JP7148530B2 - 核の機械的シグネチャに基づく細胞分類 - Google Patents
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Description
本出願は、2017年3月1日に出願された米国仮特許出願第62/465,230号の恩典を主張し、この特許出願は、引用することによりその全体が本明細書の一部をなす。
本発明の検証の一例として、図2の構成を用いて多重化ブリルアン分光法の空間分解能を実証するために実験が実施された。この実験において、光源として、単一モード532nm連続波レーザーが使用され、サンプルとして、メタノールを含むプラスチックキュベットが使用された。照明経路(y軸に沿っている)内の対物レンズ211は、0.0175の開口数(NA)を有し、検出経路(x軸に沿っている)内の対物レンズ220は0.1のNAを有する。VIPA224は、17GHzの自由スペクトル領域(FSR)と、20mmの入射窓とを有する。カメラ227は、電子増倍電荷結合素子(EMCCD:electron multiplying coupled charge device)である。サンプル(プラスチックキュベット)と対物レンズ220との間にナイフエッジが配置された。ナイフエッジは、並進ステージを用いて、y方向に沿って動かすことができる。ナイフエッジをy方向に向かって動かすとき、キュベットからの散乱信号が部分的に遮断される。ナイフエッジの変位と、カメラの記録された信号とを比較することによって、分光法の空間分解能を取得することができる。図4a~図4eは、ナイフエッジが異なる位置にあったときにカメラによって取り込まれた原画像を示す。これらの画像において、スペクトル領域内の複数のスペクトル次数が示された。各次数は3つの縞のグループを含み、両側に2つのブリルアン周波数(ストークス及び反ストークスシフト)と、その間にレーザー周波数とを有する。図4fは、ナイフエッジの動きと測定された変位との間の線形関係を示す。カメラの1ピクセルはサンプルの2.45μmのサイズに対応することが示された。また、図2に示されるような現在の構成は、800μm程度の大きいサンプルを測定することができ、結果として、300点より多くの点を同時に測定できることを示す。
例2は、図7に示されるような本発明の実施形態による、多重化(ライン走査)ブリルアン分光法の特性評価に関連する。図7は、ミラー724と、対物レンズ711、713及び714と、ビームコリメーション用の球面レンズ715と、円柱レンズ716、718及び719と、結像用の球面レンズ722とを含む、ライン走査ブリルアン分光法構成を例示する。一実施形態において、中間像面内に空間フィルター又はアパーチャ725が位置決めされ、サンプルから到来する焦点外の光が除去される。
2次元及び3次元結像
例3は、図7による多重化ブリルアン分光法に基づく2次元及び3次元結像の特性評価に関連する。
本発明の例示的な構成が図26に示される。垂直偏光レーザービーム2628が最初に偏光ビームスプリッター(PBS)2634によって反射され、対物レンズ2632によって底部側からマイクロ流体チャネル2624の中央に合焦する。一実施形態において、ブリルアン散乱を励起するための光源として、11mW単一モード直線偏光532nm cwレーザー(Torus、Laser Quantum社)が使用された。4分の1波長板(QWP)2626に起因して、合焦したビームは円偏光される。後方散乱光が同じ対物レンズ2632によって収集され、QWP2626に再び通される。円偏光した光は最終的に、PBS2634によって完全に透過する水平偏光した光に変換される。散乱光は、その後、ミラー2630によって導光され、ファイバーカップリングレンズ(FC)2636によってブリルアン分光計2638に結合される。ブリルアン分光計2638は、交差軸構成において、標準的な2ステージ仮想画像化フェーズドアレイ(VIPA)によって構成される。マイクロ流体チャネル2624の上側に、チャネル2624内部の細胞の流動状況を監視するために、明視野顕微鏡が構築された。破線矢印は、チャネル2624内部の細胞の流動方向を示す。照明のために赤色LED2616が使用され、ブリルアンビームを遮断するためにロングパスフィルターが使用された。一例として、限定はしないが、LED2616の波長は660nmとすることができ、ロングパスフィルターはFEL0600、Thorlabs社とすることができる。合焦したブリルアンビームの場所は、ロングパスフィルター(LP)2612を取り外すことによってあらかじめ決定された。ブリルアン信号に及ぼすLED光2616の影響を排除するために、ブリルアン分光計2638の前方に狭帯域フィルターが配置された。一実施形態において、分光計のデータを測定サンプルの対応する場所に割り当てることができるように、CCDカメラ2610及びブリルアン分光計2638をLab VIEWプログラムによって同期させた。一実施形態において、実験中に、分光計のサンプリング時間が50msと設定された。図27a~図27dは、細胞内の複数の点においてブリルアン周波数を取得することに基づく、細胞流動実験の測定手順を示す。実験が行われているとき、ブリルアン分光計2638は絶えず信号を記録する。細胞がビームの場所を通り抜けるとき(矢印によって示される白色の点)、そのブリルアンシフトが測定される。
図26の構成において使用されるチップは、入口においてシースフロー構成を備える単一の一直線のチャネル2624を有する。一実施形態において、チャネルの断面は150μm(幅)×50μm(深さ)のサイズを有し、長さは約50mmである。チップは顕微鏡の2Dステージ上に組み付けられ、細胞懸濁液をチャネルの中に送り込むためのシリンジポンプに接続される。シースフロー技法を用いて、細胞をチャネルの中央に位置合わせすることができる。一実施形態において、流速は約20μm/s~40μm/sである。全体的なスループットは一時間あたり細胞約160個から300個まで変化し、平均では一時間あたり細胞230個である。
細胞が培養され、Mg2+及びCa2+不含のリン酸緩衝生理食塩水(PBS)の溶液内に再懸濁される。一実施形態において、最終的な細胞濃度は、100万細胞/ml~1000万細胞/mlである。クロマチン脱凝縮実験の場合、古い培地が吸引され、完全な成長培地内の100ng/mLトリコスタチンA(TSA)溶液と置き換えられる。その後、細胞は2時間、インキュベートされる。インキュベーション後に、細胞が、0.25%トリプシンEDTAを用いて採取され、250×gにおいて5分間、遠心分離され、約250万細胞/mLにおいて、Mg2+及びCa2+不含のPBSに再懸濁された。細胞核を蛍光染色する場合、Vybrant DyeCycle Ruby染料(ThermoFisher社)が使用され、推奨プロトコルに従った。要するに、50万細胞/mLの濃度を有する細胞懸濁液に1μL染料が添加され、十分に混合される。最終的な染料濃度は5μMである。その後、その混合物は37℃で15分~30分間、インキュベートされ、光から保護される。その際、細胞は、洗浄することなく、蛍光実験の準備ができている。一実施形態において、実験のために、NIH 3T3細胞系統が使用される。
本発明の一実施形態において、細胞懸濁液が、シリンジポンプを用いて、マイクロ流体チャネルの中に徐々に送り込まれる。チャネル内に細胞が満たされると、ポンプが停止される。数分後に、細胞はチャネルの底部に沈殿するが、依然として、丸みを帯びた形状を保持する。その後、レーザービームスポットの高さが細胞の中心に調整され、顕微鏡のステージを走査することによって、水平面において2D走査が実行される。走査のステップサイズは、両方の次元において0.5μmと設定される。一実施形態において、実験のために、NIH 3T3細胞系統が使用される。
緩衝液内に懸濁された細胞は一般に丸い形状を有する。一実施形態において、細胞の直径は10μmから20μmに及ぶ。合焦したブリルアンビームは約0.5μmのスポットサイズを有するので、細胞がビームスポットを横切って流れるときに複数の位置を測定することができる。一実施形態において、流動実験中に、ブリルアン分光計は、20Hzの速度において絶えずデータを取得する。図27a~図27dは、測定手順を例示する。具体的には、図27a~図27cは、異なる時点(t1、t2及びt3)において細胞がマイクロ流体チャネルを通って流れる場合を示す。スケールバーは30μmである。矢印によって示される白色の点は、レーザービームスポットの場所である。図27dにおいて、ブリルアン信号の時間トレースが提示される。点は測定データであり、実線は見やすくするために引いた線である。
懸濁された細胞は丸みを帯びた形状を有し、それは簡単にするために球として近似することができる。シースフローの助けを借りて、細胞がマイクロ流体チャネルを通って流れるときに、細胞の中心を幅方向においてレーザービームスポットの場所に位置合わせすることができる。チャネルの深さが細胞サイズより大きいので、細胞の中心は、深さ方向において細胞ごとに異なることになる。このような場合には、細胞がレーザービームスポットを横切って進むときに、各単一細胞の直径を含む断面内の1つのラインがサンプリングされることになる。細胞流動中のブリルアン周波数シフトの測定値が、細胞集団の機構を表すのを確実にするために、それらの測定値が、細胞の中心を通る断面の画像と比較される。具体的には、細胞の2D画像が、図29aに示されるように取得された。図29bは、2つの曲線2902及び2904の重ね合わせによって当てはめられる細胞集団の全体的な機構を表す、図29aの画像データの全ての分布を示す。細胞がレーザーを横切るラインに沿った一群の点に対応するブリルアンフローデータの分布が図29cにプロットされ、曲線2908及び2906の重ね合わせによって当てはめられる。図29bの2Dブリルアン画像データを図27cのブリルアンフローデータと比較することによって、両方の分布が2ピークシグネチャを有することが観測される。より重要なことに、両方の分布に関するこれら2つのピークのブリルアンシフトは同じであり、すなわち、7.57GHz及び7.80GHzである。したがって、フローデータが、細胞集団の機械的特性を正確に明らかにすると結論付けられる。
懸濁された細胞を球であると見なすと、固定されたビームスポットによって1つの直径が検知されるように、細胞がシースフローを介して位置合わせされる。しかしながら、実際の実験において、垂直方向における細胞の場所はわずかに上下変動するので、ビームスポットは実際には、その直径を通る断面をマッピングしている。図28cの2ピークシグネチャを更に検証するために、蛍光染料を用いて、細胞の細胞核のみを染色した。図30に示されるように、明視野(I)、蛍光(II)及びブリルアン2D(IV)の画像が取得された。明視野画像及び蛍光画像を含む融合画像(III)をブリルアン画像と比較することによって、ヒストグラム3002及び3004によってそれぞれ示されるように、細胞核のブリルアンシグネチャを細胞骨格のブリルアンシグネチャから容易に分離することができる。集団内の細胞間の小さな差を考えるとき、細胞内の複数の点においてブリルアン周波数を取得することに基づいて流動実験から取得されたデータの分布は、細胞結像からの分布に類似しているはずであり、それが、図30と図28cとの間の高い類似度によって確認される。したがって、図28cの流動データの2つのピークがそれぞれ細胞核及び細胞骨格のシグネチャに対応することが検証される。
クロマチンはDNA及びタンパク質の複合物であり、細胞核内に染色体を形成する。その機能は、細胞の細胞核に収まるように、かつDNA構造及び配列を保護するように、DNAを小さな体積の中に効率的に詰め込むことである。研究の積み重ねが、クロマチンの凝縮レベルが細胞核の剛性に密接に関連することを示唆する。例えば、クロマチン脱凝縮の結果として、細胞核の剛性が低下する。逆に、クロマチン凝縮の増加が、細胞核の硬化につながる。一実施形態において、機械的サイトメトリーを用いて、TSA、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤によって引き起こされるクロマチン脱凝縮の影響を特徴付けた。
アクチンフィラメント、微小管及び中間径フィラメントから構成される細胞骨格は、核と機械的にしっかりと相互接続されている(Ingber DE, Wang N, Stamenovic D, "Tensegrity, cellular biophysics, and the mechanics of living systems", Rep Prog Phys. 77, 046603 (2014))。アクチンフィラメントは、核に引張プレストレスを加えることで、核を硬くする。微小管フィラメントは、このプレストレスの釣り合いを保つために圧縮ストラットとして働く。したがって、核の剛性は、これらの2つの細胞骨格フィラメントの釣り合いによって取り持たれることとなる(Wakatsuki et al., J Cell Sci. 114, 1025-1036 (2001)、Chalut et al., Biophys J. 103, 2060-2070 (2012))。
2つの薬物のサイトカラシンD(cytoD)及びノコダゾール(Noco)を3T3細胞に適用することで、アクチンフィラメント及び微小管フィラメントをそれぞれ阻害した。アメリカ培養細胞系統保存機関(ATCC)から購入したNIH 3T3線維芽細胞を、全ての実験のために使用した。細胞を以下の標準的なプロトコルに従って培養した。微小管フィラメントの阻害のために、細胞をまず1ug/mLのNocoにより30分間処置し、次いでトリプシン処理により回収し、測定前にMg2+及びCa2+を有しないリン酸緩衝生理食塩水(PBS)の溶液内に1mL当たり約10万個の細胞の濃度で再懸濁させた。濃度が低いため、流動により細胞は殆ど取り込まれなかった。その代わりに、懸濁液中の単一細胞は、それがマイクロ流体デバイス中に送達された後に結像された。図33Aに示されるように、棒グラフ3311及び3312は、それぞれ対照細胞及び処置細胞の核の平均ブリルアンシフトを表す。処置細胞のブリルアンシフト3312の方が0.29GHz高いことから、その核の明確な硬化が示される。機器の感度が約0.01GHzであることを考慮して、微小管フィラメントが阻害された細胞は、核の機械的硬化に基づいて正常細胞から容易に特定された。
図34は、第2の例示的な実施形態を示す。ブリルアンに基づくラベルフリーフローサイトメトリーを使用して、5種の癌関連細胞系統を試験した。その内の4種(バーバラアンカルマノス研究所から取得したM1、M2、M3、及びM4)は、MCF10A細胞系統に由来する同種同系の腫瘍形成性が増している細胞系統であり、それはヒト乳癌の進行をモデル化するための標準的なアプローチである(Santner et al., Breast Cancer Res Treat. 65, 101-110 (2001))。5つ目は、高転移性の乳癌細胞系統MDA-MB-231(ATCCから得られた)である。MCF10A(M1)は、ヒト上皮の非腫瘍形成性の細胞系統である。MCF10AT1k.cl2(M2)は、マウスに注射された場合に持続性の限局性良性病変を引き起こす前悪性細胞である。MCF10CA1h(M3)細胞及びMCF10CA1a.cl1(M4)細胞は、それらがマウスの尾静脈内に注射された場合に遠隔の肺に転移する能力を有する。実験により、M4細胞がM3細胞系統よりも素早く転移することも指摘される。それというのも、M4細胞はより素早く成長する腫瘍を形成し得るからである(Santner et al. (2001))。
図35は、本発明の第3の例示的な実施形態を示す。核の主要な構造成分の1つは、ラミンとして知られるタンパク質群である。核ラミナの主要成分として、ラミンA/Cは、多数の機能、例えば核の構造的支持を与え、クロマチン構成、遺伝子調節並びにDNA複製及び修復を促進する(Ho and Lammerding, J Cell Sci. 125, 2087-2093 (2012))。ラミンはまた、広範なヒト疾患につながることも分かっている。例えば、10種を超える癌型からのエビデンスにより、ラミンは癌の進行の役割を担うか、又はそれに応答して変化することが示唆されている(Irianto et al., Cell Mol Bioeng. 9, 258-267 (2016))。また、A型ラミンにおける突然変異は、ハッチンソン・ギルフォード・プロジェリア症候群(HGPS)(Mounkes and Stewart, Current Opinion In Cell Biology. 16, 322-327(2004) (Butin-Israeli, Trends Genet. 28(9):464-71 (2012))等の老化症の原因であることも分かっている。さらに、実験によって、ラミンA/Cの過剰発現が核の剛性を高める一方で、ノックダウンが剛性をより低くすることが示された(Pajerowski et al., Proc Natl Acad Sci USA 104, 15619-15624 (2007)、Lammerding et al., J Biol. Chem. 281, 25768-25780 (2006)、Davidson (2014)、Schaepe et al., Biophys. J 96, 4319-4325 (2009)、Swift et al., Science 341, 1240104 (2013))。
Claims (15)
- サンプル内の癌性細胞を特定する方法であって、
第1の方向に沿って光ビームによって前記サンプルを照明することと、
前記照明光ビームに応答して前記サンプルから放射されるブリルアン散乱光を収集することと、
前記ブリルアン散乱光を、スペクトル分散を誘発する光学配置に送り、前記ブリルアン散乱光の空間スペクトルパターンを生成する検出ユニットに送ることと、
なお、前記光学配置及び前記検出ユニットは第2の方向に沿って位置決めされる;
前記検出ユニット上で前記ブリルアン散乱光の前記空間スペクトルパターンを検出することと、
なお、前記照明光ビームに沿った前記サンプルの複数の点が同時に測定され、前記サンプルの複数の点の少なくとも1つが細胞核である;
前記検出ユニットにおいて、各空間点における前記スペクトルパターンを較正することと、
前記検出された空間スペクトルパターンに基づいて、各測定サンプル点において前記1つ以上のブリルアン指標を計算することと、
前記計算されたブリルアン指標と正常細胞のブリルアン指標とを比較することによって、前記サンプル内に存在する癌性細胞を特定することと、
を含む、方法。 - 細胞がラミンA/C発現の抑制を伴うかどうかを判定する方法であって、
ブリルアン分光法により可能となったラベルフリーサイトメトリーを使用して細胞の機械的シグネチャを取得することと、
なお、該取得することは、
第1の方向に沿って光ビームによって前記サンプルを照明することと、
前記照明光ビームに応答して前記サンプルから放射されるブリルアン散乱光を収集することと、
前記ブリルアン散乱光を、スペクトル分散を誘発する光学配置に送り、前記ブリルアン散乱光の空間スペクトルパターンを生成する検出ユニットに送ることと、
なお、前記光学配置及び前記検出ユニットは第2の方向に沿って位置決めされる;
前記検出ユニット上で前記ブリルアン散乱光の前記空間スペクトルパターンを検出することと、
なお、前記照明光ビームに沿った前記サンプルの複数の点が同時に測定され、前記サンプルの複数の点の少なくとも1つが細胞核である;
前記検出ユニットにおいて、各空間点における前記スペクトルパターンを較正することと、
前記検出された空間スペクトルパターンに基づいて、各測定サンプル点において前記1つ以上のブリルアン指標を計算することと、を含む;
前記細胞の核の機械的シグネチャに基づいて、細胞を、正常なラミンA/C発現を有する又はラミンA/C発現の抑制を伴うと分類することと、
を含む、方法。 - 前記1つ以上のブリルアン指標は、ブリルアン周波数シフト、ブリルアンスペクトル線幅、ブリルアン利得又は損失スペクトル、及びその組み合わせからなる群から選択される、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記第1の方向と前記第2の方向との間の角度は0度より大きい任意の角度である、請求項1又は2に記載の方法。
- スペクトル分散を誘発する前記光学配置は、仮想画像化フェーズドアレイ(VIPA)、ファブリ-ペローエタロン又はエシェル格子を含む、請求項1又は2に記載の方法。
- スペクトル分散を誘発する前記光学配置は、前記サンプルから前記検出ユニットへの光路内の前記空間スペクトルパターンのサイズ、形状及び/又は角度の広がりを変更する光学要素を更に備える、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記サンプルは、生物有機体、組織又は生細胞を含む生体細胞を含む生体サンプルである、請求項2に記載の方法。
- 前記生体細胞は、懸濁されるか、2D基体に付着しているか、3D細胞外マトリックス内で培養されるか、又はマイクロ流体チップの1つ以上のチャネルを通って流れる、請求項7に記載の方法。
- 前記核の機械的特性は、弾性、粘性及び核の剛性を含む群から選択される、請求項2に記載の方法。
- 走査された細胞は、前記核の測定された機械的特性に基づいて分類される、請求項9に記載の方法。
- 走査された細胞は、癌細胞として分類される、請求項10に記載の方法。
- 前記1つ以上のブリルアン指標は、前記核の機械的特性に関する情報を提供し、前記機械的特性は、弾性、粘性及び核の剛性を含む群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの細胞は、生きている真核細胞である、請求項1に記載の方法。
- 前記分類は、細胞集団又は単一細胞のいずれかに基づく、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの細胞は、
(i)マイクロ流体チャネルの内を流れており、
(ii)懸濁液内で不動であり、又は、
(iii)3Dゲルの小滴内に封入されている、
請求項1に記載の方法。
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