JP7590984B2 - データ処理方法、装置及びプログラム - Google Patents
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Description
ここで、
ここで、
が0であれば、D個の要素におけるj番目の要素とk番目の要素とが関連しないことを示し、要素
は、行列Bにおける非ゼロ元素の総数を示し、因果構造の分散度についての推定であり、かつ
である。制約条件
は、決定しようとする因果構造が有向非巡回グラフであることを示し、かつ制約条件
は、決定しようとする因果構造が以前に決定されたスケルトン図M(例えば、図2に示すスケルトン図210)のサブ集合であることを示す。
は、Vにおけるノード集合U以外の全てのノードを示す(即ち、
は、集合
と集合
である。
Claims (14)
- 複数の要素に関する観測サンプル集合を取得することであって、前記観測サンプル集合における1つの観測サンプルは、前記複数の要素の対応する観測値を含むことと、
前記観測サンプル集合に基づいて、前記複数の要素の間に存在する依存関係集合を決定することであって、前記依存関係集合における1つの依存関係は、前記複数の要素における互いに関連する1つの要素ペアを示すことと、
前記依存関係集合に基づいて、前記複数の要素の因果関係シーケンスを決定することであって、前記因果関係シーケンスは、互いに関連する前記要素ペアにおける一方の要素が他方の要素の原因であることを示すことと、を含み、
前記依存関係集合を決定することは、
前記複数の要素における任意の2つの要素について、前記観測サンプル集合における前記2つの要素の対応する観測値に基づいて、前記2つの要素の間の相関係数を推定することと、
前記推定した結果に基づいて、前記依存関係集合を決定するための第1の目標関数を確立することであって、前記第1の目標関数は下式で表され、Ωは依存関係を示す精度行列であり、λは予め定義されている係数であり、Sは前記相関係数に基づいて確立される相関係数行列を表し、tr()は行列のトレースを表す、ことと、
Ω≧0を満たしつつ前記第1の目標関数を最小化することで、前記依存関係集合を決定することと、を含む
データ処理装置が実行するデータ処理方法。 - 前記複数の要素は、目標要素を含み、前記方法は、
前記因果関係シーケンスに基づいて、前記複数の要素から前記目標要素の原因となる少なくとも1つの要素を決定することと、
前記少なくとも1つの要素の観測値を変更することで、前記目標要素の観測値に影響することと、をさらに含む請求項1に記載の方法。 - 前記複数の要素に関する変更後の観測サンプル集合を取得することであって、前記変更後の観測サンプル集合における少なくとも1つの観測サンプルは、前記少なくとも1つの要素の変更後の観測値を含むことと、
前記変更後の観測サンプル集合に基づいて、前記因果関係シーケンスを最適化することと、をさらに含む請求項2に記載の方法。 - 前記因果関係シーケンスを決定することは、
前記依存関係集合によって示された複数の互いに関連する要素ペアについて、各要素ペアにおける一方の要素から他方の要素への影響を決定することと、
複数の要素ペアについて決定された対応する影響及び前記観測サンプル集合に基づいて、前記因果関係シーケンスを決定することと、を含む請求項1に記載の方法。 - 各要素ペアにおける一方の要素から他方の要素への影響を決定することは、
所定の分布に基づいて、前記複数の要素ペアについて前記対応する影響を決定するための第2の目標関数を確立することであって、前記第2の目標関数は下式で表され、行列Bは、複数の要素ペアのそれぞれについて決定された影響を示し、X={x1,x2,...,xD}∈RN×Dは前記観測サンプル集合を示し、NはXにおける観測サンプルの総数を示し、Dは要素の総数を示し、ベクトルxi∈RN(ただし、1≦i≦D)は、i番目の要素のN個の観測値を示し、xi,n(ただし、1≦i≦D、かつ1≦n≦N)は、i番目の要素のn番目の観測値を示し、ベクトルβi∈RD-1はi番目の要素についての各要素の影響を示し、|B|0は、行列Bにおける非ゼロ元素の総数を示す、ことと、
前記第2の目標関数を最小化することで、各要素ペアにおける一方の要素から他方の要素への影響を決定することと、を含む請求項4に記載の方法。 - 前記因果関係シーケンスを決定することは、
履歴因果関係シーケンス及び前記履歴因果関係シーケンスに対応する履歴因果関係のスコアを取得する操作と、
前記履歴因果関係シーケンス及び前記複数の要素ペアに基づいて、前記因果関係シーケンスに追加する可能性がある1つ又は複数の候補要素を決定する操作と、
前記1つ又は複数の候補要素が存在することに応答し、前記履歴因果関係のスコア、前記複数の要素ペアについて決定された前記対応する影響及び前記観測サンプル集合に基づいて、前記1つ又は複数の候補要素に対応する1つ又は複数の候補因果関係のスコアを決定する操作と、
前記1つ又は複数の候補因果関係のスコアに基づいて、前記1つ又は複数の候補要素から前記因果関係シーケンスに追加しようとする候補要素を選択する操作と、
選択された前記候補要素に基づいて、前記履歴因果関係シーケンス及び前記履歴因果関係のスコアを更新する操作と、を少なくとも1回繰り返して実行することを含む、請求項4に記載の方法。 - 前記1つ又は複数の候補要素が存在しないことに応答し、前記履歴因果関係シーケンスを前記因果関係シーケンスとして決定することをさらに含む、請求項6に記載の方法。
- 前記履歴因果関係シーケンス及び前記履歴因果関係のスコアを取得することは、
前記履歴因果関係シーケンスを空シーケンスに初期化することと、
前記空シーケンスに対応する初期因果関係のスコアを前記履歴因果関係のスコアとして決定することと、を含む請求項6に記載の方法。 - 前記1つ又は複数の候補要素から前記候補要素を選択することは、
前記1つ又は複数の候補因果関係のスコアから最小の候補因果関係のスコアを決定することと、
前記1つ又は複数の候補要素から前記最小の候補因果関係のスコアに関連する前記候補要素を選択することと、を含む請求項6に記載の方法。 - 前記1つ又は複数の候補要素から前記候補要素を選択することは、
決定待ちの前記因果関係シーケンスに関連する制約条件を取得することと、
前記候補要素の前記追加が前記制約条件に合致するように、前記1つ又は複数の候補要素から前記因果関係シーケンスに追加しようとする前記候補要素を選択することと、を含む請求項6に記載の方法。 - 前記制約条件を取得することは、
前記制約条件を示す情報を取得することと、
前記情報に基づいて前記制約条件を決定することと、を含む請求項10に記載の方法。 - 前記制約条件を取得することは、
前記履歴因果関係シーケンス及び前記複数の要素ペアに基づいて、前記制約条件を決定することを含む、請求項10に記載の方法。 - 請求項1~12のいずれか1項に記載の方法をデータ処理装置に実行させるためのコンピュータプログラム。
- 少なくとも1つのプロセッシングユニットと、
前記少なくとも1つのプロセッシングユニットに結合され、前記少なくとも1つのプロセッシングユニットが実行する、請求項13に記載のコンピュータプログラムを記憶する少なくとも1つのメモリと、を含むデータ処理装置。
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| 安富祖仁ほか,遺伝子発現データからの遺伝子間因果関係ネットワーク推定,情報処理学会研究報告,社団法人情報処理学会,2006年9月15日,Vol.2006,No.9(2006-BIO-6),pp.9-15 |
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