JP7370832B2 - アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス核酸を検出するための組成物、方法、およびキット - Google Patents

アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス核酸を検出するための組成物、方法、およびキット Download PDF

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年３月２５日に出願され、参照により本明細書に組み込まれる米国仮出願第６２／４７６，７５３号の優先権の利益を主張する。
分野
本開示は、感染性因子の検出、より具体的には、アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルスの検出に関する。インビトロ核酸増幅技法を使用することによる、アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルスの増幅および／または検出のための組成物、方法、およびキットが記載される。
導入
感染性疾患は、細菌性、ウイルス性、またはその他の起源にかかわらず、人間の健康に急性および慢性の課題をもたらす。多くの一般的な感染症は気道に影響を及ぼす。気道疾患は、全ての年齢の患者によく見られるが、非常に若齢の患者および非常に高齢の患者においてより深刻であることが多い。ウイルスには、ＤＮＡウイルスおよびＲＮＡウイルスが含まれる。
アデノウイルス（ＡｄｅｎｏまたはＡｄｖ）は、消化管、上気道、および眼を含む様々な臓器に感染を引き起こし得る。免疫系が適切に機能している個体では、アデノウイルス感染症は、典型的には生命を脅かす疾患には関連付けられない。しかし、アデノウイルスは、ＨＩＶ陽性の個体などの免疫不全の患者、および骨髄移植を受けた患者において深刻な感染症を引き起こし得る。５０を超える種類のヒトアデノウイルス血清型が同定されている。アデノウイルスの様々な特性に基づいて、それらは６つの主要なサブグループ（亜属または種Ａ～Ｆ）に分割されており、最近の文献では７番目の血清型の存在が示されている。
アデノ検出を検出するための初期のアプローチは、主に血清学的検査および細胞培養に依存していた。しかし、免疫抑制を受けている患者では、免疫反応が損なわれているため、血清学的検査の使用が制限されており、陽性培養の評価は、比較的時間がかかる方法である。ＰＣＲベースのアッセイの導入により、アデノウイルスの迅速かつ特異的な感度の高い検出のための新しい方法が提供された。しかし、これらの診断アプローチの多くは、全てのアデノウイルス血清型を効果的に網羅していないし、遺伝子的に非常に多様なアデノウイルスの検出を可能にするためにストリンジェンシーの低い条件も使用する。
異なる種間のアデノウイルスＤＮＡ配列の相同性は低い。アデノウイルスゲノム内の保存された領域でさえ、異なる種に由来するアデノウイルス間で限られた相同性しか示さない。多くの場合、同じ種に属する血清型の間でもＤＮＡ配列にかなりの違いが存在する。これらの事実は、必要な幅広い特異性を備えたアデノウイルス感染の信頼できるスクリーニングを容易にする分子検査の開発の困難さを浮き彫りにする。
ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）は２００１年に初めて分離され、現在、乳児および成人の急性気道疾患の２番目の主要な原因であると認識されている。２歳までに乳児の５０％以上が感染し、５歳までにほぼ全ての子供が感染すると推定されている。ｈＭＰＶは、入院した幼児の気道疾患の約５～１５％を占めている（Ａｌｔｏ，２００４，Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｂｏａｒｄ ｏｆ Ｆａｍｉｌｙ Ｐｒａｃｔｉｃｅ／Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｂｏａｒｄ ｏｆ Ｆａｍｉｌｙ Ｐｒａｃｔｉｃｅ １７：４６６－４６９、Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３５０：４４３－４５０）。ｈＭＰＶの感染は、危険な状態にある未熟児の疾患、未熟児の慢性肺疾患、鬱血性心疾患、および免疫不全の重大な負担である（Ｍａｒｔｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，２００５，Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｂｌｏｏｄ ａｎｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ：Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｌｏｏｄ ａｎｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ １１：７８１－７９６）。
ｈＭＰＶに対して確立されている異なる遺伝系統は２つあり、これらはサブタイプＡおよびＢとして指定される。これらの系統は、融合タンパク質およびＧ糖タンパク質遺伝子を利用する場合が多い配列データの系統発生解析を行うことによって決定して、サブグループＡ１、Ａ２、Ｂ１、およびＢ２にさらに分割されている。臨床症状の点では、ｈＭＰＶの異なるサブグループに感染した患者の間で顕著な差異は観察されていない（Ｗｅｉ，Ｈ．，Ｔｓａｏ，Ｋ．，Ｈｕａｎｇ，Ｃ．，Ｈｕａｎｇ，Ｙ．，Ｌｉｎ，Ｔ．Ｊ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｎｆｅｃｔ．２０１２ Ｓｅｐ ２６．ｐｉｉ：Ｓ１６８４－１１８２（１２）００１５１－Ｘ）。伝播様式および病原性に関する情報は決定的なものではないが、ｈＭＰＶは、インフルエンザなどの一般的な呼吸器系ウイルスと同様の手段で拡散する可能性が高い。ｈＭＰＶは、他の呼吸器病原体と共感染することが示されている。ｈＭＰＶは、恐らく特定の季節中に循環する様々な株およびサブタイプが原因で、感染後に部分的な免疫しか提供しないように見受けられ、個体に再感染して、病気を繰り返し発症させる可能性がある。感染は主に晩冬および早春に起こり、ｈＭＰＶの各サブタイプの有病率は、年ごとに、また場所によって異なるようである。同様に、ｈＭＰＶの全体的な発生率は年ごとに異なり得、気道感染症の症状のある患者におけるその有病率は２～２６％の範囲であると報告されている。
ヒトライノウイルス（ＨＲＶ）は、ヒトの急性上気道感染症の最も頻繁な原因であり、通常は風邪に関連している。ＨＲＶによって引き起こされる風邪は、年間を通して発生し、秋および春に発生率のピークがあり、仕事および学校を欠席する主な理由の１つであり、大きな経済的影響がある。ライノウイルスはまた、下気道感染症を引き起こす可能性があり、その結果、小児、高齢者、免疫抑制を受けている患者に重篤な疾患が生じる。
１００を超える異なる血清型を含むＨＲＶは、小さな非エンベロープ型の陽性（＋）鎖ＲＮＡウイルスである。ＨＲＶは、エンテロウイルス（ＥＶ）も含むピコルナウイルス科の６つの属のうちの１つである。臨床検体中のＨＲＶを検出するために、過去数年間に逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）が開発されている（例えば、Ｂｉｌｌａｕｄ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １０８：２２３－２２８、Ｂｌｏｍｑｖｉｓｔ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｃｌｉｎ，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３７：２８１３－２８１６、Ｋａｒｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ Ｃｌｉｎ Ｖｉｒｏｌ．２００４ Ｆｅｂｒｕａｒｙ、２９（２）：９９－１０４、Ｌｏｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４１：１９７１－１９７６、Ｓａｖｏｌａｉｎｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ．Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌ．８３：３３３－３４０、Ｓｔｅｉｎｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３９：１２９－１３３）。これらのＲＴ－ＰＣＲ法のほとんどは、ピコルナウイルスゲノムの５’非コード領域の保存された配列を利用する。
ＨＲＶを特異的に検出する能力、特にＨＲＶとＥＶとの類似性に起因して生じ得る偽陽性を回避する能力は、診断と適切な利用可能な治療法の選択との両方に重要である。ＨＲＶに対する特定のアッセイは、新薬の開発にも重要である。例えば、臨床試験の設計では、ＨＲＶ感染症の治療に使用する薬剤を評価するために試験が設計されている場合、参加者がＨＲＶ感染症であると正しく識別されることが重要である。加えて、他の臨床試験では、ＨＲＶに感染した個体を除外することが重要な場合がある。さらに、ＨＲＶ検出アッセイは、実行が簡単で、解釈が容易な結果を提供し、実用的に使用するために比較的安価である必要がある。
ＥＶからＨＲＶを区別する従来の方法は、ウイルス中和アッセイ、ＨＲＶ特異的プライマー対による選択、サイズの違いに基づく２つのウイルスの増幅産物の区別、増幅産物の配列決定および既知のＨＲＶおよびＥＶ配列との配列の比較、またはＨＲＶもしくはＥＶ特異的プローブを使用したハイブリダイゼーションのいずれかによって行われてきた。これらのアプローチは、時間を要し、高価であり、および／またはアッセイ結果を正確に解釈する経験を有する熟練した技術者を必要とし得る。
迅速、高感度、かつ特異的な複数のアデノウイルス血清型の検出を可能にする分子ベースのアッセイが、依然として当該技術分野で必要とされている。また、迅速、高感度、かつ特異的なｈＭＰＶの複数のサブタイプおよびサブグループの検出が、依然として当該技術分野で必要とされている。さらに、特にＲＶをＥＶから区別する能力に関して、迅速、高感度、かつ特異的な様式でＲＶを検出する方法が、依然として当該技術分野で必要とされている。
Ａｌｔｏ，２００４，Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｂｏａｒｄ ｏｆ Ｆａｍｉｌｙ Ｐｒａｃｔｉｃｅ／Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｂｏａｒｄ ｏｆ Ｆａｍｉｌｙ Ｐｒａｃｔｉｃｅ １７：４６６－４６９ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３５０：４４３－４５０ Ｍａｒｔｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，２００５，Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｂｌｏｏｄ ａｎｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ：Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｌｏｏｄ ａｎｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ １１：７８１－７９６ Ｗｅｉ，Ｈ．，Ｔｓａｏ，Ｋ．，Ｈｕａｎｇ，Ｃ．，Ｈｕａｎｇ，Ｙ．，Ｌｉｎ，Ｔ．Ｊ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｎｆｅｃｔ．２０１２ Ｓｅｐ ２６．ｐｉｉ：Ｓ１６８４－１１８２（１２）００１５１－Ｘ Ｂｉｌｌａｕｄ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １０８：２２３－２２８ Ｂｌｏｍｑｖｉｓｔ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｃｌｉｎ，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３７：２８１３－２８１６ Ｋａｒｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ Ｃｌｉｎ Ｖｉｒｏｌ．２００４ Ｆｅｂｒｕａｒｙ、２９（２）：９９－１０４ Ｌｏｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４１：１９７１－１９７６ Ｓａｖｏｌａｉｎｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ．Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌ．８３：３３３－３４０ Ｓｔｅｉｎｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３９：１２９－１３３
概要
本開示の目的は、アデノウイルス、ｈＭＰＶ、およびＨＲＶ核酸のうちの１つ以上を特異的に増幅し、および／または高感度で検出するために使用できる方法、組成物、および
キットを提供することである。有利なことに、本方法、組成物、およびキットを使用して、アデノウイルス、ｈＭＰＶ、および／またはＨＲＶの多くの（例えば、５個以上、１０個以上、２０個以上、３０個以上、４０個以上、または５０個以上）または全ての既知の血清型およびサブグループを高感度で特異的に検出し得る。
１．少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
２．少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
３．少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
４．２つ以上の標的酸に対して構成される少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
（Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｂ）第２の標的核酸について、
（ｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１
５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成されたか、あるいは
（ｉｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
５．２つ以上の標的酸に対して構成される少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
（Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｂ）第２の標的核酸について、
（ｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成されたか、あるいは
（ｉｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
６．２つ以上の標的酸に対して構成される少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
（Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｂ）第２の標的核酸について、
（ｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成されたか、あるいは
（ｉｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
７．３つ以上の標的酸に対して構成される少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
（Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｂ）第２の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｃ）第３の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
８．前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
９．前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、請求項１～３または８のいずれかに記載の組成物またはキット。
１０．アデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含み、および／またはアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、請求項４または請求項７に記載の組成物またはキット。
１１．前記第２の標的核酸がアデノウイルス標的核酸であり、かつアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはその両方である、請求項５または請求項６に記載の組成物またはキット。
１２．メタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはその両方である、請求項５または請求項７に記載の組成物またはキット。
１３．前記第２の標的核酸がメタニューモウイルス標的核酸であり、かつメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つ
の縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはその両方である、請求項４または請求項６に記載の組成物またはキット。
１４．ライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはその両方である、請求項６または請求項７に記載の組成物またはキット。
１５．前記第２の標的核酸がライノウイルス標的核酸であり、かつライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含むか、あるいはその両方である、請求項４または請求項５に記載の組成物またはキット。
１６．前記アデノウイルス標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号１、５、１１、１２、２５、２６、３１、３２、３３、３４、３５、３８、７１、７２、７３、７４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項１、４、７、８、１０、または１１のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
１７．前記第２の標的核酸が、アデノウイルスであり、かつ前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号１、５、１１、１２、２５、２６、３１、３２、３３、３４、３５、３８、７１、７２、７３、７４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項５、６、または９に記載の組成物またはキット。
１８．前記アデノウイルス標的核酸について、前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号２、３、６、７、８、９、１３、１４、１５、１６、２７、２８、４２、４３、４４、４５、４６、６１、６２、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、１４７、１４８、１４９からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項１、４、７、８、１０、または１１のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
１９．前記第２の標的核酸がアデノウイルスであり、かつ前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号２、３、６、７、８、９、１３、１４、１５、１６、２７、２８、４２、４３、４４、４５、４６、６１、６２、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、１４７、１４８、１４９からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項５、６、または９に記載の組成物またはキット。
２０．前記メタニューモウイルス標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５２、５３、１５１、１５２、１５３、１５４、１６０からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、請求項２、５、７、８、１２、または１３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
２１．前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、かつ前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５２、５３、１５１、１５２、１５３、１５４、１６０からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、請求項４、６、または９に記載の組成物またはキット。
２２．前記メタニューモウイルス標的核酸について、前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５６、６８、１５８、１７７、１７８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、請求項２、５、７、８、１２、または１３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
２３．前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、かつ前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５６、６８、１５８、１７７、１７８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、請求項４、６、または９に記載の組成物またはキット。
２４．前記ライノウイルス標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５０、５１、５９、６０、６５、７５、７７～８６、１０２～１０８、１２１～１３０からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、請求項３、６、７、８、１４、または１５のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
２５．前記第２の標的核酸がライノウイルスであり、かつ前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５０、５１、５９、６０、６５、７５、７７～８６、１０２～１０８、１２１～１３０からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、請求項４、５、または９に記載の組成物またはキット。
２６．前記ライノウイルス標的核酸について、前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５７、９５～１００、１１５～１１９、１３７からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、請求項３、６、７、８、１４、または１５のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
２７．前記第２の標的核酸がライノウイルスであり、かつ前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５７、９５～１００、１１５～１１９、１３７からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、請求項４、５、または９に記載の組成物またはキット。
２８．前記組成物またはキットが、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーをさらに含む、請求項１～２７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
２９．前記組成物またはキットが、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、６３、６４、１３９、１４０からなる群から選択される配列を含むアデノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含む、請求項１、４、７、８～１１、および１６～１９のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３０．前記第２の標的核酸がアデノウイルスであり、かつ前記組成物またはキットが、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、６３、６４、１３９、１４０からなる群から選択される配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含む、請求項５または６のいずれか一項に記載の組成
物またはキット。
３１．前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含むアデノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１３８内の連続した核酸塩基から選択される、請求項１、４、７、８～１１、および１６～１９のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３２．前記第２の標的核酸がアデノウイルスであり、前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１３８内の連続した核酸塩基から選択される、請求項１５または６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３３．前記組成物またはキットが、配列番号６７、６９、７０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、および１７６からなる群から選択される配列を含むメタニューモウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含む、請求項２、５、７、８、９、１２、１３、２０、２１、２２、および２３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３４．前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、前記組成物またはキットが、配列番号６７、６９、７０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、および１７６からなる群から選択される配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含む、請求項４または６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３５．前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含むメタニューモウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１６１内または配列番号１５５内の連続した核酸塩基から選択される、請求項２、５、７、８、９、１２、１３、２０、２１、２２、および２３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３６．前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１６１内または配列番号１５５内の連続した核酸塩基から選択される、請求項４または６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３７．前記組成物またはキットが、配列番号４８、４９、５４、８７～９４、１０９～１１４、および１３１～１３６からなる群から選択される配列を含むライノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含む、請求項３、６、７、８、９、１４、１５、および２４～２７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３８．前記第２の標的核酸がライノウイルスであり、前記組成物またはキットが、配列番号４８、４９、５４、８７～９４、１０９～１１４、および１３１～１３６からなる群から選択される配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含む、請求項４または５のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
３９．前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含む、請求項２８～３８のいずれか一項に記載の
組成物またはキット。
４０．前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、請求項２８～３９のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
４１．前記検出可能な標識がフルオロフォアである、請求項４０に記載の組成物またはキット。
４２．前記検出プローブオリゴマーが二重標識検出プローブオリゴマーである、請求項４０または請求項４１に記載の組成物またはキット。
４３．前記検出プローブオリゴマーが、蛍光検出可能な標識と、前記蛍光標識からの蛍光発光を消光することができる消光剤部分とを含む、請求項４２に記載の組成物またはキット。
４４．前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、アデノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、請求項１、４、７～１１、１６～１９、２８～３２、および３９～４３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
４５．前記第２の標的核酸がアデノウイルスであり、前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、アデノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、請求項５または請求項６に記載の組成物またはキット。
４６．前記１つ以上の追加の増幅オリゴマーの各々が、配列番号１～９、１１～１６、２５～２８、３１～３５、３８、４２～４６、６１、６２、および７１～７４からなる群から別々に選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項４４または４５に記載の組成物またはキット。
４７．前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、メタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成された、請求項２、５、７、８、９、１２、１３、２０～２３、２８、３３～３６、および３９～４３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
４８．前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、メタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成された、請求項４または請求項６に記載の組成物またはキット。
４９．前記１つ以上の追加の増幅オリゴマーの各々が、配列番号５２、５３、５６、６８、１５１、１５２、１５３、１５４、１５８、１６０、１７７、１７８からなる群から別々に選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項４７または４８に記載の組成物またはキット。
５０．前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、ライノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、請求項３、６、７、８、９、１４、１５、２４～２８、および３７～４３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
５１．前記第２の標的核酸がライノウイルスであり、前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、ライノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、請求項４または請求項５に記載の組成物またはキット。
５２．前記１つ以上の追加の増幅オリゴマーの各々が、配列番号５０、５１、５７、５９、６０、６５、７５、７７～８６、９５～１００、１０２～１０８、１１５～１１９、１２１～１３０、１３７からなる群から別々に選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項４７または４８に記載の組成物またはキット。
５３．前記組成物またはキットが、少なくとも第１および第２の増幅オリゴマー、ならびにアデノウイルス標的核酸を増幅するように構成された１つ以上の追加の増幅オリゴマーを含み、前記増幅オリゴマーの各々が、配列番号６１、６２、７１、７２、７３、および７４からなる群から選択される配列を独立して含む、請求項１、４、７～１１、１６～１９、２８～３２、および３９～４７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
５４．前記組成物またはキットが、少なくとも第１および第２の増幅オリゴマー、ならびにメタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成された１つ以上の追加の増幅オリゴマーを含み、前記増幅オリゴマーの各々が、配列番号５２、５３、５６、および５８からなる群から選択される配列を各々独立して含む、請求項２、５、７、８、９、１２、１３、２０～２３、２８、３３～３６、３９～４３、４６～４９、および５３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
５５．前記組成物またはキットが、少なくとも第１および第２の増幅オリゴマー、ならびにライノウイルス標的核酸を増幅するように構成された１つ以上の追加の増幅オリゴマーを含み、前記増幅オリゴマーの各々が、配列番号５０、５１、５７、５９、６０、および６５からなる群から選択される配列を各々独立して含む、請求項３、６、７、８、９、１４、１５、２４～２８、３７～４３、および５０～５４のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
５６．前記組成物またはキットが、２つのアデノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記検出プローブオリゴマーの各々が、配列番号６３および６４からなる群から選択される配列を独立して含む、請求項１、４、７～１１、１６～１９、２８～３２、３９～４７、および５３～５５のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
５７．前記組成物またはキットが、３つのメタニューモウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記検出プローブオリゴマーの各々が、配列番号６７、６９、および７０からなる群から選択される配列を独立して含む、請求項２、５、７、８、９、１２、１３、２０～２３、２８、３３～３６、３９～４３、４６～４９、および５３～５６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
５８．前記組成物またはキットが、３つのライノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記検出プローブオリゴマーの各々が、配列番号４８、４９、および５４からなる群から選択される配列を独立して含む、請求項３、６、７、８、９、１４、１５、２４～２８、３７～４３、および５０～５７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
５９．前記組成物またはキットが、標的ハイブリダイズ配列と固定化プローブ結合領域とを含む核酸標的捕捉プローブをさらに含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
６０．前記標的ハイブリダイズ配列がポリＫヌクレオチド配列である、請求項５９に記載の組成物またはキット。
６１．前記ポリＫヌクレオチド配列がランダムなポリＧＵ配列である、請求項６０に記載の組成物またはキット。
６２．固定化プローブ結合領域が、好ましくはＴ０－４Ａ１０－３６からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、ホモポリマーヌクレオチド配列である、請求項５９、６０、または６１に記載の組成物またはキット。
６３．前記組成物が、酵素、緩衝液、ｄＮＴＰ、またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項１～６２のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
６４．試料中のアデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、ライノウイルス標的核酸、またはそれらの組み合わせの非存在の存在（presence of absence）を決
定するための方法であって、
（Ａ）試料を請求項１～５８のいずれか一項に記載の増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップと、
（Ｂ）試料中のアデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、またはライノウイルス標的核酸のうちのいずれかが、その標的核酸を増幅して増幅産物を生成するように構成された増幅オリゴマーの組み合わせによって使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うステップと、
（Ｃ）前記増幅産物を検出するステップと、を含み、
それにより、前記試料中の前記標的核酸の有無を決定する、方法。
６５．前記試料がヒトに由来する試料である、請求項６４に記載の方法。
６６．前記試料が粘膜試料である、請求項６５に記載の方法。
６７．前記試料が、鼻咽頭スワブを使用して得られる、請求項６５または請求項６６に記載の方法。
６８．ステップ（Ａ）の前に、試料調製ステップを実行して、前記試料中のあらゆる標的核酸を他の試料成分から分離させる、請求項６４～６７のいずれか一項に記載の方法。
６９．前記試料調製ステップが標的捕捉ステップを含む、請求項６８に記載の方法。
７０．前記標的捕捉ステップが、前記試料を、標的ハイブリダイズ配列および固定化プローブ結合領域を含む核酸標的捕捉プローブと接触させることを含む、請求項６９に記載の方法。
７１．前記標的ハイブリダイズ配列がポリＫヌクレオチド配列である、請求項７０に記載の方法。
７２．前記ポリＫヌクレオチド配列がランダムなポリＧＵ配列である、請求項７１に記載の方法。
７３．固定化プローブ結合領域が、好ましくはＴ０－４Ａ１０－３６からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、ホモポリマーヌクレオチド配列である、請求項７０、７１、または７２に記載の方法。
７４．前記検出ステップ（Ｃ）が、１つ以上の検出プローブオリゴマーを使用して実行される、請求項６４～７３のいずれか一項に記載の方法。
７５．前記１つ以上の検出プローブオリゴマーの各々が、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、６３、６４、１３９、１４０、６７、６９、７０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、４８、４９、５４、８７～９４、１０９～１１４、および１３１～１３６からなる群から個々に選択される、請求項７４に記載の方法。
７６．前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含む、請求項７４または７５に記載の方法。
７７．前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、請求項７４、７５、または７６に記載の方法。
７８．前記検出可能な標識がフルオロフォアである、請求項７７に記載の方法。
７９．前記検出プローブオリゴマーが二重標識検出プローブオリゴマーである、請求項７７または請求項７８に記載の方法。
８０．前記検出プローブオリゴマーが、蛍光検出可能な標識と、前記蛍光標識からの蛍光発光を消光することができる消光剤部分とを含む、請求項７９に記載の方法。
８１．前記インビトロ核酸増幅反応が熱循環を含む、請求項６４～８０のいずれか一項に記載の方法。
８２．前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼ酵素によるＰＣＲを含む、請求項６４～８１のいずれか一項に記載の方法。
８３．前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行される、請求項７５～８０のいずれか一項に記載の方法。
８４．前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行され、増幅産物が、所定の閾値を超える蛍光値を決定することによって検出される、請求項７７～８０のいずれか一項に記載の方法。
８５．請求項６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、または８４に記載の方法の１つ以上のステップを実行するためのシステム。
８６．前記システムが自動システムである、請求項８５に記載のシステム。
８７．前記システムが、前記方法の前記ステップの全てを実行する、請求項８５または８６に記載のシステム。
８８．試料中のアデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、ライノウイ
ルス標的核酸、またはそれらの組み合わせの前記インビトロ検出のための方法であって、前記方法が、アデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、および／またはライノウイルス標的核酸を、請求項２９～４３のいずれかに記載の検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記検出プローブオリゴマーと、前記検出プローブオリゴマーがハイブリダイズするように構成された前記標的核酸とのハイブリダイゼーションが、その標的核酸の存在を示す、方法。
８９．前記方法が、前記アデノウイルス標的核酸、前記メタニューモウイルス標的核酸、および／または前記ライノウイルス標的核酸からの増幅産物を、前記検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記検出プローブオリゴマーと、前記検出プローブオリゴマーがハイブリダイズするように構成された前記増幅産物とのハイブリダイゼーションが、前記増幅産物の生成元であるその標的核酸の存在を示す、請求項８８に記載の方法。
９０．前記インビトロ検出反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行される、請求項８８または８９に記載の方法。
９１．前記インビトロ検出反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行され、前記標的核酸またはそれから生成された前記増幅産物が、所定の閾値を超える蛍光値を決定することによって検出される、請求項８８～９０のいずれか一項に記載の方法。
９２．請求項８８～９１のいずれか一項に記載のインビトロ検出反応を実行するためのシステム。
９３．前記システムが自動システムである、請求項９２に記載のシステム。
９４．前記システムが、前記方法の前記ステップの全てを実行する、請求項９２または９３に記載のシステム。
９５．請求項１～２７のいずれか一項に記載の増幅オリゴマーのうちの１つ以上を含む、乾燥組成物。
９６．請求項４４～５５のいずれか一項に記載の増幅オリゴマーうちの１つ以上を含む、乾燥組成物。
９７．請求項２９～４３または５６～５８のいずれかに記載の検出プローブオリゴマーのうちの１つ以上を含む、乾燥組成物。
９８．請求項１～５８のいずれか一項に記載の増幅オリゴマーおよび／または検出プローブオリゴマーの組み合わせを含む、乾燥組成物。
９９．前記乾燥組成物が、酵素、ｄＮＴＰ、またはその両方をさらに含む、請求項９５～９８のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
１００．前記酵素が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する、請求項９９に記載の乾燥組成物。
１０１．前記酵素がポリメラーゼ酵素である、請求項９９または請求項１００に記載の乾燥組成物。
１０２．前記乾燥組成物が、１０ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、請求項９５～１０１のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
１０３．前記乾燥組成物が、７ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、請求項９５～１０２のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
１０４．前記乾燥組成物が、５ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、請求項９５～１０３のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
１０５．前記乾燥組成物が、約０．５ｍＭ～約１０ｍＭの無機塩濃度を有する、請求項９５～１０１のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
（項目２）
少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
（項目３）
少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
（項目４）
２つ以上の標的酸に対して構成された少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
（Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｂ）第２の標的核酸について、
（ｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／また
は配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、あるいは
（ｉｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
（項目５）
２つ以上の標的酸に対して構成された少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
（Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｂ）第２の標的核酸について、
（ｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、あるいは
（ｉｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
（項目６）
２つ以上の標的酸に対して構成された少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
（Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～
５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｂ）第２の標的核酸について、
（ｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、あるいは
（ｉｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
（項目７）
３つ以上の標的酸に対して構成された少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
（Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのアデノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｂ）第２の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのメタニューモウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成され、かつ
（Ｃ）第３の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列
番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つのライノウイルス位置を含む、少なくとも約５０ヌクレオチド長のライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された、組成物またはキット。
（項目８）
前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、項目１～３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目９）
前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、項目１～３または８のいずれかに記載の組成物またはキット。
（項目１０）
アデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、および／またはアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、項目４または項目７に記載の組成物またはキット。
（項目１１）
前記第２の標的核酸がアデノウイルス標的核酸であり、かつアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはアデノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはその両方である、項目５または項目６に記載の組成物またはキット。
（項目１２）
メタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはその両方である、項目５または項目７に記載の組成物またはキット。
（項目１３）
前記第２の標的核酸がメタニューモウイルス標的核酸であり、かつメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはメタニューモウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはその両方である、項目４または項目６に記載の組成物またはキット。
（項目１４）
ライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはその両方である、項目６または項目７に記載の組成物またはキット。
（項目１５）
前記第２の標的核酸がライノウイルス標的核酸であり、かつライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはライノウイルスアンプリコンを増幅するように構成された前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、あるいはその両方である、項目４または項目５に記載の組成物またはキット。
（項目１６）
前記アデノウイルス標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号１、５、１１、１２、２５、２６、３１、３２、３３、３４、３５、３８、７１、７２、７３、７４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目１、４、７、８、１０、または１１のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目１７）
前記第２の標的核酸が、アデノウイルスであり、かつ前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号１、５、１１、１２、２５、２６、３１、３２、３３、３４、３５、３８、７１、７２、７３、７４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目５、６、または９に記載の組成物またはキット。
（項目１８）
前記アデノウイルス標的核酸について、前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号２、３、６、７、８、９、１３、１４、１５、１６、２７、２８、４２、４３、４４、４５、４６、６１、６２、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、１４７、１４８、１４９からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目１、４、７、８、１０、または１１のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目１９）
前記第２の標的核酸がアデノウイルスであり、かつ前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号２、３、６、７、８、９、１３、１４、１５、１６、２７、２８、４２、４３、４４、４５、４６、６１、６２、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、１４７、１４８、１４９からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目５、６、または９に記載の組成物またはキット。
（項目２０）
前記メタニューモウイルス標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５２、５３、１５１、１５２、１５３、１５４、１６０からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、項目２、５、７、８、１２、または１３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目２１）
前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、かつ前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５２、５３、１５１、１５２、１５３、１５４、１６０からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、項目４、６、または９に記載の組成物またはキット。
（項目２２）
前記メタニューモウイルス標的核酸について、前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５６、６８、１５８、１７７、１７８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、項目２、５、７、８、１２、または１３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目２３）
前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、かつ前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５６、６８、１５８、１７７、１７８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、項目４、６、または９に記載の組成物またはキット。
（項目２４）
前記ライノウイルス標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５０、５１、５９、６０、６５、７５、７７～８６、１０２～１０８、１２１～１３０からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、項目３、６、７、８、１４、または１５のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目２５）
前記第２の標的核酸がライノウイルスであり、かつ前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５０、５１、５９、６０、６５、７５、７７～８６、１０２～１０８、１２１～１３０からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、項目４、５、または９に記載の組成物またはキット。
（項目２６）
前記ライノウイルス標的核酸について、前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５７、９５～１００、１１５～１１９、１３７からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、項目３、６、７、８、１４、または１５のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目２７）
前記第２の標的核酸がライノウイルスであり、かつ前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５７、９５～１００、１１５～１１９、１３７からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる、項目４、５、または９に記載の組成物またはキット。
（項目２８）
前記組成物またはキットが、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目１～２７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目２９）
前記組成物またはキットが、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、６３、６４、１３９、１４０からなる群から選択される配列を含むアデノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目１、４、７、８～１１、および１６～１９のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３０）
前記第２の標的核酸がアデノウイルスであり、かつ前記組成物またはキットが、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、６３、６４、１３９、１４０からなる群から選択される配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目５または６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３１）
前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含むアデノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１３８内の連続した核酸塩基から選択される、項目１、４、７、８～１１、および１６
～１９のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３２）
前記第２の標的核酸がアデノウイルスであり、前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１３８内の連続した核酸塩基から選択される、項目１５または６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３３）
前記組成物またはキットが、配列番号６７、６９、７０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、および１７６からなる群から選択される配列を含むメタニューモウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目２、５、７、８、９、１２、１３、２０、２１、２２、および２３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３４）
前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、前記組成物またはキットが、配列番号６７、６９、７０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、および１７６からなる群から選択される配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目４または６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３５）
前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含むメタニューモウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１６１内または配列番号１５５内の連続した核酸塩基から選択される、項目２、５、７、８、９、１２、１３、２０、２１、２２、および２３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３６）
前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１６１内または配列番号１５５内の連続した核酸塩基から選択される、項目４または６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３７）
前記組成物またはキットが、配列番号４８、４９、５４、８７～９４、１０９～１１４、および１３１～１３６からなる群から選択される配列を含むライノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目３、６、７、８、９、１４、１５、および２４～２７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３８）
前記第２の標的核酸がライノウイルスであり、前記組成物またはキットが、配列番号４８、４９、５４、８７～９４、１０９～１１４、および１３１～１３６からなる群から選択される配列を含む検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目４または５のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目３９）
前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含む、項目２８～３８のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目４０）
前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、項目２８～３９のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目４１）
前記検出可能な標識がフルオロフォアである、項目４０に記載の組成物またはキット
。
（項目４２）
前記検出プローブオリゴマーが二重標識検出プローブオリゴマーである、項目４０または項目４１に記載の組成物またはキット。
（項目４３）
前記検出プローブオリゴマーが、蛍光検出可能な標識と、前記蛍光標識からの蛍光発光を消光することができる消光剤部分とを含む、項目４２に記載の組成物またはキット。
（項目４４）
前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、アデノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、項目１、４、７～１１、１６～１９、２８～３２、および３９～４３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目４５）
前記第２の標的核酸がアデノウイルスであり、前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、アデノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、項目５または項目６に記載の組成物またはキット。
（項目４６）
前記１つ以上の追加の増幅オリゴマーの各々が、配列番号１～９、１１～１６、２５～２８、３１～３５、３８、４２～４６、６１、６２、および７１～７４からなる群から別々に選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目４４または４５に記載の組成物またはキット。
（項目４７）
前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、メタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成された、項目２、５、７、８、９、１２、１３、２０～２３、２８、３３～３６、および３９～４３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目４８）
前記第２の標的核酸がメタニューモウイルスであり、前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、メタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成された、項目４または項目６に記載の組成物またはキット。
（項目４９）
前記１つ以上の追加の増幅オリゴマーの各々が、配列番号５２、５３、５６、６８、１５１、１５２、１５３、１５４、１５８、１６０、１７７、１７８からなる群から別々に選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目４７または４８に記載の組成物またはキット。
（項目５０）
前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、ライノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、項目３、６、７、８、９、１４、１５、２４～２８、および３７～４３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目５１）
前記第２の標的核酸がライノウイルスであり、前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、ライノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、項目４または項目５に記載の組成物またはキット。
（項目５２）
前記１つ以上の追加の増幅オリゴマーの各々が、配列番号５０、５１、５７、５９、６０、６５、７５、７７～８６、９５～１００、１０２～１０８、１１５～１１９、１２１
～１３０、１３７からなる群から別々に選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目４７または４８に記載の組成物またはキット。
（項目５３）
前記組成物またはキットが、少なくとも第１および第２の増幅オリゴマー、ならびにアデノウイルス標的核酸を増幅するように構成された１つ以上の追加の増幅オリゴマーを含み、前記増幅オリゴマーの各々が、配列番号６１、６２、７１、７２、７３、および７４からなる群から選択される配列を独立して含む、項目１、４、７～１１、１６～１９、２８～３２、および３９～４７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目５４）
前記組成物またはキットが、少なくとも第１および第２の増幅オリゴマー、ならびにメタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成された１つ以上の追加の増幅オリゴマーを含み、前記増幅オリゴマーの各々が、配列番号５２、５３、５６、および５８からなる群から選択される配列を各々独立して含む、項目２、５、７、８、９、１２、１３、２０～２３、２８、３３～３６、３９～４３、４６～４９、および５３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目５５）
前記組成物またはキットが、少なくとも第１および第２の増幅オリゴマー、ならびにライノウイルス標的核酸を増幅するように構成された１つ以上の追加の増幅オリゴマーを含み、前記増幅オリゴマーの各々が、配列番号５０、５１、５７、５９、６０、および６５からなる群から選択される配列を各々独立して含む、項目３、６、７、８、９、１４、１５、２４～２８、３７～４３、および５０～５４のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目５６）
前記組成物またはキットが、２つのアデノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記検出プローブオリゴマーの各々が、配列番号６３および６４からなる群から選択される配列を独立して含む、項目１、４、７～１１、１６～１９、２８～３２、３９～４７、および５３～５５のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目５７）
前記組成物またはキットが、３つのメタニューモウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記検出プローブオリゴマーの各々が、配列番号６７、６９、および７０からなる群から選択される配列を独立して含む、項目２、５、７、８、９、１２、１３、２０～２３、２８、３３～３６、３９～４３、４６～４９、および５３～５６のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目５８）
前記組成物またはキットが、３つのライノウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記検出プローブオリゴマーの各々が、配列番号４８、４９、および５４からなる群から選択される配列を独立して含む、項目３、６、７、８、９、１４、１５、２４～２８、３７～４３、および５０～５７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目５９）
前記組成物またはキットが、標的ハイブリダイズ配列と固定化プローブ結合領域とを含む核酸標的捕捉プローブをさらに含む、先行する項目のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目６０）
前記標的ハイブリダイズ配列がポリＫヌクレオチド配列である、項目５９に記載の組成物またはキット。
（項目６１）
前記ポリＫヌクレオチド配列がランダムなポリＧＵ配列である、項目６０に記載の組成物またはキット。
（項目６２）
固定化プローブ結合領域が、好ましくはＴ０－４Ａ１０－３６からなる群から選択され
るヌクレオチド配列を含む、ホモポリマーヌクレオチド配列である、項目５９、６０、または６１に記載の組成物またはキット。
（項目６３）
前記組成物が、酵素、緩衝液、ｄＮＴＰ、またはそれらの組み合わせをさらに含む、項目１～６２のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
（項目６４）
試料中のアデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、ライノウイルス標的核酸、またはそれらの組み合わせの非存在の存在（presence of absence）を決定する
ための方法であって、
（Ａ）試料を項目１～５８のいずれか一項に記載の増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップと、
（Ｂ）試料中のアデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、またはライノウイルス標的核酸のうちのいずれかが、その標的核酸を増幅して増幅産物を生成するように構成された増幅オリゴマーの組み合わせによって使用される、インビトロ核酸増幅反応を実行するステップと、
（Ｃ）前記増幅産物を検出するステップと、を含み、
それにより、前記試料中の前記標的核酸の有無を決定する、方法。
（項目６５）
前記試料がヒトに由来する試料である、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記試料が粘膜試料である、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記試料が、鼻咽頭スワブを使用して得られる、項目６５または項目６６に記載の方法。
（項目６８）
ステップ（Ａ）の前に、試料調製ステップを実行して、前記試料中のあらゆる標的核酸を他の試料成分から分離させる、項目６４～６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６９）
前記試料調製ステップが標的捕捉ステップを含む、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
前記標的捕捉ステップが、前記試料を、標的ハイブリダイズ配列および固定化プローブ結合領域を含む核酸標的捕捉プローブと接触させることを含む、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記標的ハイブリダイズ配列がポリＫヌクレオチド配列である、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記ポリＫヌクレオチド配列がランダムなポリＧＵ配列である、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
固定化プローブ結合領域が、好ましくはＴ０－４Ａ１０－３６からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、ホモポリマーヌクレオチド配列である、項目７０、７１、または７２に記載の方法。
（項目７４）
前記検出ステップ（Ｃ）が、１つ以上の検出プローブオリゴマーを使用して実行される、項目６４～７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記１つ以上の検出プローブオリゴマーの各々が、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、６３、６４、１３９、１４０、６７、６９、７０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６
３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、４８、４９、５４、８７～９４、１０９～１１４、および１３１～１３６からなる群から個々に選択される、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含む、項目７４または７５に記載の方法。
（項目７７）
前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、項目７４、７５、または７６に記載の方法。
（項目７８）
前記検出可能な標識がフルオロフォアである、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記検出プローブオリゴマーが二重標識検出プローブオリゴマーである、項目７７または項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記検出プローブオリゴマーが、蛍光検出可能な標識と、前記蛍光標識からの蛍光発光を消光することができる消光剤部分とを含む、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記インビトロ核酸増幅反応が熱循環を含む、項目６４～８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼ酵素によるＰＣＲを含む、項目６４～８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目８３）
前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行される、項目７５～８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目８４）
前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行され、増幅産物が、所定の閾値を超える蛍光値を決定することによって検出される、項目７７～８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目８５）
項目６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、または８４に記載の方法の１つ以上のステップを実行するためのシステム。
（項目８６）
前記システムが自動システムである、項目８５に記載のシステム。
（項目８７）
前記システムが、前記方法の前記ステップの全てを実行する、項目８５または８６に記載のシステム。
（項目８８）
試料中のアデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、ライノウイルス標的核酸、またはそれらの組み合わせの前記インビトロ検出のための方法であって、前記方法が、アデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、および／またはライノウイルス標的核酸を、項目２９～４３のいずれかに記載の検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記検出プローブオリゴマーと、前記検出プローブオリゴマーがハイブリダイズするように構成された前記標的核酸とのハイブリダイゼーションが、その標的核酸の存在を示す、方法。
（項目８９）
前記方法が、前記アデノウイルス標的核酸、前記メタニューモウイルス標的核酸、およ
び／または前記ライノウイルス標的核酸からの増幅産物を、前記検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記検出プローブオリゴマーと、前記検出プローブオリゴマーがハイブリダイズするように構成された前記増幅産物とのハイブリダイゼーションが、前記増幅産物の生成元であるその標的核酸の存在を示す、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
前記インビトロ検出反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行される、項目８８または８９に記載の方法。
（項目９１）
前記インビトロ検出反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行され、前記標的核酸またはそれから生成された前記増幅産物が、所定の閾値を超える蛍光値を決定することによって検出される、項目８８～９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目９２）
項目８８～９１のいずれか一項に記載のインビトロ検出反応を実行するためのシステム。
（項目９３）
前記システムが自動システムである、項目９２に記載のシステム。
（項目９４）
前記システムが、前記方法の前記ステップの全てを実行する、項目９２または９３に記載のシステム。
（項目９５）
項目１～２７のいずれか一項に記載の増幅オリゴマーのうちの１つ以上を含む、乾燥組成物。
（項目９６）
項目４４～５５のいずれか一項に記載の増幅オリゴマーうちの１つ以上を含む、乾燥組成物。
（項目９７）
項目２９～４３または５６～５８のいずれかに記載の検出プローブオリゴマーのうちの１つ以上を含む、乾燥組成物。
（項目９８）
項目１～５８のいずれか一項に記載の増幅オリゴマーおよび／または検出プローブオリゴマーの組み合わせを含む、乾燥組成物。
（項目９９）
前記乾燥組成物が、酵素、ｄＮＴＰ、またはその両方をさらに含む、項目９５～９８のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
（項目１００）
前記酵素が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する、項目９９に記載の乾燥組成物。
（項目１０１）
前記酵素がポリメラーゼ酵素である、項目９９または項目１００に記載の乾燥組成物。
（項目１０２）
前記乾燥組成物が、１０ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、項目９５～１０１のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
（項目１０３）
前記乾燥組成物が、７ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、項目９５～１０２のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
（項目１０４）
前記乾燥組成物が、５ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、項目９５～１０３のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
（項目１０５）
前記乾燥組成物が、約０．５ｍＭ～約１０ｍＭの無機塩濃度を有する、項目９５～１０１のいずれか一項に記載の乾燥組成物。
詳細な説明
アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス核酸の増幅検出のためのプライマーとして役立ち得る核酸オリゴマー配列が開示される。これらの標的核酸は、ＰＣＲ（例えば、Ｔａｑｍａｎ（商標）ＰＣＲ）などのインビトロ核酸増幅法またはＴＭＡもしくはＮＡＳＢＡなどの転写媒介増幅法を使用して、試料中で検出され得る。増幅された核酸配列の検出のためのプローブも記載される。検出プローブは、増幅プロセスの完了後または増幅プロセス中に、増幅された配列の少なくとも一部に特異的にハイブリダイズする。本明細書に開示される方法は、動物およびヒトからのまたはそれらに由来する試料に存在するアデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス核酸を増幅および検出するために使用することができる。
開示される核酸配列および方法は、試料中に存在するウイルス粒子からのまたはそれらに由来するアデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス核酸を比較的短時間で増幅および検出するのに有用であり、その結果、診断を迅速に行うことで、効果的な処置の開始を可能にし、ウイルスの蔓延を制限することができる。本方法は、アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス感染を有する個体のスクリーニングに有用であり、特に、アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス感染による死亡または重篤な合併症のリスクが高い患者、例えば、若齢者、高齢者、または免疫不全の個体のスクリーニングに有用である。本方法は、多くの試料の迅速なスクリーニングにも有用である。本方法は、研究所の職員が感染性病原体にさらされるリスクを最小限に抑え、それによりウイルスの感染および蔓延のリスクを制限するため、有用である。したがって、本明細書に開示される方法および組成物は、アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルスを含有し得る臨床試料の迅速、高感度、および特異的な検査の必要性に応える。
開示されるプローブ配列はプライマーとして使用されてもよく、開示されるプライマーはプローブとして使用されてもよい。開示されるプローブドメインおよびプライマードメインについても同じことが言える。したがって、本明細書に開示されるプローブドメインはプライマードメインとして使用されてもよい。同様に、本明細書に開示されるプライマードメインはプローブドメインとして使用されてもよい。
本明細書に開示される増幅オリゴマーは、いくつかの異なるアンプリコン種が標的特異性プライマーの取り合わせ（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上（for or more）、
５つ以上、６つ以上、またはさらには１０以上）から生成され得る多重増幅反応の成分としてさらに企図される。例えば、本明細書に開示される増幅系のうちの２つ以上を組み合わせて、標的検出の能力、例えば、核酸を、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ以上の微生物から増幅および検出する能力が堅牢で幅広い多重アッセイをもたらす
ことができると企図される。例えば、本明細書で開示される増幅系を組み合わせて、以下の標的検出のための多重アッセイをもたらすことができる：アデノウイルス標的核酸および少なくとも１つの追加の標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸および少なくとも１つの追加の標的核酸、ライノウイルス標的核酸および少なくとも１つの追加の標的核酸、アデノウイルス標的核酸およびメタニューモウイルス標的核酸および少なくとも１つの追加の標的核酸、アデノウイルス標的核酸およびライノウイルス標的核酸および少なくとも１つの追加の標的核酸、ライノウイルスの標的核酸およびメタニューモウイルスの標的核酸および少なくとも１つの追加の標的核酸、アデノウイルス標的核酸およびメタニューモウイルス標的核酸およびライノウイルス標的核酸および少なくとも１つの追加の標的核酸。本明細書に記載の多重アッセイは、種の異なるサブタイプまたはサブグループ、微生物の異なる種、またはそれらの組み合わせを各々増幅および検出する２つ以上の増幅系を提供することを含む。
本開示の態様の理解を助けるために、本明細書で使用されるいくつかの用語をより詳細に説明する。本明細書で使用される他の全ての科学用語および技術用語は、Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２ｎｄ ｅｄ．（Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ）、Ｔｈｅ Ｈａｒｐｅｒ Ｃｏｌｌｉｎｓ
Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｈａｌｅ＆Ｍａｒｈａｍ，１９９１，Ｈａｒｐｅｒ Ｐｅｒｅｎｎｉａｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ）、および本明細書で引用される参考文献で提供され得るものなど、関連分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。別途述べられない限り、本明細書で使用または企図される技法は、分子生物学の当業者に周知の標準的な方法である。
定義
「ａ」または「ａｎ」、「ｔｈｅ」の付く実体は、その実体の１つ以上を指すことに留意されたい。例えば、「核酸（ａ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）」は、１つ以上の核酸を表すと理解される。したがって、「ａ」（または「ａｎ」）、「１つ以上の」、および「少なくとも１つの」という用語は、本明細書において互換的に使用され得る。
試料。「生体」または「臨床」試料を含む「試料」または「検体」は、核酸または核酸の断片など、アデノ、ｈＭＰＶ、および／もしくはＨＲＶ微生物、またはその成分を含有し得るか、またはそれが疑われ得る。試料は、成分の複雑な混合物であり得る。試料は、例えば、血液、血漿、血清、血液細胞、唾液、粘液、および脳脊髄液を含む、生きているまたは死んだ哺乳動物または微生物に由来する任意の組織または材料を含む「生体試料」を含む。試料はまた、例えば、培養培地における細胞および組織の成長から生じる馴化培地を含む、インビトロ細胞培養成分の試料を含んでもよい。組織または細胞構造を物理的または機械的に破壊し、酵素、緩衝液、塩、界面活性剤などを含有し得る溶液中に細胞内核酸を放出するように試料を処理して、分析用試料を調製してもよい。本明細書に記載の方法の１つのステップでは、少なくともアデノ、ｈＭＰＶ、および／またはＨＲＶ標的核酸を含有する疑いのある試料が提供される。したがって、このステップは、対象から試料を得る物理的なステップを除外する。
核酸。核酸は、窒素ヘテロ環塩基または塩基類似体を有する２つ以上の共有結合したヌクレオシドまたはヌクレオシド類似体を含む多量体化合物を指し、ヌクレオシドは、ホスホジエステル結合または他の結合によって互いに結合して、ポリヌクレオチドを形成する。核酸は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはキメラＤＮＡ－ＲＮＡポリマーもしくはオリゴヌクレオチド、およびそれらの類似体を含む。核酸「骨格」は、糖－ホスホジエステル結合、ペプチド－核酸結合（「ペプチド核酸」またはＰＮＡ中、ＰＣＴ第ＷＯ９５／３２３０５号を参照されたい）、ホスホロチオエート結合、メチルホスホネート結合、またはそれらの
組み合わせのうちの１つ以上を含む様々な結合から構成され得る。核酸の糖部分は、リボースもしくはデオキシリボースのいずれか、または既知の置換、例えば、２’メトキシ置換および２’ハライド置換（例えば２’－Ｆ）を有する同様の化合物であり得る。窒素塩基は、従来の塩基（Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ、Ｕ）、その類似体（例えば、イノシン、５メチル２’デオキシシトシン（５－Ｍｅ－ｄＣ）、イソグアニン；Ｔｈｅ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ５－３６，Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，１１ｔｈ ｅｄ．，１９９２、Ａｂｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，２００７，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４３：６１７－２４）であってもよく、これは、プリンまたはピリミジン塩基の誘導体（例えば、Ｎ４－メチルデオキシグアノシン、デアザ－またはアザ－プリン、デアザ－またはアザ－ピリミジン、５または６位に置換基を有するピリミジン塩基、２、６、および／または８位に改変または置き換え置換基を有するプリン塩基、例えば、２－アミノ－６－メチルアミノプリン、Ｏ６－メチルグアニン、４－チオ－ピリミジン、４－アミノ－ピリミジン、４－ジメチルヒドラジン－ピリミジン、およびＯ４－アルキル－ピリミジン、ならびにピラゾロ－化合物、例えば、非置換または３－置換ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン；米国特許第５，３７８，８２５号、同第６，９４９，３６７号、およびＰＣＴ第ＷＯ９３／１３１２１号）を含む。核酸は、骨格が１つ以上の残基に対して窒素塩基を含まない「無塩基」残基を含み得る（米国特許第５，５８５，４８１号）。核酸は、ＲＮＡおよびＤＮＡに見られるような従来の糖、塩基、および結合のみを含んでもよく、または従来の成分および置換（例えば、２’メトキシ骨格によって結合される従来の塩基、もしくは従来の塩基および１つ以上の塩基類似体の混合物を含む核酸）を含んでもよい。核酸は、「ロックド核酸」（ＬＮＡ）を含んでもよく、その中で、１つ以上のヌクレオチドモノマーは、糖立体配座を模倣するＲＮＡにロックされた二環式フラノース単位を有し、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）、または二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）中の相補的配列に対するハイブリダイゼーション親和性を増強する（Ｖｅｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ４３（４２）：１３２３３－４１）。核酸は、核酸の機能または挙動を変化させるための修飾塩基、例えばさらなるヌクレオチドが核酸に付加されるのを阻止するための３’末端ジデオキシヌクレオチドの付加を含み得る。インビトロで核酸を作製するための合成方法は、当該技術分野において周知であるが、核酸は、日常的な技術を使用して天然源から精製されてもよい。
ポリヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド。これらの用語は核酸鎖を示す。本出願全体を通して、核酸は、５’末端から３’末端に指定される。標準的な核酸、例えば、ＤＮＡおよびＲＮＡ、は、典型的には、「３’から５’に」、即ち、成長している核酸の５’末端へのヌクレオチド付加によって合成される。オリゴヌクレオチドは、「オリゴマー」および「オリゴ」と互換的に使用され、一般に１，０００未満のヌクレオチド（ｎｔ）残基を有する核酸を指し、これは、約５ｎｔ残基～約９００ｎｔ残基、約１０ｎｔ残基～約８００ｎｔ残基の範囲にあり、下限が約１２～１５ｎｔ、上限が約４０～６００ｎｔである、ポリマーを含み、他の実施形態は、下限が約１５～２０ｎｔ、上限が約２２～１００ｎｔである範囲にある。これらの範囲は例示にすぎず、オリゴヌクレオチドはその範囲に含まれる各整数を含み得ることが理解される。オリゴヌクレオチドは、自然発生源から精製されてもよいが、様々な周知の酵素的または化学的方法のいずれかを使用して合成されてもよい。オリゴヌクレオチドという用語は、試薬に対するいかなる特定の機能も示さず、むしろ、本明細書に記載される全てのそのような試薬を網羅するために一般的に使用される。オリゴヌクレオチドは、様々な異なる機能を果たし得る。例えば、オリゴヌクレオチドが相補鎖に対して特異的であり、それとハイブリダイズすることが可能であり、核酸ポリメラーゼの存在下でさらに伸長され得る場合、それはプライマーとして機能してもよく、オリゴヌクレオチドがＲＮＡポリメラーゼによって認識される配列を含有し、転写を可能にする場合、それはプロモーターを提供してもよく（例えば、Ｔ７プロバイダー）、オリゴヌクレオチドが適切に位置しおよび／または修飾される場合、それはハイブリダイ
ゼーションを防止するかまたはプライマー伸長を妨げるように機能してもよい。
ヌクレオチド。ヌクレオチドは、リン酸基、５炭素糖、および窒素塩基からなる核酸のサブユニットである。ＲＮＡに見られる５炭素糖は、リボースである。ＤＮＡでは、５炭素糖は、２’－デオキシリボースである。この用語はまた、リボースの２’位にあるメトキシ基（２’－Ｏ－Ｍｅまたは２’メトキシ）などのそのようなサブユニットの類似体も含む。本明細書で使用される場合、「Ｔ」残基を含有するメトキシオリゴヌクレオチドは、リボース部分の２’位にメトキシ基、およびヌクレオチドの塩基位置にウラシルを有する。オリゴヌクレオチド（例えば、プライマーまたはプローブ）中に存在する「Ｃ残基」は、文脈が別途示さない限り、メチル化シトシン（例えば、５－Ｍｅ－ｄＣ）および非メチル化シトシンを含む。
非ヌクレオチド単位。非ヌクレオチド単位は、ポリマーのハイブリダイゼーションに顕著に関与しない単位である。そのような単位は、例えば、ヌクレオチドとのいかなる顕著な水素結合にも関与してはならず、構成要素として５つのヌクレオチド塩基またはその類似体のうちの１つを有する単位を除外し得る。
標的核酸。標的核酸は、増幅される「標的配列」を含む核酸である。標的核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡであってもよく、一本鎖または二本鎖のいずれかであってもよい。標的核酸は、増幅され得る標的配列以外の他の配列を含んでもよい。典型的な標的核酸は、Ａｄｖ、ｈＭＰＶ、およびＨＲＶゲノムであるか、またはそれらに由来する。
標的配列。標的配列という用語は、増幅されるべき標的核酸の特定のヌクレオチド配列を指す。標的核酸が元々一本鎖である場合、「標的配列」という用語は、標的核酸中に存在する標的配列に相補的な配列も指す。標的核酸が元々二本鎖である場合、「標的配列」という用語は、センス鎖（＋）およびアンチセンス（－）鎖の両方を指す。アデノ、ｈＭＰＶ、またはＨＲＶ核酸の領域に関して本明細書で使用される「配列を標的にする」または「標的核酸を標的にする」という用語は、オリゴヌクレオチドが本明細書に記載の増幅および／または検出を可能にする様式で標的配列に安定してハイブリダイズするプロセスを指す。一実施形態では、オリゴヌクレオチドは標的配列に相補的であり、ミスマッチを含まない。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは相補的であるが、標的配列との１つ、または２つ、または３つ、または４つ、または５つ、またはそれより多くのミスマッチを含む。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは標的配列に相補的であるが、縮重ヌクレオチド残基、非ワトソンクリック残基、またはヌクレオシド類似体のうちの１つまたは組み合わせを含む。好ましくは、標的配列に安定してハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、または５０個の標的配列に相補的な連続したヌクレオチドを含む。少なくとも１０個および最大で５０個は包括的範囲であるため、１０、５０、およびそれらの間の各整数が含まれることが理解される。本明細書で使用される場合、「配列を標的にするように構成された」という用語は、増幅オリゴヌクレオチドの標的ハイブリダイズ領域が、参照アデノ、ｈＭＰＶ、またはＨＲＶ領域の配列を標的にし得るポリヌクレオチド配列を有するように設計されることを意味する。そのような増幅オリゴヌクレオチドは、その配列のみを標的とすることに限定されず、むしろ本明細書に記載のように、組成物として、キット内で、またはアデノ、ｈＭＰＶ、もしくはＨＲＶ標的核酸を標的にするための方法において有用である。「するように構成された」という用語は、増幅オリゴヌクレオチド標的ハイブリダイズ配列のポリヌクレオチド配列構成の実際の配置を示す。
単離、分離、精製は、その自然環境から核酸を取り出すことを指すが、これらの用語は、必ずしもいずれかの精製の程度を含意するものではない。これらの用語は、試料の１つ
以上の成分が他の試料成分から除去または分離されることを意味する。試料成分は、通常、細胞断片、タンパク質、炭水化物、脂質、および他の核酸も含み得る、一般に水性の溶液相中の標的核酸を含む。分離することまたは精製することは、他の試料成分から標的核酸の少なくとも７０％、または少なくとも８０％、または少なくとも９５％を除去する。純度％の範囲は、その範囲の全ての整数および有理数を含む。
領域。この用語は、核酸の一部分を指し、前述の一部分は、全核酸よりも小さい。例えば、参照される核酸がオリゴヌクレオチドプロモータープロバイダーである場合、「領域」という用語は、全オリゴヌクレオチドのより小さいプロモーター部分を指すために使用されてもよい。同様に、かつまた単なる例として、核酸が標的核酸である場合、「領域」という用語は、核酸のより小さい領域を指すために使用されてもよい。
「ＲＮＡおよびＤＮＡ等価物」とは、本質的に同じ相補的塩基対ハイブリダイゼーション特性を有するＲＮＡおよびＤＮＡ分子を意味する。ＲＮＡおよびＤＮＡ等価物は異なる糖部分（即ちリボース対デオキシリボース）を有し、ＲＮＡ中のウラシルおよびＤＮＡ中のチミンの存在によって異なり得る。等価物は特定の配列に対して同程度の相補性を有するので、ＲＮＡ等価物とＤＮＡ等価物との間の相違は相同性の相違には寄与しない。別途示されない限り、アデノ、ｈＭＰＶ、またはＨＲＶ核酸への言及には、対応するＡｄｖ、ｈＭＰＶ、またはＨＲＶ ＲＮＡ、およびそのＤＮＡ等価物が含まれる。
本明細書で使用される場合、特定の配列の群から選択される配列を「含む」またはそれ「からなる」またはそれ「から本質的になる」核酸配列を有するオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドが、基本的な特徴および新規な特徴として、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、群の列挙された核酸配列のうちの１つの正確な相補体を有する核酸に安定にハイブリダイズできることを意味する。正確な補体には、対応するＤＮＡまたはＲＮＡ配列が含まれる。
対応する。本明細書で使用される場合、核酸は、特定の核酸に、核酸がその特定の核酸と１００％同一または相補的である場合に、「対応する」。
実質的に対応する。本明細書で使用される場合、指定の核酸配列に「実質的に対応する」核酸は、言及されるオリゴヌクレオチドが参照核酸配列と十分に類似し、これにより、オリゴヌクレオチドが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で同じ標的核酸配列とハイブリダイズするという点で、参照核酸配列と同様のハイブリダイゼーション特性を有することを意味する。実質的に対応する核酸は、指定の核酸とは少なくともヌクレオチド１つ異なる。この変動は、核酸と指定の核酸との間の同一性または相補性のパーセンテージの観点から述べられ得る。したがって、核酸は、塩基同一性または相補性のこれらのパーセンテージが１００％未満から約８０％である場合（その中の全ての整数および有理数を含む）、参照核酸配列に実質的に対応する。
ブロッキング部分。本明細書で使用される場合、「ブロッキング部分」は、核酸ポリメラーゼによって効率的に伸長することができないように、オリゴヌクレオチドまたは他の核酸の３’末端を「ブロックする」ために使用される物質である。核酸ポリメラーゼによるプライマーに基づく伸長を目的としないオリゴマーは、増幅反応におけるオリゴマーの酵素媒介伸長を防止するために３’ＯＨを置き換えるブロッカー基を含んでもよい。例えば、増幅中に存在するブロックされた増幅オリゴマーおよび／または検出プローブは、機能的３’ＯＨを有しなくてもよく、代わりに３’末端またはその付近に位置する１個以上のブロッキング基を含んでもよい。いくつかの実施形態では、３’末端付近のブロッキング基は、３’末端の５個の残基内にあってもよく、ポリメラーゼのオリゴマーへの結合を制限するのに十分に大きい。他の実施形態では、ブロッキング基は、３’末端に共有結合
している。多くの異なる化学基、例えば、アルキル基、非ヌクレオチドリンカー、アルカン－ジオールジデオキシヌクレオチド残基、およびコルジセピンが、３’末端をブロックするために使用され得る。
増幅オリゴマー。「増幅オリゴヌクレオチド」または「プライマー」とも呼ばれ得る「増幅オリゴマー」は、少なくともその３’末端が標的核酸（「標的ハイブリダイズ配列」）に相補的であり、標的核酸またはその相補体にハイブリダイズし、核酸増幅反応に関与するオリゴマーである。増幅オリゴマーの例は、標的核酸にハイブリダイズし、増幅プロセスにおいてポリメラーゼによって伸長される３’ＯＨ末端を含有する「プライマー」である。増幅オリゴマーの別の例は、「プロモーターに基づく増幅オリゴマー」であり、これは、標的ハイブリダイズ配列、および適切なポリメラーゼによる転写を開始するためのプロモーター配列を含む。増幅オリゴヌクレオチドのサイズ範囲には、約１０～約７０ｎｔ長（その中の全ての整数および有理数を含む）の標的ハイブリダイズ領域を含むものが含まれる。一実施形態では、増幅オリゴマーは、縮重ヌクレオチド残基、非ワトソンクリック残基、またはヌクレオシド類似体のうちの１つまたは組み合わせを任意選択で含んでもよい。このため、少なくとも１つの縮重核酸塩基を含むと指定された増幅オリゴマーは、縮重ヌクレオチドによって表される核酸残基のうちの１つを各々独立して有する増幅オリゴマー種の集まりである。
増幅。増幅は、標的核酸配列、またはその補体、またはその断片の複数のコピーを得るための任意の既知の手順を指す。複数のコピーは、アンプリコンまたは増幅産物と称され得る。「断片」の増幅は、例えば、標的核酸の内部位置にハイブリダイズし、そこから重合を開始する増幅オリゴヌクレオチドを使用することによって産生される、完全ではない標的核酸またはその相補体を含有する増幅核酸の産生を指す。既知の増幅方法には、熱循環増幅法および等温増幅法の両方が含まれる。いくつかの実施形態には、等温増幅法が好ましい。レプリカーゼ媒介増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および転写媒介または転写関連増幅が、核酸増幅法の非限定的な例である（例えば、米国特許第４，７８６，６００号；米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、および同第４，８００，１５９号；米国特許第５，４２７，９３０号および米国特許第５，５１６，６６３号；および米国特許第５，４２２，２５２号；米国特許第５，５４７，８６１号；および米国特許第５，６４８，２１１号を参照されたい）。
「アッセイ条件」とは、標的核酸へのオリゴヌクレオチドの安定したハイブリダイゼーションを可能にする条件を意味する。アッセイ条件は、標的核酸へのオリゴヌクレオチドの優先的ハイブリダイゼーションを必要としない。
リアルタイムでアンプリコンを検出するサイクリック増幅法において、「閾値サイクル（Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ ｃｙｃｌｅ）」（Ｃｔ）という用語は、標的の増幅に関連するシグナルの出現時間の尺度であり、一般に、正規化レポーターシグナルの標準偏差の１０倍である。増幅が「閾値サイクル」に達すると、一般に、プローブが結合する配列の陽性の増幅産物があると考えられる。次いで、増幅産物の同一性を、ゲル電気泳動、核酸配列決定、および他のそのような周知の方法などの当業者に既知の方法によって決定することができる。
リアルタイム増幅。本明細書で使用される場合、「リアルタイム増幅」という用語は、リアルタイム検出手段によって監視される標的核酸の増幅を指す。
アンプリコン。「増幅産物」と互換的に使用されるこの用語は、標的配列内に含まれる配列に相補的または相同である、増幅手順の間に生成される核酸分子を指す。これらの用
語は、一本鎖増幅産物、二本鎖増幅産物、または二本鎖増幅産物の鎖のうちの一方を指すために使用され得る。
プローブ。「検出プローブ」または「検出オリゴヌクレオチド」としても知られるプローブは、ハイブリダイゼーションを促進して標的配列または増幅された核酸の検出を可能にする条件下で、核酸中または増幅された核酸中の標的配列に特異的にハイブリダイズする核酸オリゴマーを指す用語である。検出は、直接的（例えば、その標的配列に直接ハイブリダイズされたプローブ）または間接的（例えば、中間分子構造を介してその標的に結合されたプローブ）のいずれかであってもよい。プローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、それらの類似体、またはそれらの組み合わせであってもよく、かつ標識されていても、または標識されていなくてもよい。プローブの「標的配列」は、一般に、標準的な塩基対合によってプローブオリゴマーの少なくとも一部に特異的にハイブリダイズする、より大きい核酸配列内のより小さい核酸配列を指す。プローブは、標的特異的配列、およびプローブの三次元構造に寄与する他の配列を含み得る（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、同第５，３１２，７２８号、同第６，８４９，４１２号、同第６，８３５，５４２号、同第６，５３４，２７４号、および同第６，３６１，９４５号、ならびに米国特許出願公開第２００６／００６８４１７号）。好ましい実施形態では、検出プローブは、より高い信号の取得につながり得る２’メトキシ骨格を含む。別の好ましい実施形態では、プローブは、プローブの５’末端に共有結合したフルオロフォアと３’末端の消光剤とを含む。そのようなプローブは、Ｔａｑｍａｎ（商標）プローブとして知られている。別の実施形態では、プローブは、縮重ヌクレオチド残基、非ワトソンクリック残基、またはヌクレオシド類似体のうちの１つまたは組み合わせを任意選択で含んでもよい。このため、少なくとも１つの縮重核酸塩基を含むと指定されたプローブは、縮重ヌクレオチドによって表される核酸残基のうちの１つを各々独立して有するプローブ種の集まりである。
安定した。「安定した」または「検出に対して安定した」とは、反応混合物の温度が核酸二本鎖の融解温度より少なくとも２℃低いことを意味する。
標識。本明細書で使用される場合、「標識」は、検出される、または検出可能なシグナルをもたらすプローブに直接的または間接的に結合された部分または化合物を指す。直接的標識化は、共有結合または非共有相互作用、例えば、水素結合、疎水性およびイオン性相互作用、またはキレートもしくは配位錯体の形成を含む、標識をプローブに連結する結合または相互作用を通して起こり得る。間接標識化は、直接的または間接的に標識され、かつ検出可能なシグナルを増幅し得る架橋部分または「リンカー」、例えば、結合対メンバー、抗体または追加のオリゴマーを使用して生じ得る。標識としては、放射性核種、リガンド（例えば、ビオチン、アビジン）、酵素もしくは酵素基質、反応基、または発色団（例えば、検出可能な色を付与する色素、粒子、もしくはビーズ）、発光化合物（例えば、生物発光、リン光、または化学発光標識（例えば、米国特許第５，６５６，２０７号、同第５，６５８，７３７号、および同第５，６３９，６０４号））、またはフルオロフォアが挙げられる。標識は、混合物中の結合標識プローブが非結合標識プローブとは異なる検出可能な変化、例えば、不安定性または特異的な分解特性を示す均質アッセイにおいて検出可能であり得る（例えば、米国特許第５，２８３，１７４号、同第５，６５６，２０７号、および同第５，６５８，７３７）。フルオロフォアの実施形態には、約４９５～６５０ｎｍの範囲の光を吸収し、かつ約５２０～６７０ｎｍの範囲の光を発するものが含まれ、これらにはＦＡＭ（商標）、ＴＥＴ（商標）、ＣＡＬ ＦＬＵＯＲ（商標）（ＯｒａｎｇｅまたはＲｅｄ）、およびＱＵＡＳＡＲ（商標）化合物として既知であるものが含まれる。フルオロフォアは、フルオロフォアに近接したときに光を吸収してバックグラウンド蛍光を低減する消光剤分子と組み合わせて使用されてもよい。そのような消光剤は当該技術分野で周知であり、例えば、ＢＬＡＣＫ ＨＯＬＥ ＱＵＥＮＣＨＥＲ（商標）（またはＢＨＱ（商標）、ＢＨＱ－１（商標）、もしくはＢＨＱ－２（商標））またはＴＡＭ
ＲＡ（商標）化合物を含む。合成、ならびに標識を核酸に結合する方法、および標識を検出する方法は周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９），Ｃｈａｐｔｅｒ１０、ならびに米国特許第５，６５８，７３７号、同第５，６５６，２０７号、同第５，５４７，８４２号、同第５，２８３，１７４号、および同第４，５８１，３３３号）。２つ以上の標識および２つ以上のタイプの標識が特定のプローブ上に存在してもよく、または検出は、異なる検出可能なシグナルを産生する化合物によって各プローブが標識されるプローブの混合物を使用してもよい（例えば、米国第６，１８０，３４０号および同第６，３５０，５７９号）。
捕捉オリゴヌクレオチド。本明細書で使用される場合、「捕捉オリゴヌクレオチド」、「標的捕捉オリゴヌクレオチド」、または「捕捉プローブ」は、固定化プローブ上の結合パートナーによって標的核酸中の標的配列にハイブリダイズし、その結合パートナーに結合して、標的核酸を支持体に捕捉する核酸オリゴマーを指す。捕捉オリゴマーの一例には、標的ハイブリダイズ配列および固定化プローブ結合領域という２つの結合領域を含むオリゴヌクレオチドが含まれる。この例の変形として、２つの領域は、１つ以上のリンカーによって互いに結合した２つの異なるオリゴマー上に存在してもよい。捕捉オリゴマーの別の実施形態として、標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に非特異的に結合し、それを支持体上の固定化プローブに結合するためのランダムもしくは非ランダムのポリＫ、ポリＧＵ、ポリＧＴ、またはポリＵ配列を含む配列である。（例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００８／０１６９８８号および米国特許第９，０５１，６０１号を参照されたい）。固定化プローブ結合領域は、テールと呼ばれる核酸配列であり得る。テールは、相補的固定化配列に結合する、約１０～４０ヌクレオチド（例えば、Ａ１０～Ａ４０）または約１４～３３ｎｔ（例えば、Ｔ３Ａ１４～Ｔ３Ａ３０）の実質的にホモポリマーのテールを含む。このため、好ましい核酸テールの非限定的な例には、いくつかの実施形態では、Ｔ０－４Ａ１０－３６配列が含まれ得る。
固定化オリゴヌクレオチド。本明細書で使用される場合、「固定化オリゴヌクレオチド」、「固定化プローブ」、または「固定化核酸」とは、捕捉オリゴマーを支持体に直接または間接的に結合させて、捕捉プローブに結合した標的核酸を試料中の結合していない材料から分離することを容易にする核酸結合パートナーを指す。固定化プローブの一実施形態は、ニトロセルロース、ナイロン、ガラス、ポリアクリレート、混合ポリマー、ポリスチレン、シラン、ポリプロピレン、金属、または他の組成物などの支持体（その一実施形態が磁気誘引性粒子である）に結合したオリゴマーである。
相補性。「相補的」とは、２つの一本鎖核酸の同様の領域の、または同一の一本鎖核酸の２つの異なる領域のヌクレオチド配列が、一本鎖領域がストリンジェントなハイブリダイゼーションまたは増幅条件下で、安定した二本鎖水素結合領域内で一緒にハイブリダイズすることを可能にする、ヌクレオチド塩基組成物を有することを意味する。互いにハイブリダイズする配列は、標準的な核酸塩基対合（例えば、Ｇ：Ｃ、Ａ：Ｔ、またはＡ：Ｕ対合）によって、意図された標的配列に完全に相補的または部分的に相補的であり得る。「十分に相補的」とは、一連の相補的塩基間の水素結合によって別の配列にハイブリダイズすることが可能である連続した配列を意味し、これは、標準的な塩基対合によって配列中の各位置で相補的であり得るか、あるいは標準的なＡ：Ｔ／ＵおよびＧ：Ｃ対合によって相補的ではないか、または無塩基残基などの修飾されたヌクレオチド、修飾されたヌクレオチドもしくはヌクレオチド類似体である１つ以上の残基を含有し得る。十分に相補的な連続した配列は、典型的には、オリゴマーが特異的にハイブリダイズすることが意図される配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％相補的である（相補性％の範囲はその範囲の全ての整数および有理数を含む）。「十分に相補的」である配列は、た
とえ配列が完全に相補的でないとしても、適切なハイブリダイゼーション条件下で核酸オリゴマーとその標的配列との安定なハイブリダイゼーションを可能にする。ある一本鎖領域のヌクレオチドの連続した配列が、他の一本鎖領域のヌクレオチドの類似配列と一連の「基準の」水素結合塩基対を形成することが可能であり、これによりＡがＵまたはＴと対になり、ＣがＧと対になる場合、ヌクレオチド配列は、「完全に」相補的である。
優先的にハイブリダイズする。「優先的にハイブリダイズする」とは、ストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件下で、オリゴヌクレオチドがそれらの標的配列またはその複製物にハイブリダイズして、安定したオリゴヌクレオチド：標的配列ハイブリッドを形成すると同時に、安定したオリゴヌクレオチド：非標的配列ハイブリッドの形成が最小限に抑えられることを意味する。例えば、プローブオリゴヌクレオチドは、非標的配列よりも十分に大きい程度で標的配列またはその複製物に優先的にハイブリダイズして、当業者が、増幅中に形成された標的配列のＲＮＡ複製物または相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を正確に検出することを可能にする。プローブ、増幅、標的捕捉、ブロッカー、および他のオリゴヌクレオチドのための適切なハイブリダイゼーション条件は、当該技術分野において周知であり、配列組成に基づき予測され得るか、または日常的な試験法を使用することによって決定され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ
Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９）の§§１．９０－１．９１、７．３７－７．５７、９．４７－９．５１、および１１．４７－１１．５７、特に§§９．５０－９．５１、１１．１２－１１．１３、１１．４５－１１．４７、および１１．５５－１１．５７）。
核酸ハイブリッド。「核酸ハイブリッド」、または「ハイブリッド」、または「二重鎖」とは、二本鎖の水素結合領域を含有する核酸構造を意味し、各鎖は他方に対して相補的であり、この領域は、化学発光または蛍光の光検出、オートラジオグラフィー、またはゲル電気泳動が挙げられるが、これらに限定されない手段によって検出されるのに、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で十分に安定である。そのようなハイブリッドは、ＲＮＡ：ＲＮＡ、ＲＮＡ：ＤＮＡ、またはＤＮＡ：ＤＮＡ二本鎖分子を含んでもよい。
試料調製。試料調製は、試料中に存在するＡｄｖ、ｈＭＰＶ、またはＨＲＶ核酸のうちの１つ以上の後続する増幅および／または検出のために試料を処理する任意のステップまたは方法を指す。標的核酸は、試料中の少数成分であってもよい。試料調製は、標準的な微生物学的方法を使用して、ウイルスまたは核酸などの成分を単離または濃縮する任意の既知の方法を含んでもよい。試料調製は、濾過、遠心分離、または吸着を使用することなどによって、細胞内成分を実質的に水性または有機の相に放出するための細胞成分の物理的破壊および／または化学的溶解、ならびに破片の除去を含み得る。試料調製は、標的核酸を選択的または非特異的に捕捉し、それを他の試料成分から分離する核酸オリゴヌクレオチドの使用を含み得る（例えば、米国特許第６，１１０，６７８号、米国特許第９，０５１，６０１号、およびＰＣＴ公開第ＷＯ２００８／０１６９８８号に記載されるとおり）。
特異性。増幅系の文脈における「特異性」という用語は、配列およびアッセイ条件に依存する、標的配列および非標的配列を区別するその能力を説明する増幅系の特徴を指すために本明細書で使用される。核酸増幅に関して、特異性は、一般に、副生成物の数に対する生成された特異的アンプリコンの数の比（例えば、シグナル対ノイズ比）を指す。
感度。「感度」という用語は、核酸増幅反応が検出または定量され得る精度を指すため
に本明細書で使用される。増幅反応の感度は、一般に、増幅系において確実に検出され得る標的核酸の最小コピー数の尺度であり、例えば、用いられている検出アッセイおよび増幅の特異性、例えば、副生成物に対する特異的アンプリコンの比に依存する。
相対蛍光単位。本明細書で使用される場合、「相対蛍光単位」（「ＲＦＵ」）という用語は、蛍光強度の測定の任意の単位である。ＲＦＵは、測定のために使用される検出手段の特性によって変化する。
特に特許請求の範囲における「配列番号Ｘの配列」への言及は、別に示さない限り、対応する配列表に記載の塩基配列を指し、骨格（例えば、ＲＮＡ、２’－Ｏ－Ｍｅ ＲＮＡ、もしくはＤＮＡ）の同一性または塩基修飾（例えば、シトシン残基のメチル化）を必要としない。
オリゴマー中の「縮重」位置とは、２つ以上の塩基対がオリゴマーの集団中に存在する位置を指す。例えば、配列番号８１では、８番目のヌクレオチドはＲであり、これはＧまたはＡを表す。縮重位置を有するオリゴマーは、縮重位置の導入が所望される合成ステップにおいて、所望の縮重の組み合わせに対応するヌクレオチド前駆体の混合物を提供することによって合成することができる。結果として生じるオリゴマーは、縮重指定によって表されるヌクレオチドのうちの１つを各々含む種の混合物である。
オリゴマー中の「非ワトソンクリック」（ＮＷＣ）位置は、オリゴマーが、Ｇ－Ｕ、Ｇ－Ｔ、またはＧ－Ａなど（ＧまたはＵ／Ｔ／Ａのいずれかはオリゴマー中の塩基であり得る）の非ワトソンクリック対合により、少なくとも１つの核酸配列にハイブリダイズするように構成されている位置を指す。いくつかの実施形態では、ＮＷＣ位置は、ゆらぎ（Ｇ－ＵまたはＧ－Ｔ）またはプリン－プリン（Ｇ－Ａ）対を介してハイブリダイズするように構成される。
アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルスの増幅のためのオリゴヌクレオチド
アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルスの標的核酸の各々を増幅するためのオリゴヌクレオチドは、典型的には、標的あたり少なくとも２つの増幅オリゴマーを含む。本開示のいくつかの実施形態は、例えば多重増幅アッセイにおいて、標的あたり２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、またはそれより多くの増幅オリゴマーを利用してもよい。したがって、例として、各標的微生物を増幅するためのオリゴヌクレオチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの順方向増幅プライマーと、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの逆方向増幅プライマーとを含んでもよい。例えば、アデノウイルスを増幅するためのオリゴヌクレオチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの順方向増幅プライマーと、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの逆方向増幅プライマーとを含んでもよい。ｈＭＰＶを増幅するためのオリゴヌクレオチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの順方向増幅プライマーと、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの逆方向増幅プライマーとを含んでもよい。ＨＲＶを増幅するためのオリゴヌクレオチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの順方向増幅プライマーと、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多くの逆方向増幅プライマーとを含んでもよい。さらに、標的微生物のサブタイプまたはサブグループは、少なくとも２つの増幅オリゴマーを必要とし得、これらの増幅オリゴマーのそれぞれが、微生物のサブタイプ／サブグループのうちの１つ以上の異なるメンバー（単数または複数）に特異的なヌクレオチド配列を含む。
アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス標的核酸の各
々を検出するためのオリゴヌクレオチドは、典型的には、標的あたり少なくとも１つの検出オリゴマーを含む。本開示のいくつかの実施形態は、例えば多重検出アッセイにおいて、標的あたり２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、またはそれより多くの検出プローブオリゴマーを利用してもよい。例えば、アデノウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれより多くの検出プローブオリゴマーを含んでもよい。ｈＭＰＶを検出するためのオリゴヌクレオチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれより多くの検出プローブオリゴマーを含んでもよい。ＨＲＶを検出するためのオリゴヌクレオチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれより多くの検出プローブオリゴマーを含んでもよい。さらに、標的微生物のサブタイプまたはサブグループは、少なくとも２つの検出プローブオリゴマーを必要とし得、これらの検出プローブオリゴマーのそれぞれが、微生物のサブタイプ／サブグループのうちの１つ以上の異なるメンバー（単数または複数）に特異的なヌクレオチド配列を含む。アデノウイルス、メタニューモウイルス、およびライノウイルス標的核酸のうちの１つ以上の多重増幅および検出のためのオリゴマーの組み合わせは、典型的には、少なくとも２つの順方向増幅オリゴマー、少なくとも２つの逆方向増幅オリゴマー、および少なくとも２つの検出プローブオリゴマーを含む。本開示のいくつかの実施形態は、意図される標的核酸各々に対して、２つ、３つ、４つ、５つ、またはさらに６つ、またはそれより多くの増幅オリゴマーと、２つ、３つ、４つ、５つ、またはさらに６つ、またはそれより多くのプローブとを利用してもよい。したがって、例として、いくつかの標的の多重増幅および検出のためのオリゴヌクレオチドは、６～４０個の増幅オリゴマーと３～１５個の検出プローブオリゴマーとを含んでもよい。
アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルス標的核酸（アンプリコンを含む）を検出するための方法は、任意選択で、増幅産物（ＲＮＡまたはＤＮＡアンプリコン、好ましくはＤＮＡアンプリコン）に特異的に結合する少なくとも１つのプローブを使用する検出ステップを含む。好ましくは、プローブは、標識され、均一系で、即ち、結合プローブを非結合プローブから分離させることなく検出される信号を生成する。プローブの他の例は、プローブがその標的に結合した場合にのみ検出可能なシグナルを発する蛍光化合物で標識されてもよく、例えば、本明細書に記載のＴａｑｍａｎ（商標）検出プローブである。
一実施形態では、増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、配列番号４７のヌクレオチド１～９９に対応する、または配列番号４７のヌクレオチド８３～１７５に対応するアデノウイルスの標的配列内の領域に特異的にハイブリダイズするように構成される。一実施形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーが使用され、該少なくとも２つの増幅オリゴマーの各々は、１０～約５０ヌクレオチド長であり、これらの増幅オリゴマーは、後で検出することができるアンプリコンを生成するために、それぞれ、配列番号４７のヌクレオチド１～９９および配列番号４７のヌクレオチド８３～１７５からなる群から選択されるアデノウイルスの標的配列内の領域に特異的にハイブリダイズするように構成される。一実施形態では、増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、後で検出することができるアンプリコンを生成するために、配列番号４７のヌクレオチド５２～９９および／または４０～８７および／または１～２３および／または７～２３および／または７～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８に対応するアデノウイルスの標的配列内の領域に特異的にハイブリダイズするように構成される。一実施形態では、増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、後で検出することができるアンプリコンを生成するために、配列番号４７のヌクレオチド５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８に対応するアデノウイルスの標的配列内の領域に特異的にハイブリダイズ
するように構成される。
アデノウイルス標的核酸を増幅および／または検出するためのオリゴヌクレオチドには、配列番号１～４６、６２～６４、７１～７５、および１３８～１４９からなる群から選択されるオリゴヌクレオチド配列が含まれる。アデノウイルス核酸に特異的な増幅オリゴマーの実施形態には、配列番号１～９、１１～１６、２５～２８、３１～３５、３８、４２～４６、６１、６２、および７１～７４、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になる増幅オリゴマーが含まれる。一実施形態によれば、少なくとも１つの第１の増幅オリゴマーは、配列番号１、５、１１、１２、２５、２６、３１、３２、３３、３４、３５、３８、７１、７２、７３、７４、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる。一実施形態によれば、少なくとも１つの第２の増幅オリゴマーは、配列番号２、３、６、７、８、９、１３、１４、１５、１６、２７、２８、４２、４３、４４、４５、４６、６１、６２、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、それから本質的になる。一実施形態では、アデノウイルス標的核酸を増幅するための増幅オリゴマーのうちの１つ以上は、５－Ｍｅ－ｄＣ、非ワトソンクリック塩基、縮重塩基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを含む。
一実施形態では、１つ以上の検出プローブは、配列番号４７のヌクレオチド７４～１３９；および／または配列番号４７のヌクレオチド５６～１０３；および／または配列番号４７のヌクレオチド１８～８３；および／または配列番号４７のヌクレオチド２３～８３；および／または配列番号４７のヌクレオチド２３～８３；および／または配列番号４７のヌクレオチド２３～８３；および／または配列番号４７のヌクレオチド５２～９９に対応する領域内の配列を検出するように構成される。一実施形態では、１８～３６個の核酸塩基長である検出プローブオリゴヌクレオチドが提供され、これらの１８～３６個の核酸塩基は、全て配列番号１３８内の連続した核酸塩基から選択される。
アデノウイルス配列の特異的検出のためのプローブには、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、６３、６４、１３９、１４０、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択されるオリゴマーが含まれる。一実施形態では、アデノウイルス標的核酸（アデノウイルスアンプリコンを含む）を検出するための検出プローブオリゴマーのうちの１つ以上は、５－Ｍｅ－ｄＣ、非ワトソンクリック塩基、縮重塩基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを含む。
ｈＭＰＶ標的核酸を増幅および／または検出するためのオリゴヌクレオチドには、配列番号１５０のヌクレオチド９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５に対応する領域内のｈＭＰＶの領域にハイブリダイズするように構成されたオリゴヌクレオチド配列が含まれる。ｈＭＰＶ標的核酸を増幅および／または検出するためのオリゴヌクレオチドには、配列番号５２、５３、５６、６７～７０、１５１～１５８、および１６１～１７８からなる群から選択されるオリゴヌクレオチド配列が含まれる。増幅オリゴマーの実施形態には、配列番号５２、５３、５６、６８、１５１、１５２、１５３、１５４、１５８、１６０、１７７、１７８、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される
標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になる増幅オリゴマーが含まれる。第１の増幅オリゴマーの実施形態には、配列番号５２、５３、１５１、１５２、１５３、１５４、１６０、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になる増幅オリゴマーが含まれる。第２の増幅オリゴマーの実施形態には、配列番号５６、６８、１５８、１７７、１７８、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になる増幅オリゴマーが含まれる。一実施形態では、ｈＭＰＶ標的核酸を増幅するための増幅オリゴマーのうちの１つ以上は、５－Ｍｅ－ｄＣ、非ワトソンクリック塩基、縮重塩基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを含む。
ｈＭＰＶ配列の特異的検出のためのプローブには、配列番号６７、６９、７０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択されるオリゴマーが含まれる。一実施形態では、１８～３６個の核酸塩基長である検出プローブオリゴヌクレオチドが提供され、これらの１８～３６個の核酸塩基は、全て配列番号１６１内または配列番号１５５内の連続した核酸塩基から選択される。一実施形態では、ｈＭＰＶ標的核酸（ｈＭＰＶアンプリコンを含む）を検出するための検出プローブオリゴマーのうちの１つ以上は、５－Ｍｅ－ｄＣ、非ワトソンクリック塩基、縮重塩基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを含む。
ＨＲＶ標的核酸を増幅および／または検出するためのオリゴヌクレオチドには、配列番号１２０のヌクレオチド２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７に対応する領域内のＨＲＶの領域にハイブリダイズするように構成されたオリゴヌクレオチド配列が含まれる。ＨＲＶ標的核酸を増幅および／または検出するためのオリゴヌクレオチドには、配列番号４８、４９、５０、５１、５４、５７、５９、６０、６５、７５、７７～１００、１０２～１１９、１２１～１３７、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択されるオリゴヌクレオチド配列が含まれる。増幅オリゴマーの実施形態には、配列番号５０、５１、５７、５９、６０、６５、７５、７７～８６、９５～１００、１０２～１０８、１１５～１１９、１２１～１３０、１３７、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になる増幅オリゴマーが含まれる。第１の増幅オリゴマーの実施形態には、配列番号５０、５１、５９、６０、６５、７５、７７～８６、１０２～１０８、１２１～１３０、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になる増幅オリゴマーが含まれる。第２の増幅オリゴマーの実施形態には、配列番号５７、９５～１００、１１５～１１９、１３７、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になる増幅オリゴマーが含まれる。一実施形態では、１８～２９個の核酸塩基長である増幅オリゴヌクレオチドが提供され、これらの１８～２９個の核酸塩基は、全て配列番号７７内の連続した核酸塩基から選択される。一実施形態では、１８～２７個の核酸塩基長である増幅オリゴヌクレオチドが提供され、これらの１８～２７個の核酸塩基は、全て配列番号９５内の連続した核酸塩基から選択される。一実施形態では、１８～３５個の核酸塩基長である増幅オリゴヌクレオチドが提供され、こ
れらの１８～３５個の核酸塩基は、全て配列番号９６内の連続した核酸塩基から選択される。一実施形態では、１８～２７個の核酸塩基長である増幅オリゴヌクレオチドが提供され、これらの１８～２７個の核酸塩基は、全て配列番号１１５内の連続した核酸塩基から選択される。一実施形態では、１８～２７個の核酸塩基長である増幅オリゴヌクレオチドが提供され、これらの１８～２７個の核酸塩基は、全て配列番号１３７内の連続した核酸塩基から選択される。一実施形態では、ＨＲＶ標的核酸を増幅するための増幅オリゴマーのうちの１つ以上は、５－Ｍｅ－ｄＣ、非ワトソンクリック塩基、縮重塩基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを含む。
ＨＲＶ配列の特異的検出のためのプローブには、配列番号４８、４９、５４、８７～９４、１０９～１１４、１３１～１３６、またはそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択されるオリゴマーが含まれる。一実施形態では、ＨＲＶ標的核酸（ＨＲＶアンプリコンを含む）を検出するための検出プローブオリゴマーのうちの１つ以上は、５－Ｍｅ－ｄＣ、非ワトソンクリック塩基、縮重塩基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを含む。
アデノ、ｈＭＰＶ、および／またはＨＲＶ核酸の検出のためのアッセイには、標的核酸の増幅および検出に使用されるものと同じ反応混合物中でＩＣ特異的プライマーおよびプローブを使用することによって増幅および検出される内部対照（ＩＣ）核酸が含まれてもよい。ＩＣ特異的配列の増幅および検出は、試験試料（即ち、陰性試料）に対して標的特異的シグナルが検出されない場合でも、アッセイ試薬および条件が適切に使用されたことを示す。ＩＣは、定量的結果を提供するアッセイの内部較正として使用され得る。ＩＣは、標的核酸ではない天然起源に由来するランダム化された配列であってもよい。
試料調製
標的核酸配列の増幅および検出のための試料の調製は、試料中に含まれる微生物を他の試料成分から分離および／または濃縮する方法を含んでもよい。試料調製は、試料を破壊するかまたは試料を溶解して、標的核酸または標的核酸を含む遺伝子配列を含む細胞内含有物を放出する日常的な方法を含んでもよい。増幅前の試料調製は、標的核酸を他の試料成分から特異的または非特異的に分離するための任意選択の標的捕捉ステップを含んでもよい。非特異的標的捕捉法は、実質的に水性の混合物からの核酸の選択的沈殿、他の試料成分を除去するために洗浄される支持体への核酸の付着、アデノウイルス核酸および他の試料成分を含有する混合物から核酸を物理的に分離する他の方法を伴ってもよい。
アデノウイルス標的領域の増幅
２つ以上のプライマーを使用した標的核酸標的領域の増幅は、様々な既知の核酸増幅反応を使用して達成され得る。例えば、増幅は、ＰＣＲ増幅（Ｍｕｌｌｉｓらの米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、および同第４，８００，１５９号）を使用して、ＤＮＡポリメラーゼを使用することによって追加のｄｓＤＮＡ分子を作製するために、ｄｓＤＮＡおよび分離された鎖の一部に特異的なプライマーを分離する熱循環反応を使用することによって複数のＤＮＡ鎖を生成することで、達成されてもよい。また、基本的なＰＣＲ法の周知の変形、例えば、Ｔａｑｍａｎ ＰＣＲなどのリアルタイム検出と組み合わせたＰＣＲを使用してもよい。
核酸検出
核酸の検出は、様々な方法によって達成され得る。検出方法は、増幅産物の一部に相補的な標的ハイブリダイズ配列を含み、プローブ：産物複合体の存在を検出する核酸プローブを使用してもよく、または増幅産物と関連する検出可能なシグナルを増幅させ得るプローブの複合体を使用することによる（例えば、米国特許第５，４２４，４１３号、同第５，４５１，５０３号、同第５，８４９，４８１号、同第５，６３９，６０４号、および同
第５，２８３，１７４号）。増幅産物と特異的に会合する直接的または間接的に標識されたプローブは、試料中の標的核酸の存在を示す検出可能なシグナルを提供する。例えば、標的核酸がアデノウイルスＤＮＡである場合、増幅産物は、アデノウイルス標的配列内の配列またはアデノウイルス標的配列に相補的な配列を含有することになる。プローブは、増幅産物の一部に直接または間接的に結合して、試験された試料中のアデノウイルスの存在を示すように構成される。
増幅ステップの終わり近くまたは終わりに増幅産物を検出する実施形態では、増幅産物へのプローブのハイブリダイゼーションを示すシグナルを提供するために、線状検出プローブを使用してもよい。そのような検出の一例は、標的核酸にハイブリダイズする発光標識されたプローブを使用する。次いで、発光標識は、非ハイブリダイズプローブから加水分解される。検出は、ルミノメーターを使用して化学発光によって実施される（例えば、国際特許出願公開第ＷＯ８９／００２４７６号を参照されたい）。リアルタイム検出を使用する他の実施形態では、検出プローブは、例えば、プローブが増幅産物に結合するときに検出されるレポーター部分で標識される分子ビーコン、分子トーチ、またはハイブリダイゼーションスイッチプローブなどのヘアピンプローブであってもよい。そのようなプローブは、標的ハイブリダイズ配列および非標的ハイブリダイズ配列を含み得る。そのようなプローブの様々な形態は、例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、同第５，３１２，７２８号、同第５，９２５，５１７号、同第６，１５０，０９７号、同第６，８４９，４１２号、同第６，８３５，５４２号、同第６，５３４，２７４号、および同第６，３６１，９４５号、ならびに米国特許出願公開第２００６／００６８４１７（Ａ１）号および同第２００６／０１９４２４０（Ａ１）号に記載されている。
蛍光標識および電子的に検出可能な標識などの均一に検出可能な標識は、本開示の実施における使用を意図している。相互作用可能な対の標識のメンバーとして好ましい検出可能な標識の例は、ＦＲＥＴまたは非ＦＲＥＴエネルギー移動機構によって互いと相互作用する。蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）は、熱エネルギーへの変換なく、かつ供与体および受容体が動的衝突を起こすことなく、原子間距離よりもかなり長い距離にわたる、発色団間の共鳴相互作用による、吸収部位からその分子または分子系におけるその利用部位へのエネルギー量子の無放射伝達を含む。「供与体」は、最初にエネルギーを吸収する部分であり、「受容体」は、その後にエネルギーが伝達される部分であり、ＦＲＥＴに加えて、励起エネルギーが供与体から受容体分子に伝達され得る少なくとも３つの他の「非ＦＲＥＴ」エネルギー移動プロセスがある。
２つの標識が十分に接近して保持されて、１つの標識によって発せられたエネルギーが第２の標識によって受容または吸収され得る場合、ＦＲＥＴ機構または非ＦＲＥＴ機構にかかわらず、２つの標識は、互いに「エネルギー移動関係」にあると言われ、ここで、プローブの一部に結合したフルオロフォアからの蛍光発光は、プローブの別の部分にある消光剤部分によって消光される（例えば、「Ｔａｑｍａｎ」検出プローブ化学）。Ｔａｑｍａｎプローブのための標識部分には、フルオロフォア、および蛍光消光特性を有する第２の部分（即ち、「消光剤」）が含まれる。この実施形態では、特性シグナルは、特定の波長の蛍光である可能性が高いものの、代替的に可視光シグナルであってもよい。蛍光が関与する場合、発光の変化は、好ましくは、ＦＲＥＴによるものか、または放射エネルギー移動もしくは非ＦＲＥＴモードによるものである。「消光」状態の一対の相互作用標識を有する検出プローブが適切な周波数の光によって刺激されると、非常に低い場合がある第１のレベルで、蛍光シグナルが発生する。この同じプローブが「非消光」状態にあり、適切な周波数の光によって刺激されると、フルオロフォア部分と消光剤部分とが互いに十分に分離され、それらの間のエネルギー移動が実質的に排除される。その条件下で、消光剤部分は、フルオロフォア部分からの蛍光を消光することができない。フルオロフォアが適切な波長の光エネルギーによって刺激されると、第１のレベルより高い第２のレベルの蛍
光シグナルが発生する。２つの蛍光レベル間の差は、検出可能かつ測定可能である。本開示に関連して使用され得るフルオロフォア／消光剤標識ペアの例には、フルオレセイン／テトラメチルローダミン、ＩＡＥＤＡＮＳ／フルオロレセイン、ＥＤＡＮＳ／Ｄ ＡＢＣＹＬ、クマリン／Ｄ ＡＢＣＹＬ、フルオレセイン／フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ／ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ、フルオレセイン／Ｄ ＡＢＣＹＬ、ルシファーイエロー／Ｄ ＡＢＣＹＬ、ＢＯＤＩＰＹ／Ｄ ＡＢＣＹＬ、エオシン／Ｄ ＡＢＣＹＬ、エリスロシン／Ｄ ＡＢＣＹＬ、テトラメチルローダミン／Ｄ ＡＢＣＹＬ、ＣａｌＯｒａｎｇｅ／ＢＨＱ１、ＣａｌＲｅｄ／ＢＨＱ２、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ／ＤＡＢＣＹＬ、ＣＹ５／ＢＨ１、ＣＹ５／ＢＨ２、ＣＹ３／ＢＨ１、ＣＹ３／ＢＨ２、フルオレセイン／ＱＳＹ７、ＦＡＭ／ＢＨＱ１、およびＱｕａｓａｒ／ＢＨＱ２が含まれる。当業者であれば、供与体色素と受容体色素が異なる場合、受容体の増感蛍光の出現または供与体蛍光の消光によって、エネルギー移動が検出され得ることを理解するであろう。供与体種と受容体種が同じである場合、エネルギーは、結果として生じる蛍光偏光解消によって検出され得る。ＤＡＢＣＹＬおよびＱＳＹ７色素などの非蛍光受容体は、直接（即ち、非増感）受容体励起から生じるバックグラウンド蛍光の潜在的な問題を有利に排除する。
標識を核酸に結合させ、標識を検出する合成技法および方法は、当該技術分野で周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．２ｎｄ ｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ
Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９），Ｃｈａｐｔｅｒ １０、Ｎｅｌｓｏｎらの米国特許第５，６５８，７３７号、Ｗｏｏｄｈｅａｄらの米国特許第５，６５６，２０７号、Ｈｏｇａｎらの米国特許第５，５４７，８４２号、Ａｒｎｏｌｄらの米国特許第５，２８３，１７４号、Ｋｏｕｒｉｌｓｋｙらの米国特許第４，５８１，３３３号）、およびＢｅｃｋｅｒらの欧州特許出願第０ ７４７ ７０６号を参照されたい。
キット
本明細書に記載の方法において使用するためのオリゴマーは、キットの調製に好適である。そのようなキットは容器を含んでもよく、各々は、様々なオリゴマーのうちの１つ以上を、任意選択で本明細書に記載の方法を実施するのに必要な試薬（例えば、酵素）のうちの１つ以上とともに有する。キットの構成要素は、濃縮された形態で供給されてもよい。典型的には、キットの構成要素を使用するための一連の説明書も含まれることになる。キットがオリゴマーの組み合わせを含む場合には、個々のオリゴマーは、それらを混合するための適切な説明書を伴う個々の形態、またはすぐに混合できるそれらの組み合わせで提供されてもよい。
一態様では、本開示の組成物および任意選択でそれを実施するための一連の説明書を含むキットが提供される。
標的配列の検出と診断との相関
個体からの生体試料におけるアデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルスに特徴的な増幅された標的配列の検出は、それぞれ、アデノウイルス、メタニューモウイルス、および／またはライノウイルスによる感染を示す。
実施例１：ある特定のアデノウイルス増幅プライマーおよびプローブの分析
材料および方法
最初の増幅反応では、次のものを使用した：１倍～２倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、２単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、１００ｎＭの順方向増幅プライマー（配列番号５）
、および１００ｎＭの逆方向増幅プライマー（配列番号６または配列番号８）、および１００ｎＭのプローブ（配列番号１０）。
総反応量は２０マイクロリットルで、反応ごとにアデノウイルスから抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を添加した。対照反応は、鋳型核酸を添加しなかったことを除いて上記のとおりに反応をセットアップすることにより実行した。使用した増幅サイクルは、両方の増幅反応セットについて次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
Figure 0007370832000001
結果をＣＴ／ＲＦＵ（サイクル閾値／相対蛍光単位）値として提示し、これらは様々なアデノウイルス血清型を使用した１２回の実験の平均を表すものである。対照反応のいずれにおいても増幅は見られなかった。
結論
使用したプライマーおよびプローブは、アデノウイルス核酸に高感度かつ特異的であるように見えた。
実施例２：さらなるある特定のアデノウイルス増幅プライマーおよびプローブの分析
材料および方法
次の試薬を使用した：１倍～２倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、２単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、２００ｎＭの順方向増幅プライマー（配列番号１１または配列番号１２）、および２００ｎＭの逆方向増幅プライマー（配列番号１３または配列番号１５）、および２００ｎＭのプローブ（配列番号１７または配列番号１９）。
総反応量は２０マイクロリットルで、反応ごとにアデノウイルスから抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を添加した。対照反応は、鋳型核酸を添加しなかったことを除いて上記のとおりに反応をセットアップすることにより実行した。使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
Figure 0007370832000002
結果をＣＴ／ＲＦＵ値として提示し、これらは様々なアデノウイルス血清型を使用した８回の実験の平均を表すものである。対照反応のいずれにおいても増幅は見られなかった。
結論
配列番号１１、１３、および１９、配列番号１１、１５、および１９、配列番号１２、１５、および１９、または配列番号１２、１３、および１９の組み合わせは、アデノウイルス核酸に対して高感度および特異性であった。配列番号１２の順方向プライマーを含む組み合わせは、配列番号１１の順方向プライマーを含む組み合わせよりも良好な感度を有するようである。配列番号１２、１５、および１９を含む組み合わせは、これらの実験で最も感度が高いようであった。
実施例３：配列番号１２、１５、および１９を使用したアデノウイルス血清型分析
材料および方法
次の試薬を使用した：１倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、２単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、４００ｎＭの順方向増幅プライマー（配列番号１２）および４００ｎＭの逆方向増幅プライマー（配列番号１５）を４００ｎＭプローブ（配列番号１９）とともに使用。総反応量は２０マイクロリットルで、反応ごとにアデノウイルスから抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を添加した。対照反応をセットアップしたが、鋳型核酸の添加はしなかった。使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
Figure 0007370832000003
Figure 0007370832000004
Figure 0007370832000005
「血清型番号－１×１０ｘ ＴＣＩＤ５０／ｍＬ」を反映するように、血清型カラムをセットアップする。ＣＴ値は全て切り捨ててある。結果をＣＴ／ＲＦＵ値として提示する。
結論
配列番号１２、１５、および１９の組み合わせは、試験されたアデノウイルスの全ての血清型を検出することができた。
実施例４：配列番号１２および１５のプライマーを伴うさらなるアデノウイルスプローブの組み合わせの分析
材料および方法
次の試薬を使用した：１倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、２単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、１００ｎＭの順方向増幅プライマー（配列番号１２）および１００ｎＭの逆方向増幅プライマー（配列番号１５）を、１５０ｎＭプローブ（配列番号２１）および５０ｎＭプローブ（配列番号２４）、１００ｎＭプローブ（配列番号２１）および１００ｎＭプローブ（配列番号２４）、５０ｎＭプローブ（配列番号２１）および１５０ｎＭプローブ（配列番号２４）のいずれかとともに使用。総反応量は２０マイクロリットルで、反応ごとにアデノウイルスから抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を添加した。対照反応は、鋳型核酸を添加せずに設定した。使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
Figure 0007370832000006
結果をＣＴ／ＲＦＵ値として提示し、これらは様々なアデノウイルス血清型を使用した６回の実験の平均を表すものである。
結論
配列番号１２および１５と組み合わせた配列番号２１のプローブおよび配列番号２４のプローブは、試験した様々な濃度でアデノウイルスを高感度かつ特異的に検出することができた。
実施例５：アデノウイルスの検出のためのさらなるプローブおよびプライマーの組み合わせの分析
材料および方法
次の試薬を使用した：
１倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、２単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、および以下のいずれか：（ｉ）５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２５）、５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２６）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２７）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２８）、および１００ｎＭのプローブ（配列番号２１および配列番号２３）；（ｉｉ）５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２６）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２７）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２８）、および１００ｎＭのプローブ（配列番号２１および配列番号２３）；（ｉｉｉ）５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２５）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２７）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２８）、および１００ｎＭのプローブ（配列番号２１および配列番号２３）；（ｉｖ）５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２５）、５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２６）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２８）、および１００ｎＭのプローブ（配列番号２１および配列番号２３）；（ｖ）５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２５）、５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２６）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２８）、および１００ｎＭのプローブ（配列番号２１および配列番号２３）；（ｖｉ）５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２５）、５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２６）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２７）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２８）、および１００ｎＭのプローブ（配列番号２３）；または（ｖｉｉ）５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２５）、５０ｍＭの順方向増幅プライマー（配列番号２６）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２７）、５０ｍＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２８）、および１００ｎＭのプローブ（配列番号２１）。
総反応量は２０マイクロリットルで、反応ごとにアデノウイルスから抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を添加した。２つの異なる濃度を試験した。
使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
表５ａ～５ｄ．異なる濃度およびプライマーとプローブとの組み合わせを使用した増幅および検出
Figure 0007370832000007
Figure 0007370832000008
Figure 0007370832000009
Figure 0007370832000010
結果をＲＦＵ値として提示し、これらは各濃度についての６回の実験の平均を表すものである。
結論
アッセイからプライマーまたはプローブのうちの１つを除外しても、大部分でほとんど違いはなかった。しかし、プローブ配列番号２３を省略すると、この特定の実験においては検出が低下した。
実施例６：アデノウイルス１８を検出するためのプライマーおよびプローブ組み合わせの分析
材料および方法
次の試薬を使用した：１倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、３単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、１５０ｎＭ順方向増幅プライマー（配列番号２５および配列番号２６）および１５０ｎＭ逆方向増幅プライマー（配列番号２７および配列番号２８）を３００ｎＭプローブ（配列番号２９）とともに使用。総反応量は２０マイクロリットルで、反応ごとにアデノウイルス１８から抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を添加した。使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオ
フにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
Figure 0007370832000011
「血清型番号－１×１０ｘ ＴＣＩＤ５０／ｍＬ」を反映するように、血清型カラムをセットアップする。ＣＴ値は全て切り捨ててある。結果をＣＴ／ＲＦＵ値として提示する。
結論
プライマーおよびプローブのこの組み合わせにより、アデノウイルス１８が首尾よく検出される。
実施例７：アデノウイルスを検出するためのさらなるプライマーおよびプローブの組み合わせの分析
材料および方法
次の試薬を使用した：１倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、３単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、１５０ｎＭ順方向増幅プライマー（配列番号３１および配列番号２６）および１５０ｎＭ逆方向増幅プライマー（配列番号２７および配列番号２８）を１５０ｎＭプローブ（配列番号２１および配列番号２３）とともに使用。総反応量は２０マイクロリットルで、反応ごとに様々なアデノウイルス血清型から抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を添加した。使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
Figure 0007370832000012
結果をＣＴ／ＲＦＵ値として提示する。Ｆａｍチャネルは、鋳型核酸の検出結果を示す。Ｃｙ５チャネルは、内部対照核酸の検出結果を示す。
結論
血清型４を除き、このプライマーおよびプローブの組み合わせにより、試験した血清型の全てが首尾よく検出された。
実施例８：アデノウイルスを検出するためのさらなるプライマーおよびプローブの組み合わせの分析
材料および方法
次の試薬を使用した：１倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、３単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、および以下のいずれか：（ｉ）１５０ｎＭ順方向増幅プライマー（配列番号３３および３４）および１５０ｎＭ逆方向増幅プライマー（配列番号２７および配列番号２８）を１５０ｎＭプローブ（配列番号２１および配列番号２３）とともに使用；（ｉｉ）１５０ｎＭ順方向増幅プライマー（配列番号３３および３５）および１５０ｎＭ逆方向増幅プライマー（配列番号２７および配列番号２８）を１５０ｎＭプローブ（配列番号２１および配列番号２３）とともに使用；または（ｉｉｉ）１５０ｎＭの順方向増幅プライマー（配列番号３４および３５）および１５０ｎＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２７および配列番号２８）を１５０ｎＭのプローブ（配列番号２１および配列番号２３）とともに使用。総反応量は２０マイクロリットルで、反応ごとに様々なアデノウイルス血清型から抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を添加した。使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
表８ａ～８ｃ．プライマーおよびプローブの組み合わせを使用した様々なアデノウイル
ス血清型の増幅および検出
Figure 0007370832000013
Figure 0007370832000014
Figure 0007370832000015
結果をＣＴおよびＲＦＵ値として提示する。Ｆａｍチャネルは、鋳型核酸の検出結果を
示す。Ｃｙ５チャネルは、内部対照核酸の検出結果を示す。
結論
表８ａのプライマーおよびプローブにより、試験した血清型の全てが首尾よく検出された。表８ｂおよび８ｃにより、試験した大部分の血清型が検出された。
実施例９：アデノウイルスを検出するためのさらなるプライマーおよびプローブの組み合わせの分析
材料および方法
次の試薬を使用した：１倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、３単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、ならびに１５０ｎＭの順方向増幅プライマー（配列番号２５および２６）および１５０ｎＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２７および配列番号２８）を１５０ｎＭプローブ（配列番号３６および配列番号３７）とともに使用。総反応量は２０マイクロリットルで、アデノウイルス１９血清型陽性対照プラスミドから抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を６つの異なる濃度で反応ごとに添加した。使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
Figure 0007370832000016
結果をＣＴ／ＲＦＵ値として提示する。
結論
これらのプライマーおよびプローブにより、対照試験したアデノウイルス１９血清型が首尾よく検出された。
実施例１０：実施例９からのプライマーおよびプローブの組み合わせのさらなる分析
材料および方法
次の試薬を使用した：１倍濃度のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｍａｓｔｅｒ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）、３単位のＦａｓｔ Ｓｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、ならびに１５０ｎＭの順方向増幅プライマー（配列番号２５および２６）および１５０ｎＭの逆方向増幅プライマー（配列番号２７および配列番号２８）を１５０ｎＭプローブ（配列番号３６および配列番号３７）とともに使用。総反応量は、様々なアデノウイルス血清型から抽出した５マイクロリットルの鋳型核酸を伴って２０マイクロリットルであり、３×１００の濃度で試験した。使用した増幅サイクルは次のとおりであった：光学系をオフにして９５℃で６００秒間保持；光学系をオフにして９５℃で３０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（５サイクル）；光学系をオフにして９５℃で１０秒間および光学系をオンにして５５℃で６０秒間（４０サイクル）。
結果
Figure 0007370832000017
Figure 0007370832000018
結果をＣＴおよびＲＦＵ値として提示する。
考察
血清型６を除いて、試験した血清型の全てがこのプライマーおよびプローブ濃度を使用して検出された。この血清型は、３×１０１ ＴＣＩＤ５０／ｍＬ以上で首尾よく検出された。
実施例１１．アデノウイルスおよびヒトメタニューモウイルスおよびライノウイルスの多重増幅および検出
材料および方法
分析感度および反応性：アデノウイルス、ヒトメタニューモウイルス、およびライノウイルスの増幅および検出用のプライマーおよびプローブを含有するＰＣＲ製剤を、以下を（反応ごとに）含むように調製した：１５ｕＬのＳｕｐｅｒｍｉｘ（１１．１単位Ｔａｑ）、１．２ｕＬのＭＭＬＶ逆転写酵素（ＲＴ）（２４単位）、２．０ｕＬのＰｒｉｍｅｒ
Ｐｒｏｂｅ Ｍｉｘ、０．０８４ｕＬの０．５Ｍ ＥＤＴＡ、および１．７１６ｕＬの水。（ＡＭＲ製剤。）標的核酸をある数のストック微生物１から抽出し、各微生物について、０．１ＴＣＩＤ５０／ｍＬ、１ＴＣＩＤ５０／ｍＬ、および１０ＴＣＩＤ５０／ｍＬに希釈した。各希釈液からの１０ｕＬの標的核酸溶出液を、反応体積のＰＣＲ製剤と個別に組み合わせて、３０ｕＬの合計反応体積にした。この実験で使用したプライマーおよびプローブは、内部対照を含む配列番号４８～４９および５１～７４に示される。この例で使用したプローブは、消光剤およびフルオロフォアを含む二重標識プローブであった。
１標的核酸は、ＴｒｉＣｏｒｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ａｌｂｕｑｕｅｒｑｕｅ，ＮＭ）、ＺｅｐｔｏＭｅｔｒｉｘ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｂｕｆｆａｌｏ，ＮＹ）、およびＡＴＣＣ（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から入手した事前に特性評価されたストック微生物から単離した。
試料の調製にはＰａｎｔｈｅｒ機器（Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用し、リアルタイムの増幅および検出には卓上ＰＣＲ熱循環器を使用して、多重リアルタイムＰＣＲ反応をセットアップした。検出反応には、Ｔａｑｍａｎ（商標）（Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．，Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ，ＣＡ）化学を使用した。熱循環器中、アデノウイルス標的核酸をＲＯＸチャネルで検出し、ｈＭＰＶ核酸をＨＥＸチャネルで検出し、ＨＲＶ核酸をＦＡＭチャネルで検出し、内部対照をＲＥＤ６７７チャネルで検出した。アッセイは、既知の濃度の各ウイルス標的を１０反復で使用して実施した。各個々の試料調製は、卓上ＰＣＲ熱循環器上で１つのリアルタイムＲＴ－ＰＣＲ反復として評価した。バックグラウンドを差し引いた曲線を使用して、陽性または陰性の決定を行った。表１１～表１３は、１０ＴＣＩＤ５０／ｍＬ以下のウイルス濃度での１００％ヒット率を示す。
これらの研究に続いて、プライマー配列番号７５の５’末端に２つの追加の塩基を付加して、プライマー配列番号５０を生成した。ライノウイルス感度アッセイは、配列番号７５の代わりに配列番号５０を用いて上記のとおりに実施し、結果は表１４に提示する。
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Figure 0007370832000020
Figure 0007370832000021
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結論：
この総括で提示した増幅および検出オリゴヌクレオチドの多重化された組み合わせは、１０ＴＣＩＤ５０／ｍＬ以下のウイルス濃度を検出することができる。
実施例１２．多重増幅および検出アッセイを使用した臨床検体検出および臨床的特異性
材料および方法
実施例１１で上に列挙したプライマーおよびプローブの全てを含むＰＣＲ製剤（ＡＭＲ製剤）（配列番号７４を使用）を使用して、ライノウイルス陽性、ｈＭＰＶ陽性、および／もしくはアデノウイルス陽性、または３つ全てのウイルスについて陰性であると市販のアッセイによって同定された臨床検体を試験した。市販のアッセイには、ＢｉｏＦｉｒｅ
ＦｉｌｍＡｒｒａｙ ＲＶＰ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｐａｎｅｌ（ＢｉｏＦｉｒｅ
Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｓａｌｔ Ｌａｋｅ Ｃｉｔｙ，ＵＴ）、ＧｅｎＭａｒｋ ｅＳｅｎｓｏｒ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｖｉｒｕｓ Ｐａｎｅｌ（ＲＶＰ）（ＧｅｎＭａｒｋ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）、およびＬｕｍｉｎｅｘ ｘＴＡＧ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｖｉｒｕｓ Ｐａｎｅｌ（Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）が含まれる。全ての試料は、Ｐａ
ｎｔｈｅｒ機器を使用して抽出し、ＰＣＲ循環は、上記の卓上ＰＣＲ熱循環機器上で実施した。ＡＭＲアッセイにより、既に特徴付けた臨床検体から、ＨＲＶ、ｈＭＰＶ、およびアデノウイルスを検出し、一致は、ＨＲＶで９４．８％（１６４／１７３）、ｈＭＰＶで９７．２％（２７９／２８７）、アデノウイルスで９３．２％（４６６／５００）であった。ＡＭＲアッセイでは、８８の臨床検体のうち８６が陰性であると同定され、参照アッセイ（Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＴＡＧ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｖｉｒｕｓ Ｐａｎｅｌ）と９７．７％の一致が得られた。加えて、内部対照は、全ての臨床的に陰性の検体に対して有効であった。ＡＭＲ製剤アッセイを使用して得た２つの「偽陽性」結果は、ＧｅｎＭａｒｋ ｅＳｅｎｓｏｒ ＲＶＰアッセイおよびＰｒｏｄｅｓｓｅ ＰｒｏＡｄｅｎｏ＋Ａｓｓａｙ（Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用して真陽性であると判断した。したがって、Ｌｕｍｉｎｅｘアッセイで誤って陰性と同定された臨床検体を除去すると、ＡＭＲアッセイによって１００％の一致が示された（８６／８６）。
結論：
この実施例で提示した増幅および検出オリゴヌクレオチドの多重化された組み合わせは、臨床検体中のウイルス標的を検出することができ、競合アッセイ（competitor assay）との良好な一致を示す。
特異性
材料および方法
実施例１１に列挙したプライマーおよびプローブの全てを含むＰＣＲ製剤（ＡＭＲ製剤）（配列番号７４を使用して）を、他の微生物との交差反応性について評価した。これらの微生物は、アデノウイルス、ｈＭＰＶ、およびＨＲＶのうちの１つ以上の有無についてクリニックで試験される検体種（鼻咽頭および下気道検体）で一般的に見られるものである。微生物を、プールして試験するか、または個別に試験した（表１５のＡＭＲパネル１～２６を参照）。各パネルからの３つの反復をＰａｎｔｈｅｒ機器上で個別に処理し、ＰＣＲ循環を上記の卓上ＰＣＲ熱循環機器上で実施した。表１５は、ＡＭＲ製剤（ＡＭＲ２４～２６）の標的となるウイルスのみが検出されたことを示す。アッセイ（ＡＭＲ１～２３）で標的とされていない微生物との交差反応性は観察されなかった。
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結論：
この総括で提示した増幅および検出オリゴヌクレオチドの多重化された組み合わせは、ＡｄＶ／ｈＭＰＶ／ＲＶアッセイの標的に対する特異性を呈する。
実施例１１で上述したように、続いて、配列番号５０を多重化試薬中で配列番号７５により置換した。この修飾したＰＣＲ反応製剤を、臨床試料およびチャレンジ微生物を使用した増幅および検出反応において試験した。修飾したＡＭＲ製剤は、この実施例１２に示したものと類似した結果をもたらした（データ割愛）。
例示的な核酸配列
本表１６は、本開示で有用な例示的な配列を提供する。この表は開示の範囲を制限するものではない。配列は、世界知的所有権機関（ＷＩＰＯ）のＨａｎｄｂｏｏｋ ｏｎ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｐｒｏｐｅｒｔｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｄｏｃｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ，Ｓｔａｎｄａｒｄ ＳＴ．２５（１９９８）（付録２の表１～６を含む）に準拠して提示する。
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Figure 0007370832000030
Figure 0007370832000031
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Figure 0007370832000033
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配列記号は、Ｗｏｒｌｄ Ｉｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌ Ｐｒｏｐｅｒｔｙ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ（ＷＩＰＯ）のＨａｎｄｂｏｏｋ ｏｎ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｐｒｏｐｅｒｔｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｄｏｃｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ，Ｓｔａｎｄａｒｄ ＳＴ．２５（１９９８）（「ＷＩＰＯ ＳＴ．２５（１９９８）」）の表１に従う。
論文、特許、および特許出願、ならびに本明細書において言及または引用された他の全ての文書および電子的に利用可能な情報の内容は、各個々の出版物が、参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されるのと同程度に、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。出願人は、任意のこのような論文、特許、特許出願、または他の物理的および電子的文書からのあらゆる資料および情報を、本出願に物理的に組み込む権利を留保する。
本明細書に例示的に記載された方法は、本明細書に具体的に開示されていないいずれの要素（単数または複数）または制限（単数または複数）がなくても好適に実施され得る。
請求される開示の範囲内で様々な修正が可能であることが認識される。したがって、本開示は好ましい実施形態および任意選択の特徴によって具体的に開示されてきたものの、本明細書で開示された本開示において具体化された本開示の修正および変形が当業者によって用いられてもよく、またそのような修正および変形は本開示の範囲内であるとみなされることを理解されたい。
本開示は、本明細書で広く一般的に説明されている。包括的開示に含まれるより狭い種および亜属集団の各々も、本方法の一部を形成する。これには、削除された材料が本明細書に具体的に列挙されているかどうかに関係なく、いずれの主題も属から排除する条件または否定的な制限を伴う方法の総括的説明が含まれる。
他の実施形態は、以下の特許請求の範囲内にある。加えて、本方法の特徴または態様がマーカッシュグループに関して説明されている場合、当業者は、それにより、マーカッシュグループの個々のメンバーまたはメンバーのサブグループに関しても開示が説明されることを認識する。

Claims (58)

  1. 少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
    前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つの位置を含む、少なくとも５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成され、
    前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５２、５３、５６および６８を含み、
    前記組成物またはキットが、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記少なくとも１つの検出プローブオリゴマーが配列番号６７、６９および７０を含む、組成物またはキット。
  2. ２つ以上の標的核酸に対して構成された少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
    （Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つの位置を含む、少なくとも５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成され、
    前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５２、５３、５６および６８を含み、
    前記組成物またはキットが、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記少なくとも１つの検出プローブオリゴマーが配列番号６７、６９および７０を含む、かつ
    （Ｂ）第２の標的核酸について、
    （ｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つの位置を含む、少なくとも５０ヌクレオチド長のアデノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、あるいは
    （ｉｉ）前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つの位置を含む、少なくとも５０ヌクレオチド長のライノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、組成物またはキット。
  3. ３つ以上の標的核酸に対して構成された少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
    （Ａ）第１の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１５０の９６６～１１４７、および／または配列番号１５９のヌクレオチド８４４～１０２７、および／または配列番号１５０の１０００～１０４０、および／または配列番号１５９の８８０～９１５、および／または配列番号１５０の１０２７～１０８０、および／または配列番号１５９の９１３～９５８、および／または配列番号１５０の１０７３～１１１５、および／または配列番号１５９の９５３～９９５から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つの位置を含む、少なくとも５０ヌクレオチド長のメタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成され、
    前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５２、５３、５６および６８を含み、
    前記組成物またはキットが、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記少なくとも１つの検出プローブオリゴマーが配列番号６７、６９および７０を含む、かつ
    （Ｂ）第２の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号４７の５２～７４および／または７６～９９および／または４０～５６および／または６５～８７および／または１～１８および／または７～２３および／または２８～４５および／または２７～４５および／または２６～４５および／または１３９～１５５および／または１０３～１２３および／または１５９～１７５および／または８３～９９および／または８３～９８から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つの位置を含む、少なくとも５０ヌクレオチド長のアデノウイルス標的核酸を増幅するように構成され、かつ
    （Ｃ）第３の標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号１２０の２３０～５５６、および／または配列番号１０１の１９９～５２５、および／または配列番号７６の８０～４１０、および／または配列番号１２０の２６３～３０３、および／または配列番号１０１の２３１～２６４、および／または配列番号７６の１０６～１５６、および／または配列番号１２０の３１２～３４６、および／または配列番号１０１の２７９～３１４、および／または配列番号７６の４５５～５０６、および／または配列番号１２０の４８０～５３３、および／または配列番号１０１の４５５～５０６、および／または配列番号７６の３３８～３９７から選択されるヌクレオチド位置の範囲にある少なくとも１つの位置を含む、少なくとも５０ヌクレオチド長のライノウイルス標的核酸を増幅するように構成された、組成物またはキット。
  4. 前記第１の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
  5. 前記第２の増幅オリゴマーが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含有する核酸配列を含む、請求項１～３または４のいずれかに記載の組成物またはキット。
  6. 前記メタニューモウイルス標的核酸について、前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号５２および５３を含む、請求項１～３のいずれかに記載の組成物またはキット。
  7. 前記メタニューモウイルス標的核酸について、前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号５６および６８を含む、請求項１～３のいずれかに記載の組成物またはキット。
  8. 前記組成物またはキットが、１８～３６個の核酸塩基長である配列を含むメタニューモウイルス検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記１８～３６個の核酸塩基が、全て配列番号１６１内または配列番号１５５内の連続した核酸塩基から選択される、請求項１～３のいずれかに記載の組成物またはキット。
  9. 前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含む、請求項８に記載の組成物またはキット。
  10. 前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、請求項８に記載の組成物またはキット。
  11. 前記検出可能な標識がフルオロフォアである、請求項１０に記載の組成物またはキット。
  12. 前記検出プローブオリゴマーが二重標識検出プローブオリゴマーである、請求項１０または請求項１１に記載の組成物またはキット。
  13. 前記検出プローブオリゴマーが、蛍光検出可能な標識と、前記蛍光検出可能な標識からの蛍光発光を消光することができる消光剤部分とを含む、請求項１２に記載の組成物またはキット。
  14. 前記組成物またはキットが、１つ以上の追加の増幅オリゴマーをさらに含み、前記増幅オリゴマーの各々が、メタニューモウイルス標的核酸を増幅するように構成された、請求項１～３のいずれかに記載の組成物またはキット。
  15. 前記１つ以上の追加の増幅オリゴマーの各々が、配列番号１５１、１５２、１５３、１５４、１５８、１６０、１７７、１７８からなる群から別々に選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項１４に記載の組成物またはキット。
  16. 前記組成物またはキットが、標的ハイブリダイズ配列と固定化プローブ結合領域とを含む核酸標的捕捉プローブをさらに含む、請求項１～３のいずれかに記載の組成物またはキット。
  17. 前記標的ハイブリダイズ配列がポリＫヌクレオチド配列である、請求項１６に記載の組成物またはキット。
  18. 前記ポリＫヌクレオチド配列がランダムなポリＧＵ配列である、請求項１７に記載の組成物またはキット。
  19. 前記固定化プローブ結合領域が、ホモポリマーヌクレオチド配列である、請求項１６、１７、または１８に記載の組成物またはキット。
  20. 前記固定化プローブ結合領域が、Ｔ０－４Ａ１０－３６からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１９に記載の組成物またはキット。
  21. 前記組成物が、酵素、緩衝液、ｄＮＴＰ、またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項１～３のいずれかに記載の組成物またはキット。
  22. 試料中のメタニューモウイルス標的核酸、ライノウイルス標的核酸、アデノウイルス標的核酸、またはそれらの組み合わせの有無を決定するための方法であって、
    （Ａ）試料を請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物またはキットに含まれる増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップと、
    （Ｂ）試料中のアデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、またはライノウイルス標的核酸のうちのいずれかが、その標的核酸を増幅して増幅産物を生成するように構成された増幅オリゴマーの組み合わせによって使用される、インビトロ核酸増幅反応を実行するステップと、
    （Ｃ）前記増幅産物を検出するステップと、を含み、
    それにより、前記試料中の前記標的核酸の有無を決定する、方法。
  23. 前記試料がヒトに由来する試料である、請求項２２に記載の方法。
  24. 前記試料が粘膜試料である、請求項２３に記載の方法。
  25. 前記試料が、鼻咽頭スワブを使用して得られる、請求項２３または請求項２４に記載の方法。
  26. ステップ（Ａ）の前に、試料調製ステップを実行して、前記試料中のあらゆる標的核酸を他の試料成分から分離させる、請求項２２に記載の方法。
  27. 前記試料調製ステップが標的捕捉ステップを含む、請求項２６に記載の方法。
  28. 前記標的捕捉ステップが、前記試料を、標的ハイブリダイズ配列および固定化プローブ結合領域を含む核酸標的捕捉プローブと接触させることを含む、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記標的ハイブリダイズ配列がポリＫヌクレオチド配列である、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記ポリＫヌクレオチド配列がランダムなポリＧＵ配列である、請求項２９に記載の方法。
  31. 固定化プローブ結合領域が、ホモポリマーヌクレオチド配列である、請求項２８、２９、または３０に記載の方法。
  32. 前記固定化プローブ結合領域が、Ｔ０－４Ａ１０－３６からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記検出ステップ（Ｃ）が、１つ以上の検出プローブオリゴマーを使用して実行される、請求項２２に記載の方法。
  34. 前記１つ以上の検出プローブオリゴマーが、配列番号４８、４９、５４、６３、６４、６７、６９および７０を含む、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記１つ以上の検出プローブオリゴマーがさらに、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、１３９、１４０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、８７～９４、１０９～１１４、および１３１～１３６からなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
  36. 前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、少なくとも１つの５－Ｍｅ－ｄＣ、または少なくとも１つの非ワトソンクリック塩基、または少なくとも１つの縮重塩基、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３３、３４または３５に記載の方法。
  37. 前記検出プローブオリゴマーのうちの少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、請求項３３、３４、３５または３６に記載の方法。
  38. 前記検出可能な標識がフルオロフォアである、請求項３７に記載の方法。
  39. 前記検出プローブオリゴマーが二重標識検出プローブオリゴマーである、請求項３７または請求項３８に記載の方法。
  40. 前記検出プローブオリゴマーが、蛍光検出可能な標識と、前記蛍光検出可能な標識からの蛍光発光を消光することができる消光剤部分とを含む、請求項３９に記載の方法。
  41. 前記インビトロ核酸増幅反応が熱循環を含む、請求項２２に記載の方法。
  42. 前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼ酵素によるＰＣＲを含む、請求項２２に記載の方法。
  43. 前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行される、請求項２２に記載の方法。
  44. 前記インビトロ核酸増幅反応が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して実行され、増幅産物が、所定の閾値を超える蛍光値を決定することによって検出される、請求項２２に記載の方法。
  45. 試料中のメタニューモウイルス標的核酸、ライノウイルス標的核酸、アデノウイルス標的核酸、またはそれらの組み合わせのインビトロ検出のための方法であって、前記方法が、アデノウイルス標的核酸、メタニューモウイルス標的核酸、および／またはライノウイルス標的核酸を、請求項８～１３のいずれかに記載の組成物またはキットに含まれる検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記検出プローブオリゴマーと、前記検出プローブオリゴマーがハイブリダイズするように構成された前記標的核酸とのハイブリダイゼーションが、その標的核酸の存在を示す、方法。
  46. 前記方法が、前記メタニューモウイルス標的核酸、前記アデノウイルス標的核酸、および／または前記ライノウイルス標的核酸からの増幅産物を、前記検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記検出プローブオリゴマーと、前記検出プローブオリゴマーがハイブリダイズするように構成された前記増幅産物とのハイブリダイゼーションが、前記増幅産物の生成元であるその標的核酸の存在を示す、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記増幅産物が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して生成された、請求項４６に記載の方法。
  48. 前記標的核酸またはそれから生成された前記増幅産物が、所定の閾値を超える蛍光値を決定することによって検出される、請求項４７に記載の方法。
  49. 請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物またはキットに含まれる増幅オリゴマーのうちの２つ以上を含む、メタニューモウイルス標的核酸、ライノウイルス標的核酸、アデノウイルス標的核酸、またはそれらの組み合わせの増幅のための乾燥組成物であって、前記２つ以上の増幅オリゴマーが、少なくとも配列番号５２、５３、５６および６８を含み、前記乾燥組成物は、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと組み合わせて使用され、前記少なくとも１つの検出プローブオリゴマーが、配列番号６７、６９および７０を含む、乾燥組成物。
  50. 請求項８～１３のいずれかに記載の組成物またはキットに含まれる検出プローブオリゴマーのうちの１つ以上を含む、メタニューモウイルス標的核酸、ライノウイルス標的核酸、アデノウイルス標的核酸、またはそれらの組み合わせの有無を判定するための乾燥組成物であって、前記検出プローブオリゴマーのうちの１つ以上が、配列番号６７、６９および７０を含み、前記乾燥組成物は、配列番号５２、５３、５６および６８を含む２つ以上の増幅オリゴマーと組み合わせて使用される、乾燥組成物。
  51. 請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物またはキットに含まれる２つ以上の増幅オリゴマーの組み合わせ、および／または、配列番号４、１０、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２９、３０、３６、３７、３９、４０、４８、４９、５４、６３、６４、６７、６９、７０、１３９、１４０、１５５、１５６、１５７、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、８７～９４、１０９～１１４、および１３１～１３６からなる群より選択される検出プローブオリゴマーを含む、メタニューモウイルス標的核酸、ライノウイルス標的核酸、アデノウイルス標的核酸、またはそれらの組み合わせの有無を判定するための乾燥組成物であって、前記２つ以上の増幅オリゴマーが、配列番号５２、５３、５６および６８を含み、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号６７、６９および７０を含む、乾燥組成物。
  52. 前記乾燥組成物が、酵素、ｄＮＴＰ、またはその両方をさらに含む、請求項５１に記載の乾燥組成物。
  53. 前記酵素が、５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を有する、請求項５２に記載の乾燥組成物。
  54. 前記酵素がポリメラーゼ酵素である、請求項５２または請求項５３に記載の乾燥組成物。
  55. 前記乾燥組成物が、１０ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、請求項５１に記載の乾燥組成物。
  56. 前記乾燥組成物が、７ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、請求項５１に記載の乾燥組成物。
  57. 前記乾燥組成物が、５ｍＭ以下の無機塩濃度を有する、請求項５１に記載の乾燥組成物。
  58. 前記乾燥組成物が、０．５ｍＭ～１０ｍＭの無機塩濃度を有する、請求項５１に記載の乾燥組成物。
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