+I223V、E27K+Y35W/K+I39K/R、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R、E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R、E27K+I39K/R+D30S、E27K+I39K/R+I118F/V/R、E27K+I39K/R+I98V、S37C/E/F/N/W/T+I223V+N165H、Y35W/K+S37C/E/F/N/W/T+W40F、S37C/E/F/N/W/T+I223V+K123D/I/Q/S、E27K+I39K+Y35W/K+S37C/E/F/N/W/T、E27K+I39K/R+S37C/E/F/N/W/T+K123D/I/Q/S、E27K+I39K/R+K106Q+K112E、E27K+I39K/R+Y35W/K+S37C/E/F/N/W/T+K123D/I/Q/S、E27K+I39K/R+S37C/E/F/N/W/T+I58A/C/R/S/T/V/Y、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I223V+K123D/I/Q/S、S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I223V+K123D/I/Q/S、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+K123D/I/Q/S+I98V、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+K123D/I/Q/S+I223V、F26L+E27K+I39K/R+K123D/I/Q/S、I223V+S37C/E/F/N/W/T+E27K+I39K/R、I223V+S37C/E/F/N/W/T+E27K+N165H、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I98V+K123D/I/Q/S+I223V、K106Q+K112E+I223V、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+K123D/I/Q/S、H14R+E34G+K106Q+K112E+I223V、T25G/R+E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+K86P、K123D/I/Q/S+Y35W/K+I120V、E27K+D30S+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+K112E、S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+N165H、E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+I223V、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+I118F/V/R、E27K+E34N/G/L/D/S+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y、E27K+E34N/G/L/D/S+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+K123D/I/Q/S、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+K123D/I/Q/S+I118F/V/R、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+K123D/I/Q/S+N165H、E27K+E34N/G/L/D/S+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/+D173G+K123D/I/Q/S、H14R+E27K+D30S+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、T25G/R+E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+K123D/I/Q/S+I118F/V/R+N165H、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+Y35W/K+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+K123D/I/Q/S+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223VまたはH14R+E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I118F/V/R+I223V、から選ばれることを特徴とするプロリン水酸化酵素。 - 請求項1に記載のプロリン水酸化酵素をコーディングすることを特徴とするDNA分子。
- 請求項2に記載のDNA分子が接続されたことを特徴とする組換えプラスミド。
- pET-21b(+)、pET-22b(+)、pET-3a(+)、pET-3d(+)、pET-11a(+)、pET-12a(+)、pET-14b(+)、pET-15b(+)、pET-16b(+)、pET-17b(+)、pET-19b(+)、pET-20b(+)、pET-21a(+)、pET-23a(+)、pET-23b(+)、pET-24a(+)、pET-25b(+)、pET-26b(+)、pET-27b(+)、pET-28a(+)、pET-29a(+)、pET-30a(+)、pET-31b(+)、pET-32a(+)、pET-35b(+)、pET-38b(+)、pET-39b(+)、pET-40b(+)、pET-41a(+)、pET-41b(+)、pET-42a(+)、pET-43a(+)、pET-43b(+)、pET-44a(+)、pET-49b(+)、pQE2、pQE9、pQE30、pQE31、pQE32、pQE40、pQE70、pQE80、pRSET-A、pRSET-B、pRSET-C、pGEX-5X-1、pGEX-6p-1、pGEX-6p-2、pBV220、pBV221、pBV222、pTrc99A、pTwin1、pEZZ18、pKK232-18、pUC-18、pUC-19から選ばれることを特徴とする請求項3に記載の組換えプラスミド。
- 請求項3または4に記載の組換えプラスミドを含むことを特徴とする宿主細胞。
- 前記宿主細胞が原核細胞または真核細胞であることを特徴とする請求項5に記載の宿主細胞。
- 前記真核細胞が酵母細胞であることを特徴とする請求項6に記載の宿主細胞。
- 前記宿主細胞が受容性細胞であることを特徴とする請求項6に記載の宿主細胞。
- 前記受容性細胞が大腸菌BL21細胞または大腸菌W3110であることを特徴とする請求項6に記載の宿主細胞。
- L-プロリン誘導体を基質とし、プロリン水酸化酵素で前記基質のヒドロキシ化を触媒して、式(I)に示すL-ヒドロキシプロリン誘導体を得、
前記プロリン水酸化酵素は、(a)SEQ ID NO:2に示すアミノ酸配列を有するタンパク質、または、(b)SEQ ID NO:2に示すアミノ酸配列の一つまたは複数のアミノ酸が突然変異され、且つプロリン水酸化酵素活性を有するタンパク質、であり、
前記突然変異のアミノ酸部位が、H14、S16、T25、F26、E27、D30、S33、E34、Y35、S37、I39、W40、K41、D54、H55、S57、I58、K86、T91、F95、C97、I98、K106、F111、K112、K162、L166、I118、H119、I120、K123、T130、D134、V135、S154、N165、D173、K209、I223、S225から選ばれる一つまたは複数であることを特徴とするL-ヒドロキシプロリン誘導体の生産方法。
(ここで、R1はC1〜C5のアルキリデン基またはC2〜C5のアルケニレン基から選ばれ、R2はC0〜C4のアルキリデン基またはC2〜C4のアルケニレン基から選ばれ、R3はヒドロキシ、アミノ、C1〜C6のアルコキシ基、アリールオキシ基、C1〜C6のアルキルチオ基またはC1〜C6のアリールチオ基から選ばれ、R4は水素、C1〜C6のアルキル基、C2〜C6のアルケニル基またはC2〜C6のアルキニル基から選ばれる。) - α-ケトグルタル酸とO2を共同の基質とし、鉄イオンを補助因子として、プロリン水酸化酵素で前記基質のヒドロキシ化を触媒して、前記L-ヒドロキシプロリン誘導体を得ることが含むことを特徴とする請求項10に記載のL-ヒドロキシプロリン誘導体の生産方法。
- 前記L-ヒドロキシプロリン誘導体がシス-4-ヒドロキシ-L-プロリンまたは(2S,5S)-5-ヒドロキシピペリジン-2-カルボキシル酸であることを特徴とする請求項10または11に記載のL-ヒドロキシプロリン誘導体の生産方法。
- 前記プロリン水酸化酵素が、5〜45℃の反応温度で前記基質のヒドロキシ化を触媒して、前記式(I)に示すL-ヒドロキシプロリン誘導体を得ることを特徴とする請求項10または11に記載のL-ヒドロキシプロリン誘導体の生産方法。
- 前記プロリン水酸化酵素が、5〜15℃の反応温度で前記基質のヒドロキシ化を触媒して、前記式(I)に示すL-ヒドロキシプロリン誘導体を得ることを特徴とする請求項10または11に記載のL-ヒドロキシプロリン誘導体の生産方法。
- 前記突然変異が、H14R、S16N、T25G、T25R、F26L、E27K、D30S、S33N、E34N、E34G、E34L、E34S、E34D、Y35W、Y35K、S37W、S37F、S37E、S37N、S37T、S37C、I39K、I39R、W40F、K41E、D54G、H55Q、S57L、I58T、I58Y、I58A、I58R、I58V、I58S、I58C、K86P、T91A、F95Y、C97Y、I98V、K106V、K106T、K106Q、F111S、K112E、K112R、S154A、K162E、L166M、I118F、I118V、I118R、H119R、H119F、I120V、K123D、K123N、K123Q、K123S、K123I、K123T、T130N、D134G、V135K、N165H、D173G、K209R、I223V、S225Aのうちのいずれか一つまたは複数を含むことを特徴とする請求項10に記載のL-ヒドロキシプロリン誘導体の生産方法。
- 前記突然変異が、E27K+Y35W/K(「/」は「または」を表す)、E27K+I39K/R、E27K+K123D/I/Q/S、E27K+N165H、I39K/R+Y35W/K、I39K/R+K123D/I/Q/S、I39K/R+N165H、K123D+W40F、K123D+Y35W/K、E27K+I39K/R+K123D/I/Q/S、K123D/I/Q/S+N165H、S37C/E/F/N/W/T+I223V、E27K+Y35W/K+I39K/R、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R、E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R、E27K+I39K/R+D30S、E27K+I39K/R+I118F/V/R、E27K+I39K/R+I98V、S37C/E/F/N/W/T+I223V+N165H、Y35W/K+S37C/E/F/N/W/T+W40F、S37C/E/F/N/W/T+I223V+K123D/I/Q/S、E27K+I39K+Y35W/K+S37C/E/F/N/W/T、E27K+I39K/R+S37C/E/F/N/W/T+K123D/I/Q/S、E27K+I39K/R+K106Q+K112E、E27K+I39K/R+Y35W/K+S37C/E/F/N/W/T+K123D/I/Q/S、E27K+I39K/R+S37C/E/F/N/W/T+I58A/C/R/S/T/V/Y、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I223V+K123D/I/Q/S、S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I223V+K123D/I/Q/S、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+K123D/I/Q/S+I98V、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+K123D/I/Q/S+I223V、F26L+E27K+I39K/R+K123D/I/Q/S、I223V+S37C/E/F/N/W/T+E27K+I39K/R、I223V+S37C/E/F/N/W/T+E27K+N165H、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I98V+K123D/I/Q/S+I223V、K106Q+K112E+I223V、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+K123D/I/Q/S、E27K+I39K/R+K123D/I/Q/S+N165H、H14R+E34G+K106Q+K112E+I223V、T25G/R+E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+K86P、K123D/I/Q/S+Y35W/K+I120V、E27K+D30S+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+K112E、S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+N165H、E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+I223V、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+I118F/V/R、E27K+E34N/G/L/D/S+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y、E27K+E34N/G/L/D/S+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+K123D/I/Q/S、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+K123D/I/Q/S+I118F/V/R、E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+K123D/I/Q/S+N165H、E27K+E34N/G/L/D/S+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/+D173G+K123D/I/Q/S、H14R+E27K+D30S+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、T25G/R+E27K+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+D173G+K123D/I/Q/S+I118F/V/R+N165H、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+S37C/E/F/N/W/T+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+Y35W/K+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+K123D/I/Q/S+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D+I39K/R+I58A/C/R/S/T/V/Y+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I223V、H14R+E27K+E34N/G/L/D/S+I39K/R+I98V+K106V/T/Q+K112E/R+I118F/V/R+I223Vという組み合わせのいずれか1つを含むことを特徴とする請求項10に記載のL-ヒドロキシプロリン誘導体の生産方法。
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